##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##LeftAlignVariants="analysis_type=LeftAlignVariants bypassFlowAlign=true kmer_len=19 min_var_count=5 short_suffix_match=5 min_indel_size=4 max_hp_length=8 min_var_freq=0.15 min_var_score=10.0 relative_strand_bias=0.8 output_mnv=0 sse_hp_size=0 sse_report_file= target_size=1.0 pref_kmer_max=3 pref_kmer_min=0 pref_delta_max=2 pref_delta_min=0 suff_kmer_max=3 suff_kmer_min=0 suff_delta_max=2 suff_delta_min=0 motif_min_ppv=0.2 generate_flow_position=0 analyze_missmatches=0 sse_rate=0.07 input_file=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL reference_sequence=/results/referenceLibrary/tmap-f3/hg19/hg19.fasta rodBind=[] nonDeterministicRandomSeed=false downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 combined_sample_name= num_cpu_threads=null num_io_threads=null num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false variant=(RodBinding name=variant source=/results/analysis/output/Home/R1N_R1T_Reanalyze_04122014_217/plugin_out/variantCaller_out.300/IonXpress_007/small_variants.sorted.vcf) out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub filter_mismatching_base_and_quals=false" ##basecallerVersion="4.2-18/6b3fd1b" ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##fileDate=20141205 ##fileUTCtime=2014-12-05T06:46:45 ##parametersDetails="somatic_low_stringency_proton, $Rev$, TS version: 4.2" ##parametersName="Generic - Proton - Somatic - Low Stringency" ##phasing=none ##reference=/results/referenceLibrary/tmap-f3/hg19/hg19.fasta ##reference=file:///results/referenceLibrary/tmap-f3/hg19/hg19.fasta ##source="tvc 4.2-18 (6b3fd1b) - Torrent Variant Caller" ##tmapVersion="4.2.18 (6b3fd1b) (201408050144)" ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##deamination_metric=0.188134963746 ##SnpSiftVersion="SnpSift 4.0e (build 2014-09-13), by Pablo Cingolani" ##SnpSiftCmd="SnpSift filter '( QUAL >= 30 )'" ##FILTER== 30 )"> #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT R1N chr1 136048 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.019;QD=19.1341;RBI=0.0261245;REFB=0.0284246;REVB=0.0261245;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0179889;OID=.;OPOS=136048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:5:0:0:2:5:0:0:2 chr1 762273 . G A,C 263.71 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=18,2;DP=20;FAO=19,2;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316796,0.0290475;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=61.0067,24.3638;QD=50.2302;RBI=0.0364053,0.0510957;REFB=0,0;REVB=0.0179374,-0.0420358;RO=0;SAF=10,2;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00969479,0.238424;OID=.,.;OPOS=762273,762273;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:20:21:0:0:18,2:19,2:0.904762,0.0952381:8,0:10,2:0:0:9,0:10,2:0:0 chr1 808922 . G A 2307.84 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00382699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.022;QD=61.1349;RBI=0.0100439;REFB=0;REVB=-0.0092862;RO=0;SAF=94;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93566e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24679e-05;OID=.;OPOS=808922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:57:94:0:0:57:94:0:0 chr1 808928 . C T 685.93 PASS AF=0.476821;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=-0.00311843;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.687;QD=18.1704;RBI=0.0253388;REFB=-0.00102949;REVB=-0.0251461;RO=79;SAF=43;SAR=29;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480597;STB=0.526552;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00158499;OID=.;OPOS=808928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:79:79:72:72:0.476821:29:43:51:28:29:43:51:28 chr1 881627 . G A 698.83 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0443982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.4341;QD=54.8098;RBI=0.0694393;REFB=-0.139209;REVB=0.0533912;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00462394;OID=.;OPOS=881627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:25:25:0:1:25:25:0:1 chr1 887801 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.401;QD=57.8849;RBI=0.012819;REFB=0;REVB=0.00953804;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84882e-05;OID=.;OPOS=887801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr1 888639 . T C 885.62 PASS AF=0.969231;AO=61;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0434305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9842;QD=54.4997;RBI=0.0437951;REFB=0.0552988;REVB=-0.00563948;RO=2;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392848;STB=0.520827;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00866173;OID=.;OPOS=888639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:61:63:0.969231:23:38:0:2:23:40:0:2 chr1 888659 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.217;QD=64.4143;RBI=0.0310735;REFB=0;REVB=-0.00614924;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156278;OID=.;OPOS=888659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:24:26:0:0 chr1 894573 . G A 1184.29 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=82;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0418556;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.804;QD=58.4836;RBI=0.0498463;REFB=-0.041326;REVB=0.0270696;RO=2;SAF=41;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00121612;STB=0.500784;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000382074;OID=.;OPOS=894573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:81:2:2:78:79:0.975309:37:41:1:1:37:42:1:1 chr1 897325 . G C 784.53 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.048;QD=64.043;RBI=0.0576118;REFB=0;REVB=0.0253105;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151975;OID=.;OPOS=897325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:24:23:0:0:24:25:0:0 chr1 897564 . T C 191.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.6491;QD=47.8105;RBI=0.0584573;REFB=0;REVB=-0.0526189;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00167181;OID=.;OPOS=897564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr1 900972 . T G 807.74 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.078895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8171;QD=53.8495;RBI=0.080542;REFB=-0.0713341;REVB=-0.0162048;RO=2;SAF=38;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241821;STB=0.512816;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.000945249;OID=.;OPOS=900972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:20:38:2:0:20:38:2:0 chr1 901023 . T C 901.28 PASS AF=1;AO=51;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.996;QD=58.1472;RBI=0.109877;REFB=0;REVB=-0.00786851;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103421;OID=.;OPOS=901023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:51:62:1:26:25:0:0:28:34:0:0 chr1 901024 . G C 56.07 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0508275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8953;QD=3.61764;RBI=0.0522084;REFB=-0.0201108;REVB=-0.0119283;RO=52;SAF=8;SAR=2;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386902;STB=0.766562;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0175856;OID=.;OPOS=901024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:52:52:10:10:0.16129:2:8:26:26:2:8:26:26 chr1 909238 . G C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.933;QD=63.8714;RBI=0.0276562;REFB=0;REVB=0.0236614;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82948e-05;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr1 909309 . T C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00347166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.407;QD=20.2743;RBI=0.00638292;REFB=-0.0161996;REVB=-0.00535623;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970598;STB=0.554683;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0150784;OID=.;OPOS=909309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:11:13:10:13:11:13 chr1 909363 . A C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0104601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.798;QD=12.5628;RBI=0.0173633;REFB=-0.00901152;REVB=-0.013859;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990514;STB=0.577486;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0194848;OID=.;OPOS=909363;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:35:22:22:0.385965:8:14:18:15:8:14:18:17 chr1 909768 . A G 2790.31 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.99;QD=62.7036;RBI=0.0153108;REFB=0;REVB=-0.0113898;RO=0;SAF=66;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.76938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49076e-06;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:177:178:1:111:66:0:0:112:66:0:0 chr1 911595 . A G 2147.39 PASS AF=1;AO=111;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102472;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3466;QD=59.6497;RBI=0.104653;REFB=0;REVB=-0.0212564;RO=0;SAF=41;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65433e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00338175;OID=.;OPOS=911595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:111:144:1:70:41:0:0:88:56:0:0 chr1 914333 . C G 750.12 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.582;QD=60.0099;RBI=0.0264619;REFB=-0.108874;REVB=0.0194602;RO=1;SAF=16;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284913;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197481;OID=.;OPOS=914333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:1:0:48:50:1:32:16:1:0:32:18:0:0 chr1 914798 . G C 182.55 PASS AF=0.809524;AO=10;DP=22;FAO=17;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0267079;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.2202;QD=34.772;RBI=0.154602;REFB=0.0337363;REVB=0.152277;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381322;STB=0.521714;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00642933;OID=.;OPOS=914798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:21:4:4:10:17:0.809524:2:8:3:1:6:11:3:1 chr1 914876 . T C 1514.53 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00398147;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.864;QD=63.7697;RBI=0.0213423;REFB=0;REVB=0.0209676;RO=0;SAF=74;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11295e-06;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:21:74:0:0:21:74:0:0 chr1 914940 . T C 74.12 PASS AF=0.133333;AO=15;DP=116;FAO=16;FDP=120;FR=.;FRO=104;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=66;FSRR=38;FWDB=-0.0869125;FXX=0.0624951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.976;QD=2.47066;RBI=0.0992077;REFB=-0.00954161;REVB=-0.047837;RO=101;SAF=1;SAR=14;SRF=63;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.650614;STB=0.901067;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.112958;OID=.;OPOS=914940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:116:120:101:104:15:16:0.133333:14:1:63:38:14:2:66:38 chr1 915227 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.086;QD=50.4132;RBI=0.0268676;REFB=0;REVB=0.0222995;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330175;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:2:17:0:0:2:17:0:0 chr1 915264 . G A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0491402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.013;QD=23.2363;RBI=0.0535046;REFB=-0.0412095;REVB=-0.0211655;RO=13;SAF=17;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371853;STB=0.715472;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0258878;OID=.;OPOS=915264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:1:17:10:3:1:17:10:3 chr1 915869 . TG T 85.53 PASS AF=0.515152;AO=22;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0945296;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.75056;QD=10.3668;RBI=0.290007;REFB=-0.184623;REVB=-0.274168;RO=10;SAF=4;SAR=18;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362721;STB=0.618896;STBP=0.186;TYPE=del;VARB=0.135997;OID=.;OPOS=915870;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152:22:34:17:33:16:4:13:7:9:42:10:4:18:7:3 chr1 916549 . A G 1438.19 PASS AF=0.99;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0988579;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7736;QD=57.5275;RBI=0.0990111;REFB=-0.105068;REVB=-0.00550591;RO=2;SAF=31;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029614;STB=0.507691;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00146102;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:2:1:98:99:0.99:67:31:2:0:67:32:1:0 chr1 935217 . GCCCCC GCCCCA,GCCCC 62.11 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=5,2;DP=9;FAO=6,3;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=6,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=335.416,5.84526;QD=27.6055;RBI=0.00869951,0.0332494;REFB=-0.0154127,-0.10047;REVB=0.00869951,0.0332494;RO=1;SAF=0,0;SAR=5,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0.595238;SSEP=0,0.6;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0116799,0.16268;OID=.,.;OPOS=935222,935218;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=GCCCCA,GCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.666667,0.333333:5,2:9:6,3:9:0:0,0:6,3:0:0:12:1:0,0:5,2:0:1 chr1 948921 . T C 770.6 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00204646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0409;QD=55.0427;RBI=0.0161719;REFB=0.0518467;REVB=0.0160419;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.512191;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000721499;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:20:35:0:0:20:35:0:1 chr1 949608 . G A 870.86 PASS AF=0.726316;AO=69;DP=94;FAO=69;FDP=95;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0379096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.61;QD=36.6679;RBI=0.0393373;REFB=-0.00314609;REVB=0.0105016;RO=24;SAF=29;SAR=40;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592733;STB=0.543365;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00156385;OID=.;OPOS=949608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:24:26:69:69:0.726316:40:29:13:11:40:29:15:11 chr1 949654 . A G 251.49 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0500186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.745;QD=10.2651;RBI=0.0562356;REFB=-0.0038596;REVB=-0.0257019;RO=67;SAF=16;SAR=15;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972286;STB=0.556759;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00906212;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:67:31:31:0.316327:15:16:29:38:15:16:29:38 chr1 949831 . C T 471.0 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0620936;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.04;QD=20.0426;RBI=0.062622;REFB=-0.00281951;REVB=0.00811803;RO=45;SAF=24;SAR=22;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293477;STB=0.532333;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00304459;OID=.;OPOS=949831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:45:48:46:46:0.489362:22:24:22:23:22:24:22:26 chr1 980824 . G C 223.28 PASS AF=0.470588;AO=20;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0285301;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.385;QD=17.5118;RBI=0.0308896;REFB=-0.0150214;REVB=-0.0118406;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227307;STB=0.573709;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0118426;OID=.;OPOS=980824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:27:20:24:0.470588:10:10:9:10:14:10:15:12 chr1 981131 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0268488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6557;QD=15.6513;RBI=0.0432621;REFB=-0.0145217;REVB=-0.0339228;RO=21;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198346;STB=0.615953;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0112761;OID=.;OPOS=981131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:13:3:7:14:13:3:7:14 chr1 981931 . A G 85.69 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0473977;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9335;QD=10.7108;RBI=0.0708002;REFB=-0.0382146;REVB=-0.052594;RO=21;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376685;STB=0.736296;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0623224;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:32:21:21:11:11:0.34375:10:1:6:15:10:1:6:15 chr1 982994 . T C 746.68 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0881299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7365;QD=63.547;RBI=0.142399;REFB=0;REVB=-0.111851;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00280586;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr1 984302 . T C 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.687;QD=63.6145;RBI=0.0851107;REFB=0;REVB=0.0259549;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20567e-05;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:58:37:0:0:58:37:0:0 chr1 985166 . G A 116.16 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0282756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.638;QD=20.2014;RBI=0.0285898;REFB=-0.0752055;REVB=0.00422647;RO=10;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180648;STB=0.604216;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0431056;OID=.;OPOS=985166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:2:11:7:3:2:11:7:3 chr1 986443 . C T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00162873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.131;QD=43.0159;RBI=0.0108038;REFB=-0.0405042;REVB=-0.0106803;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00905947;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:0:1:9:7:0:1 chr1 987200 . C T 1305.53 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119513;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.89;QD=62.1682;RBI=0.0236484;REFB=0;REVB=0.0204063;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53045e-05;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr1 990280 . C T 2226.78 PASS AF=0.97931;AO=133;DP=145;FAO=142;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=59;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.088716;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7015;QD=61.4283;RBI=0.104639;REFB=-0.114984;REVB=0.0554863;RO=0;SAF=58;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000916113;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:0:1:133:142:0.97931:75:58:0:0:83:59:1:0 chr1 990806 . G A 871.27 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615602;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.936;QD=58.0847;RBI=0.072726;REFB=0;REVB=0.0387223;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101885;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:19:41:0:0:19:41:0:0 chr1 990839 . C T 197.18 PASS AF=0.40678;AO=21;DP=56;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.074572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8138;QD=13.3684;RBI=0.0890911;REFB=-0.000723243;REVB=0.0487468;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345303;STB=0.543173;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00195696;OID=.;OPOS=990839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:34:35:21:24:0.40678:8:13:20:14:8:16:21:14 chr1 1026707 . C A 1145.17 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0168786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.341;QD=57.9832;RBI=0.0204217;REFB=-0.061417;REVB=0.0114961;RO=1;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01088;STB=0.501499;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=2.39361e-05;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:43:34:0:1:43:34:1:1 chr1 1114668 . G A 441.51 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0102979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.207;QD=28.4846;RBI=0.0260065;REFB=-0.0714173;REVB=0.0238807;RO=14;SAF=18;SAR=22;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04522;STB=0.533428;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0252897;OID=.;OPOS=1114668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:14:20:40:40:0.645161:22:18:5:9:22:18:11:9 chr1 1118275 . C T 387.84 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0126793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.403;QD=14.2328;RBI=0.0156951;REFB=-0.0147046;REVB=0.00925049;RO=64;SAF=21;SAR=24;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347563;STB=0.519599;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0243785;OID=.;OPOS=1118275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:45:45:0.412844:24:21:32:32:24:21:32:32 chr1 1120431 . G A 279.86 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0229229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7487;QD=14.1699;RBI=0.0538416;REFB=-0.0106252;REVB=0.0487182;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455662;STB=0.52588;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0144372;OID=.;OPOS=1120431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:17:15:20:27:17:15:20:27 chr1 1139202 . T C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00678212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.529;QD=12.2126;RBI=0.0493942;REFB=-0.0157494;REVB=-0.0489264;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316834;STB=0.705592;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.034282;OID=.;OPOS=1139202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:22:13:13:0.371429:5:8:6:14:5:8:6:16 chr1 1147001 . TC GT,T 38.0 PASS AF=0.0531915,0.0957447;AO=6,23;DP=94;FAO=5,9;FDP=94;FR=.;FRO=80;FSAF=1,3;FSAR=4,6;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.00231421,0.0249232;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=132.894,10.3482;QD=1.61698;RBI=0.0374568,0.136086;REFB=-0.00600693,-0.153293;REVB=-0.0373853,-0.133784;RO=55;SAF=1,6;SAR=5,17;SRF=33;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.469453,-0.402148;STB=0.802536,0.671262;STBP=0.199,0.303;TYPE=mnp,del;VARB=0.247608,0.197881;OID=.,.;OPOS=1147001,1147002;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:94:94:55:80:6,23:5,9:0.0531915,0.0957447:5,17:1,6:33:22:4,6:1,3:42:38 chr1 1147422 . C T 670.81 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.669;QD=62.4012;RBI=0.055867;REFB=0;REVB=0.0518311;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408681;OID=.;OPOS=1147422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:37:43:1:11:26:0:0:14:29:0:0 chr1 1148100 . G C 532.12 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0132174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.449;QD=25.6445;RBI=0.0223616;REFB=-0.0213963;REVB=-0.0180372;RO=34;SAF=19;SAR=30;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152133;STB=0.583216;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0177312;OID=.;OPOS=1148100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:34:49:49:0.590361:30:19:20:14:30:19:20:14 chr1 1153113 . G A 441.99 PASS AF=0.446429;AO=48;DP=110;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00052694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.87;QD=15.7854;RBI=0.0169355;REFB=-0.0355081;REVB=0.0169273;RO=62;SAF=18;SAR=30;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00433053;STB=0.516847;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0316002;OID=.;OPOS=1153113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:62:62:48:50:0.446429:30:18:23:39:30:20:23:39 chr1 1156131 . T C 362.69 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141883;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.309;QD=55.7978;RBI=0.0208397;REFB=0;REVB=-0.0152639;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77982e-05;OID=.;OPOS=1156131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 1158631 . A G 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.216;QD=58.7759;RBI=0.0397539;REFB=0;REVB=-0.000123249;RO=0;SAF=44;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73262e-05;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:21:44:0:0:21:44:0:0 chr1 1196374 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.077738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.759;QD=20.4561;RBI=0.0850106;REFB=-0.0262461;REVB=0.0344034;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40743;STB=0.727977;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00631649;OID=.;OPOS=1196374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:13:2:11:6:13:2 chr1 1220954 . G A 886.42 PASS AF=0.421739;AO=97;DP=232;FAO=97;FDP=230;FR=.;FRO=133;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=69;FWDB=0.0163858;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6462;QD=15.416;RBI=0.090342;REFB=-0.0118604;REVB=0.0888436;RO=132;SAF=55;SAR=42;SRF=63;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930702;STB=0.549841;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.015391;OID=.;OPOS=1220954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:230:132:133:97:97:0.421739:42:55:63:69:42:55:64:69 chr1 1223385 . G C 350.93 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0111744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.311;QD=15.4255;RBI=0.0112533;REFB=-0.00809717;REVB=-0.00132974;RO=52;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453297;STB=0.519074;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0109085;OID=.;OPOS=1223385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:53:38:38:0.417582:21:17:21:31:21:17:22:31 chr1 1226347 . C CG 228.38 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641101;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=141.599;QD=48.0799;RBI=0.0918413;REFB=0;REVB=-0.0657626;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.594792;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.01132e-05;OID=.;OPOS=1226348;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:19:19:0:8:11:0:0:4:17:2:0:6:11 chr1 1226348 . C G 192.82 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0147425;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.863;QD=40.5929;RBI=0.015938;REFB=-0.126198;REVB=0.00605623;RO=2;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130187;STB=0.571342;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0024448;OID=.;OPOS=1226348;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:11:6:2:0:11:6:2:0 chr1 1226757 . G A 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0217738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.968;QD=20.4858;RBI=0.0217914;REFB=-0.0328978;REVB=0.000875052;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228296;STB=0.629034;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0184862;OID=.;OPOS=1226757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:3:8:6:8:3:8 chr1 1226889 . G A 182.07 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0424961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9089;QD=16.9372;RBI=0.0493354;REFB=-0.00177767;REVB=-0.0250612;RO=23;SAF=17;SAR=2;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284533;STB=0.659991;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000105267;OID=.;OPOS=1226889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:24:19:19:0.44186:2:17:17:6:2:17:18:6 chr1 1234762 . AG A 114.43 PASS AF=0.571429;AO=22;DP=43;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0155562;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.286;QD=10.8982;RBI=0.0560873;REFB=-0.00520941;REVB=0.0538869;RO=16;SAF=6;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144625;STB=0.526294;STBP=0.746;TYPE=del;VARB=0.0313075;OID=.;OPOS=1234763;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:22:43:24:42:18:8:16:7:11:81:16:6:16:7:9 chr1 1246004 . A G 1056.86 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300248;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.054;QD=59.5416;RBI=0.0309943;REFB=0;REVB=0.00769146;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00627929;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:67:71:1:25:42:0:0:28:43:0:0 chr1 1254255 . G A 136.1 PASS AF=0.7;AO=13;DP=19;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0919056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.059;QD=27.2197;RBI=0.0933769;REFB=0.0259285;REVB=-0.0165104;RO=6;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335693;STB=0.687242;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00356941;OID=.;OPOS=1254255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:6:6:13:14:0.7:5:8:0:6:5:9:0:6 chr1 1254436 . A G 401.45 PASS AF=0.428571;AO=44;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00355933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.213;QD=16.3856;RBI=0.00603284;REFB=-0.010897;REVB=0.00487097;RO=54;SAF=25;SAR=19;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014201;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:56:44:42:0.428571:19:25:31:23:18:24:32:24 chr1 1254443 . G A 359.11 PASS AF=0.42;AO=41;DP=105;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00298577;FXX=0.0476145;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.534;QD=14.3643;RBI=0.00693237;REFB=-0.0162812;REVB=0.00625643;RO=58;SAF=28;SAR=13;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146956;STB=0.571394;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0203097;OID=.;OPOS=1254443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:100:58:58:41:42:0.42:13:28:32:26:14:28:32:26 chr1 1254841 . C G 56.26 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0458706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3334;QD=11.2524;RBI=0.047193;REFB=0.00189163;REVB=-0.0110933;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448594;STB=0.52696;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00878211;OID=.;OPOS=1254841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:4:8:5:3:4:8 chr1 1262966 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.125095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3443;QD=11.2553;RBI=0.125106;REFB=-0.0454617;REVB=0.0016005;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0431586;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:7:5:3:5:7:5 chr1 1263144 . G A 167.22 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.00748533;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.083;QD=14.5412;RBI=0.0096687;REFB=-0.0441061;REVB=0.00611993;RO=28;SAF=3;SAR=15;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022047;STB=0.512806;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.065055;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:28:28:18:18:0.391304:15:3:5:23:15:3:5:23 chr1 1268159 . C T 67.1 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0105206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.326;QD=9.25519;RBI=0.0274387;REFB=-0.0226795;REVB=-0.0253416;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155022;STB=0.594386;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0550692;OID=.;OPOS=1268159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:29:29:19:19:8:8:0.275862:6:2:3:16:6:2:3:16 chr1 1269004 . C T 330.14 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0135024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4829;QD=18.5993;RBI=0.0504223;REFB=-0.0135696;REVB=0.0485808;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154222;STB=0.577342;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0151727;OID=.;OPOS=1269004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:36:34:35:0.492958:16:18:13:23:17:18:13:23 chr1 1269554 . T C 536.28 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.485;QD=59.5865;RBI=0.0506109;REFB=0;REVB=0.0453356;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280676;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:19:17:0:0 chr1 1273116 . A G 603.46 PASS AF=0.45;AO=63;DP=140;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=0.018449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2776;QD=17.2417;RBI=0.04145;REFB=0.00182745;REVB=-0.0371178;RO=76;SAF=16;SAR=47;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918761;STB=0.557293;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00341933;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:76:77:63:63:0.45:47:16:25:51:47:16:26:51 chr1 1277533 . T C 1176.65 PASS AF=0.901099;AO=73;DP=91;FAO=82;FDP=91;FR=.;FRO=9;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.020009;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2963;QD=51.7207;RBI=0.0200266;REFB=-0.0902269;REVB=0.000839739;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.557965;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00673322;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:91:91:0:9:73:82:0.901099:27:46:0:0:28:54:1:8 chr1 1310074 . C G 734.07 PASS AF=1;AO=31;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648285;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.451;QD=57.5745;RBI=0.102956;REFB=0;REVB=0.0799822;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419429;OID=.;OPOS=1310074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:31:51:1:10:21:0:0:28:23:0:0 chr1 1354594 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0032891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.099;QD=13.2127;RBI=0.011244;REFB=-0.00726487;REVB=-0.0107522;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23878;STB=0.640815;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00889285;OID=.;OPOS=1354594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:4:10:11:11:4:10:11:11 chr1 1361633 . G A 309.97 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0454765;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.017;QD=47.687;RBI=0.0513617;REFB=-0.0630145;REVB=0.023873;RO=1;SAF=6;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710841;STB=0.571366;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00114357;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:26:1:2:24:24:0.923077:18:6:1:0:18:6:2:0 chr1 1361641 . C T 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326264;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.614;QD=56.1879;RBI=0.0326545;REFB=0;REVB=-0.00135436;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41904e-05;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr1 1375810 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.679;QD=45.8068;RBI=0.0455979;REFB=0;REVB=0.0243385;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326578;OID=.;OPOS=1375810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr1 1376214 . C G 280.89 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.01;QD=51.0714;RBI=0.0712301;REFB=0;REVB=0.0688981;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067503;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:9:13:0:0 chr1 1376567 . A G 554.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.894;QD=59.9498;RBI=0.0722641;REFB=0;REVB=0.0549267;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171204;OID=.;OPOS=1376567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:19:15:0:0:21:16:0:0 chr1 1378173 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.146;QD=59.0186;RBI=0.0294724;REFB=0;REVB=0.00427578;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49601e-05;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr1 1387764 . G A 1842.16 PASS AF=0.968504;AO=123;DP=127;FAO=123;FDP=127;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0147769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.635;QD=58.0207;RBI=0.0261806;REFB=-0.167728;REVB=0.0216118;RO=4;SAF=51;SAR=72;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525204;STB=0.502766;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.000681742;OID=.;OPOS=1387764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:127:127:4:4:123:123:0.968504:72:51:2:2:72:51:2:2 chr1 1390875 . C T 803.65 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0487915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.235;QD=55.4242;RBI=0.048956;REFB=-0.0687409;REVB=0.00400968;RO=0;SAF=15;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08575e-08;STB=0.516123;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000228395;OID=.;OPOS=1390875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:42:15:0:0:42:15:1:0 chr1 1479332 . CA C,CG 659.54 PASS AF=0.116279,0.883721;AO=13,29;DP=44;FAO=5,38;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=5,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306497,-0.0231372;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.7565,82.4801;QD=61.3526;RBI=0.0315434,0.0705154;REFB=0,0;REVB=0.00745549,0.0666115;RO=0;SAF=0,22;SAR=13,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0414671,0.0338932;OID=.,.;OPOS=1479333,1479333;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.116279,0.883721:13,29:44:5,38:43:0:0,23:5,15:0:0:12:0:0,22:13,7:0:0 chr1 1510801 . C T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000873671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.78;QD=50.134;RBI=0.0503716;REFB=-0.0879866;REVB=0.050364;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00216051;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:9:15:1:0:9:15:1:0 chr1 1511104 . G C 600.58 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00810064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4195;QD=58.593;RBI=0.0805492;REFB=-0.0257743;REVB=-0.0801408;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000442811;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:1:0:21:19:1:0 chr1 1558792 . T C 428.87 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.476;QD=57.1826;RBI=0.0325409;REFB=0;REVB=0.0323809;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200041;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 1562437 . C G 238.69 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0374464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.837;QD=14.0408;RBI=0.0735795;REFB=0.00542248;REVB=-0.063338;RO=39;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919695;STB=0.544086;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0108566;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:14:14:16:23:14:14:17:23 chr1 1562536 . G A 177.28 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0210319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.663;QD=12.2259;RBI=0.0407371;REFB=-0.00473547;REVB=0.034888;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310048;STB=0.534452;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00495816;OID=.;OPOS=1562536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:36:22:22:0.37931:11:11:16:18:11:11:16:20 chr1 1588670 . G A 286.64 PASS AF=0.223301;AO=46;DP=209;FAO=46;FDP=206;FR=.;FRO=160;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=74;FSRR=86;FWDB=-0.0736432;FXX=0.0190467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.134;QD=5.56578;RBI=0.0797094;REFB=-0.00712992;REVB=-0.0305004;RO=143;SAF=28;SAR=18;SRF=66;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184692;STB=0.613262;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0391119;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:206:143:160:46:46:0.223301:18:28:66:77:18:28:74:86 chr1 1588717 . G A 234.61 PASS AF=0.191781;AO=42;DP=217;FAO=42;FDP=219;FR=.;FRO=177;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=81;FSRR=96;FWDB=-0.012424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.174;QD=4.28517;RBI=0.0129229;REFB=-0.00744464;REVB=0.00355603;RO=174;SAF=25;SAR=17;SRF=79;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180568;STB=0.610495;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0253656;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:219:174:177:42:42:0.191781:17:25:79:95:17:25:81:96 chr1 1588737 . C T 231.4 PASS AF=0.196078;AO=40;DP=204;FAO=40;FDP=204;FR=.;FRO=164;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=77;FSRR=87;FWDB=0.0147503;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.415;QD=4.53729;RBI=0.0157292;REFB=-0.000828511;REVB=0.0054622;RO=164;SAF=23;SAR=17;SRF=77;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13513;STB=0.584513;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00140295;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:164:164:40:40:0.196078:17:23:77:87:17:23:77:87 chr1 1588743 . A T 178.29 PASS AF=0.176471;AO=33;DP=187;FAO=33;FDP=187;FR=.;FRO=154;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=69;FSRR=85;FWDB=0.00953609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.682;QD=3.81361;RBI=0.0215827;REFB=-0.00529977;REVB=-0.0193617;RO=154;SAF=20;SAR=13;SRF=69;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201442;STB=0.628733;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0229995;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:154:154:33:33:0.176471:13:20:69:85:13:20:69:85 chr1 1588744 . AGCG A 174.51 PASS AF=0.180791;AO=32;DP=182;FAO=32;FDP=177;FR=.;FRO=145;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=83;FWDB=-0.00722062;FXX=0.0220982;HRUN=1;LEN=3;MLLD=307.18;QD=3.94368;RBI=0.00838292;REFB=-0.00124312;REVB=-0.00425863;RO=145;SAF=19;SAR=13;SRF=62;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210899;STB=0.633912;STBP=0.114;TYPE=del;VARB=0.00949696;OID=.;OPOS=1588745;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180791:32:182:32:177:145:19:13:62:83:99:145:19:13:62:83 chr1 1599888 . A G 115.7 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0108473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2365;QD=7.23148;RBI=0.0221479;REFB=-0.00141299;REVB=0.0193097;RO=47;SAF=12;SAR=5;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146818;STB=0.590053;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0026468;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:5:12:28:19:5:12:28:19 chr1 1635004 . T C 2048.78 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00957098;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.006;QD=61.6175;RBI=0.0115278;REFB=-0.0895469;REVB=0.00642543;RO=1;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725639;STB=0.503816;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000120355;OID=.;OPOS=1635004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:65:67:0:1:65:67:0:1 chr1 1635749 . C A 832.91 PASS AF=0.924242;AO=61;DP=66;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00259178;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=154.439;QD=50.4796;RBI=0.0372713;REFB=-0.152685;REVB=0.0371811;RO=4;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697426;STB=0.530208;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000933911;OID=.;OPOS=1635749;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:66:66:4:5:61:61:0.924242:25:36:0:4:25:36:1:4 chr1 1636044 . G A 857.08 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743414;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.041;QD=58.1071;RBI=0.0357861;REFB=0;REVB=0.0350054;RO=0;SAF=15;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93433e-06;OID=.;OPOS=1636044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:44:15:0:0:44:15:0:0 chr1 1636274 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.561;QD=60.3767;RBI=0.0418775;REFB=0;REVB=0.0350534;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23464e-05;OID=.;OPOS=1636274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr1 1647814 . T C 1028.01 PASS AF=0.459227;AO=107;DP=233;FAO=107;FDP=233;FR=.;FRO=126;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=74;FSRR=52;FWDB=0.0156576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.054;QD=17.6482;RBI=0.0183047;REFB=-0.00884116;REVB=0.00948166;RO=126;SAF=64;SAR=43;SRF=74;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010979;STB=0.506075;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0113018;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:126:126:107:107:0.459227:43:64:74:52:43:64:74:52 chr1 1647871 . T C 831.12 PASS AF=0.425926;AO=92;DP=215;FAO=92;FDP=216;FR=.;FRO=124;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=69;FSRR=55;FWDB=0.022145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7456;QD=15.3911;RBI=0.033591;REFB=-0.00844724;REVB=0.0252577;RO=123;SAF=52;SAR=40;SRF=68;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128874;STB=0.505111;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00998683;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:123:124:92:92:0.425926:40:52:68:55:40:52:69:55 chr1 1647893 . C CTTTCTT 394.66 PASS AF=0.305085;AO=47;DP=187;FAO=54;FDP=177;FR=.;FRO=123;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=75;FSRR=48;FWDB=-0.017526;FXX=0.0432409;HRUN=3;LEN=6;MLLD=186.552;QD=8.91897;RBI=0.0289378;REFB=-0.0172536;REVB=-0.0230268;RO=125;SAF=17;SAR=30;SRF=76;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297078;STB=0.625701;STBP=0.031;TYPE=ins;VARB=0.0358042;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305085:47:187:54:177:123:23:31:75:48:99:125:17:30:76:49 chr1 1650787 . T C 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00473708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.184;QD=19.8257;RBI=0.00693818;REFB=-0.0205959;REVB=-0.00506936;RO=24;SAF=21;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205067;STB=0.629525;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0173564;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:6:21:14:10:6:21:14:11 chr1 1650797 . A G 271.88 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0159709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.629;QD=19.4196;RBI=0.0201923;REFB=-0.0256035;REVB=-0.0123556;RO=23;SAF=23;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232396;STB=0.64475;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00538586;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:27:29:29:0.517857:6:23:13:10:6:23:15:12 chr1 1650801 . T C 260.17 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0019785;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.859;QD=16.7849;RBI=0.00811505;REFB=-0.0196738;REVB=-0.00787017;RO=33;SAF=24;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314443;STB=0.679442;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0209271;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:5:24:19:14:5:24:19:14 chr1 1650807 . T C 277.44 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0250791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4305;QD=16.8147;RBI=0.0602594;REFB=-0.00558269;REVB=0.0547927;RO=34;SAF=17;SAR=8;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103264;STB=0.610194;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0140159;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:25:30:0.454545:8:17:26:8:13:17:26:8 chr1 1650832 . A G 386.56 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00932285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.155;QD=18.1913;RBI=0.0139186;REFB=-0.00405662;REVB=0.010335;RO=45;SAF=29;SAR=11;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244583;STB=0.63729;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00516961;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:11:29:22:23:11:29:22:23 chr1 1650845 . G A 457.67 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=87;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0423827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.55;QD=20.8034;RBI=0.0424272;REFB=-0.0158084;REVB=-0.00194205;RO=42;SAF=21;SAR=23;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187305;STB=0.601566;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0049686;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:42:43:44:45:0.511364:23:21:29:13:23:22:30:13 chr1 1654038 . G A 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0151496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.699;QD=33.9784;RBI=0.0172967;REFB=-0.028563;REVB=0.00834644;RO=2;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218866;STB=0.512175;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00735627;OID=.;OPOS=1654038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:5:7:1:1:5:7:1:1 chr1 1654058 . C T 208.42 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0146067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.844;QD=41.6833;RBI=0.0318952;REFB=-0.119288;REVB=0.028354;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102827;STB=0.505612;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00221888;OID=.;OPOS=1654058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:8:10:1:1:8:10:1:1 chr1 1654064 . A T 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00558559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.249;QD=35.1474;RBI=0.0108275;REFB=-0.0920299;REVB=0.00927554;RO=4;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770644;STB=0.542324;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.017372;OID=.;OPOS=1654064;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:8:9:3:1:8:9:3:1 chr1 1654065 . AGCG A,AGTA 228.33 PASS AF=0.73913,0.130435;AO=17,3;DP=23;FAO=17,3;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=9,3;FSAR=8,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000312675,-0.00288325;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=252.038,82.4868;QD=39.7087;RBI=0.00252945,0.0247643;REFB=-0.0369246,-0.0101249;REVB=0.00251005,-0.0245959;RO=3;SAF=9,3;SAR=8,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0377357,0.664835;STB=0.520686,0.99438;STBP=0.735,0.271;TYPE=del,mnp;VARB=0.00908253,0.0142199;OID=.,.;OPOS=1654066,1654067;OREF=GCG,CG;OALT=-,TA;OMAPALT=A,AGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913,0.130435:17,3:23:17,3:23:3:9,3:8,0:2:1:16:3:9,3:8,0:2:1 chr1 1666175 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.791;QD=39.2068;RBI=0.0104104;REFB=0;REVB=0.00314423;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444267;OID=.;OPOS=1666175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 1683565 . G A 834.2 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.891;QD=57.5307;RBI=0.0253979;REFB=0;REVB=0.0218319;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64968e-05;OID=.;OPOS=1683565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr1 1686040 . G T 785.11 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.011;QD=57.0988;RBI=0.0188916;REFB=0;REVB=0.0186892;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7462e-05;OID=.;OPOS=1686040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:20:34:0:0:21:34:0:0 chr1 1823922 . A G 393.31 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.029;QD=56.1872;RBI=0.0184648;REFB=0;REVB=0.00422496;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294222;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:17:11:0:0 chr1 1846765 . G A 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00300295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.007;QD=12.8368;RBI=0.00716484;REFB=-0.00956419;REVB=-0.00650517;RO=39;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392858;STB=0.522562;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0144098;OID=.;OPOS=1846765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:15:10:17:22:15:10:17:22 chr1 1849529 . A G 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0499506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.968;QD=17.2649;RBI=0.0506296;REFB=-0.0169917;REVB=0.00826413;RO=41;SAF=11;SAR=25;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316873;STB=0.672141;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0133956;OID=.;OPOS=1849529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:25:11:26:15:25:11:26:16 chr1 1854109 . A G 104.42 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0303227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.187;QD=10.71;RBI=0.0479318;REFB=-0.00550655;REVB=-0.0371213;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110592;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:14:12:6:7:14:12 chr1 1861582 . C T 319.1 PASS AF=0.438356;AO=31;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00209887;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.953;QD=17.4847;RBI=0.00656453;REFB=-0.0236424;REVB=-0.00621996;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163053;STB=0.508881;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0269437;OID=.;OPOS=1861582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:30:35:31:32:0.438356:14:17:17:13:15:17:18:17 chr1 1873514 . A G 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0591595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.904;QD=21.6127;RBI=0.0840088;REFB=-0.00944071;REVB=-0.0596459;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161976;STB=0.509083;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00570462;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:10:14:13:10:10:14:13:10 chr1 1873525 . T C 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0490579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.325;QD=22.3968;RBI=0.0497166;REFB=-0.0184432;REVB=-0.00806656;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307934;STB=0.517228;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0115781;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:10:15:13:10:10:15:13:10 chr1 1875858 . CA GG 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0337991;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.771;QD=25.2873;RBI=0.0345527;REFB=-0.0436773;REVB=0.00717691;RO=9;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684849;STB=0.538412;STBP=0.709;TYPE=mnp;VARB=0.0243373;OID=.;OPOS=1875858;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:12:4:3:6:12:4:3:6 chr1 1887019 . A G 94.04 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00383806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.826;QD=14.4672;RBI=0.0183872;REFB=-0.00288442;REVB=-0.0179822;RO=13;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168645;STB=0.599815;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00326285;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:25:26:13:14:11:12:0.461538:2:9:9:4:2:10:10:4 chr1 1896440 . G A 223.71 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0314371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7865;QD=12.7833;RBI=0.0333632;REFB=-5.408e-05;REVB=0.0111719;RO=42;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120607;STB=0.561137;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00107607;OID=.;OPOS=1896440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:42:43:27:27:0.385714:14:13:25:17:14:13:25:18 chr1 1900106 . T TCTC 433.44 PASS AF=0.34375;AO=54;DP=165;FAO=55;FDP=160;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.00217265;FXX=0.0303012;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.185;QD=10.8361;RBI=0.0314093;REFB=-0.0106634;REVB=-0.0313341;RO=106;SAF=26;SAR=28;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00040323;STB=0.508537;STBP=0.883;TYPE=ins;VARB=0.0189137;OID=.;OPOS=1900107;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:54:165:55:160:105:26:29:51:54:99:106:26:28:51:55 chr1 1905565 . C T 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=47;FSRF=14;FSRR=44;FWDB=-0.00395621;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.483;QD=16.418;RBI=0.013223;REFB=-0.021973;REVB=0.0126173;RO=57;SAF=1;SAR=47;SRF=14;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.655219;STB=0.885429;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0337099;OID=.;OPOS=1905565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:57:58:48:48:0.45283:47:1:14:43:47:1:14:44 chr1 1916890 . C T 1439.25 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.16;QD=61.9031;RBI=0.03832;REFB=-0.0282466;REVB=0.00763997;RO=1;SAF=46;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101945;STB=0.505375;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000271449;OID=.;OPOS=1916890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:46:46:1:0:46:46:1:0 chr1 1957037 . T C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0629397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.363;QD=21.3769;RBI=0.0645918;REFB=0.00129241;REVB=-0.0145153;RO=22;SAF=18;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363224;STB=0.705688;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00575508;OID=.;OPOS=1957037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:5:18:9:13:5:18:9:13 chr1 1987993 . T C 375.45 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1245;QD=55.6222;RBI=0.0408537;REFB=0;REVB=0.02454;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050766;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr1 1991014 . A G 817.82 PASS AF=0.538462;AO=76;DP=142;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00100393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.091;QD=22.876;RBI=0.00862583;REFB=-0.0147368;REVB=-0.00856721;RO=66;SAF=41;SAR=35;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310704;STB=0.520112;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0152912;OID=.;OPOS=1991014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:66:66:76:77:0.538462:35:41:38:28:36:41:38:28 chr1 2005740 . T C 632.06 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.609;QD=61.664;RBI=0.0436981;REFB=0;REVB=0.0374096;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390766;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr1 2116124 . AC A 33.61 PASS AF=0.25;AO=13;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.177373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.5058;QD=3.73388;RBI=0.179094;REFB=-0.00755015;REVB=0.0247688;RO=23;SAF=11;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383965;STB=0.7992;STBP=0.081;TYPE=del;VARB=-0.0103352;OID=.;OPOS=2116125;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:13:36:9:36:27:8:1:16:11:33:23:11:2:13:10 chr1 2144982 . G C,T 1056.79 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=4,67;DP=71;FAO=3,69;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=3,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213823,0.056505;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.7437,89.0443;QD=58.7106;RBI=0.0599345,0.10172;REFB=0,0;REVB=0.0559906,0.0845821;RO=0;SAF=0,27;SAR=4,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0800215,0.0014113;OID=.,.;OPOS=2144982,2144982;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:71:72:0:0:4,67:3,69:0.0416667,0.958333:4,40:0,27:0:0:3,41:0,28:0:0 chr1 2145524 . G A 193.1 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0265859;FXX=0.0512689;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.977;QD=20.8752;RBI=0.0268641;REFB=-0.0101276;REVB=0.00385591;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141891;STB=0.565645;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00686439;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:11:18:19:19:0.513514:11:8:7:4:11:8:10:8 chr1 2340200 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5313;QD=62.3499;RBI=0.0528545;REFB=0;REVB=-0.0334548;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58717e-05;OID=.;OPOS=2340200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr1 2399119 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.041;QD=60.2043;RBI=0.00998176;REFB=0;REVB=0.00398507;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.81614e-06;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr1 2433900 . C T 197.4 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0065248;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.747;QD=23.2232;RBI=0.0281946;REFB=-0.0291686;REVB=0.0274292;RO=14;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871601;STB=0.555497;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0211597;OID=.;OPOS=2433900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:19:20:0.588235:5:14:9:5:5:15:9:5 chr1 2434081 . GGCCCCCT GCCCCT,GGCCCCT,GGCCCCTG 58.47 PASS AF=0.555556,0.0555556,0;AO=5,2,2;DP=17;FAO=10,1,0;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5,0,0;FSAR=5,1,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.130148,0.028715,-0.0706554;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=19.8054,10.409,19.3971;QD=12.9941;RBI=0.131288,0.127275,0.0719803;REFB=-0.0994776,-0.18972,-0.0617014;REVB=-0.0172615,0.123994,0.0137469;RO=7;SAF=2,1,2;SAR=3,1,0;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.375,0;SSSB=0.115149,0.224092,0.67228;STB=0.529353,0.987707,0.5;STBP=0.765,0.488,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0756058,0.167948,0;OID=.,.,.;OPOS=2434082,2434083,2434087;OREF=GC,C,CT;OALT=-,-,TG;OMAPALT=GCCCCT,GGCCCCT,GGCCCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556,0.0555556,0:5,2,2:17:10,1,0:18:7:5,0,0:5,1,0:3:4:37:7:2,1,2:3,1,0:2:5 chr1 2441358 . T C 133.88 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0054975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.038;QD=15.7506;RBI=0.0241186;REFB=-0.0214003;REVB=-0.0234838;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511096;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0148786;OID=.;OPOS=2441358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:10:5:6:12:10:5:6:13 chr1 2452569 . T C 671.5 PASS AF=0.536585;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=123;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0326803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7247;QD=21.8374;RBI=0.0458941;REFB=-0.0288133;REVB=-0.0322221;RO=57;SAF=38;SAR=28;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14536;STB=0.5797;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0239906;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:57:57:66:66:0.536585:28:38:23:34:28:38:23:34 chr1 2488152 . A AG 4232.66 PASS AF=1;AO=33;DP=328;FAO=322;FDP=322;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129888;FXX=0.0212759;HRUN=0;LEN=1;MLLD=171.807;QD=52.5797;RBI=0.130962;REFB=0;REVB=-0.0167409;RO=281;SAF=20;SAR=13;SRF=146;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107219;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00028313;OID=.;OPOS=2488153;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:328:322:322:0:174:148:0:0:27:281:20:13:146:135 chr1 2488153 . A G 3892.71 PASS AF=0.849398;AO=280;DP=330;FAO=282;FDP=332;FR=.;FRO=50;FSAF=143;FSAR=139;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00569992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.78;QD=46.9001;RBI=0.00570009;REFB=-0.0167939;REVB=4.42794e-05;RO=49;SAF=142;SAR=138;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411861;STB=0.52003;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000313623;OID=.;OPOS=2488153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:332:49:50:280:282:0.849398:138:142:32:17:139:143:32:18 chr1 2488155 . A C 137.26 PASS AF=0.123867;AO=43;DP=331;FAO=41;FDP=331;FR=.;FRO=290;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=150;FSRR=140;FWDB=-0.125172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.1711;QD=1.65875;RBI=0.130536;REFB=-0.0236833;REVB=-0.0370355;RO=287;SAF=27;SAR=16;SRF=148;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144481;STB=0.582049;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.222997;OID=.;OPOS=2488155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:331:287:290:43:41:0.123867:16:27:148:139:16:25:150:140 chr1 2490898 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.28;QD=53.2772;RBI=0.0472728;REFB=0;REVB=-0.00305483;RO=0;SAF=22;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299109;OID=.;OPOS=2490898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:1:22:0:0:1:22:0:0 chr1 2490942 . C A 624.45 PASS AF=1;AO=34;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0938009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3872;QD=60.9224;RBI=0.146281;REFB=0;REVB=0.112247;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229003;OID=.;OPOS=2490942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:34:41:1:7:27:0:0:13:28:0:0 chr1 2491205 . C T 1561.25 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024078;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.135;QD=63.0807;RBI=0.0320089;REFB=-0.101036;REVB=0.0210907;RO=1;SAF=56;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839512;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061513;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:100:99:1:0:98:99:1:42:56:1:0:42:57:0:0 chr1 2494330 . G A 70.52 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0317311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.157;QD=17.6301;RBI=0.0324144;REFB=-0.0215394;REVB=0.00662064;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955156;STB=0.555432;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0131918;OID=.;OPOS=2494330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:3:4:4:5:3:4 chr1 2526746 . A G 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0250535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.124;QD=13.4406;RBI=0.0278974;REFB=-0.0208864;REVB=-0.0122714;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11072;STB=0.565089;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0250312;OID=.;OPOS=2526746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:5:8:5:5:5:8 chr1 2535613 . C A 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00243294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.835;QD=15.5688;RBI=0.0535661;REFB=-0.0176185;REVB=0.0535108;RO=34;SAF=8;SAR=20;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40317;STB=0.720564;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0325697;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:20:8:24:10:20:8:24:11 chr1 2541269 . A G 331.61 PASS AF=0.444444;AO=34;DP=79;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0387898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9977;QD=16.3756;RBI=0.0805985;REFB=-0.0254256;REVB=-0.0706504;RO=45;SAF=9;SAR=25;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307655;STB=0.510996;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0324982;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:45:45:34:36:0.444444:25:9:13:32:25:11:13:32 chr1 2573199 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.383;QD=61.5361;RBI=0.0147029;REFB=0;REVB=0.0146259;RO=0;SAF=25;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51211e-05;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:56:25:0:0:56:25:0:0 chr1 2984087 . C A 650.83 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0749561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.717;QD=49.1195;RBI=0.0811611;REFB=-0.194378;REVB=0.0311241;RO=4;SAF=19;SAR=30;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893168;STB=0.547599;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00360921;OID=.;OPOS=2984087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:53:53:4:4:49:49:0.924528:30:19:4:0:30:19:4:0 chr1 2985885 . C G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6276;QD=54.5147;RBI=0.155689;REFB=0;REVB=-0.0392717;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265852;OID=.;OPOS=2985885;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr1 3301721 . C T 268.74 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0159191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.902;QD=22.3948;RBI=0.0159247;REFB=-0.00639735;REVB=0.000424256;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284513;STB=0.658853;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00597099;OID=.;OPOS=3301721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:9:16:7:16:9:16:7:16 chr1 3312914 . T G 315.25 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00469412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.06;QD=25.2196;RBI=0.00551569;REFB=-0.00633118;REVB=0.00289623;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154093;STB=0.575231;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00553769;OID=.;OPOS=3312914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:27:28:0.56:15:12:14:8:15:13:14:8 chr1 3328358 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.656;QD=45.8057;RBI=0.0874768;REFB=0;REVB=-0.0649173;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13635e-05;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr1 3328727 . CCGG CC,CCG,CG 295.86 PASS AF=0.121951,0.878049,0;AO=4,21,5;DP=39;FAO=5,36,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,0;FSAR=5,26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257008,0.0453057,-0.592334;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=10.7906,10.6877,6.29182;QD=28.8639;RBI=0.0849853,0.167904,0.608394;REFB=0,0,0;REVB=-0.0810061,-0.161676,-0.138868;RO=1;SAF=0,0,4;SAR=4,21,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.749895,-0.861812,-0.0951258;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.046007,-0.00853642,0;OID=.,.,.;OPOS=3328729,3328729,3328728;OREF=GG,G,CG;OALT=-,-,-;OMAPALT=CC,CCG,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.121951,0.878049,0:4,21,5:39:5,36,0:41:0:0,10,0:5,26,0:0:0:13:1:0,0,4:4,21,1:1:0 chr1 3352009 . G A 416.99 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.0069067;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.07;QD=21.9469;RBI=0.00695423;REFB=-0.00914763;REVB=-0.000811688;RO=33;SAF=8;SAR=33;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215608;STB=0.503559;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00739069;OID=.;OPOS=3352009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:35:41:41:0.539474:33:8:7:26:33:8:7:28 chr1 3353890 . A G 1098.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.993;QD=60.1929;RBI=0.0268732;REFB=0;REVB=-0.0150952;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08202e-05;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:40:32:0:0:40:33:0:0 chr1 3353949 . A G 1333.3 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013684;FXX=0.0227247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.931;QD=62.014;RBI=0.0169996;REFB=0;REVB=-0.0100865;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174674;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:49:36:0:0:50:36:0:0 chr1 3354595 . T C 1392.79 PASS AF=0.872881;AO=102;DP=117;FAO=103;FDP=118;FR=.;FRO=15;FSAF=33;FSAR=70;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00593341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.919;QD=47.2132;RBI=0.00629883;REFB=-0.0768678;REVB=0.00211423;RO=2;SAF=33;SAR=69;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00733269;STB=0.507884;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00282446;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:117:118:2:15:102:103:0.872881:69:33:1:1:70:33:4:11 chr1 3354615 . T C 1761.06 PASS AF=0.975207;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0056197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.216;QD=58.2168;RBI=0.00749794;REFB=-0.0401506;REVB=0.00496367;RO=2;SAF=39;SAR=79;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00604749;STB=0.500079;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.000276202;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:121:2:3:118:118:0.975207:79:39:1:1:79:39:1:2 chr1 3383898 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.071;QD=57.7122;RBI=0.0150533;REFB=0;REVB=0.00263595;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60476e-05;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr1 3389727 . C A,T 762.67 PASS AF=0.0357143,0.946429;AO=2,53;DP=56;FAO=2,53;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=0,23;FSAR=2,30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0382115,0.0341424;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.285,168.747;QD=54.4762;RBI=0.0385279,0.034266;REFB=-0.207856,-0.0705791;REVB=0.00492719,-0.002908;RO=0;SAF=0,23;SAR=2,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.72004e-08;STB=0.993266,0.510634;STBP=0.232,0.296;TYPE=snp,snp;VARB=-0.146055,8.59562e-05;OID=.,.;OPOS=3389727,3389727;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:56:0:1:2,53:2,53:0.0357143,0.946429:2,30:0,23:0:0:2,30:0,23:1:0 chr1 3394456 . T C 1395.64 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.592;QD=62.7254;RBI=0.00678613;REFB=0;REVB=-0.00670555;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13192e-05;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr1 3395039 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0077563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.849;QD=62.9829;RBI=0.015346;REFB=0;REVB=0.0132416;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10315e-05;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr1 3414105 . C T 1051.06 PASS AF=0.960526;AO=72;DP=77;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0482245;FXX=0.0129853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.0294;QD=55.3191;RBI=0.048284;REFB=-0.153008;REVB=-0.00239556;RO=2;SAF=49;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393563;STB=0.514951;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00257214;OID=.;OPOS=3414105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:77:76:2:3:72:73:0.960526:23:49:0:2:24:49:1:2 chr1 3416449 . C A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.854;QD=57.2368;RBI=0.0941424;REFB=0;REVB=0.0866513;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585634;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr1 3418391 . C T 951.94 PASS AF=0.497382;AO=93;DP=191;FAO=95;FDP=191;FR=.;FRO=96;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=59;FWDB=0.078829;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5009;QD=19.9359;RBI=0.0837353;REFB=-0.0133325;REVB=0.0282416;RO=89;SAF=58;SAR=35;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187133;STB=0.61856;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0259635;OID=.;OPOS=3418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:89:96:93:95:0.497382:35:58:37:52:36:59:37:59 chr1 3421892 . AGCCCA AGCCCG,CAGCCA 105.67 PASS AF=0.302326,0;AO=10,2;DP=43;FAO=13,0;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=8,0;FSAR=5,0;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.03824,-0.133628;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=97.8118,96.608;QD=9.82991;RBI=0.0517936,0.133904;REFB=-0.01718,-0.0135952;REVB=-0.0349324,-0.00858116;RO=20;SAF=5,0;SAR=5,2;SRF=4;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.338981,-0.409357;STB=0.647664,0.5;STBP=0.215,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.031321,0;OID=.,.;OPOS=3421897,3421892;OREF=A,AGC;OALT=G,CAG;OMAPALT=AGCCCG,CAGCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:30:10,2:13,0:0.302326,0:5,2:5,0:4:16:5,0:8,0:12:18 chr1 3425183 . G A 942.05 PASS AF=0.508197;AO=93;DP=183;FAO=93;FDP=183;FR=.;FRO=90;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.0386061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.753;QD=20.5912;RBI=0.0498074;REFB=-0.0535419;REVB=0.0314698;RO=89;SAF=45;SAR=48;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693497;STB=0.535204;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0391496;OID=.;OPOS=3425183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:89:90:93:93:0.508197:48:45:50:39:48:45:50:40 chr1 3428160 . T G 179.02 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.04045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.285;QD=12.5627;RBI=0.0454552;REFB=-0.00958393;REVB=-0.0207357;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512304;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00926726;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:35:21:22:0.385965:12:9:15:20:13:9:15:20 chr1 3496479 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00886193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.016;QD=14.6657;RBI=0.0329851;REFB=-0.0284602;REVB=0.0317724;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385756;STB=0.522358;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0360376;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:12:9:7:8:12:9 chr1 3545612 . A G 756.02 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257619;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.492;QD=57.058;RBI=0.0174654;REFB=0;REVB=0.0172743;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76158e-05;OID=.;OPOS=3545612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr1 3548136 . T C 920.06 PASS AF=1;AO=54;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.322;QD=58.4168;RBI=0.0435782;REFB=0;REVB=0.0259423;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189566;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:54:63:1:24:30:0:0:27:36:0:0 chr1 3607520 . G A 1294.73 PASS AF=0.501916;AO=130;DP=261;FAO=131;FDP=261;FR=.;FRO=130;FSAF=54;FSAR=77;FSRF=55;FSRR=75;FWDB=-0.0146801;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.745;QD=19.8427;RBI=0.0278962;REFB=-0.0185992;REVB=0.0237211;RO=129;SAF=54;SAR=76;SRF=55;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010237;STB=0.505571;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0185776;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:129:130:130:131:0.501916:76:54:55:74:77:54:55:75 chr1 3638674 . C T 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0379214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.812;QD=21.2271;RBI=0.0423138;REFB=-0.0338421;REVB=0.018773;RO=23;SAF=9;SAR=20;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056018;STB=0.51204;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0178269;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:20:9:7:16:20:9:8:16 chr1 3644715 . C T 317.57 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0157316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.271;QD=13.0956;RBI=0.0173712;REFB=-0.00595576;REVB=-0.00736721;RO=56;SAF=8;SAR=28;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182491;STB=0.632688;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0125952;OID=.;OPOS=3644715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:61:36:36:0.371134:28:8:20:36:28:8:24:37 chr1 3644754 . T C 381.42 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0254291;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.735;QD=15.1057;RBI=0.0367042;REFB=-0.00868787;REVB=-0.0264681;RO=58;SAF=14;SAR=29;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221432;STB=0.512468;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0140466;OID=.;OPOS=3644754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:58:58:43:43:0.425743:29:14:20:38:29:14:20:38 chr1 3649403 . G A 530.24 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.028059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.202;QD=22.806;RBI=0.0509107;REFB=-0.0591648;REVB=0.0424805;RO=42;SAF=27;SAR=23;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150949;STB=0.577139;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0336864;OID=.;OPOS=3649403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:43:50:50:0.537634:23:27:15:27:23:27:16:27 chr1 3649562 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0273258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.573;QD=11.9197;RBI=0.0296364;REFB=-0.021019;REVB=0.0114725;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218747;STB=0.631215;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0234248;OID=.;OPOS=3649562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:6:3:4:3:6:3 chr1 3659742 . C T 388.85 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00882441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.442;QD=16.2021;RBI=0.0265237;REFB=-0.00160893;REVB=-0.0250127;RO=53;SAF=24;SAR=17;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388469;STB=0.508657;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00248944;OID=.;OPOS=3659742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:55:41:41:0.427083:17:24:33:20:17:24:33:22 chr1 3669201 . A G 471.84 PASS AF=0.511111;AO=45;DP=89;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0230242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.47;QD=20.9707;RBI=0.0298217;REFB=-0.0198913;REVB=0.0189531;RO=44;SAF=13;SAR=32;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122543;STB=0.557708;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0199868;OID=.;OPOS=3669201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:44:44:45:46:0.511111:32:13:18:26:32:14:18:26 chr1 3669205 . C G 446.3 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0151777;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4979;QD=20.5195;RBI=0.0443566;REFB=-0.026586;REVB=0.0416791;RO=43;SAF=15;SAR=29;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529358;STB=0.529365;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0285716;OID=.;OPOS=3669205;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:43:43:44:44:0.505747:29:15:17:26:29:15:17:26 chr1 3677933 . T C 174.87 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0367389;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.168;QD=11.6581;RBI=0.0371711;REFB=-0.0148307;REVB=-0.00565176;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841027;STB=0.538427;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0288541;OID=.;OPOS=3677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:12:10:14:23:12:10:15:23 chr1 3680333 . C T 233.65 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00482068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.716;QD=24.5944;RBI=0.0371268;REFB=-0.0178211;REVB=0.0368125;RO=16;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268045;STB=0.514912;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0166866;OID=.;OPOS=3680333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:9:13:10:6:9:13:10:6 chr1 3683914 . T A 418.17 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0510896;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8887;QD=19.6786;RBI=0.0518567;REFB=-0.0447093;REVB=-0.00888674;RO=43;SAF=15;SAR=27;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825803;STB=0.504585;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0333148;OID=.;OPOS=3683914;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:43:43:42:42:0.494118:27:15:15:28:27:15:15:28 chr1 3701663 . T C 137.91 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00695137;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.895;QD=8.35812;RBI=0.00833619;REFB=-0.0115197;REVB=-0.00460114;RO=47;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032064;STB=0.519211;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0385617;OID=.;OPOS=3701663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:10:9:21:26:10:9:21:26 chr1 3743319 . G A 240.51 PASS AF=0.376623;AO=27;DP=75;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0050443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.969;QD=12.4937;RBI=0.0117342;REFB=-0.0245497;REVB=0.0105947;RO=44;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785478;STB=0.541339;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0363291;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:44:48:27:29:0.376623:14:13:18:26:15:14:20:28 chr1 3745924 . G A 505.66 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.024221;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8723;QD=22.4738;RBI=0.0244035;REFB=-4.1299e-05;REVB=0.00297905;RO=42;SAF=16;SAR=32;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462189;STB=0.525413;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00132736;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:42:42:48:48:0.533333:32:16:12:30:32:16:12:30 chr1 3755675 . T C 329.84 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0406015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.468;QD=15.5219;RBI=0.0406019;REFB=-0.0208372;REVB=-0.000187853;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281652;STB=0.521898;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0331913;OID=.;OPOS=3755675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:48:49:36:36:0.423529:19:17:24:24:19:17:25:24 chr1 3759784 . A G 329.82 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00949447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.681;QD=15.7056;RBI=0.00957862;REFB=-0.0188396;REVB=-0.00126683;RO=47;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684119;STB=0.539608;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0288791;OID=.;OPOS=3759784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:48:35:36:0.428571:17:18:21:26:17:19:22:26 chr1 4772053 . T C 865.18 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0703033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9917;QD=57.6786;RBI=0.0714196;REFB=0;REVB=0.0125779;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000579724;OID=.;OPOS=4772053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr1 4842981 . G A 880.78 PASS AF=0.547297;AO=81;DP=148;FAO=81;FDP=148;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00612075;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.126;QD=23.805;RBI=0.0425168;REFB=-0.00995644;REVB=0.042074;RO=67;SAF=29;SAR=52;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914617;STB=0.550058;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00819985;OID=.;OPOS=4842981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:67:67:81:81:0.547297:52:29:31:36:52:29:31:36 chr1 5926507 . T C 317.06 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0134853;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.604;QD=17.8626;RBI=0.0287958;REFB=-0.0140001;REVB=-0.0254429;RO=37;SAF=22;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155042;STB=0.586867;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0103847;OID=.;OPOS=5926507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:37:34:34:0.478873:12:22:18:19:12:22:18:19 chr1 5935162 . A T 259.92 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023599;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6976;QD=51.9846;RBI=0.0548645;REFB=0;REVB=0.0495298;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106087;OID=.;OPOS=5935162;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr1 5937168 . G A 621.85 PASS AF=0.394444;AO=69;DP=180;FAO=71;FDP=180;FR=.;FRO=109;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=69;FSRR=40;FWDB=-0.0097879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8577;QD=13.8189;RBI=0.0299181;REFB=-0.0187343;REVB=0.0282717;RO=109;SAF=32;SAR=37;SRF=69;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182392;STB=0.600903;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0309448;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:109:109:69:71:0.394444:37:32:69:40:38:33:69:40 chr1 5948677 . G A 775.5 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0478505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.07;QD=53.4828;RBI=0.048121;REFB=0.0672383;REVB=-0.00509521;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000716212;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:28:28:1:1:28:28:1:1 chr1 5993313 . T C 322.81 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0604058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1896;QD=19.272;RBI=0.1229;REFB=-0.0455221;REVB=-0.10703;RO=33;SAF=10;SAR=24;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101055;STB=0.556417;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0259693;OID=.;OPOS=5993313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:24:10:13:20:24:10:13:20 chr1 6149053 . C T 308.91 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0176927;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.271;QD=13.2862;RBI=0.0213383;REFB=-0.0197069;REVB=0.0119286;RO=57;SAF=19;SAR=16;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590076;STB=0.527348;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0314482;OID=.;OPOS=6149053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:58:35:35:0.376344:16:19:34:23:16:19:34:24 chr1 6149122 . G A 128.72 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0375243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.371;QD=7.0532;RBI=0.0377855;REFB=-0.0125461;REVB=0.00443466;RO=54;SAF=9;SAR=10;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211787;STB=0.627547;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.043792;OID=.;OPOS=6149122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:54:19:19:0.260274:10:9:35:19:10:9:35:19 chr1 6158562 . A G 400.09 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.0315956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6873;QD=15.8452;RBI=0.0322939;REFB=-0.0241968;REVB=0.00667911;RO=54;SAF=18;SAR=26;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249659;STB=0.642479;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.018808;OID=.;OPOS=6158562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:54:57:44:44:0.435644:26:18:36:18:26:18:38:19 chr1 6162054 . T C 581.2 PASS AF=1;AO=24;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.5054;QD=59.6107;RBI=0.197348;REFB=0;REVB=-0.0100334;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385768;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:24:39:1:21:3:0:0:24:15:0:0 chr1 6162407 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0134891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.857;QD=16.4264;RBI=0.0137134;REFB=-0.0386478;REVB=0.00247025;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300456;STB=0.677055;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0228731;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:9:2:5:6:9:2:5:6 chr1 6184092 . A G 785.95 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280433;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.515;QD=64.1591;RBI=0.0196737;REFB=0;REVB=-0.0194728;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87036e-05;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:18:30:0:0:18:31:0:0 chr1 6196869 . A G 168.73 PASS AF=0.375;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0692994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8891;QD=12.0521;RBI=0.0718164;REFB=8.02481e-05;REVB=-0.0188464;RO=34;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150683;STB=0.576916;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00261541;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:35:21:21:0.375:10:11:13:21:10:11:14:21 chr1 6202245 . G A 484.05 PASS AF=0.406015;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.00659366;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.537;QD=14.5579;RBI=0.00748874;REFB=-0.00682121;REVB=-0.00355034;RO=77;SAF=31;SAR=23;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151546;STB=0.592323;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00982549;OID=.;OPOS=6202245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:77:79:54:54:0.406015:23:31:33:44:23:31:33:46 chr1 6209363 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5994;QD=50.4134;RBI=0.0710008;REFB=0;REVB=0.0526696;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162366;OID=.;OPOS=6209363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr1 6211183 . G A 1439.79 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1678;QD=62.5994;RBI=0.0717043;REFB=0;REVB=0.0302913;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417574;OID=.;OPOS=6211183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:47:42:0:0:47:45:0:0 chr1 6269021 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0116986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.437;QD=18.2509;RBI=0.0269973;REFB=-0.0234594;REVB=0.0243309;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0200057;OID=.;OPOS=6269021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:8:7:7:8:8:7 chr1 6269340 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0211121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.462;QD=15.5715;RBI=0.102739;REFB=-0.0548728;REVB=-0.100546;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335791;STB=0.691998;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0261433;OID=.;OPOS=6269340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:2:10:5:6:2:10 chr1 6271125 . A G 117.02 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0796847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.983;QD=12.0025;RBI=0.12016;REFB=-0.0287029;REVB=-0.0899379;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221229;STB=0.630808;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0373657;OID=.;OPOS=6271125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:11:14:5:9:11:14 chr1 6272078 . G A 425.68 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0312602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0295;QD=16.8584;RBI=0.0351395;REFB=-0.0327341;REVB=-0.0160495;RO=55;SAF=28;SAR=18;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285234;STB=0.515917;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0386117;OID=.;OPOS=6272078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:18:28:35:20:18:28:35:20 chr1 6272090 . C T 467.72 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0347787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.422;QD=20.117;RBI=0.0431097;REFB=-0.0143747;REVB=0.0254733;RO=47;SAF=27;SAR=19;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487416;STB=0.526996;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0117295;OID=.;OPOS=6272090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:19:27:30:17:19:27:30:17 chr1 6272813 . C T 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0144137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.84;QD=16.4182;RBI=0.0227133;REFB=-0.00018074;REVB=0.0175538;RO=58;SAF=28;SAR=20;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165595;STB=0.592438;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000348969;OID=.;OPOS=6272813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:20:28:24:34:20:28:24:34 chr1 6278414 . A G 286.15 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0401236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.494;QD=18.168;RBI=0.0409098;REFB=-0.0212175;REVB=0.00798155;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735077;STB=0.555869;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0228309;OID=.;OPOS=6278414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:32:30:31:0.492063:13:17:20:11:14:17:21:11 chr1 6308929 . C A 252.27 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=43;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00435109;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=215.713;QD=20.5937;RBI=0.00751122;REFB=-0.00326499;REVB=0.00612261;RO=4;SAF=14;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350876;STB=0.576211;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00198193;OID=.;OPOS=6308929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:49:4:25:22:24:0.489796:8:14:3:1:9:15:19:6 chr1 6445632 . CGGGGCCC CGGGCC,CGGGCCCA,CGGGCCC,CGGGGCC 786.59 PASS AF=0.90625,0.09375,0,0;AO=11,3,11,7;DP=65;FAO=58,6,0,0;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24,5,0,0;FSAR=34,1,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163673,0.00801962,0.363247,-0.0438339;FXX=0.0153822;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,4,1,1;MLLD=20.0997,146.331,9.99736,11.1225;QD=49.162;RBI=0.844586,0.162145,0.719265,0.992507;REFB=0,0,0,0;REVB=0.828575,0.161946,0.620801,0.991539;RO=20;SAF=10,3,2,7;SAR=1,0,9,0;SRF=2;SRR=18;SSEN=0.450091,0,0.450091,0;SSEP=0,0,0,0.509542;SSSB=0.759997,0.79206,0.171008,0.839889;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,del;VARB=0.0415272,0.0080173,0.0264467,0;OID=.,.,.,.;OPOS=6445636,6445636,6445633,6445637;OREF=GC,GCCC,G,C;OALT=-,CCCA,-,-;OMAPALT=CGGGCC,CGGGCCCA,CGGGCCC,CGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.90625,0.09375,0,0:11,3,11,7:65:58,6,0,0:64:0:24,5,0,0:34,1,0,0:0:0:28:20:10,3,2,7:1,0,9,0:2:18 chr1 6614230 . G A 299.99 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0350468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2087;QD=19.0471;RBI=0.0877476;REFB=-0.00192394;REVB=0.0804448;RO=30;SAF=19;SAR=13;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16209;STB=0.577732;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00245156;OID=.;OPOS=6614230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:31:32:32:0.507937:13:19:23:7:13:19:23:8 chr1 6614535 . G A 152.32 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0187834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1039;QD=21.0091;RBI=0.11469;REFB=-0.0108041;REVB=0.113142;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030493;STB=0.51722;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0171457;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:7:6:8:8:7:6 chr1 6635231 . A G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=29;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0501009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2077;QD=52.7695;RBI=0.0531554;REFB=-0.0930203;REVB=-0.0177597;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519986;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00576729;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:29:28:0.965517:16:13:0:0:16:12:1:0 chr1 6635306 . G A 510.26 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0370903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.912;QD=26.5069;RBI=0.0386374;REFB=-0.00603996;REVB=-0.0108241;RO=30;SAF=24;SAR=23;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102657;STB=0.555961;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00453568;OID=.;OPOS=6635306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:23:24:11:19:23:24:11:19 chr1 6646959 . GCCTGCCTTC G 157.77 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00528513;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=9;MLLD=270.657;QD=10.0169;RBI=0.022365;REFB=-0.0222138;REVB=0.0217315;RO=31;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150185;STB=0.555514;STBP=0.489;TYPE=del;VARB=0.027643;OID=.;OPOS=6646960;OREF=CCTGCCTTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412698:25:63:26:63:37:16:10:26:11:99:31:16:9:24:7 chr1 6695244 . A G 291.16 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0203534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4244;QD=40.1593;RBI=0.0527015;REFB=0.0484949;REVB=-0.0486127;RO=5;SAF=13;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186634;STB=0.510136;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0122487;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:29:5:5:24:24:0.827586:11:13:3:2:11:13:3:2 chr1 6704635 . A G 346.61 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0415987;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7323;QD=24.3238;RBI=0.0589825;REFB=0.00576932;REVB=0.0418149;RO=22;SAF=18;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859134;STB=0.555523;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00192464;OID=.;OPOS=6704635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:23:34:34:0.596491:16:18:9:13:16:18:9:14 chr1 6947717 . C T 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00819382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.711;QD=17.247;RBI=0.00940515;REFB=-0.00697668;REVB=0.00461715;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052726;STB=0.530092;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00926079;OID=.;OPOS=6947717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:14:13:9:12:14:13 chr1 7797503 . C G 186.81 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00931233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.361;QD=19.6646;RBI=0.0452435;REFB=-0.016857;REVB=0.0442748;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285675;STB=0.527192;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0124038;OID=.;OPOS=7797503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:8:11:11:7:8:11:12:7 chr1 7811014 . G A 387.75 PASS AF=0.431373;AO=41;DP=99;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00421613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.447;QD=15.2058;RBI=0.0158712;REFB=-0.011908;REVB=0.015301;RO=58;SAF=15;SAR=26;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526537;STB=0.502761;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0150963;OID=.;OPOS=7811014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:58:58:41:44:0.431373:26:15:24:34:26:18:24:34 chr1 7844972 . G A 757.52 PASS AF=0.462428;AO=79;DP=167;FAO=80;FDP=173;FR=.;FRO=93;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=0.0103501;FXX=0.0388867;HRUN=6;LEN=1;MLLD=166.189;QD=17.5149;RBI=0.0114729;REFB=-0.0115265;REVB=-0.00494997;RO=88;SAF=49;SAR=30;SRF=56;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163658;STB=0.506333;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0128724;OID=.;OPOS=7844972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:173:88:93:79:80:0.462428:30:49:56:32:31:49:58:35 chr1 7870048 . T C,G 1132.28 PASS AF=0.960526,0.0394737;AO=73,3;DP=76;FAO=73,3;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=51,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0727513,0.000942631;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.7379,82.098;QD=59.5936;RBI=0.078053,0.0177265;REFB=0,0;REVB=0.0282757,-0.0177014;RO=0;SAF=22,0;SAR=51,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00214241,0.181096;OID=.,.;OPOS=7870048,7870048;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:76:76:0:0:73,3:73,3:0.960526,0.0394737:51,3:22,0:0:0:51,3:22,0:0:0 chr1 7887248 . G A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.316;QD=57.3843;RBI=0.0219796;REFB=0;REVB=0.01383;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.525e-05;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr1 7887493 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.973;QD=60.7161;RBI=0.0630184;REFB=0;REVB=0.0612403;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253234;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:39:36:0:0:39:37:0:0 chr1 7889941 . C T 842.5 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0304642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.403;QD=54.3549;RBI=0.0671489;REFB=-0.109959;REVB=0.0598406;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014981;STB=0.500538;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00158402;OID=.;OPOS=7889941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:1:2:60:60:0.967742:29:31:1:0:29:31:1:1 chr1 7906476 . G T 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0176866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5825;QD=56.0104;RBI=0.0338525;REFB=-0.0997152;REVB=0.0288648;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00293043;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:11:23:0:0:11:23:1:0 chr1 7913430 . G A 264.75 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00130895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9076;QD=20.7643;RBI=0.0318114;REFB=-0.026985;REVB=-0.0317845;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116969;STB=0.565169;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0238332;OID=.;OPOS=7913430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:14:10:15:12:14:10 chr1 7990367 . G A 236.58 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.0171953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5338;QD=15.7723;RBI=0.0264516;REFB=-0.0300157;REVB=0.0200999;RO=33;SAF=17;SAR=10;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390081;STB=0.718162;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0283305;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:10:17:7:26:10:17:7:26 chr1 8031054 . G A 364.84 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0251836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8011;QD=17.5826;RBI=0.0849483;REFB=-0.0277945;REVB=0.0811295;RO=44;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10912;STB=0.5536;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0256896;OID=.;OPOS=8031054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:38:39:0.46988:19:19:17:27:20:19:17:27 chr1 8042970 . G T 73.81 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00166937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.126;QD=9.84199;RBI=0.00336356;REFB=-0.00333548;REVB=0.00292005;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280897;STB=0.670883;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0126837;OID=.;OPOS=8042970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:7:3:11:9:7:3:11:9 chr1 8390495 . A G 114.71 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.244408;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.815;QD=41.7113;RBI=0.244665;REFB=0;REVB=0.011208;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265314;OID=.;OPOS=8390495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:9:1:0:0:9:2:0:0 chr1 8412935 . C T 601.57 PASS AF=0.477273;AO=55;DP=124;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.00592584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.174;QD=18.2293;RBI=0.00609903;REFB=-0.00725495;REVB=0.00144314;RO=59;SAF=18;SAR=37;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645304;STB=0.565196;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00717396;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:132:59:69:55:63:0.477273:37:18:23:36:42:21:31:38 chr1 8412989 . A G 480.7 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00780229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.376;QD=20.2398;RBI=0.0116519;REFB=-0.0201721;REVB=-0.00865395;RO=48;SAF=20;SAR=27;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685627;STB=0.538027;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0144451;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:27:20:24:24:27:20:24:24 chr1 8418644 . C A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0198135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.913;QD=16.1065;RBI=0.0222589;REFB=-0.0382796;REVB=0.0101432;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339945;STB=0.69211;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0233105;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:4:18:8:9:4:18 chr1 8418650 . T C 143.44 PASS AF=0.432432;AO=14;DP=35;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0192498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.806;QD=15.5073;RBI=0.032549;REFB=-0.0167922;REVB=-0.0262465;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381624;STB=0.703359;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0472221;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:21:21:14:16:0.432432:6:8:4:17:7:9:4:17 chr1 8420340 . G A 315.3 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0238933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.412;QD=24.254;RBI=0.024292;REFB=-0.0246032;REVB=0.00438337;RO=20;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00116052;STB=0.509994;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.021236;OID=.;OPOS=8420340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:14:17:11:9:14:17:11:10 chr1 8928125 . G T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000346654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.952;QD=24.5168;RBI=0.00735125;REFB=-0.0358451;REVB=0.00734307;RO=22;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00140729;STB=0.500782;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0263556;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:11:16:13:9:11:16:13:9 chr1 9009444 . A C 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0234101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.575;QD=21.264;RBI=0.0237812;REFB=0.00925842;REVB=-0.00418473;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846433;STB=0.547704;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0114314;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:13:7:8:10:13:7:8:10 chr1 9009451 . G C 208.78 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0242682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5405;QD=25.3064;RBI=0.033971;REFB=-0.0175511;REVB=0.0237715;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266373;STB=0.514836;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.011975;OID=.;OPOS=9009451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:13:7:5:8:13:7:5:8 chr1 9009470 . G C 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0277508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.445;QD=27.859;RBI=0.0277516;REFB=-0.00825801;REVB=-0.000217221;RO=8;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897335;STB=0.54994;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00458799;OID=.;OPOS=9009470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:11:6:4:4:11:6:4:4 chr1 9011586 . T G 1035.24 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000849203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.695;QD=59.1565;RBI=0.0420072;REFB=0;REVB=0.0419987;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66787e-05;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:66:70:1:37:29:0:0:41:29:0:0 chr1 9011627 . G A 343.2 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0154862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5013;QD=18.8053;RBI=0.0244473;REFB=-0.00961775;REVB=-0.0189169;RO=37;SAF=14;SAR=22;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898643;STB=0.549891;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.013591;OID=.;OPOS=9011627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:22:14:11:26:22:14:11:26 chr1 9011722 . G T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000333099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.789;QD=63.5823;RBI=0.00826542;REFB=0;REVB=0.0082587;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21519e-05;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr1 9017204 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.373;QD=57.1061;RBI=0.0353271;REFB=0;REVB=-0.0302476;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20661e-05;OID=.;OPOS=9017204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr1 9030964 . C T 649.56 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.917;QD=60.4239;RBI=0.0479091;REFB=0;REVB=-0.000604214;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573587;OID=.;OPOS=9030964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:18:23:0:0:19:24:0:0 chr1 9034421 . G A 481.92 PASS AF=0.944444;AO=31;DP=38;FAO=34;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0465491;FXX=0.0526177;HRUN=6;LEN=1;MLLD=259.791;QD=53.5468;RBI=0.0465547;REFB=0.0543923;REVB=0.000721178;RO=2;SAF=20;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444006;STB=0.51922;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00264596;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:38:36:2:2:31:34:0.944444:11:20:2:0:9:25:2:0 chr1 9039704 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.753;QD=53.9111;RBI=0.017294;REFB=0;REVB=0.00275181;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176963;OID=.;OPOS=9039704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr1 9165685 . G A 458.34 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0207517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.263;QD=16.9757;RBI=0.0524345;REFB=-0.0236827;REVB=0.0481533;RO=55;SAF=21;SAR=29;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00175898;STB=0.512972;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0291926;OID=.;OPOS=9165685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:58:50:50:0.462963:29:21:23:32:29:21:23:35 chr1 9171238 . G T 1010.65 PASS AF=0.466667;AO=105;DP=227;FAO=105;FDP=225;FR=.;FRO=120;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=57;FSRR=63;FWDB=-0.0180844;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9848;QD=17.9671;RBI=0.020729;REFB=-0.0258791;REVB=0.0101314;RO=119;SAF=56;SAR=49;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522908;STB=0.531114;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0253882;OID=.;OPOS=9171238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:225:119:120:105:105:0.466667:49:56:57:62:49:56:57:63 chr1 9323910 . G A 253.19 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.035895;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.934;QD=17.1657;RBI=0.0362199;REFB=-0.0123472;REVB=-0.00484026;RO=31;SAF=1;SAR=27;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52351;STB=0.808668;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0302895;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:31:31:28:28:0.474576:27:1:7:24:27:1:7:24 chr1 9416346 . C T 219.81 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0316239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.089;QD=17.5848;RBI=0.0451477;REFB=-0.0250534;REVB=-0.0322218;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159552;STB=0.590826;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0280912;OID=.;OPOS=9416346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:12:16:9:13:12:16 chr1 9427869 . G A 434.24 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0683587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.811;QD=23.4721;RBI=0.0684498;REFB=0.013696;REVB=0.00353119;RO=29;SAF=15;SAR=27;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721817;STB=0.522811;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00910566;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:32:42:42:0.567568:27:15:13:16:27:15:13:19 chr1 9670834 . C T 637.6 PASS AF=0.442953;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.0773574;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2582;QD=17.1168;RBI=0.077417;REFB=-0.0169088;REVB=0.00303712;RO=81;SAF=20;SAR=46;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760331;STB=0.552154;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0202926;OID=.;OPOS=9670834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:81:83:66:66:0.442953:46:20:30:51:46:20:32:51 chr1 9888202 . C T 708.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.479;QD=62.9658;RBI=0.0194961;REFB=0;REVB=0.0183842;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16454e-05;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:15:29:0:0:15:30:0:0 chr1 9910357 . AT TC 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0243636;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.747;QD=9.19955;RBI=0.0285906;REFB=-0.0160138;REVB=-0.0149611;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133873;STB=0.581866;STBP=0.638;TYPE=mnp;VARB=0.0276602;OID=.;OPOS=9910357;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:4:9:4:3:4:9 chr1 10218439 . T C 171.54 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0192897;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1936;QD=10.8911;RBI=0.0268059;REFB=-0.012989;REVB=-0.0186135;RO=41;SAF=6;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258671;STB=0.651892;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0130607;OID=.;OPOS=10218439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:41:41:22:22:0.349206:16:6:20:21:16:6:20:21 chr1 10511544 . C T 818.13 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.246;QD=57.4126;RBI=0.0311296;REFB=0;REVB=0.0153351;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03904e-05;OID=.;OPOS=10511544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:27:30:0:0 chr1 10511589 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.447;QD=57.177;RBI=0.0261227;REFB=0;REVB=0.00219369;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14491e-05;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr1 10713765 . T C 33.08 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.098803;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8516;QD=13.2331;RBI=0.186221;REFB=-0.0161443;REVB=-0.157849;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363118;STB=0.726279;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0121779;OID=.;OPOS=10713765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:10:5:5:5:5:0.5:1:4:2:3:1:4:2:3 chr1 11008341 . G A 432.37 PASS AF=0.56;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.00655387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.561;QD=23.0595;RBI=0.0141121;REFB=-0.0109291;REVB=0.0124979;RO=33;SAF=21;SAR=20;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226057;STB=0.62661;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00751975;OID=.;OPOS=11008341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:33:33:41:42:0.56:20:21:26:7:21:21:26:7 chr1 11008497 . G C 495.03 PASS AF=0.403974;AO=46;DP=141;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=64;FWDB=0.0899961;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.92;QD=13.1134;RBI=0.0912552;REFB=-0.036533;REVB=0.0151068;RO=91;SAF=17;SAR=29;SRF=26;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107649;STB=0.638858;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0613053;OID=.;OPOS=11008497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:151:91:90:46:61:0.403974:29:17:26:65:29:32:26:64 chr1 11008695 . T C 367.82 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00521274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.14;QD=21.9591;RBI=0.00988238;REFB=-0.0209318;REVB=-0.00839576;RO=28;SAF=15;SAR=21;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195022;STB=0.530224;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0177303;OID=.;OPOS=11008695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:30:36:37:0.552239:21:15:11:17:21:16:11:19 chr1 11014118 . C T 300.14 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00727026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9522;QD=16.446;RBI=0.0432736;REFB=-0.0161377;REVB=0.0426585;RO=40;SAF=19;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745245;STB=0.541921;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0161309;OID=.;OPOS=11014118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:14:19:20:20:14:19:20:20 chr1 11015165 . A G 659.63 PASS AF=0.467105;AO=70;DP=153;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.00790161;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.837;QD=17.3586;RBI=0.0102837;REFB=-0.00851883;REVB=0.00658167;RO=81;SAF=33;SAR=37;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142128;STB=0.511797;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0136153;OID=.;OPOS=11015165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:81:81:70:71:0.467105:37:33:37:44:37:34:37:44 chr1 11024271 . G T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.053;QD=61.3362;RBI=0.0319267;REFB=0;REVB=0.00341281;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112132;OID=.;OPOS=11024271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr1 11087524 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0999557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.249;QD=58.4194;RBI=0.10134;REFB=0;REVB=0.0166912;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129362;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr1 11090897 . A G 241.68 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00234547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8059;QD=21.971;RBI=0.0350917;REFB=-0.0126911;REVB=-0.0350132;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173743;STB=0.587551;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0147657;OID=.;OPOS=11090897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:15:8:11:9:15:8:11:10 chr1 11090916 . C A 212.77 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00806202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.293;QD=20.264;RBI=0.0110565;REFB=-0.0446148;REVB=-0.00756637;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0418037;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:13:8:8:13:13:8:8:13 chr1 11097867 . C T 642.56 PASS AF=0.52;AO=64;DP=125;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0482463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5668;QD=20.5618;RBI=0.0509722;REFB=-0.0442383;REVB=-0.0164458;RO=59;SAF=30;SAR=34;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199107;STB=0.511086;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0391754;OID=.;OPOS=11097867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:60:64:65:0.52:34:30:29:30:34:31:30:30 chr1 11132217 . G A 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0177729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.005;QD=18.6733;RBI=0.0183437;REFB=-0.00149332;REVB=-0.00454029;RO=35;SAF=11;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19104;STB=0.600976;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00112157;OID=.;OPOS=11132217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:24:11:18:17:24:11:18:18 chr1 11137661 . A G 304.74 PASS AF=0.702703;AO=24;DP=35;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.02194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.278;QD=32.9448;RBI=0.0259686;REFB=-0.05918;REVB=-0.0138926;RO=11;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129652;STB=0.549318;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0171715;OID=.;OPOS=11137661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:37:11:11:24:26:0.702703:16:8:6:5:16:10:6:5 chr1 11141187 . C G 428.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7147;QD=57.1835;RBI=0.0862474;REFB=0;REVB=-0.00562791;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161159;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr1 11150682 . C T 270.58 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0447321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1463;QD=20.8139;RBI=0.0568757;REFB=-0.0754971;REVB=-0.0351267;RO=14;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226292;STB=0.549965;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0650799;OID=.;OPOS=11150682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:14:24:28:28:0.538462:17:11:6:8:17:11:7:17 chr1 11159823 . T C 392.76 PASS AF=0.382114;AO=44;DP=120;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=0.00285416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.169;QD=12.7727;RBI=0.0126545;REFB=-0.0216221;REVB=-0.0123284;RO=76;SAF=29;SAR=15;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175807;STB=0.525194;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0350109;OID=.;OPOS=11159823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:76:76:44:47:0.382114:15:29:49:27:15:32:49:27 chr1 11172937 . C T 390.97 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0122005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.834;QD=16.6368;RBI=0.0260237;REFB=-0.00398101;REVB=-0.0229865;RO=53;SAF=17;SAR=24;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788831;STB=0.5442;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00413673;OID=.;OPOS=11172937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:24:17:18:35:24:17:18:35 chr1 11205058 . C T 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9344;QD=59.4312;RBI=0.0515975;REFB=0;REVB=-0.0351987;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63141e-05;OID=.;OPOS=11205058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr1 11288758 . G A 857.69 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0198496;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.125;QD=56.242;RBI=0.0430555;REFB=-0.00376886;REVB=-0.038207;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140874;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.000158609;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:33:27:0:1:33:27:0:1 chr1 11301714 . A G 1491.37 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.974;QD=63.4626;RBI=0.0101668;REFB=0;REVB=-0.00480619;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50342e-06;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:53:41:0:0:53:41:0:0 chr1 11579470 . G A 287.5 PASS AF=0.44;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=3.37397e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.528;QD=15.3333;RBI=0.00198171;REFB=-0.0156411;REVB=-0.00198142;RO=43;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129342;STB=0.520122;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0248383;OID=.;OPOS=11579470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:42:32:33:0.44:19:13:18:25:20:13:18:24 chr1 11728894 . G A 608.33 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0129164;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.254;QD=20.977;RBI=0.0341053;REFB=-0.0182303;REVB=0.0315648;RO=56;SAF=32;SAR=29;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103876;STB=0.562124;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0155113;OID=.;OPOS=11728894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:56:55:61:61:0.525862:29:32:36:20:29:32:36:19 chr1 11766507 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00685188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.689;QD=13.9591;RBI=0.0202626;REFB=-0.00384486;REVB=0.0190689;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.581152;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00335684;OID=.;OPOS=11766507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:3:4:5:2:3:4 chr1 11772491 . C A 205.83 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0515947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7478;QD=31.6654;RBI=0.0592016;REFB=-0.041122;REVB=-0.0290313;RO=7;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117106;STB=0.564449;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0164;OID=.;OPOS=11772491;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:10:9:5:2:10:9:5:2 chr1 11810765 . T A 1699.84 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255973;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.335;QD=60.7084;RBI=0.0256165;REFB=0;REVB=0.000992116;RO=0;SAF=42;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279062;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:70:42:0:0:70:42:0:0 chr1 11826630 . C T 152.61 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00173048;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=282.241;QD=40.696;RBI=0.00968484;REFB=-0.0787109;REVB=0.00952898;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521709;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000293293;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:11:3:0:0:11:3:0:1 chr1 11827304 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.3;QD=42.1823;RBI=0.044139;REFB=0;REVB=-0.0240715;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000573421;OID=.;OPOS=11827304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr1 11828238 . G A 416.48 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0219517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.511;QD=53.7395;RBI=0.10424;REFB=-0.0874125;REVB=0.101902;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.518506;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000611466;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:13:17:0:0:13:17:0:1 chr1 11828319 . G A 591.91 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0171767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.769;QD=56.3719;RBI=0.0401588;REFB=-0.17733;REVB=0.0363;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218106;STB=0.501193;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00145624;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:19:21:1:0:19:21:1:1 chr1 11831615 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.935;QD=62.67;RBI=0.0166993;REFB=0;REVB=0.0113678;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22694e-06;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr1 11832311 . G C 928.09 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.846;QD=57.1134;RBI=0.147873;REFB=-0.0969678;REVB=0.145154;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020572;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:30:35:0:0 chr1 11836628 . T C 1062.55 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107082;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.091;QD=58.2219;RBI=0.0289982;REFB=-0.0244478;REVB=0.0269487;RO=1;SAF=40;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116761;STB=0.506022;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=3.82465e-05;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:71:72:0.986301:31:40:1:0:31:41:1:0 chr1 11836682 . C G,T 789.14 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=2,54;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,37;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944094,0.0250286;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.19,107.882;QD=56.3669;RBI=0.00944106,0.0304129;REFB=0,0;REVB=-4.7714e-05,0.0172775;RO=0;SAF=2,36;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.125203,0.000461832;OID=.,.;OPOS=11836682,11836682;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:56:56:0:0:2,54:1,55:0.0178571,0.982143:0,18:2,36:0:0:0,18:1,37:0:0 chr1 11838848 . G T 1530.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.857;QD=63.7508;RBI=0.0401944;REFB=0;REVB=0.026967;RO=0;SAF=71;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172465;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:25:71:0:0:25:71:0:0 chr1 11839966 . G A 1396.62 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7662;QD=62.7694;RBI=0.0862321;REFB=0;REVB=0.0539553;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046066;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:56:32:0:0:56:33:0:0 chr1 11839998 . T C 1171.24 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.653;QD=60.8438;RBI=0.0182745;REFB=0;REVB=0.0175325;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8183e-05;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:45:31:0:0:46:31:0:0 chr1 11844330 . C T 1465.73 PASS AF=0.99;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224168;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.12;QD=58.6292;RBI=0.0243327;REFB=-0.0230768;REVB=0.00946401;RO=1;SAF=26;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178886;STB=0.509432;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=8.88663e-05;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:1:1:97:99:0.99:71:26:1:0:73:26:1:0 chr1 11849447 . A G 435.82 PASS AF=0.96875;AO=32;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00111968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.631;QD=54.4769;RBI=0.0285841;REFB=0.0447774;REVB=0.0285621;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526298;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.000696644;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:32:31:0.96875:22:10:0:0:22:9:1:0 chr1 11854457 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.39;QD=56.9997;RBI=0.0450415;REFB=0;REVB=-0.0449237;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.49394e-05;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr1 11884554 . GA G,GG 522.64 PASS AF=0.138889,0.861111;AO=5,31;DP=36;FAO=5,31;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=3,18;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018756,-0.000927776;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=247.376,263.435;QD=58.071;RBI=0.0115343,0.00127838;REFB=0,0;REVB=0.0113807,0.000879476;RO=0;SAF=3,18;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.33668e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0110008,-0.00145956;OID=.,.;OPOS=11884555,11884555;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.138889,0.861111:5,31:36:5,31:36:0:3,18:2,13:0:0:19:0:3,18:2,13:0:0 chr1 11968230 . T C 351.14 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0495294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.007;QD=23.4096;RBI=0.0496574;REFB=-0.0236043;REVB=0.00356359;RO=24;SAF=13;SAR=22;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304694;STB=0.50511;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0193597;OID=.;OPOS=11968230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:25:35:35:0.583333:22:13:8:16:22:13:9:16 chr1 11968273 . A G 889.75 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524143;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2138;QD=58.3441;RBI=0.0254438;REFB=0;REVB=0.0248981;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618257;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr1 11968316 . T TA 258.92 PASS AF=0.5;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0387026;FXX=0.0175408;HRUN=0;LEN=1;MLLD=313.039;QD=18.4941;RBI=0.0396411;REFB=-0.00712634;REVB=0.00857443;RO=29;SAF=9;SAR=18;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611224;STB=0.560304;STBP=0.411;TYPE=ins;VARB=0.00627578;OID=.;OPOS=11968317;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:27:58:28:56:28:10:18:7:21:99:29:9:18:8:21 chr1 11969917 . A G 178.66 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0449801;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.348;QD=21.0193;RBI=0.0564274;REFB=-0.00214828;REVB=0.0340711;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196931;STB=0.511099;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00305153;OID=.;OPOS=11969917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:5:11:12:6:5:11 chr1 11982580 . G A 47.09 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0109917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2457;QD=11.0789;RBI=0.14778;REFB=-0.0237137;REVB=0.147371;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108508;STB=0.565043;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0435587;OID=.;OPOS=11982580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:8:2:2:5:8:2 chr1 11983206 . A G 209.61 PASS AF=1;AO=10;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.481;QD=46.5804;RBI=0.12554;REFB=0;REVB=0.00791303;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432917;OID=.;OPOS=11983206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:10:18:1:9:1:0:0:16:2:0:0 chr1 12004663 . G A 201.24 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0112075;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.068;QD=15.1878;RBI=0.012734;REFB=-0.0204728;REVB=-0.00604537;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320965;STB=0.540302;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0289778;OID=.;OPOS=12004663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:27:30:23:23:0.433962:16:7:9:18:16:7:11:19 chr1 12009956 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6769;QD=64.1531;RBI=0.0514117;REFB=0;REVB=0.0490214;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444116;OID=.;OPOS=12009956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr1 12010469 . G T 405.57 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.0127647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.312;QD=15.1616;RBI=0.0220137;REFB=0.00263439;REVB=0.017935;RO=60;SAF=25;SAR=21;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226498;STB=0.621192;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00194876;OID=.;OPOS=12010469;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:61:46:46:0.429907:21:25:19:41:21:25:20:41 chr1 12026355 . A C 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0175086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.078;QD=17.9394;RBI=0.0217692;REFB=-0.0200259;REVB=0.0129362;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169672;STB=0.596755;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0086904;OID=.;OPOS=12026355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:10:12:7:12:10:12 chr1 12049375 . C A 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0186033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.443;QD=21.2932;RBI=0.0198051;REFB=-0.00790453;REVB=-0.00679427;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181881;STB=0.602208;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00790643;OID=.;OPOS=12049375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:9:16:11:14:9:16:11:14 chr1 12049390 . C T 228.06 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0377961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8819;QD=22.25;RBI=0.0380657;REFB=-0.0275335;REVB=-0.00452279;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183289;STB=0.602556;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0271488;OID=.;OPOS=12049390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:9:13:7:12:9:13:7:12 chr1 12056309 . A T 287.59 PASS AF=0.5;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0364729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.672;QD=18.554;RBI=0.0388241;REFB=-0.0263192;REVB=-0.0133055;RO=30;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106686;STB=0.553229;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0560675;OID=.;OPOS=12056309;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:31:31:31:0.5:10:21:17:13:10:21:18:13 chr1 12065841 . C T 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.000313486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.944;QD=19.5835;RBI=0.00522769;REFB=-0.0405752;REVB=-0.00521828;RO=49;SAF=23;SAR=23;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663286;STB=0.536826;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0391923;OID=.;OPOS=12065841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:23:23:28:21:23:23:28:21 chr1 12082926 . A G 236.29 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00817258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.924;QD=17.5031;RBI=0.0245198;REFB=-0.0213136;REVB=-0.0231178;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494418;STB=0.516117;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0204549;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:28:26:26:0.481481:11:15:17:10:11:15:17:11 chr1 12089142 . C G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00473825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.423;QD=18.0505;RBI=0.00874417;REFB=-0.0256322;REVB=-0.00734911;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0237059;OID=.;OPOS=12089142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:5:3:4:6:5:3 chr1 12089163 . A G 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00869286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.007;QD=22.6785;RBI=0.014466;REFB=-0.0416027;REVB=0.0115628;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584143;STB=0.533267;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0141018;OID=.;OPOS=12089163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:3:2:5:5:3:2 chr1 12089845 . C T 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00181697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.102;QD=16.4804;RBI=0.00614228;REFB=-0.0373173;REVB=-0.00586739;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229424;STB=0.63144;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0395779;OID=.;OPOS=12089845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:10:15:7:12:10:15 chr1 12089851 . C T 182.85 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0232679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7584;QD=17.4139;RBI=0.0242184;REFB=-0.0111685;REVB=-0.00671818;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190857;STB=0.609021;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0148302;OID=.;OPOS=12089851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:10:13:7:12:10:13 chr1 12089946 . C G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0180633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.954;QD=16.1192;RBI=0.0191113;REFB=-0.020162;REVB=0.00624169;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378846;STB=0.717604;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0104865;OID=.;OPOS=12089946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:3:10:4:8:3:10 chr1 12090154 . C T 177.19 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.038617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.275;QD=12.2201;RBI=0.0400899;REFB=-0.0209508;REVB=0.0107672;RO=34;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342825;STB=0.696418;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0143218;OID=.;OPOS=12090154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:36:22:22:0.37931:7:15:12:22:7:15:13:23 chr1 12096849 . A C 200.41 PASS AF=0.45098;AO=21;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0114921;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.379;QD=15.7186;RBI=0.0149465;REFB=-0.0119591;REVB=0.0095566;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882352;STB=0.526779;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0189609;OID=.;OPOS=12096849;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:28:21:23:0.45098:7:14:17:12:8:15:17:11 chr1 12164437 . C T 1358.52 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.384;QD=62.4607;RBI=0.0385282;REFB=0;REVB=0.0244812;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014403;OID=.;OPOS=12164437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr1 12175729 . C T 811.59 PASS AF=0.952381;AO=59;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0264132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.299;QD=51.5298;RBI=0.0321126;REFB=-0.0711653;REVB=0.0182637;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192526;STB=0.504086;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000672261;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:1:3:59:60:0.952381:35:24:1:0:35:25:1:2 chr1 12198362 . C A 1522.99 PASS AF=0.496774;AO=153;DP=308;FAO=154;FDP=310;FR=.;FRO=156;FSAF=68;FSAR=86;FSRF=72;FSRR=84;FWDB=0.0206135;FXX=0.00321533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7484;QD=19.6515;RBI=0.0210694;REFB=-0.0095151;REVB=0.00435952;RO=155;SAF=68;SAR=85;SRF=72;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186027;STB=0.510168;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0104565;OID=.;OPOS=12198362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:310:155:156:153:154:0.496774:85:68:72:83:86:68:72:84 chr1 12251808 . T G 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.775;QD=60.2308;RBI=0.0469097;REFB=0;REVB=0.0408875;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151825;OID=.;OPOS=12251808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr1 12262042 . A G 321.23 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0356884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4492;QD=16.2648;RBI=0.0715085;REFB=-0.0264955;REVB=-0.0619662;RO=42;SAF=12;SAR=22;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23964;STB=0.634386;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0293194;OID=.;OPOS=12262042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:42:44:34:35:0.443038:22:12:25:17:22:13:27:17 chr1 12339619 . A T 293.42 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0173505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.676;QD=23.0131;RBI=0.0175;REFB=-0.0236069;REVB=-0.00228241;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178574;STB=0.598262;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0145134;OID=.;OPOS=12339619;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:16:13:5:17:16:13:5:17 chr1 12401868 . A C 730.14 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.88;QD=56.1642;RBI=0.0797806;REFB=0;REVB=0.0392991;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195589;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:46:52:1:31:15:0:0:34:18:0:0 chr1 12628188 . T C 755.75 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134443;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.153;QD=57.0374;RBI=0.125807;REFB=0;REVB=0.125087;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205531;OID=.;OPOS=12628188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:22:31:0:0 chr1 12638964 . T C,G 834.0 PASS AF=0.949153,0.0508475;AO=56,3;DP=59;FAO=56,3;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=30,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855725,-0.042999;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.4227,134.783;QD=56.5425;RBI=0.0102558,0.0546914;REFB=0,0;REVB=0.00565278,-0.0337969;RO=0;SAF=26,0;SAR=30,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.29784e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000711444,0.182521;OID=.,.;OPOS=12638964,12638964;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:59:59:0:0:56,3:56,3:0.949153,0.0508475:30,3:26,0:0:0:30,3:26,0:0:0 chr1 12639168 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0967;QD=51.1845;RBI=0.0616528;REFB=0;REVB=0.061092;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153604;OID=.;OPOS=12639168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr1 12639289 . C T 1127.75 PASS AF=0.84375;AO=81;DP=97;FAO=81;FDP=96;FR=.;FRO=15;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0121133;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.074;QD=46.9896;RBI=0.0339563;REFB=-0.0194029;REVB=0.0317222;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.553002;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000351993;OID=.;OPOS=12639289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:97:96:0:15:81:81:0.84375:38:43:0:0:38:43:13:2 chr1 12640461 . C G 1223.64 PASS AF=0.975904;AO=82;DP=84;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.050907;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.846;QD=58.9706;RBI=0.0603719;REFB=-0.0701724;REVB=0.0324537;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997022;STB=0.510636;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000317704;OID=.;OPOS=12640461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:83:1:2:82:81:0.975904:47:35:0:1:46:35:0:2 chr1 12776344 . A T 501.8 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.00276284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.474;QD=18.585;RBI=0.0371949;REFB=-0.0304803;REVB=0.0370921;RO=55;SAF=27;SAR=26;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134141;STB=0.574105;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0172073;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:26:27:36:19:26:27:36:19 chr1 12779560 . T C 1349.76 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0143246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.702;QD=59.9891;RBI=0.0374694;REFB=-0.0532838;REVB=0.0346232;RO=2;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220283;STB=0.511625;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000423034;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:42:46:0:2:42:46:0:2 chr1 12779618 . T C 1520.23 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.379;QD=59.6167;RBI=0.0453678;REFB=0;REVB=-0.00718399;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01872e-05;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:102:0:0:94:102:1:56:38:0:0:56:46:0:0 chr1 12785493 . TG T,TT 686.23 PASS AF=0.6,0.4;AO=22,20;DP=43;FAO=27,18;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=8,6;FSAR=19,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103986,-0.0100797;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.356,180.858;QD=60.9986;RBI=0.0225423,0.0198678;REFB=0,0;REVB=-0.0200007,-0.017121;RO=0;SAF=6,7;SAR=16,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.17051e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0107457,0.012426;OID=.,.;OPOS=12785494,12785494;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.6,0.4:22,20:43:27,18:45:0:8,6:19,12:0:0:45:0:6,7:16,13:0:0 chr1 12799736 . C T 1308.83 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043303;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.148;QD=62.3254;RBI=0.0436805;REFB=0;REVB=-0.00573025;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100189;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr1 12820870 . T C 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.917;QD=60.8526;RBI=0.0433856;REFB=-0.0787453;REVB=0.0381722;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177403;STB=0.50943;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00442307;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:20:26:1:0:20:26:1:0 chr1 12835868 . T C 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.323;QD=61.467;RBI=0.0463859;REFB=0;REVB=0.0445004;RO=0;SAF=73;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96339e-05;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:48:73:0:0:48:73:0:0 chr1 12837634 . T A 2856.57 PASS AF=0.983957;AO=184;DP=187;FAO=184;FDP=187;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00225138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5905;QD=61.1032;RBI=0.0663977;REFB=-0.0342051;REVB=-0.0663595;RO=2;SAF=74;SAR=110;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0020816;STB=0.504404;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00110537;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:187:187:2:3:184:184:0.983957:110:74:1:1:110:74:2:1 chr1 12853403 . A C 52.47 PASS AF=0.160714;AO=8;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00724537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.293;QD=3.74762;RBI=0.0240405;REFB=-0.00405685;REVB=0.0229227;RO=47;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143266;STB=0.641724;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.054096;OID=.;OPOS=12853403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:56:56:47:47:8:9:0.160714:4:4:18:29:4:5:18:29 chr1 12854428 . C T 268.54 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0041277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.481;QD=11.6758;RBI=0.0146484;REFB=0.00356033;REVB=0.0140549;RO=60;SAF=18;SAR=14;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521121;STB=0.530118;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00767759;OID=.;OPOS=12854428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:14:18:31:29:14:18:31:29 chr1 12854530 . C G 787.39 PASS AF=0.673077;AO=70;DP=104;FAO=70;FDP=104;FR=.;FRO=34;FSAF=54;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=33;FWDB=-0.00780981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9269;QD=30.2844;RBI=0.0137862;REFB=0.000768816;REVB=0.0113607;RO=0;SAF=54;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3e-08;STB=0.750352;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000338696;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:0:34:70:70:0.673077:16:54:0:0:16:54:1:33 chr1 12854544 . T C 213.32 PASS AF=0.283019;AO=30;DP=106;FAO=30;FDP=106;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-7.7841e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.095;QD=8.04963;RBI=0.00307242;REFB=-0.00876313;REVB=-0.00307143;RO=76;SAF=17;SAR=13;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112263;STB=0.566622;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.027535;OID=.;OPOS=12854544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:76:76:30:30:0.283019:13:17:36:40:13:17:36:40 chr1 12855774 . A G 34.4 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00494287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.4891;QD=2.21962;RBI=0.0606203;REFB=-0.000979561;REVB=0.0604184;RO=54;SAF=6;SAR=1;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508505;STB=0.871236;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00198888;OID=.;OPOS=12855774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:62:54:55:7:7:0.112903:1:6:22:32:1:6:23:32 chr1 12855835 . C G 723.5 PASS AF=0.979592;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.116495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.5105;QD=59.0613;RBI=0.116764;REFB=-0.0998489;REVB=0.00792181;RO=1;SAF=15;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030296;STB=0.516122;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00363071;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:49:1:1:45:48:0.979592:30:15:1:0:33:15:1:0 chr1 12855844 . GG AC,GC 718.47 PASS AF=0.25,0.75;AO=13,39;DP=52;FAO=13,39;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=12,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307381,-0.00245075;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=61.1673,91.3289;QD=55.2665;RBI=0.00508814,0.0121796;REFB=0,0;REVB=0.00405473,-0.0119305;RO=0;SAF=1,18;SAR=12,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.00075e-08,3.34792e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0133302,-0.00113857;OID=.,.;OPOS=12855844,12855845;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:95:52:52:0:0:13,39:13,39:0.25,0.75:12,21:1,18:0:0:12,21:1,18:0:0 chr1 12855878 . A C 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0346037;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.241;QD=10.3797;RBI=0.0346043;REFB=-0.0115138;REVB=0.00019555;RO=35;SAF=2;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524204;STB=0.824321;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0323427;OID=.;OPOS=12855878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:35:36:18:18:0.333333:16:2:17:18:16:2:18:18 chr1 12855893 . T G 30.4 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0379248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2759;QD=2.2106;RBI=0.041653;REFB=-0.00821283;REVB=-0.0172244;RO=48;SAF=5;SAR=1;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551561;STB=0.888993;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0714268;OID=.;OPOS=12855893;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:48:49:6:6:0.109091:1:5:15:33:1:5:16:33 chr1 12856010 . C G 234.11 PASS AF=0.7;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0331109;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0101;QD=31.2139;RBI=0.066012;REFB=-0.0131139;REVB=-0.0571074;RO=9;SAF=15;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225806;STB=0.624875;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00459944;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:30:9:9:21:21:0.7:6:15:3:6:6:15:3:6 chr1 12856111 . C T 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0226387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.012;QD=8.08965;RBI=0.0273692;REFB=-0.0180542;REVB=-0.0153806;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114753;STB=0.590701;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0411377;OID=.;OPOS=12856111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:6:3:9:12:6:3:10:12 chr1 12887549 . T C 1625.79 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.03271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5708;QD=59.1198;RBI=0.0380181;REFB=-0.00916461;REVB=-0.0193762;RO=1;SAF=67;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703302;STB=0.503703;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000202529;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:42:67:1:0:42:67:1:0 chr1 12888601 . G GC 216.63 PASS AF=0.956522;AO=20;DP=25;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.257414;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.1748;QD=37.6739;RBI=0.298546;REFB=-0.0759947;REVB=-0.151221;RO=5;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700211;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=ins;VARB=0.0142992;OID=.;OPOS=12888602;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:20:25:22:23:1:7:15:0:1:4:5:5:15:2:3 chr1 12907379 . T C 230.62 PASS AF=0.315217;AO=28;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=16;FWDB=-0.00749179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.001;QD=10.0271;RBI=0.00762974;REFB=-0.0113521;REVB=0.00144434;RO=60;SAF=18;SAR=10;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143751;STB=0.571877;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0253286;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:63:28:29:0.315217:10:18:45:15:10:19:47:16 chr1 12907449 . C G 184.82 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=-0.0287974;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.02;QD=9.99043;RBI=0.0356281;REFB=-0.0211317;REVB=-0.0209779;RO=47;SAF=15;SAR=9;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096407;STB=0.57084;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0427708;OID=.;OPOS=12907449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:50:24:24:0.324324:9:15:33:14:9:15:36:14 chr1 12907496 . T C 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.030237;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.139;QD=9.8854;RBI=0.0303727;REFB=-0.023797;REVB=0.00286884;RO=38;SAF=12;SAR=7;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323642;STB=0.506842;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0416103;OID=.;OPOS=12907496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:39:19:19:0.327586:7:12:25:13:7:12:25:14 chr1 12907507 . CT TC 136.87 PASS AF=0.32;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0138952;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=49.9385;QD=10.9497;RBI=0.0139024;REFB=-0.0119467;REVB=0.000446223;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672479;STB=0.505312;STBP=0.968;TYPE=mnp;VARB=0.0233616;OID=.;OPOS=12907507;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:30:34:16:16:0.32:6:10:17:13:6:10:21:13 chr1 12907533 . T C 117.5 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.003063;FXX=0.0238039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=167.937;QD=11.4633;RBI=0.0269429;REFB=-0.00163456;REVB=-0.0267682;RO=26;SAF=10;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399766;STB=0.703931;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0113172;OID=.;OPOS=12907533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:27:13:14:0.341463:3:10:11:15:4:10:11:16 chr1 12907633 . G A 334.35 PASS AF=0.344262;AO=42;DP=122;FAO=42;FDP=122;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.010013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.958;QD=10.9624;RBI=0.0218423;REFB=-0.013998;REVB=0.019412;RO=80;SAF=24;SAR=18;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165824;STB=0.595304;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.012838;OID=.;OPOS=12907633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:80:80:42:42:0.344262:18:24:34:46:18:24:34:46 chr1 12907762 . T C 312.24 PASS AF=0.2125;AO=50;DP=242;FAO=51;FDP=240;FR=.;FRO=189;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=70;FSRR=119;FWDB=-0.0045036;FXX=0.00826412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.703;QD=5.20394;RBI=0.0186274;REFB=-0.00704651;REVB=-0.0180748;RO=184;SAF=18;SAR=32;SRF=70;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280511;STB=0.514888;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0246047;OID=.;OPOS=12907762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:240:184:189:50:51:0.2125:32:18:70:114:33:18:70:119 chr1 12907777 . T C 715.68 PASS AF=0.344;AO=86;DP=250;FAO=86;FDP=250;FR=.;FRO=164;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=61;FSRR=103;FWDB=-0.0151798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0985;QD=11.4508;RBI=0.0392718;REFB=0.00807967;REVB=0.0362194;RO=159;SAF=33;SAR=53;SRF=60;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768228;STB=0.508192;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.0149332;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:159:164:86:86:0.344:53:33:60:99:53:33:61:103 chr1 12907781 . T C 233.2 PASS AF=0.173228;AO=44;DP=253;FAO=44;FDP=254;FR=.;FRO=210;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=75;FSRR=135;FWDB=0.00373652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.594;QD=3.67245;RBI=0.0297071;REFB=-0.00465303;REVB=-0.0294712;RO=206;SAF=23;SAR=21;SRF=75;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205254;STB=0.635436;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0155133;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:254:206:210:44:44:0.173228:21:23:75:131:21:23:75:135 chr1 12907798 . A C 406.14 PASS AF=0.248963;AO=60;DP=234;FAO=60;FDP=241;FR=.;FRO=181;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=67;FSRR=114;FWDB=-0.0235003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.035;QD=6.74091;RBI=0.0235003;REFB=-0.00857522;REVB=5.61532e-06;RO=174;SAF=33;SAR=27;SRF=65;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218271;STB=0.632761;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0241929;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:241:174:181:60:60:0.248963:27:33:65:109:27:33:67:114 chr1 12907802 . CC TT 432.88 PASS AF=0.264957;AO=62;DP=233;FAO=62;FDP=234;FR=.;FRO=172;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=64;FSRR=108;FWDB=-0.0204064;FXX=0.00425514;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.931;QD=7.3996;RBI=0.0208217;REFB=-0.00634772;REVB=-0.00413789;RO=169;SAF=35;SAR=27;SRF=62;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241293;STB=0.638643;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.0198065;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:169:172:62:62:0.264957:27:35:62:107:27:35:64:108 chr1 12907837 . C T 880.38 PASS AF=0.381481;AO=103;DP=270;FAO=103;FDP=270;FR=.;FRO=167;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=70;FSRR=97;FWDB=-0.00179174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.986;QD=13.0427;RBI=0.00578341;REFB=-0.0168099;REVB=-0.00549887;RO=166;SAF=58;SAR=45;SRF=69;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160568;STB=0.588437;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0255935;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:166:167:103:103:0.381481:45:58:69:97:45:58:70:97 chr1 12907843 . T G 34.62 PASS AF=0.0622568;AO=16;DP=258;FAO=16;FDP=257;FR=.;FRO=241;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=119;FSRR=122;FWDB=-0.00804831;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.012;QD=0.5388;RBI=0.0412745;REFB=-0.00384154;REVB=-0.0404822;RO=240;SAF=2;SAR=14;SRF=119;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400706;STB=0.861177;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0687246;OID=.;OPOS=12907843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:258:257:240:241:16:16:0.0622568:14:2:119:121:14:2:119:122 chr1 12907848 . G C 37.54 PASS AF=0.0671937;AO=16;DP=253;FAO=17;FDP=253;FR=.;FRO=236;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=117;FSRR=119;FWDB=-0.0330848;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.74;QD=0.593569;RBI=0.0384104;REFB=-0.00604071;REVB=-0.0195129;RO=229;SAF=1;SAR=15;SRF=113;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478681;STB=0.869006;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0430885;OID=.;OPOS=12907848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:253:253:229:236:16:17:0.0671937:15:1:113:116:15:2:117:119 chr1 12907885 . T C 1199.05 PASS AF=0.459854;AO=126;DP=274;FAO=126;FDP=274;FR=.;FRO=148;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=78;FSRR=70;FWDB=0.0157839;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.243;QD=17.5044;RBI=0.0199229;REFB=-0.0105973;REVB=-0.0121569;RO=147;SAF=55;SAR=71;SRF=78;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09199;STB=0.544708;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0142969;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:147:148:126:126:0.459854:71:55:78:69:70:56:78:70 chr1 12908080 . C T 95.31 PASS AF=0.155738;AO=19;DP=121;FAO=19;FDP=122;FR=.;FRO=103;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=0.0252393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0532;QD=3.12499;RBI=0.0495679;REFB=-0.0016645;REVB=0.0426609;RO=102;SAF=4;SAR=15;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439172;STB=0.789169;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0107783;OID=.;OPOS=12908080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:121:122:102:103:19:19:0.155738:15:4:57:45:15:4:57:46 chr1 12918891 . A C 135.12 PASS AF=0.209524;AO=22;DP=106;FAO=22;FDP=105;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=-0.00953326;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.25;QD=5.14724;RBI=0.0359422;REFB=-0.00839728;REVB=-0.0346548;RO=84;SAF=12;SAR=10;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951333;STB=0.565313;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0298215;OID=.;OPOS=12918891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:84:83:22:22:0.209524:10:12:52:32:10:12:52:31 chr1 12919064 . T G 373.23 PASS AF=0.301775;AO=50;DP=165;FAO=51;FDP=169;FR=.;FRO=118;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=0.0220707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.232;QD=8.83387;RBI=0.0226941;REFB=-0.0128635;REVB=-0.00528224;RO=115;SAF=32;SAR=18;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15582;STB=0.5588;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0270412;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:169:115:118:50:51:0.301775:18:32:59:56:20:31:62:56 chr1 12919111 . G A 314.73 PASS AF=0.312977;AO=41;DP=131;FAO=41;FDP=131;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=0.00261264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5498;QD=9.61011;RBI=0.00590861;REFB=0.00450266;REVB=0.0052996;RO=90;SAF=28;SAR=13;SRF=56;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795443;STB=0.546488;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00682174;OID=.;OPOS=12919111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:90:90:41:41:0.312977:13:28:56:34:13:28:56:34 chr1 12919872 . T G 297.8 PASS AF=0.27451;AO=42;DP=153;FAO=42;FDP=153;FR=.;FRO=111;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=72;FWDB=-0.00564889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.781;QD=7.7855;RBI=0.00836215;REFB=-0.00669093;REVB=0.00616569;RO=111;SAF=16;SAR=26;SRF=39;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389221;STB=0.523005;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0209792;OID=.;OPOS=12919872;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:111:111:42:42:0.27451:26:16:39:72:26:16:39:72 chr1 12919891 . G T 250.65 PASS AF=0.239264;AO=39;DP=163;FAO=39;FDP=163;FR=.;FRO=124;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=82;FWDB=0.00202822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.858;QD=6.15089;RBI=0.0178343;REFB=-0.00357636;REVB=-0.0177186;RO=121;SAF=13;SAR=26;SRF=39;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156443;STB=0.504585;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00930421;OID=.;OPOS=12919891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:121:124:39:39:0.239264:26:13:39:82:26:13:42:82 chr1 12919934 . A G 380.8 PASS AF=0.292135;AO=52;DP=179;FAO=52;FDP=178;FR=.;FRO=126;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=0.0517712;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2977;QD=8.55722;RBI=0.0525242;REFB=-0.00281131;REVB=-0.00886155;RO=125;SAF=23;SAR=29;SRF=52;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323425;STB=0.521339;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0127822;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:125:126:52:52:0.292135:29:23:52:73:29:23:52:74 chr1 12921127 . A G 118.17 PASS AF=0.202128;AO=19;DP=94;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.00451057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.598;QD=5.02857;RBI=0.0117023;REFB=-0.00428794;REVB=0.0107981;RO=75;SAF=12;SAR=7;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764975;STB=0.5486;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0157885;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:75:75:19:19:0.202128:7:12:43:32:7:12:43:32 chr1 12921332 . TG CA,CG 53.3 PASS AF=0.0847458,0.0847458;AO=5,5;DP=59;FAO=5,5;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=2,2;FSAR=3,3;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0423873,-0.0350334;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=161.061,74.8268;QD=3.6137;RBI=0.0438888,0.0367939;REFB=-0.00329567,-5.69533e-05;REVB=0.0113819,-0.0112451;RO=48;SAF=2,2;SAR=3,3;SRF=23;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0880674,-0.0880674;STB=0.58176,0.58176;STBP=0.758,0.758;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0301847,0.0140507;OID=.,.;OPOS=12921332,12921332;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:59:59:48:49:5,5:5,5:0.0847458,0.0847458:3,3:2,2:23:25:3,3:2,2:24:25 chr1 13001312 . C G 1214.03 PASS AF=0.845455;AO=93;DP=110;FAO=93;FDP=110;FR=.;FRO=17;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0458233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.878;QD=44.1464;RBI=0.0533587;REFB=-0.00407993;REVB=-0.0273381;RO=17;SAF=43;SAR=50;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367139;STB=0.519502;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000726806;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:110:110:17:17:93:93:0.845455:50:43:10:7:50:43:10:7 chr1 13052789 . G A 1255.93 PASS AF=0.483146;AO=128;DP=266;FAO=129;FDP=267;FR=.;FRO=138;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=78;FSRR=60;FWDB=-0.0142768;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8349;QD=18.8155;RBI=0.0162148;REFB=-0.00893597;REVB=-0.00768711;RO=137;SAF=68;SAR=60;SRF=78;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036032;STB=0.519782;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00752519;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:137:138:128:129:0.483146:60:68:78:59:61:68:78:60 chr1 13052871 . C T 1625.02 PASS AF=0.437811;AO=174;DP=399;FAO=176;FDP=402;FR=.;FRO=226;FSAF=85;FSAR=91;FSRF=129;FSRR=97;FWDB=0.00883961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.728;QD=16.1694;RBI=0.0200692;REFB=-0.0128202;REVB=-0.0180176;RO=225;SAF=84;SAR=90;SRF=129;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919629;STB=0.54927;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0165928;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:402:225:226:174:176:0.437811:90:84:129:96:91:85:129:97 chr1 13052907 . T C 1604.74 PASS AF=0.43073;AO=169;DP=396;FAO=171;FDP=397;FR=.;FRO=226;FSAF=80;FSAR=91;FSRF=123;FSRR=103;FWDB=-0.0116873;FXX=0.0025125;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.126;QD=16.1686;RBI=0.0117794;REFB=-0.00386988;REVB=-0.00146994;RO=224;SAF=79;SAR=90;SRF=121;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745713;STB=0.54343;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00869977;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:397:224:226:169:171:0.43073:90:79:121:103:91:80:123:103 chr1 13183222 . ATTTTTC ATTCTTT 41.53 PASS AF=0.137255;AO=6;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0205651;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=4;MLLD=123.562;QD=3.2573;RBI=0.0248729;REFB=-0.0079002;REVB=-0.0139906;RO=35;SAF=0;SAR=6;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.731553;STB=0.909027;STBP=0.067;TYPE=mnp;VARB=0.0190736;OID=.;OPOS=13183225;OREF=TTTC;OALT=CTTT;OMAPALT=ATTCTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.137255:6:51:7:51:44:1:6:31:13:39:35:0:6:24:11 chr1 13183237 . CT TC 95.74 PASS AF=0.25;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.00376274;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=2;MLLD=49.7562;QD=7.36429;RBI=0.00627299;REFB=-0.00412148;REVB=0.00501918;RO=36;SAF=6;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243433;STB=0.669328;STBP=0.195;TYPE=mnp;VARB=0.00955232;OID=.;OPOS=13183237;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:55:52:36:39:13:13:0.25:7:6:24:12:7:6:27:12 chr1 13183243 . T C 84.43 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0258803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.556;QD=5.82246;RBI=0.0485812;REFB=-0.0151139;REVB=-0.0411138;RO=44;SAF=7;SAR=6;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152327;STB=0.601478;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0903913;OID=.;OPOS=13183243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:57:58:44:45:13:13:0.224138:6:7:29:15:6:7:30:15 chr1 13183248 . TC AA 155.93 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0175943;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.36;QD=11.1382;RBI=0.0261904;REFB=-0.0135544;REVB=-0.0194005;RO=36;SAF=12;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426985;STB=0.511846;STBP=0.891;TYPE=mnp;VARB=0.0197683;OID=.;OPOS=13183248;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:19:20:0.357143:7:12:24:12:7:13:24:12 chr1 13183439 . T C 4056.53 PASS AF=1;AO=260;DP=261;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100139;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.044;QD=62.169;RBI=0.0142422;REFB=-0.00545328;REVB=0.0101274;RO=0;SAF=101;SAR=159;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0158e-07;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:261:261:0:0:260:261:1:159:101:0:0:160:101:0:0 chr1 13183511 . T C 738.73 PASS AF=0.400943;AO=83;DP=210;FAO=85;FDP=212;FR=.;FRO=127;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=0.0124075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.76;QD=13.9383;RBI=0.0265876;REFB=-0.0142696;REVB=-0.023515;RO=126;SAF=33;SAR=50;SRF=58;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690208;STB=0.527503;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0203696;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:212:126:127:83:85:0.400943:50:33:58:68:50:35:58:69 chr1 13183528 . A C 571.17 PASS AF=0.354167;AO=68;DP=185;FAO=68;FDP=192;FR=.;FRO=124;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=-0.0307688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.873;QD=11.8994;RBI=0.0345314;REFB=-0.0116433;REVB=-0.0156748;RO=117;SAF=25;SAR=43;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127539;STB=0.567028;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0258076;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:192:117:124:68:68:0.354167:43:25:56:61:43:25:58:66 chr1 13183532 . CC TT 541.77 PASS AF=0.355191;AO=65;DP=184;FAO=65;FDP=183;FR=.;FRO=118;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=-0.0293046;FXX=0.0108102;HRUN=2;LEN=2;MLLD=213.292;QD=11.8419;RBI=0.0296283;REFB=-0.00609254;REVB=-0.00436719;RO=116;SAF=23;SAR=42;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121319;STB=0.575622;STBP=0.154;TYPE=mnp;VARB=0.0110278;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:116:118:65:65:0.355191:42:23:53:63:42:23:55:63 chr1 13183567 . C T 334.68 PASS AF=0.296053;AO=45;DP=152;FAO=45;FDP=152;FR=.;FRO=107;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=-0.0359823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.578;QD=8.80733;RBI=0.0359938;REFB=-0.0116602;REVB=0.000909155;RO=107;SAF=15;SAR=30;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222307;STB=0.630571;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0223355;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:107:107:45:45:0.296053:30:15:55:52:30:15:55:52 chr1 13183573 . G T 303.18 PASS AF=0.275168;AO=41;DP=149;FAO=41;FDP=149;FR=.;FRO=108;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=0.00307715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.087;QD=8.13914;RBI=0.00660919;REFB=-0.00498059;REVB=0.00584914;RO=108;SAF=12;SAR=29;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285299;STB=0.669752;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0125569;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:108:108:41:41:0.275168:29:12:56:52:29:12:56:52 chr1 13219149 . G A 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.043286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.765;QD=10.6667;RBI=0.0460976;REFB=-0.00564532;REVB=-0.0158529;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281387;STB=0.663203;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0118403;OID=.;OPOS=13219149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:16:2:3:7:16:2 chr1 13219375 . G T 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=9;FWDB=-0.012592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1815;QD=10.2122;RBI=0.0240187;REFB=0.00106946;REVB=0.0204534;RO=46;SAF=11;SAR=12;SRF=37;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37412;STB=0.7136;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00084718;OID=.;OPOS=13219375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:12:11:37:9:12:11:37:9 chr1 13448283 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0697034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7627;QD=45.8068;RBI=0.0699977;REFB=0;REVB=-0.0064114;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157585;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr1 13448351 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8002;QD=33.425;RBI=0.0717787;REFB=0;REVB=0.0470791;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010229;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 13474934 . G A 221.18 PASS AF=0.869565;AO=19;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00186968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6246;QD=38.4658;RBI=0.212268;REFB=-0.042128;REVB=0.21226;RO=3;SAF=13;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00505478;STB=0.50239;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0129887;OID=.;OPOS=13474934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:23:23:3:3:19:20:0.869565:6:13:2:1:7:13:2:1 chr1 13474951 . C G 203.52 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0239544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.004;QD=30.1511;RBI=0.0359796;REFB=-0.0251693;REVB=0.0268463;RO=7;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123129;STB=0.580706;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.011898;OID=.;OPOS=13474951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:7:8:19:19:0.703704:7:12:6:1:7:12:7:1 chr1 13474974 . G A 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00298485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.332;QD=29.9652;RBI=0.0370915;REFB=-0.0239429;REVB=0.0369712;RO=13;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845316;STB=0.5464;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0093493;OID=.;OPOS=13474974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:11:14:9:4:11:14:9:4 chr1 13695787 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.561;QD=53.9112;RBI=0.0516388;REFB=0;REVB=-0.0445051;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.89745e-05;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr1 13695816 . G A 664.12 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.39;QD=61.7789;RBI=0.0339608;REFB=0;REVB=0.0331746;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153952;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:39:43:1:10:29:0:0:12:31:0:0 chr1 13802325 . T C 1457.47 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0614062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.93;QD=62.02;RBI=0.0614083;REFB=-0.0901458;REVB=0.000504396;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.504586;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000370844;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:39:54:0:0:39:54:1:0 chr1 13802437 . G A 405.52 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00688276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.905;QD=19.7816;RBI=0.00737614;REFB=-0.0163456;REVB=0.00265235;RO=41;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109673;STB=0.560802;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0150385;OID=.;OPOS=13802437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:21:20:25:16:21:20:25:16 chr1 13910417 . C T 418.34 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=20;FWDB=0.0304223;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=223.049;QD=28.3619;RBI=0.0304227;REFB=-0.016095;REVB=-0.000155072;RO=20;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265555;STB=0.642795;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00819413;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:20:39:39:0.661017:25:14:0:20:25:14:0:20 chr1 13940864 . C G 1589.34 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.157;QD=59.9753;RBI=0.00839296;REFB=0;REVB=0.00435076;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65402e-06;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:50:56:0:0:50:56:0:0 chr1 13944236 . C CTT 482.19 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158225;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=2;MLLD=38.9068;QD=47.0429;RBI=0.040096;REFB=0;REVB=0.036842;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000154634;OID=.;OPOS=13944237;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:42:41:41:0:26:15:0:0:9:0:25:15:0:0 chr1 14106394 . A ACTC 224.77 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0249672;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=205.105;QD=10.8321;RBI=0.0252936;REFB=-0.023587;REVB=-0.00405022;RO=55;SAF=17;SAR=11;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721999;STB=0.542042;STBP=0.626;TYPE=ins;VARB=0.045222;OID=.;OPOS=14106395;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=ACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337349:28:83:28:83:55:17:11:30:25:99:55:17:11:30:25 chr1 14143003 . A G 374.4 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0119932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.841;QD=15.6;RBI=0.0139515;REFB=-0.0105759;REVB=-0.00712787;RO=56;SAF=22;SAR=18;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161271;STB=0.590864;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0158953;OID=.;OPOS=14143003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:18:22:22:34:18:22:22:34 chr1 14149622 . T C 206.97 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00124526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.033;QD=17.2477;RBI=0.0113076;REFB=0.00273545;REVB=0.0112388;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101902;STB=0.558226;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00378563;OID=.;OPOS=14149622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:8:13:14:13:8:13:14:13 chr1 14150709 . C T 755.27 PASS AF=0.514085;AO=73;DP=142;FAO=73;FDP=142;FR=.;FRO=69;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.00178226;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.572;QD=21.2752;RBI=0.00540662;REFB=-0.00867932;REVB=0.00510442;RO=69;SAF=44;SAR=29;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211413;STB=0.511625;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0108378;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:69:69:73:73:0.514085:29:44:40:29:29:44:40:29 chr1 14150714 . G A 757.48 PASS AF=0.503401;AO=73;DP=147;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.00584323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2536;QD=20.6117;RBI=0.0523138;REFB=-0.0254765;REVB=0.0519864;RO=68;SAF=46;SAR=27;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657908;STB=0.538156;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0457541;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:68:73:73:74:0.503401:27:46:38:30:28:46:40:33 chr1 14150740 . G T 637.61 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=139;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=-0.00281718;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.717;QD=18.4814;RBI=0.00771754;REFB=0.00265503;REVB=0.00718498;RO=73;SAF=41;SAR=24;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000647257;STB=0.500359;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00316184;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:73:73:65:65:0.471014:24:41:46:27:24:41:46:27 chr1 14150992 . T C 556.07 PASS AF=0.483333;AO=57;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00708842;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.352;QD=18.5356;RBI=0.00735898;REFB=-0.00896732;REVB=0.00197709;RO=60;SAF=29;SAR=28;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698158;STB=0.533322;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0105994;OID=.;OPOS=14150992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:62:57:58:0.483333:28:29:26:34:29:29:27:35 chr1 14220186 . A G 398.86 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0100209;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.934;QD=17.7271;RBI=0.0151524;REFB=-0.00196409;REVB=0.0113656;RO=48;SAF=15;SAR=26;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172937;STB=0.591848;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00305438;OID=.;OPOS=14220186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:48:49:41:41:0.455556:26:15:26:22:26:15:26:23 chr1 14450771 . G A 1459.22 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0436313;FXX=0.0560695;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.165;QD=57.791;RBI=0.0443919;REFB=-0.0628312;REVB=-0.00818195;RO=2;SAF=31;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812964;STB=0.504286;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000756577;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:103:101:2:2:99:99:0.980198:68:31:1:1:68:31:1:1 chr1 14507057 . A G 245.08 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00821409;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.525;QD=17.5054;RBI=0.0105553;REFB=-0.00839024;REVB=0.0066289;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963337;STB=0.55405;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0113629;OID=.;OPOS=14507057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:17:12:14:13:17:12 chr1 15382667 . T C 855.3 PASS AF=0.556338;AO=79;DP=143;FAO=79;FDP=142;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0368449;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.334;QD=24.0928;RBI=0.0426379;REFB=-0.0180718;REVB=0.021458;RO=62;SAF=39;SAR=40;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00789846;STB=0.500713;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0114609;OID=.;OPOS=15382667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:62:63:79:79:0.556338:40:39:30:32:40:39:31:32 chr1 15438990 . G A 1242.58 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0151529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.4802;QD=57.7944;RBI=0.058827;REFB=-0.200275;REVB=0.0568419;RO=2;SAF=26;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163283;STB=0.512817;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00270744;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:2:3:83:83:0.965116:57:26:0:2:57:26:0:3 chr1 15490865 . T A 1402.86 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0436477;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.722;QD=61.664;RBI=0.0541226;REFB=-0.0827674;REVB=0.0320022;RO=1;SAF=33;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141437;STB=0.507245;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000270364;OID=.;OPOS=15490865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:89:90:0.989011:56:33:1:0:56:34:1:0 chr1 15497727 . T C 716.98 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606477;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.006;QD=57.3584;RBI=0.0622254;REFB=0;REVB=0.0139233;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481775;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:30:19:0:0:31:19:0:0 chr1 15541607 . T C 495.44 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00264982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.77;QD=26.0759;RBI=0.0107633;REFB=-0.0231925;REVB=-0.010432;RO=29;SAF=24;SAR=22;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952535;STB=0.544285;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0140895;OID=.;OPOS=15541607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:30:46:46:0.605263:22:24:19:10:22:24:19:11 chr1 15665973 . T A 38.4 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00143201;FXX=0.0506265;HRUN=7;LEN=1;MLLD=28.0517;QD=2.0479;RBI=0.123215;REFB=-0.0384334;REVB=0.123207;RO=48;SAF=7;SAR=1;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.588626;STB=0.898787;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.185055;OID=.;OPOS=15665973;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:79:75:48:65:8:8:0.106667:1:7:17:31:1:7:25:40 chr1 15687059 . A G 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0393717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6969;QD=19.9751;RBI=0.0406041;REFB=0.00695901;REVB=0.00992792;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133915;STB=0.575681;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00541418;OID=.;OPOS=15687059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:11:9:12:8:11:9 chr1 15708540 . A G 306.57 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0104918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.005;QD=27.2507;RBI=0.0213152;REFB=-0.0231625;REVB=0.0185543;RO=17;SAF=16;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086828;STB=0.559955;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0164725;OID=.;OPOS=15708540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:11:16:8:9:11:16:8:10 chr1 15710411 . G C 336.27 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0649361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8417;QD=28.0222;RBI=0.0652492;REFB=-0.0263288;REVB=0.00638423;RO=19;SAF=17;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192917;STB=0.606204;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0241911;OID=.;OPOS=15710411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:12:17:6:13:12:17:6:13 chr1 15714831 . C CCATT,T 100.19 PASS AF=0.2,0.8;AO=2,7;DP=10;FAO=2,8;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662936,-0.0162446;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=4,1;MLLD=246.582,38.7743;QD=40.0774;RBI=0.0667352,0.0162669;REFB=0,0;REVB=-0.00766422,0.000851203;RO=1;SAF=0,4;SAR=2,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0971198;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0703878,-0.0608933;OID=.,.;OPOS=15714832,15714831;OREF=-,C;OALT=CATT,T;OMAPALT=CCATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:10:10:1:0:2,7:2,8:0.2,0.8:2,3:0,4:1:0:2,3:0,5:0:0 chr1 15714842 . G C 35.25 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0355104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4051;QD=5.42307;RBI=0.0396075;REFB=-0.0504596;REVB=-0.0175433;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19752;STB=0.631132;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0236381;OID=.;OPOS=15714842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:10:10:4:2:10:10 chr1 15723843 . G A 606.63 PASS AF=0.521368;AO=60;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0212564;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.484;QD=20.7394;RBI=0.0245168;REFB=-0.00772935;REVB=-0.0122164;RO=57;SAF=26;SAR=34;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269609;STB=0.515526;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00814217;OID=.;OPOS=15723843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:56:60:61:0.521368:34:26:23:34:34:27:23:33 chr1 15754484 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.158;QD=60.3767;RBI=0.0276877;REFB=0;REVB=0.0223565;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54213e-06;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:50:24:0:0:50:24:0:0 chr1 15788269 . A C 1140.64 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1627;QD=60.0335;RBI=0.0349236;REFB=0;REVB=0.0306487;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494321;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:29:45:0:0:31:45:0:0 chr1 15808198 . C T 469.25 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0203657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8689;QD=18.5841;RBI=0.0473153;REFB=-0.00957566;REVB=-0.042708;RO=52;SAF=18;SAR=31;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00195898;STB=0.501087;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00858819;OID=.;OPOS=15808198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:31:18:19:33:31:18:19:33 chr1 15808767 . G A 341.43 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00225858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.739;QD=25.7683;RBI=0.0192572;REFB=-0.0285924;REVB=0.0191243;RO=18;SAF=16;SAR=17;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982569;STB=0.55106;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0158989;OID=.;OPOS=15808767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:18:20:33:33:0.622642:17:16:6:12:17:16:7:13 chr1 15808872 . G A 461.37 PASS AF=0.447368;AO=50;DP=113;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0490891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.215;QD=16.1883;RBI=0.0491023;REFB=-0.00913395;REVB=0.00113744;RO=62;SAF=26;SAR=24;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00383854;STB=0.501032;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0141796;OID=.;OPOS=15808872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:62:63:50:51:0.447368:24:26:32:30:25:26:32:31 chr1 15809876 . G A 227.48 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0414077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.137;QD=21.1606;RBI=0.042573;REFB=-0.0457894;REVB=-0.00989245;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162544;STB=0.556693;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0246036;OID=.;OPOS=15809876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:18:21:22:22:0.511628:13:9:11:7:13:9:11:10 chr1 15812400 . C T 404.17 PASS AF=0.476744;AO=42;DP=87;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00680846;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.327;QD=18.7985;RBI=0.0152679;REFB=-0.00322929;REVB=-0.0136658;RO=43;SAF=24;SAR=18;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751303;STB=0.544798;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00547887;OID=.;OPOS=15812400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:43:45:42:41:0.476744:18:24:28:15:18:23:29:16 chr1 15812432 . A G 1463.7 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.512;QD=62.9548;RBI=0.0151675;REFB=0;REVB=0.0148458;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310509;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:43:49:0:0:44:49:0:0 chr1 15832543 . T C 303.71 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0307757;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5839;QD=25.3092;RBI=0.0320409;REFB=-0.0232315;REVB=0.00891495;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081737;STB=0.534858;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0189279;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:22:21:27:27:0.5625:15:12:12:10:15:12:11:10 chr1 15844615 . A G 427.77 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0121879;FXX=0.0404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.698;QD=18.0114;RBI=0.037372;REFB=-0.0364468;REVB=0.0353288;RO=51;SAF=15;SAR=28;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162073;STB=0.596605;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0489699;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:52:43:43:0.452632:28:15:26:25:28:15:27:25 chr1 15850613 . G A 38.5 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0338439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.513;QD=5.7031;RBI=0.0348743;REFB=-0.0522322;REVB=0.00841493;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582928;STB=0.81738;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0435312;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:17:20:6:6:0.222222:4:2:15:2:4:2:16:4 chr1 15909850 . C G 166.94 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0100411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.0938;QD=11.3179;RBI=0.0310601;REFB=0.00718019;REVB=-0.0293923;RO=38;SAF=15;SAR=6;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278536;STB=0.677356;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00657082;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:37:21:22:0.372881:6:15:18:20:6:16:17:20 chr1 16069071 . C T 767.3 PASS AF=0.506849;AO=74;DP=147;FAO=74;FDP=146;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00748451;FXX=0.0135126;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8529;QD=21.0219;RBI=0.0248254;REFB=-0.031005;REVB=-0.0236703;RO=72;SAF=45;SAR=29;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061483;STB=0.53386;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0285011;OID=.;OPOS=16069071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:72:72:74:74:0.506849:29:45:39:33:29:45:39:33 chr1 16096932 . G GT 377.58 PASS AF=1;AO=5;DP=37;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155217;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.7451;QD=44.4207;RBI=0.271427;REFB=0;REVB=0.222666;RO=32;SAF=5;SAR=0;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.629974;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0156317;OID=.;OPOS=16096933;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:37:34:34:0:22:12:0:0:7:32:5:0:17:15 chr1 16096934 . CCCCCC TCCCCC,TCCCCT 421.99 PASS AF=0.763158,0.105263;AO=24,4;DP=38;FAO=29,4;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=14,4;FSAR=15,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.088998,0.0215025;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,6;MLLD=33.5838,178.159;QD=44.4201;RBI=0.0900837,0.0305411;REFB=-0.1271,-0.0737802;REVB=-0.0139436,-0.0216888;RO=5;SAF=12,4;SAR=12,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.158946,0;STB=0.575706,0.5;STBP=0.06,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0198636,0.0649136;OID=.,.;OPOS=16096934,16096934;OREF=C,CCCCCC;OALT=T,TCCCCT;OMAPALT=TCCCCC,TCCCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:38:38:5:5:24,4:29,4:0.763158,0.105263:12,0:12,4:5:0:15,0:14,4:5:0 chr1 16256007 . T C 59.13 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0042159;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.739;QD=13.1405;RBI=0.0290276;REFB=-0.0115738;REVB=-0.0287198;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119124;STB=0.571247;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0148983;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:5:5:3:5:5:5 chr1 16259813 . A G 241.65 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0644272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6353;QD=21.9685;RBI=0.0644351;REFB=-0.0019633;REVB=0.00101032;RO=21;SAF=5;SAR=18;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131838;STB=0.574399;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00352799;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:18:5:7:14:18:5:7:14 chr1 16272250 . A G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0191629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.11;QD=12.4821;RBI=0.0596655;REFB=-0.0162151;REVB=-0.0565045;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167492;STB=0.598767;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0315777;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:11:8:7:5:11:8 chr1 16330816 . C T 263.02 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.00924279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.007;QD=15.0299;RBI=0.00930228;REFB=-0.00483822;REVB=-0.00105035;RO=39;SAF=13;SAR=17;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303878;STB=0.662236;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00634145;OID=.;OPOS=16330816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:40:30:30:0.428571:17:13:29:10:17:13:29:11 chr1 16332571 . C T 286.03 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0807403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3851;QD=20.4304;RBI=0.0810456;REFB=0.00109876;REVB=-0.00702859;RO=25;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136207;STB=0.566622;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000554631;OID=.;OPOS=16332571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:13:17:10:15:13:17:11:15 chr1 16341649 . C T 1172.79 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0231418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.123;QD=57.2091;RBI=0.0777569;REFB=-0.192981;REVB=0.0742334;RO=2;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295601;STB=0.523071;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000592693;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:82:82:2:3:79:79:0.963415:31:48:0:2:31:48:0:3 chr1 16341733 . T C 1152.73 PASS AF=0.962963;AO=79;DP=79;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0356187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.819;QD=56.9251;RBI=0.0390015;REFB=-0.0919886;REVB=0.0158879;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518514;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0015224;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:81:0:3:79:78:0.962963:38:41:0:0:39:39:3:0 chr1 16342237 . A G 516.12 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0216658;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.357;QD=57.3469;RBI=0.0265237;REFB=-0.0337743;REVB=0.0153002;RO=1;SAF=9;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491493;STB=0.5263;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00129165;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:36:1:1:35:35:0.972222:26:9:1:0:26:9:1:0 chr1 16344360 . A G 2605.36 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.477;QD=62.0324;RBI=0.0636133;REFB=0;REVB=0.0566648;RO=0;SAF=82;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95948e-05;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:168:0:0:161:168:1:79:82:0:0:82:86:0:0 chr1 16344402 . G A 2587.39 PASS AF=0.994152;AO=168;DP=169;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.07593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2915;QD=60.5238;RBI=0.0904707;REFB=-0.0193682;REVB=0.0491893;RO=1;SAF=74;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638796;STB=0.502618;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000638565;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:169:171:1:1:168:170:0.994152:94:74:1:0:95:75:0:1 chr1 16344494 . G A 1122.63 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0201995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0004;QD=55.4383;RBI=0.119945;REFB=-0.113693;REVB=0.118232;RO=4;SAF=37;SAR=40;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00182063;STB=0.500963;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00506101;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:81:81:4:4:77:77:0.950617:40:37:2:2:40:37:2:2 chr1 16344625 . C G 958.41 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331122;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0037;QD=58.9789;RBI=0.00691728;REFB=0;REVB=0.00607326;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51777e-06;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:32:32:0:0:32:33:0:0 chr1 16344664 . G A 246.06 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0202046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.215;QD=14.4741;RBI=0.0357155;REFB=-0.0239889;REVB=0.0294512;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251622;STB=0.642052;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0474675;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:17:12:26:13:17:12:26:13 chr1 16344683 . C T 399.04 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0238343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.33;QD=23.8232;RBI=0.0244164;REFB=-0.0258825;REVB=0.00529951;RO=27;SAF=25;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178454;STB=0.591435;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0229605;OID=.;OPOS=16344683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:28:39:39:0.58209:14:25:11:16:14:25:12:16 chr1 16345735 . C T 306.92 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00692986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.266;QD=18.054;RBI=0.0371681;REFB=-0.0308322;REVB=0.0365164;RO=35;SAF=13;SAR=20;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112786;STB=0.563086;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0287993;OID=.;OPOS=16345735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:20:13:18:17:20:13:18:17 chr1 16351275 . A G 817.68 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.163;QD=57.3811;RBI=0.0238962;REFB=0;REVB=-0.00269172;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.95493e-05;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:34:23:0:0 chr1 16355638 . T A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0104683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3719;QD=10.6344;RBI=0.0467761;REFB=-0.00292449;REVB=-0.0455897;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00167911;OID=.;OPOS=16355638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:4:4:6:6:4:4:7:6 chr1 16356501 . G A 613.14 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7597;QD=61.3142;RBI=0.138308;REFB=0;REVB=0.0258989;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261802;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr1 16358932 . T C 501.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.745;QD=58.9537;RBI=0.0398456;REFB=0;REVB=0.0389053;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46368e-05;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:25:7:0:0:25:9:0:0 chr1 16361916 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00866061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.484;QD=43.4851;RBI=0.0283642;REFB=0;REVB=0.0270097;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74023e-05;OID=.;OPOS=16361916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr1 16373124 . A G 994.51 PASS AF=1;AO=59;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.466;QD=59.3739;RBI=0.0827723;REFB=0;REVB=0.0266069;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272658;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:59:67:1:42:17:0:0:43:24:0:0 chr1 16374533 . G C 1342.88 PASS AF=0.91;AO=91;DP=100;FAO=91;FDP=100;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=64;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.000451338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.66;QD=53.7153;RBI=0.00240304;REFB=-0.0425957;REVB=-0.00236028;RO=9;SAF=27;SAR=64;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114421;STB=0.560687;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000310646;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:100:100:9:9:91:91:0.91:64:27:8:1:64:27:8:1 chr1 16374994 . C T 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00926263;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.968;QD=52.4084;RBI=0.0138676;REFB=-0.0639619;REVB=0.0103205;RO=2;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051808;STB=0.527761;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00422802;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:17:15:0:2:17:15:0:2 chr1 16375063 . CA GC 414.57 PASS AF=0.916667;AO=32;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0805338;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.8;QD=46.0628;RBI=0.128714;REFB=-0.105941;REVB=0.100408;RO=3;SAF=8;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175523;STB=0.510198;STBP=0.773;TYPE=mnp;VARB=0.011543;OID=.;OPOS=16375063;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:36:36:3:3:32:33:0.916667:24:8:1:2:25:8:1:2 chr1 16376191 . C T 823.25 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00742746;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8977;QD=57.7717;RBI=0.0884418;REFB=0;REVB=0.0881293;RO=0;SAF=49;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643317;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:55:57:1:6:49:0:0:8:49:0:0 chr1 16376319 . T C 1843.03 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466142;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4456;QD=60.9265;RBI=0.0513103;REFB=0;REVB=0.0214445;RO=0;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123311;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:119:121:1:64:55:0:0:66:55:0:0 chr1 16380196 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00745029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.556;QD=60.7159;RBI=0.00745455;REFB=0;REVB=0.00025201;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72381e-05;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:40:34:0:0:40:36:0:0 chr1 16380243 . A G 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.568;QD=57.8812;RBI=0.0696105;REFB=0;REVB=-0.0692142;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012433;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr1 16380252 . C T 791.8 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7996;QD=54.6068;RBI=0.140989;REFB=0;REVB=-0.048089;RO=3;SAF=25;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001209;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:3:0:55:58:1:30:25:3:0:30:28:0:0 chr1 16382958 . T C 526.61 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0502963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.4405;QD=24.4935;RBI=0.0503141;REFB=-0.0272586;REVB=0.00133765;RO=37;SAF=38;SAR=11;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130884;STB=0.572114;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0335134;OID=.;OPOS=16382958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:37:49:49:0.569767:11:38:24:13:11:38:24:13 chr1 16383682 . G C 182.98 PASS AF=0.259615;AO=27;DP=104;FAO=27;FDP=104;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0377558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8277;QD=7.03772;RBI=0.0652388;REFB=-0.0183242;REVB=0.0532034;RO=76;SAF=15;SAR=12;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147982;STB=0.593152;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0515179;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:76:77:27:27:0.259615:12:15:33:43:12:15:33:44 chr1 16383742 . C G 710.56 PASS AF=0.463415;AO=76;DP=164;FAO=76;FDP=164;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0339783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8719;QD=17.3307;RBI=0.0695401;REFB=-0.0404224;REVB=-0.0606738;RO=88;SAF=37;SAR=39;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00173764;STB=0.500963;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0511061;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:88:88:76:76:0.463415:39:37:43:45:39:37:43:45 chr1 16384986 . G T 58.49 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00582081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.36;QD=14.6234;RBI=0.0446246;REFB=-0.0124488;REVB=0.0442433;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309389;STB=0.681384;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0143604;OID=.;OPOS=16384986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:2:6:3:5:2:6 chr1 16384998 . GG CA 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00164358;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=322.202;QD=18.8866;RBI=0.00349131;REFB=-0.0198505;REVB=-0.00308024;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151251;STB=0.588011;STBP=0.479;TYPE=mnp;VARB=0.0122806;OID=.;OPOS=16384998;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:2:3:3:5:2:3 chr1 16385042 . G A 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0438647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.082;QD=26.6014;RBI=0.0679591;REFB=0.0134642;REVB=0.051907;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125393;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00073321;OID=.;OPOS=16385042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:1:2:8:8:0.8:3:5:0:1:3:5:1:1 chr1 16385175 . G A 181.48 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00922249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.956;QD=32.9965;RBI=0.0327141;REFB=-0.0152403;REVB=0.0313872;RO=4;SAF=15;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100199;STB=0.542116;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00381706;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:4:5:17:17:0.772727:2:15:3:1:2:15:4:1 chr1 16386008 . T C 429.29 PASS AF=1;AO=18;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3239;QD=55.3924;RBI=0.241197;REFB=0;REVB=0.238225;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00754635;OID=.;OPOS=16386008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:18:31:1:8:10:0:0:17:14:0:0 chr1 16386416 . G A 372.45 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.545;QD=55.1782;RBI=0.108098;REFB=0;REVB=-0.0256956;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196895;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:12:13:0:0:12:15:0:0 chr1 16386447 . G C 264.28 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826192;FXX=0.0908678;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1363;QD=52.856;RBI=0.139811;REFB=0;REVB=0.112788;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00677318;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:20:0:0:17:20:1:9:8:0:0:9:11:0:0 chr1 16386495 . C T 159.91 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.483;QD=45.6871;RBI=0.0868622;REFB=0;REVB=0.0254999;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127351;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:10:4:0:0 chr1 16388646 . T C 1381.65 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00699585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.45;QD=61.4066;RBI=0.0339434;REFB=-0.0985283;REVB=0.0332146;RO=0;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58117e-08;STB=0.504503;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-1.00605e-05;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:55:34:0:0:55:34:0:1 chr1 16451767 . G A 64.05 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00587391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.19;QD=9.48896;RBI=0.0346103;REFB=-0.0142039;REVB=0.0341082;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229856;STB=0.644779;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0550259;OID=.;OPOS=16451767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:8:1:4:14:8:1:4:14 chr1 16459745 . G A 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0237675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9655;QD=16.8092;RBI=0.0513187;REFB=-0.00739849;REVB=0.0454832;RO=42;SAF=13;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17381;STB=0.597679;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0220001;OID=.;OPOS=16459745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:22:13:23:19:22:13:23:19 chr1 16460339 . G A 311.9 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00643544;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.8367;QD=19.1937;RBI=0.0552307;REFB=-0.0460021;REVB=0.0548545;RO=30;SAF=18;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124219;STB=0.568204;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0538441;OID=.;OPOS=16460339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:32:33:33:0.507692:15:18:12:18:15:18:13:19 chr1 16464673 . G A 228.35 PASS AF=0.609756;AO=14;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=12;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.172571;FXX=0.0465008;HRUN=6;LEN=1;MLLD=22.2924;QD=22.2779;RBI=0.270621;REFB=-0.100471;REVB=0.208459;RO=6;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170612;STB=0.547788;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0557729;OID=.;OPOS=16464673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:41:41:6:12:14:25:0.609756:13:1:0:6:13:12:4:8 chr1 16533022 . C T 435.75 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00934236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6034;QD=54.4687;RBI=0.0443071;REFB=-0.065631;REVB=0.0433109;RO=0;SAF=3;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7166e-08;STB=0.508766;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00268824;OID=.;OPOS=16533022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:28:3:0:0:28:3:0:1 chr1 16641899 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.192;QD=58.1421;RBI=0.0677106;REFB=0;REVB=0.0175908;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335835;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr1 16723084 . G A,C 1405.6 PASS AF=0.945055,0.0549451;AO=86,5;DP=91;FAO=86,5;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=65,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045344,-0.0358132;FXX=0.0108684;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.4898,162.047;QD=61.7845;RBI=0.045399,0.0402783;REFB=0,0;REVB=-0.00223457,-0.0184324;RO=0;SAF=21,0;SAR=65,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.63946e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00113441,0.0463984;OID=.,.;OPOS=16723084,16723084;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:91:91:0:0:86,5:86,5:0.945055,0.0549451:65,5:21,0:0:0:65,5:21,0:0:0 chr1 16730308 . G T 260.77 PASS AF=0.508772;AO=25;DP=54;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00988315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.401;QD=18.2999;RBI=0.0229291;REFB=-0.0123083;REVB=0.0206898;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270348;STB=0.645063;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0150736;OID=.;OPOS=16730308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:29:28:25:29:0.508772:10:15:9:20:11:18:9:19 chr1 16752057 . G A 162.34 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0283291;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=339.756;QD=18.5529;RBI=0.0290846;REFB=0.00607887;REVB=0.00658608;RO=18;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965429;STB=0.555485;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00630758;OID=.;OPOS=16752057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:15:2:3:15:15:2:3:15 chr1 16840730 . C T 523.12 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00818728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.516;QD=26.4869;RBI=0.0140957;REFB=-0.0286977;REVB=0.0114743;RO=31;SAF=18;SAR=30;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128135;STB=0.570003;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.016071;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:31:48:48:0.607595:30:18:17:14:30:18:17:14 chr1 16840756 . G A 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0151159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.501;QD=12.8691;RBI=0.0168873;REFB=-0.00789156;REVB=-0.00752917;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478585;STB=0.527649;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0113831;OID=.;OPOS=16840756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:13:8:14:19:13:8:14:19 chr1 16858909 . G C 1456.9 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113278;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.957;QD=63.3436;RBI=0.011493;REFB=0;REVB=0.0019415;RO=0;SAF=60;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42368e-05;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:32:60:0:0:32:60:0:0 chr1 16860633 . G A 34.01 PASS AF=0.0698925;AO=13;DP=190;FAO=13;FDP=186;FR=.;FRO=173;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=67;FSRR=106;FWDB=0.0196634;FXX=0.0210515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4194;QD=0.731437;RBI=0.063222;REFB=-0.00454864;REVB=-0.0600864;RO=175;SAF=6;SAR=7;SRF=67;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878621;STB=0.570122;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0598299;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:190:186:175:173:13:13:0.0698925:7:6:67:108:7:6:67:106 chr1 16860652 . A C 180.53 PASS AF=0.168317;AO=34;DP=202;FAO=34;FDP=202;FR=.;FRO=168;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=107;FWDB=0.0247737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3071;QD=3.57491;RBI=0.0285685;REFB=0.00395096;REVB=-0.0142276;RO=164;SAF=20;SAR=14;SRF=61;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273225;STB=0.680824;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.015133;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:164:168:34:34:0.168317:14:20:61:103:14:20:61:107 chr1 16861772 . A G 962.2 PASS AF=0.519337;AO=94;DP=180;FAO=94;FDP=181;FR=.;FRO=87;FSAF=65;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.00892521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.333;QD=21.2642;RBI=0.0183311;REFB=0.00291738;REVB=-0.0160115;RO=86;SAF=65;SAR=29;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107132;STB=0.562609;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00228506;OID=.;OPOS=16861772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:86:87:94:94:0.519337:29:65:50:36:29:65:50:37 chr1 16861804 . G A 446.11 PASS AF=0.347826;AO=56;DP=160;FAO=56;FDP=161;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=-0.0329482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.04;QD=11.0836;RBI=0.0363783;REFB=-0.0304431;REVB=0.0154207;RO=104;SAF=32;SAR=24;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816716;STB=0.543813;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0497818;OID=.;OPOS=16861804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:104:105:56:56:0.347826:24:32:52:52:24:32:53:52 chr1 16861847 . A T 234.99 PASS AF=0.223529;AO=38;DP=170;FAO=38;FDP=170;FR=.;FRO=132;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=72;FWDB=-0.0156478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.802;QD=5.52925;RBI=0.0194803;REFB=-0.00864864;REVB=-0.0116028;RO=131;SAF=21;SAR=17;SRF=59;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129019;STB=0.575746;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0233196;OID=.;OPOS=16861847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:131:132:38:38:0.223529:17:21:59:72:17:21:60:72 chr1 16861849 . A G 234.24 PASS AF=0.222222;AO=38;DP=171;FAO=38;FDP=171;FR=.;FRO=133;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=73;FWDB=0.0129592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.43;QD=5.47937;RBI=0.0483941;REFB=-0.00298241;REVB=-0.0466266;RO=133;SAF=21;SAR=17;SRF=60;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128268;STB=0.578471;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0446905;OID=.;OPOS=16861849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:133:133:38:38:0.222222:17:21:60:73:17:21:60:73 chr1 16862282 . G A 180.44 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0326247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.295;QD=8.39258;RBI=0.0336277;REFB=-0.0181598;REVB=-0.00815182;RO=61;SAF=11;SAR=14;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235018;STB=0.63858;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0331923;OID=.;OPOS=16862282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:61:61:25:25:0.290698:14:11:39:22:14:11:39:22 chr1 16862294 . A G 43.9 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.00460604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.731;QD=1.97286;RBI=0.0324836;REFB=-0.00562979;REVB=-0.0321554;RO=79;SAF=7;SAR=3;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207535;STB=0.655417;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0651799;OID=.;OPOS=16862294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:79:79:10:10:0.11236:3:7:42:37:3:7:42:37 chr1 16862296 . G C 110.61 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0483991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2432;QD=4.97129;RBI=0.0528813;REFB=-0.00468374;REVB=-0.0213065;RO=70;SAF=10;SAR=8;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160986;STB=0.505045;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0143492;OID=.;OPOS=16862296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:70:71:18:18:0.202247:8:10:38:32:8:10:39:32 chr1 16862454 . T G 1330.54 PASS AF=0.465116;AO=139;DP=300;FAO=140;FDP=301;FR=.;FRO=161;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=77;FSRR=84;FWDB=-0.00169846;FXX=0.00331115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.414;QD=17.6815;RBI=0.0393434;REFB=-0.0101806;REVB=0.0393067;RO=154;SAF=68;SAR=71;SRF=71;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269112;STB=0.50781;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.024576;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:301:154:161:139:140:0.465116:71:68:71:83:71:69:77:84 chr1 16862461 . T A 1922.19 PASS AF=0.608541;AO=166;DP=304;FAO=171;FDP=281;FR=.;FRO=110;FSAF=93;FSAR=78;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=-0.00222104;FXX=0.0906119;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216.654;QD=27.3622;RBI=0.0160802;REFB=-0.0239921;REVB=-0.0159261;RO=67;SAF=93;SAR=73;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124982;STB=0.527921;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00649733;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:281:67:110:166:171:0.608541:73:93:36:31:78:93:52:58 chr1 16862472 . G C 296.06 PASS AF=0.165266;AO=59;DP=357;FAO=59;FDP=357;FR=.;FRO=298;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=145;FSRR=153;FWDB=-0.0219911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.404;QD=3.31723;RBI=0.026267;REFB=-0.00190447;REVB=-0.0143648;RO=298;SAF=32;SAR=27;SRF=145;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722273;STB=0.546526;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.009886;OID=.;OPOS=16862472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:357:298:298:59:59:0.165266:27:32:145:153:27:32:145:153 chr1 16862502 . A G 3582.69 PASS AF=0.666667;AO=296;DP=444;FAO=298;FDP=447;FR=.;FRO=149;FSAF=152;FSAR=146;FSRF=78;FSRR=71;FWDB=0.00197688;FXX=0.00445424;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3478;QD=32.0598;RBI=0.0432751;REFB=-0.000802795;REVB=-0.04323;RO=148;SAF=151;SAR=145;SRF=78;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010522;STB=0.504477;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.000475573;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:444:447:148:149:296:298:0.666667:145:151:78:70:146:152:78:71 chr1 16862566 . G A 329.22 PASS AF=0.145129;AO=73;DP=504;FAO=73;FDP=503;FR=.;FRO=430;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=229;FSRR=201;FWDB=-0.00845099;FXX=0.00198409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.179;QD=2.61803;RBI=0.0466452;REFB=-0.00790775;REVB=-0.0458732;RO=430;SAF=34;SAR=39;SRF=229;SRR=201;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860772;STB=0.556916;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0456012;OID=.;OPOS=16862566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:504:503:430:430:73:73:0.145129:39:34:229:201:39:34:229:201 chr1 16863304 . T C 62.19 PASS AF=0.103226;AO=13;DP=152;FAO=16;FDP=155;FR=.;FRO=139;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=84;FWDB=-0.00511886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.892;QD=1.60482;RBI=0.00699391;REFB=-0.00487349;REVB=-0.00476572;RO=138;SAF=4;SAR=9;SRF=55;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112324;STB=0.648153;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0355639;OID=.;OPOS=16863304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:152:155:138:139:13:16:0.103226:9:4:55:83:12:4:55:84 chr1 16863308 . G T 61.33 PASS AF=0.103226;AO=16;DP=155;FAO=16;FDP=155;FR=.;FRO=139;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=84;FWDB=-0.000983915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3288;QD=1.58274;RBI=0.00663062;REFB=-0.00339546;REVB=0.00655721;RO=139;SAF=4;SAR=12;SRF=55;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194407;STB=0.648153;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0209161;OID=.;OPOS=16863308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:155:155:139:139:16:16:0.103226:12:4:55:84:12:4:55:84 chr1 16863314 . A G 94.26 PASS AF=0.133758;AO=15;DP=151;FAO=21;FDP=157;FR=.;FRO=136;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=57;FSRR=79;FWDB=0.00725568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.183;QD=2.40164;RBI=0.00821771;REFB=-0.0016929;REVB=-0.00385822;RO=133;SAF=3;SAR=12;SRF=57;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299556;STB=0.67603;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0116996;OID=.;OPOS=16863314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:151:157:133:136:15:21:0.133758:12:3:57:76:16:5:57:79 chr1 16863328 . T G 206.22 PASS AF=0.207101;AO=35;DP=169;FAO=35;FDP=169;FR=.;FRO=134;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=81;FWDB=-0.00834039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.496;QD=4.88101;RBI=0.00981865;REFB=-0.00350285;REVB=-0.00518109;RO=134;SAF=9;SAR=26;SRF=53;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200168;STB=0.625943;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.017043;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:134:134:35:35:0.207101:26:9:53:81:26:9:53:81 chr1 16863352 . C T 270.45 PASS AF=0.25;AO=41;DP=164;FAO=41;FDP=164;FR=.;FRO=123;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=78;FWDB=0.00649881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4148;QD=6.59633;RBI=0.006657;REFB=-0.0245652;REVB=0.00144257;RO=122;SAF=9;SAR=32;SRF=45;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22615;STB=0.635689;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0305901;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:122:123:41:41:0.25:32:9:45:77:32:9:45:78 chr1 16872509 . G A 405.02 PASS AF=0.333333;AO=51;DP=155;FAO=52;FDP=156;FR=.;FRO=104;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=74;FWDB=0.00092725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.061;QD=10.385;RBI=0.0310865;REFB=-0.0194978;REVB=-0.0310727;RO=104;SAF=28;SAR=23;SRF=30;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299085;STB=0.674519;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0233703;OID=.;OPOS=16872509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:104:104:51:52:0.333333:23:28:30:74:23:29:30:74 chr1 16872517 . A G 426.92 PASS AF=0.34;AO=51;DP=150;FAO=51;FDP=150;FR=.;FRO=99;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.0198643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.764;QD=11.3846;RBI=0.0202302;REFB=-0.00541429;REVB=0.0038304;RO=99;SAF=11;SAR=40;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305807;STB=0.67789;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.009379;OID=.;OPOS=16872517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:99:99:51:51:0.34:40:11:44:55:40:11:44:55 chr1 16874206 . A C 35.8 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.0102566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5622;QD=1.935;RBI=0.0103166;REFB=0.00149026;REVB=0.00111158;RO=66;SAF=2;SAR=6;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416806;STB=0.805561;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0123618;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:66:66:8:8:0.108108:6:2:41:25:6:2:41:25 chr1 16874240 . G A 504.56 PASS AF=0.807692;AO=42;DP=52;FAO=42;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0295156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.241;QD=38.8125;RBI=0.0450234;REFB=-0.0136557;REVB=-0.0339991;RO=10;SAF=30;SAR=12;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203421;STB=0.609701;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00163073;OID=.;OPOS=16874240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:10:10:42:42:0.807692:12:30:2:8:12:30:2:8 chr1 16890441 . C T 128.05 PASS AF=0.102981;AO=38;DP=369;FAO=38;FDP=369;FR=.;FRO=331;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=176;FSRR=155;FWDB=-0.0152613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.283;QD=1.38803;RBI=0.0393569;REFB=0.000480205;REVB=-0.0362775;RO=330;SAF=20;SAR=18;SRF=175;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00490794;STB=0.504863;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00682839;OID=.;OPOS=16890441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:369:330:331:38:38:0.102981:18:20:175:155:18:20:176:155 chr1 16890484 . G C 170.59 PASS AF=0.104294;AO=51;DP=490;FAO=51;FDP=489;FR=.;FRO=438;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=216;FSRR=222;FWDB=-0.022746;FXX=0.00204077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3871;QD=1.39541;RBI=0.0228962;REFB=0.00095046;REVB=-0.00261821;RO=433;SAF=30;SAR=21;SRF=213;SRR=220;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119119;STB=0.585227;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00917523;OID=.;OPOS=16890484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:490:489:433:438:51:51:0.104294:21:30:213:220:21:30:216:222 chr1 16890598 . T A 1496.74 PASS AF=0.450704;AO=160;DP=356;FAO=160;FDP=355;FR=.;FRO=195;FSAF=68;FSAR=92;FSRF=86;FSRR=109;FWDB=-0.0196488;FXX=0.00280891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.301;QD=16.8647;RBI=0.0196496;REFB=-0.00572324;REVB=-0.000175983;RO=194;SAF=68;SAR=92;SRF=84;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809032;STB=0.50898;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00743193;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:355:194:195:160:160:0.450704:92:68:84:110:92:68:86:109 chr1 16890602 . T G 69.1 PASS AF=0.0771429;AO=27;DP=351;FAO=27;FDP=350;FR=.;FRO=323;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=143;FSRR=180;FWDB=0.000717502;FXX=0.00284892;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.538;QD=0.789752;RBI=0.000718169;REFB=-0.00191849;REVB=-3.09508e-05;RO=321;SAF=10;SAR=17;SRF=141;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808743;STB=0.56897;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0305763;OID=.;OPOS=16890602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:351:350:321:323:27:27:0.0771429:17:10:141:180:17:10:143:180 chr1 16890639 . C T 750.82 PASS AF=0.388393;AO=87;DP=224;FAO=87;FDP=224;FR=.;FRO=137;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=68;FSRR=69;FWDB=-0.0171374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.29;QD=13.4074;RBI=0.0209718;REFB=-0.00579599;REVB=-0.0120883;RO=136;SAF=31;SAR=56;SRF=68;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160464;STB=0.588577;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0123639;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:136:137:87:87:0.388393:56:31:68:68:56:31:68:69 chr1 16890644 . C T 293.21 PASS AF=0.227053;AO=46;DP=206;FAO=47;FDP=207;FR=.;FRO=160;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=72;FSRR=88;FWDB=-0.0134501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.758;QD=5.66594;RBI=0.0258452;REFB=-0.00823484;REVB=-0.0220696;RO=160;SAF=21;SAR=25;SRF=72;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00836681;STB=0.514055;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0294465;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:160:160:46:47:0.227053:25:21:72:88:25:22:72:88 chr1 16890671 . TG CA 668.06 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0057216;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.621;QD=22.6459;RBI=0.0195837;REFB=-0.0178874;REVB=0.0187293;RO=53;SAF=22;SAR=43;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178644;STB=0.598006;STBP=0.018;TYPE=mnp;VARB=0.0144668;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:53:65:65:0.550847:43:22:29:24:43:22:29:24 chr1 16893701 . G A 32.86 PASS AF=0.0443038;AO=36;DP=790;FAO=35;FDP=790;FR=.;FRO=755;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=409;FSRR=346;FWDB=-0.00375784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.379;QD=0.166393;RBI=0.00824842;REFB=0.000118455;REVB=-0.00734269;RO=746;SAF=28;SAR=8;SRF=403;SRR=343;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233291;STB=0.732499;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00383861;OID=.;OPOS=16893701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:790:790:746:755:36:35:0.0443038:8:28:403:343:8:27:409:346 chr1 16893721 . A C 102.42 PASS AF=0.0654206;AO=56;DP=856;FAO=56;FDP=856;FR=.;FRO=800;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=460;FSRR=340;FWDB=-0.00612193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.371;QD=0.478607;RBI=0.00620572;REFB=-0.000218844;REVB=-0.00101634;RO=799;SAF=26;SAR=30;SRF=459;SRR=340;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120745;STB=0.602444;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00342097;OID=.;OPOS=16893721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:856:856:799:800:56:56:0.0654206:30:26:459:340:30:26:460:340 chr1 16893813 . A G 30.04 PASS AF=0.0456026;AO=28;DP=615;FAO=28;FDP=614;FR=.;FRO=586;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=343;FSRR=243;FWDB=-0.0309666;FXX=0.00162599;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.824;QD=0.195718;RBI=0.0313999;REFB=-0.00111657;REVB=-0.00519848;RO=578;SAF=13;SAR=15;SRF=337;SRR=241;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113278;STB=0.614138;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0264956;OID=.;OPOS=16893813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:615:614:578:586:28:28:0.0456026:15:13:337:241:15:13:343:243 chr1 16893841 . C T 44.32 PASS AF=0.058296;AO=25;DP=445;FAO=26;FDP=446;FR=.;FRO=420;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=243;FSRR=177;FWDB=-0.0104322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.453;QD=0.397509;RBI=0.0203003;REFB=-0.0020162;REVB=-0.0174147;RO=419;SAF=11;SAR=14;SRF=242;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141065;STB=0.608926;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0381697;OID=.;OPOS=16893841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:445:446:419:420:25:26:0.058296:14:11:242:177:14:12:243:177 chr1 16901668 . T C 78.65 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00544708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9253;QD=4.9156;RBI=0.0331185;REFB=0.00142797;REVB=-0.0326675;RO=50;SAF=5;SAR=8;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285367;STB=0.672643;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00691065;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:50:51:13:13:0.203125:8:5:31:19:8:5:31:20 chr1 16905718 . A C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00629145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.801;QD=15.2589;RBI=0.0233485;REFB=-0.0217137;REVB=-0.0224849;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364235;STB=0.521675;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0240559;OID=.;OPOS=16905718;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:5:1:1:6:5:1 chr1 16907303 . C T 178.3 PASS AF=0.0730051;AO=86;DP=1178;FAO=86;FDP=1178;FR=.;FRO=1092;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=551;FSRR=541;FWDB=-0.0207758;FXX=0.0016949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.048;QD=0.60542;RBI=0.0302486;REFB=-0.00124157;REVB=-0.0219851;RO=1088;SAF=49;SAR=37;SRF=548;SRR=540;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752663;STB=0.560573;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0152422;OID=.;OPOS=16907303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1178:1178:1088:1092:86:86:0.0730051:37:49:548:540:37:49:551:541 chr1 16907328 . G T 3985.39 PASS AF=0.454248;AO=417;DP=918;FAO=417;FDP=918;FR=.;FRO=501;FSAF=206;FSAR=211;FSRF=242;FSRR=259;FWDB=0.00398672;FXX=0.00108813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.239;QD=17.3655;RBI=0.010392;REFB=-0.00560045;REVB=-0.00959687;RO=500;SAF=206;SAR=211;SRF=242;SRR=258;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990405;STB=0.505989;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00613508;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:918:918:500:501:417:417:0.454248:211:206:242:258:211:206:242:259 chr1 16909052 . C T 3699.01 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.061;QD=63.2309;RBI=0.0340247;REFB=0;REVB=0.0237893;RO=0;SAF=98;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.99857e-06;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:225:234:0:0:225:234:1:127:98:0:0:127:107:0:0 chr1 16909100 . G C 144.02 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.000454419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.634;QD=6.94055;RBI=0.00998187;REFB=-0.0019614;REVB=0.00997152;RO=62;SAF=3;SAR=18;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38737;STB=0.742848;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00488664;OID=.;OPOS=16909100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:62:62:21:21:0.253012:18:3:24:38:18:3:24:38 chr1 16913584 . A C 87.95 PASS AF=0.090625;AO=29;DP=320;FAO=29;FDP=320;FR=.;FRO=291;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=131;FSRR=160;FWDB=-0.0029148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.299;QD=1.09938;RBI=0.0503573;REFB=0.000588189;REVB=0.0502729;RO=288;SAF=10;SAR=19;SRF=130;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130667;STB=0.599393;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00672741;OID=.;OPOS=16913584;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:320:320:288:291:29:29:0.090625:19:10:130:158:19:10:131:160 chr1 16913612 . G A 67.57 PASS AF=0.0758427;AO=27;DP=356;FAO=27;FDP=356;FR=.;FRO=329;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=159;FSRR=170;FWDB=0.0150863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7776;QD=0.759251;RBI=0.0244935;REFB=0.000962144;REVB=0.019296;RO=329;SAF=8;SAR=19;SRF=159;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21571;STB=0.677134;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00884677;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:356:356:329:329:27:27:0.0758427:19:8:159:170:19:8:159:170 chr1 16914252 . C T 88.27 PASS AF=0.0761317;AO=37;DP=488;FAO=37;FDP=486;FR=.;FRO=449;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=276;FSRR=173;FWDB=-0.0446208;FXX=0.00409828;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0585;QD=0.726527;RBI=0.0509627;REFB=-0.00274972;REVB=0.0246208;RO=451;SAF=17;SAR=20;SRF=276;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174771;STB=0.640996;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0385179;OID=.;OPOS=16914252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:488:486:451:449:37:37:0.0761317:20:17:276:175:20:17:276:173 chr1 16915357 . C T 232.99 PASS AF=0.292035;AO=27;DP=107;FAO=33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.00298536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.194;QD=8.24738;RBI=0.0061126;REFB=-0.012691;REVB=0.00533399;RO=80;SAF=15;SAR=12;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561368;STB=0.52738;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0306454;OID=.;OPOS=16915357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:113:80:80:27:33:0.292035:12:15:48:32:12:21:48:32 chr1 16918498 . G A 335.55 PASS AF=0.139493;AO=77;DP=552;FAO=77;FDP=552;FR=.;FRO=475;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=220;FSRR=255;FWDB=-0.031049;FXX=0.00180829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.514;QD=2.4315;RBI=0.0311811;REFB=-0.00452309;REVB=0.00286698;RO=475;SAF=40;SAR=37;SRF=220;SRR=255;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724628;STB=0.548344;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.02345;OID=.;OPOS=16918498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:552:552:475:475:77:77:0.139493:37:40:220:255:37:40:220:255 chr1 16918502 . A G 1092.84 PASS AF=0.293333;AO=135;DP=508;FAO=154;FDP=525;FR=.;FRO=371;FSAF=81;FSAR=73;FSRF=159;FSRR=212;FWDB=0.0298373;FXX=0.00379499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.246;QD=8.3264;RBI=0.0396262;REFB=-0.00672829;REVB=0.0260763;RO=369;SAF=78;SAR=57;SRF=157;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188121;STB=0.568517;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0177528;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:508:525:369:371:135:154:0.293333:57:78:157:212:73:81:159:212 chr1 17004785 . A C 727.78 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0278738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1898;QD=53.9098;RBI=0.0301025;REFB=-0.0820074;REVB=0.0113672;RO=2;SAF=28;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324593;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00087529;OID=.;OPOS=17004785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:2:1:52:53:0.981481:24:28:2:0:24:29:1:0 chr1 17017717 . C T 262.81 PASS AF=0.270073;AO=36;DP=136;FAO=37;FDP=137;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=0.0103455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.367;QD=7.67321;RBI=0.0165532;REFB=-0.00682762;REVB=-0.0129221;RO=100;SAF=17;SAR=19;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077414;STB=0.55601;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0174611;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:100:100:36:37:0.270073:19:17:41:59:19:18:41:59 chr1 17017734 . C T 226.33 PASS AF=0.261905;AO=33;DP=126;FAO=33;FDP=126;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.0136749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.977;QD=7.18495;RBI=0.0136777;REFB=-0.0103726;REVB=-0.000277516;RO=93;SAF=15;SAR=18;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364465;STB=0.502182;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.028306;OID=.;OPOS=17017734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:93:93:33:33:0.261905:18:15:42:51:18:15:42:51 chr1 17022952 . C A 1375.64 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.296;QD=62.529;RBI=0.0597046;REFB=0;REVB=0.0541586;RO=1;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101866;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266209;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:1:0:84:88:1:46:38:0:1:48:40:0:0 chr1 17023110 . G A 554.75 PASS AF=0.341837;AO=67;DP=195;FAO=67;FDP=196;FR=.;FRO=129;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=65;FSRR=64;FWDB=-0.0423338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2493;QD=11.3215;RBI=0.0472216;REFB=-0.0169087;REVB=0.0209219;RO=127;SAF=30;SAR=37;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064491;STB=0.53704;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0338465;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:127:129:67:67:0.341837:37:30:64:63:37:30:65:64 chr1 17023143 . C T 647.24 PASS AF=0.423529;AO=72;DP=170;FAO=72;FDP=170;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=0.00876938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.577;QD=15.2292;RBI=0.0110154;REFB=-0.0190894;REVB=-0.00666603;RO=97;SAF=40;SAR=32;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941428;STB=0.549724;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0288801;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:97:98:72:72:0.423529:32:40:45:52:32:40:46:52 chr1 17023182 . C G 834.38 PASS AF=0.603175;AO=76;DP=127;FAO=76;FDP=126;FR=.;FRO=50;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0105591;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.514;QD=26.4882;RBI=0.0255212;REFB=-0.0102931;REVB=-0.0232343;RO=50;SAF=47;SAR=29;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133244;STB=0.572417;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0046824;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:50:50:76:76:0.603175:29:47:22:28:29:47:22:28 chr1 17023376 . C T 670.96 PASS AF=0.377358;AO=80;DP=213;FAO=80;FDP=212;FR=.;FRO=132;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=68;FWDB=-0.0282601;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.975;QD=12.6597;RBI=0.0472775;REFB=-0.0232345;REVB=0.0379016;RO=129;SAF=49;SAR=31;SRF=63;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137774;STB=0.58066;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0377739;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:129:132:80:80:0.377358:31:49:63:66:31:49:64:68 chr1 17023403 . G A 282.4 PASS AF=0.248555;AO=39;DP=177;FAO=43;FDP=173;FR=.;FRO=130;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=57;FSRR=73;FWDB=-0.0221791;FXX=0.0388867;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9104;QD=6.52947;RBI=0.0318336;REFB=-0.00881076;REVB=-0.0228356;RO=127;SAF=20;SAR=19;SRF=56;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905119;STB=0.520175;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0431737;OID=.;OPOS=17023403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:173:127:130:39:43:0.248555:19:20:56:71:23:20:57:73 chr1 17026043 . G A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.0298593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.48;QD=6.92905;RBI=0.268297;REFB=-0.0087688;REVB=0.26663;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498727;STB=0.799533;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0279763;OID=.;OPOS=17026043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:13:15:6:6:0.285714:1:5:13:0:1:5:15:0 chr1 17026087 . G A 237.63 PASS AF=0.405797;AO=25;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00747773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.898;QD=13.7755;RBI=0.12537;REFB=-0.0156168;REVB=0.125147;RO=34;SAF=17;SAR=8;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662611;STB=0.501628;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0214937;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:41:25:28:0.405797:8:17:25:9:11:17:25:16 chr1 17029257 . T C 73.3 PASS AF=0.0891473;AO=23;DP=257;FAO=23;FDP=258;FR=.;FRO=235;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=78;FSRR=157;FWDB=-0.0213089;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8939;QD=1.13647;RBI=0.0362442;REFB=-0.00167951;REVB=-0.0293185;RO=234;SAF=8;SAR=15;SRF=78;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190764;STB=0.516115;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0171775;OID=.;OPOS=17029257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:257:258:234:235:23:23:0.0891473:15:8:78:156:15:8:78:157 chr1 17029366 . GT GC,TG 33.09 PASS AF=0.115385,0.115385;AO=3,3;DP=26;FAO=3,3;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3,3;FSAR=0,0;FSRF=20;FSRR=0;FWDB=-0.00333458,0.0127804;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=96.4841,78.7521;QD=5.09139;RBI=0.00333458,0.0127804;REFB=0.00204285,-0.00579312;REVB=0,0;RO=18;SAF=3,3;SAR=0,0;SRF=18;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0198059,0.00825968;OID=.,.;OPOS=17029367,17029366;OREF=T,GT;OALT=C,TG;OMAPALT=GC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:26:26:18:20:3,3:3,3:0.115385,0.115385:0,0:3,3:18:0:0,0:3,3:20:0 chr1 17029462 . A G 55.94 PASS AF=0.0952381;AO=19;DP=184;FAO=18;FDP=189;FR=.;FRO=171;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=69;FSRR=102;FWDB=-0.110867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2515;QD=1.184;RBI=0.173559;REFB=-0.00320931;REVB=-0.133534;RO=165;SAF=10;SAR=9;SRF=67;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145825;STB=0.634961;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0194798;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:184:189:165:171:19:18:0.0952381:9:10:67:98:8:10:69:102 chr1 17030504 . T A 629.91 PASS AF=0.205323;AO=108;DP=532;FAO=108;FDP=526;FR=.;FRO=418;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=212;FSRR=206;FWDB=-0.00868205;FXX=0.011278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6557;QD=4.79018;RBI=0.00915631;REFB=-0.0145263;REVB=-0.00290863;RO=414;SAF=57;SAR=51;SRF=210;SRR=204;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265653;STB=0.516389;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0304531;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:532:526:414:418:108:108:0.205323:51:57:210:204:51:57:212:206 chr1 17030515 . G A 610.07 PASS AF=0.203846;AO=106;DP=520;FAO=106;FDP=520;FR=.;FRO=414;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=210;FSRR=204;FWDB=-0.0176246;FXX=0.00191935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3059;QD=4.69282;RBI=0.0205956;REFB=-0.00601911;REVB=-0.0106561;RO=410;SAF=50;SAR=56;SRF=209;SRR=201;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492004;STB=0.528297;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0306075;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:520:520:410:414:106:106:0.203846:56:50:209:201:56:50:210:204 chr1 17030518 . CT TG 506.83 PASS AF=0.186508;AO=94;DP=514;FAO=94;FDP=504;FR=.;FRO=410;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=207;FSRR=203;FWDB=-0.0506151;FXX=0.0232554;HRUN=1;LEN=2;MLLD=86.6339;QD=4.02242;RBI=0.0776044;REFB=-0.00945186;REVB=-0.0588265;RO=390;SAF=45;SAR=49;SRF=203;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541499;STB=0.521272;STBP=0.644;TYPE=mnp;VARB=0.0352734;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:514:504:390:410:94:94:0.186508:49:45:203:187:49:45:207:203 chr1 17030590 . G A 587.72 PASS AF=0.236979;AO=91;DP=384;FAO=91;FDP=384;FR=.;FRO=293;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=150;FSRR=143;FWDB=0.00233596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5888;QD=6.1221;RBI=0.0212411;REFB=-0.00181327;REVB=0.0211122;RO=291;SAF=36;SAR=55;SRF=148;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144423;STB=0.589334;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00538579;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:384:291:293:91:91:0.236979:55:36:148:143:55:36:150:143 chr1 17033805 . C T 276.1 PASS AF=0.171975;AO=54;DP=314;FAO=54;FDP=314;FR=.;FRO=260;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=174;FSRR=86;FWDB=-0.0100224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.683;QD=3.5172;RBI=0.0248981;REFB=-0.00570471;REVB=-0.0227918;RO=255;SAF=28;SAR=26;SRF=170;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196705;STB=0.626089;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0424768;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:314:255:260:54:54:0.171975:26:28:170:85:26:28:174:86 chr1 17033854 . C T 1494.51 PASS AF=0.566116;AO=135;DP=242;FAO=137;FDP=242;FR=.;FRO=105;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=63;FSRR=42;FWDB=0.0439904;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.478;QD=24.7026;RBI=0.0439981;REFB=-0.0430372;REVB=-0.000821021;RO=104;SAF=75;SAR=60;SRF=63;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409461;STB=0.519958;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0253153;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:104:105:135:137:0.566116:60:75:63:41:61:76:63:42 chr1 17034041 . T C 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0303295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.912;QD=35.4875;RBI=0.0382806;REFB=-0.0283603;REVB=0.0233565;RO=2;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529323;STB=0.529365;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00564163;OID=.;OPOS=17034041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:4:9:1:1:4:9:1:1 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 73.29 PASS AF=0.132231;AO=16;DP=125;FAO=16;FDP=121;FR=.;FRO=105;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=-0.0118905;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=8;MLLD=298.873;QD=2.42267;RBI=0.0136769;REFB=-0.00601593;REVB=0.00675831;RO=100;SAF=11;SAR=5;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179402;STB=0.639218;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=0.0394451;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.132231:16:125:16:121:105:11:5:56:49:73:100:11:5:55:45 chr1 17046456 . T C 211.78 PASS AF=0.176211;AO=40;DP=224;FAO=40;FDP=227;FR=.;FRO=187;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=79;FSRR=108;FWDB=-0.0152568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4192;QD=3.73184;RBI=0.0552904;REFB=-0.00633312;REVB=-0.0531437;RO=183;SAF=17;SAR=23;SRF=75;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200823;STB=0.502141;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0389067;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:227:183:187:40:40:0.176211:23:17:75:108:23:17:79:108 chr1 17052136 . GTTTTTT GTTTTT,GTTTTTG,TGTTTTT 146.68 PASS AF=0.143079,0.0419907,0.00933126;AO=131,27,26;DP=665;FAO=92,27,6;FDP=643;FR=.;FRO=518;FSAF=14,0,0;FSAR=78,27,6;FSRF=302;FSRR=216;FWDB=0.0725011,-0.00578701,0.000233585;FXX=0.0585643;HRUN=6,6,2;LEN=1,1,2;MLLD=9.72179,24.6818,229.676;QD=0.912442;RBI=0.0980767,0.0471487,0.0560006;REFB=-0.130239,-0.0727651,-0.00577936;REVB=-0.0660502,-0.0467922,-0.0560001;RO=399;SAF=20,0,0;SAR=111,27,26;SRF=274;SRR=125;SSEN=0,0,0;SSEP=0.454545,0,0;SSSB=-0.636183,-0.652088,-0.644969;STB=0.856829,0.999671,0.998594;STBP=0,0,0;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0854053,0.180507,0.0747021;OID=.,.,.;OPOS=17052137,17052142,17052136;OREF=T,T,GT;OALT=-,G,TG;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTG,TGTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:665:643:399:518:131,27,26:92,27,6:0.143079,0.0419907,0.00933126:111,27,26:20,0,0:274:125:78,27,6:14,0,0:302:216 chr1 17053766 . G A 2999.92 PASS AF=0.853282;AO=220;DP=258;FAO=221;FDP=259;FR=.;FRO=38;FSAF=114;FSAR=107;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0080228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.267;QD=46.3308;RBI=0.025005;REFB=-0.0410159;REVB=0.023683;RO=37;SAF=114;SAR=106;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00864399;STB=0.506188;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00578229;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:37:38:220:221:0.853282:106:114:18:19:107:114:18:20 chr1 17053782 . C G 2693.38 PASS AF=0.826446;AO=198;DP=280;FAO=200;FDP=242;FR=.;FRO=42;FSAF=96;FSAR=104;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0159572;FXX=0.135709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5344;QD=44.5187;RBI=0.0381331;REFB=-0.0183572;REVB=-0.0346339;RO=39;SAF=95;SAR=103;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341887;STB=0.519998;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00475624;OID=.;OPOS=17053782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:242:39:42:198:200:0.826446:103:95:23:16:104:96:25:17 chr1 17053809 . C T 125.4 PASS AF=0.114983;AO=33;DP=287;FAO=33;FDP=287;FR=.;FRO=254;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=122;FSRR=132;FWDB=-0.0297705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.832;QD=1.74769;RBI=0.0561942;REFB=-0.00802911;REVB=-0.0476603;RO=253;SAF=16;SAR=17;SRF=121;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00822617;STB=0.504014;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0610377;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:253:254:33:33:0.114983:17:16:121:132:17:16:122:132 chr1 17053826 . C T 150.46 PASS AF=0.134387;AO=34;DP=253;FAO=34;FDP=253;FR=.;FRO=219;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=84;FSRR=135;FWDB=-0.0168988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.441;QD=2.3788;RBI=0.0426133;REFB=-0.00802349;REVB=-0.0391194;RO=219;SAF=20;SAR=14;SRF=84;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256339;STB=0.671682;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0426217;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:219:219:34:34:0.134387:14:20:84:135:14:20:84:135 chr1 17053834 . A AC 935.97 PASS AF=0.555556;AO=125;DP=232;FAO=125;FDP=225;FR=.;FRO=100;FSAF=44;FSAR=81;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.00272356;FXX=0.0217382;HRUN=0;LEN=1;MLLD=303.848;QD=16.6394;RBI=0.00371651;REFB=-0.0154612;REVB=0.00252877;RO=107;SAF=44;SAR=81;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868632;STB=0.532482;STBP=0.297;TYPE=ins;VARB=0.0102997;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:125:232:125:225:100:44:81:42:58:99:107:44:81:48:59 chr1 17053861 . C T 1765.21 PASS AF=0.71;AO=119;DP=201;FAO=142;FDP=200;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=51;FSAR=91;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00625698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.438;QD=35.3042;RBI=0.0318104;REFB=-0.0208401;REVB=0.031189;RO=58;SAF=47;SAR=72;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033748;STB=0.522353;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0135799;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:58:58:119:142:0.71:72:47:26:32:91:51:25:33 chr1 17084021 . C G 65.32 PASS AF=0.2;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0634152;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.2855;QD=5.22539;RBI=0.0652459;REFB=-0.0172641;REVB=-0.0153472;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129245;STB=0.599808;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0717628;OID=.;OPOS=17084021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:48:50:38:40:10:10:0.2:5:5:15:23:5:5:15:25 chr1 17084510 . G A 842.67 PASS AF=0.412281;AO=92;DP=226;FAO=94;FDP=228;FR=.;FRO=134;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=64;FSRR=70;FWDB=0.0729262;FXX=0.00436662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6003;QD=14.7836;RBI=0.0922406;REFB=0.00530466;REVB=0.0564809;RO=133;SAF=40;SAR=52;SRF=64;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494614;STB=0.518236;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00711258;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:228:133:134:92:94:0.412281:52:40:64:69:52:42:64:70 chr1 17084536 . TGGAACA T 402.87 PASS AF=0.450704;AO=60;DP=151;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.00113055;FXX=0.0273954;HRUN=2;LEN=6;MLLD=353.686;QD=11.3484;RBI=0.00631701;REFB=-0.00663043;REVB=-0.00621502;RO=81;SAF=18;SAR=42;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0.20438;SSSB=-0.123334;STB=0.524488;STBP=0.622;TYPE=del;VARB=0.00823159;OID=.;OPOS=17084537;OREF=GGAACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.450704:60:151:64:142:78:22:42:30:48:99:81:18:42:33:48 chr1 17084755 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.706;QD=42.1821;RBI=0.0498865;REFB=0;REVB=0.00225488;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000446013;OID=.;OPOS=17084755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr1 17084968 . G C 256.81 PASS AF=0.288;AO=34;DP=124;FAO=36;FDP=125;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.0123731;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.025;QD=8.21786;RBI=0.0160435;REFB=-0.0158466;REVB=-0.0102127;RO=89;SAF=12;SAR=22;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20256;STB=0.591877;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0360395;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:89:89:34:36:0.288:22:12:46:43:22:14:46:43 chr1 17085006 . C T 129.95 PASS AF=0.158537;AO=26;DP=164;FAO=26;FDP=164;FR=.;FRO=138;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=68;FSRR=70;FWDB=-0.000163832;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.071;QD=3.16943;RBI=0.00298447;REFB=-0.00625835;REVB=-0.00297997;RO=138;SAF=15;SAR=11;SRF=68;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107619;STB=0.570904;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0351204;OID=.;OPOS=17085006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:138:138:26:26:0.158537:11:15:68:70:11:15:68:70 chr1 17085412 . C T 193.48 PASS AF=0.151852;AO=41;DP=270;FAO=41;FDP=270;FR=.;FRO=229;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=96;FSRR=133;FWDB=0.0190693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.237;QD=2.86637;RBI=0.0198288;REFB=-0.00949119;REVB=0.00543543;RO=226;SAF=16;SAR=25;SRF=94;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343028;STB=0.525513;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0467115;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:226:229:41:41:0.151852:25:16:94:132:25:16:96:133 chr1 17085427 . T C 190.38 PASS AF=0.147482;AO=39;DP=276;FAO=41;FDP=278;FR=.;FRO=237;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=103;FSRR=134;FWDB=-0.0108027;FXX=0.0035841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.909;QD=2.73921;RBI=0.0120904;REFB=-0.0052588;REVB=0.00542942;RO=237;SAF=16;SAR=23;SRF=103;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318759;STB=0.539028;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0389337;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:278:237:237:39:41:0.147482:23:16:103:134:25:16:103:134 chr1 17085502 . T C 1609.87 PASS AF=0.856115;AO=113;DP=133;FAO=119;FDP=139;FR=.;FRO=20;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0178966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.9;QD=46.3271;RBI=0.0183455;REFB=-0.0152975;REVB=-0.00403349;RO=20;SAF=59;SAR=54;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221491;STB=0.507815;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00479359;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:133:139:20:20:113:119:0.856115:54:59:12:8:54:65:12:8 chr1 17085834 . G T 685.4 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.033189;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.037;QD=51.7283;RBI=0.0510757;REFB=-0.0402231;REVB=0.0388229;RO=2;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519223;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000387968;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:53:2:2:50:51:0.962264:25:25:1:1:26:25:2:0 chr1 17086941 . C T 239.37 PASS AF=0.248227;AO=35;DP=141;FAO=35;FDP=141;FR=.;FRO=106;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=0.00753206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.185;QD=6.79075;RBI=0.037743;REFB=-0.00881057;REVB=-0.0369838;RO=106;SAF=20;SAR=15;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124189;STB=0.574856;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0277384;OID=.;OPOS=17086941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:106:106:35:35:0.248227:15:20:50:56:15:20:50:56 chr1 17087072 . G A 181.0 PASS AF=0.117073;AO=48;DP=410;FAO=48;FDP=410;FR=.;FRO=362;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=160;FSRR=202;FWDB=-0.0155785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.019;QD=1.76582;RBI=0.0391922;REFB=-0.00190348;REVB=0.035963;RO=360;SAF=22;SAR=26;SRF=159;SRR=201;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211751;STB=0.514561;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0182484;OID=.;OPOS=17087072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:410:360:362:48:48:0.117073:26:22:159:201:26:22:160:202 chr1 17087244 . AC A 181.88 PASS AF=0.406897;AO=59;DP=145;FAO=59;FDP=145;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=11;FSRR=75;FWDB=-0.01666;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.2283;QD=5.01723;RBI=0.107296;REFB=-0.0299766;REVB=0.105995;RO=73;SAF=16;SAR=43;SRF=9;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0.366667;SSSB=0.207951;STB=0.619185;STBP=0.065;TYPE=del;VARB=0.0575927;OID=.;OPOS=17087245;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406897:59:145:59:145:86:16:43:11:75:99:73:16:43:9:64 chr1 17087262 . C T 436.82 PASS AF=0.348101;AO=54;DP=157;FAO=55;FDP=158;FR=.;FRO=103;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=80;FWDB=0.109742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7946;QD=11.0588;RBI=0.120801;REFB=0.00115206;REVB=0.050493;RO=103;SAF=13;SAR=41;SRF=23;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027791;STB=0.527552;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-7.96855e-05;OID=.;OPOS=17087262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:103:103:54:55:0.348101:41:13:23:80:41:14:23:80 chr1 17087365 . C G 1384.54 PASS AF=0.699454;AO=106;DP=162;FAO=128;FDP=183;FR=.;FRO=55;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0201507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.07;QD=30.2632;RBI=0.0274632;REFB=-0.0393729;REVB=0.0186595;RO=55;SAF=58;SAR=48;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138882;STB=0.545151;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0239932;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:183:55:55:106:128:0.699454:48:58:18:37:67:61:18:37 chr1 17087459 . A G 49.56 PASS AF=0.0801887;AO=17;DP=212;FAO=17;FDP=212;FR=.;FRO=195;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=112;FSRR=83;FWDB=-0.000647465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.778;QD=0.9351;RBI=0.0174937;REFB=-0.00200115;REVB=-0.0174817;RO=191;SAF=8;SAR=9;SRF=111;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126889;STB=0.594605;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0159026;OID=.;OPOS=17087459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:212:212:191:195:17:17:0.0801887:9:8:111:80:9:8:112:83 chr1 17087465 . G A 474.04 PASS AF=0.303318;AO=64;DP=211;FAO=64;FDP=211;FR=.;FRO=147;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=82;FSRR=65;FWDB=-0.0160761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.424;QD=8.98658;RBI=0.0161506;REFB=-0.0192524;REVB=0.00154946;RO=146;SAF=36;SAR=28;SRF=82;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00104067;STB=0.503306;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0440843;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:146:147:64:64:0.303318:28:36:82:64:28:36:82:65 chr1 17087521 . G A 79.7 PASS AF=0.108247;AO=21;DP=193;FAO=21;FDP=194;FR=.;FRO=173;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=101;FSRR=72;FWDB=-0.0441656;FXX=0.0251244;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.846;QD=1.64327;RBI=0.0601391;REFB=-0.00384686;REVB=-0.0408181;RO=167;SAF=10;SAR=11;SRF=99;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14367;STB=0.595231;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0461615;OID=.;OPOS=17087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:193:194:167:173:21:21:0.108247:11:10:99:68:11:10:101:72 chr1 17087541 . GGTGCT G 190.86 PASS AF=0.261111;AO=47;DP=186;FAO=47;FDP=180;FR=.;FRO=133;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=68;FSRR=65;FWDB=0.00405773;FXX=0.0217379;HRUN=2;LEN=5;MLLD=272.011;QD=4.24125;RBI=0.0198722;REFB=-0.00523331;REVB=-0.0194535;RO=130;SAF=23;SAR=24;SRF=66;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226519;STB=0.516183;STBP=0.823;TYPE=del;VARB=0.0158227;OID=.;OPOS=17087542;OREF=GTGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261111:47:186:47:180:133:23:24:68:65:99:130:23:24:66:64 chr1 17087582 . G A 559.15 PASS AF=0.372881;AO=66;DP=177;FAO=66;FDP=177;FR=.;FRO=111;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=0.0187147;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.36;QD=12.636;RBI=0.0200781;REFB=-0.0101223;REVB=0.00727266;RO=110;SAF=28;SAR=38;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104073;STB=0.561879;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.016124;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:110:111:66:66:0.372881:38:28:57:53:38:28:58:53 chr1 17185437 . C T 103.51 PASS AF=0.163934;AO=20;DP=122;FAO=20;FDP=122;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0206256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.182;QD=3.39363;RBI=0.0503306;REFB=0.000705167;REVB=-0.0459102;RO=102;SAF=8;SAR=12;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784714;STB=0.551787;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00644397;OID=.;OPOS=17185437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:102:102:20:20:0.163934:12:8:47:55:12:8:47:55 chr1 17185500 . C T 194.16 PASS AF=0.210884;AO=31;DP=147;FAO=31;FDP=147;FR=.;FRO=116;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=-0.0210691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.376;QD=5.28331;RBI=0.0245172;REFB=-0.00870008;REVB=0.0125374;RO=116;SAF=12;SAR=19;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112598;STB=0.570039;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0296759;OID=.;OPOS=17185500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:116:116:31:31:0.210884:19:12:55:61:19:12:55:61 chr1 17186685 . T C 450.41 PASS AF=0.376812;AO=52;DP=138;FAO=52;FDP=138;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=0.0405095;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5351;QD=13.0553;RBI=0.0661316;REFB=-0.015182;REVB=0.052272;RO=85;SAF=22;SAR=30;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116561;STB=0.569806;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0240073;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:85:86:52:52:0.376812:30:22:45:40:30:22:46:40 chr1 17186719 . T G 722.71 PASS AF=0.461078;AO=77;DP=167;FAO=77;FDP=167;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.0241208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3216;QD=17.3103;RBI=0.0606447;REFB=-0.000525557;REVB=0.0556415;RO=90;SAF=29;SAR=48;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123163;STB=0.568393;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00140841;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:90:90:77:77:0.461078:48:29:45:45:48:29:45:45 chr1 17197563 . G T 139.6 PASS AF=0.2;AO=24;DP=120;FAO=24;FDP=120;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0275883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.169;QD=4.6533;RBI=0.0277995;REFB=-0.00339605;REVB=-0.00342031;RO=96;SAF=19;SAR=5;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381753;STB=0.743759;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0118546;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:96:96:24:24:0.2:5:19:49:47:5:19:49:47 chr1 17197571 . G A 53.57 PASS AF=0.102941;AO=14;DP=136;FAO=14;FDP=136;FR=.;FRO=122;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=-0.0243255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.045;QD=1.57555;RBI=0.0277791;REFB=-0.00193202;REVB=0.0134144;RO=120;SAF=13;SAR=1;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54852;STB=0.915272;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0193555;OID=.;OPOS=17197571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:136:136:120:122:14:14:0.102941:1:13:59:61:1:13:61:61 chr1 17197595 . A C 84.12 PASS AF=0.121951;AO=20;DP=166;FAO=20;FDP=164;FR=.;FRO=144;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=73;FSRR=71;FWDB=-0.00657819;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.493;QD=2.05165;RBI=0.0422741;REFB=-0.000156513;REVB=-0.0417591;RO=146;SAF=17;SAR=3;SRF=73;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453982;STB=0.822955;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00114254;OID=.;OPOS=17197595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:166:164:146:144:20:20:0.121951:3:17:73:73:3:17:73:71 chr1 17197609 . T C 86.49 PASS AF=0.12069;AO=19;DP=174;FAO=21;FDP=174;FR=.;FRO=153;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=74;FSRR=79;FWDB=-0.00289585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.157;QD=1.98818;RBI=0.0179433;REFB=-0.00362697;REVB=0.0177081;RO=152;SAF=17;SAR=2;SRF=73;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522832;STB=0.842127;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0246253;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:174:174:152:153:19:21:0.12069:2:17:73:79:3:18:74:79 chr1 17197615 . C A 86.3 PASS AF=0.12;AO=22;DP=177;FAO=21;FDP=175;FR=.;FRO=154;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=73;FSRR=81;FWDB=0.00940102;FXX=0.016853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.67;QD=1.97251;RBI=0.00943184;REFB=-0.0057304;REVB=-0.000761856;RO=149;SAF=19;SAR=3;SRF=72;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493969;STB=0.895122;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0413104;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:177:175:149:154:22:21:0.12:3:19:72:77:2:19:73:81 chr1 17197619 . A G 124.38 PASS AF=0.148571;AO=24;DP=174;FAO=26;FDP=175;FR=.;FRO=149;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=69;FSRR=80;FWDB=-0.00362114;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.799;QD=2.84292;RBI=0.0165139;REFB=-0.00829729;REVB=-0.016112;RO=149;SAF=21;SAR=3;SRF=69;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53317;STB=0.835178;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0333766;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:149:149:24:26:0.148571:3:21:69:80:4:22:69:80 chr1 17199074 . T C 114.88 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=8;FWDB=-0.0342333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.594;QD=7.06978;RBI=0.0345909;REFB=-0.00423891;REVB=0.00496067;RO=48;SAF=9;SAR=8;SRF=40;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395744;STB=0.731135;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0371916;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:48:17:17:0.261538:8:9:40:8:8:9:40:8 chr1 17199076 . T A 158.08 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=-0.0197835;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.478;QD=9.87999;RBI=0.0272335;REFB=-0.0182037;REVB=0.0187157;RO=37;SAF=9;SAR=8;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306938;STB=0.694725;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0455303;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:40:17:17:0.265625:8:9:29:8:8:9:32:8 chr1 17200217 . G A 67.31 PASS AF=0.0767123;AO=26;DP=363;FAO=28;FDP=365;FR=.;FRO=337;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=151;FSRR=186;FWDB=0.00069406;FXX=0.00273217;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2352;QD=0.737601;RBI=0.032674;REFB=-0.000831619;REVB=0.0326667;RO=337;SAF=16;SAR=10;SRF=151;SRR=186;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184869;STB=0.644309;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0075398;OID=.;OPOS=17200217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:363:365:337:337:26:28:0.0767123:10:16:151:186:11:17:151:186 chr1 17200227 . C A 115.03 PASS AF=0.0913349;AO=39;DP=427;FAO=39;FDP=427;FR=.;FRO=388;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=162;FSRR=226;FWDB=-0.00962421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.919;QD=1.0776;RBI=0.0121814;REFB=0.00122465;REVB=-0.00746731;RO=385;SAF=23;SAR=16;SRF=160;SRR=225;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206694;STB=0.652751;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0117663;OID=.;OPOS=17200227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:427:385:388:39:39:0.0913349:16:23:160:225:16:23:162:226 chr1 17200270 . T G 3158.96 PASS AF=0.515203;AO=305;DP=592;FAO=305;FDP=592;FR=.;FRO=287;FSAF=138;FSAR=167;FSRF=138;FSRR=149;FWDB=0.0188528;FXX=0.00504193;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0706;QD=21.3443;RBI=0.0468196;REFB=-0.033045;REVB=0.0428561;RO=287;SAF=138;SAR=167;SRF=138;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253802;STB=0.513845;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0325607;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:592:592:287:287:305:305:0.515203:167:138:138:149:167:138:138:149 chr1 17200289 . C T 3491.85 PASS AF=0.540193;AO=291;DP=574;FAO=336;FDP=622;FR=.;FRO=286;FSAF=156;FSAR=180;FSRF=137;FSRR=149;FWDB=-0.025207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7323;QD=22.4556;RBI=0.125199;REFB=-0.0573171;REVB=0.122635;RO=283;SAF=156;SAR=135;SRF=134;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056527;STB=0.506803;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0494077;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:574:622:283:286:291:336:0.540193:135:156:134:149:180:156:137:149 chr1 17250836 . A G 49.39 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.011214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.262;QD=4.20316;RBI=0.0640306;REFB=-0.0139414;REVB=-0.063041;RO=39;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764971;STB=0.552353;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0632349;OID=.;OPOS=17250836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:5:3:17:22:5:3:17:22 chr1 17263270 . C A 199.63 PASS AF=0.268519;AO=29;DP=108;FAO=29;FDP=108;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.00161031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.405;QD=7.39386;RBI=0.0212156;REFB=-0.00960062;REVB=-0.0211544;RO=79;SAF=16;SAR=13;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247141;STB=0.51479;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0291638;OID=.;OPOS=17263270;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:79:79:29:29:0.268519:13:16:42:37:13:16:42:37 chr1 17264920 . C T 211.05 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=0.0504382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7423;QD=9.93174;RBI=0.0504385;REFB=-0.0204207;REVB=0.000158193;RO=58;SAF=13;SAR=14;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283283;STB=0.663683;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0117996;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:58:27:27:0.317647:14:13:42:16:14:13:42:16 chr1 17264939 . T C 177.78 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=-0.0281912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.145;QD=8.67195;RBI=0.0368173;REFB=-0.0121334;REVB=-0.0236806;RO=54;SAF=13;SAR=11;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197054;STB=0.632744;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0323633;OID=.;OPOS=17264939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:58:24:24:0.292683:11:13:38:16:11:13:42:16 chr1 17267302 . A G 297.05 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0311057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.798;QD=36.0061;RBI=0.0333622;REFB=-0.0173299;REVB=0.012061;RO=8;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254375;STB=0.638983;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00340691;OID=.;OPOS=17267302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:17:8:7:1:17:8:7:1 chr1 17270751 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0102779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5758;QD=12.6374;RBI=0.0910092;REFB=-0.0263115;REVB=0.090427;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190337;STB=0.610951;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0478953;OID=.;OPOS=17270751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:6:15:7:6:6:15 chr1 17273396 . A G 50.26 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0015348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.376;QD=4.78705;RBI=0.0241375;REFB=-0.00205329;REVB=-0.0240887;RO=33;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919039;STB=0.571254;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0201269;OID=.;OPOS=17273396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:33:34:8:8:0.190476:4:4:14:19:4:4:14:20 chr1 17282573 . G A 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-2.78019e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.632;QD=19.4671;RBI=0.00741195;REFB=-0.0100948;REVB=0.0074119;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50199;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0111337;OID=.;OPOS=17282573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:24:22:22:0.478261:10:12:12:10:10:12:13:11 chr1 17295679 . T C,G 722.68 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=40,3;DP=43;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151338,-0.0259338;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=245.595,83.4583;QD=61.5045;RBI=0.0391719,0.033191;REFB=0,0;REVB=0.0361304,0.0207143;RO=0;SAF=25,0;SAR=15,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000726813,0.07124;OID=.,.;OPOS=17295679,17295679;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:43:47:0:0:40,3:45,2:0.957447,0.0425532:15,3:25,0:0:0:19,2:26,0:0:0 chr1 17301448 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0236617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.407;QD=21.5459;RBI=0.0409984;REFB=-0.0308316;REVB=0.0334812;RO=10;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256687;STB=0.646828;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0356775;OID=.;OPOS=17301448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:11:3:5:5:11:3:5:5 chr1 17313454 . G A 90.36 PASS AF=0.5;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0127927;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.926;QD=16.4292;RBI=0.0159893;REFB=-0.000937191;REVB=-0.00959193;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358864;STB=0.689298;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00110581;OID=.;OPOS=17313454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:21:22:10:11:11:11:0.5:8:3:7:3:8:3:7:4 chr1 17314702 . C T 361.08 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0044921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.805;QD=20.3422;RBI=0.055869;REFB=-0.0063098;REVB=0.0556882;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133479;STB=0.57402;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00502779;OID=.;OPOS=17314702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:15:22:15:19:15:22:15:19 chr1 17380497 . G T 2113.08 PASS AF=0.965035;AO=138;DP=144;FAO=138;FDP=143;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0733085;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.729;QD=59.1071;RBI=0.0789364;REFB=-0.0393777;REVB=0.0292716;RO=4;SAF=65;SAR=73;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253349;STB=0.516554;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00063611;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:144:143:4:5:138:138:0.965035:73:65:0:4:73:65:0:5 chr1 17394613 . T C 1160.37 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.507;QD=60.2792;RBI=0.0408328;REFB=0;REVB=0.0399358;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633725;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:38:38:0:0:39:38:0:0 chr1 17394623 . C T 1171.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.099;QD=60.8807;RBI=0.0177226;REFB=0;REVB=-0.00210044;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59326e-05;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr1 17395480 . G A 396.75 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.000595258;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.52;QD=20.0887;RBI=0.0275207;REFB=-0.0179359;REVB=0.0275143;RO=38;SAF=27;SAR=13;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092599;STB=0.504671;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0190268;OID=.;OPOS=17395480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:40:40:0.506329:13:27:26:12:13:27:26:13 chr1 17395521 . G A 724.5 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=-0.00925402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.26;QD=27.8654;RBI=0.11309;REFB=-0.036642;REVB=0.112711;RO=29;SAF=31;SAR=21;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295363;STB=0.666294;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0299672;OID=.;OPOS=17395521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:29:28:52:52:0.5:21:31:4:25:21:31:3:25 chr1 17396703 . T C 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.012356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.717;QD=20.5625;RBI=0.0148025;REFB=-0.0150362;REVB=-0.0081513;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266087;STB=0.51479;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00959049;OID=.;OPOS=17396703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:12:13:16:13:12:13 chr1 17402255 . C T 182.82 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0625343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.789;QD=14.0633;RBI=0.0629438;REFB=-0.0218664;REVB=-0.00716794;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863476;STB=0.571361;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0311217;OID=.;OPOS=17402255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:31:20:21:0.403846:11:9:17:15:12:9:17:14 chr1 17405809 . G A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0167978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.996;QD=22.6;RBI=0.0187863;REFB=-0.0189858;REVB=0.0084118;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183616;STB=0.602324;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0156224;OID=.;OPOS=17405809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:6:14:11:12:6:14 chr1 17413121 . A C 274.48 PASS AF=0.380952;AO=28;DP=81;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.021375;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.528;QD=13.0703;RBI=0.0228352;REFB=-0.0199281;REVB=-0.00803449;RO=51;SAF=11;SAR=17;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887647;STB=0.504481;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0311172;OID=.;OPOS=17413121;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:51:52:28:32:0.380952:17:11:24:27:17:15:24:28 chr1 17419024 . G A 233.4 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0153209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1496;QD=16.9744;RBI=0.0369912;REFB=0.0038502;REVB=0.0336693;RO=29;SAF=7;SAR=19;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369533;STB=0.708588;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00221129;OID=.;OPOS=17419024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:19:7:19:10:19:7:19:10 chr1 17550121 . G A 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00240528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.854;QD=15.9152;RBI=0.00599262;REFB=-0.0179074;REVB=0.00548873;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106117;STB=0.559957;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0197993;OID=.;OPOS=17550121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:17:11:17:17:17:11:17:17 chr1 17557133 . A C 214.08 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00678544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.501;QD=14.7642;RBI=0.0152057;REFB=-0.00211029;REVB=0.0136077;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039205;STB=0.531889;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00266761;OID=.;OPOS=17557133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:33:24:25:0.431034:14:10:15:18:15:10:15:18 chr1 17575645 . A C 423.37 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0727803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8742;QD=18.6096;RBI=0.0730157;REFB=-0.0463591;REVB=0.00585813;RO=47;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806465;STB=0.539032;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.05085;OID=.;OPOS=17575645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:48:43:43:0.472527:21:22:20:27:21:22:21:27 chr1 17586134 . A G 711.09 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0201757;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.308;QD=21.8798;RBI=0.0206347;REFB=0.00671087;REVB=0.00432797;RO=60;SAF=37;SAR=32;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403064;STB=0.525527;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00547527;OID=.;OPOS=17586134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:60:61:69:69:0.530769:32:37:35:25:32:37:36:25 chr1 17593316 . G A 446.71 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0216925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.729;QD=18.4212;RBI=0.0236655;REFB=-0.032863;REVB=0.00945985;RO=52;SAF=16;SAR=29;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049737;STB=0.527779;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0412779;OID=.;OPOS=17593316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:29:16:21:31:29:16:21:31 chr1 17597655 . C T 481.09 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0383267;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.391;QD=22.3764;RBI=0.0418422;REFB=-0.0136944;REVB=-0.016788;RO=40;SAF=18;SAR=28;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00768487;STB=0.504235;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00880869;OID=.;OPOS=17597655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:40:40:46:46:0.534884:28:18:16:24:28:18:16:24 chr1 17604437 . C T 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00208649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.93;QD=19.9753;RBI=0.0168847;REFB=-0.0150754;REVB=0.0167553;RO=39;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358717;STB=0.519887;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0136655;OID=.;OPOS=17604437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:22:18:16:23:22:18:16:23 chr1 17674537 . C A 280.26 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=-0.011374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0248;QD=16.7316;RBI=0.0153598;REFB=-0.0119846;REVB=0.0103226;RO=36;SAF=23;SAR=8;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834662;STB=0.546621;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0139721;OID=.;OPOS=17674537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:8:23:29:7:8:23:29:7 chr1 17707601 . T C 282.27 PASS AF=0.402439;AO=32;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00214017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.409;QD=13.7695;RBI=0.020821;REFB=-0.0130305;REVB=0.0207107;RO=49;SAF=12;SAR=20;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146359;STB=0.570527;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0270253;OID=.;OPOS=17707601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:32:33:0.402439:20:12:25:24:20:13:25:24 chr1 17718671 . AG A 732.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.9051;QD=47.2698;RBI=0.160296;REFB=0;REVB=0.081765;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00420484;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:62:62:62:0:29:33:0:0:13:0:29:33:0:0 chr1 17733267 . ATGT A 1869.47 PASS AF=1;AO=113;DP=127;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232205;FXX=0.0468713;HRUN=1;LEN=3;MLLD=214.574;QD=61.2942;RBI=0.00423303;REFB=0;REVB=-0.00353929;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000120656;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:113:127:122:122:0:59:63:0:0:10:0:53:60:0:0 chr1 17733996 . G A 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00710178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9697;QD=7.27149;RBI=0.0484092;REFB=-0.0180436;REVB=0.0478855;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152022;STB=0.594396;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0330815;OID=.;OPOS=17733996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:17:8:4:5:17:8 chr1 17739586 . G A 595.5 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00134648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6635;QD=19.3657;RBI=0.0485408;REFB=0.0107725;REVB=0.0485221;RO=60;SAF=38;SAR=23;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158135;STB=0.587919;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0143716;OID=.;OPOS=17739586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:60:62:61:61:0.495935:23:38:27:33:23:38:28:34 chr1 17914122 . G A 280.57 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0437986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9036;QD=14.388;RBI=0.0448154;REFB=-0.0283543;REVB=0.00949207;RO=45;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232977;STB=0.62453;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0431018;OID=.;OPOS=17914122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:14:18:15:30:14:18:16:30 chr1 17961345 . C T 534.9 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.00183597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3494;QD=17.2547;RBI=0.0100067;REFB=0.00978868;REVB=-0.00983684;RO=67;SAF=26;SAR=31;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671219;STB=0.5373;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0112731;OID=.;OPOS=17961345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:67:57:57:0.459677:31:26:26:41:31:26:26:41 chr1 17991052 . T C 315.09 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.022;QD=52.5149;RBI=0.0611027;REFB=0;REVB=0.0581613;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034819;OID=.;OPOS=17991052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:24:0:0:20:24:1:8:12:0:0:11:13:0:0 chr1 18021406 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.229;QD=37.4884;RBI=0.0157594;REFB=0;REVB=0.00784915;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163382;OID=.;OPOS=18021406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 18023365 . C T 807.22 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346763;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.191;QD=55.6707;RBI=0.0608743;REFB=0;REVB=0.0500323;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111708;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:54:58:1:17:37:0:0:21:37:0:0 chr1 18023509 . T C 972.7 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.588;QD=58.9512;RBI=0.0231167;REFB=0;REVB=-0.0229527;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011083;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr1 18023690 . A G 799.03 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.717;QD=57.0733;RBI=0.0201328;REFB=0;REVB=0.0124239;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43141e-05;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:35:20:0:0:35:21:0:0 chr1 18149510 . G T 260.53 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0102498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.847;QD=18.9476;RBI=0.0346191;REFB=-0.0318084;REVB=0.0330669;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470588;STB=0.526297;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0285223;OID=.;OPOS=18149510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:12:16:14:13:12:16:14:13 chr1 18149566 . C A 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0193363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.253;QD=17.8592;RBI=0.0195192;REFB=-0.0196428;REVB=-0.00266577;RO=36;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507038;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0195517;OID=.;OPOS=18149566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:34:34:0.478873:17:17:18:18:17:17:19:18 chr1 18152646 . C T 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00308999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.803;QD=12.0714;RBI=0.00663589;REFB=-0.0148836;REVB=-0.00587257;RO=40;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216507;STB=0.624896;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0173028;OID=.;OPOS=18152646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:15:9:23:17:15:9:23:17 chr1 18807897 . C G 366.64 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195493;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.635;QD=52.3764;RBI=0.0201223;REFB=-0.186765;REVB=0.00476789;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00133656;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:0:1:27:27:0.964286:15:12:0:0:15:12:1:0 chr1 18807938 . C A 289.52 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0260741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.324;QD=46.3228;RBI=0.0264257;REFB=-0.0734488;REVB=0.00429622;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342828;STB=0.535684;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000519;OID=.;OPOS=18807938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:13:10:0:1:13:10:0:2 chr1 18808292 . C A 492.43 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.523;QD=57.9326;RBI=0.058671;REFB=0;REVB=0.0307251;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00418246;OID=.;OPOS=18808292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:18:14:0:0:18:16:0:0 chr1 18808465 . T A 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00609899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.812;QD=63.3351;RBI=0.0242532;REFB=0;REVB=0.0234738;RO=0;SAF=58;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72494e-05;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:35:58:0:0:35:58:0:0 chr1 18808526 . A C 1590.77 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.42;QD=58.9173;RBI=0.0225434;REFB=0.0575021;REVB=-0.0181039;RO=2;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210792;STB=0.505375;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000512353;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:2:1:105:107:0.990741:44:61:0:2:46:61:0:1 chr1 18808711 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00659553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.081;QD=61.3359;RBI=0.0129072;REFB=0;REVB=-0.0110949;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72917e-05;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr1 18809896 . A T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.157;QD=58.0611;RBI=0.00626342;REFB=0;REVB=-0.000251799;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15128e-06;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr1 18810344 . G T 817.61 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.236;QD=57.3762;RBI=0.078788;REFB=0;REVB=0.0337186;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264349;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr1 18810484 . G A 763.12 PASS AF=0.982143;AO=49;DP=51;FAO=55;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.220241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.019;QD=54.5083;RBI=0.243871;REFB=-0.109131;REVB=0.104722;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00949003;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:56:0:1:49:55:0.982143:30:19:0:0:31:24:0:1 chr1 18810486 . A C 742.79 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0172281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.811;QD=53.0566;RBI=0.0172287;REFB=0.00646555;REVB=0.000143577;RO=2;SAF=22;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409266;STB=0.521731;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-2.03902e-05;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:32:22:2:0:32:22:2:0 chr1 19027239 . A G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.0373664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9735;QD=14.0974;RBI=0.0391331;REFB=1.49437e-05;REVB=-0.0116254;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28602;STB=0.669225;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00123251;OID=.;OPOS=19027239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:10:3:1:16:10:3:1:17 chr1 19183983 . G A 562.93 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.00181513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.422;QD=19.58;RBI=0.00246791;REFB=-0.00294579;REVB=-0.00167209;RO=57;SAF=20;SAR=38;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114686;STB=0.506327;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00330256;OID=.;OPOS=19183983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:57:58:58:0.504348:38:20:19:38:38:20:19:38 chr1 19186129 . G C 542.37 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.00746673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.52;QD=19.9034;RBI=0.0104138;REFB=-0.0173679;REVB=-0.00725919;RO=53;SAF=22;SAR=34;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202236;STB=0.611471;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0139196;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:56:56:0.513761:34:22:33:20:34:22:33:20 chr1 19201956 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8363;QD=59.143;RBI=0.0230649;REFB=0;REVB=-0.0227439;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149466;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:35:32:0:0 chr1 19202896 . G A 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0166885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.752;QD=17.7161;RBI=0.0185846;REFB=-0.00641596;REVB=0.0081782;RO=41;SAF=23;SAR=14;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118209;STB=0.501453;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0080149;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:14:23:25:16:14:23:26:16 chr1 19202917 . T C 972.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.164;QD=58.9592;RBI=0.0475594;REFB=0;REVB=0.0205187;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79914e-05;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr1 19202926 . T C 820.64 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478408;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.46;QD=57.5885;RBI=0.048092;REFB=0;REVB=-0.00490899;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23295e-05;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr1 19411129 . A G 339.16 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0257416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3587;QD=17.8507;RBI=0.0585198;REFB=-0.00695062;REVB=-0.0525541;RO=39;SAF=12;SAR=24;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549424;STB=0.519989;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00627356;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:40:36:36:0.473684:24:12:11:28:24:12:12:28 chr1 19433449 . A G 232.42 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0235796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8964;QD=12.5631;RBI=0.0330325;REFB=-0.0103239;REVB=-0.0231332;RO=45;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122653;STB=0.56473;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0239491;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:45:46:28:28:0.378378:18:10:21:24:18:10:21:25 chr1 19441374 . G A 392.86 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0137533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1219;QD=19.6429;RBI=0.0397796;REFB=-0.0133307;REVB=-0.0373264;RO=40;SAF=15;SAR=25;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30837;STB=0.670649;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0115733;OID=.;OPOS=19441374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:25:15:29:11:25:15:29:11 chr1 19454209 . T C 417.19 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0129568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8707;QD=25.2843;RBI=0.0181657;REFB=-0.0139657;REVB=-0.0127325;RO=26;SAF=21;SAR=19;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100753;STB=0.555109;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0138071;OID=.;OPOS=19454209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:19:21:10:16:19:21:10:16 chr1 19510394 . A G 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.000766271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.868;QD=21.0646;RBI=0.00716661;REFB=-0.0124146;REVB=-0.00712553;RO=24;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164663;STB=0.592942;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0117762;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:7:17:13:11:7:17:13:11 chr1 19565338 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0300263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.951;QD=23.7582;RBI=0.0307657;REFB=0.00291967;REVB=-0.00670455;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505672;STB=0.528124;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0034365;OID=.;OPOS=19565338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:15:11:8:14:15:11:8:14 chr1 19565344 . C G 271.84 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00949977;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5633;QD=23.1354;RBI=0.016206;REFB=-0.0117106;REVB=0.0131298;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737293;STB=0.536557;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0105765;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:22:25:25:0.531915:14:11:7:13:14:11:8:14 chr1 19578385 . G C 478.12 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00288595;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.302;QD=19.7165;RBI=0.00783208;REFB=-0.0241496;REVB=0.00728099;RO=48;SAF=16;SAR=31;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279105;STB=0.664119;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0245439;OID=.;OPOS=19578385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:50:47:47:0.484536:31:16:31:17:31:16:33:17 chr1 19584004 . G A 225.86 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.000365973;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9329;QD=15.3127;RBI=0.0465191;REFB=-0.0134481;REVB=0.0465177;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112321;STB=0.563588;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0183802;OID=.;OPOS=19584004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:14:12:19:14:14:12:19:14 chr1 19584030 . G A 205.88 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0147876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.985;QD=23.529;RBI=0.0374843;REFB=-0.0283834;REVB=0.0344442;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255391;STB=0.514271;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0197505;OID=.;OPOS=19584030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:10:10:8:7:10:10:8:7 chr1 19585207 . G A 271.22 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00263597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9404;QD=23.5842;RBI=0.0178148;REFB=-0.0108913;REVB=-0.0176187;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184917;STB=0.510311;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00948171;OID=.;OPOS=19585207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:16:9:8:13:16:9:8:13 chr1 19593826 . A C 320.08 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.0243313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6815;QD=13.6205;RBI=0.0753168;REFB=-0.00232693;REVB=-0.0712783;RO=57;SAF=20;SAR=16;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123381;STB=0.57417;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00261949;OID=.;OPOS=19593826;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:57:58:36:36:0.382979:16:20:38:19:16:20:39:19 chr1 19595137 . C T 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0442863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.827;QD=18.1746;RBI=0.0544726;REFB=-0.00123807;REVB=-0.0317173;RO=31;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579871;STB=0.523599;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00127171;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:15:16:18:13:15:16:18:14 chr1 19595159 . C T 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0196302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.453;QD=16.5034;RBI=0.0250357;REFB=-0.0153515;REVB=-0.0155384;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366047;STB=0.520645;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0128828;OID=.;OPOS=19595159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:15:15:14:12:15:15 chr1 19596124 . C T 713.43 PASS AF=0.507246;AO=69;DP=138;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00690463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0907;QD=20.6793;RBI=0.0150071;REFB=-0.0269975;REVB=-0.0133243;RO=67;SAF=32;SAR=37;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278873;STB=0.507934;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0264383;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:67:68:69:70:0.507246:37:32:29:38:38:32:30:38 chr1 19596156 . G T 660.43 PASS AF=0.53719;AO=65;DP=121;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0254187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7944;QD=21.8322;RBI=0.0561173;REFB=-0.0203471;REVB=0.0500304;RO=56;SAF=29;SAR=36;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030371;STB=0.516649;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0181893;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:56:65:65:0.53719:36:29:23:33:36:29:23:33 chr1 19597274 . TC T 100.67 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00856403;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.563;QD=14.3817;RBI=0.010017;REFB=-0.0280236;REVB=-0.00519597;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208227;STB=0.512175;STBP=0.953;TYPE=del;VARB=0.0312349;OID=.;OPOS=19597275;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:12:29:12:28:16:5:7:7:9:99:16:5:7:7:9 chr1 19597289 . C T 135.08 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.040418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0981;QD=16.8847;RBI=0.0471729;REFB=-0.0366907;REVB=-0.0243241;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841846;STB=0.529373;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0345632;OID=.;OPOS=19597289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:14:15:0.46875:8:6:7:9:8:7:7:10 chr1 19597328 . A G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00746138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.628;QD=19.0582;RBI=0.0260882;REFB=-0.00305039;REVB=-0.0249985;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248635;STB=0.639862;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00187016;OID=.;OPOS=19597328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:5:15:9:10:5:15 chr1 19597420 . G T 123.91 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0233588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.934;QD=17.0915;RBI=0.0401836;REFB=-0.0153367;REVB=0.0326969;RO=15;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188477;STB=0.609991;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0149977;OID=.;OPOS=19597420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:12:2:4:11:12:2:4:11 chr1 19600370 . T C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.04375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.597;QD=12.5695;RBI=0.0498933;REFB=-0.0238991;REVB=-0.023985;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149589;STB=0.56427;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0413506;OID=.;OPOS=19600370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:26:15:15:0.365854:9:6:13:11:9:6:13:13 chr1 19600376 . TT AT,GC 75.64 PASS AF=0,0.27027;AO=3,13;DP=41;FAO=0,10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=0,1;FSAR=0,9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0457993,-0.0591572;FXX=0.0975372;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=33.4127,192.02;QD=8.177;RBI=0.0611287,0.0770371;REFB=-0.0180001,-0.01741;REVB=-0.0404864,-0.0493472;RO=23;SAF=1,4;SAR=2,9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.201844,-0.239631;STB=0.5,0.859055;STBP=1,0.012;TYPE=snp,mnp;VARB=0,0.0384909;OID=.,.;OPOS=19600376,19600376;OREF=T,TT;OALT=A,GC;OMAPALT=AT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:75:41:37:23:27:3,13:0,10:0,0.27027:2,9:1,4:12:11:0,9:0,1:14:13 chr1 19600388 . G A 114.76 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0147546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6;QD=10.6757;RBI=0.0367405;REFB=-0.0206259;REVB=0.0336477;RO=28;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124419;STB=0.587501;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0437582;OID=.;OPOS=19600388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:28:29:14:14:0.325581:9:5:13:15:9:5:14:15 chr1 19600395 . A C 116.04 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.067309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9379;QD=11.3214;RBI=0.0836311;REFB=-0.00835341;REVB=-0.0496352;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101276;STB=0.560351;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0175494;OID=.;OPOS=19600395;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:9:5:12:15:9:5:12:15 chr1 19609254 . T C 1034.55 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00868429;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.721;QD=59.9741;RBI=0.0906135;REFB=0;REVB=0.0901964;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44041e-05;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:29:39:0:0:29:40:0:0 chr1 19610598 . A G 147.94 PASS AF=0.461538;AO=14;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.024382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.7347;QD=15.1734;RBI=0.0306241;REFB=-0.12799;REVB=-0.0185298;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129875;STB=0.714013;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0507973;OID=.;OPOS=19610598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:12:21:14:18:0.461538:11:3:4:8:15:3:10:11 chr1 19611241 . T C 987.68 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1902;QD=58.9659;RBI=0.060164;REFB=0;REVB=-0.0500772;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000748735;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr1 19615042 . G A 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00262302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.256;QD=18.7956;RBI=0.0273353;REFB=-0.0185942;REVB=0.0272092;RO=27;SAF=4;SAR=19;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218028;STB=0.625194;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0159984;OID=.;OPOS=19615042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:19:4:9:18:19:4:9:18 chr1 19621380 . T C 231.49 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00889082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.087;QD=14.698;RBI=0.0110081;REFB=-0.00943503;REVB=0.00649083;RO=36;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770551;STB=0.527929;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0217185;OID=.;OPOS=19621380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:26:27:0.428571:17:9:15:21:17:10:15:21 chr1 19634964 . C G 116.66 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.000226573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.425;QD=11.6658;RBI=0.0121441;REFB=-0.00729779;REVB=-0.012142;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131804;STB=0.507801;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0188728;OID=.;OPOS=19634964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:17:9:5:9:17:9 chr1 19810810 . G GC,GCC 555.7 PASS AF=1,0;AO=62,13;DP=93;FAO=88,0;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268597,0.0101968;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.61635,7.73501;QD=25.2589;RBI=0.167956,0.086829;REFB=0.0873297,0.082027;REVB=-0.165795,-0.0862282;RO=16;SAF=30,4;SAR=32,9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0540611,-0.305054;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00160886,0;OID=.,.;OPOS=19810811,19810811;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:62,13:93:88,0:88:0:40,0:48,0:0:0:7:16:30,4:32,9:10:6 chr1 19858684 . A G 680.1 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239093;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.57;QD=60.4534;RBI=0.026958;REFB=0.117062;REVB=-0.0124531;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00333257;OID=.;OPOS=19858684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:0:1:24:20:0:1 chr1 19950062 . T C 569.9 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0672403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7926;QD=22.7961;RBI=0.0687459;REFB=-0.0180781;REVB=0.0143089;RO=45;SAF=31;SAR=22;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172491;STB=0.584874;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0214299;OID=.;OPOS=19950062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:45:47:53:53:0.53:22:31:17:28:22:31:19:28 chr1 19953118 . G T 1035.44 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570496;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.92;QD=59.1681;RBI=0.0105007;REFB=0;REVB=0.00881581;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067026;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:36:32:0:0:36:34:0:0 chr1 19953165 . G A 272.79 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0204093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.864;QD=14.9474;RBI=0.0247535;REFB=-0.0255105;REVB=-0.014007;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162044;STB=0.590972;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0329796;OID=.;OPOS=19953165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:30:31:0.424658:15:15:14:27:15:16:15:27 chr1 20020993 . AC GT 396.58 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0254943;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.748;QD=25.586;RBI=0.030259;REFB=-0.0286644;REVB=-0.0162986;RO=23;SAF=20;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331487;STB=0.526302;STBP=0.619;TYPE=mnp;VARB=0.0186075;OID=.;OPOS=20020993;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:24:38:38:0.612903:18:20:11:12:18:20:11:13 chr1 20141528 . C T 186.74 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.01216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.012;QD=19.6564;RBI=0.0130012;REFB=-0.0160695;REVB=-0.00460069;RO=19;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524808;STB=0.529749;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0138207;OID=.;OPOS=20141528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:6:13:12:7:6:13:12:7 chr1 20304962 . C G 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.030168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.657;QD=14.7405;RBI=0.0354277;REFB=-0.0117249;REVB=-0.0185745;RO=41;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120416;STB=0.568179;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0174721;OID=.;OPOS=20304962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:14:16:17:24:14:16:17:24 chr1 20442054 . T C 1525.71 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.2633e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.127;QD=59.8318;RBI=0.0338072;REFB=0;REVB=0.0338072;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.413e-05;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:54:47:0:0:55:47:0:0 chr1 20490518 . T C 312.98 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0182541;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.806;QD=21.9636;RBI=0.0231899;REFB=-0.00761597;REVB=-0.0143024;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340708;STB=0.518835;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00500321;OID=.;OPOS=20490518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:25:25:32:32:0.561404:18:14:12:13:18:14:12:13 chr1 20501530 . T C 146.63 PASS AF=0.377778;AO=14;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00616763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.363;QD=13.0336;RBI=0.0247577;REFB=-0.0451959;REVB=0.0239771;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192977;STB=0.594652;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0591231;OID=.;OPOS=20501530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:28:14:17:0.377778:4:10:12:10:4:13:18:10 chr1 20518771 . G C 282.33 PASS AF=0.517241;AO=31;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00126241;FXX=0.0169463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.854;QD=19.4712;RBI=0.0167095;REFB=-0.0112294;REVB=0.0166617;RO=28;SAF=8;SAR=23;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302555;STB=0.534032;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00884532;OID=.;OPOS=20518771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:28:28:31:30:0.517241:23:8:8:20:23:7:8:20 chr1 20519808 . G A 851.07 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2286;QD=57.6993;RBI=0.0262572;REFB=0;REVB=0.0261632;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156702;OID=.;OPOS=20519808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:21:37:0:0:22:37:0:0 chr1 20520732 . T C 904.9 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0263673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.903;QD=56.556;RBI=0.0287458;REFB=0.059545;REVB=0.0114495;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00024809;OID=.;OPOS=20520732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:32:31:1:0:32:31:1:0 chr1 20656824 . A G 714.77 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.00532234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.734;QD=20.8692;RBI=0.0335213;REFB=-0.015865;REVB=0.0330961;RO=67;SAF=32;SAR=38;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163024;STB=0.589549;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0116698;OID=.;OPOS=20656824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:67:67:70:70:0.510949:38:32:43:24:38:32:43:24 chr1 20662938 . A G 303.48 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0237182;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=293.972;QD=22.0716;RBI=0.0237607;REFB=-0.0158516;REVB=-0.00142141;RO=24;SAF=4;SAR=26;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116678;STB=0.536058;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0140218;OID=.;OPOS=20662938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:30:31:0.563636:26:4:5:19:26:5:5:19 chr1 20671961 . G A 133.6 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00205491;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.131;QD=14.8447;RBI=0.00478996;REFB=-0.0137867;REVB=-0.00432678;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525853;STB=0.530571;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0166971;OID=.;OPOS=20671961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:8:13:10:5:8:13 chr1 20680718 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0294782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1317;QD=15.2932;RBI=0.0295789;REFB=0.0373456;REVB=0.002439;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322799;STB=0.695121;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0206604;OID=.;OPOS=20680718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:8:1:3:6:8:1:3:6 chr1 20972048 . G A 1011.74 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341063;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8974;QD=59.5139;RBI=0.0432403;REFB=0;REVB=0.0265798;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49974e-05;OID=.;OPOS=20972048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr1 20980231 . G A 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0306768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.768;QD=8.43592;RBI=0.0306952;REFB=-0.0105388;REVB=0.00106267;RO=41;SAF=6;SAR=11;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271095;STB=0.662461;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0214546;OID=.;OPOS=20980231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:11:6:24:17:11:6:24:17 chr1 20982631 . G A 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00616085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.428;QD=16.4526;RBI=0.0425547;REFB=-0.00621109;REVB=-0.0421064;RO=40;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12941;STB=0.572477;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00472087;OID=.;OPOS=20982631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:18:15:13:27:18:15:13:27 chr1 20987778 . C T 267.75 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.000577788;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.888;QD=13.5568;RBI=0.00994891;REFB=-0.0137603;REVB=0.00993212;RO=48;SAF=17;SAR=14;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151899;STB=0.508665;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0326154;OID=.;OPOS=20987778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:48:48:31:31:0.392405:14:17:27:21:14:17:27:21 chr1 20987873 . G C 1152.89 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.812;QD=60.6785;RBI=0.0681778;REFB=0;REVB=0.0282278;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294612;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr1 20992819 . G C 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.139;QD=64.1474;RBI=0.133806;REFB=0;REVB=0.131647;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140292;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr1 20998573 . G A 458.95 PASS AF=0.594595;AO=43;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.044955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6808;QD=24.808;RBI=0.0596488;REFB=-0.0147577;REVB=0.0392049;RO=30;SAF=23;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262346;STB=0.509221;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0146307;OID=.;OPOS=20998573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:43:44:0.594595:20:23:15:15:21:23:15:15 chr1 21011346 . A G 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00777626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.136;QD=21.4067;RBI=0.0206735;REFB=-0.0295285;REVB=0.0191553;RO=26;SAF=24;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097725;STB=0.554312;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0189556;OID=.;OPOS=21011346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:8:24:17:9:8:24:17:9 chr1 21011622 . C CGACA 88.39 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0190073;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=4;MLLD=286.053;QD=13.5978;RBI=0.0197352;REFB=-0.0136109;REVB=0.00531045;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687321;STB=0.507029;STBP=0.956;TYPE=ins;VARB=0.0175756;OID=.;OPOS=21011623;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=CGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:10:27:11:26:15:5:6:7:8:88:15:4:6:7:8 chr1 21024901 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0754639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.517;QD=11.8304;RBI=0.076779;REFB=-0.0155404;REVB=-0.01415;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759404;STB=0.545369;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0202269;OID=.;OPOS=21024901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:6:12:8:3:6:12 chr1 21042094 . G A 473.64 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.050581;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.819;QD=16.1929;RBI=0.0506187;REFB=-0.0177561;REVB=0.00195298;RO=61;SAF=16;SAR=36;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12694;STB=0.584382;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0188095;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:61:65:52:52:0.444444:36:16:26:35:36:16:29:36 chr1 21044161 . A G 135.25 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0817305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3271;QD=14.2366;RBI=0.085702;REFB=0.0004146;REVB=-0.0257866;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454969;STB=0.526283;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00383827;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:12:10:8:8:12:10 chr1 21050958 . C T 1415.94 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.607;QD=62.9305;RBI=0.0575848;REFB=0;REVB=0.0550198;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53227e-05;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:34:55:0:0:35:55:0:0 chr1 21069615 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA 55.12 PASS AF=0.588235,0.294118;AO=5,4;DP=17;FAO=10,5;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=7,4;FSAR=3,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.194208,0.14902;FXX=0.0555247;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=4.71962,21.9011;QD=12.9703;RBI=0.24005,0.15817;REFB=-0.220388,-0.10576;REVB=-0.141093,-0.0530189;RO=6;SAF=3,3;SAR=2,1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.231195,-0.113038;STB=0.538382,0.614874;STBP=0.607,0.589;TYPE=del,snp;VARB=0.122606,-0.0545296;OID=.,.;OPOS=21069616,21069626;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.588235,0.294118:5,4:17:10,5:17:2:7,4:3,1:1:1:30:6:3,3:2,1:5:1 chr1 21167404 . A G 854.19 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346624;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.976;QD=57.9108;RBI=0.0371774;REFB=0;REVB=-0.0134416;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53924e-07;OID=.;OPOS=21167404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr1 21306904 . TGGGGGGGC TGGGGGGC,TGGTGGGGG,TTGGGGGGC 61.25 PASS AF=0.182927,0.0426829,0;AO=24,8,8;DP=175;FAO=30,7,0;FDP=164;FR=.;FRO=127;FSAF=11,0,0;FSAR=19,7,0;FSRF=86;FSRR=41;FWDB=0.0150431,-0.00328877,0.0334437;FXX=0.088884;HRUN=7,7,7;LEN=1,6,1;MLLD=7.1935,238.796,22.2433;QD=1.49398;RBI=0.165845,0.0973018,0.0605032;REFB=-0.129329,-0.00953811,-0.0594873;REVB=-0.165161,-0.0972462,-0.0504198;RO=81;SAF=21,0,4;SAR=3,8,4;SRF=64;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.19279,-0.74573,-0.367325;STB=0.736176,0.998979,0.5;STBP=0.011,0,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.0688276,0.139864,0;OID=.,.,.;OPOS=21306905,21306907,21306905;OREF=G,GGGGGC,G;OALT=-,TGGGGG,T;OMAPALT=TGGGGGGC,TGGTGGGGG,TTGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.182927,0.0426829,0:24,8,8:175:30,7,0:164:127:11,0,0:19,7,0:86:41:35:81:21,0,4:3,8,4:64:17 chr1 21573722 . G A 471.47 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.012171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.706;QD=23.5735;RBI=0.0244275;REFB=-0.00488256;REVB=0.0211795;RO=35;SAF=28;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659514;STB=0.536258;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00418235;OID=.;OPOS=21573722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:17:28:19:16:17:28:19:16 chr1 21809750 . T C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00936214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9556;QD=9.19973;RBI=0.0155337;REFB=-0.0109739;REVB=0.0123954;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115383;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0178669;OID=.;OPOS=21809750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:6:7:3:4:6:7 chr1 21889635 . T C 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.064;QD=58.0598;RBI=0.00801063;REFB=0;REVB=-0.00417983;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.263e-05;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr1 21894735 . T C 412.84 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00507472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.67;QD=21.4461;RBI=0.0225712;REFB=-0.0092306;REVB=-0.0219934;RO=36;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119983;STB=0.566294;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.010629;OID=.;OPOS=21894735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:24:17:20:16:24:17:20:16 chr1 21900171 . A G 301.36 PASS AF=0.4;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0122906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.248;QD=14.1815;RBI=0.0125037;REFB=-0.00343644;REVB=-0.00229899;RO=49;SAF=20;SAR=13;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155838;STB=0.518508;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00428063;OID=.;OPOS=21900171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:51:33:34:0.4:13:20:29:20:13:21:30:21 chr1 21904267 . A G 564.19 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00155219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1025;QD=18.1997;RBI=0.014375;REFB=-0.00273481;REVB=-0.0142909;RO=64;SAF=28;SAR=31;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531822;STB=0.533449;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0037267;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:64:65:59:59:0.475806:31:28:34:30:31:28:35:30 chr1 21935433 . G T 267.07 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00346444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.724;QD=20.156;RBI=0.00351944;REFB=0.00190419;REVB=0.000619789;RO=24;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195774;STB=0.511525;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00183278;OID=.;OPOS=21935433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:27:28:0.528302:14:13:11:13:15:13:11:14 chr1 21943820 . G A 832.15 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00878296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.931;QD=52.8348;RBI=0.0727493;REFB=-0.116835;REVB=0.0722172;RO=2;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0020369;STB=0.506381;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0126737;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:2:3:60:60:0.952381:32:28:1:1:32:28:1:2 chr1 22050649 . C A 647.62 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.6;QD=60.2437;RBI=0.0661246;REFB=0;REVB=0.00759423;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602909;OID=.;OPOS=22050649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:22:18:0:0:23:20:0:0 chr1 22109370 . G A 537.44 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0515357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.868;QD=21.4975;RBI=0.0536166;REFB=-0.00751032;REVB=0.0147923;RO=49;SAF=17;SAR=34;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147204;STB=0.581527;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00653685;OID=.;OPOS=22109370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:34:17:24:25:34:17:24:25 chr1 22141030 . C T 256.6 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00999889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3409;QD=19.7386;RBI=0.0110343;REFB=-0.0332901;REVB=0.00466674;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288611;STB=0.516117;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0392579;OID=.;OPOS=22141030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:11:16:14:11:11:16:14:11 chr1 22149935 . T C 1250.61 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139632;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.033;QD=61.7585;RBI=0.0164985;REFB=0;REVB=-0.00878811;RO=0;SAF=55;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47025e-06;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:82:81:1:27:55:0:0:27:54:0:0 chr1 22191454 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.676;QD=60.2294;RBI=0.0769351;REFB=0;REVB=0.0583927;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535103;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr1 22206649 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2863;QD=60.2299;RBI=0.0286067;REFB=0;REVB=0.0162174;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.1112e-05;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr1 22206942 . G A 1271.95 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277959;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.858;QD=60.5692;RBI=0.0432105;REFB=-0.0433103;REVB=0.0330838;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108876;STB=0.505746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0005453;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:43:40:0:1:43:40:0:1 chr1 22207235 . T C 619.96 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0352595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.974;QD=59.0437;RBI=0.0364285;REFB=-0.0793077;REVB=0.00915424;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000605184;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:22:19:0:0:22:19:0:1 chr1 22214127 . A G 1970.43 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.908;QD=62.0607;RBI=0.0527064;REFB=0;REVB=-0.0390716;RO=0;SAF=52;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.818e-06;OID=.;OPOS=22214127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:75:52:0:0:75:52:0:0 chr1 22217108 . G A 1207.9 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0695857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.173;QD=61.1593;RBI=0.0751552;REFB=0;REVB=0.0283926;RO=0;SAF=24;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310263;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:55:24:0:0:55:24:0:0 chr1 22303509 . C A 426.18 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=-0.0181303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.601;QD=14.0888;RBI=0.0202006;REFB=-0.00946882;REVB=-0.00890828;RO=68;SAF=26;SAR=23;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212624;STB=0.616109;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0111022;OID=.;OPOS=22303509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:72:49:49:0.404959:23:26:22:46:23:26:24:48 chr1 22303524 . G A 65.93 PASS AF=0.115108;AO=16;DP=139;FAO=16;FDP=139;FR=.;FRO=123;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=73;FWDB=-0.0495756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5015;QD=1.89724;RBI=0.0562889;REFB=-0.0126456;REVB=-0.0266589;RO=123;SAF=10;SAR=6;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262748;STB=0.686735;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0932746;OID=.;OPOS=22303524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:139:139:123:123:16:16:0.115108:6:10:50:73:6:10:50:73 chr1 22307340 . C T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2434;QD=50.4096;RBI=0.0329586;REFB=0;REVB=-0.0035736;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000902303;OID=.;OPOS=22307340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr1 22307358 . C G 404.32 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4511;QD=55.7688;RBI=0.0410764;REFB=0;REVB=-0.0394846;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258926;OID=.;OPOS=22307358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr1 22307538 . C T 1153.22 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.033173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.865;QD=56.9491;RBI=0.035772;REFB=-0.13352;REVB=-0.0133859;RO=3;SAF=43;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318811;STB=0.51685;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000701662;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:81:3:3:78:78:0.962963:35:43:3:0:35:43:3:0 chr1 22310190 . T C 740.39 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.818;QD=56.9532;RBI=0.0310528;REFB=0;REVB=0.0199823;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028833;OID=.;OPOS=22310190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:23:29:0:0 chr1 22310262 . G C 1077.0 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0669404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4116;QD=59.8334;RBI=0.112278;REFB=0;REVB=-0.0901402;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144761;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr1 22310725 . G C 1319.02 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4311;QD=58.6232;RBI=0.172961;REFB=0;REVB=0.172777;RO=3;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350277;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109977;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:90:3:0:79:90:1:39:40:0:3:49:41:0:0 chr1 22310824 . T C 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.698;QD=62.0075;RBI=0.0132718;REFB=0;REVB=0.0117125;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13576e-05;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr1 22313161 . T C 666.93 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00462086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.967;QD=57.9936;RBI=0.0130949;REFB=-0.0841311;REVB=0.0122525;RO=2;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00185832;STB=0.50099;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00203638;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:21:23:1:1:21:23:1:1 chr1 22324705 . T C 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0209109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.031;QD=14.9201;RBI=0.0212427;REFB=0.000908047;REVB=-0.00374007;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569695;STB=0.520567;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00129253;OID=.;OPOS=22324705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:10:18:25:11:10:18:25:12 chr1 22328228 . C G 353.64 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.048698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9425;QD=16.0744;RBI=0.0642914;REFB=-0.00885934;REVB=0.0419748;RO=50;SAF=16;SAR=22;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019526;STB=0.510997;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00691395;OID=.;OPOS=22328228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:22:16:22:28:22:16:22:28 chr1 22329041 . GC G 55.4 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0077481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.1873;QD=6.71461;RBI=0.0274161;REFB=-0.0259919;REVB=-0.0262985;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150529;STB=0.648395;STBP=0.27;TYPE=del;VARB=0.0563006;OID=.;OPOS=22329042;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:9:32:11:33:22:6:5:7:15:55:22:4:5:7:15 chr1 22329062 . CCG CGT,GTG 104.57 PASS AF=0.142857,0.166667;AO=6,7;DP=44;FAO=6,7;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=1,4;FSAR=5,3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00799271,-0.00191847;FXX=0.0454442;HRUN=3,3;LEN=2,2;MLLD=172.055,187.778;QD=9.9595;RBI=0.0507734,0.022239;REFB=-0.0120178,0.00144383;REVB=-0.0501403,-0.0221561;RO=23;SAF=1,4;SAR=5,3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.44118,0.0588231;STB=0.785481,0.571225;STBP=0.159,0.734;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0585654,0.00762077;OID=.,.;OPOS=22329063,22329062;OREF=CG,CC;OALT=GT,GT;OMAPALT=CGT,GTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:44:42:23:27:6,7:6,7:0.142857,0.166667:5,3:1,4:12:11:5,3:1,4:13:14 chr1 22332008 . T C 98.1 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0199507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.919;QD=6.32929;RBI=0.0234536;REFB=-0.0043754;REVB=-0.0123304;RO=47;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383759;STB=0.734405;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00756966;OID=.;OPOS=22332008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:5:10:16:31:5:10:16:31 chr1 22332241 . A G 31.98 PASS AF=0.0689655;AO=12;DP=174;FAO=12;FDP=174;FR=.;FRO=162;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=74;FSRR=88;FWDB=-0.0136845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.923;QD=0.735073;RBI=0.0398503;REFB=-0.0017538;REVB=-0.037427;RO=161;SAF=8;SAR=4;SRF=74;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221617;STB=0.691417;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0192747;OID=.;OPOS=22332241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:174:174:161:162:12:12:0.0689655:4:8:74:87:4:8:74:88 chr1 22332245 . G C 31.75 PASS AF=0.0685714;AO=12;DP=175;FAO=12;FDP=175;FR=.;FRO=163;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=74;FSRR=89;FWDB=-0.00118741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.943;QD=0.72562;RBI=0.00449921;REFB=-0.00411785;REVB=-0.00433969;RO=162;SAF=8;SAR=4;SRF=74;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224085;STB=0.693715;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0468718;OID=.;OPOS=22332245;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:175:175:162:163:12:12:0.0685714:4:8:74:88:4:8:74:89 chr1 22332248 . G C 32.44 PASS AF=0.0697674;AO=12;DP=172;FAO=12;FDP=172;FR=.;FRO=160;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=72;FSRR=88;FWDB=-0.0134335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.764;QD=0.75439;RBI=0.0322927;REFB=-0.0010983;REVB=-0.0293659;RO=153;SAF=8;SAR=4;SRF=66;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253684;STB=0.696651;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0194635;OID=.;OPOS=22332248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:172:172:153:160:12:12:0.0697674:4:8:66:87:4:8:72:88 chr1 22336277 . C G 164.17 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0258348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7898;QD=11.1304;RBI=0.0269218;REFB=0.0204865;REVB=-0.00757283;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00277585;STB=0.501617;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0356291;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:11:10:18:20:11:10:18:20 chr1 22336643 . G C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0209685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8955;QD=16.8228;RBI=0.0804054;REFB=0.033846;REVB=0.0776231;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00878941;OID=.;OPOS=22336643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:3:2:2:5:3:2 chr1 22443760 . C T 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0120398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.937;QD=18.9137;RBI=0.0246538;REFB=-0.0160977;REVB=-0.021514;RO=28;SAF=21;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21832;STB=0.622552;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0163109;OID=.;OPOS=22443760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:8:21:14:14:8:21:14:14 chr1 22443887 . G T 262.92 PASS AF=0.318182;AO=34;DP=110;FAO=35;FDP=110;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=3.1126e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.478;QD=9.56064;RBI=0.0182062;REFB=-0.0025347;REVB=-0.0182062;RO=75;SAF=18;SAR=16;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362264;STB=0.531232;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00564911;OID=.;OPOS=22443887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:75:75:34:35:0.318182:16:18:42:33:17:18:42:33 chr1 22445991 . C T 811.91 PASS AF=0.515723;AO=82;DP=159;FAO=82;FDP=159;FR=.;FRO=77;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0137948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.855;QD=20.4254;RBI=0.0246547;REFB=-0.0101765;REVB=-0.0204342;RO=77;SAF=46;SAR=36;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827154;STB=0.545415;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00962556;OID=.;OPOS=22445991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:77:77:82:82:0.515723:36:46:36:41:36:46:36:41 chr1 22835172 . G A 491.68 PASS AF=0.504854;AO=51;DP=102;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00671494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.833;QD=19.0942;RBI=0.00691261;REFB=-0.00738174;REVB=0.00164126;RO=51;SAF=25;SAR=26;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177153;STB=0.504853;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00708315;OID=.;OPOS=22835172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:51:51:51:52:0.504854:26:25:26:25:26:26:26:25 chr1 22835677 . A G 1806.63 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.528;QD=60.2212;RBI=0.0476363;REFB=-0.053651;REVB=0.0343008;RO=0;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98352e-08;STB=0.504504;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000151074;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:64:55:0:0:64:55:1:0 chr1 22846709 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.569;QD=62.9815;RBI=0.0526139;REFB=0;REVB=0.0299308;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309519;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr1 22852715 . G C 171.03 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0379849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8294;QD=17.5417;RBI=0.0391351;REFB=0.0206151;REVB=-0.00941801;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750124;STB=0.542809;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0227662;OID=.;OPOS=22852715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:10:11:8:10:10:11 chr1 22853141 . G A 156.49 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=25;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.018232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4703;QD=24.0753;RBI=0.0272363;REFB=-0.0105445;REVB=0.0202338;RO=10;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190814;STB=0.614706;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00432408;OID=.;OPOS=22853141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:10:10:15:16:0.615385:12:3:4:6:13:3:4:6 chr1 22903102 . C T 147.77 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0189316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.6817;QD=12.0632;RBI=0.0193882;REFB=-0.0413639;REVB=0.00418299;RO=32;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233577;STB=0.637518;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0735668;OID=.;OPOS=22903102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:6:11:14:18:6:11:14:18 chr1 23101688 . T G 1510.75 PASS AF=1;AO=82;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4005;QD=63.6106;RBI=0.0282826;REFB=0;REVB=0.0195095;RO=0;SAF=24;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182588;OID=.;OPOS=23101688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:82:95:1:58:24:0:0:61:34:0:0 chr1 23208925 . G A 332.9 PASS AF=0.5;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0208592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.097;QD=19.0227;RBI=0.0222027;REFB=-0.0147002;REVB=-0.00760635;RO=34;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638967;STB=0.528909;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0151924;OID=.;OPOS=23208925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:35:35:35:0.5:20:15:17:17:20:15:17:18 chr1 23219493 . T C 805.08 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0818046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.243;QD=64.4067;RBI=0.103717;REFB=0;REVB=0.0637595;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64391e-05;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:33:17:0:0 chr1 23385826 . CTT C 201.83 PASS AF=0.397727;AO=33;DP=90;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00739771;FXX=0.0434735;HRUN=2;LEN=2;MLLD=228.933;QD=9.17415;RBI=0.0135108;REFB=-0.0147767;REVB=-0.0113055;RO=53;SAF=19;SAR=14;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313647;STB=0.532691;STBP=0.639;TYPE=del;VARB=0.0222013;OID=.;OPOS=23385827;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397727:33:90:35:88:53:21:14:29:24:99:53:19:14:29:24 chr1 23413027 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.152;QD=58.6006;RBI=0.00854627;REFB=0;REVB=0.00610983;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08764e-05;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr1 23418153 . C T 1105.37 PASS AF=0.986667;AO=75;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0238931;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1712;QD=58.953;RBI=0.0245413;REFB=0.0571845;REVB=0.00560312;RO=1;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010633;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00618942;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:75:74:0.986667:44:31:0:1:44:30:0:1 chr1 23419261 . G A 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2819;QD=60.6076;RBI=0.0363623;REFB=0;REVB=0.00636561;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723317;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr1 23419374 . G T 1098.15 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9967;QD=60.1728;RBI=0.00735838;REFB=0;REVB=-0.00670949;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38498e-05;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr1 23419383 . C T 1120.71 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416695;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6472;QD=60.5791;RBI=0.0968641;REFB=0;REVB=-0.0967744;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000441345;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr1 23419855 . T C 445.75 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374772;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.146;QD=57.5164;RBI=0.0501176;REFB=0;REVB=0.033275;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594712;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:16:15:0:0 chr1 23688933 . A G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00416497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.195;QD=15.6193;RBI=0.00800624;REFB=-0.00471716;REVB=0.00683761;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00454262;STB=0.502615;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00623309;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:11:14:10:8:11:14 chr1 23696152 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0207141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.834;QD=6.81347;RBI=0.0232371;REFB=0.00158476;REVB=0.0105305;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008787;STB=0.505602;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00464251;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:8:11:4:3:8:11 chr1 23710805 . A G 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0669812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.204;QD=17.5011;RBI=0.0672412;REFB=-0.0151134;REVB=-0.00590845;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306601;STB=0.517228;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0134467;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:12:16:14:12:12:16 chr1 23885498 . T C 915.83 PASS AF=0.572414;AO=83;DP=145;FAO=83;FDP=145;FR=.;FRO=62;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=0.0127275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.996;QD=25.2642;RBI=0.012937;REFB=-0.020381;REVB=0.00231885;RO=61;SAF=47;SAR=36;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196396;STB=0.609762;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0216841;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:61:62:83:83:0.572414:36:47:19:42:36:47:19:43 chr1 23965704 . A C 483.39 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0121616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3722;QD=20.791;RBI=0.0149933;REFB=-0.00454568;REVB=0.00876895;RO=46;SAF=26;SAR=21;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864624;STB=0.547849;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00673937;OID=.;OPOS=23965704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:21:26:21:25:21:26:21:25 chr1 23966894 . T TAAG 266.28 PASS AF=0.648649;AO=21;DP=40;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.017419;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=164.828;QD=28.7871;RBI=0.0179849;REFB=-0.00760429;REVB=0.00447632;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112634;STB=0.510196;STBP=0.874;TYPE=ins;VARB=0.00362236;OID=.;OPOS=23966895;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.648649:21:40:24:37:13:16:8:9:4:99:19:13:8:12:7 chr1 24018277 . C G 1851.69 PASS AF=0.99187;AO=119;DP=121;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00643442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7737;QD=60.2177;RBI=0.0243271;REFB=-0.0965135;REVB=0.0234608;RO=1;SAF=50;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068347;STB=0.503496;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000598359;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:121:123:1:1:119:122:0.99187:69:50:0:1:71:51:0:1 chr1 24077451 . C T 165.67 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0105984;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4424;QD=12.7437;RBI=0.0114642;REFB=-0.00369239;REVB=-0.00437067;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00171319;STB=0.507774;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00734961;OID=.;OPOS=24077451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:52:31:32:20:20:0.384615:9:11:17:14:9:11:18:14 chr1 24121600 . C CT 222.53 PASS AF=0.741935;AO=4;DP=32;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0318123;FXX=0.0312402;HRUN=0;LEN=1;MLLD=178.387;QD=28.7128;RBI=0.0502883;REFB=0.00722262;REVB=-0.0389472;RO=27;SAF=4;SAR=0;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.779692;STB=0.611023;STBP=0.064;TYPE=ins;VARB=-0.0026784;OID=.;OPOS=24121601;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.741935:4:32:23:31:8:9:14:0:8:53:27:4:0:4:23 chr1 24121601 . C T 163.68 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0314263;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=180.386;QD=20.4598;RBI=0.0320925;REFB=-0.0276257;REVB=0.00650526;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10507;STB=0.559734;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0149091;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:13:4:5:10:13:4:5:10 chr1 24122653 . GC G 34.33 PASS AF=0.26087;AO=10;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=-0.231306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.6379;QD=2.98479;RBI=0.289126;REFB=-0.00809871;REVB=0.173469;RO=32;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=25;SSEN=0.247401;SSEP=0;SSSB=0.623959;STB=0.894539;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=-0.0313101;OID=.;OPOS=24122654;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:10:46:12:46:34:10:2:7:27:34:32:8:2:7:25 chr1 24194748 . G C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0730767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6346;QD=35.5725;RBI=0.0894411;REFB=0;REVB=0.0515704;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00176328;OID=.;OPOS=24194748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 24194773 . G A 65.82 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107024;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9784;QD=37.6118;RBI=0.108038;REFB=0;REVB=0.0147612;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00881643;OID=.;OPOS=24194773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 24201162 . G A 1007.91 PASS AF=1;AO=59;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3719;QD=59.2891;RBI=0.0851072;REFB=0;REVB=-0.00184115;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140831;OID=.;OPOS=24201162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:59:68:1:35:24:0:0:36:32:0:0 chr1 24288404 . A G 368.79 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0244624;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0564;QD=16.3908;RBI=0.0333503;REFB=0.00756427;REVB=0.0226679;RO=51;SAF=23;SAR=16;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619252;STB=0.534866;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0085852;OID=.;OPOS=24288404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:51:51:39:39:0.433333:16:23:27:24:16:23:27:24 chr1 24288432 . C T 1518.1 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.015053;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0178;QD=62.6023;RBI=0.015095;REFB=-0.00967449;REVB=0.00112478;RO=1;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010656;STB=0.505617;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=3.69597e-05;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:1:1:96:96:0.989691:44:52:0:1:44:52:0:1 chr1 24392600 . G A 335.68 PASS AF=0.45;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0384825;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.437;QD=16.7842;RBI=0.0504047;REFB=-0.0287597;REVB=0.0325535;RO=44;SAF=13;SAR=23;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215957;STB=0.512115;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.028131;OID=.;OPOS=24392600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:44:44:36:36:0.45:23:13:15:29:23:13:15:29 chr1 24392671 . T C 275.74 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00171826;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6688;QD=15.9851;RBI=0.00311801;REFB=-0.0274679;REVB=0.00260184;RO=37;SAF=9;SAR=22;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206451;STB=0.603499;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0313638;OID=.;OPOS=24392671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:38:31:31:0.449275:22:9:18:19:21:10:19:19 chr1 24393563 . C T 559.75 PASS AF=0.398773;AO=65;DP=163;FAO=65;FDP=163;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.0063685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.201;QD=13.7361;RBI=0.0328878;REFB=-0.0145643;REVB=-0.0322653;RO=98;SAF=30;SAR=35;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355249;STB=0.519994;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0224617;OID=.;OPOS=24393563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:98:98:65:65:0.398773:35:30:42:56:35:30:42:56 chr1 24394811 . A G 288.92 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0468235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.585;QD=32.1024;RBI=0.0473341;REFB=-0.0589558;REVB=-0.00693375;RO=11;SAF=11;SAR=14;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434419;STB=0.523791;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0263691;OID=.;OPOS=24394811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:14:11:4:7:14:11:4:7 chr1 24406647 . G A 375.6 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0232086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.001;QD=15.9831;RBI=0.0234662;REFB=-0.00928065;REVB=-0.00346756;RO=54;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634614;STB=0.535697;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0094464;OID=.;OPOS=24406647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:22:18:21:33:22:18:21:33 chr1 24409165 . C T 593.86 PASS AF=0.426752;AO=64;DP=153;FAO=67;FDP=157;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0332372;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.249;QD=15.1303;RBI=0.0338534;REFB=-0.0104257;REVB=-0.00642979;RO=85;SAF=11;SAR=53;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420273;STB=0.717223;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0146117;OID=.;OPOS=24409165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:157:85:90:64:67:0.426752:53:11:44:41:53:14:49:41 chr1 24409191 . C T 635.84 PASS AF=0.538462;AO=62;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.00280458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.629;QD=21.7382;RBI=0.00406236;REFB=-0.0149543;REVB=0.0029389;RO=52;SAF=27;SAR=35;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161215;STB=0.581608;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0108864;OID=.;OPOS=24409191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:52:54:62:63:0.538462:35:27:13:39:36:27:14:40 chr1 24413159 . T C 164.31 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00529574;FXX=0.0930016;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.36;QD=16.8518;RBI=0.0433843;REFB=-0.026691;REVB=-0.0430599;RO=22;SAF=16;SAR=1;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.693851;STB=0.908519;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0264302;OID=.;OPOS=24413159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:39:22:22:17:17:0.435897:1:16:8:14:1:16:8:14 chr1 24416058 . GT G,GC,GG 986.33 PASS AF=0.0714286,0.857143,0.0714286;AO=13,50,5;DP=70;FAO=5,60,5;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=3,34,1;FSAR=2,26,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.90864e-05,0.0752763,-0.0170694;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=83.0968,95.0798,67.8544;QD=56.3615;RBI=0.011881,0.0930237,0.0184305;REFB=0,0,0;REVB=0.0118807,0.0546524,0.00695119;RO=0;SAF=4,31,1;SAR=9,19,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00049008,0.00546725,0.0784607;OID=.,.,.;OPOS=24416059,24416059,24416059;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0714286,0.857143,0.0714286:13,50,5:70:5,60,5:70:0:3,34,1:2,26,4:0:0:20:0:4,31,1:9,19,4:0:0 chr1 24416070 . G C 457.13 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00233143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.511;QD=23.146;RBI=0.00449307;REFB=-0.0371515;REVB=0.00384086;RO=34;SAF=22;SAR=22;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023334;STB=0.506326;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0255023;OID=.;OPOS=24416070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:34:35:44:44:0.556962:22:22:18:16:22:22:18:17 chr1 24416133 . C T 361.4 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00216266;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.827;QD=15.0585;RBI=0.0100359;REFB=-0.0198702;REVB=-0.00980007;RO=57;SAF=20;SAR=19;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777416;STB=0.543978;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0302661;OID=.;OPOS=24416133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:57:57:39:39:0.40625:19:20:25:32:19:20:25:32 chr1 24418768 . T C 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0616913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.058;QD=26.3119;RBI=0.0627009;REFB=0.00584782;REVB=-0.0112067;RO=11;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118873;STB=0.54995;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00550939;OID=.;OPOS=24418768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:11:12:20:20:0.625:11:9:7:4:11:9:7:5 chr1 24419496 . A G 536.48 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0122224;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.223;QD=23.5816;RBI=0.0155992;REFB=-0.0188283;REVB=-0.00969269;RO=41;SAF=30;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937677;STB=0.551549;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0186136;OID=.;OPOS=24419496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:41:41:50:50:0.549451:20:30:20:21:20:30:20:21 chr1 24421474 . G A 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.00549937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.247;QD=18.4779;RBI=0.00659085;REFB=-0.00295685;REVB=0.00363266;RO=38;SAF=10;SAR=26;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398304;STB=0.722099;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00324875;OID=.;OPOS=24421474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:26:10:27:11:26:10:27:11 chr1 24421950 . C G 251.71 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00108065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3209;QD=17.0649;RBI=0.0184511;REFB=-0.0104725;REVB=0.0184194;RO=30;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800866;STB=0.55655;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0137355;OID=.;OPOS=24421950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:19:9:12:18:19:9:13:18 chr1 24447468 . G C 1051.01 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0428781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3671;QD=56.8116;RBI=0.0993377;REFB=-0.0590503;REVB=0.0896072;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119732;STB=0.501133;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00297982;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:74:1:2:72:72:0.972973:39:33:0:1:39:33:1:1 chr1 24465113 . C T 1347.03 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00214335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.471;QD=57.9369;RBI=0.0195022;REFB=-0.0227125;REVB=0.0193841;RO=2;SAF=35;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026308;STB=0.527021;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000292674;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:93:2:4:89:89:0.956989:54:35:2:0:54:35:4:0 chr1 24680915 . C T 315.87 PASS AF=0.492754;AO=32;DP=67;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0485576;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8141;QD=18.3112;RBI=0.0941016;REFB=0.00847112;REVB=0.0806057;RO=35;SAF=13;SAR=19;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306379;STB=0.67732;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00646038;OID=.;OPOS=24680915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:35:35:32:34:0.492754:19:13:26:9:21:13:26:9 chr1 24690764 . T A 361.99 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.00812404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.033;QD=17.8762;RBI=0.0171779;REFB=-0.0101798;REVB=0.0151354;RO=42;SAF=27;SAR=11;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430516;STB=0.508231;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.011802;OID=.;OPOS=24690764;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:11:27:30:12:11:27:30:13 chr1 24706113 . G A 538.68 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0489076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7814;QD=17.8074;RBI=0.0611546;REFB=-0.0104369;REVB=-0.0367141;RO=64;SAF=34;SAR=23;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15208;STB=0.584469;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0173813;OID=.;OPOS=24706113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:23:34:28:36:23:34:28:36 chr1 24706269 . A G 439.5 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00422042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.096;QD=21.9749;RBI=0.0107336;REFB=-0.0220979;REVB=-0.00986906;RO=37;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054379;STB=0.529957;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0185116;OID=.;OPOS=24706269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:24:19:14:23:24:19:14:23 chr1 24706292 . T C 338.84 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00521719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.568;QD=20.5359;RBI=0.00850051;REFB=-0.0130043;REVB=0.00671115;RO=31;SAF=14;SAR=20;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510357;STB=0.52228;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0106339;OID=.;OPOS=24706292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:31:34:35:0.530303:20:14:11:20:21:14:11:20 chr1 24718075 . T C 434.46 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=83;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00175316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6493;QD=20.6888;RBI=0.0466381;REFB=-0.00998558;REVB=0.0466052;RO=41;SAF=19;SAR=23;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340708;STB=0.524835;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00966682;OID=.;OPOS=24718075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:41:41:42:43:0.511905:23:19:17:24:23:20:17:24 chr1 24718079 . C A 401.47 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0070193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7259;QD=18.8927;RBI=0.0255668;REFB=-0.0120752;REVB=-0.0245843;RO=44;SAF=17;SAR=24;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059244;STB=0.533005;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0167579;OID=.;OPOS=24718079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:24:17:21:23:24:17:21:23 chr1 24785393 . C T 187.93 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.022673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0912;QD=10.8947;RBI=0.0291616;REFB=-0.011422;REVB=0.0183394;RO=44;SAF=17;SAR=7;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921665;STB=0.548345;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0208918;OID=.;OPOS=24785393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:45:24:24:0.347826:7:17:28:16:7:17:29:16 chr1 24859617 . G A 507.56 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993391;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.565;QD=59.7129;RBI=0.0914068;REFB=0;REVB=0.0908654;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418688;OID=.;OPOS=24859617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr1 24859665 . G A 711.47 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0167474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=339.9;QD=52.7018;RBI=0.0188283;REFB=0.0025704;REVB=-0.00860394;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.4137e-05;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:52:52:0.962963:26:26:0:1:26:26:1:1 chr1 24861704 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.592;QD=59.8394;RBI=0.0307434;REFB=0;REVB=0.0146048;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225643;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr1 25291010 . A T 1452.81 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6384;QD=63.1656;RBI=0.016379;REFB=0;REVB=0.0130755;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87298e-06;OID=.;OPOS=25291010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr1 25634143 . T C 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0226614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.699;QD=14.9204;RBI=0.0505179;REFB=-0.0125009;REVB=0.04515;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21969;STB=0.628712;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0131087;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:15:13:9:27:15:13:9:28 chr1 26131654 . G A 1500.17 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015048;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8261;QD=59.4128;RBI=0.0398857;REFB=0;REVB=0.0369381;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439535;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:43:57:0:0:44:57:0:0 chr1 26140573 . C A 1182.66 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8445;QD=60.6493;RBI=0.0282735;REFB=0;REVB=0.0143703;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341808;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:32:45:0:0:33:45:0:0 chr1 26144674 . G A 259.46 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.030652;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5065;QD=18.2075;RBI=0.0325605;REFB=-0.0272534;REVB=-0.0109837;RO=29;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248826;STB=0.622452;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0213566;OID=.;OPOS=26144674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:27:28:0.491228:19:8:16:13:19:9:16:13 chr1 26146884 . C G 156.19 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.935;QD=44.6255;RBI=0.102668;REFB=0;REVB=-0.00652036;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316237;OID=.;OPOS=26146884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr1 26158962 . A G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.097;QD=54.4812;RBI=0.0194923;REFB=-0.148804;REVB=-0.000423264;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00144291;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:15:16:0:1:15:16:0:1 chr1 26290745 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.436;QD=56.7066;RBI=0.0338278;REFB=0;REVB=0.0324949;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06692e-05;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr1 26357667 . G A 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0124727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.696;QD=19.9734;RBI=0.0164772;REFB=-0.0163697;REVB=0.0107671;RO=35;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146254;STB=0.581108;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0214468;OID=.;OPOS=26357667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:21:16:21:14:21:16:21:14 chr1 26368261 . G A 143.29 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=56;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0245166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3366;QD=10.0552;RBI=0.0424585;REFB=-0.0175329;REVB=0.034665;RO=37;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113043;STB=0.589696;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0799354;OID=.;OPOS=26368261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:37:38:18:19:0.333333:7:11:19:18:7:12:19:19 chr1 26385003 . T C 857.4 PASS AF=0.619048;AO=67;DP=125;FAO=78;FDP=126;FR=.;FRO=48;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=-0.0135809;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.3967;QD=27.2189;RBI=0.0145498;REFB=-0.0143395;REVB=-0.00522063;RO=38;SAF=43;SAR=24;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253605;STB=0.617948;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0107955;OID=.;OPOS=26385003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:38:48:67:78:0.619048:24:43:10:28:34:44:12:36 chr1 26393974 . C T 209.7 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.012577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.194;QD=18.6401;RBI=0.0297573;REFB=-0.00394866;REVB=-0.0269688;RO=24;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159068;STB=0.590936;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00535787;OID=.;OPOS=26393974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:16:5:9:15:16:5:9:15 chr1 26449335 . CAA C 107.5 PASS AF=0.323077;AO=20;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0176443;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=135.835;QD=6.61534;RBI=0.0329857;REFB=-0.0111932;REVB=-0.02787;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148591;STB=0.608211;STBP=0.249;TYPE=del;VARB=0.02978;OID=.;OPOS=26449336;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323077:20:65:21:65:44:10:11:14:30:99:43:9:11:14:29 chr1 26450714 . A G 249.35 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0453447;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.622;QD=16.3511;RBI=0.0467853;REFB=-0.00167214;REVB=0.0115205;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634328;STB=0.543828;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00266426;OID=.;OPOS=26450714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:33:28:28:0.459016:13:15:15:17:13:15:15:18 chr1 26487940 . A G 91.68 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0248117;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.392;QD=13.0976;RBI=0.0252258;REFB=-0.0176912;REVB=-0.00455189;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950076;STB=0.535655;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0189674;OID=.;OPOS=26487940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:27:28:14:16:11:12:0.428571:6:5:5:9:6:6:7:9 chr1 26488019 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00371938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.758;QD=18.8195;RBI=0.0550191;REFB=-0.0314348;REVB=0.0548932;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670073;STB=0.538397;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0405226;OID=.;OPOS=26488019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:5:5:7:5:5:5 chr1 26496651 . T C 175.69 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0419921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.351;QD=20.6697;RBI=0.0544949;REFB=-0.0295522;REVB=-0.0347327;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521025;STB=0.529379;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0214382;OID=.;OPOS=26496651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:9:7:9:9:9:7 chr1 26510217 . C G 199.24 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0168848;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.9999;QD=19.924;RBI=0.0560595;REFB=0.0251111;REVB=-0.0534562;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305068;STB=0.670575;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0266975;OID=.;OPOS=26510217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:4:16:9:11:4:16 chr1 26582091 . G A 299.06 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0193447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.47;QD=16.1651;RBI=0.0298254;REFB=-0.0233233;REVB=-0.022701;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340277;STB=0.525436;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0238361;OID=.;OPOS=26582091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:41:33:33:0.445946:17:16:18:22:17:16:18:23 chr1 26609259 . C T 126.86 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0106793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3069;QD=19.5173;RBI=0.0283692;REFB=-0.0277168;REVB=-0.0262824;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186957;STB=0.606586;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0191799;OID=.;OPOS=26609259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:7:5:9:5:7:5 chr1 26610891 . A C 395.23 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0109082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.211;QD=22.9121;RBI=0.0361083;REFB=-0.0439865;REVB=-0.0344212;RO=30;SAF=17;SAR=22;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0020595;STB=0.501133;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0264318;OID=.;OPOS=26610891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:22:17:13:17:22:17:13:17 chr1 26627478 . T C 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0116078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.242;QD=30.8208;RBI=0.0449002;REFB=-0.0564077;REVB=-0.0433738;RO=3;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308588;STB=0.517213;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0125519;OID=.;OPOS=26627478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:5:7:2:1:5:7:2:1 chr1 26646726 . A G 188.79 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0077922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7473;QD=20.9769;RBI=0.0127591;REFB=-0.0148474;REVB=-0.0101033;RO=17;SAF=16;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244459;STB=0.639832;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0179298;OID=.;OPOS=26646726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:3:16:11:6:3:16:11:6 chr1 26646730 . A G 188.83 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0095534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.809;QD=20.9809;RBI=0.00968204;REFB=-0.0118745;REVB=-0.00157303;RO=17;SAF=16;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244459;STB=0.639832;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00860549;OID=.;OPOS=26646730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:3:16:11:6:3:16:11:6 chr1 26648551 . G C 203.24 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0102147;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.936;QD=16.9368;RBI=0.0121331;REFB=-0.0129799;REVB=0.00654783;RO=27;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231656;STB=0.608589;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0189527;OID=.;OPOS=26648551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:20:21:0.4375:14:6:14:13:14:7:14:13 chr1 26670444 . G T 559.68 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.00290801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.517;QD=19.1345;RBI=0.0188784;REFB=-5.89333e-05;REVB=0.0186531;RO=58;SAF=27;SAR=31;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14312;STB=0.573412;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=7.06756e-05;OID=.;OPOS=26670444;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:59:58:58:0.495726:31:27:18:40:31:27:19:40 chr1 26670609 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0271917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.048;QD=12.0507;RBI=0.0279897;REFB=-0.0315595;REVB=-0.00663617;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466795;STB=0.787955;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0390757;OID=.;OPOS=26670609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:8:1:6:7:8:1:6:7 chr1 26671719 . C T 49.57 PASS AF=0.184211;AO=6;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0120594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7543;QD=5.21797;RBI=0.107336;REFB=-0.0149508;REVB=-0.106656;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500596;STB=0.844337;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.059331;OID=.;OPOS=26671719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:38:38:27:28:6:7:0.184211:2:4:6:21:2:5:6:22 chr1 26691174 . C A 350.43 PASS AF=0.6;AO=29;DP=49;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0271231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.329;QD=28.0343;RBI=0.0334883;REFB=-0.0401778;REVB=0.0196418;RO=19;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146086;STB=0.580591;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0305879;OID=.;OPOS=26691174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:19:20:29:30:0.6:11:18:8:11:12:18:8:12 chr1 26691598 . AGGGGGC AGGG,AGGGGC,AGGGG,AGGGGG 393.94 PASS AF=0,0,0.977778,0;AO=6,11,12,11;DP=46;FAO=0,0,44,0;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,16,0;FSAR=0,0,28,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.192424,0.615033,0.153322,-0.317523;FXX=0.0217344;HRUN=5,5,5,5;LEN=3,1,2,1;MLLD=11.8548,8.91533,16.2238,8.77603;QD=35.0173;RBI=0.194142,0.633915,0.209698,0.535916;REFB=-0.0666488,-0.0683625,-0.050218,0.00523948;REVB=0.0257682,-0.153566,0.143058,0.431724;RO=1;SAF=0,0,2,10;SAR=6,11,10,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.375,0.375,0.375,0;SSEP=0,0,0,0.555556;SSSB=-0.782178,-0.826036,-0.178334,-0.0428878;STB=0.5,0.5,0.508768,0.5;STBP=1,1,0.529,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0,0.0911985,0.0136463,0;OID=.,.,.,.;OPOS=26691602,26691599,26691603,26691604;OREF=GGC,G,GC,C;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=AGGG,AGGGGC,AGGGG,AGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,0.977778,0:6,11,12,11:46:0,0,44,0:45:1:0,0,16,0:0,0,28,0:0:1:5:1:0,0,2,10:6,11,10,1:1:0 chr1 26694245 . T C 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00282989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.188;QD=13.899;RBI=0.00585642;REFB=-0.0170665;REVB=0.00512732;RO=34;SAF=5;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287839;STB=0.666513;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0212709;OID=.;OPOS=26694245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:19:5:15:19:19:5:15:19 chr1 26694260 . T C 169.36 PASS AF=0.375;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0776212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.421;QD=12.097;RBI=0.0795345;REFB=-0.0185904;REVB=0.0173402;RO=35;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18546;STB=0.617859;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0297666;OID=.;OPOS=26694260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:35:20:21:0.375:14:6:16:19:15:6:16:19 chr1 26700795 . T C 1020.57 PASS AF=1;AO=60;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.944;QD=59.1636;RBI=0.0640928;REFB=0;REVB=0.0210076;RO=0;SAF=14;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154005;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:60:69:1:46:14:0:0:49:20:0:0 chr1 26755919 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879278;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=335.247;QD=59.6795;RBI=0.0237435;REFB=0;REVB=0.0220554;RO=0;SAF=59;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45788e-05;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:11:59:0:0:11:59:0:0 chr1 26879376 . T C 405.35 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00879926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4923;QD=50.6684;RBI=0.062258;REFB=-0.0634887;REVB=0.061633;RO=2;SAF=2;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168654;STB=0.591479;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0456508;OID=.;OPOS=26879376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:28:2:1:1:28:2:1:1 chr1 26879919 . CT AC,CC 382.56 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=4,24;DP=28;FAO=4,24;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4,7;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013035,-0.0181823;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=192.841,232.988;QD=54.6511;RBI=0.0170872,0.0223313;REFB=0,0;REVB=0.0110482,0.012965;RO=0;SAF=4,7;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00113237,-0.000136964;OID=.,.;OPOS=26879919,26879920;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:28:28:0:0:4,24:4,24:0.142857,0.857143:0,17:4,7:0:0:0,17:4,7:0:0 chr1 26887592 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.136;QD=60.6102;RBI=0.0209932;REFB=0;REVB=0.00428777;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64337e-05;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr1 26900735 . C G 1514.88 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0133259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6227;QD=62.4694;RBI=0.0406246;REFB=-0.139643;REVB=0.0383768;RO=0;SAF=30;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00170023;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:66:30:0:0:66:30:1:0 chr1 26901319 . G A 234.45 PASS AF=0.383562;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0427422;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9394;QD=12.8465;RBI=0.0442786;REFB=-0.00675982;REVB=0.0115626;RO=44;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143151;STB=0.560396;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00613787;OID=.;OPOS=26901319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:45:27:28:0.383562:10:17:22:22:11:17:23:22 chr1 27210721 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.236;QD=61.3349;RBI=0.039449;REFB=0;REVB=0.0269007;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41364e-05;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr1 27220891 . C T 174.52 PASS AF=0.5;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0330863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.172;QD=19.3916;RBI=0.0451186;REFB=-0.0231166;REVB=0.0306755;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521025;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0155579;OID=.;OPOS=27220891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:18:18:18:0.5:9:9:7:9:9:9:9:9 chr1 27339103 . G T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5431;QD=35.5758;RBI=0.106831;REFB=0;REVB=0.0962072;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118911;OID=.;OPOS=27339103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 27426796 . T C 945.35 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5088;QD=58.1755;RBI=0.0495532;REFB=0;REVB=-0.0456609;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00085007;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:31:34:0:0 chr1 27427041 . T C 393.11 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4169;QD=56.1584;RBI=0.0750483;REFB=0;REVB=-0.073193;RO=0;SAF=2;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126737;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:26:2:0:0:26:2:0:0 chr1 27688633 . G A 355.84 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00688069;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.137;QD=21.566;RBI=0.00791925;REFB=-0.0124053;REVB=0.00392053;RO=29;SAF=22;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106119;STB=0.551874;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00743132;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:29:30:36:36:0.545455:14:22:14:15:14:22:15:15 chr1 27875824 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4561;QD=46.8478;RBI=0.0440271;REFB=0;REVB=-0.0121799;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128699;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 27876482 . C A 1658.12 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898365;FXX=0.0176975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.013;QD=59.752;RBI=0.0918928;REFB=0;REVB=0.0193307;RO=1;SAF=22;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210846;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558749;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:113:111:1:0:110:111:1:88:22:1:0:88:23:0:0 chr1 28020307 . G C 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.000893295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0227;QD=9.41874;RBI=0.00994855;REFB=-0.0164387;REVB=-0.00990836;RO=31;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540212;STB=0.523529;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0123134;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:36:15:15:0.294118:7:8:18:13:7:8:18:18 chr1 28060574 . A G 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0570749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.958;QD=23.2357;RBI=0.05775;REFB=-0.00791539;REVB=-0.00880454;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114146;STB=0.56403;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00527532;OID=.;OPOS=28060574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:11:7:7:6:11:7:7:6 chr1 28149924 . A T 309.02 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0077975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.095;QD=19.0167;RBI=0.0198613;REFB=-0.00177642;REVB=0.0182667;RO=32;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111659;STB=0.568204;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00233753;OID=.;OPOS=28149924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:32:32:32:33:0.507692:15:17:13:19:15:18:13:19 chr1 28173614 . C G 251.56 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0654116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.093;QD=17.0549;RBI=0.0658757;REFB=-0.0179711;REVB=-0.00780597;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123544;STB=0.569569;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0124054;OID=.;OPOS=28173614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:18:10:15:16:18:10:15:16 chr1 28209305 . A G 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0150458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.637;QD=14.8344;RBI=0.0274592;REFB=-0.0289289;REVB=-0.0229703;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117181;STB=0.566609;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0325612;OID=.;OPOS=28209305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:21:9:9:13:21:9 chr1 28209362 . T C 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.049028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4106;QD=16.0344;RBI=0.0588607;REFB=0.000416861;REVB=-0.0325705;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162302;STB=0.611003;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0020312;OID=.;OPOS=28209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:28:20:20:0.416667:11:9:16:10:11:9:18:10 chr1 28209366 . A G 198.45 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0723626;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3092;QD=17.6395;RBI=0.12369;REFB=-0.00191925;REVB=-0.100314;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205404;STB=0.5827;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00721788;OID=.;OPOS=28209366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:11:9:16:8:11:9:15:10 chr1 28268835 . A C 966.76 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0257681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.257;QD=53.709;RBI=0.060852;REFB=-0.0757576;REVB=-0.0551269;RO=3;SAF=37;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160282;STB=0.508486;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0189159;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:32:37:1:2:32:37:1:2 chr1 28422847 . C T 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0265;QD=57.7099;RBI=0.084772;REFB=0;REVB=0.0573464;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012905;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr1 28638859 . A T 1991.56 PASS AF=0.956522;AO=132;DP=139;FAO=132;FDP=138;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0192584;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.231;QD=57.7264;RBI=0.0308049;REFB=-0.126463;REVB=0.0240428;RO=3;SAF=56;SAR=76;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183895;STB=0.5115;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000701213;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:139:138:3:6:132:132:0.956522:76:56:0:3:76:56:1:5 chr1 28858439 . G A 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00341427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.23;QD=18.2899;RBI=0.00812913;REFB=-0.0249241;REVB=0.00737736;RO=33;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129709;STB=0.507242;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0261212;OID=.;OPOS=28858439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:17:15:15:18:17:15:15:18 chr1 28975234 . C T 266.51 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00245627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6772;QD=16.4006;RBI=0.00501701;REFB=-0.0178259;REVB=-0.0043746;RO=35;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282844;STB=0.515913;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.020908;OID=.;OPOS=28975234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:18:12:15:20:18:12:15:20 chr1 29138975 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.81;QD=46.848;RBI=0.047865;REFB=0;REVB=0.0431257;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271805;OID=.;OPOS=29138975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr1 29189597 . C T 1510.42 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00706954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.838;QD=58.0932;RBI=0.0185527;REFB=-0.103871;REVB=0.0171529;RO=0;SAF=62;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32893e-08;STB=0.506023;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000217856;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:104:0:1:101:103:0.990385:39:62:0:0:41:62:0:1 chr1 29446811 . A G 164.63 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.051208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8358;QD=14.0108;RBI=0.0545732;REFB=-0.0329085;REVB=-0.0188675;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128473;STB=0.574387;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0983592;OID=.;OPOS=29446811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:11:18:9:9:11:18 chr1 29630455 . C T 388.98 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00541638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.733;QD=15.1059;RBI=0.0157956;REFB=-0.0151887;REVB=0.014838;RO=58;SAF=21;SAR=23;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294567;STB=0.511283;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0223234;OID=.;OPOS=29630455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:59:44:44:0.427184:23:21:26:32:23:21:27:32 chr1 29631909 . A G 971.9 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8849;QD=58.9031;RBI=0.0724272;REFB=0;REVB=0.0220076;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340723;OID=.;OPOS=29631909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:44:22:0:0:44:22:0:0 chr1 31188089 . C T 236.53 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00119807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.604;QD=13.516;RBI=0.0771032;REFB=-0.00528253;REVB=-0.0770939;RO=42;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00792842;OID=.;OPOS=31188089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:14:14:21:21:14:14:21:21 chr1 31188901 . A G 450.64 PASS AF=0.52381;AO=43;DP=85;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00890304;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.166;QD=21.4589;RBI=0.00931345;REFB=-0.0126005;REVB=0.00273427;RO=41;SAF=26;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104964;STB=0.544033;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0133806;OID=.;OPOS=31188901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:41:40:43:44:0.52381:17:26:20:21:18:26:20:20 chr1 31208042 . C T 151.01 PASS AF=0.470588;AO=13;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0106308;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.7;QD=17.7659;RBI=0.0142114;REFB=-0.0151466;REVB=-0.00943129;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223717;STB=0.610548;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0216682;OID=.;OPOS=31208042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:17:13:16:0.470588:5:8:7:11:6:10:7:10 chr1 31215364 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00981853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.116;QD=16.417;RBI=0.0261961;REFB=-0.0178946;REVB=-0.0242864;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057851;STB=0.533286;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0190844;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:7:9:7:7:7:9 chr1 31230532 . T C 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0116813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.487;QD=16.1065;RBI=0.0204485;REFB=-0.0210383;REVB=-0.0167835;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608231;STB=0.534914;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0232417;OID=.;OPOS=31230532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:13:9:8:9:13:9 chr1 31346057 . A G 375.58 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00744192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.051;QD=23.8465;RBI=0.0105072;REFB=0.00437279;REVB=-0.00741752;RO=25;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933472;STB=0.542146;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0036843;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:26:37:37:0.587302:18:19:16:9:18:19:16:10 chr1 31347320 . G A 383.17 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.00886234;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4027;QD=13.5635;RBI=0.0538534;REFB=-0.0108626;REVB=0.0531192;RO=65;SAF=21;SAR=24;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10348;STB=0.542294;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.012408;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:65:68:45:45:0.39823:24:21:24:41:24:21:27:41 chr1 31347399 . C T 591.62 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00189945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6466;QD=24.651;RBI=0.0800703;REFB=-0.0191855;REVB=0.0800478;RO=41;SAF=21;SAR=33;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212299;STB=0.518109;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0152801;OID=.;OPOS=31347399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:41:42:54:54:0.5625:33:21:17:24:33:21:18:24 chr1 31349751 . TCCCCT TCCCT,TCCCTC,TCCCTG 136.7 PASS AF=0.444444,0,0;AO=21,2,2;DP=54;FAO=24,0,0;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=7,0,0;FSAR=17,0,0;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0431959,-0.0642285,-0.0574148;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,2;MLLD=10.831,106.3,19.8814;QD=10.1261;RBI=0.0504241,0.0749465,0.0587047;REFB=-0.158924,-0.0260369,-0.0663281;REVB=-0.0260136,-0.0386224,-0.0122388;RO=28;SAF=5,0,1;SAR=16,2,1;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0.534653,0,0;SSSB=-0.326132,-0.482752,-0.0322576;STB=0.625309,0.5,0.5;STBP=0.133,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.178985,0,0;OID=.,.,.;OPOS=31349752,31349755,31349755;OREF=C,CT,CT;OALT=-,TC,TG;OMAPALT=TCCCT,TCCCTC,TCCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0,0:21,2,2:54:24,0,0:54:30:7,0,0:17,0,0:15:15:99:28:5,0,1:16,2,1:15:13 chr1 31426815 . A G 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0255534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.579;QD=13.7271;RBI=0.0267087;REFB=-0.0153493;REVB=0.00777031;RO=35;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161905;STB=0.60126;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0246008;OID=.;OPOS=31426815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:16:9:18:17:16:9:19:17 chr1 31445932 . C G 1571.14 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296044;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.169;QD=59.2881;RBI=0.032089;REFB=0;REVB=0.0123809;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139882;OID=.;OPOS=31445932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:104:106:1:50:54:0:0:50:56:0:0 chr1 31653733 . T C 746.51 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.246;QD=63.5324;RBI=0.0857029;REFB=0;REVB=0.0778071;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296928;OID=.;OPOS=31653733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr1 31740706 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.939;QD=51.1846;RBI=0.0455376;REFB=0;REVB=0.00112682;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323425;OID=.;OPOS=31740706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr1 31883295 . T C 1527.06 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7111;QD=63.6276;RBI=0.0399786;REFB=0;REVB=0.0294834;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86537e-05;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:54:39:0:0:57:39:0:0 chr1 31897643 . G A 1327.31 PASS AF=0.560538;AO=125;DP=223;FAO=125;FDP=223;FR=.;FRO=98;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=-0.00357746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.839;QD=23.8082;RBI=0.0185829;REFB=-0.0216082;REVB=0.0182353;RO=97;SAF=51;SAR=74;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135558;STB=0.504574;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0169573;OID=.;OPOS=31897643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:97:98:125:125:0.560538:74:51:38:59:74:51:39:59 chr1 31905889 . A ACAG 1617.04 PASS AF=0.865672;AO=115;DP=140;FAO=116;FDP=134;FR=.;FRO=18;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0476418;FXX=0.0289834;HRUN=1;LEN=3;MLLD=250.748;QD=48.27;RBI=0.0608805;REFB=-0.143735;REVB=0.0379036;RO=23;SAF=50;SAR=65;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687597;STB=0.53071;STBP=0.07;TYPE=ins;VARB=0.0168782;OID=.;OPOS=31905890;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.865672:115:140:116:134:18:51:65:12:6:83:23:50:65:15:8 chr1 32127953 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.155;QD=57.5442;RBI=0.0190334;REFB=0;REVB=0.00116583;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91815e-05;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr1 32148571 . A G 803.62 PASS AF=0.982759;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0179063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.847;QD=55.422;RBI=0.0327015;REFB=-0.168615;REVB=0.0273633;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.512816;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000952945;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:58:0:1:54:57:0.982759:16:38:0:0:19:38:0:1 chr1 32149295 . GC CG,GCG 68.29 PASS AF=0,0.186813;AO=4,26;DP=93;FAO=0,17;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=0,7;FSAR=0,10;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.0692969,-0.0754151;FXX=0.0215031;HRUN=3,0;LEN=2,1;MLLD=41.248,29.9252;QD=3.00192;RBI=0.172378,0.157625;REFB=0.000290777,-0.0223957;REVB=-0.157835,-0.138413;RO=60;SAF=0,5;SAR=4,21;SRF=29;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.496228,-0.388697;STB=0.5,0.528269;STBP=1,0.824;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.143927;OID=.,.;OPOS=32149295,32149297;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:93:91:60:74:4,26:0,17:0,0.186813:4,21:0,5:29:31:0,10:0,7:28:46 chr1 32150144 . CGGGG CGCGG,CGG,CGGG,CGGGC 200.33 PASS AF=0,0.117647,0.411765,0.0392157;AO=3,8,16,3;DP=51;FAO=0,6,21,2;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=0,0,1,2;FSAR=0,6,20,0;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0472725,-0.0504996,-0.0912085,-0.043226;FXX=0;HRUN=4,4,4,4;LEN=1,2,1,1;MLLD=230.983,22.419,15.1925,19.309;QD=15.7124;RBI=0.0578632,0.141364,0.271022,0.0605657;REFB=-0.00340608,-0.0396264,-0.0742468,-0.0314547;REVB=-0.0333686,-0.132037,-0.255213,-0.0424231;RO=20;SAF=0,0,0,3;SAR=3,8,16,0;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.559415,-0.732136,-0.809334,0.633891;STB=0.5,0.997623,0.840667,0.995857;STBP=1,0.042,0.004,0.101;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0,0.0602321,-0.025809,0.118606;OID=.,.,.,.;OPOS=32150146,32150145,32150145,32150148;OREF=G,GG,G,G;OALT=C,-,-,C;OMAPALT=CGCGG,CGG,CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.117647,0.411765,0.0392157:3,8,16,3:51:0,6,21,2:51:22:0,0,1,2:0,6,20,0:8:14:99:20:0,0,0,3:3,8,16,0:8:12 chr1 32158374 . T C 212.02 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00716317;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.998;QD=18.4363;RBI=0.0250697;REFB=-0.00516279;REVB=-0.0240246;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23972;STB=0.646917;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.015639;OID=.;OPOS=32158374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:24:25:21:21:0.456522:14:7:14:10:14:7:15:10 chr1 32164206 . T G 254.0 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0407071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3996;QD=15.3939;RBI=0.103764;REFB=-0.0196756;REVB=-0.0954457;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125617;STB=0.562457;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0219747;OID=.;OPOS=32164206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:37:29:29:0.439394:15:14:22:14:15:14:22:15 chr1 32165495 . G T 448.49 PASS AF=0.471154;AO=47;DP=102;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0800207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5246;QD=17.2495;RBI=0.0981913;REFB=-0.0239154;REVB=0.0569053;RO=55;SAF=18;SAR=29;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141871;STB=0.586754;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0311243;OID=.;OPOS=32165495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:55:55:47:49:0.471154:29:18:29:26:31:18:29:26 chr1 32193647 . T C 345.14 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0147574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.746;QD=16.633;RBI=0.0186819;REFB=-0.0276186;REVB=0.0114557;RO=46;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732905;STB=0.541201;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0357644;OID=.;OPOS=32193647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:22:15:22:24:22:15:22:24 chr1 32280610 . T C 565.88 PASS AF=0.42069;AO=60;DP=145;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.02548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.535;QD=15.6104;RBI=0.0357257;REFB=-0.019028;REVB=-0.0250419;RO=84;SAF=30;SAR=30;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618878;STB=0.529762;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0249084;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:84:84:60:61:0.42069:30:30:47:37:30:31:47:37 chr1 32373836 . TGTTTTTT GTTTTTTG,TGTTTTTG,TGTTTT,TGTTTTT,TTTGTTTT 186.11 PASS AF=0.03125,0.3125,0.59375,0,0.0625;AO=2,5,3,4,3;DP=30;FAO=1,10,19,0,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,16,0,2;FSAR=1,10,3,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278259,-0.027443,-0.192891,-0.367601,-0.116057;FXX=0.0588062;HRUN=6,16,16,16,1;LEN=8,1,2,1,3;MLLD=212.389,211.16,4.57991,3.16329,12.9338;QD=23.2638;RBI=0.0677683,0.0674794,0.376368,0.635055,0.24062;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.061792,-0.061647,-0.323181,-0.517845,-0.210781;RO=0;SAF=0,0,3,4,3;SAR=2,5,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,del,del,mnp;VARB=0.147256,0.0681051,-0.163227,-0.436484,0.0382063;OID=.,.,.,.,.;OPOS=32373836,32373843,32373838,32373838,32373837;OREF=TGTTTTTT,T,TT,T,GTT;OALT=GTTTTTTG,G,-,-,TTG;OMAPALT=GTTTTTTG,TGTTTTTG,TGTTTT,TGTTTTT,TTTGTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:64:30:32:0:0:2,5,3,4,3:1,10,19,0,2:0.03125,0.3125,0.59375,0,0.0625:2,5,0,0,0:0,0,3,4,3:0:0:1,10,3,0,0:0,0,16,0,2:0:0 chr1 32374022 . A G 34.36 PASS AF=0.263158;AO=5;DP=20;FAO=5;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.150454;FXX=0.049975;HRUN=10;LEN=1;MLLD=24.4642;QD=7.23464;RBI=0.150455;REFB=-0.0681394;REVB=-0.000407337;RO=10;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571122;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0192867;OID=.;OPOS=32374022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:20:19:10:11:5:5:0.263158:4:1:2:8:4:1:3:8 chr1 32544768 . A G 78.35 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00202707;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.028;QD=13.0578;RBI=0.00696604;REFB=-0.014764;REVB=-0.00666458;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302009;STB=0.677085;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0216003;OID=.;OPOS=32544768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:10:4:6:4:10:4 chr1 32557486 . A G 438.24 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0446912;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7297;QD=19.4774;RBI=0.0472502;REFB=-0.0332186;REVB=0.0153387;RO=45;SAF=22;SAR=21;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061014;STB=0.533318;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0334878;OID=.;OPOS=32557486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:46:43:44:0.488889:21:22:26:19:22:22:26:20 chr1 32672908 . T G 72.67 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0051031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.586;QD=8.80845;RBI=0.0428122;REFB=-0.0158735;REVB=-0.0425069;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277093;STB=0.66637;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0364121;OID=.;OPOS=32672908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:5:5:6:17:5:5:6:17 chr1 32694819 . A G 293.49 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0663148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.686;QD=23.0188;RBI=0.0671268;REFB=-0.0101953;REVB=0.0104095;RO=22;SAF=12;SAR=17;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116191;STB=0.56406;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00567495;OID=.;OPOS=32694819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:17:12:6:16:17:12:6:16 chr1 32706791 . G T 496.18 PASS AF=0.573171;AO=45;DP=80;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0299662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.489;QD=24.204;RBI=0.0319198;REFB=-0.0389346;REVB=0.0109954;RO=34;SAF=32;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18345;STB=0.601322;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0327247;OID=.;OPOS=32706791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:34:35:45:47:0.573171:13:32:17:17:14:33:17:18 chr1 32713199 . A G 150.24 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0290385;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2916;QD=11.1285;RBI=0.0902572;REFB=-0.0163428;REVB=-0.0854584;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119472;STB=0.578229;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0290291;OID=.;OPOS=32713199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:36:35:19:19:0.351852:12:7:17:19:12:7:17:18 chr1 33065947 . G C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.485;QD=56.9567;RBI=0.0452598;REFB=0;REVB=0.0419344;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241885;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr1 33133968 . T C 510.37 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00406;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.396;QD=52.3452;RBI=0.0144795;REFB=-0.168949;REVB=0.0138987;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.53844;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00124583;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:1:3:36:36:0.923077:18:18:0:1:18:18:0:3 chr1 33160878 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=342.144;QD=58.1421;RBI=0.0247604;REFB=0;REVB=0.02473;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34554e-05;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr1 33161212 . T C 894.3 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.862;QD=56.7809;RBI=0.0561528;REFB=-0.0594035;REVB=0.0511416;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489974;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:63:0:0:61:63:1:24:37:0:0:25:38:0:0 chr1 33231380 . T G 158.05 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0697502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2031;QD=16.6364;RBI=0.0807519;REFB=-0.00759886;REVB=-0.0406913;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019532;STB=0.523337;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00310623;OID=.;OPOS=33231380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:21:17:17:0.447368:9:8:9:11:9:8:9:12 chr1 33231403 . G T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0188069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.253;QD=11.8306;RBI=0.0536675;REFB=-0.0175034;REVB=-0.0502644;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139848;STB=0.583781;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0269921;OID=.;OPOS=33231403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:3:8:11:7:3:8:11:7 chr1 33235626 . G A 167.87 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=0.0348822;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.214;QD=14.9216;RBI=0.0538256;REFB=-0.0369265;REVB=0.040993;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33277;STB=0.688709;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.028561;OID=.;OPOS=33235626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:22:5:9:9:22:5 chr1 33276656 . C T 262.75 PASS AF=0.373494;AO=32;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0812264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8327;QD=12.6626;RBI=0.0824105;REFB=-0.00770858;REVB=-0.01392;RO=49;SAF=12;SAR=20;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155054;STB=0.546614;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.013787;OID=.;OPOS=33276656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:52:32:31:0.373494:20:12:12:37:20:11:15:37 chr1 33299673 . TAAAC ATAAC,TAAC,TAACA,TAATA 443.29 PASS AF=0,0.84,0.16,0;AO=3,24,3,5;DP=49;FAO=0,42,8,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,0,0;FSAR=0,14,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106064,0.322607,0.157557,-0.0173121;FXX=0;HRUN=1,3,3,3;LEN=2,1,2,2;MLLD=7.28982,12.7828,9.96855,130.164;QD=35.4634;RBI=0.11964,0.334945,0.158332,0.220521;REFB=-0.0220595,-0.0622156,-0.0407659,0.0227701;REVB=0.0553554,0.0900742,-0.0156403,-0.21984;RO=8;SAF=0,20,0,0;SAR=3,4,3,5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.73181,0.0650916,-0.73181,-0.779142;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0.0875858,0.0635815,-0.0199189,0;OID=.,.,.,.;OPOS=33299673,33299674,33299676,33299676;OREF=TA,A,AC,AC;OALT=AT,-,CA,TA;OMAPALT=ATAAC,TAAC,TAACA,TAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:19:49:50:8:0:3,24,3,5:0,42,8,0:0,0.84,0.16,0:3,4,3,5:0,20,0,0:6:2:0,14,8,0:0,28,0,0:0:0 chr1 33318674 . T C 215.93 PASS AF=0.552632;AO=19;DP=36;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0969072;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.761;QD=22.7298;RBI=0.0994028;REFB=-0.0303443;REVB=-0.0221341;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183976;STB=0.618944;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0310529;OID=.;OPOS=33318674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:17:17:19:21:0.552632:12:7:3:14:12:9:3:14 chr1 33324088 . C G 358.33 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00177367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.173;QD=17.0632;RBI=0.0375348;REFB=-0.00808101;REVB=-0.0374928;RO=45;SAF=12;SAR=26;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436454;STB=0.533221;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00832101;OID=.;OPOS=33324088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:46:38:38:0.452381:26:12:16:29:26:12:17:29 chr1 33328132 . G A 385.39 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0332426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.831;QD=13.8878;RBI=0.0357292;REFB=-0.0168053;REVB=0.013096;RO=65;SAF=21;SAR=24;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075064;STB=0.537798;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0163212;OID=.;OPOS=33328132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:66:45:45:0.405405:24:21:35:30:24:21:35:31 chr1 33328165 . G A 538.27 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0128123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.586;QD=19.2238;RBI=0.0204478;REFB=-0.00589194;REVB=0.0159361;RO=54;SAF=27;SAR=29;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00058903;STB=0.508931;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00544706;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:56:56:56:0.5:29:27:26:28:29:27:28:28 chr1 33409693 . G A 129.38 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0325653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5634;QD=12.9382;RBI=0.0335653;REFB=-0.0177791;REVB=0.00813207;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077181;STB=0.545393;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0265988;OID=.;OPOS=33409693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:10:5:10:15:10:5:10:15 chr1 33475750 . A G 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00964334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.392;QD=2.44623;RBI=0.0193239;REFB=0.00052778;REVB=-0.0167458;RO=56;SAF=2;SAR=6;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211068;STB=0.666223;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00343316;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:56:57:8:8:0.123077:6:2:23:33:6:2:24:33 chr1 33475767 . G A 32.21 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.00241709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.468;QD=1.92308;RBI=0.0117053;REFB=-0.00149691;REVB=-0.011453;RO=60;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104742;STB=0.582278;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0210152;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:5:2:22:38:5:2:22:38 chr1 33631069 . C A 893.74 PASS AF=0.533333;AO=87;DP=164;FAO=88;FDP=165;FR=.;FRO=77;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0228504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.482;QD=21.6664;RBI=0.0255787;REFB=-0.018084;REVB=-0.0114948;RO=77;SAF=49;SAR=38;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379025;STB=0.523007;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0131332;OID=.;OPOS=33631069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:77:77:87:88:0.533333:38:49:40:37:38:50:40:37 chr1 33765272 . A G 74.19 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00463324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.695;QD=12.9024;RBI=0.0436728;REFB=0.00157148;REVB=-0.0434263;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611305;STB=0.872965;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00657887;OID=.;OPOS=33765272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:22:23:13:13:9:10:0.434783:1:8:4:9:1:9:4:9 chr1 33789588 . T C 465.38 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0137125;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.992;QD=47.7308;RBI=0.0533013;REFB=-0.000615317;REVB=0.0515072;RO=5;SAF=18;SAR=16;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113579;STB=0.560941;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000212731;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:40:39:5:5:34:34:0.871795:16:18:5:0:16:18:5:0 chr1 33789670 . G A 443.2 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0154448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.005;QD=35.456;RBI=0.0172117;REFB=-0.0354961;REVB=-0.00759623;RO=15;SAF=20;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213755;STB=0.511621;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0126827;OID=.;OPOS=33789670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:15:20:8:7:15:20:8:7 chr1 33790496 . G A 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0258793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.265;QD=25.8143;RBI=0.0285087;REFB=-0.0129111;REVB=0.0119587;RO=20;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812113;STB=0.54499;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0110115;OID=.;OPOS=33790496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:12:15:9:11:12:15:9:11 chr1 33820033 . C T 90.69 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.018452;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.594;QD=13.9529;RBI=0.0194454;REFB=-0.0368249;REVB=-0.00613576;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119984;STB=0.624759;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0418248;OID=.;OPOS=33820033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:28:26:16:15:11:11:0.423077:3:8:10:6:3:8:8:7 chr1 33820134 . C T 89.4 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00564866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.375;QD=15.5479;RBI=0.00603596;REFB=-0.0324503;REVB=0.00212732;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160306;STB=0.573634;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0140703;OID=.;OPOS=33820134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:4:7:5:6:4:7:6:6 chr1 33832864 . CA C,CG 1217.69 PASS AF=1,0;AO=22,59;DP=81;FAO=79,0;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=51,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0807463,-0.0828668;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.333,163.295;QD=61.6554;RBI=0.0960228,0.102417;REFB=0,0;REVB=0.0519656,-0.0601858;RO=0;SAF=5,23;SAR=17,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.58081e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000424218,0;OID=.,.;OPOS=33832865,33832865;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:22,59:81:79,0:79:0:28,0:51,0:0:0:6:0:5,23:17,36:0:0 chr1 33957130 . C A 676.86 PASS AF=0.942308;AO=48;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0255349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.007;QD=52.0661;RBI=0.0522871;REFB=-0.0971;REVB=0.0456279;RO=2;SAF=35;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670194;STB=0.535699;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0018292;OID=.;OPOS=33957130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:48:49:0.942308:13:35:0:2:13:36:0:2 chr1 33957152 . T G 861.78 PASS AF=1;AO=49;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.415;QD=57.4519;RBI=0.0885192;REFB=0;REVB=0.0865614;RO=0;SAF=37;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00533909;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:49:60:1:12:37:0:0:22:38:0:0 chr1 33959166 . T C 45.19 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0233681;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.81;QD=6.69549;RBI=0.0288168;REFB=-0.000579929;REVB=-0.0168624;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326464;STB=0.696561;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.000172772;OID=.;OPOS=33959166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:2:18:5:2:2:18 chr1 33960062 . A G 769.45 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.017;QD=56.9963;RBI=0.0364562;REFB=0;REVB=0.0241942;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146216;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:26:28:0:0 chr1 33961722 . C T 470.81 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00659654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.3528;QD=55.3897;RBI=0.0303002;REFB=-0.0127155;REVB=0.0295734;RO=1;SAF=11;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405505;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00133044;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:21:11:1:0:21:12:1:0 chr1 33981769 . C T 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.568;QD=62.1618;RBI=0.0272305;REFB=0;REVB=0.0200609;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96986e-05;OID=.;OPOS=33981769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr1 34024928 . T C 559.75 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.000590442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.846;QD=23.3228;RBI=0.0415477;REFB=0.00459149;REVB=-0.0415436;RO=44;SAF=35;SAR=17;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227779;STB=0.62547;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00407394;OID=.;OPOS=34024928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:17:35:18:26:17:35:18:26 chr1 34025030 . A G 467.92 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00212171;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.716;QD=19.9114;RBI=0.00224135;REFB=-0.0161601;REVB=-0.000722499;RO=49;SAF=29;SAR=17;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180113;STB=0.514279;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0162523;OID=.;OPOS=34025030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:49:48:46:46:0.489362:17:29:30:19:17:29:29:19 chr1 34090679 . T C 796.73 PASS AF=0.468927;AO=81;DP=179;FAO=83;FDP=177;FR=.;FRO=94;FSAF=57;FSAR=26;FSRF=72;FSRR=22;FWDB=-0.0155699;FXX=0.0220982;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.076;QD=18.0052;RBI=0.0307524;REFB=-0.0194763;REVB=-0.0265195;RO=89;SAF=56;SAR=25;SRF=67;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704499;STB=0.550727;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.022486;OID=.;OPOS=34090679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:177:89:94:81:83:0.468927:25:56:67:22:26:57:72:22 chr1 34238283 . T C 1271.43 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266266;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8091;QD=62.021;RBI=0.0363141;REFB=0;REVB=0.0246929;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387128;OID=.;OPOS=34238283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:81:82:1:51:30:0:0:52:30:0:0 chr1 34270498 . G A 1431.25 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000532608;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.707;QD=62.2284;RBI=0.00210792;REFB=-0.066246;REVB=0.00203952;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516539;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:92:0:0:91:92:1:43:48:0:0:44:48:0:0 chr1 34285342 . G A 1348.78 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00912564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3412;QD=59.9457;RBI=0.0261172;REFB=-0.0359985;REVB=0.024471;RO=2;SAF=46;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012271;STB=0.500506;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00983147;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:90:2:2:87:88:0.977778:41:46:1:1:42:46:1:1 chr1 34285381 . C T 1558.02 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.573;QD=63.5926;RBI=0.0273386;REFB=0;REVB=0.0243714;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314833;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:49:48:0:0:49:49:0:0 chr1 34329897 . T C 885.11 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.838;QD=58.0399;RBI=0.00914629;REFB=0;REVB=0.00880761;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43539e-05;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:34:26:0:0:35:26:0:0 chr1 34330067 . A C 407.76 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0288502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.446;QD=25.8897;RBI=0.0317502;REFB=-0.0182241;REVB=0.0132567;RO=24;SAF=21;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00224589;STB=0.501228;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0125888;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:18:21:13:11:18:21:13:11 chr1 34578613 . A G 708.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5622;QD=62.969;RBI=0.0211155;REFB=0;REVB=0.00340333;RO=0;SAF=5;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123505;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:40:5:0:0:40:5:0:0 chr1 35184033 . C T 542.25 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038676;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.977;QD=60.2503;RBI=0.0399581;REFB=0;REVB=-0.0100409;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241335;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr1 35223913 . A C 157.54 PASS AF=0.432432;AO=14;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0146361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.466;QD=17.0312;RBI=0.0265893;REFB=-0.0224868;REVB=0.0221986;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260571;STB=0.548326;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0130427;OID=.;OPOS=35223913;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:14:16:0.432432:7:7:10:9:9:7:10:9 chr1 35228604 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0174324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.991;QD=16.4544;RBI=0.0384748;REFB=-0.0505123;REVB=0.034299;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279564;STB=0.66611;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0284685;OID=.;OPOS=35228604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:3:1:4:2:3:1 chr1 35229259 . C G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.909;QD=18.767;RBI=0.0179937;REFB=-0.0335877;REVB=0.0179937;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157734;OID=.;OPOS=35229259;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:6:0:0:3:6:0:0:3 chr1 35250720 . C T 205.9 PASS AF=0.730769;AO=18;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0199447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.229;QD=31.6775;RBI=0.0342397;REFB=-0.0143763;REVB=0.0278311;RO=7;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823445;STB=0.537776;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00491279;OID=.;OPOS=35250720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:18:19:0.730769:8:10:5:2:8:11:5:2 chr1 35251545 . G C 107.96 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0191269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.683;QD=13.0859;RBI=0.102506;REFB=-0.00617451;REVB=0.100706;RO=20;SAF=2;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.573412;STB=0.837564;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0363748;OID=.;OPOS=35251545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:11:2:14:6:11:2:14:6 chr1 35251735 . G C 359.57 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00126329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.18;QD=17.3287;RBI=0.0318161;REFB=-0.018943;REVB=0.031791;RO=44;SAF=19;SAR=19;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131036;STB=0.566231;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0274386;OID=.;OPOS=35251735;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:19:19:28:16:19:19:28:17 chr1 35259961 . A G 603.65 PASS AF=0.567308;AO=59;DP=104;FAO=59;FDP=104;FR=.;FRO=45;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0041466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.462;QD=23.2173;RBI=0.0205333;REFB=-0.0206704;REVB=-0.0201103;RO=45;SAF=43;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195457;STB=0.607396;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0152376;OID=.;OPOS=35259961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:45:45:59:59:0.567308:16:43:23:22:16:43:23:22 chr1 35260929 . G A 222.53 PASS AF=0.375;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00726433;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.374;QD=12.3627;RBI=0.0101869;REFB=-0.00915947;REVB=-0.00714157;RO=45;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321762;STB=0.518505;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0141541;OID=.;OPOS=35260929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:45:45:27:27:0.375:14:13:23:22:14:13:23:22 chr1 35261044 . CAG C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.018123;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.545;QD=19.0583;RBI=0.0418554;REFB=-0.0133868;REVB=0.0377284;RO=20;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221313;STB=0.625925;STBP=0.138;TYPE=del;VARB=0.0128338;OID=.;OPOS=35261045;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179:19:39:19:39:20:6:13:11:9:99:20:6:13:11:9 chr1 35261232 . C G 277.42 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0243022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2825;QD=18.4946;RBI=0.0274962;REFB=-0.0312692;REVB=-0.0128626;RO=30;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112622;STB=0.569077;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0307342;OID=.;OPOS=35261232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:11:18:15:15:11:19:15:15 chr1 35370688 . G A 153.63 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0134025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.719;QD=15.7568;RBI=0.0176129;REFB=-0.00570006;REVB=-0.0114274;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102765;STB=0.550399;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00665558;OID=.;OPOS=35370688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:22:16:17:0.435897:6:10:11:10:7:10:11:11 chr1 35442313 . T A 524.93 PASS AF=0.46281;AO=54;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=10;FSRR=55;FWDB=-0.0012103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.557;QD=17.3531;RBI=0.00471633;REFB=-0.0439964;REVB=-0.00455839;RO=46;SAF=15;SAR=39;SRF=8;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115089;STB=0.602759;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0367773;OID=.;OPOS=35442313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:46:65:54:56:0.46281:39:15:8:38:39:17:10:55 chr1 35562965 . G A 789.23 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034914;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.782;QD=64.4266;RBI=0.0351541;REFB=0;REVB=0.00410165;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.67336e-05;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr1 35757843 . A T 708.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7063;QD=62.9705;RBI=0.0293391;REFB=0;REVB=0.0277327;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510217;OID=.;OPOS=35757843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr1 35900615 . A G 1106.27 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516264;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.579;QD=60.6175;RBI=0.0530511;REFB=0;REVB=0.0122118;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022403;OID=.;OPOS=35900615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:46:26:0:0:47:26:0:0 chr1 35919979 . A G 523.12 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0159549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.504;QD=26.4871;RBI=0.0234517;REFB=-0.0144905;REVB=-0.0171879;RO=30;SAF=25;SAR=23;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147083;STB=0.501848;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00873663;OID=.;OPOS=35919979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:31:48:48:0.607595:23:25:15:15:23:25:16:15 chr1 35921764 . G C 873.17 PASS AF=0.517857;AO=86;DP=168;FAO=87;FDP=168;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=0.00334748;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=269.315;QD=20.7897;RBI=0.00967703;REFB=-0.0156415;REVB=-0.00907961;RO=81;SAF=33;SAR=53;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185765;STB=0.597777;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0147897;OID=.;OPOS=35921764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:81:81:86:87:0.517857:53:33:48:33:53:34:48:33 chr1 36031342 . T A 302.77 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141399;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.248;QD=52.6562;RBI=0.0189367;REFB=0;REVB=0.012596;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646952;OID=.;OPOS=36031342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr1 36225948 . T C 1495.48 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00341459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3979;QD=62.3115;RBI=0.0483368;REFB=-0.141693;REVB=0.048216;RO=1;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101972;STB=0.505375;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00122586;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:46:49:0:1:46:49:0:1 chr1 36228779 . GTTTTTTA GTTTTTA,GTTTTTAT 45.99 PASS AF=0.255319,0;AO=27,4;DP=96;FAO=24,0;FDP=94;FR=.;FRO=70;FSAF=7,0;FSAR=17,0;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0768854,-0.0919111;FXX=0.0208312;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.1226,104.88;QD=1.95707;RBI=0.111665,0.103573;REFB=-0.0767986,-0.0219134;REVB=-0.0809796,-0.0477467;RO=53;SAF=5,4;SAR=22,0;SRF=27;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0.408163,0;SSSB=-0.416268,0.520199;STB=0.61177,0.5;STBP=0.216,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00641649,0;OID=.,.;OPOS=36228780,36228785;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=GTTTTTA,GTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319,0:27,4:96:24,0:94:70:7,0:17,0:30:40:47:53:5,4:22,0:27:26 chr1 36359669 . A G 789.23 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00180392;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.877;QD=64.4267;RBI=0.0181204;REFB=0;REVB=-0.0180304;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8121e-05;OID=.;OPOS=36359669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr1 36553673 . A G 756.67 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0665275;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.739;QD=61.7692;RBI=0.0727141;REFB=-0.0487789;REVB=0.0293502;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0011014;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:0:1:48:48:0.979592:31:17:0:0:31:17:0:1 chr1 36642420 . T C 296.94 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=-0.021829;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.944;QD=17.9964;RBI=0.0288672;REFB=-0.0274474;REVB=-0.0188894;RO=35;SAF=10;SAR=22;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129671;STB=0.586805;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0405444;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:35:34:32:32:0.484848:22:10:7:28:22:10:6:28 chr1 36643700 . GAGA G 63.73 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0217121;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=253.022;QD=9.10385;RBI=0.058243;REFB=-0.0247417;REVB=-0.0540447;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04338;STB=0.538373;STBP=0.854;TYPE=del;VARB=0.0553687;OID=.;OPOS=36643701;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:9:31:9:28:19:7:2:14:5:63:20:7:2:15:5 chr1 36752433 . C G,T 306.21 PASS AF=0.08,0.88;AO=3,22;DP=25;FAO=2,22;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=0,15;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0693282,0.0173337;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.6636,198.791;QD=48.9939;RBI=0.0693492,0.0479882;REFB=0.0890583,-0.155352;REVB=0.00170597,0.0447483;RO=0;SAF=0,15;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.79751e-08;STB=0.5,0.533302;STBP=1,0.287;TYPE=snp,snp;VARB=0.0587697,0.0033794;OID=.,.;OPOS=36752433,36752433;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:1:3,22:2,22:0.08,0.88:3,7:0,15:0:0:2,7:0,15:0:1 chr1 36773405 . T G 2197.89 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.204;QD=62.7969;RBI=0.0763292;REFB=0;REVB=0.0687161;RO=0;SAF=75;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.844e-05;OID=.;OPOS=36773405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:130:140:0:0:129:140:1:54:75:0:0:60:80:0:0 chr1 36794192 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8459;QD=46.848;RBI=0.0184397;REFB=0;REVB=-0.00702239;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386278;OID=.;OPOS=36794192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 36886117 . C T 93.38 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00935223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.152;QD=6.4399;RBI=0.0444213;REFB=-0.00515402;REVB=0.0434256;RO=25;SAF=2;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286894;STB=0.856633;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0413973;OID=.;OPOS=36886117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:25:44:14:14:0.241379:12:2:8:17:12:2:27:17 chr1 36898067 . T C 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0103185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.349;QD=18.0729;RBI=0.0137157;REFB=-0.0060643;REVB=0.0090359;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645969;STB=0.507687;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00896519;OID=.;OPOS=36898067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:28:31:30:30:0.491803:14:16:17:11:14:16:17:14 chr1 36927733 . G A 905.79 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.16;QD=56.6121;RBI=0.0545665;REFB=0.0747287;REVB=0.0533777;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00146544;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:0:1:63:63:0.984375:22:41:0:0:23:40:1:0 chr1 36937059 . A G 417.26 PASS AF=0.443299;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00106258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.046;QD=17.2064;RBI=0.00496159;REFB=-0.0194888;REVB=-0.00484647;RO=53;SAF=20;SAR=22;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447837;STB=0.501204;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0271541;OID=.;OPOS=36937059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:53:54:42:43:0.443299:22:20:25:28:23:20:25:29 chr1 37346428 . A G 307.76 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0223319;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.827;QD=17.8408;RBI=0.0354187;REFB=-0.0121944;REVB=-0.0274912;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638003;STB=0.535661;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0116371;OID=.;OPOS=37346428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:17:16:15:21:17:16:15:21 chr1 37949130 . TG T 96.64 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0058249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.6513;QD=6.78184;RBI=0.040273;REFB=-0.0728459;REVB=-0.0398496;RO=34;SAF=3;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0.289157;SSEP=0;SSSB=-0.487908;STB=0.777475;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.123245;OID=.;OPOS=37949131;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:21:57:21:57:36:3:18:18:18:96:34:3:18:18:16 chr1 38006359 . A G 586.33 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889275;FXX=0.0499875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.266;QD=61.7192;RBI=0.0222673;REFB=0;REVB=-0.0204145;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216652;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr1 38019747 . C T 98.52 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0206876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.239;QD=14.074;RBI=0.0266756;REFB=-0.0275017;REVB=0.0168408;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183444;STB=0.605111;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0345507;OID=.;OPOS=38019747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:9:3:2:14:9:3:2:14 chr1 38023316 . C T 330.13 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.034364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.761;QD=31.4407;RBI=0.0428576;REFB=-0.00520917;REVB=-0.0256103;RO=14;SAF=5;SAR=23;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216879;STB=0.620002;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00136863;OID=.;OPOS=38023316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:23:5:6:8:23:5:6:8 chr1 38077415 . CGC CTC,TAG 175.57 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=5,10;DP=16;FAO=5,10;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5,10;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140619,0.00297741;FXX=0.062461;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=138.82,185.827;QD=46.8192;RBI=0.0140619,0.00297741;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=5,10;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000409657,0.0102152;OID=.,.;OPOS=38077416,38077415;OREF=G,CGC;OALT=T,TAG;OMAPALT=CTC,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:16:15:0:0:5,10:5,10:0.333333,0.666667:0,0:5,10:0:0:0,0:5,10:0:0 chr1 38077420 . A ACC,C 250.05 PASS AF=0.15,0.85;AO=3,17;DP=20;FAO=3,17;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3,17;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243303,-0.0078628;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=2,1;MLLD=263.701,83.0066;QD=50.009;RBI=0.0243303,0.0078628;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=3,17;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0243741,-0.0518917;OID=.,.;OPOS=38077421,38077420;OREF=-,A;OALT=CC,C;OMAPALT=ACC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:20:20:0:0:3,17:3,17:0.15,0.85:0,0:3,17:0:0:0,0:3,17:0:0 chr1 38148765 . A G 1802.36 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295047;FXX=0.0487765;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8278;QD=61.6193;RBI=0.0348866;REFB=0;REVB=0.0186158;RO=0;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330693;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:116:117:1:55:61:0:0:55:62:0:0 chr1 38173983 . TTTC T 802.21 PASS AF=1;AO=59;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174987;FXX=0.0289813;HRUN=4;LEN=3;MLLD=237.888;QD=47.8932;RBI=0.0187336;REFB=0;REVB=-0.00668911;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.09902e-05;OID=.;OPOS=38173984;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:65:67:67:0:24:43:0:0:14:0:21:38:0:0 chr1 38188748 . G A 353.41 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0449427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0723;QD=23.96;RBI=0.103426;REFB=-0.00228456;REVB=0.0931511;RO=22;SAF=12;SAR=23;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019409;STB=0.523433;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00343224;OID=.;OPOS=38188748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:24:35:35:0.59322:23:12:7:15:23:12:7:17 chr1 38289383 . T C 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0115092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.707;QD=17.4231;RBI=0.0115665;REFB=-0.00716676;REVB=0.00114984;RO=34;SAF=3;SAR=28;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311317;STB=0.678646;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00679756;OID=.;OPOS=38289383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:28:3:9:25:28:3:9:25 chr1 38327982 . G T 401.82 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0752122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4926;QD=14.6115;RBI=0.0871129;REFB=-0.0161336;REVB=0.043952;RO=62;SAF=27;SAR=19;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170661;STB=0.604433;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.020281;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:62:64:46:46:0.418182:19:27:26:36:19:27:26:38 chr1 38338795 . A G 283.49 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0612046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.035;QD=17.4454;RBI=0.0614216;REFB=-0.0115879;REVB=0.00515872;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234378;STB=0.511668;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00865653;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:34:30:31:0.476923:18:12:14:19:18:13:15:19 chr1 38411445 . G A 253.08 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0493246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0508;QD=21.5383;RBI=0.0634633;REFB=-0.0328926;REVB=0.0399333;RO=24;SAF=4;SAR=19;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367433;STB=0.720511;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0191593;OID=.;OPOS=38411445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:23:23:24:0.510638:19:4:12:12:20:4:12:11 chr1 38423853 . G C 2069.03 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356306;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.675;QD=62.698;RBI=0.0372137;REFB=0;REVB=-0.0107387;RO=0;SAF=56;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.94421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92314e-05;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:76:56:0:0:76:56:0:0 chr1 38442547 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3688;QD=56.7027;RBI=0.0468223;REFB=0;REVB=-0.000890072;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084927;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr1 38449910 . T C 224.18 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0376096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6418;QD=15.1986;RBI=0.0550699;REFB=-0.00638138;REVB=-0.040227;RO=33;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953321;STB=0.554209;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00703167;OID=.;OPOS=38449910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:18:8:13:20:18:8:13:20 chr1 38450367 . A G 620.19 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10361;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.841;QD=60.5062;RBI=0.105831;REFB=0;REVB=0.0215688;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010441;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:16:21:0:0:17:24:0:0 chr1 38462898 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.768;QD=33.4285;RBI=0.00407052;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74091e-05;OID=.;OPOS=38462898;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr1 38463504 . C T 508.23 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.010343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.067;QD=26.0628;RBI=0.0186117;REFB=-0.0152786;REVB=0.0154732;RO=31;SAF=29;SAR=18;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471026;STB=0.52569;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0139863;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:18:29:21:10:18:29:21:10 chr1 38862336 . T A 554.21 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00182452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7001;QD=55.421;RBI=0.077758;REFB=-0.0843293;REVB=-0.0777366;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108831;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:19:19:0:1:19:19:1:1 chr1 39330399 . G A 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0121102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.365;QD=24.9293;RBI=0.0151499;REFB=-0.0140219;REVB=0.00910281;RO=19;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587921;STB=0.532684;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0103804;OID=.;OPOS=39330399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:15:10:9:10:15:10:9:10 chr1 39339449 . C T 470.45 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00635289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.794;QD=20.679;RBI=0.0212382;REFB=-0.00857823;REVB=-0.0202658;RO=45;SAF=18;SAR=28;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128849;STB=0.571397;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00828356;OID=.;OPOS=39339449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:28:18:24:21:28:18:24:21 chr1 39340282 . C T 491.42 PASS AF=0.432;AO=53;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0365187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.906;QD=15.7256;RBI=0.0394554;REFB=-0.0158855;REVB=-0.0149369;RO=71;SAF=24;SAR=29;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167313;STB=0.515074;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0203628;OID=.;OPOS=39340282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:71:53:54:0.432:29:24:31:40:29:25:31:40 chr1 39340862 . A G 229.39 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00819691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0581;QD=14.1163;RBI=0.0218309;REFB=-0.0280677;REVB=-0.0202337;RO=38;SAF=19;SAR=8;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274034;STB=0.656614;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0341764;OID=.;OPOS=39340862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:8:19:17:21:8:19:17:21 chr1 39352083 . T G 400.05 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0526621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.408;QD=21.3361;RBI=0.0527131;REFB=-0.0166672;REVB=0.0023171;RO=33;SAF=25;SAR=15;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368364;STB=0.516121;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0142393;OID=.;OPOS=39352083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:35:40:40:0.533333:15:25:22:11:15:25:23:12 chr1 39352271 . G T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00400468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.338;QD=13.486;RBI=0.0268853;REFB=-0.01995;REVB=-0.0265853;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356162;STB=0.709231;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0209318;OID=.;OPOS=39352271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:8:3:6:3:8:3 chr1 39748921 . G A 343.41 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.061568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4511;QD=16.3529;RBI=0.061574;REFB=-0.0269905;REVB=0.000860906;RO=47;SAF=10;SAR=27;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595446;STB=0.533578;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.03477;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:27:10:15:32:27:10:15:32 chr1 39799679 . T C 484.75 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0160025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.915;QD=21.0763;RBI=0.0332943;REFB=-0.0187463;REVB=0.0291964;RO=44;SAF=23;SAR=24;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291873;STB=0.510634;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0163425;OID=.;OPOS=39799679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:45:47:47:0.51087:24:23:23:21:24:23:23:22 chr1 39806610 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.481;QD=64.415;RBI=0.0318606;REFB=0;REVB=0.0189049;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154191;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr1 39812822 . C A 714.71 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6541;QD=54.9776;RBI=0.0544309;REFB=-0.10241;REVB=-0.0388857;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200325;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212114;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:52:1:0:51:52:1:23:28:0:1:24:28:0:0 chr1 39833826 . A T 425.51 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0237091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.629;QD=18.9117;RBI=0.0267061;REFB=-0.008714;REVB=-0.0122921;RO=46;SAF=26;SAR=17;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991923;STB=0.550241;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00743006;OID=.;OPOS=39833826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:47:43:43:0.477778:17:26:23:23:17:26:24:23 chr1 39881040 . G C 70.38 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0307873;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.505;QD=14.817;RBI=0.0362828;REFB=-0.0097025;REVB=-0.0191985;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033981;STB=0.519956;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0076014;OID=.;OPOS=39881040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:20:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:3:7:6:3:3:7 chr1 39902201 . TA T 319.79 PASS AF=0.468468;AO=51;DP=112;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0742472;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.5197;QD=11.524;RBI=0.0883063;REFB=-0.0299653;REVB=-0.0478053;RO=56;SAF=19;SAR=32;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899103;STB=0.538447;STBP=0.471;TYPE=del;VARB=0.032558;OID=.;OPOS=39902202;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.468468:51:112:52:111:59:21:31:28:31:99:56:19:32:26:30 chr1 39908506 . G A 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0156703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.437;QD=18.6757;RBI=0.0156704;REFB=-0.0131306;REVB=7.24498e-05;RO=32;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113613;STB=0.563203;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0140703;OID=.;OPOS=39908506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:17:15:11:21:17:15:11:21 chr1 39914363 . G C 545.28 PASS AF=0.581395;AO=49;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0025805;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.819;QD=25.3617;RBI=0.00663185;REFB=-0.0239835;REVB=-0.00610921;RO=36;SAF=18;SAR=31;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285522;STB=0.520929;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00913335;OID=.;OPOS=39914363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:49:50:0.581395:31:18:12:24:31:19:12:24 chr1 39929803 . A T 448.66 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.00512088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.139;QD=15.7424;RBI=0.012333;REFB=-0.0467868;REVB=-0.0112196;RO=64;SAF=20;SAR=30;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428885;STB=0.523976;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0559671;OID=.;OPOS=39929803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:30:20:23:41:30:20:23:41 chr1 39988084 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5347;QD=43.4857;RBI=0.0702762;REFB=0;REVB=0.0701191;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401904;OID=.;OPOS=39988084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr1 40098328 . T C 500.02 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.034;QD=58.8263;RBI=0.0606201;REFB=0;REVB=0.00235254;RO=0;SAF=3;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107958;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:31:3:0:0:31:3:0:0 chr1 40145297 . C T 944.25 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00188754;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7578;QD=57.2275;RBI=0.0167935;REFB=-0.142329;REVB=-0.0166871;RO=1;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111164;STB=0.505881;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00133475;OID=.;OPOS=40145297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:42:23:0:1:42:23:0:1 chr1 40149642 . G T 2311.02 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.937;QD=60.8162;RBI=0.0482342;REFB=0;REVB=0.0431125;RO=0;SAF=84;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67348e-05;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:152:0:0:148:152:1:64:84:0:0:66:86:0:0 chr1 40230336 . C G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.000355737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.415;QD=7.46507;RBI=0.0073625;REFB=-0.00811349;REVB=0.0073539;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123921;STB=0.602915;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0173349;OID=.;OPOS=40230336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:15:17:7:7:0.291667:2:5:12:3:2:5:14:3 chr1 40349131 . G A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0153662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.692;QD=13.0884;RBI=0.0167478;REFB=-0.0203781;REVB=0.00666116;RO=27;SAF=3;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255797;STB=0.652296;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0232862;OID=.;OPOS=40349131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:13:3:10:17:13:3:10:17 chr1 40363054 . G C 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6563;QD=57.7099;RBI=0.0851051;REFB=0;REVB=0.0433283;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119118;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr1 40533266 . T G 651.62 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.396;QD=62.0588;RBI=0.0401188;REFB=0;REVB=0.019406;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215659;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:31:10:0:0:31:11:0:0 chr1 40533286 . AT A,AG 436.71 PASS AF=0.0967742,0.903226;AO=4,27;DP=31;FAO=3,28;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=3,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688072,0.0739972;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.5646,81.1694;QD=56.3496;RBI=0.0805812,0.0804336;REFB=0,0;REVB=0.0419392,0.0315275;RO=0;SAF=1,1;SAR=3,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0205369,-0.000664273;OID=.,.;OPOS=40533287,40533287;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0967742,0.903226:4,27:31:3,28:31:0:0,2:3,26:0:0:9:0:1,1:3,26:0:0 chr1 40533315 . T G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0210337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.143;QD=54.4809;RBI=0.0240096;REFB=-0.0518495;REVB=-0.0115778;RO=1;SAF=3;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163789;STB=0.508766;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000558318;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:28:3:0:1:28:3:0:1 chr1 40533320 . T G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.118;QD=58.141;RBI=0.0278023;REFB=0;REVB=0.0260374;RO=0;SAF=3;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243433;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:29:3:0:0:29:3:0:0 chr1 40533326 . T G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8796;QD=58.1382;RBI=0.0496485;REFB=0;REVB=0.0493898;RO=0;SAF=3;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105551;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:29:3:0:0:29:3:0:0 chr1 40533347 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.771;QD=55.0985;RBI=0.0648132;REFB=0;REVB=0.0505394;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419978;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:23:3:0:0:23:3:0:0 chr1 40555274 . C G 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0161367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5999;QD=17.9426;RBI=0.0231029;REFB=-0.0119157;REVB=-0.0165333;RO=29;SAF=9;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187664;STB=0.6055;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0115549;OID=.;OPOS=40555274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:19:9:15:14:19:9:15:14 chr1 40703440 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00607229;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.025;QD=14.4906;RBI=0.0121647;REFB=-0.00138028;REVB=0.0105408;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971105;STB=0.555997;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00206519;OID=.;OPOS=40703440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:8:11:20:10:8:11:20:10 chr1 40737589 . T C 374.2 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00419975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3764;QD=18.0335;RBI=0.0589487;REFB=-0.0320998;REVB=0.0587989;RO=44;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121675;STB=0.506795;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.036904;OID=.;OPOS=40737589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:20:19:22:22:20:19:22:22 chr1 40781338 . TGA GTG,TCG,TG 55.69 PASS AF=0,0.0909091,0.363636;AO=2,3,10;DP=33;FAO=0,3,12;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=0,0,7;FSAR=0,3,5;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.00530219,0.166744,0.121756;FXX=0;HRUN=1,1,5;LEN=3,2,1;MLLD=53.8845,32.4219,10.788;QD=6.75066;RBI=0.0115643,0.166779,0.122274;REFB=-0.0120224,-0.0339794,-0.139172;REVB=-0.0102771,-0.00341829,0.0112446;RO=16;SAF=2,0,5;SAR=0,3,5;SRF=2;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.74148,-0.508852,0.400015;STB=0.5,0.994307,0.736509;STBP=1,0.354,0.061;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0.113226,0.159925;OID=.,.,.;OPOS=40781338,40781339,40781340;OREF=TGA,GA,A;OALT=GTG,CG,-;OMAPALT=GTG,TCG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:36:33:33:16:18:2,3,10:0,3,12:0,0.0909091,0.363636:0,3,5:2,0,5:2:14:0,3,5:0,0,7:3:15 chr1 40840353 . A G 197.24 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0734562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1687;QD=18.7851;RBI=0.108922;REFB=-0.00222231;REVB=-0.080425;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15199;STB=0.573387;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00251999;OID=.;OPOS=40840353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:9:11:8:13:9:11:9:13 chr1 40881041 . C G 1605.61 PASS AF=0.92623;AO=113;DP=122;FAO=113;FDP=122;FR=.;FRO=9;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0201018;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8599;QD=52.6431;RBI=0.0770387;REFB=-0.1212;REVB=0.0743698;RO=7;SAF=48;SAR=65;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320565;STB=0.523841;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0260962;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:122:122:7:9:113:113:0.92623:65:48:1:6:65:48:1:8 chr1 40923019 . G A 297.3 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0610102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.995;QD=18.5815;RBI=0.0645745;REFB=-0.002768;REVB=-0.0211571;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418716;STB=0.515646;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00319907;OID=.;OPOS=40923019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:15:17:15:16:15:17:16:16 chr1 40980731 . G T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0246751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.246;QD=24.4133;RBI=0.0296194;REFB=-0.0233788;REVB=-0.0163844;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520717;STB=0.52936;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00835567;OID=.;OPOS=40980731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:4:1:3:8:4:1 chr1 41013015 . C T 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.015066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.293;QD=20.7383;RBI=0.0165896;REFB=-0.0183991;REVB=0.00694467;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521025;STB=0.529379;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0127301;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:9:7:9:9:9:7 chr1 41087734 . C T 68.73 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00547876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.966;QD=12.4965;RBI=0.0347956;REFB=-0.0153001;REVB=-0.0343616;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291009;STB=0.585152;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0492474;OID=.;OPOS=41087734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:19:22:9:11:8:9:0.409091:1:7:8:1:1:8:9:2 chr1 41204569 . C T 419.89 PASS AF=0.358974;AO=26;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.018247;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.222;QD=21.5326;RBI=0.0301545;REFB=-0.00965561;REVB=-0.0240071;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345955;STB=0.670936;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0154117;OID=.;OPOS=41204569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:27:30:26:28:0.358974:15:11:22:5:17:11:22:8 chr1 41285087 . T C 819.57 PASS AF=0.459459;AO=85;DP=185;FAO=85;FDP=185;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=65;FSRR=35;FWDB=-0.0122701;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.534;QD=17.7203;RBI=0.0141763;REFB=-0.0374823;REVB=0.00710026;RO=98;SAF=36;SAR=49;SRF=63;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20987;STB=0.620692;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0361166;OID=.;OPOS=41285087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:98:100:85:85:0.459459:49:36:63:35:49:36:65:35 chr1 41454328 . A G 277.6 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0284133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.772;QD=16.0925;RBI=0.0284855;REFB=-0.00800913;REVB=-0.00202681;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216508;STB=0.534687;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00931518;OID=.;OPOS=41454328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:38:30:31:0.449275:16:14:16:20:16:15:16:22 chr1 41474400 . C G 418.27 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00266215;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.42;QD=14.5483;RBI=0.0127668;REFB=0.00910788;REVB=-0.0124862;RO=67;SAF=22;SAR=26;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097009;STB=0.554569;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0127287;OID=.;OPOS=41474400;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:26:22:37:30:26:22:37:30 chr1 41481859 . CTTCATCT CTCATCT,CTTCA 320.42 PASS AF=0,0.388889;AO=21,24;DP=91;FAO=0,35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=0,15;FSAR=0,20;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.671136,0.00941338;FXX=0.0109878;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=22.7005,237.324;QD=14.2409;RBI=0.671235,0.0109633;REFB=-0.0413299,-0.0204494;REVB=-0.0115035,-0.00561981;RO=32;SAF=21,4;SAR=0,20;SRF=8;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.856765,-0.133585;STB=0.5,0.571388;STBP=1,0.285;TYPE=del,del;VARB=0,0.0292193;OID=.,.;OPOS=41481860,41481864;OREF=T,TCT;OALT=-,-;OMAPALT=CTCATCT,CTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.388889:21,24:91:0,35:90:55:0,15:0,20:30:25:99:32:21,4:0,20:8:24 chr1 41976017 . C T 276.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430603;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.329;QD=52.676;RBI=0.0459624;REFB=0;REVB=0.0160733;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001814;OID=.;OPOS=41976017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr1 41976328 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2298;QD=33.4284;RBI=0.116385;REFB=0;REVB=0.0268156;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118229;OID=.;OPOS=41976328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 41978566 . T G 2220.71 PASS AF=0.986842;AO=136;DP=143;FAO=150;FDP=152;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=69;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.115231;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.4982;QD=58.4399;RBI=0.133359;REFB=-0.011459;REVB=0.0671293;RO=1;SAF=59;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613421;STB=0.503067;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00267367;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:143:152:1:1:136:150:0.986842:77:59:0:1:81:69:0:1 chr1 41978825 . C G 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.832;QD=60.2416;RBI=0.0489636;REFB=-0.0807761;REVB=0.0390335;RO=1;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104081;STB=0.505493;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000920532;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:45:37:0:1:45:37:0:1 chr1 42048745 . T C 625.31 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282669;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.427;QD=61.0057;RBI=0.0435791;REFB=-0.0448503;REVB=0.033168;RO=0;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783555;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:41:0:0:41:41:1:34:7:0:0:34:7:0:0 chr1 42049032 . G A 3860.44 PASS AF=1;AO=240;DP=244;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452262;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.096;QD=63.5464;RBI=0.0611683;REFB=-0.00744961;REVB=0.0411844;RO=1;SAF=130;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00365239;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124531;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:244:243:1:0:240:243:1:110:130:1:0:113:130:0:0 chr1 42049140 . C G 2346.3 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.027;QD=63.4134;RBI=0.0753989;REFB=0;REVB=0.0449903;RO=1;SAF=90;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84983e-05;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:1:0:146:148:1:56:90:1:0:57:91:0:0 chr1 42619139 . A G 515.44 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00568665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.643;QD=17.6219;RBI=0.00991614;REFB=-0.0172699;REVB=-0.00812353;RO=60;SAF=27;SAR=28;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242143;STB=0.513357;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0182591;OID=.;OPOS=42619139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:62:55:55:0.470085:28:27:31:29:28:27:32:30 chr1 42630364 . G A 779.16 PASS AF=0.516556;AO=78;DP=151;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0572985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1599;QD=20.6399;RBI=0.0576207;REFB=-0.0225246;REVB=0.00608475;RO=72;SAF=33;SAR=45;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00668971;STB=0.500782;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0209244;OID=.;OPOS=42630364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:72:73:78:78:0.516556:45:33:31:41:45:33:31:42 chr1 42693597 . A G 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.047;QD=59.8291;RBI=0.0272302;REFB=0;REVB=-0.0204051;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.25906e-06;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:51:52:0:0:51:52:0:0 chr1 42898843 . A G 445.79 PASS AF=0.714286;AO=40;DP=56;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0127975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.549;QD=31.8421;RBI=0.0162414;REFB=-0.0293939;REVB=0.0100004;RO=16;SAF=32;SAR=8;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123155;STB=0.566235;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00755151;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:16:16:40:40:0.714286:8:32:15:1:8:32:15:1 chr1 42925688 . T G 362.09 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0162042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5834;QD=15.4079;RBI=0.0162076;REFB=-0.00996704;REVB=-0.000332375;RO=53;SAF=12;SAR=27;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236302;STB=0.63504;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0158674;OID=.;OPOS=42925688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:55:39:39:0.414894:27:12:28:25:27:12:29:26 chr1 42986956 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.021733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.348;QD=7.83718;RBI=0.0251372;REFB=-0.0057255;REVB=-0.0126315;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100525;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122515;OID=.;OPOS=42986956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:7:9:4:3:7:9 chr1 43034740 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00780192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0702;QD=11.1978;RBI=0.0402711;REFB=-0.0100532;REVB=0.0395081;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887244;STB=0.553101;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0202886;OID=.;OPOS=43034740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:8:4:9:13:8:4:9:13 chr1 43201534 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0016806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.251;QD=12.8687;RBI=0.0611776;REFB=-0.036686;REVB=0.0611545;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21426;STB=0.624791;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0386314;OID=.;OPOS=43201534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:12:4:5:6:12:4 chr1 43212111 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00530693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.77;QD=13.456;RBI=0.0190886;REFB=-0.0184738;REVB=0.0183361;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771943;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0194783;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:8:7:6:5:8:7 chr1 43212430 . GA GC,GG 2374.88 PASS AF=0.05,0.95;AO=8,113;DP=160;FAO=8,152;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8,84;FSAR=0,68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146322,0.0763164;FXX=0.00621079;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=33.4742,53.3247;QD=59.3721;RBI=0.151997,0.0856083;REFB=0,0;REVB=0.0411481,0.0387892;RO=0;SAF=1,65;SAR=7,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000746275,0.000278161;OID=.,.;OPOS=43212431,43212431;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:8,113:160:8,152:160:0:8,84:0,68:0:0:20:0:1,65:7,48:0:0 chr1 43212869 . A T 258.81 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0403274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.503;QD=14.1816;RBI=0.0433239;REFB=-0.0216857;REVB=-0.0158321;RO=43;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465483;STB=0.526403;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0317214;OID=.;OPOS=43212869;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:19:11:14:29:19:11:14:29 chr1 43215571 . A G 1491.41 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947449;FXX=0.0388312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.77;QD=60.2591;RBI=0.048483;REFB=0;REVB=0.0475482;RO=0;SAF=36;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135781;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:63:36:0:0:63:36:0:0 chr1 43296152 . C T 104.11 PASS AF=0.269231;AO=13;DP=51;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0282141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.033;QD=8.00832;RBI=0.0421904;REFB=-0.0296494;REVB=-0.0313687;RO=38;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147758;STB=0.615229;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0883707;OID=.;OPOS=43296152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:38:38:13:14:0.269231:7:6:13:25:7:7:13:25 chr1 43305753 . G A 563.13 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0192158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.841;QD=16.4418;RBI=0.0222548;REFB=-0.00446899;REVB=0.0112264;RO=77;SAF=29;SAR=31;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493993;STB=0.527586;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00532553;OID=.;OPOS=43305753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:77:77:60:60:0.437956:31:29:41:36:31:29:41:36 chr1 43309842 . G C 909.33 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024534;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.023;QD=58.6667;RBI=0.025386;REFB=0;REVB=0.0065219;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518805;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr1 43395635 . C T 324.75 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00848508;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.352;QD=19.3881;RBI=0.00905975;REFB=-0.0085379;REVB=-0.00317531;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134131;STB=0.566395;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0089695;OID=.;OPOS=43395635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:32:33:34:34:0.507463:16:18:12:20:16:18:13:20 chr1 43396414 . G A 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0306406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.354;QD=14.6641;RBI=0.0422558;REFB=-0.023108;REVB=0.0290983;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136602;STB=0.578846;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0361431;OID=.;OPOS=43396414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:14:7:7:8:14:7 chr1 43408966 . G A 559.74 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0225965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.688;QD=23.3226;RBI=0.0242295;REFB=-0.0313966;REVB=0.00874447;RO=44;SAF=27;SAR=25;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983448;STB=0.553968;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0283437;OID=.;OPOS=43408966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:25:27:28:16:25:27:28:16 chr1 43457170 . T C 306.47 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.83;QD=53.2996;RBI=0.0313653;REFB=0;REVB=0.0234657;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161136;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr1 43675467 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1535;QD=57.8844;RBI=0.0943989;REFB=0;REVB=0.0926834;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116004;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:35:24:0:0:36:24:0:0 chr1 43771016 . TA T 367.24 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486415;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.5426;QD=47.3852;RBI=0.0797788;REFB=0;REVB=-0.063235;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0043378;OID=.;OPOS=43771017;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:32:31:31:0:10:21:0:0:7:0:10:21:0:0 chr1 43779564 . T C 2046.05 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.079;QD=62.4749;RBI=0.0413641;REFB=0;REVB=0.0402585;RO=0;SAF=59;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82052e-05;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:72:59:0:0:72:59:0:0 chr1 44072066 . C T 802.65 PASS AF=0.531469;AO=76;DP=143;FAO=76;FDP=143;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0468539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.516;QD=22.4518;RBI=0.0482088;REFB=-0.00573421;REVB=0.0113491;RO=67;SAF=32;SAR=44;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125276;STB=0.568667;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00463283;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:67:67:76:76:0.531469:44:32:38:29:44:32:38:29 chr1 44078422 . TGT TG,TT,TTT 40.09 PASS AF=0.0416667,0.208333,0.0416667;AO=3,3,3;DP=28;FAO=1,5,1;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=0,2,0;FSAR=1,3,1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0692539,-0.0162795,-0.0152944;FXX=0.11107;HRUN=7,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=10.0308,278.55,278.952;QD=6.68091;RBI=0.176489,0.0172396,0.0171389;REFB=0.0145279,-0.00220577,-0.00162288;REVB=-0.162334,0.0056729,0.00773464;RO=14;SAF=2,2,2;SAR=1,1,1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0287373,0.0287373,0.0287373;STB=0.993395,0.723351,0.993395;STBP=0.215,0.309,0.215;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0896185,-0.00606619,0.016531;OID=.,.,.;OPOS=44078424,44078423,44078423;OREF=T,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TG,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0416667,0.208333,0.0416667:3,3,3:28:1,5,1:24:17:0,2,0:1,3,1:12:5:19:14:2,2,2:1,1,1:9:5 chr1 44396215 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0134975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.18;QD=17.8401;RBI=0.0147188;REFB=-0.0298532;REVB=0.00587036;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069643;STB=0.539717;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0266587;OID=.;OPOS=44396215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:4:10:9:5:4:10 chr1 44396790 . G A 528.12 PASS AF=0.491071;AO=54;DP=115;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0128925;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.222;QD=18.8614;RBI=0.0140305;REFB=-0.0259744;REVB=0.00553539;RO=57;SAF=23;SAR=31;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448861;STB=0.519205;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0267235;OID=.;OPOS=44396790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:112:57:57:54:55:0.491071:31:23:27:30:31:24:27:30 chr1 44401384 . A G 223.85 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00959137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1292;QD=19.4654;RBI=0.0103988;REFB=-0.0351554;REVB=0.00401747;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2411;STB=0.63624;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0378388;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:8:14:9:15:8:14:9:15 chr1 44442930 . A G 715.3 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=148;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=23;FWDB=0.018027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4553;QD=19.3326;RBI=0.0214927;REFB=0.00658099;REVB=0.0117031;RO=77;SAF=39;SAR=32;SRF=54;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147277;STB=0.581115;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00460543;OID=.;OPOS=44442930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:77:77:71:71:0.47973:32:39:54:23:32:39:54:23 chr1 44466606 . G A 101.86 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0149983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5898;QD=8.85757;RBI=0.0181428;REFB=-0.00555027;REVB=-0.0102084;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650447;STB=0.539509;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0135436;OID=.;OPOS=44466606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:5:8:22:11:5:8:22:11 chr1 44468235 . G A 422.1 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0137584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.195;QD=23.4502;RBI=0.0316088;REFB=-0.00248879;REVB=0.0284574;RO=30;SAF=19;SAR=22;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155494;STB=0.591354;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00175972;OID=.;OPOS=44468235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:30:31:41:41:0.569444:22:19:20:10:22:19:21:10 chr1 44595047 . T A 265.51 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00978683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.757;QD=13.4435;RBI=0.0276525;REFB=-0.0114866;REVB=0.0258626;RO=48;SAF=9;SAR=21;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329904;STB=0.693649;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0136827;OID=.;OPOS=44595047;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:48:48:30:31:0.392405:21:9:29:19:22:9:29:19 chr1 44595113 . G C 454.72 PASS AF=0.46;AO=42;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0388538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8436;QD=18.1886;RBI=0.0389023;REFB=-0.0649397;REVB=0.00194335;RO=48;SAF=15;SAR=27;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161147;STB=0.582014;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0881328;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:53:42:46:0.46:27:15:25:23:27:19:30:23 chr1 44596379 . CCAA C 255.15 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0237569;FXX=0.0493766;HRUN=2;LEN=3;MLLD=249.754;QD=13.2543;RBI=0.0245728;REFB=-0.0132596;REVB=-0.00627934;RO=28;SAF=16;SAR=21;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119328;STB=0.599069;STBP=0.13;TYPE=del;VARB=0.016306;OID=.;OPOS=44596380;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480519:37:67:37:77:40:16:21:10:30:99:28:16:21:8:20 chr1 44680719 . G C 566.21 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0329556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.276;QD=27.287;RBI=0.0404241;REFB=0.0257506;REVB=-0.0234103;RO=32;SAF=16;SAR=35;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00100721;STB=0.500549;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0140204;OID=.;OPOS=44680719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:32:51:51:0.614458:35:16:10:22:35:16:10:22 chr1 44788398 . A T 568.51 PASS AF=1;AO=18;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.529;QD=61.4609;RBI=0.103437;REFB=0;REVB=-0.0410876;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697261;OID=.;OPOS=44788398;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:18:37:1:13:5:0:0:13:24:0:0 chr1 45196744 . G A 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00736011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.874;QD=19.6975;RBI=0.011223;REFB=-0.00396567;REVB=-0.00847256;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611111;STB=0.534489;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0042396;OID=.;OPOS=45196744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:13:9:10:11:13:9 chr1 45196761 . T C 193.85 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.000655863;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.282;QD=16.154;RBI=0.00414857;REFB=-0.00137771;REVB=0.00409639;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165484;STB=0.559262;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00202594;OID=.;OPOS=45196761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:28:20:20:0.416667:8:12:14:10:8:12:14:14 chr1 45238341 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00840242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.6;QD=16.9315;RBI=0.0125928;REFB=-0.0029966;REVB=-0.0093796;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321591;STB=0.542183;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00492454;OID=.;OPOS=45238341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:5:7:6:5:5:7:6:6 chr1 45285664 . G A 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0153257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.877;QD=13.3358;RBI=0.0189001;REFB=-0.00718112;REVB=-0.0110607;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628468;STB=0.536793;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0178451;OID=.;OPOS=45285664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:11:13:9:6:11:13 chr1 45288215 . C T 127.72 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00333544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.119;QD=11.8812;RBI=0.0627524;REFB=-0.00871841;REVB=-0.0626637;RO=28;SAF=14;SAR=1;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.58051;STB=0.857877;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0232991;OID=.;OPOS=45288215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:1:14:16:12:1:14:16:12 chr1 45476676 . C A 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.000534507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.113;QD=27.5911;RBI=0.0125932;REFB=-0.0256575;REVB=0.0125818;RO=5;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042346;STB=0.523772;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0220018;OID=.;OPOS=45476676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:11:2:1:4:11:2:1:4 chr1 45504720 . G C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.065266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9897;QD=49.5966;RBI=0.0705454;REFB=0;REVB=0.0267769;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000714434;OID=.;OPOS=45504720;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC 1401.94 PASS AF=0,0.993865;AO=43,82;DP=152;FAO=0,162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=0,111;FSAR=0,51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0499305,-0.218341;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=145.08,13.9148;QD=34.4035;RBI=0.0800184,0.258528;REFB=0.0541279,-0.0180751;REVB=0.062529,0.138433;RO=14;SAF=34,64;SAR=9,18;SRF=1;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.336364,0.336364;SSSB=0.375009,0.241455;STB=0.5,0.502242;STBP=1,0.573;TYPE=del,del;VARB=0,0.037617;OID=.,.;OPOS=45793374,45793372;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.993865:43,82:152:0,162:163:1:0,111:0,51:1:0:19:14:34,64:9,18:1:13 chr1 45797505 . C G 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0411509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.323;QD=10.3663;RBI=0.066203;REFB=-0.0192477;REVB=-0.0518599;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645838;STB=0.537781;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0439156;OID=.;OPOS=45797505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:12:10:22:21:12:10:22:21 chr1 45805566 . G C 716.39 PASS AF=1;AO=36;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829416;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.237;QD=62.2944;RBI=0.0831436;REFB=0;REVB=0.0057931;RO=0;SAF=7;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00727693;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:0:0:36:46:1:29:7:0:0:31:15:0:0 chr1 45810091 . A G 255.13 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0131781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.194;QD=22.1849;RBI=0.01622;REFB=0.00243069;REVB=-0.00945654;RO=22;SAF=21;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370192;STB=0.711652;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00220445;OID=.;OPOS=45810091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:3:21:13:9:3:21:13:9 chr1 45810923 . G A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00384038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.327;QD=15.101;RBI=0.03155;REFB=0.00107571;REVB=-0.0313154;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173976;STB=0.598995;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00211458;OID=.;OPOS=45810923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:9:15:14:17:9:15:14:17 chr1 45962137 . T C 240.72 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0244742;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.393;QD=19.6509;RBI=0.0275284;REFB=-0.0296827;REVB=0.0126026;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752782;STB=0.530587;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0464178;OID=.;OPOS=45962137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:25:23:24:0.489796:11:12:11:14:12:12:11:14 chr1 45973928 . G A 153.8 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0412932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.402;QD=21.9711;RBI=0.0452758;REFB=-0.033055;REVB=-0.0185679;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138447;STB=0.549936;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0181623;OID=.;OPOS=45973928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:27:28:12:12:15:16:0.571429:11:4:5:7:11:5:5:7 chr1 46073489 . G A 171.38 PASS AF=0.461538;AO=15;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0308307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6224;QD=17.5778;RBI=0.0684816;REFB=0.00124206;REVB=0.061149;RO=20;SAF=1;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.634622;STB=0.7996;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00120231;OID=.;OPOS=46073489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:15:18:0.461538:14:1:11:9:16:2:11:10 chr1 46078854 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0187932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.203;QD=18.4438;RBI=0.0240007;REFB=-0.0189862;REVB=-0.0149282;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0155127;OID=.;OPOS=46078854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:5:4:6:5:5:4 chr1 46078884 . C T 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0182473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.639;QD=22.5856;RBI=0.024951;REFB=-0.0129051;REVB=0.0170173;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283365;STB=0.5161;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00488591;OID=.;OPOS=46078884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:3:3:6:5:3:3 chr1 46086077 . C T 73.8 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0135036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.722;QD=9.83975;RBI=0.0137602;REFB=-0.00791565;REVB=-0.00264476;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581876;STB=0.535142;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0204183;OID=.;OPOS=46086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:7:13:6:4:7:13 chr1 46087577 . G A 968.59 PASS AF=0.620438;AO=85;DP=138;FAO=85;FDP=137;FR=.;FRO=52;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0112464;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.055;QD=28.2799;RBI=0.0333791;REFB=-0.0328423;REVB=0.0314274;RO=51;SAF=46;SAR=39;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074436;STB=0.535911;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.021116;OID=.;OPOS=46087577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:51:52:85:85:0.620438:39:46:33:18:39:46:33:19 chr1 46094027 . A G 383.65 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0823488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.463;QD=20.1919;RBI=0.0870126;REFB=0.0130494;REVB=-0.0281045;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351619;STB=0.512814;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00730002;OID=.;OPOS=46094027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:20:19:19:17:20:19:19:18 chr1 46095272 . T C 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00333043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6849;QD=12.4814;RBI=0.00754401;REFB=0.030797;REVB=0.00676907;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256991;STB=0.651918;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0493881;OID=.;OPOS=46095272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:8:11:4:8:8:11 chr1 46159001 . G A 472.47 PASS AF=0.671875;AO=42;DP=63;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0258443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.946;QD=29.5294;RBI=0.026161;REFB=-0.0188256;REVB=0.00405823;RO=20;SAF=17;SAR=25;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975395;STB=0.545434;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0203976;OID=.;OPOS=46159001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:20:21:42:43:0.671875:25:17:5:15:25:18:6:15 chr1 46195375 . T C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00471395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.661;QD=15.6538;RBI=0.00642727;REFB=-0.0158631;REVB=0.00436904;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0155696;OID=.;OPOS=46195375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:13:13:15:16:13:13:16:16 chr1 46379518 . A G 1540.14 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.387;QD=59.8112;RBI=0.0409643;REFB=0;REVB=0.0100121;RO=0;SAF=37;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112461;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:66:37:0:0:66:37:0:0 chr1 46476587 . T G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9971;QD=62.9824;RBI=0.107312;REFB=0;REVB=0.011954;RO=0;SAF=7;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79115e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927125;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:38:7:0:0:38:7:0:0 chr1 46493460 . T G 462.91 PASS AF=0.384058;AO=53;DP=138;FAO=53;FDP=138;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.0545807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8449;QD=13.4178;RBI=0.0661506;REFB=0.0146188;REVB=0.0373744;RO=83;SAF=22;SAR=31;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860562;STB=0.556455;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0309809;OID=.;OPOS=46493460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:83:85:53:53:0.384058:31:22:41:42:31:22:43:42 chr1 46496709 . A G 772.75 PASS AF=0.544776;AO=73;DP=137;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0302742;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.357;QD=23.0673;RBI=0.0321472;REFB=-0.0122453;REVB=-0.0108127;RO=61;SAF=37;SAR=36;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397736;STB=0.52176;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0115752;OID=.;OPOS=46496709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:134:61:61:73:73:0.544776:36:37:28:33:36:37:28:33 chr1 46498375 . A G 324.81 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0328869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.649;QD=17.0951;RBI=0.0430512;REFB=-0.019939;REVB=-0.0277823;RO=41;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201228;STB=0.501128;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0168931;OID=.;OPOS=46498375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:17:18:21:20:17:18:21:20 chr1 46500744 . G C 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0171407;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.412;QD=16.9415;RBI=0.0223374;REFB=-0.00768557;REVB=-0.0143233;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147036;STB=0.583855;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0129196;OID=.;OPOS=46500744;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:9:15:9:10:9:15 chr1 46521517 . G A 141.98 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0394581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9003;QD=13.8519;RBI=0.0461581;REFB=-0.00444444;REVB=0.0239507;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173892;STB=0.613354;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00380546;OID=.;OPOS=46521517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:6:10:11:13:6:10:11:14 chr1 46521559 . A T 97.05 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-2.78741e-05;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.748;QD=11.7642;RBI=0.000922218;REFB=-0.0144276;REVB=0.000921796;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323268;STB=0.679703;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.01214;OID=.;OPOS=46521559;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:22:21:12:12:0.363636:4:8:8:14:4:8:8:13 chr1 46655158 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.002;QD=60.0309;RBI=0.014229;REFB=0;REVB=0.0078663;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52696e-05;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:43:28:0:0:43:29:0:0 chr1 46810530 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.115;QD=56.706;RBI=0.0621895;REFB=0;REVB=-0.0562481;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169169;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr1 46871986 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7416;QD=57.884;RBI=0.0252493;REFB=0;REVB=0.0226369;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311089;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr1 46976717 . C T 644.18 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0169044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.072;QD=19.5206;RBI=0.024342;REFB=-0.0135499;REVB=0.017515;RO=66;SAF=38;SAR=27;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224543;STB=0.509088;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0123648;OID=.;OPOS=46976717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:66:67:65:65:0.492424:27:38:37:29:27:38:38:29 chr1 47013180 . A G 284.1 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0187593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.507;QD=15.1518;RBI=0.0418475;REFB=-0.00512065;REVB=-0.0374072;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064882;STB=0.542446;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0148794;OID=.;OPOS=47013180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:15:17:25:17:15:17:26:17 chr1 47013364 . T C 268.35 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0468145;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.337;QD=24.3956;RBI=0.0514592;REFB=-0.0126021;REVB=-0.0213647;RO=19;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122424;STB=0.514694;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00947377;OID=.;OPOS=47013364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:19:19:24:25:0.568182:11:13:10:9:11:14:10:9 chr1 47059934 . T C 1501.62 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0359727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.669;QD=61.2907;RBI=0.0475444;REFB=-0.00280567;REVB=0.0310876;RO=2;SAF=37;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249404;STB=0.513155;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000324524;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:59:37:2:0:59:37:2:0 chr1 47078637 . T C 1539.96 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.334;QD=59.8041;RBI=0.0515409;REFB=0;REVB=0.015358;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107488;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:58:45:0:0:58:45:0:0 chr1 47080665 . C T 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0258869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.689;QD=17.7307;RBI=0.0258886;REFB=-0.0104289;REVB=-0.000302011;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998626;STB=0.556937;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0109223;OID=.;OPOS=47080665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:11:8:9:8:11:8 chr1 47080679 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.775;QD=59.4343;RBI=0.0398737;REFB=0;REVB=0.0333207;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207034;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr1 47080741 . C T 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0663505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.152;QD=14.6581;RBI=0.0696186;REFB=-0.0240264;REVB=-0.0210798;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251107;STB=0.662901;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0236068;OID=.;OPOS=47080741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:9:4:9:7:9:4:10:7 chr1 47101015 . C A 316.8 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0185302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.994;QD=12.9306;RBI=0.0258953;REFB=-0.0142317;REVB=-0.0180886;RO=62;SAF=20;SAR=16;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259441;STB=0.514866;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0184896;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:36:36:0.367347:16:20:33:29:16:20:33:29 chr1 47131319 . A T 707.94 PASS AF=0.492958;AO=68;DP=140;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.0118085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.301;QD=19.9421;RBI=0.013871;REFB=-0.0124987;REVB=-0.00727762;RO=71;SAF=40;SAR=28;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368733;STB=0.523249;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.012717;OID=.;OPOS=47131319;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:71:72:68:70:0.492958:28:40:39:32:28:42:40:32 chr1 47138819 . T G 450.72 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592872;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.396;QD=58.1578;RBI=0.0276139;REFB=0;REVB=0.02697;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167349;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr1 47139103 . C T 162.25 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00401771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.719;QD=19.6666;RBI=0.036033;REFB=-0.00431205;REVB=0.0358083;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120505;STB=0.578217;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0055654;OID=.;OPOS=47139103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:16:17:0.515152:11:5:7:9:12:5:7:9 chr1 47279175 . C T 758.97 PASS AF=0.496933;AO=61;DP=164;FAO=81;FDP=163;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.00107285;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.046;QD=18.625;RBI=0.0254764;REFB=-0.0163135;REVB=0.0254538;RO=82;SAF=41;SAR=20;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172802;STB=0.50303;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0172763;OID=.;OPOS=47279175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:82:82:61:81:0.496933:20:41:42:40:40:41:42:40 chr1 47395973 . G A 362.66 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.023566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3023;QD=20.7233;RBI=0.0235889;REFB=-0.0165255;REVB=0.0010413;RO=33;SAF=20;SAR=17;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225758;STB=0.62446;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0125437;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:17:20:9:24:17:20:9:24 chr1 47398496 . A G 495.78 PASS AF=0.413534;AO=55;DP=133;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=-0.0763627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4074;QD=14.9108;RBI=0.0776943;REFB=0.00578017;REVB=0.0143229;RO=78;SAF=23;SAR=32;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643127;STB=0.536087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00885647;OID=.;OPOS=47398496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:78:78:55:55:0.413534:32:23:28:50:32:23:28:50 chr1 47399967 . G A 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0171397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8586;QD=19.6926;RBI=0.0178902;REFB=0.00270805;REVB=-0.00512736;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15448;STB=0.5864;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00269788;OID=.;OPOS=47399967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:15:11:15:10:15:11:15:10 chr1 47571902 . C T 619.81 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.819;QD=59.0292;RBI=0.0228499;REFB=-0.0506974;REVB=0.00867914;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000316356;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:20:21:0:1:20:21:0:1 chr1 47571905 . C T 543.34 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0106691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8429;QD=53.0084;RBI=0.0513948;REFB=-0.0881738;REVB=0.0502752;RO=2;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00246896;STB=0.514131;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0118014;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:2:3:38:38:0.926829:18:20:1:1:18:20:1:2 chr1 47607281 . C T 1517.11 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238634;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.739;QD=62.5612;RBI=0.0240888;REFB=-0.0521837;REVB=0.0032876;RO=1;SAF=35;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133545;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115023;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:97:97:1:0:95:97:1:60:35:1:0:61:36:0:0 chr1 47607785 . G A 560.86 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168304;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.847;QD=60.6333;RBI=0.037815;REFB=0;REVB=0.0338631;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79692e-05;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr1 47607851 . A T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.67;QD=56.9383;RBI=0.0200217;REFB=0;REVB=-0.000327228;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40408e-05;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr1 47608983 . G T 904.55 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0523;QD=56.5343;RBI=0.0861094;REFB=-0.056627;REVB=-0.0845236;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012593;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00204994;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:37:26:0:1:37:26:0:1 chr1 47609489 . T C 1312.49 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.986;QD=61.7642;RBI=0.0468748;REFB=0;REVB=-0.0378471;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001621;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:41:42:0:0:41:44:0:0 chr1 47610065 . A C 439.79 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0101278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0213;QD=19.5463;RBI=0.0221099;REFB=0.00168454;REVB=-0.0196539;RO=45;SAF=24;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516648;STB=0.523316;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00110295;OID=.;OPOS=47610065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:46:44:44:0.488889:20:24:22:23:20:24:23:23 chr1 47610590 . A C 199.95 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0427473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.606;QD=11.5911;RBI=0.0429202;REFB=-0.0228244;REVB=-0.00384903;RO=44;SAF=4;SAR=21;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442221;STB=0.760211;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0240944;OID=.;OPOS=47610590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:21:4:22:22:21:4:22:22 chr1 47611598 . T C 1960.14 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1145;QD=60.3121;RBI=0.0434815;REFB=-0.0492874;REVB=0.0193654;RO=1;SAF=80;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590336;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711857;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:130:1:0:127:130:1:47:80:1:0:47:83:0:0 chr1 47614434 . C T 140.46 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00853119;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.414;QD=16.5248;RBI=0.0309923;REFB=-0.0255157;REVB=0.029795;RO=19;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157146;STB=0.529032;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0660027;OID=.;OPOS=47614434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:18:15:16:0.470588:12:3:4:15:13:3:4:14 chr1 47685455 . T C 459.05 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00575017;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.5603;QD=55.6429;RBI=0.0104593;REFB=0.0852087;REVB=-0.00873679;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00095617;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:0:1:17:15:0:1 chr1 47717189 . A G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.000617636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.111;QD=14.1956;RBI=0.00129338;REFB=-0.0126148;REVB=-0.00113638;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221949;STB=0.629453;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0125668;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:5:10:10:12:5:10:10:12 chr1 47767914 . G A 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0152455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.818;QD=22.5296;RBI=0.0230833;REFB=-0.00686647;REVB=0.0173324;RO=32;SAF=17;SAR=23;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155163;STB=0.508543;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00527041;OID=.;OPOS=47767914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:23:17:13:19:23:17:13:19 chr1 47799639 . G C 573.49 PASS AF=0.595506;AO=50;DP=81;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0465358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.8235;QD=25.7747;RBI=0.0465656;REFB=-0.103185;REVB=0.00166468;RO=31;SAF=24;SAR=26;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253873;STB=0.53747;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0696519;OID=.;OPOS=47799639;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:89:31:36:50:53:0.595506:26:24:16:15:27:26:21:15 chr1 47842431 . G A 1200.74 PASS AF=0.964286;AO=79;DP=83;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.049778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5923;QD=57.1783;RBI=0.0619244;REFB=-0.0599492;REVB=0.0368345;RO=2;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021508;STB=0.50402;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0159859;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:84:2:3:79:81:0.964286:43:36:0:2:45:36:1:2 chr1 47842666 . A T 1231.93 PASS AF=0.988372;AO=64;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.0359;QD=57.299;RBI=0.136762;REFB=0;REVB=0.0572926;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112057;OID=.;OPOS=47842666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:0:0:64:85:0.988372:44:20:0:0:50:35:0:0 chr1 47883024 . A G 399.27 PASS AF=1;AO=19;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024175;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1279;QD=55.0715;RBI=0.0333181;REFB=0;REVB=-0.0229275;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288205;OID=.;OPOS=47883024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:19:29:1:19:0:0:0:24:5:0:0 chr1 47906338 . G A 1989.65 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.939;QD=62.1766;RBI=0.0203008;REFB=0;REVB=0.00468255;RO=0;SAF=57;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12297e-05;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:71:57:0:0:71:57:0:0 chr1 48460189 . G A 520.23 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0532834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.914;QD=20.4011;RBI=0.0548067;REFB=-0.0163742;REVB=0.0128316;RO=49;SAF=11;SAR=41;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258428;STB=0.630716;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0127208;OID=.;OPOS=48460189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:52:53:0.519608:41:11:22:27:41:12:22:27 chr1 48697733 . T G 1528.82 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.013;QD=63.7007;RBI=0.0217639;REFB=0;REVB=0.0217307;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22776e-05;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:51:45:0:0:51:45:0:0 chr1 48713394 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.184;QD=62.9829;RBI=0.0533478;REFB=0;REVB=0.0409789;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254719;OID=.;OPOS=48713394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr1 48764419 . C T 489.48 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.000959889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.228;QD=18.2982;RBI=0.010351;REFB=-0.00189715;REVB=-0.0103064;RO=54;SAF=14;SAR=38;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12983;STB=0.568835;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0029306;OID=.;OPOS=48764419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:55:52:52:0.485981:38:14:21:33:38:14:21:34 chr1 48809940 . C T 158.23 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0143511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.618;QD=17.1063;RBI=0.0246294;REFB=-0.0163381;REVB=-0.0200163;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204867;STB=0.531878;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0185212;OID=.;OPOS=48809940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:20:17:17:0.459459:11:6:6:10:11:6:6:14 chr1 49224584 . G T 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0124656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.299;QD=27.3905;RBI=0.0142011;REFB=-0.0240137;REVB=-0.00680293;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145747;STB=0.580567;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0121244;OID=.;OPOS=49224584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:10:10:8:3:10:10:8:3 chr1 49511424 . A G 265.16 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0153574;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6831;QD=15.3714;RBI=0.0154372;REFB=-0.0111616;REVB=0.00156814;RO=39;SAF=20;SAR=10;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591038;STB=0.533312;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0152372;OID=.;OPOS=49511424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:39:30:30:0.434783:10:20:28:11:10:20:28:11 chr1 50661411 . C T 1066.23 PASS AF=0.948718;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0308741;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.733;QD=54.6785;RBI=0.034543;REFB=-0.118829;REVB=0.0154923;RO=3;SAF=13;SAR=61;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974339;STB=0.566647;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000403078;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:78:78:3:4:74:74:0.948718:61:13:3:0:61:13:4:0 chr1 51873951 . G A 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.536;QD=64.1536;RBI=0.034977;REFB=0;REVB=0.0119098;RO=0;SAF=37;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84753e-05;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:62:37:0:0:62:37:0:0 chr1 52215883 . T C 272.22 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0283027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4962;QD=17.2836;RBI=0.0298908;REFB=-0.0120919;REVB=0.00961348;RO=33;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567961;STB=0.531893;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0137673;OID=.;OPOS=52215883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:11:19:19:14:11:19:19:14 chr1 52266242 . G A 911.23 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00877344;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.942;QD=56.9519;RBI=0.0118069;REFB=-0.185768;REVB=-0.00790119;RO=1;SAF=11;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00899696;STB=0.50476;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000557115;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:52:11:0:1:52:11:0:1 chr1 52279725 . T C 102.01 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0188436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.491;QD=9.06759;RBI=0.0326745;REFB=-0.0134363;REVB=-0.0266935;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812633;STB=0.549412;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0497282;OID=.;OPOS=52279725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:6:7:15:17:6:7:15:17 chr1 52290984 . T G 1505.73 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2677;QD=59.0481;RBI=0.102163;REFB=0;REVB=0.00939095;RO=1;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903581;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620571;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:1:0:100:102:1:52:48:0:1:53:49:0:0 chr1 52306063 . ATCT A 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738962;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=3;MLLD=199.373;QD=42.4477;RBI=0.0758507;REFB=0;REVB=0.0171077;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00151116;OID=.;OPOS=52306064;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:10:10:10:0:8:2:0:0:4:0:8:2:0:0 chr1 52439128 . G GT 1953.81 PASS AF=1;AO=121;DP=128;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354739;FXX=0.023254;HRUN=0;LEN=1;MLLD=191.932;QD=62.0258;RBI=0.03604;REFB=0;REVB=0.00636272;RO=6;SAF=62;SAR=59;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160488;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.28687e-05;OID=.;OPOS=52439129;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:121:128:126:126:0:65:61:0:0:10:6:62:59:2:4 chr1 52991638 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0755888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.548;QD=60.2304;RBI=0.0756181;REFB=0;REVB=-0.00210375;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364264;OID=.;OPOS=52991638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:31:6:0:0:31:6:0:0 chr1 53072454 . T C 1328.39 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00154228;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.873;QD=61.0756;RBI=0.00786127;REFB=-0.0366446;REVB=-0.0077085;RO=1;SAF=50;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938213;STB=0.504949;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=9.25357e-06;OID=.;OPOS=53072454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:1:1:86:86:0.988506:36:50:1:0:36:50:1:0 chr1 53250650 . G A 1320.33 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0605148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5691;QD=59.3407;RBI=0.0700049;REFB=-0.155095;REVB=0.0351945;RO=3;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298964;STB=0.505153;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0103422;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:89:3:1:86:88:0.988764:46:40:0:3:48:40:0:1 chr1 53380922 . T G 97.44 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0227931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.8;QD=9.50665;RBI=0.0243176;REFB=-0.00258242;REVB=0.00847453;RO=28;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295215;STB=0.645547;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.011321;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:40:41:28:28:12:13:0.317073:5:7:9:19:6:7:9:19 chr1 53535478 . G A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.964;QD=60.9765;RBI=0.0536943;REFB=0;REVB=0.0443434;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432351;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr1 53537266 . G A 1041.19 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.51;QD=59.4963;RBI=0.0709343;REFB=0;REVB=0.0577292;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650129;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr1 53544439 . G A 290.1 PASS AF=0.565217;AO=19;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00758811;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.465;QD=25.2264;RBI=0.0318781;REFB=-0.0481517;REVB=0.0309618;RO=17;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159169;STB=0.511936;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0307311;OID=.;OPOS=53544439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:17:20:19:26:0.565217:15:4:6:11:15:11:9:11 chr1 53544597 . T C 131.21 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00939125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.451;QD=8.89589;RBI=0.0144695;REFB=-0.0180969;REVB=-0.0110078;RO=41;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996332;STB=0.559257;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0372068;OID=.;OPOS=53544597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:9:9:17:24:9:9:17:24 chr1 53547800 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0515508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8991;QD=11.2566;RBI=0.0515508;REFB=-0.022712;REVB=4.66832e-06;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244273;STB=0.635966;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0295848;OID=.;OPOS=53547800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:1:7:8:3:1:7:9:3 chr1 53553702 . A G 1358.42 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.432;QD=62.456;RBI=0.0284349;REFB=0;REVB=0.01173;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114052;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr1 53553754 . T C 489.42 PASS AF=0.516129;AO=47;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0205791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.946;QD=21.0503;RBI=0.0374471;REFB=-0.0339538;REVB=0.0312855;RO=45;SAF=22;SAR=25;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772592;STB=0.536897;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0308303;OID=.;OPOS=53553754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:47:48:0.516129:25:22:25:20:25:23:25:20 chr1 53555783 . A C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00174906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.491;QD=11.1041;RBI=0.0246899;REFB=-0.0131227;REVB=-0.0246279;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237604;STB=0.648156;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0196775;OID=.;OPOS=53555783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:7:3:1:6:7:3 chr1 53558270 . A G 817.57 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4404;QD=57.3735;RBI=0.0410657;REFB=0;REVB=0.0410482;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441387;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr1 53676448 . G A 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00965231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.384;QD=16.0653;RBI=0.0171802;REFB=-0.0171081;REVB=-0.0142124;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106479;STB=0.547567;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0282319;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:9:9:9:14:9:9:10:14 chr1 53679878 . T C 104.0 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0690125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3887;QD=10.1464;RBI=0.0690126;REFB=0.0141916;REVB=0.000110758;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227554;STB=0.637576;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0293809;OID=.;OPOS=53679878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:9:4:14:14:9:4:14:14 chr1 53684524 . GC G,GG 352.89 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=4,22;DP=26;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191753,0.0154764;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=277.907,286.219;QD=54.2903;RBI=0.0463993,0.047835;REFB=0,0;REVB=0.0422517,0.0452622;RO=0;SAF=1,16;SAR=3,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,3.17051e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00132902,0.00255892;OID=.,.;OPOS=53684525,53684525;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:4,22:26:1,25:26:0:1,16:0,9:0:0:6:0:1,16:3,6:0:0 chr1 53716416 . G A 292.41 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0248983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.93;QD=12.3121;RBI=0.0262551;REFB=-0.0225129;REVB=0.00833098;RO=61;SAF=20;SAR=14;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232552;STB=0.633297;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0228622;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:61:34:34:0.357895:14:20:23:38:14:20:23:38 chr1 53732315 . G T 545.1 PASS AF=0.487179;AO=56;DP=116;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00340681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.575;QD=18.636;RBI=0.0155688;REFB=-0.0183993;REVB=0.0151915;RO=58;SAF=19;SAR=37;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403876;STB=0.527192;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0183336;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:58:60:56:57:0.487179:37:19:22:36:37:20:24:36 chr1 53792651 . A C 503.57 PASS AF=0.490909;AO=53;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0535017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.058;QD=18.3116;RBI=0.054884;REFB=-0.0169052;REVB=-0.0122401;RO=54;SAF=22;SAR=31;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078043;STB=0.546083;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00951456;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:56:53:54:0.490909:31:22:18:36:32:22:18:38 chr1 54354658 . T G 93.13 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0579046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6444;QD=19.6055;RBI=0.0629722;REFB=-0.0278018;REVB=-0.02475;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124286;STB=0.553098;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0157491;OID=.;OPOS=54354658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:18:19:8:8:10:11:0.578947:6:4:2:6:7:4:2:6 chr1 54359922 . C T 888.32 PASS AF=0.661157;AO=72;DP=113;FAO=80;FDP=121;FR=.;FRO=41;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00791934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.953;QD=29.3659;RBI=0.0914424;REFB=-0.0334315;REVB=0.0910988;RO=40;SAF=43;SAR=29;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823423;STB=0.529453;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0177217;OID=.;OPOS=54359922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:121:40:41:72:80:0.661157:29:43:19:21:36:44:19:22 chr1 54562444 . A G 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.092;QD=61.0477;RBI=0.0262028;REFB=0;REVB=0.0107386;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75466e-05;OID=.;OPOS=54562444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:50:28:0:0:50:28:0:0 chr1 54564485 . G A 838.57 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135732;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.495;QD=57.8327;RBI=0.0387788;REFB=0;REVB=0.0363258;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111539;OID=.;OPOS=54564485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr1 54571318 . CG CTTTTG,GT,TG 284.14 PASS AF=0.217391,0,0.782609;AO=5,3,14;DP=23;FAO=5,0,18;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,12;FSAR=0,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131575,-0.0061632,0.0641051;FXX=0;HRUN=0,1,1;LEN=4,2,1;MLLD=134.358,68.6221,71.2821;QD=49.4152;RBI=0.0299107,0.00754132,0.064984;REFB=0,0,0;REVB=0.0268613,0.00434586,0.0106512;RO=0;SAF=5,0,11;SAR=0,3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,mnp,snp;VARB=0.00651066,-0.0280893,0.0115423;OID=.,.,.;OPOS=54571319,54571318,54571318;OREF=-,CG,C;OALT=TTTT,GT,T;OMAPALT=CTTTTG,GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:28:23:23:0:0:5,3,14:5,0,18:0.217391,0,0.782609:0,3,3:5,0,11:0:0:0,0,6:5,0,12:0:0 chr1 54605319 . G GC 80.45 PASS AF=0.393939;AO=9;DP=38;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=0;FWDB=-0.00637986;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.191;QD=9.75123;RBI=0.00752268;REFB=-0.00311915;REVB=0.00398599;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313618;STB=0.812191;STBP=0.031;TYPE=ins;VARB=0.00881592;OID=.;OPOS=54605320;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:9:38:13:33:20:6:7:20:0:80:29:6:3:20:9 chr1 54606804 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00223275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.374;QD=9.84393;RBI=0.00264731;REFB=-0.000925198;REVB=0.00142234;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630627;STB=0.538383;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00152929;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:3:7:13:7:3:7:13:7 chr1 54607051 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.693;QD=60.2297;RBI=0.0209589;REFB=0;REVB=0.0168287;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33646e-06;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:31:6:0:0:31:6:0:0 chr1 54637016 . AC A 51.75 PASS AF=0.434783;AO=7;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0361575;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.1497;QD=8.99924;RBI=0.0980358;REFB=-0.126967;REVB=-0.0911243;RO=13;SAF=7;SAR=0;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.688467;STB=0.670322;STBP=0.288;TYPE=del;VARB=0.178021;OID=.;OPOS=54637017;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:7:24:10:23:13:7:3:12:1:48:13:7:0:12:1 chr1 54637167 . T C,G 694.79 PASS AF=0.903846,0.0769231;AO=48,4;DP=52;FAO=47,4;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22,0;FSAR=25,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0165846,-0.120429;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=122.664,9.43439;QD=53.4452;RBI=0.0217042,0.168006;REFB=-0.0968359,-0.0534485;REVB=-0.0140008,-0.117144;RO=0;SAF=23,0;SAR=25,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.511106,0.995941;STBP=0.329,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=0.00168009,0.206197;OID=.,.;OPOS=54637167,54637167;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:52:52:0:1:48,4:47,4:0.903846,0.0769231:25,4:23,0:0:0:25,4:22,0:1:0 chr1 54637417 . G A 1171.72 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.04;QD=60.8684;RBI=0.0481423;REFB=0;REVB=0.0341593;RO=0;SAF=53;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24555e-06;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:24:53:0:0:24:53:0:0 chr1 54637697 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.585;QD=59.1431;RBI=0.0372542;REFB=0;REVB=0.010446;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25431e-05;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr1 54637915 . C T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0626031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.344;QD=43.4838;RBI=0.0704788;REFB=0;REVB=0.0323745;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000832802;OID=.;OPOS=54637915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr1 54678305 . C G 252.51 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0476159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.763;QD=12.6254;RBI=0.0479655;REFB=-0.020378;REVB=-0.00578047;RO=50;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144509;STB=0.582727;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.017686;OID=.;OPOS=54678305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:14:16:20:30:14:16:20:30 chr1 54681920 . G C 1380.7 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747977;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.917;QD=62.759;RBI=0.0405528;REFB=0;REVB=0.0398571;RO=0;SAF=20;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06079e-05;OID=.;OPOS=54681920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:68:20:0:0:68:20:0:0 chr1 54686374 . T C 261.83 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00814455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9459;QD=17.1691;RBI=0.0577245;REFB=-0.00769381;REVB=-0.057147;RO=30;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229793;STB=0.612862;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00607277;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:30:32:29:29:0.47541:18:11:19:11:18:11:19:13 chr1 54686464 . C T 489.64 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0220524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2335;QD=24.7917;RBI=0.0318217;REFB=-0.0109082;REVB=-0.0229414;RO=33;SAF=12;SAR=34;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173109;STB=0.595287;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00868289;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:33:46:46:0.582278:34:12:15:18:34:12:15:18 chr1 54690954 . T C 214.16 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.148603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2116;QD=28.5545;RBI=0.149216;REFB=-0.0208356;REVB=0.0135152;RO=10;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411521;STB=0.522705;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00310628;OID=.;OPOS=54690954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:15:5:2:8:15:5:2:8 chr1 54704567 . A G 223.11 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.056;QD=49.5797;RBI=0.127426;REFB=0;REVB=-0.110383;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000454512;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr1 54704629 . C T 806.55 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00719698;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.268;QD=55.6244;RBI=0.0383744;REFB=-0.0825321;REVB=-0.0376935;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00013963;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:0:1:57:57:0.982759:37:20:0:0:37:20:1:0 chr1 55060251 . C T 424.1 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00609455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.195;QD=18.6416;RBI=0.00746814;REFB=-0.0144225;REVB=0.00431619;RO=48;SAF=26;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812671;STB=0.545338;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0240698;OID=.;OPOS=55060251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:17:26:25:23:17:26:25:23 chr1 55060362 . G A 216.7 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0427214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.977;QD=13.3355;RBI=0.0633148;REFB=-0.0320338;REVB=0.0467296;RO=38;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101009;STB=0.551959;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0544747;OID=.;OPOS=55060362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:18:8:15:23:18:8:15:24 chr1 55064980 . G A 646.77 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0101417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.631;QD=21.559;RBI=0.0337386;REFB=-0.0144343;REVB=-0.0321782;RO=56;SAF=46;SAR=18;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264923;STB=0.64602;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00619637;OID=.;OPOS=55064980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:56:64:64:0.533333:18:46:24:32:18:46:24:32 chr1 55068354 . C T 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0137803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2125;QD=13.3671;RBI=0.0185266;REFB=-0.00670511;REVB=-0.0123831;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259095;STB=0.515135;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0186608;OID=.;OPOS=55068354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:12:6:11:20:12:6:11:20 chr1 55075062 . C T 171.81 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=53;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00387449;FXX=0.109071;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.6843;QD=14.0249;RBI=0.0108889;REFB=-0.0179305;REVB=0.0101763;RO=23;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188871;STB=0.636222;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0144918;OID=.;OPOS=55075062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:49:23:29:19:20:0.408163:14:5:10:13:14:6:15:14 chr1 55075122 . C G 341.81 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0276918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2036;QD=15.8982;RBI=0.0711677;REFB=0.00322991;REVB=-0.0655592;RO=49;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250925;STB=0.514131;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00563385;OID=.;OPOS=55075122;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:21:16:20:29:21:16:20:29 chr1 55076113 . G A 592.09 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00601769;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5144;QD=18.7964;RBI=0.0171559;REFB=0.00841832;REVB=0.0160659;RO=63;SAF=31;SAR=30;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294058;STB=0.516124;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00540765;OID=.;OPOS=55076113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:65:61:61:0.484127:30:31:30:33:30:31:31:34 chr1 55118566 . C G 1046.65 PASS AF=1;AO=62;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.337;QD=59.8088;RBI=0.0618741;REFB=0;REVB=0.0332318;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268384;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:62:70:1:34:28:0:0:34:36:0:0 chr1 55119144 . A G 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0161838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.923;QD=11.3328;RBI=0.0222768;REFB=-0.0109104;REVB=-0.0153082;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787639;STB=0.573024;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0226746;OID=.;OPOS=55119144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:27:14:14:0.341463:5:9:17:7:5:9:20:7 chr1 55119289 . G C 198.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0487757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9631;QD=19.8835;RBI=0.0488776;REFB=0.00858105;REVB=-0.00315425;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185089;STB=0.598913;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00858507;OID=.;OPOS=55119289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:20:19:20:0.5:10:9:13:6:11:9:13:7 chr1 55119466 . C T 336.78 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00203821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.891;QD=14.8035;RBI=0.00327676;REFB=-0.0165795;REVB=-0.0025657;RO=54;SAF=18;SAR=19;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110944;STB=0.562763;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0300515;OID=.;OPOS=55119466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:19:18:32:22:19:18:32:22 chr1 55119515 . T G 262.91 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00894166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.24;QD=12.6704;RBI=0.0174988;REFB=-0.0171688;REVB=0.0150418;RO=52;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804902;STB=0.54613;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0264086;OID=.;OPOS=55119515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:15:16:23:29:15:16:23:29 chr1 55119545 . GA G,GG 1071.72 PASS AF=0.123288,0.876712;AO=12,56;DP=69;FAO=9,64;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=9,21;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641498,0.0723885;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.162,201.504;QD=58.7245;RBI=0.0641704,0.0731409;REFB=0,0;REVB=-0.00162558,0.0104637;RO=0;SAF=10,15;SAR=2,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0153218,0.00990007;OID=.,.;OPOS=55119546,55119546;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.123288,0.876712:12,56:69:9,64:73:0:9,21:0,43:0:0:19:0:10,15:2,41:0:0 chr1 55136529 . T C 849.56 PASS AF=0.47541;AO=87;DP=183;FAO=87;FDP=183;FR=.;FRO=96;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=0.00110626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0766;QD=18.5695;RBI=0.0341463;REFB=-0.0259512;REVB=0.0341284;RO=94;SAF=43;SAR=44;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848552;STB=0.54621;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0347594;OID=.;OPOS=55136529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:94:96:87:87:0.47541:44:43:38:56:44:43:39:57 chr1 55139741 . A G 1606.84 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.025;QD=60.0689;RBI=0.00589828;REFB=0;REVB=0.00503076;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36003e-06;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:54:53:0:0:54:53:0:0 chr1 55167773 . T A 2972.71 PASS AF=1;AO=183;DP=186;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013947;FXX=0.0157886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7256;QD=63.5875;RBI=0.0647406;REFB=0;REVB=0.0632204;RO=0;SAF=87;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284039;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:187:0:0:183:187:1:96:87:0:0:97:90:0:0 chr1 55182300 . T A 1572.91 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000661491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4677;QD=59.9202;RBI=0.0159629;REFB=0;REVB=-0.0159492;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.50592e-05;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:55:50:0:0:55:50:0:0 chr1 55251689 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.111;QD=58.7817;RBI=0.0490802;REFB=0;REVB=0.0486363;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51498e-05;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr1 55273580 . G T 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00293869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.318;QD=20.646;RBI=0.0661054;REFB=-0.0119897;REVB=-0.0660401;RO=37;SAF=26;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216102;STB=0.619807;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00715446;OID=.;OPOS=55273580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:14:26:15:22:14:26:15:22 chr1 55277599 . T C 739.04 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0783237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5153;QD=54.744;RBI=0.0866423;REFB=0.0954557;REVB=-0.0370446;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00320681;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:28:25:0:0:28:25:1:0 chr1 55319902 . A G 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.000790865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.623;QD=18.6755;RBI=0.00369818;REFB=-0.0267309;REVB=0.00361262;RO=32;SAF=10;SAR=22;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234228;STB=0.631063;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0383443;OID=.;OPOS=55319902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:22:10:18:14:22:10:18:14 chr1 55523033 . A G 2015.62 PASS AF=0.984962;AO=130;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0298212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1173;QD=60.6202;RBI=0.0536435;REFB=-0.0351289;REVB=-0.0445906;RO=3;SAF=59;SAR=71;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918942;STB=0.508332;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00145869;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:3:2:130:131:0.984962:71:59:2:1:72:59:2:0 chr1 55524197 . A G 1283.27 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.761;QD=61.8441;RBI=0.0375349;REFB=0;REVB=-0.0357224;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86955e-05;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr1 55524237 . G A 1528.25 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018349;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.799;QD=59.9312;RBI=0.0429399;REFB=0;REVB=0.0429007;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138854;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr1 55529187 . G A 1379.07 PASS AF=0.942308;AO=98;DP=104;FAO=98;FDP=104;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0523377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.316;QD=53.041;RBI=0.0554683;REFB=-0.0598864;REVB=0.0183711;RO=6;SAF=39;SAR=59;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115978;STB=0.506126;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00227649;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:104:104:6:6:98:98:0.942308:59:39:3:3:59:39:3:3 chr1 55541174 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.409;QD=62.0209;RBI=0.0540476;REFB=0;REVB=0.0320409;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409373;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr1 55612704 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00891001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.739;QD=11.8307;RBI=0.00927481;REFB=-0.00661416;REVB=-0.0025756;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216945;STB=0.631311;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00720993;OID=.;OPOS=55612704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:9:2:6:12:9:2:6:12 chr1 55638075 . G A 1526.05 PASS AF=0.990476;AO=101;DP=103;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.309;QD=58.1353;RBI=0.0301922;REFB=0.0318631;REVB=-0.0231585;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-3.22812e-05;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:105:0:1:101:104:0.990476:47:54:0:0:48:56:1:0 chr1 55842312 . G C 155.21 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0051763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.773;QD=9.26611;RBI=0.0305269;REFB=0.00468014;REVB=0.0300848;RO=46;SAF=11;SAR=10;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483343;STB=0.528544;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00946336;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:10:11:26:20:10:11:26:20 chr1 55864258 . C T 923.21 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467797;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2231;QD=58.6167;RBI=0.046898;REFB=0;REVB=-0.00332943;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295966;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:43:20:0:0:43:20:0:0 chr1 55950548 . G C 343.9 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0279268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.826;QD=16.3761;RBI=0.0286381;REFB=-0.00390361;REVB=0.00634291;RO=47;SAF=23;SAR=14;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708358;STB=0.539884;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00608876;OID=.;OPOS=55950548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:14:23:26:21:14:23:26:21 chr1 56197232 . T C 49.31 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0292314;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.7832;QD=17.9307;RBI=0.0862816;REFB=0.0241611;REVB=0.081179;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00243529;OID=.;OPOS=56197232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:11:4:4:6:7:0.636364:4:2:1:3:4:3:1:3 chr1 56197287 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0849589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.745;QD=12.7823;RBI=0.0978005;REFB=-0.0277153;REVB=0.048445;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275052;STB=0.663456;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0297536;OID=.;OPOS=56197287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:8:6:7:3:8:6 chr1 57180867 . A G 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0212443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.557;QD=16.8095;RBI=0.023198;REFB=-0.0113754;REVB=0.00931796;RO=42;SAF=13;SAR=22;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105447;STB=0.559288;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0116107;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:22:13:20:22:22:13:20:22 chr1 57204360 . GA G,GG 30.18 PASS AF=0.217391,0.0869565;AO=7,2;DP=24;FAO=5,2;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3,2;FSAR=2,0;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00587372,-0.092154;FXX=0.0416493;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=12.0596,29.3008;QD=5.24849;RBI=0.0592702,0.0953984;REFB=-0.0630959,-0.0440259;REVB=-0.0589784,-0.0246678;RO=14;SAF=4,2;SAR=3,0;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.226678,0.608678;STB=0.666032,0.99558;STBP=0.427,0.094;TYPE=del,snp;VARB=0.0784425,0.0631294;OID=.,.;OPOS=57204361,57204361;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217391,0.0869565:7,2:24:5,2:23:16:3,2:2,0:6:10:21:14:4,2:3,0:5:9 chr1 57221548 . C CT 567.74 PASS AF=1;AO=11;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.7409;QD=33.8949;RBI=0.137028;REFB=0;REVB=0.11966;RO=58;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00734494;OID=.;OPOS=57221549;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:69:67:67:0:25:42:0:0:12:58:4:7:20:38 chr1 57383358 . C T 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0350868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.425;QD=26.5139;RBI=0.0365896;REFB=-0.0149933;REVB=0.0103787;RO=19;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105205;STB=0.505819;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0119085;OID=.;OPOS=57383358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:16:11:8:11:16:11:8:11 chr1 57422484 . C T 1534.01 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00631226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.143;QD=62.6128;RBI=0.023383;REFB=0.0101023;REVB=0.0225149;RO=1;SAF=40;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117088;STB=0.506172;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-6.00627e-06;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:57:40:1:0:57:40:1:0 chr1 58939634 . G A 551.41 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00323995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.905;QD=19.519;RBI=0.0170232;REFB=-0.00645846;REVB=0.016712;RO=56;SAF=31;SAR=26;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00879188;STB=0.504853;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0064091;OID=.;OPOS=58939634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:26:31:31:25:26:31:31:25 chr1 59002221 . T C 254.52 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00381756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.976;QD=15.4255;RBI=0.0378698;REFB=0.0058986;REVB=0.0376769;RO=36;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307748;STB=0.526129;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00635072;OID=.;OPOS=59002221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:12:17:20:16:12:17:20:17 chr1 59002282 . A C 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.013341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.595;QD=16.7506;RBI=0.0222697;REFB=-0.00628003;REVB=-0.0178313;RO=39;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563179;STB=0.531626;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00939211;OID=.;OPOS=59002282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:18:15:20:19:18:15:20:19 chr1 59004617 . G A 363.02 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0501189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9801;QD=15.6138;RBI=0.06793;REFB=0.0086574;REVB=-0.0458539;RO=54;SAF=15;SAR=24;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443101;STB=0.52503;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.0138112;OID=.;OPOS=59004617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:24:15:23:31:24:15:23:31 chr1 59042181 . G T 275.09 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0574997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7678;QD=20.0066;RBI=0.0582879;REFB=-0.0161269;REVB=0.00955317;RO=24;SAF=19;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166965;STB=0.577224;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0226128;OID=.;OPOS=59042181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:26:29:29:0.527273:10:19:11:13:10:19:13:13 chr1 59127086 . G A 225.31 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.00930754;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.979;QD=18.7758;RBI=0.0131346;REFB=-0.00805204;REVB=0.00926751;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373296;STB=0.709967;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0110024;OID=.;OPOS=59127086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:8:14:6:20:8:14:6:20 chr1 59142713 . T C 437.2 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00545505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.85;QD=14.2179;RBI=0.0188069;REFB=-0.00240389;REVB=0.0179984;RO=71;SAF=25;SAR=25;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955151;STB=0.560952;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00181042;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:71:73:50:50:0.406504:25:25:29:42:25:25:29:44 chr1 59147926 . T C 568.87 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00224329;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5879;QD=20.1371;RBI=0.0632413;REFB=-0.0153314;REVB=0.0632015;RO=55;SAF=31;SAR=27;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747574;STB=0.541152;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0201426;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:55:55:58:58:0.513274:27:31:34:21:27:31:34:21 chr1 59160885 . A G 249.68 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0256456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.988;QD=18.4948;RBI=0.0789307;REFB=-0.0286155;REVB=0.0746482;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165267;STB=0.592524;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0345733;OID=.;OPOS=59160885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:16:11:16:11:16:11:16:11 chr1 59248813 . G C 246.62 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.993;QD=46.9745;RBI=0.0370335;REFB=-0.150066;REVB=0.00512811;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00229822;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:20:20:0.952381:12:8:0:0:12:8:0:1 chr1 59249031 . T G 3899.66 PASS AF=1;AO=240;DP=240;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.415;QD=63.9288;RBI=0.0611985;REFB=0;REVB=0.0446157;RO=0;SAF=120;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08636e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:240:244:0:0:240:244:1:120:120:0:0:124:120:0:0 chr1 59249347 . G C 4076.03 PASS AF=1;AO=260;DP=261;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200588;FXX=0.00380214;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.258;QD=62.2295;RBI=0.0205332;REFB=-0.0879011;REVB=0.00438799;RO=1;SAF=121;SAR=139;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00392373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13857e-05;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:261:262:1:0:260:262:1:139:121:1:0:141:121:0:0 chr1 59787350 . T G 245.9 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.000726731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.743;QD=11.1774;RBI=0.023511;REFB=-0.00161354;REVB=-0.0234998;RO=58;SAF=10;SAR=20;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233233;STB=0.635567;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00447347;OID=.;OPOS=59787350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:20:10:31:27:20:10:31:27 chr1 59844471 . G A 761.37 PASS AF=0.467836;AO=80;DP=171;FAO=80;FDP=171;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.0102962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.097;QD=17.8098;RBI=0.010623;REFB=-0.00265262;REVB=0.00261463;RO=91;SAF=35;SAR=45;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107669;STB=0.559605;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00238772;OID=.;OPOS=59844471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:91:91:80:80:0.467836:45:35:50:41:45:35:50:41 chr1 60341828 . G A 591.35 PASS AF=0.41875;AO=67;DP=160;FAO=67;FDP=160;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=-0.0365989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1982;QD=14.7837;RBI=0.070173;REFB=-0.00107223;REVB=-0.0598729;RO=93;SAF=22;SAR=45;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102463;STB=0.557569;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00108019;OID=.;OPOS=60341828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:93:93:67:67:0.41875:45:22:39:54:45:22:39:54 chr1 60466814 . T C 1065.13 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.056545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6654;QD=58.3635;RBI=0.0768012;REFB=-0.0191481;REVB=-0.051972;RO=2;SAF=20;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181836;STB=0.504761;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.000545187;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:2:1:71:72:0.986301:51:20:0:2:52:20:0:1 chr1 60474375 . C T 117.71 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0246573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.406;QD=12.3909;RBI=0.0247106;REFB=-0.00600433;REVB=-0.00162282;RO=24;SAF=3;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43516;STB=0.71398;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0121529;OID=.;OPOS=60474375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:24:13:14:0.368421:10:3:15:9:10:4:15:9 chr1 60505783 . G C 321.73 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.025714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7499;QD=23.8318;RBI=0.0263296;REFB=-0.0351425;REVB=0.00566021;RO=22;SAF=8;SAR=24;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180429;STB=0.599933;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0198536;OID=.;OPOS=60505783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:24:8:10:12:24:8:10:12 chr1 60506744 . G A 491.81 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=83;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0344902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3759;QD=22.6121;RBI=0.0417545;REFB=-0.0322307;REVB=-0.0235343;RO=36;SAF=23;SAR=23;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111154;STB=0.585045;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0267263;OID=.;OPOS=60506744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:36:40:46:47:0.54023:23:23:13:23:23:24:13:27 chr1 61869783 . G A 1156.94 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210468;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6497;QD=60.8916;RBI=0.0408517;REFB=0;REVB=-0.0350128;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043274;OID=.;OPOS=61869783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:27:49:0:0:27:49:0:0 chr1 61922059 . CA AC 41.86 PASS AF=0.162791;AO=5;DP=38;FAO=7;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0772916;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=25.9617;QD=3.89432;RBI=0.0915034;REFB=-0.142355;REVB=0.0489783;RO=29;SAF=1;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378685;STB=0.629241;STBP=0.499;TYPE=mnp;VARB=-0.0281896;OID=.;OPOS=61922059;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:38:43:29:35:5:7:0.162791:4:1:15:14:5:2:15:20 chr1 62232031 . C T 2471.42 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.905;QD=61.4018;RBI=0.0310645;REFB=0;REVB=0.0199428;RO=0;SAF=71;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62376e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:90:71:0:0:90:71:0:0 chr1 62232130 . T C 571.99 PASS AF=0.465116;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=49;FWDB=-0.016892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.118;QD=17.7361;RBI=0.0193921;REFB=0.00855541;REVB=0.00952447;RO=69;SAF=24;SAR=36;SRF=20;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11368;STB=0.562894;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00971404;OID=.;OPOS=62232130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:69:69:60:60:0.465116:36:24:20:49:36:24:20:49 chr1 62257036 . A C 672.53 PASS AF=0.670588;AO=57;DP=86;FAO=57;FDP=85;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000614714;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.002;QD=31.6483;RBI=0.00488268;REFB=-0.0216887;REVB=-0.00484383;RO=28;SAF=27;SAR=30;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377925;STB=0.520439;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0103456;OID=.;OPOS=62257036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:28:28:57:57:0.670588:30:27:15:13:30:27:15:13 chr1 62318192 . G A 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.521;QD=58.1343;RBI=0.0407549;REFB=0;REVB=0.00183106;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415871;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr1 62330080 . T G 939.67 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.457;QD=56.9499;RBI=0.0468623;REFB=-0.0135712;REVB=0.0419027;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165719;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000244333;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:1:0:37:28:1:0 chr1 62380270 . C T 305.88 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0658453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.876;QD=48.9403;RBI=0.0659447;REFB=-0.00936304;REVB=0.00361952;RO=1;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225969;STB=0.512185;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00315028;OID=.;OPOS=62380270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:25:1:1:23:24:0.96:20:3:0:1:20:4:0:1 chr1 62380298 . G A 38.89 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0771237;FXX=0.0908678;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.492;QD=7.77729;RBI=0.0774209;REFB=0.000422312;REVB=-0.00677809;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110573;STB=0.555358;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00228998;OID=.;OPOS=62380298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:21:20:13:14:6:6:0.3:5:1:3:10:5:1:3:11 chr1 62456014 . G A 140.64 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0267376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.477;QD=9.3757;RBI=0.0287822;REFB=-0.0126571;REVB=-0.0106545;RO=40;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971217;STB=0.550405;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0276582;OID=.;OPOS=62456014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:41:19:19:0.316667:12:7:18:22:12:7:18:23 chr1 62516683 . G C 541.07 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.00636363;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.122;QD=16.2729;RBI=0.0256225;REFB=-0.00496831;REVB=0.0248196;RO=76;SAF=28;SAR=30;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150515;STB=0.580768;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00588724;OID=.;OPOS=62516683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:76:75:58:58:0.43609:30:28:48:28:30:28:47:28 chr1 62579823 . G A 1693.52 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4662;QD=59.9475;RBI=0.129983;REFB=0;REVB=0.126638;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010575;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:113:0:0:102:113:1:53:49:0:0:62:51:0:0 chr1 62579907 . C T 1340.69 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038253;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.187;QD=62.3577;RBI=0.056632;REFB=0;REVB=0.04176;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36379e-06;OID=.;OPOS=62579907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:84:86:1:51:33:0:0:53:33:0:0 chr1 62603421 . C T 624.08 PASS AF=0.447368;AO=68;DP=153;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0239961;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.138;QD=16.4231;RBI=0.0301341;REFB=0.00387802;REVB=-0.0182279;RO=83;SAF=33;SAR=35;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152481;STB=0.505035;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00557127;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:83:84:68:68:0.447368:35:33:39:44:35:33:40:44 chr1 62603544 . C T 415.28 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0413027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.303;QD=15.2397;RBI=0.0463289;REFB=-0.0231172;REVB=0.020987;RO=61;SAF=17;SAR=30;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21556;STB=0.625438;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0217013;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:62:47:47:0.431193:30:17:35:26:30:17:36:26 chr1 62644118 . A G 1031.9 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.696;QD=58.9657;RBI=0.0252939;REFB=0;REVB=0.0129199;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26987e-05;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:38:30:0:0:39:31:0:0 chr1 62672546 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0107976;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.099;QD=16.8984;RBI=0.0128227;REFB=-0.013272;REVB=-0.00691618;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304629;STB=0.677057;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0115794;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:3:6:3:7:3:6 chr1 62673037 . T C 138.78 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00648194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.54;QD=12.0679;RBI=0.0208364;REFB=-0.00580472;REVB=-0.0198026;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105114;STB=0.547428;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0114129;OID=.;OPOS=62673037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:9:7:10:19:9:7:11:19 chr1 62673225 . G A 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0594734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.826;QD=14.8163;RBI=0.0604259;REFB=-0.0135999;REVB=-0.0106864;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736995;STB=0.541723;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0124008;OID=.;OPOS=62673225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:14:15:23:16:14:15:23:16 chr1 62675709 . T C 70.67 PASS AF=0.244444;AO=9;DP=44;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0124207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6745;QD=6.28148;RBI=0.0646022;REFB=-0.0259211;REVB=-0.0633969;RO=34;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988057;STB=0.584332;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0990038;OID=.;OPOS=62675709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:44:45:34:34:9:11:0.244444:6:3:9:25:7:4:9:25 chr1 62675892 . A G 207.2 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0171727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4963;QD=24.3768;RBI=0.0172549;REFB=-0.0342804;REVB=0.00168188;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214461;STB=0.620128;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0246861;OID=.;OPOS=62675892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:14:6:8:6:14:6:8:6 chr1 62676091 . C A 147.07 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00162081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2258;QD=17.3024;RBI=0.0505916;REFB=-0.0183317;REVB=0.0505656;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00651334;STB=0.503727;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0218185;OID=.;OPOS=62676091;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:10:8:7:9:10:8 chr1 62713224 . C G 2252.2 PASS AF=0.962264;AO=151;DP=158;FAO=153;FDP=159;FR=.;FRO=6;FSAF=77;FSAR=76;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00566736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.47;QD=56.6592;RBI=0.0100147;REFB=-0.0939692;REVB=-0.00825684;RO=6;SAF=76;SAR=75;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000240455;STB=0.500123;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00240186;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:158:159:6:6:151:153:0.962264:75:76:3:3:76:77:3:3 chr1 62713246 . G A 633.54 PASS AF=0.4375;AO=70;DP=161;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.00340143;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0198;QD=15.8385;RBI=0.0223339;REFB=-0.0172924;REVB=0.0220734;RO=90;SAF=32;SAR=38;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990607;STB=0.555223;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0222966;OID=.;OPOS=62713246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:90:90:70:70:0.4375:38:32:50:40:38:32:50:40 chr1 62728784 . A G 1358.24 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0442;QD=62.4478;RBI=0.0651731;REFB=0;REVB=-0.064809;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000564507;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr1 62728838 . T C 1974.13 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313181;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7659;QD=62.1773;RBI=0.0417409;REFB=0;REVB=0.027595;RO=0;SAF=56;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114686;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:71:56:0:0:71:56:0:0 chr1 62728861 . T C 1937.18 PASS AF=0.985075;AO=124;DP=130;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00830798;FXX=0.0147048;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.8382;QD=57.8262;RBI=0.0174236;REFB=-0.0627161;REVB=-0.0153154;RO=3;SAF=50;SAR=74;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325969;STB=0.50192;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00121873;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:134:3:2:124:132:0.985075:74:50:1:2:82:50:1:1 chr1 62728918 . G A 1671.31 PASS AF=0.974138;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00906731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.368;QD=57.6315;RBI=0.0310543;REFB=-0.143431;REVB=0.0297011;RO=3;SAF=41;SAR=71;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196368;STB=0.510202;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000508634;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:116:3:3:112:113:0.974138:71:41:0:3:72:41:0:3 chr1 62732421 . T C 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0576516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.834;QD=26.3057;RBI=0.0634286;REFB=-0.00989375;REVB=0.0264477;RO=12;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474479;STB=0.542332;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0094277;OID=.;OPOS=62732421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:13:21:21:0.617647:9:12:6:6:9:12:6:7 chr1 62738904 . T C 2235.89 PASS AF=1;AO=140;DP=143;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000256256;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.594;QD=63.4294;RBI=0.0626164;REFB=0;REVB=0.0626158;RO=0;SAF=66;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46685e-05;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:141:0:0:140:141:1:74:66:0:0:75:66:0:0 chr1 62739198 . G A 152.76 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0317779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9495;QD=13.5787;RBI=0.136101;REFB=-0.000949025;REVB=0.132339;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107236;STB=0.562427;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00521042;OID=.;OPOS=62739198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:16:12:9:8:16:12 chr1 62740065 . A G 311.13 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00106275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.016;QD=25.9274;RBI=0.00118884;REFB=-0.000630647;REVB=-0.000532828;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045558;STB=0.520818;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000500992;OID=.;OPOS=62740065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:20:28:0.583333:8:12:11:9:14:14:11:9 chr1 62740446 . T C 829.77 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0260648;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7513;QD=52.684;RBI=0.0306966;REFB=-0.0788014;REVB=0.0162143;RO=3;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463499;STB=0.524582;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00218214;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:63:63:3:3:60:60:0.952381:29:31:0:3:29:31:0:3 chr1 62740449 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2654;QD=58.4187;RBI=0.0196642;REFB=0;REVB=0.011301;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013922;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr1 62960101 . A G 360.76 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.050168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3407;QD=17.5978;RBI=0.0501756;REFB=-0.0237423;REVB=0.000874391;RO=44;SAF=19;SAR=19;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153001;STB=0.585322;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0310887;OID=.;OPOS=62960101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:19:19:29:15:19:19:29:15 chr1 63881552 . C T 461.69 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.92;QD=57.7108;RBI=0.00508398;REFB=0;REVB=0.00300834;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014855;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:14:15:0:0:14:18:0:0 chr1 63991267 . T C 1572.98 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2379;QD=59.9232;RBI=0.0149981;REFB=0;REVB=0.0118075;RO=0;SAF=65;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50335e-05;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:40:65:0:0:40:65:0:0 chr1 64015217 . G A 575.63 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4062;QD=60.5928;RBI=0.00713942;REFB=0;REVB=0.00501834;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.81342e-07;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:23:14:0:0:24:14:0:0 chr1 64097432 . C T 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0358923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.239;QD=15.4185;RBI=0.0360739;REFB=-0.00716652;REVB=0.00361611;RO=37;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858458;STB=0.504851;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00886161;OID=.;OPOS=64097432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:12:17:22:15:12:17:22:15 chr1 64114301 . T C 727.55 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8642;QD=63.2654;RBI=0.0325284;REFB=0;REVB=0.00185511;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122869;OID=.;OPOS=64114301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr1 64121441 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.803;QD=49.5992;RBI=0.0235796;REFB=0;REVB=0.0199767;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292598;OID=.;OPOS=64121441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr1 64121569 . A C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.461;QD=63.2864;RBI=0.0319422;REFB=0;REVB=0.0122457;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161024;OID=.;OPOS=64121569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr1 64121684 . G A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00175966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.036;QD=53.9324;RBI=0.00274642;REFB=-0.0840642;REVB=0.00210866;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.001415;OID=.;OPOS=64121684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:18:12:0:0:18:12:0:1 chr1 64125544 . C T 497.76 PASS AF=0.419847;AO=52;DP=130;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00522046;FXX=0.0437924;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6618;QD=15.1988;RBI=0.029276;REFB=-0.0250244;REVB=-0.0288067;RO=75;SAF=24;SAR=28;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00540514;STB=0.521878;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0442109;OID=.;OPOS=64125544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:75:76:52:55:0.419847:28:24:35:40:31:24:36:40 chr1 64515377 . C CT 247.3 PASS AF=1;AO=5;DP=44;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562431;FXX=0.139502;HRUN=1;LEN=1;MLLD=8.49677;QD=26.7351;RBI=0.12347;REFB=0;REVB=0.109916;RO=39;SAF=0;SAR=5;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.652171;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00862893;OID=.;OPOS=64515378;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:44:37:37:0:16:21:0:0:6:39:0:5:23:16 chr1 64515379 . C T 633.14 PASS AF=1;AO=37;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6747;QD=58.8971;RBI=0.256465;REFB=0;REVB=0.253366;RO=6;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0044766;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:6:0:37:43:1:15:22:0:6:21:22:0:0 chr1 64608329 . G T 479.53 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.067;QD=58.1253;RBI=0.0173112;REFB=0;REVB=0.0114851;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92104e-05;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:20:13:0:0 chr1 64624842 . A G 442.61 PASS AF=0.608696;AO=41;DP=68;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0273822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.315;QD=25.6583;RBI=0.0281413;REFB=-0.0263302;REVB=0.00649219;RO=26;SAF=16;SAR=25;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524318;STB=0.54087;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0210907;OID=.;OPOS=64624842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:26:27:41:42:0.608696:25:16:12:14:26:16:13:14 chr1 65016349 . A T 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00203128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4169;QD=52.151;RBI=0.0722086;REFB=0.00426313;REVB=0.07218;RO=1;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238509;STB=0.512811;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000968452;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:19:8:0:1:19:8:0:1 chr1 65113568 . T C 3178.89 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961295;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9589;QD=64.2201;RBI=0.0356147;REFB=0;REVB=0.0342928;RO=0;SAF=79;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34229e-05;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:197:198:1:118:79:0:0:119:79:0:0 chr1 65158724 . C T 1033.34 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0162736;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.581;QD=58.2162;RBI=0.0173937;REFB=-0.0874468;REVB=0.00614117;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00044776;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:0:1:70:70:0.985915:33:37:0:0:33:37:1:0 chr1 65298836 . C CTGT 122.22 PASS AF=0.3;AO=14;DP=51;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=33;FWDB=-0.043482;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.049;QD=9.77791;RBI=0.0442672;REFB=-0.00727119;REVB=-0.00830042;RO=34;SAF=1;SAR=13;SRF=2;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595518;STB=0.528054;STBP=0.864;TYPE=ins;VARB=0.0167074;OID=.;OPOS=65298837;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=CTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:14:51:15:50:35:1:14:2:33:99:34:1:13:2:32 chr1 65591719 . GC G 347.37 PASS AF=1;AO=26;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0626244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.8712;QD=43.4206;RBI=0.229419;REFB=0;REVB=-0.220707;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.374101;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0109871;OID=.;OPOS=65591720;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:32:32:32:0:14:18:0:0:7:0:14:12:0:0 chr1 65690461 . G A 1329.19 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194488;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.979;QD=61.8229;RBI=0.0218612;REFB=-0.032004;REVB=0.0099828;RO=0;SAF=29;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92713e-05;OID=.;OPOS=65690461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:86:86:0:0:86:86:1:57:29:0:0:57:29:0:0 chr1 65858151 . C T 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0152915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.015;QD=58.8004;RBI=0.0273367;REFB=-0.0547619;REVB=-0.0226598;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000217846;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:37:37:0:0:37:37:1:0 chr1 65860660 . T C 1797.69 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00906256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5847;QD=59.4277;RBI=0.00906799;REFB=-0.110232;REVB=-0.000313713;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000936509;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:121:121:0:1:119:120:0.991736:60:59:0:0:61:59:0:1 chr1 65860687 . A C 1613.35 PASS AF=0.973451;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0273049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4631;QD=57.1097;RBI=0.0494018;REFB=-0.0921052;REVB=-0.0411701;RO=3;SAF=49;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111338;STB=0.505672;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00733072;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:113:3:3:109:110:0.973451:60:49:2:1:60:50:2:1 chr1 65867519 . G A 1164.61 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.009;QD=60.4991;RBI=0.0374242;REFB=0;REVB=0.0163908;RO=0;SAF=14;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40463e-05;OID=.;OPOS=65867519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:77:0:0:70:77:1:56:14:0:0:58:19:0:0 chr1 65879252 . A G 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0848974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0419;QD=53.3612;RBI=0.0893175;REFB=-0.00820149;REVB=0.0277498;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00284678;OID=.;OPOS=65879252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:0:1:15:14:0:1 chr1 65886398 . T C 1492.37 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0228123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.127;QD=58.5243;RBI=0.0425867;REFB=-0.0769126;REVB=0.0359615;RO=1;SAF=48;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978143;STB=0.505154;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000266724;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:53:48:1:0:53:48:1:0 chr1 65886448 . T C 2319.98 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00213636;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5724;QD=63.1287;RBI=0.0519789;REFB=0.0780919;REVB=-0.051935;RO=0;SAF=63;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03072e-08;STB=0.503936;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00041645;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:147:0:1:146:146:0.993197:83:63:0:0:83:63:1:0 chr1 66036441 . A G 612.97 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.716;QD=61.2967;RBI=0.046213;REFB=0;REVB=-0.0255283;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101199;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr1 66058513 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.924;QD=61.5359;RBI=0.0191492;REFB=0;REVB=-0.0025152;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14548e-05;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:51:30:0:0:51:30:0:0 chr1 66102257 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.744;QD=63.5826;RBI=0.00525226;REFB=0;REVB=-0.00446728;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34947e-05;OID=.;OPOS=66102257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr1 66226961 . T C 289.75 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.425;QD=52.681;RBI=0.0402978;REFB=0;REVB=0.0400477;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123972;OID=.;OPOS=66226961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:4:17:0:0:5:17:0:0 chr1 66831370 . G A 640.27 PASS AF=0.452055;AO=63;DP=144;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0119202;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.376;QD=17.5417;RBI=0.0160675;REFB=-0.02124;REVB=0.0107737;RO=81;SAF=26;SAR=37;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828604;STB=0.543713;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0216184;OID=.;OPOS=66831370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:81:80:63:66:0.452055:37:26:40:41:39:27:39:41 chr1 66838733 . A C 616.21 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0131922;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.791;QD=24.4044;RBI=0.0195563;REFB=-0.014938;REVB=-0.0144365;RO=43;SAF=25;SAR=34;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325176;STB=0.512149;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0084813;OID=.;OPOS=66838733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:43:42:59:59:0.584158:34:25:20:23:34:25:19:23 chr1 67266756 . T A 788.58 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000394671;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8117;QD=57.3513;RBI=0.025983;REFB=0;REVB=0.02598;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00099161;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr1 67288045 . C T 427.79 PASS AF=0.37594;AO=50;DP=133;FAO=50;FDP=133;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.00164849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.153;QD=12.8658;RBI=0.00636325;REFB=-0.00999758;REVB=0.00614601;RO=72;SAF=33;SAR=17;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160097;STB=0.554779;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0112428;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:83:50:50:0.37594:17:33:37:35:17:33:48:35 chr1 67313249 . G A 488.79 PASS AF=0.490566;AO=51;DP=105;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0137003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.717;QD=18.445;RBI=0.0298248;REFB=-0.0111581;REVB=-0.0264919;RO=54;SAF=20;SAR=31;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147706;STB=0.51219;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0138447;OID=.;OPOS=67313249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:54:54:51:52:0.490566:31:20:22:32:32:20:22:32 chr1 67390416 . G C 1730.98 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.449;QD=60.7361;RBI=0.0134307;REFB=0;REVB=0.00220555;RO=0;SAF=44;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40696e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85448e-06;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:70:44:0:0:70:44:0:0 chr1 67390468 . C G 1620.35 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.121;QD=60.0128;RBI=0.0192909;REFB=0;REVB=0.0171525;RO=0;SAF=37;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10424e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45668e-05;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:69:37:0:0:70:38:0:0 chr1 67558739 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4152;QD=61.3357;RBI=0.0136865;REFB=0;REVB=-0.00549569;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297678;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr1 67560956 . C T 2385.95 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.188;QD=61.1782;RBI=0.0405553;REFB=0;REVB=-0.0135959;RO=0;SAF=85;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20706e-05;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:155:156:1:70:85:0:0:71:85:0:0 chr1 67568351 . C T 1043.88 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.796;QD=59.6504;RBI=0.0339257;REFB=0;REVB=0.0275811;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113661;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:36:34:0:0 chr1 67579386 . A G 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3651;QD=56.9357;RBI=0.0412838;REFB=0;REVB=0.0374547;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459612;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr1 67633812 . G T 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00401199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.79;QD=23.163;RBI=0.00573955;REFB=-0.023005;REVB=-0.00410444;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118083;STB=0.505614;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0166747;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:23:26:26:0.530612:15:11:9:13:15:11:10:13 chr1 67685387 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.732;QD=60.2286;RBI=0.0349383;REFB=0;REVB=0.0348892;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103408;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr1 67733346 . G A 1024.49 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00903475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.673;QD=59.3908;RBI=0.0115761;REFB=0;REVB=-0.00723743;RO=0;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77894e-05;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:48:21:0:0:48:21:0:0 chr1 67795319 . T C 367.13 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0123267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.715;QD=14.3972;RBI=0.0125004;REFB=-0.0065772;REVB=-0.00207665;RO=59;SAF=21;SAR=21;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614413;STB=0.539197;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0103025;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:60:42:42:0.411765:21:21:26:33:21:21:26:34 chr1 67852335 . G A 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0244199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.228;QD=11.8817;RBI=0.0261346;REFB=-0.00778008;REVB=0.00931054;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263309;STB=0.501556;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149743;OID=.;OPOS=67852335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:7:8:15:13:7:8:15:13 chr1 67861520 . C A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00498715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.738;QD=23.3997;RBI=0.0121183;REFB=-0.0207895;REVB=0.0110445;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212058;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00613092;OID=.;OPOS=67861520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:2:1:3:5:2:1 chr1 68006815 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.068;QD=57.2022;RBI=0.0239865;REFB=0;REVB=0.0239392;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135708;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr1 68006894 . T C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00544951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.501;QD=19.9927;RBI=0.0378304;REFB=-0.0165513;REVB=0.0374359;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155471;STB=0.508764;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0227778;OID=.;OPOS=68006894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:14:8:8:15:14:8:8:15 chr1 68462247 . A G 561.43 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000467842;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.96;QD=60.6948;RBI=0.0125831;REFB=0;REVB=0.0125744;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208168;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 70034372 . G A 505.33 PASS AF=0.781818;AO=43;DP=55;FAO=43;FDP=55;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0210941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.744;QD=36.7511;RBI=0.0226625;REFB=-0.0459856;REVB=0.00828437;RO=12;SAF=10;SAR=33;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552674;STB=0.529802;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00473907;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:12:12:43:43:0.781818:33:10:4:8:33:10:4:8 chr1 70345344 . A G 769.84 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288481;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2709;QD=64.1536;RBI=0.0387164;REFB=0;REVB=-0.0258213;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000638765;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr1 70611346 . CA C,CG 942.56 PASS AF=0.0307692,0.969231;AO=15,50;DP=65;FAO=2,63;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000512233,-0.00451116;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=224.407,246.172;QD=58.0037;RBI=0.022508,0.066577;REFB=0,0;REVB=0.0225022,0.066424;RO=0;SAF=0,33;SAR=15,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.56458e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0505145,0.000908058;OID=.,.;OPOS=70611347,70611347;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0307692,0.969231:15,50:65:2,63:65:0:0,33:2,30:0:0:5:0:0,33:15,17:0:0 chr1 70646053 . A G 239.69 PASS AF=0.511111;AO=20;DP=42;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0406041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3176;QD=21.306;RBI=0.0509385;REFB=-0.0249156;REVB=0.0307576;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636185;STB=0.556372;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0471156;OID=.;OPOS=70646053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:21:22:20:23:0.511111:9:11:13:8:11:12:14:8 chr1 70904800 . G T 229.68 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00403652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3965;QD=11.9316;RBI=0.00769354;REFB=-0.00964757;REVB=-0.00654959;RO=48;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271543;STB=0.523563;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0288144;OID=.;OPOS=70904800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:49:28:28:0.363636:17:11:20:28:17:11:21:28 chr1 71331430 . G A 1011.81 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0541072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.797;QD=57.8176;RBI=0.0551637;REFB=-0.0997882;REVB=0.0107441;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111236;STB=0.505881;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00039622;OID=.;OPOS=71331430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:42:27:0:1:42:27:0:1 chr1 71331498 . A G 327.9 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0598283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.151;QD=50.4468;RBI=0.0979767;REFB=-0.166131;REVB=0.0775888;RO=1;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616508;STB=0.529388;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00541686;OID=.;OPOS=71331498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:7:17:0:1:8:17:0:1 chr1 71419499 . C T 788.98 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.202;QD=63.1185;RBI=0.0273137;REFB=0;REVB=0.0234809;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120393;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:28:19:0:0:30:20:0:0 chr1 72058552 . G A 1539.26 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00595688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0303;QD=58.6384;RBI=0.0393273;REFB=0.0915854;REVB=-0.0388736;RO=1;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102041;STB=0.505375;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00896176;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:46:58:0:1:46:58:0:1 chr1 74575182 . C T 1820.38 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.1;QD=60.6792;RBI=0.0230534;REFB=0;REVB=-0.00582181;RO=0;SAF=43;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90255e-05;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:120:0:0:117:120:1:74:43:0:0:77:43:0:0 chr1 74665493 . G A 742.72 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0287497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.05;QD=53.0517;RBI=0.0333022;REFB=-0.0357219;REVB=0.0168075;RO=2;SAF=14;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626725;STB=0.533321;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00253503;OID=.;OPOS=74665493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:40:14:2:0:40:14:2:0 chr1 74671519 . A G 1145.16 PASS AF=0.974684;AO=78;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0246395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.072;QD=57.983;RBI=0.0249517;REFB=0.145436;REVB=0.00393479;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129667;STB=0.500825;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000438906;OID=.;OPOS=74671519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:78:77:0.974684:36:42:0:1:36:41:1:1 chr1 74941210 . C T 1539.98 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0271398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.991;QD=61.5992;RBI=0.0283637;REFB=-0.039252;REVB=0.00824207;RO=0;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507811;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00114509;OID=.;OPOS=74941210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:0:2:98:98:0.98:63:35:0:0:63:35:0:2 chr1 74941293 . G A 1099.99 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329613;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.908;QD=59.4588;RBI=0.0336073;REFB=0;REVB=0.00655804;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178746;OID=.;OPOS=74941293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:42:31:0:0:43:31:0:0 chr1 75036812 . C T 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.403;QD=63.3366;RBI=0.027473;REFB=0;REVB=0.0235343;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27142e-05;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr1 75037857 . CCCT C 312.16 PASS AF=0.935484;AO=25;DP=28;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0952751;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=298.806;QD=40.2781;RBI=0.102361;REFB=-0.0496986;REVB=0.0374233;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.501113;STBP=0.889;TYPE=del;VARB=0.00335669;OID=.;OPOS=75037858;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.935484:25:28:29:31:2:15:14:1:1:6:0:12:13:0:0 chr1 75055419 . T C 588.46 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.18;QD=58.8455;RBI=0.0554742;REFB=-0.0617567;REVB=0.051909;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118666;OID=.;OPOS=75055419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:0:0:39:40:1:26:13:0:0:27:13:0:0 chr1 75175886 . T C 1070.9 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691026;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.514;QD=59.4944;RBI=0.0103612;REFB=0;REVB=0.00772029;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83038e-05;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:38:32:0:0:38:34:0:0 chr1 75190452 . C T 820.11 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00265175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.939;QD=55.6007;RBI=0.0300834;REFB=-0.0623011;REVB=-0.0299663;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000132761;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:26:32:0:1:26:32:0:1 chr1 75214441 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.939;QD=57.2023;RBI=0.0349006;REFB=0;REVB=0.0300087;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023634;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 75672376 . A G 2371.64 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440356;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.289;QD=61.2037;RBI=0.0440516;REFB=0;REVB=0.00118886;RO=0;SAF=64;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28103e-05;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:155:155:1:91:64:0:0:91:64:0:0 chr1 75681511 . T C 2027.21 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.699;QD=62.3757;RBI=0.0495633;REFB=0;REVB=0.0334727;RO=0;SAF=48;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165957;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:82:48:0:0:82:48:0:0 chr1 75716925 . C T 1443.13 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.207063;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.694;QD=62.7447;RBI=0.207074;REFB=0;REVB=-0.0021116;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102786;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr1 76198785 . G A 507.43 PASS AF=0.426357;AO=54;DP=128;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0245557;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.242;QD=15.7343;RBI=0.0250233;REFB=-0.0179459;REVB=0.00481502;RO=63;SAF=28;SAR=26;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102433;STB=0.523398;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0272192;OID=.;OPOS=76198785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:63:74:54:55:0.426357:26:28:32:31:26:29:36:38 chr1 76227022 . A G 219.59 PASS AF=0.448276;AO=24;DP=56;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0118301;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.017;QD=15.1443;RBI=0.0127998;REFB=0.00030653;REVB=-0.00488708;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157336;STB=0.60622;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.000458089;OID=.;OPOS=76227022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:32:32:24:26:0.448276:12:12:11:21:12:14:11:21 chr1 76253229 . T A 193.46 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00841714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.648;QD=15.1734;RBI=0.0184095;REFB=-0.00201156;REVB=-0.0163726;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192667;STB=0.618941;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00206132;OID=.;OPOS=76253229;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:29:21:22:0.431373:9:12:11:18:9:13:11:18 chr1 76257892 . A T 297.4 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00293594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.889;QD=13.3663;RBI=0.0540438;REFB=-0.00497022;REVB=-0.053964;RO=55;SAF=20;SAR=14;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867156;STB=0.549568;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00683049;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:14:20:28:27:14:20:28:27 chr1 76269460 . G A 263.8 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0166293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.947;QD=12.8682;RBI=0.01673;REFB=-0.0120687;REVB=0.00183288;RO=51;SAF=16;SAR=15;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100208;STB=0.557276;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0222914;OID=.;OPOS=76269460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:15:16:31:20:15:16:31:20 chr1 76344711 . A T 786.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.649;QD=64.1927;RBI=0.0150367;REFB=0;REVB=0.00144175;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0941e-05;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:23:25:0:0:23:26:0:0 chr1 76397972 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00136079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.219;QD=12.396;RBI=0.00517142;REFB=-0.0124821;REVB=-0.00498918;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317065;STB=0.691596;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0109278;OID=.;OPOS=76397972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:4:1:3:2:4:1 chr1 76608507 . C G 41.65 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0499165;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.001;QD=13.8821;RBI=0.0647527;REFB=-0.000622118;REVB=-0.0412463;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168827;STB=0.583063;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.000766304;OID=.;OPOS=76608507;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:12:4:6:6:6:0.5:3:3:1:3:3:3:2:4 chr1 76608532 . T G 79.98 PASS AF=0.555556;AO=8;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0470014;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.978;QD=17.7736;RBI=0.0475038;REFB=-0.00427663;REVB=-0.00689036;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211205;STB=0.65085;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00727645;OID=.;OPOS=76608532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:8:10:0.555556:3:5:3:5:3:7:3:5 chr1 77555481 . C T 256.41 PASS AF=0.518519;AO=25;DP=51;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0554879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.791;QD=18.9936;RBI=0.0555361;REFB=-0.0229438;REVB=-0.00231164;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126906;STB=0.590098;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0334325;OID=.;OPOS=77555481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:26:26:25:28:0.518519:10:15:12:14:10:18:12:14 chr1 77634948 . G A 1544.31 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00885203;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.358;QD=59.3965;RBI=0.0183668;REFB=0;REVB=0.0160929;RO=0;SAF=60;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799743;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:102:104:1:42:60:0:0:44:60:0:0 chr1 77763542 . G A 1361.13 PASS AF=0.988764;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00992379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.601;QD=61.1746;RBI=0.0251817;REFB=-0.141256;REVB=0.0231438;RO=1;SAF=39;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011992;STB=0.506328;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000201655;OID=.;OPOS=77763542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:89:1:1:85:88:0.988764:46:39:1:0:49:39:1:0 chr1 78024284 . T C 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.827;QD=63.5784;RBI=0.0231628;REFB=0;REVB=-0.00609643;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8881e-05;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr1 78024345 . C CTAT 632.47 PASS AF=0.890909;AO=47;DP=57;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00663465;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=3;MLLD=290.977;QD=45.9976;RBI=0.00870789;REFB=-0.0181127;REVB=-0.00563992;RO=7;SAF=26;SAR=21;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447499;STB=0.505616;STBP=0.8;TYPE=ins;VARB=0.00245573;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.890909:47:57:49:55:6:27:22:3:3:30:7:26:21:4:3 chr1 78111153 . A G 242.42 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0160802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.284;QD=14.9181;RBI=0.0171833;REFB=-0.00687519;REVB=0.00605753;RO=37;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797005;STB=0.52939;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0101392;OID=.;OPOS=78111153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:37:27:28:0.430769:18:9:15:22:18:10:15:22 chr1 78201745 . G T 292.36 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0397146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3927;QD=14.6178;RBI=0.0452124;REFB=0.011776;REVB=-0.0216081;RO=47;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173874;STB=0.509857;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0209758;OID=.;OPOS=78201745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:17:16:22:25:17:16:22:25 chr1 78560583 . G A 720.7 PASS AF=0.493056;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0733025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.932;QD=20.0193;RBI=0.0733386;REFB=-0.0286902;REVB=0.00230015;RO=73;SAF=37;SAR=34;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131307;STB=0.507244;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0314139;OID=.;OPOS=78560583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:73:73:71:71:0.493056:34:37:37:36:34:37:37:36 chr1 78585086 . T C 941.0 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.889;QD=57.0303;RBI=0.053897;REFB=0.0489991;REVB=0.0514171;RO=1;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160106;STB=0.508472;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000120354;OID=.;OPOS=78585086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:29:36:0:1:29:36:0:1 chr1 79093818 . A G 1339.75 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.542;QD=62.3139;RBI=0.0183945;REFB=0;REVB=-0.0177922;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06002e-05;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:43:42:0:0:44:42:0:0 chr1 79093910 . G A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00249479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.524;QD=18.4985;RBI=0.00471257;REFB=-0.041673;REVB=-0.00399805;RO=27;SAF=8;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112321;STB=0.563134;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0275836;OID=.;OPOS=79093910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:19:8:11:16:19:8:11:16 chr1 79094081 . T A 671.9 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0198836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.37;QD=52.6979;RBI=0.0208315;REFB=-0.0563857;REVB=0.00621246;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.505577;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.000235826;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:51:0:2:48:49:0.960784:30:18:0:0:31:18:1:1 chr1 79095581 . T C 509.04 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0111703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.393;QD=19.3921;RBI=0.0113948;REFB=-0.017166;REVB=0.00225105;RO=52;SAF=23;SAR=30;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110996;STB=0.56133;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0175822;OID=.;OPOS=79095581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:30:23:29:23:30:23:29:23 chr1 79392756 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.286;QD=53.9112;RBI=0.0254529;REFB=0;REVB=0.0055926;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010829;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr1 82421596 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.487;QD=58.1417;RBI=0.026342;REFB=0;REVB=0.0136196;RO=0;SAF=24;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85687e-05;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:28:32:1:4:24:0:0:7:25:0:0 chr1 82457662 . G A 1628.29 PASS AF=0.957265;AO=111;DP=116;FAO=112;FDP=117;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00934102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.303;QD=55.6679;RBI=0.0191249;REFB=0.0213972;REVB=-0.0166885;RO=5;SAF=59;SAR=52;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385457;STB=0.519996;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-4.65124e-05;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:116:117:5:5:111:112:0.957265:52:59:5:0:52:60:5:0 chr1 84335412 . C T 1129.21 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.908;QD=60.2247;RBI=0.0271437;REFB=0;REVB=0.00115572;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90381e-05;OID=.;OPOS=84335412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:49:25:0:0:50:25:0:0 chr1 84640691 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.757;QD=56.1916;RBI=0.0141122;REFB=0;REVB=0.0110058;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55235e-05;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr1 84810815 . A G 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.478;QD=56.9332;RBI=0.0379978;REFB=0;REVB=0.0136289;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22282e-05;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 84853957 . A T 1135.14 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1591;QD=60.5407;RBI=0.0628841;REFB=0;REVB=0.0580114;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616355;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr1 84880380 . T C 213.89 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0588448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9653;QD=20.8676;RBI=0.0670137;REFB=-0.0101129;REVB=0.0320646;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13768;STB=0.576855;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0137564;OID=.;OPOS=84880380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:14:7:4:16:14:7:4:16 chr1 84944989 . A G 1011.36 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00893367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4828;QD=57.792;RBI=0.0348927;REFB=-0.123392;REVB=0.0337297;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00131022;OID=.;OPOS=84944989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:27:42:0:0:27:42:1:0 chr1 85113203 . T C 1476.66 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7179;QD=62.1753;RBI=0.0337064;REFB=-0.134507;REVB=-0.00204304;RO=1;SAF=45;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104202;STB=0.505493;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00127371;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:49:45:1:0:49:45:1:0 chr1 85113229 . A G 1280.02 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204485;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9623;QD=60.9535;RBI=0.0205225;REFB=-0.101388;REVB=-0.00174119;RO=1;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104093;STB=0.505493;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000303771;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:84:1:1:83:83:0.988095:45:38:0:1:45:38:0:1 chr1 85121255 . A G 1556.49 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.084;QD=59.865;RBI=0.0204713;REFB=0;REVB=0.00765218;RO=0;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10485e-05;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:60:44:0:0:60:44:0:0 chr1 85488030 . G A 343.18 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.000566948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8714;QD=24.0828;RBI=0.0144839;REFB=-0.037653;REVB=-0.0144728;RO=23;SAF=12;SAR=22;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304886;STB=0.516769;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00993867;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:22:12:9:14:22:12:9:14 chr1 85559452 . A G 311.05 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0198426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.179;QD=17.0438;RBI=0.0204891;REFB=-0.0292901;REVB=0.00510651;RO=39;SAF=24;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19997;STB=0.612607;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0355962;OID=.;OPOS=85559452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:10:24:20:19:10:24:20:19 chr1 85624549 . C T 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.636;QD=60.0289;RBI=0.014875;REFB=0;REVB=-0.00992802;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3071e-06;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr1 85624864 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.256;QD=56.9569;RBI=0.0142855;REFB=0;REVB=0.0140184;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04222e-05;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr1 85648620 . C T 937.38 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.388;QD=58.5864;RBI=0.0209283;REFB=0;REVB=-0.000984156;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52429e-05;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr1 85648692 . C T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00531137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.498;QD=24.5163;RBI=0.0110885;REFB=-0.0166403;REVB=0.00973367;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149647;STB=0.508315;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0135155;OID=.;OPOS=85648692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:13:14:11:11:13:14:11:11 chr1 85666156 . T G 414.02 PASS AF=0.477273;AO=40;DP=86;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0203805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.72;QD=18.8192;RBI=0.0225475;REFB=0.000578386;REVB=-0.00964487;RO=45;SAF=28;SAR=12;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274068;STB=0.665447;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000493248;OID=.;OPOS=85666156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:45:46:40:42:0.477273:12:28:19:26:12:30:19:27 chr1 85724328 . C T 359.75 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0322014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2058;QD=13.8366;RBI=0.0589243;REFB=-0.00555045;REVB=-0.0493472;RO=61;SAF=24;SAR=18;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168274;STB=0.599408;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00602935;OID=.;OPOS=85724328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:62:42:42:0.403846:18:24:25:36:18:24:25:37 chr1 85741968 . G C 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00059061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.153;QD=7.08572;RBI=0.00431457;REFB=-0.00946705;REVB=-0.00427395;RO=34;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532298;STB=0.533274;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0274655;OID=.;OPOS=85741968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:7:4:11:23:7:4:11:23 chr1 86202016 . C T 1469.59 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000880577;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.414;QD=61.233;RBI=0.00531413;REFB=-0.22131;REVB=-0.00524067;RO=1;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104202;STB=0.500444;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0014227;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:1:2:94:94:0.979167:45:49:0:1:45:49:1:1 chr1 86202102 . C A 1173.06 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955635;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.404;QD=60.9383;RBI=0.0160188;REFB=0;REVB=0.0128561;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163118;OID=.;OPOS=86202102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:45:31:0:0:46:31:0:0 chr1 86282500 . T A 34.66 PASS AF=0.107143;AO=13;DP=113;FAO=12;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=100;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.0319798;FXX=0.00884877;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.5559;QD=1.23802;RBI=0.130807;REFB=-0.030328;REVB=-0.126837;RO=78;SAF=8;SAR=5;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167039;STB=0.565758;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.224482;OID=.;OPOS=86282500;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:113:112:78:100:13:12:0.107143:5:8:47:31:5:7:51:49 chr1 86487981 . G A 1547.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.614;QD=63.7944;RBI=0.0324117;REFB=0;REVB=0.0243857;RO=0;SAF=35;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52008e-05;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:61:35:0:0:62:35:0:0 chr1 86487992 . A AACAG 796.9 PASS AF=0.752941;AO=63;DP=86;FAO=64;FDP=85;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0150151;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=259.101;QD=37.5012;RBI=0.0154409;REFB=-0.0478241;REVB=0.00360119;RO=22;SAF=17;SAR=46;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200945;STB=0.613436;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0151948;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.752941:63:86:64:85:21:17:47:14:7:99:22:17:46:14:8 chr1 86590915 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.114;QD=60.2306;RBI=0.00586731;REFB=0;REVB=-0.00503034;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05857e-05;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr1 86591837 . G A 239.07 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.843;QD=50.3299;RBI=0.0726735;REFB=0;REVB=0.0726435;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886336;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr1 86818572 . T C 841.82 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0220266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.722;QD=51.8045;RBI=0.0562674;REFB=-0.167546;REVB=0.0517769;RO=3;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125948;STB=0.513919;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00105546;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:65:65:3:4:61:61:0.938462:32:29:1:2:32:29:1:3 chr1 86820267 . C T 2235.94 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.014;QD=63.431;RBI=0.0177783;REFB=0;REVB=-0.0138557;RO=0;SAF=80;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20338e-05;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:61:80:0:0:61:80:0:0 chr1 86836777 . C A 157.69 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00859792;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.516;QD=15.0182;RBI=0.0101948;REFB=-0.0104899;REVB=0.00547813;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115119;STB=0.505611;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0155424;OID=.;OPOS=86836777;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:27:25:17:17:0.404762:9:8:13:14:9:8:12:13 chr1 86838158 . C T 5334.09 PASS AF=1;AO=336;DP=337;FAO=338;FDP=338;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964793;FXX=0.00588218;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.818;QD=63.1253;RBI=0.0128049;REFB=-0.0454847;REVB=-0.00841926;RO=0;SAF=195;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129967;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:337:338:0:0:336:338:1:141:195:0:0:141:197:0:0 chr1 86847955 . G A 480.1 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=122;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=0.000666711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.288;QD=15.7411;RBI=0.00267847;REFB=-0.0136483;REVB=0.00259416;RO=69;SAF=24;SAR=29;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123778;STB=0.569055;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0167932;OID=.;OPOS=86847955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:69:53:53:0.434426:29:24:23:46:29:24:23:46 chr1 86852621 . A G 807.82 PASS AF=0.509317;AO=82;DP=161;FAO=82;FDP=161;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.00559974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.228;QD=20.07;RBI=0.00562908;REFB=-0.0445135;REVB=-0.000574004;RO=79;SAF=38;SAR=44;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105832;STB=0.558125;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0330046;OID=.;OPOS=86852621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:79:79:82:82:0.509317:44:38:46:33:44:38:46:33 chr1 86905915 . T A 581.13 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0201707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.93;QD=22.7895;RBI=0.0221202;REFB=-0.012381;REVB=-0.00907983;RO=45;SAF=29;SAR=28;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339009;STB=0.518563;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0106145;OID=.;OPOS=86905915;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:45:57:57:0.558824:28:29:21:24:28:29:21:24 chr1 86913265 . C T 350.33 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0362879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0252;QD=13.8743;RBI=0.0370315;REFB=0.000888584;REVB=-0.00738379;RO=61;SAF=22;SAR=18;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131181;STB=0.574347;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000256113;OID=.;OPOS=86913265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:61:40:40:0.39604:18:22:26:35:18:22:26:35 chr1 86920904 . A G 385.34 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00784507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.848;QD=17.9228;RBI=0.0117065;REFB=-0.0126102;REVB=0.00868891;RO=46;SAF=17;SAR=23;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931716;STB=0.552082;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0143488;OID=.;OPOS=86920904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:23:17:24:22:23:17:24:22 chr1 86939130 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.157;QD=58.2396;RBI=0.0306973;REFB=0;REVB=0.0268749;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77227e-05;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr1 86947975 . A T 1272.36 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0293074;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7466;QD=60.5884;RBI=0.0664619;REFB=-0.128799;REVB=0.0596512;RO=1;SAF=36;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129728;STB=0.506665;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00279983;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:46:36:1:0:46:37:1:0 chr1 86952324 . A G 1612.74 PASS AF=0.956897;AO=111;DP=116;FAO=111;FDP=116;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.040751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.894;QD=55.6119;RBI=0.0504319;REFB=-0.163152;REVB=0.0297108;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521364;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00453622;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:116:116:0:5:111:111:0.956897:56:55:0:0:56:55:0:5 chr1 86959173 . T C 3376.77 PASS AF=0.99095;AO=218;DP=221;FAO=219;FDP=221;FR=.;FRO=2;FSAF=127;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0106354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.529;QD=61.118;RBI=0.0157859;REFB=-0.0431419;REVB=-0.0116655;RO=1;SAF=127;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520692;STB=0.500742;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=1.24316e-05;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:221:221:1:2:218:219:0.99095:91:127:0:1:92:127:1:1 chr1 86965419 . T C 443.07 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00990606;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.304;QD=19.6919;RBI=0.0108589;REFB=-0.0275301;REVB=-0.00444803;RO=46;SAF=22;SAR=22;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039998;STB=0.522212;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0263048;OID=.;OPOS=86965419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:22:22:25:21:22:22:25:21 chr1 87031656 . A C 206.52 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00536704;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.575;QD=22.3263;RBI=0.00607162;REFB=-0.0236384;REVB=0.00283893;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264095;STB=0.501482;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0244695;OID=.;OPOS=87031656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:13:7:6:11:13:7:6:11 chr1 87045896 . TCCTACA T,TCCTACT 286.89 PASS AF=0.518519,0.037037;AO=27,3;DP=56;FAO=28,2;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16,0;FSAR=12,2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.013292,-0.0138807;FXX=0.0357079;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=276.807,194.803;QD=21.2514;RBI=0.0151126,0.014409;REFB=-0.0179053,-0.0205931;REVB=0.00719119,0.00386595;RO=24;SAF=15,1;SAR=12,2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0238106,-0.262052;STB=0.505614,0.995416;STBP=0.937,0.106;TYPE=del,snp;VARB=0.0200057,0.0266309;OID=.,.;OPOS=87045897,87045902;OREF=CCTACA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCCTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519,0.037037:27,3:56:28,2:54:24:16,0:12,2:14:10:99:24:15,1:12,2:14:10 chr1 87101375 . C G 119.54 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00883033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.686;QD=13.6614;RBI=0.0278297;REFB=-0.000134105;REVB=-0.0263916;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171518;STB=0.602361;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=4.73962e-05;OID=.;OPOS=87101375;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:21:14:14:0.4:5:9:9:10:5:9:10:11 chr1 87101649 . T C 430.99 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00956433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9079;QD=17.5915;RBI=0.0394591;REFB=-0.0147835;REVB=0.0382825;RO=54;SAF=17;SAR=27;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00261895;STB=0.501466;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0184351;OID=.;OPOS=87101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:27:17:21:33:27:17:21:33 chr1 87599697 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.478;QD=62.3508;RBI=0.0320305;REFB=0;REVB=-0.0117783;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297341;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr1 89225976 . T C 387.96 PASS AF=0.637931;AO=36;DP=57;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0392651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9548;QD=26.7562;RBI=0.0987299;REFB=0.0162369;REVB=0.0905862;RO=21;SAF=20;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856655;STB=0.540519;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00725012;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:21:21:36:37:0.637931:16:20:9:12:17:20:9:12 chr1 89271574 . T C 449.07 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00780614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.411;QD=21.3842;RBI=0.0431429;REFB=-0.0232706;REVB=0.0424308;RO=40;SAF=25;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10215;STB=0.556435;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.022885;OID=.;OPOS=89271574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:19:25:18:22:19:25:18:22 chr1 89301123 . C T 622.28 PASS AF=0.470588;AO=63;DP=135;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.00514325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5564;QD=18.3023;RBI=0.0213601;REFB=0.0141323;REVB=-0.0207316;RO=72;SAF=20;SAR=43;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765218;STB=0.54544;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0170223;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:72:72:63:64:0.470588:43:20:28:44:44:20:28:44 chr1 89322982 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.42;QD=59.0184;RBI=0.0273606;REFB=0;REVB=0.00275987;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115304;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr1 89426902 . G A 367.21 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0254667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.597;QD=19.076;RBI=0.0268377;REFB=-0.0249491;REVB=-0.00846809;RO=39;SAF=16;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610035;STB=0.533963;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0230118;OID=.;OPOS=89426902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:22:16:19:20:22:16:19:20 chr1 89474818 . A G 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0132933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.869;QD=17.9428;RBI=0.0133703;REFB=-0.00269002;REVB=0.00143217;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509427;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00342375;OID=.;OPOS=89474818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:15:13:13:15:15:13:14:15 chr1 89475135 . C T 341.05 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00597406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.24;QD=20.9875;RBI=0.00748017;REFB=-0.0182053;REVB=0.00450151;RO=30;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799084;STB=0.504422;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0125127;OID=.;OPOS=89475135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:16:19:16:14:16:19:16:14 chr1 89479758 . T C 403.0 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.000477754;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.255;QD=18.9645;RBI=0.0192302;REFB=-0.0108017;REVB=0.0192243;RO=44;SAF=16;SAR=25;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183126;STB=0.510199;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0113597;OID=.;OPOS=89479758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:25:16:18:26:25:16:18:26 chr1 89486037 . C T 300.56 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0396815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0318;QD=23.1201;RBI=0.0434987;REFB=-0.0146474;REVB=-0.0178189;RO=22;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115406;STB=0.563595;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0107936;OID=.;OPOS=89486037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:14:16:15:7:14:16:15:7 chr1 89518623 . C T 982.24 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128466;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.752;QD=59.5294;RBI=0.0128468;REFB=0;REVB=-7.84086e-05;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701525;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr1 89579941 . T C 418.02 PASS AF=0.376923;AO=49;DP=131;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=-0.0336614;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.056;QD=12.8621;RBI=0.0420527;REFB=-0.00474739;REVB=-0.025206;RO=81;SAF=30;SAR=19;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248607;STB=0.648089;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00928946;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:81:81:49:49:0.376923:19:30:31:50:19:30:30:51 chr1 89582690 . G C 763.95 PASS AF=0.509934;AO=77;DP=151;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0169281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.13;QD=20.2371;RBI=0.0176696;REFB=-0.0123683;REVB=0.00506499;RO=73;SAF=31;SAR=46;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696285;STB=0.542022;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0136855;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:73:74:77:77:0.509934:46:31:35:38:46:31:36:38 chr1 89637578 . G A 677.88 PASS AF=0.515385;AO=67;DP=130;FAO=67;FDP=130;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=49;FWDB=0.0233283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.377;QD=20.8579;RBI=0.0255429;REFB=-0.0141292;REVB=0.0104033;RO=63;SAF=25;SAR=42;SRF=14;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148827;STB=0.581373;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0162025;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:63:63:67:67:0.515385:42:25:14:49:42:25:14:49 chr1 89844035 . T C 622.94 PASS AF=0.436709;AO=69;DP=158;FAO=69;FDP=158;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=0.0121606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.662;QD=15.7706;RBI=0.0138372;REFB=-0.00088263;REVB=-0.00660224;RO=89;SAF=42;SAR=27;SRF=32;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248563;STB=0.638397;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000905489;OID=.;OPOS=89844035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:89:89:69:69:0.436709:27:42:32:57:27:42:32:57 chr1 89847372 . G T 1162.67 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.327;QD=60.3982;RBI=0.0593877;REFB=0;REVB=0.0039125;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25037e-05;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:45:31:0:0:45:32:0:0 chr1 89847411 . C T 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.435;QD=57.1741;RBI=0.0438316;REFB=0;REVB=0.0226634;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281341;OID=.;OPOS=89847411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:37:14:0:0:37:14:0:0 chr1 89847444 . A G 631.3 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.947;QD=61.5906;RBI=0.0179121;REFB=0;REVB=0.0156306;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211405;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr1 89849268 . T C 246.88 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0236059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4769;QD=17.9549;RBI=0.0720052;REFB=-0.00267556;REVB=0.0680258;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888254;STB=0.549892;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00324048;OID=.;OPOS=89849268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:17:10:13:15:17:10:13:15 chr1 89849742 . A T 747.54 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.624;QD=63.6205;RBI=0.0445156;REFB=0;REVB=0.0414953;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145142;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr1 90048248 . C T 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00590065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.06;QD=18.1942;RBI=0.010772;REFB=-0.024542;REVB=-0.0090121;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218413;STB=0.512188;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0219584;OID=.;OPOS=90048248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:20:14:14:22:20:14:14:22 chr1 90171832 . C CT 431.22 PASS AF=1;AO=5;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312016;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.8817;QD=36.6991;RBI=0.23226;REFB=0;REVB=-0.230155;RO=43;SAF=0;SAR=5;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.691218;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0194364;OID=.;OPOS=90171833;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:48:47:47:0:30:17:0:0:8:43:0:5:30:13 chr1 90171835 . C T 765.5 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6789;QD=63.7916;RBI=0.0246357;REFB=0;REVB=-0.0240796;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193767;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr1 90178743 . A G 613.4 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0881575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7983;QD=61.3397;RBI=0.110192;REFB=0;REVB=-0.0661096;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312447;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:25:15:0:0 chr1 90179532 . A G 140.39 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0162007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.464;QD=13.0599;RBI=0.016572;REFB=-0.0186579;REVB=0.00348838;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870561;STB=0.550956;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0336716;OID=.;OPOS=90179532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:14:13:9:7:14:13 chr1 90180528 . TG AA,TA 367.51 PASS AF=0,0.513158;AO=3,31;DP=77;FAO=0,39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=0,22;FSAR=0,17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00765392,-0.0226714;FXX=0.0129853;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=186.852,123.089;QD=19.3426;RBI=0.00766631,0.0316747;REFB=0.000812287,0.0147915;REVB=-0.000435758,-0.02212;RO=37;SAF=3,17;SAR=0,14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.479162,-0.0453536;STB=0.5,0.515144;STBP=1,0.785;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0212919;OID=.,.;OPOS=90180528,90180529;OREF=TG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:77:76:37:37:3,31:0,39:0,0.513158:0,14:3,17:22:15:0,17:0,22:22:15 chr1 90486412 . T G 1781.89 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0186497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.189;QD=58.4226;RBI=0.023253;REFB=-0.0321249;REVB=0.0138885;RO=2;SAF=53;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175839;STB=0.5055;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.000376331;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:122:122:2:3:119:119:0.97541:66:53:2:0:66:53:2:1 chr1 90493026 . G A 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0926804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0887;QD=53.2716;RBI=0.0936585;REFB=0;REVB=0.0135006;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291511;OID=.;OPOS=90493026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:21:2:0:0:21:2:0:0 chr1 91123464 . G A 288.92 PASS AF=0.402439;AO=31;DP=81;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.0346659;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0752;QD=14.0939;RBI=0.0364652;REFB=-0.012692;REVB=-0.011313;RO=49;SAF=8;SAR=23;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377773;STB=0.51236;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0204393;OID=.;OPOS=91123464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:49:49:31:33:0.402439:23:8:14:35:23:10:14:35 chr1 91728053 . G A 726.82 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00195992;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.989;QD=57.0054;RBI=0.0053673;REFB=0;REVB=0.00499666;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46997e-06;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr1 91781413 . T G 634.96 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.0280685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.299;QD=19.9988;RBI=0.0313996;REFB=-0.0184784;REVB=0.0140745;RO=63;SAF=30;SAR=34;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134632;STB=0.574133;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0141335;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:63:64:64:0.503937:34:30:39:24:34:30:39:24 chr1 91782011 . G A 616.27 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0219654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.551;QD=17.3596;RBI=0.0220882;REFB=-0.0141313;REVB=-0.00232606;RO=78;SAF=30;SAR=34;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308801;STB=0.51719;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0129892;OID=.;OPOS=91782011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:78:78:64:64:0.450704:34:30:39:39:34:30:39:39 chr1 91784887 . G A 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.018163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.569;QD=15.1108;RBI=0.018561;REFB=-0.000187602;REVB=0.00382332;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817751;STB=0.546187;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000262701;OID=.;OPOS=91784887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:16:13:14:24:16:13:14:24 chr1 91851253 . T C 734.24 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285779;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.009;QD=61.1869;RBI=0.0312201;REFB=-0.0416472;REVB=0.0125698;RO=1;SAF=16;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284823;STB=0.515145;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=9.89198e-05;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:31:16:1:0:31:16:1:0 chr1 91853111 . A C 6729.59 PASS AF=0.975717;AO=434;DP=452;FAO=442;FDP=453;FR=.;FRO=11;FSAF=264;FSAR=178;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0485182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.651;QD=59.4224;RBI=0.0524781;REFB=0.022469;REVB=0.0199983;RO=3;SAF=257;SAR=177;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00802055;STB=0.503285;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00350634;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:452:453:3:11:434:442:0.975717:177:257:0:3:178:264:8:3 chr1 91859795 . T C 1557.73 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=109;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0458994;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0985;QD=57.6936;RBI=0.067674;REFB=-0.16023;REVB=0.0497295;RO=1;SAF=39;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120121;STB=0.512498;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00322363;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:108:1:2:105:106:0.981481:66:39:1:0:67:39:2:0 chr1 91980447 . A G 1249.52 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000514738;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.048;QD=58.1173;RBI=0.013602;REFB=-0.157418;REVB=-0.0135923;RO=3;SAF=45;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030529;STB=0.516125;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=9.03411e-05;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:3:3:83:83:0.965116:38:45:3:0:38:45:3:0 chr1 92108899 . C T 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00865845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.143;QD=13.4591;RBI=0.0107787;REFB=0.00459572;REVB=-0.00641955;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305373;STB=0.676099;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00689184;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:19:7:9:7:19:7 chr1 92174260 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.372;QD=59.1431;RBI=0.0100476;REFB=0;REVB=-0.00326391;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95558e-06;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr1 92185657 . C T 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00437659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.575;QD=16.2727;RBI=0.00864137;REFB=0.00173406;REVB=0.00745108;RO=39;SAF=23;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290804;STB=0.664385;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00202022;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:9:23:17:22:9:23:17:22 chr1 92262874 . T C 1228.25 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.582;QD=61.4124;RBI=0.0412433;REFB=0;REVB=0.0126182;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52276e-05;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:80:0:0:76:80:1:45:31:0:0:45:35:0:0 chr1 92295565 . C T 651.04 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0369769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.667;QD=54.2533;RBI=0.0410086;REFB=-0.0563739;REVB=0.0177317;RO=3;SAF=16;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387173;STB=0.534121;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000838056;OID=.;OPOS=92295565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:3:4:44:44:0.916667:28:16:2:1:28:16:3:1 chr1 92327045 . G A 218.98 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0170131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5604;QD=23.6733;RBI=0.0638101;REFB=0.00511123;REVB=-0.0615003;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198455;STB=0.610583;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00612408;OID=.;OPOS=92327045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:5:11:9:12:5:11 chr1 92428495 . C A 2050.68 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000848567;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.056;QD=62.6162;RBI=0.0129751;REFB=0;REVB=0.0129473;RO=0;SAF=57;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46236e-06;OID=.;OPOS=92428495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:73:57:0:0:74:57:0:0 chr1 92457843 . C T 2015.28 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00706652;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.857;QD=61.5351;RBI=0.00824189;REFB=-0.102844;REVB=0.00424183;RO=1;SAF=54;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621273;STB=0.503267;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=6.53116e-05;OID=.;OPOS=92457843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:131:1:1:130:130:0.992366:76:54:0:1:76:54:0:1 chr1 92646021 . G A 586.4 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.009;QD=60.1431;RBI=0.0211673;REFB=0;REVB=-0.000893155;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64945e-05;OID=.;OPOS=92646021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:22:15:0:0:22:17:0:0 chr1 92647223 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.455;QD=44.6898;RBI=0.0212422;REFB=0;REVB=0.0147396;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90062e-06;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr1 92647532 . C A 851.09 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157121;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9175;QD=57.7009;RBI=0.0168041;REFB=0;REVB=0.00595874;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92778e-05;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:35:24:0:0 chr1 92889408 . C T 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4806;QD=60.6086;RBI=0.0716221;REFB=0;REVB=-0.0698887;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410346;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr1 92946479 . G A 203.46 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0317177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9919;QD=30.1425;RBI=0.0410752;REFB=-0.0478395;REVB=0.026099;RO=8;SAF=15;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311393;STB=0.517223;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0258009;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:4:15:6:2:4:15:6:2 chr1 92974590 . GTTTTG GTTTG,GTTTTA 862.1 PASS AF=0.336207,0.456897;AO=37,48;DP=118;FAO=39,53;FDP=116;FR=.;FRO=24;FSAF=0,28;FSAR=39,25;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0846009,-0.0131614;FXX=0.025208;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=13.9601,166.103;QD=29.7275;RBI=0.0909989,0.0230443;REFB=-0.0713411,-0.0253906;REVB=-0.0335185,-0.0189161;RO=26;SAF=0,25;SAR=37,23;SRF=19;SRR=7;SSEN=0.377358,0;SSEP=0.316456,0;SSSB=-0.878399,-0.137117;STB=0.999634,0.569845;STBP=0,0.086;TYPE=del,snp;VARB=0.0636284,0.0144517;OID=.,.;OPOS=92974591,92974595;OREF=T,G;OALT=-,A;OMAPALT=GTTTG,GTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.336207,0.456897:37,48:118:39,53:116:24:0,28:39,25:18:6:99:26:0,25:37,23:19:7 chr1 92978272 . ACT ACTA,CTA 30.81 PASS AF=0.137931,0.0689655;AO=5,2;DP=30;FAO=4,2;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1,2;FSAR=3,0;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=-0.0356426,-0.0367506;FXX=0.0333222;HRUN=0,4;LEN=1,3;MLLD=219.688,218.903;QD=4.24988;RBI=0.0389698,0.0398066;REFB=-0.00133748,-0.00179796;REVB=-0.015756,-0.0152958;RO=22;SAF=1,2;SAR=4,0;SRF=1;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.420645,0.811415;STB=0.805712,0.998793;STBP=0.837,0.005;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0502234,0.166487;OID=.,.;OPOS=92978275,92978272;OREF=-,ACT;OALT=A,CTA;OMAPALT=ACTA,CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:30:29:22:23:5,2:4,2:0.137931,0.0689655:4,0:1,2:1:21:3,0:1,2:1:22 chr1 92979124 . G A 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0745066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0085;QD=24.0302;RBI=0.0982572;REFB=-0.0315059;REVB=-0.0640567;RO=9;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864865;STB=0.548325;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0251441;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:5:10:7:2:5:10:7:2 chr1 92979354 . A G 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0419847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.28;QD=18.4899;RBI=0.0420049;REFB=0.00278889;REVB=-0.00130025;RO=26;SAF=4;SAR=18;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046551;STB=0.526293;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00350863;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:18:4:4:22:18:4:4:22 chr1 93089823 . T C 252.84 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0186547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6852;QD=19.0819;RBI=0.043856;REFB=-0.0270375;REVB=-0.0396907;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825649;STB=0.546196;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0258999;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:16:11:13:13:16:11:13:13 chr1 93306317 . G A 351.09 PASS AF=0.422222;AO=37;DP=89;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0111023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3453;QD=15.6041;RBI=0.0210937;REFB=-0.0293397;REVB=0.0179355;RO=50;SAF=19;SAR=18;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00661159;STB=0.511105;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.023216;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:50:52:37:38:0.422222:18:19:26:24:19:19:27:25 chr1 93307908 . T A 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0212147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8037;QD=13.2868;RBI=0.0476427;REFB=-0.00858534;REVB=-0.0426587;RO=41;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602745;STB=0.534495;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00687451;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:16:11:19:22:16:11:19:22 chr1 93440474 . T C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00181758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.589;QD=12.6376;RBI=0.00479652;REFB=-0.0230204;REVB=-0.00443881;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188234;STB=0.611472;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0358469;OID=.;OPOS=93440474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:11:10:4:9:11:10 chr1 93580581 . G C 1396.79 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000462804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.494;QD=62.777;RBI=0.0387428;REFB=0;REVB=0.03874;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26069e-05;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:42:46:0:0:43:46:0:0 chr1 93581024 . T C 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0256963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.494;QD=17.2469;RBI=0.0272555;REFB=-0.00548919;REVB=0.00908628;RO=27;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210477;STB=0.620794;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0103658;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:6:15:14:13:6:15:14:13 chr1 93603183 . C CAT,T 404.86 PASS AF=0.5,0.203704;AO=27,11;DP=57;FAO=27,11;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=12,9;FSAR=15,2;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0273277,-0.0261684;FXX=0.0526223;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=142.113,61.8938;QD=29.9895;RBI=0.0336657,0.100939;REFB=-0.0406604,-0.0102648;REVB=-0.0196616,-0.0974879;RO=19;SAF=12,9;SAR=15,2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.13908,0.259998;STB=0.589678,0.611425;STBP=0.121,0.446;TYPE=ins,snp;VARB=0.0271334,0.00684615;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:19:16:27,11:27,11:0.5,0.203704:15,2:12,9:12:7:15,2:12,9:11:5 chr1 93617546 . T C 759.22 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9997;QD=55.2158;RBI=0.123773;REFB=-0.0896062;REVB=0.109588;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00477478;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:23:32:0:0 chr1 93620393 . G A 93.53 PASS AF=0.375;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0122489;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.409;QD=11.691;RBI=0.0179244;REFB=-0.00467823;REVB=-0.0130862;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198379;STB=0.539931;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.015917;OID=.;OPOS=93620393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:33:32:19:20:11:12:0.375:9:2:6:13:9:3:6:14 chr1 93646207 . T C 94.59 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0258925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2594;QD=21.0209;RBI=0.070927;REFB=0.0161701;REVB=-0.066032;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110704;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.018848;OID=.;OPOS=93646207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:2:5:8:3:2:5 chr1 93646433 . T C 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00391324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.718;QD=17.4545;RBI=0.00970425;REFB=-0.0285048;REVB=-0.00888026;RO=29;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228415;STB=0.512811;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0383505;OID=.;OPOS=93646433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:19:8:8:21:19:8:8:21 chr1 93672688 . C T 198.89 PASS AF=0.4;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.000869289;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.067;QD=13.2592;RBI=0.00500183;REFB=-0.00813888;REVB=-0.00492571;RO=33;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115764;STB=0.576858;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0124791;OID=.;OPOS=93672688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:36:23:24:0.4:8:15:18:15:9:15:18:18 chr1 93672723 . A C 1231.19 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206416;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=113.013;QD=60.058;RBI=0.0405902;REFB=0.102087;REVB=0.0349498;RO=1;SAF=43;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108852;STB=0.505746;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000152656;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:38:43:1:0:38:43:1:0 chr1 93720070 . C G 145.31 PASS AF=0.307692;AO=18;DP=66;FAO=20;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0100277;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.113;QD=8.94182;RBI=0.0349787;REFB=-0.00747511;REVB=-0.0335105;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774132;STB=0.615275;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0114679;OID=.;OPOS=93720070;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:29:45:18:20:0.307692:8:10:14:15:10:10:15:30 chr1 93851295 . T C 775.25 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0281546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.292;QD=53.4656;RBI=0.0320999;REFB=-0.007062;REVB=0.0154183;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295315;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:28:28:1:1:28:28:1:1 chr1 94341267 . A G 899.69 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143749;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.003;QD=56.2306;RBI=0.016031;REFB=-0.0915586;REVB=0.00709609;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145288;STB=0.50769;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000256285;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:64:64:1:1:63:63:0.984375:32:31:0:1:32:31:0:1 chr1 94342564 . C A 905.99 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0523947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.933;QD=56.6244;RBI=0.0525013;REFB=-0.0970304;REVB=-0.003345;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000509613;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:33:30:0:0:33:30:0:1 chr1 94343023 . A G 1109.66 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.233;QD=59.9818;RBI=0.0261083;REFB=0;REVB=0.0152139;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6004e-05;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:34:39:0:0:35:39:0:0 chr1 94343233 . T C 1713.25 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.521;QD=60.6461;RBI=0.0122959;REFB=0;REVB=0.0118317;RO=0;SAF=71;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16085e-06;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:41:71:0:0:42:71:0:0 chr1 94344716 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.254;QD=56.9383;RBI=0.066826;REFB=0;REVB=0.0516772;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129794;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 94466659 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0274085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.883;QD=16.898;RBI=0.0362596;REFB=0.00118929;REVB=-0.0237388;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130908;STB=0.576311;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00270957;OID=.;OPOS=94466659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:4:5:7:3:4:5 chr1 94467221 . G A 578.77 PASS AF=0.371585;AO=68;DP=183;FAO=68;FDP=183;FR=.;FRO=115;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=73;FWDB=-0.0221235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.069;QD=12.6506;RBI=0.0250687;REFB=-0.0141711;REVB=0.0117896;RO=113;SAF=30;SAR=38;SRF=42;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786403;STB=0.548947;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0364287;OID=.;OPOS=94467221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:113:115:68:68:0.371585:38:30:42:71:38:30:42:73 chr1 94467238 . G A 619.25 PASS AF=0.365482;AO=71;DP=197;FAO=72;FDP=197;FR=.;FRO=125;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=82;FWDB=0.0074081;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.297;QD=12.5735;RBI=0.00762041;REFB=-0.00825561;REVB=-0.00178624;RO=124;SAF=34;SAR=37;SRF=43;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149807;STB=0.590672;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0166553;OID=.;OPOS=94467238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:124:125:71:72:0.365482:37:34:43:81:37:35:43:82 chr1 94467407 . C T 385.84 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0113298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.875;QD=17.946;RBI=0.0139302;REFB=-0.0177638;REVB=0.00810465;RO=46;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902918;STB=0.543817;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0204399;OID=.;OPOS=94467407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:46:46:39:40:0.465116:21:18:17:29:22:18:17:29 chr1 94467447 . G A 322.68 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0305182;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.661;QD=18.9811;RBI=0.0305525;REFB=-0.0204426;REVB=0.0014479;RO=35;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126346;STB=0.576807;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0292251;OID=.;OPOS=94467447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:34:34:34:0.5:22:12:17:18:22:12:17:17 chr1 94471075 . A G 477.36 PASS AF=0.693548;AO=42;DP=61;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00272427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5376;QD=30.7977;RBI=0.00425092;REFB=-0.00532828;REVB=0.00326323;RO=19;SAF=16;SAR=26;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863949;STB=0.54123;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00172114;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:19:19:42:43:0.693548:26:16:10:9:26:17:10:9 chr1 94564483 . C T 470.83 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0467969;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.868;QD=15.5647;RBI=0.0468281;REFB=-0.0112717;REVB=-0.00170907;RO=67;SAF=25;SAR=27;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484043;STB=0.534618;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0173596;OID=.;OPOS=94564483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:121:67:69:52:52:0.429752:27:25:29:38:27:25:29:40 chr1 94578548 . T C 552.65 PASS AF=1;AO=29;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.467;QD=59.746;RBI=0.0546626;REFB=0;REVB=-0.0118776;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415959;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:29:37:1:19:10:0:0:25:12:0:0 chr1 94639336 . GA G,GG 235.32 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,16;DP=18;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063072,0.00591931;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=330.379,348.14;QD=49.5401;RBI=0.00637252,0.0076813;REFB=0,0;REVB=0.000910037,0.00489532;RO=0;SAF=1,11;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.36667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0105716,0.00238706;OID=.,.;OPOS=94639337,94639337;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:2,16:18:1,18:19:0:0,12:1,6:0:0:7:0:1,11:1,5:0:0 chr1 94639447 . C T 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.934;QD=52.1523;RBI=0.0707549;REFB=-0.00910054;REVB=-0.0677359;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.000137167;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:1:0:15:12:1:0 chr1 95001600 . A C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.736;QD=61.0491;RBI=0.019138;REFB=0;REVB=0.00842688;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12993e-05;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr1 95330372 . G A 1577.44 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105364;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.16;QD=64.3854;RBI=0.0107377;REFB=0;REVB=-0.00206932;RO=0;SAF=36;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357489;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:98:0:0:98:98:1:62:36:0:0:62:36:0:0 chr1 95709821 . T C 872.1 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2066;QD=57.187;RBI=0.0683531;REFB=0;REVB=0.05654;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274783;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:27:32:0:0:27:34:0:0 chr1 95709939 . T G 586.02 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0124475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.819;QD=23.4408;RBI=0.0128807;REFB=-0.0414452;REVB=0.00331231;RO=46;SAF=22;SAR=32;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788974;STB=0.54338;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.026985;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:32:22:23:23:32:22:23:23 chr1 97189091 . G A 950.35 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4505;QD=55.9032;RBI=0.0149132;REFB=-0.0895656;REVB=-0.0104586;RO=2;SAF=37;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341496;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0159768;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:2:1:66:67:0.985294:29:37:1:1:29:38:0:1 chr1 97272456 . A G 535.94 PASS AF=0.491228;AO=54;DP=113;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00018009;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.925;QD=18.8048;RBI=0.00727791;REFB=-0.00835473;REVB=0.00727568;RO=58;SAF=21;SAR=33;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090033;STB=0.546959;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00773363;OID=.;OPOS=97272456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:58:58:54:56:0.491228:33:21:28:30:34:22:28:30 chr1 97981395 . T C 484.78 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0125577;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.872;QD=20.8508;RBI=0.0158535;REFB=-0.00728697;REVB=0.00967666;RO=46;SAF=26;SAR=21;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00876801;STB=0.504852;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00846749;OID=.;OPOS=97981395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:46:46:47:47:0.505376:21:26:25:21:21:26:25:21 chr1 98293683 . G A 201.7 PASS AF=0.5;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0298304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.488;QD=20.17;RBI=0.0496001;REFB=-0.0137902;REVB=0.0396273;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132178;STB=0.5999;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0173224;OID=.;OPOS=98293683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:20:20:20:0.5:12:8:10:8:12:8:12:8 chr1 98348885 . G A 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.276;QD=64.285;RBI=0.0395507;REFB=0;REVB=0.0379907;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3227e-05;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:57:43:0:0:57:43:0:0 chr1 99127392 . T C 594.34 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.161;QD=60.958;RBI=0.0473765;REFB=0;REVB=0.0327675;RO=0;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16875e-05;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:9:30:0:0:9:30:0:0 chr1 99156634 . T A 711.37 PASS AF=0.477987;AO=74;DP=159;FAO=76;FDP=159;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.0396197;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.813;QD=17.896;RBI=0.0396802;REFB=-0.0122062;REVB=0.00218982;RO=82;SAF=34;SAR=40;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312964;STB=0.514101;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0121349;OID=.;OPOS=99156634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:82:83:74:76:0.477987:40:34:35:47:41:35:36:47 chr1 99225627 . G A 505.77 PASS AF=0.408759;AO=56;DP=137;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=55;FSRR=26;FWDB=0.0110979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.916;QD=14.7669;RBI=0.0132727;REFB=-0.00327386;REVB=-0.00728014;RO=80;SAF=27;SAR=29;SRF=54;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201285;STB=0.615544;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00342257;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:80:81:56:56:0.408759:29:27:54:26:29:27:55:26 chr1 99753631 . G A 432.26 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.00517081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.751;QD=13.5082;RBI=0.00551316;REFB=-0.00480998;REVB=-0.0019125;RO=78;SAF=25;SAR=25;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967001;STB=0.554666;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00959174;OID=.;OPOS=99753631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:78:50:50:0.390625:25:25:32:46:25:25:32:46 chr1 100152282 . C T 422.68 PASS AF=0.418803;AO=48;DP=115;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0110956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.146;QD=14.4506;RBI=0.0191169;REFB=-0.00894212;REVB=-0.0155673;RO=67;SAF=26;SAR=22;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663377;STB=0.546769;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0102109;OID=.;OPOS=100152282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:67:68:48:49:0.418803:22:26:32:35:22:27:32:36 chr1 100203648 . C T 1608.28 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959012;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5292;QD=60.1226;RBI=0.00969553;REFB=0;REVB=0.00142584;RO=0;SAF=38;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540129;OID=.;OPOS=100203648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:69:38:0:0:69:38:0:0 chr1 100203693 . G A 1798.25 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245555;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4974;QD=60.9576;RBI=0.0035132;REFB=0;REVB=0.00251254;RO=0;SAF=40;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.2842e-05;OID=.;OPOS=100203693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:118:118:0:0:118:118:1:78:40:0:0:78:40:0:0 chr1 100327026 . C T 213.54 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00689839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.662;QD=16.1165;RBI=0.00706569;REFB=-0.00773339;REVB=0.00152847;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569455;STB=0.532257;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0163203;OID=.;OPOS=100327026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:15:14:13:11:15:14 chr1 100336361 . C T 466.41 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00552729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.371;QD=19.8472;RBI=0.0225255;REFB=-0.0128463;REVB=-0.0218369;RO=45;SAF=21;SAR=25;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186153;STB=0.585363;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0120284;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:48:46:46:0.489362:25:21:30:15:25:21:30:18 chr1 100598866 . GC AT 1032.96 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600373;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=2;MLLD=287.246;QD=59.8818;RBI=0.0271338;REFB=0;REVB=0.0264612;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.08262e-05;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr1 100672060 . T C 1896.67 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.042;QD=61.6805;RBI=0.0356464;REFB=0;REVB=0.0260566;RO=0;SAF=52;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11878e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:70:52:0:0:70:53:0:0 chr1 101005855 . T C 456.18 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0230058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.879;QD=20.2749;RBI=0.0244371;REFB=-0.0178278;REVB=0.00824032;RO=45;SAF=14;SAR=31;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152568;STB=0.584866;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.016361;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:31:14:21:24:31:14:21:24 chr1 101006577 . A G 389.89 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0437488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.627;QD=29.426;RBI=0.0438297;REFB=-0.0395439;REVB=0.00266076;RO=17;SAF=13;SAR=23;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138649;STB=0.575583;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0136916;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:17:36:36:0.679245:23:13:10:7:23:13:10:7 chr1 101007055 . C T 337.57 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0116648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.024;QD=20.1535;RBI=0.0227588;REFB=-0.020209;REVB=-0.0195422;RO=32;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957787;STB=0.553052;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0167815;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:18:17:12:20:18:17:12:20 chr1 101203827 . G A 1501.12 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119957;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.27;QD=60.0446;RBI=0.0151421;REFB=0;REVB=0.0092405;RO=0;SAF=34;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286904;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:101:100:1:67:34:0:0:66:34:0:0 chr1 103352451 . A G 1434.67 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4346;QD=63.0626;RBI=0.020395;REFB=0;REVB=-0.0021829;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88681e-05;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:89:91:1:52:37:0:0:53:38:0:0 chr1 103354138 . A G 1877.1 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.443;QD=61.5444;RBI=0.00641442;REFB=0;REVB=-0.00191522;RO=0;SAF=63;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80428e-06;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:59:63:0:0:59:63:0:0 chr1 103354428 . A C,G 1563.16 PASS AF=0.037037,0.953704;AO=4,103;DP=108;FAO=4,103;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=0,49;FSAR=4,54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115198,0.0124323;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.8384,127.005;QD=57.8948;RBI=0.0203497,0.016685;REFB=-0.0898596,-0.14789;REVB=-0.0167751,0.0111278;RO=1;SAF=0,49;SAR=4,54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.00870632;STB=0.5,0.504586;STBP=1,0.464;TYPE=snp,snp;VARB=0.112378,0.00156342;OID=.,.;OPOS=103354428,103354428;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:108:108:1:1:4,103:4,103:0.037037,0.953704:4,54:0,49:0:1:4,54:0,49:0:1 chr1 103379918 . G A 1227.24 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0823128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8734;QD=61.3618;RBI=0.0853857;REFB=0;REVB=0.0227009;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462112;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr1 103444679 . T G 1338.42 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0491887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.926;QD=58.8315;RBI=0.049366;REFB=-0.0369624;REVB=0.00418043;RO=3;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388947;STB=0.520543;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000406229;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:91:3:3:88:88:0.967033:35:53:0:3:35:53:0:3 chr1 103471456 . CCAT C 947.89 PASS AF=0.615385;AO=128;DP=263;FAO=120;FDP=195;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=114;FSRF=15;FSRR=60;FWDB=-0.0227233;FXX=0.442844;HRUN=2;LEN=3;MLLD=226.757;QD=19.4438;RBI=0.0241025;REFB=-0.0183263;REVB=-0.00803619;RO=4;SAF=53;SAR=75;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198443;STB=0.696292;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0142417;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:128:263:120:195:75:6:114:15:60:99:4:53:75:3:1 chr1 107979396 . A C 3092.13 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000954119;FXX=0.00497488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.657;QD=61.8425;RBI=0.0263251;REFB=0;REVB=0.0263078;RO=0;SAF=112;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27095e-05;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:200:200:1:88:112:0:0:88:112:0:0 chr1 108023589 . A C 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0378349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.156;QD=12.3946;RBI=0.0389962;REFB=-0.0169418;REVB=0.00944557;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272583;STB=0.605119;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0326957;OID=.;OPOS=108023589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:24:14:14:0.368421:7:7:5:16:7:7:8:16 chr1 108113526 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.911;QD=39.2064;RBI=0.0724306;REFB=0;REVB=0.0303304;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00340502;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 108113856 . G A 347.93 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0462135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.768;QD=14.8056;RBI=0.0492863;REFB=-0.0161494;REVB=-0.0171303;RO=56;SAF=19;SAR=19;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563255;STB=0.531898;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0302612;OID=.;OPOS=108113856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:19:19:31:25:19:19:31:25 chr1 108113865 . G A 333.17 PASS AF=0.389474;AO=36;DP=94;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0234522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.378;QD=14.0284;RBI=0.0286235;REFB=-0.00241543;REVB=-0.0164104;RO=58;SAF=17;SAR=19;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858106;STB=0.539751;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00661035;OID=.;OPOS=108113865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:58:58:36:37:0.389474:19:17:32:26:19:18:32:26 chr1 108115145 . T C 935.07 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.866;QD=57.5428;RBI=0.0985795;REFB=0;REVB=0.095268;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145145;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00793665;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:65:1:0:58:65:1:32:26:0:1:39:26:0:0 chr1 108185301 . C G 608.54 PASS AF=0.530435;AO=61;DP=115;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00746592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.018;QD=21.1667;RBI=0.017323;REFB=0.00144694;REVB=-0.0156316;RO=54;SAF=37;SAR=24;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186315;STB=0.602366;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00506969;OID=.;OPOS=108185301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:54:61:61:0.530435:24:37:21:33:24:37:21:33 chr1 108185309 . G A 570.05 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00399699;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.634;QD=19.0017;RBI=0.0140462;REFB=-0.00169107;REVB=-0.0134655;RO=60;SAF=34;SAR=25;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145422;STB=0.576245;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00153006;OID=.;OPOS=108185309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:61:59:59:0.491667:25:34:25:35:25:34:26:35 chr1 108313258 . C T 798.09 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0245247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.744;QD=52.3338;RBI=0.0331954;REFB=-0.0173965;REVB=0.0223712;RO=3;SAF=34;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240348;STB=0.512757;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00267399;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:3:3:58:58:0.95082:24:34:1:2:24:34:1:2 chr1 108771721 . T C 42.84 PASS AF=0.0872483;AO=12;DP=148;FAO=13;FDP=149;FR=.;FRO=136;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=77;FWDB=-0.0519191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.887;QD=1.15003;RBI=0.0526495;REFB=-0.00246394;REVB=-0.00873941;RO=134;SAF=5;SAR=7;SRF=59;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272641;STB=0.546353;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.025298;OID=.;OPOS=108771721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:148:149:134:136:12:13:0.0872483:7:5:59:75:8:5:59:77 chr1 109173710 . G A 346.09 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0384355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2307;QD=24.7207;RBI=0.0430702;REFB=-0.0116629;REVB=-0.0194358;RO=21;SAF=18;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294118;STB=0.506325;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00484666;OID=.;OPOS=109173710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:22:34:34:0.607143:16:18:12:9:16:18:12:10 chr1 109351501 . A G,T 630.08 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391097,-0.00147823;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.655,111.001;QD=60.0078;RBI=0.0171699,0.0148254;REFB=0,0;REVB=0.0167186,0.0147515;RO=0;SAF=20,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000157179,0.136529;OID=.,.;OPOS=109351501,109351501;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:20,0:20,2:0:0:20,0:20,2:0:0 chr1 109363232 . T C 1007.93 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3793;QD=59.2898;RBI=0.0396377;REFB=0;REVB=0.0366586;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165844;OID=.;OPOS=109363232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr1 109377070 . C A 282.21 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00324429;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.515;QD=22.5764;RBI=0.0129336;REFB=-0.00860274;REVB=0.01252;RO=23;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798965;STB=0.536516;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00822737;OID=.;OPOS=109377070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:9:17:13:10:9:17:14:10 chr1 109394564 . T C 410.58 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00499415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.267;QD=14.6637;RBI=0.0112996;REFB=-0.0145976;REVB=0.010136;RO=65;SAF=19;SAR=28;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139256;STB=0.57839;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0167398;OID=.;OPOS=109394564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:47:47:0.419643:28:19:35:30:28:19:35:30 chr1 109395105 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.061;QD=59.8557;RBI=0.0229361;REFB=0;REVB=0.0114329;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33734e-05;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr1 109656946 . T C 609.46 PASS AF=0.427673;AO=68;DP=159;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.0239358;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.772;QD=15.3322;RBI=0.0244159;REFB=-0.0268101;REVB=0.00481821;RO=88;SAF=33;SAR=35;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426746;STB=0.513615;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0274215;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:88:91:68:68:0.427673:35:33:39:49:35:33:42:49 chr1 109704618 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.818;QD=57.6805;RBI=0.0112523;REFB=0;REVB=-0.00614194;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83372e-06;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr1 109735298 . T C 775.93 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.359;QD=54.4513;RBI=0.0145072;REFB=-0.0182194;REVB=0.00443174;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165384;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=4.24538e-05;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:55:56:0.982456:28:27:0:1:28:28:0:1 chr1 109735415 . CA C,CC 621.09 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=5,36;DP=41;FAO=1,40;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675895,0.0437647;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.993,176.588;QD=60.5937;RBI=0.0676311,0.0437733;REFB=0,0;REVB=0.00236951,0.000865188;RO=0;SAF=3,25;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.58193e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00968919,0.00876676;OID=.,.;OPOS=109735416,109735416;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0243902,0.97561:5,36:41:1,40:41:0:0,28:1,12:0:0:6:0:3,25:2,11:0:0 chr1 109737063 . C T 518.73 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.8;QD=56.0792;RBI=0.069112;REFB=-0.12724;REVB=0.0610402;RO=1;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119184;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:37:1:0:35:37:1:24:11:0:1:25:12:0:0 chr1 109737090 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.044;QD=62.6706;RBI=0.00930216;REFB=0;REVB=0.00151192;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1332e-05;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr1 109737132 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00211978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.518;QD=63.2853;RBI=0.00806444;REFB=0;REVB=0.00778086;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71841e-05;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr1 109737172 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.447;QD=60.9785;RBI=0.025558;REFB=0;REVB=0.0135055;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30421e-05;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr1 109742485 . G A 787.31 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.576;QD=55.25;RBI=0.0464692;REFB=-0.0664878;REVB=0.0440128;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165422;STB=0.508769;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000317461;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:28:28:1:0:28:28:1:0 chr1 109745618 . T C 1444.44 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.587;QD=62.8017;RBI=0.0611293;REFB=0;REVB=0.0327083;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284488;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:45:45:0:0:46:46:0:0 chr1 109771063 . T C 989.69 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595135;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.608;QD=58.2168;RBI=0.134696;REFB=0;REVB=0.134565;RO=1;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527102;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:1:0:67:68:1:45:22:0:1:46:22:0:0 chr1 109794252 . T C 1171.87 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.043;QD=60.8764;RBI=0.0439806;REFB=0;REVB=0.0273761;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35557e-05;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr1 109795608 . T C 443.63 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4337;QD=57.2419;RBI=0.0849492;REFB=0;REVB=-0.0785751;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00205653;OID=.;OPOS=109795608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr1 109806834 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0356664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.603;QD=21.5459;RBI=0.0361229;REFB=-0.0125821;REVB=0.00572457;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268469;STB=0.650957;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0208307;OID=.;OPOS=109806834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:2:8:6:8:2:8 chr1 109807099 . G A 427.91 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=1.86503e-05;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.381;QD=21.9441;RBI=0.0276331;REFB=-0.0213677;REVB=-0.0276331;RO=36;SAF=22;SAR=20;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181743;STB=0.599954;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00997463;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:36:36:42:42:0.538462:20:22:11:25:20:22:11:25 chr1 109810544 . C A 906.32 PASS AF=0.514124;AO=84;DP=170;FAO=91;FDP=177;FR=.;FRO=86;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.058005;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.63;QD=20.4818;RBI=0.0587749;REFB=-0.0298905;REVB=0.00948206;RO=85;SAF=40;SAR=44;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159155;STB=0.503612;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0246518;OID=.;OPOS=109810544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:177:85:86:84:91:0.514124:44:40:39:46:48:43:40:46 chr1 109816176 . A C 375.46 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.646;QD=55.6231;RBI=0.0446976;REFB=0;REVB=-0.0035337;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157755;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:17:10:0:0 chr1 109818263 . G A 1973.7 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.022;QD=61.2001;RBI=0.0218504;REFB=-0.00131994;REVB=0.00679107;RO=0;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1359e-08;STB=0.503816;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=2.5481e-05;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:0:1:128:128:0.992248:63:65:0:0:63:65:1:0 chr1 109825360 . C T 469.08 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244349;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.306;QD=58.6349;RBI=0.0242747;REFB=0;REVB=0.0241514;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34685e-05;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr1 109836835 . A G 245.39 PASS AF=0.589744;AO=22;DP=38;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-8.19145e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.059;QD=25.1686;RBI=0.00320242;REFB=-0.0233872;REVB=0.00320137;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130074;STB=0.501133;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109848;OID=.;OPOS=109836835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:16:22:23:0.589744:10:12:9:7:10:13:9:7 chr1 109836842 . C G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0121979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.023;QD=15.1719;RBI=0.0578435;REFB=-0.012528;REVB=-0.0565427;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481477;STB=0.527826;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00739629;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:7:10:13:11:7:10:13:11 chr1 109838918 . C T 1272.77 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108174;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.154;QD=62.0861;RBI=0.0200791;REFB=0;REVB=0.0169161;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546284;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr1 109839433 . A G 2064.48 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.875;QD=62.56;RBI=0.0130896;REFB=0;REVB=0.0130255;RO=0;SAF=50;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39321e-05;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:82:50:0:0:82:50:0:0 chr1 109856306 . G A 353.38 PASS AF=0.346457;AO=44;DP=127;FAO=44;FDP=127;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0155228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9826;QD=11.13;RBI=0.016969;REFB=-0.0142801;REVB=0.00685494;RO=80;SAF=25;SAR=19;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146518;STB=0.5797;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0275314;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:80:83:44:44:0.346457:19:25:35:45:19:25:37:46 chr1 109856384 . CAA C 740.0 PASS AF=1;AO=42;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145433;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=25.2745;QD=45.5385;RBI=0.156492;REFB=0;REVB=-0.0577838;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000624304;OID=.;OPOS=109856385;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:64:65:65:0:20:45:0:0:14:0:13:29:0:0 chr1 109884775 . T G 1689.03 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6413;QD=59.7888;RBI=0.0777244;REFB=0;REVB=0.0712724;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829095;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:62:50:0:0:62:51:0:0 chr1 109897103 . A G 1656.49 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000188815;FXX=0.0347796;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.89;QD=59.6935;RBI=0.0469846;REFB=0.0464887;REVB=0.0469842;RO=1;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797874;STB=0.504201;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000193486;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:111:1:1:110:110:0.990991:59:51:0:1:59:51:0:1 chr1 110036836 . C T 125.8 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.000771742;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.059;QD=17.3514;RBI=0.00102711;REFB=-0.0243566;REVB=-0.000677775;RO=15;SAF=13;SAR=1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385534;STB=0.729908;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0304812;OID=.;OPOS=110036836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:15:15:14:14:0.482759:1:13:11:4:1:13:11:4 chr1 110086451 . G A 187.0 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00219784;FXX=0.0832986;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.472;QD=34.0003;RBI=0.0128846;REFB=-0.0222756;REVB=0.0126958;RO=5;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135111;STB=0.574382;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.006575;OID=.;OPOS=110086451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:24:22:5:5:17:17:0.772727:9:8:4:1:9:8:4:1 chr1 110087405 . T C 175.05 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00433045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.79;QD=12.2844;RBI=0.0125364;REFB=-0.039077;REVB=-0.0117647;RO=34;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279329;STB=0.509951;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0346873;OID=.;OPOS=110087405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:21:22:0.385965:15:6:9:25:16:6:10:25 chr1 110134210 . TA T 226.84 PASS AF=0.447059;AO=36;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.021695;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.4809;QD=10.6748;RBI=0.035174;REFB=0.00795623;REVB=-0.0276865;RO=46;SAF=17;SAR=19;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156961;STB=0.590359;STBP=0.133;TYPE=del;VARB=-0.0121716;OID=.;OPOS=110134211;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447059:36:84:38:85:47:18:20:30:17:99:46:17:19:29:17 chr1 110136458 . A G 468.12 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0021441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.275;QD=22.8351;RBI=0.0110956;REFB=-0.0194305;REVB=0.0108865;RO=36;SAF=23;SAR=22;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898283;STB=0.501084;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0161387;OID=.;OPOS=110136458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:37:45:45:0.54878:22:23:18:18:22:23:19:18 chr1 110148974 . C T 538.77 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0303887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.334;QD=20.5247;RBI=0.0570957;REFB=-0.0246678;REVB=-0.0483369;RO=50;SAF=23;SAR=32;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717003;STB=0.539501;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.025686;OID=.;OPOS=110148974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:50:55:55:0.52381:32:23:25:25:32:23:25:25 chr1 110151395 . G T 467.6 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.0122296;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=356.071;QD=13.8549;RBI=0.0208984;REFB=0.00629938;REVB=-0.0169464;RO=82;SAF=21;SAR=32;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100229;STB=0.556738;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0102652;OID=.;OPOS=110151395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:82:82:53:53:0.392593:32:21:40:42:32:21:40:42 chr1 110162918 . T C 400.43 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0162747;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.592;QD=21.0755;RBI=0.0244558;REFB=-0.0233419;REVB=0.0182543;RO=36;SAF=9;SAR=31;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122302;STB=0.568027;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0123157;OID=.;OPOS=110162918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:36:36:40:40:0.526316:31:9:12:24:31:9:12:24 chr1 110163879 . G A 897.11 PASS AF=0.569536;AO=83;DP=148;FAO=86;FDP=151;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.047487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.916;QD=23.7646;RBI=0.0477031;REFB=-0.0374849;REVB=0.00453568;RO=64;SAF=27;SAR=56;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443886;STB=0.522487;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0283379;OID=.;OPOS=110163879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:64:65:83:86:0.569536:56:27:24:40:57:29:25:40 chr1 110170896 . T C 1193.78 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163602;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.782;QD=61.2197;RBI=0.023267;REFB=0;REVB=0.0165439;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.225e-06;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr1 110201699 . T C 1643.36 PASS AF=0.957627;AO=114;DP=118;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0382689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2265;QD=55.7071;RBI=0.0853204;REFB=0.0484941;REVB=-0.0762566;RO=3;SAF=53;SAR=61;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00985929;STB=0.505566;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00287796;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:118:118:3:5:114:113:0.957627:61:53:2:1:60:53:3:2 chr1 110201809 . G T 1923.32 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.081;QD=61.5463;RBI=0.00919951;REFB=0;REVB=-0.00308596;RO=0;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153573;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:66:58:0:0:66:59:0:0 chr1 110201812 . A G 1899.84 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474514;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.57;QD=61.7833;RBI=0.0627461;REFB=0;REVB=0.0410542;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169022;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:64:58:0:0:64:59:0:0 chr1 110210780 . C G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.488;QD=54.5176;RBI=0.0537985;REFB=0;REVB=0.0101558;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182107;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:4:21:0:0:4:21:0:0 chr1 110233138 . G C 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6826;QD=59.1418;RBI=0.0316091;REFB=0;REVB=-0.019244;RO=0;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319578;OID=.;OPOS=110233138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:48:19:0:0:48:19:0:0 chr1 110279701 . C T 188.87 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00576423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.34;QD=20.9854;RBI=0.045997;REFB=-0.0168645;REVB=-0.0456343;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649904;STB=0.523784;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0211063;OID=.;OPOS=110279701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:11:8:8:8:11:8:8:9 chr1 110282972 . G T 290.94 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.066759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.995;QD=16.3907;RBI=0.0671282;REFB=0.00121673;REVB=-0.00703144;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197687;STB=0.603732;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00197894;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:39:32:32:0.450704:19:13:8:29:19:13:9:30 chr1 110295772 . T C 297.21 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00841881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.266;QD=36.0259;RBI=0.0660847;REFB=-0.00167066;REVB=0.0655463;RO=8;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867619;STB=0.547227;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.000601219;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:33:8:8:25:25:0.757576:11:14:6:2:11:14:6:2 chr1 110300441 . G A 347.44 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00243479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.766;QD=19.8539;RBI=0.0214928;REFB=-0.00116571;REVB=-0.0213544;RO=34;SAF=23;SAR=13;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649169;STB=0.535945;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0008466;OID=.;OPOS=110300441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:13:23:24:10:13:23:24:10 chr1 110300504 . A G 1320.49 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9286;QD=62.1405;RBI=0.0269958;REFB=0;REVB=-0.0232389;RO=0;SAF=60;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019831;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:24:60:0:0:25:60:0:0 chr1 110466338 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.265;QD=56.7064;RBI=0.0208169;REFB=0;REVB=-0.0108823;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.79318e-05;OID=.;OPOS=110466338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr1 110466466 . T C 152.12 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0436024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4654;QD=13.228;RBI=0.0800859;REFB=-0.00678763;REVB=-0.0671758;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30176;STB=0.646886;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0284201;OID=.;OPOS=110466466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:16:17:0.369565:11:5:17:12:11:6:17:12 chr1 110466709 . T C 4043.98 PASS AF=0.985019;AO=262;DP=265;FAO=263;FDP=267;FR=.;FRO=4;FSAF=100;FSAR=163;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0489878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.929;QD=60.5839;RBI=0.0565409;REFB=0.0055902;REVB=-0.0282323;RO=3;SAF=99;SAR=163;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869265;STB=0.502072;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.000542257;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:265:267:3:4:262:263:0.985019:163:99:0:3:163:100:1:3 chr1 110467745 . A G 1415.39 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.032;QD=62.9062;RBI=0.0290849;REFB=0;REVB=-0.0289126;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3414e-05;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr1 110717526 . G A 396.56 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00744882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.683;QD=17.823;RBI=0.0171419;REFB=-0.014653;REVB=0.0154389;RO=48;SAF=14;SAR=27;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545548;STB=0.53042;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0160481;OID=.;OPOS=110717526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:27:14:14:34:27:14:14:34 chr1 110882444 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.153;QD=50.4134;RBI=0.0789055;REFB=0;REVB=0.0669385;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665585;OID=.;OPOS=110882444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr1 110883569 . A T 365.87 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0631156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.388;QD=18.7624;RBI=0.063117;REFB=-0.000956508;REVB=0.000417653;RO=40;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917009;STB=0.550994;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-2.61772e-05;OID=.;OPOS=110883569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:20:18:15:25:20:18:15:25 chr1 110883917 . A G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0121263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.143;QD=14.196;RBI=0.0144392;REFB=-0.00842028;REVB=0.00783858;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221385;STB=0.512647;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0101044;OID=.;OPOS=110883917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:11:12:16:16:11:12:16:16 chr1 110884840 . AG A 715.15 PASS AF=1;AO=61;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.213385;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.9169;QD=45.4061;RBI=0.244439;REFB=0;REVB=0.119236;RO=1;SAF=37;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.285418;SSSB=-0.0125883;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00685593;OID=.;OPOS=110884841;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:65:63:63:0:38:25:0:0:13:1:37:24:1:0 chr1 110924353 . G A 288.69 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0177123;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.827;QD=15.8187;RBI=0.0189539;REFB=-0.00723976;REVB=0.00674721;RO=37;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109847;STB=0.551569;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0081723;OID=.;OPOS=110924353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:37:41:32:32:0.438356:20:12:18:19:20:12:19:22 chr1 110949720 . C T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00430852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.381;QD=12.873;RBI=0.0326025;REFB=0.00677508;REVB=-0.0323165;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288689;STB=0.516761;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0218483;OID=.;OPOS=110949720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:7:12:21:11:7:12:21:11 chr1 110998854 . G A 251.92 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00390145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.339;QD=14.819;RBI=0.00942136;REFB=-0.00413634;REVB=0.00857558;RO=38;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343978;STB=0.527931;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0065576;OID=.;OPOS=110998854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:39:29:29:0.426471:12:17:21:17:12:17:21:18 chr1 111060669 . T C 1281.13 PASS AF=0.988235;AO=66;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0199916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.997;QD=60.2886;RBI=0.0314543;REFB=-0.166988;REVB=0.0242839;RO=0;SAF=16;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000500877;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:66:84:0.988235:50:16:0:0:51:33:0:1 chr1 111061011 . C A 1494.72 PASS AF=0.97;AO=95;DP=99;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.020747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.597;QD=59.7886;RBI=0.0338417;REFB=-0.0556301;REVB=0.0267361;RO=3;SAF=53;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260828;STB=0.513272;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000279974;OID=.;OPOS=111061011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:100:3:3:95:97:0.97:42:53:3:0:42:55:3:0 chr1 111061062 . T C 1568.72 PASS AF=0.917355;AO=111;DP=121;FAO=111;FDP=121;FR=.;FRO=10;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.000910827;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=328.208;QD=51.8584;RBI=0.0127192;REFB=0.00102896;REVB=-0.0126866;RO=7;SAF=59;SAR=52;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00450333;STB=0.510897;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-8.32787e-05;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:121:121:7:10:111:111:0.917355:52:59:4:3:52:59:4:6 chr1 111144661 . A G 546.05 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00753104;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.581;QD=18.6685;RBI=0.0458112;REFB=-0.00387415;REVB=-0.0451879;RO=60;SAF=37;SAR=20;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973059;STB=0.553979;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00491769;OID=.;OPOS=111144661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:60:60:57:57:0.487179:20:37:33:27:20:37:33:27 chr1 111726869 . G A 374.66 PASS AF=0.416667;AO=37;DP=93;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0191195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4221;QD=15.6108;RBI=0.0193743;REFB=-0.0421018;REVB=0.00313212;RO=55;SAF=13;SAR=24;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114336;STB=0.576365;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0733701;OID=.;OPOS=111726869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:55:56:37:40:0.416667:24:13:25:30:27:13:25:31 chr1 111773568 . G C 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0222744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4669;QD=16.504;RBI=0.0316159;REFB=-0.000678659;REVB=0.0224369;RO=28;SAF=4;SAR=22;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462037;STB=0.767209;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000631331;OID=.;OPOS=111773568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:30:26:26:0.464286:22:4:16:12:22:4:17:13 chr1 111783996 . A G 1711.23 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236;QD=60.5745;RBI=0.0151306;REFB=0;REVB=0.0150914;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93246e-05;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:65:47:0:0:66:47:0:0 chr1 111833488 . C CCT 2016.12 PASS AF=0.985075;AO=126;DP=136;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0132794;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=2;MLLD=306.908;QD=60.1828;RBI=0.0228372;REFB=0.0352172;REVB=0.0185794;RO=5;SAF=48;SAR=78;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319126;STB=0.509802;STBP=0.086;TYPE=ins;VARB=0.000130905;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985075:126:136:132:134:2:50:82:2:0:4:5:48:78:4:1 chr1 111833517 . G A 2312.05 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.655;QD=63.7808;RBI=0.0659749;REFB=0;REVB=0.0633551;RO=0;SAF=57;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23313e-05;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:145:0:0:143:145:1:86:57:0:0:88:57:0:0 chr1 111857154 . T C 304.04 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00919463;FXX=0.0194156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.453;QD=12.0412;RBI=0.0120435;REFB=-0.00932949;REVB=0.00777844;RO=61;SAF=22;SAR=15;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200038;STB=0.618176;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0104424;OID=.;OPOS=111857154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:61:64:37:37:0.366337:15:22:25:36:15:22:26:38 chr1 111858444 . C T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00217988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.049;QD=16.9413;RBI=0.0540829;REFB=-0.00833166;REVB=-0.0540389;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17182;STB=0.598399;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.012941;OID=.;OPOS=111858444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:13:11:12:7:13:11 chr1 111861841 . A G 342.9 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00844341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.236;QD=16.1365;RBI=0.0143174;REFB=-0.0123006;REVB=0.0115628;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298525;STB=0.511176;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0210003;OID=.;OPOS=111861841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:37:37:0.435294:20:17:23:24:20:17:23:25 chr1 111861974 . T C 432.15 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00704921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.265;QD=17.8206;RBI=0.00958091;REFB=-0.010753;REVB=0.00648863;RO=53;SAF=26;SAR=18;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224536;STB=0.625291;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0128322;OID=.;OPOS=111861974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:18:26:19:34:18:26:19:34 chr1 111862952 . T G 379.64 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0818767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9687;QD=22.0082;RBI=0.0929831;REFB=-0.00640414;REVB=-0.0440689;RO=31;SAF=17;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00349262;STB=0.501926;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00307041;OID=.;OPOS=111862952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:21:17:14:17:21:17:14:17 chr1 111893958 . A G 329.74 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.000492942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.829;QD=20.9361;RBI=0.00198282;REFB=-0.00896187;REVB=0.00192057;RO=29;SAF=10;SAR=24;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229659;STB=0.627688;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00505054;OID=.;OPOS=111893958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:24:10:16:13:24:10:16:13 chr1 111957097 . C G 423.81 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00695219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.574;QD=21.1903;RBI=0.0321259;REFB=-0.0113377;REVB=0.0313647;RO=38;SAF=25;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128168;STB=0.570879;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00979825;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:17:25:17:21:17:25:17:21 chr1 111957311 . G C 313.12 PASS AF=0.515625;AO=15;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00969966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.856;QD=19.57;RBI=0.0237055;REFB=-0.0204449;REVB=0.0216302;RO=28;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372249;STB=0.576423;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0081192;OID=.;OPOS=111957311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:31:15:33:0.515625:3:12:14:14:21:12:16:15 chr1 111957693 . A G 761.95 PASS AF=0.663158;AO=63;DP=96;FAO=63;FDP=95;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00367246;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.513;QD=32.0819;RBI=0.00403491;REFB=0.0230964;REVB=0.00167139;RO=31;SAF=29;SAR=34;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734392;STB=0.534437;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00481225;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:31:32:63:63:0.663158:34:29:18:13:34:29:18:14 chr1 111968121 . C T 206.97 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0175963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.542;QD=17.2476;RBI=0.0547029;REFB=-0.00405426;REVB=-0.0517955;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650418;STB=0.537154;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00481802;OID=.;OPOS=111968121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:13:8:12:15:13:8:12:15 chr1 111969294 . A G 306.99 PASS AF=0.425;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00283775;FXX=0.0123442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.915;QD=15.3494;RBI=0.0319212;REFB=-0.00788664;REVB=-0.0317949;RO=46;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215827;STB=0.512188;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0103928;OID=.;OPOS=111969294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:46:46:34:34:0.425:20:14:18:28:20:14:18:28 chr1 111969719 . A G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.028963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.689;QD=6.8134;RBI=0.0297357;REFB=-0.0182494;REVB=-0.00673478;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170567;STB=0.60839;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0511085;OID=.;OPOS=111969719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:11:8:4:3:11:8 chr1 111991845 . C A 643.46 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00434234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.638;QD=21.0969;RBI=0.01974;REFB=-0.0286793;REVB=0.0192565;RO=58;SAF=39;SAR=25;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103054;STB=0.505662;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0243102;OID=.;OPOS=111991845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:58:64:64:0.52459:25:39:36:22:25:39:36:22 chr1 111992095 . C T 1011.43 PASS AF=0.452991;AO=105;DP=234;FAO=106;FDP=234;FR=.;FRO=128;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=58;FSRR=70;FWDB=-0.0376713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9414;QD=17.2894;RBI=0.0381599;REFB=-0.0114735;REVB=-0.00608639;RO=129;SAF=39;SAR=66;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890108;STB=0.543156;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.015368;OID=.;OPOS=111992095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:129:128:105:106:0.452991:66:39:59:70:66:40:58:70 chr1 112029193 . A G 747.64 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000374577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.17;QD=63.6291;RBI=0.0226215;REFB=0;REVB=0.0226184;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100062;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:23:24:0:0 chr1 112033285 . G C 402.81 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.000360387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7086;QD=19.1816;RBI=0.00939201;REFB=-0.00161459;REVB=0.0093851;RO=43;SAF=22;SAR=19;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444275;STB=0.524712;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00182493;OID=.;OPOS=112033285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:19:22:21:22:19:22:21:22 chr1 112042632 . A G 1245.94 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.628;QD=61.5278;RBI=0.0638686;REFB=0;REVB=0.0617141;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579789;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr1 112269872 . G A 787.07 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.056;QD=64.2508;RBI=0.07389;REFB=0;REVB=0.0704338;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182315;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:25:21:0:0:27:22:0:0 chr1 112308953 . T C 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0245323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5583;QD=35.1469;RBI=0.0245328;REFB=-0.0285445;REVB=0.000157786;RO=4;SAF=12;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823487;STB=0.545399;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00985229;OID=.;OPOS=112308953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:5:12:2:2:5:12:2:2 chr1 112308972 . G A 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0137101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8228;QD=28.4028;RBI=0.0137101;REFB=-0.0216573;REVB=-4.03581e-05;RO=10;SAF=15;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258883;STB=0.660218;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0100433;OID=.;OPOS=112308972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:10:11:21:21:0.65625:6:15:3:7:6:15:3:8 chr1 112539061 . A G 920.59 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.445;QD=58.4503;RBI=0.0977361;REFB=0;REVB=0.0973976;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494257;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:39:21:0:0:41:22:0:0 chr1 112991698 . T C 318.62 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0396495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.823;QD=26.5517;RBI=0.0400224;REFB=-0.0194529;REVB=0.00545074;RO=20;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217528;STB=0.620824;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0166351;OID=.;OPOS=112991698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:20:8:11:9:20:8:11:9 chr1 112999227 . G A 1102.47 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0481014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1412;QD=58.7986;RBI=0.0877068;REFB=0.0209996;REVB=-0.0733399;RO=1;SAF=43;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108759;STB=0.505746;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00189875;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:31:43:1:0:31:43:1:0 chr1 113000565 . A G 336.34 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0106942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.584;QD=17.248;RBI=0.0167014;REFB=-0.0355635;REVB=0.0128286;RO=39;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616273;STB=0.553238;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0461204;OID=.;OPOS=113000565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:39:42:36:36:0.461538:19:17:21:18:19:17:24:18 chr1 113000946 . GGTCA G 650.03 PASS AF=0.936508;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0353664;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=304.426;QD=41.2718;RBI=0.0363181;REFB=-0.057749;REVB=0.00825984;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519819;STBP=0.247;TYPE=del;VARB=0.0032924;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.936508:57:57:59:63:4:26:33:3:1:5:0:25:32:0:0 chr1 113063125 . A G 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0179774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.095;QD=17.3292;RBI=0.0230998;REFB=-0.0269536;REVB=-0.0145056;RO=45;SAF=13;SAR=25;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232084;STB=0.630182;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0272164;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:25:13:26:19:25:13:26:19 chr1 113083439 . C T 84.19 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00762946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.671;QD=10.5231;RBI=0.0318862;REFB=-0.0339375;REVB=-0.03096;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274871;STB=0.664511;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0208561;OID=.;OPOS=113083439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:8:13:4:7:8:13 chr1 113098534 . C T 457.22 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0321278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0951;QD=20.5494;RBI=0.053859;REFB=-0.0120464;REVB=-0.0432273;RO=44;SAF=33;SAR=12;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170741;STB=0.595069;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0125043;OID=.;OPOS=113098534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:12:33:25:19:12:33:25:19 chr1 113196208 . A T 155.26 PASS AF=0.409091;AO=24;DP=57;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0354545;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=20.0011;QD=9.40966;RBI=0.0528803;REFB=-0.129186;REVB=-0.0392339;RO=33;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117892;STB=0.525672;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0768844;OID=.;OPOS=113196208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:66:33:39:24:27:0.409091:17:7:13:20:19:8:13:26 chr1 113213982 . TTA T,TTT 51.05 PASS AF=0.5,0;AO=5,6;DP=24;FAO=8,0;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0922277,-0.153318;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=27.6212,17.591;QD=12.7627;RBI=0.0922939,0.153611;REFB=-0.133133,-0.0352926;REVB=0.00349303,0.0094774;RO=12;SAF=0,0;SAR=5,6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.699781,-0.725845;STB=0.568802,0.5;STBP=0.675,1;TYPE=del,snp;VARB=0.14819,0;OID=.,.;OPOS=113213983,113213984;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:5,6:24:8,0:16:8:3,0:5,0:2:6:50:12:0,0:5,6:5:7 chr1 113247713 . G A 330.65 PASS AF=0.58;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00185021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.418;QD=26.4517;RBI=0.0035366;REFB=-0.011122;REVB=-0.00301401;RO=21;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228283;STB=0.616362;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00751431;OID=.;OPOS=113247713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:28:29:0.58:15:13:16:5:15:14:16:5 chr1 113255389 . C T 818.61 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606603;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.127;QD=54.5739;RBI=0.0546276;REFB=-0.0672323;REVB=0.0542898;RO=1;SAF=44;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348923;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361337;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:1:0:57:60:1:13:44:0:1:16:44:0:0 chr1 113456546 . A T 2087.33 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168141;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.739;QD=62.7769;RBI=0.0234158;REFB=0;REVB=-0.0162968;RO=0;SAF=89;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3004e-06;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:44:89:0:0:44:89:0:0 chr1 113657092 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.933;QD=51.9167;RBI=0.0214182;REFB=0;REVB=0.00721259;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8168e-05;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr1 114196495 . A G 302.75 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0418542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.611;QD=17.0561;RBI=0.0457308;REFB=-0.0206599;REVB=-0.0184264;RO=38;SAF=12;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317082;STB=0.517797;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0246082;OID=.;OPOS=114196495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:21:12:15:23:21:12:15:23 chr1 114240319 . T A,TA 342.84 PASS AF=0.0121951,0.45122;AO=3,35;DP=82;FAO=1,37;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=1,21;FSAR=0,16;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0185285,-0.023637;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=34.3111,30.7745;QD=16.7238;RBI=0.0186456,0.0799711;REFB=-0.0153229,0.0133803;REVB=0.00208607,-0.0763981;RO=44;SAF=3,19;SAR=0,16;SRF=25;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.461998,-0.0253165;STB=0.98869,0.50034;STBP=0.491,0.996;TYPE=snp,ins;VARB=0.0484822,-0.0202716;OID=.,.;OPOS=114240319,114240320;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:82:82:44:44:3,35:1,37:0.0121951,0.45122:0,16:3,19:25:19:0,16:1,21:25:19 chr1 114301335 . C T 859.17 PASS AF=0.468085;AO=88;DP=188;FAO=88;FDP=188;FR=.;FRO=100;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=0.0179781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.54;QD=18.2802;RBI=0.0179782;REFB=-0.014461;REVB=5.28752e-05;RO=100;SAF=56;SAR=32;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674345;STB=0.537351;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0173283;OID=.;OPOS=114301335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:100:100:88:88:0.468085:32:56:57:43:32:56:57:43 chr1 114377568 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.738;QD=58.142;RBI=0.0337276;REFB=0;REVB=0.0198405;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186086;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 114424601 . C T 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2321;QD=59.4276;RBI=0.0112097;REFB=0;REVB=0.010406;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113538;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr1 114448389 . C T 718.96 PASS AF=0.487013;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=154;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=57;FSRR=22;FWDB=0.00809456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.503;QD=18.6744;RBI=0.00993011;REFB=0.00122521;REVB=0.00575198;RO=79;SAF=36;SAR=39;SRF=57;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223632;STB=0.622844;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000855022;OID=.;OPOS=114448389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:79:79:75:75:0.487013:39:36:57:22:39:36:57:22 chr1 114449662 . T C 548.32 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.00377517;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.161;QD=17.4069;RBI=0.0136568;REFB=0.00361424;REVB=0.0131246;RO=68;SAF=22;SAR=36;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203354;STB=0.613148;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00265896;OID=.;OPOS=114449662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:68:68:58:58:0.460317:36:22:40:28:36:22:40:28 chr1 114505000 . G A 323.59 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0149981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0677;QD=16.81;RBI=0.0574489;REFB=-0.00538587;REVB=-0.0554565;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809992;STB=0.539303;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00560508;OID=.;OPOS=114505000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:20:15:21:20:20:15:21:21 chr1 114515717 . G A 83.16 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00833797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.583;QD=12.7938;RBI=0.00835545;REFB=-0.00387112;REVB=0.000540189;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531857;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00514256;OID=.;OPOS=114515717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:25:26:15:15:10:11:0.423077:6:4:6:9:6:5:6:9 chr1 114632115 . TAA TA,TTA,TTT 201.3 PASS AF=0.614458,0.0120482,0;AO=15,6,6;DP=76;FAO=51,1,0;FDP=83;FR=.;FRO=31;FSAF=18,0,0;FSAR=33,1,0;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.101227,0.13014,0.0647644;FXX=0.0674082;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=8.04238,8.9877,24.591;QD=9.70105;RBI=0.2966,0.141986,0.070771;REFB=-0.0725786,-0.105558,-0.0536252;REVB=-0.278791,-0.0567752,-0.0285325;RO=27;SAF=3,0,0;SAR=12,6,6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.277756,-0.663389,-0.663389;STB=0.514013,0.98778,0.5;STBP=0.767,0.484,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00663305,-0.0126277,0;OID=.,.,.;OPOS=114632116,114632116,114632116;OREF=A,A,AA;OALT=-,T,TT;OMAPALT=TA,TTA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.614458,0.0120482,0:15,6,6:76:51,1,0:83:31:18,0,0:33,1,0:12:19:68:27:3,0,0:12,6,6:11:16 chr1 114680540 . C T 285.27 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.116743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.341;QD=15.4198;RBI=0.116933;REFB=-0.0199617;REVB=-0.00666834;RO=41;SAF=10;SAR=22;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186118;STB=0.613236;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0236408;OID=.;OPOS=114680540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:22:10:20:21:22:10:21:21 chr1 114948281 . A G 1007.53 PASS AF=0.934211;AO=71;DP=76;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.026115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.568;QD=53.0279;RBI=0.026986;REFB=-0.0330127;REVB=0.00680072;RO=5;SAF=39;SAR=32;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00636004;STB=0.50337;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00334829;OID=.;OPOS=114948281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:76:76:5:5:71:71:0.934211:32:39:3:2:32:39:3:2 chr1 114973429 . T C 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0332811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.939;QD=16.1646;RBI=0.0437678;REFB=-0.00421789;REVB=0.028425;RO=41;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196779;STB=0.610904;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0105055;OID=.;OPOS=114973429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:21:12:23:18:21:12:23:18 chr1 115537933 . A G 268.71 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0434212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5835;QD=22.3922;RBI=0.0477815;REFB=-0.0182965;REVB=0.0199417;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126164;STB=0.580367;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0191283;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:14:11:13:9:14:11:14:9 chr1 115576023 . A G 922.57 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200133;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3679;QD=58.5758;RBI=0.0242927;REFB=0;REVB=0.0137697;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233671;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr1 115590998 . T C 933.28 PASS AF=0.486911;AO=93;DP=192;FAO=93;FDP=191;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=0.0385767;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5644;QD=19.5451;RBI=0.0617152;REFB=-0.0164311;REVB=0.0481726;RO=98;SAF=42;SAR=51;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925125;STB=0.550968;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0162331;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:98:98:93:93:0.486911:51:42:54:44:51:42:54:44 chr1 115591058 . T C 1187.8 PASS AF=0.493827;AO=112;DP=235;FAO=120;FDP=243;FR=.;FRO=123;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=52;FSRR=71;FWDB=-0.00734557;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.973;QD=19.5522;RBI=0.0152177;REFB=-0.00768724;REVB=0.0133275;RO=123;SAF=52;SAR=60;SRF=52;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397619;STB=0.534921;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0073599;OID=.;OPOS=115591058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:243:123:123:112:120:0.493827:60:52:52:71:61:59:52:71 chr1 115604798 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00251116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.736;QD=19.1094;RBI=0.0127514;REFB=-0.0286681;REVB=0.0125017;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826047;STB=0.546184;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0227847;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:15:12:14:12:15:12:14:12 chr1 116149152 . G A 2354.06 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.014328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.862;QD=63.1963;RBI=0.0399064;REFB=-0.0401968;REVB=0.0372455;RO=1;SAF=69;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684316;STB=0.503597;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=9.11854e-05;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:148:148:0.993289:79:69:1:0:79:69:1:0 chr1 116164595 . G A 705.13 PASS AF=0.548387;AO=66;DP=123;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00224974;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.468;QD=22.7463;RBI=0.0127237;REFB=-0.00366525;REVB=0.0125233;RO=57;SAF=19;SAR=47;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796784;STB=0.551166;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00348039;OID=.;OPOS=116164595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:57:56:66:68:0.548387:47:19:21:36:49:19:21:35 chr1 116234313 . A G 1130.11 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0375296;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.509;QD=57.9542;RBI=0.0393631;REFB=0.00629695;REVB=0.0118737;RO=2;SAF=32;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00392447;STB=0.502074;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=1.19055e-05;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:78:2:2:76:76:0.974359:44:32:1:1:44:32:1:1 chr1 116234505 . A G 1448.94 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0705167;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.389;QD=62.3201;RBI=0.0706093;REFB=-0.0288457;REVB=-0.00361552;RO=1;SAF=42;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111524;STB=0.505746;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000129726;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:91:92:0.989247:49:42:1:0:49:43:1:0 chr1 116239633 . T G 747.83 PASS AF=0.496599;AO=73;DP=147;FAO=73;FDP=147;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0181172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8345;QD=20.349;RBI=0.0367006;REFB=-0.0333666;REVB=0.0319171;RO=74;SAF=31;SAR=42;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180456;STB=0.509944;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.023576;OID=.;OPOS=116239633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:74:74:73:73:0.496599:42:31:30:44:42:31:30:44 chr1 116260532 . A T 1290.48 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.526;QD=60.0223;RBI=0.0196994;REFB=-0.0733573;REVB=0.00726324;RO=1;SAF=40;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116948;STB=0.506171;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=5.55158e-05;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:84:85:0.988372:44:40:1:0:45:40:1:0 chr1 116310967 . T C 1659.57 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.325;QD=60.3481;RBI=0.0176181;REFB=0;REVB=-0.00166091;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75224e-05;OID=.;OPOS=116310967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:66:44:0:0:66:44:0:0 chr1 116382231 . GC G,GG 814.83 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=41,8;DP=86;FAO=77,7;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=40,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.308988,0.192456;FXX=0.0232531;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.9406,8.85766;QD=38.8014;RBI=0.554895,0.286619;REFB=0.00120623,-0.00563172;REVB=0.460907,0.212394;RO=34;SAF=25,0;SAR=16,8;SRF=11;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.233491,-0.667354;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0366744,-0.133005;OID=.,.;OPOS=116382232,116382232;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.916667,0.0833333:41,8:86:77,7:84:0:37,0:40,7:0:0:23:34:25,0:16,8:11:23 chr1 116382318 . A G 706.91 PASS AF=0.48366;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.0377216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5423;QD=18.4814;RBI=0.0797447;REFB=-0.0186108;REVB=-0.0702588;RO=79;SAF=30;SAR=44;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250131;STB=0.513808;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0254895;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:79:79:74:74:0.48366:44:30:30:49:44:30:30:49 chr1 116382511 . A T 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00832295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2292;QD=59.8537;RBI=0.0219467;REFB=0;REVB=0.0203073;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016138;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr1 116382778 . T C 1116.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4343;QD=60.3741;RBI=0.0986709;REFB=0;REVB=0.0813934;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721881;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr1 116383299 . TT CC,TC 240.51 PASS AF=0.0952381,0.857143;AO=2,18;DP=21;FAO=2,18;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=0,5;FSAR=2,13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0469327,-0.0767654;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=20.3187,47.4725;QD=45.8117;RBI=0.0469424,0.076772;REFB=-0.0351741,-0.0421986;REVB=-0.000952954,-0.000999186;RO=1;SAF=0,5;SAR=2,13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0831815;STB=0.993266,0.545402;STBP=0.232,0.181;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.01025,0.00386818;OID=.,.;OPOS=116383299,116383300;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:21:21:1:1:2,18:2,18:0.0952381,0.857143:2,13:0,5:1:0:2,13:0,5:1:0 chr1 116383333 . C A 30.25 PASS AF=0.416667;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0573306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.964;QD=10.0844;RBI=0.064609;REFB=-0.0200228;REVB=-0.0297915;RO=7;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43924;STB=0.798799;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0210875;OID=.;OPOS=116383333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:12:7:7:4:5:0.416667:1:3:2:5:1:4:2:5 chr1 116384090 . G A 501.27 PASS AF=0.486486;AO=49;DP=106;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00930293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.33;QD=18.0638;RBI=0.00992713;REFB=-0.00694292;REVB=0.00346459;RO=57;SAF=23;SAR=26;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885901;STB=0.53152;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0098716;OID=.;OPOS=116384090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:111:57:57:49:54:0.486486:26:23:32:25:27:27:32:25 chr1 116384580 . C T 592.45 PASS AF=0.580645;AO=51;DP=91;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0433727;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3169;QD=25.4818;RBI=0.0573466;REFB=-0.0378568;REVB=0.0375158;RO=40;SAF=21;SAR=30;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109225;STB=0.506729;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0299888;OID=.;OPOS=116384580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:40:39:51:54:0.580645:30:21:17:23:31:23:16:23 chr1 116385122 . T C 294.17 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0265711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.577;QD=34.608;RBI=0.0268638;REFB=0.00225469;REVB=0.00395506;RO=9;SAF=11;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528196;STB=0.528823;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.000868162;OID=.;OPOS=116385122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:14:11:3:6:14:11:3:6 chr1 116385288 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0134176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.974;QD=13.5047;RBI=0.0136093;REFB=-0.0186555;REVB=-0.00227601;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192469;STB=0.610947;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0275932;OID=.;OPOS=116385288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:4:8:14:3:4:8:14:3 chr1 116385467 . A G 175.13 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0171679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.747;QD=20.0147;RBI=0.0404675;REFB=-0.00727035;REVB=-0.0366453;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327536;STB=0.518498;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00857266;OID=.;OPOS=116385467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:6:11:11:7:6:11 chr1 116386105 . G A 582.59 PASS AF=0.424658;AO=62;DP=146;FAO=62;FDP=146;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.0159376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5631;QD=15.9614;RBI=0.0611213;REFB=-0.0126619;REVB=-0.0590068;RO=84;SAF=27;SAR=35;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422448;STB=0.523664;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0134599;OID=.;OPOS=116386105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:84:84:62:62:0.424658:35:27:40:44:35:27:40:44 chr1 116386139 . G A 2706.23 PASS AF=0.988636;AO=156;DP=176;FAO=174;FDP=176;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=87;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0729;QD=61.5053;RBI=0.0332502;REFB=0;REVB=0.0247695;RO=0;SAF=83;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431261;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:176:176:0:0:156:174:0.988636:73:83:0:0:87:87:0:0 chr1 116386243 . C T 946.82 PASS AF=0.475962;AO=98;DP=208;FAO=99;FDP=208;FR=.;FRO=109;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=-0.0437189;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4328;QD=18.208;RBI=0.049627;REFB=0.00749947;REVB=-0.0234839;RO=110;SAF=46;SAR=52;SRF=62;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900477;STB=0.549665;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00956737;OID=.;OPOS=116386243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:110:109:98:99:0.475962:52:46:62:48:53:46:61:48 chr1 116569530 . G C 605.6 PASS AF=0.417178;AO=68;DP=166;FAO=68;FDP=163;FR=.;FRO=95;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.0115954;FXX=0.0180712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2071;QD=14.8614;RBI=0.0264885;REFB=0.00729079;REVB=0.0238158;RO=94;SAF=37;SAR=31;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206271;STB=0.508102;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00699746;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:163:94:95:68:68:0.417178:31:37:53:41:31:37:53:42 chr1 116605423 . C T 216.64 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0338055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.507;QD=13.3316;RBI=0.0344496;REFB=0.00721148;REVB=-0.00663011;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276973;STB=0.657325;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0101486;OID=.;OPOS=116605423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:15:11:27:12:15:11:27:12 chr1 116610388 . A G 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1742;QD=57.8799;RBI=0.0461364;REFB=0;REVB=-0.00266593;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350192;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr1 116670774 . A G 310.96 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.023522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.695;QD=22.6151;RBI=0.0247535;REFB=-0.0212975;REVB=0.00771046;RO=22;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113462;STB=0.553497;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0177841;OID=.;OPOS=116670774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:23:32:32:0.581818:14:18:9:13:14:18:10:13 chr1 116769830 . A C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0222191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7703;QD=21.6304;RBI=0.0233839;REFB=0.0252175;REVB=0.00728826;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153037;STB=0.58471;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.0148551;OID=.;OPOS=116769830;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:13:17:9:15:13:17:9:15 chr1 116931628 . C A 223.74 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0360865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1968;QD=10.6542;RBI=0.0590227;REFB=0.00989053;REVB=-0.0467059;RO=56;SAF=16;SAR=12;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420645;STB=0.524458;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0238723;OID=.;OPOS=116931628;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:12:16:34:22:12:16:34:22 chr1 116947051 . G A 1080.84 PASS AF=0.456349;AO=115;DP=253;FAO=115;FDP=252;FR=.;FRO=137;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=68;FSRR=69;FWDB=0.00822017;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7213;QD=17.1561;RBI=0.00928905;REFB=-0.00773956;REVB=-0.00432611;RO=137;SAF=62;SAR=53;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421274;STB=0.523311;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0107138;OID=.;OPOS=116947051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:137:137:115:115:0.456349:53:62:68:69:53:62:68:69 chr1 116952787 . C T 698.5 PASS AF=0.474359;AO=74;DP=156;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0688086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.84;QD=17.9101;RBI=0.0739527;REFB=-0.000449961;REVB=-0.0270992;RO=82;SAF=32;SAR=42;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531212;STB=0.529404;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000196557;OID=.;OPOS=116952787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:82:82:74:74:0.474359:42:32:40:42:42:32:40:42 chr1 116995178 . C T 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0179373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.862;QD=17.3235;RBI=0.0427097;REFB=0.00171582;REVB=-0.0387604;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828906;STB=0.547124;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00150653;OID=.;OPOS=116995178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:8:17:12:8:8:17 chr1 116995182 . A T 200.38 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0033362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0367;QD=17.0535;RBI=0.0106561;REFB=-0.0155321;REVB=0.0101203;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145138;STB=0.569556;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0220716;OID=.;OPOS=116995182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:11:9:8:18:12:9:8:18 chr1 117122130 . T C 1285.95 PASS AF=0.920792;AO=92;DP=103;FAO=93;FDP=101;FR=.;FRO=8;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00255212;FXX=0.0288434;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.79;QD=50.9289;RBI=0.0143438;REFB=0.0187842;REVB=0.0141149;RO=8;SAF=56;SAR=36;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367586;STB=0.519675;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.000981653;OID=.;OPOS=117122130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:103:101:8:8:92:93:0.920792:36:56:3:5:36:57:3:5 chr1 117142641 . G A 96.44 PASS AF=0.158333;AO=19;DP=120;FAO=19;FDP=120;FR=.;FRO=101;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=0.00157503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.299;QD=3.21477;RBI=0.0225267;REFB=-0.00357416;REVB=-0.0224716;RO=101;SAF=11;SAR=8;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692203;STB=0.54605;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0190812;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:120:120:101:101:19:19:0.158333:8:11:53:48:8:11:53:48 chr1 117142700 . C A 237.07 PASS AF=0.239726;AO=34;DP=145;FAO=35;FDP=146;FR=.;FRO=111;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=-0.010666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.318;QD=6.49508;RBI=0.022949;REFB=-0.00473098;REVB=0.0203197;RO=110;SAF=18;SAR=16;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202542;STB=0.501773;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0219408;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:110:111:34:35:0.239726:16:18:60:50:16:19:60:51 chr1 117142736 . A G 235.31 PASS AF=0.235294;AO=36;DP=153;FAO=36;FDP=153;FR=.;FRO=117;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=0.0075965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.914;QD=6.15188;RBI=0.0290375;REFB=-0.00645729;REVB=-0.0280262;RO=117;SAF=19;SAR=17;SRF=54;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831778;STB=0.550497;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0135953;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:117:117:36:36:0.235294:17:19:54:63:17:19:54:63 chr1 117142789 . G A 33.66 PASS AF=0.0763889;AO=11;DP=144;FAO=11;FDP=144;FR=.;FRO=133;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=79;FWDB=-0.0206297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.034;QD=0.935002;RBI=0.0210387;REFB=0.000112015;REVB=0.00412841;RO=133;SAF=5;SAR=6;SRF=54;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549639;STB=0.54549;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00355197;OID=.;OPOS=117142789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:144:144:133:133:11:11:0.0763889:6:5:54:79:6:5:54:79 chr1 117142855 . C T 211.86 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.171452;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.453;QD=9.85395;RBI=0.173738;REFB=-0.0390413;REVB=-0.0280944;RO=40;SAF=10;SAR=18;SRF=5;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291776;STB=0.528449;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.068971;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:40:58:28:28:0.325581:18:10:5:35:18:10:23:35 chr1 117142868 . CA TG 163.19 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=86;FAO=20;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.00377196;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=181.933;QD=7.59007;RBI=0.00798997;REFB=-0.00582862;REVB=-0.00704358;RO=61;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152189;STB=0.585283;STBP=0.421;TYPE=mnp;VARB=0.027108;OID=.;OPOS=117142868;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:61:62:20:20:0.232558:10:10:23:38:10:10:24:38 chr1 117150928 . C T 372.02 PASS AF=0.493671;AO=37;DP=77;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0380722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.331;QD=18.8363;RBI=0.0389299;REFB=-0.0254236;REVB=-0.00812683;RO=40;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037841;STB=0.532706;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0254199;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:40:40:37:39:0.493671:17:20:20:20:17:22:20:20 chr1 117150933 . G A 372.1 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0133111;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.766;QD=19.5842;RBI=0.0186082;REFB=-0.0183728;REVB=-0.0130031;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828552;STB=0.539562;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00953228;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:17:21:17:20:17:21:18:20 chr1 117156459 . C T 172.22 PASS AF=0.263736;AO=24;DP=91;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0373854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8064;QD=7.5703;RBI=0.0396226;REFB=0.00374082;REVB=-0.0131257;RO=67;SAF=9;SAR=15;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128119;STB=0.577399;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00967336;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:67:67:24:24:0.263736:15:9:32:35:15:9:32:35 chr1 117156490 . T C 161.95 PASS AF=0.235294;AO=24;DP=99;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0347165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3506;QD=6.35102;RBI=0.0582512;REFB=-0.009054;REVB=-0.0467757;RO=75;SAF=9;SAR=15;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132935;STB=0.577824;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0335039;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:75:78:24:24:0.235294:15:9:36:39:15:9:37:41 chr1 117156584 . TG CA,T 759.5 PASS AF=0.128205,0.871795;AO=10,28;DP=78;FAO=10,68;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=9,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13527,0.760948;FXX=0.0249969;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=155.251,12.8308;QD=38.9486;RBI=0.136993,0.796005;REFB=0,0;REVB=0.0216571,0.233626;RO=38;SAF=1,0;SAR=9,28;SRF=28;SRR=10;SSEN=0,0.465347;SSEP=0,0.209302;SSSB=-0.694658,-0.864712;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0391703,0.0820158;OID=.,.;OPOS=117156584,117156585;OREF=TG,G;OALT=CA,-;OMAPALT=CA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:78:78:38:0:10,28:10,68:0.128205,0.871795:9,28:1,0:28:10:9,39:1,29:0:0 chr1 117311147 . C A 277.33 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00608398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6981;QD=26.4127;RBI=0.0544293;REFB=-0.0177691;REVB=0.0540882;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360994;STB=0.519984;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0288284;OID=.;OPOS=117311147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:12:13:8:9:12:13:8:9 chr1 117487710 . AT GA 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303167;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.829;QD=59.8394;RBI=0.0359362;REFB=0;REVB=0.0192951;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00016368;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr1 117503940 . G A 1390.43 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00331141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.933;QD=60.4534;RBI=0.0142913;REFB=-0.125358;REVB=0.0139024;RO=1;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920359;STB=0.504761;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000377184;OID=.;OPOS=117503940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:92:1:1:90:91:0.98913:51:39:0:1:52:39:0:1 chr1 117529458 . G A 1731.3 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.662;QD=60.7474;RBI=0.00669859;REFB=0;REVB=0.00587103;RO=0;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25329e-06;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:50:64:0:0:50:64:0:0 chr1 117530273 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7727;QD=58.1408;RBI=0.0145337;REFB=0;REVB=0.00532761;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193347;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr1 117559726 . A G 955.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.22;QD=58.8055;RBI=0.0158727;REFB=0;REVB=-0.0118574;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.95122e-06;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:34:30:0:0:34:31:0:0 chr1 117560818 . A G 754.57 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0154562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1891;QD=54.8776;RBI=0.0276338;REFB=-0.117026;REVB=-0.022907;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00233485;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:25:29:1:0:25:29:1:0 chr1 117602960 . C A 1293.0 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.446;QD=61.5712;RBI=0.102964;REFB=0;REVB=0.0593691;RO=0;SAF=24;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000984234;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:58:24:0:0:59:25:0:0 chr1 117617705 . A G 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8937;QD=55.6472;RBI=0.0547276;REFB=0;REVB=0.0314021;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298636;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr1 117618067 . C T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.435;QD=56.7019;RBI=0.0689647;REFB=0;REVB=-0.0105611;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479803;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr1 117715026 . C T 854.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.419;QD=56.0069;RBI=0.0199828;REFB=0.050452;REVB=-0.00671857;RO=1;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171579;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=1.64533e-05;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:27:33:0:1:27:33:0:1 chr1 117785931 . G A 230.33 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.000122961;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0132;QD=18.8023;RBI=0.00258508;REFB=-0.00143424;REVB=-0.00258215;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127528;STB=0.53473;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00377761;OID=.;OPOS=117785931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:25:24:24:0.489796:15:9:11:10:15:9:11:14 chr1 117785979 . T C 751.04 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1179;QD=61.309;RBI=0.0171265;REFB=-0.0424665;REVB=-0.0108012;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177516;STB=0.50943;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00611936;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:0:1:26:22:0:1 chr1 118065841 . A G 816.85 PASS AF=0.532895;AO=81;DP=153;FAO=81;FDP=152;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0127281;FXX=0.00653552;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.399;QD=21.4962;RBI=0.0206376;REFB=-0.0242213;REVB=-0.0162451;RO=70;SAF=38;SAR=43;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345753;STB=0.521904;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0222023;OID=.;OPOS=118065841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:70:71:81:81:0.532895:43:38:30:40:43:38:30:41 chr1 118067945 . C T 680.73 PASS AF=0.585586;AO=65;DP=111;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00960195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.356;QD=24.531;RBI=0.0101168;REFB=-0.0185722;REVB=0.00318623;RO=46;SAF=32;SAR=33;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719213;STB=0.539174;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0125677;OID=.;OPOS=118067945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:46:46:65:65:0.585586:33:32:27:19:33:32:27:19 chr1 118165577 . C G 406.59 PASS AF=0.377953;AO=48;DP=127;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0151009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5118;QD=12.806;RBI=0.0178058;REFB=-0.00382604;REVB=-0.00943444;RO=79;SAF=23;SAR=25;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071168;STB=0.540435;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00536043;OID=.;OPOS=118165577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:79:79:48:48:0.377953:25:23:43:36:25:23:43:36 chr1 118165691 . C G,T 1338.15 PASS AF=0.433333,0.566667;AO=38,51;DP=89;FAO=39,51;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=23,20;FSAR=16,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672224,0.00244654;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.445,133.909;QD=59.4735;RBI=0.00877132,0.011611;REFB=0,0;REVB=0.0056345,0.0113504;RO=0;SAF=23,20;SAR=15,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.13361e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0223041,-0.00158709;OID=.,.;OPOS=118165691,118165691;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:89:90:0:0:38,51:39,51:0.433333,0.566667:15,31:23,20:0:0:16,31:23,20:0:0 chr1 118165973 . C T 414.85 PASS AF=0.4;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.0111677;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.213;QD=13.8283;RBI=0.0387301;REFB=-0.01335;REVB=-0.037085;RO=67;SAF=28;SAR=20;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468081;STB=0.517234;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.029846;OID=.;OPOS=118165973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:67:72:48:48:0.4:20:28:42:25:20:28:44:28 chr1 118166750 . A G 181.69 PASS AF=0.4;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0155632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0371;QD=14.5354;RBI=0.0166122;REFB=0.00806083;REVB=-0.00580959;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142499;STB=0.593266;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00529227;OID=.;OPOS=118166750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:19:20:0.4:12:7:15:15:13:7:15:15 chr1 118166877 . C T 379.44 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00561049;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.679;QD=24.0917;RBI=0.00772895;REFB=-0.00638472;REVB=0.00531593;RO=26;SAF=22;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432987;STB=0.523797;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00323837;OID=.;OPOS=118166877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:26:26:37:37:0.587302:15:22:14:12:15:22:14:12 chr1 118166904 . CCT C 146.45 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0320512;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=295.822;QD=8.74344;RBI=0.0321977;REFB=-0.015037;REVB=-0.00306842;RO=42;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603868;STB=0.505296;STBP=0.956;TYPE=del;VARB=0.0265456;OID=.;OPOS=118166905;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38806:26:68:26:67:41:15:11:24:17:99:42:15:11:24:18 chr1 118167199 . A G 380.02 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00847166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.981;QD=13.2179;RBI=0.0375962;REFB=-0.0135823;REVB=0.0366293;RO=70;SAF=20;SAR=25;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137733;STB=0.507809;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0174245;OID=.;OPOS=118167199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:70:70:45:45:0.391304:25:20:32:38:25:20:32:38 chr1 118167653 . C T 252.71 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00474497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.994;QD=21.0591;RBI=0.0113963;REFB=0.001597;REVB=-0.0103615;RO=23;SAF=6;SAR=18;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335949;STB=0.699825;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00158297;OID=.;OPOS=118167653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:18:6:14:9:18:6:15:9 chr1 118168234 . C T 325.19 PASS AF=0.235294;AO=21;DP=84;FAO=20;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.005117;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.707;QD=15.3031;RBI=0.0333069;REFB=-0.00578408;REVB=0.0329115;RO=50;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220378;OID=.;OPOS=118168234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:84:85:50:48:21:20:0.235294:9:12:25:25:10:10:24:24 chr1 118168804 . T TC 236.5 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0153996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.8418;QD=16.8928;RBI=0.0192933;REFB=0.0125479;REVB=-0.0116225;RO=25;SAF=21;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931583;STB=0.538436;STBP=0.552;TYPE=ins;VARB=-0.0132621;OID=.;OPOS=118168805;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.553571:30:56:31:56:25:21:10:15:10:99:25:21:9:15:10 chr1 118169329 . A G 164.28 PASS AF=0.375;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0515169;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2105;QD=13.6897;RBI=0.0751098;REFB=-0.0265052;REVB=-0.0546579;RO=30;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132814;STB=0.5999;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0525952;OID=.;OPOS=118169329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:30:17:18:0.375:12:5:6:24:12:6:6:24 chr1 118169463 . G A 205.36 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0217473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.736;QD=14.6688;RBI=0.0245438;REFB=-0.00893631;REVB=0.0113777;RO=32;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382902;STB=0.697514;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0160853;OID=.;OPOS=118169463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:32:23:24:0.428571:7:16:10:22:8:16:10:22 chr1 118170466 . CTG C 39.76 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0.133244;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.872;QD=12.2351;RBI=0.0435226;REFB=-0.0681494;REVB=-0.0435226;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0698013;OID=.;OPOS=118170467;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:5:14:6:13:7:0:6:0:7:39:7:0:5:0:7 chr1 118495218 . A G 250.32 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00870546;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.667;QD=23.2857;RBI=0.00881327;REFB=-0.0172673;REVB=-0.0013743;RO=20;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256472;STB=0.612807;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0226444;OID=.;OPOS=118495218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:19:23:24:0.55814:7:16:8:12:8:16:8:11 chr1 118497264 . C CT 118.68 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0261008;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.7861;QD=11.5784;RBI=0.0270802;REFB=-0.0752491;REVB=0.00721701;RO=24;SAF=2;SAR=17;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485749;STB=0.555495;STBP=0.696;TYPE=ins;VARB=0.0709644;OID=.;OPOS=118497265;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487805:19:43:20:41:21:2:18:3:18:99:24:2:17:3:21 chr1 118530796 . C T 314.38 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0122672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.153;QD=17.2263;RBI=0.0187763;REFB=-0.00360234;REVB=-0.014215;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030932;STB=0.510996;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00338385;OID=.;OPOS=118530796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:19:15:18:20:19:15:18:21 chr1 118537074 . A G 2343.66 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.143;QD=60.8743;RBI=0.0252677;REFB=0;REVB=0.0248665;RO=0;SAF=69;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3584e-06;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:142:154:0:0:142:154:1:73:69:0:0:78:76:0:0 chr1 118624123 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.237;QD=59.3228;RBI=0.0293208;REFB=0;REVB=-0.000547183;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52873e-05;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr1 118629599 . G A 1256.1 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00873012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.875;QD=59.1105;RBI=0.0384276;REFB=-0.0258573;REVB=0.0374228;RO=2;SAF=46;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244347;STB=0.50129;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000138963;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:37:46:1:1:37:46:1:1 chr1 118644430 . A G 1399.92 PASS AF=1;AO=84;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0917;QD=62.9178;RBI=0.026845;REFB=0;REVB=-0.0267837;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50173e-05;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:84:89:1:52:32:0:0:52:37:0:0 chr1 118657952 . C T 1781.35 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.15;QD=60.3847;RBI=0.0256875;REFB=0;REVB=0.0174067;RO=1;SAF=46;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102117;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32504e-05;OID=.;OPOS=118657952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:118:1:0:116:118:1:70:46:1:0:71:47:0:0 chr1 118807059 . T C 1415.27 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.634;QD=62.9007;RBI=0.0118119;REFB=0;REVB=0.00859284;RO=0;SAF=57;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92346e-05;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:33:57:0:0:33:57:0:0 chr1 119575818 . C G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00657221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2212;QD=12.9747;RBI=0.0138127;REFB=0.009696;REVB=-0.012149;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0162156;OID=.;OPOS=119575818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:6:12:8:4:6:12 chr1 119923724 . T C 748.74 PASS AF=0.563492;AO=71;DP=126;FAO=71;FDP=126;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00959209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.853;QD=23.7696;RBI=0.0124743;REFB=-0.00937676;REVB=0.00797491;RO=55;SAF=33;SAR=38;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122158;STB=0.566641;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00680637;OID=.;OPOS=119923724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:55:55:71:71:0.563492:38:33:34:21:38:33:34:21 chr1 120057158 . C T 386.76 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.007431;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.006;QD=17.9887;RBI=0.0145867;REFB=-0.00320134;REVB=-0.0125519;RO=47;SAF=22;SAR=18;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140042;STB=0.584254;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00330475;OID=.;OPOS=120057158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:47:46:40:40:0.465116:18:22:19:28:18:22:18:28 chr1 120057246 . C A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.5083;QD=62.9816;RBI=0.0397228;REFB=0;REVB=-0.0381585;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000750509;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr1 120164738 . C T 1809.55 PASS AF=0.97619;AO=119;DP=123;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00428554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9773;QD=57.4462;RBI=0.0975845;REFB=-0.0935438;REVB=0.0974903;RO=4;SAF=41;SAR=78;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237332;STB=0.509201;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00221242;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:123:126:4:3:119:123:0.97619:78:41:0:4:80:43:0:3 chr1 120165826 . C T 47.4 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.81;QD=31.5999;RBI=0.0465412;REFB=0;REVB=0.0465412;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00651552;OID=.;OPOS=120165826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:5:0:0:0:6:0:0:0 chr1 120166681 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.008;QD=53.2772;RBI=0.0134417;REFB=0;REVB=-0.00358382;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31143e-05;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr1 120267544 . C T 325.86 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0304328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9442;QD=24.5931;RBI=0.0429206;REFB=-0.0336784;REVB=-0.0302658;RO=20;SAF=13;SAR=19;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194762;STB=0.612675;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0167674;OID=.;OPOS=120267544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:21:32:32:0.603774:19:13:3:17:19:13:3:18 chr1 120285546 . G A 807.82 PASS AF=0.488235;AO=83;DP=170;FAO=83;FDP=170;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.00477525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.516;QD=19.0075;RBI=0.0122266;REFB=-0.000552133;REVB=0.0112555;RO=86;SAF=47;SAR=36;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104342;STB=0.554658;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00056808;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:86:87:83:83:0.488235:36:47:39:47:36:47:40:47 chr1 120291724 . G A 250.33 PASS AF=0.48;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0207327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.71;QD=20.0263;RBI=0.0689084;REFB=-0.00982473;REVB=0.0657154;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252341;STB=0.648523;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0139683;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:23:24:0.48:15:8:16:10:16:8:16:10 chr1 120336785 . C T 223.58 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0918394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1696;QD=26.3029;RBI=0.092137;REFB=0.00417499;REVB=-0.00739885;RO=13;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310577;STB=0.517225;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.0190314;OID=.;OPOS=120336785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:9:12:8:5:9:12:8:5 chr1 120539331 . C T 173.28 PASS AF=0.247619;AO=26;DP=106;FAO=26;FDP=105;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.0152147;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.834;QD=6.60116;RBI=0.0174199;REFB=-0.0209986;REVB=0.00848329;RO=79;SAF=21;SAR=5;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490214;STB=0.798424;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0485056;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:79:79:26:26:0.247619:5:21:33:46:5:21:33:46 chr1 121116688 . A G 775.23 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0244139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2934;QD=53.4643;RBI=0.0442615;REFB=-0.159816;REVB=0.0369194;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192399;STB=0.519993;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00460068;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:32:24:1:0:32:24:2:0 chr1 142667306 . C T 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00346782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.945;QD=19.3681;RBI=0.00751683;REFB=-0.000493086;REVB=-0.0066691;RO=7;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267997;STB=0.658152;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00023946;OID=.;OPOS=142667306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:9:1:2:5:9:1:2:5 chr1 144014051 . G A 391.49 PASS AF=0.313253;AO=52;DP=166;FAO=52;FDP=166;FR=.;FRO=114;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=0.0115895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.444;QD=9.43346;RBI=0.0132308;REFB=-0.00263826;REVB=-0.00638262;RO=112;SAF=24;SAR=28;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392461;STB=0.521975;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00850242;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:112:114:52:52:0.313253:28:24:48:64:28:24:49:65 chr1 144014068 . T C 945.82 PASS AF=0.628788;AO=83;DP=133;FAO=83;FDP=132;FR=.;FRO=49;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0182697;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.983;QD=28.6613;RBI=0.0278265;REFB=-0.0293951;REVB=0.0209888;RO=49;SAF=47;SAR=36;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149931;STB=0.581071;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0165678;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:49:49:83:83:0.628788:36:47:17:32:36:47:17:32 chr1 144534038 . A G 234.97 PASS AF=0.223529;AO=38;DP=169;FAO=38;FDP=170;FR=.;FRO=132;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=76;FSRR=56;FWDB=-0.0131863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.307;QD=5.52859;RBI=0.0260793;REFB=-0.00660033;REVB=-0.0225001;RO=131;SAF=16;SAR=22;SRF=75;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190214;STB=0.618521;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0358026;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:131:132:38:38:0.223529:22:16:75:56:22:16:76:56 chr1 144534045 . T C 1508.9 PASS AF=0.658031;AO=126;DP=193;FAO=127;FDP=193;FR=.;FRO=66;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.00445297;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.36;QD=31.2725;RBI=0.0243139;REFB=-0.0243165;REVB=0.0239027;RO=66;SAF=62;SAR=64;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063134;STB=0.535083;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0114747;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:66:66:126:127:0.658031:64:62:39:27:65:62:39:27 chr1 144534053 . G A 476.03 PASS AF=0.279661;AO=66;DP=236;FAO=66;FDP=236;FR=.;FRO=170;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=97;FSRR=73;FWDB=-0.0197769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1473;QD=8.06833;RBI=0.0753172;REFB=-0.0157166;REVB=0.0726743;RO=168;SAF=26;SAR=40;SRF=97;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222468;STB=0.626076;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0413813;OID=.;OPOS=144534053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:168:170:66:66:0.279661:40:26:97:71:40:26:97:73 chr1 144534076 . G A 533.48 PASS AF=0.264605;AO=76;DP=307;FAO=77;FDP=291;FR=.;FRO=214;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=121;FSRR=93;FWDB=0.00399061;FXX=0.0521156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.127;QD=7.33305;RBI=0.00532329;REFB=-0.00319736;REVB=0.00352314;RO=210;SAF=37;SAR=39;SRF=121;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11095;STB=0.562212;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00614002;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:291:210:214:76:77:0.264605:39:37:121:89:40:37:121:93 chr1 144534082 . TC CT,TT 3731.25 PASS AF=0.194357,0.69279;AO=62,202;DP=325;FAO=62,221;FDP=319;FR=.;FRO=36;FSAF=44,106;FSAR=18,115;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0027054,-0.0127359;FXX=0.018461;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=222.309,52.6294;QD=46.7868;RBI=0.0332303,0.0143177;REFB=-0.00700161,-0.0124424;REVB=-0.03312,0.00654159;RO=32;SAF=44,100;SAR=18,102;SRF=16;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.14875,-0.00128143;STB=0.586637,0.502856;STBP=0.041,0.837;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0109208,0.0298795;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:325:319:32:36:62,202:62,221:0.194357,0.69279:18,102:44,100:16:16:18,115:44,106:18:18 chr1 144534084 . C G 51.13 PASS AF=0.0757576;AO=22;DP=325;FAO=25;FDP=330;FR=.;FRO=305;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=159;FSRR=146;FWDB=-0.00522344;FXX=0.0119757;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.063;QD=0.619704;RBI=0.0329488;REFB=-0.000783458;REVB=-0.0325321;RO=291;SAF=12;SAR=10;SRF=154;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180227;STB=0.538096;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.150231;OID=.;OPOS=144534084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:325:330:291:305:22:25:0.0757576:10:12:154:137:13:12:159:146 chr1 144534092 . G A 3179.33 PASS AF=0.719444;AO=259;DP=361;FAO=259;FDP=360;FR=.;FRO=101;FSAF=129;FSAR=130;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=0.00538109;FXX=0.00277001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.161;QD=35.3259;RBI=0.0100788;REFB=-0.0164119;REVB=0.00852204;RO=83;SAF=129;SAR=130;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531333;STB=0.515816;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0147914;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:360:83:101:259:259:0.719444:130:129:51:32:130:129:56:45 chr1 144534096 . T C 3210.39 PASS AF=0.700265;AO=263;DP=378;FAO=264;FDP=377;FR=.;FRO=113;FSAF=136;FSAR=128;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=-0.00111325;FXX=0.00527691;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.104;QD=34.0625;RBI=0.00597281;REFB=-0.0170853;REVB=0.00586815;RO=102;SAF=136;SAR=127;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116065;STB=0.500563;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00658533;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:377:102:113:263:264:0.700265:127:136:55:47:128:136:58:55 chr1 144534186 . TCG T 377.16 PASS AF=0.157895;AO=75;DP=529;FAO=81;FDP=513;FR=.;FRO=432;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=183;FSRR=249;FWDB=-0.0143959;FXX=0.0284086;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.998;QD=2.94083;RBI=0.0286925;REFB=-0.00618529;REVB=-0.0248197;RO=413;SAF=37;SAR=38;SRF=182;SRR=231;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684451;STB=0.55921;STBP=0.223;TYPE=del;VARB=0.0303082;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:75:529:81:513:432:40:41:183:249:99:413:37:38:182:231 chr1 144615138 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.722;QD=39.2068;RBI=0.00873852;REFB=0;REVB=-0.00809982;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010625;OID=.;OPOS=144615138;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 144617251 . A G 894.03 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00820415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.826;QD=55.8767;RBI=0.0784725;REFB=0.101902;REVB=0.0780425;RO=1;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108572;STB=0.505745;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000566974;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:43:20:0:1:43:20:0:1 chr1 144618123 . C T 62.3 PASS AF=0.122807;AO=14;DP=114;FAO=14;FDP=114;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=0.0150373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.982;QD=2.18604;RBI=0.0199849;REFB=-0.010703;REVB=-0.0131634;RO=100;SAF=7;SAR=7;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049207;STB=0.535038;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0338775;OID=.;OPOS=144618123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:114:114:100:100:14:14:0.122807:7:7:46:54:7:7:46:54 chr1 144618144 . A G 1078.52 PASS AF=0.974026;AO=70;DP=73;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0403745;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.913;QD=56.0269;RBI=0.0445828;REFB=0.0131613;REVB=0.0189082;RO=2;SAF=31;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295251;STB=0.514702;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000301948;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:77:2:2:70:75:0.974026:39:31:2:0:42:33:2:0 chr1 144619346 . G A 1277.23 PASS AF=1;AO=69;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140264;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.547;QD=61.553;RBI=0.0563344;REFB=0;REVB=0.0545603;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135447;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:69:83:1:38:31:0:0:46:37:0:0 chr1 144619354 . C T 1602.03 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.436;QD=59.8891;RBI=0.00506075;REFB=0;REVB=0.00467626;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49206e-05;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:54:52:0:0:55:52:0:0 chr1 144811805 . T G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0122882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3701;QD=30.7903;RBI=0.0122882;REFB=-0.0129105;REVB=0;RO=1;SAF=8;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140121;OID=.;OPOS=144811805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:0:8:1:0:0:8:1:0 chr1 144811810 . A G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0087834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.239;QD=11.2571;RBI=0.061568;REFB=-0.00933229;REVB=-0.0609382;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102563;STB=0.562336;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.050251;OID=.;OPOS=144811810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:8:4:2:6:8:4 chr1 144811823 . A C 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0190702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.266;QD=4.63863;RBI=0.0240254;REFB=-0.00325009;REVB=0.0146133;RO=40;SAF=7;SAR=2;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469912;STB=0.551395;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0176931;OID=.;OPOS=144811823;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:40:41:9:9:0.18:2:7:30:10:2:7:30:11 chr1 144811827 . G A 99.17 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0261983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0585;QD=6.50291;RBI=0.0302892;REFB=-0.00307844;REVB=-0.0152014;RO=46;SAF=13;SAR=2;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249198;STB=0.659171;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0201707;OID=.;OPOS=144811827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:2:13:34:12:2:13:34:12 chr1 144811836 . G A 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00279821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.691;QD=60.2414;RBI=0.0482397;REFB=-0.0553188;REVB=0.0481585;RO=1;SAF=58;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809629;STB=0.504272;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00252843;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:24:58:1:0:24:58:1:0 chr1 144811924 . T G 3330.45 PASS AF=1;AO=210;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131076;FXX=0.0227262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.345;QD=61.9618;RBI=0.0224101;REFB=0;REVB=-0.018177;RO=0;SAF=128;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03496e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113759;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:215:0:0:210:215:1:82:128:0:0:85:130:0:0 chr1 144852390 . C T 138.42 PASS AF=0.223404;AO=21;DP=94;FAO=21;FDP=94;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.00965768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.618;QD=5.89026;RBI=0.025034;REFB=-0.00954604;REVB=-0.0230961;RO=73;SAF=15;SAR=6;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388194;STB=0.739424;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0192559;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:73:73:21:21:0.223404:6:15:29:44:6:15:29:44 chr1 144852450 . G A 51.77 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=62;FWDB=0.0103941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8495;QD=1.93542;RBI=0.0487847;REFB=-0.000709017;REVB=0.0476645;RO=95;SAF=5;SAR=7;SRF=33;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888448;STB=0.564544;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0101316;OID=.;OPOS=144852450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:107:107:95:95:12:12:0.11215:7:5:33:62:7:5:33:62 chr1 144852476 . TG CA,CG 337.09 PASS AF=0.129032,0.290323;AO=12,27;DP=92;FAO=12,27;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=5,13;FSAR=7,14;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.000811477,-0.00917007;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=149.444,120.299;QD=14.4983;RBI=0.0172706,0.00983623;REFB=-0.00193684,-0.00361825;REVB=-0.0172516,-0.00355824;RO=51;SAF=5,13;SAR=7,14;SRF=15;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.164794,0.215311;STB=0.604677,0.624683;STBP=0.489,0.13;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00447525,2.09611e-05;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:92:93:51:54:12,27:12,27:0.129032,0.290323:7,14:5,13:15:36:7,14:5,13:16:38 chr1 144852508 . AAACAT A 37.81 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00765459;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=324.637;QD=2.16045;RBI=0.011941;REFB=0.00467199;REVB=-0.0091649;RO=59;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126141;STB=0.517213;STBP=0.901;TYPE=del;VARB=-0.0215859;OID=.;OPOS=144852509;OREF=AACAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171429:12:76:12:70:58:5:7:23:35:37:59:5:7:19:40 chr1 144852518 . C T 66.44 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0267328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5207;QD=3.79636;RBI=0.0412857;REFB=0.0155886;REVB=-0.0314621;RO=58;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259271;STB=0.517213;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0774859;OID=.;OPOS=144852518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:70:70:58:58:12:12:0.171429:7:5:23:35:7:5:23:35 chr1 144852522 . C T 66.37 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.00452308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.152;QD=3.79264;RBI=0.0143175;REFB=0.000835383;REVB=-0.0135842;RO=58;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259271;STB=0.517213;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00472089;OID=.;OPOS=144852522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:70:70:58:58:12:12:0.171429:7:5:23:35:7:5:23:35 chr1 144854180 . T C 564.15 PASS AF=0.237197;AO=88;DP=371;FAO=88;FDP=371;FR=.;FRO=283;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=99;FSRR=184;FWDB=-0.00334396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.258;QD=6.08245;RBI=0.00845397;REFB=-0.0133939;REVB=0.0077645;RO=282;SAF=37;SAR=51;SRF=99;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924386;STB=0.556254;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0324829;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:371:282:283:88:88:0.237197:51:37:99:183:51:37:99:184 chr1 144854528 . A G 982.09 PASS AF=0.507937;AO=94;DP=187;FAO=96;FDP=189;FR=.;FRO=93;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.0069917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.895;QD=20.7849;RBI=0.01656;REFB=-0.0127737;REVB=0.0150116;RO=92;SAF=43;SAR=51;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107094;STB=0.508473;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.015083;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:92:93:94:96:0.507937:51:43:41:51:51:45:42:51 chr1 144854537 . T C 1146.13 PASS AF=0.538462;AO=112;DP=207;FAO=112;FDP=208;FR=.;FRO=96;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.00719846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.866;QD=22.041;RBI=0.0079316;REFB=-0.0224563;REVB=-0.00333052;RO=95;SAF=51;SAR=61;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112488;STB=0.503463;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0216122;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:95:96:112:112:0.538462:61:51:42:53:61:51:43:53 chr1 144854581 . T C 264.35 PASS AF=0.176056;AO=50;DP=284;FAO=50;FDP=284;FR=.;FRO=234;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=96;FSRR=138;FWDB=0.0538928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2404;QD=3.72322;RBI=0.0597543;REFB=-0.0110398;REVB=-0.0258098;RO=234;SAF=26;SAR=24;SRF=96;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141862;STB=0.589881;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0494679;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:234:234:50:50:0.176056:24:26:96:138:24:26:96:138 chr1 144854594 . G T 263.25 PASS AF=0.174216;AO=50;DP=287;FAO=50;FDP=287;FR=.;FRO=237;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=96;FSRR=141;FWDB=-0.0102523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.531;QD=3.66903;RBI=0.0131578;REFB=-0.016887;REVB=-0.00824726;RO=237;SAF=28;SAR=22;SRF=96;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198591;STB=0.625843;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0569097;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:237:237:50:50:0.174216:22:28:96:141:22:28:96:141 chr1 144854597 . T C 3100.58 PASS AF=1;AO=149;DP=279;FAO=250;FDP=250;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=121;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456422;FXX=0.110316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.073;QD=49.6093;RBI=0.0501031;REFB=0;REVB=0.0206666;RO=0;SAF=71;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.036215;OID=.;OPOS=144854597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:279:250:0:0:149:250:1:78:71:0:0:129:121:0:0 chr1 144855782 . C T 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0148497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.896;QD=21.4742;RBI=0.0168016;REFB=-0.0291185;REVB=-0.00786019;RO=25;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678772;STB=0.537548;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0151056;OID=.;OPOS=144855782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:15:16:15:10:15:16:15:10 chr1 144855812 . T C 723.57 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6836;QD=56.7502;RBI=0.0303616;REFB=0;REVB=0.0115541;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379779;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:49:51:1:21:28:0:0:21:30:0:0 chr1 144865850 . G T 888.38 PASS AF=0.444444;AO=94;DP=215;FAO=96;FDP=216;FR=.;FRO=120;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=-0.024198;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.897;QD=16.4514;RBI=0.0243159;REFB=-0.0014087;REVB=-0.00239086;RO=120;SAF=51;SAR=43;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931967;STB=0.545051;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00179352;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:120:120:94:96:0.444444:43:51:54:66:45:51:54:66 chr1 144866643 . G A 630.31 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0105507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.936;QD=22.5111;RBI=0.0147165;REFB=-0.0171488;REVB=0.0102595;RO=50;SAF=34;SAR=28;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721712;STB=0.539514;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0126285;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:50:50:62:62:0.553571:28:34:23:27:28:34:23:27 chr1 144866662 . T C 1556.48 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.539;QD=59.8648;RBI=0.0244531;REFB=0;REVB=-0.00291154;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08941e-05;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:54:50:0:0:54:50:0:0 chr1 144868170 . C T 416.28 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=45;FWDB=0.000968035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.825;QD=16.1661;RBI=0.00596343;REFB=-0.0106113;REVB=-0.00588434;RO=56;SAF=16;SAR=30;SRF=11;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175176;STB=0.5882;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0119628;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:57:46:46:0.446602:30:16:11:45:30:16:12:45 chr1 144871738 . C A 249.4 PASS AF=0.303571;AO=33;DP=111;FAO=34;FDP=112;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-4.52897e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.695;QD=8.90703;RBI=0.00859777;REFB=-0.0127766;REVB=-0.00859765;RO=78;SAF=19;SAR=14;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297213;STB=0.505316;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0344815;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:78:78:33:34:0.303571:14:19:43:35:15:19:43:35 chr1 144871755 . A T 136.38 PASS AF=0.223404;AO=21;DP=95;FAO=21;FDP=94;FR=.;FRO=73;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0100185;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.886;QD=5.8034;RBI=0.023092;REFB=-0.00570227;REVB=-0.0208056;RO=72;SAF=2;SAR=19;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.605933;STB=0.879829;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.04327;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:72:73:21:21:0.223404:19:2:39:33:19:2:39:34 chr1 144871782 . A G 127.22 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0259514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.202;QD=6.69566;RBI=0.0294245;REFB=-0.0163702;REVB=-0.0138682;RO=54;SAF=1;SAR=18;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.673059;STB=0.920979;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0411015;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:57:19:19:0.25:18:1:28:26:18:1:29:28 chr1 144873887 . C T 708.17 PASS AF=0.386047;AO=83;DP=215;FAO=83;FDP=215;FR=.;FRO=132;FSAF=66;FSAR=17;FSRF=91;FSRR=41;FWDB=0.0132663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3285;QD=13.1753;RBI=0.0152773;REFB=-0.0161674;REVB=-0.00757646;RO=127;SAF=66;SAR=17;SRF=90;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129407;STB=0.589172;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0266914;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:127:132:83:83:0.386047:17:66:90:37:17:66:91:41 chr1 144874760 . T C 622.46 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.00728163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.054;QD=18.174;RBI=0.0356432;REFB=-0.0229475;REVB=-0.0348914;RO=72;SAF=30;SAR=34;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13531;STB=0.571018;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0397087;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:72:73:64:64:0.467153:34:30:44:28:34:30:44:29 chr1 144874815 . T C 496.93 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.0133595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.23;QD=15.0585;RBI=0.0134029;REFB=-0.0192965;REVB=-0.00107771;RO=74;SAF=23;SAR=32;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166101;STB=0.589141;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0298282;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:74:77:55:55:0.416667:32:23:43:31:32:23:44:33 chr1 144875979 . G C 462.52 PASS AF=0.381295;AO=53;DP=139;FAO=53;FDP=139;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0168927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.292;QD=13.3098;RBI=0.0331885;REFB=0.00019833;REVB=-0.0285677;RO=86;SAF=25;SAR=28;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814587;STB=0.546176;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.000566547;OID=.;OPOS=144875979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:86:86:53:53:0.381295:28:25:47:39:28:25:47:39 chr1 144877176 . C T 583.39 PASS AF=0.350254;AO=69;DP=200;FAO=69;FDP=197;FR=.;FRO=128;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=-0.00134525;FXX=0.0149993;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.1;QD=11.8455;RBI=0.038309;REFB=0.00112233;REVB=-0.0382854;RO=126;SAF=33;SAR=36;SRF=68;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695238;STB=0.534382;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00199165;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:197:126:128:69:69:0.350254:36:33:68:58:36:33:68:60 chr1 144879264 . A G 3700.59 PASS AF=1;AO=219;DP=224;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024881;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.084;QD=62.9888;RBI=0.0510826;REFB=0;REVB=0.0446136;RO=0;SAF=95;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37346e-05;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:224:235:0:0:219:235:1:124:95:0:0:133:102:0:0 chr1 144879375 . T C 415.24 PASS AF=0.302198;AO=55;DP=183;FAO=55;FDP=182;FR=.;FRO=127;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=82;FWDB=-0.0864258;FXX=0.00546418;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.014;QD=9.12612;RBI=0.0865448;REFB=-0.00725634;REVB=0.00453689;RO=127;SAF=16;SAR=39;SRF=45;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876816;STB=0.551313;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0180766;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:127:127:55:55:0.302198:39:16:45:82:39:16:45:82 chr1 144880864 . T A 331.99 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0181186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.728;QD=16.1947;RBI=0.020802;REFB=-0.0143397;REVB=-0.0102195;RO=46;SAF=24;SAR=12;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195097;STB=0.610107;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.01554;OID=.;OPOS=144880864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:12:24:22:24:12:24:22:24 chr1 144882581 . A G 960.0 PASS AF=0.447368;AO=102;DP=228;FAO=102;FDP=228;FR=.;FRO=126;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=56;FSRR=70;FWDB=-0.00846848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8736;QD=16.8422;RBI=0.0128658;REFB=-0.0144664;REVB=-0.00968578;RO=126;SAF=43;SAR=59;SRF=56;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232579;STB=0.512906;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0197492;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:126:126:102:102:0.447368:59:43:56:70:59:43:56:70 chr1 144882823 . C T 409.56 PASS AF=0.387097;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=53;FWDB=-0.00866196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.942;QD=13.2117;RBI=0.010797;REFB=-0.0159261;REVB=-0.00644564;RO=74;SAF=19;SAR=29;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977882;STB=0.561215;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0206037;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:74:76:48:48:0.387097:29:19:23:51:29:19:23:53 chr1 144886197 . A T 675.64 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0259328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.724;QD=18.8989;RBI=0.0259457;REFB=-0.0175852;REVB=0.000816655;RO=75;SAF=31;SAR=37;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00243367;STB=0.501347;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0170707;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:37:31:34:41:37:31:34:41 chr1 144892089 . G T 140.64 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00305079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7786;QD=9.37573;RBI=0.0217681;REFB=0.0162376;REVB=-0.0215533;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160586;STB=0.595014;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0348046;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:8:11:18:23:8:11:18:23 chr1 144892149 . G A 267.01 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00585716;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.105;QD=13.1858;RBI=0.0229038;REFB=-0.0127635;REVB=-0.0221423;RO=50;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474697;STB=0.527139;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0189375;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:50:50:31:31:0.382716:16:15:22:28:16:15:22:28 chr1 144912153 . A G 2414.03 PASS AF=0.993789;AO=157;DP=158;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00407252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.741;QD=59.9759;RBI=0.0279159;REFB=-0.128086;REVB=0.0276172;RO=1;SAF=70;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543749;STB=0.502793;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000940817;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:161:1:1:157:160:0.993789:87:70:0:1:89:71:0:1 chr1 144912233 . C T 669.73 PASS AF=0.461538;AO=72;DP=156;FAO=72;FDP=156;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.00434469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.129;QD=17.1726;RBI=0.00477697;REFB=-0.00271222;REVB=0.00198574;RO=84;SAF=26;SAR=46;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00417845;STB=0.502318;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00333991;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:84:84:72:72:0.461538:46:26:30:54:46:26:30:54 chr1 144915561 . G A 1020.63 PASS AF=0.464912;AO=106;DP=228;FAO=106;FDP=228;FR=.;FRO=122;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=71;FWDB=-0.0122241;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.461;QD=17.9058;RBI=0.0127068;REFB=-0.0189331;REVB=0.00346899;RO=121;SAF=58;SAR=48;SRF=50;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128716;STB=0.568802;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0204011;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:121:122:106:106:0.464912:48:58:50:71:48:58:51:71 chr1 144915623 . AG A 695.73 PASS AF=0.431818;AO=76;DP=176;FAO=76;FDP=176;FR=.;FRO=100;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=66;FWDB=-0.016428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.34;QD=15.812;RBI=0.0182135;REFB=-0.00921445;REVB=-0.00786472;RO=100;SAF=40;SAR=36;SRF=34;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188791;STB=0.604955;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0129804;OID=.;OPOS=144915624;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:76:176:76:176:100:40:36:34:66:99:100:40:36:34:66 chr1 144916748 . C G 482.28 PASS AF=0.37415;AO=55;DP=147;FAO=55;FDP=147;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.0308468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0863;QD=13.1232;RBI=0.030974;REFB=-0.0142982;REVB=0.00280517;RO=92;SAF=23;SAR=32;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064781;STB=0.50368;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0321054;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:92:92:55:55:0.37415:32:23:39:53:32:23:39:53 chr1 144917546 . A G 739.14 PASS AF=0.5;AO=75;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0423278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7658;QD=19.4511;RBI=0.0660457;REFB=-0.00937962;REVB=-0.050699;RO=75;SAF=35;SAR=40;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073406;STB=0.546394;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0091486;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:75:76:75:76:0.5:40:35:29:46:40:36:29:47 chr1 144917841 . T C 531.6 PASS AF=0.397436;AO=62;DP=156;FAO=62;FDP=156;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.0321262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.721;QD=13.6307;RBI=0.0323157;REFB=-0.0117558;REVB=-0.00349453;RO=94;SAF=36;SAR=26;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983148;STB=0.555445;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.022075;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:94:94:62:62:0.397436:26:36:46:48:26:36:46:48 chr1 144918957 . T A 362.18 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0296846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.747;QD=13.5393;RBI=0.0340799;REFB=-0.00635688;REVB=0.016741;RO=64;SAF=12;SAR=31;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203821;STB=0.616036;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0121218;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:31:12:29:35:31:12:29:35 chr1 144921924 . G A 1036.69 PASS AF=0.451883;AO=107;DP=240;FAO=108;FDP=239;FR=.;FRO=131;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=-0.0234233;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6837;QD=17.3504;RBI=0.0278441;REFB=-0.0289666;REVB=0.0150547;RO=129;SAF=54;SAR=53;SRF=62;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237309;STB=0.520604;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0275015;OID=.;OPOS=144921924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:129:131:107:108:0.451883:53:54:62:67:52:56:63:68 chr1 144922583 . G A 609.71 PASS AF=0.404624;AO=69;DP=173;FAO=70;FDP=173;FR=.;FRO=103;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=-0.00818985;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4031;QD=14.0974;RBI=0.0171468;REFB=-0.014518;REVB=-0.0150645;RO=103;SAF=31;SAR=38;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901644;STB=0.554273;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0239499;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:103:103:69:70:0.404624:38:31:55:48:39:31:55:48 chr1 144923728 . GT G 781.82 PASS AF=0.462633;AO=126;DP=292;FAO=130;FDP=281;FR=.;FRO=151;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=61;FSRR=90;FWDB=0.101137;FXX=0.0409542;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.7437;QD=11.1291;RBI=0.110388;REFB=0.0227232;REVB=-0.0442366;RO=148;SAF=63;SAR=63;SRF=59;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099166;STB=0.551594;STBP=0.088;TYPE=del;VARB=-0.0224713;OID=.;OPOS=144923729;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462633:126:292:130:281:151:65:65:61:90:99:148:63:63:59:89 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 1634.12 PASS AF=1;AO=102;DP=167;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163514;FXX=0.269484;HRUN=1;LEN=14;MLLD=351.412;QD=63.4609;RBI=0.0208423;REFB=0;REVB=0.0129242;RO=45;SAF=38;SAR=64;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.57995e-05;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:102:167:103:103:0:38:65:0:0:9:45:38:64:30:15 chr1 144930596 . C A 481.53 PASS AF=0.376623;AO=55;DP=154;FAO=58;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.0150027;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.569;QD=12.5073;RBI=0.0161335;REFB=-0.013423;REVB=-0.00593368;RO=68;SAF=34;SAR=21;SRF=52;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161394;STB=0.528327;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0213449;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:68:96:55:58:0.376623:21:34:52:16:24:34:52:44 chr1 144930940 . T C 477.41 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0480526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9551;QD=19.6869;RBI=0.0516773;REFB=-0.022512;REVB=-0.0190131;RO=50;SAF=20;SAR=27;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14313;STB=0.579467;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0218469;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:27:20:29:21:27:20:29:21 chr1 144931330 . C T 758.02 PASS AF=0.5;AO=78;DP=156;FAO=78;FDP=156;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.00223525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1239;QD=19.4363;RBI=0.0212227;REFB=-0.00580979;REVB=0.0211047;RO=78;SAF=21;SAR=57;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174251;STB=0.596435;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00735744;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:78:78:78:78:0.5:57:21:34:44:57:21:34:44 chr1 144931392 . G A 798.5 PASS AF=0.512658;AO=81;DP=158;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=58;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0144869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3516;QD=20.2153;RBI=0.0312322;REFB=0.00142527;REVB=-0.0276691;RO=77;SAF=23;SAR=58;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158245;STB=0.587293;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00168747;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:77:77:81:81:0.512658:58:23:34:43:58:23:34:43 chr1 144952220 . C T 122.84 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=12;FWDB=-0.0130887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.195;QD=5.84942;RBI=0.0130889;REFB=-0.00956766;REVB=7.30287e-05;RO=64;SAF=11;SAR=8;SRF=52;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329046;STB=0.699287;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0300325;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:64:65:19:19:0.22619:8:11:52:12:8:11:53:12 chr1 144994658 . C A 944.31 PASS AF=0.510989;AO=93;DP=182;FAO=93;FDP=182;FR=.;FRO=89;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=0.0120599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.292;QD=20.754;RBI=0.0164168;REFB=-0.0207469;REVB=0.0111388;RO=89;SAF=59;SAR=34;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474268;STB=0.526052;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0205398;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:89:89:93:93:0.510989:34:59:52:37:34:59:52:37 chr1 145014103 . G C 216.38 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0104957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.325;QD=11.0962;RBI=0.0488333;REFB=-0.0179401;REVB=0.0476921;RO=51;SAF=9;SAR=18;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205066;STB=0.619378;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0286814;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:18:9:26:25:18:9:26:25 chr1 145014263 . C T 220.25 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0304296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8754;QD=13.3483;RBI=0.039012;REFB=-0.0372436;REVB=-0.0244125;RO=38;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714962;STB=0.542825;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0493126;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:38:39:26:27:0.409091:18:8:14:24:19:8:14:25 chr1 145018023 . G T 273.25 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00809294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7724;QD=14.9726;RBI=0.0558103;REFB=0.00341903;REVB=0.0552204;RO=41;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530179;STB=0.555128;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00386323;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:31:31:0.424658:16:15:22:19:17:14:23:19 chr1 145038889 . G A 91.71 PASS AF=0.146154;AO=19;DP=130;FAO=19;FDP=130;FR=.;FRO=111;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=66;FWDB=-0.0154006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.88;QD=2.82189;RBI=0.0294398;REFB=-0.00644897;REVB=-0.0250904;RO=111;SAF=5;SAR=14;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198178;STB=0.636211;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0423338;OID=.;OPOS=145038889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:130:130:111:111:19:19:0.146154:14:5:45:66:14:5:45:66 chr1 145038952 . C T 303.85 PASS AF=0.266667;AO=43;DP=164;FAO=44;FDP=165;FR=.;FRO=121;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=65;FWDB=-0.002182;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.712;QD=7.36593;RBI=0.00940416;REFB=-0.00642794;REVB=-0.00914752;RO=121;SAF=20;SAR=23;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286897;STB=0.506102;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0207972;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:121:121:43:44:0.266667:23:20:56:65:24:20:56:65 chr1 145038954 . G T 133.73 PASS AF=0.162651;AO=27;DP=159;FAO=27;FDP=166;FR=.;FRO=139;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=66;FSRR=73;FWDB=-0.0384809;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.7778;QD=3.22241;RBI=0.0528096;REFB=-0.00519319;REVB=0.0361673;RO=132;SAF=10;SAR=17;SRF=62;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129773;STB=0.589349;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.013801;OID=.;OPOS=145038954;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:166:132:139:27:27:0.162651:17:10:62:70:17:10:66:73 chr1 145039562 . C T 193.7 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0429918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.873;QD=10.195;RBI=0.0526031;REFB=-0.0142688;REVB=-0.0303116;RO=51;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108157;STB=0.506324;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0316662;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:13:12:24:27:13:12:24:27 chr1 145075683 . C T 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0118618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.866;QD=16.5041;RBI=0.0298041;REFB=-0.0414971;REVB=-0.027342;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113145;STB=0.571375;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0471013;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:13:13:11:18:13:13:11:19 chr1 145075854 . G C 286.55 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00533407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.407;QD=22.9237;RBI=0.0247399;REFB=-0.0285784;REVB=0.0241581;RO=19;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134053;STB=0.545419;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0176672;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:19:23:25:26:0.52:9:16:9:10:10:16:12:11 chr1 145103928 . G A 389.47 PASS AF=0.286486;AO=53;DP=186;FAO=53;FDP=185;FR=.;FRO=132;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=75;FSRR=57;FWDB=-0.0289283;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.3;QD=8.42104;RBI=0.0341413;REFB=-0.0109696;REVB=-0.0181324;RO=132;SAF=30;SAR=23;SRF=75;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00265348;STB=0.501557;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0275853;OID=.;OPOS=145103928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:132:132:53:53:0.286486:23:30:75:57:23:30:75:57 chr1 145103947 . T C 383.31 PASS AF=0.273196;AO=53;DP=191;FAO=53;FDP=194;FR=.;FRO=141;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=77;FSRR=64;FWDB=-0.0181653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.095;QD=7.90338;RBI=0.0237452;REFB=-0.00914605;REVB=-0.0152924;RO=136;SAF=31;SAR=22;SRF=77;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234454;STB=0.528747;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0250746;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:194:136:141:53:53:0.273196:22:31:77:59:22:31:77:64 chr1 145109549 . G T 495.51 PASS AF=0.173599;AO=94;DP=553;FAO=96;FDP=553;FR=.;FRO=457;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=216;FSRR=241;FWDB=-0.0170741;FXX=0.00180502;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.936;QD=3.58415;RBI=0.017169;REFB=0.00165507;REVB=0.00180221;RO=455;SAF=46;SAR=48;SRF=216;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190624;STB=0.514007;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.0108727;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:553:553:455:457:94:96:0.173599:48:46:216:239:49:47:216:241 chr1 145109583 . C A 2208.6 PASS AF=0.412564;AO=241;DP=586;FAO=243;FDP=589;FR=.;FRO=346;FSAF=109;FSAR=134;FSRF=151;FSRR=195;FWDB=0.00457518;FXX=0.00506748;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9776;QD=14.999;RBI=0.0523851;REFB=0.000170557;REVB=0.0521849;RO=337;SAF=109;SAR=132;SRF=148;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138947;STB=0.50722;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.000488347;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:586:589:337:346:241:243:0.412564:132:109:148:189:134:109:151:195 chr1 145109661 . G A 488.21 PASS AF=0.188559;AO=89;DP=474;FAO=89;FDP=472;FR=.;FRO=383;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=138;FSRR=245;FWDB=-0.0117697;FXX=0.010482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.239;QD=4.13738;RBI=0.01219;REFB=-0.00374017;REVB=0.00317349;RO=383;SAF=41;SAR=48;SRF=137;SRR=246;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137442;STB=0.582996;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.020112;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:474:472:383:383:89:89:0.188559:48:41:137:246:48:41:138:245 chr1 145112414 . T C 260.51 PASS AF=0.245399;AO=40;DP=163;FAO=40;FDP=163;FR=.;FRO=123;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=71;FSRR=52;FWDB=0.0113969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.906;QD=6.39287;RBI=0.0149732;REFB=-0.0111208;REVB=0.00971114;RO=123;SAF=21;SAR=19;SRF=71;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659257;STB=0.539653;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0272779;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:123:123:40:40:0.245399:19:21:71:52:19:21:71:52 chr1 145112420 . C T 255.63 PASS AF=0.246835;AO=38;DP=159;FAO=39;FDP=158;FR=.;FRO=119;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=0.0125416;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1328;QD=6.47171;RBI=0.0144739;REFB=-0.0114111;REVB=-0.00722504;RO=118;SAF=24;SAR=14;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136221;STB=0.593002;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0541478;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:118:119:38:39:0.246835:14:24:62:56:14:25:62:57 chr1 145112428 . C T 240.63 PASS AF=0.23871;AO=36;DP=154;FAO=37;FDP=155;FR=.;FRO=118;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=66;FSRR=52;FWDB=-0.0277626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.588;QD=6.20981;RBI=0.0329656;REFB=-0.00419983;REVB=-0.0177755;RO=118;SAF=18;SAR=18;SRF=66;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748014;STB=0.534946;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.012525;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:118:118:36:37:0.23871:18:18:66:52:18:19:66:52 chr1 145112485 . C T 165.52 PASS AF=0.194444;AO=28;DP=144;FAO=28;FDP=144;FR=.;FRO=116;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.0212284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2596;QD=4.59774;RBI=0.0224845;REFB=0.00537839;REVB=0.00741006;RO=116;SAF=18;SAR=10;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174158;STB=0.610244;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0200271;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:116:116:28:28:0.194444:10:18:59:57:10:18:59:57 chr1 145112501 . C T 98.55 PASS AF=0.150376;AO=20;DP=133;FAO=20;FDP=133;FR=.;FRO=113;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=-0.018268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3147;QD=2.96387;RBI=0.0560363;REFB=-0.00728965;REVB=-0.0529749;RO=110;SAF=12;SAR=8;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704225;STB=0.559573;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0341891;OID=.;OPOS=145112501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:133:133:110:113:20:20:0.150376:8:12:60:50:8:12:60:53 chr1 145115810 . A G 1581.48 PASS AF=0.431122;AO=169;DP=392;FAO=169;FDP=392;FR=.;FRO=223;FSAF=77;FSAR=92;FSRF=90;FSRR=133;FWDB=0.00627343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.965;QD=16.1375;RBI=0.0102412;REFB=-0.0112273;REVB=-0.00809483;RO=223;SAF=77;SAR=92;SRF=90;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540777;STB=0.529991;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0134269;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:392:223:223:169:169:0.431122:92:77:90:133:92:77:90:133 chr1 145115820 . T C 443.27 PASS AF=0.2;AO=77;DP=385;FAO=77;FDP=385;FR=.;FRO=308;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=133;FSRR=175;FWDB=-0.017672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.65;QD=4.6054;RBI=0.0179059;REFB=-0.00112607;REVB=0.00288447;RO=308;SAF=31;SAR=46;SRF=133;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388349;STB=0.524065;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00978176;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:308:308:77:77:0.2:46:31:133:175:46:31:133:175 chr1 145116147 . T TA 201.06 PASS AF=0.244635;AO=50;DP=234;FAO=57;FDP=233;FR=.;FRO=176;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=105;FSRR=71;FWDB=0.045868;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.5393;QD=3.45166;RBI=0.0548367;REFB=-0.0078104;REVB=-0.030053;RO=179;SAF=30;SAR=20;SRF=108;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00446329;STB=0.542437;STBP=0.472;TYPE=ins;VARB=0.0254261;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244635:50:234:57:233:176:37:20:105:71:99:179:30:20:108:71 chr1 145116310 . TG GT,TT 155.46 PASS AF=0,0.542857;AO=2,12;DP=33;FAO=0,19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=0,13;FSAR=0,6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.109066,0.0223972;FXX=0.0277701;HRUN=11,1;LEN=2,1;MLLD=21.4733,200.085;QD=17.7673;RBI=0.109077,0.0238261;REFB=0.0194099,-0.0217955;REVB=-0.00153857,-0.00812699;RO=16;SAF=0,7;SAR=2,5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.560396,0.0208227;STB=0.5,0.59081;STBP=1,0.292;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0061607,0.0301627;OID=.,.;OPOS=145116310,145116311;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:33:35:16:16:2,12:0,19:0,0.542857:2,5:0,7:9:7:0,6:0,13:8:8 chr1 145116319 . G T 78.78 PASS AF=0.366667;AO=7;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.020498;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.607;QD=10.5041;RBI=0.0209269;REFB=-0.0130505;REVB=0.00421506;RO=22;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464184;STB=0.512173;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0390094;OID=.;OPOS=145116319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:29:30:22:19:7:11:0.366667:6:1:11:11:6:5:9:10 chr1 145116326 . TG GT,TT 475.18 PASS AF=0.136364,0.772727;AO=3,26;DP=35;FAO=6,34;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=3,17;FSAR=3,17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0102353,0.023442;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=2,1;MLLD=16.8319,137.812;QD=43.1986;RBI=0.128417,0.0471467;REFB=-0.0846277,-0.0311281;REVB=0.128009,0.0409058;RO=2;SAF=3,12;SAR=0,14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.692188,-0.00512114;STB=0.599679,0.5263;STBP=0.529,0.357;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0464733,0.0175224;OID=.,.;OPOS=145116326,145116327;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:35:44:2:4:3,26:6,34:0.136364,0.772727:0,14:3,12:1:1:3,17:3,17:3:1 chr1 145273302 . A G 273.57 PASS AF=0.258278;AO=38;DP=149;FAO=39;FDP=151;FR=.;FRO=112;FSAF=1;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=111;FWDB=-0.00104384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5767;QD=7.24694;RBI=0.0481709;REFB=-0.00667916;REVB=-0.0481596;RO=111;SAF=1;SAR=37;SRF=1;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290894;STB=0.662165;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0173722;OID=.;OPOS=145273302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:111:112:38:39:0.258278:37:1:1:110:38:1:1:111 chr1 145273345 . T C 375.32 PASS AF=0.26601;AO=54;DP=203;FAO=54;FDP=203;FR=.;FRO=149;FSAF=1;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=148;FWDB=-0.026124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.889;QD=7.39539;RBI=0.0278292;REFB=-0.0042313;REVB=0.00959164;RO=149;SAF=1;SAR=53;SRF=1;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273941;STB=0.654683;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0112391;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:149:149:54:54:0.26601:53:1:1:148:53:1:1:148 chr1 145273431 . A G 77.91 PASS AF=0.104478;AO=21;DP=201;FAO=21;FDP=201;FR=.;FRO=180;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=146;FWDB=-0.0497916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5786;QD=1.55038;RBI=0.0745155;REFB=0.00257718;REVB=-0.0554379;RO=180;SAF=6;SAR=15;SRF=34;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166066;STB=0.616763;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0262661;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:201:201:180:180:21:21:0.104478:15:6:34:146:15:6:34:146 chr1 145281408 . C T 154.79 PASS AF=0.148649;AO=33;DP=222;FAO=33;FDP=222;FR=.;FRO=189;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=103;FSRR=86;FWDB=-0.0247038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.738;QD=2.78903;RBI=0.0247149;REFB=-0.00423164;REVB=0.000743325;RO=189;SAF=21;SAR=12;SRF=103;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120241;STB=0.580323;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0257887;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:189:189:33:33:0.148649:12:21:103:86:12:21:103:86 chr1 145281543 . C T 445.51 PASS AF=0.287037;AO=62;DP=216;FAO=62;FDP=216;FR=.;FRO=154;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=68;FSRR=86;FWDB=-0.0113309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.758;QD=8.25012;RBI=0.0282691;REFB=-0.0166755;REVB=-0.0258989;RO=154;SAF=33;SAR=29;SRF=68;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110065;STB=0.564376;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0339638;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:154:154:62:62:0.287037:29:33:68:86:29:33:68:86 chr1 145281613 . C A 94.65 PASS AF=0.132075;AO=21;DP=159;FAO=21;FDP=159;FR=.;FRO=138;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=69;FSRR=69;FWDB=0.0211191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.645;QD=2.38106;RBI=0.0215383;REFB=-0.00377892;REVB=0.00422902;RO=138;SAF=4;SAR=17;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404008;STB=0.782684;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0116477;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:159:159:138:138:21:21:0.132075:17:4:69:69:17:4:69:69 chr1 145281633 . C A 77.8 PASS AF=0.116564;AO=19;DP=163;FAO=19;FDP=163;FR=.;FRO=144;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=79;FSRR=65;FWDB=-0.0358219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.754;QD=1.90931;RBI=0.0380736;REFB=-0.0089393;REVB=-0.0128995;RO=144;SAF=5;SAR=14;SRF=79;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348532;STB=0.74831;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0484568;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:163:163:144:144:19:19:0.116564:14:5:79:65:14:5:79:65 chr1 145281656 . A T 81.28 PASS AF=0.121019;AO=19;DP=157;FAO=19;FDP=157;FR=.;FRO=138;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=82;FSRR=56;FWDB=-0.0485421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5836;QD=2.07078;RBI=0.0521784;REFB=-0.00729959;REVB=-0.0191376;RO=135;SAF=4;SAR=15;SRF=81;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465431;STB=0.819252;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0428886;OID=.;OPOS=145281656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:157:157:135:138:19:19:0.121019:15:4:81:54:15:4:82:56 chr1 145290409 . G A 144.01 PASS AF=0.155914;AO=29;DP=187;FAO=29;FDP=186;FR=.;FRO=157;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=68;FSRR=89;FWDB=0.00597073;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.793;QD=3.09697;RBI=0.00671594;REFB=-4.75239e-05;REVB=0.00307477;RO=153;SAF=15;SAR=14;SRF=66;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109916;STB=0.570695;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.000193156;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:153:157:29:29:0.155914:14:15:66:87:14:15:68:89 chr1 145290498 . T G 77.76 PASS AF=0.133858;AO=17;DP=128;FAO=17;FDP=127;FR=.;FRO=110;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=0.0350788;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.118;QD=2.4491;RBI=0.0350804;REFB=-0.00137567;REVB=-0.000332698;RO=109;SAF=6;SAR=11;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169006;STB=0.613866;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0158513;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:128:127:109:110:17:17:0.133858:11:6:53:56:11:6:53:57 chr1 145293420 . C T 189.02 PASS AF=0.157676;AO=38;DP=241;FAO=38;FDP=241;FR=.;FRO=203;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=107;FSRR=96;FWDB=-0.0219812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.518;QD=3.13725;RBI=0.0439844;REFB=-0.00183815;REVB=-0.038098;RO=196;SAF=26;SAR=12;SRF=106;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192281;STB=0.637528;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00819984;OID=.;OPOS=145293420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:196:203:38:38:0.157676:12:26:106:90:12:26:107:96 chr1 145293425 . C A 125.76 PASS AF=0.115385;AO=33;DP=285;FAO=33;FDP=286;FR=.;FRO=253;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=149;FSRR=104;FWDB=-0.00414051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.701;QD=1.75889;RBI=0.00997508;REFB=-0.000529298;REVB=-0.00907515;RO=251;SAF=18;SAR=15;SRF=149;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613821;STB=0.539034;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00802597;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:286:251:253:33:33:0.115385:15:18:149:102:15:18:149:104 chr1 145293469 . G C 175.04 PASS AF=0.0967742;AO=57;DP=591;FAO=57;FDP=589;FR=.;FRO=532;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=264;FSRR=268;FWDB=-0.00681856;FXX=0.00338404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.82;QD=1.18874;RBI=0.0239137;REFB=-0.00151431;REVB=-0.022921;RO=529;SAF=32;SAR=25;SRF=261;SRR=268;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828792;STB=0.558873;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0147347;OID=.;OPOS=145293469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:591:589:529:532:57:57:0.0967742:25:32:261:268:25:32:264:268 chr1 145293490 . G C 146.59 PASS AF=0.0849478;AO=57;DP=671;FAO=57;FDP=671;FR=.;FRO=614;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=309;FSRR=305;FWDB=-0.0316281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9233;QD=0.873843;RBI=0.0365764;REFB=-0.00275738;REVB=-0.0183712;RO=605;SAF=33;SAR=24;SRF=307;SRR=298;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850012;STB=0.569448;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0405513;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:671:671:605:614:57:57:0.0849478:24:33:307:298:24:33:309:305 chr1 145293498 . G C 164.03 PASS AF=0.0891239;AO=59;DP=664;FAO=59;FDP=662;FR=.;FRO=603;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=306;FSRR=297;FWDB=-0.00446308;FXX=0.003012;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.647;QD=0.991085;RBI=0.0266611;REFB=-0.00412644;REVB=0.0262849;RO=579;SAF=32;SAR=27;SRF=295;SRR=284;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396976;STB=0.531845;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0271123;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:664:662:579:603:59:59:0.0891239:27:32:295:284:27:32:306:297 chr1 145293510 . C G 167.01 PASS AF=0.089939;AO=59;DP=658;FAO=59;FDP=656;FR=.;FRO=597;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=302;FSRR=295;FWDB=-0.0238869;FXX=0.00455228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1341;QD=1.01833;RBI=0.0245309;REFB=-0.0054494;REVB=0.00558364;RO=590;SAF=33;SAR=26;SRF=298;SRR=292;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652469;STB=0.548758;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0664176;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:658:656:590:597:59:59:0.089939:26:33:298:292:26:33:302:295 chr1 145293515 . A G 1370.27 PASS AF=0.289269;AO=186;DP=644;FAO=186;FDP=643;FR=.;FRO=457;FSAF=86;FSAR=100;FSRF=238;FSRR=219;FWDB=0.0038902;FXX=0.00155277;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.159;QD=8.52424;RBI=0.0129357;REFB=-0.0125021;REVB=-0.0123369;RO=452;SAF=86;SAR=100;SRF=235;SRR=217;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702427;STB=0.541494;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0310954;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:644:643:452:457:186:186:0.289269:100:86:235:217:100:86:238:219 chr1 145293549 . C T 314.56 PASS AF=0.133333;AO=76;DP=570;FAO=76;FDP=570;FR=.;FRO=494;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=253;FSRR=241;FWDB=-0.00584006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.592;QD=2.20745;RBI=0.00701766;REFB=-0.000710665;REVB=0.00389118;RO=491;SAF=38;SAR=38;SRF=250;SRR=241;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117589;STB=0.510524;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00603247;OID=.;OPOS=145293549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:570:570:491:494:76:76:0.133333:38:38:250:241:38:38:253:241 chr1 145293566 . G A 921.97 PASS AF=0.249545;AO=137;DP=549;FAO=137;FDP=549;FR=.;FRO=412;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=211;FSRR=201;FWDB=-0.00435181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.409;QD=6.71746;RBI=0.0224893;REFB=-0.00442589;REVB=0.0220642;RO=410;SAF=73;SAR=64;SRF=211;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230457;STB=0.515576;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0126019;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:549:549:410:412:137:137:0.249545:64:73:211:199:64:73:211:201 chr1 145296372 . A G 713.98 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259277;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.236;QD=63.4645;RBI=0.0264053;REFB=0;REVB=0.00499967;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259065;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr1 145296478 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.859;QD=33.4282;RBI=0.082011;REFB=0;REVB=-0.0256467;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016703;OID=.;OPOS=145296478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 145311083 . A C 2548.28 PASS AF=0.547945;AO=223;DP=421;FAO=240;FDP=438;FR=.;FRO=198;FSAF=153;FSAR=87;FSRF=133;FSRR=65;FWDB=0.0082659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.349;QD=23.2719;RBI=0.0237763;REFB=-0.0235962;REVB=0.0222932;RO=194;SAF=151;SAR=72;SRF=133;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827405;STB=0.516888;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0183023;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:438:194:198:223:240:0.547945:72:151:133:61:87:153:133:65 chr1 145311110 . G C 489.1 PASS AF=0.196796;AO=86;DP=437;FAO=86;FDP=437;FR=.;FRO=351;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=231;FSRR=120;FWDB=0.00311311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.077;QD=4.4769;RBI=0.0250769;REFB=-0.00699791;REVB=0.0248829;RO=343;SAF=54;SAR=32;SRF=223;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311474;STB=0.52631;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0148729;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:437:343:351:86:86:0.196796:32:54:223:120:32:54:231:120 chr1 145311828 . C G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.222;QD=55.41;RBI=0.0197728;REFB=-0.0363991;REVB=-0.0119208;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00123723;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:0:1:32:25:0:1 chr1 145368461 . A C 937.04 PASS AF=0.472362;AO=94;DP=198;FAO=94;FDP=199;FR=.;FRO=105;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=58;FSRR=47;FWDB=-0.00678392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.759;QD=18.835;RBI=0.0117836;REFB=-0.0200361;REVB=-0.00963489;RO=104;SAF=46;SAR=48;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649452;STB=0.533212;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0226103;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:104:105:94:94:0.472362:48:46:58:46:48:46:58:47 chr1 145379324 . C A 82.64 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0419878;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.425;QD=8.47595;RBI=0.0421928;REFB=-0.00142985;REVB=-0.00415444;RO=28;SAF=3;SAR=8;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485095;STB=0.792627;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00131015;OID=.;OPOS=145379324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:39:28:28:11:11:0.282051:8:3:20:8:8:3:20:8 chr1 145379371 . TCACCATTA T 50.0 PASS AO=90;DP=386;LEN=8;RO=296;SAF=46;SAR=50;SRF=135;SRR=155;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=145379372;OREF=CACCATTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:386:296:90:50:46:135:155 chr1 145397942 . A T 236.96 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00317208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.564;QD=26.3291;RBI=0.0333775;REFB=-0.037562;REVB=-0.0332264;RO=12;SAF=4;SAR=18;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164591;STB=0.562439;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0209044;OID=.;OPOS=145397942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:12:14:22:22:0.611111:18:4:2:10:18:4:4:10 chr1 145397947 . A G 271.12 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0152485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0749;QD=30.1244;RBI=0.0247182;REFB=0.0259745;REVB=0.0194544;RO=12;SAF=6;SAR=18;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701437;STB=0.538431;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00809269;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:18:6:2:10:18:6:2:10 chr1 145399229 . C T 305.49 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0157027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.124;QD=17.7097;RBI=0.0297743;REFB=-0.0314627;REVB=-0.0252969;RO=36;SAF=11;SAR=22;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262378;STB=0.646968;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.038602;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:22:11:22:14:22:11:22:14 chr1 145399309 . G A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.0404444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.785;QD=20.2742;RBI=0.0405282;REFB=0.0103512;REVB=-0.00260563;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33127;STB=0.68348;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0188188;OID=.;OPOS=145399309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:3:21:12:11:3:21 chr1 145417510 . A T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00520532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.729;QD=17.8402;RBI=0.00860114;REFB=0.00591804;REVB=0.00684721;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00447607;OID=.;OPOS=145417510;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:9:5:5:9:9:5 chr1 145440096 . G A 209.68 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0230801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.3553;QD=18.6382;RBI=0.0234435;REFB=-0.0323873;REVB=-0.00411187;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121916;STB=0.556908;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0282566;OID=.;OPOS=145440096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:21:21:0.466667:11:10:14:9:11:10:14:10 chr1 145442254 . G C 1136.94 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0337;QD=59.839;RBI=0.0730094;REFB=0;REVB=0.0276487;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348958;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:71:76:1:42:29:0:0:42:34:0:0 chr1 145498627 . C T 297.78 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.00837589;FXX=0.0504999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8093;QD=12.6716;RBI=0.0880077;REFB=0.00263442;REVB=-0.0876082;RO=55;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178422;STB=0.592493;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00263653;OID=.;OPOS=145498627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:94:55:60:34:34:0.361702:16:18:20:35:16:18:23:37 chr1 145509217 . C G 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00855044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.906;QD=17.2231;RBI=0.0142754;REFB=-0.00998518;REVB=0.0114315;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115894;STB=0.565015;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0121574;OID=.;OPOS=145509217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:19:13:19:17:19:13:19:17 chr1 145532549 . T C 1306.08 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00559509;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.92;QD=60.7478;RBI=0.00577751;REFB=0.0233199;REVB=0.00144035;RO=1;SAF=35;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133408;STB=0.506848;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-4.69155e-05;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:84:85:0.988372:49:35:1:0:49:36:1:0 chr1 145562293 . G C 306.25 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0754329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.183;QD=53.2614;RBI=0.0780018;REFB=0;REVB=0.0198534;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389097;OID=.;OPOS=145562293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr1 145586309 . C T 1525.69 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0037476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.381;QD=59.831;RBI=0.0355482;REFB=0;REVB=0.0353501;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5445e-05;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:57:45:0:0:57:45:0:0 chr1 145586403 . G T 1739.9 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00709818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.435;QD=60.5182;RBI=0.0237925;REFB=0;REVB=0.022709;RO=0;SAF=42;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47005e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59347e-06;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:72:42:0:0:73:42:0:0 chr1 145588905 . G A 462.68 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00718859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.739;QD=52.8774;RBI=0.0118599;REFB=-0.114445;REVB=-0.00943294;RO=2;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716814;STB=0.538438;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00873432;OID=.;OPOS=145588905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:12:21:0:2:12:21:0:2 chr1 145589225 . C T 39.5 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.100113;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.6495;QD=3.67442;RBI=0.114433;REFB=-0.0438241;REVB=0.0554292;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549563;STB=0.758798;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.209178;OID=.;OPOS=145589225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:43:43:24:36:7:7:0.162791:2:5:5:19:2:5:14:22 chr1 146215138 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833006;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=402.317;QD=33.4285;RBI=0.0163653;REFB=0;REVB=0.0140866;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188152;OID=.;OPOS=146215138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr1 146215223 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2642;QD=33.4284;RBI=0.0237168;REFB=0;REVB=-0.0023722;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113872;OID=.;OPOS=146215223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr1 146215232 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.001;QD=33.4285;RBI=0.0235138;REFB=0;REVB=0.0140645;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584235;OID=.;OPOS=146215232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr1 146215276 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.52;QD=33.4285;RBI=0.0742967;REFB=0;REVB=-0.0726211;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000874181;OID=.;OPOS=146215276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr1 146395447 . A G 264.52 PASS AF=0.272059;AO=37;DP=136;FAO=37;FDP=136;FR=.;FRO=99;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=67;FSRR=32;FWDB=-0.0114047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.854;QD=7.77997;RBI=0.0165018;REFB=-0.00953108;REVB=-0.0119265;RO=97;SAF=19;SAR=18;SRF=67;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220412;STB=0.619635;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0283802;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:97:99:37:37:0.272059:18:19:67:30:18:19:67:32 chr1 146672906 . C T 2126.21 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.777;QD=62.5355;RBI=0.0185542;REFB=0;REVB=-0.0074076;RO=0;SAF=57;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213374;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:134:136:1:77:57:0:0:77:59:0:0 chr1 146714392 . G C 462.08 PASS AF=0.745455;AO=39;DP=53;FAO=41;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0152597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.178;QD=33.6061;RBI=0.0164062;REFB=-0.0131744;REVB=0.00602544;RO=13;SAF=16;SAR=23;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122853;STB=0.502701;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00409275;OID=.;OPOS=146714392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:53:55:13:14:39:41:0.745455:23:16:5:8:23:18:6:8 chr1 146728162 . T TA 568.06 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0825221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.63;QD=47.338;RBI=0.115176;REFB=0;REVB=-0.0803468;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00392667;OID=.;OPOS=146728163;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:48:48:48:0:22:26:0:0:10:0:22:26:0:0 chr1 146751782 . A C 2102.73 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.69;QD=62.7681;RBI=0.0321663;REFB=0;REVB=0.0295522;RO=0;SAF=60;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67257e-05;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:74:60:0:0:74:60:0:0 chr1 146767149 . G T 1565.99 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.516;QD=59.6566;RBI=0.0177219;REFB=0;REVB=-0.0122191;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306072;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:55:49:0:0:56:49:0:0 chr1 147119273 . G A 315.8 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00373996;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.553;QD=19.7375;RBI=0.00640869;REFB=-0.0130043;REVB=-0.00520423;RO=31;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00257564;STB=0.501432;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00522868;OID=.;OPOS=147119273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:31:31:33:33:0.515625:15:18:17:14:15:18:17:14 chr1 147121977 . C T 1526.93 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154482;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.685;QD=59.8797;RBI=0.0174107;REFB=0;REVB=0.017342;RO=0;SAF=67;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98577e-05;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:35:67:0:0:35:67:0:0 chr1 147124310 . T G 460.41 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.020038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3008;QD=23.9177;RBI=0.0440275;REFB=-0.0368967;REVB=0.0392034;RO=33;SAF=20;SAR=24;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117926;STB=0.564677;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0166977;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:24:20:20:13:24:20:20:13 chr1 147229299 . G A 167.34 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0229058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1092;QD=41.8356;RBI=0.0271966;REFB=0.0314823;REVB=-0.0146623;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0247516;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:0:1:8:7:0:1 chr1 147230978 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0174962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.566;QD=18.6418;RBI=0.0229337;REFB=-0.0183088;REVB=-0.0148269;RO=26;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199228;STB=0.611029;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0192564;OID=.;OPOS=147230978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:11:14:20:6:11:14:20:6 chr1 147716794 . C T 225.53 PASS AF=0.29;AO=28;DP=100;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.000993854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.843;QD=9.021;RBI=0.00229064;REFB=-0.00343847;REVB=-0.00206381;RO=69;SAF=11;SAR=17;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00195274;STB=0.521724;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00922785;OID=.;OPOS=147716794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:69:71:28:29:0.29:17:11:27:42:18:11:29:42 chr1 147719046 . G C 346.08 PASS AF=0.302632;AO=46;DP=152;FAO=46;FDP=152;FR=.;FRO=106;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=63;FWDB=0.0669876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4929;QD=9.10734;RBI=0.0687308;REFB=-0.00491659;REVB=0.0153814;RO=106;SAF=23;SAR=23;SRF=43;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112939;STB=0.565761;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0119317;OID=.;OPOS=147719046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:106:106:46:46:0.302632:23:23:43:63:23:23:43:63 chr1 147735804 . G GT 34.79 PASS AF=0.306122;AO=17;DP=51;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.135972;FXX=0.019996;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.81066;QD=2.83999;RBI=0.139109;REFB=-0.0736886;REVB=-0.0293746;RO=30;SAF=3;SAR=14;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147716;STB=0.590778;STBP=0.462;TYPE=ins;VARB=0.0974851;OID=.;OPOS=147735805;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306122:17:51:15:49:34:3:12:10:24:34:30:3:14:8:22 chr1 147735828 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.070789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3406;QD=62.0215;RBI=0.0712582;REFB=0;REVB=-0.00816449;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011491;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr1 147781062 . A G 356.1 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0133119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.231;QD=16.5626;RBI=0.015511;REFB=-0.00959314;REVB=-0.00796157;RO=48;SAF=15;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126938;STB=0.571391;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00804338;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:23:15:25:23:23:15:25:23 chr1 147806874 . G C 388.95 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00906619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.643;QD=16.2062;RBI=0.0178065;REFB=-0.0147389;REVB=-0.0153257;RO=55;SAF=25;SAR=16;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177141;STB=0.599747;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0213664;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:16:25:24:31:16:25:24:31 chr1 147806880 . T C 1363.36 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00414142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.449;QD=61.2744;RBI=0.0804561;REFB=-0.126649;REVB=0.0803495;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106475;STB=0.505617;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00101062;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:43:44:1:0:44:44:1:0 chr1 147825770 . C T 370.52 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.011032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.771;QD=19.7609;RBI=0.0195262;REFB=-0.0122784;REVB=-0.016111;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256217;STB=0.505492;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0126981;OID=.;OPOS=147825770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:37:37:38:0.506667:23:14:15:22:23:15:15:22 chr1 148009349 . A G 94.64 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00754042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.249;QD=6.6417;RBI=0.038886;REFB=-0.000328481;REVB=0.0381479;RO=43;SAF=4;SAR=10;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356973;STB=0.721079;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00125408;OID=.;OPOS=148009349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:10:4:25:18:10:4:25:18 chr1 148009510 . G A 136.37 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.0505791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.925;QD=6.99325;RBI=0.0526464;REFB=0.00210083;REVB=-0.0146083;RO=57;SAF=7;SAR=13;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409705;STB=0.737708;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00795283;OID=.;OPOS=148009510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:58:20:20:0.25641:13:7:40:17:13:7:40:18 chr1 148342488 . T C 84.04 PASS AF=0.107843;AO=22;DP=205;FAO=22;FDP=204;FR=.;FRO=182;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=116;FSRR=66;FWDB=0.00539092;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.313;QD=1.64785;RBI=0.0266531;REFB=-0.00663117;REVB=-0.0261022;RO=181;SAF=13;SAR=9;SRF=117;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072262;STB=0.543501;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0494944;OID=.;OPOS=148342488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:205:204:181:182:22:22:0.107843:9:13:117:64:9:13:116:66 chr1 149155848 . C T 659.49 PASS AF=0.640449;AO=56;DP=88;FAO=57;FDP=89;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00757224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.438;QD=29.64;RBI=0.0161162;REFB=-0.0203681;REVB=0.0142265;RO=32;SAF=23;SAR=33;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467891;STB=0.522504;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0133729;OID=.;OPOS=149155848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:32:32:56:57:0.640449:33:23:11:21:34:23:11:21 chr1 149211947 . C G 43.37 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.025192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8869;QD=1.90646;RBI=0.0581155;REFB=0.0028163;REVB=-0.0523715;RO=81;SAF=2;SAR=8;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407001;STB=0.802891;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0249141;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:91:81:81:10:10:0.10989:8:2:44:37:8:2:44:37 chr1 149211962 . T C 89.05 PASS AF=0.161616;AO=15;DP=97;FAO=16;FDP=99;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.17;QD=3.59808;RBI=0.0187821;REFB=-0.00594638;REVB=-0.0146125;RO=82;SAF=6;SAR=9;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185314;STB=0.648196;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0256283;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:97:99:82:83:15:16:0.161616:9:6:45:37:10:6:46:37 chr1 149211967 . G A 98.19 PASS AF=0.168224;AO=18;DP=107;FAO=18;FDP=107;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.0275434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.956;QD=3.67083;RBI=0.0287955;REFB=-0.00248261;REVB=-0.00839891;RO=89;SAF=8;SAR=10;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147621;STB=0.596602;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0128915;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:107:107:89:89:18:18:0.168224:10:8:50:39:10:8:50:39 chr1 149211975 . C A 124.98 PASS AF=0.191304;AO=22;DP=116;FAO=22;FDP=115;FR=.;FRO=93;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.000811939;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1407;QD=4.34698;RBI=0.0222418;REFB=0.00176784;REVB=-0.0222269;RO=94;SAF=12;SAR=10;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236044;STB=0.511172;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00758765;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:94:93:22:22:0.191304:10:12:53:41:10:12:52:41 chr1 149211992 . G A 209.74 PASS AF=0.235294;AO=32;DP=136;FAO=32;FDP=136;FR=.;FRO=104;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.0185892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.571;QD=6.16891;RBI=0.0223767;REFB=-0.00686485;REVB=-0.0124563;RO=102;SAF=21;SAR=11;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128006;STB=0.58665;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0165263;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:102:104:32:32:0.235294:11:21:57:45:11:21:57:47 chr1 149211998 . T G 218.76 PASS AF=0.23741;AO=33;DP=139;FAO=33;FDP=139;FR=.;FRO=106;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.0226005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.899;QD=6.29511;RBI=0.0347309;REFB=-0.0094801;REVB=-0.0263714;RO=106;SAF=22;SAR=11;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156996;STB=0.5959;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0293115;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:106:106:33:33:0.23741:11:22:58:48:11:22:58:48 chr1 149224135 . G C 134.44 PASS AF=0.126482;AO=31;DP=252;FAO=32;FDP=253;FR=.;FRO=221;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=121;FSRR=100;FWDB=-0.0361944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.243;QD=2.12546;RBI=0.03728;REFB=-0.00333211;REVB=-0.00893079;RO=221;SAF=17;SAR=14;SRF=121;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111056;STB=0.514277;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0211073;OID=.;OPOS=149224135;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:253:221:221:31:32:0.126482:14:17:121:100:15:17:121:100 chr1 149224148 . G A 493.65 PASS AF=0.275304;AO=68;DP=246;FAO=68;FDP=247;FR=.;FRO=179;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=93;FSRR=86;FWDB=-0.00493816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.269;QD=7.99425;RBI=0.00579214;REFB=-0.00270511;REVB=0.00302713;RO=178;SAF=40;SAR=28;SRF=92;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088849;STB=0.550444;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00693915;OID=.;OPOS=149224148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:178:179:68:68:0.275304:28:40:92:86:28:40:93:86 chr1 149286406 . T C 49.86 PASS AF=0.0944444;AO=15;DP=177;FAO=17;FDP=180;FR=.;FRO=163;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=104;FWDB=-0.0819197;FXX=0.0163925;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3955;QD=1.10805;RBI=0.0822847;REFB=-0.00414152;REVB=-0.00774166;RO=162;SAF=6;SAR=9;SRF=58;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515594;STB=0.508886;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0376112;OID=.;OPOS=149286406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:177:180:162:163:15:17:0.0944444:9:6:58:104:11:6:59:104 chr1 149286469 . C G 334.24 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.00897882;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.122;QD=19.0992;RBI=0.0131514;REFB=-0.00614069;REVB=0.00960933;RO=34;SAF=3;SAR=32;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203891;STB=0.639904;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00546272;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:35:35:35:0.5:32:3:6:28:32:3:7:28 chr1 149287392 . T G 801.3 PASS AF=0.412844;AO=89;DP=219;FAO=90;FDP=218;FR=.;FRO=128;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=65;FSRR=63;FWDB=-0.0204906;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.956;QD=14.7028;RBI=0.0216287;REFB=-0.0110545;REVB=-0.00692369;RO=128;SAF=34;SAR=55;SRF=65;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135096;STB=0.571116;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0156695;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:128:128:89:90:0.412844:55:34:65:63:55:35:65:63 chr1 149294658 . G A 551.59 PASS AF=0.375;AO=61;DP=170;FAO=66;FDP=176;FR=.;FRO=110;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=0.0188003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.478;QD=12.5362;RBI=0.0198595;REFB=-0.0112578;REVB=0.00639914;RO=109;SAF=31;SAR=30;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0062617;STB=0.507594;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0162614;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:176:109:110:61:66:0.375:30:31:56:53:31:35:57:53 chr1 149294693 . G C 626.63 PASS AF=0.40113;AO=71;DP=177;FAO=71;FDP=177;FR=.;FRO=106;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=0.0136023;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.392;QD=14.1611;RBI=0.0182195;REFB=-0.00971817;REVB=-0.0121213;RO=103;SAF=33;SAR=38;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218377;STB=0.521123;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0137735;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:103:106:71:71:0.40113:38:33:50:53:38:33:53:53 chr1 149298542 . CAAA AAAA,AAAC,CAA,C 141.89 PASS AF=0.04,0.2,0.16,0.44;AO=2,3,3,3;DP=19;FAO=1,5,4,11;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=0,5,1,7;FSAR=1,0,3,4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.015893,-0.0597146,-0.0530976,-0.0193788;FXX=0.0740466;HRUN=1,1,8,8;LEN=1,4,1,3;MLLD=130.188,67.8578,9.06507,29.5913;QD=22.7024;RBI=0.0160847,0.0598005,0.0681859,0.0270262;REFB=-0.00581671,0.0556068,0.0100288,0.00473413;REVB=-0.00247574,0.00320355,0.0427781,0.0188382;RO=3;SAF=0,3,2,1;SAR=2,0,1,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.599865,0.712642,0.255936,0;STB=0.988136,0.996873,0.64209,0.53839;STBP=0.488,0.072,0.45,0.694;TYPE=snp,mnp,del,del;VARB=0.113938,-0.0364449,0.165128,0.0285325;OID=.,.,.,.;OPOS=149298542,149298542,149298543,149298543;OREF=C,CAAA,A,AAA;OALT=A,AAAC,-,-;OMAPALT=AAAA,AAAC,CAA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:40:19:25:3:4:2,3,3,3:1,5,4,11:0.04,0.2,0.16,0.44:2,0,1,2:0,3,2,1:1:2:1,0,3,4:0,5,1,7:2:2 chr1 149298554 . C A 205.95 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0229979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2493;QD=23.5371;RBI=0.0386073;REFB=0.0388669;REVB=0.03101;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244495;STB=0.63675;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0334984;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:7:13:5:10:7:13:5:10 chr1 149298562 . GC AT 254.34 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00355866;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.313;QD=21.646;RBI=0.0309661;REFB=-0.00173205;REVB=-0.0307609;RO=21;SAF=15;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315479;STB=0.673436;STBP=0.032;TYPE=mnp;VARB=0.000414371;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:23:24:24:0.510638:9:15:5:16:9:15:6:17 chr1 149298603 . G A 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0401145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.203;QD=17.1584;RBI=0.0403204;REFB=-0.0122077;REVB=-0.00406944;RO=44;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170252;STB=0.595188;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0133701;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:17:20:16:28:17:20:16:28 chr1 149334339 . G C 1435.1 PASS AF=0.416887;AO=158;DP=379;FAO=158;FDP=379;FR=.;FRO=221;FSAF=62;FSAR=96;FSRF=89;FSRR=132;FWDB=0.00918845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.781;QD=15.1462;RBI=0.00920097;REFB=-0.00423775;REVB=-0.000479808;RO=219;SAF=62;SAR=96;SRF=89;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152396;STB=0.506286;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0062298;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:379:219:221:158:158:0.416887:96:62:89:130:96:62:89:132 chr1 149400301 . G C 622.76 PASS AF=0.582524;AO=60;DP=103;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0698426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.437;QD=24.185;RBI=0.07134;REFB=-0.0175009;REVB=0.0145399;RO=42;SAF=32;SAR=28;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083661;STB=0.539856;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0127131;OID=.;OPOS=149400301;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:43:60:60:0.582524:28:32:27:15:28:32:27:16 chr1 149514093 . A G 60.22 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.196;QD=34.4101;RBI=0.0812855;REFB=0;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133363;OID=.;OPOS=149514093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:1:0:5:7:1:0:5:1:0:0:7:0:0 chr1 149514101 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3579;QD=35.5743;RBI=0.019471;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156289;OID=.;OPOS=149514101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr1 149514121 . C T 45.57 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.213;QD=26.0394;RBI=0.0266627;REFB=-0.130404;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00639564;OID=.;OPOS=149514121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chr1 149514149 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.816;QD=35.5757;RBI=0.0485869;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238616;OID=.;OPOS=149514149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr1 149514179 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.7;QD=35.5759;RBI=0.0506574;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066061;OID=.;OPOS=149514179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr1 149514185 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.917;QD=35.5758;RBI=0.0111527;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000450986;OID=.;OPOS=149514185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr1 149664423 . A G 1093.78 PASS AF=0.659722;AO=85;DP=134;FAO=95;FDP=144;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.123621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.782;QD=30.3829;RBI=0.123999;REFB=-0.0278704;REVB=-0.00967197;RO=49;SAF=29;SAR=56;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107474;STB=0.531422;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0119913;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:144:49:49:85:95:0.659722:56:29:24:25:57:38:24:25 chr1 149676401 . A G 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0262593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.679;QD=12.0843;RBI=0.0435762;REFB=-0.00273447;REVB=-0.0347755;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105899;STB=0.562422;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00368579;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:14:16:7:9:14:16 chr1 149680227 . A G 849.91 PASS AF=0.953125;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00542046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.422;QD=53.1195;RBI=0.00552758;REFB=0.0915685;REVB=0.00108296;RO=3;SAF=28;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180068;STB=0.508976;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.000928951;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:64:3:3:60:61:0.953125:32:28:2:1:32:29:2:1 chr1 149680262 . A G 246.25 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0240722;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1539;QD=17.5896;RBI=0.0326334;REFB=0.0100387;REVB=-0.0220333;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192395;STB=0.607765;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00823701;OID=.;OPOS=149680262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:12:15:10:19:12:15:10:19 chr1 149684085 . T C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0232489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4464;QD=5.95795;RBI=0.0575957;REFB=-0.00343332;REVB=-0.0526949;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261347;STB=0.666173;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00113117;OID=.;OPOS=149684085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:5:13:3:3:5:13 chr1 149684119 . TA T 1111.42 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.37;QD=60.0766;RBI=0.0327281;REFB=0;REVB=-0.0153769;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.83182e-06;OID=.;OPOS=149684120;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:74:74:74:0:29:45:0:0:6:0:29:43:0:0 chr1 149684166 . G A 266.76 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.022687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7881;QD=13.507;RBI=0.105974;REFB=-0.0230689;REVB=-0.103517;RO=45;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504056;STB=0.513266;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0297206;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:45:48:31:31:0.392405:20:11:18:27:20:11:18:30 chr1 149684169 . G A 266.57 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0291827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.244;QD=13.4974;RBI=0.0305305;REFB=-0.0161095;REVB=-0.00897108;RO=47;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320912;STB=0.513266;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0292726;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:47:48:31:31:0.392405:20:11:18:29:20:11:18:30 chr1 149684171 . A T 270.69 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.014449;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.87;QD=14.2466;RBI=0.0235235;REFB=-0.0324902;REVB=0.0185629;RO=44;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00988709;STB=0.500463;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0191755;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:44:45:31:31:0.407895:20:11:16:28:20:11:16:29 chr1 149906413 . T C 587.7 PASS AF=0.488;AO=60;DP=125;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.024591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.484;QD=18.8064;RBI=0.0353346;REFB=0.00160652;REVB=0.0253735;RO=63;SAF=27;SAR=33;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802268;STB=0.54361;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00170811;OID=.;OPOS=149906413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:63:64:60:61:0.488:33:27:23:40:34:27:23:41 chr1 149914683 . G A 183.86 PASS AF=1;AO=11;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.7534;QD=45.9641;RBI=0.0882777;REFB=0;REVB=0.0327165;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0097077;OID=.;OPOS=149914683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:11:16:1:5:6:0:0:6:10:0:0 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 431.36 PASS AF=0.354839,0.645161;AO=11,21;DP=32;FAO=11,20;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7,19;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017358,0.0679239;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=6,1;MLLD=150,49.4575;QD=55.6587;RBI=0.0394098,0.0833228;REFB=0,0;REVB=0.0393715,-0.04826;RO=0;SAF=7,19;SAR=4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.98875e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0675748,-0.0118975;OID=.,.;OPOS=150199040,150199051;OREF=TCCTCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.354839,0.645161:11,21:32:11,20:31:0:7,19:4,1:0:0:86:0:7,19:4,2:0:0 chr1 150199123 . G T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2379;QD=35.5758;RBI=0.0878267;REFB=0;REVB=0.0594722;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000439313;OID=.;OPOS=150199123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 150278741 . G GTC 111.13 PASS AF=0.75;AO=10;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00430363;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.592;QD=27.7813;RBI=0.0280796;REFB=-0.0713165;REVB=0.0277478;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179009;STB=0.583211;STBP=0.633;TYPE=ins;VARB=0.0105959;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:10:16:12:16:4:10:2:4:0:21:4:8:2:4:0 chr1 150445300 . AC A 41.82 PASS AF=0.416667;AO=12;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.14113;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.6367;QD=4.64675;RBI=0.151593;REFB=-0.0254202;REVB=0.0553415;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.353846;SSSB=0.313907;STB=0.71763;STBP=0.053;TYPE=del;VARB=0.00107506;OID=.;OPOS=150445301;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:12:36:15:36:21:12:3:10:11:41:21:9:3:10:11 chr1 150526044 . G C 154.05 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.037348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0419;QD=10.6244;RBI=0.0387053;REFB=0.00372384;REVB=0.0101602;RO=38;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361928;STB=0.710067;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00756163;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:7:13:12:26:7:13:12:26 chr1 150526565 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0404911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.738;QD=13.9591;RBI=0.0543147;REFB=-0.0173035;REVB=0.0362016;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162648;OID=.;OPOS=150526565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:2:5:5:2:2:5 chr1 150531008 . T C 801.73 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.903;QD=57.2664;RBI=0.0495817;REFB=0;REVB=0.0491281;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160368;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:30:26:0:0 chr1 150531050 . G A 845.91 PASS AF=1;AO=36;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030883;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.157;QD=57.35;RBI=0.104536;REFB=0;REVB=0.0998698;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466815;OID=.;OPOS=150531050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:36:59:1:17:19:0:0:33:26:0:0 chr1 150531170 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.851;QD=63.8717;RBI=0.030937;REFB=0;REVB=0.0051538;RO=0;SAF=10;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.66094e-05;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:38:10:0:0:38:10:0:0 chr1 150547747 . G A 180.66 PASS AF=0.475;AO=17;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0104986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7564;QD=18.0665;RBI=0.0576515;REFB=-0.00403506;REVB=-0.0566875;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00541022;STB=0.501318;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00305188;OID=.;OPOS=150547747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:17:19:0.475:9:8:10:11:10:9:10:11 chr1 150548887 . C CCTAT,T 130.1 PASS AF=1,0;AO=8,4;DP=12;FAO=12,0;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285036,-0.00261762;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=308.847,106.792;QD=43.3681;RBI=0.0292715,0.00282103;REFB=0,0;REVB=0.00666079,0.00105179;RO=0;SAF=7,2;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000137162,0;OID=.,.;OPOS=150548888,150548887;OREF=-,C;OALT=CTAT,T;OMAPALT=CCTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:8,4:12,0:1,0:1,2:7,2:0:0:3,0:9,0:0:0 chr1 150597890 . G A 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0152143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.325;QD=15.625;RBI=0.0315219;REFB=-0.00921551;REVB=-0.0276072;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149397;STB=0.575294;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0130644;OID=.;OPOS=150597890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:17:17:0.425:6:11:11:11:6:11:12:11 chr1 150679033 . G A 315.43 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0539768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6176;QD=22.5309;RBI=0.0572137;REFB=-0.0295301;REVB=-0.0189714;RO=24;SAF=21;SAR=11;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832151;STB=0.545774;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0327968;OID=.;OPOS=150679033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:11:21:18:6:11:21:18:6 chr1 150727539 . G A 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0285063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1154;QD=21.8387;RBI=0.0515372;REFB=0.0276192;REVB=-0.0429356;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890431;STB=0.549878;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.0116801;OID=.;OPOS=150727539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:13:11:14:11:13:11 chr1 150771703 . T C 1194.51 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460126;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.657;QD=61.2571;RBI=0.0460282;REFB=0;REVB=-0.00119661;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.312e-05;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:29:48:0:0:30:48:0:0 chr1 150779755 . C T 1475.62 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0248462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1597;QD=57.3057;RBI=0.0259126;REFB=-0.004263;REVB=0.0073572;RO=2;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193533;STB=0.509998;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000666927;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:103:2:2:100:101:0.980583:48:52:0:2:49:52:0:2 chr1 150808889 . C G 286.02 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.000272756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.477;QD=13.3034;RBI=0.0189408;REFB=-0.0074655;REVB=0.0189388;RO=53;SAF=16;SAR=17;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468331;STB=0.526744;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0114475;OID=.;OPOS=150808889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:17:16:28:25:17:16:28:25 chr1 150937766 . ATTTTT ATTTT,ATTTTA 2280.26 PASS AF=1,0;AO=44,100;DP=192;FAO=192,0;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=125,0;FSAR=67,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506383,-0.422184;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=16.2124,13.3694;QD=47.5053;RBI=0.0509992,0.458731;REFB=0.0270587,-0.00199606;REVB=-0.00605707,-0.17943;RO=1;SAF=19,73;SAR=25,27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0184224,0.0172427;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00163623,0;OID=.,.;OPOS=150937767,150937771;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:44,100:192:192,0:192:0:125,0:67,0:0:0:10:1:19,73:25,27:0:1 chr1 150938350 . G C 145.41 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.06974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0499;QD=25.2887;RBI=0.091999;REFB=-0.0698802;REVB=0.0600012;RO=8;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207478;STB=0.511612;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.037148;OID=.;OPOS=150938350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:8:8:15:15:0.652174:7:8:4:4:7:8:4:4 chr1 150940357 . GC TT 64.63 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0156218;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.092;QD=9.94252;RBI=0.0264567;REFB=-0.00334938;REVB=-0.0213522;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743536;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=mnp;VARB=0.00598479;OID=.;OPOS=150940357;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:5:4:7:9:5:4:8:9 chr1 150940625 . T G 125.88 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0391994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.552;QD=18.6485;RBI=0.0539955;REFB=-0.0115962;REVB=-0.0371339;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380779;STB=0.521708;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0121262;OID=.;OPOS=150940625;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:5:8:8:6:5:8 chr1 150958836 . A G 59.38 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0527517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5574;QD=15.8351;RBI=0.0546366;REFB=-0.0293063;REVB=0.0142273;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158056;STB=0.592984;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0215461;OID=.;OPOS=150958836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:4:3:5:3:4:3 chr1 150960350 . A C 172.8 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0150486;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.107;QD=12.5674;RBI=0.0238697;REFB=-0.0259322;REVB=-0.0185284;RO=33;SAF=15;SAR=5;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247751;STB=0.663863;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0461091;OID=.;OPOS=150960350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:20:21:0.381818:5:15:18:15:5:16:18:16 chr1 150969567 . A G 921.76 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017062;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.034;QD=58.5242;RBI=0.0357445;REFB=0;REVB=0.0314095;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29733e-05;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:35:27:0:0:36:27:0:0 chr1 150969992 . T C 377.33 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.319;QD=55.9011;RBI=0.080199;REFB=0;REVB=0.0763275;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382701;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:23:27:1:9:14:0:0:13:14:0:0 chr1 150970577 . G T 534.58 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.099;QD=59.3974;RBI=0.094232;REFB=0;REVB=0.0393786;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032408;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:30:36:1:13:17:0:0:13:23:0:0 chr1 150975108 . T C 728.82 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.132;QD=57.1624;RBI=0.0263812;REFB=0;REVB=0.0160979;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101406;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr1 150995236 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.462;QD=39.2063;RBI=0.01332;REFB=0;REVB=0.00349876;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36864e-05;OID=.;OPOS=150995236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr1 151006539 . C A 464.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4901;QD=58.1198;RBI=0.065725;REFB=0;REVB=0.0655954;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875398;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:29:32:1:14:15:0:0:16:16:0:0 chr1 151019180 . A G 687.06 PASS AF=0.938776;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.035118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.7108;QD=56.0863;RBI=0.0351622;REFB=-0.0660773;REVB=0.00176291;RO=2;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636145;STB=0.514382;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00330981;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:48:49:2:3:45:46:0.938776:19:26:1:1:20:26:1:2 chr1 151040435 . G A 1060.34 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.177;QD=59.7374;RBI=0.016132;REFB=0;REVB=-0.0132874;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.87073e-06;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:33:36:0:0:34:37:0:0 chr1 151104950 . G A,C 579.52 PASS AF=0.904762,0.047619;AO=38,2;DP=42;FAO=38,2;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=22,2;FSAR=16,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00865828,-0.0210678;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=186.528,12.6013;QD=55.1919;RBI=0.0709121,0.111022;REFB=-0.0500804,-0.0527098;REVB=0.0703815,0.109005;RO=1;SAF=22,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0283818,0.697199;STB=0.504041,0.992443;STBP=0.853,0.312;TYPE=snp,snp;VARB=0.000960521,0.136849;OID=.,.;OPOS=151104950,151104950;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:1:2:38,2:38,2:0.904762,0.047619:16,0:22,2:0:1:16,0:22,2:1:1 chr1 151105824 . C G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.869;QD=35.5736;RBI=0.134484;REFB=0;REVB=0.00991063;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441267;OID=.;OPOS=151105824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 151108137 . T G 800.53 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9771;QD=64.0422;RBI=0.0344747;REFB=0;REVB=-0.0297334;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000558849;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:27:21:0:0:28:22:0:0 chr1 151138644 . G A 128.41 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0278643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0421;QD=12.5276;RBI=0.0342907;REFB=-0.0338432;REVB=-0.0199858;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941367;STB=0.536035;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0676703;OID=.;OPOS=151138644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:26:15:15:0.365854:9:6:9:14:9:6:9:17 chr1 151288391 . A G 695.7 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00259258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.286;QD=60.4957;RBI=0.00809216;REFB=-0.0740965;REVB=0.00766561;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025391;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000954831;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:27:18:1:0:27:18:1:0 chr1 151314944 . C T 97.21 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0661344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5436;QD=12.961;RBI=0.0899188;REFB=-0.0454955;REVB=0.0609231;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891716;STB=0.552241;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0726862;OID=.;OPOS=151314944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:6:12:7:5:6:12 chr1 151315282 . C T 355.17 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0208507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.877;QD=18.9427;RBI=0.0258592;REFB=-0.00495564;REVB=-0.0152953;RO=38;SAF=23;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157429;STB=0.508767;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00538215;OID=.;OPOS=151315282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:14:23:23:15:14:23:23:15 chr1 151316161 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.509;QD=48.7373;RBI=0.0216979;REFB=0;REVB=0.0216397;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57107e-05;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr1 151374025 . T C 865.81 PASS AF=1;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805185;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.124;QD=57.7204;RBI=0.0295946;REFB=0;REVB=0.0284782;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164069;OID=.;OPOS=151374025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:59:60:1:35:24:0:0:35:25:0:0 chr1 151497202 . G A 322.03 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.046414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.83;QD=19.5171;RBI=0.0467318;REFB=-0.0343852;REVB=-0.00544083;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052904;STB=0.529394;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0381071;OID=.;OPOS=151497202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:18:16:17:15:18:16:17:15 chr1 151501841 . C G 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00330245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.07;QD=13.0537;RBI=0.0170629;REFB=-0.0240209;REVB=-0.0167402;RO=35;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340423;STB=0.695482;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0489038;OID=.;OPOS=151501841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:7:16:13:22:7:16:13:22 chr1 151511109 . T C 211.76 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.000158002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2282;QD=19.6981;RBI=0.0879361;REFB=-0.0349551;REVB=0.087936;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611111;STB=0.534489;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0379564;OID=.;OPOS=151511109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:11:10:9:13:11:10:9:13 chr1 151534321 . G A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00903611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.368;QD=16.923;RBI=0.0158736;REFB=-0.0122494;REVB=0.0130507;RO=32;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126936;STB=0.588615;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0121008;OID=.;OPOS=151534321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:34:30:30:0.46875:19:11:16:16:19:11:18:16 chr1 151675414 . A G 572.72 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.024788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9697;QD=55.8753;RBI=0.0293631;REFB=0.0290098;REVB=0.01574;RO=2;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445938;STB=0.523797;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0114189;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:20:19:0:2:20:19:0:2 chr1 151680125 . CTG CGT,CT,GCT 78.31 PASS AF=0.056338,0.366197,0;AO=5,14,8;DP=71;FAO=4,26,0;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=0,13,0;FSAR=4,13,0;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0166086,0.131177,0.0192235;FXX=0;HRUN=1,6,1;LEN=2,1,3;MLLD=156.674,7.59704,17.7354;QD=4.41188;RBI=0.118894,0.139909,0.0572623;REFB=-0.0177,-0.137416,-0.0531764;REVB=-0.117729,-0.0486535,-0.0539391;RO=28;SAF=0,8,0;SAR=5,6,8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0.75,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.693082,-0.0410956,-0.757738;STB=0.997454,0.522371,0.5;STBP=0.03,0.802,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0160503,0.183428,0;OID=.,.,.;OPOS=151680126,151680127,151680125;OREF=TG,G,CTG;OALT=GT,-,GCT;OMAPALT=CGT,CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:58:71:71:28:41:5,14,8:4,26,0:0.056338,0.366197,0:5,6,8:0,8,0:17:11:4,13,0:0,13,0:22:19 chr1 151686983 . T A 941.46 PASS AF=0.931507;AO=62;DP=67;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0139332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8872;QD=51.587;RBI=0.0224986;REFB=-0.0618766;REVB=0.017665;RO=5;SAF=27;SAR=35;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797732;STB=0.53845;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.039098;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:67:73:5:5:62:68:0.931507:35:27:5:0:38:30:5:0 chr1 151740666 . T C 1252.41 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.104453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0261;QD=59.6388;RBI=0.105122;REFB=-0.0694737;REVB=0.0118431;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.505493;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00254357;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:0:1:82:83:0.988095:38:44:0:0:38:45:1:0 chr1 151747970 . A G 362.06 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0095407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0615;QD=15.4069;RBI=0.0342781;REFB=-0.0102394;REVB=-0.0329236;RO=55;SAF=25;SAR=14;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122636;STB=0.56944;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0181647;OID=.;OPOS=151747970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:14:25:29:26:14:25:29:26 chr1 151773851 . TG AG,GA 247.41 PASS AF=0.52381,0.047619;AO=15,2;DP=42;FAO=22,2;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=13,1;FSAR=9,1;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0155552,0.0108553;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=101.184,98.3989;QD=23.5628;RBI=0.0159301,0.0232253;REFB=-0.017325,-0.0100529;REVB=0.00343577,-0.0205324;RO=14;SAF=10,2;SAR=5,0;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.264922,0.608678;STB=0.614762,0.648643;STBP=0.121,0.73;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00605377,0.00738562;OID=.,.;OPOS=151773851,151773851;OREF=T,TG;OALT=A,GA;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:18:15,2:22,2:0.52381,0.047619:5,0:10,2:5:9:9,1:13,1:6:12 chr1 151803449 . G T 1007.61 PASS AF=0.50495;AO=99;DP=202;FAO=102;FDP=202;FR=.;FRO=100;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=34;FSRR=66;FWDB=-0.00140642;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5345;QD=19.9528;RBI=0.0163524;REFB=-0.0310653;REVB=-0.0162919;RO=102;SAF=43;SAR=56;SRF=34;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963189;STB=0.546684;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0333003;OID=.;OPOS=151803449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:102:100:99:102:0.50495:56:43:34:68:58:44:34:66 chr1 151814234 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.429;QD=61.6835;RBI=0.0243496;REFB=0;REVB=0.0234671;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27495e-05;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr1 151820298 . G C 805.18 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5418;QD=64.4148;RBI=0.0493246;REFB=0;REVB=0.0464017;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326631;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:25:25:0:0 chr1 151820324 . T C 704.65 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8818;QD=62.6353;RBI=0.0971601;REFB=0;REVB=0.0832791;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766072;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:23:18:0:0:25:20:0:0 chr1 151825991 . G T 932.87 PASS AF=0.894737;AO=68;DP=76;FAO=68;FDP=76;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00711885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.572;QD=49.0984;RBI=0.0375871;REFB=-0.168753;REVB=0.0369068;RO=6;SAF=40;SAR=28;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398852;STB=0.509551;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00295214;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:76:76:6:8:68:68:0.894737:28:40:2:4:28:40:4:4 chr1 151845569 . A G 1189.43 PASS AF=0.963855;AO=56;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0257192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.254;QD=57.3219;RBI=0.0532417;REFB=-0.0975431;REVB=0.0466176;RO=0;SAF=56;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515577;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00461522;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:0:3:56:80:0.963855:0:56:0:0:24:56:1:2 chr1 151845650 . G C 248.51 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0420228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5;QD=25.4882;RBI=0.0484011;REFB=0.0132391;REVB=0.0240157;RO=16;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126768;STB=0.507036;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00749581;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:9:14:10:6:9:14:10:6 chr1 151862661 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00218887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.368;QD=19.1085;RBI=0.0229124;REFB=-0.00390673;REVB=-0.0228076;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038662;STB=0.522338;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00135269;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:3:3:5:4:3:3 chr1 151867560 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.977;QD=59.3229;RBI=0.00854587;REFB=0;REVB=0.00650787;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39139e-06;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr1 152079989 . T G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.601;QD=62.1623;RBI=0.0240973;REFB=0;REVB=0.0145009;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52985e-05;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr1 152080722 . G A 54.85 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0501349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.319;QD=9.14185;RBI=0.0512267;REFB=-0.00510748;REVB=-0.0105198;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485258;STB=0.806805;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0276632;OID=.;OPOS=152080722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:7:1:8:8:7:1:8:8 chr1 152081921 . G C 850.93 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.93;QD=57.6898;RBI=0.027567;REFB=0;REVB=0.009612;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199661;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:27:32:0:0 chr1 152085505 . A C 1368.3 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.017808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.146;QD=60.145;RBI=0.0677907;REFB=-0.0733432;REVB=0.0654099;RO=2;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189476;STB=0.509802;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00500608;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:88:89:0.978022:49:39:0:2:50:39:0:2 chr1 152129087 . T C 754.61 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.050388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.416;QD=54.8809;RBI=0.0643019;REFB=-0.0602522;REVB=0.0399473;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000447403;OID=.;OPOS=152129087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:36:18:0:0:36:18:0:1 chr1 152129094 . A G 728.26 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.734;QD=57.118;RBI=0.110326;REFB=0;REVB=0.0425899;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109958;OID=.;OPOS=152129094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:47:51:1:35:12:0:0:38:13:0:0 chr1 152129100 . CA TG 60.39 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0551567;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=2;MLLD=160.376;QD=5.89157;RBI=0.0639326;REFB=-0.0370844;REVB=-0.0323283;RO=31;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24731;STB=0.691788;STBP=0.305;TYPE=mnp;VARB=0.0965909;OID=.;OPOS=152129100;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:42:41:31:32:9:9:0.219512:8:1:7:24:8:1:8:24 chr1 152129115 . T C 87.73 PASS AF=0.197368;AO=14;DP=75;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=58;FWDB=-0.0502443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4357;QD=4.6174;RBI=0.0524311;REFB=-0.0337344;REVB=0.0149844;RO=60;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329273;STB=0.685822;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0480235;OID=.;OPOS=152129115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:75:76:60:61:14:15:0.197368:12:2:3:57:13:2:3:58 chr1 152185750 . G A 1523.2 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0972662;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6432;QD=58.5845;RBI=0.0989968;REFB=-0.0998807;REVB=0.0184296;RO=1;SAF=67;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702913;STB=0.503596;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00120936;OID=.;OPOS=152185750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:104:1:1:101:103:0.990385:34:67:1:0:34:69:1:0 chr1 152188413 . C T 489.77 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0142182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.178;QD=19.5907;RBI=0.0321473;REFB=-0.0146472;REVB=-0.0288321;RO=52;SAF=28;SAR=20;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202163;STB=0.612165;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0125791;OID=.;OPOS=152188413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:20:28:19:33:20:28:19:33 chr1 152190835 . G A 670.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7007;QD=62.3411;RBI=0.0645969;REFB=0;REVB=0.0544857;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000969165;OID=.;OPOS=152190835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr1 152190945 . C T 2487.24 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.858;QD=61.4134;RBI=0.0322107;REFB=0;REVB=0.0286645;RO=0;SAF=68;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89402e-05;OID=.;OPOS=152190945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:157:162:0:0:157:162:1:89:68:0:0:89:73:0:0 chr1 152191437 . A G 218.0 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00317801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.438;QD=11.4737;RBI=0.0141054;REFB=-0.0140797;REVB=-0.0137427;RO=48;SAF=14;SAR=13;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721759;STB=0.534221;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0194992;OID=.;OPOS=152191437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:49:27:27:0.355263:13:14:28:20:13:14:28:21 chr1 152192555 . T C 1026.34 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.54;QD=59.4979;RBI=0.0445564;REFB=0;REVB=0.0404031;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182858;OID=.;OPOS=152192555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr1 152192687 . T C 1473.8 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.199;QD=63.3891;RBI=0.0418493;REFB=0;REVB=0.0400856;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59618e-05;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:39:51:0:0:40:53:0:0 chr1 152192978 . T C 1537.34 PASS AF=0.972477;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0356912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.528;QD=56.4162;RBI=0.0461488;REFB=0.0362311;REVB=-0.0292549;RO=2;SAF=45;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206214;STB=0.515786;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.000163582;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:109:2:3:105:106:0.972477:60:45:2:0:60:46:3:0 chr1 152193052 . A G 1767.58 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2315;QD=60.9511;RBI=0.0127377;REFB=0;REVB=-0.00472142;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29888e-05;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:114:116:1:60:54:0:0:60:56:0:0 chr1 152193547 . G A 1952.27 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.581;QD=61.9768;RBI=0.023719;REFB=0;REVB=0.0131604;RO=0;SAF=49;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10468e-05;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:124:126:1:75:49:0:0:75:51:0:0 chr1 152275453 . G A 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0474166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.343;QD=14.6481;RBI=0.0542385;REFB=-0.00317441;REVB=0.0263341;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260571;STB=0.51513;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00317172;OID=.;OPOS=152275453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:10:9:7:7:10:9 chr1 152276149 . C T 2820.78 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176978;FXX=0.0164826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.905;QD=63.0342;RBI=0.0178126;REFB=0;REVB=-0.00201876;RO=0;SAF=94;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00645e-05;OID=.;OPOS=152276149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:179:0:0:179:179:1:85:94:0:0:85:94:0:0 chr1 152276459 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00437515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.084;QD=14.0438;RBI=0.0189529;REFB=-0.0558312;REVB=-0.018441;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0369449;OID=.;OPOS=152276459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:3:1:1:4:3:1 chr1 152276626 . GTG CCA,CTG 85.13 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=3,5;DP=8;FAO=3,6;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028154,-0.00404233;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=159.591,101.743;QD=37.8357;RBI=0.0403888,0.0246625;REFB=0,0;REVB=0.0402905,0.024329;RO=0;SAF=1,4;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0130895,0.0383512;OID=.,.;OPOS=152276626,152276626;OREF=GTG,G;OALT=CCA,C;OMAPALT=CCA,CTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:8:9:0:0:3,5:3,6:0.333333,0.666667:2,1:1,4:0:0:2,2:1,4:0:0 chr1 152276659 . TG CC 330.49 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0117044;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.962;QD=33.049;RBI=0.022978;REFB=-0.0332935;REVB=0.0197736;RO=12;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110741;STB=0.560455;STBP=0.264;TYPE=mnp;VARB=0.011126;OID=.;OPOS=152276659;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:15:13:8:4:15:13:8:4 chr1 152276671 . C T 466.06 PASS AF=0.769231;AO=40;DP=52;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0025188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.997;QD=35.851;RBI=0.0209345;REFB=-0.0069637;REVB=-0.0207824;RO=12;SAF=17;SAR=23;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103934;STB=0.556065;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00606568;OID=.;OPOS=152276671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:12:12:40:40:0.769231:23:17:8:4:23:17:8:4 chr1 152276699 . A G 43.24 PASS AF=0.0990991;AO=11;DP=111;FAO=11;FDP=111;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=-0.023163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7628;QD=1.55812;RBI=0.0411249;REFB=-0.00373584;REVB=-0.0339814;RO=98;SAF=8;SAR=3;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282533;STB=0.708643;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0415001;OID=.;OPOS=152276699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:111:111:98:100:11:11:0.0990991:3:8:48:50:3:8:50:50 chr1 152276772 . C A 2696.0 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.153;QD=62.3353;RBI=0.0780519;REFB=0;REVB=0.0738246;RO=0;SAF=95;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6502e-05;OID=.;OPOS=152276772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:78:95:0:0:78:95:0:0 chr1 152276871 . A G 2669.52 PASS AF=1;AO=171;DP=173;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421797;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.892;QD=62.445;RBI=0.0423199;REFB=0;REVB=0.00344155;RO=0;SAF=102;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15154e-07;OID=.;OPOS=152276871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:173:171:0:0:171:171:1:69:102:0:0:69:102:0:0 chr1 152276889 . A G 2540.22 PASS AF=1;AO=164;DP=167;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311666;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.83;QD=61.9566;RBI=0.0126192;REFB=0;REVB=-0.0122283;RO=0;SAF=97;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059601;OID=.;OPOS=152276889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:164:0:0:164:164:1:67:97:0:0:67:97:0:0 chr1 152277055 . C G 1583.64 PASS AF=0.896825;AO=113;DP=126;FAO=113;FDP=126;FR=.;FRO=13;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00366602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.445;QD=50.2744;RBI=0.00495282;REFB=-0.031804;REVB=0.00333027;RO=13;SAF=45;SAR=68;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893408;STB=0.547275;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00291437;OID=.;OPOS=152277055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:126:126:13:13:113:113:0.896825:68:45:11:2:68:45:11:2 chr1 152277168 . A G 3133.66 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.682;QD=63.9523;RBI=0.05195;REFB=0;REVB=0.0468589;RO=0;SAF=87;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39746e-05;OID=.;OPOS=152277168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:109:87:0:0:109:87:0:0 chr1 152277345 . C T 2243.35 PASS AF=0.966667;AO=144;DP=149;FAO=145;FDP=150;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0575859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6486;QD=59.8227;RBI=0.0639202;REFB=-0.0823912;REVB=0.0277426;RO=5;SAF=75;SAR=69;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017844;STB=0.509224;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00829708;OID=.;OPOS=152277345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:149:150:5:5:144:145:0.966667:69:75:4:1:69:76:4:1 chr1 152277396 . T C 1896.2 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6453;QD=61.6652;RBI=0.0207844;REFB=0;REVB=0.0154738;RO=0;SAF=67;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30157e-06;OID=.;OPOS=152277396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:56:67:0:0:56:67:0:0 chr1 152277704 . C G 174.35 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0450842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7386;QD=9.82248;RBI=0.0519332;REFB=-0.0182431;REVB=-0.0257773;RO=48;SAF=15;SAR=8;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108866;STB=0.564145;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0490327;OID=.;OPOS=152277704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:8:15:27:21:8:15:27:21 chr1 152277717 . C A 816.03 PASS AF=1;AO=49;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.194;QD=57.2652;RBI=0.0748931;REFB=0;REVB=0.0479767;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032723;OID=.;OPOS=152277717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:49:57:1:22:27:0:0:22:35:0:0 chr1 152278555 . T C 429.65 PASS AF=0.423729;AO=47;DP=115;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=-0.0512948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4929;QD=14.5643;RBI=0.0613932;REFB=-0.0277464;REVB=0.0337338;RO=68;SAF=30;SAR=17;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02688;STB=0.53762;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0394541;OID=.;OPOS=152278555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:68:68:47:50:0.423729:17:30:45:23:20:30:45:23 chr1 152278689 . C A 5973.93 PASS AF=1;AO=343;DP=346;FAO=379;FDP=379;FR=.;FRO=0;FSAF=210;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.742;QD=63.0494;RBI=0.0731868;REFB=-0.0436754;REVB=0.0558173;RO=2;SAF=182;SAR=161;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058894;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50002e-05;OID=.;OPOS=152278689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:346:379:2:0:343:379:1:161:182:0:2:169:210:0:0 chr1 152278814 . C T 158.52 PASS AF=0.125;AO=39;DP=312;FAO=39;FDP=312;FR=.;FRO=273;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=129;FSRR=144;FWDB=-0.073995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.902;QD=2.03234;RBI=0.0740852;REFB=-0.00506249;REVB=0.00365525;RO=271;SAF=17;SAR=22;SRF=127;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041738;STB=0.5323;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0304072;OID=.;OPOS=152278814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:312:271:273:39:39:0.125:22:17:127:144:22:17:129:144 chr1 152278856 . T G 541.12 PASS AF=0.335025;AO=66;DP=197;FAO=66;FDP=197;FR=.;FRO=131;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=67;FSRR=64;FWDB=0.00122132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.133;QD=10.9873;RBI=0.0181453;REFB=-0.02414;REVB=-0.0181041;RO=128;SAF=30;SAR=36;SRF=64;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524741;STB=0.537881;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0467796;OID=.;OPOS=152278856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:128:131:66:66:0.335025:36:30:64:64:36:30:67:64 chr1 152279019 . G A 256.36 PASS AF=0.336957;AO=30;DP=91;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.00297446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.144;QD=11.1461;RBI=0.00394617;REFB=-0.00574939;REVB=0.00259323;RO=61;SAF=11;SAR=19;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128059;STB=0.507038;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00889706;OID=.;OPOS=152279019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:61:61:30:31:0.336957:19:11:23:38:19:12:23:38 chr1 152279729 . C T 2851.13 PASS AF=0.951456;AO=194;DP=206;FAO=196;FDP=206;FR=.;FRO=10;FSAF=109;FSAR=87;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0607203;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.758;QD=55.3618;RBI=0.0619762;REFB=-0.152615;REVB=-0.0124135;RO=3;SAF=108;SAR=86;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130427;STB=0.516969;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00208483;OID=.;OPOS=152279729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:206:206:3:10:194:196:0.951456:86:108:3:0:87:109:9:1 chr1 152279841 . G C 1731.16 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.818;QD=60.7423;RBI=0.0923211;REFB=0;REVB=0.0917711;RO=0;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120429;OID=.;OPOS=152279841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:59:55:0:0:59:55:0:0 chr1 152279920 . A G 2255.06 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.145;QD=63.5229;RBI=0.0439743;REFB=0;REVB=-0.00551449;RO=0;SAF=45;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52627e-05;OID=.;OPOS=152279920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:97:45:0:0:97:45:0:0 chr1 152280032 . T C 3650.25 PASS AF=0.991525;AO=233;DP=238;FAO=234;FDP=236;FR=.;FRO=2;FSAF=125;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0266737;FXX=0.00840301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7163;QD=61.8686;RBI=0.0758803;REFB=-0.1193;REVB=0.0710376;RO=2;SAF=125;SAR=108;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00874251;STB=0.504545;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000559178;OID=.;OPOS=152280032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:238:236:2:2:233:234:0.991525:108:125:0:2:109:125:0:2 chr1 152280170 . C G 2027.18 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0716691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8835;QD=62.3748;RBI=0.0716723;REFB=0;REVB=0.000673324;RO=0;SAF=50;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297167;OID=.;OPOS=152280170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:80:50:0:0:80:50:0:0 chr1 152280265 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3977;QD=42.1826;RBI=0.0670697;REFB=0;REVB=0.0279025;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441965;OID=.;OPOS=152280265;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr1 152280471 . C G 101.28 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0328961;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9773;QD=5.7058;RBI=0.0366203;REFB=0.00492336;REVB=-0.0160903;RO=55;SAF=7;SAR=9;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155144;STB=0.596739;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0244308;OID=.;OPOS=152280471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:55:55:16:16:0.225352:9:7:31:24:9:7:31:24 chr1 152280736 . T C 187.53 PASS AF=0.144876;AO=41;DP=282;FAO=41;FDP=283;FR=.;FRO=242;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=133;FSRR=109;FWDB=-0.0138721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.171;QD=2.65056;RBI=0.0267783;REFB=-0.00584776;REVB=-0.022905;RO=237;SAF=19;SAR=22;SRF=129;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103574;STB=0.573255;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0283619;OID=.;OPOS=152280736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:283:237:242:41:41:0.144876:22:19:129:108:22:19:133:109 chr1 152280759 . A G 377.79 PASS AF=0.23166;AO=60;DP=260;FAO=60;FDP=259;FR=.;FRO=199;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=104;FSRR=95;FWDB=-0.00559417;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.2;QD=5.83463;RBI=0.0205181;REFB=-0.00386866;REVB=-0.0197408;RO=198;SAF=29;SAR=31;SRF=103;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467758;STB=0.530143;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0108338;OID=.;OPOS=152280759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:259:198:199:60:60:0.23166:31:29:103:95:31:29:104:95 chr1 152280782 . A G 3123.68 PASS AF=1;AO=195;DP=197;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343043;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1929;QD=64.0755;RBI=0.0373626;REFB=0;REVB=-0.0148048;RO=0;SAF=97;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340216;OID=.;OPOS=152280782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:195:0:0:195:195:1:98:97:0:0:98:97:0:0 chr1 152280788 . T G 504.62 PASS AF=0.382166;AO=56;DP=159;FAO=60;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.062628;FXX=0.0125778;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.073;QD=12.8564;RBI=0.0653375;REFB=-0.0186966;REVB=-0.0186205;RO=62;SAF=30;SAR=26;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215251;STB=0.519841;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0339697;OID=.;OPOS=152280788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:62:97:56:60:0.382166:26:30:19:43:29:31:47:50 chr1 152280864 . A G 2178.3 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.345;QD=62.685;RBI=0.0324697;REFB=0;REVB=0.0026988;RO=0;SAF=43;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26456e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21718e-05;OID=.;OPOS=152280864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:139:0:0:136:139:1:93:43:0:0:96:43:0:0 chr1 152280900 . T G 796.76 PASS AF=0.491018;AO=82;DP=167;FAO=82;FDP=167;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=57;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.0118764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6359;QD=19.0841;RBI=0.0218713;REFB=-0.00979447;REVB=-0.0183659;RO=85;SAF=25;SAR=57;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752595;STB=0.54158;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0122216;OID=.;OPOS=152280900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:85:85:82:82:0.491018:57:25:32:53:57:25:32:53 chr1 152281007 . AA GG 2208.0 PASS AF=0.565934;AO=203;DP=362;FAO=206;FDP=364;FR=.;FRO=158;FSAF=96;FSAR=110;FSRF=60;FSRR=98;FWDB=-0.00234871;FXX=0.00546433;HRUN=2;LEN=2;MLLD=99.806;QD=24.2638;RBI=0.0161608;REFB=-0.0178924;REVB=-0.0159892;RO=156;SAF=96;SAR=107;SRF=60;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713193;STB=0.537811;STBP=0.086;TYPE=mnp;VARB=0.013678;OID=.;OPOS=152281007;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:364:156:158:203:206:0.565934:107:96:60:96:110:96:60:98 chr1 152281039 . G A 2536.62 PASS AF=0.567308;AO=235;DP=415;FAO=236;FDP=416;FR=.;FRO=180;FSAF=115;FSAR=121;FSRF=76;FSRR=104;FWDB=-0.00296743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.763;QD=24.3906;RBI=0.0663946;REFB=-0.0216594;REVB=0.0663282;RO=180;SAF=114;SAR=121;SRF=76;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504783;STB=0.52821;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0140016;OID=.;OPOS=152281039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:416:180:180:235:236:0.567308:121:114:76:104:121:115:76:104 chr1 152281228 . C G 844.87 PASS AF=0.430556;AO=91;DP=215;FAO=93;FDP=216;FR=.;FRO=123;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=0.058279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3927;QD=15.6456;RBI=0.0637143;REFB=-0.0239512;REVB=-0.0257503;RO=122;SAF=36;SAR=55;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100759;STB=0.563422;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0325468;OID=.;OPOS=152281228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:122:123:91:93:0.430556:55:36:60:62:57:36:61:62 chr1 152281290 . A G 423.53 PASS AF=0.408333;AO=48;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00264632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.604;QD=14.1176;RBI=0.00264805;REFB=-0.0192105;REVB=9.57831e-05;RO=71;SAF=15;SAR=33;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244456;STB=0.641907;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0241222;OID=.;OPOS=152281290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:48:49:0.408333:33:15:38:33:34:15:38:33 chr1 152281304 . A C 412.49 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0424686;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.43;QD=15.865;RBI=0.0425097;REFB=-0.0226319;REVB=0.00186942;RO=56;SAF=17;SAR=29;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166268;STB=0.603096;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0256418;OID=.;OPOS=152281304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:56:58:46:46:0.442308:29:17:30:26:29:17:32:26 chr1 152281479 . G T 4792.48 PASS AF=1;AO=298;DP=298;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4862;QD=64.1135;RBI=0.0292715;REFB=0;REVB=0.0270385;RO=0;SAF=167;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68467e-05;OID=.;OPOS=152281479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:298:299:0:0:298:299:1:131:167:0:0:132:167:0:0 chr1 152281523 . A C 1206.38 PASS AF=0.40597;AO=129;DP=324;FAO=136;FDP=335;FR=.;FRO=199;FSAF=83;FSAR=53;FSRF=105;FSRR=94;FWDB=0.0119325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8296;QD=14.4046;RBI=0.0147943;REFB=0.00167526;REVB=-0.00874559;RO=195;SAF=77;SAR=52;SRF=105;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642523;STB=0.550455;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00261132;OID=.;OPOS=152281523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:335:195:199:129:136:0.40597:52:77:105:90:53:83:105:94 chr1 152281534 . A T 1194.49 PASS AF=0.4;AO=134;DP=335;FAO=134;FDP=335;FR=.;FRO=201;FSAF=81;FSAR=53;FSRF=108;FSRR=93;FWDB=-0.0145187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.852;QD=14.2626;RBI=0.0151862;REFB=-0.00150165;REVB=-0.00445274;RO=200;SAF=81;SAR=53;SRF=107;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762478;STB=0.541403;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00371377;OID=.;OPOS=152281534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:335:200:201:134:134:0.4:53:81:107:93:53:81:108:93 chr1 152281635 . C A 99.11 PASS AF=0.0977199;AO=30;DP=307;FAO=30;FDP=307;FR=.;FRO=277;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=141;FSRR=136;FWDB=-0.0397389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.638;QD=1.29128;RBI=0.0398561;REFB=-0.0107163;REVB=0.00305392;RO=277;SAF=19;SAR=11;SRF=141;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151531;STB=0.613365;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.10381;OID=.;OPOS=152281635;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:277:277:30:30:0.0977199:11:19:141:136:11:19:141:136 chr1 152281690 . C T 3583.5 PASS AF=0.991416;AO=230;DP=233;FAO=231;FDP=233;FR=.;FRO=2;FSAF=125;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0279996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.079;QD=61.5194;RBI=0.0283251;REFB=-0.117706;REVB=0.00428191;RO=1;SAF=124;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447451;STB=0.500355;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000141157;OID=.;OPOS=152281690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:233:233:1:2:230:231:0.991416:106:124:0:1:106:125:1:1 chr1 152281948 . G A 2091.01 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0176801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.747;QD=61.0514;RBI=0.0437088;REFB=-0.0364211;REVB=0.0399734;RO=2;SAF=50;SAR=85;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186312;STB=0.509802;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000275578;OID=.;OPOS=152281948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:2:2:135:135:0.985401:85:50:2:0:85:50:2:0 chr1 152282267 . G A 1059.74 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314046;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.506;QD=60.5568;RBI=0.073187;REFB=0;REVB=0.0661066;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442146;OID=.;OPOS=152282267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr1 152282311 . C T 775.41 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331852;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7238;QD=56.3937;RBI=0.0481171;REFB=0;REVB=-0.0348425;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158136;OID=.;OPOS=152282311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:24:31:0:0 chr1 152282917 . G T 1594.85 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00314302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.213;QD=57.9944;RBI=0.00467153;REFB=-0.1908;REVB=0.0034561;RO=1;SAF=45;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104311;STB=0.510868;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000777491;OID=.;OPOS=152282917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:1:2:108:108:0.981818:63:45:1:0:63:45:2:0 chr1 152283236 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.7;QD=58.2396;RBI=0.0699398;REFB=0;REVB=0.0572518;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323001;OID=.;OPOS=152283236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr1 152283283 . C T 984.83 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155394;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.946;QD=59.6868;RBI=0.0157251;REFB=0;REVB=0.00240998;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827211;OID=.;OPOS=152283283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr1 152283862 . G C 1532.82 PASS AF=0.915966;AO=109;DP=118;FAO=109;FDP=119;FR=.;FRO=10;FSAF=32;FSAR=77;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00228099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.069;QD=51.5234;RBI=0.0408327;REFB=-0.0368247;REVB=0.040769;RO=8;SAF=31;SAR=78;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337351;STB=0.510683;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00412436;OID=.;OPOS=152283862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:118:119:8:10:109:109:0.915966:78:31:4:4:77:32:4:6 chr1 152283886 . T A 424.54 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00132516;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.5;QD=15.0281;RBI=0.0273137;REFB=-0.0193176;REVB=0.0272816;RO=63;SAF=16;SAR=32;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103871;STB=0.55126;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0324121;OID=.;OPOS=152283886;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:63:65:48:48:0.424779:32:16:27:36:32:16:27:38 chr1 152283975 . A G 1966.79 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0305723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.114;QD=60.9857;RBI=0.059942;REFB=-0.0458267;REVB=0.0515595;RO=1;SAF=57;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826369;STB=0.504347;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000375642;OID=.;OPOS=152283975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:127:128:0.992248:70:57:1:0:71:57:1:0 chr1 152284854 . A G 3737.96 PASS AF=1;AO=232;DP=237;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109224;FXX=0.0124995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.058;QD=63.088;RBI=0.025418;REFB=0;REVB=0.0229516;RO=0;SAF=106;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457208;OID=.;OPOS=152284854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:237:0:0:232:237:1:126:106:0:0:129:108:0:0 chr1 152285099 . C T 1604.89 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.077;QD=59.9959;RBI=0.0415526;REFB=0;REVB=0.0335477;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63174e-05;OID=.;OPOS=152285099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:96:107:0:0:96:107:1:46:50:0:0:47:60:0:0 chr1 152285930 . G A 2903.82 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.882;QD=63.1265;RBI=0.00805632;REFB=0;REVB=-0.00640726;RO=0;SAF=119;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63664e-06;OID=.;OPOS=152285930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:65:119:0:0:65:119:0:0 chr1 152286002 . T C 1896.26 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6328;QD=61.6671;RBI=0.0362359;REFB=0;REVB=0.0164124;RO=0;SAF=94;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200496;OID=.;OPOS=152286002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:29:94:0:0:29:94:0:0 chr1 152286032 . C T 2333.97 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.145;QD=60.2315;RBI=0.0323836;REFB=0.0248355;REVB=-0.0104602;RO=1;SAF=85;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684462;STB=0.503597;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-1.27824e-05;OID=.;OPOS=152286032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:154:154:0.993548:69:85:0:1:69:85:0:1 chr1 152286367 . C A 1472.23 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.247;QD=63.3217;RBI=0.026697;REFB=0;REVB=0.0146923;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51439e-05;OID=.;OPOS=152286367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:56:37:0:0:56:37:0:0 chr1 152323132 . G T 454.61 PASS AF=0.432203;AO=50;DP=117;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00728741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.643;QD=15.4106;RBI=0.013565;REFB=-0.00986312;REVB=-0.0114413;RO=66;SAF=27;SAR=23;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560188;STB=0.5294;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0132763;OID=.;OPOS=152323132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:66:67:50:51:0.432203:23:27:32:34:24:27:32:35 chr1 152325732 . G A 908.36 PASS AF=0.556962;AO=87;DP=158;FAO=88;FDP=158;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.00632838;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.145;QD=22.9965;RBI=0.00668269;REFB=-0.00881258;REVB=-0.00214708;RO=70;SAF=41;SAR=46;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058474;STB=0.534083;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00398398;OID=.;OPOS=152325732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:70:70:87:88:0.556962:46:41:38:32:47:41:38:32 chr1 152326843 . C T 644.27 PASS AF=0.485075;AO=64;DP=132;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0208912;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.498;QD=19.232;RBI=0.0455584;REFB=-0.0158848;REVB=-0.0404861;RO=68;SAF=21;SAR=43;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235341;STB=0.620203;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0223013;OID=.;OPOS=152326843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:68:69:64:65:0.485075:43:21:39:29:43:22:39:30 chr1 152327469 . C T 265.25 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00465639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.391;QD=15.6031;RBI=0.0186914;REFB=-0.0369869;REVB=0.0181021;RO=38;SAF=6;SAR=24;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246915;STB=0.641117;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0410025;OID=.;OPOS=152327469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:24:6:15:23:24:6:15:23 chr1 152327502 . A G 69.8 PASS AF=0.20339;AO=11;DP=58;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00762058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.575;QD=4.7324;RBI=0.0210945;REFB=-0.00133866;REVB=-0.0196699;RO=47;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199653;STB=0.593071;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00693066;OID=.;OPOS=152327502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:58:59:47:47:11:12:0.20339:5:6:18:29:6:6:18:29 chr1 152328411 . A G 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0116496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.737;QD=8.45111;RBI=0.0180163;REFB=-0.011291;REVB=-0.0137432;RO=42;SAF=5;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274509;STB=0.673504;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0263581;OID=.;OPOS=152328411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:43:18:18:0.295082:13:5:21:21:13:5:22:21 chr1 152329435 . C T 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0110312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.514;QD=12.4555;RBI=0.0137375;REFB=-0.000924436;REVB=-0.00818731;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186033;STB=0.606463;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000941042;OID=.;OPOS=152329435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:25:9:9:12:25:9 chr1 152331240 . G A 455.67 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00118712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.829;QD=20.2518;RBI=0.00640809;REFB=-0.0226791;REVB=-0.00629717;RO=45;SAF=13;SAR=31;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10831;STB=0.549866;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0203566;OID=.;OPOS=152331240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:45:44:45:0.5:31:13:18:27:31:14:18:27 chr1 152382120 . C T 685.56 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0257451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4567;QD=58.3456;RBI=0.0698721;REFB=-0.0258535;REVB=0.0649561;RO=2;SAF=27;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335467;STB=0.517849;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00696756;OID=.;OPOS=152382120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:18:27:2:0:18:27:2:0 chr1 152484129 . G A 352.67 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=37;FWDB=0.0275166;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.589;QD=17.8569;RBI=0.0319202;REFB=0.00243282;REVB=0.0161784;RO=40;SAF=4;SAR=33;SRF=5;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392174;STB=0.514723;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00311333;OID=.;OPOS=152484129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:40:42:37:37:0.468354:33:4:5:35:33:4:5:37 chr1 152487979 . C T 176.22 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.074113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.75;QD=20.7314;RBI=0.0781536;REFB=-0.0511399;REVB=0.0248044;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268946;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0559275;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:9:9:8:7:9:9:8:8 chr1 152488063 . C T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0678642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2427;QD=19.7622;RBI=0.0757821;REFB=0.00401148;REVB=0.0337251;RO=25;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200335;STB=0.613282;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00229062;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:15:8:14:11:15:8:14:11 chr1 152488428 . T C 386.54 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0460936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7949;QD=18.1902;RBI=0.0741096;REFB=-0.00148169;REVB=0.0580312;RO=45;SAF=12;SAR=28;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647339;STB=0.536006;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00180024;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:28:12:11:34:28:12:11:34 chr1 152681679 . CC CCAGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT 178.88 PASS AF=0.518519,0.148148;AO=10,4;DP=28;FAO=14,4;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=2,3;FSAR=12,1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0510842,-0.0444427;FXX=0.0357015;HRUN=1,2;LEN=18,2;MLLD=279.929,223.242;QD=26.4999;RBI=0.0566397,0.0471615;REFB=-0.0449087,-0.0115309;REVB=0.0244634,-0.0157816;RO=9;SAF=1,3;SAR=9,1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.510683,0.225088;STB=0.723761,0.65136;STBP=0.034,0.51;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0177554,0.0564129;OID=.,.;OPOS=152681681,152681679;OREF=-,CC;OALT=AGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT;OMAPALT=CCAGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:28:27:9:9:10,4:14,4:0.518519,0.148148:9,1:1,3:5:4:12,1:2,3:5:4 chr1 152732174 . T C 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00400312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.226;QD=16.0289;RBI=0.0168648;REFB=-0.00206306;REVB=-0.0163828;RO=30;SAF=19;SAR=6;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753768;STB=0.542822;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00257256;OID=.;OPOS=152732174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:6:19:21:9:6:19:21:9 chr1 152732436 . G C 310.34 PASS AF=0.5;AO=31;DP=64;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.000965964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.513;QD=18.8085;RBI=0.0277148;REFB=-0.040142;REVB=0.0276979;RO=33;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114035;STB=0.575712;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0254955;OID=.;OPOS=152732436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:33:33:31:33:0.5:17:14:19:14:19:14:19:14 chr1 152732567 . G A 249.18 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0165683;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.105;QD=16.076;RBI=0.025921;REFB=-0.0071257;REVB=0.0199346;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436236;STB=0.516118;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0108644;OID=.;OPOS=152732567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:33:34:28:28:0.451613:14:14:15:18:14:14:16:18 chr1 152733301 . T A 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0281604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.766;QD=7.79846;RBI=0.0299265;REFB=-0.00693686;REVB=0.0101285;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236878;STB=0.645951;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00671123;OID=.;OPOS=152733301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:15:8:5:4:15:8 chr1 152734390 . C T 383.28 PASS AF=0.43617;AO=40;DP=93;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00198091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.625;QD=16.3097;RBI=0.0053372;REFB=-0.0208389;REVB=-0.00495598;RO=52;SAF=14;SAR=26;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983177;STB=0.555899;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0241594;OID=.;OPOS=152734390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:52:53:40:41:0.43617:26:14:23:29:27:14:23:30 chr1 152759950 . A G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-4.09189e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.502;QD=14.7015;RBI=0.0119281;REFB=-0.0155847;REVB=-0.011928;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149152;STB=0.588073;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0147353;OID=.;OPOS=152759950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:10:2:4:11:10:2:4:11 chr1 152760352 . T A 213.28 PASS AF=0.284314;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=102;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0329068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.246;QD=8.36374;RBI=0.0477136;REFB=-0.00570949;REVB=0.0345504;RO=73;SAF=7;SAR=22;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251326;STB=0.650978;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0141729;OID=.;OPOS=152760352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:73:73:29:29:0.284314:22:7:31:42:22:7:31:42 chr1 152760543 . GT G,GTT 30.37 PASS AF=0,0.226804;AO=11,26;DP=97;FAO=0,22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=0,6;FSAR=0,16;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=-0.250175,0.240568;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.3663,8.86317;QD=1.25251;RBI=0.265221,0.25835;REFB=0.055121,-0.0585309;REVB=0.0880594,-0.0941892;RO=54;SAF=9,6;SAR=2,20;SRF=14;SRR=40;SSEN=0.36,0;SSEP=0.383117,0;SSSB=0.619732,-0.0447761;STB=0.5,0.544176;STBP=1,0.699;TYPE=del,ins;VARB=0,0.0386706;OID=.,.;OPOS=152760544,152760544;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=G,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.226804:11,26:97:0,22:97:75:0,6:0,16:24:51:31:54:9,6:2,20:14:40 chr1 152760558 . G T 43.02 PASS AF=0.108696;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=56;FWDB=-0.0199499;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.341;QD=1.87033;RBI=0.024947;REFB=-0.00465403;REVB=-0.0149785;RO=81;SAF=3;SAR=7;SRF=25;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121364;STB=0.517821;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0221276;OID=.;OPOS=152760558;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:92:81:82:10:10:0.108696:7:3:25:56:7:3:26:56 chr1 152760628 . T C 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0128814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.488;QD=13.7746;RBI=0.0190294;REFB=-0.0045835;REVB=-0.0140067;RO=41;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319037;STB=0.680559;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00724229;OID=.;OPOS=152760628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:11:17:12:29:11:17:12:29 chr1 152760642 . C T 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00872607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.516;QD=15.7383;RBI=0.0131081;REFB=-0.0098818;REVB=-0.00978153;RO=36;SAF=19;SAR=10;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31172;STB=0.675613;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00732858;OID=.;OPOS=152760642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:10:19:12:24:10:19:12:24 chr1 152760644 . C T 258.5 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00864432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.993;QD=16.4125;RBI=0.00930442;REFB=-0.0136156;REVB=0.00344208;RO=34;SAF=19;SAR=10;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288346;STB=0.662198;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00929539;OID=.;OPOS=152760644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:10:19:12:22:10:19:12:22 chr1 152760647 . C A 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00477212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.122;QD=15.9155;RBI=0.022525;REFB=-0.0117798;REVB=0.0220137;RO=34;SAF=19;SAR=9;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316244;STB=0.678444;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0024135;OID=.;OPOS=152760647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:9:19:12:22:9:19:12:22 chr1 152760651 . C T 255.91 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0159196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.382;QD=15.7483;RBI=0.0169524;REFB=-0.0233458;REVB=0.00582683;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249592;STB=0.648085;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0150621;OID=.;OPOS=152760651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:36:29:29:0.446154:10:19:14:21:10:19:14:22 chr1 152770521 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00308669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.165;QD=13.4865;RBI=0.0433418;REFB=-0.0127389;REVB=0.0432317;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650008;STB=0.518477;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00901169;OID=.;OPOS=152770521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:3:6:6:4:3:6:7:4 chr1 152770533 . G A 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0296208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.395;QD=5.44351;RBI=0.0618949;REFB=-0.0101238;REVB=-0.0543468;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276216;STB=0.688931;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0607045;OID=.;OPOS=152770533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:1:5:13:7:1:5:13:7 chr1 152770589 . A G,T 821.27 PASS AF=0.542373,0.457627;AO=32,27;DP=59;FAO=32,27;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25,22;FSAR=7,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875683,0.019839;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.1219,41.9461;QD=55.6795;RBI=0.0563524,0.0443719;REFB=0,0;REVB=-0.0556678,-0.0396898;RO=0;SAF=25,22;SAR=7,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00133762,0.0357988;OID=.,.;OPOS=152770589,152770589;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:59:59:0:0:32,27:32,27:0.542373,0.457627:7,5:25,22:0:0:7,5:25,22:0:0 chr1 152771207 . C A 83.56 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=0.0904492;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.447;QD=9.28476;RBI=0.0926227;REFB=-0.00782079;REVB=-0.0199475;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.584773;STB=0.841625;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0287757;OID=.;OPOS=152771207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:36:25:25:11:11:0.305556:8:3:21:4:8:3:21:4 chr1 152771293 . A G 164.86 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0266766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.338;QD=9.69765;RBI=0.0290558;REFB=-0.0228943;REVB=-0.0115151;RO=46;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499999;STB=0.529385;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0554419;OID=.;OPOS=152771293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:11:11:21:25:11:11:21:25 chr1 152771360 . A T 246.68 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0141719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0427;QD=11.3415;RBI=0.0199161;REFB=-0.0145644;REVB=-0.0139931;RO=57;SAF=16;SAR=14;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796519;STB=0.504612;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0201009;OID=.;OPOS=152771360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:14:16:30:27:14:16:30:27 chr1 152777908 . C T 72.03 PASS AF=0.5;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.00300339;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6369;QD=14.4059;RBI=0.035946;REFB=-0.00882349;REVB=-0.0358203;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371808;STB=0.708036;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00835852;OID=.;OPOS=152777908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:21:20:10:10:9:10:0.5:2:7:10:0:3:7:10:0 chr1 152882610 . A G 122.19 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0100619;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.425;QD=15.7663;RBI=0.0126914;REFB=-0.0458751;REVB=0.00773502;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133846;STB=0.576818;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0243616;OID=.;OPOS=152882610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:5:12:8:6:5:12 chr1 152884111 . G A 367.64 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0272713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8282;QD=16.3394;RBI=0.0431389;REFB=-0.0152652;REVB=-0.0334252;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732834;STB=0.56407;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0232167;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:51:39:39:0.433333:22:17:24:23:22:17:28:23 chr1 152884246 . GA TG 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0359417;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=257.915;QD=14.8515;RBI=0.0363747;REFB=-0.00559486;REVB=-0.00559551;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300374;STB=0.5045;STBP=0.987;TYPE=mnp;VARB=0.00812987;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:11:8:11:17:11:8:12:17 chr1 152944594 . C T 435.66 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00296537;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.024;QD=18.7382;RBI=0.0390567;REFB=-0.0190475;REVB=0.038944;RO=47;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672687;STB=0.541586;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0223263;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:47:49:43:44:0.473118:18:25:24:23:19:25:24:25 chr1 152957832 . C A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.040939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.6536;QD=14.6545;RBI=0.0523246;REFB=-0.00543387;REVB=-0.0325863;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170899;STB=0.562346;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000409614;OID=.;OPOS=152957832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:15:16:7:8:8:8:0.5:4:4:2:5:4:4:3:5 chr1 152957887 . G A 334.23 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00368988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.102;QD=27.2843;RBI=0.00536636;REFB=-0.02971;REVB=-0.00389648;RO=20;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101697;STB=0.556149;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0271963;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:17:12:11:9:17:12:11:9 chr1 152958238 . A G 525.48 PASS AF=0.466667;AO=57;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.051667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6971;QD=17.5159;RBI=0.0684172;REFB=-0.0273021;REVB=-0.0448491;RO=63;SAF=26;SAR=31;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190756;STB=0.502392;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0421813;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:64:57:56:0.466667:31:26:30:33:30:26:30:34 chr1 152958267 . T C 466.31 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0475081;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6961;QD=19.4297;RBI=0.0555736;REFB=-0.0195164;REVB=-0.0288342;RO=52;SAF=20;SAR=26;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258133;STB=0.502761;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0198585;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:52:50:46:46:0.479167:26:20:24:28:26:20:22:28 chr1 152975495 . G A 80.01 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0242197;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.597;QD=14.5474;RBI=0.0242823;REFB=0.00773199;REVB=0.00174274;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943118;STB=0.555443;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00610977;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:6:6:6:4:6:6 chr1 152975829 . A G 35.55 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0427612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2512;QD=5.68854;RBI=0.0432371;REFB=-0.0154058;REVB=0.0063969;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224955;STB=0.648148;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0235741;OID=.;OPOS=152975829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:4:2:10:9:4:2:10:9 chr1 152975941 . C G 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00490776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.497;QD=16.7543;RBI=0.0128298;REFB=-0.0132542;REVB=-0.0118541;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245425;STB=0.638253;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0134994;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:10:14:9:19:10:14:9:19 chr1 152976108 . C T 281.05 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00233247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.446;QD=19.3827;RBI=0.0148177;REFB=-0.0274789;REVB=0.0146329;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359131;STB=0.519987;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0144094;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:17:13:11:17:17:13:11:17 chr1 152976114 . G C 309.9 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00463024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.849;QD=18.7815;RBI=0.0618422;REFB=-0.0376567;REVB=-0.0616686;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128646;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:20:13:13:20:20:13:13:20 chr1 152976306 . T G 258.54 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00205271;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.756;QD=16.1589;RBI=0.0087022;REFB=-0.0148283;REVB=-0.00845664;RO=33;SAF=7;SAR=22;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29094;STB=0.668162;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0280155;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:35:29:29:0.453125:22:7:17:16:22:7:18:17 chr1 153004848 . T C 67.13 PASS AF=0.473684;AO=3;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.050713;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8138;QD=14.1329;RBI=0.090397;REFB=-0.0677953;REVB=-0.0748319;RO=10;SAF=1;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477992;STB=0.583162;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.086464;OID=.;OPOS=153004848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:20:19:10:10:3:9:0.473684:2:1:8:2:3:6:8:2 chr1 153004853 . C T 45.14 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0494175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.921;QD=8.20793;RBI=0.0520946;REFB=-0.0254702;REVB=-0.0164848;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453064;STB=0.77989;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.110416;OID=.;OPOS=153004853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:4:3:12:2:4:3:13:2 chr1 153005156 . C T 223.1 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0974339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8608;QD=16.5256;RBI=0.0999944;REFB=-0.00505859;REVB=-0.0224838;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129828;STB=0.573077;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00953254;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:10:19:13:12:10:19 chr1 153190762 . C T 286.85 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0368646;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.215;QD=20.4895;RBI=0.0515179;REFB=-0.00206011;REVB=-0.0359874;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177927;STB=0.598197;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000944122;OID=.;OPOS=153190762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:26:26:30:30:0.535714:17:13:6:20:17:13:6:20 chr1 153191595 . A T 389.95 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0550401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.873;QD=21.6638;RBI=0.0550542;REFB=-0.0123032;REVB=0.00124736;RO=33;SAF=12;SAR=27;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18538;STB=0.602717;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00692083;OID=.;OPOS=153191595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:27:12:17:16:27:12:17:16 chr1 153277423 . C T 405.5 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0161265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4583;QD=19.7803;RBI=0.0168891;REFB=0.0189235;REVB=0.00501789;RO=41;SAF=19;SAR=22;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221239;STB=0.512277;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.019344;OID=.;OPOS=153277423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:22:19:18:23:22:19:18:23 chr1 153304140 . AG A 286.29 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0146766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.854;QD=18.1772;RBI=0.0337659;REFB=-0.0126533;REVB=0.0304094;RO=32;SAF=10;SAR=21;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171208;STB=0.596006;STBP=0.169;TYPE=del;VARB=0.0157683;OID=.;OPOS=153304141;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492063:31:63:31:63:32:10:21:16:16:99:32:10:21:16:16 chr1 153314153 . C A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.327;QD=61.6953;RBI=0.0117584;REFB=0;REVB=0.0114381;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86705e-06;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:55:27:0:0:55:27:0:0 chr1 153315579 . A G 1346.91 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111361;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.012;QD=61.2232;RBI=0.0111614;REFB=-0.130078;REVB=-0.000751924;RO=1;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119932;STB=0.506171;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000310373;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:88:1:1:86:87:0.988636:39:47:0:1:40:47:0:1 chr1 153320334 . T C 554.67 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0047741;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=330.391;QD=55.4669;RBI=0.00478676;REFB=-0.035346;REVB=-0.00034788;RO=2;SAF=14;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131768;STB=0.507039;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000954471;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:24:14:1:1:24:14:1:1 chr1 153320372 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9728;QD=62.3503;RBI=0.0295227;REFB=0;REVB=-0.026632;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000439148;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr1 153431406 . C G 1749.42 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.009;QD=60.8494;RBI=0.0641161;REFB=0;REVB=-0.0535843;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97224e-05;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:51:64:0:0:51:64:0:0 chr1 153520178 . C CG,G 51.4 PASS AF=0.176471,0;AO=13,7;DP=70;FAO=12,0;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=3,0;FSAR=9,0;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.142607,-0.237207;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=65.0175,39.7577;QD=3.02327;RBI=0.144959,0.237872;REFB=-0.00219546,-0.01162;REVB=-0.0260044,-0.0177826;RO=50;SAF=1,7;SAR=12,0;SRF=24;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.584052,0.654856;STB=0.70277,0.5;STBP=0.127,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0844671,0;OID=.,.;OPOS=153520179,153520178;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:70:68:50:56:13,7:12,0:0.176471,0:12,0:1,7:24:26:9,0:3,0:27:29 chr1 153588279 . G A 341.98 PASS AF=0.493333;AO=31;DP=71;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00893162;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.639;QD=18.2389;RBI=0.0589178;REFB=-0.0182571;REVB=0.0582369;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187613;STB=0.522715;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0198131;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:37:38:31:37:0.493333:17:14:16:21:23:14:16:22 chr1 153588340 . C T 362.01 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0168001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.628;QD=17.8768;RBI=0.0214747;REFB=-0.0248111;REVB=0.013376;RO=42;SAF=12;SAR=26;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687022;STB=0.547144;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0258388;OID=.;OPOS=153588340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:26:12:16:26:26:12:17:26 chr1 153604027 . ACC AC,ACT 564.08 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=7,30;DP=41;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310788,0.118641;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.1549,33.438;QD=55.032;RBI=0.0315754,0.14587;REFB=0,0;REVB=0.00557814,0.0848662;RO=0;SAF=6,14;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0195051,0.0144359;OID=.,.;OPOS=153604028,153604029;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=AC,ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0487805,0.95122:7,30:41:2,39:41:0:2,22:0,17:0:0:7:0:6,14:1,16:0:0 chr1 153653757 . G C 286.37 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0824273;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5591;QD=18.1823;RBI=0.0979305;REFB=-0.040653;REVB=0.0528784;RO=29;SAF=22;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557675;STB=0.513505;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0411196;OID=.;OPOS=153653757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:29:32:31:31:0.492063:9:22:19:10:9:22:22:10 chr1 153676713 . C A 1091.99 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.762;QD=59.8348;RBI=0.0311669;REFB=0;REVB=0.0149262;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58088e-05;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:34:37:0:0:34:39:0:0 chr1 153743234 . T C 210.05 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00294474;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.092;QD=13.7737;RBI=0.0111868;REFB=-0.0292779;REVB=-0.0107922;RO=36;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222988;STB=0.627802;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0360641;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:36:25:25:0.409836:17:8:19:17:17:8:19:17 chr1 153913770 . A G 920.65 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000384057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8892;QD=56.6553;RBI=0.0275657;REFB=-0.0533191;REVB=0.027563;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00532097;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:0:1:63:64:0.984615:37:26:0:0:38:26:1:0 chr1 153973490 . G C 163.72 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.060164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.624;QD=13.3648;RBI=0.0611511;REFB=-0.0126247;REVB=-0.0109428;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240741;STB=0.637841;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0246405;OID=.;OPOS=153973490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:11:7:6:25:11:7:6:25 chr1 154076995 . A AG 30.09 PASS AF=0.106195;AO=15;DP=113;FAO=12;FDP=113;FR=.;FRO=101;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=0.000998788;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=96.4477;QD=1.06517;RBI=0.00713335;REFB=-0.00254661;REVB=-0.00706308;RO=97;SAF=1;SAR=14;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.615968;STB=0.914608;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.0942033;OID=.;OPOS=154076996;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.106195:15:113:12:113:101:1:11:55:46:30:97:1:14:54:43 chr1 154089438 . T C 363.98 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0324335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7554;QD=13.4808;RBI=0.0544902;REFB=0.00348956;REVB=0.0437864;RO=64;SAF=17;SAR=26;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096023;STB=0.550241;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00510669;OID=.;OPOS=154089438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:65:43:43:0.398148:26:17:31:33:26:17:31:34 chr1 154108387 . G A 1236.02 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410707;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.692;QD=61.8011;RBI=0.0412018;REFB=0;REVB=-0.00328457;RO=0;SAF=27;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4482e-05;OID=.;OPOS=154108387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:53:27:0:0:53:27:0:0 chr1 154144681 . A T 136.89 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00474375;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=255.015;QD=18.2519;RBI=0.00478751;REFB=0.000389895;REVB=0.000645866;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269901;OID=.;OPOS=154144681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:5:10:10:5:5:10:10:5 chr1 154243246 . G T 42.23 PASS AF=0.583333;AO=4;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0149497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.194;QD=14.0781;RBI=0.107572;REFB=0.000393918;REVB=-0.106528;RO=5;SAF=3;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386089;STB=0.646735;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00376184;OID=.;OPOS=154243246;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:12:12:5:5:4:7:0.583333:1:3:5:0:1:6:5:0 chr1 154268072 . AT A 96.93 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0588856;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.1525;QD=18.4629;RBI=0.117756;REFB=0.0791512;REVB=-0.101976;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231045;STB=0.608533;STBP=0.236;TYPE=del;VARB=-0.0586733;OID=.;OPOS=154268073;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:12:21:13:21:8:6:7:6:2:40:8:5:7:6:2 chr1 154310048 . C G 1525.7 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.1;QD=59.8313;RBI=0.0389888;REFB=0;REVB=0.00796513;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9006e-05;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:57:45:0:0:57:45:0:0 chr1 154317153 . C T 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.381;QD=59.5006;RBI=0.0529309;REFB=0;REVB=0.0170868;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126998;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr1 154437896 . T C 268.92 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00331832;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.816;QD=12.9598;RBI=0.00944597;REFB=-0.000807407;REVB=-0.00884393;RO=48;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00721301;STB=0.518362;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00198615;OID=.;OPOS=154437896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:52:31:31:0.373494:14:17:26:22:14:17:27:25 chr1 154438880 . T C 263.78 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0284497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.246;QD=12.8674;RBI=0.0314241;REFB=0.00289708;REVB=0.013345;RO=51;SAF=20;SAR=11;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213413;STB=0.622426;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00536288;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:11:20:23:28:11:20:23:28 chr1 154474131 . C G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00967171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.826;QD=52.7696;RBI=0.0381174;REFB=0.0714757;REVB=0.0368699;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000816817;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:0:1:12:16:0:1 chr1 154516571 . T C 628.98 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.208;QD=61.3642;RBI=0.0601193;REFB=0;REVB=0.00676166;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81453e-05;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:31:7:0:0:33:8:0:0 chr1 154516578 . G A 147.89 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00972403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.264;QD=14.4286;RBI=0.0167054;REFB=-0.00896269;REVB=0.0135836;RO=23;SAF=0;SAR=16;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.786765;STB=0.794558;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0124804;OID=.;OPOS=154516578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:24:16:17:0.414634:16:0:6:17:16:1:7:17 chr1 154548306 . C G 726.21 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=52;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0424591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8682;QD=20.749;RBI=0.0430523;REFB=-0.0251666;REVB=0.00712211;RO=68;SAF=52;SAR=19;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256378;STB=0.645919;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0289232;OID=.;OPOS=154548306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:68:69:71:71:0.507143:19:52:32:36:19:52:32:37 chr1 154556663 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.068;QD=61.6953;RBI=0.0832609;REFB=0;REVB=0.0406249;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120915;OID=.;OPOS=154556663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr1 154573967 . T C 417.83 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0613864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.145;QD=53.9129;RBI=0.0613895;REFB=0.0151361;REVB=-0.000619641;RO=1;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207257;STB=0.511104;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=4.9633e-05;OID=.;OPOS=154573967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:22:8:0:1:22:8:0:1 chr1 154574820 . T C 1294.19 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.869;QD=61.628;RBI=0.0216447;REFB=0;REVB=0.00326439;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16441e-05;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:36:47:0:0:36:48:0:0 chr1 154575040 . C T 1075.72 PASS AF=0.904762;AO=76;DP=84;FAO=76;FDP=84;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=64;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.116756;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.226;QD=51.2249;RBI=0.119032;REFB=-0.141069;REVB=0.0231647;RO=3;SAF=12;SAR=64;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104637;STB=0.624963;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00733177;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:3:8:76:76:0.904762:64:12:3:0:64:12:8:0 chr1 154600372 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.826;QD=51.1846;RBI=0.0242386;REFB=0;REVB=-0.00446506;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44309e-05;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr1 154744807 . C G 834.25 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.81;QD=57.5345;RBI=0.00921438;REFB=0;REVB=-0.00804224;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81282e-05;OID=.;OPOS=154744807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr1 154744852 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.681;QD=57.68;RBI=0.0604421;REFB=0;REVB=0.0104358;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498078;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr1 154917314 . G A 1301.81 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.168;QD=61.9908;RBI=0.0311404;REFB=0;REVB=-0.0210938;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04226e-06;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr1 154919080 . C T 1004.17 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00378056;FXX=0.0136968;HRUN=5;LEN=1;MLLD=96.3984;QD=55.7874;RBI=0.0467469;REFB=0.114703;REVB=0.0465938;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133153;STB=0.51351;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=6.55397e-05;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:72:1:2:69:70:0.972222:34:35:1:0:34:36:2:0 chr1 154987526 . C T 436.28 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1057;QD=54.5349;RBI=0.059054;REFB=-0.10751;REVB=0.0581306;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00492316;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:0:1:17:14:0:1 chr1 154988957 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.075;QD=48.737;RBI=0.174974;REFB=0;REVB=0.0216534;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140872;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr1 155006091 . A G 754.19 PASS AF=0.949153;AO=54;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00376738;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.538;QD=51.1316;RBI=0.0171589;REFB=-0.188998;REVB=-0.0167402;RO=2;SAF=16;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553236;STB=0.523247;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00162031;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:2:3:54:56:0.949153:38:16:2:0:40:16:2:1 chr1 155006999 . C T 919.49 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6317;QD=58.3805;RBI=0.0615648;REFB=0;REVB=0.0476697;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851182;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:1:0:61:63:1:31:30:0:1:32:31:0:0 chr1 155019710 . A C 1129.82 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.814;QD=59.464;RBI=0.0346586;REFB=0;REVB=-0.0170784;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369385;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:41:33:0:0:41:35:0:0 chr1 155026942 . A C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.858;QD=62.9824;RBI=0.0559795;REFB=0;REVB=0.0237055;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340146;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr1 155033317 . T C,G 527.6 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192033,-0.00638487;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.505,146.25;QD=58.6219;RBI=0.0162745,0.0176463;REFB=0,0;REVB=-0.0161608,-0.0164507;RO=0;SAF=16,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00350421,0.0981715;OID=.,.;OPOS=155033317,155033317;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:36:36:0:0:34,2:34,2:0.944444,0.0555556:18,0:16,2:0:0:18,0:16,2:0:0 chr1 155059851 . A G 637.17 PASS AF=0.907407;AO=46;DP=51;FAO=49;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0293146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.491;QD=47.1976;RBI=0.0719408;REFB=-0.169311;REVB=0.0656973;RO=2;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426858;STB=0.531902;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00165352;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:54:2:3:46:49:0.907407:21:25:0:2:22:27:0:3 chr1 155106697 . G A 593.96 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.565;QD=60.9186;RBI=0.0164077;REFB=0;REVB=0.000100034;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.48824e-05;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:23:16:0:0 chr1 155149718 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.94;QD=56.1914;RBI=0.0238549;REFB=0;REVB=0.0208701;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17795e-05;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr1 155162067 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.537;QD=56.7065;RBI=0.0201043;REFB=0;REVB=-0.00768544;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70831e-05;OID=.;OPOS=155162067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr1 155178745 . AG GA 65.73 PASS AF=0.149533;AO=17;DP=107;FAO=16;FDP=107;FR=.;FRO=91;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.085101;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=2;MLLD=39.0083;QD=2.4572;RBI=0.0951547;REFB=-0.0343803;REVB=-0.0425703;RO=83;SAF=1;SAR=16;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612824;STB=0.902485;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.235544;OID=.;OPOS=155178745;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:107:107:83:91:17:16:0.149533:16:1:40:43:15:1:40:51 chr1 155178782 . A T 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5014;QD=58.7794;RBI=0.0465207;REFB=0;REVB=0.0393264;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405022;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:42:23:0:0:42:23:0:0 chr1 155186729 . T C 2400.0 PASS AF=0.97006;AO=159;DP=163;FAO=162;FDP=167;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=89;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.03559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4356;QD=57.4851;RBI=0.0374105;REFB=0.00196234;REVB=0.0115279;RO=3;SAF=71;SAR=88;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00403571;STB=0.504512;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000422076;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:163:167:3:5:159:162:0.97006:88:71:1:2:89:73:3:2 chr1 155186742 . G A 2459.18 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421278;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.318;QD=61.4794;RBI=0.103818;REFB=0;REVB=0.103732;RO=0;SAF=71;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3399e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133102;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:160:0:0:160:160:1:89:71:0:0:89:71:0:0 chr1 155217436 . GGA ATT 410.93 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237647;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=197.492;QD=56.6796;RBI=0.104277;REFB=0;REVB=0.101533;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000370143;OID=.;OPOS=155217436;OREF=GGA;OALT=ATT;OMAPALT=ATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:17:12:0:0 chr1 155230131 . C T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147658;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=232.707;QD=59.8394;RBI=0.0171272;REFB=0;REVB=0.0086782;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82723e-05;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr1 155258752 . G A 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.781;QD=57.5413;RBI=0.0196719;REFB=0;REVB=0.0181481;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95526e-05;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr1 155258756 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.566;QD=57.5448;RBI=0.0345408;REFB=0;REVB=0.0344401;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159041;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr1 155260383 . G T 693.03 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066183;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.208;QD=63.0028;RBI=0.0688641;REFB=0;REVB=0.0190284;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181688;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr1 155294274 . A G 214.23 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5818;QD=47.6075;RBI=0.0536415;REFB=0;REVB=0.0263277;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00564817;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:9:9:0:0 chr1 155408635 . T C 919.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0425;QD=58.4055;RBI=0.0664405;REFB=0;REVB=0.0661229;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075381;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr1 155581311 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.311;QD=55.0987;RBI=0.0148106;REFB=0;REVB=0.0142891;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25279e-05;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr1 155583937 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.251;QD=42.1826;RBI=0.0361505;REFB=0;REVB=0.0200188;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100497;OID=.;OPOS=155583937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr1 155658085 . T C 903.06 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.89;QD=58.262;RBI=0.0112836;REFB=0;REVB=-0.000124221;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90841e-06;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:35:26:0:0:36:26:0:0 chr1 155735012 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.217;QD=63.2863;RBI=0.0279822;REFB=0;REVB=0.0197101;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133775;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr1 155735901 . C T 217.9 PASS AF=0.440678;AO=24;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00512992;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.704;QD=14.7727;RBI=0.0106035;REFB=-0.00917435;REVB=-0.00928002;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133317;STB=0.549259;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0130008;OID=.;OPOS=155735901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:33:24:26:0.440678:10:14:24:10:10:16:23:10 chr1 155755097 . G A 1171.92 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.108;QD=60.8791;RBI=0.0170295;REFB=0;REVB=0.0155184;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69929e-05;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:50:27:0:0:50:27:0:0 chr1 155837865 . G C 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3505;QD=62.347;RBI=0.0307903;REFB=0;REVB=-0.0239618;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5618e-05;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr1 155838267 . T C 516.66 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.41;QD=59.0471;RBI=0.0304316;REFB=0;REVB=0.0303866;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111099;OID=.;OPOS=155838267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:20:13:0:0:21:14:0:0 chr1 155880573 . C G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.086;QD=62.6702;RBI=0.0582036;REFB=0;REVB=0.0534923;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32371e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr1 155904177 . T C 1643.57 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00487189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3243;QD=59.2276;RBI=0.0224384;REFB=-0.128905;REVB=-0.0219031;RO=1;SAF=53;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887305;STB=0.504672;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00061088;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:57:53:1:0:57:53:1:0 chr1 155912486 . T C 594.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.908;QD=60.9569;RBI=0.0248446;REFB=0;REVB=0.0128885;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12231e-05;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr1 156020911 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0366267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.029;QD=17.2294;RBI=0.0366394;REFB=-0.0418459;REVB=-0.000963419;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17296;STB=0.599771;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0366111;OID=.;OPOS=156020911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:5:1:3:5:5:1 chr1 156043531 . TAAAAAAAAAT TAAAAAAAAT,TAAAAAAAATA,TAAAAAAATAA 227.95 PASS AF=0.703704,0.160494,0;AO=24,7,3;DP=81;FAO=57,13,0;FDP=81;FR=.;FRO=11;FSAF=28,1,0;FSAR=29,12,0;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0607337,0.0210498,0.0240004;FXX=0;HRUN=9,9,9;LEN=1,2,3;MLLD=5.7567,25.3028,40.8359;QD=11.2565;RBI=0.242482,0.0575784,0.0360402;REFB=-0.163241,-0.0976107,-0.0535203;REVB=0.234753,0.0535927,0.0268864;RO=23;SAF=17,1,0;SAR=7,6,3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0998393,-0.546871,-0.624482;STB=0.538131,0.877357,0.5;STBP=0.159,0.002,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.159339,-0.125677,0.129283;OID=.,.,.;OPOS=156043532,156043540,156043539;OREF=A,AT,AAT;OALT=-,TA,TAA;OMAPALT=TAAAAAAAAT,TAAAAAAAATA,TAAAAAAATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.703704,0.160494,0:24,7,3:81:57,13,0:81:11:28,1,0:29,12,0:8:3:14:23:17,1,0:7,6,3:14:9 chr1 156146218 . C T 163.0 PASS AF=0.36;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0165174;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.553;QD=13.0397;RBI=0.0173043;REFB=-0.0132883;REVB=0.00515901;RO=29;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287846;STB=0.551455;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0203582;OID=.;OPOS=156146218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:32:18:18:0.36:14:4:7:22:14:4:9:23 chr1 156202173 . A G 206.92 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00286397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.387;QD=17.2431;RBI=0.0261814;REFB=-0.0248917;REVB=0.0260243;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428005;STB=0.515643;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0331411;OID=.;OPOS=156202173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:27:21:21:0.4375:13:8:11:15:13:8:11:16 chr1 156206121 . G A 336.24 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0077432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.182;QD=16.0115;RBI=0.0213166;REFB=-0.00849774;REVB=0.0198605;RO=47;SAF=20;SAR=16;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852538;STB=0.555526;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0163126;OID=.;OPOS=156206121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:36:37:0.440476:16:20:30:17:17:20:30:17 chr1 156215899 . G A 649.65 PASS AF=0.446541;AO=70;DP=158;FAO=71;FDP=159;FR=.;FRO=88;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.00165222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.332;QD=16.3434;RBI=0.0141393;REFB=-0.0146822;REVB=0.0140424;RO=88;SAF=43;SAR=27;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479887;STB=0.521493;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0206907;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:88:88:70:71:0.446541:27:43:50:38:28:43:50:38 chr1 156220056 . T C 181.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0498419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.549;QD=16.4786;RBI=0.0589043;REFB=-0.00697363;REVB=-0.0313927;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236151;STB=0.643882;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0312793;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:19:19:0.431818:11:8:16:8:11:8:17:8 chr1 156233189 . C T 295.65 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0429723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.059;QD=20.3895;RBI=0.0448845;REFB=-0.028009;REVB=-0.0129617;RO=27;SAF=20;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203016;STB=0.612866;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0230905;OID=.;OPOS=156233189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:11:20:11:16:11:20:11:16 chr1 156255456 . G A 133.84 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0135699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.15;QD=25.4936;RBI=0.0216308;REFB=0.0385128;REVB=0.0168449;RO=7;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219157;STB=0.620546;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0107957;OID=.;OPOS=156255456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:11:3:0:7:11:3:0:7 chr1 156263940 . T C 364.28 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0142167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9741;QD=21.1177;RBI=0.0178558;REFB=-0.00209865;REVB=-0.0108035;RO=32;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862826;STB=0.547705;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00259637;OID=.;OPOS=156263940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:20:17:18:14:20:17:18:14 chr1 156264000 . G A 246.0 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0164529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.822;QD=23.9998;RBI=0.0174595;REFB=-0.0272863;REVB=0.00584252;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15186;STB=0.573211;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.013389;OID=.;OPOS=156264000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:18:23:23:0.560976:14:9:10:7:14:9:10:8 chr1 156280969 . G A 195.67 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0122928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0333;QD=25.2477;RBI=0.019688;REFB=0.0123495;REVB=-0.0153787;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182979;STB=0.510193;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00787245;OID=.;OPOS=156280969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:9:10:6:6:9:10:6:6 chr1 156280971 . G A 197.51 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0117077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8343;QD=26.3346;RBI=0.0119385;REFB=-0.00267626;REVB=0.00233629;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126582;STB=0.507035;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00120055;OID=.;OPOS=156280971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:9:10:6:5:9:10:6:5 chr1 156347834 . T A 527.79 PASS AF=0.405594;AO=57;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.0439384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1271;QD=14.7633;RBI=0.117442;REFB=-0.0264857;REVB=0.108913;RO=83;SAF=21;SAR=36;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173273;STB=0.60159;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0425011;OID=.;OPOS=156347834;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:83:85:57:58:0.405594:36:21:44:39:37:21:45:40 chr1 156351699 . G A 1791.64 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343643;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.562;QD=60.2231;RBI=0.06548;REFB=-0.0819494;REVB=0.055738;RO=1;SAF=61;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772249;STB=0.504064;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=8.25924e-05;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:119:1:1:117:118:0.991597:56:61:1:0:57:61:1:0 chr1 156354293 . A G 312.67 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00733769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.574;QD=14.3757;RBI=0.00920525;REFB=-0.0175227;REVB=-0.00555832;RO=50;SAF=16;SAR=19;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127001;STB=0.559887;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0188607;OID=.;OPOS=156354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:52:35:35:0.402299:19:16:29:21:19:16:29:23 chr1 156354367 . A G 805.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.561;QD=64.4074;RBI=0.0914006;REFB=0;REVB=0.016951;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121258;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr1 156446903 . T C 750.5 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479949;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5704;QD=63.8723;RBI=0.04885;REFB=0;REVB=0.00910006;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13208e-05;OID=.;OPOS=156446903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr1 156450740 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.596;QD=53.911;RBI=0.0535182;REFB=0;REVB=0.0115575;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322592;OID=.;OPOS=156450740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr1 156499969 . T C 1362.54 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.047123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4942;QD=61.2379;RBI=0.0483061;REFB=0.00801624;REVB=0.0106254;RO=1;SAF=48;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977072;STB=0.505153;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00021121;OID=.;OPOS=156499969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:40:48:1:0:40:48:1:0 chr1 156507025 . C T 305.74 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00655899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2293;QD=12.8732;RBI=0.055351;REFB=-0.00373107;REVB=-0.054961;RO=59;SAF=16;SAR=19;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130024;STB=0.579154;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00637093;OID=.;OPOS=156507025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:60:35:35:0.368421:19:16:34:25:19:16:35:25 chr1 156518379 . G A 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00102728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.746;QD=55.0443;RBI=0.0101067;REFB=0.0865208;REVB=0.0100544;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145046;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=2.89629e-05;OID=.;OPOS=156518379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:23:32:1:0:23:32:1:0 chr1 156526444 . T C 1191.76 PASS AF=0.97561;AO=76;DP=77;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0182556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.712;QD=58.1344;RBI=0.0451698;REFB=-0.0469958;REVB=0.0413164;RO=1;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114027;STB=0.511902;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00104861;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:82:1:2:76:80:0.97561:41:35:0:1:41:39:0:2 chr1 156532977 . T C 421.69 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.039181;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5977;QD=54.4115;RBI=0.0443288;REFB=-0.0527674;REVB=-0.020734;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00150939;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:0:1:15:15:0:1 chr1 156536221 . G C 1190.46 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.191;QD=61.0492;RBI=0.00461268;REFB=0;REVB=0.00257494;RO=0;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90907e-06;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:26:51:0:0:26:52:0:0 chr1 156536251 . T C 1264.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.765;QD=61.6933;RBI=0.0162148;REFB=0;REVB=0.010381;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13897e-06;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:31:51:0:0:31:51:0:0 chr1 156556321 . G A 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00720988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.103;QD=59.0425;RBI=0.00767546;REFB=0.0176839;REVB=0.00263255;RO=1;SAF=32;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144415;STB=0.507689;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-9.50763e-05;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:9:32:1:0:9:32:1:0 chr1 156561651 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.24;QD=49.5992;RBI=0.0466229;REFB=0;REVB=0.0434059;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458609;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 156563375 . G A 739.76 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0269829;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.191;QD=50.1533;RBI=0.0540482;REFB=-0.0557595;REVB=0.0468308;RO=2;SAF=44;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303513;STB=0.505261;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00109364;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:2:4:55:55:0.932203:11:44:1:1:11:44:3:1 chr1 156563726 . A C 2369.89 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5989;QD=64.0512;RBI=0.0328777;REFB=0;REVB=-0.0151354;RO=0;SAF=79;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123217;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:69:79:0:0:69:79:0:0 chr1 156563813 . G A 1505.23 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.782;QD=63.3783;RBI=0.0654361;REFB=0;REVB=0.0292412;RO=1;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997538;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30815e-05;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:95:1:0:87:95:1:47:40:0:1:48:47:0:0 chr1 156563852 . C T 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00309711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.744;QD=58.8004;RBI=0.00900309;REFB=-0.0882151;REVB=0.00845361;RO=1;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122856;STB=0.506492;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=1.90129e-05;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:38:35:0:1:38:36:0:1 chr1 156565049 . A AAC,AC 137.31 PASS AF=1,0;AO=9,2;DP=13;FAO=12,0;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102257,0.00570212;FXX=0.076864;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=270.347,251.6;QD=45.7707;RBI=0.0355703,0.0324335;REFB=0,0;REVB=0.0340688,0.0319283;RO=2;SAF=4,0;SAR=5,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.147719,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000814987,0;OID=.,.;OPOS=156565050,156565050;OREF=-,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:9,2:13:12,0:12:0:4,0:8,0:0:0:4:2:4,0:5,2:0:2 chr1 156595447 . G A 739.96 PASS AF=1;AO=40;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203501;FXX=0.036357;HRUN=6;LEN=1;MLLD=224.991;QD=55.8457;RBI=0.0214695;REFB=0;REVB=-0.00684199;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03262e-05;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:53:0:0:40:53:1:9:31:0:0:12:41:0:0 chr1 156639753 . G A 314.06 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000244333;FXX=0.079968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.65;QD=54.6185;RBI=0.0130054;REFB=0;REVB=-0.0130031;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74765e-05;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 156640156 . G A 167.61 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0163377;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.426;QD=41.9011;RBI=0.0206028;REFB=-0.121303;REVB=0.0125521;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.521711;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00104333;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:4:11:0:0:4:11:1:0 chr1 156640678 . G A 429.43 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.859;QD=57.2575;RBI=0.0337107;REFB=0;REVB=-0.00318901;RO=0;SAF=4;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148855;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:25:4:0:0:26:4:0:0 chr1 156705593 . G C 1302.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.38;QD=62.0053;RBI=0.0358818;REFB=0;REVB=0.00389534;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42804e-05;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:44:37:0:0:44:40:0:0 chr1 156713512 . C T 546.77 PASS AF=0.926829;AO=39;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.11783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1974;QD=53.3433;RBI=0.12259;REFB=-0.155358;REVB=0.0338291;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.512189;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0164895;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:0:3:39:38:0.926829:19:20:0:0:19:19:2:1 chr1 156713558 . G A 298.82 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.000535831;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.243;QD=20.9701;RBI=0.0145309;REFB=-0.0259155;REVB=0.014521;RO=26;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314054;STB=0.501741;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.01745;OID=.;OPOS=156713558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:26:26:31:31:0.54386:18:13:11:15:18:13:11:15 chr1 156752048 . C G 339.91 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0658515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9259;QD=29.5575;RBI=0.0662029;REFB=0.0432405;REVB=0.00681234;RO=17;SAF=12;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425387;STB=0.523349;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0231965;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:17:12:6:11:17:12:6:11 chr1 156756678 . C T 551.4 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.0150807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.106;QD=19.5187;RBI=0.0168573;REFB=-0.0277912;REVB=0.00753264;RO=56;SAF=27;SAR=30;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167075;STB=0.592013;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0292357;OID=.;OPOS=156756678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:30:27:37:19:30:27:37:19 chr1 156760887 . C A 478.28 PASS AF=0.693548;AO=43;DP=62;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0113664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.272;QD=30.857;RBI=0.0209418;REFB=-0.0384344;REVB=0.0175888;RO=19;SAF=19;SAR=24;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729953;STB=0.539506;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0110534;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:19:19:43:43:0.693548:24:19:6:13:24:19:6:13 chr1 156784982 . T C 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0402472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.101;QD=13.9111;RBI=0.0403781;REFB=-0.0125255;REVB=-0.00324956;RO=29;SAF=2;SAR=19;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245254;STB=0.665178;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0209642;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:31:21:21:0.403846:19:2:6:23:19:2:7:24 chr1 156785617 . G A 276.08 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0251697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.769;QD=13.3049;RBI=0.0389497;REFB=0.00175724;REVB=0.0297247;RO=51;SAF=12;SAR=20;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248385;STB=0.641703;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00244571;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:20:12:31:20:20:12:31:20 chr1 156877457 . T C 622.57 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0276641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3626;QD=46.9862;RBI=0.0340438;REFB=0.00400732;REVB=0.0198413;RO=5;SAF=23;SAR=25;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919291;STB=0.548999;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00447147;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:53:53:5:5:48:48:0.90566:25:23:5:0:25:23:5:0 chr1 156883493 . G A 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00623397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.515;QD=17.9914;RBI=0.0113899;REFB=-0.0140909;REVB=-0.00953248;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106247;STB=0.5594;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0237747;OID=.;OPOS=156883493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:15:14:18:12:15:14:18:12 chr1 156883546 . A G 817.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.778;QD=57.3713;RBI=0.0367268;REFB=0;REVB=0.0351393;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012568;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr1 156902259 . G A 855.2 PASS AF=0.984615;AO=61;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0564916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.077;QD=52.6277;RBI=0.0721813;REFB=-0.24519;REVB=0.0449314;RO=4;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554299;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00551181;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:65:4:1:61:64:0.984615:32:29:0:4:35:29:0:1 chr1 156907081 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.341;QD=56.7037;RBI=0.0424076;REFB=0;REVB=0.0422123;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153889;OID=.;OPOS=156907081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr1 156907115 . T C 144.84 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0434468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2172;QD=16.5533;RBI=0.0523432;REFB=-0.0252486;REVB=0.0291923;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971452;STB=0.514268;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0442087;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:19:19:14:16:0.457143:6:8:9:10:8:8:9:10 chr1 157062696 . G T 157.76 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.107477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5536;QD=16.606;RBI=0.109315;REFB=-0.00907454;REVB=0.0199627;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298132;STB=0.670534;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00678634;OID=.;OPOS=157062696;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:14:7:11:6:14:7 chr1 157069154 . A G 256.95 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.068192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5433;QD=16.0596;RBI=0.0820624;REFB=-0.00147314;REVB=-0.0456518;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743881;STB=0.548354;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00057432;OID=.;OPOS=157069154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:35:29:29:0.453125:14:15:14:18:14:15:15:20 chr1 157069261 . A C 195.75 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0285403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.71;QD=17.7951;RBI=0.0541583;REFB=-0.0162071;REVB=-0.0460279;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732557;STB=0.541626;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0128955;OID=.;OPOS=157069261;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:9:15:11:9:9:15 chr1 157095470 . A G 390.08 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00075383;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.806;QD=18.575;RBI=0.0939875;REFB=-0.0191267;REVB=-0.0939845;RO=44;SAF=14;SAR=26;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332394;STB=0.518509;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0198614;OID=.;OPOS=157095470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:26:14:14:30:26:14:14:30 chr1 157497597 . C T 334.61 PASS AF=0.57377;AO=33;DP=62;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.111248;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.462;QD=21.9415;RBI=0.111293;REFB=-0.00694816;REVB=0.00314439;RO=26;SAF=15;SAR=18;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151845;STB=0.609375;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00948842;OID=.;OPOS=157497597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:26:33:35:0.57377:18:15:7:19:18:17:6:20 chr1 157508882 . C T 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.032887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9657;QD=25.0394;RBI=0.0586503;REFB=-0.0262284;REVB=0.0485623;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532607;STB=0.529594;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0193267;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:10:16:11:9:10:16:11:9 chr1 157509025 . C T 479.62 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0181159;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.177;QD=22.0513;RBI=0.0220734;REFB=-0.0239075;REVB=-0.0126114;RO=38;SAF=22;SAR=24;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104159;STB=0.561726;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.019407;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:38:41:46:46:0.528736:24:22:23:15:24:22:25:16 chr1 157514097 . A G 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.439;QD=63.8865;RBI=0.0554558;REFB=0;REVB=0.025957;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116248;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr1 157557701 . G A 104.36 PASS AF=0.325;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0804422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.449;QD=10.4364;RBI=0.0847696;REFB=-0.0416232;REVB=-0.0267383;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114311;STB=0.588105;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.052456;OID=.;OPOS=157557701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:25:27:13:13:0.325:6:7:16:9:6:7:18:9 chr1 157567751 . A G 341.59 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.65;QD=54.6536;RBI=0.0807301;REFB=0;REVB=0.0691439;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800412;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:20:25:1:3:17:0:0:8:17:0:0 chr1 157668390 . T C 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0252107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.445;QD=15.4088;RBI=0.0311496;REFB=-0.0211744;REVB=0.0182953;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549698;STB=0.531112;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0313541;OID=.;OPOS=157668390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:15:12:17:17:15:12:17:17 chr1 157670290 . C G 457.32 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00172039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8404;QD=20.5539;RBI=0.0202649;REFB=0.00480138;REVB=-0.0201917;RO=41;SAF=16;SAR=29;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765405;STB=0.540163;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0090769;OID=.;OPOS=157670290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:44:45:45:0.505618:29:16:18:23:29:16:19:25 chr1 157802979 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.883;QD=60.9775;RBI=0.0585097;REFB=0;REVB=-0.0564299;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259907;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr1 158057633 . C G 272.05 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0506818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.276;QD=17.2733;RBI=0.0744233;REFB=-0.00237087;REVB=-0.0544993;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191823;STB=0.607523;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.000283659;OID=.;OPOS=158057633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:18:12:20:13:18:12:20:13 chr1 158066834 . A G 283.74 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.046923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5559;QD=23.1626;RBI=0.0540601;REFB=-0.00475903;REVB=0.0268463;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261201;STB=0.645054;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00837842;OID=.;OPOS=158066834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:15:11:17:6:15:11:17:6 chr1 158582646 . T C 358.23 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0136303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.623;QD=14.6217;RBI=0.0233085;REFB=-0.0252719;REVB=-0.0189078;RO=59;SAF=20;SAR=19;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405544;STB=0.523001;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0459414;OID=.;OPOS=158582646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:59:39:39:0.397959:19:20:28:31:19:20:28:31 chr1 158584091 . A G 216.29 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0176133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.684;QD=22.1834;RBI=0.0186807;REFB=-0.00185968;REVB=-0.00622438;RO=18;SAF=15;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282016;STB=0.658757;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000819669;OID=.;OPOS=158584091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:6:15:7:11:6:15:7:11 chr1 158587390 . C T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00624585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.284;QD=17.9529;RBI=0.0333761;REFB=-0.00363172;REVB=-0.0327865;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829605;STB=0.546524;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00357487;OID=.;OPOS=158587390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:15:13:15:12:15:13 chr1 158587858 . G A 240.63 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0196039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9026;QD=14.5839;RBI=0.135293;REFB=-0.0199608;REVB=-0.133865;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237499;OID=.;OPOS=158587858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:14:14:19:19:14:14:19:19 chr1 158592935 . G A 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0012593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.605;QD=25.4983;RBI=0.0157621;REFB=-0.00561289;REVB=0.0157117;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160664;STB=0.508921;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00353248;OID=.;OPOS=158592935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:11:12:8:8:11:12:8:8 chr1 158597507 . G C 276.95 PASS AF=0.346667;AO=25;DP=76;FAO=26;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00938475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.412;QD=14.7705;RBI=0.0133342;REFB=-0.000632584;REVB=-0.00947248;RO=43;SAF=8;SAR=17;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288695;STB=0.666536;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00435677;OID=.;OPOS=158597507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:43:42:25:26:0.346667:17:8:25:18:18:8:24:18 chr1 158606449 . G T 363.6 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0156165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.611;QD=12.3256;RBI=0.042791;REFB=-0.0162644;REVB=-0.0398396;RO=74;SAF=31;SAR=13;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266493;STB=0.65256;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0232643;OID=.;OPOS=158606449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:74:74:44:44:0.372881:13:31:35:39:13:31:35:39 chr1 158612236 . A G 1176.3 PASS AF=0.455882;AO=124;DP=273;FAO=124;FDP=272;FR=.;FRO=148;FSAF=72;FSAR=52;FSRF=85;FSRR=63;FWDB=0.00433403;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.024;QD=17.2986;RBI=0.0198625;REFB=-0.0179436;REVB=0.0193839;RO=146;SAF=72;SAR=52;SRF=84;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532005;STB=0.503527;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0220104;OID=.;OPOS=158612236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:272:146:148:124:124:0.455882:52:72:84:62:52:72:85:63 chr1 158619728 . A C 1872.27 PASS AF=0.976378;AO=86;DP=128;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0131464;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.731;QD=58.9692;RBI=0.0225785;REFB=-0.0334977;REVB=0.0183565;RO=0;SAF=56;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10353e-08;STB=0.511626;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000850326;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:128:127:0:3:86:124:0.976378:30:56:0:0:63:61:0:3 chr1 158647495 . A T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.736;QD=62.9829;RBI=0.00548646;REFB=0;REVB=0.00420306;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07039e-05;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr1 158655036 . G A 1629.23 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7296;QD=58.711;RBI=0.0953752;REFB=0;REVB=-0.00884341;RO=0;SAF=31;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211589;OID=.;OPOS=158655036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:96:111:0:0:96:111:1:65:31:0:0:65:46:0:0 chr1 158656281 . T C 2261.24 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00216464;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.54;QD=62.8122;RBI=0.00836558;REFB=-0.0279494;REVB=0.00808067;RO=1;SAF=89;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872421;STB=0.504587;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-1.65074e-05;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:144:1:1:143:143:0.993056:54:89:0:1:54:89:0:1 chr1 158735595 . C T 546.45 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00570521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.944;QD=23.2534;RBI=0.00827251;REFB=-0.0126005;REVB=0.00599041;RO=43;SAF=21;SAR=30;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216383;STB=0.618766;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00632275;OID=.;OPOS=158735595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:30:21:29:14:30:21:29:14 chr1 158735691 . T C 468.32 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0135443;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1231;QD=18.0122;RBI=0.0149828;REFB=-0.0095561;REVB=0.00640604;RO=54;SAF=26;SAR=24;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159662;STB=0.508863;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0118591;OID=.;OPOS=158735691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:24:26:29:25:24:26:29:25 chr1 158735740 . A G 403.65 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0302132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7369;QD=14.9501;RBI=0.0681763;REFB=-0.0131765;REVB=-0.061116;RO=61;SAF=22;SAR=24;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113295;STB=0.558562;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0164317;OID=.;OPOS=158735740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:62:46:46:0.425926:24:22:36:25:24:22:36:26 chr1 158735892 . A G 237.34 PASS AF=0.45;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0226371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3585;QD=15.8226;RBI=0.0247752;REFB=-0.0124871;REVB=0.0100682;RO=33;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616977;STB=0.543364;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00347365;OID=.;OPOS=158735892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:26:27:0.45:15:11:16:17:16:11:16:17 chr1 158736215 . G A 885.95 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9981;QD=58.095;RBI=0.158119;REFB=0;REVB=0.0155878;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109937;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:57:61:1:31:26:0:0:31:30:0:0 chr1 158736445 . C T 231.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00939811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.261;QD=12.3465;RBI=0.0223013;REFB=-0.0080562;REVB=-0.0202243;RO=46;SAF=18;SAR=10;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13595;STB=0.572512;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0114244;OID=.;OPOS=158736445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:47:28:28:0.373333:10:18:24:22:10:18:25:22 chr1 158746678 . T C 543.27 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00450466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.985;QD=18.4158;RBI=0.00994971;REFB=-0.0169801;REVB=0.00887157;RO=61;SAF=25;SAR=32;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346897;STB=0.519224;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0154303;OID=.;OPOS=158746678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:32:25:29:32:32:25:29:32 chr1 158746847 . A G 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0013214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.625;QD=20.8117;RBI=0.00751712;REFB=-0.0020572;REVB=-0.00740007;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410084;STB=0.523026;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00165129;OID=.;OPOS=158746847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:9:14:15:8:9:14:15:8 chr1 158813819 . A G 586.24 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.007;QD=60.1273;RBI=0.0229688;REFB=0;REVB=0.0047151;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585828;OID=.;OPOS=158813819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:12:26:0:0:12:27:0:0 chr1 158986477 . G C 107.42 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.123139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4123;QD=7.81204;RBI=0.125774;REFB=-0.00373694;REVB=-0.0256084;RO=39;SAF=1;SAR=14;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535201;STB=0.851104;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00345558;OID=.;OPOS=158986477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:39:40:15:15:0.272727:14:1:14:25:14:1:15:25 chr1 158990247 . A G 268.52 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.0135319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.498;QD=11.6749;RBI=0.0135824;REFB=-0.0119438;REVB=-0.00117041;RO=60;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719228;STB=0.541395;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0243157;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:20:12:19:41:20:12:19:41 chr1 159002377 . C A 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0119587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5518;QD=22.4371;RBI=0.0133161;REFB=0.013329;REVB=-0.00585719;RO=25;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897734;STB=0.549501;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.011731;OID=.;OPOS=159002377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:17:16:15:10:17:16:15:10 chr1 159002389 . T A 350.57 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00872332;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.121;QD=20.0324;RBI=0.0126083;REFB=-0.00684828;REVB=0.00910349;RO=36;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499017;STB=0.513506;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00632177;OID=.;OPOS=159002389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:36:34:36:36:0.514286:17:19:17:19:17:19:17:17 chr1 159024668 . A T 97.11 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=36;FAO=12;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0478683;FXX=0.0555401;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.36;QD=11.4249;RBI=0.057062;REFB=-0.0217241;REVB=0.0310596;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139366;STB=0.519198;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0308416;OID=.;OPOS=159024668;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:36:34:18:22:11:12:0.352941:9:2:2:16:9:3:6:16 chr1 159163824 . GT G,TG 155.91 PASS AF=0.46988,0;AO=35,3;DP=82;FAO=39,0;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=4,0;FSAR=35,0;FSRF=38;FSRR=6;FWDB=0.12929,0.0402183;FXX=0.0235266;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=12.5541,69.7602;QD=7.51391;RBI=0.28646,0.181905;REFB=-0.11917,-0.00934768;REVB=-0.255623,-0.177403;RO=37;SAF=4,0;SAR=31,3;SRF=35;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.351744,0;SSSB=-0.724365,-0.821423;STB=0.89943,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0514746,0;OID=.,.;OPOS=159163825,159163824;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:37:44:35,3:39,0:0.46988,0:31,3:4,0:35:2:35,0:4,0:38:6 chr1 159169641 . T C 670.09 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.221;QD=62.3335;RBI=0.0238669;REFB=0;REVB=0.00646908;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.01204e-05;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr1 159283494 . T C 1116.22 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3937;QD=60.3362;RBI=0.106881;REFB=0;REVB=-0.105494;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000986512;OID=.;OPOS=159283494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr1 159283746 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.265;QD=60.9782;RBI=0.0547125;REFB=0;REVB=0.0212814;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.86357e-05;OID=.;OPOS=159283746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr1 159409734 . G T 1030.01 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0726402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1298;QD=58.0288;RBI=0.0887918;REFB=0.0234123;REVB=-0.0510626;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129528;STB=0.506847;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00186189;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:34:36:1:0:34:36:1:0 chr1 159558258 . A G 920.57 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135777;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.725;QD=58.4486;RBI=0.0297427;REFB=0;REVB=-0.0264627;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521916;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:24:37:0:0:25:38:0:0 chr1 159752112 . A G 350.84 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00859572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.904;QD=15.4213;RBI=0.0101358;REFB=-0.00345237;REVB=0.00537111;RO=53;SAF=17;SAR=21;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252742;STB=0.514278;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00579531;OID=.;OPOS=159752112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:21:17:25:28:21:17:25:28 chr1 159824967 . G C 1535.19 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0415067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.144;QD=62.6608;RBI=0.0615323;REFB=-0.129838;REVB=0.0454249;RO=1;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939136;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000755037;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:1:1:97:97:0.989796:50:47:0:1:50:47:0:1 chr1 159850401 . C G 464.9 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.00620822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.587;QD=22.1381;RBI=0.011004;REFB=-0.0134703;REVB=0.00908547;RO=38;SAF=26;SAR=19;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115667;STB=0.568077;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0136329;OID=.;OPOS=159850401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:39:45:45:0.535714:19:26:27:11:19:26:28:11 chr1 159897631 . G C 536.2 PASS AF=0.391304;AO=62;DP=161;FAO=63;FDP=161;FR=.;FRO=98;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=-0.00242729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.15;QD=13.3218;RBI=0.0137828;REFB=-0.0134507;REVB=-0.0135674;RO=98;SAF=31;SAR=31;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885601;STB=0.54492;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0197593;OID=.;OPOS=159897631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:98:98:62:63:0.391304:31:31:41:57:32:31:41:57 chr1 159898100 . A G 746.44 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5315;QD=63.527;RBI=0.0961285;REFB=0;REVB=-0.0955197;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104937;OID=.;OPOS=159898100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr1 159912899 . C T 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0436125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.189;QD=27.3839;RBI=0.0449072;REFB=-0.0493384;REVB=0.0107057;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241598;STB=0.636096;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.01421;OID=.;OPOS=159912899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:0:3:4:6:0:3 chr1 159923111 . T G 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.726;QD=57.1735;RBI=0.0388366;REFB=0;REVB=0.0233382;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345778;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr1 160062472 . C T 359.75 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3768;QD=55.3466;RBI=0.223025;REFB=0;REVB=0.207172;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00682821;OID=.;OPOS=160062472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:8:14:0:0:12:14:0:0 chr1 160062727 . A G 2178.64 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.349;QD=63.1491;RBI=0.0274812;REFB=0;REVB=-0.0222434;RO=0;SAF=90;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.97766e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0036e-05;OID=.;OPOS=160062727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:47:90:0:0:48:90:0:0 chr1 160063896 . A AG,G 30.16 PASS AF=0.142857,0;AO=7,2;DP=44;FAO=6,0;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=4,0;FSAR=2,0;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0669091,-0.0223297;FXX=0.0232504;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=16.2536,286.172;QD=2.87227;RBI=0.108631,0.0350601;REFB=-0.0326498,-4.30732e-05;REVB=-0.0855795,-0.0270295;RO=35;SAF=2,2;SAR=5,0;SRF=20;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.338822,0.405118;STB=0.644672,0.5;STBP=0.493,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00686919,0;OID=.,.;OPOS=160063897,160063896;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:44:42:35:36:7,2:6,0:0.142857,0:5,0:2,2:20:15:2,0:4,0:18:18 chr1 160124875 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.913;QD=47.8214;RBI=0.037956;REFB=0;REVB=0.030254;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64316e-05;OID=.;OPOS=160124875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr1 160136350 . G A 1918.92 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6428;QD=60.9181;RBI=0.0409633;REFB=-0.0899832;REVB=0.0408364;RO=1;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714507;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000770622;OID=.;OPOS=160136350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:126:126:1:0:125:126:1:66:59:0:1:67:59:0:0 chr1 160141196 . C T 981.92 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1186;QD=58.6222;RBI=0.0273446;REFB=0;REVB=-0.00688969;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61395e-05;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:34:29:0:0:35:32:0:0 chr1 160165246 . C G 352.73 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00953186;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=295.921;QD=26.1284;RBI=0.015357;REFB=0.00287882;REVB=0.0120408;RO=20;SAF=21;SAR=13;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973922;STB=0.553161;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00154564;OID=.;OPOS=160165246;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:13:21:15:5:13:21:15:5 chr1 160178376 . C G 239.21 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00408931;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6233;QD=11.3912;RBI=0.013472;REFB=-0.00818323;REVB=0.0128363;RO=55;SAF=18;SAR=11;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128745;STB=0.574738;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0153864;OID=.;OPOS=160178376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:11:18:28:27:11:18:28:27 chr1 160254928 . A C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0329349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8161;QD=21.3769;RBI=0.0442694;REFB=-0.0249158;REVB=-0.0295816;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124682;STB=0.578881;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0206409;OID=.;OPOS=160254928;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:12:11:7:14:12:11:7:15 chr1 160303416 . G A 684.62 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.34593e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.581;QD=62.2384;RBI=0.035238;REFB=0;REVB=0.0352379;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106692;OID=.;OPOS=160303416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:27:16:0:0:28:16:0:0 chr1 160342015 . T G 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.414;QD=60.5445;RBI=0.0525884;REFB=0;REVB=0.0373441;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211389;OID=.;OPOS=160342015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:46:29:0:0:46:29:0:0 chr1 160393905 . A G 837.08 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00144696;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.024;QD=55.8052;RBI=0.0064999;REFB=-0.0188575;REVB=0.0063368;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.506491;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000285002;OID=.;OPOS=160393905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:58:59:0.983333:20:38:0:0:21:38:1:0 chr1 160461060 . C T 279.37 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0496029;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.482;QD=18.9401;RBI=0.0591034;REFB=0.00982794;REVB=-0.0321366;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313114;STB=0.510631;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.0491544;OID=.;OPOS=160461060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:29:30:30:0.508475:18:12:11:19:18:12:11:18 chr1 160585554 . C G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.429;QD=56.9377;RBI=0.0375894;REFB=0;REVB=0.0217351;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94668e-05;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr1 160650913 . A G 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7087;QD=61.3279;RBI=0.0659065;REFB=0;REVB=0.065813;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573077;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr1 160793442 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000507001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8146;QD=57.7117;RBI=0.00815254;REFB=0;REVB=-0.00813676;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03535e-05;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr1 160793560 . A G 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.552;QD=57.1029;RBI=0.0255813;REFB=0;REVB=0.0128534;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135987;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr1 160793962 . G C 1134.82 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00095372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.076;QD=60.5235;RBI=0.101268;REFB=0;REVB=0.101263;RO=0;SAF=23;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175261;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:52:23:0:0:52:23:0:0 chr1 160802314 . C T 212.22 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00186708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.989;QD=12.3025;RBI=0.0209987;REFB=0.00144588;REVB=-0.0209155;RO=43;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109613;STB=0.563264;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00375492;OID=.;OPOS=160802314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:17:9:19:24:17:9:19:24 chr1 160811579 . G A 328.17 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0617933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5746;QD=20.5105;RBI=0.0651849;REFB=-0.0186588;REVB=0.0207524;RO=30;SAF=19;SAR=14;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260392;STB=0.647398;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0213987;OID=.;OPOS=160811579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:30:30:33:34:0.53125:14:19:8:22:14:20:8:22 chr1 160851826 . A T 668.32 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0163057;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6147;QD=21.2165;RBI=0.0171194;REFB=-0.0244431;REVB=0.00521529;RO=60;SAF=25;SAR=41;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165169;STB=0.590837;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0162191;OID=.;OPOS=160851826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:60:60:66:66:0.52381:41:25:34:26:41:25:34:26 chr1 160851894 . G A 444.71 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0118522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4131;QD=20.4463;RBI=0.0127375;REFB=-0.0309644;REVB=-0.00466563;RO=42;SAF=23;SAR=21;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643566;STB=0.540707;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0282471;OID=.;OPOS=160851894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:43:44:44:0.505747:21:23:25:17:21:23:26:17 chr1 160854620 . T C 276.29 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.000642483;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.12;QD=15.5657;RBI=0.00346046;REFB=-0.00483602;REVB=-0.0034003;RO=39;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730266;STB=0.533251;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00540473;OID=.;OPOS=160854620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:40:31:31:0.43662:16:15:16:23:16:15:17:23 chr1 160920966 . C T 517.09 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=0.0438027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.245;QD=19.1513;RBI=0.0442057;REFB=-0.012083;REVB=-0.00595564;RO=54;SAF=19;SAR=35;SRF=12;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134955;STB=0.57415;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0172365;OID=.;OPOS=160920966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:35:19:12:42:35:19:12:42 chr1 160968609 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0155934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.947;QD=15.172;RBI=0.016534;REFB=-0.0105054;REVB=-0.00549707;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153997;STB=0.589178;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0134251;OID=.;OPOS=160968609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:12:12:6:11:12:12 chr1 160971146 . A G 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.149;QD=62.0155;RBI=0.0175959;REFB=0;REVB=-0.0164014;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82795e-05;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr1 160971155 . G C 213.9 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0120415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.845;QD=20.8687;RBI=0.0273379;REFB=0.00350555;REVB=0.024543;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196107;STB=0.535929;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0017943;OID=.;OPOS=160971155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:20:21:21:0.512195:10:11:9:9:10:11:9:11 chr1 160990875 . TC CA 157.87 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00548181;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=97.5551;QD=16.1918;RBI=0.0109016;REFB=-0.0212448;REVB=-0.00942314;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15372;STB=0.600483;STBP=0.286;TYPE=mnp;VARB=0.0242112;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:10:7:12:9:10:7:13:9 chr1 160990878 . C T 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0266793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.673;QD=16.6155;RBI=0.0372726;REFB=-0.0132607;REVB=0.0260281;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15372;STB=0.588131;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0228069;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:12:9:10:7:12:9 chr1 161009523 . G A 557.5 PASS AF=0.632911;AO=50;DP=79;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00175757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.978;QD=28.2277;RBI=0.0200971;REFB=-0.0177001;REVB=0.0200201;RO=29;SAF=27;SAR=23;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154346;STB=0.508394;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0099655;OID=.;OPOS=161009523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:29:29:50:50:0.632911:23:27:15:14:23:27:15:14 chr1 161019040 . G C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.000281978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.8;QD=22.9575;RBI=0.00358154;REFB=0.000139729;REVB=-0.00357042;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880256;STB=0.504944;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.000128186;OID=.;OPOS=161019040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:10:6:4:7:10:6:4:7 chr1 161068836 . A C 293.29 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=64;FAO=30;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0105504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.28;QD=17.7753;RBI=0.0198824;REFB=-0.0259497;REVB=0.0168523;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804248;STB=0.571382;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0295984;OID=.;OPOS=161068836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:31:33:25:30:0.454545:10:15:21:10:15:15:21:12 chr1 161130579 . G A 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00575503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.351;QD=28.029;RBI=0.0148271;REFB=0.00113031;REVB=0.0136646;RO=17;SAF=16;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246634;STB=0.635663;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000323072;OID=.;OPOS=161130579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:11:16:4:13:11:16:4:13 chr1 161141432 . C G 302.69 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0474682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.823;QD=25.7609;RBI=0.0572701;REFB=-0.0178247;REVB=-0.0320411;RO=20;SAF=6;SAR=21;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2569;STB=0.643562;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0292798;OID=.;OPOS=161141432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:21:6:10:10:21:6:10:10 chr1 161163036 . CTGG C,CCGG,CGG 903.55 PASS AF=0,0.0147059,0.985294;AO=11,39,7;DP=70;FAO=0,1,67;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,40;FSAR=0,0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251031,-0.00448377,0.0304749;FXX=0.0144907;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=75.4931,93.1545,106.228;QD=53.1499;RBI=0.326981,0.125798,0.111514;REFB=0,0,0;REVB=-0.326016,-0.125718,-0.107269;RO=1;SAF=0,30,7;SAR=11,9,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.0492505,0.794046;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.0147853,-0.00214353;OID=.,.,.;OPOS=161163037,161163037,161163037;OREF=TGG,T,T;OALT=-,C,-;OMAPALT=C,CCGG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0147059,0.985294:11,39,7:70:0,1,67:68:0:0,1,40:0,0,27:0:0:7:1:0,30,7:11,9,0:0:1 chr1 161168004 . C T 443.07 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0234734;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.78;QD=17.2068;RBI=0.0262343;REFB=-0.0137137;REVB=0.0117149;RO=55;SAF=22;SAR=26;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0036566;STB=0.502037;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0123159;OID=.;OPOS=161168004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:55:55:48:48:0.466019:26:22:25:30:26:22:25:30 chr1 161183516 . C T 375.37 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.011453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=341.611;QD=13.775;RBI=0.0118136;REFB=-0.00520998;REVB=-0.00289654;RO=65;SAF=16;SAR=28;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408517;STB=0.523121;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00745862;OID=.;OPOS=161183516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:28:16:26:39:28:16:26:39 chr1 161202605 . G A 210.42 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0122499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.487;QD=26.3029;RBI=0.0171257;REFB=-0.032576;REVB=0.0119678;RO=12;SAF=14;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896599;STB=0.549948;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0176001;OID=.;OPOS=161202605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:6:14:7:5:6:14:7:5 chr1 161390656 . G A 421.66 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0358425;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7535;QD=14.5399;RBI=0.0358864;REFB=-0.0090384;REVB=-0.00177394;RO=68;SAF=19;SAR=29;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796898;STB=0.544933;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00921616;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:68:68:48:48:0.413793:29:19:32:36:29:19:32:36 chr1 161391870 . G GA 42.92 PASS AF=0.428571;AO=7;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0664224;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.5627;QD=8.17598;RBI=0.131566;REFB=-0.0219757;REVB=-0.113568;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157904;STB=0.578773;STBP=0.532;TYPE=ins;VARB=0.00542691;OID=.;OPOS=161391871;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:7:21:9:21:12:4:5:7:5:42:12:3:4:7:5 chr1 161410044 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.181;QD=44.6881;RBI=0.0407104;REFB=0;REVB=-0.0239915;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7618e-05;OID=.;OPOS=161410044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr1 161410654 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.143;QD=33.4284;RBI=0.076409;REFB=0;REVB=0.0482213;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00599164;OID=.;OPOS=161410654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 161479745 . A G 2064.51 PASS AF=0.992857;AO=133;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0425185;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.554;QD=58.9859;RBI=0.053109;REFB=-0.132471;REVB=0.0318236;RO=1;SAF=75;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812469;STB=0.503875;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00111101;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:140:140:1:1:133:139:0.992857:58:75:0:1:64:75:0:1 chr1 161487863 . C T 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00717334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.734;QD=19.0234;RBI=0.0077279;REFB=0.0101135;REVB=-0.00287464;RO=34;SAF=20;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638967;STB=0.543185;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00940333;OID=.;OPOS=161487863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:15:20:17:17:15:20:17:18 chr1 161488017 . T C 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00959329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.55;QD=6.54485;RBI=0.0167662;REFB=-0.00134585;REVB=-0.0137504;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048886;STB=0.531172;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00230693;OID=.;OPOS=161488017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:4:4:11:13:4:4:11:13 chr1 161495040 . C T 207.66 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00272729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.493;QD=15.1029;RBI=0.0236484;REFB=-0.0132625;REVB=0.0234906;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168339;STB=0.501556;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0178731;OID=.;OPOS=161495040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:10:14:18:12:10:14:18:13 chr1 161495477 . A T 929.87 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8422;QD=58.1165;RBI=0.0450438;REFB=0;REVB=0.0154132;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125602;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:29:35:0:0 chr1 161495885 . T C 420.0 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0231795;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3668;QD=54.1933;RBI=0.031615;REFB=-0.0887834;REVB=-0.0214992;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00382539;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:0:1:15:15:0:1 chr1 161496134 . C G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0259725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.037;QD=7.76193;RBI=0.0299416;REFB=-0.00480452;REVB=-0.0148971;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125021;STB=0.578691;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.025471;OID=.;OPOS=161496134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:5:8:3:3:5:8 chr1 161496530 . C G 531.29 PASS AF=0.423358;AO=54;DP=134;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=55;FWDB=0.00586623;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.476;QD=15.5122;RBI=0.00609291;REFB=-0.00360586;REVB=-0.00164648;RO=77;SAF=20;SAR=34;SRF=25;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520551;STB=0.557182;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00511176;OID=.;OPOS=161496530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:77:79:54:58:0.423358:34:20:25:52:35:23:24:55 chr1 161500130 . A G 409.66 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0648195;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.587;QD=33.4414;RBI=0.0648435;REFB=-0.0106926;REVB=-0.00176579;RO=16;SAF=19;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157051;STB=0.585645;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00504921;OID=.;OPOS=161500130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:14:19:5:11:14:19:5:11 chr1 161500975 . A G 191.29 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.000795208;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2536;QD=14.7147;RBI=0.0375257;REFB=0.00627121;REVB=-0.0375173;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125424;STB=0.571366;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0302868;OID=.;OPOS=161500975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:30:22:22:0.423077:10:12:20:10:10:12:20:10 chr1 161501904 . A T 556.9 PASS AF=0.402439;AO=63;DP=164;FAO=66;FDP=164;FR=.;FRO=98;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=0.00377974;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.475;QD=13.5828;RBI=0.0185708;REFB=0.00239274;REVB=0.0181821;RO=101;SAF=39;SAR=24;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18989;STB=0.584974;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00261765;OID=.;OPOS=161501904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:101:98:63:66:0.402439:24:39:45:56:27:39:44:54 chr1 161514542 . A C 610.93 PASS AF=0.496063;AO=62;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00526844;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=345.4;QD=19.2419;RBI=0.00923928;REFB=0.00516916;REVB=-0.00758999;RO=64;SAF=43;SAR=19;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233039;STB=0.621511;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00443244;OID=.;OPOS=161514542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:64:62:63:0.496063:19:43:29:35:20:43:29:35 chr1 161518214 . T C 54.46 PASS AF=0.109375;AO=14;DP=128;FAO=14;FDP=128;FR=.;FRO=114;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=-0.0528602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.543;QD=1.70186;RBI=0.0843727;REFB=-0.0009924;REVB=0.0657614;RO=114;SAF=3;SAR=11;SRF=49;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284393;STB=0.714669;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0183088;OID=.;OPOS=161518214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:128:128:114:114:14:14:0.109375:11:3:49:65:11:3:49:65 chr1 161518336 . C T 352.66 PASS AF=0.193252;AO=63;DP=326;FAO=63;FDP=326;FR=.;FRO=263;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=121;FSRR=142;FWDB=-0.00703996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.055;QD=4.3271;RBI=0.0234393;REFB=-0.00497862;REVB=-0.0223571;RO=263;SAF=26;SAR=37;SRF=121;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622139;STB=0.538876;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0363294;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:263:263:63:63:0.193252:37:26:121:142:37:26:121:142 chr1 161559571 . C T 207.35 PASS AF=0.313953;AO=26;DP=84;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00483035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1031;QD=9.64394;RBI=0.0128227;REFB=-0.0195702;REVB=-0.0118781;RO=58;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105435;STB=0.578349;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0589698;OID=.;OPOS=161559571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:58:59:26:27:0.313953:12:14:26:32:12:15:26:33 chr1 161565479 . G A 125.77 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0129901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.757;QD=9.67457;RBI=0.0160088;REFB=-0.00933353;REVB=-0.00935619;RO=36;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281209;STB=0.669986;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0147672;OID=.;OPOS=161565479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:12:4:17:19:12:4:17:19 chr1 161565604 . G A 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.116735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.614;QD=10.6677;RBI=0.117398;REFB=-0.0162687;REVB=-0.0124594;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27891;STB=0.666349;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.035417;OID=.;OPOS=161565604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:6:12:4:6:6:12 chr1 161565705 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.824;QD=44.6893;RBI=0.0832672;REFB=0;REVB=0.0783694;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181905;OID=.;OPOS=161565705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr1 161565761 . AT A 94.84 PASS AF=0.8;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.185095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.8911;QD=25.2897;RBI=0.242455;REFB=-0.0297721;REVB=0.156603;RO=3;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.347639;SSEP=0;SSSB=-0.205996;STB=0.615195;STBP=0.123;TYPE=del;VARB=0.0233638;OID=.;OPOS=161565762;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:11:15:12:15:3:5:7:3:0:9:3:5:6:3:0 chr1 161574654 . G A 2771.87 PASS AF=0.973262;AO=179;DP=185;FAO=182;FDP=187;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=116;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0195111;FXX=0.0157886;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.287;QD=59.2914;RBI=0.0197511;REFB=-0.130828;REVB=-0.00307014;RO=3;SAF=64;SAR=115;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217876;STB=0.506838;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000432036;OID=.;OPOS=161574654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:185:187:3:5:179:182:0.973262:115:64:3:0:116:66:3:2 chr1 161582570 . GG AC 499.22 PASS AF=0.328042;AO=62;DP=187;FAO=62;FDP=189;FR=.;FRO=127;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=-0.00357545;FXX=0.0104707;HRUN=3;LEN=2;MLLD=298.046;QD=10.5655;RBI=0.00390589;REFB=-0.0100159;REVB=0.00157232;RO=125;SAF=28;SAR=34;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00424095;STB=0.503442;STBP=0.948;TYPE=mnp;VARB=0.0213097;OID=.;OPOS=161582570;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:125:127:62:62:0.328042:34:28:56:69:34:28:58:69 chr1 161591542 . G A 1023.73 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.352;QD=58.499;RBI=0.0653754;REFB=0;REVB=0.0494174;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286449;OID=.;OPOS=161591542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:28:39:0:0:30:40:0:0 chr1 161591548 . C T 993.46 PASS AF=0.985714;AO=63;DP=63;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.4;QD=56.7691;RBI=0.0526086;REFB=-0.152592;REVB=0.0486856;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000348601;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:70:0:1:63:69:0.985714:25:38:0:0:29:40:0:1 chr1 161599693 . T C 471.14 PASS AF=0.894737;AO=33;DP=39;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0142522;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.264;QD=49.5934;RBI=0.016669;REFB=-0.0388328;REVB=0.00864463;RO=4;SAF=12;SAR=21;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818551;STB=0.544528;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0205538;OID=.;OPOS=161599693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:38:4:4:33:34:0.894737:21:12:3:1:22:12:3:1 chr1 161600904 . C T 443.66 PASS AF=0.343558;AO=56;DP=163;FAO=56;FDP=163;FR=.;FRO=107;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=0.00789493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8347;QD=10.8874;RBI=0.0100273;REFB=-0.0026336;REVB=-0.00618206;RO=104;SAF=34;SAR=22;SRF=63;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00163468;STB=0.512558;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00805987;OID=.;OPOS=161600904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:104:107:56:56:0.343558:22:34:63:41:22:34:63:44 chr1 161600995 . C T 784.35 PASS AF=0.608333;AO=66;DP=114;FAO=73;FDP=120;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0713397;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.526;QD=26.1451;RBI=0.0713439;REFB=-0.029122;REVB=-0.000769998;RO=48;SAF=29;SAR=37;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792697;STB=0.515175;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.015848;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:120:48:47:66:73:0.608333:37:29:26:22:37:36:25:22 chr1 161641291 . C T 292.33 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0101139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.569;QD=11.4639;RBI=0.0179158;REFB=-0.00785713;REVB=0.0147879;RO=65;SAF=20;SAR=16;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122103;STB=0.565181;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0169658;OID=.;OPOS=161641291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:65:66:36:36:0.352941:16:20:29:36:16:20:30:36 chr1 161681780 . A G 529.18 PASS AF=0.883721;AO=37;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0111409;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2693;QD=49.2257;RBI=0.013857;REFB=-0.00104923;REVB=-0.00823988;RO=4;SAF=10;SAR=27;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154959;STB=0.567985;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00261495;OID=.;OPOS=161681780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:43:43:4:5:37:38:0.883721:27:10:4:0:27:11:4:1 chr1 161695639 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.634;QD=50.4129;RBI=0.0710473;REFB=0;REVB=0.0529538;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49179e-05;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr1 161696088 . T C 272.39 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.909;QD=51.883;RBI=0.0260327;REFB=0;REVB=0.0114424;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129075;OID=.;OPOS=161696088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr1 161697072 . G C 1510.56 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4558;QD=63.6027;RBI=0.0398088;REFB=0;REVB=-0.0255245;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213312;OID=.;OPOS=161697072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:59:36:0:0:59:36:0:0 chr1 161697149 . G T 1865.75 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439186;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.995;QD=61.6778;RBI=0.0443032;REFB=0;REVB=0.00582526;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41315e-05;OID=.;OPOS=161697149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:121:0:0:117:121:1:64:53:0:0:66:55:0:0 chr1 161705871 . C G 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0799;QD=51.9097;RBI=0.0436628;REFB=0;REVB=-0.0298691;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72638e-05;OID=.;OPOS=161705871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr1 161722204 . C T 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0206974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.969;QD=26.4135;RBI=0.0345454;REFB=-0.0173764;REVB=-0.0276586;RO=17;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209948;STB=0.511619;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00945499;OID=.;OPOS=161722204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:14:11:7:10:14:11:7:10 chr1 161748056 . C T 177.25 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0193739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4282;QD=17.7252;RBI=0.0639441;REFB=-0.0156367;REVB=-0.0609385;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105735;STB=0.576395;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0346846;OID=.;OPOS=161748056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:12:6:5:16:12:7:5:16 chr1 161753802 . T C 260.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0139134;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.989;QD=20.4553;RBI=0.0242894;REFB=0.00220381;REVB=-0.0199097;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136111;STB=0.567245;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00187982;OID=.;OPOS=161753802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:24:27:27:0.529412:13:14:9:16:13:14:9:15 chr1 161753841 . G A 263.52 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00733345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.763;QD=19.5197;RBI=0.0294841;REFB=-0.0460653;REVB=0.0285576;RO=24;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195663;STB=0.607254;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.033738;OID=.;OPOS=161753841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:26:28:28:0.518519:12:16:8:16:12:16:9:17 chr1 161761276 . G C 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0324811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.903;QD=7.40491;RBI=0.0330028;REFB=0.00253573;REVB=0.00584469;RO=46;SAF=10;SAR=7;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132414;STB=0.580429;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00600283;OID=.;OPOS=161761276;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:7:10:22:24:7:10:22:24 chr1 161761312 . C T 177.87 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0623479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2078;QD=10.6192;RBI=0.0730591;REFB=-0.00623123;REVB=-0.0380838;RO=44;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482463;STB=0.528154;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0134608;OID=.;OPOS=161761312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:13:10:21:23:13:10:21:23 chr1 161928327 . A G 453.52 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00354985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.35;QD=19.718;RBI=0.0288438;REFB=-0.0106792;REVB=-0.0286245;RO=46;SAF=19;SAR=26;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913772;STB=0.545612;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0128852;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:26:19:24:22:26:19:24:23 chr1 161953402 . G A 514.19 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=-0.0177534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.943;QD=18.8694;RBI=0.0469102;REFB=-0.0292854;REVB=-0.043421;RO=55;SAF=20;SAR=34;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318211;STB=0.675434;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0487033;OID=.;OPOS=161953402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:55:54:54:0.495413:34:20:40:15:34:20:40:15 chr1 161967681 . A G 1301.3 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.852;QD=61.2378;RBI=0.00913743;REFB=0;REVB=0.0090698;RO=0;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19723e-05;OID=.;OPOS=161967681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:85:0:0:80:85:1:29:51:0:0:34:51:0:0 chr1 161970046 . A G 688.94 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=132;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.00597575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.715;QD=20.7201;RBI=0.0210232;REFB=-0.0259495;REVB=0.020156;RO=63;SAF=18;SAR=50;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106137;STB=0.553141;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0308717;OID=.;OPOS=161970046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:63:65:68:68:0.511278:50:18:23:40:50:18:23:42 chr1 161976234 . A G 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00205054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.17;QD=25.3615;RBI=0.00529478;REFB=-0.0156607;REVB=-0.0048816;RO=6;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359305;STB=0.535666;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0151244;OID=.;OPOS=161976234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:6:8:15:15:0.652174:9:6:2:4:9:6:4:4 chr1 161993121 . C CG 32.6 PASS AF=0.136364;AO=21;DP=111;FAO=15;FDP=110;FR=.;FRO=95;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=-0.16664;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=19.0972;QD=1.1853;RBI=0.178641;REFB=-0.0360582;REVB=-0.0643698;RO=89;SAF=3;SAR=18;SRF=55;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.584686;STB=0.937156;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0456853;OID=.;OPOS=161993122;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.136364:21:111:15:110:95:1:14:56:39:32:89:3:18:55:34 chr1 161993192 . T C 194.27 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0250812;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.763;QD=13.8766;RBI=0.0252789;REFB=-0.0270584;REVB=0.00315574;RO=31;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114177;STB=0.572967;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0547449;OID=.;OPOS=161993192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:33:23:23:0.410714:17:6:11:20:17:6:12:21 chr1 162313735 . C T 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0235958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.903;QD=26.5139;RBI=0.0393186;REFB=-0.0428575;REVB=0.0314514;RO=18;SAF=6;SAR=21;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323034;STB=0.672177;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0261731;OID=.;OPOS=162313735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:27:27:0.586957:21:6:11:7:21:6:11:8 chr1 162344102 . C T 490.92 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00479403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.232;QD=14.2295;RBI=0.00552055;REFB=-0.014004;REVB=-0.00273747;RO=83;SAF=21;SAR=34;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083739;STB=0.547322;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0233545;OID=.;OPOS=162344102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:83:83:55:55:0.398551:34:21:38:45:34:21:38:45 chr1 162345091 . G A 2587.6 PASS AF=0.994083;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0352373;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.24;QD=61.245;RBI=0.109047;REFB=-0.0546644;REVB=0.103197;RO=1;SAF=91;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520149;STB=0.502732;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000526282;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:169:1:1:168:168:0.994083:77:91:1:0:77:91:1:0 chr1 162354803 . G C 801.57 PASS AF=0.451613;AO=84;DP=186;FAO=84;FDP=186;FR=.;FRO=102;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=-0.0123498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.884;QD=17.238;RBI=0.0322108;REFB=-0.0167573;REVB=-0.0297493;RO=102;SAF=53;SAR=31;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189911;STB=0.605532;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.016082;OID=.;OPOS=162354803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:102:102:84:84:0.451613:31:53:45:57:31:53:45:57 chr1 162467014 . C G 719.86 PASS AF=0.522388;AO=70;DP=135;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0253891;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.446;QD=21.4883;RBI=0.0290651;REFB=-0.00229808;REVB=0.0141482;RO=64;SAF=41;SAR=29;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00720884;STB=0.503958;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00208356;OID=.;OPOS=162467014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:64:64:70:70:0.522388:29:41:38:26:29:41:38:26 chr1 162493009 . C T 246.6 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=-0.0215846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.86;QD=15.9098;RBI=0.0220044;REFB=-0.0175997;REVB=-0.00427773;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201697;STB=0.612585;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0301487;OID=.;OPOS=162493009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:17:11:7:27:17:11:7:27 chr1 162737116 . C G 342.91 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0222515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.292;QD=16.137;RBI=0.0348181;REFB=-0.00555819;REVB=-0.02678;RO=48;SAF=13;SAR=24;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175064;STB=0.598764;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00971381;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:24:13:25:23:24:13:25:23 chr1 162740327 . T C 1559.75 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.734;QD=56.7183;RBI=0.0840814;REFB=0;REVB=0.0840431;RO=1;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262212;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:1:0:107:110:1:48:59:0:1:51:59:0:0 chr1 162765475 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.578;QD=52.6132;RBI=0.0596986;REFB=0;REVB=-0.0589854;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473296;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr1 162775267 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00523772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.069;QD=57.2021;RBI=0.0200082;REFB=0;REVB=0.0193105;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119834;OID=.;OPOS=162775267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr1 164529120 . G A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0297518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=344.694;QD=7.32293;RBI=0.0309303;REFB=-0.00417727;REVB=-0.00845674;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619041;STB=0.881273;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00510261;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:5:1:11:3:5:1:11:3 chr1 164608825 . G A 1459.06 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133901;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.213;QD=63.4375;RBI=0.0155454;REFB=0;REVB=0.00789711;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046708;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:50:41:0:0:50:42:0:0 chr1 165173216 . A G 937.5 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0015;QD=58.594;RBI=0.065106;REFB=0;REVB=0.0641123;RO=0;SAF=52;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14192e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420374;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:12:52:0:0:12:52:0:0 chr1 165218792 . G A 1043.13 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0865676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.969;QD=59.6077;RBI=0.086569;REFB=0;REVB=0.000505666;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000763316;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr1 165377552 . G A 399.29 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.00513744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8645;QD=15.3572;RBI=0.00726573;REFB=0.028568;REVB=-0.00513785;RO=59;SAF=17;SAR=28;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236428;STB=0.51326;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0359758;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:28:17:21:38:28:17:21:38 chr1 165389129 . G A 398.88 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.00276175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.266;QD=14.374;RBI=0.00637492;REFB=-0.00534958;REVB=-0.00574564;RO=64;SAF=23;SAR=23;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129443;STB=0.576544;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0081612;OID=.;OPOS=165389129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:64:65:46:46:0.414414:23:23:40:24:23:23:41:24 chr1 165398115 . T C 517.02 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0183515;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.925;QD=22.2374;RBI=0.0324101;REFB=-0.0111238;REVB=-0.026714;RO=44;SAF=25;SAR=24;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125647;STB=0.569149;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00776757;OID=.;OPOS=165398115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:44:44:49:49:0.526882:24:25:16:28:24:25:16:28 chr1 165601466 . G A 985.19 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00114832;FXX=0.0285673;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.999;QD=57.9525;RBI=0.00212183;REFB=-0.0763318;REVB=0.00178425;RO=1;SAF=27;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171796;STB=0.509088;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=6.27864e-05;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:40:27:1:0:40:27:1:0 chr1 165630698 . A G 375.61 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5879;QD=55.6463;RBI=0.00307394;REFB=0;REVB=0.000837923;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88286e-05;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:14:12:0:0:15:12:0:0 chr1 165634358 . T C 267.1 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0688365;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.653;QD=11.4884;RBI=0.0694736;REFB=-0.00382715;REVB=0.00938711;RO=60;SAF=14;SAR=18;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181828;STB=0.609495;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00528704;OID=.;OPOS=165634358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:60:61:32:32:0.344086:18:14:36:24:18:14:37:24 chr1 165652272 . CA CG,TG 760.56 PASS AF=0.438596,0.54386;AO=24,31;DP=57;FAO=25,31;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=13,18;FSAR=12,13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0436267,0.0706344;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=64.8736,80.9878;QD=53.3727;RBI=0.046056,0.0709368;REFB=-0.0801107,-0.133813;REVB=-0.0147604,-0.00654294;RO=1;SAF=12,18;SAR=12,13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0370602,-0.0252169;STB=0.518504,0.513505;STBP=0.502,0.528;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.036485,0.0158221;OID=.,.;OPOS=165652273,165652272;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:57:57:1:1:24,31:25,31:0.438596,0.54386:12,13:12,18:1:0:12,13:13,18:1:0 chr1 165737704 . C G 715.23 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00759403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.235;QD=57.218;RBI=0.00815321;REFB=-0.0263696;REVB=-0.00296743;RO=3;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721518;STB=0.538445;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000511366;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:18:29:0:3:18:29:0:3 chr1 166039898 . C G 937.75 PASS AF=0.522727;AO=92;DP=176;FAO=92;FDP=176;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.00546888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.156;QD=21.3125;RBI=0.016609;REFB=-0.0233334;REVB=-0.0156828;RO=82;SAF=39;SAR=53;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132855;STB=0.508071;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.018617;OID=.;OPOS=166039898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:82:84:92:92:0.522727:53:39:36:46:53:39:37:47 chr1 166818566 . A G 763.05 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.564;QD=56.5225;RBI=0.0324456;REFB=0;REVB=0.0233824;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99905e-06;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:17:36:0:0:18:36:0:0 chr1 166825797 . A ACAGATCCAG 493.25 PASS AF=0.661765;AO=44;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00289189;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=305.033;QD=29.0145;RBI=0.0178222;REFB=-0.0293585;REVB=0.017586;RO=23;SAF=19;SAR=25;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138859;STB=0.570002;STBP=0.125;TYPE=ins;VARB=0.0135604;OID=.;OPOS=166825798;OREF=-;OALT=CAGATCCAG;OMAPALT=ACAGATCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.661765:44:68:45:68:23:20:25:15:8:99:23:19:25:15:8 chr1 167095163 . G C 2090.56 PASS AF=0.978417;AO=134;DP=137;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00426666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6203;QD=60.16;RBI=0.0726483;REFB=-0.113288;REVB=0.0725229;RO=3;SAF=61;SAR=73;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00511532;STB=0.502514;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00142388;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:139:3:3:134:136:0.978417:73:61:1:2:75:61:1:2 chr1 167095765 . G A 1540.58 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.37;QD=59.8284;RBI=0.0268864;REFB=0;REVB=0.0262815;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89883e-05;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:59:44:0:0:59:44:0:0 chr1 167095881 . G A 1757.47 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.861;QD=60.0845;RBI=0.103094;REFB=-0.0601096;REVB=0.056594;RO=0;SAF=38;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58688e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410153;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:117:117:0:0:115:117:1:77:38:0:0:78:39:0:0 chr1 167097739 . C A 130.65 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.197;QD=43.5511;RBI=0.0432974;REFB=0;REVB=0.0406751;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689828;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:7:5:0:0 chr1 167408565 . G T 281.84 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0180529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.356;QD=16.8265;RBI=0.0194446;REFB=-0.0110879;REVB=-0.00722403;RO=35;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155758;STB=0.595766;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.011396;OID=.;OPOS=167408565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:11:20:17:18:11:20:17:19 chr1 167510996 . G A 1062.37 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.837;QD=59.8517;RBI=0.0428432;REFB=0;REVB=0.0288291;RO=0;SAF=49;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0607e-05;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:22:49:0:0:22:49:0:0 chr1 167806294 . T C 403.8 PASS AF=0.372093;AO=48;DP=129;FAO=48;FDP=129;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.00902832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.088;QD=12.5209;RBI=0.0128195;REFB=-0.00673072;REVB=0.009101;RO=75;SAF=25;SAR=23;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439212;STB=0.516956;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0118662;OID=.;OPOS=167806294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:75:81:48:48:0.372093:23:25:36:39:23:25:40:41 chr1 167817639 . A G 725.01 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741939;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.15;QD=55.77;RBI=0.0285369;REFB=0;REVB=-0.0275555;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48571e-05;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:1:0:51:52:1:25:26:1:0:25:27:0:0 chr1 167825485 . T C 599.31 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.00410994;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.867;QD=16.5327;RBI=0.00414045;REFB=-0.00455511;REVB=0.000501698;RO=80;SAF=37;SAR=26;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186766;STB=0.610473;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00805842;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:80:82:63:63:0.434483:26:37:32:48:26:37:32:50 chr1 167906239 . A C 1399.8 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575275;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.207;QD=62.9125;RBI=0.0396255;REFB=0;REVB=0.0392057;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91123e-05;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:37:52:0:0:37:52:0:0 chr1 168013850 . T C 278.82 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0135853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.005;QD=13.9412;RBI=0.0210926;REFB=0.00189168;REVB=0.0161349;RO=47;SAF=21;SAR=11;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243936;STB=0.644791;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00238;OID=.;OPOS=168013850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:32:32:0.4:11:21:20:27:11:21:20:28 chr1 168105581 . A AG 352.23 PASS AF=0.533333;AO=72;DP=174;FAO=88;FDP=165;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.11941;FXX=0.0119753;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.5559;QD=8.53898;RBI=0.119494;REFB=0.00753485;REVB=0.00447104;RO=91;SAF=33;SAR=39;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301282;STB=0.536904;STBP=0.336;TYPE=ins;VARB=0.00595207;OID=.;OPOS=168105582;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:72:174:88:165:77:40:48:29:48:99:91:33:39:39:52 chr1 168511284 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.243;QD=56.7066;RBI=0.0479818;REFB=0;REVB=0.0239515;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354855;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr1 168513129 . C T 1624.86 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.294;QD=60.1799;RBI=0.0471586;REFB=0;REVB=0.0417652;RO=0;SAF=67;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40143e-05;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:39:67:0:0:39:69:0:0 chr1 169101935 . C T 1348.09 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244688;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.681;QD=61.2766;RBI=0.0273104;REFB=0;REVB=0.0121299;RO=0;SAF=27;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091859;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:85:88:1:58:27:0:0:59:29:0:0 chr1 169272451 . A T 1629.04 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0546308;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.031;QD=58.704;RBI=0.0546308;REFB=0.0386458;REVB=-2.88612e-05;RO=2;SAF=50;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00142134;STB=0.50495;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000199743;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:2:1:109:110:0.990991:59:50:1:1:60:50:1:0 chr1 169272453 . G A 1625.58 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0320554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8653;QD=59.1122;RBI=0.0320906;REFB=-0.112962;REVB=0.00150349;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.504273;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000723189;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:0:1:108:109:0.990909:58:50:0:0:58:51:0:1 chr1 169345868 . A G 1339.49 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0055;QD=62.3017;RBI=0.0517164;REFB=0;REVB=0.0235622;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339287;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr1 169366516 . G A 3127.62 PASS AF=0.994924;AO=154;DP=200;FAO=196;FDP=197;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=92;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0540686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.964;QD=63.5049;RBI=0.0673213;REFB=0.00378772;REVB=0.0401092;RO=1;SAF=60;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786231;STB=0.502702;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000170555;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:197:1:1:154:196:0.994924:94:60:1:0:104:92:1:0 chr1 169388211 . A C 229.57 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0067324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.713;QD=22.3969;RBI=0.0393455;REFB=-0.0164834;REVB=-0.0387652;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468796;STB=0.526291;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0151957;OID=.;OPOS=169388211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:7:15:12:7:7:15:12:7 chr1 169391154 . A G 2100.24 PASS AF=0.978417;AO=136;DP=140;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0145294;FXX=0.00714235;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.255;QD=60.4386;RBI=0.0170846;REFB=-0.0382611;REVB=-0.00898777;RO=3;SAF=76;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0044878;STB=0.502361;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-2.18529e-06;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:139:3:3:136:136:0.978417:60:76:2:1:60:76:2:1 chr1 169435027 . C T 1069.31 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4409;QD=59.4061;RBI=0.036779;REFB=0;REVB=0.00467901;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694812;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:37:34:0:0:37:35:0:0 chr1 169498975 . T C 331.17 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00112487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3742;QD=14.0924;RBI=0.0499987;REFB=-0.01537;REVB=0.049986;RO=57;SAF=15;SAR=22;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363896;STB=0.520699;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0414347;OID=.;OPOS=169498975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:22:15:25:32:22:15:25:32 chr1 169500210 . T C 545.64 PASS AF=0.398551;AO=41;DP=137;FAO=55;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0140648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5419;QD=15.8158;RBI=0.0156746;REFB=-0.0198981;REVB=0.00691917;RO=75;SAF=12;SAR=29;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254221;STB=0.537917;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.118845;OID=.;OPOS=169500210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:75:77:41:55:0.398551:29:12:38:37:30:25:40:37 chr1 169510118 . G A 421.17 PASS AF=0.75;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00690011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.654;QD=38.288;RBI=0.00748135;REFB=-0.0498867;REVB=0.00289122;RO=9;SAF=29;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168217;STB=0.578295;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0105344;OID=.;OPOS=169510118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:44:44:9:11:33:33:0.75:4:29:6:3:4:29:8:3 chr1 169510139 . G A 84.66 PASS AF=0.23913;AO=5;DP=50;FAO=11;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=3;FWDB=0.0164123;FXX=0.079984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.757;QD=7.36186;RBI=0.0441485;REFB=-0.0141428;REVB=0.0409844;RO=36;SAF=5;SAR=0;SRF=31;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517459;STB=0.645464;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0666037;OID=.;OPOS=169510139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:46:36:35:5:11:0.23913:0:5:31:5:2:9:32:3 chr1 169511555 . T C 194.68 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0323408;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8038;QD=14.4211;RBI=0.0374923;REFB=-0.0381935;REVB=-0.018967;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158289;STB=0.509023;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0739413;OID=.;OPOS=169511555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:13:18:13:10:13:18 chr1 169511734 . T C 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0327342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.965;QD=19.4208;RBI=0.0392321;REFB=-0.0209691;REVB=0.0216248;RO=26;SAF=7;SAR=22;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316322;STB=0.534821;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0186893;OID=.;OPOS=169511734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:22:7:7:19:22:7:8:19 chr1 169511755 . T C 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00947265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.444;QD=20.563;RBI=0.0103693;REFB=-0.0046781;REVB=-0.00421806;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023074;STB=0.512812;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00392157;OID=.;OPOS=169511755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:19:10:8:17:19:10:8:17 chr1 169512027 . T C 259.42 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00478217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7969;QD=14.2146;RBI=0.0193796;REFB=-0.00517872;REVB=-0.0187803;RO=43;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325321;STB=0.684563;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00691616;OID=.;OPOS=169512027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:10:20:15:28:10:20:15:28 chr1 169512093 . A G 501.05 PASS AF=0.580247;AO=46;DP=80;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00972055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.387;QD=24.743;RBI=0.0125788;REFB=-0.0250401;REVB=0.00798361;RO=34;SAF=26;SAR=20;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964374;STB=0.54706;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0113723;OID=.;OPOS=169512093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:34:34:46:47:0.580247:20:26:15:19:21:26:15:19 chr1 169512120 . G A 576.43 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00231513;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.869;QD=26.2015;RBI=0.0130088;REFB=-0.0168598;REVB=-0.0128011;RO=36;SAF=27;SAR=25;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144143;STB=0.507871;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0144344;OID=.;OPOS=169512120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:25:27:18:18:25:27:18:18 chr1 169519049 . T C 1368.76 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0244482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.377;QD=60.1654;RBI=0.0256655;REFB=-0.1537;REVB=0.00781063;RO=1;SAF=38;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012308;STB=0.512818;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00315672;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:91:91:1:2:89:89:0.978022:51:38:1:0:51:38:2:0 chr1 169519112 . C T 349.14 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.00201161;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.981;QD=14.8569;RBI=0.00858659;REFB=-0.00236726;REVB=0.00834763;RO=56;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143422;STB=0.580933;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00368855;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:56:56:38:38:0.404255:20:18:19:37:20:18:19:37 chr1 169566313 . C T 478.96 PASS AF=0.485714;AO=50;DP=104;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.010623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.93;QD=18.2459;RBI=0.0140452;REFB=-0.0122512;REVB=-0.00918798;RO=54;SAF=25;SAR=25;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346304;STB=0.514013;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0123166;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:54:54:50:51:0.485714:25:25:25:29:26:25:25:29 chr1 169578789 . C T 518.24 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00882956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.588;QD=22.7797;RBI=0.0382804;REFB=-0.0207168;REVB=0.0372482;RO=41;SAF=18;SAR=31;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626162;STB=0.541276;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0130117;OID=.;OPOS=169578789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:42:49:49:0.538462:31:18:18:23:31:18:19:23 chr1 169673838 . G A 247.36 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.022946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.7;QD=13.7421;RBI=0.0229753;REFB=-0.0224691;REVB=0.00115986;RO=42;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127451;STB=0.56538;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.017129;OID=.;OPOS=169673838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:43:29:29:0.402778:16:13:24:18:16:13:24:19 chr1 169677709 . A G 266.48 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0121583;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.464;QD=11.1034;RBI=0.0133672;REFB=-0.00667515;REVB=-0.00555501;RO=64;SAF=20;SAR=12;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14623;STB=0.585052;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0135829;OID=.;OPOS=169677709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:64:32:32:0.333333:12:20:32:32:12:20:32:32 chr1 169692522 . T C 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0153666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.729;QD=14.4733;RBI=0.0171337;REFB=-0.020682;REVB=-0.00757837;RO=42;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030031;STB=0.517034;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0267257;OID=.;OPOS=169692522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:17:13:17:25:17:13:17:25 chr1 169694918 . A G 901.47 PASS AF=0.546584;AO=88;DP=161;FAO=88;FDP=161;FR=.;FRO=73;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0280067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.233;QD=22.3968;RBI=0.030635;REFB=-0.0166914;REVB=0.0124148;RO=73;SAF=50;SAR=38;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967792;STB=0.552866;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0138676;OID=.;OPOS=169694918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:73:73:88:88:0.546584:38:50:33:40:38:50:33:40 chr1 169696946 . G A 574.75 PASS AF=0.465116;AO=61;DP=129;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.00861429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.919;QD=17.8216;RBI=0.0182308;REFB=-0.013249;REVB=0.0160672;RO=67;SAF=29;SAR=32;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262125;STB=0.501557;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0141286;OID=.;OPOS=169696946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:69:61:60:0.465116:32:29:30:37:32:28:32:37 chr1 169702705 . G A 288.85 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0294686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5471;QD=21.0073;RBI=0.0309066;REFB=-0.0193031;REVB=0.00931765;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136207;STB=0.575524;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0109072;OID=.;OPOS=169702705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:15:10:17:13:15:10 chr1 169927228 . T TG 629.78 PASS AF=1;AO=52;DP=56;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.4003;QD=47.5307;RBI=0.166388;REFB=0;REVB=0.1023;RO=4;SAF=44;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834328;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.004495;OID=.;OPOS=169927229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:56:53:53:0:44:9:0:0:11:4:44:8:2:2 chr1 169951997 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=369.371;QD=61.3756;RBI=0.0127631;REFB=0;REVB=0.0106972;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12426e-05;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr1 170501385 . A C,G 1062.5 PASS AF=0.986301,0.0136986;AO=68,3;DP=72;FAO=72,1;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=35,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418088,0.0306666;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.009,95.1179;QD=58.2191;RBI=0.0608905,0.0428765;REFB=0,0;REVB=0.0442682,-0.029966;RO=0;SAF=36,0;SAR=32,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.49594e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000567941,0.150108;OID=.,.;OPOS=170501385,170501385;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:72:73:0:0:68,3:72,1:0.986301,0.0136986:32,3:36,0:0:0:35,1:37,0:0:0 chr1 170521376 . G A 1134.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9205;QD=60.4936;RBI=0.0285379;REFB=0;REVB=0.0219721;RO=0;SAF=23;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80729e-05;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:52:23:0:0:52:23:0:0 chr1 170705685 . CTATATATATA CA,C,CTATA 514.07 PASS AF=0,0.6,0.04;AO=6,32,6;DP=57;FAO=0,45,3;FDP=75;FR=.;FRO=27;FSAF=0,22,2;FSAR=0,23,1;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0507384,0.0719462,0.014493;FXX=0.137915;HRUN=1,1,1;LEN=9,10,6;MLLD=220.366,243.456,90.3283;QD=27.4168;RBI=0.0678133,0.0906198,0.0148133;REFB=-0.0304619,-0.0429818,0.00298935;REVB=0.0449919,0.0550971,0.00306395;RO=0;SAF=0,25,6;SAR=6,7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.580273,0.538214;STBP=1,0.096,0.954;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.0189644,0.135261;OID=.,.,.;OPOS=170705686,170705686,170705686;OREF=TATATATAT,TATATATATA,TATATA;OALT=-,-,-;OMAPALT=CA,C,CTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6,0.04:6,32,6:57:0,45,3:75:27:0,22,2:0,23,1:19:8:99:0:0,25,6:6,7,0:0:0 chr1 170916646 . G T 337.9 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00163759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.446;QD=17.5532;RBI=0.01855;REFB=-0.00517881;REVB=0.0184776;RO=39;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876452;STB=0.536212;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00379465;OID=.;OPOS=170916646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:41:36:36:0.467532:20:16:21:18:20:16:21:20 chr1 170928671 . T C 369.85 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=85;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.069629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3634;QD=17.0044;RBI=0.0727658;REFB=-0.0330452;REVB=-0.0211346;RO=47;SAF=10;SAR=28;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016892;STB=0.510324;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0292155;OID=.;OPOS=170928671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:47:48:38:39:0.448276:28:10:13:34:29:10:13:35 chr1 171080080 . G A 648.55 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00046245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.491;QD=21.7999;RBI=0.0137784;REFB=-0.0186296;REVB=0.0137707;RO=55;SAF=28;SAR=36;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607376;STB=0.533323;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0131261;OID=.;OPOS=171080080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:55:55:64:64:0.537815:36:28:28:27:36:28:28:27 chr1 171107632 . CA C,CC 37.73 PASS AF=0.2,0.0545455;AO=16,2;DP=54;FAO=11,3;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=3,0;FSAR=8,3;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.16663,0.136458;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.45373,22.3557;QD=2.74399;RBI=0.166746,0.145507;REFB=-0.114243,-0.0728886;REVB=-0.00621579,0.0505143;RO=30;SAF=4,0;SAR=12,2;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.332317,-0.472075;STB=0.661346,0.996235;STBP=0.274,0.08;TYPE=del,snp;VARB=0.137139,0.118675;OID=.,.;OPOS=171107633,171107633;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0.0545455:16,2:54:11,3:55:41:3,0:8,3:19:22:26:30:4,0:12,2:16:14 chr1 171112490 . C T 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.012201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.795;QD=26.4135;RBI=0.0432645;REFB=-0.0040808;REVB=-0.0415085;RO=17;SAF=18;SAR=7;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397093;STB=0.719824;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00101369;OID=.;OPOS=171112490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:7:18:3:14:7:18:3:14 chr1 171168584 . CA TG 443.44 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00335476;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=352.422;QD=19.4917;RBI=0.00917209;REFB=-0.00703097;REVB=-0.00853656;RO=46;SAF=20;SAR=24;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101613;STB=0.561725;STBP=0.277;TYPE=mnp;VARB=0.00681058;OID=.;OPOS=171168584;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:46:47:44:44:0.483516:24:20:26:20:24:20:27:20 chr1 171178152 . A G 601.93 PASS AF=0.512605;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00636056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.009;QD=20.2328;RBI=0.0196837;REFB=-0.0144673;REVB=0.0186277;RO=57;SAF=25;SAR=36;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880728;STB=0.553055;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0120065;OID=.;OPOS=171178152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:58:61:61:0.512605:36:25:29:28:36:25:30:28 chr1 171461787 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9033;QD=61.6832;RBI=0.0345673;REFB=0;REVB=0.0212905;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498187;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:31:10:0:0:31:10:0:0 chr1 171482616 . A C 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0345857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.396;QD=21.0496;RBI=0.0347948;REFB=-0.0133976;REVB=0.00380808;RO=31;SAF=21;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163683;STB=0.590521;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0199952;OID=.;OPOS=171482616;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:15:21:12:19:15:21:12:19 chr1 171486912 . G A 613.01 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00715955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.53;QD=23.1324;RBI=0.0208932;REFB=-0.00403439;REVB=0.0196282;RO=45;SAF=22;SAR=38;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100014;STB=0.550707;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00384584;OID=.;OPOS=171486912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:45:46:60:60:0.566038:38:22:22:23:38:22:22:24 chr1 171509327 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.237;QD=52.6131;RBI=0.0532459;REFB=0;REVB=-0.0176747;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201614;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr1 171511039 . C G 628.44 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0288909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3758;QD=57.1312;RBI=0.0584823;REFB=-0.169304;REVB=-0.0508478;RO=2;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468749;STB=0.524988;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00887283;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:19:23:0:2:19:23:0:2 chr1 171514731 . C A,G 789.37 PASS AF=0.0535714,0.946429;AO=3,53;DP=56;FAO=3,53;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=3,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611395,0.0130633;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.2113,209.905;QD=56.3836;RBI=0.0613645,0.0133601;REFB=0,0;REVB=0.00524997,0.00280008;RO=0;SAF=0,26;SAR=3,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0711961,-0.00173951;OID=.,.;OPOS=171514731,171514731;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:56:56:0:0:3,53:3,53:0.0535714,0.946429:3,27:0,26:0:0:3,27:0,26:0:0 chr1 171526570 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.766;QD=49.5991;RBI=0.0137543;REFB=0;REVB=-0.0131449;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.5514e-05;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr1 171556165 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000566656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.409;QD=56.7066;RBI=0.00171292;REFB=0;REVB=0.00161647;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09942e-06;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr1 171558516 . C T 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.824;QD=61.3313;RBI=0.0396077;REFB=0;REVB=0.0215652;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131655;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr1 171621695 . C A 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00745412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.15;QD=9.13278;RBI=0.0103766;REFB=-0.0237884;REVB=-0.00721865;RO=22;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115241;STB=0.571275;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0374851;OID=.;OPOS=171621695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:8:2:6:16:8:2:6:16 chr1 171751236 . T C 1324.75 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052311;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2126;QD=62.3411;RBI=0.0524972;REFB=0;REVB=-0.00441663;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360005;OID=.;OPOS=171751236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr1 171753039 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.721;QD=57.7116;RBI=0.0314185;REFB=0;REVB=0.0137439;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135388;OID=.;OPOS=171753039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr1 171755170 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.963;QD=57.2363;RBI=0.0224999;REFB=0;REVB=0.0165507;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102982;OID=.;OPOS=171755170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr1 171810960 . A G 1628.73 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0532908;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.253;QD=59.2265;RBI=0.0533928;REFB=-0.048151;REVB=-0.00329834;RO=1;SAF=34;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00628802;STB=0.503311;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000432342;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:75:34:0:1:75:34:0:1 chr1 171956803 . C T 180.94 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00834521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.946;QD=12.9243;RBI=0.00851461;REFB=-0.0191761;REVB=0.00168996;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170162;STB=0.509795;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0181975;OID=.;OPOS=171956803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:10:12:18:16:10:12:18:16 chr1 172356437 . A C,G 774.57 PASS AF=0.0350877,0.947368;AO=2,54;DP=57;FAO=2,54;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=2,24;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00335479,0.00515458;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.0177,94.7099;QD=54.3555;RBI=0.012756,0.00863191;REFB=-0.124726,-0.120936;REVB=-0.0123069,-0.00692389;RO=1;SAF=2,24;SAR=0,30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0154512;STB=0.993266,0.508194;STBP=0.227,0.513;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0474203,0.0165746;OID=.,.;OPOS=172356437,172356437;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:1:1:2,54:2,54:0.0350877,0.947368:0,30:2,24:0:1:0,30:2,24:0:1 chr1 172410967 . G A 813.15 PASS AF=0.897059;AO=61;DP=69;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0506468;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8434;QD=47.8325;RBI=0.0558569;REFB=-0.0921129;REVB=-0.0235563;RO=8;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134102;STB=0.563615;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0248502;OID=.;OPOS=172410967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:68:8:7:61:61:0.897059:24:37:0:8:24:37:0:7 chr1 172412995 . T C 871.2 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0399416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7663;QD=56.2062;RBI=0.0770358;REFB=0.0534943;REVB=-0.0658725;RO=1;SAF=45;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103763;STB=0.505493;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0180157;OID=.;OPOS=172412995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:16:45:1:0:16:45:1:0 chr1 172425640 . G A 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0188913;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.928;QD=9.84392;RBI=0.0202543;REFB=-0.00444315;REVB=-0.00730452;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111111;STB=0.567431;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00953571;OID=.;OPOS=172425640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:10:10:6:4:10:10 chr1 172434812 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017429;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.907;QD=55.6561;RBI=0.0185831;REFB=0;REVB=-0.00644681;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.76613e-05;OID=.;OPOS=172434812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 172437592 . G A 1574.67 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375775;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.801;QD=59.9875;RBI=0.0384432;REFB=0;REVB=0.00811222;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01344e-05;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:104:105:1:50:54:0:0:50:55:0:0 chr1 173429995 . G A 257.34 PASS AF=0.4;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00336079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.594;QD=13.7245;RBI=0.00537448;REFB=-0.00893024;REVB=-0.00419406;RO=45;SAF=10;SAR=19;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292836;STB=0.651615;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0132747;OID=.;OPOS=173429995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:29:30:0.4:19:10:28:17:19:11:28:17 chr1 173457017 . C T 580.58 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00854488;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.658;QD=18.7284;RBI=0.00867733;REFB=-0.012252;REVB=0.00151031;RO=65;SAF=29;SAR=31;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640308;STB=0.531813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0120997;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:65:64:60:60:0.483871:31:29:27:38:31:29:27:37 chr1 173545861 . C T 376.08 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0418872;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.257;QD=26.3914;RBI=0.0423853;REFB=-0.0201259;REVB=-0.00647907;RO=21;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944875;STB=0.551594;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00863562;OID=.;OPOS=173545861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:21:21:36:36:0.631579:17:19:14:7:17:19:14:7 chr1 173755520 . ATTTTT ATTTT,ATTTTA 60.03 PASS AF=0.297297,0.0540541;AO=8,2;DP=35;FAO=11,2;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7,1;FSAR=4,1;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.154784,-0.0518571;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.1454,19.4919;QD=6.48946;RBI=0.158041,0.0560341;REFB=-0.0625914,-0.0384918;REVB=-0.0319187,-0.0212288;RO=23;SAF=7,1;SAR=1,1;SRF=5;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.6828,0.306671;STB=0.74718,0.728961;STBP=0.067,0.679;TYPE=del,snp;VARB=0.013268,0.0546406;OID=.,.;OPOS=173755521,173755525;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297,0.0540541:8,2:35:11,2:37:24:7,1:4,1:6:18:50:23:7,1:1,1:5:18 chr1 173878832 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5579;QD=62.6709;RBI=0.026132;REFB=0;REVB=-0.0246123;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000493369;OID=.;OPOS=173878832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr1 173878862 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.374;QD=60.61;RBI=0.0378986;REFB=0;REVB=0.0287358;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152568;OID=.;OPOS=173878862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr1 173903737 . G A 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0313313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6424;QD=25.0391;RBI=0.069359;REFB=0.0240719;REVB=-0.0618791;RO=20;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117603;STB=0.565168;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0195236;OID=.;OPOS=173903737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:13:13:7:13:13:13:7:13 chr1 174959108 . G A 306.07 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0162792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.612;QD=20.4044;RBI=0.0249632;REFB=-0.0209142;REVB=0.0189248;RO=28;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693877;STB=0.538438;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.019425;OID=.;OPOS=174959108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:18:14:10:18:18:14:10:18 chr1 175046789 . A G 398.83 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00513457;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.783;QD=23.4604;RBI=0.0129368;REFB=-0.0360567;REVB=0.0118742;RO=27;SAF=19;SAR=20;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171442;STB=0.57572;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00722728;OID=.;OPOS=175046789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:27:29:39:39:0.573529:20:19:7:20:20:19:9:20 chr1 175049379 . G A 220.43 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0465798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1362;QD=14.221;RBI=0.0570065;REFB=-0.00317422;REVB=0.0328643;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142025;STB=0.580585;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00721208;OID=.;OPOS=175049379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:13:13:13:23:13:13:13:23 chr1 175054548 . C T 263.51 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00312908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.967;QD=17.5674;RBI=0.00368866;REFB=-0.000369822;REVB=0.00195322;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270868;STB=0.651481;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000677192;OID=.;OPOS=175054548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:18:11:21:10:18:11:21:10 chr1 175087884 . CA TG 483.8 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0124037;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.009;QD=16.1268;RBI=0.0125361;REFB=-0.00887593;REVB=0.00181723;RO=66;SAF=21;SAR=32;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163956;STB=0.58768;STBP=0.102;TYPE=mnp;VARB=0.00996468;OID=.;OPOS=175087884;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:66:67:53:53:0.441667:32:21:37:29:32:21:37:30 chr1 175092674 . C T 254.12 PASS AF=0.385714;AO=28;DP=76;FAO=27;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0109969;FXX=0.0540468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.092;QD=14.5213;RBI=0.011427;REFB=-0.00411741;REVB=0.00310574;RO=35;SAF=22;SAR=6;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205321;STB=0.584649;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0135764;OID=.;OPOS=175092674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:70:35:39:28:27:0.385714:6:22:27:8:5:22:28:11 chr1 175113578 . T C 1773.07 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00982582;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.937;QD=60.104;RBI=0.0153942;REFB=-0.140493;REVB=0.0118505;RO=1;SAF=58;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811835;STB=0.504273;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000483651;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:118:1:1:117:117:0.991525:59:58:1:0:59:58:1:0 chr1 175129946 . C T 455.33 PASS AF=0.483871;AO=43;DP=95;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.012647;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.344;QD=19.5839;RBI=0.0236183;REFB=-0.0642572;REVB=0.0199469;RO=52;SAF=19;SAR=24;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000443407;STB=0.507243;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0595537;OID=.;OPOS=175129946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:52:48:43:45:0.483871:24:19:23:29:25:20:22:26 chr1 175299301 . T C 203.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.029777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.267;QD=21.9696;RBI=0.0407853;REFB=0.0123462;REVB=-0.0278706;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169061;STB=0.594503;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0120078;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:12:5:10:10:12:5 chr1 175324651 . A G 444.98 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=90;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0166393;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.197;QD=19.9989;RBI=0.0209127;REFB=-0.0172104;REVB=-0.0126678;RO=44;SAF=30;SAR=13;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641518;STB=0.548003;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.015435;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:44:45:43:44:0.494382:13:30:28:16:13:31:28:17 chr1 175348723 . C T 2265.29 PASS AF=0.97973;AO=145;DP=148;FAO=145;FDP=148;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0213328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.7777;QD=61.2242;RBI=0.0842487;REFB=-0.0251937;REVB=-0.0815031;RO=3;SAF=78;SAR=67;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179364;STB=0.509433;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=8.84067e-05;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:148:148:3:3:145:145:0.97973:67:78:3:0:67:78:3:0 chr1 175355217 . G A 763.39 PASS AF=0.566929;AO=71;DP=127;FAO=72;FDP=127;FR=.;FRO=55;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00273334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.526;QD=24.0438;RBI=0.0028431;REFB=-0.0143304;REVB=0.000782359;RO=55;SAF=42;SAR=29;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125072;STB=0.570398;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0133651;OID=.;OPOS=175355217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:55:55:71:72:0.566929:29:42:24:31:29:43:24:31 chr1 175355391 . A G 2196.39 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1183;QD=63.2055;RBI=0.0831386;REFB=0;REVB=0.0645529;RO=0;SAF=64;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.38759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417143;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:75:64:0:0:75:64:0:0 chr1 175375469 . C A 538.68 PASS AF=0.401361;AO=58;DP=146;FAO=59;FDP=147;FR=.;FRO=88;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=33;FWDB=-0.0061547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.795;QD=14.6579;RBI=0.0109659;REFB=0.000780591;REVB=0.00907589;RO=88;SAF=23;SAR=35;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241134;STB=0.638862;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00146479;OID=.;OPOS=175375469;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:88:88:58:59:0.401361:35:23:55:33:36:23:55:33 chr1 175375683 . T C 1400.41 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00261729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.719;QD=61.5565;RBI=0.0168205;REFB=-0.0732899;REVB=0.0166157;RO=1;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111514;STB=0.505881;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00136408;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:42:48:0:1:42:48:0:1 chr1 175375802 . T C 926.41 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.15;QD=57.9007;RBI=0.0245035;REFB=0;REVB=0.0244604;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437232;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:29:35:0:0 chr1 176102974 . T C 434.89 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.008982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.534;QD=20.9584;RBI=0.0152791;REFB=-0.0021455;REVB=-0.0123602;RO=40;SAF=20;SAR=23;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138624;STB=0.576566;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00141809;OID=.;OPOS=176102974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:23:20:25:15:23:20:25:15 chr1 176103053 . TAC T 255.94 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00163295;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=320.339;QD=17.9605;RBI=0.0132897;REFB=-0.00672549;REVB=-0.013189;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223314;STB=0.613782;STBP=0.117;TYPE=del;VARB=0.00662217;OID=.;OPOS=176103054;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491228:27:59:28:57:29:16:12:10:19:99:29:15:12:9:20 chr1 176118219 . G A 186.48 PASS AF=0.367647;AO=19;DP=62;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=0.0213652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.067;QD=10.9694;RBI=0.0216815;REFB=-0.0387767;REVB=0.00369031;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21202;STB=0.679316;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0493318;OID=.;OPOS=176118219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:68:40:43:19:25:0.367647:11:8:10:30:12:13:10:33 chr1 176863815 . C CG 58.28 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0102832;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.9571;QD=4.95979;RBI=0.0425787;REFB=-0.129686;REVB=0.0413183;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202776;STB=0.557975;STBP=0.514;TYPE=ins;VARB=0.163321;OID=.;OPOS=176863816;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404255:19:51:19:47:28:9:10:16:12:58:31:8:11:19:12 chr1 176863836 . G C 283.73 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0151915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0688;QD=23.1616;RBI=0.0646755;REFB=-0.00841685;REVB=0.062866;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246334;STB=0.625872;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0104745;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:15:11:16:6:15:11:16:7 chr1 176863867 . T C 287.94 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0680117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5172;QD=25.0378;RBI=0.0709571;REFB=0.000220922;REVB=0.0202317;RO=19;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127922;STB=0.578889;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00133652;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:20:26:26:0.565217:11:15:14:5:11:15:15:5 chr1 176915203 . G T 571.11 PASS AF=0.58427;AO=51;DP=88;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0198381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.474;QD=25.668;RBI=0.0228876;REFB=-0.000301964;REVB=0.0114145;RO=37;SAF=23;SAR=28;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110139;STB=0.555151;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.000248188;OID=.;OPOS=176915203;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:37:37:51:52:0.58427:28:23:22:15:28:24:22:15 chr1 176992553 . A G 310.99 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0173158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6941;QD=13.9772;RBI=0.0230418;REFB=-0.010534;REVB=-0.0152015;RO=53;SAF=20;SAR=15;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164661;STB=0.59867;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.018543;OID=.;OPOS=176992553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:54:35:35:0.393258:15:20:22:31:15:20:22:32 chr1 177001896 . C G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00907548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.467;QD=13.486;RBI=0.0162235;REFB=-0.0046213;REVB=0.0134475;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.59976;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00588426;OID=.;OPOS=177001896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:4:7:7:2:4:7 chr1 177908852 . C T 421.75 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00526513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.758;QD=18.1396;RBI=0.00567497;REFB=-0.0047856;REVB=0.00211748;RO=50;SAF=21;SAR=22;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126566;STB=0.570541;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00471194;OID=.;OPOS=177908852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:22:21:31:19:22:21:31:19 chr1 177915474 . A C 1540.91 PASS AF=0.989796;AO=80;DP=100;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000187174;FXX=0.019998;HRUN=5;LEN=1;MLLD=117.266;QD=62.8942;RBI=0.0279364;REFB=0.00129113;REVB=0.0279357;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.505375;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=1.79517e-07;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:98:0:1:80:97:0.989796:33:47:0:0:46:51:0:1 chr1 177929554 . C T 378.6 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.42;QD=52.2211;RBI=0.0317316;REFB=-0.112365;REVB=0.0291582;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.515141;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00140507;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:15:12:0:1:16:12:0:1 chr1 177929987 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.707;QD=58.4194;RBI=0.0376982;REFB=0;REVB=0.0343164;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200615;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr1 177935050 . T A 197.28 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0182347;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.17;QD=14.6136;RBI=0.0323157;REFB=-0.00290073;REVB=0.0266795;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595934;STB=0.533951;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00443625;OID=.;OPOS=177935050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:12:11:13:18:12:11:13:18 chr1 178412093 . G A 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0312676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7409;QD=11.7338;RBI=0.0587409;REFB=-0.000903617;REVB=-0.0497275;RO=48;SAF=9;SAR=19;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897079;STB=0.555403;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00013969;OID=.;OPOS=178412093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:50:28:28:0.358974:19:9:19:29:19:9:20:30 chr1 178483231 . G A 152.62 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0170593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.693;QD=8.72129;RBI=0.0426053;REFB=-0.0257383;REVB=0.0390409;RO=48;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303177;STB=0.671366;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0424612;OID=.;OPOS=178483231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:49:21:21:0.3:8:13:17:31:8:13:18:31 chr1 178489978 . T G 355.34 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0105161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.801;QD=16.7219;RBI=0.0156435;REFB=-0.0146727;REVB=-0.0115815;RO=46;SAF=16;SAR=21;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234885;STB=0.626992;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00971915;OID=.;OPOS=178489978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:46:47:37:38:0.447059:21:16:31:15:21:17:32:15 chr1 178492447 . T A 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0102348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.513;QD=15.7819;RBI=0.0115737;REFB=-0.0184915;REVB=-0.00540371;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719429;STB=0.540866;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0266202;OID=.;OPOS=178492447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:16:13:12:11:16:13 chr1 178514165 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.199;QD=49.5992;RBI=0.0349443;REFB=0;REVB=0.00447016;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242275;OID=.;OPOS=178514165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr1 178514560 . A AT 380.41 PASS AF=1;AO=38;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.208188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.6296;QD=35.3868;RBI=0.208719;REFB=0;REVB=-0.0148691;RO=2;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00246896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00485946;OID=.;OPOS=178514561;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:43:43:43:0:22:21:0:0:8:2:18:20:1:1 chr1 178646883 . TC T,TT 1279.39 PASS AF=0.0240964,0.975904;AO=17,65;DP=83;FAO=2,81;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=1,50;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653372,0.061562;FXX=0.0235266;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=230.66,245.12;QD=61.6575;RBI=0.0723862,0.0705833;REFB=0,0;REVB=0.0311578,0.0345271;RO=0;SAF=10,41;SAR=7,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.25588e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.07134,0.000927908;OID=.,.;OPOS=178646884,178646884;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0240964,0.975904:17,65:83:2,81:83:0:1,50:1,31:0:0:5:0:10,41:7,24:0:0 chr1 178820159 . C A 1396.21 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7349;QD=62.7509;RBI=0.0785536;REFB=0;REVB=-0.0784854;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000541984;OID=.;OPOS=178820159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:36:53:0:0:36:53:0:0 chr1 179044723 . A G 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.010459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1458;QD=22.3224;RBI=0.022766;REFB=0.00123428;REVB=0.0202212;RO=23;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282166;STB=0.515615;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.000253519;OID=.;OPOS=179044723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:18:12:10:13:18:12:10:13 chr1 179055020 . C T 632.71 PASS AF=0.602151;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0175302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7351;QD=27.2131;RBI=0.0201234;REFB=0.0162098;REVB=-0.00988148;RO=37;SAF=27;SAR=29;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363966;STB=0.519823;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0117225;OID=.;OPOS=179055020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:37:37:56:56:0.602151:29:27:16:21:29:27:16:21 chr1 179065125 . C T 139.82 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=0.0128484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0833;QD=13.9819;RBI=0.0440097;REFB=0.00301236;REVB=0.0420924;RO=24;SAF=12;SAR=3;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137043;STB=0.610992;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00104757;OID=.;OPOS=179065125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:3:12:21:3:4:12:21:3 chr1 179068851 . A G 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0199711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2148;QD=7.0478;RBI=0.0854321;REFB=0.0202397;REVB=-0.0830651;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155554;STB=0.599733;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0572783;OID=.;OPOS=179068851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:2:6:14:8:2:6:14:8 chr1 179072728 . T C 318.9 PASS AF=0.353982;AO=40;DP=113;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.0107875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.552;QD=11.2884;RBI=0.0131651;REFB=-0.0109364;REVB=-0.00754649;RO=72;SAF=28;SAR=12;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335091;STB=0.696172;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0291572;OID=.;OPOS=179072728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:72:73:40:40:0.353982:12:28:29:43:12:28:29:44 chr1 179095548 . C T 684.16 PASS AF=0.606061;AO=59;DP=99;FAO=60;FDP=99;FR=.;FRO=39;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00241305;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.203;QD=27.6428;RBI=0.017746;REFB=-0.0169205;REVB=0.0175812;RO=39;SAF=35;SAR=24;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171164;STB=0.588206;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00635857;OID=.;OPOS=179095548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:39:39:59:60:0.606061:24:35:14:25:25:35:14:25 chr1 179310262 . C T 331.93 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0166009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0181;QD=16.1915;RBI=0.0186273;REFB=-0.00351764;REVB=0.00844909;RO=46;SAF=18;SAR=18;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17403;STB=0.597509;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00153287;OID=.;OPOS=179310262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:18:18:15:31:18:18:15:31 chr1 179312752 . C T 455.81 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.00772205;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.938;QD=15.1937;RBI=0.0119583;REFB=-0.0196854;REVB=-0.00913083;RO=68;SAF=17;SAR=34;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00560409;STB=0.509313;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0272459;OID=.;OPOS=179312752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:69:51:51:0.425:34:17:23:45:34:17:24:45 chr1 179319541 . C G 349.72 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0226853;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.4;QD=14.8818;RBI=0.0251375;REFB=-0.0141951;REVB=-0.0108291;RO=54;SAF=15;SAR=23;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167552;STB=0.605208;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.025054;OID=.;OPOS=179319541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:54:56:38:38:0.404255:23:15:30:24:23:15:32:24 chr1 179347832 . T C 346.99 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=0.00978304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.713;QD=14.61;RBI=0.0173993;REFB=0.00574618;REVB=-0.0143885;RO=57;SAF=24;SAR=14;SRF=42;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124817;STB=0.570335;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00631419;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:14:24:42:15:14:24:42:15 chr1 179363143 . G T 184.41 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00695773;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.584;QD=13.6597;RBI=0.0111185;REFB=-0.00399595;REVB=-0.00867242;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553186;STB=0.528984;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00540119;OID=.;OPOS=179363143;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:32:21:22:0.407407:11:10:14:19:12:10:13:19 chr1 179398730 . T C 205.45 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0143869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.7202;QD=12.8403;RBI=0.0426403;REFB=-0.0021349;REVB=-0.0401399;RO=38;SAF=4;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40766;STB=0.733119;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0022777;OID=.;OPOS=179398730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:39:25:25:0.390625:21:4:18:20:21:4:18:21 chr1 179504043 . C G 315.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.433;QD=52.5437;RBI=0.117302;REFB=0;REVB=0.0173901;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00527765;OID=.;OPOS=179504043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:16:8:0:0 chr1 179504130 . G A 699.06 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00116427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.537;QD=54.8286;RBI=0.0117394;REFB=-0.153875;REVB=0.0116815;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5102;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000907465;OID=.;OPOS=179504130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:26:24:0:0:26:24:1:0 chr1 179520151 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.59;QD=59.3222;RBI=0.00348657;REFB=0;REVB=-0.00231316;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26311e-07;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr1 179520506 . G A 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000664157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.729;QD=55.0096;RBI=0.00901588;REFB=0.0348082;REVB=0.00899139;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=3.90319e-05;OID=.;OPOS=179520506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:17:15:0:0:17:15:0:1 chr1 179562740 . G C 543.27 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00015019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=368.925;QD=18.4158;RBI=0.000789427;REFB=-0.00508775;REVB=0.000775008;RO=61;SAF=20;SAR=37;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122075;STB=0.56778;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00562324;OID=.;OPOS=179562740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:37:20:29:32:37:20:29:32 chr1 179599927 . CAAAAAAAT CAAAAAAT,CAAAAATAG,CAAAAATAT 82.94 PASS AF=0.203125,0.140625,0;AO=11,4,3;DP=71;FAO=13,9,0;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=1,9,0;FSAR=12,0,0;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0728093,-0.023078,-0.0373905;FXX=0.135117;HRUN=7,7,7;LEN=1,3,1;MLLD=6.88872,204.535,187.342;QD=5.18389;RBI=0.0783717,0.0235005,0.0386716;REFB=-0.0266192,-0.00335103,-0.00202979;REVB=-0.0289988,-0.00443618,-0.00987118;RO=32;SAF=2,4,3;SAR=9,0,0;SRF=13;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.322881,0.636081,0.579947;STB=0.853078,0.998868,0.5;STBP=0.019,0,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.0457676,-0.00140449,0;OID=.,.,.;OPOS=179599928,179599933,179599933;OREF=A,AAT,A;OALT=-,TAG,T;OMAPALT=CAAAAAAT,CAAAAATAG,CAAAAATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203125,0.140625,0:11,4,3:71:13,9,0:64:42:1,9,0:12,0,0:17:25:25:32:2,4,3:9,0,0:13:19 chr1 179604864 . C T 1268.66 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00011904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.154;QD=60.4122;RBI=0.032212;REFB=-0.123609;REVB=0.0322118;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000513551;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:41:42:1:0:41:42:1:0 chr1 179852074 . T C 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.235;QD=60.8816;RBI=0.0365994;REFB=0;REVB=-0.00697549;RO=0;SAF=17;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129629;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:60:17:0:0:60:17:0:0 chr1 179858444 . G A 1957.14 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260745;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.478;QD=62.1313;RBI=0.036966;REFB=0;REVB=0.0262032;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534329;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:62:64:0:0:62:64:0:0 chr1 179876988 . C G 1076.32 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00553812;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.084;QD=57.4036;RBI=0.00646014;REFB=-0.0564996;REVB=0.00332606;RO=2;SAF=33;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278028;STB=0.514702;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=1.16521e-05;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:75:2:2:73:73:0.973333:40:33:2:0:40:33:2:0 chr1 179887125 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.279;QD=57.5444;RBI=0.0160562;REFB=0;REVB=0.00707093;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65026e-05;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr1 179972391 . A AG 43.76 PASS AF=0.161765;AO=9;DP=72;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0836301;FXX=0.0422476;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.7223;QD=2.57389;RBI=0.101843;REFB=-0.0133445;REVB=-0.0581204;RO=54;SAF=9;SAR=0;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.65346;STB=0.852481;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=0.0856301;OID=.;OPOS=179972392;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.161765:9:72:11:68:57:10:1:33:24:43:54:9:0:32:22 chr1 179989742 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4912;QD=53.9103;RBI=0.0376957;REFB=0;REVB=0.0361138;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283099;OID=.;OPOS=179989742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr1 180010874 . A G 443.74 PASS AF=0.466019;AO=47;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.000246013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.801;QD=17.2324;RBI=0.00367997;REFB=-0.00760087;REVB=0.00367174;RO=55;SAF=17;SAR=30;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579609;STB=0.524286;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00778615;OID=.;OPOS=180010874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:47:48:0.466019:30:17:23:32:30:18:23:32 chr1 180063526 . T C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0217725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.01;QD=10.9409;RBI=0.0220026;REFB=-0.00508532;REVB=-0.0031739;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361504;STB=0.521699;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0108105;OID=.;OPOS=180063526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:8:3:6:14:8:3:6:14 chr1 180145088 . A G 2026.75 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7879;QD=62.3616;RBI=0.0170791;REFB=0;REVB=-0.016635;RO=0;SAF=75;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7955e-05;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:54:75:0:0:54:76:0:0 chr1 180165699 . A C 316.4 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00205266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.792;QD=20.4128;RBI=0.0071869;REFB=-0.0148814;REVB=-0.00688753;RO=29;SAF=13;SAR=20;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174464;STB=0.509678;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0136799;OID=.;OPOS=180165699;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:20:13:12:17:20:13:12:17 chr1 180167414 . C G 1609.82 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176922;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8948;QD=60.18;RBI=0.0196632;REFB=0;REVB=-0.00858071;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327486;OID=.;OPOS=180167414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:51:56:0:0:51:56:0:0 chr1 180243524 . A G 1530.03 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.426;QD=63.7511;RBI=0.036226;REFB=0;REVB=-0.0059037;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04399e-05;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:43:53:0:0:43:53:0:0 chr1 180854067 . A G 795.26 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.429;QD=56.8044;RBI=0.0416078;REFB=0;REVB=0.0392284;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299458;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:22:30:0:0:24:32:0:0 chr1 180885430 . T C 1078.7 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303717;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.738;QD=59.9276;RBI=0.0305245;REFB=0;REVB=-0.00305078;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76062e-05;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:37:34:0:0:37:35:0:0 chr1 180886063 . G A 376.57 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0259847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.834;QD=32.7453;RBI=0.0326065;REFB=-0.0237881;REVB=0.0196972;RO=15;SAF=14;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00905709;STB=0.504947;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0186693;OID=.;OPOS=180886063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:17:14:7:8:17:14:7:8 chr1 180897569 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.114;QD=58.6005;RBI=0.0466872;REFB=0;REVB=0.0465857;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92209e-05;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr1 180905448 . G T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00123758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.577;QD=16.728;RBI=0.010666;REFB=-0.0189797;REVB=-0.0105939;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609174;STB=0.534841;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0225324;OID=.;OPOS=180905448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:6:10:13:6:6:10:13:6 chr1 180913597 . A G 712.92 PASS AF=1;AO=37;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.3376;QD=60.6744;RBI=0.134176;REFB=0;REVB=-0.112022;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100254;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:37:47:1:18:19:0:0:20:27:0:0 chr1 180944532 . T TAA 151.31 PASS AF=0.385714;AO=24;DP=72;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0228594;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=32.5752;QD=8.64634;RBI=0.0452336;REFB=-0.00888341;REVB=0.0390324;RO=45;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124487;STB=0.510067;STBP=0.888;TYPE=ins;VARB=0.0131481;OID=.;OPOS=180944533;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385714:24:72:27:70:43:14:13:23:20:99:45:12:12:23:22 chr1 180953853 . A G 216.58 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0320728;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.944;QD=13.1262;RBI=0.0333817;REFB=-0.00194285;REVB=0.00925595;RO=40;SAF=8;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163015;STB=0.593834;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00379273;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:18:8:18:22:18:8:18:22 chr1 181024404 . G A 427.94 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0851046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.88;QD=19.4519;RBI=0.0852772;REFB=-0.0138186;REVB=0.00542282;RO=42;SAF=13;SAR=30;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251909;STB=0.647411;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0111861;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:45:43:43:0.488636:30:13:24:18:30:13:26:19 chr1 181058313 . G A 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2588;QD=35.5675;RBI=0.101926;REFB=0;REVB=0.0413248;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00644787;OID=.;OPOS=181058313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 181391978 . G A 588.18 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0212595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.903;QD=23.7648;RBI=0.0309941;REFB=0.00974198;REVB=-0.0225537;RO=45;SAF=25;SAR=29;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149403;STB=0.58191;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0156361;OID=.;OPOS=181391978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:54:54:0.545455:29:25:29:16:29:25:29:16 chr1 181702807 . C G 379.55 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0531901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.396;QD=16.6834;RBI=0.0539051;REFB=-0.00473525;REVB=0.00875046;RO=50;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247717;STB=0.508526;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00812986;OID=.;OPOS=181702807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:51:40:40:0.43956:19:21:25:25:19:21:26:25 chr1 181752923 . AAGCTT A 50.0 PASS AO=64;DP=95;LEN=5;RO=31;SAF=32;SAR=40;SRF=7;SRR=16;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=181752924;OREF=AGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:95:31:64:40:32:7:16 chr1 182026813 . G C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0096021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.572;QD=12.0153;RBI=0.0167531;REFB=-0.0204068;REVB=-0.0137283;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32405;STB=0.69176;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.02492;OID=.;OPOS=182026813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:1:6:3:3:1:6 chr1 182027022 . C T 400.01 PASS AF=0.47191;AO=40;DP=86;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0368196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.499;QD=17.9781;RBI=0.0517319;REFB=-0.0214518;REVB=0.0363388;RO=46;SAF=14;SAR=26;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253838;STB=0.522925;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0103219;OID=.;OPOS=182027022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:46:47:40:42:0.47191:26:14:15:31:26:16:16:31 chr1 182356399 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.279;QD=60.0309;RBI=0.0637477;REFB=0;REVB=0.0145843;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293211;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr1 182369078 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.336;QD=58.7817;RBI=0.0227537;REFB=0;REVB=0.0227256;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79986e-05;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr1 182369233 . A G 715.22 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.5121;QD=60.8699;RBI=0.0268972;REFB=-0.165973;REVB=0.0246388;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229252;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00184346;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:20:26:0:1:20:26:0:1 chr1 182443462 . T C 225.69 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0340735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.319;QD=20.0612;RBI=0.050892;REFB=-0.00290855;REVB=0.037802;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100462;STB=0.556453;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00308833;OID=.;OPOS=182443462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:7:16:13:9:7:16 chr1 182496829 . A G 466.19 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0134018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6278;QD=25.1996;RBI=0.0206852;REFB=0.00322286;REVB=0.0157566;RO=30;SAF=20;SAR=24;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904319;STB=0.504948;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00139486;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:24:20:14:16:24:20:14:16 chr1 182525174 . C T 339.48 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00348209;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.364;QD=17.4094;RBI=0.00349047;REFB=-0.00580354;REVB=-0.000241667;RO=42;SAF=9;SAR=27;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224626;STB=0.62679;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.011389;OID=.;OPOS=182525174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:42:42:36:36:0.461538:27:9:19:23:27:9:19:23 chr1 182551337 . A C 1460.79 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195046;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.219;QD=62.1615;RBI=0.0214362;REFB=-0.131962;REVB=-0.0088927;RO=1;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957781;STB=0.505049;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00046164;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:1:1:93:93:0.989362:49:44:0:1:49:44:0:1 chr1 182554557 . C T 2405.84 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.656;QD=60.5243;RBI=0.0223217;REFB=0;REVB=0.0181891;RO=0;SAF=77;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482954;OID=.;OPOS=182554557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:159:0:0:152:159:1:75:77:0:0:81:78:0:0 chr1 182568204 . G C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.066;QD=60.3767;RBI=0.0213042;REFB=0;REVB=0.0065938;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51133e-05;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr1 182569626 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7602;QD=58.419;RBI=0.0238096;REFB=0;REVB=-0.0118145;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254463;OID=.;OPOS=182569626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:33:29:0:0:33:30:0:0 chr1 182640851 . T G 401.36 PASS AF=0.337748;AO=51;DP=154;FAO=51;FDP=151;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=-0.0064211;FXX=0.0194793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.699;QD=10.632;RBI=0.0364833;REFB=-0.0118833;REVB=-0.0359138;RO=98;SAF=19;SAR=32;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12597;STB=0.566649;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0180075;OID=.;OPOS=182640851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:151:98:100:51:51:0.337748:32:19:47:51:32:19:47:53 chr1 182640864 . T C 348.91 PASS AF=0.321429;AO=43;DP=139;FAO=45;FDP=140;FR=.;FRO=95;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.0233516;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7983;QD=9.9688;RBI=0.0271126;REFB=-0.0329871;REVB=-0.0137766;RO=93;SAF=14;SAR=29;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182125;STB=0.592922;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0338472;OID=.;OPOS=182640864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:93:95:43:45:0.321429:29:14:44:49:30:15:44:51 chr1 182778367 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.532;QD=60.6103;RBI=0.0321375;REFB=0;REVB=0.0138563;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18664e-05;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:31:7:0:0:31:7:0:0 chr1 182850727 . T C 2130.64 PASS AF=1;AO=134;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0652209;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.907;QD=62.666;RBI=0.113981;REFB=0;REVB=0.0934767;RO=0;SAF=63;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151338;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:134:136:1:71:63:0:0:71:65:0:0 chr1 182993025 . C T 1777.59 PASS AF=0.968;AO=120;DP=125;FAO=121;FDP=125;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0485144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7501;QD=56.8829;RBI=0.0491348;REFB=-0.0573705;REVB=0.00778303;RO=5;SAF=65;SAR=55;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260491;STB=0.509227;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0102305;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:125:125:5:4:120:121:0.968:55:65:1:4:56:65:1:3 chr1 183072590 . T C 1770.65 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215637;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0519;QD=61.0567;RBI=0.0353559;REFB=0;REVB=0.0280187;RO=0;SAF=52;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025196;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:117:116:1:65:52:0:0:65:51:0:0 chr1 183085755 . A G 1449.34 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0342031;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.602;QD=57.3998;RBI=0.0365429;REFB=-0.100129;REVB=0.012866;RO=2;SAF=35;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0060049;STB=0.503166;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000920714;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:64:35:1:1:64:35:1:1 chr1 183086559 . C T 480.92 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0077695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.778;QD=22.9008;RBI=0.0083637;REFB=-0.00984334;REVB=-0.00309617;RO=38;SAF=33;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153972;STB=0.585068;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00755777;OID=.;OPOS=183086559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:13:33:21:17:13:33:21:17 chr1 183086757 . A C 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.847;QD=62.7617;RBI=0.0185379;REFB=0;REVB=-0.00800305;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62758e-05;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:50:39:0:0:50:39:0:0 chr1 183093875 . T C 1844.03 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535582;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.409;QD=61.4676;RBI=0.0212117;REFB=0;REVB=0.0205244;RO=0;SAF=37;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46143e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32118e-05;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:119:120:1:82:37:0:0:82:38:0:0 chr1 183094547 . T C 1190.45 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.591;QD=61.0489;RBI=0.0149215;REFB=0;REVB=0.00215727;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37919e-05;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:37:40:0:0:38:40:0:0 chr1 183105534 . T C 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.026111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9252;QD=35.4892;RBI=0.0415961;REFB=0.0595121;REVB=0.0323799;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821523;STB=0.583203;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0148482;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:1:2:13:13:0.866667:5:8:0:1:5:8:0:2 chr1 183105705 . G A 848.16 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.083;QD=57.5022;RBI=0.0325192;REFB=0;REVB=0.024663;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172157;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:30:27:0:0:31:28:0:0 chr1 183112041 . G C 1264.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6646;QD=61.6934;RBI=0.0309308;REFB=0;REVB=-0.0108399;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1308e-05;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr1 183112412 . A G 817.14 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267975;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.851;QD=56.3547;RBI=0.0323493;REFB=0;REVB=0.018121;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00709046;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:35:21:0:0:35:23:0:0 chr1 183112505 . T C 929.14 PASS AF=0.917808;AO=67;DP=73;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0145837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.796;QD=50.9115;RBI=0.022231;REFB=-0.0923764;REVB=0.016779;RO=6;SAF=35;SAR=32;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744112;STB=0.539462;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00178393;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:73:73:6:6:67:67:0.917808:32:35:6:0:32:35:6:0 chr1 183112566 . T C 1493.06 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.772;QD=62.8655;RBI=0.0174606;REFB=0;REVB=0.00958312;RO=0;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012393;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:91:95:1:36:55:0:0:38:57:0:0 chr1 183112764 . A G,T 819.13 PASS AF=0.921875,0.046875;AO=57,3;DP=64;FAO=59,3;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=27,0;FSAR=32,3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0043363,-0.055749;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=178.303,23.5021;QD=51.1956;RBI=0.021273,0.0772682;REFB=-0.00202071,-0.0796675;REVB=0.0208264,0.0535017;RO=3;SAF=25,1;SAR=32,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0100784,0;STB=0.515146,0.5;STBP=0.246,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00163784,0.078047;OID=.,.;OPOS=183112764,183112764;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:64:64:3:2:57,3:59,3:0.921875,0.046875:32,2:25,1:1:2:32,3:27,0:0:2 chr1 183114634 . G A 1721.75 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929591;FXX=0.0173898;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.578;QD=60.9469;RBI=0.0458256;REFB=0;REVB=-0.0448729;RO=0;SAF=39;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168589;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:74:39:0:0:74:39:0:0 chr1 183155482 . C A 225.53 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.000291071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.635;QD=11.0014;RBI=0.0412498;REFB=-0.0115135;REVB=-0.0412488;RO=53;SAF=13;SAR=15;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219687;STB=0.631354;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0294149;OID=.;OPOS=183155482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:54:28:28:0.341463:15:13:35:18:15:13:36:18 chr1 183486859 . G A 2026.51 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.479;QD=62.3542;RBI=0.020185;REFB=0;REVB=0.0200862;RO=0;SAF=53;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94975e-05;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:76:53:0:0:77:53:0:0 chr1 183542387 . T C 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000806861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1484;QD=57.3838;RBI=0.0221415;REFB=0;REVB=0.0221268;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239501;OID=.;OPOS=183542387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr1 184322912 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0859306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.137;QD=17.8402;RBI=0.0860204;REFB=-0.0379596;REVB=-0.00393;RO=12;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246078;STB=0.705536;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0284994;OID=.;OPOS=184322912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:14:14:14:0.5:12:2:4:8:12:2:6:8 chr1 184588806 . C T 131.2 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0120915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.406;QD=14.1832;RBI=0.0234197;REFB=-0.0136531;REVB=-0.0200569;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340922;STB=0.519829;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0252504;OID=.;OPOS=184588806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:11:11:7:8:11:11 chr1 184660205 . T A 255.74 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00740311;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.608;QD=17.9463;RBI=0.00954533;REFB=-0.011039;REVB=0.00602556;RO=28;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592885;STB=0.532935;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0109305;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:29:27:28:0.491228:18:9:11:17:19:9:11:18 chr1 184662181 . C T 241.08 PASS AF=0.408451;AO=25;DP=67;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00998621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.799;QD=13.5821;RBI=0.0209894;REFB=-0.0152566;REVB=0.0184616;RO=42;SAF=7;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180415;STB=0.630637;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0272055;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:42:42:25:29:0.408451:18:7:18:24:22:7:18:24 chr1 184663537 . A C 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0308952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.778;QD=17.2457;RBI=0.0340843;REFB=-0.0104886;REVB=0.0143955;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136257;STB=0.578153;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0175448;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:15:6:11:16:15:6:11:16 chr1 184663581 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0330912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.952;QD=14.9786;RBI=0.0447671;REFB=-0.00804125;REVB=0.0301508;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391529;STB=0.73711;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00888483;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:9:1:4:7:9:1:4:7 chr1 184675814 . G A 281.84 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0405266;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.477;QD=12.122;RBI=0.0423802;REFB=-0.00359827;REVB=-0.0123963;RO=59;SAF=8;SAR=25;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339426;STB=0.69284;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0126892;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:59:60:33:33:0.354839:25:8:31:28:25:8:31:29 chr1 184677464 . G A 413.57 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0216589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.243;QD=16.3791;RBI=0.0227186;REFB=-0.0388024;REVB=-0.00685753;RO=56;SAF=24;SAR=21;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380107;STB=0.521267;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0377649;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:21:24:32:24:21:24:32:24 chr1 184706212 . GT G 329.84 PASS AF=0.539326;AO=44;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.076342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.4542;QD=14.8242;RBI=0.123086;REFB=0.0104808;REVB=-0.0965502;RO=39;SAF=17;SAR=27;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883649;STB=0.521979;STBP=0.659;TYPE=del;VARB=-0.0139243;OID=.;OPOS=184706213;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.539326:44:89:48:89:41:20:28:19:22:99:39:17:27:19:20 chr1 184792432 . T A 102.29 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00163579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.811;QD=10.4912;RBI=0.0159506;REFB=0.000625923;REVB=0.0158665;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265646;STB=0.675432;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000623816;OID=.;OPOS=184792432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:26:26:12:13:0.333333:6:6:7:19:6:7:7:19 chr1 185069561 . A G 270.73 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0149064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.108;QD=16.9206;RBI=0.0162726;REFB=-0.0239753;REVB=0.00652665;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073074;STB=0.529392;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0307469;OID=.;OPOS=185069561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:34:30:30:0.46875:16:14:12:19:16:14:14:20 chr1 185069843 . T A 169.52 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00656612;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=253.833;QD=10.5947;RBI=0.0179463;REFB=0.000556196;REVB=-0.016702;RO=38;SAF=5;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30468;STB=0.670884;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00102568;OID=.;OPOS=185069843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:42:22:22:0.34375:17:5:18:20:17:5:19:23 chr1 185135745 . A G 227.09 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00762704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.258;QD=21.1245;RBI=0.0177654;REFB=-0.0183434;REVB=-0.0160449;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263703;STB=0.647177;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0327378;OID=.;OPOS=185135745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:16:5:12:10:16:5 chr1 185137461 . A T 255.88 PASS AF=0.3875;AO=33;DP=81;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0214143;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.727;QD=12.7937;RBI=0.0277498;REFB=-0.0101547;REVB=0.0176487;RO=44;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635034;STB=0.547914;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0186669;OID=.;OPOS=185137461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:44:49:33:31:0.3875:14:19:28:16:11:20:28:21 chr1 185137463 . TT AA,TTAA 233.71 PASS AF=0.160494,0.209877;AO=12,14;DP=82;FAO=13,17;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=9,11;FSAR=4,6;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00741511,-0.00623487;FXX=0.0121936;HRUN=3,1;LEN=2,2;MLLD=73.4699,43.0349;QD=11.5414;RBI=0.0171151,0.0242681;REFB=-0.0129803,0.0112307;REVB=-0.0154255,-0.0234535;RO=52;SAF=9,9;SAR=3,5;SRF=28;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.280907,0.133404;STB=0.621289,0.576761;STBP=0.382,0.467;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0711599,-0.0231863;OID=.,.;OPOS=185137463,185137465;OREF=TT,-;OALT=AA,AA;OMAPALT=AA,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:89:82:81:52:51:12,14:13,17:0.160494,0.209877:3,5:9,9:28:24:4,6:9,11:28:23 chr1 185143721 . A G 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.011655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9996;QD=19.6673;RBI=0.0142471;REFB=0.0182025;REVB=0.00819407;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093917;STB=0.553018;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00765944;OID=.;OPOS=185143721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:12:7:9:10:12:7 chr1 185704110 . TTGGA TGA,TTGA,TTGAT,TTTGA 135.74 PASS AF=0.122449,0.367347,0,0;AO=8,11,2,3;DP=54;FAO=6,18,0,0;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=1,3,0,0;FSAR=5,15,0,0;FSRF=23;FSRR=2;FWDB=-0.177977,-0.0726231,-0.101728,0.105717;FXX=0.039208;HRUN=4,2,2,2;LEN=2,1,2,1;MLLD=18.014,15.4933,94.6284,14.1555;QD=11.081;RBI=0.184633,0.0793452,0.103896,0.134645;REFB=-0.0755308,-0.125794,-0.00804461,-0.0555173;REVB=-0.0491303,0.0319616,-0.0211134,0.0833859;RO=25;SAF=2,0,2,0;SAR=6,11,0,3;SRF=20;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.586701,-0.836255,0.380083,-0.719291;STB=0.944121,0.883995,0.5,0.5;STBP=0.241,0.001,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.098068,0.106055,0.0584464,0;OID=.,.,.,.;OPOS=185704111,185704112,185704113,185704112;OREF=TG,G,GA,G;OALT=-,-,AT,T;OMAPALT=TGA,TTGA,TTGAT,TTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.122449,0.367347,0,0:8,11,2,3:54:6,18,0,0:49:25:1,3,0,0:5,15,0,0:23:2:70:25:2,0,2,0:6,11,0,3:20:5 chr1 185984517 . T C 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.43;QD=63.3358;RBI=0.0182864;REFB=0;REVB=0.0101249;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18457e-05;OID=.;OPOS=185984517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr1 186141181 . C G 346.98 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9114;QD=14.6098;RBI=0.0604273;REFB=-0.00226556;REVB=-0.00181414;RO=56;SAF=18;SAR=20;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287813;STB=0.510562;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00233761;OID=.;OPOS=186141181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:57:38:38:0.4:20:18:25:31:20:18:26:31 chr1 186275760 . G A 116.13 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.567;QD=42.2305;RBI=0.0563734;REFB=0;REVB=0.0478683;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406591;OID=.;OPOS=186275760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:5:6:0:0 chr1 186277088 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8648;QD=40.7627;RBI=0.0732211;REFB=0;REVB=-0.0271451;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00538506;OID=.;OPOS=186277088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr1 186316488 . C T 1172.01 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.557;QD=60.8835;RBI=0.0103062;REFB=0;REVB=0.000502454;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54766e-05;OID=.;OPOS=186316488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:37:39:0:0:38:39:0:0 chr1 186839879 . AAG A 1339.93 PASS AF=1;AO=105;DP=173;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585457;FXX=0.375701;HRUN=2;LEN=2;MLLD=252.182;QD=49.6269;RBI=0.0605304;REFB=0;REVB=-0.015373;RO=0;SAF=39;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000399718;OID=.;OPOS=186839880;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:105:173:108:108:0:40:68:0:0:23:0:39:66:0:0 chr1 186946912 . G A 1559.64 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0209954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.464;QD=57.2344;RBI=0.107871;REFB=-0.0487909;REVB=-0.105808;RO=1;SAF=43;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109096;STB=0.511361;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=1.60259e-05;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:109:1:2:107:107:0.981651:64:43:1:0:64:43:2:0 chr1 187610537 . AC GG 1268.1 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290761;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=2;MLLD=352.321;QD=61.8588;RBI=0.00634473;REFB=0;REVB=0.00563927;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.44268e-06;OID=.;OPOS=187610537;OREF=AC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr1 187610852 . A C 732.77 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.064;QD=56.367;RBI=0.0407853;REFB=0;REVB=0.0263684;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76579e-05;OID=.;OPOS=187610852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:49:52:1:27:22:0:0:28:24:0:0 chr1 192316514 . A G 722.3 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=56;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.000235777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.454;QD=18.8837;RBI=0.00800035;REFB=-0.00668907;REVB=0.00799687;RO=77;SAF=19;SAR=56;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163989;STB=0.588581;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00714984;OID=.;OPOS=192316514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:77:78:75:75:0.490196:56:19:31:46:56:19:31:47 chr1 192781172 . C G 1246.18 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.49;QD=61.5398;RBI=0.0176015;REFB=0;REVB=-0.0171077;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95293e-05;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:42:36:0:0:43:38:0:0 chr1 192844886 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0250661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.873;QD=17.8403;RBI=0.0311722;REFB=-0.0247741;REVB=0.018531;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156693;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00872514;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:6:8:5:8:6:8:6:8 chr1 193054154 . G A 509.43 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0225593;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.318;QD=19.4067;RBI=0.0283583;REFB=-0.00494302;REVB=-0.0171834;RO=52;SAF=26;SAR=27;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00878343;STB=0.504853;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00482648;OID=.;OPOS=193054154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:52:52:53:53:0.504762:27:26:25:27:27:26:25:27 chr1 193074651 . T A 979.05 PASS AF=0.618705;AO=86;DP=139;FAO=86;FDP=139;FR=.;FRO=53;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00557208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5586;QD=28.174;RBI=0.0212138;REFB=-0.0400007;REVB=0.020469;RO=53;SAF=52;SAR=34;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041905;STB=0.522698;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0276307;OID=.;OPOS=193074651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:53:53:86:86:0.618705:34:52:29:24:34:52:29:24 chr1 193701055 . G C 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.004;QD=60.0292;RBI=0.00970941;REFB=0;REVB=0.00693688;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48386e-05;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr1 193701480 . G A 1539.97 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0173489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.966;QD=61.599;RBI=0.0199411;REFB=-0.0332266;REVB=0.00983162;RO=2;SAF=44;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210685;STB=0.511109;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00445202;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:54:44:2:0:54:44:2:0 chr1 193701489 . C T 1506.34 PASS AF=0.989796;AO=94;DP=95;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.026736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3446;QD=61.4831;RBI=0.0773918;REFB=0.187622;REVB=0.0726269;RO=1;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092068;STB=0.504672;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00199578;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:98:1:1:94:97:0.989796:51:43:0:1:53:44:0:1 chr1 194457292 . T C 1036.17 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0119328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.729;QD=56.7766;RBI=0.0374266;REFB=-0.0898954;REVB=0.0354734;RO=2;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337399;STB=0.517852;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000505238;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:27:44:0:2:27:44:0:2 chr1 196227526 . A G 1931.14 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.37;QD=61.7966;RBI=0.0130572;REFB=0;REVB=-0.0124293;RO=0;SAF=62;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00595e-05;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:123:125:1:61:62:0:0:61:64:0:0 chr1 196309523 . C T 949.48 PASS AF=0.43038;AO=102;DP=237;FAO=102;FDP=237;FR=.;FRO=135;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=-0.0095074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.775;QD=16.025;RBI=0.0124023;REFB=0.00308926;REVB=0.00796408;RO=135;SAF=54;SAR=48;SRF=60;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867581;STB=0.548282;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00458865;OID=.;OPOS=196309523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:135:135:102:102:0.43038:48:54:60:75:48:54:60:75 chr1 196392172 . A T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00957855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.312;QD=12.0517;RBI=0.0099954;REFB=-0.00547671;REVB=-0.00285644;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120736;STB=0.57128;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00812449;OID=.;OPOS=196392172;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:10:3:3:6:10:3 chr1 196654324 . A C 1886.42 PASS AF=0.984252;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00912043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4798;QD=59.4149;RBI=0.015156;REFB=-0.192279;REVB=-0.0121046;RO=2;SAF=60;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000486835;STB=0.500189;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00348426;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:127:2:2:124:125:0.984252:64:60:1:1:64:61:1:1 chr1 196659237 . C T 1821.87 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.848;QD=61.2393;RBI=0.0196877;REFB=0;REVB=-0.0113163;RO=0;SAF=72;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.20685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14247e-06;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:47:72:0:0:47:72:0:0 chr1 196695742 . A G 2102.71 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.502;QD=62.7674;RBI=0.0292377;REFB=0;REVB=0.0275944;RO=0;SAF=48;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30428e-05;OID=.;OPOS=196695742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:86:48:0:0:86:48:0:0 chr1 196709774 . G T 1857.93 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9303;QD=61.4192;RBI=0.0189766;REFB=0;REVB=-0.00492051;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101584;OID=.;OPOS=196709774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:66:55:0:0:66:55:0:0 chr1 196712586 . C T 409.18 PASS AF=0.278846;AO=58;DP=208;FAO=58;FDP=208;FR=.;FRO=150;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=80;FSRR=70;FWDB=0.00726832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4798;QD=7.86877;RBI=0.0103788;REFB=-0.00155442;REVB=-0.00740884;RO=148;SAF=32;SAR=26;SRF=79;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220994;STB=0.513364;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00382044;OID=.;OPOS=196712586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:148:150:58:58:0.278846:26:32:79:69:26:32:80:70 chr1 196757392 . C T 1541.68 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03363;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.222;QD=59.8711;RBI=0.0341446;REFB=0;REVB=0.00590564;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28881e-05;OID=.;OPOS=196757392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:53:50:0:0:53:50:0:0 chr1 196757874 . G A 796.49 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.352;QD=63.719;RBI=0.0336;REFB=0;REVB=-0.0331602;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132729;OID=.;OPOS=196757874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr1 196757881 . G T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.239;QD=57.1063;RBI=0.0173966;REFB=0;REVB=-0.00314211;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07308e-05;OID=.;OPOS=196757881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr1 196763707 . T C 88.99 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0389254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6268;QD=27.381;RBI=0.0407202;REFB=-0.131924;REVB=-0.0119563;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148436;STB=0.615165;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0375657;OID=.;OPOS=196763707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:13:13:2:3:10:10:0.769231:5:5:0:2:5:5:0:3 chr1 196797238 . C T 239.73 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.306;QD=50.4687;RBI=0.0473379;REFB=0;REVB=0.0472981;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129627;OID=.;OPOS=196797238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chr1 196797244 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4941;QD=48.737;RBI=0.0572703;REFB=0;REVB=0.0202986;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025858;OID=.;OPOS=196797244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 196799691 . G A 1866.35 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363375;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4497;QD=61.1918;RBI=0.0599557;REFB=-0.0426692;REVB=-0.0476893;RO=0;SAF=68;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90947e-05;OID=.;OPOS=196799691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:122:122:0:0:122:122:1:54:68:0:0:54:68:0:0 chr1 196801042 . G T 3787.59 PASS AF=0.979757;AO=242;DP=249;FAO=242;FDP=247;FR=.;FRO=5;FSAF=121;FSAR=121;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00346397;FXX=0.00803181;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.295;QD=61.3374;RBI=0.00982551;REFB=-0.0456809;REVB=0.00919465;RO=3;SAF=121;SAR=121;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00388947;STB=0.502024;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000390229;OID=.;OPOS=196801042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:249:247:3:5:242:242:0.979757:121:121:1:2:121:121:2:3 chr1 196801078 . A T 3720.0 PASS AF=1;AO=236;DP=238;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141048;FXX=0.016666;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.405;QD=63.0508;RBI=0.0286853;REFB=-0.0824362;REVB=-0.0249781;RO=2;SAF=114;SAR=122;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000271836;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06819e-05;OID=.;OPOS=196801078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:238:236:2:0:236:236:1:122:114:1:1:122:114:0:0 chr1 196874356 . G T 3681.67 PASS AF=1;AO=234;DP=238;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011128;FXX=0.016666;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.189;QD=62.4012;RBI=0.0159057;REFB=-0.0753132;REVB=0.0113649;RO=2;SAF=119;SAR=115;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000138066;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87141e-05;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:238:236:2:0:234:236:1:115:119:1:1:116:120:0:0 chr1 196876458 . A G 790.78 PASS AF=0.516129;AO=80;DP=155;FAO=80;FDP=155;FR=.;FRO=75;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.00728007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.771;QD=20.4073;RBI=0.026016;REFB=-0.00959652;REVB=0.0249767;RO=74;SAF=50;SAR=30;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281577;STB=0.519586;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0116266;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:74:75:80:80:0.516129:30:50:44:30:30:50:44:31 chr1 196884258 . A T 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0553465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.27;QD=4.46122;RBI=0.0554945;REFB=-0.00290121;REVB=0.00404964;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236394;STB=0.516075;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.011957;OID=.;OPOS=196884258;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:3:3:13:12:3:3:13:12 chr1 196920148 . C T 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0324583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.611;QD=19.7363;RBI=0.0326853;REFB=-0.0149321;REVB=0.00384558;RO=36;SAF=10;SAR=28;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324365;STB=0.687397;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0275474;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:37:38:38:0.506667:28:10:22:14:28:10:23:14 chr1 197009798 . A G 459.21 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0760771;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9285;QD=20.6386;RBI=0.0847138;REFB=0.00178274;REVB=0.0372654;RO=43;SAF=31;SAR=14;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148207;STB=0.589312;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00067111;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:44:45:45:0.505618:14:31:23:20:14:31:23:21 chr1 197030201 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.99;QD=60.6102;RBI=0.0144384;REFB=0;REVB=0.0135895;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26814e-05;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr1 197031021 . C T 1677.39 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.596;QD=60.4466;RBI=0.00713301;REFB=0;REVB=-0.000158859;RO=0;SAF=44;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28705e-06;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:67:44:0:0:67:44:0:0 chr1 197070442 . G T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.015553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.267;QD=16.5274;RBI=0.0201905;REFB=-0.0134528;REVB=-0.0128749;RO=29;SAF=5;SAR=20;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146121;STB=0.583261;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0125368;OID=.;OPOS=197070442;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:20:5:9:20:20:5:9:20 chr1 197070697 . T C 103.84 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.158924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3729;QD=18.88;RBI=0.173898;REFB=-0.0414658;REVB=0.070596;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208353;STB=0.580507;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0440224;OID=.;OPOS=197070697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:10:10:11:12:0.545455:8:3:5:5:8:4:5:5 chr1 197070707 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0149429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.096;QD=20.2096;RBI=0.017662;REFB=-0.0182205;REVB=0.00941575;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165885;STB=0.594448;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0140015;OID=.;OPOS=197070707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:6:4:8:5:6:4 chr1 197070776 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00318674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.452;QD=13.4559;RBI=0.00371803;REFB=0.00253353;REVB=-0.00191531;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263079;STB=0.651929;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0027625;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:3:12:6:5:3:12 chr1 197070815 . T C 392.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00285932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.844;QD=56.0452;RBI=0.0905752;REFB=0;REVB=0.0905301;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360754;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr1 197070901 . A G 955.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.93;QD=58.775;RBI=0.0533039;REFB=0;REVB=0.0486984;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054476;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr1 197072420 . T C 178.07 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0051323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.527;QD=10.6312;RBI=0.00513696;REFB=-0.0101289;REVB=-0.000218822;RO=42;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698382;STB=0.557718;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0186521;OID=.;OPOS=197072420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:44:23:23:0.343284:9:14:23:19:9:14:23:21 chr1 197073932 . T C 232.55 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00127637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.7178;QD=14.7651;RBI=0.00153696;REFB=-0.0110355;REVB=0.00085622;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398143;STB=0.537163;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0156906;OID=.;OPOS=197073932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:34:36:27:27:0.428571:14:13:15:19:14:13:15:21 chr1 197091537 . A T 639.49 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.201;QD=60.9042;RBI=0.0728284;REFB=0;REVB=0.0221918;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454846;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:22:19:1:0:22:20:0:0 chr1 197112533 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0077493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.862;QD=56.9562;RBI=0.0116189;REFB=0;REVB=0.00865715;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49175e-06;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:31:21:0:0 chr1 197127491 . A C 486.38 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0275659;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.311;QD=16.4873;RBI=0.0316004;REFB=-0.0109345;REVB=0.0154501;RO=65;SAF=31;SAR=22;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620321;STB=0.534644;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.015152;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:22:31:34:31:22:31:34:31 chr1 197128726 . G A 309.92 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0411194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9002;QD=13.7742;RBI=0.0426065;REFB=-0.0109495;REVB=0.0111585;RO=55;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209805;STB=0.618982;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0177912;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:16:19:19:36:16:19:19:36 chr1 197390368 . A G 1695.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.306;QD=60.5454;RBI=0.0177691;REFB=0;REVB=-0.000147555;RO=0;SAF=75;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99777e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:37:75:0:0:37:75:0:0 chr1 197446702 . G T 412.37 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00242977;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6719;QD=15.8602;RBI=0.00287308;REFB=-0.00573489;REVB=-0.00153323;RO=58;SAF=26;SAR=20;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213314;STB=0.51194;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0105097;OID=.;OPOS=197446702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:58:58:46:46:0.442308:20:26:34:24:20:26:34:24 chr1 197742171 . C T 176.82 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00372962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.788;QD=13.3449;RBI=0.0111637;REFB=-0.00409707;REVB=-0.0105223;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220718;STB=0.62622;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00262544;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:11:10:22:10:11:10:22:10 chr1 197874949 . T C 405.63 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00641167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.644;QD=17.261;RBI=0.0129346;REFB=-0.0025994;REVB=-0.0112336;RO=51;SAF=11;SAR=31;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210901;STB=0.614878;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00467606;OID=.;OPOS=197874949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:52:42:42:0.446809:31:11:23:28:31:11:23:29 chr1 197896728 . T C 331.44 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0327543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.119;QD=18.6728;RBI=0.040543;REFB=-0.0111771;REVB=0.0238933;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886509;STB=0.54937;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00905761;OID=.;OPOS=197896728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:17:18:15:21:17:18:15:21 chr1 198671653 . A C,G 744.41 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=2,51;DP=53;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171333,0.0978502;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.9721,69.6309;QD=56.1821;RBI=0.0181954,0.0978671;REFB=0,0;REVB=0.00612563,-0.00181851;RO=0;SAF=0,37;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0780931,0.00565344;OID=.,.;OPOS=198671653,198671653;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:53:53:0:0:2,51:1,52:0.0188679,0.981132:2,14:0,37:0:0:1,15:0,37:0:0 chr1 198703306 . C T 213.51 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00664467;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.454;QD=19.8615;RBI=0.0235582;REFB=-0.00867489;REVB=-0.0226017;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820088;STB=0.558444;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0102557;OID=.;OPOS=198703306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:22:21:21:0.488372:11:10:13:10:11:10:13:9 chr1 198704293 . GC CG,GT 1241.68 PASS AF=0,0.469091;AO=11,128;DP=275;FAO=0,129;FDP=275;FR=.;FRO=146;FSAF=0,58;FSAR=0,71;FSRF=63;FSRR=83;FWDB=-0.0389291,-0.0157082;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=63.3341,136.701;QD=18.0608;RBI=0.125506,0.0409024;REFB=-0.0261105,-0.0310072;REVB=-0.119316,-0.0377658;RO=130;SAF=0,58;SAR=11,70;SRF=63;SRR=67;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.579141,-0.0290652;STB=0.5,0.509729;STBP=1,0.757;TYPE=mnp,snp;VARB=0.164009,0.0239852;OID=.,.;OPOS=198704293,198704294;OREF=GC,C;OALT=CG,T;OMAPALT=CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:275:275:130:146:11,128:0,129:0,0.469091:11,70:0,58:63:67:0,71:0,58:63:83 chr1 199977636 . C A 1586.79 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.985;QD=58.7699;RBI=0.0638072;REFB=0;REVB=0.00830545;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274658;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:108:0:0:101:108:1:55:46:0:0:56:52:0:0 chr1 199977724 . G T 1169.65 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4385;QD=60.7612;RBI=0.0480926;REFB=0;REVB=0.0187548;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017512;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:38:37:0:0:40:37:0:0 chr1 200182834 . A G 475.64 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0171136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.002;QD=16.544;RBI=0.0206593;REFB=-0.018732;REVB=-0.0115729;RO=62;SAF=29;SAR=23;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118975;STB=0.561954;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0180571;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:62:63:52:52:0.452174:23:29:27:35:23:29:28:35 chr1 200183398 . C A 466.91 PASS AF=0.494624;AO=44;DP=91;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0148175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.999;QD=20.082;RBI=0.019835;REFB=-0.0056498;REVB=-0.0131859;RO=46;SAF=20;SAR=24;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121371;STB=0.559415;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00606472;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:46:47:44:46:0.494624:24:20:27:19:25:21:27:20 chr1 200311868 . C G 393.06 PASS AF=0.445652;AO=40;DP=91;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00159818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.367;QD=17.0897;RBI=0.00843591;REFB=-0.0317446;REVB=0.00828314;RO=51;SAF=19;SAR=21;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240581;STB=0.520436;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0343802;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:51:40:41:0.445652:21:19:23:28:21:20:23:28 chr1 200522566 . G C 497.28 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.000264357;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.161;QD=19.1263;RBI=0.00756659;REFB=-0.0107611;REVB=0.00756197;RO=52;SAF=24;SAR=28;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527234;STB=0.529137;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0108838;OID=.;OPOS=200522566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:52:52:52:52:0.5:28:24:21:31:28:24:21:31 chr1 200534248 . C T 727.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.261;QD=63.2715;RBI=0.0409491;REFB=0;REVB=-0.027327;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73051e-05;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 200558363 . T C 1089.45 PASS AF=0.926829;AO=76;DP=82;FAO=76;FDP=82;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.000325492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.25;QD=53.1439;RBI=0.0217258;REFB=-0.0308883;REVB=0.0217234;RO=3;SAF=40;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101104;STB=0.514135;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00211229;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:82:82:3:6:76:76:0.926829:36:40:2:1:36:40:2:4 chr1 200618238 . T C 905.76 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271451;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.264;QD=58.4358;RBI=0.0354028;REFB=0;REVB=0.0227267;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97515e-05;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:42:20:0:0:42:20:0:0 chr1 200635550 . T C 271.86 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.000544903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.577;QD=19.4188;RBI=0.0642852;REFB=0.00442875;REVB=0.0642828;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152888;STB=0.578827;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0048623;OID=.;OPOS=200635550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:27:28:29:0.517857:11:17:20:6:12:17:20:7 chr1 200635560 . T C 293.75 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00324917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.809;QD=19.9151;RBI=0.0100569;REFB=-0.0100245;REVB=0.00951759;RO=28;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120054;STB=0.566472;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00865654;OID=.;OPOS=200635560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:13:18:20:8:13:18:20:8 chr1 200776641 . C T 302.22 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.029916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.032;QD=19.4978;RBI=0.0379127;REFB=-0.0185031;REVB=-0.0232896;RO=30;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218951;STB=0.512187;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.028946;OID=.;OPOS=200776641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:21:11:11:19:21:11:11:19 chr1 200867552 . C T 289.7 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.0257145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.961;QD=18.9965;RBI=0.0265309;REFB=0.00184311;REVB=0.00653115;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263801;STB=0.645361;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00150846;OID=.;OPOS=200867552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:17:14:5:25:17:14:5:25 chr1 200880978 . C T 227.23 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0976475;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.246;QD=50.4956;RBI=0.105414;REFB=0;REVB=0.0397132;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224877;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 200942434 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605745;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.531;QD=43.4857;RBI=0.0628919;REFB=0;REVB=0.0169151;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684031;OID=.;OPOS=200942434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr1 200957691 . G C 230.31 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.28;QD=46.0627;RBI=0.0487376;REFB=-0.041096;REVB=0.0362376;RO=1;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612242;STB=0.533298;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000478378;OID=.;OPOS=200957691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:7:12:0:1:7:12:0:1 chr1 201009182 . A G 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00891625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0122;QD=21.3986;RBI=0.00925129;REFB=0.0266923;REVB=-0.00246715;RO=28;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212647;STB=0.617578;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0253293;OID=.;OPOS=201009182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:21:13:18:10:21:13:18:10 chr1 201022376 . G A 683.74 PASS AF=0.503704;AO=67;DP=134;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0122203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2473;QD=20.259;RBI=0.0252803;REFB=-0.0251882;REVB=0.0221305;RO=65;SAF=28;SAR=39;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948996;STB=0.555539;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0306356;OID=.;OPOS=201022376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:65:67:67:68:0.503704:39:28:34:31:40:28:35:32 chr1 201047075 . A G 220.5 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.025492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5752;QD=18.0003;RBI=0.0258155;REFB=-0.0220852;REVB=0.00407404;RO=26;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840968;STB=0.540502;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0437271;OID=.;OPOS=201047075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:16:6:9:17:16:6:9:18 chr1 201047135 . G A 164.69 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0106482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.051;QD=9.54711;RBI=0.0155522;REFB=-0.0135241;REVB=-0.0113352;RO=45;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121915;STB=0.559174;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0302209;OID=.;OPOS=201047135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:47:22:22:0.318841:14:8:21:24:14:8:21:26 chr1 201060865 . G A 883.72 PASS AF=0.927536;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0150061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.105;QD=51.2302;RBI=0.0372102;REFB=-0.181207;REVB=0.0340502;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.547155;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00580243;OID=.;OPOS=201060865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:66:69:0:5:63:64:0.927536:23:40:0:0:24:40:0:5 chr1 201112981 . A G 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0397164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.725;QD=20.8715;RBI=0.0397365;REFB=0.00719881;REVB=0.00126323;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622529;STB=0.535075;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00603909;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:8:13:11:9:8:13:11:9 chr1 201115822 . A G 484.87 PASS AF=0.616438;AO=44;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0542165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7075;QD=26.5681;RBI=0.0739563;REFB=-0.00929895;REVB=-0.0503002;RO=28;SAF=20;SAR=24;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108375;STB=0.562282;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00377923;OID=.;OPOS=201115822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:28:44:45:0.616438:24:20:17:11:25:20:17:11 chr1 201115827 . C T 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0438219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0186;QD=12.7896;RBI=0.0585594;REFB=-0.00515638;REVB=-0.0388438;RO=44;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187039;STB=0.600517;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00616736;OID=.;OPOS=201115827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:45:28:28:0.383562:11:17:19:25:11:17:20:25 chr1 201115863 . G A 278.87 PASS AF=0.4;AO=31;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.012671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.935;QD=13.9434;RBI=0.0176483;REFB=0.00316501;REVB=0.0122845;RO=48;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117647;STB=0.57472;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00634164;OID=.;OPOS=201115863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:31:32:0.4:14:17:21:27:14:18:21:27 chr1 201122947 . T G 975.5 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00924499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1349;QD=57.3821;RBI=0.0111373;REFB=-0.125666;REVB=0.00621044;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00195014;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:27:40:0:0:27:40:0:1 chr1 201166383 . G A 1139.24 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00304155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3138;QD=59.1814;RBI=0.00499132;REFB=-0.138229;REVB=-0.00395756;RO=1;SAF=28;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016599;STB=0.50877;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00199295;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:48:28:1:0:48:28:1:0 chr1 201166435 . T C 1085.37 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242215;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.035;QD=60.2982;RBI=0.0244278;REFB=0;REVB=0.00316799;RO=0;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172171;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:48:24:0:0:48:24:0:0 chr1 201175274 . A G 2479.13 PASS AF=0.993902;AO=107;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0677063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.54;QD=60.4665;RBI=0.0875525;REFB=-0.0268376;REVB=0.0555094;RO=0;SAF=30;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000111146;OID=.;OPOS=201175274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:0:1:107:163:0.993902:77:30:0:0:92:71:1:0 chr1 201181223 . A G 726.91 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04058;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.025;QD=57.0125;RBI=0.0408229;REFB=0;REVB=-0.00444696;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82709e-05;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr1 201182599 . G A 234.59 PASS AF=0.469388;AO=20;DP=46;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0343479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.95;QD=19.1505;RBI=0.0387221;REFB=-0.0321037;REVB=-0.0178781;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105214;STB=0.592514;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0387349;OID=.;OPOS=201182599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:26:26:20:23:0.469388:11:9:9:17:11:12:9:17 chr1 201187764 . T C 1341.39 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.742;QD=61.673;RBI=0.0170836;REFB=0;REVB=0.011524;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067152;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:48:36:0:0:50:37:0:0 chr1 201190732 . G A 1989.28 PASS AF=0.992701;AO=110;DP=129;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0683472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.596;QD=58.0812;RBI=0.0687375;REFB=-0.107852;REVB=0.00731419;RO=0;SAF=43;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63972e-08;STB=0.503355;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00349504;OID=.;OPOS=201190732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:137:0:1:110:136:0.992701:67:43:0:0:74:62:0:1 chr1 201252866 . C T 1421.17 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129696;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.565;QD=63.163;RBI=0.0405197;REFB=0;REVB=0.038388;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320249;OID=.;OPOS=201252866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:42:47:0:0:43:47:0:0 chr1 201285759 . A G 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.93;QD=64.1538;RBI=0.0169805;REFB=0;REVB=0.0146544;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59706e-05;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr1 201286771 . C T 563.37 PASS AF=0.432624;AO=61;DP=141;FAO=61;FDP=141;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.0262274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8587;QD=15.9822;RBI=0.0409345;REFB=-0.0365869;REVB=-0.0314286;RO=80;SAF=30;SAR=31;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170594;STB=0.509536;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0552922;OID=.;OPOS=201286771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:80:80:61:61:0.432624:31:30:38:42:31:30:38:42 chr1 201288955 . G A 386.45 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.098051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2251;QD=21.1755;RBI=0.138705;REFB=-0.0600859;REVB=0.0981078;RO=34;SAF=20;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475298;STB=0.531629;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.052912;OID=.;OPOS=201288955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:38:39:0.534247:18:20:16:18:18:21:16:18 chr1 201299263 . A G 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.2;QD=63.8865;RBI=0.031981;REFB=0;REVB=-0.00708107;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53361e-05;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:51:46:0:0:51:46:0:0 chr1 201331554 . T G 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0559912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.826;QD=19.4077;RBI=0.0791596;REFB=-0.00396758;REVB=-0.0559574;RO=28;SAF=7;SAR=23;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298162;STB=0.667425;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00148315;OID=.;OPOS=201331554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:23:7:15:13:23:7:15:13 chr1 201334382 . G A 298.8 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0296866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1592;QD=22.9847;RBI=0.0494077;REFB=-0.0100677;REVB=-0.0394947;RO=20;SAF=15;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123359;STB=0.571381;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0063282;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:20:22:29:30:0.576923:14:15:7:13:14:16:8:14 chr1 201341175 . CAGAAG C 234.16 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=97;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0159096;FXX=0.0504999;HRUN=1;LEN=5;MLLD=241.608;QD=9.9641;RBI=0.0600737;REFB=-0.0200066;REVB=0.0579287;RO=59;SAF=18;SAR=11;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787177;STB=0.518855;STBP=0.809;TYPE=del;VARB=0.0496076;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308511:29:97:29:94:65:18:11:42:23:99:59:18:11:37:22 chr1 201355522 . T C 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0375817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.886;QD=5.53979;RBI=0.0466353;REFB=-0.0112342;REVB=-0.0276128;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399885;STB=0.526248;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0373399;OID=.;OPOS=201355522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:2:6:21:8:2:6:21:8 chr1 201355653 . G T 129.54 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0304332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7763;QD=9.59563;RBI=0.0304394;REFB=-0.0259453;REVB=-0.000617835;RO=35;SAF=8;SAR=9;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178615;STB=0.620554;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0543306;OID=.;OPOS=201355653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:35:37:17:17:0.314815:9:8:22:13:9:8:24:13 chr1 201355761 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0271708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.431;QD=15.6509;RBI=0.027858;REFB=-0.0181977;REVB=-0.00614936;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238612;STB=0.637413;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0172728;OID=.;OPOS=201355761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:13:8:10:6:13:8 chr1 201355943 . C T 350.83 PASS AF=0.364407;AO=43;DP=118;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00312533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.936;QD=11.8927;RBI=0.018819;REFB=-0.0188525;REVB=-0.0185577;RO=75;SAF=34;SAR=9;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431404;STB=0.748396;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0248344;OID=.;OPOS=201355943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:75:75:43:43:0.364407:9:34:32:43:9:34:32:43 chr1 201383643 . A C 805.11 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00383338;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.556;QD=55.5245;RBI=0.0529724;REFB=0.0796278;REVB=0.0528335;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017147;STB=0.509088;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00035338;OID=.;OPOS=201383643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:30:27:1:0:30:27:1:0 chr1 201777568 . C G 208.13 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00224475;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=111.067;QD=13.428;RBI=0.0401732;REFB=-0.012913;REVB=0.0401105;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102778;STB=0.536394;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0135277;OID=.;OPOS=201777568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:37:25:25:0.403226:10:15:17:17:10:15:20:17 chr1 201860626 . A G 85.26 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.116953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.804;QD=11.3686;RBI=0.118629;REFB=-0.0124772;REVB=-0.0198668;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378512;STB=0.732166;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.029083;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:19:19:10:11:0.366667:6:4:2:17:6:5:2:17 chr1 201865763 . A G 303.11 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0378845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3378;QD=25.2588;RBI=0.0429309;REFB=-0.0362628;REVB=-0.0201946;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376673;STB=0.520818;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0542393;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:14:14:9:11:14:14:9:11 chr1 201869257 . G A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0119876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.543;QD=24.0657;RBI=0.0185396;REFB=-0.0428751;REVB=0.0141426;RO=9;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241852;STB=0.526284;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0272642;OID=.;OPOS=201869257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:9:10:16:16:0.615385:4:12:7:2:4:12:8:2 chr1 201938995 . C T 1621.42 PASS AF=1;AO=83;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.839;QD=64.8569;RBI=0.0761619;REFB=0;REVB=0.0346059;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182843;OID=.;OPOS=201938995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:83:100:1:48:35:0:0:48:52:0:0 chr1 201952574 . T C 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.018304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.885;QD=18.9419;RBI=0.019002;REFB=-0.000130394;REVB=-0.0051027;RO=38;SAF=23;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1375;STB=0.576654;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000153048;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:14:23:18:20:14:23:18:20 chr1 201969082 . G A 488.66 PASS AF=0.522222;AO=45;DP=88;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0560584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.159;QD=21.7183;RBI=0.0561303;REFB=-0.0295118;REVB=0.00283992;RO=43;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177099;STB=0.502391;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0236165;OID=.;OPOS=201969082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:43:43:45:47:0.522222:26:19:19:24:26:21:19:24 chr1 201970562 . T C 1794.67 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00500406;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.098;QD=59.3281;RBI=0.00684499;REFB=-0.14132;REVB=-0.00467046;RO=1;SAF=49;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673779;STB=0.507041;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-6.57113e-05;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:121:1:2:119:119:0.983471:70:49:0:1:70:49:0:2 chr1 201973565 . G A 377.08 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.00337384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.82;QD=13.9659;RBI=0.0118631;REFB=-0.0163376;REVB=-0.0113732;RO=64;SAF=16;SAR=28;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130981;STB=0.574137;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0254845;OID=.;OPOS=201973565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:64:44:44:0.407407:28:16:31:33:28:16:31:33 chr1 201981218 . C G 277.8 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0159467;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.541;QD=18.2164;RBI=0.0159602;REFB=0.00328515;REVB=-0.000654273;RO=33;SAF=8;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227618;STB=0.607964;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00323334;OID=.;OPOS=201981218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:33:31:30:30:0.491803:22:8:16:17:22:8:14:17 chr1 201981862 . T C 572.73 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0935887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.55;QD=60.2874;RBI=0.0952491;REFB=0;REVB=0.0177073;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02108e-05;OID=.;OPOS=201981862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:27:8:0:0:27:11:0:0 chr1 202092332 . C G 137.34 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.185829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0507;QD=39.2386;RBI=0.200619;REFB=0.0918648;REVB=-0.0756013;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555467;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0059568;OID=.;OPOS=202092332;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:0:1:12:13:0.928571:4:8:0:0:4:9:0:1 chr1 202092360 . G A 195.78 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266226;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.531;QD=48.9445;RBI=0.0359265;REFB=0;REVB=0.0358277;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153842;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr1 202092415 . A G 689.48 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.362;QD=62.6799;RBI=0.0391631;REFB=0;REVB=0.0382771;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56546e-05;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr1 202092580 . T C 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.461;QD=59.8547;RBI=0.0547735;REFB=0;REVB=0.0496722;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34877e-05;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr1 202104616 . T A 413.24 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00908643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6275;QD=18.9996;RBI=0.00973075;REFB=-0.0162431;REVB=-0.00348199;RO=44;SAF=23;SAR=19;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648449;STB=0.530463;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0277932;OID=.;OPOS=202104616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:19:23:21:23:19:23:22:23 chr1 202119546 . C G 241.63 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00227434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.998;QD=21.9663;RBI=0.0189568;REFB=0.00341283;REVB=-0.0188198;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116308;STB=0.565161;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00292428;OID=.;OPOS=202119546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:9:12:10:13:9:12 chr1 202129826 . T C 2433.51 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609619;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.647;QD=60.4599;RBI=0.0646952;REFB=0;REVB=0.021659;RO=0;SAF=78;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162119;OID=.;OPOS=202129826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:150:161:0:0:149:161:1:71:78:0:0:71:90:0:0 chr1 202155543 . A C 2663.5 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.67;QD=61.9419;RBI=0.0933009;REFB=0;REVB=0.0516772;RO=0;SAF=67;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90066e-05;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:154:172:0:0:154:172:1:87:67:0:0:90:82:0:0 chr1 202156628 . A C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000511566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.515;QD=58.061;RBI=0.0161121;REFB=0;REVB=0.016104;RO=0;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87358e-05;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:44:17:0:0:44:17:0:0 chr1 202163261 . G A 377.99 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0068982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8946;QD=18.8994;RBI=0.0182432;REFB=-0.0375167;REVB=0.0168887;RO=41;SAF=22;SAR=17;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115089;STB=0.56407;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.026327;OID=.;OPOS=202163261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:17:22:18:23:17:22:18:23 chr1 202200799 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.306;QD=51.9166;RBI=0.00098231;REFB=0;REVB=-0.00098231;RO=0;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26966e-06;OID=.;OPOS=202200799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:21:0:0:0:21:0:0:0 chr1 202276494 . C T 342.2 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0363236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.409;QD=12.0071;RBI=0.0421019;REFB=-0.0082289;REVB=0.0212877;RO=70;SAF=25;SAR=17;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136523;STB=0.57818;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0134813;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:72:42:42:0.368421:17:25:33:37:17:25:34:38 chr1 202287206 . T C 518.48 PASS AF=0.438017;AO=40;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00416616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.943;QD=17.1399;RBI=0.0179086;REFB=-0.0171952;REVB=-0.0174172;RO=62;SAF=28;SAR=12;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210603;STB=0.568939;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0169619;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:64:40:53:0.438017:12:28:32:30:20:33:32:32 chr1 202287537 . G A 348.79 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00745085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.94;QD=22.8714;RBI=0.0748492;REFB=-0.021457;REVB=0.0744775;RO=25;SAF=13;SAR=22;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116279;STB=0.573316;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0120732;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:26:35:35:0.57377:22:13:13:12:22:13:14:12 chr1 202287813 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00282345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.541;QD=15.8391;RBI=0.00874902;REFB=-0.0430758;REVB=0.00828091;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211985;STB=0.622369;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0431996;OID=.;OPOS=202287813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:1:6:5:3:1:6 chr1 202531741 . C T 2620.38 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.363;QD=62.0208;RBI=0.0450383;REFB=0;REVB=0.0450086;RO=0;SAF=85;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40066e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019873;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:169:0:0:158:169:1:73:85:0:0:84:85:0:0 chr1 202574784 . G A 377.97 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00729032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.416;QD=18.8983;RBI=0.030722;REFB=-0.00417218;REVB=0.0298445;RO=41;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117215;STB=0.565296;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00371974;OID=.;OPOS=202574784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:23:16:22:19:23:16:22:19 chr1 202697547 . C G 309.3 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00745837;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.881;QD=20.9697;RBI=0.0258138;REFB=-0.003098;REVB=-0.0247128;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309142;STB=0.517116;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00209997;OID=.;OPOS=202697547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:27:27:32:32:0.542373:19:13:10:17:19:13:10:17 chr1 202705455 . G C 1454.95 PASS AF=0.969697;AO=93;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0292529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4345;QD=58.7857;RBI=0.131381;REFB=-0.149085;REVB=0.128083;RO=6;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659804;STB=0.51685;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.007287;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:99:99:6:3:93:96:0.969697:40:53:0:6:43:53:0:3 chr1 202715284 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00957949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.264;QD=57.7119;RBI=0.0104217;REFB=0;REVB=0.00410425;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94126e-05;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr1 202718202 . G A 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0459749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5763;QD=18.9382;RBI=0.0700023;REFB=-0.0181464;REVB=-0.0527885;RO=28;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092915;STB=0.542345;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0166787;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:29:30:30:0.508475:15:15:11:17:15:15:12:17 chr1 202733238 . C T 651.11 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.448;QD=62.0101;RBI=0.0133921;REFB=0;REVB=0.00539539;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84013e-05;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr1 202794787 . T C 323.1 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=-0.0292748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.703;QD=12.7959;RBI=0.0392253;REFB=-0.00994543;REVB=-0.0261077;RO=63;SAF=28;SAR=10;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43541;STB=0.748073;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0512301;OID=.;OPOS=202794787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:63:38:38:0.376238:10:28:21:42:10:28:21:42 chr1 202795068 . C T 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0213072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.274;QD=16.1155;RBI=0.0213975;REFB=-0.00803168;REVB=-0.00196387;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313805;STB=0.517752;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0095025;OID=.;OPOS=202795068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:19:10:9:15:19:10 chr1 202795437 . T TAGC 135.17 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0223814;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.122;QD=15.9024;RBI=0.0226195;REFB=-0.00990145;REVB=-0.00327318;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669461;STB=0.518494;STBP=0.889;TYPE=ins;VARB=0.0137675;OID=.;OPOS=202795438;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:15:34:15:34:19:6:9:7:12:99:18:6:9:6:12 chr1 202795825 . C T 190.59 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0421415;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.817;QD=14.6608;RBI=0.043895;REFB=-0.0116351;REVB=-0.0122827;RO=29;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196388;STB=0.62488;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0105321;OID=.;OPOS=202795825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:30:22:22:0.423077:16:6:13:16:16:6:14:16 chr1 202795831 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00650611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.948;QD=14.6506;RBI=0.00942776;REFB=-0.0352617;REVB=-0.006823;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161409;STB=0.592509;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0441832;OID=.;OPOS=202795831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:16:7:14:17:16:7:14:17 chr1 202894301 . G A 294.51 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0193407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.122;QD=15.1033;RBI=0.0274479;REFB=-0.0100894;REVB=-0.0194763;RO=45;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333569;STB=0.518857;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0164251;OID=.;OPOS=202894301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:18:15:19:26:18:15:19:26 chr1 202910109 . GAAAAAAAAAAAATT GAAAAAAAAAAAATA,GAAAAAAAAAAATAA,GAAAAAAAAAAATT 99.59 PASS AF=0.0545455,0.109091,0.836364;AO=2,4,12;DP=55;FAO=3,6,46;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=3,6,14;FSAR=0,0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044997,-0.0586997,-0.308039;FXX=0;HRUN=2,12,12;LEN=1,3,1;MLLD=26.1978,36.8246,2.5895;QD=7.24314;RBI=0.0471508,0.12178,0.813747;REFB=-0.0294843,0.0639198,0.18328;REVB=-0.0140879,0.106699,0.753191;RO=14;SAF=2,4,6;SAR=0,0,6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.731324,0.792716,0.337747;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,del;VARB=0.0439551,0.046747,0.0371275;OID=.,.,.;OPOS=202910123,202910121,202910110;OREF=T,ATT,A;OALT=A,TAA,-;OMAPALT=GAAAAAAAAAAAATA,GAAAAAAAAAAATAA,GAAAAAAAAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0545455,0.109091,0.836364:2,4,12:55:3,6,46:55:0:3,6,14:0,0,32:0:0:21:14:2,4,6:0,0,6:2:12 chr1 202935911 . T C 327.91 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0605048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.883;QD=20.4943;RBI=0.0605212;REFB=-0.00558011;REVB=0.00141093;RO=30;SAF=17;SAR=17;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169628;STB=0.593697;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00773758;OID=.;OPOS=202935911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:17:17:9:21:17:17:9:21 chr1 203003641 . C T 471.48 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=40;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00696173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.366;QD=23.5741;RBI=0.0229401;REFB=-0.0134506;REVB=-0.0218583;RO=33;SAF=40;SAR=5;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207598;STB=0.64857;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0117343;OID=.;OPOS=203003641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:35:45:45:0.5625:5:40:25:8:5:40:25:10 chr1 203003870 . G A 449.11 PASS AF=0.868421;AO=30;DP=37;FAO=33;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0405781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.9163;QD=47.2746;RBI=0.104949;REFB=-0.128882;REVB=0.0967872;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.505297;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0277345;OID=.;OPOS=203003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:38:0:3:30:33:0.868421:17:13:0:0:20:13:1:2 chr1 203008174 . G C 749.6 PASS AF=1;AO=42;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.818;QD=63.796;RBI=0.0367585;REFB=0;REVB=0.0342858;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168736;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:42:47:1:15:27:0:0:20:27:0:0 chr1 203008286 . C G 358.39 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0515818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.96;QD=17.0662;RBI=0.0578124;REFB=-0.0159267;REVB=-0.0261074;RO=45;SAF=20;SAR=18;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501168;STB=0.521399;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0185224;OID=.;OPOS=203008286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:46:38:38:0.452381:18:20:26:19:18:20:26:20 chr1 203040816 . G C 590.07 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00234671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.497;QD=18.585;RBI=0.00265721;REFB=-0.02185;REVB=-0.00124649;RO=65;SAF=31;SAR=30;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434606;STB=0.519993;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0226323;OID=.;OPOS=203040816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:66:61:61:0.480315:30:31:30:35:30:31:31:35 chr1 203053768 . T C 1860.91 PASS AF=0.99187;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0034449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.613;QD=60.5175;RBI=0.0342184;REFB=0.0068349;REVB=0.0340445;RO=0;SAF=80;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=2.06362e-05;OID=.;OPOS=203053768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:0:1:120:122:0.99187:40:80:0:0:42:80:1:0 chr1 203054852 . C T 656.89 PASS AF=0.630435;AO=57;DP=92;FAO=58;FDP=92;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.10969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6573;QD=28.5603;RBI=0.129887;REFB=-0.0214031;REVB=0.0695611;RO=33;SAF=19;SAR=38;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172257;STB=0.593717;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0133709;OID=.;OPOS=203054852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:33:34:57:58:0.630435:38:19:19:14:38:20:20:14 chr1 203135840 . CT C 402.71 PASS AF=0.48855;AO=61;DP=132;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=0.0659031;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.6832;QD=12.2965;RBI=0.0857552;REFB=0.0164206;REVB=0.0548702;RO=63;SAF=25;SAR=36;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260705;STB=0.647784;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=-0.0107655;OID=.;OPOS=203135841;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48855:61:132:64:131:67:26:38:47:20:99:63:25:36:44:19 chr1 203140671 . G A 577.64 PASS AF=0.569892;AO=51;DP=92;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00137271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.032;QD=24.8447;RBI=0.034077;REFB=-0.00916516;REVB=0.0340493;RO=36;SAF=31;SAR=20;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08383;STB=0.567163;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00371818;OID=.;OPOS=203140671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:36:40:51:53:0.569892:20:31:18:18:21:32:18:22 chr1 203144833 . G A 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0273507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.549;QD=19.9274;RBI=0.0390448;REFB=-0.0374928;REVB=0.0278645;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652227;STB=0.537129;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0339977;OID=.;OPOS=203144833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:6:3:5:7:6:3 chr1 203148633 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146;QD=59.4336;RBI=0.0153595;REFB=0;REVB=-0.0108257;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.456e-07;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr1 203155703 . A T 143.98 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0248491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1705;QD=15.1562;RBI=0.0356102;REFB=0.0127539;REVB=-0.025507;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629161;STB=0.536378;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0262314;OID=.;OPOS=203155703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:11:11:7:9:11:11 chr1 203309880 . G A 572.29 PASS AF=0.53211;AO=52;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0127147;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.451;QD=21.0014;RBI=0.0286257;REFB=-0.0301793;REVB=0.0256469;RO=35;SAF=28;SAR=24;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032601;STB=0.517324;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0248585;OID=.;OPOS=203309880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:35:51:52:58:0.53211:24:28:19:16:26:32:30:21 chr1 203309966 . G C 1489.21 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0980973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6005;QD=63.3708;RBI=0.101438;REFB=0;REVB=-0.0258181;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219438;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:46:47:0:0:47:47:0:0 chr1 203317162 . C T 196.61 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.885;QD=46.2607;RBI=0.106583;REFB=0;REVB=0.105588;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115228;OID=.;OPOS=203317162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:17:0:0:14:17:1:2:12:0:0:3:14:0:0 chr1 203652444 . A G 885.19 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5036;QD=58.0455;RBI=0.0659966;REFB=0;REVB=-0.0640958;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000485863;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:42:19:0:0:42:19:0:0 chr1 203667409 . T C 1371.89 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00484782;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3314;QD=60.3027;RBI=0.00623457;REFB=-0.120228;REVB=-0.00392027;RO=2;SAF=41;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00164759;STB=0.500869;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00333999;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:91:2:2:89:89:0.978022:48:41:1:1:48:41:1:1 chr1 203681085 . T C 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0347814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.583;QD=14.0472;RBI=0.0587852;REFB=-0.00472594;REVB=-0.0473915;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292509;STB=0.668031;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00817304;OID=.;OPOS=203681085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:21:8:10:8:21:8 chr1 203712996 . T C 430.63 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0533983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5848;QD=20.0295;RBI=0.059166;REFB=-0.00818647;REVB=0.0254802;RO=43;SAF=22;SAR=21;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209562;STB=0.511622;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00840209;OID=.;OPOS=203712996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:21:22:21:22:21:22:21:22 chr1 203713133 . G A 287.21 PASS AF=0.566038;AO=27;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0242264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.065;QD=21.6762;RBI=0.0436531;REFB=-0.0235957;REVB=-0.0363136;RO=23;SAF=20;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207717;STB=0.605722;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0180876;OID=.;OPOS=203713133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:23:27:30:0.566038:7:20:12:11:8:22:12:11 chr1 203768328 . T C 1320.68 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0147;QD=62.1495;RBI=0.0301574;REFB=0;REVB=-0.0239946;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43027e-05;OID=.;OPOS=203768328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr1 203769532 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.66;QD=62.6706;RBI=0.0482087;REFB=0;REVB=0.0458899;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130489;OID=.;OPOS=203769532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr1 203787700 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.078;QD=59.1429;RBI=0.00283456;REFB=0;REVB=-0.00105663;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41115e-06;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr1 204095920 . G T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00502922;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.238;QD=14.6579;RBI=0.00634295;REFB=-0.0184239;REVB=0.00386523;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864194;STB=0.549927;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0218059;OID=.;OPOS=204095920;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:4:13:9:4:4:13 chr1 204110334 . A G 715.46 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.115963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3811;QD=60.89;RBI=0.140638;REFB=-0.0145726;REVB=0.0795712;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177343;STB=0.50943;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00373394;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:26:19:0:1:26:20:0:1 chr1 204159787 . G C 40.23 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00484427;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.948;QD=13.4098;RBI=0.0148024;REFB=-0.0115913;REVB=0.0139873;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202122;STB=0.624529;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00940342;OID=.;OPOS=204159787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:4:2:1:5:4:2 chr1 204190412 . C G 116.08 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0737542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.994;QD=11.3248;RBI=0.0791924;REFB=-0.00241959;REVB=-0.0288403;RO=26;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418181;STB=0.741208;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00752921;OID=.;OPOS=204190412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:27:14:14:0.341463:3:11:11:15:3:11:12:15 chr1 204198209 . A G 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0217266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.247;QD=19.2766;RBI=0.0402601;REFB=-0.0230039;REVB=-0.0338944;RO=33;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402297;STB=0.522375;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0207538;OID=.;OPOS=204198209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:17:17:18:15:17:17:18:15 chr1 204199614 . C T 215.25 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0794266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5573;QD=13.0456;RBI=0.0795094;REFB=-0.0265635;REVB=0.00362798;RO=40;SAF=17;SAR=9;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448423;STB=0.502569;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0426414;OID=.;OPOS=204199614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:9:17:26:14:9:17:26:14 chr1 204230581 . G A 273.88 PASS AF=0.358696;AO=32;DP=91;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0216322;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.869;QD=11.9078;RBI=0.0243401;REFB=-0.013044;REVB=-0.0111574;RO=59;SAF=17;SAR=15;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656561;STB=0.512915;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0183877;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:59:59:32:33:0.358696:15:17:31:28:15:18:31:28 chr1 204237416 . C T 680.98 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00909903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.648;QD=21.2807;RBI=0.0130301;REFB=-0.0381002;REVB=0.00932695;RO=59;SAF=27;SAR=40;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134546;STB=0.566552;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0246997;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:59:61:67:67:0.523438:40:27:33:26:40:27:33:28 chr1 204379617 . T C 1625.91 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00195475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.077;QD=59.1242;RBI=0.00299942;REFB=-0.132069;REVB=0.00227497;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000140251;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:109:109:0.990909:59:50:0:0:59:50:0:1 chr1 204438334 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.328;QD=62.671;RBI=0.0299935;REFB=0;REVB=-0.00684537;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75711e-05;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr1 204438643 . G T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.164;QD=58.139;RBI=0.0330312;REFB=0;REVB=0.00815147;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169183;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr1 204475645 . C T 239.14 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00536156;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.868;QD=16.2129;RBI=0.00971624;REFB=-0.00523153;REVB=0.00810303;RO=34;SAF=7;SAR=20;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144294;STB=0.594279;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00414043;OID=.;OPOS=204475645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:34:32:27:27:0.457627:20:7:13:21:20:7:13:19 chr1 204531567 . C T 351.08 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00221468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7207;QD=34.2517;RBI=0.0638249;REFB=-0.021452;REVB=0.0637865;RO=11;SAF=15;SAR=14;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142621;STB=0.51938;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.010217;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:11:12:29:29:0.707317:14:15:6:5:14:15:7:5 chr1 204531623 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0069329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.352;QD=14.0983;RBI=0.0208448;REFB=-0.000874345;REVB=0.0196581;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148003;STB=0.586817;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00208553;OID=.;OPOS=204531623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:8:10:9:4:8:10 chr1 204587240 . G A 500.75 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.000372581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.809;QD=21.7715;RBI=0.0120598;REFB=-0.00579191;REVB=-0.012054;RO=44;SAF=22;SAR=26;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192047;STB=0.605692;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00632835;OID=.;OPOS=204587240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:26:22:30:14:26:22:30:14 chr1 204590044 . G A 2085.64 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.432;QD=61.7966;RBI=0.034085;REFB=0;REVB=0.03407;RO=1;SAF=71;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23514e-05;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:1:0:133:135:1:62:71:0:1:64:71:0:0 chr1 204591237 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.982;QD=63.2867;RBI=0.0194383;REFB=0;REVB=0.0133407;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4379e-05;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr1 204943947 . C A 416.11 PASS AF=0.546667;AO=40;DP=74;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.0199629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.868;QD=22.1927;RBI=0.0401867;REFB=-0.0322647;REVB=-0.0348777;RO=34;SAF=16;SAR=24;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175975;STB=0.591288;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0220703;OID=.;OPOS=204943947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:34:34:40:41:0.546667:24:16:7:27:25:16:7:27 chr1 204966690 . G A 1246.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.759;QD=61.5309;RBI=0.0356339;REFB=0;REVB=0.0352098;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124398;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr1 204970302 . T C 430.19 PASS AF=0.431579;AO=31;DP=96;FAO=41;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0436677;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.624;QD=18.1132;RBI=0.044603;REFB=-0.011766;REVB=-0.009086;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19037;STB=0.596309;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0149818;OID=.;OPOS=204970302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:35:47:31:41:0.431579:15:16:11:24:17:24:19:28 chr1 204978533 . A G 111.02 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=44;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00492704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.842;QD=9.86847;RBI=0.0260344;REFB=-0.0105297;REVB=-0.0255639;RO=31;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906472;STB=0.50387;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0188075;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:31:13:14:0.311111:10:3:9:22:10:4:9:22 chr1 204991770 . C T 565.28 PASS AF=0.461538;AO=58;DP=128;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0221303;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9097;QD=17.3932;RBI=0.0510557;REFB=-0.0164833;REVB=-0.0460102;RO=70;SAF=34;SAR=24;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716954;STB=0.547154;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0198218;OID=.;OPOS=204991770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:70:70:58:60:0.461538:24:34:36:34:24:36:36:34 chr1 205027737 . G A 928.66 PASS AF=0.457014;AO=86;DP=207;FAO=101;FDP=221;FR=.;FRO=120;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=80;FWDB=0.023058;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.537;QD=16.8083;RBI=0.0268728;REFB=-0.0193273;REVB=0.0138013;RO=120;SAF=47;SAR=39;SRF=40;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219791;STB=0.613253;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0270811;OID=.;OPOS=205027737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:221:120:120:86:101:0.457014:39:47:40:80:46:55:40:80 chr1 205031116 . C T 3096.63 PASS AF=0.990244;AO=203;DP=205;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=129;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0425114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.039;QD=60.4221;RBI=0.0494552;REFB=0.0151815;REVB=0.0252705;RO=1;SAF=129;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367837;STB=0.501425;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-6.10166e-06;OID=.;OPOS=205031116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:205:205:1:2:203:203:0.990244:74:129:1:0:74:129:1:1 chr1 205041158 . C T 967.19 PASS AF=0.451327;AO=102;DP=226;FAO=102;FDP=226;FR=.;FRO=124;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=71;FWDB=0.00212163;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.408;QD=17.1185;RBI=0.00508758;REFB=-0.0339246;REVB=0.00462409;RO=122;SAF=55;SAR=47;SRF=51;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118734;STB=0.561116;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0346968;OID=.;OPOS=205041158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:122:124:102:102:0.451327:47:55:51:71:47:55:53:71 chr1 205052939 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.444;QD=57.2022;RBI=0.0299926;REFB=0;REVB=-0.0290976;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104233;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr1 205053219 . C T 1102.34 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00913239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.803;QD=58.7916;RBI=0.0096894;REFB=0.0724031;REVB=0.00323788;RO=1;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111316;STB=0.505881;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=2.88017e-05;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:42:32:0:1:42:32:0:1 chr1 205056844 . T A,TTA 278.25 PASS AF=0,0.766667;AO=2,17;DP=37;FAO=0,23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=0,14;FSAR=0,9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0299107,-0.00921338;FXX=0.117612;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=201.283,235.215;QD=37.1001;RBI=0.0421323,0.0202201;REFB=0.02935,0.021786;REVB=0.0296729,0.0179991;RO=13;SAF=1,10;SAR=1,7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.118967,-0.0216718;STB=0.5,0.576403;STBP=1,0.147;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.007967;OID=.,.;OPOS=205056844,205056845;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:37:30:13:7:2,17:0,23:0,0.766667:1,7:1,10:8:5:0,9:0,14:2:5 chr1 205056847 . T TATA 34.21 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0161933;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=3;MLLD=275.012;QD=3.6011;RBI=0.0180263;REFB=-0.00464192;REVB=-0.00791986;RO=32;SAF=1;SAR=5;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569198;STB=0.883542;STBP=0.111;TYPE=ins;VARB=0.0138375;OID=.;OPOS=205056848;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:6:39:6:38:32:1:5:22:10:34:32:1:5:22:10 chr1 205113595 . AG CA 137.41 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0107723;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=203.097;QD=11.217;RBI=0.0126773;REFB=-0.0159512;REVB=-0.0066837;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515226;STB=0.530574;STBP=0.775;TYPE=mnp;VARB=0.0324296;OID=.;OPOS=205113595;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:8:8:18:15:8:8:18:15 chr1 205129319 . G A 220.25 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.011489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7035;QD=18.3544;RBI=0.0414229;REFB=-0.00547645;REVB=0.0397977;RO=25;SAF=18;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230508;STB=0.625541;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00333655;OID=.;OPOS=205129319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:4:18:16:9:4:18:17:9 chr1 205130413 . A G 1204.03 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.07;QD=60.9635;RBI=0.0433349;REFB=0;REVB=-0.0335617;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2294e-05;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:42:36:0:0:43:36:0:0 chr1 205275421 . A G 1048.57 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113897;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.488;QD=59.9181;RBI=0.01139;REFB=0;REVB=8.21994e-05;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257174;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:33:37:0:0 chr1 205306590 . G A 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.00687592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.297;QD=23.041;RBI=0.00751537;REFB=-0.0287894;REVB=-0.00303356;RO=40;SAF=17;SAR=31;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265881;STB=0.514608;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0220287;OID=.;OPOS=205306590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:31:17:13:27:31:17:13:27 chr1 205353468 . G A 146.68 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0054621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.157;QD=10.4768;RBI=0.0312623;REFB=-0.00707132;REVB=-0.0307814;RO=35;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296661;STB=0.677223;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0122709;OID=.;OPOS=205353468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:37:19:19:0.339286:5:14:17:18:5:14:18:19 chr1 205353492 . A C 130.26 PASS AF=0.326923;AO=15;DP=51;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0198526;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.279;QD=10.0196;RBI=0.0198529;REFB=-0.0115523;REVB=-0.000110027;RO=35;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302572;STB=0.655392;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0306959;OID=.;OPOS=205353492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:35:35:15:17:0.326923:4:11:17:18:5:12:17:18 chr1 205492756 . A G 871.23 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00310983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.264;QD=56.2083;RBI=0.0130608;REFB=-0.0949598;REVB=0.0126852;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149779;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000706697;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:59:61:0.983871:31:28:0:1:31:30:0:1 chr1 205501843 . A G 642.6 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=6;FSRR=40;FWDB=-0.0198776;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8731;QD=23.7999;RBI=0.0381655;REFB=-0.0266374;REVB=-0.0325805;RO=45;SAF=18;SAR=44;SRF=6;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158618;STB=0.588759;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0196586;OID=.;OPOS=205501843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:45:46:62:62:0.574074:44:18:6:39:44:18:6:40 chr1 205564196 . T A 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.010375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.463;QD=32.3683;RBI=0.0129092;REFB=-0.00773301;REVB=-0.00768153;RO=3;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133306;STB=0.574349;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00221089;OID=.;OPOS=205564196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:9:4:2:1:9:4:2:1 chr1 205588637 . C T 50.68 PASS AF=0.32;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0418608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1568;QD=8.10904;RBI=0.0521432;REFB=-0.00843216;REVB=-0.0310901;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316679;STB=0.654846;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00632014;OID=.;OPOS=205588637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:24:25:17:17:7:8:0.32:4:3:3:14:5:3:3:14 chr1 205589574 . C T 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0159783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4686;QD=20.8713;RBI=0.0161331;REFB=-0.018111;REVB=-0.00222999;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253785;STB=0.514272;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.016969;OID=.;OPOS=205589574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:12:9:8:12:12:9:8:12 chr1 205626995 . C G 262.3 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0488921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6229;QD=25.5898;RBI=0.0713184;REFB=0.000194538;REVB=0.0519218;RO=17;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14022;STB=0.577714;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00110692;OID=.;OPOS=205626995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:11:13:6:11:11:13:6:11 chr1 205627101 . AC A 215.49 PASS AF=0.763889;AO=43;DP=72;FAO=55;FDP=72;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.253834;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.93059;QD=11.9715;RBI=0.254264;REFB=0.0925197;REVB=0.0147924;RO=21;SAF=23;SAR=20;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928095;STB=0.545438;STBP=0.166;TYPE=del;VARB=0.0272948;OID=.;OPOS=205627102;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.763889:43:72:55:72:17:30:25:6:11:26:21:23:20:8:13 chr1 205738166 . T C 786.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.135;QD=64.1998;RBI=0.0666201;REFB=0;REVB=0.0160778;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126616;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:25:24:0:0 chr1 205779231 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000816525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.821;QD=58.7817;RBI=0.0128208;REFB=0;REVB=0.0127948;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7523e-05;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr1 205810947 . C T 696.97 PASS AF=0.594595;AO=66;DP=111;FAO=66;FDP=111;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0625192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8249;QD=25.1162;RBI=0.0804599;REFB=0.00818089;REVB=-0.0506472;RO=45;SAF=22;SAR=44;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898714;STB=0.549004;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00689849;OID=.;OPOS=205810947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:45:45:66:66:0.594595:44:22:20:25:44:22:20:25 chr1 205814497 . T C 1437.97 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266077;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.939;QD=63.2075;RBI=0.0153618;REFB=0;REVB=0.0151296;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13887e-05;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr1 205817018 . T C 519.78 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0758;QD=59.4036;RBI=0.0656651;REFB=0;REVB=-0.0568096;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194609;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr1 205819039 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.707;QD=57.3857;RBI=0.022875;REFB=0;REVB=0.0217246;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58548e-05;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr1 205819104 . G A 1097.07 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705772;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.334;QD=60.1132;RBI=0.0241611;REFB=0;REVB=0.0231073;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63113e-05;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr1 205890800 . CTG CAT,CT,GCT 36.43 PASS AF=0,0.254902,0;AO=2,16,2;DP=51;FAO=0,13,0;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=0,11,0;FSAR=0,2,0;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.108608,-0.104192,-0.135397;FXX=0;HRUN=1,3,1;LEN=2,1,3;MLLD=93.9509,14.8496,49.9225;QD=2.85696;RBI=0.15527,0.225199,0.177912;REFB=-0.032982,-0.148575,-0.0496181;REVB=-0.110964,-0.199646,-0.115414;RO=29;SAF=2,12,0;SAR=0,4,2;SRF=8;SRR=21;SSEN=0,0.291999,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.586032,0.496493,-0.380995;STB=0.5,0.878266,0.5;STBP=1,0.006,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.110805,0.0964263,0;OID=.,.,.;OPOS=205890801,205890802,205890800;OREF=TG,G,CTG;OALT=AT,-,GCT;OMAPALT=CAT,CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:51:51:29:38:2,16,2:0,13,0:0,0.254902,0:0,4,2:2,12,0:8:21:0,2,0:0,11,0:11:27 chr1 205890817 . C CG,G 47.09 PASS AF=0.150943,0.0377358;AO=13,2;DP=54;FAO=8,2;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=2,2;FSAR=6,0;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.243687,-0.063252;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=36.4597,50.5108;QD=3.55396;RBI=0.244107,0.0678678;REFB=-0.00136422,-0.00134869;REVB=-0.0143079,-0.0246014;RO=39;SAF=5,2;SAR=8,0;SRF=11;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.137546,0.542935;STB=0.55541,0.996683;STBP=0.742,0.035;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00958301,0.0092437;OID=.,.;OPOS=205890818,205890817;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:54:53:39:43:13,2:8,2:0.150943,0.0377358:8,0:5,2:11:28:6,0:2,2:13:30 chr1 205897047 . C T 552.34 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.0020824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.759;QD=17.3965;RBI=0.00993386;REFB=0.00617702;REVB=0.00971314;RO=68;SAF=19;SAR=40;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492484;STB=0.52741;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00745796;OID=.;OPOS=205897047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:68:59:59:0.464567:40:19:25:43:40:19:25:43 chr1 206516261 . C T 500.95 PASS AF=0.394366;AO=56;DP=142;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=0.014245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9797;QD=14.1113;RBI=0.0237374;REFB=-0.0345238;REVB=0.018988;RO=84;SAF=24;SAR=32;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11417;STB=0.564493;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0180629;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:84:86:56:56:0.394366:32:24:45:39:32:24:46:40 chr1 206566195 . C T 124.17 PASS AF=0.19469;AO=22;DP=113;FAO=22;FDP=113;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.0167922;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0859;QD=4.39526;RBI=0.0207383;REFB=-0.00168774;REVB=-0.0121696;RO=90;SAF=5;SAR=17;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290712;STB=0.684174;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0177768;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:90:91:22:22:0.19469:17:5:39:51:17:5:39:52 chr1 206566904 . T C 835.17 PASS AF=0.497076;AO=84;DP=169;FAO=85;FDP=171;FR=.;FRO=86;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=-0.0182921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.141;QD=19.5361;RBI=0.0216842;REFB=-0.0274208;REVB=0.011645;RO=82;SAF=46;SAR=38;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162235;STB=0.595833;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0250338;OID=.;OPOS=206566904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:82:86:84:85:0.497076:38:46:30:52:39:46:30:56 chr1 206626607 . G A 641.3 PASS AF=0.587629;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0111321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6705;QD=26.4455;RBI=0.0173552;REFB=-0.0123775;REVB=0.0133146;RO=38;SAF=29;SAR=28;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00643935;STB=0.513919;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0141191;OID=.;OPOS=206626607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:38:40:57:57:0.587629:28:29:19:19:28:29:19:21 chr1 206635570 . C T 2129.47 PASS AF=0.985612;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0133932;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.361;QD=61.2799;RBI=0.0163318;REFB=-0.119075;REVB=-0.00934608;RO=0;SAF=60;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508196;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00017499;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:139:0:2:137:137:0.985612:77:60:0:0:77:60:2:0 chr1 206637395 . C T 210.3 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0041854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.659;QD=15.5779;RBI=0.0188151;REFB=-0.00880879;REVB=0.0183437;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578566;STB=0.532785;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00800122;OID=.;OPOS=206637395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:12:18:13:11:12:18 chr1 206647742 . A G 1358.28 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6508;QD=62.4499;RBI=0.0768673;REFB=0;REVB=-0.0607366;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000834235;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:54:33:0:0:54:33:0:0 chr1 206647787 . T C 1572.71 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174699;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.177;QD=64.1923;RBI=0.0341318;REFB=0;REVB=0.034087;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96612e-05;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr1 206665896 . C G 801.86 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0313976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.897;QD=52.5809;RBI=0.0448866;REFB=-0.180779;REVB=0.0320779;RO=2;SAF=26;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349076;STB=0.527263;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00147692;OID=.;OPOS=206665896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:61:61:2:3:58:58:0.95082:32:26:2:0:32:26:3:0 chr1 206773659 . A G 1597.82 PASS AF=1;AO=53;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454061;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.61;QD=59.7316;RBI=0.127495;REFB=0;REVB=0.119135;RO=0;SAF=11;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025378;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:53:107:1:42:11:0:0:64:43:0:0 chr1 207015957 . T C 525.37 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0208223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2033;QD=17.5122;RBI=0.025594;REFB=0.00191954;REVB=0.0148824;RO=63;SAF=19;SAR=37;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107197;STB=0.564862;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00182117;OID=.;OPOS=207015957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:64:56:56:0.466667:37:19:28:35:37:19:29:35 chr1 207134036 . C T 341.81 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0315309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.435;QD=18.4762;RBI=0.0327286;REFB=-0.0104723;REVB=0.00877301;RO=37;SAF=24;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974614;STB=0.548992;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00704848;OID=.;OPOS=207134036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:12:24:21:16:12:24:22:16 chr1 207195779 . A G 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1751;QD=46.8406;RBI=0.159602;REFB=0;REVB=0.0966799;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012605;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr1 207263829 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.6;QD=57.3859;RBI=0.0255968;REFB=0;REVB=-0.00185745;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12477e-05;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:39:18:0:0:39:18:0:0 chr1 207297680 . T C 382.67 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.018;QD=52.7824;RBI=0.0171448;REFB=-0.0842585;REVB=-0.0109398;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489106;STB=0.526297;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000450246;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:19:9:1:0:19:9:1:0 chr1 207653395 . C A 1095.31 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.199;QD=60.0167;RBI=0.0173669;REFB=0;REVB=0.0156776;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08799e-05;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:43:29:0:0:44:29:0:0 chr1 207679307 . A G 4450.42 PASS AF=0.979452;AO=286;DP=292;FAO=286;FDP=292;FR=.;FRO=6;FSAF=130;FSAR=156;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0242568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.445;QD=60.9647;RBI=0.0270571;REFB=-0.0497483;REVB=0.0119873;RO=5;SAF=130;SAR=156;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0084143;STB=0.505971;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.000491624;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:292:292:5:6:286:286:0.979452:156:130:1:4:156:130:1:5 chr1 207753621 . A G 1182.82 PASS AF=0.987342;AO=80;DP=81;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292928;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.074;QD=59.8898;RBI=0.0477778;REFB=-0.0905716;REVB=0.0377446;RO=1;SAF=25;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185589;STB=0.510636;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000321057;OID=.;OPOS=207753621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:79:1:1:80:78:0.987342:55:25:1:0:55:23:1:0 chr1 207782916 . A T 1876.17 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146444;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.295;QD=61.5138;RBI=0.036686;REFB=0;REVB=0.0336363;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184991;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:122:0:0:114:122:1:60:54:0:0:67:55:0:0 chr1 207782931 . A G 1822.75 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0936039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3864;QD=61.2689;RBI=0.102431;REFB=0;REVB=0.0415982;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494885;OID=.;OPOS=207782931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:64:54:0:0:64:55:0:0 chr1 207790088 . C G 2792.15 PASS AF=0.989011;AO=179;DP=181;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0583941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.338;QD=61.3658;RBI=0.0584052;REFB=-0.0528159;REVB=0.0011432;RO=1;SAF=69;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684931;STB=0.507041;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00019675;OID=.;OPOS=207790088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:181:182:1:2:179:180:0.989011:110:69:1:0:110:70:2:0 chr1 207795320 . A G 2437.95 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5501;QD=61.332;RBI=0.0364639;REFB=0;REVB=0.0300284;RO=0;SAF=68;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013251;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:159:0:0:157:159:1:89:68:0:0:91:68:0:0 chr1 207851611 . A G 903.03 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.898;QD=58.2597;RBI=0.0416533;REFB=0;REVB=0.0233325;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79291e-05;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:30:31:0:0:30:32:0:0 chr1 207881557 . A G 2389.69 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.439;QD=64.1527;RBI=0.0241369;REFB=0;REVB=0.0213841;RO=0;SAF=66;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71393e-05;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:83:66:0:0:83:66:0:0 chr1 207884105 . C A 1598.81 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6672;QD=63.9524;RBI=0.0583915;REFB=0;REVB=0.0106424;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239089;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:55:44:0:0:55:45:0:0 chr1 207884107 . G A 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.008;QD=64.1535;RBI=0.0162628;REFB=0;REVB=0.00942155;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44012e-05;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr1 207885881 . C T 1592.22 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294975;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.826;QD=60.0837;RBI=0.0382105;REFB=0;REVB=-0.0380965;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21795e-05;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:50:56:0:0:50:56:0:0 chr1 207886150 . C T 2671.98 PASS AF=0.983051;AO=174;DP=178;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=104;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0205671;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.548;QD=60.3837;RBI=0.0209343;REFB=-0.0517678;REVB=-0.00390334;RO=0;SAF=70;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510488;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000862011;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:178:177:0:3:174:174:0.983051:104:70:0:0:104:70:3:0 chr1 207888739 . G T 2330.64 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000191699;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.016;QD=63.853;RBI=0.00831443;REFB=0;REVB=-0.00831222;RO=0;SAF=68;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490326;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:145:146:1:77:68:0:0:78:68:0:0 chr1 207941191 . G T 1046.98 PASS AF=1;AO=50;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.261;QD=58.9849;RBI=0.0628148;REFB=0;REVB=0.0559666;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312806;OID=.;OPOS=207941191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:50:71:1:32:18:0:0:49:22:0:0 chr1 208390086 . G C 322.89 PASS AF=0.395604;AO=22;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.877;QD=14.1928;RBI=0.0168769;REFB=-0.00686516;REVB=0.00398345;RO=53;SAF=9;SAR=13;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16344;STB=0.552041;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0118664;OID=.;OPOS=208390086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:55:22:36:0.395604:13:9:29:24:14:22:29:26 chr1 208390155 . C T 258.59 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0113476;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.59;QD=16.1617;RBI=0.0116474;REFB=-0.0038495;REVB=0.00262552;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153793;STB=0.573412;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00582317;OID=.;OPOS=208390155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:35:29:29:0.453125:18:11:8:26:18:11:9:26 chr1 208390162 . T C 295.48 PASS AF=0.428571;AO=31;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0167169;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.813;QD=15.3496;RBI=0.0201093;REFB=-0.0274978;REVB=0.0111773;RO=44;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598717;STB=0.509026;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0399336;OID=.;OPOS=208390162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:44:44:31:33:0.428571:20:11:18:26:20:13:18:26 chr1 208391174 . CTGG CTG,CTGT,GCTG 32.94 PASS AF=0.128571,0.0571429,0;AO=13,4,4;DP=71;FAO=9,4,0;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=6,4,0;FSAR=3,0,0;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0341945,0.00285056,0.0143192;FXX=0.0140825;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,3;MLLD=6.89432,260.713,22.7304;QD=1.88218;RBI=0.193826,0.00399962,0.0935961;REFB=-0.179911,-0.0262908,-0.0916718;REVB=0.190786,0.00280557,0.0924943;RO=42;SAF=9,4,4;SAR=4,0,0;SRF=23;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.18662,0.541427,0.541427;STB=0.580461,0.996982,0.5;STBP=0.686,0.053,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.189143,0.0513264,0;OID=.,.,.;OPOS=208391176,208391177,208391174;OREF=G,G,CTG;OALT=-,T,GCT;OMAPALT=CTG,CTGT,GCTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:71:70:42:57:13,4,4:9,4,0:0.128571,0.0571429,0:4,0,0:9,4,4:23:19:3,0,0:6,4,0:33:24 chr1 208391254 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00900949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.141;QD=7.4651;RBI=0.031134;REFB=-0.0116283;REVB=0.0298019;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447664;STB=0.777058;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.020031;OID=.;OPOS=208391254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:12:5:5:2:12:5 chr1 209605636 . TAGCAGCAGCAGC T 52.78 PASS AF=0.461538;AO=4;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0174235;FXX=0.349825;HRUN=1;LEN=12;MLLD=255.7;QD=16.2401;RBI=0.0299985;REFB=-0.0224469;REVB=-0.0244199;RO=1;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119989;STB=0.809724;STBP=0.064;TYPE=del;VARB=0.0122957;OID=.;OPOS=209605637;OREF=AGCAGCAGCAGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:4:12:6:13:7:1:5:5:2:50:1:1:3:0:1 chr1 209782343 . A G 1693.73 PASS AF=1;AO=93;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.201;QD=60.4903;RBI=0.0366101;REFB=0;REVB=-0.00702741;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09717e-05;OID=.;OPOS=209782343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:93:112:1:50:43:0:0:60:52:0:0 chr1 209788703 . T C 283.47 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0122504;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.842;QD=16.9237;RBI=0.0321254;REFB=-0.00576531;REVB=-0.029698;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245045;STB=0.513771;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00873474;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:16:20:18:13:16:20 chr1 209790859 . G A 416.0 PASS AF=0.40678;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.00206156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.603;QD=14.1016;RBI=0.0160121;REFB=-0.0244414;REVB=0.0158788;RO=69;SAF=23;SAR=25;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108022;STB=0.55577;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.031048;OID=.;OPOS=209790859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:69:70:48:48:0.40678:25:23:26:43:25:23:27:43 chr1 209791929 . G T 607.19 PASS AF=0.427673;AO=68;DP=159;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.00373039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.881;QD=15.2752;RBI=0.0215906;REFB=-0.00244544;REVB=-0.0212659;RO=91;SAF=34;SAR=34;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844394;STB=0.547156;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00335326;OID=.;OPOS=209791929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:91:91:68:68:0.427673:34:34:38:53:34:34:38:53 chr1 209797198 . A G 234.98 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00581203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.767;QD=15.4085;RBI=0.0365095;REFB=-0.0122507;REVB=-0.036044;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549698;STB=0.531112;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0159985;OID=.;OPOS=209797198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:15:12:17:17:15:12:17:17 chr1 209797253 . T C 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0231227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.038;QD=13.9182;RBI=0.0358572;REFB=-0.0160233;REVB=-0.0274059;RO=37;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380814;STB=0.521722;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0247923;OID=.;OPOS=209797253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:15:11:17:20:15:11:17:20 chr1 209799205 . A G 177.48 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0767533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.015;QD=14.4877;RBI=0.0781605;REFB=-0.0076962;REVB=-0.0147645;RO=30;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335063;STB=0.695046;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0110196;OID=.;OPOS=209799205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:14:5:17:13:14:5:17:13 chr1 209799253 . A G 505.97 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363663;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.419;QD=59.5263;RBI=0.0706184;REFB=0;REVB=-0.0605347;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80792e-05;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr1 209800230 . C T 1762.81 PASS AF=0.924812;AO=122;DP=133;FAO=123;FDP=133;FR=.;FRO=10;FSAF=79;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.00605992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.672;QD=53.0169;RBI=0.0210378;REFB=-0.101661;REVB=0.0201461;RO=11;SAF=79;SAR=43;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107243;STB=0.551012;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00185818;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:133:133:11:10:122:123:0.924812:43:79:0:11:44:79:0:10 chr1 209801519 . C T 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0200438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.531;QD=21.2649;RBI=0.0256597;REFB=-0.0271109;REVB=0.0160208;RO=18;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142322;STB=0.58056;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0266856;OID=.;OPOS=209801519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:15:5:7:11:15:5:7:11 chr1 209807815 . T C 333.04 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.0134803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0149;QD=14.0227;RBI=0.0134839;REFB=0.00112426;REVB=0.000312032;RO=58;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589848;STB=0.53348;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00213652;OID=.;OPOS=209807815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:23:14:19:39:23:14:19:39 chr1 209849406 . T G 303.31 PASS AF=0.56;AO=24;DP=46;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0200862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2567;QD=24.2647;RBI=0.0310465;REFB=-0.0912598;REVB=0.0236734;RO=22;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706889;STB=0.542826;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0586692;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:22:22:24:28:0.56:16:8:9:13:19:9:9:13 chr1 209933528 . G A 183.87 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00552876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.765;QD=17.9387;RBI=0.0267791;REFB=-0.0313792;REVB=-0.0262021;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971332;STB=0.555495;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0345308;OID=.;OPOS=209933528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:9:13:13:6:9:13 chr1 209948711 . A C 46.75 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00305509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.903;QD=10.3897;RBI=0.0209208;REFB=-0.00612013;REVB=0.0206965;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238861;STB=0.676457;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00788741;OID=.;OPOS=209948711;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:6:7:0.388889:3:3:8:3:4:3:8:3 chr1 209950760 . C G 2754.9 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028951;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.456;QD=62.6115;RBI=0.0397393;REFB=0;REVB=0.0272222;RO=0;SAF=95;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46187e-05;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:175:176:1:80:95:0:0:80:96:0:0 chr1 209964080 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.275;QD=62.3508;RBI=0.0346624;REFB=0;REVB=-0.0134318;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22809e-05;OID=.;OPOS=209964080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr1 209968684 . C A 1731.2 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.22;QD=60.7438;RBI=0.0223354;REFB=0;REVB=0.0220964;RO=0;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32028e-05;OID=.;OPOS=209968684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:55:59:0:0:55:59:0:0 chr1 210335028 . T C 90.16 PASS AF=0.44;AO=9;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00287961;FXX=0.0384468;HRUN=7;LEN=1;MLLD=163.232;QD=14.4249;RBI=0.056055;REFB=-0.00811924;REVB=0.055981;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133598;STB=0.63887;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0084404;OID=.;OPOS=210335028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:26:25:10:14:9:11:0.44:4:5:7:3:5:6:11:3 chr1 210335066 . G A 242.27 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0261055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.176;QD=17.0016;RBI=0.0267307;REFB=-0.00353739;REVB=-0.00574743;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159641;STB=0.596262;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00136917;OID=.;OPOS=210335066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:13:14:20:9:13:14:21:9 chr1 210337043 . A G 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.813;QD=56.9543;RBI=0.1736;REFB=0;REVB=0.0359362;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657361;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr1 210407031 . G T 855.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144178;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.895;QD=57.9775;RBI=0.0741831;REFB=0;REVB=0.0727686;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318512;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr1 210857457 . A G 130.38 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8795;QD=43.4593;RBI=0.0515211;REFB=0;REVB=0.0157447;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156972;OID=.;OPOS=210857457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:9:3:0:0 chr1 211447625 . G A 2076.59 PASS AF=1;AO=131;DP=134;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119166;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.442;QD=62.9269;RBI=0.0122446;REFB=0;REVB=-0.00281489;RO=0;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392738;OID=.;OPOS=211447625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:132:0:0:131:132:1:68:63:0:0:69:63:0:0 chr1 211836789 . T C 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0332696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.185;QD=30.1271;RBI=0.0344466;REFB=-0.0474481;REVB=-0.00892748;RO=12;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768566;STB=0.542219;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.013374;OID=.;OPOS=211836789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:11:13:8:4:11:13:8:4 chr1 211840498 . T C 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0340059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.568;QD=11.617;RBI=0.034666;REFB=-0.00795826;REVB=-0.00673291;RO=34;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3294;STB=0.692107;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0134989;OID=.;OPOS=211840498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:6:13:13:21:6:13:13:21 chr1 211846876 . A G 443.39 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0298716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.441;QD=20.1539;RBI=0.0306406;REFB=-0.0139765;REVB=-0.00682149;RO=44;SAF=18;SAR=26;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103644;STB=0.557505;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0160441;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:26:18:23:21:26:18:23:21 chr1 211922603 . G A 500.03 PASS AF=0.505263;AO=47;DP=93;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.00843464;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.183;QD=21.0539;RBI=0.00939777;REFB=-0.0310616;REVB=0.00414427;RO=45;SAF=18;SAR=29;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470788;STB=0.54031;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0294164;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:45:47:47:48:0.505263:29:18:15:30:29:19:15:32 chr1 212273639 . C T 821.42 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248427;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.966;QD=57.6438;RBI=0.0250553;REFB=0;REVB=0.00325736;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4049e-05;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr1 212274413 . A C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.171;QD=61.3364;RBI=0.0179668;REFB=0;REVB=0.00859021;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86378e-05;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr1 212526288 . C T 1522.38 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.271;QD=58.5531;RBI=0.0282676;REFB=-0.132754;REVB=0.00322572;RO=1;SAF=47;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998794;STB=0.505262;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000308475;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:1:1:102:103:0.990385:55:47:1:0:56:47:1:0 chr1 212534448 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4654;QD=60.6085;RBI=0.0382516;REFB=0;REVB=0.0232284;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530075;OID=.;OPOS=212534448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr1 212560327 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0839491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5931;QD=59.4349;RBI=0.128799;REFB=0;REVB=-0.0976813;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0032705;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr1 212619339 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.689;QD=60.6102;RBI=0.0243021;REFB=0;REVB=-0.00474866;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92657e-05;OID=.;OPOS=212619339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr1 212798977 . A G 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0398909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.127;QD=24.3825;RBI=0.0399119;REFB=-0.0217736;REVB=-0.00129461;RO=21;SAF=18;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238953;STB=0.513298;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0204399;OID=.;OPOS=212798977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:8:18:14:7:8:18:14:7 chr1 212799870 . A G 1244.13 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.02586e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5341;QD=61.4386;RBI=0.0227522;REFB=0;REVB=-0.0227521;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175952;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:39:41:0:0:40:41:0:0 chr1 212799949 . C T 505.31 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.000546708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.565;QD=22.7106;RBI=0.00777189;REFB=-0.0131994;REVB=0.00775264;RO=41;SAF=14;SAR=34;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316566;STB=0.674659;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0119378;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:34:14:27:14:34:14:27:14 chr1 212900487 . A G 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0108022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.371;QD=17.067;RBI=0.0109135;REFB=-0.0205481;REVB=0.0015548;RO=46;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257238;STB=0.514422;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0196789;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:18:20:23:23:18:20:23:23 chr1 213009383 . G A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0188242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.834;QD=21.0082;RBI=0.018901;REFB=-0.00851744;REVB=0.00170191;RO=25;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00639773;OID=.;OPOS=213009383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:18:12:10:15:18:12:10:15 chr1 213009469 . A G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0385659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.887;QD=16.1721;RBI=0.0412296;REFB=-0.0126612;REVB=0.0145791;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096654;STB=0.555487;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.019557;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:8:12:8:8:8:12 chr1 213031948 . G C 159.83 PASS AF=0.413043;AO=13;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0970171;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.4481;QD=13.8979;RBI=0.113851;REFB=-0.0230682;REVB=-0.0595798;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564458;STB=0.507035;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0453337;OID=.;OPOS=213031948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:26:13:19:0.413043:7:6:9:13:10:9:12:14 chr1 213068404 . T C 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.000374465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.285;QD=14.9771;RBI=0.0608229;REFB=-0.00423677;REVB=0.0608217;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341912;STB=0.51996;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00450963;OID=.;OPOS=213068404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:4:7:6:4:4:7 chr1 214492286 . G A 972.38 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4322;QD=58.9322;RBI=0.115471;REFB=0;REVB=0.0205711;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000864113;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr1 214542819 . T C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9648;QD=56.9555;RBI=0.0369172;REFB=0;REVB=0.0287153;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40186e-05;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr1 214564340 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.05;QD=56.9382;RBI=0.0105249;REFB=0;REVB=0.0076109;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55254e-07;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr1 214571251 . A C 246.65 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.067212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4844;QD=39.4645;RBI=0.0862259;REFB=-0.0328385;REVB=0.0540133;RO=4;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801959;STB=0.543685;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0192313;OID=.;OPOS=214571251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:4:4:21:21:0.84:11:10:3:1:11:10:3:1 chr1 214779031 . C A 381.24 PASS AF=0.649123;AO=36;DP=59;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0303053;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.493;QD=26.7536;RBI=0.0584369;REFB=-0.0248654;REVB=0.0499646;RO=20;SAF=19;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018189;STB=0.504741;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0165319;OID=.;OPOS=214779031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:20:20:36:37:0.649123:17:19:10:10:18:19:10:10 chr1 214782129 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00598671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.45;QD=21.3533;RBI=0.0319444;REFB=-0.04072;REVB=0.0313784;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203205;STB=0.615207;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0291084;OID=.;OPOS=214782129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:6:3:8:5:6:3 chr1 214811244 . C G 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0188921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1306;QD=25.3663;RBI=0.0398609;REFB=-0.0358409;REVB=-0.0350996;RO=14;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884415;STB=0.549248;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0186103;OID=.;OPOS=214811244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:8:13:7:7:8:13:7:7 chr1 214813487 . A G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00537504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.031;QD=12.6377;RBI=0.0100568;REFB=-0.0162608;REVB=0.00849992;RO=21;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371884;STB=0.72415;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0226288;OID=.;OPOS=214813487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:11:2:9:12:11:2:9:12 chr1 214813782 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0319806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6603;QD=13.5054;RBI=0.0329111;REFB=0.0299911;REVB=-0.00777047;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147429;STB=0.586067;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0410859;OID=.;OPOS=214813782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:6:11:6:6:6:11 chr1 214813941 . C G 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00408149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.62;QD=11.8818;RBI=0.0491632;REFB=0.0120021;REVB=0.0489935;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367416;STB=0.52171;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.0270389;OID=.;OPOS=214813941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:8:7:14:14:8:7:14:14 chr1 214814125 . G A 47.04 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0807111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3597;QD=11.0678;RBI=0.0816472;REFB=-0.0499716;REVB=0.0123282;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258458;STB=0.655317;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0381165;OID=.;OPOS=214814125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:7:3:4:3:7:3 chr1 214814582 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0233938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.806;QD=17.9407;RBI=0.0280159;REFB=-0.0192142;REVB=-0.015415;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127723;STB=0.572866;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0225685;OID=.;OPOS=214814582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:11:11:7:12:11:11 chr1 214814733 . T G 150.07 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0273052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.655;QD=19.364;RBI=0.0299678;REFB=-0.0238456;REVB=-0.012349;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818777;STB=0.5465;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0135421;OID=.;OPOS=214814733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:8:7:9:7:8:7 chr1 214814778 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.032342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.035;QD=21.971;RBI=0.0323735;REFB=-0.00981303;REVB=-0.001428;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651145;STB=0.536549;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00809194;OID=.;OPOS=214814778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:11:9:9:8:11:9:9:8 chr1 214814995 . C T 226.35 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0246596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.547;QD=17.0831;RBI=0.0520177;REFB=-0.0407288;REVB=-0.0458011;RO=27;SAF=17;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140326;STB=0.522166;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0425463;OID=.;OPOS=214814995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:8:17:18:9:8:17:18:10 chr1 214815916 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000663956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.951;QD=13.6607;RBI=0.0158481;REFB=0.0051381;REVB=-0.0158342;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21218;STB=0.624812;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00848444;OID=.;OPOS=214815916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:11:10:4:10:11:10 chr1 214816142 . T G 506.83 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00159552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5385;QD=23.0379;RBI=0.0172856;REFB=-0.0170377;REVB=-0.0172118;RO=40;SAF=27;SAR=21;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133933;STB=0.573624;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0130444;OID=.;OPOS=214816142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:21:27:16:24:21:27:16:24 chr1 214816224 . G A 437.47 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0186983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.408;QD=16.6655;RBI=0.0266729;REFB=-0.0363419;REVB=-0.0190215;RO=55;SAF=22;SAR=26;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0036566;STB=0.501199;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0313581;OID=.;OPOS=214816224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:57:48:48:0.457143:26:22:25:30:26:22:26:31 chr1 214816297 . A G 256.42 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0129583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.221;QD=13.496;RBI=0.0174956;REFB=-0.0110731;REVB=-0.011755;RO=46;SAF=10;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228178;STB=0.630542;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0178896;OID=.;OPOS=214816297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:20:10:25:21:20:10:25:21 chr1 214818215 . G A 165.36 PASS AF=0.377358;AO=18;DP=51;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00372321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.601;QD=12.4796;RBI=0.00664255;REFB=-0.00618579;REVB=-0.00550101;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044844;STB=0.5218;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00630328;OID=.;OPOS=214818215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:33:33:18:20:0.377358:10:8:16:17:11:9:16:17 chr1 214818223 . T A 170.42 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0224875;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.479;QD=12.624;RBI=0.023934;REFB=-0.0176776;REVB=-0.00819422;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543356;STB=0.534726;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0190872;OID=.;OPOS=214818223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:33:20:21:0.388889:11:9:17:17:12:9:16:17 chr1 214818846 . A G 272.31 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0251064;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.539;QD=23.6793;RBI=0.0253018;REFB=0.00386688;REVB=0.00313897;RO=21;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187023;STB=0.605005;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00152086;OID=.;OPOS=214818846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:21:25:25:0.543478:19:6:9:12:19:6:9:12 chr1 214818945 . A C 158.43 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0103785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.126;QD=12.187;RBI=0.0138101;REFB=-0.00692308;REVB=0.00911071;RO=30;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149526;STB=0.617038;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0171591;OID=.;OPOS=214818945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:30:33:18:19:0.365385:13:5:12:18:14:5:14:19 chr1 214819328 . G A 235.12 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0609074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8132;QD=25.4183;RBI=0.0650157;REFB=-0.0465417;REVB=0.0227447;RO=15;SAF=6;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162581;STB=0.590822;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0319593;OID=.;OPOS=214819328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:16:6:7:8:16:6:7:8 chr1 214819587 . A G 179.45 PASS AF=0.642857;AO=15;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00308126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.14;QD=25.6362;RBI=0.0436552;REFB=-0.0248536;REVB=0.0435464;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237195;STB=0.540937;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0402062;OID=.;OPOS=214819587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:28:28:10:10:15:18:0.642857:8:7:5:5:11:7:5:5 chr1 214819980 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0270798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.015;QD=15.2624;RBI=0.027347;REFB=-0.0250794;REVB=-0.00381338;RO=15;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149152;STB=0.589134;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0242693;OID=.;OPOS=214819980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:16:12:13:0.448276:2:10:11:4:2:11:12:4 chr1 214820299 . A G 140.45 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0461694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2852;QD=13.0649;RBI=0.0491741;REFB=-0.0095239;REVB=-0.0169257;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870561;STB=0.550956;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0245222;OID=.;OPOS=214820299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:14:13:9:7:14:13 chr1 214820494 . G A 128.29 PASS AF=0.189189;AO=11;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0399606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7851;QD=13.8693;RBI=0.0454797;REFB=-0.0191409;REVB=-0.0217153;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201747;STB=0.621021;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0747359;OID=.;OPOS=214820494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:37:37:18:22:11:7:0.189189:4:7:8:10:3:4:9:13 chr1 214820524 . T C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00582791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4296;QD=15.1603;RBI=0.00893173;REFB=-0.00481263;REVB=0.00676841;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197031;STB=0.613498;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00674388;OID=.;OPOS=214820524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:8:14:7:9:8:14 chr1 214826196 . G A 306.18 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.418;QD=53.2491;RBI=0.0442966;REFB=0;REVB=0.0420461;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220702;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr1 214830617 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.638;QD=62.0211;RBI=0.012635;REFB=0;REVB=0.0118175;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80762e-05;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr1 214837110 . C G 616.23 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.332;QD=57.3235;RBI=0.0481602;REFB=-0.0873203;REVB=0.000180585;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174798;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:0:41:43:1:25:16:1:0:25:18:0:0 chr1 215741053 . T G 100.22 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00434311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.707;QD=15.4182;RBI=0.0833247;REFB=-0.0238911;REVB=-0.0832115;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253752;STB=0.506568;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0398537;OID=.;OPOS=215741053;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:8:14:11:12:0.461538:5:6:7:1:5:7:8:6 chr1 215793834 . G A 384.62 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0207167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.407;QD=17.6835;RBI=0.0207982;REFB=-0.00907011;REVB=-0.00183933;RO=46;SAF=22;SAR=18;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785616;STB=0.536824;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0130491;OID=.;OPOS=215793834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:40:40:0.45977:18:22:29:17:18:22:29:18 chr1 215848062 . C T 437.52 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00840302;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1379;QD=16.6674;RBI=0.0291791;REFB=-0.0321235;REVB=-0.027943;RO=55;SAF=29;SAR=19;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127638;STB=0.581128;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0476389;OID=.;OPOS=215848062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:57:48:48:0.457143:19:29:26:29:19:29:26:31 chr1 215848587 . T C 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0299879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.812;QD=14.8164;RBI=0.0304273;REFB=-0.0101726;REVB=-0.00515182;RO=39;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163043;STB=0.592528;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0133004;OID=.;OPOS=215848587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:11:18:18:21:11:18:18:21 chr1 215848641 . T C 291.38 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0216916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.773;QD=16.8918;RBI=0.0225814;REFB=-0.0105343;REVB=-0.00627655;RO=37;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985494;STB=0.555319;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0127815;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:14:18:17:20:14:18:17:20 chr1 215960167 . T G 318.68 PASS AF=0.353982;AO=39;DP=113;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.00887011;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.721;QD=11.2808;RBI=0.010191;REFB=-0.0186011;REVB=0.00501771;RO=71;SAF=13;SAR=26;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155612;STB=0.596565;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0282457;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:71:73:39:40:0.353982:26:13:33:38:27:13:34:39 chr1 215987222 . T C 302.83 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0146817;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0248;QD=16.8241;RBI=0.0431518;REFB=-0.00754024;REVB=-0.0405774;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022516;STB=0.51264;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00673814;OID=.;OPOS=215987222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:39:39:33:33:0.458333:17:16:18:21:17:16:18:21 chr1 216011361 . T C 607.07 PASS AF=0.459854;AO=62;DP=137;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.0122134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.504;QD=17.7246;RBI=0.0292565;REFB=-0.0247848;REVB=0.0265853;RO=74;SAF=18;SAR=44;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992625;STB=0.547364;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0323309;OID=.;OPOS=216011361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:74:74:62:63:0.459854:44:18:28:46:44:19:28:46 chr1 216051125 . G A 224.38 PASS AF=0.373333;AO=24;DP=72;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0175562;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.49;QD=11.9667;RBI=0.0248933;REFB=-0.0258956;REVB=0.0176481;RO=46;SAF=10;SAR=14;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947377;STB=0.551687;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0404805;OID=.;OPOS=216051125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:46:47:24:28:0.373333:14:10:23:23:16:12:24:23 chr1 216172380 . A G,T 766.23 PASS AF=0.931034,0.0517241;AO=53,3;DP=58;FAO=54,3;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27,0;FSAR=27,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00896759,0.00162781;FXX=0.0333278;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.914,144.049;QD=52.8432;RBI=0.0212365,0.00808198;REFB=-0.153144,-0.0481024;REVB=-0.0192503,-0.00791635;RO=2;SAF=26,0;SAR=27,3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.000646073,-0.692188;STB=0.509088,0.5;STBP=0.523,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000252854,0.142759;OID=.,.;OPOS=216172380,216172380;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:58:58:2:1:53,3:54,3:0.931034,0.0517241:27,3:26,0:1:1:27,3:27,0:0:1 chr1 216270422 . T C 522.18 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0048038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.348;QD=20.8872;RBI=0.00503297;REFB=-0.0181094;REVB=0.00150144;RO=49;SAF=29;SAR=21;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997331;STB=0.560362;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0206563;OID=.;OPOS=216270422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:50:50:50:0.5:21:29:23:26:21:29:23:27 chr1 216348764 . C T 775.51 PASS AF=0.493827;AO=80;DP=162;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.0362425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3188;QD=19.1485;RBI=0.0389311;REFB=0.023061;REVB=-0.0142167;RO=81;SAF=41;SAR=39;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733611;STB=0.537136;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0278657;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:81:82:80:80:0.493827:39:41:35:46:39:41:36:46 chr1 216498911 . A C 275.44 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.000586666;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.31;QD=17.7704;RBI=0.0018302;REFB=-0.0149723;REVB=0.00173362;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088111;STB=0.549323;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0122755;OID=.;OPOS=216498911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:32:30:30:0.483871:16:14:18:14:16:14:18:14 chr1 216592003 . T C 1567.9 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099218;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.193;QD=59.7293;RBI=0.0142584;REFB=0;REVB=0.0102401;RO=0;SAF=39;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96594e-05;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:64:39:0:0:65:40:0:0 chr1 216595306 . C T 1552.64 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144221;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.148;QD=64.0265;RBI=0.0160843;REFB=0;REVB=0.00712089;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54573e-05;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:55:42:0:0:55:42:0:0 chr1 216692669 . C T 1324.85 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0222649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.125;QD=60.9129;RBI=0.0269383;REFB=-0.0047816;REVB=0.0151639;RO=1;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976886;STB=0.505153;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=5.68476e-06;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:48:38:0:1:48:38:0:1 chr1 217804325 . G A 1201.48 PASS AF=0.558376;AO=110;DP=195;FAO=110;FDP=197;FR=.;FRO=87;FSAF=40;FSAR=70;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=-0.00550074;FXX=0.00505025;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.772;QD=24.3956;RBI=0.00956561;REFB=-0.0188903;REVB=-0.00782578;RO=85;SAF=40;SAR=70;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311664;STB=0.512869;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0150331;OID=.;OPOS=217804325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:197:85:87:110:110:0.558376:70:40:34:51:70:40:34:53 chr1 217947738 . G A 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00658315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.674;QD=17.9232;RBI=0.0264456;REFB=-0.0138475;REVB=0.0256131;RO=46;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272264;STB=0.515215;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0158657;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:22:18:22:24:22:18:22:24 chr1 218578685 . T TTTGTTG 82.15 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0217614;FXX=0.142816;HRUN=3;LEN=6;MLLD=202.183;QD=10.9528;RBI=0.0236086;REFB=-0.0204356;REVB=0.00915474;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0359993;OID=.;OPOS=218578686;OREF=-;OALT=TTGTTG;OMAPALT=TTTGTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:10:36:10:30:20:4:6:8:12:82:24:4:6:10:14 chr1 218614839 . G A 513.45 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0505372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.446;QD=17.405;RBI=0.0505404;REFB=-0.0247192;REVB=-0.0005711;RO=63;SAF=28;SAR=27;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620235;STB=0.53447;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0148191;OID=.;OPOS=218614839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:63:55:55:0.466102:27:28:28:35:27:28:28:35 chr1 219383860 . GTTTTTG GTTTTG,GTTTTTGC 346.36 PASS AF=0,1;AO=3,6;DP=27;FAO=0,26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0648616,0.100988;FXX=0.0370233;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=6.4479,111.172;QD=53.2867;RBI=0.0990646,0.16837;REFB=0,0;REVB=-0.0748784,0.134721;RO=14;SAF=0,0;SAR=3,6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.677194,-0.765948;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0,0.00175491;OID=.,.;OPOS=219383861,219383867;OREF=T,-;OALT=-,C;OMAPALT=GTTTTG,GTTTTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,6:27:0,26:26:0:0,11:0,15:0:0:4:14:0,0:3,6:9:5 chr1 219383867 . T C 208.66 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0175438;FXX=0.0370233;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.997;QD=32.1007;RBI=0.0178738;REFB=-0.143329;REVB=-0.00341859;RO=7;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255425;STB=0.639862;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00378943;OID=.;OPOS=219383867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:26:7:7:19:19:0.730769:9:10:0:7:9:10:0:7 chr1 219383905 . A G 472.04 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00460533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.709;QD=55.5344;RBI=0.00584451;REFB=-0.154267;REVB=0.00359851;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000223058;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:20:13:0:0:20:13:0:1 chr1 220136115 . A G 1290.24 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4116;QD=61.4399;RBI=0.057775;REFB=0;REVB=0.022905;RO=0;SAF=23;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936205;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:60:23:0:0:60:24:0:0 chr1 220197625 . G T 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0044;QD=57.7098;RBI=0.0867514;REFB=0;REVB=0.0859406;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574793;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr1 220231180 . CT C 299.45 PASS AF=0.385417;AO=34;DP=97;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.00225119;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.315;QD=12.477;RBI=0.00991281;REFB=-0.00812723;REVB=0.00965381;RO=58;SAF=22;SAR=12;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962951;STB=0.531764;STBP=0.683;TYPE=del;VARB=0.0128734;OID=.;OPOS=220231181;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385417:34:97:37:96:59:24:13:41:18:99:58:22:12:42:16 chr1 220239448 . T C 716.53 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0239291;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.837;QD=51.1805;RBI=0.0290374;REFB=-0.0991974;REVB=0.016449;RO=3;SAF=28;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478316;STB=0.525414;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00162209;OID=.;OPOS=220239448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:3:3:52:53:0.946429:24:28:3:0:25:28:3:0 chr1 220578896 . ACACACACACACACACACACACACAC AACACACACACACACACACACACAC,ACACACACACACACACACACACA 330.52 PASS AF=0,1;AO=5,6;DP=27;FAO=0,24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266603,0.00492665;FXX=0.199933;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=105.691,130.83;QD=55.0862;RBI=0.0324702,0.180517;REFB=0,0;REVB=0.0323606,0.18045;RO=0;SAF=0,6;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000721604;OID=.,.;OPOS=220578897,220578919;OREF=C,CAC;OALT=-,-;OMAPALT=AACACACACACACACACACACACAC,ACACACACACACACACACACACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,6:27:0,24:24:0:0,12:0,12:0:0:3:0:0,6:5,0:0:0 chr1 220607684 . CG AA,CA 162.46 PASS AF=0,0.485714;AO=3,14;DP=36;FAO=0,17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=0,10;FSAR=0,7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00406104,-0.0118133;FXX=0.0277701;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=60.9005,58.0887;QD=18.5672;RBI=0.0729052,0.0580628;REFB=0.0301443,0.0239312;REVB=-0.072792,-0.0568483;RO=18;SAF=0,10;SAR=3,4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.671112,0.0548562;STB=0.5,0.542205;STBP=1,0.632;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.063453;OID=.,.;OPOS=220607684,220607685;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:36:35:18:18:3,14:0,17:0,0.485714:3,4:0,10:12:6:0,7:0,10:12:6 chr1 220789355 . ATTTTTTT AATTTTTA,ATTTTT,ATTTTTAA,ATTTTTTA 694.49 PASS AF=0.113924,0.417722,0.227848,0.240506;AO=6,12,10,9;DP=80;FAO=9,33,18,19;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21,9,11;FSAR=7,12,9,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739893,0.038666,0.104509,0.201927;FXX=0.0124984;HRUN=7,7,7,7;LEN=7,2,2,1;MLLD=12.6146,12.8244,13.5288,9.27037;QD=35.1639;RBI=0.108909,0.13919,0.109432,0.208739;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0799166,-0.133712,-0.0324549,-0.0528919;RO=0;SAF=2,7,6,5;SAR=4,5,4,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=0.0517959,0.0412169,0.0148714,0.0478582;OID=.,.,.,.;OPOS=220789356,220789356,220789361,220789362;OREF=TTTTTTT,TT,TT,T;OALT=ATTTTTA,-,AA,A;OMAPALT=AATTTTTA,ATTTTT,ATTTTTAA,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.113924,0.417722,0.227848,0.240506:6,12,10,9:80:9,33,18,19:79:0:2,21,9,11:7,12,9,8:0:0:40:0:2,7,6,5:4,5,4,4:0:0 chr1 220935081 . G A 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0726276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.764;QD=23.8999;RBI=0.0730037;REFB=-0.00114387;REVB=-0.00740037;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690909;STB=0.538433;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000534173;OID=.;OPOS=220935081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:13:14:10:13:13:14:10:13 chr1 220970028 . A G 561.39 PASS AF=0.54902;AO=55;DP=104;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00531663;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2423;QD=22.0151;RBI=0.0129179;REFB=-0.0253412;REVB=0.011773;RO=46;SAF=24;SAR=31;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351381;STB=0.514472;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0176371;OID=.;OPOS=220970028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:46:46:55:56:0.54902:31:24:22:24:31:25:22:24 chr1 221053545 . TCA CAC,CCA 105.09 PASS AF=0,0.40625;AO=2,11;DP=32;FAO=0,13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=0,3;FSAR=0,10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0118866,0.0362377;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=189.913,229.372;QD=13.1368;RBI=0.0444399,0.0475057;REFB=-0.0315219,-0.0244042;REVB=-0.0428207,-0.0307184;RO=17;SAF=2,1;SAR=0,10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.566117,-0.486163;STB=0.5,0.666389;STBP=1,0.158;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0358893;OID=.,.;OPOS=221053545,221053545;OREF=TCA,T;OALT=CAC,C;OMAPALT=CAC,CCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:32:32:17:19:2,11:0,13:0,0.40625:0,10:2,1:7:10:0,10:0,3:9:10 chr1 221509332 . G A 1486.65 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.919;QD=63.2618;RBI=0.0505513;REFB=0;REVB=0.0405516;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32267e-05;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:94:0:0:88:94:1:43:45:0:0:47:47:0:0 chr1 221874804 . A G 554.64 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0461371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6746;QD=55.4643;RBI=0.0718172;REFB=0.0233133;REVB=0.055037;RO=1;SAF=10;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445524;STB=0.54543;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000166357;OID=.;OPOS=221874804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:28:10:1:0:28:10:2:0 chr1 221912361 . T C 446.18 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00605755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.68;QD=23.483;RBI=0.0191021;REFB=-0.0127389;REVB=0.0181162;RO=33;SAF=29;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135429;STB=0.574601;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.010701;OID=.;OPOS=221912361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:14:29:17:16:14:29:17:16 chr1 221912808 . T C 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00538028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.74;QD=16.993;RBI=0.0162199;REFB=-0.0155561;REVB=-0.0153016;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163265;OID=.;OPOS=221912808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:18:9:10:20:18:9:10:20 chr1 222649341 . A C 800.05 PASS AF=1;AO=33;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0677;QD=65.31;RBI=0.274451;REFB=0;REVB=0.274418;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00319598;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:33:49:1:16:17:0:0:32:17:0:0 chr1 222649491 . C G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0926687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2919;QD=17.6438;RBI=0.0931524;REFB=-0.0123006;REVB=-0.00948102;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.613799;STB=0.860661;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00244099;OID=.;OPOS=222649491;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:8:1:6:1:8:1:6:1 chr1 222713503 . C G 1410.95 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.168;QD=62.0196;RBI=0.0612039;REFB=0;REVB=0.060276;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92177e-05;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:91:0:0:89:91:1:42:47:0:0:44:47:0:0 chr1 222713631 . G C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4224;QD=57.2376;RBI=0.049929;REFB=0;REVB=0.0490441;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550559;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr1 222717027 . C T 448.76 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0101074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.271;QD=15.7459;RBI=0.0130624;REFB=-0.0063105;REVB=0.00827442;RO=64;SAF=20;SAR=30;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10194;STB=0.55712;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0081104;OID=.;OPOS=222717027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:30:20:32:32:30:20:32:32 chr1 222798106 . G A,T 954.58 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=63,3;DP=66;FAO=63,3;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=32,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132811,-0.0185188;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.345,109.513;QD=57.8532;RBI=0.0188757,0.0200806;REFB=0,0;REVB=0.0134129,-0.00776425;RO=0;SAF=31,1;SAR=32,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00048303,0.145685;OID=.,.;OPOS=222798106,222798106;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:66:66:0:0:63,3:63,3:0.954545,0.0454545:32,2:31,1:0:0:32,2:31,1:0:0 chr1 222802006 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.092;QD=61.6832;RBI=0.0617608;REFB=0;REVB=0.0469494;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329888;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr1 222802803 . T G 500.81 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.692;QD=58.9184;RBI=0.0298363;REFB=0;REVB=-0.00101116;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74609e-05;OID=.;OPOS=222802803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:17:15:0:0:17:17:0:0 chr1 222802926 . C T 598.2 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024043;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.917;QD=61.3536;RBI=0.0310303;REFB=0;REVB=0.0196166;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165721;OID=.;OPOS=222802926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:22:17:0:0 chr1 222823529 . A C,T 906.8 PASS AF=0.859375,0.140625;AO=51,11;DP=64;FAO=55,9;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24,9;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063642,0.00555699;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.8756,180.184;QD=56.675;RBI=0.0967013,0.0107016;REFB=0,0;REVB=0.0728068,-0.00914574;RO=0;SAF=24,7;SAR=27,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000618757,0.0653728;OID=.,.;OPOS=222823529,222823529;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:64:64:0:0:51,11:55,9:0.859375,0.140625:27,4:24,7:0:0:31,0:24,9:0:0 chr1 222825403 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0922;QD=60.9784;RBI=0.064203;REFB=0;REVB=-0.0307153;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000962055;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr1 222833601 . T C 1692.42 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4346;QD=60.4436;RBI=0.0640315;REFB=0;REVB=0.0307024;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22965e-05;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:110:112:1:60:50:0:0:61:51:0:0 chr1 222838215 . TC T,TT 649.11 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=13,30;DP=43;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257861,0.0248498;FXX=0.0454442;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.502,227.384;QD=61.8197;RBI=0.0651643,0.0703493;REFB=0,0;REVB=0.0598453,0.0658142;RO=0;SAF=8,17;SAR=5,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.60098e-08,5.63861e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0276142,0.00579185;OID=.,.;OPOS=222838216,222838216;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.047619,0.952381:13,30:43:2,40:42:0:0,23:2,17:0:0:8:0:8,17:5,13:0:0 chr1 222886119 . A G 1608.34 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0214215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2821;QD=59.0217;RBI=0.0535257;REFB=-0.0868157;REVB=-0.0490522;RO=1;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840057;STB=0.504424;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000488913;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:1:1:107:108:0.990826:56:51:0:1:56:52:0:1 chr1 222919895 . T G 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.25;QD=63.5762;RBI=0.0210536;REFB=0;REVB=0.0165576;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53729e-05;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr1 222923351 . A G 1624.39 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7808;QD=60.1626;RBI=0.0113799;REFB=0;REVB=-0.00303453;RO=0;SAF=40;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76533e-05;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:68:40:0:0:68:40:0:0 chr1 223178561 . A C 538.82 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.91;QD=59.8687;RBI=0.0459708;REFB=0;REVB=0.0200133;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43764e-05;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:16:20:0:0 chr1 223283910 . A G 648.03 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00490929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.487;QD=57.603;RBI=0.0214092;REFB=0.0454339;REVB=0.0208387;RO=2;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493531;STB=0.526303;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00251641;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:18:25:0:2:18:25:0:2 chr1 223284528 . A G 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00335706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.807;QD=18.0814;RBI=0.00537006;REFB=-0.00997954;REVB=0.00419138;RO=47;SAF=21;SAR=20;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103078;STB=0.557494;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0110354;OID=.;OPOS=223284528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:20:21:19:28:20:21:19:28 chr1 223284599 . T C 449.05 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0602623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.233;QD=21.3832;RBI=0.0610624;REFB=-0.00444226;REVB=0.00985261;RO=40;SAF=17;SAR=27;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100523;STB=0.555592;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00429094;OID=.;OPOS=223284599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:27:17:20:20:27:17:20:20 chr1 223285200 . G A 164.68 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0324038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.172;QD=9.54666;RBI=0.0338559;REFB=-0.0203849;REVB=-0.0098092;RO=47;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08929;STB=0.552584;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0311864;OID=.;OPOS=223285200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:10:12:22:25:10:12:22:25 chr1 223285833 . G T 362.75 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0388127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0594;QD=19.608;RBI=0.0392528;REFB=-0.00856759;REVB=0.00586143;RO=36;SAF=12;SAR=25;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165749;STB=0.580916;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0063268;OID=.;OPOS=223285833;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:36:37:38:0.513514:25:12:18:18:25:13:18:18 chr1 223566876 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0457906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.244;QD=7.83716;RBI=0.0459016;REFB=2.04194e-05;REVB=-0.00319089;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.626861;STB=0.885371;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00128488;OID=.;OPOS=223566876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:1:6:4:12:1:6:4:12 chr1 223567267 . C T 324.71 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0295934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.589;QD=17.0897;RBI=0.0321785;REFB=-0.00787966;REVB=0.0126367;RO=40;SAF=23;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247619;STB=0.63295;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0117402;OID=.;OPOS=223567267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:41:35:35:0.460526:12:23:16:24:12:23:17:24 chr1 223567401 . T C 738.68 PASS AF=0.46988;AO=78;DP=166;FAO=78;FDP=166;FR=.;FRO=88;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=-0.0888081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9317;QD=17.7995;RBI=0.0893274;REFB=-0.0209533;REVB=0.00961804;RO=87;SAF=43;SAR=35;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141297;STB=0.574989;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0272514;OID=.;OPOS=223567401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:87:88:78:78:0.46988:35:43:35:52:35:43:36:52 chr1 223567531 . G A 597.32 PASS AF=0.428571;AO=63;DP=148;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0172193;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.02;QD=16.2537;RBI=0.032842;REFB=-0.0199645;REVB=0.0279659;RO=84;SAF=32;SAR=31;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405793;STB=0.522691;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0308316;OID=.;OPOS=223567531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:84:84:63:63:0.428571:31:32:46:38:31:32:46:38 chr1 223567808 . C T 550.53 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0954266;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3991;QD=23.6788;RBI=0.097441;REFB=-0.0546707;REVB=-0.0197105;RO=41;SAF=25;SAR=26;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178596;STB=0.515171;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0658558;OID=.;OPOS=223567808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:41:42:51:51:0.548387:26:25:21:20:26:25:22:20 chr1 223715248 . GT G 324.98 PASS AF=0.537634;AO=46;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=0.0254472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.184;QD=13.9774;RBI=0.0344007;REFB=-0.0296981;REVB=-0.0231484;RO=42;SAF=10;SAR=36;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258287;STB=0.516745;STBP=0.772;TYPE=del;VARB=0.0337449;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.537634:46:93:50:93:43:13:37:10:33:99:42:10:36:10:32 chr1 223717484 . G A 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.019446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.97;QD=12.1431;RBI=0.0207849;REFB=-0.012461;REVB=-0.00733926;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00355702;STB=0.502073;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0176201;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:11:8:14:19:11:8:14:19 chr1 223718651 . G A 467.73 PASS AF=0.494624;AO=33;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00407564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.887;QD=20.1172;RBI=0.0113077;REFB=-0.0134154;REVB=0.0105476;RO=43;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823779;STB=0.527091;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0162593;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:47:33:46:0.494624:21:12:19:24:22:24:22:25 chr1 223718670 . G A 420.86 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00459085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.434;QD=20.5296;RBI=0.00646544;REFB=-0.00962832;REVB=0.00455259;RO=39;SAF=24;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139992;STB=0.571395;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00864826;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:40:42:42:0.512195:18:24:16:23:18:24:17:23 chr1 223722780 . G A 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00619076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.542;QD=16.7505;RBI=0.0172756;REFB=-0.0266923;REVB=-0.0161283;RO=39;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145535;STB=0.581348;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.022793;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:18:15:12:27:18:15:12:27 chr1 223813586 . G T 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0241618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.296;QD=18.7117;RBI=0.026787;REFB=0.0035716;REVB=-0.0115652;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215434;STB=0.621494;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00405887;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:5:14:9:9:5:14 chr1 223877789 . T C 1541.95 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284292;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1376;QD=58.7409;RBI=0.0427128;REFB=-0.0186555;REVB=0.0318773;RO=1;SAF=40;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117148;STB=0.506172;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000407077;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:64:40:1:0:64:40:1:0 chr1 223877829 . A T 39.18 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.02294;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=225.914;QD=3.82248;RBI=0.024461;REFB=-0.0031787;REVB=-0.00849105;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316367;STB=0.510608;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0164759;OID=.;OPOS=223877829;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:41:41:33:34:7:7:0.170732:4:3:15:18:4:3:15:19 chr1 223900408 . C G 1377.43 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.445;QD=62.6106;RBI=0.0202444;REFB=0;REVB=0.0198561;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68828e-05;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chr1 223905532 . G A 137.1 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00500877;FXX=0.0832986;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.6697;QD=24.9271;RBI=0.0488598;REFB=-0.0064614;REVB=0.0486024;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359641;STB=0.699745;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00682231;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:24:22:8:8:14:14:0.636364:8:6:8:0:8:6:8:0 chr1 223933079 . C T 531.6 PASS AF=0.537634;AO=47;DP=91;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00629246;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.603;QD=22.8644;RBI=0.00632121;REFB=0.00629198;REVB=0.000602128;RO=43;SAF=13;SAR=34;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204651;STB=0.608063;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00481567;OID=.;OPOS=223933079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:43:43:47:50:0.537634:34:13:21:22:36:14:21:22 chr1 223934720 . G A 361.03 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00367617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.102;QD=20.3395;RBI=0.0197601;REFB=-0.01117;REVB=-0.0194151;RO=34;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416414;STB=0.523064;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.010105;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:20:17:14:20:20:17:14:20 chr1 223954080 . A C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6707;QD=61.2126;RBI=0.0725896;REFB=0;REVB=0.067812;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322404;OID=.;OPOS=223954080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr1 224484278 . T C 141.02 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0220259;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.067;QD=20.1452;RBI=0.0220379;REFB=-0.003122;REVB=-0.000727416;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046223;STB=0.52628;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00967002;OID=.;OPOS=224484278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:5:8:10:5:5:8 chr1 224492746 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.456;QD=56.7064;RBI=0.0799787;REFB=0;REVB=-0.0771007;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00056073;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 224495852 . C T 2347.46 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7269;QD=63.019;RBI=0.0792389;REFB=-0.00217496;REVB=-0.0587678;RO=0;SAF=60;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218412;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:148:149:0:0:147:149:1:87:60:0:0:89:60:0:0 chr1 224505570 . T TAA 693.18 PASS AF=1;AO=50;DP=64;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13583;FXX=0.0677851;HRUN=2;LEN=2;MLLD=39.2676;QD=50.4133;RBI=0.150987;REFB=0;REVB=0.0659332;RO=9;SAF=28;SAR=22;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00128586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000392373;OID=.;OPOS=224505571;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:64:55:55:0:33:22:0:0:12:9:28:22:5:4 chr1 224517842 . C T 537.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3623;QD=59.6719;RBI=0.0642697;REFB=0;REVB=0.0372666;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172923;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr1 224575373 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.221;QD=60.3764;RBI=0.0682935;REFB=0;REVB=0.0656051;RO=0;SAF=50;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112456;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:24:50:0:0:24:50:0:0 chr1 225230608 . C T 403.73 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=71;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0327399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5723;QD=22.1219;RBI=0.0401167;REFB=-0.0087343;REVB=0.0231828;RO=32;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456387;STB=0.536853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00742785;OID=.;OPOS=225230608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:32:33:39:40:0.547945:18:21:19:13:19:21:20:13 chr1 225266966 . C G 331.38 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0277445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0724;QD=18.6695;RBI=0.0709912;REFB=-0.0254336;REVB=-0.0653452;RO=36;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391044;STB=0.521797;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0243388;OID=.;OPOS=225266966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:16:19:18:18:16:19:18:18 chr1 225268343 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0187788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.822;QD=21.352;RBI=0.0530512;REFB=-0.00919158;REVB=-0.0496164;RO=9;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29985;STB=0.67316;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00292757;OID=.;OPOS=225268343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:11:2:4:5:11:2:4:5 chr1 225268346 . G A 103.52 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00327029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2981;QD=18.8212;RBI=0.0145565;REFB=-0.0564934;REVB=0.0141844;RO=10;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260731;STB=0.651885;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0265609;OID=.;OPOS=225268346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:10:2:4:6:10:2:4:6 chr1 225270409 . A T 152.16 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0462537;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.355;QD=13.2308;RBI=0.0476172;REFB=-0.00419369;REVB=-0.0113135;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131506;STB=0.507683;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00655669;OID=.;OPOS=225270409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:15:14:8:9:15:14 chr1 225273248 . G T 341.25 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=60;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.00761416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.981;QD=20.6818;RBI=0.0213987;REFB=-0.0389447;REVB=0.0199982;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25804;STB=0.599251;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0208764;OID=.;OPOS=225273248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:66:28:30:30:36:0.545455:16:14:5:23:20:16:7:23 chr1 225288534 . A C 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00589739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.582;QD=11.1272;RBI=0.0106915;REFB=-0.0114787;REVB=-0.00891785;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159798;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0182804;OID=.;OPOS=225288534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:8:9:17:16:8:9:18:16 chr1 225328432 . G T 121.23 PASS AF=0.218391;AO=19;DP=87;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0240324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5131;QD=5.57387;RBI=0.111422;REFB=-0.0346506;REVB=-0.108799;RO=68;SAF=7;SAR=12;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13082;STB=0.582002;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.106461;OID=.;OPOS=225328432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:68:68:19:19:0.218391:12:7:32:36:12:7:32:36 chr1 225506294 . A G 1481.29 PASS AF=0.980952;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0288309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8687;QD=56.43;RBI=0.0308235;REFB=0.0157628;REVB=0.0109026;RO=3;SAF=59;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135814;STB=0.511361;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000615667;OID=.;OPOS=225506294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:105:105:3:2:102:103:0.980952:43:59:1:2:43:60:0:2 chr1 225533731 . T A 1954.94 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=127;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.313;QD=61.0917;RBI=0.0325037;REFB=-0.101083;REVB=0.00502082;RO=1;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069365;STB=0.503546;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000114211;OID=.;OPOS=225533731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:128:1:1:125:127:0.992188:68:57:0:1:70:57:0:1 chr1 225541899 . C T 1513.38 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.393;QD=59.936;RBI=0.0450128;REFB=0;REVB=0.00380571;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06662e-05;OID=.;OPOS=225541899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chr1 225565015 . T C 1026.14 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000830604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.607;QD=57.8106;RBI=0.00574575;REFB=-0.0730718;REVB=-0.00568539;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141074;STB=0.507244;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.011753;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:68:70:0.985915:35:33:1:0:36:34:1:0 chr1 225565073 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.703;QD=59.143;RBI=0.0257171;REFB=0;REVB=0.0203034;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0287e-05;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr1 225569241 . T G 1565.06 PASS AF=0.925;AO=110;DP=124;FAO=111;FDP=120;FR=.;FRO=9;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0220186;FXX=0.0322555;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.99;QD=52.1688;RBI=0.0401623;REFB=-0.0205477;REVB=0.0335886;RO=1;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811506;STB=0.535427;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000182164;OID=.;OPOS=225569241;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:124:120:1:9:110:111:0.925:58:52:0:1:59:52:0:9 chr1 225580138 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.000557679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2693;QD=14.6506;RBI=0.0104319;REFB=-0.00267264;REVB=-0.010417;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110308;STB=0.563084;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00274199;OID=.;OPOS=225580138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:15:8:14:17:15:8:14:17 chr1 225601647 . C T 323.83 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.937;QD=53.9712;RBI=0.0781697;REFB=0;REVB=0.0721357;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788657;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:11:11:0:0:13:11:0:0 chr1 225607144 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.176;QD=58.4194;RBI=0.0065357;REFB=0;REVB=-0.00521052;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33748e-06;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:46:17:0:0:46:17:0:0 chr1 225609884 . A G 2471.36 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.159;QD=61.4002;RBI=0.013888;REFB=0;REVB=0.013665;RO=0;SAF=78;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61268e-06;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:161:0:0:158:161:1:80:78:0:0:81:80:0:0 chr1 225611661 . C T 1829.8 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.073;QD=60.9934;RBI=0.0365346;REFB=0;REVB=0.00331172;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139341;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:120:0:0:116:120:1:57:59:0:0:59:61:0:0 chr1 225682560 . G A 223.03 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9762;QD=49.5612;RBI=0.0892619;REFB=0;REVB=0.0802587;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00374045;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr1 226019633 . T C 216.68 PASS AF=0.4;AO=25;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0262048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.864;QD=13.3342;RBI=0.0263297;REFB=-0.00607254;REVB=0.002561;RO=38;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391014;STB=0.541369;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00653018;OID=.;OPOS=226019633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:25:26:0.4:16:9:15:23:17:9:16:23 chr1 226026405 . CA AC,CAC 78.56 PASS AF=0,0.40625;AO=2,8;DP=35;FAO=0,13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=0,6;FSAR=0,7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0452964,-0.0365227;FXX=0.0588062;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=47.928,41.9642;QD=9.81955;RBI=0.111855,0.0783033;REFB=0.0113774,-0.0035471;REVB=-0.102273,-0.069264;RO=21;SAF=2,2;SAR=0,6;SRF=6;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.613472,-0.0525008;STB=0.5,0.588105;STBP=1,0.446;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0733474;OID=.,.;OPOS=226026405,226026407;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:77:35:32:21:19:2,8:0,13:0,0.40625:0,6:2,2:6:15:0,7:0,6:6:13 chr1 226054333 . G A 516.85 PASS AF=0.592593;AO=47;DP=80;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00861224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8225;QD=25.5236;RBI=0.0414009;REFB=-0.0139671;REVB=0.0404952;RO=33;SAF=16;SAR=31;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184343;STB=0.593262;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0150919;OID=.;OPOS=226054333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:33:33:47:48:0.592593:31:16:19:14:31:17:19:14 chr1 226055595 . G A 169.54 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0184961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8733;QD=12.33;RBI=0.0573144;REFB=-0.0366819;REVB=-0.0542479;RO=34;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12369;STB=0.558437;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.085984;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:34:20:21:0.381818:8:12:24:10:8:13:24:10 chr1 226074563 . T G 79.45 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0218838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0142;QD=6.90851;RBI=0.100424;REFB=-0.0082092;REVB=-0.098011;RO=35;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136578;STB=0.586989;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0178163;OID=.;OPOS=226074563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:8:3:13:22:8:3:13:22 chr1 226352498 . T G 395.2 PASS AF=0.5;AO=30;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0123976;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=242.072;QD=19.7601;RBI=0.0254927;REFB=0.00296053;REVB=0.022275;RO=19;SAF=23;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206271;STB=0.623772;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00284146;OID=.;OPOS=226352498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:19:40:30:40:0.5:7:23:10:9:9:31:23:17 chr1 226474132 . G A 1432.92 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.19;QD=62.9854;RBI=0.0113127;REFB=0;REVB=0.00280542;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.43541e-06;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:50:40:0:0:50:41:0:0 chr1 226555302 . A G 536.07 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0536272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.402;QD=26.4725;RBI=0.0562743;REFB=-0.0211785;REVB=-0.0170563;RO=32;SAF=18;SAR=31;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059476;STB=0.503245;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0166514;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:32:49:49:0.604938:31:18:12:20:31:18:12:20 chr1 226570840 . T C 209.23 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00636937;FXX=0.017854;HRUN=6;LEN=1;MLLD=174.988;QD=15.2169;RBI=0.0168271;REFB=-0.0291627;REVB=-0.015575;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163212;STB=0.592068;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0172886;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:31:24:24:0.436364:14:10:17:12:14:10:18:13 chr1 226573364 . A G 223.88 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0196414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.697;QD=19.4675;RBI=0.0418081;REFB=-0.0277398;REVB=0.0369071;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177586;STB=0.588532;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0265569;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:12:9:6:18:13:9:6:18 chr1 226589958 . G A 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0376133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.105;QD=12.0842;RBI=0.0376148;REFB=-0.00543482;REVB=-0.000336261;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211797;STB=0.624844;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0117577;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:6:10:13:17:6:10:13:17 chr1 226923505 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.996;QD=58.4197;RBI=0.0165489;REFB=0;REVB=0.0145005;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47035e-05;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr1 226923938 . A C 470.99 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0431114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.275;QD=17.2841;RBI=0.0446919;REFB=-0.01489;REVB=-0.0117801;RO=58;SAF=24;SAR=27;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214412;STB=0.511926;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0160927;OID=.;OPOS=226923938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:51:51:0.46789:27:24:26:32:27:24:26:32 chr1 226924642 . C T 89.41 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0596306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3419;QD=15.5504;RBI=0.104751;REFB=-0.0152575;REVB=0.0861223;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293955;STB=0.671941;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0244228;OID=.;OPOS=226924642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:7:5:8:3:7:5 chr1 227069677 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.392;QD=56.1916;RBI=0.0278787;REFB=0;REVB=-0.00534496;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41674e-05;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr1 227069737 . C T 55.34 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0131794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.433;QD=11.6513;RBI=0.0409203;REFB=-0.0373974;REVB=0.0387399;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425288;STB=0.695742;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0543213;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:19:19:11:11:7:8:0.421053:5:2:8:3:5:3:8:3 chr1 227071525 . C T 244.85 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00309746;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8073;QD=15.3031;RBI=0.0207661;REFB=-0.00198312;REVB=-0.0205338;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199627;STB=0.612505;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00275482;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:36:28:28:0.4375:13:15:12:24:13:15:12:24 chr1 227178948 . G A 179.0 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00378158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6876;QD=12.5616;RBI=0.0794883;REFB=0.00561926;REVB=-0.0793983;RO=33;SAF=4;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287571;STB=0.656492;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0131061;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:33:35:22:22:0.385965:18:4:13:20:18:4:13:22 chr1 227182032 . AG A,AA 697.79 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=12,31;DP=43;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404832,0.00696982;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.045,217.107;QD=63.4353;RBI=0.0883366,0.0985417;REFB=0,0;REVB=0.0882438,0.0982949;RO=0;SAF=1,28;SAR=11,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.23983e-08,3.7166e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0488614,-0.000281852;OID=.,.;OPOS=227182033,227182033;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0227273,0.977273:12,31:43:1,43:44:0:0,29:1,14:0:0:4:0:1,28:11,3:0:0 chr1 227182575 . A G 319.1 PASS AF=0.55;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00679702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2736;QD=21.2736;RBI=0.00680283;REFB=-0.017441;REVB=0.000281243;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820959;STB=0.538438;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0118571;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:27:32:33:0.55:15:17:17:10:15:18:17:10 chr1 227504794 . T C 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0169755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.626;QD=19.4776;RBI=0.0176995;REFB=0.00539994;REVB=-0.00501029;RO=42;SAF=23;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341738;STB=0.518993;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00502417;OID=.;OPOS=227504794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:18:23:22:20:18:23:22:20 chr1 227681475 . T C 1218.27 PASS AF=0.465201;AO=123;DP=270;FAO=127;FDP=273;FR=.;FRO=146;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=77;FSRR=69;FWDB=0.00615214;FXX=0.0144399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.863;QD=17.85;RBI=0.0758959;REFB=-0.0281242;REVB=0.0756461;RO=132;SAF=69;SAR=54;SRF=63;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790323;STB=0.525729;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.029021;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:273:132:146:123:127:0.465201:54:69:63:69:54:73:77:69 chr1 227920103 . G A 1292.26 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.171;QD=59.4141;RBI=0.0574381;REFB=-0.103971;REVB=0.0562646;RO=1;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106453;STB=0.505493;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00203081;OID=.;OPOS=227920103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:87:1:1:85:86:0.988506:44:41:0:1:45:41:0:1 chr1 227922918 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.133;QD=44.6897;RBI=0.0364633;REFB=0;REVB=0.0137801;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200234;OID=.;OPOS=227922918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr1 227935444 . A G 833.06 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.126;QD=57.4526;RBI=0.0459478;REFB=0;REVB=0.0314943;RO=0;SAF=15;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135223;OID=.;OPOS=227935444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:42:15:0:0:42:16:0:0 chr1 227963491 . G T 800.43 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.812;QD=57.1737;RBI=0.0380205;REFB=0;REVB=0.035948;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99375e-05;OID=.;OPOS=227963491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr1 228003839 . C T 1526.58 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040245;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.69;QD=59.8659;RBI=0.0473263;REFB=0;REVB=0.0249022;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33617e-05;OID=.;OPOS=228003839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:101:102:1:58:43:0:0:58:44:0:0 chr1 228033197 . A G 913.63 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583821;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.219;QD=58.0081;RBI=0.0256911;REFB=0;REVB=0.0250189;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707974;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:36:26:0:0:37:26:0:0 chr1 228113163 . A G 312.91 PASS AF=0.418605;AO=34;DP=84;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0113156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4335;QD=14.554;RBI=0.0318135;REFB=-0.0139576;REVB=-0.0297331;RO=47;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113162;STB=0.569729;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0247307;OID=.;OPOS=228113163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:47:50:34:36:0.418605:18:16:17:30:18:18:19:31 chr1 228347352 . A G 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00767454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.264;QD=45.4844;RBI=0.00913012;REFB=-0.0305233;REVB=0.00494576;RO=2;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152852;STB=0.583252;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0035155;OID=.;OPOS=228347352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:5:17:0:2:5:17:0:2 chr1 228352160 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.266;QD=50.4118;RBI=0.0432308;REFB=0;REVB=-0.0152522;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291049;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr1 228362682 . G A 174.11 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0368226;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.419;QD=19.3457;RBI=0.0368571;REFB=-0.0209838;REVB=0.00159544;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586403;STB=0.527919;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0207428;OID=.;OPOS=228362682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:18:18:18:0.5:8:10:9:7:8:10:9:9 chr1 228399482 . C G 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.713;QD=57.234;RBI=0.0363207;REFB=-0.0672036;REVB=0.0283953;RO=1;SAF=47;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242139;STB=0.512817;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000362095;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:19:47:0:1:19:47:0:1 chr1 228399766 . T C 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00512207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.872;QD=18.7119;RBI=0.00643927;REFB=-0.0182796;REVB=-0.00390239;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708919;STB=0.540149;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0145793;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:6:13:11:7:6:13 chr1 228402047 . A G 897.28 PASS AF=0.469072;AO=90;DP=194;FAO=91;FDP=194;FR=.;FRO=103;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=62;FWDB=0.0170107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6248;QD=18.5007;RBI=0.0347289;REFB=-0.013806;REVB=-0.0302776;RO=103;SAF=46;SAR=44;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108933;STB=0.56267;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0193103;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:103:103:90:91:0.469072:44:46:41:62:44:47:41:62 chr1 228402121 . A G 527.96 PASS AF=0.432836;AO=56;DP=132;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.0688122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.69;QD=15.7599;RBI=0.0712015;REFB=-0.00739271;REVB=-0.0182901;RO=76;SAF=30;SAR=26;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170694;STB=0.593384;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0121909;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:76:76:56:58:0.432836:26:30:28:48:27:31:28:48 chr1 228412227 . TG CA 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00666406;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.45;QD=13.4159;RBI=0.0146932;REFB=-0.0104914;REVB=0.013095;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04882;STB=0.527936;STBP=0.769;TYPE=mnp;VARB=0.0155879;OID=.;OPOS=228412227;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:11:14:19:18:11:14:19:18 chr1 228412308 . G A 315.53 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00754654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.256;QD=15.0251;RBI=0.0260912;REFB=-0.0074266;REVB=-0.0249759;RO=49;SAF=12;SAR=23;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17864;STB=0.601354;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.011827;OID=.;OPOS=228412308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:23:12:25:24:23:12:25:24 chr1 228431095 . A G 487.79 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0153676;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.054;QD=24.0885;RBI=0.0154206;REFB=-0.019797;REVB=0.00127654;RO=35;SAF=29;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255096;STB=0.514002;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0115261;OID=.;OPOS=228431095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:35:35:46:46:0.567901:17:29:21:14:17:29:21:14 chr1 228433217 . A G 257.44 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.000151217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.074;QD=13.9156;RBI=0.0146174;REFB=-0.0116647;REVB=-0.0146166;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132506;STB=0.570982;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0211349;OID=.;OPOS=228433217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:43:44:29:30:0.405405:16:13:14:29:17:13:14:30 chr1 228434395 . T C 288.51 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.017413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.948;QD=13.7386;RBI=0.0196572;REFB=-0.0126884;REVB=-0.00912116;RO=50;SAF=13;SAR=20;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379929;STB=0.52634;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.023816;OID=.;OPOS=228434395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:51:33:33:0.392857:20:13:18:32:20:13:18:33 chr1 228434467 . T C 180.74 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0113187;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.329;QD=10.6316;RBI=0.0194397;REFB=0.0043583;REVB=0.0158047;RO=42;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615191;STB=0.554044;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0097809;OID=.;OPOS=228434467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:42:45:23:23:0.338235:13:10:16:26:13:10:16:29 chr1 228444565 . T A 627.98 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.636;QD=61.2659;RBI=0.0556842;REFB=0;REVB=0.0501436;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176183;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:26:15:0:0 chr1 228456147 . T C 253.59 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00253246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.702;QD=17.4887;RBI=0.0291577;REFB=-0.0148977;REVB=-0.0290475;RO=30;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127236;STB=0.571378;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.017417;OID=.;OPOS=228456147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:12:16:13:17:12:16:13:17 chr1 228461129 . A G 1232.54 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0305719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.559;QD=60.1241;RBI=0.0305928;REFB=-0.15319;REVB=0.00113234;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00107475;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:0:1:81:81:0.987805:43:38:0:0:43:38:1:0 chr1 228464248 . T G 593.93 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.684;QD=60.9162;RBI=0.0400092;REFB=0;REVB=0.0308535;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134308;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:12:24:0:0:12:27:0:0 chr1 228464276 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.57;QD=61.3363;RBI=0.0203431;REFB=0;REVB=0.0186792;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95137e-05;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr1 228467711 . G A 555.83 PASS AF=0.368715;AO=66;DP=173;FAO=66;FDP=179;FR=.;FRO=113;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.0137962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.218;QD=12.4207;RBI=0.0477579;REFB=-0.019145;REVB=-0.0457218;RO=107;SAF=20;SAR=46;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251948;STB=0.629189;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0410177;OID=.;OPOS=228467711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:179:107:113:66:66:0.368715:46:20:56:51:46:20:56:57 chr1 228468244 . G A 357.91 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0420691;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3754;QD=17.2485;RBI=0.0429854;REFB=0.00383583;REVB=0.0088285;RO=42;SAF=26;SAR=12;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139495;STB=0.600489;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00472453;OID=.;OPOS=228468244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:45:38:38:0.457831:12:26:23:19:12:26:23:22 chr1 228469821 . G A 399.28 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00402813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.816;QD=15.3571;RBI=0.0124524;REFB=0.00137394;REVB=0.0117829;RO=59;SAF=22;SAR=23;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0026647;STB=0.501496;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00127489;OID=.;OPOS=228469821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:23:22:29:30:23:22:29:30 chr1 228469870 . C T 370.87 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0097073;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.239;QD=16.4832;RBI=0.0102235;REFB=-0.0134865;REVB=0.00320743;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938775;STB=0.553116;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0181265;OID=.;OPOS=228469870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:47:51:39:39:0.433333:22:17:25:22:22:17:27:24 chr1 228469903 . AG TT 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00172926;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.373;QD=13.7412;RBI=0.00318648;REFB=-0.010747;REVB=-0.00267644;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042216;STB=0.524068;STBP=0.791;TYPE=mnp;VARB=0.0182716;OID=.;OPOS=228469903;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:16:13:21:22:16:13:21:22 chr1 228471379 . G C 338.36 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0394748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0259;QD=12.5318;RBI=0.0548475;REFB=0.0226527;REVB=0.0380787;RO=66;SAF=26;SAR=15;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258609;STB=0.642627;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0429307;OID=.;OPOS=228471379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:67:41:41:0.37963:15:26:26:40:15:26:27:40 chr1 228476366 . GA TT 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0241266;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.992;QD=8.37078;RBI=0.0265075;REFB=-0.0128356;REVB=0.0109798;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135506;STB=0.583184;STBP=0.541;TYPE=mnp;VARB=0.0419943;OID=.;OPOS=228476366;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:6:5:16:12:6:5:16:12 chr1 228476414 . G A 160.38 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0558658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.008;QD=10.3468;RBI=0.0561187;REFB=-0.0609929;REVB=-0.00532227;RO=41;SAF=7;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284309;STB=0.666508;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0606611;OID=.;OPOS=228476414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:14:7:24:17:14:7:24:17 chr1 228480282 . A G 1320.82 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.347;QD=62.1564;RBI=0.0221493;REFB=0;REVB=-0.000190193;RO=0;SAF=56;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2785e-05;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:28:56:0:0:29:56:0:0 chr1 228482028 . G C 1139.43 PASS AF=0.57377;AO=105;DP=183;FAO=105;FDP=183;FR=.;FRO=78;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.0125301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.178;QD=24.9056;RBI=0.0467651;REFB=-0.0369941;REVB=0.0450552;RO=77;SAF=46;SAR=59;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281906;STB=0.512084;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0321405;OID=.;OPOS=228482028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:77:78:105:105:0.57377:59:46:31:46:59:46:32:46 chr1 228486404 . C T 501.68 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0117766;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4129;QD=27.1181;RBI=0.055369;REFB=-0.00651808;REVB=-0.0541021;RO=28;SAF=19;SAR=27;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011085;STB=0.506043;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00453687;OID=.;OPOS=228486404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:28:28:46:46:0.621622:27:19:12:16:27:19:12:16 chr1 228494696 . G A 1101.83 PASS AF=0.986667;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000779751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.579;QD=58.7645;RBI=0.0791471;REFB=-0.0674231;REVB=0.0791433;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000167842;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:75:0:1:71:74:0.986667:39:32:0:0:41:33:0:1 chr1 228496014 . G A 221.86 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.031126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1519;QD=25.355;RBI=0.0586494;REFB=-0.0264495;REVB=0.0497084;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171611;STB=0.576852;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0205686;OID=.;OPOS=228496014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:14:21:21:0.6:11:10:3:10:11:10:4:10 chr1 228503677 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.948;QD=57.712;RBI=0.04693;REFB=0;REVB=-0.0217811;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94999e-05;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr1 228504472 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4302;QD=56.9371;RBI=0.0382167;REFB=0;REVB=0.00189695;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341835;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 228504591 . C A 173.31 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00452536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.843;QD=18.7362;RBI=0.0701605;REFB=-0.0550735;REVB=0.0700144;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154455;STB=0.598078;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0640596;OID=.;OPOS=228504591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:10:7:11:8:11:7:11:8 chr1 228504669 . G A 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0116661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.725;QD=15.6987;RBI=0.0984565;REFB=-0.0264729;REVB=0.0977629;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143553;STB=0.582175;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0422503;OID=.;OPOS=228504669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:14:5:6:9:14:5 chr1 228505204 . G A 1009.29 PASS AF=0.959459;AO=69;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00730092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7926;QD=54.5565;RBI=0.118513;REFB=-0.0846437;REVB=0.118288;RO=1;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165827;STB=0.503708;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00443146;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:1:3:69:71:0.959459:28:41:0:1:30:41:2:1 chr1 228505668 . C G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.921;QD=63.583;RBI=0.0188933;REFB=0;REVB=-0.0185842;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121373;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr1 228505699 . T C 289.22 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6147;QD=52.585;RBI=0.0607352;REFB=0;REVB=0.0607352;RO=0;SAF=0;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188151;OID=.;OPOS=228505699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:22:0:0:0:22:0:0:0 chr1 228505727 . C T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0241951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.527;QD=19.668;RBI=0.0244571;REFB=-0.0116085;REVB=-0.00356981;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156105;STB=0.587075;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00965739;OID=.;OPOS=228505727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:15:4:2:17:15:4:2:17 chr1 228505739 . G A 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0313707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.856;QD=19.6678;RBI=0.035725;REFB=-0.0187317;REVB=0.0170925;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127057;STB=0.572437;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0172082;OID=.;OPOS=228505739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:15:4:6:13:15:4:6:13 chr1 228505750 . C T 209.5 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0157332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7849;QD=18.6225;RBI=0.0249922;REFB=-0.0181876;REVB=0.0194185;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229796;STB=0.628464;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0144351;OID=.;OPOS=228505750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:4:20:13:8:4:20 chr1 228509427 . A G 972.52 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0175;QD=58.9407;RBI=0.0342157;REFB=0;REVB=-0.0249038;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22143e-05;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr1 228525008 . G A 578.91 PASS AF=0.432432;AO=46;DP=154;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0465116;FXX=0.0389585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0405;QD=15.6462;RBI=0.0465216;REFB=-0.0416037;REVB=-0.00096657;RO=63;SAF=19;SAR=27;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163894;STB=0.533697;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0324509;OID=.;OPOS=228525008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:148:63:84:46:64:0.432432:27:19:27:36:38:26:39:45 chr1 228526011 . C T 454.8 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00751612;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.167;QD=19.7739;RBI=0.0368855;REFB=-0.0128051;REVB=-0.0361117;RO=47;SAF=16;SAR=29;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887825;STB=0.549389;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0134804;OID=.;OPOS=228526011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:47:47:45:45:0.48913:29:16:21:26:29:16:21:26 chr1 228526665 . T C 1156.06 PASS AF=0.5;AO=117;DP=231;FAO=115;FDP=230;FR=.;FRO=115;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=51;FSRR=64;FWDB=0.0302591;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.617;QD=20.1053;RBI=0.0398088;REFB=-0.0335981;REVB=-0.0258675;RO=112;SAF=63;SAR=54;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662229;STB=0.552122;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0330366;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:112:115:117:115:0.5:54:63:52:60:52:63:51:64 chr1 228528563 . C G 168.23 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0308514;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.012;QD=10.1959;RBI=0.0336615;REFB=-0.00573456;REVB=0.0134642;RO=45;SAF=9;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191575;STB=0.605384;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00922684;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:45:44:22:22:0.333333:13:9:26:19:13:9:25:19 chr1 228548197 . G A 118.52 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.000719798;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.779;QD=12.1555;RBI=0.00611838;REFB=-0.00590524;REVB=-0.00607589;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770945;STB=0.545391;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00923452;OID=.;OPOS=228548197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:9:16:8:6:9:16 chr1 228550426 . C T 658.66 PASS AF=0.489051;AO=66;DP=131;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.000500067;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=107.874;QD=19.231;RBI=0.0102927;REFB=-0.0255487;REVB=0.0102805;RO=65;SAF=43;SAR=23;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281175;STB=0.659952;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0136723;OID=.;OPOS=228550426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:137:65:70:66:67:0.489051:23:43:22:43:23:44:24:46 chr1 228558891 . CCGGG CCGG,CCGGC,CGG 544.38 PASS AF=1,0,0;AO=32,2,5;DP=41;FAO=41,0,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0,0;FSAR=24,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0942511,-0.0605606,-0.170154;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=19.8246,6.03207,6.19306;QD=53.1097;RBI=0.121673,0.0606765,0.182285;REFB=0,0,0;REVB=-0.076949,0.00374739,-0.0653869;RO=1;SAF=10,2,5;SAR=22,0,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0.384615,0,0.416667;SSSB=0.0207543,0.697199,0.767767;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00111058,0,0;OID=.,.,.;OPOS=228558893,228558895,228558892;OREF=G,G,CG;OALT=-,C,-;OMAPALT=CCGG,CCGGC,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:32,2,5:41:41,0,0:41:0:17,0,0:24,0,0:0:0:3:1:10,2,5:22,0,0:0:1 chr1 228559994 . C T 1235.79 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0386699;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.378;QD=60.2826;RBI=0.0387913;REFB=-0.228698;REVB=0.0030667;RO=1;SAF=27;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172124;STB=0.509089;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.001671;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:54:27:1:0:54:27:1:0 chr1 228560034 . C T 342.86 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0354584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.399;QD=21.4287;RBI=0.035461;REFB=-0.0151941;REVB=-0.000429766;RO=29;SAF=14;SAR=21;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108883;STB=0.559967;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0193355;OID=.;OPOS=228560034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:21:14:8:21:21:14:8:21 chr1 228560139 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.225;QD=59.8393;RBI=0.00497627;REFB=0;REVB=-0.00272646;RO=0;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46622e-05;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:8:28:0:0:8:28:0:0 chr1 228560700 . T C 3440.77 PASS AF=1;AO=219;DP=219;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6091;QD=62.5594;RBI=0.080294;REFB=0;REVB=-0.0792814;RO=0;SAF=106;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186153;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:220:0:0:219:220:1:113:106:0:0:114:106:0:0 chr1 228612838 . G T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.204;QD=56.9378;RBI=0.0129757;REFB=0;REVB=-0.00542714;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10959e-05;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr1 228680869 . C G 266.79 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0754082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.975;QD=20.1353;RBI=0.0756949;REFB=-0.0297477;REVB=0.00658248;RO=24;SAF=7;SAR=21;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127649;STB=0.564657;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0224337;OID=.;OPOS=228680869;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:21:7:9:15:21:7:9:16 chr1 228699477 . T C 739.89 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000225936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8773;QD=56.9147;RBI=0.0078456;REFB=0;REVB=-0.00784235;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47549e-05;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr1 228743499 . C A 1477.84 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0759075;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4314;QD=58.5283;RBI=0.0759195;REFB=-0.086828;REVB=0.00134759;RO=1;SAF=55;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854764;STB=0.504504;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.000746533;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:101:1:1:100:100:0.990099:45:55:1:0:45:55:1:0 chr1 229663064 . GAGGAA G 278.32 PASS AF=0.884615;AO=22;DP=27;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0204005;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=5;MLLD=183.022;QD=42.8179;RBI=0.0444816;REFB=-0.00809386;REVB=0.0395276;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.530698;STBP=0.534;TYPE=del;VARB=0.00447214;OID=.;OPOS=229663065;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.884615:22:27:23:26:3:4:19:1:2:15:0:4:18:0:0 chr1 229730452 . G A 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0204545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.126;QD=21.0143;RBI=0.026912;REFB=-0.0123082;REVB=-0.0174892;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030493;STB=0.51722;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0229761;OID=.;OPOS=229730452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:7:6:8:8:7:6 chr1 229737680 . C T 386.01 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.000815358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.793;QD=15.7557;RBI=0.00268078;REFB=-0.0162192;REVB=0.00255378;RO=55;SAF=19;SAR=22;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280548;STB=0.516218;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0280726;OID=.;OPOS=229737680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:55:57:41:41:0.418367:22:19:27:28:22:19:28:29 chr1 229738170 . T G 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.452;QD=63.3365;RBI=0.0282678;REFB=0;REVB=0.0266578;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68507e-05;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr1 229738236 . G A 1037.37 PASS AF=0.892857;AO=73;DP=82;FAO=75;FDP=84;FR=.;FRO=9;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-4.607e-05;FXX=0.0117633;HRUN=6;LEN=1;MLLD=124.412;QD=49.3986;RBI=0.013846;REFB=-0.0303237;REVB=-0.0138459;RO=9;SAF=33;SAR=40;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215396;STB=0.509552;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.000502649;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:82:84:9:9:73:75:0.892857:40:33:5:4:40:35:5:4 chr1 229772693 . T G 557.94 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.529;QD=60.3173;RBI=0.0758891;REFB=0;REVB=0.0501936;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256051;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:37:0:0:33:37:1:19:14:0:0:22:15:0:0 chr1 229772932 . A G 227.13 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=40;FWDB=-0.0221943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=323.26;QD=11.3566;RBI=0.0322044;REFB=-0.0101523;REVB=-0.0233352;RO=52;SAF=7;SAR=21;SRF=12;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293261;STB=0.516937;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0198624;OID=.;OPOS=229772932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:21:7:12:40:21:7:12:40 chr1 229773441 . C T 354.18 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0289669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.608;QD=12.3192;RBI=0.0294424;REFB=0.00222175;REVB=0.00526967;RO=72;SAF=22;SAR=21;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134683;STB=0.576578;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00679242;OID=.;OPOS=229773441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:72:72:43:43:0.373913:21:22:28:44:21:22:28:44 chr1 229790048 . A G 2368.38 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00499733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1019;QD=60.3408;RBI=0.0533338;REFB=0.0178549;REVB=-0.0530992;RO=1;SAF=62;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761111;STB=0.503999;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000295099;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:155:156:0.993631:93:62:1:0:94:62:1:0 chr1 230384937 . T C 972.9 PASS AF=0.971831;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00750224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.423;QD=54.811;RBI=0.0755559;REFB=-0.107568;REVB=0.0751825;RO=3;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398855;STB=0.51351;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00178084;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:71:3:2:67:69:0.971831:34:33:0:3:36:33:0:2 chr1 230415148 . G A 265.5 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0109335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.945;QD=11.1789;RBI=0.0138983;REFB=-0.00222236;REVB=0.00858035;RO=62;SAF=12;SAR=20;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903887;STB=0.547915;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00413045;OID=.;OPOS=230415148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:63:32:32:0.336842:20:12:28:34:20:12:28:35 chr1 230416319 . A C 909.44 PASS AF=0.569444;AO=82;DP=149;FAO=82;FDP=144;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0131676;FXX=0.0335548;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.531;QD=25.2623;RBI=0.0131714;REFB=-0.0179571;REVB=-0.000319768;RO=66;SAF=37;SAR=45;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152101;STB=0.506848;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0127872;OID=.;OPOS=230416319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:144:66:62:82:82:0.569444:45:37:31:35:45:37:27:35 chr1 230417557 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109108;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.681;QD=58.1421;RBI=0.0348571;REFB=0;REVB=0.0331054;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09554e-05;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:6:26:0:0:6:26:0:0 chr1 230417560 . A G 464.15 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6394;QD=58.019;RBI=0.0739696;REFB=0;REVB=0.0463623;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223939;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:6:26:0:0:6:26:0:0 chr1 230829139 . A G 338.06 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00307401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1939;QD=28.7706;RBI=0.064936;REFB=0.02088;REVB=0.0648632;RO=18;SAF=11;SAR=18;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343037;STB=0.518855;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0077975;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:18:11:6:12:18:11:6:12 chr1 230841687 . T C 1540.02 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0063408;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.481;QD=59.8067;RBI=0.0386743;REFB=0;REVB=-0.0381509;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132428;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:53:50:0:0:53:50:0:0 chr1 230845794 . A G 1008.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.62;QD=59.3176;RBI=0.0151075;REFB=0;REVB=-0.0150521;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03639e-05;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr1 230846219 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00448146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.384;QD=16.3859;RBI=0.029012;REFB=-0.00131701;REVB=0.0286638;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349937;STB=0.710535;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.000938241;OID=.;OPOS=230846219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:1:8:5:3:1:8:5:3 chr1 230895340 . C A 438.3 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00543651;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.088;QD=21.123;RBI=0.0115383;REFB=-0.01704;REVB=-0.0101773;RO=32;SAF=16;SAR=27;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00241553;STB=0.563775;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0156051;OID=.;OPOS=230895340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:32:40:43:43:0.518072:27:16:12:20:27:16:20:20 chr1 230898494 . C T 519.11 PASS AF=0.448;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0166249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8299;QD=16.6116;RBI=0.0166295;REFB=0.00114612;REVB=-0.000392614;RO=68;SAF=29;SAR=27;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320252;STB=0.513856;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00209706;OID=.;OPOS=230898494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:69:56:56:0.448:27:29:33:35:27:29:34:35 chr1 230903350 . T C 253.56 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00714425;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.054;QD=16.3588;RBI=0.0195914;REFB=-0.00501877;REVB=0.0182423;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099546;STB=0.542827;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00584516;OID=.;OPOS=230903350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:28:34:28:28:0.451613:12:16:19:9:12:16:22:12 chr1 230914729 . A C 479.36 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00741993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.65;QD=19.9735;RBI=0.0162654;REFB=-0.00970642;REVB=-0.0144744;RO=49;SAF=27;SAR=20;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163835;STB=0.509087;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0105968;OID=.;OPOS=230914729;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:20:27:29:20:20:27:29:20 chr1 230933898 . C T 87.8 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0355242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.188;QD=13.5078;RBI=0.0368184;REFB=-0.0272103;REVB=-0.00967597;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225189;STB=0.607823;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.047933;OID=.;OPOS=230933898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:15:15:10:11:0.423077:6:4:3:12:7:4:3:12 chr1 230974609 . C T 1390.6 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00935129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.57;QD=62.4989;RBI=0.0177096;REFB=0;REVB=0.0150394;RO=0;SAF=67;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38184e-06;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:21:67:0:0:21:68:0:0 chr1 231057246 . GA G,GT 1494.72 PASS AF=0.0194175,0.980583;AO=21,77;DP=103;FAO=2,101;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=2,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240888,0.0731363;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=30.3442,108.323;QD=58.0475;RBI=0.0153126,0.0733066;REFB=0,0;REVB=0.015122,0.00499262;RO=0;SAF=3,33;SAR=18,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.58027e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0187883,0.000770275;OID=.,.;OPOS=231057247,231057247;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0194175,0.980583:21,77:103:2,101:103:0:0,37:2,64:0:0:3:0:3,33:18,44:0:0 chr1 231057248 . C T 147.54 PASS AF=0.223301;AO=21;DP=101;FAO=23;FDP=103;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0343699;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1783;QD=5.72961;RBI=0.0350327;REFB=-0.0421104;REVB=-0.00678213;RO=80;SAF=3;SAR=18;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426512;STB=0.788621;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.132829;OID=.;OPOS=231057248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:80:80:21:23:0.223301:18:3:34:46:20:3:34:46 chr1 231488524 . C T 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1194;QD=61.0456;RBI=0.0543084;REFB=0;REVB=0.00342516;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408807;OID=.;OPOS=231488524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr1 231502144 . T C 531.58 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.000251246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.872;QD=18.3302;RBI=0.00957191;REFB=-0.00328883;REVB=0.00956861;RO=60;SAF=25;SAR=31;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190562;STB=0.510562;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00282424;OID=.;OPOS=231502144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:31:25:28:32:31:25:28:32 chr1 231664607 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0368306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.138;QD=18.0872;RBI=0.0368618;REFB=0.00211822;REVB=-0.00151629;RO=27;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146245;STB=0.582557;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00238509;OID=.;OPOS=231664607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:19:7:11:16:19:7:11:16 chr1 231830295 . G A 371.78 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0277691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.098;QD=17.4953;RBI=0.0358944;REFB=-0.0312302;REVB=0.0227438;RO=46;SAF=18;SAR=21;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22431;STB=0.624939;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.044661;OID=.;OPOS=231830295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:21:18:32:14:21:18:32:14 chr1 231903010 . C T 228.9 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00773444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.912;QD=16.0628;RBI=0.0255037;REFB=-0.0039609;REVB=-0.0243026;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804248;STB=0.537786;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00399942;OID=.;OPOS=231903010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:10:16:16:14:10:16:17:14 chr1 232144598 . A T 303.71 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0248156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.429;QD=16.1979;RBI=0.0259723;REFB=-0.0239859;REVB=0.00766459;RO=42;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153808;STB=0.598516;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0316375;OID=.;OPOS=232144598;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:41:33:34:0.453333:13:20:19:23:13:21:18:23 chr1 232144887 . A G 243.68 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0356664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9347;QD=23.208;RBI=0.0445585;REFB=-0.0270652;REVB=-0.0267089;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153386;STB=0.585699;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0323758;OID=.;OPOS=232144887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:14:9:11:8:14:9:11:8 chr1 232534957 . T C 1254.38 PASS AF=0.976471;AO=84;DP=84;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0328426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.781;QD=59.0295;RBI=0.0573816;REFB=-0.0974992;REVB=0.0470532;RO=0;SAF=25;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508473;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00273957;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:85:0:2:84:83:0.976471:59:25:0:0:58:25:0:2 chr1 232539219 . C T 1218.96 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00211428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.602;QD=58.7452;RBI=0.0325405;REFB=0.0156895;REVB=0.0324718;RO=2;SAF=35;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00292981;STB=0.501666;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000422817;OID=.;OPOS=232539219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:80:81:0.975904:45:35:1:1:46:35:1:1 chr1 232574921 . T C 283.11 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.088968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.882;QD=17.4223;RBI=0.089527;REFB=-0.0228422;REVB=0.0099888;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137584;STB=0.508435;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0274852;OID=.;OPOS=232574921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:34:31:31:0.476923:15:16:17:15:15:16:17:17 chr1 232581376 . G A 317.9 PASS AF=0.344538;AO=39;DP=104;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.000934142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.1922;QD=10.6857;RBI=0.012582;REFB=-0.0295164;REVB=-0.0125473;RO=59;SAF=13;SAR=26;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34163;STB=0.625635;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0470576;OID=.;OPOS=232581376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:119:59:78:39:41:0.344538:26:13:39:20:28:13:39:39 chr1 232941354 . G T 95.73 PASS AF=0.4;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0201073;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.467;QD=12.7638;RBI=0.0474125;REFB=-0.0283127;REVB=0.0429377;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075548;STB=0.517017;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0373891;OID=.;OPOS=232941354;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:30:21:18:11:12:0.4:5:6:10:11:5:7:10:8 chr1 232944007 . T A 45.99 PASS AF=0.100775;AO=13;DP=129;FAO=13;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=116;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=-0.0655704;FXX=0.00769172;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.1782;QD=1.42608;RBI=0.153862;REFB=-0.0209268;REVB=-0.139191;RO=89;SAF=0;SAR=13;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.662471;STB=0.904082;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.117095;OID=.;OPOS=232944007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:129:129:89:116:13:13:0.100775:13:0:40:49:12:1:56:60 chr1 232944569 . C T 224.92 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0283743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.347;QD=20.4469;RBI=0.0291191;REFB=-0.0143839;REVB=-0.00654382;RO=21;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379726;STB=0.681653;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00916616;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:22:21:22:0.5:15:6:15:6:15:7:15:7 chr1 232944926 . A T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00576296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.639;QD=19.7626;RBI=0.00805467;REFB=-0.0112082;REVB=-0.00562725;RO=25;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992073;STB=0.556187;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0122636;OID=.;OPOS=232944926;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:16:7:10:15:16:7:10:15 chr1 232967889 . T C 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410573;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.192;QD=57.1424;RBI=0.0438934;REFB=0;REVB=0.0155217;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64438e-05;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr1 233086456 . T C 172.77 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=-0.0747896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.971;QD=9.46697;RBI=0.0776236;REFB=-0.00539695;REVB=-0.0207832;RO=50;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927388;STB=0.554207;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0138219;OID=.;OPOS=233086456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:16:7:12:38:16:7:12:38 chr1 233086483 . GCC G,GC,GGC 556.76 PASS AF=0.419355,0.516129,0.0322581;AO=18,21,4;DP=54;FAO=26,32,2;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=10,5,0;FSAR=16,27,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00696877,0.0122626,-0.0150492;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=18.0218,13.0655,7.21989;QD=35.9201;RBI=0.0403993,0.0777759,0.0981407;REFB=-0.0221055,-0.0314684,-0.0141608;REVB=-0.0397937,-0.0768032,0.09698;RO=3;SAF=10,5,0;SAR=8,16,4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.144252,0.0790642,0;STB=0.52939,0.517846,0.5;STBP=0.338,0.63,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0190837,0.057879,-0.00600479;OID=.,.,.;OPOS=233086484,233086484,233086484;OREF=CC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GC,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.419355,0.516129,0.0322581:18,21,4:54:26,32,2:62:2:10,5,0:16,27,2:0:2:99:3:10,5,0:8,16,4:0:3 chr1 233091463 . T A 458.43 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.000761833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.364;QD=14.2149;RBI=0.0121819;REFB=-0.0142211;REVB=-0.0121581;RO=74;SAF=18;SAR=34;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665736;STB=0.536367;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0252075;OID=.;OPOS=233091463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:74:77:52:52:0.403101:34:18:30:44:34:18:31:46 chr1 233121791 . G A 86.2 PASS AF=0.34375;AO=7;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0230234;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2185;QD=10.7746;RBI=0.0260418;REFB=-0.00844885;REVB=-0.0121695;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323888;STB=0.549045;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0146223;OID=.;OPOS=233121791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:33:32:20:21:7:11:0.34375:6:1:7:13:6:5:8:13 chr1 233122127 . C T 294.49 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00352015;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.73;QD=26.1769;RBI=0.0107621;REFB=-0.0222436;REVB=-0.0101701;RO=19;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020035;STB=0.511103;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0162982;OID=.;OPOS=233122127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:19:19:26:26:0.577778:13:13:9:10:13:13:9:10 chr1 233134086 . C T 849.2 PASS AF=0.548611;AO=78;DP=143;FAO=79;FDP=144;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0137569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.045;QD=23.5888;RBI=0.0207506;REFB=-0.0330293;REVB=0.015535;RO=63;SAF=35;SAR=43;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0035338;STB=0.508442;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0282876;OID=.;OPOS=233134086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:63:65:78:79:0.548611:43:35:28:35:44:35:30:35 chr1 233231571 . T C 277.41 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0376025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.648;QD=18.4941;RBI=0.0453396;REFB=-0.00930019;REVB=0.0253324;RO=30;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217582;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102576;OID=.;OPOS=233231571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:19:10:11:19:19:11:11:19 chr1 233515413 . G A 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00972317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.766;QD=10.4723;RBI=0.00988926;REFB=-0.0114598;REVB=-0.00180481;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45341e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189984;OID=.;OPOS=233515413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:6:18:9:3:6:18 chr1 233518983 . G GT,T 2296.73 PASS AF=0.993827,0.00617284;AO=142,14;DP=168;FAO=161,1;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=70,1;FSAR=91,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274032,-0.0453507;FXX=0.0299383;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=22.088,4.77717;QD=56.7094;RBI=0.0202325,0.0742661;REFB=0,0;REVB=0.0200461,-0.0588113;RO=11;SAF=57,8;SAR=85,6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0583736,-0.203484;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000247538,0.0144087;OID=.,.;OPOS=233518984,233518983;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:162:11:0:142,14:161,1:0.993827,0.00617284:85,6:57,8:9:2:91,0:70,1:0:0 chr1 233518998 . C T 2689.85 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000978109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6225;QD=62.193;RBI=0.0482539;REFB=0;REVB=-0.0482439;RO=0;SAF=74;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108459;OID=.;OPOS=233518998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:173:0:0:172:173:1:98:74:0:0:98:75:0:0 chr1 233520845 . T C 309.97 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.000604698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.184;QD=18.5055;RBI=0.00963732;REFB=0.0086997;REVB=0.00961833;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147172;STB=0.581933;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00630107;OID=.;OPOS=233520845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:16:17:12:22:16:17:12:22 chr1 233759918 . T C 419.3 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00752587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.078;QD=17.6546;RBI=0.00755436;REFB=-0.00693524;REVB=0.000655492;RO=51;SAF=14;SAR=29;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150272;STB=0.579962;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0076168;OID=.;OPOS=233759918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:52:43:43:0.452632:29:14:24:27:29:14:24:28 chr1 233785786 . A C 572.46 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0139105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.655;QD=22.0176;RBI=0.0149813;REFB=-0.0125952;REVB=0.00556221;RO=47;SAF=32;SAR=25;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109449;STB=0.506001;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00988137;OID=.;OPOS=233785786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:47:57:57:0.548077:25:32:27:20:25:32:27:20 chr1 234040898 . G A 563.79 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00871338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.492;QD=21.0764;RBI=0.00906644;REFB=-0.0262038;REVB=0.00250547;RO=50;SAF=30;SAR=27;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630783;STB=0.534641;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0195373;OID=.;OPOS=234040898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:57:57:0.53271:27:30:30:20:27:30:30:20 chr1 234041317 . C T 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0352986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.064;QD=26.514;RBI=0.0371422;REFB=0.00554562;REVB=0.0115564;RO=19;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303379;STB=0.516766;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00457481;OID=.;OPOS=234041317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:16:11:7:12:16:11:7:12 chr1 234041422 . G C 577.91 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0109529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.543;QD=21.404;RBI=0.0305716;REFB=-0.0183961;REVB=0.0285422;RO=50;SAF=29;SAR=29;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101246;STB=0.555537;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0159776;OID=.;OPOS=234041422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:50:58:58:0.537037:29:29:19:31:29:29:19:31 chr1 234442257 . A T 479.25 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00226968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.89;QD=19.9685;RBI=0.00570436;REFB=-0.00722445;REVB=0.00523338;RO=48;SAF=24;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092952;STB=0.500222;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00821571;OID=.;OPOS=234442257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:49:47:47:0.489583:23:24:25:23:23:24:25:24 chr1 234509251 . C A 303.51 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00680954;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5948;QD=19.5814;RBI=0.00683574;REFB=-0.0381751;REVB=0.000597945;RO=27;SAF=11;SAR=21;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441455;STB=0.542406;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0273816;OID=.;OPOS=234509251;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:27:30:32:32:0.516129:21:11:8:19:21:11:8:22 chr1 234509259 . G C 268.04 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.027728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.392;QD=16.2449;RBI=0.0293002;REFB=-0.0295756;REVB=0.00946903;RO=34;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261409;STB=0.521262;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0376204;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:36:30:30:0.454545:21:9:11:23:21:9:12:24 chr1 234529552 . C T 147.0 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0333079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.244;QD=7.53833;RBI=0.0365869;REFB=-0.0126676;REVB=-0.0151389;RO=55;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241026;STB=0.530583;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0364804;OID=.;OPOS=234529552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:57:21:21:0.269231:13:8:22:33:13:8:24:33 chr1 234529570 . G A 145.13 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0246516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.724;QD=8.79592;RBI=0.0248762;REFB=-0.00339374;REVB=-0.00333581;RO=46;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249237;STB=0.514837;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0232101;OID=.;OPOS=234529570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:13:7:17:29:13:7:17:29 chr1 234546245 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00455917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.964;QD=18.4829;RBI=0.0160387;REFB=0.0104498;REVB=-0.0153771;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189676;STB=0.607885;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0120394;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:9:12:7:12:9:12 chr1 234569192 . T C 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0478945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.527;QD=12.2756;RBI=0.0495361;REFB=-0.000859397;REVB=0.012647;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297299;STB=0.674327;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00127096;OID=.;OPOS=234569192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:11:6:20:12:11:6:20:12 chr1 234573025 . T C 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0157544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3827;QD=19.1777;RBI=0.0757802;REFB=-0.0337249;REVB=0.0741245;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564475;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192721;OID=.;OPOS=234573025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:6:5:6:7:6:5 chr1 234582651 . T C 393.35 PASS AF=0.424242;AO=40;DP=98;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0115047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.883;QD=15.8929;RBI=0.0226608;REFB=-0.0168373;REVB=0.0195232;RO=52;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720638;STB=0.508018;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0237257;OID=.;OPOS=234582651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:57:40:42:0.424242:21:19:21:31:23:19:25:32 chr1 234584231 . C T 216.16 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0155769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.193;QD=22.1705;RBI=0.0257705;REFB=-0.0234017;REVB=0.02053;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202045;STB=0.607038;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0226188;OID=.;OPOS=234584231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:18:20:21:0.538462:14:6:9:8:14:7:10:8 chr1 234606998 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0723627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.657;QD=12.7299;RBI=0.0724109;REFB=-0.00905206;REVB=-0.00264119;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820699;STB=0.548286;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00987712;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:2:10:7:2:2:10 chr1 234740141 . G A 499.64 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0450159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5915;QD=27.0078;RBI=0.045262;REFB=-0.031028;REVB=-0.0047129;RO=27;SAF=20;SAR=26;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824043;STB=0.551864;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0208622;OID=.;OPOS=234740141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:27:28:46:46:0.621622:26:20:15:12:26:20:16:12 chr1 234740917 . C CAGTTATAAT 247.78 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00549045;FXX=0;HRUN=3;LEN=9;MLLD=325.924;QD=11.5245;RBI=0.0148425;REFB=-0.00161446;REVB=-0.0137896;RO=54;SAF=20;SAR=10;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231848;STB=0.645571;STBP=0.05;TYPE=ins;VARB=0.00275258;OID=.;OPOS=234740918;OREF=-;OALT=AGTTATAAT;OMAPALT=CAGTTATAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348837:30:86:30:86:56:20:10:25:31:99:54:20:10:25:29 chr1 234744250 . G A 1126.61 PASS AF=0.530233;AO=112;DP=205;FAO=114;FDP=215;FR=.;FRO=101;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=34;FSRR=67;FWDB=-0.0215944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7626;QD=20.9602;RBI=0.0270121;REFB=-0.0341557;REVB=0.0162276;RO=90;SAF=49;SAR=63;SRF=25;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135614;STB=0.553182;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0268668;OID=.;OPOS=234744250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:215:90:101:112:114:0.530233:63:49:25:65:63:51:34:67 chr1 235040004 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.557;QD=58.7812;RBI=0.0269603;REFB=0;REVB=0.0134854;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64173e-05;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr1 235383188 . A G 284.29 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00936206;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.579;QD=14.7684;RBI=0.0118882;REFB=-0.0187151;REVB=-0.0073267;RO=44;SAF=18;SAR=14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642572;STB=0.530259;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0260476;OID=.;OPOS=235383188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:44:45:32:32:0.415584:14:18:22:22:14:18:23:22 chr1 235392546 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00224907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8257;QD=8.6978;RBI=0.0120288;REFB=-0.0162214;REVB=0.0118167;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152225;STB=0.594327;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.033935;OID=.;OPOS=235392546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:8:6:4:3:8:6 chr1 235652513 . T C 1358.97 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0572183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1931;QD=60.3989;RBI=0.0777612;REFB=-0.0640063;REVB=0.0526581;RO=1;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977072;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00891057;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:88:89:0.988889:48:40:0:1:49:40:0:1 chr1 235705001 . G T 1506.68 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8062;QD=58.5119;RBI=0.0302765;REFB=-0.0334447;REVB=0.00611653;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0031112;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:43:59:0:0:43:59:0:1 chr1 235715523 . A G 958.28 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00439555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3872;QD=58.0775;RBI=0.0602908;REFB=0;REVB=0.0601304;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286263;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:1:0:65:66:1:38:27:0:1:39:27:0:0 chr1 235954967 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00652546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.569;QD=14.3349;RBI=0.0208301;REFB=-0.0163797;REVB=0.0197816;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526477;STB=0.530453;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.029623;OID=.;OPOS=235954967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:8:18:11:6:8:18 chr1 236139140 . TAAAAAAAG TAAAAAAG,TAAAAAAGT,TTAAAAAAG 178.88 PASS AF=0,0.125,0.875;AO=2,2,8;DP=16;FAO=0,2,14;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,4;FSAR=0,0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789589,-0.0256565,0.150268;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=11.7537,8.09862,20.7089;QD=44.7198;RBI=0.127787,0.196726,0.189687;REFB=0,0,0;REVB=-0.127543,-0.195046,-0.11576;RO=0;SAF=2,1,2;SAR=0,1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-5.58669e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0,-0.0100648,0.0192059;OID=.,.,.;OPOS=236139141,236139147,236139141;OREF=A,AG,A;OALT=-,GT,T;OMAPALT=TAAAAAAG,TAAAAAAGT,TTAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.125,0.875:2,2,8:16:0,2,14:16:0:0,2,4:0,0,10:0:0:10:0:2,1,2:0,1,6:0:0 chr1 236141174 . T C 1540.58 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.19;QD=59.8283;RBI=0.00828514;REFB=0;REVB=0.00666732;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27734e-05;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:58:44:0:0:59:44:0:0 chr1 236144949 . CAA CA,CAG 909.61 PASS AF=0.016129,0.983871;AO=21,39;DP=62;FAO=1,61;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338667,0.292181;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.4887,51.7055;QD=58.6848;RBI=0.038243,0.292181;REFB=0,0;REVB=-0.0177644,-0.000653265;RO=0;SAF=21,9;SAR=0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.68708e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00646372,0.00270431;OID=.,.;OPOS=236144950,236144951;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CA,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.016129,0.983871:21,39:62:1,61:62:0:1,31:0,30:0:0:3:0:21,9:0,30:0:0 chr1 236175339 . T C 854.21 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324302;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.539;QD=57.9124;RBI=0.0325349;REFB=0;REVB=-0.00260798;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6759e-06;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr1 236208773 . C T 343.35 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00150491;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.1;QD=18.5594;RBI=0.0130244;REFB=-0.00994527;REVB=-0.0129372;RO=38;SAF=26;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271237;STB=0.652015;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0145497;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:38:38:36:36:0.486486:10:26:17:21:10:26:17:21 chr1 236371831 . T C 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0389593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4139;QD=15.6502;RBI=0.0404021;REFB=0.0175364;REVB=0.0107005;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123809;STB=0.586098;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0207556;OID=.;OPOS=236371831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:10:6:10:10:10:6:11:10 chr1 236381825 . G C 1061.68 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4408;QD=59.8127;RBI=0.0740596;REFB=0;REVB=0.0725731;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519997;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr1 236389999 . C T 416.11 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0256233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.504;QD=22.1926;RBI=0.0265946;REFB=-0.00843697;REVB=-0.00712175;RO=34;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746513;STB=0.541156;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00635464;OID=.;OPOS=236389999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:23:18:18:16:23:18:18:16 chr1 236557771 . G A 916.72 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0110926;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.376;QD=54.7294;RBI=0.0361238;REFB=-0.121702;REVB=0.0343786;RO=2;SAF=25;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362894;STB=0.519225;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00097288;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:2:2:64:65:0.970149:39:25:2:0:40:25:2:0 chr1 236687782 . A G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0307186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.324;QD=7.83583;RBI=0.0307192;REFB=-0.0163064;REVB=0.000196166;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18924;STB=0.584187;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0222403;OID=.;OPOS=236687782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:23:15:16:7:7:0.304348:4:3:4:11:4:3:5:11 chr1 236700807 . T A 784.47 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.21;QD=64.0384;RBI=0.0582135;REFB=0;REVB=0.0580383;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87877e-05;OID=.;OPOS=236700807;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr1 236700823 . T C 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.673;QD=54.6514;RBI=0.0212072;REFB=-0.0462457;REVB=0.0041504;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229661;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000263776;OID=.;OPOS=236700823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:32:20:1:0:32:20:1:0 chr1 236700857 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.533;QD=64.4153;RBI=0.0698627;REFB=0;REVB=-0.0694167;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018107;OID=.;OPOS=236700857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr1 236702209 . CA TG 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693953;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.705;QD=64.154;RBI=0.0153293;REFB=0;REVB=0.0136686;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.0616e-05;OID=.;OPOS=236702209;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:55:44:0:0:55:44:0:0 chr1 236702374 . G A 1246.62 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.393;QD=61.5615;RBI=0.050967;REFB=0;REVB=0.050855;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133555;OID=.;OPOS=236702374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr1 236706780 . C T 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.212;QD=64.2851;RBI=0.0351143;REFB=0;REVB=-0.0343067;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.24953e-05;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:41:59:0:0:41:59:0:0 chr1 236706862 . G C 1480.59 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0242015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4133;QD=58.6371;RBI=0.0626936;REFB=-0.1065;REVB=0.057834;RO=1;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939351;STB=0.50495;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00113217;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:1:100:100:0.990099:50:50:0:1:50:50:0:1 chr1 236711323 . T C 1194.3 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.628;QD=59.7152;RBI=0.056582;REFB=0.11892;REVB=0.0525026;RO=1;SAF=43;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108827;STB=0.505746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000690221;OID=.;OPOS=236711323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:36:43:1:0:36:43:1:0 chr1 236714064 . A C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.96;QD=58.5874;RBI=0.0922993;REFB=0;REVB=0.0875504;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109022;OID=.;OPOS=236714064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr1 236716959 . C T 2925.26 PASS AF=0.994652;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0046404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.078;QD=62.5724;RBI=0.0344972;REFB=0.0452951;REVB=0.0341836;RO=1;SAF=108;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438863;STB=0.502304;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.000145743;OID=.;OPOS=236716959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:187:1:1:186:186:0.994652:78:108:1:0:78:108:1:0 chr1 236717926 . T C 801.14 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.143;QD=57.2242;RBI=0.0595852;REFB=0;REVB=-0.0182727;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000894577;OID=.;OPOS=236717926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr1 236718620 . T C 754.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7236;QD=56.9299;RBI=0.0181451;REFB=0;REVB=0.0115449;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86716e-05;OID=.;OPOS=236718620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr1 236719135 . T C 517.57 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0379874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.63;QD=54.4814;RBI=0.0451616;REFB=-0.010813;REVB=-0.0244239;RO=2;SAF=27;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321959;STB=0.517232;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00922882;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:9:27:1:1:9:27:1:1 chr1 236719193 . A G 275.97 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.184299;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.05;QD=52.5656;RBI=0.184402;REFB=0;REVB=0.00615581;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125103;OID=.;OPOS=236719193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr1 236721610 . G A 973.09 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2935;QD=58.9749;RBI=0.0452478;REFB=0;REVB=0.0444766;RO=1;SAF=45;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525396;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:1:0:64:66:1:19:45:0:1:21:45:0:0 chr1 236721660 . T C 1607.08 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.794;QD=64.2831;RBI=0.0291399;REFB=0;REVB=0.0056881;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8652e-05;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:40:60:0:0:40:60:0:0 chr1 236721731 . T C 1638.57 PASS AF=0.965517;AO=112;DP=117;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0829225;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5984;QD=56.5025;RBI=0.0984443;REFB=-0.173809;REVB=0.0530577;RO=4;SAF=51;SAR=61;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357872;STB=0.518865;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00607172;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:116:4:4:112:112:0.965517:61:51:4:0:61:51:4:0 chr1 236724504 . G A 174.63 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.188;QD=46.5678;RBI=0.0244909;REFB=0;REVB=0.019642;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173588;OID=.;OPOS=236724504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:6:6:0:0:9:6:0:0 chr1 236744712 . C A 375.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.106;QD=55.569;RBI=0.0500448;REFB=0;REVB=0.0200788;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212566;OID=.;OPOS=236744712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:18:9:0:0 chr1 236746443 . C T 1087.6 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357616;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.835;QD=58.789;RBI=0.0375001;REFB=-0.000278152;REVB=0.0112858;RO=1;SAF=30;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155053;STB=0.508195;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00013434;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:43:30:1:0:43:30:1:0 chr1 236748505 . T C 792.95 PASS AF=0.805195;AO=62;DP=77;FAO=62;FDP=77;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=0.0215396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.319;QD=41.192;RBI=0.0370673;REFB=-0.0288643;REVB=0.0301667;RO=1;SAF=18;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255025;STB=0.647009;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0138402;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:77:77:1:15:62:62:0.805195:44:18:1:0:44:18:15:0 chr1 236749649 . T C 769.28 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143557;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.705;QD=56.9838;RBI=0.0180516;REFB=0;REVB=-0.010944;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26924e-05;OID=.;OPOS=236749649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr1 236755837 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.26;QD=59.4354;RBI=0.0164148;REFB=0;REVB=0.0154711;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79001e-05;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr1 236758887 . T C 943.92 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956861;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.936;QD=58.995;RBI=0.0502123;REFB=0;REVB=0.0492922;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39595e-05;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr1 236767330 . A G 1641.08 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.223;QD=60.2229;RBI=0.00419226;REFB=0;REVB=0.0027498;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94897e-06;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:52:56:0:0:52:57:0:0 chr1 236882303 . T C 1416.56 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00285076;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.233;QD=62.958;RBI=0.0290638;REFB=0;REVB=0.0289237;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71806e-05;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:50:39:0:0:51:39:0:0 chr1 236883421 . C T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.274;QD=60.7159;RBI=0.0430201;REFB=0;REVB=-0.0135617;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.75273e-05;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr1 236925844 . G A 3185.47 PASS AF=0.990476;AO=208;DP=210;FAO=208;FDP=210;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=145;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0188085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.202;QD=60.6755;RBI=0.0233044;REFB=-0.0136068;REVB=-0.0137599;RO=2;SAF=63;SAR=145;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148791;STB=0.507812;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=1.76288e-06;OID=.;OPOS=236925844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:210:210:2:2:208:208:0.990476:145:63:2:0:145:63:2:0 chr1 236926445 . T C 334.86 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00712037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.855;QD=19.4119;RBI=0.0292412;REFB=-0.0204288;REVB=0.028361;RO=34;SAF=26;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34684;STB=0.676733;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.011577;OID=.;OPOS=236926445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:34:35:0.507246:8:26:14:20:9:26:14:20 chr1 237058729 . C T 244.81 PASS AF=0.31;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.00496972;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.303;QD=9.79248;RBI=0.00505527;REFB=-0.00827768;REVB=0.000926056;RO=67;SAF=10;SAR=21;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120509;STB=0.583278;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0135974;OID=.;OPOS=237058729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:67:69:31:31:0.31:21:10:28:39:21:10:30:39 chr1 237058748 . C T 643.03 PASS AF=0.670732;AO=42;DP=82;FAO=55;FDP=82;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0594636;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.484;QD=31.3675;RBI=0.0834497;REFB=-0.0463678;REVB=0.0585485;RO=21;SAF=18;SAR=24;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602328;STB=0.502392;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0183004;OID=.;OPOS=237058748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:21:27:42:55:0.670732:24:18:7:14:35:20:10:17 chr1 237063897 . GTTTTTTAC GTTTTTAC,GTTTTTACT 32.68 PASS AF=0.154639,0.0412371;AO=25,8;DP=98;FAO=15,4;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=9,4;FSAR=6,0;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=-0.199096,-0.0321244;FXX=0.0202;HRUN=6,6;LEN=1,3;MLLD=8.6342,95.3447;QD=1.34771;RBI=0.200745,0.0357513;REFB=-0.172523,-0.0160414;REVB=0.0256725,-0.0156899;RO=52;SAF=18,7;SAR=7,1;SRF=7;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0.347826,0;SSSB=0.605677,0.747998;STB=0.703457,0.998115;STBP=0.099,0.01;TYPE=del,mnp;VARB=0.0822692,0.132372;OID=.,.;OPOS=237063898,237063903;OREF=T,TAC;OALT=-,ACT;OMAPALT=GTTTTTAC,GTTTTTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.154639,0.0412371:25,8:98:15,4:97:78:9,4:6,0:27:51:25:52:18,7:7,1:7:45 chr1 237066853 . C T 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00339826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.195;QD=17.7533;RBI=0.0136438;REFB=-0.0118072;REVB=-0.0132139;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110845;STB=0.56245;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0134774;OID=.;OPOS=237066853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:13:14:10:15:13:14 chr1 237433625 . C T 2441.61 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375063;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.723;QD=61.424;RBI=0.0447117;REFB=0;REVB=-0.0243395;RO=0;SAF=87;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83062e-06;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:159:0:0:159:159:1:72:87:0:0:72:87:0:0 chr1 237617757 . C T 337.91 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0124839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.33;QD=17.5535;RBI=0.0147971;REFB=-0.0154375;REVB=-0.00794396;RO=41;SAF=11;SAR=25;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394802;STB=0.522126;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0165961;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:25:11:14:27:25:11:14:27 chr1 237711797 . A G 1550.62 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506062;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7092;QD=63.9432;RBI=0.0669039;REFB=0;REVB=0.0437624;RO=0;SAF=65;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055079;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:32:65:0:0:32:65:0:0 chr1 237766753 . A G 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0117482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.295;QD=14.4906;RBI=0.0463767;REFB=-0.00427439;REVB=0.044864;RO=30;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42305;STB=0.742619;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00363514;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:6:13:8:22:6:13:8:22 chr1 237801770 . T C 1529.92 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0899;QD=63.7466;RBI=0.0661456;REFB=0;REVB=0.0387799;RO=0;SAF=32;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380213;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:64:32:0:0:64:32:0:0 chr1 237814783 . C T 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0590762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8518;QD=64.1516;RBI=0.0657749;REFB=0;REVB=-0.0289196;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107852;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr1 237863718 . T G 764.17 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0270388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.722;QD=52.7011;RBI=0.0281735;REFB=-0.0165789;REVB=0.00791518;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145046;STB=0.514701;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000945024;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:55:56:0.965517:32:23:0:1:33:23:0:2 chr1 237881770 . C T 2318.72 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00122106;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.103;QD=63.0944;RBI=0.0109085;REFB=-0.0871898;REVB=-0.01084;RO=1;SAF=81;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726045;STB=0.503816;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000800491;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:65:81:0:1:65:81:0:1 chr1 237890437 . C T 2008.02 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00528838;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.162;QD=61.3136;RBI=0.00903117;REFB=-0.104328;REVB=-0.00732087;RO=1;SAF=72;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655546;STB=0.503448;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-7.80312e-05;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:131:1:1:130:130:0.992366:58:72:1:0:58:72:1:0 chr1 237905573 . T C 57.67 PASS AF=0.173913;AO=9;DP=58;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00304883;FXX=0.0142837;HRUN=15;LEN=1;MLLD=95.3182;QD=3.34343;RBI=0.0125421;REFB=-0.00364252;REVB=-0.0121659;RO=47;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927688;STB=0.547288;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.108292;OID=.;OPOS=237905573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:58:69:47:57:9:12:0.173913:6:3:19:28:8:4:22:35 chr1 237997087 . A G 353.43 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0493559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.017;QD=23.9612;RBI=0.0493622;REFB=-0.0172606;REVB=0.000786521;RO=24;SAF=16;SAR=19;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000887351;STB=0.500488;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237293;OID=.;OPOS=237997087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:19:16:11:13:19:16:11:13 chr1 238107035 . C G 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00817369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.468;QD=19.999;RBI=0.0119905;REFB=-0.0103038;REVB=-0.00877289;RO=30;SAF=11;SAR=22;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00835784;OID=.;OPOS=238107035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:22:11:10:20:22:11:10:20 chr1 238114860 . G A 328.98 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.018849;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.348;QD=15.3014;RBI=0.0192052;REFB=-0.00972999;REVB=-0.0036818;RO=50;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00963901;STB=0.505447;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.013338;OID=.;OPOS=238114860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:50:50:36:36:0.418605:22:14:19:31:22:14:19:31 chr1 238114934 . G A 325.68 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.013955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.366;QD=14.8036;RBI=0.0187945;REFB=0.000615893;REVB=-0.0125892;RO=51;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711102;STB=0.545429;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000759229;OID=.;OPOS=238114934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:52:36:36:0.409091:18:18:22:29:18:18:22:30 chr1 238114936 . A G 302.8 PASS AF=0.395349;AO=35;DP=85;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0104233;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.436;QD=14.0838;RBI=0.0109145;REFB=-0.0132398;REVB=-0.00323758;RO=49;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802856;STB=0.558106;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0169484;OID=.;OPOS=238114936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:49:52:35:34:0.395349:18:17:20:29:17:17:21:31 chr1 240073131 . ATACT A 488.37 PASS AF=0.505263;AO=42;DP=98;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00455006;FXX=0.0404;HRUN=1;LEN=4;MLLD=248.297;QD=20.563;RBI=0.00564808;REFB=-0.0146068;REVB=0.00334632;RO=48;SAF=18;SAR=24;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288764;STB=0.547925;STBP=0.373;TYPE=del;VARB=0.0154737;OID=.;OPOS=240073132;OREF=TACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.505263:42:98:48:95:47:18:30:22:25:99:48:18:24:22:26 chr1 240073226 . C T 491.1 PASS AF=0.484848;AO=47;DP=98;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0141166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.956;QD=19.8423;RBI=0.0144513;REFB=-0.0267203;REVB=-0.00309223;RO=51;SAF=20;SAR=27;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242529;STB=0.518065;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.017132;OID=.;OPOS=240073226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:51:51:47:48:0.484848:27:20:23:28:28:20:23:28 chr1 240073619 . G A 58.79 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0550238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.0179;QD=4.05475;RBI=0.166789;REFB=-0.0365428;REVB=-0.157451;RO=47;SAF=8;SAR=2;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336166;STB=0.72392;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.100215;OID=.;OPOS=240073619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:58:58:47:48:10:10:0.172414:2:8:26:21:2:8:27:21 chr1 240074420 . C G 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00598222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7395;QD=14.6858;RBI=0.0318381;REFB=0.00166133;REVB=-0.031271;RO=41;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488298;STB=0.514379;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00437062;OID=.;OPOS=240074420;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:43:31:31:0.418919:13:18:24:17:13:18:26:17 chr1 240074981 . A G 230.84 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0012341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.3;QD=23.0842;RBI=0.0304101;REFB=-0.00484628;REVB=0.0303851;RO=18;SAF=15;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285098;STB=0.659575;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0041038;OID=.;OPOS=240074981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:7:15:6:12:7:15:6:12 chr1 240076608 . A G 371.54 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.053941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.9;QD=22.8637;RBI=0.0557135;REFB=-0.0205365;REVB=0.0139413;RO=28;SAF=19;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942379;STB=0.551839;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0164645;OID=.;OPOS=240076608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:18:19:11:17:18:19:11:17 chr1 240077309 . A G 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0504112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.563;QD=19.967;RBI=0.0520898;REFB=-0.014656;REVB=0.0131169;RO=26;SAF=3;SAR=26;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169999;STB=0.595913;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0130226;OID=.;OPOS=240077309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:26:3:5:21:26:3:5:21 chr1 240077669 . A G 349.25 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0639621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.704;QD=25.3997;RBI=0.0676856;REFB=-0.0353063;REVB=-0.0221403;RO=21;SAF=19;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578726;STB=0.531736;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0162943;OID=.;OPOS=240077669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:15:19:10:11:15:19:10:11 chr1 240370629 . C G 710.57 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358591;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.588;QD=54.6592;RBI=0.0381636;REFB=-0.0140639;REVB=0.0130607;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184631;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000488845;OID=.;OPOS=240370629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:25:26:0:1:25:26:0:1 chr1 240939104 . G A,T 784.91 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=53,2;DP=55;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141346,-0.0424441;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.2814,50.2401;QD=56.0651;RBI=0.0187456,0.0425784;REFB=0,0;REVB=-0.012313,-0.00337961;RO=0;SAF=23,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.72004e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00171703,0.146977;OID=.,.;OPOS=240939104,240939104;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:56:0:0:53,2:54,2:0.964286,0.0357143:30,2:23,0:0:0:30,2:24,0:0:0 chr1 240939152 . A G 535.56 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0884426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1323;QD=56.3752;RBI=0.103355;REFB=-0.152441;REVB=0.053481;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.511622;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00289886;OID=.;OPOS=240939152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:21:16:0:0:21:16:0:1 chr1 241695792 . T C 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0152736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.249;QD=17.2649;RBI=0.024135;REFB=-0.00653642;REVB=0.0186874;RO=42;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885892;STB=0.549542;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00471286;OID=.;OPOS=241695792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:19:17:16:26:19:17:16:26 chr1 241712134 . C T 581.59 PASS AF=0.377778;AO=68;DP=180;FAO=68;FDP=180;FR=.;FRO=112;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=-0.0248943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.359;QD=12.9242;RBI=0.0287581;REFB=-0.00903081;REVB=-0.0143981;RO=112;SAF=38;SAR=30;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103896;STB=0.558806;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0155944;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:112:112:68:68:0.377778:30:38:52:60:30:38:52:60 chr1 241798631 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.811;QD=58.061;RBI=0.00896607;REFB=0;REVB=-0.000960392;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27384e-05;OID=.;OPOS=241798631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr1 241907817 . T C 303.34 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.00966841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.08;QD=12.3813;RBI=0.0168938;REFB=-0.00490358;REVB=0.0138536;RO=63;SAF=15;SAR=20;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227595;STB=0.6303;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00921643;OID=.;OPOS=241907817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:63:35:35:0.357143:20:15:40:23:20:15:40:23 chr1 242030151 . A G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0110074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.239;QD=23.0882;RBI=0.0156407;REFB=-0.00534412;REVB=0.0111117;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292275;STB=0.51634;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00234191;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:9:13:10:8:9:13:10:8 chr1 242042545 . A G 1018.17 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.004;QD=59.0244;RBI=0.0143819;REFB=0;REVB=0.0100573;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158159;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:36:33:0:0 chr1 242045275 . C T 765.7 PASS AF=0.47619;AO=80;DP=167;FAO=80;FDP=168;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.00745324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.726;QD=18.231;RBI=0.0176465;REFB=-0.00740986;REVB=-0.0159953;RO=87;SAF=35;SAR=45;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011718;STB=0.509089;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00840845;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:87:88:80:80:0.47619:45:35:37:50:45:35:37:51 chr1 242045283 . T A 862.14 PASS AF=0.521212;AO=85;DP=165;FAO=86;FDP=165;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0394088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3997;QD=20.9004;RBI=0.0427315;REFB=-0.00409329;REVB=-0.0165205;RO=79;SAF=37;SAR=48;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690735;STB=0.50624;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00457747;OID=.;OPOS=242045283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:79:79:85:86:0.521212:48:37:35:44:49:37:35:44 chr1 242048674 . C T 491.85 PASS AF=0.40146;AO=55;DP=137;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0293069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.389;QD=14.3606;RBI=0.0409916;REFB=-0.0024658;REVB=-0.0286604;RO=80;SAF=37;SAR=18;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190383;STB=0.608546;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00317502;OID=.;OPOS=242048674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:80:82:55:55:0.40146:18:37:40:40:18:37:41:41 chr1 242053030 . AT A 168.99 PASS AF=0.476923;AO=28;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.111844;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.38;QD=10.3997;RBI=0.11286;REFB=0.0692784;REVB=-0.0151111;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488557;STB=0.523794;STBP=0.737;TYPE=del;VARB=-0.0516831;OID=.;OPOS=242053031;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.476923:28:66:31:65:34:15:16:18:16:99:33:13:15:17:16 chr1 242222754 . A G 1713.63 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.537;QD=60.6596;RBI=0.0133852;REFB=0;REVB=0.00310961;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.85784e-06;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:65:47:0:0:66:47:0:0 chr1 242253024 . T C 273.93 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0117049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.041;QD=17.673;RBI=0.012859;REFB=-0.0184534;REVB=-0.00532435;RO=32;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183274;STB=0.602775;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0232869;OID=.;OPOS=242253024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:11:19:14:18:11:19:14:18 chr1 243375240 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00647022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.586;QD=14.6539;RBI=0.0105638;REFB=-0.000936867;REVB=-0.00835047;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633614;STB=0.874061;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000929099;OID=.;OPOS=243375240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:7:1:7:1:7:1 chr1 243579112 . G A 657.3 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0492064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2358;QD=59.7542;RBI=0.0955482;REFB=-0.116399;REVB=0.0819036;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228919;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00521433;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:22:20:1:0:23:20:1:0 chr1 244219563 . A G 937.41 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.476;QD=58.5882;RBI=0.0154498;REFB=0;REVB=0.010028;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00637e-05;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr1 244267292 . T C 129.42 PASS AF=0.608696;AO=11;DP=20;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0254691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.254;QD=22.507;RBI=0.0272267;REFB=-0.0293122;REVB=0.00962389;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153845;STB=0.549928;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0210013;OID=.;OPOS=244267292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:20:23:9:9:11:14:0.608696:4:7:4:5:6:8:4:5 chr1 244724092 . G A 902.43 PASS AF=0.573427;AO=81;DP=143;FAO=82;FDP=143;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.00414461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.83;QD=25.2428;RBI=0.0135814;REFB=-0.0190045;REVB=-0.0129335;RO=61;SAF=40;SAR=41;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888425;STB=0.55055;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0150729;OID=.;OPOS=244724092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:61:61:81:82:0.573427:41:40:37:24:42:40:37:24 chr1 244735858 . A G 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0119856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.032;QD=19.6659;RBI=0.0125758;REFB=-0.0158116;REVB=-0.00380752;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158712;STB=0.588183;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0124798;OID=.;OPOS=244735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:14:20:13:19:14:20:13:19 chr1 244754961 . C A 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0192173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.035;QD=9.83039;RBI=0.0231656;REFB=-0.0090109;REVB=-0.0129361;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222004;STB=0.633404;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0146735;OID=.;OPOS=244754961;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:10:16:5:7:10:16 chr1 244773784 . T C 568.48 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.224;QD=58.3055;RBI=0.044539;REFB=-0.0445247;REVB=0.0398962;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005055;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr1 244773803 . T C 91.72 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0245403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.608;QD=8.73568;RBI=0.0247589;REFB=-0.00924095;REVB=-0.00328232;RO=30;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0260273;OID=.;OPOS=244773803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:6:6:15:15:6:6:15:15 chr1 245027349 . C T 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.105856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.947;QD=16.5033;RBI=0.106596;REFB=0.00304688;REVB=0.0125399;RO=29;SAF=5;SAR=21;SRF=3;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149513;STB=0.554207;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.000549705;OID=.;OPOS=245027349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:21:5:3:26:21:5:4:26 chr1 245133623 . T TCCTCC 42.14 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.020353;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=233.66;QD=18.727;RBI=0.0325313;REFB=-0.0152569;REVB=-0.0253779;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.66617;STBP=0.209;TYPE=ins;VARB=0.00696913;OID=.;OPOS=245133624;OREF=-;OALT=CCTCC;OMAPALT=TCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:5:9:6:9:3:3:3:0:3:15:3:2:3:0:3 chr1 245133662 . G C 72.87 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0160898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1264;QD=20.8208;RBI=0.0587707;REFB=-0.0152383;REVB=0.0565253;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294912;STB=0.666348;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0133902;OID=.;OPOS=245133662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:0:5:5:4:0:5 chr1 245245378 . T C 194.7 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.016829;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.721;QD=16.5699;RBI=0.0270354;REFB=-0.0184903;REVB=0.0211589;RO=27;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224056;STB=0.629491;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0241052;OID=.;OPOS=245245378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:15:5:12:15:15:5:12:15 chr1 245245402 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0289525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.975;QD=16.8245;RBI=0.0310563;REFB=-0.00199518;REVB=-0.0112358;RO=28;SAF=4;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298396;STB=0.673082;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00220819;OID=.;OPOS=245245402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:17:4:12:16:17:4:12:16 chr1 245703990 . G T 2314.35 PASS AF=1;AO=128;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=77;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.112;QD=63.4069;RBI=0.0211184;REFB=0;REVB=0.0182135;RO=0;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49779e-05;OID=.;OPOS=245703990;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:128:146:1:66:62:0:0:69:77:0:0 chr1 245704130 . G C 831.6 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.521;QD=57.3519;RBI=0.0497232;REFB=0;REVB=0.00400583;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8241e-05;OID=.;OPOS=245704130;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr1 245851304 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.412;QD=37.4885;RBI=0.0549204;REFB=0;REVB=-0.0541676;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000682103;OID=.;OPOS=245851304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr1 245861571 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.815;QD=57.5452;RBI=0.0260831;REFB=0;REVB=0.0188696;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18435e-05;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr1 246021941 . T C 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0388295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.539;QD=16.5724;RBI=0.0409146;REFB=-0.0211545;REVB=0.0128948;RO=35;SAF=8;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17825;STB=0.600879;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.01863;OID=.;OPOS=246021941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:22:8:15:20:22:8:15:20 chr1 246670481 . C G 4264.43 PASS AF=1;AO=272;DP=273;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326359;FXX=0.007299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6377;QD=62.7122;RBI=0.0326802;REFB=-0.105902;REVB=0.00169995;RO=1;SAF=129;SAR=143;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387665;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:273:272:1:0:272:272:1:143:129:0:1:143:129:0:0 chr1 246720798 . G A 800.96 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4902;QD=57.2111;RBI=0.020264;REFB=0;REVB=-0.0186564;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288529;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr1 246755124 . T C 631.99 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4481;QD=61.6579;RBI=0.056221;REFB=0;REVB=0.0288442;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161915;OID=.;OPOS=246755124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr1 246829616 . T C 429.37 PASS AF=0.346154;AO=54;DP=156;FAO=54;FDP=156;FR=.;FRO=102;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=-0.003781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.812;QD=11.0095;RBI=0.00906591;REFB=-0.0065405;REVB=-0.00823982;RO=101;SAF=33;SAR=21;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199362;STB=0.61107;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0179179;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:101:102:54:54:0.346154:21:33:44:57:21:33:45:57 chr1 247007232 . TA CT,T 74.07 PASS AF=0,0.531915;AO=3,19;DP=48;FAO=0,25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=0,4;FSAR=0,21;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.151127,-0.0338962;FXX=0.059988;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=24.585,7.61573;QD=6.30359;RBI=0.151184,0.148058;REFB=-0.057961,-0.104039;REVB=-0.004153,-0.144125;RO=19;SAF=0,3;SAR=3,16;SRF=5;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.523984,-0.152133;STB=0.5,0.554206;STBP=1,0.539;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.050421;OID=.,.;OPOS=247007232,247007233;OREF=TA,A;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:72:48:47:19:22:3,19:0,25:0,0.531915:3,16:0,3:5:14:0,21:0,4:5:17 chr1 247040483 . A G 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00882092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.99;QD=14.7663;RBI=0.0252096;REFB=-0.0200481;REVB=0.023616;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00485689;STB=0.50276;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0209002;OID=.;OPOS=247040483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:12:13:17:16:12:13:17:16 chr1 247048834 . T C 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0163174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.131;QD=14.2587;RBI=0.033762;REFB=0.0131958;REVB=0.029557;RO=41;SAF=10;SAR=19;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272832;STB=0.655065;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0216189;OID=.;OPOS=247048834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:19:10:25:16:19:10:25:16 chr1 247150740 . T C 858.29 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0801624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6942;QD=54.4947;RBI=0.117286;REFB=-0.0697911;REVB=0.0856157;RO=2;SAF=33;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307191;STB=0.501844;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00421005;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:63:2:2:60:61:0.968254:27:33:1:1:27:34:1:1 chr1 247162658 . C T 852.03 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.344;QD=57.7649;RBI=0.0760769;REFB=0;REVB=0.0376807;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192208;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:27:30:0:0:27:32:0:0 chr1 247419509 . T C 647.75 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.712;QD=61.6906;RBI=0.0271992;REFB=0;REVB=0.0207704;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39882e-05;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:22:20:0:0 chr1 247419664 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.232;QD=51.9167;RBI=0.0345409;REFB=0;REVB=-0.0317132;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77671e-05;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr1 247420421 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00772073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.175;QD=15.8387;RBI=0.0300124;REFB=-0.0419993;REVB=-0.0290023;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566609;STB=0.53325;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0159955;OID=.;OPOS=247420421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:4:3:4:4:4:3 chr1 247458225 . T C 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00028079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.675;QD=12.9138;RBI=0.0160702;REFB=0.00927642;REVB=0.0160677;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103021;STB=0.559179;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.012681;OID=.;OPOS=247458225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:10:14:18:19:10:14:18:19 chr1 247587408 . C T 271.9 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00309381;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.454;QD=16.9939;RBI=0.0246909;REFB=-0.0195321;REVB=0.0244963;RO=33;SAF=20;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919343;STB=0.561755;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0191405;OID=.;OPOS=247587408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:34:30:30:0.46875:10:20:19:14:10:20:19:15 chr1 247587531 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.571;QD=57.6807;RBI=0.0478718;REFB=0;REVB=0.0117422;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180074;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr1 247614617 . C T 250.79 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0294484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8668;QD=17.003;RBI=0.0340193;REFB=-0.0110602;REVB=-0.0170323;RO=31;SAF=19;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352323;STB=0.519821;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0290621;OID=.;OPOS=247614617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:9:19:20:11:9:19:20:11 chr1 247614693 . C T 564.28 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.724;QD=59.3981;RBI=0.0410168;REFB=0;REVB=0.0213407;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080288;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:12:26:0:0 chr1 247614896 . A C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00207159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.73;QD=22.6322;RBI=0.0313743;REFB=-0.0352068;REVB=-0.0313059;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118466;STB=0.545384;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0235388;OID=.;OPOS=247614896;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:7:8:13:13:0.619048:8:5:4:3:8:5:4:4 chr1 247615261 . GA G 780.55 PASS AF=0.575269;AO=104;DP=186;FAO=107;FDP=186;FR=.;FRO=79;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0542663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.07;QD=16.786;RBI=0.15065;REFB=-0.0379529;REVB=-0.140537;RO=74;SAF=55;SAR=49;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104601;STB=0.554053;STBP=0.079;TYPE=del;VARB=0.025555;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575269:104:186:107:186:79:57:50:32:47:99:74:55:49:29:45 chr1 247694958 . G A 104.25 PASS AF=0.242424;AO=15;DP=65;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0145348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9987;QD=6.3183;RBI=0.0432202;REFB=-0.00689237;REVB=0.0407029;RO=50;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505212;STB=0.501921;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0175414;OID=.;OPOS=247694958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:50:50:15:16:0.242424:9:6:22:28:9:7:22:28 chr1 247695612 . G A 1274.74 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0154763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.108;QD=59.2902;RBI=0.0166027;REFB=-0.0392065;REVB=0.00601127;RO=2;SAF=44;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0010508;STB=0.500555;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000591334;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:40:44:1:1:40:44:1:1 chr1 247695756 . T C 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.699;QD=57.1933;RBI=0.0703446;REFB=0;REVB=0.0664376;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329733;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr1 247729206 . CTTTTTTTTTTTTTTTT CTTTCTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTTA 401.32 PASS AF=0.369231,0.215385,0.276923,0.138462;AO=6,8,7,6;DP=66;FAO=24,14,18,9;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=5,5,16,9;FSAR=19,9,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871736,-0.00992583,-0.0459582,0.0128826;FXX=0.0298463;HRUN=16,16,16,16;LEN=1,5,1,1;MLLD=177.818,9.91529,2.96923,14.2146;QD=24.6963;RBI=0.101043,0.124204,0.606428,0.322686;REFB=0.0513938,0.205835,0.314235,0.296471;REVB=-0.100666,-0.123807,-0.604684,-0.322429;RO=3;SAF=3,1,7,6;SAR=3,7,0,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0941184,-0.379258,0.771117,0.754681;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.00300734,0.227959,-0.615461,-0.226489;OID=.,.,.,.;OPOS=247729210,247729207,247729207,247729222;OREF=T,TTTTT,T,T;OALT=C,-,-,A;OMAPALT=CTTTCTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.369231,0.215385,0.276923,0.138462:6,8,7,6:66:24,14,18,9:65:0:5,5,16,9:19,9,2,0:0:0:91:3:3,1,7,6:3,7,0,0:2:1 chr1 247752019 . G C 1047.74 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6663;QD=58.2079;RBI=0.0320923;REFB=-0.137752;REVB=0.0260966;RO=1;SAF=40;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116761;STB=0.506171;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00146963;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:31:40:1:0:31:40:1:0 chr1 247752161 . T C 32.28 PASS AF=0.5;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0123397;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.325;QD=12.913;RBI=0.0315382;REFB=-0.0310985;REVB=-0.0290239;RO=5;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268008;STB=0.608297;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0323927;OID=.;OPOS=247752161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:10:10:5:5:4:5:0.5:2:2:4:1:2:3:4:1 chr1 247752367 . A G 511.02 PASS AF=0.515789;AO=47;DP=94;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00137026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.006;QD=21.5164;RBI=0.00793864;REFB=-0.00877054;REVB=-0.00781949;RO=46;SAF=17;SAR=30;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890749;STB=0.556498;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00980663;OID=.;OPOS=247752367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:46:46:47:49:0.515789:30:17:21:25:32:17:21:25 chr1 247769592 . C T 304.79 PASS AF=0.486111;AO=30;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00386959;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2247;QD=16.9328;RBI=0.0133958;REFB=-0.0211404;REVB=0.0128248;RO=34;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140364;STB=0.54104;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0344;OID=.;OPOS=247769592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:37:30:35:0.486111:19:11:12:22:19:16:14:23 chr1 247769752 . A G 404.19 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0379412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.088;QD=19.4792;RBI=0.0382133;REFB=-0.0300953;REVB=-0.00455156;RO=40;SAF=21;SAR=20;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144213;STB=0.57817;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0194023;OID=.;OPOS=247769752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:42:41:41:0.493976:20:21:14:26:20:21:15:27 chr1 247835674 . G A 1607.04 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3603;QD=64.2815;RBI=0.0256907;REFB=0;REVB=0.0226964;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97865e-05;OID=.;OPOS=247835674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chr1 247835908 . T A 501.53 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.325;QD=59.0035;RBI=0.016806;REFB=0;REVB=0.0155565;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69139e-05;OID=.;OPOS=247835908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:23:11:0:0 chr1 247836008 . G A 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.476;QD=58.4187;RBI=0.0247287;REFB=0;REVB=0.0243512;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19264e-05;OID=.;OPOS=247836008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr1 247836207 . T A 1208.85 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.917;QD=61.2076;RBI=0.0273032;REFB=0;REVB=0.0257536;RO=0;SAF=21;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88057e-05;OID=.;OPOS=247836207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:58:21:0:0:58:21:0:0 chr1 247875415 . A G 299.96 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.023669;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5876;QD=16.2141;RBI=0.0306385;REFB=0.00887786;REVB=-0.019455;RO=41;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278987;STB=0.656434;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.012591;OID=.;OPOS=247875415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:13:20:13:28:13:20:13:28 chr1 247875608 . C G 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00767328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.931;QD=13.7477;RBI=0.0156234;REFB=-0.00882983;REVB=-0.0136092;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506003;STB=0.528984;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0178485;OID=.;OPOS=247875608;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:10:12:19:13:10:12:19:13 chr1 247875689 . A G 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00290484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.467;QD=20.7686;RBI=0.0674409;REFB=-0.00385374;REVB=-0.0673783;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157298;STB=0.594528;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00414789;OID=.;OPOS=247875689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:12:15:17:6:12:15:18:6 chr1 247921352 . C T 582.76 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.083;QD=58.2756;RBI=0.042087;REFB=-0.117992;REVB=0.0378214;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00115284;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:19:20:0:1:19:20:0:1 chr1 247921717 . C A 754.52 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.626;QD=56.9446;RBI=0.0202216;REFB=0;REVB=0.00809182;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23456e-05;OID=.;OPOS=247921717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:34:17:0:0:35:18:0:0 chr1 247921888 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.464;QD=59.0174;RBI=0.0336228;REFB=0;REVB=-0.0043866;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232755;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr1 247978319 . A G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.605;QD=63.3367;RBI=0.0275145;REFB=0;REVB=0.0258792;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31402e-05;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr1 247978541 . AAGG A 447.31 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038933;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=3;MLLD=286.938;QD=49.7012;RBI=0.00468262;REFB=0;REVB=-0.00260177;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-9.33842e-05;OID=.;OPOS=247978542;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:36:36:36:0:21:15:0:0:8:0:20:15:0:0 chr1 248004614 . G A 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0479684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.556;QD=52.1522;RBI=0.0486926;REFB=-0.0539494;REVB=-0.00836694;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488676;STB=0.526296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00333603;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:18:9:1:0:18:9:1:0 chr1 248004687 . C G 547.47 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.411;QD=59.1862;RBI=0.0561786;REFB=0;REVB=0.0124257;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156855;OID=.;OPOS=248004687;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:23:12:0:0:25:12:0:0 chr1 248004775 . C G,T 578.29 PASS AF=0.025,0.95;AO=2,38;DP=40;FAO=1,38;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=0,10;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337716,0.0547629;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.09,91.1689;QD=57.8289;RBI=0.0343272,0.0559804;REFB=-0.000776238,-0.186227;REVB=-0.00615103,0.0116118;RO=0;SAF=0,10;SAR=2,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.508767;STBP=1,0.617;TYPE=snp,snp;VARB=0.128233,0.00207073;OID=.,.;OPOS=248004775,248004775;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:40:40:0:1:2,38:1,38:0.025,0.95:2,28:0,10:0:0:1,28:0,10:0:1 chr1 248004848 . G C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2045;QD=53.9089;RBI=0.106961;REFB=0;REVB=0.0245772;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278979;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr1 248004877 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.837;QD=53.277;RBI=0.0452301;REFB=0;REVB=0.0449164;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339591;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:14:9:0:0 chr1 248004884 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.141;QD=53.9107;RBI=0.0388681;REFB=0;REVB=0.0387812;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237969;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr1 248005213 . G C 321.39 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0353564;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3136;QD=47.6137;RBI=0.0354643;REFB=-0.151096;REVB=-0.00276386;RO=2;SAF=12;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711626;STB=0.538431;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00308351;OID=.;OPOS=248005213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:26:27:2:2:24:25:0.925926:12:12:2:0:13:12:2:0 chr1 248020556 . G C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00526437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.756;QD=11.0924;RBI=0.0406999;REFB=-0.00082275;REVB=0.040358;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429211;STB=0.749312;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.000797952;OID=.;OPOS=248020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:6:0:2:3:6:0 chr1 248028219 . G A 214.62 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00654285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.011;QD=45.1838;RBI=0.023798;REFB=-0.165464;REVB=0.0228809;RO=1;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316909;STB=0.517223;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00096251;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:1:1:18:18:0.947368:14:4:0:1:14:4:0:1 chr1 248039451 . C T 350.9 PASS AF=0.417582;AO=37;DP=90;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00982903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.058;QD=15.4242;RBI=0.0158182;REFB=-0.00984973;REVB=-0.0123937;RO=52;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025815;STB=0.527458;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0164806;OID=.;OPOS=248039451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:53:37:38:0.417582:18:19:28:24:19:19:29:24 chr1 248039713 . A G 221.8 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0466076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5557;QD=18.4832;RBI=0.0471624;REFB=-0.0104489;REVB=0.00721278;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18863;STB=0.606647;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00816761;OID=.;OPOS=248039713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:17:9:12:10:17:9 chr1 248059423 . C T 497.45 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0651292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.112;QD=26.5308;RBI=0.0659249;REFB=-0.0338732;REVB=0.0102118;RO=29;SAF=15;SAR=31;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120186;STB=0.565735;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.015402;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:29:46:46:0.613333:31:15:14:15:31:15:14:15 chr1 248059456 . G A 598.51 PASS AF=0.530973;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0105529;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.683;QD=21.1861;RBI=0.029239;REFB=-0.00554017;REVB=0.0272682;RO=53;SAF=26;SAR=34;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145;STB=0.579633;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00440763;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:53:53:60:60:0.530973:34:26:32:21:34:26:32:21 chr1 248059476 . A C 843.67 PASS AF=0.533784;AO=79;DP=148;FAO=79;FDP=148;FR=.;FRO=69;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0343472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.944;QD=22.8018;RBI=0.0362487;REFB=-0.0275458;REVB=-0.011586;RO=68;SAF=44;SAR=35;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651385;STB=0.538452;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0203284;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:68:69:79:79:0.533784:35:44:43:25:35:44:44:25 chr1 248059703 . T A 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0168975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.844;QD=13.0537;RBI=0.0257954;REFB=-0.0315018;REVB=-0.0194904;RO=35;SAF=16;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173624;STB=0.600235;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0325528;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:7:16:19:16:7:16:19:16 chr1 248059712 . T C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0202189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.039;QD=13.314;RBI=0.0325367;REFB=-0.0157658;REVB=-0.0254918;RO=33;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241712;STB=0.639866;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0307534;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:6:16:17:16:6:16:17:16 chr1 248059804 . C T 307.02 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00490723;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.251;QD=16.1587;RBI=0.0184583;REFB=-0.0261121;REVB=0.0177941;RO=41;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568435;STB=0.529394;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0285277;OID=.;OPOS=248059804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:42:33:34:0.447368:15:18:20:21:16:18:20:22 chr1 248059856 . T C 522.7 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0506778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1657;QD=23.7592;RBI=0.0619308;REFB=-0.000725075;REVB=0.0355975;RO=39;SAF=22;SAR=27;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09292;STB=0.551;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000418385;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:27:22:22:17:27:22:22:17 chr1 248060029 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.546;QD=64.1539;RBI=0.0368453;REFB=0;REVB=0.0204077;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95238e-05;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr1 248060230 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0192993;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.174;QD=9.44487;RBI=0.0223525;REFB=-0.00879739;REVB=0.0112771;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0170564;OID=.;OPOS=248060230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:6:4:3:3:6:4 chr1 248060246 . TA T 54.34 PASS AF=0.444444;AO=9;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.144407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.6707;QD=12.0758;RBI=0.232324;REFB=-0.00515512;REVB=-0.181993;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187606;STB=0.555418;STBP=0.719;TYPE=del;VARB=0.00213669;OID=.;OPOS=248060247;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:9:18:8:18:10:4:4:6:4:54:9:4:5:6:3 chr1 248060279 . C T 201.99 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00534453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3279;QD=21.2621;RBI=0.0119094;REFB=-0.0116223;REVB=-0.0106428;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132154;STB=0.574509;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0100751;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:13:7:9:9:13:7:9:9 chr1 248060380 . C G 371.3 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0198707;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0236;QD=22.1675;RBI=0.0348845;REFB=-0.00224173;REVB=0.028672;RO=29;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100784;STB=0.547919;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00046371;OID=.;OPOS=248060380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:29:30:37:37:0.552239:17:20:12:17:17:20:13:17 chr1 248084434 . G A 429.46 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0257127;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.538;QD=19.521;RBI=0.0263612;REFB=-0.00821147;REVB=0.00581118;RO=45;SAF=20;SAR=23;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103357;STB=0.557402;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0087908;OID=.;OPOS=248084434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:45:45:43:43:0.488636:23:20:26:19:23:20:26:19 chr1 248084464 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.646;QD=59.1432;RBI=0.00735459;REFB=0;REVB=0.00436284;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28339e-05;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr1 248084511 . T C 137.9 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00771037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.082;QD=19.0206;RBI=0.00855458;REFB=0.00584066;REVB=0.00370554;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885829;STB=0.550392;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00559778;OID=.;OPOS=248084511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:6:8:7:8:6:8 chr1 248085108 . C T 302.27 PASS AF=0.4;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0283208;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8785;QD=14.2244;RBI=0.0472418;REFB=-0.0153459;REVB=0.0378117;RO=51;SAF=16;SAR=18;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413986;STB=0.523532;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0180704;OID=.;OPOS=248085108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:51:51:34:34:0.4:18:16:26:25:18:16:26:25 chr1 248085124 . G A 702.79 PASS AF=0.625;AO=59;DP=97;FAO=60;FDP=96;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0034023;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6672;QD=29.2829;RBI=0.0183832;REFB=0.00564205;REVB=-0.0180656;RO=37;SAF=31;SAR=28;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276218;STB=0.512531;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00244515;OID=.;OPOS=248085124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:37:36:59:60:0.625:28:31:18:19:28:32:18:18 chr1 248112627 . T C 736.45 PASS AF=0.5;AO=72;DP=144;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0248188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.362;QD=20.4571;RBI=0.0375632;REFB=-0.00896363;REVB=0.0281962;RO=72;SAF=38;SAR=34;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507445;STB=0.527943;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00838288;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:72:72:72:72:0.5:34:38:42:30:34:38:42:30 chr1 248112745 . G T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.037;QD=59.1432;RBI=0.0132229;REFB=0;REVB=-0.00892112;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73729e-05;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr1 248112762 . TG CA 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000383604;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.028;QD=58.0611;RBI=0.00769767;REFB=0;REVB=-0.00768811;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.66179e-06;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr1 248112771 . C T 935.07 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.874;QD=58.4421;RBI=0.0657323;REFB=0;REVB=0.0651356;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91301e-05;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:59:64:1:22:37:0:0:26:38:0:0 chr1 248112809 . A G 1014.27 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328492;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.31;QD=59.6632;RBI=0.0328772;REFB=0;REVB=0.00135742;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064746;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:31:37:0:0 chr1 248112836 . A G 785.19 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3632;QD=57.1049;RBI=0.0498912;REFB=0;REVB=0.0332603;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429096;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:26:29:0:0 chr1 248112915 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0427522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.226;QD=11.8297;RBI=0.0429892;REFB=0.003047;REVB=0.00450801;RO=18;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188786;STB=0.615139;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00719151;OID=.;OPOS=248112915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:10:1:3:15:10:1:3:15 chr1 248113026 . T A 919.79 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.299;QD=58.399;RBI=0.0352632;REFB=0;REVB=0.00561588;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31807e-05;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:39:23:0:0:40:23:0:0 chr1 248113040 . A G 990.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6726;QD=59.1397;RBI=0.0264922;REFB=0;REVB=-0.02381;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296067;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr1 248128929 . G A 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0244466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.349;QD=28.1405;RBI=0.0322772;REFB=-0.0623158;REVB=-0.0210757;RO=7;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117373;STB=0.565137;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0338921;OID=.;OPOS=248128929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:8:8:5:2:8:8:5:2 chr1 248129240 . G A 381.27 PASS AF=0.394737;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0156078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2448;QD=13.3777;RBI=0.0328442;REFB=-0.0198721;REVB=0.0288988;RO=69;SAF=23;SAR=22;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505448;STB=0.52862;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0223442;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:69:45:45:0.394737:22:23:32:37:22:23:32:37 chr1 248264018 . C T 2355.62 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253966;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.611;QD=64.0985;RBI=0.0290562;REFB=0;REVB=0.0141165;RO=0;SAF=71;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3423e-05;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:146:147:1:75:71:0:0:76:71:0:0 chr1 248366792 . T C 1952.04 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9221;QD=61.9694;RBI=0.0352096;REFB=0;REVB=0.027771;RO=0;SAF=58;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158543;OID=.;OPOS=248366792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:68:58:0:0:68:58:0:0 chr1 248402758 . C T 1315.09 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.202;QD=61.167;RBI=0.0353964;REFB=0;REVB=0.0235793;RO=0;SAF=22;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20485e-05;OID=.;OPOS=248402758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:86:0:0:80:86:1:58:22:0:0:60:26:0:0 chr1 248436611 . G A 652.32 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.212;QD=62.1257;RBI=0.0463293;REFB=0;REVB=0.0463181;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297321;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:39:42:1:25:14:0:0:28:14:0:0 chr1 248436616 . A G 624.14 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0177131;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.53;QD=59.4415;RBI=0.0451465;REFB=-0.107523;REVB=0.0415265;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177076;STB=0.509429;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000960697;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:26:15:0:1:26:15:0:1 chr1 248436805 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.928;QD=40.7629;RBI=0.0674393;REFB=0;REVB=-0.00450118;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498601;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr1 248436857 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7766;QD=39.3178;RBI=0.0592784;REFB=-0.0187695;REVB=0.0497062;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00616498;OID=.;OPOS=248436857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:0:1:8:5:0:1 chr1 248436972 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.996;QD=60.8835;RBI=0.017254;REFB=0;REVB=0.0168363;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29594e-05;OID=.;OPOS=248436972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr1 248457979 . C A 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.624;QD=64.2848;RBI=0.0321825;REFB=0;REVB=0.0309425;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11245e-05;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:54:46:0:0:54:46:0:0 chr1 248457993 . C G 1737.8 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0213149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.051;QD=58.9086;RBI=0.0270138;REFB=-0.0907082;REVB=0.0165958;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508619;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-2.04933e-05;OID=.;OPOS=248457993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:0:2:116:116:0.983051:57:59:0:0:57:59:0:2 chr1 248458569 . T G 75.0 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.594;QD=37.5;RBI=0.0295057;REFB=0;REVB=0.0199249;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268293;OID=.;OPOS=248458569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr1 248458676 . T C 549.0 PASS AF=0.793103;AO=46;DP=58;FAO=46;FDP=58;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00759124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.049;QD=37.8619;RBI=0.0434485;REFB=-0.0617077;REVB=0.0427802;RO=12;SAF=13;SAR=33;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982125;STB=0.552886;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0066793;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:12:12:46:46:0.793103:33:13:6:6:33:13:6:6 chr1 248458689 . A G 599.5 PASS AF=0.816667;AO=49;DP=60;FAO=49;FDP=60;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0179626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.93;QD=39.9666;RBI=0.0184873;REFB=-0.0505872;REVB=-0.00437339;RO=11;SAF=13;SAR=36;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115386;STB=0.562011;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00837775;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:11:11:49:49:0.816667:36:13:6:5:36:13:6:5 chr1 248458717 . C G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4705;QD=61.0485;RBI=0.0225346;REFB=0;REVB=-0.00508657;RO=0;SAF=20;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66625e-05;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:58:20:0:0:58:20:0:0 chr1 248458736 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.809;QD=62.4654;RBI=0.0148244;REFB=0;REVB=0.007104;RO=0;SAF=24;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51965e-05;OID=.;OPOS=248458736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:63:24:0:0:63:24:0:0 chr1 248458760 . C A 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.444;QD=59.9959;RBI=0.0123601;REFB=0;REVB=0.000586722;RO=0;SAF=30;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59566e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06128e-06;OID=.;OPOS=248458760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:76:30:0:0:76:30:0:0 chr1 248458875 . CT C 848.18 PASS AF=1;AO=57;DP=61;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294409;FXX=0.0937354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.087;QD=58.4949;RBI=0.0426428;REFB=0;REVB=0.0308487;RO=2;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261885;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.70634e-06;OID=.;OPOS=248458876;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:61:58:58:0:22:36:0:0:4:2:22:35:0:2 chr1 248487016 . C T 1135.98 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.064;QD=60.5856;RBI=0.0370533;REFB=0;REVB=0.0252783;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84738e-05;OID=.;OPOS=248487016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:36:37:0:0:37:38:0:0 chr1 248487338 . C A 4698.98 PASS AF=1;AO=294;DP=294;FAO=294;FDP=294;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.425;QD=63.9316;RBI=0.031343;REFB=0;REVB=0.0287935;RO=0;SAF=137;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20455e-05;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:294:294:0:0:294:294:1:157:137:0:0:157:137:0:0 chr1 248487638 . A G 2421.49 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201277;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.833;QD=61.3035;RBI=0.0244506;REFB=0;REVB=0.0243676;RO=0;SAF=76;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7837e-05;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:156:158:1:80:76:0:0:82:76:0:0 chr1 248487768 . A G 784.37 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.8526;QD=57.0449;RBI=0.0878435;REFB=0;REVB=-0.0756969;RO=0;SAF=47;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129575;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:8:47:0:0:8:47:0:0 chr1 248512498 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.551;QD=58.2396;RBI=0.0194939;REFB=0;REVB=0.0166139;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61025e-05;OID=.;OPOS=248512498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr1 248525135 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0219789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.326;QD=6.81337;RBI=0.0306135;REFB=-0.00429559;REVB=0.02131;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265764;STB=0.644765;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0170091;OID=.;OPOS=248525135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:18:19:7:7:0.269231:4:3:12:6:4:3:12:7 chr1 248525138 . C T 45.16 PASS AF=0.28;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0164094;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.667;QD=7.22601;RBI=0.0410353;REFB=-0.00901987;REVB=-0.0376115;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265764;STB=0.666222;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0235025;OID=.;OPOS=248525138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:25:18:18:7:7:0.28:4:3:12:6:4:3:12:6 chr1 248525146 . C T 216.27 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00935642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1926;QD=29.8306;RBI=0.0162656;REFB=-0.0290539;REVB=-0.0133051;RO=9;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571198;STB=0.531566;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0127629;OID=.;OPOS=248525146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:7:13:5:4:7:13:5:4 chr1 248525193 . C T 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0309196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.287;QD=25.2872;RBI=0.0325005;REFB=0.00491166;REVB=-0.0100131;RO=9;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945429;STB=0.553004;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00354614;OID=.;OPOS=248525193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:5:11:5:4:5:11:5:4 chr1 248525285 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5776;QD=55.6561;RBI=0.025595;REFB=0;REVB=0.0239036;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779326;OID=.;OPOS=248525285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr1 248525290 . CG TC 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916086;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.063;QD=56.1915;RBI=0.0122296;REFB=0;REVB=-0.00810199;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.2219e-05;OID=.;OPOS=248525290;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 248525330 . A G 742.72 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0422312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.373;QD=53.0513;RBI=0.042232;REFB=-0.0864168;REVB=0.000264503;RO=2;SAF=24;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376599;STB=0.519993;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00664442;OID=.;OPOS=248525330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:30:24:2:0:30:24:2:0 chr1 248525647 . C A 871.2 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0747008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.02;QD=56.2067;RBI=0.075139;REFB=-0.116092;REVB=0.00810284;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136794;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000795906;OID=.;OPOS=248525647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:26:34:1:0:26:35:1:0 chr1 248525650 . C T 870.97 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0411047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.71;QD=56.1918;RBI=0.0411285;REFB=-0.121517;REVB=-0.00139734;RO=1;SAF=35;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132969;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00667804;OID=.;OPOS=248525650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:26:35:1:0:26:35:1:0 chr1 248525657 . G A 791.93 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00932803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.433;QD=53.6902;RBI=0.0255925;REFB=-0.0106016;REVB=-0.023832;RO=2;SAF=33;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277265;STB=0.514701;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-9.10188e-05;OID=.;OPOS=248525657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:24:33:2:0:24:33:2:0 chr1 248525780 . C T 1904.04 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.040262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.31;QD=59.9698;RBI=0.0539432;REFB=-0.124536;REVB=0.0359004;RO=2;SAF=54;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00207222;STB=0.501091;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000240381;OID=.;OPOS=248525780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:127:2:2:125:125:0.984252:71:54:1:1:71:54:1:1 chr1 248550970 . A G 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.77;QD=57.2356;RBI=0.0216159;REFB=0;REVB=-0.0049935;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04714e-05;OID=.;OPOS=248550970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr1 248550976 . T G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.335;QD=57.237;RBI=0.0149032;REFB=0;REVB=0.0130592;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94027e-05;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr1 248551203 . T C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.217788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5863;QD=59.0117;RBI=0.217844;REFB=0;REVB=0.00492999;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298382;OID=.;OPOS=248551203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr1 248551560 . C T 1476.4 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00579772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.135;QD=62.1641;RBI=0.0184612;REFB=-0.0436591;REVB=0.0175272;RO=1;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101963;STB=0.505375;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00260739;OID=.;OPOS=248551560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:46:48:0:1:46:48:0:1 chr1 248551636 . T G 2027.21 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.57;QD=62.3758;RBI=0.041172;REFB=0;REVB=0.0230683;RO=0;SAF=80;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60494e-05;OID=.;OPOS=248551636;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:50:80:0:0:50:80:0:0 chr1 248616401 . G A 683.28 PASS AF=0.266846;AO=98;DP=370;FAO=99;FDP=371;FR=.;FRO=272;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=144;FSRR=128;FWDB=-0.00514138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.564;QD=7.36694;RBI=0.00583253;REFB=-0.0060282;REVB=0.00275401;RO=270;SAF=40;SAR=58;SRF=142;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14681;STB=0.592041;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0168025;OID=.;OPOS=248616401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:371:270:272:98:99:0.266846:58:40:142:128:59:40:144:128 chr1 248616408 . C T 684.88 PASS AF=0.266846;AO=99;DP=371;FAO=99;FDP=371;FR=.;FRO=272;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=145;FSRR=127;FWDB=0.00771431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6964;QD=7.38416;RBI=0.0350562;REFB=2.83891e-05;REVB=-0.0341969;RO=268;SAF=40;SAR=59;SRF=144;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165326;STB=0.594642;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.000476184;OID=.;OPOS=248616408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:371:268:272:99:99:0.266846:59:40:144:124:59:40:145:127 chr1 248617123 . C T 38.41 PASS AF=0.12963;AO=6;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0879913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3945;QD=2.84538;RBI=0.112279;REFB=-0.00869383;REVB=-0.0697424;RO=43;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183642;STB=0.553039;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.039496;OID=.;OPOS=248617123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:43:47:6:7:0.12963:2:4:22:21:3:4:24:23 chr1 248617133 . C T 59.2 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0316153;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.73;QD=4.93368;RBI=0.0316426;REFB=-0.00750326;REVB=-0.00131489;RO=40;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540271;STB=0.853012;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0345077;OID=.;OPOS=248617133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:49:48:40:39:9:9:0.1875:2:7:12:28:2:7:11:28 chr1 248637046 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.018899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.839;QD=20.8979;RBI=0.0388374;REFB=-0.0179608;REVB=0.0339289;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790568;STB=0.58313;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0138536;OID=.;OPOS=248637046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:3:4:8:8:0.666667:4:4:1:2:4:4:1:3 chr1 248637362 . C T 223.99 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=0.0153167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8764;QD=10.6661;RBI=0.0295976;REFB=-0.00758163;REVB=-0.0253262;RO=55;SAF=25;SAR=3;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375558;STB=0.722347;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0100912;OID=.;OPOS=248637362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:56:28:28:0.333333:3:25:38:17:3:25:39:17 chr1 248637416 . GC CT 323.11 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=17;FWDB=-0.00830475;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.692;QD=12.7965;RBI=0.0224146;REFB=-0.0190875;REVB=-0.0208193;RO=63;SAF=28;SAR=10;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935808;STB=0.505345;STBP=0.959;TYPE=mnp;VARB=0.0304059;OID=.;OPOS=248637416;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:63:38:38:0.376238:10:28:46:17:10:28:46:17 chr1 248637543 . C T 640.12 PASS AF=0.384211;AO=73;DP=190;FAO=73;FDP=190;FR=.;FRO=117;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=82;FSRR=35;FWDB=-0.00532829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.508;QD=13.4763;RBI=0.0137177;REFB=-0.0140196;REVB=0.0126406;RO=116;SAF=43;SAR=30;SRF=81;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126409;STB=0.572937;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0183511;OID=.;OPOS=248637543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:116:117:73:73:0.384211:30:43:81:35:30:43:82:35 chr1 248637597 . C T 610.9 PASS AF=0.371728;AO=71;DP=191;FAO=71;FDP=191;FR=.;FRO=120;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=73;FSRR=47;FWDB=-4.918e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.308;QD=12.7937;RBI=0.0173044;REFB=-0.0272244;REVB=-0.0173043;RO=119;SAF=49;SAR=22;SRF=73;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947137;STB=0.557444;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0391394;OID=.;OPOS=248637597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:119:120:71:71:0.371728:22:49:73:46:22:49:73:47 chr1 248685253 . T C 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.064;QD=58.2378;RBI=0.0266433;REFB=0;REVB=0.0251857;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57084e-05;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr1 248685719 . A T 306.88 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00783024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.718;QD=18.0518;RBI=0.0114176;REFB=-0.00646071;REVB=-0.0083096;RO=35;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255591;STB=0.514277;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00954755;OID=.;OPOS=248685719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:17:16:16:19:17:16:16:19 chr1 248722671 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.382;QD=59.4356;RBI=0.0712317;REFB=0;REVB=-0.0710309;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212153;OID=.;OPOS=248722671;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:11:23:0:0:11:24:0:0 chr1 248722739 . G C 441.17 PASS AF=0.772727;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0145678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2499;QD=40.1062;RBI=0.0266049;REFB=0.0634169;REVB=-0.0222621;RO=10;SAF=24;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00297095;STB=0.501607;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0210409;OID=.;OPOS=248722739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:10:10:34:34:0.772727:10:24:7:3:10:24:7:3 chr1 248722752 . A G 375.7 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00475454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4017;QD=32.67;RBI=0.00628973;REFB=-0.0410005;REVB=-0.00411764;RO=13;SAF=24;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163744;STB=0.574534;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0616596;OID=.;OPOS=248722752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:13:15:31:31:0.673913:7:24:7:6:7:24:9:6 chr1 248722756 . T A 374.33 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00997296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.737;QD=31.8582;RBI=0.0185479;REFB=-0.0249952;REVB=-0.0156385;RO=16;SAF=24;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122284;STB=0.567227;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0171709;OID=.;OPOS=248722756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:7:24:10:6:7:24:10:6 chr1 248722767 . T C 376.6 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00341324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.653;QD=32.7478;RBI=0.0218477;REFB=-0.00846582;REVB=0.0215794;RO=15;SAF=24;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135717;STB=0.574534;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0197701;OID=.;OPOS=248722767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:7:24:9:6:7:24:9:6 chr1 248722777 . T A 624.12 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0223251;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6378;QD=56.7379;RBI=0.0240901;REFB=0.0522776;REVB=0.00905095;RO=2;SAF=30;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253828;STB=0.513806;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0019053;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:41:42:0.954545:11:30:1:1:11:31:1:1 chr1 248722788 . G T 378.96 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0159938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5826;QD=33.6852;RBI=0.017504;REFB=-0.0581007;REVB=-0.00711255;RO=14;SAF=24;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149531;STB=0.582033;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0263438;OID=.;OPOS=248722788;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:7:24:8:6:7:24:8:6 chr1 248737343 . C T 117.46 PASS AF=0.195876;AO=19;DP=95;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=0.0113051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.172;QD=4.8436;RBI=0.0504548;REFB=-0.0118865;REVB=-0.049172;RO=75;SAF=8;SAR=11;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986371;STB=0.562933;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0432653;OID=.;OPOS=248737343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:75:78:19:19:0.195876:11:8:26:49:11:8:27:51 chr1 248737348 . G A 130.39 PASS AF=0.203883;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=-0.0135217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9676;QD=5.06355;RBI=0.0137511;REFB=0.00295913;REVB=-0.00250162;RO=82;SAF=8;SAR=13;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710354;STB=0.544503;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.0123306;OID=.;OPOS=248737348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:82:82:21:21:0.203883:13:8:27:55:13:8:27:55 chr1 248737595 . A G 133.52 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0118918;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.027;QD=15.7077;RBI=0.0143818;REFB=-0.0170817;REVB=0.00808824;RO=19;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888851;STB=0.551651;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0084729;OID=.;OPOS=248737595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:12:3:5:14:12:3:5:14 chr1 248789504 . T C 768.65 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.274;QD=56.937;RBI=0.0199533;REFB=0;REVB=-0.00234394;RO=0;SAF=41;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6292e-05;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:12:41:0:0:12:42:0:0 chr1 248790075 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.373;QD=58.1421;RBI=0.0467598;REFB=0;REVB=0.0204776;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329705;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 248801592 . C T 740.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.889;QD=56.9494;RBI=0.0523689;REFB=0;REVB=0.0411677;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371408;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr1 248801602 . T A,TCA 644.98 PASS AF=0,0.960784;AO=3,46;DP=51;FAO=0,49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=0,25;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00719611,-0.011366;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=108.155,157.118;QD=50.587;RBI=0.0122708,0.0560247;REFB=-0.0363411,-0.0964337;REVB=-0.00993929,0.0548596;RO=2;SAF=0,25;SAR=3,21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0426858;STB=0.5,0.519992;STBP=1,0.275;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00328677;OID=.,.;OPOS=248801602,248801603;OREF=T,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:9:51:51:2:2:3,46:0,49:0,0.960784:3,21:0,25:0:2:0,24:0,25:0:2 chr1 248801610 . GC AT,GT 704.84 PASS AF=0.96,0.04;AO=48,2;DP=51;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407708,0.0703029;FXX=0.019604;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=170.608,44.5349;QD=56.3869;RBI=0.0550902,0.0713459;REFB=0,0;REVB=0.0370496,-0.0121546;RO=0;SAF=25,0;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00181156,-0.010981;OID=.,.;OPOS=248801610,248801611;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:50:0:0:48,2:48,2:0.96,0.04:23,2:25,0:0:0:23,2:25,0:0:0 chr1 248801633 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.783;QD=64.1539;RBI=0.0413544;REFB=0;REVB=-0.00192294;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76089e-05;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr1 248801944 . TCAGCACG T,TCAGCAGG 142.87 PASS AF=0.666667,0.111111;AO=11,3;DP=18;FAO=12,2;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=2,1;FSAR=10,1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0500302,-0.0440204;FXX=0.142789;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=248.791,86.502;QD=31.7492;RBI=0.0553695,0.0446119;REFB=-0.0419627,-0.04174;REVB=0.0237225,0.00724021;RO=4;SAF=2,1;SAR=9,2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0518926,0.0848588;STB=0.535652,0.665181;STBP=0.791,0.732;TYPE=del,snp;VARB=0.0142624,0.0113295;OID=.,.;OPOS=248801945,248801950;OREF=CAGCACG,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TCAGCAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0.111111:11,3:18:12,2:18:4:2,1:10,1:1:3:25:4:2,1:9,2:1:3 chr1 248814052 . T A 351.1 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0533202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.637;QD=34.2532;RBI=0.057786;REFB=-0.0282375;REVB=0.0222751;RO=12;SAF=7;SAR=22;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646805;STB=0.535373;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0109846;OID=.;OPOS=248814052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:22:7:4:8:22:7:4:8 chr1 248814080 . A C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00504776;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.341;QD=60.5101;RBI=0.0164774;REFB=-0.0315386;REVB=0.0156852;RO=1;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144632;STB=0.507689;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000485652;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:32:13:0:1:32:13:0:1 chr1 248814126 . G A 597.52 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283971;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.134;QD=61.2842;RBI=0.0304506;REFB=0;REVB=0.0109929;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79076e-05;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:40:39:1:26:14:0:0:26:13:0:0 chr1 248845097 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.561;QD=40.7629;RBI=0.0339795;REFB=0;REVB=0.0318754;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439314;OID=.;OPOS=248845097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr1 248845411 . G A 821.35 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.75;QD=55.6845;RBI=0.0375257;REFB=-0.120371;REVB=0.016737;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000300457;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:59:1:1:57:58:0.983051:33:24:1:0:34:24:1:0 chr1 248845458 . C T 741.46 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5282;QD=55.9594;RBI=0.0841836;REFB=0;REVB=0.0626114;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183928;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:33:18:0:0:34:19:0:0 chr1 248845471 . T C 767.48 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.277;QD=56.8505;RBI=0.0492763;REFB=0;REVB=0.0486103;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143406;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:30:22:0:0:32:22:0:0 chr1 248845499 . A G 787.45 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045091;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.575;QD=57.2693;RBI=0.0653906;REFB=0;REVB=0.0473576;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533188;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr1 249105163 . T C 495.78 PASS AF=0.416667;AO=53;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0150243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6989;QD=15.0237;RBI=0.0164511;REFB=-0.011968;REVB=-0.00670131;RO=73;SAF=21;SAR=32;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304071;STB=0.543984;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0132146;OID=.;OPOS=249105163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:77:53:55:0.416667:32:21:31:42:34:21:35:42 chr1 249142169 . C T 247.9 PASS AF=0.5;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0204249;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7615;QD=20.6582;RBI=0.0270183;REFB=-0.0307204;REVB=0.0176865;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729128;STB=0.523057;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0427591;OID=.;OPOS=249142169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:23:24:0.5:7:16:15:9:8:16:15:9 chr1 249144933 . T C 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00670271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.375;QD=15.6172;RBI=0.0486263;REFB=-0.00848367;REVB=-0.0481622;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757583;STB=0.543992;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0250276;OID=.;OPOS=249144933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:25:18:18:0.418605:10:8:12:11:10:8:13:12 chr1 249150116 . G C 326.77 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0158861;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.934;QD=12.8145;RBI=0.0171073;REFB=-0.0151115;REVB=-0.00634756;RO=63;SAF=21;SAR=18;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503587;STB=0.528686;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.022963;OID=.;OPOS=249150116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:63:63:39:39:0.382353:18:21:31:32:18:21:31:32 chr1 249168107 . G C 272.33 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0304163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1516;QD=17.291;RBI=0.0338356;REFB=-0.00560646;REVB=0.0148223;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686269;STB=0.538436;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00755502;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:16:14:13:20:16:14:13:20 chr1 249168516 . A G 1482.3 PASS AF=0.979592;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0431105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9095;QD=60.5021;RBI=0.0702308;REFB=-0.109115;REVB=-0.0554423;RO=2;SAF=31;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00758155;STB=0.503525;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00294163;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:98:2:2:94:96:0.979592:63:31:1:1:63:33:1:1 chr1 249208772 . C T 232.03 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0239082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.2;QD=14.7323;RBI=0.037975;REFB=-0.016639;REVB=-0.0295041;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127768;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016651;OID=.;OPOS=249208772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:36:27:27:0.428571:15:12:16:19:15:12:16:20 chr2 242800 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.456;QD=51.1846;RBI=0.0496782;REFB=0;REVB=0.0494994;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221998;OID=.;OPOS=242800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr2 243504 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.342;QD=55.0982;RBI=0.0304952;REFB=0;REVB=-0.0220713;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.52322e-06;OID=.;OPOS=243504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr2 269352 . G A 1457.01 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0124208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.088;QD=62.0005;RBI=0.0127667;REFB=-0.0811101;REVB=0.00295155;RO=1;SAF=49;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957781;STB=0.505049;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=6.53635e-05;OID=.;OPOS=269352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:44:49:1:0:44:49:1:0 chr2 676177 . C G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.875;QD=57.5433;RBI=0.0557087;REFB=0;REVB=0.0229599;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205735;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr2 1079320 . C T 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6819;QD=63.1948;RBI=0.0325359;REFB=0;REVB=0.0253975;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025523;OID=.;OPOS=1079320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr2 1099075 . TTAT TTCT,TTTC,TTTT 1837.33 PASS AF=0.8,0.128571,0.05;AO=52,15,6;DP=129;FAO=112,18,7;FDP=140;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=88,11,4;FSAR=24,7,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305831,0.0323091,0.0103616;FXX=0.0140835;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=70.7301,81.9935,97.9862;QD=52.4951;RBI=0.0703882,0.0866271,0.010733;REFB=0,0,0;REVB=0.063397,0.0803765,0.00279903;RO=0;SAF=46,5,4;SAR=6,10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=-1.82117e-05,0.0154763,0.0649244;OID=.,.,.;OPOS=1099077,1099077,1099077;OREF=A,AT,A;OALT=C,TC,T;OMAPALT=TTCT,TTTC,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8,0.128571,0.05:52,15,6:129:112,18,7:140:0:88,11,4:24,7,3:0:0:99:0:46,5,4:6,10,2:0:0 chr2 1099079 . T C 33.95 PASS AF=0.0769231;AO=11;DP=143;FAO=11;FDP=143;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=100;FSRR=32;FWDB=-0.00950053;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=152.727;QD=0.949534;RBI=0.0119854;REFB=0.000941528;REVB=-0.00730686;RO=132;SAF=7;SAR=4;SRF=100;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163851;STB=0.629207;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00623447;OID=.;OPOS=1099079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:143:143:132:132:11:11:0.0769231:4:7:100:32:4:7:100:32 chr2 1271230 . A G 604.99 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.067078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.945;QD=24.4439;RBI=0.0672208;REFB=-0.0501269;REVB=0.0043792;RO=44;SAF=19;SAR=36;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150427;STB=0.582628;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0292111;OID=.;OPOS=1271230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:36:19:23:21:36:19:23:21 chr2 1320143 . C T 1404.35 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406149;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5121;QD=61.7295;RBI=0.0415834;REFB=-0.129524;REVB=0.00892205;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.506328;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00570383;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:0:1:90:90:0.989011:51:39:0:0:51:39:1:0 chr2 1418192 . C G 612.49 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0174795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5242;QD=20.0816;RBI=0.0403216;REFB=-0.00490441;REVB=-0.0363359;RO=59;SAF=31;SAR=31;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00750063;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00517792;OID=.;OPOS=1418192;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:59:60:62:62:0.508197:31:31:29:30:31:31:30:30 chr2 1460004 . G T 1421.79 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100113;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.695;QD=61.8171;RBI=0.010332;REFB=-0.11023;REVB=-0.00255405;RO=1;SAF=34;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137366;STB=0.507245;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-1.68917e-05;OID=.;OPOS=1460004;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:91:91:0.98913:57:34:1:0:57:34:1:0 chr2 1488544 . C T 793.07 PASS AF=0.535714;AO=75;DP=141;FAO=75;FDP=140;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0108834;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.015;QD=22.6592;RBI=0.0250987;REFB=-0.022244;REVB=0.0226163;RO=65;SAF=31;SAR=44;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252231;STB=0.513808;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0200788;OID=.;OPOS=1488544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:65:65:75:75:0.535714:44:31:25:40:44:31:25:40 chr2 1497803 . C T 1135.24 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.552;QD=60.546;RBI=0.00844976;REFB=0;REVB=0.0082017;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55631e-06;OID=.;OPOS=1497803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:40:34:0:0:41:34:0:0 chr2 1499899 . C T 1469.49 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0238445;FXX=0.0204061;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.432;QD=61.2289;RBI=0.0242559;REFB=0.0148868;REVB=0.00444858;RO=1;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938906;STB=0.509802;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=1.04163e-05;OID=.;OPOS=1499899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:96:1:2:94:94:0.979167:50:44:0:1:50:44:0:2 chr2 1499927 . A C 1154.0 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.98;QD=60.7368;RBI=0.0229319;REFB=0;REVB=0.0226801;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.674e-05;OID=.;OPOS=1499927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:42:33:0:0:43:33:0:0 chr2 1520676 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0551;QD=57.8842;RBI=0.042275;REFB=0;REVB=0.0173739;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354368;OID=.;OPOS=1520676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr2 1544617 . G A 241.67 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0172173;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.26;QD=14.2156;RBI=0.0183938;REFB=-0.00141218;REVB=0.00647258;RO=40;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261479;STB=0.64835;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00286339;OID=.;OPOS=1544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:40:40:28:28:0.411765:11:17:14:26:11:17:14:26 chr2 1546361 . G T 132.65 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00557109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5744;QD=9.14801;RBI=0.0105717;REFB=0.00642157;REVB=0.00898465;RO=40;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579505;STB=0.534445;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0130289;OID=.;OPOS=1546361;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:9:9:22:18:9:9:22:18 chr2 1637648 . T C 163.67 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00915128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.718;QD=12.8366;RBI=0.0183606;REFB=-0.00832209;REVB=0.0159174;RO=32;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240059;STB=0.640105;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0152811;OID=.;OPOS=1637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:6:13:15:17:6:13:15:17 chr2 1647171 . T C 1494.6 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168068;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.823;QD=63.6001;RBI=0.00644039;REFB=0;REVB=0.00621723;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162464;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:41:53:0:0:41:53:0:0 chr2 1652822 . T G 1749.16 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.415;QD=60.8405;RBI=0.0197447;REFB=0;REVB=0.0127832;RO=0;SAF=68;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47308e-06;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:47:68:0:0:47:68:0:0 chr2 1664654 . A G 1662.66 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136152;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.582;QD=60.4603;RBI=0.042275;REFB=0;REVB=0.0400226;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59828e-05;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:54:56:0:0:54:56:0:0 chr2 1842968 . T C 1209.23 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.46;QD=61.2269;RBI=0.0333551;REFB=0;REVB=0.000743155;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66549e-05;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:47:30:0:0:47:32:0:0 chr2 1893133 . C T 492.85 PASS AF=0.50495;AO=50;DP=100;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00942441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.25;QD=19.5188;RBI=0.0267157;REFB=-0.0280725;REVB=0.0249982;RO=49;SAF=32;SAR=18;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084;STB=0.545215;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.018963;OID=.;OPOS=1893133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:49:50:50:51:0.50495:18:32:27:22:19:32:27:23 chr2 1896055 . C CG 50.97 PASS AF=0.130682;AO=24;DP=178;FAO=23;FDP=176;FR=.;FRO=153;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=92;FWDB=-0.00249845;FXX=0.0056494;HRUN=0;LEN=1;MLLD=47.3156;QD=1.15847;RBI=0.0377939;REFB=-0.0100705;REVB=-0.0377112;RO=152;SAF=14;SAR=10;SRF=59;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243382;STB=0.641702;STBP=0.169;TYPE=ins;VARB=0.15945;OID=.;OPOS=1896056;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.130682:24:178:23:176:153:13:10:61:92:50:152:14:10:59:93 chr2 1926290 . C T 186.08 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.0125554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.761;QD=8.5554;RBI=0.0126488;REFB=-0.00181108;REVB=0.00153419;RO=61;SAF=13;SAR=12;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185065;STB=0.601594;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00508957;OID=.;OPOS=1926290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:61:62:25:25:0.287356:12:13:41:20:12:13:41:21 chr2 1926437 . G T 771.06 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187736;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.566;QD=55.0757;RBI=0.0279789;REFB=-0.120597;REVB=0.0207454;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000227048;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:23:32:0:0:23:32:1:0 chr2 1946914 . A G 136.98 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.018902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.94;QD=18.2637;RBI=0.0313715;REFB=-0.0260447;REVB=-0.0250377;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231787;STB=0.631413;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0260053;OID=.;OPOS=1946914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:4:11:7:8:4:11 chr2 3212704 . C A 124.85 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00137456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.446;QD=17.8357;RBI=0.0257618;REFB=-0.0256058;REVB=0.0257251;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165626;STB=0.581274;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0317882;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:10:4:6:7:10:4:6:8 chr2 3392075 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.763;QD=56.7054;RBI=0.0653947;REFB=0;REVB=-0.0021803;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336683;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:24:29:1:19:5:0:0:20:9:0:0 chr2 3392295 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.989;QD=62.6711;RBI=0.019101;REFB=0;REVB=0.0153664;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01681e-05;OID=.;OPOS=3392295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr2 3392513 . TT CA,TC 649.23 PASS AF=0.883721,0.116279;AO=38,5;DP=43;FAO=38,5;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=29,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199438,0.00442701;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=159.475,109.087;QD=60.3934;RBI=0.00481477,0.0067848;REFB=0,0;REVB=-0.00438229,-0.0051415;RO=0;SAF=9,0;SAR=29,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00665487,0.0342133;OID=.,.;OPOS=3392513,3392514;OREF=TT,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:43:43:0:0:38,5:38,5:0.883721,0.116279:29,5:9,0:0:0:29,5:9,0:0:0 chr2 3425514 . G C 2007.97 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.724;QD=62.2627;RBI=0.0444023;REFB=0;REVB=-0.0126804;RO=0;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115917;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:67:62:0:0:67:62:0:0 chr2 3470115 . T C 479.58 PASS AF=0.440678;AO=51;DP=120;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.00935847;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2437;QD=16.257;RBI=0.0268152;REFB=-0.0273866;REVB=-0.0251292;RO=59;SAF=25;SAR=26;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176016;STB=0.527677;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.023279;OID=.;OPOS=3470115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:59:66:51:52:0.440678:26:25:30:29:27:25:35:31 chr2 3488502 . A G 428.18 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00671326;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.587;QD=19.2439;RBI=0.00968566;REFB=-0.0161324;REVB=0.00698169;RO=46;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701885;STB=0.550291;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0178694;OID=.;OPOS=3488502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:46:46:43:43:0.483146:21:22:27:19:21:22:28:18 chr2 3504687 . A G 373.83 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00712941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.606;QD=14.8053;RBI=0.00742563;REFB=-0.00911644;REVB=0.00207642;RO=59;SAF=15;SAR=27;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144074;STB=0.581458;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0144255;OID=.;OPOS=3504687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:27:15:29:30:27:15:29:30 chr2 3518643 . T C 326.13 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00543849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.527;QD=20.0698;RBI=0.00562383;REFB=-0.00512631;REVB=-0.0014319;RO=31;SAF=13;SAR=21;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251999;STB=0.513974;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00538002;OID=.;OPOS=3518643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:21:13:11:20:21:13:11:20 chr2 3605468 . A G 731.59 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115927;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.124;QD=63.6165;RBI=0.120335;REFB=0;REVB=0.032272;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242756;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr2 3652616 . G C 2888.72 PASS AF=1;AO=179;DP=181;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142798;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.229;QD=62.4589;RBI=0.0297726;REFB=-0.0420086;REVB=0.0261247;RO=1;SAF=96;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570128;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128226;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:181:185:1:0:179:185:1:83:96:0:1:88:97:0:0 chr2 3653844 . T C 429.42 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.295;QD=57.2556;RBI=0.0455035;REFB=0;REVB=0.0361893;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256051;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:24:4:0:0:26:4:0:0 chr2 3749151 . GGAAGAAGAAGC GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC 395.06 PASS AF=0.113402,0.463918;AO=18,41;DP=99;FAO=11,45;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=0,14;FSAR=11,31;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0170317,-0.00277624;FXX=0.0202;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=23.5224,224.182;QD=16.2911;RBI=0.25745,0.0196043;REFB=-0.0976121,-0.0139313;REVB=-0.256887,0.0194068;RO=33;SAF=0,14;SAR=18,27;SRF=23;SRR=10;SSEN=0.455837,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.840268,-0.2878;STB=0.998987,0.625692;STBP=0.001,0.019;TYPE=del,del;VARB=0.0803198,0.0162606;OID=.,.;OPOS=3749162,3749152;OREF=C,GAA;OALT=-,-;OMAPALT=GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.113402,0.463918:18,41:99:11,45:97:41:0,14:11,31:23:18:99:33:0,14:18,27:23:10 chr2 3800383 . C T 568.33 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00479193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.177;QD=20.2974;RBI=0.069935;REFB=-0.0155365;REVB=-0.0697707;RO=54;SAF=15;SAR=43;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154891;STB=0.585757;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.015595;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:43:15:22:32:43:15:22:32 chr2 6990020 . C T 356.64 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0168617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.521;QD=12.6244;RBI=0.0189471;REFB=-0.0114976;REVB=-0.00864148;RO=68;SAF=24;SAR=19;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168652;STB=0.517378;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0194499;OID=.;OPOS=6990020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:70:43:43:0.380531:19:24:39:29:19:24:41:29 chr2 7005369 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3031;QD=35.5759;RBI=0.0609769;REFB=0;REVB=-0.0607269;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00569506;OID=.;OPOS=7005369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 7137067 . A G 771.79 PASS AF=0.516556;AO=77;DP=151;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.000471273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.842;QD=20.4448;RBI=0.0251867;REFB=-0.0106054;REVB=0.0251823;RO=72;SAF=22;SAR=55;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144807;STB=0.571025;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0114025;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:72:73:77:78:0.516556:55:22:31:41:55:23:31:42 chr2 7154632 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.15;QD=62.908;RBI=0.028248;REFB=0;REVB=0.0258344;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14494e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:50:40:0:0:50:40:0:0 chr2 8925908 . G T 32.15 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=-0.0295688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.708;QD=1.56848;RBI=0.0336749;REFB=-0.000956304;REVB=-0.0161147;RO=68;SAF=7;SAR=1;SRF=17;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643984;STB=0.92304;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0601657;OID=.;OPOS=8925908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:82:82:68:74:8:8:0.097561:1:7:17:51:1:7:23:51 chr2 9491017 . C T 604.17 PASS AF=0.492063;AO=63;DP=125;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00912233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1076;QD=19.18;RBI=0.0183288;REFB=-0.0144732;REVB=-0.0158974;RO=61;SAF=38;SAR=25;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130283;STB=0.590033;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0186848;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:61:64:63:62:0.492063:25:38:28:33:24:38:28:36 chr2 9528536 . G C 576.68 PASS AF=0.537037;AO=57;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0156421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.584;QD=21.3584;RBI=0.0157489;REFB=-0.0227104;REVB=0.00183077;RO=48;SAF=25;SAR=32;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861074;STB=0.551706;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0279868;OID=.;OPOS=9528536;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:50:57:58:0.537037:32:25:26:22:32:26:28:22 chr2 9880827 . A G 268.77 PASS AF=0.347826;AO=31;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0386108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5923;QD=11.6857;RBI=0.0456198;REFB=-0.019259;REVB=-0.0242977;RO=59;SAF=18;SAR=13;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825224;STB=0.561859;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0317853;OID=.;OPOS=9880827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:60:31:32:0.347826:13:18:30:29:13:19:30:30 chr2 9983686 . G T 1231.31 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0936;QD=60.0641;RBI=0.0446703;REFB=-0.0539165;REVB=-0.000792714;RO=0;SAF=8;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529404;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000600136;OID=.;OPOS=9983686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:73:8:0:0:73:8:1:0 chr2 9983716 . A C 902.68 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.8;QD=58.2377;RBI=0.0559701;REFB=0;REVB=0.0386951;RO=0;SAF=5;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21804e-05;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:55:5:0:0:57:5:0:0 chr2 10045014 . C A,T 2256.44 PASS AF=0.213836,0.786164;AO=29,111;DP=148;FAO=34,125;FDP=159;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15,63;FSAR=19,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00937088,0.00157221;FXX=0.00624961;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.417,74.5773;QD=56.7657;RBI=0.0217036,0.00397797;REFB=0,0;REVB=0.0195763,-0.00365409;RO=1;SAF=15,56;SAR=14,55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.03211,0.008554;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0637926,0.00259235;OID=.,.;OPOS=10045014,10045014;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:148:159:1:0:29,111:34,125:0.213836,0.786164:14,55:15,56:0:1:19,62:15,63:0:0 chr2 10045024 . G A 2706.06 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.76;QD=62.2083;RBI=0.0299851;REFB=0;REVB=0.0137988;RO=0;SAF=85;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69014e-05;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:174:0:0:173:174:1:88:85:0:0:88:86:0:0 chr2 10050946 . CT C,CA,CC 2283.41 PASS AF=1,0,0;AO=18,7,131;DP=159;FAO=159,0,0;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=71,0,0;FSAR=88,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00291763,-0.0583957,-0.10372;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=82.0684,71.2501,71.6235;QD=57.4444;RBI=0.168678,0.152293,0.248894;REFB=0,0,0;REVB=-0.168653,-0.140652,-0.226253;RO=0;SAF=16,6,46;SAR=2,1,85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00170996,0,0.0666426;OID=.,.,.;OPOS=10050947,10050947,10050947;OREF=T,T,T;OALT=-,A,C;OMAPALT=C,CA,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:18,7,131:159:159,0,0:159:0:71,0,0:88,0,0:0:0:13:0:16,6,46:2,1,85:0:0 chr2 10050960 . A G 2092.36 PASS AF=0.919753;AO=148;DP=162;FAO=149;FDP=162;FR=.;FRO=13;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0184607;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.3955;QD=51.6633;RBI=0.022639;REFB=-0.200962;REVB=0.0131044;RO=1;SAF=69;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684316;STB=0.51256;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00614273;OID=.;OPOS=10050960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:162:162:1:13:148:149:0.919753:79:69:1:0:80:69:4:9 chr2 10053412 . C T 1883.7 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000852192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2875;QD=59.7999;RBI=0.0110337;REFB=-0.00510706;REVB=-0.0110008;RO=1;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085597;STB=0.500775;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000175605;OID=.;OPOS=10053412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:126:1:2:123:124:0.984127:55:68:0:1:56:68:1:1 chr2 10059230 . TAAAAAAAG TAAAAAAG,TAAAAAAGA 41.25 PASS AF=0.119403,0.0746269;AO=11,4;DP=68;FAO=8,5;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=3,4;FSAR=5,1;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.141845,0.06485;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.13994,27.4416;QD=2.46284;RBI=0.202621,0.085602;REFB=-0.0881941,-0.049514;REVB=0.144691,0.0558766;RO=45;SAF=1,3;SAR=10,1;SRF=16;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.454502,0.395855;STB=0.539378,0.869388;STBP=0.848,0.18;TYPE=del,mnp;VARB=0.0794593,0.102871;OID=.,.;OPOS=10059231,10059237;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=TAAAAAAG,TAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.119403,0.0746269:11,4:68:8,5:67:54:3,4:5,1:18:36:20:45:1,3:10,1:16:29 chr2 10059770 . G T 728.6 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9221;QD=57.1449;RBI=0.0454183;REFB=0;REVB=0.0446747;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356771;OID=.;OPOS=10059770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr2 10094992 . A G 750.47 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.021;QD=62.5391;RBI=0.174149;REFB=0;REVB=0.00619759;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187233;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:33:14:0:0:33:15:0:0 chr2 10126330 . G A 535.25 PASS AF=0.620253;AO=47;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00317243;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.382;QD=27.1013;RBI=0.00510006;REFB=-0.0150562;REVB=0.00399328;RO=30;SAF=25;SAR=22;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703154;STB=0.544731;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00677156;OID=.;OPOS=10126330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:30:47:49:0.620253:22:25:13:17:22:27:13:17 chr2 10188649 . A T 153.09 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00205316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.251;QD=15.3091;RBI=0.00213798;REFB=-0.0234793;REVB=-0.000596239;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858883;STB=0.529377;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0374631;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:23:16:17:0.425:7:9:11:12:8:9:11:12 chr2 10262920 . T G 770.7 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.059;QD=55.0501;RBI=0.0479649;REFB=-0.0404715;REVB=0.0449741;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000305231;OID=.;OPOS=10262920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:30:25:0:0:30:25:1:0 chr2 10267211 . T C 814.06 PASS AF=0.527397;AO=77;DP=146;FAO=77;FDP=146;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.0282177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.382;QD=22.303;RBI=0.0363769;REFB=0.0136196;REVB=0.0229573;RO=69;SAF=32;SAR=45;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477161;STB=0.526134;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00969375;OID=.;OPOS=10267211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:69:69:77:77:0.527397:45:32:25:44:45:32:25:44 chr2 10295277 . C T 296.7 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0107562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0066;QD=15.616;RBI=0.0561423;REFB=0.00600305;REVB=-0.0551023;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799238;STB=0.537577;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.010844;OID=.;OPOS=10295277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:43:33:33:0.434211:17:16:17:25:17:16:18:25 chr2 10332738 . G A 1236.45 PASS AF=0.524017;AO=120;DP=230;FAO=120;FDP=229;FR=.;FRO=109;FSAF=33;FSAR=87;FSRF=32;FSRR=77;FWDB=0.0226772;FXX=0.00434764;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.333;QD=21.5973;RBI=0.0281676;REFB=-0.0156773;REVB=0.016708;RO=109;SAF=33;SAR=87;SRF=32;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020062;STB=0.510977;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.013542;OID=.;OPOS=10332738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:109:109:120:120:0.524017:87:33:32:77:87:33:32:77 chr2 10436178 . TCCCCCCCA TCCCCCA,TCCCCCC,TCCCCCCA 32.21 PASS AF=0.0526316,0,0.421053;AO=2,2,7;DP=19;FAO=1,0,8;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=0,0,6;FSAR=1,0,2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0668022,-0.0271254,-0.120774;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=2,2,1;MLLD=12.742,181.388,7.61138;QD=6.78199;RBI=0.121367,0.0354104,0.220755;REFB=-0.091181,-0.00827978,-0.161017;REVB=0.101328,0.022762,0.184787;RO=7;SAF=1,2,5;SAR=1,0,2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0720733,0.621371,0.252798;STB=0.989266,0.5,0.655832;STBP=0.5,1,0.287;TYPE=del,del,del;VARB=0.0645732,0,0.0834602;OID=.,.,.;OPOS=10436179,10436185,10436179;OREF=CC,CA,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=TCCCCCA,TCCCCCC,TCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0526316,0,0.421053:2,2,7:19:1,0,8:19:10:0,0,6:1,0,2:5:5:27:7:1,2,5:1,0,2:3:4 chr2 10712278 . C T 1609.04 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00746078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9471;QD=59.0474;RBI=0.0743469;REFB=-0.0776155;REVB=0.0739716;RO=1;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085524;STB=0.504504;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00118116;OID=.;OPOS=10712278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:109:1:1:108:108:0.990826:55:53:0:1:55:53:0:1 chr2 10784491 . A G 1135.42 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9609;QD=60.5559;RBI=0.0782734;REFB=0;REVB=0.0709409;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312062;OID=.;OPOS=10784491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:35:39:0:0:36:39:0:0 chr2 10808776 . C A,CAA 1881.98 PASS AF=0.0564516,0.943548;AO=13,110;DP=128;FAO=7,117;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=1,51;FSAR=6,66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040915,0.0250851;FXX=0.0312476;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=42.8151,187.264;QD=60.7092;RBI=0.0432834,0.030183;REFB=0,0;REVB=-0.0141214,0.0167855;RO=0;SAF=6,48;SAR=7,62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.52354e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0416179,0.0019575;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:128:124:0:0:13,110:7,117:0.0564516,0.943548:7,62:6,48:0:0:6,66:1,51:0:0 chr2 10908893 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2345;QD=58.1419;RBI=0.0412748;REFB=0;REVB=0.00332405;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608626;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr2 11053020 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9571;QD=58.6004;RBI=0.0223506;REFB=0;REVB=-0.0209514;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151433;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:31:33:0:0 chr2 11053740 . C T 1989.31 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2043;QD=62.1659;RBI=0.0215108;REFB=0;REVB=-0.0175255;RO=0;SAF=70;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76074e-05;OID=.;OPOS=11053740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:58:70:0:0:58:70:0:0 chr2 11054041 . G A 717.25 PASS AF=0.42623;AO=78;DP=183;FAO=78;FDP=183;FR=.;FRO=105;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=0.0152913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9157;QD=15.6775;RBI=0.0251157;REFB=-0.00791841;REVB=-0.0199242;RO=103;SAF=35;SAR=43;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106599;STB=0.564745;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0117764;OID=.;OPOS=11054041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:103:105:78:78:0.42623:43:35:57:46:43:35:59:46 chr2 11264830 . G A 2285.73 PASS AF=0.993421;AO=150;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0558565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2598;QD=60.1507;RBI=0.0749055;REFB=-0.0853757;REVB=0.0499086;RO=0;SAF=64;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502857;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000887434;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:0:1:150:151:0.993421:86:64:0:0:87:64:0:1 chr2 11702661 . A C 794.84 PASS AF=0.432836;AO=88;DP=201;FAO=87;FDP=201;FR=.;FRO=114;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=69;FWDB=-0.0323271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1831;QD=15.8178;RBI=0.0572886;REFB=0.0034486;REVB=-0.0472963;RO=109;SAF=47;SAR=41;SRF=42;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147437;STB=0.575572;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00368284;OID=.;OPOS=11702661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:109:114:88:87:0.432836:41:47:42:67:41:46:45:69 chr2 11738091 . T C 770.08 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627616;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.819;QD=64.1733;RBI=0.0692958;REFB=0;REVB=0.029375;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230993;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:27:21:0:0 chr2 11752635 . T C 1552.11 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236766;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4644;QD=64.0044;RBI=0.0369519;REFB=0;REVB=0.0283701;RO=0;SAF=26;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.66521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346359;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:71:26:0:0:71:26:0:0 chr2 11774324 . G A 417.97 PASS AF=0.5;AO=34;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00401403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.456;QD=19.9032;RBI=0.00414417;REFB=0.0223679;REVB=-0.00103038;RO=36;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05001;STB=0.523798;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0204539;OID=.;OPOS=11774324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:42:34:42:0.5:18:16:15:21:21:21:19:23 chr2 11853913 . G A 885.7 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6445;QD=56.2351;RBI=0.0593445;REFB=0;REVB=0.0054832;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215708;OID=.;OPOS=11853913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:1:0:60:63:1:29:31:1:0:29:34:0:0 chr2 11965541 . A G 546.29 PASS AF=0.416667;AO=57;DP=141;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=0.0133598;FXX=0.0136977;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.258;QD=15.1747;RBI=0.0291068;REFB=-0.0129525;REVB=-0.0258597;RO=75;SAF=18;SAR=39;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507346;STB=0.519601;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0150752;OID=.;OPOS=11965541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:75:84:57:60:0.416667:39:18:27:48:39:21:32:52 chr2 12864766 . C T 297.34 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0114252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.428;QD=18.2978;RBI=0.011695;REFB=-0.0192934;REVB=0.00249731;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250284;STB=0.632102;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0194902;OID=.;OPOS=12864766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:20:12:21:11:20:12:21:12 chr2 12877501 . G A,GA 2269.62 PASS AF=0.0272109,0.965986;AO=7,132;DP=150;FAO=4,142;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=4,70;FSAR=0,72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00978594,0.00389518;FXX=0.0067563;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=70.0542,91.7477;QD=61.7583;RBI=0.028801,0.0189058;REFB=-0.00822852,-0.006795;REVB=0.0270875,0.0185002;RO=4;SAF=6,68;SAR=1,64;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.120201,-0.0131371;STB=0.5,0.503546;STBP=1,0.324;TYPE=snp,ins;VARB=0.00275224,-8.74155e-05;OID=.,.;OPOS=12877501,12877502;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:150:147:4:1:7,132:4,142:0.0272109,0.965986:1,64:6,68:3:1:0,72:4,70:1:0 chr2 12882822 . ATC A 2952.49 PASS AF=1;AO=179;DP=189;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572952;FXX=0.0260403;HRUN=1;LEN=2;MLLD=359.71;QD=63.1548;RBI=0.0110999;REFB=0;REVB=0.00950688;RO=0;SAF=74;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.40666e-06;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:179:189:187:187:0:79:108:0:0:16:0:74:105:0:0 chr2 15372562 . C T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00645343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.65;QD=12.9421;RBI=0.0199886;REFB=0.00104754;REVB=0.0189182;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287878;STB=0.670012;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00276018;OID=.;OPOS=15372562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:11:4:13:12:11:4:13:12 chr2 15378808 . C G 177.31 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0432091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0128;QD=12.2283;RBI=0.0432146;REFB=-0.00684076;REVB=-0.000694264;RO=35;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222026;STB=0.620143;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0150938;OID=.;OPOS=15378808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:22:22:0.37931:14:8:20:15:14:8:20:16 chr2 15470848 . C T 718.63 PASS AF=0.47205;AO=76;DP=162;FAO=76;FDP=161;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=29;FWDB=-0.0155713;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5184;QD=17.8541;RBI=0.0200249;REFB=-0.0138116;REVB=0.0125909;RO=82;SAF=44;SAR=32;SRF=55;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090002;STB=0.543836;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.015618;OID=.;OPOS=15470848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:82:85:76:76:0.47205:32:44:55:27:32:44:56:29 chr2 15533779 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0497361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.506;QD=14.3348;RBI=0.0497434;REFB=0.00101354;REVB=0.000850645;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205386;STB=0.632285;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00908266;OID=.;OPOS=15533779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:26:16:17:0.395349:8:8:8:18:8:9:8:18 chr2 15542337 . C G 171.27 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0409322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9244;QD=12.4557;RBI=0.0689188;REFB=0.00454615;REVB=0.0554469;RO=34;SAF=17;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381903;STB=0.723902;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00689075;OID=.;OPOS=15542337;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:4:17:17:17:4:17:17:17 chr2 15555762 . C G 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0537625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6607;QD=16.0713;RBI=0.0564848;REFB=-0.0152234;REVB=0.0173242;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125492;STB=0.561172;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0198632;OID=.;OPOS=15555762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:14:15:22:12:14:15:22:13 chr2 15555832 . A G 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0710972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.124;QD=16.5268;RBI=0.0723681;REFB=-0.00288025;REVB=0.0135029;RO=29;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247752;STB=0.639888;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00305113;OID=.;OPOS=15555832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:16:9:18:11:16:9:18:11 chr2 15601441 . C T 500.21 PASS AF=0.426357;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=54;FWDB=0.0316897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.674;QD=15.5104;RBI=0.0316946;REFB=-0.0211855;REVB=0.000556979;RO=73;SAF=17;SAR=38;SRF=20;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427019;STB=0.52659;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0246067;OID=.;OPOS=15601441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:73:74:55:55:0.426357:38:17:20:53:38:17:20:54 chr2 15613460 . T C 370.05 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0179644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7927;QD=19.7361;RBI=0.027055;REFB=0.00044352;REVB=-0.02023;RO=37;SAF=13;SAR=25;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182732;STB=0.601696;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.000456397;OID=.;OPOS=15613460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:25:13:20:17:25:13:20:17 chr2 15614404 . T C 413.67 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00591845;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.06;QD=18.8033;RBI=0.00592796;REFB=-0.0212599;REVB=0.000335778;RO=47;SAF=11;SAR=30;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836826;STB=0.52528;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0216168;OID=.;OPOS=15614404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:46:41:42:0.477273:30:11:16:31:30:12:15:31 chr2 15618339 . G A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=23;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0146981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.195;QD=14.054;RBI=0.0179318;REFB=-0.00894646;REVB=-0.010272;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097023;STB=0.503335;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0186067;OID=.;OPOS=15618339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:35:23:25:0.416667:11:12:17:15:13:12:17:18 chr2 15698746 . G C 951.45 PASS AF=0.469484;AO=100;DP=213;FAO=100;FDP=213;FR=.;FRO=113;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.00151115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.729;QD=17.8677;RBI=0.00619844;REFB=2.8633e-05;REVB=0.00601142;RO=113;SAF=52;SAR=48;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149688;STB=0.508269;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-2.96041e-05;OID=.;OPOS=15698746;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:113:113:100:100:0.469484:48:52:57:56:48:52:57:56 chr2 15747393 . C T 289.32 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.000359417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.521;QD=11.6897;RBI=0.00277181;REFB=-0.00487605;REVB=-0.0027484;RO=65;SAF=19;SAR=15;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120799;STB=0.569465;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00835706;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:65:65:34:34:0.343434:15:19:43:22:15:19:43:22 chr2 15840522 . G T 429.08 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0130581;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.098;QD=30.6484;RBI=0.0139103;REFB=-0.0252025;REVB=-0.0047942;RO=17;SAF=13;SAR=26;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122756;STB=0.506663;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0103239;OID=.;OPOS=15840522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:17:17:39:39:0.696429:26:13:6:11:26:13:6:11 chr2 15840623 . A G 279.26 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0175105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.481;QD=11.7581;RBI=0.0202449;REFB=0.00170362;REVB=0.0101605;RO=61;SAF=12;SAR=21;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111523;STB=0.559963;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00248888;OID=.;OPOS=15840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:62:33:33:0.347368:21:12:28:33:21:12:28:34 chr2 15840645 . T C 725.2 PASS AF=0.62;AO=62;DP=100;FAO=62;FDP=100;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0333885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5374;QD=29.0079;RBI=0.0427157;REFB=-0.0206242;REVB=0.0266428;RO=38;SAF=28;SAR=34;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780593;STB=0.542337;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00804445;OID=.;OPOS=15840645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:38:38:62:62:0.62:34:28:13:25:34:28:13:25 chr2 16090820 . T C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.000504581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6931;QD=14.6578;RBI=0.043346;REFB=-0.00210146;REVB=-0.0433431;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162921;STB=0.593419;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000765121;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:14:3:4:9:14:3 chr2 16380485 . A G 105.21 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0460289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6409;QD=11.3745;RBI=0.0462574;REFB=-0.00830259;REVB=-0.00459264;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322518;STB=0.519201;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0225583;OID=.;OPOS=16380485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:4:9:16:8:4:9:16:8 chr2 16380541 . C T 91.22 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0245955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3735;QD=17.3747;RBI=0.0254816;REFB=-0.026551;REVB=-0.00666122;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232556;STB=0.646239;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0551429;OID=.;OPOS=16380541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:4:7:8:1:4:7:9:1 chr2 17304295 . A G 387.58 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0422677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0182;QD=15.9828;RBI=0.0475825;REFB=-0.0410739;REVB=-0.0218527;RO=55;SAF=23;SAR=18;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144657;STB=0.586165;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0339816;OID=.;OPOS=17304295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:18:23:23:32:18:23:23:33 chr2 17696573 . C T 2660.85 PASS AF=0.99422;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.322;QD=61.5226;RBI=0.0281454;REFB=-0.0269292;REVB=-0.0169819;RO=1;SAF=86;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550265;STB=0.50289;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=7.12264e-05;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:173:1:1:172:172:0.99422:86:86:0:1:86:86:0:1 chr2 17698678 . A G 2235.94 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.918;QD=63.4308;RBI=0.0104427;REFB=0;REVB=0.00568614;RO=0;SAF=68;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26856e-05;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:73:68:0:0:73:68:0:0 chr2 17699668 . C T 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0465048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.998;QD=16.1164;RBI=0.0487392;REFB=-0.0267107;REVB=0.0145881;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784743;STB=0.571306;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0223744;OID=.;OPOS=17699668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:8:4:5:7:8:4:6:7 chr2 17942775 . T A 1530.06 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.414;QD=63.0954;RBI=0.0483165;REFB=0;REVB=0.029447;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.879e-05;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:55:40:0:0:57:40:0:0 chr2 17954027 . G A 1396.35 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7689;QD=62.7571;RBI=0.0621901;REFB=0;REVB=-0.0436862;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000533974;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:53:36:0:0:53:36:0:0 chr2 17954421 . C G 1399.78 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073396;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.015;QD=62.9115;RBI=0.0531819;REFB=0;REVB=0.052673;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165643;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr2 17962450 . A G 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5893;QD=58.7796;RBI=0.0217124;REFB=0;REVB=-0.0170479;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57939e-05;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr2 17962518 . C T 677.01 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070765;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.813;QD=62.9778;RBI=0.0329084;REFB=0;REVB=-0.0321385;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67002e-05;OID=.;OPOS=17962518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr2 18112473 . G A 2349.02 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101141;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5302;QD=61.0136;RBI=0.133807;REFB=0;REVB=0.133424;RO=0;SAF=65;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2093e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561021;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:143:154:0:0:142:154:1:77:65:0:0:89:65:0:0 chr2 18113508 . G A 333.97 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=92;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.00862286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.765;QD=14.3643;RBI=0.0103804;REFB=-0.00857941;REVB=-0.00577918;RO=56;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256552;STB=0.650291;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0229086;OID=.;OPOS=18113508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:56:56:36:37:0.397849:15:21:19:37:15:22:19:37 chr2 18113623 . A G 582.45 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0012747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.407;QD=58.2445;RBI=0.00128192;REFB=-0.0538888;REVB=-0.000135898;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000218811;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:23:16:0:0:23:16:0:1 chr2 18113789 . G A 232.11 PASS AF=0.368421;AO=27;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0153945;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.544;QD=12.2162;RBI=0.0174637;REFB=-0.00762671;REVB=-0.0082456;RO=48;SAF=16;SAR=11;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105881;STB=0.515644;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0134557;OID=.;OPOS=18113789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:27:28:0.368421:11:16:28:20:11:17:28:20 chr2 20131079 . T C 332.9 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0455102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1663;QD=16.4392;RBI=0.0474662;REFB=-0.000660278;REVB=-0.0134854;RO=45;SAF=23;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640014;STB=0.536032;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.000216611;OID=.;OPOS=20131079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:13:23:26:19:13:23:26:19 chr2 20240668 . C A 270.75 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.047987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0204;QD=16.9219;RBI=0.0503583;REFB=0.00896961;REVB=-0.0152711;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170254;STB=0.502091;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0139138;OID=.;OPOS=20240668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:16:14:16:17:16:14:16:18 chr2 20375110 . G A 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0249497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.128;QD=17.8259;RBI=0.058619;REFB=-0.0221216;REVB=-0.0530444;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217336;STB=0.605879;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0197694;OID=.;OPOS=20375110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:10:11:12:12:0.521739:4:8:4:6:4:8:5:6 chr2 20375332 . A G 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0093323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.318;QD=12.2166;RBI=0.0340592;REFB=-0.0108424;REVB=-0.0327558;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136651;STB=0.580336;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0157345;OID=.;OPOS=20375332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:7:8:11:16:7:8:11:16 chr2 20403794 . A T 919.13 PASS AF=1;AO=34;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00629178;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.327;QD=58.3572;RBI=0.054851;REFB=0;REVB=0.0544889;RO=0;SAF=33;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259784;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:34:63:1:1:33:0:0:28:35:0:0 chr2 20648211 . G T 354.28 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.918;QD=54.5053;RBI=0.108591;REFB=0;REVB=0.1044;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127791;OID=.;OPOS=20648211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr2 20680665 . C A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00204664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.862;QD=37.893;RBI=0.065581;REFB=0.00102556;REVB=0.0655491;RO=1;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430526;STB=0.523771;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.000405434;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:10:2:0:1:10:2:0:1 chr2 20680693 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8116;QD=44.6896;RBI=0.0320312;REFB=0;REVB=0.0117139;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000832702;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr2 20818454 . T A 505.14 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370942;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.759;QD=59.4281;RBI=0.0502751;REFB=0;REVB=0.0339354;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309401;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:20:14:0:0 chr2 20818517 . T C 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.00163739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.759;QD=14.1875;RBI=0.00689825;REFB=-0.0106055;REVB=-0.00670111;RO=45;SAF=8;SAR=23;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408538;STB=0.523278;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0126869;OID=.;OPOS=20818517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:23:8:13:32:23:8:13:32 chr2 20823724 . T C,G 219.23 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=15,2;DP=17;FAO=16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5,1;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449453,0.0190426;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.777,147.284;QD=48.7168;RBI=0.0774473,0.0587225;REFB=0,0;REVB=0.0630715,0.0555492;RO=0;SAF=4,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33019e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00489153,0.0559024;OID=.,.;OPOS=20823724,20823724;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:17:18:0:0:15,2:16,2:0.888889,0.111111:11,1:4,1:0:0:11,1:5,1:0:0 chr2 20824498 . C T 564.66 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00430888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.161;QD=24.2864;RBI=0.0307788;REFB=-0.0106988;REVB=0.0304757;RO=40;SAF=25;SAR=27;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746607;STB=0.546;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0111971;OID=.;OPOS=20824498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:41:52:52:0.55914:27:25:23:17:27:25:24:17 chr2 20939786 . T C 493.07 PASS AF=0.597403;AO=45;DP=76;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0421748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4734;QD=25.6138;RBI=0.0700126;REFB=-0.00365897;REVB=0.0558843;RO=31;SAF=28;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106386;STB=0.551542;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00313392;OID=.;OPOS=20939786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:31:31:45:46:0.597403:17:28:15:16:18:28:15:16 chr2 21231387 . T G 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0292154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.611;QD=18.0733;RBI=0.0304472;REFB=-0.0287254;REVB=-0.00857257;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190649;STB=0.606417;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0279105;OID=.;OPOS=21231387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:13:17:11:20:13:17:11:20 chr2 21231524 . G A 1083.83 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404335;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.55;QD=60.213;RBI=0.0472567;REFB=0;REVB=0.0470835;RO=0;SAF=19;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01919e-05;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:53:19:0:0:53:19:0:0 chr2 21232803 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.102;QD=62.0205;RBI=0.0471249;REFB=0;REVB=-0.0177393;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65537e-05;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr2 21235475 . T C 2032.05 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308293;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.652;QD=62.5247;RBI=0.0633388;REFB=0;REVB=0.0553296;RO=0;SAF=58;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76337e-05;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:72:58:0:0:72:58:0:0 chr2 21250914 . G A 925.87 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00662632;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.743;QD=58.7853;RBI=0.0102572;REFB=0;REVB=-0.00782959;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148196;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:42:21:0:0:42:21:0:0 chr2 21360550 . A G 143.33 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.024346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6801;QD=9.88488;RBI=0.0378355;REFB=-0.00113446;REVB=-0.0289619;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224651;STB=0.63087;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00267465;OID=.;OPOS=21360550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:10:9:11:28:10:9:11:28 chr2 21360583 . A G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0142963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.312;QD=22.5346;RBI=0.0249241;REFB=-0.000357695;REVB=0.0204164;RO=15;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302449;STB=0.671443;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000260663;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:15:4:8:7:15:4:8:7 chr2 21366324 . G C 152.12 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0148351;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3741;QD=8.33504;RBI=0.0293055;REFB=-0.00730592;REVB=0.0252731;RO=50;SAF=13;SAR=8;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11957;STB=0.572693;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0167162;OID=.;OPOS=21366324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:52:21:21:0.287671:8:13:26:24:8:13:27:25 chr2 23865260 . T C 3766.08 PASS AF=1;AO=237;DP=238;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353756;FXX=0.0042015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.17;QD=63.5625;RBI=0.0371798;REFB=0;REVB=0.0114416;RO=0;SAF=147;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5254e-05;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:238:237:0:0:237:237:1:90:147:0:0:90:147:0:0 chr2 23919375 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.708;QD=59.3226;RBI=0.0747855;REFB=0;REVB=0.0180037;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140258;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:38:30:0:0 chr2 23926659 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.914;QD=61.2131;RBI=0.0163168;REFB=0;REVB=-0.0100685;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2147e-05;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr2 23973799 . T C 803.46 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9132;QD=55.4107;RBI=0.0301375;REFB=-0.117775;REVB=-0.00329429;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.509431;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00306959;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:26:31:0:0:26:31:0:1 chr2 24055058 . G C 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.227;QD=62.3482;RBI=0.0136541;REFB=0;REVB=-0.00902546;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08634e-06;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr2 24108652 . T C 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.822;QD=62.6144;RBI=0.0312507;REFB=0;REVB=0.0268793;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93482e-05;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:35:53:0:0:35:53:0:0 chr2 24268721 . C T 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0170533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4356;QD=16.4256;RBI=0.0238117;REFB=-0.0270233;REVB=-0.0166187;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300456;STB=0.677055;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0418448;OID=.;OPOS=24268721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:9:2:5:6:9:2:5:6 chr2 24342505 . T C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0176916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.289;QD=15.5771;RBI=0.0257135;REFB=-0.0204361;REVB=-0.0186599;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499484;STB=0.537006;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0239106;OID=.;OPOS=24342505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:12:12:16:13:12:12:17:13 chr2 24344060 . T G 644.55 PASS AF=0.511811;AO=63;DP=125;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00611593;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.204;QD=20.3008;RBI=0.0343959;REFB=-0.0228807;REVB=0.0338478;RO=62;SAF=35;SAR=28;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00652128;STB=0.502694;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0244568;OID=.;OPOS=24344060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:62:62:63:65:0.511811:28:35:34:28:29:36:34:28 chr2 24369674 . C T 715.45 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121289;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.279;QD=57.2362;RBI=0.0121291;REFB=0;REVB=-7.89665e-05;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94292e-05;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:49:50:1:17:32:0:0:18:32:0:0 chr2 24384424 . T C 651.79 PASS AF=0.962264;AO=48;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0980979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5884;QD=49.1917;RBI=0.125402;REFB=-0.176735;REVB=0.0781184;RO=4;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721951;STB=0.51785;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0177712;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:4:2:48:51:0.962264:24:24:0:4:27:24:0:2 chr2 24387178 . G GC 584.66 PASS AF=1;AO=49;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.5609;QD=44.1249;RBI=0.126232;REFB=0;REVB=0.0898116;RO=4;SAF=23;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075091;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00496177;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:54:53:53:0:27:26:0:0:11:4:23:26:4:0 chr2 24390517 . G A 618.51 PASS AF=0.416667;AO=70;DP=168;FAO=70;FDP=168;FR=.;FRO=98;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.0269287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.797;QD=14.7265;RBI=0.0294292;REFB=-0.00699388;REVB=0.0118711;RO=98;SAF=36;SAR=34;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361042;STB=0.520225;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0103514;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:98:98:70:70:0.416667:34:36:47:51:34:36:47:51 chr2 24402127 . C CAA 605.23 PASS AF=1;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.50993e-05;FXX=0.0714116;HRUN=0;LEN=2;MLLD=233.804;QD=62.075;RBI=0.0152392;REFB=0;REVB=0.015239;RO=3;SAF=16;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801196;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.39033e-05;OID=.;OPOS=24402128;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:43:39:39:0:16:23:0:0:4:3:16:23:3:0 chr2 24413298 . A G 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.012633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.549;QD=19.0232;RBI=0.0244786;REFB=-0.0186362;REVB=0.0209668;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076861;STB=0.542763;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0250958;OID=.;OPOS=24413298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:18:17:20:15:18:17:20:15 chr2 24431184 . C T 845.58 PASS AF=0.565217;AO=78;DP=138;FAO=78;FDP=138;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.035225;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.268;QD=24.5097;RBI=0.0383578;REFB=-0.019587;REVB=0.0151829;RO=59;SAF=36;SAR=42;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573;STB=0.534377;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0184164;OID=.;OPOS=24431184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:59:60:78:78:0.565217:42:36:23:36:42:36:23:37 chr2 24432839 . A G 374.78 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0294149;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.204;QD=15.4547;RBI=0.0294284;REFB=-0.0311509;REVB=-0.000892623;RO=53;SAF=20;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860392;STB=0.556673;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0365518;OID=.;OPOS=24432839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:53:57:40:40:0.412371:20:20:31:22:20:20:34:23 chr2 24524958 . C T 109.98 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0548055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.003;QD=14.6637;RBI=0.0572617;REFB=-0.0162068;REVB=-0.0165909;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230989;STB=0.632005;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0225644;OID=.;OPOS=24524958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:3:14:8:5:3:14 chr2 24587571 . A G 885.35 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.866;QD=58.0556;RBI=0.0460047;REFB=0;REVB=-0.0323968;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06442e-06;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:36:24:0:0:36:25:0:0 chr2 24899185 . C G 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0653478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2611;QD=25.3676;RBI=0.0664033;REFB=-0.0216198;REVB=0.0117925;RO=14;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285862;STB=0.65852;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.013943;OID=.;OPOS=24899185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:13:8:11:3:13:8:11:3 chr2 24899204 . A G 228.63 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0388302;FXX=0.0540395;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.825;QD=26.129;RBI=0.0507074;REFB=-0.00186613;REVB=0.0326106;RO=14;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252561;STB=0.639872;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00358973;OID=.;OPOS=24899204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:12:9:11:3:12:9:11:3 chr2 24905927 . G C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.538;QD=57.1057;RBI=0.0487681;REFB=0;REVB=0.0101417;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221699;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr2 24974945 . T G 1177.58 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.11;QD=60.3889;RBI=0.0396235;REFB=0;REVB=0.0121491;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113604;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:43:34:0:0:43:35:0:0 chr2 24991569 . C G 375.37 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0121911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.911;QD=13.7749;RBI=0.0256474;REFB=0.00660959;REVB=-0.0225648;RO=65;SAF=15;SAR=29;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101288;STB=0.557416;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.010008;OID=.;OPOS=24991569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:29:15:28:37:29:15:28:37 chr2 25046090 . T C 151.83 PASS AF=0.551724;AO=14;DP=27;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00912992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.022;QD=20.9427;RBI=0.018933;REFB=-0.0217565;REVB=0.0165862;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156693;STB=0.5793;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0162462;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:13:13:14:16:0.551724:8:6:8:5:9:7:8:5 chr2 25047408 . A G 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00725526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.831;QD=23.5983;RBI=0.0164264;REFB=-0.0285775;REVB=0.0147373;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152352;STB=0.584709;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0211097;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:14:7:13:12:14:7 chr2 25050977 . T C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00752581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.956;QD=17.8005;RBI=0.0295669;REFB=-0.0217298;REVB=-0.0285931;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243535;STB=0.639278;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0368798;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:14:6:13:11:14:6:13:11 chr2 25064193 . G A 518.86 PASS AF=0.44898;AO=42;DP=97;FAO=44;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0127404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.435;QD=21.1778;RBI=0.0131533;REFB=-0.0453332;REVB=0.0032696;RO=33;SAF=22;SAR=20;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140205;STB=0.560948;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0314133;OID=.;OPOS=25064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:33:38:42:44:0.44898:20:22:23:10:22:22:24:14 chr2 25141538 . A G 178.37 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0418934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9677;QD=16.5927;RBI=0.0791366;REFB=-0.0191248;REVB=-0.0671383;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892957;STB=0.547122;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0203167;OID=.;OPOS=25141538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:23:24:18:19:0.44186:11:7:7:16:12:7:7:17 chr2 25181488 . T C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0310185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.187;QD=22.585;RBI=0.0320445;REFB=-0.0164391;REVB=0.00804362;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087178;STB=0.54921;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0095436;OID=.;OPOS=25181488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:1:5:8:3:1:5 chr2 25194741 . G A 1164.6 PASS AF=0.559783;AO=97;DP=183;FAO=103;FDP=184;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=0.00300416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.287;QD=25.3173;RBI=0.0136197;REFB=-0.0496453;REVB=0.0132842;RO=60;SAF=50;SAR=47;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167243;STB=0.566673;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0294957;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:60:69:97:103:0.559783:47:50:45:15:53:50:45:24 chr2 25281086 . A T 469.06 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.0313225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6087;QD=20.394;RBI=0.0315182;REFB=-0.012889;REVB=0.00350616;RO=46;SAF=12;SAR=34;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250574;STB=0.5139;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0114519;OID=.;OPOS=25281086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:34:12:13:33:34:12:13:33 chr2 25314186 . T C 385.28 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0025138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.481;QD=17.9199;RBI=0.0229964;REFB=-0.0168722;REVB=-0.0228586;RO=46;SAF=17;SAR=23;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931716;STB=0.552082;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.021875;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:23:17:24:22:23:17:24:22 chr2 25376564 . CGT C 88.83 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.01309;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.021;QD=16.1504;RBI=0.0172577;REFB=-0.0260937;REVB=-0.0112464;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0275153;OID=.;OPOS=25376565;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:22:11:22:11:5:6:5:6:86:11:4:6:5:6 chr2 25377176 . T C 771.25 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124822;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.063;QD=57.1294;RBI=0.0711264;REFB=0;REVB=0.0700225;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178008;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr2 25384169 . G A 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0065708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.102;QD=17.4264;RBI=0.0111421;REFB=-0.00728914;REVB=-0.00899842;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285333;STB=0.663091;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0102643;OID=.;OPOS=25384169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:13:6:14:9:13:6:14:9 chr2 25536827 . G A 438.75 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0152789;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.839;QD=23.716;RBI=0.0157849;REFB=-0.0172191;REVB=0.00396464;RO=29;SAF=12;SAR=30;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138205;STB=0.575184;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00999321;OID=.;OPOS=25536827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:29:32:42:42:0.567568:30:12:13:16:30:12:14:18 chr2 26149968 . C T 724.47 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.692;QD=56.8215;RBI=0.0343192;REFB=0;REVB=0.0134953;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174341;OID=.;OPOS=26149968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:18:32:0:0:18:33:0:0 chr2 26321526 . T C 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0117523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.305;QD=56.9476;RBI=0.0122848;REFB=0.0105282;REVB=0.00357742;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000246284;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr2 26358110 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5099;QD=52.6127;RBI=0.0300163;REFB=0;REVB=-0.0071453;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622742;OID=.;OPOS=26358110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr2 26399214 . G A 1589.76 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.301;QD=59.9911;RBI=0.0447383;REFB=0;REVB=0.044373;RO=0;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3543e-05;OID=.;OPOS=26399214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:61:44:0:0:62:44:0:0 chr2 26507076 . A T 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00391899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.091;QD=15.7727;RBI=0.0432448;REFB=0.00362509;REVB=-0.0430669;RO=32;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267654;STB=0.660109;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00880326;OID=.;OPOS=26507076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:19:8:18:14:19:8:19:14 chr2 26534801 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.171;QD=53.277;RBI=0.0385796;REFB=0;REVB=0.0293173;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166748;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr2 26536299 . C G 187.5 PASS AF=0.253968;AO=13;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.182789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.5218;QD=11.9048;RBI=0.183368;REFB=-0.0518168;REVB=0.0145698;RO=35;SAF=2;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424605;STB=0.782192;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0602758;OID=.;OPOS=26536299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:37:13:16:0.253968:11:2:16:19:14:2:16:21 chr2 26536694 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0123194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.948;QD=13.6604;RBI=0.0139965;REFB=-0.0304964;REVB=-0.00664326;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024428;STB=0.514265;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0209995;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:10:11:7:7:10:11 chr2 26590084 . T G 615.48 PASS AF=0.43871;AO=68;DP=155;FAO=68;FDP=155;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.0368997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7592;QD=15.8833;RBI=0.038303;REFB=0.00306919;REVB=0.0102729;RO=87;SAF=42;SAR=26;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149613;STB=0.583534;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00162717;OID=.;OPOS=26590084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:87:87:68:68:0.43871:26:42:41:46:26:42:41:46 chr2 26606154 . T C 424.17 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.000583131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.567;QD=15.1489;RBI=0.000594651;REFB=-0.00380197;REVB=0.000116481;RO=64;SAF=31;SAR=17;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567614;STB=0.53191;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00559658;OID=.;OPOS=26606154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:64:48:48:0.428571:17:31:38:26:17:31:38:26 chr2 26607992 . T C 1491.6 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5293;QD=62.1499;RBI=0.0379659;REFB=-0.0988945;REVB=0.0105411;RO=1;SAF=47;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998257;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00148428;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:48:47:1:0:48:47:1:0 chr2 26613056 . C T 1593.17 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.141;QD=63.7266;RBI=0.0509615;REFB=0;REVB=-0.0509169;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124187;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:52:47:0:0:53:47:0:0 chr2 26613329 . A G 516.0 PASS AF=0.532609;AO=48;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0881386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3161;QD=22.4346;RBI=0.0881499;REFB=-0.0153042;REVB=0.00140995;RO=44;SAF=22;SAR=26;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164971;STB=0.502004;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.014036;OID=.;OPOS=26613329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:43:48:49:0.532609:26:22:21:23:26:23:20:23 chr2 26667615 . T C 1247.85 PASS AF=0.976744;AO=82;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0157941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.2445;QD=58.0397;RBI=0.0945127;REFB=-0.0544464;REVB=0.0931837;RO=4;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378408;STB=0.509802;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00302687;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:4:2:82:84:0.976744:48:34:0:4:50:34:0:2 chr2 26676322 . A G 910.69 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0495692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8699;QD=56.0423;RBI=0.085121;REFB=-0.115773;REVB=0.0691989;RO=1;SAF=18;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103802;STB=0.513509;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0186064;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:45:18:0:1:46:18:1:0 chr2 26676395 . G T 642.23 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0450469;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.061;QD=59.7427;RBI=0.0635254;REFB=-0.116859;REVB=0.0447912;RO=0;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27702e-08;STB=0.507459;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00119581;OID=.;OPOS=26676395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:0:1:42:42:0.976744:33:9:0:0:33:9:0:1 chr2 26693967 . C T 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0320737;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.636;QD=18.967;RBI=0.0320785;REFB=-0.00409162;REVB=-0.000554609;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287106;STB=0.653323;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00624572;OID=.;OPOS=26693967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:7:15:9:15:7:15:10:15 chr2 26699126 . C G 2121.57 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.331;QD=62.8613;RBI=0.0771383;REFB=0;REVB=0.0763965;RO=0;SAF=81;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160957;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:54:81:0:0:54:81:0:0 chr2 26699855 . G C 1036.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.285;QD=59.2232;RBI=0.0158981;REFB=0;REVB=0.0119389;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110333;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:28:41:0:0:28:42:0:0 chr2 26700700 . G A 1523.38 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00885865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.252;QD=58.5913;RBI=0.0384205;REFB=-0.115442;REVB=0.0373853;RO=1;SAF=52;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903785;STB=0.504761;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00016701;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:51:52:1:0:51:52:1:0 chr2 26739423 . T C 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0414144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.312;QD=18.316;RBI=0.0453943;REFB=-0.0181884;REVB=-0.0185873;RO=42;SAF=7;SAR=32;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279828;STB=0.667126;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0138523;OID=.;OPOS=26739423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:32:7:17:25:32:7:18:25 chr2 26750769 . G A 166.06 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0198415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6401;QD=22.1418;RBI=0.0565548;REFB=-0.0248745;REVB=0.05296;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667668;STB=0.537506;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0216293;OID=.;OPOS=26750769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:9:8:5:8:9:8:5:8 chr2 26798893 . A T 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0386649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.629;QD=41.6796;RBI=0.0536235;REFB=-0.0736243;REVB=0.0371552;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.518498;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0151052;OID=.;OPOS=26798893;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:1:2:18:18:0.9:6:12:1:0:6:12:1:1 chr2 26799031 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.328;QD=40.7629;RBI=0.0339429;REFB=0;REVB=0.0186499;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804254;OID=.;OPOS=26799031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr2 26804218 . G A 2927.02 PASS AF=0.994709;AO=186;DP=189;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0340238;FXX=0.0307677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.589;QD=61.9476;RBI=0.0340523;REFB=-0.118035;REVB=-0.00139195;RO=3;SAF=100;SAR=86;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620546;STB=0.502857;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00105922;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:189:189:3:1:186:188:0.994709:86:100:1:2:87:101:0:1 chr2 26804247 . T C 2746.51 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0599;QD=62.4206;RBI=0.0299657;REFB=0;REVB=0.00914537;RO=0;SAF=81;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370717;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:175:176:1:94:81:0:0:94:82:0:0 chr2 26951449 . G A 537.79 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.326;QD=59.7543;RBI=0.0410342;REFB=0;REVB=0.0331579;RO=0;SAF=30;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233648;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:6:30:0:0:6:30:0:0 chr2 26951473 . CGGGGGA CGGGG,CGGGGA 48.54 PASS AF=0,0.479167;AO=9,11;DP=48;FAO=0,23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=0,20;FSAR=0,3;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0175263,0.0106013;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=81.7284,6.62739;QD=4.04481;RBI=0.0175928,0.172029;REFB=-0.0182135,-0.204022;REVB=-0.00152842,0.171702;RO=26;SAF=9,10;SAR=0,1;SRF=19;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.702982,0.364363;STB=0.5,0.605956;STBP=1,0.279;TYPE=del,del;VARB=0.132607,0.176565;OID=.,.;OPOS=26951478,26951474;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGGG,CGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.479167:9,11:48:0,23:48:25:0,20:0,3:19:6:49:26:9,10:0,1:19:7 chr2 27001307 . GC G,GG 80.72 PASS AF=0.823529,0;AO=6,2;DP=16;FAO=14,0;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=2,0;FSAR=12,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00600231,0.0765935;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.4094,15.5293;QD=18.9932;RBI=0.212793,0.165429;REFB=-0.151699,-0.0961927;REVB=0.212708,0.146629;RO=7;SAF=1,0;SAR=5,2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.248649,0;SSSB=-0.160904,-0.539624;STB=0.648402,0.5;STBP=0.073,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0962802,0.00652115;OID=.,.;OPOS=27001308,27001308;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529,0:6,2:16:14,0:17:3:2,0:12,0:2:1:16:7:1,0:5,2:2:5 chr2 27169842 . C A 240.11 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.088386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.056;QD=16.5592;RBI=0.0884557;REFB=-0.0185553;REVB=-0.00351075;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227246;STB=0.512811;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.018338;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:18:9:11:20:18:9:11:20 chr2 27246285 . C T 969.39 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.118;QD=57.8738;RBI=0.0387532;REFB=0;REVB=-0.0119132;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27384e-05;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:65:67:1:34:31:0:0:34:33:0:0 chr2 27261329 . A G 553.69 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.204;QD=59.8588;RBI=0.0275779;REFB=0;REVB=0.00496778;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87579e-05;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:21:14:0:0:21:16:0:0 chr2 27290525 . A G 1246.28 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518434;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3187;QD=61.5447;RBI=0.0532124;REFB=0;REVB=-0.0119925;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201405;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr2 27303755 . A G 877.84 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462592;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.871;QD=57.5633;RBI=0.0513298;REFB=0;REVB=0.0222449;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151072;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:37:22:0:0:37:24:0:0 chr2 27324036 . G A,C 871.32 PASS AF=0.882353,0.0735294;AO=60,4;DP=68;FAO=60,5;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=39,0;FSAR=21,5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0212975,0.0327743;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=192.334,17.0957;QD=51.2539;RBI=0.0551691,0.0333088;REFB=-0.117044,-0.080727;REVB=0.0508925,-0.00594288;RO=2;SAF=39,0;SAR=21,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0428388,0;STB=0.533322,0.5;STBP=0.046,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00369423,0.110085;OID=.,.;OPOS=27324036,27324036;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:68:68:2:3:60,4:60,5:0.882353,0.0735294:21,4:39,0:0:2:21,5:39,0:0:3 chr2 27324724 . G C 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.235;QD=60.2308;RBI=0.00779725;REFB=0;REVB=0.00461353;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92237e-05;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr2 27324751 . G T 446.91 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00718047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6397;QD=57.6659;RBI=0.0303843;REFB=0;REVB=-0.0295237;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465083;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr2 27351948 . T G 735.44 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9091;QD=62.5905;RBI=0.0454007;REFB=0;REVB=0.0155677;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132898;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:22:23:0:0:23:24:0:0 chr2 27360534 . G A 369.32 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0116151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8893;QD=25.0383;RBI=0.0480445;REFB=-0.0483692;REVB=0.0466194;RO=23;SAF=22;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340138;STB=0.518654;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0324969;OID=.;OPOS=27360534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:14:22:13:10:14:22:13:10 chr2 27361222 . G A 282.99 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0012928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.216;QD=14.8942;RBI=0.00970753;REFB=-0.0239765;REVB=-0.00962106;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615321;STB=0.534804;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0337732;OID=.;OPOS=27361222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:15:17:26:18:15:17:26:18 chr2 27424636 . G A 457.01 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.1232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8676;QD=17.7481;RBI=0.141756;REFB=-0.0356574;REVB=0.0701191;RO=54;SAF=24;SAR=25;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113142;STB=0.562773;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.04152;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:25:24:20:34:25:24:20:34 chr2 27428295 . A G 1188.86 PASS AF=0.97561;AO=77;DP=80;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0178082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2534;QD=57.9932;RBI=0.0186845;REFB=-0.0754271;REVB=0.00565499;RO=2;SAF=39;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236502;STB=0.511902;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00162358;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:82:2:2:77:80:0.97561:38:39:2:0:39:41:2:0 chr2 27429367 . T C 314.87 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00633183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0064;QD=19.9918;RBI=0.00859122;REFB=-0.00637684;REVB=0.00580664;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156081;STB=0.508665;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00862405;OID=.;OPOS=27429367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:17:16:14:16:17:16:14:16 chr2 27435250 . A G 1423.3 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.79;QD=62.5625;RBI=0.0526579;REFB=0;REVB=0.0518848;RO=0;SAF=68;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152966;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:91:0:0:87:91:1:19:68:0:0:23:68:0:0 chr2 27440784 . C CT 573.04 PASS AF=1;AO=10;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208936;FXX=0.017854;HRUN=0;LEN=1;MLLD=101.935;QD=41.6753;RBI=0.0209114;REFB=0;REVB=-0.000861917;RO=46;SAF=1;SAR=9;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.706913;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00700764;OID=.;OPOS=27440785;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:56:55:55:0:35:20:0:0:4:46:1:9:35:11 chr2 27440785 . C T 541.72 PASS AF=0.803571;AO=45;DP=56;FAO=45;FDP=56;FR=.;FRO=11;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.037618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.179;QD=38.6943;RBI=0.0671763;REFB=-0.174788;REVB=0.0556555;RO=10;SAF=35;SAR=10;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275499;STB=0.660299;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00763913;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:56:56:10:11:45:45:0.803571:10:35:1:9:10:35:1:10 chr2 27460968 . A G 120.36 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.000640085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.165;QD=24.0728;RBI=0.0183439;REFB=-0.0183388;REVB=0.0183327;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204544;STB=0.615207;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0151984;OID=.;OPOS=27460968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:8:5:5:2:8:5:5:2 chr2 27462076 . C T 334.44 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0153016;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.911;QD=19.388;RBI=0.0154376;REFB=-0.0185872;REVB=-0.0020443;RO=33;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658333;STB=0.520996;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0174904;OID=.;OPOS=27462076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:34:34:35:0.507246:20:14:16:17:20:15:16:18 chr2 27466352 . T G,TG 67.66 PASS AF=0,0.245283;AO=2,10;DP=52;FAO=0,13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=0,12;FSAR=0,1;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0364499,-0.0150836;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=77.459,20.394;QD=5.1061;RBI=0.0519442,0.0913547;REFB=0.00778967,0.00239655;REVB=0.0370083,0.0901008;RO=40;SAF=2,10;SAR=0,0;SRF=19;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.425415,0.737384;STB=0.5,0.886633;STBP=1,0.004;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0189108;OID=.,.;OPOS=27466352,27466353;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:52:53:40:40:2,10:0,13:0,0.245283:0,0:2,10:19:21:0,1:0,12:20:20 chr2 27550967 . A G 273.69 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=96;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.00334073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.891;QD=11.0582;RBI=0.0376335;REFB=-0.0124654;REVB=-0.0374849;RO=61;SAF=10;SAR=20;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152423;STB=0.599136;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0297888;OID=.;OPOS=27550967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:61:66:30:33:0.333333:20:10:28:33:23:10:29:37 chr2 27558252 . A G 51.56 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.102523;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.193;QD=18.7485;RBI=0.104;REFB=-0.027863;REVB=-0.0174642;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122639;STB=0.52624;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00448716;OID=.;OPOS=27558252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:11:3:4:7:7:0.636364:4:3:2:1:4:3:2:2 chr2 27599875 . T G 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.0362959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.941;QD=14.7346;RBI=0.0379991;REFB=-0.0113565;REVB=-0.0112488;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319949;STB=0.684808;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0175659;OID=.;OPOS=27599875;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:12:15:8:27:12:15:8:28 chr2 27667297 . A G 221.22 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0956376;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9508;QD=14.2724;RBI=0.099989;REFB=-0.0059359;REVB=-0.0291764;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144122;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00896912;OID=.;OPOS=27667297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:35:36:26:26:0.419355:13:13:17:18:13:13:18:18 chr2 27676287 . A T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00992874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.09;QD=10.8236;RBI=0.120841;REFB=-0.0160359;REVB=-0.120432;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186327;STB=0.521703;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0198233;OID=.;OPOS=27676287;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:4:8:15:7:4:8:16:7 chr2 27715207 . T A 773.8 PASS AF=0.473684;AO=80;DP=171;FAO=81;FDP=171;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=58;FWDB=0.0500111;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4376;QD=18.1006;RBI=0.0568018;REFB=-0.0310903;REVB=0.026932;RO=89;SAF=36;SAR=44;SRF=32;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879923;STB=0.547861;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0361119;OID=.;OPOS=27715207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:89:90:80:81:0.473684:44:36:32:57:45:36:32:58 chr2 27730940 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.159;QD=59.0187;RBI=0.0238114;REFB=0;REVB=0.00911658;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13806e-05;OID=.;OPOS=27730940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr2 27789861 . T A 258.48 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.026309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.165;QD=16.4115;RBI=0.0294236;REFB=-0.0145295;REVB=-0.0131752;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153793;STB=0.585901;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0160538;OID=.;OPOS=27789861;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:18:11:8:26:18:11:8:26 chr2 27801403 . C G 261.63 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0297598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7448;QD=26.1625;RBI=0.046898;REFB=-0.0444261;REVB=-0.036246;RO=16;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0271559;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:9:15:10:6:9:15:10:6 chr2 27801418 . C A 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0139261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.924;QD=27.2218;RBI=0.0139411;REFB=-0.000892843;REVB=0.000645092;RO=15;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119436;STB=0.506602;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.000603173;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:10:14:9:6:10:14:9:6 chr2 27802805 . A G 275.39 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0182467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.722;QD=25.6173;RBI=0.0198924;REFB=-0.0336331;REVB=-0.00792249;RO=18;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103092;STB=0.55733;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0362748;OID=.;OPOS=27802805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:8:17:10:8:8:17:10:8 chr2 27804432 . T C 32.14 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0195143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.162;QD=16.0711;RBI=0.0291266;REFB=-0.049458;REVB=-0.0216229;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.10258;OID=.;OPOS=27804432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr2 27838058 . C A 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0038586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.144;QD=14.6165;RBI=0.00405265;REFB=-0.0185031;REVB=-0.00123902;RO=38;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137592;STB=0.578396;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0232759;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:19:9:17:21:19:9:17:21 chr2 27874045 . C A 147.88 PASS AF=0.425;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0489763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.534;QD=14.7877;RBI=0.0493795;REFB=-0.00581247;REVB=-0.00629688;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216566;STB=0.63619;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.014952;OID=.;OPOS=27874045;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:16:17:0.425:12:4:10:13:13:4:10:13 chr2 27930837 . C T 162.44 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.022018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.481;QD=38.2218;RBI=0.0453823;REFB=-0.0146416;REVB=0.0396833;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607183;STB=0.562417;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000849945;OID=.;OPOS=27930837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:17:17:1:2:15:15:0.882353:7:8:0:1:7:8:0:2 chr2 27930894 . TTA T,TTT 39.25 PASS AF=0.170732,0;AO=6,4;DP=48;FAO=7,0;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=2,0;FSAR=5,0;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0459583,0.00986366;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=31.3428,26.152;QD=3.82964;RBI=0.0626904,0.0163965;REFB=-0.030836,-0.00289525;REVB=-0.0426371,-0.0130978;RO=36;SAF=1,1;SAR=5,3;SRF=23;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.526943,-0.405539;STB=0.795443,0.5;STBP=0.14,1;TYPE=del,snp;VARB=0.150532,0;OID=.,.;OPOS=27930895,27930896;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170732,0:6,4:48:7,0:41:34:2,0:5,0:23:11:39:36:1,1:5,3:23:13 chr2 28824793 . C G 230.23 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.611;QD=46.0464;RBI=0.0249099;REFB=-0.0901061;REVB=0.0192076;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00289315;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:11:8:0:0:11:8:0:1 chr2 29092679 . T C 990.51 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00662851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.395;QD=59.1347;RBI=0.0222612;REFB=0;REVB=0.0212515;RO=0;SAF=18;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29681e-05;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:49:18:0:0:49:18:0:0 chr2 29092850 . G T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.719;QD=58.061;RBI=0.0382821;REFB=0;REVB=0.0349376;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91669e-05;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr2 29129418 . A G 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1155;QD=57.1;RBI=0.0354956;REFB=0;REVB=0.0353835;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375926;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr2 29135468 . C G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.175;QD=57.8849;RBI=0.00671272;REFB=0;REVB=-0.00443516;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.26331e-06;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr2 29149417 . A G 428.07 PASS AF=0.369565;AO=48;DP=134;FAO=51;FDP=138;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0256534;FXX=0.0212751;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0204;QD=12.4077;RBI=0.0313305;REFB=0.00172883;REVB=-0.0179861;RO=86;SAF=29;SAR=19;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131424;STB=0.566984;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00250391;OID=.;OPOS=29149417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:138:86:87:48:51:0.369565:19:29:42:44:21:30:42:45 chr2 29169612 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.8181;QD=33.4257;RBI=0.0108402;REFB=0;REVB=-0.00858871;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000667906;OID=.;OPOS=29169612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr2 29170623 . G T 2134.55 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.517;QD=62.7808;RBI=0.0473083;REFB=0;REVB=0.00619345;RO=0;SAF=69;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15852e-05;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:136:0:0:130:136:1:61:69:0:0:62:74:0:0 chr2 29222070 . G A 126.51 PASS AF=0.4375;AO=11;DP=30;FAO=14;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0248207;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.516;QD=15.8142;RBI=0.0325641;REFB=-0.0981006;REVB=-0.0210797;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188581;STB=0.551811;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0533089;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:12:18:11:14:0.4375:5:6:4:8:5:9:10:8 chr2 29240060 . A G 1089.83 PASS AF=0.478448;AO=110;DP=231;FAO=111;FDP=232;FR=.;FRO=121;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=41;FSRR=80;FWDB=-0.00798648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.356;QD=18.7902;RBI=0.0108162;REFB=-0.0332168;REVB=0.00729433;RO=120;SAF=50;SAR=60;SRF=41;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109157;STB=0.559469;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0393055;OID=.;OPOS=29240060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:120:121:110:111:0.478448:60:50:41:79:61:50:41:80 chr2 29240673 . G A 562.57 PASS AF=0.417722;AO=64;DP=153;FAO=66;FDP=158;FR=.;FRO=92;FSAF=11;FSAR=55;FSRF=18;FSRR=74;FWDB=-0.0301185;FXX=0.00628891;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.031;QD=14.2424;RBI=0.0302001;REFB=-0.0286488;REVB=0.00221832;RO=87;SAF=9;SAR=55;SRF=14;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041598;STB=0.529188;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.037456;OID=.;OPOS=29240673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:158:87:92:64:66:0.417722:55:9:14:73:55:11:18:74 chr2 29240686 . A C 696.43 PASS AF=0.496403;AO=69;DP=139;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=53;FSRF=9;FSRR=61;FWDB=0.0105913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.495;QD=20.0411;RBI=0.0167268;REFB=-0.0205727;REVB=-0.0129464;RO=68;SAF=16;SAR=53;SRF=7;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182637;STB=0.579211;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0188384;OID=.;OPOS=29240686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:68:70:69:69:0.496403:53:16:7:61:53:16:9:61 chr2 29240783 . A G 246.82 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.118762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.349;QD=17.9506;RBI=0.118811;REFB=0.00536618;REVB=0.00341143;RO=28;SAF=7;SAR=20;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548811;STB=0.530664;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0146815;OID=.;OPOS=29240783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:20:7:6:22:20:7:6:22 chr2 29286509 . T C 309.43 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0426337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.769;QD=13.6011;RBI=0.0494003;REFB=0.00539868;REVB=-0.024955;RO=54;SAF=16;SAR=19;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013653;STB=0.506646;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.0097206;OID=.;OPOS=29286509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:54:56:35:35:0.384615:19:16:24:30:19:16:25:31 chr2 29287926 . C CGCT 239.76 PASS AF=0.522727;AO=21;DP=49;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0174413;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.082;QD=21.7963;RBI=0.0395085;REFB=-0.0520516;REVB=0.0354502;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18975;STB=0.564459;STBP=0.402;TYPE=ins;VARB=0.0465624;OID=.;OPOS=29287927;OREF=-;OALT=GCT;OMAPALT=CGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522727:21:49:23:44:21:9:14:11:10:99:27:7:14:14:13 chr2 29294629 . C T 221.81 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.00619628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.997;QD=10.198;RBI=0.0206321;REFB=-0.0134277;REVB=-0.0196797;RO=57;SAF=10;SAR=18;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27279;STB=0.658425;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0275338;OID=.;OPOS=29294629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:59:28:28:0.321839:18:10:34:23:18:10:35:24 chr2 29294754 . G C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00171776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.143;QD=15.6537;RBI=0.00646765;REFB=-0.00735873;REVB=-0.00623536;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165583;STB=0.593596;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00648085;OID=.;OPOS=29294754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:15:11:19:13:15:11:19:13 chr2 29295016 . A G 443.59 PASS AF=0.626866;AO=41;DP=66;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0316693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3862;QD=26.483;RBI=0.0343726;REFB=-0.00839322;REVB=0.0133615;RO=25;SAF=12;SAR=29;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145874;STB=0.570382;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00760285;OID=.;OPOS=29295016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:25:25:41:42:0.626866:29:12:12:13:29:13:12:13 chr2 29295676 . G A 591.25 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.017777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9028;QD=24.3816;RBI=0.0181025;REFB=-0.0174097;REVB=-0.00341711;RO=43;SAF=24;SAR=30;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054612;STB=0.529943;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0120166;OID=.;OPOS=29295676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:30:24:22:21:30:24:22:21 chr2 29296870 . C T 210.61 PASS AF=0.446429;AO=23;DP=54;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0742636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1315;QD=15.0438;RBI=0.0777034;REFB=0.00728471;REVB=-0.0228634;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11009;STB=0.506507;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0171505;OID=.;OPOS=29296870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:30:31:23:25:0.446429:14:9:15:15:14:11:14:17 chr2 29297068 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00587134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.053;QD=14.0974;RBI=0.00726645;REFB=-0.0042473;REVB=0.0042812;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202649;STB=0.618857;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00561143;OID=.;OPOS=29297068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:9:9:9:4:9:9 chr2 29356669 . A G 444.67 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00562044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.173;QD=15.2025;RBI=0.00630641;REFB=-0.00651244;REVB=-0.00286034;RO=65;SAF=25;SAR=25;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00775838;STB=0.512815;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00562453;OID=.;OPOS=29356669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:65:67:50:50:0.42735:25:25:33:32:25:25:35:32 chr2 29416025 . C CATTG 1909.69 PASS AF=0.871166;AO=138;DP=165;FAO=142;FDP=163;FR=.;FRO=21;FSAF=55;FSAR=87;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0112241;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.284;QD=46.8636;RBI=0.012009;REFB=-0.00976795;REVB=-0.00427055;RO=24;SAF=53;SAR=85;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460401;STB=0.518369;STBP=0.209;TYPE=ins;VARB=0.00122131;OID=.;OPOS=29416026;OREF=-;OALT=ATTG;OMAPALT=CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.871166:138:165:142:163:21:55:87:11:10:93:24:53:85:13:11 chr2 29416366 . G C 1840.92 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.268;QD=61.3641;RBI=0.0547188;REFB=0;REVB=0.0165891;RO=0;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.96989e-05;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:53:67:0:0:53:67:0:0 chr2 29416481 . T C 1721.81 PASS AF=0.975;AO=109;DP=114;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.072346;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1839;QD=57.3936;RBI=0.0879663;REFB=-0.0498599;REVB=0.0500412;RO=4;SAF=46;SAR=63;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224798;STB=0.505154;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0102579;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:114:120:4:3:109:117:0.975:63:46:3:1:63:54:2:1 chr2 29416572 . T C 1134.43 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.008;QD=60.503;RBI=0.0498835;REFB=0;REVB=0.0498646;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183384;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:42:31:0:0:44:31:0:0 chr2 29430942 . GTC G 1190.88 PASS AF=1;AO=74;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149064;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=2;MLLD=283.714;QD=61.0709;RBI=0.0165005;REFB=0;REVB=0.00707585;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000419816;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:80:78:78:0:32:46:0:0:6:0:32:42:0:0 chr2 29444076 . G T 786.55 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229956;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.966;QD=64.2078;RBI=0.0345571;REFB=0;REVB=0.0257953;RO=1;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208778;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:47:49:1:32:15:0:1:34:15:0:0 chr2 29444095 . C T 582.41 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.633;QD=58.2408;RBI=0.0264398;REFB=-0.125265;REVB=-0.00403186;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183767;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=7.1798e-05;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:25:13:0:1:26:13:0:1 chr2 29445458 . G T 597.23 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0990977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.781;QD=61.2541;RBI=0.116104;REFB=0;REVB=0.0604965;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826744;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:35:39:1:17:18:0:0:20:19:0:0 chr2 29543663 . T C 1940.1 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=95;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0183759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.748;QD=60.1581;RBI=0.033999;REFB=0.0637843;REVB=-0.0286052;RO=2;SAF=95;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964038;STB=0.505074;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-5.84606e-05;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:2:2:127:127:0.984496:32:95:1:1:32:95:1:1 chr2 29903931 . T A 931.01 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7623;QD=57.2929;RBI=0.136932;REFB=0;REVB=0.134041;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232588;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:0:0:64:65:1:25:39:0:0:26:39:0:0 chr2 29940529 . A T 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0410229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.505;QD=59.0423;RBI=0.0423412;REFB=0.00925528;REVB=-0.0104835;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170644;STB=0.509086;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000138281;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:27:14:0:1:27:14:0:1 chr2 30143499 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0690907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7858;QD=33.4278;RBI=0.0749931;REFB=0;REVB=-0.0291623;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00576664;OID=.;OPOS=30143499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr2 30381505 . T C 296.56 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0352994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1372;QD=13.1803;RBI=0.0866314;REFB=0.00593116;REVB=0.0791135;RO=55;SAF=16;SAR=18;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100382;STB=0.551469;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00766545;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:56:34:34:0.377778:18:16:31:24:18:16:31:25 chr2 30957326 . A G 278.51 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00943446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.657;QD=16.3829;RBI=0.0105906;REFB=-0.00400559;REVB=0.00481154;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111826;STB=0.562873;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0043992;OID=.;OPOS=30957326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:14:17:16:21:14:17:16:21 chr2 30976058 . C T 1513.17 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4468;QD=59.9276;RBI=0.0368483;REFB=0;REVB=-0.0123459;RO=0;SAF=38;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100793;OID=.;OPOS=30976058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:63:38:0:0:63:38:0:0 chr2 30980940 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.896;QD=61.3361;RBI=0.0725704;REFB=0;REVB=0.0442635;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305974;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr2 31135184 . G T 556.56 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.01208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.693;QD=18.7077;RBI=0.0121085;REFB=0.003754;REVB=-0.000830618;RO=61;SAF=15;SAR=43;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148908;STB=0.582869;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00522225;OID=.;OPOS=31135184;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:43:15:24:37:43:15:24:37 chr2 31414807 . C G 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.155;QD=60.3496;RBI=0.0348367;REFB=0;REVB=-0.0178526;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87581e-05;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:59:51:0:0:59:51:0:0 chr2 31451224 . G C 407.48 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0523309;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6641;QD=22.6377;RBI=0.0648258;REFB=-0.0448851;REVB=0.0382604;RO=31;SAF=27;SAR=13;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621123;STB=0.539005;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0247789;OID=.;OPOS=31451224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:31:32:40:40:0.555556:13:27:23:8:13:27:24:8 chr2 31490716 . C G 919.52 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2301;QD=58.3824;RBI=0.0343767;REFB=0;REVB=-0.0219997;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89479e-05;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr2 31571786 . A G 728.27 PASS AF=1;AO=45;DP=56;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167207;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.263;QD=53.9457;RBI=0.0179016;REFB=0;REVB=-0.0063942;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00579209;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:54:0:0:45:54:1:24:21:0:0:28:26:0:0 chr2 31589847 . G A 385.47 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00667592;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.4;QD=17.7226;RBI=0.0119472;REFB=-0.00748037;REVB=0.009908;RO=47;SAF=8;SAR=32;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388451;STB=0.719456;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0190057;OID=.;OPOS=31589847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:47:47:40:40:0.45977:32:8:26:21:32:8:26:21 chr2 31805880 . A AG 457.42 PASS AF=1;AO=41;DP=51;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.8328;QD=39.7754;RBI=0.175955;REFB=0;REVB=0.0211849;RO=10;SAF=20;SAR=21;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113606;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00772491;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:51:46:46:0:24:22:0:0:9:10:20:21:8:2 chr2 32342508 . A T 4369.81 PASS AF=1;AO=276;DP=277;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9166;QD=63.102;RBI=0.0342234;REFB=0;REVB=0.00133281;RO=1;SAF=145;SAR=131;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00327716;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69833e-05;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:277:277:1:0:276:277:1:131:145:1:0:131:146:0:0 chr2 32640420 . C T 373.04 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0152928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.876;QD=20.4406;RBI=0.01545;REFB=-0.00477665;REVB=0.00219791;RO=35;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131537;STB=0.572826;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00460186;OID=.;OPOS=32640420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:21:17:21:14:21:17:21:14 chr2 32667182 . G C 943.88 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574526;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.885;QD=58.9928;RBI=0.0282686;REFB=0;REVB=0.0276786;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43184e-05;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:45:19:0:0:45:19:0:0 chr2 32718692 . G C 286.5 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00369439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.2;QD=24.3827;RBI=0.00786109;REFB=-0.00563099;REVB=-0.00693889;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099776;STB=0.561691;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0022764;OID=.;OPOS=32718692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:16:9:10:11:17:9:10:11 chr2 32855615 . A G 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6759;QD=61.2125;RBI=0.0354468;REFB=0;REVB=0.0248859;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314463;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr2 32983480 . G A 722.63 PASS AF=0.486301;AO=48;DP=149;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0188622;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.14;QD=19.7981;RBI=0.0481462;REFB=-0.0108056;REVB=0.0442975;RO=69;SAF=11;SAR=37;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19107;STB=0.52692;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0114533;OID=.;OPOS=32983480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:146:69:75:48:71:0.486301:37:11:26:43:37:34:32:43 chr2 33557974 . A G 249.89 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00928385;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.455;QD=14.2794;RBI=0.0134043;REFB=-0.014151;REVB=0.00966873;RO=40;SAF=13;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128865;STB=0.579769;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0166023;OID=.;OPOS=33557974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:40:41:29:29:0.414286:16:13:23:17:16:13:24:17 chr2 33585796 . T C 1984.61 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388698;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3228;QD=61.0648;RBI=0.0535139;REFB=0;REVB=0.0367815;RO=0;SAF=70;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00479953;OID=.;OPOS=33585796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:130:0:0:122:130:1:52:70:0:0:56:74:0:0 chr2 33764286 . T C 2116.76 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0024;QD=62.2576;RBI=0.0376132;REFB=0;REVB=0.0047495;RO=0;SAF=70;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.77216e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298373;OID=.;OPOS=33764286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:133:136:1:63:70:0:0:66:70:0:0 chr2 33787773 . A G 370.68 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00908401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.24;QD=25.1308;RBI=0.043343;REFB=-0.0232083;REVB=0.0423804;RO=22;SAF=14;SAR=22;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866215;STB=0.535192;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0121092;OID=.;OPOS=33787773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:23:36:36:0.610169:22:14:6:16:22:14:7:16 chr2 33952413 . T C 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.605;QD=61.3303;RBI=0.0204014;REFB=0;REVB=-0.00295627;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204354;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr2 33952456 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.71;QD=59.4356;RBI=0.0475941;REFB=0;REVB=0.0125342;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134867;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr2 33952621 . G A 388.11 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00599327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.466;QD=26.7662;RBI=0.0417752;REFB=-0.0195459;REVB=0.041343;RO=21;SAF=19;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00682844;STB=0.503729;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0116365;OID=.;OPOS=33952621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:18:19:11:10:18:19:11:10 chr2 36756288 . T C 2002.24 PASS AF=0.984848;AO=129;DP=133;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0432671;FXX=0.00751823;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.698;QD=60.6739;RBI=0.0465571;REFB=-0.0146591;REVB=0.0171908;RO=2;SAF=55;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169648;STB=0.508927;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.000220123;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:132:2:2:129:130:0.984848:74:55:2:0:75:55:2:0 chr2 36781401 . T C 1510.16 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1491;QD=63.5855;RBI=0.0198065;REFB=0;REVB=0.0139438;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016897;OID=.;OPOS=36781401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chr2 36783127 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.931;QD=62.6711;RBI=0.0694466;REFB=0;REVB=0.0637811;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179265;OID=.;OPOS=36783127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr2 36785664 . GTTTA GTTAA,GTTA,GTTT 325.78 PASS AF=0,0.507937,0.206349;AO=4,12,10;DP=63;FAO=0,32,13;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=0,9,2;FSAR=0,23,11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.561168,0.155493,-0.868003;FXX=0.0156226;HRUN=3,3,11;LEN=1,1,1;MLLD=24.0221,23.3379,3.56718;QD=20.6845;RBI=0.586613,0.157769,0.934968;REFB=0.093828,0.0682946,-0.100289;REVB=-0.170895,-0.0266989,0.34747;RO=10;SAF=1,1,5;SAR=3,11,5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0756169,-0.228989,0.26049;STB=0.5,0.589685,0.751109;STBP=1,0.116,0.044;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.168683,-0.0533482,0.16629;OID=.,.,.;OPOS=36785667,36785665,36785668;OREF=T,T,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=GTTAA,GTTA,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.507937,0.206349:4,12,10:63:0,32,13:63:18:0,9,2:0,23,11:9:9:60:10:1,1,5:3,11,5:2:8 chr2 36808732 . T G 610.59 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0643837;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.8657;QD=56.799;RBI=0.0677514;REFB=-0.166805;REVB=0.0210948;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228826;STB=0.500567;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00383779;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:43:43:1:2:41:41:0.953488:20:21:0:1:20:21:1:1 chr2 36810586 . T C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0143989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.959;QD=14.3999;RBI=0.025623;REFB=-0.00873079;REVB=0.0211945;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116571;STB=0.566518;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0128054;OID=.;OPOS=36810586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:16:9:16:18:16:9:16:18 chr2 37094945 . A G 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314586;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=107.386;QD=59.4229;RBI=0.0329529;REFB=0.123435;REVB=0.00981086;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00116432;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:25:17:0:0:25:17:0:1 chr2 37232879 . A C 408.16 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0103342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.141;QD=20.4081;RBI=0.0131305;REFB=-0.00191445;REVB=0.00810027;RO=39;SAF=16;SAR=25;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198044;STB=0.609703;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00122618;OID=.;OPOS=37232879;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:25:16:24:15:25:16:24:15 chr2 37306343 . G A 2953.36 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.829;QD=63.1736;RBI=0.0138738;REFB=0;REVB=0.0107993;RO=0;SAF=111;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11111e-07;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:187:0:0:183:187:1:72:111:0:0:74:113:0:0 chr2 37317869 . C T 1343.72 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.273;QD=61.0781;RBI=0.0452522;REFB=-0.140441;REVB=-0.0438742;RO=1;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920098;STB=0.504853;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000403895;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:51:36:0:1:51:36:0:1 chr2 37365640 . G A,T 735.27 PASS AF=0.981132,0.0188679;AO=49,4;DP=53;FAO=52,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376588,-0.0236127;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.939,97.4168;QD=55.4917;RBI=0.0235041,0.0320835;REFB=0,0;REVB=0.0232005,-0.0217208;RO=0;SAF=30,0;SAR=19,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.48867e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000879268,0.187172;OID=.,.;OPOS=37365640,37365640;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:53:53:0:0:49,4:52,1:0.981132,0.0188679:19,4:30,0:0:0:22,1:30,0:0:0 chr2 37406644 . A G 919.45 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.003;QD=58.3778;RBI=0.0592891;REFB=0;REVB=0.0251733;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139278;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:27:35:0:0:28:35:0:0 chr2 37406679 . GC G,GA,GG 831.38 PASS AF=0.0166667,0.05,0.933333;AO=9,3,47;DP=61;FAO=1,3,56;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,31;FSAR=1,0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019899,0.0187812,0.0194298;FXX=0.0163908;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=199.261,190.142,224.282;QD=55.4254;RBI=0.0409512,0.0914172,0.0299449;REFB=0,0,0;REVB=0.0357915,0.0894671,0.0227855;RO=0;SAF=4,3,27;SAR=5,0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0883477,0.0266278,-0.00139175;OID=.,.,.;OPOS=37406680,37406680,37406680;OREF=C,C,C;OALT=-,A,G;OMAPALT=G,GA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0166667,0.05,0.933333:9,3,47:61:1,3,56:60:0:0,3,31:1,0,25:0:0:10:0:4,3,27:5,0,20:0:0 chr2 37406681 . A G 51.72 PASS AF=0.163934;AO=8;DP=58;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0420124;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=58.4714;QD=3.39131;RBI=0.0535916;REFB=-0.00882233;REVB=-0.0332719;RO=50;SAF=4;SAR=4;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12168;STB=0.65355;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.127027;OID=.;OPOS=37406681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:61:50:51:8:10:0.163934:4:4:30:20:6:4:30:21 chr2 37438993 . G A 178.93 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.015024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.883;QD=15.2278;RBI=0.0150685;REFB=-0.0221664;REVB=-0.00115663;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652559;STB=0.537696;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0285092;OID=.;OPOS=37438993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:16:12:7:12:16:12 chr2 37456032 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8279;QD=45.8067;RBI=0.0555317;REFB=0;REVB=-0.0269745;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00206617;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr2 37458711 . G A 528.46 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00599578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.162;QD=24.8687;RBI=0.021742;REFB=-0.00838176;REVB=0.0208989;RO=36;SAF=23;SAR=26;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00219985;STB=0.501204;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00600971;OID=.;OPOS=37458711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:36:49:49:0.576471:26:23:17:19:26:23:17:19 chr2 37477794 . C A 538.54 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1869;QD=59.8375;RBI=0.063282;REFB=0;REVB=-0.060742;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433273;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:17:19:0:0 chr2 37494591 . A G 311.55 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00199161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.722;QD=19.1724;RBI=0.0245821;REFB=-0.00291115;REVB=-0.0245013;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419664;STB=0.52335;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00255132;OID=.;OPOS=37494591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:17:16:14:18:17:16:14:18 chr2 37518045 . G C 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0458806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.373;QD=12.4553;RBI=0.0458978;REFB=-0.0125442;REVB=-0.00125642;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169522;STB=0.597846;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0243093;OID=.;OPOS=37518045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:14:20:9:12:14:20 chr2 37558980 . A C 1310.56 PASS AF=0.520661;AO=126;DP=242;FAO=126;FDP=242;FR=.;FRO=116;FSAF=76;FSAR=50;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=0.019505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0805;QD=21.6621;RBI=0.0196144;REFB=-0.00725042;REVB=0.00206916;RO=115;SAF=76;SAR=50;SRF=50;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148275;STB=0.58321;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00676034;OID=.;OPOS=37558980;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:115:116:126:126:0.520661:50:76:50:65:50:76:50:66 chr2 37872314 . GTAAAA AGTAAA,GTAAA,GTAA,GTAAAT 398.21 PASS AF=0,0.52795,0.0186335,0.0434783;AO=12,46,27,7;DP=161;FAO=0,85,3,7;FDP=161;FR=.;FRO=66;FSAF=0,13,0,0;FSAR=0,72,3,7;FSRF=65;FSRR=1;FWDB=-0.012942,0.0494389,0.0245582,-0.0147076;FXX=0.00617246;HRUN=1,5,5,5;LEN=3,1,2,1;MLLD=156.492,11.1102,18.5711,192.198;QD=9.8935;RBI=0.0898153,0.254056,0.135915,0.0583829;REFB=-0.00189319,-0.0892907,-0.0442735,-0.0111122;REVB=-0.088878,-0.2492,-0.133678,-0.0565;RO=56;SAF=0,12,0,0;SAR=12,34,27,7;SRF=56;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.897195,-0.641727,-0.900579,-0.895727;STB=0.5,0.855364,0.999611,0.999686;STBP=1,0,0,0;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,-0.0512041,0.0615878,0.0572186;OID=.,.,.,.;OPOS=37872314,37872316,37872316,37872319;OREF=GTA,A,AA,A;OALT=AGT,-,-,T;OMAPALT=AGTAAA,GTAAA,GTAA,GTAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:161:161:56:66:12,46,27,7:0,85,3,7:0,0.52795,0.0186335,0.0434783:12,34,27,7:0,12,0,0:56:0:0,72,3,7:0,13,0,0:65:1 chr2 37872508 . G A 413.75 PASS AF=0.365672;AO=49;DP=134;FAO=49;FDP=134;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=-0.0326176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.983;QD=12.3508;RBI=0.0326944;REFB=-0.00774672;REVB=-0.00224018;RO=83;SAF=26;SAR=23;SRF=27;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22535;STB=0.62608;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0181738;OID=.;OPOS=37872508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:83:85:49:49:0.365672:23:26:27:56:23:26:28:57 chr2 37873629 . C T 546.05 PASS AF=0.456;AO=55;DP=124;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0160826;FXX=0.0530263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2549;QD=17.4737;RBI=0.0445537;REFB=-0.00748128;REVB=-0.0415497;RO=61;SAF=24;SAR=31;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00601915;STB=0.511184;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0147502;OID=.;OPOS=37873629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:61:68:55:57:0.456:31:24:27:34:33:24:30:38 chr2 37873931 . T A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0455791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0313;QD=8.2446;RBI=0.058918;REFB=-0.00176791;REVB=0.0373346;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526099;STB=0.832323;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0106688;OID=.;OPOS=37873931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:1:6:6:9:1:6:6:9 chr2 38179134 . G A 1362.08 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288032;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.604;QD=62.6243;RBI=0.0311921;REFB=0;REVB=-0.0119718;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135482;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:51:36:0:0:51:36:0:0 chr2 38201357 . G A 166.28 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0212626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4279;QD=12.7909;RBI=0.0349464;REFB=-0.00726269;REVB=0.0277336;RO=33;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346643;STB=0.716709;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0236252;OID=.;OPOS=38201357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:32:19:20:0.384615:7:12:10:23:7:13:9:23 chr2 38298150 . A G 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00737686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.879;QD=14.2308;RBI=0.0089617;REFB=-0.0137402;REVB=-0.00508862;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341666;STB=0.519465;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0120632;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:10:16:21:15:10:16:21:15 chr2 38298203 . C G 244.36 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0166459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.79;QD=17.4545;RBI=0.0191573;REFB=0.00257227;REVB=0.00948248;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179962;STB=0.607765;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.004494;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:26:27:0.482143:14:12:19:10:15:12:19:10 chr2 38916970 . A T 751.27 PASS AF=0.490566;AO=78;DP=159;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.000838855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.798;QD=18.8998;RBI=0.00128301;REFB=-0.0134225;REVB=-0.000970792;RO=81;SAF=37;SAR=41;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407984;STB=0.522498;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0140996;OID=.;OPOS=38916970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:81:81:78:78:0.490566:41:37:42:39:41:37:42:39 chr2 39008949 . G A 383.3 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0278634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.437;QD=22.8835;RBI=0.0282782;REFB=-0.00994563;REVB=0.00482605;RO=29;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764647;STB=0.542108;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0145772;OID=.;OPOS=39008949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:22:16:15:14:22:16:15:14 chr2 39025555 . G A 990.54 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.878;QD=59.1367;RBI=0.0225255;REFB=0;REVB=-0.00189857;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50014e-05;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:34:33:0:0 chr2 39050141 . A C 400.15 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.361;QD=53.3534;RBI=0.0669448;REFB=-0.0614115;REVB=0.0655054;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000750367;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:0:1:14:15:0:1 chr2 39082344 . T C 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.988;QD=60.8825;RBI=0.010391;REFB=0;REVB=0.00504411;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.98433e-06;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr2 39209426 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0214682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.677;QD=14.0438;RBI=0.0217918;REFB=-8.98821e-05;REVB=0.00374195;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00134106;OID=.;OPOS=39209426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr2 39212563 . GTTT GTTTG,GTTTGT,GTT,GTTTT 166.79 PASS AF=0,0.472222,0.166667,0;AO=8,7,6,4;DP=38;FAO=0,17,6,0;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=0,11,4,0;FSAR=0,6,2,0;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0233214,0.0235942,-0.0116027,0.0421555;FXX=0;HRUN=0,0,11,11;LEN=1,2,1,1;MLLD=271.277,271.218,3.44631,3.8949;QD=18.5317;RBI=0.0238156,0.023661,0.147192,0.134123;REFB=-0.0273365,-0.0276666,-0.149389,0.147596;REVB=0.00482637,0.00177737,0.146734,-0.127325;RO=9;SAF=6,3,3,0;SAR=2,4,3,4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.380371,0.0922775,0.162993,-0.663921;STB=0.5,0.705432,0.811697,0.5;STBP=1,0.018,0.121,1;TYPE=ins,ins,del,ins;VARB=-0.0301401,0.014278,0.422894,0.0343625;OID=.,.,.,.;OPOS=39212567,39212566,39212564,39212564;OREF=-,-,T,-;OALT=G,TG,-,T;OMAPALT=GTTTG,GTTTGT,GTT,GTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.472222,0.166667,0:8,7,6,4:38:0,17,6,0:36:13:0,11,4,0:0,6,2,0:2:11:48:9:6,3,3,0:2,4,3,4:3:6 chr2 39212637 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.019355;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.454;QD=10.0752;RBI=0.0424206;REFB=-0.0100351;REVB=-0.0377477;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226511;STB=0.636048;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0135032;OID=.;OPOS=39212637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:4:10:4:4:4:10 chr2 39250000 . A C 166.14 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00170964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.251;QD=22.1515;RBI=0.0036196;REFB=0.000551509;REVB=0.0031904;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264293;STB=0.514876;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.000364756;OID=.;OPOS=39250000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:6:11:8:5:6:11:8:5 chr2 39406320 . G A 446.79 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0183172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.431;QD=16.7025;RBI=0.0378602;REFB=0.00535637;REVB=0.0331342;RO=58;SAF=18;SAR=31;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165821;STB=0.592626;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00761442;OID=.;OPOS=39406320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:31:18:31:27:31:18:31:27 chr2 39477170 . T C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0109618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.439;QD=10.5421;RBI=0.0144379;REFB=-0.00744989;REVB=0.00939638;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333904;STB=0.701378;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0192221;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:12:9:8:3:12:9 chr2 39507417 . T A 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0273761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.914;QD=16.0419;RBI=0.0274179;REFB=-0.00822614;REVB=0.00151491;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1937;STB=0.610996;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0100645;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:10:16:8:11:10:16 chr2 39583446 . A G 393.14 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0400506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1581;QD=17.093;RBI=0.0450889;REFB=0.0094932;REVB=0.0207113;RO=51;SAF=16;SAR=25;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00198531;STB=0.501113;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.0121201;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:25:16:20:31:25:16:20:31 chr2 39996230 . G A 325.27 PASS AF=0.472973;AO=37;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0203007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5762;QD=17.582;RBI=0.0204553;REFB=-0.00768851;REVB=-0.00251046;RO=37;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12261;STB=0.602916;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0124183;OID=.;OPOS=39996230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:39:37:35:0.472973:22:15:20:17:22:13:22:17 chr2 40403104 . A G 210.82 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0115062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.91;QD=14.0544;RBI=0.0287888;REFB=-0.0161759;REVB=0.0263895;RO=35;SAF=20;SAR=5;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34324;STB=0.698237;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0142217;OID=.;OPOS=40403104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:5:20:18:17:5:20:18:17 chr2 42396722 . A C,G 794.54 PASS AF=0.0175439,0.982456;AO=2,55;DP=57;FAO=1,56;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=1,56;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462211,0.0560996;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=134.175,177.077;QD=55.7575;RBI=0.0462211,0.0560996;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=2,55;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00420097,0.00032217;OID=.,.;OPOS=42396722,42396722;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:57:57:0:0:2,55:1,56:0.0175439,0.982456:0,0:2,55:0:0:0,0:1,56:0:0 chr2 42510018 . A G 1937.19 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0676824;FXX=0.00775134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.406;QD=60.5372;RBI=0.100199;REFB=0.0412072;REVB=-0.073885;RO=1;SAF=47;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597733;STB=0.503144;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000720834;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:128:1:1:126:127:0.992188:79:47:0:1:79:48:0:1 chr2 42922983 . AT A 39.88 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.228566;FXX=0.0277701;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.19972;QD=4.55795;RBI=0.228567;REFB=-0.151814;REVB=-0.000675834;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054861;STB=0.514268;STBP=0.923;TYPE=del;VARB=0.159749;OID=.;OPOS=42922984;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143:16:36:16:35:19:8:8:10:9:39:16:8:8:7:9 chr2 42990101 . G C 1062.59 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.526;QD=59.8644;RBI=0.0423962;REFB=0;REVB=0.0332005;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49658e-05;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:32:37:0:0:33:38:0:0 chr2 42990336 . T G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.28;QD=62.022;RBI=0.0415044;REFB=0;REVB=0.0243201;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87504e-05;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr2 42990522 . C T 1069.24 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.114557;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.814;QD=58.5885;RBI=0.117632;REFB=-0.0524634;REVB=0.0267205;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133212;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000799981;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:35:37:0:1:35:37:0:1 chr2 43015704 . T A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.234;QD=62.0215;RBI=0.0303961;REFB=0;REVB=0.030347;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102121;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr2 43015719 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.892;QD=61.6839;RBI=0.0372097;REFB=0;REVB=0.0224582;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25509e-05;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr2 43015757 . G A 523.74 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0274197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.877;QD=51.0967;RBI=0.0316122;REFB=-0.175301;REVB=0.0157319;RO=2;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049227;STB=0.549973;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00288343;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:41:41:2:4:37:37:0.902439:18:19:0:2:18:19:0:4 chr2 43458358 . C T 236.65 PASS AF=0.451613;AO=20;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0180318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.33;QD=15.268;RBI=0.0198299;REFB=-0.021275;REVB=-0.00825086;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116545;STB=0.648548;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0161318;OID=.;OPOS=43458358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:14:34:20:28:0.451613:13:7:7:7:16:12:24:10 chr2 43902511 . G C 264.48 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0228072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8812;QD=15.5575;RBI=0.0282132;REFB=-0.00138055;REVB=0.0166077;RO=37;SAF=7;SAR=23;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378427;STB=0.709426;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00209155;OID=.;OPOS=43902511;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:23:7:22:15:23:7:22:16 chr2 43903066 . A G 316.33 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.013219;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.139;QD=22.5947;RBI=0.023895;REFB=-0.00575965;REVB=0.0199056;RO=24;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594587;STB=0.532767;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00626548;OID=.;OPOS=43903066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:24:24:32:32:0.571429:13:19:16:8:13:19:16:8 chr2 43903354 . T C 975.72 PASS AF=0.58;AO=87;DP=150;FAO=87;FDP=150;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00555985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.513;QD=26.0193;RBI=0.00574177;REFB=-0.011745;REVB=0.00143385;RO=63;SAF=43;SAR=44;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630649;STB=0.534277;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00816983;OID=.;OPOS=43903354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:63:63:87:87:0.58:44:43:26:37:44:43:26:37 chr2 43926943 . T A 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00867161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.951;QD=11.0818;RBI=0.0126616;REFB=-0.00606732;REVB=-0.00922602;RO=40;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285435;STB=0.665559;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0143113;OID=.;OPOS=43926943;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:8:14:15:25:8:14:15:25 chr2 43927459 . C G 258.92 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0122878;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.271;QD=17.2611;RBI=0.0124253;REFB=-0.00119341;REVB=-0.00184355;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110319;STB=0.584417;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00175977;OID=.;OPOS=43927459;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:31:28:29:0.483333:13:15:12:17:13:16:12:19 chr2 43931176 . T C 224.9 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.030631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.701;QD=19.9909;RBI=0.038954;REFB=-0.0237887;REVB=0.0240656;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807409;STB=0.555506;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0184789;OID=.;OPOS=43931176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:11:11:9:13:11:11:9:14 chr2 43993448 . G C 316.99 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.018073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.182;QD=17.8584;RBI=0.018083;REFB=-0.00899681;REVB=0.000603521;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190022;STB=0.605851;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00655273;OID=.;OPOS=43993448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:18:16:25:12:18:16:25:12 chr2 44004010 . T C 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.010497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.321;QD=21.8985;RBI=0.0106065;REFB=-0.01696;REVB=-0.00151948;RO=25;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442042;STB=0.516726;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0128011;OID=.;OPOS=44004010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:33:33:0.559322:19:14:12:13:19:14:12:14 chr2 44021826 . T A 388.8 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00659951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.327;QD=16.2002;RBI=0.010864;REFB=-0.0179304;REVB=-0.00862975;RO=55;SAF=20;SAR=21;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897347;STB=0.550434;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0248343;OID=.;OPOS=44021826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:21:20:22:33:21:20:22:33 chr2 44036922 . T C 176.27 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0154429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.342;QD=11.9507;RBI=0.0193915;REFB=-0.00710826;REVB=0.0117279;RO=37;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180617;STB=0.615164;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.011191;OID=.;OPOS=44036922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:21:22:0.372881:12:9:22:15:13:9:22:15 chr2 44040401 . G C 409.13 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.000665389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.893;QD=17.9839;RBI=0.0149361;REFB=-0.0265448;REVB=0.0149213;RO=49;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160878;STB=0.589889;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0183966;OID=.;OPOS=44040401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:17:25:21:28:17:25:21:28 chr2 44066174 . T G 1466.83 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8743;QD=61.7611;RBI=0.125358;REFB=0;REVB=0.0472973;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312625;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:76:95:0:0:74:95:1:27:47:0:0:32:63:0:0 chr2 44071743 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.3;QD=57.8844;RBI=0.0145865;REFB=0;REVB=0.013347;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46024e-05;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr2 44101538 . C T 2405.07 PASS AF=0.993789;AO=151;DP=152;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.68;QD=59.7534;RBI=0.0277769;REFB=-0.0599294;REVB=0.0129022;RO=0;SAF=77;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502924;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=5.21741e-05;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:152:161:0:1:151:160:0.993789:74:77:0:0:75:85:1:0 chr2 44104925 . T C 961.78 PASS AF=0.985075;AO=59;DP=60;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0851747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.213;QD=57.4199;RBI=0.101374;REFB=-0.101195;REVB=0.0549719;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00130627;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:67:0:1:59:66:0.985075:38:21:0:0:38:28:0:1 chr2 44201376 . T C 378.93 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00917759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.725;QD=14.1657;RBI=0.0105255;REFB=-0.00560635;REVB=-0.00515343;RO=63;SAF=12;SAR=32;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368237;STB=0.708237;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00683708;OID=.;OPOS=44201376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:63:44:44:0.411215:32:12:39:24:32:12:39:24 chr2 45149003 . C T 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00814235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.782;QD=10.2709;RBI=0.00864423;REFB=-0.00243355;REVB=0.00290258;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821862;STB=0.548959;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00588671;OID=.;OPOS=45149003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:8:8:20:15:8:8:20:15 chr2 45149373 . G T 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0388965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3824;QD=12.7402;RBI=0.0547787;REFB=-0.0399893;REVB=0.0385716;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0427117;OID=.;OPOS=45149373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:4:6:4:4:4:6 chr2 45171842 . A G 741.38 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.133;QD=54.9171;RBI=0.0326496;REFB=0;REVB=0.0242115;RO=0;SAF=46;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57138e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179137;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:51:54:1:5:46:0:0:6:48:0:0 chr2 45640374 . C A 516.3 PASS AF=0.5;AO=52;DP=106;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0119338;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1199;QD=19.1222;RBI=0.0167317;REFB=-0.0305325;REVB=0.0117275;RO=54;SAF=16;SAR=36;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138305;STB=0.561433;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0431933;OID=.;OPOS=45640374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:54:54:52:54:0.5:36:16:24:30:37:17:23:31 chr2 45645512 . C T 579.84 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00460425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.375;QD=20.3453;RBI=0.00461106;REFB=0.00584966;REVB=-0.000250634;RO=54;SAF=39;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147428;STB=0.586436;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00712986;OID=.;OPOS=45645512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:54:55:59:59:0.517544:20:39:27:27:20:39:27:28 chr2 45796468 . C G 224.93 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0169745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.409;QD=19.9936;RBI=0.01882;REFB=-0.00984197;REVB=0.00812763;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985473;STB=0.555506;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.011707;OID=.;OPOS=45796468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:14:9:11:11:14:9 chr2 45796479 . C T 221.84 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00359799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.471;QD=18.487;RBI=0.013508;REFB=-0.0182809;REVB=-0.01302;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367064;STB=0.520814;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.016618;OID=.;OPOS=45796479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:14:12:11:11:14:12 chr2 46206090 . AA TA,TT 185.98 PASS AF=0.692308,0;AO=15,2;DP=37;FAO=27,0;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=13,0;FSAR=14,0;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0296913,0.0180932;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=21.0719,24.2387;QD=19.0746;RBI=0.0307659,0.0228932;REFB=0.00339487,0.000840035;REVB=-0.0080603,-0.0140263;RO=9;SAF=8,0;SAR=7,2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.245108,-0.751971;STB=0.607471,0.5;STBP=0.069,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0180147,0.0456304;OID=.,.;OPOS=46206090,46206090;OREF=A,AA;OALT=T,TT;OMAPALT=TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:37:39:9:12:15,2:27,0:0.692308,0:7,2:8,0:8:1:14,0:13,0:10:2 chr2 46413161 . C T 281.37 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00730212;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.988;QD=16.798;RBI=0.0372473;REFB=0.00198315;REVB=-0.0365245;RO=35;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109195;STB=0.555519;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00245107;OID=.;OPOS=46413161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:10:21:20:15:10:21:21:15 chr2 46707851 . G A 61.52 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0192041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.816;QD=7.0309;RBI=0.025848;REFB=-0.0198612;REVB=-0.0173009;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24387;STB=0.651856;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.07981;OID=.;OPOS=46707851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:9:17:4:5:9:17 chr2 46799852 . G T 649.3 PASS AF=0.457516;AO=70;DP=150;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.0691722;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0678;QD=16.9751;RBI=0.0889889;REFB=-0.00820132;REVB=-0.0559842;RO=80;SAF=19;SAR=51;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144116;STB=0.573012;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00649206;OID=.;OPOS=46799852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:80:83:70:70:0.457516:51:19:32:48:51:19:32:51 chr2 46987300 . T G 339.56 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0359545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0737;QD=29.5268;RBI=0.050535;REFB=-0.0282188;REVB=-0.0355114;RO=17;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195055;STB=0.60707;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0178656;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:17:12:12:5:17:12:12:5 chr2 47045309 . C T 706.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.875;QD=62.7817;RBI=0.132263;REFB=0;REVB=0.0293678;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244891;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:28:17:0:0 chr2 47201797 . A T 1074.4 PASS AF=0.814159;AO=82;DP=105;FAO=92;FDP=113;FR=.;FRO=21;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0536915;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=24.6558;QD=38.0319;RBI=0.0565313;REFB=-0.13332;REVB=0.0176921;RO=22;SAF=32;SAR=50;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117953;STB=0.554925;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0280968;OID=.;OPOS=47201797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:105:113:22:21:82:92:0.814159:50:32:15:7:57:35:14:7 chr2 47220622 . G A 348.88 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0987748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3145;QD=22.877;RBI=0.102684;REFB=0.00149396;REVB=0.0280643;RO=26;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110543;STB=0.506088;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00123882;OID=.;OPOS=47220622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:18:17:13:13:18:17:13:13 chr2 47251469 . G C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0620311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5529;QD=13.4057;RBI=0.068029;REFB=-0.0223722;REVB=-0.0279299;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175007;STB=0.599916;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0362674;OID=.;OPOS=47251469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:12:11:22:12:12:11:22:12 chr2 47273567 . TG T 35.17 PASS AF=0.271186;AO=14;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0186747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.8907;QD=2.38452;RBI=0.166464;REFB=-0.0402421;REVB=-0.165413;RO=39;SAF=2;SAR=12;SRF=14;SRR=25;SSEN=0.344444;SSEP=0;SSSB=-0.349454;STB=0.705139;STBP=0.08;TYPE=del;VARB=0.104908;OID=.;OPOS=47273568;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271186:14:59:16:59:43:3:13:18:25:35:39:2:12:14:25 chr2 47278901 . G A 826.57 PASS AF=0.527027;AO=77;DP=148;FAO=78;FDP=148;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0110925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.64;QD=22.3396;RBI=0.012302;REFB=-0.0293454;REVB=0.00531934;RO=70;SAF=34;SAR=43;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367597;STB=0.517335;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0292632;OID=.;OPOS=47278901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:70:70:77:78:0.527027:43:34:28:42:44:34:28:42 chr2 47301029 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.592;QD=57.7122;RBI=0.0382559;REFB=0;REVB=0.0314366;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58261e-05;OID=.;OPOS=47301029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 506.65 PASS AF=0.0862069,0.689655;AO=7,36;DP=61;FAO=5,40;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=5,21;FSAR=0,19;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00695145,-0.00080343;FXX=0.0333278;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=168.197,252.882;QD=34.9414;RBI=0.016439,0.00479569;REFB=-0.0193395,-0.014021;REVB=-0.0148969,-0.00472791;RO=14;SAF=6,20;SAR=1,16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.502138,0.0658008;STB=0.99778,0.534384;STBP=0.009,0.388;TYPE=snp,ins;VARB=0.0204303,0.00596474;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:87:61:58:14:13:7,36:5,40:0.0862069,0.689655:1,16:6,20:6:8:0,19:5,21:5:8 chr2 47601106 . T C 1092.11 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214831;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3356;QD=59.8415;RBI=0.0214847;REFB=0;REVB=-0.000259854;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76623e-05;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:34:39:0:0 chr2 47739551 . A G 1328.73 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.646;QD=61.8015;RBI=0.0026002;REFB=0;REVB=0.00125604;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05664e-07;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:38:47:0:0:38:48:0:0 chr2 48010488 . G A 262.43 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0298965;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=346.673;QD=32.8033;RBI=0.0304688;REFB=-0.0228383;REVB=-0.00587736;RO=9;SAF=3;SAR=20;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222647;STB=0.512185;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0107625;OID=.;OPOS=48010488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:20:3:1:8:20:3:1:8 chr2 48026599 . GA AG,GAG 30.43 PASS AF=0,0.159091;AO=2,6;DP=44;FAO=0,7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=0,5;FSAR=0,2;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0657109,-0.0264083;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=34.4441,17.2406;QD=2.7663;RBI=0.0725705,0.06593;REFB=0.0092158,-0.016371;REVB=-0.0307986,-0.06041;RO=35;SAF=2,4;SAR=0,2;SRF=11;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.535418,0.401061;STB=0.5,0.798079;STBP=1,0.137;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0323465,0.0388335;OID=.,.;OPOS=48026599,48026601;OREF=GA,-;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:44:44:35:37:2,6:0,7:0,0.159091:0,2:2,4:11:24:0,2:0,5:12:25 chr2 48030692 . T A 746.65 PASS AF=0.457143;AO=78;DP=169;FAO=80;FDP=175;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=0.0289288;FXX=0.0056815;HRUN=7;LEN=1;MLLD=76.8607;QD=17.0662;RBI=0.0297159;REFB=-0.0240187;REVB=0.0067941;RO=91;SAF=36;SAR=42;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757295;STB=0.533403;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0397066;OID=.;OPOS=48030692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:175:91:95:78:80:0.457143:42:36:35:56:44:36:37:58 chr2 48033981 . T TTTGA 152.09 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00916251;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=267.934;QD=15.5989;RBI=0.0162428;REFB=-0.00220622;REVB=-0.0134119;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035962;STB=0.53394;STBP=0.714;TYPE=ins;VARB=0.00216694;OID=.;OPOS=48033982;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=TTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435897:16:39:17:39:22:6:11:9:13:99:22:6:10:9:13 chr2 48602252 . C T 559.74 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.00186905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.896;QD=23.3226;RBI=0.00359933;REFB=-0.0274415;REVB=-0.00307601;RO=44;SAF=25;SAR=27;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195204;STB=0.606757;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0224123;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:27:25:11:33:27:25:11:33 chr2 48756682 . C G 2699.54 PASS AF=0.994286;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0762074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.235;QD=61.7038;RBI=0.0974563;REFB=-0.101685;REVB=0.0607467;RO=1;SAF=83;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570043;STB=0.502994;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00117505;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:175:1:1:173:174:0.994286:90:83:1:0:91:83:1:0 chr2 48822381 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.787;QD=49.5992;RBI=0.0231248;REFB=0;REVB=0.0220208;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39401e-05;OID=.;OPOS=48822381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr2 48825650 . C G 558.35 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167469;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9906;QD=60.3624;RBI=0.0446833;REFB=0;REVB=0.0414263;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588448;OID=.;OPOS=48825650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr2 48873978 . A G 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.026532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6149;QD=19.1093;RBI=0.0284438;REFB=0.0147204;REVB=0.010252;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181821;STB=0.601596;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.012251;OID=.;OPOS=48873978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:11:16:10:16:11:16:10:16 chr2 48898798 . T A 2457.73 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.388;QD=60.6848;RBI=0.0518912;REFB=-0.0975925;REVB=-0.0508476;RO=0;SAF=61;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.92023e-08;STB=0.504065;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000457653;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:162:162:0:1:161:161:0.993827:100:61:0:0:100:61:1:0 chr2 48915871 . A G 1286.59 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374001;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2796;QD=62.0044;RBI=0.0407058;REFB=0;REVB=0.0160684;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284254;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr2 48921375 . T C 1055.89 PASS AF=0.9375;AO=74;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0423695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.249;QD=52.7945;RBI=0.0556158;REFB=-0.185426;REVB=0.036027;RO=4;SAF=33;SAR=41;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296954;STB=0.521762;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00242807;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:80:80:4:5:74:75:0.9375:41:33:3:1:41:34:4:1 chr2 48960032 . G A 122.22 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00114544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.183;QD=15.7696;RBI=0.0189657;REFB=-0.0124241;REVB=0.018931;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163226;STB=0.509421;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.018355;OID=.;OPOS=48960032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:10:7:6:8:10:7 chr2 49189921 . C T 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.651;QD=59.8657;RBI=0.0183115;REFB=0;REVB=0.018247;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59727e-05;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:55:49:0:0:55:49:0:0 chr2 49191041 . C T 640.28 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.623;QD=59.5613;RBI=0.0243938;REFB=-0.127339;REVB=0.00450747;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170712;STB=0.509087;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-9.71061e-05;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:27:15:0:1:27:15:0:1 chr2 50148972 . C T 264.77 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00170806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.654;QD=20.7666;RBI=0.0253372;REFB=-0.010818;REVB=0.0252796;RO=24;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148935;STB=0.583029;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0123094;OID=.;OPOS=50148972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:16:11:14:10:16:11:14:10 chr2 50201110 . A G 466.46 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0306237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4994;QD=22.48;RBI=0.0321411;REFB=-0.000986527;REVB=0.00975927;RO=38;SAF=26;SAR=19;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173124;STB=0.595272;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000935121;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:19:26:14:24:19:26:14:24 chr2 51125707 . C G 510.82 PASS AF=0.504505;AO=44;DP=99;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0515534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1319;QD=18.4079;RBI=0.0517602;REFB=-0.0421129;REVB=0.00462208;RO=51;SAF=39;SAR=5;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550418;STB=0.652773;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0586118;OID=.;OPOS=51125707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:111:51:55:44:56:0.504505:5:39:22:29:17:39:22:33 chr2 54035508 . G C 758.08 PASS AF=0.581967;AO=71;DP=122;FAO=71;FDP=122;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00637731;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9893;QD=24.855;RBI=0.0220697;REFB=0.00549851;REVB=-0.0211282;RO=51;SAF=35;SAR=36;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473132;STB=0.525761;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0046433;OID=.;OPOS=54035508;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:51:51:71:71:0.581967:36:35:22:29:36:35:22:29 chr2 54081923 . T G 487.28 PASS AF=0.452991;AO=52;DP=123;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00536868;FXX=0.0564471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.425;QD=16.659;RBI=0.0062373;REFB=-0.00574176;REVB=0.00317507;RO=64;SAF=22;SAR=30;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491113;STB=0.5331;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00568341;OID=.;OPOS=54081923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:117:64:64:52:53:0.452991:30:22:24:40:30:23:24:40 chr2 54120820 . G A 248.46 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0248081;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4467;QD=13.8031;RBI=0.0396767;REFB=-0.00192203;REVB=0.0309645;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127407;STB=0.57247;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00264732;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:43:43:29:29:0.402778:15:14:26:17:15:14:26:17 chr2 54127041 . C T 579.16 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0196904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0528;QD=18.6826;RBI=0.0262477;REFB=-0.0043283;REVB=-0.0173561;RO=63;SAF=33;SAR=27;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519736;STB=0.501628;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00326556;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:64:60:60:0.483871:27:33:35:28:27:33:35:29 chr2 54135936 . T C 249.7 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00136504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.678;QD=18.4963;RBI=0.0786192;REFB=-0.0231909;REVB=0.0786073;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674346;STB=0.537787;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0267995;OID=.;OPOS=54135936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:16:11:13:14:16:11:13:14 chr2 54150237 . A G 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.015336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.067;QD=19.1729;RBI=0.0153392;REFB=-0.0142438;REVB=0.000312084;RO=32;SAF=9;SAR=24;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758278;STB=0.542346;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0129417;OID=.;OPOS=54150237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:24:9:11:21:24:9:11:21 chr2 54362645 . T C 202.06 PASS AF=0.55;AO=16;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.131483;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=29.6816;QD=20.2061;RBI=0.175558;REFB=0.0086857;REVB=-0.11633;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469664;STB=0.670884;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00559907;OID=.;OPOS=54362645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:11:18:16:22:0.55:12:4:10:1:17:5:10:8 chr2 54482553 . G A 299.34 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0462638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3446;QD=21.3817;RBI=0.077021;REFB=-0.0294948;REVB=0.0615783;RO=23;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0011567;STB=0.505235;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0362642;OID=.;OPOS=54482553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:25:30:31:0.553571:13:17:13:10:14:17:14:11 chr2 54482964 . C T 280.54 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0230269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.004;QD=24.3951;RBI=0.0231109;REFB=-0.00249848;REVB=-0.00196883;RO=19;SAF=6;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257142;STB=0.639883;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00217415;OID=.;OPOS=54482964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:20:25:26:0.565217:19:6:10:9:20:6:10:10 chr2 54482989 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.00320077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.016;QD=17.6896;RBI=0.014488;REFB=-0.0149314;REVB=-0.01413;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323405;STB=0.682194;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0133525;OID=.;OPOS=54482989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:9:12:6:20:9:12:6:20 chr2 54494448 . G A 848.53 PASS AF=0.544828;AO=78;DP=145;FAO=79;FDP=145;FR=.;FRO=66;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.00389837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.342;QD=23.4077;RBI=0.0141047;REFB=-0.00805967;REVB=-0.0135553;RO=66;SAF=46;SAR=32;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176301;STB=0.598231;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00711687;OID=.;OPOS=54494448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:66:66:78:79:0.544828:32:46:25:41:32:47:25:41 chr2 54587596 . C T 86.82 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0444983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8237;QD=12.8624;RBI=0.0650418;REFB=-0.00267032;REVB=0.0474376;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122544;STB=0.507233;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00859773;OID=.;OPOS=54587596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:6:10:7:4:6:10 chr2 54587659 . G C 161.7 PASS AF=0.5;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0462475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1254;QD=19.0237;RBI=0.0725748;REFB=-0.0580612;REVB=-0.055931;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769282;STB=0.561969;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0348705;OID=.;OPOS=54587659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:17:17:17:0.5:11:6:7:9:11:6:8:9 chr2 54756740 . C T 455.74 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.993;QD=56.9677;RBI=0.0355395;REFB=0;REVB=0.0354397;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018201;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:11:20:0:0:12:20:0:0 chr2 54858511 . C T 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0456079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.785;QD=18.3442;RBI=0.0500177;REFB=-0.00966733;REVB=0.0205351;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326008;STB=0.682977;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00926647;OID=.;OPOS=54858511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:3:15:8:9:3:15 chr2 54886347 . G A 591.64 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0191331;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0932;QD=24.1485;RBI=0.0307811;REFB=-0.0264438;REVB=0.0241123;RO=44;SAF=24;SAR=30;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137879;STB=0.575593;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0256453;OID=.;OPOS=54886347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:44:44:54:54:0.55102:30:24:27:17:30:24:27:17 chr2 55040426 . A G 1102.61 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.183;QD=58.8061;RBI=0.0441036;REFB=-0.065449;REVB=0.0209308;RO=1;SAF=27;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171975;STB=0.509088;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000569237;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:47:27:1:0:47:27:1:0 chr2 55155551 . C T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0253338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.001;QD=17.5012;RBI=0.0263665;REFB=-0.0220837;REVB=-0.00730688;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306601;STB=0.517228;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0203979;OID=.;OPOS=55155551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:12:16:14:12:12:16 chr2 55186394 . A C 990.06 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.067;QD=59.1079;RBI=0.0111728;REFB=0;REVB=-0.0049846;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92299e-05;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr2 55252524 . G A 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0164045;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.055;QD=12.1357;RBI=0.0164133;REFB=-0.0040828;REVB=-0.000537342;RO=48;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737549;STB=0.542522;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00785166;OID=.;OPOS=55252524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:17:11:22:26:17:11:22:26 chr2 55407754 . C T 747.61 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.183;QD=56.4237;RBI=0.0646617;REFB=0;REVB=0.0521009;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311765;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:19:33:0:0:20:33:0:0 chr2 55449464 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.974;QD=59.8559;RBI=0.0480759;REFB=0;REVB=0.036317;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113542;OID=.;OPOS=55449464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:38:32:0:0:38:33:0:0 chr2 55461964 . C A 219.47 PASS AF=0.454545;AO=23;DP=53;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0209939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.88;QD=15.9617;RBI=0.0217254;REFB=-0.0161629;REVB=0.00558993;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237979;STB=0.648218;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0151241;OID=.;OPOS=55461964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:30:30:23:25:0.454545:14:9:19:11:16:9:19:11 chr2 55516723 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.931;QD=59.3228;RBI=0.0199999;REFB=0;REVB=-0.0196417;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49634e-05;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr2 55522422 . A G 2048.85 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.51;QD=61.6197;RBI=0.0375291;REFB=-0.0362836;REVB=0.0350309;RO=1;SAF=69;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748487;STB=0.503936;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=6.54929e-05;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:63:69:0:1:63:69:0:1 chr2 55805440 . T C 737.54 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.046302;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0143;QD=61.4615;RBI=0.0504428;REFB=-0.0769117;REVB=0.0200149;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00209418;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:0:1:47:47:0.979167:29:18:0:0:29:18:0:1 chr2 55806543 . C CT,CTT,T 95.8 PASS AF=1,0,0;AO=11,3,4;DP=22;FAO=22,0,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0,0;FSAR=11,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547561,0.0259831,0.00428982;FXX=0;HRUN=8,8,1;LEN=1,2,1;MLLD=6.88533,7.7018,270.047;QD=17.4173;RBI=0.27607,0.145478,0.0477747;REFB=0.0437218,0.0490793,-0.00653217;REVB=-0.270585,-0.143138,-0.0475818;RO=4;SAF=4,0,4;SAR=7,3,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.185599,-0.729277,0.687804;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0227403,0,0;OID=.,.,.;OPOS=55806544,55806544,55806543;OREF=-,-,C;OALT=T,TT,T;OMAPALT=CT,CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:4:0:11,3,4:22,0,0:1,0,0:7,3,0:4,0,4:3:1:11,0,0:11,0,0:0:0 chr2 55873592 . G A 249.95 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.041292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.019;QD=18.515;RBI=0.0414534;REFB=-0.00247847;REVB=0.00365368;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872687;STB=0.556286;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00304256;OID=.;OPOS=55873592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:11:15:13:14:11:16:13:14 chr2 56093960 . T G 376.96 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=49;FWDB=-0.0116089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.778;QD=13.9616;RBI=0.0146226;REFB=-0.00377731;REVB=0.0088912;RO=64;SAF=12;SAR=32;SRF=15;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052231;STB=0.529399;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00446431;OID=.;OPOS=56093960;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:64:44:44:0.407407:32:12:15:49:32:12:15:49 chr2 56411817 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100211;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.125;QD=39.2068;RBI=0.035697;REFB=0;REVB=0.0342615;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408706;OID=.;OPOS=56411817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr2 56420006 . A T 74.82 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.056;QD=37.4107;RBI=0.256703;REFB=0;REVB=0.255026;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.008285;OID=.;OPOS=56420006;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:1:0:7:8:1:3:4:0:1:4:4:0:0 chr2 56420296 . C T 1072.27 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0360219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.952;QD=57.1879;RBI=0.0462323;REFB=-0.102659;REVB=0.0289801;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129584;STB=0.500183;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0022108;OID=.;OPOS=56420296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:36:37:0:1:36:37:1:1 chr2 58316814 . A G 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.000536119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.471;QD=11.6767;RBI=0.0127761;REFB=-0.0114766;REVB=0.0127649;RO=48;SAF=16;SAR=11;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105881;STB=0.506118;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0167978;OID=.;OPOS=58316814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:11:16:28:20:11:16:28:20 chr2 58388696 . A G 135.11 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0205192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.251;QD=16.889;RBI=0.0205194;REFB=-0.0169027;REVB=-8.54812e-05;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165929;STB=0.594918;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.019595;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:11:6:8:7:11:6 chr2 60687238 . GT AG,GA,G 66.46 PASS AF=0,0.0769231,0.307692;AO=4,2,6;DP=26;FAO=0,2,8;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=0,2,3;FSAR=0,0,5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0339683,-0.0343417,0.0393339;FXX=0;HRUN=1,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=43.1824,196.888,20.8935;QD=10.2241;RBI=0.0425158,0.0364226,0.0399585;REFB=-0.0149554,-0.00174599,-0.0268372;REVB=-0.0255685,-0.0121346,0.00703728;RO=14;SAF=1,2,3;SAR=3,0,3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.359137,0.521257,-0.0784305;STB=0.5,0.993941,0.624687;STBP=1,0.19,0.428;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0,0.118204,0.0649126;OID=.,.,.;OPOS=60687238,60687239,60687239;OREF=GT,T,T;OALT=AG,A,-;OMAPALT=AG,GA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:55:26:26:14:16:4,2,6:0,2,8:0,0.0769231,0.307692:3,0,3:1,2,3:8:6:0,0,5:0,2,3:9:7 chr2 60687958 . AA AG,GG 1160.92 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=74,3;DP=78;FAO=75,3;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=43,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00741951,-0.0138342;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=168.512,122.358;QD=59.5343;RBI=0.0143875,0.0225706;REFB=0,0;REVB=-0.0123268,-0.0178338;RO=0;SAF=32,0;SAR=42,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000207331,-0.00240909;OID=.,.;OPOS=60687959,60687958;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:78:78:0:0:74,3:75,3:0.961538,0.0384615:42,3:32,0:0:0:43,3:32,0:0:0 chr2 60867976 . C T 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2951;QD=57.233;RBI=0.0571047;REFB=0;REVB=0.0514669;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000784136;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:37:19:0:0:37:19:0:0 chr2 61304271 . A G 196.76 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.020904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.5224;QD=18.3036;RBI=0.020964;REFB=0.00468702;REVB=0.00158495;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156045;STB=0.588696;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00840603;OID=.;OPOS=61304271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:12:8:13:10:12:8:13:10 chr2 61385100 . G A 218.04 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0313419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8325;QD=15.5743;RBI=0.0452715;REFB=0.0203445;REVB=0.032668;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855604;STB=0.548349;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0246717;OID=.;OPOS=61385100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:14:11:11:20:14:11:11:20 chr2 61385105 . G C 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0011807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.188;QD=16.504;RBI=0.0175444;REFB=0.00329788;REVB=0.0175046;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554586;STB=0.531226;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00354136;OID=.;OPOS=61385105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:15:11:11:19:15:11:11:19 chr2 61389737 . T G 295.67 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0188622;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.062;QD=15.1627;RBI=0.0550388;REFB=-0.0144198;REVB=0.0517058;RO=45;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103112;STB=0.55816;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0249143;OID=.;OPOS=61389737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:18:15:16:29:18:15:16:29 chr2 61415492 . A G 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0222706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.847;QD=16.0287;RBI=0.0433249;REFB=-0.00714536;REVB=0.0371627;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901225;STB=0.550979;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00650115;OID=.;OPOS=61415492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:16:14:14:11:16:14 chr2 61450454 . A G 531.54 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.0224687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.8442;QD=18.3288;RBI=0.0245656;REFB=0.000633871;REVB=-0.00993108;RO=59;SAF=21;SAR=35;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531887;STB=0.532699;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.000855923;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:60:56:56:0.482759:35:21:19:40:35:21:19:41 chr2 61522123 . T C 1091.09 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.04;QD=58.1917;RBI=0.0435677;REFB=-0.0124214;REVB=0.033246;RO=1;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111301;STB=0.505881;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00174095;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:42:31:0:1:42:32:0:1 chr2 61575308 . A G 1059.45 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.968;QD=58.0522;RBI=0.0201405;REFB=-0.0537327;REVB=-0.00432038;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145457;STB=0.507244;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00251636;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:73:1:1:70:72:0.986301:38:32:1:0:38:34:1:0 chr2 61575544 . A G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.053134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.634;QD=21.1724;RBI=0.0612794;REFB=-0.0154474;REVB=-0.0305276;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211319;STB=0.620483;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0274603;OID=.;OPOS=61575544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:3:5:4:8:3:5 chr2 61647901 . A G 225.96 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0773552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5293;QD=17.0535;RBI=0.0909759;REFB=-0.00857587;REVB=0.0478832;RO=28;SAF=18;SAR=7;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797292;STB=0.544713;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0161863;OID=.;OPOS=61647901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:7:18:22:6:7:18:22:6 chr2 62066927 . A G 1840.87 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119871;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4921;QD=61.3623;RBI=0.0122588;REFB=0;REVB=-0.00256657;RO=0;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.26124e-05;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:120:0:0:120:120:1:61:59:0:0:61:59:0:0 chr2 62081012 . A C 1283.04 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.541;QD=61.8335;RBI=0.0324363;REFB=0;REVB=0.00446679;RO=0;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77634e-05;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:53:30:0:0:53:30:0:0 chr2 62450631 . A G 338.92 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0130525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6224;QD=17.8379;RBI=0.070713;REFB=-0.00980616;REVB=0.0694979;RO=40;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170952;STB=0.501465;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0134259;OID=.;OPOS=62450631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:40:35:36:0.473684:16:19:21:19:17:19:21:19 chr2 62450743 . T C 608.39 PASS AF=0.437908;AO=66;DP=152;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.0083883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.691;QD=15.9057;RBI=0.0464685;REFB=0.00336514;REVB=0.0457051;RO=86;SAF=25;SAR=41;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01773;STB=0.513252;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00397779;OID=.;OPOS=62450743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:86:86:66:67:0.437908:41:25:34:52:42:25:34:52 chr2 62451422 . A G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0208013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.479;QD=19.0005;RBI=0.0244044;REFB=-0.0194723;REVB=0.0127624;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765883;STB=0.53;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.010679;OID=.;OPOS=62451422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:10:7:8:8:10:7:8:9 chr2 62718333 . C T 362.62 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.00476447;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.28;QD=32.2329;RBI=0.0265176;REFB=9.83169e-05;REVB=0.026086;RO=13;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244113;STB=0.652076;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=4.01193e-06;OID=.;OPOS=62718333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:13:15:30:30:0.666667:18:12:11:2:18:12:13:2 chr2 62729653 . A G 573.1 PASS AF=0.5;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0146628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.765;QD=19.4272;RBI=0.0181265;REFB=-0.00962291;REVB=0.0106571;RO=59;SAF=25;SAR=34;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774725;STB=0.542801;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0106983;OID=.;OPOS=62729653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:59:59:59:0.5:34:25:30:29:34:25:30:29 chr2 62729674 . T C 1573.9 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.388;QD=59.958;RBI=0.0768245;REFB=0;REVB=0.0767496;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80191e-05;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:54:49:0:0:55:50:0:0 chr2 62733189 . C T 2391.86 PASS AF=0.476744;AO=245;DP=515;FAO=246;FDP=516;FR=.;FRO=270;FSAF=131;FSAR=115;FSRF=163;FSRR=107;FWDB=-0.00747346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.392;QD=18.5416;RBI=0.00938991;REFB=-0.0313558;REVB=-0.00568487;RO=267;SAF=130;SAR=115;SRF=162;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072992;STB=0.537585;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.035182;OID=.;OPOS=62733189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:515:516:267:270:245:246:0.476744:115:130:162:105:115:131:163:107 chr2 62733253 . C T 4982.25 PASS AF=0.961652;AO=325;DP=342;FAO=326;FDP=339;FR=.;FRO=13;FSAF=134;FSAR=192;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.110769;FXX=0.00877167;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.362;QD=58.7877;RBI=0.123891;REFB=-0.0779851;REVB=0.0554917;RO=10;SAF=133;SAR=192;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022885;STB=0.511094;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00126969;OID=.;OPOS=62733253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:342:339:10:13:325:326:0.961652:192:133:8:2:192:134:9:4 chr2 62738931 . G C 1134.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000252294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9424;QD=59.7104;RBI=0.0391257;REFB=0;REVB=0.0391248;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167905;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:41:31:0:0:44:32:0:0 chr2 63849491 . T C 720.83 PASS AF=0.526316;AO=70;DP=133;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.007887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.108;QD=21.6791;RBI=0.0157501;REFB=-0.0245248;REVB=0.013633;RO=63;SAF=29;SAR=41;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126662;STB=0.506953;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0154326;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:63:63:70:70:0.526316:41:29:27:36:41:29:27:36 chr2 64069732 . G A 220.5 PASS AF=0.857143;AO=22;DP=27;FAO=18;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0510133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.8731;QD=42.0002;RBI=0.0613901;REFB=-0.0744693;REVB=0.0341525;RO=2;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543643;STB=0.53842;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00626919;OID=.;OPOS=64069732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:27:21:2:2:22:18:0.857143:16:6:0:2:12:6:0:2 chr2 64120082 . AAAT A 312.69 PASS AF=0.42623;AO=35;DP=125;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00319053;FXX=0.0239981;HRUN=7;LEN=3;MLLD=247.856;QD=10.2521;RBI=0.0161303;REFB=-0.0084633;REVB=-0.0158116;RO=34;SAF=27;SAR=8;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440575;STB=0.636487;STBP=0.023;TYPE=del;VARB=0.0126049;OID=.;OPOS=64120083;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42623:35:125:52:122:70:41:11:42:28:99:34:27:8:25:9 chr2 64199312 . A G 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0154917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.399;QD=19.4012;RBI=0.0181905;REFB=-0.0155205;REVB=0.00953409;RO=38;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715568;STB=0.539728;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0132105;OID=.;OPOS=64199312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:20:18:15:23:20:18:15:23 chr2 64327544 . G T 963.22 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.28;QD=58.3767;RBI=0.0162227;REFB=0;REVB=-0.0127679;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113029;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:33:33:0:0 chr2 64327592 . T C 1343.29 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755389;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.103;QD=62.4788;RBI=0.0390604;REFB=0;REVB=0.038323;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269624;OID=.;OPOS=64327592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:43:42:0:0:43:43:0:0 chr2 64779509 . G A 246.52 PASS AF=0.510638;AO=22;DP=45;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.010913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.375;QD=20.98;RBI=0.0190448;REFB=-0.0177352;REVB=0.015608;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215978;STB=0.509796;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0165943;OID=.;OPOS=64779509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:23:23:22:24:0.510638:12:10:11:12:13:11:11:12 chr2 65044680 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.227;QD=59.8558;RBI=0.020546;REFB=0;REVB=0.0103832;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35078e-06;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr2 65296657 . A G 249.95 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0401252;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.569;QD=14.2831;RBI=0.0414661;REFB=-0.0332023;REVB=-0.0104596;RO=41;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118509;STB=0.567637;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0333875;OID=.;OPOS=65296657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:41:29:29:0.414286:20:9:17:24:20:9:17:24 chr2 65298839 . A G 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00343899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0445;QD=9.9323;RBI=0.0161297;REFB=-0.0146178;REVB=-0.0157588;RO=35;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151237;STB=0.591424;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0384211;OID=.;OPOS=65298839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:10:5:16:19:10:5:16:19 chr2 65299766 . T C 302.95 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0359538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3683;QD=22.4406;RBI=0.048414;REFB=-0.0191083;REVB=-0.0324229;RO=23;SAF=9;SAR=21;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0040504;STB=0.508935;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0178529;OID=.;OPOS=65299766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:30:31:0.574074:21:9:7:16:21:10:7:16 chr2 65300752 . C T 452.04 PASS AF=0.356688;AO=56;DP=156;FAO=56;FDP=157;FR=.;FRO=101;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=-0.0139848;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.634;QD=11.517;RBI=0.0142751;REFB=-0.00369086;REVB=-0.0028643;RO=100;SAF=21;SAR=35;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987851;STB=0.547247;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00900064;OID=.;OPOS=65300752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:100:101:56:56:0.356688:35:21:46:54:35:21:45:56 chr2 65311555 . C T 59.8 PASS AF=0.225;AO=8;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00324616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.487;QD=5.98021;RBI=0.0362236;REFB=-0.00794962;REVB=-0.0360779;RO=31;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170787;STB=0.643743;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0169367;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:40:40:31:31:8:9:0.225:3:5:15:16:3:6:15:16 chr2 65315711 . G A 321.23 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0085914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.4173;QD=16.2648;RBI=0.0116435;REFB=0.00908265;REVB=-0.00785869;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502537;STB=0.537292;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0145782;OID=.;OPOS=65315711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:44:44:34:35:0.443038:20:14:16:28:20:15:16:28 chr2 65495887 . G A 2436.11 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000470532;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.045;QD=61.2859;RBI=0.023514;REFB=0;REVB=0.0235093;RO=0;SAF=71;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60479e-05;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:158:159:1:87:71:0:0:88:71:0:0 chr2 65496018 . C G 1502.09 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110547;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.853;QD=63.9186;RBI=0.0200658;REFB=0;REVB=0.016746;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4733e-05;OID=.;OPOS=65496018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chr2 65496144 . A G 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8526;QD=59.8545;RBI=0.0350703;REFB=0;REVB=0.0340879;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033563;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:25:46:0:0:25:46:0:0 chr2 65496187 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8539;QD=57.0004;RBI=0.0571969;REFB=0;REVB=-0.000567637;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000482325;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr2 65497571 . C A 487.11 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334317;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.195;QD=59.0437;RBI=0.0334365;REFB=0;REVB=0.000565509;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111438;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr2 65540905 . C G 1252.34 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165489;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.056;QD=61.844;RBI=0.0166658;REFB=0;REVB=-0.00197044;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10357e-06;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr2 65561392 . C T 256.11 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00426407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.976;QD=22.7653;RBI=0.00986033;REFB=-0.0295634;REVB=0.00889067;RO=21;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287671;STB=0.666518;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0192827;OID=.;OPOS=65561392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:21:23:24:0.533333:17:6:12:9:18:6:12:9 chr2 67630980 . G A 352.59 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8026;QD=54.2438;RBI=0.0165784;REFB=0;REVB=-0.00213769;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038404;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:11:15:0:0 chr2 67631831 . G A 279.26 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386225;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.096;QD=53.1932;RBI=0.0402013;REFB=0;REVB=0.0400153;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00618809;OID=.;OPOS=67631831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr2 67632125 . C T 1320.47 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0592893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8166;QD=62.14;RBI=0.0750986;REFB=0;REVB=0.0460931;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.93797e-05;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:43:41:0:0:44:41:0:0 chr2 68384492 . G A 251.07 PASS AF=0.5;AO=24;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0202693;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.3277;QD=18.5979;RBI=0.110965;REFB=-0.0446487;REVB=-0.109098;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856818;STB=0.576217;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0279381;OID=.;OPOS=68384492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:18:27:24:27:0.5:12:12:7:11:15:12:8:19 chr2 68385097 . A G 592.92 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.779;QD=60.8119;RBI=0.0360079;REFB=0;REVB=0.0347888;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230526;OID=.;OPOS=68385097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:26:12:0:0:26:13:0:0 chr2 68388823 . A G 1050.78 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101191;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6649;QD=58.3764;RBI=0.0111114;REFB=-0.00968654;REVB=0.00458984;RO=2;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270022;STB=0.507244;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000237806;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:2:1:71:71:0.986111:34:37:0:2:34:37:0:1 chr2 68407926 . A G 375.52 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.102;QD=55.6328;RBI=0.101817;REFB=0;REVB=-0.0118296;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697558;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr2 68415767 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.845;QD=59.679;RBI=0.0350725;REFB=0;REVB=0.00182764;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08743e-05;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr2 68511584 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.000311535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.248;QD=21.9446;RBI=0.00367982;REFB=-0.0393081;REVB=-0.00366661;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14855;STB=0.583234;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0252319;OID=.;OPOS=68511584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:3:9:9:7:3:9 chr2 68607947 . G T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.127;QD=60.5472;RBI=0.011533;REFB=0;REVB=0.00548136;RO=0;SAF=22;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20938e-05;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:53:22:0:0:53:22:0:0 chr2 68622914 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.804;QD=62.6711;RBI=0.0465051;REFB=0;REVB=0.0423553;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123462;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr2 68882468 . T C 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00841988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.202;QD=22.065;RBI=0.012229;REFB=-0.00800583;REVB=0.00886878;RO=32;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509938;STB=0.528092;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00601922;OID=.;OPOS=68882468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:17:22:20:12:17:22:20:12 chr2 69002760 . C T 302.3 PASS AF=0.542373;AO=25;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00877675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.468;QD=20.4945;RBI=0.0196898;REFB=-0.0157166;REVB=-0.0176255;RO=25;SAF=19;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134054;STB=0.505297;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0124099;OID=.;OPOS=69002760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:27:25:32:0.542373:6:19:16:9:11:21:18:9 chr2 69002761 . G T 31.88 PASS AF=0.118644;AO=6;DP=58;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.0201172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.752;QD=2.16127;RBI=0.0289715;REFB=-0.00722829;REVB=-0.0208481;RO=52;SAF=1;SAR=5;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583091;STB=0.829046;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0282563;OID=.;OPOS=69002761;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:58:59:52:52:6:7:0.118644:5:1:38:14:5:2:37:15 chr2 69040500 . G A 540.32 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0118693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.291;QD=22.0537;RBI=0.0121119;REFB=0.000471771;REVB=-0.00241206;RO=47;SAF=20;SAR=31;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123556;STB=0.568201;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00043115;OID=.;OPOS=69040500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:31:20:25:22:31:20:25:22 chr2 69049939 . G T 148.1 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.010148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.794;QD=17.9511;RBI=0.018213;REFB=-0.0122251;REVB=0.0151239;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292813;STB=0.666465;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0116584;OID=.;OPOS=69049939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:12:5:10:6:12:5 chr2 69173520 . C T 727.09 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.0116328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.144;QD=19.1338;RBI=0.0119256;REFB=-0.0215881;REVB=0.00262645;RO=77;SAF=24;SAR=51;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15821;STB=0.587511;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0175041;OID=.;OPOS=69173520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:77:77:75:75:0.493421:51:24:37:40:51:24:37:40 chr2 69659126 . A T 384.76 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0707237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8799;QD=17.8959;RBI=0.0747064;REFB=0.0044499;REVB=-0.0240667;RO=45;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290968;STB=0.521601;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00450146;OID=.;OPOS=69659126;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:40:40:0.465116:21:19:20:25:21:19:20:26 chr2 69691687 . C T 595.71 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0215298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1835;QD=19.3726;RBI=0.0356133;REFB=-0.0246628;REVB=0.0283686;RO=62;SAF=29;SAR=32;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00773454;STB=0.504272;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.023067;OID=.;OPOS=69691687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:62:61:61:0.495935:32:29:30:32:32:29:30:32 chr2 69693006 . C T 370.09 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0107247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.215;QD=24.2681;RBI=0.0170905;REFB=-0.0487102;REVB=-0.0133067;RO=16;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277855;STB=0.639622;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0334187;OID=.;OPOS=69693006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:16:18:31:32:0.52459:13:18:2:14:14:18:3:15 chr2 69698158 . G A 292.77 PASS AF=0.533333;AO=29;DP=61;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00710842;FXX=0.0624902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.672;QD=19.5181;RBI=0.0106242;REFB=-0.0107031;REVB=-0.00789585;RO=25;SAF=18;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279292;STB=0.641019;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0158836;OID=.;OPOS=69698158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:25:28:29:32:0.533333:11:18:7:18:13:19:8:20 chr2 69700684 . A G 329.03 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0353587;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2779;QD=17.5483;RBI=0.0370408;REFB=-0.00757325;REVB=0.0110355;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721646;STB=0.530847;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00514012;OID=.;OPOS=69700684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:40:34:35:0.466667:18:16:15:23:19:16:16:24 chr2 69702628 . C T 296.69 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.015043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.694;QD=15.6151;RBI=0.049433;REFB=-0.0117676;REVB=-0.0470885;RO=42;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216232;STB=0.519219;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0155926;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:42:43:33:33:0.434211:18:15:20:22:18:15:21:22 chr2 69741609 . C T 126.23 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0236584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.657;QD=18.7007;RBI=0.0509385;REFB=-0.0382263;REVB=0.0451111;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135944;STB=0.553115;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0461879;OID=.;OPOS=69741609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:13:14:0.518519:5:8:6:7:6:8:6:7 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC 226.27 PASS AF=0.413043,0.0869565;AO=16,4;DP=46;FAO=19,4;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9,1;FSAR=10,3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00943846,-0.022175;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=114.602,94.3377;QD=19.6757;RBI=0.0126152,0.0630102;REFB=-0.0402639,-0.0371237;REVB=-0.0083701,-0.0589793;RO=22;SAF=8,1;SAR=8,3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0910968,-0.378521;STB=0.57349,0.788123;STBP=0.389,0.284;TYPE=del,snp;VARB=0.0698938,0.0633229;OID=.,.;OPOS=69741754,69741762;OREF=TGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043,0.0869565:16,4:46:19,4:46:23:9,1:10,3:14:9:99:22:8,1:8,3:13:9 chr2 69741854 . T G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.653;QD=62.9828;RBI=0.0273291;REFB=0;REVB=0.0208307;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103078;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr2 70015181 . C T 205.78 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00860585;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.276;QD=16.7985;RBI=0.0090868;REFB=-0.00577526;REVB=-0.00291706;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243301;STB=0.647372;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0064668;OID=.;OPOS=70015181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:28:20:21:0.428571:8:12:10:18:8:13:10:18 chr2 70162534 . T G 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.060464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.942;QD=15.8611;RBI=0.0794344;REFB=0.00529529;REVB=0.0515163;RO=51;SAF=23;SAR=15;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234118;STB=0.631726;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00533289;OID=.;OPOS=70162534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:15:23:19:32:15:23:19:32 chr2 70182805 . T C 213.26 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00546673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.928;QD=12.5446;RBI=0.0349672;REFB=-0.012631;REVB=-0.0345373;RO=42;SAF=10;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200697;STB=0.615296;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0354656;OID=.;OPOS=70182805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:16:10:24:18:16:10:24:18 chr2 70188676 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0612378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3444;QD=14.6525;RBI=0.0730181;REFB=-0.0348633;REVB=0.0397691;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28888;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0282755;OID=.;OPOS=70188676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:6:6:0.545455:2:4:4:0:2:4:4:1 chr2 70463259 . T C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000148435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.008;QD=10.9409;RBI=0.0244164;REFB=-0.00294927;REVB=0.024416;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310237;STB=0.686764;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00444573;OID=.;OPOS=70463259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:3:8:9:11:3:8:9:11 chr2 70524577 . G A 149.6 PASS AF=0.34;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.026385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.961;QD=11.9681;RBI=0.0264078;REFB=-0.0343545;REVB=0.00109874;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166308;STB=0.591782;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0412417;OID=.;OPOS=70524577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:33:17:17:0.34:8:9:21:10:8:9:22:11 chr2 70528827 . G A 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0101244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.241;QD=18.0493;RBI=0.0792011;REFB=-0.0389809;REVB=-0.0785513;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353742;STB=0.701759;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0133877;OID=.;OPOS=70528827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:1:7:4:6:1:7 chr2 70677994 . G A 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.025885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.831;QD=18.0551;RBI=0.0258851;REFB=-0.0246952;REVB=-7.44325e-05;RO=35;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796178;STB=0.544457;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0245471;OID=.;OPOS=70677994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:17:16:20:15:17:16:20:15 chr2 71004492 . T C 93.78 PASS AF=0.324324;AO=13;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0619386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.0767;QD=10.1389;RBI=0.0619716;REFB=0.00465818;REVB=0.00202225;RO=23;SAF=2;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423117;STB=0.729901;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0220133;OID=.;OPOS=71004492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:23:25:13:12:0.324324:11:2:11:12:10:2:11:14 chr2 71004494 . A T 127.84 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00539343;FXX=0.108079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.35;QD=15.4963;RBI=0.00859126;REFB=-0.00391261;REVB=0.00668736;RO=18;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46486;STB=0.795442;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00732486;OID=.;OPOS=71004494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:33:18:19:13:14:0.424242:11:2:10:8:12:2:11:8 chr2 71012604 . G A 2219.82 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00666866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.447;QD=62.5302;RBI=0.0325816;REFB=-0.121893;REVB=-0.0318918;RO=1;SAF=67;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704406;STB=0.503703;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000884416;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:74:67:1:0:74:67:1:0 chr2 71012734 . C G 729.51 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6964;QD=57.2167;RBI=0.00680966;REFB=0;REVB=0.00503448;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41939e-06;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:28:23:0:0 chr2 71043461 . C T 204.4 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0127096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.557;QD=15.7234;RBI=0.0374944;REFB=-0.0227544;REVB=-0.0352746;RO=29;SAF=5;SAR=18;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122359;STB=0.570071;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0280162;OID=.;OPOS=71043461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:18:5:9:20:18:5:9:20 chr2 71044211 . C T 295.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0526779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2204;QD=20.3964;RBI=0.0554379;REFB=-0.00747181;REVB=-0.0172743;RO=27;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10139;STB=0.556151;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00572993;OID=.;OPOS=71044211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:17:14:9:18:17:14:9:18 chr2 71058226 . C T 458.52 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.000427321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.941;QD=15.676;RBI=0.00713431;REFB=-2.73677e-05;REVB=-0.00712151;RO=65;SAF=32;SAR=19;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183732;STB=0.599008;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=2.30503e-05;OID=.;OPOS=71058226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:66:51:51:0.435897:19:32:29:36:19:32:30:36 chr2 71058835 . A G 351.11 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0103241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1119;QD=13.0041;RBI=0.0602786;REFB=-0.0132923;REVB=-0.0593879;RO=66;SAF=21;SAR=21;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326016;STB=0.51851;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0168853;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:66:42:42:0.388889:21:21:31:35:21:21:31:35 chr2 71061108 . G A 204.82 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0209942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0808;QD=16.3852;RBI=0.0563768;REFB=-0.0177121;REVB=0.0523219;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242292;STB=0.63001;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0281414;OID=.;OPOS=71061108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:7:14:12:16:7:14:13:16 chr2 71062833 . G GC 735.96 PASS AF=1;AO=60;DP=77;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749032;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.2926;QD=42.6644;RBI=0.192512;REFB=0;REVB=0.177343;RO=15;SAF=22;SAR=38;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133574;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00585163;OID=.;OPOS=71062834;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:77:69:69:0:23:46:0:0:14:15:22:38:6:9 chr2 71170807 . C T 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0732302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.149;QD=26.3055;RBI=0.07571;REFB=-0.0098696;REVB=-0.0192186;RO=12;SAF=2;SAR=19;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231741;STB=0.520989;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00958384;OID=.;OPOS=71170807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:13:21:21:0.617647:19:2:1:11:19:2:1:12 chr2 71190384 . C T 615.38 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.116578;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.298;QD=57.2446;RBI=0.117045;REFB=-0.158238;REVB=0.0104437;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191513;STB=0.504082;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00338925;OID=.;OPOS=71190384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:43:1:2:41:41:0.953488:17:24:1:0:17:24:1:1 chr2 71211815 . G A 579.96 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=-0.0371401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.326;QD=17.184;RBI=0.0371471;REFB=-0.0105061;REVB=-0.000721146;RO=74;SAF=24;SAR=37;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072658;STB=0.54036;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0147274;OID=.;OPOS=71211815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:74:61:61:0.451852:37:24:24:50:37:24:24:50 chr2 71211989 . A G 175.13 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0156187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.598;QD=15.9205;RBI=0.015686;REFB=-0.0113271;REVB=0.0014516;RO=25;SAF=3;SAR=15;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175155;STB=0.555494;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.016296;OID=.;OPOS=71211989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:18:19:0.431818:15:3:7:18:15:4:7:18 chr2 71212405 . T C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.615;QD=20.2097;RBI=0.00292791;REFB=-0.00868211;REVB=-0.00292791;RO=10;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297533;OID=.;OPOS=71212405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:12:13:0.565217:12:0:0:10:13:0:0:10 chr2 71221822 . A G 187.36 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=29;FWDB=-0.00564552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.699;QD=14.6952;RBI=0.0194512;REFB=-0.0215235;REVB=-0.0186139;RO=29;SAF=1;SAR=20;SRF=1;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801681;STB=0.550518;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0399559;OID=.;OPOS=71221822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:30:21:21:0.411765:20:1:1:28:20:1:1:29 chr2 71297695 . T C 189.91 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.005703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.802;QD=11.687;RBI=0.046563;REFB=-0.0226545;REVB=0.0462124;RO=36;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115646;STB=0.61634;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0574491;OID=.;OPOS=71297695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:40:24:25:0.384615:17:7:14:22:18:7:18:22 chr2 71305456 . C T 835.31 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.745;QD=57.6076;RBI=0.0681637;REFB=0;REVB=0.00863976;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71163e-05;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:26:29:0:0:26:32:0:0 chr2 71351403 . C A 561.21 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0159803;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.155;QD=20.5949;RBI=0.0299108;REFB=-0.00294634;REVB=-0.0252842;RO=54;SAF=32;SAR=25;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382053;STB=0.529516;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00176304;OID=.;OPOS=71351403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:54:52:57:57:0.522936:25:32:28:26:25:32:26:26 chr2 71351487 . G A 421.26 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.0139868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.416;QD=15.8967;RBI=0.0176426;REFB=-0.0277199;REVB=-0.0107532;RO=59;SAF=29;SAR=18;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839903;STB=0.546856;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0289049;OID=.;OPOS=71351487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:18:29:41:18:18:29:41:18 chr2 71360282 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.013829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0845;QD=17.9409;RBI=0.0312465;REFB=-0.0376558;REVB=-0.0280197;RO=22;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137304;STB=0.578858;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0249747;OID=.;OPOS=71360282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:15:4:7:15:15:4:7:15 chr2 71415479 . T C 500.97 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5526;QD=58.9372;RBI=0.0122356;REFB=0;REVB=0.00824607;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291726;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr2 71417065 . G T 951.48 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260185;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.995;QD=58.5527;RBI=0.0267347;REFB=0;REVB=0.00614661;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747252;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr2 71417134 . C T 194.26 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0472158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9109;QD=24.283;RBI=0.0511907;REFB=-0.0367262;REVB=-0.0197778;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885881;STB=0.504945;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0255366;OID=.;OPOS=71417134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:9:10:7:6:9:10:7:6 chr2 71615534 . C T 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00595326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.908;QD=13.4159;RBI=0.00824145;REFB=-0.00294118;REVB=0.00569913;RO=37;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136461;STB=0.578249;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00459482;OID=.;OPOS=71615534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:16:9:18:19:16:9:18:19 chr2 71615571 . C T 851.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6686;QD=57.7069;RBI=0.0672939;REFB=0;REVB=0.00415959;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319266;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr2 71620563 . A G 608.51 PASS AF=0.550459;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.000182052;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.472;QD=22.3307;RBI=0.00555067;REFB=-0.0030878;REVB=0.00554768;RO=49;SAF=34;SAR=26;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113398;STB=0.562135;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00279236;OID=.;OPOS=71620563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:49:49:60:60:0.550459:26:34:21:28:26:34:21:28 chr2 71631109 . A G 465.62 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00744629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.096;QD=17.738;RBI=0.00744679;REFB=-0.00943464;REVB=8.58966e-05;RO=54;SAF=28;SAR=22;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391287;STB=0.517314;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0114412;OID=.;OPOS=71631109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:55:50:50:0.47619:22:28:28:26:22:28:29:26 chr2 71633275 . T C 891.01 PASS AF=0.505682;AO=89;DP=176;FAO=89;FDP=176;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.00685646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.523;QD=20.2503;RBI=0.024742;REFB=-0.0157989;REVB=0.023773;RO=87;SAF=42;SAR=47;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408003;STB=0.522417;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0153367;OID=.;OPOS=71633275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:87:87:89:89:0.505682:47:42:45:42:47:42:45:42 chr2 71633389 . C T 759.62 PASS AF=0.52518;AO=73;DP=139;FAO=73;FDP=139;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.000463848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.607;QD=21.8595;RBI=0.0409772;REFB=-0.0185704;REVB=-0.0409746;RO=66;SAF=31;SAR=42;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079018;STB=0.54338;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.01783;OID=.;OPOS=71633389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:66:66:73:73:0.52518:42:31:34:32:42:31:34:32 chr2 71654175 . G A 649.23 PASS AF=0.377451;AO=77;DP=204;FAO=77;FDP=204;FR=.;FRO=127;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=81;FWDB=0.000126322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.553;QD=12.73;RBI=0.0048591;REFB=-0.0154272;REVB=-0.00485746;RO=125;SAF=34;SAR=43;SRF=45;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919079;STB=0.550666;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0232238;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:125:127:77:77:0.377451:43:34:45:80:43:34:46:81 chr2 71654450 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0384932;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=305.616;QD=8.8113;RBI=0.0386087;REFB=0.00684186;REVB=0.00298374;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164673;STB=0.599715;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.0107337;OID=.;OPOS=71654450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:1:10:5:1:1:10 chr2 71658541 . C T 551.72 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0368871;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2004;QD=20.8195;RBI=0.0446066;REFB=-0.013639;REVB=-0.0250816;RO=50;SAF=26;SAR=30;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306936;STB=0.516886;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0106768;OID=.;OPOS=71658541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:50:50:56:56:0.528302:30:26:25:25:30:26:25:25 chr2 71708047 . C T 387.8 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0202324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.155;QD=18.4665;RBI=0.0295203;REFB=-0.0130027;REVB=-0.0214964;RO=44;SAF=10;SAR=30;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243752;STB=0.636913;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0116878;OID=.;OPOS=71708047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:30:10:21:23:30:10:21:23 chr2 71838597 . C A 394.43 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00935911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.656;QD=19.9712;RBI=0.0112011;REFB=-0.0337521;REVB=0.00615404;RO=39;SAF=26;SAR=14;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217056;STB=0.620584;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.028737;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:14:26:16:23:14:26:16:23 chr2 72359518 . A G 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0251227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.871;QD=15.8864;RBI=0.0431485;REFB=-0.0169482;REVB=-0.0350804;RO=42;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03868;STB=0.521796;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0200809;OID=.;OPOS=72359518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:16:17:20:22:16:17:20:22 chr2 72361960 . A G 604.36 PASS AF=0.425;AO=67;DP=157;FAO=68;FDP=160;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.004831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6633;QD=15.1091;RBI=0.0551847;REFB=0.0147019;REVB=-0.0549728;RO=90;SAF=27;SAR=40;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100948;STB=0.557604;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0172227;OID=.;OPOS=72361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:90:92:67:68:0.425:40:27:45:45:40:28:47:45 chr2 72692272 . A AAG 1358.57 PASS AF=1;AO=85;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161461;FXX=0.0439512;HRUN=2;LEN=2;MLLD=253.843;QD=62.4629;RBI=0.0507824;REFB=0;REVB=0.0481472;RO=2;SAF=49;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00340702;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.83254e-07;OID=.;OPOS=72692273;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:89:87:87:0:50:37:0:0:7:2:49:36:1:1 chr2 73302656 . G C 98.8 PASS AF=0.363636;AO=13;DP=35;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00748711;FXX=0.0571265;HRUN=7;LEN=1;MLLD=215.819;QD=11.9755;RBI=0.0159827;REFB=-0.0102668;REVB=-0.0141206;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016668;STB=0.523521;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0116958;OID=.;OPOS=73302656;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:35:33:20:21:13:12:0.363636:5:8:12:8:5:7:13:8 chr2 73339708 . G A 372.93 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0246474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.269;QD=20.4344;RBI=0.0247228;REFB=-0.00379393;REVB=0.00192922;RO=35;SAF=29;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344318;STB=0.692016;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00654642;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:9:29:14:21:9:29:14:21 chr2 73441424 . C T 266.29 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.034786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4893;QD=20.0973;RBI=0.050864;REFB=-0.0166818;REVB=-0.037109;RO=23;SAF=7;SAR=21;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284806;STB=0.663033;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0279414;OID=.;OPOS=73441424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:25:28:28:0.528302:21:7:13:10:21:7:14:11 chr2 73454344 . T G 324.9 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00917532;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.818;QD=16.8781;RBI=0.00929472;REFB=-0.00705846;REVB=-0.00148502;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018603;STB=0.510442;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0071381;OID=.;OPOS=73454344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:42:42:35:35:0.454545:19:16:20:22:19:16:20:22 chr2 73461483 . C A 419.1 PASS AF=0.451923;AO=46;DP=105;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.000868676;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7577;QD=16.1194;RBI=0.00524966;REFB=-0.0183313;REVB=-0.00517729;RO=56;SAF=19;SAR=27;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206279;STB=0.611604;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0262894;OID=.;OPOS=73461483;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:56:57:46:47:0.451923:27:19:35:21:27:20:36:21 chr2 73478461 . A T 354.88 PASS AF=0.396226;AO=41;DP=105;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0270729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.101;QD=13.3918;RBI=0.0272353;REFB=-0.0102259;REVB=0.00297034;RO=62;SAF=23;SAR=18;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18304;STB=0.603063;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0237046;OID=.;OPOS=73478461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:62:64:41:42:0.396226:18:23:24:38:19:23:24:40 chr2 73490412 . A G 137.29 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0494422;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3384;QD=16.1517;RBI=0.0502102;REFB=-0.0284353;REVB=0.00874834;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117088;STB=0.56798;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0214484;OID=.;OPOS=73490412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:11:4:7:12:11:4:7:12 chr2 73518867 . G A 303.96 PASS AF=0.542373;AO=30;DP=57;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0289641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.812;QD=20.6074;RBI=0.0425814;REFB=-0.0541538;REVB=0.031213;RO=27;SAF=10;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349622;STB=0.513379;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0632827;OID=.;OPOS=73518867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:27:27:30:32:0.542373:20:10:10:17:21:11:10:17 chr2 73675227 . T TCTC 552.91 PASS AF=0.407643;AO=59;DP=172;FAO=64;FDP=157;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.00982152;FXX=0.0308623;HRUN=1;LEN=3;MLLD=276.87;QD=14.0869;RBI=0.0142998;REFB=-0.0194715;REVB=0.0103934;RO=104;SAF=17;SAR=42;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262451;STB=0.608475;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.0295956;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407643:59:172:64:157:93:20:44:45:48:99:104:17:42:53:51 chr2 73675669 . T G 40.96 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0328722;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4152;QD=12.6023;RBI=0.0424681;REFB=-0.00416347;REVB=0.026888;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00858353;OID=.;OPOS=73675669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:4:3:4:2:3:4 chr2 73675844 . C T 189.35 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0355757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.192;QD=22.9522;RBI=0.0356204;REFB=-0.0310292;REVB=0.00178344;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806589;STB=0.526998;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0229418;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:14:18:19:0.575758:6:12:8:6:7:12:8:6 chr2 73716810 . G A 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0116011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4113;QD=18.2897;RBI=0.0204883;REFB=-0.023722;REVB=0.0168874;RO=33;SAF=9;SAR=23;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257938;STB=0.644765;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0248077;OID=.;OPOS=73716810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:23:9:18:15:23:9:18:15 chr2 73717103 . G C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00522387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.029;QD=12.7299;RBI=0.00589206;REFB=-0.0162903;REVB=-0.00272535;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315875;STB=0.687091;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.013492;OID=.;OPOS=73717103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:4:8:3:6:4:8 chr2 73828538 . G A 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0232179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6668;QD=16.6257;RBI=0.0696335;REFB=-0.00854829;REVB=0.0656487;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663315;STB=0.5384;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00812637;OID=.;OPOS=73828538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:4:10:10:3:4:10 chr2 73927931 . A G 528.56 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0384087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.087;QD=17.9172;RBI=0.0386096;REFB=-0.0259342;REVB=0.00393343;RO=60;SAF=38;SAR=18;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22223;STB=0.632489;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0367637;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:62:56:56:0.474576:18:38:27:33:18:38:27:35 chr2 73928098 . C G 258.45 PASS AF=0.5;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.00175189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.777;QD=18.461;RBI=0.00263093;REFB=-0.0466563;REVB=0.00196282;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228424;STB=0.612829;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0354747;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:28:28:28:0.5:16:12:5:22:16:12:6:22 chr2 73928366 . G C 152.17 PASS AF=0.457143;AO=13;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0370742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3428;QD=17.3912;RBI=0.0997157;REFB=0.00619412;REVB=0.0925674;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116459;STB=0.521712;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0212214;OID=.;OPOS=73928366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:13:16:0.457143:8:5:5:13:11:5:5:13 chr2 73957124 . A G 157.73 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0112804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.324;QD=11.2665;RBI=0.0421037;REFB=-0.00275153;REVB=-0.0405644;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111841;STB=0.564823;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00346382;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:12:8:11:25:12:8:11:25 chr2 74007136 . T C 291.45 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0384423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.074;QD=16.8957;RBI=0.0386371;REFB=-0.0125402;REVB=-0.00387572;RO=36;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14164;STB=0.572557;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0164944;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:32:32:0.463768:13:19:16:20:13:19:17:20 chr2 74185876 . A T 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.000242166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.334;QD=13.7478;RBI=0.0150495;REFB=-0.00870481;REVB=-0.0150475;RO=30;SAF=5;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341691;STB=0.715908;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.012157;OID=.;OPOS=74185876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:32:22:22:0.407407:17:5:16:14:17:5:18:14 chr2 74330281 . TTA T,TTT 98.13 PASS AF=0.410256,0;AO=10,6;DP=46;FAO=16,0;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5,0;FSAR=11,0;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.161787,0.014362;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=20.3027,14.896;QD=10.0651;RBI=0.184208,0.0203424;REFB=-0.0412861,-0.0229729;REVB=0.0880784,-0.0144065;RO=23;SAF=3,1;SAR=7,5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.509471,-0.641684;STB=0.719361,0.5;STBP=0.038,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0746249,0;OID=.,.;OPOS=74330282,74330283;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410256,0:10,6:46:16,0:39:23:5,0:11,0:16:7:98:23:3,1:7,5:18:5 chr2 74362090 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.998;QD=51.9163;RBI=0.0265838;REFB=0;REVB=-0.0242762;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95727e-05;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr2 74362459 . T TAGC 528.59 PASS AF=0.863636;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00734811;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=295.649;QD=48.0533;RBI=0.0499417;REFB=-0.0588455;REVB=0.0493982;RO=6;SAF=24;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960508;STB=0.505152;STBP=0.854;TYPE=ins;VARB=0.00638638;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.863636:38:44:38:44:6:24:14:4:2:32:6:24:14:4:2 chr2 74441799 . A G 359.18 PASS AF=0.610169;AO=34;DP=58;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00240769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.236;QD=24.351;RBI=0.00280225;REFB=-0.0143093;REVB=0.00143376;RO=22;SAF=13;SAR=21;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142301;STB=0.50099;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0125854;OID=.;OPOS=74441799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:22:23:34:36:0.610169:21:13:8:14:22:14:9:14 chr2 74448655 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.037244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.896;QD=18.6371;RBI=0.0409052;REFB=0.00699441;REVB=0.0169152;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0019705;OID=.;OPOS=74448655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:10:6:6:10:10:6:6:10 chr2 74466594 . G A 387.22 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00788755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7777;QD=23.829;RBI=0.027756;REFB=0.0243996;REVB=0.0266117;RO=27;SAF=10;SAR=28;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658692;STB=0.536271;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0166725;OID=.;OPOS=74466594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:28:10:9:18:28:10:9:18 chr2 74641624 . G C 298.26 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0489868;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1434;QD=18.3545;RBI=0.0499748;REFB=-0.00595088;REVB=0.0098883;RO=34;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913354;STB=0.542142;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00550874;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:33:32:32:0.492308:20:12:16:18:20:12:15:18 chr2 74682512 . C T 326.05 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0238567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.564;QD=17.3896;RBI=0.0240104;REFB=-0.0111185;REVB=0.0027118;RO=38;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378014;STB=0.520932;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00983237;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:40:35:35:0.466667:17:18:18:20:17:18:19:21 chr2 74687542 . GCCCCCCCT GCCCCCC,GCCCCCCCA,GCCCCCCT 239.52 PASS AF=0.282051,0.102564,0;AO=9,8,13;DP=83;FAO=22,8,0;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=6,8,0;FSAR=16,0,0;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0387716,0.046563,-0.486334;FXX=0.0714201;HRUN=7,1,7;LEN=2,1,1;MLLD=122.252,55.3314,5.45975;QD=12.2828;RBI=0.0447979,0.120712,0.544084;REFB=0.0365484,-0.0336162,-0.197673;REVB=-0.0224414,-0.11137,0.243939;RO=19;SAF=6,8,12;SAR=3,0,1;SRF=5;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.424964,0.805842,0.700635;STB=0.727066,0.998351,0.5;STBP=0.017,0.003,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0617359,0.120098,-0.0567274;OID=.,.,.;OPOS=74687549,74687550,74687543;OREF=CT,T,C;OALT=-,A,-;OMAPALT=GCCCCCC,GCCCCCCCA,GCCCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282051,0.102564,0:9,8,13:83:22,8,0:78:48:6,8,0:16,0,0:29:19:99:19:6,8,12:3,0,1:5:14 chr2 74690039 . G A 910.43 PASS AF=0.529762;AO=87;DP=158;FAO=89;FDP=168;FR=.;FRO=79;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=0.0137347;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=222.776;QD=21.6769;RBI=0.0243672;REFB=-0.0369396;REVB=-0.0201275;RO=63;SAF=42;SAR=45;SRF=49;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227121;STB=0.559105;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0194888;OID=.;OPOS=74690039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:168:63:79:87:89:0.529762:45:42:49:14:45:44:49:30 chr2 74690378 . C T 255.46 PASS AF=0.5;AO=27;DP=56;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.013715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.022;QD=17.6182;RBI=0.016269;REFB=-0.016568;REVB=-0.00875102;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00117844;STB=0.517229;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.02596;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:29:29:27:29:0.5:13:14:15:14:15:14:15:14 chr2 74699778 . C A 309.84 PASS AF=0.595745;AO=26;DP=45;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0353998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.727;QD=26.3697;RBI=0.0361117;REFB=-0.0170227;REVB=-0.00713478;RO=19;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130702;STB=0.524982;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0163508;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:19:19:26:28:0.595745:16:10:7:12:16:12:7:12 chr2 74710491 . C T 161.44 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00570189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.373;QD=18.9929;RBI=0.0297669;REFB=-0.0286291;REVB=0.0292157;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104463;STB=0.55937;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0259209;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:8:9:7:10:8:9 chr2 74725144 . T C 1071.04 PASS AF=1;AO=62;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597678;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7571;QD=60.3405;RBI=0.156694;REFB=0;REVB=0.15658;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147922;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:62:71:1:24:38:0:0:33:38:0:0 chr2 74725178 . G A 457.58 PASS AF=0.564103;AO=43;DP=77;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00299542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.374;QD=23.4656;RBI=0.12247;REFB=-0.0236964;REVB=0.122434;RO=33;SAF=24;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101457;STB=0.507039;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0206087;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:33:34:43:44:0.564103:19:24:18:15:20:24:18:16 chr2 74746322 . A T 151.52 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00536117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.374;QD=10.1016;RBI=0.0360819;REFB=-0.00858049;REVB=-0.0356814;RO=40;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277777;STB=0.662182;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0156341;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:8:12:14:26:8:12:14:26 chr2 74756176 . G C 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00319045;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=345.69;QD=19.3697;RBI=0.00334548;REFB=-0.0113141;REVB=0.00100661;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257989;STB=0.644995;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00977984;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:12:3:8:8:12:3 chr2 74758666 . G A 572.36 PASS AF=0.426573;AO=61;DP=144;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.00209065;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.389;QD=16.0102;RBI=0.010905;REFB=-0.0121466;REVB=-0.0107027;RO=81;SAF=30;SAR=31;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357322;STB=0.516287;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0131879;OID=.;OPOS=74758666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:81:82:61:61:0.426573:31:30:37:44:31:30:38:44 chr2 74763258 . C G 306.15 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00215626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4759;QD=15.3074;RBI=0.00660069;REFB=0.00505714;REVB=0.00623856;RO=46;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299544;STB=0.516927;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0066284;OID=.;OPOS=74763258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:16:18:23:23:16:18:23:23 chr2 75113657 . C T 301.56 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.675;QD=52.4456;RBI=0.0260469;REFB=0;REVB=0.0120211;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142817;OID=.;OPOS=75113657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:6:16:0:0:7:16:0:0 chr2 75113789 . C G 1477.43 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.502;QD=61.5595;RBI=0.0494329;REFB=-0.118171;REVB=0.0144776;RO=2;SAF=37;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439596;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209824;OID=.;OPOS=75113789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:96:96:2:0:94:96:1:57:37:1:1:58:38:0:0 chr2 75115108 . A G 1572.21 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.91;QD=59.8938;RBI=0.0330094;REFB=0;REVB=-0.0289838;RO=0;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21046e-05;OID=.;OPOS=75115108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:61:44:0:0:61:44:0:0 chr2 75118737 . C T 837.05 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7724;QD=55.8032;RBI=0.029724;REFB=0.0311278;REVB=-0.0260186;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149779;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000855582;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:28:31:1:0:28:31:1:0 chr2 75124037 . C T 1201.87 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0665;QD=60.8541;RBI=0.0255324;REFB=0;REVB=-0.0238787;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64787e-05;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:45:32:0:0:46:33:0:0 chr2 75185856 . G T 385.34 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0106761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.251;QD=17.9227;RBI=0.0291887;REFB=-0.0139293;REVB=-0.0271662;RO=45;SAF=27;SAR=13;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246179;STB=0.64355;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.027846;OID=.;OPOS=75185856;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:46:40:40:0.465116:13:27:19:26:13:27:19:27 chr2 75915035 . C T 833.57 PASS AF=0.541667;AO=78;DP=144;FAO=78;FDP=144;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0207935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.666;QD=23.1548;RBI=0.0233379;REFB=-0.0124621;REVB=0.0105968;RO=66;SAF=31;SAR=47;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062251;STB=0.534082;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0101708;OID=.;OPOS=75915035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:66:66:78:78:0.541667:47:31:31:35:47:31:31:35 chr2 75923413 . T C 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0159866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.66;QD=11.4918;RBI=0.0163335;REFB=-0.0102635;REVB=-0.00334872;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108509;STB=0.564434;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0293933;OID=.;OPOS=75923413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:10:6:15:17:10:6:15:17 chr2 79254261 . T C 390.64 PASS AF=0.361538;AO=46;DP=129;FAO=47;FDP=130;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.00614099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0214;QD=12.0197;RBI=0.0117308;REFB=-0.0175561;REVB=-0.009995;RO=82;SAF=28;SAR=18;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21605;STB=0.610432;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.026975;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:82:83:46:47:0.361538:18:28:34:48:19:28:35:48 chr2 79312414 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00225937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.14;QD=18.9664;RBI=0.00810287;REFB=-0.0133739;REVB=-0.00778149;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00369256;STB=0.50209;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0112401;OID=.;OPOS=79312414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:9:16:14:8:9:16 chr2 79350347 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3032;QD=60.2297;RBI=0.0330979;REFB=0;REVB=0.00347724;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461332;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr2 79385786 . TG CA 104.7 PASS AF=0.151079;AO=21;DP=140;FAO=21;FDP=139;FR=.;FRO=118;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=73;FWDB=-0.00758341;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.272;QD=3.01283;RBI=0.00767478;REFB=0.00343117;REVB=-0.00118074;RO=117;SAF=10;SAR=11;SRF=45;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118174;STB=0.58124;STBP=0.45;TYPE=mnp;VARB=-0.0236042;OID=.;OPOS=79385786;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:117:118:21:21:0.151079:11:10:45:72:11:10:45:73 chr2 79385823 . T G 83.22 PASS AF=0.136364;AO=15;DP=132;FAO=18;FDP=132;FR=.;FRO=114;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=70;FWDB=-0.00561445;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.541;QD=2.52188;RBI=0.0187392;REFB=-0.00986643;REVB=-0.0178783;RO=115;SAF=7;SAR=8;SRF=46;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830221;STB=0.643413;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0530217;OID=.;OPOS=79385823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:132:132:115:114:15:18:0.136364:8:7:46:69:8:10:44:70 chr2 79385857 . G T 68.29 PASS AF=0.12931;AO=15;DP=116;FAO=15;FDP=116;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=0.0143949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.305;QD=2.35476;RBI=0.0146866;REFB=-0.00596083;REVB=-0.00291242;RO=101;SAF=10;SAR=5;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315276;STB=0.717957;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.029923;OID=.;OPOS=79385857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:116:116:101:101:15:15:0.12931:5:10:41:60:5:10:41:60 chr2 79385866 . C G 45.86 PASS AF=0.104762;AO=11;DP=105;FAO=11;FDP=105;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=-0.0352757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.612;QD=1.74704;RBI=0.03849;REFB=-0.00247818;REVB=-0.0153982;RO=93;SAF=7;SAR=4;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278146;STB=0.707773;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0435977;OID=.;OPOS=79385866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:105:105:93:94:11:11:0.104762:4:7:37:56:4:7:37:57 chr2 79864080 . G C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1344;QD=57.1761;RBI=0.0711205;REFB=0;REVB=0.0159524;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404188;OID=.;OPOS=79864080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:38:13:0:0:38:13:0:0 chr2 79914689 . G A 337.83 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0051654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.645;QD=19.0328;RBI=0.0404688;REFB=-0.0153092;REVB=-0.0401378;RO=33;SAF=20;SAR=15;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332072;STB=0.669615;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0209276;OID=.;OPOS=79914689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:35:35:36:0.507042:15:20:6:27:15:21:8:27 chr2 80101321 . T G 633.9 PASS AF=0.432927;AO=70;DP=166;FAO=71;FDP=164;FR=.;FRO=93;FSAF=60;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.0342333;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6198;QD=15.461;RBI=0.0607547;REFB=-0.00634897;REVB=-0.0501917;RO=93;SAF=59;SAR=11;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379135;STB=0.716841;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0109827;OID=.;OPOS=80101321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:93:93:70:71:0.432927:11:59:52:41:11:60:52:41 chr2 80529956 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.327;QD=64.1532;RBI=0.0280799;REFB=0;REVB=0.0280461;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53675e-05;OID=.;OPOS=80529956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr2 80530717 . G T 294.19 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0204555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.195;QD=28.0182;RBI=0.0218444;REFB=-0.0151115;REVB=-0.00766472;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233823;STB=0.631673;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0116993;OID=.;OPOS=80530717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:25:26:0.619048:12:13:3:13:12:14:3:13 chr2 80801346 . T C 346.0 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0569906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.243;QD=19.4928;RBI=0.0705101;REFB=0.0114658;REVB=-0.0415179;RO=34;SAF=12;SAR=23;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146147;STB=0.57822;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00776479;OID=.;OPOS=80801346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:35:35:36:0.507042:23:12:17:17:23:13:18:17 chr2 80875725 . TC CT,TCT,TCTT,TT 403.45 PASS AF=0,0.902439,0,0.097561;AO=6,14,6,3;DP=41;FAO=0,37,0,4;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17,0,0;FSAR=0,20,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197338,0.27162,0.14296,-0.0376365;FXX=0;HRUN=9,5,5,1;LEN=2,1,2,1;MLLD=33.8814,13.7341,11.3376,189.549;QD=39.361;RBI=0.197373,0.271638,0.142987,0.037881;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.00369258,-0.0031941,-0.00278148,-0.00429716;RO=5;SAF=3,7,0,0;SAR=3,7,6,3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.229845,-0.141904,-0.795839,-0.743083;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,ins,ins,snp;VARB=-0.0374671,-0.099545,0.0682566,0.00882918;OID=.,.,.,.;OPOS=80875725,80875727,80875727,80875726;OREF=TC,-,-,C;OALT=CT,T,TT,T;OMAPALT=CT,TCT,TCTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:17:41:41:5:0:6,14,6,3:0,37,0,4:0,0.902439,0,0.097561:3,7,6,3:3,7,0,0:4:1:0,20,0,4:0,17,0,0:0:0 chr2 82194270 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0111887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.776;QD=18.8207;RBI=0.0181521;REFB=-0.0247962;REVB=0.0142938;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977979;STB=0.517213;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0176971;OID=.;OPOS=82194270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:9:10:12:12:0.545455:8:4:2:7:8:4:3:7 chr2 83042810 . GGAAC G 238.67 PASS AF=0.461538;AO=32;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.003579;FXX=0.0487745;HRUN=2;LEN=4;MLLD=292.921;QD=12.2396;RBI=0.00422229;REFB=-0.00202889;REVB=0.0022402;RO=37;SAF=10;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152157;STB=0.54836;STBP=0.48;TYPE=del;VARB=0.002327;OID=.;OPOS=83042811;OREF=GAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:32:77:36:78:42:14:22:20:22:99:37:10:22:17:20 chr2 84756049 . G A 2303.61 PASS AF=0.986486;AO=146;DP=149;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0165495;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.293;QD=62.2596;RBI=0.0235614;REFB=-0.180993;REVB=0.0167705;RO=2;SAF=75;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000352261;STB=0.500185;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00102266;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:148:2:2:146:146:0.986486:71:75:1:1:71:75:1:1 chr2 84771480 . G A 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.436;QD=63.4761;RBI=0.0634167;REFB=0;REVB=0.0123208;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189993;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr2 84771567 . C T 1249.42 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188227;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.983;QD=61.6995;RBI=0.0313769;REFB=0;REVB=0.0313204;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26111e-05;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr2 84800605 . C A 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.186;QD=60.3747;RBI=0.0293381;REFB=0;REVB=0.0134809;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54798e-05;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr2 84897517 . A G 239.41 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00213816;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.635;QD=41.6361;RBI=0.054568;REFB=-0.0883868;REVB=0.0545261;RO=3;SAF=13;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951769;STB=0.551674;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00120859;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:7:13:3:0:7:13:3:0 chr2 85282879 . A G 530.3 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0669915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.916;QD=25.2524;RBI=0.0696187;REFB=-0.0120219;REVB=0.0189447;RO=34;SAF=20;SAR=29;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701546;STB=0.544986;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0119868;OID=.;OPOS=85282879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:35:49:49:0.583333:29:20:17:17:29:20:18:17 chr2 85283329 . CTT C,CCT 122.71 PASS AF=0.325,0.05;AO=13,2;DP=40;FAO=13,2;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8,1;FSAR=5,1;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00745299,0.0393867;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=241.247,43.965;QD=12.271;RBI=0.00746075,0.03942;REFB=-0.00767997,-0.0399416;REVB=-0.000340287,-0.00161761;RO=24;SAF=8,1;SAR=5,1;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0364894,-0.0787327;STB=0.537756,0.555011;STBP=0.736,0.857;TYPE=del,snp;VARB=0.0154122,0.0919632;OID=.,.;OPOS=85283330,85283330;OREF=TT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325,0.05:13,2:40:13,2:40:25:8,1:5,1:14:11:99:24:8,1:5,1:14:10 chr2 85283395 . C T 130.64 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0251771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4938;QD=13.752;RBI=0.0267969;REFB=0.0121764;REVB=-0.00917516;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172185;STB=0.574368;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.0685081;OID=.;OPOS=85283395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:23:15:15:0.394737:6:9:9:12:6:9:11:12 chr2 85546615 . C T 1003.31 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.707;QD=59.0184;RBI=0.0262926;REFB=0;REVB=0.0197153;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29088e-05;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:0:0:64:68:1:32:32:0:0:34:34:0:0 chr2 85549527 . T C 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0274586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.861;QD=61.5098;RBI=0.0392537;REFB=0.0508639;REVB=0.0280514;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159482;STB=0.508471;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000154281;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:29:19:0:1:29:19:0:1 chr2 85549547 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.491;QD=58.0611;RBI=0.0335879;REFB=0;REVB=0.0234153;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4452e-05;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr2 85549867 . TA T,TG 73.93 PASS AF=0.125,0.875;AO=2,6;DP=8;FAO=1,7;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11118,0.117989;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.963,141.05;QD=36.9642;RBI=0.11121,0.118466;REFB=0,0;REVB=0.00258985,0.0106146;RO=0;SAF=1,4;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0010027,0.00340025;OID=.,.;OPOS=85549868,85549868;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:2,6:8:1,7:8:0:1,4:0,3:0:0:5:0:1,4:1,2:0:0 chr2 85549874 . A G 43.69 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0158253;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=217.462;QD=21.8449;RBI=0.027726;REFB=0.0287232;REVB=-0.022766;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00211801;OID=.;OPOS=85549874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:1:1:3:3:1:1 chr2 85553784 . C T 985.39 PASS AF=1;AO=50;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349369;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9715;QD=57.9643;RBI=0.228982;REFB=0;REVB=0.226301;RO=1;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241289;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0039685;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:1:0:50:68:1:19:31:0:1:33:35:0:0 chr2 85554080 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=373.103;QD=48.7373;RBI=0.0133215;REFB=0;REVB=-0.0010267;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72227e-05;OID=.;OPOS=85554080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr2 85570849 . C T 53.7 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.00186928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.105;QD=2.65198;RBI=0.00557909;REFB=-0.00694449;REVB=-0.00525662;RO=70;SAF=4;SAR=7;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471507;STB=0.533272;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0321421;OID=.;OPOS=85570849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:70:70:11:11:0.135802:7:4:28:42:7:4:28:42 chr2 85570857 . G A 60.89 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.00294679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.637;QD=2.97019;RBI=0.0315098;REFB=-0.00395254;REVB=0.0313717;RO=70;SAF=4;SAR=8;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131737;STB=0.509076;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0209594;OID=.;OPOS=85570857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:82:70:70:12:12:0.146341:8:4:24:46:8:4:24:46 chr2 85573033 . G A 902.99 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1877;QD=58.2577;RBI=0.0306377;REFB=0;REVB=0.0196682;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08111e-05;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:35:27:0:0 chr2 85573049 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.594;QD=57.3859;RBI=0.0361743;REFB=0;REVB=0.0196266;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04801e-05;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr2 85781318 . T G 393.5 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.74;QD=56.2141;RBI=0.0104542;REFB=0;REVB=-0.00343617;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33896e-05;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:13:15:0:0 chr2 85818883 . G A 465.24 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0144613;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.646;QD=19.3852;RBI=0.0147245;REFB=-0.0185718;REVB=0.00277148;RO=50;SAF=20;SAR=26;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801979;STB=0.554926;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.019414;OID=.;OPOS=85818883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:50:50:46:46:0.479167:26:20:26:24:26:20:27:23 chr2 85893741 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.345;QD=60.9776;RBI=0.0770258;REFB=0;REVB=0.0625754;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351916;OID=.;OPOS=85893741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr2 85894311 . AGGG AGGA,AGG 293.21 PASS AF=0.258065,0.741935;AO=7,4;DP=32;FAO=8,23;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=8,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234306,0.633081;FXX=0.0312402;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=176.243,11.4176;QD=37.8328;RBI=0.0283503,0.65027;REFB=0,0;REVB=-0.0159608,-0.148524;RO=13;SAF=0,2;SAR=7,2;SRF=13;SRR=0;SSEN=0,0.509542;SSEP=0,0.333333;SSSB=-0.857136,-0.660516;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0343727,-0.000634768;OID=.,.;OPOS=85894314,85894312;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGGA,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.258065,0.741935:7,4:32:8,23:31:0:0,19:8,4:0:0:53:13:0,2:7,2:13:0 chr2 85922121 . T TA 95.86 PASS AF=0.408602;AO=29;DP=105;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00544032;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.74092;QD=4.12308;RBI=0.0470649;REFB=-0.0388077;REVB=0.0467494;RO=67;SAF=10;SAR=19;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553775;STB=0.566589;STBP=0.32;TYPE=ins;VARB=0.0221215;OID=.;OPOS=85922122;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408602:29:105:38:93:55:12:26:23:32:95:67:10:19:26:41 chr2 85924729 . C T 487.38 PASS AF=0.379085;AO=58;DP=153;FAO=58;FDP=153;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0125761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.059;QD=12.7419;RBI=0.0207039;REFB=-0.0165577;REVB=-0.0164467;RO=95;SAF=23;SAR=35;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143337;STB=0.581314;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0308527;OID=.;OPOS=85924729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:95:95:58:58:0.379085:35:23:50:45:35:23:50:45 chr2 85925529 . A G 255.7 PASS AF=0.336957;AO=30;DP=91;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=0.0165106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.65;QD=11.1173;RBI=0.0272352;REFB=-0.022843;REVB=-0.02166;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161894;STB=0.672907;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0297804;OID=.;OPOS=85925529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:46:61:30:31:0.336957:17:13:27:19:18:13:42:19 chr2 85925756 . C G 228.24 PASS AF=0.363636;AO=27;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0390933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3991;QD=11.8567;RBI=0.0441248;REFB=0.0168917;REVB=0.0204626;RO=49;SAF=15;SAR=12;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507831;STB=0.539298;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0180515;OID=.;OPOS=85925756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:27:28:0.363636:12:15:25:24:12:16:25:24 chr2 85925848 . C G 332.59 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=116;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0220149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.537;QD=11.3704;RBI=0.0252027;REFB=-0.0134898;REVB=-0.0122688;RO=74;SAF=25;SAR=17;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470883;STB=0.548038;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.031514;OID=.;OPOS=85925848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:74:75:42:42:0.358974:17:25:41:33:16:26:41:34 chr2 86260785 . C T 536.24 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0128822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.991;QD=17.4388;RBI=0.0147978;REFB=-0.0218558;REVB=0.00728171;RO=65;SAF=31;SAR=26;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245762;STB=0.509067;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0266833;OID=.;OPOS=86260785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:66:57:57:0.463415:26:31:37:28:26:31:37:29 chr2 86315741 . C T 528.52 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0260789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.145;QD=24.8716;RBI=0.027106;REFB=-0.00614627;REVB=-0.00739085;RO=34;SAF=24;SAR=25;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296749;STB=0.516076;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00426581;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:36:49:49:0.576471:25:24:18:16:25:24:19:17 chr2 86317037 . G C 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=350.898;QD=63.3368;RBI=0.0190895;REFB=0;REVB=-0.00386931;RO=0;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88886e-06;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:59:34:0:0:59:34:0:0 chr2 86344237 . A G 391.64 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0312202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.936;QD=22.0643;RBI=0.0322465;REFB=-0.0112344;REVB=-0.00807059;RO=32;SAF=17;SAR=22;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247204;STB=0.513626;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00915988;OID=.;OPOS=86344237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:22:17:13:19:22:17:13:19 chr2 86363074 . A G 772.85 PASS AF=0.524823;AO=74;DP=140;FAO=74;FDP=141;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=0.0290642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.319;QD=21.9249;RBI=0.0297657;REFB=-0.0241612;REVB=-0.00642433;RO=66;SAF=37;SAR=37;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143559;STB=0.581539;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0292567;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:66:67:74:74:0.524823:37:37:44:22:37:37:45:22 chr2 86364653 . A G 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00421534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.313;QD=18.4268;RBI=0.00536462;REFB=-0.00401921;REVB=0.00331815;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645329;STB=0.536057;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00336947;OID=.;OPOS=86364653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:15:13:11:17:15:13:11:17 chr2 86371648 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0339722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.483;QD=15.3782;RBI=0.0344793;REFB=-0.0505419;REVB=-0.00589195;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199941;STB=0.615202;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0525909;OID=.;OPOS=86371648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:10:4:6:6:10:4 chr2 86385728 . C T 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0126617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.137;QD=26.3058;RBI=0.0162033;REFB=-0.0145422;REVB=0.0101108;RO=13;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230733;STB=0.512808;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00992418;OID=.;OPOS=86385728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:12:9:6:7:12:9:6:7 chr2 86400791 . T C 672.67 PASS AF=0.637363;AO=58;DP=91;FAO=58;FDP=91;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00107394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.541;QD=29.5679;RBI=0.0314881;REFB=-0.0260215;REVB=0.0314698;RO=33;SAF=21;SAR=37;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228833;STB=0.512419;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0140687;OID=.;OPOS=86400791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:33:33:58:58:0.637363:37:21:13:20:37:21:13:20 chr2 86400824 . G A 235.65 PASS AF=0.341176;AO=28;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0136735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.03;QD=11.0896;RBI=0.0136788;REFB=-0.00351086;REVB=0.000380213;RO=55;SAF=11;SAR=17;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512049;STB=0.545882;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0061264;OID=.;OPOS=86400824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:56:28:29:0.341176:17:11:24:31:18:11:25:31 chr2 86440718 . T C 415.36 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0350576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.939;QD=19.3189;RBI=0.0350585;REFB=0.0035036;REVB=-0.000240891;RO=44;SAF=16;SAR=26;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703382;STB=0.539152;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00353274;OID=.;OPOS=86440718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:26:16:20:24:26:16:20:24 chr2 86481835 . C T 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00336058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.977;QD=22.0649;RBI=0.00348641;REFB=0.00395229;REVB=-0.000928205;RO=32;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869585;STB=0.547921;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00309923;OID=.;OPOS=86481835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:20:19:19:13:20:19:19:13 chr2 86507205 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0252536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.171;QD=16.3847;RBI=0.0252536;REFB=0.00575045;REVB=0;RO=8;SAF=9;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00623519;OID=.;OPOS=86507205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:0:9:8:0:0:9:8:0 chr2 86683642 . A G 323.48 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.23836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3743;QD=49.7659;RBI=0.247171;REFB=0;REVB=0.0654064;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00800201;OID=.;OPOS=86683642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:0:0:24:26:1:18:6:0:0:18:8:0:0 chr2 86691250 . G A 2958.82 PASS AF=0.984375;AO=189;DP=194;FAO=189;FDP=192;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0103399;FXX=0.0103087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.177;QD=61.6421;RBI=0.0290634;REFB=-0.0498293;REVB=0.0271619;RO=3;SAF=88;SAR=101;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0060067;STB=0.503155;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000156635;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:194:192:3:3:189:189:0.984375:101:88:2:1:101:88:2:1 chr2 86979093 . G A 1218.84 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00879269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9384;QD=58.7395;RBI=0.0489253;REFB=0.0240788;REVB=0.0481287;RO=2;SAF=50;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056528;STB=0.502986;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00262351;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:31:50:1:1:31:50:1:1 chr2 87015633 . T TGA 656.59 PASS AF=0.942308;AO=48;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0202423;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=277.255;QD=50.507;RBI=0.036755;REFB=-0.103395;REVB=0.0306787;RO=3;SAF=28;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477795;STB=0.525413;STBP=0.142;TYPE=ins;VARB=0.00609874;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.942308:48:52:49:52:3:28:21:3:0:12:3:28:20:3:0 chr2 87042825 . T C 290.9 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0197314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0038;QD=26.4453;RBI=0.0203594;REFB=-0.0264074;REVB=-0.00501749;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345809;STB=0.53189;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0201917;OID=.;OPOS=87042825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:18:26:26:0.590909:11:15:9:8:11:15:9:9 chr2 87049443 . C T 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0297783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.135;QD=14.7937;RBI=0.0385399;REFB=-0.0154005;REVB=0.0244657;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191953;STB=0.511099;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0302397;OID=.;OPOS=87049443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:14:13:9:9:14:13 chr2 87069379 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0906907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0819;QD=54.5174;RBI=0.0929316;REFB=0;REVB=0.020285;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107615;OID=.;OPOS=87069379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr2 87069431 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8467;QD=40.7613;RBI=0.0221814;REFB=0;REVB=0.0166916;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10006e-05;OID=.;OPOS=87069431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr2 87073852 . C T 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0209456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.439;QD=14.4059;RBI=0.0271159;REFB=-0.0110399;REVB=0.0172206;RO=46;SAF=8;SAR=24;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243862;STB=0.639612;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.014802;OID=.;OPOS=87073852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:24:8:21:25:24:8:21:25 chr2 88315954 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=360.848;QD=51.9167;RBI=0.0213745;REFB=0;REVB=0.00975754;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40482e-05;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr2 88315993 . A G 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3941;QD=51.9103;RBI=0.0190868;REFB=0;REVB=0.0120761;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772166;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr2 88387403 . C A 724.52 PASS AF=1;AO=33;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.294;QD=55.7321;RBI=0.0742061;REFB=0;REVB=0.072401;RO=0;SAF=31;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0193367;OID=.;OPOS=88387403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:33:52:1:2:31:0:0:19:33:0:0 chr2 88407959 . T C 444.18 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00871989;FXX=0.0430997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1643;QD=16.0065;RBI=0.0113805;REFB=-0.0224976;REVB=0.007313;RO=60;SAF=24;SAR=25;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026463;STB=0.505698;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.027866;OID=.;OPOS=88407959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:111:60:62:49:49:0.441441:25:24:31:29:25:24:31:31 chr2 88411605 . A T 585.09 PASS AF=0.557692;AO=57;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.00211557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8516;QD=22.5036;RBI=0.0218961;REFB=-0.0188902;REVB=0.0217936;RO=45;SAF=36;SAR=21;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273454;STB=0.647432;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0147844;OID=.;OPOS=88411605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:45:46:57:58:0.557692:21:36:13:32:22:36:13:33 chr2 88424066 . T C 373.26 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00342544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.526;QD=20.4524;RBI=0.00868453;REFB=-0.0119038;REVB=0.00798044;RO=34;SAF=16;SAR=22;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340765;STB=0.524577;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0116254;OID=.;OPOS=88424066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:35:38:38:0.520548:22:16:13:21:22:16:13:22 chr2 88472791 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.852;QD=61.5363;RBI=0.0287972;REFB=0;REVB=-0.0100912;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13708e-05;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr2 88913273 . G C 957.54 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00732691;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.857;QD=58.9255;RBI=0.0354804;REFB=0;REVB=0.0347157;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00025e-05;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr2 89156948 . C G 2423.31 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00156447;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6791;QD=60.5827;RBI=0.00202169;REFB=-0.0686168;REVB=-0.00128049;RO=0;SAF=84;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39465e-08;STB=0.503355;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00066145;OID=.;OPOS=89156948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:0:1:158:159:0.99375:74:84:0:0:74:85:0:1 chr2 89197190 . C T 4123.0 PASS AF=1;AO=265;DP=269;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102976;FXX=0.011152;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.372;QD=62;RBI=0.0225565;REFB=-0.0723956;REVB=0.0200688;RO=0;SAF=153;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41479e-05;OID=.;OPOS=89197190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:269:266:0:0:265:266:1:112:153:0:0:113:153:0:0 chr2 89246951 . C T 1624.12 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9449;QD=60.1526;RBI=0.0405737;REFB=0;REVB=-0.039549;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126664;OID=.;OPOS=89246951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:51:57:0:0:51:57:0:0 chr2 89278103 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.206;QD=35.5759;RBI=0.0657764;REFB=0;REVB=-0.0544989;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187689;OID=.;OPOS=89278103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr2 89278489 . A C 1305.52 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219755;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.737;QD=62.1678;RBI=0.0367341;REFB=0;REVB=0.0294359;RO=0;SAF=53;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46949e-05;OID=.;OPOS=89278489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:31:53:0:0:31:53:0:0 chr2 89292182 . A G 803.89 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000532044;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.966;QD=57.4206;RBI=0.0255149;REFB=0;REVB=0.0255094;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042388;OID=.;OPOS=89292182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:25:31:0:0 chr2 89292201 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.146;QD=56.9566;RBI=0.00537725;REFB=0;REVB=0.00310596;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35598e-06;OID=.;OPOS=89292201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr2 89292401 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.918;QD=63.5829;RBI=0.0254649;REFB=0;REVB=0.00999705;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93601e-05;OID=.;OPOS=89292401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr2 89309542 . T G 1568.15 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0896;QD=64.0062;RBI=0.0120992;REFB=0;REVB=0.0116502;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08793e-05;OID=.;OPOS=89309542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:47:51:0:0:47:51:0:0 chr2 89309554 . T A 1497.62 PASS AF=0.990291;AO=93;DP=94;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.10586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4466;QD=58.1601;RBI=0.132127;REFB=-0.130731;REVB=0.0790635;RO=1;SAF=53;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886206;STB=0.504201;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00236227;OID=.;OPOS=89309554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:103:1:1:93:102:0.990291:40:53:1:0:43:59:1:0 chr2 89309735 . A G 626.31 PASS AF=1;AO=37;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2359;QD=59.6481;RBI=0.257012;REFB=0;REVB=0.256147;RO=0;SAF=31;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00446509;OID=.;OPOS=89309735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:37:42:1:6:31:0:0:11:31:0:0 chr2 89309762 . T G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.764;QD=59.837;RBI=0.0569573;REFB=0;REVB=0.0562187;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003892;OID=.;OPOS=89309762;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr2 89513004 . A G 659.59 PASS AF=0.733333;AO=55;DP=75;FAO=55;FDP=75;FR=.;FRO=20;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0475929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.895;QD=35.1779;RBI=0.0653891;REFB=-0.0292221;REVB=0.0448403;RO=19;SAF=32;SAR=23;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525216;STB=0.535684;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0091346;OID=.;OPOS=89513004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:19:20:55:55:0.733333:23:32:9:10:23:32:9:11 chr2 89513036 . T C 89.19 PASS AF=0.2;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00441445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4104;QD=4.757;RBI=0.016605;REFB=-0.00187895;REVB=0.0160075;RO=60;SAF=7;SAR=8;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145264;STB=0.592472;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00826359;OID=.;OPOS=89513036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:60:60:15:15:0.2:8:7:35:25:8:7:35:25 chr2 89533687 . T G 1006.59 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=77;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0127724;FXX=0.038956;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.479;QD=54.4101;RBI=0.0586544;REFB=-0.125781;REVB=0.0572468;RO=3;SAF=34;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140505;STB=0.514282;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00571778;OID=.;OPOS=89533687;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:77:74:3:4:70:70:0.945946:36:34:2:1:36:34:3:1 chr2 89533810 . C T 1928.83 PASS AF=0.992126;AO=123;DP=126;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297936;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.439;QD=60.7505;RBI=0.0369432;REFB=0.02929;REVB=0.0218435;RO=1;SAF=56;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840822;STB=0.504347;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00061638;OID=.;OPOS=89533810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:127:1:1:123:126:0.992126:67:56:1:0:69:57:1:0 chr2 89986921 . C T 642.86 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.475;QD=58.4418;RBI=0.0443309;REFB=-0.149032;REVB=0.0401947;RO=2;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407766;STB=0.510633;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00342177;OID=.;OPOS=89986921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:2:1:42:43:0.977273:22:20:0:2:23:20:0:1 chr2 90008103 . G A 496.58 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.000425846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.829;QD=29.2105;RBI=0.00538386;REFB=0.00257033;REVB=0.005367;RO=23;SAF=27;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224392;STB=0.51219;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00211936;OID=.;OPOS=90008103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:45:45:0.661765:18:27:13:10:18:27:13:10 chr2 90025275 . G C 677.07 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0128632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.874;QD=56.4224;RBI=0.0222757;REFB=-0.0630606;REVB=0.0181864;RO=3;SAF=20;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065425;STB=0.534868;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=2.09246e-05;OID=.;OPOS=90025275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:25:20:3:0:25:20:3:0 chr2 90121675 . T C 391.39 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.696;QD=55.9129;RBI=0.119909;REFB=0;REVB=0.119871;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919112;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:13:15:0:0 chr2 90121845 . A G 100.15 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0167035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.789;QD=5.56365;RBI=0.0176636;REFB=-0.00265557;REVB=-0.005744;RO=54;SAF=7;SAR=9;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774256;STB=0.562422;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00912517;OID=.;OPOS=90121845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:56:16:16:0.222222:9:7:27:27:9:7:29:27 chr2 90121849 . A G 148.3 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0196996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.431;QD=7.80522;RBI=0.0213973;REFB=-0.00162725;REVB=0.00835271;RO=55;SAF=9;SAR=12;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755116;STB=0.545411;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00250988;OID=.;OPOS=90121849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:55:21:21:0.276316:12:9:27:28:12:9:27:28 chr2 90121926 . G T 314.43 PASS AF=0.34188;AO=40;DP=117;FAO=40;FDP=117;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0131637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7984;QD=10.7496;RBI=0.019612;REFB=-0.0102434;REVB=0.0145378;RO=74;SAF=15;SAR=25;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217413;STB=0.620924;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0235702;OID=.;OPOS=90121926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:77:40:40:0.34188:25:15:42:32:25:15:43:34 chr2 90121985 . A G 389.23 PASS AF=0.353383;AO=47;DP=133;FAO=47;FDP=133;FR=.;FRO=86;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0297441;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.516;QD=11.706;RBI=0.0298125;REFB=0.000503866;REVB=-0.00201833;RO=86;SAF=18;SAR=29;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147302;STB=0.584489;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0022009;OID=.;OPOS=90121985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:86:86:47:47:0.353383:29:18:44:42:29:18:44:42 chr2 90139116 . G A 446.17 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.00612518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.671;QD=20.7521;RBI=0.0534856;REFB=-0.0189138;REVB=-0.0531337;RO=42;SAF=22;SAR=22;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189837;STB=0.604606;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0221629;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:22:22:30:12:22:22:30:12 chr2 90212050 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.36;QD=48.7373;RBI=0.0264432;REFB=0;REVB=-0.00209256;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127642;OID=.;OPOS=90212050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr2 90249290 . A C 63.32 PASS AF=0.107383;AO=16;DP=149;FAO=16;FDP=149;FR=.;FRO=133;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=64;FSRR=69;FWDB=-0.0299847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0429;QD=1.69984;RBI=0.0516681;REFB=0.00236079;REVB=-0.0420775;RO=133;SAF=5;SAR=11;SRF=64;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208561;STB=0.654677;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0235715;OID=.;OPOS=90249290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:149:149:133:133:16:16:0.107383:11:5:64:69:11:5:64:69 chr2 90249299 . C T 101.4 PASS AF=0.141892;AO=21;DP=148;FAO=21;FDP=148;FR=.;FRO=127;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=63;FSRR=64;FWDB=-0.048935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5601;QD=2.74055;RBI=0.0737088;REFB=-0.00642256;REVB=-0.0551212;RO=124;SAF=7;SAR=14;SRF=62;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213397;STB=0.642065;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0477144;OID=.;OPOS=90249299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:124:127:21:21:0.141892:14:7:62:62:14:7:63:64 chr2 90259760 . A T 42.26 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00697715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5012;QD=2.28447;RBI=0.0243119;REFB=-0.00126397;REVB=0.0232892;RO=65;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210662;STB=0.6542;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00355929;OID=.;OPOS=90259760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:3:6:32:33:3:6:32:33 chr2 92129749 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5018;QD=60.2278;RBI=0.0254466;REFB=0;REVB=0.0250727;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358516;OID=.;OPOS=92129749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr2 95480780 . A G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00539289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.922;QD=17.6438;RBI=0.00760178;REFB=-0.0221231;REVB=-0.0053576;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657708;STB=0.538372;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0213242;OID=.;OPOS=95480780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:2:5:7:2:2:5 chr2 95483089 . TA T,TT 60.14 PASS AF=0.380952,0.190476;AO=7,4;DP=21;FAO=8,4;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=1,0;FSAR=7,4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0471721,0.0316834;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.4616,28.6413;QD=11.4555;RBI=0.0812846,0.0368735;REFB=-0.0869916,-0.0356844;REVB=0.0661966,0.0188631;RO=9;SAF=0,0;SAR=7,4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.826496,-0.798025;STB=0.886399,0.998075;STBP=0.009,0.002;TYPE=del,snp;VARB=0.0736339,0.0319185;OID=.,.;OPOS=95483090,95483090;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952,0.190476:7,4:21:8,4:21:9:1,0:7,4:8:1:33:9:0,0:7,4:8:1 chr2 95537572 . C T 648.03 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0606666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.355;QD=57.603;RBI=0.068255;REFB=-0.0541429;REVB=0.0312778;RO=2;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028453;STB=0.515145;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00832107;OID=.;OPOS=95537572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:32:11:0:2:32:11:0:2 chr2 95537622 . A G 535.6 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0196126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4552;QD=54.9333;RBI=0.0400114;REFB=-0.0511422;REVB=0.0348749;RO=2;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718032;STB=0.535695;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0112191;OID=.;OPOS=95537622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:39:2:2:36:37:0.948718:12:24:0:2:13:24:0:2 chr2 95542363 . C G 40.19 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=84;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.00829427;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.4;QD=1.98477;RBI=0.0336588;REFB=-0.00445299;REVB=-0.0326208;RO=74;SAF=3;SAR=5;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219147;STB=0.609518;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0294238;OID=.;OPOS=95542363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:84:81:74:72:8:9:0.111111:5:3:42:32:5:4:41:31 chr2 95542376 . GC TT 36.52 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=96;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.0232902;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.317;QD=1.57087;RBI=0.0302239;REFB=-0.00202499;REVB=-0.0192626;RO=84;SAF=4;SAR=5;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174267;STB=0.633519;STBP=0.434;TYPE=mnp;VARB=0.0161341;OID=.;OPOS=95542376;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:96:93:84:84:9:9:0.0967742:5:4:50:34:5:4:50:34 chr2 95542415 . CA CG,TG 37.9 PASS AF=0.0458716,0.0550459;AO=5,6;DP=109;FAO=5,6;FDP=109;FR=.;FRO=98;FSAF=3,3;FSAR=2,3;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.0120388,-0.00315918;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=140.072,143.57;QD=1.39098;RBI=0.0166091,0.0133133;REFB=-6.24133e-05,3.14782e-05;REVB=-0.0114425,0.012933;RO=97;SAF=3,3;SAR=2,3;SRF=54;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0401514,-0.0560547;STB=0.537696,0.557503;STBP=0.951,0.792;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00647292,-0.0200342;OID=.,.;OPOS=95542416,95542415;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:109:109:97:98:5,6:5,6:0.0458716,0.0550459:2,3:3,3:54:43:2,3:3,3:55:43 chr2 95542419 . G A 51.6 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=106;FAO=12;FDP=108;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.034789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3737;QD=1.91093;RBI=0.0366568;REFB=-0.00505277;REVB=0.011552;RO=94;SAF=5;SAR=5;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746064;STB=0.518896;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0258333;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:106:108:94:96:10:12:0.111111:5:5:53:41:5:7:54:42 chr2 95542476 . C T 58.64 PASS AF=0.119266;AO=12;DP=108;FAO=13;FDP=109;FR=.;FRO=96;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=0.0561289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.809;QD=2.15192;RBI=0.0581886;REFB=-0.00873088;REVB=-0.0153447;RO=96;SAF=5;SAR=7;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198801;STB=0.605987;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0481697;OID=.;OPOS=95542476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:108:109:96:96:12:13:0.119266:7:5:56:40:7:6:56:40 chr2 95847040 . TGCG T 418.48 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115171;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=3;MLLD=229.381;QD=57.722;RBI=0.0200864;REFB=0;REVB=0.0164566;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.42505e-05;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:31:29:29:0:14:15:0:0:4:0:13:14:0:0 chr2 95848354 . G A 235.02 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0396691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6871;QD=13.0567;RBI=0.0522507;REFB=-0.0141333;REVB=-0.0340073;RO=42;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500401;STB=0.541637;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0186371;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:44:28:28:0.388889:14:14:23:19:14:14:25:19 chr2 95947085 . A G 568.98 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.015035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.166;QD=15.6961;RBI=0.0213677;REFB=-0.0182099;REVB=-0.0151831;RO=83;SAF=33;SAR=28;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977365;STB=0.558042;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0227828;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:84:61:61:0.42069:28:33:37:46:28:33:37:47 chr2 96195632 . T C 1126.88 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00662738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.245;QD=57.7889;RBI=0.0323911;REFB=-0.0534528;REVB=0.0317059;RO=2;SAF=43;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215001;STB=0.511361;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00100371;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:33:43:2:0:33:43:2:0 chr2 96517484 . T G 30.37 PASS AF=0.0740741;AO=10;DP=135;FAO=10;FDP=135;FR=.;FRO=125;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=65;FSRR=60;FWDB=0.0779788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6608;QD=0.899728;RBI=0.10011;REFB=0.00232514;REVB=0.0627805;RO=125;SAF=5;SAR=5;SRF=65;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218607;STB=0.518482;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0226624;OID=.;OPOS=96517484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:135:135:125:125:10:10:0.0740741:5:5:65:60:5:5:65:60 chr2 96517502 . AA CA,CG 67.98 PASS AF=0.0866142,0.0472441;AO=11,6;DP=126;FAO=11,6;FDP=127;FR=.;FRO=110;FSAF=5,2;FSAR=6,4;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.00429015,-0.0307082;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=189.206,100.42;QD=2.14097;RBI=0.0245382,0.052515;REFB=-0.00102788,-0.00410259;REVB=0.0241602,0.0426009;RO=105;SAF=5,2;SAR=6,4;SRF=52;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0474791,-0.155746;STB=0.54946,0.666113;STBP=0.735,0.461;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0247742,0.0309826;OID=.,.;OPOS=96517502,96517502;OREF=A,AA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:126:127:105:110:11,6:11,6:0.0866142,0.0472441:6,4:5,2:52:53:6,4:5,2:56:54 chr2 96517518 . A G 93.41 PASS AF=0.150794;AO=19;DP=126;FAO=19;FDP=126;FR=.;FRO=107;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=0.0648315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5988;QD=2.9655;RBI=0.0648335;REFB=-0.00824499;REVB=-0.000500237;RO=102;SAF=7;SAR=12;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144005;STB=0.616557;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0657754;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:126:126:102:107:19:19:0.150794:12:7:49:53:12:7:54:53 chr2 96517882 . G A 258.86 PASS AF=0.207547;AO=44;DP=212;FAO=44;FDP=212;FR=.;FRO=168;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=80;FSRR=88;FWDB=-0.0366337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.732;QD=4.88408;RBI=0.0367478;REFB=-0.00608409;REVB=0.0028937;RO=165;SAF=19;SAR=25;SRF=79;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060534;STB=0.535466;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00903554;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:165:168:44:44:0.207547:25:19:79:86:25:19:80:88 chr2 96517885 . G A 521.73 PASS AF=0.322275;AO=68;DP=211;FAO=68;FDP=211;FR=.;FRO=143;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=64;FSRR=79;FWDB=-0.0148007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.156;QD=9.89068;RBI=0.0238862;REFB=-0.00766378;REVB=-0.0187481;RO=140;SAF=34;SAR=34;SRF=61;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752538;STB=0.535535;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0309346;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:140:143:68:68:0.322275:34:34:61:79:34:34:64:79 chr2 96519500 . C T 32.19 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.00196298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.769;QD=1.51503;RBI=0.0606904;REFB=-0.000463159;REVB=-0.0606587;RO=77;SAF=2;SAR=6;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408955;STB=0.81012;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00911742;OID=.;OPOS=96519500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:85:85:77:77:8:8:0.0941176:6:2:48:29:6:2:48:29 chr2 96519587 . TG CA 30.86 PASS AF=0.0879121;AO=8;DP=91;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=-0.0100401;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=173.055;QD=1.35627;RBI=0.0157015;REFB=-0.000129857;REVB=0.012072;RO=81;SAF=2;SAR=6;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352301;STB=0.777114;STBP=0.101;TYPE=mnp;VARB=0.0051185;OID=.;OPOS=96519587;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:91:81:83:8:8:0.0879121:6:2:46:35:6:2:47:36 chr2 96521512 . A C 85.43 PASS AF=0.127517;AO=19;DP=150;FAO=19;FDP=149;FR=.;FRO=130;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=69;FWDB=-0.026745;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7219;QD=2.29351;RBI=0.0769033;REFB=0.00394058;REVB=0.0721029;RO=130;SAF=10;SAR=9;SRF=61;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071099;STB=0.549631;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0180691;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:150:149:130:130:19:19:0.127517:9:10:61:69:9:10:61:69 chr2 96521548 . G A 84.97 PASS AF=0.117978;AO=21;DP=179;FAO=21;FDP=178;FR=.;FRO=157;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=86;FSRR=71;FWDB=-0.00626538;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.615;QD=1.90935;RBI=0.0112019;REFB=-0.0036082;REVB=-0.00928584;RO=155;SAF=13;SAR=8;SRF=85;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897048;STB=0.564534;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0365483;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:179:178:155:157:21:21:0.117978:8:13:85:70:8:13:86:71 chr2 96521556 . T C 74.74 PASS AF=0.106383;AO=20;DP=188;FAO=20;FDP=188;FR=.;FRO=168;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=94;FSRR=74;FWDB=-0.0137174;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.919;QD=1.59013;RBI=0.0186663;REFB=-0.00548055;REVB=-0.0126594;RO=166;SAF=12;SAR=8;SRF=92;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570073;STB=0.53708;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0365942;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:188:188:166:168:20:20:0.106383:8:12:92:74:8:12:94:74 chr2 96523096 . T C 223.81 PASS AF=0.292453;AO=31;DP=107;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00514803;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.376;QD=8.44557;RBI=0.00800991;REFB=0.000687554;REVB=0.00613648;RO=76;SAF=13;SAR=18;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113076;STB=0.562115;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00229555;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:76:75:31:31:0.292453:18:13:39:37:18:13:38:37 chr2 96525643 . T C 36.58 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0170804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.958;QD=2.03217;RBI=0.0173066;REFB=-0.00246624;REVB=-0.00278917;RO=63;SAF=3;SAR=5;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193059;STB=0.650315;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0285056;OID=.;OPOS=96525643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:72:63:64:8:8:0.111111:5:3:34:29:5:3:35:29 chr2 96525652 . T C 71.01 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0103282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.237;QD=3.68885;RBI=0.0150636;REFB=-0.00465551;REVB=-0.0109654;RO=62;SAF=6;SAR=7;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881197;STB=0.55768;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0288703;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:77:77:62:64:13:13:0.168831:7:6:33:29:7:6:34:30 chr2 96525718 . G T 69.55 PASS AF=0.128205;AO=15;DP=117;FAO=15;FDP=117;FR=.;FRO=102;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.00564433;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.567;QD=2.37777;RBI=0.0127732;REFB=-0.00401325;REVB=0.0114585;RO=90;SAF=7;SAR=8;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693174;STB=0.546014;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.018067;OID=.;OPOS=96525718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:117:117:90:102:15:15:0.128205:8:7:47:43:8:7:53:49 chr2 96525723 . C T 62.41 PASS AF=0.127119;AO=15;DP=117;FAO=15;FDP=118;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=0.00365883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.981;QD=2.11571;RBI=0.00450797;REFB=0.000199518;REVB=0.0026334;RO=100;SAF=6;SAR=9;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172599;STB=0.550102;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00554548;OID=.;OPOS=96525723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:117:118:100:103:15:15:0.127119:9:6:54:46:8:7:54:49 chr2 96525736 . T C 56.51 PASS AF=0.110236;AO=14;DP=126;FAO=14;FDP=127;FR=.;FRO=113;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=0.014068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.534;QD=1.7797;RBI=0.0144866;REFB=-0.00086586;REVB=0.00345727;RO=111;SAF=7;SAR=7;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00546444;STB=0.503931;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0202833;OID=.;OPOS=96525736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:126:127:111:113:14:14:0.110236:7:7:55:56:7:7:56:57 chr2 96525750 . T A 45.97 PASS AF=0.0921986;AO=13;DP=142;FAO=13;FDP=141;FR=.;FRO=128;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=69;FWDB=-0.00828591;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9416;QD=1.30411;RBI=0.0176959;REFB=0.00142144;REVB=-0.0156361;RO=128;SAF=6;SAR=7;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000705582;STB=0.500548;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0144534;OID=.;OPOS=96525750;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:142:141:128:128:13:13:0.0921986:7:6:59:69:7:6:59:69 chr2 96525755 . A T 40.08 PASS AF=0.0851064;AO=12;DP=143;FAO=12;FDP=141;FR=.;FRO=129;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=-0.0350884;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.792;QD=1.13692;RBI=0.0399194;REFB=-0.00522936;REVB=-0.0190359;RO=128;SAF=6;SAR=6;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447761;STB=0.531862;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0561006;OID=.;OPOS=96525755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:143:141:128:129:12:12:0.0851064:6:6:59:69:6:6:60:69 chr2 96593000 . A G 66.81 PASS AF=0.0913043;AO=21;DP=230;FAO=21;FDP=230;FR=.;FRO=209;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=97;FSRR=112;FWDB=-0.0254466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.533;QD=1.16195;RBI=0.0307131;REFB=-0.00338932;REVB=-0.0171979;RO=207;SAF=3;SAR=18;SRF=97;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411664;STB=0.821586;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0751886;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:230:230:207:209:21:21:0.0913043:18:3:97:110:18:3:97:112 chr2 96593016 . C A 106.99 PASS AF=0.11336;AO=29;DP=247;FAO=28;FDP=247;FR=.;FRO=219;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=102;FSRR=117;FWDB=-0.0752849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1323;QD=1.73266;RBI=0.11018;REFB=-0.00982196;REVB=-0.0804473;RO=214;SAF=5;SAR=24;SRF=100;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395667;STB=0.778337;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0686114;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:214:219:29:28:0.11336:24:5:100:114:23:5:102:117 chr2 96593025 . C T 132.35 PASS AF=0.124514;AO=32;DP=256;FAO=32;FDP=257;FR=.;FRO=225;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=106;FSRR=119;FWDB=-0.0437057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.692;QD=2.05994;RBI=0.0513806;REFB=-0.00108985;REVB=-0.0270143;RO=223;SAF=6;SAR=26;SRF=104;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376705;STB=0.769782;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.02359;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:257:223:225:32:32:0.124514:26:6:104:119:26:6:106:119 chr2 96593100 . G A 43.38 PASS AF=0.0720339;AO=17;DP=234;FAO=17;FDP=236;FR=.;FRO=219;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=97;FSRR=122;FWDB=-0.0505337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6763;QD=0.735338;RBI=0.0596686;REFB=-0.00477031;REVB=-0.0317282;RO=215;SAF=3;SAR=14;SRF=94;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312867;STB=0.773987;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.04915;OID=.;OPOS=96593100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:234:236:215:219:17:17:0.0720339:14:3:94:121:14:3:97:122 chr2 96593108 . T G 82.87 PASS AF=0.104545;AO=23;DP=220;FAO=23;FDP=220;FR=.;FRO=197;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=90;FSRR=107;FWDB=0.0350944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6307;QD=1.50676;RBI=0.0368267;REFB=0.00117974;REVB=0.0111621;RO=196;SAF=4;SAR=19;SRF=89;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368868;STB=0.77965;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0104575;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:220:220:196:197:23:23:0.104545:19:4:89:107:19:4:90:107 chr2 96593118 . T A 77.47 PASS AF=0.10396;AO=21;DP=202;FAO=21;FDP=202;FR=.;FRO=181;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=88;FSRR=93;FWDB=0.01163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2639;QD=1.53404;RBI=0.0143514;REFB=-0.00104224;REVB=0.0084087;RO=180;SAF=3;SAR=18;SRF=87;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437369;STB=0.830715;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00548304;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:202:202:180:181:21:21:0.10396:18:3:87:93:18:3:88:93 chr2 96594958 . G A 231.49 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0148398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.188;QD=12.3462;RBI=0.0174583;REFB=-0.0260633;REVB=0.00919637;RO=47;SAF=20;SAR=8;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302218;STB=0.674474;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0382427;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:8:20:21:26:8:20:21:26 chr2 96594966 . T G 499.55 PASS AF=0.671642;AO=45;DP=67;FAO=45;FDP=67;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0527667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.308;QD=29.8236;RBI=0.0960668;REFB=-0.041678;REVB=0.0802777;RO=22;SAF=31;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182102;STB=0.599095;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0199906;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:22:22:45:45:0.671642:14:31:9:13:14:31:9:13 chr2 96595032 . A T 578.83 PASS AF=0.753846;AO=46;DP=62;FAO=49;FDP=65;FR=.;FRO=16;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.000374023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.828;QD=35.6202;RBI=0.00744205;REFB=-0.00708091;REVB=0.00743264;RO=15;SAF=32;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084181;STB=0.540524;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00288226;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:15:16:46:49:0.753846:14:32:8:7:17:32:8:8 chr2 96595037 . TAATC T 68.83 PASS AF=0.25;AO=14;DP=61;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00938589;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=4;MLLD=265.087;QD=4.30191;RBI=0.00996775;REFB=-0.0108671;REVB=-0.00335576;RO=40;SAF=9;SAR=5;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112945;STB=0.568876;STBP=0.578;TYPE=del;VARB=0.0311263;OID=.;OPOS=96595038;OREF=AATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:14:61:16:64:48:11:5:29:19:68:40:9:5:29:11 chr2 96601240 . G A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0356311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.066;QD=15.6193;RBI=0.037298;REFB=-0.0185033;REVB=0.0110256;RO=24;SAF=3;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284533;STB=0.659139;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0102689;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:15:3:9:15:15:3:9:16 chr2 96601345 . T C 198.79 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0309645;FXX=0.249963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.648;QD=15.591;RBI=0.0410835;REFB=-0.0144662;REVB=0.0270011;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142227;STB=0.580576;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0109559;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:51:29:29:22:22:0.431373:13:9:8:21:13:9:8:21 chr2 96601364 . C T 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0061122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.728;QD=18.4979;RBI=0.00855012;REFB=-0.00732011;REVB=-0.00597876;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131904;STB=0.573717;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00755529;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:13:14:10:17:13:14:10:17 chr2 96604591 . A G 2239.75 PASS AF=0.663158;AO=188;DP=284;FAO=189;FDP=285;FR=.;FRO=96;FSAF=100;FSAR=89;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.0185681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.999;QD=31.4351;RBI=0.0186171;REFB=-0.0209262;REVB=0.00134944;RO=96;SAF=100;SAR=88;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135869;STB=0.50631;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0112142;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:285:96:96:188:189:0.663158:88:100:49:47:89:100:49:47 chr2 96604606 . C A 122.59 PASS AF=0.112245;AO=32;DP=294;FAO=33;FDP=294;FR=.;FRO=261;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=144;FSRR=117;FWDB=-0.0203485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.065;QD=1.66784;RBI=0.0274575;REFB=-0.000104242;REVB=-0.0184352;RO=261;SAF=17;SAR=15;SRF=144;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254838;STB=0.505615;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00107517;OID=.;OPOS=96604606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:261:261:32:33:0.112245:15:17:144:117:15:18:144:117 chr2 96604632 . A T 1681.63 PASS AF=0.569343;AO=155;DP=274;FAO=156;FDP=274;FR=.;FRO=118;FSAF=83;FSAR=73;FSRF=74;FSRR=44;FWDB=-0.0164574;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2807;QD=24.5493;RBI=0.0170982;REFB=-0.0205249;REVB=-0.00463703;RO=118;SAF=83;SAR=72;SRF=74;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738418;STB=0.541323;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0240281;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:118:118:155:156:0.569343:72:83:74:44:73:83:74:44 chr2 96604730 . T C 285.76 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00648668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.201;QD=15.4464;RBI=0.0108649;REFB=-0.0194432;REVB=-0.008716;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674488;STB=0.54466;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.024153;OID=.;OPOS=96604730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:42:32:32:0.432432:17:15:22:19:17:15:23:19 chr2 96606944 . C T 109.16 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00129824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2521;QD=14.0849;RBI=0.00130271;REFB=-0.00894563;REVB=-0.000107745;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171216;STB=0.509985;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0128686;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:8:10:7:6:8:10 chr2 96610399 . C A 119.26 PASS AF=0.176;AO=22;DP=125;FAO=22;FDP=125;FR=.;FRO=103;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=60;FWDB=0.0118663;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=373.17;QD=3.81615;RBI=0.0119716;REFB=0.00330605;REVB=-0.00158447;RO=103;SAF=13;SAR=9;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218014;STB=0.675981;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0146564;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:103:103:22:22:0.176:9:13:43:60:8:14:43:60 chr2 96610410 . T A 102.99 PASS AF=0.162602;AO=20;DP=123;FAO=20;FDP=123;FR=.;FRO=103;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=61;FWDB=-0.00929293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.361;QD=3.34919;RBI=0.0140041;REFB=0.00297884;REVB=0.0104764;RO=103;SAF=14;SAR=6;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36161;STB=0.736037;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00579699;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:103:103:20:20:0.162602:6:14:42:61:6:14:42:61 chr2 96610420 . G T 110.85 PASS AF=0.172131;AO=18;DP=119;FAO=21;FDP=122;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=0.0345457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.481;QD=3.63457;RBI=0.0350586;REFB=-0.00178359;REVB=0.00597529;RO=101;SAF=11;SAR=7;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242676;STB=0.701942;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0126367;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:101:101:18:21:0.172131:7:11:42:59:7:14:42:59 chr2 96610899 . T C 1414.33 PASS AF=0.670391;AO=120;DP=179;FAO=120;FDP=179;FR=.;FRO=59;FSAF=49;FSAR=71;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0264196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8909;QD=31.6051;RBI=0.0429798;REFB=-0.00911513;REVB=0.0339008;RO=59;SAF=49;SAR=71;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416859;STB=0.522404;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00385839;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:59:59:120:120:0.670391:71:49:28:31:71:49:28:31 chr2 96610921 . T G 1431.29 PASS AF=0.652406;AO=122;DP=187;FAO=122;FDP=187;FR=.;FRO=65;FSAF=48;FSAR=74;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.015843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.839;QD=30.6158;RBI=0.0198586;REFB=-0.00972979;REVB=-0.0119735;RO=65;SAF=48;SAR=74;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455644;STB=0.524532;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00792662;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:65:65:122:122:0.652406:74:48:30:35:74:48:30:35 chr2 96610923 . C G 306.9 PASS AF=0.245989;AO=46;DP=187;FAO=46;FDP=187;FR=.;FRO=141;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=80;FWDB=-0.0144272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.291;QD=6.56478;RBI=0.0240378;REFB=-0.0133685;REVB=-0.0192268;RO=141;SAF=17;SAR=29;SRF=61;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824209;STB=0.549674;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0408961;OID=.;OPOS=96610923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:141:141:46:46:0.245989:29:17:61:80:29:17:61:80 chr2 96616485 . C G 105.19 PASS AF=0.2125;AO=17;DP=80;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00509244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.737;QD=5.25949;RBI=0.0573385;REFB=0.000545191;REVB=0.0571119;RO=63;SAF=11;SAR=6;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214621;STB=0.635395;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-2.75361e-06;OID=.;OPOS=96616485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:63:63:17:17:0.2125:6:11:30:33:6:11:30:33 chr2 96616506 . GC CA 108.48 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00700291;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.61;QD=5.86377;RBI=0.0317996;REFB=-0.0133307;REVB=-0.0310189;RO=56;SAF=11;SAR=6;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246924;STB=0.646886;STBP=0.208;TYPE=mnp;VARB=0.0374143;OID=.;OPOS=96616506;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:57:17:17:0.22973:6:11:25:31:6:11:26:31 chr2 96616532 . T G 90.45 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00146336;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.339;QD=5.93129;RBI=0.00240758;REFB=-0.00657784;REVB=-0.00191181;RO=45;SAF=9;SAR=5;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137912;STB=0.572022;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0167664;OID=.;OPOS=96616532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:62:61:45:47:14:14:0.229508:5:9:24:21:5:9:26:21 chr2 96617090 . A G 189.29 PASS AF=0.259259;AO=28;DP=107;FAO=28;FDP=108;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00540244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.601;QD=7.01071;RBI=0.012662;REFB=-0.00309439;REVB=0.0114516;RO=79;SAF=16;SAR=12;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804012;STB=0.543968;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0183023;OID=.;OPOS=96617090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:79:80:28:28:0.259259:12:16:40:39:12:16:41:39 chr2 96617106 . A C 181.06 PASS AF=0.241379;AO=28;DP=116;FAO=28;FDP=116;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.0119561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.099;QD=6.24344;RBI=0.0125352;REFB=-0.0171214;REVB=-0.00376604;RO=88;SAF=15;SAR=13;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304168;STB=0.518505;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0540345;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:88:88:28:28:0.241379:13:15:45:43:13:15:45:43 chr2 96617111 . G A 176.82 PASS AF=0.227642;AO=28;DP=123;FAO=28;FDP=123;FR=.;FRO=95;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0336801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5903;QD=5.75012;RBI=0.0342429;REFB=-0.00541763;REVB=0.00618278;RO=95;SAF=15;SAR=13;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118616;STB=0.507283;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0183555;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:95:95:28:28:0.227642:13:15:50:45:13:15:50:45 chr2 96617113 . G A 174.81 PASS AF=0.224;AO=28;DP=125;FAO=28;FDP=125;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.000705075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.695;QD=5.59399;RBI=0.00279315;REFB=-0.00453617;REVB=-0.0027027;RO=97;SAF=15;SAR=13;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125713;STB=0.50774;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0161201;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:97:97:28:28:0.224:13:15:51:46:13:15:51:46 chr2 96617125 . T C 183.09 PASS AF=0.226562;AO=29;DP=128;FAO=29;FDP=128;FR=.;FRO=99;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.0216114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7869;QD=5.7214;RBI=0.0435708;REFB=0.00407786;REVB=0.0378333;RO=99;SAF=15;SAR=14;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101029;STB=0.506202;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0136319;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:99:99:29:29:0.226562:14:15:52:47:14:15:52:47 chr2 96617132 . T C 171.05 PASS AF=0.212121;AO=28;DP=132;FAO=28;FDP=132;FR=.;FRO=104;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=-0.00749175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.909;QD=5.18337;RBI=0.00753576;REFB=-0.00293936;REVB=0.000813246;RO=104;SAF=15;SAR=13;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00874062;STB=0.505431;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0107867;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:104:104:28:28:0.212121:13:15:55:49:13:15:55:49 chr2 96617155 . A G 166.85 PASS AF=0.198582;AO=28;DP=141;FAO=28;FDP=141;FR=.;FRO=113;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.00872099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.36;QD=4.73327;RBI=0.0323728;REFB=-0.000583623;REVB=0.031176;RO=113;SAF=14;SAR=14;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563755;STB=0.503544;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00617127;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:113:113:28:28:0.198582:14:14:57:56:14:14:57:56 chr2 96619687 . CT CG,TG 47.76 PASS AF=0.166667,0.0555556;AO=6,2;DP=36;FAO=6,2;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2,1;FSAR=4,1;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0352817,-0.0120819;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=162.887,235.584;QD=5.30676;RBI=0.0425673,0.0365435;REFB=0.00283104,0.000721057;REVB=0.0238156,0.0344885;RO=28;SAF=2,1;SAR=4,1;SRF=20;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.431897,-0.210523;STB=0.784922,0.69833;STBP=0.175,0.693;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0055825,-0.00833513;OID=.,.;OPOS=96619688,96619687;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:36:36:28:28:6,2:6,2:0.166667,0.0555556:4,1:2,1:20:8:4,1:2,1:20:8 chr2 96619734 . CA TA,TG 130.59 PASS AF=0.272727,0.0909091;AO=12,4;DP=44;FAO=12,4;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5,2;FSAR=7,2;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0319805,0.0417685;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=59.3476,88.887;QD=11.8719;RBI=0.0374493,0.047265;REFB=0.0166091,0.0182076;REVB=-0.0194859,-0.0221216;RO=28;SAF=5,2;SAR=7,2;SRF=21;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.373983,-0.301281;STB=0.721901,0.717867;STBP=0.113,0.483;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0385226,-0.0241878;OID=.,.;OPOS=96619734,96619734;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:44:44:28:28:12,4:12,4:0.272727,0.0909091:7,2:5,2:21:7:7,2:5,2:21:7 chr2 96626292 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.27;QD=55.0986;RBI=0.0216915;REFB=0;REVB=-0.0132761;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6089e-05;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr2 96780716 . T G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.841;QD=59.839;RBI=0.0357314;REFB=0;REVB=-0.0266598;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.15322e-06;OID=.;OPOS=96780716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr2 96795857 . T C 429.61 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.421;QD=57.2808;RBI=0.0633548;REFB=0;REVB=0.0439553;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368721;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:21:7:0:0:22:8:0:0 chr2 96809331 . T C 428.76 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.011589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.387;QD=17.1502;RBI=0.0129377;REFB=-0.0356035;REVB=-0.0057513;RO=54;SAF=25;SAR=19;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178999;STB=0.585271;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0310314;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:56:44:44:0.44:19:25:40:14:19:25:40:16 chr2 96874590 . TT CC 153.65 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0907974;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=2;MLLD=59.9415;QD=10.7827;RBI=0.12482;REFB=-0.0989076;REVB=-0.0856497;RO=28;SAF=1;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553769;STB=0.579924;STBP=0.382;TYPE=mnp;VARB=0.173911;OID=.;OPOS=96874590;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:36:13:21:0.368421:12:1:12:16:12:9:20:16 chr2 96917588 . T G 476.8 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00247306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.203;QD=19.4614;RBI=0.013729;REFB=-0.0206844;REVB=-0.0135044;RO=51;SAF=22;SAR=25;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718015;STB=0.53986;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0192442;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:25:22:20:31:25:22:20:31 chr2 96918245 . A G 157.36 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.102249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1955;QD=16.5646;RBI=0.122125;REFB=-0.0375853;REVB=-0.0667793;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517664;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0377411;OID=.;OPOS=96918245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:21:17:17:0.447368:7:10:10:7:7:10:13:8 chr2 96937296 . G C 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.009634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9113;QD=16.0282;RBI=0.0238407;REFB=-0.00165095;REVB=0.0218075;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215933;STB=0.621682;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00230233;OID=.;OPOS=96937296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:11:14:10:20:11:14:10:20 chr2 96952601 . G A 336.62 PASS AF=0.45;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00153632;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.619;QD=16.8312;RBI=0.00562112;REFB=-0.0189724;REVB=-0.0054071;RO=44;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272333;STB=0.515291;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.020523;OID=.;OPOS=96952601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:44:44:36:36:0.45:19:17:22:22:19:17:22:22 chr2 96952833 . A G 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0289743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.46;QD=17.8005;RBI=0.0302043;REFB=-0.0209365;REVB=0.00853175;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804904;STB=0.504583;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0260085;OID=.;OPOS=96952833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:13:11:9:11:13:11 chr2 96993757 . C T 114.81 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00279742;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3204;QD=9.98351;RBI=0.0115832;REFB=-0.0135437;REVB=0.0112403;RO=31;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501917;STB=0.522355;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0249326;OID=.;OPOS=96993757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:32:14:14:0.304348:10:4:10:21:10:4:10:22 chr2 96993884 . A G 423.74 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0047278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.138;QD=21.1871;RBI=0.00570412;REFB=-0.0262441;REVB=-0.00319139;RO=38;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606061;STB=0.53352;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.031857;OID=.;OPOS=96993884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:25:17:18:20:25:17:18:20 chr2 97020049 . T C 410.2 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0131864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.725;QD=18.231;RBI=0.017305;REFB=-0.0176684;REVB=0.0112063;RO=48;SAF=19;SAR=23;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075305;STB=0.541961;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0212393;OID=.;OPOS=97020049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:23:19:18:30:23:19:18:30 chr2 97030247 . T C 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00185473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.335;QD=14.1698;RBI=0.0328909;REFB=-0.0113842;REVB=0.0328386;RO=51;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724617;STB=0.541152;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0151263;OID=.;OPOS=97030247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:17:17:22:29:17:17:22:29 chr2 97166204 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.644;QD=59.8372;RBI=0.00758455;REFB=0;REVB=0.00744235;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67732e-05;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr2 97498896 . C T 524.45 PASS AF=0.391892;AO=58;DP=149;FAO=58;FDP=148;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.116804;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.154;QD=14.1744;RBI=0.116813;REFB=-0.0324867;REVB=0.00148235;RO=89;SAF=28;SAR=30;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116525;STB=0.503032;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0409244;OID=.;OPOS=97498896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:89:90:58:58:0.391892:30:28:42:47:30:28:43:47 chr2 97526787 . TC AA 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0527854;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.424;QD=23.3999;RBI=0.0642695;REFB=-0.000309096;REVB=0.0366644;RO=3;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379258;STB=0.72346;STBP=0.099;TYPE=mnp;VARB=-5.57096e-05;OID=.;OPOS=97526787;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:7:1:2:1:7:1:2:1 chr2 97559759 . G A 788.42 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203534;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7012;QD=64.361;RBI=0.103444;REFB=0;REVB=0.101422;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105913;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr2 97613616 . T C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00221794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.621;QD=20.838;RBI=0.0278261;REFB=0.022959;REVB=-0.0277376;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218043;STB=0.624732;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00612604;OID=.;OPOS=97613616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:4:1:5:4:4:1 chr2 97617140 . T C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0239749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3839;QD=12.02;RBI=0.0678438;REFB=-0.0195424;REVB=-0.0634664;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216762;STB=0.512802;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0154892;OID=.;OPOS=97617140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:13:12:7:7:13:12 chr2 97637905 . T C 222.83 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0038246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.57;QD=18.9645;RBI=0.0210068;REFB=-0.0318354;REVB=-0.0206557;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291554;STB=0.662522;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0154901;OID=.;OPOS=97637905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:4:21:12:10:4:21 chr2 97638038 . A G 120.71 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0252164;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.879;QD=21.947;RBI=0.0513706;REFB=-0.0096005;REVB=-0.0447556;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147025;STB=0.583207;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.005675;OID=.;OPOS=97638038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:3:6:6:7:3:6 chr2 97643576 . T C 209.19 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0487945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3232;QD=11.6217;RBI=0.0509997;REFB=0.000582936;REVB=0.0148347;RO=46;SAF=12;SAR=14;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232753;STB=0.633587;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00042047;OID=.;OPOS=97643576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:14:12:31:15:14:12:31:15 chr2 97766551 . G A 246.49 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00649956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.03;QD=13.5062;RBI=0.033537;REFB=-0.00850979;REVB=0.0329012;RO=43;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369419;STB=0.517034;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0142962;OID=.;OPOS=97766551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:43:44:28:29:0.39726:14:14:23:20:14:15:24:20 chr2 97766574 . G A 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00914138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.325;QD=12.7983;RBI=0.0121176;REFB=-0.0227314;REVB=-0.0079543;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933606;STB=0.560594;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0269669;OID=.;OPOS=97766574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:14:12:22:18:14:12:23:18 chr2 97808346 . T C 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00930601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.72;QD=3.22785;RBI=0.0176426;REFB=-0.00305366;REVB=0.0149886;RO=47;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360501;STB=0.734776;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0154808;OID=.;OPOS=97808346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:47:48:8:8:0.142857:3:5:15:32:3:5:16:32 chr2 97808349 . T C 75.8 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.046612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.414;QD=5.22773;RBI=0.046703;REFB=-0.0155306;REVB=-0.00291288;RO=46;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425636;STB=0.765571;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0456182;OID=.;OPOS=97808349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:4:8:14:32:4:8:14:32 chr2 97808394 . C G 48.86 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.00194415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.015;QD=2.03578;RBI=0.0127387;REFB=-0.0066835;REVB=0.0125895;RO=85;SAF=8;SAR=3;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405195;STB=0.788258;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0594607;OID=.;OPOS=97808394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:85:85:11:11:0.114583:3:8:32:53:3:8:32:53 chr2 97827818 . CTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTT 144.81 PASS AF=0.0983607,0.52459,0.180328,0.0163934;AO=7,13,6,3;DP=63;FAO=6,32,11,1;FDP=61;FR=.;FRO=11;FSAF=2,21,6,0;FSAR=4,11,5,1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.248379,0.504074,0.229418,0.239748;FXX=0.031741;HRUN=12,12,12,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=6.94283,3.93634,19.3342,14.3193;QD=9.49602;RBI=0.266314,0.527301,0.239761,0.24904;REFB=-0.0753356,-0.150308,-0.102526,-0.124201;REVB=-0.0960799,-0.154777,-0.0696602,-0.0673931;RO=22;SAF=2,6,5,1;SAR=5,7,1,2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.440473,-0.232535,0.239764,-0.365271;STB=0.583047,0.555175,0.545372,0.988542;STBP=0.752,0.247,0.742,0.518;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.146344,0.211781,-0.350034,-0.118846;OID=.,.,.,.;OPOS=97827819,97827819,97827830,97827818;OREF=TT,T,T,CT;OALT=-,-,A,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:54:63:61:22:11:7,13,6,3:6,32,11,1:0.0983607,0.52459,0.180328,0.0163934:5,7,1,2:2,6,5,1:15:7:4,11,5,1:2,21,6,0:5:6 chr2 97827839 . G A 166.55 PASS AF=0.328358;AO=21;DP=66;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.014971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5088;QD=9.94304;RBI=0.0187771;REFB=-0.00438394;REVB=0.0113336;RO=45;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146802;STB=0.52314;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0138884;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:45:45:21:22:0.328358:10:11:23:22:10:12:23:22 chr2 97828982 . C T 30.3 PASS AF=0.294118;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=17;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0250139;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.098;QD=7.12872;RBI=0.0263969;REFB=-0.0287072;REVB=-0.008432;RO=12;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018687;STB=0.512146;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0705144;OID=.;OPOS=97828982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:17:12:12:5:5:0.294118:2:3:7:5:2:3:7:5 chr2 97830053 . A G 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0111755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.344;QD=4.76321;RBI=0.0152044;REFB=-0.00590969;REVB=-0.0103094;RO=40;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226287;STB=0.515118;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.019486;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:3:6:26:14:3:6:26:14 chr2 97833342 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0263037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.543;QD=18.1192;RBI=0.0267908;REFB=0.0110042;REVB=-0.00508534;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181892;STB=0.618047;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00828737;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:12:6:10:9:12:6:11:9 chr2 97833361 . A G 46.02 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0822256;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.625;QD=6.81722;RBI=0.0841142;REFB=-0.0352214;REVB=0.0177244;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502452;STB=0.846807;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.03327;OID=.;OPOS=97833361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:29:27:18:20:7:7:0.259259:6:1:10:8:6:1:12:8 chr2 97833466 . C T 345.94 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0163699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9308;QD=24.7096;RBI=0.0318676;REFB=-0.0262769;REVB=0.0273418;RO=22;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170906;STB=0.593696;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0325636;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:19:15:15:7:19:15:15:7 chr2 97849219 . T C 432.02 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00966529;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.195;QD=22.1547;RBI=0.0100187;REFB=-0.0174044;REVB=0.00263743;RO=35;SAF=18;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713018;STB=0.533317;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0135644;OID=.;OPOS=97849219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:35:36:42:42:0.538462:24:18:18:17:24:18:18:18 chr2 97851069 . A G 398.15 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0380485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.569;QD=35.3908;RBI=0.0392272;REFB=-0.00351077;REVB=0.00954405;RO=11;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170469;STB=0.608633;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00186044;OID=.;OPOS=97851069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:11:13:32:32:0.711111:18:14:1:10:18:14:1:12 chr2 97860487 . T C 704.22 PASS AF=0.342742;AO=85;DP=248;FAO=85;FDP=248;FR=.;FRO=163;FSAF=58;FSAR=27;FSRF=71;FSRR=92;FWDB=-0.0130318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.946;QD=11.3584;RBI=0.0133461;REFB=-0.00820896;REVB=0.00287928;RO=162;SAF=58;SAR=27;SRF=70;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290951;STB=0.664573;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0180429;OID=.;OPOS=97860487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:162:163:85:85:0.342742:27:58:70:92:27:58:71:92 chr2 97864333 . CC AT 687.95 PASS AF=0.45679;AO=74;DP=161;FAO=74;FDP=162;FR=.;FRO=88;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.00127333;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=2;MLLD=273.459;QD=16.9865;RBI=0.0223241;REFB=-0.00934384;REVB=-0.0222877;RO=86;SAF=45;SAR=29;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501411;STB=0.522524;STBP=0.623;TYPE=mnp;VARB=0.0110324;OID=.;OPOS=97864333;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:86:88:74:74:0.45679:29:45:48:38:29:45:50:38 chr2 97864374 . G T 298.31 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00433923;FXX=0.0504999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.531;QD=12.694;RBI=0.01116;REFB=-0.00389593;REVB=-0.0102819;RO=55;SAF=23;SAR=11;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906995;STB=0.586525;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00736252;OID=.;OPOS=97864374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:94:55:60:34:34:0.361702:11:23:33:22:11:23:33:27 chr2 97873515 . C T 175.76 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0190514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3498;QD=9.13024;RBI=0.07146;REFB=-0.0114087;REVB=-0.0688736;RO=52;SAF=14;SAR=10;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754052;STB=0.538429;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0373139;OID=.;OPOS=97873515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:53:24:24:0.311688:10:14:27:25:10:14:28:25 chr2 97877292 . C A 614.67 PASS AF=0.635294;AO=54;DP=85;FAO=54;FDP=85;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00243313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.453;QD=28.9258;RBI=0.00870272;REFB=-0.0167778;REVB=0.00835567;RO=30;SAF=24;SAR=30;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975237;STB=0.545438;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00860704;OID=.;OPOS=97877292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:30:31:54:54:0.635294:30:24:9:21:30:24:10:21 chr2 97877399 . T C 1061.13 PASS AF=0.578947;AO=98;DP=170;FAO=99;FDP=171;FR=.;FRO=72;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0182009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.293;QD=24.8217;RBI=0.0226;REFB=-0.0206772;REVB=0.0133974;RO=72;SAF=59;SAR=39;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00391377;STB=0.500552;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.015241;OID=.;OPOS=97877399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:72:72:98:99:0.578947:39:59:43:29:40:59:43:29 chr2 97877440 . T C 424.38 PASS AF=0.302703;AO=56;DP=185;FAO=56;FDP=185;FR=.;FRO=129;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=76;FSRR=53;FWDB=-0.00476004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.92;QD=9.17573;RBI=0.00725044;REFB=-0.00387746;REVB=0.00546908;RO=126;SAF=29;SAR=27;SRF=73;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736943;STB=0.549934;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00780058;OID=.;OPOS=97877440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:126:129:56:56:0.302703:27:29:73:53:27:29:76:53 chr2 97877478 . G A 259.49 PASS AF=0.240964;AO=40;DP=166;FAO=40;FDP=166;FR=.;FRO=126;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=74;FSRR=52;FWDB=-0.00881076;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7554;QD=6.25283;RBI=0.0216657;REFB=-0.00326342;REVB=-0.0197933;RO=126;SAF=24;SAR=16;SRF=74;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165312;STB=0.509995;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0117348;OID=.;OPOS=97877478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:126:126:40:40:0.240964:16:24:74:52:16:24:74:52 chr2 97883087 . A G 30.84 PASS AF=0.075188;AO=10;DP=133;FAO=10;FDP=133;FR=.;FRO=123;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=0.0170274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.315;QD=0.927422;RBI=0.0173615;REFB=-0.00151122;REVB=-0.00338962;RO=122;SAF=4;SAR=6;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127732;STB=0.603397;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00926555;OID=.;OPOS=97883087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:133:133:122:123:10:10:0.075188:6:4:63:59:6:4:63:60 chr2 97883094 . T G 30.93 PASS AF=0.0763889;AO=11;DP=145;FAO=11;FDP=144;FR=.;FRO=133;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=64;FSRR=69;FWDB=0.00908948;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.585;QD=0.859219;RBI=0.0254478;REFB=-0.00512759;REVB=-0.0237691;RO=134;SAF=4;SAR=7;SRF=64;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127374;STB=0.610054;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0968647;OID=.;OPOS=97883094;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:145:144:134:133:11:11:0.0763889:7:4:64:70:7:4:64:69 chr2 97884763 . T C 282.99 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00341455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.212;QD=10.8842;RBI=0.0470818;REFB=-0.0234824;REVB=0.0469578;RO=68;SAF=24;SAR=12;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273749;STB=0.657976;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0459119;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:68:36:36:0.346154:12:24:29:39:12:24:29:39 chr2 98128172 . C A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00996811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0929;QD=12.0144;RBI=0.0287925;REFB=-0.0440898;REVB=0.0270119;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160904;STB=0.599629;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0481531;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:2:5:5:1:2:5 chr2 98128194 . GGT CAC 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00316269;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=198.223;QD=18.0506;RBI=0.0232788;REFB=0.00289344;REVB=0.0230629;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.967;TYPE=mnp;VARB=-0.0020885;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:3:5:6:4:3:5 chr2 98128256 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0563881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.094;QD=17.6423;RBI=0.0563889;REFB=-0.0101848;REVB=-0.000309056;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00118791;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:3:4:6:3:3:4 chr2 98128258 . G C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00540499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.336;QD=17.6438;RBI=0.0088447;REFB=-0.00170304;REVB=0.00700106;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00282139;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:3:4:6:3:3:4 chr2 98164020 . CT TC 144.86 PASS AF=0.236559;AO=14;DP=86;FAO=22;FDP=93;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=71;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.110575;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=2;MLLD=32.1579;QD=6.23055;RBI=0.13101;REFB=0.0224064;REVB=-0.0702621;RO=51;SAF=7;SAR=7;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851085;STB=0.606318;STBP=0.281;TYPE=mnp;VARB=-0.0689632;OID=.;OPOS=98164020;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:93:51:71:14:22:0.236559:7:7:29:22:13:9:39:32 chr2 98164084 . T A 522.49 PASS AF=0.389262;AO=58;DP=149;FAO=58;FDP=149;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=-0.0010946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.298;QD=14.0265;RBI=0.00675907;REFB=-0.0163604;REVB=-0.00666985;RO=91;SAF=24;SAR=34;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14668;STB=0.582919;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0213104;OID=.;OPOS=98164084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:91:91:58:58:0.389262:34:24:50:41:34:24:50:41 chr2 98164184 . C G 791.54 PASS AF=0.520548;AO=74;DP=146;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0612916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.369;QD=21.6859;RBI=0.0612945;REFB=-0.0139808;REVB=-0.00059146;RO=70;SAF=23;SAR=51;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167312;STB=0.580418;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0114269;OID=.;OPOS=98164184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:70:70:74:76:0.520548:51:23:34:36:51:25:34:36 chr2 98177124 . T G 688.36 PASS AF=0.475862;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0448448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.538;QD=18.9891;RBI=0.0458289;REFB=-0.00506269;REVB=0.00944612;RO=76;SAF=38;SAR=31;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977811;STB=0.554119;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0121857;OID=.;OPOS=98177124;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:76:69:69:0.475862:31:38:34:42:31:38:34:42 chr2 98273661 . A G 104.34 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0374545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2201;QD=10.4344;RBI=0.0454645;REFB=-0.0412558;REVB=-0.0257718;RO=27;SAF=1;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.610443;STB=0.877357;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0702719;OID=.;OPOS=98273661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:12:1:14:13:12:1:14:13 chr2 98274527 . G C 212.93 PASS AF=0.454545;AO=22;DP=52;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.030769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4883;QD=15.4857;RBI=0.0596605;REFB=-0.0510936;REVB=0.0511141;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225711;STB=0.621851;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0647117;OID=.;OPOS=98274527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:30:30:22:25:0.454545:7:15:14:16:8:17:14:16 chr2 98382991 . G C 296.92 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00111316;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.169;QD=17.995;RBI=0.0223441;REFB=-0.00510125;REVB=0.0223164;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675715;STB=0.529562;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00790843;OID=.;OPOS=98382991;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:34:31:32:0.484848:15:16:20:14:15:17:20:14 chr2 98431739 . AGA AG,CAG 148.61 PASS AF=0.447761,0;AO=28,3;DP=67;FAO=30,0;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=26,0;FSAR=4,0;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0123488,-0.0443372;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,3;MLLD=14.5131,21.4727;QD=8.87243;RBI=0.132955,0.0724366;REFB=-0.095674,-0.0498399;REVB=-0.132381,0.0572824;RO=31;SAF=22,3;SAR=6,0;SRF=11;SRR=20;SSEN=0.428571,0;SSEP=0,0;SSSB=0.429234,0.609902;STB=0.81415,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.10353,0;OID=.,.;OPOS=98431741,98431739;OREF=A,AGA;OALT=-,CAG;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:37:28,3:30,0:0.447761,0:6,0:22,3:11:20:4,0:26,0:14:23 chr2 98709684 . T C 249.1 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0187377;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2617;QD=20.3343;RBI=0.0425811;REFB=-0.00686047;REVB=0.0382368;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796895;STB=0.550908;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0207633;OID=.;OPOS=98709684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:25:23:24:0.489796:10:13:15:8:11:13:16:9 chr2 98795792 . C G 377.92 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0196389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.192;QD=24.3821;RBI=0.0218397;REFB=-0.0106523;REVB=0.0095544;RO=24;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108501;STB=0.551636;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00584573;OID=.;OPOS=98795792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:25:37:37:0.596774:21:16:14:10:21:16:14:11 chr2 98844674 . C G 352.13 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0130479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2066;QD=23.4756;RBI=0.0271772;REFB=-0.0105173;REVB=-0.0238402;RO=23;SAF=8;SAR=27;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15064;STB=0.571563;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0046333;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:25:35:35:0.583333:27:8:9:14:27:8:9:16 chr2 98853173 . G A 924.45 PASS AF=0.563291;AO=89;DP=158;FAO=89;FDP=158;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=62;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0648041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5798;QD=23.4037;RBI=0.0652207;REFB=-0.033613;REVB=-0.00735946;RO=69;SAF=27;SAR=62;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117915;STB=0.564432;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0246781;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:69:69:89:89:0.563291:62:27:30:39:62:27:30:39 chr2 98928494 . G A 576.74 PASS AF=0.882353;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0581606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3752;QD=45.2347;RBI=0.0761298;REFB=-0.0471661;REVB=0.0491232;RO=6;SAF=33;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634448;STB=0.533965;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00772649;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:6:6:45:45:0.882353:12:33:3:3:12:33:3:3 chr2 98948224 . C A 542.53 PASS AF=0.574713;AO=47;DP=84;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0139676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2972;QD=24.944;RBI=0.0166172;REFB=-0.0186095;REVB=-0.00900202;RO=37;SAF=31;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209819;STB=0.602028;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0163727;OID=.;OPOS=98948224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:37:37:47:50:0.574713:16:31:15:22:18:32:15:22 chr2 99013259 . C T 257.12 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.029303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2612;QD=16.0698;RBI=0.0293122;REFB=-0.0251574;REVB=-0.000732129;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281512;STB=0.657433;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0294949;OID=.;OPOS=99013259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:16:13:26:9:16:13:26:9 chr2 99438345 . C T 570.13 PASS AF=0.506173;AO=32;DP=83;FAO=41;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00424354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.525;QD=28.1546;RBI=0.00745162;REFB=-0.0237717;REVB=0.00612528;RO=30;SAF=6;SAR=26;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308003;STB=0.602651;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0251417;OID=.;OPOS=99438345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:30:29:32:41:0.506173:26:6:14:16:31:10:13:16 chr2 99438521 . T C 198.23 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.01362;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5061;QD=17.6205;RBI=0.0323539;REFB=-0.0224126;REVB=-0.0293475;RO=25;SAF=17;SAR=3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528758;STB=0.805152;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0229172;OID=.;OPOS=99438521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:25:25:20:20:0.444444:3:17:9:16:3:17:9:16 chr2 99804642 . T C 769.39 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.754;QD=56.9917;RBI=0.0543368;REFB=0;REVB=0.0532797;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114551;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr2 99995804 . T C 577.46 PASS AF=0.604651;AO=51;DP=85;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0163721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.373;QD=26.8584;RBI=0.0200893;REFB=-0.0129798;REVB=0.0116419;RO=34;SAF=22;SAR=29;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368378;STB=0.516568;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00790282;OID=.;OPOS=99995804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:34:34:51:52:0.604651:29:22:13:21:30:22:13:21 chr2 100019496 . A G 168.33 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0107866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.773;QD=13.2022;RBI=0.0114183;REFB=-0.023475;REVB=-0.0037454;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221481;STB=0.597962;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0327432;OID=.;OPOS=100019496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:31:19:20:0.392157:11:8:19:11:11:9:19:12 chr2 100055506 . A G 251.84 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0540524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.576;QD=14.8144;RBI=0.0543826;REFB=-0.0114412;REVB=-0.00598327;RO=39;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390698;STB=0.522127;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0169982;OID=.;OPOS=100055506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:13:16:23:16:13:16:23:16 chr2 100058870 . C T 528.54 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0220515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9214;QD=22.2542;RBI=0.0271091;REFB=0.00372325;REVB=-0.0157681;RO=45;SAF=31;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134637;STB=0.574291;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00328987;OID=.;OPOS=100058870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:19:31:21:24:19:31:21:24 chr2 100343557 . C T 1116.67 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.947;QD=60.3606;RBI=0.0387793;REFB=0;REVB=0.0381324;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0281e-05;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr2 100897573 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.245;QD=58.2396;RBI=0.0296942;REFB=0;REVB=0.00986687;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90207e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr2 100915772 . A G 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9939;QD=58.5988;RBI=0.0456668;REFB=0;REVB=-0.0139053;RO=0;SAF=16;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417173;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:48:16:0:0:48:16:0:0 chr2 100916306 . A G 1092.14 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000934044;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.806;QD=58.2477;RBI=0.00341137;REFB=-0.0515974;REVB=-0.003281;RO=1;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171952;STB=0.509088;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=9.44053e-05;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:27:46:0:1:27:47:0:1 chr2 100916315 . A G 376.57 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00231111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.259;QD=22.4816;RBI=0.0449658;REFB=-0.00835204;REVB=0.0449064;RO=29;SAF=30;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352032;STB=0.676589;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00458617;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:29:29:37:38:0.567164:7:30:13:16:8:30:13:16 chr2 100917109 . C T 786.48 PASS AF=0.490909;AO=81;DP=166;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.00777117;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.746;QD=19.0661;RBI=0.00778221;REFB=-0.0198321;REVB=0.000414493;RO=83;SAF=50;SAR=31;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489119;STB=0.524415;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0196172;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:83:84:81:81:0.490909:31:50:47:36:31:50:48:36 chr2 101010043 . G A 400.07 PASS AF=0.472527;AO=40;DP=88;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0140991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.256;QD=17.5854;RBI=0.0461818;REFB=-0.0105844;REVB=0.043977;RO=44;SAF=23;SAR=17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153262;STB=0.514661;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0135884;OID=.;OPOS=101010043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:44:48:40:43:0.472527:17:23:26:18:20:23:27:21 chr2 101010082 . G C 523.16 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00805864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.918;QD=19.9301;RBI=0.00874796;REFB=-0.0154677;REVB=-0.00340368;RO=51;SAF=27;SAR=27;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777335;STB=0.542841;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0125205;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:27:27:30:21:27:27:30:21 chr2 101031561 . G T 352.35 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0222584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3378;QD=18.304;RBI=0.0282575;REFB=-0.0115969;REVB=-0.0174083;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634061;STB=0.535392;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0114811;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:21:16:20:20:21:16:20:20 chr2 101086966 . C T 178.0 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00819876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.8793;QD=10.6267;RBI=0.0146443;REFB=0.00478464;REVB=0.0121341;RO=44;SAF=10;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199214;STB=0.615779;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0117042;OID=.;OPOS=101086966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:13:10:27:17:13:10:27:17 chr2 101096960 . C T 1510.58 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.545;QD=63.6032;RBI=0.0410204;REFB=0;REVB=0.0406489;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50819e-05;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr2 101186088 . C T 1982.83 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9973;QD=61.9634;RBI=0.0353822;REFB=0;REVB=0.0159453;RO=0;SAF=43;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82188e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.429e-05;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:127:128:1:84:43:0:0:84:44:0:0 chr2 101437561 . G A 415.82 PASS AF=0.45098;AO=45;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00265739;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.003;QD=16.3068;RBI=0.0145657;REFB=0.0141212;REVB=0.0143212;RO=56;SAF=13;SAR=32;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788964;STB=0.559295;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00314708;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:45:46:0.45098:32:13:20:36:33:13:21:35 chr2 101437601 . C G 415.97 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.00471577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.358;QD=16.1541;RBI=0.0114356;REFB=-0.0222062;REVB=-0.010418;RO=56;SAF=11;SAR=35;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10371;STB=0.554923;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0285405;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:57:46:46:0.446602:35:11:18:38:35:11:18:39 chr2 101587455 . C T 467.44 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00821948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.851;QD=16.8447;RBI=0.00867746;REFB=-0.0124707;REVB=-0.00278178;RO=59;SAF=20;SAR=31;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193618;STB=0.612086;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0146165;OID=.;OPOS=101587455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:60:51:51:0.459459:31:20:35:24:31:20:36:24 chr2 101591304 . A G 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2791;QD=58.7792;RBI=0.0297792;REFB=0;REVB=-0.0191939;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36443e-05;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr2 101609827 . C T 931.64 PASS AF=0.460465;AO=99;DP=216;FAO=99;FDP=215;FR=.;FRO=116;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=68;FSRR=48;FWDB=0.0115395;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.389;QD=17.3329;RBI=0.0242484;REFB=-0.0132054;REVB=-0.0213266;RO=109;SAF=47;SAR=52;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804716;STB=0.559913;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0182232;OID=.;OPOS=101609827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:109:116:99:99:0.460465:52:47:61:48:52:47:68:48 chr2 101612568 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0200301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.557;QD=13.4853;RBI=0.0346072;REFB=-0.0362509;REVB=-0.0282215;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166393;STB=0.597497;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0420774;OID=.;OPOS=101612568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:3:8:5:4:3:8 chr2 101612615 . T C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0130551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.428;QD=7.32292;RBI=0.019219;REFB=-0.000546918;REVB=-0.0141044;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159998;STB=0.599699;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-1.71781e-06;OID=.;OPOS=101612615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:3:11:4:2:3:11 chr2 101624384 . T C 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0138062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.153;QD=22.7947;RBI=0.0141043;REFB=-0.00759093;REVB=-0.00288435;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127528;STB=0.571368;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00505832;OID=.;OPOS=101624384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:15:9:11:10:15:9:11:10 chr2 101624471 . T C 136.96 PASS AF=0.714286;AO=13;DP=20;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0439085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7228;QD=26.0874;RBI=0.0440753;REFB=-0.016573;REVB=-0.00383087;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285713;STB=0.551653;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00574799;OID=.;OPOS=101624471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:21:7:6:13:15:0.714286:5:8:4:3:5:10:3:3 chr2 101638888 . A G 364.1 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0365545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.981;QD=15.8304;RBI=0.0376486;REFB=-0.0084911;REVB=-0.00901009;RO=53;SAF=19;SAR=20;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227313;STB=0.512814;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0100403;OID=.;OPOS=101638888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:20:19:27:26:20:19:27:26 chr2 101644855 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0103376;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.816;QD=23.2632;RBI=0.0172098;REFB=-0.0298983;REVB=-0.013759;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116726;STB=0.565161;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0288801;OID=.;OPOS=101644855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:10:13:8:11:10:13:8:11 chr2 101656726 . T C 945.16 PASS AF=0.528736;AO=91;DP=173;FAO=92;FDP=174;FR=.;FRO=82;FSAF=61;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=25;FWDB=-0.00903584;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.077;QD=21.7279;RBI=0.0381075;REFB=-0.0221001;REVB=-0.0370207;RO=82;SAF=60;SAR=31;SRF=57;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349267;STB=0.517101;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0163832;OID=.;OPOS=101656726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:82:82:91:92:0.528736:31:60:57:25:31:61:57:25 chr2 101869588 . G T 33.62 PASS AF=0.222222;AO=3;DP=22;FAO=4;FDP=18;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=0;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0118836;FXX=0.249896;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.986;QD=7.47043;RBI=0.038288;REFB=-0.0117318;REVB=0.0363971;RO=10;SAF=3;SAR=0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0383131;OID=.;OPOS=101869588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:22:18:10:14:3:4:0.222222:0:3:10:0:0:4:14:0 chr2 101898412 . G C 1054.35 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.034;QD=58.5752;RBI=0.0446326;REFB=-0.030181;REVB=-0.0244984;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594787;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:72:1:0:71:72:1:34:37:0:1:35:37:0:0 chr2 102038849 . T A 1269.89 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384572;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6888;QD=61.9456;RBI=0.0393235;REFB=0;REVB=0.00820839;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374778;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr2 102038936 . T G 322.51 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0227014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.479;QD=16.3297;RBI=0.0250934;REFB=-0.00617354;REVB=0.0106922;RO=37;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362582;STB=0.501844;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0135533;OID=.;OPOS=102038936;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:44:35:35:0.443038:20:15:16:21:20:15:19:25 chr2 102067083 . T C 663.16 PASS AF=0.532258;AO=65;DP=124;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.000821163;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.808;QD=21.3921;RBI=0.00121192;REFB=-0.015437;REVB=0.000891309;RO=58;SAF=30;SAR=35;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182956;STB=0.506126;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0120433;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:58:58:65:66:0.532258:35:30:28:30:35:31:28:30 chr2 102625022 . G A 471.15 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.043555;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6499;QD=20.7101;RBI=0.0794685;REFB=-0.0189257;REVB=0.0664697;RO=44;SAF=19;SAR=27;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881194;STB=0.541212;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0188732;OID=.;OPOS=102625022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:45:46:46:0.505495:27:19:14:30:27:19:15:30 chr2 102955468 . C A 325.79 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00304021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.92;QD=24.5878;RBI=0.0106176;REFB=-0.0242842;REVB=0.0101731;RO=21;SAF=15;SAR=17;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169417;STB=0.592759;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0143938;OID=.;OPOS=102955468;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:17:15:5:16:17:15:5:16 chr2 102957716 . C T 553.65 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00193603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.117;QD=22.146;RBI=0.00387982;REFB=-0.00586763;REVB=-0.00336226;RO=48;SAF=18;SAR=34;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851098;STB=0.547011;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0053589;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:34:18:21:27:34:18:21:27 chr2 103048738 . G A 719.21 PASS AF=0.407216;AO=77;DP=191;FAO=79;FDP=194;FR=.;FRO=115;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=-0.0191207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.923;QD=14.8291;RBI=0.0317308;REFB=-0.0198366;REVB=0.0253227;RO=114;SAF=36;SAR=41;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345552;STB=0.523766;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0272762;OID=.;OPOS=103048738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:194:114:115:77:79:0.407216:41:36:57:57:43:36:57:58 chr2 103095531 . T C 731.61 PASS AF=0.529851;AO=71;DP=132;FAO=71;FDP=134;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0144346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.197;QD=21.839;RBI=0.025086;REFB=-0.0107061;REVB=-0.020517;RO=60;SAF=34;SAR=37;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373594;STB=0.501263;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.012067;OID=.;OPOS=103095531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:60:63:71:71:0.529851:37:34:29:31:37:34:30:33 chr2 103149100 . G A 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.051216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.846;QD=14.6859;RBI=0.052863;REFB=-0.0246455;REVB=-0.013093;RO=43;SAF=8;SAR=23;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571457;STB=0.532503;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0268436;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:23:8:13:30:23:8:13:30 chr2 103334969 . G A 757.85 PASS AF=0.449438;AO=80;DP=180;FAO=80;FDP=178;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.00237081;FXX=0.0165737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7404;QD=17.0303;RBI=0.0289552;REFB=-0.0177025;REVB=0.028858;RO=95;SAF=41;SAR=39;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482503;STB=0.534924;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0256533;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:178:95:98:80:80:0.449438:39:41:44:51:39:41:44:54 chr2 103431404 . T C 1715.73 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414446;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2261;QD=60.7338;RBI=0.0571052;REFB=0;REVB=0.0392855;RO=0;SAF=28;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308454;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:85:28:0:0:85:28:0:0 chr2 104995800 . C T 2026.81 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.715;QD=62.3633;RBI=0.0414773;REFB=0;REVB=0.0155107;RO=0;SAF=72;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6162e-05;OID=.;OPOS=104995800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:58:72:0:0:58:72:0:0 chr2 105709023 . T C 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00588398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.71;QD=60.3747;RBI=0.0114692;REFB=0;REVB=0.00984487;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9353e-06;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr2 105885961 . T C 462.24 PASS AF=0.480392;AO=48;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.0302604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.459;QD=18.1271;RBI=0.0326635;REFB=-0.0141076;REVB=-0.012297;RO=50;SAF=21;SAR=27;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924525;STB=0.558116;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0191081;OID=.;OPOS=105885961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:53:48:49:0.480392:27:21:17:33:28:21:17:36 chr2 105897003 . G A 569.78 PASS AF=0.414966;AO=61;DP=146;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.00794663;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.761;QD=15.5042;RBI=0.0200413;REFB=-0.00946837;REVB=0.0183985;RO=83;SAF=24;SAR=37;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555944;STB=0.53622;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0114936;OID=.;OPOS=105897003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:83:86:61:61:0.414966:37:24:37:46:37:24:39:47 chr2 105924510 . A G 249.11 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0139807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.981;QD=11.8623;RBI=0.110571;REFB=-0.0134744;REVB=-0.109683;RO=54;SAF=14;SAR=16;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782843;STB=0.545136;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0246774;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:30:30:0.357143:16:14:29:25:16:14:29:25 chr2 105953938 . G GC 229.42 PASS AF=0.391304;AO=28;DP=72;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0206807;FXX=0.054787;HRUN=0;LEN=1;MLLD=169.233;QD=13.3;RBI=0.0424917;REFB=-0.0420624;REVB=-0.0371195;RO=42;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756006;STB=0.533955;STBP=0.712;TYPE=ins;VARB=0.0628505;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:28:72:27:69:42:12:15:21:21:99:42:12:16:21:21 chr2 105994564 . C CATCAA 175.26 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0239961;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=5;MLLD=178.02;QD=13.2272;RBI=0.0478555;REFB=-0.0213812;REVB=-0.0414046;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472756;STB=0.513799;STBP=0.904;TYPE=ins;VARB=0.0345565;OID=.;OPOS=105994565;OREF=-;OALT=ATCAA;OMAPALT=CATCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396226:20:55:21:53:32:9:12:13:19:99:32:9:11:13:19 chr2 106013147 . C T 297.7 PASS AF=0.478261;AO=30;DP=66;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00168637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.923;QD=17.2581;RBI=0.00362153;REFB=-0.0175606;REVB=-0.00320494;RO=36;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512385;STB=0.547339;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0198149;OID=.;OPOS=106013147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:36:36:30:33:0.478261:19:11:15:21:22:11:15:21 chr2 106510455 . G GCACA 660.3 PASS AF=0.80303;AO=46;DP=86;FAO=53;FDP=66;FR=.;FRO=13;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.079729;FXX=0.0958773;HRUN=1;LEN=4;MLLD=151.703;QD=40.018;RBI=0.182621;REFB=-0.189095;REVB=0.164298;RO=31;SAF=33;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090498;STB=0.541869;STBP=0.205;TYPE=ins;VARB=0.0313646;OID=.;OPOS=106510456;OREF=-;OALT=CACA;OMAPALT=GCACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.80303:46:86:53:66:13:35:18:11:2:78:31:33:13:19:12 chr2 106710108 . C T 1450.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256746;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.683;QD=63.0627;RBI=0.0216733;REFB=0;REVB=0.0215207;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06322e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:48:41:0:0:51:41:0:0 chr2 106742139 . C T 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509675;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.211;QD=59.4595;RBI=0.065507;REFB=0;REVB=-0.041152;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10637e-05;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr2 107073469 . T A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5952;QD=35.5759;RBI=0.114026;REFB=0;REVB=0.0545924;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00338343;OID=.;OPOS=107073469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 107073501 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.611;QD=33.4285;RBI=0.0430395;REFB=0;REVB=0.00579375;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000776525;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 107084739 . A G 2200.65 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0230296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.21;QD=62.4298;RBI=0.0288148;REFB=0.0313586;REVB=0.0173185;RO=1;SAF=53;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543424;STB=0.502857;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-3.02403e-05;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:87:53:0:1:87:53:0:1 chr2 107107511 . C T 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.000763817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.727;QD=19.8666;RBI=0.0089279;REFB=-8.9808e-05;REVB=-0.00889517;RO=34;SAF=8;SAR=28;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148986;STB=0.583284;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=8.85311e-05;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:28:8:12:22:28:8:12:22 chr2 107107567 . G C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.7545;QD=57.0005;RBI=0.037624;REFB=0;REVB=-0.0302478;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.69088e-05;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr2 107450525 . T C 1556.48 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00401021;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.541;QD=62.8881;RBI=0.0194832;REFB=-0.033488;REVB=0.0190661;RO=1;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998494;STB=0.505262;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=1.45446e-05;OID=.;OPOS=107450525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:98:98:0.989899:47:51:0:1:47:51:0:1 chr2 107450589 . C T 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.605;QD=63.8866;RBI=0.0152483;REFB=0;REVB=0.0143212;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77008e-05;OID=.;OPOS=107450589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:52:45:0:0:52:45:0:0 chr2 108443511 . C G 831.18 PASS AF=0.462366;AO=86;DP=186;FAO=86;FDP=186;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=-0.00175893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0345;QD=17.8747;RBI=0.0280754;REFB=-0.012272;REVB=0.0280203;RO=96;SAF=36;SAR=50;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147227;STB=0.5866;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0141426;OID=.;OPOS=108443511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:96:100:86:86:0.462366:50:36:55:41:50:36:58:42 chr2 108475958 . A G 399.01 PASS AF=0.342857;AO=50;DP=141;FAO=48;FDP=140;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=61;FWDB=0.0414395;FXX=0.0070917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8797;QD=11.4002;RBI=0.0419872;REFB=-0.0117327;REVB=-0.00675943;RO=85;SAF=26;SAR=24;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171255;STB=0.632421;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0172984;OID=.;OPOS=108475958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:85:92:50:48:0.342857:24:26:31:54:22:26:31:61 chr2 108496435 . T A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00638016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.216;QD=12.5696;RBI=0.00680352;REFB=0.00407364;REVB=-0.00236249;RO=26;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563518;STB=0.83523;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00483008;OID=.;OPOS=108496435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:2:13:10:16:2:13:10:16 chr2 108863767 . A C 540.09 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0370861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4555;QD=19.4627;RBI=0.0389999;REFB=0.000689593;REVB=0.0120668;RO=55;SAF=20;SAR=36;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173551;STB=0.595991;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-9.02358e-05;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:36:20:30:25:36:20:30:25 chr2 108875198 . G A 461.91 PASS AF=0.358491;AO=57;DP=156;FAO=57;FDP=159;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=0.00957489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.589;QD=11.6204;RBI=0.0118784;REFB=-0.0074732;REVB=-0.00702976;RO=99;SAF=31;SAR=26;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954435;STB=0.509322;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0137341;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:99:102:57:57:0.358491:26:31:53:46:26:31:54:48 chr2 108875244 . T C 447.25 PASS AF=0.357616;AO=54;DP=151;FAO=54;FDP=151;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.00689368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.338;QD=11.8476;RBI=0.0113764;REFB=-0.00390061;REVB=-0.00904982;RO=97;SAF=27;SAR=27;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405961;STB=0.52317;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.014284;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:97:97:54:54:0.357616:27:27:52:45:27:27:52:45 chr2 108875471 . G T 798.92 PASS AF=0.449198;AO=84;DP=187;FAO=84;FDP=187;FR=.;FRO=103;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.0384721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3344;QD=17.0892;RBI=0.0842294;REFB=0.00213101;REVB=-0.0749299;RO=103;SAF=49;SAR=35;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691935;STB=0.538452;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00338444;OID=.;OPOS=108875471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:103:103:84:84:0.449198:35:49:53:50:35:49:53:50 chr2 108877062 . T A 436.9 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0137025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=333.985;QD=18.7914;RBI=0.0197927;REFB=-0.0105465;REVB=-0.0142826;RO=49;SAF=23;SAR=20;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946387;STB=0.55832;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0118798;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:43:44:0.473118:20:23:31:18:21:23:31:18 chr2 109099572 . C G 588.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.348;QD=58.8088;RBI=0.00765313;REFB=0;REVB=0.00139036;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230966;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:19:18:0:0:19:21:0:0 chr2 109106381 . A G 1171.03 PASS AF=0.963415;AO=78;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0177884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.182;QD=57.1234;RBI=0.0177896;REFB=-0.0219857;REVB=0.000204122;RO=2;SAF=35;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262774;STB=0.520543;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000167492;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:2:3:78:79:0.963415:43:35:2:0:44:35:3:0 chr2 109389463 . G A 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.523;QD=59.1418;RBI=0.0306762;REFB=0;REVB=0.0101848;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017501;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr2 109429146 . T A 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6621;QD=56.9957;RBI=0.0484528;REFB=0;REVB=-0.0365164;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000797568;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr2 109510937 . G A 2201.5 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357022;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0894;QD=63.3526;RBI=0.038467;REFB=0;REVB=-0.0143199;RO=0;SAF=55;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55853e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177833;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:84:55:0:0:84:55:0:0 chr2 109512234 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.599;QD=55.0971;RBI=0.0267544;REFB=0;REVB=-0.0198782;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26818e-06;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr2 109513601 . A G 2226.73 PASS AF=1;AO=140;DP=143;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182371;FXX=0.0209776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.939;QD=63.6209;RBI=0.0418065;REFB=0;REVB=0.037619;RO=0;SAF=77;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03855e-06;OID=.;OPOS=109513601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:140:0:0:140:140:1:63:77:0:0:63:77:0:0 chr2 109513654 . G A 1828.21 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00665038;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.282;QD=60.4366;RBI=0.0556515;REFB=-0.0515926;REVB=0.0552528;RO=1;SAF=61;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772339;STB=0.503999;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000970787;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:119:120:0.991736:58:61:1:0:58:62:1:0 chr2 109526969 . G A 1578.91 PASS AF=0.990654;AO=102;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.633;QD=59.0247;RBI=0.0348679;REFB=0;REVB=0.015774;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035212;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:106:107:0:0:102:106:0.990654:54:48:0:0:58:48:0:0 chr2 109527373 . A G 1120.7 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0367506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4397;QD=58.9842;RBI=0.0467815;REFB=-0.145073;REVB=0.0289465;RO=1;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155095;STB=0.508195;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0110161;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:30:45:0:1:30:45:0:1 chr2 109745176 . G A 1911.41 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157598;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.186;QD=61.1651;RBI=0.0271336;REFB=0;REVB=0.0220876;RO=1;SAF=46;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167631;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:124:125:1:0:123:125:1:77:46:1:0:78:47:0:0 chr2 110015249 . C T 719.76 PASS AF=0.407216;AO=79;DP=194;FAO=79;FDP=194;FR=.;FRO=115;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=79;FSRR=36;FWDB=0.00468735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.067;QD=14.8404;RBI=0.0190643;REFB=-0.0259534;REVB=0.018479;RO=114;SAF=54;SAR=25;SRF=78;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000811413;STB=0.502341;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0294438;OID=.;OPOS=110015249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:114:115:79:79:0.407216:25:54:78:36:25:54:79:36 chr2 110373197 . G A 727.75 PASS AF=0.519481;AO=69;DP=143;FAO=80;FDP=154;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.000820797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.3946;QD=18.9027;RBI=0.0328201;REFB=-0.0133206;REVB=-0.0328098;RO=74;SAF=26;SAR=43;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143585;STB=0.5371;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0322826;OID=.;OPOS=110373197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:154:74:74:69:80:0.519481:43:26:39:35:44:36:39:35 chr2 110373938 . T G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0311829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.871;QD=10.8848;RBI=0.032725;REFB=-0.0114853;REVB=-0.00992736;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284865;STB=0.677488;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0252491;OID=.;OPOS=110373938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:8:1:4:11:8:1:4:11 chr2 110374215 . T C 183.7 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0564225;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2975;QD=17.0888;RBI=0.0600369;REFB=-0.0163107;REVB=0.0205166;RO=25;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1337;STB=0.586113;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.030803;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:25:24:19:19:0.44186:6:13:14:11:6:13:13:11 chr2 110375025 . C T 309.94 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00650564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4776;QD=18.7841;RBI=0.0629982;REFB=-0.0117672;REVB=-0.0626614;RO=33;SAF=9;SAR=24;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290324;STB=0.662618;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0137939;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:24:9:19:14:24:9:19:14 chr2 110855123 . G T 311.71 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.485;QD=51.9523;RBI=0.0176225;REFB=0;REVB=0.0169931;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9589e-05;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:6:16:0:0:8:16:0:0 chr2 110922703 . C T 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00324947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.688;QD=18.6755;RBI=0.0344901;REFB=-0.019713;REVB=-0.0343367;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413379;STB=0.5158;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0185731;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:14:18:16:15:14:18:17:15 chr2 111907691 . T C 538.93 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0176014;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2676;QD=20.5305;RBI=0.0225439;REFB=-0.0123782;REVB=-0.0140861;RO=50;SAF=33;SAR=22;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189882;STB=0.604525;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0152112;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:50:50:55:55:0.52381:22:33:19:31:22:33:19:31 chr2 111908262 . G A 421.26 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0235956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.255;QD=14.7809;RBI=0.0237719;REFB=-0.0201818;REVB=0.00288939;RO=66;SAF=18;SAR=30;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531878;STB=0.529941;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0244582;OID=.;OPOS=111908262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:66:48:48:0.421053:30:18:28:38:30:18:28:38 chr2 112526866 . G A 88.99 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.029887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.221;QD=27.382;RBI=0.0306944;REFB=0.016375;REVB=-0.00699389;RO=3;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160541;STB=0.509073;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00276633;OID=.;OPOS=112526866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:3:7:2:1:3:7:2:1 chr2 112582766 . CTT C 139.87 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0159366;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=277.897;QD=9.48283;RBI=0.0188648;REFB=-0.00370226;REVB=0.0100948;RO=35;SAF=3;SAR=20;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495902;STB=0.798249;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.00626338;OID=.;OPOS=112582767;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.389831:23:59:23:59:36:3:20:19:17:99:35:3:20:18:17 chr2 112605302 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.9;QD=51.1846;RBI=0.0151945;REFB=0;REVB=-0.0100734;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42998e-05;OID=.;OPOS=112605302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr2 112641149 . G C 172.2 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0126265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.046;QD=26.492;RBI=0.0267798;REFB=-0.0316059;REVB=-0.0236162;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125;STB=0.5693;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0263453;OID=.;OPOS=112641149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:10:7:2:7:10:7:2:7 chr2 112641242 . C T 32.88 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0163253;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5455;QD=11.9571;RBI=0.0168539;REFB=0.00423124;REVB=-0.00418784;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000503634;OID=.;OPOS=112641242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:12:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:1:5:3:2:1:5 chr2 112641256 . GA AG 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393786;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.15;QD=42.1826;RBI=0.0437812;REFB=0;REVB=0.0191344;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000705094;OID=.;OPOS=112641256;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr2 112641266 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.083752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4297;QD=12.3973;RBI=0.0856702;REFB=-0.00302401;REVB=0.0180276;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317065;STB=0.691596;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00432064;OID=.;OPOS=112641266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:1:4:2:3:1:4 chr2 112641283 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8905;QD=35.5758;RBI=0.0566072;REFB=0;REVB=0.0449435;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00543831;OID=.;OPOS=112641283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr2 112751928 . G A 542.14 PASS AF=0.593023;AO=48;DP=84;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00132343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.961;QD=25.2157;RBI=0.0370682;REFB=-0.0132249;REVB=0.0370446;RO=33;SAF=28;SAR=20;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00579945;STB=0.507039;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00757057;OID=.;OPOS=112751928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:33:35:48:51:0.593023:20:28:19:14:21:30:20:15 chr2 112754828 . G T 421.33 PASS AF=0.525;AO=39;DP=78;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00625885;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.453;QD=21.0665;RBI=0.00701225;REFB=-0.0141192;REVB=0.00316202;RO=38;SAF=12;SAR=27;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273325;STB=0.648781;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0113334;OID=.;OPOS=112754828;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:38:38:39:42:0.525:27:12:23:15:30:12:22:16 chr2 112755001 . A G 105.73 PASS AF=0.378378;AO=12;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0641335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.977;QD=11.4301;RBI=0.0646383;REFB=-0.0280787;REVB=0.00806301;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036388;STB=0.513998;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0342187;OID=.;OPOS=112755001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:12:14:0.378378:8:4:7:16:10:4:7:16 chr2 112765973 . A G 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0319611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.035;QD=22.437;RBI=0.0419784;REFB=-0.0219209;REVB=-0.0272153;RO=25;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897734;STB=0.549501;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00993368;OID=.;OPOS=112765973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:16:17:10:15:16:17:10:15 chr2 112776979 . C A 217.91 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00724146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7781;QD=13.6193;RBI=0.00872769;REFB=-0.0241068;REVB=-0.00487172;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673112;STB=0.538432;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0282892;OID=.;OPOS=112776979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:14:12:20:18:14:12:20:18 chr2 112786523 . A AT 105.03 PASS AF=0.47619;AO=18;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.12555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.3551;QD=10.0027;RBI=0.127268;REFB=-0.0189455;REVB=-0.0208424;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213918;STB=0.62252;STBP=0.156;TYPE=ins;VARB=0.0120421;OID=.;OPOS=112786524;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:18:43:20:42:22:12:8:8:14:99:23:11:7:9:14 chr2 113089267 . T C 1906.66 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=128;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0116799;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2035;QD=60.0522;RBI=0.0176499;REFB=-0.0936137;REVB=0.0132324;RO=2;SAF=54;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00207222;STB=0.501091;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-1.31205e-05;OID=.;OPOS=113089267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:127:2:2:125:125:0.984252:71:54:1:1:71:54:1:1 chr2 113090047 . T C 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5017;QD=60.7135;RBI=0.0126829;REFB=0;REVB=0.00601004;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128332;OID=.;OPOS=113090047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr2 113090475 . CTT C 86.26 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0261926;FXX=0.0624805;HRUN=2;LEN=2;MLLD=298.771;QD=11.5018;RBI=0.0272163;REFB=-0.00371571;REVB=-0.0073942;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112115;STB=0.550186;STBP=0.662;TYPE=del;VARB=0.00371268;OID=.;OPOS=113090476;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:13:32:13:30:17:5:8:8:9:86:16:5:8:8:8 chr2 113091685 . T G 1045.81 PASS AF=0.91358;AO=74;DP=80;FAO=74;FDP=81;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0362543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.998;QD=51.6448;RBI=0.0500145;REFB=-0.0747827;REVB=0.034454;RO=5;SAF=28;SAR=46;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227942;STB=0.508545;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00561126;OID=.;OPOS=113091685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:80:81:5:7:74:74:0.91358:46:28:1:4:46:28:2:5 chr2 113277949 . T C 422.71 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0175171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.199;QD=14.963;RBI=0.0175881;REFB=-0.017495;REVB=0.00157881;RO=64;SAF=25;SAR=23;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688238;STB=0.54286;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0201242;OID=.;OPOS=113277949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:65:48:48:0.424779:23:25:29:35:23:25:29:36 chr2 113289032 . A G 727.64 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5371;QD=63.2727;RBI=0.0243053;REFB=0;REVB=-0.00594143;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395058;OID=.;OPOS=113289032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr2 113300001 . TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T 90.21 PASS AF=0.3;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0166193;FXX=0.0476115;HRUN=2;LEN=25;MLLD=450.363;QD=6.01389;RBI=0.017973;REFB=-0.00788919;REVB=-0.00684301;RO=37;SAF=15;SAR=3;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423728;STB=0.768899;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0263839;OID=.;OPOS=113300002;OREF=TCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:18:63:18:60:42:15:3:21:21:90:37:15:3:19:18 chr2 113332421 . T C 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.02007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.703;QD=19.34;RBI=0.0323356;REFB=-0.00479168;REVB=0.0253532;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215916;STB=0.623143;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0035344;OID=.;OPOS=113332421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:13:5:9:9:13:5:9:9 chr2 113479614 . G A 256.99 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00290961;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.145;QD=15.5751;RBI=0.0535521;REFB=-0.0223419;REVB=0.053473;RO=32;SAF=9;SAR=20;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03223;STB=0.526297;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0379305;OID=.;OPOS=113479614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:37:29:29:0.439394:20:9:9:23:20:9:13:24 chr2 113482779 . A C 464.49 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.468;QD=58.0606;RBI=0.0599362;REFB=0;REVB=-0.0594097;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292342;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr2 113483037 . A T 675.73 PASS AF=0.507576;AO=66;DP=129;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0251879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1431;QD=20.4765;RBI=0.0256602;REFB=-0.00611775;REVB=0.0049007;RO=63;SAF=27;SAR=39;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407391;STB=0.517383;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0104458;OID=.;OPOS=113483037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:63:65:66:67:0.507576:39:27:23:40:40:27:24:41 chr2 113484319 . G A 696.01 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.426;QD=60.5229;RBI=0.0307257;REFB=-0.0729816;REVB=0.0258649;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51851;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000247524;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:32:13:0:0:32:13:1:0 chr2 113513825 . T C 1528.52 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3311;QD=63.6883;RBI=0.0649204;REFB=0;REVB=0.0558232;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429603;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:59:36:0:0:60:36:0:0 chr2 113763575 . A G 1379.34 PASS AF=1;AO=66;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706612;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.302;QD=61.9927;RBI=0.0989114;REFB=0;REVB=0.0692132;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746983;OID=.;OPOS=113763575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:66:89:1:29:37:0:0:45:44:0:0 chr2 113870663 . G A 2075.39 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0145339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.034;QD=61.0409;RBI=0.0323071;REFB=-0.167942;REVB=0.0288533;RO=2;SAF=64;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133861;STB=0.503496;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000791322;OID=.;OPOS=113870663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:136:136:2:1:134:135:0.992647:70:64:0:2:71:64:0:1 chr2 113940207 . T A 207.88 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0138913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.519;QD=25.1978;RBI=0.0160287;REFB=-0.0221896;REVB=-0.00799687;RO=13;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117913;STB=0.565968;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0280873;OID=.;OPOS=113940207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:15:5:5:8:15:5:5:8 chr2 113940681 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4179;QD=59.8394;RBI=0.0202236;REFB=0;REVB=0.00859227;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448112;OID=.;OPOS=113940681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr2 113940839 . G C 775.27 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.011521;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=349.272;QD=53.4672;RBI=0.0194559;REFB=-0.0258486;REVB=0.0156779;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517851;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=6.12961e-05;OID=.;OPOS=113940839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:0:2:56:56:0.965517:27:29:0:0:27:29:0:2 chr2 113943470 . A G 402.69 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.354;QD=55.5435;RBI=0.0705178;REFB=0;REVB=0.0704944;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236302;OID=.;OPOS=113943470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:10:17:0:0:12:17:0:0 chr2 113955074 . G A 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00532638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.921;QD=14.8958;RBI=0.0216151;REFB=-0.0255115;REVB=-0.0209486;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319806;STB=0.518111;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0302076;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:15:17:22:22:15:17:22:22 chr2 113956371 . G C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=15;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00558275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.16;QD=13.2127;RBI=0.014627;REFB=-0.0291686;REVB=-0.0135197;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057395;STB=0.571326;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0467298;OID=.;OPOS=113956371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:15:14:0.388889:7:8:10:11:6:8:10:12 chr2 113975066 . T G 199.3 PASS AF=0.356164;AO=22;DP=69;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0612015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.7475;QD=10.9203;RBI=0.10582;REFB=-0.0424973;REVB=-0.0863259;RO=47;SAF=13;SAR=9;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938625;STB=0.543098;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0829818;OID=.;OPOS=113975066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:47:47:22:26:0.356164:9:13:24:23:11:15:24:23 chr2 113975104 . T G 210.47 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0311324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.566;QD=12.0265;RBI=0.0312;REFB=-0.000960415;REVB=0.00205253;RO=44;SAF=13;SAR=13;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495662;STB=0.528549;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0019463;OID=.;OPOS=113975104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:13:13:24:20:13:13:24:20 chr2 114220055 . T C 939.43 PASS AF=0.372014;AO=109;DP=293;FAO=109;FDP=293;FR=.;FRO=184;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=93;FSRR=91;FWDB=0.0135622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.115;QD=12.825;RBI=0.0254815;REFB=-0.0163641;REVB=0.0215725;RO=184;SAF=49;SAR=60;SRF=93;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623177;STB=0.535203;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.031319;OID=.;OPOS=114220055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:184:184:109:109:0.372014:60:49:93:91:60:49:93:91 chr2 114256840 . C T 191.14 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0364426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3243;QD=21.2376;RBI=0.0489687;REFB=-0.00276045;REVB=0.0327088;RO=17;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198665;STB=0.612668;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00398224;OID=.;OPOS=114256840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:14:5:8:9:14:5:8:9 chr2 114256859 . C T 36.2 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0827871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0446;QD=6.89447;RBI=0.110202;REFB=-0.0280373;REVB=-0.0727384;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800118;STB=0.551548;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.06353;OID=.;OPOS=114256859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:6:9:4:2:6:9 chr2 114391721 . T C 1136.6 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.526;QD=59.8212;RBI=0.048827;REFB=0;REVB=0.00668906;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92267e-05;OID=.;OPOS=114391721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:48:27:0:0:49:27:0:0 chr2 114391754 . C T 443.73 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0275863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.176;QD=17.2324;RBI=0.0465882;REFB=-0.0180108;REVB=0.0375427;RO=55;SAF=16;SAR=32;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511896;STB=0.528559;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.022385;OID=.;OPOS=114391754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:32:16:21:34:32:16:21:34 chr2 114392640 . CG C 192.91 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0250096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.3705;QD=10.5706;RBI=0.0743436;REFB=0.0151341;REVB=0.0700106;RO=39;SAF=8;SAR=25;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292048;STB=0.660273;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=-0.0114751;OID=.;OPOS=114392641;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452055:33:73:33:73:40:8:25:20:20:99:39:8:25:20:19 chr2 114392716 . C T 751.81 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.515;QD=56.7404;RBI=0.016097;REFB=0;REVB=-0.015916;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.38663e-07;OID=.;OPOS=114392716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:31:22:0:0 chr2 114763169 . C G 514.9 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0588911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.684;QD=22.1463;RBI=0.0628522;REFB=-0.00705016;REVB=-0.0219598;RO=44;SAF=22;SAR=27;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197873;STB=0.608803;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0049633;OID=.;OPOS=114763169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:27:22:30:14:27:22:30:14 chr2 115038733 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0350999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.183;QD=16.1192;RBI=0.0383458;REFB=-0.00483836;REVB=0.0154402;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410576;STB=0.52377;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00784659;OID=.;OPOS=115038733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:6:7:7:5:6:7 chr2 116099725 . A T 332.01 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0567317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3832;QD=24.1462;RBI=0.0814909;REFB=-0.0445895;REVB=-0.0585003;RO=22;SAF=12;SAR=21;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698323;STB=0.538438;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0272553;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:21:12:10:12:21:12:10:12 chr2 116510817 . G C 1190.67 PASS AF=0.515419;AO=117;DP=227;FAO=117;FDP=227;FR=.;FRO=110;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=-0.00870259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.829;QD=20.9809;RBI=0.021945;REFB=-0.010542;REVB=-0.0201457;RO=110;SAF=65;SAR=52;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974744;STB=0.55337;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00934486;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:110:110:117:117:0.515419:52:65:49:61:52:65:49:61 chr2 116525960 . G A 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.596;QD=62.161;RBI=0.0388188;REFB=0;REVB=0.0385726;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37624e-05;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr2 116600388 . A G 154.05 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.055404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9884;QD=14.3303;RBI=0.0556512;REFB=-0.0230196;REVB=0.00523947;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776002;STB=0.545135;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0745545;OID=.;OPOS=116600388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:11:15:11:6:11:15 chr2 118578793 . C CA 32.79 PASS AF=0.140625;AO=10;DP=65;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0136452;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=72.209;QD=2.04922;RBI=0.0370415;REFB=-0.000534655;REVB=-0.0344366;RO=54;SAF=7;SAR=3;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271457;STB=0.766182;STBP=0.098;TYPE=ins;VARB=-0.00136465;OID=.;OPOS=118578794;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.140625:10:65:9:64:55:7:2:26:29:32:54:7:3:26:28 chr2 118583940 . C T 536.06 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=0.0408353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.782;QD=20.2286;RBI=0.0420844;REFB=-0.0127492;REVB=-0.010177;RO=50;SAF=25;SAR=30;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173372;STB=0.598558;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0136411;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:51:55:55:0.518868:30:25:13:37:30:25:13:38 chr2 118589808 . C T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00920195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.165;QD=9.8303;RBI=0.0233432;REFB=0.00325079;REVB=-0.0214529;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152316;STB=0.592434;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0113981;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:4:8:14:12:4:8:14:12 chr2 118731573 . G A 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543726;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.868;QD=57.2417;RBI=0.0109088;REFB=0;REVB=0.00945722;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8824e-05;OID=.;OPOS=118731573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr2 118774025 . C T 213.18 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00550583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.93;QD=22.4399;RBI=0.00584854;REFB=-0.0418595;REVB=-0.00197263;RO=16;SAF=3;SAR=17;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402281;STB=0.510278;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0264821;OID=.;OPOS=118774025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:17:20:21:0.552632:17:3:2:14:17:4:3:14 chr2 118774082 . T C 832.87 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00171161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.092;QD=53.7335;RBI=0.029544;REFB=-0.027567;REVB=0.0294943;RO=1;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113712;STB=0.511624;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.000354234;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:1:2:59:60:0.967742:41:18:0:1:42:18:0:2 chr2 118774178 . G C 638.87 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.110703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8575;QD=59.4297;RBI=0.1112;REFB=-0.119024;REVB=0.0105027;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284313;STB=0.515144;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00648924;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:26:16:1:0:26:16:1:0 chr2 118866033 . G A,GA 62.51 PASS AF=0,0.529412;AO=3,6;DP=21;FAO=0,9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=0,4;FSAR=0,5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0638859,0.0880902;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=37.1013,22.7482;QD=14.7093;RBI=0.161044,0.0889661;REFB=0.0150985,0.00195663;REVB=-0.14783,-0.0124532;RO=12;SAF=0,4;SAR=3,2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.693733,0;STB=0.5,0.640727;STBP=1,0.26;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.017334;OID=.,.;OPOS=118866033,118866034;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:21:17:12:8:3,6:0,9:0,0.529412:3,2:0,4:8:4:0,5:0,4:6:2 chr2 119600067 . C CT 111.56 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.00616383;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=241.775;QD=15.387;RBI=0.00616383;REFB=0.00213967;REVB=0;RO=13;SAF=13;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.003392;OID=.;OPOS=119600068;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:13:29:13:29:16:13:0:16:0:99:13:13:0:13:0 chr2 119927405 . G C 537.23 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.619;QD=59.6922;RBI=0.0146479;REFB=0;REVB=0.000133715;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65105e-05;OID=.;OPOS=119927405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:13:23:0:0 chr2 119927411 . G T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4253;QD=59.8389;RBI=0.0794885;REFB=0;REVB=0.073867;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174613;OID=.;OPOS=119927411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr2 119988565 . G A 570.42 PASS AF=0.47619;AO=59;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0172027;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.245;QD=18.1084;RBI=0.0388179;REFB=-0.0285637;REVB=0.0347979;RO=67;SAF=38;SAR=21;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632945;STB=0.523614;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0283397;OID=.;OPOS=119988565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:66:59:60:0.47619:21:38:39:28:22:38:39:27 chr2 120021785 . T C 1608.93 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.633;QD=64.357;RBI=0.00921539;REFB=0;REVB=0.0090495;RO=0;SAF=30;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68227e-05;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:68:30:0:0:70:30:0:0 chr2 120125029 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.245;QD=50.4121;RBI=0.111863;REFB=0;REVB=0.110878;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421906;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr2 120194651 . A AGTGTGC,C 876.8 PASS AF=0.95082,0.0491803;AO=50,5;DP=76;FAO=58,3;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=40,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812365,-0.0379673;FXX=0.061529;HRUN=0,1;LEN=6,1;MLLD=324.379,59.1867;QD=57.4951;RBI=0.0117471,0.0415483;REFB=0,0;REVB=-0.00848537,-0.0168745;RO=13;SAF=13,1;SAR=37,4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.253331,-0.631092;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000203572,-0.00741765;OID=.,.;OPOS=120194652,120194651;OREF=-,A;OALT=GTGTGC,C;OMAPALT=AGTGTGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:76:61:13:0:50,5:58,3:0.95082,0.0491803:37,4:13,1:11:2:40,2:18,1:0:0 chr2 120199140 . A G 540.17 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.635;QD=58.397;RBI=0.0845699;REFB=0;REVB=-0.0107081;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307198;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:20:15:0:0:22:15:0:0 chr2 120303820 . A T 492.22 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0673734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1608;QD=51.8124;RBI=0.0676889;REFB=-0.112775;REVB=0.00652749;RO=3;SAF=17;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266553;STB=0.514278;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00469066;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:18:17:2:1:18:17:2:1 chr2 120369300 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.25;QD=57.1052;RBI=0.01984;REFB=0;REVB=0.0121784;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11304e-05;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr2 120388412 . G A 1330.67 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4778;QD=61.8917;RBI=0.0487487;REFB=0;REVB=-0.0436737;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034333;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:38:47:0:0:39:47:0:0 chr2 120438523 . A G 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.077;QD=62.0071;RBI=0.0158974;REFB=0;REVB=0.00967887;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77423e-05;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr2 120438696 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.031;QD=56.9565;RBI=0.0589936;REFB=0;REVB=-0.00308178;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297042;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr2 120439230 . C G 785.16 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2805;QD=57.1025;RBI=0.0363548;REFB=0;REVB=-0.0275807;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29082e-05;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:30:25:0:0 chr2 120439459 . C A 567.72 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.173;QD=59.7605;RBI=0.0121616;REFB=0;REVB=-0.00367301;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028689;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:21:17:0:0 chr2 120692458 . T C 310.75 PASS AF=0.397727;AO=34;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0902013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6412;QD=14.1248;RBI=0.0961967;REFB=-0.022475;REVB=-0.0334294;RO=50;SAF=18;SAR=16;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308598;STB=0.514278;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0192495;OID=.;OPOS=120692458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:53:34:35:0.397727:16:18:25:25:17:18:26:27 chr2 120704166 . G T 740.09 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00520291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.488;QD=56.9301;RBI=0.00755124;REFB=0;REVB=-0.00547275;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20501e-05;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:28:24:0:0 chr2 120830815 . A G 167.0 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0706873;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.247;QD=41.7487;RBI=0.0867869;REFB=-0.109295;REVB=0.0503514;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824047;STB=0.53841;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00615611;OID=.;OPOS=120830815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:16:16:1:1:14:15:0.9375:5:9:0:1:6:9:0:1 chr2 120885310 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.066;QD=58.4197;RBI=0.0241125;REFB=0;REVB=0.00154587;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06243e-05;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr2 120980428 . G C 1742.38 PASS AF=1;AO=98;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1538;QD=60.082;RBI=0.227486;REFB=0;REVB=0.226527;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171323;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:98:116:1:45:53:0:0:62:54:0:0 chr2 121106850 . C T 2060.54 PASS AF=1;AO=131;DP=135;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386222;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.304;QD=62.9173;RBI=0.0387226;REFB=0;REVB=0.00278686;RO=0;SAF=69;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.83631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95904e-05;OID=.;OPOS=121106850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:131:0:0:131:131:1:62:69:0:0:62:69:0:0 chr2 121726447 . G A 724.06 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0880585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.565;QD=54.6464;RBI=0.112862;REFB=0.0707794;REVB=0.0705949;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000421902;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:23:29:0:1:23:29:0:1 chr2 121948262 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0313567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.572;QD=12.7388;RBI=0.0454171;REFB=-0.0102936;REVB=-0.0328553;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51755;STB=0.815763;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0349614;OID=.;OPOS=121948262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:1:7:4:6:1:7:4:6 chr2 121948307 . A G 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00982444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4183;QD=17.4006;RBI=0.0467964;REFB=0.0234114;REVB=-0.0457535;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325318;STB=0.685445;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0261694;OID=.;OPOS=121948307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:10:3:8:5:10:3 chr2 121980405 . TC T 53.54 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0243515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.3425;QD=7.13916;RBI=0.0245157;REFB=-0.00183914;REVB=0.00283318;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2471;STB=0.63132;STBP=0.372;TYPE=del;VARB=0.00477296;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:10:30:10:30:20:6:4:8:12:53:19:6:4:7:12 chr2 121981950 . A G 346.26 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0184738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.412;QD=32.2106;RBI=0.0201768;REFB=0.0147147;REVB=-0.00811321;RO=14;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522956;STB=0.528622;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00794507;OID=.;OPOS=121981950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:17:12:7:7:17:12:7:7 chr2 125192068 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.686;QD=57.3853;RBI=0.0633937;REFB=0;REVB=0.0631841;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178357;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:25:32:0:0 chr2 125746817 . A G 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.045172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.697;QD=19.9927;RBI=0.0612379;REFB=-0.0119786;REVB=0.041347;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442443;STB=0.508764;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0130736;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:14:8:7:15:14:8:8:15 chr2 127453664 . A C 747.09 PASS AF=1;AO=22;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.1972;QD=59.767;RBI=0.142567;REFB=0;REVB=0.129842;RO=0;SAF=20;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0140401;OID=.;OPOS=127453664;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:22:50:1:2:20:0:0:29:21:0:0 chr2 127826533 . A G 766.37 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.495;QD=63.8642;RBI=0.0500289;REFB=0;REVB=-0.00280227;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62768e-05;OID=.;OPOS=127826533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:28:18:0:0:29:19:0:0 chr2 128065075 . TAAAAAAG TAAAAAG,TAAAAAGA,TAAAAATG 200.42 PASS AF=0.581633,0,0;AO=34,8,5;DP=94;FAO=57,0,0;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=30,0,0;FSAR=27,0,0;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0682471,-0.113003,-0.0390582;FXX=0.0576868;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=9.12824,12.3728,84.322;QD=8.18041;RBI=0.0698555,0.125939,0.039081;REFB=-0.171042,-0.0846584,-0.00398551;REVB=-0.0149043,-0.0555982,-0.00133485;RO=30;SAF=12,4,5;SAR=22,4,0;SRF=8;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0.456311,0,0;SSSB=0.0822353,0.289681,0.739047;STB=0.596982,0.5,0.5;STBP=0.025,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.148178,0,0.0714922;OID=.,.,.;OPOS=128065076,128065081,128065081;OREF=A,AG,A;OALT=-,GA,T;OMAPALT=TAAAAAG,TAAAAAGA,TAAAAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581633,0,0:34,8,5:94:57,0,0:98:41:30,0,0:27,0,0:12:29:99:30:12,4,5:22,4,0:8:22 chr2 128176040 . A T 220.83 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0129442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.512;QD=16.0603;RBI=0.0159596;REFB=-0.013439;REVB=0.00933572;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211506;STB=0.618957;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.01009;OID=.;OPOS=128176040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:9:21:12:13:9:21 chr2 128180872 . G T 191.05 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0102901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.021;QD=17.7721;RBI=0.0432712;REFB=-0.0353226;REVB=0.0420299;RO=24;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173408;STB=0.555498;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0137765;OID=.;OPOS=128180872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:23:19:20:0.465116:5:14:14:10:6:14:14:9 chr2 128229855 . G T 152.87 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00256751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5585;QD=10.3637;RBI=0.0492132;REFB=-0.0068294;REVB=-0.0491462;RO=39;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994615;STB=0.558317;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0261712;OID=.;OPOS=128229855;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:11:9:21:18:11:9:21:18 chr2 128238682 . T C 47.18 PASS AF=0.0860215;AO=9;DP=93;FAO=8;FDP=93;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=80;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0360166;FXX=0.0106372;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.818;QD=2.02922;RBI=0.0627766;REFB=-0.0863114;REVB=-0.0514169;RO=54;SAF=9;SAR=0;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.676326;STB=0.858341;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.163219;OID=.;OPOS=128238682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:93:93:54:80:9:8:0.0860215:0:9:28:26:1:7:40:40 chr2 128321770 . G A 476.38 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00584489;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.025;QD=21.4103;RBI=0.0193033;REFB=-0.0210825;REVB=0.0183972;RO=43;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01293;STB=0.507143;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0138621;OID=.;OPOS=128321770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:43:43:46:46:0.516854:25:21:19:24:25:21:19:24 chr2 128381808 . C T 1018.47 PASS AF=0.418519;AO=113;DP=270;FAO=113;FDP=270;FR=.;FRO=157;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=77;FSRR=80;FWDB=-0.01075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.247;QD=15.0885;RBI=0.0108139;REFB=-0.00533551;REVB=-0.00117353;RO=145;SAF=62;SAR=51;SRF=77;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179771;STB=0.53395;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00761859;OID=.;OPOS=128381808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:145:157:113:113:0.418519:51:62:77:68:51:62:77:80 chr2 128385224 . C G 408.89 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=0.00385406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3184;QD=20.7032;RBI=0.0111178;REFB=-0.0208019;REVB=0.0104284;RO=38;SAF=21;SAR=19;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237912;STB=0.634268;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0179687;OID=.;OPOS=128385224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:38:40:41:0.518987:19:21:30:8:20:21:30:8 chr2 128385244 . T C 422.01 PASS AF=0.567568;AO=43;DP=75;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.0156777;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.655;QD=22.8114;RBI=0.0251142;REFB=-0.0137016;REVB=0.0196197;RO=31;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156224;STB=0.586168;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00815139;OID=.;OPOS=128385244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:31:32:43:42:0.567568:18:25:24:7:17:25:25:7 chr2 128390835 . CG C,TG 310.2 PASS AF=0.673469,0.326531;AO=16,5;DP=49;FAO=33,16;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14,14;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172756,0.0265953;FXX=0.019996;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=6.6321,91.8137;QD=25.322;RBI=0.0859529,0.031991;REFB=-0.0510241,-0.0154393;REVB=0.0859356,-0.0177795;RO=9;SAF=5,5;SAR=11,0;SRF=3;SRR=6;SSEN=0.418605,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0154841,0.761805;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.100896,0.0375243;OID=.,.;OPOS=128390836,128390835;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:49:49:9:0:16,5:33,16:0.673469,0.326531:11,0:5,5:3:6:19,2:14,14:0:0 chr2 128394758 . T C 150.31 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0599773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.79;QD=12.27;RBI=0.0603186;REFB=-0.0106244;REVB=0.00640746;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264973;STB=0.515606;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0201638;OID=.;OPOS=128394758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:11:6:12:20:11:6:12:20 chr2 128394877 . C T 225.95 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00716248;FXX=0.0166639;HRUN=7;LEN=1;MLLD=201.928;QD=15.3189;RBI=0.00887598;REFB=-0.00399821;REVB=-0.00524232;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105494;STB=0.546839;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00517841;OID=.;OPOS=128394877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:33:25:26:0.440678:14:11:18:15:14:12:18:15 chr2 128396037 . CAACA C 179.29 PASS AF=0.446154;AO=25;DP=63;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.016112;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=4;MLLD=262.978;QD=11.0336;RBI=0.0167338;REFB=-0.00901006;REVB=0.00451906;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321519;STB=0.630142;STBP=0.088;TYPE=del;VARB=0.0131145;OID=.;OPOS=128396038;OREF=AACA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446154:25:63:29:65:36:14:15:9:27:99:31:12:13:5:26 chr2 128396059 . C G 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.00330635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.985;QD=17.5685;RBI=0.0108329;REFB=0.00214731;REVB=0.010316;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214106;STB=0.618972;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00233499;OID=.;OPOS=128396059;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:16:13:7:24:16:13:7:24 chr2 128400608 . C T 224.3 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0312177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9174;QD=14.4709;RBI=0.0400812;REFB=-0.0452442;REVB=-0.0251388;RO=33;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201372;STB=0.614372;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.036614;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:35:27:27:0.435484:17:10:19:14:17:10:20:15 chr2 128401091 . A G 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0127045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.69;QD=15.2675;RBI=0.0152794;REFB=-0.00849977;REVB=-0.00848847;RO=33;SAF=9;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257584;STB=0.646021;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00967281;OID=.;OPOS=128401091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:17:9:20:13:17:9:20:13 chr2 128460956 . G A 891.75 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.978;QD=57.5322;RBI=0.0740809;REFB=0;REVB=0.00794318;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304597;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:29:29:0:0:30:32:0:0 chr2 128849114 . T C 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.366;QD=60.376;RBI=0.0641352;REFB=0;REVB=0.0267004;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70465e-05;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr2 128870808 . T C 676.74 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.02;QD=60.1544;RBI=0.010807;REFB=0.0709527;REVB=-0.00022712;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00502028;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:0:1:24:20:0:1 chr2 128878014 . G A 714.99 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.10009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5348;QD=51.0703;RBI=0.100112;REFB=-0.0241806;REVB=-0.00209453;RO=3;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00849841;STB=0.504515;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0277006;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:3:3:53:53:0.946429:31:22:1:2:31:22:1:2 chr2 129023282 . G C 883.84 PASS AF=0.927536;AO=53;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0545585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8358;QD=51.2373;RBI=0.0560821;REFB=-0.0794105;REVB=0.0129836;RO=3;SAF=21;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663407;STB=0.510713;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00442133;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:69:69:3:5:53:64:0.927536:32:21:1:2:35:29:3:2 chr2 129075961 . T C,G 157.7 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=12,2;DP=14;FAO=12,2;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=3,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287012,-0.0523819;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=49.865,151.823;QD=45.0565;RBI=0.11737,0.0529595;REFB=0,0;REVB=0.113806,-0.00779989;RO=0;SAF=9,1;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0411049,0.144537;OID=.,.;OPOS=129075961,129075961;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:14:14:0:0:12,2:12,2:0.857143,0.142857:3,1:9,1:0:0:3,1:9,1:0:0 chr2 130738163 . G A 419.89 PASS AF=0.577465;AO=37;DP=67;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00841231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.25;QD=23.6558;RBI=0.0136018;REFB=-0.00952454;REVB=0.0106885;RO=30;SAF=18;SAR=19;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976756;STB=0.551319;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00642502;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:30:30:37:41:0.577465:19:18:11:19:21:20:11:19 chr2 130738329 . C A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0200318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8;QD=22.5337;RBI=0.0571771;REFB=0.0203408;REVB=0.0535532;RO=15;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232717;STB=0.630926;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0138081;OID=.;OPOS=130738329;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:6:13:6:9:6:13:6:9 chr2 130739164 . A G 330.42 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00695175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.738;QD=13.4865;RBI=0.00745986;REFB=-0.00428199;REVB=-0.00270605;RO=61;SAF=15;SAR=22;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130798;STB=0.574723;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00738671;OID=.;OPOS=130739164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:37:37:0.377551:22:15:32:29:22:15:32:29 chr2 130739444 . TGAAGACG T 159.03 PASS AF=0.64;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0308078;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=270.955;QD=25.444;RBI=0.0342979;REFB=-0.0296208;REVB=0.015074;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526282;STBP=0.762;TYPE=del;VARB=0.0126515;OID=.;OPOS=130739445;OREF=GAAGACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.64:16:19:16:25:9:6:10:4:5:59:0:6:10:0:0 chr2 130739542 . A G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0480913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.094;QD=21.1685;RBI=0.0531297;REFB=0.00920363;REVB=0.0225831;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2378;STB=0.636015;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00176257;OID=.;OPOS=130739542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:0:3:4:3:0:3 chr2 130739802 . A G 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.011825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2597;QD=8.40159;RBI=0.0562829;REFB=-0.0258122;REVB=0.0550267;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254235;STB=0.515754;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0406625;OID=.;OPOS=130739802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:7:2:5:16:7:2:5:16 chr2 130739891 . T A 422.59 PASS AF=0.634921;AO=37;DP=61;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0207714;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.43;QD=26.8308;RBI=0.0208269;REFB=-0.0142461;REVB=-0.00152019;RO=24;SAF=8;SAR=29;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758019;STB=0.52576;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0084561;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:24:23:37:40:0.634921:29:8:7:17:30:10:7:16 chr2 130740230 . C T 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00679834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.772;QD=14.8961;RBI=0.025744;REFB=-0.0181604;REVB=-0.0248302;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00154049;STB=0.509994;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0262165;OID=.;OPOS=130740230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:44:32:32:0.421053:14:18:23:18:14:18:24:20 chr2 130832531 . A G 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0121656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.624;QD=6.20615;RBI=0.0260822;REFB=-0.00881525;REVB=-0.0230712;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135046;STB=0.508651;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.036889;OID=.;OPOS=130832531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:4:5:17:13:4:5:17:13 chr2 130866805 . C G 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00283987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.288;QD=8.42983;RBI=0.0161159;REFB=-0.00346914;REVB=0.0158637;RO=35;SAF=9;SAR=4;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18811;STB=0.616252;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00710655;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:4:9:19:16:4:9:19:16 chr2 130900701 . C A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0126246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.751;QD=14.6578;RBI=0.0215642;REFB=0.00140193;REVB=0.0174824;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252173;STB=0.646244;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00200653;OID=.;OPOS=130900701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:11:6:8:5:11:6 chr2 130949411 . G T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.616;QD=39.2065;RBI=0.0518335;REFB=0;REVB=0.0406081;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891398;OID=.;OPOS=130949411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr2 130951548 . G A 1762.02 PASS AF=0.975207;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0255304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.72;QD=58.2485;RBI=0.0621658;REFB=0.000562376;REVB=0.0566815;RO=3;SAF=78;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171034;STB=0.50901;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-1.95828e-05;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:121:3:3:118:118:0.975207:40:78:1:2:40:78:1:2 chr2 130951566 . G A 1896.17 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00851453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.212;QD=59.7219;RBI=0.0673534;REFB=-0.0468227;REVB=0.066813;RO=2;SAF=86;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109213;STB=0.505746;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.000439112;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:2:2:125:125:0.984252:39:86:2:0:39:86:2:0 chr2 131097236 . G A 336.14 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0269834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.579;QD=17.0198;RBI=0.0293376;REFB=-0.0210682;REVB=0.0115149;RO=41;SAF=22;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138913;STB=0.568111;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0338642;OID=.;OPOS=131097236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:41:43:35:36:0.455696:13:22:20:21:14:22:21:22 chr2 131128207 . G A 751.3 PASS AF=0.496599;AO=73;DP=149;FAO=73;FDP=147;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.00173686;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1044;QD=20.4435;RBI=0.00842739;REFB=0.00796939;REVB=0.00824647;RO=76;SAF=34;SAR=39;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293591;STB=0.523758;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00831425;OID=.;OPOS=131128207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:76:74:73:73:0.496599:39:34:33:43:39:34:31:43 chr2 131266530 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.24;QD=45.8058;RBI=0.106381;REFB=0;REVB=0.0342844;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152501;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr2 131369330 . C T 115.36 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=44;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0381127;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.235;QD=10.2541;RBI=0.0678124;REFB=-0.0128914;REVB=-0.0560887;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878659;STB=0.52937;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0286037;OID=.;OPOS=131369330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:31:13:14:0.311111:6:7:19:12:6:8:19:12 chr2 131414176 . C T 228.47 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0118458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6195;QD=9.72194;RBI=0.104298;REFB=-0.0171621;REVB=-0.103623;RO=62;SAF=13;SAR=16;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041656;STB=0.519927;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0352401;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:65:29:29:0.308511:16:13:30:32:16:13:31:34 chr2 131414338 . G A 102.07 PASS AF=0.785714;AO=9;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0281301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.728;QD=29.1637;RBI=0.0320596;REFB=-0.0299362;REVB=0.0153789;RO=3;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140735;STB=0.571311;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00406131;OID=.;OPOS=131414338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:9:11:0.785714:8:1:0:3:9:2:0:3 chr2 131487673 . A C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.031;QD=56.9383;RBI=0.0290621;REFB=0;REVB=0.0227395;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17787e-06;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr2 131520663 . T C 851.99 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.073;QD=56.7991;RBI=0.0189806;REFB=0;REVB=0.018712;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34576e-05;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:18:41:0:0:19:41:0:0 chr2 131672950 . A G 347.79 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0727061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.84;QD=51.5239;RBI=0.0797227;REFB=-0.172348;REVB=0.0327036;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00148823;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:1:0:14:12:1:0 chr2 131674285 . A G 1358.51 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.212;QD=62.4604;RBI=0.0313582;REFB=0;REVB=0.0167669;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47641e-05;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr2 131674453 . T C,TC 43.12 PASS AF=0.0232558,0.116279;AO=7,11;DP=86;FAO=2,10;FDP=86;FR=.;FRO=74;FSAF=2,2;FSAR=0,8;FSRF=50;FSRR=24;FWDB=-0.0150054,-0.100235;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=34.4182,19.17;QD=2.00567;RBI=0.0365019,0.100331;REFB=-0.0336066,-0.0317169;REVB=-0.033275,-0.00438338;RO=68;SAF=2,7;SAR=5,4;SRF=45;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.407788,-0.0343362;STB=0.993242,0.866062;STBP=0.31,0.03;TYPE=snp,ins;VARB=0.0862138,0.112078;OID=.,.;OPOS=131674453,131674454;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:86:86:68:74:7,11:2,10:0.0232558,0.116279:5,4:2,7:45:23:0,8:2,2:50:24 chr2 132137239 . C T 2090.76 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.745;QD=62.4108;RBI=0.0278443;REFB=0;REVB=0.0272543;RO=0;SAF=73;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15829e-05;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:60:73:0:0:61:73:0:0 chr2 132140090 . A C 2309.52 PASS AF=0.957576;AO=157;DP=167;FAO=158;FDP=165;FR=.;FRO=7;FSAF=95;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00782634;FXX=0.0119753;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1252;QD=55.9883;RBI=0.116433;REFB=-0.24314;REVB=0.11617;RO=8;SAF=95;SAR=62;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575303;STB=0.520112;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00893269;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:167:165:8:7:157:158:0.957576:62:95:0:8:63:95:1:6 chr2 132140200 . C A 3418.15 PASS AF=0.977974;AO=222;DP=232;FAO=222;FDP=227;FR=.;FRO=5;FSAF=98;FSAR=124;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=2.72112e-05;FXX=0.0215508;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.906;QD=60.2317;RBI=0.0144788;REFB=-0.0297376;REVB=0.0144788;RO=5;SAF=98;SAR=124;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176299;STB=0.500926;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-1.10657e-05;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:232:227:5:5:222:222:0.977974:124:98:2:3:124:98:2:3 chr2 132141767 . A G 1517.93 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.011776;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.506;QD=62.5952;RBI=0.0365704;REFB=-0.0886199;REVB=0.0346226;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.505262;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000437859;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:0:1:96:96:0.989691:49:47:0:0:49:47:1:0 chr2 132200256 . T C 519.79 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.892;QD=59.4042;RBI=0.0733787;REFB=0;REVB=-0.0715224;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138691;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr2 132200307 . G A 819.42 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=62;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0410823;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.407;QD=54.6283;RBI=0.0841132;REFB=-0.0669642;REVB=0.0733981;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.509431;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000561682;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:60:0:1:58:59:0.983333:26:32:0:0:26:33:0:1 chr2 132200345 . C T 1325.45 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395123;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.932;QD=62.374;RBI=0.0685291;REFB=0;REVB=0.0559912;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154594;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr2 132200529 . A G 849.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.856;QD=56.6106;RBI=0.0683674;REFB=0;REVB=-0.0467661;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140044;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:31:25:0:0:31:29:0:0 chr2 132200935 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.088;QD=53.2772;RBI=0.0361872;REFB=0;REVB=-0.0151227;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104419;OID=.;OPOS=132200935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr2 132201202 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.179;QD=39.2065;RBI=0.0707457;REFB=0;REVB=-0.0461978;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81057e-05;OID=.;OPOS=132201202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr2 132201288 . A G 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.24;QD=62.3471;RBI=0.0371669;REFB=0;REVB=0.0352072;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7935e-05;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr2 132201468 . G A 1909.47 PASS AF=0.976744;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0135753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.6411;QD=59.2085;RBI=0.0144611;REFB=-0.0998908;REVB=-0.00498324;RO=1;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760253;STB=0.511809;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00164163;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:129:129:1:3:126:126:0.976744:62:64:0:1:62:64:0:3 chr2 132201582 . A G 1380.72 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227082;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.991;QD=62.7602;RBI=0.0227645;REFB=0;REVB=-0.00160019;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0383e-05;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr2 132201663 . T C 929.35 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.814;QD=58.0841;RBI=0.00949809;REFB=0;REVB=0.00753658;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35067e-05;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:24:38:0:0:25:39:0:0 chr2 132201718 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.657;QD=57.1767;RBI=0.0320174;REFB=0;REVB=0.0163919;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3238e-05;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr2 132201736 . C G 748.29 PASS AF=1;AO=46;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3007;QD=56.475;RBI=0.198789;REFB=0;REVB=0.109491;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416097;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:46:53:1:18:28:0:0:20:33:0:0 chr2 132201862 . C G 1487.09 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0464828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.135;QD=60.0846;RBI=0.0468905;REFB=-0.0673536;REVB=-0.00616995;RO=1;SAF=63;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0074689;STB=0.50035;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.000414208;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:1:3:96:96:0.969697:33:63:1:0:33:63:2:1 chr2 132201889 . C A 1572.33 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289179;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5944;QD=64.1768;RBI=0.0579277;REFB=0;REVB=0.0501933;RO=0;SAF=60;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318613;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:95:98:1:35:60:0:0:35:63:0:0 chr2 132201930 . T C 1084.18 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0283393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8427;QD=58.6043;RBI=0.0286101;REFB=-0.068984;REVB=-0.00392702;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111301;STB=0.505881;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0037043;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:31:42:1:0:31:42:1:0 chr2 132229720 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.746;QD=53.9111;RBI=0.0348652;REFB=0;REVB=0.0331627;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206252;OID=.;OPOS=132229720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr2 132237983 . A G 350.51 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.763;QD=53.9251;RBI=0.0996026;REFB=0;REVB=0.0314728;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011033;OID=.;OPOS=132237983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:18:6:0:0:19:7:0:0 chr2 132248379 . T G 1460.13 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380067;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3287;QD=63.4839;RBI=0.064478;REFB=0;REVB=-0.0520855;RO=0;SAF=28;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.99143e-05;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:63:28:0:0:63:29:0:0 chr2 132248584 . T C 333.59 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0351354;FXX=0.0624805;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9646;QD=44.4783;RBI=0.0389015;REFB=-0.0268023;REVB=-0.0166983;RO=6;SAF=5;SAR=21;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143985;STB=0.512186;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0180049;OID=.;OPOS=132248584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:32:30:6:4:26:26:0.866667:21:5:1:5:21:5:1:3 chr2 132266142 . G C 709.97 PASS AF=0.486842;AO=74;DP=156;FAO=74;FDP=152;FR=.;FRO=78;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0134736;FXX=0.0256394;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.559;QD=18.6833;RBI=0.0146357;REFB=-0.013829;REVB=0.00571532;RO=78;SAF=46;SAR=28;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187209;STB=0.510339;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0157075;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:152:78:78:74:74:0.486842:28:46:47:31:28:46:47:31 chr2 132274474 . G A 543.99 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00309481;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.819;QD=21.7597;RBI=0.0204846;REFB=-0.038102;REVB=0.0202495;RO=41;SAF=31;SAR=23;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00911555;STB=0.516356;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0268985;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:46:54:54:0.54:23:31:24:17:23:31:28:18 chr2 132275343 . G T 572.7 PASS AF=0.5;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0263437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0504;QD=19.4136;RBI=0.0526491;REFB=0.00166292;REVB=0.0455843;RO=57;SAF=38;SAR=21;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619295;STB=0.544995;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00141621;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:57:59:59:59:0.5:21:38:33:24:21:38:33:26 chr2 132275396 . T C 734.19 PASS AF=0.56;AO=70;DP=125;FAO=70;FDP=125;FR=.;FRO=55;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00418481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.013;QD=23.4939;RBI=0.00418718;REFB=-0.0135319;REVB=0.000140625;RO=54;SAF=42;SAR=28;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066648;STB=0.532885;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00963731;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:54:55:70:70:0.56:28:42:28:26:28:42:29:26 chr2 132277686 . C T 104.33 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0425515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.793;QD=10.4331;RBI=0.0445031;REFB=-0.0107852;REVB=-0.0130344;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193766;STB=0.51161;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0251967;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:7:6:12:15:7:6:12:15 chr2 132277962 . T C 197.76 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0625101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5013;QD=14.6486;RBI=0.0657742;REFB=-0.0169692;REVB=-0.020463;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15915;STB=0.590829;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0172611;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:9:14:14:17:9:14:14:17 chr2 132277984 . G A 179.94 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0499466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.089;QD=15.9948;RBI=0.0510937;REFB=-0.0321409;REVB=0.0107661;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765217;STB=0.523784;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.027263;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:26:18:19:0.422222:7:11:14:12:8:11:14:12 chr2 132287824 . C T 342.5 PASS AF=0.486111;AO=28;DP=75;FAO=35;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00317919;FXX=0.0526247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.157;QD=19.0277;RBI=0.00363202;REFB=-0.047412;REVB=-0.00175623;RO=17;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138854;STB=0.507688;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0448309;OID=.;OPOS=132287824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:17:36:28:35:0.486111:12:16:13:4:19:16:17:19 chr2 132909843 . T C 2998.34 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.205;QD=63.457;RBI=0.0141356;REFB=0;REVB=0.00189079;RO=0;SAF=122;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.17501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98379e-05;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:67:122:0:0:67:122:0:0 chr2 133010786 . C T 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0287586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8501;QD=18.795;RBI=0.0488734;REFB=-0.00306045;REVB=-0.0395164;RO=27;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216686;STB=0.623265;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00239834;OID=.;OPOS=133010786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:7:16:13:14:7:16:13:14 chr2 133010796 . C T 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0548256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7553;QD=2.14541;RBI=0.0549913;REFB=-0.00111169;REVB=0.00426519;RO=50;SAF=3;SAR=3;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459403;STB=0.535596;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00886728;OID=.;OPOS=133010796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:3:3:27:23:3:3:27:23 chr2 133011929 . C T 119.41 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0291296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9804;QD=8.84489;RBI=0.0321265;REFB=-0.0258816;REVB=-0.013549;RO=38;SAF=15;SAR=1;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.727118;STB=0.936953;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0698308;OID=.;OPOS=133011929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:1:15:12:26:1:15:12:26 chr2 133011933 . G A 68.59 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0137264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9736;QD=4.81353;RBI=0.0285879;REFB=-0.00739864;REVB=-0.0250769;RO=46;SAF=2;SAR=9;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513797;STB=0.832749;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0355568;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:9:2:28:18:9:2:28:18 chr2 133011994 . T C 101.19 PASS AF=0.2;AO=16;DP=84;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.0197071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.586;QD=4.76164;RBI=0.0416813;REFB=-0.0090988;REVB=-0.0367282;RO=68;SAF=14;SAR=2;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.612416;STB=0.893598;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0479529;OID=.;OPOS=133011994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:68:68:16:17:0.2:2:14:25:43:2:15:25:43 chr2 133012005 . C T 75.64 PASS AF=0.16092;AO=14;DP=87;FAO=14;FDP=87;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0226784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.218;QD=3.47751;RBI=0.0228016;REFB=-0.0104467;REVB=0.00236768;RO=73;SAF=3;SAR=11;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379974;STB=0.756932;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0465592;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:87:87:73:73:14:14:0.16092:11:3:37:36:11:3:37:36 chr2 133012006 . G A 75.54 PASS AF=0.162791;AO=14;DP=86;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0130704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.174;QD=3.51367;RBI=0.0131755;REFB=-0.025637;REVB=-0.00166091;RO=70;SAF=5;SAR=9;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129018;STB=0.598832;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0319694;OID=.;OPOS=133012006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:86:70:72:14:14:0.162791:9:5:32:38:9:5:34:38 chr2 133012007 . T C 76.59 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.0338301;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.621;QD=3.6469;RBI=0.0590196;REFB=-0.00325588;REVB=-0.0483616;RO=69;SAF=12;SAR=2;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597964;STB=0.883514;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0399798;OID=.;OPOS=133012007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:69:70:14:14:0.166667:2:12:24:45:2:12:25:45 chr2 133012011 . G C 72.94 PASS AF=0.168675;AO=12;DP=82;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0110325;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.494;QD=3.51536;RBI=0.0111523;REFB=-0.0123962;REVB=-0.00163049;RO=70;SAF=4;SAR=8;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15873;STB=0.57949;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0417366;OID=.;OPOS=133012011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:82:83:70:69:12:14:0.168675:8:4:32:38:9:5:31:38 chr2 133012012 . C A 176.28 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0108136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.813;QD=8.39418;RBI=0.0113998;REFB=-0.0132926;REVB=0.00360877;RO=60;SAF=10;SAR=14;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406922;STB=0.524271;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0477363;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:60:24:24:0.285714:14:10:27:33:14:10:27:33 chr2 133012022 . G A 63.72 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0432235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.953;QD=3.35373;RBI=0.0492944;REFB=-0.00771308;REVB=-0.0236996;RO=62;SAF=2;SAR=10;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379444;STB=0.764815;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0487615;OID=.;OPOS=133012022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:74:76:62:64:12:12:0.157895:10:2:27:35:10:2:28:36 chr2 133012034 . C G 278.1 PASS AF=0.352941;AO=25;DP=69;FAO=24;FDP=68;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0363237;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.693;QD=16.359;RBI=0.0771087;REFB=-0.0296377;REVB=0.0680172;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538525;STB=0.504655;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.131271;OID=.;OPOS=133012034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:24:30:25:24:0.352941:13:12:13:11:13:11:14:16 chr2 133012061 . C T 41.56 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0231647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.533;QD=2.18724;RBI=0.0255968;REFB=-0.00219223;REVB=-0.0108901;RO=67;SAF=2;SAR=7;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274032;STB=0.706346;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.022087;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:67:67:9:9:0.118421:7:2:29:38:7:2:29:38 chr2 133012078 . C T 39.09 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00674006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.48;QD=1.88397;RBI=0.0227716;REFB=-0.00213793;REVB=-0.0217512;RO=74;SAF=3;SAR=6;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183638;STB=0.63903;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0332821;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:74:74:9:9:0.108434:6:3:36:38:6:3:36:38 chr2 133012079 . G A 277.0 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00376439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.138;QD=13.512;RBI=0.0228601;REFB=-0.00762995;REVB=0.022548;RO=50;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972344;STB=0.555437;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0189125;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:15:17:22:28:15:17:22:28 chr2 133012080 . A AC 283.32 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0224199;FXX=0.0632831;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.271;QD=15.3144;RBI=0.0825393;REFB=0.0450748;REVB=0.079436;RO=42;SAF=20;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056167;STB=0.539772;STBP=0.493;TYPE=ins;VARB=-0.0380734;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527027:39:81:39:74:35:20:19:15:20:99:42:20:19:19:23 chr2 133012099 . G A 312.09 PASS AF=0.419753;AO=32;DP=80;FAO=34;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00928643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.902;QD=15.4117;RBI=0.0608075;REFB=-0.0137497;REVB=-0.0600942;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102962;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122915;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:36:46:32:34:0.419753:15:17:23:13:17:17:23:23 chr2 133012111 . T C 155.39 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0330253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.743;QD=7.57976;RBI=0.0365718;REFB=0.000412761;REVB=-0.0157107;RO=54;SAF=13;SAR=9;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152313;STB=0.567053;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00263389;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:60:22:22:0.268293:9:13:25:29:9:13:30:30 chr2 133012126 . A C 57.96 PASS AF=0.162162;AO=9;DP=73;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0153531;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.257;QD=3.13279;RBI=0.0153576;REFB=-0.00384527;REVB=0.000373087;RO=59;SAF=3;SAR=6;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0249049;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:73:74:59:62:9:12:0.162162:6:3:31:28:6:6:31:31 chr2 133012147 . A G 80.41 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00629239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.091;QD=4.28874;RBI=0.0235225;REFB=-0.00175216;REVB=-0.0226652;RO=60;SAF=8;SAR=6;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130527;STB=0.59078;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00606008;OID=.;OPOS=133012147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:60:61:14:14:0.186667:6:8:28:32:6:8:28:33 chr2 133012170 . CC AA 197.89 PASS AF=0.4;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00657942;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=204.793;QD=13.1928;RBI=0.00714611;REFB=-0.00131819;REVB=0.00278894;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2778;STB=0.666528;STBP=0.044;TYPE=mnp;VARB=0.00258431;OID=.;OPOS=133012170;OREF=CC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:23:24:0.4:15:8:22:14:16:8:22:14 chr2 133012172 . T C 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00653474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.362;QD=3.43993;RBI=0.0090367;REFB=-0.0115009;REVB=0.00624172;RO=50;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922069;STB=0.563768;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0259581;OID=.;OPOS=133012172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:50:50:9:9:0.152542:4:5:24:26:4:5:24:26 chr2 133012182 . C T 193.27 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00975047;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.36;QD=13.8049;RBI=0.00994241;REFB=-0.0249784;REVB=-0.00194421;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246064;STB=0.62547;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0221604;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:35:33:23:23:0.410714:14:9:22:13:14:9:20:13 chr2 133012234 . G A 48.1 PASS AF=0.0977444;AO=13;DP=133;FAO=13;FDP=133;FR=.;FRO=120;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=91;FWDB=0.0248927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.021;QD=1.44667;RBI=0.061042;REFB=-0.00756449;REVB=-0.0557358;RO=120;SAF=5;SAR=8;SRF=29;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200131;STB=0.64518;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0645409;OID=.;OPOS=133012234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:133:133:120:120:13:13:0.0977444:8:5:29:91:8:5:29:91 chr2 133012250 . T C 66.77 PASS AF=0.116788;AO=16;DP=136;FAO=16;FDP=137;FR=.;FRO=121;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=91;FWDB=-0.0238592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.179;QD=1.94935;RBI=0.0401572;REFB=-0.00803685;REVB=-0.0323008;RO=119;SAF=7;SAR=9;SRF=29;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266607;STB=0.677452;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0634337;OID=.;OPOS=133012250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:136:137:119:121:16:16:0.116788:9:7:29:90:9:7:30:91 chr2 133012267 . T C 982.37 PASS AF=0.635036;AO=76;DP=129;FAO=87;FDP=137;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=75;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0245523;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.266;QD=28.6825;RBI=0.0344816;REFB=-0.019341;REVB=0.0242108;RO=50;SAF=10;SAR=66;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473725;STB=0.740803;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00804468;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:137:50:50:76:87:0.635036:66:10:31:19:75:12:31:19 chr2 133012274 . T C 999.91 PASS AF=0.630435;AO=87;DP=138;FAO=87;FDP=138;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=75;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00441331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.264;QD=28.9829;RBI=0.0137209;REFB=-0.00798654;REVB=0.0129917;RO=50;SAF=12;SAR=75;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439753;STB=0.738767;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00788116;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:50:51:87:87:0.630435:75:12:31:19:75:12:31:20 chr2 133012309 . A G 938.78 PASS AF=0.643411;AO=81;DP=128;FAO=83;FDP=129;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=67;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.000545932;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.21;QD=29.1095;RBI=0.0215588;REFB=-0.0141217;REVB=-0.0215519;RO=46;SAF=14;SAR=67;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357442;STB=0.67672;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0178592;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:46:46:81:83:0.643411:67:14:27:19:67:16:27:19 chr2 133012358 . G A 67.9 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.010473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.596;QD=4.76483;RBI=0.0177897;REFB=-0.00349778;REVB=-0.0143802;RO=46;SAF=1;SAR=10;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517899;STB=0.852897;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0784739;OID=.;OPOS=133012358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:57:57:46:46:11:11:0.192982:10:1:20:26:10:1:20:26 chr2 133012369 . A G 33.94 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.00746619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1883;QD=2.15522;RBI=0.0511262;REFB=0.0037192;REVB=-0.0505781;RO=54;SAF=1;SAR=6;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288527;STB=0.735407;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0211634;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:54:56:7:7:0.111111:6:1:18:36:6:1:19:37 chr2 133012401 . G A 103.44 PASS AF=0.2;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.0162817;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.099;QD=4.86774;RBI=0.0166354;REFB=-0.00734499;REVB=-0.00341225;RO=65;SAF=3;SAR=14;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282797;STB=0.684536;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.044547;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:65:68:17:17:0.2:14:3:23:42:14:3:24:44 chr2 133012414 . G A 156.79 PASS AF=0.255556;AO=22;DP=90;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.0240023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.387;QD=6.96839;RBI=0.0244691;REFB=-0.00572526;REVB=-0.00475683;RO=66;SAF=4;SAR=18;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284592;STB=0.681871;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0163796;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:66:67:22:23:0.255556:18:4:24:42:19:4:24:43 chr2 133012432 . G C 61.96 PASS AF=0.127451;AO=13;DP=102;FAO=13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=61;FWDB=-0.019071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.735;QD=2.42972;RBI=0.0213658;REFB=-0.00350377;REVB=-0.00963304;RO=88;SAF=11;SAR=2;SRF=28;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592918;STB=0.898335;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0338298;OID=.;OPOS=133012432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:102:102:88:89:13:13:0.127451:2:11:28:60:2:11:28:61 chr2 133012457 . C T 40.34 PASS AF=0.0567376;AO=24;DP=424;FAO=24;FDP=423;FR=.;FRO=399;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=245;FSRR=154;FWDB=0.00888231;FXX=0.00704209;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.267;QD=0.381499;RBI=0.0183718;REFB=-0.00327062;REVB=-0.0160819;RO=396;SAF=6;SAR=18;SRF=242;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359712;STB=0.813823;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0223947;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:424:423:396:399:24:24:0.0567376:18:6:242:154:18:6:245:154 chr2 133012458 . GT AC 4283.06 PASS AF=0.779621;AO=328;DP=426;FAO=329;FDP=422;FR=.;FRO=93;FSAF=220;FSAR=109;FSRF=30;FSRR=63;FWDB=0.00193491;FXX=0.0163166;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.716;QD=40.5978;RBI=0.0134723;REFB=-0.0255786;REVB=0.0133326;RO=91;SAF=219;SAR=109;SRF=28;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156587;STB=0.581344;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00480381;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:422:91:93:328:329:0.779621:109:219:28:63:109:220:30:63 chr2 133012465 . C T 35.77 PASS AF=0.0510806;AO=26;DP=509;FAO=26;FDP=509;FR=.;FRO=483;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=296;FSRR=187;FWDB=0.015087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.967;QD=0.281062;RBI=0.0201367;REFB=-0.00081002;REVB=-0.0133368;RO=481;SAF=6;SAR=20;SRF=294;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363506;STB=0.82922;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0156335;OID=.;OPOS=133012465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:509:509:481:483:26:26:0.0510806:20:6:294:187:20:6:296:187 chr2 133012504 . A G 7056.31 PASS AF=0.858844;AO=502;DP=586;FAO=505;FDP=588;FR=.;FRO=83;FSAF=352;FSAR=153;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=-0.00622901;FXX=0.00338977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.782;QD=48.0021;RBI=0.0161293;REFB=-0.00906344;REVB=-0.014878;RO=83;SAF=351;SAR=151;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10667;STB=0.555546;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000861993;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:586:588:83:83:502:505:0.858844:151:351:29:54:153:352:29:54 chr2 133012508 . T C 7643.07 PASS AF=0.903226;AO=503;DP=574;FAO=532;FDP=589;FR=.;FRO=57;FSAF=361;FSAR=171;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.00725181;FXX=0.00841737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.356;QD=51.9054;RBI=0.0440483;REFB=-0.0171261;REVB=0.0434472;RO=55;SAF=355;SAR=148;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707446;STB=0.533576;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00146184;OID=.;OPOS=133012508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:574:589:55:57:503:532:0.903226:148:355:21:34:171:361:21:36 chr2 133012516 . T G 7076.03 PASS AF=0.867572;AO=495;DP=572;FAO=511;FDP=589;FR=.;FRO=78;FSAF=365;FSAR=146;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.0678339;FXX=0.00506748;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.7311;QD=48.0545;RBI=0.0693252;REFB=-0.0389884;REVB=-0.0143017;RO=77;SAF=365;SAR=130;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112;STB=0.553032;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00549219;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:572:589:77:78:495:511:0.867572:130:365:29:48:146:365:29:49 chr2 133012523 . A G 7424.69 PASS AF=0.886054;AO=518;DP=590;FAO=521;FDP=588;FR=.;FRO=67;FSAF=371;FSAR=150;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.0224823;FXX=0.00338977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.109;QD=50.5081;RBI=0.0286309;REFB=-0.0302275;REVB=0.0177277;RO=68;SAF=369;SAR=149;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888588;STB=0.5472;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00558853;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:590:588:68:67:518:521:0.886054:149:369:25:43:150:371:24:43 chr2 133012542 . T C 7599.34 PASS AF=0.899145;AO=525;DP=584;FAO=526;FDP=585;FR=.;FRO=59;FSAF=377;FSAR=149;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.00834359;FXX=0.00170646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.301;QD=51.9613;RBI=0.00919853;REFB=-0.0081884;REVB=-0.00387267;RO=57;SAF=376;SAR=149;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804743;STB=0.541176;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00064254;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:584:585:57:59:525:526:0.899145:149:376:20:37:149:377:22:37 chr2 133012571 . T C 8036.67 PASS AF=0.93437;AO=540;DP=580;FAO=541;FDP=579;FR=.;FRO=38;FSAF=404;FSAR=137;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00473797;FXX=0.00344228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.895;QD=55.521;RBI=0.00594568;REFB=-0.0226201;REVB=0.00359204;RO=37;SAF=403;SAR=137;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492676;STB=0.525326;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00111541;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:580:579:37:38:540:541:0.93437:137:403:16:21:137:404:17:21 chr2 133012612 . T C 4127.38 PASS AF=0.911111;AO=237;DP=319;FAO=287;FDP=315;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=182;FSAR=105;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0457367;FXX=0.00316446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.774;QD=52.4112;RBI=0.0464964;REFB=-0.0305179;REVB=0.00837108;RO=26;SAF=147;SAR=90;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313417;STB=0.516613;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00601938;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:319:315:26:25:237:287:0.911111:90:147:12:14:105:182:11:14 chr2 133012633 . AC ACT,ACTT,GC,TT 207.26 PASS AF=0,0.380952,0.0952381,0.0714286;AO=7,5,4,3;DP=43;FAO=0,16,4,3;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=0,2,1,1;FSAR=0,14,3,2;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0649116,0.0355075,0.0190816,0.00865248;FXX=0.0232504;HRUN=1,1,1,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=22.7308,36.3579,134.185,249.996;QD=19.7391;RBI=0.108142,0.0569871,0.0236782,0.00986816;REFB=-0.0536351,-0.0281662,0.00108254,-0.00139122;REVB=0.0864936,0.044573,-0.0140196,-0.00474503;RO=24;SAF=1,1,1,1;SAR=6,4,3,2;SRF=7;SRR=17;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.257744,-0.142332,-0.0593335,0.0521402;STB=0.5,0.674439,0.567213,0.517128;STBP=1,0.135,0.805,0.95;TYPE=ins,ins,snp,mnp;VARB=-0.0501196,0.0575972,0.0202161,0.00195103;OID=.,.,.,.;OPOS=133012635,133012635,133012633,133012633;OREF=-,-,A,AC;OALT=T,TT,G,TT;OMAPALT=ACT,ACTT,GC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:43:42:24:19:7,5,4,3:0,16,4,3:0,0.380952,0.0952381,0.0714286:6,4,3,2:1,1,1,1:7:17:0,14,3,2:0,2,1,1:6:13 chr2 133012636 . G T 74.8 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0396902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3056;QD=5.98387;RBI=0.0587516;REFB=-0.0289044;REVB=0.0433178;RO=38;SAF=1;SAR=10;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391868;STB=0.777802;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.132441;OID=.;OPOS=133012636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:50:50:38:39:11:11:0.22:10:1:11:27:10:1:12:27 chr2 133012642 . TT CC 220.62 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0149625;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=2;MLLD=277.217;QD=16.045;RBI=0.0201652;REFB=-0.025385;REVB=0.0135188;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138904;STB=0.578066;STBP=0.333;TYPE=mnp;VARB=0.0302854;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:15:10:8:22:15:10:8:22 chr2 133012655 . A G 804.13 PASS AF=0.714286;AO=65;DP=91;FAO=65;FDP=91;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=47;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0228049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.041;QD=35.3463;RBI=0.0238267;REFB=-0.0125184;REVB=0.00690295;RO=26;SAF=18;SAR=47;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201884;STB=0.510866;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00397377;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:26:26:65:65:0.714286:47:18:8:18:47:18:8:18 chr2 133012674 . A G 1431.05 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=99;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00901974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.11;QD=57.8203;RBI=0.0164797;REFB=0.00193102;REVB=0.0137922;RO=5;SAF=28;SAR=66;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340023;STB=0.517971;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=2.18689e-05;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:99:99:5:5:94:94:0.949495:66:28:3:2:66:28:3:2 chr2 133012680 . A G 1003.89 PASS AF=0.773585;AO=82;DP=106;FAO=82;FDP=106;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0152566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.905;QD=37.8828;RBI=0.0390098;REFB=-0.0172286;REVB=-0.0359027;RO=24;SAF=31;SAR=51;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586425;STB=0.531289;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00446278;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:24:24:82:82:0.773585:51:31:6:18:51:31:6:18 chr2 133012688 . A G 1002.08 PASS AF=0.75;AO=80;DP=109;FAO=84;FDP=112;FR=.;FRO=28;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0391644;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.794;QD=35.7885;RBI=0.0463384;REFB=-0.0186977;REVB=0.0247668;RO=28;SAF=31;SAR=49;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339745;STB=0.524686;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00688725;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:28:28:80:84:0.75:49:31:9:19:49:35:9:19 chr2 133012691 . T C 1236.42 PASS AF=0.833333;AO=95;DP=114;FAO=95;FDP=114;FR=.;FRO=19;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00260251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.107;QD=43.383;RBI=0.00260252;REFB=-0.021857;REVB=-5.46363e-06;RO=19;SAF=34;SAR=61;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564222;STB=0.530009;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00414388;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:19:19:95:95:0.833333:61:34:10:9:61:34:10:9 chr2 133012712 . T C 2082.58 PASS AF=0.958042;AO=136;DP=142;FAO=137;FDP=143;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0107431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8748;QD=58.2539;RBI=0.0349288;REFB=-0.0500701;REVB=0.0332356;RO=6;SAF=57;SAR=79;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665471;STB=0.503619;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00286969;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:142:143:6:6:136:137:0.958042:79:57:3:3:80:57:3:3 chr2 133012716 . A G 2004.69 PASS AF=0.939597;AO=139;DP=152;FAO=140;FDP=149;FR=.;FRO=9;FSAF=64;FSAR=76;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0104582;FXX=0.0261421;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.181;QD=53.8171;RBI=0.0130539;REFB=-0.00987185;REVB=-0.00781227;RO=9;SAF=64;SAR=75;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110321;STB=0.505981;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000873735;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:152:149:9:9:139:140:0.939597:75:64:5:4:76:64:5:4 chr2 133012797 . C CCG 562.79 PASS AF=0.71875;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=64;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00488278;FXX=0.228888;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.689;QD=35.1745;RBI=0.0263705;REFB=-0.00812536;REVB=0.0259145;RO=70;SAF=24;SAR=22;SRF=49;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193435;STB=0.50612;STBP=0.871;TYPE=ins;VARB=0.016035;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.71875:46:118:46:64:18:24:22:9:9:99:70:24:22:49:21 chr2 133012799 . AAACT CTTGC 575.45 PASS AF=0.789474;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=57;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00508444;FXX=0.269196;HRUN=3;LEN=5;MLLD=250.097;QD=40.3825;RBI=0.0125896;REFB=0.00110373;REVB=0.0115172;RO=12;SAF=25;SAR=20;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546886;STB=0.529399;STBP=0.383;TYPE=mnp;VARB=-0.000256536;OID=.;OPOS=133012799;OREF=AAACT;OALT=CTTGC;OMAPALT=CTTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:57:12:12:45:45:0.789474:20:25:5:7:20:25:5:7 chr2 133012807 . A G 668.45 PASS AF=0.686747;AO=56;DP=83;FAO=57;FDP=83;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00787972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.102;QD=32.2145;RBI=0.0100366;REFB=-0.0239568;REVB=-0.00621637;RO=26;SAF=32;SAR=24;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196786;STB=0.512949;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0182378;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:26:26:56:57:0.686747:24:32:14:12:24:33:14:12 chr2 133012832 . TG CA,CG 849.73 PASS AF=0.040404,0.69697;AO=4,69;DP=101;FAO=4,69;FDP=99;FR=.;FRO=26;FSAF=3,34;FSAR=1,35;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0270555,-0.0469668;FXX=0.0198;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=68.5344,61.187;QD=34.3325;RBI=0.0313093,0.0550869;REFB=0.0130892,0.0063532;REVB=-0.0157568,-0.0287868;RO=26;SAF=3,34;SAR=1,35;SRF=12;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.325578,0.0159118;STB=0.748754,0.508545;STBP=0.381,0.795;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0307696,-0.00514989;OID=.,.;OPOS=133012832,133012832;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:101:99:26:26:4,69:4,69:0.040404,0.69697:1,35:3,34:12:14:1,35:3,34:12:14 chr2 133012839 . T C 940.13 PASS AF=0.74;AO=73;DP=99;FAO=74;FDP=100;FR=.;FRO=26;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0129976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.354;QD=37.605;RBI=0.02523;REFB=-0.0394014;REVB=0.0216245;RO=25;SAF=35;SAR=38;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000261181;STB=0.503514;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00904607;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:25:26:73:74:0.74:38:35:12:13:38:36:13:13 chr2 133012901 . T C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00835564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.863;QD=16.6157;RBI=0.0410976;REFB=-0.00680547;REVB=-0.0402392;RO=21;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309601;STB=0.679215;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0107196;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:13:4:11:10:13:4:11:10 chr2 133012903 . T C 60.72 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00316348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0868;QD=6.39162;RBI=0.020984;REFB=-0.0118234;REVB=0.0207442;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315976;STB=0.694895;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0225593;OID=.;OPOS=133012903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:28:29:9:9:0.236842:7:2:13:15:7:2:13:16 chr2 133012982 . GT AC 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0267302;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.555;QD=7.12516;RBI=0.0323668;REFB=0.00102072;REVB=-0.0182512;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194397;STB=0.624625;STBP=0.449;TYPE=mnp;VARB=-0.0153005;OID=.;OPOS=133012982;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:8:10:5:2:8:10 chr2 133013092 . G A 34.74 PASS AF=0.26087;AO=4;DP=21;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0332837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.711;QD=6.04144;RBI=0.0398034;REFB=-0.0239815;REVB=-0.021829;RO=17;SAF=0;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.653209;STB=0.605698;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0532942;OID=.;OPOS=133013092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:21:23:17:17:4:6:0.26087:4:0:8:9:4:2:8:9 chr2 133013103 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00956394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.857;QD=7.46507;RBI=0.0152047;REFB=0.00677296;REVB=-0.0118201;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475485;STB=0.530034;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.0073877;OID=.;OPOS=133013103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:8:9:4:3:8:9 chr2 133013144 . A G 259.05 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00505121;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1426;QD=15.7001;RBI=0.00656164;REFB=-0.0356664;REVB=-0.00418812;RO=30;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613718;STB=0.509272;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0578885;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:30:36:30:30:0.454545:17:13:11:19:17:13:15:21 chr2 133013145 . C T 113.86 PASS AF=0.264706;AO=15;DP=66;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0104119;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.91;QD=6.69789;RBI=0.0241472;REFB=-0.0140422;REVB=-0.0217872;RO=48;SAF=2;SAR=13;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468975;STB=0.658906;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0795537;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:48:50:15:18:0.264706:13:2:22:26:13:5:24:26 chr2 133013165 . G T 49.58 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0160873;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.53;QD=2.47878;RBI=0.0161272;REFB=-0.00290774;REVB=-0.00113399;RO=67;SAF=4;SAR=6;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095389;STB=0.550917;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0187037;OID=.;OPOS=133013165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:80:80:67:70:10:10:0.125:6:4:32:35:6:4:32:38 chr2 133013175 . T G 872.98 PASS AF=0.807229;AO=67;DP=83;FAO=67;FDP=83;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0674411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0284;QD=42.0712;RBI=0.0679309;REFB=-0.0219239;REVB=-0.00814244;RO=14;SAF=26;SAR=41;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137689;STB=0.509986;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00844685;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:83:83:14:16:67:67:0.807229:41:26:6:8:41:26:7:9 chr2 133013183 . A G 374.35 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0144711;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.688;QD=17.8264;RBI=0.0187499;REFB=-0.00759886;REVB=0.0119225;RO=45;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081398;STB=0.545432;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0150741;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:45:45:39:39:0.464286:21:18:17:28:21:18:17:28 chr2 133013189 . A G 386.69 PASS AF=0.465116;AO=41;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0393715;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.1897;QD=17.9854;RBI=0.0771333;REFB=0.00481838;REVB=0.0663282;RO=44;SAF=19;SAR=22;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725111;STB=0.55683;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00202321;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:44:46:41:40:0.465116:22:19:17:27:21:19:17:29 chr2 133013201 . C G 986.77 PASS AF=0.83908;AO=72;DP=86;FAO=73;FDP=87;FR=.;FRO=14;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0126828;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.198;QD=45.3687;RBI=0.0173856;REFB=-0.012873;REVB=0.0118914;RO=14;SAF=29;SAR=43;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00817644;STB=0.500644;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00125018;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:87:14:14:72:73:0.83908:43:29:6:8:42:31:6:8 chr2 133013224 . A C 624.23 PASS AF=0.683544;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.012757;FXX=0.225468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.325;QD=31.6065;RBI=0.0182718;REFB=-0.0217392;REVB=0.0130811;RO=25;SAF=23;SAR=31;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148438;STB=0.580223;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00751007;OID=.;OPOS=133013224;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:79:25:25:54:54:0.683544:31:23:17:8:31:23:17:8 chr2 133013250 . C T 138.36 PASS AF=0.218182;AO=21;DP=107;FAO=24;FDP=110;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.00628192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7427;QD=5.03137;RBI=0.010954;REFB=-0.00219312;REVB=-0.0089737;RO=86;SAF=9;SAR=12;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105215;STB=0.607708;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0219512;OID=.;OPOS=133013250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:86:86:21:24:0.218182:12:9:44:42:15:9:44:42 chr2 133013260 . TC T 72.03 PASS AF=0.237624;AO=24;DP=99;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.148282;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.1929;QD=2.85252;RBI=0.187389;REFB=-0.00302605;REVB=0.114573;RO=72;SAF=10;SAR=14;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0.45;SSSB=-0.0864917;STB=0.578447;STBP=0.408;TYPE=del;VARB=-0.0326718;OID=.;OPOS=133013261;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.237624:24:99:24:101:77:10:14:40:37:72:72:10:14:35:37 chr2 133013266 . T G 197.67 PASS AF=0.271845;AO=26;DP=102;FAO=28;FDP=103;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.011901;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.107;QD=7.6764;RBI=0.0132626;REFB=-0.00579579;REVB=-0.0058534;RO=76;SAF=12;SAR=14;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474478;STB=0.504851;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00572147;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:76:75:26:28:0.271845:14:12:38:38:14:14:38:37 chr2 133013270 . A G 182.15 PASS AF=0.254717;AO=27;DP=106;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.00762945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.525;QD=6.87373;RBI=0.0119872;REFB=-0.00693475;REVB=-0.00924577;RO=77;SAF=14;SAR=13;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466641;STB=0.527912;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0140153;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:77:79:27:27:0.254717:13:14:37:40:13:14:38:41 chr2 133013286 . AG CA,CG 166.22 PASS AF=0.243902,0.0487805;AO=20,4;DP=82;FAO=20,4;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=6,2;FSAR=14,2;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0258794,-0.0197559;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=232.613,93.1258;QD=8.10843;RBI=0.0264167,0.0225805;REFB=-0.00741791,-0.00166698;REVB=-0.00530089,-0.0109354;RO=56;SAF=6,2;SAR=14,2;SRF=30;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.291553,-0.0354905;STB=0.677829,0.532098;STBP=0.088,0.913;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0137712,0.016113;OID=.,.;OPOS=133013286,133013286;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:58:20,4:20,4:0.243902,0.0487805:14,2:6,2:30:26:14,2:6,2:31:27 chr2 133013318 . A G 429.27 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.013753;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.313;QD=22.0139;RBI=0.0164826;REFB=-0.0124526;REVB=0.00908458;RO=35;SAF=19;SAR=23;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213717;STB=0.610323;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00625568;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:35:36:42:42:0.538462:23:19:25:10:23:19:25:11 chr2 133013324 . C A 127.75 PASS AF=0.25;AO=19;DP=77;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0179074;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.681;QD=6.72368;RBI=0.0182294;REFB=-0.00768125;REVB=0.00341093;RO=56;SAF=10;SAR=9;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777534;STB=0.553018;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0232976;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:56:57:19:19:0.25:9:10:33:23:9:10:34:23 chr2 133013327 . G T 125.45 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00991078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.145;QD=6.35191;RBI=0.0494601;REFB=-0.00069139;REVB=-0.048457;RO=60;SAF=10;SAR=9;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919996;STB=0.556393;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00230725;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:60:60:19:19:0.240506:9:10:36:24:9:10:36:24 chr2 133013332 . T C 135.81 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0251931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5916;QD=6.87667;RBI=0.0473984;REFB=-0.0201228;REVB=0.0401487;RO=58;SAF=8;SAR=12;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284609;STB=0.676304;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.068516;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:58:59:20:20:0.253165:12:8:37:21:12:8:38:21 chr2 133013343 . T C 177.72 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.014356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.088;QD=8.66948;RBI=0.0146771;REFB=0.00800197;REVB=0.00305307;RO=58;SAF=10;SAR=14;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278396;STB=0.663903;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0131181;OID=.;OPOS=133013343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:58:58:24:24:0.292683:14:10:38:20:14:10:38:20 chr2 133013351 . G A 87.61 PASS AF=0.189873;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0360246;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2142;QD=4.43588;RBI=0.0375518;REFB=0.00844872;REVB=0.0106003;RO=65;SAF=9;SAR=6;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507926;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0197169;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:80:79:65:64:15:15:0.189873:6:9:39:26:6:9:39:25 chr2 133013378 . A G 319.9 PASS AF=0.392405;AO=26;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0133797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.224;QD=16.1975;RBI=0.0161775;REFB=-0.0417374;REVB=0.00909378;RO=43;SAF=9;SAR=17;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346362;STB=0.627389;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0519861;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:26:31:0.392405:17:9:29:14:17:14:29:14 chr2 133013388 . C T 190.75 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.021066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.568;QD=9.53754;RBI=0.0361082;REFB=-0.00430061;REVB=-0.0293262;RO=54;SAF=9;SAR=16;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287762;STB=0.673714;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00826898;OID=.;OPOS=133013388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:55:25:25:0.3125:16:9:33:21:16:9:34:21 chr2 133013418 . A G 345.53 PASS AF=0.506849;AO=35;DP=71;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00333211;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.828;QD=18.9329;RBI=0.0127541;REFB=-0.0117148;REVB=-0.0123111;RO=35;SAF=13;SAR=22;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157123;STB=0.561107;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0159723;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:35:36:35:37:0.506849:22:13:19:16:22:15:19:17 chr2 133013449 . G A 52.42 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0575097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.767;QD=3.67869;RBI=0.0581341;REFB=-0.000410595;REVB=0.00849771;RO=47;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551417;STB=0.529346;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0214106;OID=.;OPOS=133013449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:56:57:47:48:9:9:0.157895:4:5:24:23:4:5:25:23 chr2 133013461 . C T 50.08 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00367652;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.994;QD=4.26174;RBI=0.00469489;REFB=-0.00795442;REVB=-0.00291978;RO=39;SAF=5;SAR=3;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107517;STB=0.573583;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.036306;OID=.;OPOS=133013461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:48:47:39:39:8:8:0.170213:3:5:21:18:3:5:21:18 chr2 133013475 . A G 269.51 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0230911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0965;QD=22.937;RBI=0.0284785;REFB=-0.0237121;REVB=0.0166681;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927583;STB=0.551741;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0199578;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:13:12:13:9:13:12:13:9 chr2 133013489 . C T 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0572627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1619;QD=12.0197;RBI=0.0711899;REFB=0.0195691;REVB=0.0422964;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137756;STB=0.58163;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0255378;OID=.;OPOS=133013489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:12:13:9:5:12:13 chr2 133013492 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0367695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9936;QD=12.3948;RBI=0.0373047;REFB=0.00150089;REVB=0.0062963;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676393;STB=0.539942;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00285098;OID=.;OPOS=133013492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:10:14:9:5:10:14 chr2 133013505 . G C 69.03 PASS AF=0.227273;AO=8;DP=42;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.022046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3089;QD=6.27507;RBI=0.0480531;REFB=-0.00221285;REVB=0.0426975;RO=34;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21835;STB=0.695219;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.015509;OID=.;OPOS=133013505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:44:34:34:8:10:0.227273:6:2:14:20:8:2:14:20 chr2 133013509 . GGGGA CGGGG,GGGGC 297.36 PASS AF=0,0.702703;AO=2,21;DP=38;FAO=0,26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=0,9;FSAR=0,17;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0201648,0.0252696;FXX=0.0263089;HRUN=4,1;LEN=5,1;MLLD=85.105,111.204;QD=32.1471;RBI=0.0292163,0.0254378;REFB=-0.0621827,-0.0861139;REVB=0.0211418,0.00292063;RO=8;SAF=2,7;SAR=0,14;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.590874,-0.0907263;STB=0.5,0.505716;STBP=1,0.959;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0409792;OID=.,.;OPOS=133013509,133013513;OREF=GGGGA,A;OALT=CGGGG,C;OMAPALT=CGGGG,GGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:81:38:37:8:11:2,21:0,26:0,0.702703:0,14:2,7:4:4:0,17:0,9:4:7 chr2 133013541 . G A 59.67 PASS AF=0.290323;AO=6;DP=28;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00185445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.029;QD=7.69936;RBI=0.00819129;REFB=-0.00500667;REVB=0.00797861;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199028;STB=0.53948;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.051785;OID=.;OPOS=133013541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:28:31:22:22:6:9:0.290323:2:4:11:11:5:4:11:11 chr2 133013556 . C T 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0132115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.898;QD=8.51179;RBI=0.0279465;REFB=-0.000483681;REVB=-0.0246265;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162206;STB=0.5998;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000132792;OID=.;OPOS=133013556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:11:13:4:6:11:13 chr2 133013567 . T C 310.34 PASS AF=0.684211;AO=17;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=11;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0489349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.336;QD=32.6676;RBI=0.0502904;REFB=-0.00425053;REVB=0.0115978;RO=8;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936007;STB=0.54051;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00158375;OID=.;OPOS=133013567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:38:38:8:11:17:26:0.684211:13:4:1:7:13:13:4:7 chr2 133013590 . A C,G 543.13 PASS AF=0.0810811,0.918919;AO=3,34;DP=37;FAO=3,34;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=3,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343481,0.0278569;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.883,163.231;QD=58.7168;RBI=0.0345401,0.0279423;REFB=0,0;REVB=-0.00363704,0.00218231;RO=0;SAF=0,14;SAR=3,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.48532e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0213647,-0.000308028;OID=.,.;OPOS=133013590,133013590;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:37:37:0:0:3,34:3,34:0.0810811,0.918919:3,20:0,14:0:0:3,20:0,14:0:0 chr2 133013631 . G A 204.89 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00733723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6957;QD=16.3913;RBI=0.0120454;REFB=0.00305847;REVB=-0.00955283;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250093;STB=0.644028;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00256306;OID=.;OPOS=133013631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:15:6:15:14:15:6:15:14 chr2 133013644 . G A 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0174964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.566;QD=5.60018;RBI=0.0187385;REFB=-0.00178938;REVB=-0.00670864;RO=42;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435632;STB=0.776233;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00463072;OID=.;OPOS=133013644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:3:8:15:27:3:8:15:27 chr2 133013680 . G A 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0191105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.152;QD=12.837;RBI=0.0430753;REFB=0.000951833;REVB=-0.038604;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174139;STB=0.59992;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00123335;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:10:15:17:22:10:15:17:22 chr2 133013687 . T C 98.18 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0440204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.047;QD=6.33413;RBI=0.0446781;REFB=-0.00353385;REVB=0.00763746;RO=47;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292027;STB=0.680613;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0185706;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:5:10:20:27:5:10:20:27 chr2 133013695 . CA CG,TG 308.36 PASS AF=0.333333,0.216667;AO=20,13;DP=62;FAO=20,13;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=6,10;FSAR=14,3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0147427,-0.00113662;FXX=0.0322529;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=127.612,154.769;QD=20.5575;RBI=0.0148084,0.0257698;REFB=-0.0107416,-0.0214972;REVB=-0.00139401,-0.0257448;RO=27;SAF=6,10;SAR=14,3;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.195852,0.348275;STB=0.612785,0.710951;STBP=0.204,0.089;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0275057,-0.00639791;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:27:27:20,13:20,13:0.333333,0.216667:14,3:6,10:13:14:14,3:6,10:13:14 chr2 133013704 . G A 139.82 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0185461;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.864;QD=9.16869;RBI=0.0294618;REFB=-0.0176835;REVB=-0.0228919;RO=41;SAF=6;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26005;STB=0.662392;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0468875;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:42:19:19:0.311475:13:6:22:19:13:6:23:19 chr2 133013706 . A G 49.17 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0327081;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.246;QD=3.22435;RBI=0.0399089;REFB=-0.00569271;REVB=-0.0228671;RO=52;SAF=2;SAR=7;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388434;STB=0.77145;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0613525;OID=.;OPOS=133013706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:62:61:52:52:9:9:0.147541:7:2:28:24:7:2:28:24 chr2 133013756 . G A 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00061115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8836;QD=11.4904;RBI=0.0401937;REFB=-0.00589992;REVB=-0.0401891;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308775;STB=0.681601;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0109237;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:10:6:21:11:10:6:21:11 chr2 133014552 . C T 74.18 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0193919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.704;QD=10.232;RBI=0.0222766;REFB=-0.00911216;REVB=0.0109636;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200623;STB=0.621967;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0352977;OID=.;OPOS=133014552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:3:7:10:9:3:7:10:9 chr2 133014559 . G T 30.32 PASS AF=0.2;AO=5;DP=28;FAO=5;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0472553;FXX=0.137883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.5079;QD=4.85146;RBI=0.101886;REFB=-0.0332072;REVB=-0.0902641;RO=14;SAF=3;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139653;STB=0.540818;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0928763;OID=.;OPOS=133014559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:28:25:14:20:5:5:0.2:2:3:10:4:2:3:11:9 chr2 133014592 . G A 71.09 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0152798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.875;QD=7.48281;RBI=0.0217027;REFB=-0.00507902;REVB=0.0154121;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16099;STB=0.5998;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0114642;OID=.;OPOS=133014592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:26:28:10:10:0.263158:4:6:12:14:4:6:13:15 chr2 133014602 . G C 289.02 PASS AF=0.694444;AO=24;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0417473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.15;QD=32.1131;RBI=0.0535273;REFB=-0.0336613;REVB=0.0335013;RO=11;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746785;STB=0.532412;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00902308;OID=.;OPOS=133014602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:24:25:0.694444:10:14:5:6:11:14:5:6 chr2 133014612 . A C 285.17 PASS AF=0.694444;AO=26;DP=37;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.024677;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.269;QD=31.6858;RBI=0.0337607;REFB=-0.0419382;REVB=0.0230397;RO=11;SAF=16;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900454;STB=0.545418;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0204229;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:36:11:11:26:25:0.694444:10:16:5:6:10:15:5:6 chr2 133014619 . C T 128.49 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0450061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7716;QD=13.1788;RBI=0.0606436;REFB=-0.0209481;REVB=0.040646;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181622;STB=0.510624;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0495964;OID=.;OPOS=133014619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:14:10:6:9:14:10 chr2 133014640 . C T 166.41 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00255029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.449;QD=14.7923;RBI=0.0368064;REFB=-0.00731198;REVB=0.036718;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391007;STB=0.522588;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00958614;OID=.;OPOS=133014640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:16:11:8:10:16:11 chr2 133014651 . A AC 263.57 PASS AF=0.717391;AO=32;DP=48;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0443081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.3929;QD=22.9193;RBI=0.0821692;REFB=-0.0231279;REVB=0.0691995;RO=15;SAF=20;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155214;STB=0.502761;STBP=0.964;TYPE=ins;VARB=0.0154989;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.717391:32:48:33:46:13:20:13:8:5:60:15:20:12:9:6 chr2 133036254 . T C 39.25 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0152615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.261;QD=2.37877;RBI=0.0169896;REFB=-0.00338882;REVB=0.00746565;RO=58;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690278;STB=0.551051;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00463974;OID=.;OPOS=133036254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:58:58:8:8:0.121212:5:3:25:33:5:3:25:33 chr2 133036257 . TG CA 39.25 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00988556;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=340.985;QD=2.37873;RBI=0.0101736;REFB=-0.000874976;REVB=-0.00240388;RO=57;SAF=3;SAR=5;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571189;STB=0.551051;STBP=0.792;TYPE=mnp;VARB=0.00662238;OID=.;OPOS=133036257;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:57:58:8:8:0.121212:5:3:24:33:5:3:25:33 chr2 133036263 . A G 52.29 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0276892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.59;QD=3.07575;RBI=0.0297069;REFB=-0.00462513;REVB=0.0107616;RO=58;SAF=6;SAR=4;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225646;STB=0.654874;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0166444;OID=.;OPOS=133036263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:4:6:24:34:4:6:24:34 chr2 133036280 . A C 43.41 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0132665;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7117;QD=2.41177;RBI=0.0166891;REFB=0.00383495;REVB=-0.0101256;RO=63;SAF=5;SAR=4;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114313;STB=0.58264;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.032183;OID=.;OPOS=133036280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:63:63:9:9:0.125:4:5:29:34:4:5:29:34 chr2 133036337 . A G 72.46 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00399938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.794;QD=4.7515;RBI=0.0240445;REFB=-0.00671897;REVB=-0.0237095;RO=48;SAF=7;SAR=5;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780213;STB=0.559129;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0342706;OID=.;OPOS=133036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:48:49:12:12:0.196721:5:7:25:23:5:7:25:24 chr2 133036343 . C T 68.04 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0599445;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8981;QD=4.77449;RBI=0.0775222;REFB=-0.000174673;REVB=0.0491563;RO=47;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182879;STB=0.627971;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00830621;OID=.;OPOS=133036343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:58:57:47:46:11:11:0.192982:4:7:23:24:4:7:22:24 chr2 133036364 . G A 67.8 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0174108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3125;QD=5.42432;RBI=0.027042;REFB=-0.00743164;REVB=0.0206914;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15302;STB=0.5998;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0320187;OID=.;OPOS=133036364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:4:6:19:21:4:6:19:21 chr2 133036394 . A G 41.2 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0531865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.559;QD=3.83233;RBI=0.0601503;REFB=-0.00352819;REVB=-0.0280938;RO=36;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293214;STB=0.704108;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0851909;OID=.;OPOS=133036394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:2:5:17:19:2:5:17:19 chr2 133036419 . A C 42.72 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0381223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1494;QD=5.02577;RBI=0.0394977;REFB=0.00251594;REVB=-0.0103323;RO=25;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377228;STB=0.786946;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0221874;OID=.;OPOS=133036419;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:25:27:7:7:0.205882:1:6:15:10:1:6:15:12 chr2 133036510 . C A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0310531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.843;QD=4.62989;RBI=0.0314761;REFB=0.000715827;REVB=0.0051426;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466663;STB=0.7992;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=8.04513e-05;OID=.;OPOS=133036510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:2:4:6:18:2:4:6:18 chr2 133036522 . G T 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00358298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8852;QD=4.4612;RBI=0.00931298;REFB=0.00110219;REVB=-0.00859615;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478797;STB=0.806891;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00147996;OID=.;OPOS=133036522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:2:4:6:19:2:4:6:19 chr2 133036524 . C T 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0615944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0546;QD=4.3036;RBI=0.0655422;REFB=0.00466462;REVB=-0.0224035;RO=26;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448329;STB=0.791657;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0164259;OID=.;OPOS=133036524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:2:4:7:19:2:4:7:19 chr2 133036530 . A G 34.53 PASS AF=0.193548;AO=5;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0291102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.121;QD=4.45531;RBI=0.0330024;REFB=-0.000368166;REVB=-0.0155486;RO=25;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368418;STB=0.783523;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00236451;OID=.;OPOS=133036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:31:25:25:5:6:0.193548:2:3:7:18:2:4:7:18 chr2 133036571 . C T 44.18 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00562785;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.624;QD=5.70065;RBI=0.0209872;REFB=-0.00447775;REVB=-0.0202185;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187877;STB=0.586909;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0224721;OID=.;OPOS=133036571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:31:31:22:24:7:7:0.225806:3:4:9:13:3:4:11:13 chr2 133036619 . CCA TGA,TGG 47.03 PASS AF=0.146341,0.0487805;AO=6,2;DP=42;FAO=6,2;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=4,1;FSAR=2,1;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0124534,-0.00854712;FXX=0.0238039;HRUN=2,2;LEN=2,3;MLLD=165.25,230.043;QD=4.58836;RBI=0.0339262,0.0100206;REFB=-0.00409046,-0.00187323;REVB=0.0315579,0.00523069;RO=33;SAF=4,1;SAR=2,1;SRF=19;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.113667,-0.0660139;STB=0.581538,0.570734;STBP=0.773,0.839;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.01274,0.0273072;OID=.,.;OPOS=133036619,133036619;OREF=CC,CCA;OALT=TG,TGG;OMAPALT=TGA,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:42:41:33:33:6,2:6,2:0.146341,0.0487805:2,1:4,1:19:14:2,1:4,1:19:14 chr2 133036630 . A G 90.04 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00466051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.918;QD=5.90443;RBI=0.0259006;REFB=-0.0106273;REVB=0.0254778;RO=47;SAF=3;SAR=11;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464801;STB=0.790771;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.044046;OID=.;OPOS=133036630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:47:47:14:14:0.229508:11:3:28:19:11:3:28:19 chr2 133036632 . G A 98.25 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0177725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.186;QD=6.33864;RBI=0.018116;REFB=-0.00505536;REVB=0.00351128;RO=46;SAF=4;SAR=11;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409167;STB=0.74544;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0243083;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:46:47:15:15:0.241935:11:4:28:18:11:4:28:19 chr2 133036650 . T G 303.4 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0179412;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9369;QD=17.0929;RBI=0.0671947;REFB=-0.0038169;REVB=0.0647552;RO=39;SAF=11;SAR=22;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251451;STB=0.647528;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00691268;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:38:33:33:0.464789:22:11:23:16:22:11:23:15 chr2 133036661 . A AT 296.37 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0194175;FXX=0.0399947;HRUN=0;LEN=1;MLLD=80.3365;QD=16.465;RBI=0.0213347;REFB=-0.0165976;REVB=0.00883912;RO=43;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733688;STB=0.572821;STBP=0.295;TYPE=ins;VARB=0.0126286;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:33:77:33:72:39:15:18:23:16:99:43:16:17:24:19 chr2 133036666 . AC A,AT 348.07 PASS AF=0.454545,0.038961;AO=36,3;DP=78;FAO=35,3;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17,1;FSAR=18,2;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00613912,-0.0013447;FXX=0.0128189;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.5071,141.014;QD=18.0818;RBI=0.0296402,0.0306478;REFB=0.0018368,0.00397476;REVB=-0.0289974,-0.0306183;RO=38;SAF=17,1;SAR=19,2;SRF=22;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0979965,-0.238057;STB=0.541226,0.706369;STBP=0.517,0.536;TYPE=del,snp;VARB=-0.000519949,-0.00700796;OID=.,.;OPOS=133036667,133036667;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545,0.038961:36,3:78:35,3:77:39:17,1:18,2:22:17:99:38:17,1:19,2:22:16 chr2 133036669 . G T 395.91 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=7.41071e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.09;QD=20.303;RBI=0.0432297;REFB=-0.0112488;REVB=-0.0432296;RO=36;SAF=19;SAR=21;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116187;STB=0.563187;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0217579;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:38:40:40:0.512821:21:19:22:14:21:19:23:15 chr2 133036693 . T G 608.09 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00186724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.29;QD=27.6405;RBI=0.0325329;REFB=-0.0226732;REVB=0.0324793;RO=34;SAF=27;SAR=27;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835306;STB=0.545438;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0136317;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:34:54:54:0.613636:27:27:21:13:27:27:21:13 chr2 133036697 . A G 588.97 PASS AF=0.582418;AO=52;DP=90;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00723938;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.098;QD=25.889;RBI=0.00762381;REFB=-0.0162433;REVB=-0.00239037;RO=38;SAF=26;SAR=26;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081288;STB=0.540076;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0272309;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:38:38:52:53:0.582418:26:26:23:15:26:27:23:15 chr2 133036704 . T C 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00219921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.677;QD=19.5834;RBI=0.00569457;REFB=-0.0107467;REVB=-0.00525277;RO=49;SAF=23;SAR=23;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663286;STB=0.536826;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00856036;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:23:23:28:21:23:23:28:21 chr2 133036714 . A G 466.16 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00950316;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.877;QD=19.4233;RBI=0.0248609;REFB=-0.00490961;REVB=0.0229729;RO=50;SAF=22;SAR=24;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764242;STB=0.542477;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0257459;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:50:50:46:46:0.479167:24:22:28:22:24:22:28:22 chr2 133036716 . G T 415.48 PASS AF=0.451613;AO=43;DP=94;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00327456;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.989;QD=17.8699;RBI=0.0143578;REFB=-0.0193976;REVB=-0.0139794;RO=48;SAF=20;SAR=23;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091956;STB=0.563523;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0294999;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:48:51:43:42:0.451613:23:20:27:21:23:19:29:22 chr2 133036720 . T C 41.93 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=96;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=0.00993063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.233;QD=1.74697;RBI=0.0273808;REFB=-0.00335293;REVB=-0.0255165;RO=86;SAF=5;SAR=5;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412418;STB=0.531188;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0286997;OID=.;OPOS=133036720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:96:96:86:86:10:10:0.104167:5:5:46:40:5:5:46:40 chr2 133036742 . T C 303.05 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00711991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0727;QD=14.605;RBI=0.0207059;REFB=-0.00567011;REVB=0.0194433;RO=49;SAF=20;SAR=14;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396219;STB=0.522483;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00333359;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:14:20:27:22:14:20:27:22 chr2 133036757 . A G 186.07 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0719881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1606;QD=10.4827;RBI=0.0722951;REFB=-0.00972551;REVB=-0.0066556;RO=47;SAF=18;SAR=6;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273703;STB=0.661274;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0324145;OID=.;OPOS=133036757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:6:18:25:22:6:18:25:22 chr2 133036777 . A G 57.46 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0169275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.457;QD=4.50627;RBI=0.0273867;REFB=-0.00476243;REVB=-0.0215289;RO=42;SAF=7;SAR=2;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331073;STB=0.725881;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0323837;OID=.;OPOS=133036777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:2:7:22:20:2:7:22:20 chr2 133036780 . A G 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0326292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.419;QD=3.29621;RBI=0.0358822;REFB=0.00449843;REVB=-0.0149287;RO=42;SAF=6;SAR=1;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432517;STB=0.817192;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0115533;OID=.;OPOS=133036780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:1:6:22:20:1:6:22:20 chr2 133036787 . C A 84.94 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00491401;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.663;QD=9.43737;RBI=0.0311598;REFB=-0.000838903;REVB=-0.0307699;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201073;STB=0.599822;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00256099;OID=.;OPOS=133036787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:38:36:27:25:11:11:0.305556:6:5:17:10:6:5:15:10 chr2 133036797 . A AAGC 56.51 PASS AF=0.32;AO=7;DP=28;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00876353;FXX=0.0384468;HRUN=6;LEN=3;MLLD=253.819;QD=9.04221;RBI=0.0129447;REFB=-0.00214824;REVB=-0.00952712;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111678;STB=0.56684;STBP=0.599;TYPE=ins;VARB=0.00389103;OID=.;OPOS=133036798;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:7:28:8:25:17:3:5:8:9:56:19:3:4:10:9 chr2 133036812 . T C 76.94 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0218363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.397;QD=11.8368;RBI=0.0248228;REFB=-0.00120112;REVB=-0.0118046;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714454;STB=0.516097;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00362053;OID=.;OPOS=133036812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:26:15:16:10:10:0.384615:6:4:5:10:6:4:6:10 chr2 133036828 . A G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00413583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.695;QD=9.19992;RBI=0.00771035;REFB=-0.00884851;REVB=-0.00650725;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343745;STB=0.71926;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0155005;OID=.;OPOS=133036828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:5:8:6:1:5:8 chr2 133036840 . C T 78.42 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0355759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9073;QD=14.938;RBI=0.0715871;REFB=-0.0975727;REVB=0.0621213;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237585;STB=0.583162;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0680242;OID=.;OPOS=133036840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:21:21:9:10:9:9:0.428571:6:3:1:8:6:3:2:8 chr2 133036851 . T TC 46.71 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0941044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.6988;QD=10.3795;RBI=0.103912;REFB=-0.000246707;REVB=-0.0440681;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413297;STB=0.69701;STBP=0.293;TYPE=ins;VARB=-0.020647;OID=.;OPOS=133036852;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:7:20:7:18:11:1:6:4:7:46:13:1:6:6:7 chr2 133036856 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0143385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8385;QD=9.76093;RBI=0.0143396;REFB=-0.00980439;REVB=-0.000178632;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369272;STB=0.733907;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0307742;OID=.;OPOS=133036856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:6:1:5:7:6:1:5:7 chr2 133036858 . C G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-2.56672e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.416;QD=10.3903;RBI=0.00381722;REFB=-0.0181238;REVB=-0.00381714;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312896;STB=0.69701;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0239334;OID=.;OPOS=133036858;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:4:7:6:1:4:7 chr2 133037108 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.000302836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.987;QD=8.25463;RBI=0.00258458;REFB=-0.0281344;REVB=0.00256678;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359862;STB=0.759899;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0338674;OID=.;OPOS=133037108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:1:5:6:5:1:5:6:6 chr2 133037115 . A C 50.61 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0383933;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.629;QD=13.4964;RBI=0.110914;REFB=-0.0126598;REVB=-0.104057;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308675;STB=0.665925;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0385791;OID=.;OPOS=133037115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:16:15:6:7:5:5:0.333333:1:4:3:3:1:4:4:3 chr2 133037140 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0190836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.987;QD=15.8391;RBI=0.0191688;REFB=-0.0189006;REVB=-0.00180578;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539065;STB=0.822615;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00715474;OID=.;OPOS=133037140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:1:7:2:5:1:7:2:5 chr2 133037153 . C T 73.0 PASS AF=0.529412;AO=6;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00528708;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2227;QD=17.1769;RBI=0.020258;REFB=-0.0209162;REVB=0.0195559;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443891;STB=0.812733;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0103723;OID=.;OPOS=133037153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:18:17:4:8:6:9:0.529412:1:5:1:3:1:8:3:5 chr2 133037226 . T C 92.33 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00816001;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.389;QD=12.7346;RBI=0.00896411;REFB=-0.00946386;REVB=-0.00371074;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121912;STB=0.502954;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0203745;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:29:29:15:17:11:12:0.413793:5:6:10:5:5:7:10:7 chr2 133037311 . C A 134.3 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0240867;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5139;QD=15.3488;RBI=0.0625894;REFB=0.0114062;REVB=0.0577691;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266846;STB=0.653639;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0114237;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:20:14:15:0.428571:9:5:13:8:10:5:12:8 chr2 133037397 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00574292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.827;QD=16.1723;RBI=0.00633521;REFB=-0.00863579;REVB=-0.00267465;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217118;STB=0.624844;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00870221;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:12:8:10:6:12:8 chr2 133037534 . C G 932.72 PASS AF=0.894737;AO=68;DP=76;FAO=68;FDP=76;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0184629;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=293.153;QD=49.0905;RBI=0.0197054;REFB=-0.0165036;REVB=0.00688648;RO=5;SAF=1;SAR=67;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604864;STB=0.824973;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000975087;OID=.;OPOS=133037534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:76:76:5:8:68:68:0.894737:67:1:4:1:67:1:4:4 chr2 133037538 . A C 1046.46 PASS AF=0.96;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=71;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0358902;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.316;QD=55.8112;RBI=0.0397269;REFB=-0.0716187;REVB=0.0170329;RO=3;SAF=1;SAR=71;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550487;STB=0.799871;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000573865;OID=.;OPOS=133037538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:76:75:3:3:72:72:0.96:71:1:3:0:71:1:3:0 chr2 133037558 . T TTTTAA 1015.08 PASS AF=0.947368;AO=64;DP=79;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=71;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0245096;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=5;MLLD=260.365;QD=53.4251;RBI=0.0258617;REFB=-0.00113271;REVB=-0.00825278;RO=9;SAF=1;SAR=63;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519607;STB=0.797625;STBP=0;TYPE=ins;VARB=9.22117e-05;OID=.;OPOS=133037559;OREF=-;OALT=TTTAA;OMAPALT=TTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:64:79:72:76:4:1:71:3:1:13:9:1:63:3:6 chr2 133037568 . T C 1054.29 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0505413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1444;QD=56.9889;RBI=0.0712386;REFB=-0.0716904;REVB=0.0502047;RO=2;SAF=2;SAR=69;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180724;STB=0.596559;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00286647;OID=.;OPOS=133037568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:71:72:0.972973:69:2:1:1:70:2:1:1 chr2 133037582 . G C 757.47 PASS AF=0.904762;AO=57;DP=63;FAO=57;FDP=63;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00307706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.434;QD=48.0931;RBI=0.00762073;REFB=-0.000113994;REVB=0.00697189;RO=6;SAF=1;SAR=56;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433814;STB=0.736722;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=1.37719e-05;OID=.;OPOS=133037582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:63:63:6:6:57:57:0.904762:56:1:2:4:56:1:2:4 chr2 133037584 . A G 750.72 PASS AF=0.890625;AO=57;DP=64;FAO=57;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00281944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7662;QD=46.9198;RBI=0.0127824;REFB=0.00451318;REVB=-0.0124675;RO=7;SAF=1;SAR=56;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5259;STB=0.788579;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000906159;OID=.;OPOS=133037584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:7:7:57:57:0.890625:56:1:3:4:56:1:3:4 chr2 133037592 . CTA C 534.54 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0567853;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=2;MLLD=302.37;QD=52.1502;RBI=0.0615196;REFB=-0.0137619;REVB=0.0236662;RO=3;SAF=1;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543305;STB=0.833061;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.00122267;OID=.;OPOS=133037593;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.902439:37:41:37:41:4:1:36:4:0:20:3:1:36:3:0 chr2 133037609 . A G 341.01 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0644569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.908;QD=42.626;RBI=0.0694681;REFB=-0.00493462;REVB=0.0259061;RO=5;SAF=1;SAR=26;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.637857;STB=0.856759;STBP=0;TYPE=snp;VARB=4.08554e-05;OID=.;OPOS=133037609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:32:5:5:27:27:0.84375:26:1:5:0:26:1:5:0 chr2 133037612 . A G 166.61 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0778612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.775;QD=31.7354;RBI=0.0890179;REFB=0.00334679;REVB=0.0431489;RO=5;SAF=1;SAR=15;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.626556;STB=0.856558;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00358034;OID=.;OPOS=133037612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:15:1:5:0:15:1:5:0 chr2 133037618 . G C 60.05 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0369026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.94;QD=17.1582;RBI=0.0783192;REFB=-0.016603;REVB=0.0690804;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51636;STB=0.799313;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0204236;OID=.;OPOS=133037618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:6:6:7:8:0.571429:5:2:6:0:6:2:6:0 chr2 133037812 . A G 729.57 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.952;QD=54.0419;RBI=0.0567706;REFB=0;REVB=-0.0381154;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765642;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:29:21:0:0:30:24:0:0 chr2 133038166 . T C 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0226596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8111;QD=11.5962;RBI=0.0695075;REFB=-0.0141891;REVB=0.0657102;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218581;STB=0.631344;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0234504;OID=.;OPOS=133038166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:9:3:9:12:9:3:9:12 chr2 133038179 . AG CT 107.12 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0128534;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.79;QD=11.5803;RBI=0.0134908;REFB=-0.00973167;REVB=0.00409758;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175995;STB=0.605213;STBP=0.325;TYPE=mnp;VARB=0.0165418;OID=.;OPOS=133038179;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:24:24:13:13:0.351351:9:4:11:13:9:4:11:13 chr2 133038188 . T C 165.46 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0232615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5649;QD=14.3874;RBI=0.0509388;REFB=0.0167232;REVB=-0.0453174;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107325;STB=0.562429;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0413912;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:12:6:12:16:12:6:12:16 chr2 133038228 . C T 152.91 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00547073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.08;QD=10.3667;RBI=0.0284884;REFB=-0.00751314;REVB=-0.0279582;RO=38;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189625;STB=0.62363;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0123608;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:39:20:20:0.338983:15:5:15:23:15:5:16:23 chr2 133038234 . C T 141.85 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00611457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.772;QD=9.61667;RBI=0.0121574;REFB=-0.00486369;REVB=-0.0105078;RO=39;SAF=5;SAR=14;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190857;STB=0.607318;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00744752;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:39:40:19:19:0.322034:14:5:16:23:14:5:16:24 chr2 133038264 . G A 136.05 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0531797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6444;QD=9.71806;RBI=0.0611484;REFB=-0.00763529;REVB=0.0301836;RO=38;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186179;STB=0.571676;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.015876;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:38:38:17:18:0.321429:13:4:14:24:13:5:14:24 chr2 133038275 . C T 127.22 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00215282;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.062;QD=9.97798;RBI=0.00575379;REFB=-0.00451975;REVB=0.00533586;RO=34;SAF=4;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177824;STB=0.620528;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00743859;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:34:35:16:16:0.313725:12:4:13:21:12:4:14:21 chr2 133038280 . A C 141.67 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=49;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.039098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.764;QD=11.1112;RBI=0.0421794;REFB=-0.0564366;REVB=-0.0158256;RO=32;SAF=3;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250082;STB=0.618896;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0360585;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:32:34:15:17:0.333333:12:3:12:20:13:4:13:21 chr2 133038365 . G T 113.84 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0140432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.6935;QD=9.89903;RBI=0.0403712;REFB=0.0341105;REVB=0.03785;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468902;STB=0.528261;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.037788;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:8:6:15:17:8:6:15:17 chr2 133038366 . C T 378.94 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0368422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.025;QD=33.6834;RBI=0.0372232;REFB=-0.0222725;REVB=0.00531248;RO=14;SAF=14;SAR=17;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132783;STB=0.507242;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00786536;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:17:14:6:8:17:14:6:8 chr2 133038378 . A G 90.79 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00690236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.684;QD=9.31193;RBI=0.00841905;REFB=-0.0229285;REVB=-0.00482057;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980574;STB=0.512799;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0319134;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:38:39:24:27:11:12:0.307692:6:5:13:11:6:6:13:14 chr2 133038383 . GC AT 95.2 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0190642;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.991;QD=11.1998;RBI=0.0254336;REFB=-0.0164583;REVB=-0.0168351;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764774;STB=0.558727;STBP=0.631;TYPE=mnp;VARB=0.0465918;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:6:6:9:12:6:6:9:13 chr2 133038400 . GA G 49.91 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00612246;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.5496;QD=5.7044;RBI=0.0360292;REFB=0.00534572;REVB=-0.0355052;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138861;STB=0.595568;STBP=0.481;TYPE=del;VARB=-0.0107517;OID=.;OPOS=133038401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:10:35:11:35:24:7:4:12:12:49:23:6:4:11:12 chr2 133038421 . G C 72.95 PASS AF=0.25;AO=6;DP=31;FAO=7;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0257293;FXX=0.096743;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.609;QD=10.4217;RBI=0.0310047;REFB=-0.0477163;REVB=-0.0173;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784305;STB=0.549857;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0380506;OID=.;OPOS=133038421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:31:28:14:16:6:7:0.25:3:3:6:8:3:4:8:8 chr2 133038491 . T C 109.54 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0514028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8849;QD=8.11416;RBI=0.0539961;REFB=-0.00140714;REVB=-0.0165329;RO=39;SAF=7;SAR=8;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175782;STB=0.60622;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00367443;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:8:7:24:15:8:7:24:15 chr2 133038501 . G A 109.87 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0195832;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.809;QD=7.32437;RBI=0.0244109;REFB=-0.00453408;REVB=0.0145736;RO=44;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820759;STB=0.549938;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0198458;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:8:8:25:19:8:8:25:19 chr2 133038515 . A G 129.77 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00557513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.665;QD=7.20935;RBI=0.0526577;REFB=-0.00169036;REVB=0.0523617;RO=53;SAF=11;SAR=8;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391665;STB=0.523784;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00442535;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:53:19:19:0.263889:8:11:29:24:8:11:29:24 chr2 133038530 . A G 115.42 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0171389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.399;QD=5.84427;RBI=0.0210332;REFB=-0.0102403;REVB=0.0121923;RO=59;SAF=10;SAR=8;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584396;STB=0.536682;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0262979;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:61:18:18:0.227848:8:10:30:29:8:10:31:30 chr2 133038543 . A G 142.34 PASS AF=0.244186;AO=21;DP=86;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00651801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.427;QD=6.62045;RBI=0.00935296;REFB=-0.0085987;REVB=-0.00670771;RO=62;SAF=13;SAR=8;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147838;STB=0.585503;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0285715;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:62:65:21:21:0.244186:8:13:31:31:8:13:33:32 chr2 133038569 . T C 161.8 PASS AF=0.237624;AO=23;DP=100;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0162073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.286;QD=6.40787;RBI=0.0234807;REFB=-0.0129238;REVB=-0.0169902;RO=76;SAF=16;SAR=7;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296178;STB=0.662116;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0313323;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:76:77:23:24:0.237624:7:16:35:41:8:16:35:42 chr2 133038580 . C T 151.28 PASS AF=0.224299;AO=24;DP=107;FAO=24;FDP=107;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0321414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.674;QD=5.65549;RBI=0.0321916;REFB=-0.00476473;REVB=-0.00179627;RO=83;SAF=17;SAR=7;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356331;STB=0.719604;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0217924;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:83:83:24:24:0.224299:7:17:35:48:7:17:35:48 chr2 133038625 . G A 165.31 PASS AF=0.237624;AO=24;DP=101;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.00394804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.481;QD=6.5468;RBI=0.0372575;REFB=-0.0102316;REVB=-0.0370477;RO=77;SAF=17;SAR=7;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414551;STB=0.751183;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0321484;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:77:77:24:24:0.237624:7:17:28:49:7:17:28:49 chr2 133038681 . T C 40.39 PASS AF=0.0704846;AO=16;DP=225;FAO=16;FDP=227;FR=.;FRO=211;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=193;FWDB=0.0290836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.414;QD=0.711767;RBI=0.0293459;REFB=-0.000678686;REVB=0.00391472;RO=209;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.672475;STB=0.921958;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0145482;OID=.;OPOS=133038681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:225:227:209:211:16:16:0.0704846:6:10:18:191:6:10:18:193 chr2 133038686 . A G 2089.51 PASS AF=0.738938;AO=167;DP=227;FAO=167;FDP=226;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=157;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.00715974;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.672;QD=36.9825;RBI=0.0109823;REFB=-0.031737;REVB=0.00832767;RO=56;SAF=10;SAR=157;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355394;STB=0.689431;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00415565;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:56:59:167:167:0.738938:157:10:18:38:157:10:18:41 chr2 133038728 . CT CG,GG 601.82 PASS AF=0.731707,0.195122;AO=30,8;DP=44;FAO=30,8;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13,4;FSAR=17,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841751,0.0616319;FXX=0.0681663;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=82.8621,67.9148;QD=58.7139;RBI=0.0962866,0.0715148;REFB=0,0;REVB=0.0467509,0.036275;RO=0;SAF=13,4;SAR=17,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0187197,-0.0491806;OID=.,.;OPOS=133038729,133038728;OREF=T,CT;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:54:44:41:0:0:30,8:30,8:0.731707,0.195122:17,4:13,4:0:0:17,4:13,4:0:0 chr2 133038745 . T C 48.65 PASS AF=0.15625;AO=5;DP=32;FAO=5;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00649793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.406;QD=6.08156;RBI=0.0138774;REFB=0.0104352;REVB=-0.0122621;RO=24;SAF=2;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117239;STB=0.582999;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0688999;OID=.;OPOS=133038745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:32:32:24:24:5:5:0.15625:3:2:12:12:3:2:12:12 chr2 133038886 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.583;QD=56.1908;RBI=0.0419638;REFB=0;REVB=-0.0417921;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258713;OID=.;OPOS=133038886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr2 133039014 . A G 99.0 PASS AF=0.245902;AO=14;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.021671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.713;QD=6.49172;RBI=0.0230867;REFB=-0.00792802;REVB=-0.00796021;RO=45;SAF=4;SAR=10;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259467;STB=0.671122;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0236068;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:61:61:45:46:14:15:0.245902:10:4:22:23:11:4:22:24 chr2 133039048 . A G 123.37 PASS AF=0.326923;AO=15;DP=50;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0278424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.517;QD=9.49011;RBI=0.0303601;REFB=-0.0219561;REVB=0.0121053;RO=34;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222857;STB=0.619018;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0466934;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:34:35:15:17:0.326923:11:4:15:19:12:5:16:19 chr2 133039052 . C G 39.34 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0608957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.397;QD=3.02635;RBI=0.0623597;REFB=-0.00312014;REVB=-0.0134331;RO=45;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202801;STB=0.644766;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0344301;OID=.;OPOS=133039052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:45:45:7:7:0.134615:3:4:18:27:3:4:18:27 chr2 133039061 . A G 71.16 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0342811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2441;QD=5.17493;RBI=0.0398323;REFB=0.0150874;REVB=0.0202834;RO=44;SAF=2;SAR=9;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439999;STB=0.78892;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0349883;OID=.;OPOS=133039061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:9:2:23:21:9:2:23:21 chr2 133039063 . T C 69.82 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0308717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.52;QD=4.98687;RBI=0.0323763;REFB=0.000448402;REVB=0.00975513;RO=45;SAF=2;SAR=9;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44937;STB=0.795358;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00322237;OID=.;OPOS=133039063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:9:2:24:21:9:2:24:21 chr2 133039074 . AT GC 47.2 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0265251;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.227;QD=3.56264;RBI=0.0283627;REFB=-0.00552759;REVB=-0.0100429;RO=45;SAF=2;SAR=6;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36791;STB=0.756374;STBP=0.137;TYPE=mnp;VARB=0.0184366;OID=.;OPOS=133039074;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:6:2:25:20:6:2:25:20 chr2 133039082 . CC AT 55.95 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00601564;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=349.084;QD=4.22245;RBI=0.00717301;REFB=-0.00138546;REVB=-0.00390694;RO=44;SAF=6;SAR=3;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180803;STB=0.623096;STBP=0.43;TYPE=mnp;VARB=0.00718001;OID=.;OPOS=133039082;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:3:6:23:21:3:6:23:21 chr2 133039087 . A G 30.95 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00125795;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.719;QD=2.25085;RBI=0.0121943;REFB=-0.00248786;REVB=-0.0121292;RO=45;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207404;STB=0.689856;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0202754;OID=.;OPOS=133039087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:45:49:6:6:0.109091:4:2:23:22:4:2:27:22 chr2 133039090 . T C 135.73 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0307143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.974;QD=9.69505;RBI=0.0313907;REFB=-0.00483023;REVB=0.00648136;RO=38;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602805;STB=0.535675;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0102504;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:9:9:21:17:9:9:21:17 chr2 133039101 . A G 55.32 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0172306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7191;QD=3.51228;RBI=0.0173478;REFB=-0.004334;REVB=-0.00201314;RO=53;SAF=3;SAR=7;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282394;STB=0.692902;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0306829;OID=.;OPOS=133039101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:7:3:28:25:7:3:28:25 chr2 133039105 . T C 47.91 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0909044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3305;QD=3.04218;RBI=0.0966872;REFB=0.00843213;REVB=0.0329362;RO=54;SAF=3;SAR=6;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226427;STB=0.659218;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0518311;OID=.;OPOS=133039105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:54:54:9:9:0.142857:6:3:28:26:6:3:28:26 chr2 133039128 . A G 54.1 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.000614491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2718;QD=3.93461;RBI=0.0240839;REFB=-0.00302967;REVB=-0.024076;RO=45;SAF=2;SAR=7;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343101;STB=0.729893;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0240749;OID=.;OPOS=133039128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:54:55:45:46:9:9:0.163636:7:2:22:23:7:2:22:24 chr2 133039132 . T C 54.98 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0180795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.198;QD=4.14928;RBI=0.0252413;REFB=-0.0154992;REVB=-0.017614;RO=44;SAF=2;SAR=7;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283902;STB=0.69621;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0860928;OID=.;OPOS=133039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:53:53:44:44:9:9:0.169811:7:2:19:25:7:2:19:25 chr2 133039135 . G T 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.018537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1951;QD=6.22523;RBI=0.0249683;REFB=-0.0104635;REVB=-0.0167271;RO=42;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112359;STB=0.515212;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0427156;OID=.;OPOS=133039135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:42:43:13:13:0.232143:7:6:19:23:7:6:19:24 chr2 133039137 . A G 76.58 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.025849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6886;QD=5.37387;RBI=0.0461745;REFB=-0.00585994;REVB=-0.0382612;RO=40;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529326;STB=0.522351;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0207513;OID=.;OPOS=133039137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:57:57:40:45:12:12:0.210526:7:5:15:25:7:5:20:25 chr2 133039143 . C T 114.16 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.010455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3033;QD=7.02498;RBI=0.0166416;REFB=-0.0144095;REVB=0.0129475;RO=48;SAF=7;SAR=10;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825294;STB=0.550399;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0760477;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:48:17:17:0.261538:10:7:23:25:10:7:23:25 chr2 133039156 . TG CA,CG 491.73 PASS AF=0.225352,0.43662;AO=15,30;DP=69;FAO=16,31;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=7,21;FSAR=9,10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0166896,-0.00848819;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=148.484,131.157;QD=27.7028;RBI=0.0176616,0.0342181;REFB=-0.0197824,-0.00913612;REVB=-0.00577854,-0.0331486;RO=24;SAF=7,21;SAR=8,9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0530746,0.240585;STB=0.512723,0.619085;STBP=0.927,0.062;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0317773,-0.000489427;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:69:71:24:24:15,30:16,31:0.225352,0.43662:8,9:7,21:10:14:9,10:7,21:10:14 chr2 133039164 . C T 111.73 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00343241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.366;QD=6.47693;RBI=0.00446549;REFB=-0.0212871;REVB=0.00285642;RO=52;SAF=8;SAR=9;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129729;STB=0.579569;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0700274;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:52:17:17:0.246377:9:8:30:22:9:8:30:22 chr2 133039166 . T C 228.01 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0220107;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4913;QD=13.6128;RBI=0.0339161;REFB=-0.00536217;REVB=-0.0258037;RO=39;SAF=20;SAR=7;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309911;STB=0.685435;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00833711;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:40:27:27:0.402985:7:20:18:21:7:20:18:22 chr2 133039171 . C G 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00564645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.183;QD=13.3339;RBI=0.0217237;REFB=-0.0380807;REVB=0.0209771;RO=39;SAF=20;SAR=6;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374802;STB=0.715936;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0285393;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:6:20:17:22:6:20:17:22 chr2 133039176 . A G 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.000680039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.054;QD=12.6192;RBI=0.0111285;REFB=-0.00778792;REVB=0.0111077;RO=38;SAF=20;SAR=4;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465578;STB=0.771355;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0104846;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:4:20:17:21:4:20:17:21 chr2 133039221 . C T 91.29 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.00340408;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9251;QD=7.93848;RBI=0.00927806;REFB=-0.00403244;REVB=0.00863103;RO=34;SAF=7;SAR=5;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281787;STB=0.644321;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0167412;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:46:46:34:34:12:12:0.26087:5:7:27:7:5:7:26:8 chr2 133039222 . G A 49.56 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=-0.0019395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.599;QD=4.30931;RBI=0.0398498;REFB=-0.0161147;REVB=-0.0398026;RO=37;SAF=3;SAR=5;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513982;STB=0.808259;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0502406;OID=.;OPOS=133039222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:37:38:8:8:0.173913:5:3:30:7:5:3:30:8 chr2 133175168 . A C 383.32 PASS AF=0.506329;AO=35;DP=73;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.012078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.554;QD=19.4088;RBI=0.0142341;REFB=-0.023913;REVB=-0.00753208;RO=35;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506021;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.018993;OID=.;OPOS=133175168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:79:35:39:35:40:0.506329:20:15:15:20:21:19:19:20 chr2 133281214 . A G 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.085;QD=58.2365;RBI=0.0342192;REFB=0;REVB=0.00809063;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.33122e-05;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr2 133538651 . C T 390.98 PASS AF=0.44086;AO=40;DP=92;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00981982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.434;QD=16.8162;RBI=0.0138325;REFB=-0.0099889;REVB=-0.00974208;RO=51;SAF=22;SAR=18;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175654;STB=0.608035;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0167379;OID=.;OPOS=133538651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:51:52:40:41:0.44086:18:22:19:32:18:23:19:33 chr2 133539566 . G A 412.5 PASS AF=0.339869;AO=52;DP=153;FAO=52;FDP=153;FR=.;FRO=101;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=0.0086068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.504;QD=10.7842;RBI=0.00879776;REFB=-0.00671035;REVB=0.00182304;RO=101;SAF=27;SAR=25;SRF=38;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1639;STB=0.593817;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0102871;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:101:101:52:52:0.339869:25:27:38:63:25:27:38:63 chr2 133540634 . G C 399.27 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0255563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7102;QD=15.3564;RBI=0.0284554;REFB=-0.0258465;REVB=0.0125133;RO=58;SAF=14;SAR=31;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11397;STB=0.57052;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0325879;OID=.;OPOS=133540634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:58:59:45:45:0.432692:31:14:24:34:31:14:25:34 chr2 133541422 . T A 1245.71 PASS AF=0.483019;AO=128;DP=265;FAO=128;FDP=265;FR=.;FRO=137;FSAF=45;FSAR=83;FSRF=53;FSRR=84;FWDB=0.0126606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.596;QD=18.8032;RBI=0.014873;REFB=0.00208689;REVB=0.00780477;RO=136;SAF=45;SAR=83;SRF=52;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312731;STB=0.519774;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00435401;OID=.;OPOS=133541422;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:136:137:128:128:0.483019:83:45:52:84:83:45:53:84 chr2 133541444 . T C 1129.22 PASS AF=0.497797;AO=113;DP=228;FAO=113;FDP=227;FR=.;FRO=114;FSAF=41;FSAR=72;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=0.00327764;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.929;QD=19.8982;RBI=0.0149178;REFB=-0.00811935;REVB=0.0145533;RO=114;SAF=41;SAR=72;SRF=48;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565131;STB=0.531074;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00906765;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:114:114:113:113:0.497797:72:41:48:66:72:41:48:66 chr2 133541454 . A G 974.87 PASS AF=0.470046;AO=102;DP=217;FAO=102;FDP=217;FR=.;FRO=115;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=0.00151118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.554;QD=17.9699;RBI=0.0165378;REFB=-0.00313185;REVB=-0.0164687;RO=114;SAF=41;SAR=61;SRF=47;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102341;STB=0.503706;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00355378;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:114:115:102:102:0.470046:61:41:47:67:61:41:47:68 chr2 133541575 . C T 312.32 PASS AF=0.37;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00456924;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.608;QD=12.4929;RBI=0.0046792;REFB=-0.0159357;REVB=-0.00100846;RO=62;SAF=14;SAR=23;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865074;STB=0.501721;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0247704;OID=.;OPOS=133541575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:62:63:37:37:0.37:23:14:23:39:23:14:24:39 chr2 133542014 . T C 477.65 PASS AF=0.484536;AO=38;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.0190969;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4503;QD=19.697;RBI=0.0719193;REFB=-0.0196997;REVB=0.0693375;RO=43;SAF=28;SAR=10;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396788;STB=0.669161;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0163291;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:50:38:47:0.484536:10:28:14:29:18:29:14:36 chr2 133542545 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.013138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2693;QD=19.8495;RBI=0.0348216;REFB=-0.0210863;REVB=-0.0322481;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677684;STB=0.538411;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00690867;OID=.;OPOS=133542545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:7:8:8:5:7:8:8:5 chr2 133554288 . A G 138.46 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0538829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8764;QD=11.7839;RBI=0.0587518;REFB=7.46729e-05;REVB=-0.0234182;RO=31;SAF=5;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300992;STB=0.67806;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000468232;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:11:5:18:13:11:5:18:13 chr2 135710322 . A G 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0992849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3025;QD=61.6788;RBI=0.0994644;REFB=0;REVB=0.00597268;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155156;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr2 135711516 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6128;QD=43.4858;RBI=0.0742394;REFB=0;REVB=-0.0300449;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181226;OID=.;OPOS=135711516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr2 135711657 . G A 726.7 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.297;QD=63.1915;RBI=0.0419719;REFB=0;REVB=0.024777;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17649e-05;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr2 135740876 . A G 187.03 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0275883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.981;QD=12.8986;RBI=0.0327252;REFB=-0.00687831;REVB=-0.0176019;RO=34;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815384;STB=0.568825;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00597489;OID=.;OPOS=135740876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:34:35:22:23:0.396552:14:8:10:24:14:9:10:25 chr2 135745392 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0404884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.428;QD=17.9407;RBI=0.0440522;REFB=-0.0188733;REVB=0.0173575;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847374;STB=0.548335;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0186357;OID=.;OPOS=135745392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:12:10:7:12:12:10 chr2 135745545 . C T 317.03 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0446435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3405;QD=25.88;RBI=0.0499859;REFB=0.00482452;REVB=-0.0224843;RO=21;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184196;STB=0.510197;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00464317;OID=.;OPOS=135745545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:14:14:10:11:14:14:10:11 chr2 135745722 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0327923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.819;QD=15.3786;RBI=0.0667341;REFB=0.00468994;REVB=-0.0581215;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333238;STB=0.691067;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00655967;OID=.;OPOS=135745722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:3:11:5:7:3:11 chr2 135781035 . C T 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0217073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8982;QD=19.4663;RBI=0.0317483;REFB=0.0052015;REVB=0.0231679;RO=20;SAF=15;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360806;STB=0.7182;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00702622;OID=.;OPOS=135781035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:24:22:22:0.478261:7:15:5:15:7:15:6:18 chr2 135893372 . A G 213.45 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0349188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.513;QD=16.109;RBI=0.0380291;REFB=-0.0165391;REVB=-0.015063;RO=29;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215707;STB=0.512231;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0242781;OID=.;OPOS=135893372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:17:7:9:20:17:7:9:20 chr2 135911422 . T C 894.53 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0507138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.1807;QD=55.0477;RBI=0.0936606;REFB=-0.18977;REVB=0.0787427;RO=2;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224788;STB=0.511901;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00582516;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:65:2:2:63:63:0.969231:41:22:0:2:41:22:0:2 chr2 135965376 . T C 245.36 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0401138;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.793;QD=15.0991;RBI=0.0661707;REFB=-0.00335702;REVB=0.0526255;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650725;STB=0.554516;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00515158;OID=.;OPOS=135965376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:37:28:28:0.430769:17:11:16:19:17:11:18:19 chr2 135988127 . T A 668.47 PASS AF=0.396825;AO=75;DP=189;FAO=75;FDP=189;FR=.;FRO=114;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=-0.0048625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.644;QD=14.1474;RBI=0.0414735;REFB=-0.0161921;REVB=-0.0411875;RO=114;SAF=49;SAR=26;SRF=51;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224412;STB=0.626456;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0136999;OID=.;OPOS=135988127;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:114:114:75:75:0.396825:26:49:51:63:26:49:51:63 chr2 135988186 . G A 847.26 PASS AF=0.378788;AO=100;DP=264;FAO=100;FDP=264;FR=.;FRO=164;FSAF=62;FSAR=38;FSRF=72;FSRR=92;FWDB=-0.00403914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.61;QD=12.8372;RBI=0.00404285;REFB=-0.00508636;REVB=0.000173141;RO=164;SAF=62;SAR=38;SRF=72;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199947;STB=0.612812;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.010243;OID=.;OPOS=135988186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:164:164:100:100:0.378788:38:62:72:92:38:62:72:92 chr2 135988235 . C T 860.83 PASS AF=0.370909;AO=99;DP=274;FAO=102;FDP=275;FR=.;FRO=173;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=71;FSRR=102;FWDB=-0.0201932;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.488;QD=12.5212;RBI=0.0460406;REFB=-0.0124599;REVB=-0.041376;RO=173;SAF=57;SAR=42;SRF=72;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17796;STB=0.59868;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0185827;OID=.;OPOS=135988235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:275:173:173:99:102:0.370909:42:57:72:101:44:58:71:102 chr2 135988416 . C T 382.06 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00477057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.29;QD=21.2257;RBI=0.00917969;REFB=-0.0163007;REVB=-0.00784273;RO=32;SAF=12;SAR=26;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28728;STB=0.655547;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00908257;OID=.;OPOS=135988416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:32:33:38:39:0.541667:26:12:21:11:27:12:21:12 chr2 136393658 . A G 239.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0374061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.375;QD=14.3243;RBI=0.0379104;REFB=-0.00589794;REVB=-0.00616292;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109615;STB=0.562119;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0125398;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:15:13:14:25:15:13:14:25 chr2 136396300 . T C 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00884106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.672;QD=13.2651;RBI=0.00921319;REFB=-0.0068216;REVB=-0.00259202;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481017;STB=0.534475;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0120299;OID=.;OPOS=136396300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:47:30:30:0.38961:17:13:22:24:17:13:23:24 chr2 136407479 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.325;QD=61.8524;RBI=0.0297687;REFB=0;REVB=-0.0172301;RO=0;SAF=56;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15191e-05;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:26:56:0:0:27:56:0:0 chr2 136409574 . A C 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00125624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.962;QD=19.9285;RBI=0.0320247;REFB=-0.0129073;REVB=0.032;RO=6;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510973;STB=0.537129;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00965443;OID=.;OPOS=136409574;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:6:9:12:12:0.571429:7:5:2:4:7:5:3:6 chr2 136546110 . A G 346.04 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0543559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3257;QD=19.495;RBI=0.0551191;REFB=-0.00863616;REVB=-0.00914077;RO=34;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819927;STB=0.551254;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00931387;OID=.;OPOS=136546110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:16:20:22:12:16:20:23:12 chr2 136555659 . T C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0222854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.377;QD=21.9721;RBI=0.0236783;REFB=-0.0212465;REVB=0.00800132;RO=21;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155872;STB=0.587551;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0154674;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:15:8:11:10:15:8:11:10 chr2 136561557 . G A 1084.29 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0229008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.779;QD=58.61;RBI=0.0232811;REFB=0.0959013;REVB=-0.00419077;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.50877;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000844716;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:28:45:0:0:28:45:0:1 chr2 136562472 . G A 562.28 PASS AF=0.58427;AO=51;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0060305;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.23;QD=25.2708;RBI=0.0121552;REFB=-0.0211965;REVB=0.0105538;RO=33;SAF=20;SAR=31;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134627;STB=0.502741;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0121579;OID=.;OPOS=136562472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:33:37:51:52:0.58427:31:20:13:20:32:20:14:23 chr2 136575199 . G T 113.53 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0145058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.601;QD=18.164;RBI=0.038994;REFB=-0.00310481;REVB=0.0361955;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582442;STB=0.516104;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00367958;OID=.;OPOS=136575199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:8:5:5:6:8:5:5:7 chr2 136575534 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.8;QD=50.4127;RBI=0.00833363;REFB=0;REVB=0.0077635;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127072;OID=.;OPOS=136575534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr2 136590746 . C T 448.13 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0201202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2169;QD=17.5736;RBI=0.0254972;REFB=-0.0063468;REVB=-0.0156616;RO=54;SAF=15;SAR=33;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155073;STB=0.586629;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00999525;OID=.;OPOS=136590746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:33:15:25:29:33:15:25:29 chr2 136594158 . G A 381.84 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0169896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.349;QD=17.1614;RBI=0.0224632;REFB=-0.0145522;REVB=0.0146952;RO=49;SAF=22;SAR=18;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158309;STB=0.588585;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0165866;OID=.;OPOS=136594158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:18:22:19:30:18:22:19:30 chr2 137814138 . T C 598.23 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=152;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=59;FWDB=-0.00120903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.264;QD=15.7429;RBI=0.0077446;REFB=-0.0188259;REVB=0.00764964;RO=85;SAF=21;SAR=45;SRF=27;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000621642;STB=0.502762;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0328052;OID=.;OPOS=137814138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:85:86:66:66:0.434211:45:21:27:58:45:21:27:59 chr2 137814258 . T C 544.42 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.0180719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.65;QD=17.0132;RBI=0.01926;REFB=-0.0160359;REVB=-0.0066599;RO=70;SAF=22;SAR=36;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00666118;STB=0.503711;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.01783;OID=.;OPOS=137814258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:70:58:58:0.453125:36:22:27:43:36:22:27:43 chr2 138237038 . C T 886.67 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0558955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4237;QD=56.2963;RBI=0.0862449;REFB=-0.00332041;REVB=-0.0656802;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.511624;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00116685;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:41:21:0:0:41:21:1:0 chr2 138420996 . A G 401.4 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00581093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.782;QD=16.3836;RBI=0.00932897;REFB=-0.017977;REVB=0.00729814;RO=56;SAF=20;SAR=22;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048625;STB=0.527331;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0215969;OID=.;OPOS=138420996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:22:20:24:32:22:20:24:32 chr2 138773229 . G A 1033.64 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014974;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.384;QD=59.0652;RBI=0.0428599;REFB=-0.232783;REVB=-0.040159;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197908;OID=.;OPOS=138773229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr2 139045852 . A G 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.012577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.605;QD=20.3971;RBI=0.0192294;REFB=-0.00857573;REVB=0.0145461;RO=27;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449392;STB=0.524984;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00887752;OID=.;OPOS=139045852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:10:21:17:10:10:21:17:10 chr2 139045855 . C T 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00190298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6096;QD=17.5685;RBI=0.0220355;REFB=-0.00717325;REVB=0.0219531;RO=31;SAF=19;SAR=10;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228802;STB=0.512812;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00392859;OID=.;OPOS=139045855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:10:19:21:10:10:19:21:10 chr2 139045929 . C T 206.67 PASS AF=0.396825;AO=26;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0161892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2587;QD=13.1217;RBI=0.0246012;REFB=-0.00521526;REVB=-0.0185236;RO=37;SAF=19;SAR=7;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035938;STB=0.558774;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0119474;OID=.;OPOS=139045929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:26:25:0.396825:7:19:26:11:6:19:26:12 chr2 139045972 . T C 1066.8 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0637787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0709;QD=57.665;RBI=0.0729552;REFB=-0.12053;REVB=0.0354223;RO=2;SAF=46;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00767159;STB=0.509431;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00265178;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:2:1:72:73:0.986486:26:46:1:1:26:47:0:1 chr2 139045987 . C T 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0192824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.992;QD=16.6328;RBI=0.0353204;REFB=-0.00811468;REVB=-0.0295926;RO=44;SAF=23;SAR=14;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185407;STB=0.592811;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0151962;OID=.;OPOS=139045987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:46:37:37:0.445783:14:23:19:25:14:23:21:25 chr2 139326879 . G C 1153.47 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.445;QD=60.7091;RBI=0.0136042;REFB=0;REVB=-0.0120007;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38413e-05;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:29:45:0:0:31:45:0:0 chr2 139621319 . A ATCT 133.43 PASS AF=0.207921;AO=21;DP=102;FAO=21;FDP=101;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.013294;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=3;MLLD=257.507;QD=5.28451;RBI=0.02462;REFB=-0.00874796;REVB=-0.0207224;RO=80;SAF=18;SAR=3;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.582031;STB=0.863927;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0262367;OID=.;OPOS=139621320;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.207921:21:102:21:101:80:18:3:31:49:99:80:18:3:31:49 chr2 139621326 . G A 157.26 PASS AF=0.232323;AO=23;DP=99;FAO=23;FDP=99;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0436468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8236;QD=6.35405;RBI=0.0502889;REFB=-0.000255471;REVB=-0.0249787;RO=76;SAF=19;SAR=4;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545768;STB=0.83434;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00178774;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:76:76:23:23:0.232323:4:19:29:47:4:19:29:47 chr2 140979107 . C T 557.23 PASS AF=0.414474;AO=63;DP=152;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.00460502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.977;QD=14.6638;RBI=0.0488365;REFB=-0.0133286;REVB=-0.0486189;RO=89;SAF=25;SAR=38;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103615;STB=0.55821;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0219833;OID=.;OPOS=140979107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:89:89:63:63:0.414474:38:25:44:45:38:25:44:45 chr2 141032088 . C T 695.23 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0032154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.859;QD=21.5576;RBI=0.00547855;REFB=-0.00166868;REVB=-0.00443573;RO=61;SAF=36;SAR=32;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324288;STB=0.517803;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00165076;OID=.;OPOS=141032088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:61:61:68:68:0.527132:32:36:30:31:32:36:30:31 chr2 141260668 . A G 579.68 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.079785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.756;QD=24.6672;RBI=0.0814189;REFB=-0.00341126;REVB=-0.0162292;RO=41;SAF=29;SAR=24;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667935;STB=0.536591;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00310439;OID=.;OPOS=141260668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:24:29:19:22:24:29:19:22 chr2 141274576 . T C 751.05 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0334343;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.003;QD=51.7963;RBI=0.034215;REFB=-0.115351;REVB=0.00726748;RO=3;SAF=35;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387074;STB=0.520541;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000831872;OID=.;OPOS=141274576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:58:3:3:55:55:0.948276:20:35:3:0:20:35:3:0 chr2 141299403 . G A 676.74 PASS AF=0.475524;AO=67;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0004318;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4968;QD=18.9299;RBI=0.0218767;REFB=-0.013564;REVB=0.0218725;RO=75;SAF=34;SAR=33;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134643;STB=0.503495;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0169476;OID=.;OPOS=141299403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:67:68:0.475524:33:34:37:38:34:34:37:38 chr2 141571329 . T C 1456.79 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279428;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.434;QD=63.3386;RBI=0.0311261;REFB=0;REVB=0.0137126;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99515e-05;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr2 141707868 . G T 3104.07 PASS AF=1;AO=195;DP=198;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171768;FXX=0.0151508;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.689;QD=63.6731;RBI=0.0177432;REFB=-0.0230198;REVB=0.00444732;RO=1;SAF=99;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7225e-06;OID=.;OPOS=141707868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:195:1:0:195:195:1:96:99:1:0:96:99:0:0 chr2 141751592 . G A 1589.89 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.046;QD=59.9959;RBI=0.016705;REFB=0;REVB=0.00932827;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78935e-06;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:56:49:0:0:56:50:0:0 chr2 141816621 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.888;QD=64.4153;RBI=0.0483488;REFB=0;REVB=0.0353577;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171923;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr2 141946094 . G A 388.32 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0105046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.98;QD=21.2778;RBI=0.0105053;REFB=-0.0170623;REVB=0.000121255;RO=34;SAF=22;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451829;STB=0.502497;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00856931;OID=.;OPOS=141946094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:17:22:19:15:17:22:19:15 chr2 142567910 . T C 475.5 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00688406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.881;QD=19.2121;RBI=0.0285674;REFB=0.00456469;REVB=-0.0277255;RO=50;SAF=20;SAR=27;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525433;STB=0.501319;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.00359068;OID=.;OPOS=142567910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:52:47:47:0.474747:27:20:21:29:27:20:22:30 chr2 144899559 . C A 304.95 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0324867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0372;QD=15.0595;RBI=0.0346833;REFB=0.00260655;REVB=-0.0121468;RO=46;SAF=18;SAR=16;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143718;STB=0.51386;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00505383;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:16:18:25:21:16:18:26:21 chr2 148657117 . G A 586.58 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00977921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.473;QD=23.4633;RBI=0.0115613;REFB=-0.0139134;REVB=0.00616693;RO=46;SAF=26;SAR=28;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575261;STB=0.531587;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0127729;OID=.;OPOS=148657117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:28:26:19:27:28:26:19:27 chr2 148716428 . T C 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0171985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.649;QD=11.3328;RBI=0.0268971;REFB=-0.0119826;REVB=0.0206802;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591477;STB=0.535161;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0202017;OID=.;OPOS=148716428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:13:14:8:6:13:14 chr2 150432976 . C T 746.64 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.51;QD=63.5441;RBI=0.0180722;REFB=0;REVB=-0.000708296;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25367e-05;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:24:23:0:0 chr2 151219315 . C T 1662.62 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.228;QD=59.3791;RBI=0.025184;REFB=-0.150453;REVB=-0.013948;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000673926;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:112:0:1:111:111:0.991071:46:65:0:0:46:65:1:0 chr2 152118271 . G A 606.52 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0235071;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.946;QD=19.1031;RBI=0.0235071;REFB=-0.0213303;REVB=3.20132e-05;RO=64;SAF=26;SAR=36;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461931;STB=0.529949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0251292;OID=.;OPOS=152118271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:65:62:62:0.488189:36:26:30:34:36:26:31:34 chr2 152118275 . A G 590.77 PASS AF=0.488;AO=62;DP=124;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0484747;FXX=0.0157468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7697;QD=18.9048;RBI=0.0534323;REFB=0.00241479;REVB=-0.0224768;RO=62;SAF=26;SAR=36;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446166;STB=0.522102;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00361447;OID=.;OPOS=152118275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:62:64:62:61:0.488:36:26:29:33:35:26:30:34 chr2 152132130 . A G 461.26 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00137473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.21;QD=16.0439;RBI=0.00705813;REFB=0.0156723;REVB=0.00692296;RO=64;SAF=18;SAR=33;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105119;STB=0.558895;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0164963;OID=.;OPOS=152132130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:51:51:0.443478:33:18:29:35:33:18:29:35 chr2 152138522 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.908;QD=63.2868;RBI=0.0536195;REFB=0;REVB=-0.0529606;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76904e-05;OID=.;OPOS=152138522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr2 152139416 . G A 1353.12 PASS AF=0.494545;AO=135;DP=275;FAO=136;FDP=275;FR=.;FRO=139;FSAF=50;FSAR=86;FSRF=59;FSRR=80;FWDB=0.0193077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.877;QD=19.6818;RBI=0.0305869;REFB=-0.0101696;REVB=0.0237228;RO=139;SAF=50;SAR=85;SRF=59;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527059;STB=0.530379;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.010539;OID=.;OPOS=152139416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:139:139:135:136:0.494545:85:50:59:80:86:50:59:80 chr2 152226570 . A G 616.09 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00103703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.175;QD=23.4701;RBI=0.0465849;REFB=0.00349565;REVB=0.0465733;RO=45;SAF=39;SAR=21;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184077;STB=0.600752;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00154369;OID=.;OPOS=152226570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:45:45:60:60:0.571429:21:39:19:26:21:39:19:26 chr2 152228757 . A G 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00992002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.747;QD=13.7531;RBI=0.0263372;REFB=-0.0128033;REVB=-0.0243976;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879261;STB=0.550955;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0191623;OID=.;OPOS=152228757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:5:10:17:6:5:10:17:6 chr2 152235888 . G A 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0189229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3094;QD=14.8961;RBI=0.0572367;REFB=-0.00196314;REVB=0.0540182;RO=44;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410276;STB=0.523241;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00360995;OID=.;OPOS=152235888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:18:14:21:23:18:14:21:23 chr2 152266473 . T C 958.73 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999448;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.45;QD=58.9989;RBI=0.0594036;REFB=0;REVB=0.0585568;RO=0;SAF=44;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136427;OID=.;OPOS=152266473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:62:65:1:18:44:0:0:21:44:0:0 chr2 152311570 . G A 837.06 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.67;QD=55.8043;RBI=0.0279907;REFB=-0.0398984;REVB=0.0117131;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149779;STB=0.507934;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000880744;OID=.;OPOS=152311570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:0:1:31:28:0:1 chr2 152317669 . G A 246.74 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0154738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.706;QD=11.3444;RBI=0.0379611;REFB=-0.0102962;REVB=0.0346642;RO=57;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233024;STB=0.513504;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0254947;OID=.;OPOS=152317669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:19:11:22:35:19:11:22:35 chr2 152320118 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.92;QD=59.4342;RBI=0.0257808;REFB=0;REVB=0.018434;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28871e-05;OID=.;OPOS=152320118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr2 152320892 . G A 67.42 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00757314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.478;QD=14.1934;RBI=0.0100032;REFB=-0.0154777;REVB=-0.00653548;RO=10;SAF=0;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.72965;STB=0.515118;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0284332;OID=.;OPOS=152320892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:10:10:8:9:0.473684:8:0:1:9:8:1:1:9 chr2 152322095 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9219;QD=45.8054;RBI=0.11107;REFB=0;REVB=0.0810274;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00649516;OID=.;OPOS=152322095;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr2 152331418 . C G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.616;QD=64.1538;RBI=0.068114;REFB=0;REVB=-0.00535001;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263373;OID=.;OPOS=152331418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr2 152346979 . T C 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=-0.00904785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.326;QD=17.4971;RBI=0.0162288;REFB=-0.00585772;REVB=-0.0134725;RO=46;SAF=16;SAR=23;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202261;STB=0.612139;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00805983;OID=.;OPOS=152346979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:23:16:10:36:23:16:10:36 chr2 152352843 . C G 2645.58 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519664;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.228;QD=62.2489;RBI=0.0169773;REFB=0;REVB=-0.0161624;RO=0;SAF=93;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3617e-05;OID=.;OPOS=152352843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:170:170:1:77:93:0:0:77:93:0:0 chr2 152387553 . T C 933.46 PASS AF=0.489474;AO=93;DP=190;FAO=93;FDP=190;FR=.;FRO=97;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=0.0106408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.245;QD=19.6518;RBI=0.0128219;REFB=-0.0071719;REVB=0.00715359;RO=97;SAF=47;SAR=46;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861852;STB=0.547429;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00837909;OID=.;OPOS=152387553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:97:97:93:93:0.489474:46:47:40:57:46:47:40:57 chr2 152387592 . G A 798.93 PASS AF=0.493976;AO=82;DP=166;FAO=82;FDP=166;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0235637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3441;QD=19.2513;RBI=0.0248724;REFB=-0.00776497;REVB=0.00796152;RO=84;SAF=37;SAR=45;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997309;STB=0.505493;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00861496;OID=.;OPOS=152387592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:84:84:82:82:0.493976:45:37:37:47:45:37:37:47 chr2 152398045 . G C 172.67 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0271329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.138;QD=10.0099;RBI=0.0290046;REFB=-0.0112698;REVB=-0.0102504;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27859;STB=0.641857;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0366185;OID=.;OPOS=152398045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:44:46:22:23:0.333333:13:9:29:15:13:10:30:16 chr2 152404218 . T A 461.3 PASS AF=0.46789;AO=50;DP=106;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00665767;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.963;QD=16.9286;RBI=0.0128212;REFB=-0.0131908;REVB=0.0109571;RO=56;SAF=20;SAR=30;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454287;STB=0.529206;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0158792;OID=.;OPOS=152404218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:56:58:50:51:0.46789:30:20:25:31:30:21:27:31 chr2 152422076 . C G 787.45 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974183;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.687;QD=57.2691;RBI=0.0352491;REFB=0;REVB=-0.0338761;RO=0;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.84535e-05;OID=.;OPOS=152422076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:42:13:0:0:42:13:0:0 chr2 152432811 . A T 271.67 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00485521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5288;QD=14.6849;RBI=0.0107657;REFB=-0.0261489;REVB=0.00960868;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192478;STB=0.51091;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0365647;OID=.;OPOS=152432811;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:16:15:20:23:16:15:20:23 chr2 152476028 . C G 383.8 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00143687;FXX=0.0405351;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.82;QD=21.6225;RBI=0.0324182;REFB=-0.021601;REVB=0.0323863;RO=33;SAF=23;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153387;STB=0.584846;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0150009;OID=.;OPOS=152476028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:33:33:38:38:0.535211:15:23:14:19:15:23:14:19 chr2 152476130 . C T 460.26 PASS AF=0.462963;AO=49;DP=109;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00847526;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.163;QD=17.0467;RBI=0.0142926;REFB=-0.0105976;REVB=0.0115087;RO=59;SAF=21;SAR=28;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120657;STB=0.515501;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0119416;OID=.;OPOS=152476130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:59:58:49:50:0.462963:28:21:26:33:29:21:26:32 chr2 152490219 . A G 2586.09 PASS AF=0.988304;AO=166;DP=168;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00758376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.274;QD=60.4932;RBI=0.0186192;REFB=0.00572106;REVB=0.0170047;RO=2;SAF=83;SAR=83;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113279;STB=0.505813;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=1.43718e-05;OID=.;OPOS=152490219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:168:171:2:2:166:169:0.988304:83:83:0:2:85:84:0:2 chr2 152490458 . A G 2351.91 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.809;QD=61.0886;RBI=0.0336312;REFB=0;REVB=0.0296132;RO=0;SAF=83;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62612e-05;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:71:83:0:0:71:83:0:0 chr2 152496526 . A G 350.79 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0634711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6058;QD=15.4195;RBI=0.0643137;REFB=3.93609e-05;REVB=-0.0103767;RO=51;SAF=19;SAR=19;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298927;STB=0.505492;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.000329774;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:51:53:38:38:0.417582:19:19:27:24:19:19:27:26 chr2 152500413 . C T 826.26 PASS AF=0.480447;AO=77;DP=170;FAO=86;FDP=179;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=0.00268684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.983;QD=18.4638;RBI=0.0121698;REFB=-0.0138435;REVB=0.0118695;RO=92;SAF=37;SAR=40;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104144;STB=0.553411;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.014646;OID=.;OPOS=152500413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:179:92:93:77:86:0.480447:40:37:54:38:44:42:55:38 chr2 152500449 . C G 854.47 PASS AF=0.468085;AO=87;DP=188;FAO=88;FDP=188;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=0.021628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7836;QD=18.1802;RBI=0.0244276;REFB=-0.00472861;REVB=-0.011355;RO=98;SAF=42;SAR=45;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848054;STB=0.549193;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00719249;OID=.;OPOS=152500449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:98:100:87:88:0.468085:45:42:56:42:46:42:57:43 chr2 152515683 . G A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.0840507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.514;QD=16.9228;RBI=0.0841437;REFB=-0.0135128;REVB=-0.00395387;RO=34;SAF=2;SAR=28;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230147;STB=0.632151;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0235532;OID=.;OPOS=152515683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:28:2:5:29:28:2:5:29 chr2 152521096 . C T 191.81 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0598681;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2717;QD=13.4603;RBI=0.076223;REFB=-0.00976798;REVB=-0.047178;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246064;STB=0.61692;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0154482;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:35:34:23:23:0.403509:9:14:13:22:9:14:14:20 chr2 152527572 . C T 665.3 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=0.00483235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.641;QD=19.1454;RBI=0.0059211;REFB=-0.0167773;REVB=-0.00342168;RO=72;SAF=30;SAR=37;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964362;STB=0.553223;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0209856;OID=.;OPOS=152527572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:72:72:67:67:0.482014:37:30:25:47:37:30:25:47 chr2 152527608 . C T 769.32 PASS AF=0.544776;AO=73;DP=130;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00369907;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.398;QD=22.9648;RBI=0.020303;REFB=-0.00972962;REVB=-0.0199631;RO=56;SAF=29;SAR=44;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978681;STB=0.536575;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0127556;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:134:56:61:73:73:0.544776:44:29:29:27:44:29:29:32 chr2 152531077 . A G 384.54 PASS AF=0.370968;AO=46;DP=124;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0217894;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.783;QD=12.4044;RBI=0.0230192;REFB=-0.00979644;REVB=-0.00742319;RO=75;SAF=21;SAR=25;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169773;STB=0.59106;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0190699;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:75:78:46:46:0.370968:25:21:46:29:25:21:47:31 chr2 152536498 . T A 989.27 PASS AF=0.4375;AO=105;DP=239;FAO=105;FDP=240;FR=.;FRO=135;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=80;FSRR=55;FWDB=-0.0139643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6618;QD=16.4879;RBI=0.0583118;REFB=0.0015108;REVB=0.0566151;RO=134;SAF=46;SAR=59;SRF=79;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152081;STB=0.586354;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00176694;OID=.;OPOS=152536498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:134:135:105:105:0.4375:59:46:79:55:59:46:80:55 chr2 152573981 . A G 773.9 PASS AF=0.579365;AO=71;DP=125;FAO=73;FDP=126;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.000559758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.939;QD=24.5682;RBI=0.00483728;REFB=-0.0093465;REVB=0.00480478;RO=54;SAF=27;SAR=44;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184361;STB=0.607632;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00861349;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:54:53:71:73:0.579365:44:27:33:21:46:27:33:20 chr2 152698480 . C T 384.89 PASS AF=0.493827;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00972862;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.223;QD=19.0067;RBI=0.0101358;REFB=0.00158824;REVB=-0.00284404;RO=41;SAF=31;SAR=8;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244923;STB=0.640947;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00150848;OID=.;OPOS=152698480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:41:39:40:0.493827:8:31:24:17:8:32:24:17 chr2 152988610 . C CT,T 710.37 PASS AF=0.981481,0.0185185;AO=46,3;DP=54;FAO=53,1;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048034,-0.049633;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=22.5039,5.56532;QD=52.62;RBI=0.0648323,0.0647705;REFB=0,0;REVB=-0.0646541,-0.0416146;RO=3;SAF=23,1;SAR=23,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0191497,-0.255936;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00195171,-0.0196576;OID=.,.;OPOS=152988611,152988610;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:54:54:3:0:46,3:53,1:0.981481,0.0185185:23,2:23,1:2:1:27,0:26,1:0:0 chr2 153378459 . T C 1324.22 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.061422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.723;QD=60.8837;RBI=0.0615594;REFB=-0.164567;REVB=0.00411079;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114156;STB=0.506023;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000272225;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:41:45:0:1:41:45:0:1 chr2 153399253 . GA AG,G,GG 1007.62 PASS AF=0.0853659,0.914634,0;AO=7,23,3;DP=79;FAO=7,75,0;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41,0;FSAR=7,34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041188,0.947642,0.468808;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=194.734,21.2001,5.49666;QD=49.1523;RBI=0.0845888,0.948288,0.470631;REFB=-0.0203072,-0.0247125,-0.00519344;REVB=-0.0738837,-0.0350128,0.0413755;RO=45;SAF=0,0,0;SAR=7,23,3;SRF=41;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.839544,-0.881436,-0.775468;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.100162,0.0463253,0.0815163;OID=.,.,.;OPOS=153399253,153399254,153399254;OREF=GA,A,A;OALT=AG,-,G;OMAPALT=AG,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:79:82:45:0:7,23,3:7,75,0:0.0853659,0.914634,0:7,23,3:0,0,0:41:4:7,34,0:0,41,0:0:0 chr2 153405594 . G A 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.378;QD=62.0072;RBI=0.00868744;REFB=0;REVB=-0.00356098;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6812e-06;OID=.;OPOS=153405594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:52:32:0:0:52:32:0:0 chr2 153476066 . G GCCA 169.55 PASS AF=1;AO=7;DP=21;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=258.444;QD=45.2141;RBI=0.0554897;REFB=0;REVB=0.0554897;RO=14;SAF=0;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.704188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00041679;OID=.;OPOS=153476067;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:21:15:15:0:0:15:0:0:4:14:0:7:3:11 chr2 153476069 . C A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.41;QD=21.0137;RBI=0.00477028;REFB=-0.0348209;REVB=-0.00477028;RO=7;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0236445;OID=.;OPOS=153476069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:11:0:0:7:11:0:0:7 chr2 153476072 . T C 45.04 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.464;QD=12.0117;RBI=0.0222295;REFB=-0.050344;REVB=0.0222295;RO=8;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.121928;OID=.;OPOS=153476072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:15:15:8:8:7:7:0.466667:7:0:0:8:7:0:0:8 chr2 153511027 . T C 1806.85 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028802;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.483;QD=61.2493;RBI=0.0593157;REFB=0;REVB=0.0518536;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116639;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:64:54:0:0:64:54:0:0 chr2 153577013 . G A 1120.44 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017354;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.893;QD=60.5646;RBI=0.0197564;REFB=0;REVB=0.00944216;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0747e-05;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr2 155265623 . G A 330.08 PASS AF=0.411111;AO=36;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0648637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.154;QD=14.6704;RBI=0.068596;REFB=-0.0095196;REVB=-0.0223185;RO=49;SAF=23;SAR=13;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176688;STB=0.589694;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0162324;OID=.;OPOS=155265623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:53:36:37:0.411111:13:23:23:26:14:23:25:28 chr2 155307336 . G C 2077.84 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000234409;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.899;QD=62.9648;RBI=0.00830663;REFB=0;REVB=0.00830333;RO=0;SAF=56;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.94421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152776;OID=.;OPOS=155307336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:132:0:0:132:132:1:76:56:0:0:76:56:0:0 chr2 156120552 . A G 1406.45 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00662146;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.432;QD=63.2112;RBI=0.0126547;REFB=0;REVB=0.0107842;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246982;OID=.;OPOS=156120552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr2 156168039 . T G 990.07 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.624;QD=59.1084;RBI=0.08026;REFB=0;REVB=0.0131479;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252599;OID=.;OPOS=156168039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:35:32:0:0 chr2 157189011 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.553;QD=50.413;RBI=0.0374316;REFB=0;REVB=-0.000213648;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419066;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr2 157257361 . G A 1529.84 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.389;QD=63.7433;RBI=0.0513861;REFB=0;REVB=-0.0450663;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53283e-05;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:48:48:0:0:48:48:0:0 chr2 157406249 . G A 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.82;QD=61.5345;RBI=0.0424634;REFB=0;REVB=0.0244347;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185234;OID=.;OPOS=157406249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:33:48:0:0:33:48:0:0 chr2 157439561 . A G 479.47 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0629323;FXX=0.00861995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.7028;QD=16.6771;RBI=0.0637267;REFB=-0.0409491;REVB=0.0100306;RO=53;SAF=20;SAR=32;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291112;STB=0.569057;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0285087;OID=.;OPOS=157439561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:115:53:63:52:52:0.452174:32:20:22:31:32:20:32:31 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 852.82 PASS AF=0.754098,0.245902;AO=41,8;DP=61;FAO=46,15;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=16,9;FSAR=30,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137357,0.0380782;FXX=0.0757461;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=224.73,221.114;QD=55.9225;RBI=0.0141816,0.0389007;REFB=0,0;REVB=0.00352839,-0.00795704;RO=0;SAF=13,4;SAR=28,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0011063,0.0257683;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.754098,0.245902:41,8:61:46,15:61:0:16,9:30,6:0:0:91:0:13,4:28,4:0:0 chr2 158155480 . A G 51.75 PASS AF=0.147059;AO=9;DP=67;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.00971396;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.542;QD=3.04408;RBI=0.0317574;REFB=-0.00980733;REVB=-0.0302353;RO=58;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276998;STB=0.720281;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0503688;OID=.;OPOS=158155480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:67:68:58:58:9:10:0.147059:4:5:19:39:4:6:19:39 chr2 158155576 . G A 676.02 PASS AF=0.896552;AO=52;DP=58;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00227903;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=222.79;QD=46.6223;RBI=0.00705663;REFB=-0.107691;REVB=0.00667848;RO=2;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241485;STB=0.536572;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00228866;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:58:58:2:6:52:52:0.896552:38:14:0:2:38:14:0:6 chr2 158157361 . C T 3348.0 PASS AF=1;AO=215;DP=220;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435692;FXX=0.0271481;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.234;QD=62.2883;RBI=0.00512812;REFB=-0.0933703;REVB=0.0027046;RO=1;SAF=88;SAR=127;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373686;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04242e-05;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:220:215:1:0:215:215:1:127:88:0:1:127:88:0:0 chr2 158290914 . G C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00801934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.917;QD=20.5428;RBI=0.008049;REFB=-0.0278949;REVB=0.000690385;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197324;STB=0.511102;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0226307;OID=.;OPOS=158290914;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:11:13:13:12:11:13:13:12 chr2 158386938 . C T 1227.35 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00217433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.508;QD=61.3677;RBI=0.0467383;REFB=0;REVB=-0.0466877;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.71977e-05;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr2 158626980 . C T 1316.25 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.49;QD=61.9413;RBI=0.01979;REFB=0;REVB=0.0192129;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012459;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:82:85:1:55:27:0:0:58:27:0:0 chr2 158636910 . G A 2102.73 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.971;QD=62.768;RBI=0.0346634;REFB=0;REVB=0.0331949;RO=0;SAF=70;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82255e-05;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:64:70:0:0:64:70:0:0 chr2 158958551 . G GA 188.88 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0154875;FXX=0.0327815;HRUN=0;LEN=1;MLLD=323.665;QD=12.8055;RBI=0.0158061;REFB=0.00177938;REVB=-0.00315766;RO=37;SAF=6;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264591;STB=0.644018;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=-0.00278412;OID=.;OPOS=158958552;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.389831:23:60:23:59:36:6:17:17:19:99:37:6:17:18:19 chr2 158958605 . G T 230.68 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0211317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9803;QD=14.4173;RBI=0.0216325;REFB=-0.0322436;REVB=-0.0046275;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18933;STB=0.607516;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.043966;OID=.;OPOS=158958605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:16:11:22:15:16:11:22:15 chr2 159166069 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2161;QD=62.6699;RBI=0.0629697;REFB=0;REVB=0.0606273;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114902;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:29:14:0:0:29:15:0:0 chr2 159537476 . TG T 40.27 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.116883;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.9387;QD=4.60239;RBI=0.121453;REFB=-0.0990148;REVB=-0.0330011;RO=22;SAF=0;SAR=11;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.739503;STB=0.694328;STBP=0.237;TYPE=del;VARB=0.148292;OID=.;OPOS=159537477;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:11:33:12:35:23:1:11:5:18:40:22:0:11:5:17 chr2 159537868 . A G 537.14 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.798;QD=59.6818;RBI=0.0730707;REFB=0;REVB=0.0709054;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477658;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:21:15:0:0 chr2 159663599 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.233;QD=57.5446;RBI=0.0299046;REFB=0;REVB=-0.01166;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102794;OID=.;OPOS=159663599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr2 160019863 . A G 801.19 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.381;QD=57.2281;RBI=0.0359188;REFB=0;REVB=-0.0288398;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55497e-05;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr2 160035195 . C T 180.31 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0105395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.347;QD=16.0277;RBI=0.0436497;REFB=-0.0105033;REVB=0.0423582;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10353;STB=0.559379;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0109809;OID=.;OPOS=160035195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:11:15:9:10:11:15 chr2 160035207 . T C 645.61 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034074;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.43;QD=62.9865;RBI=0.0386469;REFB=0;REVB=0.0182359;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090569;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr2 160035552 . C T 487.81 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0065278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.563;QD=24.3903;RBI=0.040042;REFB=-0.00645727;REVB=-0.0395063;RO=34;SAF=21;SAR=25;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350877;STB=0.519222;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00377812;OID=.;OPOS=160035552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:25:21:14:20:25:21:14:20 chr2 160136337 . G A 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.321;QD=60.2308;RBI=0.0297867;REFB=0;REVB=0.0296917;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120578;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr2 160294779 . T C 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0151094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.335;QD=18.4386;RBI=0.0210974;REFB=-0.0169147;REVB=0.0147244;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101881;STB=0.55282;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0155409;OID=.;OPOS=160294779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:29:29:29:0.5:13:16:18:9:13:16:19:10 chr2 160294842 . A G 418.49 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0104569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1412;QD=17.4373;RBI=0.0307594;REFB=-0.0083535;REVB=0.0289274;RO=51;SAF=26;SAR=17;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362219;STB=0.511341;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0117909;OID=.;OPOS=160294842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:51:53:43:43:0.447917:17:26:29:22:17:26:31:22 chr2 160604452 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000636205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.256;QD=59.8385;RBI=0.0645684;REFB=0;REVB=0.0645653;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179903;OID=.;OPOS=160604452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr2 160605268 . T C 1006.24 PASS AF=1;AO=49;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.672;QD=59.1905;RBI=0.0519056;REFB=0;REVB=0.0477737;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118982;OID=.;OPOS=160605268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:49:68:1:27:22:0:0:43:25:0:0 chr2 160673526 . A G 675.53 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4806;QD=61.4118;RBI=0.0216811;REFB=0;REVB=0.000328959;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442558;OID=.;OPOS=160673526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:23:21:0:0 chr2 160676427 . C A,T 770.77 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=47,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955551,-0.0140816;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.588,101.746;QD=62.9196;RBI=0.0103959,0.0141057;REFB=0,0;REVB=-0.00409472,-0.000824718;RO=0;SAF=19,1;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000541571,0.0263339;OID=.,.;OPOS=160676427,160676427;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:49:49:0:0:47,2:47,2:0.959184,0.0408163:28,1:19,1:0:0:28,1:19,1:0:0 chr2 160710922 . T C 849.4 PASS AF=0.389764;AO=99;DP=255;FAO=99;FDP=254;FR=.;FRO=155;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=94;FSRR=61;FWDB=0.00698784;FXX=0.00392141;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.907;QD=13.3764;RBI=0.00952097;REFB=-0.0107561;REVB=0.00646676;RO=153;SAF=50;SAR=49;SRF=93;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111409;STB=0.56195;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0134491;OID=.;OPOS=160710922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:254:153:155:99:99:0.389764:49:50:93:60:49:50:94:61 chr2 160711045 . G C 809.81 PASS AF=0.5125;AO=82;DP=160;FAO=82;FDP=160;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=0.0215013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.452;QD=20.2452;RBI=0.0219436;REFB=-0.0120953;REVB=0.00438378;RO=78;SAF=37;SAR=45;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717984;STB=0.539383;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0144496;OID=.;OPOS=160711045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:78:78:82:82:0.5125:45:37:29:49:45:37:29:49 chr2 160729005 . C T 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.101972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6153;QD=13.2238;RBI=0.103543;REFB=-0.00880626;REVB=-0.0179692;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158878;STB=0.590835;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.014869;OID=.;OPOS=160729005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:13:11:22:14:13:11:22:14 chr2 160737621 . C T 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00564895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.457;QD=15.7058;RBI=0.00577872;REFB=0.00442561;REVB=0.00121778;RO=48;SAF=13;SAR=23;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597232;STB=0.533736;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00570215;OID=.;OPOS=160737621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:23:13:20:28:23:13:20:28 chr2 160738677 . G A 184.84 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.010778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.138;QD=12.1208;RBI=0.0138183;REFB=-0.00583314;REVB=-0.00864755;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423775;STB=0.524474;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00866563;OID=.;OPOS=160738677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:10:13:20:18:10:13:20:18 chr2 160743040 . T A 352.89 PASS AF=0.62963;AO=33;DP=53;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00487225;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=307.65;QD=26.14;RBI=0.00509142;REFB=-0.0112893;REVB=-0.00147774;RO=20;SAF=14;SAR=19;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125655;STB=0.563183;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0085258;OID=.;OPOS=160743040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:20:20:33:34:0.62963:19:14:5:15:20:14:5:15 chr2 160833188 . A G 2148.9 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182056;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.706;QD=63.203;RBI=0.0202958;REFB=0;REVB=0.00897078;RO=0;SAF=69;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84786e-06;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:134:136:1:65:69:0:0:65:71:0:0 chr2 160885418 . G C 300.48 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0489437;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.819;QD=18.4908;RBI=0.0502385;REFB=-0.0204318;REVB=-0.0113321;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698225;STB=0.538904;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0178529;OID=.;OPOS=160885418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:19:13:11:22:19:13:11:22 chr2 160885442 . T C 221.89 PASS AF=0.448276;AO=21;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0745787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.084;QD=15.3028;RBI=0.0768124;REFB=-0.0207044;REVB=-0.0183892;RO=32;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597815;STB=0.561914;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.023137;OID=.;OPOS=160885442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:32:21:26:0.448276:16:5:9:23:16:10:9:23 chr2 160901517 . A G 1134.98 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0795;QD=60.5325;RBI=0.0358544;REFB=0;REVB=-0.0358305;RO=0;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279961;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:51:24:0:0:51:24:0:0 chr2 160968628 . A G 433.11 PASS AF=0.567568;AO=41;DP=72;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00373692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.827;QD=23.4114;RBI=0.00869877;REFB=-0.0117265;REVB=0.00785519;RO=31;SAF=21;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726429;STB=0.537257;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0101792;OID=.;OPOS=160968628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:31:32:41:42:0.567568:20:21:13:18:20:22:14:18 chr2 160983060 . G C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0186559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.563;QD=11.4396;RBI=0.0293532;REFB=-0.0118652;REVB=0.022662;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508442;STB=0.796378;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.032603;OID=.;OPOS=160983060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:24:13:13:0.351351:10:3:16:6:10:3:17:7 chr2 161029218 . G A 125.22 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0316596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.628;QD=10.4347;RBI=0.0346631;REFB=0.0039855;REVB=-0.0141138;RO=31;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361161;STB=0.733022;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.017945;OID=.;OPOS=161029218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:33:15:15:0.3125:4:11:13:18:4:11:13:20 chr2 161174693 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00222395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.33;QD=11.6338;RBI=0.00300277;REFB=-0.00263505;REVB=-0.0020176;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352803;STB=0.713815;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00288099;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:8:2:8:8:8:2:8:8 chr2 162696414 . C T 482.84 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.0291528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.36;QD=16.0945;RBI=0.0530114;REFB=-0.0448553;REVB=-0.0442755;RO=61;SAF=20;SAR=33;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864264;STB=0.529521;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0395397;OID=.;OPOS=162696414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:61:67:53:53:0.441667:33:20:18:43:33:20:22:45 chr2 163005674 . G A 320.75 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0480627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0233;QD=19.1493;RBI=0.0482821;REFB=-0.00653787;REVB=-0.00459793;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108508;STB=0.566395;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00408516;OID=.;OPOS=163005674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:33:33:34:0.507463:17:16:20:13:18:16:20:13 chr2 163078195 . T A 401.61 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00762517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.741;QD=19.1245;RBI=0.0182003;REFB=-0.0368468;REVB=-0.0165259;RO=43;SAF=17;SAR=23;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102668;STB=0.56203;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0264269;OID=.;OPOS=163078195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:43:40:41:0.488095:23:17:23:20:24:17:23:20 chr2 163080982 . A G 485.29 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0221005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.844;QD=17.8089;RBI=0.0266718;REFB=-0.0177752;REVB=-0.0149317;RO=54;SAF=31;SAR=21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10688;STB=0.573841;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0341116;OID=.;OPOS=163080982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:57:52:52:0.477064:21:31:26:28:21:31:26:31 chr2 163124051 . C T 438.51 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00939933;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.508;QD=21.3905;RBI=0.015807;REFB=-0.0232516;REVB=-0.0127088;RO=39;SAF=23;SAR=19;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184873;STB=0.605672;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0109337;OID=.;OPOS=163124051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:42:43:0.52439:19:23:13:26:19:24:13:26 chr2 163128824 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.271;QD=62.3499;RBI=0.0204192;REFB=0;REVB=0.0031098;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133726;OID=.;OPOS=163128824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr2 163137871 . C G 692.17 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00150088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4288;QD=19.4978;RBI=0.0142481;REFB=-0.00537835;REVB=-0.0141688;RO=73;SAF=24;SAR=45;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102918;STB=0.556986;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00680069;OID=.;OPOS=163137871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:73:73:69:69:0.485915:45:24:33:40:45:24:33:40 chr2 163137983 . T C 546.82 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=144;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=56;FWDB=0.0161606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9972;QD=15.1893;RBI=0.0418614;REFB=0.00175566;REVB=0.0386162;RO=84;SAF=15;SAR=45;SRF=28;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107857;STB=0.560848;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0023082;OID=.;OPOS=163137983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:84:84:60:60:0.416667:45:15:28:56:45:15:28:56 chr2 163175656 . A C 62.68 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.117214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1181;QD=8.08774;RBI=0.127144;REFB=-0.0103208;REVB=0.0492577;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244319;STB=0.651833;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0537548;OID=.;OPOS=163175656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:6:3:12:10:6:3:12:10 chr2 163213381 . A G 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00117004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.748;QD=13.9954;RBI=0.00329764;REFB=-0.0126732;REVB=0.00308309;RO=42;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115029;STB=0.565512;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0166105;OID=.;OPOS=163213381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:17:12:22:20:17:12:22:20 chr2 163217273 . AT A 348.07 PASS AF=0.404255;AO=37;DP=96;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=0.00818839;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.793;QD=14.8116;RBI=0.0122231;REFB=-0.011315;REVB=-0.00907489;RO=56;SAF=9;SAR=28;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346369;STB=0.503595;STBP=0.959;TYPE=del;VARB=0.0127012;OID=.;OPOS=163217274;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404255:37:96:38:94:56:10:28:15:41:99:56:9:28:15:41 chr2 163227849 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00576625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.773;QD=15.626;RBI=0.00669382;REFB=0.00809822;REVB=-0.00339964;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37192;STB=0.712442;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00905385;OID=.;OPOS=163227849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:17:6:11:6:17:6 chr2 163256949 . G T 595.66 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0237451;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.112;QD=19.2148;RBI=0.0243389;REFB=-0.00373434;REVB=0.00534363;RO=62;SAF=30;SAR=31;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221906;STB=0.516252;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00439762;OID=.;OPOS=163256949;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:62:63:61:61:0.491935:31:30:32:30:31:30:33:30 chr2 163291981 . G A 338.96 PASS AF=0.467532;AO=34;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.211292;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7667;QD=17.6082;RBI=0.215475;REFB=-0.0159853;REVB=-0.0422526;RO=31;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07607;STB=0.521288;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0132139;OID=.;OPOS=163291981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:31:41:34:36:0.467532:19:15:11:20:19:17:21:20 chr2 164145582 . C A 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00405249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.47;QD=25.2545;RBI=0.0115463;REFB=-0.0111826;REVB=-0.0108118;RO=11;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463479;STB=0.525867;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00797659;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:11:7:5:6:11:7:5:6 chr2 165353712 . C T 1444.06 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1843;QD=62.7854;RBI=0.0555719;REFB=0;REVB=-0.0551363;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226271;OID=.;OPOS=165353712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:53:38:0:0:54:38:0:0 chr2 165476253 . A T 328.25 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.014581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2992;QD=15.6311;RBI=0.0175777;REFB=-0.0217235;REVB=-0.00981677;RO=47;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116426;STB=0.559966;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0283111;OID=.;OPOS=165476253;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:48:36:36:0.428571:15:21:22:25:15:21:23:25 chr2 165698547 . G A 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0123971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.644;QD=29.5623;RBI=0.0221139;REFB=-0.00376548;REVB=0.0183122;RO=17;SAF=20;SAR=9;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605733;STB=0.533191;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00235787;OID=.;OPOS=165698547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:9:20:13:4:9:20:13:4 chr2 165987772 . T G 309.18 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=0.000641451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4677;QD=13.5903;RBI=0.00131595;REFB=0.00481828;REVB=0.00114902;RO=54;SAF=23;SAR=12;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056325;STB=0.52727;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00719899;OID=.;OPOS=165987772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:54:56:35:35:0.384615:12:23:38:16:12:23:39:17 chr2 165996107 . T A 1209.43 PASS AF=0.964706;AO=81;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.107683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.637;QD=56.9141;RBI=0.109872;REFB=-0.14366;REVB=0.0218224;RO=4;SAF=31;SAR=50;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342776;STB=0.510202;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00245689;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:85:85:4:3:81:82:0.964706:50:31:3:1:50:32:2:1 chr2 166003479 . G A 207.78 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0559563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.597;QD=17.6835;RBI=0.063038;REFB=-0.0311901;REVB=-0.0290292;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205836;STB=0.617532;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0352387;OID=.;OPOS=166003479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:14:7:14:12:14:7:14:12 chr2 166018891 . CAAAAAAAAAC CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAA,CAAAAAAAAC 306.84 PASS AF=0.127451,0.303922,0.127451;AO=19,15,15;DP=107;FAO=13,31,13;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=8,17,6;FSAR=5,14,7;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.185482,-0.225202,0.178119;FXX=0.0467246;HRUN=3,3,9;LEN=1,1,1;MLLD=21.4087,17.8611,6.2522;QD=12.033;RBI=0.198098,0.225742,0.225225;REFB=0.0369409,-0.0148162,-0.0926284;REVB=0.0695628,-0.0155962,-0.137841;RO=28;SAF=13,8,6;SAR=6,7,9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.235354,0.0759084,-0.0723332;STB=0.615207,0.548356,0.503994;STBP=0.381,0.524,0.973;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0836982,0.0172823,0.130276;OID=.,.,.;OPOS=166018901,166018901,166018892;OREF=C,C,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAA,CAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.127451,0.303922,0.127451:19,15,15:107:13,31,13:102:45:8,17,6:5,14,7:21:24:99:28:13,8,6:6,7,9:13:15 chr2 166152389 . G A 206.08 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0384419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4323;QD=16.8226;RBI=0.042511;REFB=-0.0030572;REVB=0.0181494;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968653;STB=0.547898;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00396525;OID=.;OPOS=166152389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:28:21:21:0.428571:15:6:10:17:15:6:10:18 chr2 166170127 . T C 3573.55 PASS AF=1;AO=228;DP=229;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249313;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8663;QD=62.6938;RBI=0.067331;REFB=0.0193182;REVB=0.0625452;RO=1;SAF=123;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132544;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:229:228:1:0:228:228:1:105:123:1:0:105:123:0:0 chr2 166248047 . G A 471.09 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0108489;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3698;QD=18.2949;RBI=0.0190236;REFB=-0.012344;REVB=0.0156268;RO=53;SAF=27;SAR=23;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420877;STB=0.523333;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0106045;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:53:53:50:50:0.485437:23:27:31:22:23:27:31:22 chr2 166535918 . C T 615.6 PASS AF=0.591398;AO=55;DP=93;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0452801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.264;QD=26.4773;RBI=0.0484056;REFB=-0.0163174;REVB=0.0171116;RO=38;SAF=23;SAR=32;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00220736;STB=0.501204;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0100858;OID=.;OPOS=166535918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:38:55:55:0.591398:32:23:16:22:32:23:16:22 chr2 166605010 . A C,T 771.68 PASS AF=0.04,0.96;AO=4,42;DP=47;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307544,0.0335671;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.567,224.6;QD=61.7346;RBI=0.0330952,0.0367298;REFB=0,0;REVB=0.0122252,0.0149109;RO=1;SAF=4,18;SAR=0,24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749895,0.019159;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0488263,0.00399529;OID=.,.;OPOS=166605010,166605010;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:50:1:0:4,42:2,48:0.04,0.96:0,24:4,18:0:1:0,25:2,23:0:0 chr2 166618262 . C T 1181.94 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0174567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.588;QD=58.3676;RBI=0.0245629;REFB=0.0566187;REVB=0.0172801;RO=2;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225308;STB=0.511902;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=6.62729e-05;OID=.;OPOS=166618262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:41:38:0:2:41:38:0:2 chr2 166770120 . A G 386.05 PASS AF=0.373984;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0295059;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3997;QD=12.5545;RBI=0.0327038;REFB=-0.000599395;REVB=0.0141044;RO=76;SAF=21;SAR=25;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763945;STB=0.539424;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000784367;OID=.;OPOS=166770120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:76:77:46:46:0.373984:25:21:40:36:25:21:40:37 chr2 166773971 . G A 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0734423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.109;QD=9.33493;RBI=0.0734665;REFB=-0.00907549;REVB=0.00188464;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443735;STB=0.515765;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0163479;OID=.;OPOS=166773971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:31:13:13:0.295455:6:7:15:15:6:7:16:15 chr2 166788336 . T C 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.687;QD=62.9076;RBI=0.0212255;REFB=0;REVB=0.0161239;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08373e-06;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr2 166797646 . C T 344.24 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=-0.0127823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.299;QD=14.0507;RBI=0.0271965;REFB=-0.0152836;REVB=-0.0240055;RO=60;SAF=23;SAR=15;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319683;STB=0.680596;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0136853;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:15:23:18:42:15:23:18:42 chr2 166892788 . C T 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.124;QD=60.8818;RBI=0.067892;REFB=0;REVB=0.000954819;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185608;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr2 166897864 . A G 1737.49 PASS AF=0.983051;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0173622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2865;QD=58.8981;RBI=0.0451727;REFB=-0.0432335;REVB=0.0417029;RO=2;SAF=57;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163687;STB=0.508619;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000479164;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:118:2:2:115:116:0.983051:58:57:2:0:59:57:2:0 chr2 166903445 . T C 2307.83 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00838296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7517;QD=61.1347;RBI=0.00838592;REFB=0;REVB=0.000222903;RO=0;SAF=77;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35616e-05;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:74:77:0:0:74:77:0:0 chr2 167099158 . A G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.759;QD=61.0487;RBI=0.0287725;REFB=0;REVB=0.0161796;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23229e-05;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:50:28:0:0:50:28:0:0 chr2 167144974 . A T 283.9 PASS AF=0.311475;AO=37;DP=121;FAO=38;FDP=122;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.00043025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7436;QD=9.30809;RBI=0.0153965;REFB=-0.038869;REVB=-0.0153905;RO=84;SAF=17;SAR=20;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902934;STB=0.542613;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.04803;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:84:84:37:38:0.311475:20:17:45:39:20:18:45:39 chr2 167144995 . T C 340.68 PASS AF=0.330769;AO=43;DP=131;FAO=43;FDP=130;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.00716834;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.277;QD=10.4825;RBI=0.0110192;REFB=-0.0121388;REVB=0.0083688;RO=87;SAF=23;SAR=20;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071464;STB=0.50413;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0232124;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:87:87:43:43:0.330769:20:23:46:41:20:23:46:41 chr2 167145142 . A G 247.53 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0131073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.006;QD=11.513;RBI=0.0169402;REFB=-0.0200216;REVB=-0.0107317;RO=56;SAF=16;SAR=14;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174678;STB=0.510102;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.043183;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:14:16:29:27:14:16:29:27 chr2 167160565 . A G 517.61 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.017703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.753;QD=16.4322;RBI=0.0228587;REFB=-0.0194722;REVB=0.0144611;RO=70;SAF=35;SAR=21;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263172;STB=0.514701;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0199688;OID=.;OPOS=167160565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:70:70:56:56:0.444444:21:35:42:28:21:35:42:28 chr2 167163043 . T C 385.87 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0465173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9484;QD=14.8411;RBI=0.0642243;REFB=-0.015702;REVB=0.0442821;RO=59;SAF=14;SAR=30;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170066;STB=0.601631;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0300731;OID=.;OPOS=167163043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:60:44:44:0.423077:30:14:28:31:30:14:29:31 chr2 167168093 . C T 454.36 PASS AF=0.418033;AO=52;DP=121;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0126589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.201;QD=14.897;RBI=0.0212761;REFB=-0.00968848;REVB=-0.0171005;RO=67;SAF=36;SAR=16;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213181;STB=0.611047;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0119107;OID=.;OPOS=167168093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:67:71:52:51:0.418033:16:36:33:34:16:35:36:35 chr2 167279922 . C A 724.08 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0363078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3324;QD=54.6478;RBI=0.0740511;REFB=-0.0101897;REVB=-0.0645391;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-5.37514e-05;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:27:25:0:1:27:25:0:1 chr2 167313451 . T C 507.57 PASS AF=0.387097;AO=60;DP=154;FAO=60;FDP=155;FR=.;FRO=95;FSAF=47;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.00639234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.351;QD=13.0985;RBI=0.038621;REFB=-0.00344969;REVB=-0.0380883;RO=94;SAF=47;SAR=13;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336028;STB=0.689561;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00496878;OID=.;OPOS=167313451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:94:95:60:60:0.387097:13:47:48:46:13:47:49:46 chr2 167334085 . G T 1915.44 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.504;QD=61.7883;RBI=0.00831303;REFB=0;REVB=0.00296451;RO=0;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49627e-06;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:62:61:0:0:63:61:0:0 chr2 168099738 . T C 323.07 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0293691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2834;QD=25.3384;RBI=0.0498997;REFB=-0.0482258;REVB=0.0403415;RO=20;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188128;STB=0.603491;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0250839;OID=.;OPOS=168099738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:19:12:13:7:19:12:13:7 chr2 168100443 . C A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00905889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=346.071;QD=14.0975;RBI=0.0185198;REFB=-0.0115748;REVB=-0.016153;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275431;STB=0.659955;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0181363;OID=.;OPOS=168100443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:6:12:5:8:6:12 chr2 168101142 . T G 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0124859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.888;QD=18.9649;RBI=0.0159991;REFB=-0.00531461;REVB=-0.0100036;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239378;STB=0.597614;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00625215;OID=.;OPOS=168101142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:25:22:22:0.468085:12:10:16:6:12:10:16:9 chr2 168102784 . GA G 54.62 PASS AF=0.207207;AO=25;DP=112;FAO=23;FDP=111;FR=.;FRO=88;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=58;FWDB=-0.0797518;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.0094;QD=1.96819;RBI=0.134785;REFB=-0.0339568;REVB=-0.108659;RO=84;SAF=1;SAR=24;SRF=28;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603027;STB=0.89455;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0781441;OID=.;OPOS=168102785;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.207207:25:112:23:111:88:1:22:30:58:54:84:1:24:28:56 chr2 168103701 . A G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0158354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.949;QD=24.0732;RBI=0.0224961;REFB=-0.0296391;REVB=-0.0159787;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681814;STB=0.538402;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0138851;OID=.;OPOS=168103701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:7:6:4:3:7:6:4:3 chr2 168107617 . A G 266.66 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.109106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2992;QD=20.1251;RBI=0.126776;REFB=-0.0350162;REVB=0.0645608;RO=24;SAF=6;SAR=22;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133177;STB=0.568214;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0271611;OID=.;OPOS=168107617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:22:6:8:16:22:6:8:17 chr2 168108357 . A G 68.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0140473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3125;QD=15.2895;RBI=0.0140542;REFB=-0.0553388;REVB=0.000440331;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0547646;OID=.;OPOS=168108357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:4:5:5:4:4:5 chr2 168115325 . A G 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0108054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.127;QD=14.0443;RBI=0.0136918;REFB=-0.00990159;REVB=-0.00840885;RO=40;SAF=6;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381984;STB=0.719457;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0110154;OID=.;OPOS=168115325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:22:6:22:18:22:6:22:18 chr2 168726659 . A C 1918.43 PASS AF=0.984496;AO=124;DP=127;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.935;QD=59.4863;RBI=0.0466831;REFB=-0.00385357;REVB=0.0430316;RO=2;SAF=50;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00302979;STB=0.501586;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000240347;OID=.;OPOS=168726659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:129:2:2:124:127:0.984496:74:50:1:1:76:51:1:1 chr2 168810906 . T G 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0231166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.426;QD=19.519;RBI=0.026378;REFB=-0.0156918;REVB=0.0127052;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663996;STB=0.537011;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0168737;OID=.;OPOS=168810906;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:14:14:11:15:14:14:11:15 chr2 169707428 . C T 1055.67 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7241;QD=59.4744;RBI=0.0259553;REFB=0;REVB=-0.0186555;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20168e-06;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:32:38:0:0:33:38:0:0 chr2 169721377 . G A 723.2 PASS AF=0.931034;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0205271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0647;QD=49.8761;RBI=0.0303381;REFB=-0.0119098;REVB=0.0223392;RO=3;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448247;STB=0.513614;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00992107;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:58:3:4:54:54:0.931034:30:24:0:3:30:24:1:3 chr2 169789016 . T C 340.48 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0415413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.186;QD=18.1591;RBI=0.0462977;REFB=-0.00279905;REVB=0.0204402;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180115;STB=0.60024;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00436891;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:17:19:13:26:17:19:13:26 chr2 169826877 . C T 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.065683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.849;QD=17.4267;RBI=0.0666367;REFB=-0.00609179;REVB=-0.0112333;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211944;STB=0.620226;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0209492;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:7:16:9:10:7:16 chr2 169830328 . A G 379.01 PASS AF=0.434783;AO=39;DP=91;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0139355;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0591;QD=16.4785;RBI=0.0150435;REFB=-0.0214472;REVB=-0.00566631;RO=52;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848467;STB=0.52837;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0298641;OID=.;OPOS=169830328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:52:52:39:40:0.434783:22:17:27:25:22:18:26:26 chr2 169847412 . A G 326.6 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0607254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.201;QD=36.289;RBI=0.0646535;REFB=-0.0706334;REVB=0.0221923;RO=9;SAF=18;SAR=9;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120267;STB=0.565172;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.025493;OID=.;OPOS=169847412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:9:9:27:27:0.75:9:18:8:1:9:18:8:1 chr2 169870855 . A G 206.61 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00718544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.166;QD=13.1179;RBI=0.0134086;REFB=-0.00942668;REVB=-0.0113208;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344528;STB=0.519729;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0155645;OID=.;OPOS=169870855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:13:12:17:21:13:12:17:21 chr2 169952233 . T C 386.71 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00028084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.601;QD=20.903;RBI=0.00432356;REFB=-0.000457391;REVB=0.00431443;RO=35;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410392;STB=0.522716;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.000564383;OID=.;OPOS=169952233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:23:16:16:19:23:16:16:19 chr2 170044574 . G A 602.56 PASS AF=0.446809;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.00166157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.138;QD=17.0938;RBI=0.0218556;REFB=0.00482041;REVB=0.0217924;RO=78;SAF=33;SAR=30;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870949;STB=0.548502;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00498526;OID=.;OPOS=170044574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:78:78:63:63:0.446809:30:33:34:44:30:33:34:44 chr2 170053505 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.673;QD=61.3362;RBI=0.0313129;REFB=0;REVB=-0.0248702;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77064e-05;OID=.;OPOS=170053505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr2 170058290 . C T 511.83 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0114726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.826;QD=24.0863;RBI=0.0142129;REFB=-0.0208734;REVB=0.00838961;RO=37;SAF=24;SAR=24;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750923;STB=0.541159;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0151649;OID=.;OPOS=170058290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:24:24:22:15:24:24:22:15 chr2 170129528 . G A 1514.62 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00684395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8768;QD=62.4585;RBI=0.0323202;REFB=-0.0159066;REVB=-0.0315872;RO=1;SAF=43;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109008;STB=0.505746;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000479715;OID=.;OPOS=170129528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:53:43:1:0:53:43:1:0 chr2 170218847 . C G 465.51 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.649;QD=58.1884;RBI=0.062429;REFB=0;REVB=0.0258019;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212559;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:12:17:0:0:13:19:0:0 chr2 170403030 . T C 2008.93 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.843;QD=62.2925;RBI=0.0240102;REFB=0;REVB=0.0224541;RO=0;SAF=56;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21615e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92079e-05;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:72:56:0:0:73:56:0:0 chr2 170411693 . T C 700.8 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0265253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.038;QD=50.9675;RBI=0.0265976;REFB=-0.0645554;REVB=-0.00196005;RO=3;SAF=32;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556453;STB=0.502957;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.000587635;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:20:32:2:1:20:32:2:1 chr2 170493803 . GA G 31.6 PASS AF=0.409091;AO=6;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.154994;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.1824;QD=5.74563;RBI=0.254278;REFB=-0.0359784;REVB=0.201579;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280298;STB=0.631314;STBP=0.371;TYPE=del;VARB=0.0817377;OID=.;OPOS=170493804;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:6:22:9:22:13:5:4:10:3:31:9:4:2:8:1 chr2 170605981 . C T 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3162;QD=61.375;RBI=0.0106699;REFB=0;REVB=-0.00515324;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05761e-05;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr2 170938659 . G A 263.48 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0073425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3688;QD=19.5168;RBI=0.0077426;REFB=-0.023483;REVB=-0.00245675;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611297;STB=0.534128;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0239483;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:17:11:12:14:17:11:12:14 chr2 170976590 . A G,T 315.65 PASS AF=0.875,0.125;AO=21,3;DP=24;FAO=21,3;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601437,0.0375087;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.447,111.088;QD=52.6089;RBI=0.0607607,0.0410376;REFB=0,0;REVB=0.00863657,-0.0166488;RO=0;SAF=5,2;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.78933e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00283008,0.12947;OID=.,.;OPOS=170976590,170976590;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:24:24:0:0:21,3:21,3:0.875,0.125:16,1:5,2:0:0:16,1:5,2:0:0 chr2 171055772 . A G 209.71 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0294675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5643;QD=18.6409;RBI=0.12474;REFB=-0.024018;REVB=0.121209;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311189;STB=0.676304;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0315392;OID=.;OPOS=171055772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:14:7:16:8:14:7:16:8 chr2 171070912 . T C 712.2 PASS AF=0.598214;AO=66;DP=113;FAO=67;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.000322013;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.388;QD=25.4357;RBI=0.0145414;REFB=-0.0313785;REVB=0.0145378;RO=45;SAF=33;SAR=33;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00827455;STB=0.501466;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0185732;OID=.;OPOS=171070912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:45:45:66:67:0.598214:33:33:22:23:34:33:22:23 chr2 171073887 . G A 355.86 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0163341;FXX=0.045041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.092;QD=13.4286;RBI=0.0165935;REFB=-0.000361912;REVB=-0.00292285;RO=63;SAF=25;SAR=17;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159972;STB=0.595193;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000136703;OID=.;OPOS=171073887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:63:64:42:42:0.396226:17:25:28:35:17:25:28:36 chr2 171225841 . A G 341.17 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=52;FWDB=0.0192876;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1349;QD=11.6639;RBI=0.0272835;REFB=-0.00418533;REVB=0.019297;RO=74;SAF=16;SAR=26;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851186;STB=0.5517;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00843292;OID=.;OPOS=171225841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:75:42:42:0.358974:26:16:23:51:26:16:23:52 chr2 171240249 . C T 660.56 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=131;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00564024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4321;QD=20.1697;RBI=0.0291678;REFB=-0.0161822;REVB=-0.0286173;RO=64;SAF=35;SAR=31;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289402;STB=0.519426;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0140138;OID=.;OPOS=171240249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:64:65:66:66:0.503817:31:35:36:28:31:35:37:28 chr2 171260787 . G A 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7733;QD=58.9613;RBI=0.0598086;REFB=0;REVB=0.0488543;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97171e-05;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:21:45:0:0:21:45:0:0 chr2 171260820 . T C 990.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4509;QD=59.1388;RBI=0.05193;REFB=0;REVB=0.0347756;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56873e-05;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr2 171355198 . A G 583.35 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.655;QD=58.3348;RBI=0.0371295;REFB=-0.153697;REVB=0.00822449;RO=1;SAF=9;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492505;STB=0.526302;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000923704;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:1:1:39:39:0.975:30:9:1:0:30:9:1:0 chr2 171356274 . G A 2093.28 PASS AF=0.992754;AO=125;DP=127;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1638;QD=60.6747;RBI=0.0818985;REFB=0.151281;REVB=0.0737528;RO=2;SAF=69;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135717;STB=0.503448;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00097338;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:138:2:1:125:137:0.992754:56:69:2:0:65:72:1:0 chr2 171570488 . C G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.87;QD=26.0262;RBI=0.0466472;REFB=0.0170437;REVB=0.0397422;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0028093;OID=.;OPOS=171570488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr2 171572940 . G A 218.32 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0280759;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.901;QD=22.3917;RBI=0.0311543;REFB=-0.024602;REVB=-0.0135032;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652267;STB=0.536551;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.021567;OID=.;OPOS=171572940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:18:21:21:0.538462:10:11:8:10:10:11:8:10 chr2 171649402 . C T 620.12 PASS AF=0.56;AO=55;DP=98;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0149957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.881;QD=24.8048;RBI=0.0468796;REFB=-0.0161826;REVB=-0.0444165;RO=43;SAF=19;SAR=36;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632875;STB=0.535048;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.011403;OID=.;OPOS=171649402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:43:44:55:56:0.56:36:19:18:25:36:20:19:25 chr2 171678625 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.685;QD=43.4862;RBI=0.0418858;REFB=0;REVB=0.022366;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165818;OID=.;OPOS=171678625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr2 171822466 . C T 460.19 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0289038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.941;QD=51.132;RBI=0.0633419;REFB=-0.172967;REVB=0.0563628;RO=3;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846904;STB=0.529394;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00270284;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:3:2:33:34:0.944444:15:18:0:3:16:18:0:2 chr2 171822576 . C T 1303.69 PASS AF=1;AO=81;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6832;QD=59.9396;RBI=0.154183;REFB=-0.0503802;REVB=0.142805;RO=2;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00619635;OID=.;OPOS=171822576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:84:87:2:0:81:87:1:39:42:0:2:44:43:0:0 chr2 171850329 . T G 1098.38 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00452487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.011;QD=60.1855;RBI=0.0211375;REFB=0;REVB=-0.0206475;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.58122e-05;OID=.;OPOS=171850329;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr2 172174150 . AA GC 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167101;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=168.365;QD=62.6711;RBI=0.0379153;REFB=0;REVB=0.0340344;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000194043;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr2 172180771 . A G 2121.63 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.819;QD=62.8631;RBI=0.0234267;REFB=0;REVB=0.0164606;RO=0;SAF=61;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.154e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:74:61:0:0:74:61:0:0 chr2 172180842 . C T 492.06 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00537128;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.647;QD=15.7458;RBI=0.0150053;REFB=-0.00448148;REVB=-0.014011;RO=70;SAF=25;SAR=29;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020429;STB=0.515074;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00520188;OID=.;OPOS=172180842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:71:54:54:0.432:29:25:31:39:29:25:31:40 chr2 172378818 . A G 563.56 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.059395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0865;QD=57.8011;RBI=0.0621609;REFB=-0.0981741;REVB=-0.018336;RO=1;SAF=26;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176755;STB=0.509429;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00202496;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:11:26:1:0:12:26:1:0 chr2 172379781 . G A 815.22 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0232664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.408;QD=52.5949;RBI=0.0468471;REFB=-0.0402534;REVB=0.0406611;RO=3;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495832;STB=0.526307;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00191514;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:3:3:59:59:0.951613:27:32:0:3:27:32:0:3 chr2 172411273 . G A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0369749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1464;QD=13.576;RBI=0.0720081;REFB=-0.0125034;REVB=-0.0617902;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19204;STB=0.60224;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00820887;OID=.;OPOS=172411273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:10:3:7:11:10:3:7:12 chr2 172964203 . A G 379.08 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273511;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.291;QD=56.1603;RBI=0.0273522;REFB=0;REVB=-0.000245574;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000476599;OID=.;OPOS=172964203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr2 172964638 . C A 272.66 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.56;QD=51.9361;RBI=0.0154698;REFB=0;REVB=0.00878679;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99847e-05;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:10:11:0:0 chr2 173352103 . C T 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00659679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.182;QD=5.21596;RBI=0.0134989;REFB=-0.00135689;REVB=-0.0117772;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554145;STB=0.86096;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00547037;OID=.;OPOS=173352103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:5:1:14:7:5:1:14:7 chr2 173352157 . A T 334.62 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0233718;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9549;QD=21.5886;RBI=0.027638;REFB=-0.0433209;REVB=-0.0147518;RO=31;SAF=22;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27757;STB=0.632105;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0513979;OID=.;OPOS=173352157;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:31:28:34:34:0.548387:12:22:10:21:12:22:10:18 chr2 173686663 . G T 263.6 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=4.66881e-05;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.002;QD=15.0626;RBI=0.0100148;REFB=-0.0192846;REVB=0.0100147;RO=40;SAF=22;SAR=8;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041932;STB=0.523793;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0191888;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:8:22:28:12:8:22:28:12 chr2 173917425 . G A 1397.06 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0864;QD=62.7894;RBI=0.0288163;REFB=0;REVB=-0.0226784;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85358e-05;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:55:33:0:0:56:33:0:0 chr2 174068513 . G C 1025.9 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4108;QD=59.4725;RBI=0.0282575;REFB=0;REVB=0.0114151;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.32313e-05;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:23:46:0:0:23:46:0:0 chr2 174091088 . T C 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4694;QD=60.8828;RBI=0.0124522;REFB=0;REVB=0.0123958;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39968e-05;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr2 174097106 . A G 270.06 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0146514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.282;QD=15.4318;RBI=0.0146521;REFB=-0.00112004;REVB=0.000138981;RO=35;SAF=20;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207403;STB=0.651829;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00118251;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:39:30:31:0.442857:10:20:16:19:10:21:16:23 chr2 174103160 . T C 236.52 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00255248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9348;QD=15.7679;RBI=0.00875231;REFB=-0.0281241;REVB=0.00837184;RO=32;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138266;STB=0.571374;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0165685;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:18:9:15:17:18:9:15:18 chr2 174820750 . T C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.436;QD=61.8524;RBI=0.0337835;REFB=0;REVB=0.0307589;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81368e-05;OID=.;OPOS=174820750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:51:32:0:0:51:32:0:0 chr2 174939983 . GG GAG,GA 146.64 PASS AF=0.785714,0.214286;AO=5,2;DP=14;FAO=11,3;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0048446,-0.00466816;FXX=0;HRUN=0,13;LEN=1,1;MLLD=194.419,193.021;QD=41.8976;RBI=0.0547214,0.0865679;REFB=0,0;REVB=-0.0545065,-0.086442;RO=0;SAF=5,1;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00449428,-0.00635072;OID=.,.;OPOS=174939984,174939984;OREF=-,G;OALT=A,A;OMAPALT=GAG,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.785714,0.214286:5,2:14:11,3:14:0:9,1:2,2:0:0:8:0:5,1:0,1:0:0 chr2 175201299 . C G 2716.41 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.651;QD=61.7366;RBI=0.0458847;REFB=0;REVB=0.0458456;RO=0;SAF=96;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285204;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:163:176:0:0:162:176:1:66:96:0:0:78:98:0:0 chr2 175260505 . TC T 57.09 PASS AF=0.55;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0429911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.8833;QD=11.4174;RBI=0.167666;REFB=-0.0485262;REVB=0.16206;RO=10;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.539062;SSSB=0.548441;STB=0.707439;STBP=0.077;TYPE=del;VARB=0.0656541;OID=.;OPOS=175260506;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:10:20:11:20:9:9:2:4:5:52:10:9:1:4:6 chr2 175424779 . T G 535.5 PASS AF=0.925;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0188827;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.737;QD=53.5495;RBI=0.0196418;REFB=-0.0447796;REVB=-0.00540784;RO=3;SAF=14;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424354;STB=0.522715;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00525629;OID=.;OPOS=175424779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:42:40:3:3:37:37:0.925:23:14:2:1:23:14:2:1 chr2 175425476 . G A 834.3 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.071;QD=57.538;RBI=0.0358024;REFB=0;REVB=0.0246203;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11941e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:32:23:0:0:35:23:0:0 chr2 175426274 . C G 1084.42 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366284;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1485;QD=60.2455;RBI=0.0370731;REFB=0;REVB=0.00572487;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156377;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr2 175436940 . G A 732.76 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.013117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.576;QD=51.4218;RBI=0.0459546;REFB=-0.062036;REVB=0.0440428;RO=2;SAF=29;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031395;STB=0.506865;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.000887215;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:2:3:54:54:0.947368:25:29:2:0:25:29:2:1 chr2 176032376 . G A 815.31 PASS AF=0.5;AO=80;DP=163;FAO=83;FDP=166;FR=.;FRO=83;FSAF=56;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.00951599;FXX=0.023528;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3206;QD=19.646;RBI=0.0168107;REFB=-0.0255872;REVB=-0.013858;RO=77;SAF=56;SAR=24;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140515;STB=0.583948;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0322345;OID=.;OPOS=176032376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:166:77:83:80:83:0.5:24:56:43:34:27:56:43:40 chr2 176794417 . T C 210.65 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0105287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5537;QD=19.1501;RBI=0.0169278;REFB=-0.029789;REVB=0.0132551;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247949;STB=0.640125;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0501674;OID=.;OPOS=176794417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:13:8:15:8:13:8:15:8 chr2 176984192 . TAA TA,TAT 205.79 PASS AF=0.484848,0.484848;AO=4,12;DP=24;FAO=16,16;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12,0;FSAR=4,16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.679275,-0.145457;FXX=0.131544;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=6.85709,81.894;QD=24.9441;RBI=0.748839,0.197521;REFB=0.0966082,0.0388246;REVB=-0.31519,-0.133629;RO=4;SAF=0,0;SAR=4,12;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.794086,-0.844815;STB=0.555483,0.5;STBP=0.158,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.147521,0.0852934;OID=.,.;OPOS=176984193,176984194;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.484848,0.484848:4,12:24:16,16:33:1:12,0:4,16:0:1:74:4:0,0:4,12:4:0 chr2 177036754 . T C 50.0 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00652673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2668;QD=11.111;RBI=0.0265163;REFB=-0.0783557;REVB=-0.0257005;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114905;STB=0.576693;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0704989;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:9:10:6:7:0.388889:2:4:5:4:2:5:6:4 chr2 178085137 . G A 191.4 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=67;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00301537;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.12;QD=11.6;RBI=0.0038922;REFB=-0.00113914;REVB=0.00246105;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105424;STB=0.52656;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00245004;OID=.;OPOS=178085137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:41:42:23:24:0.363636:12:11:20:21:13:11:21:21 chr2 178417142 . C G,T 1755.88 PASS AF=0.0254237,0.974576;AO=5,112;DP=118;FAO=3,115;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=3,55;FSAR=0,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211443,0.0162598;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.812,79.2987;QD=59.5214;RBI=0.0331294,0.0356033;REFB=0,-0.036611;REVB=-0.0255044,0.0316735;RO=1;SAF=2,55;SAR=3,57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.169284,-0.00855451;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.173579,0.000718476;OID=.,.;OPOS=178417142,178417142;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:118:118:1:0:5,112:3,115:0.0254237,0.974576:3,57:2,55:1:0:0,60:3,55:0:0 chr2 178417225 . C T 1396.39 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.608;QD=62.7593;RBI=0.0717347;REFB=0;REVB=0.0199276;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182508;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr2 178481818 . G T 1349.82 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00697136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.673;QD=59.9921;RBI=0.0111833;REFB=-0.0714063;REVB=0.00874452;RO=0;SAF=29;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04906e-08;STB=0.504273;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000188569;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:0:2:88:88:0.977778:59:29:0:0:59:29:1:1 chr2 178482094 . C T 109.72 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194721;FXX=0.166528;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.894;QD=43.888;RBI=0.0227591;REFB=0;REVB=-0.0117819;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94014e-05;OID=.;OPOS=178482094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:6:4:0:0 chr2 178491217 . G A 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000649078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.021;QD=59.8552;RBI=0.0006847;REFB=0;REVB=0.000217972;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23708e-06;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr2 178493301 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.205;QD=50.4134;RBI=0.0251179;REFB=0;REVB=-0.0101164;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71607e-05;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr2 178494173 . G GGGA 2314.24 PASS AF=0.914773;AO=157;DP=178;FAO=161;FDP=176;FR=.;FRO=15;FSAF=66;FSAR=95;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.033402;FXX=0.0112353;HRUN=4;LEN=3;MLLD=307.262;QD=52.5964;RBI=0.0343757;REFB=-0.0397523;REVB=0.00812365;RO=17;SAF=66;SAR=91;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317031;STB=0.516639;STBP=0.149;TYPE=ins;VARB=0.00213673;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.914773:157:178:161:176:15:66:95:9:6:47:17:66:91:10:7 chr2 178682603 . T C 147.08 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00673665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.886;QD=7.54247;RBI=0.00745249;REFB=-0.00475362;REVB=-0.00318704;RO=56;SAF=9;SAR=12;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213075;STB=0.620826;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0220161;OID=.;OPOS=178682603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:56:57:21:21:0.269231:12:9:34:22:12:9:34:23 chr2 178682655 . A G 132.78 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0334159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.001;QD=7.81068;RBI=0.0337239;REFB=0.00300706;REVB=0.00454716;RO=49;SAF=5;SAR=14;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393084;STB=0.736593;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00433108;OID=.;OPOS=178682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:49:19:19:0.279412:14:5:29:20:14:5:29:20 chr2 178936373 . T G 723.57 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.681;QD=62.9195;RBI=0.0407415;REFB=0;REVB=0.0319108;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761076;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:40:46:1:21:19:0:0:23:23:0:0 chr2 178936614 . C T 521.42 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.028443;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.713;QD=54.8862;RBI=0.0395989;REFB=-0.0312561;REVB=0.0275512;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032238;STB=0.533315;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000377099;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:35:36:0.947368:14:21:0:1:14:22:0:2 chr2 179203797 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9816;QD=60.9776;RBI=0.00511387;REFB=0;REVB=-0.00276067;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.03959e-05;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr2 179260382 . A G 480.84 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.00536977;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.004;QD=17.1727;RBI=0.0272715;REFB=-0.00626839;REVB=0.0267376;RO=60;SAF=35;SAR=17;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281953;STB=0.657102;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00481447;OID=.;OPOS=179260382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:60:60:52:52:0.464286:17:35:23:37:17:35:23:37 chr2 179296511 . C T 86.29 PASS AF=0.185185;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0439947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8795;QD=4.26122;RBI=0.0504798;REFB=0.00391788;REVB=-0.0247521;RO=66;SAF=10;SAR=5;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247832;STB=0.660941;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0229761;OID=.;OPOS=179296511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:81:81:66:66:15:15:0.185185:5:10:31:35:5:10:31:35 chr2 179296626 . G A 75.11 PASS AF=0.2;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0054825;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.117;QD=5.00751;RBI=0.0539602;REFB=-7.96511e-05;REVB=-0.053681;RO=47;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291854;OID=.;OPOS=179296626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:61:60:47:48:12:12:0.2:7:5:19:28:7:5:20:28 chr2 179296666 . T C 65.12 PASS AF=0.196429;AO=10;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0133819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.394;QD=4.65148;RBI=0.0231408;REFB=0.000191334;REVB=0.0188791;RO=45;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559783;STB=0.508182;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.000429974;OID=.;OPOS=179296666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:56:56:45:45:10:11:0.196429:6:4:20:25:6:5:20:25 chr2 179296821 . G A 221.2 PASS AF=0.29;AO=28;DP=99;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.000295686;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.771;QD=8.84815;RBI=0.00750028;REFB=-0.00563142;REVB=-0.00749445;RO=66;SAF=15;SAR=13;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425034;STB=0.561554;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0110406;OID=.;OPOS=179296821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:66:71:28:29:0.29:13:15:33:33:13:16:33:38 chr2 179300971 . G A 48.86 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0126465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.038;QD=2.03577;RBI=0.0154996;REFB=0.000923938;REVB=0.00896119;RO=84;SAF=5;SAR=6;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691359;STB=0.545372;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0141304;OID=.;OPOS=179300971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:84:85:11:11:0.114583:6:5:43:41:6:5:43:42 chr2 179300979 . A T 48.58 PASS AF=0.113402;AO=11;DP=97;FAO=11;FDP=97;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0107736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.924;QD=2.00333;RBI=0.0120577;REFB=0.000356422;REVB=0.00541447;RO=86;SAF=7;SAR=4;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138088;STB=0.602106;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00218235;OID=.;OPOS=179300979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:97:97:86:86:11:11:0.113402:4:7:45:41:4:7:45:41 chr2 179308114 . A G 80.21 PASS AF=0.146789;AO=16;DP=109;FAO=16;FDP=109;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.0490184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.656;QD=2.94348;RBI=0.0491292;REFB=0.000585658;REVB=-0.00329833;RO=93;SAF=10;SAR=6;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190188;STB=0.629129;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00630939;OID=.;OPOS=179308114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:109:109:93:93:16:16:0.146789:6:10:44:49:6:10:44:49 chr2 179309165 . G A 52.97 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00128099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1732;QD=2.55264;RBI=0.00557803;REFB=-0.00126088;REVB=0.00542895;RO=72;SAF=3;SAR=8;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174823;STB=0.625675;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00834974;OID=.;OPOS=179309165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:83:72:72:11:11:0.13253:8:3:29:43:8:3:29:43 chr2 179315734 . GGC G 225.09 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0322988;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=264.842;QD=20.4628;RBI=0.0323066;REFB=-0.0165697;REVB=-0.000708358;RO=10;SAF=1;SAR=27;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.635212;STB=0.835932;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0115149;OID=.;OPOS=179315735;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:28:44:28:44:16:1:27:6:10:91:10:1:27:6:4 chr2 179315757 . T G 284.63 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.038935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.134;QD=29.9613;RBI=0.0392985;REFB=-0.0113152;REVB=0.00533326;RO=13;SAF=1;SAR=24;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601574;STB=0.843825;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00316371;OID=.;OPOS=179315757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:24:1:6:7:24:1:6:7 chr2 179358665 . A G 1606.72 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1656;QD=64.2686;RBI=0.0557422;REFB=0;REVB=0.0512445;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364786;OID=.;OPOS=179358665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:98:100:1:50:48:0:0:52:48:0:0 chr2 179367086 . A G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0979;QD=51.1795;RBI=0.10977;REFB=0;REVB=-0.0984894;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00468067;OID=.;OPOS=179367086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr2 179393111 . A G 671.4 PASS AF=0.532258;AO=66;DP=124;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0083897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.028;QD=21.658;RBI=0.0102256;REFB=-0.0286389;REVB=-0.00584607;RO=57;SAF=29;SAR=37;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143295;STB=0.51236;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0259908;OID=.;OPOS=179393111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:57:58:66:66:0.532258:37:29:26:31:37:29:27:31 chr2 179393344 . T G 463.57 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00410905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.856;QD=19.1164;RBI=0.0258598;REFB=-0.0125953;REVB=-0.0255313;RO=50;SAF=25;SAR=21;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00328048;STB=0.507439;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0127094;OID=.;OPOS=179393344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:51:46:46:0.474227:21:25:27:23:21:25:27:24 chr2 179395560 . G A 386.37 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0087537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.083;QD=15.3019;RBI=0.0087806;REFB=-0.00151202;REVB=-0.000686788;RO=58;SAF=19;SAR=24;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111982;STB=0.562988;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00245486;OID=.;OPOS=179395560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:24:19:32:26:24:19:32:26 chr2 179395760 . G A 740.59 PASS AF=0.472727;AO=78;DP=165;FAO=78;FDP=165;FR=.;FRO=87;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.00493777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.436;QD=17.9537;RBI=0.00754633;REFB=-0.00893532;REVB=-0.00570661;RO=87;SAF=43;SAR=35;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173507;STB=0.595819;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00759852;OID=.;OPOS=179395760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:87:87:78:78:0.472727:35:43:32:55:35:43:32:55 chr2 179395958 . T C 1306.07 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00286947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.866;QD=60.7474;RBI=0.022791;REFB=-0.0270427;REVB=0.0226096;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.505262;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000397317;OID=.;OPOS=179395958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:47:38:0:0:47:38:0:1 chr2 179396354 . G A 148.62 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00563323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6494;QD=10.8088;RBI=0.00726959;REFB=0.0179351;REVB=0.00459496;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578512;STB=0.533945;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.052076;OID=.;OPOS=179396354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:11:8:17:19:11:8:17:19 chr2 179397561 . C T 455.1 PASS AF=0.360759;AO=57;DP=159;FAO=57;FDP=158;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=64;FSRR=37;FWDB=-0.0271255;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.711;QD=11.5216;RBI=0.0388183;REFB=-0.00670022;REVB=-0.0277682;RO=101;SAF=29;SAR=28;SRF=64;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140951;STB=0.580057;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0101666;OID=.;OPOS=179397561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:101:101:57:57:0.360759:28:29:64:37:28:29:64:37 chr2 179398509 . C A 738.48 PASS AF=0.537879;AO=71;DP=131;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.00516551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.423;QD=22.378;RBI=0.0153928;REFB=-0.00412705;REVB=-0.0145002;RO=60;SAF=29;SAR=42;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173908;STB=0.598823;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00441657;OID=.;OPOS=179398509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:60:61:71:71:0.537879:42:29:37:23:42:29:38:23 chr2 179398823 . G A 166.61 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0133656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.425;QD=31.7353;RBI=0.028752;REFB=-0.0372252;REVB=-0.0254566;RO=5;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578027;STB=0.531876;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00910981;OID=.;OPOS=179398823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:5:11:4:1:5:11:4:1 chr2 179400895 . C T 509.81 PASS AF=0.41791;AO=56;DP=135;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00840579;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.019;QD=15.2184;RBI=0.0114526;REFB=-0.0189971;REVB=-0.0077785;RO=77;SAF=29;SAR=27;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151008;STB=0.504537;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0267855;OID=.;OPOS=179400895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:77:78:56:56:0.41791:27:29:41:36:27:29:41:37 chr2 179404628 . T A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.000815544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.091;QD=20.2097;RBI=0.0292476;REFB=-0.0127899;REVB=0.0292362;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165885;STB=0.594448;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00972749;OID=.;OPOS=179404628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:6:4:8:5:6:4 chr2 179406191 . C T 429.38 PASS AF=0.381679;AO=50;DP=131;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0239204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.552;QD=13.111;RBI=0.0341116;REFB=-0.00525086;REVB=-0.024319;RO=81;SAF=26;SAR=24;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068766;STB=0.539009;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00909969;OID=.;OPOS=179406191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:81:81:50:50:0.381679:24:26:37:44:24:26:37:44 chr2 179412628 . C T 559.69 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00779856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6507;QD=19.1345;RBI=0.0113435;REFB=-0.00835472;REVB=0.0082376;RO=58;SAF=31;SAR=27;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468635;STB=0.521693;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00873289;OID=.;OPOS=179412628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:59:58:58:0.495726:27:31:28:30:27:31:29:30 chr2 179413110 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0245413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.209;QD=11.1852;RBI=0.031743;REFB=-0.0134346;REVB=-0.0201331;RO=35;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018383;STB=0.510752;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0237369;OID=.;OPOS=179413110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:9:10:19:16:9:10:19:16 chr2 179421694 . A G 1301.06 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0865;QD=61.955;RBI=0.0774512;REFB=0;REVB=0.00179541;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283668;OID=.;OPOS=179421694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:48:35:0:0:48:36:0:0 chr2 179427186 . A G 1936.93 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243536;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.589;QD=61.9817;RBI=0.0307014;REFB=0;REVB=0.0186943;RO=0;SAF=85;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00066e-05;OID=.;OPOS=179427186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:39:85:0:0:39:86:0:0 chr2 179427536 . T C 1231.57 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119104;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.742;QD=61.5784;RBI=0.0527991;REFB=0;REVB=0.0514382;RO=0;SAF=56;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83441e-05;OID=.;OPOS=179427536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:23:56:0:0:24:56:0:0 chr2 179428778 . G C 350.81 PASS AF=0.417582;AO=37;DP=90;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00826639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.481;QD=15.4203;RBI=0.012838;REFB=-0.0157712;REVB=-0.00982245;RO=53;SAF=23;SAR=14;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158272;STB=0.578659;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0249688;OID=.;OPOS=179428778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:53:37:38:0.417582:14:23:25:28:15:23:25:28 chr2 179430997 . G A 1528.86 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224949;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.332;QD=63.7024;RBI=0.0232702;REFB=0;REVB=-0.00595666;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5603e-05;OID=.;OPOS=179430997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:98:96:0:0:95:96:1:56:39:0:0:57:39:0:0 chr2 179431797 . A T 63.12 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00240734;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.349;QD=7.65061;RBI=0.0200176;REFB=0.00225712;REVB=-0.0198723;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417813;STB=0.510181;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00785565;OID=.;OPOS=179431797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:34:33:25:24:9:9:0.272727:5:4:12:13:5:4:11:13 chr2 179434516 . C T 206.94 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00270477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.227;QD=17.2451;RBI=0.014876;REFB=-0.0219144;REVB=-0.014628;RO=27;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15399;STB=0.588149;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0110436;OID=.;OPOS=179434516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:7:14:14:13:7:14:14:13 chr2 179436020 . G A 166.48 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0140063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.093;QD=9.93878;RBI=0.0140063;REFB=-0.00745096;REVB=-4.75609e-05;RO=45;SAF=9;SAR=13;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923696;STB=0.554283;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0185266;OID=.;OPOS=179436020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:13:9:22:23:13:9:22:23 chr2 179437122 . C T 482.82 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0277854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7812;QD=19.1215;RBI=0.0418343;REFB=-0.0102176;REVB=0.0312743;RO=50;SAF=18;SAR=32;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184492;STB=0.607388;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00743339;OID=.;OPOS=179437122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:51:50:50:0.49505:32:18:28:22:32:18:29:22 chr2 179444768 . C G 2258.41 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176272;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.582;QD=63.6172;RBI=0.0177225;REFB=0;REVB=0.00183558;RO=0;SAF=58;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19854e-05;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:84:58:0:0:84:58:0:0 chr2 179444939 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8073;QD=55.6559;RBI=0.0559903;REFB=0;REVB=-0.0521901;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00158403;OID=.;OPOS=179444939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr2 179447848 . T C 1396.59 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.076;QD=62.0706;RBI=0.0342345;REFB=0;REVB=-0.00278474;RO=0;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09543e-05;OID=.;OPOS=179447848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:87:90:1:56:31:0:0:56:34:0:0 chr2 179451420 . G A 1933.57 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6298;QD=61.8743;RBI=0.0537535;REFB=0;REVB=-0.0494617;RO=0;SAF=55;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033174;OID=.;OPOS=179451420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:70:55:0:0:70:55:0:0 chr2 179454394 . A G 1245.39 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.267;QD=61.5009;RBI=0.022553;REFB=0;REVB=0.0189681;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80417e-05;OID=.;OPOS=179454394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr2 179455207 . T C 2319.38 PASS AF=0.993548;AO=152;DP=153;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.651;QD=59.8549;RBI=0.0898749;REFB=-0.0591692;REVB=0.0876713;RO=1;SAF=77;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630036;STB=0.503311;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000402784;OID=.;OPOS=179455207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:155:1:1:152:154:0.993548:75:77:0:1:75:79:0:1 chr2 179457147 . G A 297.01 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00453828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5545;QD=36.0012;RBI=0.0309487;REFB=-0.0697875;REVB=-0.0306142;RO=8;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889597;STB=0.504851;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00970574;OID=.;OPOS=179457147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:13:12:4:4:13:12:4:4 chr2 179458591 . C T 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00593783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.934;QD=16.6157;RBI=0.00601995;REFB=-0.00204085;REVB=-0.000990938;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079434;STB=0.545402;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00257684;OID=.;OPOS=179458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:7:14:10:7:7:14 chr2 179463527 . G A 613.75 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0195264;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7675;QD=18.4586;RBI=0.0311869;REFB=-0.00577234;REVB=-0.0243175;RO=70;SAF=24;SAR=39;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961062;STB=0.505326;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00696559;OID=.;OPOS=179463527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:70:70:63:63:0.473684:39:24:26:44:39:24:26:44 chr2 179464527 . T C 1555.74 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00826194;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.136;QD=62.8583;RBI=0.0210534;REFB=-0.0338405;REVB=0.0193645;RO=1;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920984;STB=0.504853;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000594674;OID=.;OPOS=179464527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:98:98:0.989899:51:47:0:1:51:47:0:1 chr2 179543217 . C T 1733.0 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0819978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0074;QD=59.7585;RBI=0.0959538;REFB=0.014679;REVB=-0.0498348;RO=1;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940276;STB=0.50495;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00160727;OID=.;OPOS=179543217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:50:65:0:1:50:65:0:1 chr2 179558366 . T C 1123.82 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882074;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.642;QD=60.7472;RBI=0.00976367;REFB=0;REVB=-0.00418615;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57827e-06;OID=.;OPOS=179558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:29:44:0:0:30:44:0:0 chr2 179578730 . G A 2572.3 PASS AF=0.994118;AO=143;DP=169;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00323925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.417;QD=60.5246;RBI=0.0269695;REFB=-0.0138561;REVB=0.0267742;RO=1;SAF=77;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613582;STB=0.503144;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000210594;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:169:170:1:1:143:169:0.994118:66:77:1:0:90:79:1:0 chr2 179579093 . T C 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.931;QD=60.3755;RBI=0.0243838;REFB=0;REVB=-0.000884797;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97356e-05;OID=.;OPOS=179579093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr2 179579212 . T C 1767.59 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000722823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.479;QD=60.9514;RBI=0.0255311;REFB=0;REVB=0.0255208;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5427e-05;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:64:52:0:0:64:52:0:0 chr2 179579822 . T A 1774.06 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00491831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5557;QD=59.1354;RBI=0.0414835;REFB=-0.0337187;REVB=0.0411909;RO=2;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166583;STB=0.50877;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000690948;OID=.;OPOS=179579822;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:56:62:0:2:56:62:0:2 chr2 179582327 . C T 1232.34 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344076;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.447;QD=61.6171;RBI=0.0338017;REFB=0;REVB=0.0336262;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363895;OID=.;OPOS=179582327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:43:36:0:0:44:36:0:0 chr2 179582537 . G T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.224;QD=57.1061;RBI=0.0490491;REFB=0;REVB=-0.0300565;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0714e-05;OID=.;OPOS=179582537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr2 179583496 . T G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000504342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.165;QD=58.0611;RBI=0.0243904;REFB=0;REVB=0.0243852;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74232e-05;OID=.;OPOS=179583496;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr2 179585266 . C T 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2023;QD=60.5468;RBI=0.0329377;REFB=0;REVB=0.0259509;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359639;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr2 179585393 . A G 327.98 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022658;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.787;QD=52.4764;RBI=0.0435127;REFB=0;REVB=0.0371479;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620564;OID=.;OPOS=179585393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:14:11:0:0 chr2 179587130 . C G 1264.65 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.032;QD=61.6901;RBI=0.0794447;REFB=0;REVB=-0.00692896;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95695e-05;OID=.;OPOS=179587130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr2 179599473 . C T 547.59 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0187306;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.889;QD=18.8823;RBI=0.0268007;REFB=0.00318539;REVB=-0.0191687;RO=59;SAF=23;SAR=34;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625288;STB=0.534531;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00383443;OID=.;OPOS=179599473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:59:59:57:57:0.491379:34:23:20:39:34:23:20:39 chr2 179600563 . G A 1701.72 PASS AF=0.982759;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0172489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.743;QD=58.6799;RBI=0.0174412;REFB=-0.00786467;REVB=-0.00258297;RO=2;SAF=48;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143844;STB=0.507461;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000140066;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:116:2:2:113:114:0.982759:65:48:0:2:66:48:0:2 chr2 179605180 . C T 766.1 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.196;QD=63.8419;RBI=0.0290494;REFB=0;REVB=-0.0184663;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019078;OID=.;OPOS=179605180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr2 179614952 . A G 2017.24 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257621;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.62;QD=62.069;RBI=0.0259236;REFB=0;REVB=0.00288879;RO=0;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176412;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:129:130:1:64:65:0:0:65:65:0:0 chr2 179615887 . T C 739.13 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.868;QD=56.8562;RBI=0.0779107;REFB=0;REVB=0.062429;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067878;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:47:52:1:28:19:0:0:31:21:0:0 chr2 179615931 . C G 823.58 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071474;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.722;QD=57.7948;RBI=0.011957;REFB=0;REVB=0.0095857;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8989e-07;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr2 179615994 . T C 1083.83 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349757;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.642;QD=60.2129;RBI=0.0349758;REFB=0;REVB=-7.0864e-05;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22255e-05;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr2 179620951 . C T 773.0 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.697;QD=61.8401;RBI=0.0189062;REFB=-0.181171;REVB=0.0107715;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00076529;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:28:21:1:0:28:21:1:0 chr2 179621477 . C T 1610.95 PASS AF=0.990826;AO=106;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239705;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.791;QD=59.1173;RBI=0.0311656;REFB=-0.0900848;REVB=0.0199175;RO=1;SAF=47;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999073;STB=0.505262;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000252695;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:106:108:0.990826:59:47:1:0:61:47:1:0 chr2 179623758 . C T 2566.19 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.668;QD=61.8359;RBI=0.0227254;REFB=0;REVB=-0.00859514;RO=0;SAF=78;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38577e-05;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:88:78:0:0:88:78:0:0 chr2 179629363 . T C 852.73 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.36;QD=55.9169;RBI=0.0370329;REFB=0;REVB=0.0293983;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260805;OID=.;OPOS=179629363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:33:26:0:0:33:28:0:0 chr2 179629461 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.137;QD=60.9781;RBI=0.0138086;REFB=0;REVB=0.000884634;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77472e-05;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr2 179644035 . G A 804.35 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.16;QD=56.4454;RBI=0.032404;REFB=0;REVB=0.0269769;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040094;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:54:57:1:28:26:0:0:31:26:0:0 chr2 179659912 . G A 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.827;QD=61.5355;RBI=0.0440558;REFB=0;REVB=0.0418137;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178596;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr2 179702268 . A G 613.68 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00092715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.003;QD=61.3679;RBI=0.0445846;REFB=0;REVB=0.0445749;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97838e-05;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:14:25:0:0:14:26:0:0 chr2 179839833 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.14;QD=59.8393;RBI=0.0401754;REFB=0;REVB=0.00480762;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264354;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr2 180047908 . T C 250.41 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00674405;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.8134;QD=15.899;RBI=0.0865249;REFB=-0.0150091;REVB=-0.0862617;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131158;STB=0.603848;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0108507;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:34:28:29:0.460317:14:14:12:21:14:15:11:23 chr2 180810180 . C T 972.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.63;QD=58.9585;RBI=0.0133704;REFB=0;REVB=0.0119541;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76915e-05;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr2 180810264 . A T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.09;QD=61.684;RBI=0.0106695;REFB=0;REVB=0.0030178;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72431e-05;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr2 180835792 . T A 1499.38 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.789;QD=63.1318;RBI=0.0359867;REFB=0;REVB=-0.0186648;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48608e-06;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:50:42:0:0:51:44:0:0 chr2 182374534 . A G 398.66 PASS AF=0.418182;AO=45;DP=108;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00161878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.87;QD=14.4966;RBI=0.00171833;REFB=0.000441092;REVB=-0.000576386;RO=62;SAF=11;SAR=34;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245396;STB=0.627304;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.000619904;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:62:64:45:46:0.418182:34:11:28:34:34:12:29:35 chr2 182374660 . A T 202.09 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0175763;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.015;QD=21.2729;RBI=0.018241;REFB=-0.0106089;REVB=-0.00487916;RO=18;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285206;STB=0.661592;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00550103;OID=.;OPOS=182374660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:15:5:10:8:15:5:10:8 chr2 182395345 . G A 1330.94 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0101434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.384;QD=59.8176;RBI=0.014626;REFB=-0.0359305;REVB=-0.0105372;RO=2;SAF=35;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026303;STB=0.513886;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-2.80119e-05;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:52:35:2:0:52:35:2:0 chr2 182399097 . T C 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0477091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.376;QD=10.8098;RBI=0.0480165;REFB=0.00419723;REVB=0.00542462;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905994;STB=0.559939;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00512549;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:11:8:12:23:11:8:12:24 chr2 182399638 . A G 1806.51 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632506;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2383;QD=61.2377;RBI=0.0652525;REFB=0;REVB=0.0160389;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344062;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:116:118:1:56:60:0:0:58:60:0:0 chr2 182400905 . T G 1773.38 PASS AF=0.97561;AO=119;DP=123;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0822169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.424;QD=57.6709;RBI=0.0825104;REFB=-0.0864147;REVB=0.00695368;RO=3;SAF=57;SAR=62;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243397;STB=0.512603;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000502577;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:123:123:3:3:119:120:0.97561:62:57:3:0:62:58:3:0 chr2 182401116 . C T 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0158724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.792;QD=21.2921;RBI=0.0180197;REFB=-0.0272043;REVB=-0.00853085;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110402;STB=0.561731;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0260374;OID=.;OPOS=182401116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:8:17:14:11:8:17 chr2 182403851 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.314;QD=57.385;RBI=0.0346535;REFB=0;REVB=0.0252197;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61561e-05;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr2 182413259 . A G 333.78 PASS AF=0.596491;AO=32;DP=56;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00585826;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.105;QD=23.4234;RBI=0.0168114;REFB=-0.0152119;REVB=0.0157577;RO=23;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824742;STB=0.555523;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00719772;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:23:23:32:34:0.596491:16:16:9:14:16:18:9:14 chr2 182414358 . T C 211.62 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0126639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5445;QD=19.6852;RBI=0.0729643;REFB=-0.0107112;REVB=0.0718569;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304899;STB=0.670816;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0162465;OID=.;OPOS=182414358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:9:12:5:17:9:12:5:17 chr2 182468803 . T G 306.53 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0498253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9767;QD=27.2471;RBI=0.0526309;REFB=-0.0469168;REVB=0.0169545;RO=17;SAF=7;SAR=20;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257115;STB=0.634222;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0253917;OID=.;OPOS=182468803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:20:7:10:7:20:7:10:8 chr2 182521578 . G A 324.93 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00298964;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.122;QD=14.2824;RBI=0.0228652;REFB=-0.0187314;REVB=0.0226689;RO=51;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262494;STB=0.52181;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.024353;OID=.;OPOS=182521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:51:55:36:36:0.395604:21:15:20:31:21:15:21:34 chr2 182543455 . T C 714.96 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015892;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.505;QD=57.197;RBI=0.0268914;REFB=0;REVB=0.0216931;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158473;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:18:31:0:0:19:31:0:0 chr2 182925120 . T C 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00596129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.474;QD=18.9998;RBI=0.0386629;REFB=-0.032201;REVB=0.0382005;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521373;STB=0.529582;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0279894;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:7:10:9:8:7:10 chr2 182926144 . T C 564.81 PASS AF=0.546392;AO=52;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0163576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5148;QD=23.2912;RBI=0.0219775;REFB=-0.013106;REVB=0.0146778;RO=44;SAF=23;SAR=29;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197713;STB=0.602733;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0128254;OID=.;OPOS=182926144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:52:53:0.546392:29:23:30:14:29:24:30:14 chr2 183007502 . A G 611.97 PASS AF=0.923077;AO=47;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0141588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2299;QD=47.0744;RBI=0.03875;REFB=-0.120862;REVB=0.0360706;RO=4;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605761;STB=0.510305;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0114603;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:4:4:47:48:0.923077:29:18:0:4:30:18:1:3 chr2 183584755 . G A 155.35 PASS AF=0.409091;AO=13;DP=39;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0188657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2982;QD=14.1229;RBI=0.018875;REFB=-0.0288802;REVB=0.000590132;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299035;STB=0.620645;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.126174;OID=.;OPOS=183584755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:44:23:26:13:18:0.409091:10:3:11:12:13:5:12:14 chr2 183584757 . T A 30.17 PASS AF=0.136364;AO=8;DP=43;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0673499;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.2908;QD=2.74234;RBI=0.0762007;REFB=-0.0309098;REVB=-0.0356445;RO=35;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204673;STB=0.757966;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.171884;OID=.;OPOS=183584757;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:43:44:35:38:8:6:0.136364:6:2:14:21:5:1:16:22 chr2 183593697 . C T 794.78 PASS AF=0.578125;AO=74;DP=128;FAO=74;FDP=128;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=57;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=0.00651849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.907;QD=24.8368;RBI=0.0129397;REFB=0.00601582;REVB=-0.0111779;RO=54;SAF=17;SAR=57;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508692;STB=0.52777;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0017445;OID=.;OPOS=183593697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:54:54:74:74:0.578125:57:17:15:39:57:17:15:39 chr2 183622547 . T G 392.87 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=49;FWDB=0.0586267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.352;QD=13.6652;RBI=0.0586768;REFB=-0.0170382;REVB=0.00242275;RO=69;SAF=14;SAR=32;SRF=20;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018317;STB=0.510347;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0215194;OID=.;OPOS=183622547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:69:46:46:0.4:32:14:20:49:32:14:20:49 chr2 183627504 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0536612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.3757;QD=9.11028;RBI=0.0536613;REFB=-0.00785416;REVB=-9.33689e-05;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135949;STB=0.583131;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00839181;OID=.;OPOS=183627504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:10:6:4:4:10:6 chr2 183789649 . C A 787.47 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302695;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.738;QD=57.2706;RBI=0.0303127;REFB=0;REVB=0.00161835;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39816e-05;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr2 183799558 . G C 2235.89 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.031;QD=63.4294;RBI=0.0565716;REFB=0;REVB=0.0122318;RO=0;SAF=64;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118621;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:77:64:0:0:77:64:0:0 chr2 183961650 . A C 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.966;QD=63.3365;RBI=0.0454745;REFB=0;REVB=0.023146;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51224e-05;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr2 183961668 . A G,T 1157.03 PASS AF=0.949367,0.0506329;AO=74,4;DP=79;FAO=75,4;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=45,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216344,-0.00539154;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.868,115.929;QD=58.584;RBI=0.023374,0.0264505;REFB=-0.0252533,-0.0372772;REVB=0.00884855,-0.0258951;RO=1;SAF=29,1;SAR=45,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0160326,-0.272709;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000738452,0.148295;OID=.,.;OPOS=183961668,183961668;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:79:79:1:0:74,4:75,4:0.949367,0.0506329:45,3:29,1:1:0:45,3:30,1:0:0 chr2 184814072 . T C 880.68 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.373;QD=57.7497;RBI=0.022296;REFB=0;REVB=0.00964695;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145219;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:35:25:0:0:36:25:0:0 chr2 185469503 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.18;QD=59.8559;RBI=0.0386728;REFB=0;REVB=0.0137895;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64328e-05;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr2 185800905 . A T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0207038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.381;QD=20.2739;RBI=0.0438075;REFB=-0.00589168;REVB=-0.0386064;RO=24;SAF=5;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300212;STB=0.67089;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0127439;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:18:5:12:12:18:5:12:12 chr2 185801739 . GAAAAAATG GAAAAAATA,GAAAAATGA 137.72 PASS AF=0.313725,0.0392157;AO=11,3;DP=52;FAO=16,2;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=10,1;FSAR=6,1;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0500637,-0.127897;FXX=0.0192271;HRUN=1,6;LEN=1,3;MLLD=113.577,22.7796;QD=10.8018;RBI=0.0546524,0.196976;REFB=-0.00675524,-0.0183742;REVB=-0.0219205,-0.149807;RO=22;SAF=8,1;SAR=3,2;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.437349,0.0186058;STB=0.634351,0.570734;STBP=0.197,0.835;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00822644,0.179223;OID=.,.;OPOS=185801747,185801745;OREF=G,ATG;OALT=A,TGA;OMAPALT=GAAAAAATA,GAAAAATGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313725,0.0392157:11,3:52:16,2:51:33:10,1:6,1:14:19:99:22:8,1:3,2:7:15 chr2 185801755 . A G 153.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00656861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.717;QD=11.6164;RBI=0.0196472;REFB=-0.0104836;REVB=-0.0185167;RO=32;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301553;STB=0.675813;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0231207;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:34:19:19:0.358491:6:13:13:19:6:13:14:20 chr2 185802211 . C CACA 112.31 PASS AF=0.565217;AO=11;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0355499;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=246.981;QD=19.5327;RBI=0.0357435;REFB=-0.0217537;REVB=-0.00371501;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400039;STB=0.63359;STBP=0.198;TYPE=ins;VARB=0.0120468;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:11:23:13:23:10:4:9:6:4:75:10:2:9:6:4 chr2 185802243 . C A 203.84 PASS AF=0.703704;AO=18;DP=26;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0452491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.753;QD=30.1987;RBI=0.0453887;REFB=-0.0275755;REVB=0.00355792;RO=8;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392457;STB=0.529381;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.010749;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:8:8:18:19:0.703704:10:8:3:5:10:9:3:5 chr2 185802363 . A G 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00610283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.227;QD=17.0947;RBI=0.00610807;REFB=0.0033183;REVB=-0.000252923;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923093;STB=0.551669;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00401606;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:18:17:16:25:18:17:16:25 chr2 186526579 . G A 451.18 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0274124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7974;QD=14.6724;RBI=0.0342014;REFB=-0.00615289;REVB=-0.0204523;RO=72;SAF=28;SAR=23;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051176;STB=0.528798;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0066655;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:72:51:51:0.414634:23:28:36:36:23:28:36:36 chr2 186625770 . A G 200.87 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0161457;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=262.897;QD=20.6017;RBI=0.0235012;REFB=-0.00823973;REVB=0.0170769;RO=19;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267648;STB=0.652011;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00748291;OID=.;OPOS=186625770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:15:5:10:9:15:5:10:9 chr2 186627943 . T C 651.64 PASS AF=0.507812;AO=65;DP=128;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.00396021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.761;QD=20.3638;RBI=0.0116295;REFB=-0.0305038;REVB=0.0109345;RO=63;SAF=32;SAR=33;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706366;STB=0.538893;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0195526;OID=.;OPOS=186627943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:63:63:65:65:0.507812:33:32:36:27:33:32:36:27 chr2 186654592 . A G 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0155587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6888;QD=17.3293;RBI=0.0445546;REFB=0.00412214;REVB=0.0417497;RO=45;SAF=15;SAR=23;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198182;STB=0.610947;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00297833;OID=.;OPOS=186654592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:23:15:27:18:23:15:27:18 chr2 186654867 . G C 161.51 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00937476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.483;QD=10.5906;RBI=0.0466213;REFB=-0.0296291;REVB=0.045669;RO=40;SAF=4;SAR=17;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480237;STB=0.782613;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0378779;OID=.;OPOS=186654867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:17:4:24:16:17:4:24:16 chr2 186655726 . G A 1170.49 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3907;QD=60.8047;RBI=0.0284002;REFB=0;REVB=-0.0150439;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19229e-05;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:41:35:0:0:41:36:0:0 chr2 186656657 . C T 466.33 PASS AF=0.479592;AO=46;DP=96;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00101578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0321;QD=19.0337;RBI=0.0473791;REFB=-0.00405284;REVB=-0.0473682;RO=48;SAF=16;SAR=30;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478048;STB=0.527766;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00401117;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:48:51:46:47:0.479592:30:16:19:29:30:17:21:30 chr2 186656956 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0213942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.923;QD=8.30744;RBI=0.0214171;REFB=-0.0257409;REVB=-0.000989972;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124219;STB=0.576735;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0331849;OID=.;OPOS=186656956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:7:11:4:4:7:11 chr2 186657089 . C A 432.15 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0083949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.784;QD=17.8206;RBI=0.00970026;REFB=-0.00871025;REVB=-0.00486011;RO=53;SAF=21;SAR=23;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314313;STB=0.517573;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0112761;OID=.;OPOS=186657089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:23:21:27:26:23:21:27:26 chr2 186658056 . G A 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00675301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.774;QD=11.4908;RBI=0.0361973;REFB=0.00584941;REVB=-0.0355618;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359155;STB=0.52125;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0140684;OID=.;OPOS=186658056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:9:7:13:19:9:7:13:19 chr2 186658438 . C T 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.00234764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.785;QD=11.5638;RBI=0.00416225;REFB=0.00206927;REVB=-0.003437;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171288;STB=0.59988;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00624631;OID=.;OPOS=186658438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:10:5:6:23:10:5:6:23 chr2 186658565 . G T 396.98 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.023879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.085;QD=23.352;RBI=0.0276091;REFB=-0.0173475;REVB=-0.0138583;RO=29;SAF=17;SAR=22;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128901;STB=0.570613;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0146091;OID=.;OPOS=186658565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:22:17:8:21:22:17:8:21 chr2 186659359 . G T 204.96 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.020939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.288;QD=10.6473;RBI=0.0385985;REFB=-0.0114235;REVB=-0.0324253;RO=51;SAF=10;SAR=16;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122328;STB=0.571373;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.021155;OID=.;OPOS=186659359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:16:10:25:26:16:10:25:26 chr2 186661673 . A G 371.97 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=0.0252687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.297;QD=25.6529;RBI=0.0264124;REFB=0.00669491;REVB=0.00768835;RO=22;SAF=18;SAR=18;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253497;STB=0.63786;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00186855;OID=.;OPOS=186661673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:18:18:19:3:18:18:19:3 chr2 186664473 . T C 574.27 PASS AF=0.359788;AO=68;DP=189;FAO=68;FDP=189;FR=.;FRO=121;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=62;FWDB=0.0072591;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.929;QD=12.1537;RBI=0.00732194;REFB=-0.00441122;REVB=0.000957158;RO=117;SAF=25;SAR=43;SRF=57;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136962;STB=0.579101;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00781458;OID=.;OPOS=186664473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:117:121:68:68:0.359788:43:25:57:60:43:25:59:62 chr2 186664963 . C A 218.13 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.037522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.157;QD=15.581;RBI=0.037531;REFB=0.00505345;REVB=-0.000821589;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681198;STB=0.545419;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00868127;OID=.;OPOS=186664963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:15:10:10:20:15:10:10:21 chr2 186665432 . G A 140.6 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0850234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0694;QD=7.92083;RBI=0.0850922;REFB=0.00439197;REVB=0.00342132;RO=47;SAF=14;SAR=6;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257286;STB=0.643768;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0148979;OID=.;OPOS=186665432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:51:20:20:0.28169:6:14:23:24:6:14:26:25 chr2 186665824 . A G 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00351853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.125;QD=20.2731;RBI=0.0209751;REFB=-0.0140065;REVB=0.0206779;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181034;STB=0.510195;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0166385;OID=.;OPOS=186665824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:13:11:11:12:13:11 chr2 186667121 . T C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00881625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.434;QD=16.1192;RBI=0.0110314;REFB=-0.0139188;REVB=-0.00663063;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346521;STB=0.701774;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0184013;OID=.;OPOS=186667121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:8:5:9:3:8:5 chr2 186668935 . A G 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0672814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.58;QD=12.3073;RBI=0.0672866;REFB=-0.00168792;REVB=-0.000833395;RO=41;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871774;STB=0.550141;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00375903;OID=.;OPOS=186668935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:12:13:18:23:12:13:18:23 chr2 186670104 . A C 1042.66 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00162694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2988;QD=55.6087;RBI=0.0406784;REFB=-0.0608537;REVB=0.0406458;RO=2;SAF=38;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02424;STB=0.518982;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0133699;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:2:3:72:72:0.96:34:38:2:0:34:38:3:0 chr2 186670780 . T A 208.56 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.014408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.157;QD=18.1353;RBI=0.0165246;REFB=-0.024314;REVB=0.00809139;RO=24;SAF=3;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388111;STB=0.74353;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0244552;OID=.;OPOS=186670780;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:25:20:21:0.456522:17:3:11:13:18:3:12:13 chr2 186670979 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.196;QD=55.6548;RBI=0.0690748;REFB=0;REVB=0.06615;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396703;OID=.;OPOS=186670979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr2 186671357 . G A 290.23 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00680061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.487;QD=16.5843;RBI=0.00986461;REFB=-0.0153039;REVB=0.00714579;RO=35;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425018;STB=0.53123;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0146508;OID=.;OPOS=186671357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:38:32:32:0.457143:15:17:17:18:15:17:18:20 chr2 186671912 . G A 471.19 PASS AF=0.407692;AO=52;DP=130;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0118723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.05;QD=14.498;RBI=0.0186768;REFB=-0.0202052;REVB=0.0144178;RO=75;SAF=19;SAR=33;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192641;STB=0.600666;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0267667;OID=.;OPOS=186671912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:75:77:52:53:0.407692:33:19:41:34:33:20:42:35 chr2 186697876 . A G 1415.55 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0478666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.372;QD=61.5458;RBI=0.0671544;REFB=-0.127749;REVB=0.047101;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00127665;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:46:45:0:0:46:45:1:0 chr2 187370673 . G C 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0195402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.001;QD=22.831;RBI=0.0205907;REFB=-0.0453849;REVB=-0.00649301;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142995;STB=0.580537;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0186166;OID=.;OPOS=187370673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:6:9:4:6:6:9:4:6 chr2 187487160 . G A 1606.32 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.913;QD=60.0494;RBI=0.0101438;REFB=0;REVB=-0.00837675;RO=0;SAF=42;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38334e-06;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:63:42:0:0:64:43:0:0 chr2 187532417 . G A 1694.52 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9563;QD=60.5185;RBI=0.0448213;REFB=0;REVB=0.038128;RO=0;SAF=94;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291707;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:109:112:1:15:94:0:0:17:95:0:0 chr2 187558960 . G A 115.06 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0239949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.034;QD=19.1765;RBI=0.0852308;REFB=-0.0103011;REVB=0.0817835;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155247;STB=0.588105;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0182149;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:8:3:6:7:8:3 chr2 187559029 . A ACAGCAG,G 122.27 PASS AF=0.264151,0.0377358;AO=14,2;DP=53;FAO=14,2;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9,2;FSAR=5,0;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0598023,-0.00154437;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=6,1;MLLD=182.902,94.9009;QD=9.22792;RBI=0.0674807,0.0299396;REFB=-0.0224646,-0.0224363;REVB=-0.0312624,-0.0298997;RO=36;SAF=9,2;SAR=5,0;SRF=21;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0743153,0.396376;STB=0.557438,0.994162;STBP=0.622,0.196;TYPE=ins,snp;VARB=0.0518353,-0.0121858;OID=.,.;OPOS=187559030,187559029;OREF=-,A;OALT=CAGCAG,G;OMAPALT=ACAGCAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:37:14,2:14,2:0.264151,0.0377358:5,0:9,2:21:15:5,0:9,2:21:16 chr2 187559047 . G A,GCAA 214.63 PASS AF=0.103448,0.344828;AO=10,13;DP=71;FAO=6,20;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=2,10;FSAR=4,10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0374184,-0.0045752;FXX=0.0937354;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=114.813,110.829;QD=14.8019;RBI=0.0459575,0.00565159;REFB=-0.0305837,-0.0275941;REVB=-0.0266825,0.00331783;RO=48;SAF=3,8;SAR=7,5;SRF=26;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.297669,0.093191;STB=0.689037,0.538423;STBP=0.36,0.67;TYPE=snp,ins;VARB=0.0874648,0.0486736;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:71:58:48:32:10,13:6,20:0.103448,0.344828:7,5:3,8:26:22:4,10:2,10:18:14 chr2 187698751 . G A 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00857171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.521;QD=21.43;RBI=0.0316185;REFB=-0.00896204;REVB=-0.0304344;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138603;STB=0.57647;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00891095;OID=.;OPOS=187698751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:18:17:19:10:18:17:19:10 chr2 187987389 . G A 182.76 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0256475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.155;QD=9.74721;RBI=0.0266854;REFB=-0.0166892;REVB=0.00736967;RO=51;SAF=12;SAR=12;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340314;STB=0.519983;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0411649;OID=.;OPOS=187987389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:12:12:27:24:12:12:27:24 chr2 187987519 . C T 1022.85 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9751;QD=59.2958;RBI=0.0464893;REFB=0;REVB=0.0246403;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129433;OID=.;OPOS=187987519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:1:0:68:69:1:39:29:1:0:39:30:0:0 chr2 187987557 . A G 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0213438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.71;QD=18.7956;RBI=0.0214872;REFB=-0.0267207;REVB=0.00247812;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123194;STB=0.56985;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0331302;OID=.;OPOS=187987557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:14:13:14:9:14:13 chr2 188208120 . A G 853.19 PASS AF=0.505882;AO=84;DP=172;FAO=86;FDP=170;FR=.;FRO=84;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.0680194;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3873;QD=20.075;RBI=0.0718508;REFB=-0.0275742;REVB=0.0231496;RO=84;SAF=47;SAR=37;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974725;STB=0.55818;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0482622;OID=.;OPOS=188208120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:84:84:84:86:0.505882:37:47:38:46:37:49:38:46 chr2 188208130 . A G 759.92 PASS AF=0.465116;AO=79;DP=171;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=0.0253165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.062;QD=17.6726;RBI=0.0259614;REFB=-0.00450646;REVB=-0.00575078;RO=92;SAF=33;SAR=46;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16382;STB=0.586305;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00273651;OID=.;OPOS=188208130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:92:92:79:80:0.465116:46:33:54:38:46:34:54:38 chr2 188250301 . T A 1606.77 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.157;QD=58.9642;RBI=0.0106784;REFB=0.0257018;REVB=0.00335325;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.504504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000408895;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:0:1:107:108:0.990826:53:54:0:0:53:55:1:0 chr2 189460553 . T C 1905.09 PASS AF=0.962121;AO=126;DP=131;FAO=127;FDP=132;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00267385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.614;QD=57.73;RBI=0.00980958;REFB=-0.0244627;REVB=0.00943814;RO=3;SAF=65;SAR=61;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00806867;STB=0.511809;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=9.47982e-06;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:131:132:3:5:126:127:0.962121:61:65:1:2:62:65:1:4 chr2 189866199 . T A 3014.7 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.246;QD=63.4673;RBI=0.0340675;REFB=0;REVB=0.033673;RO=0;SAF=110;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66098e-06;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:190:0:0:187:190:1:77:110:0:0:79:111:0:0 chr2 189875421 . T C,G 918.19 PASS AF=0.046875,0.953125;AO=3,61;DP=64;FAO=3,61;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=3,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474448,0.00472908;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=241.739,217.621;QD=57.387;RBI=0.0225517,0.0461228;REFB=0,0;REVB=-0.022047,0.0458797;RO=0;SAF=0,35;SAR=3,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.214015,-0.000280939;OID=.,.;OPOS=189875421,189875421;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:64:64:0:0:3,61:3,61:0.046875,0.953125:3,26:0,35:0:0:3,26:0,35:0:0 chr2 189907937 . A G 1456.76 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5058;QD=61.9898;RBI=0.0300512;REFB=0.00558221;REVB=0.00381483;RO=1;SAF=48;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977519;STB=0.505153;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000139783;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:45:48:1:0:45:48:1:0 chr2 189932831 . T C 1280.54 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.867;QD=61.7129;RBI=0.0157113;REFB=0;REVB=0.0155815;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14415e-05;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:46:36:0:0:47:36:0:0 chr2 189932993 . C T 176.37 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0266369;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6899;QD=13.3111;RBI=0.0268896;REFB=-0.00190657;REVB=0.0036774;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576337;STB=0.533182;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00522589;OID=.;OPOS=189932993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:15:17:10:11:15:17 chr2 189974958 . G T 448.65 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6802;QD=56.0806;RBI=0.0696849;REFB=0;REVB=-0.0500357;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47043e-05;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:14:16:0:0:14:18:0:0 chr2 189997837 . CG C,CA 543.31 PASS AF=0.102564,0.897436;AO=10,29;DP=39;FAO=4,35;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=4,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518489,-0.0785307;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.5591,36.2855;QD=55.7237;RBI=0.0616379,0.140409;REFB=0,0;REVB=0.0333306,0.116394;RO=0;SAF=0,26;SAR=10,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0900854,0.0302157;OID=.,.;OPOS=189997838,189997838;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.102564,0.897436:10,29:39:4,35:39:0:0,26:4,9:0:0:13:0:0,26:10,3:0:0 chr2 190323530 . A G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.91;QD=64.0213;RBI=0.0226731;REFB=0;REVB=-0.0136271;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36202e-06;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:49:49:0:0:49:49:0:0 chr2 190430177 . A G 1785.59 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6265;QD=61.0459;RBI=0.0341939;REFB=0;REVB=0.0166341;RO=0;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261293;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:55:60:0:0:56:61:0:0 chr2 190531426 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.977;QD=60.547;RBI=0.0205584;REFB=0;REVB=-0.0130717;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34279e-06;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:32:43:0:0:32:43:0:0 chr2 190595258 . G T 1991.3 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0999138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1369;QD=61.2708;RBI=0.100184;REFB=-0.0406269;REVB=-0.00734673;RO=0;SAF=57;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503448;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00235227;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:0:1:129:129:0.992308:72:57:0:0:72:57:0:1 chr2 190602513 . T C 1087.87 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00796275;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.1478;QD=57.2562;RBI=0.0412005;REFB=-0.104246;REVB=0.0404238;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501438;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00165109;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:0:2:74:74:0.973684:41:33:0:0:41:33:1:1 chr2 190617643 . A G,T 1319.97 PASS AF=0.896552,0.103448;AO=73,14;DP=87;FAO=78,9;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=36,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170064,-0.0785821;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.313,35.387;QD=60.6882;RBI=0.0302994,0.0881863;REFB=0,0;REVB=0.0250765,-0.0400208;RO=0;SAF=37,5;SAR=36,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.89682e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000766235,0.165787;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:87:87:0:0:73,14:78,9:0.896552,0.103448:36,9:37,5:0:0:36,9:42,0:0:0 chr2 190618249 . T A 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.583;QD=62.0194;RBI=0.00829171;REFB=0;REVB=-0.000507553;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21331e-05;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr2 190636411 . C G 1156.95 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174135;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.089;QD=60.8919;RBI=0.0227097;REFB=0;REVB=0.0145775;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48631e-05;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr2 190788844 . TGG TCA,TCG,TCGG,TCGGG 137.55 PASS AF=0,0.25,0.666667,0.0833333;AO=2,3,4,2;DP=15;FAO=0,3,8,1;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,6,1;FSAR=0,3,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175453,0.0236366,0.0517338,0.0330187;FXX=0.142755;HRUN=6,6,0,0;LEN=2,1,1,2;MLLD=126.898,46.5467,51.762,45.6351;QD=45.8501;RBI=0.196337,0.0296109,0.188624,0.287555;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.196329,0.0178357,0.18139,0.285653;RO=0;SAF=0,0,4,2;SAR=2,3,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins,ins;VARB=0,0.0375211,-0.00119953,0.0518924;OID=.,.,.,.;OPOS=190788845,190788845,190788845,190788845;OREF=GG,G,-,-;OALT=CA,C,C,CG;OMAPALT=TCA,TCG,TCGG,TCGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.25,0.666667,0.0833333:2,3,4,2:15:0,3,8,1:12:0:0,0,6,1:0,3,2,0:0:0:7:0:0,0,4,2:2,3,0,0:0:0 chr2 190815211 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.333;QD=63.286;RBI=0.0443533;REFB=0;REVB=0.00489628;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95999e-05;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr2 191064753 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.132;QD=57.237;RBI=0.0474146;REFB=0;REVB=0.0163529;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348729;OID=.;OPOS=191064753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:37:19:0:0:37:19:0:0 chr2 191065236 . TTTTG T 544.13 PASS AF=0.892857;AO=43;DP=51;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0104978;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=4;MLLD=284.243;QD=38.866;RBI=0.010693;REFB=-0.0634563;REVB=-0.00203386;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520959;STBP=0.414;TYPE=del;VARB=0.00212671;OID=.;OPOS=191065237;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.892857:43:51:50:56:6:33:17:5:1:14:0:30:13:0:0 chr2 191065595 . G T 755.22 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012891;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.975;QD=56.9979;RBI=0.00928651;REFB=0;REVB=-0.0091966;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22278e-05;OID=.;OPOS=191065595;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr2 191065782 . A AGAT 627.19 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186631;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=3;MLLD=319.025;QD=59.7327;RBI=0.0221657;REFB=-0.0613963;REVB=0.0119584;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=ins;VARB=0.00186829;OID=.;OPOS=191065783;OREF=-;OALT=GAT;OMAPALT=AGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.97619:41:44:41:42:1:16:25:0:1:5:1:16:25:0:1 chr2 191066683 . C T 1147.78 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000395044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.307;QD=60.4093;RBI=0.00283282;REFB=0;REVB=0.00280514;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50289e-06;OID=.;OPOS=191066683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr2 191066769 . C T 480.74 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0157;QD=58.2719;RBI=0.134163;REFB=0;REVB=0.133302;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811197;OID=.;OPOS=191066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:28:33:1:16:12:0:0:21:12:0:0 chr2 191066913 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.423;QD=61.3364;RBI=0.0397886;REFB=0;REVB=0.0177858;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129456;OID=.;OPOS=191066913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr2 191066970 . C T 785.52 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4552;QD=64.1238;RBI=0.037621;REFB=0;REVB=0.0150856;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419164;OID=.;OPOS=191066970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr2 191067233 . T C 902.63 PASS AF=1;AO=55;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.284;QD=58.234;RBI=0.035527;REFB=0;REVB=0.0354972;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103862;OID=.;OPOS=191067233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:55:62:1:34:21:0:0:34:28:0:0 chr2 191067766 . T C,TTC 735.16 PASS AF=0,1;AO=4,41;DP=52;FAO=0,46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401199,0.0341226;FXX=0.061212;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=93.1341,137.026;QD=63.9268;RBI=0.0207021,0.0381311;REFB=0,0;REVB=0.0203096,0.0170186;RO=4;SAF=2,26;SAR=2,15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0238591;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000159529;OID=.,.;OPOS=191067766,191067767;OREF=T,-;OALT=C,TC;OMAPALT=C,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:52:46:4:0:4,41:0,46:0,1:2,15:2,26:2:2:0,19:0,27:0:0 chr2 191068061 . A T 458.68 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0012;QD=57.3348;RBI=0.0560783;REFB=0;REVB=0.0549226;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137557;OID=.;OPOS=191068061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:7:24:0:0:8:24:0:0 chr2 191224981 . G T 361.06 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0101488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0173;QD=20.3415;RBI=0.0124206;REFB=0.0109804;REVB=0.00716042;RO=34;SAF=14;SAR=23;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364441;STB=0.50202;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0135873;OID=.;OPOS=191224981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:23:14:13:21:23:14:13:21 chr2 191231458 . G A 407.47 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00177482;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4592;QD=14.2971;RBI=0.0390052;REFB=-0.00479584;REVB=0.0389648;RO=68;SAF=25;SAR=22;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595742;STB=0.529709;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0071899;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:68:67:47:47:0.412281:22:25:40:28:22:25:39:28 chr2 191231503 . G A 422.71 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0101037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.525;QD=14.963;RBI=0.020581;REFB=-0.0207504;REVB=-0.0179302;RO=65;SAF=27;SAR=21;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00700642;STB=0.503935;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.02257;OID=.;OPOS=191231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:48:48:0.424779:21:27:37:28:21:27:37:28 chr2 191235901 . A C 1333.08 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126693;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0314;QD=60.5947;RBI=0.138799;REFB=0;REVB=0.138219;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213241;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:84:88:1:33:51:0:0:37:51:0:0 chr2 191301368 . A G 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0235253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8479;QD=13.9558;RBI=0.0831181;REFB=-0.0143055;REVB=0.0797194;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52454;STB=0.817189;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0258937;OID=.;OPOS=191301368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:5:2:6:1:5:2 chr2 191302045 . G T 603.79 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0224379;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.683;QD=18.7221;RBI=0.0225224;REFB=-0.0112288;REVB=-0.00194919;RO=67;SAF=33;SAR=29;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373005;STB=0.520654;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0144637;OID=.;OPOS=191302045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:67:62:62:0.48062:29:33:33:34:29:33:33:34 chr2 191354491 . T C 304.06 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.00596499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.128;QD=14.832;RBI=0.0262807;REFB=-0.00551278;REVB=0.0255948;RO=48;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160946;STB=0.590588;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00447684;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:19:15:14:34:19:15:14:34 chr2 191366579 . T G 753.29 PASS AF=0.506944;AO=73;DP=144;FAO=73;FDP=144;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0168128;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.307;QD=20.9246;RBI=0.0168131;REFB=-0.00733575;REVB=-9.59732e-05;RO=70;SAF=25;SAR=48;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209348;STB=0.612334;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.006169;OID=.;OPOS=191366579;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:70:71:73:73:0.506944:48:25:40:30:48:25:40:31 chr2 191379268 . G A 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5324;QD=62.9791;RBI=0.0527716;REFB=0;REVB=0.015021;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261606;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr2 191402654 . A G 54.84 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0293016;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0925;QD=7.31175;RBI=0.112278;REFB=-0.00417688;REVB=-0.108387;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0044599;OID=.;OPOS=191402654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:32:30:19:22:8:8:0.266667:4:4:10:9:4:4:11:11 chr2 191402685 . A C 478.87 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00717609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2716;QD=25.2038;RBI=0.0418664;REFB=-0.00524148;REVB=-0.0412468;RO=30;SAF=30;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179008;STB=0.605456;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00368349;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:31:45:45:0.592105:15:30:13:17:15:30:13:18 chr2 191402698 . A C 498.29 PASS AF=0.602564;AO=27;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0572319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6033;QD=25.5531;RBI=0.0582072;REFB=0.0103846;REVB=0.0106103;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331541;STB=0.59739;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00511455;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:27:31:27:47:0.602564:14:13:12:15:15:32:14:17 chr2 191402702 . T C 551.04 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0112882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6834;QD=26.8802;RBI=0.0252044;REFB=-0.012215;REVB=-0.0225353;RO=32;SAF=35;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203008;STB=0.611065;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.021175;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:32:32:50:50:0.609756:15:35:14:18:15:35:14:18 chr2 191402710 . T C 714.16 PASS AF=0.674157;AO=60;DP=89;FAO=60;FDP=89;FR=.;FRO=29;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00315824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.799;QD=32.0973;RBI=0.0146229;REFB=-0.0284935;REVB=0.0142777;RO=29;SAF=45;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213312;STB=0.615853;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0168407;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:29:29:60:60:0.674157:15:45:13:16:15:45:13:16 chr2 191402712 . TA CG 714.16 PASS AF=0.674157;AO=60;DP=89;FAO=60;FDP=89;FR=.;FRO=29;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00437764;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=127.629;QD=32.0973;RBI=0.00632111;REFB=-0.00464243;REVB=0.0045599;RO=29;SAF=45;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213312;STB=0.615853;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.00310749;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:29:29:60:60:0.674157:15:45:13:16:15:45:13:16 chr2 191402748 . A T 693.18 PASS AF=0.655556;AO=59;DP=90;FAO=59;FDP=90;FR=.;FRO=31;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00636909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.723;QD=30.8082;RBI=0.00645712;REFB=-0.0183819;REVB=0.00106258;RO=31;SAF=45;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235105;STB=0.628049;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0129626;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:31:31:59:59:0.655556:14:45:14:17:14:45:14:17 chr2 191402761 . G A 572.62 PASS AF=0.653846;AO=49;DP=77;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=44;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0405315;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.127;QD=29.3649;RBI=0.040613;REFB=-0.0176381;REVB=-0.00257288;RO=27;SAF=43;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443262;STB=0.724305;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00956044;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:27:27:49:51:0.653846:6:43:11:16:7:44:11:16 chr2 191402775 . T C 401.09 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0327104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.267;QD=24.3087;RBI=0.0335281;REFB=-0.0297631;REVB=-0.00735952;RO=27;SAF=36;SAR=3;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585163;STB=0.828875;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00271563;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:3:36:11:16:3:36:11:16 chr2 191402778 . T C 374.27 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0233109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.969;QD=23.3916;RBI=0.0282615;REFB=-0.0211816;REVB=-0.0159786;RO=26;SAF=36;SAR=1;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.744503;STB=0.928355;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0079188;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:27:37:37:0.578125:1:36:11:15:1:36:11:16 chr2 191555331 . C T 346.26 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0132549;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.806;QD=21.9847;RBI=0.0138666;REFB=-0.0233332;REVB=-0.00407312;RO=28;SAF=20;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115181;STB=0.5636;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0202297;OID=.;OPOS=191555331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:28:35:35:0.555556:15:20:12:16:15:20:12:16 chr2 191851798 . CA C 59.56 PASS AF=0.45;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0215843;FXX=0.0243843;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.06663;QD=5.95596;RBI=0.233737;REFB=-0.0764445;REVB=0.232738;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222291;STB=0.604282;STBP=0.252;TYPE=del;VARB=0.131305;OID=.;OPOS=191851799;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:17:41:18:40:22:10:8:8:14:57:20:10:7:7:13 chr2 191872307 . G A 251.71 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.000531402;FXX=0.0632831;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.955;QD=13.6059;RBI=0.0129323;REFB=-0.00442833;REVB=0.0129214;RO=41;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609296;STB=0.529837;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00657034;OID=.;OPOS=191872307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:41:45:29:29:0.391892:16:13:16:25:16:13:18:27 chr2 192160839 . A T 401.12 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0367657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.509;QD=16.3721;RBI=0.0379475;REFB=-0.0064531;REVB=-0.00939645;RO=56;SAF=21;SAR=21;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544261;STB=0.530598;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00859059;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:21:21:25:31:21:21:25:31 chr2 192160875 . C T 307.43 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0202276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.26;QD=13.2229;RBI=0.0203953;REFB=-0.00561875;REVB=0.00260974;RO=58;SAF=20;SAR=15;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970864;STB=0.555524;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0158889;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:15:20:28:30:15:20:28:30 chr2 192214966 . T C 385.78 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0324775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1206;QD=15.5869;RBI=0.0331991;REFB=-0.00792657;REVB=0.00688406;RO=58;SAF=9;SAR=32;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167809;STB=0.595585;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00874781;OID=.;OPOS=192214966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:32:9:20:38:32:9:20:38 chr2 192234294 . TA T 30.78 PASS AF=0.3;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0775795;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.1749;QD=6.15576;RBI=0.0902981;REFB=-0.0533391;REVB=0.0462079;RO=13;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396358;STB=0.787084;STBP=0.145;TYPE=del;VARB=0.113527;OID=.;OPOS=192234295;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:5:20:6:20:14:4:2:3:11:30:13:3:2:3:10 chr2 192250726 . G A 769.72 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.618;QD=57.0162;RBI=0.0568825;REFB=0;REVB=0.029858;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41632e-05;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:22:29:0:0:24:30:0:0 chr2 192279327 . T C 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00141443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.502;QD=58.2271;RBI=0.0367918;REFB=0.0213494;REVB=0.0367647;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122803;STB=0.506327;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-1.09287e-05;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:38:32:0:1:39:32:0:1 chr2 192699639 . A AG 1929.69 PASS AF=1;AO=158;DP=165;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100402;FXX=0.030673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.9131;QD=48.8529;RBI=0.108028;REFB=0;REVB=0.0398677;RO=7;SAF=66;SAR=92;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00129782;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:158:165:158:158:0:66:92:0:0:35:7:66:92:2:5 chr2 192701393 . A G 1700.81 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.422;QD=60.2057;RBI=0.0280768;REFB=0;REVB=0.00570259;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45967e-05;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:111:113:1:57:54:0:0:58:55:0:0 chr2 192711271 . C A 423.04 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=130;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.0194854;FXX=0.022899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1408;QD=13.2201;RBI=0.0195248;REFB=-0.0154743;REVB=-0.00124045;RO=78;SAF=14;SAR=35;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194475;STB=0.615714;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0231349;OID=.;OPOS=192711271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:78:79:49:49:0.382812:35:14:35:43:35:14:36:43 chr2 195523141 . G T 1126.77 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0899762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1796;QD=57.7832;RBI=0.103687;REFB=0.027563;REVB=0.0515291;RO=2;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197079;STB=0.510414;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00352115;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:75:76:0.974359:47:28:0:2:47:29:0:2 chr2 196602089 . T TATCA 136.37 PASS AF=0.322034;AO=18;DP=66;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0424273;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=4;MLLD=158.231;QD=9.24565;RBI=0.0432622;REFB=-0.0188555;REVB=0.0084582;RO=46;SAF=11;SAR=7;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827238;STB=0.540295;STBP=0.706;TYPE=ins;VARB=0.0577984;OID=.;OPOS=196602090;OREF=-;OALT=ATCA;OMAPALT=TATCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322034:18:66:19:59:40:12:7:23:17:99:46:11:7:25:21 chr2 196602132 . GTGAT G 203.86 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0172107;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=4;MLLD=261.974;QD=16.3085;RBI=0.0233804;REFB=-0.0204304;REVB=0.0158251;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367064;STB=0.519982;STBP=0.794;TYPE=del;VARB=0.0244671;OID=.;OPOS=196602133;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:22:51:22:50:28:11:11:13:15:99:26:11:11:12:14 chr2 196673533 . A G 728.93 PASS AF=1;AO=36;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8251;QD=56.0717;RBI=0.297192;REFB=0;REVB=0.297077;RO=2;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103497;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00378634;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:2:0:36:52:1:8:28:0:2:23:29:0:0 chr2 196791276 . T G 226.99 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0320942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3669;QD=13.5516;RBI=0.0423992;REFB=0.000838118;REVB=0.0277066;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975601;STB=0.555637;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000105009;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:13:14:17:23:13:14:17:23 chr2 196851911 . G A 723.02 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.266;QD=56.7074;RBI=0.0122506;REFB=0;REVB=0.0091946;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550119;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:21:30:0:0 chr2 196866420 . C T 2389.72 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.686;QD=64.1536;RBI=0.0140765;REFB=0;REVB=0.00632253;RO=0;SAF=56;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22092e-06;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:93:56:0:0:93:56:0:0 chr2 196915991 . A G 449.57 PASS AF=0.406015;AO=51;DP=130;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.00495417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9453;QD=13.521;RBI=0.00965908;REFB=-0.00177408;REVB=-0.0082918;RO=78;SAF=16;SAR=35;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261582;STB=0.635846;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0109715;OID=.;OPOS=196915991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:78:79:51:54:0.406015:35:16:43:35:36:18:44:35 chr2 197004439 . A G 791.09 PASS AF=0.516129;AO=80;DP=155;FAO=80;FDP=155;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.010311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.651;QD=20.4153;RBI=0.0112824;REFB=-0.0232768;REVB=-0.00457996;RO=75;SAF=34;SAR=46;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105366;STB=0.505784;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0215974;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:75:75:80:80:0.516129:46:34:31:44:46:34:31:44 chr2 197021276 . T C 464.82 PASS AF=0.484211;AO=44;DP=93;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0270549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.796;QD=19.5714;RBI=0.0297448;REFB=-0.00802648;REVB=-0.0123607;RO=49;SAF=15;SAR=29;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128632;STB=0.553676;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00774148;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:49:49:44:46:0.484211:29:15:23:26:29:17:23:26 chr2 197021372 . T A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0204237;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.713;QD=13.9484;RBI=0.0267958;REFB=-0.00813074;REVB=-0.0173461;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115094;STB=0.574987;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0126804;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:27:17:17:0.386364:10:7:8:18:10:7:8:19 chr2 197065221 . A G 386.45 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00742113;FXX=0.0322546;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.248;QD=17.1755;RBI=0.0247186;REFB=-0.0146194;REVB=0.0235783;RO=49;SAF=20;SAR=20;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902774;STB=0.555528;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0185704;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:49:50:40:40:0.444444:20:20:29:20:20:20:30:20 chr2 197118729 . C T 803.69 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657565;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.267;QD=57.4067;RBI=0.010924;REFB=0;REVB=0.00872328;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62824e-05;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr2 197154234 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000611057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.79;QD=58.142;RBI=0.0133452;REFB=0;REVB=0.0133312;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94424e-05;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr2 197184321 . C T 1028.21 PASS AF=0.9125;AO=73;DP=80;FAO=73;FDP=80;FR=.;FRO=7;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0170111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.022;QD=51.4105;RBI=0.019849;REFB=-0.13133;REVB=-0.0102277;RO=2;SAF=40;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230622;STB=0.527442;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00126181;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:80:80:2:7:73:73:0.9125:33:40:2:0:33:40:6:1 chr2 197297980 . C T 461.49 PASS AF=0.511364;AO=42;DP=89;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0139867;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.255;QD=20.9766;RBI=0.0144239;REFB=-0.00981097;REVB=-0.00352445;RO=47;SAF=20;SAR=22;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482194;STB=0.557219;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00892762;OID=.;OPOS=197297980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:47:43:42:45:0.511364:22:20:20:27:23:22:16:27 chr2 197504545 . C G 1066.95 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.461;QD=60.1101;RBI=0.135259;REFB=0;REVB=0.126508;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283148;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:71:0:0:65:71:1:30:35:0:0:36:35:0:0 chr2 197540913 . T C 278.85 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0129953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7441;QD=21.8707;RBI=0.0418618;REFB=-0.0150191;REVB=0.0397936;RO=23;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173418;STB=0.596471;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00664619;OID=.;OPOS=197540913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:18:10:13:10:18:10:13:10 chr2 198175297 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.142;QD=33.4285;RBI=0.0835065;REFB=0;REVB=-0.0437738;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455307;OID=.;OPOS=198175297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr2 198572076 . A ATTC,C 309.58 PASS AF=0.821429,0.0714286;AO=23,2;DP=28;FAO=23,2;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=7,2;FSAR=16,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0159905,-0.0186321;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=188.514,75.727;QD=44.2252;RBI=0.0164354,0.0227723;REFB=0.0462303,-0.0297739;REVB=-0.00379835,-0.0130929;RO=3;SAF=7,2;SAR=16,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0072556,0.666583;STB=0.503934,0.993997;STBP=0.956,0.153;TYPE=ins,snp;VARB=0.00402864,0.0155522;OID=.,.;OPOS=198572077,198572076;OREF=-,A;OALT=TTC,C;OMAPALT=ATTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:28:28:3:3:23,2:23,2:0.821429,0.0714286:16,0:7,2:1:2:16,0:7,2:1:2 chr2 200136406 . T A 43.18 PASS AF=0.0833333;AO=13;DP=159;FAO=13;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=143;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=94;FWDB=-0.118243;FXX=0.0249984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=30.2614;QD=1.10722;RBI=0.131807;REFB=-0.0160738;REVB=0.0582393;RO=106;SAF=9;SAR=4;SRF=30;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469093;STB=0.79136;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.159758;OID=.;OPOS=200136406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:159:156:106:143:13:13:0.0833333:4:9:30:76:4:9:49:94 chr2 200136583 . T A 920.09 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.303;QD=58.4185;RBI=0.0335114;REFB=0;REVB=0.00143256;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5706e-05;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:31:30:0:0:33:30:0:0 chr2 200792881 . C T 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.667;QD=60.2549;RBI=0.0198111;REFB=0;REVB=-0.019126;RO=0;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30358e-05;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:60:49:0:0:60:49:0:0 chr2 200873221 . G T 410.57 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.54;QD=56.6305;RBI=0.0260833;REFB=0;REVB=0.00968454;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176508;OID=.;OPOS=200873221;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr2 201253956 . A G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0273136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.477;QD=16.034;RBI=0.0316123;REFB=-0.0176499;REVB=-0.0159155;RO=28;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168125;STB=0.597595;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.016708;OID=.;OPOS=201253956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:16:4:9:19:16:4:9:19 chr2 201344434 . A G 207.81 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.015697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7016;QD=17.6861;RBI=0.0537694;REFB=-0.0130764;REVB=0.0514272;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142698;STB=0.508122;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0243822;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:10:11:14:12:10:11:14:12 chr2 201344491 . G A 305.48 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.032196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0649;QD=17.7091;RBI=0.0322161;REFB=-0.00471463;REVB=-0.00113953;RO=36;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157057;STB=0.588022;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00406123;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:21:12:19:17:21:12:19:17 chr2 201344732 . C T 487.47 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.931;QD=21.6652;RBI=0.0124962;REFB=-0.0161857;REVB=-0.0123383;RO=43;SAF=19;SAR=28;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290873;STB=0.516043;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0169615;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:28:19:16:27:28:19:16:27 chr2 201437328 . C A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.953;QD=57.884;RBI=0.0183433;REFB=0;REVB=0.014748;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37197e-06;OID=.;OPOS=201437328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr2 201437334 . T C 801.74 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.735;QD=57.2674;RBI=0.0212592;REFB=0;REVB=0.00828661;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68892e-05;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:26:30:0:0 chr2 201485461 . T A 464.93 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00317037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.974;QD=22.1393;RBI=0.0142778;REFB=-0.00748594;REVB=-0.0139213;RO=39;SAF=31;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933239;STB=0.551578;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00866238;OID=.;OPOS=201485461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:14:31:23:16:14:31:23:16 chr2 202025621 . A G 113.76 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00357172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.402;QD=9.89199;RBI=0.0132169;REFB=-0.00831711;REVB=-0.0127252;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06775;STB=0.513404;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0180238;OID=.;OPOS=202025621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:32:14:14:0.304348:9:5:12:17:9:5:12:20 chr2 202050677 . A G 557.09 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00477925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.111;QD=20.2578;RBI=0.0120593;REFB=0.00201597;REVB=-0.0110718;RO=53;SAF=22;SAR=35;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126953;STB=0.570008;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0016004;OID=.;OPOS=202050677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:35:22:28:25:35:22:28:25 chr2 202082459 . T A 374.35 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0518607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.89;QD=18.2609;RBI=0.0518739;REFB=0.0054652;REVB=-0.00116961;RO=43;SAF=22;SAR=17;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084344;STB=0.546952;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00486683;OID=.;OPOS=202082459;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:17:22:28:15:17:22:28:15 chr2 202122995 . A G 276.7 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=18;FWDB=0.00243519;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.815;QD=11.2939;RBI=0.0105082;REFB=-0.00396892;REVB=-0.0102222;RO=65;SAF=26;SAR=7;SRF=47;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102422;STB=0.559824;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00718566;OID=.;OPOS=202122995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:65:65:33:33:0.336735:7:26:47:18:7:26:47:18 chr2 202215492 . C G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0678531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4104;QD=13.5803;RBI=0.0719648;REFB=-0.00312987;REVB=-0.023977;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277166;STB=0.526285;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0138638;OID=.;OPOS=202215492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:8:9:15:12:8:9:16:12 chr2 202245244 . A G 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00195549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.069;QD=15.2681;RBI=0.023557;REFB=0.0096059;REVB=0.0234757;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826887;STB=0.546839;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0107423;OID=.;OPOS=202245244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:12:14:15:18:12:14:15:18 chr2 202252539 . G A 394.1 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0161559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2694;QD=17.3232;RBI=0.0209905;REFB=-0.00745537;REVB=0.013401;RO=50;SAF=24;SAR=17;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055858;STB=0.531235;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0115975;OID=.;OPOS=202252539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:17:24:32:18:17:24:32:18 chr2 202260049 . G A,T 619.33 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=39,2;DP=41;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279374,-0.0282677;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.252,160.282;QD=60.4226;RBI=0.0282876,0.0324407;REFB=0,0;REVB=-0.00443698,-0.0159165;RO=0;SAF=20,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.3303e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000481082,0.0947713;OID=.,.;OPOS=202260049,202260049;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:41:0:0:39,2:39,2:0.95122,0.0487805:19,1:20,1:0:0:19,1:20,1:0:0 chr2 202264156 . C T 548.15 PASS AF=0.44697;AO=58;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.00770139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.828;QD=16.6107;RBI=0.0103962;REFB=0.000444083;REVB=-0.00698354;RO=73;SAF=36;SAR=22;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157038;STB=0.58092;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00062525;OID=.;OPOS=202264156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:73:58:59:0.44697:22:36:34:39:23:36:34:39 chr2 202337730 . A G 437.91 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00748835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.003;QD=15.6397;RBI=0.00850052;REFB=-0.00812506;REVB=0.00402286;RO=62;SAF=27;SAR=22;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991098;STB=0.551;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0113531;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:63:49:49:0.4375:22:27:28:34:22:27:29:34 chr2 202342402 . G T 405.24 PASS AF=0.446809;AO=40;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00537536;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.38;QD=17.2444;RBI=0.0117454;REFB=-0.019583;REVB=0.0104431;RO=53;SAF=23;SAR=17;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105035;STB=0.537038;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0236985;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:53:52:40:42:0.446809:17:23:25:28:19:23:25:27 chr2 202357949 . A C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4005;QD=60.2283;RBI=0.0338675;REFB=0;REVB=0.0334617;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533455;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr2 202410300 . A T 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.523;QD=57.3854;RBI=0.0111374;REFB=0;REVB=6.94422e-05;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63478e-05;OID=.;OPOS=202410300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:25:32:0:0 chr2 202469361 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.906;QD=60.9785;RBI=0.0148796;REFB=0;REVB=0.0141981;RO=0;SAF=6;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83224e-05;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:33:6:0:0:33:6:0:0 chr2 202528830 . A AT 247.04 PASS AF=0.512;AO=59;DP=132;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.055145;FXX=0.0234357;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.6596;QD=7.90529;RBI=0.148657;REFB=-0.00494943;REVB=0.13805;RO=61;SAF=28;SAR=31;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01435;STB=0.520415;STBP=0.674;TYPE=ins;VARB=0.0218448;OID=.;OPOS=202528831;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512:59:132:64:125:61:31:33:27:34:99:61:28:31:28:33 chr2 202557702 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0728;QD=59.8377;RBI=0.0441256;REFB=0;REVB=0.0427443;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648672;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr2 202565372 . G A 248.49 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00452798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.004;QD=16.5657;RBI=0.0268728;REFB=-0.00958347;REVB=-0.0264885;RO=32;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424094;STB=0.514378;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0112069;OID=.;OPOS=202565372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:32:27:28:0.466667:14:13:14:18:15:13:14:18 chr2 202575821 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6005;QD=54.5157;RBI=0.070772;REFB=0;REVB=-0.0261269;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00209787;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr2 202598113 . C T 979.36 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.309;QD=58.4691;RBI=0.0288661;REFB=0;REVB=-0.00636767;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117132;OID=.;OPOS=202598113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:35:32:0:0 chr2 202625615 . C T 1201.73 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.478;QD=60.847;RBI=0.0193026;REFB=0;REVB=-0.0181066;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62871e-05;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:33:45:0:0:34:45:0:0 chr2 202741247 . G C 319.28 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0129441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.488;QD=13.4433;RBI=0.0233348;REFB=-0.020648;REVB=-0.0194155;RO=59;SAF=14;SAR=22;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00107657;STB=0.500615;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0357461;OID=.;OPOS=202741247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:22:14:23:36:22:14:23:36 chr2 202741256 . A T 1441.05 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3055;QD=61.9806;RBI=0.0317084;REFB=-0.139331;REVB=-0.02126;RO=1;SAF=33;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141475;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259867;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:93:1:0:92:93:1:59:33:1:0:59:34:0:0 chr2 202741269 . G A 1414.2 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=95;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0138284;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.426;QD=60.8259;RBI=0.0332754;REFB=-0.154216;REVB=0.030266;RO=0;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53094e-08;STB=0.508332;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=1.05559e-05;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:93:0:2:91:91:0.978495:59:32:0:0:59:32:0:2 chr2 202939654 . T C 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2535;QD=58.7797;RBI=0.0171271;REFB=0;REVB=-0.0162466;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53854e-05;OID=.;OPOS=202939654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr2 202962243 . G A 348.85 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00435611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.0605;QD=17.4424;RBI=0.0200665;REFB=-0.0179738;REVB=0.019588;RO=42;SAF=22;SAR=15;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722826;STB=0.545236;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0199989;OID=.;OPOS=202962243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:15:22:28:14:15:22:29:14 chr2 202964517 . G C 302.4 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8005;QD=52.5918;RBI=0.0688493;REFB=0;REVB=0.0397876;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00870848;OID=.;OPOS=202964517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr2 203164972 . C T 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0171054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.346;QD=26.6159;RBI=0.0172706;REFB=-0.016662;REVB=0.00238298;RO=21;SAF=20;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609155;STB=0.533728;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0136853;OID=.;OPOS=203164972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:9:20:13:8:9:20:13:8 chr2 203640713 . T C 289.32 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0126411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.445;QD=25.7176;RBI=0.0209845;REFB=0.00631484;REVB=-0.0167497;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150091;STB=0.583269;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00390941;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:10:16:8:11:10:16:8:11 chr2 204009369 . A G 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00217325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.178;QD=19.345;RBI=0.00233546;REFB=-0.0146391;REVB=-0.000855184;RO=41;SAF=19;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560233;STB=0.531138;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0140938;OID=.;OPOS=204009369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:21:19:22:19:21:19:22:19 chr2 204062061 . A G 2307.5 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122358;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.457;QD=60.7237;RBI=0.00416759;REFB=0;REVB=0.00398392;RO=0;SAF=66;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95293e-05;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:153:152:0:0:152:152:1:86:66:0:0:86:66:0:0 chr2 204090887 . C G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.759;QD=56.9569;RBI=0.0581921;REFB=0;REVB=0.0565451;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169332;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr2 204116690 . C T 905.95 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0162407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4575;QD=56.6218;RBI=0.0453018;REFB=0.0895004;REVB=-0.0422906;RO=1;SAF=33;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140954;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00104131;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:30:33:1:0:30:33:1:0 chr2 204206977 . C T 721.95 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.903;QD=62.7786;RBI=0.0198378;REFB=0;REVB=-0.00313274;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204686;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chr2 204298783 . A C 796.36 PASS AF=0.815789;AO=62;DP=76;FAO=62;FDP=76;FR=.;FRO=14;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0694066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6864;QD=41.9138;RBI=0.115399;REFB=-0.0925358;REVB=0.0921933;RO=12;SAF=40;SAR=22;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203808;STB=0.528705;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0356497;OID=.;OPOS=204298783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:76:76:12:14:62:62:0.815789:22:40:7:5:22:40:7:7 chr2 204298785 . A C 55.4 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0372763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5017;QD=2.99455;RBI=0.0561218;REFB=-0.0222087;REVB=-0.0419539;RO=63;SAF=7;SAR=4;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.001923;STB=0.501324;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.165112;OID=.;OPOS=204298785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:74:74:63:63:11:11:0.148649:4:7:40:23:4:7:40:23 chr2 204298787 . A C 138.19 PASS AF=0.289855;AO=19;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0522286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2681;QD=8.01084;RBI=0.0522298;REFB=-0.0485907;REVB=-0.000360867;RO=50;SAF=14;SAR=5;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234127;STB=0.658367;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.114363;OID=.;OPOS=204298787;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:49:19:20:0.289855:5:14:28:22:5:15:27:22 chr2 204299540 . A G 463.6 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0143497;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.921;QD=21.5629;RBI=0.0154567;REFB=-0.0281848;REVB=-0.00574419;RO=41;SAF=15;SAR=30;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162761;STB=0.590123;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0253131;OID=.;OPOS=204299540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:41:41:45:45:0.523256:30:15:21:20:30:15:21:20 chr2 204304746 . C T 191.39 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0257479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.076;QD=24.6954;RBI=0.0282106;REFB=-0.0150993;REVB=-0.0115274;RO=12;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138976;STB=0.577693;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0152454;OID=.;OPOS=204304746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:6:13:6:6:6:13:6:6 chr2 204602211 . GA G 128.39 PASS AF=0.724138;AO=20;DP=30;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.236382;FXX=0.0333222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.8513;QD=17.7089;RBI=0.242452;REFB=-0.0570406;REVB=0.0539124;RO=6;SAF=14;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.354839;SSSB=0.0956172;STB=0.526291;STBP=0.719;TYPE=del;VARB=0.0415708;OID=.;OPOS=204602212;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.724138:20:30:21:29:8:14:7:6:2:23:6:14:6:3:3 chr2 204732714 . A G 534.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577207;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.271;QD=57.8147;RBI=0.0588564;REFB=-0.100295;REVB=0.0115065;RO=1;SAF=9;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250219;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:37:1:0:35:37:1:26:9:1:0:27:10:0:0 chr2 204826154 . TC CT,T 39.28 PASS AF=0,0.204301;AO=4,20;DP=91;FAO=0,19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=0,1;FSAR=0,18;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=0.00495445,0.0390933;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=51.6768,12.2037;QD=1.68934;RBI=0.12,0.191281;REFB=-0.00717652,-0.0661203;REVB=-0.119898,-0.187243;RO=58;SAF=0,1;SAR=4,19;SRF=25;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.480655,-0.63423;STB=0.5,0.874242;STBP=1,0.005;TYPE=mnp,del;VARB=-0.012193,-0.00853654;OID=.,.;OPOS=204826154,204826155;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:91:93:58:74:4,20:0,19:0,0.204301:4,19:0,1:25:33:0,18:0,1:25:49 chr2 205829991 . C T 948.2 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0323345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.389;QD=55.7762;RBI=0.0365845;REFB=-0.188168;REVB=0.0171145;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.514281;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00119906;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:0:2:66:66:0.970588:32:34:0:0:32:34:2:0 chr2 205912403 . T C 1285.75 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0208737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.036;QD=60.5061;RBI=0.0208966;REFB=0.0218372;REVB=-0.000977758;RO=1;SAF=58;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178672;STB=0.509432;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-4.9345e-05;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:26:58:0:1:26:58:0:1 chr2 205969220 . G A 1041.26 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.489;QD=59.5004;RBI=0.0111047;REFB=0;REVB=-0.00477353;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79705e-06;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:37:32:0:0:38:32:0:0 chr2 205986321 . A G 314.61 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0499522;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2304;QD=22.4721;RBI=0.0511193;REFB=-0.034598;REVB=-0.0108609;RO=22;SAF=20;SAR=12;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120957;STB=0.558788;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0364562;OID=.;OPOS=205986321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:22:24:32:32:0.571429:12:20:17:5:12:20:18:6 chr2 205990353 . C T 511.82 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0111762;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.476;QD=18.444;RBI=0.0111791;REFB=-0.0195126;REVB=-0.000255593;RO=57;SAF=24;SAR=30;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598822;STB=0.533187;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.018234;OID=.;OPOS=205990353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:57:57:54:54:0.486486:30:24:29:28:30:24:29:28 chr2 206218963 . G A 333.96 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00665398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.966;QD=14.2111;RBI=0.00863472;REFB=-0.00473115;REVB=0.005503;RO=57;SAF=10;SAR=27;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32483;STB=0.685506;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00563059;OID=.;OPOS=206218963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:27:10:32:25:27:10:32:25 chr2 206219012 . TA CC 344.25 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00824013;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=159.804;QD=14.051;RBI=0.0235129;REFB=-0.00781924;REVB=-0.0220217;RO=58;SAF=8;SAR=30;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367071;STB=0.712424;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.0188401;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:60:38:38:0.387755:30:8:30:28:30:8:31:29 chr2 206364737 . T C 315.17 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=0.00718896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.589;QD=12.6069;RBI=0.0153512;REFB=0.00425147;REVB=-0.0135639;RO=64;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122841;STB=0.570138;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00848312;OID=.;OPOS=206364737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:64:36:36:0.36:21:15:20:44:21:15:20:44 chr2 206581033 . G A 1857.87 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2527;QD=61.4172;RBI=0.0240622;REFB=0;REVB=0.00403047;RO=0;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100859;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:62:57:0:0:63:58:0:0 chr2 206592695 . T C 3097.1 PASS AF=0.994898;AO=193;DP=195;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0261295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.886;QD=63.2061;RBI=0.0331318;REFB=-0.10533;REVB=0.0203708;RO=0;SAF=99;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54663e-08;STB=0.502645;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.000143726;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:196:0:1:193:195:0.994898:94:99:0:0:94:101:0:1 chr2 206608039 . T C 854.02 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00891824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0689;QD=56.0012;RBI=0.0716548;REFB=-0.119664;REVB=-0.0710977;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154718;STB=0.508194;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00171139;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:30:30:0:1:30:30:0:1 chr2 206610502 . T G 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0135055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.492;QD=15.0175;RBI=0.0193751;REFB=0.00214219;REVB=-0.0138923;RO=40;SAF=16;SAR=14;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145764;STB=0.582152;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00355592;OID=.;OPOS=206610502;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:14:16:27:13:14:16:27:13 chr2 206631553 . A T 33.58 PASS AF=0.466667;AO=5;DP=10;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0493134;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=42.383;QD=8.95406;RBI=0.0577426;REFB=-0.0189202;REVB=0.0300401;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.719385;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.013922;OID=.;OPOS=206631553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:10:15:4:8:5:7:0.466667:5:0:1:3:5:2:3:5 chr2 206863874 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.117866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8156;QD=16.1065;RBI=0.118374;REFB=-0.0134365;REVB=-0.0109531;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316463;STB=0.681208;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0127422;OID=.;OPOS=206863874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:15:7:11:6:15:7 chr2 206874339 . G A 416.07 PASS AF=0.374046;AO=49;DP=131;FAO=49;FDP=131;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=20;FWDB=0.0104634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.686;QD=12.7045;RBI=0.011913;REFB=-0.00493568;REVB=0.00569525;RO=82;SAF=31;SAR=18;SRF=62;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154169;STB=0.586924;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00992414;OID=.;OPOS=206874339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:82:82:49:49:0.374046:18:31:62:20:18:31:62:20 chr2 206911228 . G A 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0130422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2567;QD=14.1922;RBI=0.0210086;REFB=0.0087865;REVB=-0.01647;RO=21;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409944;STB=0.752581;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0206536;OID=.;OPOS=206911228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:3:12:9:12:3:12:9:13 chr2 206921451 . G A 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00990234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=336.873;QD=19.9056;RBI=0.00993623;REFB=-0.0112847;REVB=0.000819978;RO=27;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00961318;STB=0.505347;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0101515;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:17:13:12:15:17:13:12:15 chr2 207008763 . C A 390.87 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0106825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.651;QD=19.5437;RBI=0.0146489;REFB=-0.0339193;REVB=0.0100237;RO=40;SAF=25;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238269;STB=0.513238;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.030475;OID=.;OPOS=207008763;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:15:25:24:16:15:25:24:16 chr2 207012483 . A G 262.57 PASS AF=0.508772;AO=26;DP=54;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.0033702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.46;QD=18.4259;RBI=0.101021;REFB=-0.0227706;REVB=0.100965;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271836;STB=0.651069;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0236289;OID=.;OPOS=207012483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:28:28:26:29:0.508772:12:14:23:5:14:15:23:5 chr2 207041053 . T C 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0197962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5147;QD=13.3342;RBI=0.0263714;REFB=-0.0114503;REVB=0.0174231;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213409;STB=0.621406;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0172546;OID=.;OPOS=207041053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:14:12:26:13:14:12:26:13 chr2 207041441 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0351406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.077;QD=8.6969;RBI=0.046541;REFB=-0.00829117;REVB=-0.0305157;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152225;STB=0.594327;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0122326;OID=.;OPOS=207041441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:8:6:4:3:8:6 chr2 207086148 . T C 405.44 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0236158;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.407;QD=22.2156;RBI=0.0329719;REFB=-0.0273526;REVB=0.0230095;RO=33;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376139;STB=0.502074;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0241109;OID=.;OPOS=207086148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:33:33:40:40:0.547945:22:18:15:18:22:18:15:18 chr2 207172627 . A G 515.31 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00123634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.571;QD=22.1639;RBI=0.0257333;REFB=-0.018092;REVB=0.0257036;RO=41;SAF=38;SAR=11;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219264;STB=0.633274;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0162874;OID=.;OPOS=207172627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:44:49:49:0.526882:11:38:23:18:11:38:24:20 chr2 207174316 . T C 376.44 PASS AF=0.519481;AO=36;DP=74;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0106935;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.468;QD=19.5551;RBI=0.0176734;REFB=-0.00592063;REVB=-0.0140712;RO=37;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105576;STB=0.533621;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00678438;OID=.;OPOS=207174316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:37:37:36:40:0.519481:21:15:15:22:21:19:15:22 chr2 207459467 . C T 968.61 PASS AF=0.424603;AO=107;DP=252;FAO=107;FDP=252;FR=.;FRO=145;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=52;FSRR=93;FWDB=-0.00979558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.573;QD=15.3748;RBI=0.0128033;REFB=-0.0190494;REVB=0.00824445;RO=145;SAF=41;SAR=66;SRF=52;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270259;STB=0.515048;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0271839;OID=.;OPOS=207459467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:145:145:107:107:0.424603:66:41:52:93:66:41:52:93 chr2 207472683 . C A,CTA 1861.71 PASS AF=0.0390625,0.9375;AO=5,120;DP=130;FAO=5,120;FDP=128;FR=.;FRO=3;FSAF=1,50;FSAR=4,70;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00155719,0.0111386;FXX=0.0153834;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=86.4169,240.971;QD=58.1785;RBI=0.0059207,0.0362786;REFB=0.00846433,0.00341242;REVB=0.00571226,0.0345263;RO=3;SAF=1,50;SAR=4,70;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.496916,-0.0276447;STB=0.798796,0.514561;STBP=0.078,0.069;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00533946,0.000623236;OID=.,.;OPOS=207472683,207472684;OREF=C,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:130:128:3:3:5,120:5,120:0.0390625,0.9375:4,70:1,50:3:0:4,70:1,50:3:0 chr2 207603234 . T G 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0162389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1991;QD=16.4804;RBI=0.0166736;REFB=-0.00504729;REVB=-0.00378246;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853572;STB=0.548875;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0191399;OID=.;OPOS=207603234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:10:9:14:11:10:9:14:11 chr2 207619779 . A G 169.86 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00744101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.423;QD=17.4215;RBI=0.048679;REFB=-0.0400661;REVB=-0.0481069;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163499;STB=0.593118;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.03735;OID=.;OPOS=207619779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:13:8:10:8:13:8 chr2 207621759 . A G 1142.47 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0330094;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9797;QD=59.349;RBI=0.0430171;REFB=-0.0983559;REVB=0.0275836;RO=1;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106344;STB=0.505616;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00144743;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:44:32:0:1:44:32:0:1 chr2 207631461 . G A 575.37 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00988224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.845;QD=16.5575;RBI=0.0105293;REFB=-0.0277044;REVB=-0.00363414;RO=78;SAF=40;SAR=21;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188139;STB=0.605286;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.033708;OID=.;OPOS=207631461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:78:61:61:0.438849:21:40:37:41:21:40:37:41 chr2 207647981 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0650419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.851;QD=21.0137;RBI=0.0803677;REFB=-0.0286275;REVB=0.0472071;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.628965;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0347413;OID=.;OPOS=207647981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:6:7:11:11:0.611111:8:3:3:3:8:3:4:3 chr2 207820276 . G A 317.9 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0781467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.866;QD=15.5075;RBI=0.0782998;REFB=0.00471323;REVB=0.00489409;RO=46;SAF=12;SAR=23;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294887;STB=0.5251;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00649859;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:47:35:35:0.426829:23:12:17:29:23:12:18:29 chr2 207824384 . T G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00534815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.596;QD=18.6418;RBI=0.0249123;REFB=0.00356541;REVB=0.0243314;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15717;STB=0.588075;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00231783;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:17:9:13:12:17:9 chr2 207825656 . A T 490.71 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0689768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.213;QD=22.3049;RBI=0.0690386;REFB=-0.0261224;REVB=0.00291856;RO=41;SAF=17;SAR=30;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259018;STB=0.51428;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0209473;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:30:17:16:25:30:17:16:25 chr2 207833983 . A G 806.28 PASS AF=0.509317;AO=81;DP=161;FAO=82;FDP=161;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.0197546;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.827;QD=20.0317;RBI=0.0259032;REFB=-0.00515421;REVB=-0.016755;RO=79;SAF=38;SAR=43;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674416;STB=0.533668;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00542581;OID=.;OPOS=207833983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:79:79:81:82:0.509317:43:38:43:36:43:39:43:36 chr2 207945785 . A G 115.34 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.008;QD=38.4462;RBI=0.246623;REFB=0;REVB=0.227733;RO=2;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0361552;OID=.;OPOS=207945785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:2:0:10:12:1:9:1:0:2:11:1:0:0 chr2 207988613 . C T 2010.19 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117007;FXX=0.00769172;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.4587;QD=62.3316;RBI=0.014174;REFB=0;REVB=0.0141256;RO=0;SAF=75;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88414e-06;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:54:75:0:0:54:75:0:0 chr2 208477852 . G A 1524.17 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.71;QD=59.7713;RBI=0.0218669;REFB=0;REVB=0.0205173;RO=0;SAF=36;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88868e-05;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:65:36:0:0:65:37:0:0 chr2 208477956 . C T 1549.29 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.393;QD=59.5882;RBI=0.0103646;REFB=0;REVB=0.0102426;RO=0;SAF=37;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0386e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:102:104:1:65:37:0:0:67:37:0:0 chr2 208478055 . A G 543.24 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.102997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3361;QD=22.6349;RBI=0.103008;REFB=0.000448004;REVB=0.00152572;RO=45;SAF=17;SAR=34;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121641;STB=0.567137;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000495702;OID=.;OPOS=208478055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:34:17:21:24:34:17:21:24 chr2 208632093 . G A 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00211666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.697;QD=20.2683;RBI=0.0270831;REFB=0.00711109;REVB=0.0270002;RO=21;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228425;STB=0.6295;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.011482;OID=.;OPOS=208632093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:6:15:10:11:6:15:10:11 chr2 208633413 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.237;QD=54.5166;RBI=0.0448793;REFB=0;REVB=0.00688925;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498118;OID=.;OPOS=208633413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:5:20:0:0:5:20:0:0 chr2 208633627 . C T 959.94 PASS AF=0.447368;AO=102;DP=228;FAO=102;FDP=228;FR=.;FRO=126;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=72;FWDB=-0.00444695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.094;QD=16.841;RBI=0.00530086;REFB=-0.0121859;REVB=0.00288509;RO=123;SAF=50;SAR=52;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505762;STB=0.534108;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0122415;OID=.;OPOS=208633627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:123:126:102:102:0.447368:52:50:54:69:52:50:54:72 chr2 208811097 . C T 509.69 PASS AF=0.509434;AO=51;DP=104;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0185117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7488;QD=19.2337;RBI=0.0670033;REFB=-0.0192497;REVB=0.0643953;RO=51;SAF=21;SAR=30;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897522;STB=0.565286;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0254352;OID=.;OPOS=208811097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:51:52:51:54:0.509434:30:21:26:25:33:21:27:25 chr2 208841964 . A G 372.8 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0312342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.909;QD=23.3001;RBI=0.0382611;REFB=-0.00498598;REVB=-0.0220983;RO=27;SAF=18;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608271;STB=0.533428;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00386822;OID=.;OPOS=208841964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:19:18:11:16:19:18:11:16 chr2 208918917 . C T 382.37 PASS AF=0.39823;AO=44;DP=108;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=21;FWDB=-0.0469844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8905;QD=13.5351;RBI=0.152374;REFB=-0.0327644;REVB=-0.144949;RO=64;SAF=37;SAR=7;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240302;STB=0.641278;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0381732;OID=.;OPOS=208918917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:113:64:68:44:45:0.39823:7:37:44:20:7:38:47:21 chr2 208938866 . G T 636.79 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170901;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.486;QD=62.1256;RBI=0.113553;REFB=0;REVB=0.112259;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042618;OID=.;OPOS=208938866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:37:41:1:13:24:0:0:17:24:0:0 chr2 208986637 . T C 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00400271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.99;QD=19.3436;RBI=0.0215556;REFB=-0.023644;REVB=0.0211807;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28794;STB=0.662476;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0227044;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:13:5:11:7:13:5 chr2 208989037 . A G 1680.28 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118016;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.994;QD=60.5505;RBI=0.0165923;REFB=0;REVB=-0.011663;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178655;OID=.;OPOS=208989037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:55:56:0:0:55:56:0:0 chr2 209007559 . T G 308.42 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0315402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3485;QD=18.4128;RBI=0.0413802;REFB=-0.00519572;REVB=-0.0267868;RO=33;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407372;STB=0.506845;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00642243;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:32:33:0.492537:17:15:14:19:18:15:15:19 chr2 209030050 . T A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0288406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7124;QD=14.6654;RBI=0.0761124;REFB=-0.0402691;REVB=0.0704367;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00960055;STB=0.505569;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0365998;OID=.;OPOS=209030050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:11:10:7:8:11:10 chr2 209033173 . A G 192.2 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0319892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.445;QD=9.85642;RBI=0.0402153;REFB=-0.0137429;REVB=-0.0243712;RO=53;SAF=12;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034068;STB=0.519984;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0432794;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:53:25:25:0.320513:13:12:27:26:13:12:27:26 chr2 209036712 . T C 479.09 PASS AF=0.489583;AO=46;DP=95;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0145244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.101;QD=19.962;RBI=0.0148393;REFB=-0.0051824;REVB=-0.00304077;RO=49;SAF=22;SAR=24;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485675;STB=0.531901;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0048661;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:49:46:47:0.489583:24:22:26:23:25:22:26:23 chr2 209036778 . A G 1510.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.511;QD=63.6131;RBI=0.0640347;REFB=0;REVB=0.0628705;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135807;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:56:39:0:0:56:39:0:0 chr2 209184980 . G A 1052.85 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.953;QD=59.3155;RBI=0.037574;REFB=0;REVB=0.0372968;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55236e-05;OID=.;OPOS=209184980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:65:71:1:45:20:0:0:51:20:0:0 chr2 209184999 . C A,T 952.67 PASS AF=0.0422535,0.915493;AO=3,65;DP=71;FAO=3,65;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=0,22;FSAR=3,43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0898832,-0.0304774;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.1092,184.859;QD=53.6715;RBI=0.0899484,0.0318943;REFB=-0.0815595,-0.0584977;REVB=-0.00342359,-0.00940075;RO=3;SAF=0,22;SAR=3,43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0318232;STB=0.5,0.516849;STBP=1,0.264;TYPE=snp,snp;VARB=0.146151,0.000191769;OID=.,.;OPOS=209184999,209184999;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:9:71:71:3:3:3,65:3,65:0.0422535,0.915493:3,43:0,22:0:3:3,43:0,22:0:3 chr2 209190330 . T C 1260.66 PASS AF=0.93617;AO=86;DP=95;FAO=88;FDP=94;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0972082;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.185;QD=53.6452;RBI=0.106527;REFB=-0.175592;REVB=0.0435721;RO=5;SAF=38;SAR=48;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255624;STB=0.515208;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0119837;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:95:94:5:6:86:88:0.93617:48:38:1:4:50:38:4:2 chr2 209190519 . A T 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.37098e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.664;QD=62.9763;RBI=0.0295317;REFB=0;REVB=0.0295317;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36052e-05;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr2 209190528 . C G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5437;QD=62.0219;RBI=0.0480977;REFB=0;REVB=-0.0248989;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182333;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr2 209191082 . C A 392.85 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3718;QD=56.1211;RBI=0.0469423;REFB=0;REVB=-0.0429894;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000570595;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr2 209191099 . T C 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0947868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7007;QD=51.1729;RBI=0.0956041;REFB=0;REVB=0.0124748;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865262;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr2 209209827 . G A 329.92 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904746;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.509;QD=54.9871;RBI=0.0195129;REFB=0;REVB=0.0172886;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990179;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr2 209212707 . G A 2105.48 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.642;QD=61.926;RBI=0.0342792;REFB=-0.021902;REVB=0.0197171;RO=1;SAF=66;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693937;STB=0.503597;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000144769;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:136:1:1:134:135:0.992647:68:66:0:1:69:66:0:1 chr2 209214770 . A G 859.48 PASS AF=0.913043;AO=63;DP=69;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0155019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.89;QD=49.825;RBI=0.0358849;REFB=-0.0553701;REVB=0.0323639;RO=6;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558265;STB=0.529646;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00071018;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:69:69:6:6:63:63:0.913043:31:32:1:5:31:32:1:5 chr2 209215586 . A G 1590.67 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00554724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9586;QD=58.9138;RBI=0.0125629;REFB=-0.112988;REVB=0.0112719;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0048694;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:48:59:0:0:48:59:1:0 chr2 209220157 . G T 2924.99 PASS AF=0.994652;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=116;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.58;QD=62.5667;RBI=0.0228468;REFB=-0.028804;REVB=-0.00375092;RO=1;SAF=70;SAR=116;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00675332;STB=0.503546;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000120781;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:187:1:1:186:186:0.994652:116:70:1:0:116:70:1:0 chr2 209220238 . G C 3088.64 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693989;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1876;QD=61.1613;RBI=0.0954561;REFB=0.00963384;REVB=0.0655413;RO=1;SAF=74;SAR=127;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373587;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326311;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:202:1:0:201:202:1:127:74:0:1:128:74:0:0 chr2 209224874 . CAA CA,CAC 1087.81 PASS AF=0.973333,0.0266667;AO=70,3;DP=75;FAO=73,2;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350801,-0.0319538;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.2289,6.16863;QD=58.0166;RBI=0.0458457,0.0560781;REFB=0,0;REVB=-0.0457113,-0.0460837;RO=0;SAF=25,3;SAR=45,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00139957,0.00213911;OID=.,.;OPOS=209224875,209224876;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.973333,0.0266667:70,3:75:73,2:75:0:27,2:46,0:0:0:5:0:25,3:45,0:0:0 chr2 209358027 . C T 454.7 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00415017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.721;QD=19.9867;RBI=0.00831299;REFB=-0.0283304;REVB=-0.00720292;RO=46;SAF=24;SAR=21;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105989;STB=0.50588;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0301834;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:21:24:24:22:21:24:24:22 chr2 209785278 . A G 1585.13 PASS AF=0.509677;AO=156;DP=309;FAO=158;FDP=310;FR=.;FRO=152;FSAF=97;FSAR=61;FSRF=81;FSRR=71;FWDB=0.00434205;FXX=0.00321533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.959;QD=20.4533;RBI=0.00573948;REFB=-0.00716849;REVB=-0.00375343;RO=150;SAF=97;SAR=59;SRF=80;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082292;STB=0.541116;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00688783;OID=.;OPOS=209785278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:310:150:152:156:158:0.509677:59:97:80:70:61:97:81:71 chr2 210586685 . T C 2339.35 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.233;QD=59.9832;RBI=0.0289416;REFB=-0.0632178;REVB=0.00552123;RO=1;SAF=81;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058371;STB=0.503067;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00038608;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:156:1:1:154:155:0.99359:73:81:1:0:74:81:1:0 chr2 210843383 . G A 419.55 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0101997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.635;QD=22.9891;RBI=0.0158883;REFB=-0.0115449;REVB=-0.0121822;RO=32;SAF=15;SAR=26;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603264;STB=0.533223;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0107791;OID=.;OPOS=210843383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:26:15:14:18:26:15:14:18 chr2 211098113 . C T 1547.4 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.157;QD=63.159;RBI=0.0199468;REFB=0;REVB=0.00397794;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42312e-05;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:98:0:0:92:98:1:43:49:0:0:43:55:0:0 chr2 211296239 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.779;QD=62.0216;RBI=0.00559312;REFB=0;REVB=-6.49341e-05;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38277e-05;OID=.;OPOS=211296239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr2 211342502 . G A 1283.35 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.757;QD=61.8481;RBI=0.054271;REFB=0;REVB=0.047228;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6447e-05;OID=.;OPOS=211342502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr2 211421452 . A ATCT 237.03 PASS AF=0.306931;AO=30;DP=102;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.00251481;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=3;MLLD=309.628;QD=9.38723;RBI=0.00912709;REFB=-0.00759045;REVB=-0.0087738;RO=70;SAF=15;SAR=15;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119142;STB=0.558371;STBP=0.439;TYPE=ins;VARB=0.0170863;OID=.;OPOS=211421453;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306931:30:102:31:101:70:15:16:28:42:99:70:15:15:28:42 chr2 211456637 . A G 1006.41 PASS AF=0.481481;AO=104;DP=216;FAO=104;FDP=216;FR=.;FRO=112;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=64;FSRR=48;FWDB=-0.0104606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.013;QD=18.6373;RBI=0.0111177;REFB=0.00272652;REVB=0.00376534;RO=105;SAF=48;SAR=56;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082956;STB=0.556807;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00817298;OID=.;OPOS=211456637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:105:112:104:104:0.481481:56:48:58:47:56:48:64:48 chr2 211456639 . C T 975.99 PASS AF=0.470046;AO=102;DP=218;FAO=102;FDP=217;FR=.;FRO=115;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=63;FSRR=52;FWDB=-0.00601932;FXX=0.00458695;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.452;QD=17.9906;RBI=0.0219971;REFB=-0.0127212;REVB=-0.0211575;RO=115;SAF=48;SAR=54;SRF=63;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740165;STB=0.540869;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0164978;OID=.;OPOS=211456639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:115:115:102:102:0.470046:54:48:63:52:54:48:63:52 chr2 212241725 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.07;QD=58.6006;RBI=0.0292277;REFB=0;REVB=0.0283076;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01389e-05;OID=.;OPOS=212241725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:44:20:0:0:44:20:0:0 chr2 212242745 . G C 772.02 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0376259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.023;QD=61.7614;RBI=0.0402684;REFB=-0.110286;REVB=-0.014347;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0060695;OID=.;OPOS=212242745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:25:24:0:0:25:24:0:1 chr2 212244403 . G A 1593.19 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513039;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.788;QD=60.1204;RBI=0.01219;REFB=0;REVB=-0.0110578;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194074;OID=.;OPOS=212244403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:52:54:0:0:52:54:0:0 chr2 212522651 . A G 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0211773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7675;QD=21.064;RBI=0.0336309;REFB=-0.00859637;REVB=0.0261258;RO=41;SAF=20;SAR=24;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716164;STB=0.539597;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00982001;OID=.;OPOS=212522651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:24:20:22:19:24:20:22:19 chr2 213866714 . G A 1382.86 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00552866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.504;QD=61.4602;RBI=0.00684954;REFB=-0.0740417;REVB=0.00404352;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104156;STB=0.505493;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00032525;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:45:44:0:1:45:44:0:1 chr2 213886454 . A T 312.5 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.00498434;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.546;QD=12.136;RBI=0.0079864;REFB=-0.017445;REVB=-0.00624011;RO=65;SAF=22;SAR=16;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228223;STB=0.630084;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0250176;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:16:22:24:41:16:22:24:41 chr2 214012405 . AA AC,CA 1316.92 PASS AF=0.194175,0.776699;AO=4,61;DP=98;FAO=20,80;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=14,25;FSAR=6,55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0283711,0.0265696;FXX=0;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=118.582,103.977;QD=51.1425;RBI=0.0284919,0.0268474;REFB=-0.0558015,-0.114643;REVB=-0.00262158,0.00385197;RO=0;SAF=4,13;SAR=0,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.13514e-08;STB=0.505149,0.514728;STBP=0.962,0.208;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00522082,0.00912117;OID=.,.;OPOS=214012406,214012405;OREF=A,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:98:103:0:3:4,61:20,80:0.194175,0.776699:0,48:4,13:0:0:6,55:14,25:2:1 chr2 214014932 . GCTT G 235.69 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00224546;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=3;MLLD=179.035;QD=29.4609;RBI=0.0238509;REFB=-0.0137513;REVB=-0.023745;RO=10;SAF=3;SAR=17;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154184;STB=0.58056;STBP=0.317;TYPE=del;VARB=0.00970059;OID=.;OPOS=214014933;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65625:20:34:21:32:11:3:18:3:8:79:10:3:17:3:7 chr2 214637044 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0178375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.966;QD=18.8207;RBI=0.0182816;REFB=-0.00162827;REVB=0.00400478;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360738;STB=0.705552;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000952336;OID=.;OPOS=214637044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:8:2:8:4:8:2 chr2 214727221 . A C 554.89 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0337578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.192;QD=22.4199;RBI=0.0695039;REFB=-0.00254425;REVB=-0.0607552;RO=46;SAF=32;SAR=20;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137865;STB=0.581327;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00443124;OID=.;OPOS=214727221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:47:52:52:0.525253:20:32:21:25:20:32:21:26 chr2 214794743 . A C 576.39 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00480112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.217;QD=19.8754;RBI=0.00788271;REFB=-0.0172946;REVB=-0.00625191;RO=57;SAF=34;SAR=25;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451949;STB=0.524932;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0159417;OID=.;OPOS=214794743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:57:59:59:0.508621:25:34:30:27:25:34:30:27 chr2 215102884 . T C 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00299921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.196;QD=10.1855;RBI=0.00301249;REFB=-0.0120211;REVB=0.00028257;RO=34;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00454737;STB=0.502729;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0277759;OID=.;OPOS=215102884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:7:8:18:16:7:8:18:16 chr2 215102929 . T A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.017;QD=59.8394;RBI=0.0110728;REFB=0;REVB=0.00492842;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40026e-05;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr2 215595645 . C T 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=4.56531e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.695;QD=25.2441;RBI=0.000563439;REFB=0.00636337;REVB=-0.000561586;RO=22;SAF=20;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224189;STB=0.624906;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00286168;OID=.;OPOS=215595645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:8:20:10:12:8:20:10:12 chr2 215632255 . CA CG,TG 1627.45 PASS AF=0.578947,0.412281;AO=66,47;DP=114;FAO=66,47;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=33,22;FSAR=33,25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00786331,-0.000284432;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=63.2602,187.008;QD=57.1035;RBI=0.00788075,0.0187564;REFB=-0.115552,0.0141736;REVB=0.000523871,0.0187542;RO=0;SAF=33,22;SAR=33,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.50746,0.511106;STBP=0.503,0.329;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0024983,0.00369361;OID=.,.;OPOS=215632256,215632255;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:114:114:0:1:66,47:66,47:0.578947,0.412281:33,25:33,22:0:0:33,25:33,22:1:0 chr2 215645464 . C G 298.89 PASS AF=0.5;AO=29;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0111824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.136;QD=18.6809;RBI=0.0118382;REFB=-0.00496218;REVB=0.00388538;RO=27;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18801;STB=0.53198;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00476032;OID=.;OPOS=215645464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:32:29:32:0.5:19:10:15:12:19:13:15:17 chr2 215645545 . C G 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0393619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6365;QD=9.93188;RBI=0.043799;REFB=-0.0035439;REVB=-0.0192092;RO=35;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147281;STB=0.587963;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00770195;OID=.;OPOS=215645545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:8:7:12:23:8:7:12:23 chr2 215674224 . G A 669.52 PASS AF=0.445122;AO=73;DP=164;FAO=73;FDP=164;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.00471484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.825;QD=16.3297;RBI=0.00585924;REFB=-0.0226736;REVB=0.00347864;RO=91;SAF=27;SAR=46;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213103;STB=0.618663;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.020229;OID=.;OPOS=215674224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:91:91:73:73:0.445122:46:27:53:38:46:27:53:38 chr2 215796568 . T C 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0419483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.353;QD=19.0234;RBI=0.0432363;REFB=-0.0138673;REVB=0.0104746;RO=35;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786674;STB=0.543834;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0150027;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:14:21:18:17:14:21:18:17 chr2 215876166 . A T 1308.14 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00263739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9448;QD=59.4607;RBI=0.0434782;REFB=0.0644888;REVB=-0.0433981;RO=2;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189439;STB=0.509998;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00345215;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:49:37:0:2:49:37:0:2 chr2 215901774 . C T 315.84 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.00509694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.869;QD=15.0401;RBI=0.00891297;REFB=-0.00608352;REVB=-0.00731178;RO=49;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103556;STB=0.558343;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0100771;OID=.;OPOS=215901774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:21:14:15:34:21:14:15:34 chr2 215940242 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.045;QD=57.0007;RBI=0.018088;REFB=0;REVB=0.00848661;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33642e-05;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:38:16:0:0:38:16:0:0 chr2 216190020 . C G 274.38 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0161992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.815;QD=19.9551;RBI=0.0520222;REFB=-0.0332293;REVB=-0.0494357;RO=26;SAF=7;SAR=22;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220721;STB=0.623789;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0320059;OID=.;OPOS=216190020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:22:7:12:14:22:7:12:14 chr2 216212339 . T C 415.34 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.034097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0784;QD=19.3182;RBI=0.0356578;REFB=0.0037541;REVB=0.0104343;RO=44;SAF=14;SAR=28;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161636;STB=0.59012;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00242595;OID=.;OPOS=216212339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:28:14:22:22:28:14:22:22 chr2 216229692 . A G 368.03 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0730698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.483;QD=19.3699;RBI=0.0730724;REFB=-0.0255201;REVB=-0.000628146;RO=38;SAF=17;SAR=21;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097015;STB=0.553797;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0255428;OID=.;OPOS=216229692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:21:17:13:25:21:17:13:25 chr2 216235089 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.946;QD=63.1952;RBI=0.0213378;REFB=0;REVB=-0.013673;RO=0;SAF=33;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64122e-06;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:59:33:0:0:59:33:0:0 chr2 216242917 . T A 736.55 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222328;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.568;QD=64.0478;RBI=0.0580857;REFB=0;REVB=0.0536624;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716348;OID=.;OPOS=216242917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr2 216249587 . C T 1046.54 PASS AF=0.972973;AO=66;DP=68;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0207395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.03;QD=56.5695;RBI=0.118444;REFB=-0.206785;REVB=0.116614;RO=0;SAF=58;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535704;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00226195;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:74:0:2:66:72:0.972973:8:58:0:0:13:59:0:2 chr2 216272900 . T G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.215;QD=63.2868;RBI=0.0444521;REFB=0;REVB=0.0439113;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73974e-05;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr2 216272907 . A T 675.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091944;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.138;QD=62.8029;RBI=0.054483;REFB=0;REVB=0.0537016;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152144;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr2 216300482 . T A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.972;QD=57.5449;RBI=0.0321606;REFB=0;REVB=0.023764;RO=0;SAF=14;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41441e-05;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:44:14:0:0:44:14:0:0 chr2 216878008 . C G 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.019222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3161;QD=17.9909;RBI=0.0232787;REFB=-0.00721931;REVB=0.0131306;RO=30;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123113;STB=0.569161;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00738863;OID=.;OPOS=216878008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:20:9:13:17:20:9:13:17 chr2 217012901 . A G 665.46 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=53;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00799151;FXX=0.0188644;HRUN=5;LEN=1;MLLD=80.3322;QD=51.1894;RBI=0.0193237;REFB=-0.15326;REVB=0.0175938;RO=3;SAF=19;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622161;STB=0.504884;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00270566;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:52:3:2:49:50:0.961538:30:19:1:2:31:19:1:1 chr2 217123233 . GT G 143.59 PASS AF=1;AO=6;DP=42;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113476;FXX=0.349825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.068;QD=44.1823;RBI=0.161855;REFB=0;REVB=0.115414;RO=36;SAF=0;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.624888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.01087;OID=.;OPOS=217123234;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:42:13:13:0:3:10:0:0:3:36:0:6:14:22 chr2 217541582 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.54;QD=61.5362;RBI=0.0139426;REFB=0;REVB=-0.0138383;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5415e-05;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr2 218577819 . C G 159.27 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0234766;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=293.294;QD=8.38258;RBI=0.0235547;REFB=-0.000772909;REVB=-0.00191684;RO=51;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207154;STB=0.512304;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0019858;OID=.;OPOS=218577819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:54:22:22:0.289474:13:9:20:31:13:9:23:31 chr2 218604247 . A C 688.58 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0730432;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.156;QD=58.6026;RBI=0.0749533;REFB=-0.130416;REVB=0.0168133;RO=2;SAF=12;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235387;STB=0.512539;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00262481;OID=.;OPOS=218604247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:47:2:2:45:45:0.957447:33:12:1:1:33:12:1:1 chr2 218683154 . A G 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0282393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.833;QD=16.9285;RBI=0.0470932;REFB=-0.0131336;REVB=-0.0376871;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222009;STB=0.628352;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0195447;OID=.;OPOS=218683154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:5:7:4:8:5:7 chr2 218695102 . G A 500.96 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.236;QD=58.937;RBI=0.0572051;REFB=0;REVB=0.01442;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156313;OID=.;OPOS=218695102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:16:18:0:0 chr2 218706857 . T C 523.46 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0109898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.183;QD=18.695;RBI=0.011883;REFB=-0.0160572;REVB=-0.00451983;RO=57;SAF=31;SAR=24;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184259;STB=0.5102;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0179284;OID=.;OPOS=218706857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:55:55:0.491071:24:31:31:26:24:31:31:26 chr2 218712306 . C T 230.41 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=0.00155887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5309;QD=14.4007;RBI=0.0453083;REFB=0.000774735;REVB=-0.0452814;RO=36;SAF=25;SAR=1;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436407;STB=0.671483;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00203945;OID=.;OPOS=218712306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:26:27:0.421875:1:25:30:6:2:25:30:7 chr2 218712606 . G A 480.79 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0207641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.518;QD=25.6419;RBI=0.0217623;REFB=-0.0391377;REVB=0.00651547;RO=29;SAF=25;SAR=20;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150737;STB=0.587119;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0268301;OID=.;OPOS=218712606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:30:45:45:0.6:20:25:22:7:20:25:23:7 chr2 218712726 . A G 403.88 PASS AF=0.609375;AO=38;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.0225113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2998;QD=25.2422;RBI=0.0247468;REFB=-0.0163777;REVB=0.0102785;RO=25;SAF=30;SAR=8;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571943;STB=0.540616;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00889555;OID=.;OPOS=218712726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:38:39:0.609375:8:30:21:4:9:30:21:4 chr2 218712918 . C T 88.84 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0272477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8504;QD=15.4507;RBI=0.0473235;REFB=-0.0476118;REVB=-0.038692;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0499043;OID=.;OPOS=218712918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:6:6:5:6:6:6 chr2 218712936 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.039875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.484;QD=20.8378;RBI=0.0415797;REFB=0.00188004;REVB=-0.0117835;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964512;STB=0.555432;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.000758803;OID=.;OPOS=218712936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:3:2:5:4:3:2 chr2 218713282 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0518187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.314;QD=17.4275;RBI=0.056856;REFB=-0.0119733;REVB=0.0233971;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269215;STB=0.653306;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0272932;OID=.;OPOS=218713282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:15:8:12:7:15:8 chr2 218745685 . G A 645.21 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0631076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.118;QD=19.7012;RBI=0.0633324;REFB=-0.0004211;REVB=0.00533218;RO=66;SAF=31;SAR=34;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624843;STB=0.53448;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000417255;OID=.;OPOS=218745685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:66:66:65:65:0.496183:34:31:36:30:34:31:36:30 chr2 218940259 . C T 79.01 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00734729;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.068;QD=13.74;RBI=0.0194514;REFB=-0.0246206;REVB=-0.0180104;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306446;STB=0.681047;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0181803;OID=.;OPOS=218940259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:5:8:3:7:5:8 chr2 219029955 . T C 53.58 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0675569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9518;QD=8.9306;RBI=0.082634;REFB=-0.0405521;REVB=0.0475862;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741896;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.060971;OID=.;OPOS=219029955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:5:11:5:3:5:11 chr2 219110625 . G A 281.86 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=1;FWDB=-0.00985108;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.251;QD=20.4989;RBI=0.0339407;REFB=0.000750849;REVB=0.0324796;RO=25;SAF=18;SAR=11;SRF=24;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332998;STB=0.682828;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000510354;OID=.;OPOS=219110625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:29:30:0.545455:11:18:24:1:12:18:24:1 chr2 219128506 . C T 3866.6 PASS AF=0.980695;AO=253;DP=259;FAO=254;FDP=259;FR=.;FRO=5;FSAF=136;FSAR=118;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00461685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.352;QD=59.7158;RBI=0.0157182;REFB=-0.0348587;REVB=0.0150249;RO=5;SAF=135;SAR=118;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017324;STB=0.509025;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000133898;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:259:259:5:5:253:254:0.980695:118:135:5:0:118:136:5:0 chr2 219140288 . G C 535.27 PASS AF=0.537037;AO=50;DP=107;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=-0.0773676;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.1423;QD=19.8248;RBI=0.0828061;REFB=-0.0553077;REVB=0.0295143;RO=41;SAF=27;SAR=23;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203194;STB=0.616439;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0316387;OID=.;OPOS=219140288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:41:50:50:58:0.537037:23:27:32:9:31:27:36:14 chr2 219143229 . G A 234.04 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0229058;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.846;QD=13.9723;RBI=0.0577865;REFB=-0.000852069;REVB=-0.0530529;RO=39;SAF=6;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313778;STB=0.68564;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00149271;OID=.;OPOS=219143229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:39:27:28:0.41791:21:6:19:20:22:6:19:20 chr2 219144089 . G A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0145236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.613;QD=16.6153;RBI=0.0148231;REFB=-0.0306954;REVB=-0.00296477;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291976;STB=0.516759;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0380041;OID=.;OPOS=219144089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:8:13:11:6:8:13 chr2 219144815 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.034;QD=57.1775;RBI=0.0145124;REFB=0;REVB=0.0125601;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43056e-05;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:32:19:0:0 chr2 219221846 . G A 349.36 PASS AF=0.537037;AO=26;DP=56;FAO=29;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.0425373;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.032;QD=25.8782;RBI=0.0427542;REFB=-0.00274744;REVB=-0.00430088;RO=19;SAF=8;SAR=18;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198344;STB=0.646972;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0134861;OID=.;OPOS=219221846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:19:19:26:29:0.537037:18:8:2:17:18:11:1:18 chr2 219231807 . C T 579.51 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166613;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.956;QD=61.0009;RBI=0.0240072;REFB=0;REVB=0.0172843;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313282;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr2 219249013 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0330107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4241;QD=11.1042;RBI=0.0776573;REFB=-0.000934122;REVB=0.0702919;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392579;STB=0.737044;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00913331;OID=.;OPOS=219249013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:3:7:2:5:3:7 chr2 219254622 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.657;QD=57.8846;RBI=0.0414268;REFB=0;REVB=0.0194466;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143433;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr2 219259732 . G A 259.11 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.02696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3316;QD=24.1033;RBI=0.028654;REFB=0.0202081;REVB=0.00970619;RO=19;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116908;STB=0.565354;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0168911;OID=.;OPOS=219259732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:17:7:8:11:17:7:8:11 chr2 219265094 . T C 781.65 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.025;QD=63.8082;RBI=0.0146549;REFB=0;REVB=0.013367;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203034;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:34:14:0:0:34:15:0:0 chr2 219266423 . C A 1307.26 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.614;QD=61.5181;RBI=0.0494453;REFB=0;REVB=0.0161458;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341059;OID=.;OPOS=219266423;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:42:42:0:0:42:43:0:0 chr2 219319657 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.412;QD=60.7161;RBI=0.0151056;REFB=0;REVB=-0.00148993;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89422e-05;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr2 219508372 . A T 1476.14 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273593;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.224;QD=63.49;RBI=0.0340557;REFB=0;REVB=0.0202796;RO=0;SAF=22;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.68874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16688e-05;OID=.;OPOS=219508372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:71:22:0:0:71:22:0:0 chr2 219508644 . G A 378.1 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0251911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.022;QD=18.905;RBI=0.0277995;REFB=-0.0166314;REVB=0.0117568;RO=41;SAF=14;SAR=25;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309278;STB=0.517232;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0161413;OID=.;OPOS=219508644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:25:14:16:25:25:14:16:25 chr2 219555262 . G A 1574.04 PASS AF=0.99;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.53;QD=62.9615;RBI=0.0320311;REFB=-0.152743;REVB=0.0295061;RO=1;SAF=54;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087031;STB=0.504586;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00055731;OID=.;OPOS=219555262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:100:1:1:98:99:0.99:44:54:1:0:45:54:1:0 chr2 219562675 . G A 1832.23 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0397056;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.083;QD=60.5695;RBI=0.0523587;REFB=-0.0354428;REVB=0.0341306;RO=1;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772376;STB=0.504064;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000510694;OID=.;OPOS=219562675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:121:1:1:120:120:0.991736:61:59:0:1:61:59:0:1 chr2 219602499 . G C 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.575;QD=56.701;RBI=0.0372173;REFB=0;REVB=0.0237476;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.83316e-05;OID=.;OPOS=219602499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr2 219602819 . G A 708.41 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9781;QD=62.9698;RBI=0.0246624;REFB=0;REVB=0.0207025;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144292;OID=.;OPOS=219602819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr2 219610433 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.899;QD=60.2303;RBI=0.00525946;REFB=0;REVB=0.00374025;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28018e-05;OID=.;OPOS=219610433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:26:11:0:0 chr2 219692696 . G C 444.57 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.0201061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.2772;QD=15.1989;RBI=0.0320927;REFB=-0.0376616;REVB=-0.0250137;RO=67;SAF=18;SAR=32;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354652;STB=0.519872;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0312503;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:32:18:22:45:32:18:22:45 chr2 219695487 . G C 228.15 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0079027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7277;QD=13.8275;RBI=0.0166216;REFB=-0.00359229;REVB=-0.0146228;RO=39;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150829;STB=0.586142;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00481047;OID=.;OPOS=219695487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:17:10:20:19:17:10:20:19 chr2 219887984 . C T 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.029065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.434;QD=14.5321;RBI=0.0294697;REFB=0.00273333;REVB=-0.0048673;RO=40;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430975;STB=0.524459;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00276312;OID=.;OPOS=219887984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:15:14:21:19:15:14:21:19 chr2 219920037 . A G 840.38 PASS AF=0.463918;AO=77;DP=184;FAO=90;FDP=194;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=0.0060417;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.37;QD=17.3274;RBI=0.0127741;REFB=-0.0209475;REVB=0.011255;RO=104;SAF=37;SAR=40;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496702;STB=0.539317;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0233645;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:194:104:104:77:90:0.463918:40:37:55:49:49:41:55:49 chr2 219940484 . C T 929.3 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00307699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.636;QD=55.4806;RBI=0.0181116;REFB=-0.105814;REVB=-0.0178483;RO=2;SAF=27;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337081;STB=0.517852;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00131055;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:38:27:2:0:38:27:2:0 chr2 219967380 . T C 474.45 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1082;QD=54.2231;RBI=0.0248134;REFB=-0.027478;REVB=0.00487056;RO=2;SAF=13;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665844;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00227075;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:2:1:33:34:0.971429:20:13:2:0:20:14:1:0 chr2 220033830 . A G 140.1 PASS AF=0.432432;AO=13;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.165648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.7687;QD=15.1461;RBI=0.173009;REFB=-0.0642582;REVB=0.0499272;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960223;STB=0.531874;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0818051;OID=.;OPOS=220033830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:21:13:16:0.432432:7:6:7:12:10:6:9:12 chr2 220037393 . A G 251.44 PASS AF=0.875;AO=19;DP=22;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0197837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.7;QD=41.9069;RBI=0.0558102;REFB=-0.00611741;REVB=0.052186;RO=3;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119598;STB=0.565156;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000430399;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:24:3:3:19:21:0.875:9:10:3:0:11:10:3:0 chr2 220037666 . A G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00412856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.226;QD=23.3818;RBI=0.00648204;REFB=-0.0340891;REVB=-0.00499718;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861439;STB=0.564035;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0218412;OID=.;OPOS=220037666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:8:11:6:7:8:11:6:8 chr2 220037756 . A G 212.4 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0253989;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.714;QD=25.7454;RBI=0.0266748;REFB=-0.00803879;REVB=-0.00815113;RO=12;SAF=14;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896599;STB=0.538422;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00611604;OID=.;OPOS=220037756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:13:20:20:0.606061:6:14:7:5:6:14:8:5 chr2 220038939 . C T 246.99 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0138243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.734;QD=24.6993;RBI=0.0203546;REFB=-0.0158;REVB=-0.0149398;RO=17;SAF=5;SAR=18;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190082;STB=0.606641;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0126576;OID=.;OPOS=220038939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:18:5:7:10:18:5:7:10 chr2 220040330 . A G 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00926148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.638;QD=20.9024;RBI=0.0185627;REFB=-0.0100081;REVB=0.0160873;RO=28;SAF=11;SAR=22;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542633;STB=0.530102;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00782984;OID=.;OPOS=220040330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:22:11:11:17:22:11:11:17 chr2 220045454 . G A 552.11 PASS AF=0.4;AO=61;DP=150;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.0053417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3651;QD=14.7228;RBI=0.033144;REFB=-0.0249413;REVB=0.0327107;RO=89;SAF=23;SAR=38;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672691;STB=0.531254;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0305994;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:89:90:61:60:0.4:38:23:39:50:37:23:39:51 chr2 220046975 . C A 351.38 PASS AF=0.5;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00945584;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=37.869;QD=18.9937;RBI=0.090575;REFB=-0.00155737;REVB=0.09008;RO=29;SAF=18;SAR=19;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225869;STB=0.567829;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.000793453;OID=.;OPOS=220046975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:29:37:37:37:0.5:19:18:6:23:19:18:13:24 chr2 220072766 . G T 724.07 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0542689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8844;QD=54.6466;RBI=0.0546454;REFB=0.0351072;REVB=-0.00640345;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00037227;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:1:0:25:27:1:0 chr2 220083279 . C T 1117.04 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.3;QD=58.0282;RBI=0.0620307;REFB=-0.160343;REVB=0.0577992;RO=1;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111331;STB=0.505746;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00121132;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:42:33:0:1:43:33:0:1 chr2 220084902 . G A 1274.84 PASS AF=0.976744;AO=67;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0596694;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.821;QD=59.2947;RBI=0.0679195;REFB=-0.116265;REVB=0.032444;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.500277;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000250711;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:0:2:67:84:0.976744:28:39:0:0:43:41:1:1 chr2 220085845 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2849;QD=56.1911;RBI=0.0242221;REFB=0;REVB=-0.0220772;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232754;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr2 220113242 . T G 4165.39 PASS AF=1;AO=265;DP=270;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360056;FXX=0.0185178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.352;QD=62.8738;RBI=0.0172768;REFB=0;REVB=0.0168975;RO=0;SAF=121;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87208e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9159e-05;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:270:265:0:0:265:265:1:144:121:0:0:144:121:0:0 chr2 220118531 . G C 653.28 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.102955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.628;QD=55.5984;RBI=0.103274;REFB=-0.0595264;REVB=0.00810958;RO=3;SAF=27;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381051;STB=0.518697;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000637298;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:47:3:3:43:44:0.93617:16:27:1:2:17:27:1:2 chr2 220136155 . T C 1529.98 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0087401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.516;QD=63.7492;RBI=0.00896125;REFB=0;REVB=-0.00197855;RO=0;SAF=60;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2492e-05;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:36:60:0:0:36:60:0:0 chr2 220136351 . G A 1625.97 PASS AF=0.99115;AO=103;DP=105;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0717147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3329;QD=57.5564;RBI=0.0796956;REFB=-0.162215;REVB=-0.0347618;RO=2;SAF=48;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193575;STB=0.504424;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00616481;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:113:2:1:103:112:0.99115:55:48:2:0:56:56:1:0 chr2 220136371 . T C 1589.62 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0689822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.13;QD=59.9857;RBI=0.0689876;REFB=0;REVB=-0.000868057;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146153;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:53:53:0:0:53:53:0:0 chr2 220250147 . A G 807.44 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139812;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.828;QD=57.6743;RBI=0.015434;REFB=0;REVB=-0.00653728;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295865;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr2 220283259 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0208;QD=45.8061;RBI=0.0597209;REFB=0;REVB=-0.037057;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00320522;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr2 220283277 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.569;QD=44.6897;RBI=0.0203686;REFB=0;REVB=-0.011277;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011815;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr2 220313755 . AC CA 37.64 PASS AF=0.142857;AO=2;DP=34;FAO=5;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0517367;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=31.6051;QD=4.30161;RBI=0.0758105;REFB=-0.00664173;REVB=0.0554125;RO=19;SAF=1;SAR=1;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322878;STB=0.835976;STBP=0.165;TYPE=mnp;VARB=-0.039693;OID=.;OPOS=220313755;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:34:35:19:27:2:5:0.142857:1:1:4:15:1:4:10:17 chr2 220315970 . G A 954.92 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.902;QD=58.7643;RBI=0.0236821;REFB=0;REVB=0.019224;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4351e-05;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:45:20:0:0:45:20:0:0 chr2 220330804 . T C 332.13 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521342;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7805;QD=55.3556;RBI=0.0542462;REFB=0;REVB=0.0149892;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131632;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr2 220333950 . T C 1023.75 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.468;QD=59.3478;RBI=0.0249911;REFB=0;REVB=0.0155991;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48422e-05;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:35:34:0:0 chr2 220362899 . C G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3542;QD=56.7045;RBI=0.142202;REFB=0;REVB=-0.0307366;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235964;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr2 220379560 . C G 1405.87 PASS AF=0.939394;AO=93;DP=99;FAO=93;FDP=99;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0122399;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=165.887;QD=56.8027;RBI=0.016194;REFB=-0.029903;REVB=-0.0106034;RO=6;SAF=33;SAR=60;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587882;STB=0.53109;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000736469;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:99:99:6:6:93:93:0.939394:60:33:5:1:60:33:5:1 chr2 220402671 . G T 189.59 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00925348;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.521;QD=15.1674;RBI=0.0108915;REFB=-0.00928339;REVB=-0.00574445;RO=29;SAF=15;SAR=6;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300316;STB=0.517225;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0142511;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:29:21:21:0.42:6:15:20:9:6:15:20:9 chr2 220402680 . T C 192.46 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0178566;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2634;QD=16.0385;RBI=0.0354696;REFB=-0.0448238;REVB=-0.0306469;RO=24;SAF=16;SAR=4;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518517;STB=0.571352;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00941061;OID=.;OPOS=220402680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:28:20:20:0.416667:4:16:20:4:4:16:20:8 chr2 220404381 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.881;QD=60.2305;RBI=0.04743;REFB=0;REVB=0.00421119;RO=0;SAF=5;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243472;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:32:5:0:0:32:5:0:0 chr2 220404648 . C T 464.03 PASS AF=0.474227;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00926401;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.713;QD=19.1354;RBI=0.0213585;REFB=-0.0114439;REVB=-0.0192448;RO=49;SAF=25;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023583;STB=0.529399;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0170522;OID=.;OPOS=220404648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:49:51:45:46:0.474227:20:25:26:23:20:26:26:25 chr2 220404726 . G A 210.76 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00712065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.678;QD=11.8737;RBI=0.0240792;REFB=-0.0118282;REVB=0.0230023;RO=45;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264332;STB=0.63509;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0166689;OID=.;OPOS=220404726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:45:45:25:26:0.366197:9:16:18:27:10:16:18:27 chr2 220405230 . G A 541.78 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00580251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.68;QD=18.2112;RBI=0.0171063;REFB=-0.00779202;REVB=0.0160922;RO=62;SAF=26;SAR=31;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261823;STB=0.514518;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00722192;OID=.;OPOS=220405230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:62:62:57:57:0.478992:31:26:30:32:31:26:30:32 chr2 220405321 . T C 1913.83 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.371;QD=60.7565;RBI=0.0327819;REFB=0;REVB=-0.0152533;RO=0;SAF=53;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19563e-05;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:126:0:0:122:126:1:69:53:0:0:72:54:0:0 chr2 220406722 . T C 207.4 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0495106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7999;QD=25.1398;RBI=0.0522663;REFB=-0.0117832;REVB=0.016747;RO=13;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183443;STB=0.602542;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0051005;OID=.;OPOS=220406722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:14:6:7:6:14:6:7:6 chr2 220412256 . T C 512.28 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8904;QD=58.5468;RBI=0.0332789;REFB=0;REVB=-0.0226676;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000795359;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr2 220414016 . C T 340.66 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00100479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.636;QD=48.6656;RBI=0.0425172;REFB=-0.123607;REVB=0.0425053;RO=1;SAF=5;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841069;STB=0.533871;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0019567;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:21:5:1:0:21:5:1:1 chr2 220414019 . T C 34.46 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00335305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9531;QD=4.92257;RBI=0.0447344;REFB=-0.0413081;REVB=0.0446086;RO=21;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181071;STB=0.620297;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.262865;OID=.;OPOS=220414019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:28:21:21:7:7:0.25:6:1:5:16:6:1:5:16 chr2 220415595 . GGAGAGA GGAG,GGAGA 182.9 PASS AF=0,0.6;AO=6,12;DP=31;FAO=0,18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=0,10;FSAR=0,8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0421003,0.0429039;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=232.774,246.328;QD=24.3867;RBI=0.0422278,0.042918;REFB=-0.0386187,-0.0416731;REVB=-0.00327955,-0.00110009;RO=12;SAF=6,4;SAR=0,8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.741484,-0.152196;STB=0.5,0.522363;STBP=1,0.806;TYPE=del,del;VARB=0,0.0254573;OID=.,.;OPOS=220415599,220415596;OREF=AGA,GA;OALT=-,-;OMAPALT=GGAG,GGAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6:6,12:31:0,18:30:12:0,10:0,8:6:6:98:12:6,4:0,8:6:6 chr2 220417266 . C T 331.32 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0637766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1983;QD=21.3756;RBI=0.0637766;REFB=-0.00645265;REVB=-5.1805e-05;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531616;STB=0.529394;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0063;OID=.;OPOS=220417266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:18:16:15:13:18:16:15:13 chr2 220419236 . T C 2244.08 PASS AF=0.993056;AO=141;DP=142;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028404;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.821;QD=62.3356;RBI=0.0408063;REFB=-0.0921318;REVB=0.0292979;RO=0;SAF=65;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.52843e-08;STB=0.503184;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0019969;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:144:0:1:141:143:0.993056:76:65:0:0:78:65:0:1 chr2 220419339 . T C 2688.77 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.472;QD=62.1681;RBI=0.0325657;REFB=0;REVB=-0.0321091;RO=0;SAF=63;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100435;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:173:0:0:172:173:1:109:63:0:0:109:64:0:0 chr2 220420785 . G A 595.17 PASS AF=0.424051;AO=66;DP=158;FAO=67;FDP=158;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.0171328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.557;QD=15.0677;RBI=0.0436788;REFB=-0.00409342;REVB=0.0401785;RO=90;SAF=20;SAR=46;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248968;STB=0.629347;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00650985;OID=.;OPOS=220420785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:90:91:66:67:0.424051:46:20:48:42:46:21:48:43 chr2 220420956 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.282;QD=55.656;RBI=0.04005;REFB=0;REVB=0.0400348;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033416;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr2 220421417 . C G 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0264082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.42;QD=17.49;RBI=0.0615555;REFB=-0.0123769;REVB=-0.0556029;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307161;STB=0.517229;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0130525;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:14:14:16:14:14:14:16:14 chr2 220430203 . C T 1434.54 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000714156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6786;QD=55.1747;RBI=0.0804251;REFB=-0.19952;REVB=0.0804219;RO=1;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870439;STB=0.508138;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00763203;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:104:104:1:4:100:100:0.961538:54:46:0:1:54:46:1:3 chr2 220432657 . G A 549.54 PASS AF=0.537736;AO=54;DP=102;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0228692;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9514;QD=20.7373;RBI=0.0400048;REFB=-0.0346851;REVB=0.0328235;RO=44;SAF=33;SAR=21;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111919;STB=0.539924;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0424742;OID=.;OPOS=220432657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:44:49:54:57:0.537736:21:33:21:23:22:35:26:23 chr2 220435034 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000681699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.409;QD=59.8394;RBI=0.00235644;REFB=0;REVB=0.00225568;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09596e-06;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr2 220435375 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.843;QD=51.1846;RBI=0.0660379;REFB=0;REVB=0.0588577;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864926;OID=.;OPOS=220435375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr2 220462640 . G T 1794.76 PASS AF=0.968;AO=120;DP=125;FAO=121;FDP=125;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0228097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.118;QD=57.4324;RBI=0.0281561;REFB=-0.120967;REVB=0.016507;RO=2;SAF=71;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00295167;STB=0.50286;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00115858;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:125:125:2:4:120:121:0.968:49:71:1:1:50:71:2:2 chr2 220466199 . G T 707.88 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302821;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.846;QD=62.9229;RBI=0.0304251;REFB=0;REVB=-0.00294621;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05624e-05;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:15:29:0:0:16:29:0:0 chr2 220471116 . C G 724.11 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0442293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.446;QD=59.1111;RBI=0.0443386;REFB=-0.121773;REVB=0.00311085;RO=2;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00245737;STB=0.501307;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000916584;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:25:22:1:1:25:22:1:1 chr2 220476443 . C T 1245.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.67;QD=61.5304;RBI=0.0847985;REFB=0;REVB=0.0104874;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119583;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:81:0:0:77:81:1:43:34:0:0:43:38:0:0 chr2 220476747 . C A 240.36 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00419442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9877;QD=28.2779;RBI=0.026888;REFB=-0.0217644;REVB=0.0265588;RO=12;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787447;STB=0.543439;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0101001;OID=.;OPOS=220476747;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:10:12:8:4:10:12:8:4 chr2 220479312 . T C 1201.42 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.3;QD=60.8315;RBI=0.0317124;REFB=0;REVB=0.0305405;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266742;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:43:34:0:0:44:35:0:0 chr2 220494118 . A C 714.88 PASS AF=1;AO=18;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0904995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.615;QD=63.5445;RBI=0.0948511;REFB=0;REVB=0.0284001;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365519;OID=.;OPOS=220494118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:18:45:1:11:7:0:0:19:26:0:0 chr2 220500423 . A G 2010.37 PASS AF=0.992366;AO=128;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0233309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8374;QD=61.3855;RBI=0.0233548;REFB=-0.0365978;REVB=-0.00105786;RO=3;SAF=72;SAR=56;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101131;STB=0.504347;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00345327;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:3:1:128:130:0.992366:56:72:1:2:57:73:0:1 chr2 220500426 . A G 2031.0 PASS AF=0.992481;AO=125;DP=130;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.728;QD=61.0826;RBI=0.0200129;REFB=0.0112775;REVB=-0.0127557;RO=1;SAF=73;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646475;STB=0.503311;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000214874;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:133:1:1:125:132:0.992481:52:73:1:0:57:75:1:0 chr2 220771223 . C T 1646.63 PASS AF=0.965812;AO=111;DP=116;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0167611;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.877;QD=56.295;RBI=0.0242984;REFB=-0.059377;REVB=0.0175919;RO=1;SAF=49;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959032;STB=0.501992;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000288471;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:116:117:1:4:111:113:0.965812:62:49:1:0:63:50:2:2 chr2 220771290 . G A 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.102;QD=61.055;RBI=0.0059056;REFB=0;REVB=0.00242522;RO=0;SAF=47;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20832e-06;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:70:47:0:0:70:47:0:0 chr2 222282765 . C T 1297.01 PASS AF=0.409222;AO=141;DP=346;FAO=142;FDP=347;FR=.;FRO=205;FSAF=51;FSAR=91;FSRF=85;FSRR=120;FWDB=-0.0025959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.642;QD=14.9511;RBI=0.0036837;REFB=-0.00810612;REVB=0.00261361;RO=201;SAF=51;SAR=90;SRF=85;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681936;STB=0.534896;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0109772;OID=.;OPOS=222282765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:347:201:205:141:142:0.409222:90:51:85:116:91:51:85:120 chr2 222283000 . A T 532.04 PASS AF=0.604938;AO=42;DP=74;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0214171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.408;QD=26.2734;RBI=0.0292032;REFB=-0.0340089;REVB=0.0198529;RO=32;SAF=22;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678288;STB=0.528689;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.023768;OID=.;OPOS=222283000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:81:32:32:42:49:0.604938:20:22:14:18:24:25:14:18 chr2 222290027 . T G 509.05 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00919889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.338;QD=19.3925;RBI=0.0093135;REFB=-0.0213303;REVB=-0.00145661;RO=52;SAF=22;SAR=31;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0073541;STB=0.504063;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0177092;OID=.;OPOS=222290027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:31:22:22:30:31:22:22:30 chr2 222310917 . T A 54.63 PASS AF=0.115942;AO=23;DP=132;FAO=16;FDP=138;FR=.;FRO=122;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=78;FWDB=-0.0170055;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=32.1106;QD=1.58356;RBI=0.0226108;REFB=-0.00068816;REVB=-0.0149016;RO=101;SAF=20;SAR=3;SRF=34;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633152;STB=0.859901;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0140341;OID=.;OPOS=222310917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:132:138:101:122:23:16:0.115942:3:20:34:67:3:13:44:78 chr2 223161889 . A G 1212.3 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236097;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8603;QD=61.3824;RBI=0.0499287;REFB=0;REVB=-0.0439938;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210362;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr2 223169150 . G T 754.32 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00756148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1172;QD=54.8598;RBI=0.0806536;REFB=-0.013541;REVB=0.0802983;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000663149;OID=.;OPOS=223169150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:30:24:0:0:30:24:1:0 chr2 223423362 . A G 1152.56 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815955;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.24;QD=60.6612;RBI=0.0906049;REFB=0;REVB=0.0393882;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029099;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr2 223436607 . C T 1234.77 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106755;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6822;QD=60.2329;RBI=0.0481927;REFB=-0.10615;REVB=-0.0469954;RO=1;SAF=45;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010407;STB=0.505493;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000976981;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:1:1:81:81:0.987805:36:45:1:0:36:45:1:0 chr2 223785740 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.633;QD=57.1057;RBI=0.0241493;REFB=0;REVB=0.0104297;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137563;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr2 223807380 . C A 1898.96 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00126452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.858;QD=60.7666;RBI=0.00685552;REFB=0.0607704;REVB=0.00673789;RO=1;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683639;STB=0.503597;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=1.69558e-06;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:69:55:0:1:69:55:0:1 chr2 223917629 . C T 753.78 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550229;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1677;QD=64.1519;RBI=0.058519;REFB=0;REVB=-0.0199238;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026702;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr2 223917812 . T C 1723.24 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.376;QD=60.4644;RBI=0.0335762;REFB=0;REVB=0.0267269;RO=0;SAF=46;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39245e-05;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:66:46:0:0:68:46:0:0 chr2 223917983 . T G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.603;QD=57.3857;RBI=0.0304999;REFB=0;REVB=-0.0303187;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55671e-05;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr2 223918080 . C G 714.18 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.051764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1783;QD=60.7812;RBI=0.0581953;REFB=-0.0565626;REVB=0.0265928;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0120322;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:26:20:1:0:26:20:1:0 chr2 223918363 . T C 631.37 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.4677;QD=60.1308;RBI=0.0362281;REFB=0;REVB=0.00582339;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479413;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:25:17:0:0 chr2 224743373 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00703389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.446;QD=13.5763;RBI=0.0085334;REFB=0.00180003;REVB=0.00483148;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28075;STB=0.664765;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.001825;OID=.;OPOS=224743373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:11:8:9:4:11:8 chr2 224765956 . C T 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0171921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0796;QD=27.2216;RBI=0.0993937;REFB=-0.0149902;REVB=0.0978956;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136281;STB=0.575103;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0125256;OID=.;OPOS=224765956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:11:13:11:4:11:13:11:4 chr2 224856650 . G A 631.41 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.00376771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.573;QD=19.4281;RBI=0.00438622;REFB=-0.000913576;REVB=0.00224572;RO=66;SAF=37;SAR=27;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164493;STB=0.509088;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.000890967;OID=.;OPOS=224856650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:66:66:64:64:0.492308:27:37:37:29:27:37:37:29 chr2 224866387 . G A 133.84 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.005408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.683;QD=25.494;RBI=0.0248947;REFB=-0.00803815;REVB=0.0243002;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424322;STB=0.523776;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00671909;OID=.;OPOS=224866387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:7:7:3:4:7:7:3:4 chr2 224866576 . C A 684.57 PASS AF=0.615385;AO=64;DP=104;FAO=64;FDP=104;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=50;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0589468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.052;QD=26.3296;RBI=0.0593001;REFB=-0.0365132;REVB=0.00646417;RO=40;SAF=14;SAR=50;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207469;STB=0.613458;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0154146;OID=.;OPOS=224866576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:40:40:64:64:0.615385:50:14:18:22:50:14:18:22 chr2 225630233 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5777;QD=58.1414;RBI=0.0609904;REFB=0;REVB=-0.0601857;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128798;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr2 225798838 . T C 2543.03 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385939;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4904;QD=61.6491;RBI=0.0956855;REFB=0;REVB=0.087557;RO=0;SAF=83;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623069;OID=.;OPOS=225798838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:165:0:0:164:165:1:81:83:0:0:82:83:0:0 chr2 225811581 . T A 1930.91 PASS AF=0.984733;AO=126;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0292096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5523;QD=58.959;RBI=0.0769855;REFB=-0.221891;REVB=0.071229;RO=5;SAF=50;SAR=76;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302349;STB=0.506249;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00701618;OID=.;OPOS=225811581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:5:2:126:129:0.984733:76:50:0:5:79:50:0:2 chr2 226273689 . T C 570.04 PASS AF=0.491667;AO=58;DP=120;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0126807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.36;QD=19.0013;RBI=0.0182752;REFB=-0.00717565;REVB=0.0131599;RO=61;SAF=29;SAR=29;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683397;STB=0.541747;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00724361;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:61:58:59:0.491667:29:29:35:26:30:29:35:26 chr2 226447735 . C T 423.61 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0111047;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2686;QD=17.6502;RBI=0.0184085;REFB=-0.0122975;REVB=-0.014682;RO=49;SAF=25;SAR=18;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145857;STB=0.571187;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0185859;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:49:53:43:43:0.447917:18:25:21:28:18:25:24:29 chr2 226491770 . A C 961.78 PASS AF=1;AO=58;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.212012;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.4087;QD=59.1862;RBI=0.212203;REFB=0;REVB=-0.0090009;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213233;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:58:65:1:34:24:0:0:35:30:0:0 chr2 226516913 . A G 894.47 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00665824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.97;QD=55.044;RBI=0.023513;REFB=0.00857845;REVB=0.0225506;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017815;STB=0.518513;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000235174;OID=.;OPOS=226516913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:37:26:1:0:37:26:2:0 chr2 227661043 . T C 215.55 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00468616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.909;QD=15.1262;RBI=0.0152114;REFB=-0.01448;REVB=-0.0144715;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112142;STB=0.571806;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0190913;OID=.;OPOS=227661043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:32:24:25:0.438596:8:16:18:14:8:17:18:14 chr2 227661119 . TCCCCG TCCC,TCCCG 79.65 PASS AF=0,0.548387;AO=5,9;DP=33;FAO=0,17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=0,13;FSAR=0,4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0408145,0.0194803;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=18.737,12.3921;QD=10.2778;RBI=0.0668334,0.21098;REFB=-0.0232498,-0.136556;REVB=-0.0529233,0.210078;RO=16;SAF=3,9;SAR=2,0;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.107678,0.746825;STB=0.5,0.570643;STBP=1,0.455;TYPE=del,del;VARB=0.0754063,0.152152;OID=.,.;OPOS=227661123,227661120;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCCC,TCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.548387:5,9:33:0,17:31:14:0,13:0,4:9:5:64:16:3,9:2,0:11:5 chr2 227664081 . T C 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.017287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.812;QD=7.79888;RBI=0.0799283;REFB=-0.00682189;REVB=-0.0780365;RO=22;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451524;STB=0.783547;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0532571;OID=.;OPOS=227664081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:22:23:9:9:0.28125:8:1:9:13:8:1:9:14 chr2 228102752 . C A 1101.89 PASS AF=0.974026;AO=73;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0534292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3454;QD=57.2412;RBI=0.0724326;REFB=-0.042301;REVB=0.0489061;RO=2;SAF=37;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248804;STB=0.512817;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000922539;OID=.;OPOS=228102752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:77:2:2:73:75:0.974026:36:37:2:0:37:38:2:0 chr2 228111435 . T C 1617.71 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189626;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.495;QD=59.9154;RBI=0.0596745;REFB=0;REVB=-0.0565816;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51353e-05;OID=.;OPOS=228111435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:48:59:0:0:48:60:0:0 chr2 228111600 . G T 866.2 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00303818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2028;QD=55.8838;RBI=0.0181705;REFB=0.00749489;REVB=-0.0179147;RO=1;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113758;STB=0.506022;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.000746366;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:41:20:0:1:41:20:0:1 chr2 228113175 . A G 1589.85 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0780059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0117;QD=59.9945;RBI=0.0804807;REFB=0;REVB=0.0198048;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334686;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chr2 228121101 . G T 460.54 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00686963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.379;QD=14.5051;RBI=0.0524316;REFB=0.00370628;REVB=-0.0519796;RO=75;SAF=17;SAR=35;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127516;STB=0.572054;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0068177;OID=.;OPOS=228121101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:75:52:52:0.409449:35:17:33:42:35:17:33:42 chr2 228128540 . C T 1036.73 PASS AF=0.444898;AO=109;DP=244;FAO=109;FDP=245;FR=.;FRO=136;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=53;FSRR=83;FWDB=0.0463232;FXX=0.00406488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2894;QD=16.9262;RBI=0.0566093;REFB=-0.00773442;REVB=-0.0325388;RO=133;SAF=54;SAR=55;SRF=51;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11133;STB=0.558736;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0092073;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:133:136:109:109:0.444898:55:54:51:82:55:54:53:83 chr2 228128568 . G A 1127.66 PASS AF=0.458015;AO=119;DP=261;FAO=120;FDP=262;FR=.;FRO=142;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=55;FSRR=87;FWDB=-0.0111182;FXX=0.00757547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5135;QD=17.2162;RBI=0.0439913;REFB=-0.00419132;REVB=0.0425632;RO=138;SAF=50;SAR=69;SRF=54;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028948;STB=0.516445;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00564895;OID=.;OPOS=228128568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:138:142:119:120:0.458015:69:50:54:84:70:50:55:87 chr2 228131169 . A G 414.54 PASS AF=0.419643;AO=48;DP=113;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.0119744;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.069;QD=14.8049;RBI=0.0322598;REFB=-0.010399;REVB=-0.0299551;RO=64;SAF=25;SAR=23;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586112;STB=0.543013;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0139361;OID=.;OPOS=228131169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:64:65:48:47:0.419643:23:25:37:27:23:24:38:27 chr2 228131752 . G A 316.98 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0359743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3624;QD=17.8579;RBI=0.0373214;REFB=-0.0360329;REVB=-0.00993663;RO=37;SAF=22;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227729;STB=0.627441;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0192247;OID=.;OPOS=228131752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:12:22:15:22:12:22:15:22 chr2 228177479 . C T 406.95 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0160706;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.049;QD=15.9589;RBI=0.0163985;REFB=-0.00300318;REVB=-0.00326337;RO=56;SAF=18;SAR=27;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652616;STB=0.54215;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00498263;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:56:57:45:45:0.441176:27:18:26:30:27:18:27:30 chr2 228177825 . C G 270.48 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00981295;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.413;QD=16.6452;RBI=0.0326823;REFB=-0.0298922;REVB=0.0311743;RO=35;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126549;STB=0.57138;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0443156;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:20:10:16:19:20:10:16:19 chr2 228179238 . G A 1068.47 PASS AF=0.442748;AO=115;DP=262;FAO=116;FDP=262;FR=.;FRO=146;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=58;FSRR=88;FWDB=-0.04216;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0703;QD=16.3126;RBI=0.0614946;REFB=-0.0197925;REVB=-0.0447674;RO=145;SAF=43;SAR=72;SRF=57;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204662;STB=0.510565;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0224148;OID=.;OPOS=228179238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:145:146:115:116:0.442748:72:43:57:88:72:44:58:88 chr2 228197238 . G A 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0329934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.191;QD=18.3162;RBI=0.0376914;REFB=-0.0228968;REVB=-0.018223;RO=42;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378768;STB=0.515508;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0303821;OID=.;OPOS=228197238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:22:17:20:22:22:17:20:23 chr2 228243905 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0122388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6878;QD=21.6125;RBI=0.012682;REFB=0.00400342;REVB=0.00332359;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254828;STB=0.514274;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00404336;OID=.;OPOS=228243905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:9:15:15:8:9:15:15:8 chr2 228416712 . A G 446.82 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.745;QD=57.6542;RBI=0.0868284;REFB=0;REVB=0.0213002;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471982;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr2 228476253 . C G 1360.32 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4765;QD=61.8329;RBI=0.0542463;REFB=0;REVB=-0.0453716;RO=0;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399061;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:34:53:0:0:34:54:0:0 chr2 228493211 . G A 622.97 PASS AF=0.582524;AO=60;DP=104;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00974173;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.196;QD=24.193;RBI=0.028877;REFB=-0.00729346;REVB=0.0271842;RO=44;SAF=30;SAR=30;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880956;STB=0.55338;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00635986;OID=.;OPOS=228493211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:44:43:60:60:0.582524:30:30:27:17:30:30:27:16 chr2 228882970 . T C 334.48 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.000548754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.242;QD=27.3047;RBI=0.00200971;REFB=-0.00616072;REVB=0.00193334;RO=20;SAF=7;SAR=21;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138289;STB=0.559957;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00499951;OID=.;OPOS=228882970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:28:29:0.591837:21:7:8:12:21:8:8:12 chr2 228883029 . A C 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00569707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.109;QD=21.227;RBI=0.0307972;REFB=-0.0102589;REVB=-0.0302657;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131499;STB=0.572715;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00612452;OID=.;OPOS=228883029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:16:13:7:17:16:13:7:17 chr2 228883721 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.596;QD=62.3502;RBI=0.0297192;REFB=0;REVB=0.0121329;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04404e-05;OID=.;OPOS=228883721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr2 230045542 . C G 1956.91 PASS AF=0.597938;AO=174;DP=292;FAO=174;FDP=291;FR=.;FRO=117;FSAF=123;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=0.0427065;FXX=0.00342454;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5118;QD=26.8991;RBI=0.0428039;REFB=-0.00709956;REVB=-0.00288564;RO=115;SAF=123;SAR=51;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230027;STB=0.621916;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00484998;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:291:115:117:174:174:0.597938:51:123:48:67:51:123:50:67 chr2 230045545 . T C 1992.25 PASS AF=0.604811;AO=176;DP=290;FAO=176;FDP=291;FR=.;FRO=115;FSAF=128;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=0.00758393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.007;QD=27.3849;RBI=0.0139521;REFB=-0.0350475;REVB=-0.0117109;RO=114;SAF=128;SAR=48;SRF=49;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23976;STB=0.632001;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0139267;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:291:114:115:176:176:0.604811:48:128:49:65:48:128:49:66 chr2 230045554 . G C 2057.28 PASS AF=0.614334;AO=180;DP=293;FAO=180;FDP=293;FR=.;FRO=113;FSAF=133;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=0.0157703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.513;QD=28.0857;RBI=0.0195775;REFB=-0.00921871;REVB=-0.0116008;RO=112;SAF=133;SAR=47;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254366;STB=0.636483;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00592927;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:112:113:180:180:0.614334:47:133:47:65:47:133:48:65 chr2 230045564 . T C 2039.95 PASS AF=0.626761;AO=178;DP=284;FAO=178;FDP=284;FR=.;FRO=106;FSAF=134;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=67;FWDB=-0.00641723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.415;QD=28.7317;RBI=0.0157907;REFB=-0.00925973;REVB=0.0144279;RO=105;SAF=134;SAR=44;SRF=39;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294638;STB=0.661459;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0151384;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:105:106:178:178:0.626761:44:134:39:66:44:134:39:67 chr2 230045568 . T C 2131.28 PASS AF=0.644366;AO=181;DP=282;FAO=183;FDP=284;FR=.;FRO=101;FSAF=139;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=65;FWDB=-0.00688725;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.237;QD=30.0181;RBI=0.0182236;REFB=-0.00884391;REVB=-0.0168721;RO=99;SAF=137;SAR=44;SRF=35;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299151;STB=0.663015;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00657951;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:284:99:101:181:183:0.644366:44:137:35:64:44:139:36:65 chr2 230045615 . G A 1944.21 PASS AF=0.716216;AO=159;DP=223;FAO=159;FDP=222;FR=.;FRO=63;FSAF=132;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00459063;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.913;QD=35.0307;RBI=0.00823757;REFB=-0.0131672;REVB=0.00683986;RO=63;SAF=132;SAR=27;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322904;STB=0.67407;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00331375;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:63:63:159:159:0.716216:27:132:24:39:27:132:24:39 chr2 230092723 . G A 353.78 PASS AF=0.410526;AO=38;DP=92;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.068759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0016;QD=14.8962;RBI=0.0699298;REFB=-0.0156673;REVB=-0.0127429;RO=54;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04652;STB=0.543667;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.024612;OID=.;OPOS=230092723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:54:56:38:39:0.410526:20:18:28:26:21:18:30:26 chr2 230135711 . G C,GC 2082.21 PASS AF=0.0283688,0.971631;AO=14,111;DP=155;FAO=4,137;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=3,52;FSAR=1,85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104629,-0.20172;FXX=0.0275843;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=6.41228,24.367;QD=59.0697;RBI=0.129444,0.246458;REFB=0,0;REVB=0.0762133,0.1416;RO=24;SAF=6,40;SAR=8,71;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.121095,-0.0644809;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00268048,-0.0018597;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:155:141:24:0:14,111:4,137:0.0283688,0.971631:8,71:6,40:13:11:1,85:3,52:0:0 chr2 230650536 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.029697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.331;QD=17.0892;RBI=0.0383738;REFB=-0.00862323;REVB=0.024303;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118784;STB=0.566864;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0092873;OID=.;OPOS=230650536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:17:11:13:12:17:11 chr2 231050715 . A G 1539.9 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.037968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8574;QD=61.5962;RBI=0.0380895;REFB=-0.0247734;REVB=-0.00303913;RO=2;SAF=41;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00317903;STB=0.501676;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00354996;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:57:41:1:1:57:41:1:1 chr2 231072709 . C T 979.4 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00338579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4977;QD=53.6656;RBI=0.0137723;REFB=-0.0453708;REVB=0.0133496;RO=3;SAF=33;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410516;STB=0.514894;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.014647;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:73:73:3:4:69:69:0.945205:36:33:3:0:36:33:3:1 chr2 231077110 . C T 380.77 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00995675;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8368;QD=16.7371;RBI=0.0281347;REFB=-0.0126389;REVB=-0.026314;RO=52;SAF=11;SAR=29;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246465;STB=0.633041;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0143389;OID=.;OPOS=231077110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:52:51:40:40:0.43956:29:11:26:26:29:11:25:26 chr2 231077725 . A G 556.78 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1513;QD=60.1925;RBI=0.0354319;REFB=0;REVB=0.0219165;RO=0;SAF=4;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7801e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440862;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:33:4:0:0:33:4:0:0 chr2 231149108 . G A 1259.87 PASS AF=1;AO=65;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234395;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.378;QD=61.4572;RBI=0.14465;REFB=0;REVB=0.142738;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147386;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:65:82:1:28:37:0:0:43:39:0:0 chr2 231331896 . G A 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00501285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.53;QD=14.6859;RBI=0.0196825;REFB=-0.0171154;REVB=0.0190335;RO=43;SAF=20;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211248;STB=0.619939;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0167927;OID=.;OPOS=231331896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:11:20:19:24:11:20:19:24 chr2 231683487 . CTT C 371.01 PASS AF=0.470085;AO=53;DP=118;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0248151;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=2;MLLD=153.413;QD=12.6841;RBI=0.0296327;REFB=-0.0203159;REVB=0.0161959;RO=62;SAF=31;SAR=22;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280705;STB=0.526708;STBP=0.634;TYPE=del;VARB=0.024023;OID=.;OPOS=231683488;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470085:53:118:55:117:62:31:24:38:24:99:62:31:22:38:24 chr2 231738168 . G A 840.73 PASS AF=0.938462;AO=60;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0426352;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=265.411;QD=51.737;RBI=0.0444123;REFB=-0.121358;REVB=0.0124375;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.510201;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.000485591;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:65:65:0:4:60:61:0.938462:25:35:0:0:25:36:3:1 chr2 231738263 . C T 885.66 PASS AF=0.969231;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000767913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9739;QD=54.502;RBI=0.0279644;REFB=-0.134626;REVB=-0.0279538;RO=2;SAF=35;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451316;STB=0.502767;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0190612;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:65:2:2:61:63:0.969231:26:35:1:1:26:37:1:1 chr2 231738269 . G A 851.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.369;QD=57.7073;RBI=0.0827629;REFB=0;REVB=0.0732694;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317846;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr2 231861044 . C T 480.49 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063807;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.726;QD=53.3872;RBI=0.0671371;REFB=0;REVB=0.0208819;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228994;OID=.;OPOS=231861044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:36:0:0:32:36:1:11:21:0:0:15:21:0:0 chr2 231861071 . T C 244.05 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0363185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.787;QD=23.2427;RBI=0.0461346;REFB=-0.0265001;REVB=-0.0284495;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386011;STB=0.714111;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0432818;OID=.;OPOS=231861071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:8:15:3:16:8:15:3:16 chr2 231865144 . G C 3420.46 PASS AF=1;AO=146;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8843;QD=62.4742;RBI=0.0358021;REFB=0;REVB=-0.0353552;RO=0;SAF=97;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43438e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72183e-05;OID=.;OPOS=231865144;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:219:0:0:146:219:1:49:97:0:0:116:103:0:0 chr2 232035429 . G A 175.14 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0208874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.9494;QD=20.0163;RBI=0.0325597;REFB=-0.0362281;REVB=-0.024977;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126496;STB=0.571351;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0252597;OID=.;OPOS=232035429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:6:11:9:9:6:11 chr2 232087474 . AT GA 706.49 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610506;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.082;QD=48.7234;RBI=0.136072;REFB=0;REVB=0.121608;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00830676;OID=.;OPOS=232087474;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:58:0:0:56:58:1:39:17:0:0:40:18:0:0 chr2 232196564 . C T 487.16 PASS AF=1;AO=21;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.311;QD=59.0502;RBI=0.081326;REFB=0;REVB=0.0778112;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553386;OID=.;OPOS=232196564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:21:33:1:5:16:0:0:17:16:0:0 chr2 232196597 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.742;QD=55.6559;RBI=0.00745505;REFB=0;REVB=-0.00657731;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5637e-05;OID=.;OPOS=232196597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr2 232263127 . G A 421.51 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0136503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.593;QD=23.417;RBI=0.0164507;REFB=-0.031852;REVB=0.00918123;RO=29;SAF=17;SAR=24;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524362;STB=0.5163;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0198476;OID=.;OPOS=232263127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:31:41:41:0.569444:24:17:14:15:24:17:14:17 chr2 232326417 . C T 306.59 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0335678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4654;QD=18.0348;RBI=0.0341111;REFB=-0.067113;REVB=0.00606385;RO=35;SAF=22;SAR=11;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00982495;STB=0.505491;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0726743;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:11:22:23:12:11:22:23:12 chr2 232378231 . T C 435.3 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0264393;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6039;QD=20.7287;RBI=0.0430734;REFB=-0.0259121;REVB=0.0340042;RO=40;SAF=21;SAR=22;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011658;STB=0.500277;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232919;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:40:41:43:43:0.511905:22:21:19:21:22:21:20:21 chr2 232458443 . T C 936.61 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.514;QD=58.5379;RBI=0.0123876;REFB=0;REVB=-0.0118677;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20184e-06;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:30:33:0:0:30:34:0:0 chr2 232672932 . C T 867.97 PASS AF=1;AO=21;DP=56;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324114;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.738;QD=55.9983;RBI=0.0344755;REFB=0;REVB=0.0117501;RO=0;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06772e-05;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:62:0:0:21:62:1:20:1:0:0:34:28:0:0 chr2 232672933 . G T 97.16 PASS AF=0.230769;AO=13;DP=61;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0121032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6852;QD=5.97889;RBI=0.0147633;REFB=-0.0344169;REVB=-0.00845381;RO=43;SAF=0;SAR=13;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.778236;STB=0.839158;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0220367;OID=.;OPOS=232672933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:61:65:43:50:13:15:0.230769:13:0:25:18:13:2:27:23 chr2 233201034 . AGGGGGC AGGGGC,AGGGGG,GAGGGGC 77.83 PASS AF=0.368421,0,0;AO=10,9,3;DP=38;FAO=14,0,0;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=2,0,0;FSAR=12,0,0;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.137615,-0.887774,0.118963;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=10.8012,11.32,23.0209;QD=8.19313;RBI=0.2036,0.901146,0.128282;REFB=-0.0983145,-0.0214194,-0.0425384;REVB=-0.150051,0.154667,-0.048003;RO=10;SAF=0,9,0;SAR=10,0,3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0.334694,0;SSEP=0,0.305263,0;SSSB=-0.779203,0.814938,-0.597037;STB=0.813067,0.5,0.5;STBP=0.008,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.165315,0,0;OID=.,.,.;OPOS=233201035,233201040,233201034;OREF=G,C,AG;OALT=-,-,GA;OMAPALT=AGGGGC,AGGGGG,GAGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:38:38:10:24:10,9,3:14,0,0:0.368421,0,0:10,0,3:0,9,0:3:7:12,0,0:2,0,0:14:10 chr2 233201328 . A G 253.74 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0216277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.352;QD=28.193;RBI=0.0219103;REFB=-0.0471076;REVB=-0.00350772;RO=13;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058241;STB=0.532106;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0214844;OID=.;OPOS=233201328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:9:14:9:4:9:14:9:4 chr2 233243981 . A T 397.52 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00245157;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.317;QD=17.6676;RBI=0.0111142;REFB=-0.00521564;REVB=0.0108404;RO=49;SAF=26;SAR=15;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00156426;STB=0.500875;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00847823;OID=.;OPOS=233243981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:49:49:41:41:0.455556:15:26:31:18:15:26:31:18 chr2 233244586 . C G 510.04 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0422677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5478;QD=52.3116;RBI=0.0433831;REFB=-0.198608;REVB=0.00977405;RO=3;SAF=17;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757038;STB=0.540518;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0134659;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:19:17:3:0:19:17:3:0 chr2 233245141 . T C 112.01 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0674453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7376;QD=16.594;RBI=0.0674549;REFB=-0.0267734;REVB=0.00113953;RO=14;SAF=12;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295364;STB=0.675717;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0422238;OID=.;OPOS=233245141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:1:12:11:3:1:12:11:3 chr2 233345474 . C T 412.05 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.000542694;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1442;QD=26.5837;RBI=0.0320104;REFB=-0.0169865;REVB=-0.0320058;RO=23;SAF=21;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409669;STB=0.522377;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0133303;OID=.;OPOS=233345474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:23:23:39:39:0.629032:18:21:11:12:18:21:11:12 chr2 233349588 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.946;QD=56.9558;RBI=0.0466715;REFB=0;REVB=-0.00268846;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237112;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr2 233385396 . G A 690.35 PASS AF=0.465409;AO=73;DP=160;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.00417654;FXX=0.0245384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7172;QD=17.3672;RBI=0.0727246;REFB=-0.0226831;REVB=0.0726046;RO=72;SAF=35;SAR=38;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560528;STB=0.55426;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0320158;OID=.;OPOS=233385396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:72:85:73:74:0.465409:38:35:39:33:38:36:50:35 chr2 233386583 . T C 301.73 PASS AF=0.348624;AO=38;DP=109;FAO=38;FDP=109;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00406043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.267;QD=11.0725;RBI=0.00513888;REFB=-0.0149913;REVB=0.00314976;RO=70;SAF=17;SAR=21;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914874;STB=0.548066;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0308465;OID=.;OPOS=233386583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:70:71:38:38:0.348624:21:17:37:33:21:17:37:34 chr2 233390937 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0113664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.984;QD=12.0244;RBI=0.0115813;REFB=-0.00315623;REVB=-0.00222073;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035838;STB=0.521241;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00562244;OID=.;OPOS=233390937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:11:9:5:7:11:9 chr2 233391303 . C G 838.48 PASS AF=0.446078;AO=91;DP=205;FAO=91;FDP=204;FR=.;FRO=113;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=-0.0215165;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6682;QD=16.4407;RBI=0.0625993;REFB=0.01131;REVB=-0.0587854;RO=110;SAF=59;SAR=32;SRF=63;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795191;STB=0.543268;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0134621;OID=.;OPOS=233391303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:110:113:91:91:0.446078:32:59:63:47:32:59:65:48 chr2 233438786 . G A 361.02 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00563554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.479;QD=20.3392;RBI=0.00669615;REFB=-0.0169464;REVB=-0.00361651;RO=34;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060475;STB=0.533518;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0162566;OID=.;OPOS=233438786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:17:20:16:18:17:20:16:18 chr2 233470843 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0407939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2004;QD=23.2631;RBI=0.0414792;REFB=-0.0199423;REVB=0.00750912;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27236;STB=0.652042;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0100283;OID=.;OPOS=233470843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:8:15:6:13:8:15:6:13 chr2 233470849 . C CT 165.1 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.010282;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.5273;QD=15.7239;RBI=0.116916;REFB=-0.00300855;REVB=0.116463;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282121;STB=0.673321;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.00947824;OID=.;OPOS=233470850;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547619:22:43:23:42:19:15:8:5:14:99:20:14:8:6:14 chr2 233498669 . G T 634.59 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.000359383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.383;QD=21.5116;RBI=0.00262709;REFB=-0.0198929;REVB=0.00260239;RO=55;SAF=36;SAR=27;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067453;STB=0.503703;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0167625;OID=.;OPOS=233498669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:55:63:63:0.533898:27:36:31:24:27:36:31:24 chr2 233514636 . G T 699.69 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0441542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.1;QD=54.8774;RBI=0.0542204;REFB=-0.176534;REVB=0.0314684;RO=1;SAF=30;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154349;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000503187;OID=.;OPOS=233514636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:20:30:1:0:20:30:1:0 chr2 233514638 . G C 724.14 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00718374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.501;QD=54.6522;RBI=0.0392257;REFB=-0.0823582;REVB=0.0385623;RO=1;SAF=32;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144938;STB=0.507689;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000305256;OID=.;OPOS=233514638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:20:32:1:0:20:32:1:0 chr2 233543682 . C T 209.55 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0247833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.242;QD=14.2069;RBI=0.0251005;REFB=-0.00505216;REVB=0.00397827;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823583;STB=0.546726;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0212312;OID=.;OPOS=233543682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:15:10:11:23:15:10:11:23 chr2 233543689 . T C 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0110114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.27;QD=13.5518;RBI=0.011118;REFB=-0.00770648;REVB=-0.00153584;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573698;STB=0.520531;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0103661;OID=.;OPOS=233543689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:15:9:11:23:15:9:12:23 chr2 233620962 . T C 250.7 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.047524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6889;QD=20.8917;RBI=0.0745123;REFB=-0.0113239;REVB=0.0573895;RO=24;SAF=17;SAR=6;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641013;STB=0.55259;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00758112;OID=.;OPOS=233620962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:6:17:19:5:7:17:19:5 chr2 233659553 . C A 1553.2 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.023448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4732;QD=62.7558;RBI=0.024127;REFB=0.0130924;REVB=-0.00568362;RO=1;SAF=46;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101995;STB=0.505375;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000294019;OID=.;OPOS=233659553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:52:46:1:0:52:46:1:0 chr2 233693426 . A G 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0160115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.969;QD=18.1631;RBI=0.0213812;REFB=-0.00706334;REVB=0.0141699;RO=42;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119409;STB=0.566675;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00625359;OID=.;OPOS=233693426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:22:16:23:19:22:16:23:19 chr2 233708806 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.746;QD=61.6839;RBI=0.0518795;REFB=0;REVB=0.0493001;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202558;OID=.;OPOS=233708806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr2 233712226 . CA AG,CG 94.54 PASS AF=0,0.363636;AO=5,12;DP=33;FAO=0,12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=0,5;FSAR=0,7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0556554,0.0306061;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=121.345,97.9987;QD=11.4596;RBI=0.0772988,0.0511317;REFB=-0.0177837,-0.0176809;REVB=-0.0536431,-0.0409599;RO=0;SAF=1,5;SAR=4,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.523521;STBP=1,0.871;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0416425;OID=.,.;OPOS=233712226,233712227;OREF=CA,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:94:33:33:0:21:5,12:0,12:0,0.363636:4,7:1,5:0:0:0,7:0,5:8:13 chr2 233723182 . G A,T 754.16 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=47,2;DP=49;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387616,-0.0408652;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.643,68.0459;QD=55.8635;RBI=0.0492749,0.0507303;REFB=0,0;REVB=0.0304229,0.03006;RO=0;SAF=33,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000766972,0.137317;OID=.,.;OPOS=233723182,233723182;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:49:54:0:0:47,2:52,2:0.962963,0.037037:14,0:33,2:0:0:17,0:35,2:0:0 chr2 233740227 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.675;QD=55.6561;RBI=0.0443223;REFB=0;REVB=0.0375226;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116712;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr2 233744021 . G A 784.78 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8501;QD=57.0751;RBI=0.0186064;REFB=0;REVB=-0.0024002;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100388;OID=.;OPOS=233744021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr2 233757679 . G A 955.19 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.093;QD=58.7809;RBI=0.0162912;REFB=0;REVB=0.00298907;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78627e-05;OID=.;OPOS=233757679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:37:27:0:0:38:27:0:0 chr2 233757697 . A G 881.39 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4853;QD=57.7958;RBI=0.0391704;REFB=0;REVB=0.0100138;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256854;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:34:26:0:0:34:27:0:0 chr2 233834975 . A G 1493.44 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366907;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.16;QD=59.7375;RBI=0.0414069;REFB=0;REVB=0.0191918;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81564e-05;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:47:52:0:0:47:53:0:0 chr2 234055004 . T C 396.59 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0267894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1258;QD=17.8241;RBI=0.0268949;REFB=-0.0247871;REVB=-0.00237951;RO=47;SAF=25;SAR=16;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351125;STB=0.526453;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0211501;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:48:41:41:0.460674:16:25:27:20:16:25:27:21 chr2 234066969 . C G 858.14 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141511;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0835;QD=58.1793;RBI=0.0149944;REFB=0;REVB=-0.00495759;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144898;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr2 234113057 . G A 92.23 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.02421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.776;QD=18.447;RBI=0.0242235;REFB=-0.0530642;REVB=0.000807924;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666662;STB=0.53839;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0414823;OID=.;OPOS=234113057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:5:4:4:7:5:4 chr2 234113301 . C T 95.44 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00141305;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.924;QD=20.0932;RBI=0.0800658;REFB=-0.0321843;REVB=0.0800533;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35797;STB=0.705499;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0434218;OID=.;OPOS=234113301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:6:2:8:3:6:2 chr2 234197379 . T TC 30.12 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0512485;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=54.5577;QD=4.01643;RBI=0.0519266;REFB=-0.0078683;REVB=-0.00836421;RO=22;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533416;STB=0.713674;STBP=0.251;TYPE=ins;VARB=0.118129;OID=.;OPOS=234197380;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:7:30:7:30:23:2:5:13:10:30:22:1:6:13:9 chr2 234227523 . A G 369.04 PASS AF=0.433333;AO=38;DP=92;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=-0.0179758;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.036;QD=16.4018;RBI=0.0221832;REFB=-0.011823;REVB=-0.0129988;RO=50;SAF=10;SAR=28;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580818;STB=0.548364;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0183524;OID=.;OPOS=234227523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:50:51:38:39:0.433333:28:10:11:39:28:11:11:40 chr2 234235820 . C T 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00191333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.559;QD=27.1535;RBI=0.0349063;REFB=0.00030677;REVB=0.0348539;RO=6;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526313;STB=0.52937;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00039945;OID=.;OPOS=234235820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:6:8:4:2:6:8:4:2 chr2 234247508 . C G 495.9 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00378775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.281;QD=20.6626;RBI=0.00622719;REFB=-0.00871154;REVB=-0.00494277;RO=48;SAF=26;SAR=21;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676555;STB=0.531291;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00815633;OID=.;OPOS=234247508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:48:48:47:48:0.5:21:26:23:25:22:26:23:25 chr2 234354320 . C T 338.92 PASS AF=0.487179;AO=32;DP=72;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0093667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.097;QD=17.3804;RBI=0.00937489;REFB=-0.0321297;REVB=-0.000391754;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207155;STB=0.564;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0364908;OID=.;OPOS=234354320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:78:40:40:32:38:0.487179:14:18:14:26:20:18:14:26 chr2 234386134 . A G 258.75 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0390719;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.165;QD=16.4286;RBI=0.0675719;REFB=-0.0121009;REVB=-0.0551302;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194463;STB=0.517582;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0138408;OID=.;OPOS=234386134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:34:29:29:0.460317:12:17:20:13:12:17:21:13 chr2 234394487 . G A 438.29 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0209279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.371;QD=27.3932;RBI=0.0269581;REFB=0.00571162;REVB=-0.016993;RO=23;SAF=15;SAR=26;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077905;STB=0.542515;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00286207;OID=.;OPOS=234394487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:23:41:41:0.640625:26:15:11:12:26:15:11:12 chr2 234394569 . A G 417.75 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0138419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.256;QD=22.5813;RBI=0.0167833;REFB=-0.0146853;REVB=-0.00949099;RO=32;SAF=16;SAR=25;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163473;STB=0.583681;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0106418;OID=.;OPOS=234394569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:33:41:41:0.554054:25:16:19:13:25:16:19:14 chr2 234429739 . T TTTC 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0149132;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=324.067;QD=12.5666;RBI=0.0163312;REFB=-0.00224068;REVB=-0.00665617;RO=40;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100823;STB=0.558092;STBP=0.503;TYPE=ins;VARB=0.00329267;OID=.;OPOS=234429740;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:25:65:25:65:40:9:16:18:22:99:40:9:16:18:22 chr2 234432017 . A G 568.87 PASS AF=0.55102;AO=51;DP=96;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00968593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1506;QD=23.2192;RBI=0.00973218;REFB=-0.0353233;REVB=-0.000947703;RO=44;SAF=18;SAR=33;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906962;STB=0.549056;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0354058;OID=.;OPOS=234432017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:44:44:51:54:0.55102:33:18:20:24:35:19:20:24 chr2 234433124 . G A 281.19 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0186817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2687;QD=20.4505;RBI=0.0360056;REFB=-0.00473308;REVB=-0.0307799;RO=25;SAF=5;SAR=25;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1915;STB=0.607397;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0033017;OID=.;OPOS=234433124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:25:5:8:17:25:5:8:17 chr2 234449316 . G A 141.18 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00301447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.393;QD=13.4459;RBI=0.019091;REFB=-0.0131351;REVB=-0.0188515;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168298;STB=0.506321;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0317016;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:26:16:16:0.380952:6:10:16:9:6:10:16:10 chr2 234469664 . T C 608.31 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00291252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.206;QD=25.0849;RBI=0.0135084;REFB=0.0104413;REVB=0.0131907;RO=41;SAF=26;SAR=29;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308463;STB=0.522122;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00409272;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:42:55:55:0.56701:29:26:21:20:29:26:22:20 chr2 234474077 . C T 614.66 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=163;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=0.00287969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.008;QD=15.0836;RBI=0.0460922;REFB=-0.00200108;REVB=-0.0460021;RO=94;SAF=31;SAR=38;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248014;STB=0.51387;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00258334;OID=.;OPOS=234474077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:94:94:69:69:0.423313:38:31:40:54:38:31:40:54 chr2 234590616 . C A 1117.56 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209605;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.665;QD=60.4087;RBI=0.0248167;REFB=0;REVB=0.0132863;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.7065e-06;OID=.;OPOS=234590616;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:34:39:0:0:35:39:0:0 chr2 234590970 . T G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.752;QD=60.3765;RBI=0.0233558;REFB=0;REVB=0.0208177;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52789e-06;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr2 234590974 . CG AA 852.58 PASS AF=1;AO=54;DP=70;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401402;FXX=0.185688;HRUN=2;LEN=2;MLLD=158.215;QD=59.83;RBI=0.0149173;REFB=0;REVB=-0.0143671;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.53648e-06;OID=.;OPOS=234590974;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:57:0:0:54:57:1:29:25:0:0:30:27:0:0 chr2 234591205 . T C 1875.23 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395236;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.225;QD=61.4831;RBI=0.041513;REFB=0;REVB=0.0126969;RO=0;SAF=51;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39826e-05;OID=.;OPOS=234591205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:70:51:0:0:71:51:0:0 chr2 234601669 . T G 1457.54 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.287;QD=62.0228;RBI=0.0273467;REFB=-0.131787;REVB=-0.0231244;RO=1;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957781;STB=0.505049;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000611493;OID=.;OPOS=234601669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:49:44:0:1:49:44:0:1 chr2 234601965 . A G 725.49 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8575;QD=63.0865;RBI=0.059546;REFB=0;REVB=0.0363821;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.29826e-05;OID=.;OPOS=234601965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr2 234602191 . A G 1268.68 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245724;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.488;QD=61.8866;RBI=0.0249193;REFB=0;REVB=0.00414351;RO=0;SAF=21;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05865e-05;OID=.;OPOS=234602191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:61:21:0:0:61:21:0:0 chr2 234602202 . A C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.942;QD=61.6953;RBI=0.0314383;REFB=0;REVB=-0.00193996;RO=0;SAF=19;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66131e-05;OID=.;OPOS=234602202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:63:19:0:0:63:19:0:0 chr2 234627608 . T G 324.75 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.031379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.193;QD=14.5953;RBI=0.0369135;REFB=-7.37691e-05;REVB=-0.0194413;RO=53;SAF=12;SAR=24;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149453;STB=0.50847;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.000143163;OID=.;OPOS=234627608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:24:12:17:36:24:12:17:36 chr2 234627937 . T C 2638.12 PASS AF=0.994186;AO=168;DP=171;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285121;FXX=0.022726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6947;QD=61.3517;RBI=0.0742415;REFB=-0.0384589;REVB=0.0685483;RO=0;SAF=104;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00102726;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:172:0:1:168:171:0.994186:64:104:0:0:64:107:0:1 chr2 234669144 . G A 2331.87 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.253;QD=63.887;RBI=0.0256199;REFB=0;REVB=0.0159791;RO=0;SAF=62;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04697e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32169e-05;OID=.;OPOS=234669144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:84:62:0:0:84:62:0:0 chr2 234688036 . C A 1437.77 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00423462;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4941;QD=63.1985;RBI=0.00791757;REFB=0;REVB=0.00668999;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67337e-05;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr2 234702459 . T C 2385.97 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.904;QD=61.1787;RBI=0.0275852;REFB=0;REVB=0.0274665;RO=0;SAF=76;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23554e-05;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:80:76:0:0:80:76:0:0 chr2 234703136 . T C 689.25 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0229;QD=62.659;RBI=0.0513769;REFB=0;REVB=0.0154321;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671364;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr2 234704318 . A G 678.88 PASS AF=1;AO=46;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0998247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4618;QD=52.2216;RBI=0.131748;REFB=-0.135725;REVB=-0.0859799;RO=3;SAF=17;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.030865;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:52:3:0:46:52:1:29:17:3:0:29:23:0:0 chr2 234704690 . T C 272.25 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.469;QD=51.8565;RBI=0.0368082;REFB=0;REVB=0.0270951;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239338;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr2 234725502 . T C 1381.15 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3489;QD=61.3843;RBI=0.0305654;REFB=-0.0863319;REVB=0.00885106;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.505153;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00127445;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:41:48:0:0:41:48:1:0 chr2 234727333 . C G 396.49 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0188396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.296;QD=17.8196;RBI=0.0253174;REFB=-0.0119561;REVB=0.0169128;RO=48;SAF=25;SAR=16;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677639;STB=0.53792;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0146375;OID=.;OPOS=234727333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:16:25:26:22:16:25:26:22 chr2 234727986 . C T 397.06 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0305653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5413;QD=23.3564;RBI=0.101568;REFB=-0.0358466;REVB=-0.0968596;RO=29;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030269;STB=0.516645;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0250331;OID=.;OPOS=234727986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:16:23:16:13:16:23:16:13 chr2 234728078 . T C 1036.07 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.020089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5921;QD=56.771;RBI=0.0236357;REFB=0.0344185;REVB=-0.012453;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145478;STB=0.515147;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00900402;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:39:32:1:0:39:32:2:0 chr2 234749269 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0263034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.192;QD=10.0339;RBI=0.0330388;REFB=-0.0150668;REVB=0.0199924;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413035;STB=0.749164;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.017224;OID=.;OPOS=234749269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:6:1:3:2:6:1 chr2 234749354 . G A 131.29 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0544697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7799;QD=14.1929;RBI=0.0562595;REFB=0.0157884;REVB=0.0140779;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342877;STB=0.519973;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.019328;OID=.;OPOS=234749354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:5:10:14:8:5:10:14:8 chr2 234749780 . G C 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0346105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.242;QD=10.168;RBI=0.0346105;REFB=-0.0217903;REVB=2.45959e-05;RO=38;SAF=6;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299383;STB=0.676393;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0273227;OID=.;OPOS=234749780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:13:6:22:16:13:6:22:16 chr2 234750542 . G C 265.81 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00500572;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.118;QD=13.1265;RBI=0.0109503;REFB=-0.00905147;REVB=0.00973923;RO=50;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034568;STB=0.519761;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0154297;OID=.;OPOS=234750542;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:50:50:31:31:0.382716:17:14:21:29:17:14:21:29 chr2 234750831 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.41;QD=59.8388;RBI=0.023278;REFB=0;REVB=0.000802401;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48799e-05;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr2 234761225 . C T 187.88 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.0433269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.769;QD=8.94683;RBI=0.0433986;REFB=0.00184452;REVB=0.0024948;RO=59;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145915;STB=0.585734;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00489767;OID=.;OPOS=234761225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:59:25:25:0.297619:14:11:19:40:14:11:19:40 chr2 234762480 . A C,T 1905.47 PASS AF=0.0230769,0.961538;AO=5,121;DP=130;FAO=3,125;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=0,69;FSAR=3,56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00207817,0.0184955;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=57.3761,142.24;QD=58.6297;RBI=0.0320011,0.0206044;REFB=-0.0867258,-0.0992131;REVB=-0.0319335,0.0090808;RO=1;SAF=0,69;SAR=5,52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.767767,-0.00683535;STB=0.995982,0.507142;STBP=0.069,0.235;TYPE=snp,snp;VARB=0.162619,0.000137677;OID=.,.;OPOS=234762480,234762480;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:130:130:1:2:5,121:3,125:0.0230769,0.961538:5,52:0,69:1:0:3,56:0,69:2:0 chr2 234854547 . A T 440.28 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0403577;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.861;QD=15.8661;RBI=0.0414907;REFB=0.000858119;REVB=0.00962979;RO=61;SAF=28;SAR=21;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159496;STB=0.584581;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.000633511;OID=.;OPOS=234854547;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:61:62:49:49:0.441441:21:28:25:36:21:28:26:36 chr2 234863788 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.417;QD=57.0007;RBI=0.00970785;REFB=0;REVB=0.00773014;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68066e-06;OID=.;OPOS=234863788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr2 235402279 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.712;QD=62.0216;RBI=0.0221696;REFB=0;REVB=-0.00211343;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18638e-05;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr2 235949877 . T C 185.17 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0155759;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.858;QD=13.7163;RBI=0.032123;REFB=-0.00728665;REVB=0.0280941;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257643;STB=0.653335;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0148564;OID=.;OPOS=235949877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:32:22:22:0.407407:10:12:9:22:10:12:9:23 chr2 235949920 . A G 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.000767128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.057;QD=16.6612;RBI=0.0163413;REFB=-0.00777562;REVB=0.0163233;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213205;STB=0.619635;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0105292;OID=.;OPOS=235949920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:12:16:11:21:12:16:11:21 chr2 235950002 . G A 209.61 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00566439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.742;QD=18.6319;RBI=0.0138815;REFB=-0.0122617;REVB=-0.0126732;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275867;STB=0.656566;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0113638;OID=.;OPOS=235950002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:7:14:9:15:7:14:9:15 chr2 235950187 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.773;QD=60.5472;RBI=0.0285803;REFB=0;REVB=0.0170803;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53668e-05;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr2 235950284 . A C 881.68 PASS AF=0.554795;AO=81;DP=147;FAO=81;FDP=146;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=50;FWDB=-0.0186456;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.916;QD=24.1556;RBI=0.0186476;REFB=-0.0044359;REVB=-0.00026917;RO=65;SAF=33;SAR=48;SRF=15;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15453;STB=0.583946;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00428689;OID=.;OPOS=235950284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:65:65:81:81:0.554795:48:33:15:50:48:33:15:50 chr2 235951818 . TA T,TG 1320.69 PASS AF=0.146067,0.853933;AO=12,74;DP=91;FAO=13,76;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=9,42;FSAR=4,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528451,0.0210458;FXX=0.0219756;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.444,77.7672;QD=59.3567;RBI=0.0531677,0.0210459;REFB=0,0;REVB=0.00584805,4.34947e-05;RO=0;SAF=8,40;SAR=4,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00593422,-0.00271426;OID=.,.;OPOS=235951819,235951819;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.146067,0.853933:12,74:91:13,76:89:0:9,42:4,34:0:0:56:0:8,40:4,34:0:0 chr2 235951821 . A G 42.62 PASS AF=0.122222;AO=13;DP=90;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0433219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.5515;QD=1.894;RBI=0.0873376;REFB=-0.0360674;REVB=-0.0758358;RO=77;SAF=9;SAR=4;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175116;STB=0.766291;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.22221;OID=.;OPOS=235951821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:90:90:77:79:13:11:0.122222:4:9:43:34:2:9:43:36 chr2 235964277 . T C 190.91 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0284177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.184;QD=15.5845;RBI=0.0365917;REFB=0.0023041;REVB=0.0230517;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373922;STB=0.70294;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00155995;OID=.;OPOS=235964277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:29:19:20:0.408163:7:12:6:19:8:12:7:22 chr2 236691982 . A G 659.21 PASS AF=0.5;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0124097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8377;QD=19.9761;RBI=0.0262389;REFB=-0.00166721;REVB=0.0231188;RO=66;SAF=31;SAR=35;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10954;STB=0.560366;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00167536;OID=.;OPOS=236691982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:66:66:66:66:0.5:35:31:39:27:35:31:39:27 chr2 236708166 . C T 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0273968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.734;QD=16.5778;RBI=0.027655;REFB=-0.0217434;REVB=-0.00377031;RO=38;SAF=10;SAR=22;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327525;STB=0.518431;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0290552;OID=.;OPOS=236708166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:22:10:13:25:22:10:13:25 chr2 236761396 . C T 842.17 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.51;QD=56.1444;RBI=0.0383904;REFB=-0.02511;REVB=-0.00174578;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816332;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:1:0:59:60:1:31:28:1:0:31:29:0:0 chr2 236957822 . G A 1786.31 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.122;QD=61.0704;RBI=0.0315178;REFB=0;REVB=0.0200222;RO=0;SAF=75;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102364;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:41:75:0:0:41:76:0:0 chr2 237032607 . T G 221.68 PASS AF=0.294118;AO=30;DP=103;FAO=30;FDP=102;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0217692;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.14;QD=8.69328;RBI=0.0833178;REFB=-0.0138537;REVB=-0.0804237;RO=68;SAF=13;SAR=17;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198242;STB=0.595268;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0482621;OID=.;OPOS=237032607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:68:72:30:30:0.294118:17:13:41:27:17:13:41:31 chr2 237032703 . T C 298.69 PASS AF=0.353535;AO=34;DP=98;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00635904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.411;QD=12.0682;RBI=0.0102489;REFB=-0.000962621;REVB=-0.00803752;RO=64;SAF=14;SAR=20;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118225;STB=0.556489;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00192056;OID=.;OPOS=237032703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:64:64:34:35:0.353535:20:14:33:31:20:15:33:31 chr2 237061782 . A G 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0137051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0565;QD=16.6609;RBI=0.0204217;REFB=-0.0315343;REVB=0.0151399;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155828;STB=0.587615;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0644435;OID=.;OPOS=237061782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:12:16:13:19:12:16:13:19 chr2 237119051 . T C 341.91 PASS AF=0.420455;AO=38;DP=89;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.019132;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5638;QD=15.5413;RBI=0.0245607;REFB=-0.00978614;REVB=-0.0154011;RO=51;SAF=19;SAR=19;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129832;STB=0.581352;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.017435;OID=.;OPOS=237119051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:51:51:38:37:0.420455:19:19:32:19:19:18:32:19 chr2 237119074 . A G 416.12 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0335278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6347;QD=16.1598;RBI=0.0343583;REFB=0.00797668;REVB=0.00750832;RO=57;SAF=19;SAR=27;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213915;STB=0.619473;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0126664;OID=.;OPOS=237119074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:27:19:36:21:27:19:36:21 chr2 237119104 . G A 432.89 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.000279062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.544;QD=16.1827;RBI=0.0248436;REFB=-0.0100477;REVB=0.024842;RO=58;SAF=19;SAR=29;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234723;STB=0.62625;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0167671;OID=.;OPOS=237119104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:58:59:48:48:0.448598:29:19:37:21:29:19:37:22 chr2 237119178 . T C 304.41 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0275219;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.565;QD=14.6701;RBI=0.0288471;REFB=-0.0222303;REVB=0.00864269;RO=49;SAF=11;SAR=23;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357572;STB=0.702174;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0358772;OID=.;OPOS=237119178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:49:49:34:34:0.409639:23:11:33:16:23:11:33:16 chr2 237149941 . C T 241.88 PASS AF=0.315789;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00225093;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.442;QD=10.1845;RBI=0.0122458;REFB=-0.0137349;REVB=0.0120372;RO=66;SAF=14;SAR=16;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109837;STB=0.569786;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0261402;OID=.;OPOS=237149941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:66:65:30:30:0.315789:16:14:37:29:16:14:37:28 chr2 237150166 . A C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.637;QD=58.2385;RBI=0.017674;REFB=0;REVB=0.000593941;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30218e-05;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr2 237232855 . A T 347.85 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0139407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.436;QD=20.165;RBI=0.0177098;REFB=-0.00945199;REVB=0.0109221;RO=33;SAF=9;SAR=26;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143381;STB=0.584021;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00821886;OID=.;OPOS=237232855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:33:35:36:0.521739:26:9:13:20:27:9:13:20 chr2 237233400 . A G 145.81 PASS AF=0.425;AO=11;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.000685184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.214;QD=14.5806;RBI=0.00505975;REFB=-0.0229391;REVB=-0.00501314;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973866;STB=0.54994;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0230061;OID=.;OPOS=237233400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:23:11:17:0.425:3:8:11:6:6:11:13:10 chr2 237923852 . G A 351.87 PASS AF=0.438202;AO=33;DP=83;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00971924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.202;QD=15.8142;RBI=0.00991012;REFB=-0.0114542;REVB=-0.0019357;RO=49;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00465121;STB=0.505642;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0129221;OID=.;OPOS=237923852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:89:49:50:33:39:0.438202:14:19:28:21:16:23:29:21 chr2 238166147 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=331.057;QD=48.7373;RBI=0.00480427;REFB=0;REVB=-0.00171279;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04066e-05;OID=.;OPOS=238166147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr2 238233410 . C G 465.66 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0430089;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.102;QD=18.4421;RBI=0.0454408;REFB=-0.0160669;REVB=-0.0146661;RO=51;SAF=24;SAR=25;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901034;STB=0.554273;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0281418;OID=.;OPOS=238233410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:52:49:49:0.485149:25:24:20:31:25:24:20:32 chr2 238243292 . G A 414.3 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0147588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.925;QD=19.0482;RBI=0.0176441;REFB=-0.0271861;REVB=0.00966912;RO=41;SAF=20;SAR=22;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332506;STB=0.52804;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0275133;OID=.;OPOS=238243292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:45:42:42:0.482759:22:20:18:23:22:20:19:26 chr2 238243462 . A AG 517.44 PASS AF=1;AO=12;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104274;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.4667;QD=31.3599;RBI=0.252629;REFB=0;REVB=-0.230105;RO=54;SAF=1;SAR=11;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512177;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00277436;OID=.;OPOS=238243463;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:67:66:66:0:22:44:0:0:12:54:1:11:22:32 chr2 238243464 . C G 941.07 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0900675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0765;QD=56.1832;RBI=0.0923171;REFB=-0.0999465;REVB=-0.0202558;RO=1;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010861;STB=0.505745;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00413883;OID=.;OPOS=238243464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:43:22:0:1:43:23:0:1 chr2 238244963 . A G 485.34 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=18;FWDB=-0.00649638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.405;QD=16.4522;RBI=0.0111693;REFB=-0.0104851;REVB=-0.00908578;RO=64;SAF=26;SAR=27;SRF=46;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224113;STB=0.627462;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0126347;OID=.;OPOS=238244963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:64:65:53:53:0.449153:27:26:46:18:27:26:47:18 chr2 238249630 . C T 303.41 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0147438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.584;QD=25.8218;RBI=0.0148294;REFB=-0.024111;REVB=-0.00159123;RO=20;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431581;STB=0.502391;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.016387;OID=.;OPOS=238249630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:12:15:11:9:12:15:11:9 chr2 238253065 . C T 525.47 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0130134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.641;QD=17.5156;RBI=0.0260855;REFB=-0.0128436;REVB=0.0226077;RO=62;SAF=33;SAR=23;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116013;STB=0.573028;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0169694;OID=.;OPOS=238253065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:64:56:56:0.466667:23:33:29:33:23:33:29:35 chr2 238258814 . C G 1456.8 PASS AF=0.945455;AO=103;DP=110;FAO=104;FDP=110;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0113495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.247;QD=52.9746;RBI=0.0187704;REFB=-0.0675268;REVB=0.0149505;RO=7;SAF=41;SAR=62;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216858;STB=0.505434;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.000243101;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:110:110:7:6:103:104:0.945455:62:41:4:3:62:42:3:3 chr2 238267717 . C T 271.74 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00593275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.755;QD=12.3516;RBI=0.00990537;REFB=-0.0113691;REVB=0.00793214;RO=55;SAF=14;SAR=18;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039144;STB=0.528635;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0156053;OID=.;OPOS=238267717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:56:32:32:0.363636:18:14:26:29:18:14:27:29 chr2 238275533 . A AC 36.29 PASS AF=0.0973451;AO=16;DP=114;FAO=11;FDP=113;FR=.;FRO=102;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0141243;FXX=0.00877116;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.1898;QD=1.28455;RBI=0.126783;REFB=-0.00318232;REVB=-0.125994;RO=91;SAF=10;SAR=6;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191107;STB=0.906872;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.0889179;OID=.;OPOS=238275534;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0973451:16:114:11:113:102:10:1:47:55:36:91:10:6:43:48 chr2 238277573 . C A 239.74 PASS AF=0.463768;AO=25;DP=66;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0705102;FXX=0.0142837;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.0039;QD=13.898;RBI=0.079488;REFB=-0.0706986;REVB=0.0366967;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137579;STB=0.555319;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0346404;OID=.;OPOS=238277573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:27:37:25:32:0.463768:12:13:10:17:14:18:17:20 chr2 238277795 . A G 288.85 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0200328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5163;QD=21.0072;RBI=0.0228219;REFB=-0.00716464;REVB=0.0109328;RO=24;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159508;STB=0.596091;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00808004;OID=.;OPOS=238277795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:24:25:30:30:0.545455:14:16:8:16:14:16:8:17 chr2 238280358 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0151799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.936;QD=16.8984;RBI=0.0689719;REFB=-0.0120115;REVB=0.0672807;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228715;STB=0.631334;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00940311;OID=.;OPOS=238280358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:2:7:5:5:2:7 chr2 238283472 . T G 433.57 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0234514;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8767;QD=20.4034;RBI=0.0239986;REFB=-0.00815037;REVB=-0.0050954;RO=43;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637939;STB=0.52894;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00834354;OID=.;OPOS=238283472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:43:42:43:43:0.505882:18:25:22:21:18:25:22:20 chr2 238287288 . C A 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0195836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.549;QD=16.6181;RBI=0.0541027;REFB=0.00190793;REVB=0.0504339;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210389;STB=0.511935;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00261103;OID=.;OPOS=238287288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:11:12:14:14:11:12:14:14 chr2 238287357 . C T 421.23 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00251594;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.605;QD=19.5921;RBI=0.00254331;REFB=-0.00272058;REVB=-0.000372116;RO=48;SAF=20;SAR=22;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15868;STB=0.5698;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0019651;OID=.;OPOS=238287357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:86:48:44:42:42:0.488372:22:20:15:33:22:20:15:29 chr2 238434249 . C T 368.05 PASS AF=0.587302;AO=35;DP=62;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0424277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8266;QD=23.3684;RBI=0.0424373;REFB=-0.0019296;REVB=0.000902748;RO=26;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790885;STB=0.539856;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00184702;OID=.;OPOS=238434249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:26:26:35:37:0.587302:14:21:13:13:15:22:13:13 chr2 238443226 . A G 234.97 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0276252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.344;QD=18.7978;RBI=0.0373482;REFB=-0.0275706;REVB=-0.0251344;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310597;STB=0.682204;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.016349;OID=.;OPOS=238443226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:27:23:23:0.46:9:14:7:19:9:14:7:20 chr2 238449007 . T C 288.85 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00575344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.092;QD=16.2733;RBI=0.0119041;REFB=-0.0293538;REVB=0.0104213;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125084;STB=0.507038;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0282004;OID=.;OPOS=238449007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:16:16:19:20:16:16:19:20 chr2 238449023 . T C 286.68 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00361842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.885;QD=13.334;RBI=0.00484249;REFB=-0.0364938;REVB=-0.00321819;RO=53;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671408;STB=0.53833;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0387313;OID=.;OPOS=238449023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:16:17:24:29:16:17:24:29 chr2 238449107 . A G 327.68 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00379792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8837;QD=15.241;RBI=0.0355984;REFB=-0.0202833;REVB=-0.0353952;RO=50;SAF=17;SAR=19;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491178;STB=0.527762;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0312587;OID=.;OPOS=238449107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:19:17:26:24:19:17:26:24 chr2 238503559 . C G 319.71 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0176834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.199;QD=18.5338;RBI=0.0603761;REFB=-0.0134705;REVB=0.0577284;RO=35;SAF=20;SAR=14;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121616;STB=0.567529;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0186578;OID=.;OPOS=238503559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:14:20:25:10:14:20:25:10 chr2 238643907 . G A 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00573014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.192;QD=20.8719;RBI=0.055639;REFB=-0.0166103;REVB=0.0553432;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622529;STB=0.535075;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0226844;OID=.;OPOS=238643907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:13:8:9:11:13:8:9:11 chr2 238726888 . C G 128.28 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00654972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.608;QD=12.2167;RBI=0.0227655;REFB=-0.00697063;REVB=-0.021803;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30187;STB=0.666444;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0118017;OID=.;OPOS=238726888;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:5:10:10:16:5:10:11:16 chr2 238733016 . G A 233.45 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00753013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7114;QD=15.0615;RBI=0.0246835;REFB=0.00747725;REVB=0.0235069;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134019;STB=0.575592;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00975522;OID=.;OPOS=238733016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:15:12:11:24:15:12:11:24 chr2 238990388 . G A 308.92 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0360117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.707;QD=11.8817;RBI=0.0385916;REFB=-0.021147;REVB=0.0138735;RO=66;SAF=17;SAR=21;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894367;STB=0.50512;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0407471;OID=.;OPOS=238990388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:66:38:38:0.365385:21:17:29:37:21:17:29:37 chr2 238991796 . C T 1268.66 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0119186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.202;QD=60.4122;RBI=0.0121149;REFB=-0.0861679;REVB=0.0021721;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976579;STB=0.505153;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-2.23589e-05;OID=.;OPOS=238991796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:48:35:0:1:48:35:0:1 chr2 238999883 . T C 593.54 PASS AF=0.568421;AO=53;DP=94;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0152031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.308;QD=24.9909;RBI=0.0651146;REFB=-0.00168543;REVB=0.0633149;RO=40;SAF=17;SAR=36;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260698;STB=0.513194;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00161293;OID=.;OPOS=238999883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:40:41:53:54:0.568421:36:17:14:26:37:17:14:27 chr2 239007997 . A G 442.38 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0041966;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.801;QD=19.6612;RBI=0.0042334;REFB=-0.0136462;REVB=-0.000556963;RO=45;SAF=21;SAR=23;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708411;STB=0.544187;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0123985;OID=.;OPOS=239007997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:46:44:44:0.488889:23:21:18:27:23:21:18:28 chr2 239016514 . C T 549.34 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.000421349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.416;QD=16.1569;RBI=0.0448157;REFB=-0.0157042;REVB=-0.0448137;RO=76;SAF=35;SAR=24;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687529;STB=0.542552;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0214952;OID=.;OPOS=239016514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:77:59:59:0.433824:24:35:40:36:24:35:40:37 chr2 239016539 . C G 584.46 PASS AF=0.406061;AO=67;DP=165;FAO=67;FDP=165;FR=.;FRO=98;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.00960898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5064;QD=14.1686;RBI=0.0124704;REFB=-0.0124751;REVB=0.00794842;RO=97;SAF=35;SAR=32;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398555;STB=0.519357;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0183996;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:97:98:67:67:0.406061:32:35:47:50:32:35:48:50 chr2 239039637 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6021;QD=39.2063;RBI=0.0422194;REFB=0;REVB=0.0403723;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011109;OID=.;OPOS=239039637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr2 239039842 . GC G 132.76 PASS AF=0.611111;AO=19;DP=37;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0345322;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.1182;QD=14.7511;RBI=0.202311;REFB=-0.0696785;REVB=0.199342;RO=17;SAF=17;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536506;STB=0.629501;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.084085;OID=.;OPOS=239039843;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.611111:19:37:22:36:14:17:5:7:7:64:17:17:2:7:10 chr2 239039896 . G C 1679.72 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.020846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3139;QD=58.4251;RBI=0.0260383;REFB=0.118285;REVB=-0.0156025;RO=1;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094016;STB=0.501013;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00785774;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:115:1:2:113:113:0.982609:50:63:0:1:50:63:1:1 chr2 239040187 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.035;QD=51.1839;RBI=0.0531382;REFB=0;REVB=0.0480722;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184787;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr2 239050033 . C T 109.25 PASS AF=0.916667;AO=9;DP=10;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.123994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.359;QD=36.4157;RBI=0.132989;REFB=0.0313558;REVB=0.0480783;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00121519;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:12:1:1:9:11:0.916667:4:5:0:1:5:6:0:1 chr2 239051550 . T C 2145.38 PASS AF=0.966887;AO=146;DP=152;FAO=146;FDP=151;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.019706;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2636;QD=56.8313;RBI=0.0273648;REFB=-0.177295;REVB=0.018987;RO=1;SAF=69;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684268;STB=0.509062;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00352981;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:152:151:1:5:146:146:0.966887:77:69:1:0:77:69:1:4 chr2 239059484 . T C 1155.21 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.282;QD=60.8008;RBI=0.0910891;REFB=0;REVB=0.0891058;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319125;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:72:76:1:39:33:0:0:43:33:0:0 chr2 239075935 . A G 713.15 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.122263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2051;QD=60.6938;RBI=0.180973;REFB=-0.0510861;REVB=-0.133427;RO=1;SAF=11;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132465;STB=0.507039;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00182012;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:35:11:0:1:35:11:0:1 chr2 239147490 . C T 543.18 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0134673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.237;QD=15.301;RBI=0.0191215;REFB=-0.00874912;REVB=-0.0135743;RO=81;SAF=32;SAR=27;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138561;STB=0.577098;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.013687;OID=.;OPOS=239147490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:81:83:59:59:0.415493:27:32:33:48:27:32:34:49 chr2 239155053 . C T 567.22 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0029998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3035;QD=18.5973;RBI=0.0252702;REFB=-0.0041073;REVB=0.0250916;RO=62;SAF=25;SAR=34;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10106;STB=0.560158;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00530295;OID=.;OPOS=239155053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:62:63:59:59:0.483607:34:25:33:29:34:25:34:29 chr2 239229372 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.383;QD=39.2068;RBI=0.0296934;REFB=0;REVB=0.0210476;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13922e-06;OID=.;OPOS=239229372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr2 239237953 . G T 218.98 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0321717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.292;QD=23.6738;RBI=0.0943542;REFB=-0.0307509;REVB=0.0887001;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667197;STB=0.53724;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0273287;OID=.;OPOS=239237953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:7:9:10:11:7:9 chr2 239237974 . T C 123.72 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0194951;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.085;QD=15.4653;RBI=0.0195591;REFB=-0.0167969;REVB=-0.00158169;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143297;STB=0.583212;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0226955;OID=.;OPOS=239237974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:9:9:9:5:9:9 chr2 239253224 . A T 608.15 PASS AF=0.440789;AO=67;DP=152;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0109138;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9527;QD=16.0039;RBI=0.0306869;REFB=-0.017464;REVB=0.0286806;RO=83;SAF=41;SAR=26;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836793;STB=0.540885;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0275865;OID=.;OPOS=239253224;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:83:85:67:67:0.440789:26:41:44:39:26:41:46:39 chr2 239321367 . A T 1463.19 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.295;QD=62.9328;RBI=0.00716806;REFB=0;REVB=0.00327208;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84834e-05;OID=.;OPOS=239321367;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:93:0:0:89:93:1:43:46:0:0:47:46:0:0 chr2 239969974 . G C 364.45 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0153264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7993;QD=18.4533;RBI=0.0455521;REFB=-0.0268328;REVB=0.0428964;RO=40;SAF=20;SAR=18;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683352;STB=0.543601;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0285438;OID=.;OPOS=239969974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:41:38:38:0.481013:18:20:24:16:18:20:25:16 chr2 239972883 . C T 697.37 PASS AF=1;AO=35;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272684;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.93;QD=63.3972;RBI=0.00277624;REFB=0;REVB=-0.000521379;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116747;OID=.;OPOS=239972883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:44:0:0:35:44:1:18:17:0:0:23:21:0:0 chr2 240003870 . G A 647.61 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00581721;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.579;QD=19.7744;RBI=0.0260367;REFB=-0.00849936;REVB=0.0253785;RO=66;SAF=27;SAR=38;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644317;STB=0.535584;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00844952;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:66:66:65:65:0.496183:38:27:32:34:38:27:32:34 chr2 240323661 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.523;QD=39.2068;RBI=0.0190735;REFB=0;REVB=0.0189142;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203187;OID=.;OPOS=240323661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr2 240323905 . T TG 662.97 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708268;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.5628;QD=48.2159;RBI=0.112046;REFB=0;REVB=-0.111822;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00227648;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:56:55:55:0:28:27:0:0:12:1:28:27:0:1 chr2 240500173 . T C 263.95 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0168339;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.271;QD=15.0826;RBI=0.0171119;REFB=0.00235582;REVB=-0.00307206;RO=35;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456153;STB=0.561629;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00347898;OID=.;OPOS=240500173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:35:40:30:30:0.428571:16:14:18:17:16:14:23:17 chr2 240500413 . A G 455.1 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.000308493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.472;QD=18.0239;RBI=0.0184224;REFB=-0.0109244;REVB=-0.0184198;RO=53;SAF=29;SAR=19;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734589;STB=0.54089;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0102282;OID=.;OPOS=240500413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:19:29:28:25:19:29:28:25 chr2 240500437 . C T 474.32 PASS AF=0.47;AO=46;DP=99;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00110007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.396;QD=18.9729;RBI=0.0207138;REFB=-0.0113077;REVB=-0.0206846;RO=53;SAF=32;SAR=14;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137502;STB=0.566606;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.01529;OID=.;OPOS=240500437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:53:53:46:47:0.47:14:32:30:23:15:32:30:23 chr2 240684619 . G A 1512.03 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167677;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.862;QD=59.8824;RBI=0.017808;REFB=0;REVB=0.00599765;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71328e-05;OID=.;OPOS=240684619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr2 240900607 . TGGGGGA TGGGG,TGGGGA 156.05 PASS AF=0.0140845,0.478873;AO=8,26;DP=74;FAO=1,34;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=0,19;FSAR=1,15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.165248,-0.0915907;FXX=0.013887;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=16.6858,12.952;QD=8.7913;RBI=0.191118,0.128067;REFB=0.00218724,-0.00480874;REVB=-0.096017,-0.0895113;RO=29;SAF=4,14;SAR=4,12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.188497,0.179962;STB=0.987848,0.586761;STBP=0.495,0.157;TYPE=del,del;VARB=-0.0362252,0.000622624;OID=.,.;OPOS=240900612,240900608;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0140845,0.478873:8,26:74:1,34:71:36:0,19:1,15:14:22:99:29:4,14:4,12:10:19 chr2 240912983 . G T 535.54 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00150889;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.131;QD=25.8091;RBI=0.0134056;REFB=-0.0224604;REVB=0.0133204;RO=33;SAF=28;SAR=21;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420285;STB=0.517475;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0204308;OID=.;OPOS=240912983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:33:34:49:49:0.590361:21:28:17:16:21:28:18:16 chr2 240923050 . C T 1244.27 PASS AF=0.603261;AO=111;DP=186;FAO=111;FDP=184;FR=.;FRO=73;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0261034;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.991;QD=27.0494;RBI=0.026792;REFB=-0.0193111;REVB=0.00603523;RO=73;SAF=56;SAR=55;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384308;STB=0.520799;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.013677;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:184:73:73:111:111:0.603261:55:56:33:40:55:56:33:40 chr2 240946766 . T C 389.99 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00443356;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5113;QD=21.6661;RBI=0.0243418;REFB=-0.016988;REVB=0.0239347;RO=32;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782936;STB=0.550367;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0124833;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:32:33:39:39:0.541667:22:17:17:15:22:17:18:15 chr2 240961728 . T C 1219.79 PASS AF=1;AO=58;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287026;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.996;QD=54.822;RBI=0.0838031;REFB=-0.0785214;REVB=0.0787345;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00410981;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:89:0:0:58:89:1:21:37:0:0:52:37:0:0 chr2 241066201 . C T 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00661547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9501;QD=21.2772;RBI=0.0428867;REFB=0.00669095;REVB=-0.0423734;RO=34;SAF=19;SAR=20;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164083;STB=0.590351;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00677272;OID=.;OPOS=241066201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:20:19:10:24:20:19:10:24 chr2 241066280 . C T 140.56 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0145564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8887;QD=13.075;RBI=0.028543;REFB=-0.0103913;REVB=0.0245523;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257591;STB=0.527824;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0286315;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:9:7:12:14:9:7:13:14 chr2 241066313 . C T 141.97 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0140055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9835;QD=13.8509;RBI=0.0151865;REFB=-0.0285313;REVB=0.0058715;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217597;STB=0.501546;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0322734;OID=.;OPOS=241066313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:9:7:11:13:9:7:11:14 chr2 241404317 . C T 425.0 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0151066;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.4102;QD=20.482;RBI=0.0347929;REFB=-0.0190679;REVB=0.0313422;RO=39;SAF=28;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102835;STB=0.551947;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0180727;OID=.;OPOS=241404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:15:28:21:18:15:28:22:18 chr2 241405528 . A G 915.41 PASS AF=0.602941;AO=82;DP=135;FAO=82;FDP=136;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00776488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8639;QD=26.9238;RBI=0.0404494;REFB=-0.0141107;REVB=-0.0396972;RO=53;SAF=30;SAR=52;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235159;STB=0.509802;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00939186;OID=.;OPOS=241405528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:53:54:82:82:0.602941:52:30:21:32:52:30:21:33 chr2 241439537 . G A 246.49 PASS AF=0.391892;AO=28;DP=73;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0111101;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.496;QD=13.3237;RBI=0.0133537;REFB=-0.0144701;REVB=0.0074086;RO=41;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100965;STB=0.572983;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0222702;OID=.;OPOS=241439537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:45:28:29:0.391892:11:17:21:20:12:17:21:24 chr2 241451351 . G A 684.66 PASS AF=0.5;AO=68;DP=136;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0274153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7119;QD=20.1369;RBI=0.0278548;REFB=-0.00861208;REVB=-0.00492881;RO=67;SAF=42;SAR=26;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886084;STB=0.545685;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0087136;OID=.;OPOS=241451351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:67:68:68:68:0.5:26:42:35:32:26:42:36:32 chr2 241492255 . G T 842.15 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.424;QD=57.0946;RBI=0.0141811;REFB=0;REVB=-0.0132014;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073489;OID=.;OPOS=241492255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:17:40:0:0:19:40:0:0 chr2 241534092 . C T 394.73 PASS AF=0.493827;AO=38;DP=79;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00565727;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.259;QD=19.4926;RBI=0.00774384;REFB=-0.0169486;REVB=0.00528794;RO=41;SAF=12;SAR=26;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215757;STB=0.612385;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0143247;OID=.;OPOS=241534092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:41:41:38:40:0.493827:26:12:22:19:27:13:22:19 chr2 241536202 . CGGGGGGC CGGGGGC,CGGGGGCG 54.95 PASS AF=0.3125,0.125;AO=15,4;DP=49;FAO=15,6;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9,6;FSAR=6,0;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0446036,-0.0706739;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.00143,108.412;QD=4.5795;RBI=0.185925,0.0736854;REFB=-0.153469,-0.0080714;REVB=0.180495,0.0208504;RO=23;SAF=10,4;SAR=5,0;SRF=7;SRR=16;SSEN=0.65625,0;SSEP=0,0;SSSB=0.365204,0.710357;STB=0.666455,0.998487;STBP=0.121,0.002;TYPE=del,mnp;VARB=0.154467,0.0698572;OID=.,.;OPOS=241536203,241536208;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGGGC,CGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125,0.125:15,4:49:15,6:48:27:9,6:6,0:9:18:29:23:10,4:5,0:7:16 chr2 241537421 . G A 726.47 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159789;FXX=0.036357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.261;QD=54.8277;RBI=0.0195493;REFB=-0.152994;REVB=0.0112629;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00165113;OID=.;OPOS=241537421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:1:1:51:52:0.981132:25:26:1:0:26:26:1:0 chr2 241538074 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.248;QD=64.4151;RBI=0.0336278;REFB=0;REVB=-0.0334663;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.04363e-05;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr2 241558397 . G A 329.26 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0261766;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.322;QD=17.7977;RBI=0.0295083;REFB=0.000386869;REVB=-0.0136208;RO=39;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637322;STB=0.535694;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.000697396;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:39:35:35:0.472973:22:13:17:22:22:13:17:22 chr2 241570249 . A C 221.54 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.44;QD=49.2318;RBI=0.0669312;REFB=0;REVB=-0.0412943;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96664e-05;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:11:7:0:0 chr2 241570391 . A G 786.96 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524215;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.19;QD=57.2333;RBI=0.0606945;REFB=0;REVB=0.0305911;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111771;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:54:55:1:23:31:0:0:23:32:0:0 chr2 241621799 . GC G 127.45 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0307009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.486;QD=14.1613;RBI=0.107952;REFB=-0.0489343;REVB=-0.103495;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266846;STB=0.626207;STBP=0.215;TYPE=del;VARB=0.062791;OID=.;OPOS=241621800;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:14:36:15:36:21:9:6:8:13:99:21:9:5:8:13 chr2 241622002 . C A 190.59 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0579494;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8919;QD=24.5917;RBI=0.0923986;REFB=-0.000185781;REVB=0.0719678;RO=11;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188052;STB=0.59379;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0121393;OID=.;OPOS=241622002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:11:12:17:17:0.548387:13:4:5:6:13:4:5:7 chr2 241622009 . C G 157.95 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00395732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.841;QD=17.5498;RBI=0.00573576;REFB=-0.0202976;REVB=0.00415193;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13644;STB=0.588366;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0231524;OID=.;OPOS=241622009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:19:16:17:0.472222:12:4:7:12:13:4:7:12 chr2 241622103 . A C 43.22 PASS AF=0.2;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0927608;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.808;QD=4.93972;RBI=0.0932702;REFB=-0.00961453;REVB=-0.00973492;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0317369;OID=.;OPOS=241622103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:36:35:28:28:7:7:0.2:3:4:16:12:3:4:16:12 chr2 241622126 . G A 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00336827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.514;QD=6.85041;RBI=0.0111411;REFB=-0.0228397;REVB=-0.0106198;RO=30;SAF=9;SAR=1;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444872;STB=0.787607;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0423712;OID=.;OPOS=241622126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:30:31:10:10:0.243902:1:9:19:11:1:9:20:11 chr2 241622195 . T C 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0189055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.394;QD=29.0499;RBI=0.0354849;REFB=-0.0524112;REVB=0.0300293;RO=5;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181457;STB=0.599873;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0271928;OID=.;OPOS=241622195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:4:10:5:0:4:10:5:0 chr2 241622209 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.08035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0414;QD=42.1814;RBI=0.0967236;REFB=0;REVB=0.0538454;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00158663;OID=.;OPOS=241622209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr2 241627213 . G A 525.37 PASS AF=0.652778;AO=47;DP=72;FAO=47;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00412338;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.738;QD=29.1874;RBI=0.0175544;REFB=-0.0461228;REVB=0.0170633;RO=25;SAF=24;SAR=23;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451155;STB=0.524502;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0301526;OID=.;OPOS=241627213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:25:25:47:47:0.652778:23:24:11:14:23:24:11:14 chr2 241627928 . A G 762.8 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.996;QD=63.5665;RBI=0.0223693;REFB=0;REVB=0.0122981;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63981e-05;OID=.;OPOS=241627928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:15:30:0:0:17:31:0:0 chr2 241628022 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00254718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.136;QD=19.0582;RBI=0.0087821;REFB=-0.00913858;REVB=0.00840459;RO=20;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264985;STB=0.651997;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00678541;OID=.;OPOS=241628022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:4:15:11:9:4:15:11:9 chr2 241631390 . G A 242.2 PASS AF=0.184874;AO=44;DP=238;FAO=44;FDP=238;FR=.;FRO=194;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=73;FSRR=121;FWDB=-0.0187312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.542;QD=4.07053;RBI=0.0432824;REFB=-0.00742151;REVB=-0.0390193;RO=194;SAF=25;SAR=19;SRF=73;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244338;STB=0.652676;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0462166;OID=.;OPOS=241631390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:194:194:44:44:0.184874:19:25:73:121:19:25:73:121 chr2 241631476 . C G 631.27 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9507;QD=61.5871;RBI=0.0409691;REFB=0;REVB=-0.0277706;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000873182;OID=.;OPOS=241631476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr2 241664801 . C T 108.58 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.032224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.099;QD=13.5726;RBI=0.072359;REFB=-0.0102083;REVB=-0.0647877;RO=18;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504576;STB=0.810011;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0133976;OID=.;OPOS=241664801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:19:13:13:0.40625:2:11:7:11:2:11:7:12 chr2 241667783 . C T 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0253443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.803;QD=9.1898;RBI=0.0473927;REFB=-0.0149699;REVB=-0.0400466;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231908;STB=0.639808;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0445355;OID=.;OPOS=241667783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:6:8:13:22:6:8:13:22 chr2 241696840 . ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC 1199.49 PASS AF=0.105882,0.564706,0.329412;AO=17,22,22;DP=86;FAO=9,48,28;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=8,12,0;FSAR=1,36,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085966,0.0851434,0.017281;FXX=0.0659268;HRUN=2,2,1;LEN=4,3,4;MLLD=82.5517,86.2642,66.859;QD=56.4464;RBI=0.0996052,0.10602,0.0901759;REFB=0,0,0;REVB=0.0503094,0.0631724,0.0885046;RO=0;SAF=15,1,0;SAR=2,21,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.95117e-08,3.62339e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.00621268,0.045908,0.019127;OID=.,.,.;OPOS=241696869,241696841,241696840;OREF=CCTC,TCC,ATCC;OALT=-,-,CTCA;OMAPALT=ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:86:85:0:0:17,22,22:9,48,28:0.105882,0.564706,0.329412:2,21,22:15,1,0:0:0:1,36,28:8,12,0:0:0 chr2 241722445 . G A 468.84 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0133652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.2773;QD=28.4145;RBI=0.0187066;REFB=-0.0238042;REVB=0.0130884;RO=22;SAF=25;SAR=18;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135873;STB=0.581357;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0170842;OID=.;OPOS=241722445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:22:23:43:43:0.651515:18:25:8:14:18:25:8:15 chr2 241808759 . T TG 40.26 PASS AF=0.229167;AO=13;DP=50;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0100606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.6688;QD=3.35506;RBI=0.0152289;REFB=-0.0547975;REVB=-0.0114325;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109225;STB=0.538393;STBP=0.795;TYPE=ins;VARB=0.0977462;OID=.;OPOS=241808760;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229167:13:50:11:48:37:5:6:15:22:40:35:6:7:13:22 chr2 241826517 . C T 246.77 PASS AF=0.408451;AO=26;DP=68;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0101044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.498;QD=13.9026;RBI=0.0222866;REFB=-0.0117776;REVB=0.0198644;RO=41;SAF=8;SAR=18;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505528;STB=0.51723;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0170636;OID=.;OPOS=241826517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:41:42:26:29:0.408451:18:8:11:30:20:9:12:30 chr2 241828033 . CA C,CG 435.09 PASS AF=0.16129,0.83871;AO=6,26;DP=33;FAO=5,26;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=3,12;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378527,0.0581209;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.4553,114.65;QD=56.1405;RBI=0.0251445,0.058981;REFB=0,0;REVB=0.0248579,0.010036;RO=0;SAF=4,11;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0237945,-0.00520874;OID=.,.;OPOS=241828034,241828034;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.16129,0.83871:6,26:33:5,26:31:0:3,12:2,14:0:0:18:0:4,11:2,15:0:0 chr2 241865156 . T C 1035.86 PASS AF=0.422222;AO=113;DP=273;FAO=114;FDP=270;FR=.;FRO=156;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=75;FSRR=81;FWDB=-0.00818182;FXX=0.0109886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.264;QD=15.346;RBI=0.0136414;REFB=-0.00794904;REVB=-0.0109154;RO=156;SAF=62;SAR=51;SRF=75;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707222;STB=0.536493;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00921579;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:270:156:156:113:114:0.422222:51:62:75:81:52:62:75:81 chr2 241872722 . G A 201.08 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.025629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.701;QD=11.8283;RBI=0.0423412;REFB=-0.0301548;REVB=-0.0337036;RO=43;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210896;STB=0.512185;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0454165;OID=.;OPOS=241872722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:15:10:18:25:15:10:18:25 chr2 241888407 . A T 849.46 PASS AF=0.39749;AO=97;DP=242;FAO=95;FDP=239;FR=.;FRO=144;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=68;FSRR=76;FWDB=-0.00406979;FXX=0.0123962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9067;QD=14.2168;RBI=0.00710596;REFB=-0.0214215;REVB=-0.00582508;RO=143;SAF=37;SAR=60;SRF=67;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954601;STB=0.55122;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0378048;OID=.;OPOS=241888407;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:239:143:144:97:95:0.39749:60:37:67:76:58:37:68:76 chr2 241922430 . T C 1533.79 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0014197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.499;QD=62.6037;RBI=0.00531315;REFB=0.0340983;REVB=0.00511996;RO=1;SAF=39;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012004;STB=0.506172;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-8.73457e-05;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:1:1:96:97:0.989796:57:39:1:0:57:40:1:0 chr2 241929228 . A G 1840.92 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.928;QD=61.364;RBI=0.0221874;REFB=0;REVB=0.0208699;RO=0;SAF=47;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.20685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79087e-05;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:72:47:0:0:72:48:0:0 chr2 241991875 . G A 196.76 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00785821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.03;QD=18.3036;RBI=0.0128196;REFB=-0.0120285;REVB=0.0101287;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195504;STB=0.611001;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0096195;OID=.;OPOS=241991875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:9:14:8:12:9:14 chr2 242002263 . C T 204.5 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0196061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.524;QD=22.7222;RBI=0.0207294;REFB=-0.01651;REVB=0.00673117;RO=16;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177111;STB=0.599893;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0225489;OID=.;OPOS=242002263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:5:15:9:7:5:15:9:7 chr2 242002306 . G A 98.63 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0264129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.283;QD=14.0896;RBI=0.0633602;REFB=-0.0342497;REVB=0.0575923;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670073;STB=0.524651;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0495963;OID=.;OPOS=242002306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:10:16:12:12:0.428571:5:7:5:5:5:7:10:6 chr2 242003487 . C T 739.08 PASS AF=0.434066;AO=79;DP=182;FAO=79;FDP=182;FR=.;FRO=103;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=0.0267771;FXX=0.0267365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1944;QD=16.2436;RBI=0.0331654;REFB=-0.0196601;REVB=-0.0195687;RO=98;SAF=35;SAR=44;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772625;STB=0.551519;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0264093;OID=.;OPOS=242003487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:98:103:79:79:0.434066:44:35:51:47:44:35:55:48 chr2 242004866 . A G 179.03 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00872492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.472;QD=10.8501;RBI=0.0131292;REFB=-0.0134217;REVB=-0.00981074;RO=41;SAF=9;SAR=14;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187177;STB=0.62293;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0244016;OID=.;OPOS=242004866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:43:23:23:0.348485:14:9:23:18:14:9:25:18 chr2 242021742 . G T 668.8 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0469318;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.081;QD=19.2459;RBI=0.0471995;REFB=-0.00826389;REVB=0.0050205;RO=70;SAF=26;SAR=41;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660806;STB=0.544958;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00874202;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:70:72:67:67:0.482014:41:26:32:38:41:26:34:38 chr2 242033696 . T C 395.21 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0221792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8274;QD=22.9108;RBI=0.0687162;REFB=0.000335727;REVB=-0.0650384;RO=29;SAF=27;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148746;STB=0.576314;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.000769116;OID=.;OPOS=242033696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:30:39:39:0.565217:12:27:15:14:12:27:16:14 chr2 242035544 . G C 35.37 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0586943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3938;QD=5.44137;RBI=0.0587079;REFB=-0.0128414;REVB=0.00126362;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304021;STB=0.699354;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0345654;OID=.;OPOS=242035544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:2:4:8:12:2:4:8:12 chr2 242039198 . T C 329.74 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0118215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.857;QD=20.9355;RBI=0.0353161;REFB=-0.0218629;REVB=0.0332788;RO=29;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117223;STB=0.564933;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0249554;OID=.;OPOS=242039198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:20:14:16:13:20:14:16:13 chr2 242063448 . G A 565.48 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.010415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.693;QD=22.1757;RBI=0.0245331;REFB=-0.00941834;REVB=0.0222127;RO=46;SAF=28;SAR=28;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143267;STB=0.578404;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00583409;OID=.;OPOS=242063448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:46:56:56:0.54902:28:28:31:15:28:28:31:15 chr2 242066314 . T C 209.42 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0522836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.749;QD=25.3847;RBI=0.0530957;REFB=-0.0218385;REVB=0.00925035;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272491;STB=0.652862;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0189073;OID=.;OPOS=242066314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:13:19:20:0.606061:11:8:1:12:11:9:1:12 chr2 242066830 . G A 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0276407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.47;QD=17.4542;RBI=0.0281504;REFB=-0.00814347;REVB=-0.00533286;RO=29;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155184;STB=0.587561;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00899969;OID=.;OPOS=242066830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:19:8:13:16:19:8:13:16 chr2 242077496 . C T 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00479695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.759;QD=20.5427;RBI=0.0313465;REFB=-0.0266448;REVB=-0.0309772;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189612;STB=0.530587;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0210953;OID=.;OPOS=242077496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:25:24:24:0.489796:12:12:11:12:12:12:11:14 chr2 242082262 . T C 676.97 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263643;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.628;QD=62.9743;RBI=0.0360849;REFB=0;REVB=0.0246383;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125017;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:11:31:0:0:12:31:0:0 chr2 242089110 . C A 440.32 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00202157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.151;QD=16.9353;RBI=0.0362125;REFB=-0.00658743;REVB=0.036156;RO=56;SAF=18;SAR=30;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895109;STB=0.549979;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00578895;OID=.;OPOS=242089110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:56:48:48:0.461538:30:18:26:30:30:18:26:30 chr2 242122386 . C T 242.04 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0361681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.1589;QD=18.6184;RBI=0.088871;REFB=-0.132613;REVB=-0.0811784;RO=26;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712486;STB=0.539847;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0993512;OID=.;OPOS=242122386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:15:11:9:17:15:11:9:17 chr2 242122391 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00610954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.048;QD=63.5829;RBI=0.00758466;REFB=0;REVB=0.0044945;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37386e-06;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr2 242129515 . G A 1082.3 PASS AF=0.484581;AO=110;DP=228;FAO=110;FDP=227;FR=.;FRO=117;FSAF=36;FSAR=74;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=0.0285024;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.704;QD=19.0714;RBI=0.0315956;REFB=-0.0068234;REVB=0.0136345;RO=114;SAF=36;SAR=74;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1367;STB=0.583461;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00773087;OID=.;OPOS=242129515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:114:117:110:110:0.484581:74:36:53:61:74:36:56:61 chr2 242168976 . T C 1594.38 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125683;FXX=0.0185168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.401;QD=60.1652;RBI=0.0128946;REFB=0;REVB=0.00288224;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70107e-05;OID=.;OPOS=242168976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:106:106:1:43:63:0:0:43:63:0:0 chr2 242203916 . A C 1155.65 PASS AF=0.9875;AO=68;DP=75;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00102848;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.204;QD=57.7825;RBI=0.0238201;REFB=-0.111572;REVB=0.0237979;RO=1;SAF=48;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974672;STB=0.505153;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000466265;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:80:1:1:68:79:0.9875:20:48:1:0:31:48:1:0 chr2 242434602 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0260474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.984;QD=16.1063;RBI=0.0337284;REFB=-0.0176103;REVB=-0.0214275;RO=22;SAF=14;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199919;STB=0.616587;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0477202;OID=.;OPOS=242434602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:3:14:15:7:3:14:15:7 chr2 242572846 . A G 186.09 PASS AF=0.338028;AO=25;DP=70;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00502991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.675;QD=10.4838;RBI=0.0073362;REFB=-0.0182247;REVB=-0.00534041;RO=44;SAF=8;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254288;STB=0.678203;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0332298;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:47:25:24:0.338028:17:8:24:20:17:7:26:21 chr2 242576777 . C T 232.15 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0038942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.727;QD=23.8102;RBI=0.119378;REFB=-0.0201358;REVB=0.119315;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512809;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0145909;OID=.;OPOS=242576777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:22:22:0.564103:11:11:8:8:11:11:8:9 chr2 242577022 . C T 294.14 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0164019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8311;QD=34.605;RBI=0.111746;REFB=-0.0573633;REVB=0.110536;RO=9;SAF=7;SAR=18;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939859;STB=0.551489;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0289439;OID=.;OPOS=242577022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:18:7:4:5:18:7:4:5 chr2 242606036 . G C 282.29 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00661153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.412;QD=22.5829;RBI=0.044999;REFB=-0.00438233;REVB=-0.0445106;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160804;STB=0.596199;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.003005;OID=.;OPOS=242606036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:24:25:26:0.52:10:15:10:14:10:16:10:14 chr2 242606133 . C T 424.37 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0173778;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2537;QD=20.9563;RBI=0.0429955;REFB=-0.00494349;REVB=0.0393272;RO=39;SAF=23;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749672;STB=0.541475;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0112974;OID=.;OPOS=242606133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:39:39:42:42:0.518519:19:23:18:21:19:23:18:21 chr2 242607924 . A G 359.86 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0173055;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.484;QD=19.4521;RBI=0.0174246;REFB=-0.0302522;REVB=0.0020333;RO=36;SAF=10;SAR=27;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177087;STB=0.607945;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0349068;OID=.;OPOS=242607924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:36:37:37:37:0.5:27:10:16:20:27:10:17:20 chr2 242610738 . T C 398.3 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.00158514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9542;QD=13.0591;RBI=0.0304238;REFB=-0.00584295;REVB=0.0303825;RO=74;SAF=18;SAR=29;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240748;STB=0.632343;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0116294;OID=.;OPOS=242610738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:75:47:47:0.385246:29:18:45:29:29:18:45:30 chr2 242610773 . T A 2106.05 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632282;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.301;QD=62.8672;RBI=0.0869441;REFB=0;REVB=0.059678;RO=0;SAF=59;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226255;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:74:59:0:0:75:59:0:0 chr2 242611934 . T C 1139.12 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157203;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.923;QD=60.7528;RBI=0.0188087;REFB=0;REVB=0.0103267;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31297e-05;OID=.;OPOS=242611934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr2 242613089 . A G 1524.5 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0474253;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.152;QD=58.6347;RBI=0.0493039;REFB=-0.0223924;REVB=0.0134802;RO=1;SAF=39;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120104;STB=0.506328;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.000109787;OID=.;OPOS=242613089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:103:103:0.990385:64:39:1:0:64:39:1:0 chr2 242613133 . T G 1300.8 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.58;QD=61.9427;RBI=0.0614736;REFB=0;REVB=0.0595649;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119094;OID=.;OPOS=242613133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:48:34:0:0:50:34:0:0 chr2 242618050 . A G 515.39 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0117136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.565;QD=24.838;RBI=0.0124553;REFB=-0.0252678;REVB=-0.00423392;RO=34;SAF=23;SAR=25;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16455;STB=0.582245;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0115644;OID=.;OPOS=242618050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:35:48:48:0.578313:25:23:9:25:25:23:10:25 chr2 242695034 . A C 33.56 PASS AF=0.171429;AO=4;DP=34;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0307301;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.188;QD=3.83532;RBI=0.0311904;REFB=-0.00617964;REVB=-0.00533856;RO=29;SAF=0;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.62967;STB=0.82414;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0365295;OID=.;OPOS=242695034;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:34:35:29:29:4:6:0.171429:4:0:16:13:5:1:16:13 chr2 242695036 . A T 34.18 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0162659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5306;QD=3.79806;RBI=0.10717;REFB=-0.0291221;REVB=-0.105929;RO=29;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504616;STB=0.816215;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.106912;OID=.;OPOS=242695036;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:36:36:29:30:7:6:0.166667:6:1:16:13:5:1:16:14 chr2 242695048 . G A 67.9 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.097994;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.6433;QD=7.75947;RBI=0.0980089;REFB=-0.0158582;REVB=-0.00171044;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404966;STB=0.782104;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00778849;OID=.;OPOS=242695048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:37:35:25:25:6:6:0.171429:5:1:12:13:5:1:12:13 chr2 242695066 . CA TG 63.41 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0351107;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.76;QD=8.74563;RBI=0.0556502;REFB=-0.0114998;REVB=-0.0431761;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353661;STB=0.710662;STBP=0.129;TYPE=mnp;VARB=0.0331501;OID=.;OPOS=242695066;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:18:20:9:9:0.310345:3:6:6:12:3:6:7:13 chr2 242695126 . G A 66.36 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0403502;FXX=0.09802;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9576;QD=5.77041;RBI=0.069226;REFB=0.0167297;REVB=0.0562504;RO=36;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401609;STB=0.782746;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00840893;OID=.;OPOS=242695126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:48:46:36:36:8:8:0.173913:7:1:14:22:7:1:14:22 chr2 242695131 . T C 73.34 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=52;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00174302;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.953;QD=5.43243;RBI=0.00267549;REFB=-0.0254527;REVB=-0.00202981;RO=42;SAF=1;SAR=9;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473314;STB=0.845444;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0288946;OID=.;OPOS=242695131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:52:54:42:42:10:12:0.222222:9:1:17:25:11:1:17:25 chr2 242695138 . C T 104.04 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0218818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.121;QD=6.21119;RBI=0.023123;REFB=-0.00439892;REVB=-0.0074738;RO=47;SAF=2;SAR=14;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394399;STB=0.74829;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0216513;OID=.;OPOS=242695138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:47:51:16:16:0.238806:14:2:17:30:14:2:18:33 chr2 242695144 . C T 140.76 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0197213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8223;QD=7.82007;RBI=0.0300257;REFB=0.00697758;REVB=-0.022641;RO=48;SAF=2;SAR=18;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46643;STB=0.775519;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0232107;OID=.;OPOS=242695144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:48:52:20:20:0.277778:18:2:18:30:18:2:18:34 chr2 242695151 . T A 161.91 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00960288;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.166;QD=8.41069;RBI=0.0108905;REFB=-0.00588432;REVB=0.00513683;RO=53;SAF=3;SAR=19;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386274;STB=0.729302;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0110121;OID=.;OPOS=242695151;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:55:22:22:0.285714:19:3:20:33:19:3:20:35 chr2 242716380 . A T 322.8 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.385;QD=53.8004;RBI=0.0470116;REFB=0;REVB=0.0466112;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276799;OID=.;OPOS=242716380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr2 242755374 . C G 648.37 PASS AF=0.9;AO=44;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.111968;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.162;QD=51.8698;RBI=0.115944;REFB=-0.145608;REVB=0.0301034;RO=6;SAF=17;SAR=27;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125861;STB=0.520999;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00189623;OID=.;OPOS=242755374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:50:50:6:5:44:45:0.9:27:17:2:4:27:18:1:4 chr2 242758326 . G A 160.39 PASS AF=0.318841;AO=21;DP=71;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0620248;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.156;QD=9.29769;RBI=0.0620359;REFB=-0.0173483;REVB=-0.0011722;RO=42;SAF=4;SAR=17;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326593;STB=0.698778;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0238327;OID=.;OPOS=242758326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:42:47:21:22:0.318841:17:4:18:24:17:5:23:24 chr2 242793273 . A G 1264.62 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.412;QD=61.689;RBI=0.0394238;REFB=0;REVB=-0.0301907;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55461e-06;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:49:33:0:0:49:33:0:0 chr2 242793433 . G A 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.538;QD=57.1941;RBI=0.0152799;REFB=0;REVB=0.0145353;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275392;OID=.;OPOS=242793433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr2 242813124 . T C 740.25 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.116;QD=56.9426;RBI=0.0804601;REFB=0;REVB=0.065501;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104085;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr2 242814283 . C T 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4484;QD=57.7078;RBI=0.0892561;REFB=0;REVB=0.0560705;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013459;OID=.;OPOS=242814283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:18:41:0:0:18:41:0:0 chr2 242814360 . T C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.761;QD=63.1951;RBI=0.0195671;REFB=0;REVB=0.00952367;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03072e-05;OID=.;OPOS=242814360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:38:54:0:0:38:54:0:0 chr2 242814463 . A T 1518.86 PASS AF=1;AO=100;DP=104;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181568;FXX=0.0380916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.13;QD=60.1529;RBI=0.018178;REFB=0;REVB=-0.00087679;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136018;OID=.;OPOS=242814463;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:101:0:0:100:101:1:52:48:0:0:52:49:0:0 chr2 242814639 . T C 506.55 PASS AF=1;AO=20;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.211388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.52;QD=59.594;RBI=0.211599;REFB=0;REVB=-0.00944808;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673947;OID=.;OPOS=242814639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:20:34:1:17:3:0:0:17:17:0:0 chr2 242815059 . C T 1460.65 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748979;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4359;QD=62.1555;RBI=0.0115075;REFB=-0.0808426;REVB=0.00873651;RO=1;SAF=37;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126395;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020114;OID=.;OPOS=242815059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:94:1:0:92:94:1:55:37:1:0:55:39:0:0 chr2 242839363 . G C 1190.36 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1951;QD=61.0443;RBI=0.0200602;REFB=0;REVB=-0.013676;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212411;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:48:30:0:0:48:30:0:0 chr3 361508 . C T 235.19 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.113825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3546;QD=15.4222;RBI=0.114708;REFB=-0.0234963;REVB=-0.0142091;RO=34;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215314;STB=0.622448;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0247031;OID=.;OPOS=361508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:19:8:17:17:19:8:17:17 chr3 391100 . A G 2186.1 PASS AF=0.97931;AO=140;DP=146;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0226303;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.636;QD=60.3063;RBI=0.0338439;REFB=-0.137694;REVB=0.025165;RO=4;SAF=68;SAR=72;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271441;STB=0.510488;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000111034;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:146:145:4:3:140:142:0.97931:72:68:4:0:72:70:3:0 chr3 439963 . A G 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3982;QD=63.614;RBI=0.0312438;REFB=0;REVB=-0.00169737;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98617e-05;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:57:38:0:0:57:38:0:0 chr3 440028 . T C 1065.92 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286778;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.969;QD=60.0517;RBI=0.0385303;REFB=0;REVB=0.0257326;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44076e-05;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:45:26:0:0:45:26:0:0 chr3 450391 . T C 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.0608;QD=60.225;RBI=0.0592674;REFB=0;REVB=0.0413969;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086216;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr3 450534 . T C 1525.8 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0536227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6646;QD=57.5774;RBI=0.0664878;REFB=-0.0290123;REVB=0.0393095;RO=1;SAF=51;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092139;STB=0.500181;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00416058;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:106:1:2:104:104:0.981132:53:51:1:0:53:51:1:1 chr3 1107455 . T C 942.68 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.746;QD=57.1321;RBI=0.0364576;REFB=0;REVB=0.0323847;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427877;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:1:0:63:66:1:35:28:0:1:37:29:0:0 chr3 1107550 . A T 409.3 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0612686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.798;QD=34.1086;RBI=0.0650416;REFB=0.0106671;REVB=-0.0218305;RO=14;SAF=12;SAR=21;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909224;STB=0.533314;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00326345;OID=.;OPOS=1107550;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:15:33:33:0.6875:21:12:3:11:21:12:4:11 chr3 1262474 . T C 610.7 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=146;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0570184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.712;QD=16.6176;RBI=0.0570713;REFB=-0.00366622;REVB=0.00245605;RO=80;SAF=36;SAR=28;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062691;STB=0.545673;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0047396;OID=.;OPOS=1262474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:80:83:64:64:0.435374:28:36:40:40:28:36:40:43 chr3 1337479 . C T 286.54 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0388098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.498;QD=18.4866;RBI=0.0391606;REFB=-0.0500965;REVB=-0.00522988;RO=31;SAF=10;SAR=21;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265515;STB=0.648465;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0474311;OID=.;OPOS=1337479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:21:10:19:12:21:10:19:12 chr3 1424850 . T G 1755.73 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.679;QD=60.5425;RBI=0.0255304;REFB=0;REVB=0.0201362;RO=0;SAF=38;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7808e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134073;OID=.;OPOS=1424850;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:116:0:0:111:116:1:73:38:0:0:74:42:0:0 chr3 3067850 . A G 343.26 PASS AF=0.34127;AO=43;DP=126;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.00856027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.533;QD=10.8973;RBI=0.0156243;REFB=0.00734832;REVB=0.0130706;RO=83;SAF=18;SAR=25;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248164;STB=0.514279;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0208097;OID=.;OPOS=3067850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:83:83:43:43:0.34127:25:18:33:50:25:18:33:50 chr3 3067853 . G A 341.49 PASS AF=0.335938;AO=43;DP=128;FAO=43;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.0294524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.884;QD=10.6715;RBI=0.0303127;REFB=-0.00548164;REVB=0.00717033;RO=85;SAF=18;SAR=25;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03618;STB=0.520847;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0299714;OID=.;OPOS=3067853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:85:85:43:43:0.335938:25:18:33:52:25:18:33:52 chr3 3076443 . A G 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0190625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.99;QD=20.5427;RBI=0.0190708;REFB=0.00122116;REVB=0.000563192;RO=25;SAF=5;SAR=19;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181461;STB=0.603081;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00120611;OID=.;OPOS=3076443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:19:5:9:16:19:5:9:16 chr3 3081750 . A T 812.83 PASS AF=0.474576;AO=84;DP=177;FAO=84;FDP=177;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.00120342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3401;QD=18.3691;RBI=0.00130631;REFB=0.0081589;REVB=0.00050815;RO=93;SAF=33;SAR=51;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109082;STB=0.560348;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00981528;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:93:93:84:84:0.474576:51:33:47:46:51:33:47:46 chr3 3081825 . T C 663.04 PASS AF=0.40884;AO=73;DP=180;FAO=74;FDP=181;FR=.;FRO=107;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.0243248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.893;QD=14.6528;RBI=0.0432239;REFB=-0.0140743;REVB=0.0357296;RO=106;SAF=34;SAR=39;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013714;STB=0.500902;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0190801;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:106:107:73:74:0.40884:39:34:48:58:40:34:49:58 chr3 3098041 . G C 395.72 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00461128;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2959;QD=15.6719;RBI=0.0256676;REFB=-0.00343116;REVB=-0.0252499;RO=57;SAF=27;SAR=17;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177045;STB=0.599411;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00547102;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:17:27:25:32:17:27:25:32 chr3 3115478 . T C 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0119415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.821;QD=13.9182;RBI=0.0127867;REFB=-0.0126282;REVB=-0.00457185;RO=37;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250694;STB=0.514275;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0189722;OID=.;OPOS=3115478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:17:9:12:25:17:9:12:25 chr3 3139957 . T C 323.07 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0155479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.383;QD=25.339;RBI=0.0184106;REFB=-0.00847553;REVB=0.00985971;RO=20;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223275;STB=0.512282;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00598541;OID=.;OPOS=3139957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:18:13:9:11:18:13:9:11 chr3 3170792 . C T 1556.48 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.512;QD=59.8647;RBI=0.0149751;REFB=0;REVB=0.0107257;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69081e-07;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:55:49:0:0:55:49:0:0 chr3 3189279 . A G 1273.08 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122818;FXX=0.0232531;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.485;QD=60.6229;RBI=0.0243771;REFB=-0.106257;REVB=-0.0210571;RO=1;SAF=49;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956859;STB=0.505049;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=9.33151e-05;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:34:49:1:0:34:49:1:0 chr3 3197918 . A G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0326508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.277;QD=16.7847;RBI=0.0326629;REFB=-0.0163346;REVB=0.000891525;RO=33;SAF=9;SAR=20;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811656;STB=0.50456;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0142994;OID=.;OPOS=3197918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:20:9:10:23:20:9:10:23 chr3 3886580 . A G 1242.02 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0187988;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.794;QD=59.1437;RBI=0.0297571;REFB=-0.139181;REVB=0.0230671;RO=1;SAF=43;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108864;STB=0.511361;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=1.61541e-05;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:82:82:0.97619:39:43:1:0:39:43:2:0 chr3 3886847 . G C 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00347714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1476;QD=9.58998;RBI=0.0119778;REFB=-0.0200834;REVB=0.0114619;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443735;STB=0.52684;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0438144;OID=.;OPOS=3886847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:6:7:15:15:6:7:15:15 chr3 3886919 . C T 460.16 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0014426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.418;QD=18.5923;RBI=0.00543522;REFB=-0.0155953;REVB=-0.00524028;RO=53;SAF=23;SAR=23;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634206;STB=0.535338;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0164211;OID=.;OPOS=3886919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:23:23:30:23:23:23:30:23 chr3 3887093 . A G 387.82 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00299087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.903;QD=18.4674;RBI=0.0159933;REFB=-0.0178612;REVB=0.0157111;RO=44;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235014;STB=0.513104;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0190399;OID=.;OPOS=3887093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:19:21:22:22:19:21:22:22 chr3 3889222 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.708;QD=51.1844;RBI=0.0313683;REFB=0;REVB=0.02647;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81573e-05;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr3 4354697 . G A 386.82 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0040598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7137;QD=15.7886;RBI=0.00614071;REFB=-0.00781641;REVB=0.00460721;RO=57;SAF=22;SAR=19;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225788;STB=0.62666;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00816679;OID=.;OPOS=4354697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:19:22:18:39:19:22:18:39 chr3 4358210 . A G 519.23 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00582736;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.148;QD=16.4834;RBI=0.0400624;REFB=-0.00756168;REVB=-0.0396363;RO=70;SAF=33;SAR=23;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132152;STB=0.573805;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0104247;OID=.;OPOS=4358210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:70:70:56:56:0.444444:23:33:32:38:23:33:32:38 chr3 4403837 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.965;QD=55.6558;RBI=0.0448914;REFB=0;REVB=0.0239162;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415406;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr3 4726852 . G A 240.46 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0187912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.827;QD=21.3741;RBI=0.0424145;REFB=-0.0200686;REVB=0.0380247;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176574;STB=0.511618;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0177172;OID=.;OPOS=4726852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:12:11:10:11:12:11:10:12 chr3 4817057 . T C 1033.44 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.993;QD=59.0537;RBI=0.0416409;REFB=0;REVB=0.0268659;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194763;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:37:32:0:0:38:32:0:0 chr3 4829732 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0231729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.621;QD=21.2668;RBI=0.0352057;REFB=-0.0267898;REVB=0.026504;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805621;STB=0.545401;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0236295;OID=.;OPOS=4829732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:8:6:9:8:8:6 chr3 4842231 . C T 591.37 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=140;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0352877;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.822;QD=17.0177;RBI=0.0366085;REFB=-0.00574336;REVB=-0.00974451;RO=78;SAF=33;SAR=29;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705669;STB=0.535827;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00909674;OID=.;OPOS=4842231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:78:77:62:62:0.446043:29:33:36:42:29:33:36:41 chr3 4856180 . T C 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0514198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8097;QD=13.9657;RBI=0.0677025;REFB=0.00702819;REVB=0.0440414;RO=43;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653329;STB=0.528632;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.00711776;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:30:30:0.405405:17:13:16:27:17:13:17:27 chr3 4856234 . G A 593.71 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.376;QD=60.8929;RBI=0.0139071;REFB=0;REVB=0.0138402;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79209e-05;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:20:17:0:0:20:19:0:0 chr3 4942300 . T C 328.95 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.0259987;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=316.365;QD=12.8999;RBI=0.0266037;REFB=-0.00786658;REVB=-0.00564115;RO=61;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241379;STB=0.624939;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0139964;OID=.;OPOS=4942300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:63:39:39:0.382353:18:21:19:42:18:21:21:42 chr3 5021403 . C T 187.91 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00584712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.846;QD=20.3142;RBI=0.0346162;REFB=-0.0231881;REVB=0.0341188;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164361;STB=0.592924;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0439012;OID=.;OPOS=5021403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:8:10:7:12:8:10 chr3 5024771 . T C 277.61 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0364323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.757;QD=16.0933;RBI=0.0401701;REFB=-0.0136499;REVB=-0.016921;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279502;STB=0.515749;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0268198;OID=.;OPOS=5024771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:18:13:17:21:18:13:17:21 chr3 5025645 . G C 376.39 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00656443;FXX=0.00990001;HRUN=7;LEN=1;MLLD=266.584;QD=15.0557;RBI=0.00856736;REFB=-0.00223719;REVB=0.00550526;RO=57;SAF=14;SAR=28;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186967;STB=0.601349;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00443646;OID=.;OPOS=5025645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:58:42:42:0.42:28:14:29:28:28:14:29:29 chr3 5025650 . G T 406.56 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0314626;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=224.064;QD=15.9435;RBI=0.0321987;REFB=0.000901787;REVB=-0.00684526;RO=57;SAF=16;SAR=29;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140513;STB=0.578912;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00183626;OID=.;OPOS=5025650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:29:16:28:29:29:16:28:29 chr3 5025654 . G A 434.43 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0157113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5378;QD=16.3934;RBI=0.015766;REFB=-0.00877832;REVB=0.00131109;RO=57;SAF=18;SAR=30;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993658;STB=0.56095;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0306717;OID=.;OPOS=5025654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:58:48:48:0.45283:30:18:27:30:30:18:28:30 chr3 5241309 . C A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.623;QD=62.4652;RBI=0.0155074;REFB=0;REVB=0.0153263;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19269e-05;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chr3 6828364 . A G 453.9 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8716;QD=56.7376;RBI=0.063414;REFB=0;REVB=0.00848964;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273635;OID=.;OPOS=6828364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:15:15:0:0:15:17:0:0 chr3 6903297 . C T 1066.7 PASS AF=0.493213;AO=108;DP=221;FAO=109;FDP=221;FR=.;FRO=112;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=0.0319993;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.113;QD=19.3068;RBI=0.0328451;REFB=-0.0119432;REVB=-0.00740575;RO=110;SAF=44;SAR=64;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696762;STB=0.535762;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0145687;OID=.;OPOS=6903297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:110:112:108:109:0.493213:64:44:53:57:64:45:54:58 chr3 7620789 . T C 368.05 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0100874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.705;QD=19.371;RBI=0.0105331;REFB=-0.0227823;REVB=-0.00303158;RO=37;SAF=12;SAR=26;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359574;STB=0.529765;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0262804;OID=.;OPOS=7620789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:26:12:13:24:26:12:14:24 chr3 8556671 . T G 453.38 PASS AF=0.45045;AO=49;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.00938426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.825;QD=16.3379;RBI=0.015925;REFB=0.00988687;REVB=0.0128663;RO=61;SAF=20;SAR=29;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00171576;STB=0.505741;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0120864;OID=.;OPOS=8556671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:49:50:0.45045:29:20:25:36:29:21:25:36 chr3 8676204 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232507;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.505;QD=57.1754;RBI=0.0640117;REFB=0;REVB=0.0596397;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413229;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr3 8701430 . T C 217.44 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0217357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.431;QD=22.888;RBI=0.0366828;REFB=-0.044203;REVB=0.0295498;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196126;STB=0.609039;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0265175;OID=.;OPOS=8701430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:4:13:11:10:4:13 chr3 8705555 . T C 182.0 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00966311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.81;QD=11.5552;RBI=0.0112247;REFB=-1.52982e-05;REVB=-0.00571131;RO=39;SAF=18;SAR=5;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280484;STB=0.674101;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=4.69307e-05;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:40:23:23:0.365079:5:18:22:17:5:18:22:18 chr3 8712725 . C T 680.66 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0132106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.344;QD=21.2707;RBI=0.0207973;REFB=-0.00983076;REVB=-0.0160626;RO=61;SAF=35;SAR=32;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407426;STB=0.522381;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0129664;OID=.;OPOS=8712725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:61:61:67:67:0.523438:32:35:29:32:32:35:29:32 chr3 8775661 . C T 771.46 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465089;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.715;QD=57.1451;RBI=0.0465132;REFB=0;REVB=0.000637513;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.954e-05;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr3 8809222 . C T 1400.46 PASS AF=0.457944;AO=147;DP=322;FAO=147;FDP=321;FR=.;FRO=174;FSAF=84;FSAR=63;FSRF=101;FSRR=73;FWDB=0.0029151;FXX=0.00310549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.404;QD=17.4512;RBI=0.0381234;REFB=-0.0169287;REVB=0.0380118;RO=170;SAF=84;SAR=63;SRF=98;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00500654;STB=0.505004;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0230622;OID=.;OPOS=8809222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:321:170:174:147:147:0.457944:63:84:98:72:63:84:101:73 chr3 8809703 . G A 460.86 PASS AF=0.578947;AO=43;DP=75;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00192315;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.658;QD=24.2556;RBI=0.00703244;REFB=-0.0308543;REVB=0.00676437;RO=30;SAF=9;SAR=34;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128211;STB=0.580706;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0279533;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:30:32:43:44:0.578947:34:9:10:20:34:10:12:20 chr3 9026818 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.688;QD=60.0305;RBI=0.0575587;REFB=0;REVB=0.0543092;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103437;OID=.;OPOS=9026818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:36:35:0:0:37:35:0:0 chr3 9091151 . C G 275.63 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0120461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.244;QD=18.0738;RBI=0.0174326;REFB=-0.0131313;REVB=-0.0126011;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439546;STB=0.524574;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0122731;OID=.;OPOS=9091151;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:15:15:14:17:15:15:14:17 chr3 9122948 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.077;QD=63.195;RBI=0.0484043;REFB=0;REVB=0.0202381;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94068e-05;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:53:39:0:0:53:39:0:0 chr3 9290585 . A G 427.25 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00722286;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.122;QD=22.1947;RBI=0.0122548;REFB=-0.00153727;REVB=-0.00989999;RO=35;SAF=18;SAR=24;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241503;STB=0.513302;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00150595;OID=.;OPOS=9290585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:35:35:42:42:0.545455:24:18:14:21:24:18:14:21 chr3 9406836 . T C 380.07 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=-0.0151756;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4732;QD=16.173;RBI=0.0347147;REFB=-0.0125334;REVB=0.031222;RO=54;SAF=15;SAR=25;SRF=12;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175938;STB=0.598169;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0124155;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:54:54:40:40:0.425532:25:15:12:42:25:15:12:42 chr3 9422210 . T C 171.24 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00249974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6986;QD=9.13268;RBI=0.0206431;REFB=-0.00850679;REVB=-0.0204912;RO=52;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194512;STB=0.614929;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0117802;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:52:23:23:0.306667:9:14:23:29:9:14:23:29 chr3 9425911 . G A 282.85 PASS AF=0.415584;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00037227;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.962;QD=14.6934;RBI=0.00363446;REFB=-0.0148406;REVB=-0.00361534;RO=45;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500702;STB=0.536077;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0216521;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:31:32:0.415584:18:13:21:24:19:13:21:24 chr3 9438487 . G A 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0187254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.712;QD=10.1071;RBI=0.0225464;REFB=-0.0132818;REVB=0.0125578;RO=41;SAF=12;SAR=9;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733167;STB=0.54925;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0298464;OID=.;OPOS=9438487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:42:21:21:0.333333:9:12:26:15:9:12:27:15 chr3 9540366 . C G 541.77 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0172089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.656;QD=22.3411;RBI=0.0172408;REFB=-0.0153859;REVB=0.00104711;RO=46;SAF=25;SAR=26;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102754;STB=0.505661;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00902339;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:51:51:0.525773:26:25:22:24:26:25:22:24 chr3 9768336 . C G 1520.76 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0271047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.894;QD=61.4448;RBI=0.0308533;REFB=-0.00831759;REVB=0.0147397;RO=2;SAF=57;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034608;STB=0.501825;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00015531;OID=.;OPOS=9768336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:40:57:1:1:40:57:1:1 chr3 9798773 . C G 583.21 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00274927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.64;QD=54.252;RBI=0.019197;REFB=-0.00511125;REVB=-0.0189991;RO=3;SAF=28;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00516905;STB=0.502761;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=2.50136e-05;OID=.;OPOS=9798773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:3:3:40:40:0.930233:12:28:2:1:12:28:2:1 chr3 9896259 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.541;QD=43.4859;RBI=0.0223615;REFB=0;REVB=0.0140362;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353163;OID=.;OPOS=9896259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr3 9908749 . G C 1268.34 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0148178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3812;QD=60.3971;RBI=0.0914076;REFB=-0.128845;REVB=0.0901985;RO=1;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129742;STB=0.506848;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00263722;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:36:47:0:1:36:47:0:1 chr3 9934605 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.783;QD=54.5177;RBI=0.0214381;REFB=0;REVB=0.00610002;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36841e-05;OID=.;OPOS=9934605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr3 9970031 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5369;QD=45.8067;RBI=0.0121731;REFB=0;REVB=0.0108685;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220225;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr3 9970103 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00971386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.923;QD=15.8811;RBI=0.0253926;REFB=-0.0286135;REVB=-0.0234611;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318185;STB=0.556701;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0306761;OID=.;OPOS=9970103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:19:20:9:10:10:10:0.5:3:7:6:3:3:7:6:4 chr3 9975247 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.921;QD=33.4285;RBI=0.0316529;REFB=0;REVB=-0.0166127;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24455e-05;OID=.;OPOS=9975247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr3 9976159 . A C,G 802.35 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=3,54;DP=57;FAO=3,54;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=3,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505485,0.0262554;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=19.518,86.5894;QD=56.305;RBI=0.062404,0.0263538;REFB=0,0;REVB=-0.0365938,-0.00227429;RO=0;SAF=0,30;SAR=3,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.144282,-0.00867233;OID=.,.;OPOS=9976159,9976159;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:57:57:0:0:3,54:3,54:0.0526316,0.947368:3,24:0,30:0:0:3,24:0,30:0:0 chr3 9979713 . C G 654.51 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560991;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.3199;QD=62.3345;RBI=0.074489;REFB=0;REVB=0.0490051;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739142;OID=.;OPOS=9979713;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr3 9988425 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4284;QD=40.7629;RBI=0.0816518;REFB=0;REVB=-0.0792438;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145798;OID=.;OPOS=9988425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr3 9991388 . G C 1608.19 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0044498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4196;QD=59.0161;RBI=0.0128396;REFB=0.0229967;REVB=-0.0120439;RO=1;SAF=41;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703255;STB=0.503703;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000947193;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:67:41:0:1:67:41:0:1 chr3 10088266 . G T 110.65 PASS AF=0.197802;AO=17;DP=91;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0140252;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.261;QD=4.86372;RBI=0.0181876;REFB=-0.00277378;REVB=0.0115794;RO=73;SAF=8;SAR=9;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023474;STB=0.517222;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0112222;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:73:73:17:18:0.197802:9:8:33:40:10:8:34:39 chr3 10088299 . C T 120.37 PASS AF=0.213483;AO=19;DP=89;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0132147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.398;QD=5.40993;RBI=0.0173491;REFB=-0.011389;REVB=-0.0112411;RO=70;SAF=10;SAR=9;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10435;STB=0.565303;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0186299;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:70:70:19:19:0.213483:9:10:31:39:9:10:31:39 chr3 10088308 . T C 121.31 PASS AF=0.218391;AO=19;DP=87;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0141586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.239;QD=5.57732;RBI=0.0184086;REFB=-0.000618193;REVB=-0.0117648;RO=68;SAF=10;SAR=9;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106188;STB=0.566196;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00160073;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:68:68:19:19:0.218391:9:10:30:38:9:10:30:38 chr3 10088343 . A G 111.0 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0366913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4306;QD=6.34284;RBI=0.0384159;REFB=-0.00232744;REVB=-0.0113814;RO=53;SAF=8;SAR=9;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245418;STB=0.515134;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0119585;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:53:53:17:17:0.242857:9:8:26:27:9:8:26:27 chr3 10088404 . C T 67.96 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0368235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.641;QD=10.4556;RBI=0.0407634;REFB=-0.0525367;REVB=-0.0174839;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26404;STB=0.636097;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0528875;OID=.;OPOS=10088404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:26:15:16:10:10:0.384615:4:6:5:10:4:6:6:10 chr3 10089723 . G A 101.2 PASS AF=0.191011;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=89;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0668793;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.83;QD=4.54818;RBI=0.0669205;REFB=-0.00648155;REVB=-0.00234869;RO=72;SAF=6;SAR=11;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666508;STB=0.542967;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0266336;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:72:72:17:17:0.191011:11:6:29:43:11:6:29:43 chr3 10089738 . A G 86.71 PASS AF=0.189873;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0684337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9031;QD=4.39015;RBI=0.0698797;REFB=-0.0157657;REVB=0.0141423;RO=64;SAF=6;SAR=9;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122833;STB=0.507926;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0866147;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:79:79:64:64:15:15:0.189873:9:6:25:39:9:6:25:39 chr3 10175109 . G GT 69.87 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0261731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.2418;QD=11.1799;RBI=0.0561033;REFB=-0.0206449;REVB=0.0496241;RO=14;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12889;STB=0.576766;STBP=0.688;TYPE=ins;VARB=0.0273568;OID=.;OPOS=10175110;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:11:25:11:25:14:1:10:2:12:69:14:1:10:2:12 chr3 10183274 . C T 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2676;QD=47.8182;RBI=0.0260595;REFB=0;REVB=0.0259519;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106115;OID=.;OPOS=10183274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr3 10276163 . T A 1346.28 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.144;QD=61.8981;RBI=0.0215501;REFB=0;REVB=0.0204892;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54389e-05;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:53:33:0:0:54:33:0:0 chr3 10302045 . C T 336.39 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.060168;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.749;QD=51.752;RBI=0.0607248;REFB=0.191484;REVB=-0.0082047;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000658411;OID=.;OPOS=10302045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:0:1:12:13:0:1 chr3 10302056 . A G 365.04 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.039791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0447;QD=52.1491;RBI=0.0601257;REFB=-0.0463049;REVB=0.0450752;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344248;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00391669;OID=.;OPOS=10302056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:1:0:14:13:1:0 chr3 10302172 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0320959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.014;QD=56.0111;RBI=0.0518652;REFB=-0.0442085;REVB=0.0407413;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000938208;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:1:0:15:19:1:0 chr3 10368948 . G A 382.07 PASS AF=0.394737;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00895853;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.426;QD=13.4058;RBI=0.0090793;REFB=0.000185194;REVB=0.00147596;RO=66;SAF=20;SAR=25;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268047;STB=0.511806;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.000426256;OID=.;OPOS=10368948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:66:69:45:45:0.394737:25:20:31:35:25:20:32:37 chr3 10379923 . C T 930.62 PASS AF=0.532164;AO=91;DP=171;FAO=91;FDP=171;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.0046772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.656;QD=21.7688;RBI=0.0212997;REFB=-0.0319946;REVB=0.0207798;RO=79;SAF=41;SAR=50;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028263;STB=0.518037;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0268648;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:79:80:91:91:0.532164:50:41:33:46:50:41:33:47 chr3 10413601 . G A 799.42 PASS AF=0.55814;AO=70;DP=128;FAO=72;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.051343;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4146;QD=24.7882;RBI=0.052305;REFB=-0.0277858;REVB=0.00998518;RO=34;SAF=29;SAR=41;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227458;STB=0.554134;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0228967;OID=.;OPOS=10413601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:34:53:70:72:0.55814:41:29:27:7:43:29:28:25 chr3 10413715 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00327582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.427;QD=10.5421;RBI=0.0219966;REFB=-0.00426555;REVB=0.0217513;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279205;STB=0.671289;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00691396;OID=.;OPOS=10413715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:9:2:8:13:9:2:8:13 chr3 10420087 . T C 837.7 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00248483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.102;QD=55.847;RBI=0.0284966;REFB=-0.142154;REVB=0.0283881;RO=1;SAF=29;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000770234;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:30:29:1:0:30:29:1:0 chr3 10885920 . T C 641.41 PASS AF=0.456954;AO=70;DP=153;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.0180456;FXX=0.0258048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.267;QD=16.991;RBI=0.0372009;REFB=-0.0148747;REVB=-0.032531;RO=81;SAF=41;SAR=29;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316566;STB=0.501891;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0183105;OID=.;OPOS=10885920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:81:82:70:69:0.456954:29:41:50:31:28:41:49:33 chr3 10967712 . G A 160.88 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00433647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.391;QD=18.9264;RBI=0.0188807;REFB=-0.0132389;REVB=0.0183759;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103195;STB=0.558552;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00953703;OID=.;OPOS=10967712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:10:7:9:8:10:7 chr3 11302933 . A G 490.12 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.011483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.031;QD=56.0133;RBI=0.016576;REFB=-0.103788;REVB=0.0119543;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000695405;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:0:1:14:20:0:1 chr3 11303293 . TG T 411.01 PASS AF=1;AO=39;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.275321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.7465;QD=35.7401;RBI=0.297303;REFB=0;REVB=0.112193;RO=4;SAF=9;SAR=30;SRF=3;SRR=1;SSEN=0.475207;SSEP=0;SSSB=-0.117983;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0119838;OID=.;OPOS=11303294;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:46:46:46:0:14:32:0:0:7:4:9:30:3:1 chr3 11303437 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0864768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.887;QD=33.4285;RBI=0.0884093;REFB=0;REVB=-0.018384;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00247531;OID=.;OPOS=11303437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr3 11303874 . T C 1556.36 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.87;QD=59.8601;RBI=0.0137894;REFB=0;REVB=0.0114891;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75639e-05;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:52:52:0:0:52:52:0:0 chr3 11596302 . T C 201.12 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0071876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.492;QD=9.81092;RBI=0.00899099;REFB=-0.01244;REVB=0.00540151;RO=55;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162018;STB=0.588717;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.037417;OID=.;OPOS=11596302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:56:26:26:0.317073:11:15:24:31:11:15:25:31 chr3 11643465 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.197;QD=57.1053;RBI=0.0156641;REFB=0;REVB=0.0147336;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59941e-05;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr3 11848923 . CCACT C 103.31 PASS AF=0.56;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0137319;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=306.345;QD=16.5293;RBI=0.0137776;REFB=-0.027836;REVB=0.00112222;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.302174;SSSB=0.0518451;STB=0.511611;STBP=0.94;TYPE=del;VARB=0.0235359;OID=.;OPOS=11848924;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:14:27:14:25:11:6:8:5:6:70:11:6:8:4:7 chr3 11880760 . T C 755.73 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257291;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.469;QD=57.0366;RBI=0.0372402;REFB=0;REVB=0.026923;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146548;OID=.;OPOS=11880760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr3 11887991 . C G 1738.19 PASS AF=0.991453;AO=112;DP=112;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0488913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.874;QD=59.4252;RBI=0.0548113;REFB=-0.039903;REVB=0.0247776;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.503816;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000234674;OID=.;OPOS=11887991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:117:0:1:112:116:0.991453:64:48:0:0:65:51:0:1 chr3 11994493 . C T 132.06 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0119129;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.708;QD=19.5644;RBI=0.0217862;REFB=-0.0273056;REVB=0.0182407;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150374;STB=0.58609;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0120401;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:9:12:14:14:0.518519:6:8:7:2:6:8:9:3 chr3 12229015 . A G 350.83 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.000551274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4523;QD=25.9873;RBI=0.0357621;REFB=-0.0205345;REVB=-0.0357579;RO=18;SAF=4;SAR=30;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700425;STB=0.599933;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0187405;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:20:34:34:0.62963:30:4:3:15:30:4:5:15 chr3 12232074 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.443;QD=57.3847;RBI=0.00549279;REFB=0;REVB=-0.0014591;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03392e-06;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr3 12475557 . C T 74.69 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.026504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.683;QD=10.6704;RBI=0.0265117;REFB=-0.0164992;REVB=0.000640563;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136659;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0183056;OID=.;OPOS=12475557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:6:4:9:8:6:4:10:8 chr3 12848822 . T C 144.44 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0082912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8453;QD=15.6146;RBI=0.00919618;REFB=-0.0110162;REVB=-0.00397814;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117353;STB=0.567485;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00985903;OID=.;OPOS=12848822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:8:13:8:8:8:13 chr3 12856856 . A G 86.92 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0125909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.643;QD=12.8775;RBI=0.0151126;REFB=-0.00566395;REVB=0.00835812;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00573505;OID=.;OPOS=12856856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr3 12858028 . T C 515.86 PASS AF=0.482759;AO=54;DP=114;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.010038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.477;QD=17.7884;RBI=0.0105053;REFB=-0.0186107;REVB=-0.00309838;RO=60;SAF=18;SAR=36;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857928;STB=0.532883;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0213613;OID=.;OPOS=12858028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:60:60:54:56:0.482759:36:18:25:35:36:20:25:35 chr3 12858822 . C T 306.48 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0222855;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9503;QD=15.1349;RBI=0.0278533;REFB=-0.0216187;REVB=-0.0167083;RO=47;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114683;STB=0.564864;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0199023;OID=.;OPOS=12858822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:15:19:21:26:15:19:21:26 chr3 12859004 . A C 368.15 PASS AF=0.448276;AO=33;DP=82;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00179111;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.403;QD=16.9263;RBI=0.0151323;REFB=-0.0181455;REVB=0.0150259;RO=49;SAF=22;SAR=11;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151042;STB=0.538719;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.021396;OID=.;OPOS=12859004;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:49:48:33:39:0.448276:11:22:26:23:16:23:25:23 chr3 12872995 . C T 299.0 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0213707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.081;QD=16.1622;RBI=0.0587966;REFB=-0.0119915;REVB=-0.0547753;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936026;STB=0.5526;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0182333;OID=.;OPOS=12872995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:16:17:25:16:16:17:25:16 chr3 12875443 . G A 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.0409783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.404;QD=12.9137;RBI=0.04178;REFB=-0.0063435;REVB=-0.00814503;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236643;STB=0.634216;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00554664;OID=.;OPOS=12875443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:11:13:28:9:11:13:28:9 chr3 12962074 . G A 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0293554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=333.652;QD=16.8124;RBI=0.0294178;REFB=-0.0114002;REVB=-0.00191566;RO=47;SAF=20;SAR=18;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689169;STB=0.538633;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0133241;OID=.;OPOS=12962074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:18:20:28:19:18:20:28:19 chr3 13358204 . G A 251.06 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0357907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6949;QD=19.6907;RBI=0.0625897;REFB=-0.0275493;REVB=0.0513469;RO=25;SAF=20;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22127;STB=0.624896;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0385272;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:6:20:14:11:6:20:14:11 chr3 13361287 . C T 1672.57 PASS AF=0.965812;AO=113;DP=120;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00231665;FXX=0.0330551;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.632;QD=57.182;RBI=0.0682445;REFB=-0.139853;REVB=0.0682051;RO=2;SAF=68;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00350267;STB=0.51248;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00135256;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:120:117:2:4:113:113:0.965812:45:68:1:1:45:68:1:3 chr3 13361391 . A G 2148.69 PASS AF=0.985714;AO=137;DP=139;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.04158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.616;QD=61.3911;RBI=0.045312;REFB=-0.0836265;REVB=0.0180078;RO=2;SAF=66;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000499787;STB=0.500311;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000847312;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:139:140:2:2:137:138:0.985714:71:66:1:1:72:66:1:1 chr3 13364876 . G T 1462.96 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00192567;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4905;QD=62.2537;RBI=0.164705;REFB=-0.133145;REVB=0.164694;RO=1;SAF=35;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133499;STB=0.507041;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00380445;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:94:1:1:91:93:0.989362:56:35:1:0:58:35:1:0 chr3 13367406 . C T 1997.17 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198666;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.261;QD=61.4515;RBI=0.0382944;REFB=-0.109313;REVB=0.0327381;RO=1;SAF=61;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772717;STB=0.504064;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000241814;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:130:1:1:129:129:0.992308:68:61:1:0:68:61:1:0 chr3 13383540 . A G 332.53 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00307762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.818;QD=14.15;RBI=0.0123538;REFB=-0.0110569;REVB=-0.0119643;RO=57;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155472;STB=0.588289;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0137173;OID=.;OPOS=13383540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:16:21:24:33:16:21:24:33 chr3 13395579 . C A 344.28 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0214571;FXX=0.0329634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2674;QD=15.6491;RBI=0.0348025;REFB=-0.0181351;REVB=-0.0274009;RO=42;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686857;STB=0.503815;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.020511;OID=.;OPOS=13395579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:42:51:37:37:0.420455:22:15:20:22:22:15:21:30 chr3 13407556 . T C 375.38 PASS AF=0.454545;AO=38;DP=87;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00181115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.636;QD=17.0628;RBI=0.00419334;REFB=-0.0172486;REVB=0.00378204;RO=48;SAF=21;SAR=17;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215408;STB=0.616535;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0273448;OID=.;OPOS=13407556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:48:38:40:0.454545:17:21:16:32:18:22:16:32 chr3 13612020 . T C 307.39 PASS AF=0.425;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0587902;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.906;QD=15.3695;RBI=0.0596288;REFB=-0.0307993;REVB=-0.00996542;RO=46;SAF=17;SAR=17;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155319;STB=0.58745;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0364265;OID=.;OPOS=13612020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:46:46:34:34:0.425:17:17:30:16:17:17:30:16 chr3 13612296 . C T 308.8 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0272397;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2376;QD=26.8519;RBI=0.0367016;REFB=-0.0242033;REVB=0.0245969;RO=19;SAF=18;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148185;STB=0.508191;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0127443;OID=.;OPOS=13612296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:19:19:27:27:0.586957:9:18:13:6:9:18:13:6 chr3 13612936 . A G 417.2 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0292769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.495;QD=15.4519;RBI=0.0446481;REFB=-0.025868;REVB=-0.0337093;RO=61;SAF=21;SAR=26;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378545;STB=0.521208;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0335707;OID=.;OPOS=13612936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:26:21:25:36:26:21:25:36 chr3 13670481 . A G 867.75 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7515;QD=57.8499;RBI=0.0199558;REFB=0;REVB=0.000488655;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150718;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr3 13670536 . A G 699.76 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1173;QD=54.883;RBI=0.150783;REFB=0;REVB=-0.0186165;RO=1;SAF=15;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303164;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251691;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:1:0:47:51:1:32:15:1:0:32:19:0:0 chr3 13670776 . T C 438.19 PASS AF=0.969697;AO=20;DP=31;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00390112;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.51;QD=53.1145;RBI=0.0280711;REFB=-0.0676409;REVB=0.0277987;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00189998;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:33:0:1:20:32:0.969697:12:8:0:0:15:17:1:0 chr3 13679203 . G A 608.79 PASS AF=0.591837;AO=57;DP=92;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00695794;FXX=0.0297;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.907;QD=24.8484;RBI=0.00708494;REFB=-0.0289813;REVB=0.00133543;RO=35;SAF=35;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132242;STB=0.573745;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.022178;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:98:35:40:57:58:0.591837:22:35:15:20:23:35:17:23 chr3 13679335 . C T 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0300008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.445;QD=17.0592;RBI=0.0300021;REFB=-0.0522144;REVB=-0.000289069;RO=36;SAF=17;SAR=16;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273225;STB=0.633822;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0447397;OID=.;OPOS=13679335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:38:33:33:0.464789:16:17:8:28:16:17:10:28 chr3 13833957 . C T 494.3 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0475134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2099;QD=18.8306;RBI=0.0477353;REFB=-0.0215616;REVB=-0.0045975;RO=52;SAF=18;SAR=34;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378571;STB=0.517207;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0209976;OID=.;OPOS=13833957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:52:53:52:52:0.495238:34:18:20:32:34:18:20:33 chr3 13896140 . A G 642.7 PASS AF=0.455172;AO=65;DP=144;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.0284297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.533;QD=17.7297;RBI=0.0284767;REFB=-0.0166727;REVB=-0.00163532;RO=78;SAF=27;SAR=38;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00518226;STB=0.504853;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0207961;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:78:79:65:66:0.455172:38:27:32:46:39:27:33:46 chr3 13896284 . C T 2559.47 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304784;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.292;QD=61.3046;RBI=0.0430686;REFB=-0.0629869;REVB=0.0304298;RO=1;SAF=80;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550177;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373018;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:168:167:1:0:166:167:1:86:80:0:1:87:80:0:0 chr3 14106499 . G A 316.87 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00879218;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.551;QD=17.3629;RBI=0.00913937;REFB=-0.00321736;REVB=0.00249511;RO=39;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107733;STB=0.560226;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00584752;OID=.;OPOS=14106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:39:39:34:34:0.465753:18:16:14:25:18:16:14:25 chr3 14123156 . T C 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0152566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.907;QD=6.31116;RBI=0.016203;REFB=-0.00193924;REVB=-0.00545665;RO=34;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355449;STB=0.522682;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00631512;OID=.;OPOS=14123156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:5:5:16:18:5:5:16:18 chr3 14174427 . A T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00895953;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.921;QD=20.4561;RBI=0.0179653;REFB=-0.0107199;REVB=-0.0155717;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464767;STB=0.526285;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00843848;OID=.;OPOS=14174427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:7:8:10:7:7:8 chr3 14175262 . T C 267.21 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0242927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.352;QD=20.1669;RBI=0.0691328;REFB=-0.0107375;REVB=0.0647241;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294979;STB=0.670044;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0153983;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:16:12:19:5:16:12:20:5 chr3 14184056 . AAAAACAAAACA AAAAAC,AAAAACA 163.91 PASS AF=0.0888889,0.444444;AO=5,15;DP=43;FAO=4,20;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=2,13;FSAR=2,7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00402767,-0.00424923;FXX=0.0217344;HRUN=4,4;LEN=6,5;MLLD=272.808,276.271;QD=14.5701;RBI=0.00509651,0.00658045;REFB=-0.0121926,-0.0116656;REVB=-0.00312287,0.00502457;RO=14;SAF=3,11;SAR=2,4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0505846,0.0926745;STB=0.559705,0.543037;STBP=0.831,0.627;TYPE=del,del;VARB=0.0159138,0.011606;OID=.,.;OPOS=14184062,14184057;OREF=AAAACA,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=AAAAAC,AAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0888889,0.444444:5,15:43:4,20:45:21:2,13:2,7:12:9:99:14:3,11:2,4:9:5 chr3 14187449 . G T 472.18 PASS AF=0.485437;AO=48;DP=101;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.000222165;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.643;QD=18.3373;RBI=0.0161919;REFB=-0.0229857;REVB=0.0161904;RO=53;SAF=18;SAR=30;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582936;STB=0.529041;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.033018;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:53:53:48:50:0.485437:30:18:23:30:31:19:23:30 chr3 14197987 . A T 463.39 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.213;QD=57.9232;RBI=0.0465221;REFB=0;REVB=0.0426098;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114505;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:14:15:0:0:15:17:0:0 chr3 14199887 . G A 222.79 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0162229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7835;QD=18.961;RBI=0.0805626;REFB=-0.0214043;REVB=-0.0789123;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364213;STB=0.520642;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0144968;OID=.;OPOS=14199887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:8:14:15:10:8:14:15:10 chr3 14485484 . C A 397.32 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0402629;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=266.721;QD=46.7432;RBI=0.0411049;REFB=-0.0138185;REVB=0.00827705;RO=3;SAF=6;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343656;STB=0.509085;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.000138469;OID=.;OPOS=14485484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:3:4:30:30:0.882353:24:6:1:2:24:6:1:3 chr3 14526538 . G A 1500.74 PASS AF=0.51773;AO=144;DP=280;FAO=146;FDP=282;FR=.;FRO=136;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=58;FSRR=78;FWDB=0.0487447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.306;QD=21.287;RBI=0.0487693;REFB=-0.00609655;REVB=0.00154965;RO=136;SAF=73;SAR=71;SRF=58;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071419;STB=0.535456;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00465273;OID=.;OPOS=14526538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:282:136:136:144:146:0.51773:71:73:58:78:73:73:58:78 chr3 14526656 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.100663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.509;QD=11.103;RBI=0.102043;REFB=-0.00821597;REVB=-0.0167282;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239788;STB=0.642496;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0173248;OID=.;OPOS=14526656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:2:8:4:3:2:8 chr3 14551444 . A G 1513.41 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.705;QD=59.9371;RBI=0.0207752;REFB=0;REVB=0.00957333;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65925e-05;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:56:44:0:0:56:45:0:0 chr3 14552994 . A G 433.29 PASS AF=0.969697;AO=29;DP=31;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0806541;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.1208;QD=52.5195;RBI=0.082575;REFB=0.158644;REVB=0.017707;RO=2;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00207078;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0016837;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:33:2:1:29:32:0.969697:15:14:1:1:15:17:0:1 chr3 14555216 . T C 769.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8164;QD=56.9939;RBI=0.0432757;REFB=0;REVB=0.00936921;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222373;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr3 14555811 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.606;QD=51.1846;RBI=0.049446;REFB=0;REVB=0.0102555;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454212;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr3 14561627 . A AG 750.78 PASS AF=1;AO=61;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.271623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.7812;QD=42.9019;RBI=0.272236;REFB=0;REVB=-0.018254;RO=9;SAF=23;SAR=38;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00463936;OID=.;OPOS=14561628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:71:70:70:0:30:40:0:0:14:9:23:38:8:1 chr3 14563258 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0771;QD=59.8393;RBI=0.04676;REFB=0;REVB=0.03913;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239029;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr3 14745857 . G A 65.79 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0171657;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.991;QD=10.1217;RBI=0.0346342;REFB=-0.017282;REVB=0.030081;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10141;STB=0.561271;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.04801;OID=.;OPOS=14745857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:11:6:4:5:11:6 chr3 14755572 . A G 480.69 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00547491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.614;QD=20.2397;RBI=0.00555932;REFB=-0.000520041;REVB=0.000965071;RO=48;SAF=23;SAR=24;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104501;STB=0.557866;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000308681;OID=.;OPOS=14755572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:24:23:29:19:24:23:29:19 chr3 14755617 . C G 326.9 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0518707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.673;QD=17.6703;RBI=0.0519376;REFB=-0.014088;REVB=0.00263603;RO=39;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447089;STB=0.524986;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0157424;OID=.;OPOS=14755617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:16:19:23:16:16:19:23:16 chr3 14768534 . A G 261.18 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00363395;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.414;QD=16.8503;RBI=0.0228257;REFB=-0.0199722;REVB=-0.0225346;RO=33;SAF=5;SAR=24;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314443;STB=0.679442;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0256423;OID=.;OPOS=14768534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:33:29:29:0.467742:24:5:14:19:24:5:14:19 chr3 14798976 . G A 951.21 PASS AF=0.434599;AO=101;DP=235;FAO=103;FDP=237;FR=.;FRO=134;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=49;FSRR=85;FWDB=-0.0319995;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.711;QD=16.0541;RBI=0.0337744;REFB=-0.0129524;REVB=0.0108048;RO=133;SAF=38;SAR=63;SRF=48;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167639;STB=0.513574;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0217245;OID=.;OPOS=14798976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:237:133:134:101:103:0.434599:63:38:48:85:63:40:49:85 chr3 14801487 . G A 413.71 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0103305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.851;QD=16.3844;RBI=0.0117769;REFB=-0.0181957;REVB=-0.00565468;RO=55;SAF=19;SAR=26;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683241;STB=0.543575;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0194539;OID=.;OPOS=14801487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:56:45:45:0.445545:26:19:27:28:26:19:28:28 chr3 14939479 . G T 1538.94 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0359391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9441;QD=61.5576;RBI=0.0370677;REFB=-0.049391;REVB=0.00907719;RO=2;SAF=59;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00403458;STB=0.502127;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00833409;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:39:59:1:1:39:59:1:1 chr3 15084879 . ATA AAA,AA,AAT,AT 593.24 PASS AF=0,0.414634,0,0.536585;AO=22,17,6,28;DP=109;FAO=0,34,0,44;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=0,18,0,24;FSAR=0,16,0,20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0251551,-0.0234759,-0.139263,0.180292;FXX=0.0238067;HRUN=1,1,1,6;LEN=1,1,2,1;MLLD=201.937,200.791,17.484,8.95055;QD=28.9386;RBI=0.0290297,0.0246232,0.143656,0.203167;REFB=-0.000728139,-0.00631066,0.0488515,-0.189233;REVB=-0.0144894,-0.00742856,-0.035253,0.0936575;RO=30;SAF=19,5,6,9;SAR=3,12,0,19;SRF=21;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.265762,-0.426695,0.622748,-0.345061;STB=0.5,0.503104,0.5,0.503815;STBP=1,0.909,1,0.917;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0.049535,-0.000245856,0,0.179933;OID=.,.,.,.;OPOS=15084880,15084880,15084880,15084881;OREF=T,T,TA,A;OALT=A,-,AT,-;OMAPALT=AAA,AA,AAT,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.414634,0,0.536585:22,17,6,28:109:0,34,0,44:82:4:0,18,0,24:0,16,0,20:2:2:99:30:19,5,6,9:3,12,0,19:21:9 chr3 15113519 . C T 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0365765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.978;QD=13.7843;RBI=0.0376946;REFB=0.00310041;REVB=-0.00911256;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515463;STB=0.536393;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00408724;OID=.;OPOS=15113519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:14:9:11:21:14:9:11:22 chr3 15216429 . C T 1453.32 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0754;QD=63.1878;RBI=0.0265334;REFB=0;REVB=-0.0144277;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192224;OID=.;OPOS=15216429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr3 15216703 . A T 1171.92 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.212;QD=60.8789;RBI=0.0318138;REFB=0;REVB=-0.0135278;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54716e-05;OID=.;OPOS=15216703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:40:36:0:0:40:37:0:0 chr3 15293708 . TAA TA,TAT 738.31 PASS AF=0.831169,0.168831;AO=8,11;DP=79;FAO=64,13;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=56,0;FSAR=8,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.846175,0.0490499;FXX=0.0374953;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.5919,232.694;QD=38.3537;RBI=0.846655,0.0510426;REFB=0,0;REVB=-0.0285151,-0.0141226;RO=46;SAF=5,0;SAR=3,11;SRF=46;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.740182,-0.893645;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00139378,0.0960272;OID=.,.;OPOS=15293709,15293710;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.831169,0.168831:8,11:79:64,13:77:0:56,0:8,13:0:0:62:46:5,0:3,11:46:0 chr3 15492150 . C T 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8768;QD=57.2312;RBI=0.0136368;REFB=0;REVB=5.65866e-05;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13504e-05;OID=.;OPOS=15492150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr3 15492786 . T A 982.23 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0132128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.167;QD=56.1273;RBI=0.0133312;REFB=-0.00761662;REVB=-0.00177251;RO=2;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00159292;STB=0.500843;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000466412;OID=.;OPOS=15492786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:36:32:1:1:36:32:1:1 chr3 15492807 . G A 1043.65 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8324;QD=59.6374;RBI=0.0727365;REFB=0;REVB=0.0719274;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493579;OID=.;OPOS=15492807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr3 15509327 . C G 1986.18 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=132;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00233369;FXX=0.0227256;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.833;QD=61.587;RBI=0.0355319;REFB=-0.120165;REVB=0.0354552;RO=0;SAF=56;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21615e-08;STB=0.503448;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000251888;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:129:0:1:128:128:0.992248:72:56:0:0:72:56:0:1 chr3 15515695 . C T 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.331;QD=60.6088;RBI=0.0390255;REFB=0;REVB=-0.0233784;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000481461;OID=.;OPOS=15515695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr3 15516481 . T C 1234.89 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0091001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.3749;QD=56.7764;RBI=0.0187108;REFB=-0.00286942;REVB=0.0163487;RO=4;SAF=37;SAR=46;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026685;STB=0.514107;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=9.17194e-05;OID=.;OPOS=15516481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:87:87:4:4:83:83:0.954023:46:37:3:1:46:37:3:1 chr3 15548131 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.487;QD=60.6103;RBI=0.0266317;REFB=0;REVB=0.00661772;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43692e-05;OID=.;OPOS=15548131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr3 15610070 . C T 1377.48 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.773;QD=62.6128;RBI=0.0404561;REFB=0;REVB=-0.0397482;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03895e-05;OID=.;OPOS=15610070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chr3 15643043 . A G 616.92 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410506;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.105;QD=61.6924;RBI=0.0604376;REFB=0;REVB=0.0443571;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229335;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr3 15710011 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.901;QD=63.2857;RBI=0.0402186;REFB=0;REVB=0.0347122;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2716e-05;OID=.;OPOS=15710011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr3 16261420 . C T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0058041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.455;QD=15.2296;RBI=0.00933591;REFB=-0.0239703;REVB=0.00731243;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012562;STB=0.507239;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0246848;OID=.;OPOS=16261420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:18:10:7:12:18:10 chr3 16305674 . C G 131.55 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0655378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.97;QD=14.2219;RBI=0.0697458;REFB=-0.0208774;REVB=-0.0238594;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700618;STB=0.561963;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0323076;OID=.;OPOS=16305674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:22:14:15:0.405405:8:6:8:14:8:7:8:14 chr3 16312564 . C T 563.78 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0170074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.994;QD=21.0757;RBI=0.0173761;REFB=-0.0168767;REVB=0.00356057;RO=50;SAF=22;SAR=35;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824688;STB=0.545377;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0137984;OID=.;OPOS=16312564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:57:57:0.53271:35:22:24:26:35:22:24:26 chr3 16327855 . T G 683.21 PASS AF=0.473684;AO=71;DP=151;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.00664578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2201;QD=17.9792;RBI=0.00774737;REFB=-0.0174763;REVB=-0.00398187;RO=78;SAF=27;SAR=44;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298189;STB=0.519812;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0211215;OID=.;OPOS=16327855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:78:80:71:72:0.473684:44:27:32:46:44:28:34:46 chr3 16358584 . T C 416.11 PASS AF=0.438776;AO=44;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.0123446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.731;QD=16.9839;RBI=0.0131837;REFB=-0.0176859;REVB=-0.0046282;RO=54;SAF=26;SAR=18;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590648;STB=0.518751;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0206058;OID=.;OPOS=16358584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:55:44:43:0.438776:18:26:35:19:17:26:35:20 chr3 16364919 . A C 380.84 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0014154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.715;QD=19.5304;RBI=0.0424663;REFB=-0.00641155;REVB=0.0424427;RO=37;SAF=22;SAR=16;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643054;STB=0.53948;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0109352;OID=.;OPOS=16364919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:37:39:38:39:0.5:16:22:24:13:17:22:25:14 chr3 16368293 . C T 171.23 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0094874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.361;QD=9.13248;RBI=0.00978026;REFB=-0.00312578;REVB=-0.00237544;RO=51;SAF=8;SAR=15;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796105;STB=0.541682;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.013425;OID=.;OPOS=16368293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:51:52:23:23:0.306667:15:8:21:30:15:8:21:31 chr3 16535229 . C T 171.22 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00115477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.233;QD=17.5609;RBI=0.00496535;REFB=-0.00905246;REVB=-0.0048292;RO=21;SAF=2;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512458;STB=0.7996;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00794711;OID=.;OPOS=16535229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:16:2:11:10:16:2:11:10 chr3 16646745 . C G 594.44 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1468;QD=60.9679;RBI=0.0394274;REFB=0;REVB=-0.018576;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00073109;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr3 17051328 . T C 259.93 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217388;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.296;QD=51.9852;RBI=0.00682883;REFB=0;REVB=0.00647357;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71034e-05;OID=.;OPOS=17051328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:21:20:1:7:14:0:0:6:14:0:0 chr3 17051383 . A G 34.34 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0162026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.144;QD=5.97283;RBI=0.0242993;REFB=-0.0101989;REVB=0.0181089;RO=17;SAF=4;SAR=1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14443;STB=0.533225;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0239525;OID=.;OPOS=17051383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:22:23:17:17:5:6:0.26087:1:4:12:5:2:4:12:5 chr3 17053499 . A G 795.87 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0282517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0047;QD=54.8875;RBI=0.0900774;REFB=0.0994981;REVB=-0.0855323;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015982;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00216687;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:27:29:1:0:27:30:1:0 chr3 17741409 . C G 1120.31 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211334;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3102;QD=60.5572;RBI=0.0403535;REFB=0;REVB=0.0343771;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161163;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr3 18055231 . A C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.612;QD=59.323;RBI=0.0260631;REFB=0;REVB=0.0216721;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61638e-05;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr3 18427924 . G T 2208.56 PASS AF=0.927711;AO=154;DP=166;FAO=154;FDP=166;FR=.;FRO=12;FSAF=83;FSAR=71;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00290878;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.031;QD=53.2183;RBI=0.0119741;REFB=0.0296491;REVB=0.0116155;RO=10;SAF=83;SAR=71;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00711183;STB=0.502832;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.000247088;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:166:166:10:12:154:154:0.927711:71:83:6:4:71:83:6:6 chr3 19388116 . T A 315.97 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.00218594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.387;QD=12.7666;RBI=0.00221922;REFB=-0.0129003;REVB=-0.000382886;RO=62;SAF=22;SAR=14;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350275;STB=0.515818;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0242744;OID=.;OPOS=19388116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:63:36:36:0.363636:14:22:36:26:14:22:37:26 chr3 19490425 . C T 492.47 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00587102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.531;QD=20.1009;RBI=0.0571162;REFB=-0.0290223;REVB=-0.0568137;RO=49;SAF=26;SAR=22;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102824;STB=0.561839;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.024578;OID=.;OPOS=19490425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:22:26:21:28:22:26:21:29 chr3 20216519 . T A 368.09 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0562352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.604;QD=29.4474;RBI=0.0562904;REFB=-0.0117142;REVB=0.0024913;RO=19;SAF=13;SAR=18;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00120512;STB=0.500662;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00916327;OID=.;OPOS=20216519;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:18:13:8:11:18:13:8:11 chr3 21462754 . A G 558.89 PASS AF=0.422535;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=142;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0143078;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.97;QD=15.7434;RBI=0.0252354;REFB=-0.0168454;REVB=-0.0207873;RO=79;SAF=29;SAR=31;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747075;STB=0.544737;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0259457;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:79:82:60:60:0.422535:31:29:44:35:31:29:46:36 chr3 21462787 . G A 2471.02 PASS AF=0.97619;AO=164;DP=168;FAO=164;FDP=168;FR=.;FRO=4;FSAF=85;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0356331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.452;QD=58.8338;RBI=0.0503997;REFB=-0.137781;REVB=0.0356428;RO=1;SAF=85;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0059857;STB=0.512344;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00107066;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:168:168:1:4:164:164:0.97619:79:85:0:1:79:85:0:4 chr3 23312442 . C G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0199201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.207;QD=15.4096;RBI=0.0202759;REFB=0.00463484;REVB=-0.00378193;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184674;STB=0.603702;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0127133;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:15:12:9:25:15:12:9:25 chr3 24006477 . T A 786.62 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6955;QD=55.2011;RBI=0.0305458;REFB=-0.123142;REVB=0.0269999;RO=1;SAF=32;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145081;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00264606;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:24:32:1:0:24:32:1:0 chr3 24562877 . G T 2346.18 PASS AF=1;AO=126;DP=149;FAO=147;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097402;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.327;QD=63.8417;RBI=0.100374;REFB=0;REVB=0.0242423;RO=0;SAF=9;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357885;OID=.;OPOS=24562877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:147:0:0:126:147:1:117:9:0:0:117:30:0:0 chr3 25393837 . T C 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.000370801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.48;QD=16.8236;RBI=0.0341971;REFB=-0.0221742;REVB=-0.0341951;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949451;STB=0.554212;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0293065;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:12:16:10:11:12:16 chr3 25393860 . A G 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00529254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.691;QD=14.1961;RBI=0.012547;REFB=-0.010036;REVB=0.0113761;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138632;STB=0.578881;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0145194;OID=.;OPOS=25393860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:12:11:11:21:12:11:11:21 chr3 25904828 . A G 497.41 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=39;FWDB=-0.0162157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.637;QD=19.131;RBI=0.0246329;REFB=-0.0115578;REVB=0.0185426;RO=52;SAF=26;SAR=26;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227299;STB=0.624955;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00708938;OID=.;OPOS=25904828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:52:52:0.5:26:26:13:39:26:26:13:39 chr3 26751493 . A T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0314402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8402;QD=23.2631;RBI=0.0320013;REFB=0.0068766;REVB=-0.00596604;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153386;STB=0.585699;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00604861;OID=.;OPOS=26751493;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:9:14:8:11:9:14:8:11 chr3 26752237 . A G 657.22 PASS AF=0.464052;AO=69;DP=151;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0129709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.1706;QD=17.1823;RBI=0.014952;REFB=-0.0246612;REVB=0.00743765;RO=82;SAF=35;SAR=34;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547343;STB=0.522382;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.023108;OID=.;OPOS=26752237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:82:82:69:71:0.464052:34:35:37:45:36:35:37:45 chr3 27424718 . A G 1575.24 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485451;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0961;QD=60.0092;RBI=0.0512858;REFB=0;REVB=0.0165412;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34328e-05;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:60:45:0:0:60:45:0:0 chr3 27444657 . T C 449.68 PASS AF=0.471154;AO=48;DP=103;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0376301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.701;QD=17.2952;RBI=0.0383928;REFB=-0.0172898;REVB=-0.00761422;RO=55;SAF=26;SAR=22;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135134;STB=0.579367;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0207943;OID=.;OPOS=27444657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:55:55:48:49:0.471154:22:26:22:33:22:27:22:33 chr3 28520417 . T A 2494.27 PASS AF=0.993902;AO=164;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0288977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.595;QD=60.8357;RBI=0.0398076;REFB=-0.12103;REVB=0.0273783;RO=0;SAF=86;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.29459e-08;STB=0.503225;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000283033;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:0:1:164:163:0.993902:78:86:0:0:77:86:0:1 chr3 28533658 . G A 272.04 PASS AF=0.469388;AO=21;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00738731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.052;QD=22.2077;RBI=0.02714;REFB=-0.00304926;REVB=0.0261153;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247949;STB=0.652042;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00472187;OID=.;OPOS=28533658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:21:23:0.469388:13:8:15:8:15:8:15:8 chr3 29628639 . C T 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.044793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9445;QD=18.1596;RBI=0.0447933;REFB=0.0140543;REVB=0.000153112;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559015;STB=0.531161;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0167031;OID=.;OPOS=29628639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:21:15:14:25:21:15:14:25 chr3 31270257 . G GC 380.73 PASS AF=1;AO=22;DP=44;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495724;FXX=0.377694;HRUN=0;LEN=1;MLLD=133.041;QD=54.3895;RBI=0.0643246;REFB=0;REVB=0.0409906;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000223516;OID=.;OPOS=31270258;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:22:44:28:28:0:11:17:0:0:3:22:10:12:10:12 chr3 31270258 . T C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0204807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.864;QD=19.9927;RBI=0.0325228;REFB=-0.0232314;REVB=0.025264;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215978;STB=0.512184;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0441125;OID=.;OPOS=31270258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:12:10:11:12:12:10:11:12 chr3 31712393 . C T 1545.42 PASS AF=1;AO=48;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390156;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.294;QD=58.3178;RBI=0.0405851;REFB=0;REVB=0.0111773;RO=0;SAF=40;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.98835e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761907;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:48:106:1:8:40:0:0:63:43:0:0 chr3 31725316 . G A 2582.44 PASS AF=0.982759;AO=168;DP=174;FAO=171;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=111;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0335662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2731;QD=59.3665;RBI=0.0466085;REFB=-0.0280601;REVB=0.0323367;RO=3;SAF=60;SAR=108;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130348;STB=0.505954;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000862252;OID=.;OPOS=31725316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:174:174:3:3:168:171:0.982759:108:60:0:3:111:60:2:1 chr3 31789582 . T C 391.56 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0764345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1076;QD=19.3364;RBI=0.0786611;REFB=-0.0216663;REVB=0.018583;RO=41;SAF=19;SAR=21;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122991;STB=0.568191;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0185312;OID=.;OPOS=31789582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:21:19:14:27:21:19:14:27 chr3 31839242 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.743;QD=57.3858;RBI=0.0358434;REFB=0;REVB=0.031589;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013127;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr3 32031135 . A G 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00540585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.706;QD=17.289;RBI=0.0125692;REFB=-0.00931178;REVB=0.0113473;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852725;STB=0.554063;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0118545;OID=.;OPOS=32031135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:13:17:21:11:13:17:22:11 chr3 32031615 . A C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00486711;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.329;QD=7.76205;RBI=0.010017;REFB=-0.00518831;REVB=-0.0087551;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445571;STB=0.773411;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0109235;OID=.;OPOS=32031615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:3:10:2:4:3:10 chr3 32031622 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00204067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.101;QD=8.69805;RBI=0.0117605;REFB=-0.00384841;REVB=-0.0115821;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376308;STB=0.726721;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0145979;OID=.;OPOS=32031622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:3:11:3:4:3:11 chr3 32031643 . A G 74.12 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.077468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2489;QD=10.5881;RBI=0.0825155;REFB=-0.0255028;REVB=0.028417;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284721;STB=0.666388;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0456006;OID=.;OPOS=32031643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:3:15:6:4:3:15 chr3 32031895 . G A 375.72 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00447287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.03;QD=23.855;RBI=0.00454712;REFB=-0.0150039;REVB=0.000818345;RO=26;SAF=26;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252652;STB=0.639266;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00893265;OID=.;OPOS=32031895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:11:26:10:16:11:26:10:16 chr3 32031962 . A G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0409254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1066;QD=7.83725;RBI=0.0455445;REFB=-0.0287516;REVB=-0.0199854;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112483;STB=0.571216;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0369515;OID=.;OPOS=32031962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:6:10:5:2:6:10 chr3 32032951 . CTT C 259.54 PASS AF=0.5;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00889652;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=329.332;QD=14.029;RBI=0.00902163;REFB=-0.00462366;REVB=0.00149724;RO=36;SAF=14;SAR=23;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357345;STB=0.514256;STBP=0.801;TYPE=del;VARB=0.0041313;OID=.;OPOS=32032952;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:37:73:37:74:37:14:23:15:22:99:36:14:23:15:21 chr3 32815230 . CA C,CT 494.31 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=8,27;DP=35;FAO=4,30;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217301,0.0327654;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.503,219.197;QD=58.1537;RBI=0.0297435,0.0365574;REFB=0,0;REVB=0.0203095,0.0162133;RO=0;SAF=5,7;SAR=3,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,-4.41836e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0202121,0.0043049;OID=.,.;OPOS=32815231,32815231;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.117647,0.882353:8,27:35:4,30:34:0:2,9:2,21:0:0:17:0:5,7:3,20:0:0 chr3 32927509 . G T 832.26 PASS AF=0.983607;AO=57;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.044251;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.447;QD=54.5743;RBI=0.0736348;REFB=-0.0951753;REVB=0.0588552;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154619;STB=0.508194;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00156021;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:61:1:1:57:60:0.983607:30:27:0:1:30:30:0:1 chr3 32933036 . G A 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0131244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.724;QD=22.8673;RBI=0.0212324;REFB=-0.00805075;REVB=0.0166903;RO=28;SAF=19;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942379;STB=0.551839;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00613983;OID=.;OPOS=32933036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:18:19:11:17:18:19:11:17 chr3 32996509 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.010989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9945;QD=12.0239;RBI=0.0527659;REFB=-0.0141912;REVB=-0.051609;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23251;STB=0.638063;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00811256;OID=.;OPOS=32996509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:11:9:8:4:11:9 chr3 33055721 . A G 1607.04 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.314;QD=60.0761;RBI=0.0184501;REFB=0;REVB=0.0110445;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72561e-05;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:63:44:0:0:63:44:0:0 chr3 33118631 . G A 417.69 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=-0.00963447;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.558;QD=15.47;RBI=0.0405496;REFB=-0.0225776;REVB=0.0393884;RO=60;SAF=28;SAR=19;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11133;STB=0.555533;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0294295;OID=.;OPOS=33118631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:60:61:47:47:0.435185:19:28:42:18:19:28:42:19 chr3 33138544 . A G 1952.25 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.936;QD=61.9762;RBI=0.0631247;REFB=0;REVB=0.0441203;RO=0;SAF=70;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11818e-06;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:56:70:0:0:56:70:0:0 chr3 33138549 . G A 683.83 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.000710962;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9653;QD=22.606;RBI=0.0425695;REFB=-0.0764735;REVB=-0.0425636;RO=35;SAF=34;SAR=22;SRF=31;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218598;STB=0.564081;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0187054;OID=.;OPOS=33138549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:35:43:56:56:0.46281:22:34:31:4:22:34:32:11 chr3 33155782 . G A 79.75 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00900173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.473;QD=15.9494;RBI=0.0295048;REFB=-0.0180925;REVB=0.0280981;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394404;STB=0.631288;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0223215;OID=.;OPOS=33155782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:19:20:10:10:9:10:0.5:8:1:4:6:8:2:4:6 chr3 33161898 . C T 540.08 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0176479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.053;QD=19.4623;RBI=0.027527;REFB=-0.00367427;REVB=-0.0211255;RO=53;SAF=22;SAR=34;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121443;STB=0.558822;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00411492;OID=.;OPOS=33161898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:53:55:56:56:0.504505:34:22:28:25:34:22:28:27 chr3 33174156 . T G 188.21 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.024124;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.492;QD=12.7602;RBI=0.0267188;REFB=0.00698474;REVB=0.011486;RO=36;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166817;STB=0.596245;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00729445;OID=.;OPOS=33174156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:8:15:18:18:8:15:18:18 chr3 33174168 . G A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0249541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.901;QD=13.0371;RBI=0.0251998;REFB=-0.0110582;REVB=-0.0035108;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156898;STB=0.591825;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0211427;OID=.;OPOS=33174168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:7:11:15:17:7:11:15:17 chr3 33194990 . C A 62.94 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00320271;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=92.2454;QD=7.62956;RBI=0.00320369;REFB=-0.0150022;REVB=-7.91896e-05;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330945;STB=0.705442;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0601569;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:34:33:24:24:9:9:0.272727:3:6:9:15:3:6:9:15 chr3 33195284 . G A 364.24 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00251963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.671;QD=21.1153;RBI=0.0324761;REFB=-0.0167319;REVB=0.0323782;RO=31;SAF=19;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510298;STB=0.520741;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0169695;OID=.;OPOS=33195284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:31:32:37:37:0.536232:18:19:14:17:18:19:15:17 chr3 33195309 . A G 339.96 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0415507;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2523;QD=17.8927;RBI=0.0431799;REFB=-0.0168792;REVB=-0.0117493;RO=40;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470743;STB=0.526301;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0212424;OID=.;OPOS=33195309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:40:36:36:0.473684:18:18:18:22:18:18:18:22 chr3 33255592 . A G 279.49 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.243;QD=48.6064;RBI=0.0281452;REFB=-0.15033;REVB=0.0111265;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486023;STB=0.526292;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0016288;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:9:13:0:1:9:13:0:1 chr3 33319047 . AC A 44.98 PASS AF=0.393939;AO=11;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0384542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1045;QD=5.45151;RBI=0.0589055;REFB=-0.100989;REVB=-0.0446222;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642199;STB=0.509789;STBP=0.946;TYPE=del;VARB=0.121514;OID=.;OPOS=33319048;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:11:32:13:33:20:5:8:8:12:44:19:4:7:8:11 chr3 33434831 . G A 1357.21 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0134622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.613;QD=59.0091;RBI=0.0260324;REFB=-0.0159333;REVB=0.0222813;RO=3;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270611;STB=0.514283;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000305483;OID=.;OPOS=33434831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:3:3:89:89:0.967391:51:38:0:3:51:38:0:3 chr3 33458266 . T C 1054.12 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.043134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.838;QD=56.9792;RBI=0.0489696;REFB=-0.0349073;REVB=0.0231835;RO=2;SAF=36;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255483;STB=0.51351;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000189942;OID=.;OPOS=33458266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:36:36:2:0:36:36:2:0 chr3 33879770 . G A 415.31 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0362123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.404;QD=19.5442;RBI=0.0368233;REFB=0.0116955;REVB=0.00667998;RO=43;SAF=18;SAR=24;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762231;STB=0.542353;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.011856;OID=.;OPOS=33879770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:24:18:22:21:24:18:22:21 chr3 35725250 . C T 1094.12 PASS AF=0.46473;AO=110;DP=239;FAO=112;FDP=241;FR=.;FRO=129;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=53;FSRR=76;FWDB=0.0092117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4813;QD=18.1597;RBI=0.019837;REFB=0.00138678;REVB=-0.0175685;RO=129;SAF=55;SAR=55;SRF=53;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870715;STB=0.547709;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00218458;OID=.;OPOS=35725250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:241:129:129:110:112:0.46473:55:55:53:76:56:56:53:76 chr3 36940741 . G T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00215651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.372;QD=17.8006;RBI=0.0239174;REFB=-0.0063355;REVB=0.02382;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22611;STB=0.628902;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00544473;OID=.;OPOS=36940741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:10:14:7:13:10:14 chr3 37100367 . C T 387.76 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00738466;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.292;QD=24.235;RBI=0.0113357;REFB=-0.0244231;REVB=0.00860025;RO=25;SAF=13;SAR=25;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764827;STB=0.535695;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0195001;OID=.;OPOS=37100367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:26:38:38:0.59375:25:13:11:14:25:13:11:15 chr3 37163039 . G A 1029.29 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.369;QD=58.8168;RBI=0.0267597;REFB=0;REVB=-0.00698897;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03101e-05;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:70:0:0:63:70:1:43:20:0:0:48:22:0:0 chr3 37368576 . A G 352.91 PASS AF=0.426966;AO=37;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00145322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.879;QD=15.8613;RBI=0.0128831;REFB=0.000519298;REVB=-0.0128009;RO=51;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178567;STB=0.591155;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00054959;OID=.;OPOS=37368576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:37:38:0.426966:16:21:20:31:17:21:20:31 chr3 37535984 . C G 966.38 PASS AF=1;AO=46;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435741;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.932;QD=58.5687;RBI=0.0495328;REFB=0;REVB=-0.0235543;RO=0;SAF=35;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197166;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:46:66:1:11:35:0:0:14:52:0:0 chr3 37574951 . G A 1029.95 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.062294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2567;QD=58.0253;RBI=0.0633681;REFB=0.0196009;REVB=0.0116176;RO=1;SAF=44;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106256;STB=0.505616;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00228364;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:26:44:1:0:26:44:1:0 chr3 38009749 . C T 222.7 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0025654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1799;QD=12.5467;RBI=0.0124372;REFB=-0.00997415;REVB=-0.0121697;RO=44;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601685;STB=0.534566;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0306597;OID=.;OPOS=38009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:15:12:22:22:15:12:22:22 chr3 38025750 . CA C 594.7 PASS AF=0.432432;AO=63;DP=151;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0101524;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.298;QD=16.0731;RBI=0.0101965;REFB=-0.0212256;REVB=-0.000946739;RO=86;SAF=35;SAR=28;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393036;STB=0.512044;STBP=0.814;TYPE=del;VARB=0.0267536;OID=.;OPOS=38025751;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:63:151:64:148:84:36:28:49:35:99:86:35:28:51:35 chr3 38038982 . T C 365.77 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.104421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2282;QD=18.7572;RBI=0.107774;REFB=0.0248222;REVB=-0.026677;RO=37;SAF=11;SAR=27;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239428;STB=0.654694;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0278007;OID=.;OPOS=38038982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:37:40:38:38:0.487179:27:11:20:17:27:11:23:17 chr3 38043904 . T C 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00984679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2371;QD=27.2511;RBI=0.0374551;REFB=-0.0227757;REVB=-0.0361375;RO=18;SAF=14;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133708;STB=0.573717;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00896843;OID=.;OPOS=38043904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:13:14:6:12:13:14:6:12 chr3 38047680 . G A 170.61 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0902047;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.13;QD=15.8704;RBI=0.0903418;REFB=-0.0372992;REVB=0.00497421;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015833;STB=0.542325;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0383595;OID=.;OPOS=38047680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:18:18:0.418605:12:6:8:15:12:6:10:15 chr3 38047954 . G C 388.23 PASS AF=0.427184;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0162638;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.709;QD=15.0768;RBI=0.0198978;REFB=0.000738177;REVB=0.0114634;RO=59;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960901;STB=0.547555;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.000871324;OID=.;OPOS=38047954;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:59:59:43:44:0.427184:23:20:22:37:24:20:22:37 chr3 38049029 . TG T 143.71 PASS AF=0.511628;AO=20;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0457597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.9259;QD=13.3685;RBI=0.194821;REFB=-0.0224489;REVB=0.189371;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705438;STB=0.510629;STBP=0.915;TYPE=del;VARB=0.0319691;OID=.;OPOS=38049030;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511628:20:42:22:43:21:12:10:11:10:99:21:12:8:11:10 chr3 38051941 . T C 638.84 PASS AF=0.579439;AO=61;DP=107;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0470191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.338;QD=23.8818;RBI=0.0555142;REFB=-0.0142545;REVB=0.0295132;RO=45;SAF=20;SAR=41;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235997;STB=0.630745;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00475776;OID=.;OPOS=38051941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:45:45:61:62:0.579439:41:20:28:17:42:20:28:17 chr3 38080952 . T G 1468.4 PASS AF=0.989583;AO=92;DP=94;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0562433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8169;QD=61.1834;RBI=0.0977156;REFB=-0.212172;REVB=0.0799063;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00776457;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:96:0:1:92:95:0.989583:49:43:0:0:49:46:0:1 chr3 38081031 . A T 1551.08 PASS AF=1;AO=103;DP=107;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277246;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5853;QD=59.657;RBI=0.0324395;REFB=0;REVB=0.0168424;RO=0;SAF=39;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370567;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:104:0:0:103:104:1:64:39:0:0:64:40:0:0 chr3 38125705 . G A 1906.19 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724175;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3051;QD=61.4901;RBI=0.0601616;REFB=0;REVB=-0.0597242;RO=0;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012167;OID=.;OPOS=38125705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:123:124:1:55:68:0:0:55:69:0:0 chr3 38151731 . T C 1098.45 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.3666;QD=60.1892;RBI=0.032812;REFB=0;REVB=-0.0301479;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223034;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr3 38170810 . C G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0511888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.084;QD=13.4056;RBI=0.0515314;REFB=0.00441254;REVB=0.00593218;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144522;STB=0.582631;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00456869;OID=.;OPOS=38170810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:11:12:13:21:11:12:13:21 chr3 38350479 . T C 2277.53 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035225;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.357;QD=63.7071;RBI=0.0437087;REFB=0;REVB=0.0258776;RO=0;SAF=59;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03926e-05;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:142:143:1:83:59:0:0:84:59:0:0 chr3 38350519 . G A 2272.18 PASS AF=0.993464;AO=150;DP=152;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.123661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.078;QD=59.4033;RBI=0.125769;REFB=-0.114894;REVB=0.0229348;RO=1;SAF=61;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531475;STB=0.503999;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000143889;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:152:153:1:1:150:152:0.993464:89:61:0:1:90:62:1:0 chr3 38350543 . A G 2304.91 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.588;QD=63.5838;RBI=0.0313999;REFB=0;REVB=-0.0309746;RO=0;SAF=65;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02873e-05;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:79:65:0:0:80:65:0:0 chr3 38355324 . C T 221.04 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0226032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.3;QD=14.2606;RBI=0.027735;REFB=-0.00877012;REVB=-0.0160724;RO=26;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394917;STB=0.634358;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0136625;OID=.;OPOS=38355324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:36:26:26:0.419355:18:8:9:17:18:8:19:17 chr3 38401839 . T C 1179.21 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114413;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.367;QD=59.7067;RBI=0.0421778;REFB=-0.140564;REVB=0.0405964;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111373;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00067091;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:36:42:1:0:36:42:1:0 chr3 38404472 . C A 508.53 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00783321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.234;QD=23.3805;RBI=0.0110984;REFB=-0.0303889;REVB=-0.00786227;RO=39;SAF=29;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118199;STB=0.564999;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0367512;OID=.;OPOS=38404472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:19:29:18:21:19:29:18:21 chr3 38406773 . G T 468.97 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542666;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.53;QD=58.6213;RBI=0.0696971;REFB=0;REVB=0.0437358;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027645;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr3 38408361 . G A 1359.39 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0131741;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.826;QD=60.4172;RBI=0.0274887;REFB=0.0936045;REVB=0.0241262;RO=2;SAF=33;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00560456;STB=0.504503;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000248039;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:90:2:1:88:89:0.988889:55:33:1:1:55:34:0:1 chr3 38442490 . G A 165.57 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.024298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.48;QD=9.73934;RBI=0.0244895;REFB=-0.00666348;REVB=0.00305613;RO=44;SAF=8;SAR=14;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208179;STB=0.63624;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0130279;OID=.;OPOS=38442490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:44:46:22:22:0.323529:14:8:24:20:14:8:26:20 chr3 38519424 . A G 515.7 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0149682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.013;QD=20.027;RBI=0.0190002;REFB=-0.0210323;REVB=-0.011703;RO=50;SAF=27;SAR=26;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269168;STB=0.514846;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0191887;OID=.;OPOS=38519424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:26:27:27:23:26:27:27:23 chr3 38524742 . C T 832.35 PASS AF=0.445545;AO=90;DP=202;FAO=90;FDP=202;FR=.;FRO=112;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=68;FWDB=0.0100666;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.594;QD=16.4821;RBI=0.0192169;REFB=-0.0163494;REVB=-0.0163693;RO=112;SAF=42;SAR=48;SRF=44;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744908;STB=0.541324;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0173727;OID=.;OPOS=38524742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:112:112:90:90:0.445545:48:42:44:68:48:42:44:68 chr3 38525567 . T C 616.44 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.000859771;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9167;QD=23.4834;RBI=0.00168529;REFB=-0.0165277;REVB=0.00144948;RO=45;SAF=18;SAR=42;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108351;STB=0.559375;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0239228;OID=.;OPOS=38525567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:45:45:60:60:0.571429:42:18:19:26:42:18:19:26 chr3 38529818 . C T 125.69 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.024913;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.128;QD=10.2603;RBI=0.0437316;REFB=-0.00226036;REVB=-0.0359416;RO=34;SAF=4;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316545;STB=0.691163;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0091012;OID=.;OPOS=38529818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:34:34:15:15:0.306122:11:4:18:16:11:4:18:16 chr3 38529825 . C T 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0329168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.475;QD=11.1266;RBI=0.0439044;REFB=-0.0323105;REVB=-0.029053;RO=34;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274914;STB=0.663263;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0254943;OID=.;OPOS=38529825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:12:5:18:16:12:5:18:16 chr3 38532511 . G A 578.78 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=57;FWDB=-0.0662709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.843;QD=17.0231;RBI=0.0670682;REFB=-0.015035;REVB=-0.0103112;RO=75;SAF=25;SAR=36;SRF=18;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181351;STB=0.600279;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0235852;OID=.;OPOS=38532511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:75:61:61:0.448529:36:25:18:57:36:25:18:57 chr3 38534133 . TAAAAAAAAT TAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAT,TAAAAAAATA 249.16 PASS AF=0.375,0,0.339286,0;AO=13,22,12,5;DP=86;FAO=21,0,19,0;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=6,0,7,0;FSAR=15,0,12,0;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0106072,-0.00729277,0.0161277,-0.118959;FXX=0;HRUN=1,1,8,8;LEN=1,1,1,2;MLLD=200.585,201.348,6.80336,12.3746;QD=17.7969;RBI=0.0218025,0.0226654,0.364588,0.171331;REFB=-0.00647746,-0.0054461,-0.00878809,-0.00864671;REVB=-0.0190482,-0.0214601,0.364232,-0.1233;RO=18;SAF=3,5,10,2;SAR=10,17,2,3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.19204,-0.165022,0.490867,0.0133606;STB=0.54541,0.5,0.503222,0.5;STBP=0.576,1,0.998,1;TYPE=del,snp,del,mnp;VARB=-0.00682647,0.0206844,0.133703,0;OID=.,.,.,.;OPOS=38534142,38534142,38534134,38534141;OREF=T,T,A,AT;OALT=-,A,-,TA;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAT,TAAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.375,0,0.339286,0:13,22,12,5:86:21,0,19,0:56:16:6,0,7,0:15,0,12,0:6:10:97:18:3,5,10,2:10,17,2,3:7:11 chr3 38589666 . T TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 259.97 PASS AF=0.6;AO=20;DP=41;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.000914373;FXX=0;HRUN=3;LEN=25;MLLD=521.547;QD=25.997;RBI=0.0181459;REFB=-0.0310303;REVB=0.0181228;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169743;STB=0.551904;STBP=0.43;TYPE=ins;VARB=0.0175332;OID=.;OPOS=38589667;OREF=-;OALT=CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:20:41:24:40:16:9:15:8:8:99:17:9:11:8:9 chr3 38622467 . T C 1122.76 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0317743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6082;QD=59.0925;RBI=0.0926974;REFB=-0.123603;REVB=0.0870816;RO=1;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185474;STB=0.509801;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00340292;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:76:1:1:75:75:0.986842:25:50:0:1:25:50:0:1 chr3 38645420 . T C 425.78 PASS AF=0.5;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0182943;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0336;QD=19.8036;RBI=0.0187948;REFB=-0.012571;REVB=0.00430841;RO=42;SAF=14;SAR=28;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158496;STB=0.598577;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0201326;OID=.;OPOS=38645420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:43:42:43:0.5:28:14:21:21:29:14:22:21 chr3 38647642 . G T 133.05 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0385094;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.5689;QD=15.6525;RBI=0.0761089;REFB=-0.0314432;REVB=-0.0656475;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458804;STB=0.512179;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0364721;OID=.;OPOS=38647642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:17:19:15:15:0.441176:6:9:11:6:6:9:11:8 chr3 38674712 . T C 1118.06 PASS AF=0.455939;AO=119;DP=261;FAO=119;FDP=261;FR=.;FRO=142;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=74;FSRR=68;FWDB=-0.0270952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.536;QD=17.135;RBI=0.0276855;REFB=-0.0169351;REVB=0.00568631;RO=142;SAF=53;SAR=66;SRF=74;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746873;STB=0.541326;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0181583;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:142:142:119:119:0.455939:66:53:74:68:66:53:74:68 chr3 38739574 . T C 2005.83 PASS AF=0.992366;AO=125;DP=128;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00793766;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7172;QD=61.2467;RBI=0.078372;REFB=0.0890378;REVB=0.077969;RO=2;SAF=51;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284735;STB=0.504854;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00035684;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:131:2:1:125:130:0.992366:74:51:1:1:79:51:1:0 chr3 38739845 . A G 972.77 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0148;QD=58.956;RBI=0.0226077;REFB=0;REVB=-0.00460136;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102478;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr3 38740001 . C T 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0834144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.399;QD=21.9711;RBI=0.0907787;REFB=-0.0651587;REVB=0.0358164;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162001;STB=0.509082;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0463831;OID=.;OPOS=38740001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:15:5:4:13:15:5:4:13 chr3 38748833 . T C 631.13 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00626157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.4633;QD=21.0376;RBI=0.00681543;REFB=-0.0198072;REVB=0.00269125;RO=57;SAF=37;SAR=26;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690101;STB=0.537952;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0170318;OID=.;OPOS=38748833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:57:63:63:0.525:26:37:29:28:26:37:29:28 chr3 38763863 . G C 480.9 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0172682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.382;QD=20.2483;RBI=0.0207555;REFB=-0.00461634;REVB=-0.0115152;RO=48;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280437;STB=0.515541;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00588198;OID=.;OPOS=38763863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:25:22:21:27:25:22:21:27 chr3 38764998 . A G 229.28 PASS AF=0.409091;AO=24;DP=63;FAO=27;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0549437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.762;QD=13.8959;RBI=0.0549932;REFB=-0.0250398;REVB=0.00233389;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171468;STB=0.527007;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0258525;OID=.;OPOS=38764998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:31:39:24:27:0.409091:13:11:9:22:14:13:17:22 chr3 38766675 . A G 732.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.275;QD=56.3733;RBI=0.0724721;REFB=0;REVB=0.0158582;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112714;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:47:52:1:30:17:0:0:31:21:0:0 chr3 38768247 . G A 334.61 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0083665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.908;QD=14.3919;RBI=0.00837475;REFB=-0.0153854;REVB=0.000371603;RO=55;SAF=23;SAR=14;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439775;STB=0.531613;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0276617;OID=.;OPOS=38768247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:56:37:37:0.397849:14:23:32:23:14:23:32:24 chr3 38768300 . T C 383.34 PASS AF=0.419048;AO=43;DP=104;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00739626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.031;QD=14.6032;RBI=0.00778416;REFB=0.00819351;REVB=0.00242662;RO=61;SAF=23;SAR=20;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637361;STB=0.510633;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.010833;OID=.;OPOS=38768300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:61:61:43:44:0.419048:20:23:33:28:21:23:33:28 chr3 38768334 . T C 512.98 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00385522;FXX=0.0188661;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.515;QD=19.7301;RBI=0.0465942;REFB=-0.0163842;REVB=-0.0464344;RO=48;SAF=26;SAR=27;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278327;STB=0.519426;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0117969;OID=.;OPOS=38768334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:48:51:53:53:0.509615:27:26:22:26:27:26:23:28 chr3 38793940 . A G 100.51 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0432285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0474;QD=12.1827;RBI=0.0449349;REFB=-0.00646071;REVB=-0.0122653;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319811;STB=0.671292;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0114331;OID=.;OPOS=38793940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:33:33:19:20:9:9:0.272727:4:5:5:14:4:5:6:14 chr3 38793989 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00293112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.905;QD=14.6556;RBI=0.0250156;REFB=-0.0537035;REVB=0.0248433;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105859;STB=0.562346;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00960593;OID=.;OPOS=38793989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:5:3:4:4:5:3 chr3 38798171 . C T 576.02 PASS AF=0.552083;AO=50;DP=93;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0233905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.143;QD=24.0009;RBI=0.0493541;REFB=-0.0341522;REVB=0.0434593;RO=43;SAF=27;SAR=23;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549693;STB=0.517678;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0303023;OID=.;OPOS=38798171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:43:43:50:53:0.552083:23:27:26:17:23:30:26:17 chr3 38802251 . A G 528.27 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00155103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9754;QD=52.8265;RBI=0.0143895;REFB=-0.0014749;REVB=-0.0143057;RO=3;SAF=16;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332629;STB=0.517799;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000767127;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:21:16:2:1:21:16:2:1 chr3 38805069 . T C 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0175562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.927;QD=20.7502;RBI=0.017904;REFB=0.007059;REVB=0.00351163;RO=38;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167914;STB=0.59273;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00526353;OID=.;OPOS=38805069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:22:19:25:13:22:19:25:13 chr3 38945560 . A G 471.2 PASS AF=0.485437;AO=49;DP=102;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00198944;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.298;QD=18.2991;RBI=0.039977;REFB=-0.0135754;REVB=-0.0399275;RO=53;SAF=26;SAR=23;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333431;STB=0.523763;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0112463;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:53:53:49:50:0.485437:23:26:30:23:24:26:30:23 chr3 39077433 . T C 120.99 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00763845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.555;QD=8.20278;RBI=0.0129824;REFB=-0.00197382;REVB=0.0104975;RO=42;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353772;STB=0.712623;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00233883;OID=.;OPOS=39077433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:5:12:17:25:5:12:17:25 chr3 39077530 . T C 149.01 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00557271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4613;QD=7.94694;RBI=0.0252351;REFB=0.0082952;REVB=0.0246121;RO=54;SAF=15;SAR=6;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366288;STB=0.719489;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0214268;OID=.;OPOS=39077530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:54:54:21:21:0.28:6:15:22:32:6:15:22:32 chr3 39111140 . C A 501.34 PASS AF=0.495327;AO=52;DP=104;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0169251;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.686;QD=18.7416;RBI=0.0344767;REFB=-0.0188002;REVB=-0.0300364;RO=51;SAF=29;SAR=23;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432174;STB=0.542922;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0125942;OID=.;OPOS=39111140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:51:54:52:53:0.495327:23:29:26:25:23:30:26:28 chr3 39138082 . C T 212.77 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0379653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.455;QD=20.2637;RBI=0.0394608;REFB=-0.00202512;REVB=0.0107604;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484435;STB=0.527247;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00973643;OID=.;OPOS=39138082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:14:7:6:15:14:7:6:15 chr3 39152345 . G A 209.3 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0345274;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5434;QD=11.3137;RBI=0.0347003;REFB=0.0019757;REVB=0.00345941;RO=50;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109964;STB=0.550276;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00346158;OID=.;OPOS=39152345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:50:48:26:26:0.351351:11:15:24:26:11:15:24:24 chr3 39161456 . G A 207.34 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0547706;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6366;QD=15.0794;RBI=0.0630823;REFB=0.00609395;REVB=-0.0312979;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435068;STB=0.540673;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0119307;OID=.;OPOS=39161456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:31:24:24:0.436364:13:11:12:17:13:11:12:19 chr3 39161464 . G A 246.32 PASS AF=0.490909;AO=24;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0239876;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4385;QD=17.9143;RBI=0.0241695;REFB=-0.0342867;REVB=-0.00296023;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590111;STB=0.563639;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0316417;OID=.;OPOS=39161464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:28:24:27:0.490909:14:10:10:18:14:13:10:18 chr3 39180099 . T C 279.88 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=0.00894793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9513;QD=11.9099;RBI=0.0180758;REFB=0.000408231;REVB=-0.0157056;RO=58;SAF=20;SAR=13;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787714;STB=0.557366;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00097755;OID=.;OPOS=39180099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:61:33:33:0.351064:13:20:39:19:13:20:42:19 chr3 39180263 . G A 274.92 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0239936;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8008;QD=21.5624;RBI=0.0338952;REFB=-0.008037;REVB=-0.0239414;RO=24;SAF=19;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123351;STB=0.576575;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00912286;OID=.;OPOS=39180263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:23:28:28:0.54902:9:19:13:11:9:19:12:11 chr3 39184959 . C T 200.46 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00910112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.172;QD=9.66067;RBI=0.0223193;REFB=-0.0218345;REVB=-0.0203794;RO=57;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687194;STB=0.540307;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0452364;OID=.;OPOS=39184959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:57:26:26:0.313253:14:12:23:34:14:12:23:34 chr3 39185077 . G A 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0259052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.913;QD=15.1952;RBI=0.0482223;REFB=-0.0208993;REVB=0.0406732;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457137;STB=0.536043;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0274538;OID=.;OPOS=39185077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:10:8:10:15:10:8:10:16 chr3 39185248 . A G 88.91 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00173234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1876;QD=9.87942;RBI=0.058211;REFB=-0.0125846;REVB=-0.0581853;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119645;STB=0.583198;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0343495;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:35:36:23:24:12:12:0.333333:6:6:14:9:6:6:15:9 chr3 39186728 . C T 229.95 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0572477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.088;QD=9.89049;RBI=0.0600277;REFB=-0.0261291;REVB=-0.0180562;RO=64;SAF=11;SAR=18;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893857;STB=0.552534;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0604906;OID=.;OPOS=39186728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:64:29:29:0.311828:18:11:29:35:18:11:29:35 chr3 39226127 . C T 294.27 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00950263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.973;QD=17.5685;RBI=0.00959284;REFB=-0.0258289;REVB=-0.00131244;RO=35;SAF=23;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210186;STB=0.61833;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0279199;OID=.;OPOS=39226127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:9:23:18:17:9:23:18:17 chr3 39229044 . C T 829.26 PASS AF=0.442211;AO=82;DP=193;FAO=88;FDP=199;FR=.;FRO=111;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=68;FSRR=43;FWDB=0.00826567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.871;QD=16.6686;RBI=0.00840098;REFB=-0.0149249;REVB=0.00150172;RO=107;SAF=49;SAR=33;SRF=66;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204394;STB=0.512574;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0185289;OID=.;OPOS=39229044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:199:107:111:82:88:0.442211:33:49:66:41:36:52:68:43 chr3 39229900 . T C 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.972;QD=60.0298;RBI=0.0291014;REFB=0;REVB=0.0174617;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64362e-05;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:47:25:0:0:47:25:0:0 chr3 39230610 . G A 318.41 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00999517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.572;QD=18.1949;RBI=0.0100166;REFB=-0.024031;REVB=-0.000654895;RO=36;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756187;STB=0.542144;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0192578;OID=.;OPOS=39230610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:19:15:13:23:19:15:13:23 chr3 39230997 . A G 502.9 PASS AF=0.455285;AO=50;DP=118;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0225911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.046;QD=16.3543;RBI=0.0363368;REFB=-0.0373858;REVB=0.0284606;RO=65;SAF=27;SAR=23;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636582;STB=0.510616;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0604566;OID=.;OPOS=39230997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:123:65:67:50:56:0.455285:23:27:31:34:29:27:31:36 chr3 39307545 . G A 219.19 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0683721;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.335;QD=13.917;RBI=0.0703762;REFB=-0.02662;REVB=-0.0166752;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751104;STB=0.549468;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0376188;OID=.;OPOS=39307545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:36:37:26:26:0.412698:14:12:14:22:14:12:14:23 chr3 39323163 . A C 845.48 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0183324;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.444;QD=54.547;RBI=0.0249329;REFB=-0.125152;REVB=0.0168989;RO=2;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412713;STB=0.502187;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00118619;OID=.;OPOS=39323163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:62:2:2:60:60:0.967742:26:34:1:1:26:34:1:1 chr3 39431081 . G A 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00302992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.419;QD=22.3968;RBI=0.00805167;REFB=-0.0252734;REVB=-0.00745982;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703223;STB=0.539332;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0216528;OID=.;OPOS=39431081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:12:11:14:11:12:11 chr3 39544326 . C T 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00593105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.176;QD=24.1899;RBI=0.0236468;REFB=-0.0535755;REVB=0.0228909;RO=5;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348572;STB=0.758064;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0251596;OID=.;OPOS=39544326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:5:6:12:12:0.666667:11:1:2:3:11:1:3:3 chr3 40085658 . C T 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.00566253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.157;QD=18.208;RBI=0.00788387;REFB=-0.0201236;REVB=-0.00548554;RO=53;SAF=23;SAR=22;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184304;STB=0.602485;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0184199;OID=.;OPOS=40085658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:22:23:17:36:22:23:17:36 chr3 40231834 . G C 86.3 PASS AF=0.135135;AO=21;DP=148;FAO=20;FDP=148;FR=.;FRO=128;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=-0.119173;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6785;QD=2.33249;RBI=0.123029;REFB=-0.00855777;REVB=-0.0305625;RO=125;SAF=1;SAR=20;SRF=69;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.655729;STB=0.944137;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.082487;OID=.;OPOS=40231834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:148:148:125:128:21:20:0.135135:20:1:69:56:19:1:69:59 chr3 40231882 . AC A,AT 1681.05 PASS AF=0.13913,0.86087;AO=17,97;DP=115;FAO=16,99;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=1,48;FSAR=15,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021483,0.111105;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.6985,79.3858;QD=58.4713;RBI=0.0361009,0.12057;REFB=0,0;REVB=0.0290131,0.0468287;RO=0;SAF=3,46;SAR=14,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.53656e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00821555,-0.00686634;OID=.,.;OPOS=40231883,40231883;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.13913,0.86087:17,97:115:16,99:115:0:1,48:15,51:0:0:63:0:3,46:14,51:0:0 chr3 40286017 . T C 2112.14 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311253;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.764;QD=61.2214;RBI=0.0333653;REFB=0;REVB=0.0120193;RO=0;SAF=54;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173129;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:129:138:0:0:127:138:1:73:54:0:0:77:61:0:0 chr3 40351484 . C T 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4969;QD=58.138;RBI=0.125384;REFB=0;REVB=0.0523333;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249185;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr3 40435890 . A G 187.54 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.247498;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9843;QD=44.126;RBI=0.247663;REFB=-0.151332;REVB=-0.00904181;RO=3;SAF=9;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0227356;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:18:17:3:0:14:17:1:5:9:2:1:6:11:0:0 chr3 40468896 . C T 1487.29 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207369;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.514;QD=59.4914;RBI=0.0208821;REFB=0;REVB=0.00245764;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139934;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:47:53:0:0:47:53:0:0 chr3 40468964 . G T 177.31 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0573912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.443;QD=12.2285;RBI=0.059346;REFB=0.0022362;REVB=-0.0151061;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189576;STB=0.623728;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0031619;OID=.;OPOS=40468964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:36:22:22:0.37931:13:9:19:13:13:9:22:14 chr3 40519429 . T C 573.57 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0300082;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.9513;QD=55.9577;RBI=0.0625828;REFB=-0.0777116;REVB=-0.0549191;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518509;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00397031;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:41:0:2:39:39:0.95122:26:13:0:0:26:13:0:2 chr3 40559078 . G C 1135.26 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.821;QD=60.5471;RBI=0.023045;REFB=0;REVB=0.0197448;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.352e-05;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:34:40:0:0:34:41:0:0 chr3 41841716 . A C 277.9 PASS AF=0.395062;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0108445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5097;QD=13.7236;RBI=0.0231474;REFB=-0.00218385;REVB=0.0204499;RO=47;SAF=18;SAR=13;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872793;STB=0.556404;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00237361;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:47:49:31:32:0.395062:13:18:31:16:14:18:32:17 chr3 41910571 . T C 183.75 PASS AF=0.4;AO=20;DP=53;FAO=22;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00240097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.566;QD=13.3639;RBI=0.00780119;REFB=-0.0280637;REVB=0.00742253;RO=21;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140981;STB=0.588152;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0243251;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:21:33:20:22:0.4:15:5:3:18:15:7:15:18 chr3 41925398 . C T 2254.04 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.79;QD=63.4942;RBI=0.0277141;REFB=0;REVB=0.022214;RO=0;SAF=64;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0873e-05;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:142:0:0:140:142:1:76:64:0:0:77:65:0:0 chr3 41925423 . T C 2110.23 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257413;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.929;QD=62.0657;RBI=0.0451713;REFB=-0.116746;REVB=0.0371191;RO=0;SAF=60;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74051e-08;STB=0.503355;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000343648;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:0:1:134:135:0.992647:74:60:0:0:74:61:0:1 chr3 41937000 . C T 1008.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.631;QD=59.3179;RBI=0.024139;REFB=0;REVB=-0.00595964;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.226e-06;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr3 41939990 . GTTT GTT,GTTA 691.97 PASS AF=0.979592,0;AO=15,26;DP=49;FAO=48,0;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366189,-0.345154;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=22.8835,20.1756;QD=56.487;RBI=0.0392889,0.463697;REFB=0.00960083,-0.205235;REVB=0.0142363,-0.309651;RO=0;SAF=10,13;SAR=5,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.511106,0.5;STBP=0.289,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00845265,-0.0992575;OID=.,.;OPOS=41939991,41939993;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTT,GTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.979592,0:15,26:49:48,0:49:1:26,0:22,0:0:1:4:0:10,13:5,13:0:0 chr3 41957466 . T G 819.7 PASS AF=0.938462;AO=59;DP=64;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00295862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5698;QD=50.4431;RBI=0.0462478;REFB=-0.097655;REVB=0.0461531;RO=5;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999668;STB=0.541653;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00197835;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:64:65:5:4:59:61:0.938462:21:38:0:5:22:39:0:4 chr3 41960006 . T C 654.63 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00659931;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.302;QD=62.346;RBI=0.0303844;REFB=0;REVB=0.029659;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62291e-05;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr3 41996136 . T C 725.95 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0326962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.833;QD=54.7887;RBI=0.0371473;REFB=-0.169721;REVB=0.0176318;RO=1;SAF=40;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116329;STB=0.50617;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00069825;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:1:1:52:52:0.981132:12:40:1:0:12:40:1:0 chr3 42236415 . A G 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.858;QD=59.4229;RBI=0.0450904;REFB=0;REVB=-0.0433809;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000960557;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr3 42244321 . G A 1931.79 PASS AF=0.977099;AO=127;DP=132;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0193433;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.52;QD=58.9858;RBI=0.0501136;REFB=-0.0601438;REVB=0.04623;RO=4;SAF=64;SAR=63;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147221;STB=0.511626;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000328963;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:131:4:3:127:128:0.977099:63:64:1:3:63:65:0:3 chr3 42304784 . A G 327.64 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0556358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5885;QD=20.4774;RBI=0.078964;REFB=0.040655;REVB=-0.0560354;RO=30;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217798;STB=0.512075;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0370352;OID=.;OPOS=42304784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:19:15:14:16:19:15:14:16 chr3 42438754 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.326;QD=60.3765;RBI=0.0157357;REFB=0;REVB=-0.00122724;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95643e-05;OID=.;OPOS=42438754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr3 42448471 . G A 501.64 PASS AF=0.436508;AO=53;DP=125;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.0171864;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.369;QD=15.9249;RBI=0.0297732;REFB=-0.0128135;REVB=0.0243119;RO=71;SAF=24;SAR=29;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183269;STB=0.599964;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.014078;OID=.;OPOS=42448471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:71:71:53:55:0.436508:29:24:45:26:30:25:45:26 chr3 42599091 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.829;QD=59.8394;RBI=0.0350998;REFB=0;REVB=0.0341658;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34627e-05;OID=.;OPOS=42599091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr3 42610374 . A G 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.932;QD=58.6485;RBI=0.0126338;REFB=0.0271455;REVB=-0.00390876;RO=1;SAF=29;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159019;STB=0.50847;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.000136208;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:11:29:1:0:11:29:1:0 chr3 42610515 . G A 313.46 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3134;QD=52.2439;RBI=0.110234;REFB=0;REVB=0.0351173;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00351139;OID=.;OPOS=42610515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:18:6:0:0 chr3 42636141 . G A 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1497;QD=52.6059;RBI=0.0186324;REFB=0;REVB=-0.0176671;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136385;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr3 42688237 . C T 173.56 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.021905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4539;QD=12.8562;RBI=0.0237629;REFB=0.0027394;REVB=-0.00921105;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10716;STB=0.569331;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0108955;OID=.;OPOS=42688237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:11:10:12:20:11:10:12:21 chr3 42700150 . C T 286.79 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00755659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.888;QD=31.0047;RBI=0.00764559;REFB=-0.0256844;REVB=-0.00116321;RO=12;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414093;STB=0.522709;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0114839;OID=.;OPOS=42700150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:10:15:8:4:10:15:8:4 chr3 42700456 . C T 1349.72 PASS AF=0.977778;AO=73;DP=87;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0195461;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.156;QD=59.9876;RBI=0.045074;REFB=-0.0654791;REVB=0.0406155;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511109;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000494967;OID=.;OPOS=42700456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:90:0:2:73:88:0.977778:30:43:0:0:44:44:2:0 chr3 42700630 . A G 1734.65 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425946;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.802;QD=60.8648;RBI=0.00803809;REFB=0;REVB=-0.00681674;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81136e-06;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:55:58:0:0:56:58:0:0 chr3 42717840 . G C 407.99 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00048244;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.733;QD=17.7385;RBI=0.0114624;REFB=0.00173683;REVB=0.0114523;RO=49;SAF=34;SAR=8;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271881;STB=0.661659;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00235187;OID=.;OPOS=42717840;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:50:42:42:0.456522:8:34:29:20:8:34:29:21 chr3 42728144 . A C,G 820.08 PASS AF=0.0517241,0.948276;AO=4,54;DP=58;FAO=3,55;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=3,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186526,0.039563;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.0752,127.022;QD=56.5574;RBI=0.0289002,0.0405923;REFB=0,0;REVB=-0.0220749,-0.00908324;RO=0;SAF=1,27;SAR=3,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0659151,0.00111596;OID=.,.;OPOS=42728144,42728144;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:58:58:0:0:4,54:3,55:0.0517241,0.948276:3,27:1,27:0:0:3,27:0,28:0:0 chr3 42733468 . T C 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.874;QD=60.3764;RBI=0.0766578;REFB=0;REVB=0.0224839;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199188;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr3 42735150 . T C 222.97 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.484;QD=49.5488;RBI=0.0234084;REFB=0;REVB=0.00367148;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125823;OID=.;OPOS=42735150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:7:11:0:0 chr3 42735274 . A G 361.27 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00950517;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.07;QD=55.5794;RBI=0.0236348;REFB=0;REVB=-0.0216393;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156174;OID=.;OPOS=42735274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr3 42738342 . C A 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00724751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.673;QD=11.841;RBI=0.0166228;REFB=-0.00744483;REVB=-0.0149596;RO=39;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13128;STB=0.575608;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0139703;OID=.;OPOS=42738342;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:12:11:14:25:12:11:14:25 chr3 42740284 . C T 349.99 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0618364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8958;QD=20.5876;RBI=0.0708536;REFB=-0.0269005;REVB=0.0345903;RO=32;SAF=9;SAR=27;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130542;STB=0.572685;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.024942;OID=.;OPOS=42740284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:27:9:12:20:27:9:12:20 chr3 42741286 . A AC 77.0 PASS AF=0.0993789;AO=47;DP=327;FAO=32;FDP=322;FR=.;FRO=290;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=181;FSRR=109;FWDB=-0.03681;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=85.329;QD=0.956531;RBI=0.0608733;REFB=-0.00597847;REVB=-0.0484828;RO=279;SAF=5;SAR=42;SRF=183;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.650633;STB=0.904107;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.149494;OID=.;OPOS=42741287;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0993789:47:327:32:322:290:4:28:181:109:77:279:5:42:183:96 chr3 42826168 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.194;QD=39.2064;RBI=0.0168147;REFB=0;REVB=0.00928185;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414012;OID=.;OPOS=42826168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr3 42907112 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.221;QD=52.6132;RBI=0.0762104;REFB=0;REVB=0.0741705;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177281;OID=.;OPOS=42907112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr3 42908775 . A C 465.1 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.956;QD=58.1378;RBI=0.0184824;REFB=0;REVB=-0.00543922;RO=0;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99935e-05;OID=.;OPOS=42908775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:27:4:0:0:28:4:0:0 chr3 42917047 . A G 1781.32 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.149;QD=60.3836;RBI=0.039708;REFB=0;REVB=0.0391345;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70932e-05;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:118:0:0:112:118:1:62:50:0:0:67:51:0:0 chr3 42956273 . T C 412.14 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.517;QD=54.9518;RBI=0.0968664;REFB=0;REVB=0.0814118;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204059;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:18:12:0:0 chr3 43073761 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0112;QD=57.6799;RBI=0.0698254;REFB=0;REVB=0.0693698;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067867;OID=.;OPOS=43073761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr3 43073877 . G GC 35.76 PASS AF=0.236111;AO=23;DP=76;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0137407;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.4172;QD=1.98674;RBI=0.130494;REFB=-0.084816;REVB=-0.129769;RO=52;SAF=7;SAR=16;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128655;STB=0.523782;STBP=0.84;TYPE=ins;VARB=0.136661;OID=.;OPOS=43073878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236111:23:76:17:72:55:7:10:21:34:35:52:7:16:21:31 chr3 43074430 . A G 406.59 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.295;QD=56.081;RBI=0.0458694;REFB=0;REVB=0.0263559;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159454;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:13:14:0:0:13:16:0:0 chr3 43074434 . C T 399.88 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5423;QD=53.3171;RBI=0.0563846;REFB=-0.0830476;REVB=0.0551437;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00361951;OID=.;OPOS=43074434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:0:1:29:29:0.966667:13:16:0:0:13:16:1:0 chr3 43074871 . A G 2363.16 PASS AF=1;AO=138;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282568;FXX=0.0465089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.099;QD=57.6381;RBI=0.0677151;REFB=0;REVB=0.0615377;RO=0;SAF=62;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00506522;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:165:164:0:0:138:164:1:76:62:0:0:93:71:0:0 chr3 43095101 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000835359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.276;QD=62.3509;RBI=0.00663073;REFB=0;REVB=0.0065779;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25987e-05;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr3 43097710 . A G 891.76 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135332;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.835;QD=58.4758;RBI=0.0220242;REFB=0;REVB=0.0173759;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266415;OID=.;OPOS=43097710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr3 43121559 . C T 1245.35 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143961;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.297;QD=61.4986;RBI=0.0516491;REFB=0;REVB=0.0496022;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058493;OID=.;OPOS=43121559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:40:40:0:0:41:40:0:0 chr3 43122966 . G A 1011.85 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.117378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1406;QD=57.82;RBI=0.117459;REFB=0.0895792;REVB=0.00438271;RO=1;SAF=35;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133132;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000480665;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:33:35:1:0:34:35:1:0 chr3 43414318 . A G 2293.9 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.753;QD=63.7196;RBI=0.0391297;REFB=0;REVB=0.0108617;RO=0;SAF=61;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54955e-05;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:82:61:0:0:82:62:0:0 chr3 43602803 . C T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0123713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6828;QD=17.9528;RBI=0.0187515;REFB=-0.0296202;REVB=0.0140915;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115009;STB=0.564468;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0168871;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:12:15:12:16:12:15:12:16 chr3 43607136 . T C 116.27 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00754012;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.826;QD=16.0375;RBI=0.00762959;REFB=-0.00626817;REVB=0.00116496;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133159;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00859248;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:15:13:13:0.448276:7:6:8:5:7:6:8:7 chr3 44283672 . T C 31.0 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0233726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4334;QD=12.3992;RBI=0.0233726;REFB=-0.0358418;REVB=0;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00660318;OID=.;OPOS=44283672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:0:5:5:0:0:5:5:0 chr3 44283808 . C A 224.9 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00968869;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.971;QD=14.9936;RBI=0.0137281;REFB=-0.0276729;REVB=-0.00972579;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824335;STB=0.557332;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0453858;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:34:26:26:0.433333:9:17:19:14:9:17:19:15 chr3 44284584 . G A 347.68 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0100331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.616;QD=19.8676;RBI=0.0292435;REFB=-0.0160569;REVB=-0.0274686;RO=34;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290548;STB=0.51612;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0131805;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:16:20:20:14:16:20:20:14 chr3 44540791 . TTC T,TTT 882.0 PASS AF=0.984127,0;AO=53,3;DP=60;FAO=62,0;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35,0;FSAR=27,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0022968,0.0135032;FXX=0.0156226;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=290.593,270.74;QD=55.9997;RBI=0.0210464,0.0213999;REFB=-0.023574,-0.00816631;REVB=-0.0209207,-0.0166018;RO=0;SAF=27,3;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.50704,0.5;STBP=0.512,1;TYPE=del,snp;VARB=4.43925e-05,0.0483656;OID=.,.;OPOS=44540792,44540793;OREF=TC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.984127,0:53,3:60:62,0:63:1:35,0:27,0:1:0:3:0:27,3:26,0:0:0 chr3 44612050 . C T 491.85 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0901966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.213;QD=57.8641;RBI=0.0947531;REFB=0;REVB=0.0290298;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115156;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:19:13:0:0:19:15:0:0 chr3 44692564 . C G 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4919;QD=63.0521;RBI=0.00727745;REFB=0;REVB=0.00415194;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17361e-05;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr3 44763037 . A C 400.28 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.54;QD=53.3707;RBI=0.0467978;REFB=-0.00132919;REVB=0.0293139;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000131973;OID=.;OPOS=44763037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:1:0:18:11:1:0 chr3 44775962 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.153;QD=58.1406;RBI=0.0368899;REFB=0;REVB=0.00281479;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153753;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr3 44777795 . CT TC 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0137507;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=176.525;QD=46.3204;RBI=0.0180255;REFB=0.0416557;REVB=0.0116548;RO=2;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978817;STB=0.505296;STBP=0.877;TYPE=mnp;VARB=-0.000660156;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:13:10:1:1:13:10:1:1 chr3 44869026 . A T 2808.02 PASS AF=0.978836;AO=182;DP=189;FAO=185;FDP=189;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0340577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7178;QD=59.4291;RBI=0.134246;REFB=-0.111614;REVB=0.129854;RO=6;SAF=75;SAR=107;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259452;STB=0.503415;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00235711;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:189:189:6:4:182:185:0.978836:107:75:0:6:110:75:1:3 chr3 44884647 . C A 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.126;QD=61.5339;RBI=0.0255511;REFB=0;REVB=0.0194421;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20491e-05;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:53:28:0:0:53:28:0:0 chr3 44929287 . G C 902.56 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8171;QD=58.2298;RBI=0.0699285;REFB=0;REVB=0.0519624;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36876e-05;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:40:20:0:0:42:20:0:0 chr3 44943069 . C T 458.19 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00497603;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.778;QD=55.5376;RBI=0.0255946;REFB=-0.105742;REVB=0.0251062;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301077;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000403856;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:0:1:15:17:0:1 chr3 44943389 . G A 958.61 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00206164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.08;QD=57.2304;RBI=0.0524421;REFB=-0.113264;REVB=0.0524016;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000124701;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:0:1:66:66:0.985075:27:39:0:0:27:39:1:0 chr3 44948479 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.348;QD=56.9569;RBI=0.0182113;REFB=0;REVB=0.0176917;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76813e-05;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr3 44948590 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.761;QD=62.0082;RBI=0.00376618;REFB=0;REVB=0.0034486;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93964e-06;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:54:30:0:0:54:30:0:0 chr3 45052775 . G C 2603.22 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.38;QD=61.9814;RBI=0.0356376;REFB=0;REVB=0.034874;RO=0;SAF=98;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10948e-05;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:168:0:0:165:168:1:67:98:0:0:69:99:0:0 chr3 45077123 . G A 781.56 PASS AF=0.920635;AO=58;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.035835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.56;QD=49.6231;RBI=0.0372002;REFB=-0.0470805;REVB=0.00998515;RO=5;SAF=24;SAR=34;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331092;STB=0.517588;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.000521583;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:63:63:5:5:58:58:0.920635:34:24:1:4:34:24:1:4 chr3 45127515 . T C 1339.8 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0083;QD=62.3161;RBI=0.0960368;REFB=0;REVB=0.076659;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000945582;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:47:38:0:0:48:38:0:0 chr3 45132921 . G A 659.3 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0108765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.241;QD=23.338;RBI=0.0371754;REFB=-0.00735993;REVB=0.0355487;RO=49;SAF=30;SAR=34;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129535;STB=0.570699;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00710637;OID=.;OPOS=45132921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:49:49:64:64:0.566372:34:30:31:18:34:30:31:18 chr3 45134822 . T C 1175.76 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.978;QD=59.5319;RBI=0.0312917;REFB=-0.0337699;REVB=-0.0276795;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=6.25953e-05;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:35:43:0:0:35:43:0:1 chr3 45527218 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.9;QD=60.3765;RBI=0.0101376;REFB=0;REVB=0.00933947;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95598e-05;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr3 45533224 . G A 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.946;QD=64.0213;RBI=0.0232747;REFB=0;REVB=0.0176203;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13904e-06;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:52:46:0:0:52:46:0:0 chr3 45559519 . T C 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.956;QD=63.4766;RBI=0.0245176;REFB=0;REVB=0.0240601;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53692e-05;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:46:48:0:0:46:48:0:0 chr3 45565554 . A G 2438.76 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.078209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.251;QD=61.3524;RBI=0.0793923;REFB=0;REVB=-0.0136558;RO=0;SAF=65;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144727;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:94:65:0:0:94:65:0:0 chr3 45637253 . C T 275.59 PASS AF=0.33;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0170439;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.27;QD=11.0234;RBI=0.0193014;REFB=-0.00324221;REVB=0.00905817;RO=67;SAF=15;SAR=18;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439462;STB=0.525532;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0076097;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:67:67:33:33:0.33:18:15:33:34:18:15:33:34 chr3 45637439 . T C 1358.19 PASS AF=0.503704;AO=115;DP=250;FAO=136;FDP=270;FR=.;FRO=134;FSAF=48;FSAR=88;FSRF=60;FSRR=74;FWDB=-0.0331881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.308;QD=20.1214;RBI=0.0366413;REFB=-0.0491877;REVB=0.0155286;RO=134;SAF=48;SAR=67;SRF=60;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302156;STB=0.549993;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0406636;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:270:134:134:115:136:0.503704:67:48:60:74:88:48:60:74 chr3 45722654 . C G 242.19 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0203344;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9769;QD=12.1092;RBI=0.0209751;REFB=-0.0289731;REVB=0.00514427;RO=51;SAF=13;SAR=16;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681817;STB=0.539299;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0299683;OID=.;OPOS=45722654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:51:51:29:29:0.3625:16:13:26:25:16:13:26:25 chr3 45730482 . C G 359.57 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=3.85139e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9988;QD=17.3288;RBI=0.0476812;REFB=-0.0117517;REVB=0.0476811;RO=45;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109222;STB=0.561192;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0142975;OID=.;OPOS=45730482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:22:16:24:21:22:16:24:21 chr3 45779136 . A T 1395.08 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.656;QD=61.3221;RBI=0.058475;REFB=0;REVB=0.0570036;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21686e-05;OID=.;OPOS=45779136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:91:1:0:79:91:1:41:38:1:0:49:42:0:0 chr3 45799922 . T C 357.3 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00670746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3772;QD=16.8141;RBI=0.0809418;REFB=0.00471253;REVB=0.0806634;RO=45;SAF=29;SAR=9;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357128;STB=0.712839;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00467476;OID=.;OPOS=45799922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:47:38:38:0.447059:9:29:19:26:9:29:19:28 chr3 45817418 . A G 1477.29 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016703;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.811;QD=63.5394;RBI=0.0167269;REFB=0;REVB=0.000893742;RO=0;SAF=32;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231808;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:61:32:0:0:61:32:0:0 chr3 45959515 . A T 1208.9 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.248;QD=61.21;RBI=0.0269383;REFB=0;REVB=0.0185598;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013686;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr3 45959758 . CT C,CC 1138.22 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=18,53;DP=71;FAO=2,74;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=2,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0970881,0.0958913;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=241.313,249.975;QD=59.9061;RBI=0.0984013,0.097275;REFB=0,0;REVB=0.0160223,0.0163488;RO=0;SAF=12,6;SAR=6,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.55111e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0204517,0.00608627;OID=.,.;OPOS=45959759,45959759;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0263158,0.973684:18,53:71:2,74:76:0:0,24:2,50:0:0:9:0:12,6:6,47:0:0 chr3 45989044 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00830336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.144;QD=60.9785;RBI=0.0582525;REFB=0;REVB=0.0576577;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198929;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr3 45996761 . G A 2773.32 PASS AF=0.994413;AO=178;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00853948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.572;QD=61.9737;RBI=0.00997133;REFB=-0.0458786;REVB=-0.00514828;RO=0;SAF=86;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50289;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=3.58244e-05;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:179:0:1:178:178:0.994413:92:86:0:0:92:86:1:0 chr3 46008790 . G A 2008.29 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.085;QD=62.2725;RBI=0.106777;REFB=0;REVB=0.0233513;RO=0;SAF=53;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544544;OID=.;OPOS=46008790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:76:53:0:0:76:53:0:0 chr3 46009864 . C G 1312.91 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9464;QD=61.784;RBI=0.0969452;REFB=0;REVB=0.0401974;RO=1;SAF=55;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853463;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943518;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:1:0:83:85:1:28:55:1:0:29:56:0:0 chr3 46010077 . C T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.965;QD=60.8835;RBI=0.0367017;REFB=0;REVB=0.0186302;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97249e-05;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr3 46021218 . G T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.322;QD=61.0492;RBI=0.0235904;REFB=0;REVB=0.020281;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21098e-05;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr3 46244920 . A G 423.16 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00865072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0698;QD=23.84;RBI=0.0293947;REFB=-0.00686216;REVB=-0.0280929;RO=30;SAF=23;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00444761;STB=0.502441;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00487336;OID=.;OPOS=46244920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:18:23:17:13:18:23:17:13 chr3 46307342 . TA T 30.96 PASS AF=0.5625;AO=7;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0780936;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.56531;QD=7.74042;RBI=0.168803;REFB=-0.146499;REVB=0.149653;RO=7;SAF=7;SAR=0;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.765052;STB=0.648255;STBP=0.324;TYPE=del;VARB=0.138724;OID=.;OPOS=46307343;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:7:15:9:16:7:8:1:5:2:22:7:7:0:4:3 chr3 46416470 . G T 317.95 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0338985;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.2874;QD=27.6482;RBI=0.057188;REFB=-0.0498206;REVB=0.0460582;RO=19;SAF=7;SAR=20;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999618;STB=0.592035;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0339992;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:19:18:27:28:0.608696:20:7:7:12:21:7:8:10 chr3 46417312 . G T 146.26 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00925511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.111;QD=17.2071;RBI=0.0181207;REFB=-0.031246;REVB=-0.0155789;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11811;STB=0.568095;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0356838;OID=.;OPOS=46417312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:18:15:16:0.470588:9:6:8:7:10:6:9:9 chr3 46449978 . A C 431.37 PASS AF=0.488636;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0171981;FXX=0.0222198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.194;QD=19.6075;RBI=0.0172004;REFB=-0.0133154;REVB=0.000281389;RO=42;SAF=21;SAR=21;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021448;STB=0.511622;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0127072;OID=.;OPOS=46449978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:42:45:42:43:0.488636:21:21:20:22:21:22:22:23 chr3 46450070 . T A 309.89 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0101901;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.484;QD=18.5008;RBI=0.0401436;REFB=-0.0336895;REVB=0.0388287;RO=34;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146788;STB=0.508192;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0377881;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:34:34:33:33:0.492537:18:15:16:18:18:15:16:18 chr3 46480801 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.909;QD=63.2864;RBI=0.0283486;REFB=0;REVB=0.0217273;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103441;OID=.;OPOS=46480801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr3 46484964 . G A 1003.66 PASS AF=1;AO=52;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5513;QD=59.0389;RBI=0.0345157;REFB=0;REVB=0.0112199;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867679;OID=.;OPOS=46484964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:52:68:1:35:17:0:0:36:32:0:0 chr3 46488854 . T C 302.1 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0217548;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3482;QD=24.6613;RBI=0.0347536;REFB=-0.0265002;REVB=0.0271024;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154093;STB=0.605305;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0158014;OID=.;OPOS=46488854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:15:12:14:8:15:12:15:7 chr3 46490366 . G A 552.93 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00172414;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.249;QD=17.9814;RBI=0.0443146;REFB=-0.0132321;REVB=-0.044281;RO=66;SAF=32;SAR=26;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642644;STB=0.539615;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0127021;OID=.;OPOS=46490366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:66:65:58:58:0.471545:26:32:32:34:26:32:31:34 chr3 46490474 . G A 772.3 PASS AF=0.521127;AO=74;DP=143;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0419289;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2856;QD=21.755;RBI=0.0542078;REFB=-0.021707;REVB=0.0343578;RO=68;SAF=44;SAR=30;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15983;STB=0.587762;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0134828;OID=.;OPOS=46490474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:68:68:74:74:0.521127:30:44:28:40:30:44:28:40 chr3 46501213 . T C 1504.93 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0338928;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.744;QD=61.4256;RBI=0.0360775;REFB=-0.133496;REVB=0.0123638;RO=2;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193473;STB=0.510202;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000493077;OID=.;OPOS=46501213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:98:2:2:96:96:0.979592:48:48:0:2:48:48:0:2 chr3 46501268 . C T 1415.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.811;QD=62.9067;RBI=0.028589;REFB=0;REVB=0.0226662;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03344e-05;OID=.;OPOS=46501268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr3 46501284 . C CCTT 1026.46 PASS AF=1;AO=65;DP=85;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246254;FXX=0.0416609;HRUN=2;LEN=3;MLLD=266.385;QD=59.5048;RBI=0.054445;REFB=0;REVB=0.0485577;RO=15;SAF=24;SAR=41;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155096;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000120605;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:85:69:69:0:27:42:0:0:6:15:24:41:12:3 chr3 46509712 . A G 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.00668167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.337;QD=13.4957;RBI=0.0088232;REFB=-0.00870841;REVB=0.00576231;RO=44;SAF=12;SAR=17;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277343;STB=0.657355;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0176981;OID=.;OPOS=46509712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:17:12:30:14:17:12:30:14 chr3 46580591 . G T 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0402583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1847;QD=14.6679;RBI=0.0502553;REFB=-0.0261065;REVB=-0.030081;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20693;STB=0.617551;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0369032;OID=.;OPOS=46580591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:14:10:20:12:14:10:20:12 chr3 46620614 . T C 849.39 PASS AF=0.5;AO=86;DP=172;FAO=86;FDP=172;FR=.;FRO=86;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.00159149;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1169;QD=19.7532;RBI=0.0421335;REFB=-0.00142302;REVB=0.0421035;RO=86;SAF=46;SAR=40;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844141;STB=0.546426;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00161488;OID=.;OPOS=46620614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:86:86:86:86:0.5:40:46:38:48:40:46:38:48 chr3 46654132 . G A 1989.56 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.739;QD=62.1737;RBI=0.0331495;REFB=0;REVB=0.0328544;RO=0;SAF=76;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.42534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12418e-05;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:51:76:0:0:52:76:0:0 chr3 46658737 . A G 1342.06 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484341;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9052;QD=62.4216;RBI=0.104728;REFB=0;REVB=0.0928556;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107074;OID=.;OPOS=46658737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:85:86:1:50:35:0:0:50:36:0:0 chr3 46714821 . C G 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.00566724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.34;QD=12.6193;RBI=0.0199665;REFB=-0.0148186;REVB=-0.0191453;RO=38;SAF=17;SAR=7;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735324;STB=0.542054;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0242425;OID=.;OPOS=46714821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:7:17:29:9:7:17:29:9 chr3 46722692 . G T 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00828809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5361;QD=17.92;RBI=0.0313214;REFB=-0.00128029;REVB=0.0302049;RO=34;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164833;STB=0.592048;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00209886;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:14:18:13:21:14:18:13:21 chr3 46723551 . G A 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0452029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6305;QD=14.9764;RBI=0.0455508;REFB=-0.00367448;REVB=0.00561958;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341912;STB=0.51996;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00923647;OID=.;OPOS=46723551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:4:7:6:4:4:7 chr3 46904812 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0119601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.649;QD=8.73795;RBI=0.0300577;REFB=-0.00189471;REVB=-0.0275757;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217768;STB=0.618777;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00422966;OID=.;OPOS=46904812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:6:3:10:9:6:3:10:10 chr3 46933960 . C G 193.07 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00643654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1514;QD=16.4316;RBI=0.0190356;REFB=-0.0265509;REVB=-0.0179144;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137865;STB=0.589653;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0415418;OID=.;OPOS=46933960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:12:8:14:12:12:8:15:12 chr3 46944274 . T C 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00210518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6652;QD=26.4132;RBI=0.0112994;REFB=0.00809923;REVB=-0.0111015;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164505;STB=0.590838;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0079053;OID=.;OPOS=46944274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:13:12:12:5:13:12:12:5 chr3 47018214 . T C 1011.95 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0354509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.331;QD=57.8257;RBI=0.0361394;REFB=0.0112473;REVB=-0.00702085;RO=1;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113915;STB=0.506022;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00028066;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:41:28:0:1:41:28:0:1 chr3 47036756 . C G 265.23 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0187604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1998;QD=17.9816;RBI=0.0581164;REFB=-0.0498309;REVB=-0.0550051;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106162;STB=0.559302;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0390535;OID=.;OPOS=47036756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:15:14:11:19:15:14:11:19 chr3 47043538 . C T 415.24 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00011171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8284;QD=19.3132;RBI=0.0107011;REFB=-0.00533554;REVB=0.0107005;RO=43;SAF=14;SAR=28;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106483;STB=0.566634;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00701216;OID=.;OPOS=47043538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:44:42:42:0.488372:28:14:19:24:28:14:20:24 chr3 47043622 . G A 276.68 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00256884;FXX=0.0961354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.42;QD=23.5475;RBI=0.00452316;REFB=-0.0241761;REVB=-0.0037229;RO=18;SAF=6;SAR=21;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323034;STB=0.703541;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0102702;OID=.;OPOS=47043622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:18:20:27:27:0.574468:21:6:11:7:21:6:13:7 chr3 47045739 . C G 66.32 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.027634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.753;QD=12.059;RBI=0.0334612;REFB=-0.0130474;REVB=0.0188683;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488322;STB=0.819676;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0113841;OID=.;OPOS=47045739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:8:1:6:6:8:1:7:6 chr3 47125385 . G A 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=3;FWDB=-0.0129637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.377;QD=15.2375;RBI=0.0129639;REFB=-0.0114932;REVB=6.09909e-05;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=33;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336207;STB=0.68538;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00783186;OID=.;OPOS=47125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:10:18:33:3:10:18:33:3 chr3 47161214 . T C 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0146953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.852;QD=24.0732;RBI=0.0149915;REFB=-0.0162373;REVB=0.00296547;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261482;STB=0.647765;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.020169;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:4:9:2:5:4:9:2:5 chr3 47162661 . A G 162.82 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0141415;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.388;QD=26.051;RBI=0.0448923;REFB=-0.00846431;REVB=-0.0426068;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945429;STB=0.553004;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00479475;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:9:9:16:16:0.64:11:5:4:5:11:5:4:5 chr3 47282303 . G A 229.9 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0272411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.882;QD=11.9431;RBI=0.0272412;REFB=0.000675665;REVB=3.6816e-05;RO=47;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020205;STB=0.526297;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00218051;OID=.;OPOS=47282303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:47:49:28:28:0.363636:16:12:21:26:16:12:23:26 chr3 47322496 . C T 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0218476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.886;QD=12.2751;RBI=0.0549503;REFB=0.00143329;REVB=0.0504204;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143344;STB=0.583847;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00183962;OID=.;OPOS=47322496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:9:8:11:21:9:8:11:21 chr3 47385585 . C A 208.58 PASS AF=0.488372;AO=17;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.125607;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.6237;QD=19.4027;RBI=0.187461;REFB=-0.0584154;REVB=0.139155;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801704;STB=0.566601;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0599301;OID=.;OPOS=47385585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:22:17:21:0.488372:12:5:3:11:14:7:10:12 chr3 47386059 . TG CC 526.94 PASS AF=1;AO=3;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120056;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=2;MLLD=61.6438;QD=56.9667;RBI=0.186425;REFB=0;REVB=0.142622;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00959024;OID=.;OPOS=47386059;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:3:37:1:3:0:0:0:28:9:0:0 chr3 47449058 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.089;QD=52.6132;RBI=0.0302755;REFB=0;REVB=0.00050108;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57062e-05;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr3 47451294 . G A 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0147937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.275;QD=17.0592;RBI=0.0577075;REFB=-0.0180301;REVB=0.055779;RO=37;SAF=10;SAR=23;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135236;STB=0.570566;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0246522;OID=.;OPOS=47451294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:23:10:16:21:23:10:16:22 chr3 47452786 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00439348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.919;QD=13.6609;RBI=0.00785027;REFB=-0.0205508;REVB=-0.0065057;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452736;STB=0.775533;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0167763;OID=.;OPOS=47452786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:11:3:13:7:11:3:14:7 chr3 47454399 . G A 95.8 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2178;QD=38.3216;RBI=0.0902248;REFB=0;REVB=0.0902248;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0230255;OID=.;OPOS=47454399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:9:0:0:0:10:0:0:0 chr3 47459679 . C T 217.78 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0235347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.173;QD=16.7524;RBI=0.0432794;REFB=-0.009987;REVB=0.0363211;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631938;STB=0.535685;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.011542;OID=.;OPOS=47459679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:11:17:13:11:11:17 chr3 47462200 . T C 774.28 PASS AF=1;AO=43;DP=50;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921161;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.243;QD=64.5233;RBI=0.0580327;REFB=0;REVB=0.0572969;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240193;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:48:0:0:43:48:1:17:26:0:0:21:27:0:0 chr3 47539702 . T C 390.22 PASS AF=0.761905;AO=29;DP=39;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0249127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.177;QD=37.1633;RBI=0.0497049;REFB=-0.0422447;REVB=0.0430109;RO=10;SAF=21;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174077;STB=0.599933;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0167997;OID=.;OPOS=47539702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:39:42:10:10:29:32:0.761905:8:21:4:6:8:24:4:6 chr3 47539751 . T C 1109.99 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.921;QD=59.9996;RBI=0.0225678;REFB=0;REVB=-0.022351;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91047e-05;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:33:40:0:0:33:41:0:0 chr3 47618953 . C A 1074.29 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.551;QD=59.6828;RBI=0.0268371;REFB=0;REVB=0.0241276;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501964;OID=.;OPOS=47618953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:32:39:0:0:32:40:0:0 chr3 47645933 . A T 393.53 PASS AF=0.512821;AO=39;DP=77;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00889385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9753;QD=20.1812;RBI=0.073794;REFB=0.0127055;REVB=-0.0732561;RO=38;SAF=14;SAR=25;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909387;STB=0.503423;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0126335;OID=.;OPOS=47645933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:38:38:39:40:0.512821:25:14:14:24:25:15:14:24 chr3 47712202 . T C 314.05 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0297732;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8486;QD=22.0389;RBI=0.0574115;REFB=-0.00271112;REVB=-0.0490881;RO=25;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406892;STB=0.522489;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00330489;OID=.;OPOS=47712202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:17:15:13:12:17:15:13:12 chr3 47894488 . G C 258.28 PASS AF=0.4;AO=28;DP=74;FAO=30;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.0111381;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.4089;QD=13.775;RBI=0.01177;REFB=-0.0195537;REVB=-0.00380463;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356248;STB=0.566856;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0193051;OID=.;OPOS=47894488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:31:45:28:30:0.4:18:10:10:21:19:11:12:33 chr3 48419897 . C T 205.3 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00164686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.623;QD=14.6644;RBI=0.00188918;REFB=-0.0123101;REVB=-0.00092566;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176723;STB=0.600509;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0261597;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:14:10:19:13:14:10:19:13 chr3 48421387 . G T 78.24 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0353202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.554;QD=14.9032;RBI=0.0479729;REFB=-0.0101305;REVB=0.0324635;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443089;STB=0.75628;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0503312;OID=.;OPOS=48421387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:9:2:7:3:9:2 chr3 48422235 . T A 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0163017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.601;QD=23.0883;RBI=0.0176444;REFB=-0.0304097;REVB=-0.00675129;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292275;STB=0.51634;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0237482;OID=.;OPOS=48422235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:9:13:10:8:9:13:10:8 chr3 48474249 . A G 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.015188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3432;QD=12.941;RBI=0.0187981;REFB=-0.0117033;REVB=0.0110767;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325778;STB=0.692041;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00769559;OID=.;OPOS=48474249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:11:4:14:11:11:4:14:11 chr3 48476431 . C G 2030.78 PASS AF=1;AO=128;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337789;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.929;QD=62.4856;RBI=0.039054;REFB=0;REVB=0.0196011;RO=0;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189742;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:128:130:1:68:60:0:0:70:60:0:0 chr3 48508585 . C T 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00543685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.572;QD=18.9135;RBI=0.0330094;REFB=-0.0309286;REVB=0.0325586;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478301;STB=0.526681;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0398507;OID=.;OPOS=48508585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:14:15:16:12:14:15:16:12 chr3 48599944 . C A 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0127702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.067;QD=20.9185;RBI=0.0286494;REFB=-0.0135133;REVB=0.0256459;RO=26;SAF=6;SAR=25;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281416;STB=0.657781;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00955399;OID=.;OPOS=48599944;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:25:6:12:14:25:6:12:14 chr3 48605075 . GAA GA,G 291.56 PASS AF=0.707071,0;AO=46,16;DP=100;FAO=70,0;FDP=99;FR=.;FRO=29;FSAF=54,0;FSAR=16,0;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.175337,-0.087762;FXX=0.009999;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.71056,11.518;QD=11.7803;RBI=0.254461,0.130535;REFB=0.0611125,0.03116;REVB=0.184412,0.0966295;RO=29;SAF=35,16;SAR=11,0;SRF=18;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.126003,0.788514;STB=0.545865,0.5;STBP=0.218,1;TYPE=del,del;VARB=0.00760248,0;OID=.,.;OPOS=48605076,48605076;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.707071,0:46,16:100:70,0:99:29:54,0:16,0:19:10:50:29:35,16:11,0:18:11 chr3 48625266 . T C 160.88 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.10131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5357;QD=14.6252;RBI=0.113891;REFB=-0.0528791;REVB=0.0520335;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112032;STB=0.555494;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0330874;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:26:17:18:0.409091:7:10:12:13:8:10:12:14 chr3 48693212 . G A 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.000935585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.012;QD=21.9192;RBI=0.001222;REFB=-0.0174695;REVB=0.000786104;RO=29;SAF=16;SAR=20;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140823;STB=0.577423;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0120644;OID=.;OPOS=48693212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:20:16:8:21:20:16:8:21 chr3 48727112 . G A 787.27 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307674;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.117;QD=57.2559;RBI=0.0282398;REFB=0;REVB=0.0280717;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16471e-05;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr3 48731961 . A G 65.76 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.048466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.727;QD=11.4369;RBI=0.0495562;REFB=-0.0164845;REVB=-0.0103375;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515286;STB=0.507027;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0401558;OID=.;OPOS=48731961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:8:9:0.391304:6:2:3:11:7:2:3:11 chr3 48731974 . TA AT 51.81 PASS AF=0.4375;AO=3;DP=20;FAO=7;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0908047;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=18.9115;QD=12.9536;RBI=0.220483;REFB=-0.0383645;REVB=0.200916;RO=13;SAF=0;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.620235;STB=0.856121;STBP=0.026;TYPE=mnp;VARB=0.160944;OID=.;OPOS=48731974;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:20:16:13:7:3:7:0.4375:3:0:6:7:6:1:6:1 chr3 48986546 . CATTTATTT C 53.96 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0139071;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=8;MLLD=259.469;QD=19.6223;RBI=0.0275486;REFB=-0.00427565;REVB=0.0237806;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52624;STBP=0.932;TYPE=del;VARB=0.00212183;OID=.;OPOS=48986547;OREF=ATTTATTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:6:8:7:11:4:3:4:2:2:23:0:2:4:0:0 chr3 48995487 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.83;QD=47.8199;RBI=0.0246935;REFB=0;REVB=-0.0233128;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135267;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr3 49053219 . A G 717.57 PASS AF=1;AO=45;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106099;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.253;QD=56.2799;RBI=0.0106129;REFB=0;REVB=0.000252853;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88935e-05;OID=.;OPOS=49053219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:45:51:1:23:22:0:0:26:25:0:0 chr3 49053220 . T G 31.48 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0632878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.0486;QD=2.42187;RBI=0.0633627;REFB=-0.0159668;REVB=0.00308053;RO=46;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251999;STB=0.519167;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0320068;OID=.;OPOS=49053220;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:3:3:22:24:3:3:22:24 chr3 49054692 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.681;QD=61.3363;RBI=0.0231622;REFB=0;REVB=0.0113172;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52866e-05;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr3 49200627 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.754;QD=40.7628;RBI=0.0534047;REFB=0;REVB=0.021703;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967512;OID=.;OPOS=49200627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr3 49200692 . T A 362.36 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136259;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.191;QD=55.7471;RBI=0.160692;REFB=0;REVB=0.160113;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194626;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:4:21:0:0:5:21:0:0 chr3 49273996 . C T 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0239426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.096;QD=36.8926;RBI=0.0278707;REFB=-0.0436895;REVB=-0.0142663;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54161;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00536207;OID=.;OPOS=49273996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:0:2:14:14:0.875:3:11:0:0:3:11:2:0 chr3 49298139 . G A 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0430004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3574;QD=59.4236;RBI=0.0555155;REFB=0.0223489;REVB=-0.0351132;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00160417;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:24:18:0:0:24:18:1:0 chr3 49298205 . T C 788.36 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343046;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.877;QD=57.3351;RBI=0.0463227;REFB=0;REVB=0.0311286;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016764;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:29:26:0:0 chr3 49548008 . C G 811.81 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9935;QD=56.9688;RBI=0.0573919;REFB=0;REVB=0.0458524;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549476;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:57:0:0:53:57:1:32:21:0:0:34:23:0:0 chr3 49570882 . T C 1415.36 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.989;QD=62.9047;RBI=0.0366975;REFB=0;REVB=0.0344128;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102797;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr3 49690199 . G A,C 1833.94 PASS AF=0.95082,0.0491803;AO=116,6;DP=122;FAO=116,6;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=53,6;FSAR=63,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480651,0.0482894;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=175.239,14.2738;QD=60.1292;RBI=0.0623155,0.0543485;REFB=0,0;REVB=0.0396605,0.0249379;RO=0;SAF=53,6;SAR=63,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.14374e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000625307,0.170202;OID=.,.;OPOS=49690199,49690199;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:122:122:0:0:116,6:116,6:0.95082,0.0491803:63,0:53,6:0:0:63,0:53,6:0:0 chr3 49701298 . G A 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.853;QD=62.6138;RBI=0.0132365;REFB=0;REVB=-0.0075366;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05167e-06;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr3 49708769 . T C 362.99 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0190118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0315;QD=15.6125;RBI=0.0353924;REFB=-0.0123469;REVB=0.0298526;RO=53;SAF=16;SAR=23;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444953;STB=0.531251;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0290465;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:39:39:0.419355:23:16:24:29:23:16:25:29 chr3 49723784 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.256;QD=35.5758;RBI=0.0542362;REFB=0;REVB=-0.0421903;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112957;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr3 49724808 . T C 1567.53 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231096;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.3813;QD=59.7153;RBI=0.0311514;REFB=0;REVB=0.0208891;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34149e-05;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:52:53:0:0:52:53:0:0 chr3 49726028 . T C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0002708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.815;QD=7.32773;RBI=0.0519836;REFB=0.001082;REVB=-0.0519829;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250934;STB=0.654822;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0351632;OID=.;OPOS=49726028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:15:6:4:4:15:6 chr3 49726070 . G A 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00651069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.097;QD=6.016;RBI=0.00652669;REFB=-0.00805243;REVB=0.000456665;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136586;STB=0.587392;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0278675;OID=.;OPOS=49726070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:3:4:15:7:3:4:15:7 chr3 49736172 . C A 322.84 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.000823958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.806;QD=19.2741;RBI=0.0180017;REFB=-0.017608;REVB=-0.0179828;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565566;STB=0.522955;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0171669;OID=.;OPOS=49736172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:33:34:34:0.507463:16:18:19:13:16:18:19:14 chr3 49738945 . C T 219.13 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00673076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9565;QD=13.9129;RBI=0.0669586;REFB=-0.0113229;REVB=0.0666194;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584953;STB=0.533308;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0180101;OID=.;OPOS=49738945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:12:14:22:15:12:14:22:15 chr3 49739507 . G C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0573;QD=60.6079;RBI=0.0141871;REFB=0;REVB=0.00246962;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206841;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr3 49751585 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0180836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.881;QD=24.0667;RBI=0.0209739;REFB=0.00267773;REVB=0.010625;RO=10;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115355;STB=0.56513;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0033724;OID=.;OPOS=49751585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:13:3:3:7:13:3:3:7 chr3 49758764 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0491161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.159;QD=11.0916;RBI=0.054088;REFB=-0.0267623;REVB=0.0226522;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0144878;OID=.;OPOS=49758764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:4:2:3:2:4:2 chr3 49760039 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.553;QD=64.1533;RBI=0.0322921;REFB=0;REVB=0.000523425;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126309;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr3 49829326 . G A 156.79 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0510698;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2669;QD=12.2973;RBI=0.0709225;REFB=-0.00361764;REVB=0.0492126;RO=33;SAF=14;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382496;STB=0.696754;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0102941;OID=.;OPOS=49829326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:32:18:19:0.372549:4:14:15:18:5:14:14:18 chr3 49836707 . G A 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00174013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.482;QD=18.1181;RBI=0.0399477;REFB=-0.00734219;REVB=0.0399098;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373809;STB=0.711639;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0144474;OID=.;OPOS=49836707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:12:6:15:5:12:6:15:5 chr3 49841713 . TCG GTC,TC,T 123.93 PASS AF=0,0.607143,0;AO=2,11,3;DP=30;FAO=0,17,0;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=0,1,0;FSAR=0,16,0;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0111786,-0.0758167,-0.0845045;FXX=0.096743;HRUN=1,3,1;LEN=3,1,2;MLLD=36.3356,16.1124,65.5757;QD=17.7037;RBI=0.140843,0.112686,0.116138;REFB=-0.013188,-0.0810122,0.00557615;REVB=-0.140398,-0.0833658,-0.0796677;RO=11;SAF=0,0,0;SAR=2,11,3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.663928,-0.830541,-0.71899;STB=0.5,0.88286,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.0483638,0;OID=.,.,.;OPOS=49841713,49841715,49841714;OREF=TCG,G,CG;OALT=GTC,-,-;OMAPALT=GTC,TC,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:76:30:28:11:11:2,11,3:0,17,0:0,0.607143,0:2,11,3:0,0,0:8:3:0,16,0:0,1,0:8:3 chr3 49898273 . A G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00910545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.748;QD=15.6193;RBI=0.0101895;REFB=-0.0178413;REVB=-0.0045734;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212035;STB=0.621973;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0246708;OID=.;OPOS=49898273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:10:15:7:11:10:15 chr3 49899795 . G A 332.88 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=6.64459e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5893;QD=19.0217;RBI=0.00508468;REFB=-0.0223462;REVB=0.00508424;RO=34;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932598;STB=0.56094;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0265754;OID=.;OPOS=49899795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:23:12:15:19:23:12:16:19 chr3 49901060 . A T 79.01 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0325157;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.102;QD=13.7402;RBI=0.0396806;REFB=-0.0154124;REVB=-0.0227438;RO=13;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424961;STB=0.759911;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0145556;OID=.;OPOS=49901060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:13:13:10:10:0.434783:1:9:8:5:1:9:8:5 chr3 49924940 . T C 126.16 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.000166037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.83;QD=12.9391;RBI=0.00745034;REFB=-0.00491899;REVB=-0.00744849;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264141;STB=0.636186;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00890901;OID=.;OPOS=49924940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:14:15:0.384615:5:9:9:14:6:9:9:15 chr3 49928691 . T C 203.61 PASS AF=0.857143;AO=21;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0179638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.404;QD=38.7832;RBI=0.124435;REFB=-0.0118108;REVB=-0.123131;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555497;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00109674;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:0:3:21:18:0.857143:6:15:0:0:6:12:3:0 chr3 49933691 . TG T 37.21 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=33;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.170083;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.6141;QD=4.25243;RBI=0.195928;REFB=0.000338086;REVB=-0.0972598;RO=20;SAF=0;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.735248;STB=0.882619;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.0269069;OID=.;OPOS=49933692;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:7:33:10:35:25:1:9:15:10:37:20:0:7:10:10 chr3 49936102 . T C 55.28 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0540971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7008;QD=10.5288;RBI=0.060091;REFB=-0.0429379;REVB=0.0261616;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133873;STB=0.545344;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0541401;OID=.;OPOS=49936102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:13:13:7:8:0.380952:4:3:4:9:5:3:4:9 chr3 49949070 . CAG CA,CG,CGG 603.51 PASS AF=0.509091,0.490909,0;AO=8,7,19;DP=56;FAO=28,27,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15,13,0;FSAR=13,14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.304077,-0.069186,-0.145123;FXX=0.017854;HRUN=2,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=18.6604,139.565,141.267;QD=43.8913;RBI=0.916787,0.0732383,0.165113;REFB=-0.0943947,0.0231156,0.0881386;REVB=0.86489,-0.0240236,-0.0787511;RO=18;SAF=8,7,6;SAR=0,0,13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0.319277,0,0;SSSB=0.791715,0.779239,-0.0173386;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0209159,0.0118574,0.0371061;OID=.,.,.;OPOS=49949072,49949071,49949071;OREF=G,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=CA,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.509091,0.490909,0:8,7,19:56:28,27,0:55:0:15,13,0:13,14,0:0:0:99:18:8,7,6:0,0,13:6:12 chr3 50114515 . C T 184.86 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0303508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.449;QD=12.1217;RBI=0.0354421;REFB=-0.0159422;REVB=-0.0183021;RO=38;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133921;STB=0.576859;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.020637;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:13:10:12:26:13:10:12:26 chr3 50129399 . C T 178.94 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0094124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.81;QD=15.2285;RBI=0.0482318;REFB=-0.0127749;REVB=-0.0473044;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391007;STB=0.526999;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0260012;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:18:19:0.404255:10:8:11:16:10:9:12:16 chr3 50144951 . T C 55.25 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0198357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5717;QD=9.60898;RBI=0.0211196;REFB=-0.00892988;REVB=-0.00725131;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189262;STB=0.612662;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00550349;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:2:13:6:2:2:13 chr3 50153356 . T C 301.49 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.029787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6869;QD=16.7494;RBI=0.0497273;REFB=-0.0296371;REVB=0.0398188;RO=38;SAF=12;SAR=21;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300793;STB=0.661595;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0269765;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:21:12:26:12:21:12:26:13 chr3 50197092 . C T 219.65 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00642591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7586;QD=17.5719;RBI=0.0496122;REFB=-0.00492423;REVB=0.0491943;RO=28;SAF=4;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309693;STB=0.679061;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00701963;OID=.;OPOS=50197092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:18:4:12:16:18:4:12:16 chr3 50222926 . T A 542.3 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745802;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.966;QD=60.2559;RBI=0.0480258;REFB=0;REVB=0.0474432;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93823e-05;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr3 50251833 . A AG 462.57 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.9572;QD=44.0541;RBI=0.24835;REFB=0;REVB=0.16519;RO=2;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425907;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0102602;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:42:42:42:0:19:23:0:0:9:2:19:21:0:2 chr3 50253227 . C T 274.28 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0312031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9738;QD=25.5142;RBI=0.0779623;REFB=-0.0297487;REVB=0.0714458;RO=18;SAF=5;SAR=20;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192074;STB=0.607501;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0213262;OID=.;OPOS=50253227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:20:5:7:11:20:5:7:11 chr3 50311900 . C T 250.85 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.000445424;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.064;QD=15.4369;RBI=0.00726241;REFB=-0.00789462;REVB=-0.00724873;RO=36;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108459;STB=0.548353;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0092256;OID=.;OPOS=50311900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:36:28:29:0.446154:17:11:18:18:17:12:18:18 chr3 50326020 . G A 289.44 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00770683;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.167;QD=21.05;RBI=0.00822679;REFB=-0.000852177;REVB=0.00287832;RO=25;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136207;STB=0.575524;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000834452;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:25:25:30:30:0.545455:13:17:10:15:13:17:10:15 chr3 50327429 . A G 35.44 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0141766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.2852;QD=7.08728;RBI=0.189572;REFB=-0.0311459;REVB=-0.189041;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187917;STB=0.620278;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0581884;OID=.;OPOS=50327429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:7:7:4:2:7:7 chr3 50329826 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00351711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.11;QD=18.8202;RBI=0.0229275;REFB=-0.045934;REVB=0.0226561;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013628;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0383331;OID=.;OPOS=50329826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:4:6:7:5:4:6 chr3 50336661 . T C 275.69 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0012725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.421;QD=18.0779;RBI=0.00634049;REFB=-0.0125612;REVB=-0.00621149;RO=31;SAF=19;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249285;STB=0.625602;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0180963;OID=.;OPOS=50336661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:29:30:0.491803:10:19:12:19:11:19:12:19 chr3 50355730 . T G 231.09 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0257725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.486;QD=16.5061;RBI=0.0263116;REFB=-0.00833549;REVB=-0.00529886;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130876;STB=0.573714;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00726759;OID=.;OPOS=50355730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:18:12:14:12:18:12 chr3 50357869 . A C 171.58 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0355033;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2549;QD=17.1576;RBI=0.0803461;REFB=-0.00827584;REVB=-0.0720765;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163499;STB=0.604282;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0183999;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:8:10:8:13:8:10:8:14 chr3 50367867 . A C 219.25 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00142965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.019;QD=20.8809;RBI=0.0389273;REFB=-0.0257798;REVB=-0.038901;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664426;STB=0.526292;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0344994;OID=.;OPOS=50367867;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:21:22:0.52381:10:11:12:8:10:12:12:8 chr3 50380770 . C T 154.71 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0296334;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=342.027;QD=22.9203;RBI=0.0323892;REFB=-0.0160252;REVB=0.0130736;RO=11;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180487;STB=0.602508;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0119076;OID=.;OPOS=50380770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:13:3:4:7:13:3:4:7 chr3 50396014 . C T 266.91 PASS AF=0.631579;AO=23;DP=37;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0625756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4032;QD=28.096;RBI=0.102288;REFB=-0.0332961;REVB=0.0809137;RO=14;SAF=16;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417642;STB=0.528473;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0203494;OID=.;OPOS=50396014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:14:14:23:24:0.631579:7:16:9:5:7:17:9:5 chr3 50401841 . G A 328.58 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=78;FAO=35;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.139812;FXX=0.0128189;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.2421;QD=17.069;RBI=0.142225;REFB=-0.0656748;REVB=-0.0260865;RO=26;SAF=6;SAR=23;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302054;STB=0.555522;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0490335;OID=.;OPOS=50401841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:26:38:29:35:0.454545:23:6:6:20:29:6:9:29 chr3 50597092 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.547;QD=64.1524;RBI=0.0644318;REFB=0;REVB=0.0643966;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229596;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr3 50609624 . T G 1080.38 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1781;QD=60.0212;RBI=0.0174451;REFB=0;REVB=-0.0169614;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131115;OID=.;OPOS=50609624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:39:32:0:0:40:32:0:0 chr3 51273773 . T C 1324.07 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0425917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.845;QD=58.8476;RBI=0.0426197;REFB=-0.0596524;REVB=0.00154334;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501812;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.000337708;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:0:2:87:88:0.977778:50:37:0:0:51:37:1:1 chr3 51432895 . T C 1080.85 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00299871;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.909;QD=60.0472;RBI=0.0291162;REFB=0;REVB=0.0289613;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653912;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr3 51433034 . G A 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0102684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.694;QD=18.2997;RBI=0.0485121;REFB=-0.0046937;REVB=0.0474129;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00485629;STB=0.50276;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00662285;OID=.;OPOS=51433034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:6:14:16:7:6:14:16:7 chr3 51434215 . A C 209.37 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0131918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.531;QD=18.6104;RBI=0.0132196;REFB=-0.0058584;REVB=-0.000857002;RO=24;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301528;STB=0.638262;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00665347;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:24:20:21:0.466667:4:16:13:11:5:16:13:11 chr3 51728573 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.27;QD=62.022;RBI=0.0262694;REFB=0;REVB=-0.0109558;RO=0;SAF=34;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179109;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:8:34:0:0:8:34:0:0 chr3 51978220 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.595;QD=56.7043;RBI=0.0229679;REFB=0;REVB=-0.0225192;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86804e-05;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr3 51990930 . G C 349.2 PASS AF=0.521739;AO=34;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0245809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9857;QD=20.2437;RBI=0.0478245;REFB=0.000478732;REVB=0.0410239;RO=33;SAF=25;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320864;STB=0.68493;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000534171;OID=.;OPOS=51990930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:34:36:0.521739:9:25:13:20:9:27:13:20 chr3 52291078 . G A 3200.31 PASS AF=0.990566;AO=205;DP=210;FAO=210;FDP=212;FR=.;FRO=2;FSAF=124;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0552628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6192;QD=60.3832;RBI=0.0721843;REFB=0.097083;REVB=0.0464393;RO=1;SAF=123;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385713;STB=0.500882;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.000242832;OID=.;OPOS=52291078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:210:212:1:2:205:210:0.990566:82:123:1:0:86:124:1:1 chr3 52430526 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.094;QD=64.1537;RBI=0.0179353;REFB=0;REVB=0.0174156;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54703e-05;OID=.;OPOS=52430526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr3 52430698 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.205;QD=58.2396;RBI=0.0355217;REFB=0;REVB=0.0161826;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99772e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr3 52453893 . C T 769.27 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.649;QD=56.9832;RBI=0.0747308;REFB=0;REVB=0.0709027;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137329;OID=.;OPOS=52453893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:49:54:1:15:34:0:0:20:34:0:0 chr3 52477080 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.35;QD=61.3362;RBI=0.0355325;REFB=0;REVB=0.0349554;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132279;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr3 52492707 . T C 1533.0 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.93;QD=61.9394;RBI=0.04686;REFB=0;REVB=0.0112058;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484611;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:99:0:0:96:99:1:53:43:0:0:56:43:0:0 chr3 52510592 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.971;QD=64.1527;RBI=0.0432174;REFB=0;REVB=0.00862534;RO=0;SAF=7;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148722;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:42:7:0:0:42:7:0:0 chr3 52514519 . A G 196.65 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0271149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3407;QD=18.293;RBI=0.0645867;REFB=-0.0459965;REVB=-0.0586193;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244836;STB=0.639204;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0718636;OID=.;OPOS=52514519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:9:14:7:13:9:14 chr3 52523405 . C T 553.1 PASS AF=0.930233;AO=37;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.240174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.181;QD=51.4512;RBI=0.240225;REFB=-0.242907;REVB=-0.00494791;RO=6;SAF=33;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779383;STB=0.51999;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0282178;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:43:43:6:3:37:40:0.930233:4:33:6:0:4:36:3:0 chr3 52540773 . T C 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.559;QD=59.8316;RBI=0.0242434;REFB=0;REVB=0.00171285;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30125e-05;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr3 52544470 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.017;QD=57.2376;RBI=0.0223559;REFB=0;REVB=0.0205036;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145001;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr3 52554304 . G C 591.84 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6394;QD=60.7012;RBI=0.0210678;REFB=0;REVB=0.00132753;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369611;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:19:20:0:0 chr3 52658962 . G A 94.09 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=1.98048e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3166;QD=11.0694;RBI=0.00365482;REFB=-0.00173424;REVB=-0.00365477;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231886;STB=0.646835;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00110707;OID=.;OPOS=52658962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:34:21:22:12:12:0.352941:6:6:15:6:6:6:16:6 chr3 52745087 . T C 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.96;QD=57.1049;RBI=0.0134087;REFB=0;REVB=-0.00339669;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25257e-05;OID=.;OPOS=52745087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr3 52867715 . G C 2145.26 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215572;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.33;QD=63.0959;RBI=0.0298788;REFB=0;REVB=0.029801;RO=0;SAF=73;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.57773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9711e-06;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:136:0:0:136:136:1:63:73:0:0:63:73:0:0 chr3 52874446 . C T 414.95 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393432;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8237;QD=57.2349;RBI=0.0705073;REFB=0;REVB=0.0585098;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020696;OID=.;OPOS=52874446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr3 53125922 . T C 769.38 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4534;QD=56.9908;RBI=0.0413755;REFB=0;REVB=0.0354146;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641263;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr3 53215875 . A C 994.42 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494318;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.065;QD=59.3682;RBI=0.0546191;REFB=0;REVB=0.0232325;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115437;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr3 53222761 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000909141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.568;QD=57.8849;RBI=0.0306356;REFB=0;REVB=-0.0306221;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97548e-05;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr3 53223927 . C G 953.54 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00495477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1316;QD=54.4879;RBI=0.0250934;REFB=-0.0543228;REVB=-0.0245993;RO=3;SAF=36;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377629;STB=0.519994;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0206207;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:31:36:3:0:31:36:3:0 chr3 53224002 . T C 761.06 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.689;QD=55.3495;RBI=0.0268061;REFB=0;REVB=0.0267477;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000818028;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:1:0:51:55:1:28:23:1:0:29:26:0:0 chr3 53324819 . ATGGCAC A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0142925;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=359.807;QD=41.8678;RBI=0.0166668;REFB=0.0110718;REVB=-0.00857355;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=del;VARB=-0.00140388;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:14:15:15:16:1:7:8:0:1:6:0:7:7:0:0 chr3 53378994 . GTTTTTTTTC GTTTTTTT,GTTTTTTTC,GTTTTTTTTTC 42.55 PASS AF=0,0.303371,0;AO=11,27,10;DP=95;FAO=0,27,0;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=0,15,0;FSAR=0,12,0;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.157387,0.037501,-0.0445315;FXX=0.0219756;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=18.8307,7.12277,7.1706;QD=1.91247;RBI=0.161333,0.0385199,0.044537;REFB=0.00554135,-0.0570249,0.0538921;REVB=0.0354636,0.00880088,0.000702012;RO=41;SAF=11,8,5;SAR=0,19,5;SRF=20;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.744737,-0.216253,0.0149507;STB=0.5,0.561052,0.5;STBP=1,0.471,1;TYPE=del,del,ins;VARB=0,0.0863018,0;OID=.,.,.;OPOS=53379002,53378995,53378995;OREF=TC,T,-;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTTTTTTT,GTTTTTTTC,GTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.303371,0:11,27,10:95:0,27,0:89:62:0,15,0:0,12,0:29:33:44:41:11,8,5:0,19,5:20:21 chr3 53700550 . T C 533.43 PASS AF=0.386503;AO=63;DP=163;FAO=63;FDP=163;FR=.;FRO=100;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=-0.0123811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.846;QD=13.0904;RBI=0.0123813;REFB=-0.0127767;REVB=6.03302e-05;RO=100;SAF=29;SAR=34;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222409;STB=0.512565;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0169754;OID=.;OPOS=53700550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:100:100:63:63:0.386503:34:29:44:56:34:29:44:56 chr3 53752378 . G A 512.1 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0397806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.719;QD=19.6963;RBI=0.053096;REFB=-0.035967;REVB=0.0351666;RO=50;SAF=18;SAR=35;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166033;STB=0.597232;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0231601;OID=.;OPOS=53752378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:50:51:53:53:0.509615:35:18:26:24:35:18:27:24 chr3 53766026 . T C 781.51 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1271;QD=63.7968;RBI=0.0611654;REFB=0;REVB=0.0554386;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908075;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr3 53769479 . C T 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0731964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.964;QD=5.37729;RBI=0.077949;REFB=-0.0104434;REVB=0.0268017;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305167;STB=0.713674;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0198424;OID=.;OPOS=53769479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:24:25:7:7:0.21875:2:5:11:13:2:5:11:14 chr3 53845918 . C A 346.94 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00361905;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.076;QD=14.4557;RBI=0.00467784;REFB=-0.00696652;REVB=0.00296389;RO=53;SAF=23;SAR=15;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120016;STB=0.564698;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.010839;OID=.;OPOS=53845918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:53:58:38:38:0.395833:15:23:26:27:15:23:29:29 chr3 53856653 . C T 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0425796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.842;QD=19.3861;RBI=0.0436599;REFB=-0.0109381;REVB=-0.00965241;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668974;STB=0.537859;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0134958;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:9:11:10:11:9:11:10:11 chr3 53857803 . A C,G 731.11 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513362,-0.0535063;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.9299,129.777;QD=56.2395;RBI=0.0605077,0.0564711;REFB=0,0;REVB=0.0320277,-0.0180572;RO=0;SAF=23,2;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00334207,0.209089;OID=.,.;OPOS=53857803,53857803;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:52:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:27,0:23,2:0:0:27,0:23,2:0:0 chr3 53882663 . G A 181.08 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00965336;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.781;QD=12.9341;RBI=0.0106287;REFB=-0.00772756;REVB=-0.00444757;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508189;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0138143;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:34:22:22:0.392857:10:12:18:15:10:12:19:15 chr3 53882673 . GT G,GTT 31.51 PASS AF=0,0.27451;AO=6,16;DP=52;FAO=0,14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=0,9;FSAR=0,5;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0532761,-0.0509516;FXX=0.0192271;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.9117,8.86358;QD=2.4711;RBI=0.171549,0.174155;REFB=0.0337382,-0.0308727;REVB=-0.163067,0.166535;RO=27;SAF=4,11;SAR=2,5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0.350877,0;SSEP=0,0;SSSB=0.261551,0.266644;STB=0.5,0.596401;STBP=1,0.438;TYPE=del,ins;VARB=0,0.0171479;OID=.,.;OPOS=53882674,53882674;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=G,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.27451:6,16:52:0,14:51:37:0,9:0,5:19:18:32:27:4,11:2,5:12:15 chr3 53883722 . C G 556.16 PASS AF=0.495868;AO=61;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0109931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6956;QD=18.3854;RBI=0.0287242;REFB=-0.00509322;REVB=-0.0265374;RO=59;SAF=29;SAR=32;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143931;STB=0.512703;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00706166;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:61:61:60:0.495868:32:29:29:30:32:28:30:31 chr3 53886912 . C T 368.02 PASS AF=0.535211;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.000855892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.822;QD=20.7335;RBI=0.00957259;REFB=-0.0132689;REVB=0.00953425;RO=33;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119461;STB=0.556384;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0128386;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:37:38:0.535211:24:13:16:17:24:14:16:17 chr3 53899276 . C T 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0205417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.497;QD=24.1571;RBI=0.0209697;REFB=0.00309003;REVB=0.00421501;RO=21;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198246;STB=0.609302;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00141031;OID=.;OPOS=53899276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:18:12:14:7:18:12:14:7 chr3 53905308 . T C 1338.62 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0287171;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1195;QD=58.8404;RBI=0.0454308;REFB=0.00874236;REVB=-0.0352035;RO=1;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012308;STB=0.501639;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.000207127;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:91:91:1:2:89:89:0.978022:38:51:0:1:38:51:1:1 chr3 53906513 . G A 997.48 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.948;QD=58.6753;RBI=0.0231275;REFB=0;REVB=-0.0230107;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98938e-05;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:35:31:0:0:35:33:0:0 chr3 53916130 . A G 250.71 PASS AF=0.466667;AO=29;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0167571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.485;QD=16.7137;RBI=0.0167588;REFB=-0.00577057;REVB=-0.000235886;RO=31;SAF=9;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795523;STB=0.573715;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00526362;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:29:28:0.466667:20:9:12:19:20:8:13:19 chr3 53925775 . C T 233.5 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00171641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.501;QD=16.9821;RBI=0.0133868;REFB=-0.0281433;REVB=0.0132763;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198509;STB=0.618697;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0377536;OID=.;OPOS=53925775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:14:12:19:9:14:12:20:9 chr3 53925849 . C T 311.54 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0363742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.154;QD=19.1717;RBI=0.038323;REFB=-0.0236421;REVB=-0.0120653;RO=32;SAF=13;SAR=20;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203652;STB=0.613314;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0146494;OID=.;OPOS=53925849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:20:13:20:12:20:13:20:12 chr3 54798258 . G A 876.09 PASS AF=0.533742;AO=76;DP=154;FAO=87;FDP=163;FR=.;FRO=76;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0423751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.603;QD=21.4992;RBI=0.043064;REFB=-0.00577657;REVB=0.00767187;RO=75;SAF=45;SAR=31;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138008;STB=0.594337;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00666311;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:163:75:76:76:87:0.533742:31:45:33:42:31:56:34:42 chr3 54880461 . A G 473.67 PASS AF=0.464286;AO=51;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0176124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.291;QD=16.9168;RBI=0.0179017;REFB=0.00160117;REVB=-0.00320524;RO=61;SAF=21;SAR=30;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204502;STB=0.602822;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00222552;OID=.;OPOS=54880461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:60:51:52:0.464286:30:21:38:23:30:22:37:23 chr3 54961949 . C T 727.67 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0980968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5288;QD=63.2753;RBI=0.0984284;REFB=0;REVB=-0.00807233;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122549;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr3 55501002 . G C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.853;QD=63.8718;RBI=0.0425907;REFB=0;REVB=0.00636095;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156193;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr3 56106226 . C T 350.21 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0559921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.54;QD=20.302;RBI=0.0560446;REFB=-0.0254674;REVB=0.00242556;RO=33;SAF=20;SAR=16;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240596;STB=0.632841;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0235182;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:16:20:9:24:16:20:9:24 chr3 56114861 . T C 701.86 PASS AF=0.507353;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=136;FR=.;FRO=67;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.037464;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.796;QD=20.643;RBI=0.0387253;REFB=-0.00927;REVB=0.00980273;RO=67;SAF=43;SAR=26;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248779;STB=0.636863;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0116342;OID=.;OPOS=56114861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:67:67:69:69:0.507353:26:43:23:44:26:43:23:44 chr3 56219210 . T C 1455.56 PASS AF=0.936364;AO=103;DP=111;FAO=103;FDP=110;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0622082;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.487;QD=52.9294;RBI=0.0741093;REFB=-0.115542;REVB=0.0402781;RO=6;SAF=30;SAR=73;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374157;STB=0.511545;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00343348;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:111:110:6:7:103:103:0.936364:73:30:0:6:73:30:1:6 chr3 56591298 . T A 40.86 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.00765686;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.138;QD=2.09519;RBI=0.0859092;REFB=-0.000529937;REVB=-0.0855673;RO=61;SAF=8;SAR=1;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442154;STB=0.816687;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00108775;OID=.;OPOS=56591298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:78:61:69:9:9:0.115385:1:8:35:26:1:8:42:27 chr3 56597954 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00239231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.403;QD=22.1442;RBI=0.0166525;REFB=0.0103852;REVB=-0.0164798;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19995;STB=0.620016;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00728924;OID=.;OPOS=56597954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:13:16:17:0.566667:7:9:4:9:7:10:4:9 chr3 56627048 . A G 1377.7 PASS AF=0.605769;AO=126;DP=208;FAO=126;FDP=208;FR=.;FRO=82;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=0.00493492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.334;QD=26.4942;RBI=0.00904437;REFB=-0.00150379;REVB=0.00757939;RO=81;SAF=52;SAR=74;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132032;STB=0.509158;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000952198;OID=.;OPOS=56627048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:81:82:126:126:0.605769:74:52:32:49:74:52:32:50 chr3 56627598 . A G 1626.44 PASS AF=0.990909;AO=106;DP=107;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0753264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.093;QD=59.1431;RBI=0.0756822;REFB=0.0188724;REVB=-0.00732992;RO=1;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939754;STB=0.50495;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000175129;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:110:1:1:106:109:0.990909:50:56:0:1:50:59:0:1 chr3 56628055 . A G 384.97 PASS AF=0.52;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00852031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.95;QD=20.5318;RBI=0.00859943;REFB=-0.0177949;REVB=0.00116381;RO=34;SAF=11;SAR=27;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221859;STB=0.629144;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0165384;OID=.;OPOS=56628055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:34:36:38:39:0.52:27:11:18:16:28:11:19:17 chr3 56650012 . G C 309.94 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0529767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.103;QD=18.7839;RBI=0.0533222;REFB=-0.0269765;REVB=0.00606082;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276684;STB=0.515426;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0233387;OID=.;OPOS=56650012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:19:14:15:18:19:14:15:18 chr3 56650051 . A ACTT 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.000704847;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.391;QD=16.8919;RBI=0.0203782;REFB=-0.017375;REVB=0.020366;RO=45;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392278;STB=0.522022;STBP=0.74;TYPE=ins;VARB=0.0205373;OID=.;OPOS=56650052;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45122:37:82:37:82:45:15:22:20:25:99:45:15:22:20:25 chr3 56650054 . T TCTC 395.27 PASS AF=0.5;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00895411;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.388;QD=19.7634;RBI=0.0217451;REFB=-0.0159057;REVB=0.0198159;RO=41;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664421;STB=0.525368;STBP=0.682;TYPE=ins;VARB=0.0176088;OID=.;OPOS=56650055;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:39:82:40:80:40:18:22:16:24:99:41:18:21:16:25 chr3 56658871 . T C 458.83 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0068019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.008;QD=20.8561;RBI=0.0213268;REFB=-0.00772798;REVB=0.020213;RO=42;SAF=30;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174536;STB=0.591958;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00748636;OID=.;OPOS=56658871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:43:45:45:0.511364:15:30:20:22:15:30:21:22 chr3 56667682 . G C 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9859;QD=60.5443;RBI=0.0254358;REFB=0;REVB=0.0221314;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253777;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr3 56703746 . A C 122.85 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0274144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.229;QD=16.38;RBI=0.0420274;REFB=0.00355254;REVB=0.0318552;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413564;STB=0.510294;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00268554;OID=.;OPOS=56703746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:5:9:9:6:5:9:10:6 chr3 56716922 . T G 662.69 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0343155;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2002;QD=60.2442;RBI=0.0562415;REFB=0.0196218;REVB=-0.0445595;RO=1;SAF=35;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055118;STB=0.529398;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00567063;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:8:35:0:1:8:35:0:1 chr3 56763316 . G A 774.88 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00952456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.281;QD=61.9903;RBI=0.0100776;REFB=-0.156389;REVB=-0.00329257;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000822073;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:1:1:49:49:0.98:27:22:1:0:27:22:1:0 chr3 56763328 . T C 746.7 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000528174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.198;QD=63.5491;RBI=0.0488995;REFB=0;REVB=-0.0488966;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000591207;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr3 56771251 . A C 1004.25 PASS AF=0.548571;AO=96;DP=175;FAO=96;FDP=175;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=26;FSRR=53;FWDB=0.0117822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3708;QD=22.9542;RBI=0.0285223;REFB=-0.00806032;REVB=0.025975;RO=78;SAF=38;SAR=58;SRF=25;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657844;STB=0.531898;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00516776;OID=.;OPOS=56771251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:78:79:96:96:0.548571:58:38:25:53:58:38:26:53 chr3 56835761 . G A 416.7 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.013097;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.47;QD=19.6094;RBI=0.0434155;REFB=-0.00990928;REVB=0.0413929;RO=43;SAF=20;SAR=22;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158693;STB=0.587932;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0105589;OID=.;OPOS=56835761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:22:20:28:15:22:20:28:15 chr3 57108551 . C A 725.44 PASS AF=0.981132;AO=53;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00477681;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=338.657;QD=54.7501;RBI=0.0051982;REFB=-0.026929;REVB=0.00205021;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000540249;OID=.;OPOS=57108551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:53:52:0.981132:25:28:1:0:25:27:1:0 chr3 57139972 . A G 181.16 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00654743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.674;QD=11.3223;RBI=0.0220302;REFB=-0.0107021;REVB=-0.0210347;RO=41;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268086;STB=0.515567;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0242425;OID=.;OPOS=57139972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:14:9:17:24:14:9:17:24 chr3 57323170 . A G 432.74 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355422;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.663;QD=57.698;RBI=0.0366381;REFB=0;REVB=-0.00889379;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7004e-05;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr3 57335876 . C T 2341.72 PASS AF=0.99359;AO=153;DP=158;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0272612;FXX=0.0126574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.947;QD=60.0442;RBI=0.0331951;REFB=-0.169591;REVB=0.0189404;RO=1;SAF=67;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704706;STB=0.503649;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00046873;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:158:156:1:1:153:155:0.99359:86:67:1:0:87:68:1:0 chr3 57563120 . GA G 652.4 PASS AF=1;AO=52;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13075;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=20.6428;QD=44.993;RBI=0.212018;REFB=-0.0298337;REVB=0.166901;RO=2;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348587;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00271209;OID=.;OPOS=57563121;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:58:58:58:0:29:29:0:0:10:2:26:26:0:2 chr3 58081888 . T C 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.002;QD=58.0577;RBI=0.0659516;REFB=0;REVB=0.0448355;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75157e-05;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr3 58109162 . G A 1246.23 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.928;QD=61.5423;RBI=0.0463923;REFB=0;REVB=0.0142621;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354816;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:44:36:0:0:45:36:0:0 chr3 58112440 . A G 880.42 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8636;QD=57.7323;RBI=0.0398817;REFB=0;REVB=0.0378314;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200908;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:36:23:0:0:36:25:0:0 chr3 58112488 . C T 602.22 PASS AF=1;AO=35;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.0661;QD=60.2218;RBI=0.131058;REFB=0;REVB=0.00876279;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275929;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:35:40:1:24:11:0:0:25:15:0:0 chr3 58118555 . G A 863.36 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.37;QD=57.5576;RBI=0.0443407;REFB=0;REVB=0.0386196;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263741;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:37:22:0:0:37:23:0:0 chr3 58145395 . G A 305.47 PASS AF=0.658537;AO=26;DP=40;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0245677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.488;QD=29.8022;RBI=0.0428369;REFB=-0.0437708;REVB=0.0350918;RO=14;SAF=10;SAR=16;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677355;STB=0.531473;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0254807;OID=.;OPOS=58145395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:14:14:26:27:0.658537:16:10:4:10:17:10:4:10 chr3 58154327 . C T 1246.05 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.481;QD=61.5336;RBI=0.0172184;REFB=0;REVB=0.0062311;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30566e-05;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr3 58179028 . T C 282.86 PASS AF=0.516667;AO=28;DP=55;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0152515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8016;QD=18.8571;RBI=0.0322108;REFB=-0.0448215;REVB=-0.0283712;RO=27;SAF=6;SAR=22;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214857;STB=0.589682;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.026622;OID=.;OPOS=58179028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:60:27:29:28:31:0.516667:22:6:11:16:23:8:12:17 chr3 58191266 . C T 443.39 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0207142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.298;QD=20.1539;RBI=0.0240549;REFB=-0.0120827;REVB=-0.0122295;RO=44;SAF=15;SAR=29;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448091;STB=0.524875;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.012191;OID=.;OPOS=58191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:29:15:17:27:29:15:17:27 chr3 58280206 . TTA T,TTT 237.62 PASS AF=0.705882,0;AO=17,11;DP=52;FAO=24,0;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=5,0;FSAR=19,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.100923,-0.0299864;FXX=0.0810592;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.5984,9.78192;QD=27.9556;RBI=0.133926,0.0899093;REFB=-0.14868,-0.0190752;REVB=-0.0880393,0.0847615;RO=18;SAF=3,0;SAR=14,11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.404406,-0.800209;STB=0.6128,0.5;STBP=0.082,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0671135,0;OID=.,.;OPOS=58280207,58280208;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882,0:17,11:52:24,0:34:10:5,0:19,0:5:5:52:18:3,0:14,11:10:8 chr3 58305033 . A C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0078761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.5;QD=16.9797;RBI=0.0360843;REFB=-0.0155537;REVB=-0.0352143;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145463;STB=0.581438;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0199674;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:15:11:8:21:15:11:8:21 chr3 58305079 . T C 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.00316896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.936;QD=13.2874;RBI=0.0126896;REFB=-0.012309;REVB=0.0122875;RO=40;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184978;STB=0.610094;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0176767;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:15:12:11:29:15:12:11:30 chr3 58305235 . G T 192.46 PASS AF=0.444444;AO=18;DP=43;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00727147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.466;QD=17.1078;RBI=0.0235687;REFB=0.00384113;REVB=0.0224189;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5111;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00526355;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:24:25:18:20:0.444444:9:9:12:12:10:10:13:12 chr3 58395891 . C G 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.038972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.517;QD=24.204;RBI=0.0451167;REFB=-0.0118795;REVB=-0.022731;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207715;STB=0.511615;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0144673;OID=.;OPOS=58395891;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:11:7:5:7:11:7:5:7 chr3 58409173 . A T 136.34 PASS AF=0.326923;AO=16;DP=51;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00784574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.261;QD=10.4877;RBI=0.0104545;REFB=-0.0324701;REVB=-0.00690945;RO=34;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241349;STB=0.646886;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0227566;OID=.;OPOS=58409173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:34:35:16:17:0.326923:6:10:14:20:6:11:15:20 chr3 58416538 . T C 1205.33 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.378;QD=61.0295;RBI=0.0531496;REFB=0;REVB=0.0418489;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76134e-05;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:73:79:1:31:42:0:0:33:46:0:0 chr3 58520306 . G C 1512.28 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367022;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9428;QD=63.6751;RBI=0.0155296;REFB=0;REVB=0.0150896;RO=0;SAF=59;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00500356;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:35:59:0:0:35:60:0:0 chr3 58572577 . C G 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00214032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.89;QD=25.8143;RBI=0.0181562;REFB=-0.0350358;REVB=-0.0180296;RO=20;SAF=15;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156863;STB=0.586791;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0221334;OID=.;OPOS=58572577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:12:15:7:13:12:15:7:13 chr3 58572625 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00599858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.312;QD=12.4831;RBI=0.00606285;REFB=-0.00755295;REVB=-0.000880427;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520805;STB=0.530676;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0183949;OID=.;OPOS=58572625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:7:12:7:5:7:12 chr3 58834824 . A G 487.13 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0736337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0146;QD=24.3566;RBI=0.109322;REFB=-0.0252334;REVB=-0.0808045;RO=33;SAF=24;SAR=22;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13506;STB=0.566237;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0213911;OID=.;OPOS=58834824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:34:46:46:0.575:22:24:23:10:22:24:23:11 chr3 58834890 . C T 638.64 PASS AF=0.543103;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0130013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.828;QD=22.0219;RBI=0.0130426;REFB=-0.0089297;REVB=0.00103634;RO=52;SAF=34;SAR=29;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101393;STB=0.505227;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00681604;OID=.;OPOS=58834890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:52:53:63:63:0.543103:29:34:28:24:29:34:28:25 chr3 60519224 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0634977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4732;QD=63.286;RBI=0.0713987;REFB=0;REVB=0.0326468;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000387234;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr3 62189189 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.129;QD=53.2771;RBI=0.0496308;REFB=0;REVB=-0.0062842;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180903;OID=.;OPOS=62189189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr3 62229553 . C T 748.59 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0149324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6601;QD=51.6271;RBI=0.014937;REFB=0.00266293;REVB=0.000371108;RO=3;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532678;STB=0.528292;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-1.2675e-05;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:25:30:0:3:25:30:0:3 chr3 62384314 . A G 605.91 PASS AF=1;AO=29;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.273;QD=60.5914;RBI=0.0305623;REFB=0;REVB=0.0278167;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6277e-05;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:29:40:1:21:8:0:0:26:14:0:0 chr3 62384315 . T G 50.52 PASS AF=0.2;AO=7;DP=39;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0190037;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=86.7288;QD=5.05181;RBI=0.0309596;REFB=-0.00593196;REVB=0.0244409;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10735;STB=0.526961;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0670547;OID=.;OPOS=62384315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:40:32:32:7:8:0.2:4:3:11:21:5:3:11:21 chr3 62431415 . T C 410.32 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.999;QD=56.5956;RBI=0.0431329;REFB=0;REVB=-0.000346913;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20756e-05;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:8:19:0:0:8:21:0:0 chr3 62556622 . A G 699.05 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.406;QD=54.8278;RBI=0.0326184;REFB=-0.074003;REVB=0.0195281;RO=1;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159576;STB=0.508471;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000196705;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:29:21:0:1:29:21:0:1 chr3 64133350 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.24;QD=44.6898;RBI=0.0649324;REFB=0;REVB=-0.00616691;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575152;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:10:13:1:6:4:0:0:9:4:0:0 chr3 64497464 . T C 1462.3 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222204;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.699;QD=62.2254;RBI=0.0330463;REFB=0;REVB=0.0244604;RO=1;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886129;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355112;OID=.;OPOS=64497464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:95:94:1:0:92:94:1:53:39:0:1:55:39:0:0 chr3 64502188 . C T 969.57 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1003;QD=57.885;RBI=0.029482;REFB=0;REVB=0.0197594;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00405477;OID=.;OPOS=64502188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:40:27:0:0 chr3 64532476 . G C 1384.42 PASS AF=0.958333;AO=91;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0113482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5019;QD=57.6842;RBI=0.0116583;REFB=-0.146584;REVB=-0.00267133;RO=0;SAF=61;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515622;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00488043;OID=.;OPOS=64532476;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:96:96:0:4:91:92:0.958333:30:61:0:0:30:62:4:0 chr3 64536648 . C T 333.37 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0115933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.227;QD=14.1859;RBI=0.0187859;REFB=-0.0151274;REVB=0.0147819;RO=56;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235706;STB=0.507768;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0302061;OID=.;OPOS=64536648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:57:37:37:0.393617:19:18:26:30:19:18:27:30 chr3 65425559 . GTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,GTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,GTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT 394.22 PASS AF=0.0967742,0.258065,0.645161;AO=5,3,10;DP=34;FAO=3,8,20;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=3,8,9;FSAR=0,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00866738,0.174752,0.13442;FXX=0.0312402;HRUN=1,2,0;LEN=1,1,3;MLLD=26.6591,65.7926,68.1297;QD=50.8666;RBI=0.0750718,0.190385,0.145214;REFB=0,0,0;REVB=0.0745697,-0.0755531,0.0549404;RO=2;SAF=2,3,4;SAR=3,0,6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.281149,0,-0.177568;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,ins;VARB=-0.00433862,0.145029,0.0762805;OID=.,.,.;OPOS=65425560,65425591,65425561;OREF=T,T,-;OALT=-,C,CTG;OMAPALT=GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,GTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,GTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0967742,0.258065,0.645161:5,3,10:34:3,8,20:31:0:3,8,9:0,0,11:0:0:46:2:2,3,4:3,0,6:2:0 chr3 66287056 . G A 321.97 PASS AF=0.336066;AO=41;DP=122;FAO=41;FDP=122;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.0250518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3038;QD=10.5563;RBI=0.0402093;REFB=-0.00612922;REVB=-0.0314514;RO=80;SAF=24;SAR=17;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173397;STB=0.51344;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0118036;OID=.;OPOS=66287056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:80:81:41:41:0.336066:17:24:48:32:17:24:49:32 chr3 66293688 . A G 433.46 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0363252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.407;QD=20.641;RBI=0.0363543;REFB=-0.026279;REVB=-0.0014535;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209965;STB=0.511622;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0203094;OID=.;OPOS=66293688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:21:22:20:21:21:22:20:21 chr3 66354911 . G C 1644.28 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050854;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9265;QD=60.3406;RBI=0.0868318;REFB=0;REVB=0.070382;RO=0;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570603;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:61:48:0:0:61:48:0:0 chr3 66374361 . G C 573.14 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0129331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.75;QD=55.9164;RBI=0.0993498;REFB=-0.134217;REVB=0.0985044;RO=1;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153742;STB=0.516121;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00895477;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:39:39:0.95122:30:9:0:1:30:9:0:2 chr3 66396845 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.417;QD=44.6893;RBI=0.0229817;REFB=0;REVB=-0.0057966;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043812;OID=.;OPOS=66396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr3 66419956 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.309;QD=59.6794;RBI=0.0134361;REFB=0;REVB=0.00756071;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33282e-05;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:42:28:0:0:42:28:0:0 chr3 66421795 . GT TG 108.02 PASS AF=0.232143;AO=17;DP=103;FAO=26;FDP=112;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.00168747;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=67.7336;QD=3.85783;RBI=0.00466549;REFB=-0.0377949;REVB=0.00434962;RO=81;SAF=1;SAR=16;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592928;STB=0.929926;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.146433;OID=.;OPOS=66421795;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:112:81:86:17:26:0.232143:16:1:36:45:25:1:38:48 chr3 66433676 . A G 1572.87 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7877;QD=59.9188;RBI=0.0886226;REFB=0;REVB=-0.0760317;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000791033;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:62:42:0:0:62:43:0:0 chr3 66434643 . T C,G 1834.78 PASS AF=0.943548,0.0483871;AO=117,7;DP=124;FAO=117,6;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=54,2;FSAR=63,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134653,0.0103837;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.955,162.468;QD=59.1866;RBI=0.0322311,0.0339911;REFB=-0.070666,-0.00760264;REVB=0.0292837,-0.0323662;RO=0;SAF=54,2;SAR=63,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.503936,0.555378;STBP=0.497,0.627;TYPE=snp,snp;VARB=2.46453e-05,0.0568889;OID=.,.;OPOS=66434643,66434643;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:124:124:0:1:117,7:117,6:0.943548,0.0483871:63,5:54,2:0:0:63,4:54,2:0:1 chr3 67048762 . T C 1626.27 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183331;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.582;QD=58.6044;RBI=0.0544249;REFB=0;REVB=0.0512442;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213416;OID=.;OPOS=67048762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:111:0:0:99:111:1:48:51:0:0:60:51:0:0 chr3 67411103 . C T 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0116249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.954;QD=16.4505;RBI=0.0294488;REFB=-0.00987601;REVB=-0.0270572;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603356;STB=0.533908;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0149946;OID=.;OPOS=67411103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:19:17:24:21:19:17:24:21 chr3 67411166 . A G 285.18 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00384675;FXX=0.043472;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.755;QD=17.2839;RBI=0.0162999;REFB=0.000657499;REVB=0.0158395;RO=35;SAF=10;SAR=21;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267299;STB=0.650251;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0015779;OID=.;OPOS=67411166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:35:35:31:31:0.469697:21:10:21:14:21:10:21:14 chr3 68594319 . G A 128.15 PASS AF=0.310345;AO=17;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0234974;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.439;QD=8.83798;RBI=0.0271705;REFB=-0.0169568;REVB=-0.0136421;RO=39;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205143;STB=0.64324;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0353066;OID=.;OPOS=68594319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:40:17:18:0.310345:7:10:16:23:7:11:16:24 chr3 69024687 . C CTT,CTTT 458.83 PASS AF=1,0;AO=29,11;DP=51;FAO=47,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0784215,-0.052921;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,3;MLLD=19.6699,16.7426;QD=39.0494;RBI=0.0857717,0.0581395;REFB=-0.056856,-0.0526229;REVB=-0.0347396,-0.0240742;RO=6;SAF=16,6;SAR=13,5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0369862,-0.0765456;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00260198,0;OID=.,.;OPOS=69024688,69024688;OREF=-,-;OALT=TT,TTT;OMAPALT=CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:29,11:51:47,0:47:0:25,0:22,0:0:0:6:6:16,6:13,5:4:2 chr3 69038088 . A G 372.68 PASS AF=0.506667;AO=36;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0139857;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.604;QD=19.8765;RBI=0.0142555;REFB=-0.0175462;REVB=-0.00276004;RO=37;SAF=24;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195987;STB=0.617147;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0193914;OID=.;OPOS=69038088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:37:36:38:0.506667:12:24:17:20:12:26:17:20 chr3 69091716 . T C 301.25 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00962278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.412;QD=17.9851;RBI=0.0190547;REFB=-0.00599979;REVB=0.0164464;RO=33;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146692;STB=0.507688;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0109768;OID=.;OPOS=69091716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:34:32:33:0.492537:17:15:16:17:17:16:17:17 chr3 69151152 . C A 3481.35 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178704;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2626;QD=62.7269;RBI=0.0180027;REFB=0;REVB=0.00217796;RO=0;SAF=108;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29608e-05;OID=.;OPOS=69151152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:222:0:0:222:222:1:114:108:0:0:114:108:0:0 chr3 69154386 . T A 1433.04 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00571993;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=369.587;QD=56.1977;RBI=0.00721212;REFB=-0.0450105;REVB=-0.00439285;RO=2;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201745;STB=0.505965;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000364555;OID=.;OPOS=69154386;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:102:2:3:99:99:0.970588:46:53:0:2:46:53:1:2 chr3 69158231 . T C 1137.16 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533846;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.957;QD=59.8503;RBI=0.0537159;REFB=0;REVB=0.00595722;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273978;OID=.;OPOS=69158231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:33:41:0:0:33:43:0:0 chr3 69168864 . C T 316.91 PASS AF=0.378947;AO=35;DP=94;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00391724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.949;QD=13.3437;RBI=0.051542;REFB=-0.00586106;REVB=-0.051393;RO=59;SAF=20;SAR=15;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12474;STB=0.578164;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00607493;OID=.;OPOS=69168864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:59:59:35:36:0.378947:15:20:27:32:15:21:27:32 chr3 69220042 . G A 271.89 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0104853;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.792;QD=14.5008;RBI=0.01049;REFB=0.000763608;REVB=-0.000313869;RO=44;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735366;STB=0.541747;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00133397;OID=.;OPOS=69220042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:44:44:31:31:0.413333:17:14:23:21:17:14:23:21 chr3 69245454 . T C 1339.84 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00280965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.218;QD=62.3182;RBI=0.00288739;REFB=0;REVB=0.000665499;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55494e-06;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:40:43:0:0:43:43:0:0 chr3 70016904 . C T 556.16 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00393506;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.52;QD=22.4711;RBI=0.0041313;REFB=-0.0123055;REVB=0.00125815;RO=46;SAF=23;SAR=29;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141255;STB=0.573388;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00967451;OID=.;OPOS=70016904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:47:52:52:0.525253:29:23:28:18:28:24:29:18 chr3 71021303 . T C 383.73 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0350674;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.026;QD=19.934;RBI=0.035894;REFB=-0.0248562;REVB=-0.00765854;RO=38;SAF=24;SAR=15;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658473;STB=0.536462;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0198018;OID=.;OPOS=71021303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:38:39:39:0.506494:15:24:26:12:15:24:26:12 chr3 71823582 . C T 390.7 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0139404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3436;QD=16.6256;RBI=0.0260576;REFB=-0.00302129;REVB=-0.0220151;RO=53;SAF=22;SAR=19;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106868;STB=0.506002;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00584388;OID=.;OPOS=71823582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:19:22:29:24:19:22:29:24 chr3 72426901 . A G 5444.43 PASS AF=1;AO=341;DP=341;FAO=341;FDP=341;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105135;FXX=0.00292389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5219;QD=63.8642;RBI=0.118517;REFB=0;REVB=0.0547086;RO=0;SAF=171;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239348;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:341:341:0:0:341:341:1:170:171:0:0:170:171:0:0 chr3 72495777 . C G 631.96 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4481;QD=61.655;RBI=0.0804339;REFB=0;REVB=0.0332914;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000574138;OID=.;OPOS=72495777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr3 72495945 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.142;QD=51.1846;RBI=0.0501206;REFB=0;REVB=0.0153439;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204094;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr3 73024350 . C A 846.48 PASS AF=0.494253;AO=85;DP=173;FAO=86;FDP=174;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=0.0117023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.666;QD=19.4593;RBI=0.0669511;REFB=0.00142504;REVB=-0.0659205;RO=88;SAF=43;SAR=42;SRF=54;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997292;STB=0.551731;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00177839;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:88:88:85:86:0.494253:42:43:54:34:42:44:54:34 chr3 73111973 . A G 253.34 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0366807;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.39;QD=21.1113;RBI=0.0368647;REFB=-0.0077822;REVB=0.00367851;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111914;STB=0.562884;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00531626;OID=.;OPOS=73111973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:24:24:24:0.5:10:14:11:13:10:14:11:13 chr3 73114254 . CAGAAGAGGATGA C 113.68 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0184707;FXX=0.115362;HRUN=1;LEN=12;MLLD=398.715;QD=9.88519;RBI=0.0246268;REFB=-0.0129793;REVB=0.0162884;RO=28;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289759;STB=0.65766;STBP=0.169;TYPE=del;VARB=0.0268968;OID=.;OPOS=73114255;OREF=AGAAGAGGATGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:14:43:14:46:32:4:10:16:16:99:28:4:10:15:13 chr3 73290979 . G T 397.44 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0039916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.123;QD=20.6462;RBI=0.00757276;REFB=-0.0300667;REVB=0.00643536;RO=37;SAF=24;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146435;STB=0.581111;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0336332;OID=.;OPOS=73290979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:16:24:16:21:16:24:16:21 chr3 73433369 . G A 207.84 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00220675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9058;QD=17.6888;RBI=0.026072;REFB=-0.0327607;REVB=0.0259785;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134722;STB=0.576541;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0409304;OID=.;OPOS=73433369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:10:11:10:16:10:11:10:16 chr3 73433494 . T C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.119;QD=48.7343;RBI=0.0892597;REFB=0;REVB=0.0850292;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146477;OID=.;OPOS=73433494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 73453325 . C T 1303.5 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.076;QD=61.3413;RBI=0.0620817;REFB=0;REVB=0.0538794;RO=1;SAF=73;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045021;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111902;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:1:0:83:85:1:10:73:0:1:11:74:0:0 chr3 74413676 . T C 155.24 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0029279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.674;QD=15.1451;RBI=0.0643798;REFB=-0.0295776;REVB=0.0643132;RO=24;SAF=13;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218317;STB=0.627424;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0229746;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:4:13:14:10:4:13:14:10 chr3 75232044 . C T 195.92 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0870037;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.228;QD=17.8113;RBI=0.0894024;REFB=-0.0099139;REVB=0.0205705;RO=22;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259733;STB=0.674814;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0159686;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:22:24:20:20:0.454545:5:15:11:11:5:15:11:13 chr3 75475670 . A C 330.39 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0152667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.495;QD=50.8297;RBI=0.0201354;REFB=-0.109709;REVB=0.0131286;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00363562;OID=.;OPOS=75475670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:1:0:14:11:1:0 chr3 75475685 . A G 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00987342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.559;QD=11.4387;RBI=0.0306916;REFB=-0.0123437;REVB=-0.0290601;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.62918;STB=0.879127;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00899715;OID=.;OPOS=75475685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:8:1:10:4:8:1:10:4 chr3 75679930 . A C 56.53 PASS AF=0.110236;AO=14;DP=127;FAO=14;FDP=127;FR=.;FRO=113;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=-0.0211623;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.71;QD=1.78032;RBI=0.0233436;REFB=-0.00300219;REVB=-0.00985309;RO=113;SAF=8;SAR=6;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144574;STB=0.605642;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0274899;OID=.;OPOS=75679930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:127:127:113:113:14:14:0.110236:6:8:51:62:6:8:51:62 chr3 75679937 . G A 322.52 PASS AF=0.306569;AO=42;DP=137;FAO=42;FDP=137;FR=.;FRO=95;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.0113467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.411;QD=9.41662;RBI=0.0362394;REFB=-0.00147052;REVB=-0.0344173;RO=94;SAF=20;SAR=22;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222943;STB=0.516391;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00618015;OID=.;OPOS=75679937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:94:95:42:42:0.306569:22:20:43:51:22:20:43:52 chr3 75679938 . T C 66.14 PASS AF=0.115108;AO=16;DP=139;FAO=16;FDP=139;FR=.;FRO=123;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.00142496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.992;QD=1.90331;RBI=0.0148579;REFB=-0.00296949;REVB=-0.0147894;RO=123;SAF=9;SAR=7;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150327;STB=0.607868;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0829693;OID=.;OPOS=75679938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:139:139:123:123:16:16:0.115108:7:9:54:69:7:9:54:69 chr3 75679945 . C G 110.37 PASS AF=0.150685;AO=22;DP=146;FAO=22;FDP=146;FR=.;FRO=124;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=-0.0077738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.544;QD=3.02386;RBI=0.00843373;REFB=-0.00143214;REVB=0.00327044;RO=123;SAF=7;SAR=15;SRF=59;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210531;STB=0.63858;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0192625;OID=.;OPOS=75679945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:123:124:22:22:0.150685:15:7:59:64:15:7:59:65 chr3 75679958 . C T 315.56 PASS AF=0.277778;AO=45;DP=162;FAO=45;FDP=162;FR=.;FRO=117;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=69;FWDB=-0.0084559;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.124;QD=7.79149;RBI=0.00911489;REFB=-0.00508553;REVB=0.00340278;RO=117;SAF=21;SAR=24;SRF=48;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697656;STB=0.541129;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0143241;OID=.;OPOS=75679958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:117:117:45:45:0.277778:24:21:48:69:24:21:48:69 chr3 75679965 . C A 76.76 PASS AF=0.115152;AO=19;DP=165;FAO=19;FDP=165;FR=.;FRO=146;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=86;FWDB=-0.0171336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.413;QD=1.86093;RBI=0.0198312;REFB=-0.00229104;REVB=-0.00998587;RO=145;SAF=10;SAR=9;SRF=60;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138779;STB=0.601163;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0187695;OID=.;OPOS=75679965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:165:165:145:146:19:19:0.115152:9:10:60:85:9:10:60:86 chr3 75679973 . A G 344.37 PASS AF=0.287425;AO=48;DP=167;FAO=48;FDP=167;FR=.;FRO=119;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=70;FWDB=-0.0155668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.705;QD=8.24826;RBI=0.0156836;REFB=-0.00916575;REVB=0.00191022;RO=119;SAF=21;SAR=27;SRF=49;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031882;STB=0.518709;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0285951;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:119:119:48:48:0.287425:27:21:49:70:27:21:49:70 chr3 75679975 . C T 74.88 PASS AF=0.112426;AO=19;DP=169;FAO=19;FDP=169;FR=.;FRO=150;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=90;FWDB=-0.032117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.747;QD=1.77231;RBI=0.0324258;REFB=-0.00467033;REVB=0.00446469;RO=150;SAF=10;SAR=9;SRF=60;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155369;STB=0.610999;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0293343;OID=.;OPOS=75679975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:169:169:150:150:19:19:0.112426:9:10:60:90:9:10:60:90 chr3 75679988 . A G 73.2 PASS AF=0.109827;AO=19;DP=173;FAO=19;FDP=173;FR=.;FRO=154;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=94;FWDB=0.0636946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5649;QD=1.69243;RBI=0.0636951;REFB=0.00666782;REVB=-0.000254458;RO=153;SAF=10;SAR=9;SRF=60;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164766;STB=0.620361;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0501256;OID=.;OPOS=75679988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:173:173:153:154:19:19:0.109827:9:10:60:93:9:10:60:94 chr3 75679997 . C T 77.28 PASS AF=0.113636;AO=19;DP=175;FAO=20;FDP=176;FR=.;FRO=156;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=60;FSRR=96;FWDB=-0.0197258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8272;QD=1.75636;RBI=0.0528729;REFB=0.00609186;REVB=0.0490554;RO=156;SAF=10;SAR=9;SRF=60;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173777;STB=0.602175;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0485633;OID=.;OPOS=75679997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:175:176:156:156:19:20:0.113636:9:10:60:96:10:10:60:96 chr3 75680006 . T C 150.84 PASS AF=0.165714;AO=29;DP=177;FAO=29;FDP=175;FR=.;FRO=146;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=61;FSRR=85;FWDB=0.00530517;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.697;QD=3.44785;RBI=0.0131267;REFB=-0.00289395;REVB=-0.0120069;RO=144;SAF=9;SAR=20;SRF=60;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146235;STB=0.596946;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0142744;OID=.;OPOS=75680006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:144:146:29:29:0.165714:20:9:60:84:20:9:61:85 chr3 75680010 . T C 345.93 PASS AF=0.272222;AO=49;DP=179;FAO=49;FDP=180;FR=.;FRO=131;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=82;FWDB=-0.0203851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7959;QD=7.68727;RBI=0.0225337;REFB=0.000472583;REVB=-0.00960291;RO=130;SAF=21;SAR=28;SRF=48;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755791;STB=0.540967;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000813846;OID=.;OPOS=75680010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:130:131:49:49:0.272222:28:21:48:82:28:21:49:82 chr3 75714298 . A G 717.57 PASS AF=0.554688;AO=67;DP=126;FAO=71;FDP=128;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00836363;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.294;QD=22.4241;RBI=0.0156384;REFB=-0.0111693;REVB=0.013214;RO=58;SAF=32;SAR=35;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480957;STB=0.522651;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.011113;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:58:57:67:71:0.554688:35:32:31:27:36:35:31:26 chr3 75714311 . G A 103.99 PASS AF=0.15;AO=23;DP=140;FAO=21;FDP=140;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=0.0259004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2358;QD=2.97126;RBI=0.0331951;REFB=0.00487057;REVB=0.0207625;RO=111;SAF=10;SAR=13;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889724;STB=0.509528;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.0135208;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:111:119:23:21:0.15:13:10:56:55:11:10:58:61 chr3 75714337 . T G 1029.22 PASS AF=0.614379;AO=94;DP=153;FAO=94;FDP=153;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00225991;FXX=0.0316436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.439;QD=26.9077;RBI=0.0110798;REFB=-0.0168079;REVB=0.0108469;RO=59;SAF=41;SAR=53;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880737;STB=0.547679;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00958718;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:59:59:94:94:0.614379:53:41:33:26:53:41:33:26 chr3 75714345 . G T 343.02 PASS AF=0.297468;AO=47;DP=158;FAO=47;FDP=158;FR=.;FRO=111;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=-0.00851503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.001;QD=8.684;RBI=0.011137;REFB=-0.0146815;REVB=-0.00717816;RO=110;SAF=20;SAR=27;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681136;STB=0.543212;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0225427;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:110:111:47:47:0.297468:27:20:53:57:27:20:54:57 chr3 75714702 . A G 518.71 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.000282539;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.941;QD=20.3415;RBI=0.0107913;REFB=0.0053054;REVB=0.0107876;RO=49;SAF=32;SAR=21;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10333;STB=0.556766;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00498356;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:53:53:0.519608:21:32:35:14:21:32:35:14 chr3 75714709 . G T 106.49 PASS AF=0.17094;AO=20;DP=118;FAO=20;FDP=117;FR=.;FRO=97;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=62;FSRR=35;FWDB=0.0040062;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.633;QD=3.64079;RBI=0.00469776;REFB=-3.59059e-05;REVB=-0.00245342;RO=95;SAF=14;SAR=6;SRF=60;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097251;STB=0.557222;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00017139;OID=.;OPOS=75714709;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:95:97:20:20:0.17094:6:14:60:35:6:14:62:35 chr3 75714819 . G A 53.49 PASS AF=0.0766284;AO=20;DP=260;FAO=20;FDP=261;FR=.;FRO=241;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=122;FSRR=119;FWDB=-0.0364234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.826;QD=0.819839;RBI=0.047976;REFB=-0.00194653;REVB=-0.0312255;RO=240;SAF=11;SAR=9;SRF=122;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472123;STB=0.540458;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0328077;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:260:261:240:241:20:20:0.0766284:9:11:122:118:9:11:122:119 chr3 75714825 . G A 775.98 PASS AF=0.372;AO=91;DP=247;FAO=93;FDP=250;FR=.;FRO=157;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=91;FSRR=66;FWDB=0.0189848;FXX=0.0671617;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9884;QD=12.4157;RBI=0.0218907;REFB=-0.0297898;REVB=-0.0108986;RO=156;SAF=33;SAR=58;SRF=91;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24594;STB=0.63438;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0447257;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:250:156:157:91:93:0.372:58:33:91:65:59:34:91:66 chr3 75714831 . G A 201.0 PASS AF=0.147766;AO=43;DP=287;FAO=43;FDP=291;FR=.;FRO=248;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=120;FSRR=128;FWDB=-0.0205574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.679;QD=2.76293;RBI=0.0217171;REFB=-0.00538777;REVB=0.00700199;RO=244;SAF=14;SAR=29;SRF=116;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197978;STB=0.638659;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0327648;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:291:244:248:43:43:0.147766:29:14:116:128:29:14:120:128 chr3 75714835 . C T 214.14 PASS AF=0.149502;AO=45;DP=301;FAO=45;FDP=301;FR=.;FRO=256;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=124;FSRR=132;FWDB=0.00538252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.128;QD=2.84566;RBI=0.00927387;REFB=-0.00543326;REVB=-0.00755203;RO=256;SAF=15;SAR=30;SRF=124;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198403;STB=0.631758;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0342394;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:256:256:45:45:0.149502:30:15:124:132:30:15:124:132 chr3 75714840 . A G 1292.67 PASS AF=0.452459;AO=138;DP=306;FAO=138;FDP=305;FR=.;FRO=167;FSAF=45;FSAR=93;FSRF=95;FSRR=72;FWDB=0.00839621;FXX=0.00326787;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7949;QD=16.953;RBI=0.00852944;REFB=-0.00526862;REVB=-0.00150163;RO=167;SAF=45;SAR=93;SRF=95;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246808;STB=0.63681;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0065841;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:305:167:167:138:138:0.452459:93:45:95:72:93:45:95:72 chr3 75714843 . T A 682.93 PASS AF=0.296178;AO=93;DP=312;FAO=93;FDP=314;FR=.;FRO=221;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=112;FSRR=109;FWDB=-0.0108919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9192;QD=8.69973;RBI=0.0109697;REFB=0.00280212;REVB=0.00130452;RO=219;SAF=33;SAR=60;SRF=110;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182207;STB=0.609348;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00854249;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:314:219:221:93:93:0.296178:60:33:110:109:60:33:112:109 chr3 75714853 . G A 751.16 PASS AF=0.298507;AO=100;DP=337;FAO=100;FDP=335;FR=.;FRO=235;FSAF=34;FSAR=66;FSRF=125;FSRR=110;FWDB=0.00753893;FXX=0.00593454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3132;QD=8.96901;RBI=0.00816736;REFB=-0.00781398;REVB=-0.0031417;RO=234;SAF=34;SAR=66;SRF=124;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232952;STB=0.636821;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.020742;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:335:234:235:100:100:0.298507:66:34:124:110:66:34:125:110 chr3 75714898 . G A 631.75 PASS AF=0.258953;AO=92;DP=363;FAO=94;FDP=363;FR=.;FRO=269;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=140;FSRR=129;FWDB=-0.0197063;FXX=0.0054793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.342;QD=6.96148;RBI=0.0730341;REFB=-0.019106;REVB=0.0703252;RO=271;SAF=37;SAR=55;SRF=142;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153412;STB=0.594464;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0587616;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:363:271:269:92:94:0.258953:55:37:142:129:57:37:140:129 chr3 75714917 . G A 506.09 PASS AF=0.245902;AO=72;DP=307;FAO=75;FDP=305;FR=.,HEALED;FRO=227;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=133;FSRR=94;FWDB=-0.034507;FXX=0.0129446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.405;QD=6.63726;RBI=0.0348369;REFB=-0.00876361;REVB=-0.00478299;RO=163;SAF=25;SAR=47;SRF=121;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447632;STB=0.66697;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0266848;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:305:163:227:72:75:0.245902:47:25:121:42:48:27:133:94 chr3 75714929 . G A 484.24 PASS AF=0.245734;AO=73;DP=293;FAO=72;FDP=293;FR=.;FRO=221;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=125;FSRR=96;FWDB=-0.0501125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.588;QD=6.61078;RBI=0.0648383;REFB=-0.0266345;REVB=-0.041143;RO=220;SAF=26;SAR=47;SRF=125;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264806;STB=0.6529;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0617683;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:220:221:73:72:0.245734:47:26:125:95:46:26:125:96 chr3 75714950 . C A 341.5 PASS AF=0.213483;AO=57;DP=267;FAO=57;FDP=267;FR=.;FRO=210;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=118;FSRR=92;FWDB=-0.00679954;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.121;QD=5.11607;RBI=0.00813211;REFB=-0.0152498;REVB=-0.00446066;RO=209;SAF=23;SAR=34;SRF=118;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204583;STB=0.623202;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.038298;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:209:210:57:57:0.213483:34:23:118:91:34:23:118:92 chr3 75714976 . C T 584.49 PASS AF=0.330357;AO=74;DP=225;FAO=74;FDP=224;FR=.;FRO=150;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=90;FSRR=60;FWDB=0.0435206;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.999;QD=10.4373;RBI=0.0461265;REFB=-0.0127548;REVB=0.0152843;RO=149;SAF=35;SAR=39;SRF=89;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144206;STB=0.58451;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0246716;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:149:150:74:74:0.330357:39:35:89:60:39:35:90:60 chr3 75714980 . C A 178.16 PASS AF=0.165877;AO=35;DP=212;FAO=35;FDP=211;FR=.;FRO=176;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=97;FSRR=79;FWDB=0.0061883;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.249;QD=3.37741;RBI=0.0273191;REFB=-0.00290917;REVB=0.0266089;RO=172;SAF=16;SAR=19;SRF=94;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114554;STB=0.577883;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00806838;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:172:176:35:35:0.165877:19:16:94:78:19:16:97:79 chr3 75715118 . G A 126.46 PASS AF=0.204082;AO=20;DP=98;FAO=20;FDP=98;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.00272945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.999;QD=5.16148;RBI=0.00608826;REFB=-0.00655763;REVB=0.00544215;RO=75;SAF=10;SAR=10;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126309;STB=0.581553;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0355813;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:75:78:20:20:0.204082:10:10:30:45:10:10:31:47 chr3 75715124 . C T 103.01 PASS AF=0.194175;AO=21;DP=100;FAO=20;FDP=103;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.0349172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3999;QD=4.00026;RBI=0.0350317;REFB=-0.0244391;REVB=0.00283047;RO=79;SAF=11;SAR=10;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181311;STB=0.582444;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0920682;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:79:83:21:20:0.194175:10:11:30:49:10:10:33:50 chr3 75715173 . CT TG 196.07 PASS AF=0.232558;AO=30;DP=129;FAO=30;FDP=129;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=67;FWDB=-0.00720908;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=2;MLLD=257.845;QD=6.07973;RBI=0.0072247;REFB=-0.0127682;REVB=-0.000474908;RO=99;SAF=17;SAR=13;SRF=32;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300887;STB=0.680911;STBP=0.04;TYPE=mnp;VARB=0.0379936;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:99:99:30:30:0.232558:13:17:32:67:13:17:32:67 chr3 75715181 . G A 211.95 PASS AF=0.242424;AO=32;DP=132;FAO=32;FDP=132;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=67;FWDB=-0.0287647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.595;QD=6.42259;RBI=0.0294284;REFB=-0.0180147;REVB=-0.0062148;RO=100;SAF=19;SAR=13;SRF=33;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321455;STB=0.692057;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0504404;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:100:100:32:32:0.242424:13:19:33:67:13:19:33:67 chr3 75779719 . T C 196.66 PASS AF=0.269231;AO=27;DP=103;FAO=28;FDP=104;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00310089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.199;QD=7.56386;RBI=0.0136103;REFB=-0.00139462;REVB=0.0132523;RO=73;SAF=12;SAR=15;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761727;STB=0.552449;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.008375;OID=.;OPOS=75779719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:73:76:27:28:0.269231:15:12:37:36:16:12:38:38 chr3 75779724 . T C 529.12 PASS AF=0.504587;AO=53;DP=107;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0143493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.67;QD=19.4173;RBI=0.0458694;REFB=-0.0152677;REVB=0.0435672;RO=54;SAF=22;SAR=31;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145152;STB=0.568119;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0148193;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:54:54:53:55:0.504587:31:22:31:23:31:24:31:23 chr3 75779727 . A G 524.97 PASS AF=0.5;AO=54;DP=109;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0674442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.572;QD=19.0898;RBI=0.0700207;REFB=-0.0261466;REVB=-0.0188194;RO=55;SAF=24;SAR=30;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108579;STB=0.563613;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0180294;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:55:55:54:55:0.5:30:24:31:24:31:24:31:24 chr3 75779742 . G A 114.35 PASS AF=0.177966;AO=21;DP=119;FAO=21;FDP=118;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.00888269;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.52;QD=3.87642;RBI=0.0295834;REFB=-0.0014936;REVB=-0.0282183;RO=96;SAF=10;SAR=11;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170295;STB=0.506865;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0188758;OID=.;OPOS=75779742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:96:97:21:21:0.177966:11:10:47:49:11:10:47:50 chr3 75779762 . G T 110.76 PASS AF=0.169355;AO=21;DP=124;FAO=21;FDP=124;FR=.;FRO=103;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=-0.045231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4202;QD=3.57286;RBI=0.0500332;REFB=-0.010405;REVB=-0.0213887;RO=103;SAF=10;SAR=11;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117679;STB=0.507685;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0723182;OID=.;OPOS=75779762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:103:103:21:21:0.169355:11:10:50:53:11:10:50:53 chr3 75779769 . C G 588.5 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0146723;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.779;QD=19.9492;RBI=0.015696;REFB=-0.0278033;REVB=0.00557559;RO=56;SAF=26;SAR=34;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121054;STB=0.566644;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0183929;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:58:60:60:0.508475:34:26:32:24:34:26:33:25 chr3 75779777 . TA T 301.91 PASS AF=0.490909;AO=52;DP=116;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0555059;FXX=0.0517197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.6885;QD=10.9786;RBI=0.0559021;REFB=0.0141726;REVB=-0.00664412;RO=54;SAF=24;SAR=28;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=-0.1032;STB=0.545682;STBP=0.391;TYPE=del;VARB=0.00337354;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490909:52:116:54:110:56:26:28:32:24:99:54:24:28:31:23 chr3 75781222 . C T 699.95 PASS AF=0.625;AO=64;DP=105;FAO=65;FDP=104;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0230249;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7243;QD=26.9211;RBI=0.0977465;REFB=-0.00946236;REVB=0.094996;RO=40;SAF=32;SAR=32;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141858;STB=0.579033;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00623674;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:40:39:64:65:0.625:32:32:12:28:33:32:11:28 chr3 75781243 . T C 211.45 PASS AF=0.280374;AO=30;DP=108;FAO=30;FDP=107;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0193992;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3077;QD=7.90451;RBI=0.0194004;REFB=-0.0111462;REVB=-0.000212314;RO=76;SAF=14;SAR=16;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395172;STB=0.52762;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0288091;OID=.;OPOS=75781243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:76:77:30:30:0.280374:16:14:33:43:16:14:33:44 chr3 75781257 . T G 271.18 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0279154;FXX=0.277752;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.874;QD=13.9066;RBI=0.0378196;REFB=0.0180129;REVB=0.0255157;RO=44;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110378;STB=0.567146;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0338918;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:78:44:47:31:31:0.397436:15:16:18:26:15:16:19:28 chr3 75781263 . T C 560.98 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0245108;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0373;QD=21.7856;RBI=0.0404224;REFB=0.0148656;REVB=-0.0321433;RO=47;SAF=24;SAR=32;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00257986;STB=0.51136;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0160386;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:47:47:56:56:0.543689:32:24:20:27:32:24:19:28 chr3 75781272 . C A 204.19 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=98;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0495351;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7149;QD=8.42038;RBI=0.0782585;REFB=0.00502959;REVB=-0.0605861;RO=71;SAF=14;SAR=13;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167493;STB=0.605388;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0209799;OID=.;OPOS=75781272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:71:70:27:27:0.278351:13:14:27:44:13:14:26:44 chr3 75786031 . A C 102.99 PASS AF=0.112971;AO=27;DP=239;FAO=27;FDP=239;FR=.;FRO=212;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=109;FSRR=103;FWDB=0.0151208;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.139;QD=1.7237;RBI=0.0373883;REFB=0.00282399;REVB=0.0341943;RO=211;SAF=18;SAR=9;SRF=109;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189172;STB=0.638073;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0248858;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:211:212:27:27:0.112971:9:18:109:102:9:18:109:103 chr3 75786036 . A G 277.99 PASS AF=0.213675;AO=49;DP=251;FAO=50;FDP=234;FR=.;FRO=184;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=87;FSRR=97;FWDB=-0.0248514;FXX=0.0999961;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.2196;QD=4.7519;RBI=0.0405456;REFB=-0.00629472;REVB=0.0320368;RO=176;SAF=29;SAR=20;SRF=82;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160447;STB=0.59996;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0397968;OID=.;OPOS=75786036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:234:176:184:49:50:0.213675:20:29:82:94:20:30:87:97 chr3 75786042 . G A 1573.23 PASS AF=0.481203;AO=114;DP=268;FAO=128;FDP=266;FR=.,HEALED;FRO=114;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=0.00348709;FXX=0.029196;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.623;QD=23.6576;RBI=0.00356066;REFB=-0.0129063;REVB=0.000720038;RO=118;SAF=52;SAR=62;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11083;STB=0.559522;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0103492;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:266:118:114:114:128:0.481203:62:52:68:50:69:59:67:47 chr3 75786059 . CA TA,TG 1927.29 PASS AF=0.142857,0.440994;AO=46,141;DP=322;FAO=46,142;FDP=322;FR=.;FRO=134;FSAF=21,71;FSAR=25,71;FSRF=75;FSRR=59;FWDB=-0.0224918,-0.00871931;FXX=0.00309588;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=125.25,219.642;QD=23.9415;RBI=0.0225052,0.0156338;REFB=-0.00900587,-0.0151127;REVB=-0.000776951,-0.0129765;RO=131;SAF=21,71;SAR=25,70;SRF=74;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.133889,-0.0540753;STB=0.576336,0.528981;STBP=0.241,0.311;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00356794,0.0169164;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:322:322:131:134:46,141:46,142:0.142857,0.440994:25,70:21,71:74:57:25,71:21,71:75:59 chr3 75786071 . C A 251.1 PASS AF=0.15;AO=53;DP=359;FAO=54;FDP=360;FR=.;FRO=306;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=159;FSRR=147;FWDB=-0.00220562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.272;QD=2.79002;RBI=0.00231564;REFB=-0.00205403;REVB=0.000705282;RO=303;SAF=26;SAR=27;SRF=159;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440502;STB=0.516661;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.011701;OID=.;OPOS=75786071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:360:303:306:53:54:0.15:27:26:159:144:27:27:159:147 chr3 75786073 . C G 172.63 PASS AF=0.121547;AO=44;DP=362;FAO=44;FDP=362;FR=.;FRO=318;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=158;FSRR=160;FWDB=0.0273829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9375;QD=1.90746;RBI=0.0358206;REFB=0.00445064;REVB=-0.0230932;RO=317;SAF=28;SAR=16;SRF=158;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175174;STB=0.623425;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0447086;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:362:317:318:44:44:0.121547:16:28:158:159:16:28:158:160 chr3 75786079 . CG CA,TA 2277.97 PASS AF=0.454545,0.146006;AO=163,54;DP=367;FAO=165,53;FDP=363;FR=.;FRO=145;FSAF=84,26;FSAR=81,27;FSRF=78;FSRR=67;FWDB=-0.00271607,-0.0084712;FXX=0.0108989;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=167.777,123.095;QD=25.1016;RBI=0.010421,0.0168105;REFB=-0.00505446,-0.00126197;REVB=0.0100609,-0.01452;RO=145;SAF=84,27;SAR=79,27;SRF=78;SRR=67;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.019533,-0.0467605;STB=0.513499,0.53464;STBP=0.635,0.554;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00467097,-0.00114092;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:363:145:145:163,54:165,53:0.454545,0.146006:79,27:84,27:78:67:81,27:84,26:78:67 chr3 75786132 . T C 380.73 PASS AF=0.18617;AO=70;DP=376;FAO=70;FDP=376;FR=.;FRO=306;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=151;FSRR=155;FWDB=-0.019674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.704;QD=4.05033;RBI=0.0251316;REFB=-0.00331087;REVB=-0.0156375;RO=305;SAF=29;SAR=41;SRF=150;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101122;STB=0.564893;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0192252;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:376:305:306:70:70:0.18617:41:29:150:155:41:29:151:155 chr3 75786163 . C T 352.84 PASS AF=0.20132;AO=59;DP=302;FAO=61;FDP=303;FR=.;FRO=242;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=102;FSRR=140;FWDB=-0.0160151;FXX=0.00328937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.1;QD=4.65792;RBI=0.0324111;REFB=-0.00177953;REVB=-0.0281779;RO=239;SAF=27;SAR=32;SRF=102;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403035;STB=0.530316;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.019985;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:303:239:242:59:61:0.20132:32:27:102:137:33:28:102:140 chr3 75786175 . C A 119.43 PASS AF=0.115672;AO=30;DP=275;FAO=31;FDP=268;FR=.,HEALED;FRO=237;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=107;FSRR=130;FWDB=0.0199811;FXX=0.0147053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.746;QD=1.78255;RBI=0.0309504;REFB=-0.000773458;REVB=-0.0236364;RO=196;SAF=11;SAR=19;SRF=84;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814745;STB=0.58847;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0143516;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:268:196:237:30:31:0.115672:19:11:84:112:20:11:107:130 chr3 75786202 . TG CA 100.4 PASS AF=0.114537;AO=26;DP=227;FAO=26;FDP=227;FR=.;FRO=201;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=95;FSRR=106;FWDB=0.00152377;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=318.706;QD=1.76913;RBI=0.00639786;REFB=-0.0019614;REVB=0.00621376;RO=199;SAF=8;SAR=18;SRF=94;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210268;STB=0.651321;STBP=0.131;TYPE=mnp;VARB=0.0138702;OID=.;OPOS=75786202;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:199:201:26:26:0.114537:18:8:94:105:18:8:95:106 chr3 75786211 . A G 380.69 PASS AF=0.268657;AO=52;DP=198;FAO=54;FDP=201;FR=.;FRO=147;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=65;FSRR=82;FWDB=-0.00925175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.652;QD=7.57594;RBI=0.0198154;REFB=-0.0107072;REVB=-0.0175229;RO=145;SAF=24;SAR=28;SRF=64;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252;STB=0.515315;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0515941;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:201:145:147:52:54:0.268657:28:24:64:81:29:25:65:82 chr3 75786221 . G A 91.51 PASS AF=0.122222;AO=19;DP=183;FAO=22;FDP=180;FR=.;FRO=158;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=76;FSRR=82;FWDB=-0.00273487;FXX=0.0270256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.992;QD=2.0335;RBI=0.0108241;REFB=-0.00359111;REVB=0.0104729;RO=161;SAF=5;SAR=14;SRF=80;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289181;STB=0.690347;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0318838;OID=.;OPOS=75786221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:183:180:161:158:19:22:0.122222:14:5:80:81:16:6:76:82 chr3 75786225 . G A 368.75 PASS AF=0.323699;AO=39;DP=154;FAO=56;FDP=173;FR=.;FRO=117;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=0.021807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7223;QD=8.52596;RBI=0.0220405;REFB=-0.0207049;REVB=0.00319933;RO=106;SAF=16;SAR=23;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065028;STB=0.513961;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0932466;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:173:106:117:39:56:0.323699:23:16:49:57:29:27:54:63 chr3 75786243 . C T 258.9 PASS AF=0.253425;AO=37;DP=146;FAO=37;FDP=146;FR=.;FRO=109;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=0.0079778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.537;QD=7.09304;RBI=0.0524736;REFB=-0.00502364;REVB=-0.0518636;RO=109;SAF=12;SAR=25;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141635;STB=0.585502;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.031426;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:109:109:37:37:0.253425:25:12:47:62:25:12:47:62 chr3 75786244 . A T 129.03 PASS AF=0.166667;AO=24;DP=146;FAO=24;FDP=144;FR=.;FRO=120;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=76;FWDB=-0.0289407;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.32;QD=3.58407;RBI=0.0452869;REFB=-0.00454862;REVB=-0.034833;RO=120;SAF=13;SAR=11;SRF=44;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222514;STB=0.643233;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0177961;OID=.;OPOS=75786244;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:120:120:24:24:0.166667:11:13:44:76:11:13:44:76 chr3 75786245 . T A 259.79 PASS AF=0.258741;AO=37;DP=143;FAO=37;FDP=143;FR=.;FRO=106;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.00361198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.165;QD=7.26671;RBI=0.0104093;REFB=-0.0019775;REVB=-0.00976258;RO=106;SAF=12;SAR=25;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156181;STB=0.593987;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00805212;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:106:106:37:37:0.258741:25:12:47:59:25:12:47:59 chr3 75786251 . GG AT,GT 318.35 PASS AF=0.109375,0.226562;AO=14,29;DP=129;FAO=14,29;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=2,10;FSAR=12,19;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0121813,-0.012814;FXX=0.0153834;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=193.879,226.654;QD=9.94849;RBI=0.0134941,0.0188211;REFB=-0.00533199,-0.00524632;REVB=-0.00580571,-0.0137853;RO=84;SAF=2,10;SAR=12,19;SRF=43;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.480986,-0.209592;STB=0.832829,0.622672;STBP=0.008,0.161;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00540278,0.0263753;OID=.,.;OPOS=75786251,75786252;OREF=GG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:129:128:84:85:14,29:14,29:0.109375,0.226562:12,19:2,10:43:41:12,19:2,10:43:42 chr3 75786256 . T A 183.56 PASS AF=0.239316;AO=28;DP=117;FAO=28;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.0219826;FXX=0.00847386;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.659;QD=6.27552;RBI=0.0370496;REFB=-0.0141743;REVB=-0.0298235;RO=67;SAF=10;SAR=18;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233179;STB=0.598423;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0337323;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:89:28:28:0.239316:18:10:37:30:18:10:43:46 chr3 75786261 . C T 244.01 PASS AF=0.290598;AO=34;DP=117;FAO=34;FDP=117;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.0285858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.859;QD=8.34225;RBI=0.0317011;REFB=-0.0133631;REVB=-0.0137046;RO=83;SAF=20;SAR=14;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240105;STB=0.640945;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0308469;OID=.;OPOS=75786261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:83:83:34:34:0.290598:14:20:32:51:14:20:32:51 chr3 75786278 . A C 575.15 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00676244;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.478;QD=23.4753;RBI=0.0082077;REFB=-0.0217539;REVB=0.00465142;RO=45;SAF=22;SAR=31;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251187;STB=0.513807;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0202699;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:45:45:53:53:0.540816:31:22:20:25:31:22:20:25 chr3 75786288 . A G 112.39 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00409067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.216;QD=5.28885;RBI=0.00681037;REFB=-0.00382877;REVB=-0.00544496;RO=65;SAF=8;SAR=10;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215336;STB=0.514496;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.016407;OID=.;OPOS=75786288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:65:67:18:18:0.211765:10:8:30:35:10:8:31:36 chr3 75786298 . T C 96.81 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0214096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0615;QD=4.96437;RBI=0.03102;REFB=0.00332656;REVB=0.022447;RO=62;SAF=8;SAR=8;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808096;STB=0.551219;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.011273;OID=.;OPOS=75786298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:62:62:16:16:0.205128:8:8:27:35:8:8:27:35 chr3 75786302 . G A 137.62 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00510239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.064;QD=7.24292;RBI=0.0170624;REFB=-0.00323779;REVB=0.0162816;RO=56;SAF=8;SAR=12;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057833;STB=0.5351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0110172;OID=.;OPOS=75786302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:12:8:25:31:12:8:25:31 chr3 75786314 . CCTACATTCT C 171.08 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0144178;FXX=0.0757461;HRUN=2;LEN=9;MLLD=305.954;QD=11.2181;RBI=0.0145205;REFB=-0.00732687;REVB=-0.00172342;RO=30;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149368;STB=0.58459;STBP=0.249;TYPE=del;VARB=0.00785984;OID=.;OPOS=75786315;OREF=CTACATTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442623:27:67:27:61:34:11:16:19:15:99:30:11:16:17:13 chr3 75786337 . G A 54.26 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0470286;FXX=0.03571;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2099;QD=2.67933;RBI=0.0470332;REFB=-0.0151963;REVB=-0.000657377;RO=68;SAF=6;SAR=5;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166251;STB=0.510186;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0435536;OID=.;OPOS=75786337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:83:81:68:70:11:11:0.135802:5:6:38:30:5:6:39:31 chr3 75786354 . G A 98.08 PASS AF=0.184783;AO=14;DP=89;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.00593676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0881;QD=4.26442;RBI=0.023677;REFB=-0.0122633;REVB=-0.0229206;RO=74;SAF=10;SAR=4;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16387;STB=0.540935;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0542497;OID=.;OPOS=75786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:89:92:74:75:14:17:0.184783:4:10:44:30:6:11:45:30 chr3 75786379 . T C 181.38 PASS AF=0.271739;AO=24;DP=91;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.00604999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.102;QD=7.88611;RBI=0.0190658;REFB=-0.00637851;REVB=0.0180804;RO=62;SAF=13;SAR=11;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127916;STB=0.584094;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0412027;OID=.;OPOS=75786379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:62:67:24:25:0.271739:11:13:40:22:11:14:45:22 chr3 75786381 . T C 772.7 PASS AF=0.673684;AO=63;DP=94;FAO=64;FDP=95;FR=.;FRO=31;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0224779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.926;QD=32.5348;RBI=0.0899391;REFB=-0.00548622;REVB=0.0870849;RO=31;SAF=41;SAR=22;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025216;STB=0.515519;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0181724;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:31:31:63:64:0.673684:22:41:19:12:22:42:19:12 chr3 75786385 . C G 192.69 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=-0.0180931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.808;QD=8.11327;RBI=0.0564689;REFB=-0.000100021;REVB=0.0534918;RO=67;SAF=14;SAR=12;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127631;STB=0.584096;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00309686;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:67:69:26:26:0.273684:12:14:43:24:12:14:45:24 chr3 75786417 . T C 136.52 PASS AF=0.21875;AO=21;DP=96;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=0.0490375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9514;QD=5.68814;RBI=0.0775973;REFB=-0.00997572;REVB=-0.0601387;RO=75;SAF=13;SAR=8;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101621;STB=0.506323;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0543396;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:75:75:21:21:0.21875:8:13:47:28:8:13:47:28 chr3 75786423 . T TTC 38.76 PASS AF=0.102273;AO=13;DP=96;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.0283051;FXX=0.0537577;HRUN=3;LEN=2;MLLD=262.774;QD=1.76202;RBI=0.0324279;REFB=-0.00482305;REVB=-0.0158238;RO=82;SAF=9;SAR=4;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959372;STB=0.571276;STBP=0.692;TYPE=ins;VARB=0.0368713;OID=.;OPOS=75786424;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.102273:13:96:9:88:79:5:4:50:29:38:82:9:4:51:31 chr3 75786438 . G A 141.46 PASS AF=0.233333;AO=21;DP=92;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.00955565;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.94;QD=6.28689;RBI=0.0428437;REFB=-0.00405948;REVB=-0.0417645;RO=66;SAF=13;SAR=8;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228843;STB=0.51524;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00754035;OID=.;OPOS=75786438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:66:69:21:21:0.233333:8:13:42:24:8:13:44:25 chr3 75786440 . C T 138.32 PASS AF=0.225806;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.055447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3673;QD=5.94917;RBI=0.0738819;REFB=-0.0235911;REVB=-0.0488279;RO=67;SAF=13;SAR=8;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503728;STB=0.516396;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0738948;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:67:72:21:21:0.225806:8:13:44:23:8:13:46:26 chr3 75786450 . G A 161.04 PASS AF=0.244681;AO=23;DP=95;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.00190353;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.861;QD=6.85291;RBI=0.0132495;REFB=-0.0127515;REVB=-0.0131121;RO=71;SAF=14;SAR=9;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143789;STB=0.508764;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0277761;OID=.;OPOS=75786450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:71:71:23:23:0.244681:9:14:44:27:9:14:44:27 chr3 75786453 . C T 171.47 PASS AF=0.255319;AO=24;DP=95;FAO=24;FDP=94;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.00659059;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.756;QD=7.2966;RBI=0.0229457;REFB=-0.0211847;REVB=-0.0219789;RO=70;SAF=14;SAR=10;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580225;STB=0.535027;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0252834;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:70:70:24:24:0.255319:10:14:44:26:10:14:44:26 chr3 75786499 . CAT CGA,CGT,TGT 264.03 PASS AF=0.0408163,0.244898,0.0714286;AO=4,23,7;DP=98;FAO=4,24,7;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=2,18,6;FSAR=2,6,1;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.00101917,-0.00112606,-0.00477974;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=234.085,195.765,238.983;QD=10.7766;RBI=0.00175099,0.00415863,0.00858382;REFB=-0.00668954,-0.00915531,-0.0074581;REVB=-0.00142382,0.00400327,-0.00712993;RO=63;SAF=2,18,6;SAR=2,5,1;SRF=42;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.167794,0.178879,0.279716;STB=0.656012,0.574403,0.732553;STBP=0.589,0.444,0.272;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0.0189612,0.0195773,0.0030342;OID=.,.,.;OPOS=75786500,75786500,75786499;OREF=AT,A,CA;OALT=GA,G,TG;OMAPALT=CGA,CGT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:98:98:63:63:4,23,7:4,24,7:0.0408163,0.244898,0.0714286:2,5,1:2,18,6:42:21:2,6,1:2,18,6:42:21 chr3 75786506 . T C 199.5 PASS AF=0.268519;AO=29;DP=105;FAO=29;FDP=108;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=0.000167869;FXX=0.00917347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.674;QD=7.38875;RBI=0.00916491;REFB=-0.00266615;REVB=-0.00916337;RO=75;SAF=22;SAR=7;SRF=53;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810209;STB=0.580277;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00334125;OID=.;OPOS=75786506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:75:79:29:29:0.268519:7:22:53:22:7:22:53:26 chr3 75786515 . GG AG,AT 430.52 PASS AF=0.387387,0.0630631;AO=43,7;DP=111;FAO=43,7;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=31,6;FSAR=12,1;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00761624,-0.0101871;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=216.744,184.531;QD=15.5141;RBI=0.00939421,0.0108314;REFB=-0.000869065,0.00344811;REVB=-0.00549946,-0.00368005;RO=61;SAF=31,6;SAR=12,1;SRF=39;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0996489,0.308361;STB=0.556467,0.753255;STBP=0.361,0.223;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00324036,-0.00103247;OID=.,.;OPOS=75786515,75786515;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:43,7:43,7:0.387387,0.0630631:12,1:31,6:39:22:12,1:31,6:39:22 chr3 75786518 . A C 61.77 PASS AF=0.121739;AO=14;DP=115;FAO=14;FDP=115;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=33;FWDB=-0.0297279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.209;QD=2.14844;RBI=0.0359524;REFB=-0.00533384;REVB=-0.0202196;RO=99;SAF=9;SAR=5;SRF=67;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465753;STB=0.529532;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0406211;OID=.;OPOS=75786518;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:115:115:99:101:14:14:0.121739:5:9:67:32:5:9:68:33 chr3 75786521 . G A 63.43 PASS AF=0.125;AO=14;DP=112;FAO=14;FDP=112;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=35;FWDB=-0.0192984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.167;QD=2.26543;RBI=0.0312758;REFB=-0.00166731;REVB=-0.024612;RO=98;SAF=9;SAR=5;SRF=63;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120883;OID=.;OPOS=75786521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:112:112:98:98:14:14:0.125:5:9:63:35:5:9:63:35 chr3 75786533 . T G 215.66 PASS AF=0.274336;AO=31;DP=115;FAO=31;FDP=113;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=0.00678352;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.82;QD=7.63396;RBI=0.0146732;REFB=-0.0144347;REVB=0.013011;RO=84;SAF=21;SAR=10;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939299;STB=0.563277;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0200644;OID=.;OPOS=75786533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:84:82:31:31:0.274336:10:21:51:33:10:21:49:33 chr3 75786555 . C CTG 558.73 PASS AF=0.522523;AO=53;DP=122;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.00521287;FXX=0.0347796;HRUN=0;LEN=2;MLLD=247.926;QD=20.1344;RBI=0.0338615;REFB=-0.00398414;REVB=0.0334578;RO=60;SAF=40;SAR=13;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177995;STB=0.54665;STBP=0.373;TYPE=ins;VARB=0.0036272;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522523:53:122:58:111:53:41:17:33:20:99:60:40:13:36:24 chr3 75786572 . T C 329.21 PASS AF=0.328125;AO=42;DP=128;FAO=42;FDP=128;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=0.0235889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.87;QD=10.2879;RBI=0.023591;REFB=-0.00755828;REVB=0.000315677;RO=84;SAF=31;SAR=11;SRF=54;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130847;STB=0.579142;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0260522;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:84:86:42:42:0.328125:11:31:54:30:11:31:55:31 chr3 75786597 . C T 234.58 PASS AF=0.259542;AO=34;DP=132;FAO=34;FDP=131;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=35;FWDB=0.00172831;FXX=0.00757518;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.519;QD=7.16269;RBI=0.0214442;REFB=-0.00232023;REVB=0.0213745;RO=95;SAF=26;SAR=8;SRF=61;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182796;STB=0.613539;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00827045;OID=.;OPOS=75786597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:95:97:34:34:0.259542:8:26:61:34:8:26:62:35 chr3 75786607 . C T 234.83 PASS AF=0.259259;AO=35;DP=134;FAO=35;FDP=135;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=36;FWDB=-0.00922606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.495;QD=6.95778;RBI=0.0199772;REFB=-0.00735424;REVB=-0.0177192;RO=98;SAF=25;SAR=10;SRF=63;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10151;STB=0.563688;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0127881;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:98:100:35:35:0.259259:10:25:63:35:10:25:64:36 chr3 75786610 . T G 231.64 PASS AF=0.251852;AO=34;DP=135;FAO=34;FDP=135;FR=.;FRO=101;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=65;FSRR=36;FWDB=0.0238315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7539;QD=6.86352;RBI=0.0325111;REFB=0.00822293;REVB=0.0221141;RO=100;SAF=24;SAR=10;SRF=64;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932842;STB=0.553628;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0264033;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:100:101:34:34:0.251852:10:24:64:36:10:24:65:36 chr3 75786618 . CT AC,CC 272.76 PASS AF=0.056338,0.225352;AO=8,32;DP=143;FAO=8,32;FDP=142;FR=.;FRO=102;FSAF=4,23;FSAR=4,9;FSRF=66;FSRR=36;FWDB=0.00823928,-0.00270378;FXX=0.00699252;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=219.805,169.233;QD=7.6833;RBI=0.0098846,0.00847868;REFB=0.000752735,-0.00325449;REVB=-0.00546072,0.00803601;RO=101;SAF=4,23;SAR=4,9;SRF=66;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.171058,0.0951732;STB=0.636049,0.563684;STBP=0.421,0.435;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00860083,0.00453481;OID=.,.;OPOS=75786618,75786619;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:143:142:101:102:8,32:8,32:0.056338,0.225352:4,9:4,23:66:35:4,9:4,23:66:36 chr3 75786623 . G T 318.01 PASS AF=0.287671;AO=42;DP=147;FAO=42;FDP=146;FR=.;FRO=104;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=70;FSRR=34;FWDB=0.0160322;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.974;QD=8.71271;RBI=0.0391096;REFB=0.00443302;REVB=-0.0356726;RO=104;SAF=26;SAR=16;SRF=70;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709553;STB=0.541589;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00880119;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:104:104:42:42:0.287671:16:26:70:34:16:26:70:34 chr3 75786628 . G C 483.83 PASS AF=0.376712;AO=54;DP=145;FAO=55;FDP=146;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=33;FWDB=-0.0107472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.735;QD=13.2557;RBI=0.0162062;REFB=-0.00491548;REVB=0.01213;RO=89;SAF=37;SAR=17;SRF=58;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417359;STB=0.524595;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00600796;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:89:91:54:55:0.376712:17:37:58:31:18:37:58:33 chr3 75786670 . G A 387.32 PASS AF=0.350746;AO=47;DP=134;FAO=47;FDP=134;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=32;FWDB=-0.0117504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.665;QD=11.5618;RBI=0.0145483;REFB=-0.00829069;REVB=-0.00857792;RO=87;SAF=30;SAR=17;SRF=55;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747533;STB=0.504286;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00689154;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:87:87:47:47:0.350746:17:30:55:32:17:30:55:32 chr3 75786681 . G A 871.88 PASS AF=0.598485;AO=79;DP=131;FAO=79;FDP=132;FR=.;FRO=53;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.0159466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.186;QD=26.4205;RBI=0.0185226;REFB=-0.017912;REVB=-0.00942301;RO=51;SAF=47;SAR=32;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100196;STB=0.551823;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0118999;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:51:53:79:79:0.598485:32:47:37:14:32:47:38:15 chr3 75786737 . A T 387.74 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.00913963;FXX=0.0618493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.951;QD=17.0433;RBI=0.0108204;REFB=-0.00738932;REVB=-0.00579208;RO=50;SAF=29;SAR=11;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772398;STB=0.539515;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0105301;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:91:50:51:40:40:0.43956:11:29:33:17:11:29:34:17 chr3 75786740 . CA CG,GG 453.92 PASS AF=0.315217,0.195652;AO=29,18;DP=92;FAO=29,18;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=21,10;FSAR=8,8;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.00128984,0.00910049;FXX=0.0107515;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=116.761,129.005;QD=19.7358;RBI=0.00220434,0.0143948;REFB=-0.0062781,-0.0109467;REVB=0.00178757,0.0111531;RO=44;SAF=21,10;SAR=8,8;SRF=30;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.054174,-0.155571;STB=0.526177,0.598437;STBP=0.774,0.341;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00580079,0.0280678;OID=.,.;OPOS=75786741,75786740;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:45:29,18:29,18:0.315217,0.195652:8,8:21,10:30:14:8,8:21,10:31:14 chr3 75786748 . C T 42.74 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=93;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=56;FSRR=27;FWDB=-0.0467739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3597;QD=1.83834;RBI=0.0689512;REFB=0.000114414;REVB=-0.0506604;RO=83;SAF=7;SAR=3;SRF=56;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347817;STB=0.526262;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00656017;OID=.;OPOS=75786748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:93:93:83:83:10:10:0.107527:3:7:56:27:3:7:56:27 chr3 75786753 . C T 213.74 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.0133962;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.858;QD=10.1781;RBI=0.0134159;REFB=-0.0055085;REVB=-0.000725504;RO=57;SAF=18;SAR=9;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231055;STB=0.513504;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.017025;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:9:18:39:18:9:18:39:18 chr3 75786754 . G T 121.79 PASS AF=0.22093;AO=19;DP=86;FAO=19;FDP=86;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=-0.0106516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.269;QD=5.66462;RBI=0.0243325;REFB=-0.00718002;REVB=-0.0218773;RO=67;SAF=11;SAR=8;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143248;STB=0.588299;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0337643;OID=.;OPOS=75786754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:67:67:19:19:0.22093:8:11:46:21:8:11:46:21 chr3 75786759 . T C 461.49 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0125642;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.796;QD=21.4644;RBI=0.020246;REFB=-0.0136744;REVB=-0.0158759;RO=39;SAF=30;SAR=15;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476575;STB=0.517234;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.012068;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:41:45:45:0.523256:15:30:24:15:15:30:26:15 chr3 75786760 . TCCCC TCCCCT,TCCC 89.37 PASS AF=0.197531,0.111111;AO=14,9;DP=80;FAO=16,9;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=10,6;FSAR=6,3;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0275334,-0.127224;FXX=0.0121936;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=140.7,17.6201;QD=4.41334;RBI=0.0286879,0.163773;REFB=0.0014268,0.0278405;REVB=0.00805653,0.10313;RO=51;SAF=8,6;SAR=6,3;SRF=32;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0719881,0.0522719;STB=0.514907,0.522676;STBP=0.893,0.943;TYPE=ins,del;VARB=0.0562568,-0.0323404;OID=.,.;OPOS=75786765,75786761;OREF=-,C;OALT=T,-;OMAPALT=TCCCCT,TCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197531,0.111111:14,9:80:16,9:81:56:10,6:6,3:36:20:52:51:8,6:6,3:32:19 chr3 75786773 . T A 200.44 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00880741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.254;QD=9.65996;RBI=0.0376658;REFB=-0.00369811;REVB=0.0366216;RO=56;SAF=18;SAR=8;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109872;STB=0.560118;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0135778;OID=.;OPOS=75786773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:57:26:26:0.313253:8:18:34:22:8:18:35:22 chr3 75786784 . T C 93.51 PASS AF=0.188235;AO=16;DP=85;FAO=16;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.0027017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.194;QD=4.40032;RBI=0.00710212;REFB=-0.00896031;REVB=0.00656818;RO=69;SAF=10;SAR=6;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216693;STB=0.514001;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0344904;OID=.;OPOS=75786784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:85:85:69:69:16:16:0.188235:6:10:42:27:6:10:42:27 chr3 75786802 . G A 154.4 PASS AF=0.287671;AO=17;DP=74;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0139402;FXX=0.0640943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.224;QD=8.4605;RBI=0.0405003;REFB=-0.00357773;REVB=0.0380256;RO=51;SAF=9;SAR=8;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970965;STB=0.584875;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0175983;OID=.;OPOS=75786802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:51:52:17:21:0.287671:8:9:31:20:11:10:31:21 chr3 75786827 . A T 469.89 PASS AF=0.55814;AO=42;DP=79;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0189069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.556;QD=21.8552;RBI=0.0206049;REFB=-0.0247775;REVB=0.00819078;RO=36;SAF=15;SAR=27;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147853;STB=0.55877;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0198451;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:86:36:38:42:48:0.55814:27:15:19:17:29:19:20:18 chr3 75786832 . C T 402.45 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00477778;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.523;QD=18.0874;RBI=0.00486238;REFB=-0.0233686;REVB=0.000903063;RO=47;SAF=16;SAR=25;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766208;STB=0.549271;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0196857;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:47:48:41:41:0.460674:25:16:22:25:25:16:23:25 chr3 75786833 . G A 57.52 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0137323;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.663;QD=2.47407;RBI=0.0171484;REFB=-0.00145167;REVB=-0.0102709;RO=81;SAF=6;SAR=6;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990244;STB=0.569778;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00911722;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:93:93:81:81:12:12:0.129032:6:6:34:47:6:6:34:47 chr3 75786845 . T C 730.97 PASS AF=0.638095;AO=58;DP=113;FAO=67;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0183495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.49;QD=27.8463;RBI=0.0430055;REFB=-0.045829;REVB=0.0388943;RO=37;SAF=20;SAR=38;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127562;STB=0.571009;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0279333;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:105:37:37:58:67:0.638095:38:20:19:18:45:22:19:18 chr3 75786854 . A T 180.99 PASS AF=0.219697;AO=29;DP=132;FAO=29;FDP=132;FR=.;FRO=103;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=62;FWDB=-0.0202389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.932;QD=5.48444;RBI=0.0254843;REFB=-0.00893259;REVB=-0.0154867;RO=102;SAF=10;SAR=19;SRF=41;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771448;STB=0.544657;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0302333;OID=.;OPOS=75786854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:102:103:29:29:0.219697:19:10:41:61:19:10:41:62 chr3 75786866 . G T 350.51 PASS AF=0.298137;AO=48;DP=161;FAO=48;FDP=161;FR=.;FRO=113;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=74;FWDB=-0.0242469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.619;QD=8.70842;RBI=0.0345837;REFB=-0.0217559;REVB=-0.0246602;RO=113;SAF=19;SAR=29;SRF=39;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648166;STB=0.53777;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0444627;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:113:113:48:48:0.298137:29:19:39:74:29:19:39:74 chr3 75786888 . C T 182.78 PASS AF=0.170854;AO=34;DP=198;FAO=34;FDP=199;FR=.;FRO=165;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=67;FSRR=98;FWDB=-0.00215454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.531;QD=3.67403;RBI=0.0303449;REFB=-0.0078422;REVB=-0.0302683;RO=164;SAF=11;SAR=23;SRF=67;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117259;STB=0.574035;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0275002;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:164:165:34:34:0.170854:23:11:67:97:23:11:67:98 chr3 75786892 . A C 422.33 PASS AF=0.29;AO=58;DP=204;FAO=58;FDP=200;FR=.;FRO=142;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=90;FWDB=0.00163877;FXX=0.0196069;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.967;QD=8.44666;RBI=0.00607457;REFB=-0.00497631;REVB=-0.00584934;RO=140;SAF=30;SAR=28;SRF=52;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176206;STB=0.606545;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0101173;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:200:140:142:58:58:0.29:28:30:52:88:28:30:52:90 chr3 75786899 . T C 645.84 PASS AF=0.311558;AO=55;DP=200;FAO=62;FDP=199;FR=.,HEALED;FRO=110;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=70;FWDB=0.122913;FXX=0.00994975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.663;QD=12.9817;RBI=0.165488;REFB=-0.00692709;REVB=-0.11081;RO=88;SAF=24;SAR=31;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081434;STB=0.567418;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0194793;OID=.;OPOS=75786899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:88:110:55:62:0.311558:31:24:32:56:33:29:40:70 chr3 75786910 . T C 79.79 PASS AF=0.100877;AO=23;DP=228;FAO=23;FDP=228;FR=.;FRO=205;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=83;FSRR=122;FWDB=-0.0234341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9755;QD=1.39989;RBI=0.0265765;REFB=-0.00203453;REVB=0.0125361;RO=204;SAF=13;SAR=10;SRF=82;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196582;STB=0.641138;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0502973;OID=.;OPOS=75786910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:228:228:204:205:23:23:0.100877:10:13:82:122:10:13:83:122 chr3 75786916 . C A 580.13 PASS AF=0.327434;AO=74;DP=226;FAO=74;FDP=226;FR=.;FRO=152;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=65;FSRR=87;FWDB=-0.00357671;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.734;QD=10.2678;RBI=0.00596683;REFB=-0.00422088;REVB=-0.004776;RO=152;SAF=32;SAR=42;SRF=65;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00572619;STB=0.506005;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.011199;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:152:152:74:74:0.327434:42:32:65:87:43:31:65:87 chr3 75786919 . A T 566.01 PASS AF=0.317391;AO=75;DP=231;FAO=73;FDP=230;FR=.;FRO=157;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=68;FSRR=89;FWDB=-0.00915052;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.705;QD=9.8436;RBI=0.0163029;REFB=-0.00255231;REVB=-0.0134927;RO=154;SAF=32;SAR=43;SRF=65;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549184;STB=0.515533;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00677429;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:154:157:75:73:0.317391:43:32:65:89:43:30:68:89 chr3 75786942 . C A 353.89 PASS AF=0.223529;AO=57;DP=255;FAO=57;FDP=255;FR=.;FRO=198;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=82;FSRR=116;FWDB=-0.0289981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9942;QD=5.5512;RBI=0.0292968;REFB=-0.00972175;REVB=0.00417282;RO=195;SAF=23;SAR=34;SRF=82;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223544;STB=0.508544;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0342559;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:195:198:57:57:0.223529:34:23:82:113:34:23:82:116 chr3 75786965 . C T 365.25 PASS AF=0.236287;AO=55;DP=239;FAO=56;FDP=237;FR=.;FRO=181;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=70;FSRR=111;FWDB=0.00393725;FXX=0.0124995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8925;QD=6.1646;RBI=0.0130597;REFB=-0.00769952;REVB=-0.0124521;RO=180;SAF=31;SAR=24;SRF=69;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225764;STB=0.625383;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0376478;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:237:180:181:55:56:0.236287:24:31:69:111:25:31:70:111 chr3 75786991 . C T 356.28 PASS AF=0.236287;AO=55;DP=236;FAO=56;FDP=237;FR=.;FRO=181;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=71;FSRR=110;FWDB=-0.0594038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6795;QD=6.01322;RBI=0.0604141;REFB=-0.0036095;REVB=-0.0110021;RO=181;SAF=31;SAR=24;SRF=71;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214874;STB=0.621339;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0152897;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:181:181:55:56:0.236287:24:31:71:110:25:31:71:110 chr3 75786993 . T A 251.48 PASS AF=0.186722;AO=45;DP=241;FAO=45;FDP=241;FR=.;FRO=196;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=87;FSRR=109;FWDB=-0.0439895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7718;QD=4.17387;RBI=0.0495365;REFB=-0.00814129;REVB=0.0227769;RO=196;SAF=15;SAR=30;SRF=87;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149301;STB=0.594709;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0430976;OID=.;OPOS=75786993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:196:196:45:45:0.186722:30:15:87:109:30:15:87:109 chr3 75787015 . C T 730.39 PASS AF=0.386364;AO=82;DP=220;FAO=85;FDP=220;FR=.;FRO=135;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=65;FSRR=70;FWDB=0.0105428;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.953;QD=13.2797;RBI=0.0135376;REFB=-0.00489133;REVB=0.00849208;RO=135;SAF=34;SAR=48;SRF=65;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746401;STB=0.551008;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00592701;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:135:135:82:85:0.386364:48:34:65:70:51:34:65:70 chr3 75787032 . T C 357.26 PASS AF=0.257426;AO=52;DP=202;FAO=52;FDP=202;FR=.;FRO=150;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=88;FWDB=0.00387017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.934;QD=7.07453;RBI=0.0112373;REFB=-0.00160404;REVB=0.0105498;RO=150;SAF=33;SAR=19;SRF=62;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272131;STB=0.661671;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0100964;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:150:150:52:52:0.257426:19:33:62:88:19:33:62:88 chr3 75787043 . G A 768.57 PASS AF=0.43617;AO=112;DP=188;FAO=82;FDP=188;FR=.;FRO=106;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=0.00256321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7473;QD=16.3525;RBI=0.00814824;REFB=-0.00270219;REVB=-0.00773458;RO=76;SAF=58;SAR=54;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231495;STB=0.519076;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00553705;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:76:106:112:82:0.43617:54:58:37:39:39:43:52:54 chr3 75787047 . G GACTTATA 203.86 PASS AF=0.210191;AO=33;DP=186;FAO=33;FDP=157;FR=.;FRO=124;FSAF=4;FSAR=29;FSRF=76;FSRR=48;FWDB=-0.0226067;FXX=0.155906;HRUN=1;LEN=7;MLLD=267.763;QD=5.19397;RBI=0.0241945;REFB=-0.00408152;REVB=-0.00862047;RO=151;SAF=4;SAR=29;SRF=90;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601983;STB=0.882572;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0148582;OID=.;OPOS=75787048;OREF=-;OALT=ACTTATA;OMAPALT=GACTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210191:33:186:33:157:124:4:29:76:48:99:151:4:29:90:61 chr3 75787049 . C A 90.66 PASS AF=0.120219;AO=22;DP=187;FAO=22;FDP=183;FR=.;FRO=161;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=81;FSRR=80;FWDB=-0.0174891;FXX=0.0213892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.113;QD=1.98158;RBI=0.021561;REFB=-0.00647293;REVB=-0.0126097;RO=161;SAF=12;SAR=10;SRF=82;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045017;STB=0.537279;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0606997;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:187:183:161:161:22:22:0.120219:10:12:82:79:10:12:81:80 chr3 75787057 . G A 1065.65 PASS AF=0.630872;AO=83;DP=138;FAO=94;FDP=149;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00589093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.733;QD=28.6081;RBI=0.0235388;REFB=-0.0167882;REVB=0.0227897;RO=53;SAF=36;SAR=47;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684867;STB=0.548129;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0200375;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:149:53:55:83:94:0.630872:47:36:28:25:58:36:28:27 chr3 75787081 . A T 253.64 PASS AF=0.266667;AO=36;DP=135;FAO=36;FDP=135;FR=.;FRO=99;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.00584978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.002;QD=7.51517;RBI=0.00609026;REFB=-0.0115633;REVB=-0.00169451;RO=97;SAF=9;SAR=27;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363521;STB=0.71194;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0260675;OID=.;OPOS=75787081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:97:99:36:36:0.266667:27:9:52:45:27:9:52:47 chr3 75787098 . CCT C,CCC,CGT 171.08 PASS AF=0.211382,0,0.0325203;AO=21,5,5;DP=129;FAO=26,0,4;FDP=123;FR=.;FRO=93;FSAF=12,0,0;FSAR=14,0,4;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0470701,-0.0153073,-0.0415844;FXX=0.00806387;HRUN=4,1,4;LEN=2,1,1;MLLD=192.703,191.857,48.8621;QD=5.56365;RBI=0.0485179,0.0166626,0.0417756;REFB=-0.0120012,-0.00725534,-0.0323866;REVB=-0.0117641,-0.00658238,-0.00399319;RO=95;SAF=11,1,0;SAR=10,4,5;SRF=46;SRR=49;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0502574,-0.265804,-0.463576;STB=0.509084,0.5,0.99728;STBP=0.929,1,0.029;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0392795,0,0.00624189;OID=.,.,.;OPOS=75787099,75787100,75787099;OREF=CT,T,C;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CCC,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211382,0,0.0325203:21,5,5:129:26,0,4:123:93:12,0,0:14,0,4:44:49:99:95:11,1,0:10,4,5:46:49 chr3 75787116 . T G 121.06 PASS AF=0.181818;AO=22;DP=121;FAO=22;FDP=121;FR=.;FRO=99;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0124996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.154;QD=4.00192;RBI=0.0135241;REFB=-0.00548805;REVB=0.00516341;RO=99;SAF=9;SAR=13;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109848;STB=0.570715;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0282063;OID=.;OPOS=75787116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:99:99:22:22:0.181818:13:9:49:50:13:9:49:50 chr3 75787127 . G T 101.99 PASS AF=0.16;AO=20;DP=125;FAO=20;FDP=125;FR=.;FRO=105;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.00767714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8426;QD=3.26363;RBI=0.00929573;REFB=0.00056446;REVB=-0.00524139;RO=104;SAF=10;SAR=10;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243971;STB=0.511988;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0032392;OID=.;OPOS=75787127;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:104:105:20:20:0.16:10:10:50:54:10:10:51:54 chr3 75787145 . T C 225.67 PASS AF=0.259843;AO=33;DP=127;FAO=33;FDP=127;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.00242253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.33;QD=7.10764;RBI=0.0112937;REFB=-0.00596084;REVB=0.0110308;RO=94;SAF=17;SAR=16;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00756769;STB=0.504536;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0160419;OID=.;OPOS=75787145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:94:94:33:33:0.259843:16:17:49:45:16:17:49:45 chr3 75787159 . C T 316.18 PASS AF=0.317829;AO=41;DP=129;FAO=41;FDP=129;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.0238511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.875;QD=9.80417;RBI=0.0292065;REFB=-0.00458794;REVB=-0.0168565;RO=86;SAF=25;SAR=16;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182615;STB=0.598583;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0135755;OID=.;OPOS=75787159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:86:88:41:41:0.317829:16:25:39:47:16:25:41:47 chr3 75787169 . G A 563.13 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.000114915;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.002;QD=17.7364;RBI=0.00343523;REFB=-0.00333779;REVB=0.00343331;RO=67;SAF=38;SAR=21;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178207;STB=0.595676;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00267146;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:67:68:59:59:0.464567:21:38:31:36:21:38:32:36 chr3 75787186 . C T 522.02 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.00134885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1292;QD=15.4672;RBI=0.0164401;REFB=-0.00132371;REVB=-0.0163847;RO=78;SAF=35;SAR=22;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158783;STB=0.589132;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00193356;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:78:78:57:57:0.422222:22:35:36:42:22:35:36:42 chr3 75787199 . A C 84.34 PASS AF=0.139535;AO=18;DP=129;FAO=18;FDP=129;FR=.;FRO=111;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=52;FWDB=-0.0295273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.341;QD=2.61504;RBI=0.0334056;REFB=-0.00294742;REVB=-0.0156228;RO=110;SAF=11;SAR=7;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106826;STB=0.56972;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0313786;OID=.;OPOS=75787199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:129:129:110:111:18:18:0.139535:7:11:58:52:7:11:59:52 chr3 75787221 . C T 50.31 PASS AF=0.106195;AO=12;DP=113;FAO=12;FDP=113;FR=.;FRO=101;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.035302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.657;QD=1.78083;RBI=0.0579917;REFB=-0.00185239;REVB=-0.0460088;RO=98;SAF=5;SAR=7;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136277;STB=0.522087;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0349762;OID=.;OPOS=75787221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:113:113:98:101:12:12:0.106195:7:5:52:46:6:6:53:48 chr3 75787222 . A G 112.91 PASS AF=0.183486;AO=20;DP=108;FAO=20;FDP=109;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.00399607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.442;QD=4.14332;RBI=0.0327474;REFB=-0.0126938;REVB=-0.0325027;RO=87;SAF=12;SAR=8;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134558;STB=0.586629;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0241623;OID=.;OPOS=75787222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:87:89:20:20:0.183486:8:12:43:44:8:12:44:45 chr3 75787224 . C T 163.75 PASS AF=0.25;AO=24;DP=106;FAO=24;FDP=96;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0122193;FXX=0.0943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8395;QD=6.82271;RBI=0.0273472;REFB=-0.0340148;REVB=-0.0244654;RO=71;SAF=15;SAR=9;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214192;STB=0.624896;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0229216;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:96:71:72:24:24:0.25:9:15:32:39:9:15:33:39 chr3 75787240 . A G 147.44 PASS AF=0.226804;AO=21;DP=98;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0182193;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.664;QD=6.07978;RBI=0.0220301;REFB=-0.01014;REVB=-0.0123848;RO=69;SAF=13;SAR=8;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277819;STB=0.615495;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0304238;OID=.;OPOS=75787240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:69:75:21:22:0.226804:8:13:27:42:9:13:33:42 chr3 75787279 . A T 58.12 PASS AF=0.169492;AO=9;DP=57;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=41;FWDB=-0.0194962;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2904;QD=3.94066;RBI=0.0242583;REFB=-0.026487;REVB=-0.0144347;RO=45;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249993;STB=0.651338;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0801772;OID=.;OPOS=75787279;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:57:59:45:49:9:10:0.169492:6:3:8:37:7:3:8:41 chr3 75787288 . T C 30.16 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=42;FWDB=0.011436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4038;QD=2.19345;RBI=0.0694577;REFB=-0.00472933;REVB=-0.0685098;RO=49;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315172;STB=0.718235;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0420384;OID=.;OPOS=75787288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:4:2:7:42:4:2:7:42 chr3 75787372 . A T 135.34 PASS AF=0.292308;AO=18;DP=64;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0286351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.635;QD=8.32861;RBI=0.029455;REFB=-0.00469921;REVB=-0.00690148;RO=45;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253395;STB=0.620574;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.011205;OID=.;OPOS=75787372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:45:46:18:19:0.292308:10:8:11:34:11:8:12:34 chr3 75787382 . T C 430.9 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.023307;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.738;QD=25.3468;RBI=0.0236996;REFB=-0.0214601;REVB=0.00429577;RO=26;SAF=11;SAR=30;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349181;STB=0.531899;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0141849;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:27:41:41:0.602941:30:11:8:18:30:11:9:18 chr3 75787405 . C T 305.09 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.00285797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217;QD=15.0662;RBI=0.0169287;REFB=-0.0123915;REVB=-0.0166857;RO=47;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158186;STB=0.589051;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0186265;OID=.;OPOS=75787405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:18:16:15:32:18:16:15:32 chr3 75787416 . C T 219.3 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.00882381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0981;QD=9.63941;RBI=0.0970263;REFB=-0.00855046;REVB=-0.0966243;RO=62;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150827;STB=0.592263;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0129989;OID=.;OPOS=75787416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:63:28:28:0.307692:15:13:21:41:15:13:21:42 chr3 75787424 . C G 364.54 PASS AF=0.448276;AO=36;DP=79;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0104205;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.997;QD=16.7604;RBI=0.0107966;REFB=-0.0018853;REVB=0.00282467;RO=43;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15039;STB=0.585266;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00402998;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:87:43:48:36:39:0.448276:17:19:16:27:20:19:16:32 chr3 75787427 . T C 374.34 PASS AF=0.443182;AO=36;DP=82;FAO=39;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0034509;FXX=0.0112347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.998;QD=17.0153;RBI=0.00998142;REFB=-0.00681875;REVB=-0.0093659;RO=41;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153346;STB=0.59687;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00413419;OID=.;OPOS=75787427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:88:41:48:36:39:0.443182:17:19:15:26:20:19:15:33 chr3 75787458 . G A 222.14 PASS AF=0.273504;AO=32;DP=117;FAO=32;FDP=117;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=0.00911402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.419;QD=7.59442;RBI=0.0104229;REFB=-0.0176124;REVB=0.00505692;RO=85;SAF=14;SAR=18;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917679;STB=0.554422;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0345714;OID=.;OPOS=75787458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:85:85:32:32:0.273504:18:14:31:54:18:14:31:54 chr3 75787464 . C T 635.28 PASS AF=0.503937;AO=63;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0369902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4878;QD=20.0087;RBI=0.0380928;REFB=0.00813978;REVB=0.00909866;RO=62;SAF=31;SAR=32;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1093;STB=0.559438;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00669207;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:62:63:63:64:0.503937:32:31:23:39:33:31:23:40 chr3 75787476 . C T 74.59 PASS AF=0.124088;AO=17;DP=141;FAO=17;FDP=137;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=68;FWDB=-0.00965329;FXX=0.0283668;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.146;QD=2.17769;RBI=0.0288416;REFB=-0.0023324;REVB=-0.0271781;RO=118;SAF=9;SAR=8;SRF=50;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131042;STB=0.583521;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0113456;OID=.;OPOS=75787476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:141:137:118:120:17:17:0.124088:8:9:50:68:8:9:52:68 chr3 75787486 . C T 877.9 PASS AF=0.55414;AO=73;DP=144;FAO=87;FDP=157;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00134313;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.656;QD=22.367;RBI=0.011774;REFB=-0.0173652;REVB=0.0116971;RO=71;SAF=40;SAR=33;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745812;STB=0.515294;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0140399;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:157:71:70:73:87:0.55414:33:40:33:38:43:44:33:37 chr3 75787490 . A T 40.37 PASS AF=0.0802469;AO=13;DP=162;FAO=13;FDP=162;FR=.;FRO=149;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=71;FSRR=78;FWDB=-0.0148905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3075;QD=0.996911;RBI=0.0500105;REFB=-0.00790986;REVB=-0.0477422;RO=149;SAF=9;SAR=4;SRF=71;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242945;STB=0.697241;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0493386;OID=.;OPOS=75787490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:162:162:149:149:13:13:0.0802469:4:9:71:78:4:9:71:78 chr3 75787511 . C A 83.19 PASS AF=0.0898204;AO=13;DP=172;FAO=15;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=141;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=59;FSRR=82;FWDB=0.000795354;FXX=0.017646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.012;QD=1.99252;RBI=0.0110821;REFB=-0.00095985;REVB=-0.0110535;RO=119;SAF=10;SAR=3;SRF=43;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456798;STB=0.715776;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0111055;OID=.;OPOS=75787511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:172:167:119:141:13:15:0.0898204:3:10:43:76:5:10:59:82 chr3 75787516 . C G 777.57 PASS AF=0.482558;AO=77;DP=166;FAO=83;FDP=172;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.00803138;FXX=0.0114936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.013;QD=18.083;RBI=0.00811368;REFB=-0.00699441;REVB=-0.00115268;RO=85;SAF=40;SAR=37;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574925;STB=0.523056;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0084397;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:172:85:89:77:83:0.482558:37:40:39:46:42:41:40:49 chr3 75787519 . CT AG,CG 1017.71 PASS AF=0.485714,0.0857143;AO=85,15;DP=175;FAO=85,15;FDP=175;FR=.;FRO=75;FSAF=43,10;FSAR=42,5;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.000599602,-0.0120681;FXX=0.0056815;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=121.721,158.14;QD=23.2619;RBI=0.0179159,0.0121133;REFB=0.0143345,0.00196322;REVB=0.0179059,0.00104576;RO=73;SAF=43,10;SAR=42,5;SRF=28;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.103287,0.345329;STB=0.54957,0.714014;STBP=0.189,0.073;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0111459,0.00770162;OID=.,.;OPOS=75787519,75787520;OREF=CT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:73:75:85,15:85,15:0.485714,0.0857143:42,5:43,10:28:45:42,5:43,10:30:45 chr3 75787576 . A G 139.05 PASS AF=0.145729;AO=29;DP=199;FAO=29;FDP=199;FR=.;FRO=170;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=91;FSRR=79;FWDB=-0.00402749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.069;QD=2.79503;RBI=0.00529883;REFB=-0.00509346;REVB=0.0034434;RO=164;SAF=18;SAR=11;SRF=85;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132539;STB=0.57462;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0223515;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:164:170:29:29:0.145729:11:18:85:79:11:18:91:79 chr3 75787583 . AC GA 133.52 PASS AF=0.151042;AO=25;DP=187;FAO=29;FDP=192;FR=.;FRO=163;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=90;FSRR=73;FWDB=0.0159977;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.303;QD=2.78161;RBI=0.0196611;REFB=-0.0119187;REVB=-0.0114295;RO=159;SAF=18;SAR=7;SRF=89;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2154;STB=0.559958;STBP=0.513;TYPE=mnp;VARB=0.0503043;OID=.;OPOS=75787583;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:192:159:163:25:29:0.151042:7:18:89:70:11:18:90:73 chr3 75787620 . T C 131.98 PASS AF=0.14359;AO=28;DP=195;FAO=28;FDP=195;FR=.;FRO=167;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=89;FSRR=78;FWDB=0.0180832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9113;QD=2.70721;RBI=0.0192833;REFB=-0.00681631;REVB=0.00669649;RO=167;SAF=17;SAR=11;SRF=89;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095966;STB=0.564716;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0558789;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:167:167:28:28:0.14359:11:17:89:78:11:17:89:78 chr3 75787637 . C T 863.76 PASS AF=0.486188;AO=86;DP=180;FAO=88;FDP=181;FR=.;FRO=93;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=37;FWDB=0.002184;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.462;QD=19.0885;RBI=0.0151968;REFB=-0.0164613;REVB=-0.0150391;RO=90;SAF=39;SAR=47;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135298;STB=0.569646;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0171693;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:90:93:86:88:0.486188:47:39:54:36:47:41:56:37 chr3 75787645 . GAA G 435.32 PASS AF=0.493243;AO=47;DP=157;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0637315;FXX=0.0632871;HRUN=4;LEN=2;MLLD=31.0694;QD=11.7653;RBI=0.0679439;REFB=0.0276102;REVB=-0.0235515;RO=60;SAF=21;SAR=26;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119627;STB=0.575322;STBP=0.085;TYPE=del;VARB=-0.0327716;OID=.;OPOS=75787646;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493243:47:157:73:148:75:31:42:43:32:99:60:21:26:34:26 chr3 75787679 . T C 965.29 PASS AF=0.522222;AO=94;DP=180;FAO=94;FDP=180;FR=.;FRO=86;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=0.0110122;FXX=0.00552456;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.526;QD=21.451;RBI=0.011275;REFB=-0.0179709;REVB=-0.00241999;RO=83;SAF=43;SAR=51;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730508;STB=0.541358;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0135101;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:83:86:94:94:0.522222:51:43:31:52:51:43:32:54 chr3 75787688 . T A 1029.84 PASS AF=0.52381;AO=86;DP=190;FAO=99;FDP=189;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=-0.0124404;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9758;QD=21.7955;RBI=0.0462841;REFB=-0.0224967;REVB=0.0445809;RO=70;SAF=38;SAR=48;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107987;STB=0.537808;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0317169;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:70:90:86:99:0.52381:48:38:22:48:55:44:33:57 chr3 75787702 . C G 1583.6 PASS AF=0.676617;AO=133;DP=197;FAO=136;FDP=201;FR=.;FRO=65;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0086986;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9442;QD=31.5144;RBI=0.0521841;REFB=-0.0440795;REVB=-0.051454;RO=63;SAF=59;SAR=74;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284928;STB=0.516264;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0204328;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:201:63:65:133:136:0.676617:74:59:25:38:77:59:25:40 chr3 75787726 . G A 2406.5 PASS AF=0.855769;AO=178;DP=208;FAO=178;FDP=208;FR=.;FRO=30;FSAF=79;FSAR=99;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00443348;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5705;QD=46.2788;RBI=0.0134794;REFB=-0.0225927;REVB=-0.0127294;RO=29;SAF=79;SAR=99;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045334;STB=0.521106;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00831479;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:29:30:178:178:0.855769:99:79:8:21:99:79:9:21 chr3 75787728 . C T 107.76 PASS AF=0.123223;AO=26;DP=211;FAO=26;FDP=211;FR=.;FRO=185;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=81;FSRR=104;FWDB=0.00603331;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4297;QD=2.04279;RBI=0.0419012;REFB=-0.00265997;REVB=-0.0414645;RO=185;SAF=5;SAR=21;SRF=81;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338224;STB=0.742701;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00606855;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:185:185:26:26:0.123223:21:5:81:104:21:5:81:104 chr3 75787732 . A C 451.92 PASS AF=0.283784;AO=63;DP=222;FAO=63;FDP=222;FR=.;FRO=159;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=64;FSRR=95;FWDB=0.00750703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.592;QD=8.14269;RBI=0.0213664;REFB=-0.00604664;REVB=-0.0200042;RO=156;SAF=31;SAR=32;SRF=64;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999616;STB=0.564263;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0101576;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:156:159:63:63:0.283784:32:31:64:92:32:31:64:95 chr3 75787739 . A T 3607.3 PASS AF=1;AO=191;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=99;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.908;QD=62.4641;RBI=0.047711;REFB=0;REVB=0.0412104;RO=0;SAF=85;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687625;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:231:0:0:191:231:1:106:85:0:0:132:99:0:0 chr3 75787770 . C T 640.05 PASS AF=0.278638;AO=90;DP=323;FAO=90;FDP=323;FR=.;FRO=233;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=112;FSRR=121;FWDB=-0.0146288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.743;QD=7.92628;RBI=0.0212995;REFB=-0.011303;REVB=-0.0154811;RO=232;SAF=53;SAR=37;SRF=112;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131022;STB=0.578337;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0323692;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:232:233:90:90:0.278638:37:53:112:120:37:53:112:121 chr3 75787794 . A G 2793.34 PASS AF=0.681416;AO=231;DP=339;FAO=231;FDP=339;FR=.;FRO=108;FSAF=121;FSAR=110;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=0.0156508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.535;QD=32.9598;RBI=0.0341146;REFB=-0.0333432;REVB=0.0303127;RO=108;SAF=121;SAR=110;SRF=61;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245011;STB=0.513108;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0162258;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:339:108:108:231:231:0.681416:110:121:61:47:110:121:61:47 chr3 75787801 . TG CA 86.59 PASS AF=0.0867052;AO=30;DP=346;FAO=30;FDP=346;FR=.;FRO=316;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=172;FSRR=144;FWDB=0.00777907;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.408;QD=1.00107;RBI=0.00853137;REFB=-0.00261891;REVB=0.00350291;RO=316;SAF=15;SAR=15;SRF=172;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522759;STB=0.540436;STBP=0.668;TYPE=mnp;VARB=0.0274123;OID=.;OPOS=75787801;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:346:346:316:316:30:30:0.0867052:15:15:172:144:15:15:172:144 chr3 75787809 . T C 107.75 PASS AF=0.0955056;AO=34;DP=356;FAO=34;FDP=356;FR=.;FRO=322;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=176;FSRR=146;FWDB=0.00392378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.614;QD=1.2107;RBI=0.00588982;REFB=-0.00288084;REVB=0.00439249;RO=320;SAF=17;SAR=17;SRF=175;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567289;STB=0.54211;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0344178;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:356:320:322:34:34:0.0955056:17:17:175:145:17:17:176:146 chr3 75787829 . C G 89.22 PASS AF=0.0865922;AO=31;DP=357;FAO=31;FDP=358;FR=.;FRO=327;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=175;FSRR=152;FWDB=0.0157225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.547;QD=0.996921;RBI=0.0213431;REFB=-0.00272298;REVB=-0.0144336;RO=326;SAF=17;SAR=14;SRF=175;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137341;STB=0.512152;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0441339;OID=.;OPOS=75787829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:357:358:326:327:31:31:0.0865922:14:17:175:151:14:17:175:152 chr3 75787840 . C A 119.06 PASS AF=0.100279;AO=36;DP=361;FAO=36;FDP=359;FR=.;FRO=323;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=176;FSRR=147;FWDB=-0.00575677;FXX=0.00554001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.307;QD=1.32657;RBI=0.0110511;REFB=-0.00146082;REVB=-0.0094332;RO=324;SAF=14;SAR=22;SRF=176;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186646;STB=0.638482;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00884294;OID=.;OPOS=75787840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:359:324:323:36:36:0.100279:22:14:176:148:22:14:176:147 chr3 75787863 . AT TA 88.16 PASS AF=0.0882353;AO=30;DP=340;FAO=30;FDP=340;FR=.;FRO=310;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=164;FSRR=146;FWDB=-0.0184351;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.973;QD=1.03713;RBI=0.025513;REFB=-0.00386562;REVB=-0.0176368;RO=308;SAF=11;SAR=19;SRF=162;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187855;STB=0.64679;STBP=0.083;TYPE=mnp;VARB=0.0364314;OID=.;OPOS=75787863;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:340:340:308:310:30:30:0.0882353:19:11:162:146:19:11:164:146 chr3 75787869 . CA TG 2344.45 PASS AF=0.639498;AO=204;DP=319;FAO=204;FDP=319;FR=.;FRO=115;FSAF=100;FSAR=104;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=-0.0128675;FXX=0.0031249;HRUN=1;LEN=2;MLLD=147.449;QD=29.3975;RBI=0.0369627;REFB=-0.0253374;REVB=-0.0346507;RO=115;SAF=100;SAR=104;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00800871;STB=0.504305;STBP=0.826;TYPE=mnp;VARB=0.0119601;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:115:115:204:204:0.639498:104:100:55:60:104:100:55:60 chr3 75787876 . G T 2408.24 PASS AF=0.656151;AO=207;DP=316;FAO=208;FDP=317;FR=.;FRO=109;FSAF=103;FSAR=105;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.00139793;FXX=0.00314456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.624;QD=30.3879;RBI=0.00201116;REFB=-0.032095;REVB=-0.00144587;RO=105;SAF=102;SAR=105;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00441907;STB=0.503079;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0187469;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:317:105:109:207:208:0.656151:105:102:51:54:105:103:53:56 chr3 75787880 . A G 1116.83 PASS AF=0.400631;AO=127;DP=317;FAO=127;FDP=317;FR=.;FRO=190;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=82;FSRR=108;FWDB=-0.00991817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.706;QD=14.0925;RBI=0.0274773;REFB=-0.00449621;REVB=-0.0256248;RO=188;SAF=73;SAR=54;SRF=82;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147544;STB=0.585548;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00761516;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:317:188:190:127:127:0.400631:54:73:82:106:54:73:82:108 chr3 75787897 . T C 240.18 PASS AF=0.161074;AO=48;DP=299;FAO=48;FDP=298;FR=.;FRO=250;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=133;FSRR=117;FWDB=0.00583011;FXX=0.00996645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.205;QD=3.22384;RBI=0.00986968;REFB=-0.00464648;REVB=0.00796369;RO=250;SAF=18;SAR=30;SRF=133;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202227;STB=0.631216;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0190727;OID=.;OPOS=75787897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:298:250:250:48:48:0.161074:30:18:133:117:30:18:133:117 chr3 75787918 . C T 47.04 PASS AF=0.0714286;AO=19;DP=266;FAO=19;FDP=266;FR=.;FRO=247;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=121;FSRR=126;FWDB=-0.0376974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.772;QD=0.707336;RBI=0.0405883;REFB=0.000366507;REVB=-0.0150437;RO=247;SAF=10;SAR=9;SRF=121;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402744;STB=0.533772;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0098257;OID=.;OPOS=75787918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:266:266:247:247:19:19:0.0714286:9:10:121:126:9:10:121:126 chr3 75787926 . T C 31.26 PASS AF=0.06;AO=15;DP=250;FAO=15;FDP=250;FR=.;FRO=235;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=115;FSRR=120;FWDB=-0.00172099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.241;QD=0.500134;RBI=0.00251854;REFB=-0.000720068;REVB=-0.00183881;RO=226;SAF=9;SAR=6;SRF=110;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118862;STB=0.603696;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.088174;OID=.;OPOS=75787926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:250:250:226:235:15:15:0.06:6:9:110:116:6:9:115:120 chr3 75787927 . A G 1543.43 PASS AF=0.577236;AO=137;DP=241;FAO=142;FDP=246;FR=.;FRO=104;FSAF=67;FSAR=75;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=0.00188601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.401;QD=25.0964;RBI=0.00213076;REFB=-0.0122278;REVB=0.000991518;RO=102;SAF=62;SAR=75;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529162;STB=0.515994;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00822074;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:246:102:104:137:142:0.577236:75:62:53:49:75:67:53:51 chr3 75787949 . C T 1470.68 PASS AF=0.637755;AO=122;DP=196;FAO=125;FDP=196;FR=.;FRO=71;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0132937;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.2;QD=30.0138;RBI=0.0134808;REFB=-0.0430922;REVB=-0.00223852;RO=74;SAF=52;SAR=70;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427693;STB=0.509089;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0215381;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:74:71:122:125:0.637755:70:52:36:38:70:55:33:38 chr3 75787961 . A G 157.68 PASS AF=0.180124;AO=29;DP=161;FAO=29;FDP=161;FR=.;FRO=132;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=70;FWDB=-0.010642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.151;QD=3.91749;RBI=0.0168916;REFB=-0.0155085;REVB=-0.0131178;RO=123;SAF=11;SAR=18;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788346;STB=0.575758;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.039196;OID=.;OPOS=75787961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:123:132:29:29:0.180124:18:11:54:69:18:11:62:70 chr3 75787962 . G C 556.12 PASS AF=0.407643;AO=64;DP=157;FAO=64;FDP=157;FR=.;FRO=93;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.0268308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.052;QD=14.1687;RBI=0.029633;REFB=-0.00686706;REVB=0.0125788;RO=93;SAF=30;SAR=34;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639838;STB=0.535918;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.015126;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:93:93:64:64:0.407643:34:30:38:55:34:30:38:55 chr3 75787996 . C T 328.94 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=0.0321168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6051;QD=12.8997;RBI=0.0443293;REFB=0.00216303;REVB=0.0305549;RO=63;SAF=16;SAR=23;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125498;STB=0.571089;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00253557;OID=.;OPOS=75787996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:63:39:39:0.382353:23:16:19:44:23:16:19:44 chr3 75788010 . A C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.07;QD=63.6149;RBI=0.0387932;REFB=0;REVB=0.0131307;RO=0;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70359e-05;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:61:34:0:0:61:34:0:0 chr3 75788023 . C T 590.43 PASS AF=0.65;AO=52;DP=80;FAO=52;FDP=80;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0277475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2741;QD=29.5215;RBI=0.0512518;REFB=0.00384941;REVB=-0.0430909;RO=28;SAF=17;SAR=35;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473892;STB=0.525741;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00399608;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:28:28:52:52:0.65:35:17:11:17:35:17:11:17 chr3 75788028 . G C 222.88 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00428961;FXX=0.108094;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.423;QD=13.5077;RBI=0.0196367;REFB=0.00113433;REVB=-0.0191625;RO=40;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051187;STB=0.529389;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00763707;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:66:40:40:26:26:0.393939:18:8:14:26:18:8:14:26 chr3 75788033 . A T 62.12 PASS AF=0.153846;AO=11;DP=78;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.0158422;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.746;QD=3.1857;RBI=0.0192431;REFB=-0.00582842;REVB=-0.0109235;RO=67;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183451;STB=0.653614;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0264279;OID=.;OPOS=75788033;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:78:78:67:66:11:12:0.153846:6:5:21:46:6:6:21:45 chr3 75788068 . A C 210.35 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0160317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.435;QD=9.78357;RBI=0.0281393;REFB=-0.0209595;REVB=0.0231258;RO=59;SAF=12;SAR=15;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245912;STB=0.514425;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.04947;OID=.;OPOS=75788068;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:59:59:27:27:0.313953:15:12:25:34:15:12:25:34 chr3 75788076 . A C 848.09 PASS AF=0.785714;AO=66;DP=84;FAO=66;FDP=84;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0179499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.302;QD=40.3853;RBI=0.0611253;REFB=-0.010614;REVB=0.0584303;RO=17;SAF=26;SAR=40;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765237;STB=0.547728;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00439527;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:17:18:66:66:0.785714:40:26:10:7:40:26:11:7 chr3 75788088 . C T 198.26 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00310525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2112;QD=9.22159;RBI=0.071103;REFB=-0.0165803;REVB=-0.0710352;RO=60;SAF=11;SAR=15;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028084;STB=0.516562;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0368178;OID=.;OPOS=75788088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:60:26:26:0.302326:15:11:24:36:15:11:24:36 chr3 75788115 . G A 976.45 PASS AF=0.75;AO=75;DP=100;FAO=75;FDP=100;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00660698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9255;QD=39.0579;RBI=0.00672178;REFB=-0.026887;REVB=-0.00123701;RO=25;SAF=30;SAR=45;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05758;STB=0.530856;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00496506;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:25:25:75:75:0.75:45:30:13:12:45:30:13:12 chr3 75788130 . C A 232.72 PASS AF=0.279661;AO=33;DP=119;FAO=33;FDP=118;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.00489763;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.246;QD=7.88871;RBI=0.0125142;REFB=-0.00770871;REVB=-0.011516;RO=85;SAF=14;SAR=19;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711852;STB=0.542268;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0196839;OID=.;OPOS=75788130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:85:85:33:33:0.279661:19:14:41:44:19:14:41:44 chr3 75788152 . T G 492.46 PASS AF=0.533333;AO=47;DP=130;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0136203;FXX=0.307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.409;QD=21.8872;RBI=0.0200359;REFB=-0.000203029;REVB=0.0146943;RO=42;SAF=22;SAR=25;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882422;STB=0.542958;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.000144897;OID=.;OPOS=75788152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:90:42:42:47:48:0.533333:25:22:24:18:25:23:24:18 chr3 75788156 . C T 35.52 PASS AF=0.0808824;AO=11;DP=136;FAO=11;FDP=136;FR=.;FRO=125;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=60;FWDB=-0.0117015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.213;QD=1.04474;RBI=0.0313263;REFB=-0.00864876;REVB=-0.0290588;RO=124;SAF=5;SAR=6;SRF=64;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692489;STB=0.559892;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0400827;OID=.;OPOS=75788156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:136:136:124:125:11:11:0.0808824:6:5:64:60:6:5:65:60 chr3 75788158 . G C 363.71 PASS AF=0.326241;AO=45;DP=140;FAO=46;FDP=141;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.00405275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.727;QD=10.3179;RBI=0.00504298;REFB=-0.00149684;REVB=-0.00300114;RO=94;SAF=27;SAR=18;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118132;STB=0.555635;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0106733;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:94:95:45:46:0.326241:18:27:47:47:19:27:48:47 chr3 75788165 . T C 33.44 PASS AF=0.0758621;AO=11;DP=145;FAO=11;FDP=145;FR=.;FRO=134;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=62;FWDB=-0.0153831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.101;QD=0.922576;RBI=0.0215291;REFB=-0.00303797;REVB=-0.015062;RO=133;SAF=5;SAR=6;SRF=71;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875868;STB=0.575923;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0340308;OID=.;OPOS=75788165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:145:145:133:134:11:11:0.0758621:6:5:71:62:6:5:72:62 chr3 75788199 . T C 410.24 PASS AF=0.313953;AO=54;DP=172;FAO=54;FDP=172;FR=.;FRO=118;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=0.00405954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.48;QD=9.54055;RBI=0.0249722;REFB=-0.00802847;REVB=0.02464;RO=115;SAF=30;SAR=24;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297826;STB=0.520826;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.016024;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:115:118:54:54:0.313953:24:30:61:54:24:30:62:56 chr3 75788217 . G A 41.61 PASS AF=0.079096;AO=14;DP=177;FAO=14;FDP=177;FR=.;FRO=163;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=85;FSRR=78;FWDB=-0.009513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.432;QD=0.940411;RBI=0.0123747;REFB=-0.00143813;REVB=-0.00791423;RO=163;SAF=8;SAR=6;SRF=85;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056649;STB=0.546275;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0168356;OID=.;OPOS=75788217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:177:177:163:163:14:14:0.079096:6:8:85:78:6:8:85:78 chr3 75788226 . CA AG,GG 1042.12 PASS AF=0.337278,0.266272;AO=57,44;DP=170;FAO=57,45;FDP=169;FR=.;FRO=67;FSAF=30,22;FSAR=27,23;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00267764,-0.00435707;FXX=0.00588201;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=241.068,230.613;QD=24.6656;RBI=0.0182682,0.0156204;REFB=-0.0159787,-0.0135808;REVB=-0.0180709,-0.0150005;RO=66;SAF=30,22;SAR=27,22;SRF=36;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0185384,-0.0481969;STB=0.514062,0.537835;STBP=0.775,0.528;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0158907,0.00123791;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:66:67:57,44:57,45:0.337278,0.266272:27,22:30,22:36:30:27,23:30,22:37:30 chr3 75788230 . C T 82.68 PASS AF=0.11976;AO=20;DP=166;FAO=20;FDP=167;FR=.;FRO=147;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=83;FSRR=64;FWDB=-0.0367666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.203;QD=1.98044;RBI=0.0373054;REFB=-0.00221681;REVB=-0.00631729;RO=146;SAF=8;SAR=12;SRF=83;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206751;STB=0.642214;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0129403;OID=.;OPOS=75788230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:166:167:146:147:20:20:0.11976:12:8:83:63:12:8:83:64 chr3 75788245 . C T 302.54 PASS AF=0.268293;AO=44;DP=164;FAO=44;FDP=164;FR=.;FRO=120;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=66;FSRR=54;FWDB=-0.00994428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.414;QD=7.37908;RBI=0.0103419;REFB=-0.00975015;REVB=-0.00283999;RO=118;SAF=24;SAR=20;SRF=64;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00381524;STB=0.503354;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0211724;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:118:120:44:44:0.268293:20:24:64:54:20:24:66:54 chr3 75788258 . C A 1007.45 PASS AF=0.613333;AO=92;DP=151;FAO=92;FDP=150;FR=.;FRO=58;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.000329755;FXX=0.00662208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.852;QD=26.8654;RBI=0.00223024;REFB=-0.00458607;REVB=0.00220573;RO=58;SAF=51;SAR=41;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143289;STB=0.507758;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00295613;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:58:58:92:92:0.613333:41:51:31:27:41:51:31:27 chr3 75788273 . G T 58.7 PASS AF=0.106383;AO=15;DP=140;FAO=15;FDP=141;FR=.;FRO=126;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=-0.00987152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.476;QD=1.66514;RBI=0.0173189;REFB=-0.000866735;REVB=-0.0142302;RO=113;SAF=5;SAR=10;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231128;STB=0.688126;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00904077;OID=.;OPOS=75788273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:140:141:113:126:15:15:0.106383:10:5:59:54:10:5:69:57 chr3 75788281 . T C 882.05 PASS AF=0.588235;AO=79;DP=135;FAO=80;FDP=136;FR=.;FRO=56;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00970837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.651;QD=25.9426;RBI=0.0112939;REFB=-0.00225177;REVB=0.00577057;RO=55;SAF=43;SAR=36;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404619;STB=0.520705;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00296989;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:55:56:79:80:0.588235:36:43:27:28:36:44:28:28 chr3 75788291 . AT AA,GA 758.82 PASS AF=0.243902,0.357724;AO=30,44;DP=124;FAO=30,44;FDP=123;FR=.;FRO=49;FSAF=16,24;FSAR=14,20;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0206386,0.00878825;FXX=0.00806387;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=107.551,232.733;QD=24.6771;RBI=0.0273524,0.0101788;REFB=-0.00968387,0.0104982;REVB=0.01795,-0.00513556;RO=49;SAF=16,24;SAR=14,20;SRF=24;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0471377,0.05277;STB=0.527009,0.529398;STBP=0.722,0.591;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00926151,-0.0124905;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:124:123:49:49:30,44:30,44:0.243902,0.357724:14,20:16,24:24:25:14,20:16,24:24:25 chr3 75788303 . C T 34.98 PASS AF=0.0847458;AO=10;DP=116;FAO=10;FDP=118;FR=.;FRO=108;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=-0.0682984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.767;QD=1.18592;RBI=0.0889629;REFB=-0.00987257;REVB=-0.0570064;RO=106;SAF=7;SAR=3;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23899;STB=0.685192;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0979516;OID=.;OPOS=75788303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:116:118:106:108:10:10:0.0847458:3:7:52:54:3:7:54:54 chr3 75788314 . T C 164.98 PASS AF=0.237624;AO=22;DP=99;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0160636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.225;QD=6.5338;RBI=0.017292;REFB=-0.0114678;REVB=-0.00640119;RO=77;SAF=13;SAR=9;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122614;STB=0.536716;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0453032;OID=.;OPOS=75788314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:77:77:22:24:0.237624:9:13:38:39:11:13:38:39 chr3 75788316 . C T 261.58 PASS AF=0.329897;AO=30;DP=95;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0415783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5434;QD=10.787;RBI=0.0421094;REFB=-0.0267966;REVB=0.00666687;RO=65;SAF=19;SAR=11;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202247;STB=0.588711;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0580357;OID=.;OPOS=75788316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:65:65:30:32:0.329897:11:19:30:35:13:19:30:35 chr3 75788366 . C A 79.19 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00322295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.392;QD=6.73929;RBI=0.0112015;REFB=-0.00232455;REVB=-0.0107278;RO=36;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214972;STB=0.513594;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00503609;OID=.;OPOS=75788366;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:6:5:17:19:6:5:17:19 chr3 75790444 . G A 472.79 PASS AF=0.343023;AO=59;DP=169;FAO=59;FDP=172;FR=.;FRO=113;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=71;FWDB=0.00124254;FXX=0.00578001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.619;QD=10.9951;RBI=0.0163979;REFB=-0.0115562;REVB=-0.0163507;RO=110;SAF=27;SAR=32;SRF=40;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109213;STB=0.557407;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0155096;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:110:113:59:59:0.343023:32:27:40:70:32:27:42:71 chr3 75790446 . GG TA 130.64 PASS AF=0.158824;AO=26;DP=173;FAO=27;FDP=170;FR=.;FRO=143;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=85;FWDB=-0.0287652;FXX=0.01734;HRUN=4;LEN=2;MLLD=291.936;QD=3.07396;RBI=0.0291152;REFB=-0.00519654;REVB=-0.00450073;RO=138;SAF=9;SAR=17;SRF=54;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617877;STB=0.565351;STBP=0.482;TYPE=mnp;VARB=0.0221288;OID=.;OPOS=75790446;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:170:138:143:26:27:0.158824:17:9:54:84:18:9:58:85 chr3 75790448 . T C 31.64 PASS AF=0.0697674;AO=12;DP=165;FAO=12;FDP=172;FR=.;FRO=160;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=99;FWDB=-0.0564861;FXX=0.0114936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.749;QD=0.735865;RBI=0.0564982;REFB=-0.0011994;REVB=-0.00116955;RO=151;SAF=6;SAR=6;SRF=52;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177057;STB=0.61029;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0142384;OID=.;OPOS=75790448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:165:172:151:160:12:12:0.0697674:6:6:52:99:6:6:61:99 chr3 75790466 . G T 153.76 PASS AF=0.164835;AO=30;DP=182;FAO=30;FDP=182;FR=.;FRO=152;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=57;FSRR=95;FWDB=-0.0591031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.993;QD=3.37928;RBI=0.059109;REFB=-0.000383328;REVB=-0.000834858;RO=150;SAF=12;SAR=18;SRF=55;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451929;STB=0.521926;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00265972;OID=.;OPOS=75790466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:150:152:30:30:0.164835:18:12:55:95:18:12:57:95 chr3 75790479 . C T 657.92 PASS AF=0.395722;AO=74;DP=188;FAO=74;FDP=187;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=-0.0311221;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.906;QD=14.0731;RBI=0.0341488;REFB=0.00251565;REVB=-0.0140553;RO=114;SAF=23;SAR=51;SRF=46;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110546;STB=0.564558;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00646061;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:114:113:74:74:0.395722:51:23:46:68:51:23:46:67 chr3 75790513 . T C 2418.74 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.046;QD=61.234;RBI=0.0349208;REFB=0;REVB=0.0220221;RO=0;SAF=55;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18931e-05;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:157:158:1:102:55:0:0:102:56:0:0 chr3 75790516 . T A 67.53 PASS AF=0.108974;AO=17;DP=158;FAO=17;FDP=156;FR=.;FRO=139;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=93;FWDB=0.0368154;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.729;QD=1.73165;RBI=0.0397506;REFB=-0.00161695;REVB=-0.0149913;RO=141;SAF=8;SAR=9;SRF=48;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164353;STB=0.626591;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0256632;OID=.;OPOS=75790516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:158:156:141:139:17:17:0.108974:9:8:48:93:9:8:46:93 chr3 75790822 . A G 326.59 PASS AF=0.736842;AO=27;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0504115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.146;QD=34.3783;RBI=0.0584402;REFB=-0.0677703;REVB=-0.0295625;RO=11;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177742;STB=0.578892;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0207922;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:11:10:27:28:0.736842:14:13:9:2:14:14:8:2 chr3 75986663 . C A 2200.06 PASS AF=0.517986;AO=201;DP=404;FAO=216;FDP=417;FR=.;FRO=201;FSAF=97;FSAR=119;FSRF=94;FSRR=107;FWDB=0.0044261;FXX=0.00239229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.271;QD=21.1037;RBI=0.02962;REFB=-0.0318656;REVB=0.0292875;RO=200;SAF=94;SAR=107;SRF=93;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00243584;STB=0.509036;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0197497;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:417:200:201:201:216:0.517986:107:94:93:107:119:97:94:107 chr3 75986686 . A G 2189.66 PASS AF=0.504673;AO=213;DP=427;FAO=216;FDP=428;FR=.;FRO=212;FSAF=94;FSAR=122;FSRF=97;FSRR=115;FWDB=-0.00612015;FXX=0.00465105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3393;QD=20.4641;RBI=0.0136526;REFB=-0.0216587;REVB=-0.012204;RO=211;SAF=94;SAR=119;SRF=97;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169296;STB=0.511232;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0260061;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:428:211:212:213:216:0.504673:119:94:97:114:122:94:97:115 chr3 75986695 . G A 412.41 PASS AF=0.177677;AO=78;DP=436;FAO=78;FDP=439;FR=.;FRO=361;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=152;FSRR=209;FWDB=-0.0065359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.436;QD=3.75772;RBI=0.0065372;REFB=-0.00604948;REVB=-0.000130044;RO=358;SAF=40;SAR=38;SRF=151;SRR=207;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118294;STB=0.575202;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0262003;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:436:439:358:361:78:78:0.177677:38:40:151:207:38:40:152:209 chr3 75986717 . G A 299.68 PASS AF=0.145374;AO=66;DP=454;FAO=66;FDP=454;FR=.;FRO=388;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=169;FSRR=219;FWDB=0.0040081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.802;QD=2.64032;RBI=0.00410649;REFB=-0.00643077;REVB=-0.000893507;RO=385;SAF=24;SAR=42;SRF=167;SRR=218;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939981;STB=0.564072;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0441601;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:454:454:385:388:66:66:0.145374:42:24:167:218:42:24:169:219 chr3 75986719 . G C 2201.87 PASS AF=0.494432;AO=222;DP=451;FAO=222;FDP=449;FR=.;FRO=227;FSAF=85;FSAR=137;FSRF=106;FSRR=121;FWDB=0.00225723;FXX=0.011013;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.937;QD=19.6158;RBI=0.03199;REFB=-0.0011599;REVB=0.0319102;RO=211;SAF=85;SAR=137;SRF=99;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797243;STB=0.544042;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000810036;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:451:449:211:227:222:222:0.494432:137:85:99:112:137:85:106:121 chr3 80677187 . T C 750.93 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.614;QD=54.6128;RBI=0.0247192;REFB=-0.0804606;REVB=0.0133999;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113697;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:55:1:0:53:55:1:29:24:1:0:29:26:0:0 chr3 81558726 . C T 503.84 PASS AF=0.818182;AO=39;DP=53;FAO=45;FDP=55;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.000102001;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6551;QD=36.6431;RBI=0.0308307;REFB=-0.0081984;REVB=0.0308305;RO=8;SAF=14;SAR=25;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889244;STB=0.537297;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0493018;OID=.;OPOS=81558726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:53:55:8:10:39:45:0.818182:25:14:5:3:27:18:6:4 chr3 81643167 . T C 1071.05 PASS AF=0.925926;AO=75;DP=81;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00527805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.078;QD=52.8915;RBI=0.0116208;REFB=-0.0103284;REVB=0.010353;RO=6;SAF=28;SAR=47;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674132;STB=0.535742;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=6.58388e-05;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:81:81:6:6:75:75:0.925926:47:28:5:1:47:28:5:1 chr3 81698130 . T C 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00868986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.571;QD=12.6193;RBI=0.00927947;REFB=-0.0100819;REVB=0.003255;RO=38;SAF=10;SAR=14;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172066;STB=0.598849;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0135394;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:14:10:22:16:14:10:22:16 chr3 81792730 . G A 452.12 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0391183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1188;QD=22.0545;RBI=0.0415968;REFB=0.00521115;REVB=-0.0141439;RO=38;SAF=27;SAR=17;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206033;STB=0.613585;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0054711;OID=.;OPOS=81792730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:17:27:14:24:17:27:14:24 chr3 81810702 . A AG 852.91 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=81;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0463489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.9512;QD=44.89;RBI=0.118757;REFB=0.00316022;REVB=0.109339;RO=7;SAF=26;SAR=47;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875912;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=ins;VARB=0.0027689;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.986842:73:81:75:76:1:28:47:0:1:10:7:26:47:6:1 chr3 81810725 . C T 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0360052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2355;QD=25.0392;RBI=0.0382665;REFB=-0.0369045;REVB=0.0129596;RO=20;SAF=9;SAR=17;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405168;STB=0.522455;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0221911;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:17:9:6:14:17:9:6:14 chr3 85434950 . CTTTT CTCTT,CTTTC,CTTT,CTTTTT,TCTTT 402.33 PASS AF=0.0222222,0.222222,0,0,0.755556;AO=2,2,5,6,3;DP=49;FAO=1,10,0,0,34;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,0,22;FSAR=1,10,0,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709611,0.0812222,1.71032,-1.71032,1.44235;FXX=0.09998;HRUN=15,15,15,15,1;LEN=1,1,1,1,2;MLLD=131.791,138.687,3.22926,2.22247,14.8216;QD=35.763;RBI=0.0743504,0.0820507,1.71257,1.71205,1.44244;REFB=-0.0826696,-0.0684027,-0.0211816,0.0211816,-0.0202462;REVB=-0.0221922,-0.0116311,-0.0878391,0.0769251,-0.0156612;RO=3;SAF=0,0,2,6,0;SAR=2,2,3,0,3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.74993,-0.74993,-0.361596,0,-0.767807;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,ins,mnp;VARB=0.000600255,0.16849,0.0544123,0,-0.0559116;OID=.,.,.,.,.;OPOS=85434952,85434954,85434951,85434951,85434950;OREF=T,T,T,-,CT;OALT=C,C,-,T,TC;OMAPALT=CTCTT,CTTTC,CTTT,CTTTTT,TCTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/5:39:49:45:3:0:2,2,5,6,3:1,10,0,0,34:0.0222222,0.222222,0,0,0.755556:2,2,3,0,3:0,0,2,6,0:3:0:1,10,0,0,12:0,0,0,0,22:0:0 chr3 86411414 . G A 394.5 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0016798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.737;QD=19.9748;RBI=0.00175257;REFB=-0.0132389;REVB=0.000499787;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20266;STB=0.617681;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0095962;OID=.;OPOS=86411414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:40:40:0.506329:23:17:25:13:23:17:26:13 chr3 86411485 . A G 275.27 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0105479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4979;QD=18.0503;RBI=0.0195935;REFB=-0.0135238;REVB=-0.016512;RO=31;SAF=23;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30614;STB=0.677288;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0279695;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:29:30:0.491803:6:23:16:15:6:24:16:15 chr3 86411527 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0562991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.198;QD=18.6369;RBI=0.0574357;REFB=-0.00465916;REVB=-0.0113695;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232936;STB=0.631;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00278672;OID=.;OPOS=86411527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:13:3:7:9:13:3 chr3 86995839 . T TC 122.48 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0309034;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.2176;QD=16.331;RBI=0.102233;REFB=-0.0372545;REVB=0.0974507;RO=14;SAF=2;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235954;STB=0.586715;STBP=0.407;TYPE=ins;VARB=0.0307023;OID=.;OPOS=86995840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667:16:31:17:30:13:3:14:4:9:77:14:2:14:4:10 chr3 87276699 . C T 1526.82 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00158934;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.913;QD=58.7238;RBI=0.00348094;REFB=-0.120451;REVB=0.00309692;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.505262;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=3.97189e-05;OID=.;OPOS=87276699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:105:104:0:1:103:103:0.990385:56:47:0:0:56:47:1:0 chr3 87295049 . T C 1030.04 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00328371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.534;QD=58.0305;RBI=0.0290826;REFB=-0.0639751;REVB=0.0288966;RO=1;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995486;STB=0.505262;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00194883;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:47:23:0:1:47:23:0:1 chr3 87299075 . A C 911.55 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0484266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1515;QD=55.2454;RBI=0.0860506;REFB=-0.0858192;REVB=0.0711306;RO=1;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111125;STB=0.51136;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0283795;OID=.;OPOS=87299075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:66:1:2:63:64:0.969697:42:21:0:1:43:21:0:2 chr3 87791778 . C T 141.04 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0320111;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7119;QD=9.40273;RBI=0.0965657;REFB=-0.00820171;REVB=-0.0911056;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285421;STB=0.657962;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0177933;OID=.;OPOS=87791778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:40:41:19:19:0.316667:11:8:27:13:11:8:27:14 chr3 88041023 . A C 249.7 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00422586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.429;QD=18.4961;RBI=0.0312475;REFB=-0.00969866;REVB=0.0309604;RO=25;SAF=24;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431316;STB=0.770839;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00577333;OID=.;OPOS=88041023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:27:27:27:0.5:3:24:14:11:3:24:14:13 chr3 88041650 . G A 745.98 PASS AF=0.489933;AO=73;DP=149;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00265507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.219;QD=20.0264;RBI=0.0231364;REFB=-0.0270573;REVB=-0.0229836;RO=74;SAF=40;SAR=33;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562857;STB=0.524559;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.018071;OID=.;OPOS=88041650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:74:76:73:73:0.489933:33:40:36:38:33:40:38:38 chr3 88042501 . GT G 71.49 PASS AF=0.705882;AO=14;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0839917;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.14898;QD=8.41075;RBI=0.281121;REFB=-0.0273946;REVB=0.268281;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220441;STB=0.517312;STBP=0.793;TYPE=del;VARB=0.0901303;OID=.;OPOS=88042502;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882:14:34:24:34:10:13:11:6:4:31:15:9:5:6:9 chr3 88101694 . G T 721.71 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=-0.00700382;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6203;QD=18.8682;RBI=0.007017;REFB=0.00881759;REVB=-0.000429877;RO=76;SAF=26;SAR=49;SRF=23;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451323;STB=0.514848;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0116714;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:76:78:75:75:0.490196:49:26:23:53:49:26:25:53 chr3 88105264 . A C 476.62 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00124738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.437;QD=15.2517;RBI=0.00125233;REFB=-0.00136781;REVB=-0.000111154;RO=69;SAF=27;SAR=26;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060723;STB=0.529401;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00187804;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:72:53:53:0.424:26:27:31:38:26:27:33:39 chr3 88105818 . T C 244.35 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0584228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3057;QD=23.2713;RBI=0.0612158;REFB=-0.0593349;REVB=-0.0182797;RO=18;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181085;STB=0.611357;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0510746;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:19:23:23:0.547619:10:13:6:12:10:13:6:13 chr3 88105879 . TACTTC T,TACTTA 176.03 PASS AF=0.395349,0.0465116;AO=16,3;DP=44;FAO=17,2;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12,1;FSAR=5,1;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00824197,-0.00407539;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=264.498,111.749;QD=16.3752;RBI=0.00837081,0.018886;REFB=-0.0151617,-0.0113114;REVB=0.00146299,-0.0184411;RO=23;SAF=11,2;SAR=5,1;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.22245,0.201844;STB=0.62947,0.5;STBP=0.203,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0225582,0.0387611;OID=.,.;OPOS=88105880,88105884;OREF=ACTTC,C;OALT=-,A;OMAPALT=T,TACTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395349,0.0465116:16,3:44:17,2:43:24:12,1:5,1:12:12:99:23:11,2:5,1:11:12 chr3 88189341 . T C 299.97 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0558246;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4983;QD=15.9983;RBI=0.0775112;REFB=-0.014301;REVB=0.0537736;RO=42;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03868;STB=0.521796;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.021011;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:16:17:20:22:16:17:20:22 chr3 88190768 . C A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.86;QD=58.4197;RBI=0.0108446;REFB=0;REVB=0.00816169;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99849e-05;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr3 88190809 . C T 1414.53 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.896;QD=62.8681;RBI=0.019244;REFB=0;REVB=-0.002944;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23137e-05;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:45:44:0:0:46:44:0:0 chr3 88191143 . AA AG,GT 907.41 PASS AF=0.550725,0.434783;AO=38,3;DP=72;FAO=38,30;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29,27;FSAR=9,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0589748,0.0547388;FXX=0.0416609;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=84.0076,87.8112;QD=52.6035;RBI=0.0597682,0.060207;REFB=0.0353255,-0.0735518;REVB=0.00970677,0.0250709;RO=0;SAF=29,2;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.50847,0.509085;STBP=0.64,0.652;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0460929,0.0709223;OID=.,.;OPOS=88191144,88191143;OREF=A,AA;OALT=G,GT;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:72:69:0:1:38,3:38,30:0.550725,0.434783:9,1:29,2:0:0:9,3:29,27:1:0 chr3 88191170 . TGGGGAG TGGGAG,TGGGGA 244.9 PASS AF=0.583333,0;AO=24,11;DP=72;FAO=42,0;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=29,0;FSAR=13,0;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0307207,-0.181714;FXX=0;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=14.6377,11.7817;QD=13.6057;RBI=0.251216,0.996055;REFB=-0.042383,-0.00959704;REVB=-0.249331,-0.979339;RO=16;SAF=23,4;SAR=1,7;SRF=16;SRR=0;SSEN=0,0.833333;SSEP=0,0.65;SSSB=-0.238493,-0.593352;STB=0.504656,0.5;STBP=0.933,1;TYPE=del,del;VARB=0.0300659,0;OID=.,.;OPOS=88191171,88191176;OREF=G,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGAG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333,0:24,11:72:42,0:72:30:29,0:13,0:21:9:99:16:23,4:1,7:16:0 chr3 88192423 . A G 365.8 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0731674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.238;QD=18.7589;RBI=0.0736737;REFB=-0.0160037;REVB=-0.00862166;RO=40;SAF=23;SAR=15;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232708;STB=0.629439;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0230918;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:15:23:14:26:15:23:14:26 chr3 88192484 . T C 1320.71 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.503;QD=62.1512;RBI=0.0974003;REFB=0;REVB=0.0879414;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480063;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:54:31:0:0:54:31:0:0 chr3 88199298 . T C 254.55 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0120616;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.524;QD=21.2123;RBI=0.0120685;REFB=-0.0278424;REVB=-0.00040884;RO=25;SAF=19;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181461;STB=0.609991;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0246041;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:24:24:24:0.5:5:19:16:9:5:19:15:9 chr3 93593119 . T C 453.71 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00284936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.59;QD=25.2059;RBI=0.0485017;REFB=-0.010092;REVB=0.048418;RO=29;SAF=27;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160764;STB=0.588077;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00619321;OID=.;OPOS=93593119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:16:27:12:17:16:27:12:17 chr3 96327750 . C T 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0122227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.209;QD=26.8493;RBI=0.0205823;REFB=-0.0123493;REVB=0.0165601;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993172;STB=0.555481;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00434323;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:9:6:4:3:9:6:4:3 chr3 97365038 . G A 600.28 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0047493;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.543;QD=21.4385;RBI=0.00951498;REFB=-0.0151972;REVB=0.00824494;RO=53;SAF=29;SAR=31;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260902;STB=0.510134;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0138244;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:53:52:60:60:0.535714:31:29:24:29:31:29:24:28 chr3 97365074 . A G 614.55 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0234599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7156;QD=21.9482;RBI=0.0235762;REFB=-0.0418796;REVB=-0.00233884;RO=51;SAF=29;SAR=32;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448403;STB=0.524582;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0227585;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:51:61:61:0.544643:32:29:27:24:32:29:27:24 chr3 97591153 . C T 493.59 PASS AF=0.566265;AO=43;DP=79;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00900435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.968;QD=23.7874;RBI=0.0209506;REFB=-0.0201738;REVB=0.0189169;RO=34;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796681;STB=0.532314;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0139701;OID=.;OPOS=97591153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:34:36:43:47:0.566265:18:25:23:11:19:28:24:12 chr3 97593485 . C T 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0448174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.378;QD=24.2929;RBI=0.0475388;REFB=0.0151503;REVB=-0.0158537;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065238;STB=0.536386;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00751874;OID=.;OPOS=97593485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:9:10:8:5:9:10:8:5 chr3 97607290 . G A 219.84 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0808611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.43;QD=11.8835;RBI=0.0820302;REFB=-0.0122939;REVB=-0.0138001;RO=47;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211364;STB=0.512186;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0189941;OID=.;OPOS=97607290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:15:12:20:27:15:12:20:27 chr3 97660106 . A C 914.15 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0569631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.776;QD=56.2553;RBI=0.0586461;REFB=-0.0313553;REVB=0.0139485;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.506171;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.000197714;OID=.;OPOS=97660106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:0:1:63:64:0.984615:39:24:0:0:40:24:0:1 chr3 97663686 . A C 233.57 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0111442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.234;QD=15.0692;RBI=0.0126124;REFB=-0.00694072;REVB=0.00590571;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10489;STB=0.550618;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.008776;OID=.;OPOS=97663686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:35:27:27:0.435484:13:14:14:20:13:14:15:20 chr3 97664725 . C T 203.44 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0775506;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.477;QD=14.2763;RBI=0.0778859;REFB=-0.00573315;REVB=-0.00721847;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00281182;STB=0.519924;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00787067;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:23:24:0.421053:13:10:14:18:13:11:14:19 chr3 97673268 . A C 1921.67 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000801752;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.805;QD=61.9892;RBI=0.0237463;REFB=0;REVB=0.0237327;RO=0;SAF=51;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06988e-05;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:124:124:1:73:51:0:0:73:51:0:0 chr3 97726747 . T A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.504;QD=62.4653;RBI=0.0350744;REFB=0;REVB=0.0246976;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65421e-07;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr3 97851998 . A C 509.54 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.017657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0839;QD=21.0121;RBI=0.0269338;REFB=-0.00646659;REVB=-0.0203387;RO=48;SAF=18;SAR=31;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231019;STB=0.627796;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00604382;OID=.;OPOS=97851998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:31:18:30:18:31:18:30:18 chr3 97852058 . A G 71.73 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.00468422;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.065;QD=3.77533;RBI=0.012308;REFB=-0.00544681;REVB=0.0113818;RO=63;SAF=3;SAR=10;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466173;STB=0.804159;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0252912;OID=.;OPOS=97852058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:77:76:63:63:13:13:0.171053:10:3:39:24:10:3:39:24 chr3 97852066 . T C 80.41 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0211763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.31;QD=4.28834;RBI=0.0273318;REFB=-0.00593844;REVB=-0.0172798;RO=61;SAF=3;SAR=11;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506401;STB=0.823103;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0311859;OID=.;OPOS=97852066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:61:61:14:14:0.186667:11:3:39:22:11:3:39:22 chr3 97852083 . C T 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0473382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.833;QD=20.3419;RBI=0.0524366;REFB=-0.0284797;REVB=-0.0225542;RO=33;SAF=16;SAR=21;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271833;STB=0.641985;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0266101;OID=.;OPOS=97852083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:21:16:25:8:21:16:25:9 chr3 97868419 . G A 811.57 PASS AF=0.466667;AO=84;DP=181;FAO=84;FDP=180;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=-0.00710529;FXX=0.0109884;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.4;QD=18.0349;RBI=0.0361664;REFB=0.00811339;REVB=-0.0354615;RO=96;SAF=38;SAR=46;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759456;STB=0.541971;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00844;OID=.;OPOS=97868419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:96:96:84:84:0.466667:46:38:36:60:46:38:36:60 chr3 97868616 . C T 462.12 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00981297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1792;QD=18.1222;RBI=0.0139959;REFB=-0.0262175;REVB=0.00997954;RO=53;SAF=18;SAR=31;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154289;STB=0.585831;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0288848;OID=.;OPOS=97868616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:53:49:49:0.480392:31:18:28:25:31:18:28:25 chr3 97868795 . A G 464.24 PASS AF=0.586667;AO=43;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0395933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.635;QD=24.7593;RBI=0.0407619;REFB=-0.00934936;REVB=0.00969058;RO=31;SAF=24;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105999;STB=0.552034;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00796487;OID=.;OPOS=97868795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:43:44:0.586667:19:24:13:18:20:24:13:18 chr3 97868970 . T A 616.57 PASS AF=0.441379;AO=64;DP=147;FAO=64;FDP=145;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0228402;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9413;QD=17.0089;RBI=0.0236744;REFB=-0.0236172;REVB=0.00622911;RO=81;SAF=37;SAR=27;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974563;STB=0.55438;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0320912;OID=.;OPOS=97868970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:81:81:64:64:0.441379:27:37:39:42:27:37:39:42 chr3 97887865 . G A 387.83 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0402744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.408;QD=15.9931;RBI=0.0409855;REFB=-0.0109473;REVB=0.00760144;RO=56;SAF=19;SAR=22;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557996;STB=0.531439;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0145625;OID=.;OPOS=97887865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:22:19:29:27:22:19:29:27 chr3 97887985 . T A 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0027136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.499;QD=15.2368;RBI=0.0399365;REFB=-0.010577;REVB=0.0398442;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117838;STB=0.566619;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0147243;OID=.;OPOS=97887985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:15:13:21:15:15:13:21:15 chr3 97888042 . A T 249.62 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0104383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.247;QD=18.4906;RBI=0.0108488;REFB=-0.0599018;REVB=0.00295617;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184409;STB=0.592021;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.031815;OID=.;OPOS=97888042;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:14:13:18:8:14:13:18:9 chr3 97888197 . C T 211.89 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0103625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.663;QD=13.8946;RBI=0.108512;REFB=-0.0173747;REVB=-0.108017;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933039;STB=0.544467;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0249606;OID=.;OPOS=97888197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:36:25:25:0.409836:13:12:20:15:13:12:20:16 chr3 97888337 . C T 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0127793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.992;QD=16.2364;RBI=0.0136563;REFB=-0.0369693;REVB=0.00481516;RO=36;SAF=9;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126227;STB=0.571379;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.026072;OID=.;OPOS=97888337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:21:9:15:21:21:9:15:21 chr3 97957349 . G A 338.93 PASS AF=0.398058;AO=33;DP=95;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0265799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.658;QD=13.1625;RBI=0.02795;REFB=-0.0131255;REVB=-0.00864376;RO=62;SAF=22;SAR=11;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263599;STB=0.687498;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0239399;OID=.;OPOS=97957349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:103:62:62:33:41:0.398058:11:22:27:35:11:30:27:35 chr3 97983257 . C G 456.78 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00706858;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5939;QD=17.739;RBI=0.00810419;REFB=-0.0155149;REVB=-0.00396397;RO=53;SAF=15;SAR=34;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203295;STB=0.618917;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0118518;OID=.;OPOS=97983257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:54:49:49:0.475728:34:15:27:26:34:15:28:26 chr3 97983265 . C A 523.77 PASS AF=0.491071;AO=54;DP=111;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.002778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.374;QD=18.706;RBI=0.0121801;REFB=-0.00860311;REVB=0.011859;RO=57;SAF=17;SAR=37;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191185;STB=0.609018;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0075584;OID=.;OPOS=97983265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:57:57:54:55:0.491071:37:17:29:28:38:17:29:28 chr3 97983374 . A G 728.97 PASS AF=0.445714;AO=77;DP=175;FAO=78;FDP=175;FR=.;FRO=97;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.000272832;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.175;QD=16.6622;RBI=0.00270729;REFB=-0.00504806;REVB=-0.0026935;RO=97;SAF=35;SAR=42;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508314;STB=0.531403;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00795801;OID=.;OPOS=97983374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:97:97:77:78:0.445714:42:35:49:48:43:35:49:48 chr3 97983391 . C G 760.97 PASS AF=0.440217;AO=81;DP=185;FAO=81;FDP=184;FR=.;FRO=103;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=-0.00919279;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.544;QD=16.5428;RBI=0.00939063;REFB=0.00335672;REVB=0.00191741;RO=104;SAF=35;SAR=46;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496492;STB=0.530162;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00451666;OID=.;OPOS=97983391;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:104:103:81:81:0.440217:46:35:50:54:46:35:50:53 chr3 97983561 . G C 647.51 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.0221299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.883;QD=18.369;RBI=0.022223;REFB=-0.00475187;REVB=-0.00203103;RO=75;SAF=32;SAR=34;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120566;STB=0.566719;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0062585;OID=.;OPOS=97983561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:75:66:66:0.468085:34:32:27:48:34:32:27:48 chr3 97983711 . T C 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00505914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.36;QD=21.595;RBI=0.0542384;REFB=-0.00441663;REVB=0.054002;RO=32;SAF=20;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733973;STB=0.540519;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00309452;OID=.;OPOS=97983711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:18:20:14:18:18:20:14:18 chr3 97983942 . A G 580.72 PASS AF=0.472441;AO=61;DP=129;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00206825;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.907;QD=18.2904;RBI=0.0125221;REFB=-0.0160769;REVB=0.0123502;RO=65;SAF=35;SAR=26;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908401;STB=0.547214;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0131916;OID=.;OPOS=97983942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:65:67:61:60:0.472441:26:35:31:34:26:34:32:35 chr3 98001777 . G C 585.58 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00243183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.019;QD=21.1019;RBI=0.00780943;REFB=-0.00202103;REVB=-0.00742114;RO=52;SAF=37;SAR=22;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176544;STB=0.597111;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00220799;OID=.;OPOS=98001777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:52:59:59:0.531532:22:37:22:30:22:37:22:30 chr3 98002419 . A G 302.75 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.000642257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.71;QD=17.0563;RBI=0.0125014;REFB=0.000618095;REVB=0.0124849;RO=38;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435141;STB=0.524407;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.000776079;OID=.;OPOS=98002419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:18:15:19:19:18:15:19:19 chr3 98002587 . A G 711.42 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0310029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.245;QD=52.6977;RBI=0.0450942;REFB=-0.0699586;REVB=0.0327462;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144938;STB=0.515146;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000886695;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:52:52:0.962963:32:20:0:1:32:20:0:2 chr3 98304467 . T C 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0196335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.606;QD=19.9672;RBI=0.0197673;REFB=-0.0039912;REVB=-0.00229655;RO=26;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141179;STB=0.5785;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00302671;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:16:13:16:10:16:13:16:10 chr3 98503792 . A G 478.06 PASS AF=0.420635;AO=52;DP=126;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=53;FWDB=-0.00922927;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4298;QD=15.1764;RBI=0.0380248;REFB=-0.0128756;REVB=-0.0368878;RO=71;SAF=23;SAR=29;SRF=19;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187755;STB=0.606621;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0212798;OID=.;OPOS=98503792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:71:73:52:53:0.420635:29:23:19:52:29:24:20:53 chr3 98512540 . G A 313.22 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00244212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.122;QD=19.5762;RBI=0.00291847;REFB=-0.0208624;REVB=0.00159798;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242855;STB=0.513505;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0198733;OID=.;OPOS=98512540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:14:17:19:14:14:17 chr3 98512570 . GAAAAAAA GAAAAAA,GAAAAAAC 48.7 PASS AF=0.106061,0.0757576;AO=11,6;DP=66;FAO=7,5;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=2,0;FSAR=5,5;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0757793,0.069424;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=10.7894,29.302;QD=2.95137;RBI=0.0785731,0.0791983;REFB=-0.0401964,-0.0321667;REVB=-0.0207661,0.0381139;RO=44;SAF=3,0;SAR=8,6;SRF=19;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.212636,-0.611804;STB=0.601788,0.997434;STBP=0.653,0.035;TYPE=del,snp;VARB=0.00385745,0.150814;OID=.,.;OPOS=98512571,98512577;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.106061,0.0757576:11,6:66:7,5:66:54:2,0:5,5:21:33:24:44:3,0:8,6:19:25 chr3 98517843 . G A 206.63 PASS AF=0.396825;AO=19;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0266939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.159;QD=13.1196;RBI=0.0358648;REFB=-0.00500301;REVB=0.0239525;RO=36;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887456;STB=0.598834;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00671608;OID=.;OPOS=98517843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:38:19:25:0.396825:8:11:18:18:8:17:20:18 chr3 98540982 . A G 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0346538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.354;QD=18.9388;RBI=0.035738;REFB=0.000507623;REVB=0.00873636;RO=29;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164511;STB=0.591775;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=4.73391e-05;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:12:18:12:17:12:18:12:17 chr3 98541012 . G A 898.3 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.816;QD=57.9545;RBI=0.00911483;REFB=0;REVB=0.00838024;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22294e-05;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:30:31:0:0:30:32:0:0 chr3 98541116 . G A 371.19 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00408062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.6498;QD=20.3391;RBI=0.0219248;REFB=0.00119512;REVB=-0.0215417;RO=35;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00666165;STB=0.503691;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00147598;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:22:16:15:20:22:16:15:20 chr3 98600385 . T C 70.79 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00794725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9857;QD=7.26007;RBI=0.0118629;REFB=0.00945306;REVB=0.00880741;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139382;STB=0.587453;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00701098;OID=.;OPOS=98600385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:6:4:15:14:6:4:15:14 chr3 99860401 . G A 274.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.080221;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6243;QD=15.0568;RBI=0.0805755;REFB=0.00861028;REVB=-0.00755017;RO=42;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734077;STB=0.541566;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.0170412;OID=.;OPOS=99860401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:14:17:20:22:14:17:20:22 chr3 100084203 . C G 412.74 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0154708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.991;QD=27.0651;RBI=0.0177921;REFB=-0.00236684;REVB=-0.00878708;RO=22;SAF=18;SAR=21;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055512;STB=0.530287;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00151112;OID=.;OPOS=100084203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:21:18:12:10:21:18:12:10 chr3 100084432 . G A 587.76 PASS AF=0.439716;AO=62;DP=141;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.0122564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.979;QD=16.6739;RBI=0.0214008;REFB=-0.0284321;REVB=-0.0175435;RO=78;SAF=40;SAR=22;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457074;STB=0.530182;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0248219;OID=.;OPOS=100084432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:78:79:62:62:0.439716:22:40:47:31:22:40:47:32 chr3 100170628 . A G 256.3 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0370842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9575;QD=22.7819;RBI=0.067239;REFB=0.00540785;REVB=0.0560878;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35087;STB=0.695493;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00212731;OID=.;OPOS=100170628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:8:16:5:16:8:16:5:16 chr3 100170634 . T C 181.77 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0107972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7178;QD=16.9084;RBI=0.0108029;REFB=0.0213271;REVB=0.000349258;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298495;STB=0.656168;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0249814;OID=.;OPOS=100170634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:8:11:6:17:8:11:7:17 chr3 100174722 . G A 715.02 PASS AF=0.978723;AO=47;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.081;QD=60.8525;RBI=0.0318401;REFB=-0.00880407;REVB=0.0279451;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000501964;OID=.;OPOS=100174722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:47:46:0.978723:28:19:0:0:28:18:1:0 chr3 100374740 . T C 352.48 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0354243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2195;QD=18.3106;RBI=0.0367255;REFB=-0.0221866;REVB=0.00968918;RO=40;SAF=24;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189621;STB=0.606002;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0185621;OID=.;OPOS=100374740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:13:24:18:22:13:24:18:22 chr3 100467018 . T C 206.12 PASS AF=0.730769;AO=18;DP=25;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.000444699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.888;QD=31.7114;RBI=0.00169839;REFB=-0.0295856;REVB=0.00163914;RO=7;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558019;STB=0.537776;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0114764;OID=.;OPOS=100467018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:7:7:18:19:0.730769:7:11:5:2:8:11:5:2 chr3 100468407 . C CAGTT 301.22 PASS AF=0.425;AO=33;DP=82;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00438611;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=4;MLLD=269.846;QD=15.061;RBI=0.00515542;REFB=-0.00799557;REVB=-0.00270932;RO=46;SAF=14;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785489;STB=0.551385;STBP=0.461;TYPE=ins;VARB=0.0107878;OID=.;OPOS=100468408;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:33:82:34:80:46:14:20:23:23:99:46:14:19:23:23 chr3 100539887 . C T 804.11 PASS AF=0.568182;AO=75;DP=132;FAO=75;FDP=132;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0248815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.277;QD=24.367;RBI=0.0330528;REFB=-0.017068;REVB=-0.0217576;RO=57;SAF=33;SAR=42;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101306;STB=0.555126;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0144179;OID=.;OPOS=100539887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:57:57:75:75:0.568182:42:33:18:39:42:33:18:39 chr3 100558404 . T C 357.22 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00300507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.537;QD=14.4332;RBI=0.011779;REFB=-0.0185174;REVB=-0.0113892;RO=60;SAF=17;SAR=22;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864719;STB=0.549117;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0257244;OID=.;OPOS=100558404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:22:17:31:29:22:17:31:29 chr3 100558416 . T C 623.47 PASS AF=0.582524;AO=60;DP=102;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00819599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.553;QD=24.2123;RBI=0.00829486;REFB=-0.018454;REVB=0.00127692;RO=42;SAF=31;SAR=29;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664384;STB=0.531189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0129674;OID=.;OPOS=100558416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:42:43:60:60:0.582524:29:31:18:24:29:31:19:24 chr3 100560860 . G A 367.7 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0113878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9541;QD=13.8755;RBI=0.0699944;REFB=-0.0276787;REVB=-0.0690618;RO=62;SAF=24;SAR=19;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273152;STB=0.520575;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0533678;OID=.;OPOS=100560860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:63:43:43:0.40566:19:24:33:29:19:24:33:30 chr3 100581767 . C T 350.04 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0694882;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8306;QD=17.0753;RBI=0.0696141;REFB=-0.00265664;REVB=-0.00418345;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531187;STB=0.523105;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00188131;OID=.;OPOS=100581767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:45:37:37:0.45122:19:18:19:25:19:18:20:25 chr3 100617680 . C T 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.427;QD=62.6145;RBI=0.0236581;REFB=0;REVB=-0.0135047;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61118e-05;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr3 100949842 . G A 342.3 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0572891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9158;QD=19.0165;RBI=0.0573675;REFB=-0.00399524;REVB=-0.00299948;RO=36;SAF=18;SAR=18;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125;STB=0.569407;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00541721;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:18:18:23:13:18:18:23:13 chr3 101044304 . ATTTTTTTA ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA 112.77 PASS AF=0.241379,0,0;AO=13,13,5;DP=90;FAO=21,0,0;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=8,0,0;FSAR=13,0,0;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=-0.193315,-0.296731,-0.117292;FXX=0.0333296;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=25.5917,13.2345,20.9645;QD=5.18491;RBI=0.283381,0.421359,0.146287;REFB=-0.00902597,0.0109821,0.0209782;REVB=-0.207205,-0.299156,-0.0874218;RO=44;SAF=7,9,4;SAR=6,4,1;SRF=32;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.243492,-0.0518038,0.109763;STB=0.736157,0.5,0.5;STBP=0.024,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.026424,0.0210652,0;OID=.,.,.;OPOS=101044311,101044305,101044311;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379,0,0:13,13,5:90:21,0,0:87:66:8,0,0:13,0,0:47:19:99:44:7,9,4:6,4,1:32:12 chr3 101283792 . C G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00135199;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.909;QD=18.7124;RBI=0.00172137;REFB=0.00230351;REVB=0.00106547;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227404;STB=0.629483;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00332679;OID=.;OPOS=101283792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:11:8:12:6:11:8 chr3 101334753 . C A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.137;QD=63.2867;RBI=0.0303919;REFB=0;REVB=0.0130057;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98223e-05;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr3 101484335 . G A 2035.96 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811088;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9156;QD=62.1669;RBI=0.0138558;REFB=0;REVB=-0.0112338;RO=0;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.16348e-05;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:129:131:1:70:59:0:0:71:60:0:0 chr3 101571550 . A G 104.6 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0190006;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.396;QD=6.33962;RBI=0.0389491;REFB=-0.00586068;REVB=0.0340002;RO=49;SAF=10;SAR=6;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093276;STB=0.566322;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0368841;OID=.;OPOS=101571550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:49:50:16:16:0.242424:6:10:27:22:6:10:27:23 chr3 101576027 . GGT ACC,GGTACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 92.79 PASS AF=0.0444444,0.244444;AO=2,10;DP=45;FAO=2,11;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=2,3;FSAR=0,8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0106126,0.00295287;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,23;MLLD=251.829,648.771;QD=8.24825;RBI=0.015056,0.00646483;REFB=-0.00287644,-0.00438503;REVB=0.0106797,-0.00575105;RO=32;SAF=2,3;SAR=0,7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.447722,-0.247858;STB=0.994752,0.678233;STBP=0.183,0.192;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0183631,0.0127274;OID=.,.;OPOS=101576027,101576030;OREF=GGT,-;OALT=ACC,ACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC;OMAPALT=ACC,GGTACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:78:45:45:32:32:2,10:2,11:0.0444444,0.244444:0,7:2,3:16:16:0,8:2,3:16:16 chr3 101576175 . T C 490.88 PASS AF=0.398551;AO=54;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.012598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6334;QD=14.2285;RBI=0.02134;REFB=0.0129683;REVB=-0.0172246;RO=83;SAF=21;SAR=33;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498778;STB=0.532552;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0166338;OID=.;OPOS=101576175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:83:83:54:55:0.398551:33:21:36:47:34:21:36:47 chr3 103879569 . G A 4560.11 PASS AF=1;AO=280;DP=281;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.575;QD=63.5556;RBI=0.0592004;REFB=0;REVB=-0.00144417;RO=0;SAF=122;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48802e-05;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:281:287:0:0:280:287:1:158:122:0:0:159:128:0:0 chr3 103879598 . AT A,AA 1467.85 PASS AF=0.990291,0.00970874;AO=11,65;DP=95;FAO=102,1;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49,1;FSAR=53,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572376,0.0575742;FXX=0.0282992;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.56,202.73;QD=57.0038;RBI=0.0805205,0.0943769;REFB=0,0;REVB=-0.0566339,-0.0747811;RO=16;SAF=3,23;SAR=8,42;SRF=15;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.599939,-0.219438;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000894529,-0.0322376;OID=.,.;OPOS=103879599,103879599;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.990291,0.00970874:11,65:95:102,1:103:0:49,1:53,0:0:0:8:16:3,23:8,42:15:1 chr3 105260596 . T C 810.0 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.471;QD=56.8419;RBI=0.0166974;REFB=0;REVB=0.0102262;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00779635;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:34:22:0:0:35:22:0:0 chr3 105377515 . C T 339.41 PASS AF=0.514706;AO=33;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.000605688;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5838;QD=19.9651;RBI=0.0124014;REFB=-0.0160831;REVB=0.0123866;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109393;STB=0.572823;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0155296;OID=.;OPOS=105377515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:33:35:0.514706:16:17:21:12:18:17:21:12 chr3 105389153 . A G 392.18 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00799949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.282;QD=14.6609;RBI=0.00832049;REFB=-0.00541004;REVB=-0.00228881;RO=62;SAF=23;SAR=22;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611865;STB=0.534425;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00729698;OID=.;OPOS=105389153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:62:45:45:0.420561:22:23:28:34:22:23:28:34 chr3 105422844 . C T 519.99 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0101802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.511;QD=23.1107;RBI=0.0237815;REFB=0.0115066;REVB=-0.0214924;RO=41;SAF=18;SAR=31;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626162;STB=0.534468;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0168504;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:31:18:18:23:31:18:18:23 chr3 105438957 . T G 853.11 PASS AF=0.52795;AO=85;DP=161;FAO=85;FDP=161;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.00759666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.634;QD=21.1952;RBI=0.0274198;REFB=-0.0260884;REVB=-0.0263464;RO=75;SAF=39;SAR=46;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296593;STB=0.513284;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.047289;OID=.;OPOS=105438957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:75:76:85:85:0.52795:46:39:37:38:46:39:37:39 chr3 105439026 . G A 689.8 PASS AF=0.441176;AO=75;DP=170;FAO=75;FDP=170;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0120316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.092;QD=16.2305;RBI=0.0135921;REFB=-0.00563197;REVB=0.00632331;RO=91;SAF=33;SAR=42;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865127;STB=0.536668;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00590373;OID=.;OPOS=105439026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:91:95:75:75:0.441176:42:33:48:43:42:33:48:47 chr3 106617500 . C T 1116.93 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.315;QD=60.3747;RBI=0.042319;REFB=0;REVB=-0.00144537;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50652e-05;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:40:33:0:0:40:34:0:0 chr3 107096547 . G A 715.64 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0024669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.836;QD=60.9056;RBI=0.00650226;REFB=-0.0812357;REVB=0.00601613;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000135115;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:0:1:25:21:0:1 chr3 107097080 . CAAATG C 61.76 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0245762;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=315.302;QD=14.532;RBI=0.0269226;REFB=-0.0272519;REVB=-0.0109925;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26538;STB=0.639683;STBP=0.247;TYPE=del;VARB=0.0228101;OID=.;OPOS=107097081;OREF=AAATG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:8:17:9:17:8:3:6:5:3:57:7:3:5:5:2 chr3 107646728 . G A 632.21 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.124;QD=61.6792;RBI=0.04682;REFB=0;REVB=0.04158;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115509;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:14:26:0:0:15:26:0:0 chr3 107646807 . G T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=0.00813416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.664;QD=14.7664;RBI=0.016767;REFB=-0.0110998;REVB=0.0146618;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276041;STB=0.654464;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00919111;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:27:6:11:14:27:6 chr3 107646895 . T C 204.98 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0141314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7729;QD=16.398;RBI=0.0305496;REFB=0.00381725;REVB=-0.0270847;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158774;STB=0.590823;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0073753;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:12:9:17:12:12:9:17:12 chr3 107940924 . AGGCACCCGGGCGCTCGGGGACGCC A 370.22 PASS AF=0.391566;AO=64;DP=186;FAO=65;FDP=166;FR=.;FRO=101;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=73;FWDB=-0.0171302;FXX=0.112293;HRUN=2;LEN=24;MLLD=532.645;QD=8.92103;RBI=0.0214315;REFB=-0.0178001;REVB=-0.0128789;RO=80;SAF=19;SAR=45;SRF=22;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0.202067;SSSB=0.0264539;STB=0.532615;STBP=0.562;TYPE=del;VARB=0.0256761;OID=.;OPOS=107940925;OREF=GGCACCCGGGCGCTCGGGGACGCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391566:64:186:65:166:101:21:44:28:73:99:80:19:45:22:58 chr3 108072425 . C T 2351.95 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000392877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.016;QD=61.0895;RBI=0.014756;REFB=0;REVB=-0.0147508;RO=0;SAF=88;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.26356e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30429e-05;OID=.;OPOS=108072425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:66:88:0:0:66:88:0:0 chr3 108072524 . G A 1080.11 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.121;QD=60.006;RBI=0.0101917;REFB=0;REVB=-0.00853848;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4162e-06;OID=.;OPOS=108072524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr3 108135680 . C T 606.41 PASS AF=0.585106;AO=54;DP=92;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0198715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.878;QD=25.8047;RBI=0.0327047;REFB=-0.0342687;REVB=0.0259754;RO=38;SAF=23;SAR=31;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963959;STB=0.553123;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0186041;OID=.;OPOS=108135680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:38:39:54:55:0.585106:31:23:21:17:31:24:22:17 chr3 108159977 . G A 326.12 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0306811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.131;QD=21.0399;RBI=0.0471975;REFB=-0.031247;REVB=0.0358647;RO=27;SAF=19;SAR=14;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253142;STB=0.634251;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0188326;OID=.;OPOS=108159977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:27:28:33:34:0.548387:14:19:7:20:14:20:8:20 chr3 108403086 . T C 1238.94 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429899;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.966;QD=61.1821;RBI=0.0439594;REFB=0;REVB=-0.00918129;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159773;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:81:0:0:75:81:1:41:34:0:0:43:38:0:0 chr3 108557820 . T C 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.033044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.606;QD=54.6364;RBI=0.0336799;REFB=0.0419489;REVB=-0.00651367;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.50704;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.000314378;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:35:16:0:0:35:16:0:1 chr3 108634973 . C A 1062.18 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0282;QD=59.841;RBI=0.0330969;REFB=0;REVB=-0.0245119;RO=0;SAF=47;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431527;OID=.;OPOS=108634973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:24:47:0:0:24:47:0:0 chr3 108639423 . C T 275.54 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.036039;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8543;QD=16.6992;RBI=0.0424754;REFB=-0.0284216;REVB=-0.0224799;RO=35;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339593;STB=0.528888;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0296237;OID=.;OPOS=108639423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:66:35:36:30:30:0.454545:19:11:14:21:19:11:15:21 chr3 108677821 . C A 366.39 PASS AF=0.408163;AO=39;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0092908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.816;QD=14.9548;RBI=0.0169159;REFB=-0.00637617;REVB=-0.0141361;RO=57;SAF=21;SAR=18;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616015;STB=0.53643;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0101272;OID=.;OPOS=108677821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:58:39:40:0.408163:18:21:34:23:19:21:34:24 chr3 108690221 . G A 61.65 PASS AF=0.45;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0402683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.21;QD=12.3294;RBI=0.0446728;REFB=-0.0218363;REVB=-0.0193422;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424693;STB=0.77345;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0221646;OID=.;OPOS=108690221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:20:20:11:11:8:9:0.45:7:1:5:6:8:1:5:6 chr3 108703548 . C T 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0630775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2935;QD=15.1112;RBI=0.0763556;REFB=-0.0097691;REVB=-0.043028;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196761;STB=0.602782;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0121414;OID=.;OPOS=108703548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:38:29:29:0.432836:13:16:13:24:13:16:14:24 chr3 108703587 . C T 403.94 PASS AF=0.540541;AO=41;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00987985;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2266;QD=21.8348;RBI=0.0309985;REFB=0.00371642;REVB=-0.0293819;RO=32;SAF=14;SAR=27;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133524;STB=0.572406;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00250087;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:34:41:40:0.540541:27:14:16:16:26:14:17:17 chr3 108725862 . T C 394.13 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0120078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.273;QD=17.3245;RBI=0.0369187;REFB=-0.00807461;REVB=0.0349113;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191405;STB=0.606846;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00560785;OID=.;OPOS=108725862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:19:22:17:33:19:22:17:33 chr3 108737868 . G A 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00567317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.431;QD=19.1823;RBI=0.0104801;REFB=-0.0089393;REVB=0.00881175;RO=43;SAF=22;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199729;STB=0.511106;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00779481;OID=.;OPOS=108737868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:19:22:24:19:19:22:24:19 chr3 108737939 . A C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0622492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2387;QD=15.6538;RBI=0.0672678;REFB=-0.0127641;REVB=0.0254951;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108824;STB=0.568913;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0187482;OID=.;OPOS=108737939;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:13:13:12:19:13:13:12:20 chr3 108754214 . T C 160.37 PASS AF=0.323529;AO=21;DP=67;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0200288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.194;QD=9.4333;RBI=0.022764;REFB=-0.00274104;REVB=0.0108188;RO=42;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134774;STB=0.559946;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00678224;OID=.;OPOS=108754214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:42:46:21:22:0.323529:10:11:17:25:10:12:21:25 chr3 108754238 . A T 919.0 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00100623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.604;QD=54.0587;RBI=0.0010263;REFB=0.038629;REVB=-0.000201975;RO=2;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000433733;STB=0.507015;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.000221759;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:2:3:65:65:0.955882:33:32:1:1:33:32:1:2 chr3 108754260 . A G 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0245282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.63;QD=10.1486;RBI=0.0258683;REFB=0.00223863;REVB=0.00821787;RO=44;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103114;STB=0.560385;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00245858;OID=.;OPOS=108754260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:10:12:20:24:10:12:20:24 chr3 108867128 . A G 430.15 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00970304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5097;QD=17.5571;RBI=0.0448424;REFB=0.00684496;REVB=-0.04378;RO=54;SAF=18;SAR=26;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725327;STB=0.540624;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0093737;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:26:18:26:28:26:18:26:28 chr3 109049531 . C G 344.73 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0254563;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.0185;QD=21.8874;RBI=0.0297901;REFB=-0.0148998;REVB=-0.0154733;RO=28;SAF=20;SAR=15;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254412;STB=0.639923;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00867158;OID=.;OPOS=109049531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:15:20:7:21:15:20:7:21 chr3 109052732 . T C 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.977;QD=63.4766;RBI=0.00912594;REFB=0;REVB=0.00879112;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38214e-06;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr3 109178707 . C G 400.91 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0174333;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.994;QD=47.1657;RBI=0.0194784;REFB=0.0251721;REVB=0.00868831;RO=2;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788608;STB=0.522074;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.001342;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:34:2:4:30:30:0.882353:13:17:1:1:13:17:3:1 chr3 109178758 . C T 513.15 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6275;QD=58.6456;RBI=0.0189693;REFB=0;REVB=0.0187366;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726097;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:13:20:0:0:14:21:0:0 chr3 110611137 . G A 1013.99 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2553;QD=58.7821;RBI=0.0451968;REFB=0;REVB=-0.00447203;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30724e-05;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:42:26:0:0:43:26:0:0 chr3 110793050 . G A 1441.61 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00771909;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.726;QD=62.0049;RBI=0.011975;REFB=-0.0504272;REVB=-0.00915519;RO=1;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114219;STB=0.506023;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-2.09319e-05;OID=.;OPOS=110793050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:41:51:0:1:41:51:0:1 chr3 110866337 . T C 532.26 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=45;FWDB=0.0519299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.12;QD=18.6756;RBI=0.0529706;REFB=-0.0179392;REVB=0.0104485;RO=56;SAF=18;SAR=38;SRF=13;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965271;STB=0.559112;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0198034;OID=.;OPOS=110866337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:58:56:56:0.491228:38:18:13:43:38:18:13:45 chr3 111286375 . G C 431.93 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0126096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.503;QD=23.0362;RBI=0.012715;REFB=-0.00703753;REVB=-0.00163306;RO=33;SAF=20;SAR=22;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173671;STB=0.50955;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00440043;OID=.;OPOS=111286375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:22:20:15:18:22:20:15:18 chr3 111313457 . T C 279.04 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0789519;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9709;QD=13.7797;RBI=0.0789664;REFB=-0.0102382;REVB=0.00151707;RO=50;SAF=16;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427372;STB=0.518507;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0176551;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:50:49:32:32:0.395062:16:16:27:23:16:16:26:23 chr3 111313854 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0769903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.05;QD=17.3784;RBI=0.0845726;REFB=-0.0235704;REVB=0.0350003;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274137;STB=0.657836;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.028262;OID=.;OPOS=111313854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:7:3:7:4:7:3 chr3 111356083 . G C 2316.04 PASS AF=0.980769;AO=118;DP=156;FAO=153;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.907;QD=59.3857;RBI=0.0829891;REFB=0;REVB=0.0221664;RO=0;SAF=40;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139281;OID=.;OPOS=111356083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:156:0:0:118:153:0.980769:78:40:0:0:89:64:0:0 chr3 111604541 . G C 739.75 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0143436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.507;QD=50.1528;RBI=0.019928;REFB=-0.00962948;REVB=-0.0138342;RO=4;SAF=20;SAR=35;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854078;STB=0.545438;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000113818;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:4:4:55:55:0.932203:35:20:4:0:35:20:4:0 chr3 111677526 . G A 868.51 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.303;QD=57.9003;RBI=0.0265177;REFB=0;REVB=-0.0182051;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35422e-06;OID=.;OPOS=111677526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:31:29:0:0 chr3 111694438 . T C 1458.97 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237014;FXX=0.0490148;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.463;QD=60.1637;RBI=0.0474159;REFB=0;REVB=0.0410672;RO=0;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785953;OID=.;OPOS=111694438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:60:37:0:0:60:37:0:0 chr3 111732608 . G A 586.88 PASS AF=0.462121;AO=60;DP=133;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0350724;FXX=0.0503561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.134;QD=17.7841;RBI=0.0364516;REFB=-0.0321046;REVB=-0.00993183;RO=70;SAF=20;SAR=40;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196621;STB=0.609033;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0247488;OID=.;OPOS=111732608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:70:71:60:61:0.462121:40:20:37:33:41:20:37:34 chr3 111760771 . A G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.54;QD=59.9376;RBI=0.0351192;REFB=0;REVB=0.0254274;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15253e-05;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:48:53:0:0:48:53:0:0 chr3 111765834 . G A 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0221413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.037;QD=53.4965;RBI=0.0228801;REFB=0.00342584;REVB=-0.00576751;RO=2;SAF=23;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389367;STB=0.520821;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.000120362;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:11:23:2:0:11:23:2:0 chr3 111799845 . A T 3954.83 PASS AF=1;AO=247;DP=247;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4444;QD=64.0459;RBI=0.0416666;REFB=0;REVB=-0.0024144;RO=0;SAF=130;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.415e-05;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:247:0:0:247:247:1:117:130:0:0:117:130:0:0 chr3 111828423 . G A 1191.02 PASS AF=0.921348;AO=82;DP=89;FAO=82;FDP=89;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0224353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.211;QD=53.5291;RBI=0.0224355;REFB=-0.0533107;REVB=-8.41263e-05;RO=5;SAF=36;SAR=46;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430583;STB=0.510541;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00338958;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:89:89:5:7:82:82:0.921348:46:36:2:3:46:36:4:3 chr3 111918215 . CA CG,TG 1012.24 PASS AF=0.5,0.5;AO=34,35;DP=75;FAO=35,35;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=16,20;FSAR=19,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199066,-0.00211661;FXX=0.0666578;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=109.54,209.747;QD=57.8423;RBI=0.0127131,0.0135413;REFB=0,0;REVB=-0.0125563,0.0133749;RO=0;SAF=15,20;SAR=19,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.40663e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0016349,0.00909657;OID=.,.;OPOS=111918216,111918215;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:75:70:0:0:34,35:35,35:0.5,0.5:19,15:15,20:0:0:19,15:16,20:0:0 chr3 111921116 . C A 728.35 PASS AF=0.584746;AO=66;DP=116;FAO=69;FDP=118;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.000935912;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5186;QD=24.6899;RBI=0.0169695;REFB=-0.0356986;REVB=0.0169437;RO=49;SAF=23;SAR=43;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00132975;STB=0.506327;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0179897;OID=.;OPOS=111921116;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:49:49:66:69:0.584746:43:23:17:32:46:23:17:32 chr3 111921225 . G T 1005.4 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089518;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.708;QD=59.1412;RBI=0.0206088;REFB=0;REVB=0.018563;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47699e-05;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:0:0:63:68:1:38:25:0:0:39:29:0:0 chr3 111923123 . G A 1104.63 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000405921;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.479;QD=60.5276;RBI=0.0205615;REFB=0;REVB=0.0205575;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109338;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:48:25:0:0:48:25:0:0 chr3 111962851 . T C 365.0 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00373801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.365;QD=13.645;RBI=0.0104506;REFB=-0.0215267;REVB=0.0097592;RO=63;SAF=19;SAR=24;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483394;STB=0.521691;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0280977;OID=.;OPOS=111962851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:64:43:43:0.401869:24:19:25:38:24:19:26:38 chr3 111981849 . C T 709.56 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.1138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0548;QD=59.13;RBI=0.118365;REFB=-0.184234;REVB=0.0325556;RO=2;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408345;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0101983;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:2:1:46:47:0.979167:22:24:0:2:23:24:0:1 chr3 111981878 . T C 727.58 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.633;QD=63.2676;RBI=0.0601668;REFB=0;REVB=0.00770235;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221778;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr3 111981924 . T C 505.53 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000727246;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7245;QD=59.4747;RBI=0.0040688;REFB=0;REVB=-0.00400327;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361004;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr3 111985107 . T C 644.92 PASS AF=0.366197;AO=78;DP=212;FAO=78;FDP=213;FR=.;FRO=135;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=74;FSRR=61;FWDB=0.00561288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.604;QD=12.1112;RBI=0.0421885;REFB=-0.00734253;REVB=0.0418135;RO=134;SAF=34;SAR=44;SRF=73;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121242;STB=0.570998;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0143453;OID=.;OPOS=111985107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:134:135:78:78:0.366197:44:34:73:61:44:34:74:61 chr3 111996554 . T C 339.02 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0014211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.802;QD=20.5464;RBI=0.0395824;REFB=-0.0471039;REVB=0.0395569;RO=30;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482389;STB=0.533314;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0392521;OID=.;OPOS=111996554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:16:19:18:12:16:19:19:12 chr3 112059768 . C G 713.0 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654489;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.577;QD=63.3777;RBI=0.0119159;REFB=0;REVB=0.00995762;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95579e-05;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:30:14:0:0:31:14:0:0 chr3 112066562 . G A 662.58 PASS AF=0.541667;AO=64;DP=120;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0151991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.025;QD=22.0859;RBI=0.0190411;REFB=-0.0116325;REVB=0.0114695;RO=55;SAF=20;SAR=44;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659731;STB=0.530111;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0108097;OID=.;OPOS=112066562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:55:64:65:0.541667:44:20:21:34:44:21:21:34 chr3 112081560 . T A,TTA 1001.68 PASS AF=0.0116279,0.872093;AO=9,58;DP=119;FAO=1,75;FDP=86;FR=.;FRO=10;FSAF=0,27;FSAR=1,48;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0112988,0.0449742;FXX=0.0444395;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=148.324,177.189;QD=46.59;RBI=0.0931376,0.107799;REFB=-0.146196,-0.181901;REVB=0.0924497,0.0979692;RO=42;SAF=8,22;SAR=1,36;SRF=20;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.536636,-0.0774024;STB=0.992788,0.542361;STBP=0.25,0.023;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0579034,0.016543;OID=.,.;OPOS=112081560,112081561;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:119:86:42:10:9,58:1,75:0.0116279,0.872093:1,36:8,22:20:22:1,48:0,27:7:3 chr3 112188608 . GT GG,G 1958.3 PASS AF=0.962406,0.037594;AO=113,14;DP=135;FAO=128,5;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=61,1;FSAR=67,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136833,0.0111065;FXX=0.0148137;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=37.7491,19.6319;QD=58.8962;RBI=0.155967,0.141951;REFB=0,0;REVB=0.0748506,0.141516;RO=3;SAF=48,14;SAR=65,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0214078,0.848346;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00239591,0.167766;OID=.,.;OPOS=112188609,112188609;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.962406,0.037594:113,14:135:128,5:133:0:61,1:67,4:0:0:7:3:48,14:65,0:0:3 chr3 112190137 . G T 1380.86 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128689;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.918;QD=62.7664;RBI=0.0440828;REFB=0;REVB=0.0421627;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07444e-05;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:44:43:0:0:45:43:0:0 chr3 112262957 . T C 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0138747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.632;QD=11.5972;RBI=0.0197115;REFB=-0.00909936;REVB=-0.0140013;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055847;STB=0.533277;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0101768;OID=.;OPOS=112262957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:8:13:8:4:8:13 chr3 112289505 . C T 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0479968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4469;QD=16.5647;RBI=0.0518614;REFB=-0.0138645;REVB=-0.0196446;RO=48;SAF=14;SAR=24;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931016;STB=0.552402;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0158017;OID=.;OPOS=112289505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:24:14:22:26:24:14:22:26 chr3 112358486 . T C 374.09 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0139749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.121;QD=18.4735;RBI=0.0142371;REFB=-0.0311585;REVB=0.00271984;RO=41;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105563;STB=0.557992;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0358138;OID=.;OPOS=112358486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:38:39:0.481481:17:21:18:23:17:22:19:23 chr3 112546473 . G A 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0117098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.576;QD=18.6205;RBI=0.0175296;REFB=-0.0227339;REVB=-0.0130447;RO=38;SAF=19;SAR=18;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179662;STB=0.59202;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.015793;OID=.;OPOS=112546473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:18:19:12:26:18:19:13:26 chr3 112642568 . C G 1903.02 PASS AF=0.984252;AO=123;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0280017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9943;QD=59.9376;RBI=0.0321941;REFB=-0.0304082;REVB=-0.015886;RO=1;SAF=50;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646413;STB=0.506756;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000181366;OID=.;OPOS=112642568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:1:2:123:125:0.984252:73:50:0:1:73:52:0:2 chr3 112647832 . A C 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.232;QD=57.1043;RBI=0.0367949;REFB=0;REVB=0.0139878;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179251;OID=.;OPOS=112647832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr3 112647988 . C T 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.062;QD=56.9362;RBI=0.0235351;REFB=0;REVB=0.01935;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46786e-05;OID=.;OPOS=112647988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr3 112648125 . G T 1793.39 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021006;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.14;QD=61.3123;RBI=0.0321266;REFB=0;REVB=0.0243077;RO=0;SAF=66;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41417e-05;OID=.;OPOS=112648125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:117:117:1:51:66:0:0:51:66:0:0 chr3 112648127 . T G 1656.41 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.448;QD=55.6776;RBI=0.207262;REFB=0;REVB=0.136765;RO=0;SAF=66;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363836;OID=.;OPOS=112648127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:52:66:0:0:52:67:0:0 chr3 112648222 . T C 2306.26 PASS AF=0.98;AO=147;DP=150;FAO=147;FDP=150;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0448768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0597;QD=61.5002;RBI=0.0492993;REFB=-0.0700181;REVB=0.0204083;RO=2;SAF=72;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130261;STB=0.503538;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0163328;OID=.;OPOS=112648222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:150:150:2:3:147:147:0.98:75:72:2:0:75:72:2:1 chr3 112727184 . A T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.315;QD=60.2046;RBI=0.0121193;REFB=0;REVB=-0.00153843;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99448e-06;OID=.;OPOS=112727184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr3 112935113 . G C 251.51 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0763372;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4467;QD=14.5801;RBI=0.117851;REFB=-0.0153045;REVB=0.0897852;RO=39;SAF=7;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2556;STB=0.640921;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0247884;OID=.;OPOS=112935113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:22:7:18:21:22:7:18:22 chr3 112935138 . C G 891.64 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157378;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.821;QD=58.4684;RBI=0.0530258;REFB=0;REVB=-0.0506366;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292803;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr3 112991312 . C T 538.41 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.59;QD=59.8228;RBI=0.0845969;REFB=0;REVB=-0.00973896;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407988;OID=.;OPOS=112991312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:20:16:0:0 chr3 112991959 . C T 1542.75 PASS AF=0.923729;AO=109;DP=118;FAO=109;FDP=118;FR=.;FRO=9;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0830354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.056;QD=52.2967;RBI=0.0837198;REFB=-0.180621;REVB=0.010683;RO=2;SAF=60;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155588;STB=0.526211;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0133934;OID=.;OPOS=112991959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:118:118:2:9:109:109:0.923729:49:60:2:0:49:60:8:1 chr3 112997554 . A G 778.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7621;QD=56.5907;RBI=0.0695907;REFB=0;REVB=-0.0482221;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109166;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr3 112998265 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=63;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.965;QD=61.5362;RBI=0.00744602;REFB=0;REVB=0.00238467;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19265e-06;OID=.;OPOS=112998265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:63:81:1:37:26:0:0:41:40:0:0 chr3 113010466 . T C 3087.74 PASS AF=0.984925;AO=196;DP=199;FAO=196;FDP=199;FR=.;FRO=3;FSAF=109;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000763843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.747;QD=62.0651;RBI=0.00872173;REFB=-0.0284601;REVB=0.00868822;RO=3;SAF=109;SAR=87;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161358;STB=0.508474;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000237224;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:199:199:3:3:196:196:0.984925:87:109:0:3:87:109:0:3 chr3 113015660 . G A 1734.84 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722673;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.306;QD=60.8717;RBI=0.0100448;REFB=0;REVB=-0.0069765;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144357;OID=.;OPOS=113015660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:56:58:0:0:56:58:0:0 chr3 113022870 . T C 1176.61 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00159591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1911;QD=59.5753;RBI=0.0343673;REFB=-0.133462;REVB=0.0343303;RO=1;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011684;STB=0.505881;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00149545;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:79:1:1:76:78:0.987342:40:36:0:1:42:36:0:1 chr3 113145006 . C T 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00382475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.326;QD=59.173;RBI=0.0167393;REFB=-0.0363277;REVB=0.0162964;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=1.52594e-05;OID=.;OPOS=113145006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:41:35:0:0:41:35:1:0 chr3 113146130 . T C 1323.07 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0162304;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.313;QD=58.803;RBI=0.035918;REFB=-0.141123;REVB=0.0320418;RO=3;SAF=42;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116154;STB=0.506134;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00134591;OID=.;OPOS=113146130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:90:3:3:87:87:0.966667:45:42:2:1:45:42:2:1 chr3 113164109 . A G 516.34 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0874;QD=55.8203;RBI=0.167367;REFB=-0.0978314;REVB=0.166455;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.017031;OID=.;OPOS=113164109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:37:1:1:34:36:0.972973:15:19:1:0:17:19:1:0 chr3 113179464 . C G 402.63 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00388699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.423;QD=19.4037;RBI=0.00762607;REFB=-0.0151682;REVB=-0.00656112;RO=41;SAF=24;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11066;STB=0.555792;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.016306;OID=.;OPOS=113179464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:41:41:0.493976:17:24:19:22:17:24:20:22 chr3 113233563 . C T 289.3 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1349;QD=52.6005;RBI=0.0561905;REFB=0;REVB=0.04553;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212669;OID=.;OPOS=113233563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr3 113286405 . C T 1301.71 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.691;QD=61.9864;RBI=0.0299235;REFB=0;REVB=0.0285113;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9928e-05;OID=.;OPOS=113286405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr3 113325890 . G A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00349438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.166;QD=18.4386;RBI=0.0116269;REFB=-0.0128779;REVB=-0.0110893;RO=29;SAF=9;SAR=20;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366335;STB=0.520437;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.012698;OID=.;OPOS=113325890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:20:9:8:21:20:9:8:21 chr3 113331039 . T C 559.71 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0151897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.435;QD=23.3213;RBI=0.0151924;REFB=-0.0145156;REVB=-0.000283986;RO=44;SAF=27;SAR=25;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727814;STB=0.539985;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.011651;OID=.;OPOS=113331039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:25:27:19:25:25:27:19:25 chr3 113351719 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0167558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.918;QD=12.2165;RBI=0.0187312;REFB=-0.00940797;REVB=-0.00837265;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106654;STB=0.562619;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0136976;OID=.;OPOS=113351719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:10:17:8:7:10:17 chr3 113371382 . AG A 387.58 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=68;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0083039;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.011;QD=23.139;RBI=0.0114245;REFB=-0.015255;REVB=-0.00784628;RO=29;SAF=22;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630365;STB=0.527142;STBP=0.626;TYPE=del;VARB=0.0107991;OID=.;OPOS=113371383;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567164:37:68:38:67:29:22:16:15:14:99:29:22:15:15:14 chr3 113373930 . A G 1114.27 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0541906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0987;QD=57.8844;RBI=0.0573319;REFB=-0.0962998;REVB=-0.018717;RO=2;SAF=29;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586059;STB=0.505375;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00437869;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:77:2:1:75:76:0.987013:46:29:1:1:46:30:0:1 chr3 113374633 . C A 272.5 PASS AF=0.491803;AO=28;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00635582;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.11;QD=17.8689;RBI=0.0195321;REFB=-0.0149127;REVB=-0.0184691;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452343;STB=0.541457;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0154845;OID=.;OPOS=113374633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:28:30:0.491803:14:14:17:14:16:14:17:14 chr3 113376110 . TTGCTGC T,TTGC,TTGCTGT 254.28 PASS AF=0.26087,0.608696,0.0869565;AO=5,9,2;DP=23;FAO=6,14,2;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=2,3,0;FSAR=4,11,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0330084,0.0202133,-0.0616898;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=6,3,1;MLLD=58.0067,78.6786,35.1667;QD=44.2222;RBI=0.0625218,0.0841266,0.06748;REFB=-0.101642,-0.205918,-0.197075;REVB=-0.0530982,0.0816621,-0.0273482;RO=0;SAF=2,2,0;SAR=3,7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.555378,0.521709,0.5;STBP=0.627,0.653,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.128411,0.0676022,0.180348;OID=.,.,.;OPOS=113376111,113376111,113376116;OREF=TGCTGC,TGC,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TTGC,TTGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.26087,0.608696,0.0869565:5,9,2:23:6,14,2:23:1:2,3,0:4,11,2:0:1:39:0:2,2,0:3,7,2:0:0 chr3 113377505 . T G 218.08 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00423137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.184;QD=11.4779;RBI=0.00497827;REFB=-0.0022902;REVB=-0.00262274;RO=48;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126414;STB=0.566879;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00315853;OID=.;OPOS=113377505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:49:27:27:0.355263:16:11:25:23:16:11:25:24 chr3 113557787 . AGCC A 132.53 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141249;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=3;MLLD=326.268;QD=44.1775;RBI=0.0301431;REFB=0;REVB=0.0266289;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000354445;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:13:12:12:0:4:8:0:0:3:0:4:8:0:0 chr3 113594377 . A G 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.000400699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.328;QD=14.7348;RBI=0.0126113;REFB=-0.00610437;REVB=-0.012605;RO=35;SAF=20;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164691;STB=0.605144;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00584547;OID=.;OPOS=113594377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:7:20:21:14:7:20:21:15 chr3 113655207 . C T 508.69 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.00514985;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3853;QD=16.4094;RBI=0.0389259;REFB=0.00946434;REVB=-0.0385838;RO=69;SAF=18;SAR=37;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230201;STB=0.512867;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.0123698;OID=.;OPOS=113655207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:69:55:55:0.443548:37:18:24:45:37:18:24:45 chr3 113673125 . A G 803.4 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.028037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4568;QD=55.4069;RBI=0.0283008;REFB=0.0249785;REVB=-0.00385533;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017147;STB=0.509088;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000886905;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:30:27:1:0:30:27:1:0 chr3 113679589 . C A 343.24 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.00100306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.757;QD=18.8074;RBI=0.0228393;REFB=-0.00779902;REVB=0.0228173;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187411;STB=0.603806;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00672009;OID=.;OPOS=113679589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:17:19:27:10:17:19:27:10 chr3 113801826 . C T 327.75 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0281975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.418;QD=23.0002;RBI=0.0453179;REFB=-0.002127;REVB=-0.035477;RO=24;SAF=14;SAR=19;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265172;STB=0.514617;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.000145153;OID=.;OPOS=113801826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:19:14:11:13:19:14:11:13 chr3 113858350 . C T 1782.68 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.732;QD=59.4225;RBI=0.0133895;REFB=0;REVB=0.00788516;RO=0;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186837;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:120:0:0:113:120:1:64:49:0:0:65:55:0:0 chr3 113890815 . C T 306.98 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.0125709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.471;QD=11.6944;RBI=0.0126804;REFB=-0.00195761;REVB=-0.00166236;RO=67;SAF=23;SAR=15;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238886;STB=0.636608;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00281192;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:67:38:38:0.361905:15:23:26:41:15:23:26:41 chr3 113955164 . T G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.06594e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.769;QD=57.5448;RBI=0.0203856;REFB=0;REVB=0.0203856;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40604e-05;OID=.;OPOS=113955164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr3 113955187 . A C 302.81 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.018249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.915;QD=17.0596;RBI=0.0295961;REFB=0.00280496;REVB=-0.0233002;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205276;STB=0.60527;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00339754;OID=.;OPOS=113955187;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:17:16:10:27:17:16:11:27 chr3 113955265 . G A 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.738;QD=63.7518;RBI=0.0152264;REFB=0;REVB=-0.000983867;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34817e-05;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:58:38:0:0:58:38:0:0 chr3 113955320 . C T 1202.12 PASS AF=1;AO=75;DP=84;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3803;QD=60.1058;RBI=0.00790281;REFB=0;REVB=-0.00766454;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011819;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:80:0:0:75:80:1:42:33:0:0:47:33:0:0 chr3 113955820 . G C 508.2 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=-0.00985105;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.02;QD=17.9893;RBI=0.0107567;REFB=-0.00242262;REVB=-0.00432004;RO=58;SAF=23;SAR=31;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273252;STB=0.645989;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00202515;OID=.;OPOS=113955820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:58:59:54:54:0.477876:31:23:42:16:31:23:42:17 chr3 115382655 . C T 678.27 PASS AF=0.48227;AO=68;DP=139;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00441035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.591;QD=19.2418;RBI=0.00445002;REFB=-0.00814774;REVB=0.000592939;RO=71;SAF=35;SAR=33;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721179;STB=0.532393;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00850081;OID=.;OPOS=115382655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:71:73:68:68:0.48227:33:35:31:40:33:35:33:40 chr3 115571364 . C T 475.53 PASS AF=0.474747;AO=46;DP=98;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00176663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.421;QD=19.2134;RBI=0.00197858;REFB=-0.00203443;REVB=-0.000890959;RO=51;SAF=19;SAR=27;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177824;STB=0.508983;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00195776;OID=.;OPOS=115571364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:51:52:46:47:0.474747:27:19:22:29:27:20:23:29 chr3 116301660 . C T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.538;QD=48.7328;RBI=0.0641199;REFB=0;REVB=0.00762175;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900601;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr3 116683964 . G C 6670.43 PASS AF=1;AO=422;DP=426;FAO=423;FDP=423;FR=.;FRO=0;FSAF=192;FSAR=231;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147521;FXX=0.00704209;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.092;QD=63.0773;RBI=0.0231247;REFB=-0.0195362;REVB=0.0230775;RO=2;SAF=192;SAR=230;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000408699;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33256e-06;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:426:423:2:0:422:423:1:230:192:1:1:231:192:0:0 chr3 118269774 . A G 335.31 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0578361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.652;QD=12.1932;RBI=0.0582592;REFB=-0.0107064;REVB=-0.00700894;RO=69;SAF=15;SAR=26;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174376;STB=0.599679;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.017109;OID=.;OPOS=118269774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:69:41:41:0.372727:26:15:36:33:26:15:36:33 chr3 118381320 . C A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.000252388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.4;QD=7.95469;RBI=0.0173616;REFB=-0.017555;REVB=-0.0173597;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149147;STB=0.592369;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0361501;OID=.;OPOS=118381320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:12:7:4:4:12:7 chr3 118621664 . C A 427.67 PASS AF=0.411765;AO=47;DP=117;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.0095065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.737;QD=14.3755;RBI=0.00952702;REFB=-0.0152464;REVB=0.000625031;RO=69;SAF=15;SAR=32;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677613;STB=0.5294;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0249605;OID=.;OPOS=118621664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:69:70:47:49:0.411765:32:15:26:43:33:16:26:44 chr3 118649060 . G T 469.78 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0276496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.759;QD=23.1989;RBI=0.0521794;REFB=0.00585936;REVB=0.0442515;RO=36;SAF=10;SAR=35;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391908;STB=0.716764;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00237498;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:35:10:24:12:35:10:24:12 chr3 118866376 . C T 173.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0402825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.904;QD=18.7102;RBI=0.0403091;REFB=-0.0298426;REVB=-0.00146299;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167086;STB=0.594493;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0225623;OID=.;OPOS=118866376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:6:13:9:9:6:13 chr3 118867047 . C G 242.08 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.00856233;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.983;QD=14.4524;RBI=0.00908007;REFB=-0.018622;REVB=-0.0030223;RO=39;SAF=18;SAR=10;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864049;STB=0.548892;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0310779;OID=.;OPOS=118867047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:39:39:28:28:0.41791:10:18:28:11:10:18:28:11 chr3 118909159 . A G 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.669;QD=56.1875;RBI=0.0704944;REFB=0;REVB=0.0167961;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000969723;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr3 118945796 . G C 806.02 PASS AF=0.542857;AO=76;DP=140;FAO=76;FDP=140;FR=.;FRO=64;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00589113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.018;QD=23.0291;RBI=0.00616423;REFB=-0.00834751;REVB=-0.00181447;RO=64;SAF=43;SAR=33;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554593;STB=0.530352;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0094142;OID=.;OPOS=118945796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:64:64:76:76:0.542857:33:43:32:32:33:43:32:32 chr3 118948716 . G A 510.96 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00777186;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.226;QD=16.8913;RBI=0.0172286;REFB=0.00760161;REVB=0.015376;RO=66;SAF=21;SAR=34;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103712;STB=0.557873;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0116666;OID=.;OPOS=118948716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:66:66:55:55:0.454545:34:21:32:34:34:21:32:34 chr3 119118104 . A G 601.76 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.318;QD=58.708;RBI=0.09705;REFB=-0.0099059;REVB=0.0963486;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.511622;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00149008;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:41:0:1:39:40:0.97561:18:21:0:0:19:21:1:0 chr3 119128398 . G A 897.04 PASS AF=0.984615;AO=61;DP=62;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00425665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.151;QD=55.2026;RBI=0.0202157;REFB=-0.163248;REVB=0.0197625;RO=1;SAF=14;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993967;STB=0.505262;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00156408;OID=.;OPOS=119128398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:65:1:1:61:64:0.984615:47:14:0:1:47:17:0:1 chr3 119133183 . G A 742.7 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00141506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.914;QD=53.0502;RBI=0.0244788;REFB=0.0108365;REVB=0.0244379;RO=2;SAF=24;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376599;STB=0.519993;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000831508;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:30:24:2:0:30:24:2:0 chr3 119197285 . A G 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4547;QD=61.6941;RBI=0.0223089;REFB=0;REVB=0.00954134;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.21175e-05;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr3 119222456 . G C 1213.44 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929912;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.686;QD=61.4401;RBI=0.0492614;REFB=0;REVB=0.0483758;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131691;OID=.;OPOS=119222456;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:30:48:0:0:30:49:0:0 chr3 119248301 . G A 4452.95 PASS AF=1;AO=280;DP=281;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0800386;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7973;QD=63.3872;RBI=0.0821801;REFB=0;REVB=-0.0186387;RO=0;SAF=112;SAR=168;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014748;OID=.;OPOS=119248301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:281:281:0:0:280:281:1:168:112:0:0:169:112:0:0 chr3 119248321 . A G 3284.72 PASS AF=1;AO=96;DP=213;FAO=222;FDP=222;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=97;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0008493;FXX=0.0749969;HRUN=9;LEN=1;MLLD=253.862;QD=59.1841;RBI=0.0363561;REFB=0;REVB=-0.0363461;RO=0;SAF=72;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01381e-05;OID=.;OPOS=119248321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:213:222:0:0:96:222:1:24:72:0:0:125:97:0:0 chr3 119301139 . C T 639.09 PASS AF=0.474227;AO=45;DP=100;FAO=46;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0502094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3637;QD=26.3541;RBI=0.0552365;REFB=-0.0525944;REVB=-0.0230235;RO=28;SAF=20;SAR=25;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212325;STB=0.603963;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0473187;OID=.;OPOS=119301139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:97:28:27:45:46:0.474227:25:20:21:7:25:21:20:7 chr3 119305379 . T A 1549.23 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.58;QD=63.8859;RBI=0.0209823;REFB=0;REVB=-0.0201391;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3337e-05;OID=.;OPOS=119305379;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:53:43:0:0:53:44:0:0 chr3 119327653 . T C 559.64 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00393772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.024;QD=19.133;RBI=0.0574063;REFB=-0.010496;REVB=0.0572711;RO=58;SAF=37;SAR=21;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205558;STB=0.617913;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00771687;OID=.;OPOS=119327653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:59:58:58:0.495726:21:37:24:34:21:37:24:35 chr3 119331874 . C T 358.71 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0112304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.251;QD=25.1729;RBI=0.0115627;REFB=0.0298454;REVB=0.0027521;RO=22;SAF=18;SAR=17;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137747;STB=0.575382;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0154818;OID=.;OPOS=119331874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:17:18:7:15:17:18:7:15 chr3 119331892 . C G 380.25 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0109146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.808;QD=24.9345;RBI=0.0665109;REFB=-0.0210704;REVB=-0.0656092;RO=24;SAF=19;SAR=18;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129073;STB=0.570634;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.010889;OID=.;OPOS=119331892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:18:19:8:16:18:19:8:16 chr3 119338956 . A G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000301169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.037;QD=64.0213;RBI=0.00205966;REFB=0;REVB=0.00203752;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10683e-06;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:59:39:0:0:59:39:0:0 chr3 119361415 . A G 1039.41 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0492274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5722;QD=53.9951;RBI=0.0493821;REFB=-0.0999635;REVB=0.00390642;RO=4;SAF=24;SAR=49;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459978;STB=0.524369;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00533824;OID=.;OPOS=119361415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:77:4:4:73:73:0.948052:49:24:3:1:49:24:3:1 chr3 119367390 . T C 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00246062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.691;QD=56.417;RBI=0.025509;REFB=-0.103494;REVB=0.02539;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00223749;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:0:1:62:62:0.984127:32:30:0:0:32:30:1:0 chr3 119378872 . G A 2381.25 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8182;QD=63.9262;RBI=0.043724;REFB=0;REVB=0.031082;RO=0;SAF=64;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610128;OID=.;OPOS=119378872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:148:149:1:84:64:0:0:85:64:0:0 chr3 119379186 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6544;QD=62.3501;RBI=0.0271181;REFB=0;REVB=0.0181891;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02252e-05;OID=.;OPOS=119379186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr3 119395799 . A C 1883.49 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.841;QD=61.7538;RBI=0.0680415;REFB=0;REVB=-0.0141571;RO=0;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46406e-05;OID=.;OPOS=119395799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:122:0:0:109:122:1:63:46:0:0:63:59:0:0 chr3 119426307 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.488;QD=59.4349;RBI=0.0731555;REFB=0;REVB=0.0417093;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000899059;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr3 119434527 . G C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.569;QD=59.8292;RBI=0.0441333;REFB=0;REVB=0.000969693;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87719e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr3 119528952 . AGG AG,CGA 994.35 PASS AF=0.913978,0.0752688;AO=19,4;DP=77;FAO=85,7;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=45,0;FSAR=40,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.842729,0.0845042;FXX=0.0510152;HRUN=3,2;LEN=1,3;MLLD=15.0183,180.878;QD=42.7679;RBI=0.844555,0.107591;REFB=-0.00856367,0.00415648;REVB=-0.0555078,-0.0665944;RO=47;SAF=1,0;SAR=18,4;SRF=43;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.831899,-0.803593;STB=0.506171,0.5;STBP=0.312,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00833822,0.139684;OID=.,.;OPOS=119528953,119528952;OREF=G,AGG;OALT=-,CGA;OMAPALT=AG,CGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:77:93:47:1:19,4:85,7:0.913978,0.0752688:18,4:1,0:43:4:40,7:45,0:0:1 chr3 119533910 . T C 1355.84 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.909;QD=60.9366;RBI=0.0321904;REFB=-0.0239007;REVB=0.0222088;RO=1;SAF=42;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111471;STB=0.505881;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000302631;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:86:88:0.988764:44:42:1:0:46:42:1:0 chr3 119886548 . G C 1081.67 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5534;QD=60.0929;RBI=0.0789055;REFB=0;REVB=0.040438;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031716;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:34:36:0:0:36:36:0:0 chr3 119886776 . T A 1806.69 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00957406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.421;QD=60.2229;RBI=0.0252805;REFB=-0.0111108;REVB=0.0233975;RO=1;SAF=61;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772339;STB=0.504064;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=1.61555e-05;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:58:61:1:0:58:61:1:0 chr3 120050139 . C T 836.06 PASS AF=0.537415;AO=75;DP=144;FAO=79;FDP=147;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0146896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8254;QD=22.7499;RBI=0.0198248;REFB=-0.031782;REVB=0.0133131;RO=68;SAF=32;SAR=43;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263428;STB=0.503846;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0324346;OID=.;OPOS=120050139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:68:68:75:79:0.537415:43:32:27:41:47:32:27:41 chr3 120976169 . T C 522.24 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0156313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7725;QD=21.1005;RBI=0.015712;REFB=0.0187925;REVB=-0.00159051;RO=48;SAF=25;SAR=25;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129497;STB=0.565631;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0158024;OID=.;OPOS=120976169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:49:50:50:0.505051:25:25:31:17:25:25:31:18 chr3 121100283 . G A 855.48 PASS AF=0.552448;AO=79;DP=145;FAO=79;FDP=143;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00157206;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.258;QD=23.9296;RBI=0.00539263;REFB=-0.0054515;REVB=-0.0051584;RO=64;SAF=34;SAR=45;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108532;STB=0.559289;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00342943;OID=.;OPOS=121100283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:64:64:79:79:0.552448:45:34:36:28:45:34:36:28 chr3 121137976 . C T 390.37 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00537679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.449;QD=19.0424;RBI=0.0088776;REFB=-0.00746594;REVB=-0.00706413;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647124;STB=0.535962;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0121946;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:22:18:16:26:22:18:16:26 chr3 121138015 . C T 382.17 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.008777;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.335;QD=19.5984;RBI=0.0117689;REFB=-0.0303513;REVB=0.00784036;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338368;STB=0.526231;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0272643;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:39:39:39:0.5:23:16:17:21:23:16:18:21 chr3 121143384 . C CT 368.78 PASS AF=0.404908;AO=62;DP=167;FAO=66;FDP=163;FR=.;FRO=97;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.0488901;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.3824;QD=9.04986;RBI=0.0508647;REFB=0.00649667;REVB=0.0140346;RO=104;SAF=26;SAR=36;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152478;STB=0.542398;STBP=0.357;TYPE=ins;VARB=-0.00912242;OID=.;OPOS=121143385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404908:62:167:66:163:97:30:36:51:46:99:104:26:36:58:46 chr3 121154974 . T C 815.85 PASS AF=0.50303;AO=83;DP=165;FAO=83;FDP=165;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00578516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.164;QD=19.7782;RBI=0.0125196;REFB=-0.00137545;REVB=-0.0111028;RO=80;SAF=37;SAR=46;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150779;STB=0.502732;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00163985;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:80:82:83:83:0.50303:46:37:37:43:46:37:37:45 chr3 121208176 . T C 369.77 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0529714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1808;QD=19.7212;RBI=0.082787;REFB=-0.0102782;REVB=0.0636217;RO=37;SAF=11;SAR=26;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23299;STB=0.633537;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0100118;OID=.;OPOS=121208176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:37:37:38:0.506667:26:11:20:17:27:11:20:17 chr3 121208833 . G C 185.23 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0068956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.93;QD=10.2904;RBI=0.0229988;REFB=-0.0149067;REVB=-0.0219407;RO=46;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268115;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0267417;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:48:24:24:0.333333:11:13:26:20:11:13:26:22 chr3 121238749 . G A 771.89 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215484;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.37;QD=57.1773;RBI=0.0280144;REFB=0;REVB=-0.0179018;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177068;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr3 121263720 . C A 1324.79 PASS AF=1;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452043;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4893;QD=62.3429;RBI=0.0522624;REFB=0;REVB=0.0262285;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00644083;OID=.;OPOS=121263720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:83:85:1:40:43:0:0:41:44:0:0 chr3 121340536 . T C 497.3 PASS AF=0.383562;AO=56;DP=146;FAO=56;FDP=146;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0850594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4874;QD=13.6246;RBI=0.0927573;REFB=-0.0131178;REVB=-0.0369975;RO=90;SAF=30;SAR=26;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111054;STB=0.562843;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0157764;OID=.;OPOS=121340536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:90:90:56:56:0.383562:26:30:39:51:26:30:39:51 chr3 121350966 . C G 490.61 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.06;QD=56.0695;RBI=0.0452535;REFB=-0.124773;REVB=0.0271628;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00120843;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:1:0:15:19:1:0 chr3 121351315 . G A 106.3 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0534921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.293;QD=10.1238;RBI=0.0647572;REFB=-0.0168708;REVB=-0.0364978;RO=25;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443651;STB=0.808082;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0580319;OID=.;OPOS=121351315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:41:42:25:28:7:7:0.166667:5:2:17:8:5:2:20:8 chr3 121353254 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.053;QD=49.5992;RBI=0.00181783;REFB=0;REVB=0.000974486;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3323e-05;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr3 121354583 . G A 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0085269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.737;QD=13.9183;RBI=0.0158505;REFB=-0.00809982;REVB=0.0133616;RO=37;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00589623;STB=0.503362;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0102089;OID=.;OPOS=121354583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:17:9:13:24:17:9:13:24 chr3 121361787 . G A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0249134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.524;QD=21.7452;RBI=0.0267921;REFB=-0.00222563;REVB=-0.00985578;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214157;STB=0.512035;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00193874;OID=.;OPOS=121361787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:8:8:10:9:8:8 chr3 121372875 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9002;QD=61.6837;RBI=0.0483267;REFB=0;REVB=-0.037553;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.44025e-05;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr3 121373058 . T C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0348329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.825;QD=14.1387;RBI=0.0366949;REFB=0.0111768;REVB=0.0115406;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174753;STB=0.510189;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0179365;OID=.;OPOS=121373058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:14:6:4:10:14:6 chr3 121373111 . T C 629.2 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0032247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.569;QD=57.1999;RBI=0.0315022;REFB=-0.0582261;REVB=0.0313367;RO=2;SAF=19;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468749;STB=0.524988;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00339901;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:23:19:2:0:23:19:2:0 chr3 121374361 . G A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0056653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.604;QD=10.1418;RBI=0.0297813;REFB=0.0104435;REVB=0.0292375;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255972;STB=0.654286;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0290926;OID=.;OPOS=121374361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:14:11:8:4:14:11 chr3 121414061 . C T 271.77 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0113243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.005;QD=14.6905;RBI=0.0186937;REFB=-0.00933196;REVB=-0.0148733;RO=41;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206274;STB=0.627389;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0130245;OID=.;OPOS=121414061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:41:43:31:31:0.418919:14:17:14:27:14:17:14:29 chr3 121415720 . T C 564.53 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0117687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.425;QD=24.2809;RBI=0.0323229;REFB=-0.0223661;REVB=0.0301043;RO=41;SAF=29;SAR=23;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426731;STB=0.523379;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0165451;OID=.;OPOS=121415720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:23:29:25:16:23:29:25:16 chr3 121435621 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2177;QD=40.7628;RBI=0.0761903;REFB=0;REVB=0.0656129;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0035469;OID=.;OPOS=121435621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr3 121435624 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.496;QD=40.7629;RBI=0.0114831;REFB=0;REVB=-0.00920808;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12469e-05;OID=.;OPOS=121435624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr3 121563355 . T C 1862.49 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286922;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5196;QD=61.57;RBI=0.0689324;REFB=0;REVB=0.0626772;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449491;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:66:55:0:0:66:55:0:0 chr3 121641693 . G A 834.37 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.805;QD=57.5426;RBI=0.040523;REFB=0;REVB=0.00592325;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130611;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:30:28:0:0 chr3 121642048 . A T 1391.54 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214267;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3395;QD=61.8461;RBI=0.0667059;REFB=-0.122086;REVB=-0.063171;RO=2;SAF=40;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00192915;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237358;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:90:90:2:0:88:90:1:48:40:1:1:49:41:0:0 chr3 121643170 . A T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.323;QD=63.2855;RBI=0.0121342;REFB=0;REVB=-0.00639645;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9364e-05;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr3 121643804 . C T 1548.76 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2685;QD=57.8976;RBI=0.122679;REFB=-0.183448;REVB=-0.0299221;RO=1;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276849;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:0:105:107:1:58:47:0:1:59:48:0:0 chr3 121646641 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.359;QD=61.5359;RBI=0.0378413;REFB=0;REVB=0.00468962;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102539;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:49:32:0:0:49:32:0:0 chr3 121647286 . C T 1097.78 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.403;QD=60.1524;RBI=0.0434478;REFB=0;REVB=0.0345168;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123798;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:42:29:0:0:44:29:0:0 chr3 121648168 . G A 556.64 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.678;QD=60.1775;RBI=0.0393099;REFB=0;REVB=-0.0157383;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106793;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:22:15:0:0 chr3 121707280 . CAAAAAAAATC CAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAATC,CAAAAAAATC 32.45 PASS AF=0,0,0.242857;AO=4,8,19;DP=72;FAO=0,0,17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=0,0,9;FSAR=0,0,8;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.218973,-0.206755,0.231416;FXX=0;HRUN=1,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=31.1854,6.46658,7.04458;QD=1.85419;RBI=0.226311,0.247845,0.264163;REFB=0.00581941,-0.0043088,0.00813081;REVB=-0.0571635,-0.136674,0.127392;RO=35;SAF=3,2,9;SAR=1,6,10;SRF=10;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.480005,-0.0550848,0.213621;STB=0.5,0.5,0.627764;STBP=1,1,0.248;TYPE=mnp,ins,del;VARB=0,0,0.02861;OID=.,.,.;OPOS=121707289,121707281,121707281;OREF=TC,-,A;OALT=AT,A,-;OMAPALT=CAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAATC,CAAAAAAATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.242857:4,8,19:72:0,0,17:70:53:0,0,9:0,0,8:19:34:36:35:3,2,9:1,6,10:10:25 chr3 121712051 . A C 730.55 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0262744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9728;QD=60.8795;RBI=0.0696723;REFB=-0.0437243;REVB=0.0645281;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177343;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00531636;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:48:1:1:45:47:0.979167:19:26:1:0:21:26:1:0 chr3 121825197 . G A 2125.87 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141901;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.135;QD=62.9888;RBI=0.014762;REFB=0;REVB=-0.00406905;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91865e-05;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:73:62:0:0:73:62:0:0 chr3 121836966 . TGA T 608.85 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665132;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.14;QD=60.8854;RBI=0.00708349;REFB=0;REVB=-0.00243635;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00063146;OID=.;OPOS=121836967;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:40:40:40:0:14:26:0:0:4:0:14:25:0:0 chr3 121838319 . G A 261.19 PASS AF=0.302521;AO=35;DP=117;FAO=36;FDP=119;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=-0.0148792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.809;QD=8.77931;RBI=0.0175255;REFB=-0.00482939;REVB=-0.00926038;RO=79;SAF=18;SAR=17;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114154;STB=0.581858;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0109517;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:79:83:35:36:0.302521:17:18:33:46:17:19:34:49 chr3 122003045 . G C 1890.19 PASS AF=1;AO=108;DP=112;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.379;QD=60.9739;RBI=0.0318465;REFB=0;REVB=0.023646;RO=0;SAF=63;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44925e-05;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:124:0:0:108:124:1:45:63:0:0:54:70:0:0 chr3 122003769 . A G 783.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.726;QD=63.9875;RBI=0.0283608;REFB=0;REVB=0.0271855;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88732e-05;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr3 122003832 . G C 877.03 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.649;QD=57.51;RBI=0.0469873;REFB=0;REVB=-0.0386973;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187385;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:28:33:0:0 chr3 122140919 . T C 302.62 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0185975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.113;QD=31.8551;RBI=0.0186131;REFB=-0.00730331;REVB=-0.000763247;RO=12;SAF=6;SAR=20;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13766;STB=0.575854;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00345423;OID=.;OPOS=122140919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:20:6:5:7:20:6:5:7 chr3 122144347 . C G 433.46 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00156237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.345;QD=20.641;RBI=0.0279694;REFB=-0.00166536;REVB=0.0279258;RO=41;SAF=21;SAR=22;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130286;STB=0.571952;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0012798;OID=.;OPOS=122144347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:22:21:14:27:22:21:14:27 chr3 122144873 . G A 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0167885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.664;QD=19.1554;RBI=0.0172312;REFB=-0.011568;REVB=-0.00388085;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421918;STB=0.523787;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00542224;OID=.;OPOS=122144873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:23:21:21:0.477273:10:11:10:11:10:11:11:12 chr3 122145470 . C A 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0131267;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=351.351;QD=18.3163;RBI=0.0135908;REFB=-0.0013865;REVB=0.0035213;RO=43;SAF=24;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16473;STB=0.591983;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00166565;OID=.;OPOS=122145470;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:15:24:19:24:15:24:19:24 chr3 122186188 . C T 626.17 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.412;QD=61.0896;RBI=0.0547828;REFB=0;REVB=0.0519531;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279912;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr3 122259606 . T C 786.49 PASS AF=0.58871;AO=73;DP=124;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.0155962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6711;QD=25.3708;RBI=0.0619347;REFB=-0.0447704;REVB=0.0599388;RO=50;SAF=34;SAR=39;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14134;STB=0.579871;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0247664;OID=.;OPOS=122259606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:50:51:73:73:0.58871:39:34:14:36:39:34:14:37 chr3 122259640 . T C 596.71 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=-0.00590208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.547;QD=23.4002;RBI=0.0190575;REFB=-0.0343153;REVB=0.0181206;RO=44;SAF=32;SAR=26;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252346;STB=0.637405;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0129571;OID=.;OPOS=122259640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:26:32:10:34:26:32:10:34 chr3 122288210 . G A 420.6 PASS AF=0.7;AO=31;DP=45;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0092218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9649;QD=33.6481;RBI=0.0251302;REFB=-0.0993714;REVB=-0.0233771;RO=14;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167569;STB=0.56094;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0322705;OID=.;OPOS=122288210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:50:14:15:31:35:0.7:18:13:10:4:21:14:9:6 chr3 122290579 . C T 1418.58 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0161735;FXX=0.0294089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.747;QD=57.3163;RBI=0.017373;REFB=-0.0051961;REVB=0.00634341;RO=1;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797141;STB=0.502292;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-4.04975e-05;OID=.;OPOS=122290579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:99:1:2:97:97:0.979798:59:38:0:1:59:38:1:1 chr3 122354037 . A G 229.28 PASS AF=0.428571;AO=16;DP=44;FAO=18;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.030164;FXX=0.0454442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.104;QD=21.8364;RBI=0.0427868;REFB=-0.0426417;REVB=-0.0303453;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368915;STB=0.62487;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00708306;OID=.;OPOS=122354037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:44:42:11:14:16:18:0.428571:8:8:11:0:9:9:11:3 chr3 122354792 . G A 295.92 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00976604;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.39;QD=14.9835;RBI=0.0114445;REFB=-0.00105684;REVB=-0.0059667;RO=46;SAF=6;SAR=27;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477038;STB=0.772549;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00090197;OID=.;OPOS=122354792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:46:46:33:33:0.417722:27:6:28:18:27:6:28:18 chr3 122437321 . T C 1044.09 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7351;QD=59.6624;RBI=0.0259486;REFB=0;REVB=0.0236023;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225605;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr3 122843110 . G T 750.41 PASS AF=0.51049;AO=71;DP=141;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.0383519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.873;QD=20.9904;RBI=0.038362;REFB=0.000197995;REVB=-0.000879293;RO=69;SAF=31;SAR=40;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178604;STB=0.592568;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-4.80067e-05;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:69:70:71:73:0.51049:40:31:44:25:40:33:45:25 chr3 122864436 . G A 1043.99 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.246;QD=59.6566;RBI=0.0322499;REFB=0;REVB=0.00545601;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112796;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr3 122991021 . A T 1319.95 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.826;QD=62.1155;RBI=0.017395;REFB=0;REVB=-0.00593065;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98899e-05;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:82:85:1:44:38:0:0:45:40:0:0 chr3 122991038 . C T 1400.31 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00907957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.86;QD=61.5523;RBI=0.028049;REFB=-0.0895163;REVB=0.0265388;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000551917;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:48:42:0:0:48:42:0:1 chr3 123022992 . G T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.03;QD=62.3507;RBI=0.0492026;REFB=0;REVB=0.0333743;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406712;OID=.;OPOS=123022992;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr3 123046573 . G A 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.044;QD=59.8543;RBI=0.0267414;REFB=0;REVB=0.0259548;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94797e-05;OID=.;OPOS=123046573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr3 123331775 . TA T 128.35 PASS AF=0.714286;AO=14;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.107767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.0727;QD=24.448;RBI=0.167765;REFB=-0.0175641;REVB=0.128574;RO=6;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888882;STB=0.523777;STBP=0.815;TYPE=del;VARB=0.0254541;OID=.;OPOS=123331776;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:14:21:15:21:6:4:11:2:4:29:6:3:11:2:4 chr3 123357037 . A G 1607.02 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.963;QD=60.0756;RBI=0.0260196;REFB=0;REVB=-0.00477464;RO=0;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94542e-05;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:57:50:0:0:57:50:0:0 chr3 123368013 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.056;QD=56.7055;RBI=0.049902;REFB=0;REVB=0.0366278;RO=0;SAF=4;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046606;OID=.;OPOS=123368013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:25:4:0:0:25:4:0:0 chr3 123418913 . G A 1343.9 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00813856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.72;QD=61.0864;RBI=0.00906646;REFB=-0.109803;REVB=-0.00399556;RO=1;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920098;STB=0.504853;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-4.84262e-05;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:51:36:0:1:51:36:0:1 chr3 123419116 . GTTC G 323.86 PASS AF=0.458716;AO=48;DP=108;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00442206;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=3;MLLD=285.661;QD=11.8848;RBI=0.0113602;REFB=-0.0225959;REVB=-0.0104642;RO=56;SAF=26;SAR=22;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108897;STB=0.553622;STBP=0.342;TYPE=del;VARB=0.0290203;OID=.;OPOS=123419117;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458716:48:108:50:109:59:27:23:26:33:99:56:26:22:24:32 chr3 123419288 . C T 384.94 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=65;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.00381302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.632;QD=23.3298;RBI=0.00394593;REFB=-0.0391697;REVB=0.00101548;RO=28;SAF=9;SAR=28;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717673;STB=0.535451;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.035059;OID=.;OPOS=123419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:28:37:38:0.575758:28:9:5:23:29:9:5:23 chr3 123419573 . G T 341.45 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0530219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4994;QD=13.3904;RBI=0.0531435;REFB=0.00658009;REVB=-0.00359277;RO=62;SAF=20;SAR=20;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103716;STB=0.558794;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00904016;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:20:20:37:25:20:20:37:25 chr3 123419733 . A G 414.47 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0148733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.753;QD=21.814;RBI=0.0213048;REFB=-0.0421908;REVB=0.0152538;RO=34;SAF=13;SAR=28;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209356;STB=0.622999;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0410292;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:28:13:19:15:28:13:20:15 chr3 123451773 . G C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.135;QD=59.5016;RBI=0.0403175;REFB=0;REVB=0.0274823;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109793;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr3 123452838 . G A 1651.64 PASS AF=0.950413;AO=114;DP=121;FAO=115;FDP=121;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0168948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.694;QD=54.5995;RBI=0.0322004;REFB=-0.0553595;REVB=0.0274122;RO=6;SAF=49;SAR=65;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228201;STB=0.503287;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.000777548;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:121:121:6:6:114:115:0.950413:65:49:4:2:65:50:3:3 chr3 123457893 . G A 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4811;QD=53.9063;RBI=0.0744403;REFB=0;REVB=-0.0133031;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148754;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr3 123634046 . G A 1457.02 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00246552;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3257;QD=63.3487;RBI=0.0369431;REFB=0;REVB=0.0368607;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73058e-06;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr3 123699299 . G A 1320.65 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.52;QD=62.1481;RBI=0.0266244;REFB=0;REVB=0.0153649;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265384;OID=.;OPOS=123699299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr3 123988039 . T C 530.07 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.0250763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.958;QD=15.0375;RBI=0.0278107;REFB=-0.0167645;REVB=0.0120256;RO=83;SAF=32;SAR=26;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135553;STB=0.57613;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0203259;OID=.;OPOS=123988039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:83:83:58:58:0.411348:26:32:35:48:26:32:35:48 chr3 124044949 . C T 638.88 PASS AF=0.496241;AO=58;DP=125;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0227721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.646;QD=19.2144;RBI=0.0229397;REFB=-0.0287248;REVB=0.00276793;RO=66;SAF=26;SAR=32;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233426;STB=0.541341;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0338165;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:133:66:67:58:66:0.496241:32:26:28:38:33:33:28:39 chr3 124181454 . C T 146.53 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00368952;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5521;QD=10.4666;RBI=0.0236978;REFB=0.0139003;REVB=-0.0234088;RO=38;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118764;STB=0.579357;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.028005;OID=.;OPOS=124181454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:38:37:19:19:0.339286:9:10:16:22:9:10:15:22 chr3 124196094 . A T 292.31 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00475706;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.982;QD=16.9457;RBI=0.041355;REFB=-0.0186225;REVB=0.0410805;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22401;STB=0.590349;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0163704;OID=.;OPOS=124196094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:32:37:32:32:0.463768:20:12:20:12:20:12:20:17 chr3 124351316 . G A 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00960664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.559;QD=56.0076;RBI=0.00974468;REFB=-0.0350524;REVB=0.00163438;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000229896;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:29:31:0:1:29:31:0:1 chr3 124351424 . T C 1309.35 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00460937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.273;QD=57.554;RBI=0.0237005;REFB=-0.0216998;REVB=0.023248;RO=4;SAF=47;SAR=40;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242474;STB=0.512811;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000837132;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:4:4:87:87:0.956044:40:47:1:3:40:47:1:3 chr3 124376653 . G A 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.786;QD=58.4174;RBI=0.0348345;REFB=0;REVB=0.0168427;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96011e-05;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr3 124379748 . G C 620.66 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00628237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.02;QD=19.5482;RBI=0.0153306;REFB=-0.0209329;REVB=-0.0139842;RO=62;SAF=31;SAR=32;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737023;STB=0.503999;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0224021;OID=.;OPOS=124379748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:62:64:63:63:0.496063:32:31:30:32:32:31:32:32 chr3 124379817 . T C 859.98 PASS AF=0.518072;AO=86;DP=166;FAO=86;FDP=166;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=-0.00220186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4485;QD=20.7223;RBI=0.045062;REFB=-0.0206348;REVB=0.0450081;RO=80;SAF=40;SAR=46;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801334;STB=0.543899;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0213152;OID=.;OPOS=124379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:80:80:86:86:0.518072:46:40:30:50:46:40:30:50 chr3 124412634 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.084;QD=59.4356;RBI=0.0191945;REFB=0;REVB=0.0039881;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99785e-05;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr3 124418846 . C T 271.33 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.0406944;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.891;QD=19.3805;RBI=0.0409587;REFB=-0.0302408;REVB=-0.00464545;RO=27;SAF=4;SAR=25;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798191;STB=0.544761;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0202739;OID=.;OPOS=124418846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:27:27:29:29:0.517857:25:4:5:22:25:4:5:22 chr3 124451284 . T C 266.04 PASS AF=0.631579;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.000458987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.2;QD=28.0046;RBI=0.0418101;REFB=0.00466961;REVB=0.0418076;RO=14;SAF=20;SAR=3;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184027;STB=0.514693;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00298834;OID=.;OPOS=124451284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:23:24:0.631579:3:20:12:2:3:21:12:2 chr3 124646703 . GGA AAG,GGAAAG 1173.99 PASS AF=0,1;AO=7,32;DP=81;FAO=0,76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688317,0.000334203;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=3,3;MLLD=180.763,235.243;QD=61.7888;RBI=0.0642788,0.109982;REFB=0,0;REVB=0.0639092,0.109981;RO=6;SAF=0,9;SAR=7,23;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.74229,0.0423828;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.000716272;OID=.,.;OPOS=124646703,124646706;OREF=GGA,-;OALT=AAG,AAG;OMAPALT=AAG,GGAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:81:76:6:0:7,32:0,76:0,1:7,23:0,9:1:5:0,65:0,11:0:0 chr3 124688791 . A T 79.45 PASS AF=0.733333;AO=9;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0224283;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=21.2624;QD=21.1862;RBI=0.196292;REFB=0.0104811;REVB=0.195006;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455969;STB=0.555457;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0178125;OID=.;OPOS=124688791;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:15:15:5:4:9:11:0.733333:3:6:3:2:5:6:3:1 chr3 124692689 . C T 1470.14 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278113;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9807;QD=63.2318;RBI=0.0395386;REFB=0;REVB=-0.0281039;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130278;OID=.;OPOS=124692689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:49:43:0:0:49:44:0:0 chr3 124728626 . A G 511.82 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.024604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3586;QD=19.6852;RBI=0.0293748;REFB=-0.0043895;REVB=0.0160475;RO=50;SAF=30;SAR=23;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00540099;STB=0.508471;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00321693;OID=.;OPOS=124728626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:51:53:53:0.509615:23:30:28:22:23:30:28:23 chr3 124731485 . C G 893.29 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.617;QD=57.6316;RBI=0.0598275;REFB=0;REVB=0.0445272;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242734;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:26:35:0:0:27:35:0:0 chr3 124731689 . T A 733.8 PASS AF=0.493506;AO=76;DP=154;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.00160509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.929;QD=19.0598;RBI=0.0210663;REFB=-0.0125068;REVB=-0.0210051;RO=77;SAF=35;SAR=41;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535181;STB=0.525718;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0133601;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:77:78:76:76:0.493506:41:35:31:46:41:35:32:46 chr3 124732618 . A G 257.77 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00116426;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.609;QD=23.4333;RBI=0.0260156;REFB=-0.0206485;REVB=-0.0259896;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336457;STB=0.686665;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00667268;OID=.;OPOS=124732618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:9:15:4:16:9:15:4:16 chr3 124733649 . T G 2096.11 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.265;QD=62.5704;RBI=0.0264841;REFB=0;REVB=0.0261171;RO=0;SAF=56;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42393e-05;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:134:0:0:130:134:1:74:56:0:0:75:59:0:0 chr3 124738107 . C T 679.26 PASS AF=0.575221;AO=65;DP=113;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00869057;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7001;QD=24.0446;RBI=0.0112229;REFB=0.019529;REVB=-0.0071012;RO=48;SAF=41;SAR=24;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893775;STB=0.548831;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0114683;OID=.;OPOS=124738107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:48:48:65:65:0.575221:24:41:25:23:24:41:25:23 chr3 124739892 . G A 560.29 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00745785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.733;QD=17.647;RBI=0.0120292;REFB=-0.0169001;REVB=0.00943828;RO=68;SAF=24;SAR=35;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627994;STB=0.534923;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0187448;OID=.;OPOS=124739892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:68:59:59:0.464567:35:24:32:36:35:24:32:36 chr3 124746049 . A G 246.47 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00513957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.508;QD=15.6489;RBI=0.0176688;REFB=-0.00977485;REVB=-0.0169048;RO=34;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775368;STB=0.536816;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00991179;OID=.;OPOS=124746049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:11:17:18:16:11:17:19:16 chr3 124746182 . C A 491.44 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0132996;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.221;QD=19.8562;RBI=0.0151863;REFB=-0.0135024;REVB=-0.00733093;RO=49;SAF=21;SAR=29;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117769;STB=0.565138;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0151811;OID=.;OPOS=124746182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:29:21:27:22:29:21:27:22 chr3 124746347 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.184;QD=57.1764;RBI=0.0302756;REFB=0;REVB=0.0102335;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1078e-05;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr3 124748226 . G A 420.14 PASS AF=0.466019;AO=45;DP=100;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00341267;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.539;QD=16.316;RBI=0.00564855;REFB=-0.0170681;REVB=0.00450109;RO=51;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472675;STB=0.530422;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0257151;OID=.;OPOS=124748226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:51:55:45:48:0.466019:27:18:18:33:27:21:21:34 chr3 124826408 . T C 245.58 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0331353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6504;QD=13.4562;RBI=0.039636;REFB=0.00314203;REVB=-0.0217501;RO=43;SAF=20;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174143;STB=0.594195;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00584656;OID=.;OPOS=124826408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:44:29:29:0.39726:9:20:23:20:9:20:24:20 chr3 124837684 . T C 1570.71 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406066;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7013;QD=64.1105;RBI=0.0451029;REFB=0;REVB=0.0196309;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228647;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr3 124839470 . G A 1529.36 PASS AF=0.946903;AO=106;DP=112;FAO=107;FDP=113;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0254991;FXX=0.0341851;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.775;QD=54.1367;RBI=0.0352681;REFB=-0.102496;REVB=0.0243646;RO=6;SAF=53;SAR=53;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500248;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.000418463;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:112:113:6:6:106:107:0.946903:53:53:3:3:53:54:3:3 chr3 124950979 . T C 370.26 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0156917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0009;QD=14.8105;RBI=0.032892;REFB=-0.00146607;REVB=0.0289077;RO=58;SAF=16;SAR=24;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124027;STB=0.570814;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00231527;OID=.;OPOS=124950979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:60:40:40:0.4:24:16:30:28:24:16:31:29 chr3 124951821 . C T 210.34 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00351118;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.278;QD=19.1214;RBI=0.0270549;REFB=-0.0154811;REVB=0.0268261;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218818;STB=0.615277;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0153583;OID=.;OPOS=124951821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:23:20:21:0.477273:11:9:14:6:12:9:15:8 chr3 125235852 . A ATTTAT 198.16 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00452964;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=5;MLLD=294.207;QD=13.9059;RBI=0.0125656;REFB=-0.0134412;REVB=0.0117208;RO=35;SAF=13;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685091;STB=0.513584;STBP=0.861;TYPE=ins;VARB=0.0200209;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:23:58:24:57:33:14:10:20:13:99:35:13:10:22:13 chr3 125726048 . G C 398.48 PASS AF=0.5125;AO=32;DP=81;FAO=41;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.012189;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.613;QD=19.9239;RBI=0.0157047;REFB=-0.0287782;REVB=0.00990293;RO=39;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322635;STB=0.560946;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0396412;OID=.;OPOS=125726048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:39:39:32:41:0.5125:17:15:17:22:18:23:17:22 chr3 125769757 . C T 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0230914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.801;QD=19.1823;RBI=0.0256823;REFB=-0.0159341;REVB=-0.0112414;RO=43;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108226;STB=0.560156;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0195048;OID=.;OPOS=125769757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:22:19:25:18:22:19:25:18 chr3 125775228 . T C 910.56 PASS AF=1;AO=41;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00387108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.362;QD=58.7458;RBI=0.153635;REFB=0;REVB=0.153586;RO=0;SAF=37;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157606;OID=.;OPOS=125775228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:41:62:1:4:37:0:0:23:39:0:0 chr3 125786879 . T C 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4781;QD=58.9602;RBI=0.0369515;REFB=0;REVB=0.0114333;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016728;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr3 126169230 . C T 1204.04 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0152815;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.501;QD=58.7339;RBI=0.0153439;REFB=-0.0864793;REVB=-0.00138228;RO=2;SAF=37;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024902;STB=0.513155;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000568022;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:82:2:2:80:80:0.97561:43:37:2:0:43:37:2:0 chr3 126169472 . T C 465.15 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.942;QD=58.1442;RBI=0.0453078;REFB=0;REVB=0.0286946;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021233;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:22:10:0:0 chr3 126194076 . T C 957.77 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501496;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.582;QD=58.0467;RBI=0.0551194;REFB=0;REVB=0.0228728;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210817;OID=.;OPOS=126194076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:34:30:0:0:36:30:0:0 chr3 126202257 . G A 5403.12 PASS AF=1;AO=346;DP=352;FAO=348;FDP=348;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022036;FXX=0.0113633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.353;QD=62.1048;RBI=0.0266281;REFB=-0.0262372;REVB=0.0149488;RO=1;SAF=171;SAR=175;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00278196;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40974e-06;OID=.;OPOS=126202257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:352:348:1:0:346:348:1:175:171:1:0:175:173:0:0 chr3 126218167 . G A 498.38 PASS AF=0.49;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0022559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.889;QD=19.9354;RBI=0.0044293;REFB=-0.0118763;REVB=-0.00381178;RO=51;SAF=27;SAR=21;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227801;STB=0.619269;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00810958;OID=.;OPOS=126218167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:48:49:0.49:21:27:16:35:22:27:16:35 chr3 126260608 . G T 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.000392762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.941;QD=10.4739;RBI=0.000571319;REFB=-0.0117787;REVB=-0.000414902;RO=37;SAF=16;SAR=3;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460079;STB=0.775006;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0121931;OID=.;OPOS=126260608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:3:16:18:19:3:16:18:19 chr3 126329910 . A G 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00851069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.103;QD=20.2678;RBI=0.00920199;REFB=-0.0189351;REVB=0.00349924;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126199;STB=0.571039;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0357485;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:8:13:10:11:8:13 chr3 126385067 . C T 257.04 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.011329;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8547;QD=13.5283;RBI=0.0132665;REFB=-0.00751862;REVB=0.00690319;RO=47;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0057166;STB=0.501886;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0114145;OID=.;OPOS=126385067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:47:46:30:30:0.394737:19:11:17:30:19:11:17:29 chr3 126385070 . G A 320.03 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0018771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7903;QD=16.0016;RBI=0.0557477;REFB=-0.017036;REVB=0.0557161;RO=45;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888313;STB=0.542412;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0186508;OID=.;OPOS=126385070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:45:34:35:0.4375:19:15:16:29:20:15:16:29 chr3 126451937 . G T 399.5 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0129686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.471;QD=16.1412;RBI=0.0137135;REFB=-0.0180357;REVB=0.00445828;RO=57;SAF=14;SAR=28;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115433;STB=0.565185;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0210475;OID=.;OPOS=126451937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:28:14:25:32:28:14:25:32 chr3 126708453 . T C 257.14 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00916342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.554;QD=19.7802;RBI=0.0235562;REFB=-0.0345611;REVB=0.0217008;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861151;STB=0.535636;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.018501;OID=.;OPOS=126708453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:10:16:13:12:11:16:13:12 chr3 126708459 . C T 234.83 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0529011;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3244;QD=18.064;RBI=0.0546204;REFB=-0.0423496;REVB=0.0135964;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359575;STB=0.538892;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0678962;OID=.;OPOS=126708459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:26:25:26:0.5:11:14:13:12:11:15:13:13 chr3 126722304 . C T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00513114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.237;QD=17.5012;RBI=0.0174567;REFB=-0.00319715;REVB=0.0166855;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683664;STB=0.538432;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00316641;OID=.;OPOS=126722304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:15:13:14:12:15:13 chr3 126736392 . G A 881.55 PASS AF=0.489011;AO=89;DP=182;FAO=89;FDP=182;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.00169425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1672;QD=19.3748;RBI=0.00742562;REFB=-0.0185875;REVB=0.00722975;RO=92;SAF=36;SAR=53;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119522;STB=0.568739;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0190042;OID=.;OPOS=126736392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:92:93:89:89:0.489011:53:36:49:43:53:36:50:43 chr3 126737268 . C A 281.23 PASS AF=0.476923;AO=28;DP=63;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0535276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0191;QD=17.3063;RBI=0.0566509;REFB=-0.0163747;REVB=-0.0185504;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164153;STB=0.601115;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0183528;OID=.;OPOS=126737268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:33:34:28:31:0.476923:13:15:12:21:14:17:12:22 chr3 126737349 . C T 326.2 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0123646;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.776;QD=24.6188;RBI=0.0125616;REFB=0.00610371;REVB=0.00221599;RO=21;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130483;STB=0.57172;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0026007;OID=.;OPOS=126737349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:21:21:32:32:0.603774:18:14:13:8:18:14:13:8 chr3 126741674 . G A 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0289061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.563;QD=22.982;RBI=0.0293334;REFB=-0.0257392;REVB=0.00498837;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126164;STB=0.570402;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0191362;OID=.;OPOS=126741674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:13:9:14:11:13:9 chr3 126746690 . A G 170.88 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00470783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.234;QD=13.4027;RBI=0.0225323;REFB=-0.00321963;REVB=0.022035;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949934;STB=0.509794;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00676075;OID=.;OPOS=126746690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:29:31:19:20:0.392157:10:9:14:15:10:10:15:16 chr3 126746731 . T G 39.92 PASS AF=0.162791;AO=6;DP=42;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0730143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5114;QD=3.7137;RBI=0.074813;REFB=-0.000692078;REVB=-0.0163063;RO=34;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389935;STB=0.663849;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00607817;OID=.;OPOS=126746731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:42:43:34:36:6:7:0.162791:1:5:18:16:2:5:19:17 chr3 126754711 . G A 536.28 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0261613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6683;QD=23.8349;RBI=0.0593509;REFB=-0.00980123;REVB=0.053274;RO=40;SAF=13;SAR=37;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241638;STB=0.633377;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00838774;OID=.;OPOS=126754711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:37:13:21:19:37:13:21:19 chr3 126916371 . T C 617.2 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.162516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.72;QD=57.4135;RBI=0.165662;REFB=0.0137059;REVB=-0.0321293;RO=1;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013605;STB=0.507243;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00159736;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:41:42:0.976744:34:7:0:1:34:8:0:1 chr3 126916433 . T TTTC 340.09 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063727;FXX=0.199933;HRUN=3;LEN=3;MLLD=308.459;QD=56.682;RBI=0.012849;REFB=0;REVB=0.0111573;RO=6;SAF=11;SAR=13;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000583961;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:30:24:24:0:11:13:0:0:3:6:11:13:1:5 chr3 126916436 . G C 33.76 PASS AF=0.162162;AO=5;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00967702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.095;QD=3.64947;RBI=0.0124384;REFB=-0.00715971;REVB=0.00781473;RO=31;SAF=1;SAR=4;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216665;STB=0.705098;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0387358;OID=.;OPOS=126916436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:5:6:0.162162:4:1:11:20:5:1:11:20 chr3 127641968 . C A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.142;QD=57.6798;RBI=0.00863566;REFB=0;REVB=-0.00855417;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85547e-05;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr3 127703085 . GC AC,CG 287.61 PASS AF=0.5,0;AO=31,3;DP=62;FAO=31,0;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=9,0;FSAR=22,0;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0904713,0.0125008;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=61.2381,40.6729;QD=18.5555;RBI=0.0909017,0.031579;REFB=-0.018261,0.0190857;REVB=0.00883513,-0.0289994;RO=28;SAF=9,3;SAR=22,0;SRF=7;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0426702,0.679843;STB=0.519242,0.5;STBP=0.784,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0175602,0;OID=.,.;OPOS=127703085,127703085;OREF=G,GC;OALT=A,CG;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:31:31,3:31,0:0.5,0:22,0:9,3:7:21:22,0:9,0:10:21 chr3 127983495 . T C 896.96 PASS AF=1;AO=40;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.503;QD=58.8169;RBI=0.0756744;REFB=0;REVB=0.0120622;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562641;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:40:61:1:29:11:0:0:30:31:0:0 chr3 128181537 . C T 367.27 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00907444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.46;QD=16.5065;RBI=0.0484117;REFB=-0.00778162;REVB=0.0475536;RO=49;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535238;STB=0.523548;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0107651;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:50:39:39:0.438202:21:18:20:29:21:18:21:29 chr3 128181582 . G A 498.9 PASS AF=0.573171;AO=39;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0157136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.203;QD=24.3367;RBI=0.0467499;REFB=-0.00249045;REVB=0.04403;RO=27;SAF=12;SAR=27;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839319;STB=0.538579;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00123597;OID=.;OPOS=128181582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:27:35:39:47:0.573171:27:12:11:16:32:15:14:21 chr3 128181777 . A G 488.56 PASS AF=0.671642;AO=43;DP=64;FAO=45;FDP=67;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0111494;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=59.1867;QD=29.168;RBI=0.0218663;REFB=-0.0401622;REVB=-0.0188102;RO=21;SAF=11;SAR=32;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939943;STB=0.539198;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0247269;OID=.;OPOS=128181777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:21:22:43:45:0.671642:32:11:8:13:33:12:8:14 chr3 128182074 . G A 262.43 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0611512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.752;QD=14.7849;RBI=0.0619917;REFB=-0.0225078;REVB=0.0101735;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169128;STB=0.516057;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0195684;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:16:14:18:22:16:14:18:23 chr3 128182378 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00657863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.089;QD=17.3212;RBI=0.019301;REFB=-0.0186256;REVB=0.0181453;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831558;STB=0.562422;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0189137;OID=.;OPOS=128182378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:9:7:9:8:9:7:10:8 chr3 128205860 . G C 62.21 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1375;QD=35.5491;RBI=0.0656786;REFB=0;REVB=-0.0620016;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00750258;OID=.;OPOS=128205860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr3 128292213 . A G 810.28 PASS AF=0.469274;AO=84;DP=179;FAO=84;FDP=179;FR=.;FRO=95;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.0114915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.262;QD=18.1067;RBI=0.0193507;REFB=-0.00171825;REVB=0.015569;RO=95;SAF=50;SAR=34;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137736;STB=0.576235;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00206413;OID=.;OPOS=128292213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:95:95:84:84:0.469274:34:50:43:52:34:50:43:52 chr3 128292844 . A G 239.42 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.53;QD=50.4051;RBI=0.0699475;REFB=0;REVB=0.024833;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676915;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:8:9:0:0:10:9:0:0 chr3 128292858 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0146508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.514;QD=13.4861;RBI=0.0151955;REFB=-0.033344;REVB=0.00403183;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33333;STB=0.69952;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0411018;OID=.;OPOS=128292858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:6:5:7:2:6:5 chr3 128344786 . G A 407.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0350991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.065;QD=22.9469;RBI=0.0353081;REFB=-0.0087552;REVB=-0.00383665;RO=31;SAF=20;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383897;STB=0.521116;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00675069;OID=.;OPOS=128344786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:20:20:14:17:20:20:14:17 chr3 128356852 . C T 314.7 PASS AF=0.461538;AO=33;DP=75;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0163413;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1634;QD=16.1385;RBI=0.0224161;REFB=-0.0159873;REVB=-0.0153443;RO=42;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278136;STB=0.641277;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0216778;OID=.;OPOS=128356852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:42:42:33:36:0.461538:15:18:11:31:17:19:11:31 chr3 128392630 . G C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0138851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.218;QD=22.7198;RBI=0.0139265;REFB=0.00235077;REVB=-0.00107257;RO=9;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311305;STB=0.678945;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0015617;OID=.;OPOS=128392630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:12:2:4:5:12:2:4:5 chr3 128433476 . C T 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0199421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3177;QD=8.99488;RBI=0.0543162;REFB=0.00912097;REVB=-0.0505229;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199736;STB=0.512175;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.0257399;OID=.;OPOS=128433476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:6:6:15:14:6:6:15:14 chr3 128580574 . T C 1518.24 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.09643e-05;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.044;QD=63.9259;RBI=0.0365583;REFB=0;REVB=0.0365582;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88077e-05;OID=.;OPOS=128580574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr3 128580585 . C A 1497.42 PASS AF=1;AO=82;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.238;QD=57.5929;RBI=0.0287644;REFB=0;REVB=0.027902;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106646;OID=.;OPOS=128580585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:82:104:1:37:45:0:0:58:46:0:0 chr3 128580586 . G A 128.41 PASS AF=0.219048;AO=22;DP=104;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.00503999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7143;QD=4.89164;RBI=0.0188444;REFB=-0.0300663;REVB=-0.018158;RO=82;SAF=1;SAR=21;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.699568;STB=0.946462;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.160022;OID=.;OPOS=128580586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:82:82:22:23:0.219048:21:1:46:36:22:1:46:36 chr3 128614185 . A C 613.02 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7479;QD=61.3018;RBI=0.00857454;REFB=0;REVB=0.008195;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08402e-05;OID=.;OPOS=128614185;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr3 128627021 . A G 340.93 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.012;QD=54.5494;RBI=0.0685642;REFB=0;REVB=0.0670483;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553719;OID=.;OPOS=128627021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chr3 128627933 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122906;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.2;QD=63.2865;RBI=0.0126457;REFB=0;REVB=0.00297606;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0073e-05;OID=.;OPOS=128627933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr3 128856049 . T A,TA 31.77 PASS AF=0,0.166667;AO=4,12;DP=77;FAO=0,13;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=0,8;FSAR=0,5;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0109827,-0.0981551;FXX=0.0249969;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=315.749,11.1066;QD=1.62902;RBI=0.0110349,0.106648;REFB=-0.00189009,-0.0420688;REVB=-0.00107231,-0.0417049;RO=60;SAF=3,8;SAR=1,4;SRF=32;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.21688,0.171115;STB=0.5,0.539815;STBP=1,0.771;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0750693;OID=.,.;OPOS=128856049,128856050;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:77:78:60:65:4,12:0,13:0,0.166667:1,4:3,8:32:28:0,5:0,8:37:28 chr3 128890350 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.611;QD=49.5992;RBI=0.00555727;REFB=0;REVB=0.00455829;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31354e-05;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr3 129034578 . G A 191.33 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00600404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1811;QD=11.774;RBI=0.0295055;REFB=-0.000175193;REVB=0.0288881;RO=40;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892449;STB=0.539717;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00125288;OID=.;OPOS=129034578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:15:9:12:28:15:9:13:28 chr3 129130197 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.941;QD=56.7062;RBI=0.0241479;REFB=0;REVB=0.00293822;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199605;OID=.;OPOS=129130197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr3 129134242 . G A 803.84 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0540764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.297;QD=55.4373;RBI=0.056671;REFB=-0.0748097;REVB=0.0169511;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000758372;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:0:1:55:57:0.982759:33:22:0:0:34:23:1:0 chr3 129137127 . G A 1025.51 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196731;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.817;QD=57.7751;RBI=0.0208459;REFB=-0.131081;REVB=-0.00689356;RO=1;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160186;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00018661;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:68:70:0.985915:29:39:0:1:30:40:0:1 chr3 129140498 . CT C,CC 1363.7 PASS AF=0.0786517,0.921348;AO=11,78;DP=89;FAO=7,82;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=5,48;FSAR=2,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169995,0.011618;FXX=0.0111099;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.093,219.339;QD=61.29;RBI=0.0191538,0.0144577;REFB=0,0;REVB=0.00882511,0.00860508;RO=0;SAF=7,46;SAR=4,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.5329e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00187252,5.44996e-05;OID=.,.;OPOS=129140499,129140499;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0786517,0.921348:11,78:89:7,82:89:0:5,48:2,34:0:0:18:0:7,46:4,32:0:0 chr3 129155451 . C T 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.495;QD=57.1747;RBI=0.0211881;REFB=0;REVB=0.0161553;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71369e-06;OID=.;OPOS=129155451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr3 129210977 . G C 322.74 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.144;QD=53.7902;RBI=0.0212735;REFB=0;REVB=0.018009;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03703e-05;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:12:10:0:0:14:10:0:0 chr3 129268116 . GCCCCCC GCCCCC,GCCCCCA 36.87 PASS AF=0.152542,0.0508475;AO=21,3;DP=60;FAO=9,3;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=4,3;FSAR=5,0;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0673894,0.0239455;FXX=0.0166639;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=6.78726,27.6637;QD=2.49968;RBI=0.0818193,0.0319076;REFB=-0.190917,-0.101728;REVB=0.0464011,0.0210881;RO=31;SAF=15,3;SAR=6,0;SRF=12;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0.714286,0;SSSB=0.34405,0.593368;STB=0.590353,0.996158;STBP=0.599,0.081;TYPE=del,snp;VARB=0.170519,0.192108;OID=.,.;OPOS=129268117,129268122;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=GCCCCC,GCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152542,0.0508475:21,3:60:9,3:59:47:4,3:5,0:26:21:26:31:15,3:6,0:12:19 chr3 129274363 . G A 454.91 PASS AF=0.358108;AO=53;DP=148;FAO=53;FDP=148;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=73;FWDB=-0.00130026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.167;QD=12.2947;RBI=0.034437;REFB=-0.00553397;REVB=-0.0344124;RO=95;SAF=28;SAR=25;SRF=22;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332479;STB=0.686969;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00739971;OID=.;OPOS=129274363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:95:95:53:53:0.358108:25:28:22:73:25:28:22:73 chr3 129275206 . C T 542.42 PASS AF=0.534653;AO=53;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0789281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8095;QD=21.4821;RBI=0.0855558;REFB=-0.00788187;REVB=-0.0330173;RO=48;SAF=26;SAR=27;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100057;STB=0.546041;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00740206;OID=.;OPOS=129275206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:47:53:54:0.534653:27:26:18:30:28:26:18:29 chr3 129279570 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0248875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6174;QD=18.6369;RBI=0.0282382;REFB=-0.0101293;REVB=-0.0133419;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562335;STB=0.53196;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0132416;OID=.;OPOS=129279570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:6:10:9:7:6:10 chr3 129279597 . C T 306.73 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.701;QD=53.3441;RBI=0.0517299;REFB=0;REVB=0.0468585;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064694;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr3 129281718 . C T 502.14 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0121196;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.944;QD=24.4946;RBI=0.0157875;REFB=-0.0228234;REVB=0.0101174;RO=35;SAF=20;SAR=27;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179165;STB=0.598104;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0105736;OID=.;OPOS=129281718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:35:35:47:47:0.573171:27:20:23:12:27:20:23:12 chr3 129281980 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000929638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6484;QD=57.8843;RBI=0.0150045;REFB=0;REVB=-0.0149756;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126421;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr3 129286413 . G C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9514;QD=62.669;RBI=0.0423661;REFB=0;REVB=-0.0273273;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000481051;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr3 129286635 . G A 92.31 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00994748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.795;QD=19.4341;RBI=0.0287009;REFB=-0.0132387;REVB=0.0269219;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662608;STB=0.505145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0089659;OID=.;OPOS=129286635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:8:8:10:11:0.578947:3:7:5:3:4:7:5:3 chr3 129290087 . G A 222.91 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0201471;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4085;QD=10.2486;RBI=0.0206967;REFB=-0.00753393;REVB=-0.00473765;RO=58;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186095;STB=0.504538;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0127186;OID=.;OPOS=129290087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:59:28:28:0.321839:15:13:26:32:15:13:27:32 chr3 129291751 . T C 278.24 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.105116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.338;QD=19.189;RBI=0.105121;REFB=-0.0563747;REVB=-0.000958638;RO=28;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179264;STB=0.60519;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0495874;OID=.;OPOS=129291751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:29:30:0.517241:20:9:14:14:21:9:14:14 chr3 129293183 . T C 1651.79 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732163;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.357;QD=59.524;RBI=0.0276749;REFB=0;REVB=-0.0266889;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385983;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:110:111:0:0:110:111:1:54:56:0:0:55:56:0:0 chr3 129293256 . T C 567.88 PASS AF=0.417808;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=146;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0285938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8933;QD=15.5584;RBI=0.0304976;REFB=-0.0178927;REVB=-0.0106065;RO=84;SAF=29;SAR=32;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989751;STB=0.55862;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0219857;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:84:85:61:61:0.417808:32:29:48:36:32:29:49:36 chr3 129297223 . C G 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.036952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7471;QD=14.1924;RBI=0.0408122;REFB=0.00740312;REVB=-0.0173258;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329428;STB=0.5467;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0125816;OID=.;OPOS=129297223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:22:15:15:0.405405:7:8:10:10:7:8:10:12 chr3 129308209 . G A 413.98 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00681221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.852;QD=16.5591;RBI=0.00698033;REFB=-0.000137064;REVB=-0.00152277;RO=57;SAF=22;SAR=21;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505774;STB=0.528412;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00013778;OID=.;OPOS=129308209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:57:43:43:0.43:21:22:32:25:21:22:32:25 chr3 129366963 . G T 639.77 PASS AF=0.643678;AO=55;DP=86;FAO=56;FDP=87;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0264744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9549;QD=29.4148;RBI=0.0593964;REFB=-0.0181293;REVB=0.0531699;RO=31;SAF=25;SAR=30;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236207;STB=0.516123;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0111053;OID=.;OPOS=129366963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:31:31:55:56:0.643678:30:25:13:18:30:26:13:18 chr3 129367024 . T A 1008.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.955;QD=59.3178;RBI=0.0408429;REFB=0;REVB=0.0118124;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143675;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr3 129538635 . A G 545.25 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0193227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.785;QD=57.395;RBI=0.0319558;REFB=-0.0415015;REVB=0.0254521;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000467836;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:0:1:20:17:0:1 chr3 129546729 . T C 750.71 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115834;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.6;QD=55.6083;RBI=0.0139569;REFB=0;REVB=0.00778588;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100382;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:26:26:0:0:27:27:0:0 chr3 129695954 . T C 725.07 PASS AF=1;AO=42;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8309;QD=56.8682;RBI=0.0627542;REFB=0;REVB=-0.0576784;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161935;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:42:51:1:19:23:0:0:28:23:0:0 chr3 129696041 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.105;QD=58.2396;RBI=0.0155486;REFB=0;REVB=0.0154648;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84435e-05;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr3 129800823 . T G 109.09 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0122806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.627;QD=5.97744;RBI=0.0157252;REFB=-0.00628096;REVB=0.00982195;RO=56;SAF=7;SAR=10;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242525;STB=0.515033;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.014351;OID=.;OPOS=129800823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:56:17:17:0.232877:10:7:22:34:10:7:22:34 chr3 129800888 . G A 195.86 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0111596;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.941;QD=8.70495;RBI=0.0112003;REFB=-0.00157561;REVB=0.000953425;RO=64;SAF=8;SAR=18;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307149;STB=0.682617;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00348335;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:64:26:26:0.288889:18:8:36:28:18:8:36:28 chr3 129800895 . G A 205.14 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.00662707;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.453;QD=9.32451;RBI=0.0071835;REFB=-0.00762116;REVB=0.00277212;RO=61;SAF=9;SAR=18;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265368;STB=0.656372;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0278352;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:61:61:27:27:0.306818:18:9:34:27:18:9:34:27 chr3 130098349 . G A 760.99 PASS AF=0.528986;AO=73;DP=138;FAO=73;FDP=138;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0322505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1923;QD=22.0577;RBI=0.0437243;REFB=-0.00679326;REVB=0.0295249;RO=62;SAF=28;SAR=45;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140751;STB=0.588625;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00636607;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:62:65:73:73:0.528986:45:28:34:28:45:28:37:28 chr3 130103709 . G A 286.26 PASS AF=0.492063;AO=32;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00550352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9773;QD=18.175;RBI=0.0373664;REFB=0.0322097;REVB=-0.0369589;RO=31;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041253;STB=0.510197;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0325967;OID=.;OPOS=130103709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:32:31:0.492063:20:12:13:18:19:12:13:19 chr3 130103723 . G A 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00154546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.053;QD=18.7852;RBI=0.0258279;REFB=0.00234305;REVB=-0.0257816;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00288394;OID=.;OPOS=130103723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:20:13:13:20:20:13:13:20 chr3 130104062 . T C 433.3 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0085139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.831;QD=18.0543;RBI=0.00885303;REFB=-0.00342794;REVB=0.00242684;RO=52;SAF=20;SAR=24;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442185;STB=0.524704;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00434463;OID=.;OPOS=130104062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:24:20:26:26:24:20:26:26 chr3 130104206 . A G 296.13 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0135563;FXX=0.0108684;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.3538;QD=13.0166;RBI=0.0285706;REFB=-0.00274244;REVB=-0.0251497;RO=58;SAF=8;SAR=26;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21211;STB=0.626669;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00403973;OID=.;OPOS=130104206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:58:57:34:34:0.373626:26:8:23:35:26:8:23:34 chr3 130110550 . A G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0122577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.28;QD=23.3816;RBI=0.0308384;REFB=-0.00994183;REVB=-0.0282976;RO=14;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257878;STB=0.645227;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00562868;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:14:5:8:6:14:5:8:6 chr3 130114082 . C G 559.46 PASS AF=0.425532;AO=59;DP=141;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0419197;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.417;QD=15.8712;RBI=0.0564754;REFB=-0.0167513;REVB=-0.0378446;RO=81;SAF=25;SAR=34;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346948;STB=0.523514;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0230839;OID=.;OPOS=130114082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:81:81:59:60:0.425532:34:25:37:44:35:25:37:44 chr3 130124491 . G A 273.89 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00757963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.28;QD=15.2159;RBI=0.00896568;REFB=-0.0101897;REVB=0.0047888;RO=41;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114546;STB=0.564929;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00760835;OID=.;OPOS=130124491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:11:20:22:19:11:20:22:19 chr3 130124989 . C T 396.77 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.000198737;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.896;QD=13.9218;RBI=0.0370632;REFB=-0.032548;REVB=-0.0370626;RO=66;SAF=20;SAR=26;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601158;STB=0.541159;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0452082;OID=.;OPOS=130124989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:68:46:46:0.403509:26:20:25:41:26:20:25:43 chr3 130125024 . G C 391.36 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=0.0119269;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.448;QD=13.3799;RBI=0.0130482;REFB=-0.0196395;REVB=-0.00529206;RO=68;SAF=22;SAR=24;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117959;STB=0.577179;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0212023;OID=.;OPOS=130125024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:71:46:46:0.393162:24:22:25:43:24:22:25:46 chr3 130125116 . G C 321.23 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.00483068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7919;QD=16.2646;RBI=0.0299783;REFB=-0.0232447;REVB=0.0295865;RO=44;SAF=15;SAR=20;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187271;STB=0.604507;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0271042;OID=.;OPOS=130125116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:20:15:11:33:20:15:11:33 chr3 130128159 . AT A,CA 214.04 PASS AF=0.7,0;AO=37,3;DP=70;FAO=49,0;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=27,0;FSAR=22,0;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.156825,-0.0748246;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=8.0816,24.994;QD=12.231;RBI=0.161701,0.0748971;REFB=-0.143325,-0.064411;REVB=-0.0394087,-0.00329412;RO=22;SAF=20,2;SAR=17,1;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0894846,0.272033;STB=0.536827,0.5;STBP=0.37,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.106523,0;OID=.,.;OPOS=130128160,130128159;OREF=T,AT;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:70:70:22:21:37,3:49,0:0.7,0:17,1:20,2:9:13:22,0:27,0:9:12 chr3 130134492 . T C 180.67 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.0281832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1514;QD=12.9047;RBI=0.0326515;REFB=-0.00161528;REVB=0.0164873;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411882;STB=0.722046;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00140336;OID=.;OPOS=130134492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:13:9:27:6:13:9:27:7 chr3 130134563 . G A 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0162372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.512;QD=18.7952;RBI=0.0176182;REFB=-0.00698769;REVB=-0.00683766;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404922;STB=0.728308;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00945461;OID=.;OPOS=130134563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:16:7:20:7:16:7:20:7 chr3 130162395 . A G 779.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.9966;QD=55.6696;RBI=0.0392724;REFB=0;REVB=-0.0388579;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205147;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:29:25:0:0:31:25:0:0 chr3 130174334 . G A 1419.58 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.98;QD=61.7208;RBI=0.0191497;REFB=-0.149385;REVB=0.00738923;RO=1;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938573;STB=0.504853;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=2.75424e-06;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:1:1:90:91:0.98913:50:40:0:1:51:40:0:1 chr3 130187817 . T C 1462.23 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.027022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.35;QD=56.2396;RBI=0.0319884;REFB=-0.0514848;REVB=0.0171193;RO=2;SAF=52;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178954;STB=0.504383;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00121991;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:2:3:101:101:0.971154:49:52:2:0:49:52:2:1 chr3 130190630 . G A 1118.98 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018651;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3332;QD=60.4856;RBI=0.00391363;REFB=0;REVB=-0.00344063;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27852e-05;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr3 130190720 . AT A 114.62 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.117718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.1507;QD=9.55183;RBI=0.119879;REFB=0.00982433;REVB=0.0226575;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930091;STB=0.555504;STBP=0.541;TYPE=del;VARB=0.0174335;OID=.;OPOS=130190721;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:21:48:21:48:27:9:12:9:18:99:24:9:12:8:16 chr3 130284284 . G A 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0133142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3165;QD=25.0402;RBI=0.0163266;REFB=-0.0188815;REVB=0.00944925;RO=19;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157887;STB=0.510301;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0112497;OID=.;OPOS=130284284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:20:26:26:0.565217:15:11:8:11:15:11:8:12 chr3 130287194 . AGG A,AG 333.64 PASS AF=0,0.921569;AO=8,33;DP=51;FAO=0,47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=0,14;FSAR=0,33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0744873,-0.140989;FXX=0.0377287;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=10.8689,11.6327;QD=26.168;RBI=0.138692,0.267966;REFB=-0.01385,-0.0218542;REVB=-0.116991,-0.227877;RO=4;SAF=1,12;SAR=7,21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.221239,0.221239;SSSB=-0.336275,-0.0293645;STB=0.5,0.518656;STBP=1,0.416;TYPE=del,del;VARB=0.0259367,-0.0195229;OID=.,.;OPOS=130287195,130287195;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.921569:8,33:51:0,47:51:4:0,14:0,33:2:2:5:4:1,12:7,21:2:2 chr3 130300650 . T C 222.96 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00411578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6546;QD=12.5613;RBI=0.0273829;REFB=-0.00279841;REVB=-0.0270718;RO=44;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153523;STB=0.58774;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00296714;OID=.;OPOS=130300650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:14:13:15:29:14:13:15:29 chr3 130311398 . C T 370.18 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00872982;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.027;QD=14.6606;RBI=0.00911935;REFB=-0.0135656;REVB=-0.00263682;RO=51;SAF=16;SAR=26;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316929;STB=0.526147;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.019283;OID=.;OPOS=130311398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:101:51:59:42:42:0.415842:26:16:21:30:26:16:25:34 chr3 130368069 . A G 358.08 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0249743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.978;QD=31.1377;RBI=0.0281813;REFB=-0.0349636;REVB=-0.0130564;RO=16;SAF=7;SAR=23;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206336;STB=0.613797;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0271094;OID=.;OPOS=130368069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:23:7:8:8:23:7:8:8 chr3 130733085 . A G 273.5 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0738647;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6303;QD=23.7826;RBI=0.077533;REFB=-0.0130728;REVB=0.0235663;RO=21;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256983;STB=0.643947;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0170622;OID=.;OPOS=130733085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:21:25:25:0.543478:18:7:12:9:18:7:12:9 chr3 130734061 . C T 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00565494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.533;QD=9.6707;RBI=0.0250276;REFB=-0.00708318;REVB=-0.0243803;RO=36;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14702;STB=0.588124;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0186343;OID=.;OPOS=130734061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:10:6:18:18:10:6:18:18 chr3 130743812 . G A 259.42 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00710621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.882;QD=14.2148;RBI=0.0116084;REFB=-0.0245877;REVB=-0.00917914;RO=43;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705966;STB=0.540119;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0262692;OID=.;OPOS=130743812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:14:16:20:23:14:16:20:23 chr3 130852185 . TG CA 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00555323;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=285.986;QD=14.1393;RBI=0.00680829;REFB=-0.00629562;REVB=0.00393884;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012103;STB=0.526988;STBP=0.824;TYPE=mnp;VARB=0.00888507;OID=.;OPOS=130852185;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:9:5:7:12:9:5:8:12 chr3 130992385 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.682;QD=60.2043;RBI=0.0175503;REFB=0;REVB=0.0170492;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72862e-05;OID=.;OPOS=130992385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr3 131102053 . A G 1245.88 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.954;QD=61.5251;RBI=0.0582515;REFB=0;REVB=0.0434265;RO=0;SAF=27;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131655;OID=.;OPOS=131102053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:54:27:0:0:54:27:0:0 chr3 131136797 . T C 1530.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.997;QD=63.7856;RBI=0.0403507;REFB=0;REVB=0.0189996;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50018e-05;OID=.;OPOS=131136797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:57:38:0:0:57:39:0:0 chr3 131947937 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4042;QD=61.8523;RBI=0.0137373;REFB=0;REVB=-0.00212533;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109563;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr3 131950716 . G GC 47.35 PASS AF=0.5;AO=7;DP=21;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.071531;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.3513;QD=10.5224;RBI=0.0984398;REFB=-0.125015;REVB=-0.0676292;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.636033;STBP=0.333;TYPE=ins;VARB=0.145983;OID=.;OPOS=131950717;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:21:9:18:9:7:2:5:4:47:14:5:2:10:4 chr3 132218623 . G T 1695.5 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.742;QD=60.5536;RBI=0.033179;REFB=0;REVB=0.0257306;RO=0;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.159e-05;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:48:63:0:0:49:63:0:0 chr3 132360883 . C T 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.367;QD=64.2852;RBI=0.00965977;REFB=0;REVB=0.00951673;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78466e-06;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr3 132401600 . C T 859.61 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0244216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8286;QD=54.5787;RBI=0.0316126;REFB=-0.216684;REVB=0.0200734;RO=2;SAF=27;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336837;STB=0.517851;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00607939;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:34:27:2:0:34:27:2:0 chr3 132436967 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7655;QD=55.6555;RBI=0.0766848;REFB=0;REVB=0.0669437;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166626;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:12:15:0:0 chr3 133099245 . G A 773.81 PASS AF=0.622807;AO=71;DP=114;FAO=71;FDP=114;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00562604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.853;QD=27.1512;RBI=0.0070949;REFB=-0.0174139;REVB=-0.00432264;RO=43;SAF=30;SAR=41;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950677;STB=0.551555;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0133228;OID=.;OPOS=133099245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:43:43:71:71:0.622807:41:30:24:19:41:30:24:19 chr3 133099450 . G GC 33.2 PASS AF=0.104167;AO=11;DP=97;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.0510334;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=187.909;QD=1.3833;RBI=0.0576319;REFB=-0.000570049;REVB=-0.0267774;RO=86;SAF=7;SAR=4;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138088;STB=0.559202;STBP=0.692;TYPE=ins;VARB=0.072856;OID=.;OPOS=133099451;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.104167:11:97:10:96:86:6:4:46:40:33:86:7:4:45:41 chr3 133114893 . C T 657.79 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.412;QD=59.7987;RBI=0.01709;REFB=-0.128966;REVB=0.00775887;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00100533;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:23:20:0:0:23:20:1:0 chr3 133329943 . G A 217.74 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0116734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.031;QD=15.553;RBI=0.0169933;REFB=-0.0159469;REVB=-0.0123492;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166696;STB=0.584353;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.019572;OID=.;OPOS=133329943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:15:9:7:24:16:9:7:24 chr3 133368362 . T G 361.11 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0118764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.703;QD=15.2045;RBI=0.0284908;REFB=-0.0155627;REVB=0.0258974;RO=55;SAF=15;SAR=24;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131256;STB=0.57986;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0234272;OID=.;OPOS=133368362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:56:39:39:0.410526:24:15:28:27:24:15:29:27 chr3 133465283 . A G 520.23 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.116971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1729;QD=20.4013;RBI=0.125943;REFB=-0.0425752;REVB=-0.0466846;RO=49;SAF=20;SAR=33;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171376;STB=0.594558;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0436609;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:53:53:0.519608:33:20:28:21:33:20:28:21 chr3 133467318 . A G 519.91 PASS AF=0.416058;AO=56;DP=136;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0209353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8549;QD=15.1799;RBI=0.0782264;REFB=-0.0110774;REVB=-0.075373;RO=79;SAF=29;SAR=27;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104061;STB=0.548832;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0186213;OID=.;OPOS=133467318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:79:80:56:57:0.416058:27:29:33:46:28:29:34:46 chr3 133475722 . C T 354.72 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.018403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.385;QD=12.5563;RBI=0.0184254;REFB=-0.0136224;REVB=-0.000908973;RO=70;SAF=25;SAR=18;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483331;STB=0.502749;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0211271;OID=.;OPOS=133475722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:43:43:0.380531:18:25:41:29:18:25:41:29 chr3 133485133 . A G 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3963;QD=60.545;RBI=0.0195054;REFB=0;REVB=0.0174477;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167081;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr3 133494354 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0111556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.803;QD=14.8337;RBI=0.0624839;REFB=-0.0112373;REVB=-0.06148;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191462;STB=0.609276;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0105595;OID=.;OPOS=133494354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:12:18:9:13:12:18 chr3 133524717 . G C 1123.44 PASS AF=0.491304;AO=113;DP=230;FAO=113;FDP=230;FR=.;FRO=117;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=58;FSRR=59;FWDB=-0.0227163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.5235;QD=19.5381;RBI=0.0264852;REFB=-0.0169094;REVB=-0.0136176;RO=116;SAF=59;SAR=54;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283474;STB=0.513436;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0167607;OID=.;OPOS=133524717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:116:117:113:113:0.491304:54:59:57:59:54:59:58:59 chr3 133547245 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.040818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1086;QD=18.8207;RBI=0.040994;REFB=0.00221427;REVB=-0.00379432;RO=10;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260731;STB=0.651885;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00511808;OID=.;OPOS=133547245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:2:10:6:4:2:10:6:4 chr3 133547692 . G A 543.43 PASS AF=0.407895;AO=61;DP=150;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.008711;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.508;QD=14.3008;RBI=0.0101947;REFB=-0.0109617;REVB=0.00529633;RO=88;SAF=30;SAR=31;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631485;STB=0.530003;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0192197;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:88:90:61:62:0.407895:31:30:38:50:32:30:39:51 chr3 133941320 . C T 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0142325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5776;QD=19.1477;RBI=0.0156745;REFB=-0.0182324;REVB=0.00656691;RO=36;SAF=24;SAR=12;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29941;STB=0.666574;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0184971;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:12:24:12:24:12:24:12:24 chr3 134075522 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.783;QD=62.9081;RBI=0.0308209;REFB=0;REVB=-0.0116324;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58567e-05;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr3 134077470 . C G 2285.36 PASS AF=0.980769;AO=153;DP=156;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00523981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.696;QD=58.5989;RBI=0.00862449;REFB=-0.00743022;REVB=0.00685026;RO=3;SAF=72;SAR=81;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503869;STB=0.502649;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.000239905;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:156:3:3:153:153:0.980769:81:72:1:2:81:72:1:2 chr3 134278270 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0120198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.257;QD=17.6896;RBI=0.0131107;REFB=-0.0104918;REVB=-0.00523583;RO=26;SAF=3;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297266;STB=0.672705;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0181303;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:18:3:9:17:18:3:9:17 chr3 134280395 . T A 938.51 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.392;QD=58.6567;RBI=0.0382727;REFB=0;REVB=-0.0286781;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25865e-06;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:20:42:0:0:20:44:0:0 chr3 134322163 . C A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00320051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.836;QD=12.4556;RBI=0.0168126;REFB=-0.000932992;REVB=-0.0165052;RO=34;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244874;STB=0.641838;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00117575;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:14:7:19:15:14:7:19:15 chr3 134322742 . A G 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.00614032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.817;QD=16.7315;RBI=0.0125552;REFB=0.00221534;REVB=-0.0109513;RO=35;SAF=8;SAR=23;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748938;STB=0.525757;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00287491;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:23:8:7:28:23:8:8:28 chr3 134322814 . G C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.020165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.715;QD=23.0011;RBI=0.0383522;REFB=-0.00516033;REVB=0.0326231;RO=22;SAF=10;SAR=19;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14872;STB=0.581709;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00340196;OID=.;OPOS=134322814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:19:10:4:18:19:10:4:18 chr3 134323156 . A G 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00447583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.2738;QD=55.221;RBI=0.050883;REFB=-0.0561463;REVB=-0.0506857;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200576;STB=0.510634;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000462518;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:33:23:1:0:33:23:1:0 chr3 134499419 . G A 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0428971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7003;QD=17.9528;RBI=0.0457368;REFB=-0.0193831;REVB=-0.0158651;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117507;STB=0.565937;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0127693;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:11:16:13:15:11:16:13:15 chr3 134898742 . C T 855.45 PASS AF=0.486034;AO=87;DP=179;FAO=87;FDP=179;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0212672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.103;QD=19.1162;RBI=0.0243854;REFB=-0.01578;REVB=0.0119312;RO=92;SAF=31;SAR=56;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188807;STB=0.604266;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0171967;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:92:92:87:87:0.486034:56:31:51:41:56:31:51:41 chr3 136573440 . A G 1029.38 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0486994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4505;QD=57.9932;RBI=0.0487005;REFB=-0.0138999;REVB=0.000326096;RO=1;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129528;STB=0.506847;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000178834;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:36:34:0:1:36:34:0:1 chr3 136574501 . A G 1113.08 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0919418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8904;QD=57.8225;RBI=0.0919868;REFB=-0.156381;REVB=0.00287967;RO=1;SAF=29;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160326;STB=0.508195;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00393524;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:77:1:1:74:76:0.987013:45:29:1:0:46:30:1:0 chr3 136574578 . T TTAA 578.47 PASS AF=1;AO=37;DP=46;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213684;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=3;MLLD=259.526;QD=60.8917;RBI=0.0351382;REFB=0;REVB=0.0278941;RO=9;SAF=17;SAR=20;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752144;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000179348;OID=.;OPOS=136574579;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:46:38:38:0:17:21:0:0:4:9:17:20:6:3 chr3 136649463 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.288;QD=63.5825;RBI=0.0221078;REFB=0;REVB=0.020366;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98394e-05;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr3 137786442 . T C 254.77 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0040685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.838;QD=23.161;RBI=0.0118938;REFB=-0.0179435;REVB=-0.0111763;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541937;STB=0.549959;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.012548;OID=.;OPOS=137786442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:18:20:24:24:0.545455:13:11:7:11:13:11:7:13 chr3 137787047 . C T 302.51 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00254769;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.684;QD=23.7264;RBI=0.00316132;REFB=-0.0110414;REVB=-0.00187169;RO=21;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148558;STB=0.508191;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0065835;OID=.;OPOS=137787047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:21:21:30:30:0.588235:12:18:13:8:12:18:13:8 chr3 137787192 . T C 277.35 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0174625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3943;QD=20.5447;RBI=0.026286;REFB=-0.0476541;REVB=-0.0196473;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139039;STB=0.50773;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0681014;OID=.;OPOS=137787192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:19:10:9:16:19:10:9:16 chr3 137787963 . T G 404.58 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0130721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.844;QD=17.0349;RBI=0.0135985;REFB=-0.00484103;REVB=0.00374713;RO=53;SAF=22;SAR=20;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143152;STB=0.508028;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00577534;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:20:22:27:26:20:22:27:26 chr3 137807259 . G A 648.2 PASS AF=0.590476;AO=62;DP=104;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0107154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.829;QD=24.6934;RBI=0.0182352;REFB=-0.0233697;REVB=0.0147548;RO=42;SAF=28;SAR=34;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713074;STB=0.543651;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0158091;OID=.;OPOS=137807259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:42:43:62:62:0.590476:34:28:23:19:34:28:24:19 chr3 137843106 . T C 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00653587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.11;QD=15.5688;RBI=0.0268213;REFB=-0.0103019;REVB=-0.0260128;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916369;STB=0.55928;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0109987;OID=.;OPOS=137843106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:13:15:15:19:13:15:15:20 chr3 137843476 . G T 391.37 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0514367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.237;QD=19.3268;RBI=0.0516153;REFB=-0.00864164;REVB=-0.00428915;RO=41;SAF=22;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553308;STB=0.530725;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00528234;OID=.;OPOS=137843476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:18:22:25:16:18:22:25:16 chr3 137850003 . A G 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.049055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.373;QD=22.3897;RBI=0.0500687;REFB=-0.0215753;REVB=-0.0100243;RO=25;SAF=21;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139167;STB=0.569236;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0216934;OID=.;OPOS=137850003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:26:34:34:0.566667:13:21:11:14:13:21:12:14 chr3 137880743 . G A 124.86 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0177321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8435;QD=17.8364;RBI=0.0624587;REFB=-0.00954496;REVB=-0.0598887;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188032;STB=0.606997;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0127003;OID=.;OPOS=137880743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:10:4:7:7:10:4 chr3 137881265 . T A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0403758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.378;QD=20.2097;RBI=0.0465465;REFB=-0.019367;REVB=0.0231596;RO=10;SAF=11;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275703;STB=0.659716;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0181933;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:2:11:6:4:2:11:6:4 chr3 138033181 . C T 546.0 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0235688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6294;QD=53.2681;RBI=0.0614808;REFB=-0.0665385;REVB=0.0567838;RO=2;SAF=15;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584497;STB=0.54543;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0279283;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:2:3:38:38:0.926829:23:15:2:0:23:15:3:0 chr3 138187568 . C T 2977.28 PASS AF=0.994737;AO=187;DP=189;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.018;QD=62.6796;RBI=0.0177069;REFB=-0.0311858;REVB=0.0106927;RO=1;SAF=85;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046455;STB=0.502439;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000107859;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:190:1:1:187:189:0.994737:102:85:0:1:102:87:0:1 chr3 138191448 . A T 1488.51 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0895663;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.868;QD=59.5404;RBI=0.0895769;REFB=0;REVB=-0.00137924;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152907;OID=.;OPOS=138191448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:100:0:0:99:100:1:45:54:0:0:45:55:0:0 chr3 138218994 . T C 2384.12 PASS AF=0.993671;AO=155;DP=156;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8165;QD=60.3576;RBI=0.0198526;REFB=-0.127811;REVB=-0.00623532;RO=1;SAF=83;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569754;STB=0.502958;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00195731;OID=.;OPOS=138218994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:158:1:1:155:157:0.993671:72:83:1:0:73:84:1:0 chr3 138289221 . C T 1728.73 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5155;QD=60.6571;RBI=0.0431944;REFB=0;REVB=-0.0224665;RO=0;SAF=68;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88334e-05;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:45:68:0:0:45:69:0:0 chr3 138329862 . G A 1156.6 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0343331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.228;QD=59.3128;RBI=0.0410178;REFB=-0.0999442;REVB=0.0224431;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122921;STB=0.506492;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000601556;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:38:39:0:1:38:39:0:1 chr3 138663179 . A G 103.5 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0596419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.794;QD=18.8185;RBI=0.060931;REFB=0.00748276;REVB=0.0124673;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208353;STB=0.580507;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00552318;OID=.;OPOS=138663179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:10:10:11:12:0.545455:8:3:5:5:8:4:5:5 chr3 138668582 . T C 244.32 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0190447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.482;QD=23.2689;RBI=0.0204752;REFB=-0.0162495;REVB=0.00751898;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280213;STB=0.506324;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0105071;OID=.;OPOS=138668582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:12:10:8:11:13:10:8:11 chr3 138668692 . T C 283.75 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00173905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.024;QD=23.1635;RBI=0.00714323;REFB=-0.00333893;REVB=-0.00692831;RO=23;SAF=6;SAR=19;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269988;STB=0.531804;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00215619;OID=.;OPOS=138668692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:25:26:0.530612:19:6:5:18:19:7:5:18 chr3 138724757 . C G 231.04 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0329092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2965;QD=24.9774;RBI=0.0347917;REFB=-0.0577437;REVB=0.0112895;RO=14;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818896;STB=0.531991;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0475752;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:12:10:8:6:12:10:8:7 chr3 138739617 . A G 61.7 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.398;QD=35.2562;RBI=0.0645408;REFB=0;REVB=0.0433592;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125562;OID=.;OPOS=138739617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:4:3:0:0 chr3 138762707 . C G 357.29 PASS AF=0.387387;AO=41;DP=109;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.00359101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7001;QD=12.8754;RBI=0.0495349;REFB=-0.020302;REVB=-0.0494045;RO=66;SAF=23;SAR=18;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227388;STB=0.610232;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0299959;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:66:68:41:43:0.387387:18:23:23:43:20:23:24:44 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG 1354.05 PASS AF=0,1;AO=12,67;DP=95;FAO=0,94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=0,56;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287248,0.0252308;FXX=0.0105252;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=266.959,281.026;QD=57.6191;RBI=0.0534764,0.0739238;REFB=0,0;REVB=0.0451067,0.0694848;RO=0;SAF=4,44;SAR=8,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.11549e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000961323,0.000743879;OID=.,.;OPOS=138763635,138763628;OREF=GCTG,TGC;OALT=-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:12,67:95:0,94:94:0:0,56:0,38:0:0:7:0:4,44:8,23:0:0 chr3 139102120 . C A 285.09 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00549217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.424;QD=21.1179;RBI=0.00864947;REFB=-0.0196181;REVB=-0.00668203;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140682;STB=0.514842;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0134822;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:24:29:30:0.555556:14:15:12:12:14:16:12:12 chr3 139257603 . A G 224.52 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0244633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8989;QD=17.6092;RBI=0.0390505;REFB=-0.0157373;REVB=-0.0304382;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364531;STB=0.704067;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0226211;OID=.;OPOS=139257603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:15:9:21:6:15:9:21:6 chr3 139258508 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00911687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.76;QD=10.1728;RBI=0.0213715;REFB=-0.0239864;REVB=-0.0193294;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219799;STB=0.635901;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0404432;OID=.;OPOS=139258508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:4:5:2:4:4:5 chr3 139303248 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00895775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.947;QD=62.6697;RBI=0.0303507;REFB=0;REVB=0.0289987;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25873e-05;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr3 139318241 . A T 212.42 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=0.0550108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.402;QD=12.4951;RBI=0.0550487;REFB=0.000559856;REVB=-0.00204315;RO=36;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113277;STB=0.637587;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.000980285;OID=.;OPOS=139318241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:36:42:26:26:0.382353:17:9:9:27:15:11:9:33 chr3 139328739 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8381;QD=51.9166;RBI=0.0390644;REFB=0;REVB=0.00952103;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835129;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr3 140167536 . A G 1959.49 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.014692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.178;QD=60.292;RBI=0.014806;REFB=-0.127362;REVB=-0.00183419;RO=2;SAF=55;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128404;STB=0.506756;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-3.00834e-06;OID=.;OPOS=140167536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:2:2:128:128:0.984615:73:55:0:2:73:55:0:2 chr3 140178485 . G A 859.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.233;QD=57.2848;RBI=0.0195484;REFB=0;REVB=0.00762075;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37279e-05;OID=.;OPOS=140178485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:22:36:0:0:24:36:0:0 chr3 140401693 . A G 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.741;QD=59.4266;RBI=0.0781322;REFB=0;REVB=0.0427981;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000409609;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr3 140406889 . C T 261.37 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0363193;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.839;QD=20.4997;RBI=0.0372261;REFB=-0.0119628;REVB=-0.00816645;RO=24;SAF=19;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255506;STB=0.642967;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.013472;OID=.;OPOS=140406889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:8:19:10:14:8:19:10:14 chr3 141774125 . T C 454.84 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.0120603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.949;QD=19.9928;RBI=0.0175666;REFB=-0.00492756;REVB=-0.0127724;RO=46;SAF=19;SAR=26;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177272;STB=0.59769;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00387952;OID=.;OPOS=141774125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:26:19:11:35:26:19:11:35 chr3 141923505 . AC AT,TA 635.36 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=39,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.97929e-05,-0.0146219;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=110.954,73.5375;QD=60.5103;RBI=0.00197672,0.0147105;REFB=0,0;REVB=0.0019751,0.00161232;RO=0;SAF=24,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-2.55168e-05,0.115206;OID=.,.;OPOS=141923506,141923505;OREF=C,AC;OALT=T,TA;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:42:42:0:0:39,2:40,2:0.952381,0.047619:15,0:24,2:0:0:15,0:25,2:0:0 chr3 141932356 . G A 1057.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.199;QD=59.566;RBI=0.030227;REFB=0;REVB=-0.0232939;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040023;OID=.;OPOS=141932356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:34:35:0:0:34:37:0:0 chr3 142168331 . C T 540.32 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0429777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5994;QD=22.054;RBI=0.0545486;REFB=-0.00379914;REVB=0.0335927;RO=47;SAF=28;SAR=23;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234037;STB=0.628546;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00329947;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:23:28:13:34:23:28:13:34 chr3 142503605 . G A 796.5 PASS AF=0.461111;AO=83;DP=179;FAO=83;FDP=180;FR=.;FRO=97;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.0014848;FXX=0.00552456;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.998;QD=17.7;RBI=0.00262131;REFB=-0.00812859;REVB=0.00216024;RO=96;SAF=35;SAR=48;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564582;STB=0.534339;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00969082;OID=.;OPOS=142503605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:96:97:83:83:0.461111:48:35:46:50:48:35:47:50 chr3 142523349 . G A 435.28 PASS AF=0.466019;AO=47;DP=104;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0283284;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.215;QD=16.9042;RBI=0.0385227;REFB=-0.0115612;REVB=-0.0261055;RO=55;SAF=18;SAR=29;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198901;STB=0.518101;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0101877;OID=.;OPOS=142523349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:55:55:47:48:0.466019:29:18:20:35:29:19:20:35 chr3 142524858 . G A 481.74 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.00541198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9003;QD=14.5982;RBI=0.00910603;REFB=-0.0134913;REVB=0.00732326;RO=76;SAF=32;SAR=22;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975739;STB=0.547927;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0243516;OID=.;OPOS=142524858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:76:78:54:54:0.409091:22:32:38:38:22:32:40:38 chr3 142670616 . A G 152.79 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0247916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.082;QD=13.581;RBI=0.0256447;REFB=0.0013006;REVB=0.00655959;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12816;STB=0.584318;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00162944;OID=.;OPOS=142670616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:9:8:16:11:9:8:17:11 chr3 142730774 . T G 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0173826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7357;QD=12.7243;RBI=0.0451942;REFB=0.0138562;REVB=-0.0417177;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695428;STB=0.540024;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0235762;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:13:10:18:18:13:10:18:18 chr3 142775360 . TTA T,TT 34.07 PASS AF=0.3,0;AO=3,3;DP=28;FAO=9,0;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=8,0;FSAR=1,0;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.171003,0.324634;FXX=0;HRUN=6,7;LEN=2,1;MLLD=17.6604,8.48899;QD=4.54203;RBI=0.223591,0.463093;REFB=0.0625697,0.0460143;REVB=-0.144051,-0.330254;RO=15;SAF=3,1;SAR=0,2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.491525,0;SSSB=0.589173,-0.286083;STB=0.7992,0.5;STBP=0.072,1;TYPE=del,del;VARB=-0.154714,0;OID=.,.;OPOS=142775361,142775362;OREF=TA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3,0:3,3:28:9,0:30:21:8,0:1,0:12:9:33:15:3,1:0,2:9:6 chr3 142779294 . C T 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0182869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.972;QD=12.7895;RBI=0.0184455;REFB=-0.0127865;REVB=-0.00241395;RO=45;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173572;STB=0.509953;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0149672;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:16:12:20:25:16:12:20:25 chr3 143692018 . C G 271.68 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0605588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9369;QD=19.4058;RBI=0.0611396;REFB=-0.032152;REVB=-0.00840669;RO=27;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609373;STB=0.533969;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0296093;OID=.;OPOS=143692018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:16:13:14:13:16:13:14:13 chr3 143704516 . C T 637.0 PASS AF=0.443038;AO=71;DP=158;FAO=70;FDP=158;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.027268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.952;QD=16.1265;RBI=0.0392658;REFB=-0.0046289;REVB=-0.0282534;RO=87;SAF=35;SAR=36;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067106;STB=0.544291;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00624814;OID=.;OPOS=143704516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:87:88:71:70:0.443038:36:35:37:50:35:35:37:51 chr3 145782812 . T C 236.53 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0114632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1428;QD=22.0031;RBI=0.0366516;REFB=-0.0284381;REVB=0.0348128;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173743;STB=0.597398;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0168636;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:15:8:11:9:15:8:11:9 chr3 145783440 . T C 1042.72 PASS AF=0.39;AO=117;DP=300;FAO=117;FDP=300;FR=.;FRO=183;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=94;FSRR=89;FWDB=-0.0141905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.699;QD=13.9029;RBI=0.0148206;REFB=-0.00979557;REVB=0.00427567;RO=180;SAF=59;SAR=58;SRF=94;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193898;STB=0.505727;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0123937;OID=.;OPOS=145783440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:180:183:117:117:0.39:58:59:94:86:58:59:94:89 chr3 145803138 . T C 157.73 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0811793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9664;QD=25.2367;RBI=0.0838808;REFB=0.0214129;REVB=0.0211168;RO=9;SAF=1;SAR=15;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498843;STB=0.788985;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00811351;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:15:1:4:5:15:1:4:5 chr3 145803142 . T A 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00146716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.727;QD=25.2873;RBI=0.00354535;REFB=-0.0237471;REVB=0.00322753;RO=9;SAF=1;SAR=15;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498843;STB=0.788985;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0132299;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:15:1:4:5:15:1:4:5 chr3 146177815 . C T 674.75 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=46;FWDB=0.00575006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0254;QD=20.447;RBI=0.048507;REFB=-0.0104129;REVB=-0.048165;RO=65;SAF=38;SAR=29;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24209;STB=0.632873;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0100357;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:65:65:67:67:0.507576:29:38:19:46:29:38:19:46 chr3 146234853 . C T 296.94 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0314289;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.371;QD=17.9963;RBI=0.0341897;REFB=-0.0123872;REVB=-0.0134595;RO=34;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057967;STB=0.532422;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0127266;OID=.;OPOS=146234853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:34:32:32:0.484848:14:18:17:17:14:18:17:17 chr3 146243369 . G T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00272849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.483;QD=21.7444;RBI=0.0300505;REFB=-0.0349698;REVB=-0.0299264;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058982;STB=0.533289;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0165497;OID=.;OPOS=146243369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:5:6:7:8:5:6 chr3 146289323 . T C 147.17 PASS AF=0.457143;AO=13;DP=32;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0659268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5862;QD=16.8199;RBI=0.0703284;REFB=-0.0210338;REVB=0.0244897;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414547;STB=0.542804;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.019599;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:19:19:13:16:0.457143:7:6:8:11:8:8:8:11 chr3 148459395 . C T 183.64 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0245772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7625;QD=17.916;RBI=0.03137;REFB=-0.0161336;REVB=-0.0194945;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180343;STB=0.610247;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0197058;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:19:19:0.463415:11:8:5:16:11:8:5:17 chr3 148460467 . C A 2530.95 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.588;QD=60.9868;RBI=0.0389718;REFB=-0.0531046;REVB=0.0365485;RO=1;SAF=84;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056318;STB=0.502958;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=7.25108e-05;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:166:1:1:165:165:0.993976:81:84:1:0:81:84:1:0 chr3 148562310 . G A 179.03 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.033085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.841;QD=10.8504;RBI=0.0368701;REFB=-0.0173352;REVB=0.0162723;RO=42;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199513;STB=0.62293;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0227691;OID=.;OPOS=148562310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:43:23:23:0.348485:9:14:18:24:9:14:18:25 chr3 148597612 . C T 1226.21 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.973;QD=61.3105;RBI=0.0124268;REFB=0;REVB=-0.00516141;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17946e-05;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:36:43:0:0:37:43:0:0 chr3 148786108 . C T 260.37 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0173931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.596;QD=12.1101;RBI=0.0229653;REFB=0.0027141;REVB=-0.0149962;RO=55;SAF=8;SAR=23;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318321;STB=0.684509;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00633931;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:55:31:31:0.360465:23:8:29:26:23:8:29:26 chr3 148872987 . G A 285.96 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0112197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3519;QD=21.9972;RBI=0.0114069;REFB=-0.00249784;REVB=-0.00205771;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932773;STB=0.551688;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00366029;OID=.;OPOS=148872987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:13:16:10:13:13:16:10:13 chr3 148881673 . C T 198.35 PASS AF=0.4;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00510481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.549;QD=13.2231;RBI=0.0130501;REFB=-0.0271325;REVB=-0.0120103;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204275;STB=0.624896;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0361619;OID=.;OPOS=148881673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:36:24:24:0.4:9:15:15:20:9:15:15:21 chr3 148916235 . T A 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.911;QD=59.3217;RBI=0.0187108;REFB=0;REVB=0.0139648;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68941e-05;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr3 149093238 . A G 1211.07 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.984;QD=59.0764;RBI=0.0192236;REFB=-0.13048;REVB=0.0154673;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.505493;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000289368;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:80:81:0.987805:36:44:0:0:36:45:1:0 chr3 149216629 . C T 892.17 PASS AF=0.483871;AO=90;DP=186;FAO=90;FDP=186;FR=.;FRO=96;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=0.0237026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.421;QD=19.1865;RBI=0.0296657;REFB=-0.02629;REVB=-0.0178393;RO=95;SAF=49;SAR=41;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424807;STB=0.5203;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0255717;OID=.;OPOS=149216629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:95:96:90:90:0.483871:41:49:56:39:41:49:56:40 chr3 149238595 . C CTTAA 286.46 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0117659;FXX=0.0322546;HRUN=0;LEN=4;MLLD=181.718;QD=12.7314;RBI=0.0149696;REFB=-0.00940468;REVB=0.00925489;RO=56;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109342;STB=0.566971;STBP=0.364;TYPE=ins;VARB=0.0131659;OID=.;OPOS=149238596;OREF=-;OALT=TTAA;OMAPALT=CTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:33:93:33:90:57:15:18:20:37:99:56:15:18:20:36 chr3 149459341 . A G 1575.18 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233706;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.642;QD=60.0067;RBI=0.0214398;REFB=0;REVB=0.021312;RO=0;SAF=37;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385297;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:103:105:1:66:37:0:0:66:39:0:0 chr3 149459413 . C T 797.77 PASS AF=0.520548;AO=76;DP=146;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.00632309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.951;QD=21.8566;RBI=0.0163201;REFB=-0.0282625;REVB=-0.0150454;RO=70;SAF=31;SAR=45;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595836;STB=0.532658;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0191247;OID=.;OPOS=149459413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:70:70:76:76:0.520548:45:31:24:46:45:31:24:46 chr3 149469159 . C G 203.83 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0214167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0728;QD=15.0986;RBI=0.0341712;REFB=-0.000619343;REVB=0.026627;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269023;STB=0.636253;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00163876;OID=.;OPOS=149469159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:23:24:0.444444:14:9:20:10:14:10:20:10 chr3 149479301 . C T 559.4 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0139631;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.006;QD=18.9627;RBI=0.020063;REFB=-0.0034046;REVB=-0.0144068;RO=60;SAF=26;SAR=32;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139062;STB=0.50769;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00243053;OID=.;OPOS=149479301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:60:60:58:58:0.491525:32:26:26:34:32:26:26:34 chr3 149678534 . C T 816.63 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.338;QD=57.3075;RBI=0.0449994;REFB=0;REVB=0.0443146;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188834;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr3 150280445 . C G,T 770.73 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=47,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631047,0.0376018;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.983,11.005;QD=62.9165;RBI=0.0667096,0.0585482;REFB=0,0;REVB=0.0216325,-0.0448776;RO=0;SAF=25,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00121147,0.145921;OID=.,.;OPOS=150280445,150280445;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:49:49:0:0:47,2:47,2:0.959184,0.0408163:22,2:25,0:0:0:22,2:25,0:0:0 chr3 150421419 . G A 281.58 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00611258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.377;QD=19.4192;RBI=0.0206916;REFB=-0.0361772;REVB=0.0197682;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882131;STB=0.532461;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.016009;OID=.;OPOS=150421419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:26:28:30:30:0.517241:13:17:12:14:13:17:14:14 chr3 150690439 . T A 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00707867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.386;QD=10.7923;RBI=0.0191795;REFB=-0.00428598;REVB=-0.0178254;RO=35;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110656;STB=0.565237;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0134716;OID=.;OPOS=150690439;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:7:11:18:17:7:11:18:17 chr3 150903122 . G A 714.04 PASS AF=0.503597;AO=70;DP=141;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.000477192;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.038;QD=20.5478;RBI=0.0246994;REFB=-0.0053076;REVB=0.0246948;RO=68;SAF=21;SAR=49;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126736;STB=0.574857;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0073068;OID=.;OPOS=150903122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:68:69:70:70:0.503597:49:21:29:39:49:21:30:39 chr3 150905972 . A G 277.9 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.025263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.462;QD=18.5266;RBI=0.0252838;REFB=-0.00079584;REVB=-0.00102545;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196419;STB=0.599055;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000900592;OID=.;OPOS=150905972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:13:16:10:20:14:16:10:20 chr3 150911405 . T C 710.61 PASS AF=0.5;AO=70;DP=140;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.00667448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.818;QD=20.303;RBI=0.0128946;REFB=-0.00160142;REVB=0.0110328;RO=70;SAF=24;SAR=46;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424453;STB=0.52342;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00130552;OID=.;OPOS=150911405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:70:70:70:70:0.5:46:24:27:43:46:24:27:43 chr3 150916327 . T C 559.97 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0122312;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.732;QD=17.499;RBI=0.0165713;REFB=-0.0215809;REVB=0.0111807;RO=68;SAF=30;SAR=29;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647942;STB=0.531876;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0237065;OID=.;OPOS=150916327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:69:59:59:0.460938:29:30:30:38:29:30:31:38 chr3 151011969 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.927;QD=55.0981;RBI=0.0297199;REFB=0;REVB=-0.000173085;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027869;OID=.;OPOS=151011969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr3 151012497 . T C 1810.29 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=122;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0185444;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.771;QD=59.8443;RBI=0.0246964;REFB=-0.0946076;REVB=0.0163101;RO=2;SAF=66;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00173506;STB=0.504672;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000269085;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:121:2:1:119:120:0.991736:53:66:1:1:53:67:0:1 chr3 151046308 . G A 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0131799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.51;QD=54.9958;RBI=0.0142212;REFB=-0.036245;REVB=0.00534173;RO=2;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389977;STB=0.520822;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000997758;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:23:14:0:2:23:14:0:2 chr3 151056598 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.81;QD=39.2067;RBI=0.0644638;REFB=0;REVB=0.0268181;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821465;OID=.;OPOS=151056598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr3 151082923 . T C 1083.85 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796816;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.009;QD=60.2137;RBI=0.0235359;REFB=0;REVB=0.022146;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23134e-05;OID=.;OPOS=151082923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr3 151131077 . C T 455.05 PASS AF=0.471698;AO=48;DP=105;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0323942;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8881;QD=17.1719;RBI=0.0529581;REFB=-0.0264168;REVB=0.0418949;RO=56;SAF=19;SAR=29;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149622;STB=0.505041;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0493708;OID=.;OPOS=151131077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:56:56:48:50:0.471698:29:19:23:33:29:21:23:33 chr3 151134104 . AGCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT A 50.0 PASS AO=51;DP=147;LEN=87;RO=96;SAF=8;SAR=67;SRF=2;SRR=70;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=151134105;OREF=GCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:147:96:51:67:8:2:70 chr3 151143447 . G T 251.07 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00481269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.582;QD=19.692;RBI=0.00498732;REFB=-0.0192571;REVB=-0.00130823;RO=24;SAF=7;SAR=18;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131886;STB=0.544877;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0113232;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:25:25:26:0.509804:18:7:4:20:19:7:5:20 chr3 151150968 . T G 558.5 PASS AF=0.97561;AO=22;DP=43;FAO=40;FDP=41;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00808721;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=196.68;QD=54.4874;RBI=0.100997;REFB=-0.0337851;REVB=-0.100672;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.516121;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000664578;OID=.;OPOS=151150968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:41:0:1:22:40:0.97561:16:6:0:0:25:15:1:0 chr3 151154666 . T C 1498.61 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256588;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.996;QD=59.9445;RBI=0.0318664;REFB=0;REVB=0.0188969;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24029e-05;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:56:44:0:0:56:44:0:0 chr3 151155207 . T A 353.95 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0458589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3484;QD=16.0885;RBI=0.0598692;REFB=-0.00301934;REVB=0.0384873;RO=50;SAF=20;SAR=18;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341537;STB=0.519221;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00365028;OID=.;OPOS=151155207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:18:20:28:22:18:20:28:22 chr3 151155620 . G A 434.58 PASS AF=0.512195;AO=39;DP=81;FAO=42;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0510233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1643;QD=21.199;RBI=0.0657018;REFB=0.000104709;REVB=-0.0413926;RO=31;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316796;STB=0.626276;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0020518;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:31:37:39:42:0.512195:22:17:26:5:24:18:26:11 chr3 151155758 . A C 338.0 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0133244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.497;QD=28.7655;RBI=0.0331288;REFB=-0.0271969;REVB=0.0303312;RO=18;SAF=19;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228068;STB=0.62566;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0102715;OID=.;OPOS=151155758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:10:19:6:12:10:19:6:12 chr3 151164174 . A C 242.1 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0154094;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.997;QD=14.4538;RBI=0.0170933;REFB=-0.0185754;REVB=-0.00739795;RO=35;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255984;STB=0.614159;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0210464;OID=.;OPOS=151164174;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:35:39:28:28:0.41791:11:17:12:23:11:17:16:23 chr3 151165678 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0466028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.683;QD=15.3785;RBI=0.0467049;REFB=-0.014953;REVB=0.00308711;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297828;STB=0.506568;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0216701;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:14:12:12:0.461538:7:5:5:8:7:5:6:8 chr3 151166422 . C T 198.98 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00229208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.89;QD=11.37;RBI=0.0246917;REFB=-0.0185679;REVB=-0.0245851;RO=44;SAF=15;SAR=10;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104041;STB=0.514781;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0282192;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:45:25:25:0.357143:10:15:26:18:10:15:26:19 chr3 151171439 . A C 288.78 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00233086;FXX=0.0114929;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.102;QD=13.4316;RBI=0.0114094;REFB=-0.00824679;REVB=-0.0111688;RO=51;SAF=14;SAR=19;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112365;STB=0.552842;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0159319;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:51:53:33:33:0.383721:19:14:27:24:19:14:27:26 chr3 151171542 . A G 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00359631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.175;QD=11.8156;RBI=0.00894115;REFB=0.00338323;REVB=0.00818601;RO=41;SAF=4;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416998;STB=0.745111;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00343474;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:20:4:20:21:20:4:20:21 chr3 151283691 . C A 322.34 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.000177502;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.076;QD=18.4193;RBI=0.00562155;REFB=-0.0402489;REVB=0.00561875;RO=36;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148008;STB=0.572822;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0549825;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:36:33:34:0.485714:19:14:21:15:19:15:21:15 chr3 151463421 . G T 496.91 PASS AF=0.509804;AO=51;DP=101;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.00512874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.939;QD=19.4866;RBI=0.0237763;REFB=-0.0135438;REVB=0.0232165;RO=50;SAF=21;SAR=30;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236951;STB=0.633308;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0117484;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:50:50:51:52:0.509804:30:21:34:16:31:21:34:16 chr3 151545601 . G A 940.76 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243947;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.699;QD=58.7975;RBI=0.0244521;REFB=0;REVB=0.00167399;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010354;OID=.;OPOS=151545601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr3 151598469 . C T 744.75 PASS AF=0.434783;AO=80;DP=184;FAO=80;FDP=184;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.00806008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6193;QD=16.1902;RBI=0.0911892;REFB=-0.0073327;REVB=-0.0908322;RO=103;SAF=41;SAR=39;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208582;STB=0.501631;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.01291;OID=.;OPOS=151598469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:103:104:80:80:0.434783:39:41:53:50:39:41:53:51 chr3 152883036 . G A 189.77 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.000240306;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.208;QD=19.4631;RBI=0.0208079;REFB=-0.0199279;REVB=-0.0208065;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366709;STB=0.700703;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0323261;OID=.;OPOS=152883036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:19:20:19:19:0.487179:15:4:11:8:15:4:11:9 chr3 152885599 . A T 643.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.27;QD=61.2537;RBI=0.0223502;REFB=0;REVB=0.0205023;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359641;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:26:16:0:0 chr3 152917590 . C T 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00160501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.945;QD=15.7819;RBI=0.00338146;REFB=-0.0108933;REVB=-0.00297628;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286693;STB=0.662181;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0123451;OID=.;OPOS=152917590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:14:9:20:9:14:9:20:9 chr3 153202348 . G A 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0103761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.54;QD=15.2189;RBI=0.0192182;REFB=-0.00596585;REVB=0.0161764;RO=41;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036613;STB=0.520707;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00933143;OID=.;OPOS=153202348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:14:17:21:20:14:17:21:20 chr3 153725166 . G A 1629.52 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00601533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.241;QD=58.1973;RBI=0.0157216;REFB=0.0485015;REVB=-0.0145253;RO=2;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175749;STB=0.509258;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.000833717;OID=.;OPOS=153725166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:53:57:0:2:53:57:0:2 chr3 153725172 . C T 1753.03 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438431;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8493;QD=60.975;RBI=0.083085;REFB=0;REVB=-0.0705756;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000512305;OID=.;OPOS=153725172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:113:115:1:55:58:0:0:56:59:0:0 chr3 153725251 . T C 2185.32 PASS AF=0.992908;AO=137;DP=138;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1284;QD=61.9949;RBI=0.0190548;REFB=0.0305644;REVB=-0.0160907;RO=1;SAF=73;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646821;STB=0.503268;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00201424;OID=.;OPOS=153725251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:141:1:1:137:140:0.992908:64:73:1:0:64:76:1:0 chr3 153839866 . G C 2896.58 PASS AF=0.984127;AO=185;DP=189;FAO=186;FDP=189;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=100;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0228874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.185;QD=61.3033;RBI=0.0230264;REFB=-0.0954351;REVB=0.0025264;RO=2;SAF=86;SAR=99;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000719038;STB=0.503259;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000728812;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:189:189:2:3:185:186:0.984127:99:86:1:1:100:86:2:1 chr3 153839960 . T C 988.99 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.358;QD=59.044;RBI=0.0181992;REFB=0;REVB=0.0145135;RO=0;SAF=14;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89579e-05;OID=.;OPOS=153839960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:52:14:0:0:53:14:0:0 chr3 153840162 . C T 293.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0240209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.399;QD=23.0012;RBI=0.0300696;REFB=-0.0149819;REVB=0.018088;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672487;STB=0.537165;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00888828;OID=.;OPOS=153840162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:16:13:8:14:16:13:8:14 chr3 153840389 . T C 2282.46 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=148;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160525;FXX=0.0202689;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.984;QD=62.9643;RBI=0.0202053;REFB=-0.118234;REVB=0.0122707;RO=0;SAF=86;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29822e-08;STB=0.502857;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=3.87435e-05;OID=.;OPOS=153840389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:145:0:1:143:144:0.993103:57:86:0:0:57:87:1:0 chr3 154018887 . G C 71.07 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0204982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.811;QD=7.48143;RBI=0.0206838;REFB=-0.00104539;REVB=0.0027644;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995307;STB=0.561679;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00471973;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:6:4:9:19:6:4:9:19 chr3 154146922 . A G 153.22 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0155712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0422;QD=18.5722;RBI=0.033965;REFB=-0.0292534;REVB=-0.0301854;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469729;STB=0.79468;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0137103;OID=.;OPOS=154146922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:13:16:13:13:0.393939:11:2:8:5:11:2:10:6 chr3 155241740 . A G 224.99 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.000223969;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.513;QD=18.7491;RBI=0.0124001;REFB=-0.0122532;REVB=-0.0123981;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137578;STB=0.507805;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0153893;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:11:15:13:9:11:15 chr3 155314034 . A G,T 1263.87 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=79,3;DP=84;FAO=80,5;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53,2;FSAR=27,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033871,-0.0539638;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.753,15.602;QD=59.4761;RBI=0.0562836,0.0780394;REFB=0,0;REVB=0.044951,-0.0563742;RO=1;SAF=53,1;SAR=26,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0178571,0.163246;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000636802,0.11014;OID=.,.;OPOS=155314034,155314034;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:84:85:1:0:79,3:80,5:0.941176,0.0588235:26,2:53,1:0:1:27,3:53,2:0:0 chr3 155481609 . G A 721.6 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8893;QD=62.7481;RBI=0.0377513;REFB=0;REVB=0.0376985;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617325;OID=.;OPOS=155481609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:44:46:1:26:18:0:0:28:18:0:0 chr3 155485302 . C T 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.925;QD=61.6798;RBI=0.0465249;REFB=0;REVB=0.000859287;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016642;OID=.;OPOS=155485302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr3 156249214 . T C 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=34;FWDB=0.0173454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.114;QD=15.4188;RBI=0.0229138;REFB=-0.00668589;REVB=0.0149726;RO=42;SAF=13;SAR=19;SRF=8;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238989;STB=0.633198;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00771436;OID=.;OPOS=156249214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:19:13:8:34:19:13:8:34 chr3 156266774 . C T 93.78 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0793458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9538;QD=10.1388;RBI=0.0801182;REFB=-0.0244292;REVB=0.0110978;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171304;STB=0.603596;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0311483;OID=.;OPOS=156266774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:12:13:8:4:12:13 chr3 156544584 . C T 2474.26 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8408;QD=61.4722;RBI=0.0297337;REFB=0;REVB=0.0234197;RO=0;SAF=72;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171891;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:160:161:1:88:72:0:0:88:73:0:0 chr3 156763279 . C T 751.12 PASS AF=0.533333;AO=71;DP=135;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0559724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8841;QD=22.2553;RBI=0.0887391;REFB=-0.0213451;REVB=0.0688602;RO=62;SAF=28;SAR=43;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919074;STB=0.564322;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0245112;OID=.;OPOS=156763279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:62:63:71:72:0.533333:43:28:31:31:44:28:33:30 chr3 156877276 . CAA C,CGA 122.8 PASS AF=0.325,0.05;AO=13,2;DP=40;FAO=13,2;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6,0;FSAR=7,2;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0122067,-0.062531;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=193.871,86.4992;QD=12.2797;RBI=0.0127474,0.077586;REFB=-0.0166736,-0.0147991;REVB=0.00367335,-0.0459289;RO=24;SAF=6,0;SAR=7,2;SRF=8;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.143377,-0.42499;STB=0.594902,0.993041;STBP=0.429,0.333;TYPE=del,snp;VARB=0.0136334,0.0537597;OID=.,.;OPOS=156877277,156877277;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325,0.05:13,2:40:13,2:40:25:6,0:7,2:8:17:99:24:6,0:7,2:8:16 chr3 156983414 . T C 607.18 PASS AF=0.460432;AO=62;DP=132;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=54;FWDB=0.0252527;FXX=0.00714235;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.657;QD=17.4727;RBI=0.0315699;REFB=-0.0186438;REVB=-0.0189462;RO=69;SAF=26;SAR=36;SRF=20;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129739;STB=0.572501;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0164542;OID=.;OPOS=156983414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:139:69:75:62:64:0.460432:36:26:20:49:38:26:21:54 chr3 157081324 . A G 610.9 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.00675384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8845;QD=18.2359;RBI=0.0202775;REFB=0.00197244;REVB=-0.0191197;RO=71;SAF=28;SAR=35;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139887;STB=0.577533;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00194238;OID=.;OPOS=157081324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:71:71:63:63:0.470149:35:28:42:29:35:28:42:29 chr3 157155314 . C A 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.111;QD=63.8861;RBI=0.0148329;REFB=0;REVB=0.0102195;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69471e-05;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:48:49:0:0:48:49:0:0 chr3 157161198 . A AT,T 429.1 PASS AF=0.451613,0.548387;AO=14,15;DP=32;FAO=14,17;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4,8;FSAR=10,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327535,0.013633;FXX=0.0312402;HRUN=0,8;LEN=1,1;MLLD=75.4471,81.9788;QD=55.3671;RBI=0.0075715,0.0138924;REFB=0,0;REVB=-0.0068264,-0.00267216;RO=0;SAF=5,6;SAR=9,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0038645,0.0214904;OID=.,.;OPOS=157161199,157161198;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:52:32:31:0:0:14,15:14,17:0.451613,0.548387:9,9:5,6:0:0:10,9:4,8:0:0 chr3 157815088 . G A 1388.3 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560585;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.087;QD=63.1043;RBI=0.0412103;REFB=0;REVB=0.0408273;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272195;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:37:51:0:0:37:51:0:0 chr3 157815217 . A T 86.39 PASS AF=0.413793;AO=10;DP=25;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00948471;FXX=0.0333222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.3179;QD=11.9157;RBI=0.0598408;REFB=-0.0487486;REVB=-0.0590844;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13532;STB=0.599834;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0359441;OID=.;OPOS=157815217;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:29:15:17:10:12:0.413793:4:6:7:8:5:7:7:10 chr3 159744438 . C T 850.59 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.711;QD=57.6667;RBI=0.0515057;REFB=0;REVB=0.0284503;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207249;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:32:25:0:0:33:26:0:0 chr3 159744440 . C T 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.697;QD=57.7102;RBI=0.048077;REFB=0;REVB=0.0289275;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228854;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr3 160414759 . G A 599.82 PASS AF=0.453237;AO=62;DP=137;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.00211841;FXX=0.0141834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.167;QD=17.261;RBI=0.0354242;REFB=-0.0133334;REVB=-0.0353608;RO=75;SAF=28;SAR=34;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412137;STB=0.514556;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0182274;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:75:76:62:63:0.453237:34:28:37:38:34:29:37:39 chr3 160436316 . A G 213.5 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0228546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.94;QD=16.113;RBI=0.0260893;REFB=-0.0157085;REVB=0.0125824;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394532;STB=0.522369;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.022914;OID=.;OPOS=160436316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:12:17:15:9:12:17 chr3 160967354 . G A 1862.26 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147358;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6787;QD=61.5625;RBI=0.0283941;REFB=0;REVB=-0.024271;RO=0;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137887;OID=.;OPOS=160967354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:118:121:1:66:52:0:0:66:55:0:0 chr3 161221705 . A C 1441.2 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000610389;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.355;QD=61.9873;RBI=0.0195541;REFB=-0.0550668;REVB=0.0195446;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.504761;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000549153;OID=.;OPOS=161221705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:90:92:0.989247:40:50:0:0:40:52:1:0 chr3 164714532 . C T 2296.64 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000781184;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.14;QD=63.7957;RBI=0.0565664;REFB=0;REVB=-0.056561;RO=0;SAF=75;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109232;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:144:144:1:69:75:0:0:69:75:0:0 chr3 164764719 . C A 872.42 PASS AF=0.517857;AO=87;DP=168;FAO=87;FDP=168;FR=.;FRO=81;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0231147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1156;QD=20.7719;RBI=0.0302317;REFB=-0.00334956;REVB=-0.019485;RO=81;SAF=46;SAR=41;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307203;STB=0.51685;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0037163;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:81:81:87:87:0.517857:41:46:40:41:41:46:40:41 chr3 164773053 . TTGGG GTTGG,TTGGA 422.5 PASS AF=0,0.393939;AO=6,24;DP=67;FAO=0,26;FDP=66;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=19;FSAF=0,18;FSAR=0,8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0102843,-0.00856415;FXX=0.0149231;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=92.3018,142.234;QD=25.6061;RBI=0.205578,0.0715514;REFB=-0.01463,-0.0169743;REVB=-0.205321,-0.071037;RO=17;SAF=0,17;SAR=6,7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.792063,-0.0523037;STB=0.5,0.522432;STBP=1,0.796;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0206456;OID=.,.;OPOS=164773053,164773057;OREF=TTG,G;OALT=GTT,A;OMAPALT=GTTGG,TTGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:67:66:17:19:6,24:0,26:0,0.393939:6,7:0,17:13:4:0,8:0,18:14:5 chr3 164783165 . T C 573.51 PASS AF=0.404908;AO=66;DP=163;FAO=66;FDP=163;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=62;FSRR=35;FWDB=0.0102421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.932;QD=14.0738;RBI=0.0219591;REFB=0.00058687;REVB=0.0194243;RO=97;SAF=25;SAR=41;SRF=62;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271746;STB=0.652415;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00126077;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:97:97:66:66:0.404908:41:25:62:35:41:25:62:35 chr3 164793758 . C A 1287.42 PASS AF=0.505792;AO=122;DP=251;FAO=131;FDP=259;FR=.;FRO=128;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=-0.00373965;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.5;QD=19.883;RBI=0.00620169;REFB=-0.017739;REVB=0.00494731;RO=128;SAF=57;SAR=65;SRF=69;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668616;STB=0.528638;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0155806;OID=.;OPOS=164793758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:259:128:128:122:131:0.505792:65:57:69:59:69:62:68:60 chr3 165951073 . C A 473.22 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00813867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.042;QD=23.9604;RBI=0.0289692;REFB=0.000236016;REVB=-0.0278024;RO=34;SAF=28;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189713;STB=0.604155;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.000566151;OID=.;OPOS=165951073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:17:28:13:21:17:28:13:21 chr3 166900401 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.784;QD=58.1419;RBI=0.0189773;REFB=0;REVB=-0.0181043;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157672;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr3 166966436 . C T 3256.2 PASS AF=0.990698;AO=210;DP=215;FAO=213;FDP=215;FR=.;FRO=2;FSAF=120;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0211313;FXX=0.018264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.199;QD=60.5804;RBI=0.0217399;REFB=-0.10339;REVB=0.00510803;RO=2;SAF=118;SAR=92;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00800526;STB=0.504132;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000456169;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:215:215:2:2:210:213:0.990698:92:118:2:0:93:120:2:0 chr3 167000256 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.018;QD=62.022;RBI=0.0235742;REFB=0;REVB=0.00736311;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93612e-05;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr3 167051726 . A G 1309.98 PASS AF=1;AO=76;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2718;QD=59.5444;RBI=0.0252951;REFB=0;REVB=0.0249901;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270011;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:76:88:1:36:40:0:0:48:40:0:0 chr3 167077691 . T A 942.42 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291791;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.049;QD=58.9012;RBI=0.0298392;REFB=0;REVB=-0.00624174;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99525e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:29:35:0:0 chr3 167284676 . G A 1259.51 PASS AF=0.502041;AO=122;DP=245;FAO=123;FDP=245;FR=.;FRO=122;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=53;FSRR=69;FWDB=0.00556049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.927;QD=20.5634;RBI=0.0149372;REFB=-0.0302319;REVB=0.0138636;RO=121;SAF=60;SAR=62;SRF=53;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488897;STB=0.530641;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.027896;OID=.;OPOS=167284676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:121:122:122:123:0.502041:62:60:53:68:62:61:53:69 chr3 167320010 . T C 412.68 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00392189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.036;QD=18.7583;RBI=0.0184921;REFB=-0.0288696;REVB=-0.0180714;RO=46;SAF=27;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559963;STB=0.531235;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0351278;OID=.;OPOS=167320010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:15:27:27:19:15:27:27:19 chr3 168538993 . A G 1660.23 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.846;QD=60.3719;RBI=0.0453445;REFB=0;REVB=0.0252343;RO=0;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26122e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:63:46:0:0:64:46:0:0 chr3 168546914 . C T 1925.37 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.703;QD=61.123;RBI=0.0318923;REFB=0;REVB=0.0262655;RO=1;SAF=55;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085605;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57746e-05;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:126:1:0:125:126:1:70:55:1:0:70:56:0:0 chr3 169492101 . C T 906.7 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822831;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.026;QD=58.4967;RBI=0.0270937;REFB=0;REVB=0.025814;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94278e-05;OID=.;OPOS=169492101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:22:39:0:0:23:39:0:0 chr3 169514585 . A T 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8495;QD=59.4993;RBI=0.0818658;REFB=0;REVB=-0.0784278;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341042;OID=.;OPOS=169514585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr3 169518455 . T C 1029.5 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.608;QD=58.8284;RBI=0.067934;REFB=0;REVB=0.04768;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451285;OID=.;OPOS=169518455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:41:26:0:0:43:27:0:0 chr3 169540397 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0698;QD=42.1815;RBI=0.10243;REFB=0;REVB=-0.00672709;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00568072;OID=.;OPOS=169540397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr3 169558025 . C T 753.56 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00844911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.104;QD=61.5152;RBI=0.0112458;REFB=-0.146362;REVB=0.00742157;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.508768;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0012968;OID=.;OPOS=169558025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:20:28:0:0:20:28:1:0 chr3 169643955 . C T 266.48 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00904049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.007;QD=21.3183;RBI=0.0135636;REFB=-0.0132657;REVB=-0.0101114;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12107;STB=0.567516;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0146382;OID=.;OPOS=169643955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:9:16:19:6:9:16:19:6 chr3 169644381 . A G 60.04 PASS AF=0.219512;AO=8;DP=40;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0025482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.15;QD=5.85761;RBI=0.028446;REFB=-0.00703172;REVB=-0.0283317;RO=32;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134996;STB=0.61876;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0222503;OID=.;OPOS=169644381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:41:32:32:8:9:0.219512:6:2:11:21:7:2:11:21 chr3 169644710 . G C 120.5 PASS AF=0.4;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00212288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9771;QD=13.7719;RBI=0.0151948;REFB=-0.0333733;REVB=-0.0150458;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122474;STB=0.557295;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0188846;OID=.;OPOS=169644710;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:21:14:14:0.4:6:8:9:11:6:8:10:11 chr3 169654216 . G A 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0125826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.833;QD=8.62782;RBI=0.0139362;REFB=-0.00532177;REVB=-0.00599146;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997265;STB=0.560868;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00936019;OID=.;OPOS=169654216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:6:5:10:17:6:5:10:17 chr3 169703671 . A C 666.42 PASS AF=0.581818;AO=64;DP=110;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0593296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4943;QD=24.2334;RBI=0.0700692;REFB=-0.0156516;REVB=0.0372785;RO=46;SAF=26;SAR=38;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293438;STB=0.51599;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0120616;OID=.;OPOS=169703671;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:46:46:64:64:0.581818:38:26:17:29:38:26:17:29 chr3 169713483 . C T 358.15 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0200479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7655;QD=17.0547;RBI=0.0376062;REFB=-0.0185285;REVB=-0.0318168;RO=46;SAF=24;SAR=14;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254412;STB=0.642516;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0339821;OID=.;OPOS=169713483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:14:24:17:29:14:24:17:29 chr3 169775097 . G A 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0172982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.847;QD=21.5951;RBI=0.0323132;REFB=-0.01186;REVB=-0.0272931;RO=32;SAF=20;SAR=18;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150433;STB=0.582917;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0124825;OID=.;OPOS=169775097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:18:20:11:21:18:20:11:21 chr3 169806170 . G A 283.72 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0406772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2265;QD=23.1604;RBI=0.0566108;REFB=-0.0142796;REVB=-0.039372;RO=22;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133033;STB=0.565672;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0110304;OID=.;OPOS=169806170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:17:9:11:11:17:9:11:12 chr3 169894680 . G A 1287.39 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00709341;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.542;QD=59.1905;RBI=0.0122007;REFB=-0.05778;REVB=0.00992671;RO=2;SAF=52;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055495;STB=0.502701;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=4.22645e-05;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:87:2:2:84:85:0.977011:32:52:1:1:33:52:1:1 chr3 169896591 . G C 477.5 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0153209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0913;QD=19.6906;RBI=0.0645291;REFB=-0.0283303;REVB=0.062684;RO=49;SAF=26;SAR=21;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772223;STB=0.537836;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0270569;OID=.;OPOS=169896591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:50:47:47:0.484536:21:26:23:26:21:26:24:26 chr3 169962665 . CTAAAAAAT CTAAAAA,CTAAAAAT,CTAAAAT,CTAACAAAT,TCAATAAAT 326.88 PASS AF=0.0789474,0.5,0.210526,0,0.210526;AO=6,8,5,2,5;DP=39;FAO=3,19,8,0,8;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=3,15,0,0,0;FSAR=0,4,8,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406426,0.251331,0.132668,0.0209349,0.0362954;FXX=0;HRUN=6,6,6,6,2;LEN=2,1,2,1,5;MLLD=10.5764,10.2605,10.7388,81.0542,95.2678;QD=34.4086;RBI=0.192764,0.545427,0.286785,0.1462,0.0984413;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.188431,-0.48407,-0.254254,-0.144693,-0.0915059;RO=4;SAF=6,8,0,0,0;SAR=0,0,5,2,5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,-0.804028,-0.767801,-0.804028;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp,mnp;VARB=0.0222404,-0.216052,-0.0575583,0,0.148413;OID=.,.,.,.,.;OPOS=169962672,169962667,169962667,169962669,169962665;OREF=AT,A,AA,A,CTAAA;OALT=-,-,-,C,TCAAT;OMAPALT=CTAAAAA,CTAAAAAT,CTAAAAT,CTAACAAAT,TCAATAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/5:47:39:38:4:0:6,8,5,2,5:3,19,8,0,8:0.0789474,0.5,0.210526,0,0.210526:0,0,5,2,5:6,8,0,0,0:4:0:0,4,8,0,8:3,15,0,0,0:0:0 chr3 169999670 . A G 288.73 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0130014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.989;QD=16.2666;RBI=0.0147313;REFB=-0.0211657;REVB=0.00692632;RO=39;SAF=22;SAR=10;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789023;STB=0.544526;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0252394;OID=.;OPOS=169999670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:10:22:24:15:10:22:24:15 chr3 170021160 . G A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0221026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.845;QD=13.0149;RBI=0.0221481;REFB=-0.00299753;REVB=0.00141884;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111039;STB=0.566864;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00540515;OID=.;OPOS=170021160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:32:20:20:0.384615:11:9:10:19:11:9:11:21 chr3 170078232 . C T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0151145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.2;QD=20.5461;RBI=0.0628858;REFB=-0.0121501;REVB=-0.0610424;RO=21;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23943;STB=0.626606;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0185447;OID=.;OPOS=170078232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:16:6:11:10:16:6:11:11 chr3 170151548 . C A 212.73 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0243547;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.425;QD=16.0553;RBI=0.0355584;REFB=-0.00838273;REVB=-0.0259084;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461679;STB=0.51767;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0155685;OID=.;OPOS=170151548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:29:24:24:0.45283:14:10:13:15:14:10:13:16 chr3 170715830 . G A 152.87 PASS AF=0.338983;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0109403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.06;QD=10.3642;RBI=0.0110877;REFB=-3.71126e-05;REVB=-0.00180193;RO=38;SAF=13;SAR=6;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512183;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.000159974;OID=.;OPOS=170715830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:38:39:19:20:0.338983:6:13:26:12:7:13:26:13 chr3 170825905 . C G 1600.87 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.064;QD=64.0348;RBI=0.0391072;REFB=0;REVB=0.00782921;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1021e-05;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:97:100:1:45:52:0:0:46:54:0:0 chr3 170893070 . G A 154.14 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00149259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.414;QD=14.3384;RBI=0.00465089;REFB=-0.0147957;REVB=-0.00440487;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168616;STB=0.509792;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0125357;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:5:12:18:8:5:12:18:8 chr3 171065031 . G C 106.2 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.685;QD=42.478;RBI=0.00993488;REFB=0;REVB=0.00993488;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48338e-06;OID=.;OPOS=171065031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr3 171338237 . T G 371.58 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0185121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.44;QD=22.8665;RBI=0.0271328;REFB=-0.00215204;REVB=0.0198366;RO=28;SAF=19;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173862;STB=0.50957;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00173191;OID=.;OPOS=171338237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:18:19:15:13:18:19:15:13 chr3 171395468 . A G 438.47 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0285884;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4465;QD=18.8588;RBI=0.0286091;REFB=-0.00942291;REVB=-0.00108853;RO=48;SAF=21;SAR=23;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374347;STB=0.525762;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0117793;OID=.;OPOS=171395468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:48:49:44:44:0.473118:23:21:21:27:23:21:21:28 chr3 171510238 . C T 698.29 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.0253081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.994;QD=17.0314;RBI=0.0257839;REFB=-0.0187679;REVB=-0.00493081;RO=87;SAF=31;SAR=44;SRF=55;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209996;STB=0.621677;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.016905;OID=.;OPOS=171510238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:87:89:75:75:0.457317:44:31:55:32:44:31:57:32 chr3 171510841 . C T 373.83 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0164525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.475;QD=14.805;RBI=0.0169005;REFB=-0.00859781;REVB=0.00386572;RO=59;SAF=22;SAR=20;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158956;STB=0.508966;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0114241;OID=.;OPOS=171510841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:20:22:30:29:20:22:30:29 chr3 171510898 . A G 420.86 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.010546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.584;QD=20.5297;RBI=0.0117065;REFB=-0.00665745;REVB=-0.0050817;RO=40;SAF=15;SAR=27;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152829;STB=0.584796;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00665733;OID=.;OPOS=171510898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:27:15:21:19:27:15:21:19 chr3 171511020 . T G 282.34 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.010104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4406;QD=28.9579;RBI=0.0338944;REFB=-0.00160554;REVB=0.0323533;RO=14;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060325;STB=0.533306;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00240458;OID=.;OPOS=171511020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:18:7:5:9:18:7:5:9 chr3 171511139 . C T 269.62 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00837589;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.708;QD=17.68;RBI=0.0333178;REFB=-0.00850539;REVB=-0.0322478;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107321;STB=0.559778;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.015333;OID=.;OPOS=171511139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:32:29:29:0.47541:13:16:13:17:13:16:14:18 chr3 171511355 . G A 551.0 PASS AF=0.457364;AO=58;DP=129;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0539759;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.645;QD=17.0853;RBI=0.0546603;REFB=-0.0129549;REVB=-0.00862229;RO=70;SAF=29;SAR=29;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561083;STB=0.526432;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0177686;OID=.;OPOS=171511355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:70:58:59:0.457364:29:29:31:39:30:29:31:39 chr3 171844787 . A T 443.83 PASS AF=0.463918;AO=43;DP=95;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0379536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.5;QD=18.3021;RBI=0.0420758;REFB=-0.0423791;REVB=0.0181631;RO=51;SAF=19;SAR=24;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103323;STB=0.500469;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0394323;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:51:52:43:45:0.463918:24:19:22:29:26:19:22:30 chr3 171969077 . C G 250.63 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0167154;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.89;QD=14.3217;RBI=0.0170574;REFB=-0.00736282;REVB=-0.00339895;RO=40;SAF=20;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205123;STB=0.624911;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0118335;OID=.;OPOS=171969077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:9:20:20:20:9:20:20:21 chr3 172046861 . T C 598.39 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.024755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.066;QD=25.7374;RBI=0.0418103;REFB=0.00286536;REVB=0.033694;RO=38;SAF=25;SAR=29;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319592;STB=0.52229;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00235348;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:39:54:54:0.580645:29:25:16:22:29:25:16:23 chr3 172115465 . TT AA,TA 88.95 PASS AF=0.35,0.35;AO=5,5;DP=17;FAO=7,7;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=2,2;FSAR=5,5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0957766,0.165849;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=2,1;MLLD=25.0368,15.4114;QD=17.7908;RBI=0.0993534,0.176149;REFB=-0.110182,-0.211911;REVB=0.0264185,0.0593498;RO=7;SAF=1,0;SAR=4,5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.090044,-0.683376;STB=0.571239,0.571239;STBP=0.709,0.709;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0768095,0.0664078;OID=.,.;OPOS=172115465,172115466;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:17:20:7:6:5,5:7,7:0.35,0.35:4,5:1,0:1:6:5,5:2,2:1:5 chr3 172118529 . T C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0478669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.713;QD=15.196;RBI=0.0480418;REFB=0.00350077;REVB=0.00409512;RO=18;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152333;STB=0.589148;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00318826;OID=.;OPOS=172118529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:11:3:6:12:11:3:6:12 chr3 172165727 . C T 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00501002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.592;QD=54.7462;RBI=0.0187815;REFB=-0.0329304;REVB=0.018101;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219051;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=1.35718e-05;OID=.;OPOS=172165727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:32:21:1:0:32:21:1:0 chr3 172166033 . G A 822.38 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01822;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8843;QD=57.7106;RBI=0.0377724;REFB=0;REVB=0.0330876;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814143;OID=.;OPOS=172166033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr3 172365824 . GCT GC,TGC 30.62 PASS AF=0.272727,0.0227273;AO=16,2;DP=44;FAO=12,1;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8,1;FSAR=4,0;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.271456,-0.00952325;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,3;MLLD=7.55306,79.1624;QD=2.78366;RBI=0.293655,0.0226701;REFB=-0.170651,-0.0314284;REVB=0.112004,0.0205728;RO=24;SAF=13,2;SAR=3,0;SRF=5;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.592361,0.655236;STB=0.716075,0.992595;STBP=0.091,0.256;TYPE=del,mnp;VARB=0.160586,0.11556;OID=.,.;OPOS=172365826,172365824;OREF=T,GCT;OALT=-,TGC;OMAPALT=GC,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:44:44:24:31:16,2:12,1:0.272727,0.0227273:3,0:13,2:5:19:4,0:8,1:11:20 chr3 172766822 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0166853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.989;QD=17.4015;RBI=0.0168514;REFB=-0.0231691;REVB=-0.00236022;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722219;STB=0.541339;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0212383;OID=.;OPOS=172766822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:4:9:8:5:4:9 chr3 174814738 . G A 573.02 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0234523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.951;QD=22.694;RBI=0.0551812;REFB=-0.0118086;REVB=-0.0499495;RO=44;SAF=27;SAR=29;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00391719;STB=0.506905;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00930865;OID=.;OPOS=174814738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:45:56:56:0.554455:29:27:21:23:29:27:21:24 chr3 174814920 . A G 362.65 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0119332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.598;QD=20.7227;RBI=0.0119387;REFB=-0.0139567;REVB=-0.00036162;RO=33;SAF=20;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030266;STB=0.516749;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0133556;OID=.;OPOS=174814920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:17:20:19:14:17:20:19:14 chr3 175165079 . C T 783.08 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0177851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.318;QD=52.2054;RBI=0.019535;REFB=-0.226509;REVB=0.00808113;RO=2;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376858;STB=0.529401;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0025181;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:60:60:2:3:57:57:0.95:24:33:0:2:24:33:0:3 chr3 175189447 . G A 269.29 PASS AF=0.508772;AO=25;DP=54;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0184116;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.814;QD=18.8973;RBI=0.0298446;REFB=-0.0147246;REVB=-0.0234886;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340047;STB=0.676734;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00618233;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:22:28:25:29:0.508772:10:15:4:18:11:18:7:21 chr3 175327309 . G A 3865.84 PASS AF=1;AO=241;DP=242;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372838;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9999;QD=63.3745;RBI=0.0350337;REFB=-0.063323;REVB=-0.0348347;RO=0;SAF=97;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71279e-05;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:242:244:0:0:241:244:1:144:97:0:0:146:98:0:0 chr3 175345143 . C G 1269.81 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00904102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.552;QD=60.4672;RBI=0.0262861;REFB=-0.157842;REVB=0.0246824;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.505153;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000277814;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:0:1:83:83:0.988095:48:35:0:0:48:35:0:1 chr3 175473047 . T C 2238.63 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00074433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0375;QD=62.6191;RBI=0.0157812;REFB=-0.0538076;REVB=0.0157636;RO=0;SAF=76;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20007e-08;STB=0.503759;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-4.10312e-05;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:143:0:1:142:142:0.993007:66:76:0:0:66:76:0:1 chr3 175521611 . A G 337.7 PASS AF=0.395833;AO=36;DP=94;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.00958922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.472;QD=14.0706;RBI=0.00959187;REFB=-0.00751419;REVB=0.000225168;RO=58;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16856;STB=0.60864;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0116422;OID=.;OPOS=175521611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:58:58:36:38:0.395833:18:18:20:38:18:20:20:38 chr3 176765269 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.7843;QD=59.4344;RBI=0.04501;REFB=0;REVB=0.0448539;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358276;OID=.;OPOS=176765269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr3 176838514 . C G 649.19 PASS AF=1;AO=21;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.404;QD=60.3894;RBI=0.132609;REFB=0;REVB=0.0257537;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766108;OID=.;OPOS=176838514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:21:43:1:12:9:0:0:21:22:0:0 chr3 178546026 . T C 611.07 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00280225;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.891;QD=18.1056;RBI=0.0195719;REFB=-0.00491509;REVB=0.0193702;RO=71;SAF=33;SAR=30;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294833;STB=0.520106;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0067159;OID=.;OPOS=178546026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:71:72:63:63:0.466667:30:33:35:36:30:33:35:37 chr3 178560581 . A C 483.23 PASS AF=0.439024;AO=53;DP=122;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00676027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.5665;QD=15.7147;RBI=0.0135484;REFB=-0.00915985;REVB=-0.0117412;RO=69;SAF=23;SAR=30;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598673;STB=0.519119;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00731188;OID=.;OPOS=178560581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:69:69:53:54:0.439024:30:23:34:35:30:24:33:36 chr3 178742690 . T C 678.65 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0496829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.247;QD=60.3245;RBI=0.0534559;REFB=-0.16852;REVB=0.0197269;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00127944;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:45:0:1:44:44:0.977778:31:13:0:0:31:13:0:1 chr3 178815528 . G A 675.33 PASS AF=0.46;AO=66;DP=147;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.012942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2648;QD=18.0087;RBI=0.043845;REFB=-0.0119829;REVB=0.0418914;RO=73;SAF=36;SAR=30;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683968;STB=0.518319;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0149397;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:73:81:66:69:0.46:30:36:45:28:33:36:45:36 chr3 178957783 . C T 291.31 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.000198887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.488;QD=18.207;RBI=0.00284517;REFB=-0.0103545;REVB=0.00283821;RO=32;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184364;STB=0.608042;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0150702;OID=.;OPOS=178957783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:32:31:32:0.5:14:17:11:21:14:18:11:21 chr3 178968634 . C T 481.27 PASS AF=0.652174;AO=44;DP=67;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0234582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4366;QD=27.8998;RBI=0.0560123;REFB=-0.0304714;REVB=0.0508635;RO=23;SAF=22;SAR=22;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137247;STB=0.503864;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0123247;OID=.;OPOS=178968634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:23:24:44:45:0.652174:22:22:11:12:22:23:12:12 chr3 178976777 . C T 393.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5795;QD=56.1812;RBI=0.0623413;REFB=0;REVB=-0.027424;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737871;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr3 179096508 . C G 948.5 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7557;QD=57.4848;RBI=0.0250549;REFB=-0.0127926;REVB=-0.00420238;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014534;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000183646;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:66:1:1:65:65:0.984848:32:33:0:1:32:33:0:1 chr3 179298999 . C T 2219.75 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00677108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.666;QD=62.5282;RBI=0.0518185;REFB=-0.205043;REVB=-0.0513742;RO=0;SAF=70;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23847e-08;STB=0.503546;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00111887;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:0:1:141:141:0.992958:71:70:0:0:71:70:1:0 chr3 180327501 . C T 350.83 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0368655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7117;QD=17.9914;RBI=0.0453599;REFB=0.0152717;REVB=-0.0264282;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895164;STB=0.549903;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.0158463;OID=.;OPOS=180327501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:17:20:26:15:17:20:26:15 chr3 180633391 . GT GG,G 39.22 PASS AF=0.0634921,0.15873;AO=4,17;DP=63;FAO=4,10;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=1,3;FSAR=3,7;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0576568,0.0619444;FXX=0.0156226;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=26.5835,8.14655;QD=2.49023;RBI=0.0629667,0.184612;REFB=-0.0728874,-0.123134;REVB=-0.0253079,-0.17391;RO=37;SAF=1,4;SAR=3,13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.312964,-0.370102;STB=0.711769,0.647381;STBP=0.427,0.34;TYPE=snp,del;VARB=0.0576708,0.0885227;OID=.,.;OPOS=180633392,180633392;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0634921,0.15873:4,17:63:4,10:63:49:1,3:3,7:23:26:28:37:1,4:3,13:20:17 chr3 180666557 . A T 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.005705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.295;QD=19.6924;RBI=0.0167706;REFB=-0.00431246;REVB=-0.0157704;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120775;STB=0.567516;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00352279;OID=.;OPOS=180666557;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:12:14:10:15:12:14:10:15 chr3 182631792 . C A 571.56 PASS AF=0.535354;AO=52;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0396799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5541;QD=23.0933;RBI=0.0408261;REFB=-0.0165016;REVB=-0.00960609;RO=46;SAF=19;SAR=33;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431977;STB=0.517484;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0131288;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:52:53:0.535354:33:19:19:27:33:20:19:27 chr3 182681740 . C T 505.55 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0140346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.949;QD=19.8255;RBI=0.0170857;REFB=-0.011668;REVB=-0.0097442;RO=50;SAF=31;SAR=21;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330633;STB=0.518267;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.016616;OID=.;OPOS=182681740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:21:31:28:22:21:31:28:22 chr3 182755209 . T G 1459.75 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042996;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.415;QD=62.7849;RBI=0.0495821;REFB=0;REVB=0.0246925;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606648;OID=.;OPOS=182755209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:93:0:0:86:93:1:49:37:0:0:55:38:0:0 chr3 182790249 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.403;QD=60.5473;RBI=0.0226841;REFB=0;REVB=0.0201069;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29627e-05;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:47:28:0:0:47:28:0:0 chr3 182853670 . T C 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00937961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.164;QD=10.2709;RBI=0.0245843;REFB=-0.00336655;REVB=0.0227246;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228358;STB=0.513631;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00612549;OID=.;OPOS=182853670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:9:7:16:19:9:7:16:19 chr3 182871962 . C T 251.09 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.024047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.694;QD=18.9503;RBI=0.0248682;REFB=-0.0178063;REVB=0.00633784;RO=25;SAF=3;SAR=23;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877088;STB=0.548981;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0155935;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:25:26:26:27:0.509434:23:3:4:21:24:3:4:22 chr3 182925404 . T C 1143.79 PASS AF=0.987654;AO=71;DP=73;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00759039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2936;QD=56.4832;RBI=0.0547968;REFB=-0.105389;REVB=0.0542686;RO=1;SAF=47;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995636;STB=0.504761;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00719899;OID=.;OPOS=182925404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:81:1:1:71:80:0.987654:24:47:1:0:28:52:1:0 chr3 183027542 . T G 283.38 PASS AF=0.469697;AO=21;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0459684;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.696;QD=17.1745;RBI=0.0460592;REFB=0.00715491;REVB=0.00289086;RO=33;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400921;STB=0.590306;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0127374;OID=.;OPOS=183027542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:35:21:31:0.469697:7:14:9:24:17:14:10:25 chr3 183211906 . A G 353.08 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00721974;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.385;QD=18.1066;RBI=0.0125251;REFB=0.00169462;REVB=-0.0102349;RO=41;SAF=12;SAR=25;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140514;STB=0.578746;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00227965;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:25:12:19:22:25:12:19:22 chr3 183476685 . G A 385.25 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0636954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7154;QD=17.9185;RBI=0.0685292;REFB=-0.0211364;REVB=-0.0252815;RO=46;SAF=14;SAR=26;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209979;STB=0.617517;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0268608;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:26:14:26:20:26:14:26:20 chr3 183521133 . A G 230.2 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0156559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.031;QD=12.1156;RBI=0.0187223;REFB=-0.0045813;REVB=-0.0102672;RO=47;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165456;STB=0.600489;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0139723;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:47:48:28:28:0.368421:13:15:18:29:13:15:18:30 chr3 183524193 . T C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0391586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.5634;QD=20.543;RBI=0.0395329;REFB=0.00232777;REVB=0.00542691;RO=24;SAF=6;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176622;STB=0.59251;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00402359;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:25:24:24:0.489796:18:6:10:14:18:6:10:15 chr3 183533964 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0997849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8624;QD=12.781;RBI=0.13942;REFB=-0.00734848;REVB=-0.0973701;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646038;STB=0.538383;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00240745;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:9:5:3:7:9:5 chr3 183558402 . C G 623.18 PASS AF=0.436242;AO=64;DP=148;FAO=65;FDP=149;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.00483774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3889;QD=16.7296;RBI=0.00710125;REFB=0.00219016;REVB=0.00519847;RO=83;SAF=26;SAR=38;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354711;STB=0.509746;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00381048;OID=.;OPOS=183558402;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:83:84:64:65:0.436242:38:26:34:49:39:26:35:49 chr3 183560195 . A G 207.93 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0105948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.1803;QD=13.4146;RBI=0.0203121;REFB=-0.00127748;REVB=-0.0173301;RO=37;SAF=18;SAR=7;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877519;STB=0.550417;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00277581;OID=.;OPOS=183560195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:7:18:24:13:7:18:24:13 chr3 183637722 . T G 262.73 PASS AF=0.5;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00328707;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8209;QD=18.1193;RBI=0.0448968;REFB=-0.00111151;REVB=-0.0447763;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155837;STB=0.602284;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00176984;OID=.;OPOS=183637722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:27:29:29:29:0.5:13:16:10:17:13:16:10:19 chr3 183638026 . AGGGGA GAGGGG 33.99 PASS AF=0.153846;AO=2;DP=40;FAO=6;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0568625;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=6;MLLD=147.603;QD=3.48572;RBI=0.0944636;REFB=-0.0345279;REVB=-0.0754323;RO=19;SAF=2;SAR=0;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466529;STB=0.581538;STBP=0.783;TYPE=mnp;VARB=0.322431;OID=.;OPOS=183638026;OREF=AGGGGA;OALT=GAGGGG;OMAPALT=GAGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:39:19:33:2:6:0.153846:0:2:12:7:4:2:14:19 chr3 183660585 . G A 275.31 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0127636;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0929;QD=12.9556;RBI=0.0199483;REFB=-0.006667;REVB=0.0153306;RO=54;SAF=17;SAR=15;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063617;STB=0.509972;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0311518;OID=.;OPOS=183660585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:54:53:32:32:0.376471:15:17:29:25:15:17:29:24 chr3 183682960 . G A 207.65 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0052318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.967;QD=17.672;RBI=0.0221755;REFB=0.0026901;REVB=0.0215495;RO=26;SAF=16;SAR=5;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00986659;STB=0.505613;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00350496;OID=.;OPOS=183682960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:5:16:20:6:5:16:20:6 chr3 183685534 . A C,G 662.34 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=2,41;DP=44;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190469,0.0470037;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.685,103.522;QD=60.2124;RBI=0.0195781,0.0924932;REFB=0,0;REVB=-0.0045297,0.0796595;RO=0;SAF=0,24;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.2194e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0446257,0.0088469;OID=.,.;OPOS=183685534,183685534;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:44:44:0:0:2,41:1,43:0.0227273,0.977273:2,17:0,24:0:0:1,19:0,24:0:0 chr3 183696402 . A G 1161.75 PASS AF=1;AO=68;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479572;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.557;QD=60.3508;RBI=0.0486589;REFB=0;REVB=-0.00823359;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00397813;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:68:77:1:33:35:0:0:34:43:0:0 chr3 183699516 . T C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.017647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.124;QD=6.25133;RBI=0.0177708;REFB=-0.0131264;REVB=-0.00209348;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247213;STB=0.516075;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0316457;OID=.;OPOS=183699516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:11:6:2:4:11:6 chr3 183754294 . G C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.278;QD=63.8715;RBI=0.072107;REFB=0;REVB=-0.0713839;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101567;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr3 183754585 . C T 185.23 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00569442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.399;QD=18.9975;RBI=0.041949;REFB=-0.02885;REVB=0.0415607;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418569;STB=0.523784;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.030897;OID=.;OPOS=183754585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:14:5:6:14:14:5:6:14 chr3 183755822 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3853;QD=56.9561;RBI=0.0728866;REFB=0;REVB=0.0702869;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765577;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr3 183756391 . C G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0769036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.827;QD=17.8402;RBI=0.0770788;REFB=-0.00154125;REVB=0.0051941;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199028;STB=0.612755;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000164748;OID=.;OPOS=183756391;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:3:11:8:6:3:11 chr3 183756637 . C T 591.85 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0136469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.266;QD=22.9843;RBI=0.0235338;REFB=-0.025937;REVB=0.019173;RO=45;SAF=26;SAR=32;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12078;STB=0.566065;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0190562;OID=.;OPOS=183756637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:45:45:58:58:0.563107:32:26:27:18:32:26:27:18 chr3 183756702 . G A 277.0 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00423931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.922;QD=13.5123;RBI=0.0168781;REFB=-0.0167146;REVB=0.016337;RO=50;SAF=20;SAR=12;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940535;STB=0.553763;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0242825;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:12:20:27:23:12:20:27:23 chr3 183756742 . C T 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0248158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.892;QD=11.4258;RBI=0.0254239;REFB=-0.0198023;REVB=-0.0055271;RO=37;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146109;STB=0.585282;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0515411;OID=.;OPOS=183756742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:7:14:20:17:7:14:20:17 chr3 183774762 . C A 1235.05 PASS AF=0.97619;AO=78;DP=81;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0590971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.823;QD=58.812;RBI=0.0711624;REFB=0.0507553;REVB=0.0396436;RO=2;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230769;STB=0.511625;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.000623397;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:84:2:2:78:82:0.97619:40:38:0:2:42:40:0:2 chr3 183778010 . G C 1485.71 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0377452;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.769;QD=61.2664;RBI=0.0450316;REFB=-0.0104921;REVB=0.024559;RO=2;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225661;STB=0.511902;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000454737;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:97:2:2:95:95:0.979381:41:54:0:2:41:54:0:2 chr3 183818416 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.505;QD=59.017;RBI=0.00430902;REFB=0;REVB=-0.00404189;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37978e-05;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr3 183823729 . G T 584.54 PASS AF=0.43662;AO=60;DP=140;FAO=62;FDP=142;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0150465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.664;QD=16.466;RBI=0.0234094;REFB=-0.00267098;REVB=0.0179333;RO=78;SAF=29;SAR=31;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00908662;STB=0.50704;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00347598;OID=.;OPOS=183823729;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:78:80:60:62:0.43662:31:29:37:41:31:31:39:41 chr3 183861243 . A G 261.62 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00758167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.435;QD=14.739;RBI=0.0294511;REFB=0.00396871;REVB=-0.0284585;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178239;STB=0.600864;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00666663;OID=.;OPOS=183861243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:17:13:25:16:17:13:25:16 chr3 183863084 . AAG A 76.51 PASS AF=0.419355;AO=8;DP=25;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0313386;FXX=0.0882094;HRUN=4;LEN=2;MLLD=263.147;QD=9.87223;RBI=0.0335074;REFB=-0.0191098;REVB=-0.0118591;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0.324176;SSEP=0;SSSB=-0.34871;STB=0.586817;STBP=0.437;TYPE=del;VARB=0.0286942;OID=.;OPOS=183863085;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:8:25:13:31:18:4:9:8:10:76:14:2:6:8:6 chr3 183900680 . G C 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00590587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4685;QD=27.2215;RBI=0.0767075;REFB=0.00304282;REVB=0.0764798;RO=16;SAF=17;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224422;STB=0.624387;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.000287736;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:8:17:6:10:8:17:6:10 chr3 183900729 . T C 262.43 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0130872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.851;QD=32.8033;RBI=0.0134205;REFB=0.00144532;REVB=0.00297252;RO=9;SAF=16;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199719;STB=0.609871;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000255314;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:7:16:3:6:7:16:3:6 chr3 183901843 . C T 547.64 PASS AF=0.467742;AO=57;DP=125;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.138538;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.663;QD=17.6659;RBI=0.139721;REFB=-0.0153354;REVB=-0.0181472;RO=68;SAF=17;SAR=40;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456096;STB=0.504853;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0166313;OID=.;OPOS=183901843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:68:66:57:58:0.467742:40:17:23:45:40:18:21:45 chr3 183904049 . A G 166.02 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0472624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.602;QD=22.1361;RBI=0.0610403;REFB=-0.0182575;REVB=-0.0386288;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392056;STB=0.522062;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0154971;OID=.;OPOS=183904049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:7:6:7:10:7:6 chr3 183907032 . G C 898.34 PASS AF=0.472362;AO=94;DP=202;FAO=94;FDP=199;FR=.;FRO=105;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.000120852;FXX=0.0386455;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.494;QD=18.0571;RBI=0.0157576;REFB=-0.0107485;REVB=0.0157572;RO=95;SAF=50;SAR=44;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436342;STB=0.529405;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00921944;OID=.;OPOS=183907032;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:199:95:105:94:94:0.472362:44:50:46:49:44:50:50:55 chr3 183951135 . C T 200.36 PASS AF=0.6;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0159576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.437;QD=26.7141;RBI=0.0221804;REFB=-0.0604485;REVB=-0.0154054;RO=7;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359856;STB=0.565142;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.019482;OID=.;OPOS=183951135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:30:30:7:9:17:18:0.6:13:4:2:5:13:5:4:5 chr3 183954203 . G A 497.43 PASS AF=0.5;AO=51;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0678572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9293;QD=19.1318;RBI=0.0974558;REFB=-0.0365116;REVB=0.0699501;RO=52;SAF=17;SAR=34;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244679;STB=0.638244;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0307373;OID=.;OPOS=183954203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:51:52:0.5:34:17:31:21:35:17:31:21 chr3 183975365 . C T 580.23 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=45;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0248991;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.256;QD=52.7478;RBI=0.0667446;REFB=-0.142535;REVB=0.0619264;RO=4;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890459;STB=0.547595;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00363695;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:44:4:4:40:40:0.909091:19:21:0:4:19:21:0:4 chr3 183976108 . T C 253.46 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00439911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.947;QD=12.8333;RBI=0.0645418;REFB=-0.0121183;REVB=-0.0643917;RO=49;SAF=21;SAR=9;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239649;STB=0.637974;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.019474;OID=.;OPOS=183976108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:9:21:24:25:9:21:24:25 chr3 183996068 . C T 561.4 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.000695901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.554;QD=20.7925;RBI=0.00561274;REFB=-0.0170881;REVB=-0.00556943;RO=51;SAF=26;SAR=31;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214722;STB=0.511807;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0149794;OID=.;OPOS=183996068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:51:57:57:0.527778:31:26:22:29:31:26:22:29 chr3 183996303 . GCC G,GCT 1076.15 PASS AF=0.90411,0.0958904;AO=24,7;DP=74;FAO=66,7;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26,7;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389549,-0.0091739;FXX=0.0135117;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=32.7592,173.423;QD=58.9671;RBI=0.903651,0.119152;REFB=0,0;REVB=0.902811,0.118799;RO=40;SAF=24,7;SAR=0,0;SRF=0;SRR=40;SSEN=0.243808,0;SSEP=0.345669,0;SSSB=0.896039,0.88907;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00855986,0.0294251;OID=.,.;OPOS=183996304,183996305;OREF=CC,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.90411,0.0958904:24,7:74:66,7:73:0:26,7:40,0:0:0:30:40:24,7:0,0:0:40 chr3 184037533 . A C,G 652.39 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,39;DP=41;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160379,0.0205181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.234,74.893;QD=59.3081;RBI=0.0257094,0.0373409;REFB=0,0;REVB=-0.0200938,-0.0311985;RO=0;SAF=1,11;SAR=1,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00391738,0.007747;OID=.,.;OPOS=184037533,184037533;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:44:0:0:2,39:2,42:0.0454545,0.954545:1,28:1,11:0:0:1,28:1,14:0:0 chr3 184039666 . A G 244.17 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00320624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2677;QD=18.7826;RBI=0.00324968;REFB=-0.000422477;REVB=0.00052957;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510725;STB=0.520951;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=1.96257e-05;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:17:9:10:15:17:9:10:16 chr3 184075047 . A G 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00793929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.369;QD=17.2889;RBI=0.00902411;REFB=-0.0177457;REVB=0.00428979;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141446;STB=0.507931;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0176724;OID=.;OPOS=184075047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:15:15:17:16:15:15:17:16 chr3 184075648 . CGGGGT CGGG,CGGGT 91.12 PASS AF=0,0.571429;AO=5,10;DP=28;FAO=0,16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=0,14;FSAR=0,2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0678243,0.0249843;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=247.155,13.5606;QD=13.0167;RBI=0.0703836,0.0862552;REFB=0.00354777,-0.100042;REVB=0.018807,-0.0825575;RO=12;SAF=4,9;SAR=1,1;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.554501,0.643365;STB=0.5,0.818695;STBP=1,0.002;TYPE=del,del;VARB=0,0.0917483;OID=.,.;OPOS=184075652,184075649;OREF=GT,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.571429:5,10:28:0,16:28:12:0,14:0,2:3:9:52:12:4,9:1,1:3:9 chr3 184102396 . C T 400.31 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.031797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5468;QD=16.1742;RBI=0.0357354;REFB=0.0005833;REVB=-0.0163086;RO=55;SAF=15;SAR=27;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158042;STB=0.59012;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000712894;OID=.;OPOS=184102396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:57:42:42:0.424242:27:15:28:27:27:15:29:28 chr3 184103903 . A C 408.8 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.011629;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.638;QD=33.3713;RBI=0.0149347;REFB=-0.0220568;REVB=-0.00937087;RO=15;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633075;STB=0.52511;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0112205;OID=.;OPOS=184103903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:15:16:33:33:0.673469:19:14:8:7:19:14:8:8 chr3 184144585 . A G 164.39 PASS AF=0.375;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00259705;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5344;QD=11.7424;RBI=0.0130904;REFB=-0.0266044;REVB=-0.0128302;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175888;STB=0.60196;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0327844;OID=.;OPOS=184144585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:35:35:21:21:0.375:8:13:16:19:8:13:16:19 chr3 184289152 . A G 458.74 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00703136;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.164;QD=18.3496;RBI=0.0355513;REFB=-0.0189873;REVB=-0.034849;RO=52;SAF=31;SAR=17;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874007;STB=0.548652;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0193007;OID=.;OPOS=184289152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:17:31:29:23:17:31:29:23 chr3 184300063 . T C 35.8 PASS AF=0.25;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.013102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.11;QD=5.96621;RBI=0.058147;REFB=-0.0313607;REVB=-0.0566516;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112482;STB=0.583089;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.138243;OID=.;OPOS=184300063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:17:18:6:6:0.25:5:1:2:15:5:1:2:16 chr3 184300065 . T C 35.11 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.105713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0793;QD=5.61832;RBI=0.14535;REFB=-0.0297494;REVB=-0.0997567;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148719;STB=0.594323;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.137337;OID=.;OPOS=184300065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:5:1:2:17:5:1:2:17 chr3 184550501 . A G 359.51 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.011928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2908;QD=17.3259;RBI=0.0156245;REFB=-0.000283333;REVB=-0.010092;RO=45;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791012;STB=0.544281;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000154765;OID=.;OPOS=184550501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:18:20:20:25:18:20:20:25 chr3 184573555 . C T 151.52 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00605359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.2;QD=12.895;RBI=0.0276164;REFB=-0.00910914;REVB=-0.0269447;RO=30;SAF=3;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25732;STB=0.603584;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0181453;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:30:30:16:17:0.361702:13:3:11:19:13:4:11:19 chr3 184633247 . A C 127.7 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00673736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.419;QD=11.8794;RBI=0.0554373;REFB=-0.0190023;REVB=0.0550264;RO=28;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00820829;STB=0.504848;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0440171;OID=.;OPOS=184633247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:9:6:11:17:9:6:11:17 chr3 184647413 . T A,C 1074.15 PASS AF=0.0821918,0.917808;AO=6,67;DP=73;FAO=6,67;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=6,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625374,0.0118248;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.062,236.191;QD=58.8577;RBI=0.0174295,0.0130647;REFB=0,0;REVB=-0.0162689,0.0055552;RO=0;SAF=0,21;SAR=6,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.35909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0593126,-0.00113188;OID=.,.;OPOS=184647413,184647413;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:73:73:0:0:6,67:6,67:0.0821918,0.917808:6,46:0,21:0:0:6,46:0,21:0:0 chr3 184700356 . A C 267.64 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.315;QD=50.9787;RBI=0.033436;REFB=0;REVB=0.0305909;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196477;OID=.;OPOS=184700356;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:15:5:0:0:16:5:0:0 chr3 184700426 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0207798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7168;QD=15.2624;RBI=0.0383611;REFB=-0.00457495;REVB=-0.0322455;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151575;STB=0.589134;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00362406;OID=.;OPOS=184700426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:11:2:4:12:11:2:4:12 chr3 184766325 . G A 495.91 PASS AF=0.413534;AO=55;DP=133;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.0142185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.432;QD=14.9146;RBI=0.0145373;REFB=-0.018636;REVB=0.00302738;RO=78;SAF=25;SAR=30;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742097;STB=0.541652;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0247758;OID=.;OPOS=184766325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:78:78:55:55:0.413534:30:25:30:48:30:25:30:48 chr3 184795895 . A G 659.47 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0358861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.949;QD=56.1249;RBI=0.0410152;REFB=-0.195831;REVB=0.0198604;RO=2;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323812;STB=0.502091;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0015233;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:47:47:2:3:44:44:0.93617:28:16:0:2:28:16:1:2 chr3 184798067 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.406;QD=56.9566;RBI=0.0627196;REFB=0;REVB=0.0612134;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89911e-05;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr3 185046975 . T C 491.09 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00147775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.669;QD=17.2313;RBI=0.0195615;REFB=-0.00812439;REVB=0.0195056;RO=61;SAF=18;SAR=35;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184649;STB=0.602993;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00760355;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:53:53:0.464912:35:18:32:29:35:18:32:29 chr3 185226396 . A G 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00403514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.51;QD=17.4545;RBI=0.00431794;REFB=-0.00537451;REVB=-0.00153697;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626766;STB=0.535167;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00542433;OID=.;OPOS=185226396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:12:17:14:13:12:17 chr3 185229464 . T C 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00887489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.651;QD=14.7339;RBI=0.0153226;REFB=-0.0107725;REVB=0.0124907;RO=34;SAF=6;SAR=21;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580458;STB=0.543656;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0136814;OID=.;OPOS=185229464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:36:27:27:0.428571:21:6:9:25:21:6:10:26 chr3 185300589 . T C 500.7 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0253228;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.181;QD=24.13;RBI=0.0310666;REFB=-0.0361328;REVB=0.0179968;RO=35;SAF=17;SAR=30;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553596;STB=0.525441;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0225693;OID=.;OPOS=185300589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:36:47:47:0.566265:30:17:15:20:30:17:15:21 chr3 185765602 . G GT,T 35.97 PASS AF=0.212121,0;AO=7,2;DP=33;FAO=7,0;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=6,0;FSAR=1,0;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0514077,-0.0132945;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=41.0754,247.441;QD=4.35964;RBI=0.0514078,0.0147203;REFB=-0.00516031,-0.00687004;REVB=0.000109466,-0.00632022;RO=23;SAF=7,1;SAR=0,1;SRF=14;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.699993,-0.104423;STB=0.722144,0.5;STBP=0.265,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0228212,0;OID=.,.;OPOS=185765603,185765602;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:33:33:23:26:7,2:7,0:0.212121,0:0,1:7,1:14:9:1,0:6,0:17:9 chr3 185866733 . T C 414.89 PASS AF=0.371212;AO=48;DP=130;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=0.0444405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.462;QD=12.5725;RBI=0.0462845;REFB=-0.00324715;REVB=-0.0129345;RO=82;SAF=22;SAR=26;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10437;STB=0.556235;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00662716;OID=.;OPOS=185866733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:82:83:48:49:0.371212:26:22:30:52:27:22:30:53 chr3 185867550 . G C 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00791126;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.149;QD=49.3981;RBI=0.0197202;REFB=-0.00051231;REVB=0.0180637;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486633;STB=0.526293;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=1.95863e-05;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:14:9:1:0:14:9:1:0 chr3 185990096 . C T 1287.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000554403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.646;QD=61.3331;RBI=0.0203524;REFB=0;REVB=0.0203449;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15131e-05;OID=.;OPOS=185990096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:84:0:0:77:84:1:37:40:0:0:41:43:0:0 chr3 186006566 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.5;QD=58.6006;RBI=0.048907;REFB=0;REVB=-0.0475759;RO=0;SAF=51;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90361e-05;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:13:51:0:0:13:51:0:0 chr3 186337713 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.258;QD=63.2841;RBI=0.0979013;REFB=0;REVB=0.0388785;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695027;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr3 186338382 . G C 556.68 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.495;QD=60.1811;RBI=0.0268111;REFB=0;REVB=0.0128799;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013995;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr3 186338425 . A C 702.29 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.429;QD=62.4261;RBI=0.0520533;REFB=0;REVB=7.00049e-06;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96148e-05;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:26:16:0:0:27:18:0:0 chr3 186358366 . A C 284.92 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0491632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.461;QD=12.9511;RBI=0.0552712;REFB=-0.0128442;REVB=-0.0252564;RO=55;SAF=17;SAR=16;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331396;STB=0.518967;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0211733;OID=.;OPOS=186358366;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:16:17:30:25:16:17:30:25 chr3 186370333 . G T 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2124;QD=57.5427;RBI=0.0387487;REFB=0;REVB=-0.00275398;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000426388;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr3 186370350 . A G 233.47 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00687561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.65;QD=15.0625;RBI=0.00688352;REFB=-0.00897963;REVB=-0.00032983;RO=34;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131258;STB=0.583271;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0120515;OID=.;OPOS=186370350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:10:17:17:17:10:17:17:18 chr3 186390627 . C T 376.78 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00972731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.637;QD=18.6065;RBI=0.022081;REFB=-0.0143723;REVB=0.019823;RO=42;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175319;STB=0.509773;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0127352;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:23:16:18:24:23:16:18:24 chr3 186395180 . T C 239.58 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110898;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5983;QD=50.4372;RBI=0.118538;REFB=0;REVB=0.0418661;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105295;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:17:19:1:11:6:0:0:11:8:0:0 chr3 186395436 . C T 204.42 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00599855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.287;QD=22.7133;RBI=0.0388495;REFB=-0.0171774;REVB=0.0383836;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299533;STB=0.506572;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.014125;OID=.;OPOS=186395436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:14:6:5:10:14:6:5:11 chr3 186395572 . A T 263.1 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0504211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4547;QD=47.8358;RBI=0.0630275;REFB=-0.130543;REVB=0.0378177;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0108772;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:0:1:12:9:0:1 chr3 186435370 . G A 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.145;QD=60.5467;RBI=0.058584;REFB=0;REVB=0.057479;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103767;OID=.;OPOS=186435370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr3 186437944 . T C 514.09 PASS AF=0.466102;AO=53;DP=117;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.00669686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.427;QD=17.4268;RBI=0.00713289;REFB=-0.00252468;REVB=0.00245565;RO=63;SAF=23;SAR=30;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193965;STB=0.604841;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00383046;OID=.;OPOS=186437944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:63:63:53:55:0.466102:30:23:40:23:31:24:40:23 chr3 186443018 . T C 143.98 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.000139841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.755;QD=8.596;RBI=0.00406992;REFB=-0.0129264;REVB=-0.00406752;RO=47;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806532;STB=0.547898;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0487426;OID=.;OPOS=186443018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:11:9:18:29:11:9:18:29 chr3 186445052 . T G 300.17 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00781237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.592;QD=13.9612;RBI=0.00790208;REFB=-0.00412746;REVB=0.00118734;RO=52;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173347;STB=0.598315;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00659073;OID=.;OPOS=186445052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:16:18:19:33:16:18:19:33 chr3 186459927 . T C 250.3 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00992263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5842;QD=26.347;RBI=0.0306297;REFB=0.0146303;REVB=-0.0289779;RO=15;SAF=5;SAR=18;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271119;STB=0.651666;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00783499;OID=.;OPOS=186459927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:18:5:8:7:18:5:8:7 chr3 186489724 . T C 434.96 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0463087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5722;QD=51.1715;RBI=0.0883244;REFB=-0.207636;REVB=0.0752111;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266551;STB=0.527761;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0123072;OID=.;OPOS=186489724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:33:34:1:2:31:32:0.941176:14:17:1:0:15:17:2:0 chr3 186507757 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.447;QD=51.1846;RBI=0.0250036;REFB=0;REVB=0.0249527;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125035;OID=.;OPOS=186507757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr3 186570892 . T G 1020.44 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.409;QD=59.1557;RBI=0.0996934;REFB=0;REVB=0.0988311;RO=0;SAF=53;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366229;OID=.;OPOS=186570892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:14:53:0:0:15:54:0:0 chr3 186795924 . C T 733.76 PASS AF=0.56;AO=68;DP=123;FAO=70;FDP=125;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0175604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6322;QD=23.4803;RBI=0.017706;REFB=-0.0145289;REVB=-0.00226625;RO=53;SAF=26;SAR=42;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134851;STB=0.579573;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0180484;OID=.;OPOS=186795924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:53:55:68:70:0.56:42:26:29:24:43:27:31:24 chr3 186937568 . A G,T 902.92 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=60,3;DP=63;FAO=60,3;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22,3;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113545,0.0067692;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.309,165.258;QD=57.3281;RBI=0.0145588,0.00897834;REFB=0,0;REVB=0.00911222,0.00589818;RO=0;SAF=22,3;SAR=38,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0042848,0.0599893;OID=.,.;OPOS=186937568,186937568;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:63:63:0:0:60,3:60,3:0.952381,0.047619:38,0:22,3:0:0:38,0:22,3:0:0 chr3 186953808 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0136755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.355;QD=22.1441;RBI=0.044054;REFB=0.0010526;REVB=-0.0418776;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261193;STB=0.646886;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00114802;OID=.;OPOS=186953808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:9:4:11:6:9:4 chr3 186954285 . A G 767.1 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6962;QD=63.9247;RBI=0.11546;REFB=0;REVB=0.105216;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000818972;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:29:16:0:0:32:16:0:0 chr3 187088812 . C T 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.000194527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.464;QD=14.8962;RBI=0.00246915;REFB=-0.0104942;REVB=0.00246147;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782704;STB=0.544307;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00856698;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:17:15:24:20:17:15:24:20 chr3 187088903 . C A 150.26 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00372653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9309;QD=12.2665;RBI=0.038152;REFB=-0.0114806;REVB=-0.0379696;RO=32;SAF=13;SAR=4;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408964;STB=0.741642;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0211262;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:4:13:13:19:4:13:13:19 chr3 187088926 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.071;QD=62.9824;RBI=0.0342255;REFB=0;REVB=0.033358;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140901;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr3 187416634 . C A 1508.91 PASS AF=0.97;AO=98;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0370299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5558;QD=60.3564;RBI=0.0435258;REFB=-0.0222985;REVB=0.0228752;RO=1;SAF=42;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011159;STB=0.517643;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0021958;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:100:100:1:3:98:97:0.97:56:42:1:0:56:41:3:0 chr3 187416719 . T C 784.09 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214079;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.348;QD=57.0246;RBI=0.0224996;REFB=0;REVB=0.0069236;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636911;OID=.;OPOS=187416719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:28:25:0:0:29:26:0:0 chr3 187447032 . G A,T 852.05 PASS AF=0.95,0.05;AO=57,3;DP=60;FAO=57,3;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=51,3;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443902,0.050043;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=149.879,13.7453;QD=56.8036;RBI=0.0597403,0.0512072;REFB=0,0;REVB=-0.0399802,0.0108574;RO=0;SAF=51,3;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00193041,0.0742843;OID=.,.;OPOS=187447032,187447032;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:60:60:0:0:57,3:57,3:0.95,0.05:6,0:51,3:0:0:6,0:51,3:0:0 chr3 187897059 . G A 481.34 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00799716;FXX=0.0624935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2099;QD=21.3928;RBI=0.0268088;REFB=-0.015178;REVB=0.0255883;RO=40;SAF=13;SAR=33;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00794878;STB=0.534089;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00778436;OID=.;OPOS=187897059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:90:40:44:46:46:0.511111:33:13:11:29:33:13:15:29 chr3 187897424 . A C 257.75 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0788738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.759;QD=23.4321;RBI=0.0831303;REFB=-0.00564396;REVB=-0.0262595;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407239;STB=0.522708;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00501152;OID=.;OPOS=187897424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:12:12:9:11:12:12:9:11 chr3 187897614 . C G 210.69 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.000732995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.158;QD=19.1539;RBI=0.00745491;REFB=-0.00473857;REVB=-0.00741879;RO=22;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361632;STB=0.714082;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00358691;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:15:6:15:7:15:6:16:7 chr3 187897954 . T A 548.66 PASS AF=0.454545;AO=59;DP=133;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0618794;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.376;QD=16.6261;RBI=0.0849313;REFB=-0.0142471;REVB=0.0581744;RO=73;SAF=30;SAR=29;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00161192;STB=0.515146;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0176868;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:73:72:59:60:0.454545:29:30:37:36:30:30:38:34 chr3 187898593 . G A 219.77 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0361707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.509;QD=27.4719;RBI=0.036477;REFB=-0.0243405;REVB=0.00471676;RO=11;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612412;STB=0.540502;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00568237;OID=.;OPOS=187898593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:20:21:0.65625:11:9:6:5:12:9:6:5 chr3 188327461 . C T 203.3 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00257618;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.301;QD=10.1651;RBI=0.0117078;REFB=-0.00905659;REVB=-0.0114209;RO=54;SAF=17;SAR=9;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262774;STB=0.653728;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0159845;OID=.;OPOS=188327461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:9:17:23:31:9:17:23:31 chr3 188464248 . G GT 1393.64 PASS AF=1;AO=110;DP=122;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604307;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.6905;QD=47.242;RBI=0.083049;REFB=0;REVB=-0.0569672;RO=7;SAF=66;SAR=44;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201491;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00133062;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:110:122:118:118:0:67:51:0:0:25:7:66:44:3:4 chr3 188868715 . A C 553.1 PASS AF=0.410959;AO=59;DP=145;FAO=60;FDP=146;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.00649151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.662;QD=15.1533;RBI=0.0111641;REFB=-0.00671046;REVB=0.00908283;RO=86;SAF=24;SAR=35;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171577;STB=0.599967;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00656407;OID=.;OPOS=188868715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:86:86:59:60:0.410959:35:24:49:37:36:24:49:37 chr3 188868753 . A G 501.17 PASS AF=0.394366;AO=55;DP=141;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.0116312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.575;QD=14.1176;RBI=0.0130922;REFB=-0.00287489;REVB=0.00601019;RO=85;SAF=24;SAR=31;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100104;STB=0.564493;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00511427;OID=.;OPOS=188868753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:85:86:55:56:0.394366:31:24:45:40:32:24:46:40 chr3 189033292 . C G 497.38 PASS AF=0.383562;AO=56;DP=146;FAO=56;FDP=146;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.014311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.628;QD=13.6268;RBI=0.0152408;REFB=-0.0382741;REVB=-0.00524197;RO=90;SAF=21;SAR=35;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103083;STB=0.558489;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0528746;OID=.;OPOS=189033292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:90:90:56:56:0.383562:35:21:42:48:35:21:42:48 chr3 189614076 . AT TA 51.22 PASS AF=0.380952;AO=3;DP=18;FAO=8;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.263118;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=12.6248;QD=9.75703;RBI=0.29091;REFB=-0.0967621;REVB=-0.124088;RO=9;SAF=1;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448805;STB=0.6518;STBP=0.264;TYPE=mnp;VARB=0.0772872;OID=.;OPOS=189614076;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:21:9:9:3:8:0.380952:2:1:7:2:5:3:6:3 chr3 190023552 . T C 153.86 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00678975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.432;QD=21.9798;RBI=0.0119515;REFB=-0.00399017;REVB=0.00983554;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138827;STB=0.587265;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00357545;OID=.;OPOS=190023552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:12:12:15:16:0.571429:10:5:6:6:11:5:6:6 chr3 190024457 . A G 424.07 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0102846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.177;QD=18.6405;RBI=0.0209529;REFB=-0.00342387;REVB=0.0182552;RO=48;SAF=22;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700744;STB=0.539032;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00475114;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:21:22:21:27:21:22:21:27 chr3 190030680 . A C,G 1515.48 PASS AF=0.0636364,0.927273;AO=7,94;DP=101;FAO=7,102;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=4,60;FSAR=3,42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00836888,0.0185387;FXX=0.0090082;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.2672,144.093;QD=55.1084;RBI=0.0236277,0.0314405;REFB=-0.00981123,-0.158176;REVB=-0.022096,0.0253934;RO=0;SAF=4,54;SAR=3,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5554,0.504131;STBP=0.526,0.514;TYPE=snp,snp;VARB=0.143318,0.00020095;OID=.,.;OPOS=190030680,190030680;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:101:110:0:1:7,94:7,102:0.0636364,0.927273:3,40:4,54:0:0:3,42:4,60:1:0 chr3 190030681 . C G 35.3 PASS AF=0.0854701;AO=10;DP=117;FAO=10;FDP=117;FR=.;FRO=107;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=-0.00831035;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.7899;QD=1.2067;RBI=0.0131337;REFB=-0.00294374;REVB=0.0101702;RO=107;SAF=7;SAR=3;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175144;STB=0.642947;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00381805;OID=.;OPOS=190030681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:117:117:107:107:10:10:0.0854701:3:7:59:48:3:7:59:48 chr3 190333162 . TG T,TT 1565.45 PASS AF=1,0;AO=89,7;DP=96;FAO=99,0;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=51,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100774,-0.00946254;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=365.045,349.258;QD=63.2505;RBI=0.0100873,0.00946562;REFB=0,0;REVB=-0.000446002,0.000241365;RO=0;SAF=41,5;SAR=48,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.30324e-08,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=6.43347e-06,-0.0187358;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:89,7:96:99,0:99:0:48,0:51,0:0:0:8:0:41,5:48,2:0:0 chr3 190360102 . G A 270.01 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0133094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.829;QD=22.9798;RBI=0.0298453;REFB=-0.0339676;REVB=0.0267133;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942359;STB=0.570402;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0194928;OID=.;OPOS=190360102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:22:24:25:0.531915:13:11:12:9:14:11:13:9 chr3 190578566 . A G 772.04 PASS AF=0.513158;AO=78;DP=152;FAO=78;FDP=152;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.00317032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.135;QD=20.3168;RBI=0.0127748;REFB=-0.0199636;REVB=0.0123751;RO=74;SAF=34;SAR=44;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398871;STB=0.521899;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0173189;OID=.;OPOS=190578566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:74:74:78:78:0.513158:44:34:29:45:44:34:29:45 chr3 190999917 . C A 153.0 PASS AF=0.357143;AO=17;DP=52;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0012856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8905;QD=10.9282;RBI=0.00158544;REFB=-0.0245574;REVB=0.000927815;RO=35;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186868;STB=0.532226;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0358943;OID=.;OPOS=190999917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:35:36:17:20:0.357143:6:11:17:18:9:11:18:18 chr3 191047532 . A G 2742.75 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.979;QD=62.3352;RBI=0.0965117;REFB=0;REVB=0.0908035;RO=0;SAF=88;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13991e-05;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:168:176:0:0:167:176:1:79:88:0:0:87:89:0:0 chr3 191074873 . C G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.25;QD=57.2372;RBI=0.0362304;REFB=0;REVB=0.0153232;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05659e-05;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr3 191075902 . C T 303.96 PASS AF=0.360825;AO=34;DP=96;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0146294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.246;QD=12.5346;RBI=0.016786;REFB=-0.00594447;REVB=-0.00823108;RO=60;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088445;STB=0.513972;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.011533;OID=.;OPOS=191075902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:60:62:34:35:0.360825:19:15:26:34:19:16:27:35 chr3 191093053 . T C 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00663896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.117;QD=12.1434;RBI=0.00744496;REFB=-0.0100657;REVB=-0.00336923;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119125;STB=0.560018;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0175409;OID=.;OPOS=191093053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:8:11:15:17:8:11:16:17 chr3 191093175 . T A 137.25 PASS AF=0.326531;AO=17;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0457642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6868;QD=11.2042;RBI=0.0916165;REFB=-0.0203745;REVB=-0.0793676;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13609;STB=0.611954;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0462317;OID=.;OPOS=191093175;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:17:16:0.326531:8:9:13:19:7:9:13:20 chr3 191093310 . A G 164.18 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00367766;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.474;QD=11.1305;RBI=0.0196176;REFB=-0.00550279;REVB=-0.0192698;RO=38;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21801;STB=0.626889;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0126533;OID=.;OPOS=191093310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:13:8:22:16:13:8:22:16 chr3 191097966 . T C 1074.47 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00427383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.683;QD=58.0792;RBI=0.0390419;REFB=-0.0580461;REVB=0.0388073;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000292395;OID=.;OPOS=191097966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:0:1:71:73:0.986486:26:45:0:0:27:46:0:1 chr3 191100561 . C A 1025.84 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3418;QD=59.4691;RBI=0.0824788;REFB=0;REVB=-0.0824273;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306613;OID=.;OPOS=191100561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr3 191179193 . A G 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1153;QD=61.6767;RBI=0.0624937;REFB=0;REVB=-0.0494905;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140987;OID=.;OPOS=191179193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr3 191810914 . TA CG 838.19 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895903;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=2;MLLD=160.753;QD=57.8062;RBI=0.0156697;REFB=0;REVB=0.012856;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000184088;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr3 192447403 . G A 1510.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.837;QD=63.613;RBI=0.00994618;REFB=0;REVB=-0.00755431;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11858e-06;OID=.;OPOS=192447403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:54:41:0:0:54:41:0:0 chr3 192447418 . A G 1447.69 PASS AF=1;AO=72;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.477;QD=62.2663;RBI=0.0228894;REFB=0;REVB=0.0103463;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308172;OID=.;OPOS=192447418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:72:93:1:45:27:0:0:55:38:0:0 chr3 192515557 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000219259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.536;QD=60.3766;RBI=0.0384981;REFB=0;REVB=-0.0384975;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65333e-05;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr3 193036783 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.702;QD=57.2019;RBI=0.0599276;REFB=0;REVB=0.0418212;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840828;OID=.;OPOS=193036783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr3 193036794 . G C 431.97 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757124;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.577;QD=57.596;RBI=0.0100732;REFB=0;REVB=0.00664425;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200606;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr3 193042776 . T C 801.21 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.545;QD=57.2291;RBI=0.0308741;REFB=0;REVB=0.00220559;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58625e-05;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr3 193080344 . C T 402.42 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0386979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.025;QD=16.5947;RBI=0.0390732;REFB=-0.00100105;REVB=-0.00540252;RO=55;SAF=28;SAR=14;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167039;STB=0.594157;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00254589;OID=.;OPOS=193080344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:14:28:28:27:14:28:28:27 chr3 193080414 . C G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00546469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.72;QD=14.904;RBI=0.0144068;REFB=-0.0140192;REVB=0.0133302;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270658;STB=0.652284;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0173437;OID=.;OPOS=193080414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:14:12:25:9:14:12:25:9 chr3 193081122 . G T 819.71 PASS AF=0.525641;AO=82;DP=157;FAO=82;FDP=156;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0254968;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4668;QD=21.0181;RBI=0.0269398;REFB=-0.0104681;REVB=-0.00869855;RO=74;SAF=41;SAR=41;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00965432;OID=.;OPOS=193081122;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:74:74:82:82:0.525641:41:41:37:37:41:41:37:37 chr3 193096529 . C T 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0244577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0485;QD=13.3343;RBI=0.0288666;REFB=-0.0341559;REVB=-0.015333;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186563;STB=0.605682;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0317191;OID=.;OPOS=193096529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:15:11:10:29:15:11:10:29 chr3 193209178 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0190652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3622;QD=12.2163;RBI=0.0337167;REFB=-0.00117575;REVB=0.0278089;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282465;STB=0.666444;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0033828;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:5:10:11:16:5:10:11:16 chr3 193210768 . A G 442.7 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00155289;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.161;QD=19.4592;RBI=0.0175587;REFB=-0.00954464;REVB=0.0174899;RO=47;SAF=21;SAR=23;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168644;STB=0.593507;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0116696;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:23:21:31:16:23:21:31:16 chr3 193355074 . T C 2196.56 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000248987;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.759;QD=62.759;RBI=0.0271394;REFB=0;REVB=0.0271383;RO=0;SAF=36;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79084e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75147e-05;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:137:140:1:101:36:0:0:102:38:0:0 chr3 193385059 . G A 695.29 PASS AF=0.451807;AO=75;DP=166;FAO=75;FDP=166;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=0.00656979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.823;QD=16.7539;RBI=0.00660627;REFB=-0.0133544;REVB=-0.000693309;RO=91;SAF=28;SAR=47;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346857;STB=0.519288;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0154789;OID=.;OPOS=193385059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:91:91:75:75:0.451807:47:28:37:54:47:28:37:54 chr3 193863706 . A G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00657664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.613;QD=22.9571;RBI=0.00831248;REFB=-0.0080063;REVB=0.00508382;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418436;STB=0.735549;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0056759;OID=.;OPOS=193863706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:12:4:9:2:12:4:9:2 chr3 194061826 . C T 242.81 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0486748;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.996;QD=17.0394;RBI=0.048675;REFB=-0.0412556;REVB=-0.000130539;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209809;STB=0.511802;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.041431;OID=.;OPOS=194061826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:30:27:27:0.473684:15:12:14:16:15:12:14:16 chr3 194061906 . TG CA,CG 1071.79 PASS AF=0.513514,0.486486;AO=38,36;DP=74;FAO=38,36;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=9,11;FSAR=29,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555091,-0.0145138;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=248.935,61.462;QD=57.9344;RBI=0.00636041,0.0169064;REFB=0,0;REVB=0.00310521,-0.00867029;RO=0;SAF=9,11;SAR=29,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.58193e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00146039,0.00711572;OID=.,.;OPOS=194061906,194061906;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:74:74:0:0:38,36:38,36:0.513514,0.486486:29,25:9,11:0:0:29,25:9,11:0:0 chr3 194063153 . G A 282.18 PASS AF=0.367816;AO=20;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=54;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00103397;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.498;QD=12.9736;RBI=0.00978875;REFB=-0.00643049;REVB=0.00973399;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199317;STB=0.554314;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0128661;OID=.;OPOS=194063153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:17:54:20:32:0.367816:13:7:10:7:15:17:24:30 chr3 194063300 . T C,G 1551.9 PASS AF=0.949495,0.0505051;AO=94,5;DP=99;FAO=94,5;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44,0;FSAR=50,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307772,-0.0121701;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.0775,205.251;QD=62.7032;RBI=0.0321144,0.0258604;REFB=0,0;REVB=0.00917062,-0.0228178;RO=0;SAF=44,0;SAR=50,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00490832,0.162908;OID=.,.;OPOS=194063300,194063300;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:99:99:0:0:94,5:94,5:0.949495,0.0505051:50,5:44,0:0:0:50,5:44,0:0:0 chr3 194118874 . T C 1148.76 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.401;QD=60.461;RBI=0.0388349;REFB=0;REVB=0.033662;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19424e-05;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:36:38:0:0:37:39:0:0 chr3 194124427 . C T 568.55 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0011563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.037;QD=18.7951;RBI=0.0193798;REFB=-0.0149438;REVB=-0.0193453;RO=61;SAF=33;SAR=26;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624008;STB=0.530596;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0151034;OID=.;OPOS=194124427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:62:59:59:0.487603:26:33:30:31:26:33:31:31 chr3 194313832 . T C 718.27 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228721;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.864;QD=61.1294;RBI=0.0245203;REFB=-0.124375;REVB=-0.00883812;RO=1;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303064;STB=0.516122;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=2.73244e-05;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:47:1:1:46:46:0.978723:15:31:0:1:15:31:0:1 chr3 194337901 . T C 458.98 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00792463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.024;QD=18.3591;RBI=0.0131391;REFB=-0.0108666;REVB=-0.0104802;RO=53;SAF=23;SAR=23;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997368;STB=0.549978;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0156818;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:54:46:46:0.46:23:23:21:32:23:23:22:32 chr3 194338423 . C T 264.87 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00330486;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.092;QD=19.6203;RBI=0.0124692;REFB=-0.026636;REVB=-0.0120233;RO=24;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641804;STB=0.535689;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0133033;OID=.;OPOS=194338423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:24:26:28:28:0.518519:15:13:13:11:15:13:14:12 chr3 194349178 . C T 652.71 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0319012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.441;QD=20.7211;RBI=0.0435113;REFB=-0.00256122;REVB=0.0295897;RO=61;SAF=22;SAR=43;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985024;STB=0.554311;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0024125;OID=.;OPOS=194349178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:61:61:65:65:0.515873:43:22:27:34:43:22:27:34 chr3 194353875 . G T 37.78 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.102414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9522;QD=10.0751;RBI=0.134573;REFB=-0.0510946;REVB=0.0873001;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.102274;OID=.;OPOS=194353875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:4:5:3:3:4:5 chr3 194373832 . TG CA 1945.12 PASS AF=1;AO=124;DP=128;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040155;FXX=0.0234357;HRUN=2;LEN=2;MLLD=345.275;QD=62.2438;RBI=0.0424837;REFB=0;REVB=0.0138725;RO=0;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.87253e-05;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:125:0:0:124:125:1:68:56:0:0:68:57:0:0 chr3 194387300 . C T 199.53 PASS AF=0.357143;AO=23;DP=67;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.0252876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.474;QD=11.4018;RBI=0.0263714;REFB=-0.0111049;REVB=-0.00748255;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237636;STB=0.6609;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0247676;OID=.;OPOS=194387300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:41:45:23:25:0.357143:12:11:11:30:12:13:12:33 chr3 194842785 . C G 833.38 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9571;QD=57.4742;RBI=0.0209124;REFB=0;REVB=-0.013398;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15602e-05;OID=.;OPOS=194842785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:34:23:0:0:35:23:0:0 chr3 194842877 . A G 811.78 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.157;QD=56.967;RBI=0.0284196;REFB=0;REVB=0.00489041;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199481;OID=.;OPOS=194842877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:34:23:0:0 chr3 194842911 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.67;QD=60.2306;RBI=0.0234656;REFB=0;REVB=0.0209097;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61665e-05;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr3 195242526 . C T 358.55 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.12;QD=55.1612;RBI=0.0732392;REFB=0;REVB=0.0116751;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236725;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:9:17:0:0 chr3 195345827 . CAG CGA 224.38 PASS AF=1;AO=13;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720349;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=98.4051;QD=49.863;RBI=0.033322;REFB=0;REVB=-0.032534;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000434776;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:19:18:18:0:9:9:0:0:4:0:7:6:0:0 chr3 195345953 . C T 176.35 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.063191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3291;QD=29.3919;RBI=0.0685965;REFB=-0.0703048;REVB=0.0266905;RO=6;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227594;STB=0.63985;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0204212;OID=.;OPOS=195345953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:24:24:6:7:17:17:0.708333:8:9:6:0:8:9:7:0 chr3 195346352 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0138084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0716;QD=11.0924;RBI=0.0541754;REFB=0.0162667;REVB=0.0523861;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477139;STB=0.529298;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0122073;OID=.;OPOS=195346352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:1:5:4:1:1:5 chr3 195346477 . C T 456.24 PASS AF=0.683333;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0590809;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9294;QD=30.4163;RBI=0.0601521;REFB=-0.0116679;REVB=-0.0113013;RO=19;SAF=24;SAR=17;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385227;STB=0.502091;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00700829;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:19:19:41:41:0.683333:17:24:11:8:17:24:11:8 chr3 195346861 . T C 200.8 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=-0.0560304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6573;QD=11.8119;RBI=0.0576513;REFB=0.00109667;REVB=-0.0135744;RO=43;SAF=4;SAR=21;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166641;STB=0.597636;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00484154;OID=.;OPOS=195346861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:21:4:11:32:21:4:11:32 chr3 195399505 . C T 66.45 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0230561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.162;QD=4.50483;RBI=0.0564156;REFB=-0.00147212;REVB=0.0514892;RO=48;SAF=7;SAR=4;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145575;STB=0.596037;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00650254;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:48:48:11:11:0.186441:4:7:25:23:4:7:25:23 chr3 195400848 . G A 32.04 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00571852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.828;QD=2.56348;RBI=0.0255445;REFB=-0.00117028;REVB=-0.0248962;RO=44;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797695;STB=0.559803;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0227565;OID=.;OPOS=195400848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:3:3:19:25:3:3:19:25 chr3 195410687 . T A 39.49 PASS AF=0.0594901;AO=21;DP=355;FAO=21;FDP=353;FR=.;FRO=332;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=154;FSRR=178;FWDB=-0.0742101;FXX=0.00563364;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.508;QD=0.447532;RBI=0.0757612;REFB=-0.0020033;REVB=-0.0152517;RO=332;SAF=16;SAR=5;SRF=154;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307801;STB=0.774757;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0867854;OID=.;OPOS=195410687;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:355:353:332:332:21:21:0.0594901:5:16:154:178:5:16:154:178 chr3 195410689 . C T 37.79 PASS AF=0.0578512;AO=21;DP=362;FAO=21;FDP=363;FR=.;FRO=342;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=156;FSRR=186;FWDB=0.00526051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.053;QD=0.416463;RBI=0.0263008;REFB=-0.000390293;REVB=-0.0257693;RO=340;SAF=16;SAR=5;SRF=156;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309701;STB=0.780129;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00489413;OID=.;OPOS=195410689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:362:363:340:342:21:21:0.0578512:5:16:156:184:5:16:156:186 chr3 195447886 . G C 731.54 PASS AF=0.44382;AO=79;DP=178;FAO=79;FDP=178;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.0291137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.648;QD=16.439;RBI=0.0295655;REFB=-0.0310352;REVB=0.00514854;RO=99;SAF=44;SAR=35;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218191;STB=0.512139;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0490054;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:99:99:79:79:0.44382:35:44:53:46:35:44:53:46 chr3 195451880 . AG GA 218.97 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103647;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=124.258;QD=46.0992;RBI=0.0116263;REFB=0.0906825;REVB=-0.00526725;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529379;STBP=0.321;TYPE=mnp;VARB=-0.00145039;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:8:10:0:0:8:10:0:1 chr3 195452005 . C T 40.45 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0963891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3678;QD=14.7106;RBI=0.102921;REFB=-0.0380029;REVB=-0.0360805;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505365;STB=0.805371;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0556638;OID=.;OPOS=195452005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:1:4:1:5:1:4 chr3 195452770 . G A 204.49 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00995532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.704;QD=12.7807;RBI=0.00996888;REFB=-0.016788;REVB=0.000519731;RO=39;SAF=14;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490607;STB=0.53843;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0255092;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:39:39:24:25:0.390625:10:14:21:18:10:15:21:18 chr3 195452799 . C T 239.72 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0616315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9927;QD=11.986;RBI=0.0733968;REFB=-0.0221844;REVB=0.0398577;RO=51;SAF=17;SAR=12;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199421;STB=0.511496;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0383421;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:12:17:29:22:12:17:29:22 chr3 195452951 . G C 1304.55 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311137;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0766;QD=62.1216;RBI=0.066268;REFB=0;REVB=-0.0585097;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000620926;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr3 195452987 . G A 308.93 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0435856;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2884;QD=13.2871;RBI=0.0437509;REFB=-0.0198772;REVB=-0.00379899;RO=57;SAF=12;SAR=23;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508269;STB=0.536288;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0338134;OID=.;OPOS=195452987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:57:58:35:35:0.376344:23:12:22:35:23:12:23:35 chr3 195452991 . C T 321.75 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0301234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0277;QD=13.989;RBI=0.0560988;REFB=0.0064269;REVB=0.0473251;RO=56;SAF=13;SAR=23;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563447;STB=0.532116;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0122358;OID=.;OPOS=195452991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:23:13:23:33:23:13:23:33 chr3 195453014 . G A 298.19 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0297681;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.999;QD=13.2527;RBI=0.0307384;REFB=-0.00643216;REVB=-0.00766225;RO=54;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797243;STB=0.533314;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0165139;OID=.;OPOS=195453014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:54:56:34:34:0.377778:17:17:23:31:17:17:25:31 chr3 195453064 . T G 1264.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.257;QD=61.6933;RBI=0.0380934;REFB=0;REVB=-0.0229932;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407213;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr3 195453243 . C T 293.12 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00653357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.801;QD=12.4732;RBI=0.00772776;REFB=-0.0204725;REVB=0.00412683;RO=60;SAF=15;SAR=19;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099216;STB=0.5057;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0371501;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:60:34:34:0.361702:19:15:27:33:19:15:27:33 chr3 195453257 . G A 247.55 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0448072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1427;QD=11.5141;RBI=0.0448674;REFB=-0.017249;REVB=-0.00232459;RO=56;SAF=11;SAR=19;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731431;STB=0.542386;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0514332;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:19:11:24:32:19:11:24:32 chr3 195456561 . C G 275.71 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00635312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.596;QD=25.647;RBI=0.0105381;REFB=-0.00486746;REVB=-0.00840775;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036133;STB=0.504851;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00430898;OID=.;OPOS=195456561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:10:15:11:6:10:15:11:7 chr3 195477791 . G A 2271.09 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.667;QD=63.0858;RBI=0.0485359;REFB=0;REVB=0.0223743;RO=0;SAF=72;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23021e-05;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:144:0:0:136:144:1:64:72:0:0:68:76:0:0 chr3 195479256 . T C 830.4 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7952;QD=57.2687;RBI=0.0863001;REFB=0;REVB=0.0841491;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826193;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:36:20:0:0:38:20:0:0 chr3 195489009 . C A 2985.87 PASS AF=0.994737;AO=189;DP=191;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194209;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.956;QD=62.8604;RBI=0.0350857;REFB=0.00254765;REVB=0.0292205;RO=1;SAF=74;SAR=115;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412296;STB=0.502164;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=2.83721e-05;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:190:1:1:189:189:0.994737:115:74:0:1:115:74:0:1 chr3 195489067 . C G 3458.92 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.953;QD=62.6049;RBI=0.0885786;REFB=0;REVB=-0.0748484;RO=1;SAF=81;SAR=139;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341575;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274961;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:221:1:0:220:221:1:139:81:0:1:140:81:0:0 chr3 195495916 . G C 1376.78 PASS AF=0.929293;AO=92;DP=99;FAO=92;FDP=99;FR=.;FRO=7;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.038031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.799;QD=55.6274;RBI=0.0390346;REFB=-0.0248176;REVB=0.00879437;RO=6;SAF=42;SAR=50;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244671;STB=0.518302;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000309568;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:99:99:6:7:92:92:0.929293:50:42:4:2:50:42:5:2 chr3 195497174 . C G 1614.69 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0664996;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0006;QD=58.187;RBI=0.0674703;REFB=-0.10274;REVB=0.011404;RO=0;SAF=41;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502374;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00675301;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:111:0:2:109:109:0.981982:68:41:0:0:68:41:1:1 chr3 195497743 . T C 885.3 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.669;QD=58.0528;RBI=0.0137102;REFB=0;REVB=-0.00829335;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95024e-06;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr3 195501149 . C T 1132.66 PASS AF=0.888889;AO=75;DP=85;FAO=80;FDP=90;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.121392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.07;QD=50.3406;RBI=0.131094;REFB=-0.111933;REVB=0.0494932;RO=9;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765239;STB=0.532102;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0130168;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:85:90:9:10:75:80:0.888889:51:24:0:9:51:29:1:9 chr3 195505664 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.362;QD=60.2304;RBI=0.0243525;REFB=0;REVB=-0.0123384;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20922e-05;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr3 195505788 . G C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.047816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.684;QD=26.0262;RBI=0.0611831;REFB=0.090236;REVB=0.0381707;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.599655;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00178707;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:0:1:2:4:0:1 chr3 195512107 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0849182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7738;QD=43.4853;RBI=0.0910813;REFB=0;REVB=0.0329347;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154478;OID=.;OPOS=195512107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr3 195512373 . G GGAT 31.86 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0013212;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=3;MLLD=313.779;QD=9.10238;RBI=0.0414071;REFB=-0.00896163;REVB=-0.041386;RO=9;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20092;STB=0.624553;STBP=0.581;TYPE=ins;VARB=0.0126987;OID=.;OPOS=195512374;OREF=-;OALT=GAT;OMAPALT=GGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:5:15:5:14:9:3:2:7:2:31:9:3:2:7:2 chr3 195515594 . C G 337.88 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0186966;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.48;QD=16.0895;RBI=0.0191985;REFB=-0.0312457;REVB=0.00436136;RO=44;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081081;STB=0.553163;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0325445;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:44:47:36:37:0.440476:20:16:16:28:21:16:16:31 chr3 195515617 . G C 1502.54 PASS AF=0.989796;AO=94;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0547561;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4998;QD=61.328;RBI=0.194367;REFB=-0.133611;REVB=0.186495;RO=4;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338314;STB=0.504347;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00459243;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:98:4:1:94:97:0.989796:54:40:0:4:57:40:0:1 chr3 195516630 . G T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.555;QD=62.3495;RBI=0.0269472;REFB=0;REVB=0.024185;RO=0;SAF=7;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52995e-05;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:36:7:0:0:36:7:0:0 chr3 195516877 . GT G,GC 371.37 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=9,18;DP=27;FAO=26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181221,-0.0266837;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.213,138.83;QD=55.017;RBI=0.050993,0.0271322;REFB=0,0;REVB=0.0476641,-0.004913;RO=0;SAF=5,5;SAR=4,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000163863,0.103765;OID=.,.;OPOS=195516878,195516878;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.962963,0.037037:9,18:27:26,1:27:0:10,0:16,1:0:0:6:0:5,5:4,13:0:0 chr3 195517258 . G A 1327.82 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168969;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.116;QD=62.4857;RBI=0.0226309;REFB=0;REVB=0.015055;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80367e-05;OID=.;OPOS=195517258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr3 195517321 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.727;QD=62.6709;RBI=0.0400636;REFB=0;REVB=0.0297445;RO=0;SAF=37;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15066e-05;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:7:37:0:0:7:37:0:0 chr3 195517553 . A C 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.703;QD=56.9506;RBI=0.0668259;REFB=0;REVB=0.0529966;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390529;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:39:13:0:0:39:13:0:0 chr3 195518112 . T A,TGTCTCCTGCGTAACA 711.8 PASS AF=0.105882,0.611765;AO=9,50;DP=88;FAO=9,52;FDP=85;FR=.;FRO=24;FSAF=9,19;FSAR=0,33;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0184383,0.00317188;FXX=0.0229859;HRUN=1,1;LEN=1,15;MLLD=108.844,457.76;QD=33.4963;RBI=0.0267451,0.00498604;REFB=-0.00825467,-0.016296;REVB=0.0193734,0.00384705;RO=25;SAF=9,18;SAR=0,32;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.732337,-0.152453;STB=0.998452,0.571326;STBP=0.004,0.072;TYPE=snp,ins;VARB=-6.87282e-05,0.00658061;OID=.,.;OPOS=195518112,195518113;OREF=T,-;OALT=A,GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=A,TGTCTCCTGCGTAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:88:85:25:24:9,50:9,52:0.105882,0.611765:0,32:9,18:15:10:0,33:9,19:14:10 chr3 195518330 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.52;QD=46.847;RBI=0.0217147;REFB=0;REVB=-0.00445021;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125308;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr3 195603609 . G A 36.88 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0138628;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.051;QD=7.76333;RBI=0.0139022;REFB=-0.0129612;REVB=-0.00104489;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526228;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0197784;OID=.;OPOS=195603609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:12:13:6:6:0.315789:3:3:6:6:3:3:7:6 chr3 195611844 . G A 236.2 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.000297689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.511;QD=19.2815;RBI=0.0290842;REFB=-0.0236055;REVB=-0.0290827;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132807;STB=0.591322;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0310867;OID=.;OPOS=195611844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:24:26:23:23:0.469388:12:11:8:16:12:11:8:18 chr3 195647997 . T A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0908779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.628;QD=45.8068;RBI=0.0926666;REFB=0;REVB=0.0181188;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000675599;OID=.;OPOS=195647997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr3 195668443 . GA G 54.09 PASS AF=0.1875;AO=8;DP=50;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=6;FWDB=-0.0267098;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.759;QD=4.50734;RBI=0.0319236;REFB=-0.0080976;REVB=0.0174843;RO=40;SAF=5;SAR=3;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303096;STB=0.683895;STBP=0.321;TYPE=del;VARB=0.0446677;OID=.;OPOS=195668444;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1875:8:50:9:48:39:6:3:33:6:54:40:5:3:33:7 chr3 195668478 . A G 716.43 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0183456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3287;QD=51.1733;RBI=0.0184436;REFB=0.132467;REVB=-0.00189891;RO=2;SAF=35;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261643;STB=0.52054;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00445192;OID=.;OPOS=195668478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:2:3:53:53:0.946429:18:35:2:0:18:35:3:0 chr3 195692347 . G A 43.64 PASS AF=0.0676157;AO=19;DP=282;FAO=19;FDP=281;FR=.;FRO=262;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=136;FSRR=126;FWDB=-0.00319241;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.792;QD=0.621277;RBI=0.00389836;REFB=0.00120317;REVB=-0.00223735;RO=262;SAF=11;SAR=8;SRF=136;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654103;STB=0.556167;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0120356;OID=.;OPOS=195692347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:282:281:262:262:19:19:0.0676157:8:11:136:126:8:11:136:126 chr3 195701278 . C T 362.64 PASS AF=0.258706;AO=52;DP=201;FAO=52;FDP=201;FR=.;FRO=149;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=92;FSRR=57;FWDB=0.0186472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.072;QD=7.2168;RBI=0.0188371;REFB=-0.00421711;REVB=-0.00266795;RO=146;SAF=24;SAR=28;SRF=90;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190979;STB=0.614179;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0298622;OID=.;OPOS=195701278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:146:149:52:52:0.258706:28:24:90:56:28:24:92:57 chr3 195701285 . G T 367.47 PASS AF=0.25463;AO=55;DP=216;FAO=55;FDP=216;FR=.;FRO=161;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=96;FSRR=65;FWDB=0.0129274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.804;QD=6.80499;RBI=0.0188219;REFB=-0.00126173;REVB=-0.0136802;RO=160;SAF=26;SAR=29;SRF=95;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150558;STB=0.591409;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00358559;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:160:161:55:55:0.25463:29:26:95:65:29:26:96:65 chr3 195701304 . C T 529.31 PASS AF=0.286853;AO=72;DP=251;FAO=72;FDP=251;FR=.;FRO=179;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=103;FSRR=76;FWDB=0.0203377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.283;QD=8.43526;RBI=0.0293946;REFB=-0.00062226;REVB=0.021223;RO=179;SAF=39;SAR=33;SRF=103;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416456;STB=0.52433;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00294104;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:179:179:72:72:0.286853:33:39:103:76:33:39:103:76 chr3 195701310 . C CAA 320.37 PASS AF=0.287938;AO=71;DP=258;FAO=74;FDP=257;FR=.;FRO=183;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=107;FSRR=76;FWDB=0.0112089;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=2;MLLD=43.1263;QD=4.98633;RBI=0.020379;REFB=0.0121201;REVB=-0.0170195;RO=184;SAF=39;SAR=32;SRF=108;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470298;STB=0.522179;STBP=0.648;TYPE=ins;VARB=-0.0297076;OID=.;OPOS=195701311;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287938:71:258:74:257:183:41:33:107:76:99:184:39:32:108:76 chr3 195701331 . G A 662.94 PASS AF=0.30742;AO=87;DP=283;FAO=87;FDP=283;FR=.;FRO=196;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=110;FSRR=86;FWDB=-0.0186108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.132;QD=9.37023;RBI=0.0658909;REFB=-0.00135934;REVB=0.0632079;RO=196;SAF=45;SAR=42;SRF=110;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528587;STB=0.530555;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00510457;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:196:196:87:87:0.30742:42:45:110:86:42:45:110:86 chr3 195701388 . GC AA 552.28 PASS AF=0.297619;AO=75;DP=255;FAO=75;FDP=252;FR=.;FRO=177;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=90;FSRR=87;FWDB=0.0054338;FXX=0.0117642;HRUN=2;LEN=2;MLLD=204.622;QD=8.7663;RBI=0.022418;REFB=-0.00697847;REVB=0.0217495;RO=176;SAF=40;SAR=35;SRF=89;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333986;STB=0.517493;STBP=0.699;TYPE=mnp;VARB=0.0166702;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:252:176:177:75:75:0.297619:35:40:89:87:35:40:90:87 chr3 195709088 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0505776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.294;QD=10.0339;RBI=0.0506691;REFB=-0.00278461;REVB=0.00304376;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378245;STB=0.7397;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00190449;OID=.;OPOS=195709088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:3:4:1:4:3:4 chr3 195710989 . G A 968.88 PASS AF=0.475962;AO=52;DP=210;FAO=99;FDP=208;FR=.,HEALED;FRO=109;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=-0.00914773;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.169;QD=18.6324;RBI=0.0147194;REFB=-0.0118683;REVB=0.0115317;RO=75;SAF=7;SAR=45;SRF=12;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05428;STB=0.564447;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.03539;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:75:109:52:99:0.475962:45:7:12:63:45:54:46:63 chr3 195710993 . A G 989.33 PASS AF=0.45614;AO=104;DP=228;FAO=104;FDP=228;FR=.;FRO=124;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=7.97833e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.071;QD=17.3567;RBI=0.0117208;REFB=-0.00166527;REVB=-0.0117206;RO=123;SAF=58;SAR=46;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116002;STB=0.562004;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00194934;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:123:124:104:104:0.45614:46:58:54:69:46:58:55:69 chr3 195711016 . G A 1438.98 PASS AF=0.534351;AO=140;DP=262;FAO=140;FDP=262;FR=.;FRO=122;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=67;FSRR=55;FWDB=-0.0120115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.548;QD=21.9692;RBI=0.0163545;REFB=-0.0217887;REVB=0.0110992;RO=122;SAF=69;SAR=71;SRF=67;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480635;STB=0.526209;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0163203;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:122:122:140:140:0.534351:71:69:67:55:71:69:67:55 chr3 195938177 . A G 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=-0.0656821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5386;QD=14.6503;RBI=0.0807119;REFB=-0.00259282;REVB=-0.0469071;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430414;STB=0.741121;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000479723;OID=.;OPOS=195938177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:9:14:5:26:9:14:5:26 chr3 195941216 . C G 1843.71 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00678527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.949;QD=60.4495;RBI=0.0369602;REFB=-0.109755;REVB=0.036332;RO=1;SAF=47;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637679;STB=0.503355;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000148077;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:74:47:0:1:74:47:0:1 chr3 195955762 . G A 2056.17 PASS AF=1;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247959;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.242;QD=62.7839;RBI=0.0348664;REFB=0;REVB=0.0245118;RO=0;SAF=69;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.83631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24014e-06;OID=.;OPOS=195955762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:131:0:0:131:131:1:62:69:0:0:62:69:0:0 chr3 195956827 . T C 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2311;QD=59.676;RBI=0.015343;REFB=0;REVB=-0.000802797;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62281e-05;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr3 196054439 . T G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.613;QD=57.1049;RBI=0.0280756;REFB=0;REVB=0.0248642;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64202e-05;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr3 196199204 . G T 1535.0 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343416;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.382;QD=63.2988;RBI=0.0536291;REFB=0;REVB=-0.0411915;RO=0;SAF=31;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48815e-05;OID=.;OPOS=196199204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:64:31:0:0:65:32:0:0 chr3 196281208 . T C 388.95 PASS AF=0.42268;AO=26;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00168338;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.418;QD=16.0392;RBI=0.00168598;REFB=-0.0139443;REVB=9.34761e-05;RO=53;SAF=3;SAR=23;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447918;STB=0.537849;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0200586;OID=.;OPOS=196281208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:56:26:41:0.42268:23:3:21:32:23:18:21:35 chr3 196294104 . C G 816.36 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.161;QD=57.2886;RBI=0.0166322;REFB=0;REVB=0.0152865;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86985e-05;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:33:22:0:0:34:23:0:0 chr3 196386964 . C G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.098;QD=63.1954;RBI=0.0494719;REFB=0;REVB=0.0440494;RO=0;SAF=34;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0692e-05;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:58:34:0:0:58:34:0:0 chr3 196435534 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.41;QD=61.336;RBI=0.090683;REFB=0;REVB=0.0177355;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369993;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr3 196438826 . G T 519.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2856;QD=59.4207;RBI=0.0870085;REFB=0;REVB=0.0680752;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210046;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr3 196443803 . T C 5965.15 PASS AF=1;AO=361;DP=363;FAO=381;FDP=381;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=231;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0950135;FXX=0.00261773;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4583;QD=62.6263;RBI=0.110478;REFB=-0.130094;REVB=0.0563729;RO=1;SAF=139;SAR=222;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00214463;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001511;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:363:381:1:0:361:381:1:222:139:0:1:231:150:0:0 chr3 196448103 . C T 563.73 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.905;QD=57.8185;RBI=0.0210957;REFB=0.0200692;REVB=0.0157986;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000120263;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:1:0:19:19:1:0 chr3 196511870 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.515;QD=48.7373;RBI=0.0316709;REFB=0;REVB=-0.00475291;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000764958;OID=.;OPOS=196511870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr3 196511920 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.198;QD=47.8223;RBI=0.0242848;REFB=0;REVB=-0.0239419;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177815;OID=.;OPOS=196511920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr3 196674749 . C T 770.44 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0594394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4123;QD=55.0315;RBI=0.0872952;REFB=-0.158638;REVB=0.0639328;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145046;STB=0.507689;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00972744;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:32:23:0:1:32:23:0:1 chr3 196674879 . A G 1047.85 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0608469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.476;QD=58.2141;RBI=0.0611537;REFB=-0.0653175;REVB=0.00611713;RO=1;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108712;STB=0.505746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00220798;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:43:28:0:1:43:28:0:1 chr3 196674916 . A C 868.26 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.272;QD=57.8841;RBI=0.0247871;REFB=0;REVB=0.00490176;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8165e-05;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:40:19:0:0:41:19:0:0 chr3 196674972 . CT CG,TC 391.48 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,34;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=2,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137087,0.0328173;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=77.6424,183.108;QD=43.4974;RBI=0.0384739,0.0908664;REFB=0,0;REVB=-0.0359488,0.0847333;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0603371,0.00426365;OID=.,.;OPOS=196674973,196674972;OREF=T,CT;OALT=G,TC;OMAPALT=CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:2,34:2,34:0.0555556,0.944444:2,16:0,18:0:0:2,16:0,18:0:0 chr3 196770355 . TAAGG T 575.54 PASS AF=0.482955;AO=84;DP=180;FAO=85;FDP=176;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=63;FWDB=0.0083605;FXX=0.022221;HRUN=2;LEN=4;MLLD=167.803;QD=13.0804;RBI=0.018771;REFB=-0.0257719;REVB=-0.0168063;RO=92;SAF=35;SAR=49;SRF=29;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100846;STB=0.556637;STBP=0.172;TYPE=del;VARB=0.0273314;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482955:84:180:85:176:91:35:50:28:63:99:92:35:49:29:63 chr3 196771245 . G A 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00989617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.093;QD=15.1655;RBI=0.0103371;REFB=0.00438084;REVB=0.0029869;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229999;STB=0.52468;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00658503;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:9:14:17:12:9:14:17:13 chr3 197020780 . G A,GA 100.78 PASS AF=0.0377358,0.396226;AO=6,37;DP=134;FAO=4,42;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=1,24;FSAR=3,18;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0118542,0.0355969;FXX=0.0363603;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=259.666,6.6648;QD=3.80281;RBI=0.0378893,0.138514;REFB=0.00466368,-0.139188;REVB=-0.0359872,-0.133862;RO=83;SAF=0,21;SAR=6,16;SRF=56;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.62496,-0.132612;STB=0.858649,0.578911;STBP=0.322,0.224;TYPE=snp,ins;VARB=0.0857989,0.0931365;OID=.,.;OPOS=197020780,197020781;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:87:134:106:83:60:6,37:4,42:0.0377358,0.396226:6,16:0,21:56:27:3,18:1,24:42:18 chr3 197495334 . G A 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.088;QD=56.9991;RBI=0.0224808;REFB=0;REVB=0.0188174;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13755e-05;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr3 197566254 . T C 640.65 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0212975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.6177;QD=26.1489;RBI=0.0215438;REFB=-0.039269;REVB=0.00324807;RO=37;SAF=37;SAR=20;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216527;STB=0.506847;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0301965;OID=.;OPOS=197566254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:37:41:57:57:0.581633:20:37:23:14:20:37:26:15 chr3 197579466 . C T 505.84 PASS AF=0.408759;AO=56;DP=137;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0202988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.475;QD=14.769;RBI=0.0237138;REFB=-0.0169008;REVB=-0.0122597;RO=80;SAF=25;SAR=31;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822869;STB=0.549943;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0160429;OID=.;OPOS=197579466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:80:81:56:56:0.408759:31:25:42:38:31:25:43:38 chr3 197659160 . C G 196.63 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0655277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.259;QD=14.5648;RBI=0.0656616;REFB=-0.0226122;REVB=0.00419233;RO=31;SAF=5;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385888;STB=0.727381;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0350213;OID=.;OPOS=197659160;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:22:23:0.425926:17:5:18:13:18:5:18:13 chr3 197665599 . G T 395.65 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0099449;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.675;QD=17.3913;RBI=0.0282842;REFB=-0.0206045;REVB=-0.0264782;RO=44;SAF=26;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188537;STB=0.618654;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0166086;OID=.;OPOS=197665599;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:50:40:41:0.450549:14:26:20:24:15:26:21:29 chr4 53428 . G A 1235.32 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.336;QD=60.2596;RBI=0.0731894;REFB=-0.121413;REVB=0.0521611;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494382;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:82:0:0:81:82:1:46:35:0:0:47:35:0:0 chr4 60303 . G A 76.17 PASS AF=0.0995475;AO=22;DP=222;FAO=22;FDP=221;FR=.;FRO=199;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=99;FSRR=100;FWDB=-0.0331831;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.424;QD=1.37867;RBI=0.0398314;REFB=-0.00658985;REVB=-0.0220324;RO=198;SAF=7;SAR=15;SRF=99;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22144;STB=0.663732;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.059016;OID=.;OPOS=60303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:222:221:198:199:22:22:0.0995475:15:7:99:99:15:7:99:100 chr4 85800 . G A 385.09 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0472925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.624;QD=26.1079;RBI=0.0565298;REFB=-0.0508967;REVB=0.0309682;RO=22;SAF=19;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710999;STB=0.538863;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.015904;OID=.;OPOS=85800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:18:19:9:13:18:19:9:13 chr4 85995 . C CA 298.73 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.5067;QD=44.256;RBI=0.195147;REFB=0;REVB=-0.192431;RO=2;SAF=9;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00967963;OID=.;OPOS=85996;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:29:27:27:0:9:18:0:0:6:2:9:16:2:0 chr4 86022 . CAG ATA 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331057;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=183.573;QD=46.848;RBI=0.033264;REFB=0;REVB=-0.00324174;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000215628;OID=.;OPOS=86022;OREF=CAG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr4 86040 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.44;QD=44.6897;RBI=0.0683828;REFB=0;REVB=-0.00837442;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963722;OID=.;OPOS=86040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr4 86042 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.009;QD=42.1825;RBI=0.0457278;REFB=0;REVB=0.0151297;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000732497;OID=.;OPOS=86042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr4 86044 . G A 102.09 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.31;QD=40.8373;RBI=0.0845114;REFB=0;REVB=0.0202918;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193271;OID=.;OPOS=86044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:7:2:0:0:7:3:0:0 chr4 86738 . A G 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.349;QD=44.0941;RBI=0.0417574;REFB=-0.052226;REVB=0.0404873;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521714;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.000383527;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:6:11:0:0:6:11:1:0 chr4 86798 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00780063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.156;QD=18.4436;RBI=0.0368511;REFB=-0.00106819;REVB=-0.036016;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258248;STB=0.514825;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00021455;OID=.;OPOS=86798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:6:3:4:7:6:3 chr4 87277 . G C 833.98 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.913;QD=57.5158;RBI=0.0258008;REFB=0;REVB=-0.00846311;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199312;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr4 87313 . G GA 742.62 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0939981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.2761;QD=45.6995;RBI=0.132378;REFB=0;REVB=0.0932106;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000333244;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:65:65:65:0:38:27:0:0:14:0:38:26:0:0 chr4 264941 . A G 218.39 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00786763;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.259;QD=15.5994;RBI=0.00787422;REFB=0.00608718;REVB=0.000321983;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913967;STB=0.551683;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00695852;OID=.;OPOS=264941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:13:12:12:19:13:12:12:19 chr4 265228 . G C 102.12 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0428452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9869;QD=17.7604;RBI=0.043917;REFB=-0.0853143;REVB=-0.00964322;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.526272;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0376634;OID=.;OPOS=265228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:6:5:4:7:7:5:4:7 chr4 436300 . TGGGG TGGG,TGGGT 175.58 PASS AF=0.675676,0;AO=18,2;DP=38;FAO=25,0;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=6,0;FSAR=19,0;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0284273,0.00222448;FXX=0.0263089;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.2809,18.8479;QD=18.9817;RBI=0.0687459,0.155536;REFB=-0.0793595,-0.0116347;REVB=-0.062593,-0.15552;RO=14;SAF=4,0;SAR=14,2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.312556,-0.576453;STB=0.603086,0.5;STBP=0.097,1;TYPE=del,snp;VARB=0.107873,0;OID=.,.;OPOS=436301,436304;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGGG,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.675676,0:18,2:38:25,0:37:12:6,0:19,0:6:6:58:14:4,0:14,2:8:6 chr4 533097 . T C 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0169703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.203;QD=19.9985;RBI=0.0170113;REFB=-0.0459637;REVB=-0.00117972;RO=30;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177596;STB=0.598759;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0484636;OID=.;OPOS=533097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:12:21:13:17:12:21:13:17 chr4 648643 . G A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.766;QD=55.0948;RBI=0.0683981;REFB=0;REVB=0.0106164;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460117;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr4 663908 . A G 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00190885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.035;QD=14.8163;RBI=0.0228336;REFB=-0.0071739;REVB=0.0227537;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17715;STB=0.600335;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0155758;OID=.;OPOS=663908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:17:12:23:16:17:12:23:16 chr4 761850 . T C 455.34 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00422647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.074;QD=22.7668;RBI=0.0773275;REFB=-0.00548272;REVB=0.0772119;RO=35;SAF=28;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193508;STB=0.612851;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00314553;OID=.;OPOS=761850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:36:44:44:0.55:16:28:14:21:16:28:14:22 chr4 762963 . A G 88.19 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.11;QD=39.1972;RBI=0.107112;REFB=0;REVB=0.0297168;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159773;OID=.;OPOS=762963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr4 780286 . C G 355.53 PASS AF=0.493506;AO=30;DP=71;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0237553;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.089;QD=18.4692;RBI=0.0385902;REFB=-0.0521757;REVB=0.030412;RO=39;SAF=19;SAR=11;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461722;STB=0.519074;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0468202;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:39:39:30:38:0.493506:11:19:23:16:17:21:23:16 chr4 843695 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.114;QD=63.2864;RBI=0.0405953;REFB=0;REVB=0.00542736;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207855;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr4 853222 . G A 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00676206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1822;QD=16.7844;RBI=0.0253143;REFB=-0.01954;REVB=0.0243944;RO=33;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173684;STB=0.59728;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.027134;OID=.;OPOS=853222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:14:15:11:22:14:15:11:22 chr4 858941 . T C 711.11 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.034067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5555;QD=52.6747;RBI=0.0379081;REFB=-0.180358;REVB=0.0166271;RO=2;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587391;STB=0.531238;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00889441;OID=.;OPOS=858941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:15:37:0:2:15:37:0:2 chr4 860191 . C CG 240.47 PASS AF=1;AO=8;DP=52;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0852837;FXX=0.403769;HRUN=0;LEN=1;MLLD=71.541;QD=31.0284;RBI=0.100114;REFB=0;REVB=-0.0524356;RO=44;SAF=3;SAR=5;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0297055;OID=.;OPOS=860192;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:8:52:31:31:0:3:28:0:0:3:44:3:5:21:23 chr4 860192 . A G 740.2 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5722;QD=56.9382;RBI=0.00835456;REFB=0;REVB=-0.00207969;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7721e-05;OID=.;OPOS=860192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr4 960806 . CGGGGTC CGGGTC,CGGGTCG,TCGGGTC 78.91 PASS AF=0.25,0.1,0;AO=11,8,4;DP=57;FAO=15,6,0;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=8,0,0;FSAR=7,6,0;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.103051,-0.0526951,0.0320335;FXX=0;HRUN=4,4,1;LEN=1,3,2;MLLD=14.0764,82.152,27.7263;QD=5.26034;RBI=0.140046,0.0677399,0.0343502;REFB=-0.111234,-0.0178463,-0.0508177;REVB=-0.0948338,-0.0425665,0.0124013;RO=31;SAF=4,0,4;SAR=7,8,0;SRF=17;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0.576471,0,0;SSSB=-0.218958,-0.734557,0.583778;STB=0.503717,0.998226,0.5;STBP=0.974,0.006,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.135503,0.172981,0.0483876;OID=.,.,.;OPOS=960807,960810,960806;OREF=G,GTC,CG;OALT=-,TCG,TC;OMAPALT=CGGGTC,CGGGTCG,TCGGGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:57:60:31:39:11,8,4:15,6,0:0.25,0.1,0:7,8,0:4,0,4:17:14:7,6,0:8,0,0:21:18 chr4 962669 . CCGG C,CCCG,CG 172.52 PASS AF=0.188679,0,0.283019;AO=9,5,6;DP=58;FAO=10,0,15;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=0,0,6;FSAR=10,0,9;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00522993,0.0943594,-0.0213354;FXX=0.0701631;HRUN=5,5,5;LEN=3,1,2;MLLD=31.8555,16.5023,23.672;QD=13.0205;RBI=0.0549741,0.154013,0.0540419;REFB=-0.0267796,0.0252537,-0.0538422;REVB=-0.0547248,-0.121722,-0.0496521;RO=32;SAF=0,0,2;SAR=9,5,4;SRF=24;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.803447,-0.742346,-0.47249;STB=0.999053,0.5,0.696188;STBP=0,1,0.08;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0212339,0,0.147903;OID=.,.,.;OPOS=962670,962671,962670;OREF=CGG,G,CG;OALT=-,C,-;OMAPALT=C,CCCG,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.188679,0,0.283019:9,5,6:58:10,0,15:53:28:0,0,6:10,0,9:20:8:84:32:0,0,2:9,5,4:24:8 chr4 1050653 . G A 568.96 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.747;QD=58.3547;RBI=0.00428915;REFB=-0.0928366;REVB=0.00362368;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262737;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:17:22:0:0 chr4 1052100 . G A 138.53 PASS AF=0.608696;AO=12;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00994974;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=222.912;QD=24.092;RBI=0.0351597;REFB=-0.014698;REVB=0.0337225;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269466;STB=0.666464;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00714422;OID=.;OPOS=1052100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:23:23:6:8:12:14:0.608696:5:7:6:0:6:8:8:0 chr4 1052125 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1675;QD=57.6801;RBI=0.124019;REFB=0;REVB=0.122099;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183502;OID=.;OPOS=1052125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr4 1052166 . A C,G 471.96 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=28,2;DP=30;FAO=32,1;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379031,-0.00666247;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=251.865,221.898;QD=57.2068;RBI=0.049622,0.0468104;REFB=0,0;REVB=0.049477,0.0463338;RO=0;SAF=13,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00096113,0.049935;OID=.,.;OPOS=1052166,1052166;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:30:33:0:0:28,2:32,1:0.969697,0.030303:15,1:13,1:0:0:17,0:15,1:0:0 chr4 1075271 . C T 457.79 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00973605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.828;QD=17.7783;RBI=0.0462609;REFB=-0.00974078;REVB=0.0452248;RO=54;SAF=27;SAR=22;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830982;STB=0.546193;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00783812;OID=.;OPOS=1075271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:22:27:25:29:22:27:25:29 chr4 1087265 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00028179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.113;QD=42.1826;RBI=0.0126948;REFB=0;REVB=-0.0126917;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338847;OID=.;OPOS=1087265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr4 1087326 . TG CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 387.69 PASS AF=0.37931,0.62069;AO=11,14;DP=30;FAO=11,18;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11,10;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000408482,0.0257516;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=2,21;MLLD=233.911,541.212;QD=53.4749;RBI=0.00606238,0.0377037;REFB=0,0;REVB=0.0060486,0.0275395;RO=1;SAF=11,8;SAR=0,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0534678;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00319757,0.00750976;OID=.,.;OPOS=1087326,1087328;OREF=TG,-;OALT=CC,CTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC;OMAPALT=CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:86:30:29:1:0:11,14:11,18:0.37931,0.62069:0,6:11,8:1:0:0,8:11,10:0:0 chr4 1087329 . C T 370.01 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197057;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.289;QD=52.8585;RBI=0.0674656;REFB=-0.129367;REVB=0.0645236;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.533308;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00151626;OID=.;OPOS=1087329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:28:0:1:27:27:0.964286:7:20:0:0:7:20:0:1 chr4 1087338 . C T 651.27 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.243;QD=62.0257;RBI=0.0850513;REFB=0;REVB=0.0822281;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322156;OID=.;OPOS=1087338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:16:24:0:0:18:24:0:0 chr4 1090625 . G A 754.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.274;QD=56.9299;RBI=0.0229356;REFB=0;REVB=0.0159996;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116657;OID=.;OPOS=1090625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr4 1164277 . C G 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0117841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.056;QD=24.2028;RBI=0.0121358;REFB=-0.0436973;REVB=0.00290028;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0382382;OID=.;OPOS=1164277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:6:6:9:9:6:6 chr4 1164552 . A G 658.76 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.667;QD=61.2804;RBI=0.0553058;REFB=0;REVB=0.03493;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430212;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:10:31:0:0:10:33:0:0 chr4 1165130 . G T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00963685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.606;QD=17.5597;RBI=0.0216508;REFB=-0.0146462;REVB=0.0193878;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207333;STB=0.61785;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0220219;OID=.;OPOS=1165130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:14:7:10:8:14:7 chr4 1165741 . A G 1541.73 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5429;QD=62.9279;RBI=0.0413745;REFB=0;REVB=0.0316349;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60172e-05;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:98:0:0:94:98:1:52:42:0:0:56:42:0:0 chr4 1194630 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.163;QD=57.712;RBI=0.0459235;REFB=0;REVB=0.0209538;RO=0;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48129e-05;OID=.;OPOS=1194630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:41:18:0:0:41:18:0:0 chr4 1244416 . A G 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.589;QD=59.8292;RBI=0.0176397;REFB=0;REVB=-0.0102873;RO=0;SAF=37;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62823e-06;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:66:37:0:0:66:37:0:0 chr4 1330759 . T C 364.91 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.602;QD=54.061;RBI=0.0668913;REFB=0;REVB=0.0455017;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153486;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:10:17:0:0 chr4 1343405 . T C 1324.85 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0445541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.29;QD=60.9124;RBI=0.0556203;REFB=0.0886635;REVB=0.0332949;RO=1;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920002;STB=0.504853;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000497665;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:51:35:0:1:51:35:0:1 chr4 1349029 . G A 375.1 PASS AF=0.90625;AO=28;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0181241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9978;QD=46.8869;RBI=0.0961906;REFB=-0.164789;REVB=0.0944677;RO=3;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145957;STB=0.571378;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.020152;OID=.;OPOS=1349029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:32:3:3:28:29:0.90625:8:20:0:3:9:20:0:3 chr4 1374695 . C A 976.72 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166312;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.197;QD=58.3118;RBI=0.100231;REFB=0;REVB=0.100217;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999733;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:33:32:0:0:35:32:0:0 chr4 1374774 . C T 740.73 PASS AF=0.96;AO=35;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0207116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.9248;QD=59.2581;RBI=0.0207423;REFB=0.0225333;REVB=0.00112968;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.501677;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.000575508;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:0:2:35:48:0.96:14:21:0:0:26:22:1:1 chr4 1377615 . A G 447.05 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.58;QD=57.684;RBI=0.0267239;REFB=0;REVB=0.0206617;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219143;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:13:17:0:0:13:18:0:0 chr4 1685211 . T C 727.6 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.212;QD=63.2691;RBI=0.0285739;REFB=0;REVB=0.0257759;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133295;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr4 1701317 . G A 1011.74 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005999;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.255;QD=59.5139;RBI=0.00735284;REFB=0;REVB=0.00425162;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58261e-05;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr4 1737502 . C T 854.21 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0046692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.726;QD=56.0135;RBI=0.0471974;REFB=-0.0114506;REVB=0.0469659;RO=1;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219308;STB=0.510635;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000135955;OID=.;OPOS=1737502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:61:1:1:58:60:0.983607:21:37:0:1:23:37:0:1 chr4 1739518 . CGCCATCCCTGCCATC CGCCATC,CGCCAT 508.1 PASS AF=1,0;AO=31,11;DP=48;FAO=42,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892122,-0.0327938;FXX=0.124974;HRUN=3,3;LEN=9,10;MLLD=307.689,289.336;QD=48.3903;RBI=0.0321446,0.0451841;REFB=0,0;REVB=0.0308819,0.0310833;RO=0;SAF=2,10;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.446729,0.446729;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00012505,0.0235021;OID=.,.;OPOS=1739519,1739524;OREF=GCCATCCCT,CCCTGCCATC;OALT=-,-;OMAPALT=CGCCATC,CGCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:31,11:48:42,0:42:0:16,0:26,0:0:0:9:0:2,10:29,1:0:0 chr4 1739592 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.924;QD=56.9566;RBI=0.0406545;REFB=0;REVB=-0.0400173;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171748;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr4 1746445 . C T 40.07 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0404032;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.398;QD=9.42885;RBI=0.0404951;REFB=-0.0206468;REVB=-0.00272778;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267756;STB=0.691681;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0130886;OID=.;OPOS=1746445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:17:17:10:11:6:6:0.352941:4:2:6:4:4:2:7:4 chr4 1807894 . G A 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6328;QD=59.0149;RBI=0.0669161;REFB=0;REVB=0.0553186;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015248;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr4 1809127 . CGT C,TGC 1419.74 PASS AF=0.967033,0.032967;AO=71,8;DP=93;FAO=88,3;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=76,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850506,-0.0292339;FXX=0.0807999;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=93.8274,75.2369;QD=62.406;RBI=0.100575,0.0551902;REFB=0,0;REVB=0.0536812,-0.0468118;RO=0;SAF=6,0;SAR=65,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.32452e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00215211,0.0796482;OID=.,.;OPOS=1809128,1809127;OREF=GT,CGT;OALT=-,TGC;OMAPALT=C,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:93:91:0:0:71,8:88,3:0.967033,0.032967:65,8:6,0:0:0:76,3:12,0:0:0 chr4 1815990 . G A 545.25 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0254079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.347;QD=57.3946;RBI=0.0288578;REFB=-0.000491154;REVB=0.0136827;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-3.27372e-05;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:24:13:0:1:24:13:0:1 chr4 1818594 . C T 2164.39 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8531;QD=62.736;RBI=0.0324828;REFB=0;REVB=0.0265339;RO=0;SAF=61;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59623e-05;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:128:138:0:0:128:138:1:67:61:0:0:74:64:0:0 chr4 1954945 . A G 1624.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.179;QD=60.1636;RBI=0.015156;REFB=0;REVB=-0.0100914;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62647e-06;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:59:49:0:0:59:49:0:0 chr4 1986542 . C T 184.95 PASS AF=0.62069;AO=13;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0406523;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.321;QD=25.5097;RBI=0.0409363;REFB=0.0510632;REVB=-0.0048136;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938929;STB=0.531216;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0116451;OID=.;OPOS=1986542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:9:11:13:18:0.62069:6:7:6:3:8:10:7:4 chr4 1988188 . C CCT 31.37 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0796218;FXX=0.0713776;HRUN=4;LEN=2;MLLD=161.659;QD=9.65282;RBI=0.0860817;REFB=-0.0140357;REVB=-0.0327175;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717807;STB=0.59963;STBP=0.641;TYPE=ins;VARB=0.0143534;OID=.;OPOS=1988189;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:5:15:5:13:8:2:3:2:6:31:9:2:3:3:6 chr4 1988193 . T C 38.49 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0334521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.909;QD=10.9967;RBI=0.0340564;REFB=-0.0367163;REVB=-0.00638706;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160905;STB=0.555379;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0329296;OID=.;OPOS=1988193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:8:8:5:6:0.428571:3:2:2:6:4:2:2:6 chr4 2158502 . TTA T 69.71 PASS AF=0.47619;AO=6;DP=24;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00211387;FXX=0.124948;HRUN=3;LEN=2;MLLD=24.361;QD=13.2783;RBI=0.0436731;REFB=-0.15082;REVB=0.0436219;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202122;STB=0.515122;STBP=0.925;TYPE=del;VARB=0.144433;OID=.;OPOS=2158503;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:6:24:10:21:11:8:2:9:2:64:6:5:1:4:2 chr4 2160894 . C T 200.78 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.006113;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.75;QD=11.473;RBI=0.0404772;REFB=-0.0204336;REVB=-0.0400129;RO=43;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142829;STB=0.512305;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0357064;OID=.;OPOS=2160894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:43:45:25:25:0.357143:16:9:16:27:16:9:17:28 chr4 2175733 . A G 560.5 PASS AF=0.541667;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0408109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.034;QD=23.3539;RBI=0.0438459;REFB=0.00939078;REVB=-0.0160291;RO=44;SAF=23;SAR=28;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035754;STB=0.515479;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00830883;OID=.;OPOS=2175733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:44:44:51:52:0.541667:28:23:18:26:29:23:18:26 chr4 2176454 . G A 233.14 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00613816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.718;QD=21.1949;RBI=0.00715844;REFB=-0.0184767;REVB=0.00368325;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228018;STB=0.523789;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0198797;OID=.;OPOS=2176454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:12:10:9:12:12:11:9:12 chr4 2181080 . T C 199.76 PASS AF=0.5;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0195635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.106;QD=19.976;RBI=0.042632;REFB=-0.0160426;REVB=0.0378782;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238133;STB=0.5251;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00908765;OID=.;OPOS=2181080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:19:20:0.5:10:9:10:10:11:9:10:10 chr4 2194946 . C T 144.74 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0243934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.978;QD=15.2354;RBI=0.025103;REFB=-0.0231614;REVB=-0.00592662;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345603;STB=0.516758;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0108505;OID=.;OPOS=2194946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:22:16:16:0.421053:9:7:9:10:9:7:9:13 chr4 2194953 . G A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00846058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.639;QD=13.8502;RBI=0.022345;REFB=-0.00393024;REVB=-0.0206813;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219177;STB=0.501546;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0141913;OID=.;OPOS=2194953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:9:7:10:14:9:7:11:14 chr4 2195024 . T G 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0101573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.957;QD=14.2414;RBI=0.010305;REFB=-0.0174485;REVB=-0.00173843;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128216;STB=0.573313;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0211566;OID=.;OPOS=2195024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:18:13:12:10:18:13 chr4 2209922 . C T 136.72 PASS AF=0.32;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=31;FWDB=-0.0248602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7533;QD=10.9378;RBI=0.0254132;REFB=-0.00273796;REVB=0.00527286;RO=33;SAF=2;SAR=13;SRF=3;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11819;STB=0.562429;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00484856;OID=.;OPOS=2209922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:34:15:16:0.32:13:2:3:30:14:2:3:31 chr4 2252174 . G C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0258397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1399;QD=14.0438;RBI=0.0461326;REFB=-0.0459958;REVB=0.0382168;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118169;STB=0.571155;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0270741;OID=.;OPOS=2252174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:3:1:2:3:3:1 chr4 2252201 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0191285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.649;QD=14.0438;RBI=0.0365854;REFB=-0.0136062;REVB=0.0311864;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251123;STB=0.651584;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0255539;OID=.;OPOS=2252201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:3:1:3:2:3:1 chr4 2257022 . C CG 44.54 PASS AF=0.190476;AO=27;DP=105;FAO=20;FDP=105;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.0326214;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.3167;QD=1.69672;RBI=0.0997846;REFB=-0.00813068;REVB=-0.0943017;RO=76;SAF=15;SAR=12;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17964;STB=0.610429;STBP=0.267;TYPE=ins;VARB=0.195597;OID=.;OPOS=2257023;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190476:27:105:20:105:85:11:9:35:50:44:76:15:12:31:45 chr4 2341194 . T C 853.74 PASS AF=0.53125;AO=84;DP=160;FAO=85;FDP=160;FR=.;FRO=75;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.00359845;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.739;QD=21.3435;RBI=0.0165498;REFB=0.00333;REVB=-0.0161538;RO=75;SAF=51;SAR=33;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183912;STB=0.512312;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00313616;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:75:75:84:85:0.53125:33:51:44:31:33:52:44:31 chr4 2451694 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.446;QD=62.0207;RBI=0.0246565;REFB=0;REVB=0.0225989;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011112;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr4 2460571 . C T 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0800082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8137;QD=12.9411;RBI=0.0818129;REFB=-0.0327395;REVB=0.0170888;RO=25;SAF=3;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480987;STB=0.783116;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0492719;OID=.;OPOS=2460571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:12:3:16:9:12:3:16:9 chr4 2461888 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000344017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.866;QD=57.1766;RBI=0.0523419;REFB=0;REVB=0.0523408;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180996;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr4 2828630 . G T 727.94 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.605;QD=63.2988;RBI=0.123331;REFB=0;REVB=0.00171491;RO=0;SAF=1;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102855;OID=.;OPOS=2828630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:44:1:0:0:45:1:0:0 chr4 2906707 . G T 472.08 PASS AF=0.534884;AO=39;DP=85;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00563257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.891;QD=21.9574;RBI=0.0112446;REFB=-0.0303918;REVB=-0.00973214;RO=30;SAF=26;SAR=13;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299738;STB=0.507184;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0162766;OID=.;OPOS=2906707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:30:40:39:46:0.534884:13:26:21:9:20:26:22:18 chr4 2916762 . C G 392.38 PASS AF=0.420561;AO=46;DP=108;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.00202833;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.326;QD=14.6685;RBI=0.0597777;REFB=-0.0356184;REVB=-0.0597432;RO=61;SAF=18;SAR=28;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196376;STB=0.501945;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0436156;OID=.;OPOS=2916762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:61:62:46:45:0.420561:28:18:25:36:27:18:25:37 chr4 2928413 . T C 346.12 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0283131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.352;QD=19.4996;RBI=0.0291846;REFB=-0.0127534;REVB=0.00707867;RO=35;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887459;STB=0.549269;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0142465;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:18:18:14:21:18:18:14:21 chr4 2943361 . T C 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0100766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.637;QD=16.6181;RBI=0.0381361;REFB=-0.0115509;REVB=-0.0367807;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307392;STB=0.511935;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0244966;OID=.;OPOS=2943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:12:11:13:14:12:11:14:14 chr4 2951804 . A G 618.19 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.000396575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.405;QD=16.0568;RBI=0.0157037;REFB=-0.0141763;REVB=-0.0156987;RO=86;SAF=26;SAR=42;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380265;STB=0.521211;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0225337;OID=.;OPOS=2951804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:86:86:68:68:0.441558:42:26:36:50:42:26:36:50 chr4 2966987 . C T 470.88 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00927089;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.375;QD=18.2866;RBI=0.0190678;REFB=-0.00325764;REVB=0.0166622;RO=50;SAF=24;SAR=26;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00396203;OID=.;OPOS=2966987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:50:53:50:50:0.485437:26:24:24:26:26:24:27:26 chr4 2967062 . A G 592.78 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0137591;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.471;QD=18.6701;RBI=0.0239109;REFB=-0.0313362;REVB=-0.0195555;RO=64;SAF=23;SAR=38;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435889;STB=0.525765;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0341468;OID=.;OPOS=2967062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:127:64:66:61:61:0.480315:38:23:27:37:38:23:28:38 chr4 2967210 . C T 450.77 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0225292;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.589;QD=17.8524;RBI=0.0232776;REFB=-0.0131772;REVB=0.00585521;RO=54;SAF=25;SAR=23;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00220472;STB=0.505987;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0190687;OID=.;OPOS=2967210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:54:53:48:48:0.475248:23:25:28:26:23:25:27:26 chr4 3006043 . C T 411.02 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00837395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6423;QD=20.8114;RBI=0.00837877;REFB=-0.0134813;REVB=-0.000284235;RO=37;SAF=15;SAR=26;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176393;STB=0.60422;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00565019;OID=.;OPOS=3006043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:37:38:41:41:0.518987:26:15:21:16:26:15:22:16 chr4 3039150 . T C 185.84 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0200713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.043;QD=12.389;RBI=0.0221697;REFB=-0.0113928;REVB=0.00941477;RO=36;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100541;STB=0.569517;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0178152;OID=.;OPOS=3039150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:16:7:14:22:16:7:15:22 chr4 3045837 . G C 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0190209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.578;QD=14.7013;RBI=0.0209807;REFB=0.00176026;REVB=-0.00885404;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224352;STB=0.629428;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00253133;OID=.;OPOS=3045837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:11:4:6:6:11:4 chr4 3162056 . C T 423.75 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00240308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3546;QD=21.1873;RBI=0.0312766;REFB=0.0111502;REVB=-0.0311842;RO=37;SAF=17;SAR=25;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476088;STB=0.545657;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0156594;OID=.;OPOS=3162056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:38:42:42:0.525:25:17:17:20:26:16:18:20 chr4 3213832 . G A 347.37 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00663649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.957;QD=17.1542;RBI=0.00690198;REFB=-0.0176275;REVB=-0.00189585;RO=44;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265487;STB=0.504598;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0195765;OID=.;OPOS=3213832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:44:36:37:0.45679:23:13:17:27:23:14:17:27 chr4 3215835 . T C 198.38 PASS AF=0.267606;AO=18;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0160957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.76;QD=11.1762;RBI=0.0166152;REFB=-0.0213816;REVB=-0.00412205;RO=45;SAF=3;SAR=15;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528418;STB=0.778596;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0364344;OID=.;OPOS=3215835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:18:19:0.267606:15:3:27:18:15:4:27:18 chr4 3219613 . A C 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000932511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.277;QD=62.2775;RBI=0.0598456;REFB=0;REVB=0.0598384;RO=0;SAF=68;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4649e-05;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:61:68:0:0:61:68:0:0 chr4 3257593 . C T 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00270982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.545;QD=22.7198;RBI=0.00281349;REFB=-0.0182439;REVB=0.00075669;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142469;STB=0.580527;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00875029;OID=.;OPOS=3257593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:5:4:9:5:5:4 chr4 3263138 . G A 330.03 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00737114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.221;QD=18.3349;RBI=0.0261696;REFB=-0.0338661;REVB=0.02511;RO=37;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206765;STB=0.615441;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0459662;OID=.;OPOS=3263138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:22:13:22:15:22:13:22:15 chr4 3318413 . A G 306.72 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00483101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.047;QD=22.7198;RBI=0.0123332;REFB=-0.0211898;REVB=0.0113477;RO=23;SAF=16;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626526;STB=0.534584;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0129476;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:15:16:10:13:15:16:10:13 chr4 3319553 . C T 642.08 PASS AF=0.507812;AO=64;DP=128;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0426207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4511;QD=20.065;RBI=0.0434858;REFB=-0.0360211;REVB=-0.00863086;RO=63;SAF=21;SAR=43;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212688;STB=0.61073;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0436647;OID=.;OPOS=3319553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:63:63:64:65:0.507812:43:21:35:28:43:22:35:28 chr4 3417845 . G C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.361;QD=57.385;RBI=0.0320589;REFB=0;REVB=0.0273424;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46646e-05;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr4 3446132 . C G 739.84 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.229;QD=56.9104;RBI=0.0658117;REFB=0;REVB=0.05504;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76633e-05;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:47:52:1:25:22:0:0:26:26:0:0 chr4 3475252 . T C 3439.07 PASS AF=0.982379;AO=223;DP=228;FAO=223;FDP=227;FR=.;FRO=4;FSAF=129;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0323694;FXX=0.00438577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1478;QD=60.6003;RBI=0.0335505;REFB=-0.0532525;REVB=-0.00882381;RO=4;SAF=129;SAR=94;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198396;STB=0.510416;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00100396;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:228:227:4:4:223:223:0.982379:94:129:0:4:94:129:0:4 chr4 3494600 . A G 501.24 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.87;QD=58.9688;RBI=0.0574389;REFB=0;REVB=0.0402389;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.7022e-06;OID=.;OPOS=3494600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:20:12:0:0:22:12:0:0 chr4 3494826 . A C 341.15 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.053;QD=54.5832;RBI=0.0550661;REFB=0;REVB=0.0388035;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203364;OID=.;OPOS=3494826;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:16:9:0:0 chr4 3494847 . G A 402.05 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227239;FXX=0.0666445;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.027;QD=57.4362;RBI=0.0276595;REFB=0;REVB=0.0157693;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463224;OID=.;OPOS=3494847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr4 3494898 . C T 489.07 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00418621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.58;QD=55.8934;RBI=0.0285764;REFB=-0.092739;REVB=0.0282681;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000852586;OID=.;OPOS=3494898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:22:12:0:1:22:12:0:1 chr4 3495182 . C T 97.42 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00505538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.832;QD=24.3538;RBI=0.107839;REFB=-0.0315074;REVB=0.10772;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0159357;OID=.;OPOS=3495182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:4:7:3:2:4:7:3:2 chr4 3526786 . C T 917.43 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707978;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.325;QD=58.2494;RBI=0.0115825;REFB=0;REVB=0.00916684;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05632e-05;OID=.;OPOS=3526786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:32:31:0:0 chr4 3589689 . C A 298.17 PASS AF=0.584906;AO=28;DP=50;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0727514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2653;QD=22.5031;RBI=0.0746665;REFB=-0.0478411;REVB=0.0168023;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441759;STB=0.504378;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0293441;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:22:22:28:31:0.584906:13:15:13:9:13:18:13:9 chr4 3589719 . CA C 233.99 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0588548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.5097;QD=18.7194;RBI=0.10677;REFB=-0.0328429;REVB=-0.0890844;RO=20;SAF=19;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258286;STB=0.514235;STBP=0.841;TYPE=del;VARB=0.0148622;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:30:50:30:50:20:19:11:12:8:99:20:19:11:12:8 chr4 3590683 . T G 340.79 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0182014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.567;QD=15.6684;RBI=0.0182314;REFB=-0.000230771;REVB=-0.00104647;RO=50;SAF=17;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102142;STB=0.55759;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000294628;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:20:17:28:22:20:17:28:22 chr4 3590711 . G T 355.58 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0410142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6335;QD=16.7332;RBI=0.041174;REFB=-0.0338076;REVB=0.00362385;RO=47;SAF=16;SAR=22;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150834;STB=0.584628;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0426304;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:22:16:27:20:22:16:27:20 chr4 3590730 . G A 284.99 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0110967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.786;QD=15.405;RBI=0.0158829;REFB=-0.015308;REVB=0.0113636;RO=42;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119169;STB=0.567364;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0199589;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:19:13:22:20:19:13:22:20 chr4 3590817 . T C 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.0456812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.609;QD=14.6682;RBI=0.0533301;REFB=-0.0301786;REVB=-0.0275197;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318414;STB=0.678442;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.060217;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:12:12:26:6:12:12:26:6 chr4 3590823 . GACAC CACAG,G,GAC 375.0 PASS AF=0,0.785714,0.178571;AO=2,20,5;DP=38;FAO=0,22,5;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=0,16,5;FSAR=0,6,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0213033,0.0761389,0.125728;FXX=0.222161;HRUN=1,1,1;LEN=5,4,2;MLLD=87.9526,96.9931,24.1346;QD=53.5715;RBI=0.0660532,0.145532,0.125974;REFB=-0.0413872,-0.212532,-0.0473375;REVB=0.0625235,0.124026,-0.00787801;RO=1;SAF=2,15,5;SAR=0,5,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.0297497,0;STB=0.5,0.515138,0.5;STBP=1,0.619,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.0328764,0.171517;OID=.,.,.;OPOS=3590823,3590824,3590824;OREF=GACAC,ACAC,AC;OALT=CACAG,-,-;OMAPALT=CACAG,G,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:33:38:28:1:1:2,20,5:0,22,5:0,0.785714,0.178571:0,5,0:2,15,5:1:0:0,6,0:0,16,5:1:0 chr4 3590878 . C T 562.79 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.00555174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.042;QD=18.0091;RBI=0.0781619;REFB=-0.0331604;REVB=0.0779645;RO=65;SAF=34;SAR=25;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685148;STB=0.541173;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0345158;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:66:59:59:0.472:25:34:42:23:25:34:43:23 chr4 3590911 . A C 575.45 PASS AF=0.404908;AO=64;DP=162;FAO=66;FDP=163;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=60;FSRR=37;FWDB=-0.00175241;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.269;QD=14.1215;RBI=0.0405611;REFB=-0.00514466;REVB=0.0405232;RO=97;SAF=37;SAR=27;SRF=60;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447066;STB=0.517116;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00770673;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:97:97:64:66:0.404908:27:37:60:37:27:39:60:37 chr4 3591015 . A C 936.93 PASS AF=0.409639;AO=102;DP=249;FAO=102;FDP=249;FR=.;FRO=147;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=67;FSRR=80;FWDB=-0.0450985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.661;QD=15.0511;RBI=0.04543;REFB=-0.00401489;REVB=-0.00547791;RO=141;SAF=51;SAR=51;SRF=63;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553178;STB=0.526099;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00659354;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:141:147:102:102:0.409639:51:51:63:78:51:51:67:80 chr4 3591049 . C T 565.43 PASS AF=0.339623;AO=69;DP=203;FAO=72;FDP=212;FR=.;FRO=140;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=82;FWDB=0.00182476;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.7834;QD=10.6685;RBI=0.0260321;REFB=-0.0182766;REVB=0.0259681;RO=134;SAF=36;SAR=33;SRF=57;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110799;STB=0.556588;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0336808;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:212:134:140:69:72:0.339623:33:36:57:77:36:36:58:82 chr4 3591069 . C T 631.45 PASS AF=0.382199;AO=71;DP=190;FAO=73;FDP=191;FR=.;FRO=118;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=67;FWDB=-0.0188976;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.428;QD=13.224;RBI=0.0294204;REFB=-0.0154225;REVB=-0.0225487;RO=113;SAF=37;SAR=34;SRF=47;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114141;STB=0.562778;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0208048;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:113:118:71:73:0.382199:34:37:47:66:34:39:51:67 chr4 4199634 . A T 1406.39 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449584;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.054;QD=63.2087;RBI=0.0449598;REFB=0;REVB=-0.000355651;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97941e-05;OID=.;OPOS=4199634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chr4 4204299 . T C 754.65 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.151;QD=56.9544;RBI=0.00455304;REFB=0;REVB=-0.00288666;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13489e-05;OID=.;OPOS=4204299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:25:26:0:0:25:28:0:0 chr4 4239587 . G T 148.41 PASS AF=0.220183;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=109;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0319899;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2364;QD=5.44617;RBI=0.0411612;REFB=0.00683626;REVB=0.0259016;RO=85;SAF=14;SAR=10;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389483;STB=0.524161;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0160258;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:85:85:24:24:0.220183:10:14:47:38:10:14:47:38 chr4 4249297 . C T 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.020726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.509;QD=15.1006;RBI=0.0371847;REFB=-0.015113;REVB=-0.0308729;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294117;STB=0.666532;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0247722;OID=.;OPOS=4249297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:15:9:21:10:15:9:21:10 chr4 4249300 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0413665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1551;QD=15.1009;RBI=0.0452589;REFB=0.0154032;REVB=-0.0183623;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294117;STB=0.666532;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0199034;OID=.;OPOS=4249300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:15:9:21:10:15:9:21:10 chr4 4249855 . G A 133.81 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0378534;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.239;QD=23.2707;RBI=0.0412087;REFB=-0.0455268;REVB=0.0162874;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126876;STB=0.549928;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0329037;OID=.;OPOS=4249855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:24:23:8:9:14:14:0.608696:6:8:3:5:6:8:4:5 chr4 4249909 . C T 154.95 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0966069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9177;QD=22.9562;RBI=0.103408;REFB=-0.0260872;REVB=0.0368816;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329238;STB=0.518495;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0256593;OID=.;OPOS=4249909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:8:8:6:5:8:8:6:5 chr4 4276132 . T C 865.3 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106426;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.361;QD=57.6865;RBI=0.110837;REFB=0;REVB=0.0309572;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747014;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr4 4304337 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.582;QD=40.7629;RBI=0.0117965;REFB=0;REVB=0.00469363;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225409;OID=.;OPOS=4304337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr4 4304605 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0013661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.944;QD=12.4824;RBI=0.00588232;REFB=-0.00721252;REVB=-0.00572149;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979377;STB=0.55804;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.013748;OID=.;OPOS=4304605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:11:8:4:8:11:8 chr4 4322570 . G A 185.44 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0390429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0274;QD=13.7364;RBI=0.0447504;REFB=-0.00710766;REVB=0.021869;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629699;STB=0.545413;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00986921;OID=.;OPOS=4322570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:32:22:22:0.407407:12:10:16:15:12:10:17:15 chr4 4322665 . T C 345.66 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00545968;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.151;QD=16.46;RBI=0.0109471;REFB=-0.0110394;REVB=0.00948844;RO=45;SAF=23;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672969;STB=0.539884;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0126103;OID=.;OPOS=4322665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:45:47:37:37:0.440476:14:23:25:20:14:23:26:21 chr4 4322770 . T C 339.16 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0154314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.439;QD=17.8505;RBI=0.0197852;REFB=-0.00575528;REVB=0.0123825;RO=39;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568586;STB=0.523796;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00617603;OID=.;OPOS=4322770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:40:36:36:0.473684:20:16:15:24:20:16:16:24 chr4 4862074 . CG GC 36.56 PASS AF=0.375;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.15362;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=27.7753;QD=9.1404;RBI=0.17762;REFB=-0.0742789;REVB=-0.08916;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548753;STB=0.832222;STBP=0.065;TYPE=mnp;VARB=0.117102;OID=.;OPOS=4862074;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:16:16:9:10:5:6:0.375:1:4:2:7:1:5:3:7 chr4 5021118 . CGG CGC,CG 91.03 PASS AF=0.105263,0.736842;AO=2,8;DP=18;FAO=2,14;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=0,1;FSAR=2,13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0198492,0.161668;FXX=0.049975;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=125.856,9.1261;QD=19.164;RBI=0.0729557,0.163856;REFB=-0.0377876,-0.094018;REVB=-0.0702036,-0.0266908;RO=4;SAF=0,0;SAR=2,8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.623114,-0.791634;STB=0.993997,0.735407;STBP=0.169,0.036;TYPE=snp,del;VARB=0.135534,0.00340519;OID=.,.;OPOS=5021120,5021119;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.105263,0.736842:2,8:18:2,14:19:3:0,1:2,13:2:1:13:4:0,0:2,8:2:2 chr4 5448429 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.728;QD=60.3767;RBI=0.0133682;REFB=0;REVB=0.00105225;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42128e-05;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr4 5570221 . G A 2702.89 PASS AF=1;AO=173;DP=175;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119781;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.791;QD=62.4947;RBI=0.0155181;REFB=0;REVB=0.00986598;RO=0;SAF=108;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57095e-06;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:173:0:0:173:173:1:65:108:0:0:65:108:0:0 chr4 5624670 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0101326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.44;QD=13.4559;RBI=0.0234838;REFB=-0.0169879;REVB=-0.0211854;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106918;STB=0.562392;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0235168;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:4:11:7:4:4:11 chr4 5721021 . A C 499.91 PASS AF=0.594937;AO=46;DP=78;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0130386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0114;QD=25.3121;RBI=0.0170597;REFB=-0.0118894;REVB=0.0110014;RO=32;SAF=23;SAR=23;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140834;STB=0.571862;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00704244;OID=.;OPOS=5721021;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:32:32:46:47:0.594937:23:23:10:22:24:23:10:22 chr4 5743509 . C T 1290.71 PASS AF=0.988235;AO=86;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174484;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.888;QD=60.7393;RBI=0.0216066;REFB=-0.124442;REVB=0.0127436;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000380398;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:0:1:86:84:0.988235:48:38:0:0:46:38:0:1 chr4 5743512 . T C 526.35 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00994192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.822;QD=24.4812;RBI=0.0113218;REFB=-0.0205734;REVB=-0.00541668;RO=36;SAF=17;SAR=32;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188571;STB=0.598384;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.022946;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:37:49:49:0.569767:32:17:21:15:32:17:21:16 chr4 5749904 . T C 400.15 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8459;QD=53.3526;RBI=0.0254173;REFB=-0.063971;REVB=-0.00281619;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00253286;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:16:13:0:0:16:13:0:1 chr4 5749961 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.251;QD=56.7063;RBI=0.0320671;REFB=0;REVB=0.0253487;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33329e-05;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr4 5755542 . C A 1530.5 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.269;QD=58.8656;RBI=0.0319702;REFB=0;REVB=0.0257716;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114609;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:104:0:0:99:104:1:52:47:0:0:57:47:0:0 chr4 5838513 . C G 539.94 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0356373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2262;QD=17.9981;RBI=0.0385085;REFB=-0.0244606;REVB=-0.0145906;RO=62;SAF=29;SAR=28;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128779;STB=0.574754;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0266739;OID=.;OPOS=5838513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:63:57:57:0.475:28:29:40:22:28:29:41:22 chr4 5975538 . G A 923.73 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00440442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.209;QD=56.8451;RBI=0.0094487;REFB=-0.0282256;REVB=0.00835937;RO=1;SAF=21;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219567;STB=0.511624;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=3.81175e-06;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:43:21:1:0:43:21:1:0 chr4 5990110 . C A 1660.05 PASS AF=0.965812;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0039478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.759;QD=56.7539;RBI=0.0137651;REFB=-0.185185;REVB=0.0131869;RO=1;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921867;STB=0.50137;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.000800384;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:116:117:1:4:112:113:0.965812:51:61:0:1:52:61:2:2 chr4 5990339 . G A 1373.19 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.605;QD=62.4175;RBI=0.059794;REFB=0;REVB=0.0589222;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124113;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:88:0:0:82:88:1:39:43:0:0:45:43:0:0 chr4 5990551 . G A 727.66 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0629;QD=63.2752;RBI=0.0183027;REFB=0;REVB=-0.00315848;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010599;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr4 5990599 . T C 245.48 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.01;QD=49.0956;RBI=0.0237162;REFB=0;REVB=0.00158887;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581019;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:9:11:0:0 chr4 5990791 . A G 1052.06 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.118;QD=59.2709;RBI=0.0435096;REFB=0;REVB=0.0420769;RO=0;SAF=50;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311177;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:20:50:0:0:21:50:0:0 chr4 5991384 . T C 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3514;QD=57.6748;RBI=0.0527585;REFB=0;REVB=-0.044732;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205366;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr4 5991476 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.397;QD=43.4861;RBI=0.0393565;REFB=0;REVB=0.025738;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710508;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr4 6290847 . C T 563.32 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00248452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5563;QD=26.8249;RBI=0.0199515;REFB=-0.0342456;REVB=-0.0197962;RO=31;SAF=17;SAR=34;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413215;STB=0.539115;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0234403;OID=.;OPOS=6290847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:31:33:51:51:0.607143:34:17:12:19:34:17:14:19 chr4 6293696 . C G 3534.79 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.73;QD=62.8407;RBI=0.0479577;REFB=0;REVB=0.00094901;RO=0;SAF=108;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35401e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28702e-05;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:225:0:0:225:225:1:117:108:0:0:117:108:0:0 chr4 6302519 . G A 538.53 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.443;QD=59.8368;RBI=0.0316342;REFB=0;REVB=-0.0043062;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236535;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:17:19:0:0 chr4 6302669 . C T 244.03 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.100045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8382;QD=18.7718;RBI=0.10138;REFB=-0.0283244;REVB=-0.0163962;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740284;STB=0.54137;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0253867;OID=.;OPOS=6302669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:10:16:18:8:10:16:18:8 chr4 6302707 . C T 727.4 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129254;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.942;QD=57.0508;RBI=0.0339338;REFB=0;REVB=0.0313758;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153676;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr4 6303022 . C T 740.85 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171545;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.122;QD=56.9888;RBI=0.022648;REFB=0;REVB=-0.014787;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58824e-06;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr4 6303955 . G A 741.07 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.531;QD=57.0055;RBI=0.0612026;REFB=0;REVB=0.0281812;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011355;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:31:19:0:0:33:19:0:0 chr4 6304087 . A G 1018.62 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753201;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.353;QD=59.9186;RBI=0.0762402;REFB=0;REVB=-0.0758673;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16447e-05;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr4 6304242 . T C 851.04 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0159;QD=55.8058;RBI=0.0389842;REFB=0.040245;REVB=-0.0341306;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132943;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000752286;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:35:25:0:1:35:25:0:1 chr4 6304286 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.269;QD=57.2376;RBI=0.0341404;REFB=0;REVB=-0.010343;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111941;OID=.;OPOS=6304286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr4 6304344 . G A 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00189829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.221;QD=16.7135;RBI=0.0018989;REFB=-0.00685733;REVB=-4.81502e-05;RO=44;SAF=23;SAR=13;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140575;STB=0.579092;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0061812;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:13:23:22:22:13:23:22:22 chr4 6325086 . G A 1624.54 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.636;QD=59.6162;RBI=0.0526046;REFB=0;REVB=0.0418811;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87897e-05;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:106:109:1:56:50:0:0:58:51:0:0 chr4 6536979 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.951;QD=62.9827;RBI=0.0671915;REFB=0;REVB=0.063612;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388982;OID=.;OPOS=6536979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr4 6594947 . A C 326.98 PASS AF=0.413793;AO=33;DP=84;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0583234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2926;QD=15.0337;RBI=0.0766229;REFB=0.00738298;REVB=-0.0496935;RO=51;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890731;STB=0.543057;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0182542;OID=.;OPOS=6594947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:51:51:33:36:0.413793:18:15:19:32:20:16:19:32 chr4 6596360 . G A 735.43 PASS AF=0.525926;AO=71;DP=135;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0205409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6341;QD=21.7904;RBI=0.0268192;REFB=-0.0148221;REVB=0.0172436;RO=64;SAF=29;SAR=42;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147081;STB=0.580744;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.01224;OID=.;OPOS=6596360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:64:64:71:71:0.525926:42:29:37:27:42:29:37:27 chr4 6600012 . A G 819.26 PASS AF=0.509202;AO=80;DP=161;FAO=83;FDP=163;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=60;FWDB=0.00835089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.389;QD=20.1045;RBI=0.00835091;REFB=-0.0387445;REVB=1.93331e-05;RO=80;SAF=34;SAR=46;SRF=20;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167996;STB=0.594056;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0356148;OID=.;OPOS=6600012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:80:80:80:83:0.509202:46:34:20:60:47:36:20:60 chr4 6606864 . A G 271.43 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00399847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.32;QD=23.6024;RBI=0.0241683;REFB=-0.0266014;REVB=0.0238352;RO=21;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293126;STB=0.66407;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00929832;OID=.;OPOS=6606864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:18:7:13:8:18:7:13:8 chr4 6619165 . A G 650.44 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.259;QD=61.9469;RBI=0.0224965;REFB=0;REVB=-0.00157652;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122507;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:12:29:0:0:12:30:0:0 chr4 6619204 . G A 765.82 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.724;QD=63.8182;RBI=0.0556456;REFB=0;REVB=0.0485503;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423989;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:22:24:0:0:22:26:0:0 chr4 6698667 . T C 1212.28 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137873;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.503;QD=61.3811;RBI=0.0219574;REFB=0;REVB=0.017089;RO=0;SAF=24;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1761e-05;OID=.;OPOS=6698667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:55:24:0:0:55:24:0:0 chr4 6698706 . A C 1246.73 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1919;QD=61.567;RBI=0.0126451;REFB=0;REVB=-0.0123004;RO=0;SAF=26;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.51508e-05;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:54:26:0:0:55:26:0:0 chr4 6718775 . G T 245.44 PASS AF=0.519231;AO=24;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0174478;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.946;QD=18.88;RBI=0.0259333;REFB=0.000457762;REVB=0.0191861;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037189;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00114577;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:25:24:27:0.519231:11:13:12:12:13:14:12:13 chr4 6719092 . TAGTC T 131.44 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0137679;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=4;MLLD=311.635;QD=13.4809;RBI=0.0154596;REFB=-0.0125368;REVB=-0.00703175;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787323;STB=0.546014;STBP=0.667;TYPE=del;VARB=0.0218942;OID=.;OPOS=6719093;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:15:40:15:39:24:7:8:13:11:99:24:7:8:13:11 chr4 6884329 . T C 580.02 PASS AF=0.909091;AO=41;DP=45;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0175088;FXX=0.0222173;HRUN=6;LEN=1;MLLD=174.935;QD=52.7292;RBI=0.0253937;REFB=0.0320127;REVB=0.0183924;RO=4;SAF=28;SAR=13;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346102;STB=0.517894;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00122111;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:45:44:4:4:41:40:0.909091:13:28:2:2:13:27:2:2 chr4 6925237 . C G 620.17 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00888427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.132;QD=19.5328;RBI=0.00933379;REFB=-0.0147416;REVB=0.00286172;RO=64;SAF=23;SAR=40;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224217;STB=0.62386;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00780683;OID=.;OPOS=6925237;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:64:63:63:0.496063:40:23:39:25:40:23:39:25 chr4 7044357 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=5;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5735;QD=44.6893;RBI=0.0597079;REFB=0;REVB=0.0216455;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154284;OID=.;OPOS=7044357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:5:13:1:5:0:0:0:5:8:0:0 chr4 7044380 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0962337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.941;QD=37.4885;RBI=0.0967286;REFB=0;REVB=0.00977251;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659355;OID=.;OPOS=7044380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr4 7044600 . G A 1518.08 PASS AF=0.981132;AO=101;DP=104;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0981192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5386;QD=57.2861;RBI=0.124397;REFB=-0.0519549;REVB=0.0764674;RO=3;SAF=46;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116314;STB=0.500546;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00178895;OID=.;OPOS=7044600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:106:3:2:101:104:0.981132:55:46:2:1:55:49:1:1 chr4 7057106 . G C 417.33 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.203;QD=53.8495;RBI=0.0192488;REFB=-0.0443993;REVB=0.00736409;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00575036;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:30:30:0.967742:14:16:0:0:14:16:1:0 chr4 7114091 . C T 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00199741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.917;QD=16.9928;RBI=0.0154007;REFB=-0.000482493;REVB=-0.0152706;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302404;STB=0.66951;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000841849;OID=.;OPOS=7114091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:10:17:9:21:10:17:9:21 chr4 7325840 . G T 1419.8 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0554024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.736;QD=61.7306;RBI=0.0556418;REFB=-0.161921;REVB=0.00515644;RO=1;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920437;STB=0.504853;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000513288;OID=.;OPOS=7325840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:51:40:0:1:51:40:0:1 chr4 7398094 . C G 900.98 PASS AF=0.478947;AO=91;DP=190;FAO=91;FDP=190;FR=.;FRO=99;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=0.00571978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2486;QD=18.9681;RBI=0.00691977;REFB=-0.0224971;REVB=0.00389453;RO=97;SAF=53;SAR=38;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140034;STB=0.572126;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0254813;OID=.;OPOS=7398094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:97:99:91:91:0.478947:38:53:42:55:38:53:44:55 chr4 7435379 . A G 1510.56 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4713;QD=63.6023;RBI=0.108052;REFB=0;REVB=-0.107349;RO=0;SAF=32;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.18502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000736372;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:63:32:0:0:63:32:0:0 chr4 7461826 . C CCCA 503.32 PASS AF=0.973684;AO=29;DP=46;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285141;FXX=0.0952154;HRUN=3;LEN=3;MLLD=212.059;QD=52.9811;RBI=0.036824;REFB=-0.105805;REVB=0.0233013;RO=16;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215585;STB=0.515143;STBP=0.284;TYPE=ins;VARB=0.00133021;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.973684:29:46:37:38:1:21:16:0:1:6:16:12:17:12:4 chr4 7461828 . TC CA,CC,CT 35.24 PASS AF=0,0,0.139535;AO=3,3,5;DP=45;FAO=0,0,6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=0,0,3;FSAR=0,0,3;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0335316,-0.0215916,-0.00963308;FXX=0.0444346;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=121.279,189.544,51.2085;QD=3.27785;RBI=0.0474823,0.0300798,0.00997639;REFB=-0.0095556,-0.00673669,-0.0698143;REVB=-0.0336184,-0.0209427,0.00259464;RO=34;SAF=0,3,5;SAR=3,0,0;SRF=13;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.483573,0.584126,0.678859;STB=0.5,0.5,0.557949;STBP=1,1,0.784;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0,0.0812192,0.02274;OID=.,.,.;OPOS=7461828,7461828,7461828;OREF=TC,T,TC;OALT=CA,C,CT;OMAPALT=CA,CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:33:45:43:34:37:3,3,5:0,0,6:0,0,0.139535:3,0,0:0,3,5:13:21:0,0,3:0,0,3:16:21 chr4 7655855 . C T 1465.65 PASS AF=0.962264;AO=102;DP=106;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0480386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3336;QD=55.3077;RBI=0.0716684;REFB=0.0238926;REVB=0.0531851;RO=4;SAF=47;SAR=55;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151896;STB=0.508012;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.000617884;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:106:4:4:102:102:0.962264:55:47:1:3:55:47:1:3 chr4 7714490 . T C 696.29 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0493833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7825;QD=56.8397;RBI=0.050546;REFB=0.0143459;REVB=-0.0107789;RO=3;SAF=19;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298742;STB=0.515917;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0026719;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:27:19:2:1:27:19:2:1 chr4 7716932 . T C 1070.43 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.213;QD=59.4684;RBI=0.0649627;REFB=0;REVB=0.018198;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143824;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:72:0:0:65:72:1:42:23:0:0:44:28:0:0 chr4 7761211 . C T 535.24 PASS AF=0.453125;AO=56;DP=127;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0248268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.462;QD=16.7261;RBI=0.0286155;REFB=0.00186733;REVB=-0.0142294;RO=70;SAF=17;SAR=39;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13758;STB=0.560061;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00351588;OID=.;OPOS=7761211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:70:70:56:58:0.453125:39:17:30:40:39:19:30:40 chr4 7761275 . T TAAGA 399.58 PASS AF=0.460674;AO=39;DP=90;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.027447;FXX=0.0326052;HRUN=2;LEN=4;MLLD=308.78;QD=17.9587;RBI=0.0284656;REFB=-0.0171175;REVB=-0.00754678;RO=49;SAF=15;SAR=24;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619366;STB=0.532695;STBP=0.608;TYPE=ins;VARB=0.0187225;OID=.;OPOS=7761276;OREF=-;OALT=AAGA;OMAPALT=TAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460674:39:90:41:89:48:16:25:16:32:99:49:15:24:16:33 chr4 7761286 . T C 415.32 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00457415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1365;QD=19.317;RBI=0.0060739;REFB=0.00193958;REVB=0.00399618;RO=44;SAF=12;SAR=30;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129815;STB=0.572483;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00205142;OID=.;OPOS=7761286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:30:12:18:26:30:12:18:26 chr4 7765495 . G T 715.93 PASS AF=0.469136;AO=76;DP=161;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.000315754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.756;QD=17.6773;RBI=0.00519054;REFB=-0.0103968;REVB=0.00518092;RO=85;SAF=53;SAR=23;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196861;STB=0.606912;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0151328;OID=.;OPOS=7765495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:85:86:76:76:0.469136:23:53:43:42:23:53:44:42 chr4 7770723 . G T 1266.7 PASS AF=0.622222;AO=112;DP=180;FAO=112;FDP=180;FR=.;FRO=68;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0496791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.951;QD=28.1488;RBI=0.0522442;REFB=-0.0121638;REVB=0.0161691;RO=68;SAF=46;SAR=66;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428748;STB=0.523167;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0070303;OID=.;OPOS=7770723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:68:68:112:112:0.622222:66:46:32:36:66:46:32:36 chr4 7774610 . C T 968.29 PASS AF=0.472222;AO=102;DP=216;FAO=102;FDP=216;FR=.;FRO=114;FSAF=65;FSAR=37;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=0.0496416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.832;QD=17.9313;RBI=0.0516262;REFB=-0.0239496;REVB=0.0141764;RO=113;SAF=65;SAR=37;SRF=66;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538132;STB=0.527837;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0312738;OID=.;OPOS=7774610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:113:114:102:102:0.472222:37:65:66:47:37:65:67:47 chr4 7783163 . G A 393.12 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0416529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.558;QD=17.0921;RBI=0.0417067;REFB=-0.0386329;REVB=0.00211699;RO=48;SAF=16;SAR=25;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586076;STB=0.545433;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0601134;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:48:51:41:41:0.445652:25:16:16:32:25:16:16:35 chr4 7783286 . G A 496.46 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00301615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.346;QD=20.9035;RBI=0.00527461;REFB=-0.00163684;REVB=0.00432716;RO=47;SAF=21;SAR=27;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049902;STB=0.527579;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00126;OID=.;OPOS=7783286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:27:21:18:29:27:21:18:29 chr4 7941901 . A C 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00259175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.276;QD=14.9202;RBI=0.00735037;REFB=-0.0105881;REVB=0.00687829;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278587;STB=0.657249;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0187473;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:17:11:25:12:17:11:25:12 chr4 8021417 . A G 391.14 PASS AF=0.558824;AO=33;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0101386;FXX=0.0144907;HRUN=8;LEN=1;MLLD=268.186;QD=23.008;RBI=0.0326834;REFB=-0.0169931;REVB=-0.0310711;RO=19;SAF=11;SAR=22;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239722;STB=0.573272;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0120851;OID=.;OPOS=8021417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:19:28:33:38:0.558824:22:11:13:6:24:14:15:13 chr4 8031471 . A G 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.411;QD=61.0456;RBI=0.0380731;REFB=0;REVB=-0.0374489;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07831e-05;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr4 8062689 . T C 964.53 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0337648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.986;QD=55.9151;RBI=0.0339591;REFB=0.00954176;REVB=0.00362691;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516124;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=6.89376e-06;OID=.;OPOS=8062689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:0:2:67:67:0.971014:30:37:0:0:30:37:0:2 chr4 8228731 . T C 1752.99 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923837;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2552;QD=60.4481;RBI=0.0926941;REFB=0;REVB=0.00757898;RO=0;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341478;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:116:0:0:111:116:1:66:45:0:0:67:49:0:0 chr4 8228894 . T C 1607.03 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.287;QD=60.0757;RBI=0.0213282;REFB=0;REVB=0.0180701;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30523e-05;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:49:57:0:0:50:57:0:0 chr4 8229218 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.418;QD=61.2132;RBI=0.0126575;REFB=0;REVB=0.00505502;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09827e-05;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr4 8229326 . T C 502.46 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.968;QD=59.1134;RBI=0.0472892;REFB=0;REVB=-0.020209;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229627;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:32:34:1:21:11:0:0:21:13:0:0 chr4 8229713 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.122;QD=10.0337;RBI=0.0141385;REFB=-0.00577024;REVB=0.0141385;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0230575;OID=.;OPOS=8229713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:5:0:0:7:5:0:0:7 chr4 8230070 . T C 216.14 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00848394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.047;QD=22.7514;RBI=0.0152772;REFB=-0.0307016;REVB=0.012705;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317187;STB=0.507685;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.022727;OID=.;OPOS=8230070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:17:20:21:0.552632:11:9:7:10:12:9:7:10 chr4 8230235 . T C 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00164851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.464;QD=22.9154;RBI=0.103321;REFB=-0.00542022;REVB=-0.103308;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162954;STB=0.593016;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00363994;OID=.;OPOS=8230235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:3:1:5:4:3:1 chr4 8242466 . A G 3106.86 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320832;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.541;QD=63.4053;RBI=0.0449789;REFB=0;REVB=0.0315242;RO=0;SAF=89;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.57119e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103414;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:196:0:0:193:196:1:104:89:0:0:107:89:0:0 chr4 8358361 . G A 108.18 PASS AF=0.318182;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00593214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1743;QD=9.83493;RBI=0.0640942;REFB=-0.0190852;REVB=0.0638191;RO=30;SAF=9;SAR=4;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764952;STB=0.563815;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0301512;OID=.;OPOS=8358361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:30:30:13:14:0.318182:4:9:19:11:4:10:19:11 chr4 8394836 . G C 268.53 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.01214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.467;QD=13.9498;RBI=0.0133181;REFB=0.00393765;REVB=-0.0054765;RO=46;SAF=26;SAR=5;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3481;STB=0.701762;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0120482;OID=.;OPOS=8394836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:5:26:27:19:5:26:27:19 chr4 8443041 . C T 1029.51 PASS AF=0.479638;AO=105;DP=220;FAO=106;FDP=221;FR=.;FRO=115;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=0.0063347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.795;QD=18.6337;RBI=0.0584562;REFB=-0.00603659;REVB=0.058112;RO=114;SAF=49;SAR=56;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665209;STB=0.503818;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00585263;OID=.;OPOS=8443041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:114:115:105:106:0.479638:56:49:54:60:57:49:54:61 chr4 8454639 . A G 1187.95 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.418;QD=60.9204;RBI=0.0169361;REFB=0;REVB=-0.00454659;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45229e-05;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:37:39:0:0:37:41:0:0 chr4 8594574 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.607;QD=35.5758;RBI=0.0678463;REFB=0;REVB=0.0644285;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174983;OID=.;OPOS=8594574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr4 8602884 . T C 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0759819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.731;QD=63.8666;RBI=0.0789289;REFB=0;REVB=0.0213663;RO=0;SAF=9;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462138;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:39:9:0:0:39:9:0:0 chr4 8602935 . A G 995.82 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337932;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.881;QD=59.4516;RBI=0.0529098;REFB=0;REVB=-0.0407119;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7582e-05;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr4 8613786 . C T 577.32 PASS AF=0.653846;AO=50;DP=77;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0197449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.72;QD=29.606;RBI=0.0229425;REFB=-0.0124082;REVB=0.0116832;RO=27;SAF=19;SAR=31;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140173;STB=0.570524;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00986511;OID=.;OPOS=8613786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:27:27:50:51:0.653846:31:19:16:11:31:20:16:11 chr4 8613867 . G A 286.79 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.019295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.534;QD=31.0044;RBI=0.0268231;REFB=-0.0335551;REVB=0.0186329;RO=12;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166297;STB=0.591571;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0114385;OID=.;OPOS=8613867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:17:8:7:5:17:8:7:5 chr4 8616096 . T C 1016.3 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9171;QD=58.9162;RBI=0.0661029;REFB=0;REVB=-0.0608651;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90635e-05;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:45:23:0:0:45:24:0:0 chr4 8616179 . T C 1525.53 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.973;QD=59.8247;RBI=0.0359845;REFB=0;REVB=0.0328433;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.834e-05;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr4 8621194 . A G 724.93 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0068627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.588;QD=54.7118;RBI=0.0242031;REFB=-0.146002;REVB=0.0232097;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209274;STB=0.511107;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00108289;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:30:22:1:0:30:22:1:0 chr4 8951816 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.876;QD=50.4131;RBI=0.0369845;REFB=0;REVB=0.00114347;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107749;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr4 9387462 . C T 679.98 PASS AF=0.55;AO=66;DP=121;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.00524453;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.404;QD=22.6661;RBI=0.00872438;REFB=-0.0195199;REVB=-0.00697207;RO=53;SAF=27;SAR=39;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921195;STB=0.544573;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0159951;OID=.;OPOS=9387462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:53:54:66:66:0.55:39:27:16:37:39:27:17:37 chr4 9388888 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.303;QD=43.4861;RBI=0.0291968;REFB=0;REVB=0.013615;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017056;OID=.;OPOS=9388888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr4 9390660 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.971;QD=33.4285;RBI=0.0719676;REFB=0;REVB=0.0477725;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144867;OID=.;OPOS=9390660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr4 9446325 . AG A 407.18 PASS AF=0.45098;AO=42;DP=101;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0017085;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.753;QD=15.9678;RBI=0.0104985;REFB=-0.00157998;REVB=-0.0103585;RO=56;SAF=17;SAR=25;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701956;STB=0.554067;STBP=0.346;TYPE=del;VARB=0.00192783;OID=.;OPOS=9446326;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45098:42:101:46:102:56:20:26:19:37:99:56:17:25:19:37 chr4 9557815 . TAGAAGG T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00741211;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=340.905;QD=14.6525;RBI=0.0201363;REFB=-0.0121118;REVB=0.0187224;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=del;VARB=0.00866311;OID=.;OPOS=9557816;OREF=AGAAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:6:11:6:11:5:3:3:3:2:30:5:3:3:3:2 chr4 9909923 . G A 322.23 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-5.40717e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.693;QD=28.0203;RBI=0.00630516;REFB=-0.00794032;REVB=0.00630516;RO=18;SAF=8;SAR=20;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568187;STB=0.531228;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00634416;OID=.;OPOS=9909923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:20:8:4:14:20:8:4:14 chr4 9922130 . C T 259.55 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0318106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0391;QD=11.9333;RBI=0.0351202;REFB=-0.00700352;REVB=0.0148835;RO=56;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142497;STB=0.508216;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0119755;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:17:14:26:30:17:14:26:30 chr4 9982330 . A G 712.31 PASS AF=1;AO=43;DP=53;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829047;FXX=0.0565931;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5066;QD=56.9847;RBI=0.0317916;REFB=0;REVB=-0.0306916;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124186;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:50:0:0:43:50:1:20:23:0:0:26:24:0:0 chr4 9987324 . G A 707.77 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0344;QD=62.9125;RBI=0.0320657;REFB=0;REVB=-0.0260236;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45356e-05;OID=.;OPOS=9987324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr4 9998493 . A G 1553.86 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.264;QD=62.7821;RBI=0.0302;REFB=-0.120259;REVB=0.0217834;RO=1;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012006;STB=0.506328;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000324275;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:99:1:1:98:98:0.989899:39:59:0:1:39:59:0:1 chr4 10090178 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.419;QD=61.6953;RBI=0.0186115;REFB=0;REVB=0.0163023;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40948e-05;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr4 10099340 . T C 1433.42 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0606837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.485;QD=55.1315;RBI=0.0668166;REFB=0.0258299;REVB=0.0279632;RO=4;SAF=46;SAR=54;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394764;STB=0.520829;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.000238278;OID=.;OPOS=10099340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:104:4:4:100:100:0.961538:54:46:4:0:54:46:4:0 chr4 10441551 . C T 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.010906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5012;QD=15.1649;RBI=0.0881531;REFB=-0.0390358;REVB=-0.0874759;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507199;STB=0.529372;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0479181;OID=.;OPOS=10441551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:11:9:6:9:11:9 chr4 10442602 . C CTACTT 252.9 PASS AF=0.379747;AO=28;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00939261;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=5;MLLD=283.855;QD=12.8051;RBI=0.0153833;REFB=-0.0108871;REVB=0.012183;RO=49;SAF=19;SAR=9;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319505;STB=0.672155;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.0187128;OID=.;OPOS=10442603;OREF=-;OALT=TACTT;OMAPALT=CTACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.379747:28:80:30:79:49:20:10:19:30:99:49:19:9:19:30 chr4 10446385 . C T 927.76 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.279;QD=57.9851;RBI=0.014208;REFB=0;REVB=0.014096;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277189;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:27:37:0:0 chr4 10446906 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.962;QD=62.6699;RBI=0.0827472;REFB=0;REVB=0.012822;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364237;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr4 10447168 . C G 849.53 PASS AF=0.473118;AO=87;DP=186;FAO=88;FDP=186;FR=.;FRO=98;FSAF=59;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=0.00113244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.12;QD=18.2694;RBI=0.031944;REFB=-0.0210649;REVB=-0.0319239;RO=98;SAF=58;SAR=29;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261275;STB=0.64622;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0280557;OID=.;OPOS=10447168;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:98:98:87:88:0.473118:29:58:39:59:29:59:39:59 chr4 10447985 . AT AA,A 221.92 PASS AF=0,0.446154;AO=3,25;DP=64;FAO=0,29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=0,14;FSAR=0,15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.188466,-0.161831;FXX=0.0151492;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.7383,20.2557;QD=13.6567;RBI=0.189051,0.161878;REFB=-0.0318329,-0.0348585;REVB=0.0148653,-0.00389017;RO=35;SAF=2,13;SAR=1,12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.290573,0.151515;STB=0.5,0.552203;STBP=1,0.486;TYPE=snp,del;VARB=0.0560458,0.036165;OID=.,.;OPOS=10447986,10447986;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.446154:3,25:64:0,29:65:36:0,14:0,15:14:22:99:35:2,13:1,12:13:22 chr4 10502937 . T G 1273.64 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0485915;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1832;QD=60.6495;RBI=0.0500595;REFB=0.0087218;REVB=0.0120342;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.507041;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=7.36962e-06;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:35:48:0:0:35:48:0:1 chr4 10567732 . T C 430.85 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0366041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3239;QD=15.9576;RBI=0.0387086;REFB=0.00441891;REVB=0.0125896;RO=60;SAF=18;SAR=30;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262609;STB=0.5147;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00953221;OID=.;OPOS=10567732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:30:18:24:36:30:18:24:36 chr4 10669522 . A C 401.29 PASS AF=0.358209;AO=48;DP=134;FAO=48;FDP=134;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.0148983;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.286;QD=11.9787;RBI=0.0149477;REFB=-0.018126;REVB=0.00121374;RO=86;SAF=24;SAR=24;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914617;STB=0.552217;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0333092;OID=.;OPOS=10669522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:86:86:48:48:0.358209:24:24:36:50:24:24:36:50 chr4 13545792 . G T 106.99 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.00203769;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.816;QD=20.3782;RBI=0.0403428;REFB=-0.00906912;REVB=0.0402913;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351374;STB=0.695392;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00696589;OID=.;OPOS=13545792;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:0:9:7:5:0:9 chr4 13548796 . T G 500.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3803;QD=58.8868;RBI=0.0592489;REFB=0;REVB=0.0519251;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663523;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr4 13606576 . A T 1225.67 PASS AF=0.923077;AO=83;DP=91;FAO=84;FDP=91;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0121901;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8416;QD=53.8755;RBI=0.0194796;REFB=-0.0287;REVB=0.015194;RO=3;SAF=36;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015616;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136063;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:91:91:3:7:83:84:0.923077:47:36:2:1:48:36:3:4 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 464.32 PASS AF=0.584416;AO=40;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00649743;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=9;MLLD=289.051;QD=24.1207;RBI=0.0106117;REFB=-0.0336514;REVB=-0.00838992;RO=32;SAF=17;SAR=23;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863829;STB=0.555531;STBP=0.274;TYPE=ins;VARB=0.0142029;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.584416:40:77:45:77:32:18:27:17:15:99:32:17:23:17:15 chr4 15095629 . G A 123.31 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=85;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.0116636;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.013;QD=5.87189;RBI=0.022218;REFB=-0.00938182;REVB=-0.0189102;RO=65;SAF=12;SAR=7;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335636;STB=0.70568;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0170028;OID=.;OPOS=15095629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:65:65:19:19:0.22619:7:12:23:42:7:12:23:42 chr4 15656905 . C A 596.67 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.01218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.302;QD=25.6633;RBI=0.0305571;REFB=-0.0454788;REVB=0.0280247;RO=39;SAF=27;SAR=27;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491878;STB=0.526872;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0239463;OID=.;OPOS=15656905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:39:54:54:0.580645:27:27:17:22:27:27:17:22 chr4 15689632 . G A 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.040782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.157;QD=19.4399;RBI=0.041493;REFB=0.00863983;REVB=-0.00764825;RO=29;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116404;STB=0.564929;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00904654;OID=.;OPOS=15689632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:20:11:14:15:20:11:14:15 chr4 15690233 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.823;QD=49.5992;RBI=0.0457652;REFB=0;REVB=0.026115;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155945;OID=.;OPOS=15690233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr4 15737722 . C T 593.9 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0204644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.602;QD=20.6573;RBI=0.0204714;REFB=-0.0192483;REVB=-0.00053669;RO=54;SAF=35;SAR=25;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887085;STB=0.544772;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0161667;OID=.;OPOS=15737722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:54:55:60:60:0.521739:25:35:26:28:25:35:27:28 chr4 15737732 . G A 561.06 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0194588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.876;QD=20.78;RBI=0.0305398;REFB=-0.0102128;REVB=-0.023538;RO=51;SAF=34;SAR=23;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109539;STB=0.560295;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0289728;OID=.;OPOS=15737732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:51:57:57:0.527778:23:34:24:27:23:34:24:27 chr4 15739390 . T G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.000111622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.465;QD=13.7526;RBI=0.011174;REFB=0.0014462;REVB=0.0111735;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333056;STB=0.519409;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00197645;OID=.;OPOS=15739390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:10:13:8:7:10:13 chr4 15818391 . G A 156.35 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0344851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.32;QD=23.1624;RBI=0.0346161;REFB=-0.0421934;REVB=0.00300914;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245848;STB=0.608569;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0256265;OID=.;OPOS=15818391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:27:27:10:11:16:16:0.592593:9:7:1:9:9:7:2:9 chr4 15937731 . T C 1785.8 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9517;QD=55.8063;RBI=0.107315;REFB=0;REVB=0.0138132;RO=1;SAF=40;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673428;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00805327;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:128:1:0:110:128:1:70:40:0:1:71:57:0:0 chr4 15964485 . G A 382.51 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00516078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.573;QD=52.7606;RBI=0.034379;REFB=0.0518119;REVB=0.0339895;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00385546;OID=.;OPOS=15964485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:18:10:1:0:18:10:1:0 chr4 15964573 . A G 750.67 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139679;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.196;QD=63.8865;RBI=0.109227;REFB=0;REVB=-0.10833;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000553354;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr4 15964820 . CCT ACC,C 114.92 PASS AF=0.025641,0.461538;AO=2,15;DP=44;FAO=1,18;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=0,12;FSAR=1,6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0470593,-0.144263;FXX=0.0930016;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=178.426,21.7048;QD=11.7871;RBI=0.143504,0.23076;REFB=-0.0127048,-0.147712;REVB=-0.135568,-0.180107;RO=24;SAF=0,12;SAR=2,3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.470037,0.397599;STB=0.991549,0.538418;STBP=0.242,0.673;TYPE=mnp,del;VARB=0.0546833,0.149163;OID=.,.;OPOS=15964820,15964821;OREF=CCT,CT;OALT=ACC,-;OMAPALT=ACC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:44:39:24:20:2,15:1,18:0.025641,0.461538:2,3:0,12:11:13:1,6:0,12:12:8 chr4 15985944 . G A 210.65 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.033271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9709;QD=22.1741;RBI=0.0447553;REFB=-0.00641187;REVB=-0.0299345;RO=17;SAF=5;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220723;STB=0.624496;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00442157;OID=.;OPOS=15985944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:16:5:8:9:16:5:8:9 chr4 16675898 . C A 512.08 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0420142;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.203;QD=56.8973;RBI=0.0538801;REFB=-0.00700376;REVB=0.0337325;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000122633;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:35:35:0.972222:18:17:0:1:18:17:0:1 chr4 17488286 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.047;QD=42.1826;RBI=0.0156487;REFB=0;REVB=0.0126564;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206323;OID=.;OPOS=17488286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr4 17488346 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.251;QD=51.1845;RBI=0.0212182;REFB=0;REVB=0.0209668;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107274;OID=.;OPOS=17488346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr4 17488351 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.507;QD=50.4133;RBI=0.0200632;REFB=0;REVB=0.0167735;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398292;OID=.;OPOS=17488351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr4 17503433 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8205;QD=57.2372;RBI=0.0547742;REFB=0;REVB=-0.0297341;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178477;OID=.;OPOS=17503433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr4 17517099 . A G 716.08 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3933;QD=62.2681;RBI=0.0391933;REFB=0;REVB=0.0307336;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113509;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr4 17586703 . T C 1030.49 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109502;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.601;QD=59.7383;RBI=0.0112163;REFB=0;REVB=0.00242828;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.922e-05;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr4 17627294 . A G 727.85 PASS AF=0.962963;AO=49;DP=53;FAO=52;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0029561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.278;QD=53.9148;RBI=0.0279497;REFB=0.0114833;REVB=0.0277929;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192048;STB=0.5102;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00691658;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:49:52:0.962963:25:24:1:0:28:24:1:0 chr4 17627332 . T C 515.96 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0136447;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.278;QD=49.1388;RBI=0.0150319;REFB=-0.0390818;REVB=0.00630729;RO=4;SAF=19;SAR=18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00246183;STB=0.513506;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00230379;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:4:5:37:37:0.880952:18:19:2:2:18:19:2:3 chr4 17634213 . A G 1294.56 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5299;QD=61.6459;RBI=0.141088;REFB=0;REVB=0.135177;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126013;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:80:84:1:33:47:0:0:37:47:0:0 chr4 17643848 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.265;QD=37.4874;RBI=0.207102;REFB=0;REVB=0.127492;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015151;OID=.;OPOS=17643848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr4 17660082 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.29;QD=58.7812;RBI=0.0459346;REFB=0;REVB=0.0438411;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032173;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr4 17694943 . A G 801.22 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9775;QD=57.2301;RBI=0.0303474;REFB=0;REVB=-0.029476;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258502;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr4 20492416 . TG T,TT 1482.39 PASS AF=0.0421053,0.957895;AO=10,85;DP=95;FAO=4,91;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=1,41;FSAR=3,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242978,0.0213756;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.884,227.231;QD=62.4164;RBI=0.0326057,0.0312083;REFB=0,0;REVB=0.0217427,0.0227386;RO=0;SAF=3,39;SAR=7,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0182892,0.000906736;OID=.,.;OPOS=20492417,20492417;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0421053,0.957895:10,85:95:4,91:95:0:1,41:3,50:0:0:5:0:3,39:7,46:0:0 chr4 20520993 . T C 785.85 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0311689;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7917;QD=53.2781;RBI=0.0815116;REFB=-0.106678;REVB=0.075317;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.519224;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00305136;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:56:57:0.966102:31:25:1:0:32:25:2:0 chr4 20544184 . C T 1254.15 PASS AF=0.490421;AO=128;DP=262;FAO=128;FDP=261;FR=.;FRO=133;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=70;FSRR=63;FWDB=-0.00315921;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.407;QD=19.2208;RBI=0.0146915;REFB=-0.00671151;REVB=-0.0143478;RO=134;SAF=71;SAR=57;SRF=71;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233171;STB=0.514584;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00850646;OID=.;OPOS=20544184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:134:133:128:128:0.490421:57:71:71:63:57:71:70:63 chr4 21950258 . TA T,TG 4559.3 PASS AF=0.0341297,0.96587;AO=34,239;DP=294;FAO=10,283;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=0,142;FSAR=10,141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552843,-0.126642;FXX=0.00340124;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.7096,108.081;QD=62.243;RBI=0.0615296,0.130091;REFB=0,0;REVB=0.0270101,0.0297583;RO=0;SAF=0,121;SAR=34,118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0193705,0.0080715;OID=.,.;OPOS=21950259,21950259;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0341297,0.96587:34,239:294:10,283:293:0:0,142:10,141:0:0:3:0:0,121:34,118:0:0 chr4 22416195 . C G 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1875;QD=59.8545;RBI=0.0881892;REFB=0;REVB=0.0659072;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709287;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr4 22425877 . A G 318.64 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0169277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.948;QD=15.5432;RBI=0.0217777;REFB=-0.0312318;REVB=-0.0137012;RO=46;SAF=22;SAR=12;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218805;STB=0.605444;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.031286;OID=.;OPOS=22425877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:46:47:34:35:0.426829:12:22:20:26:13:22:21:26 chr4 22439914 . A C 575.42 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.0014514;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.111;QD=21.1164;RBI=0.0110939;REFB=-0.0155774;REVB=0.0109985;RO=51;SAF=23;SAR=35;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243741;STB=0.633735;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0162028;OID=.;OPOS=22439914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:51:51:58:58:0.53211:35:23:35:16:35:23:35:16 chr4 22444691 . A AT 121.68 PASS AF=1;AO=2;DP=15;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0991679;FXX=0.199867;HRUN=0;LEN=1;MLLD=122.497;QD=40.5595;RBI=0.0991828;REFB=0;REVB=0.00171731;RO=13;SAF=2;SAR=0;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468324;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00129241;OID=.;OPOS=22444692;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:15:12:12:0:12:0:0:0:3:13:2:0:10:3 chr4 22444692 . C A,T 170.04 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=2,13;DP=15;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367041,0.000186329;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.1386,169.396;QD=45.3441;RBI=0.0422901,0.000717762;REFB=0,0;REVB=-0.0210063,0.000693155;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.168668,0.000279186;OID=.,.;OPOS=22444692,22444692;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:15:15:0:0:2,13:2,13:0.133333,0.866667:0,3:2,10:0:0:0,3:2,10:0:0 chr4 22457478 . C T 632.31 PASS AF=0.460993;AO=66;DP=141;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0197659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7084;QD=17.9378;RBI=0.0348712;REFB=-0.00124389;REVB=-0.0287282;RO=75;SAF=29;SAR=37;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264393;STB=0.507822;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00102787;OID=.;OPOS=22457478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:76:66:65:0.460993:37:29:35:40:36:29:35:41 chr4 22820504 . A T 1380.78 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361384;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.239;QD=62.7628;RBI=0.0361664;REFB=0;REVB=-0.00142258;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87267e-05;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:44:43:0:0:45:43:0:0 chr4 23815522 . C T 506.98 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0126004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.19;QD=19.1314;RBI=0.0149811;REFB=-0.0287205;REVB=0.00810328;RO=52;SAF=19;SAR=34;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148971;STB=0.587682;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0212348;OID=.;OPOS=23815522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:53:53:53:0.5:34:19:27:25:34:19:28:25 chr4 23815662 . C T 286.05 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0132335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.193;QD=15.8917;RBI=0.0235241;REFB=-0.00633233;REVB=-0.0194489;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067961;STB=0.53123;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00620269;OID=.;OPOS=23815662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:15:17:18:21:15:17:19:21 chr4 23815924 . T C 1575.46 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134188;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.437;QD=64.3046;RBI=0.0387002;REFB=0;REVB=0.0362994;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118363;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:56:42:0:0:56:42:0:0 chr4 23886323 . G T 126.57 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=-0.00734114;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.839;QD=6.4905;RBI=0.00935148;REFB=-0.00230188;REVB=0.00579291;RO=59;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386594;STB=0.732606;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00462951;OID=.;OPOS=23886323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:59:19:19:0.24359:7:12:18:41:7:12:18:41 chr4 24578097 . C T 494.63 PASS AF=0.375839;AO=56;DP=149;FAO=56;FDP=149;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=-0.00307202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.541;QD=13.2786;RBI=0.0332482;REFB=-0.0168897;REVB=-0.033106;RO=93;SAF=31;SAR=25;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216113;STB=0.622154;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0211485;OID=.;OPOS=24578097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:93:93:56:56:0.375839:25:31:33:60:25:31:33:60 chr4 24802323 . G C 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00250075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.09;QD=56.9481;RBI=0.0323777;REFB=-0.0589918;REVB=0.032281;RO=1;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176666;STB=0.509429;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000367997;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:26:10:0:1:26:10:0:1 chr4 24810094 . G A 916.27 PASS AF=0.481675;AO=92;DP=191;FAO=92;FDP=191;FR=.;FRO=99;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.00202225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.36;QD=19.1888;RBI=0.0449358;REFB=-0.0314619;REVB=0.0448902;RO=99;SAF=53;SAR=39;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048475;STB=0.526748;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0372786;OID=.;OPOS=24810094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:99:99:92:92:0.481675:39:53:52:47:39:53:52:47 chr4 25001439 . T C 716.15 PASS AF=0.514706;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0260515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1463;QD=21.0631;RBI=0.0357246;REFB=-0.00669113;REVB=-0.0244453;RO=63;SAF=39;SAR=31;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056474;STB=0.527911;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00723754;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:63:66:70:70:0.514706:31:39:31:32:31:39:33:33 chr4 25005193 . G A 1771.65 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676591;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.162;QD=61.0913;RBI=0.0133281;REFB=0;REVB=-0.0114831;RO=0;SAF=67;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154189;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:115:116:1:48:67:0:0:49:67:0:0 chr4 25032135 . C T 242.94 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.010192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.779;QD=22.5992;RBI=0.0335456;REFB=-0.018077;REVB=0.0319598;RO=20;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028687;STB=0.50239;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0167672;OID=.;OPOS=25032135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:20:22:23:0.534884:6:16:14:6:7:16:14:6 chr4 25253995 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.176;QD=58.0609;RBI=0.0149637;REFB=0;REVB=-0.0145699;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68252e-05;OID=.;OPOS=25253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr4 25278988 . T C 1518.03 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0767831;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2879;QD=62.5992;RBI=0.080335;REFB=0.0436478;REVB=-0.0236235;RO=1;SAF=38;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123156;STB=0.506492;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-2.43537e-06;OID=.;OPOS=25278988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:58:38:1:0:58:38:1:0 chr4 25363901 . T A 1419.5 PASS AF=1;AO=91;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860055;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9358;QD=60.4041;RBI=0.0921011;REFB=-0.0525784;REVB=0.0329492;RO=2;SAF=31;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00318147;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:94:2:0:91:94:1:60:31:2:0:60:34:0:0 chr4 25408516 . T A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0294309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.221;QD=18.3452;RBI=0.0302503;REFB=0.00835461;REVB=0.00699314;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136077;STB=0.576838;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00785006;OID=.;OPOS=25408516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:14:4:6:11:14:4 chr4 25419283 . T C 1895.86 PASS AF=0.992188;AO=124;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262607;FXX=0.0153834;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.581;QD=59.2456;RBI=0.0410908;REFB=-0.103182;REVB=0.0316042;RO=3;SAF=60;SAR=64;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820658;STB=0.503999;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000292975;OID=.;OPOS=25419283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:128:128:3:1:124:127:0.992188:64:60:2:1:65:62:1:0 chr4 25419908 . G T 424.18 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0150695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.504;QD=15.1494;RBI=0.0159354;REFB=-0.0217458;REVB=-0.00518145;RO=63;SAF=27;SAR=21;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182149;STB=0.605917;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0282041;OID=.;OPOS=25419908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:63:64:48:48:0.428571:21:27:24:39:21:27:24:40 chr4 25678199 . A G 1023.3 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.406;QD=59.3219;RBI=0.0163454;REFB=0;REVB=-0.0137854;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2076e-05;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:26:41:0:0:26:43:0:0 chr4 25749303 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.556;QD=58.1421;RBI=0.00880803;REFB=0;REVB=-0.00545919;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82449e-05;OID=.;OPOS=25749303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr4 25915858 . C A 1525.32 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.764;QD=63.555;RBI=0.0501542;REFB=0;REVB=0.0376979;RO=0;SAF=59;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131331;OID=.;OPOS=25915858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:35:59:0:0:37:59:0:0 chr4 26274274 . T A 439.32 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00847019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1422;QD=24.7504;RBI=0.0361762;REFB=-0.0071451;REVB=-0.0351707;RO=29;SAF=16;SAR=26;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012979;STB=0.500711;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00867648;OID=.;OPOS=26274274;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:26:16:11:18:26:16:11:18 chr4 26417136 . T C 242.3 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0414353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4495;QD=14.9108;RBI=0.0502536;REFB=-0.0320474;REVB=0.0284349;RO=36;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259964;STB=0.503595;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0259367;OID=.;OPOS=26417136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:18:10:12:24:18:10:13:24 chr4 26673761 . T A,TA 3537.57 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=189,29;DP=254;FAO=238,14;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=99,4;FSAR=139,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000167352,-0.130253;FXX=0.00787371;HRUN=9,2;LEN=1,1;MLLD=31.076,21.4399;QD=56.1519;RBI=0.0447124,0.131559;REFB=0.0159162,-0.0250632;REVB=0.044712,-0.0184925;RO=32;SAF=73,12;SAR=116,17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0414417,-0.110572;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0112976,-0.0562829;OID=.,.;OPOS=26673761,26673762;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:254:252:32:0:189,29:238,14:0.944444,0.0555556:116,17:73,12:17:15:139,10:99,4:0:0 chr4 26673787 . A G 4577.08 PASS AF=0.986842;AO=298;DP=307;FAO=300;FDP=304;FR=.;FRO=4;FSAF=118;FSAR=182;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0660576;FXX=0.00977167;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.043;QD=60.2247;RBI=0.0661516;REFB=-0.149322;REVB=0.00352589;RO=3;SAF=117;SAR=181;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120693;STB=0.508333;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00023816;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:307:304:3:4:298:300:0.986842:181:117:3:0:182:118:4:0 chr4 27004011 . G A 619.93 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0499037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7435;QD=59.0404;RBI=0.0504395;REFB=-0.0365337;REVB=-0.00733278;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00704486;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:1:0:23:18:1:0 chr4 28712912 . C G 785.87 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1616;QD=64.1528;RBI=0.00986797;REFB=0;REVB=-0.0054841;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41351e-05;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:23:26:0:0 chr4 28712968 . A G 1071.04 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.61735e-06;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.203;QD=60.3405;RBI=0.0172958;REFB=0;REVB=0.0172958;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811248;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:26:44:0:0:26:45:0:0 chr4 30725696 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00208579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.811;QD=14.1699;RBI=0.0172156;REFB=0.00141525;REVB=0.0170888;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167732;STB=0.599781;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00119005;OID=.;OPOS=30725696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:4:8:8:2:4:8 chr4 30725987 . G A 331.6 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0115273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.121;QD=21.3934;RBI=0.0120263;REFB=-0.00847634;REVB=-0.00342855;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821821;STB=0.545428;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0116667;OID=.;OPOS=30725987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:18:16:16:12:18:16:16:12 chr4 31146018 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.473;QD=62.67;RBI=0.0198278;REFB=0;REVB=0.0195807;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172316;OID=.;OPOS=31146018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr4 31147272 . A C 1733.73 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00855755;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.907;QD=59.7838;RBI=0.0277996;REFB=-0.0912164;REVB=0.0264496;RO=1;SAF=63;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0074785;STB=0.503936;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-2.91166e-06;OID=.;OPOS=31147272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:1:1:115:115:0.991379:52:63:1:0:52:63:1:0 chr4 31147691 . A C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.878;QD=57.5451;RBI=0.040912;REFB=0;REVB=0.038153;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207209;OID=.;OPOS=31147691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr4 34967868 . G T 1112.41 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215358;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3781;QD=60.1302;RBI=0.0299361;REFB=0;REVB=-0.0207938;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169353;OID=.;OPOS=34967868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:29:44:0:0:29:45:0:0 chr4 36068567 . A AT 309.56 PASS AF=1;AO=5;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204062;FXX=0.0588062;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.75;QD=38.6953;RBI=0.0999436;REFB=0;REVB=0.0978382;RO=29;SAF=5;SAR=0;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.722666;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0059314;OID=.;OPOS=36068568;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:34:32:32:0:13:19:0:0:6:29:5:0:9:20 chr4 36081878 . C T 969.51 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.646;QD=58.758;RBI=0.0317167;REFB=0;REVB=0.00781445;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126945;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:29:37:0:0 chr4 36118703 . C T 378.3 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0040792;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.91;QD=16.098;RBI=0.00554054;REFB=-0.0203919;REVB=-0.00374936;RO=53;SAF=17;SAR=23;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102781;STB=0.500544;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0213809;OID=.;OPOS=36118703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:54:40:40:0.425532:23:17:22:31:23:17:23:31 chr4 36163128 . G A 396.97 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0114877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.287;QD=17.8415;RBI=0.0114934;REFB=-0.01497;REVB=0.000361343;RO=48;SAF=17;SAR=24;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083386;STB=0.546644;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0128365;OID=.;OPOS=36163128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:24:17:24:24:24:17:24:24 chr4 36258197 . T C 4001.79 PASS AF=1;AO=258;DP=259;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00573073;FXX=0.00386085;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.319;QD=62.0432;RBI=0.0252029;REFB=-0.0540177;REVB=0.0245427;RO=1;SAF=122;SAR=136;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00349254;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4405e-05;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:259:258:1:0:258:258:1:136:122:0:1:136:122:0:0 chr4 36292018 . T A 1116.71 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9578;QD=60.3626;RBI=0.0715744;REFB=0;REVB=0.071566;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462767;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr4 36345377 . G A 422.96 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0189326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.299;QD=18.3893;RBI=0.0205729;REFB=-0.00973078;REVB=0.00804989;RO=49;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154975;STB=0.508643;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0104968;OID=.;OPOS=36345377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:20:23:27:22:20:23:27:22 chr4 37445587 . T C 395.55 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0218893;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.723;QD=28.2536;RBI=0.0219042;REFB=-0.00435474;REVB=-0.000808404;RO=20;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261689;STB=0.504852;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00155901;OID=.;OPOS=37445587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:20:19:37:37:0.660714:20:17:10:10:20:17:9:10 chr4 37445885 . T C 537.67 PASS AF=0.520408;AO=49;DP=95;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00653649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1857;QD=21.9455;RBI=0.0246799;REFB=-0.0182708;REVB=0.0237986;RO=46;SAF=26;SAR=23;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838708;STB=0.549;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0169134;OID=.;OPOS=37445885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:46:47:49:51:0.520408:23:26:20:26:23:28:21:26 chr4 37446874 . C T 277.85 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00445466;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.135;QD=15.6535;RBI=0.011138;REFB=0.00593817;REVB=-0.0102084;RO=40;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105994;STB=0.559888;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00722615;OID=.;OPOS=37446874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:40:40:31:31:0.43662:13:18:19:21:13:18:19:21 chr4 37448299 . C T 494.53 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00892203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0661;QD=20.8225;RBI=0.0642479;REFB=-0.0180484;REVB=-0.0636254;RO=46;SAF=23;SAR=25;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782564;STB=0.537226;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0177585;OID=.;OPOS=37448299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:47:48:48:0.505263:25:23:18:28:25:23:19:28 chr4 37593173 . G A 194.36 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00751221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.675;QD=12.3405;RBI=0.0118594;REFB=0.00451034;REVB=0.00917671;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221455;STB=0.636253;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.004722;OID=.;OPOS=37593173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:23:24:0.380952:10:13:14:25:10:14:14:25 chr4 37612486 . T A 703.61 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.743;QD=61.1834;RBI=0.0413303;REFB=0;REVB=0.0411763;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360709;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:24:22:0:0 chr4 37612526 . G A 318.38 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0893078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5073;QD=18.1932;RBI=0.116019;REFB=0.00317311;REVB=-0.074057;RO=36;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128247;STB=0.571388;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00630764;OID=.;OPOS=37612526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:18:16:12:24:18:16:12:24 chr4 37636532 . C T 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0481828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1902;QD=16.3235;RBI=0.0590722;REFB=0.00287363;REVB=-0.0341753;RO=48;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108583;STB=0.554857;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00339724;OID=.;OPOS=37636532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:49:38:38:0.436782:20:18:28:20:20:18:28:21 chr4 37636542 . C T 380.75 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0158784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3433;QD=16.9224;RBI=0.017175;REFB=-0.0659552;REVB=-0.00654663;RO=50;SAF=18;SAR=22;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147669;STB=0.582741;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0252636;OID=.;OPOS=37636542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:22:18:30:20:22:18:30:20 chr4 37836302 . T C 733.87 PASS AF=0.395349;AO=84;DP=213;FAO=85;FDP=215;FR=.;FRO=130;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=80;FWDB=0.0137435;FXX=0.00462942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.7628;QD=13.6534;RBI=0.0305646;REFB=-0.00676102;REVB=0.0273004;RO=128;SAF=46;SAR=38;SRF=50;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16742;STB=0.593817;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00988857;OID=.;OPOS=37836302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:215:128:130:84:85:0.395349:38:46:50:78:39:46:50:80 chr4 37851856 . A C 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00260455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.147;QD=15.947;RBI=0.0180621;REFB=-0.00814107;REVB=-0.0178733;RO=47;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239696;STB=0.513506;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.010577;OID=.;OPOS=37851856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:16:20:25:22:16:20:25:22 chr4 37903756 . T C 213.97 PASS AF=0.419355;AO=15;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0443019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1157;QD=13.8048;RBI=0.0671606;REFB=-0.0203841;REVB=0.0504766;RO=33;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167377;STB=0.554414;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0299965;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:36:15:26:0.419355:4:11:20:13:14:12:20:16 chr4 37962133 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000433572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.403;QD=58.142;RBI=0.0704705;REFB=0;REVB=0.0704691;RO=0;SAF=28;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031203;OID=.;OPOS=37962133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:4:28:0:0:4:28:0:0 chr4 37962186 . G C 541.9 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141733;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7092;QD=60.2114;RBI=0.0456113;REFB=0;REVB=-0.0455892;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308151;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr4 38016372 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=0.00207502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.077;QD=13.9478;RBI=0.0109211;REFB=-0.00306449;REVB=-0.0107222;RO=26;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570515;STB=0.509793;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00459732;OID=.;OPOS=38016372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:15:2:3:23:15:2:3:24 chr4 38016395 . T G 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.00288441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.918;QD=13.7478;RBI=0.00629868;REFB=-0.0156994;REVB=0.00559943;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22015;STB=0.624896;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0214386;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:12:10:8:24:12:10:8:24 chr4 38062233 . T A 162.43 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0101186;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.555;QD=12.0318;RBI=0.0210133;REFB=0.0031408;REVB=0.0184166;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150203;STB=0.579376;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00556304;OID=.;OPOS=38062233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:34:20:20:0.37037:13:7:16:17:13:7:16:18 chr4 38138856 . G A 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.000212727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.181;QD=15.9141;RBI=0.0176616;REFB=-0.0242395;REVB=0.0176603;RO=37;SAF=10;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184052;STB=0.604095;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.028379;OID=.;OPOS=38138856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:20:10:19:18:20:10:19:18 chr4 38139024 . C T 474.62 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0198609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.519;QD=27.1212;RBI=0.053527;REFB=-0.0326624;REVB=0.0497059;RO=25;SAF=29;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126431;STB=0.577574;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0128863;OID=.;OPOS=38139024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:26:44:44:0.628571:15:29:12:13:15:29:12:14 chr4 38258908 . G T 167.12 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0528218;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8049;QD=15.193;RBI=0.0613864;REFB=-0.016925;REVB=-0.0312753;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116321;STB=0.577803;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0291624;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:26:18:18:0.409091:10:8:14:11:10:8:15:11 chr4 38259005 . T G 81.17 PASS AF=0.588235;AO=6;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00993376;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=125.519;QD=19.0981;RBI=0.0264796;REFB=-0.00855158;REVB=-0.0245456;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138347;STB=0.588064;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00660519;OID=.;OPOS=38259005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:17:6:7:6:10:0.588235:3:3:2:4:5:5:2:5 chr4 38259310 . T C 98.5 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0254013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.157;QD=14.0718;RBI=0.0401307;REFB=-0.0183749;REVB=0.0310684;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107329;STB=0.562399;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0211179;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:11:5:5:7:11:5 chr4 38774785 . A G 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00488185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.267;QD=15.782;RBI=0.0220791;REFB=-0.00307551;REVB=-0.0215326;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719429;STB=0.540866;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00410116;OID=.;OPOS=38774785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:16:13:12:11:16:13 chr4 38775040 . A G 425.41 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0403486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4061;QD=18.9071;RBI=0.0595531;REFB=-0.0136173;REVB=0.0438015;RO=47;SAF=16;SAR=27;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133472;STB=0.574433;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0176956;OID=.;OPOS=38775040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:27:16:24:23:27:16:24:23 chr4 38776070 . C T 220.92 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0636049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6852;QD=18.0346;RBI=0.0983312;REFB=0.0111225;REVB=-0.0749897;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953447;STB=0.554364;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0168819;OID=.;OPOS=38776070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:15:7:11:16:15:7:11:16 chr4 38776107 . T G 259.45 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0100834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.423;QD=31.4479;RBI=0.0101117;REFB=-0.00828519;REVB=0.000756229;RO=10;SAF=8;SAR=15;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293734;STB=0.516115;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00444354;OID=.;OPOS=38776107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:15:8:3:7:15:8:3:7 chr4 38776180 . C A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0389121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.412;QD=21.169;RBI=0.0483981;REFB=-0.0192523;REVB=-0.0287788;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0152766;OID=.;OPOS=38776180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:2:1:4:3:2:1 chr4 38776235 . A G 67.33 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00955426;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0211;QD=11.7088;RBI=0.0520444;REFB=-0.0726576;REVB=0.0511599;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167732;STB=0.618791;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0312154;OID=.;OPOS=38776235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:13:14:9:9:0.391304:5:4:8:5:5:4:9:5 chr4 38776320 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00339844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.707;QD=20.0174;RBI=0.0418156;REFB=-0.0197496;REVB=-0.0416772;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028511;STB=0.516111;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0100872;OID=.;OPOS=38776320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:10:7:8:10:10:7 chr4 38776491 . T G 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00680039;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.146;QD=19.3866;RBI=0.010057;REFB=-0.0194258;REVB=0.00740936;RO=34;SAF=14;SAR=21;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718416;STB=0.539855;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0176948;OID=.;OPOS=38776491;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:21:14:11:23:21:14:11:23 chr4 38776725 . C A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0127828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.761;QD=12.0233;RBI=0.0246885;REFB=-0.00909267;REVB=-0.0211215;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191599;STB=0.613216;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0277437;OID=.;OPOS=38776725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:12:8:7:5:12:8 chr4 38777059 . C T 371.39 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.0101475;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7137;QD=16.8815;RBI=0.0102714;REFB=-0.0121125;REVB=-0.00159042;RO=49;SAF=25;SAR=14;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342947;STB=0.691606;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0183464;OID=.;OPOS=38777059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:49:49:39:39:0.443182:14:25:14:35:14:25:14:35 chr4 38777173 . A T 458.77 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00951598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.684;QD=23.5265;RBI=0.0204425;REFB=-0.0179758;REVB=-0.0180926;RO=34;SAF=19;SAR=25;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644588;STB=0.535356;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0123086;OID=.;OPOS=38777173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:25:19:12:22:25:19:12:22 chr4 38777236 . T G 269.5 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00155188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.905;QD=18.9123;RBI=0.00884684;REFB=-0.00955157;REVB=0.00870966;RO=28;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459379;STB=0.525674;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00772463;OID=.;OPOS=38777236;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:19:10:11:17:19:10:11:17 chr4 38798515 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0122682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.961;QD=14.6976;RBI=0.025991;REFB=-0.0216111;REVB=-0.0229134;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205561;STB=0.5118;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0247986;OID=.;OPOS=38798515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:8:13:18:12:8:13:18:12 chr4 38798648 . C A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.555;QD=63.2868;RBI=0.0201488;REFB=0;REVB=-0.00359163;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36963e-05;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr4 38798935 . C T 85.81 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.098672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.819;QD=11.8353;RBI=0.098672;REFB=-0.0246658;REVB=-5.68571e-05;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281499;STB=0.516748;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0302313;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:7:11:7:4:7:11 chr4 38799710 . T C 98.44 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0656237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6699;QD=14.0635;RBI=0.0688165;REFB=-0.000212056;REVB=-0.0207181;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989856;STB=0.586802;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00204668;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:15:16:12:12:0.428571:3:9:10:5:3:9:10:6 chr4 38800323 . A G 791.94 PASS AF=0.555556;AO=72;DP=132;FAO=75;FDP=135;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00979469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.847;QD=23.4649;RBI=0.0123217;REFB=-0.02766;REVB=-0.00747588;RO=59;SAF=38;SAR=34;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542587;STB=0.52825;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0164415;OID=.;OPOS=38800323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:59:60:72:75:0.555556:34:38:35:24:36:39:35:25 chr4 38829832 . T C 107.27 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0488486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3776;QD=22.5821;RBI=0.0526097;REFB=0.0112902;REVB=0.0195343;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191823;STB=0.608516;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00797718;OID=.;OPOS=38829832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:2:5:5:7:2:5 chr4 38830012 . G C 58.55 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00659664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.801;QD=4.87892;RBI=0.0084319;REFB=-0.0001012;REVB=-0.00525178;RO=39;SAF=2;SAR=7;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316396;STB=0.713776;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000317153;OID=.;OPOS=38830012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:7:2:18:21:7:2:18:21 chr4 38830350 . A G 724.09 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0939339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7847;QD=54.6483;RBI=0.0939678;REFB=0.0297286;REVB=0.00252485;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177719;STB=0.50943;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000349615;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:26:26:0:1:26:26:0:1 chr4 38937372 . T C 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.073;QD=56.6999;RBI=0.0333744;REFB=0;REVB=0.0220545;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102545;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr4 38995374 . T C 1996.89 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0233634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.179;QD=60.5118;RBI=0.0241446;REFB=-0.0181743;REVB=0.00609214;RO=2;SAF=70;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133838;STB=0.507041;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=9.66441e-05;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:2:2:130:130:0.984848:60:70:2:0:60:70:2:0 chr4 39000305 . A G 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0284852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.661;QD=18.9662;RBI=0.0286619;REFB=-0.0239224;REVB=-0.00317819;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519593;STB=0.529385;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0263044;OID=.;OPOS=39000305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:15:10:10:12:15:10 chr4 39064162 . A C 281.49 PASS AF=0.426667;AO=30;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0130923;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9886;QD=15.0127;RBI=0.0457532;REFB=-0.0246412;REVB=0.04384;RO=38;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664655;STB=0.567176;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0105576;OID=.;OPOS=39064162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:43:30:32:0.426667:10:20:23:15:10:22:25:18 chr4 39094738 . G A 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0211035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.576;QD=19.8664;RBI=0.0346437;REFB=-0.0149125;REVB=-0.0274741;RO=34;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488821;STB=0.527141;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0148145;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:20:16:17:17:20:16:17:17 chr4 39116911 . T C 375.75 PASS AF=0.476744;AO=36;DP=81;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00967519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.243;QD=17.4766;RBI=0.0220543;REFB=-0.018507;REVB=0.0198188;RO=45;SAF=23;SAR=13;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216053;STB=0.572363;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0234141;OID=.;OPOS=39116911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:86:45:45:36:41:0.476744:13:23:19:26:18:23:19:26 chr4 39122697 . C T 221.96 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.013101;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.168;QD=14.3198;RBI=0.013189;REFB=0.00582277;REVB=0.00152097;RO=32;SAF=6;SAR=20;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066198;STB=0.557331;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00879823;OID=.;OPOS=39122697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:32:36:26:26:0.419355:20:6:9:23:20:6:11:25 chr4 39207318 . A G 379.4 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0209848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.738;QD=19.21;RBI=0.0211426;REFB=-0.00114736;REVB=-0.00257809;RO=39;SAF=24;SAR=15;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207598;STB=0.609319;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00203749;OID=.;OPOS=39207318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:39:39:0.493671:15:24:15:24:15:24:16:24 chr4 39216221 . C T 836.25 PASS AF=0.467391;AO=86;DP=184;FAO=86;FDP=184;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=-0.013705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.216;QD=18.1794;RBI=0.0618026;REFB=-0.0192049;REVB=-0.0602639;RO=95;SAF=32;SAR=54;SRF=36;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00695132;STB=0.508883;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0232239;OID=.;OPOS=39216221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:95:98:86:86:0.467391:54:32:36:59:54:32:38:60 chr4 39299266 . A G 213.47 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=0.0536307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5865;QD=16.111;RBI=0.0537301;REFB=-0.0182802;REVB=0.00326642;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345794;STB=0.697974;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.014516;OID=.;OPOS=39299266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:12:12:4:24:12:12:4:25 chr4 39302029 . T C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.0165531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.693;QD=14.2412;RBI=0.0168172;REFB=0.000343243;REVB=-0.00296878;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284378;STB=0.679103;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00205135;OID=.;OPOS=39302029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:31:22:22:0.415094:11:11:6:22:11:11:6:25 chr4 39448542 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.354;QD=52.6125;RBI=0.052439;REFB=0;REVB=-0.0436566;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121558;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr4 39450229 . C A 570.58 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.767;QD=60.0614;RBI=0.0334147;REFB=0;REVB=0.025492;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71158e-05;OID=.;OPOS=39450229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:23:15:0:0 chr4 39458051 . A G 829.21 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.141;QD=55.2804;RBI=0.0703964;REFB=-0.00977762;REVB=0.0675401;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192485;STB=0.509801;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000247126;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:34:24:1:0:34:25:1:0 chr4 39459724 . T C 1595.93 PASS AF=0.964602;AO=108;DP=114;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00379852;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.505;QD=56.4931;RBI=0.00555099;REFB=-0.0374835;REVB=-0.00404781;RO=0;SAF=72;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506758;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=9.1621e-05;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:114:113:0:4:108:109:0.964602:36:72:0:0:36:73:2:2 chr4 39460490 . C G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.396;QD=59.9373;RBI=0.0178296;REFB=0;REVB=0.0106047;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1763e-05;OID=.;OPOS=39460490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:56:45:0:0:56:45:0:0 chr4 39472842 . T A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196274;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.572;QD=53.2747;RBI=0.00891549;REFB=0;REVB=0.00869676;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42949e-05;OID=.;OPOS=39472842;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr4 39501086 . G A 851.06 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2687;QD=57.6989;RBI=0.0502368;REFB=0;REVB=0.0491568;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343797;OID=.;OPOS=39501086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr4 39921942 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.634;QD=60.2307;RBI=0.0426072;REFB=0;REVB=0.0305563;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148154;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr4 40121562 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.683;QD=58.4196;RBI=0.0355043;REFB=0;REVB=-0.0320362;RO=0;SAF=44;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08508e-05;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:19:44:0:0:19:44:0:0 chr4 40245990 . A C 132.59 PASS AF=0.736842;AO=13;DP=18;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0621918;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2868;QD=27.9142;RBI=0.0715757;REFB=-0.0568324;REVB=0.0354297;RO=5;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195689;STB=0.615197;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0216223;OID=.;OPOS=40245990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:19:5:5:13:14:0.736842:11:2:2:3:12:2:2:3 chr4 40337523 . C T 205.75 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00892291;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.769;QD=16.137;RBI=0.0152116;REFB=-0.0204373;REVB=-0.0123197;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124136;STB=0.587111;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0234618;OID=.;OPOS=40337523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:30:28:23:23:0.45098:8:15:16:14:8:15:14:14 chr4 40337908 . T C 1364.99 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.163;QD=62.0449;RBI=0.0303555;REFB=0;REVB=0.0173974;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3735e-05;OID=.;OPOS=40337908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:47:39:0:0:49:39:0:0 chr4 40337944 . C T 334.18 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0141784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0011;QD=16.7091;RBI=0.0248337;REFB=0.00310875;REVB=-0.0203884;RO=44;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16;STB=0.589606;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00389184;OID=.;OPOS=40337944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:17:19:16:28:17:19:16:28 chr4 40356422 . A G 453.78 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.603;QD=55.0041;RBI=0.0205692;REFB=-0.0632847;REVB=-0.00439595;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000864122;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:1:0:18:14:1:0 chr4 40428010 . T C 1994.84 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295771;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.107;QD=62.3388;RBI=0.039023;REFB=0;REVB=0.0254556;RO=0;SAF=53;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141287;OID=.;OPOS=40428010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:75:53:0:0:75:53:0:0 chr4 40438576 . A G 450.0 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0160333;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.999;QD=15.6523;RBI=0.01691;REFB=-0.00399077;REVB=0.00537404;RO=64;SAF=15;SAR=35;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330021;STB=0.660712;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00519707;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:64:65:50:50:0.434783:35:15:40:24:34:16:39:26 chr4 40440215 . T C 395.83 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00708097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.994;QD=20.2992;RBI=0.00715647;REFB=-0.0246725;REVB=0.00103677;RO=38;SAF=20;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462608;STB=0.525628;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0215088;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:20:20:17:21:20:20:17:21 chr4 40778146 . C T 1171.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.72;QD=60.8611;RBI=0.0349541;REFB=0;REVB=0.0302417;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9579e-05;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:34:42:0:0:34:43:0:0 chr4 40778162 . T G 953.89 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0387304;FXX=0.0285673;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.989;QD=56.1114;RBI=0.0515857;REFB=-0.199928;REVB=0.0340741;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136944;STB=0.514281;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000811795;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:68:1:2:66:66:0.970588:32:34:1:0:32:34:2:0 chr4 40778256 . T C 67.94 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0306244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6789;QD=5.54581;RBI=0.0720334;REFB=-0.0061492;REVB=-0.0651994;RO=39;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320811;STB=0.708089;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0206499;OID=.;OPOS=40778256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:49:49:39:39:10:10:0.204082:7:3:22:17:7:3:22:17 chr4 40810747 . A G 817.96 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.695;QD=57.4003;RBI=0.00763366;REFB=0;REVB=-0.00642328;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84211e-06;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:28:29:0:0 chr4 41015823 . G T 398.4 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=45;FWDB=0.000247054;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.296;QD=15.323;RBI=0.0158057;REFB=-0.0142825;REVB=-0.0158038;RO=58;SAF=18;SAR=27;SRF=14;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17363;STB=0.599959;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0184048;OID=.;OPOS=41015823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:59:45:45:0.432692:27:18:14:44:27:18:14:45 chr4 41015899 . C T 358.68 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0104449;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.863;QD=17.4967;RBI=0.0138707;REFB=-0.0246701;REVB=-0.00912692;RO=44;SAF=14;SAR=23;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138025;STB=0.584103;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.024059;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:44:44:37:38:0.463415:23:14:11:33:23:15:11:33 chr4 41016484 . T C 150.5 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00675344;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.414;QD=19.4192;RBI=0.0226878;REFB=-0.0142016;REVB=-0.0216593;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802345;STB=0.521712;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0150727;OID=.;OPOS=41016484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:13:15:15:16:0.516129:9:6:4:9:10:6:5:10 chr4 41258970 . A G 429.97 PASS AF=0.453608;AO=42;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0147463;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.008;QD=17.7306;RBI=0.0445546;REFB=-0.0296786;REVB=-0.0420436;RO=50;SAF=18;SAR=24;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127681;STB=0.563087;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0547602;OID=.;OPOS=41258970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:50:53:42:44:0.453608:24:18:28:22:25:19:29:24 chr4 41258978 . C T 319.26 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0168428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.563;QD=12.1624;RBI=0.0400763;REFB=-0.00939006;REVB=-0.0363652;RO=60;SAF=21;SAR=18;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411207;STB=0.533707;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0134836;OID=.;OPOS=41258978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:66:39:39:0.371429:18:21:30:30:18:21:32:34 chr4 41259633 . C A 176.38 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00200178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4771;QD=20.7504;RBI=0.0796771;REFB=-0.0363712;REVB=0.0796519;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292706;STB=0.640877;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0618371;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:14:16:17:18:0.529412:7:10:3:11:8:10:4:12 chr4 41526503 . C T 554.15 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0089098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5425;QD=16.7925;RBI=0.0299419;REFB=-0.00373825;REVB=-0.0285855;RO=73;SAF=29;SAR=30;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00161192;STB=0.500899;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00281136;OID=.;OPOS=41526503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:73:59:59:0.44697:30:29:36:37:30:29:36:37 chr4 41628818 . A G 365.85 PASS AF=0.401869;AO=44;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0168034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.875;QD=13.6767;RBI=0.0201027;REFB=-0.0137159;REVB=-0.0110346;RO=63;SAF=20;SAR=24;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227068;STB=0.502182;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0175642;OID=.;OPOS=41628818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:64:44:43:0.401869:24:20:30:33:23:20:30:34 chr4 41631718 . C T 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.078908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.152;QD=17.7909;RBI=0.0816784;REFB=-0.000393597;REVB=-0.0210923;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198154;STB=0.610708;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-8.74583e-05;OID=.;OPOS=41631718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:13:18:12:21:13:18:12:21 chr4 41633322 . C A 659.99 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=112;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00718276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.566;QD=23.3625;RBI=0.0209819;REFB=-0.0457325;REVB=0.0197142;RO=48;SAF=23;SAR=41;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307526;STB=0.51326;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0383322;OID=.;OPOS=41633322;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:48:49:64:64:0.566372:41:23:19:29:41:23:19:30 chr4 41673554 . C CT,T 47.07 PASS AF=0.186047,0;AO=31,10;DP=130;FAO=24,0;FDP=129;FR=.;FRO=105;FSAF=6,0;FSAR=18,0;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=-0.0449869,0.00355942;FXX=0.015266;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=9.64465,201.344;QD=1.45966;RBI=0.181058,0.0115667;REFB=-0.0549035,-0.00050581;REVB=-0.17538,-0.0110054;RO=80;SAF=7,1;SAR=24,9;SRF=40;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.359119,-0.50251;STB=0.639875,0.5;STBP=0.164,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0499303,0;OID=.,.;OPOS=41673555,41673554;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:130:129:80:105:31,10:24,0:0.186047,0:24,9:7,1:40:40:18,0:6,0:42:63 chr4 41749668 . C T 799.26 PASS AF=0.524138;AO=76;DP=145;FAO=76;FDP=145;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.034714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.806;QD=22.0485;RBI=0.0356523;REFB=-0.0178586;REVB=-0.00812561;RO=67;SAF=46;SAR=30;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185911;STB=0.595308;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.020889;OID=.;OPOS=41749668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:67:69:76:76:0.524138:30:46:26:41:30:46:28:41 chr4 41984118 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.038;QD=57.1774;RBI=0.0144022;REFB=0;REVB=-0.00556926;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12729e-05;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr4 41985101 . A G 3723.88 PASS AF=1;AO=235;DP=235;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.269;QD=63.3852;RBI=0.0569987;REFB=0;REVB=0.0377578;RO=0;SAF=93;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21061e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103914;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:235:0:0:235:235:1:142:93:0:0:142:93:0:0 chr4 41985478 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.126;QD=57.884;RBI=0.0374229;REFB=0;REVB=0.0236206;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117323;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr4 41985688 . TC T,TT 1217.47 PASS AF=0.0493827,0.950617;AO=20,59;DP=82;FAO=4,77;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=4,33;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.127895,0.16885;FXX=0.0121936;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.9392,46.0289;QD=60.1218;RBI=0.183803,0.173334;REFB=0,0;REVB=-0.132009,-0.0391704;RO=0;SAF=20,15;SAR=0,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0180559,0.00331727;OID=.,.;OPOS=41985689,41985689;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0493827,0.950617:20,59:82:4,77:81:0:4,33:0,44:0:0:7:0:20,15:0,44:0:0 chr4 41986857 . A G 1550.98 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330674;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4307;QD=63.9579;RBI=0.047009;REFB=0;REVB=0.0334126;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271638;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr4 41987892 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.618;QD=57.5453;RBI=0.0215209;REFB=0;REVB=0.0179128;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27832e-05;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr4 41988385 . TACACAG TACA,TACAG 648.93 PASS AF=0,1;AO=5,35;DP=43;FAO=0,43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00995749,-0.00186373;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=137.553,138.334;QD=60.3658;RBI=0.0259446,0.0040737;REFB=0,0;REVB=-0.0239577,-0.00362237;RO=0;SAF=1,16;SAR=4,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.1382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.000531894;OID=.,.;OPOS=41988389,41988386;OREF=CAG,AC;OALT=-,-;OMAPALT=TACA,TACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,35:43:0,43:43:0:0,18:0,25:0:0:4:0:1,16:4,19:0:0 chr4 41992677 . C G 4329.77 PASS AF=0.979661;AO=281;DP=295;FAO=289;FDP=295;FR=.;FRO=6;FSAF=153;FSAR=136;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0687299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7965;QD=58.7088;RBI=0.0689337;REFB=-0.219948;REVB=0.00529746;RO=2;SAF=145;SAR=136;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653138;STB=0.504;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00346377;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:295:295:2:6:281:289:0.979661:136:145:2:0:136:153:2:4 chr4 42003671 . A G 1011.92 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00300829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.939;QD=57.8237;RBI=0.0120577;REFB=0.0803379;REVB=0.0116764;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133153;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=1.52155e-05;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:34:35:1:0:34:35:1:0 chr4 42020142 . A G 1787.55 PASS AF=0.967742;AO=119;DP=124;FAO=120;FDP=124;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0323772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4227;QD=57.6629;RBI=0.0325624;REFB=-0.116382;REVB=0.00346783;RO=1;SAF=60;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785093;STB=0.500269;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00212892;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:124:124:1:4:119:120:0.967742:59:60:1:0:59:61:2:2 chr4 42022464 . C A 979.21 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180828;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.806;QD=59.3463;RBI=0.0211069;REFB=0;REVB=0.0108865;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02187e-05;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr4 42400112 . G T 325.81 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0338253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66;QD=29.619;RBI=0.0675407;REFB=-0.0257836;REVB=0.0584602;RO=16;SAF=19;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678736;STB=0.503729;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00860118;OID=.;OPOS=42400112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:9:19:11:5:9:19:11:5 chr4 42414273 . A G 350.87 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00242839;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.269;QD=16.5117;RBI=0.0203798;REFB=0.00309171;REVB=0.0202346;RO=41;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755153;STB=0.538441;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.000903046;OID=.;OPOS=42414273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:41:48:37:37:0.435294:21:16:21:20:21:16:24:24 chr4 42895308 . G A 497.54 PASS AF=0.429688;AO=54;DP=127;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00298605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.609;QD=15.5482;RBI=0.00610861;REFB=-0.0149082;REVB=0.00532903;RO=72;SAF=22;SAR=32;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00489238;STB=0.501628;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0187758;OID=.;OPOS=42895308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:72:73:54:55:0.429688:32:22:29:43:33:22:29:44 chr4 42895423 . C T 718.83 PASS AF=0.586207;AO=68;DP=114;FAO=68;FDP=116;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0230383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3545;QD=24.7873;RBI=0.064186;REFB=-0.0129486;REVB=-0.0599089;RO=46;SAF=24;SAR=44;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131043;STB=0.564083;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00954231;OID=.;OPOS=42895423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:46:48:68:68:0.586207:44:24:24:22:44:24:24:24 chr4 44626641 . A G 546.84 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0277737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.525;QD=53.3504;RBI=0.0287971;REFB=0.0158306;REVB=0.00760912;RO=3;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264297;STB=0.514131;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.000845791;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:18:20:1:2:18:20:1:2 chr4 44704757 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.497;QD=61.0492;RBI=0.029819;REFB=0;REVB=0.00156707;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57808e-05;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:41:36:0:0:42:36:0:0 chr4 46086060 . T C 738.72 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.599;QD=56.8244;RBI=0.0343933;REFB=0;REVB=0.030148;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241356;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240291;OID=.;OPOS=46086060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:32:19:1:0:32:20:0:0 chr4 46314593 . T C 1492.48 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000655314;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.467;QD=58.5287;RBI=0.00108069;REFB=0.0102893;REVB=0.000859335;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.505881;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=6.06208e-07;OID=.;OPOS=46314593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:0:1:100:101:0.990196:59:41:0:0:59:42:1:0 chr4 46334702 . A G 908.02 PASS AF=0.970149;AO=63;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0266061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3941;QD=54.2099;RBI=0.0528902;REFB=-0.0412645;REVB=0.0457109;RO=3;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367596;STB=0.512817;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0044796;OID=.;OPOS=46334702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:3:2:63:65:0.970149:37:26:0:3:38:27:0:2 chr4 46928746 . A T 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0120695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.864;QD=17.559;RBI=0.0125607;REFB=0.00670294;REVB=0.00347862;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845838;STB=0.548333;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.015531;OID=.;OPOS=46928746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:10:11:11:7:10:11 chr4 46928834 . C T 391.79 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00234518;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.583;QD=22.0725;RBI=0.00998082;REFB=1.04738e-06;REVB=-0.00970139;RO=31;SAF=21;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439577;STB=0.531437;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.000303456;OID=.;OPOS=46928834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:31:32:39:39:0.549296:18:21:15:16:18:21:15:17 chr4 46995366 . G T 349.87 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0217525;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5786;QD=19.7108;RBI=0.031879;REFB=-0.0694237;REVB=0.0233044;RO=34;SAF=24;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204485;STB=0.607782;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0559664;OID=.;OPOS=46995366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:35:36:36:0.507042:12:24:15:19:12:24:16:19 chr4 47034626 . C G 361.34 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0129531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.917;QD=19.0177;RBI=0.0591311;REFB=-0.0370087;REVB=0.057695;RO=38;SAF=13;SAR=25;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172376;STB=0.596046;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.045418;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:25:13:20:18:25:13:20:18 chr4 47322190 . T C 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00057604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6845;QD=57.8244;RBI=0.0204923;REFB=0.00224811;REVB=0.0204842;RO=1;SAF=28;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164445;STB=0.508767;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000214181;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:10:28:1:0:10:28:1:0 chr4 47578971 . G A 692.84 PASS AF=0.511111;AO=67;DP=133;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00179008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.116;QD=20.5286;RBI=0.00241026;REFB=-0.0101949;REVB=-0.001614;RO=65;SAF=25;SAR=42;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191084;STB=0.606268;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00866565;OID=.;OPOS=47578971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:65:66:67:69:0.511111:42:25:38:27:44:25:38:28 chr4 47584046 . G A 2255.08 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.984;QD=63.5233;RBI=0.0117276;REFB=0;REVB=0.00747876;RO=0;SAF=59;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76751e-05;OID=.;OPOS=47584046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:83:59:0:0:83:59:0:0 chr4 47589203 . G A 427.56 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=0.0208798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.973;QD=16.9331;RBI=0.0208846;REFB=-0.00997725;REVB=0.00044926;RO=54;SAF=21;SAR=25;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197282;STB=0.602607;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00826058;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:54:55:46:46:0.455446:25:21:14:40:25:21:15:40 chr4 47597654 . C G 380.25 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0348733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.739;QD=24.9344;RBI=0.0562152;REFB=-0.0290436;REVB=-0.0440908;RO=24;SAF=25;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135877;STB=0.574671;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0158086;OID=.;OPOS=47597654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:12:25:12:12:12:25:12:12 chr4 47667064 . T C 877.77 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455378;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0476;QD=57.5584;RBI=0.070743;REFB=0;REVB=0.0541377;RO=0;SAF=45;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528047;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:16:45:0:0:16:45:0:0 chr4 47936972 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.997;QD=40.7629;RBI=0.043834;REFB=0;REVB=-0.0307115;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7747e-06;OID=.;OPOS=47936972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr4 47945455 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.917;QD=43.486;RBI=0.0371022;REFB=0;REVB=0.0367608;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645554;OID=.;OPOS=47945455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr4 48037926 . A G 472.15 PASS AF=0.49;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0180544;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.296;QD=18.8861;RBI=0.0189675;REFB=-0.00961877;REVB=0.00581401;RO=51;SAF=25;SAR=24;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035742;STB=0.519812;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00952718;OID=.;OPOS=48037926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:51:51:49:49:0.49:24:25:28:23:24:25:28:23 chr4 48170669 . A G 854.03 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.4813e-05;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.532;QD=57.9005;RBI=0.0146655;REFB=0;REVB=0.0146655;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09553e-05;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:26:33:0:0 chr4 48172266 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.636;QD=56.9563;RBI=0.0320416;REFB=0;REVB=-0.0317747;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32124e-05;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr4 48426066 . A T 341.82 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0306974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6779;QD=15.8986;RBI=0.0313563;REFB=-0.0329187;REVB=-0.00639442;RO=47;SAF=13;SAR=24;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100406;STB=0.55885;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0164999;OID=.;OPOS=48426066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:47:49:37:37:0.430233:24:13:21:26:24:13:22:27 chr4 48492434 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.051;QD=35.5759;RBI=0.0391573;REFB=0;REVB=0.0391573;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200339;OID=.;OPOS=48492434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr4 48582909 . G A 163.33 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.040864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.268;QD=9.3333;RBI=0.0419358;REFB=-0.00273557;REVB=-0.0094207;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223656;STB=0.509425;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00782844;OID=.;OPOS=48582909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:30:48:22:22:0.314286:9:13:11:19:9:13:29:19 chr4 48588742 . C T 227.11 PASS AF=0.48;AO=25;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0074758;FXX=0.019604;HRUN=6;LEN=1;MLLD=325.877;QD=18.1689;RBI=0.00864968;REFB=-0.00691999;REVB=-0.0043508;RO=26;SAF=7;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714957;STB=0.562445;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0067267;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:26:25:24:0.48:18:7:9:17:18:6:9:17 chr4 48625212 . AC A,AA 845.97 PASS AF=0.683333,0.316667;AO=28,24;DP=52;FAO=41,19;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17,7;FSAR=24,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283743,0.0295606;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=269.685,268.832;QD=56.3981;RBI=0.0285846,0.0297276;REFB=0,0;REVB=0.00346088,0.00314649;RO=0;SAF=12,8;SAR=16,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0109632,0.01289;OID=.,.;OPOS=48625213,48625213;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.683333,0.316667:28,24:52:41,19:60:0:17,7:24,12:0:0:35:0:12,8:16,16:0:0 chr4 52714354 . A ATTTC,C 770.41 PASS AF=0.92,0.08;AO=40,4;DP=51;FAO=46,4;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22,4;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126828,-1.83482e-05;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=216.69,127.538;QD=61.6324;RBI=0.0249886,0.0108509;REFB=0,0;REVB=-0.0215308,-0.0108509;RO=6;SAF=21,4;SAR=19,0;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0870223,0.776095;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00148632,0.0562199;OID=.,.;OPOS=52714355,52714354;OREF=-,A;OALT=TTTC,C;OMAPALT=ATTTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:51:50:6:0:40,4:46,4:0.92,0.08:19,0:21,4:1:5:24,0:22,4:0:0 chr4 52714355 . T TTTC 35.15 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=57;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00138852;FXX=0.117624;HRUN=5;LEN=3;MLLD=260.276;QD=3.12435;RBI=0.0100603;REFB=-0.000422138;REVB=0.00996405;RO=51;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385329;STB=0.812865;STBP=0.152;TYPE=ins;VARB=0.0040181;OID=.;OPOS=52714356;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133333:6:57:6:45:39:1:5:20:19:35:51:1:5:25:26 chr4 52752812 . A T 1666.1 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.036;QD=58.4598;RBI=0.0276754;REFB=-0.16088;REVB=0.0251175;RO=2;SAF=34;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771006;STB=0.504061;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000389889;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:78:34:1:1:78:34:1:1 chr4 52780048 . G C 2338.0 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235621;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2785;QD=63.1891;RBI=0.0240658;REFB=0.0111098;REVB=0.00489777;RO=1;SAF=67;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704566;STB=0.503703;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=1.46299e-05;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:80:67:1:0:80:67:1:0 chr4 52938243 . T C 267.72 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0517895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.547;QD=16.2251;RBI=0.0551551;REFB=-0.0219335;REVB=0.0189719;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023111;STB=0.506156;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0358673;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:17:13:16:19:17:13:16:20 chr4 53361058 . G C 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0322103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5612;QD=25.3616;RBI=0.0404481;REFB=-0.0261227;REVB=0.0244653;RO=8;SAF=12;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151007;STB=0.585242;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.018692;OID=.;OPOS=53361058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:3:12:5:3:3:12:5:3 chr4 53652758 . A T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00370535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.743;QD=18.1541;RBI=0.0108179;REFB=-0.00382749;REVB=0.0101635;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347428;STB=0.519732;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00478224;OID=.;OPOS=53652758;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:11:14:11:10:11:14 chr4 53729429 . G A 272.32 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.00244263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.605;QD=12.5203;RBI=0.0245422;REFB=-0.00772729;REVB=-0.0244203;RO=54;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26025;STB=0.64262;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00991762;OID=.;OPOS=53729429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:55:32:32:0.367816:13:19:19:35:13:19:20:35 chr4 53732943 . T A 236.06 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00452526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.986;QD=19.2704;RBI=0.020215;REFB=-0.00582351;REVB=0.019702;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157279;STB=0.508889;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00461097;OID=.;OPOS=53732943;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:14:12:11:12:14:12 chr4 54011526 . A G 662.87 PASS AF=0.406593;AO=74;DP=182;FAO=74;FDP=182;FR=.;FRO=108;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=0.000758049;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.448;QD=14.5685;RBI=0.0169194;REFB=-0.0145963;REVB=0.0169025;RO=108;SAF=43;SAR=31;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134849;STB=0.575701;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0152671;OID=.;OPOS=54011526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:108:108:74:74:0.406593:31:43:49:59:31:43:49:59 chr4 54011603 . C T 978.03 PASS AF=0.5;AO=95;DP=192;FAO=96;FDP=192;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.0217131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.173;QD=20.3757;RBI=0.0272388;REFB=-0.00901373;REVB=-0.0164468;RO=95;SAF=37;SAR=58;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145503;STB=0.578965;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00812006;OID=.;OPOS=54011603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:95:96:95:96:0.5:58:37:52:43:58:38:53:43 chr4 54232110 . G A 357.0 PASS AF=0.5;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0116008;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.985;QD=21.6364;RBI=0.0154441;REFB=-0.0294944;REVB=-0.0101951;RO=21;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167613;STB=0.59569;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0134908;OID=.;OPOS=54232110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:21:24:32:33:0.5:13:19:17:4:14:19:19:5 chr4 54310281 . T G 441.95 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0247017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.719;QD=23.8892;RBI=0.0393994;REFB=-0.0384358;REVB=-0.0306943;RO=29;SAF=17;SAR=26;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141426;STB=0.503619;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0265462;OID=.;OPOS=54310281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:29:31:43:43:0.581081:26:17:12:17:26:17:12:19 chr4 54352468 . GC G 135.45 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0549391;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.016;QD=11.2878;RBI=0.0615021;REFB=-0.017426;REVB=0.0276443;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148012;STB=0.592524;STBP=0.164;TYPE=del;VARB=0.0654601;OID=.;OPOS=54352469;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:27:48:27:48:21:16:11:8:13:74:18:16:11:7:11 chr4 54966667 . C T 1176.89 PASS AF=0.901099;AO=82;DP=91;FAO=82;FDP=91;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=68;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0359732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.621;QD=51.7316;RBI=0.0366186;REFB=-0.157949;REVB=0.00684504;RO=3;SAF=14;SAR=68;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912711;STB=0.621588;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0032147;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:91:91:3:9:82:82:0.901099:68:14:3:0:68:14:9:0 chr4 54966830 . G A 579.56 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.856;QD=59.4419;RBI=0.0320324;REFB=0;REVB=-0.0267082;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198879;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:14:24:0:0:14:25:0:0 chr4 54966919 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.255;QD=44.6894;RBI=0.0662021;REFB=0;REVB=-0.0239068;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408958;OID=.;OPOS=54966919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr4 55013580 . T C 268.07 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0185792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.527;QD=16.4965;RBI=0.0229497;REFB=-0.00643815;REVB=0.0134722;RO=34;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13015;STB=0.566515;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0077117;OID=.;OPOS=55013580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:35:30:30:0.461538:19:11:17:17:19:11:17:18 chr4 55130078 . T C 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0259759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.452;QD=11.2961;RBI=0.026884;REFB=0.0028028;REVB=0.00692838;RO=34;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457145;STB=0.765982;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00615892;OID=.;OPOS=55130078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:5:13:10:24:5:13:10:24 chr4 55133726 . T G 318.01 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0105225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6777;QD=18.1718;RBI=0.0435706;REFB=-0.0138541;REVB=-0.0422809;RO=36;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05001;STB=0.527902;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0142811;OID=.;OPOS=55133726;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:18:16:15:21:18:16:15:21 chr4 55139771 . T C 589.82 PASS AF=0.530973;AO=57;DP=110;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00496607;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.561;QD=20.8786;RBI=0.00563891;REFB=-0.009053;REVB=-0.00267122;RO=51;SAF=29;SAR=28;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327639;STB=0.521078;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00730246;OID=.;OPOS=55139771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:51:53:57:60:0.530973:28:29:24:27:29:31:25:28 chr4 55141055 . A G 2303.72 PASS AF=0.993464;AO=117;DP=154;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146683;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.63;QD=60.2279;RBI=0.0256649;REFB=-0.103675;REVB=0.0210601;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503448;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=7.44555e-05;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:153:0:1:117:152:0.993464:63:54:0:0:80:72:1:0 chr4 55143577 . G A 754.33 PASS AF=0.416667;AO=85;DP=205;FAO=85;FDP=204;FR=.;FRO=119;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=77;FWDB=0.00180142;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.296;QD=14.7907;RBI=0.00359937;REFB=-0.00768934;REVB=0.00311614;RO=116;SAF=46;SAR=39;SRF=42;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183671;STB=0.608552;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00850422;OID=.;OPOS=55143577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:116:119:85:85:0.416667:39:46:42:74:39:46:42:77 chr4 55152040 . C T 629.25 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0119981;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2818;QD=20.8016;RBI=0.0166999;REFB=0.0253232;REVB=0.0116161;RO=57;SAF=31;SAR=32;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000722028;STB=0.504461;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0235295;OID=.;OPOS=55152040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:57:58:63:63:0.520661:32:31:28:29:32:31:28:30 chr4 55161391 . T C 2550.99 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131311;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.31;QD=61.8421;RBI=0.0332668;REFB=0;REVB=0.0305656;RO=0;SAF=73;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55196e-05;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:92:73:0:0:92:73:0:0 chr4 55161517 . A G 3184.56 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.402;QD=61.8362;RBI=0.0111606;REFB=0;REVB=0.00968542;RO=0;SAF=76;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08553e-06;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:204:206:0:0:204:206:1:128:76:0:0:130:76:0:0 chr4 55593464 . A C 405.65 PASS AF=0.546667;AO=40;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0193704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.876;QD=21.6348;RBI=0.0211163;REFB=-0.0137176;REVB=0.00840752;RO=33;SAF=14;SAR=26;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122275;STB=0.508021;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0135915;OID=.;OPOS=55593464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:34:40:41:0.546667:26:14:12:21:26:15:13:21 chr4 55599436 . T C 317.76 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0226578;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.0666;QD=15.3139;RBI=0.0376532;REFB=-0.000168502;REVB=-0.030073;RO=47;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623064;STB=0.5296;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00172211;OID=.;OPOS=55599436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:48:35:35:0.421687:20:15:23:24:20:15:23:25 chr4 55602765 . G C 484.06 PASS AF=0.412214;AO=53;DP=131;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0139612;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4996;QD=14.7804;RBI=0.024749;REFB=0.000172894;REVB=-0.0204352;RO=75;SAF=28;SAR=25;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332034;STB=0.531203;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.000627037;OID=.;OPOS=55602765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:75:77:53:54:0.412214:25:28:42:33:26:28:44:33 chr4 55606427 . G T 1006.16 PASS AF=0.502463;AO=102;DP=205;FAO=102;FDP=203;FR=.;FRO=101;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=68;FWDB=0.00262506;FXX=0.0145624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.656;QD=19.8258;RBI=0.00305911;REFB=0.0062268;REVB=-0.00157075;RO=103;SAF=52;SAR=50;SRF=35;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155287;STB=0.590778;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00727885;OID=.;OPOS=55606427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:203:103:101:102:102:0.502463:50:52:35:68:50:52:33:68 chr4 55930179 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0172744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.277;QD=21.1691;RBI=0.0418148;REFB=0.00268542;REVB=-0.0380798;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00111243;OID=.;OPOS=55930179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:1:2:3:4:1:2 chr4 55946081 . A G 1681.88 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.615;QD=60.067;RBI=0.023048;REFB=0;REVB=0.022996;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3414e-05;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:49:60:0:0:50:62:0:0 chr4 55972974 . T A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.317;QD=56.9567;RBI=0.0341712;REFB=0;REVB=0.0337862;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124075;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr4 55981531 . C T 564.67 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=-0.0456986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.139;QD=19.8131;RBI=0.060918;REFB=0.000997324;REVB=-0.0402821;RO=56;SAF=16;SAR=42;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896354;STB=0.504941;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00161971;OID=.;OPOS=55981531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:56:58:58:0.508772:42:16:15:41:42:16:15:41 chr4 56291620 . CAA C 351.83 PASS AF=0.406897;AO=56;DP=146;FAO=59;FDP=145;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.0175067;FXX=0.0460496;HRUN=2;LEN=2;MLLD=99.9569;QD=9.70555;RBI=0.0177144;REFB=-0.00266064;REVB=0.0027049;RO=85;SAF=29;SAR=27;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379065;STB=0.508769;STBP=0.876;TYPE=del;VARB=0.00599532;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406897:56:146:59:145:86:29:30:41:45:99:85:29:27:41:44 chr4 56300685 . C T 257.73 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00118722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.799;QD=23.43;RBI=0.0122435;REFB=-0.0131134;REVB=-0.0121858;RO=20;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340521;STB=0.518996;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00720828;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:11:13:10:10:11:13:10:10 chr4 56301049 . G GA 346.69 PASS AF=0.607143;AO=41;DP=85;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0175563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.8474;QD=16.509;RBI=0.0398071;REFB=-0.00811099;REVB=0.0357265;RO=42;SAF=26;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147834;STB=0.529316;STBP=0.528;TYPE=ins;VARB=0.0112136;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.607143:41:85:51:84:33:30:21:17:16:99:42:26:15:20:22 chr4 56306111 . G A 466.4 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0169403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.026;QD=19.8468;RBI=0.0232667;REFB=-0.0278456;REVB=-0.0159489;RO=48;SAF=13;SAR=33;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273982;STB=0.652749;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0226382;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:33:13:27:21:33:13:27:21 chr4 56309992 . A G 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0358448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.46;QD=16.6183;RBI=0.0370248;REFB=-0.00341769;REVB=-0.00927267;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774274;STB=0.543822;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00305475;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:13:10:10:18:13:10:10:18 chr4 56318462 . G A 205.0 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0103349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4161;QD=15.7694;RBI=0.0240241;REFB=-0.0149698;REVB=0.0216875;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180829;STB=0.602561;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.025208;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:10:13:11:18:10:13:11:18 chr4 56367796 . T G 181.59 PASS AF=0.463415;AO=15;DP=37;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0180943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.103;QD=17.7157;RBI=0.0258426;REFB=-0.0285647;REVB=0.0184509;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178309;STB=0.556761;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0332278;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:41:21:22:15:19:0.463415:9:6:5:16:12:7:6:16 chr4 56835309 . T C 1087.41 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940948;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.965;QD=60.4116;RBI=0.0388578;REFB=0;REVB=0.0377013;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112533;OID=.;OPOS=56835309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr4 56963592 . G A 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.000174314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.618;QD=18.3452;RBI=0.00414005;REFB=-0.0122024;REVB=0.00413638;RO=46;SAF=10;SAR=31;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146802;STB=0.582421;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0126285;OID=.;OPOS=56963592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:31:10:17:29:31:10:17:29 chr4 57154737 . T C 329.21 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0180784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.167;QD=18.5471;RBI=0.0180785;REFB=-0.0323151;REVB=-5.6028e-05;RO=35;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519083;STB=0.536564;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0538201;OID=.;OPOS=57154737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:15:20:18:17:15:20:18:18 chr4 57180563 . G C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0175418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.052;QD=19.6681;RBI=0.0332277;REFB=-0.0477985;REVB=0.02822;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809967;STB=0.563695;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0279241;OID=.;OPOS=57180563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:19:19:19:0.5:13:6:4:13:13:6:4:15 chr4 57181629 . C T 493.37 PASS AF=0.404412;AO=55;DP=136;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=57;FWDB=0.000902651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.065;QD=14.5109;RBI=0.00766244;REFB=-0.00780669;REVB=0.00760909;RO=79;SAF=26;SAR=29;SRF=23;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194319;STB=0.606583;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00465043;OID=.;OPOS=57181629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:81:55:55:0.404412:29:26:23:56:29:26:24:57 chr4 57181632 . G C 515.05 PASS AF=0.448529;AO=58;DP=132;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=52;FWDB=0.056572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.142;QD=15.1484;RBI=0.0662192;REFB=-0.0351662;REVB=0.0344178;RO=72;SAF=25;SAR=33;SRF=22;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130039;STB=0.5773;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0779005;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:136:72:75:58:61:0.448529:33:25:22:50:34:27:23:52 chr4 57181995 . C T 382.09 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.0100243;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6623;QD=16.9816;RBI=0.0290056;REFB=0.00900633;REVB=0.0272184;RO=50;SAF=6;SAR=34;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233315;STB=0.632903;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0109215;OID=.;OPOS=57181995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:50:50:40:40:0.444444:34:6:15:35:34:6:15:35 chr4 57182647 . G A 330.36 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00690508;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.708;QD=18.102;RBI=0.0300358;REFB=-0.0305769;REVB=0.0292314;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088478;STB=0.547499;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0308189;OID=.;OPOS=57182647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:36:38:35:35:0.479452:17:18:22:14:17:18:23:15 chr4 57182758 . C T 595.33 PASS AF=0.551402;AO=58;DP=106;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0338993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.002;QD=22.2551;RBI=0.042078;REFB=-0.0453811;REVB=0.0249277;RO=48;SAF=23;SAR=35;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104539;STB=0.551962;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0350436;OID=.;OPOS=57182758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:48:48:58:59:0.551402:35:23:25:23:35:24:25:23 chr4 57194329 . G T 465.5 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0802277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1499;QD=17.7335;RBI=0.0875227;REFB=0.0236206;REVB=-0.0349821;RO=54;SAF=15;SAR=35;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131417;STB=0.579585;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0483345;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:54:55:50:50:0.47619:35:15:23:31:35:15:24:31 chr4 57196155 . C T 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0084224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.083;QD=17.4229;RBI=0.0517488;REFB=-0.0163582;REVB=-0.0510588;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197191;STB=0.615546;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0219953;OID=.;OPOS=57196155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:15:16:24:9:15:16:25:9 chr4 57197400 . CTT CTC,C 1134.49 PASS AF=0.645833,0.284722;AO=23,22;DP=153;FAO=93,41;FDP=144;FR=.;FRO=10;FSAF=51,21;FSAR=42,20;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0276065,0.0839489;FXX=0.0827973;HRUN=13,13;LEN=1,2;MLLD=184.803,4.70763;QD=31.5135;RBI=0.159751,0.466376;REFB=-0.0428371,-0.172095;REVB=-0.157348,-0.458759;RO=10;SAF=20,6;SAR=3,16;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.17456,-0.263654;STB=0.524224,0.541527;STBP=0.171,0.256;TYPE=snp,del;VARB=0.00418937,0.283889;OID=.,.;OPOS=57197402,57197401;OREF=T,TT;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.645833,0.284722:23,22:153:93,41:144:10:51,21:42,20:3:7:99:10:20,6:3,16:7:3 chr4 57204777 . A C 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0169587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2951;QD=18.3004;RBI=0.0481516;REFB=0.00100615;REVB=0.0450664;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448276;STB=0.525399;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.000363137;OID=.;OPOS=57204777;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:6:14:17:6:6:14:17:6 chr4 57211352 . T C 311.55 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0217347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.296;QD=19.1721;RBI=0.032957;REFB=-0.00981344;REVB=-0.0247744;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685681;STB=0.538152;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0174977;OID=.;OPOS=57211352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:17:16:18:14:17:16:18:14 chr4 57219592 . G A 162.18 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0258039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.175;QD=12.0131;RBI=0.0408999;REFB=-0.00363302;REVB=-0.0317327;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637573;STB=0.537;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.012359;OID=.;OPOS=57219592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:10:10:15:19:10:10:15:19 chr4 57219613 . C T 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0100971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.711;QD=10.7925;RBI=0.0121746;REFB=-0.0133903;REVB=0.0068022;RO=34;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127616;STB=0.56749;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0357554;OID=.;OPOS=57219613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:12:6:15:19:12:6:15:20 chr4 57248591 . A G 62.66 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.166062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.126;QD=20.885;RBI=0.174105;REFB=-0.0143253;REVB=-0.0523064;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749496;STB=0.543368;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0117985;OID=.;OPOS=57248591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:2:2:3:5:2:2 chr4 57259856 . C T 253.91 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0122716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.635;QD=21.6097;RBI=0.0189888;REFB=0.00165703;REVB=-0.0144909;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00325798;STB=0.511618;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00125166;OID=.;OPOS=57259856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:11:13:12:10:11:13:13:10 chr4 57265428 . T C 243.33 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0048652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.435;QD=12.8068;RBI=0.0253521;REFB=0.00136415;REVB=0.0248809;RO=47;SAF=20;SAR=9;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18198;STB=0.604803;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00176141;OID=.;OPOS=57265428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:9:20:25:22:9:20:25:22 chr4 57270197 . T C 433.55 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.00197217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.26;QD=15.08;RBI=0.00987681;REFB=-0.0166578;REVB=-0.00967791;RO=66;SAF=32;SAR=17;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293683;STB=0.664722;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0148424;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:66:49:49:0.426087:17:32:24:42:17:32:24:42 chr4 57333822 . G T 1438.91 PASS AF=0.542125;AO=66;DP=279;FAO=148;FDP=273;FR=.,HEALED;FRO=90;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=0.0164007;FXX=0.0215046;HRUN=7;LEN=1;MLLD=174.99;QD=21.0829;RBI=0.0335502;REFB=-0.0372632;REVB=0.0292683;RO=66;SAF=64;SAR=2;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621021;STB=0.551217;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0291596;OID=.;OPOS=57333822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:273:66:90:66:148:0.542125:2:64:47:19:76:72:56:34 chr4 57368807 . C T 355.0 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0326782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.405;QD=18.9332;RBI=0.0425237;REFB=-0.020204;REVB=-0.0272103;RO=37;SAF=19;SAR=18;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171741;STB=0.586911;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0222625;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:37:37:0.493333:18:19:26:11:18:19:26:12 chr4 57516896 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.381;QD=59.5017;RBI=0.0355926;REFB=0;REVB=0.0354217;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4348e-05;OID=.;OPOS=57516896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr4 57660802 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0891;QD=40.7629;RBI=0.0783666;REFB=0;REVB=-0.0459576;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104692;OID=.;OPOS=57660802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr4 57796900 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00755191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.403;QD=14.0966;RBI=0.0105782;REFB=-0.00918913;REVB=0.00740722;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950076;STB=0.555457;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0131985;OID=.;OPOS=57796900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:9:5:5:6:9:5 chr4 57797414 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0219806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1673;QD=16.1717;RBI=0.0220062;REFB=-0.00255794;REVB=0.00106052;RO=20;SAF=2;SAR=14;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14266;STB=0.583217;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00299345;OID=.;OPOS=57797414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:14:2:4:16:14:2:4:16 chr4 57798174 . C G 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0277953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.611;QD=28.4025;RBI=0.0277998;REFB=-0.0199103;REVB=0.000500002;RO=11;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114434;STB=0.506323;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00935605;OID=.;OPOS=57798174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:13:8:4:7:13:8:4:7 chr4 57798189 . G A 182.97 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=3.91897e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.79;QD=17.4252;RBI=0.0153701;REFB=-0.0274555;REVB=0.01537;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233912;STB=0.513355;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.028711;OID=.;OPOS=57798189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:9:14:12:7:9:14 chr4 57830663 . T C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00113744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.336;QD=14.3999;RBI=0.00770718;REFB=0.00208265;REVB=0.00762278;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059742;STB=0.533954;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00285963;OID=.;OPOS=57830663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:14:11:13:21:14:11:13:21 chr4 57834580 . C CCA 30.88 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0163417;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=2;MLLD=25.8884;QD=1.69226;RBI=0.0165343;REFB=-0.0288337;REVB=0.00251632;RO=60;SAF=6;SAR=2;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352643;STB=0.744212;STBP=0.175;TYPE=ins;VARB=0.179411;OID=.;OPOS=57834581;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.109589:8:78:8:73:65:6:2:31:34:30:60:6:2:27:33 chr4 57889677 . C T 1029.67 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166112;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.342;QD=59.691;RBI=0.0326918;REFB=0;REVB=0.0281571;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82531e-05;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr4 62598689 . C T 1510.96 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241295;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.896;QD=59.8402;RBI=0.0245425;REFB=0;REVB=-0.00448298;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40701e-05;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:50:51:0:0:50:51:0:0 chr4 62845388 . G C 1816.47 PASS AF=0.946154;AO=124;DP=131;FAO=123;FDP=130;FR=.;FRO=7;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0152661;FXX=0.00763301;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.248;QD=55.8913;RBI=0.0158836;REFB=-0.016161;REVB=0.00438582;RO=7;SAF=67;SAR=57;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017773;STB=0.509632;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.000341903;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:131:130:7:7:124:123:0.946154:57:67:5:2:57:66:5:2 chr4 66197804 . C T 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00922649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.766;QD=22.0649;RBI=0.00994305;REFB=-0.0123499;REVB=0.00370621;RO=32;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104771;STB=0.505777;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00936474;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:19:20:16:16:19:20:16:16 chr4 66231686 . C T 693.25 PASS AF=0.48;AO=66;DP=144;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0181292;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9862;QD=18.4866;RBI=0.038479;REFB=-0.0306046;REVB=0.0339406;RO=78;SAF=28;SAR=38;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124053;STB=0.585433;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0315686;OID=.;OPOS=66231686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:150:78:78:66:72:0.48:38:28:43:35:44:28:43:35 chr4 67142620 . G A 801.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6775;QD=57.2322;RBI=0.00837422;REFB=0;REVB=0.00634977;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012376;OID=.;OPOS=67142620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr4 68374597 . C T 1533.58 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00674673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8696;QD=62.595;RBI=0.0600382;REFB=-0.168044;REVB=-0.0596579;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.504761;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00251418;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:52:45:0:0:52:45:0:1 chr4 68374712 . GT G,TG 39.41 PASS AF=0.148936,0.0319149;AO=28,7;DP=94;FAO=14,3;FDP=94;FR=.;FRO=77;FSAF=2,3;FSAR=12,0;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.0869775,-0.0100673;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.1951,56.2173;QD=1.67693;RBI=0.132611,0.0270685;REFB=-0.148414,-0.0171167;REVB=-0.100103,-0.0251268;RO=54;SAF=6,7;SAR=22,0;SRF=19;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.198162,0.696671;STB=0.746476,0.997427;STBP=0.078,0.03;TYPE=del,mnp;VARB=0.123292,0.134246;OID=.,.;OPOS=68374713,68374712;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:94:94:54:77:28,7:14,3:0.148936,0.0319149:22,0:6,7:19:35:12,0:2,3:28:49 chr4 68376708 . T C 740.8 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.46;QD=56.9842;RBI=0.0295256;REFB=0;REVB=0.0209437;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152399;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:20:31:0:0:20:32:0:0 chr4 68380215 . G A 1881.28 PASS AF=0.969231;AO=120;DP=125;FAO=126;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00866438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3965;QD=57.8855;RBI=0.0869763;REFB=-0.0414395;REVB=0.0865437;RO=5;SAF=52;SAR=68;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00257646;STB=0.502503;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0149448;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:125:130:5:4:120:126:0.969231:68:52:2:3:73:53:2:2 chr4 68384008 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.364;QD=60.2307;RBI=0.0114925;REFB=0;REVB=0.00882894;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19008e-05;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr4 68424532 . T C 624.29 PASS AF=0.589474;AO=55;DP=94;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00152768;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.961;QD=26.2859;RBI=0.00542817;REFB=-0.00707885;REVB=0.00520877;RO=34;SAF=38;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167874;STB=0.5723;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00713735;OID=.;OPOS=68424532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:34:39:55:56:0.589474:17:38:16:18:17:39:21:18 chr4 68749618 . G A 1080.64 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.727;QD=60.0355;RBI=0.0163006;REFB=0;REVB=0.0157616;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85768e-05;OID=.;OPOS=68749618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:29:42:0:0:30:42:0:0 chr4 68784774 . T C 1943.17 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163951;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.081;QD=62.1816;RBI=0.0193074;REFB=0;REVB=-0.0101969;RO=0;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51651e-05;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:125:0:0:125:125:1:60:65:0:0:60:65:0:0 chr4 68812283 . C T 825.15 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103168;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.516;QD=55.9421;RBI=0.0232861;REFB=-0.0735464;REVB=0.020876;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000252033;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:57:58:0.983051:39:18:0:0:40:18:1:0 chr4 68995529 . C T 531.16 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.0458804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9742;QD=18.3158;RBI=0.0460816;REFB=0.00630686;REVB=-0.00430095;RO=59;SAF=26;SAR=30;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118034;STB=0.568726;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00814624;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:60:56:56:0.482759:30:26:20:39:30:26:20:40 chr4 69078113 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.447;QD=56.9383;RBI=0.022387;REFB=0;REVB=0.0223461;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51674e-05;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr4 69094507 . T A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000865349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.54;QD=58.0609;RBI=0.00293389;REFB=0;REVB=0.00280337;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79777e-06;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr4 69094575 . T G 855.56 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280605;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.022;QD=58.0038;RBI=0.030282;REFB=0;REVB=0.0113847;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290661;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:31:28:0:0 chr4 69095197 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.578;QD=62.0193;RBI=0.0430521;REFB=0;REVB=0.0421582;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224126;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr4 69179300 . GTTTTTTA AGTTTTTA,GTTTTA,GTTTTTA,GTTTTTT 72.05 PASS AF=0,0,0.513514,0;AO=2,5,6,4;DP=39;FAO=0,0,19,0;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=0,0,14,0;FSAR=0,0,5,0;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.160038,-0.116915,-0.223453,-0.0237678;FXX=0.0512689;HRUN=1,6,6,7;LEN=2,2,1,1;MLLD=20.2111,15.1266,7.97145,8.60469;QD=7.78909;RBI=0.166686,0.123081,0.234309,0.294781;REFB=-0.0322074,-0.0496032,-0.0961028,0.055454;REVB=-0.046604,-0.0384709,-0.0704937,-0.293821;RO=8;SAF=0,5,4,4;SAR=2,0,2,0;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.590874,0.732891,0.162008,0.703678;STB=0.5,0.5,0.573298,0.5;STBP=1,1,0.388,1;TYPE=mnp,del,del,del;VARB=0,0,0.0893216,0.0441534;OID=.,.,.,.;OPOS=69179300,69179301,69179301,69179307;OREF=GT,TT,T,A;OALT=AG,-,-,-;OMAPALT=AGTTTTTA,GTTTTA,GTTTTTA,GTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:54:39:37:8:18:2,5,6,4:0,0,19,0:0,0,0.513514,0:2,0,2,0:0,5,4,4:4:4:0,0,5,0:0,0,14,0:11:7 chr4 69203551 . A T 888.46 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271101;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.624;QD=58.2593;RBI=0.0406404;REFB=0;REVB=0.0302768;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114585;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr4 69340500 . A G 1494.7 PASS AF=0.989691;AO=93;DP=94;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.388;QD=61.6371;RBI=0.0202471;REFB=-0.0750633;REVB=0.00703802;RO=1;SAF=28;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723908;STB=0.503816;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000292402;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:97:1:1:93:96:0.989691:65:28:0:1:65:31:0:1 chr4 69536084 . A C 822.6 PASS AF=0.873239;AO=62;DP=71;FAO=62;FDP=71;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0218235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.589;QD=46.3439;RBI=0.0241777;REFB=-0.0366922;REVB=0.0104064;RO=7;SAF=22;SAR=40;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014469;STB=0.51855;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00930444;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:7:9:62:62:0.873239:40:22:2:5:40:22:2:7 chr4 69682366 . TA T 86.17 PASS AF=0.59375;AO=14;DP=30;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.04226;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.38586;QD=10.771;RBI=0.101548;REFB=-0.0916944;REVB=-0.0923363;RO=12;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.387097;SSSB=-0.323957;STB=0.522797;STBP=0.782;TYPE=del;VARB=0.103935;OID=.;OPOS=69682367;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59375:14:30:19:32:13:5:14:4:9:36:12:2:12:5:7 chr4 69683875 . C G 164.1 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00643633;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.532;QD=12.385;RBI=0.0164684;REFB=-0.014388;REVB=-0.0151585;RO=33;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00560478;STB=0.509269;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0189699;OID=.;OPOS=69683875;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:19:20:0.377358:7:12:21:12:7:13:21:12 chr4 69687987 . C A 1499.98 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00742927;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.061;QD=62.4992;RBI=0.00774289;REFB=-0.0527026;REVB=-0.00218137;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=2.00744e-05;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:0:1:95:95:0.989583:45:50:0:0:45:50:1:0 chr4 69795626 . C T 1018.12 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0019137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5276;QD=56.5623;RBI=0.0660024;REFB=-0.0549215;REVB=-0.0659746;RO=2;SAF=38;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00226602;STB=0.501199;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00353758;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:32:38:1:1:32:38:1:1 chr4 69817080 . C T 144.04 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00778945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.184;QD=15.1616;RBI=0.0284641;REFB=-0.0269893;REVB=-0.0273775;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277003;STB=0.661549;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0352221;OID=.;OPOS=69817080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:4:12:11:11:4:12:11:11 chr4 69870721 . A G 696.32 PASS AF=0.496403;AO=69;DP=139;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.00241872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.85;QD=20.0381;RBI=0.0132741;REFB=-0.0149732;REVB=-0.0130519;RO=69;SAF=33;SAR=36;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787345;STB=0.546803;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0167519;OID=.;OPOS=69870721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:69:70:69:69:0.496403:36:33:39:30:36:33:40:30 chr4 69964337 . AT TC 1205.03 PASS AF=1;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364459;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.248;QD=61.0139;RBI=0.038435;REFB=0;REVB=0.0122044;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.86751e-05;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:78:79:1:29:49:0:0:30:49:0:0 chr4 69972949 . C G 3841.01 PASS AF=1;AO=240;DP=242;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076205;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.339;QD=63.7511;RBI=0.00872847;REFB=0;REVB=-0.00425607;RO=0;SAF=128;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86517e-05;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:241:0:0:240:241:1:112:128:0:0:112:129:0:0 chr4 70078385 . C T 169.43 PASS AF=0.292683;AO=22;DP=80;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0217533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1021;QD=8.26503;RBI=0.0368459;REFB=-0.00531015;REVB=-0.0297391;RO=58;SAF=10;SAR=12;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076336;STB=0.522802;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0133279;OID=.;OPOS=70078385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:58:58:22:24:0.292683:12:10:26:32:14:10:26:32 chr4 70079963 . G A 582.36 PASS AF=0.458647;AO=60;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.016671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.299;QD=17.5146;RBI=0.019684;REFB=-0.0111415;REVB=0.0104659;RO=70;SAF=37;SAR=23;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143042;STB=0.566352;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.012589;OID=.;OPOS=70079963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:70:72:60:61:0.458647:23:37:33:37:24:37:35:37 chr4 70080093 . C T 360.77 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0113136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1107;QD=17.5987;RBI=0.0475503;REFB=0.00716338;REVB=-0.0461848;RO=44;SAF=14;SAR=24;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286063;STB=0.515986;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0132635;OID=.;OPOS=70080093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:24:14:15:29:24:14:15:29 chr4 70146230 . G A 300.64 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0099506;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7136;QD=18.79;RBI=0.0182578;REFB=-0.0252497;REVB=0.015308;RO=32;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280532;STB=0.515646;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0274716;OID=.;OPOS=70146230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:32:32:32:32:0.5:17:15:16:16:17:15:16:16 chr4 70146704 . G A 810.9 PASS AF=0.52027;AO=77;DP=148;FAO=77;FDP=148;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0137549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.038;QD=21.9162;RBI=0.0248609;REFB=-0.012208;REVB=-0.0207092;RO=70;SAF=39;SAR=38;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191704;STB=0.51378;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.012231;OID=.;OPOS=70146704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:70:71:77:77:0.52027:38:39:37:33:38:39:38:33 chr4 70156313 . T A 272.76 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0202967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6988;QD=14.9456;RBI=0.0566862;REFB=-0.0288507;REVB=-0.0529279;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105253;STB=0.559465;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0388544;OID=.;OPOS=70156313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:16:15:16:26:16:15:16:26 chr4 70156392 . A G 516.34 PASS AF=0.459677;AO=51;DP=119;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0359582;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.775;QD=16.6562;RBI=0.0362118;REFB=-0.0293335;REVB=0.00427864;RO=67;SAF=27;SAR=24;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157553;STB=0.591439;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0384898;OID=.;OPOS=70156392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:124:67:67:51:57:0.459677:24:27:25:42:26:31:25:42 chr4 70160277 . T G 140.5 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0367729;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.798;QD=19.3788;RBI=0.0580696;REFB=-0.0516672;REVB=0.0449425;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325116;STB=0.518494;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0522739;OID=.;OPOS=70160277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:8:6:7:8:8:6 chr4 70160309 . C G 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0202697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.763;QD=13.7478;RBI=0.0277125;REFB=-0.0115029;REVB=-0.0188977;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934718;STB=0.560445;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.010178;OID=.;OPOS=70160309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:9:13:21:10:9:13:22:10 chr4 70296603 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.439;QD=57.2011;RBI=0.0296315;REFB=0;REVB=-0.0278161;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000639132;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr4 70296618 . G C 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0180189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.64;QD=6.48162;RBI=0.0518403;REFB=-0.0117823;REVB=-0.048608;RO=32;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212959;STB=0.648473;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0458716;OID=.;OPOS=70296618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:32:33:10:10:0.232558:3:7:17:15:3:7:17:16 chr4 70296641 . A G 89.03 PASS AF=0.244898;AO=10;DP=47;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00842791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.027;QD=7.2674;RBI=0.0210105;REFB=-0.0273463;REVB=-0.019246;RO=36;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28058;STB=0.709313;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0719826;OID=.;OPOS=70296641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:47:49:36:37:10:12:0.244898:3:7:17:19:3:9:18:19 chr4 70296644 . A G 89.15 PASS AF=0.25;AO=11;DP=47;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0203297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.416;QD=7.42903;RBI=0.0441327;REFB=-0.0185459;REVB=-0.0391714;RO=33;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362485;STB=0.717016;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0168615;OID=.;OPOS=70296644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:47:48:33:36:11:12:0.25:3:8:14:19:3:9:17:19 chr4 70296648 . T G 89.38 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00488255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.715;QD=7.29657;RBI=0.0480363;REFB=-0.000860583;REVB=-0.0477875;RO=37;SAF=9;SAR=3;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359517;STB=0.725928;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00400064;OID=.;OPOS=70296648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:3:9:17:20:3:9:17:20 chr4 70296653 . GCCT TGGG 77.64 PASS AF=0.244898;AO=10;DP=47;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0108105;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=301.179;QD=6.33836;RBI=0.0159056;REFB=-0.00161587;REVB=-0.0116671;RO=32;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347378;STB=0.725928;STBP=0.089;TYPE=mnp;VARB=0.0112507;OID=.;OPOS=70296653;OREF=GCCT;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:47:49:32:37:10:12:0.244898:3:7:13:19:3:9:17:20 chr4 70296660 . A G 89.47 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.012935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0544;QD=7.30326;RBI=0.0189823;REFB=0.00341021;REVB=-0.013893;RO=37;SAF=9;SAR=3;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359517;STB=0.725928;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00625581;OID=.;OPOS=70296660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:3:9:17:20:3:9:17:20 chr4 70296662 . C T 468.97 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00925388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.905;QD=39.0812;RBI=0.0177339;REFB=0.00824388;REVB=0.015128;RO=12;SAF=16;SAR=20;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140523;STB=0.575995;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00192878;OID=.;OPOS=70296662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:12:12:36:36:0.75:20:16:9:3:20:16:9:3 chr4 70296734 . T C 49.91 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00934335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.576;QD=4.53685;RBI=0.0123058;REFB=-0.00645735;REVB=-0.00800835;RO=36;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280623;STB=0.68637;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.017434;OID=.;OPOS=70296734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:3:5:14:22:3:5:14:22 chr4 70355211 . T C 1524.45 PASS AF=0.990654;AO=104;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.547;QD=56.9886;RBI=0.0130544;REFB=-0.147563;REVB=-0.00540729;RO=3;SAF=49;SAR=55;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281645;STB=0.504853;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0014792;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:107:107:3:1:104:106:0.990654:55:49:3:0:55:51:1:0 chr4 70391429 . G A 164.11 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0569063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.271;QD=12.8715;RBI=0.0579379;REFB=0.00457878;REVB=-0.0108845;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123459;STB=0.571357;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00687988;OID=.;OPOS=70391429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:8:11:22:10:8:11:22:10 chr4 70391454 . G A 104.4 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00190618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9491;QD=10.4397;RBI=0.00296448;REFB=0.0173356;REVB=0.00227038;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192385;STB=0.61401;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0558808;OID=.;OPOS=70391454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:6:7:19:8:6:7:19:8 chr4 70513139 . C T 754.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3581;QD=56.9262;RBI=0.0351418;REFB=0;REVB=-0.0180813;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000496738;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr4 70807771 . C T 349.59 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=74;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0481602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3485;QD=18.1606;RBI=0.0490964;REFB=-0.0167931;REVB=-0.00954179;RO=38;SAF=13;SAR=23;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293522;STB=0.677592;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0250251;OID=.;OPOS=70807771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:38:40:36:37:0.480519:23:13:26:12:24:13:28:12 chr4 70821025 . A G 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0414209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8068;QD=13.7204;RBI=0.0424977;REFB=0.00598281;REVB=0.00950576;RO=46;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098071;STB=0.550223;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00808845;OID=.;OPOS=70821025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:47:31:31:0.397436:19:12:22:24:19:12:22:25 chr4 70898907 . C T 520.0 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00722242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.473;QD=23.111;RBI=0.0114618;REFB=-0.0207857;REVB=-0.00890002;RO=41;SAF=23;SAR=26;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128048;STB=0.57022;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0176461;OID=.;OPOS=70898907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:26:23:13:28:26:23:13:28 chr4 70898953 . C T 364.96 PASS AF=0.475;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.016257;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6344;QD=18.248;RBI=0.0351358;REFB=-0.0106708;REVB=-0.0311486;RO=40;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289253;STB=0.518433;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00642662;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:42:38:38:0.475:23:15:17:23:23:15:18:24 chr4 70944452 . G A 3075.82 PASS AF=1;AO=199;DP=201;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329312;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.315;QD=61.8255;RBI=0.0127616;REFB=0;REVB=0.0123294;RO=0;SAF=90;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31456e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38265e-05;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:199:0:0:199:199:1:109:90:0:0:109:90:0:0 chr4 71201388 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.249;QD=59.0186;RBI=0.0300018;REFB=0;REVB=-0.0172056;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61264e-05;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr4 71232388 . G A 696.64 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388575;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.843;QD=54.6383;RBI=0.0422499;REFB=-0.0615369;REVB=0.0165875;RO=1;SAF=34;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136468;STB=0.507243;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000712705;OID=.;OPOS=71232388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:16:34:1:0:16:34:1:0 chr4 71232430 . T C 230.3 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.144487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1663;QD=46.0605;RBI=0.146822;REFB=-0.126462;REVB=-0.0260819;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.516112;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00916977;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:15:4:0:0:15:4:0:1 chr4 71275232 . C T 415.35 PASS AF=0.5;AO=37;DP=81;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00401886;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.65;QD=19.7784;RBI=0.0141336;REFB=-0.0280849;REVB=0.0135502;RO=44;SAF=22;SAR=15;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00370003;STB=0.524127;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0255976;OID=.;OPOS=71275232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:44:42:37:42:0.5:15:22:26:18:19:23:25:17 chr4 71339723 . G A 197.64 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00777586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5394;QD=18.8227;RBI=0.0115936;REFB=-0.0212269;REVB=-0.00859927;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126575;STB=0.57136;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0234929;OID=.;OPOS=71339723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:16:6:8:12:16:6 chr4 71339728 . C T 207.81 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.000265238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.16;QD=17.6858;RBI=0.0400589;REFB=-0.00313288;REVB=-0.040058;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204588;STB=0.615284;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00389828;OID=.;OPOS=71339728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:9:12:20:6:9:12:20:6 chr4 71346701 . C G 89.61 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.022327;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=179.983;QD=16.2922;RBI=0.0272264;REFB=-0.0117819;REVB=0.0155814;RO=11;SAF=10;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5401;STB=0.822802;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00546696;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:22:22:11:11:11:11:0.5:1:10:5:6:1:10:5:6 chr4 71384488 . C T 619.09 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0427544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.945;QD=58.961;RBI=0.0477471;REFB=-0.118587;REVB=0.0212566;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000632779;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:42:1:1:39:41:0.97619:20:19:0:1:21:20:0:1 chr4 71384537 . C T 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00246833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.148;QD=17.7533;RBI=0.00306323;REFB=-0.0138852;REVB=-0.00181404;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768025;STB=0.543272;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0125047;OID=.;OPOS=71384537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:14:13:10:15:14:13 chr4 71657772 . G A 876.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142899;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.1;QD=57.4545;RBI=0.0556781;REFB=0;REVB=0.0538131;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051158;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:24:35:0:0:24:37:0:0 chr4 71704965 . C T 817.86 PASS AF=1;AO=51;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.684;QD=55.448;RBI=0.0974368;REFB=-0.0849919;REVB=0.0526146;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260702;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:1:0:51:59:1:22:29:0:1:25:34:0:0 chr4 71849697 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00998981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.26;QD=60.2296;RBI=0.0161946;REFB=0;REVB=0.0127463;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77668e-06;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr4 71849888 . G T 1116.14 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.74;QD=60.3317;RBI=0.0462088;REFB=0;REVB=0.0329655;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71988e-05;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:45:27:0:0:45:29:0:0 chr4 72425863 . C T 158.71 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0261295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.955;QD=17.1574;RBI=0.0483311;REFB=-0.0190862;REVB=-0.0406589;RO=20;SAF=2;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351673;STB=0.706511;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0194249;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:15:2:7:13:15:2:7:13 chr4 72433642 . TG T,TT 184.93 PASS AF=0.316456,0;AO=21,8;DP=84;FAO=25,0;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=10,0;FSAR=15,0;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0053137,-0.00795494;FXX=0.0365809;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=252.68,257.592;QD=9.36346;RBI=0.0088495,0.00803912;REFB=0.00240202,0.002213;REVB=0.0070766,-0.00116031;RO=52;SAF=8,4;SAR=13,4;SRF=26;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.143831,0;STB=0.569175,0.5;STBP=0.431,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00352602,0;OID=.,.;OPOS=72433643,72433643;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.316456,0:21,8:84:25,0:79:54:10,0:15,0:27:27:99:52:8,4:13,4:26:26 chr4 72436804 . G A 970.06 PASS AF=0.596026;AO=90;DP=151;FAO=90;FDP=151;FR=.;FRO=61;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.000904009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.302;QD=25.6969;RBI=0.0148998;REFB=-0.0170923;REVB=0.0148724;RO=61;SAF=50;SAR=40;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109677;STB=0.505951;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0123896;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:61:61:90:90:0.596026:40:50:33:28:40:50:33:28 chr4 72618296 . T C 2382.0 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.342;QD=59.9246;RBI=0.0478492;REFB=-0.0397397;REVB=0.0340928;RO=2;SAF=67;SAR=90;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139878;STB=0.503649;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000580857;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:159:159:2:1:157:158:0.993711:90:67:2:0:90:68:1:0 chr4 72618323 . G T 902.01 PASS AF=0.523529;AO=89;DP=171;FAO=89;FDP=170;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.00479582;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3232;QD=21.2237;RBI=0.0244649;REFB=-0.00445199;REVB=0.0239903;RO=81;SAF=40;SAR=49;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152602;STB=0.508359;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00303902;OID=.;OPOS=72618323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:81:81:89:89:0.523529:49:40:35:46:49:40:35:46 chr4 73414286 . C T 1306.02 PASS AF=1;AO=75;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.186;QD=62.1916;RBI=0.0635622;REFB=0;REVB=0.0630058;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199859;OID=.;OPOS=73414286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:75:84:1:32:43:0:0:41:43:0:0 chr4 73433122 . GA G 657.63 PASS AF=1;AO=52;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0777435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.6911;QD=47.8276;RBI=0.08898;REFB=0;REVB=-0.0432828;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00271255;OID=.;OPOS=73433123;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:55:55:55:0:29:26:0:0:12:0:29:23:0:0 chr4 73930552 . G A 713.68 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0088887;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.987;QD=52.8652;RBI=0.0370456;REFB=-0.110364;REVB=-0.0359634;RO=2;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324593;STB=0.517235;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000657823;OID=.;OPOS=73930552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:2:2:52:52:0.962963:28:24:0:2:28:24:0:2 chr4 73956736 . G A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.876;QD=60.6087;RBI=0.0312549;REFB=0;REVB=-0.0266583;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35511e-05;OID=.;OPOS=73956736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr4 73991006 . T C 1139.93 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079544;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.775;QD=60.7961;RBI=0.0157852;REFB=0;REVB=0.0136345;RO=0;SAF=23;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777676;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:52:23:0:0:52:23:0:0 chr4 74285239 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.171;QD=47.8222;RBI=0.0486377;REFB=0;REVB=0.0481928;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606729;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr4 74302071 . T A 1079.75 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.959;QD=59.9859;RBI=0.0259046;REFB=0;REVB=0.0254263;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99758e-05;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:48:23:0:0:49:23:0:0 chr4 74318330 . A G 723.87 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.26;QD=54.6315;RBI=0.0684561;REFB=-0.0106761;REVB=0.0510282;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016526;STB=0.508769;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000443734;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:28:24:0:1:28:24:0:1 chr4 74347503 . TA T 454.82 PASS AF=0.982456;AO=43;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00231134;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1733;QD=31.9173;RBI=0.182196;REFB=0.0795418;REVB=0.182181;RO=7;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=6;SSEN=0.328125;SSEP=0;SSSB=0.102197;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=del;VARB=0.0056741;OID=.;OPOS=74347504;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.982456:43:58:56:57:1:27:29:1:0:6:7:23:20:1:6 chr4 74352723 . C T 371.71 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0135191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.122;QD=17.4925;RBI=0.0136725;REFB=-0.00937661;REVB=0.00204248;RO=46;SAF=14;SAR=25;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990149;STB=0.555526;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0106951;OID=.;OPOS=74352723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:25:14:21:25:25:14:21:25 chr4 74447510 . A C 1830.82 PASS AF=0.932836;AO=125;DP=134;FAO=125;FDP=134;FR=.;FRO=9;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00465148;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.421;QD=54.6513;RBI=0.00589145;REFB=-0.0282744;REVB=-0.00361564;RO=8;SAF=59;SAR=66;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320256;STB=0.505625;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-2.02406e-05;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:134:134:8:9:125:125:0.932836:66:59:4:4:66:59:5:4 chr4 74714098 . G A 1749.75 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.662;QD=60.8608;RBI=0.0505485;REFB=0;REVB=0.022313;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02223e-05;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:57:57:0:0:58:57:0:0 chr4 74770221 . A T 182.6 PASS AF=0.4;AO=20;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0625274;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.917;QD=13.2801;RBI=0.0627238;REFB=0.0103914;REVB=0.00495945;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973723;STB=0.593134;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0131749;OID=.;OPOS=74770221;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:24:33:20:22:0.4:8:12:12:12:8:14:16:17 chr4 74863997 . T C 1249.53 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0746554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0392;QD=60.2182;RBI=0.0960404;REFB=0.0734157;REVB=0.060418;RO=1;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104081;STB=0.505493;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00149245;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:45:37:0:1:45:37:0:1 chr4 75023609 . T C 1069.16 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0744587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9647;QD=57.0219;RBI=0.0831634;REFB=0.065038;REVB=-0.0370413;RO=2;SAF=37;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248804;STB=0.513154;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0181138;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:36:37:2:0:36:37:2:0 chr4 75023709 . C T 422.82 PASS AF=0.395161;AO=49;DP=124;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.00514812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.963;QD=13.6393;RBI=0.00794894;REFB=-0.0180515;REVB=-0.00605662;RO=74;SAF=17;SAR=32;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517476;STB=0.534646;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0228024;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:74:75:49:49:0.395161:32:17:29:45:32:17:30:45 chr4 75046465 . C G 1205.1 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301904;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3333;QD=61.0176;RBI=0.0293269;REFB=0;REVB=0.0291711;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196787;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:47:31:0:0:48:31:0:0 chr4 75168785 . A G 530.29 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.047099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.975;QD=25.252;RBI=0.0472643;REFB=-0.0318109;REVB=-0.00394943;RO=35;SAF=19;SAR=30;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131374;STB=0.507184;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0236033;OID=.;OPOS=75168785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:49:49:0.583333:30:19:13:22:30:19:13:22 chr4 75248434 . A G 1372.55 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478754;FXX=0.0333296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.105;QD=63.1056;RBI=0.0499109;REFB=0;REVB=0.0141084;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799766;OID=.;OPOS=75248434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr4 75254282 . G A 1528.14 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790868;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.971;QD=59.9272;RBI=0.0360618;REFB=0;REVB=0.0351839;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34988e-05;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:59:43:0:0:59:43:0:0 chr4 75485872 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.009;QD=37.4885;RBI=0.0352004;REFB=0;REVB=0.0167196;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714332;OID=.;OPOS=75485872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr4 76407217 . A ACT,T 1697.67 PASS AF=0.895652,0.104348;AO=101,12;DP=118;FAO=103,12;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53,7;FSAR=50,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224576,0.039969;FXX=0.0170926;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=237.221,99.2162;QD=59.0494;RBI=0.0321495,0.0501839;REFB=0,0;REVB=-0.0230054,0.0303464;RO=1;SAF=52,7;SAR=49,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00903647,-0.0601692;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00200752,0.00195395;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:48:118:115:1:0:101,12:103,12:0.895652,0.104348:49,5:52,7:1:0:50,5:53,7:0:0 chr4 76407219 . T C 513.79 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00548963;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.964;QD=17.2702;RBI=0.0106655;REFB=-0.00478722;REVB=-0.00914422;RO=64;SAF=27;SAR=28;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389678;STB=0.521678;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00577951;OID=.;OPOS=76407219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:64:55:55:0.462185:28:27:34:30:28:27:34:30 chr4 76455189 . G GA 82.12 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=62;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0797686;FXX=0.0333278;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.0227;QD=5.66343;RBI=0.116125;REFB=-0.0493311;REVB=0.0843921;RO=41;SAF=8;SAR=11;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187845;STB=0.617233;STBP=0.215;TYPE=ins;VARB=0.0655575;OID=.;OPOS=76455190;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:19:62:20:58:38:9:11:24:14:82:41:8:11:24:17 chr4 76720885 . T C 1287.34 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256631;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.569;QD=62.0405;RBI=0.00258788;REFB=0;REVB=0.000333458;RO=0;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.651e-05;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:55:28:0:0:55:28:0:0 chr4 76722353 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.33595e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6808;QD=56.1879;RBI=0.0586312;REFB=0;REVB=-0.0586312;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138017;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr4 76787673 . T C 1194.94 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229607;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4401;QD=61.279;RBI=0.112253;REFB=0;REVB=0.10988;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112677;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:46:29:0:0:49:29:0:0 chr4 76793228 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.254;QD=59.3222;RBI=0.189872;REFB=0;REVB=-0.188454;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192895;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr4 76794345 . T G 1596.66 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805207;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.138;QD=59.1357;RBI=0.0197473;REFB=-0.0504482;REVB=0.0180311;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354422;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:108:0:0:107:108:1:55:52:0:0:55:53:0:0 chr4 76805902 . C T 1439.0 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107095;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.852;QD=63.2528;RBI=0.010813;REFB=0;REVB=-0.0107599;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24663e-06;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr4 76807218 . C G 1118.46 PASS AF=0.794643;AO=89;DP=112;FAO=89;FDP=112;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=71;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.021978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4909;QD=39.9451;RBI=0.0561234;REFB=0.00893491;REVB=-0.0516411;RO=23;SAF=18;SAR=71;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14842;STB=0.579491;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00374746;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:23:23:89:89:0.794643:71:18:11:12:71:18:11:12 chr4 76807249 . C G 1044.15 PASS AF=0.792453;AO=84;DP=106;FAO=84;FDP=106;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=69;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0301354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3306;QD=39.402;RBI=0.0411271;REFB=0.00065155;REVB=-0.0279874;RO=22;SAF=15;SAR=69;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207048;STB=0.611191;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00102486;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:22:22:84:84:0.792453:69:15:12:10:69:15:12:10 chr4 76807252 . C A 1014.11 PASS AF=0.790476;AO=81;DP=102;FAO=83;FDP=105;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=68;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00170394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5449;QD=38.6327;RBI=0.0259353;REFB=-0.0696658;REVB=0.0258793;RO=21;SAF=14;SAR=67;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201781;STB=0.610749;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0175435;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:21:22:81:83:0.790476:67:14:11:10:68:15:12:10 chr4 76807270 . C T 982.71 PASS AF=0.72807;AO=81;DP=112;FAO=83;FDP=114;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=68;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0113101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.854;QD=34.4811;RBI=0.0150853;REFB=-0.0231918;REVB=0.0099823;RO=30;SAF=13;SAR=68;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331138;STB=0.667556;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00711403;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:30:31:81:83:0.72807:68:13:19:11:68:15:20:11 chr4 76807288 . A G 961.05 PASS AF=0.669355;AO=83;DP=124;FAO=83;FDP=124;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=68;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.000944413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.159;QD=31.0017;RBI=0.0240489;REFB=-0.0310402;REVB=0.0240304;RO=41;SAF=15;SAR=68;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393134;STB=0.713683;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00999628;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:41:41:83:83:0.669355:68:15:29:12:68:15:29:12 chr4 76807302 . A G 927.65 PASS AF=0.656;AO=80;DP=122;FAO=82;FDP=125;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=67;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00153608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1899;QD=29.6848;RBI=0.0623639;REFB=-0.00366401;REVB=-0.0623449;RO=41;SAF=13;SAR=67;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452517;STB=0.722227;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00122684;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:41:43:80:82:0.656:67:13:31:10:67:15:31:12 chr4 76807304 . A G 956.01 PASS AF=0.65873;AO=83;DP=126;FAO=83;FDP=126;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=68;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.00869707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.537;QD=30.3494;RBI=0.0108604;REFB=-0.000375373;REVB=0.00650453;RO=43;SAF=15;SAR=68;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40933;STB=0.722676;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000179873;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:43:43:83:83:0.65873:68:15:31:12:68:15:31:12 chr4 76807313 . C A 951.01 PASS AF=0.648438;AO=83;DP=128;FAO=83;FDP=128;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=68;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.0271759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.695;QD=29.7189;RBI=0.0271761;REFB=-0.020754;REVB=0.000100905;RO=44;SAF=15;SAR=68;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417044;STB=0.731121;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00349588;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:44:45:83:83:0.648438:68:15:32:12:68:15:33:12 chr4 76807325 . T A 764.6 PASS AF=0.601695;AO=71;DP=118;FAO=71;FDP=118;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=58;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.0251033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.192;QD=25.9188;RBI=0.0269727;REFB=-0.0200865;REVB=0.00986675;RO=47;SAF=13;SAR=58;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463196;STB=0.753576;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00820634;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:47:47:71:71:0.601695:58:13:35:12:58:13:35:12 chr4 76807334 . T C 517.18 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0263448;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.548;QD=22.2441;RBI=0.0264751;REFB=-0.00387667;REVB=0.00262371;RO=44;SAF=12;SAR=37;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424562;STB=0.734559;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0135962;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:44:44:49:49:0.526882:37:12:32:12:37:12:32:12 chr4 76809386 . A G 2529.25 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9159;QD=61.6891;RBI=0.0348763;REFB=0;REVB=-0.00856548;RO=0;SAF=67;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58702e-05;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:97:67:0:0:97:67:0:0 chr4 76836137 . A G 994.03 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0251252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5358;QD=57.6251;RBI=0.0252775;REFB=-0.0712754;REVB=0.00277075;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00886872;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:34:34:1:0:34:34:1:0 chr4 76942943 . C G 1556.46 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5962;QD=59.8638;RBI=0.0330913;REFB=0;REVB=-0.0099438;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220385;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:45:59:0:0:45:59:0:0 chr4 76943137 . G C 1359.57 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7332;QD=62.5092;RBI=0.0646227;REFB=0;REVB=0.026644;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553555;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:44:41:0:0:44:43:0:0 chr4 76955914 . T C 1052.07 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.395;QD=58.4481;RBI=0.0382603;REFB=0;REVB=0.0177031;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145216;OID=.;OPOS=76955914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:35:33:0:0:38:34:0:0 chr4 76956188 . T C 1212.93 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00245079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.405;QD=59.8979;RBI=0.0130985;REFB=-0.0739255;REVB=0.0128671;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00010493;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:42:38:0:0:42:38:0:1 chr4 77055474 . A G 1573.6 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.768;QD=59.9467;RBI=0.0535811;REFB=0;REVB=0.0270436;RO=0;SAF=39;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120502;OID=.;OPOS=77055474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:65:39:0:0:65:40:0:0 chr4 77057501 . A G 2021.22 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.867;QD=62.1915;RBI=0.0278112;REFB=0;REVB=0.0272022;RO=0;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82113e-05;OID=.;OPOS=77057501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:128:130:1:61:67:0:0:62:68:0:0 chr4 77065318 . C CTGT,T 2132.21 PASS AF=0.937931,0.062069;AO=133,10;DP=157;FAO=136,9;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=63,7;FSAR=73,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516022,-0.025775;FXX=0.0460496;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=160.626,137.919;QD=58.8195;RBI=0.0525135,0.0258046;REFB=0,0;REVB=0.00974058,-0.00123642;RO=10;SAF=62,8;SAR=71,2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0221669,0.452485;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000363341,0.0576409;OID=.,.;OPOS=77065319,77065318;OREF=-,C;OALT=TGT,T;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:157:145:10:0:133,10:136,9:0.937931,0.062069:71,2:62,8:3:7:73,2:63,7:0:0 chr4 77065580 . T C 940.78 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231124;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.527;QD=58.799;RBI=0.0274471;REFB=0;REVB=0.014804;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78618e-05;OID=.;OPOS=77065580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr4 77081814 . G C 727.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013744;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.316;QD=57.0908;RBI=0.014791;REFB=0;REVB=0.00546587;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272839;OID=.;OPOS=77081814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr4 77192868 . G A 247.99 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0105667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9137;QD=16.2618;RBI=0.0115583;REFB=-0.0262403;REVB=-0.00468398;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296056;STB=0.524573;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0372674;OID=.;OPOS=77192868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:14:14:15:17:14:14:15:18 chr4 77201487 . C T 239.72 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0301897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.733;QD=18.0918;RBI=0.0492975;REFB=-0.0273521;REVB=-0.0389721;RO=27;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219794;STB=0.622553;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0162227;OID=.;OPOS=77201487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:13:13:7:20:13:13:7:20 chr4 77631425 . T A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.305;QD=57.5452;RBI=0.0112764;REFB=0;REVB=-0.0101902;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.86528e-06;OID=.;OPOS=77631425;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr4 77637502 . A C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.788;QD=61.6953;RBI=0.0237414;REFB=0;REVB=0.0230249;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27393e-05;OID=.;OPOS=77637502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr4 77660162 . G C 910.58 PASS AF=0.916667;AO=66;DP=72;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00750357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9638;QD=50.5876;RBI=0.029652;REFB=-0.0528603;REVB=0.0286869;RO=6;SAF=38;SAR=28;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386937;STB=0.520542;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0178674;OID=.;OPOS=77660162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:72:72:6:6:66:66:0.916667:28:38:2:4:28:38:2:4 chr4 77675505 . C T 586.0 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0454342;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.651;QD=58.6003;RBI=0.0526416;REFB=0.000891539;REVB=-0.0265871;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=7.29179e-05;OID=.;OPOS=77675505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:18:21:0:1:18:21:0:1 chr4 78638730 . T C 1136.52 PASS AF=0.9625;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0191076;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2209;QD=56.8261;RBI=0.0807856;REFB=-0.140392;REVB=0.0784934;RO=3;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388441;STB=0.519995;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00254388;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:80:80:3:3:76:77:0.9625:35:41:0:3:36:41:0:3 chr4 78669454 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.208;QD=62.0218;RBI=0.0412394;REFB=0;REVB=-0.0169106;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9115e-05;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr4 78740132 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0163;QD=39.2063;RBI=0.0244447;REFB=0;REVB=-0.0228524;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137113;OID=.;OPOS=78740132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr4 79186171 . G A 1083.83 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.133;QD=58.5856;RBI=0.0392062;REFB=-0.108017;REVB=0.0372554;RO=1;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133231;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000881036;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:35:38:0:1:35:38:0:1 chr4 79372930 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.953;QD=57.1056;RBI=0.0312622;REFB=0;REVB=-0.0114808;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94256e-05;OID=.;OPOS=79372930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr4 79385719 . G A 685.97 PASS AF=0.469388;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=-0.0188321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.672;QD=18.6658;RBI=0.0190903;REFB=-0.0165175;REVB=-0.00312879;RO=78;SAF=24;SAR=45;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117097;STB=0.506492;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0157686;OID=.;OPOS=79385719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:78:78:69:69:0.469388:45:24:28:50:45:24:28:50 chr4 79387442 . C T 506.99 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0394956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.997;QD=19.1318;RBI=0.0453069;REFB=-0.0270132;REVB=0.0221993;RO=51;SAF=22;SAR=31;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325959;STB=0.528846;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0182815;OID=.;OPOS=79387442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:53:53:53:0.5:31:22:23:28:31:22:25:28 chr4 79387464 . A G 1523.18 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159296;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0998;QD=57.4786;RBI=0.0413201;REFB=-0.122181;REVB=-0.0412894;RO=1;SAF=43;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00595864;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:102:106:1:0:101:106:1:58:43:1:0:58:48:0:0 chr4 79400868 . C T 225.59 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0040492;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.138;QD=19.6164;RBI=0.0218721;REFB=-0.00843228;REVB=-0.021494;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985473;STB=0.565159;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00921433;OID=.;OPOS=79400868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:11:11:9:14:11:11:9:15 chr4 79437155 . C T 553.66 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.00146816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.719;QD=18.3029;RBI=0.0219867;REFB=0.00544903;REVB=0.0219376;RO=62;SAF=36;SAR=22;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02352;STB=0.509635;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00614854;OID=.;OPOS=79437155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:63:58:58:0.479339:22:36:37:25:22:36:38:25 chr4 79447763 . T C 469.88 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00125042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.658;QD=15.7943;RBI=0.00148451;REFB=-0.0107451;REVB=-0.000800139;RO=67;SAF=22;SAR=30;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100476;STB=0.556257;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.012308;OID=.;OPOS=79447763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:67:52:52:0.436975:30:22:35:32:30:22:35:32 chr4 79455714 . C G 262.8 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0276734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.112;QD=15.0173;RBI=0.0313565;REFB=-0.00186684;REVB=0.0147449;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377809;STB=0.509665;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00196985;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:40:29:30:0.428571:17:12:18:22:17:13:18:22 chr4 79455733 . C T 286.4 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0170883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0978;QD=15.6933;RBI=0.017549;REFB=-0.0258572;REVB=-0.00399479;RO=41;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260904;STB=0.514722;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.024822;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:18:14:19:22:18:14:19:22 chr4 79845007 . C A 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00894417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.232;QD=19.4078;RBI=0.0096672;REFB=-0.0188692;REVB=-0.00366833;RO=28;SAF=23;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237718;STB=0.633512;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0149255;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:7:23:15:13:7:23:15:13 chr4 80246927 . G A 518.09 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0412471;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9367;QD=17.8651;RBI=0.0442442;REFB=-0.00198827;REVB=-0.016007;RO=60;SAF=23;SAR=32;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139787;STB=0.573378;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00118864;OID=.;OPOS=80246927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:60:61:55:55:0.474138:32:23:34:26:32:23:34:27 chr4 80329343 . T C 307.31 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0590069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.551;QD=15.5602;RBI=0.0618638;REFB=-0.0237852;REVB=-0.0185826;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408123;STB=0.531896;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0268403;OID=.;OPOS=80329343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:45:34:34:0.43038:20:14:19:23:20:14:21:24 chr4 80827062 . T C 1747.69 PASS AF=0.952;AO=119;DP=125;FAO=119;FDP=125;FR=.;FRO=6;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0139615;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=318.343;QD=55.9262;RBI=0.0140502;REFB=-0.191199;REVB=-0.00157599;RO=5;SAF=60;SAR=59;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385627;STB=0.516196;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000853052;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:125:125:5:6:119:119:0.952:59:60:0:5:59:60:1:5 chr4 80828555 . G A 330.59 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00877922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.672;QD=18.6247;RBI=0.00947076;REFB=-0.0110352;REVB=0.00355255;RO=36;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952925;STB=0.553196;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0122702;OID=.;OPOS=80828555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:22:13:17:19:22:13:17:19 chr4 80905990 . C G 478.53 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.707;QD=58.0037;RBI=0.0433408;REFB=0;REVB=-0.0261478;RO=0;SAF=26;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603501;OID=.;OPOS=80905990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:27:33:1:1:26:0:0:1:32:0:0 chr4 80977078 . T G 319.16 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00793614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3376;QD=18.2377;RBI=0.0328114;REFB=-0.0229269;REVB=0.0318371;RO=35;SAF=9;SAR=25;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275797;STB=0.662605;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0101286;OID=.;OPOS=80977078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:36:34:34:0.485714:25:9:19:16:25:9:20:16 chr4 81124596 . G C 741.12 PASS AF=0.448864;AO=79;DP=177;FAO=79;FDP=176;FR=.;FRO=97;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.0258755;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6857;QD=16.8435;RBI=0.0334069;REFB=-0.00770759;REVB=0.02113;RO=97;SAF=46;SAR=33;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128026;STB=0.571163;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.010382;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:97:97:79:79:0.448864:33:46:44:53:33:46:44:53 chr4 81208411 . T C 84.92 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00194788;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.169;QD=10.6147;RBI=0.0152406;REFB=-0.0048535;REVB=-0.0151156;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150282;STB=0.576329;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00934817;OID=.;OPOS=81208411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:4:7:10:10:4:7:11:10 chr4 81529518 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.149;QD=60.7161;RBI=0.0633442;REFB=0;REVB=0.0633023;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110801;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr4 81884722 . G A 1362.09 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127955;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.47;QD=62.6249;RBI=0.0142321;REFB=0;REVB=0.00623126;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41348e-05;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr4 81967187 . AC A,AT 828.76 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=14,44;DP=60;FAO=2,56;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=2,37;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641589,0.0692668;FXX=0.0169463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=265.98,286.614;QD=57.1559;RBI=0.0641691,0.0694038;REFB=0,0;REVB=0.00114535,-0.0043588;RO=0;SAF=14,25;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0400989,0.00218183;OID=.,.;OPOS=81967188,81967188;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0344828,0.965517:14,44:60:2,56:58:0:2,37:0,19:0:0:9:0:14,25:0,19:0:0 chr4 81974809 . T C 699.25 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.109814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.931;QD=54.8433;RBI=0.117694;REFB=-0.164021;REVB=0.0423398;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.50746;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00105096;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:33:17:0:0:33:17:0:1 chr4 81975088 . G A 579.49 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00354491;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.722;QD=60.9984;RBI=0.00878809;REFB=0;REVB=0.0080414;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55157e-05;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr4 81977690 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.684;QD=59.3226;RBI=0.0216326;REFB=0;REVB=0.0187144;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88003e-05;OID=.;OPOS=81977690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:42:25:0:0:42:26:0:0 chr4 81977730 . A T 1405.89 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116069;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.651;QD=61.7973;RBI=0.0147947;REFB=-0.146456;REVB=0.0091739;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000506272;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:92:91:0:1:90:90:0.989011:54:36:0:0:54:36:1:0 chr4 83345740 . AT A 91.6 PASS AF=0.487179;AO=17;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0737792;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.572;QD=9.39499;RBI=0.113057;REFB=0.0228384;REVB=0.0856648;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0.480916;SSEP=0;SSSB=0.154517;STB=0.590073;STBP=0.304;TYPE=del;VARB=0.0206339;OID=.;OPOS=83345741;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179:17:39:19:39:20:9:10:6:14:69:17:9:8:6:11 chr4 83778839 . T C 272.63 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0146027;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.524;QD=19.4737;RBI=0.0285859;REFB=0.000374706;REVB=0.0245747;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289143;STB=0.516118;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.000407428;OID=.;OPOS=83778839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:27:27:29:29:0.517857:13:16:14:13:13:16:14:13 chr4 83788344 . A T 1457.14 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143822;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.542;QD=63.3538;RBI=0.0491108;REFB=0;REVB=0.0469576;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90529e-05;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:53:39:0:0:53:39:0:0 chr4 83792555 . C A 200.33 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0513176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6517;QD=21.0874;RBI=0.0648325;REFB=-0.0567827;REVB=-0.0396202;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467648;STB=0.52629;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0519956;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:10:8:10:10:10:8 chr4 83838217 . G A 2035.48 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=136;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0125981;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4124;QD=61.6813;RBI=0.0143947;REFB=-0.0186539;REVB=-0.00696393;RO=1;SAF=43;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109238;STB=0.505746;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00032067;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:136:132:1:1:131:131:0.992424:88:43:1:0:88:43:1:0 chr4 83839799 . A G 713.66 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0376432;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.046;QD=52.8635;RBI=0.0465641;REFB=-0.0311929;REVB=-0.0274082;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018468;STB=0.519223;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000279823;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:54:1:2:52:52:0.962963:25:27:0:1:25:27:0:2 chr4 83849057 . G A 1533.76 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.821;QD=62.6025;RBI=0.0165479;REFB=0.152707;REVB=-0.00907721;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.505746;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=1.1875e-05;OID=.;OPOS=83849057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:54:43:0:0:54:43:1:0 chr4 83900043 . A G 1085.44 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022938;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.04;QD=60.3024;RBI=0.0248147;REFB=0;REVB=-0.00946684;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696603;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chr4 84191031 . A G 568.17 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.898;QD=59.8072;RBI=0.0991904;REFB=0;REVB=0.0536693;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169808;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:11:26:0:0:11:27:0:0 chr4 84205872 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.285;QD=33.4285;RBI=0.109943;REFB=0;REVB=0.0784328;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274608;OID=.;OPOS=84205872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr4 84230619 . T C 538.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0291;QD=59.8248;RBI=0.100943;REFB=0;REVB=0.0109264;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188998;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr4 84231235 . GAAAAAAAAT GAAAAAAA,GAAAAAAAT 110.37 PASS AF=0.0135135,0.5;AO=9,21;DP=79;FAO=1,37;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=1,20;FSAR=0,17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.24529,-0.0769011;FXX=0.038956;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=14.4218,7.6953;QD=5.96577;RBI=0.30818,0.221122;REFB=-0.0196029,-0.108617;REVB=0.186568,0.207319;RO=36;SAF=9,11;SAR=0,10;SRF=12;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.772498,0.20658;STB=0.992532,0.587756;STBP=0.258,0.153;TYPE=del,del;VARB=0.0150232,0.143825;OID=.,.;OPOS=84231243,84231236;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0135135,0.5:9,21:79:1,37:74:36:1,20:0,17:13:23:83:36:9,11:0,10:12:24 chr4 84240515 . T G 551.83 PASS AF=0.402685;AO=60;DP=150;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.056792;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9039;QD=14.8143;RBI=0.111766;REFB=-0.00888402;REVB=0.0962619;RO=90;SAF=31;SAR=29;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295706;STB=0.51331;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.015015;OID=.;OPOS=84240515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:90:89:60:60:0.402685:29:31:44:46:29:31:44:45 chr4 84364751 . A G 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00627446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.268;QD=12.0972;RBI=0.0345691;REFB=-0.000179749;REVB=0.0339949;RO=46;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609922;STB=0.535142;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.000380238;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:12:15:23:23:12:15:23:23 chr4 84370091 . A G 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.019035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.653;QD=22.9241;RBI=0.0191145;REFB=-0.00469745;REVB=0.00174126;RO=25;SAF=12;SAR=22;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308791;STB=0.669843;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0046016;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:22:12:19:6:22:12:19:6 chr4 84374480 . C T 400.17 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0534796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7871;QD=15.8483;RBI=0.0584039;REFB=-0.0320207;REVB=0.0234723;RO=57;SAF=25;SAR=19;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181744;STB=0.601827;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0386678;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:19:25:22:35:19:25:22:35 chr4 84376743 . A T 1116.89 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.433;QD=60.3722;RBI=0.0698789;REFB=0;REVB=-0.00482347;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143409;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:43:30:0:0:43:31:0:0 chr4 84380955 . G T 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00594991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.481;QD=17.9199;RBI=0.0133814;REFB=-0.0116277;REVB=-0.0119859;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813212;STB=0.545426;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0086083;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:16:16:14:20:16:16:14:20 chr4 84382552 . A T 526.33 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0254581;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.344;QD=20.2433;RBI=0.0271958;REFB=0.00327061;REVB=0.00956551;RO=49;SAF=23;SAR=31;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558534;STB=0.526363;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00336357;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:50:54:54:0.519231:31:23:24:25:31:23:24:26 chr4 84383810 . C T 579.02 PASS AF=0.469697;AO=59;DP=129;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0137911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.216;QD=17.5459;RBI=0.0168597;REFB=-0.0251803;REVB=-0.00969827;RO=69;SAF=33;SAR=26;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058001;STB=0.51236;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0313031;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:69:70:59:62:0.469697:26:33:39:30:28:34:40:30 chr4 85762385 . T C 2315.68 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.162;QD=63.0116;RBI=0.0245737;REFB=-0.104134;REVB=0.0203821;RO=1;SAF=77;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684268;STB=0.503597;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=1.90979e-05;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:69:77:0:1:69:77:0:1 chr4 86021741 . C T 1129.07 PASS AF=1;AO=66;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.384;QD=60.2169;RBI=0.0410973;REFB=0;REVB=0.0225703;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64238e-05;OID=.;OPOS=86021741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:66:75:1:41:25:0:0:45:30:0:0 chr4 86021765 . C T 1381.58 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0867203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2225;QD=61.4036;RBI=0.0876021;REFB=-0.141588;REVB=0.0123985;RO=1;SAF=35;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133474;STB=0.507041;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00242302;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:54:35:1:0:54:35:1:0 chr4 86021800 . A T 555.18 PASS AF=0.538462;AO=55;DP=104;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0365098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3356;QD=21.353;RBI=0.036904;REFB=9.55987e-05;REVB=0.0053798;RO=46;SAF=17;SAR=38;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189358;STB=0.607518;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000282634;OID=.;OPOS=86021800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:48:55:56:0.538462:38:17:24:22:38:18:26:22 chr4 86021967 . C T 945.48 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00152025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.757;QD=56.4463;RBI=0.0141184;REFB=-0.00296478;REVB=0.0140363;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011665;STB=0.506022;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=7.16383e-05;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:40:25:0:1:41:25:0:1 chr4 86844835 . A G 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0184245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.549;QD=12.059;RBI=0.0211513;REFB=-0.00520322;REVB=0.0103883;RO=42;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120085;STB=0.568912;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0101501;OID=.;OPOS=86844835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:14:11:14:28:14:11:14:28 chr4 86915848 . T C 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00599903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8745;QD=15.5681;RBI=0.0257034;REFB=-0.000845735;REVB=0.0249935;RO=35;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337626;STB=0.519112;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00187797;OID=.;OPOS=86915848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:20:8:11:24:20:8:11:24 chr4 86915923 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00248191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.303;QD=16.0422;RBI=0.0784241;REFB=-0.00200211;REVB=-0.0783848;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736349;STB=0.529381;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00332498;OID=.;OPOS=86915923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:9:10:15:10:9:10:15:11 chr4 86922187 . A T 407.25 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0069355;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.912;QD=17.1475;RBI=0.0115563;REFB=-0.00101494;REVB=-0.00924379;RO=55;SAF=26;SAR=16;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203049;STB=0.60399;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00135184;OID=.;OPOS=86922187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:55:53:42:42:0.442105:16:26:23:32:16:26:23:30 chr4 87024409 . T C 150.0 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00232209;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.226;QD=18.1818;RBI=0.0606906;REFB=-0.0213463;REVB=0.0606462;RO=17;SAF=2;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326871;STB=0.691071;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0478435;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:17:16:16:0.484848:14:2:6:11:14:2:6:11 chr4 87684031 . A G 1089.52 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154381;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.795;QD=60.529;RBI=0.0179913;REFB=0;REVB=-0.00923856;RO=0;SAF=56;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08705e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205924;OID=.;OPOS=87684031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:15:56:0:0:15:57:0:0 chr4 87706506 . T G 344.2 PASS AF=0.435294;AO=35;DP=84;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00635618;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1754;QD=16.1975;RBI=0.00651887;REFB=-5.64115e-05;REVB=-0.00144731;RO=48;SAF=21;SAR=14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124966;STB=0.56588;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000710012;OID=.;OPOS=87706506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:48:48:35:37:0.435294:14:21:23:25:15:22:23:25 chr4 87809020 . C G 324.18 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0197334;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.646;QD=17.0623;RBI=0.0216731;REFB=0.0124229;REVB=0.00896189;RO=41;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625799;STB=0.535115;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0082284;OID=.;OPOS=87809020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:41:35:35:0.460526:21:14:19:22:21:14:19:22 chr4 87809387 . G T 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00846834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.987;QD=59.7969;RBI=0.0095735;REFB=-0.0565541;REVB=-0.00446534;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000606256;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:18:25:0:0:18:25:0:1 chr4 88035696 . C T 261.82 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.00094563;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.515;QD=17.1688;RBI=0.022634;REFB=-0.00742082;REVB=0.0226142;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318668;STB=0.671035;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00820935;OID=.;OPOS=88035696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:32:29:29:0.47541:14:15:5:25:14:15:6:26 chr4 88056925 . A G 344.69 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133536;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.316;QD=55.1496;RBI=0.0264853;REFB=0;REVB=-0.0228725;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169859;OID=.;OPOS=88056925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr4 88058340 . C G 262.82 PASS AF=0.527273;AO=27;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0538497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6876;QD=19.1138;RBI=0.0577892;REFB=-0.0281683;REVB=0.0209714;RO=25;SAF=6;SAR=21;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265069;STB=0.618427;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0303838;OID=.;OPOS=88058340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:26:27:29:0.527273:21:6:12:13:21:8:13:13 chr4 88059642 . GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 84.87 PASS AF=0.25,0.75,0;AO=2,4,3;DP=11;FAO=2,6,0;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4,0;FSAR=1,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206013,0.0558364,0.0255937;FXX=0.27248;HRUN=1,1,1;LEN=6,4,3;MLLD=108.23,132.115,87.1879;QD=42.435;RBI=0.0212244,0.108396,0.070424;REFB=0,0,0;REVB=-0.00510494,0.0929089,0.0656087;RO=0;SAF=1,3,3;SAR=1,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0960068,0.00226716,0;OID=.,.,.;OPOS=88059643,88059643,88059673;OREF=GTGTGT,GTGT,GTC;OALT=-,-,-;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75,0:2,4,3:11:2,6,0:8:0:1,4,0:1,2,0:0:0:13:0:1,3,3:1,1,0:0:0 chr4 88231392 . T TA 167.95 PASS AF=0.382022;AO=29;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.0668784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.9573;QD=7.54842;RBI=0.0778811;REFB=0.0247897;REVB=0.0399091;RO=57;SAF=4;SAR=25;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283488;STB=0.587433;STBP=0.271;TYPE=ins;VARB=-0.0480304;OID=.;OPOS=88231393;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382022:29:89:34:89:55:7:27:17:38:99:57:4:25:17:40 chr4 88258483 . T C 646.09 PASS AF=0.909091;AO=49;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0156666;FXX=0.017854;HRUN=6;LEN=1;MLLD=99.5208;QD=46.9881;RBI=0.0156688;REFB=-0.110264;REVB=0.000261241;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200211;STB=0.52387;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00112321;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:55:55:1:5:49:50:0.909091:26:23:1:0:27:23:1:4 chr4 88333389 . G A 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0150651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9797;QD=28.8519;RBI=0.0220812;REFB=0.0112806;REVB=0.0161437;RO=16;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00334894;STB=0.501844;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0062173;OID=.;OPOS=88333389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:10:17:10:6:10:17:10:6 chr4 88333400 . A T 298.3 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00684681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.855;QD=29.8302;RBI=0.00714804;REFB=-0.0625233;REVB=0.00205323;RO=14;SAF=17;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05672;STB=0.531226;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0116914;OID=.;OPOS=88333400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:9:17:8:6:9:17:8:6 chr4 88394758 . TGTTAAATACCTG T 121.06 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.008489;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=12;MLLD=326.33;QD=6.8205;RBI=0.00959548;REFB=0.00072036;REVB=-0.00447327;RO=49;SAF=14;SAR=4;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350408;STB=0.707069;STBP=0.062;TYPE=del;VARB=-0.00209072;OID=.;OPOS=88394759;OREF=GTTAAATACCTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253521:18:72:18:71:53:14:4:28:25:99:49:14:4:25:24 chr4 88401616 . A G 1716.17 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537514;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.067;QD=60.7495;RBI=0.063305;REFB=0;REVB=0.0334412;RO=0;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157536;OID=.;OPOS=88401616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:52:61:0:0:52:61:0:0 chr4 88412806 . T C 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00245638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.411;QD=24.1571;RBI=0.00721465;REFB=-0.0164227;REVB=0.00678361;RO=21;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645959;STB=0.535596;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0115942;OID=.;OPOS=88412806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:14:16:13:8:14:16:13:8 chr4 88415636 . G C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.915;QD=63.8718;RBI=0.0209361;REFB=0;REVB=0.00786143;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15871e-05;OID=.;OPOS=88415636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr4 88416188 . G T 2178.59 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.75;QD=63.1475;RBI=0.018789;REFB=0;REVB=-0.00111129;RO=0;SAF=59;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10524e-05;OID=.;OPOS=88416188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:79:59:0:0:79:59:0:0 chr4 88416223 . A G 2274.49 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337885;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9178;QD=63.622;RBI=0.0400099;REFB=0;REVB=0.0214273;RO=0;SAF=56;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24902e-05;OID=.;OPOS=88416223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:141:143:1:85:56:0:0:86:57:0:0 chr4 88534235 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00220641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.671;QD=16.8984;RBI=0.0402776;REFB=-0.00518643;REVB=0.0402171;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130908;STB=0.576311;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00418078;OID=.;OPOS=88534235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:5:4:3:7:5:4 chr4 88536362 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0693669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.251;QD=12.7301;RBI=0.071845;REFB=-0.0691915;REVB=-0.0187065;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940419;STB=0.555438;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.093328;OID=.;OPOS=88536362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:3:9:6:3:3:9 chr4 88583135 . A T 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0136792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.167;QD=16.0643;RBI=0.0141589;REFB=-0.0165514;REVB=0.00365451;RO=31;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128966;STB=0.572946;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0144838;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:10:16:15:16:10:16:15:16 chr4 88732531 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.354;QD=44.6898;RBI=0.0866112;REFB=0;REVB=0.0865803;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117874;OID=.;OPOS=88732531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr4 88732746 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.129;QD=58.5848;RBI=0.0774591;REFB=0;REVB=0.0551058;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517172;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr4 88732763 . A G 121.48 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0354408;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.6535;QD=14.2922;RBI=0.106163;REFB=-0.0288816;REVB=-0.100072;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244948;STB=0.642653;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0388685;OID=.;OPOS=88732763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:8:12:5:9:8:12 chr4 88732874 . A G 403.82 PASS AF=0.744186;AO=32;DP=43;FAO=32;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00801819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.675;QD=37.5642;RBI=0.0120444;REFB=-0.0264581;REVB=0.00898756;RO=11;SAF=10;SAR=22;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165102;STB=0.589847;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0086114;OID=.;OPOS=88732874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:11:11:32:32:0.744186:22:10:7:4:22:10:7:4 chr4 88732911 . C T 88.89 PASS AF=0.24;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0172879;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9081;QD=7.11085;RBI=0.072532;REFB=-0.0200582;REVB=-0.0704416;RO=36;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552418;STB=0.829894;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0319577;OID=.;OPOS=88732911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:48:50:36:38:12:12:0.24:3:9:9:27:3:9:10:28 chr4 88813503 . T C 1298.5 PASS AF=0.490706;AO=131;DP=268;FAO=132;FDP=269;FR=.;FRO=137;FSAF=57;FSAR=75;FSRF=59;FSRR=78;FWDB=0.00421333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.638;QD=19.3085;RBI=0.0134098;REFB=-0.00977309;REVB=0.0127307;RO=137;SAF=57;SAR=74;SRF=59;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00421964;STB=0.500603;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0106513;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:269:137:137:131:132:0.490706:74:57:59:78:75:57:59:78 chr4 88898941 . C T 347.87 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0205046;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7501;QD=19.598;RBI=0.03899;REFB=-0.0109644;REVB=-0.0331629;RO=35;SAF=21;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137503;STB=0.576428;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.01166;OID=.;OPOS=88898941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:35:36:36:0.507042:15:21:15:20:15:21:15:20 chr4 88901258 . C A 174.53 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0146332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.234;QD=19.9461;RBI=0.0178314;REFB=-0.00569442;REVB=0.0101897;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203793;STB=0.613921;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00567607;OID=.;OPOS=88901258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:3:14:11:7:3:14 chr4 88902692 . T C 803.6 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00940961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.5;QD=55.4206;RBI=0.0584249;REFB=-0.185348;REVB=0.0576621;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00214696;OID=.;OPOS=88902692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:0:1:32:25:0:1 chr4 88903853 . C A,T 1464.01 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=5,89;DP=96;FAO=4,90;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=3,16;FSAR=1,74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546913,0.00389831;FXX=0.0208312;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.2044,139.998;QD=62.2984;RBI=0.0549717,0.017637;REFB=0,0;REVB=-0.00554544,0.0172008;RO=0;SAF=4,15;SAR=1,74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.21813,-0.00111193;OID=.,.;OPOS=88903853,88903853;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:96:94:0:0:5,89:4,90:0.0425532,0.957447:1,74:4,15:0:0:1,74:3,16:0:0 chr4 88921446 . G C 518.35 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0231135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7779;QD=22.7848;RBI=0.0616347;REFB=0.0306004;REVB=0.0571367;RO=41;SAF=24;SAR=25;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790916;STB=0.537619;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0260135;OID=.;OPOS=88921446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:42:49:49:0.538462:25:24:24:17:25:24:24:18 chr4 88921512 . G A 497.72 PASS AF=0.521739;AO=47;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.028334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.701;QD=21.6398;RBI=0.0333677;REFB=-0.00767974;REVB=-0.0176234;RO=43;SAF=22;SAR=25;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00258001;STB=0.500907;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00485583;OID=.;OPOS=88921512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:44:47:48:0.521739:25:22:20:23:25:23:21:23 chr4 89018715 . G C 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0812652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1462;QD=14.7013;RBI=0.0842566;REFB=-0.00577005;REVB=0.0222521;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355293;STB=0.703838;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00402764;OID=.;OPOS=89018715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:3:12:5:7:3:12 chr4 89053718 . T C 360.77 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0291453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4165;QD=17.5985;RBI=0.0624649;REFB=0.0124258;REVB=-0.0552487;RO=44;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344921;STB=0.501929;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0119914;OID=.;OPOS=89053718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:18:20:23:21:18:20:23:21 chr4 89061114 . C T 352.46 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00531728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.991;QD=18.3095;RBI=0.00597778;REFB=0.00251049;REVB=-0.00273136;RO=40;SAF=18;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104335;STB=0.558109;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00188964;OID=.;OPOS=89061114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:19:18:15:25:19:18:15:25 chr4 89182518 . T C 501.14 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.327;QD=58.9577;RBI=0.0396977;REFB=0;REVB=0.0381832;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161277;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr4 89319296 . T C 536.94 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4802;QD=59.6604;RBI=0.0368401;REFB=0;REVB=0.0350654;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833167;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr4 89397091 . A G 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.468;QD=61.8671;RBI=0.0176485;REFB=-0.096653;REVB=0.00894116;RO=1;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920527;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-1.26701e-05;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:51:41:0:1:51:41:0:1 chr4 89415396 . T C 1756.55 PASS AF=0.959677;AO=119;DP=124;FAO=119;FDP=124;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00311203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2137;QD=56.6629;RBI=0.00487811;REFB=0.000680837;REVB=0.00375649;RO=5;SAF=48;SAR=71;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046942;STB=0.524748;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.000333202;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:124:124:5:5:119:119:0.959677:71:48:5:0:71:48:5:0 chr4 89577214 . A T 694.49 PASS AF=0.558333;AO=67;DP=120;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0102725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.787;QD=23.1498;RBI=0.0133647;REFB=-0.0118339;REVB=-0.00854932;RO=53;SAF=26;SAR=41;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228513;STB=0.512496;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00980759;OID=.;OPOS=89577214;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:53:53:67:67:0.558333:41:26:22:31:41:26:22:31 chr4 89607932 . G A 243.17 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.000540466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.933;QD=11.4431;RBI=0.00706688;REFB=-0.0162048;REVB=0.00704618;RO=55;SAF=14;SAR=16;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272045;STB=0.515713;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0327099;OID=.;OPOS=89607932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:16:14:27:28:16:14:27:28 chr4 89617387 . A G 706.31 PASS AF=0.522727;AO=69;DP=132;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0509174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.661;QD=21.4034;RBI=0.0509844;REFB=0.00201007;REVB=-0.00261206;RO=63;SAF=44;SAR=25;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171917;STB=0.594567;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00234523;OID=.;OPOS=89617387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:63:63:69:69:0.522727:25:44:28:35:25:44:28:35 chr4 89618837 . T C 365.96 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0162247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.595;QD=21.5268;RBI=0.0163484;REFB=-0.0299362;REVB=-0.00200802;RO=31;SAF=25;SAR=12;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283723;STB=0.515687;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0228503;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:12:25:20:11:12:25:20:11 chr4 89619276 . A G 296.4 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=42;FWDB=0.0176082;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.609;QD=15.0074;RBI=0.0262212;REFB=-0.00283861;REVB=0.0194295;RO=45;SAF=4;SAR=29;SRF=4;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08355;STB=0.550359;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00470962;OID=.;OPOS=89619276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:46:33:33:0.417722:29:4:4:41:29:4:4:42 chr4 89647798 . AAC AAA,A 171.13 PASS AF=0,0.45;AO=7,13;DP=48;FAO=0,18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=0,12;FSAR=0,6;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.000453158,0.000231899;FXX=0.0243843;HRUN=1,7;LEN=1,2;MLLD=287.76,291.751;QD=17.1133;RBI=0.0015703,0.00420141;REFB=-0.00904766,-0.0105933;REVB=-0.00150349,-0.004195;RO=24;SAF=2,9;SAR=5,4;SRF=6;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0535737,0.456874;STB=0.5,0.709454;STBP=1,0.028;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0182618;OID=.,.;OPOS=89647800,89647799;OREF=C,AC;OALT=A,-;OMAPALT=AAA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.45:7,13:48:0,18:40:22:0,12:0,6:6:16:99:24:2,9:5,4:6:18 chr4 89670155 . C T 406.49 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.00751718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.879;QD=14.1387;RBI=0.00981937;REFB=-0.00613362;REVB=0.0063176;RO=68;SAF=22;SAR=25;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752463;STB=0.54238;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00916434;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:68:47:47:0.408696:25:22:27:41:25:22:27:41 chr4 90168415 . A T 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00882435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.186;QD=12.059;RBI=0.0216593;REFB=-0.00391156;REVB=0.0197802;RO=42;SAF=18;SAR=7;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180415;STB=0.60475;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00808154;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:7:18:24:18:7:18:24:18 chr4 90168566 . C A 505.9 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0108876;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9571;QD=22.4844;RBI=0.0327672;REFB=-0.0303781;REVB=-0.0309054;RO=42;SAF=30;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109345;STB=0.560319;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0206742;OID=.;OPOS=90168566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:42:42:48:48:0.533333:18:30:21:21:18:30:21:21 chr4 90168572 . C T 503.67 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0265496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8907;QD=22.3854;RBI=0.037424;REFB=-0.0192327;REVB=-0.0263757;RO=41;SAF=29;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789096;STB=0.549742;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.01911;OID=.;OPOS=90168572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:41:42:48:48:0.533333:19:29:21:20:19:29:21:21 chr4 90169925 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.681;QD=57.1061;RBI=0.0437481;REFB=0;REVB=0.0183667;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130503;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr4 90170118 . A G 229.23 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0504672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1945;QD=14.5544;RBI=0.0567262;REFB=-0.0107441;REVB=-0.0259022;RO=35;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159763;STB=0.599924;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0196936;OID=.;OPOS=90170118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:9:18:18:17:9:18:18:18 chr4 90171312 . T G,TG 68.45 PASS AF=0,0.303571;AO=8,6;DP=58;FAO=0,17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=0,2;FSAR=0,15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.103326,0.180267;FXX=0.0508388;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=78.2652,16.2963;QD=4.88945;RBI=0.121547,0.18299;REFB=-0.0228373,-0.0711897;REVB=-0.0640114,-0.0314482;RO=44;SAF=0,0;SAR=8,6;SRF=19;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.665914,-0.611804;STB=0.5,0.793461;STBP=1,0.015;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.148283;OID=.,.;OPOS=90171312,90171313;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:58:56:44:39:8,6:0,17:0,0.303571:8,6:0,0:19:25:0,15:0,2:17:22 chr4 90857479 . G A 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0209185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.569;QD=22.8809;RBI=0.0239392;REFB=-0.00112733;REVB=0.0116405;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15127;STB=0.583209;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00133698;OID=.;OPOS=90857479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:16:19:9:17:16:19:9:17 chr4 90874879 . T C 791.22 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578566;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.072;QD=64.5895;RBI=0.0585772;REFB=0;REVB=0.00915997;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286936;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr4 91230579 . G A 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00215356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.173;QD=19.3861;RBI=0.00595243;REFB=-0.016866;REVB=0.0055492;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914353;STB=0.55092;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0151639;OID=.;OPOS=91230579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:22:13:16:18:22:13:16:18 chr4 91291407 . C T 417.2 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00924673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.919;QD=15.4519;RBI=0.0143515;REFB=-0.0154976;REVB=0.0109756;RO=61;SAF=21;SAR=26;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062047;STB=0.534795;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0206268;OID=.;OPOS=91291407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:26:21:31:30:26:21:31:30 chr4 91584992 . A G 2584.55 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.388;QD=61.9055;RBI=0.0263751;REFB=0;REVB=-0.00290524;RO=0;SAF=70;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11005e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05396e-05;OID=.;OPOS=91584992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:97:70:0:0:97:70:0:0 chr4 91585003 . T C 655.19 PASS AF=0.439024;AO=72;DP=164;FAO=72;FDP=164;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0597165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.459;QD=15.9803;RBI=0.0632886;REFB=-0.0297075;REVB=0.0209618;RO=91;SAF=24;SAR=48;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14783;STB=0.586182;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0215147;OID=.;OPOS=91585003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:91:92:72:72:0.439024:48:24:43:48:48:24:44:48 chr4 91585060 . A T 606.33 PASS AF=0.561224;AO=54;DP=97;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.00386955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.917;QD=24.748;RBI=0.0136699;REFB=-0.0273653;REVB=0.0131108;RO=43;SAF=22;SAR=32;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695877;STB=0.53447;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0194688;OID=.;OPOS=91585060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:43:43:54:55:0.561224:32:22:14:29:33:22:14:29 chr4 91832437 . G T 502.23 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.035295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7763;QD=15.9437;RBI=0.0359296;REFB=-0.0364911;REVB=0.00672295;RO=69;SAF=22;SAR=33;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651361;STB=0.529401;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0193905;OID=.;OPOS=91832437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:71:55:55:0.436508:33:22:32:37:33:22:32:39 chr4 92240278 . A T 2432.83 PASS AF=1;AO=86;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.8067;QD=58.2713;RBI=0.228328;REFB=0;REVB=0.227348;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015002;OID=.;OPOS=92240278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:167:167:0:0:86:167:1:36:50:0:0:92:75:0:0 chr4 92240802 . C T 1240.28 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250971;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.006;QD=60.5016;RBI=0.0537569;REFB=0;REVB=-0.0475388;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696037;OID=.;OPOS=92240802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:79:82:1:33:46:0:0:35:47:0:0 chr4 92246344 . G A 2241.86 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0431239;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.816;QD=62.7094;RBI=0.047858;REFB=-0.071935;REVB=0.0207536;RO=0;SAF=67;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000179018;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:143:0:1:142:142:0.993007:75:67:0:0:75:67:0:1 chr4 94316763 . T G 576.63 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00971369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9949;QD=24.279;RBI=0.0217582;REFB=-0.0181366;REVB=-0.0194696;RO=40;SAF=26;SAR=27;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105514;STB=0.546194;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0177339;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:40:42:53:53:0.557895:27:26:25:15:27:26:25:17 chr4 95134165 . C G 314.62 PASS AF=0.5;AO=32;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00388845;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7643;QD=18.5071;RBI=0.0365142;REFB=-0.0294785;REVB=0.0363066;RO=29;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107426;STB=0.529395;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0562447;OID=.;OPOS=95134165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:29:34:32:34:0.5:15:17:19:10:17:17:19:15 chr4 95169682 . G T 360.63 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00299925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9485;QD=14.2825;RBI=0.00940289;REFB=-0.0105021;REVB=-0.00891172;RO=60;SAF=19;SAR=22;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090731;STB=0.5513;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0262226;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:22:19:33:27:22:19:33:27 chr4 95170839 . G A 523.2 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0194513;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.271;QD=23.5147;RBI=0.032334;REFB=-0.0167391;REVB=0.0258289;RO=40;SAF=20;SAR=29;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117132;STB=0.564385;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00966085;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:40:40:49:49:0.550562:29:20:22:18:29:20:22:18 chr4 95173779 . T C 276.76 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00707476;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1832;QD=18.1479;RBI=0.0297621;REFB=-0.00761396;REVB=0.028909;RO=31;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156743;STB=0.508766;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00807613;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:31:30:30:0.491803:14:16:16:15:14:16:16:15 chr4 95186055 . A G 390.39 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00661049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.34;QD=19.0435;RBI=0.00666357;REFB=-0.00727852;REVB=0.000839393;RO=41;SAF=19;SAR=21;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105781;STB=0.511622;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00737163;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:21:19:19:22:21:19:19:23 chr4 95197520 . C T 385.83 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0168537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.573;QD=15.589;RBI=0.0173441;REFB=-0.0085003;REVB=-0.00409515;RO=58;SAF=18;SAR=23;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991312;STB=0.555967;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00981443;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:23:18:31:27:23:18:31:27 chr4 95211610 . T C 244.33 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.000774462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.659;QD=17.4524;RBI=0.0270913;REFB=-0.0114073;REVB=0.0270802;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339652;STB=0.539781;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0125572;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:29:27:27:0.482143:16:11:12:15:16:11:14:15 chr4 95496882 . C T 116.78 PASS AF=0.294118;AO=12;DP=49;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00998704;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.623;QD=9.15903;RBI=0.0148426;REFB=-0.0177333;REVB=0.0109801;RO=37;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163016;STB=0.55193;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0403073;OID=.;OPOS=95496882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:37:36:12:15:0.294118:6:6:19:18:6:9:19:17 chr4 95503902 . T C 198.67 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0312036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2637;QD=19.3819;RBI=0.032381;REFB=-0.00740027;REVB=-0.00865229;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221153;STB=0.609652;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0113686;OID=.;OPOS=95503902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:21:19:20:0.487805:9:10:6:15:10:10:6:15 chr4 95531417 . A G 1134.95 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.07;QD=60.5308;RBI=0.0303613;REFB=0;REVB=-0.00949052;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14352e-05;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:49:26:0:0:49:26:0:0 chr4 95539267 . G A 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.80018e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.013;QD=59.3212;RBI=0.0178831;REFB=0;REVB=0.0178829;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92994e-05;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr4 95561459 . A G 220.03 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0321508;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.895;QD=14.9172;RBI=0.0348451;REFB=-0.0206475;REVB=0.0134354;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408068;STB=0.523143;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.030595;OID=.;OPOS=95561459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:33:26:26:0.440678:10:16:19:14:10:16:19:14 chr4 95578588 . G A 2307.64 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252929;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.87;QD=61.1296;RBI=0.0438197;REFB=0;REVB=0.0357832;RO=0;SAF=81;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182788;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:70:81:0:0:70:81:0:0 chr4 95587587 . T C 624.6 PASS AF=0.608696;AO=54;DP=91;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0389209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.0012;QD=27.1566;RBI=0.039793;REFB=0.00707741;REVB=-0.00828488;RO=36;SAF=22;SAR=32;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109942;STB=0.557324;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00414629;OID=.;OPOS=95587587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:36:36:54:56:0.608696:32:22:20:16:33:23:20:16 chr4 95588075 . G A 567.92 PASS AF=0.565657;AO=55;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00177196;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.479;QD=22.9464;RBI=0.0251016;REFB=-0.00767972;REVB=-0.0250389;RO=42;SAF=33;SAR=22;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080856;STB=0.552826;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0100846;OID=.;OPOS=95588075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:43:55:56:0.565657:22:33:21:21:22:34:21:22 chr4 96123981 . C T 344.6 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.000298926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6304;QD=19.1446;RBI=0.0103547;REFB=-0.0147135;REVB=-0.0103504;RO=36;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995585;STB=0.555354;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0126943;OID=.;OPOS=96123981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:19:17:21:15:19:17:21:15 chr4 96127869 . T G 279.52 PASS AF=0.4;AO=31;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=0.00663191;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.688;QD=13.9758;RBI=0.0313835;REFB=-0.0192091;REVB=-0.0306748;RO=48;SAF=24;SAR=7;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509537;STB=0.509044;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0277103;OID=.;OPOS=96127869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:31:32:0.4:7:24:37:11:7:25:37:11 chr4 96169733 . G T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5932;QD=58.5997;RBI=0.037074;REFB=0;REVB=-0.0369457;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251448;OID=.;OPOS=96169733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr4 96256616 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0235;QD=61.852;RBI=0.069457;REFB=0;REVB=-0.0156964;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395919;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr4 96256673 . G A 1552.15 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134965;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.554;QD=64.0061;RBI=0.0512338;REFB=0;REVB=-0.0494241;RO=0;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92009e-05;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:38:58:0:0:39:58:0:0 chr4 97270159 . C G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0137151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.14;QD=20.5466;RBI=0.0170646;REFB=-0.0245801;REVB=0.0101536;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404908;STB=0.522801;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00916597;OID=.;OPOS=97270159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:10:12:11:11:10:12:11:11 chr4 98902409 . C T 342.13 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.092992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7012;QD=12.9106;RBI=0.105308;REFB=0.00469337;REVB=-0.0494195;RO=64;SAF=20;SAR=21;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372811;STB=0.516121;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0110483;OID=.;OPOS=98902409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:65:41:41:0.386792:21:20:29:35:21:20:30:35 chr4 99030404 . GA G 76.47 PASS AF=0.435897;AO=15;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.00322584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.526;QD=7.84263;RBI=0.05108;REFB=-0.0823564;REVB=0.050978;RO=22;SAF=0;SAR=15;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.762483;STB=0.571334;STBP=0.768;TYPE=del;VARB=0.121177;OID=.;OPOS=99030405;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435897:15:39:17:39:22:1:16:2:20:76:22:0:15:2:20 chr4 99218108 . G GA 225.81 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00438116;FXX=0.0327815;HRUN=0;LEN=1;MLLD=141.968;QD=15.3092;RBI=0.00544585;REFB=-0.0179263;REVB=0.00323462;RO=30;SAF=13;SAR=17;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156192;STB=0.584723;STBP=0.207;TYPE=ins;VARB=0.0260309;OID=.;OPOS=99218109;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.525424:30:61:31:59:28:13:18:7:21:99:30:13:17:8:22 chr4 99850126 . A G 254.69 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.00732867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.447;QD=11.4466;RBI=0.0764249;REFB=-0.00546865;REVB=-0.0760727;RO=51;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202587;STB=0.639572;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0229232;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:51:58:31:31:0.348315:13:18:20:31:13:18:21:37 chr4 100045574 . T C 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.466;QD=56.4873;RBI=0.0350867;REFB=-0.0198083;REVB=0.0140368;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.519988;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00079347;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:12:23:0:1:12:23:0:1 chr4 100045616 . C T 555.39 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.497;QD=60.0424;RBI=0.0169291;REFB=0;REVB=0.0161838;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192217;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:17:20:0:0 chr4 100045647 . A G 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.809;QD=58.131;RBI=0.03937;REFB=0;REVB=0.0369392;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171283;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr4 100048414 . T C 1546.2 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000603036;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.78;QD=59.4694;RBI=0.0955942;REFB=0;REVB=0.0955923;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46343e-05;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:49:54:0:0:50:54:0:0 chr4 100052733 . C A 776.19 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223503;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.582;QD=55.4421;RBI=0.0224367;REFB=0;REVB=0.0223251;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129067;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:17:35:0:0:21:35:0:0 chr4 100062819 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.441;QD=59.1432;RBI=0.0289648;REFB=0;REVB=0.0250453;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76218e-05;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr4 100064247 . G T 434.32 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0853577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4018;QD=17.5482;RBI=0.0865157;REFB=-0.00932935;REVB=-0.0141072;RO=53;SAF=19;SAR=25;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763226;STB=0.540522;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00822645;OID=.;OPOS=100064247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:53:54:44:45:0.454545:25:19:27:26:25:20:28:26 chr4 100064305 . C G 1729.03 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136888;FXX=0.0338954;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.119;QD=60.6677;RBI=0.0148348;REFB=0;REVB=0.00571739;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00438418;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:114:0:0:112:114:1:63:49:0:0:63:51:0:0 chr4 100140306 . A T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.121;QD=58.7809;RBI=0.062892;REFB=0;REVB=0.0563168;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001548;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr4 100235053 . A G 3082.69 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169507;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9063;QD=61.3471;RBI=0.0393043;REFB=-0.0145216;REVB=-0.0354613;RO=1;SAF=86;SAR=115;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412395;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378198;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:201:1:0:201:201:1:115:86:0:1:115:86:0:0 chr4 100266133 . T C 2879.89 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294687;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.721;QD=62.9483;RBI=0.0468203;REFB=0;REVB=0.0363832;RO=0;SAF=87;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16977e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194817;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:183:0:0:181:183:1:94:87:0:0:94:89:0:0 chr4 100268190 . A C 2828.68 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.079492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.892;QD=62.1687;RBI=0.0795035;REFB=0.0100851;REVB=-0.0013529;RO=1;SAF=77;SAR=104;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614274;STB=0.503225;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000390138;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:1:1:181:181:0.994505:104:77:1:0:104:77:1:0 chr4 100356179 . C T 150.24 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=55;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0230602;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.372;QD=11.1289;RBI=0.0233668;REFB=-0.0133123;REVB=0.00377294;RO=36;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940995;STB=0.5447;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0295729;OID=.;OPOS=100356179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:36:35:18:19:0.351852:10:8:19:17:10:9:19:16 chr4 100443720 . G A 430.55 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0193237;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1386;QD=17.7546;RBI=0.0216366;REFB=0.00697193;REVB=-0.0097332;RO=53;SAF=18;SAR=26;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992422;STB=0.55553;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0076603;OID=.;OPOS=100443720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:26:18:27:26:26:18:27:26 chr4 100443782 . T C 350.05 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=74;FAO=24;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0117919;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.342;QD=19.4472;RBI=0.0118246;REFB=-0.0146711;REVB=-0.000879144;RO=37;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0029945;STB=0.506324;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0292196;OID=.;OPOS=100443782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:37:35:21:24:0.333333:13:8:14:23:16:8:12:23 chr4 100457117 . A ACAGT 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0113886;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=317.05;QD=15.1604;RBI=0.0134032;REFB=-0.0111818;REVB=0.00706728;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035962;STB=0.520807;STBP=0.853;TYPE=ins;VARB=0.014671;OID=.;OPOS=100457118;OREF=-;OALT=CAGT;OMAPALT=ACAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:16:38:16:38:22:6:10:9:13:99:22:6:10:9:13 chr4 100504575 . G C 304.06 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00432706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4266;QD=14.8322;RBI=0.0218816;REFB=-0.0227816;REVB=0.0214495;RO=48;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343906;STB=0.519469;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0532013;OID=.;OPOS=100504575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:18:16:21:27:18:16:21:27 chr4 100510859 . T C 1766.86 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.437;QD=60.9262;RBI=0.0539596;REFB=0;REVB=0.0301155;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114024;OID=.;OPOS=100510859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:53:62:0:0:54:62:0:0 chr4 100510903 . A G 471.33 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0255841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6722;QD=23.5664;RBI=0.0394958;REFB=0.0168617;REVB=0.0300894;RO=34;SAF=25;SAR=20;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259536;STB=0.505615;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0115527;OID=.;OPOS=100510903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:35:45:45:0.5625:20:25:19:15:20:25:19:16 chr4 100512412 . T C 583.67 PASS AF=0.508621;AO=58;DP=119;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00829312;FXX=0.0333306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.179;QD=20.1266;RBI=0.00856134;REFB=-0.00773296;REVB=-0.00212621;RO=57;SAF=24;SAR=34;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102028;STB=0.550793;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00781359;OID=.;OPOS=100512412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:116:57:57:58:59:0.508621:34:24:30:27:34:25:30:27 chr4 100516022 . C G 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.001;QD=59.9236;RBI=0.00458346;REFB=0;REVB=0.00161928;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89981e-06;OID=.;OPOS=100516022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:60:45:0:0:60:45:0:0 chr4 100570681 . T A 467.13 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.04748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6082;QD=22.7867;RBI=0.0820438;REFB=0.00452333;REVB=0.0669091;RO=37;SAF=21;SAR=24;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593772;STB=0.503267;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00226198;OID=.;OPOS=100570681;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:24:21:17:20:24:21:17:20 chr4 100574195 . A G 467.72 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00776912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.702;QD=20.1169;RBI=0.0373878;REFB=-0.00229696;REVB=-0.0365717;RO=46;SAF=21;SAR=25;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393632;STB=0.527414;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00278073;OID=.;OPOS=100574195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:47:46:46:0.494624:25:21:23:23:25:21:24:23 chr4 100574821 . C G 195.73 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0222065;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.5197;QD=25.2557;RBI=0.0572818;REFB=-0.0519742;REVB=0.0528023;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556201;STB=0.531002;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0460467;OID=.;OPOS=100574821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:11:8:6:6:11:8:6:6 chr4 100575398 . C T 669.69 PASS AF=0.492647;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.0159078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.989;QD=19.6967;RBI=0.0304316;REFB=-0.0172054;REVB=-0.0259427;RO=69;SAF=37;SAR=30;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664909;STB=0.536662;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.018241;OID=.;OPOS=100575398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:69:69:67:67:0.492647:30:37:43:26:30:37:43:26 chr4 100575483 . G T 315.12 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0514358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9531;QD=15.0056;RBI=0.0515294;REFB=-0.000360319;REVB=-0.00310329;RO=49;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168482;STB=0.509531;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00157769;OID=.;OPOS=100575483;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:18:17:23:26:18:17:23:26 chr4 100575711 . C T 480.13 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00126077;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.587;QD=18.2907;RBI=0.033241;REFB=-0.00472471;REVB=-0.0332171;RO=54;SAF=24;SAR=27;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101264;STB=0.505616;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00550594;OID=.;OPOS=100575711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:54:54:51:51:0.485714:27:24:26:28:27:24:26:28 chr4 100575714 . C T 466.74 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00328154;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.963;QD=16.6693;RBI=0.0143173;REFB=-0.0110253;REVB=0.0139361;RO=61;SAF=25;SAR=26;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625983;STB=0.534886;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0054133;OID=.;OPOS=100575714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:61:61:51:51:0.455357:26:25:26:35:26:25:26:35 chr4 100790675 . G A 477.94 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.0283971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6168;QD=17.5391;RBI=0.0464127;REFB=-0.0298603;REVB=-0.0367116;RO=57;SAF=21;SAR=31;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701089;STB=0.538847;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0267408;OID=.;OPOS=100790675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:57:52:52:0.477064:31:21:19:38:31:21:19:38 chr4 101401161 . TAAC T 1748.87 PASS AF=0.955696;AO=146;DP=157;FAO=151;FDP=158;FR=.;FRO=7;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00723849;FXX=0.030673;HRUN=2;LEN=3;MLLD=241.074;QD=44.2753;RBI=0.00727238;REFB=-0.0359941;REVB=0.000701287;RO=0;SAF=67;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98198e-08;STB=0.512107;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=7.12159e-05;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.955696:146:157:151:158:7:67:84:5:2:4:0:67:79:0:0 chr4 102251501 . T C 589.95 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0281795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9489;QD=18.5811;RBI=0.0511718;REFB=-0.00668555;REVB=0.0427137;RO=66;SAF=40;SAR=21;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152854;STB=0.584862;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00627782;OID=.;OPOS=102251501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:66:61:61:0.480315:21:40:33:33:21:40:33:33 chr4 102965043 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.756;QD=57.3847;RBI=0.00560103;REFB=0;REVB=-0.0052525;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10676e-05;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr4 103514658 . T C 845.52 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768268;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.3;QD=57.3233;RBI=0.0193533;REFB=0;REVB=0.0177631;RO=0;SAF=41;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000988669;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:17:41:0:0:17:42:0:0 chr4 103555992 . A G 360.98 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0391944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7761;QD=15.1992;RBI=0.0649022;REFB=0.00945677;REVB=-0.051731;RO=56;SAF=19;SAR=20;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174565;STB=0.598215;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0154159;OID=.;OPOS=103555992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:20:19:18:38:20:19:18:38 chr4 103557077 . G A 171.67 PASS AF=0.354839;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0150129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.586;QD=11.0753;RBI=0.0175064;REFB=-0.00175175;REVB=0.0090048;RO=40;SAF=12;SAR=9;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244031;STB=0.502956;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00403738;OID=.;OPOS=103557077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:40:40:21:22:0.354839:9:12:22:18:10:12:22:18 chr4 103644199 . C T 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0210985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.95;QD=19.2749;RBI=0.0239053;REFB=-0.010592;REVB=-0.0112391;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317992;STB=0.67929;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0110417;OID=.;OPOS=103644199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:8:15:8:18:8:15:8:18 chr4 103808862 . T C 60.99 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00676459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.245;QD=4.28006;RBI=0.00695586;REFB=-0.00244796;REVB=-0.00162;RO=47;SAF=2;SAR=8;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39899;STB=0.769804;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0204485;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:8:2:24:23:8:2:24:23 chr4 103866480 . G A 647.59 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.17;QD=61.6748;RBI=0.0666659;REFB=0;REVB=0.0352055;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135403;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:10:31:0:0:11:31:0:0 chr4 103911069 . C A 632.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.937;QD=61.6833;RBI=0.0228847;REFB=0;REVB=0.0118928;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012539;OID=.;OPOS=103911069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:22:19:0:0 chr4 103988772 . T C 426.68 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0169717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6201;QD=19.1768;RBI=0.0330708;REFB=-0.0230632;REVB=0.0283837;RO=46;SAF=17;SAR=26;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158804;STB=0.58838;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0240408;OID=.;OPOS=103988772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:26:17:26:20:26:17:26:20 chr4 104059542 . G A 821.48 PASS AF=0.604839;AO=75;DP=125;FAO=75;FDP=124;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0142868;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.542;QD=26.4992;RBI=0.0158991;REFB=-0.0154723;REVB=-0.00697612;RO=49;SAF=38;SAR=37;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056809;STB=0.530832;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0116555;OID=.;OPOS=104059542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:49:49:75:75:0.604839:37:38:21:28:37:38:21:28 chr4 104066461 . A G 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0384126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.848;QD=9.67077;RBI=0.0384912;REFB=-0.000794547;REVB=0.00245987;RO=36;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368822;STB=0.719361;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0018709;OID=.;OPOS=104066461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:5:11:13:23:5:11:13:23 chr4 104082349 . C T 564.25 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0121997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.776;QD=26.869;RBI=0.0183711;REFB=-0.00498189;REVB=-0.0137355;RO=33;SAF=27;SAR=24;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556373;STB=0.530313;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0031411;OID=.;OPOS=104082349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:33:33:51:51:0.607143:24:27:20:13:24:27:20:13 chr4 104102563 . T C 466.93 PASS AF=0.7;AO=42;DP=60;FAO=42;FDP=60;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0127772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.936;QD=31.1284;RBI=0.0388374;REFB=-0.0247015;REVB=0.0366755;RO=18;SAF=15;SAR=27;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115124;STB=0.56247;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0136458;OID=.;OPOS=104102563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:18:18:42:42:0.7:27:15:10:8:27:15:10:8 chr4 104117191 . A G 159.55 PASS AF=0.485714;AO=14;DP=32;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00689062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.736;QD=18.2337;RBI=0.0424446;REFB=-0.0289305;REVB=0.0418815;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961734;STB=0.511098;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0332146;OID=.;OPOS=104117191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:18:18:14:17:0.485714:8:6:6:12:11:6:6:12 chr4 106155751 . G A 240.86 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.005119;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.871;QD=16.611;RBI=0.0262503;REFB=-0.0235252;REVB=0.0257463;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522636;STB=0.52939;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0324981;OID=.;OPOS=106155751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:20:11:11:16:20:11 chr4 106158216 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0137818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.571;QD=18.9665;RBI=0.0173986;REFB=-0.00854918;REVB=-0.0106195;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231686;STB=0.638664;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0105926;OID=.;OPOS=106158216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:12:10:17:7:12:10:18:7 chr4 106159644 . T A 245.61 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0290683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.116;QD=44.6559;RBI=0.0312981;REFB=0.0981311;REVB=0.0116019;RO=2;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918973;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=6.79231e-05;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:2:1:20:21:0.954545:11:9:2:0:11:10:1:0 chr4 106190862 . T C 411.32 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00601482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.087;QD=21.0935;RBI=0.00640862;REFB=-0.00741844;REVB=-0.00221186;RO=37;SAF=16;SAR=25;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107224;STB=0.505926;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00831768;OID=.;OPOS=106190862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:25:16:14:23:25:16:14:23 chr4 106317429 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.963;QD=60.9786;RBI=0.0216845;REFB=0;REVB=0.00787521;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104739;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr4 106328200 . A G 140.2 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.684;QD=43.1394;RBI=0.00868209;REFB=0;REVB=0.00852796;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0062932;OID=.;OPOS=106328200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:7:6:0:0 chr4 106474096 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00393967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.104;QD=60.8835;RBI=0.0121578;REFB=0;REVB=0.0115018;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47865e-05;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:49:28:0:0:49:28:0:0 chr4 106861730 . A G 1515.42 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0615195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.357;QD=61.8539;RBI=0.0615949;REFB=0.00320838;REVB=-0.00304632;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000130047;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:95:97:0.989796:59:36:0:0:59:38:1:0 chr4 106924931 . G A 1517.62 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5673;QD=63.2341;RBI=0.0447776;REFB=0;REVB=0.0293842;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651447;OID=.;OPOS=106924931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:40:55:0:0:41:55:0:0 chr4 107133919 . A G 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0146349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.761;QD=20.8117;RBI=0.0198928;REFB=-0.016296;REVB=-0.0134737;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191387;STB=0.607385;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0182578;OID=.;OPOS=107133919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:10:13:8:15:10:13:8:15 chr4 107156462 . C T 775.13 PASS AF=0.407407;AO=88;DP=216;FAO=88;FDP=216;FR=.;FRO=128;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=72;FSRR=56;FWDB=0.0045002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.15;QD=14.3542;RBI=0.0161327;REFB=-0.0132296;REVB=-0.0154923;RO=127;SAF=47;SAR=41;SRF=71;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265088;STB=0.516949;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0207731;OID=.;OPOS=107156462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:127:128:88:88:0.407407:41:47:71:56:41:47:72:56 chr4 107168431 . G C 1223.18 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00019927;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1937;QD=61.1591;RBI=0.0423201;REFB=0;REVB=0.0423197;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7724e-05;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:44:35:0:0:45:35:0:0 chr4 107171637 . TAAATA T 598.48 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=160;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0182507;FXX=0.0128197;HRUN=3;LEN=5;MLLD=250.862;QD=15.5448;RBI=0.0202317;REFB=-0.014111;REVB=0.00873129;RO=72;SAF=29;SAR=53;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165878;STB=0.590991;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=0.0104725;OID=.;OPOS=107171638;OREF=AAATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.532468:82:160:82:154:72:29:53:39:33:99:72:29:53:39:33 chr4 107279450 . C T 479.92 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00171235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.032;QD=17.14;RBI=0.0110806;REFB=-0.00645992;REVB=-0.0109475;RO=59;SAF=19;SAR=33;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420577;STB=0.529143;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00669517;OID=.;OPOS=107279450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:59:60:52:52:0.464286:33:19:24:35:33:19:25:35 chr4 107279482 . T A 623.49 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.00403365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.707;QD=18.3379;RBI=0.00728009;REFB=-0.0139158;REVB=-0.00606047;RO=72;SAF=27;SAR=37;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00510052;STB=0.502828;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0132698;OID=.;OPOS=107279482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:72:72:64:64:0.470588:37:27:30:42:37:27:30:42 chr4 108356274 . G A 210.69 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0284774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2997;QD=19.154;RBI=0.0347251;REFB=-0.0193525;REVB=-0.0198714;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464258;STB=0.526291;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0185848;OID=.;OPOS=108356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:9:12:12:11:9:12:12:11 chr4 108641300 . T C 240.59 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00380713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.632;QD=12.1817;RBI=0.0467643;REFB=-0.00212087;REVB=-0.0466091;RO=50;SAF=11;SAR=18;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915935;STB=0.552809;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00364983;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:18:11:23:27:18:11:23:27 chr4 108641317 . G A 194.64 PASS AF=0.337838;AO=24;DP=70;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0646707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.619;QD=10.5209;RBI=0.0715971;REFB=-0.00436175;REVB=-0.0307222;RO=46;SAF=7;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225024;STB=0.591571;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0212572;OID=.;OPOS=108641317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:46:49:24:25:0.337838:17:7:22:24:17:8:22:27 chr4 108931039 . T C 1106.35 PASS AF=0.987013;AO=72;DP=75;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.185791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6129;QD=57.4726;RBI=0.185796;REFB=-0.00942577;REVB=-0.0013825;RO=2;SAF=23;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189129;STB=0.504949;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00548685;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:77:2:1:72:76:0.987013:49:23:0:2:50:26:0:1 chr4 108969883 . G A 635.73 PASS AF=0.417647;AO=71;DP=175;FAO=71;FDP=170;FR=.;FRO=99;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=0.0311275;FXX=0.0285698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1961;QD=14.9582;RBI=0.0356142;REFB=-0.0176719;REVB=0.0173046;RO=98;SAF=27;SAR=44;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522548;STB=0.532863;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0200204;OID=.;OPOS=108969883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:170:98:99:71:71:0.417647:44:27:42:56:44:27:43:56 chr4 109478108 . C G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2352;QD=57.2362;RBI=0.0103385;REFB=0;REVB=0.0102731;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132814;OID=.;OPOS=109478108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr4 109541499 . C T 1437.4 PASS AF=1;AO=77;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147366;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4948;QD=63.1823;RBI=0.164851;REFB=0;REVB=0.0738862;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188214;OID=.;OPOS=109541499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:77:91:1:50:27:0:0:52:39:0:0 chr4 109541603 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.955;QD=50.4131;RBI=0.0740775;REFB=0;REVB=0.0141706;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654821;OID=.;OPOS=109541603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr4 109674116 . A G 179.71 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0105355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.196;QD=15.6274;RBI=0.0163523;REFB=-0.02081;REVB=0.0125061;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222065;STB=0.514004;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0262981;OID=.;OPOS=109674116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:27:18:19:0.413043:8:10:15:11:8:11:15:12 chr4 109735133 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.314;QD=61.6816;RBI=0.0614304;REFB=0;REVB=0.0436939;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450274;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr4 109769899 . C T 372.43 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0240947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1194;QD=15.2012;RBI=0.0299698;REFB=-0.0173393;REVB=-0.0178223;RO=58;SAF=18;SAR=22;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200898;STB=0.511358;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0252289;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:22:18:25:33:22:18:25:33 chr4 109969337 . G T 658.08 PASS AF=0.815385;AO=48;DP=61;FAO=53;FDP=65;FR=.;FRO=12;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0144197;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.844;QD=40.4973;RBI=0.0160969;REFB=-0.0125353;REVB=0.00715418;RO=0;SAF=37;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14038e-08;STB=0.524636;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00111026;OID=.;OPOS=109969337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:61:65:0:12:48:53:0.815385:11:37:0:0:16:37:7:5 chr4 110581363 . T A 110.6 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00402088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0423;QD=15.2548;RBI=0.0226977;REFB=-0.00442717;REVB=0.0223387;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522596;STB=0.530339;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00934371;OID=.;OPOS=110581363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:9:7:5:8:9:7 chr4 110603784 . T C 258.17 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.00381267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8751;QD=14.5445;RBI=0.0269451;REFB=0.00728917;REVB=0.0266739;RO=41;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231115;STB=0.636951;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00750779;OID=.;OPOS=110603784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:41:29:30:0.422535:14:15:12:29:14:16:12:29 chr4 110661937 . G A,T 491.3 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=34;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379882,-0.00888601;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.46,117.392;QD=57.7994;RBI=0.0396713,0.0137352;REFB=0,0;REVB=0.0114327,0.0104735;RO=0;SAF=15,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000412458,0.0655521;OID=.,.;OPOS=110661937,110661937;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:17,2:15,0:0:0:17,2:15,0:0:0 chr4 110678925 . T C 670.97 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9296;QD=62.4157;RBI=0.0519899;REFB=0;REVB=0.0310408;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533843;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:30:12:0:0:30:13:0:0 chr4 110681505 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0260461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.738;QD=14.6657;RBI=0.0264001;REFB=0.000357032;REVB=0.00430826;RO=21;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362175;STB=0.710739;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.000342971;OID=.;OPOS=110681505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:11:4:13:8:11:4:13:8 chr4 110737389 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.445;QD=60.2289;RBI=0.0423425;REFB=0;REVB=-0.00974036;RO=0;SAF=7;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101607;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:30:7:0:0:30:7:0:0 chr4 110757224 . G A 731.42 PASS AF=0.503546;AO=71;DP=142;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0083759;FXX=0.0275843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.577;QD=20.7495;RBI=0.0205753;REFB=-0.0053703;REVB=-0.0187933;RO=61;SAF=34;SAR=37;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167898;STB=0.517934;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00669245;OID=.;OPOS=110757224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:61:70:71:71:0.503546:37:34:28:33:37:34:31:39 chr4 110757287 . G A 546.36 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00806747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.472;QD=18.84;RBI=0.0163487;REFB=-0.000723183;REVB=-0.0142196;RO=59;SAF=21;SAR=36;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10155;STB=0.556271;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000939232;OID=.;OPOS=110757287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:36:21:28:31:36:21:28:31 chr4 110773067 . G A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0006489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.117;QD=7.52632;RBI=0.00482102;REFB=-0.0170106;REVB=0.00477715;RO=24;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424743;STB=0.76652;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0310772;OID=.;OPOS=110773067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:2:7:10:14:2:7:10:14 chr4 110790911 . A T 788.88 PASS AF=0.496933;AO=80;DP=161;FAO=81;FDP=163;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.00874543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.348;QD=19.3589;RBI=0.00910225;REFB=-0.0192264;REVB=-0.00252359;RO=81;SAF=45;SAR=35;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292264;STB=0.50964;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0185893;OID=.;OPOS=110790911;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:81:82:80:81:0.496933:35:45:43:38:36:45:44:38 chr4 110791361 . G A 303.47 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0400208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9235;QD=22.0704;RBI=0.0456172;REFB=-0.0132584;REVB=-0.0218922;RO=24;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1527;STB=0.584597;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.014371;OID=.;OPOS=110791361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:20:11:13:11:20:11:13:11 chr4 110791413 . C T 265.4 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00184924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.857;QD=17.9933;RBI=0.0416837;REFB=-0.00805972;REVB=-0.0416426;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109416;STB=0.561278;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00932563;OID=.;OPOS=110791413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:17:12:16:14:17:12:16:14 chr4 110791543 . C T 525.59 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00386107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.883;QD=21.6736;RBI=0.012627;REFB=0.00811701;REVB=-0.0120222;RO=47;SAF=17;SAR=33;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000415882;STB=0.50023;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00759642;OID=.;OPOS=110791543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:33:17:16:31:33:17:16:31 chr4 110883121 . G A 983.63 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.7;QD=58.724;RBI=0.0371239;REFB=0;REVB=0.036096;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84131e-05;OID=.;OPOS=110883121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:39:26:0:0:41:26:0:0 chr4 110901198 . G A 2418.62 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.631;QD=61.2309;RBI=0.0317282;REFB=0;REVB=0.0243579;RO=2;SAF=64;SAR=91;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7321e-05;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:2:0:155:158:1:91:64:1:1:93:65:0:0 chr4 110902111 . A T 1822.48 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00096463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.345;QD=61.26;RBI=0.0033648;REFB=0;REVB=-0.00322357;RO=0;SAF=47;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.20685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03231e-05;OID=.;OPOS=110902111;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:72:47:0:0:72:47:0:0 chr4 110914427 . A T 1531.21 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000651439;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0923;QD=58.8929;RBI=0.0286932;REFB=-0.131829;REVB=-0.0286858;RO=0;SAF=63;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15547e-08;STB=0.503936;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00248752;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:0:1:103:103:0.990385:40:63:0:0:40:63:1:0 chr4 110971030 . G T 241.6 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00867193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2827;QD=10.281;RBI=0.116813;REFB=-0.0194367;REVB=-0.116491;RO=63;SAF=19;SAR=11;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254111;STB=0.643064;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0397949;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:63:64:30:30:0.319149:11:19:26:37:11:19:27:37 chr4 111398208 . A G 162.78 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0229168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3292;QD=10.852;RBI=0.0277272;REFB=0.00367987;REVB=0.0156083;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941638;STB=0.554971;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00620926;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:12:9:20:19:12:9:20:19 chr4 111409705 . T C 545.95 PASS AF=0.479339;AO=57;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.00217181;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.449;QD=18.0479;RBI=0.00247277;REFB=-0.0269184;REVB=0.0011823;RO=61;SAF=28;SAR=29;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769478;STB=0.537177;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0359485;OID=.;OPOS=111409705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:63:57:58:0.479339:29:28:35:26:29:29:36:27 chr4 112252643 . G T 152.63 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0029491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3665;QD=13.5667;RBI=0.0325209;REFB=-0.0419094;REVB=-0.0323869;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233139;STB=0.636704;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0711753;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:5:12:14:14:5:12:14:14 chr4 113178894 . ATTTGT A 123.3 PASS AF=0.287234;AO=25;DP=97;FAO=27;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0155031;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=5;MLLD=257.627;QD=5.24695;RBI=0.0327142;REFB=-0.010871;REVB=0.0288075;RO=60;SAF=18;SAR=7;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140092;STB=0.596941;STBP=0.231;TYPE=del;VARB=0.0249122;OID=.;OPOS=113178895;OREF=TTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287234:25:97:27:94:67:18:9:36:31:99:60:18:7:37:23 chr4 113198805 . G C 101.37 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0294652;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.029;QD=7.65051;RBI=0.0299178;REFB=-0.00515671;REVB=0.00518432;RO=37;SAF=2;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396925;STB=0.73873;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00464459;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:37:39:14:14:0.264151:12:2:15:22:12:2:15:24 chr4 113199075 . A G 596.87 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0235901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1072;QD=25.3988;RBI=0.0295465;REFB=-0.016295;REVB=-0.0177905;RO=40;SAF=39;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28806;STB=0.658166;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0163359;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:40:54:54:0.574468:15:39:15:25:15:39:15:25 chr4 113344925 . C T 723.86 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.007;QD=62.9444;RBI=0.0300255;REFB=0;REVB=0.0209498;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28848e-05;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:46:0:0:42:46:1:23:19:0:0:27:19:0:0 chr4 113352397 . G A 894.33 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.722;QD=55.0357;RBI=0.0188511;REFB=-0.0870059;REVB=0.00534686;RO=1;SAF=18;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103802;STB=0.508019;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.000813231;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:45:18:0:1:45:18:1:1 chr4 113352628 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.286;QD=55.0986;RBI=0.0642847;REFB=0;REVB=0.0194253;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432497;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr4 113352899 . G A 1426.97 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.435;QD=62.0422;RBI=0.0188794;REFB=0;REVB=0.0109272;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015795;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:48:41:0:0:48:44:0:0 chr4 113353285 . T C 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.375;QD=56.9533;RBI=0.0324096;REFB=0;REVB=0.0320223;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47468e-05;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr4 113359703 . A G 1434.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.778;QD=63.051;RBI=0.0351481;REFB=0;REVB=0.0344998;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26479e-05;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr4 113360925 . G A 660.47 PASS AF=0.465278;AO=67;DP=144;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=23;FSRR=54;FWDB=0.00763131;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8087;QD=18.3464;RBI=0.00828539;REFB=-0.00265459;REVB=-0.00322658;RO=76;SAF=19;SAR=48;SRF=22;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692213;STB=0.50986;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00286527;OID=.;OPOS=113360925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:76:77:67:67:0.465278:48:19:22:54:48:19:23:54 chr4 113362316 . A G 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=9;FWDB=-0.00436105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.663;QD=16.0896;RBI=0.0119779;REFB=-0.00805339;REVB=-0.0111557;RO=50;SAF=22;SAR=16;SRF=41;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264714;STB=0.646916;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0115043;OID=.;OPOS=113362316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:16:22:41:9:16:22:41:9 chr4 113362622 . C G 1412.76 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.14;QD=62.7892;RBI=0.0153539;REFB=0;REVB=-0.0111962;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.98093e-05;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:55:35:0:0:55:35:0:0 chr4 113436044 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.436;QD=51.1846;RBI=0.0114105;REFB=0;REVB=-0.0103566;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107238;OID=.;OPOS=113436044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr4 114081490 . A G 240.38 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00867159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.774;QD=28.2794;RBI=0.00952148;REFB=-0.00533928;REVB=-0.00393219;RO=12;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00499533;STB=0.50276;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00357519;OID=.;OPOS=114081490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:13:9:5:7:13:9:5:7 chr4 114309839 . C T 619.33 PASS AF=0.387978;AO=70;DP=183;FAO=71;FDP=183;FR=.;FRO=112;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=-0.00145236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.61;QD=13.5373;RBI=0.0178719;REFB=-0.0105263;REVB=-0.0178128;RO=110;SAF=40;SAR=30;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681199;STB=0.547842;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0164106;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:110:112:70:71:0.387978:30:40:56:54:30:41:56:56 chr4 114341210 . T C 614.41 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388576;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.334;QD=61.4405;RBI=0.0394605;REFB=0;REVB=0.00687193;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250995;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:21:19:0:0 chr4 114341584 . G A 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0370003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.358;QD=18.998;RBI=0.0431838;REFB=-0.00776476;REVB=-0.0222671;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249182;STB=0.637902;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0110372;OID=.;OPOS=114341584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:15:16:7:23:15:16:7:23 chr4 114341631 . T C 753.28 PASS AF=0.98;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.13013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.323;QD=60.2628;RBI=0.130615;REFB=-0.0112348;REVB=0.0112513;RO=2;SAF=11;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781107;STB=0.518511;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000358615;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:2:1:47:49:0.98:36:11:2:0:36:13:1:0 chr4 114373806 . T TA 43.56 PASS AF=0.176871;AO=25;DP=153;FAO=26;FDP=147;FR=.;FRO=121;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=-0.00197022;FXX=0.0199987;HRUN=0;LEN=1;MLLD=59.3245;QD=1.18543;RBI=0.0325111;REFB=-0.000480683;REVB=-0.0324513;RO=123;SAF=8;SAR=17;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26718;STB=0.717002;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.00479041;OID=.;OPOS=114373807;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176871:25:153:26:147:121:7:19:64:57:43:123:8:17:65:58 chr4 114582860 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0268772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.508;QD=16.1992;RBI=0.0280186;REFB=0.00895944;REVB=0.00791565;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.000846716;OID=.;OPOS=114582860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr4 114823316 . A C 329.4 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0421332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.53;QD=16.4698;RBI=0.0628442;REFB=0.0267212;REVB=0.0466282;RO=41;SAF=22;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964607;STB=0.574817;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0409513;OID=.;OPOS=114823316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:44:36:36:0.45:14:22:21:20:14:22:21:23 chr4 115544714 . A G 1120.38 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284354;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.599;QD=60.5613;RBI=0.0293756;REFB=0;REVB=0.00737283;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42033e-05;OID=.;OPOS=115544714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:48:25:0:0:49:25:0:0 chr4 115589302 . A G 1624.14 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8373;QD=60.1531;RBI=0.0261157;REFB=0;REVB=0.0250461;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102447;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:60:48:0:0:60:48:0:0 chr4 119161795 . G A 1330.64 PASS AF=0.946809;AO=88;DP=94;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.036797;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.52;QD=56.6228;RBI=0.0374059;REFB=-0.0521583;REVB=-0.00672182;RO=4;SAF=35;SAR=53;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300482;STB=0.521649;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000912589;OID=.;OPOS=119161795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:94:94:4:5:88:89:0.946809:53:35:3:1:53:36:4:1 chr4 119234489 . G A 695.39 PASS AF=0.523077;AO=68;DP=130;FAO=68;FDP=130;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0184476;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.795;QD=21.3967;RBI=0.0186862;REFB=-0.00446365;REVB=0.0029765;RO=61;SAF=24;SAR=44;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248196;STB=0.639959;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00297651;OID=.;OPOS=119234489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:62:68:68:0.523077:44:24:39:22:44:24:40:22 chr4 119237357 . A C 574.73 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0397995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.819;QD=23.7001;RBI=0.0425319;REFB=-0.023997;REVB=0.0149989;RO=43;SAF=32;SAR=21;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133772;STB=0.568694;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0182682;OID=.;OPOS=119237357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:44:53:53:0.546392:21:32:19:24:21:32:20:24 chr4 119435079 . C A,T 1343.6 PASS AF=0.0568182,0.943182;AO=6,82;DP=88;FAO=5,83;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=1,49;FSAR=4,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090614,-0.00655182;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.441,61.6175;QD=61.0726;RBI=0.031583,0.0203357;REFB=0,0;REVB=-0.0302552,-0.0192513;RO=0;SAF=2,48;SAR=4,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0429886,0.00049801;OID=.,.;OPOS=119435079,119435079;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:88:88:0:0:6,82:5,83:0.0568182,0.943182:4,34:2,48:0:0:4,34:1,49:0:0 chr4 119736796 . A C 620.97 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.0104504;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5993;QD=17.7421;RBI=0.013039;REFB=-0.026244;REVB=0.00779777;RO=73;SAF=20;SAR=44;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766526;STB=0.534402;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0251011;OID=.;OPOS=119736796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:73:76:64:64:0.457143:44:20:28:45:44:20:28:48 chr4 119944611 . G T 359.77 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.013651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.196;QD=22.8425;RBI=0.0396509;REFB=0.0110509;REVB=-0.0372269;RO=27;SAF=12;SAR=24;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315417;STB=0.673588;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00762186;OID=.;OPOS=119944611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:24:12:20:7:24:12:20:7 chr4 119947961 . AAAG A 1071.62 PASS AF=0.988889;AO=80;DP=95;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00587006;FXX=0.0624935;HRUN=3;LEN=3;MLLD=148.639;QD=47.6275;RBI=0.0374346;REFB=0.0441596;REVB=-0.0369715;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.317;TYPE=del;VARB=-0.000606374;OID=.;OPOS=119947962;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988889:80:95:89:90:1:43:46:1:0:13:0:41:39:0:0 chr4 119947985 . G C 1514.77 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00165089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0703;QD=62.4646;RBI=0.0126337;REFB=0.129295;REVB=-0.0125253;RO=1;SAF=43;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109008;STB=0.505746;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00161402;OID=.;OPOS=119947985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:53:43:1:0:53:43:1:0 chr4 119951647 . A G 766.31 PASS AF=1;AO=48;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0759;QD=55.7318;RBI=0.227114;REFB=0;REVB=0.224328;RO=0;SAF=42;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.07197e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00325799;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:48:55:1:6:42:0:0:12:43:0:0 chr4 120158685 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.427;QD=61.684;RBI=0.034198;REFB=0;REVB=0.0341643;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68372e-05;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr4 120214030 . T G 941.84 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.095931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4835;QD=57.0809;RBI=0.09602;REFB=-0.048211;REVB=-0.00413252;RO=1;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113841;STB=0.506022;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00167591;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:41:24:0:1:41:24:0:1 chr4 120215314 . A G 1515.73 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00981277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.442;QD=58.8634;RBI=0.0421413;REFB=0;REVB=0.0409829;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.67982e-06;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:103:0:0:95:103:1:49:46:0:0:55:48:0:0 chr4 120216418 . T TA,TTA 416.51 PASS AF=0.0322581,0.935484;AO=5,19;DP=35;FAO=1,29;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=0,1;FSAR=1,28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.161108,-0.0945866;FXX=0.0605877;HRUN=0,5;LEN=1,2;MLLD=230.652,239.999;QD=53.7438;RBI=0.161171,0.0946237;REFB=-0.142353,-0.205219;REVB=-0.0045068,-0.00265057;RO=7;SAF=0,0;SAR=5,19;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.748008,-0.851735;STB=0.989913,0.666517;STBP=0.496,0.027;TYPE=ins,ins;VARB=0.000479541,0.0019528;OID=.,.;OPOS=120216419,120216419;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0322581,0.935484:5,19:35:1,29:31:1:0,1:1,28:1:0:6:7:0,0:5,19:4:3 chr4 120239831 . A G 305.49 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0711026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.877;QD=46.9981;RBI=0.0716298;REFB=-0.137923;REVB=0.00867444;RO=2;SAF=10;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840195;STB=0.545416;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00464652;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:14:10:2:0:14:10:2:0 chr4 120239878 . G A 526.8 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.494;QD=58.5332;RBI=0.0193433;REFB=0;REVB=0.00257413;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166208;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:19:15:0:0:20:16:0:0 chr4 120240238 . T C 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.582;QD=62.6673;RBI=0.0630486;REFB=0;REVB=0.0313254;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598179;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr4 120241849 . A G 541.38 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.26;QD=58.5278;RBI=0.0335595;REFB=0;REVB=0.0292605;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105984;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:20:15:0:0:22:15:0:0 chr4 120241902 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.366;QD=57.1775;RBI=0.0142582;REFB=0;REVB=0.0141873;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45712e-05;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr4 120325529 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7216;QD=42.1825;RBI=0.102795;REFB=0;REVB=0.101095;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0043212;OID=.;OPOS=120325529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr4 120325630 . G A 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00366604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.228;QD=54.6368;RBI=0.00645669;REFB=-0.0515566;REVB=-0.00531498;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165215;STB=0.508768;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000393956;OID=.;OPOS=120325630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:28:23:0:1:28:23:0:1 chr4 120325654 . GCCCCTG GCCCTG,GCCCTGC 769.74 PASS AF=1,0;AO=57,3;DP=62;FAO=62,0;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505054,0.000758471;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=18.7604,4.16518;QD=49.6606;RBI=0.153463,0.0534886;REFB=0,0;REVB=0.15338,0.0534833;RO=1;SAF=24,1;SAR=33,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0140785,0.163246;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00287164,0.0469927;OID=.,.;OPOS=120325655,120325658;OREF=C,CTG;OALT=-,TGC;OMAPALT=GCCCTG,GCCCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:57,3:62:62,0:62:0:26,0:36,0:0:0:5:1:24,1:33,2:0:1 chr4 120325732 . C A 1247.44 PASS AF=0.924731;AO=85;DP=94;FAO=86;FDP=93;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0159877;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.932;QD=53.6532;RBI=0.028937;REFB=-0.157802;REVB=0.0241193;RO=6;SAF=25;SAR=60;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054512;STB=0.525076;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000984964;OID=.;OPOS=120325732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:94:93:6:7:85:86:0.924731:60:25:4:2:61:25:4:3 chr4 120325820 . T A 703.23 PASS AF=0.436782;AO=76;DP=175;FAO=76;FDP=174;FR=.;FRO=98;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=66;FSRR=32;FWDB=0.00561396;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.961;QD=16.1661;RBI=0.0205843;REFB=-0.0177777;REVB=-0.0198039;RO=95;SAF=45;SAR=31;SRF=66;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108808;STB=0.548267;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0263435;OID=.;OPOS=120325820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:95:98:76:76:0.436782:31:45:66:29:31:45:66:32 chr4 120330155 . C T 294.65 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5816;QD=51.2436;RBI=0.0911766;REFB=0;REVB=-0.090507;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115468;OID=.;OPOS=120330155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:1:0:22:23:1:7:15:1:0:7:16:0:0 chr4 120330272 . C G 167.43 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0389017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1584;QD=41.8572;RBI=0.0389114;REFB=0.039184;REVB=0.000870629;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479918;STB=0.526281;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00402164;OID=.;OPOS=120330272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:9:6:0:1:9:6:0:1 chr4 120330379 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.298;QD=33.4285;RBI=0.0594328;REFB=0;REVB=0.0432405;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270023;OID=.;OPOS=120330379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr4 120330448 . GC AA 220.47 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378908;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.467;QD=48.9938;RBI=0.0671302;REFB=0;REVB=0.0554144;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00161468;OID=.;OPOS=120330448;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:7:9:0:0:8:10:0:0 chr4 120330539 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5845;QD=53.9106;RBI=0.159239;REFB=0;REVB=0.125319;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00592984;OID=.;OPOS=120330539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr4 120423729 . T C 972.24 PASS AF=1;AO=66;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.639;QD=55.5566;RBI=0.147923;REFB=0;REVB=0.142803;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152624;OID=.;OPOS=120423729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:1:0:66:70:1:34:32:0:1:38:32:0:0 chr4 120474859 . A G 1451.37 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0542784;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.9;QD=58.6412;RBI=0.0551349;REFB=-0.0463066;REVB=0.00968057;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.504586;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000155614;OID=.;OPOS=120474859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:99:0:1:98:98:0.989899:54:44:0:0:54:44:0:1 chr4 120528327 . G A 990.55 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.985;QD=59.1372;RBI=0.0211711;REFB=0;REVB=0.00480256;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14356e-05;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr4 120868354 . C T 721.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.17;QD=62.7092;RBI=0.0393934;REFB=0;REVB=0.0209793;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04458e-05;OID=.;OPOS=120868354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:25:18:0:0:27:19:0:0 chr4 121774616 . T G 563.0 PASS AF=0.513274;AO=56;DP=111;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00619465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.898;QD=19.9293;RBI=0.0111501;REFB=0.00586422;REVB=0.009271;RO=55;SAF=26;SAR=30;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889816;STB=0.547653;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0038107;OID=.;OPOS=121774616;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:55:55:56:58:0.513274:30:26:31:24:31:27:31:24 chr4 121957051 . C T 3534.78 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.11;QD=62.8405;RBI=0.0225861;REFB=0;REVB=-0.0202935;RO=0;SAF=107;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41798e-05;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:225:0:0:225:225:1:118:107:0:0:118:107:0:0 chr4 121957734 . T C 1320.63 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.335;QD=62.1471;RBI=0.0460352;REFB=0;REVB=0.0458881;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110705;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:35:49:0:0:36:49:0:0 chr4 121958091 . T G 770.67 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.05096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.733;QD=55.0482;RBI=0.0637144;REFB=-0.0454035;REVB=0.0382439;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000286961;OID=.;OPOS=121958091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:26:29:0:1:26:29:0:1 chr4 121958187 . A G 1065.93 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00636876;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.066;QD=60.0527;RBI=0.0148106;REFB=0;REVB=-0.0133713;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95375e-05;OID=.;OPOS=121958187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr4 121958697 . G A 854.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0373072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.975;QD=56.0073;RBI=0.0376641;REFB=-0.0213726;REVB=0.00517276;RO=1;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122592;STB=0.506491;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000149163;OID=.;OPOS=121958697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:38:22:0:1:38:22:0:1 chr4 121966807 . C T 867.87 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.413;QD=57.8577;RBI=0.027454;REFB=0;REVB=0.014048;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74762e-05;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:35:21:0:0:35:25:0:0 chr4 122137662 . T A,G 524.26 PASS AF=0.189189,0.810811;AO=6,29;DP=35;FAO=7,30;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6,9;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100601,-7.7087e-05;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=236.506,69.7272;QD=56.6763;RBI=0.0106205,0.0154166;REFB=0,0;REVB=-0.00340456,0.0154164;RO=0;SAF=4,9;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0124678,0.00861967;OID=.,.;OPOS=122137662,122137662;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:35:37:0:0:6,29:7,30:0.189189,0.810811:2,20:4,9:0:0:1,21:6,9:0:0 chr4 122250734 . A G 1388.78 PASS AF=0.901786;AO=101;DP=112;FAO=101;FDP=112;FR=.;FRO=11;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0233688;FXX=0.00884877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.24;QD=49.5993;RBI=0.0520419;REFB=-0.160169;REVB=0.0465001;RO=11;SAF=36;SAR=65;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03777;STB=0.519996;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0089171;OID=.;OPOS=122250734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:112:112:11:11:101:101:0.901786:65:36:6:5:65:36:6:5 chr4 122254119 . G A 1525.54 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.110205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8098;QD=57.0295;RBI=0.120562;REFB=-0.0311804;REVB=-0.0488896;RO=1;SAF=41;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747338;STB=0.501945;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00176675;OID=.;OPOS=122254119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:1:2:104:105:0.981308:63:41:0:1:63:42:1:1 chr4 122683007 . G A 1420.38 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.37;QD=62.4341;RBI=0.0240721;REFB=0;REVB=-0.0165376;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524008;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:44:45:0:0:46:45:0:0 chr4 122687238 . A G 882.86 PASS AF=0.562914;AO=83;DP=152;FAO=85;FDP=151;FR=.;FRO=66;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.00688304;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.228;QD=23.3871;RBI=0.00826831;REFB=-0.0350653;REVB=0.00458136;RO=65;SAF=40;SAR=43;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07877;STB=0.550464;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0299066;OID=.;OPOS=122687238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:65:66:83:85:0.562914:43:40:25:40:43:42:25:41 chr4 122687491 . G C 1767.54 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8299;QD=60.9498;RBI=0.0205778;REFB=0;REVB=-0.0117252;RO=0;SAF=65;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014453;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:51:65:0:0:51:65:0:0 chr4 122735142 . A G 428.84 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0271114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.755;QD=17.1537;RBI=0.0338485;REFB=-0.0157525;REVB=-0.0202656;RO=56;SAF=27;SAR=17;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621588;STB=0.53489;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0205283;OID=.;OPOS=122735142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:44:44:0.44:17:27:31:25:17:27:31:25 chr4 122737965 . G C 180.84 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0129087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6639;QD=12.9173;RBI=0.0178906;REFB=-0.0376647;REVB=0.012387;RO=34;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342825;STB=0.696939;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0576095;OID=.;OPOS=122737965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:7:15:12:22:7:15:12:22 chr4 122741807 . C T 373.61 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00660015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.459;QD=23.3504;RBI=0.00721427;REFB=-0.0126601;REVB=-0.00291268;RO=27;SAF=20;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169708;STB=0.509333;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00976854;OID=.;OPOS=122741807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:17:20:14:13:17:20:14:13 chr4 122742217 . T C 1536.12 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.239;QD=59.6553;RBI=0.109706;REFB=0;REVB=0.0427059;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389313;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:45:57:0:0:46:57:0:0 chr4 122824052 . C T 647.54 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0179302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.263;QD=18.3699;RBI=0.0313365;REFB=-0.0085358;REVB=0.0256999;RO=75;SAF=28;SAR=38;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541916;STB=0.530069;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00948985;OID=.;OPOS=122824052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:75:66:66:0.468085:38:28:36:39:38:28:36:39 chr4 122872719 . G A 240.43 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.957;QD=50.6174;RBI=0.0595605;REFB=0;REVB=0.0484731;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047673;OID=.;OPOS=122872719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:15:19:1:2:13:0:0:5:14:0:0 chr4 123113428 . A G 525.27 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=43;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.00314381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.339;QD=18.9286;RBI=0.0201401;REFB=-0.0250248;REVB=0.0198932;RO=56;SAF=12;SAR=43;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126265;STB=0.570265;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0215876;OID=.;OPOS=123113428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:56:55:55:0.495495:43:12:18:38:43:12:18:38 chr4 123246852 . AGAAG A 343.15 PASS AF=0.5;AO=34;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00668587;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=4;MLLD=290.294;QD=19.0639;RBI=0.0209253;REFB=-0.00835491;REVB=0.0198284;RO=34;SAF=10;SAR=24;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226604;STB=0.636744;STBP=0.024;TYPE=del;VARB=0.00757663;OID=.;OPOS=123246853;OREF=GAAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:34:73:36:72:36:10:26:19:17:99:34:10:24:18:16 chr4 123268859 . A G 163.41 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00104208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.519;QD=13.9076;RBI=0.0161783;REFB=-0.0330678;REVB=0.0161447;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00878403;STB=0.505484;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.048041;OID=.;OPOS=123268859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:47:47:28:28:10:10:0.212766:6:4:11:17:6:4:11:17 chr4 123280860 . T C 312.1 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0165083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.816;QD=29.7234;RBI=0.0233944;REFB=-0.0224548;REVB=-0.0165763;RO=15;SAF=14;SAR=13;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206179;STB=0.61288;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0128707;OID=.;OPOS=123280860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:13:14:3:12:13:14:3:12 chr4 123536963 . G A 1175.43 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685626;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.934;QD=61.0614;RBI=0.0228621;REFB=0;REVB=0.0218098;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97717e-05;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:73:77:1:38:35:0:0:40:37:0:0 chr4 123664204 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0117267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.466;QD=10.8848;RBI=0.0497216;REFB=-0.00872758;REVB=-0.048319;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350904;STB=0.713775;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0216108;OID=.;OPOS=123664204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:8:7:7:2:8:7 chr4 123664445 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0148591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8257;QD=12.5694;RBI=0.0152905;REFB=0.00243059;REVB=0.00360651;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474041;STB=0.527832;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00244857;OID=.;OPOS=123664445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:11:15:8:7:11:15 chr4 123665991 . C G 221.63 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00944736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.868;QD=12.3128;RBI=0.010222;REFB=-0.00430213;REVB=-0.00390341;RO=45;SAF=8;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199752;STB=0.615553;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00778392;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:19:8:21:24:19:8:21:24 chr4 123814308 . C T 399.31 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.0280822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0625;QD=15.9725;RBI=0.0281069;REFB=0.00151252;REVB=0.00117938;RO=58;SAF=21;SAR=21;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160225;STB=0.589958;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00204581;OID=.;OPOS=123814308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:21:21:38:20:21:21:38:20 chr4 123838758 . A G 1973.42 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131589;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.726;QD=61.1913;RBI=0.0400105;REFB=0;REVB=0.0377847;RO=0;SAF=63;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53687e-05;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:127:129:1:64:63:0:0:64:65:0:0 chr4 123843716 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.652;QD=44.6898;RBI=0.0113819;REFB=0;REVB=0.00639665;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226948;OID=.;OPOS=123843716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr4 123949556 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.545;QD=59.8386;RBI=0.0569306;REFB=0;REVB=0.0214085;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180779;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr4 124323738 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0105566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.203;QD=9.76021;RBI=0.0145224;REFB=-0.00340344;REVB=-0.00997289;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384023;STB=0.734638;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0039978;OID=.;OPOS=124323738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:8:4:5:2:8:4 chr4 124324242 . CCTT C,TCTC 275.9 PASS AF=0.568182,0;AO=25,2;DP=47;FAO=25,0;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10,0;FSAR=15,0;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00315256,-0.0060777;FXX=0.0222173;HRUN=2,2;LEN=3,4;MLLD=219.333,79.1578;QD=25.0816;RBI=0.0236868,0.0226474;REFB=-0.0518461,-0.024519;REVB=0.0234761,-0.0218166;RO=19;SAF=10,2;SAR=15,0;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0169656,0.550427;STB=0.509426,0.5;STBP=0.902,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0384838,0;OID=.,.;OPOS=124324243,124324242;OREF=CTT,CCTT;OALT=-,TCTC;OMAPALT=C,TCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:19:19:25,2:25,0:0.568182,0:15,0:10,2:8:11:15,0:10,0:8:11 chr4 125586828 . A C 136.59 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0136235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.241;QD=9.93358;RBI=0.0137291;REFB=-0.00856044;REVB=-0.00169971;RO=37;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272034;STB=0.516111;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0196608;OID=.;OPOS=125586828;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:13:5:11:26:13:5:11:26 chr4 125590478 . T C 489.21 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0127763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.889;QD=21.9868;RBI=0.0131386;REFB=-0.0179444;REVB=0.00306412;RO=42;SAF=26;SAR=21;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863327;STB=0.54761;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0171554;OID=.;OPOS=125590478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:21:26:19:23:21:26:19:23 chr4 125591687 . A G 1657.92 PASS AF=1;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0920918;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.884;QD=60.288;RBI=0.0955942;REFB=0;REVB=0.0256388;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107369;OID=.;OPOS=125591687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:109:110:1:53:56:0:0:54:56:0:0 chr4 125592065 . C A 1301.3 PASS AF=0.989011;AO=56;DP=94;FAO=90;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.136486;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5282;QD=57.1999;RBI=0.137282;REFB=-0.180409;REVB=0.0147625;RO=1;SAF=6;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722904;STB=0.506172;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0516502;OID=.;OPOS=125592065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:94:91:1:1:56:90:0.989011:50:6:1:0:50:40:1:0 chr4 125592440 . T C 360.14 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0210707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.621;QD=17.3562;RBI=0.0223744;REFB=-0.0333977;REVB=0.00752574;RO=44;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164136;STB=0.603038;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0311458;OID=.;OPOS=125592440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:37:38:0.457831:14:23:20:24:14:24:20:25 chr4 126240510 . T C 339.15 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0167251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9411;QD=17.85;RBI=0.0187811;REFB=-0.00119655;REVB=-0.008544;RO=40;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116522;STB=0.564957;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00142718;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:19:17:14:26:19:17:14:26 chr4 126241335 . C G 612.2 PASS AF=0.62069;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=87;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0272777;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.081;QD=28.1471;RBI=0.0345068;REFB=-0.0220183;REVB=-0.0211339;RO=32;SAF=25;SAR=29;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104591;STB=0.549788;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0106966;OID=.;OPOS=126241335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:32:33:54:54:0.62069:29:25:10:22:29:25:11:22 chr4 126241871 . C T 97.46 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00924926;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.953;QD=11.8134;RBI=0.0141092;REFB=-0.0125432;REVB=-0.0106546;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254625;STB=0.515126;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.016591;OID=.;OPOS=126241871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:10:11:6:6:10:11 chr4 126329789 . T C 2317.88 PASS AF=0.987179;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00264719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.987;QD=59.4329;RBI=0.0277142;REFB=-0.102545;REVB=0.0275874;RO=0;SAF=81;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61649e-08;STB=0.500418;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000114851;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:156:0:2:153:154:0.987179:72:81:0:0:72:82:1:1 chr4 126336703 . T C 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.582;QD=60.5454;RBI=0.0227504;REFB=0;REVB=0.0219802;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60914e-05;OID=.;OPOS=126336703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr4 126369872 . G C 1515.49 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0096648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.716;QD=62.4944;RBI=0.010799;REFB=-0.0111049;REVB=0.00481774;RO=1;SAF=45;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104212;STB=0.505493;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=1.57521e-05;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:95:96:0.989691:50:45:1:0:51:45:1:0 chr4 126370647 . G A 402.39 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00111322;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9837;QD=28.238;RBI=0.0230809;REFB=-0.0777197;REVB=-0.023054;RO=12;SAF=16;SAR=20;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130101;STB=0.521727;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00809642;OID=.;OPOS=126370647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:57:57:12:16:36:36:0.631579:20:16:5:7:20:16:6:10 chr4 126372742 . G A 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00388362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.507;QD=12.5664;RBI=0.0185775;REFB=-0.000616442;REVB=-0.018167;RO=40;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227339;STB=0.631134;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000667146;OID=.;OPOS=126372742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:8:17:19:21:8:17:19:21 chr4 126373789 . G A 1227.36 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9252;QD=61.3678;RBI=0.00816813;REFB=0;REVB=-0.00273294;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09273e-05;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr4 126412575 . A G 624.92 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.159;QD=59.5166;RBI=0.0693571;REFB=-0.0738372;REVB=0.0500256;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00455164;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:1:0:41:42:1:19:22:0:1:20:22:0:0 chr4 128565000 . A G 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.038;QD=60.6037;RBI=0.0159503;REFB=0;REVB=0.00364515;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02378e-05;OID=.;OPOS=128565000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr4 128584580 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.498;QD=57.2022;RBI=0.042304;REFB=0;REVB=0.042279;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267687;OID=.;OPOS=128584580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr4 128689936 . A G 1109.66 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.041564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.41;QD=57.6445;RBI=0.0416895;REFB=-0.122278;REVB=-0.00323221;RO=1;SAF=33;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141217;STB=0.514702;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000323309;OID=.;OPOS=128689936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:77:1:2:75:75:0.974026:42:33:1:0:42:33:2:0 chr4 128723042 . T C 1228.02 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4532;QD=61.4012;RBI=0.121542;REFB=0;REVB=0.112117;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117237;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:48:31:0:0:49:31:0:0 chr4 128807219 . T A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.315;QD=58.6004;RBI=0.0316571;REFB=0;REVB=0.0274196;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13722e-06;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr4 128814964 . G T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00423792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0408;QD=57.3845;RBI=0.0374753;REFB=0;REVB=-0.0372349;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000436552;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr4 129012181 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.105;QD=58.0611;RBI=0.0405396;REFB=0;REVB=-0.000712715;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35019e-05;OID=.;OPOS=129012181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr4 129012638 . A G 1230.96 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04911;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7081;QD=61.548;RBI=0.0510475;REFB=0;REVB=0.0139303;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025139;OID=.;OPOS=129012638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr4 129029009 . G GA 239.44 PASS AF=1;AO=26;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.227641;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.514;QD=28.1689;RBI=0.28148;REFB=0.0148991;REVB=-0.16556;RO=3;SAF=14;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00619596;OID=.;OPOS=129029010;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:34:34:34:0:19:15:0:0:4:3:14:12:3:0 chr4 129043204 . C G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.496;QD=58.2393;RBI=0.0649899;REFB=0;REVB=0.0234147;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46242e-05;OID=.;OPOS=129043204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr4 129043286 . C T 1246.08 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.05;QD=61.5346;RBI=0.0290568;REFB=0;REVB=0.00866433;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144211;OID=.;OPOS=129043286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:40:40:0:0:40:41:0:0 chr4 129043614 . G T 177.69 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.093655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.665;QD=41.8095;RBI=0.107693;REFB=-0.183079;REVB=0.0531651;RO=1;SAF=12;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036598;STB=0.519975;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0117336;OID=.;OPOS=129043614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:4:12:1:0:4:12:1:0 chr4 129043617 . T G 151.4 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0028341;FXX=0.111049;HRUN=9;LEN=1;MLLD=173.751;QD=37.8511;RBI=0.0170181;REFB=-0.207527;REVB=0.0167805;RO=4;SAF=10;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219728;STB=0.666369;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0049589;OID=.;OPOS=129043617;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:18:16:4:2:12:13:0.8125:2:10:2:2:2:11:0:2 chr4 129100643 . G A 1731.23 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.256;QD=60.7451;RBI=0.00265157;REFB=0;REVB=-0.000922493;RO=0;SAF=70;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40696e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30265e-06;OID=.;OPOS=129100643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:44:70:0:0:44:70:0:0 chr4 129677184 . C A,T 746.5 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=45,3;DP=48;FAO=45,3;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160826,-0.00223916;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.513,105.672;QD=62.2082;RBI=0.0168454,0.0086215;REFB=0,0;REVB=0.00501184,-0.00832564;RO=0;SAF=25,1;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.09779e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000516785,0.175236;OID=.,.;OPOS=129677184,129677184;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:48:48:0:0:45,3:45,3:0.9375,0.0625:20,2:25,1:0:0:20,2:25,1:0:0 chr4 129677238 . GT G,GC 576.59 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=12,27;DP=39;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776447,0.103034;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.949,189.892;QD=60.6939;RBI=0.0797258,0.10748;REFB=0,0;REVB=0.0180971,0.0305929;RO=0;SAF=12,7;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.41836e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0134041,0.000916547;OID=.,.;OPOS=129677239,129677239;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0263158,0.973684:12,27:39:1,37:38:0:1,18:0,19:0:0:4:0:12,7:0,20:0:0 chr4 129867280 . T A 337.88 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0250347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.816;QD=17.552;RBI=0.0534848;REFB=-0.0239588;REVB=0.047264;RO=41;SAF=15;SAR=21;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259906;STB=0.514533;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0279916;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:21:15:16:25:21:15:16:25 chr4 129924977 . C A 1163.73 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.056996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4165;QD=58.1863;RBI=0.0695862;REFB=-0.0764551;REVB=-0.039921;RO=1;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126212;STB=0.513155;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00121933;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:1:2:78:78:0.975:37:41:0:1:37:41:0:2 chr4 130030652 . A G 785.07 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.526;QD=57.0961;RBI=0.0475472;REFB=0;REVB=0.020766;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142872;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr4 132641498 . T A 391.19 PASS AF=0.368;AO=46;DP=130;FAO=46;FDP=125;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=27;FWDB=-0.00885398;FXX=0.045798;HRUN=7;LEN=1;MLLD=249.777;QD=12.5182;RBI=0.0131153;REFB=-0.00462559;REVB=0.0096757;RO=53;SAF=24;SAR=22;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116096;STB=0.587042;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00975989;OID=.;OPOS=132641498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:125:53:79:46:46:0.368:22:24:34:19:22:24:52:27 chr4 133367588 . T C 1712.97 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2352;QD=60.6362;RBI=0.0824192;REFB=0;REVB=0.082091;RO=0;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249924;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:48:64:0:0:48:65:0:0 chr4 134071951 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0244243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.803;QD=14.0432;RBI=0.0360326;REFB=0.000917521;REVB=-0.0264915;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.651584;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.000922284;OID=.;OPOS=134071951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:1:3:2:3:1:3 chr4 134072264 . G A 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0927;QD=58.1347;RBI=0.0611887;REFB=0;REVB=0.0236232;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150987;OID=.;OPOS=134072264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr4 134076153 . T C 789.83 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303679;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.335;QD=64.4756;RBI=0.0487771;REFB=0;REVB=-0.0381706;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152744;OID=.;OPOS=134076153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr4 134082967 . T C 7804.87 PASS AF=1;AO=485;DP=495;FAO=503;FDP=503;FR=.;FRO=0;FSAF=213;FSAR=290;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123615;FXX=0.0117876;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.273;QD=62.0666;RBI=0.0820685;REFB=0;REVB=0.0811322;RO=0;SAF=209;SAR=276;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.90958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018316;OID=.;OPOS=134082967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:495:503:0:0:485:503:1:276:209:0:0:290:213:0:0 chr4 134710268 . G A 282.67 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0021459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.652;QD=16.6274;RBI=0.00235139;REFB=-0.000461735;REVB=0.000961325;RO=36;SAF=20;SAR=11;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294736;STB=0.669294;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000386448;OID=.;OPOS=134710268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:31:32:0.470588:11:20:12:24:11:21:12:24 chr4 135121066 . T G 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00900635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.78;QD=16.0718;RBI=0.0162515;REFB=-0.0105603;REVB=-0.0135277;RO=35;SAF=11;SAR=18;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291536;STB=0.663747;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0162985;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:18:11:24:11:18:11:24:11 chr4 135121368 . G T 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0367457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.394;QD=16.9794;RBI=0.0387841;REFB=-0.0195349;REVB=0.012408;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375563;STB=0.521111;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0233664;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:17:9:9:20:17:9:9:20 chr4 135121601 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.000257989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.261;QD=18.4438;RBI=0.00568116;REFB=0.00545259;REVB=0.0056753;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576918;STB=0.533271;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00363075;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:3:6:8:3:3:6 chr4 138449683 . A G 1502.31 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0467618;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.688;QD=62.5964;RBI=0.0476289;REFB=-0.0318312;REVB=0.00904719;RO=1;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886354;STB=0.504672;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000102079;OID=.;OPOS=138449683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:96:1:1:95:95:0.989583:53:42:0:1:53:42:0:1 chr4 139086246 . A G 463.36 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00374912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.749;QD=21.8053;RBI=0.00440611;REFB=-0.00619848;REVB=-0.00231471;RO=40;SAF=20;SAR=25;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385737;STB=0.521267;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00438124;OID=.;OPOS=139086246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:25:20:16:24:25:20:16:24 chr4 139100372 . C T 743.67 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.801;QD=63.2912;RBI=0.0293915;REFB=0;REVB=0.0155061;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49364e-05;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:24:23:0:0 chr4 139135799 . T C 1993.6 PASS AF=0.552239;AO=185;DP=341;FAO=185;FDP=335;FR=.;FRO=150;FSAF=64;FSAR=121;FSRF=46;FSRR=104;FWDB=0.00697396;FXX=0.0233229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.969;QD=23.8041;RBI=0.00742816;REFB=-0.0114395;REVB=0.00255763;RO=146;SAF=64;SAR=121;SRF=44;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406083;STB=0.519666;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0155549;OID=.;OPOS=139135799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:335:146:150:185:185:0.552239:121:64:44:102:121:64:46:104 chr4 140005294 . A G 1434.1 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7636;QD=63.0374;RBI=0.0694414;REFB=0;REVB=-0.0670437;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000566429;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr4 140021554 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0166386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.158;QD=14.7015;RBI=0.0183244;REFB=-0.0250052;REVB=0.00767731;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159493;STB=0.592443;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0301115;OID=.;OPOS=140021554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:5:10:6:6:5:10 chr4 140058849 . A T 129.97 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0248877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.938;QD=13.3302;RBI=0.0254917;REFB=-0.00391488;REVB=-0.00551645;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333056;STB=0.505148;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00504018;OID=.;OPOS=140058849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:15:15:0.384615:8:7:10:13:8:7:11:13 chr4 140310520 . T C 302.73 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00836731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.17;QD=17.0551;RBI=0.0226437;REFB=-0.00958273;REVB=0.021041;RO=38;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525073;STB=0.529394;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.012823;OID=.;OPOS=140310520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:20:13:13:25:20:13:13:25 chr4 140417671 . G C 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.499;QD=59.1731;RBI=0.0252787;REFB=-0.131079;REVB=-0.00451792;RO=1;SAF=33;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141235;STB=0.507461;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00143969;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:43:33:1:0:43:33:1:0 chr4 140606425 . G A 296.66 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0149567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.196;QD=15.6137;RBI=0.029562;REFB=0.0157375;REVB=0.0254992;RO=43;SAF=11;SAR=22;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116599;STB=0.565997;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0240473;OID=.;OPOS=140606425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:22:11:19:24:22:11:19:24 chr4 140606447 . G T 339.32 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00916466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.483;QD=18.5929;RBI=0.0482243;REFB=-0.0124948;REVB=0.0473455;RO=37;SAF=11;SAR=25;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752754;STB=0.54204;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0111749;OID=.;OPOS=140606447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:25:11:14:23:25:11:14:23 chr4 140640703 . G T 246.78 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0249371;FXX=0.039208;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.036;QD=20.145;RBI=0.0289764;REFB=-0.0414108;REVB=-0.0147571;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657428;STB=0.538022;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0384683;OID=.;OPOS=140640703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:17:23:24:25:0.510204:9:15:12:5:9:16:13:10 chr4 140651584 . TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC 163.56 PASS AF=0,1;AO=4,9;DP=13;FAO=0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515809,0.054036;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=211.842,232.409;QD=43.6159;RBI=0.0590233,0.0629526;REFB=0,0;REVB=0.0286906,0.0322976;RO=0;SAF=4,6;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000456892;OID=.,.;OPOS=140651609,140651585;OREF=CTGC,CTG;OALT=-,-;OMAPALT=TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,9:13:0,15:15:0:0,11:0,4:0:0:4:0:4,6:0,3:0:0 chr4 140810334 . T C 1320.89 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.27;QD=62.1595;RBI=0.00746012;REFB=0;REVB=0.00562166;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66376e-06;OID=.;OPOS=140810334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:40:45:0:0:40:45:0:0 chr4 140810637 . C T 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0494427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.525;QD=58.6482;RBI=0.0576176;REFB=0.0308312;REVB=0.0295838;RO=1;SAF=12;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374761;STB=0.51999;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=4.32726e-06;OID=.;OPOS=140810637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:28:12:1:0:28:12:1:0 chr4 140811135 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.484;QD=37.4885;RBI=0.0355871;REFB=0;REVB=0.0354454;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533963;OID=.;OPOS=140811135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr4 141264871 . A G 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0106233;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=199.178;QD=11.5972;RBI=0.036802;REFB=-0.013522;REVB=-0.0352354;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109101;STB=0.565106;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0256359;OID=.;OPOS=141264871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:9:12:8:4:9:12 chr4 141317068 . G A 689.08 PASS AF=0.578947;AO=66;DP=113;FAO=66;FDP=114;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00121596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3389;QD=24.1783;RBI=0.0160964;REFB=-0.021101;REVB=0.0160504;RO=46;SAF=31;SAR=35;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719509;STB=0.554124;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.018892;OID=.;OPOS=141317068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:46:48:66:66:0.578947:35:31:26:20:36:30:28:20 chr4 141364579 . CTTAT C 118.77 PASS AF=0.381818;AO=19;DP=57;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0262258;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=4;MLLD=257.227;QD=8.63782;RBI=0.0295793;REFB=-0.0124761;REVB=-0.0136799;RO=30;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238507;STB=0.60749;STBP=0.232;TYPE=del;VARB=0.0217491;OID=.;OPOS=141364580;OREF=TTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.381818:19:57:21:55:34:14:7:17:17:99:30:14:5:16:14 chr4 141499166 . G A 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.0129099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.364;QD=16.5778;RBI=0.0264021;REFB=0.00463609;REVB=0.0230305;RO=38;SAF=6;SAR=26;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737111;STB=0.541639;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0058064;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:26:6:9:29:26:6:9:29 chr4 141543997 . G A 416.09 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.00279259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.411;QD=16.1588;RBI=0.0230796;REFB=-0.0316922;REVB=-0.02291;RO=57;SAF=19;SAR=27;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101452;STB=0.556567;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0406488;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:27:19:18:39:27:19:18:39 chr4 141600320 . A G 451.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645552;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4172;QD=58.1945;RBI=0.0647559;REFB=0;REVB=0.00509482;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872108;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr4 141974816 . A C 131.48 PASS AF=0.384615;AO=11;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0103601;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.506;QD=13.4856;RBI=0.1836;REFB=-0.00888611;REVB=0.183308;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531452;STB=0.546014;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0198809;OID=.;OPOS=141974816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:24:11:15:0.384615:4:7:13:9:8:7:13:11 chr4 142640637 . A G 1137.11 PASS AF=0.852941;AO=79;DP=95;FAO=87;FDP=102;FR=.;FRO=15;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0244716;FXX=0.0285687;HRUN=8;LEN=1;MLLD=249.911;QD=44.5926;RBI=0.0247206;REFB=-0.00704572;REVB=0.00349958;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.517506;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=8.31038e-05;OID=.;OPOS=142640637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:95:102:0:15:79:87:0.852941:49:30:0:0:56:31:7:8 chr4 143235865 . C G 674.29 PASS AF=0.453416;AO=73;DP=161;FAO=73;FDP=161;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.00581963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.506;QD=16.7524;RBI=0.0167776;REFB=0.00124418;REVB=-0.015736;RO=88;SAF=39;SAR=34;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560587;STB=0.531146;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00144577;OID=.;OPOS=143235865;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:88:88:73:73:0.453416:34:39:42:46:34:39:42:46 chr4 143268702 . A G 705.78 PASS AF=0.402062;AO=78;DP=194;FAO=78;FDP=194;FR=.;FRO=116;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=0.0234908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.871;QD=14.5523;RBI=0.0303163;REFB=-0.0135022;REVB=-0.0191641;RO=116;SAF=37;SAR=41;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364849;STB=0.520492;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0164966;OID=.;OPOS=143268702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:116:116:78:78:0.402062:41:37:59:57:41:37:59:57 chr4 144135718 . G A 289.98 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0228008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3222;QD=17.0579;RBI=0.0243383;REFB=-0.0331505;REVB=-0.00851309;RO=34;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020818;STB=0.518576;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0343393;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:36:31:32:0.470588:13:18:19:15:14:18:19:17 chr4 144381536 . T TC 60.34 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0121368;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.8802;QD=6.35126;RBI=0.088329;REFB=-0.0704536;REVB=0.0874912;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400469;STB=0.743835;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.108549;OID=.;OPOS=144381537;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:14:39:15:38:23:3:12:13:10:60:25:3:11:14:11 chr4 144442611 . T C 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.019;QD=49.3965;RBI=0.0405968;REFB=-0.0697951;REVB=0.0175172;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440445;STB=0.523789;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00147047;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:10:13:0:1:10:13:0:1 chr4 144442735 . C T 556.24 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4558;QD=60.1335;RBI=0.0504023;REFB=0;REVB=0.0501371;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745169;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr4 144467104 . T C 1009.28 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.738;QD=58.5092;RBI=0.0215454;REFB=0;REVB=0.000903505;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207872;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:43:24:0:0:43:26:0:0 chr4 144507034 . G A 662.29 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00371783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.342;QD=20.378;RBI=0.00703047;REFB=-0.0182825;REVB=0.00596701;RO=64;SAF=39;SAR=27;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151433;STB=0.583425;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0188691;OID=.;OPOS=144507034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:64:66:66:0.507692:27:39:27:37:27:39:27:37 chr4 144618610 . G C 1379.91 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171194;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.055;QD=62.7234;RBI=0.0207638;REFB=0;REVB=-0.0117499;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33758e-05;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:86:88:1:40:46:0:0:42:46:0:0 chr4 144619056 . G C 462.85 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00827083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.203;QD=19.0868;RBI=0.0140914;REFB=-0.0267835;REVB=-0.0114088;RO=49;SAF=28;SAR=18;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746057;STB=0.553285;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0282051;OID=.;OPOS=144619056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:49:51:46:46:0.474227:18:28:26:23:18:28:26:25 chr4 144621134 . GCC GC,GCG 92.59 PASS AF=0.608696,0.0434783;AO=10,2;DP=22;FAO=14,1;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=5,0;FSAR=9,1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.113579,-0.0246538;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.2304,151.546;QD=16.1021;RBI=0.171181,0.0787207;REFB=0.0146801,0.0194967;REVB=-0.128073,-0.0747605;RO=7;SAF=3,0;SAR=7,2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.349206,0;SSSB=-0.390506,-0.732272;STB=0.642653,0.993369;STBP=0.097,0.236;TYPE=del,snp;VARB=-0.0361646,0.228091;OID=.,.;OPOS=144621135,144621136;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.608696,0.0434783:10,2:22:14,1:23:8:5,0:9,1:6:2:34:7:3,0:7,2:6:1 chr4 144801662 . C G,T 1575.24 PASS AF=0.220183,0.779817;AO=24,81;DP=108;FAO=24,85;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=7,31;FSAR=17,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973305,-0.00113058;FXX=0.00909008;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=97.8358,41.8871;QD=57.8068;RBI=0.0481817,0.00307161;REFB=0,0;REVB=-0.0471884,-0.00285597;RO=0;SAF=7,30;SAR=17,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.40248e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0386422,0.0121215;OID=.,.;OPOS=144801662,144801662;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:108:109:0:0:24,81:24,85:0.220183,0.779817:17,51:7,30:0:0:17,54:7,31:0:0 chr4 145041686 . A G 651.1 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000894057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9153;QD=62.0096;RBI=0.0246662;REFB=0;REVB=0.02465;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303464;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr4 145041741 . T G 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.289;QD=58.1354;RBI=0.0615898;REFB=0;REVB=0.00922067;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356833;OID=.;OPOS=145041741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr4 146048735 . G C 491.12 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.021382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.486;QD=19.8431;RBI=0.0259346;REFB=-0.00172933;REVB=0.0146769;RO=51;SAF=19;SAR=29;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178823;STB=0.599284;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00199458;OID=.;OPOS=146048735;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:29:19:30:21:29:19:30:21 chr4 146054799 . G C 459.76 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0103548;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6282;QD=18.0297;RBI=0.0192587;REFB=-0.0234276;REVB=0.0162381;RO=52;SAF=25;SAR=24;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00837706;STB=0.5004;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0326648;OID=.;OPOS=146054799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:52:53:49:49:0.480392:24:25:27:25:24:25:27:26 chr4 147788709 . C T 964.38 PASS AF=0.474178;AO=97;DP=209;FAO=101;FDP=213;FR=.;FRO=112;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=0.000176533;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.213;QD=18.1104;RBI=0.00833628;REFB=-0.00230143;REVB=0.00833441;RO=111;SAF=39;SAR=58;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918168;STB=0.55668;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00266895;OID=.;OPOS=147788709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:213:111:112:97:101:0.474178:58:39:55:56:62:39:55:57 chr4 147824864 . G A 377.84 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0260607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0906;QD=21.5909;RBI=0.0264328;REFB=-0.0151974;REVB=-0.00441983;RO=32;SAF=25;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163502;STB=0.590502;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0126215;OID=.;OPOS=147824864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:13:25:15:17:13:25:15:17 chr4 148461037 . T C 582.3 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0374636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.7681;QD=17.5127;RBI=0.0485729;REFB=-0.0102957;REVB=0.030916;RO=72;SAF=29;SAR=32;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104338;STB=0.505802;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0141773;OID=.;OPOS=148461037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:72:61:61:0.458647:32:29:35:37:32:29:35:37 chr4 148461073 . G A 525.27 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00094362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.572;QD=18.9286;RBI=0.00113489;REFB=-0.016915;REVB=-0.000630521;RO=56;SAF=25;SAR=30;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578649;STB=0.532008;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0161747;OID=.;OPOS=148461073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:56:55:55:0.495495:30:25:29:27:30:25:29:27 chr4 148944467 . A G 1574.56 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146704;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.588;QD=64.2679;RBI=0.01723;REFB=0;REVB=-0.00903608;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389021;OID=.;OPOS=148944467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:54:44:0:0:54:44:0:0 chr4 149000023 . TC T,TT 639.24 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=5,37;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198851,0.0204423;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=221.895,233.228;QD=60.8804;RBI=0.0254007,0.0232417;REFB=0,0;REVB=-0.0158044,-0.0110584;RO=0;SAF=3,17;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.71161e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00659266,0.00265723;OID=.,.;OPOS=149000024,149000024;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:5,37:42:1,41:42:0:1,19:0,22:0:0:6:0:3,17:2,20:0:0 chr4 149002016 . ATTTTTTTA ATTTTTTA,ATTTTTTAT,TATTTTTTA 228.77 PASS AF=0.902439,0.0487805,0.0487805;AO=23,2,4;DP=42;FAO=37,2,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0,0;FSAR=22,2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118368,0.00483111,-0.0134196;FXX=0.0465008;HRUN=7,7,1;LEN=1,2,2;MLLD=7.82821,9.90478,12.6321;QD=22.3185;RBI=0.178557,0.0743379,0.149407;REFB=0.00866419,0.0774036,0.00466968;REVB=-0.133685,-0.0741808,-0.148803;RO=7;SAF=9,0,1;SAR=14,2,3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0791113,-0.621371,-0.326128;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.000752802,-0.00573073,0.0018951;OID=.,.,.;OPOS=149002017,149002023,149002016;OREF=T,TA,AT;OALT=-,AT,TA;OMAPALT=ATTTTTTA,ATTTTTTAT,TATTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:10:42:41:7:0:23,2,4:37,2,2:0.902439,0.0487805,0.0487805:14,2,3:9,0,1:4:3:22,2,2:15,0,0:0:0 chr4 149356516 . A G 1810.67 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.368;QD=60.8628;RBI=0.0315811;REFB=0;REVB=-0.0170305;RO=0;SAF=68;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07458e-05;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:117:119:1:49:68:0:0:50:69:0:0 chr4 149357474 . AC AT,GT 751.61 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=46,2;DP=48;FAO=46,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040346,-0.0149848;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=127.837,68.8849;QD=62.6339;RBI=0.0782235,0.0601334;REFB=0,0;REVB=0.0781194,0.0582364;RO=0;SAF=22,0;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000808049,-0.00372107;OID=.,.;OPOS=149357475,149357474;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:48:0:0:46,2:46,2:0.958333,0.0416667:24,2:22,0:0:0:24,2:22,0:0:0 chr4 149358014 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.963;QD=59.4356;RBI=0.0196169;REFB=0;REVB=0.0192398;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07079e-05;OID=.;OPOS=149358014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr4 151000419 . G A 414.48 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0179704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.883;QD=21.8145;RBI=0.0185007;REFB=-0.0269204;REVB=-0.00439787;RO=35;SAF=26;SAR=15;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470799;STB=0.525934;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0175442;OID=.;OPOS=151000419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:15:26:24:11:15:26:24:11 chr4 151505322 . T A 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0680355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.92;QD=21.2929;RBI=0.100675;REFB=0.00163967;REVB=-0.0742066;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556107;STB=0.540161;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.0036265;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:12:13:14:10:12:13:15:10 chr4 151773593 . G C 180.31 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0155247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6988;QD=16.7729;RBI=0.0238494;REFB=-0.00971629;REVB=0.0181046;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17813;STB=0.600937;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0126124;OID=.;OPOS=151773593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:6:18:11:8:6:18 chr4 151792589 . T G 146.72 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00889704;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.223;QD=15.4437;RBI=0.0118796;REFB=-0.0251009;REVB=-0.00787188;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619123;STB=0.535671;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.026221;OID=.;OPOS=151792589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:7:15:10:6:7:15 chr4 151829824 . T C 476.8 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=0.0106069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.741;QD=19.4613;RBI=0.0107755;REFB=-0.00647312;REVB=0.00189827;RO=51;SAF=22;SAR=25;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220988;STB=0.622268;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0101005;OID=.;OPOS=151829824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:25:22:36:15:25:22:36:15 chr4 152041502 . C G 612.91 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.184;QD=61.2908;RBI=0.0452754;REFB=0;REVB=-0.0382504;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10022e-05;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr4 152048801 . C T 382.24 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00663239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.738;QD=18.6457;RBI=0.0536069;REFB=-0.00926791;REVB=-0.053195;RO=42;SAF=16;SAR=23;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214267;STB=0.61032;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.026072;OID=.;OPOS=152048801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:42:39:40:0.487805:23:16:27:15:23:17:27:15 chr4 152065197 . C T 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00365308;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.882;QD=18.9039;RBI=0.0112436;REFB=-0.0245059;REVB=0.0106336;RO=41;SAF=21;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436046;STB=0.524259;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0245306;OID=.;OPOS=152065197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:18:21:24:17:18:21:24:17 chr4 152070633 . T A 611.55 PASS AF=0.440789;AO=67;DP=148;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.0161662;FXX=0.00653552;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.068;QD=16.0935;RBI=0.0166677;REFB=-0.0166885;REVB=0.00405777;RO=81;SAF=38;SAR=29;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506494;STB=0.532369;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0174753;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:152:81:85:67:67:0.440789:29:38:50:31:29:38:53:32 chr4 153564305 . G A 134.97 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.111492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3888;QD=16.8706;RBI=0.124561;REFB=-0.0145461;REVB=-0.0555441;RO=16;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322752;STB=0.676661;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0161535;OID=.;OPOS=153564305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:3:12:8:8:3:12:9:8 chr4 153874666 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0816435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8937;QD=21.9439;RBI=0.0987511;REFB=-0.00245295;REVB=-0.0555529;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126935;STB=0.571341;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00340921;OID=.;OPOS=153874666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:4:8:8:8:4:8 chr4 153896358 . C T 913.47 PASS AF=0.445455;AO=98;DP=221;FAO=98;FDP=220;FR=.;FRO=122;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=52;FSRR=70;FWDB=0.0220749;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.5;QD=16.6086;RBI=0.0247336;REFB=-0.000177101;REVB=0.0111557;RO=119;SAF=44;SAR=54;SRF=49;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373704;STB=0.512779;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.000163001;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:119:122:98:98:0.445455:54:44:49:70:54:44:52:70 chr4 153897770 . G A 334.32 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00445374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.178;QD=19.3809;RBI=0.00666671;REFB=-0.0112116;REVB=0.00496078;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920196;STB=0.551093;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0160428;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:17:18:21:13:17:18:21:13 chr4 153898178 . A G 428.56 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3935;QD=57.1411;RBI=0.0611689;REFB=0;REVB=0.00982111;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108636;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr4 154478222 . C T 251.67 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0361247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3456;QD=17.0624;RBI=0.0486674;REFB=-0.0130772;REVB=-0.0326117;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197782;STB=0.610702;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0142596;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:10:21:13:15:10:21 chr4 154479430 . T C 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0131777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.21;QD=12.8731;RBI=0.0656176;REFB=-0.00608067;REVB=0.0642808;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779238;STB=0.545406;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0108984;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:7:12:18:14:7:12:18:14 chr4 154513627 . A G 368.57 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00641485;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.534;QD=16.201;RBI=0.00648577;REFB=-0.00883942;REVB=-0.000956555;RO=52;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108716;STB=0.515215;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0116203;OID=.;OPOS=154513627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:52:38:39:0.428571:23:15:20:32:23:16:20:32 chr4 154513722 . C T 427.47 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0220465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.273;QD=16.9295;RBI=0.024774;REFB=-0.0184067;REVB=0.0113005;RO=55;SAF=15;SAR=31;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792259;STB=0.544356;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0181789;OID=.;OPOS=154513722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:31:15:22:33:31:15:22:33 chr4 154514965 . T C 298.87 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00385257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.464;QD=16.155;RBI=0.0368712;REFB=-0.0186185;REVB=0.0366694;RO=41;SAF=14;SAR=19;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227485;STB=0.627644;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0266185;OID=.;OPOS=154514965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:19:14:27:14:19:14:27:14 chr4 154631543 . A T 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.408;QD=60.7151;RBI=0.0420451;REFB=0;REVB=-0.0134081;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84015e-05;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr4 154631563 . T C 278.37 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00398751;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.402;QD=13.5792;RBI=0.0143605;REFB=-0.013591;REVB=0.0137958;RO=50;SAF=17;SAR=15;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760072;STB=0.543352;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0214848;OID=.;OPOS=154631563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:50:50:32:32:0.390244:15:17:23:27:15:17:23:27 chr4 154709856 . A C 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.2;QD=57.7076;RBI=0.0355456;REFB=0;REVB=0.0347572;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87734e-05;OID=.;OPOS=154709856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr4 155156207 . G A 261.19 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00700508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.333;QD=12.2912;RBI=0.00742538;REFB=-0.0108174;REVB=-0.00246277;RO=53;SAF=13;SAR=18;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120035;STB=0.563318;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0181448;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:53:54:31:31:0.364706:18:13:28:25:18:13:28:26 chr4 155157015 . T C 377.65 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.000837912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.805;QD=12.911;RBI=0.00310438;REFB=-0.0152612;REVB=0.00298917;RO=70;SAF=19;SAR=26;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535744;STB=0.522603;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0197054;OID=.;OPOS=155157015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:70:72:45:45:0.384615:26:19:33:37:26:19:33:39 chr4 155241572 . G A 410.57 PASS AF=0.376923;AO=47;DP=130;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0149933;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.701;QD=12.6328;RBI=0.0197496;REFB=-0.0103773;REVB=-0.0128549;RO=82;SAF=19;SAR=28;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535774;STB=0.510063;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0189775;OID=.;OPOS=155241572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:82:81:47:49:0.376923:28:19:37:45:28:21:36:45 chr4 155243573 . C T 437.52 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0288954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4658;QD=16.6673;RBI=0.0469569;REFB=-0.0226736;REVB=-0.0370135;RO=57;SAF=28;SAR=20;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157604;STB=0.587919;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0223148;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:20:28:24:33:20:28:24:33 chr4 155243604 . T C 418.18 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0210992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2851;QD=17.4241;RBI=0.0216449;REFB=-0.0201276;REVB=0.0048299;RO=53;SAF=24;SAR=19;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176774;STB=0.598803;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.023762;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:19:24:20:33:19:24:20:33 chr4 155244401 . TTTTG T 105.18 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00946108;FXX=0.0952154;HRUN=4;LEN=4;MLLD=267.873;QD=11.0718;RBI=0.0096354;REFB=-0.00949331;REVB=-0.00182454;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.318807;SSSB=-0.0288507;STB=0.547884;STBP=0.648;TYPE=del;VARB=0.0118957;OID=.;OPOS=155244402;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:16:39:16:38:22:10:6:12:10:99:9:10:6:6:3 chr4 155244475 . G T 235.26 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0337615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.636;QD=25.4338;RBI=0.0338589;REFB=-0.0298991;REVB=-0.00256724;RO=12;SAF=13;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215583;STB=0.577707;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0157641;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:12:15:22:22:0.594595:9:13:3:9:9:13:6:9 chr4 155256177 . A G 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0184426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.238;QD=16.7687;RBI=0.0184744;REFB=-0.0133304;REVB=-0.00108336;RO=56;SAF=24;SAR=19;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504021;STB=0.528271;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0211165;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:19:24:34:22:19:24:34:22 chr4 155256205 . G A 1242.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.998;QD=61.3629;RBI=0.0683093;REFB=0;REVB=0.0680401;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115895;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:81:0:0:76:81:1:33:43:0:0:36:45:0:0 chr4 155287535 . T C 154.35 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0153929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.263;QD=9.07928;RBI=0.0275149;REFB=-0.00525648;REVB=-0.0228063;RO=47;SAF=15;SAR=6;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361506;STB=0.714082;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0177307;OID=.;OPOS=155287535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:6:15:19:28:6:15:19:28 chr4 155312411 . G A 228.9 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00284366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.224;QD=16.0633;RBI=0.0124561;REFB=-0.0232264;REVB=0.0121272;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215724;STB=0.512186;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0182955;OID=.;OPOS=155312411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:12:14:16:15:12:14:16:15 chr4 155407680 . A G 471.25 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0461265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.555;QD=55.4408;RBI=0.0487563;REFB=0.114874;REVB=0.0157964;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00604362;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:0:1:33:33:0.970588:19:14:0:0:19:14:0:1 chr4 155410822 . G A 2026.02 PASS AF=0.970803;AO=133;DP=137;FAO=133;FDP=137;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00172852;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9961;QD=59.1539;RBI=0.00834564;REFB=-0.0982549;REVB=0.00816468;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.513511;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000990613;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:137:137:0:4:133:133:0.970803:72:61:0:0:72:61:0:4 chr4 155411065 . T C 2287.37 PASS AF=1;AO=142;DP=147;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174626;FXX=0.027209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.688;QD=63.9824;RBI=0.018861;REFB=0;REVB=-0.00712706;RO=0;SAF=64;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03636e-06;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:143:0:0:142:143:1:78:64:0:0:78:65:0:0 chr4 155411104 . A C 2331.68 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00108233;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.178;QD=60.1723;RBI=0.0147755;REFB=-0.0325333;REVB=0.0147358;RO=1;SAF=85;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055639;STB=0.50289;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=1.84024e-05;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:153:154:0.993548:68:85:1:0:68:86:1:0 chr4 155459194 . A T 316.86 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0146843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.703;QD=15.2701;RBI=0.0147419;REFB=-0.0102938;REVB=0.00130151;RO=48;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124162;STB=0.569854;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0149638;OID=.;OPOS=155459194;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:20:15:15:33:20:15:15:33 chr4 155461113 . T C 464.25 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00182739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.793;QD=24.7602;RBI=0.0133082;REFB=-0.0138089;REVB=0.0131822;RO=30;SAF=17;SAR=27;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231003;STB=0.619885;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00810651;OID=.;OPOS=155461113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:31:44:44:0.586667:27:17:21:9:27:17:21:10 chr4 155486381 . C T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0168012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.39;QD=17.3255;RBI=0.0201698;REFB=-0.00953832;REVB=-0.0111597;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895806;STB=0.55097;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0224509;OID=.;OPOS=155486381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:9:16:11:9:9:16 chr4 155488821 . C T 402.13 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00683742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.971;QD=21.7365;RBI=0.00762649;REFB=-0.010589;REVB=0.00337832;RO=34;SAF=21;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452793;STB=0.524988;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0065046;OID=.;OPOS=155488821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:19:21:16:18:19:21:16:18 chr4 155490832 . C T 462.54 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00192648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.023;QD=19.0739;RBI=0.00448925;REFB=-0.00987913;REVB=-0.00405488;RO=51;SAF=25;SAR=21;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616797;STB=0.534288;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0134226;OID=.;OPOS=155490832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:21:25:31:20:21:25:31:20 chr4 155491759 . G A 373.02 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0349401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3046;QD=20.4394;RBI=0.036493;REFB=0.00719025;REVB=0.0105325;RO=35;SAF=10;SAR=28;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266439;STB=0.648479;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00579563;OID=.;OPOS=155491759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:28:10:19:16:28:10:19:16 chr4 155719189 . T G 340.2 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=107;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0100259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.274;QD=12.7178;RBI=0.0100396;REFB=0.00557171;REVB=-0.00052477;RO=63;SAF=15;SAR=26;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704531;STB=0.528288;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00805819;OID=.;OPOS=155719189;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:66:41:41:0.383178:26:15:27:36:26:15:27:39 chr4 155720274 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000439679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.815;QD=57.7123;RBI=0.0174743;REFB=0;REVB=0.0174688;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66838e-05;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr4 155720349 . C A 497.55 PASS AF=0.578125;AO=33;DP=65;FAO=37;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0805994;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.842;QD=31.0967;RBI=0.0808856;REFB=0.0101726;REVB=-0.00679861;RO=16;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219992;STB=0.622975;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00581678;OID=.;OPOS=155720349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:16:16:33:37:0.578125:20:13:1:15:20:17:1:15 chr4 156135676 . C T 465.61 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0188535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6073;QD=17.7375;RBI=0.0671713;REFB=-0.00564647;REVB=0.0644712;RO=55;SAF=31;SAR=19;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191381;STB=0.606401;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00684711;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:19:31:23:32:19:31:23:32 chr4 156136027 . C T 313.6 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0124138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.259;QD=22.007;RBI=0.0312982;REFB=0.000120126;REVB=0.0287311;RO=25;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154131;STB=0.585205;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=9.97339e-05;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:19:13:15:10:19:13:15:10 chr4 156273768 . T C 677.37 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00827357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.977;QD=56.4478;RBI=0.022178;REFB=-0.00458677;REVB=0.020577;RO=3;SAF=24;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157209;STB=0.508376;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.000248892;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:21:24:2:1:21:24:2:1 chr4 156274377 . T C 112.41 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0501766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1691;QD=8.48361;RBI=0.0671667;REFB=-0.010433;REVB=0.0446507;RO=38;SAF=5;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288668;STB=0.674768;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.022687;OID=.;OPOS=156274377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:10:5:22:16:10:5:22:16 chr4 156276289 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5051;QD=57.3857;RBI=0.0262102;REFB=0;REVB=0.0198752;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244357;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr4 156276317 . A G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.292;QD=62.9797;RBI=0.0244178;REFB=0;REVB=0.0152457;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247791;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr4 156281371 . T C 640.47 PASS AF=0.445946;AO=65;DP=148;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.0176542;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.961;QD=17.31;RBI=0.0194373;REFB=-0.0293557;REVB=0.00813267;RO=82;SAF=36;SAR=29;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570316;STB=0.536149;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0348356;OID=.;OPOS=156281371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:82:82:65:66:0.445946:29:36:50:32:30:36:50:32 chr4 156289900 . C T 1568.15 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.29;QD=62.726;RBI=0.0788776;REFB=0;REVB=0.0168056;RO=0;SAF=26;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86998e-05;OID=.;OPOS=156289900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:100:0:0:93:100:1:67:26:0:0:71:29:0:0 chr4 156289917 . G A 336.96 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0134927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0441;QD=15.8568;RBI=0.0135554;REFB=-0.00959363;REVB=-0.0013016;RO=43;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855668;STB=0.554864;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00118367;OID=.;OPOS=156289917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:43:45:23:23:0.270588:16:7:16:27:16:7:17:28 chr4 156380807 . T G 485.52 PASS AF=0.36875;AO=59;DP=160;FAO=59;FDP=160;FR=.;FRO=101;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=-0.0175896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.809;QD=12.1379;RBI=0.0253697;REFB=-0.00708517;REVB=-0.0182819;RO=100;SAF=23;SAR=36;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687033;STB=0.542699;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0110055;OID=.;OPOS=156380807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:100:101:59:59:0.36875:36:23:45:55:36:23:46:55 chr4 156382707 . T A 686.28 PASS AF=0.503704;AO=67;DP=135;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00948311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.171;QD=20.3341;RBI=0.00970592;REFB=-0.0300412;REVB=-0.00206773;RO=67;SAF=27;SAR=40;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827898;STB=0.548481;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0268898;OID=.;OPOS=156382707;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:67:67:67:68:0.503704:40:27:33:34:41:27:33:34 chr4 156632391 . A G 1225.78 PASS AF=0.943182;AO=83;DP=88;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0136754;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=300.51;QD=55.7175;RBI=0.0177313;REFB=-0.124205;REVB=0.0112864;RO=5;SAF=32;SAR=51;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211458;STB=0.511179;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.000516087;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:88:88:5:5:83:83:0.943182:51:32:1:4:51:32:1:4 chr4 156680340 . G T 229.78 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.023248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.223;QD=21.3746;RBI=0.0232491;REFB=-0.0409977;REVB=0.000224577;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202888;STB=0.625417;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0328246;OID=.;OPOS=156680340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:21:22:22:0.511628:14:8:12:8:14:8:13:8 chr4 156706412 . C T 43.54 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.122021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1993;QD=6.45087;RBI=0.123435;REFB=-0.0135774;REVB=-0.0186309;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139361;STB=0.58922;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0410649;OID=.;OPOS=156706412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:9:11:3:4:9:11 chr4 156706482 . G A 468.72 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290389;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.365;QD=58.5901;RBI=0.0321292;REFB=0;REVB=0.0137488;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040915;OID=.;OPOS=156706482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr4 156721198 . C T 441.41 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.085792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8106;QD=16.1986;RBI=0.0866924;REFB=-0.0137807;REVB=-0.0124619;RO=58;SAF=16;SAR=33;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200371;STB=0.524676;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0137358;OID=.;OPOS=156721198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:60:49:49:0.449541:33:16:20:38:33:16:22:38 chr4 156787340 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.722;QD=57.0007;RBI=0.038305;REFB=0;REVB=-0.0301872;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17184e-05;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr4 156847230 . A G 655.51 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0736143;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=39.4292;QD=55.7878;RBI=0.0743482;REFB=-0.0818299;REVB=0.0104206;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.501424;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0351847;OID=.;OPOS=156847230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:1:2:44:45:0.957447:21:23:0:1:21:24:1:1 chr4 156847236 . AAGG AAAG,AAG,AAGA,AG 439.09 PASS AF=0,0,0,1;AO=6,23,2,7;DP=38;FAO=0,0,0,35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,19;FSAR=0,0,0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674843,0.0163647,0.000251913,-0.0494493;FXX=0.0789266;HRUN=2,2,2,8;LEN=1,1,1,2;MLLD=8.3936,13.6564,8.01932,20.8425;QD=50.1817;RBI=0.0969476,0.0615599,0.0391984,0.135443;REFB=0,0,0,0;REVB=0.069604,-0.059345,-0.0391976,-0.126094;RO=0;SAF=5,13,0,3;SAR=1,10,2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-3.18042e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,del;VARB=-0.145572,0,0,0.00853873;OID=.,.,.,.;OPOS=156847238,156847238,156847239,156847237;OREF=G,G,G,AG;OALT=A,-,A,-;OMAPALT=AAAG,AAG,AAGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 4/4:0,0,0,1:6,23,2,7:38:0,0,0,35:35:0:0,0,0,19:0,0,0,16:0:0:3:0:5,13,0,3:1,10,2,4:0:0 chr4 157557726 . A G 1283.21 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3444;QD=61.8414;RBI=0.0400802;REFB=0;REVB=-0.0117881;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174122;OID=.;OPOS=157557726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr4 157684248 . T C 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.000261751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.269;QD=19.7633;RBI=0.0215097;REFB=-0.000585514;REVB=-0.0215081;RO=27;SAF=29;SAR=6;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498455;STB=0.749344;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000455662;OID=.;OPOS=157684248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:33:35:35:0.514706:6:29:7:20:6:29:13:20 chr4 158043559 . C T 537.03 PASS AF=0.395973;AO=58;DP=148;FAO=59;FDP=149;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.00406174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.633;QD=14.417;RBI=0.0274654;REFB=-0.0201803;REVB=-0.0271634;RO=89;SAF=31;SAR=27;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114906;STB=0.562082;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0257506;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:89:90:58:59:0.395973:27:31:38:51:28:31:38:52 chr4 158065038 . T C 1345.28 PASS AF=1;AO=77;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.841;QD=62.5709;RBI=0.0860319;REFB=0;REVB=-0.000417665;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94824e-05;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:77:86:1:38:39:0:0:38:48:0:0 chr4 158238830 . T C 4099.92 PASS AF=0.996255;AO=263;DP=267;FAO=266;FDP=267;FR=.;FRO=1;FSAF=116;FSAR=150;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0428193;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.037;QD=61.4221;RBI=0.0482196;REFB=-0.119506;REVB=0.0221728;RO=1;SAF=114;SAR=149;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416369;STB=0.502146;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000141926;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:267:267:1:1:263:266:0.996255:149:114:1:0:150:116:1:0 chr4 159076826 . C T 614.75 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0193528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.905;QD=18.7711;RBI=0.0195536;REFB=0.00188838;REVB=0.00279516;RO=67;SAF=30;SAR=33;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152464;STB=0.512369;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00229636;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:67:68:63:63:0.480916:33:30:33:34:33:30:34:34 chr4 159092633 . A G 515.99 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00520624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1834;QD=17.9475;RBI=0.0353541;REFB=-0.0206837;REVB=-0.0349687;RO=60;SAF=24;SAR=31;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758944;STB=0.542115;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0201201;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:60:55:55:0.478261:31:24:31:29:31:24:31:29 chr4 159601676 . C T 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.567;QD=56.9369;RBI=0.0529242;REFB=0;REVB=0.0505612;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003016;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr4 159621997 . G A 335.79 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0167135;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.582;QD=19.4663;RBI=0.0235018;REFB=0.00252087;REVB=-0.0165225;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141453;STB=0.578556;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00252894;OID=.;OPOS=159621997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:34:34:35:35:0.507246:16:19:13:21:16:19:13:21 chr4 159631991 . G T 200.09 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0280853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1456;QD=13.5655;RBI=0.0303807;REFB=-0.0225122;REVB=0.0115847;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264773;STB=0.632801;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0278985;OID=.;OPOS=159631991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:35:23:24:0.40678:8:15:14:21:9:15:14:21 chr4 159826773 . T G 483.99 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=343.362;QD=58.6654;RBI=0.029495;REFB=0;REVB=0.00371522;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12961e-05;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:15:18:0:0 chr4 159894250 . C T 860.01 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.363;QD=56.3944;RBI=0.0367185;REFB=-0.0754017;REVB=0.0363701;RO=1;SAF=43;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269469;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212459;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:1:0:60:61:1:17:43:0:1:18:43:0:0 chr4 159894277 . T C 458.49 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0189238;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.186;QD=23.2148;RBI=0.0517471;REFB=-0.00720831;REVB=0.0481627;RO=34;SAF=25;SAR=19;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113523;STB=0.553813;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00701758;OID=.;OPOS=159894277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:34:35:44:44:0.556962:19:25:24:10:19:25:24:11 chr4 159894305 . T C 1446.64 PASS AF=0.989362;AO=88;DP=90;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.779;QD=61.559;RBI=0.0265962;REFB=-0.0652267;REVB=0.0242952;RO=1;SAF=58;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155322;STB=0.507041;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000248659;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:94:1:1:88:93:0.989362:30:58:0:1:35:58:0:1 chr4 159894391 . G A 242.71 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0214977;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.112;QD=12.4464;RBI=0.025639;REFB=0.00464069;REVB=0.0139716;RO=48;SAF=15;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721246;STB=0.534138;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00718939;OID=.;OPOS=159894391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:48:49:29:29:0.371795:14:15:28:20:14:15:28:21 chr4 160159949 . C A 304.25 PASS AF=0.507246;AO=30;DP=72;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0134585;FXX=0.126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.297;QD=17.6378;RBI=0.014536;REFB=-0.00605563;REVB=-0.00549199;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175734;STB=0.521511;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00958394;OID=.;OPOS=160159949;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:69:29:34:30:35:0.507246:13:17:17:12:18:17:18:16 chr4 160428588 . G A 651.67 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.126;QD=62.064;RBI=0.0436159;REFB=0;REVB=0.0433865;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111071;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:23:19:0:0 chr4 162307060 . G T 2267.79 PASS AF=0.986928;AO=151;DP=153;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000693633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.638;QD=59.2887;RBI=0.00237186;REFB=-0.0151425;REVB=-0.00226817;RO=1;SAF=71;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665254;STB=0.500391;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000189992;OID=.;OPOS=162307060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:153:1:2:151:151:0.986928:80:71:1:0:80:71:1:1 chr4 164048199 . G C 781.21 PASS AF=0.551471;AO=72;DP=134;FAO=75;FDP=136;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.013998;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0514;QD=22.9767;RBI=0.0140023;REFB=-0.0246242;REVB=0.000344733;RO=59;SAF=29;SAR=43;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606007;STB=0.533677;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0110245;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:59:61:72:75:0.551471:43:29:28:31:46:29:28:33 chr4 164085425 . T C 808.86 PASS AF=0.5125;AO=82;DP=160;FAO=82;FDP=160;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0265552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.383;QD=20.2216;RBI=0.0366966;REFB=-0.0180877;REVB=0.0253271;RO=78;SAF=29;SAR=53;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158112;STB=0.587004;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0137705;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:78:78:82:82:0.5125:53:29:41:37:53:29:41:37 chr4 164393117 . T A 242.55 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0223167;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.87;QD=18.6578;RBI=0.0423993;REFB=-0.0102258;REVB=-0.0360509;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137164;STB=0.576864;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0128199;OID=.;OPOS=164393117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:11:15:11:15:11:15:11:15 chr4 165118652 . C T 2005.33 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420157;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.319;QD=61.7024;RBI=0.0430767;REFB=0;REVB=0.0095019;RO=0;SAF=70;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129685;OID=.;OPOS=165118652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:130:0:0:121:130:1:51:70:0:0:51:79:0:0 chr4 165118796 . G A 1553.74 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0421608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.383;QD=62.7776;RBI=0.0876053;REFB=-0.134736;REVB=0.0767929;RO=1;SAF=51;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920984;STB=0.504853;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000765136;OID=.;OPOS=165118796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:99:1:1:98:98:0.989899:47:51:1:0:47:51:1:0 chr4 165878335 . A G 937.57 PASS AF=1;AO=48;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.072608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0435;QD=58.5984;RBI=0.0726178;REFB=0;REVB=-0.00119141;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467266;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:48:64:1:15:33:0:0:30:34:0:0 chr4 166000195 . A G 740.24 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.338;QD=61.6865;RBI=0.0435779;REFB=0;REVB=0.00497876;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000770344;OID=.;OPOS=166000195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:18:26:0:0:22:26:0:0 chr4 166021811 . G C 419.43 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.000600111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.756;QD=25.8111;RBI=0.027245;REFB=0.00415074;REVB=0.0272384;RO=25;SAF=21;SAR=19;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171471;STB=0.593537;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00212956;OID=.;OPOS=166021811;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:19:21:7:18:19:21:7:18 chr4 166264119 . A G 607.14 PASS AF=0.437908;AO=67;DP=154;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=0.00346507;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.482;QD=15.8731;RBI=0.00604683;REFB=-0.015628;REVB=-0.00495555;RO=86;SAF=36;SAR=31;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448499;STB=0.525002;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0185329;OID=.;OPOS=166264119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:86:86:67:67:0.437908:31:36:50:36:31:36:50:36 chr4 166405584 . C T 693.75 PASS AF=0.446429;AO=75;DP=168;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=0.00949494;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.587;QD=16.518;RBI=0.0127636;REFB=0.00604275;REVB=0.00852965;RO=92;SAF=39;SAR=36;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666953;STB=0.539702;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00783957;OID=.;OPOS=166405584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:92:93:75:75:0.446429:36:39:54:38:36:39:55:38 chr4 167012381 . G A 3440.03 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1398;QD=62.546;RBI=0.0398282;REFB=0;REVB=-0.0343945;RO=0;SAF=103;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.797e-05;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:220:0:0:220:220:1:117:103:0:0:117:103:0:0 chr4 167012480 . T C 2331.57 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.494;QD=60.956;RBI=0.0735172;REFB=0;REVB=0.0457461;RO=0;SAF=79;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70733e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133295;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:153:0:0:151:153:1:72:79:0:0:74:79:0:0 chr4 167020644 . A G 2072.24 PASS AF=0.985294;AO=132;DP=134;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0253801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.181;QD=60.9482;RBI=0.0258212;REFB=-0.0251256;REVB=0.00475209;RO=2;SAF=39;SAR=93;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237456;STB=0.512498;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000765882;OID=.;OPOS=167020644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:136:2:2:132:134:0.985294:93:39:2:0:95:39:2:0 chr4 167023255 . A G 1524.41 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1813;QD=63.5171;RBI=0.0209269;REFB=0;REVB=0.00369399;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19735e-05;OID=.;OPOS=167023255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:55:40:0:0:55:41:0:0 chr4 167063842 . C T 79.45 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0221496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.908;QD=5.04462;RBI=0.0385634;REFB=-0.00701913;REVB=-0.0315679;RO=49;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412261;STB=0.517215;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0240168;OID=.;OPOS=167063842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:49:50:13:13:0.206349:7:6:21:28:7:6:22:28 chr4 167654960 . C G 243.39 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=3;FWDB=-0.0168193;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.219;QD=17.3849;RBI=0.0175029;REFB=-0.0230772;REVB=0.00484357;RO=28;SAF=19;SAR=8;SRF=26;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281457;STB=0.632606;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0216984;OID=.;OPOS=167654960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:29:27:27:0.482143:8:19:26:2:8:19:26:3 chr4 168584259 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.058;QD=50.4133;RBI=0.0386292;REFB=0;REVB=-0.00248109;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000895129;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr4 169141748 . T A 83.67 PASS AF=0.0979228;AO=36;DP=337;FAO=33;FDP=337;FR=.;FRO=304;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=168;FSRR=136;FWDB=-0.0264103;FXX=0.0117299;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.394;QD=0.993082;RBI=0.0321547;REFB=-0.00207587;REVB=-0.0183417;RO=289;SAF=11;SAR=25;SRF=158;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296185;STB=0.800315;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.198191;OID=.;OPOS=169141748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:337:337:289:304:36:33:0.0979228:25:11:158:131:26:7:168:136 chr4 169141768 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT 146.77 PASS AF=0.226562,0.0703125,0.0078125;AO=57,18,35;DP=264;FAO=58,18,2;FDP=256;FR=.;FRO=178;FSAF=11,0,2;FSAR=47,18,0;FSRF=114;FSRR=64;FWDB=0.133898,-0.0200684,0.0548205;FXX=0.026615;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=8.61917,139.916,25.6841;QD=2.2933;RBI=0.2902,0.0551719,0.0972394;REFB=-0.204921,-0.0129217,-0.106562;REVB=-0.257463,-0.0513926,-0.0803132;RO=126;SAF=9,0,3;SAR=48,18,32;SRF=109;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.724033,-0.834161,-0.801984;STB=0.827823,0.999536,0.993638;STBP=0,0,0.224;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.184693,0.075306,0.126842;OID=.,.,.;OPOS=169141769,169141774,169141769;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226562,0.0703125,0.0078125:57,18,35:264:58,18,2:256:178:11,0,2:47,18,0:114:64:76:126:9,0,3:48,18,32:109:17 chr4 169158471 . T G 2812.49 PASS AF=0.989011;AO=179;DP=188;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0172008;FXX=0.0370351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1807;QD=61.8129;RBI=0.024519;REFB=0.0176219;REVB=0.0174733;RO=2;SAF=82;SAR=97;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000887667;STB=0.50043;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000199251;OID=.;OPOS=169158471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:188:182:2:2:179:180:0.989011:97:82:1:1:97:83:1:1 chr4 169158489 . G C 2668.15 PASS AF=1;AO=168;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377298;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3412;QD=62.4128;RBI=0.00717649;REFB=0;REVB=0.00610464;RO=0;SAF=72;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308946;OID=.;OPOS=169158489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:171:0:0:168:171:1:96:72:0:0:97:74:0:0 chr4 169158531 . T C 2261.66 PASS AF=1;AO=141;DP=144;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219917;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.964;QD=63.7087;RBI=0.0256848;REFB=0;REVB=0.0132693;RO=0;SAF=54;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48387e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76803e-05;OID=.;OPOS=169158531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:142:0:0:141:142:1:87:54:0:0:87:55:0:0 chr4 169176996 . G A 1577.34 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034991;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.123;QD=60.0893;RBI=0.00731172;REFB=0;REVB=0.00642008;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61504e-05;OID=.;OPOS=169176996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:103:105:1:49:54:0:0:51:54:0:0 chr4 169195109 . C A 2222.44 PASS AF=0.986111;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0645538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1357;QD=61.7343;RBI=0.0701014;REFB=-0.151464;REVB=-0.0273314;RO=2;SAF=57;SAR=85;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027074;STB=0.501424;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0185649;OID=.;OPOS=169195109;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:144:2:2:142:142:0.986111:85:57:1:1:85:57:1:1 chr4 169197297 . C T 819.58 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00804096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.566;QD=55.565;RBI=0.00825012;REFB=-0.0306153;REVB=-0.0018459;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000259636;OID=.;OPOS=169197297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:33:25:1:0:33:25:1:0 chr4 169227623 . G A 363.97 PASS AF=0.475;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.106319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.491;QD=18.1983;RBI=0.10632;REFB=-0.0119598;REVB=0.000466461;RO=41;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01709;STB=0.51677;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0107185;OID=.;OPOS=169227623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:42:38:38:0.475:22:16:18:23:22:16:19:23 chr4 169299528 . T C 568.49 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0209722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.771;QD=18.793;RBI=0.0212292;REFB=-0.00433951;REVB=0.00329354;RO=61;SAF=23;SAR=36;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809369;STB=0.541183;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00372461;OID=.;OPOS=169299528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:62:59:59:0.487603:36:23:29:32:36:23:29:33 chr4 169315760 . C A 1037.17 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.091;QD=59.2668;RBI=0.00410242;REFB=0;REVB=0.00377779;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75974e-06;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:44:26:0:0:44:26:0:0 chr4 169327191 . C T 899.93 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.589;QD=58.06;RBI=0.0217612;REFB=0;REVB=0.0148062;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45495e-05;OID=.;OPOS=169327191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:31:28:0:0:31:31:0:0 chr4 169336662 . T C 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0495;QD=58.1331;RBI=0.119402;REFB=0;REVB=0.116578;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254939;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr4 169341435 . A G 2477.86 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=164;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123195;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.052;QD=60.8064;RBI=0.0123904;REFB=-0.0535553;REVB=-0.00132323;RO=1;SAF=76;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550115;STB=0.50289;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=5.83844e-06;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:163:1:1:162:162:0.993865:86:76:0:1:86:76:0:1 chr4 169362557 . C G 1078.62 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4102;QD=59.9231;RBI=0.069916;REFB=0;REVB=-0.0640873;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143274;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:40:31:0:0:40:32:0:0 chr4 169369820 . T A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.376;QD=64.1536;RBI=0.0370887;REFB=0;REVB=0.0368499;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153356;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr4 169369853 . A T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.172;QD=62.9827;RBI=0.054405;REFB=0;REVB=0.0285518;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304078;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr4 169369920 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.199;QD=55.0986;RBI=0.00823859;REFB=0;REVB=0.00381183;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45726e-05;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr4 169393595 . A G 854.19 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743653;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5111;QD=57.9111;RBI=0.0773614;REFB=0;REVB=0.0213211;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711713;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr4 169432673 . C T 92.59 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.000340224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.931;QD=9.25885;RBI=0.0199892;REFB=-0.0150457;REVB=0.0199863;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822896;STB=0.549917;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0337148;OID=.;OPOS=169432673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:6:6:16:12:6:6:16:12 chr4 169432841 . G A 459.4 PASS AF=0.489362;AO=41;DP=91;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0432922;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0299;QD=19.5489;RBI=0.0777503;REFB=0.0011048;REVB=0.0645825;RO=49;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614384;STB=0.531901;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0155491;OID=.;OPOS=169432841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:49:48:41:46:0.489362:20:21:22:27:23:23:21:27 chr4 169433326 . TG CA 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0641654;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.533;QD=11.2146;RBI=0.067684;REFB=-0.00171674;REVB=-0.0215388;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195515;STB=0.511613;STBP=0.928;TYPE=mnp;VARB=0.00258916;OID=.;OPOS=169433326;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:9:7:15:18:9:7:15:18 chr4 169433333 . C T 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0234096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.072;QD=11.1263;RBI=0.0244977;REFB=-0.0192751;REVB=0.00721984;RO=34;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033353;STB=0.519698;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0586585;OID=.;OPOS=169433333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:9:8:15:19:9:8:15:19 chr4 169621191 . G A 268.44 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00701814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8885;QD=13.9451;RBI=0.00846399;REFB=-0.0102577;REVB=-0.00473126;RO=46;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287582;STB=0.516362;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0190809;OID=.;OPOS=169621191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:16:15:21:25:16:15:21:25 chr4 169630204 . T G 659.12 PASS AF=0.640449;AO=57;DP=90;FAO=57;FDP=89;FR=.;FRO=32;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00503367;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.665;QD=29.6232;RBI=0.0106068;REFB=0.0100072;REVB=-0.0093363;RO=32;SAF=35;SAR=22;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356847;STB=0.519367;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00503619;OID=.;OPOS=169630204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:32:32:57:57:0.640449:22:35:18:14:22:35:18:14 chr4 169846359 . GCT G 916.72 PASS AF=1;AO=58;DP=65;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747887;FXX=0.0746157;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.853;QD=59.143;RBI=0.0750646;REFB=0;REVB=-0.00643007;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.76909e-05;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:65:62:62:0:27:35:0:0:5:0:26:32:0:0 chr4 169928842 . G T 5289.78 PASS AF=1;AO=332;DP=332;FAO=333;FDP=333;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=184;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.976;QD=63.5409;RBI=0.0181533;REFB=0;REVB=0.00346856;RO=0;SAF=149;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.28959e-06;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:332:333:0:0:332:333:1:183:149:0:0:184:149:0:0 chr4 170028045 . G A 350.82 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.00436528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3014;QD=15.4204;RBI=0.0350526;REFB=-0.0125171;REVB=0.0347798;RO=53;SAF=14;SAR=24;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537449;STB=0.530287;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0179517;OID=.;OPOS=170028045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:24:14:17:36:24:14:17:36 chr4 170581570 . G A 1422.39 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.359;QD=62.5226;RBI=0.0618413;REFB=0;REVB=-0.0203583;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012002;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:57:34:0:0:57:34:0:0 chr4 170663235 . C T 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00874495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.172;QD=55.6056;RBI=0.00894377;REFB=-0.0169777;REVB=-0.00187533;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165496;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000588413;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:30:28:1:0:30:28:1:0 chr4 170678993 . T C 609.7 PASS AF=1;AO=33;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.484;QD=60.9695;RBI=0.0744037;REFB=0;REVB=0.0370038;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269984;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:33:40:1:20:13:0:0:21:19:0:0 chr4 170987636 . A G 1127.03 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.012431;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=323.568;QD=57.7963;RBI=0.0140949;REFB=-0.191576;REVB=0.00664343;RO=1;SAF=30;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155115;STB=0.516125;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000416997;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:1:2:76:76:0.974359:46:30:1:0:46:30:2:0 chr4 170994374 . GT G,TG 82.36 PASS AF=0.223529,0.0352941;AO=24,3;DP=85;FAO=19,3;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=16,3;FSAR=3,0;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0852321,-0.0201154;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=13.6845,36.1627;QD=3.87581;RBI=0.0883116,0.0360204;REFB=-0.0493482,-0.045267;REVB=-0.0231179,-0.0298805;RO=52;SAF=16,3;SAR=8,0;SRF=26;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.199971,0.46296;STB=0.828328,0.996985;STBP=0.002,0.045;TYPE=del,mnp;VARB=0.070765,0.0231738;OID=.,.;OPOS=170994375,170994374;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:85:85:52:63:24,3:19,3:0.223529,0.0352941:8,0:16,3:26:26:3,0:16,3:27:36 chr4 172735851 . G A 333.13 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00177074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.093;QD=16.4509;RBI=0.0171779;REFB=-0.0254844;REVB=-0.0170864;RO=45;SAF=21;SAR=15;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723342;STB=0.540687;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0403216;OID=.;OPOS=172735851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:15:21:23:22:15:21:23:22 chr4 172735897 . C G 619.91 PASS AF=0.516393;AO=61;DP=120;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00409282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1025;QD=20.3248;RBI=0.0620754;REFB=-0.0438707;REVB=-0.0619404;RO=59;SAF=35;SAR=26;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437366;STB=0.514701;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0420859;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:59:59:61:63:0.516393:26:35:31:28:28:35:31:28 chr4 174062875 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7144;QD=62.9829;RBI=0.0453223;REFB=0;REVB=-0.0407965;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201787;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr4 174090004 . G A 953.35 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0150119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.201;QD=54.4773;RBI=0.0498513;REFB=-0.100355;REVB=0.0475373;RO=1;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171796;STB=0.526308;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00151633;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:1:3:67:67:0.957143:27:40:0:1:27:40:0:3 chr4 174458022 . T A 753.04 PASS AF=0.541353;AO=72;DP=133;FAO=72;FDP=133;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.037934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.178;QD=22.6478;RBI=0.0381914;REFB=0.0175392;REVB=-0.00442661;RO=61;SAF=38;SAR=34;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848942;STB=0.546465;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00978199;OID=.;OPOS=174458022;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:61:61:72:72:0.541353:34:38:26:35:34:38:26:35 chr4 175237408 . T C 476.17 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0109284;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.748;QD=17.8008;RBI=0.0111201;REFB=-0.0142609;REVB=-0.00205614;RO=56;SAF=26;SAR=25;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244303;STB=0.513568;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0132146;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:25:26:30:26:25:26:30:26 chr4 175443156 . C T 461.38 PASS AF=0.523256;AO=44;DP=85;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0271235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.622;QD=21.4594;RBI=0.0286762;REFB=-0.00643349;REVB=-0.00930795;RO=41;SAF=14;SAR=30;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702165;STB=0.529901;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00871462;OID=.;OPOS=175443156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:41:41:44:45:0.523256:30:14:16:25:30:15:16:25 chr4 175598334 . T C 2740.73 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.532;QD=62.2892;RBI=0.00301;REFB=0;REVB=-0.00263086;RO=0;SAF=70;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7269e-06;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:175:176:1:105:70:0:0:105:71:0:0 chr4 175688138 . A G 958.65 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00716777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.88;QD=57.2325;RBI=0.0237043;REFB=0.0579308;REVB=0.0225946;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141028;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000148118;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:33:33:1:0:33:33:1:0 chr4 175688141 . G A 322.1 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0789881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.886;QD=19.2301;RBI=0.0939363;REFB=-0.0706085;REVB=0.050842;RO=30;SAF=19;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109653;STB=0.50605;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0448338;OID=.;OPOS=175688141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:18:19:15:15:18:19:15:15 chr4 176555585 . A C 1695.02 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0569854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6341;QD=59.4744;RBI=0.0570137;REFB=-0.128944;REVB=0.00179572;RO=1;SAF=54;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871142;STB=0.504586;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00179953;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:114:1:1:112:113:0.991228:58:54:1:0:59:54:1:0 chr4 177073026 . G A 1039.34 PASS AF=1;AO=52;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185461;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.12;QD=59.391;RBI=0.0305082;REFB=0;REVB=0.0242237;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0618e-05;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:52:70:1:38:14:0:0:39:31:0:0 chr4 177087322 . C T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.061;QD=59.855;RBI=0.0123404;REFB=0;REVB=-0.00586032;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.81028e-05;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr4 177113778 . CT AC,CC 1198.37 PASS AF=0.0365854,0.95122;AO=3,77;DP=82;FAO=3,78;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=0,38;FSAR=3,40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163488,0.0042181;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=58.1203,249.666;QD=58.457;RBI=0.0230983,0.0113635;REFB=-0.0132647,0.0162257;REVB=0.0163171,0.0105516;RO=1;SAF=0,38;SAR=3,39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0119811;STB=0.5,0.506171;STBP=1,0.519;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00908607,6.78271e-05;OID=.,.;OPOS=177113778,177113779;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:82:82:1:1:3,77:3,78:0.0365854,0.95122:3,39:0,38:0:1:3,40:0,38:0:1 chr4 177113956 . A G 805.96 PASS AF=0.48538;AO=83;DP=171;FAO=83;FDP=171;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=58;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0705499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.196;QD=18.8528;RBI=0.0714534;REFB=-0.0161729;REVB=-0.0113273;RO=88;SAF=25;SAR=58;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157474;STB=0.587206;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0129592;OID=.;OPOS=177113956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:88:88:83:83:0.48538:58:25:40:48:58:25:40:48 chr4 177137988 . C T 1551.07 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0442067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9696;QD=62.6696;RBI=0.0741031;REFB=0.0948637;REVB=-0.0594729;RO=1;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109026;STB=0.505746;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.006904;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:43:55:0:1:43:55:0:1 chr4 177605081 . CTCA C 1008.41 PASS AF=0.933333;AO=69;DP=81;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0102879;FXX=0.0740649;HRUN=1;LEN=3;MLLD=279.278;QD=53.7816;RBI=0.010288;REFB=-0.00545084;REVB=4.6524e-05;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503839;STBP=0.838;TYPE=del;VARB=2.73996e-05;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:69:81:70:75:5:32:38:2:3:18:0:31:38:0:0 chr4 178102691 . C G 2083.74 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.684;QD=62.6687;RBI=0.0276519;REFB=0;REVB=0.0235903;RO=0;SAF=60;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31951e-05;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:73:60:0:0:73:60:0:0 chr4 178272700 . A G 473.89 PASS AF=0.424;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.0419238;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6018;QD=15.1644;RBI=0.0426048;REFB=-0.0208226;REVB=-0.00758683;RO=71;SAF=21;SAR=32;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170864;STB=0.51284;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.053488;OID=.;OPOS=178272700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:71:72:53:53:0.424:32:21:27:44:32:21:27:45 chr4 178274565 . A G 1450.34 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484155;FXX=0.0107515;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.1776;QD=63.0584;RBI=0.00670467;REFB=0;REVB=0.00463811;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420191;OID=.;OPOS=178274565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:44:47:0:0:45:47:0:0 chr4 178274694 . T G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.478;QD=60.7162;RBI=0.036389;REFB=0;REVB=0.0244603;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82227e-05;OID=.;OPOS=178274694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr4 178274750 . C T 739.39 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00447624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.273;QD=54.7698;RBI=0.0166356;REFB=-0.0772762;REVB=0.0160221;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00022679;OID=.;OPOS=178274750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:29:24:0:0:29:24:0:1 chr4 178274835 . A C 69.3 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1404;QD=30.8002;RBI=0.0438789;REFB=-0.0891057;REVB=0.0394109;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555418;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0210834;OID=.;OPOS=178274835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:4:4:0:0:4:4:0:1 chr4 178281754 . G A 1199.45 PASS AF=0.931818;AO=82;DP=88;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0246495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.811;QD=54.5207;RBI=0.0419503;REFB=-0.151872;REVB=0.0339445;RO=6;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809129;STB=0.542847;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00143875;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:88:88:6:6:82:82:0.931818:32:50:0:6:32:50:0:6 chr4 178359960 . G C 911.67 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8694;QD=57.8837;RBI=0.0728168;REFB=0;REVB=0.0595814;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105987;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:58:63:1:32:26:0:0:37:26:0:0 chr4 178378317 . C A 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.648;QD=55.6466;RBI=0.0260416;REFB=0;REVB=-0.0226391;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.41631e-05;OID=.;OPOS=178378317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr4 178881982 . G T 238.81 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.00345381;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.835;QD=20.3238;RBI=0.0089992;REFB=-0.0312794;REVB=-0.00831004;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23702;STB=0.639664;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0194022;OID=.;OPOS=178881982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:11:12:18:5:11:12:19:5 chr4 179037926 . C G 85.26 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0120039;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.489;QD=10.3339;RBI=0.0138596;REFB=-0.0164028;REVB=0.00692784;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744314;STB=0.563101;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0311091;OID=.;OPOS=179037926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:33:21:22:11:11:0.333333:7:4:9:12:7:4:10:12 chr4 179037990 . C T 233.68 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00100835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.035;QD=24.5981;RBI=0.00408623;REFB=-0.0136949;REVB=-0.00395986;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610537;STB=0.53395;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00997937;OID=.;OPOS=179037990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:6:10:12:10:6:10 chr4 179327856 . G A 2033.85 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7759;QD=62.1023;RBI=0.0403904;REFB=0;REVB=-0.03819;RO=0;SAF=58;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.87807e-05;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:72:58:0:0:73:58:0:0 chr4 183601847 . T C 2032.18 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663032;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8111;QD=62.5286;RBI=0.106114;REFB=0;REVB=0.0828495;RO=0;SAF=49;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010973;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:130:0:0:127:130:1:78:49:0:0:80:50:0:0 chr4 183652175 . T C 2641.3 PASS AF=1;AO=169;DP=172;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129914;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.164;QD=62.1483;RBI=0.0494047;REFB=0;REVB=0.047666;RO=0;SAF=73;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64656e-05;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:170:0:0:169:170:1:96:73:0:0:97:73:0:0 chr4 183815688 . A G 1534.12 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0114897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7925;QD=62.617;RBI=0.0284743;REFB=-0.104826;REVB=0.0260533;RO=1;SAF=54;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870172;STB=0.504586;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-9.37803e-05;OID=.;OPOS=183815688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:1:1:96:97:0.989796:42:54:1:0:43:54:1:0 chr4 184203886 . G C 308.02 PASS AF=0.485294;AO=31;DP=66;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0671259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1929;QD=18.1189;RBI=0.0802009;REFB=-0.000890421;REVB=0.0438895;RO=35;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956469;STB=0.532049;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00267015;OID=.;OPOS=184203886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:35:35:31:33:0.485294:12:19:18:17:14:19:18:17 chr4 184237193 . A AC 1242.17 PASS AF=1;AO=105;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302294;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.7175;QD=43.5848;RBI=0.136639;REFB=0;REVB=0.133253;RO=4;SAF=56;SAR=49;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00163505;OID=.;OPOS=184237194;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:105:112:114:114:0:65:49:0:0:24:4:56:49:3:1 chr4 184238670 . C G 257.19 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.01106;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6732;QD=13.5362;RBI=0.019376;REFB=0.00125838;REVB=-0.0159093;RO=44;SAF=11;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715012;STB=0.556738;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00375628;OID=.;OPOS=184238670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:46:30:30:0.394737:19:11:19:25:19:11:21:25 chr4 184242959 . C G 216.67 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0265876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3509;QD=13.3336;RBI=0.0316996;REFB=0.0126073;REVB=0.0172617;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805682;STB=0.546064;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0131148;OID=.;OPOS=184242959;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:14:12:21:18:14:12:21:18 chr4 184243528 . G A 496.67 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.575;QD=58.4319;RBI=0.0494792;REFB=0;REVB=0.0473366;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196253;OID=.;OPOS=184243528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:15:16:0:0:16:18:0:0 chr4 184250520 . C T 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00771171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.672;QD=19.2766;RBI=0.00925612;REFB=-0.00416945;REVB=0.00511912;RO=32;SAF=10;SAR=24;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474494;STB=0.512813;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00404366;OID=.;OPOS=184250520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:34:34:0.507463:24:10:8:24:24:10:9:24 chr4 184366145 . C T 842.69 PASS AF=0.583333;AO=77;DP=132;FAO=77;FDP=132;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0660467;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6839;QD=25.536;RBI=0.0985242;REFB=-0.0281225;REVB=0.0731084;RO=50;SAF=34;SAR=43;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281627;STB=0.502195;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0206371;OID=.;OPOS=184366145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:50:55:77:77:0.583333:43:34:24:26:43:34:24:31 chr4 184368714 . T C 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00202989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.387;QD=16.2789;RBI=0.0246689;REFB=-0.0150742;REVB=0.0245852;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1605;STB=0.590102;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0215124;OID=.;OPOS=184368714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:11:22:14:14:11:22 chr4 184426387 . C T 2436.76 PASS AF=0.981707;AO=161;DP=165;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=97;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00479189;FXX=0.0120475;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.037;QD=59.4332;RBI=0.0505321;REFB=-0.117339;REVB=0.0503044;RO=3;SAF=64;SAR=97;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217772;STB=0.511449;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00212796;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:165:164:3:3:161:161:0.981707:97:64:3:0:97:64:3:0 chr4 184570715 . T G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.035968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.991;QD=21.9438;RBI=0.0382136;REFB=-0.0246531;REVB=0.0129069;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785172;STB=0.526993;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0191757;OID=.;OPOS=184570715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:11:12:16:16:0.571429:9:7:6:5:9:7:6:6 chr4 184596838 . AT A 36.49 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0520056;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.9258;QD=3.56017;RBI=0.116195;REFB=-0.0391509;REVB=-0.103908;RO=28;SAF=9;SAR=2;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171943;STB=0.622393;STBP=0.413;TYPE=del;VARB=0.0574246;OID=.;OPOS=184596839;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268293:11:42:11:41:30:9:2:21:9:36:28:9:2:20:8 chr4 184596850 . A G 223.78 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00741752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1986;QD=19.4592;RBI=0.0160934;REFB=0.0333981;REVB=-0.0142821;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192966;STB=0.60976;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0419742;OID=.;OPOS=184596850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:6:16:13:11:6:16:13:11 chr4 184600601 . A G 479.37 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0163231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.77;QD=19.9738;RBI=0.0167097;REFB=0.00031811;REVB=-0.00357372;RO=49;SAF=16;SAR=31;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270359;STB=0.650092;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000463976;OID=.;OPOS=184600601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:31:16:31:18:31:16:31:18 chr4 184931818 . G A 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0302928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.022;QD=17.1555;RBI=0.0303834;REFB=-0.0293336;REVB=-0.0023443;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154455;STB=0.601147;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.026726;OID=.;OPOS=184931818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:20:17:17:0.459459:7:10:8:11:7:10:8:12 chr4 184931994 . C T 125.48 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0120423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0888;QD=18.5898;RBI=0.0120448;REFB=-0.0010601;REVB=0.000241742;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973626;STB=0.555477;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00210901;OID=.;OPOS=184931994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:8:5:7:7:8:5 chr4 185012398 . T C 224.26 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0218594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5807;QD=19.5011;RBI=0.0307681;REFB=-0.00951636;REVB=0.0216527;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177949;STB=0.608601;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0100532;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:22:22:0.478261:11:11:16:7:11:11:17:7 chr4 185587165 . A G 1748.66 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.729;QD=60.8231;RBI=0.0736294;REFB=0;REVB=-0.00117746;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59129e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:111:115:1:60:51:0:0:62:53:0:0 chr4 185655171 . C T 1208.86 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0367395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.081;QD=57.5647;RBI=0.0412731;REFB=0.0378855;REVB=0.0188063;RO=3;SAF=27;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251029;STB=0.513271;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.000138767;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:81:81:0.964286:54:27:2:1:54:27:2:1 chr4 185655189 . GC G,GG 748.42 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=7,41;DP=48;FAO=3,45;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=2,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050446,0.0484541;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.635,236.941;QD=62.368;RBI=0.0772245,0.0724357;REFB=0,0;REVB=0.0584707,0.0538437;RO=0;SAF=1,13;SAR=6,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0188022,0.00361224;OID=.,.;OPOS=185655190,185655190;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.9375:7,41:48:3,45:48:0:1,13:2,32:0:0:8:0:1,13:6,28:0:0 chr4 185678110 . A G 1989.03 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.665;QD=62.1572;RBI=0.0157937;REFB=0;REVB=0.00615279;RO=0;SAF=62;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3945e-05;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:65:62:0:0:65:63:0:0 chr4 185678118 . C G 2046.02 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.257;QD=62.474;RBI=0.0669131;REFB=0;REVB=0.0664761;RO=0;SAF=65;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012093;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:66:65:0:0:66:65:0:0 chr4 185686032 . C T 786.17 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.891;QD=57.176;RBI=0.141186;REFB=0;REVB=0.14051;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760421;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:22:31:0:0:24:31:0:0 chr4 185735054 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.606;QD=58.6004;RBI=0.02743;REFB=0;REVB=0.00479218;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43954e-05;OID=.;OPOS=185735054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr4 185940952 . C G 239.77 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00128177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0216;QD=14.3144;RBI=0.0252582;REFB=0.00688729;REVB=-0.0252257;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05338;STB=0.522372;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0149597;OID=.;OPOS=185940952;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:14:14:17:21:14:14:18:21 chr4 186091487 . G A 347.59 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0138555;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.36;QD=16.9553;RBI=0.0259005;REFB=-0.0350305;REVB=0.0218829;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116767;STB=0.572147;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0339914;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:45:36:37:0.45122:19:17:16:29:19:18:16:29 chr4 186097045 . C T 555.09 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00630488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.752;QD=20.0032;RBI=0.014829;REFB=-0.00202001;REVB=-0.0134219;RO=54;SAF=34;SAR=23;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703257;STB=0.538796;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00178142;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:23:34:28:26:23:34:28:26 chr4 186111639 . T C 284.21 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0236793;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.892;QD=14.9585;RBI=0.028686;REFB=-0.0119157;REVB=0.0161919;RO=43;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988148;STB=0.549474;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0166494;OID=.;OPOS=186111639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:44:32:32:0.421053:18:14:23:20:18:14:23:21 chr4 186112111 . G A 292.73 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00771267;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.541;QD=26.0203;RBI=0.0119911;REFB=-0.0133552;REVB=0.00918156;RO=19;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103221;STB=0.557332;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0118908;OID=.;OPOS=186112111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:17:9:9:10:17:9:9:10 chr4 186294198 . C T 528.45 PASS AF=0.509259;AO=54;DP=107;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.068344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3376;QD=19.5724;RBI=0.137741;REFB=0.00722676;REVB=0.11959;RO=53;SAF=30;SAR=24;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191778;STB=0.608613;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00488241;OID=.;OPOS=186294198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:53:53:54:55:0.509259:24:30:18:35:24:31:18:35 chr4 186299260 . A G 220.22 PASS AF=0.625;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.015315;FXX=0.0588062;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.416;QD=27.5277;RBI=0.0156487;REFB=-0.0263908;REVB=0.00321418;RO=5;SAF=15;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131402;STB=0.642742;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0138738;OID=.;OPOS=186299260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:32:5:12:20:20:0.625:5:15:5:0:5:15:12:0 chr4 186320880 . A G 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0103487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.08;QD=19.6174;RBI=0.0103843;REFB=-0.0134599;REVB=-0.000859048;RO=36;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612058;STB=0.534037;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0131965;OID=.;OPOS=186320880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:14:23:20:16:14:23:20:16 chr4 186320906 . C G 276.69 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0104912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.556;QD=17.0268;RBI=0.01473;REFB=-0.0111272;REVB=0.0103397;RO=34;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102326;STB=0.545053;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0151129;OID=.;OPOS=186320906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:30:31:0.476923:11:19:18:16:12:19:18:16 chr4 186339584 . A G 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.277;QD=61.6745;RBI=0.0232747;REFB=0;REVB=-0.00089525;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61332e-05;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr4 186347055 . G A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00456135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.845;QD=17.1001;RBI=0.0661533;REFB=0.00505078;REVB=0.0659959;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294556;STB=0.669851;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00311316;OID=.;OPOS=186347055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:6:9:4:10:6:9 chr4 186357523 . C G 911.65 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901073;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.956;QD=58.8163;RBI=0.0214643;REFB=0;REVB=-0.0194813;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.63962e-05;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:32:30:0:0 chr4 186361876 . A G 659.45 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.009;QD=59.9496;RBI=0.0164189;REFB=-0.133494;REVB=0.00806072;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.513507;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00053164;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:0:1:43:43:0.977273:25:18:0:0:25:18:1:0 chr4 186379371 . G A 1573.45 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0538371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.67;QD=58.8205;RBI=0.0585304;REFB=0.0390309;REVB=0.0229647;RO=1;SAF=62;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759391;STB=0.503999;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000513184;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:44:62:1:0:44:62:1:0 chr4 186379735 . T C 267.34 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00687943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.466;QD=18.437;RBI=0.0188494;REFB=-0.0335137;REVB=0.0175491;RO=28;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496;STB=0.535085;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.034284;OID=.;OPOS=186379735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:13:16:17:11:13:16:18:11 chr4 186391868 . T C 1212.72 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0418616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.176;QD=59.8875;RBI=0.0556736;REFB=-0.0416025;REVB=0.0367037;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.507041;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00145642;OID=.;OPOS=186391868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:45:35:0:0:45:35:1:0 chr4 186391898 . C T 1064.02 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.093;QD=58.3023;RBI=0.0338113;REFB=-0.0982483;REVB=0.0208421;RO=1;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116777;STB=0.506171;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000424605;OID=.;OPOS=186391898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:40:32:0:1:40:32:0:1 chr4 186423637 . G A 972.75 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.02;QD=58.9545;RBI=0.043309;REFB=0;REVB=-0.0208006;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96474e-05;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:44:22:0:0:44:22:0:0 chr4 186507298 . AAT A 204.26 PASS AF=0.909091;AO=19;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0185575;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=211.975;QD=37.1376;RBI=0.0291872;REFB=-0.0593855;REVB=0.0225279;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.54995;STBP=0.252;TYPE=del;VARB=0.00924986;OID=.;OPOS=186507299;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:19:22:20:22:2:11:9:0:2:8:0:11:8:0:0 chr4 186528433 . T C 367.24 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.964;QD=54.4063;RBI=0.021801;REFB=0;REVB=0.0217102;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720966;OID=.;OPOS=186528433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr4 186533029 . C T 740.41 PASS AF=0.472727;AO=78;DP=165;FAO=78;FDP=165;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.0424184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5119;QD=17.9494;RBI=0.0443907;REFB=-0.00808907;REVB=-0.013085;RO=87;SAF=36;SAR=42;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459765;STB=0.525417;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00822941;OID=.;OPOS=186533029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:87:87:78:78:0.472727:42:36:36:51:42:36:36:51 chr4 186599992 . A T 2470.36 PASS AF=1;AO=138;DP=172;FAO=168;FDP=168;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494472;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=33.0895;QD=58.8181;RBI=0.102509;REFB=0;REVB=0.0897952;RO=4;SAF=55;SAR=83;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195311;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113162;OID=.;OPOS=186599992;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:172:168:4:0:138:168:1:83:55:3:1:106:62:0:0 chr4 186631028 . T A,TA 215.85 PASS AF=0,1;AO=9,5;DP=23;FAO=0,21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.997817,-0.0365427;FXX=0;HRUN=12,2;LEN=1,1;MLLD=15.1726,15.6579;QD=41.1147;RBI=0.999604,0.0561876;REFB=0,0;REVB=0.0597446,0.0426811;RO=3;SAF=0,4;SAR=9,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.826066,-0.23409;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.165557,-0.000602407;OID=.,.;OPOS=186631028,186631029;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:23:21:3:0:9,5:0,21:0,1:9,1:0,4:3:0:0,11:0,10:0:0 chr4 187004217 . C T 634.17 PASS AF=1;AO=33;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2735;QD=60.3974;RBI=0.0515895;REFB=0;REVB=0.0407019;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00557762;OID=.;OPOS=187004217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:33:42:1:10:23:0:0:15:27:0:0 chr4 187074833 . A G 455.42 PASS AF=0.374101;AO=52;DP=140;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0041432;FXX=0.0794649;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.311;QD=13.1057;RBI=0.0178898;REFB=-0.00188136;REVB=-0.0174034;RO=87;SAF=22;SAR=30;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664582;STB=0.5378;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00688243;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:87:87:52:52:0.374101:30:22:42:45:30:22:42:45 chr4 187077206 . A G 433.55 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.00226023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.172;QD=15.08;RBI=0.0207224;REFB=-0.022645;REVB=-0.0205987;RO=65;SAF=24;SAR=25;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13904;STB=0.581371;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0160398;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:65:66:49:49:0.426087:25:24:23:42:25:24:23:43 chr4 187078785 . A G 1396.35 PASS AF=0.498208;AO=139;DP=281;FAO=139;FDP=279;FR=.;FRO=140;FSAF=84;FSAR=55;FSRF=57;FSRR=83;FWDB=0.00508257;FXX=0.00711718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.778;QD=20.0193;RBI=0.0124943;REFB=-0.0287424;REVB=0.0114138;RO=140;SAF=84;SAR=55;SRF=57;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180731;STB=0.599148;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.021416;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:279:140:140:139:139:0.498208:55:84:57:83:55:84:57:83 chr4 187079047 . A G 456.98 PASS AF=0.564103;AO=43;DP=77;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.027815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4046;QD=23.435;RBI=0.0440117;REFB=-0.0217719;REVB=-0.034108;RO=34;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157119;STB=0.589704;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.014852;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:34:34:43:44:0.564103:21:22:24:10:22:22:24:10 chr4 187120211 . C A 348.07 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0283787;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.086;QD=21.4194;RBI=0.0401184;REFB=-0.000303779;REVB=-0.0283573;RO=25;SAF=21;SAR=11;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353366;STB=0.673808;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000612309;OID=.;OPOS=187120211;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:25:28:32:33:0.507692:11:21:5:20:11:22:8:20 chr4 187122319 . T G 321.1 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.000120651;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.744;QD=18.3484;RBI=0.0135166;REFB=-0.0360609;REVB=-0.0135161;RO=38;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021997;STB=0.527902;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0301037;OID=.;OPOS=187122319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:38:36:34:34:0.485714:16:18:21:17:16:18:21:15 chr4 187122355 . T C 620.21 PASS AF=0.56;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0154733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.024;QD=24.8084;RBI=0.0163868;REFB=-0.0124989;REVB=-0.00539486;RO=44;SAF=30;SAR=26;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101449;STB=0.555536;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0084483;OID=.;OPOS=187122355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:44:44:56:56:0.56:26:30:18:26:26:30:18:26 chr4 187133576 . A C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.461;QD=58.4197;RBI=0.0414472;REFB=0;REVB=0.0332892;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113953;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr4 187158034 . G A 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0275416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5557;QD=16.7503;RBI=0.0428593;REFB=0.00234685;REVB=-0.0328386;RO=38;SAF=15;SAR=18;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167701;STB=0.599941;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00561938;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:18:15:24:14:18:15:25:14 chr4 187179210 . T C 144.84 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0597929;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4743;QD=14.8557;RBI=0.0605378;REFB=-0.00213788;REVB=0.00946792;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135417;STB=0.578845;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00303111;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:10:13:11:5:10:13 chr4 187422331 . C A 300.31 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0372821;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2102;QD=16.2327;RBI=0.0714519;REFB=0.00678553;REVB=0.0609542;RO=42;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092336;STB=0.545427;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00756345;OID=.;OPOS=187422331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:41:33:33:0.445946:15:18:19:23:15:18:19:22 chr4 187454951 . T C 773.0 PASS AF=0.590164;AO=72;DP=122;FAO=72;FDP=122;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00644543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.725;QD=25.3443;RBI=0.0273763;REFB=-0.0140096;REVB=0.0266067;RO=50;SAF=38;SAR=34;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360146;STB=0.519593;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.009572;OID=.;OPOS=187454951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:50:50:72:72:0.590164:34:38:24:26:34:38:24:26 chr4 187454972 . T C 329.56 PASS AF=0.356522;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=-0.0314028;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4394;QD=11.463;RBI=0.0563702;REFB=-0.00896405;REVB=0.046813;RO=75;SAF=8;SAR=33;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489097;STB=0.790704;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0320408;OID=.;OPOS=187454972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:75:74:41:41:0.356522:33:8:46:29:33:8:47:27 chr4 187510029 . G A 544.85 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00586506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.316;QD=22.9411;RBI=0.017581;REFB=-0.00133299;REVB=-0.0165738;RO=44;SAF=23;SAR=28;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163165;STB=0.508974;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00107798;OID=.;OPOS=187510029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:44:51:51:0.536842:28:23:19:25:28:23:19:25 chr4 187516880 . A G 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00726629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.263;QD=19.9672;RBI=0.00805402;REFB=-0.0216854;REVB=-0.00347395;RO=26;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256673;STB=0.514276;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0210617;OID=.;OPOS=187516880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:12:17:16:10:12:17:16:10 chr4 187518256 . G T 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.000670441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.333;QD=25.711;RBI=0.0169477;REFB=-0.0387953;REVB=-0.0169344;RO=6;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134616;STB=0.575112;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0168915;OID=.;OPOS=187518256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:5:8:5:1:5:8:5:1 chr4 187519206 . C G 2209.46 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.634;QD=63.1275;RBI=0.0778104;REFB=0;REVB=0.0774872;RO=0;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39266e-05;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:140:0:0:132:140:1:68:64:0:0:75:65:0:0 chr4 187525020 . A C 97.16 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0311242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.526;QD=14.3941;RBI=0.0418577;REFB=-0.00836118;REVB=-0.0279884;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197057;STB=0.615187;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.023765;OID=.;OPOS=187525020;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:7:8:4:8:7:8 chr4 187531022 . A G 452.23 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.00141616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.409;QD=16.151;RBI=0.0196601;REFB=-0.00497881;REVB=0.019609;RO=62;SAF=28;SAR=21;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940379;STB=0.511623;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00572686;OID=.;OPOS=187531022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:49:50:0.446429:21:28:36:26:22:28:36:26 chr4 187534363 . G A 656.77 PASS AF=0.466667;AO=68;DP=149;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.0191571;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.35;QD=17.5139;RBI=0.0192817;REFB=-0.00288865;REVB=0.00218851;RO=77;SAF=25;SAR=43;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12465;STB=0.562458;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00276963;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:77:80:68:70:0.466667:43:25:38:39:43:27:40:40 chr4 187538942 . T G 755.83 PASS AF=0.5;AO=76;DP=155;FAO=78;FDP=156;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.00975664;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6288;QD=19.3802;RBI=0.0111706;REFB=-0.0213641;REVB=-0.00543965;RO=71;SAF=35;SAR=41;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869734;STB=0.519315;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00754001;OID=.;OPOS=187538942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:71:78:76:78:0.5:41:35:32:39:41:37:34:44 chr4 187542755 . T C 538.79 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.000375629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.002;QD=20.5252;RBI=0.0326386;REFB=-0.0148124;REVB=0.0326364;RO=50;SAF=34;SAR=21;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034625;STB=0.519077;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0119012;OID=.;OPOS=187542755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:50:55:55:0.52381:21:34:29:21:21:34:29:21 chr4 187557893 . T C 765.43 PASS AF=0.47619;AO=80;DP=168;FAO=80;FDP=168;FR=.;FRO=88;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=0.00164088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2249;QD=18.2245;RBI=0.0523025;REFB=-0.0300167;REVB=0.0522768;RO=87;SAF=45;SAR=35;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338924;STB=0.515171;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0437896;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:87:88:80:80:0.47619:35:45:52:35:35:45:52:36 chr4 187627792 . T C 231.3 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.043446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.562;QD=16.5215;RBI=0.0434638;REFB=-0.0279107;REVB=0.00124119;RO=30;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171052;STB=0.563331;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0513368;OID=.;OPOS=187627792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:25:26:0.464286:16:9:16:14:16:10:15:15 chr4 187628345 . G A 412.82 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0158205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5648;QD=21.4449;RBI=0.0215556;REFB=-0.00528718;REVB=0.0146409;RO=35;SAF=25;SAR=16;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244029;STB=0.640158;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00315861;OID=.;OPOS=187628345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:36:41:41:0.532468:16:25:11:24:16:25:11:25 chr4 187628398 . C G 417.13 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0106262;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.592;QD=27.353;RBI=0.0124295;REFB=-0.0240564;REVB=-0.00644814;RO=22;SAF=18;SAR=21;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349756;STB=0.519074;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0188608;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:21:18:9:13:21:18:9:13 chr4 187629140 . G C 289.71 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00345497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.338;QD=18.9975;RBI=0.0160486;REFB=-0.0263964;REVB=-0.0156723;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436012;STB=0.524297;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0159834;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:15:16:14:16:15:16:14:16 chr4 187630590 . G A 492.26 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0133418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.257;QD=22.6325;RBI=0.0143024;REFB=-0.00902259;REVB=-0.00515328;RO=40;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151793;STB=0.508354;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0113529;OID=.;OPOS=187630590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:22:25:22:18:22:25:22:18 chr4 188924979 . C T 176.35 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.00604622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.253;QD=23.5128;RBI=0.00730884;REFB=-0.00671942;REVB=0.00410637;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29586;STB=0.651015;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00710414;OID=.;OPOS=188924979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:12:12:17:18:0.6:9:8:1:11:10:8:1:11 chr4 188925176 . T TGAC 249.4 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00120912;FXX=0.0169463;HRUN=0;LEN=3;MLLD=328.066;QD=17.1999;RBI=0.00687568;REFB=-0.00664713;REVB=-0.00676853;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287411;STB=0.516118;STBP=0.813;TYPE=ins;VARB=0.00729859;OID=.;OPOS=188925177;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:28:59:28:58:30:13:15:13:17:99:30:13:15:13:17 chr4 188925449 . T A 35.32 PASS AF=0.25;AO=3;DP=16;FAO=4;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00867513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.9808;QD=8.82976;RBI=0.0227354;REFB=0.00397499;REVB=0.0210152;RO=9;SAF=1;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123106;STB=0.571079;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.120822;OID=.;OPOS=188925449;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:16:16:9:10:3:4:0.25:2:1:4:5:2:2:4:6 chr4 189012728 . G C 1357.9 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00704459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.476;QD=62.4323;RBI=0.0105728;REFB=0;REVB=-0.00788398;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01909e-06;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr4 189012809 . C T 313.84 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0469429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.332;QD=14.5974;RBI=0.0473703;REFB=-0.00568135;REVB=0.00634868;RO=50;SAF=8;SAR=27;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171302;STB=0.593851;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00779184;OID=.;OPOS=189012809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:51:35:35:0.406977:27:8:18:32:27:8:18:33 chr4 189018486 . A G 267.48 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0216725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3263;QD=21.8349;RBI=0.0220334;REFB=0.000768253;REVB=0.00397172;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184116;STB=0.610936;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-6.85038e-05;OID=.;OPOS=189018486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:12:13:7:16:12:13:7:17 chr4 189022324 . C T 408.35 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0172375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.819;QD=20.4177;RBI=0.0172453;REFB=0.0018702;REVB=-0.000517407;RO=39;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457608;STB=0.525339;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00169542;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:20:21:22:17:20:21:22:17 chr4 189026524 . C G 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0633347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2538;QD=18.0351;RBI=0.0653101;REFB=0.0193867;REVB=0.0159413;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224612;STB=0.615283;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0138033;OID=.;OPOS=189026524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:10:12:8:18:10:12:9:18 chr4 189042746 . T C 318.42 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.018015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.469;QD=23.158;RBI=0.0181262;REFB=-0.00273653;REVB=-0.00200416;RO=23;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04946;STB=0.527256;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00278651;OID=.;OPOS=189042746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:16:16:13:10:16:16:13:10 chr4 189061106 . G A 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0355578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.347;QD=20.5626;RBI=0.0374266;REFB=-0.0242382;REVB=-0.0116785;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642393;STB=0.53569;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0203448;OID=.;OPOS=189061106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:15:14:14:11:15:14:14:11 chr4 190630720 . C G 107.29 PASS AF=0.122642;AO=26;DP=212;FAO=26;FDP=212;FR=.;FRO=186;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=112;FSRR=74;FWDB=0.00480323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.099;QD=2.02428;RBI=0.0369888;REFB=-0.0014808;REVB=-0.0366756;RO=184;SAF=14;SAR=12;SRF=112;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900136;STB=0.556658;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0108274;OID=.;OPOS=190630720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:184:186:26:26:0.122642:12:14:112:72:12:14:112:74 chr4 190630778 . GC AT 2627.37 PASS AF=0.715232;AO=214;DP=303;FAO=216;FDP=302;FR=.;FRO=86;FSAF=122;FSAR=94;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=-0.00557532;FXX=0.0162861;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.547;QD=34.7996;RBI=0.00562907;REFB=-0.0606275;REVB=-0.000776059;RO=66;SAF=120;SAR=94;SRF=48;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757417;STB=0.518359;STBP=0.327;TYPE=mnp;VARB=0.0242626;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:302:66:86:214:216:0.715232:94:120:48:18:94:122:54:32 chr4 190630782 . C T 185.58 PASS AF=0.136076;AO=43;DP=316;FAO=43;FDP=316;FR=.;FRO=273;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=163;FSRR=110;FWDB=0.0169802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.618;QD=2.34906;RBI=0.0177951;REFB=0.00320485;REVB=0.00532339;RO=270;SAF=19;SAR=24;SRF=163;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205363;STB=0.631703;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0211825;OID=.;OPOS=190630782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:270:273:43:43:0.136076:24:19:163:107:24:19:163:110 chr4 190630786 . A G 2845.68 PASS AF=0.719626;AO=227;DP=316;FAO=231;FDP=321;FR=.;FRO=90;FSAF=129;FSAR=102;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=0.0226466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.862;QD=35.4602;RBI=0.0227274;REFB=-0.0360362;REVB=-0.00191398;RO=89;SAF=125;SAR=102;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300213;STB=0.515023;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0115563;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:321:89:90:227:231:0.719626:102:125:54:35:102:129:55:35 chr4 190630805 . G C 134.11 PASS AF=0.110448;AO=37;DP=331;FAO=37;FDP=335;FR=.;FRO=298;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=169;FSRR=129;FWDB=-0.0231817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1765;QD=1.6013;RBI=0.068003;REFB=-0.00275187;REVB=0.0639298;RO=294;SAF=22;SAR=15;SRF=166;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381575;STB=0.525098;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0280313;OID=.;OPOS=190630805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:335:294:298:37:37:0.110448:15:22:166:128:15:22:169:129 chr4 190815066 . CA C,CG 209.98 PASS AF=0.526316,0.0526316;AO=19,4;DP=41;FAO=20,2;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10,1;FSAR=10,1;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.037353,0.0152181;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.698,138.298;QD=22.1027;RBI=0.0377489,0.0157982;REFB=-0.019059,-0.01251;REVB=0.00545295,0.00424153;RO=17;SAF=9,1;SAR=10,3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.152848,-0.0628903;STB=0.583252,0.665192;STBP=0.275,0.732;TYPE=del,snp;VARB=0.0242607,-0.00678763;OID=.,.;OPOS=190815067,190815067;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316,0.0526316:19,4:41:20,2:38:16:10,1:10,1:5:11:99:17:9,1:10,3:5:12 chr4 190862154 . T C 265.69 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00348533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.441;QD=13.2845;RBI=0.00636752;REFB=-0.0126934;REVB=0.00532896;RO=48;SAF=18;SAR=13;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293891;STB=0.507049;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0132827;OID=.;OPOS=190862154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:13:18:28:20:13:18:29:20 chr4 190862155 . T G 500.67 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00514335;FXX=0.0493766;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.4214;QD=26.0089;RBI=0.0161132;REFB=-0.0268644;REVB=-0.0152703;RO=31;SAF=30;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568645;STB=0.531122;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.014113;OID=.;OPOS=190862155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:77:31:31:46:46:0.597403:16:30:18:13:16:30:18:13 chr4 190862182 . C T 1233.31 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.136;QD=60.1615;RBI=0.0183158;REFB=-0.127045;REVB=0.00055032;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=8.72966e-05;OID=.;OPOS=190862182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:0:1:81:81:0.987805:34:47:0:0:34:47:1:0 chr4 190874206 . T A 246.37 PASS AF=0.240506;AO=38;DP=159;FAO=38;FDP=158;FR=.;FRO=120;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=73;FSRR=47;FWDB=0.00116119;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.287;QD=6.23711;RBI=0.0345287;REFB=0.00599443;REVB=-0.0345092;RO=120;SAF=15;SAR=23;SRF=74;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273234;STB=0.658345;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0121312;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:120:120:38:38:0.240506:23:15:74:46:23:15:73:47 chr4 190874207 . G C 47.81 PASS AF=0.089172;AO=14;DP=157;FAO=14;FDP=157;FR=.;FRO=143;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=82;FSRR=61;FWDB=-0.00633125;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.374;QD=1.21808;RBI=0.0072098;REFB=-0.00164409;REVB=0.00344913;RO=120;SAF=6;SAR=8;SRF=71;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194269;STB=0.629517;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.015063;OID=.;OPOS=190874207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:157:157:120:143:14:14:0.089172:8:6:71:49:8:6:82:61 chr4 190874234 . C T 268.03 PASS AF=0.229508;AO=42;DP=183;FAO=42;FDP=183;FR=.;FRO=141;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=82;FSRR=59;FWDB=0.000232371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.45;QD=5.85849;RBI=0.00803936;REFB=-0.00580408;REVB=0.008036;RO=141;SAF=20;SAR=22;SRF=82;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133078;STB=0.580708;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0179591;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:141:141:42:42:0.229508:22:20:82:59:22:20:82:59 chr4 190874255 . A T 68.47 PASS AF=0.102564;AO=18;DP=193;FAO=20;FDP=195;FR=.;FRO=175;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=99;FSRR=76;FWDB=-0.0102745;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.617;QD=1.40456;RBI=0.0139723;REFB=-0.00276564;REVB=-0.00946889;RO=175;SAF=9;SAR=9;SRF=99;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781299;STB=0.558916;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.023264;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:193:195:175:175:18:20:0.102564:9:9:99:76:10:10:99:76 chr4 190874256 . C T 42.09 PASS AF=0.0757576;AO=15;DP=198;FAO=15;FDP=198;FR=.;FRO=183;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=101;FSRR=82;FWDB=0.00297398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.521;QD=0.850373;RBI=0.0258669;REFB=-0.000402396;REVB=-0.0256954;RO=182;SAF=11;SAR=4;SRF=100;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214789;STB=0.678374;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0075943;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:198:198:182:183:15:15:0.0757576:4:11:100:82:4:11:101:82 chr4 190874290 . T A 137.66 PASS AF=0.143564;AO=29;DP=202;FAO=29;FDP=202;FR=.;FRO=173;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=100;FSRR=73;FWDB=-0.000934102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.005;QD=2.7259;RBI=0.00769885;REFB=-0.00245599;REVB=-0.00764197;RO=172;SAF=16;SAR=13;SRF=99;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309036;STB=0.522869;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0196133;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:172:173:29:29:0.143564:13:16:99:73:13:16:100:73 chr4 190876192 . A C 155.96 PASS AF=0.177914;AO=29;DP=161;FAO=29;FDP=163;FR=.;FRO=134;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=65;FSRR=69;FWDB=0.000101485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.891;QD=3.82714;RBI=0.00434056;REFB=-0.00200202;REVB=0.00433937;RO=132;SAF=16;SAR=13;SRF=63;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952008;STB=0.554719;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0104911;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:132:134:29:29:0.177914:13:16:63:69:13:16:65:69 chr4 190876195 . C T 1002.48 PASS AF=0.565476;AO=95;DP=168;FAO=95;FDP=168;FR=.;FRO=73;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0106142;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.496;QD=23.8685;RBI=0.0174484;REFB=-0.0163573;REVB=-0.0138487;RO=73;SAF=47;SAR=48;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096661;STB=0.505262;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0101521;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:73:73:95:95:0.565476:48:47:37:36:48:47:37:36 chr4 190876196 . G A 49.3 PASS AF=0.0882353;AO=15;DP=171;FAO=15;FDP=170;FR=.;FRO=155;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=79;FSRR=76;FWDB=-0.0186556;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.693;QD=1.15997;RBI=0.0272401;REFB=-0.000236911;REVB=-0.0198493;RO=152;SAF=6;SAR=9;SRF=76;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11693;STB=0.599867;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00438681;OID=.;OPOS=190876196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:171:170:152:155:15:15:0.0882353:9:6:76:76:9:6:79:76 chr4 190876204 . G A 1012.33 PASS AF=0.582822;AO=83;DP=167;FAO=95;FDP=163;FR=.;FRO=68;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00280989;FXX=0.0842649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7413;QD=24.8424;RBI=0.0527097;REFB=-0.0360222;REVB=0.0526347;RO=68;SAF=44;SAR=39;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490953;STB=0.505689;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0265857;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:163:68:68:83:95:0.582822:39:44:32:36:49:46:32:36 chr4 190876242 . G A 1726.8 PASS AF=0.660714;AO=148;DP=224;FAO=148;FDP=224;FR=.;FRO=76;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0105913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1306;QD=30.8357;RBI=0.0393651;REFB=-0.00812234;REVB=-0.0379135;RO=75;SAF=73;SAR=75;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333717;STB=0.515572;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00466553;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:75:76:148:148:0.660714:75:73:33:42:75:73:34:42 chr4 190876256 . C T 51.03 PASS AF=0.079646;AO=18;DP=227;FAO=18;FDP=226;FR=.;FRO=208;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=96;FSRR=112;FWDB=-0.0664172;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.283;QD=0.903132;RBI=0.0670211;REFB=-0.000487919;REVB=-0.0089771;RO=206;SAF=11;SAR=7;SRF=95;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170101;STB=0.635906;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0134477;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:227:226:206:208:18:18:0.079646:7:11:95:111:7:11:96:112 chr4 190876278 . G A 51.84 PASS AF=0.0810811;AO=17;DP=221;FAO=18;FDP=222;FR=.;FRO=204;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=97;FSRR=107;FWDB=-0.0245963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.043;QD=0.934124;RBI=0.0263473;REFB=-0.00151556;REVB=-0.00944477;RO=204;SAF=11;SAR=6;SRF=97;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192495;STB=0.623744;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0181217;OID=.;OPOS=190876278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:221:222:204:204:17:18:0.0810811:6:11:97:107:7:11:97:107 chr4 190876293 . C A 55.21 PASS AF=0.0849057;AO=18;DP=212;FAO=18;FDP=212;FR=.;FRO=194;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=90;FSRR=104;FWDB=-0.0193115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2146;QD=1.04173;RBI=0.0419825;REFB=0.00353066;REVB=-0.0372773;RO=194;SAF=11;SAR=7;SRF=90;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169422;STB=0.633153;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0444735;OID=.;OPOS=190876293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:212:212:194:194:18:18:0.0849057:7:11:90:104:7:11:90:104 chr4 190878563 . C A 38.34 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0130847;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7943;QD=2.25531;RBI=0.021968;REFB=-0.00448922;REVB=-0.017646;RO=58;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124548;STB=0.57335;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0385226;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:70:68:58:60:8:8:0.117647:4:4:23:35:4:4:25:35 chr4 190878597 . C T 194.53 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0235525;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.507;QD=9.97567;RBI=0.0266273;REFB=-0.0140925;REVB=-0.0124214;RO=53;SAF=10;SAR=15;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127829;STB=0.575069;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0264878;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:53:53:25:25:0.320513:15:10:27:26:15:10:27:26 chr4 190878654 . C G 120.48 PASS AF=0.236842;AO=17;DP=75;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0398082;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.086;QD=6.34115;RBI=0.0447818;REFB=-0.0279766;REVB=-0.0205113;RO=57;SAF=8;SAR=9;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398715;STB=0.502955;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0706597;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:57:58:17:18:0.236842:9:8:25:32:10:8:26:32 chr4 190881933 . A G 35.04 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.00255271;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.994;QD=3.04686;RBI=0.075442;REFB=-0.0116759;REVB=-0.0753988;RO=30;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433994;STB=0.50817;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0171507;OID=.;OPOS=190881933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:46:46:30:40:6:6:0.130435:4:2:11:19:4:2:13:27 chr4 190881969 . G A 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0453587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.432;QD=2.67208;RBI=0.0491509;REFB=-0.000882496;REVB=-0.0189314;RO=49;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565117;STB=0.542045;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0133782;OID=.;OPOS=190881969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:5:2:16:33:5:2:16:33 chr4 190881992 . T C 34.88 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.00266036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.144;QD=2.2869;RBI=0.020926;REFB=-0.00527197;REVB=-0.0207562;RO=54;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647197;STB=0.549305;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0340987;OID=.;OPOS=190881992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:54:54:7:7:0.114754:5:2:18:36:5:2:18:36 chr4 190881997 . A G 34.89 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0112845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.803;QD=2.28764;RBI=0.0434742;REFB=-0.00673042;REVB=-0.0419841;RO=53;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729612;STB=0.549305;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0503722;OID=.;OPOS=190881997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:53:54:7:7:0.114754:5:2:18:35:5:2:18:36 chr4 190884225 . T TTTC 287.04 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236703;FXX=0.079968;HRUN=4;LEN=3;MLLD=302.358;QD=49.9198;RBI=0.0247415;REFB=0.0279467;REVB=-0.00720121;RO=4;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706814;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=ins;VARB=-0.000542835;OID=.;OPOS=190884226;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:22:26:22:23:1:11:11:0:1:6:4:11:11:1:3 chr4 190903688 . C T 37.4 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.122422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6759;QD=9.35064;RBI=0.132927;REFB=0.0151818;REVB=0.0517904;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541715;STB=0.811862;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00557205;OID=.;OPOS=190903688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:10:10:5:6:0.375:3:2:0:10:3:3:0:10 chr4 190903938 . C T 269.02 PASS AF=0.286822;AO=37;DP=129;FAO=37;FDP=129;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=-0.00916963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.326;QD=8.34169;RBI=0.011399;REFB=0.0032773;REVB=-0.00677158;RO=92;SAF=23;SAR=14;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165103;STB=0.509746;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00750711;OID=.;OPOS=190903938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:92:92:37:37:0.286822:14:23:56:36:14:23:56:36 chr4 190903950 . A G 260.08 PASS AF=0.285714;AO=36;DP=127;FAO=36;FDP=126;FR=.;FRO=90;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=-0.0174143;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.97;QD=8.25648;RBI=0.0174434;REFB=-0.00468414;REVB=0.00100728;RO=89;SAF=22;SAR=14;SRF=55;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00873654;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0238754;OID=.;OPOS=190903950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:89:90:36:36:0.285714:14:22:55:34:14:22:55:35 chr4 190904645 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0398438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.038;QD=20.2096;RBI=0.0419063;REFB=-0.00650262;REVB=0.0129851;RO=10;SAF=10;SAR=3;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500598;STB=0.783887;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00904103;OID=.;OPOS=190904645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:3:10:1:9:3:10:1:9 chr4 190905506 . A G 72.58 PASS AF=0.322581;AO=8;DP=29;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0879981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0486;QD=9.36505;RBI=0.0906466;REFB=-0.0327374;REVB=0.021752;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328417;STB=0.657393;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0402179;OID=.;OPOS=190905506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:29:31:21:21:8:10:0.322581:6:2:11:10:7:3:11:10 chr4 190906015 . A G 138.26 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=11;FWDB=-0.0138448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.517;QD=7.37394;RBI=0.0161365;REFB=-0.000704129;REVB=0.00828897;RO=55;SAF=6;SAR=14;SRF=44;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.555256;STB=0.823276;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00405909;OID=.;OPOS=190906015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:55:20:20:0.266667:14:6:44:11:14:6:44:11 chr4 190906025 . G A 646.9 PASS AF=0.739726;AO=54;DP=73;FAO=54;FDP=73;FR=.;FRO=19;FSAF=43;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00223815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.114;QD=35.4467;RBI=0.0122878;REFB=-0.0237388;REVB=0.0120823;RO=19;SAF=43;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314621;STB=0.670548;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00321211;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:19:19:54:54:0.739726:11:43:5:14:11:43:5:14 chr4 190906043 . GGGC G 53.06 PASS AF=0.212121;AO=13;DP=63;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=11;FWDB=0.00271815;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=3;MLLD=236.764;QD=3.21552;RBI=0.00324728;REFB=-0.00738732;REVB=-0.00177664;RO=47;SAF=2;SAR=11;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.318945;SSSB=-0.667435;STB=0.879595;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.0317654;OID=.;OPOS=190906044;OREF=GGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212121:13:63:14:66:52:3:11:41:11:53:47:2:11:36:11 chr4 190936390 . G T 51.1 PASS AF=0.110092;AO=12;DP=109;FAO=12;FDP=109;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.02345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.0274;QD=1.87537;RBI=0.0247541;REFB=0.00101246;REVB=-0.0079288;RO=95;SAF=9;SAR=3;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30215;STB=0.724733;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0118538;OID=.;OPOS=190936390;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:109:109:95:97:12:12:0.110092:3:9:48:47:3:9:49:48 chr4 190936397 . G C 348.45 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0588313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4395;QD=13.0262;RBI=0.0743527;REFB=-0.00420923;REVB=-0.0454664;RO=64;SAF=14;SAR=28;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338339;STB=0.687029;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00600156;OID=.;OPOS=190936397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:64:65:42:42:0.392523:28:14:42:22:28:14:42:23 chr5 163205 . G C 103.41 PASS AF=0.565217;AO=11;DP=21;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.021741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.43;QD=17.9838;RBI=0.0267126;REFB=-0.0362521;REVB=-0.0155207;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320029;STB=0.545383;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0432549;OID=.;OPOS=163205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:23:10:10:11:13:0.565217:4:7:6:4:4:9:6:4 chr5 163260 . A C 246.03 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353334;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.338;QD=51.7963;RBI=0.0355831;REFB=0;REVB=0.00420798;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00859438;OID=.;OPOS=163260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:19:0:0:17:19:1:10:7:0:0:10:9:0:0 chr5 163266 . C G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00897979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.312;QD=12.73;RBI=0.0155926;REFB=-0.0376402;REVB=-0.0127472;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243311;STB=0.644834;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0423534;OID=.;OPOS=163266;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:7:5:6:3:7:5 chr5 174106 . G A 678.52 PASS AF=0.55;AO=66;DP=120;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0117565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.254;QD=22.6173;RBI=0.0280418;REFB=-0.00949377;REVB=0.0254583;RO=54;SAF=26;SAR=40;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179083;STB=0.598044;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00832145;OID=.;OPOS=174106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:54:54:66:66:0.55:40:26:33:21:40:26:33:21 chr5 181660 . T G 255.96 PASS AF=0.555556;AO=17;DP=40;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0357142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.074;QD=22.7519;RBI=0.0370363;REFB=-0.0477962;REVB=0.0098075;RO=23;SAF=17;SAR=0;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.817989;STB=0.58842;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0509564;OID=.;OPOS=181660;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:45:23:20:17:25:0.555556:0:17:12:11:6:19:12:8 chr5 181730 . C G 387.88 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0100287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2452;QD=23.8695;RBI=0.0415817;REFB=0.0506085;REVB=0.0403542;RO=25;SAF=24;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656223;STB=0.517232;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.0183292;OID=.;OPOS=181730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:27:38:38:0.584615:14:24:16:9:14:24:16:11 chr5 181762 . A G 341.09 PASS AF=0.586207;AO=32;DP=56;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00337106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.265;QD=23.5236;RBI=0.0360477;REFB=-0.010391;REVB=0.0358897;RO=24;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489193;STB=0.524525;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00817317;OID=.;OPOS=181762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:24:24:32:34:0.586207:14:18:12:12:15:19:12:12 chr5 231111 . T C 666.17 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0222772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.84;QD=22.5821;RBI=0.024288;REFB=-0.00891491;REVB=0.00967635;RO=53;SAF=29;SAR=36;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521839;STB=0.52857;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00702604;OID=.;OPOS=231111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:53:65:65:0.550847:36:29:27:26:36:29:27:26 chr5 311478 . T C 227.1 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0609802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.111;QD=21.1256;RBI=0.0621497;REFB=-0.00406043;REVB=0.0119996;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101306;STB=0.55691;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00364109;OID=.;OPOS=311478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:9:12:10:12:9:12 chr5 422955 . C G 220.84 PASS AF=0.5;AO=20;DP=43;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0150127;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.828;QD=19.2039;RBI=0.0260564;REFB=-0.0438484;REVB=-0.0212968;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100231;STB=0.522574;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0352353;OID=.;OPOS=422955;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:16:23:20:23:0.5:11:9:7:9:14:9:10:13 chr5 436265 . G C 310.86 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00411108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.231;QD=12.3114;RBI=0.0489522;REFB=-0.0187223;REVB=-0.0487793;RO=64;SAF=20;SAR=17;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130666;STB=0.574734;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0302612;OID=.;OPOS=436265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:64:37:37:0.366337:17:20:27:37:17:20:27:37 chr5 442586 . G C 67.32 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0468343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0127;QD=14.96;RBI=0.0468971;REFB=-0.0319182;REVB=-0.00242522;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280017;STB=0.662315;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0369108;OID=.;OPOS=442586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:7:2:5:4:7:2 chr5 442790 . G A 937.12 PASS AF=0.577922;AO=89;DP=155;FAO=89;FDP=154;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.00612545;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.779;QD=24.3407;RBI=0.00754127;REFB=-0.00982217;REVB=-0.00439883;RO=65;SAF=38;SAR=51;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301386;STB=0.501639;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00537818;OID=.;OPOS=442790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:65:65:89:89:0.577922:51:38:28:37:51:38:28:37 chr5 453567 . G A 167.92 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.342;QD=44.7774;RBI=0.0569195;REFB=0;REVB=0.0266463;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431915;OID=.;OPOS=453567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:7:8:0:0 chr5 462465 . C A 2403.91 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.921;QD=60.4758;RBI=0.0412137;REFB=0.00110847;REVB=0.0385406;RO=0;SAF=67;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.9218e-08;STB=0.502732;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=2.34212e-05;OID=.;OPOS=462465;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:0:1:158:158:0.993711:91:67:0:0:91:67:0:1 chr5 472951 . T C 145.03 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00119461;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.5;QD=8.53111;RBI=0.0154517;REFB=0.000781322;REVB=-0.0154054;RO=47;SAF=13;SAR=7;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119344;STB=0.579918;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00174103;OID=.;OPOS=472951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:47:48:20:20:0.294118:7:13:26:21:7:13:26:22 chr5 475104 . A G 621.7 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.112;QD=60.6533;RBI=0.0280142;REFB=0;REVB=0.0276385;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955304;OID=.;OPOS=475104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:13:27:0:0:14:27:0:0 chr5 482186 . C G 678.78 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0393568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8532;QD=52.214;RBI=0.0504773;REFB=-0.04119;REVB=0.031607;RO=2;SAF=23;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00226552;STB=0.50077;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00505513;OID=.;OPOS=482186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:2:2:49:50:0.961538:26:23:1:1:26:24:1:1 chr5 482744 . A G 1476.7 PASS AF=0.503472;AO=144;DP=288;FAO=145;FDP=288;FR=.;FRO=143;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=84;FSRR=59;FWDB=-0.00623533;FXX=0.00346009;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.905;QD=20.5097;RBI=0.0268253;REFB=-0.0185588;REVB=0.0260905;RO=144;SAF=67;SAR=77;SRF=85;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113619;STB=0.558602;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0203158;OID=.;OPOS=482744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:144:143:144:145:0.503472:77:67:85:59:77:68:84:59 chr5 601966 . T A 647.47 PASS AF=0.44375;AO=71;DP=160;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.020728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8997;QD=16.1869;RBI=0.0211317;REFB=-0.0112035;REVB=-0.00411091;RO=87;SAF=24;SAR=47;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195496;STB=0.609689;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0132763;OID=.;OPOS=601966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:87:89:71:71:0.44375:47:24:46:41:47:24:47:42 chr5 640705 . A G 325.78 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00159164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.067;QD=24.5873;RBI=0.0213797;REFB=-0.0584789;REVB=0.0213204;RO=21;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18646;STB=0.601906;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0209062;OID=.;OPOS=640705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:14:18:17:4:14:18:17:4 chr5 665280 . T C 520.35 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0100475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.493;QD=20.4059;RBI=0.0112836;REFB=0.000631213;REVB=-0.00513495;RO=49;SAF=24;SAR=29;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213775;STB=0.51178;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.000635973;OID=.;OPOS=665280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:53:53:0.519608:29:24:21:28:29:24:21:28 chr5 678062 . A G 593.07 PASS AF=0.402367;AO=68;DP=169;FAO=68;FDP=169;FR=.;FRO=101;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=62;FWDB=-0.0187255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.548;QD=14.0372;RBI=0.0242105;REFB=-0.00932664;REVB=-0.0153462;RO=101;SAF=35;SAR=33;SRF=39;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136389;STB=0.576534;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0151224;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:101:101:68:68:0.402367:33:35:39:62:33:35:39:62 chr5 745306 . A C 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00849828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.271;QD=37.8936;RBI=0.0101504;REFB=-0.0502734;REVB=-0.00555068;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000920489;OID=.;OPOS=745306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:6:6:0:0:6:6:0:1 chr5 766910 . C T 2558.89 PASS AF=0.988166;AO=167;DP=171;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0108664;FXX=0.0116952;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.244;QD=60.5653;RBI=0.0152004;REFB=-0.125863;REVB=0.0106289;RO=1;SAF=88;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598615;STB=0.50032;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-7.32232e-05;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:169:1:2:167:167:0.988166:79:88:0:1:79:88:1:1 chr5 767033 . A C 1467.09 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.593;QD=63.1005;RBI=0.0421616;REFB=0;REVB=0.0295352;RO=0;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303068;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:93:0:0:88:93:1:32:56:0:0:37:56:0:0 chr5 795933 . C G 133.39 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.109138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.951;QD=15.6934;RBI=0.112879;REFB=-0.00131224;REVB=-0.0288189;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123511;STB=0.571332;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00454731;OID=.;OPOS=795933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:10:9:9:6:10:9 chr5 795947 . C T 44.26 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000136399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.649;QD=6.8095;RBI=0.00284699;REFB=-0.00738502;REVB=-0.00284372;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812293;STB=0.533238;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0302637;OID=.;OPOS=795947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:18:19:7:7:0.269231:3:4:9:9:3:4:10:9 chr5 840342 . A G 578.37 PASS AF=0.413333;AO=62;DP=150;FAO=62;FDP=150;FR=.;FRO=88;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.00785505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.979;QD=15.4231;RBI=0.0401788;REFB=-0.0193239;REVB=-0.0394035;RO=88;SAF=30;SAR=32;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102539;STB=0.557458;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0291811;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:88:88:62:62:0.413333:32:30:34:54:32:30:34:54 chr5 840506 . C T 110.0 PASS AF=0.253731;AO=16;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0476139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.008;QD=6.56741;RBI=0.0485682;REFB=-0.00187283;REVB=0.0095805;RO=49;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00910613;STB=0.522794;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00434651;OID=.;OPOS=840506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:50:16:17:0.253731:11:5:15:34:12:5:16:34 chr5 843723 . C A 447.98 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=0.0131365;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.34;QD=14.1095;RBI=0.0132964;REFB=-0.0290027;REVB=0.00205556;RO=76;SAF=17;SAR=34;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00524148;STB=0.502957;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0449027;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:76:76:51:51:0.401575:34:17:25:51:34:17:25:51 chr5 843815 . C T 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00818569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.806;QD=25.5725;RBI=0.00916713;REFB=-0.0316926;REVB=-0.00412684;RO=17;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531724;STB=0.529507;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0243836;OID=.;OPOS=843815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:13:11:9:8:13:11:9:8 chr5 878525 . T A 178.42 PASS AF=0.175532;AO=32;DP=187;FAO=33;FDP=188;FR=.;FRO=155;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=72;FSRR=83;FWDB=-0.0433438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.793;QD=3.79617;RBI=0.0435944;REFB=-0.00318503;REVB=-0.00466739;RO=155;SAF=11;SAR=21;SRF=72;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159849;STB=0.612476;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0149058;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:155:155:32:33:0.175532:21:11:72:83:22:11:72:83 chr5 1009145 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.719;QD=44.6898;RBI=0.0619219;REFB=0;REVB=0.0619219;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552224;OID=.;OPOS=1009145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr5 1036962 . C A 344.63 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166687;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7995;QD=55.1406;RBI=0.188915;REFB=0;REVB=0.088906;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00428021;OID=.;OPOS=1036962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr5 1038666 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00655321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.405;QD=18.9664;RBI=0.00864206;REFB=-0.00571645;REVB=-0.00563389;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029805;STB=0.516883;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00703833;OID=.;OPOS=1038666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:11:14:13:9:11:14 chr5 1052359 . G GT 517.95 PASS AF=1;AO=12;DP=103;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604897;FXX=0.4554;HRUN=0;LEN=1;MLLD=96.8302;QD=37.6691;RBI=0.0606245;REFB=0;REVB=0.00404091;RO=90;SAF=1;SAR=11;SRF=56;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.615209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00147243;OID=.;OPOS=1052360;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:103:55:55:0:55:0:0:0:4:90:1:11:56:34 chr5 1052360 . C T 1490.06 PASS AF=1;AO=88;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.898;QD=59.0122;RBI=0.0855669;REFB=-0.0677549;REVB=0.033991;RO=1;SAF=54;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869552;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548308;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:100:101:1:0:88:101:1:34:54:1:0:45:56:0:0 chr5 1057615 . A G 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00200794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.893;QD=19.0234;RBI=0.00817951;REFB=-0.0176197;REVB=-0.00792922;RO=35;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08037;STB=0.544807;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0139241;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:22:13:16:19:22:13:16:19 chr5 1065399 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=371.644;QD=56.9383;RBI=0.0148997;REFB=0;REVB=0.0115788;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1787e-05;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr5 1074818 . C T 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0312852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.617;QD=16.5267;RBI=0.0333138;REFB=-0.0232001;REVB=0.0114474;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127101;STB=0.571374;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0185255;OID=.;OPOS=1074818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:8:21:15:10:8:21 chr5 1078086 . G A 392.47 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.012722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.893;QD=19.6234;RBI=0.0137701;REFB=-0.00717337;REVB=-0.00526954;RO=40;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900901;STB=0.549975;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00699193;OID=.;OPOS=1078086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:20:20:16:24:20:20:16:24 chr5 1081767 . C T 1418.5 PASS AF=1;AO=86;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.555;QD=63.0443;RBI=0.141211;REFB=0;REVB=0.114704;RO=0;SAF=55;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000950037;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:86:90:1:31:55:0:0:35:55:0:0 chr5 1201806 . G A 95.22 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0123241;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.634;QD=9.76602;RBI=0.026676;REFB=-0.0116386;REVB=-0.0236585;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748206;STB=0.545378;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0426405;OID=.;OPOS=1201806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:40:39:27:27:12:12:0.307692:5:7:14:13:5:7:14:13 chr5 1216775 . A G 403.46 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0255149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.336;QD=16.8106;RBI=0.0408937;REFB=-0.0288062;REVB=-0.0319576;RO=54;SAF=16;SAR=26;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229523;STB=0.628764;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0382459;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:26:16:33:21:26:16:33:21 chr5 1225613 . G A 272.29 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00200008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.96;QD=17.2885;RBI=0.00617249;REFB=-0.0247611;REVB=-0.00583946;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156104;STB=0.587245;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0199232;OID=.;OPOS=1225613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:15:15:22:11:15:15:22:11 chr5 1225626 . T A 331.97 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.022073;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5312;QD=18.7024;RBI=0.0546204;REFB=0.000281866;REVB=-0.0499617;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113851;STB=0.563367;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00102702;OID=.;OPOS=1225626;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:18:17:22:14:18:17:22:14 chr5 1225687 . CT TC 428.88 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0135165;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.959;QD=18.25;RBI=0.0205803;REFB=-0.0073426;REVB=0.0155194;RO=47;SAF=21;SAR=22;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791499;STB=0.541647;STBP=0.471;TYPE=mnp;VARB=0.00866865;OID=.;OPOS=1225687;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:47:51:43:43:0.457447:22:21:19:28:22:21:21:30 chr5 1225703 . A G 390.17 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0179543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.47;QD=15.0067;RBI=0.0264971;REFB=-0.0139909;REVB=-0.0194869;RO=58;SAF=24;SAR=21;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102406;STB=0.552406;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.018138;OID=.;OPOS=1225703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:58:59:45:45:0.432692:21:24:25:33:21:24:26:33 chr5 1246157 . A G 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0783602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.767;QD=6.57319;RBI=0.0791537;REFB=-0.012689;REVB=-0.0111796;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289152;STB=0.53322;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0691307;OID=.;OPOS=1246157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:22:14:16:6:6:0.272727:2:4:9:5:2:4:10:6 chr5 1246168 . T C 38.76 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0574322;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0898;QD=7.75257;RBI=0.06174;REFB=-0.0257995;REVB=-0.0226576;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289152;STB=0.518456;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0533205;OID=.;OPOS=1246168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:9:5:2:4:9:5 chr5 1246175 . G A 39.04 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00197776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.021;QD=9.18567;RBI=0.00565034;REFB=-0.034891;REVB=0.0052929;RO=9;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046104;STB=0.583047;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0936123;OID=.;OPOS=1246175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:17:9:11:5:6:0.352941:2:3:5:4:2:4:6:5 chr5 1294086 . C T 1480.66 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.519;QD=61.694;RBI=0.0357134;REFB=-0.129811;REVB=0.0206785;RO=2;SAF=44;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210617;STB=0.505493;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000409713;OID=.;OPOS=1294086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:96:2:1:94:95:0.989583:50:44:2:0:50:45:1:0 chr5 1364617 . G C 505.63 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0547376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.4727;QD=22.4726;RBI=0.0565856;REFB=-0.0177112;REVB=-0.0143432;RO=34;SAF=20;SAR=28;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501687;STB=0.517234;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0126872;OID=.;OPOS=1364617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:90:34:42:48:48:0.533333:28:20:12:22:28:20:16:26 chr5 1463203 . A T 148.29 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0146217;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=20.1404;QD=14.8285;RBI=0.0146487;REFB=-0.0982912;REVB=-0.000889088;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194683;STB=0.532225;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.103457;OID=.;OPOS=1463203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:40:17:20:16:20:0.5:5:11:12:5:5:15:14:6 chr5 1466919 . G A 475.97 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.023729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.216;QD=19.4274;RBI=0.0299873;REFB=-0.00267732;REVB=0.018335;RO=51;SAF=26;SAR=21;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956646;STB=0.553169;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00363179;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:21:26:23:28:21:26:23:28 chr5 1467004 . A G 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00917728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.742;QD=17.1669;RBI=0.00967267;REFB=-0.029784;REVB=-0.0030558;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103485;STB=0.558021;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0375146;OID=.;OPOS=1467004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:15:14:19:13:15:14:19:13 chr5 1880865 . T C 426.77 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0105481;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.152;QD=15.1067;RBI=0.0105487;REFB=-0.0080701;REVB=0.000112265;RO=64;SAF=28;SAR=20;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378703;STB=0.526305;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0112582;OID=.;OPOS=1880865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:64:65:48:48:0.424779:20:28:35:29:20:28:35:30 chr5 2184901 . C T 460.24 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00399542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.361;QD=15.8702;RBI=0.0244526;REFB=-0.0249049;REVB=-0.024124;RO=63;SAF=21;SAR=30;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188286;STB=0.613021;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0325599;OID=.;OPOS=2184901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:63:65:51:51:0.439655:30:21:38:25:30:21:40:25 chr5 3600334 . T C 1807.99 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198422;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.553;QD=61.2877;RBI=0.0205678;REFB=0;REVB=0.00541477;RO=0;SAF=73;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266738;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:45:73:0:0:45:73:0:0 chr5 3610658 . T C 1520.37 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0152697;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.794;QD=62.6958;RBI=0.0297748;REFB=0.00769125;REVB=0.0255612;RO=1;SAF=47;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998338;STB=0.505262;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00039511;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:49:47:1:0:49:47:1:0 chr5 5126260 . C CATCT 272.41 PASS AF=0.298387;AO=36;DP=125;FAO=37;FDP=124;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=-0.0178627;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=4;MLLD=292.619;QD=8.78729;RBI=0.0185274;REFB=-0.0110668;REVB=-0.00491815;RO=87;SAF=15;SAR=21;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228191;STB=0.622091;STBP=0.084;TYPE=ins;VARB=0.0291879;OID=.;OPOS=5126261;OREF=-;OALT=ATCT;OMAPALT=CATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298387:36:125:37:124:87:16:21:53:34:99:87:15:21:53:34 chr5 5126265 . C A 39.51 PASS AF=0.0901639;AO=11;DP=122;FAO=11;FDP=122;FR=.;FRO=111;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=-0.0163047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.984;QD=1.2954;RBI=0.0283454;REFB=-0.00196422;REVB=-0.0231866;RO=111;SAF=10;SAR=1;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512458;STB=0.905597;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0421576;OID=.;OPOS=5126265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:122:122:111:111:11:11:0.0901639:1:10:52:59:1:10:52:59 chr5 5146335 . C G 372.55 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.112933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9533;QD=15.206;RBI=0.115683;REFB=-0.0465967;REVB=-0.0250694;RO=50;SAF=20;SAR=20;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396018;STB=0.561194;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0573181;OID=.;OPOS=5146335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:98:50:58:40:40:0.408163:20:20:27:23:20:20:35:23 chr5 5146376 . CT CC,TC 1300.39 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=76,4;DP=85;FAO=82,4;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50,4;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240631,0.0209282;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=215.919,69.5422;QD=60.4835;RBI=0.045834,0.0401707;REFB=0,0;REVB=0.0390093,0.0342885;RO=0;SAF=47,4;SAR=29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00348598,0.00257331;OID=.,.;OPOS=5146377,5146376;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:85:86:0:0:76,4:82,4:0.953488,0.0465116:29,0:47,4:0:0:32,0:50,4:0:0 chr5 5200281 . C T 928.23 PASS AF=1;AO=56;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179308;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.97;QD=58.0143;RBI=0.0212556;REFB=0;REVB=-0.0114143;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378602;OID=.;OPOS=5200281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:56:64:1:27:29:0:0:32:32:0:0 chr5 5200282 . A T 45.63 PASS AF=0.136364;AO=8;DP=65;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0288112;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.8845;QD=2.76575;RBI=0.0299954;REFB=-0.0232127;REVB=-0.00834504;RO=57;SAF=3;SAR=5;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160053;STB=0.652718;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.145006;OID=.;OPOS=5200282;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:65:66:57:57:8:9:0.136364:5:3:29:28:6:3:29:28 chr5 5209210 . G A 236.57 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0573052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.569;QD=15.7716;RBI=0.0574676;REFB=-0.0323588;REVB=-0.00431719;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331334;STB=0.685587;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0221213;OID=.;OPOS=5209210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:16:11:25:8:16:11:25:8 chr5 5436609 . G A 5622.13 PASS AF=1;AO=357;DP=362;FAO=359;FDP=359;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594654;FXX=0.011019;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.779;QD=62.6422;RBI=0.0293246;REFB=-0.0685735;REVB=-0.0287153;RO=1;SAF=170;SAR=187;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254486;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7656e-05;OID=.;OPOS=5436609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:362:359:1:0:357:359:1:187:170:0:1:189:170:0:0 chr5 5463668 . C T 340.66 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0154025;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.346;QD=12.7351;RBI=0.0154242;REFB=-0.00596185;REVB=-0.000817911;RO=66;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118903;STB=0.567473;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0114183;OID=.;OPOS=5463668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:66:66:41:41:0.383178:21:20:25:41:21:20:25:41 chr5 6337241 . T A 398.11 PASS AF=0.414414;AO=43;DP=109;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0252379;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.979;QD=14.3461;RBI=0.0269812;REFB=-0.0261647;REVB=-0.00954125;RO=65;SAF=20;SAR=23;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940621;STB=0.540523;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0357512;OID=.;OPOS=6337241;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:65:65:43:46:0.414414:23:20:36:29:23:23:37:28 chr5 6602544 . T C 976.75 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00903628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6433;QD=57.456;RBI=0.043699;REFB=-0.0905505;REVB=0.0427545;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122746;STB=0.506492;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00163137;OID=.;OPOS=6602544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:38:29:0:1:38:29:0:1 chr5 6604329 . C T 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00309162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.003;QD=17.5684;RBI=0.0217817;REFB=-0.0135859;REVB=-0.0215612;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880828;STB=0.549262;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0114998;OID=.;OPOS=6604329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:13:16:20:11:13:16:20:11 chr5 6604787 . C T 727.07 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0487464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.515;QD=52.8777;RBI=0.0493636;REFB=-0.162363;REVB=-0.00778201;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.515619;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00163705;OID=.;OPOS=6604787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:0:2:53:53:0.963636:22:31:0:0:22:31:2:0 chr5 6748659 . T C 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0322959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.865;QD=11.845;RBI=0.0377653;REFB=-0.00712033;REVB=-0.0195754;RO=45;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121934;STB=0.507037;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0117428;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:13:13:22:23:13:13:22:23 chr5 6827963 . A C 626.13 PASS AF=0.481203;AO=41;DP=133;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0113964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0472;QD=18.8311;RBI=0.0182176;REFB=-0.0183869;REVB=0.0142128;RO=68;SAF=13;SAR=28;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284785;STB=0.501432;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0319095;OID=.;OPOS=6827963;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:69:41:64:0.481203:28:13:39:29:28:36:39:30 chr5 7396466 . G A 476.97 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0025552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3574;QD=22.1846;RBI=0.0591555;REFB=-0.0274161;REVB=0.0591003;RO=40;SAF=31;SAR=15;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00104374;STB=0.500575;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0278243;OID=.;OPOS=7396466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:15:31:27:13:15:31:27:13 chr5 7802363 . C T 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6018;QD=60.0297;RBI=0.0246691;REFB=0;REVB=-0.0198807;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7149e-05;OID=.;OPOS=7802363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr5 7826680 . T C 878.78 PASS AF=0.983871;AO=51;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.013382;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.507;QD=56.6957;RBI=0.0317351;REFB=-0.130237;REVB=0.0287756;RO=2;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351305;STB=0.50746;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000784803;OID=.;OPOS=7826680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:62:2:1:51:61:0.983871:23:28:1:1:33:28:0:1 chr5 7866821 . T C 382.08 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0440791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3052;QD=19.8482;RBI=0.0609055;REFB=0.000560658;REVB=0.0420299;RO=38;SAF=23;SAR=16;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810252;STB=0.545;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.000711044;OID=.;OPOS=7866821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:16:23:19:19:16:23:19:19 chr5 7866967 . G C 360.63 PASS AF=0.40625;AO=37;DP=93;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=6.5644e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.459;QD=15.0263;RBI=0.0116122;REFB=-0.0130882;REVB=-0.0116121;RO=56;SAF=22;SAR=15;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120315;STB=0.569394;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0210752;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:56:57:37:39:0.40625:15:22:27:29:16:23:27:30 chr5 7868030 . T C 509.05 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00389232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.059;QD=19.3925;RBI=0.009498;REFB=-0.00103922;REVB=0.00866382;RO=52;SAF=25;SAR=28;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597948;STB=0.533033;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0011993;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:28:25:28:24:28:25:28:24 chr5 7878424 . T A 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0647189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4846;QD=12.0244;RBI=0.0681333;REFB=-0.00852241;REVB=0.0212981;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527134;STB=0.531198;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.011053;OID=.;OPOS=7878424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:11:9:6:6:11:9 chr5 7889216 . G A 328.88 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00481922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.051;QD=12.8972;RBI=0.0103266;REFB=0.00626804;REVB=-0.00913316;RO=63;SAF=16;SAR=23;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123866;STB=0.570597;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00474904;OID=.;OPOS=7889216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:63:39:39:0.382353:23:16:33:30:23:16:33:30 chr5 7889304 . C T 458.45 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.00902141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.789;QD=14.2155;RBI=0.00946104;REFB=-0.0109706;REVB=-0.00285052;RO=76;SAF=16;SAR=36;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187558;STB=0.610711;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0170068;OID=.;OPOS=7889304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:77:52:52:0.403101:36:16:36:40:36:16:37:40 chr5 7891506 . C G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00757337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.858;QD=14.6498;RBI=0.0106395;REFB=-0.00169969;REVB=0.0074728;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13069;STB=0.575652;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0016251;OID=.;OPOS=7891506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:12:7:7:7:12:7 chr5 9041924 . T C 525.74 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122521;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.3;QD=60.0847;RBI=0.0626876;REFB=0;REVB=0.0614786;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134731;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr5 9041935 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.566;QD=59.0187;RBI=0.00999213;REFB=0;REVB=0.00643549;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35206e-05;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr5 9041971 . G C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0216222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.484;QD=22.1441;RBI=0.029532;REFB=-0.0298663;REVB=0.0201152;RO=13;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736839;STB=0.541616;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0137588;OID=.;OPOS=9041971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:13:4:4:9:13:4:4:9 chr5 9053945 . C T 175.9 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.048;QD=46.9061;RBI=0.0636702;REFB=0;REVB=-0.0111695;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000952268;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:6:9:0:0 chr5 9154659 . G C 526.34 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0559846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6851;QD=21.931;RBI=0.0600955;REFB=-0.00676951;REVB=0.0218446;RO=43;SAF=25;SAR=25;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293081;STB=0.510413;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00400796;OID=.;OPOS=9154659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:43:46:50:50:0.520833:25:25:23:20:25:25:24:22 chr5 9265602 . C T 520.02 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0164559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.191;QD=18.2463;RBI=0.0322301;REFB=-0.00571557;REVB=-0.0277124;RO=58;SAF=23;SAR=32;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092645;STB=0.547256;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00775948;OID=.;OPOS=9265602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:59:55:55:0.482456:32:23:30:28:32:23:30:29 chr5 9280957 . C A 421.71 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0355883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7776;QD=52.7141;RBI=0.0356958;REFB=-0.0868587;REVB=0.00276788;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.515142;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00151377;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:32:1:1:29:31:0.96875:14:15:0:1:16:15:0:1 chr5 9379979 . G C 699.77 PASS AF=0.460123;AO=75;DP=163;FAO=75;FDP=163;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0202163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.723;QD=17.1723;RBI=0.022022;REFB=-0.0187287;REVB=0.00873307;RO=87;SAF=38;SAR=37;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676545;STB=0.53424;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0179925;OID=.;OPOS=9379979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:87:88:75:75:0.460123:37:38:38:49:37:38:39:49 chr5 9629813 . C T 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00910944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.75;QD=9.13193;RBI=0.0193138;REFB=-0.0131147;REVB=-0.0170306;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627527;STB=0.538384;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0173755;OID=.;OPOS=9629813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:10:12:6:4:10:12 chr5 9630187 . T C 176.18 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00216343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.688;QD=20.7266;RBI=0.0204345;REFB=0.00637402;REVB=0.0203197;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146424;STB=0.582689;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00298963;OID=.;OPOS=9630187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:7:11:7:9:7:11:7:9 chr5 9761013 . C A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00747405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.491;QD=11.0867;RBI=0.0198047;REFB=-0.0128338;REVB=-0.0183402;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178135;STB=0.510622;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0109936;OID=.;OPOS=9761013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:5:8:15:10:5:8:15:10 chr5 9761022 . C T 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0231839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.681;QD=15.1956;RBI=0.0362535;REFB=-0.0102307;REVB=0.0278715;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134978;STB=0.577803;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0151601;OID=.;OPOS=9761022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:15:11:10:8:15:11 chr5 10237036 . A G 315.27 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00512338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.657;QD=25.2212;RBI=0.0054733;REFB=-0.00395407;REVB=-0.00192561;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572719;STB=0.531769;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00276318;OID=.;OPOS=10237036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:16:12:11:11:16:12:11:11 chr5 10239261 . G A 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00887902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.303;QD=21.3614;RBI=0.019758;REFB=-0.0101994;REVB=0.0176505;RO=35;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132955;STB=0.573297;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0101152;OID=.;OPOS=10239261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:20:20:23:12:20:20:23:12 chr5 10239278 . C T 384.7 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0091238;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.471;QD=19.9843;RBI=0.0151228;REFB=0.014872;REVB=-0.0120604;RO=38;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581332;STB=0.532252;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00841908;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:38:39:39:0.506494:20:19:21:17:20:19:21:17 chr5 10250430 . G A 506.91 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0930166;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.0639;QD=18.6022;RBI=0.126228;REFB=0.0112423;REVB=0.0853316;RO=53;SAF=33;SAR=21;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160341;STB=0.597912;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0145425;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:55:54:54:0.495413:21:33:23:30:21:33:23:32 chr5 10250443 . T C 652.13 PASS AF=0.542373;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.014608;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.561;QD=22.106;RBI=0.0147047;REFB=-0.0117825;REVB=-0.00168356;RO=52;SAF=36;SAR=28;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985972;STB=0.56248;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0116229;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:52:54:64:64:0.542373:28:36:23:29:28:36:23:31 chr5 10254817 . A G 607.63 PASS AF=0.585106;AO=52;DP=91;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0208067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.369;QD=25.8568;RBI=0.0225917;REFB=-0.0355204;REVB=0.00880157;RO=39;SAF=13;SAR=39;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174379;STB=0.579155;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0207043;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:39:39:52:55:0.585106:39:13:17:22:40:15:17:22 chr5 10256161 . T C 437.77 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0507837;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.54;QD=15.6347;RBI=0.0521766;REFB=-0.0114005;REVB=-0.0119757;RO=63;SAF=19;SAR=30;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261827;STB=0.514672;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.016852;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:30:19:26:37:30:19:26:37 chr5 10261966 . G A 346.29 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0259242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8798;QD=16.8922;RBI=0.0336629;REFB=0.0334772;REVB=-0.0214739;RO=44;SAF=14;SAR=23;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247992;STB=0.632956;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.037717;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:23:14:28:16:23:14:28:17 chr5 10564846 . C T 1098.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9761;QD=60.1944;RBI=0.0736256;REFB=0;REVB=0.044851;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936805;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:35:37:0:0:36:37:0:0 chr5 10624887 . T C 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.652;QD=62.1618;RBI=0.0275219;REFB=0;REVB=-0.0274559;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11356e-05;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr5 11117583 . C T 434.83 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0750599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8065;QD=20.9555;RBI=0.114772;REFB=-0.0171964;REVB=0.0868253;RO=40;SAF=23;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955084;STB=0.552798;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0183852;OID=.;OPOS=11117583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:20:23:17:23:20:23:17:23 chr5 13701525 . T C 295.04 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0138874;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.911;QD=27.4452;RBI=0.0145033;REFB=0.00187389;REVB=-0.00418155;RO=17;SAF=9;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00535076;STB=0.502956;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00136308;OID=.;OPOS=13701525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:17:17:26:26:0.604651:17:9:6:11:17:9:6:11 chr5 13701536 . T C 234.8 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.014413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.537;QD=25.3835;RBI=0.0249212;REFB=-0.0420236;REVB=0.0203305;RO=15;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402817;STB=0.522368;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0404385;OID=.;OPOS=13701536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:12:10:6:9:12:10:6:9 chr5 13708284 . C T 580.12 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=0.0511626;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.077;QD=17.0622;RBI=0.0511632;REFB=-0.00569981;REVB=0.000253844;RO=75;SAF=38;SAR=23;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180535;STB=0.502183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00712157;OID=.;OPOS=13708284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:75:61:61:0.448529:23:38:48:27:23:38:47:28 chr5 13717471 . T C 403.97 PASS AF=0.366412;AO=48;DP=132;FAO=48;FDP=131;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0113588;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.569;QD=12.3349;RBI=0.0163664;REFB=-0.00480598;REVB=-0.011783;RO=82;SAF=26;SAR=22;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793346;STB=0.50032;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00878095;OID=.;OPOS=13717471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:82:83:48:48:0.366412:22:26:45:37:22:26:45:38 chr5 13719018 . G A 416.28 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00310912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.494;QD=16.1662;RBI=0.00951035;REFB=0.00472766;REVB=0.00898777;RO=56;SAF=26;SAR=20;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819471;STB=0.541188;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0066134;OID=.;OPOS=13719018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:57:46:46:0.446602:20:26:27:29:20:26:28:29 chr5 13719022 . T G 385.66 PASS AF=0.428571;AO=43;DP=102;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0305492;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0362;QD=14.6919;RBI=0.0305726;REFB=-0.0265275;REVB=-0.00119709;RO=57;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620384;STB=0.541383;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0969803;OID=.;OPOS=13719022;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:57:60:43:45:0.428571:20:23:27:30:20:25:29:31 chr5 13719089 . G A 568.87 PASS AF=0.508621;AO=54;DP=111;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.019768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.836;QD=19.6163;RBI=0.0199228;REFB=-0.0162012;REVB=-0.00247931;RO=54;SAF=23;SAR=31;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526431;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0122163;OID=.;OPOS=13719089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:116:54:57:54:59:0.508621:31:23:23:31:31:28:24:33 chr5 13737444 . G A 576.43 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.0484888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5009;QD=19.877;RBI=0.054191;REFB=0.00512588;REVB=0.0241972;RO=57;SAF=30;SAR=29;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141696;STB=0.577934;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00595043;OID=.;OPOS=13737444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:57:59:59:0.508621:29:30:38:19:29:30:38:19 chr5 13788886 . C A 696.96 PASS AF=0.962264;AO=52;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0170759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.401;QD=52.6005;RBI=0.0252949;REFB=0.00040748;REVB=-0.0186614;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501113;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-4.74689e-05;OID=.;OPOS=13788886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:53:0:2:52:51:0.962264:24:28:0:0:24:27:1:1 chr5 13811775 . T C 471.13 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0355677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0988;QD=15.9705;RBI=0.0359325;REFB=-0.0044015;REVB=0.00510738;RO=66;SAF=31;SAR=21;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112658;STB=0.563053;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00685757;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:21:31:32:34:21:31:32:34 chr5 13829799 . G A 554.81 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0314879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.772;QD=24.9354;RBI=0.0341249;REFB=-0.0197483;REVB=-0.0131538;RO=38;SAF=23;SAR=28;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589228;STB=0.53226;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0128435;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:51:51:0.573034:28:23:20:18:28:23:20:18 chr5 13845045 . G A 488.35 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00611907;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.905;QD=21.7043;RBI=0.00647894;REFB=-0.0240886;REVB=-0.00212924;RO=43;SAF=23;SAR=24;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411741;STB=0.522718;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0199547;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:43:43:47:47:0.522222:24:23:19:24:24:23:19:24 chr5 13865980 . T C 313.56 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00611769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.596;QD=16.9492;RBI=0.0246048;REFB=-0.0198694;REVB=0.0238322;RO=40;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00617196;STB=0.510044;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0350095;OID=.;OPOS=13865980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:40:33:34:0.459459:20:13:16:24:21:13:16:24 chr5 13882841 . A G 276.43 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0268125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2834;QD=23.0359;RBI=0.0597208;REFB=-0.0283375;REVB=0.0533635;RO=22;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241571;STB=0.639957;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0296337;OID=.;OPOS=13882841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:25:26:0.541667:18:7:12:10:19:7:12:10 chr5 13894894 . T A 498.29 PASS AF=0.465517;AO=53;DP=115;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.0327944;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.2296;QD=17.1824;RBI=0.0368508;REFB=-0.0531445;REVB=0.016808;RO=62;SAF=25;SAR=28;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167085;STB=0.596484;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0464321;OID=.;OPOS=13894894;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:62:62:53:54:0.465517:28:25:40:22:29:25:40:22 chr5 13900345 . A G 2374.42 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696856;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.033;QD=64.1736;RBI=0.0235918;REFB=0;REVB=0.0225391;RO=0;SAF=72;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48674e-05;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:76:72:0:0:76:72:0:0 chr5 13902220 . T C 162.48 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0489862;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.173;QD=27.0806;RBI=0.0500489;REFB=-0.0100962;REVB=0.0102588;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381514;STB=0.52125;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00896098;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:24:8:8:16:16:0.666667:9:7:3:5:9:7:3:5 chr5 13913885 . A G 2732.2 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.715;QD=62.4503;RBI=0.0237649;REFB=0;REVB=-0.0188997;RO=0;SAF=84;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.76886e-06;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:91:84:0:0:91:84:0:0 chr5 13931340 . C T 803.36 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0612421;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5207;QD=57.3831;RBI=0.06248;REFB=0;REVB=0.0123757;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000655274;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr5 13944512 . A C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2627;QD=59.3219;RBI=0.0386076;REFB=0;REVB=0.0352476;RO=0;SAF=48;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154929;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:20:48:0:0:20:48:0:0 chr5 14184022 . G A 886.06 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376351;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.479;QD=58.1023;RBI=0.0073832;REFB=0;REVB=0.00635198;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861245;OID=.;OPOS=14184022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:39:20:0:0:41:20:0:0 chr5 14184079 . G A 957.95 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191936;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.509;QD=58.9507;RBI=0.0194329;REFB=0;REVB=0.00304005;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60334e-06;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:45:20:0:0:45:20:0:0 chr5 14420027 . A C 1357.97 PASS AF=0.978022;AO=86;DP=89;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0417514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7463;QD=59.6911;RBI=0.0568842;REFB=-0.0350669;REVB=0.0386347;RO=3;SAF=48;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702679;STB=0.510202;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00647303;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:91:3:2:86:89:0.978022:38:48:2:1:41:48:2:0 chr5 14709412 . A AT 351.98 PASS AF=1;AO=29;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13748;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.3671;QD=38.0516;RBI=0.153351;REFB=0;REVB=0.0679385;RO=5;SAF=7;SAR=22;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0013744;OID=.;OPOS=14709413;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:38:37:37:0:9:28:0:0:7:5:7:22:1:4 chr5 16666180 . A G 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.01655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7067;QD=16.1709;RBI=0.0406662;REFB=0.0149465;REVB=0.0371462;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482681;STB=0.527743;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0157221;OID=.;OPOS=16666180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:9:11:8:8:9:11 chr5 16673975 . C G 716.64 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615305;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.854;QD=63.7014;RBI=0.0653855;REFB=0;REVB=0.0221193;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328482;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:23:20:0:0:24:21:0:0 chr5 16766192 . T C 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.00162396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.13;QD=11.0826;RBI=0.0220426;REFB=-0.00322305;REVB=-0.0219827;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392304;STB=0.724057;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00298393;OID=.;OPOS=16766192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:9:13:9:31:9:13:9:31 chr5 16769273 . G A 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0228474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9751;QD=15.2677;RBI=0.0251842;REFB=-0.0138502;REVB=-0.0105942;RO=33;SAF=5;SAR=21;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258152;STB=0.648243;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0153675;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:21:5:13:20:21:5:13:20 chr5 16794916 . G A 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0696485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8569;QD=12.739;RBI=0.107329;REFB=0.00465391;REVB=0.0816618;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556609;STB=0.824304;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00376919;OID=.;OPOS=16794916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:9:1:6:2:9:1 chr5 18547640 . A G 375.24 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0477252;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.144;QD=14.5726;RBI=0.047737;REFB=0.00167006;REVB=-0.00106127;RO=60;SAF=24;SAR=19;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618774;STB=0.534825;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00371124;OID=.;OPOS=18547640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:60:60:43:43:0.417476:19:24:37:23:19:24:37:23 chr5 19721490 . T C 2748.58 PASS AF=0.983516;AO=174;DP=178;FAO=179;FDP=182;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=116;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0295444;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0065;QD=60.4084;RBI=0.0312792;REFB=-0.0536113;REVB=0.010272;RO=3;SAF=59;SAR=115;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117383;STB=0.505666;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00726605;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:178:182:3:3:174:179:0.983516:115:59:2:1:116:63:2:1 chr5 21751367 . CTT C 195.82 PASS AF=0.491228;AO=24;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.000155665;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=2;MLLD=44.7329;QD=13.7417;RBI=0.0217742;REFB=0.00753336;REVB=0.0217736;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354698;STB=0.507687;STBP=0.913;TYPE=del;VARB=-0.00756156;OID=.;OPOS=21751368;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491228:24:58:28:57:29:12:16:12:17:99:26:12:12:12:14 chr5 21752050 . A G 701.5 PASS AF=0.462963;AO=75;DP=162;FAO=75;FDP=162;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=-0.00584909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.733;QD=17.321;RBI=0.0115959;REFB=-0.0101091;REVB=-0.0100127;RO=87;SAF=25;SAR=50;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270199;STB=0.64996;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00923446;OID=.;OPOS=21752050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:87:87:75:75:0.462963:50:25:53:34:50:25:53:34 chr5 21752056 . A G 651.73 PASS AF=0.449367;AO=70;DP=159;FAO=71;FDP=158;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=0.0169658;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.764;QD=16.4994;RBI=0.0287875;REFB=6.17842e-05;REVB=-0.0232569;RO=87;SAF=22;SAR=48;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308241;STB=0.673612;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-9.2796e-05;OID=.;OPOS=21752056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:87:87:70:71:0.449367:48:22:54:33:49:22:54:33 chr5 24910721 . C G 164.04 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0217422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6836;QD=11.1216;RBI=0.0237286;REFB=-0.00800885;REVB=-0.00950379;RO=38;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272701;STB=0.658939;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0157107;OID=.;OPOS=24910721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:7:14:16:22:7:14:16:22 chr5 24910799 . C A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00394478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.774;QD=18.1543;RBI=0.0151417;REFB=-0.0187409;REVB=-0.0146188;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194062;STB=0.609756;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0147921;OID=.;OPOS=24910799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:8:17:10:11:8:17 chr5 26198575 . G T 657.96 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0413378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2622;QD=19.7883;RBI=0.0417998;REFB=0.00614452;REVB=-0.00619728;RO=67;SAF=31;SAR=35;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616849;STB=0.534037;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00701638;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:67:67:66:66:0.496241:35:31:36:31:35:31:36:31 chr5 26198591 . C T 2143.39 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.072;QD=62.1272;RBI=0.0270195;REFB=-0.0471198;REVB=0.025067;RO=1;SAF=64;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737039;STB=0.503875;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000121136;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:73:64:1:0:73:64:1:0 chr5 26988328 . G A 886.37 PASS AF=0.473958;AO=87;DP=191;FAO=91;FDP=192;FR=.;FRO=101;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=63;FSRR=38;FWDB=-0.0500534;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3645;QD=18.4661;RBI=0.0508564;REFB=0.000539919;REVB=-0.00900181;RO=101;SAF=44;SAR=43;SRF=63;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11486;STB=0.556694;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00107529;OID=.;OPOS=26988328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:101:101:87:91:0.473958:43:44:63:38:44:47:63:38 chr5 26988424 . T C 472.06 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00924582;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7544;QD=15.8675;RBI=0.00989508;REFB=-0.0235547;REVB=0.00352526;RO=64;SAF=31;SAR=21;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00246436;STB=0.508194;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0323109;OID=.;OPOS=26988424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:64:67:52:52:0.436975:21:31:38:26:21:31:39:28 chr5 31302288 . C T 560.88 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0180868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7595;QD=21.7818;RBI=0.0408688;REFB=-0.0260882;REVB=-0.0366487;RO=47;SAF=30;SAR=26;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209108;STB=0.511478;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0187509;OID=.;OPOS=31302288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:26:30:24:23:26:30:24:23 chr5 31317494 . C T 463.01 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0574523;FXX=0.0194156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8443;QD=18.3372;RBI=0.0581664;REFB=0.0166821;REVB=-0.00908614;RO=53;SAF=24;SAR=25;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169404;STB=0.504648;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0228144;OID=.;OPOS=31317494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:53:52:49:49:0.485149:25:24:25:28:25:24:25:27 chr5 31317529 . A G 558.1 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00278895;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.47;QD=20.2946;RBI=0.00279012;REFB=-0.00429646;REVB=8.0841e-05;RO=54;SAF=26;SAR=31;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224793;STB=0.507541;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00484905;OID=.;OPOS=31317529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:54:53:57:57:0.518182:31:26:26:28:31:26:25:28 chr5 31317952 . T C 342.15 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00728446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.059;QD=12.9112;RBI=0.0215685;REFB=-0.00518918;REVB=0.0203011;RO=64;SAF=28;SAR=13;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222296;STB=0.631715;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0113323;OID=.;OPOS=31317952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:65:41:41:0.386792:13:28:31:33:13:28:31:34 chr5 31409252 . A G 315.44 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0150582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.564;QD=22.5311;RBI=0.0150861;REFB=-0.0197848;REVB=-0.00091769;RO=25;SAF=16;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934377;STB=0.566625;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0137599;OID=.;OPOS=31409252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:24:31:32:0.571429:15:16:10:15:15:17:9:15 chr5 31423007 . T C 1822.5 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.919;QD=61.2606;RBI=0.013939;REFB=0;REVB=0.00976048;RO=0;SAF=44;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83938e-06;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:75:44:0:0:75:44:0:0 chr5 31515657 . G A 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0462948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.885;QD=19.0171;RBI=0.0522252;REFB=-0.0283522;REVB=-0.0241716;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220407;STB=0.62426;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00734209;OID=.;OPOS=31515657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:3:11:8:7:3:11 chr5 32058115 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.992;QD=58.2386;RBI=0.0487886;REFB=0;REVB=0.00107012;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111337;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr5 32074509 . G A 365.73 PASS AF=0.47561;AO=34;DP=77;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0025006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.398;QD=17.8402;RBI=0.0816693;REFB=-0.0278384;REVB=0.081631;RO=42;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522716;STB=0.501886;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0246561;OID=.;OPOS=32074509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:42:43:34:39:0.47561:16:18:20:22:21:18:20:23 chr5 32087253 . A G 721.57 PASS AF=0.477987;AO=76;DP=159;FAO=76;FDP=159;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=-0.000790114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.519;QD=18.1526;RBI=0.00700087;REFB=-0.0202134;REVB=-0.00695614;RO=83;SAF=39;SAR=37;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976047;STB=0.553908;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0209881;OID=.;OPOS=32087253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:83:83:76:76:0.477987:37:39:34:49:37:39:34:49 chr5 32087374 . A G 555.61 PASS AF=0.548387;AO=50;DP=95;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00374059;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.507;QD=23.8971;RBI=0.0037588;REFB=-0.0391925;REVB=-0.000369478;RO=39;SAF=22;SAR=28;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663258;STB=0.521155;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0180661;OID=.;OPOS=32087374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:39:42:50:51:0.548387:28:22:14:25:28:23:17:25 chr5 32087802 . A G 484.37 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.431;QD=56.9847;RBI=0.0511573;REFB=0;REVB=0.0301477;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820378;OID=.;OPOS=32087802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr5 32087808 . G C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00220111;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=217.035;QD=14.1951;RBI=0.00891244;REFB=0.000569344;REVB=-0.00863636;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31134;STB=0.701494;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00153958;OID=.;OPOS=32087808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:22:14:15:0.405405:5:9:7:14:5:10:7:15 chr5 32090294 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0216781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.526;QD=16.4266;RBI=0.022633;REFB=-0.0276705;REVB=0.00650494;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933525;STB=0.554352;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.025346;OID=.;OPOS=32090294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:4:7:8:3:4:7 chr5 32093070 . G A 415.37 PASS AF=0.446602;AO=45;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0134143;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.36;QD=16.131;RBI=0.0198662;REFB=-0.0155017;REVB=0.0146534;RO=57;SAF=18;SAR=27;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926661;STB=0.543916;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0124929;OID=.;OPOS=32093070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:45:46:0.446602:27:18:28:29:27:19:28:29 chr5 32229677 . G A 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.000741359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.03;QD=23.4123;RBI=0.0251252;REFB=-0.0235022;REVB=-0.0251143;RO=25;SAF=12;SAR=23;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110533;STB=0.56094;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0154628;OID=.;OPOS=32229677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:23:12:12:13:23:12:12:13 chr5 32403346 . C T 697.87 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.0418784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.889;QD=17.0212;RBI=0.0585614;REFB=-0.029436;REVB=-0.0409346;RO=88;SAF=27;SAR=48;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039305;STB=0.519367;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0295715;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:88:89:75:75:0.457317:48:27:35:53:48:27:35:54 chr5 32789852 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.842;QD=56.9379;RBI=0.0509213;REFB=0;REVB=0.0078637;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199196;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr5 32790616 . T C 1749.43 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.903;QD=60.8496;RBI=0.0141195;REFB=0;REVB=0.00471713;RO=0;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10223e-05;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:61:53:0:0:61:54:0:0 chr5 33278049 . T C 1264.59 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.357;QD=61.6873;RBI=0.0306151;REFB=0;REVB=0.013244;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127667;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:33:48:0:0:34:48:0:0 chr5 33535060 . G A 557.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3952;QD=60.2195;RBI=0.0505442;REFB=0;REVB=-0.0373381;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00078583;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:29:8:0:0:29:8:0:0 chr5 33751454 . A T 330.57 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=55;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0175093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.135;QD=23.6124;RBI=0.145877;REFB=-0.00723126;REVB=0.144822;RO=22;SAF=19;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032912;STB=0.532419;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00586671;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:22:23:32:33:0.589286:13:19:14:8:14:19:15:8 chr5 33938447 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.564;QD=59.8394;RBI=0.0503673;REFB=0;REVB=0.0486868;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181204;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr5 33954511 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00864745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.205;QD=60.3767;RBI=0.0352222;REFB=0;REVB=0.0341442;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10352e-05;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr5 33963870 . C T 454.84 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0329206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.39;QD=19.9928;RBI=0.0338319;REFB=-0.00179778;REVB=-0.00779917;RO=45;SAF=21;SAR=24;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505152;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00146226;OID=.;OPOS=33963870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:45:46:45:45:0.494505:24:21:21:24:24:21:21:25 chr5 33989518 . C T 1101.2 PASS AF=0.986667;AO=70;DP=71;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.208;QD=58.7304;RBI=0.056169;REFB=-0.0778687;REVB=0.0380007;RO=1;SAF=25;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185343;STB=0.50877;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00133966;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:75:1:1:70:74:0.986667:45:25:1:0:46:28:1:0 chr5 33994116 . A T 516.79 PASS AF=0.526316;AO=45;DP=90;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00337434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.854;QD=21.7594;RBI=0.00412793;REFB=-0.020976;REVB=0.00237775;RO=42;SAF=23;SAR=22;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512467;STB=0.526305;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0186581;OID=.;OPOS=33994116;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:95:42:45:45:50:0.526316:22:23:19:23:25:25:20:25 chr5 33998768 . C A 712.57 PASS AF=0.489655;AO=66;DP=139;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0222843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5302;QD=19.6571;RBI=0.0667673;REFB=-0.0231971;REVB=0.0629388;RO=73;SAF=32;SAR=34;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986111;STB=0.566293;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.024812;OID=.;OPOS=33998768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:145:73:74:66:71:0.489655:34:32:43:30:39:32:43:31 chr5 33998883 . A G 1331.72 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0716603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3037;QD=59.8525;RBI=0.0723633;REFB=-0.0969009;REVB=-0.0100626;RO=2;SAF=48;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222504;STB=0.501174;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00213732;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:89:2:2:87:87:0.977528:39:48:1:1:39:48:1:1 chr5 34004707 . C T 313.7 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0259325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2249;QD=19.606;RBI=0.0267275;REFB=-0.0131561;REVB=-0.00647051;RO=31;SAF=23;SAR=9;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306593;STB=0.674588;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00802237;OID=.;OPOS=34004707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:32:33:0.515625:9:23:12:19:9:24:12:19 chr5 34008100 . C T 534.22 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.136596;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3417;QD=22.9773;RBI=0.137025;REFB=-0.0275253;REVB=0.0108373;RO=42;SAF=25;SAR=25;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15856;STB=0.591362;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0291611;OID=.;OPOS=34008100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:43:50:50:0.537634:25:25:13:29:25:25:13:30 chr5 34038537 . A G 990.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.198;QD=59.1338;RBI=0.0220749;REFB=0;REVB=-0.0162756;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91805e-06;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr5 34802384 . A G 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.051027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.036;QD=13.7244;RBI=0.0511092;REFB=-0.00760823;REVB=-0.00289748;RO=45;SAF=5;SAR=25;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369264;STB=0.714122;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00792189;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:25:5:20:25:25:5:20:25 chr5 34807928 . C T 1709.91 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.463;QD=60.528;RBI=0.0425251;REFB=0;REVB=0.000544471;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64404e-05;OID=.;OPOS=34807928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:56:56:0:0:56:57:0:0 chr5 34811137 . T G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=364.325;QD=57.0008;RBI=0.023634;REFB=0;REVB=0.0209656;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02771e-05;OID=.;OPOS=34811137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr5 34824555 . G T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.66;QD=35.5759;RBI=0.0581119;REFB=0;REVB=0.0156111;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218638;OID=.;OPOS=34824555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr5 34840841 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0171363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.92;QD=15.7004;RBI=0.0205322;REFB=-0.0248463;REVB=0.0113101;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917711;STB=0.553119;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0235395;OID=.;OPOS=34840841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:8:11:10:5:8:11 chr5 34862125 . C T 1798.21 PASS AF=0.97561;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0257433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.283;QD=58.4784;RBI=0.0283405;REFB=0.0591678;REVB=0.0118518;RO=2;SAF=58;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000519508;STB=0.504474;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.000469551;OID=.;OPOS=34862125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:123:2:3:120:120:0.97561:62:58:1:1:62:58:2:1 chr5 34922892 . G T 453.52 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0110949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.068;QD=19.7181;RBI=0.0146053;REFB=-0.0174306;REVB=-0.00949825;RO=46;SAF=27;SAR=18;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246228;STB=0.640965;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0182099;OID=.;OPOS=34922892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:18:27:15:31:18:27:15:32 chr5 35010138 . A G 2136.76 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485722;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.597;QD=62.3872;RBI=0.0494959;REFB=0;REVB=-0.00951738;RO=0;SAF=59;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106675;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:129:137:0:0:127:137:1:68:59:0:0:68:69:0:0 chr5 35033605 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.916;QD=57.5452;RBI=0.0357505;REFB=0;REVB=0.0337748;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59659e-05;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr5 35037115 . C T 303.14 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00184726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.082;QD=15.5456;RBI=0.00403433;REFB=-0.0173928;REVB=0.00358656;RO=42;SAF=8;SAR=25;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217679;STB=0.621708;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0199743;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:44:33:34:0.435897:25:8:18:24:25:9:20:24 chr5 35039437 . A G 386.59 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0140993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.738;QD=20.8965;RBI=0.0166598;REFB=-0.0118506;REVB=0.00887468;RO=33;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584106;STB=0.502091;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0147407;OID=.;OPOS=35039437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:35:39:39:0.527027:18:21:18:15:18:21:19:16 chr5 35039486 . C T 403.49 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0033154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.147;QD=16.8119;RBI=0.00663922;REFB=-0.014246;REVB=0.00575216;RO=53;SAF=24;SAR=18;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245191;STB=0.509087;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.016188;OID=.;OPOS=35039486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:54:42:42:0.4375:18:24:29:24:18:24:30:24 chr5 35641582 . A C 546.96 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0361011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.409;QD=17.3638;RBI=0.041168;REFB=-0.01306;REVB=0.0197868;RO=68;SAF=18;SAR=40;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153567;STB=0.585743;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0140977;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:58:58:0.460317:40:18:31:37:40:18:31:37 chr5 35643634 . A G 171.73 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0225922;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.039;QD=17.613;RBI=0.0341923;REFB=-0.0338968;REVB=-0.0256653;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125776;STB=0.555492;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0290026;OID=.;OPOS=35643634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:21:18:18:0.461538:12:6:8:9:12:6:9:12 chr5 35644621 . T C 1125.32 PASS AF=0.928571;AO=78;DP=84;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0325442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5885;QD=53.5869;RBI=0.0326232;REFB=-0.0230584;REVB=-0.00226883;RO=5;SAF=47;SAR=31;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047311;STB=0.532067;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0106481;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:84:84:5:6:78:78:0.928571:31:47:1:4:31:47:1:5 chr5 35654711 . C T 909.02 PASS AF=0.4375;AO=98;DP=224;FAO=98;FDP=224;FR=.;FRO=126;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=74;FSRR=52;FWDB=-0.0222666;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.683;QD=16.2325;RBI=0.0279123;REFB=-0.0040617;REVB=-0.0168314;RO=126;SAF=38;SAR=60;SRF=74;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201832;STB=0.612222;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00412572;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:126:126:98:98:0.4375:60:38:74:52:60:38:74:52 chr5 35691318 . A G 437.37 PASS AF=0.583333;AO=41;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0147465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.239;QD=24.2982;RBI=0.0154639;REFB=0.00441337;REVB=0.00465527;RO=30;SAF=23;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729138;STB=0.543979;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00303803;OID=.;OPOS=35691318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:41:42:0.583333:18:23:14:16:18:24:14:16 chr5 35700598 . T C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.000854468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.743;QD=13.2061;RBI=0.0141464;REFB=-0.0538724;REVB=-0.0141206;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168138;STB=0.599699;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0172565;OID=.;OPOS=35700598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:5:1:2:4:5:1 chr5 35702306 . A G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0151509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.906;QD=12.3948;RBI=0.0151835;REFB=-0.00271875;REVB=-0.000993864;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077721;STB=0.504581;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00431549;OID=.;OPOS=35702306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:10:4:7:17:10:4:7:17 chr5 35709095 . C T 1603.69 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.584;QD=59.396;RBI=0.018046;REFB=0;REVB=0.00569684;RO=0;SAF=64;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354562;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:108:0:0:103:108:1:39:64:0:0:43:65:0:0 chr5 35709184 . G C 1379.48 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00779174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6577;QD=58.7015;RBI=0.038828;REFB=0.0216732;REVB=0.0380381;RO=2;SAF=42;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220344;STB=0.517643;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0151367;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:2:3:91:91:0.968085:49:42:2:0:50:41:3:0 chr5 35764696 . C T 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.867;QD=56.9362;RBI=0.0334502;REFB=0;REVB=0.0227358;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60041e-06;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr5 35788565 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0193234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.69;QD=16.4169;RBI=0.0206889;REFB=-0.00751536;REVB=-0.00739163;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786514;STB=0.545388;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00960926;OID=.;OPOS=35788565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:7:9:9:5:7:9 chr5 35800081 . G GT,T 36.76 PASS AF=0.0941176,0.0235294;AO=10,4;DP=86;FAO=8,2;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=7,1;FSAR=1,1;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0164088,-0.0182924;FXX=0.0116266;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=150.724,161.027;QD=1.72968;RBI=0.0166912,0.0191763;REFB=0.000850257,0.000836494;REVB=-0.00305731,-0.00575464;RO=71;SAF=6,3;SAR=4,1;SRF=35;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.129732,0.237729;STB=0.871403,0.532147;STBP=0.047,0.878;TYPE=ins,snp;VARB=0.113716,0.166685;OID=.,.;OPOS=35800082,35800081;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:86:85:71:75:10,4:8,2:0.0941176,0.0235294:4,1:6,3:35:36:1,1:7,1:35:40 chr5 35910529 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.366;QD=59.8376;RBI=0.0315646;REFB=0;REVB=0.023495;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98466e-05;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr5 35962984 . A G 221.11 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610115;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.066;QD=49.1364;RBI=0.0398568;REFB=0;REVB=0.0393871;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236672;OID=.;OPOS=35962984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:15:18:1:12:3:0:0:15:3:0:0 chr5 35965970 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.056;QD=56.7065;RBI=0.0134546;REFB=0;REVB=-0.00966064;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.66512e-07;OID=.;OPOS=35965970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr5 36103574 . C T 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00889542;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.69;QD=14.8963;RBI=0.0251848;REFB=-0.000327088;REVB=0.0235616;RO=44;SAF=14;SAR=18;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178554;STB=0.600915;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000476601;OID=.;OPOS=36103574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:18:14:27:17:18:14:27:17 chr5 36155318 . C CTT 217.61 PASS AF=0.54386;AO=20;DP=63;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00892534;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=23.7027;QD=15.271;RBI=0.171834;REFB=-0.00776189;REVB=-0.171602;RO=32;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321273;STB=0.586819;STBP=0.166;TYPE=ins;VARB=-0.00274982;OID=.;OPOS=36155319;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54386:20:63:31:57:26:10:21:13:13:99:32:5:15:17:15 chr5 36193223 . CAGA CA,CATC 86.64 PASS AF=0.407407,0;AO=11,3;DP=30;FAO=11,0;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2,0;FSAR=9,0;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0081621,-0.0206192;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=155.364,184.279;QD=12.8357;RBI=0.00832165,0.0304803;REFB=-0.0376582,-0.00964982;REVB=-0.00162172,-0.0224476;RO=16;SAF=2,0;SAR=9,3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.37532,-0.615578;STB=0.725348,0.5;STBP=0.086,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.039117,0;OID=.,.;OPOS=36193224,36193225;OREF=AG,GA;OALT=-,TC;OMAPALT=CA,CATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407,0:11,3:30:11,0:27:16:2,0:9,0:8:8:86:16:2,0:9,3:8:8 chr5 36193232 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.000160434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.545;QD=14.0966;RBI=0.00700235;REFB=-0.0176974;REVB=-0.00700051;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363052;STB=0.716372;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0278345;OID=.;OPOS=36193232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:9:2:7:7:9:2:7:7 chr5 36257018 . A G 332.9 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00839971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4889;QD=16.4395;RBI=0.00840127;REFB=0.00580109;REVB=0.000161498;RO=45;SAF=22;SAR=14;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115101;STB=0.506471;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00737096;OID=.;OPOS=36257018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:14:22:27:18:14:22:27:18 chr5 36269551 . G C 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.377;QD=60.3761;RBI=0.0184849;REFB=0;REVB=0.0164062;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6987e-05;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr5 37036492 . C T 137.42 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0159176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.527;QD=18.9546;RBI=0.0159729;REFB=-0.0226032;REVB=-0.00132858;RO=14;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203786;STB=0.511612;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0267336;OID=.;OPOS=37036492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:4:11:10:4:4:11:10:4 chr5 37244479 . CATT CAGG,CAGT,CAT,TCAT 141.72 PASS AF=0.0857143,0.0285714,0.657143,0;AO=2,2,10,6;DP=37;FAO=3,1,23,0;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=3,1,9,0;FSAR=0,0,14,0;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.029972,0.0591545,0.135991,0.101221;FXX=0.0540395;HRUN=6,6,6,1;LEN=2,1,1,3;MLLD=138.221,114.148,9.02579,12.5657;QD=16.1966;RBI=0.0432078,0.0762948,0.150296,0.134858;REFB=-0.0046828,-0.00374201,-0.0842505,-0.0880961;REVB=-0.0311223,-0.0481834,0.0639934,0.0891125;RO=11;SAF=2,2,3,0;SAR=0,0,7,6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0,0.33042,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.552517,0.552517,-0.231477,-0.75317;STB=0.995768,0.989059,0.529044,0.5;STBP=0.112,0.496,0.618,1;TYPE=mnp,snp,del,mnp;VARB=0.156019,-0.208974,0.093395,0;OID=.,.,.,.;OPOS=37244481,37244481,37244481,37244479;OREF=TT,T,T,CAT;OALT=GG,G,-,TCA;OMAPALT=CAGG,CAGT,CAT,TCAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:31:37:35:11:8:2,2,10,6:3,1,23,0:0.0857143,0.0285714,0.657143,0:0,0,7,6:2,2,3,0:6:5:0,0,14,0:3,1,9,0:4:4 chr5 37294473 . T C 550.98 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00471686;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.341;QD=17.7734;RBI=0.0256497;REFB=-0.0121586;REVB=0.0252123;RO=64;SAF=32;SAR=26;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343565;STB=0.51959;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0124682;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:64:66:58:58:0.467742:26:32:33:31:26:32:34:32 chr5 37309371 . TAGAAGAG TAGAAGA,TAGAG 99.72 PASS AF=0,0.441176;AO=4,14;DP=34;FAO=0,15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=0,5;FSAR=0,10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0553069,-0.00308285;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=26.0708,224.042;QD=11.7314;RBI=0.235442,0.00845276;REFB=-0.0925059,-0.0167619;REVB=-0.228854,0.00787052;RO=14;SAF=0,5;SAR=4,9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.696473,-0.190444;STB=0.5,0.583219;STBP=1,0.448;TYPE=del,del;VARB=0.042012,0.0166752;OID=.,.;OPOS=37309378,37309372;OREF=G,AGA;OALT=-,-;OMAPALT=TAGAAGA,TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.441176:4,14:34:0,15:34:19:0,5:0,10:9:10:99:14:0,5:4,9:8:6 chr5 37364443 . C T 554.72 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124117;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.615;QD=61.6352;RBI=0.0395823;REFB=0;REVB=0.0395629;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593644;OID=.;OPOS=37364443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr5 37688010 . A G 219.84 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00217636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.61;QD=11.8835;RBI=0.00217649;REFB=-0.0116324;REVB=2.42078e-05;RO=47;SAF=12;SAR=15;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142383;STB=0.582029;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0195472;OID=.;OPOS=37688010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:15:12:27:20:15:12:27:20 chr5 37688094 . C T 127.17 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0155412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.262;QD=6.69338;RBI=0.0176527;REFB=-0.00887117;REVB=-0.00837191;RO=56;SAF=9;SAR=10;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974327;STB=0.565449;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0517828;OID=.;OPOS=37688094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:57:19:19:0.25:10:9:31:25:10:9:32:25 chr5 37700516 . C T 1955.61 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024974;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.164;QD=62.083;RBI=0.0354091;REFB=0;REVB=-0.0251019;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.43592e-05;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:62:64:0:0:62:64:0:0 chr5 38904514 . A G 354.22 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0158592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.586;QD=13.8912;RBI=0.0202616;REFB=0.00161027;REVB=-0.0126104;RO=61;SAF=23;SAR=18;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225962;STB=0.627409;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00303055;OID=.;OPOS=38904514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:18:23:21:40:18:23:21:40 chr5 38921788 . G A 2884.29 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.573;QD=63.0445;RBI=0.0258721;REFB=0;REVB=0.0133571;RO=0;SAF=85;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16298e-05;OID=.;OPOS=38921788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:183:0:0:181:183:1:96:85:0:0:96:87:0:0 chr5 38938582 . G T 50.93 PASS AF=0.0873786;AO=13;DP=201;FAO=18;FDP=206;FR=.;FRO=188;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=83;FSRR=105;FWDB=-0.0365155;FXX=0.0190467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.804;QD=0.988841;RBI=0.0365594;REFB=-0.00350271;REVB=0.00179244;RO=173;SAF=12;SAR=1;SRF=69;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538594;STB=0.94694;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0726777;OID=.;OPOS=38938582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:201:206:173:188:13:18:0.0873786:1:12:69:104:1:17:83:105 chr5 38938664 . A G 387.81 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0478092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8996;QD=15.9923;RBI=0.0507453;REFB=-0.00602079;REVB=0.0170107;RO=56;SAF=22;SAR=19;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146471;STB=0.582378;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0110875;OID=.;OPOS=38938664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:19:22:22:34:19:22:22:34 chr5 38941154 . ATTTT ATTTA,ATTT 1415.4 PASS AF=0.0872483,0.912752;AO=17,42;DP=149;FAO=13,136;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=13,45;FSAR=0,91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0797234,-0.101624;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=187.371,12.0363;QD=37.9972;RBI=0.141384,0.874185;REFB=0,0;REVB=0.116763,0.868258;RO=76;SAF=17,30;SAR=0,12;SRF=0;SRR=76;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.902249,0.695882;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.148374,-0.0231168;OID=.,.;OPOS=38941158,38941155;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0872483,0.912752:17,42:149:13,136:149:0:13,45:0,91:0:0:46:76:17,30:0,12:0:76 chr5 38941426 . TG T,TT 437.59 PASS AF=0.494505,0;AO=32,9;DP=89;FAO=45,0;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=22,0;FSAR=23,0;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00613267,-0.00592466;FXX=0.0215031;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.809,182.493;QD=19.2347;RBI=0.00756192,0.0088424;REFB=-0.00634064,-0.00597944;REVB=0.00442414,-0.00656403;RO=43;SAF=19,2;SAR=13,7;SRF=17;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.19973,-0.243408;STB=0.560483,0.5;STBP=0.281,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00424124,0.00364067;OID=.,.;OPOS=38941427,38941427;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494505,0:32,9:89:45,0:91:46:22,0:23,0:17:29:99:43:19,2:13,7:17:26 chr5 38942090 . T A,C 1079.35 PASS AF=0.0266667,0.973333;AO=3,72;DP=75;FAO=2,73;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41;FSAR=2,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000588257,-0.00265736;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.906,199.17;QD=57.5652;RBI=0.0504717,0.0544954;REFB=0,0;REVB=-0.0504683,0.0544306;RO=0;SAF=0,41;SAR=3,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.282872,-0.000250752;OID=.,.;OPOS=38942090,38942090;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:75:75:0:0:3,72:2,73:0.0266667,0.973333:3,31:0,41:0:0:2,32:0,41:0:0 chr5 38950776 . G A 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00802412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.587;QD=56.6222;RBI=0.0162893;REFB=-0.0942516;REVB=0.0141758;RO=1;SAF=27;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171678;STB=0.509088;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000191586;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:36:27:1:0:36:27:1:0 chr5 38955796 . G A 521.54 PASS AF=0.386667;AO=58;DP=150;FAO=58;FDP=150;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=63;FWDB=0.0145649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6373;QD=13.9077;RBI=0.0146156;REFB=0.00393747;REVB=0.00121644;RO=92;SAF=36;SAR=22;SRF=29;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322617;STB=0.681455;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00655462;OID=.;OPOS=38955796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:92:92:58:58:0.386667:22:36:29:63:22:36:29:63 chr5 39108309 . A G 324.14 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0101931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.242;QD=16.8386;RBI=0.01808;REFB=-0.0143991;REVB=-0.0149327;RO=41;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016785;STB=0.507791;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0216847;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:42:34:35:0.454545:18:16:20:21:18:17:21:21 chr5 39108322 . A G 1083.94 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263266;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.155;QD=60.2191;RBI=0.0263948;REFB=0;REVB=-0.00189618;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47099e-05;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:38:33:0:0:38:34:0:0 chr5 39119723 . C A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00956903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.861;QD=18.6371;RBI=0.0115638;REFB=-0.0196538;REVB=0.00649264;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109669;STB=0.562422;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0195651;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:7:9:7:9:7:9 chr5 40692940 . G A 456.29 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.037463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5153;QD=20.5073;RBI=0.0468645;REFB=-0.000505923;REVB=-0.0281567;RO=43;SAF=22;SAR=23;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415972;STB=0.516992;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.000484918;OID=.;OPOS=40692940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:43:44:45:45:0.505618:23:22:19:24:23:22:20:24 chr5 40834349 . GC CG,G 39.09 PASS AF=0.045045,0.0990991;AO=4,14;DP=109;FAO=5,11;FDP=111;FR=.;FRO=95;FSAF=5,10;FSAR=0,1;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0791597,-0.255799;FXX=0.0263135;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=152.21,18.3152;QD=1.40858;RBI=0.0792683,0.255875;REFB=-0.00292364,-0.088338;REVB=0.00414786,0.00627163;RO=78;SAF=4,14;SAR=0,0;SRF=32;SRR=46;SSEN=0,0.328431;SSEP=0,0;SSSB=0.501086,0.737142;STB=0.997887,0.891428;STBP=0.019,0.014;TYPE=mnp,del;VARB=0.247286,0.157544;OID=.,.;OPOS=40834349,40834350;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:109:111:78:95:4,14:5,11:0.045045,0.0990991:0,0:4,14:32:46:0,1:5,10:48:47 chr5 40852451 . C G 1807.6 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0191148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.406;QD=59.2657;RBI=0.0487044;REFB=-0.161428;REVB=-0.0447967;RO=2;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137648;STB=0.507245;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00616304;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:2:2:120:120:0.983607:68:52:0:2:68:52:0:2 chr5 40955561 . G C 377.58 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=50;FWDB=-0.0117575;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2761;QD=12.7991;RBI=0.0298552;REFB=-0.00796133;REVB=0.0274426;RO=73;SAF=20;SAR=25;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145914;STB=0.582489;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0130228;OID=.;OPOS=40955561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:73:73:45:45:0.381356:25:20:23:50:25:20:23:50 chr5 40972111 . C T 3064.05 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859748;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.798;QD=63.8345;RBI=0.0106692;REFB=0;REVB=-0.00631779;RO=0;SAF=110;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58273e-05;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:192:0:0:192:192:1:82:110:0:0:82:110:0:0 chr5 40998196 . T C 159.61 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00159902;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.983;QD=16.8005;RBI=0.00446152;REFB=-0.0144565;REVB=-0.00416513;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230532;STB=0.630773;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0286777;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:16:5:8:9:16:5 chr5 40998235 . C T 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.011213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.665;QD=14.0472;RBI=0.0187959;REFB=0.000171723;REVB=0.0150849;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185438;STB=0.60736;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00028275;OID=.;OPOS=40998235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:18:11:10:8:18:11 chr5 41008780 . A G 364.76 PASS AF=0.418367;AO=40;DP=100;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0141915;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.741;QD=14.8882;RBI=0.0152581;REFB=-0.0143168;REVB=-0.00560443;RO=60;SAF=18;SAR=22;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354784;STB=0.510076;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0202653;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:60:57:40:41:0.418367:22:18:29:31:23:18:26:31 chr5 41018452 . A T 367.16 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0383983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.039;QD=19.073;RBI=0.0388879;REFB=0.00846692;REVB=-0.00615103;RO=39;SAF=11;SAR=27;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197339;STB=0.610338;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0066763;OID=.;OPOS=41018452;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:27:11:19:20:27:11:19:20 chr5 41042204 . T A 268.75 PASS AF=0.336735;AO=32;DP=101;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00556389;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.697;QD=10.9692;RBI=0.0161848;REFB=-0.00486207;REVB=0.0151983;RO=62;SAF=8;SAR=24;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239685;STB=0.628017;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0088471;OID=.;OPOS=41042204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:62:65:32:33:0.336735:24:8:27:35:24:9:29:36 chr5 41158863 . G A 1324.51 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473885;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.717;QD=62.3301;RBI=0.0159024;REFB=0;REVB=-0.01518;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.11169e-05;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr5 41161953 . T C 427.87 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00342844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.439;QD=19.4485;RBI=0.025274;REFB=-0.0168286;REVB=0.0250404;RO=44;SAF=26;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555939;STB=0.525958;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0205461;OID=.;OPOS=41161953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:45:43:43:0.488636:17:26:24:20:17:26:25:20 chr5 41310957 . C G 166.74 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0534076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.105;QD=22.999;RBI=0.0534405;REFB=-0.0201472;REVB=-0.00187492;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089227;STB=0.54113;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0174532;OID=.;OPOS=41310957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:12:12:16:17:0.586207:12:4:2:10:13:4:2:10 chr5 41312164 . A C 540.28 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00968983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.783;QD=18.0095;RBI=0.0102592;REFB=-0.0260086;REVB=0.00337018;RO=62;SAF=35;SAR=22;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109724;STB=0.557204;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0299071;OID=.;OPOS=41312164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:63:57:57:0.475:22:35:31:31:22:35:32:31 chr5 42700043 . GA G,GG 1018.17 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=14,56;DP=70;FAO=2,68;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=2,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016033,0.0224662;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.4623,54.6072;QD=58.1809;RBI=0.0216124,0.0418643;REFB=0,0;REVB=0.0144928,0.0353255;RO=0;SAF=1,21;SAR=13,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.047867,0.0280077;OID=.,.;OPOS=42700044,42700044;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0285714,0.971429:14,56:70:2,68:70:0:0,22:2,46:0:0:7:0:1,21:13,35:0:0 chr5 42719239 . A C 1355.43 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.732;QD=62.3187;RBI=0.0205192;REFB=0;REVB=0.0203406;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83469e-05;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:84:87:1:41:43:0:0:43:44:0:0 chr5 42720068 . T TA 439.6 PASS AF=0.948718;AO=35;DP=40;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00892179;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=332.769;QD=45.0869;RBI=0.00892244;REFB=-0.0308896;REVB=-0.000107776;RO=5;SAF=18;SAR=17;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265896;STB=0.526302;STBP=0.25;TYPE=ins;VARB=0.000818188;OID=.;OPOS=42720069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.948718:35:40:37:39:2:19:18:0:2:4:5:18:17:2:3 chr5 43120098 . A G 191.1 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0536;QD=47.7748;RBI=0.0576928;REFB=0;REVB=-0.0491992;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000971789;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr5 43290244 . T A 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0112762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.572;QD=22.397;RBI=0.019319;REFB=0.00166338;REVB=0.0156866;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287996;STB=0.516116;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00150419;OID=.;OPOS=43290244;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:9:16:14:9:9:16:14:9 chr5 43492978 . G A 548.06 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251252;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.941;QD=60.8954;RBI=0.0283939;REFB=0;REVB=0.0132264;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723314;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr5 43509348 . T A 1587.0 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0478;QD=64.1211;RBI=0.00789524;REFB=0;REVB=0.00535184;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86153e-06;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:59:40:0:0:59:40:0:0 chr5 43527135 . A C 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.813;QD=60.7134;RBI=0.0257388;REFB=0;REVB=0.0240408;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77489e-05;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr5 44066732 . A G 919.99 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3138;QD=58.4119;RBI=0.0364695;REFB=0;REVB=0.0266762;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321459;OID=.;OPOS=44066732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr5 44809162 . G C 287.22 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.305;QD=52.2217;RBI=0.0660156;REFB=0;REVB=0.0645784;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323384;OID=.;OPOS=44809162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr5 50045966 . TG T,TT 728.17 PASS AF=0.3125,0.6875;AO=22,25;DP=47;FAO=15,33;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=6,13;FSAR=9,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876804,-0.00926913;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.91,211.62;QD=60.6805;RBI=0.0302273,0.0289696;REFB=0,0;REVB=0.0289277,0.0274467;RO=0;SAF=8,12;SAR=14,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.94263e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0116654,0.0157499;OID=.,.;OPOS=50045967,50045967;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3125,0.6875:22,25:47:15,33:48:0:6,13:9,20:0:0:35:0:8,12:14,13:0:0 chr5 50053015 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.986;QD=59.8393;RBI=0.0198118;REFB=0;REVB=0.0019402;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15801e-05;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr5 50057729 . G A 393.22 PASS AF=0.885714;AO=29;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0107501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.947;QD=44.9394;RBI=0.0113389;REFB=-0.141909;REVB=0.00360617;RO=5;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159591;STB=0.56246;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00257453;OID=.;OPOS=50057729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:35:35:5:4:29:31:0.885714:12:17:0:5:14:17:0:4 chr5 50689580 . A T 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00609513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.695;QD=16.8819;RBI=0.0250978;REFB=-0.0080535;REVB=0.0243464;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106803;STB=0.561102;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0192352;OID=.;OPOS=50689580;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:11:6:7:8:11:6 chr5 52087584 . T TCA 340.9 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320212;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=289.418;QD=54.5447;RBI=0.0324939;REFB=0;REVB=0.00552211;RO=0;SAF=2;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000111363;OID=.;OPOS=52087585;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:25:25:25:0:2:23:0:0:4:0:2:22:0:0 chr5 52096889 . C A 1507.18 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00169184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.107;QD=58.5312;RBI=0.0311257;REFB=-0.103603;REVB=0.0310797;RO=1;SAF=48;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978215;STB=0.505154;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00181436;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:54:48:1:0:54:48:1:0 chr5 52193287 . C T 480.71 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9786;QD=56.5541;RBI=0.0662242;REFB=0;REVB=-0.0606102;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744244;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:0:0:33:34:1:12:21:0:0:12:22:0:0 chr5 52201722 . C T 745.22 PASS AF=0.521739;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0269164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.655;QD=21.6005;RBI=0.0271329;REFB=-0.020059;REVB=-0.00342074;RO=66;SAF=35;SAR=37;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911331;STB=0.550006;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.014181;OID=.;OPOS=52201722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:66:66:72:72:0.521739:37:35:39:27:37:35:39:27 chr5 52214581 . G A 810.27 PASS AF=0.550725;AO=76;DP=138;FAO=76;FDP=138;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00486793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4117;QD=23.4861;RBI=0.00950352;REFB=-0.0105723;REVB=0.00816212;RO=62;SAF=31;SAR=45;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637632;STB=0.53487;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00803248;OID=.;OPOS=52214581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:62:62:76:76:0.550725:45:31:30:32:45:31:30:32 chr5 52216217 . C T 403.89 PASS AF=0.388235;AO=30;DP=88;FAO=33;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0224154;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.023;QD=19.0068;RBI=0.0225906;REFB=-0.00639987;REVB=0.0028079;RO=44;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039961;STB=0.509085;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0114187;OID=.;OPOS=52216217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:44:43:30:33:0.388235:18:12:16:28:21:12:15:28 chr5 52229745 . T G 1331.02 PASS AF=0.421053;AO=143;DP=342;FAO=144;FDP=342;FR=.;FRO=198;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=74;FSRR=124;FWDB=0.00294383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.294;QD=15.5675;RBI=0.00413364;REFB=-0.0013928;REVB=-0.00290187;RO=198;SAF=65;SAR=78;SRF=74;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858217;STB=0.549721;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00201913;OID=.;OPOS=52229745;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:198:198:143:144:0.421053:78:65:74:124:78:66:74:124 chr5 52248291 . T C 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0250455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.822;QD=17.4544;RBI=0.0266411;REFB=-0.00937607;REVB=0.00908125;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161362;STB=0.590101;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0117808;OID=.;OPOS=52248291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:15:12:8:21:15:12:8:21 chr5 52347369 . C T 264.6 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00720356;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5966;QD=17.6403;RBI=0.00765627;REFB=-0.0107966;REVB=-0.00259368;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136958;STB=0.583278;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00560711;OID=.;OPOS=52347369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:30:31:29:29:0.483333:14:15:20:10:14:15:21:10 chr5 52351413 . G A 872.09 PASS AF=0.57971;AO=72;DP=123;FAO=80;FDP=138;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0180494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.291;QD=25.2779;RBI=0.0236551;REFB=-0.0377231;REVB=0.01529;RO=38;SAF=29;SAR=43;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163634;STB=0.539763;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0223715;OID=.;OPOS=52351413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:138:38:58:72:80:0.57971:43:29:25:13:50:30:27:31 chr5 52379277 . C T 508.18 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00221241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.584;QD=20.5326;RBI=0.0158999;REFB=-0.00927289;REVB=-0.0157452;RO=50;SAF=21;SAR=28;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267056;STB=0.514787;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00766645;OID=.;OPOS=52379277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:28:21:20:30:28:21:20:30 chr5 52389428 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0172973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.996;QD=17.4013;RBI=0.022715;REFB=-0.00251751;REVB=0.0147232;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133159;STB=0.576354;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00153386;OID=.;OPOS=52389428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:5:8:6:7:5:8 chr5 52389455 . A G 483.88 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.614;QD=58.6523;RBI=0.0311847;REFB=0;REVB=0.000335232;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44071e-05;OID=.;OPOS=52389455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:18:15:0:0 chr5 52389811 . T G,TAAAG 497.76 PASS AF=0.0232558,0.837209;AO=2,32;DP=43;FAO=1,36;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=1,18;FSAR=0,18;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0175255,-0.0301347;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,4;MLLD=95.057,182.934;QD=46.3029;RBI=0.0284996,0.0303243;REFB=-0.0113919,-0.0415251;REVB=0.0224741,-0.00338602;RO=6;SAF=1,15;SAR=1,17;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.359974,0.0894216;STB=0.994285,0.547593;STBP=0.137,0.163;TYPE=snp,ins;VARB=0.0203679,0.00689207;OID=.,.;OPOS=52389811,52389812;OREF=T,-;OALT=G,AAAG;OMAPALT=G,TAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:43:43:6:6:2,32:1,36:0.0232558,0.837209:1,17:1,15:1:5:0,18:1,18:1:5 chr5 52390026 . A AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T 86.57 PASS AF=0.227273,0.0454545;AO=6,3;DP=48;FAO=10,2;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7,2;FSAR=3,0;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00668413,0.000207343;FXX=0.0222173;HRUN=2,2;LEN=25,1;MLLD=859.341,477.358;QD=7.86978;RBI=0.0178105,0.00623996;REFB=-0.00216471,0.000373894;REVB=-0.0165087,-0.00623652;RO=39;SAF=4,2;SAR=2,1;SRF=26;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.589287,0.993887;STBP=0.543,0.197;TYPE=ins,snp;VARB=0.00735181,0.00880943;OID=.,.;OPOS=52390027,52390026;OREF=-,A;OALT=ATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T;OMAPALT=AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:48:44:39:32:6,3:10,2:0.227273,0.0454545:2,1:4,2:26:13:3,0:7,2:19:13 chr5 52856504 . G C 401.05 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0167305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6315;QD=24.3058;RBI=0.0545878;REFB=-0.0208305;REVB=0.0519608;RO=27;SAF=15;SAR=24;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112514;STB=0.50617;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0146037;OID=.;OPOS=52856504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:24:15:10:17:24:15:10:17 chr5 52942083 . A C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.684;QD=60.6102;RBI=0.032772;REFB=0;REVB=0.0213611;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158344;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr5 52942197 . A G 1153.07 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.766;QD=60.6877;RBI=0.0299064;REFB=0;REVB=0.0274012;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22122e-05;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:35:40:0:0:36:40:0:0 chr5 52979097 . G A 133.6 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0404877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.111;QD=7.97593;RBI=0.0416542;REFB=-0.0032625;REVB=-0.00978891;RO=48;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23949;STB=0.642932;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0105999;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:8:11:18:30:8:11:18:30 chr5 53344135 . T C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0197089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.11;QD=20.4561;RBI=0.0200785;REFB=-0.0132001;REVB=-0.0038345;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127899;STB=0.571903;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0125749;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:4:11:10:7:4:11 chr5 53606295 . T C 2370.07 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0635521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3343;QD=59.6243;RBI=0.0811034;REFB=-0.0414588;REVB=-0.0503874;RO=1;SAF=78;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598446;STB=0.50004;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000911506;OID=.;OPOS=53606295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:159:159:1:2:157:157:0.987421:79:78:0:1:79:78:1:1 chr5 53751901 . G A 326.02 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0494195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8355;QD=17.3875;RBI=0.0518922;REFB=-0.0151976;REVB=0.0158276;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144768;STB=0.572701;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0164132;OID=.;OPOS=53751901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:40:35:35:0.466667:18:17:13:26:18:17:14:26 chr5 53751988 . T C 383.23 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0134319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.935;QD=14.5991;RBI=0.0144633;REFB=-0.0158996;REVB=-0.00536379;RO=60;SAF=22;SAR=22;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854902;STB=0.552357;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0204148;OID=.;OPOS=53751988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:61:44:44:0.419048:22:22:25:35:22:22:25:36 chr5 53814394 . T C 105.14 PASS AF=0.846154;AO=5;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0214006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.192;QD=32.352;RBI=0.0507359;REFB=-0.0219991;REVB=0.0460016;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583183;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00408394;OID=.;OPOS=53814394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:0:2:5:11:0.846154:3:2:0:0:6:5:2:0 chr5 53815066 . C A 607.0 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=0.00748823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6741;QD=20.9312;RBI=0.01411;REFB=-0.0108119;REVB=0.0119591;RO=53;SAF=25;SAR=36;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13132;STB=0.559516;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00990541;OID=.;OPOS=53815066;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:53:55:61:61:0.525862:36:25:14:39:36:25:16:39 chr5 53815495 . A C 462.23 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00776713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3429;QD=18.1268;RBI=0.0101845;REFB=-0.0156124;REVB=0.00658758;RO=50;SAF=30;SAR=19;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865109;STB=0.535033;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0161351;OID=.;OPOS=53815495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:53:49:49:0.480392:19:30:26:24:19:30:29:24 chr5 53815722 . G A 232.04 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0240927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.063;QD=14.7326;RBI=0.0306357;REFB=-0.0218624;REVB=-0.0189232;RO=36;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147866;STB=0.584205;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0280269;OID=.;OPOS=53815722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:18:9:17:19:18:9:17:19 chr5 53815918 . A C 242.66 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0037615;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.297;QD=21.5699;RBI=0.00404115;REFB=0.00400793;REVB=-0.00147716;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968126;STB=0.554407;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00193035;OID=.;OPOS=53815918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:22:23:23:0.511111:14:9:11:11:14:9:11:11 chr5 53816341 . G A 49.3 PASS AF=0.186047;AO=7;DP=46;FAO=8;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0199359;FXX=0.0652032;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.048;QD=4.58609;RBI=0.105568;REFB=-0.0123817;REVB=-0.103668;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366489;STB=0.639625;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0491238;OID=.;OPOS=53816341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:43:23:35:7:8:0.186047:2:5:17:6:2:6:21:14 chr5 53816782 . T C 265.89 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00123477;FXX=0.0181785;HRUN=6;LEN=1;MLLD=135.36;QD=19.6956;RBI=0.00719294;REFB=-0.0212246;REVB=-0.00708617;RO=24;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749746;STB=0.5576;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00987377;OID=.;OPOS=53816782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:24:26:28:28:0.518519:15:13:9:15:15:13:9:17 chr5 54252345 . T C 692.76 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076846;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.753;QD=62.9779;RBI=0.081863;REFB=0;REVB=0.0282177;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397829;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:26:18:0:0 chr5 54253555 . A G 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00926407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2401;QD=19.9407;RBI=0.0148813;REFB=0.0118314;REVB=0.0116461;RO=29;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667621;STB=0.503709;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0144297;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:13:19:17:12:13:19:17:12 chr5 54253581 . A G 248.98 PASS AF=0.459016;AO=26;DP=59;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00464854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.391;QD=16.3262;RBI=0.0437823;REFB=-0.0135267;REVB=0.0435348;RO=33;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608028;STB=0.516675;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0101974;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:33:33:26:28:0.459016:11:15:21:12:11:17:21:12 chr5 54326399 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00751488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.233;QD=11.8305;RBI=0.0104293;REFB=0.00102378;REVB=0.00723171;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23631;STB=0.631311;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00191784;OID=.;OPOS=54326399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:9:2:6:11:9:2:6:12 chr5 54403957 . T C 785.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.25;QD=64.1446;RBI=0.0263285;REFB=0;REVB=0.026171;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45063e-05;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr5 54404015 . C T 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.722;QD=58.9612;RBI=0.0296071;REFB=0;REVB=0.0106788;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42546e-05;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr5 54404057 . C G 1024.22 PASS AF=1;AO=60;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175995;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.617;QD=59.3751;RBI=0.0383581;REFB=0;REVB=0.0340823;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000979604;OID=.;OPOS=54404057;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:60:69:1:23:37:0:0:29:40:0:0 chr5 54410120 . A C 1030.29 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.802;QD=58.8738;RBI=0.0197361;REFB=0;REVB=0.015811;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163833;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:45:23:0:0:45:25:0:0 chr5 54442491 . A T 523.25 PASS AF=0.396104;AO=61;DP=153;FAO=61;FDP=154;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0217085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7138;QD=13.591;RBI=0.0227714;REFB=-0.0117666;REVB=-0.00687584;RO=91;SAF=25;SAR=36;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442878;STB=0.519224;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0198402;OID=.;OPOS=54442491;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:91:93:61:61:0.396104:36:25:41:50:36:25:41:52 chr5 54459961 . A G 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7175;QD=58.0574;RBI=0.0465686;REFB=0;REVB=-0.024753;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129157;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr5 54466544 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.609;QD=57.2025;RBI=0.0620378;REFB=0;REVB=0.0549191;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000965228;OID=.;OPOS=54466544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr5 54572163 . T C 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0244739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.748;QD=10.4358;RBI=0.0309735;REFB=-0.0297496;REVB=-0.0189838;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556231;STB=0.533289;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0555201;OID=.;OPOS=54572163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:7:8:16:17:7:8:16:17 chr5 54645411 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0274102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.775;QD=21.0155;RBI=0.0410641;REFB=-0.0155807;REVB=0.0305768;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171681;STB=0.596299;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0107199;OID=.;OPOS=54645411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:10:3:7:9:10:3 chr5 54674296 . A G 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00407203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.255;QD=15.1532;RBI=0.0052185;REFB=-0.00191556;REVB=-0.00326364;RO=43;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845984;STB=0.547892;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00224434;OID=.;OPOS=54674296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:19:13:21:22:19:13:21:22 chr5 54830380 . A G 183.62 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0692377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9683;QD=11.8467;RBI=0.0806157;REFB=-0.0226889;REVB=-0.0412921;RO=37;SAF=16;SAR=6;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133105;STB=0.574256;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0488843;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:39:22:23:0.370968:6:16:23:14:6:17:25:14 chr5 55058992 . C A 296.85 PASS AF=0.373626;AO=27;DP=84;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0881417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3383;QD=13.0482;RBI=0.0888496;REFB=-0.017926;REVB=0.0111928;RO=57;SAF=14;SAR=13;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092457;STB=0.612377;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0320611;OID=.;OPOS=55058992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:91:57:57:27:34:0.373626:13:14:25:32:13:21:25:32 chr5 55062756 . G A 254.87 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0107402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6551;QD=12.5862;RBI=0.0450246;REFB=-0.025438;REVB=0.0437248;RO=50;SAF=13;SAR=17;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180014;STB=0.596671;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0441617;OID=.;OPOS=55062756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:17:13:30:20:17:13:30:21 chr5 55062764 . T C 300.68 PASS AF=0.4;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00685437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.161;QD=14.1497;RBI=0.00770711;REFB=-0.0122556;REVB=0.0035238;RO=51;SAF=13;SAR=20;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225861;STB=0.634102;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0116538;OID=.;OPOS=55062764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:51:51:33:34:0.4:20:13:31:20:21:13:31:20 chr5 55082474 . C T 448.56 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00381728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.369;QD=15.7391;RBI=0.00693835;REFB=-0.0224007;REVB=-0.00579388;RO=62;SAF=34;SAR=16;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188508;STB=0.598461;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0383103;OID=.;OPOS=55082474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:64:50:50:0.438596:16:34:31:31:16:34:33:31 chr5 55149407 . T C 546.08 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0134664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.234;QD=17.1994;RBI=0.0141078;REFB=-0.00434842;REVB=0.00420543;RO=67;SAF=28;SAR=30;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238213;STB=0.521165;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00488237;OID=.;OPOS=55149407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:67:69:58:58:0.456693:30:28:34:33:30:28:36:33 chr5 55155402 . C T 376.09 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0717542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0803;QD=17.6983;RBI=0.0718166;REFB=-0.0256696;REVB=-0.00299195;RO=45;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596562;STB=0.551842;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0282794;OID=.;OPOS=55155402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:39:40:0.470588:21:18:18:27:21:19:17:28 chr5 55206444 . G A 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0457108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0149;QD=13.2648;RBI=0.0457109;REFB=-0.00525047;REVB=7.55655e-05;RO=47;SAF=22;SAR=8;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341607;STB=0.696067;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0167052;OID=.;OPOS=55206444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:8:22:20:27:8:22:20:27 chr5 55246001 . A G 86.08 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0509677;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.3921;QD=11.8724;RBI=0.111087;REFB=-0.0302977;REVB=0.0987044;RO=17;SAF=10;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602461;STB=0.87514;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0493256;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:29:17:18:11:11:0.37931:1:10:7:10:1:10:7:11 chr5 56161787 . G A 885.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.02;QD=58.0558;RBI=0.02142;REFB=0;REVB=0.016657;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13094e-05;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr5 56168712 . C T 436.88 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0395987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0385;QD=18.7905;RBI=0.0413577;REFB=-0.00913053;REVB=0.0119332;RO=49;SAF=21;SAR=23;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146417;STB=0.581393;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00475774;OID=.;OPOS=56168712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:23:21:31:18:23:21:31:18 chr5 56177443 . G A 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00747399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.047;QD=14.6164;RBI=0.0322132;REFB=-0.00378769;REVB=0.0313342;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153971;STB=0.586945;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00285455;OID=.;OPOS=56177443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:13:15:26:12:13:15:26:12 chr5 56177743 . G A 1062.35 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0603;QD=59.8506;RBI=0.0108212;REFB=0;REVB=0.0102562;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60307e-05;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr5 56177848 . TCAA T 130.41 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370888;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=209.052;QD=43.4688;RBI=0.0906694;REFB=0;REVB=0.0827367;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00116583;OID=.;OPOS=56177849;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:12:12:12:0:8:4:0:0:4:0:6:4:0:0 chr5 56178111 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0205751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2243;QD=15.5715;RBI=0.0494233;REFB=0.0163128;REVB=0.0449369;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343697;STB=0.519964;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0178419;OID=.;OPOS=56178111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:5:7:6:5:5:7 chr5 56178217 . A C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.781;QD=58.1398;RBI=0.0459808;REFB=0;REVB=0.0358716;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440683;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr5 56207123 . T A 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0234484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.529;QD=18.309;RBI=0.0248548;REFB=-0.0136186;REVB=0.00824236;RO=40;SAF=19;SAR=18;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125801;STB=0.507019;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0140852;OID=.;OPOS=56207123;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:18:19:20:20:18:19:20:20 chr5 56242774 . T C 326.49 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0157409;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.969;QD=29.0212;RBI=0.017567;REFB=0.00149682;REVB=-0.00779904;RO=16;SAF=9;SAR=19;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084844;STB=0.538025;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000871837;OID=.;OPOS=56242774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:17:28:28:0.622222:19:9:7:9:19:9:7:10 chr5 56526565 . G T 1223.93 PASS AF=1;AO=70;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.471;QD=61.1967;RBI=0.0651354;REFB=0;REVB=0.0436832;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592159;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:70:80:1:38:32:0:0:42:38:0:0 chr5 56526783 . G A 1297.3 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00283072;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.841;QD=59.646;RBI=0.00631351;REFB=-0.128226;REVB=0.00564336;RO=1;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108888;STB=0.511361;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=3.7598e-05;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:87:1:2:84:85:0.977011:43:41:0:1:43:42:0:2 chr5 57750267 . A C 1293.29 PASS AF=0.977011;AO=86;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0284354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3296;QD=59.4618;RBI=0.0380718;REFB=-0.0330826;REVB=0.0253158;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119932;STB=0.500953;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00949249;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:1:2:86:85:0.977011:47:39:1:0:46:39:1:1 chr5 57750350 . C G 1214.22 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174823;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.522;QD=61.4796;RBI=0.0224472;REFB=0;REVB=0.0140801;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60448e-05;OID=.;OPOS=57750350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:46:30:0:0:49:30:0:0 chr5 57753025 . G GA 46.08 PASS AF=0.177419;AO=14;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00894517;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=47.1694;QD=2.97294;RBI=0.00917477;REFB=-0.0061274;REVB=0.00203971;RO=46;SAF=0;SAR=14;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.782893;STB=0.890954;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.113872;OID=.;OPOS=57753026;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177419:14:62:11:62:51:1:10:27:24:46:46:0:14:27:19 chr5 57754004 . C T 441.17 PASS AF=0.772727;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0238952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.1;QD=40.106;RBI=0.04244;REFB=-0.0357173;REVB=0.0350738;RO=10;SAF=16;SAR=18;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722905;STB=0.539061;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00200349;OID=.;OPOS=57754004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:10:10:34:34:0.772727:18:16:3:7:18:16:3:7 chr5 57754132 . G C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.465;QD=57.6782;RBI=0.0163035;REFB=0;REVB=0.00927029;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98491e-05;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr5 57754808 . G A 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0397;QD=63.8871;RBI=0.0556404;REFB=0;REVB=-0.0385392;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000483556;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:44:53:0:0:44:53:0:0 chr5 57755703 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00228041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.63;QD=10.2403;RBI=0.00653646;REFB=-0.00373178;REVB=0.00612577;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480245;STB=0.801238;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00966512;OID=.;OPOS=57755703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:9:1:8:11:9:1:8:11 chr5 58267557 . C T 1484.09 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185476;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.554;QD=59.9631;RBI=0.0187856;REFB=0;REVB=-0.00298082;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57737e-05;OID=.;OPOS=58267557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:99:0:0:99:99:1:50:49:0:0:50:49:0:0 chr5 58267723 . A C 191.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.369;QD=47.8091;RBI=0.0459258;REFB=0;REVB=-0.00709327;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427823;OID=.;OPOS=58267723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr5 59984897 . A T 994.2 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.486;QD=57.6347;RBI=0.0171009;REFB=-0.123472;REVB=0.00898832;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00123721;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:25:43:0:0:25:43:1:0 chr5 60241142 . G A 1492.26 PASS AF=1;AO=82;DP=104;FAO=100;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384285;FXX=0.0384578;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1401;QD=59.6906;RBI=0.187141;REFB=0;REVB=0.183152;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177141;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:100:0:0:82:100:1:45:37:0:0:62:38:0:0 chr5 60839417 . A G 46.56 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0821364;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.6709;QD=2.1165;RBI=0.0825419;REFB=-0.0383751;REVB=-0.00817179;RO=58;SAF=8;SAR=5;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247644;STB=0.636471;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.168768;OID=.;OPOS=60839417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:89:88:58:75:13:13:0.147727:5:8:24:34:5:8:34:41 chr5 61645870 . A G 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.020103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.143;QD=22.7937;RBI=0.0203626;REFB=0.000849702;REVB=-0.00324122;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470104;STB=0.526294;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.000671707;OID=.;OPOS=61645870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:15:9:9:12:15:9:9:12 chr5 61694379 . T C 843.47 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.193;QD=57.1846;RBI=0.0428732;REFB=0;REVB=0.0403862;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015954;OID=.;OPOS=61694379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:32:27:0:0 chr5 61697859 . C T 654.83 PASS AF=0.942308;AO=45;DP=48;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0352293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.561;QD=50.3712;RBI=0.0399572;REFB=-0.110588;REVB=0.0188542;RO=3;SAF=19;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686028;STB=0.531902;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00103216;OID=.;OPOS=61697859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:48:52:3:3:45:49:0.942308:26:19:3:0:27:22:3:0 chr5 61772591 . T C 262.42 PASS AF=0.405405;AO=22;DP=76;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.00419664;FXX=0.0263123;HRUN=6;LEN=1;MLLD=121.551;QD=14.1848;RBI=0.00625455;REFB=0.00548369;REVB=-0.00463763;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252491;STB=0.596432;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0145076;OID=.;OPOS=61772591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:28:44:22:30:0.405405:10:12:8:20:18:12:11:33 chr5 61847073 . G C 384.39 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0192341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.807;QD=17.6733;RBI=0.0543878;REFB=-0.0163994;REVB=0.0508732;RO=45;SAF=18;SAR=21;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125249;STB=0.560488;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.015553;OID=.;OPOS=61847073;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:45:47:39:40:0.45977:21:18:15:30:22:18:16:31 chr5 63905068 . A G 2389.57 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5862;QD=64.1494;RBI=0.00632769;REFB=0;REVB=0.0061417;RO=0;SAF=72;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11085e-05;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:77:72:0:0:77:72:0:0 chr5 63907999 . TC T 56.27 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.045863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.1836;QD=8.33618;RBI=0.0872367;REFB=0.0313145;REVB=0.0742081;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104401;STB=0.545363;STBP=0.772;TYPE=del;VARB=-0.0384609;OID=.;OPOS=63908000;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:10:27:10:27:17:4:6:8:9:56:16:4:6:8:8 chr5 63991473 . G C 352.85 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0425289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5958;QD=15.8584;RBI=0.042599;REFB=0.0200222;REVB=0.00244345;RO=50;SAF=20;SAR=18;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207119;STB=0.620548;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0374953;OID=.;OPOS=63991473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:18:20:16:34:18:20:16:35 chr5 64015361 . G C 543.2 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00438676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9591;QD=18.4135;RBI=0.00482119;REFB=-0.0237305;REVB=0.00200006;RO=60;SAF=26;SAR=31;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213331;STB=0.507048;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0205796;OID=.;OPOS=64015361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:61:57:57:0.483051:31:26:26:34:31:26:27:34 chr5 64023924 . C A 289.7 PASS AF=0.325581;AO=29;DP=122;FAO=42;FDP=129;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.00254322;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.848;QD=8.98288;RBI=0.00280362;REFB=-0.0101702;REVB=-0.00117997;RO=80;SAF=18;SAR=11;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119798;STB=0.529134;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0367408;OID=.;OPOS=64023924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:129:80:87:29:42:0.325581:11:18:42:38:18:24:46:41 chr5 64023981 . C T 480.3 PASS AF=0.350877;AO=55;DP=168;FAO=60;FDP=171;FR=.;FRO=111;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=72;FWDB=-0.00666869;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.55;QD=11.2352;RBI=0.0119263;REFB=-0.00748919;REVB=-0.00988767;RO=106;SAF=20;SAR=35;SRF=36;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300801;STB=0.522176;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.014607;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:106:111:55:60:0.350877:35:20:36:70:37:23:39:72 chr5 64070617 . A AAATTATGAC 50.0 PASS AO=79;DP=132;LEN=9;RO=53;SAF=42;SAR=58;SRF=21;SRR=11;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=64070618;OREF=-;OALT=AATTATGAC;OMAPALT=AAATTATGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:132:53:79:58:42:21:11 chr5 64097145 . C G 295.67 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0262353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.811;QD=15.3593;RBI=0.0291344;REFB=-0.015857;REVB=0.0126697;RO=43;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113806;STB=0.569579;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0253724;OID=.;OPOS=64097145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:44:33:33:0.428571:17:16:16:27:17:16:16:28 chr5 64267595 . T C 246.33 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00184117;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.816;QD=15.6401;RBI=0.0352267;REFB=-0.0547649;REVB=-0.0351785;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17035;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.058083;OID=.;OPOS=64267595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:23:35:27:28:0.444444:15:12:15:8:16:12:15:20 chr5 64273018 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00602394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.851;QD=22.1885;RBI=0.00668528;REFB=-0.000999712;REVB=0.00289916;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308568;STB=0.503728;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00126807;OID=.;OPOS=64273018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:14:10:8:13:14:10:9:13 chr5 64537950 . G C 128.21 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=4;FWDB=-0.0131538;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6059;QD=10.9111;RBI=0.0171054;REFB=0.0111066;REVB=-0.010935;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421151;STB=0.740937;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0196701;OID=.;OPOS=64537950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:32:32:15:15:0.319149:7:8:28:4:7:8:28:4 chr5 64881936 . A G 349.7 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0952054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.001;QD=20.2726;RBI=0.0954738;REFB=-0.00396078;REVB=-0.0071539;RO=33;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290381;STB=0.523064;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00650735;OID=.;OPOS=64881936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:33:35:36:0.521739:19:16:14:19:19:17:14:19 chr5 64895209 . G GA 35.3 PASS AF=0.5;AO=5;DP=28;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.113095;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.47437;QD=7.05954;RBI=0.246039;REFB=-0.1004;REVB=0.218506;RO=21;SAF=3;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143796;STB=0.556701;STBP=0.652;TYPE=ins;VARB=0.183885;OID=.;OPOS=64895210;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:28:10:20:10:3:7:4:6:29:21:3:2:10:11 chr5 64926315 . G A 257.74 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00378424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.148;QD=19.8258;RBI=0.0329929;REFB=6.4764e-05;REVB=-0.0327752;RO=25;SAF=22;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352886;STB=0.699481;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.000362031;OID=.;OPOS=64926315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:5:22:12:13:5:22:12:13 chr5 64926500 . ATTTTTTA AAATTTTT,AATTTTTA,ATTTTT,ATTTTTA 290.49 PASS AF=0,0,0.842105,0;AO=4,6,5,7;DP=40;FAO=0,0,32,0;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=0,0,19,0;FSAR=0,0,13,0;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0801269,0.0483377,0.123824,-0.00453421;FXX=0;HRUN=6,6,6,6;LEN=7,1,2,1;MLLD=13.1571,11.7182,18.0029,9.89408;QD=30.5777;RBI=0.0972984,0.0586694,0.282192,0.180645;REFB=-0.0243698,0.00799313,-0.104995,-0.0204974;REVB=0.0551965,0.03325,0.253574,0.180588;RO=11;SAF=0,0,4,7;SAR=4,6,1,0;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.318584,0.318584;SSSB=-0.657755,-0.720817,0.463715,0.784969;STB=0.5,0.5,0.54192,0.5;STBP=1,1,0.211,1;TYPE=mnp,snp,del,del;VARB=0,0,0.0430831,0.0350175;OID=.,.,.,.;OPOS=64926501,64926501,64926506,64926501;OREF=TTTTTTA,T,TA,T;OALT=AATTTTT,A,-,-;OMAPALT=AAATTTTT,AATTTTTA,ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.842105,0:4,6,5,7:40:0,0,32,0:38:6:0,0,19,0:0,0,13,0:2:4:26:11:0,0,4,7:4,6,1,0:4:7 chr5 65108215 . A G 472.23 PASS AF=0.410853;AO=52;DP=128;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.014757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.542;QD=14.6427;RBI=0.0190025;REFB=-0.0123408;REVB=-0.011972;RO=76;SAF=23;SAR=29;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610673;STB=0.539172;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0156388;OID=.;OPOS=65108215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:76:76:52:53:0.410853:29:23:38:38:30:23:38:38 chr5 65167288 . G T 845.51 PASS AF=0.444444;AO=75;DP=185;FAO=88;FDP=198;FR=.;FRO=110;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=0.000594142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.201;QD=17.081;RBI=0.022726;REFB=-0.0183676;REVB=0.0227183;RO=110;SAF=29;SAR=46;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742374;STB=0.56003;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0236952;OID=.;OPOS=65167288;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:198:110:110:75:88:0.444444:46:29:50:60:57:31:50:60 chr5 65317181 . C T 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00927415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.103;QD=18.3003;RBI=0.0159704;REFB=-0.0150371;REVB=-0.0130017;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135421;STB=0.588696;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0122533;OID=.;OPOS=65317181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:8:12:10:12:8:12:10:13 chr5 65350374 . A G 229.86 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0240001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.155;QD=9.99383;RBI=0.0302342;REFB=0.00274844;REVB=-0.0183876;RO=63;SAF=20;SAR=9;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239719;STB=0.641026;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00538443;OID=.;OPOS=65350374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:63:63:29:29:0.315217:9:20:31:32:9:20:31:32 chr5 66283374 . C T 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2764;QD=58.9614;RBI=0.0310952;REFB=0;REVB=0.0303341;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107636;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr5 66459878 . G C 729.5 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00176467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0361;QD=60.7914;RBI=0.0675352;REFB=-0.100291;REVB=0.0675121;RO=1;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024107;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00343725;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:47:47:0.979167:19:28:0:1:19:28:0:1 chr5 66480004 . T C 679.76 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.331;QD=61.796;RBI=0.051203;REFB=0;REVB=0.0492486;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033207;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:29:13:0:0:29:15:0:0 chr5 67494070 . A T 185.55 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0209644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7118;QD=12.5799;RBI=0.0420224;REFB=-0.0200998;REVB=0.0364195;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226173;STB=0.530165;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0369156;OID=.;OPOS=67494070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:36:23:23:0.389831:11:12:17:17:11:12:17:19 chr5 67522722 . C T 1434.37 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.325;QD=63.049;RBI=0.0234539;REFB=0;REVB=-0.0228949;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44888e-05;OID=.;OPOS=67522722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr5 68266553 . A G,T 607.75 PASS AF=0.047619,0.928571;AO=3,38;DP=42;FAO=2,39;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=0,16;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0279064,0.0303673;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.239,122.06;QD=57.881;RBI=0.0288534,0.0713307;REFB=-0.0872594,-0.0954511;REVB=0.0073315,0.0645437;RO=0;SAF=0,16;SAR=3,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.510633;STBP=1,0.515;TYPE=snp,snp;VARB=0.084501,0.00689493;OID=.,.;OPOS=68266553,68266553;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:42:0:1:3,38:2,39:0.047619,0.928571:3,22:0,16:0:0:2,23:0,16:0:1 chr5 68411954 . C T 141.53 PASS AF=0.244444;AO=9;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0465563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.856;QD=12.5803;RBI=0.0492744;REFB=-0.0351099;REVB=0.0161394;RO=23;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4369;STB=0.820173;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0481137;OID=.;OPOS=68411954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:45:45:23:24:9:11:0.244444:8:1:9:14:10:1:10:14 chr5 68417643 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.79;QD=60.2046;RBI=0.0450814;REFB=0;REVB=0.0261575;RO=0;SAF=18;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57103e-05;OID=.;OPOS=68417643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:55:18:0:0:55:18:0:0 chr5 68419054 . A T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.749;QD=61.6808;RBI=0.0181415;REFB=0;REVB=-0.0177716;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61086e-05;OID=.;OPOS=68419054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr5 68525027 . C T 90.87 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0257375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.913;QD=7.57242;RBI=0.0290095;REFB=-0.00268842;REVB=-0.0133841;RO=33;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114891;STB=0.545377;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0205007;OID=.;OPOS=68525027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:48:48:33:36:12:12:0.25:8:4:14:19:8:4:14:22 chr5 68531253 . C T 343.21 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00423339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.937;QD=18.8059;RBI=0.008521;REFB=-0.00802145;REVB=-0.00739499;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110972;STB=0.561755;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00656872;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:17:19:15:22:17:19:15:22 chr5 68546706 . A G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00710662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.759;QD=15.1565;RBI=0.0074434;REFB=-0.00375396;REVB=0.00221363;RO=32;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303242;STB=0.672178;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00338448;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:17:8:20:12:17:8:20:12 chr5 68551507 . T G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0098783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.466;QD=12.73;RBI=0.00996902;REFB=-0.0264728;REVB=0.00134186;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368393;STB=0.713877;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0218945;OID=.;OPOS=68551507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:2:10:4:5:2:10 chr5 68609885 . G T 221.95 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00502754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.577;QD=25.3662;RBI=0.0235836;REFB=-0.0129217;REVB=-0.0230415;RO=14;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15345;STB=0.585285;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00671195;OID=.;OPOS=68609885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:9:12:5:9:9:12:5:9 chr5 68616331 . C T 161.48 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0676476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.529;QD=18.9979;RBI=0.0677251;REFB=-0.0134215;REVB=0.00323979;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210219;STB=0.619575;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0172706;OID=.;OPOS=68616331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:6:11:7:10:6:11:7:10 chr5 68688608 . T C 64.68 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0861494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.0627;QD=9.95119;RBI=0.118368;REFB=-0.0425363;REVB=0.0811735;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218747;STB=0.52624;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0454533;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:26:26:9:15:7:7:0.269231:3:4:3:6:3:4:8:7 chr5 68695940 . T G 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.025845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1048;QD=17.6173;RBI=0.0280094;REFB=-0.00830743;REVB=0.0107964;RO=27;SAF=5;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337645;STB=0.692722;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00541429;OID=.;OPOS=68695940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:19:5:14:13:19:5:14:13 chr5 68715310 . C T 121.49 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0211752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.807;QD=15.186;RBI=0.0264424;REFB=-0.0393621;REVB=-0.0158371;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171008;STB=0.624804;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0505004;OID=.;OPOS=68715310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:11:3:6:11:11:3:7:11 chr5 68720419 . T G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0212854;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.768;QD=21.5108;RBI=0.0361283;REFB=0.00398117;REVB=0.0291922;RO=15;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115392;STB=0.565143;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00276345;OID=.;OPOS=68720419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:12:6:7:8:12:6:7:8 chr5 68775065 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.839;QD=47.8223;RBI=0.00454429;REFB=0;REVB=0.000659089;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92559e-05;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr5 70308251 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.535;QD=58.0609;RBI=0.0237982;REFB=0;REVB=-0.00563979;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49799e-05;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr5 70751818 . T G 525.04 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.033655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3999;QD=15.7907;RBI=0.0336555;REFB=-0.0232018;REVB=-0.000187456;RO=70;SAF=31;SAR=26;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18307;STB=0.58457;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0166567;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:70:76:57:57:0.428571:26:31:25:45:26:31:30:46 chr5 70800475 . C T 399.05 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0163982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.703;QD=23.8239;RBI=0.0362269;REFB=-0.0290167;REVB=-0.032303;RO=28;SAF=16;SAR=23;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695247;STB=0.538202;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0117259;OID=.;OPOS=70800475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:23:16:14:14:23:16:14:14 chr5 70806711 . C G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0075926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.511;QD=18.2492;RBI=0.0380808;REFB=-0.0357416;REVB=-0.0373162;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798371;STB=0.545388;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0314663;OID=.;OPOS=70806711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:10:3:2:10:10:3:2:10 chr5 70806958 . G A 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0454014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.119;QD=16.4433;RBI=0.0521518;REFB=-0.0237636;REVB=-0.0256616;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056272;STB=0.503223;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0319513;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:15:12:9:11:15:12 chr5 70834926 . T C 226.54 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00310028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.246;QD=21.0737;RBI=0.0319064;REFB=-0.0253126;REVB=0.0317554;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287078;STB=0.516115;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0362737;OID=.;OPOS=70834926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:14:7:8:14:14:7 chr5 70837295 . A C 83.0 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0351124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5719;QD=9.48607;RBI=0.0378299;REFB=-0.0080513;REVB=0.0140791;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374598;STB=0.723767;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0331575;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:17:7:7:4:17:7 chr5 70858194 . C T 315.31 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0199683;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.021;QD=15.1958;RBI=0.0441378;REFB=-0.000685474;REVB=-0.0393626;RO=48;SAF=25;SAR=10;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276209;STB=0.656841;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000519748;OID=.;OPOS=70858194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:10:25:22:26:10:25:22:26 chr5 70932002 . G A 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00815951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.913;QD=21.0063;RBI=0.0348344;REFB=-0.0311623;REVB=-0.0338653;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122574;STB=0.553879;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0206894;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:9:10:6:10:9:10:7:10 chr5 70945075 . A G 656.52 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454681;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.193;QD=62.5252;RBI=0.0582779;REFB=0;REVB=0.036455;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757878;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr5 71146741 . T G 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00640397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.54;QD=52.1523;RBI=0.00640397;REFB=0.0134321;REVB=0;RO=1;SAF=27;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148167;OID=.;OPOS=71146741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:0:27:1:0:0:27:1:0 chr5 71146757 . T C 1264.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7234;QD=61.693;RBI=0.0590093;REFB=0;REVB=-0.0557762;RO=0;SAF=58;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172706;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:24:58:0:0:24:58:0:0 chr5 71146882 . T C 4667.92 PASS AF=1;AO=289;DP=293;FAO=292;FDP=292;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014102;FXX=0.00680249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.104;QD=63.9441;RBI=0.0193148;REFB=0;REVB=0.0131983;RO=0;SAF=159;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30959e-05;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:293:292:0:0:289:292:1:130:159:0:0:132:160:0:0 chr5 71146889 . A G 4292.29 PASS AF=0.985714;AO=276;DP=280;FAO=276;FDP=280;FR=.;FRO=4;FSAF=155;FSAR=121;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00323906;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.015;QD=61.3184;RBI=0.0254425;REFB=-0.00598664;REVB=0.0252355;RO=4;SAF=155;SAR=121;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170293;STB=0.500893;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=3.12695e-05;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:280:280:4:4:276:276:0.985714:121:155:2:2:121:155:2:2 chr5 71412292 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661094;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.099;QD=53.2772;RBI=0.00780891;REFB=0;REVB=0.00415628;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.68468e-06;OID=.;OPOS=71412292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr5 71490962 . A G 347.67 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9486;QD=51.5064;RBI=0.0392045;REFB=-0.0108986;REVB=0.0282021;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265471;STB=0.514275;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00240974;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:0:1:17:9:0:1 chr5 71495041 . T C 495.87 PASS AF=0.554054;AO=33;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=0.0122317;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5615;QD=26.804;RBI=0.0125021;REFB=-0.0364935;REVB=0.00258638;RO=22;SAF=22;SAR=11;SRF=21;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261603;STB=0.58795;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0276852;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:22:25:33:41:0.554054:11:22:21:1:15:26:21:4 chr5 71524160 . C G 441.73 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00713199;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.957;QD=21.548;RBI=0.00745116;REFB=-0.0187069;REVB=0.00215743;RO=37;SAF=17;SAR=26;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149355;STB=0.531236;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0175916;OID=.;OPOS=71524160;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:37:39:43:43:0.52439:26:17:14:23:26:17:13:26 chr5 71756102 . G A 587.1 PASS AF=0.377049;AO=69;DP=182;FAO=69;FDP=183;FR=.;FRO=114;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=0.0255118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3155;QD=12.8328;RBI=0.0756914;REFB=-0.0020946;REVB=0.0712624;RO=113;SAF=28;SAR=41;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901958;STB=0.548591;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00555267;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:113:114:69:69:0.377049:41:28:55:58:41:28:55:59 chr5 71756670 . C T 34.0 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0102139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.428;QD=6.47708;RBI=0.0169247;REFB=-0.011688;REVB=-0.0134952;RO=15;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294114;STB=0.726564;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0575346;OID=.;OPOS=71756670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:21:21:15:15:5:6:0.285714:2:3:5:10:2:4:5:10 chr5 72174432 . C G 452.96 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.0286893;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9064;QD=14.8513;RBI=0.0470149;REFB=-0.0184285;REVB=-0.0372469;RO=71;SAF=16;SAR=35;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305445;STB=0.671914;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0303787;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:71:71:51:51:0.418033:35:16:43:28:35:16:43:28 chr5 72184098 . C T 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00708896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6736;QD=10.9356;RBI=0.0213259;REFB=-0.00445692;REVB=-0.0201132;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176845;STB=0.579903;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00717531;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:34:16:16:0.32:8:8:11:21:8:8:13:21 chr5 72347223 . A G 140.12 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0249573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4103;QD=12.7378;RBI=0.0347095;REFB=-0.0108141;REVB=0.0241222;RO=28;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329626;STB=0.694865;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0155441;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:12:4:15:13:12:4:15:13 chr5 72348272 . A G 509.98 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.026665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.635;QD=26.4922;RBI=0.0306847;REFB=-0.0185762;REVB=0.0151832;RO=29;SAF=24;SAR=23;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462286;STB=0.504144;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0111134;OID=.;OPOS=72348272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:30:47:47:0.61039:23:24:15:14:23:24:15:15 chr5 72385914 . A G 257.94 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00120873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.8954;QD=18.4246;RBI=0.0621772;REFB=-0.00507864;REVB=0.0621655;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00908877;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:14:14:14:14:14:14:14:14 chr5 72395915 . G A 405.44 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00469009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.489;QD=19.7776;RBI=0.0118847;REFB=-0.0100652;REVB=0.0109201;RO=41;SAF=21;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439006;STB=0.524364;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0101208;OID=.;OPOS=72395915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:20:21:19:22:20:21:19:22 chr5 72419410 . A G 1500.26 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269134;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.641;QD=63.8409;RBI=0.030139;REFB=0;REVB=0.0135658;RO=0;SAF=35;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2281e-05;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:95:94:1:60:35:0:0:60:34:0:0 chr5 72419456 . C G 427.1 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00774588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4621;QD=24.7593;RBI=0.0399984;REFB=-0.0175996;REVB=-0.0392412;RO=28;SAF=12;SAR=29;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560549;STB=0.530767;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0107553;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:29:12:10:18:29:12:10:18 chr5 72419617 . C A 235.64 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0230866;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.291;QD=10.7108;RBI=0.0233623;REFB=-0.0107225;REVB=-0.00357892;RO=59;SAF=15;SAR=14;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185405;STB=0.607405;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0263209;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:59:59:29:29:0.329545:14:15:21:38:14:15:21:38 chr5 72742882 . T C 366.73 PASS AF=0.475;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.0500911;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.78;QD=18.3364;RBI=0.0502705;REFB=-0.0210826;REVB=0.00424386;RO=40;SAF=5;SAR=32;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15435;STB=0.603597;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0176679;OID=.;OPOS=72742882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:42:37:38:0.475:32:5:9:31:33:5:10:32 chr5 72795160 . AATCTC A 204.19 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0270221;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=311.768;QD=12.3753;RBI=0.0272693;REFB=-0.00693839;REVB=-0.00366394;RO=33;SAF=12;SAR=19;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835596;STB=0.524984;STBP=0.737;TYPE=del;VARB=0.00804705;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469697:31:66:31:66:35:12:19:12:23:99:33:12:19:10:23 chr5 72795176 . G A 270.78 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0161014;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.969;QD=16.9236;RBI=0.0164675;REFB=-0.0124967;REVB=-0.00345334;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356803;STB=0.526298;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0095682;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:18:12:12:21:18:12:12:22 chr5 72798845 . A G 212.46 PASS AF=0.5;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0101925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.8947;QD=20.2344;RBI=0.0620371;REFB=-0.0386054;REVB=-0.0611941;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00649354;STB=0.524452;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0586904;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:19:21:21:21:0.5:9:12:11:8:9:12:13:8 chr5 72868447 . T C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0217545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3792;QD=19.9755;RBI=0.074473;REFB=0.0151164;REVB=0.0712247;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101054;STB=0.556764;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0100541;OID=.;OPOS=72868447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:13:7:5:15:13:7:5:15 chr5 73076511 . C A 391.99 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0059412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4713;QD=16.8597;RBI=0.0136406;REFB=0.014437;REVB=0.0122788;RO=52;SAF=23;SAR=18;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230093;STB=0.628614;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0174273;OID=.;OPOS=73076511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:18:23:17:35:18:23:17:35 chr5 73090261 . T C 524.18 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0166582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.745;QD=21.3949;RBI=0.0166596;REFB=-0.0247726;REVB=0.000212212;RO=48;SAF=18;SAR=32;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143548;STB=0.507933;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0231554;OID=.;OPOS=73090261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:32:18:18:30:32:18:18:30 chr5 73091149 . C T 459.47 PASS AF=0.5;AO=42;DP=87;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0175595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.048;QD=19.9768;RBI=0.0203816;REFB=-0.0209728;REVB=0.0103476;RO=44;SAF=25;SAR=17;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396263;STB=0.51173;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0208798;OID=.;OPOS=73091149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:44:46:42:46:0.5:17:25:28:16:17:29:30:16 chr5 73144845 . A G 393.15 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00477632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.643;QD=17.0935;RBI=0.0206311;REFB=-0.00157933;REVB=0.0200706;RO=51;SAF=20;SAR=21;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798048;STB=0.544711;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00321554;OID=.;OPOS=73144845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:21:20:29:22:21:20:29:22 chr5 73179672 . C T 532.43 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.00225582;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.218;QD=16.6383;RBI=0.007133;REFB=-0.00801614;REVB=0.0067669;RO=70;SAF=27;SAR=30;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040136;STB=0.518512;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00519728;OID=.;OPOS=73179672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:70:71:57:57:0.445312:30:27:36:34:30:27:36:35 chr5 73471334 . G C 1491.83 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0175952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6971;QD=57.3781;RBI=0.0357262;REFB=-0.0631898;REVB=-0.031093;RO=2;SAF=51;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182405;STB=0.509614;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000914638;OID=.;OPOS=73471334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:51:51:2:0:51:51:2:0 chr5 73613858 . A G 192.87 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.029613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.003;QD=12.0543;RBI=0.0296549;REFB=-0.0190421;REVB=0.00157547;RO=40;SAF=7;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160124;STB=0.592942;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0375052;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:17:7:17:23:17:7:17:23 chr5 73613972 . G C 479.79 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0113152;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.284;QD=16.9836;RBI=0.0754663;REFB=-0.00767762;REVB=0.0746132;RO=61;SAF=26;SAR=26;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397128;STB=0.522115;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0113181;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:52:52:0.460177:26:26:28:33:26:26:28:33 chr5 73930751 . C T 259.8 PASS AF=0.422535;AO=31;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0144161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0438;QD=14.6366;RBI=0.0308534;REFB=0.00672727;REVB=-0.0272783;RO=40;SAF=11;SAR=20;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291188;STB=0.685064;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0141482;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:31:30:0.422535:20:11:26:14:20:10:27:14 chr5 73931246 . T C 123.11 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0371479;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.719;QD=13.3098;RBI=0.0375018;REFB=-0.00350052;REVB=-0.00513937;RO=16;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337445;STB=0.741145;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00121948;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:22:12:13:0.351351:11:1:4:12:11:2:10:12 chr5 73932315 . T C 362.55 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00895416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.092;QD=32.9592;RBI=0.025928;REFB=0.00232614;REVB=-0.0243327;RO=14;SAF=7;SAR=23;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277022;STB=0.652372;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0013565;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:23:7:9:5:23:7:9:5 chr5 73981270 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.029;QD=48.7373;RBI=0.0877611;REFB=0;REVB=0.0460553;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145722;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr5 74323529 . G C 169.21 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00810565;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7882;QD=10.4126;RBI=0.0277794;REFB=-0.0100704;REVB=0.0265705;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383743;STB=0.522451;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0230843;OID=.;OPOS=74323529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:43:43:22:22:0.338462:12:10:21:22:12:10:21:22 chr5 74324548 . G A 347.18 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0102346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.705;QD=17.5788;RBI=0.0210087;REFB=-0.00694168;REVB=-0.0183472;RO=42;SAF=19;SAR=18;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552016;STB=0.530848;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00808457;OID=.;OPOS=74324548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:18:19:24:18:18:19:24:18 chr5 74324902 . C T 211.4 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0505811;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.034;QD=18.791;RBI=0.0662423;REFB=-0.00532066;REVB=-0.0427738;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301036;STB=0.669947;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00649443;OID=.;OPOS=74324902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:17:7:13:8:17:7 chr5 74442410 . G A 523.03 PASS AF=0.556818;AO=50;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00246382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1577;QD=23.7741;RBI=0.0203257;REFB=-0.0113662;REVB=0.0201759;RO=37;SAF=24;SAR=26;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130597;STB=0.575615;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00626901;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:39:50:49:0.556818:26:24:24:13:26:23:25:14 chr5 74442920 . A G 285.61 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00935766;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.351;QD=15.2326;RBI=0.00983039;REFB=-0.0138849;REVB=0.00301178;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157521;STB=0.582039;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0195436;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:18:14:25:17:18:14:25:18 chr5 74443132 . C T 368.47 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.0289396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.256;QD=19.1415;RBI=0.0314342;REFB=-0.00570969;REVB=-0.0122721;RO=38;SAF=21;SAR=17;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171793;STB=0.599809;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00713052;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:39:38:38:0.493506:17:21:28:10:17:21:29:10 chr5 74491715 . TTCA T 338.47 PASS AF=0.5625;AO=43;DP=81;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0089645;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=3;MLLD=305.17;QD=16.9234;RBI=0.0132683;REFB=-0.0149213;REVB=0.00978195;RO=34;SAF=27;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00878871;STB=0.513083;STBP=0.823;TYPE=del;VARB=0.0207235;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:43:81:45:80:35:27:18:22:13:99:34:27:16:21:13 chr5 74491956 . T C 360.01 PASS AF=0.469136;AO=37;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0128152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.379;QD=17.7782;RBI=0.0195446;REFB=-0.0130127;REVB=0.0147567;RO=43;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278563;STB=0.507808;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0184246;OID=.;OPOS=74491956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:37:38:0.469136:17:20:22:21:18:20:22:21 chr5 74681773 . T C 791.62 PASS AF=0.50625;AO=79;DP=158;FAO=81;FDP=160;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0170159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5506;QD=19.7904;RBI=0.0612555;REFB=-0.0359518;REVB=0.0588447;RO=79;SAF=37;SAR=42;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034718;STB=0.513165;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0401419;OID=.;OPOS=74681773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:79:79:79:81:0.50625:42:37:34:45:44:37:34:45 chr5 74877266 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0423176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.366;QD=15.293;RBI=0.0423821;REFB=-0.00789382;REVB=-0.00233782;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926992;STB=0.573595;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0118925;OID=.;OPOS=74877266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:17:18:9:9:8:9:0.5:6:2:3:6:7:2:3:6 chr5 74921686 . G A 364.04 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0232987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.418;QD=15.8279;RBI=0.047356;REFB=-0.0138504;REVB=-0.0412281;RO=52;SAF=17;SAR=22;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736255;STB=0.534574;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0184165;OID=.;OPOS=74921686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:53:39:39:0.423913:22:17:19:33:22:17:20:33 chr5 74970024 . T C 419.03 PASS AF=0.439252;AO=46;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00547778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.708;QD=15.6648;RBI=0.0372447;REFB=-0.0119464;REVB=-0.0368397;RO=58;SAF=32;SAR=14;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19121;STB=0.607548;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0114485;OID=.;OPOS=74970024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:60:46:47:0.439252:14:32:30:28:15:32:30:30 chr5 74998606 . G A 162.97 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00129388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.22;QD=13.0372;RBI=0.0190357;REFB=-0.00999799;REVB=-0.0189917;RO=32;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29104;STB=0.671163;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0115861;OID=.;OPOS=74998606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:5:13:15:17:5:13:15:17 chr5 75003678 . T C 755.47 PASS AF=0.510067;AO=76;DP=150;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.000920626;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.229;QD=20.2812;RBI=0.0145101;REFB=-0.00535147;REVB=0.0144809;RO=71;SAF=36;SAR=40;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787443;STB=0.536335;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00576814;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:71:73:76:76:0.510067:40:36:40:31:40:36:40:33 chr5 75008193 . T C 244.34 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00359752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.111;QD=17.4527;RBI=0.00393708;REFB=0.00302669;REVB=0.00159952;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230673;STB=0.629534;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00378693;OID=.;OPOS=75008193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:17:10:18:11:17:10:18:11 chr5 75427935 . G A 1000.2 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000553053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7269;QD=56.3494;RBI=0.0469073;REFB=-0.075034;REVB=0.046904;RO=1;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141097;STB=0.514702;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00219627;OID=.;OPOS=75427935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:1:2:69:69:0.971831:33:36:0:1:33:36:0:2 chr5 75884734 . G A 176.42 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0188618;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9214;QD=11.9607;RBI=0.0346191;REFB=-0.0129597;REVB=-0.0290295;RO=37;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171147;STB=0.598989;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0153221;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:37:22:22:0.372881:13:9:21:16:13:9:21:16 chr5 75906851 . T C 416.08 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00997286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.34;QD=16.983;RBI=0.0475925;REFB=-0.0216231;REVB=0.0465359;RO=55;SAF=18;SAR=25;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162737;STB=0.591254;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0334874;OID=.;OPOS=75906851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:25:18:32:23:25:18:32:23 chr5 75906923 . C G 538.85 PASS AF=0.467213;AO=54;DP=120;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0151115;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.964;QD=17.6673;RBI=0.0167642;REFB=-0.0198638;REVB=0.00725812;RO=64;SAF=22;SAR=32;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136542;STB=0.590428;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0249561;OID=.;OPOS=75906923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:64:65:54:57:0.467213:32:22:35:29:35:22:36:29 chr5 75923294 . T G 1167.96 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.288;QD=59.8955;RBI=0.0360269;REFB=0;REVB=-0.00597947;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833585;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:78:0:0:70:78:1:38:32:0:0:41:37:0:0 chr5 75923307 . A G 1090.52 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00155949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.74;QD=57.3957;RBI=0.00792515;REFB=-0.0490136;REVB=0.00777019;RO=2;SAF=38;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000672969;STB=0.500356;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-5.54163e-05;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:36:38:1:1:36:38:1:1 chr5 75960865 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5791;QD=56.7058;RBI=0.0342566;REFB=0;REVB=0.012928;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357305;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr5 76003254 . A T 224.3 PASS AF=0.336957;AO=26;DP=84;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00369483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.2576;QD=9.75225;RBI=0.0178308;REFB=-0.00926551;REVB=-0.0174438;RO=58;SAF=7;SAR=19;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170443;STB=0.616492;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0245825;OID=.;OPOS=76003254;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:92:58:61:26:31:0.336957:19:7:23:35:23:8:25:36 chr5 76003258 . C T 311.94 PASS AF=0.397727;AO=33;DP=86;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.019426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.55;QD=14.1789;RBI=0.0202114;REFB=0.00711046;REVB=0.00557934;RO=53;SAF=9;SAR=24;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153371;STB=0.554881;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00821741;OID=.;OPOS=76003258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:53:53:33:35:0.397727:24:9:21:32:24:11:21:32 chr5 76171252 . A C 161.59 PASS AF=0.5;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0158041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.277;QD=19.0104;RBI=0.0385017;REFB=-0.0419976;REVB=-0.0351086;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127426;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.048738;OID=.;OPOS=76171252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:14:17:17:17:0.5:6:11:11:3:6:11:11:6 chr5 76343999 . T C 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00350047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.465;QD=16.0925;RBI=0.00640024;REFB=-0.000766426;REVB=0.00535815;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098595;STB=0.55552;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.000950171;OID=.;OPOS=76343999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:14:17:17:21:14:17:17:21 chr5 76704849 . T C 882.46 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.772;QD=57.8661;RBI=0.0316222;REFB=0;REVB=0.0246181;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52894e-05;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:58:61:1:37:21:0:0:38:23:0:0 chr5 76707980 . C T 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0417854;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.591;QD=24.1068;RBI=0.0454531;REFB=-0.00555361;REVB=0.0178874;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210061;STB=0.616762;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00475676;OID=.;OPOS=76707980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:14:10:13:6:14:10:13:6 chr5 76708987 . A G 2538.18 PASS AF=0.935829;AO=170;DP=188;FAO=175;FDP=187;FR=.;FRO=12;FSAF=99;FSAR=76;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00117387;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.026;QD=54.2927;RBI=0.0160759;REFB=-0.0237023;REVB=0.016033;RO=10;SAF=98;SAR=72;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825135;STB=0.509707;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00645125;OID=.;OPOS=76708987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:188:187:10:12:170:175:0.935829:72:98:5:5:76:99:5:7 chr5 76722443 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00180739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9038;QD=57.1766;RBI=0.0127905;REFB=0;REVB=0.0126621;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56171e-05;OID=.;OPOS=76722443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr5 76722891 . T C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.020536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.459;QD=14.6538;RBI=0.0538166;REFB=-0.0231981;REVB=0.0497443;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117469;STB=0.568802;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.01707;OID=.;OPOS=76722891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:6:2:3:5:6:2 chr5 76722895 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00998065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.556;QD=49.5988;RBI=0.0286979;REFB=0;REVB=0.0269064;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2533e-05;OID=.;OPOS=76722895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr5 76734084 . C T 1231.26 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090213;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.504;QD=61.563;RBI=0.0270437;REFB=0;REVB=0.0254946;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49965e-05;OID=.;OPOS=76734084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr5 76916335 . G GC 810.71 PASS AF=1;AO=68;DP=74;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640489;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.8636;QD=47.6889;RBI=0.0722683;REFB=0;REVB=0.0719839;RO=6;SAF=35;SAR=33;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488119;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00147215;OID=.;OPOS=76916336;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:74:68:68:0:35:33:0:0:15:6:35:33:5:1 chr5 76926578 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868055;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.792;QD=63.583;RBI=0.00935989;REFB=0;REVB=0.00350079;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64407e-05;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr5 77011066 . T C 1044.36 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.968;QD=59.6775;RBI=0.0571887;REFB=0;REVB=0.0565131;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16055e-05;OID=.;OPOS=77011066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:37:32:0:0:38:32:0:0 chr5 77298619 . A C,T 885.62 PASS AF=0.0307692,0.953846;AO=3,57;DP=61;FAO=2,62;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=2,36;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0110389,0.00222821;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.2015,79.9771;QD=54.4997;RBI=0.0456189,0.0976667;REFB=0.0316801,-0.0395439;REVB=0.0442631,0.0976413;RO=1;SAF=3,34;SAR=0,23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0200621;STB=0.993266,0.509431;STBP=0.227,0.323;TYPE=snp,snp;VARB=0.183737,0.000311511;OID=.,.;OPOS=77298619,77298619;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:61:65:1:1:3,57:2,62:0.0307692,0.953846:0,23:3,34:0:1:0,26:2,36:0:1 chr5 77318835 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0288564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.259;QD=8.25457;RBI=0.0289476;REFB=0.000831908;REVB=-0.00229494;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264239;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00104357;OID=.;OPOS=77318835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:7:5:4:2:7:5 chr5 77412011 . A G 359.4 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0427808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.606;QD=17.3206;RBI=0.0428291;REFB=0.00195588;REVB=0.00203325;RO=45;SAF=15;SAR=23;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715203;STB=0.540096;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00236383;OID=.;OPOS=77412011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:23:15:21:24:23:15:21:24 chr5 77425028 . A T 2761.71 PASS AF=1;AO=167;DP=169;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230805;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.523;QD=62.766;RBI=0.0242968;REFB=0;REVB=0.00759121;RO=0;SAF=80;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021224;OID=.;OPOS=77425028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:169:176:0:0:167:176:1:87:80:0:0:89:87:0:0 chr5 77745853 . C A,CA 642.12 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=4,33;DP=43;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028087,0.0116243;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=296.7,27.2039;QD=58.3747;RBI=0.01289,0.0367911;REFB=0,0;REVB=-0.0125802,-0.0349065;RO=6;SAF=2,31;SAR=2,2;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.506476,0.542925;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0479666,0.00501905;OID=.,.;OPOS=77745853,77745854;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:43:44:6:0:4,33:1,43:0.0227273,0.977273:2,2:2,31:0:6:1,10:0,33:0:0 chr5 77781785 . C CT 750.99 PASS AF=1;AO=68;DP=77;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.935;QD=40.5941;RBI=0.100205;REFB=0;REVB=0.0779678;RO=8;SAF=31;SAR=37;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412806;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0035698;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:77:74:74:0:32:42:0:0:15:8:31:37:2:6 chr5 77784738 . A G,T 1161.77 PASS AF=0.936709,0.0632911;AO=67,6;DP=73;FAO=74,5;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45,5;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110755,0.0158806;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.5053,56.226;QD=58.8238;RBI=0.0976337,0.016102;REFB=0,0;REVB=0.0970034,0.00266107;RO=0;SAF=44,6;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.11549e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00118257,0.142336;OID=.,.;OPOS=77784738,77784738;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:73:79:0:0:67,6:74,5:0.936709,0.0632911:23,0:44,6:0:0:29,0:45,5:0:0 chr5 78181477 . C T 624.72 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0431874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.477;QD=18.5101;RBI=0.0448508;REFB=-0.00696357;REVB=-0.0121016;RO=71;SAF=26;SAR=38;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432923;STB=0.524006;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.010273;OID=.;OPOS=78181477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:71:71:64:64:0.474074:38:26:32:39:38:26:32:39 chr5 78340257 . C G 1652.39 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.68;QD=60.0867;RBI=0.00972573;REFB=0;REVB=0.00495047;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31429e-06;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:51:58:0:0:51:59:0:0 chr5 78340286 . A G 1530.0 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.54;QD=63.75;RBI=0.0248257;REFB=0;REVB=0.0247936;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70202e-05;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chr5 78347298 . T C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0140822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0585;QD=20.4857;RBI=0.0150317;REFB=-0.0236008;REVB=-0.00525772;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204611;STB=0.511611;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0137301;OID=.;OPOS=78347298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:6:5:6:8:6:5 chr5 78351635 . GA G,GC 664.98 PASS AF=0.0961538,0.903846;AO=13,39;DP=52;FAO=5,47;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=5,22;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205174,0.0849531;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.2379,44.0083;QD=51.1521;RBI=0.0484132,0.114761;REFB=0,0;REVB=-0.0438505,-0.0771564;RO=0;SAF=13,14;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0492882,0.0290592;OID=.,.;OPOS=78351636,78351636;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0961538,0.903846:13,39:52:5,47:52:0:5,22:0,25:0:0:11:0:13,14:0,25:0:0 chr5 78373431 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.648;QD=60.5472;RBI=0.00902289;REFB=0;REVB=-0.00658904;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91818e-07;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr5 78421959 . G A 1450.46 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.344;QD=63.0633;RBI=0.0135051;REFB=0;REVB=0.0117222;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52082e-05;OID=.;OPOS=78421959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:42:49:0:0:43:49:0:0 chr5 78423621 . C T 1568.47 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.898;QD=64.0191;RBI=0.0115033;REFB=0;REVB=-0.0086677;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19838e-06;OID=.;OPOS=78423621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:42:56:0:0:42:56:0:0 chr5 78426913 . GAAAAAC GAAAAACA,GAAAACA,GAAAAC 126.35 PASS AF=0.384615,0,0.615385;AO=7,2,6;DP=26;FAO=10,0,16;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,4;FSAR=5,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.210236,0.0388803,-0.141723;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=9.27155,5.48898,10.5442;QD=19.4385;RBI=0.210281,0.140018,0.282501;REFB=-0.0313333,-0.0501426,-0.0231331;REVB=0.00433899,0.134511,0.24438;RO=5;SAF=2,1,1;SAR=5,1,5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0935942,0.0967026,-0.247547;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,mnp,del;VARB=0.166864,0.0520287,0.176016;OID=.,.,.;OPOS=78426920,78426918,78426914;OREF=-,AC,A;OALT=A,CA,-;OMAPALT=GAAAAACA,GAAAACA,GAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.384615,0,0.615385:7,2,6:26:10,0,16:26:0:5,0,4:5,0,12:0:0:55:5:2,1,1:5,1,5:2:3 chr5 78533286 . TG T,TT 34.62 PASS AF=0.0909091,0.0606061;AO=7,4;DP=65;FAO=6,4;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=3,0;FSAR=3,4;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0913071,-0.0281525;FXX=0.0704126;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.8493,24.4787;QD=2.09822;RBI=0.125983,0.0511827;REFB=-0.101213,-0.0511661;REVB=-0.0868033,0.0427446;RO=46;SAF=7,0;SAR=0,4;SRF=32;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.597196,-0.644065;STB=0.628632,0.998006;STBP=0.604,0.008;TYPE=del,snp;VARB=0.160773,-0.103147;OID=.,.;OPOS=78533287,78533287;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0909091,0.0606061:7,4:65:6,4:66:56:3,0:3,4:36:20:16:46:7,0:0,4:32:14 chr5 78573790 . A T 1510.53 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3027;QD=63.6014;RBI=0.00627441;REFB=0;REVB=0.00596031;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13981e-05;OID=.;OPOS=78573790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr5 78596044 . T C 1989.13 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00891202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.056;QD=62.1602;RBI=0.0253739;REFB=0;REVB=0.0237573;RO=0;SAF=71;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53554e-05;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:56:71:0:0:57:71:0:0 chr5 78617534 . T G 1175.94 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00309096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=357;QD=59.5412;RBI=0.00921984;REFB=-0.0378374;REVB=0.00868627;RO=1;SAF=40;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116855;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=5.65824e-05;OID=.;OPOS=78617534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:77:78:0.987342:37:40:1:0:38:40:1:0 chr5 79024779 . A G 2171.28 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212987;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.072;QD=62.9358;RBI=0.0340263;REFB=0;REVB=0.026536;RO=0;SAF=76;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46583e-05;OID=.;OPOS=79024779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:61:76:0:0:61:77:0:0 chr5 79025317 . A G 438.61 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0335302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.571;QD=50.1269;RBI=0.0365514;REFB=-0.119161;REVB=0.0145509;RO=2;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145609;STB=0.503814;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00954257;OID=.;OPOS=79025317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:2:3:32:32:0.914286:20:12:1:1:20:12:1:2 chr5 79025634 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000649838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6209;QD=56.1913;RBI=0.00684801;REFB=0;REVB=0.0068171;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121336;OID=.;OPOS=79025634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr5 79026360 . G A 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.935;QD=60.2308;RBI=0.0240455;REFB=0;REVB=0.0144622;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39444e-05;OID=.;OPOS=79026360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr5 79026539 . A C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8603;QD=53.9105;RBI=0.0666416;REFB=0;REVB=0.0396979;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189039;OID=.;OPOS=79026539;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr5 79027605 . T C 431.86 PASS AF=0.97561;AO=19;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000255982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4582;QD=42.1328;RBI=0.121116;REFB=-0.0974917;REVB=0.121116;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.507689;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0200213;OID=.;OPOS=79027605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:40:41:0:1:19:40:0.97561:11:8:0:0:32:8:0:1 chr5 79027700 . T C 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145026;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.9666;QD=62.978;RBI=0.0658072;REFB=0;REVB=-0.0641893;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103173;OID=.;OPOS=79027700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr5 79028472 . C T 776.33 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000494936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.043;QD=63.3738;RBI=0.0655741;REFB=0;REVB=0.0655722;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209708;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:22:25:0:0:24:25:0:0 chr5 79028513 . A G 688.78 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0316692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.172;QD=55.1021;RBI=0.0342051;REFB=-0.150535;REVB=0.0129248;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200022;STB=0.519991;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00327492;OID=.;OPOS=79028513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:50:50:1:4:46:46:0.92:23:23:1:0:23:23:3:1 chr5 79028586 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.015;QD=60.6102;RBI=0.0634019;REFB=0;REVB=-0.0633018;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190515;OID=.;OPOS=79028586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr5 79029288 . C A 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.04;QD=57.8836;RBI=0.0302457;REFB=0;REVB=0.0280293;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00986e-05;OID=.;OPOS=79029288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr5 79029383 . T G 769.99 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193748;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.149;QD=64.1657;RBI=0.0205223;REFB=0;REVB=-0.00676621;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011439;OID=.;OPOS=79029383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr5 79030045 . A G 494.64 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000612433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.904;QD=58.193;RBI=0.0248091;REFB=0;REVB=0.0248015;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161364;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:23:10:0:0:24:10:0:0 chr5 79030338 . A G 341.67 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.302;QD=54.6676;RBI=0.0718988;REFB=0;REVB=0.0637554;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347993;OID=.;OPOS=79030338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:12:11:0:0:14:11:0:0 chr5 79030346 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.501;QD=56.7066;RBI=0.0403243;REFB=0;REVB=0.0326879;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213434;OID=.;OPOS=79030346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr5 79031372 . G C 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161018;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.235;QD=56.7415;RBI=0.0163369;REFB=0;REVB=0.00276142;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93424e-05;OID=.;OPOS=79031372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr5 79032666 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.007;QD=50.4133;RBI=0.0380029;REFB=0;REVB=-0.00570371;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340477;OID=.;OPOS=79032666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr5 79032711 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1302;QD=37.4879;RBI=0.0448724;REFB=0;REVB=-0.0229846;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00413185;OID=.;OPOS=79032711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr5 79033306 . A C 781.79 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0078618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.629;QD=52.1195;RBI=0.0205045;REFB=-0.102584;REVB=0.0189374;RO=1;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149715;STB=0.506193;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.000979621;OID=.;OPOS=79033306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:1:3:57:57:0.95:31:26:0:1:31:26:1:2 chr5 79034662 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.93;QD=62.3506;RBI=0.0143631;REFB=0;REVB=0.00436945;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67289e-05;OID=.;OPOS=79034662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr5 79048562 . C T 1041.89 PASS AF=1;AO=63;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.883;QD=59.5367;RBI=0.0212995;REFB=0;REVB=-0.00673711;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143251;OID=.;OPOS=79048562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:63:70:1:40:23:0:0:39:31:0:0 chr5 79277817 . A C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0230376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.575;QD=12.7299;RBI=0.0253364;REFB=-0.000157428;REVB=-0.0105452;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211189;STB=0.624732;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.000537066;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:4:8:4:5:4:8 chr5 79286831 . C G 651.26 PASS AF=0.482014;AO=65;DP=138;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0418921;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.503;QD=18.7412;RBI=0.0427215;REFB=-0.0239472;REVB=-0.00837751;RO=66;SAF=26;SAR=39;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512249;STB=0.551166;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0298156;OID=.;OPOS=79286831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:66:72:65:67:0.482014:39:26:30:36:40:27:36:36 chr5 79439630 . G A 202.75 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0125049;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.142;QD=20.7946;RBI=0.0194273;REFB=-0.0116431;REVB=0.0148678;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206105;STB=0.511616;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0104545;OID=.;OPOS=79439630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:9:10:11:9:9:10 chr5 79616083 . G C 669.59 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.889;QD=62.2872;RBI=0.0258359;REFB=0;REVB=-0.0168421;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33981e-06;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:29:13:0:0:30:13:0:0 chr5 79617616 . G T 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0521294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.38;QD=6.26144;RBI=0.0690738;REFB=-0.00481969;REVB=-0.0453178;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180464;STB=0.617624;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00555621;OID=.;OPOS=79617616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:5:2:9:12:5:2:9:12 chr5 79617628 . A T 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00225451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5227;QD=30.5518;RBI=0.0245962;REFB=0.0326436;REVB=-0.0244927;RO=7;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558019;STB=0.530772;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.013664;OID=.;OPOS=79617628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:11:7:2:5:11:7:2:5 chr5 79733079 . T C 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0338877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.87;QD=22.6779;RBI=0.0339416;REFB=-0.00823594;REVB=-0.001912;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671499;STB=0.538382;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00192829;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:3:7:3:2:3:7:3:2 chr5 79734297 . T C 51.84 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.020703;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.672;QD=15.9507;RBI=0.0436413;REFB=-0.00604905;REVB=0.038418;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0165993;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:3:3:3:4:3:3 chr5 79734409 . G A 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0366373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.777;QD=15.1959;RBI=0.0420983;REFB=-0.0192747;REVB=-0.0207358;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155977;STB=0.577803;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.03174;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:26:18:18:0.409091:10:8:15:10:10:8:15:11 chr5 79735858 . A G 503.4 PASS AF=0.504762;AO=52;DP=106;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00238513;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.864;QD=19.1769;RBI=0.0103272;REFB=-0.0227254;REVB=0.010048;RO=52;SAF=21;SAR=31;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156944;STB=0.589988;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0295039;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:52:52:52:53:0.504762:31:21:30:22:32:21:30:22 chr5 79745469 . A G 420.53 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0145546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1821;QD=20.5136;RBI=0.0219269;REFB=-0.00536705;REVB=-0.0163998;RO=40;SAF=17;SAR=25;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435521;STB=0.502411;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00394781;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:25:17:16:24:25:17:16:24 chr5 79815658 . T C 443.43 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00592434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.094;QD=17.7372;RBI=0.035897;REFB=-0.0161941;REVB=0.0354048;RO=55;SAF=28;SAR=17;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964851;STB=0.554048;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0212988;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:17:28:29:26:17:28:29:26 chr5 79855372 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.293;QD=62.3488;RBI=0.00680684;REFB=0;REVB=-0.00380753;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.615e-06;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr5 79945875 . G A 93.0 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.024422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.061;QD=10.6289;RBI=0.0262871;REFB=-0.00550018;REVB=-0.00972509;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131781;STB=0.540994;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0202376;OID=.;OPOS=79945875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:35:35:23:23:11:12:0.342857:7:4:11:12:7:5:11:12 chr5 80149981 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.149;QD=62.671;RBI=0.0401717;REFB=0;REVB=0.00202904;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40167e-05;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr5 80168937 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.683;QD=62.9827;RBI=0.00683892;REFB=0;REVB=-0.00675809;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08806e-05;OID=.;OPOS=80168937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr5 80502736 . C G 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00951452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.149;QD=19.3697;RBI=0.0152285;REFB=0.00145561;REVB=0.0118904;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225385;STB=0.512804;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0012534;OID=.;OPOS=80502736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:10:6:6:9:10:6:6:9 chr5 81549216 . C T 972.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.951;QD=58.9587;RBI=0.0307014;REFB=0;REVB=-0.000870816;RO=0;SAF=19;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25137e-05;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:47:19:0:0:47:19:0:0 chr5 81549240 . C A 671.24 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00626867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.23;QD=52.6464;RBI=0.0216866;REFB=-0.119787;REVB=-0.0207608;RO=2;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247629;STB=0.513153;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00138558;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:37:12:0:2:37:12:0:2 chr5 81572184 . G C 1264.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.69;QD=61.6934;RBI=0.0441083;REFB=0;REVB=0.0110992;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141712;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr5 82500734 . G T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0431294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.933;QD=18.6422;RBI=0.0445558;REFB=-0.00892221;REVB=0.0111837;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153231;STB=0.587013;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00707378;OID=.;OPOS=82500734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:13:11:13:8:13:11 chr5 82648943 . G A 911.45 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413405;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.233;QD=58.8031;RBI=0.0185272;REFB=0;REVB=0.0180601;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65221e-05;OID=.;OPOS=82648943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:22:39:0:0:23:39:0:0 chr5 82648977 . T G 1056.63 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587766;FXX=0.0540468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.061;QD=60.3786;RBI=0.062514;REFB=0;REVB=0.062237;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32532e-05;OID=.;OPOS=82648977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:31:39:0:0 chr5 82815408 . G A 414.53 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0663107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0839;QD=16.9195;RBI=0.0673915;REFB=-0.0151812;REVB=-0.0120213;RO=55;SAF=25;SAR=18;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913334;STB=0.55127;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0163572;OID=.;OPOS=82815408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:18:25:27:28:18:25:27:28 chr5 82875800 . C T 1711.99 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.966;QD=60.6013;RBI=0.0636292;REFB=0;REVB=-0.0186916;RO=0;SAF=39;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104743;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:73:39:0:0:74:39:0:0 chr5 82940273 . C G 451.37 PASS AF=0.395522;AO=51;DP=133;FAO=53;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0820216;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.6439;QD=13.4738;RBI=0.0907896;REFB=-0.0600419;REVB=-0.0389255;RO=55;SAF=28;SAR=23;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171971;STB=0.539748;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0710423;OID=.;OPOS=82940273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:55:81:51:53:0.395522:23:28:20:35:24:29:39:42 chr5 82999358 . T G 121.81 PASS AF=0.411765;AO=11;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00302406;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.744;QD=14.3303;RBI=0.0980901;REFB=-0.00823198;REVB=-0.0980435;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143835;STB=0.571326;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0107119;OID=.;OPOS=82999358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:20:11:14:0.411765:3:8:9:6:6:8:9:11 chr5 85582712 . T C 485.14 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0199398;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.289;QD=53.9041;RBI=0.0812528;REFB=-0.141095;REVB=0.0787681;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527761;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00287315;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:36:0:2:34:34:0.944444:17:17:0:0:17:17:0:2 chr5 85583507 . T G 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00821577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.323;QD=36.3483;RBI=0.0405549;REFB=-0.0771988;REVB=-0.039714;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473806;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00562474;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:2:9:1:0:2:9:1:0 chr5 85586831 . C T 2077.82 PASS AF=0.978261;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.029738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.069;QD=60.2266;RBI=0.0317198;REFB=-0.0635159;REVB=0.0110361;RO=3;SAF=59;SAR=76;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235536;STB=0.512395;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000804678;OID=.;OPOS=85586831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:138:3:3:135:135:0.978261:76:59:3:0:76:59:3:0 chr5 86513974 . A G 2025.17 PASS AF=0.92;AO=137;DP=150;FAO=138;FDP=150;FR=.;FRO=12;FSAF=30;FSAR=108;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0660405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2152;QD=54.0046;RBI=0.0735812;REFB=-0.0355449;REVB=-0.0324474;RO=13;SAF=29;SAR=108;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109952;STB=0.549832;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00207732;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:150:150:13:12:137:138:0.92:108:29:9:4:108:30:8:4 chr5 86708529 . C A 336.81 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0708116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.044;QD=12.3601;RBI=0.0708587;REFB=-0.016437;REVB=0.00258262;RO=67;SAF=23;SAR=18;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107016;STB=0.565458;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0305477;OID=.;OPOS=86708529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:68:41:41:0.376147:18:23:31:36:18:23:31:37 chr5 87497977 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.311;QD=63.8704;RBI=0.0441897;REFB=0;REVB=-0.00602788;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302973;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr5 87498849 . G A 2007.01 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.677;QD=62.2328;RBI=0.0346092;REFB=0;REVB=0.0272273;RO=0;SAF=46;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65557e-05;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:129:0:0:124:129:1:78:46:0:0:82:47:0:0 chr5 87968864 . A G 848.06 PASS AF=0.446602;AO=92;DP=206;FAO=92;FDP=206;FR=.;FRO=114;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=-0.0147979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.949;QD=16.4672;RBI=0.0172708;REFB=-0.0158227;REVB=0.00890519;RO=114;SAF=52;SAR=40;SRF=67;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228959;STB=0.512707;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0195136;OID=.;OPOS=87968864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:114:114:92:92:0.446602:40:52:67:47:40:52:67:47 chr5 89769647 . G A 157.58 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=56;FAO=17;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0674316;FXX=0.0892698;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.277;QD=12.3594;RBI=0.0690973;REFB=-0.0773302;REVB=0.0150805;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146902;STB=0.590053;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0711218;OID=.;OPOS=89769647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:51:18:31:15:17:0.333333:12:3:2:16:12:5:13:18 chr5 89769728 . T C 198.55 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1995;QD=46.7186;RBI=0.0428217;REFB=0;REVB=0.0150646;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169916;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:8:6:0:0:9:8:0:0 chr5 89810077 . G A 166.41 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0667848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3621;QD=14.7923;RBI=0.0687418;REFB=-0.0220396;REVB=-0.0162858;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391007;STB=0.522588;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0251224;OID=.;OPOS=89810077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:16:11:8:10:16:11 chr5 89816299 . C A 296.86 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0592027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.11;QD=15.6242;RBI=0.0620157;REFB=-0.0025441;REVB=-0.0184658;RO=43;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119874;STB=0.567527;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00450428;OID=.;OPOS=89816299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:16:17:17:26:16:17:17:26 chr5 89816309 . A AT 109.98 PASS AF=0.376623;AO=27;DP=79;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00339144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.3471;QD=5.71338;RBI=0.154975;REFB=0.0270194;REVB=0.154938;RO=44;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444587;STB=0.575328;STBP=0.309;TYPE=ins;VARB=-0.0570846;OID=.;OPOS=89816310;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376623:27:79:29:77:48:15:14:19:29:99:44:14:13:21:23 chr5 89820984 . T C 443.38 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00518602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.579;QD=20.1538;RBI=0.00525972;REFB=-0.0163503;REVB=-0.00087737;RO=43;SAF=25;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923299;STB=0.545717;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0161997;OID=.;OPOS=89820984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:44:44:44:0.5:19:25:20:23:19:25:21:23 chr5 89943433 . A G 560.62 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0541924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6328;QD=21.7715;RBI=0.0543492;REFB=0.0118539;REVB=-0.00412553;RO=44;SAF=23;SAR=33;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134714;STB=0.516904;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00632087;OID=.;OPOS=89943433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:44:47:56:56:0.543689:33:23:18:26:33:23:21:26 chr5 89943571 . G T 257.94 PASS AF=0.5;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0103133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6053;QD=18.4246;RBI=0.0240004;REFB=-0.0219553;REVB=-0.0216715;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114311;STB=0.574414;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0164483;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:28:28:28:0.5:18:10:13:14:18:10:14:14 chr5 89979589 . G A 497.37 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00133832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.502;QD=19.1295;RBI=0.00730844;REFB=0.0150876;REVB=-0.00718486;RO=52;SAF=22;SAR=30;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177424;STB=0.509815;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00862783;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:52:52:0.5:30:22:23:29:30:22:23:29 chr5 89979698 . C T 296.7 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0283049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.789;QD=15.6159;RBI=0.0316185;REFB=-0.0144263;REVB=0.0140914;RO=43;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785689;STB=0.544225;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0190278;OID=.;OPOS=89979698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:19:14:15:28:19:14:15:28 chr5 89985882 . A G 534.78 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0211512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.295;QD=18.7643;RBI=0.0214363;REFB=-0.0175904;REVB=0.00348402;RO=58;SAF=24;SAR=32;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820797;STB=0.545438;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0162537;OID=.;OPOS=89985882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:32:24:30:28:32:24:30:28 chr5 89988504 . A G 546.33 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=4;FWDB=0.0197169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9504;QD=20.2346;RBI=0.0242621;REFB=-0.00931698;REVB=0.0141384;RO=52;SAF=42;SAR=14;SRF=48;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230384;STB=0.624963;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00690365;OID=.;OPOS=89988504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:52:56:56:0.518519:14:42:48:4:14:42:48:4 chr5 89989779 . G A 1164.72 PASS AF=0.554455;AO=111;DP=198;FAO=112;FDP=202;FR=.;FRO=90;FSAF=68;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0246241;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0704;QD=23.0637;RBI=0.0559492;REFB=-0.0315355;REVB=-0.0502391;RO=85;SAF=67;SAR=44;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089311;STB=0.573569;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0428303;OID=.;OPOS=89989779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:202:85:90:111:112:0.554455:44:67:42:43:44:68:40:50 chr5 89990324 . A G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0220526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.72;QD=23.0879;RBI=0.0397169;REFB=-0.0213259;REVB=0.033032;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157175;STB=0.588152;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0195596;OID=.;OPOS=89990324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:15:7:9:9:15:7:9:9 chr5 90020923 . T G 457.33 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.00392561;FXX=0.045798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.501;QD=14.6346;RBI=0.0138776;REFB=-0.012969;REVB=0.0133108;RO=69;SAF=19;SAR=32;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819256;STB=0.537181;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0170018;OID=.;OPOS=90020923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:74:51:51:0.408:32:19:31:38:32:19:32:42 chr5 90024735 . G A 647.08 PASS AF=0.478261;AO=63;DP=135;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00503274;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.005;QD=18.756;RBI=0.00504468;REFB=-0.016679;REVB=0.000346878;RO=68;SAF=22;SAR=41;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133746;STB=0.566509;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0187121;OID=.;OPOS=90024735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:68:72:63:66:0.478261:41:22:33:35:42:24:35:37 chr5 90052289 . G A 295.61 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0534029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0075;QD=17.9156;RBI=0.05367;REFB=-0.0156322;REVB=0.00534803;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877416;STB=0.549102;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0185317;OID=.;OPOS=90052289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:19:13:17:17:19:13:17:17 chr5 90052372 . C T 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00778331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.144;QD=21.8824;RBI=0.0106509;REFB=-0.0120399;REVB=-0.00727062;RO=27;SAF=9;SAR=25;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25745;STB=0.642998;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0089702;OID=.;OPOS=90052372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:25:9:15:12:25:9:15:12 chr5 90107108 . A G 1554.68 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.676;QD=63.4563;RBI=0.0605978;REFB=0;REVB=0.0477056;RO=0;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98373e-05;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:98:0:0:93:98:1:59:34:0:0:64:34:0:0 chr5 90119324 . G A 1324.88 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00871527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.104;QD=60.914;RBI=0.0101022;REFB=-0.0431643;REVB=0.00510863;RO=1;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853734;STB=0.504503;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-3.36423e-06;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:55:31:0:1:55:31:0:1 chr5 90151589 . G A 603.96 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.00320745;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.299;QD=18.7275;RBI=0.0109769;REFB=-0.00110167;REVB=-0.0104979;RO=64;SAF=26;SAR=36;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422002;STB=0.508751;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00108855;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:64:67:62:62:0.48062:36:26:24:40:36:26:27:40 chr5 93731985 . A G 2335.25 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168526;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.011;QD=63.9796;RBI=0.0194248;REFB=0;REVB=0.0096598;RO=2;SAF=67;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000908769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63805e-05;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:2:0:144:146:1:77:67:1:1:78:68:0:0 chr5 93752765 . T C 78.48 PASS AF=0.434783;AO=11;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0135279;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2225;QD=13.6483;RBI=0.0451386;REFB=-0.0143463;REVB=0.0430637;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140078;STB=0.608488;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0198802;OID=.;OPOS=93752765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:23:13:13:11:10:0.434783:5:6:9:4:5:5:9:4 chr5 93752874 . C T 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0152876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.322;QD=18.482;RBI=0.0159002;REFB=-0.00903869;REVB=-0.00437093;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204864;STB=0.603026;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0173996;OID=.;OPOS=93752874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:8:11:7:13:8:11:8:13 chr5 93812885 . C T 500.8 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0538712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7458;QD=21.7739;RBI=0.0540013;REFB=-0.0210172;REVB=0.00374641;RO=44;SAF=26;SAR=22;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164971;STB=0.509104;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0140386;OID=.;OPOS=93812885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:22:26:23:21:22:26:23:21 chr5 93987532 . C A 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00912359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.147;QD=11.3238;RBI=0.00956857;REFB=-0.016848;REVB=-0.00288405;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706754;STB=0.540948;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.020998;OID=.;OPOS=93987532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:12:11:17:24:12:11:17:24 chr5 94050487 . T A 202.11 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0178625;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3861;QD=11.8888;RBI=0.037546;REFB=0.0140416;REVB=-0.0330247;RO=43;SAF=16;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119628;STB=0.569269;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.0266511;OID=.;OPOS=94050487;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:43:43:25:25:0.367647:9:16:23:20:9:16:23:20 chr5 94230358 . C T 341.51 PASS AF=0.365217;AO=42;DP=115;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.00943973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.255;QD=11.8784;RBI=0.0236816;REFB=-0.00277426;REVB=-0.0217188;RO=71;SAF=28;SAR=14;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895653;STB=0.544282;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00475172;OID=.;OPOS=94230358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:73:42:42:0.365217:14:28:42:29:14:28:44:29 chr5 94278129 . T C 260.22 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146839;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9738;QD=52.0437;RBI=0.0342256;REFB=0;REVB=0.0309156;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170901;OID=.;OPOS=94278129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr5 94772540 . C T 801.86 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0595085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2631;QD=55.3005;RBI=0.0978489;REFB=-0.0357248;REVB=-0.0776734;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.509431;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000700629;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:31:25:1:0:31:26:1:0 chr5 95084131 . G A 481.89 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=114;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0181656;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.679;QD=16.7614;RBI=0.0206064;REFB=-0.0323163;REVB=-0.0097281;RO=62;SAF=22;SAR=30;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361934;STB=0.525881;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0318061;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:62:62:52:53:0.46087:30:22:24:38:30:23:24:38 chr5 95091194 . C T 523.84 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00543395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.887;QD=19.9559;RBI=0.00981283;REFB=0.0110094;REVB=0.00817092;RO=51;SAF=27;SAR=27;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09504;STB=0.552362;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00961719;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:27:27:20:31:27:27:20:31 chr5 95091201 . A G 579.79 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00586788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.93;QD=20.3436;RBI=0.0128946;REFB=-0.00267059;REVB=-0.0114821;RO=55;SAF=29;SAR=30;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964096;STB=0.553022;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00319331;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:30:29:21:34:30:29:21:34 chr5 95194571 . T C 1396.35 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5033;QD=62.7574;RBI=0.0737175;REFB=0;REVB=-0.0727403;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000489991;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:44:44:0:0:44:45:0:0 chr5 95194593 . G T 357.61 PASS AF=0.481013;AO=36;DP=77;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0156896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.314;QD=18.1068;RBI=0.0190021;REFB=-0.0104192;REVB=-0.0107199;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084267;STB=0.558851;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.012311;OID=.;OPOS=95194593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:41:41:36:38:0.481013:19:17:23:18:21:17:23:18 chr5 95222277 . C T 346.51 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0193627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.545;QD=26.6544;RBI=0.0625663;REFB=-0.00897404;REVB=-0.0594947;RO=19;SAF=14;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688371;STB=0.537713;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00546361;OID=.;OPOS=95222277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:19:14:10:9:19:14:10:9 chr5 95234350 . A G 39.02 PASS AF=0.15;AO=5;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0151588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.987;QD=3.90157;RBI=0.0338201;REFB=-0.00938882;REVB=-0.0302326;RO=32;SAF=4;SAR=1;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331143;STB=0.617779;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0631512;OID=.;OPOS=95234350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:40:40:32:32:5:6:0.15:1:4:17:15:2:4:17:15 chr5 95234377 . C T 79.82 PASS AF=0.25;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0161705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0159;QD=7.25644;RBI=0.128078;REFB=0.00233952;REVB=-0.127053;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182126;STB=0.656861;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0152148;OID=.;OPOS=95234377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:43:44:29:33:11:11:0.25:4:7:14:15:4:7:14:19 chr5 95234392 . A C 64.05 PASS AF=0.2;AO=9;DP=52;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0230574;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.392;QD=5.12395;RBI=0.0283323;REFB=-0.00934959;REVB=-0.0164644;RO=40;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427354;STB=0.805249;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.014589;OID=.;OPOS=95234392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:52:50:40:40:9:10:0.2:3:6:12:28:3:7:11:29 chr5 95236415 . G A 83.42 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.058837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.555;QD=9.81459;RBI=0.0590258;REFB=0.00446794;REVB=-0.00471798;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527786;STB=0.811111;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0356802;OID=.;OPOS=95236415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:3:8:5:18:3:8:5:18 chr5 95236459 . C T 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00908536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.966;QD=12.0244;RBI=0.0185704;REFB=-0.0227789;REVB=-0.0161962;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34254;STB=0.6997;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0236813;OID=.;OPOS=95236459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:5:15:5:7:5:15 chr5 95728898 . C G 337.03 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=94;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00429336;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2395;QD=14.4961;RBI=0.024338;REFB=-0.0172479;REVB=-0.0239563;RO=56;SAF=22;SAR=14;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243787;STB=0.503309;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0228198;OID=.;OPOS=95728898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:56:56:36:37:0.397849:14:22:33:23:15:22:33:23 chr5 95728974 . G C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.000496237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.347;QD=15.6508;RBI=0.0268595;REFB=-0.0166839;REVB=-0.0268549;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889544;STB=0.55096;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0206305;OID=.;OPOS=95728974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:16:5:5:11:16:5 chr5 95733112 . A G 300.31 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.000846329;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.876;QD=16.2329;RBI=0.0118568;REFB=-0.0165239;REVB=0.0118266;RO=40;SAF=11;SAR=22;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146234;STB=0.576875;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0120792;OID=.;OPOS=95733112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:41:33:33:0.445946:22:11:19:21:22:11:19:22 chr5 95865526 . G A 784.92 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8005;QD=57.085;RBI=0.0521524;REFB=0;REVB=0.0305817;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857754;OID=.;OPOS=95865526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr5 96079387 . C T 395.4 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00859338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7402;QD=34.3823;RBI=0.0225063;REFB=-0.0262907;REVB=-0.0208011;RO=13;SAF=5;SAR=27;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707181;STB=0.531999;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0105968;OID=.;OPOS=96079387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:13:14:32:32:0.695652:27:5:3:10:27:5:3:11 chr5 96079402 . C T 367.32 PASS AF=0.697674;AO=29;DP=45;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0282826;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.357;QD=34.1697;RBI=0.028483;REFB=-0.0402819;REVB=-0.00337245;RO=13;SAF=5;SAR=24;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554172;STB=0.53331;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0152699;OID=.;OPOS=96079402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:13:13:29:30:0.697674:24:5:3:10:25:5:3:10 chr5 96093222 . G A 494.47 PASS AF=0.358824;AO=59;DP=168;FAO=61;FDP=170;FR=.;FRO=109;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=-0.011638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8631;QD=11.6345;RBI=0.0230249;REFB=-0.0207605;REVB=0.0198671;RO=109;SAF=29;SAR=30;SRF=64;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108523;STB=0.561012;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0295186;OID=.;OPOS=96093222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:109:109:59:61:0.358824:30:29:64:45:31:30:64:45 chr5 96118852 . G C 369.57 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.00323491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6598;QD=19.7105;RBI=0.00345476;REFB=-0.0127888;REVB=-0.00121273;RO=37;SAF=32;SAR=6;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901086;STB=0.55034;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0145232;OID=.;OPOS=96118852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:6:32:29:8:6:32:29:8 chr5 96121524 . C T 391.62 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.035593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.045;QD=22.0633;RBI=0.0424068;REFB=-0.0396175;REVB=-0.0230538;RO=32;SAF=26;SAR=13;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07907;STB=0.543457;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0289342;OID=.;OPOS=96121524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:13:26:24:8:13:26:24:8 chr5 96122260 . T G 281.23 PASS AF=0.492063;AO=29;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.000553458;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.429;QD=17.8556;RBI=0.00541423;REFB=-0.00725355;REVB=0.00538587;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031042;STB=0.523599;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00786629;OID=.;OPOS=96122260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:32:29:31:0.492063:13:16:15:14:15:16:18:14 chr5 96124330 . T C 566.99 PASS AF=0.4;AO=65;DP=163;FAO=66;FDP=165;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=60;FSRR=39;FWDB=-0.0029265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3503;QD=13.7453;RBI=0.0584046;REFB=-0.00908035;REVB=0.0583312;RO=98;SAF=33;SAR=32;SRF=60;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112063;STB=0.563617;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0238895;OID=.;OPOS=96124330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:98:99:65:66:0.4:32:33:60:38:33:33:60:39 chr5 96126308 . A G 461.45 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0324429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.634;QD=18.6444;RBI=0.0330148;REFB=-0.0317608;REVB=-0.00611844;RO=52;SAF=22;SAR=24;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528138;STB=0.533966;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0362236;OID=.;OPOS=96126308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:53:46:46:0.464646:24:22:22:30:24:22:22:31 chr5 96129512 . A G 539.16 PASS AF=0.471074;AO=56;DP=120;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00802773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.963;QD=17.8234;RBI=0.0080305;REFB=-0.00862377;REVB=0.000210955;RO=64;SAF=21;SAR=35;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138144;STB=0.580097;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00865367;OID=.;OPOS=96129512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:64:64:56:57:0.471074:35:21:33:31:36:21:33:31 chr5 96130769 . T G 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00673523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.069;QD=16.8094;RBI=0.021555;REFB=-0.017861;REVB=0.0204757;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648231;STB=0.536383;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.026848;OID=.;OPOS=96130769;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:19:16:22:20:19:16:22:20 chr5 96139250 . C G 396.51 PASS AF=0.40678;AO=43;DP=113;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0037406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.58;QD=13.4412;RBI=0.00379552;REFB=-0.0104526;REVB=-0.000643327;RO=65;SAF=17;SAR=26;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556382;STB=0.524485;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0119333;OID=.;OPOS=96139250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:118:65:70:43:48:0.40678:26:17:29:36:28:20:32:38 chr5 96139464 . C T 740.77 PASS AF=0.510638;AO=72;DP=141;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.00836133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.923;QD=21.0146;RBI=0.012767;REFB=-0.0159737;REVB=0.00964807;RO=65;SAF=28;SAR=44;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100759;STB=0.523373;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0152164;OID=.;OPOS=96139464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:65:69:72:72:0.510638:44:28:26:39:44:28:30:39 chr5 96231000 . G T 2646.53 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.02;QD=61.5472;RBI=0.0144976;REFB=-0.0666078;REVB=-0.0140877;RO=1;SAF=92;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514568;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66943e-05;OID=.;OPOS=96231000;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:172:172:1:0:171:172:1:79:92:1:0:79:93:0:0 chr5 96232142 . T A 1434.4 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.056;QD=63.0507;RBI=0.0679412;REFB=0;REVB=-0.00990275;RO=0;SAF=12;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.5076e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78337e-05;OID=.;OPOS=96232142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:79:12:0:0:79:12:0:0 chr5 96235896 . A G 563.14 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00455208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.973;QD=57.7578;RBI=0.0313543;REFB=-0.170374;REVB=0.0310221;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00138076;OID=.;OPOS=96235896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:0:1:20:18:0:1 chr5 96237326 . G A 1587.47 PASS AF=0.964602;AO=109;DP=113;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0257122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.55;QD=56.1937;RBI=0.0658618;REFB=0.0916215;REVB=0.0606355;RO=4;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357808;STB=0.518864;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0028105;OID=.;OPOS=96237326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:113:4:4:109:109:0.964602:51:58:0:4:51:58:0:4 chr5 96245343 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.67;QD=60.3766;RBI=0.0538362;REFB=0;REVB=-0.0536613;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104065;OID=.;OPOS=96245343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr5 96245439 . C T 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0329443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.991;QD=56.4171;RBI=0.0354872;REFB=-0.0309229;REVB=0.0131913;RO=1;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132996;STB=0.50704;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000450912;OID=.;OPOS=96245439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:35:27:0:1:35:27:0:1 chr5 96249115 . C T 1268.1 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047877;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.446;QD=61.8583;RBI=0.00523265;REFB=0;REVB=-0.00211151;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13831e-05;OID=.;OPOS=96249115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:83:82:1:47:36:0:0:46:36:0:0 chr5 96350710 . G A 498.01 PASS AF=0.419847;AO=55;DP=131;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0152584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.668;QD=15.2065;RBI=0.0519748;REFB=-0.0178449;REVB=-0.0496847;RO=76;SAF=16;SAR=39;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192105;STB=0.608402;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0237502;OID=.;OPOS=96350710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:76:76:55:55:0.419847:39:16:35:41:39:16:35:41 chr5 96364300 . CT CA,C 96.2 PASS AF=0.034965,0.174825;AO=9,43;DP=146;FAO=5,25;FDP=143;FR=.;FRO=113;FSAF=0,4;FSAR=5,21;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=-0.0139452,-0.0596091;FXX=0.0205465;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=99.8408,13.2954;QD=2.69097;RBI=0.0610777,0.163024;REFB=-0.000426887,-0.0701772;REVB=-0.0594644,-0.151736;RO=88;SAF=0,10;SAR=9,33;SRF=45;SRR=43;SSEN=0,0.306122;SSEP=0,0;SSSB=-0.616562,-0.350846;STB=0.997738,0.776486;STBP=0.026,0.007;TYPE=snp,del;VARB=0.142192,0.0103653;OID=.,.;OPOS=96364301,96364301;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.034965,0.174825:9,43:146:5,25:143:113:0,4:5,21:51:62:55:88:0,10:9,33:45:43 chr5 96498783 . G A 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00329179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.296;QD=18.3162;RBI=0.00518532;REFB=-0.0124311;REVB=-0.00400645;RO=43;SAF=15;SAR=24;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16473;STB=0.591983;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0158162;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:24:15:24:19:24:15:24:19 chr5 96503523 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00916778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.824;QD=16.9314;RBI=0.017081;REFB=-0.0124073;REVB=-0.0144122;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00638955;OID=.;OPOS=96503523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:8:4:4:8:8:4 chr5 96511780 . C CT 135.94 PASS AF=0.323529;AO=32;DP=108;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=57;FWDB=-0.0855686;FXX=0.0377323;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.6307;QD=5.33101;RBI=0.106498;REFB=-0.011525;REVB=0.0634021;RO=73;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355925;STB=0.698226;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.00772358;OID=.;OPOS=96511781;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:32:108:33:102:69:15:18:12:57:99:73:14:18:12:61 chr5 96512865 . T A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00708335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.089;QD=57.7124;RBI=0.0591231;REFB=0;REVB=0.0586972;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83745e-05;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr5 96512871 . T A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.909;QD=58.0609;RBI=0.00854265;REFB=0;REVB=-0.00593165;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78212e-05;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr5 96513471 . G C 237.86 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0493487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3763;QD=18.2969;RBI=0.0565972;REFB=-0.0158658;REVB=-0.0277119;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966341;STB=0.561272;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0197618;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:25:26:0.5:9:16:14:12:9:17:14:12 chr5 97014421 . T C 226.01 PASS AF=0.385714;AO=24;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00841255;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.9771;QD=12.9149;RBI=0.0820164;REFB=-0.0020862;REVB=-0.0815838;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257136;STB=0.501133;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00133678;OID=.;OPOS=97014421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:43:24:27:0.385714:14:10:15:19:17:10:16:27 chr5 98131505 . A G 799.32 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0526318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.216;QD=52.4146;RBI=0.0568924;REFB=-0.123031;REVB=0.0216017;RO=1;SAF=16;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111015;STB=0.503525;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00127881;OID=.;OPOS=98131505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:61:61:1:3:58:58:0.95082:42:16:0:1:42:16:1:2 chr5 99871306 . T C 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0371412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.656;QD=18.4388;RBI=0.0375548;REFB=-0.0301462;REVB=-0.00555833;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618617;STB=0.534582;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0315329;OID=.;OPOS=99871306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:13:16:14:15:13:16:14:15 chr5 100068875 . C T 495.75 PASS AF=0.477876;AO=53;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-2.13091e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3124;QD=17.5487;RBI=0.0110624;REFB=-0.00745844;REVB=-0.0110624;RO=60;SAF=27;SAR=26;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183542;STB=0.592829;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00733238;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:59:53:54:0.477876:26:27:42:18:26:28:41:18 chr5 100145388 . A C 801.22 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5119;QD=57.2298;RBI=0.0729518;REFB=0;REVB=0.0615559;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723617;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chr5 100145662 . A AACAC 202.18 PASS AF=0.488889;AO=17;DP=64;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.0364476;FXX=0.150915;HRUN=2;LEN=4;MLLD=169.011;QD=17.9717;RBI=0.0544543;REFB=-0.0667894;REVB=0.0404579;RO=37;SAF=10;SAR=7;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400364;STB=0.705721;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.0679767;OID=.;OPOS=100145663;OREF=-;OALT=ACAC;OMAPALT=AACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488889:17:64:22:45:23:10:12:20:3:99:37:10:7:23:14 chr5 100146447 . G C,T 1984.59 PASS AF=0.0458015,0.954198;AO=6,120;DP=128;FAO=6,125;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=6,57;FSAR=0,68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380358,0.033147;FXX=0.00757518;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.33585,125.93;QD=60.5982;RBI=0.100598,0.036858;REFB=0,0;REVB=-0.0931305,-0.016118;RO=1;SAF=6,52;SAR=0,68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.00904728;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0623826,0.00070239;OID=.,.;OPOS=100146447,100146447;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:128:131:1:0:6,120:6,125:0.0458015,0.954198:0,68:6,52:1:0:0,68:6,57:0:0 chr5 101466768 . C G 445.58 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=0.0507761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2054;QD=19.5861;RBI=0.0660023;REFB=-0.0305045;REVB=0.0421674;RO=46;SAF=22;SAR=23;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268068;STB=0.647513;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0294876;OID=.;OPOS=101466768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:23:22:36:10:23:22:36:10 chr5 101575091 . C T 243.88 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0455133;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1968;QD=18.7599;RBI=0.0456141;REFB=-0.0104152;REVB=-0.00303113;RO=26;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184289;STB=0.609708;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0154745;OID=.;OPOS=101575091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:26:25:26:0.5:18:7:12:14:19:7:12:14 chr5 101638381 . G A 313.22 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00667854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.994;QD=19.5765;RBI=0.011537;REFB=0.0146878;REVB=-0.00940746;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163602;STB=0.590897;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0107793;OID=.;OPOS=101638381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:19:12:19:14:19:12 chr5 101816104 . G A 301.35 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.133615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9516;QD=25.1124;RBI=0.134772;REFB=-0.0353227;REVB=-0.0176217;RO=21;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268465;STB=0.648746;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0237069;OID=.;OPOS=101816104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:17:10:15:6:17:10:15:6 chr5 102365186 . G A 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2008;QD=58.2354;RBI=0.0202754;REFB=0;REVB=-0.00688672;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237798;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr5 102365426 . C CAG 744.85 PASS AF=0.84058;AO=57;DP=78;FAO=58;FDP=69;FR=.;FRO=11;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0181955;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.917;QD=43.1794;RBI=0.0293026;REFB=-0.0375778;REVB=0.0229688;RO=19;SAF=30;SAR=27;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245179;STB=0.509997;STBP=0.673;TYPE=ins;VARB=0.00428502;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84058:57:78:58:69:11:30:28:5:6:59:19:30:27:9:10 chr5 102512570 . C A,CA 1489.42 PASS AF=0.03,0.97;AO=5,92;DP=101;FAO=3,97;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=3,46;FSAR=0,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552238,-0.0489703;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=6.82819,25.6252;QD=59.5768;RBI=0.135283,0.10029;REFB=0,0;REVB=-0.123498,-0.0875209;RO=2;SAF=3,44;SAR=2,48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.212944,-0.0210581;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.149138,-0.00633785;OID=.,.;OPOS=102512570,102512571;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:101:100:2:0:5,92:3,97:0.03,0.97:2,48:3,44:2:0:0,51:3,46:0:0 chr5 102614327 . C T 1084.84 PASS AF=0.480519;AO=108;DP=229;FAO=111;FDP=231;FR=.;FRO=120;FSAF=40;FSAR=71;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=-0.0360099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0024;QD=18.7852;RBI=0.0566073;REFB=-0.00188797;REVB=0.043677;RO=120;SAF=38;SAR=70;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154988;STB=0.579647;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0019184;OID=.;OPOS=102614327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:231:120:120:108:111:0.480519:70:38:61:59:71:40:61:59 chr5 102891695 . A G 505.4 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0819342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.196;QD=17.7333;RBI=0.0827003;REFB=-0.0249385;REVB=0.0112308;RO=60;SAF=18;SAR=36;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118548;STB=0.566013;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0213111;OID=.;OPOS=102891695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:36:18:27:33:36:18:27:33 chr5 107197420 . G A 415.37 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0223257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7112;QD=15.2431;RBI=0.0426463;REFB=-0.02799;REVB=0.0363355;RO=62;SAF=24;SAR=23;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924194;STB=0.55181;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0336618;OID=.;OPOS=107197420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:23:24:26:36:23:24:26:36 chr5 107197502 . G A 488.11 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00419821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.181;QD=16.8312;RBI=0.0058594;REFB=-0.0243694;REVB=0.00408749;RO=61;SAF=23;SAR=30;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561048;STB=0.52319;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.030555;OID=.;OPOS=107197502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:61:63:53:53:0.456897:30:23:30:31:30:23:30:33 chr5 108227209 . CCTT C 57.8 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0199488;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=3;MLLD=266.67;QD=5.13753;RBI=0.0223475;REFB=-0.0129017;REVB=-0.0100724;RO=30;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609114;STB=0.505694;STBP=0.999;TYPE=del;VARB=0.030622;OID=.;OPOS=108227210;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:12:46:12:45:33:5:7:14:19:57:30:5:7:11:19 chr5 108436197 . C T 221.95 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.00824531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3674;QD=10.569;RBI=0.046326;REFB=-0.0198954;REVB=-0.0455864;RO=51;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12291;STB=0.595173;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0442624;OID=.;OPOS=108436197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:84:51:56:26:28:0.333333:13:13:20:31:14:14:20:36 chr5 108672755 . T A 2172.68 PASS AF=0.979021;AO=140;DP=143;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=89;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0111105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.457;QD=60.7742;RBI=0.0119173;REFB=0.0252988;REVB=0.00431041;RO=3;SAF=51;SAR=89;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271431;STB=0.514284;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-3.88218e-05;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:143:143:3:3:140:140:0.979021:89:51:3:0:89:51:3:0 chr5 108672946 . C T 155.96 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00765025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.988;QD=11.1398;RBI=0.113031;REFB=-0.0140541;REVB=-0.112771;RO=34;SAF=15;SAR=4;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163675;STB=0.586864;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0152285;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:36:19:20:0.357143:4:15:23:11:5:15:23:13 chr5 108713970 . C T 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0126549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1235;QD=15.5752;RBI=0.0553446;REFB=-0.00842159;REVB=-0.0538783;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114912;STB=0.565165;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00885423;OID=.;OPOS=108713970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:10:15:15:16:10:15:15:16 chr5 109035302 . T TAAAG 658.62 PASS AF=0.944444;AO=43;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0262642;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=4;MLLD=242.984;QD=48.7867;RBI=0.0388745;REFB=-0.0377505;REVB=0.0286604;RO=3;SAF=26;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00794253;STB=0.506605;STBP=0.729;TYPE=ins;VARB=0.000764827;OID=.;OPOS=109035303;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:43:54:51:54:3:28:23:2:1:12:3:26:17:2:1 chr5 109035496 . A G 519.84 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0758065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.623;QD=59.41;RBI=0.07698;REFB=0;REVB=0.01339;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000689135;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr5 109117171 . A G 2684.81 PASS AF=0.983146;AO=173;DP=181;FAO=175;FDP=178;FR=.;FRO=3;FSAF=122;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000241671;FXX=0.0165737;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7023;QD=60.3329;RBI=0.0545603;REFB=-0.0749313;REVB=0.0545597;RO=2;SAF=122;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018296;STB=0.51376;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000765809;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:181:178:2:3:173:175:0.983146:51:122:0:2:53:122:0:3 chr5 109181682 . A T 1508.72 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.575;QD=63.5252;RBI=0.0521053;REFB=0;REVB=0.0456027;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0671e-05;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:93:95:1:49:44:0:0:49:46:0:0 chr5 109190935 . TCTC T 2257.62 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133279;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=3;MLLD=158.349;QD=63.5949;RBI=0.0184331;REFB=0;REVB=-0.0127337;RO=0;SAF=52;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.53432e-05;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:141:142:142:142:0:52:90:0:0:12:0:52:89:0:0 chr5 109220192 . G A 290.27 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0412699;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3659;QD=16.126;RBI=0.0468666;REFB=-0.0101947;REVB=-0.0222098;RO=40;SAF=10;SAR=22;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074223;STB=0.541642;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00922931;OID=.;OPOS=109220192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:40:32:32:0.444444:22:10:10:30:22:10:10:30 chr5 109864483 . T C 784.39 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.434;QD=64.0315;RBI=0.0391543;REFB=0;REVB=0.0219331;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150888;OID=.;OPOS=109864483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr5 109960989 . A G 239.81 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00332011;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.525;QD=14.1064;RBI=0.0453013;REFB=-0.01026;REVB=0.0451794;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193856;STB=0.512811;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0453982;OID=.;OPOS=109960989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:38:40:28:28:0.411765:16:12:17:21:16:12:18:22 chr5 110096939 . G A 502.47 PASS AF=0.433071;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=-0.00754064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.992;QD=15.8258;RBI=0.00893508;REFB=-0.0043681;REVB=0.00479317;RO=72;SAF=26;SAR=29;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181427;STB=0.601214;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00600023;OID=.;OPOS=110096939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:72:72:55:55:0.433071:29:26:47:25:29:26:47:25 chr5 110784822 . A G 2307.76 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4586;QD=61.1326;RBI=0.0420367;REFB=0;REVB=-0.0161901;RO=0;SAF=69;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0193e-05;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:82:69:0:0:82:69:0:0 chr5 110819753 . G C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.616;QD=62.3509;RBI=0.0387676;REFB=0;REVB=0.0328175;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07105e-05;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr5 111065696 . C CAAAG,G 154.06 PASS AF=0.333333,0.0392157;AO=17,2;DP=52;FAO=17,2;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9,1;FSAR=8,1;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0178855,-0.0168503;FXX=0.0192271;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=261.68,124.585;QD=12.0832;RBI=0.019357,0.0174386;REFB=-0.0138626,-0.00658458;REVB=-0.00740287,-0.0044913;RO=31;SAF=9,1;SAR=8,1;SRF=12;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.155809,0.101479;STB=0.599886,0.616544;STBP=0.331,0.75;TYPE=ins,snp;VARB=0.0284241,0.0219028;OID=.,.;OPOS=111065697,111065696;OREF=-,C;OALT=AAAG,G;OMAPALT=CAAAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:31:32:17,2:17,2:0.333333,0.0392157:8,1:9,1:12:19:8,1:9,1:12:20 chr5 111065764 . C T 204.62 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0362664;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8475;QD=16.7036;RBI=0.0366148;REFB=-0.0072422;REVB=-0.00503867;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581528;STB=0.565758;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00479458;OID=.;OPOS=111065764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:23:27:22:22:0.44898:13:9:8:15:13:9:8:19 chr5 111496592 . GTTTTTG GTTTTG,GTTTTT,GTTTTTT 981.13 PASS AF=0.503067,0.392638,0;AO=29,28,32;DP=163;FAO=82,64,0;FDP=163;FR=.;FRO=17;FSAF=57,17,0;FSAR=25,47,0;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.589683,-0.0224587,-0.106143;FXX=0.0121205;HRUN=5,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=7.40187,130.12,133.371;QD=24.0768;RBI=0.598671,0.0304639,0.108457;REFB=-0.265755,-0.00403196,0.0048601;REVB=0.103353,-0.0205829,-0.0222868;RO=65;SAF=16,3,14;SAR=13,25,18;SRF=41;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0954449,-0.643665,-0.220076;STB=0.607163,0.541333,0.5;STBP=0,0.191,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.204563,-0.018665,0.015431;OID=.,.,.;OPOS=111496593,111496598,111496598;OREF=T,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTTTTG,GTTTTT,GTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.503067,0.392638,0:29,28,32:163:82,64,0:163:17:57,17,0:25,47,0:2:15:99:65:16,3,14:13,25,18:41:24 chr5 111500222 . TAAAAC T,TAAAC 150.08 PASS AF=0.612903,0;AO=17,3;DP=30;FAO=19,0;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7,0;FSAR=12,0;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00960254,0.0186859;FXX=0.0605877;HRUN=4,4;LEN=5,1;MLLD=267.72,8.17153;QD=19.3647;RBI=0.0155219,0.117236;REFB=-0.00512674,-0.182618;REVB=-0.0121951,-0.115738;RO=8;SAF=6,0;SAR=11,3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0.333333,0.333333;SSEP=0,0;SSSB=-0.013827,-0.630366;STB=0.514691,0.5;STBP=0.846,1;TYPE=del,del;VARB=0.00151466,0.0948372;OID=.,.;OPOS=111500223,111500223;OREF=AAAAC,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.612903,0:17,3:30:19,0:31:12:7,0:12,0:4:8:65:8:6,0:11,3:3:5 chr5 111500816 . C CTAAAA 591.57 PASS AF=0.488;AO=57;DP=127;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0207263;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=5;MLLD=251.756;QD=18.9302;RBI=0.0210553;REFB=-0.0115998;REVB=-0.00370798;RO=63;SAF=10;SAR=47;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504947;STB=0.784049;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.01163;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488:57:127:61:125:64:10:51:42:22:99:63:10:47:42:21 chr5 111504479 . C T 2103.72 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242041;FXX=0.0362293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.291;QD=63.2696;RBI=0.0257081;REFB=0;REVB=0.00866428;RO=0;SAF=52;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015539;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:81:52:0:0:81:52:0:0 chr5 111506069 . G A 805.75 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347559;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.663;QD=57.5535;RBI=0.0372704;REFB=0;REVB=0.0134576;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65289e-05;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr5 111519740 . T C 2240.48 PASS AF=0.986755;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0378625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.387;QD=59.3505;RBI=0.0485751;REFB=-0.0895175;REVB=0.0304298;RO=1;SAF=80;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684341;STB=0.507142;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000212303;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:1:2:149:149:0.986755:69:80:0:1:69:80:0:2 chr5 111530284 . A G 760.17 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3387;QD=63.3477;RBI=0.0470298;REFB=0;REVB=0.0340518;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655316;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr5 111545670 . C G 1571.69 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120143;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.14;QD=64.1506;RBI=0.0144741;REFB=0;REVB=-0.00807184;RO=0;SAF=33;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82574e-06;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:64:33:0:0:64:34:0:0 chr5 111611076 . A G 212.8 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0094126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.647;QD=12.3364;RBI=0.00943269;REFB=-0.00395927;REVB=-0.00061534;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804945;STB=0.548052;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00451115;OID=.;OPOS=111611076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:40:43:26:26:0.376812:15:11:14:26:15:11:15:28 chr5 112162854 . T C 452.45 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.000811426;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.323;QD=19.253;RBI=0.0139708;REFB=-0.00687182;REVB=0.0139472;RO=48;SAF=20;SAR=25;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109478;STB=0.566008;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0135479;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:48:49:45:45:0.478723:25:20:27:21:25:20:28:21 chr5 112164561 . G A 1107.22 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0217001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7523;QD=58.2747;RBI=0.043115;REFB=-0.326103;REVB=0.0372559;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.018185;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:74:75:0.986842:40:34:0:0:41:34:0:1 chr5 112175770 . G A 1108.77 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00502009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.45;QD=57.5987;RBI=0.00765975;REFB=-0.0732164;REVB=-0.00578536;RO=2;SAF=32;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367965;STB=0.501945;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00242192;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:43:32:1:1:43:32:1:1 chr5 112176325 . G A 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199653;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.999;QD=54.6368;RBI=0.0326083;REFB=-0.000459999;REVB=0.0257816;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209217;STB=0.511107;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=9.01535e-05;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:22:29:0:1:22:29:0:1 chr5 112176559 . T G 715.14 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0291391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.417;QD=57.2108;RBI=0.0300553;REFB=-0.0345162;REVB=0.00736436;RO=3;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512283;STB=0.527261;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00401778;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:26:21:0:3:26:21:0:3 chr5 112176756 . T A 906.29 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00529131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3834;QD=56.6431;RBI=0.00632266;REFB=-0.117376;REVB=0.00346094;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012593;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00147882;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:37:26:0:1:37:26:0:1 chr5 112177171 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.622;QD=50.4118;RBI=0.0162501;REFB=0;REVB=-0.0130314;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20508e-05;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr5 112179909 . C A 236.62 PASS AF=0.45;AO=28;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.000790975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.957;QD=15.7745;RBI=0.0141822;REFB=-0.00145651;REVB=-0.0141601;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930556;STB=0.571374;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00188508;OID=.;OPOS=112179909;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:33:28:27:0.45:10:18:17:14:9:18:18:15 chr5 112180257 . C T 135.75 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0198287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0598;QD=27.1502;RBI=0.0322859;REFB=0.0118474;REVB=-0.0254795;RO=6;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131226;STB=0.57366;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00743038;OID=.;OPOS=112180257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:10:4:3:3:10:4:3:3 chr5 112200098 . A G 356.56 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.049549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2005;QD=19.2737;RBI=0.0560688;REFB=-0.0169293;REVB=0.0262412;RO=36;SAF=22;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854143;STB=0.541364;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.014301;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:15:22:18:18:15:22:19:18 chr5 112203564 . T A 279.91 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00158063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.909;QD=14.1724;RBI=0.00343412;REFB=-0.00709077;REVB=0.00304874;RO=47;SAF=16;SAR=16;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122701;STB=0.569578;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0095469;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:16:16:29:18:16:16:29:18 chr5 112228670 . G A 417.11 PASS AF=0.540541;AO=14;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0123449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1417;QD=22.5462;RBI=0.0123895;REFB=-0.0826304;REVB=-0.00105001;RO=20;SAF=0;SAR=14;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.755788;STB=0.586163;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0810488;OID=.;OPOS=112228670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:20:34:14:40:0.540541:14:0:1:19:15:25:15:19 chr5 112228765 . C A 258.23 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0153784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.0075;QD=19.8639;RBI=0.0351906;REFB=-0.0534934;REVB=-0.0316525;RO=21;SAF=16;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20294;STB=0.573833;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0342204;OID=.;OPOS=112228765;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:25:27:27:0.519231:11:16:7:14:11:16:11:14 chr5 112312528 . T C 281.06 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0327713;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2375;QD=19.3837;RBI=0.0482467;REFB=-0.029826;REVB=-0.0354089;RO=29;SAF=20;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044731;STB=0.531624;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0592104;OID=.;OPOS=112312528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:28:30:30:0.517241:10:20:18:11:10:20:17:11 chr5 112312676 . T C 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.24;QD=62.7621;RBI=0.0349728;REFB=0;REVB=0.0217654;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37647e-05;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:52:37:0:0:52:37:0:0 chr5 112328377 . A G 191.04 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0638436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.568;QD=13.4061;RBI=0.0659555;REFB=-0.0027426;REVB=0.0165568;RO=34;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803373;STB=0.546272;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00312495;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:17:6:11:23:17:6:11:23 chr5 112346430 . GTGTT GTG,GTGT,G 89.74 PASS AF=0.428571,0.142857,0.428571;AO=2,2,2;DP=16;FAO=6,2,6;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,2;FSAR=6,1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.325695,0.472985,-0.0154638;FXX=0.124922;HRUN=14,14,1;LEN=2,1,4;MLLD=5.80366,3.85823,90.0759;QD=25.641;RBI=0.339019,0.503277,0.0600497;REFB=-0.00396232,-0.00270321,0.0029822;REVB=-0.0941087,-0.171969,-0.0580244;RO=1;SAF=0,0,0;SAR=2,2,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.697199,-0.697199,-0.697199;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.108705,-0.16369,-0.0441952;OID=.,.,.;OPOS=112346433,112346433,112346431;OREF=TT,T,TGTT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GTG,GTGT,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.428571,0.142857,0.428571:2,2,2:16:6,2,6:14:0:0,1,2:6,1,4:0:0:22:1:0,0,0:2,2,2:1:0 chr5 112349070 . T C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0248591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.354;QD=15.1604;RBI=0.0395813;REFB=0.000707882;REVB=-0.0308011;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172774;STB=0.509987;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00197114;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:12:10:7:9:12:10 chr5 112349379 . T C 235.76 PASS AF=0.4;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0225365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.2658;QD=13.4722;RBI=0.0228624;REFB=-0.00842444;REVB=0.00384636;RO=41;SAF=5;SAR=22;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253164;STB=0.647768;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0186888;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:41:42:27:28:0.4:22:5:15:26:23:5:15:27 chr5 112350707 . G A 266.31 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0136229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.908;QD=11.2131;RBI=0.0210748;REFB=-0.0111835;REVB=-0.01608;RO=63;SAF=15;SAR=17;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266986;STB=0.515481;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0154251;OID=.;OPOS=112350707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:63:32:32:0.336842:17:15:31:32:17:15:31:32 chr5 112355109 . GTTTC G 322.0 PASS AF=0.516854;AO=44;DP=90;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0122599;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=4;MLLD=218.589;QD=14.4717;RBI=0.0133763;REFB=0.00936607;REVB=0.00534976;RO=38;SAF=12;SAR=32;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120833;STB=0.565291;STBP=0.268;TYPE=del;VARB=-0.00834082;OID=.;OPOS=112355110;OREF=TTTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516854:44:90:46:89:43:12:34:16:27:99:38:12:32:15:23 chr5 112358131 . T C 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0235555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.828;QD=13.4591;RBI=0.0239869;REFB=-0.0105336;REVB=-0.0045284;RO=26;SAF=4;SAR=12;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489941;STB=0.783755;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0123982;OID=.;OPOS=112358131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:12:4:19:7:12:4:19:7 chr5 112379289 . G A 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.011967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.246;QD=15.2681;RBI=0.0122021;REFB=0.000864473;REVB=0.00238404;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982234;STB=0.555514;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00105931;OID=.;OPOS=112379289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:14:12:12:21:14:12:12:21 chr5 112384725 . GGTCACTGGGCA G 65.74 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.000678373;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=11;MLLD=316.841;QD=3.92463;RBI=0.0595619;REFB=-0.0173321;REVB=-0.059558;RO=37;SAF=11;SAR=5;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158698;STB=0.534839;STBP=0.772;TYPE=del;VARB=0.0545687;OID=.;OPOS=112384726;OREF=GTCACTGGGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238806:16:65:16:67:51:11:5:33:18:65:37:11:5:25:12 chr5 112384802 . G A 1030.26 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8693;QD=58.8719;RBI=0.0947448;REFB=0;REVB=0.0439501;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126415;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:34:34:0:0:35:35:0:0 chr5 112399791 . G A 475.43 PASS AF=0.408759;AO=48;DP=129;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=0.00883334;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.268;QD=13.8811;RBI=0.015074;REFB=-0.0427414;REVB=-0.0122147;RO=78;SAF=29;SAR=19;SRF=23;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327713;STB=0.632346;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0552368;OID=.;OPOS=112399791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:137:78:81:48:56:0.408759:19:29:23:55:26:30:25:56 chr5 112406862 . G A 164.23 PASS AF=0.261364;AO=22;DP=88;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.014084;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.966;QD=7.46505;RBI=0.015039;REFB=-0.00739078;REVB=0.0052739;RO=64;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126938;STB=0.585746;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0297377;OID=.;OPOS=112406862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:65:22:23:0.261364:13:9:20:44:13:10:21:44 chr5 112439941 . T C 1522.09 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5232;QD=59.6897;RBI=0.0486294;REFB=0;REVB=0.0408796;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312477;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:102:0:0:98:102:1:44:54:0:0:46:56:0:0 chr5 112479004 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.314;QD=63.8709;RBI=0.0220107;REFB=0;REVB=-0.0100494;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153204;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr5 112769541 . T C 255.15 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0224699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.316;QD=22.1868;RBI=0.0449427;REFB=-0.0287313;REVB=0.0389223;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356997;STB=0.519983;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0320034;OID=.;OPOS=112769541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:11:11:13:11:11:11 chr5 112769997 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0339991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.174;QD=15.7844;RBI=0.0403603;REFB=-0.0197199;REVB=-0.021749;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19662;STB=0.61275;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0149844;OID=.;OPOS=112769997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:5:12:7:7:5:12 chr5 112770015 . G T 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0123164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.199;QD=15.3804;RBI=0.0125238;REFB=-0.0168129;REVB=-0.00227025;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20736;STB=0.620056;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0220148;OID=.;OPOS=112770015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:5:9:5:7:5:9 chr5 112823998 . C T 683.83 PASS AF=0.441176;AO=69;DP=166;FAO=75;FDP=170;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=0.0083912;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.213;QD=16.0902;RBI=0.0166742;REFB=-0.026783;REVB=0.014409;RO=95;SAF=33;SAR=36;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595131;STB=0.555124;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0378212;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:170:95:95:69:75:0.441176:36:33:40:55:36:39:40:55 chr5 112824039 . T C 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0966063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.614;QD=63.2826;RBI=0.113899;REFB=0;REVB=0.0603348;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743848;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr5 112824045 . C T 144.44 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0781675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.836;QD=15.615;RBI=0.0798309;REFB=-0.0124031;REVB=-0.0162116;RO=21;SAF=3;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409944;STB=0.695395;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0236739;OID=.;OPOS=112824045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:12:3:12:9:12:4:12:9 chr5 112824054 . C T 54.98 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0329635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.548;QD=9.56258;RBI=0.0344704;REFB=-0.012961;REVB=-0.0100806;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169958;STB=0.604132;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0471709;OID=.;OPOS=112824054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:8:7:5:3:8:7 chr5 112824060 . C T 32.42 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00180033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3783;QD=16.2078;RBI=0.0380192;REFB=-0.00848172;REVB=-0.0379766;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.000181541;OID=.;OPOS=112824060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr5 112868693 . C A 390.63 PASS AF=0.335664;AO=47;DP=145;FAO=48;FDP=143;FR=.;FRO=95;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=67;FWDB=-0.0406212;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.012;QD=10.9267;RBI=0.0526468;REFB=-0.0127899;REVB=-0.0334904;RO=94;SAF=24;SAR=23;SRF=28;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24696;STB=0.648545;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0351845;OID=.;OPOS=112868693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:94:95:47:48:0.335664:23:24:28:66:23:25:28:67 chr5 112884728 . G A 450.45 PASS AF=0.428571;AO=50;DP=120;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.0916255;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.721;QD=15.1411;RBI=0.091999;REFB=-0.00630356;REVB=0.00828077;RO=68;SAF=15;SAR=35;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794013;STB=0.534835;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00549456;OID=.;OPOS=112884728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:68:68:50:51:0.428571:35:15:25:43:35:16:25:43 chr5 112888875 . C T 95.28 PASS AF=0.387097;AO=10;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0046949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.228;QD=12.2946;RBI=0.0181605;REFB=-0.0176382;REVB=0.0175431;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305731;STB=0.598767;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0194787;OID=.;OPOS=112888875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:31:19:19:10:12:0.387097:7:3:11:8:7:5:11:8 chr5 112888882 . A T 117.78 PASS AF=0.4;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.000182352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.659;QD=13.4606;RBI=0.0200641;REFB=-0.0175072;REVB=0.0200633;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114735;STB=0.585244;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0285039;OID=.;OPOS=112888882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:21:13:14:0.4:7:6:12:9:8:6:12:9 chr5 112889370 . G C 751.42 PASS AF=0.537313;AO=72;DP=134;FAO=72;FDP=134;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0248629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1698;QD=22.4304;RBI=0.0248638;REFB=0.00614737;REVB=0.000216742;RO=61;SAF=37;SAR=35;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322198;STB=0.521337;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00662233;OID=.;OPOS=112889370;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:61:62:72:72:0.537313:35:37:29:32:35:37:29:33 chr5 112889374 . G A 609.78 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00576816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9476;QD=18.0677;RBI=0.0152748;REFB=-0.0108381;REVB=-0.0141439;RO=72;SAF=29;SAR=34;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515484;STB=0.528613;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0143383;OID=.;OPOS=112889374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:72:63:63:0.466667:34:29:37:35:34:29:37:35 chr5 112899702 . A G 694.93 PASS AF=0.489362;AO=68;DP=141;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.0125092;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.047;QD=19.7144;RBI=0.0301948;REFB=-0.011452;REVB=0.0274817;RO=72;SAF=31;SAR=37;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07651;STB=0.538612;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0113472;OID=.;OPOS=112899702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:72:72:68:69:0.489362:37:31:27:45:38:31:27:45 chr5 112926755 . G A 221.86 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.029578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6397;QD=18.4883;RBI=0.034374;REFB=-0.0038427;REVB=-0.0175134;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08007;STB=0.545413;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00236137;OID=.;OPOS=112926755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:14:12:12:10:14:12 chr5 112929013 . T A 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00283949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7544;QD=15.1957;RBI=0.0248946;REFB=-0.0114988;REVB=-0.0247322;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096183;STB=0.555494;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0157181;OID=.;OPOS=112929013;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:12:14:8:10:12:14 chr5 112930952 . A G 155.73 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0206131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.661;QD=11.3258;RBI=0.0210783;REFB=-0.0121031;REVB=-0.00440411;RO=34;SAF=3;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513357;STB=0.768948;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0209167;OID=.;OPOS=112930952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:35:19:20:0.363636:16:3:20:14:16:4:21:14 chr5 113589389 . T A 1162.5 PASS AF=0.951807;AO=78;DP=84;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00592026;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.505;QD=56.0243;RBI=0.0217999;REFB=-0.0774037;REVB=0.0209806;RO=4;SAF=33;SAR=45;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053986;STB=0.527771;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000463409;OID=.;OPOS=113589389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:83:4:4:78:79:0.951807:45:33:4:0:45:34:4:0 chr5 113698544 . G C 355.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.52;QD=54.7177;RBI=0.0260709;REFB=0;REVB=0.0152301;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544246;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:10:16:0:0 chr5 113698631 . T C,TGCC 259.83 PASS AF=0.0909091,0.636364;AO=4,16;DP=38;FAO=3,21;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=3,16;FSAR=0,5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0458984,-0.0107997;FXX=0.0571265;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=137.695,101.747;QD=31.4945;RBI=0.048956,0.0349467;REFB=-0.0469139,-0.0714655;REVB=0.0170301,0.0332361;RO=16;SAF=4,12;SAR=0,4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.599981,0;STB=0.993821,0.555506;STBP=0.415,0.475;TYPE=snp,ins;VARB=0.0451176,0.0239311;OID=.,.;OPOS=113698631,113698632;OREF=T,-;OALT=C,GCC;OMAPALT=C,TGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:38:33:16:9:4,16:3,21:0.0909091,0.636364:0,4:4,12:12:4:0,5:3,16:8:1 chr5 113829121 . A G 888.54 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0352395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.085;QD=56.4152;RBI=0.0425191;REFB=-0.0653909;REVB=0.0237918;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00243962;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:61:62:0.984127:30:31:1:0:31:31:1:0 chr5 114460580 . C G 649.34 PASS AF=0.471429;AO=65;DP=139;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0219049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7956;QD=18.5525;RBI=0.0228221;REFB=-0.0080577;REVB=0.00640504;RO=74;SAF=39;SAR=26;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976754;STB=0.557258;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0101029;OID=.;OPOS=114460580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:74:74:65:66:0.471429:26:39:37:37:26:40:37:37 chr5 114462355 . C T 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00363285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.205;QD=17.4971;RBI=0.0136131;REFB=-0.0163705;REVB=-0.0131194;RO=46;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145437;STB=0.58134;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0176454;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:22:17:27:19:22:17:27:19 chr5 114480364 . C T 844.06 PASS AF=0.462766;AO=87;DP=188;FAO=87;FDP=188;FR=.;FRO=101;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.00278515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.695;QD=17.9587;RBI=0.0169635;REFB=-3.3734e-05;REVB=-0.0167333;RO=101;SAF=48;SAR=39;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102899;STB=0.556967;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-6.74009e-07;OID=.;OPOS=114480364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:101:101:87:87:0.462766:39:48:45:56:39:48:45:56 chr5 114858437 . G T 280.06 PASS AF=0.54717;AO=19;DP=49;FAO=29;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0115071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.213;QD=21.1365;RBI=0.0200354;REFB=-0.0112313;REVB=0.0164014;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189871;STB=0.504596;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00425618;OID=.;OPOS=114858437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:17:24:19:29:0.54717:13:6:9:8:16:13:11:13 chr5 115110090 . A C 278.01 PASS AF=0.395062;AO=31;DP=80;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0576849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8837;QD=13.7288;RBI=0.0726498;REFB=0.0173373;REVB=0.0441639;RO=49;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320104;STB=0.686456;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0188805;OID=.;OPOS=115110090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:49:49:31:32:0.395062:12:19:15:34:12:20:15:34 chr5 115249153 . G A 58.41 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00439877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.182;QD=2.62531;RBI=0.0363869;REFB=0.000214777;REVB=-0.0361201;RO=76;SAF=7;SAR=5;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103048;STB=0.577731;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00948615;OID=.;OPOS=115249153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:89:89:76:77:12:12:0.134831:5:7:38:38:5:7:38:39 chr5 115249271 . G A 386.53 PASS AF=0.31875;AO=52;DP=160;FAO=51;FDP=160;FR=.;FRO=109;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=0.0112895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0704;QD=9.66315;RBI=0.0302366;REFB=-0.00744553;REVB=0.0280499;RO=108;SAF=21;SAR=31;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113573;STB=0.557598;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0167085;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:108:109:52:51:0.31875:31:21:54:54:30:21:54:55 chr5 115298232 . G C 466.94 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0101037;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.387;QD=19.6608;RBI=0.0211713;REFB=-0.0313518;REVB=-0.0186048;RO=50;SAF=12;SAR=33;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244331;STB=0.628513;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0198202;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:49:45:46:0.484211:33:12:25:25:33:13:25:24 chr5 115298378 . C T 218.76 PASS AF=0.363636;AO=10;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0329596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.167;QD=19.8871;RBI=0.0336671;REFB=-0.0575087;REVB=0.00686558;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266518;STB=0.638925;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0861341;OID=.;OPOS=115298378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:17:10:16:0.363636:4:6:11:2:10:6:11:6 chr5 115298475 . T C 55.78 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0248381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.827;QD=10.6239;RBI=0.02707;REFB=-0.00802561;REVB=-0.0107635;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196049;STB=0.621869;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0125175;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:7:1:3:10:7:1:3:10 chr5 115298518 . A G 62.4 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00369586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4271;QD=7.80022;RBI=0.0192851;REFB=-0.017273;REVB=-0.0189276;RO=23;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395364;STB=0.757192;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0299414;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:8:1:8:15:8:1:8:15 chr5 115298977 . C T 1240.42 PASS AF=0.414414;AO=135;DP=330;FAO=138;FDP=333;FR=.;FRO=195;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=101;FSRR=94;FWDB=0.0999356;FXX=0.00299392;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.961;QD=14.9;RBI=0.122575;REFB=-0.0067221;REVB=0.070976;RO=195;SAF=73;SAR=62;SRF=101;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242142;STB=0.510745;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0104753;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:333:195:195:135:138:0.414414:62:73:101:94:64:74:101:94 chr5 115341611 . G T 858.56 PASS AF=0.491525;AO=87;DP=177;FAO=87;FDP=177;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.00285565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.099;QD=19.4025;RBI=0.00649866;REFB=-0.0209129;REVB=-0.00583762;RO=90;SAF=38;SAR=49;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079226;STB=0.543653;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0215671;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:90:90:87:87:0.491525:49:38:47:43:49:38:47:43 chr5 115341638 . G C 792.76 PASS AF=0.458564;AO=83;DP=181;FAO=83;FDP=181;FR=.;FRO=98;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.0297183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9032;QD=17.5195;RBI=0.0310069;REFB=-0.00396073;REVB=0.00884589;RO=98;SAF=35;SAR=48;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372742;STB=0.520673;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00359981;OID=.;OPOS=115341638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:98:98:83:83:0.458564:48:35:45:53:48:35:45:53 chr5 115346245 . T G 209.74 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00898763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.172;QD=11.6524;RBI=0.0138699;REFB=-0.00557937;REVB=-0.010564;RO=45;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636385;STB=0.531226;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0121509;OID=.;OPOS=115346245;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:45:46:26:26:0.361111:17:9:18:27:17:9:18:28 chr5 115362148 . A G 481.29 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0276784;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=81.9153;QD=17.3438;RBI=0.0291669;REFB=-0.00902183;REVB=-0.00919863;RO=55;SAF=29;SAR=23;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128941;STB=0.562108;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00853942;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:59:52:52:0.468468:23:29:23:32:23:29:26:33 chr5 115394626 . G A 1748.11 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124806;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.715;QD=61.3371;RBI=0.0305718;REFB=0;REVB=0.0305463;RO=0;SAF=64;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218505;OID=.;OPOS=115394626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:114:0:0:111:114:1:47:64:0:0:47:67:0:0 chr5 115428334 . G T 1694.72 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446097;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.668;QD=60.5258;RBI=0.0446101;REFB=0;REVB=-0.00020856;RO=0;SAF=46;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26328e-05;OID=.;OPOS=115428334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:66:46:0:0:66:46:0:0 chr5 115469773 . C T 1194.57 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176128;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.026;QD=61.26;RBI=0.012462;REFB=0;REVB=0.0123369;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132094;OID=.;OPOS=115469773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr5 115813726 . A G,T 1769.89 PASS AF=0.95082,0.0409836;AO=115,5;DP=123;FAO=116,5;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=61,1;FSAR=55,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0706781,0.0058514;FXX=0.00812942;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.9187,173.816;QD=58.0292;RBI=0.0759842,0.00769571;REFB=-0.135274,-0.0659222;REVB=0.0278964,-0.00499851;RO=1;SAF=60,1;SAR=55,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0078492,-0.277405;STB=0.504064,0.66592;STBP=0.501,0.243;TYPE=snp,snp;VARB=0.00559203,0.105315;OID=.,.;OPOS=115813726,115813726;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:123:122:1:1:115,5:116,5:0.95082,0.0409836:55,4:60,1:1:0:55,4:61,1:1:0 chr5 118484804 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.953;QD=64.1539;RBI=0.0500656;REFB=0;REVB=0.0144739;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185316;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:19:30:0:0 chr5 118503399 . TAAAAAAG TAAAAA,TAAAAAG 214.13 PASS AF=0,0.924528;AO=16,21;DP=56;FAO=0,49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=0,16;FSAR=0,33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0887175,-0.119548;FXX=0.0535619;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=97.0666,8.12878;QD=16.1609;RBI=0.08891,0.211611;REFB=0.00557315,0.0298929;REVB=0.00584796,0.174606;RO=12;SAF=9,5;SAR=7,16;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.302326,0.302326;SSSB=0.295298,0.0673688;STB=0.5,0.506594;STBP=1,0.814;TYPE=del,del;VARB=0,0.0492379;OID=.,.;OPOS=118503405,118503400;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.924528:16,21:56:0,49:53:4:0,16:0,33:1:3:7:12:9,5:7,16:2:10 chr5 118506603 . A C 175.17 PASS AF=0.4;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00190608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2501;QD=12.7398;RBI=0.0200187;REFB=-0.0160676;REVB=0.0199277;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195454;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0305674;OID=.;OPOS=118506603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:33:21:22:0.4:13:8:12:21:14:8:12:21 chr5 118506685 . G A 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00278578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.259;QD=14.8587;RBI=0.00386756;REFB=-0.00398394;REVB=0.00268281;RO=46;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886735;STB=0.550284;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00535283;OID=.;OPOS=118506685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:20:13:22:24:20:13:22:24 chr5 118506805 . A T 55.04 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0183572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.339;QD=7.59172;RBI=0.0218363;REFB=-0.0125511;REVB=-0.0118253;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627826;STB=0.895091;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00974622;OID=.;OPOS=118506805;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:29:29:20:21:8:8:0.275862:7:1:14:6:7:1:15:6 chr5 118691784 . T C 427.29 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.00976408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.204;QD=14.243;RBI=0.0315734;REFB=-0.00492843;REVB=-0.0300257;RO=71;SAF=25;SAR=24;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707727;STB=0.539861;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0059768;OID=.;OPOS=118691784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:49:49:0.408333:24:25:41:30:24:25:41:30 chr5 118728953 . G C 378.86 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00204143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.012;QD=29.1429;RBI=0.0155811;REFB=-0.00950365;REVB=0.0154467;RO=16;SAF=16;SAR=19;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121879;STB=0.57395;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00496835;OID=.;OPOS=118728953;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:17:35:35:0.673077:19:16:4:12:19:16:4:13 chr5 118729286 . C T 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00462514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.66;QD=14.3248;RBI=0.0181489;REFB=-0.00714553;REVB=-0.0175497;RO=38;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464335;STB=0.531893;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0113487;OID=.;OPOS=118729286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:18:10:12:26:18:10:12:27 chr5 118811533 . G A 1465.91 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106045;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.218;QD=63.7351;RBI=0.00458946;REFB=0;REVB=-0.00446526;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00972e-05;OID=.;OPOS=118811533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:92:0:0:92:92:1:56:36:0:0:56:36:0:0 chr5 118861713 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.56;QD=57.0001;RBI=0.0301491;REFB=0;REVB=0.000192199;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94566e-05;OID=.;OPOS=118861713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr5 118970342 . AGG AGA,AG 1026.87 PASS AF=0.096,0.904;AO=12,45;DP=128;FAO=12,113;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=0,47;FSAR=12,66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880054,0.765026;FXX=0.045798;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=194.79,10.6996;QD=32.86;RBI=0.0908003,0.801174;REFB=0,0;REVB=-0.0223553,0.237938;RO=64;SAF=0,6;SAR=12,39;SRF=41;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0.358629;SSSB=-0.75352,-0.58129;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0895082,0.01403;OID=.,.;OPOS=118970344,118970343;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.096,0.904:12,45:128:12,113:125:0:0,47:12,66:0:0:28:64:0,6:12,39:41:23 chr5 120021819 . G A 637.96 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358841;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.369;QD=62.2399;RBI=0.0410324;REFB=0;REVB=0.0198995;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188508;OID=.;OPOS=120021819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr5 121402406 . T C 566.1 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00868276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.067;QD=24.613;RBI=0.00868438;REFB=-0.0059437;REVB=-0.000167707;RO=39;SAF=26;SAR=26;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13068;STB=0.565193;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00458578;OID=.;OPOS=121402406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:40:52:52:0.565217:26:26:13:26:26:26:14:26 chr5 121488203 . G A 59.44 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0663467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3559;QD=15.8499;RBI=0.0663563;REFB=-0.00438801;REVB=-0.00112694;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158056;STB=0.592984;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00694861;OID=.;OPOS=121488203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:4:3:5:3:4:3 chr5 121488506 . C G 155.91 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00187067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.138;QD=15.5911;RBI=0.0263053;REFB=-0.0127766;REVB=0.0262387;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137177;STB=0.578856;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0191619;OID=.;OPOS=121488506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:9:14:8:9:9:14 chr5 121488635 . AT A 159.21 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00089563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.7835;QD=13.8445;RBI=0.111223;REFB=0.0304046;REVB=0.111219;RO=21;SAF=17;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359664;STB=0.715722;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=-0.0132055;OID=.;OPOS=121488636;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739:23:46:24:46:22:18:6:7:15:99:21:17:6:7:14 chr5 121489083 . C T 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0132309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7568;QD=16.9924;RBI=0.0907171;REFB=-0.0242591;REVB=-0.089747;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110609;STB=0.562131;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0209119;OID=.;OPOS=121489083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:14:13:18:12:14:13:18:12 chr5 121489122 . T C 219.6 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0047542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.858;QD=17.5679;RBI=0.0272016;REFB=-0.00450673;REVB=0.0267829;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138886;STB=0.604224;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00529654;OID=.;OPOS=121489122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:28:22:22:0.44:12:10:14:9:12:10:18:10 chr5 121518309 . G A 682.25 PASS AF=0.38835;AO=80;DP=205;FAO=80;FDP=206;FR=.;FRO=126;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=80;FWDB=0.00293872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.805;QD=13.2476;RBI=0.0355437;REFB=-0.0116513;REVB=-0.035422;RO=121;SAF=41;SAR=39;SRF=45;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150408;STB=0.589799;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0140057;OID=.;OPOS=121518309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:121:126:80:80:0.38835:39:41:45:76:39:41:46:80 chr5 122165470 . TACACACACACACAC T 60.86 PASS AF=0.4;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0132247;FXX=0.130378;HRUN=1;LEN=14;MLLD=303.587;QD=12.1729;RBI=0.0137596;REFB=-0.0155441;REVB=-0.00379936;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.64255;STBP=0.409;TYPE=del;VARB=0.0261782;OID=.;OPOS=122165471;OREF=ACACACACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:11:8:20:12:5:3:10:2:60:0:5:3:0:0 chr5 122165643 . C G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0165306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.67;QD=17.7317;RBI=0.0226806;REFB=-0.0157335;REVB=0.0155289;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00883899;STB=0.505045;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00932869;OID=.;OPOS=122165643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:11:8:7:10:11:8 chr5 122435627 . G A 1864.25 PASS AF=0.954198;AO=126;DP=132;FAO=125;FDP=131;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=75;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0383912;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5763;QD=56.9236;RBI=0.0488991;REFB=-0.210722;REVB=0.0302859;RO=6;SAF=51;SAR=75;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526843;STB=0.528297;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00446641;OID=.;OPOS=122435627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:132:131:6:6:126:125:0.954198:75:51:6:0:75:50:6:0 chr5 122681834 . C T 591.57 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0154386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8344;QD=20.3988;RBI=0.0341817;REFB=-0.0233937;REVB=-0.0304965;RO=56;SAF=28;SAR=32;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449214;STB=0.524733;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0212982;OID=.;OPOS=122681834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:32:28:29:27:32:28:29:27 chr5 122682348 . A G 246.84 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00795889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.6;QD=17.9517;RBI=0.0205802;REFB=-0.0149881;REVB=0.0189789;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113772;STB=0.563712;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0109243;OID=.;OPOS=122682348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:14:13:17:11:14:13:17:11 chr5 122685727 . C G 639.02 PASS AF=0.44586;AO=70;DP=157;FAO=70;FDP=157;FR=.;FRO=87;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=0.00137568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.005;QD=16.2807;RBI=0.0323248;REFB=-0.00412538;REVB=0.0322955;RO=87;SAF=43;SAR=27;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00533715;STB=0.502971;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00495755;OID=.;OPOS=122685727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:87:87:70:70:0.44586:27:43:53:34:27:43:53:34 chr5 122718736 . G C 850.06 PASS AF=0.404255;AO=95;DP=235;FAO=95;FDP=235;FR=.;FRO=140;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=64;FSRR=76;FWDB=-0.0177728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2645;QD=14.4691;RBI=0.0290829;REFB=-0.0152318;REVB=0.0230206;RO=139;SAF=57;SAR=38;SRF=64;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148895;STB=0.585598;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0244298;OID=.;OPOS=122718736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:139:140:95:95:0.404255:38:57:64:75:38:57:64:76 chr5 122727026 . G A 414.48 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00775575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.903;QD=21.8146;RBI=0.0077564;REFB=-0.0336048;REVB=-0.000100481;RO=35;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207624;STB=0.614159;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0263769;OID=.;OPOS=122727026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:22:19:25:10:22:19:25:10 chr5 122739421 . G C 339.8 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0417225;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3282;QD=23.4343;RBI=0.0421973;REFB=0.00964341;REVB=-0.00631232;RO=24;SAF=17;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138567;STB=0.580598;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00646744;OID=.;OPOS=122739421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:24:24:33:34:0.586207:16:17:8:16:16:18:8:16 chr5 122758268 . G C 1169.1 PASS AF=1;AO=62;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.674;QD=60.7322;RBI=0.109965;REFB=0;REVB=0.0207078;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584553;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:62:77:1:40:22:0:0:41:36:0:0 chr5 122950330 . G C 895.57 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3813;QD=57.7786;RBI=0.0527501;REFB=0;REVB=0.0296378;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520378;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:40:20:0:0:41:21:0:0 chr5 122950911 . G A 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.74;QD=58.2357;RBI=0.0357521;REFB=0;REVB=0.0199096;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32144e-05;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr5 122990902 . A T 975.44 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170105;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.484;QD=57.3791;RBI=0.0177116;REFB=0;REVB=-0.00493377;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122052;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:0:0:63:68:1:35:28:0:0:40:28:0:0 chr5 123973360 . T TTA 189.85 PASS AF=0.642857;AO=14;DP=68;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00355257;FXX=0.0666445;HRUN=3;LEN=2;MLLD=139.852;QD=27.1218;RBI=0.0436648;REFB=-0.15824;REVB=0.0435201;RO=49;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377531;STB=0.610988;STBP=0.136;TYPE=ins;VARB=0.0518703;OID=.;OPOS=123973361;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857:14:68:18:28:10:7:11:7:3:77:49:7:7:23:26 chr5 123984763 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0208401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.053;QD=16.1183;RBI=0.0208467;REFB=-0.0101492;REVB=-0.000526341;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066069;STB=0.538395;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00827719;OID=.;OPOS=123984763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:4:9:9:3:4:9 chr5 124686757 . G A 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.809;QD=61.3319;RBI=0.00614497;REFB=0;REVB=0.00589914;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32147e-05;OID=.;OPOS=124686757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:30:10:0:0:30:10:0:0 chr5 125696140 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=354.931;QD=62.0217;RBI=0.0202244;REFB=0;REVB=0.000306057;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60104e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr5 125828803 . A G 1508.86 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.04;QD=63.5308;RBI=0.0178819;REFB=0;REVB=0.0157156;RO=0;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94354e-06;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:58:36:0:0:59:36:0:0 chr5 125887715 . T G 202.99 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=99;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.00577705;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.381;QD=8.20153;RBI=0.00681769;REFB=0.00255647;REVB=-0.0036203;RO=69;SAF=4;SAR=23;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514187;STB=0.815081;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0114701;OID=.;OPOS=125887715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:69:72:27:27:0.272727:23:4:37:32:23:4:39:33 chr5 126171999 . T C 1105.33 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401264;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0204;QD=60.5659;RBI=0.0401654;REFB=0;REVB=-0.0017706;RO=0;SAF=21;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471572;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:52:21:0:0:52:21:0:0 chr5 126746277 . C T 832.52 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0355448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1473;QD=52.8586;RBI=0.0366053;REFB=-0.0196318;REVB=0.00874729;RO=1;SAF=20;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230088;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00633515;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:1:3:60:60:0.952381:40:20:1:0:40:20:1:2 chr5 126792974 . T A 258.34 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0119869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2316;QD=13.9643;RBI=0.0349221;REFB=-0.0178653;REVB=-0.0328004;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129206;STB=0.573428;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0320609;OID=.;OPOS=126792974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:14:16:18:26:14:16:18:26 chr5 126887569 . G A 696.39 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0228103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.75;QD=56.8481;RBI=0.0404546;REFB=-0.0228734;REVB=0.0334105;RO=2;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347981;STB=0.527261;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000594083;OID=.;OPOS=126887569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:2:3:46:46:0.938776:26:20:0:2:26:20:0:3 chr5 126890472 . C T 560.71 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119991;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1239;QD=60.6174;RBI=0.0311037;REFB=0;REVB=-0.028696;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002197;OID=.;OPOS=126890472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr5 126890541 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.733;QD=60.2278;RBI=0.101636;REFB=0;REVB=0.0179724;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420268;OID=.;OPOS=126890541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr5 126993249 . G C 717.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.114;QD=56.2634;RBI=0.0292748;REFB=0;REVB=0.0260234;RO=0;SAF=9;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585096;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:39:9:0:0:41:10:0:0 chr5 126993263 . A T 786.93 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.394;QD=55.2228;RBI=0.0218218;REFB=-0.127492;REVB=0.00218746;RO=1;SAF=13;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348843;STB=0.518512;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000232503;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:43:13:1:0:43:13:1:0 chr5 126993282 . G A 910.47 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124798;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.64;QD=56.9041;RBI=0.0125545;REFB=-0.0757305;REVB=0.00136815;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.505375;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-7.86578e-05;OID=.;OPOS=126993282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:0:1:63:63:0.984375:46:17:0:0:46:17:0:1 chr5 126993958 . C T 1272.71 PASS AF=0.934783;AO=86;DP=92;FAO=86;FDP=92;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.015218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.068;QD=55.3354;RBI=0.0187298;REFB=-0.0332017;REVB=-0.0109186;RO=6;SAF=43;SAR=43;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410971;STB=0.521734;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000227389;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:92:92:6:6:86:86:0.934783:43:43:1:5:43:43:1:5 chr5 127614472 . A G 1523.08 PASS AF=0.981132;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0291459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3753;QD=57.4747;RBI=0.0343683;REFB=-0.0940308;REVB=-0.0182125;RO=2;SAF=52;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000175443;STB=0.500181;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00122816;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:106:2:2:103:104:0.981132:51:52:1:1:51:53:1:1 chr5 127622491 . T C 1283.23 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.626;QD=61.8424;RBI=0.0181557;REFB=0;REVB=-0.00422645;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03956e-05;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr5 127685135 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.535;QD=58.6006;RBI=0.0139028;REFB=0;REVB=-0.00337148;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87108e-05;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr5 128430757 . T C 1546.74 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.238;QD=63.1321;RBI=0.038315;REFB=0;REVB=0.0309991;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185031;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:53:43:0:0:53:45:0:0 chr5 128797315 . T TCCCGGC 82.91 PASS AF=0.15625;AO=12;DP=103;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=-0.0285643;FXX=0.0857061;HRUN=3;LEN=6;MLLD=226.146;QD=3.45478;RBI=0.0358505;REFB=-0.0106501;REVB=-0.0216642;RO=76;SAF=5;SAR=7;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261761;STB=0.64551;STBP=0.285;TYPE=ins;VARB=0.0478975;OID=.;OPOS=128797316;OREF=-;OALT=CCCGGC;OMAPALT=TCCCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15625:12:103:15:96:81:7:8:52:29:82:76:5:7:48:28 chr5 128863471 . A G 766.18 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.978;QD=61.2943;RBI=0.0313564;REFB=-0.115682;REVB=0.0161337;RO=1;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136387;STB=0.507039;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000555475;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:34:14:0:1:35:14:0:1 chr5 129072943 . G T 970.9 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0449008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1451;QD=57.112;RBI=0.0465993;REFB=-0.0323291;REVB=0.0124664;RO=1;SAF=24;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019281;STB=0.510201;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000323017;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:43:24:1:0:43:24:1:0 chr5 129520679 . G A 120.88 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0113589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.002;QD=14.6517;RBI=0.0357484;REFB=-0.0193066;REVB=-0.0338957;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615432;STB=0.535664;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0232212;OID=.;OPOS=129520679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:12:7:6:8:12:7 chr5 129521126 . A G 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0124959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.87;QD=16.5041;RBI=0.0154003;REFB=0.00490363;REVB=-0.00900129;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366047;STB=0.520645;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00769373;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:12:14:15:15:12:14:15:15 chr5 129521440 . C T 754.56 PASS AF=0.416667;AO=85;DP=204;FAO=85;FDP=204;FR=.;FRO=119;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=71;FWDB=0.0011036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.256;QD=14.7952;RBI=0.00728559;REFB=-0.00733496;REVB=0.00720152;RO=119;SAF=37;SAR=48;SRF=48;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340581;STB=0.519034;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00935685;OID=.;OPOS=129521440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:119:119:85:85:0.416667:48:37:48:71:48:37:48:71 chr5 130500751 . A C 818.54 PASS AF=0.608;AO=65;DP=114;FAO=76;FDP=125;FR=.;FRO=49;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0197783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.934;QD=26.1934;RBI=0.0233997;REFB=-0.0294924;REVB=0.0125046;RO=49;SAF=41;SAR=24;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189444;STB=0.509089;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0194141;OID=.;OPOS=130500751;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:125:49:49:65:76:0.608:24:41:32:17:28:48:32:17 chr5 130766662 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.256;QD=57.8849;RBI=0.0118451;REFB=0;REVB=0.00368692;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40885e-05;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr5 130805475 . C T 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.737;QD=63.5781;RBI=0.0258009;REFB=0;REVB=0.0191561;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152373;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr5 131008194 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.463;QD=57.2008;RBI=0.0362;REFB=0;REVB=0.00687787;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173659;OID=.;OPOS=131008194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr5 131066725 . C A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.513;QD=60.031;RBI=0.0120086;REFB=0;REVB=0.0073415;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94851e-05;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr5 131283376 . C T 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.346;QD=60.3745;RBI=0.0234479;REFB=0;REVB=-0.00916549;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012382;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr5 131396478 . C T 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00869394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.388;QD=61.7125;RBI=0.0149309;REFB=0.120777;REVB=-0.0121387;RO=1;SAF=39;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119967;STB=0.506171;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-5.6057e-06;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:92:1:1:89:91:0.98913:50:39:1:0:51:40:1:0 chr5 131411460 . T C 1978.14 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00349242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.298;QD=60.4013;RBI=0.0404402;REFB=-0.0267667;REVB=0.0402891;RO=2;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139732;STB=0.507352;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000720248;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:2:2:129:129:0.984733:67:62:0:2:67:62:0:2 chr5 131602166 . T C 505.09 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828831;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.565;QD=59.4221;RBI=0.0501448;REFB=0;REVB=0.049455;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397214;OID=.;OPOS=131602166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr5 131607080 . A G 724.16 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0045946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5946;QD=54.6538;RBI=0.020696;REFB=-0.0491355;REVB=0.0201796;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000845265;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:1:0:25:27:1:0 chr5 131607297 . A G 463.41 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0407201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.461;QD=52.9606;RBI=0.0417943;REFB=-0.0251729;REVB=0.00941467;RO=2;SAF=11;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775742;STB=0.541641;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000813295;OID=.;OPOS=131607297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:2:2:32:33:0.942857:21:11:2:0:22:11:2:0 chr5 131607588 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.518;QD=44.6898;RBI=0.038963;REFB=0;REVB=0.0389222;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478102;OID=.;OPOS=131607588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr5 131701279 . T C 1062.36 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.313;QD=59.8515;RBI=0.0378696;REFB=0;REVB=0.0188518;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171509;OID=.;OPOS=131701279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr5 131705949 . T C 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5866;QD=57.5425;RBI=0.0349344;REFB=0;REVB=-0.0333123;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136382;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr5 131721174 . A G 2531.44 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928828;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.902;QD=61.7426;RBI=0.0178425;REFB=0;REVB=-0.0152343;RO=0;SAF=69;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194372;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:164:0:0:164:164:1:95:69:0:0:95:69:0:0 chr5 131731304 . A T 657.79 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0972217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.498;QD=59.7991;RBI=0.097731;REFB=-0.126469;REVB=0.00996426;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000428532;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:27:16:0:0:27:16:0:1 chr5 131796498 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.591;QD=51.1846;RBI=0.0316925;REFB=0;REVB=-0.00471213;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24737e-05;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr5 131818796 . TA T 30.22 PASS AF=0.230769;AO=19;DP=54;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0464697;FXX=0.0370302;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.8802;QD=2.32496;RBI=0.235358;REFB=-0.107867;REVB=-0.230725;RO=31;SAF=4;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447792;STB=0.734895;STBP=0.08;TYPE=del;VARB=0.145332;OID=.;OPOS=131818797;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:19:54:12:52:40:3:9:22:18:30:31:4:15:19:12 chr5 131819126 . C T 804.22 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.804;QD=55.4631;RBI=0.0348588;REFB=-0.155259;REVB=0.0219141;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00133079;OID=.;OPOS=131819126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:57:57:0.982759:24:33:0:1:24:33:0:1 chr5 131822055 . T C 311.98 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019935;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1544;QD=54.2572;RBI=0.0458434;REFB=0;REVB=0.0412821;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737015;OID=.;OPOS=131822055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr5 131822072 . A G 302.84 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000568627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4626;QD=52.667;RBI=0.0179461;REFB=0;REVB=0.0179371;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129703;OID=.;OPOS=131822072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:20:23:1:7:13:0:0:9:14:0:0 chr5 131822133 . T C 305.41 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.285;QD=53.114;RBI=0.0637396;REFB=0;REVB=0.0414248;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187694;OID=.;OPOS=131822133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:11:10:0:0:11:12:0:0 chr5 131822224 . T C 610.07 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.318;QD=61.0073;RBI=0.0258599;REFB=0;REVB=0.00364525;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175884;OID=.;OPOS=131822224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:22:18:0:0 chr5 131892357 . C T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1364;QD=48.7345;RBI=0.063969;REFB=0;REVB=0.0572823;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000962106;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr5 131995964 . A G 192.42 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00215058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.488;QD=16.0351;RBI=0.00702453;REFB=-0.0109303;REVB=0.00668723;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870393;STB=0.54995;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00817735;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:15:13:11:9:15:13 chr5 131996500 . A C 372.82 PASS AF=0.43956;AO=37;DP=88;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00262268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.231;QD=16.3875;RBI=0.0139759;REFB=-0.00889417;REVB=0.0137276;RO=50;SAF=22;SAR=15;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027006;STB=0.544211;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.011177;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:50:51:37:40:0.43956:15:22:31:19:18:22:32:19 chr5 132030414 . T A 619.91 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0758656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2369;QD=59.039;RBI=0.0781263;REFB=0.0309732;REVB=-0.0186584;RO=1;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164662;STB=0.508768;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0114449;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:28:13:0:1:28:13:0:1 chr5 132031972 . T C 589.23 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7313;QD=60.4342;RBI=0.0685927;REFB=0;REVB=0.0268231;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453496;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr5 132042146 . C T 1606.66 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.041;QD=64.2663;RBI=0.02702;REFB=0;REVB=0.0237294;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6118e-05;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:58:40:0:0:60:40:0:0 chr5 132098242 . A G 2179.48 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.823;QD=63.1733;RBI=0.0285132;REFB=0;REVB=-0.00894827;RO=0;SAF=61;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62246e-05;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:76:61:0:0:76:62:0:0 chr5 132099999 . A G 1877.85 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.488;QD=61.569;RBI=0.0176775;REFB=0;REVB=0.00702817;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58545e-05;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:64:58:0:0:64:58:0:0 chr5 132150948 . T G 1539.25 PASS AF=0.990566;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.207;QD=58.0851;RBI=0.0376423;REFB=-0.0369913;REVB=0.00684361;RO=1;SAF=37;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713586;STB=0.503703;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000812497;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:103:105:0.990566:66:37:0:1:67:38:0:1 chr5 132198199 . G A 214.25 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.016859;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.474;QD=17.1401;RBI=0.0177404;REFB=0.00010062;REVB=0.00552241;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716914;STB=0.540719;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00039154;OID=.;OPOS=132198199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:16:7:10:17:16:7:10:17 chr5 132918994 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.573;QD=44.6898;RBI=0.0517112;REFB=0;REVB=-0.038174;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.11506e-05;OID=.;OPOS=132918994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr5 133186592 . G A 272.16 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9917;QD=51.8406;RBI=0.0289833;REFB=0;REVB=-0.0281036;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000621983;OID=.;OPOS=133186592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:7:12:0:0:7:14:0:0 chr5 133186603 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.993;QD=51.1845;RBI=0.023288;REFB=0;REVB=-0.0137258;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8114e-05;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr5 133477802 . C T 1642.21 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.62;QD=60.2646;RBI=0.0626071;REFB=0;REVB=-0.058762;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55757e-05;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:54:54:0:0:54:55:0:0 chr5 133481467 . G A 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.723;QD=57.0312;RBI=0.0282378;REFB=-0.058752;REVB=0.00938981;RO=1;SAF=38;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122705;STB=0.506491;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0012328;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:27:38:1:0:27:38:1:0 chr5 133861426 . G T 1794.92 PASS AF=0.928571;AO=76;DP=192;FAO=182;FDP=196;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=66;FSAR=116;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0221835;FXX=0.0297015;HRUN=8;LEN=1;MLLD=14.7185;QD=36.631;RBI=0.232925;REFB=-0.101294;REVB=0.231866;RO=18;SAF=52;SAR=24;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299829;STB=0.528568;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0135882;OID=.;OPOS=133861426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:192:196:18:8:76:182:0.928571:24:52:11:7:116:66:8:0 chr5 133909475 . G A 1533.35 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573102;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9233;QD=63.8897;RBI=0.0666422;REFB=0;REVB=0.0340107;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362672;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:51:45:0:0:51:45:0:0 chr5 134193187 . T A 332.82 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.000551462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.245;QD=19.2938;RBI=0.00443129;REFB=-0.0117251;REVB=0.00439684;RO=34;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239372;STB=0.6372;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00991978;OID=.;OPOS=134193187;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:34:34:35:0.507246:22:12:21:13:23:12:21:13 chr5 134262271 . C A 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.939;QD=60.7148;RBI=0.0767526;REFB=0;REVB=0.00705207;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403241;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr5 134343661 . C T 514.37 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0157412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.046;QD=21.888;RBI=0.0157436;REFB=-0.00721746;REVB=-0.000272289;RO=44;SAF=21;SAR=28;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284244;STB=0.507737;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00663635;OID=.;OPOS=134343661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:45:49:49:0.521277:28:21:19:25:28:21:20:25 chr5 134343799 . A G 357.85 PASS AF=0.469136;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0524686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.742;QD=17.6718;RBI=0.0527479;REFB=-0.00506878;REVB=-0.00542081;RO=42;SAF=8;SAR=29;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270778;STB=0.652086;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00398438;OID=.;OPOS=134343799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:43:37:38:0.469136:29:8:19:23:30:8:19:24 chr5 134781197 . G A 911.5 PASS AF=0.472906;AO=96;DP=203;FAO=96;FDP=203;FR=.;FRO=107;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=68;FSRR=39;FWDB=-0.0120422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.782;QD=17.9607;RBI=0.0151262;REFB=-0.0177805;REVB=0.00915351;RO=107;SAF=59;SAR=37;SRF=68;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212066;STB=0.511704;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0202437;OID=.;OPOS=134781197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:107:107:96:96:0.472906:37:59:68:39:37:59:68:39 chr5 134782414 . G T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.321;QD=58.6003;RBI=0.0247897;REFB=0;REVB=0.0230352;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40415e-05;OID=.;OPOS=134782414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr5 134782450 . T A 1008.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.855;QD=59.3309;RBI=0.0677769;REFB=0;REVB=0.0561685;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489176;OID=.;OPOS=134782450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:30:38:0:0 chr5 134782510 . T C 1126.1 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0253031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.178;QD=57.7485;RBI=0.0350161;REFB=-0.106249;REVB=-0.0242049;RO=1;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141235;STB=0.514702;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000728506;OID=.;OPOS=134782510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:77:78:1:2:76:76:0.974359:33:43:0:1:33:43:0:2 chr5 134782576 . T G 1310.3 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330862;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2568;QD=60.9441;RBI=0.0475005;REFB=0;REVB=0.0340823;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29065e-05;OID=.;OPOS=134782576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:34:50:0:0:35:51:0:0 chr5 134986196 . C T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0139933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.316;QD=17.8005;RBI=0.0287963;REFB=-0.00771806;REVB=0.0251677;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188129;STB=0.607993;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00643119;OID=.;OPOS=134986196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:15:5:10:14:15:5:10:14 chr5 135178124 . T C 248.1 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.035977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6317;QD=16.2685;RBI=0.0470755;REFB=0.0134118;REVB=0.0303605;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188785;STB=0.605664;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0140218;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:15:13:9:24:15:13:9:24 chr5 135188341 . G A 1125.66 PASS AF=0.528571;AO=112;DP=210;FAO=111;FDP=210;FR=.;FRO=99;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=30;FSRR=69;FWDB=0.0156517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.725;QD=21.4411;RBI=0.0169299;REFB=-0.00627623;REVB=-0.0064533;RO=98;SAF=57;SAR=55;SRF=29;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181936;STB=0.59481;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00526896;OID=.;OPOS=135188341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:98:99:112:111:0.528571:55:57:29:69:55:56:30:69 chr5 135207382 . C T 367.91 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00286297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9048;QD=29.4325;RBI=0.00512611;REFB=-0.0404277;REVB=0.00425211;RO=19;SAF=26;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303683;STB=0.668992;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0317775;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:5:26:10:9:5:26:10:9 chr5 135231229 . A G 379.61 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0539843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8874;QD=22.0065;RBI=0.0571462;REFB=-0.00193264;REVB=0.0187454;RO=31;SAF=21;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299386;STB=0.516517;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00365113;OID=.;OPOS=135231229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:17:21:16:15:17:21:16:15 chr5 135258105 . G A 1444.36 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0099625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.587;QD=61.4623;RBI=0.0396301;REFB=0.0554233;REVB=0.0383574;RO=1;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839106;STB=0.504347;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-6.33435e-05;OID=.;OPOS=135258105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:92:93:0.989362:56:36:0:1:57:36:0:1 chr5 135276201 . AGTT A 1239.37 PASS AF=1;AO=66;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323873;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.859;QD=61.2036;RBI=0.0265751;REFB=0;REVB=0.026377;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000112221;OID=.;OPOS=135276202;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:83:81:81:0:50:31:0:0:7:0:42:24:0:0 chr5 135276314 . C T 1370.88 PASS AF=0.978261;AO=88;DP=94;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0140092;FXX=0.0315756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.229;QD=59.6034;RBI=0.0180572;REFB=0.0459512;REVB=0.0113931;RO=3;SAF=43;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00970216;STB=0.510867;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.000157891;OID=.;OPOS=135276314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:92:3:2:88:90:0.978261:45:43:1:2:45:45:0:2 chr5 135276847 . T C 2198.39 PASS AF=0.986111;AO=140;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00188579;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.357;QD=61.0665;RBI=0.0162644;REFB=-0.143178;REVB=0.0161547;RO=2;SAF=63;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00135228;STB=0.500691;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00153719;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:144:2:2:140:142:0.986111:77:63:1:1:78:64:1:1 chr5 135282630 . C T 1511.84 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022421;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.431;QD=59.875;RBI=0.0243427;REFB=0;REVB=0.00947979;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200966;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:99:101:1:44:55:0:0:45:56:0:0 chr5 135287029 . T C 1175.48 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126839;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.571;QD=61.0637;RBI=0.0143662;REFB=0;REVB=0.0067457;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4831e-05;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr5 135382989 . G C 224.78 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0132673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.275;QD=13.0307;RBI=0.0213852;REFB=-0.0105282;REVB=-0.0167721;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0080169;STB=0.51127;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0157551;OID=.;OPOS=135382989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:42:27:27:0.391304:14:13:18:20:14:13:21:21 chr5 135385259 . A G 33.7 PASS AF=0.0892857;AO=9;DP=109;FAO=10;FDP=112;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.000580029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4451;QD=1.20356;RBI=0.027989;REFB=-0.00333951;REVB=-0.0279829;RO=98;SAF=7;SAR=2;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288944;STB=0.769246;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0506351;OID=.;OPOS=135385259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:109:112:98:102:9:10:0.0892857:2:7:52:46:2:8:53:49 chr5 135399452 . T G 588.93 PASS AF=0.442857;AO=62;DP=140;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.00688091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=331.792;QD=16.8266;RBI=0.0129813;REFB=-0.00645665;REVB=-0.0110076;RO=77;SAF=35;SAR=27;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201721;STB=0.50704;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00822459;OID=.;OPOS=135399452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:77:78:62:62:0.442857:27:35:45:32:27:35:45:33 chr5 135508381 . A G 540.09 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00786359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.171;QD=19.4626;RBI=0.0206966;REFB=-0.0153686;REVB=0.0191446;RO=55;SAF=29;SAR=27;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248185;STB=0.5137;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0173308;OID=.;OPOS=135508381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:27:29:30:25:27:29:30:25 chr5 135513085 . T TC 1253.83 PASS AF=1;AO=79;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405592;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=71.888;QD=60.4256;RBI=0.0407216;REFB=0;REVB=0.00363297;RO=3;SAF=43;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854148;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000286868;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:84:83:83:0:45:38:0:0:7:3:43:36:2:1 chr5 135514055 . A G 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0203369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.158;QD=13.4957;RBI=0.0237409;REFB=-0.00495582;REVB=0.0122491;RO=43;SAF=9;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244536;STB=0.646955;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0108492;OID=.;OPOS=135514055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:44:29:29:0.39726:20:9:23:20:20:9:24:20 chr5 135517740 . T G 333.96 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00239994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.708;QD=14.2112;RBI=0.00356999;REFB=-0.0079838;REVB=-0.00264293;RO=57;SAF=9;SAR=28;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311429;STB=0.678468;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00967515;OID=.;OPOS=135517740;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:28:9:29:28:28:9:29:28 chr5 135522878 . GT TA 201.06 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0469063;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.136;QD=9.46177;RBI=0.0479333;REFB=-0.00471776;REVB=-0.00986892;RO=57;SAF=13;SAR=13;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307357;STB=0.517633;STBP=0.844;TYPE=mnp;VARB=0.0106213;OID=.;OPOS=135522878;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:57:59:26:26:0.305882:13:13:27:30:13:13:28:31 chr5 135692575 . G A 325.68 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00838425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.979;QD=24.5798;RBI=0.0396105;REFB=-0.0210628;REVB=0.038713;RO=21;SAF=9;SAR=23;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194766;STB=0.607591;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0225175;OID=.;OPOS=135692575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:23:9:11:10:23:9:11:10 chr5 136313330 . A AG 182.81 PASS AF=0.424242;AO=37;DP=98;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.1325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.9757;QD=7.38629;RBI=0.134435;REFB=0.0177077;REVB=0.0227267;RO=56;SAF=12;SAR=25;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999479;STB=0.571013;STBP=0.259;TYPE=ins;VARB=-0.0206034;OID=.;OPOS=136313331;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:37:98:42:99:57:13:29:24:33:99:56:12:25:23:33 chr5 136953577 . T C 314.74 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.697;QD=52.457;RBI=0.0387854;REFB=0;REVB=0.0373109;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59501e-05;OID=.;OPOS=136953577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:20:24:1:9:11:0:0:12:12:0:0 chr5 136954719 . T C 923.41 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00693355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.749;QD=56.825;RBI=0.0417392;REFB=-0.0324373;REVB=0.0411593;RO=1;SAF=47;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994514;STB=0.505262;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000250498;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:17:47:1:0:17:47:1:0 chr5 136955382 . TG TA,TT 1460.96 PASS AF=0.0961538,0.875;AO=11,76;DP=105;FAO=10,91;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9,48;FSAR=1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00659291,0.0172884;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.213,147.68;QD=56.1908;RBI=0.0432064,0.0369172;REFB=0,0;REVB=0.0427004,0.0326188;RO=0;SAF=10,44;SAR=1,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0295708,0.000197477;OID=.,.;OPOS=136955383,136955383;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=TA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0961538,0.875:11,76:105:10,91:104:0:9,48:1,43:0:0:26:0:10,44:1,32:0:0 chr5 136955384 . A T 47.94 PASS AF=0.12381;AO=13;DP=102;FAO=13;FDP=105;FR=.;FRO=92;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=35;FWDB=-0.02002;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.4235;QD=1.82611;RBI=0.0201319;REFB=-0.00650762;REVB=-0.00211956;RO=89;SAF=1;SAR=12;SRF=56;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.637076;STB=0.936133;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.187564;OID=.;OPOS=136955384;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:102:105:89:92:13:13:0.12381:12:1:56:33:12:1:57:35 chr5 136969793 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.387;QD=60.6101;RBI=0.0120049;REFB=0;REVB=0.00971032;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87523e-05;OID=.;OPOS=136969793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr5 137028029 . T C 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8938;QD=58.7778;RBI=0.0837753;REFB=0;REVB=0.0824347;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927938;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr5 137206560 . A C 738.68 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.015138;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8067;QD=52.763;RBI=0.0530106;REFB=-0.153454;REVB=-0.0508032;RO=2;SAF=34;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269106;STB=0.513884;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00549344;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:53:54:0.964286:19:34:2:0:19:35:2:0 chr5 137244517 . G A 1193.27 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123404;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.337;QD=61.1935;RBI=0.0126094;REFB=0;REVB=-0.00259083;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84738e-05;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr5 137259179 . T C 2604.77 PASS AF=0.994118;AO=168;DP=171;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202182;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7443;QD=61.2887;RBI=0.0204403;REFB=-0.0676213;REVB=0.00300498;RO=1;SAF=77;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614079;STB=0.503225;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000184352;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:170:1:1:168:169:0.994118:91:77:1:0:92:77:1:0 chr5 137347498 . G A 1533.58 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00913003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.23;QD=62.5953;RBI=0.0239435;REFB=-0.0668235;REVB=0.0221345;RO=1;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092091;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000208721;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:51:46:0:1:51:46:0:1 chr5 137372207 . A T 715.14 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025786;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.779;QD=57.2112;RBI=0.0533669;REFB=0;REVB=0.0467238;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387659;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:19:30:0:0:19:31:0:0 chr5 137475787 . C T 383.11 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=-0.00392221;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.996;QD=17.0272;RBI=0.0121577;REFB=-0.00833963;REVB=-0.0115077;RO=50;SAF=21;SAR=19;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280946;STB=0.656178;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0129968;OID=.;OPOS=137475787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:50:50:40:40:0.444444:19:21:12:38:19:21:12:38 chr5 137476416 . T C 1227.28 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2822;QD=61.3641;RBI=0.051845;REFB=0;REVB=0.016192;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193696;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr5 137622939 . C T 373.76 PASS AF=0.487805;AO=38;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0449562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.03;QD=18.2323;RBI=0.04624;REFB=0.00495194;REVB=0.0108201;RO=43;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974655;STB=0.585324;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00600784;OID=.;OPOS=137622939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:42:38:40:0.487805:20:18:16:27:20:20:14:28 chr5 137665323 . G A 190.96 PASS AF=0.633333;AO=17;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.021069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3463;QD=25.4618;RBI=0.0384145;REFB=-0.00888961;REVB=0.0321212;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757294;STB=0.559378;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.000854225;OID=.;OPOS=137665323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:11:11:17:19:0.633333:9:8:4:7:9:10:4:7 chr5 137708434 . C T 1749.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.082;QD=60.8497;RBI=0.0611152;REFB=0;REVB=0.0166273;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61005e-05;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:53:62:0:0:53:62:0:0 chr5 137717213 . G A 127.16 PASS AF=0.340909;AO=13;DP=42;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0156681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.067;QD=11.5601;RBI=0.0183045;REFB=-0.0159224;REVB=-0.00946396;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136854;STB=0.622598;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0271096;OID=.;OPOS=137717213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:29:29:13:15:0.340909:7:6:10:19:7:8:10:19 chr5 137717265 . G A 720.78 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.858;QD=54.3985;RBI=0.0460274;REFB=-0.0790273;REVB=-0.011307;RO=1;SAF=16;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285164;STB=0.51428;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000677281;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:35:16:1:0:35:17:1:0 chr5 137754695 . T C 1540.44 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8254;QD=59.823;RBI=0.0254513;REFB=0;REVB=-0.000946336;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57221e-05;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:55:48:0:0:55:48:0:0 chr5 137781792 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7542;QD=37.4874;RBI=0.0649243;REFB=0;REVB=0.0594317;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00600814;OID=.;OPOS=137781792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr5 137782335 . G A 397.35 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00464513;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.276;QD=20.3767;RBI=0.0183832;REFB=-0.0173434;REVB=0.0177867;RO=38;SAF=14;SAR=26;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114613;STB=0.563653;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0122805;OID=.;OPOS=137782335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:38:38:40:40:0.512821:26:14:18:20:26:14:18:20 chr5 137849394 . G GA 55.29 PASS AF=0.384615;AO=8;DP=30;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0102788;FXX=0.0370233;HRUN=0;LEN=1;MLLD=111.727;QD=8.50616;RBI=0.0215805;REFB=-0.00601134;REVB=-0.0189754;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520585;STB=0.593026;STBP=0.488;TYPE=ins;VARB=0.135587;OID=.;OPOS=137849395;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:8:30:10:26:16:7:3:9:7:55:21:5:3:14:7 chr5 137892170 . G A 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0213008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.366;QD=21.8821;RBI=0.0213806;REFB=-0.0302165;REVB=0.00184567;RO=27;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509841;STB=0.528139;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0294807;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:18:16:11:16:18:16:11:16 chr5 137902339 . T C 394.44 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.00423546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.628;QD=19.9714;RBI=0.00454081;REFB=-0.0165788;REVB=0.00163702;RO=39;SAF=14;SAR=26;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419992;STB=0.523261;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0179752;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:26:14:12:27:26:14:12:27 chr5 138268654 . ATTTTT ATTTT,ATTTTA 54.48 PASS AF=0.27027,0.0810811;AO=6,4;DP=34;FAO=10,3;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8,3;FSAR=2,0;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.242606,-0.0766354;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.99215,13.0918;QD=5.8892;RBI=0.249556,0.214731;REFB=-0.0257352,-0.0631878;REVB=0.0584851,0.20059;RO=16;SAF=6,4;SAR=0,0;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.700523,0.631565;STB=0.624724,0.995339;STBP=0.42,0.142;TYPE=del,snp;VARB=-0.0495339,-0.115661;OID=.,.;OPOS=138268655,138268659;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027,0.0810811:6,4:34:10,3:37:24:8,3:2,0:16:8:39:16:6,4:0,0:10:6 chr5 138456815 . T C 422.17 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=90;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.000443211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.395;QD=18.5569;RBI=0.00251946;REFB=-0.0437497;REVB=0.00248017;RO=48;SAF=16;SAR=26;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967446;STB=0.558593;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0422561;OID=.;OPOS=138456815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:48:48:42:43:0.472527:26:16:23:25:27:16:23:25 chr5 138705188 . C CATT 892.48 PASS AF=0.868421;AO=63;DP=78;FAO=66;FDP=76;FR=.;FRO=10;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0110231;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=3;MLLD=308.238;QD=46.9724;RBI=0.013494;REFB=-0.0118166;REVB=-0.00778334;RO=10;SAF=37;SAR=26;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750987;STB=0.5345;STBP=0.113;TYPE=ins;VARB=0.00134728;OID=.;OPOS=138705189;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.868421:63:78:66:76:10:37:29:3:7:48:10:37:26:3:7 chr5 138713959 . A C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.211;QD=56.9554;RBI=0.0395388;REFB=0;REVB=0.0359172;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025781;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr5 138720108 . C T 286.24 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0187381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6767;QD=18.1741;RBI=0.135008;REFB=-0.00329098;REVB=0.133701;RO=32;SAF=20;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501002;STB=0.528034;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00642166;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:11:20:19:13:11:20:19:13 chr5 138728483 . A G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00568996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.877;QD=17.6892;RBI=0.00667664;REFB=-0.00713007;REVB=0.00349311;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275555;STB=0.656992;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00318713;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:14:7:16:10:14:7:16:10 chr5 138728533 . C T 210.66 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0428921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3613;QD=14.0443;RBI=0.0628325;REFB=-0.00137474;REVB=0.045915;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138902;STB=0.569666;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00291106;OID=.;OPOS=138728533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:13:12:21:13:13:12:21:14 chr5 138856982 . C T 304.14 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0235901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.078;QD=17.3793;RBI=0.0236497;REFB=-0.00270778;REVB=0.00167748;RO=36;SAF=22;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844183;STB=0.556666;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00291765;OID=.;OPOS=138856982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:11:22:21:15:11:22:21:16 chr5 138857919 . T C 668.87 PASS AF=0.519685;AO=64;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0122749;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.893;QD=21.0668;RBI=0.014514;REFB=-0.0216955;REVB=0.00774488;RO=58;SAF=25;SAR=39;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420661;STB=0.525245;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0193999;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:58:61:64:66:0.519685:39:25:20:38:40:26:21:40 chr5 138857925 . C G 723.94 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0384107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.26;QD=22.105;RBI=0.0402958;REFB=-0.00306537;REVB=-0.0121806;RO=61;SAF=29;SAR=41;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620643;STB=0.533975;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00286763;OID=.;OPOS=138857925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:61:61:70:70:0.534351:41:29:21:40:41:29:21:40 chr5 138861078 . C T 272.22 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00627851;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.052;QD=23.1676;RBI=0.0165534;REFB=-0.0249859;REVB=-0.0153165;RO=22;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00175164;STB=0.500978;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202356;OID=.;OPOS=138861078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:22:25:25:0.531915:8:17:15:7:8:17:15:7 chr5 139097627 . A C 176.81 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0135346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.87;QD=13.3438;RBI=0.0175094;REFB=0.00531466;REVB=-0.0111084;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902382;STB=0.551922;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00652822;OID=.;OPOS=139097627;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:14:18:10:11:14:18 chr5 139217320 . G C 288.71 PASS AF=0.35;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.0103172;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.553;QD=11.5482;RBI=0.0121604;REFB=-0.00629183;REVB=-0.00643675;RO=65;SAF=14;SAR=21;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550098;STB=0.531628;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0121488;OID=.;OPOS=139217320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:65:65:35:35:0.35:21:14:23:42:21:14:23:42 chr5 139745154 . T C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0134157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.373;QD=12.5628;RBI=0.015337;REFB=-0.00433725;REVB=0.00743261;RO=35;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827579;STB=0.547768;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0082356;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:9:13:18:17:9:13:18:17 chr5 139936760 . G T 157.75 PASS AF=0.425;AO=18;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0328942;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4072;QD=15.7748;RBI=0.0458194;REFB=-0.0224401;REVB=0.0318965;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015833;STB=0.536039;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0297721;OID=.;OPOS=139936760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:23:18:17:0.425:6:12:15:8:5:12:15:8 chr5 139936980 . A G 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0653973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.528;QD=15.7381;RBI=0.0694269;REFB=-0.0154026;REVB=-0.0233084;RO=36;SAF=8;SAR=21;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290892;STB=0.665039;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0296601;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:21:8:20:16:21:8:20:16 chr5 139940233 . G A 619.21 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00807436;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.309;QD=27.2178;RBI=0.014224;REFB=-0.00445639;REVB=-0.0117101;RO=35;SAF=36;SAR=19;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205238;STB=0.506817;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00171604;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:35:36:55:55:0.604396:19:36:23:12:19:36:23:13 chr5 139940302 . G A 534.06 PASS AF=0.597561;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0178782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.833;QD=26.0518;RBI=0.0182392;REFB=-0.00904062;REVB=-0.00361082;RO=33;SAF=30;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280967;STB=0.51535;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00771879;OID=.;OPOS=139940302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:33:49:49:0.597561:19:30:19:14:19:30:19:14 chr5 139941228 . A G 269.47 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.8438;QD=51.3281;RBI=0.0401965;REFB=0;REVB=0.0393362;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086767;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:14:7:0:0 chr5 139948616 . T A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0174067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.895;QD=18.7442;RBI=0.0183869;REFB=-0.0365851;REVB=0.00592321;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0222958;OID=.;OPOS=139948616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:2:2:4:3:2:2 chr5 140011468 . C G 314.89 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0162604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1988;QD=15.5501;RBI=0.0174088;REFB=-0.0145667;REVB=0.00621819;RO=45;SAF=16;SAR=19;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250836;STB=0.633261;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0202167;OID=.;OPOS=140011468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:46:35:35:0.432099:19:16:32:13:19:16:32:14 chr5 140048209 . T C 487.34 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0122839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5838;QD=21.6594;RBI=0.0269192;REFB=-0.00801104;REVB=0.023953;RO=43;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176033;STB=0.509716;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00474872;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:25:22:21:22:25:22:21:22 chr5 140048267 . T C 1193.85 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237492;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.691;QD=61.2229;RBI=0.026541;REFB=0;REVB=0.0264345;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17853e-05;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:79:78:1:43:36:0:0:42:36:0:0 chr5 140048707 . A G 449.03 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=95;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0012513;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.644;QD=18.5165;RBI=0.0196818;REFB=-0.0133818;REVB=-0.019642;RO=50;SAF=28;SAR=16;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244481;STB=0.639644;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0304523;OID=.;OPOS=140048707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:50:52:44:45:0.463918:16:28:19:31:16:29:20:32 chr5 140049101 . CA C 32.21 PASS AF=0.27907;AO=14;DP=46;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0679128;FXX=0.0652032;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.59694;QD=2.99594;RBI=0.182644;REFB=-0.0350598;REVB=-0.169549;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12178;STB=0.594438;STBP=0.451;TYPE=del;VARB=-0.0954531;OID=.;OPOS=140049102;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27907:14:46:12:43:31:5:7:17:14:32:22:6:8:12:10 chr5 140052271 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00277393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.043;QD=12.8689;RBI=0.0398744;REFB=-0.0132817;REVB=-0.0397778;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565967;STB=0.533274;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0182841;OID=.;OPOS=140052271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:11:5:4:7:11:5 chr5 140075474 . C T 177.27 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.020283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0865;QD=14.4709;RBI=0.0459938;REFB=-0.0128899;REVB=-0.04128;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153015;STB=0.576843;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0168939;OID=.;OPOS=140075474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:10:9:18:11:10:9:18:12 chr5 140167463 . C T 183.03 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0229148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.001;QD=13.3111;RBI=0.0235897;REFB=-0.0227562;REVB=-0.00560226;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162886;STB=0.509361;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0357111;OID=.;OPOS=140167463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:13:9:14:19:13:9:14:19 chr5 140168070 . A G 367.74 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0115719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4877;QD=21.9547;RBI=0.0853044;REFB=-0.0381681;REVB=-0.0845158;RO=29;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434322;STB=0.514843;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0249041;OID=.;OPOS=140168070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:30:37:37:0.552239:16:21:18:11:16:21:18:12 chr5 140168151 . G T 366.39 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=65;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.03038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.202;QD=22.2056;RBI=0.0310222;REFB=-0.034635;REVB=0.00627963;RO=29;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210481;STB=0.503815;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0240443;OID=.;OPOS=140168151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:29:36:37:0.560606:14:22:17:12:15:22:17:12 chr5 140174622 . G A 321.2 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0744443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5348;QD=16.2632;RBI=0.117887;REFB=0.00713372;REVB=0.0914074;RO=44;SAF=16;SAR=19;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117554;STB=0.565918;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0061404;OID=.;OPOS=140174622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:19:16:15:29:19:16:15:29 chr5 140174865 . G C 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.030712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2719;QD=19.2111;RBI=0.0461391;REFB=0.00570395;REVB=0.0344324;RO=40;SAF=2;SAR=37;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.69042;STB=0.895188;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00801623;OID=.;OPOS=140174865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:37:2:23:17:37:2:23:17 chr5 140181734 . A G 380.53 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00388684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.5541;QD=19.5143;RBI=0.0263162;REFB=-0.016265;REVB=-0.0260276;RO=39;SAF=17;SAR=22;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160558;STB=0.589112;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0221176;OID=.;OPOS=140181734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:22:17:24:15:22:17:24:15 chr5 140181892 . T C 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.013352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.332;QD=18.902;RBI=0.0249229;REFB=-0.0109708;REVB=-0.0210446;RO=34;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105552;STB=0.558789;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0116587;OID=.;OPOS=140181892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:19:15:19:15:19:15:19:15 chr5 140182101 . G T 529.86 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0418463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.084;QD=18.1148;RBI=0.0424459;REFB=-0.00940659;REVB=0.00710886;RO=61;SAF=27;SAR=29;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682831;STB=0.537835;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00670188;OID=.;OPOS=140182101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:61:56:56:0.478632:29:27:25:36:29:27:25:36 chr5 140183058 . G A 242.26 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.018794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1432;QD=22.0234;RBI=0.0240169;REFB=-0.0219134;REVB=0.0149531;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195478;STB=0.609282;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0179867;OID=.;OPOS=140183058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:13:10:14:7:13:10:14:7 chr5 140186937 . G T 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.02272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.113;QD=19.5182;RBI=0.0337835;REFB=-0.0187194;REVB=0.0250025;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247965;STB=0.502701;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0160711;OID=.;OPOS=140186937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:16:12:10:15:16:12:11:15 chr5 140186979 . GG AA 54.66 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.020561;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=2;MLLD=87.5732;QD=8.09711;RBI=0.021192;REFB=0.0113612;REVB=0.00513306;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326369;STB=0.705344;STBP=0.188;TYPE=mnp;VARB=-0.0259025;OID=.;OPOS=140186979;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:27:19:19:8:8:0.296296:6:2:10:9:6:2:10:9 chr5 140186982 . C A 44.04 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0705708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.312;QD=6.52502;RBI=0.0730333;REFB=-0.0151288;REVB=0.018805;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227677;STB=0.666173;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0525934;OID=.;OPOS=140186982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:27:19:20:7:7:0.259259:5:2:9:10:5:2:10:10 chr5 140186984 . G A 45.14 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0223654;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.377;QD=6.68775;RBI=0.0224749;REFB=-0.00362748;REVB=-0.00221631;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257095;STB=0.666173;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00276356;OID=.;OPOS=140186984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:10:10:5:2:10:10 chr5 140186990 . G A 35.81 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0349372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0694;QD=5.50945;RBI=0.0393074;REFB=-0.0232126;REVB=0.0180128;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493865;STB=0.809726;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0445226;OID=.;OPOS=140186990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:15:20:6:6:0.230769:5:1:9:6:5:1:11:9 chr5 140187048 . G C 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0341247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.493;QD=5.37248;RBI=0.0377176;REFB=-0.0137146;REVB=-0.0160662;RO=30;SAF=1;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498304;STB=0.834893;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0477461;OID=.;OPOS=140187048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:7:1:15:15:7:1:15:15 chr5 140187061 . C G 102.62 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0192051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7272;QD=9.3289;RBI=0.109835;REFB=-0.00456604;REVB=-0.108143;RO=31;SAF=3;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384438;STB=0.734917;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00453888;OID=.;OPOS=140187061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:10:3:17:14:10:3:17:14 chr5 140187102 . A G 158.75 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0126948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.174;QD=11.5453;RBI=0.0368127;REFB=-0.0136244;REVB=-0.0345546;RO=35;SAF=5;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254082;STB=0.649324;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0269726;OID=.;OPOS=140187102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:15:5:16:19:15:5:16:19 chr5 140187322 . C T 593.68 PASS AF=0.422819;AO=63;DP=149;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0120382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.584;QD=15.9378;RBI=0.0126195;REFB=-0.00517353;REVB=0.00378601;RO=86;SAF=34;SAR=29;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886793;STB=0.549655;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0113039;OID=.;OPOS=140187322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:86:86:63:63:0.422819:29:34:39:47:29:34:39:47 chr5 140188383 . T G 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.065328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.546;QD=14.2412;RBI=0.0655843;REFB=-0.0197377;REVB=0.00579253;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110315;STB=0.5632;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0354961;OID=.;OPOS=140188383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:9:13:15:16:9:13:15:16 chr5 140188401 . A G 168.52 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0121723;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.074;QD=13.4819;RBI=0.0135888;REFB=-0.0305799;REVB=-0.00604083;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428847;STB=0.513728;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0240487;OID=.;OPOS=140188401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:10:9:13:17:10:9:14:17 chr5 140188575 . G C 625.56 PASS AF=0.625;AO=55;DP=88;FAO=55;FDP=88;FR=.;FRO=33;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0255265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9741;QD=28.4347;RBI=0.0260295;REFB=-0.0114813;REVB=-0.0050923;RO=33;SAF=34;SAR=21;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217356;STB=0.618139;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00755693;OID=.;OPOS=140188575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:33:33:55:55:0.625:21:34:10:23:21:34:10:23 chr5 140201420 . T C 281.6 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.0448852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.345;QD=17.0668;RBI=0.0456196;REFB=-0.0227221;REVB=-0.00815279;RO=35;SAF=8;SAR=23;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748938;STB=0.541807;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0305251;OID=.;OPOS=140201420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:23:8:7:28:23:8:7:28 chr5 140203432 . C T 138.14 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0026589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.414;QD=21.2518;RBI=0.0717062;REFB=-0.0599593;REVB=-0.0716569;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729992;STB=0.616272;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0211134;OID=.;OPOS=140203432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:26:6:10:13:13:0.5:7:6:2:4:7:6:2:8 chr5 140209467 . T G 183.94 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0639981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0498;QD=17.9452;RBI=0.120853;REFB=-0.00650694;REVB=-0.102516;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104821;STB=0.559524;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00127093;OID=.;OPOS=140209467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:14:8:9:10:14:8 chr5 140214381 . G A 215.07 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=96;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=-0.0355179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3804;QD=8.96116;RBI=0.0494285;REFB=-0.00204283;REVB=-0.0343753;RO=68;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234764;STB=0.637737;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00371216;OID=.;OPOS=140214381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:68:68:28:28:0.291667:13:15:23:45:13:15:23:45 chr5 140221139 . G A 274.56 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00175786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.586;QD=19.9676;RBI=0.0326844;REFB=-0.00641367;REVB=0.0326371;RO=26;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886973;STB=0.549262;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00583662;OID=.;OPOS=140221139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:16:13:9:17:16:13:9:17 chr5 140222157 . A C 366.32 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0212807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.003;QD=16.281;RBI=0.0246598;REFB=-0.0160815;REVB=-0.0124593;RO=51;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185462;STB=0.604009;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0247283;OID=.;OPOS=140222157;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:18:21:18:33:18:21:18:33 chr5 140222641 . A G 212.69 PASS AF=0.5;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0136718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.517;QD=20.2559;RBI=0.127233;REFB=-0.0257216;REVB=-0.126496;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125635;STB=0.596238;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0157996;OID=.;OPOS=140222641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:19:21:21:21:0.5:8:13:9:10:8:13:9:12 chr5 140228164 . C A 195.02 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00263401;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.834;QD=13.4494;RBI=0.0181115;REFB=-0.0274432;REVB=0.017919;RO=32;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486882;STB=0.532137;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.052491;OID=.;OPOS=140228164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:34:23:24:0.413793:9:14:18:14:10:14:18:16 chr5 140229086 . C G 425.62 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.00591264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5782;QD=15.3377;RBI=0.0769202;REFB=-0.0129445;REVB=-0.0766926;RO=59;SAF=19;SAR=29;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194323;STB=0.599808;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0178477;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:59:63:48:48:0.432432:29:19:35:24:29:19:36:27 chr5 140229368 . G C 488.03 PASS AF=0.494845;AO=47;DP=96;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0152661;FXX=0.010203;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.6529;QD=20.125;RBI=0.0154235;REFB=-0.0233887;REVB=-0.00219761;RO=49;SAF=27;SAR=20;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785525;STB=0.547806;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0287866;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:49:49:47:48:0.494845:20:27:24:25:20:28:24:25 chr5 140229526 . T G 582.39 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0190405;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.073;QD=17.3849;RBI=0.0309786;REFB=-0.0231307;REVB=-0.0244363;RO=73;SAF=30;SAR=31;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012095;STB=0.500734;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0258577;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:73:73:61:61:0.455224:31:30:35:38:31:30:36:37 chr5 140230370 . AA CC 472.83 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0120742;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=124.796;QD=21.0146;RBI=0.0139693;REFB=-0.0200625;REVB=-0.00702534;RO=42;SAF=27;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762984;STB=0.543161;STBP=0.432;TYPE=mnp;VARB=0.0168806;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:42:44:46:46:0.511111:19:27:21:21:19:27:22:22 chr5 140231237 . T C 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.087;QD=58.4158;RBI=0.0624132;REFB=0;REVB=0.0611478;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555405;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr5 140231252 . T C 298.75 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.011315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.085;QD=18.672;RBI=0.0551207;REFB=-0.0179364;REVB=0.0539469;RO=32;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19741;STB=0.610167;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0470482;OID=.;OPOS=140231252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:12:20:13:19:12:20:13:19 chr5 140232950 . G C 143.97 PASS AF=0.4;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.002368;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0092;QD=14.3971;RBI=0.0315552;REFB=0.00182771;REVB=-0.0314662;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157534;STB=0.590802;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00174762;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:24:24:16:16:0.4:7:9:17:7:7:9:17:7 chr5 140307284 . G A 1362.88 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204394;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.369;QD=62.6612;RBI=0.0206826;REFB=0;REVB=-0.00316206;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94864e-05;OID=.;OPOS=140307284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr5 140307746 . C G 601.26 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0335533;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.366;QD=58.6591;RBI=0.0356989;REFB=-0.0164967;REVB=0.0121896;RO=1;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347063;STB=0.518509;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000117195;OID=.;OPOS=140307746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:13:27:0:1:13:27:0:1 chr5 140307969 . C G 1172.14 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2049;QD=60.8903;RBI=0.0598988;REFB=0;REVB=0.00287681;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290926;OID=.;OPOS=140307969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr5 140309016 . C T 1350.58 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.98;QD=62.0954;RBI=0.0299035;REFB=0;REVB=-0.0285236;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99668e-05;OID=.;OPOS=140309016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:47:39:0:0:47:40:0:0 chr5 140309124 . G A 693.55 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0511;QD=61.649;RBI=0.0749833;REFB=0;REVB=-0.0703185;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000800518;OID=.;OPOS=140309124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:28:17:0:0 chr5 140346468 . T A 336.91 PASS AF=0.5;AO=33;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0104607;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.6;QD=19.2521;RBI=0.024734;REFB=-0.0311612;REVB=0.022413;RO=27;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133159;STB=0.593167;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.024039;OID=.;OPOS=140346468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:27:32:33:35:0.5:20:13:15:12:20:15:20:12 chr5 140346712 . T C 698.19 PASS AF=0.447059;AO=73;DP=164;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.0385953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3158;QD=16.4279;RBI=0.0587388;REFB=-0.0426357;REVB=-0.0442792;RO=90;SAF=28;SAR=45;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962626;STB=0.528061;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0424664;OID=.;OPOS=140346712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:170:90:94:73:76:0.447059:45:28:43:47:45:31:43:51 chr5 140347053 . C T 253.26 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0642961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1338;QD=19.1138;RBI=0.0681508;REFB=-0.0185349;REVB=0.0225951;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282668;STB=0.65811;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0186685;OID=.;OPOS=140347053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:18:9:17:9:18:9:17:9 chr5 140475980 . G A 100.13 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0404878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.028;QD=13.3512;RBI=0.0456329;REFB=-0.0337823;REVB=-0.02105;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218026;STB=0.529366;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0733248;OID=.;OPOS=140475980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:12:13:0.433333:8:4:6:11:9:4:6:11 chr5 140482483 . G A 746.98 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.692;QD=63.5729;RBI=0.0285411;REFB=0;REVB=0.0273747;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76233e-05;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr5 140502177 . G A 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00532939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.606;QD=22.5992;RBI=0.0148716;REFB=-0.0211873;REVB=-0.0138839;RO=20;SAF=17;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182515;STB=0.602742;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0245388;OID=.;OPOS=140502177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:6:17:11:9:6:17:11:9 chr5 140517174 . T C 214.87 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06892;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.311;QD=50.5572;RBI=0.0747743;REFB=0;REVB=0.0290041;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00313541;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:17:0:0:18:17:1:12:6:0:0:9:8:0:0 chr5 140530529 . G A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00809526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.481;QD=22.6;RBI=0.0165924;REFB=-0.00411756;REVB=-0.0144836;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176854;STB=0.607274;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0031304;OID=.;OPOS=140530529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:11:12:14:5:11:12:15:5 chr5 140531174 . GT G,GC 847.12 PASS AF=0.366667,0.633333;AO=25,34;DP=60;FAO=22,38;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20,20;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638107,0.0569603;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.593,107.581;QD=56.4749;RBI=0.0693427,0.0577971;REFB=0,0;REVB=0.0271405,-0.0097991;RO=0;SAF=24,15;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.20334e-08,4.40663e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00268403,0.0106572;OID=.,.;OPOS=140531175,140531175;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.366667,0.633333:25,34:60:22,38:60:0:20,20:2,18:0:0:97:0:24,15:1,19:0:0 chr5 140531746 . C G 110.61 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0281142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3617;QD=15.257;RBI=0.0389819;REFB=-0.0122034;REVB=-0.0270033;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366376;STB=0.521244;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0234746;OID=.;OPOS=140531746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:8:8:6:7:8:8 chr5 140532420 . C G 112.7 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0329543;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.648;QD=15.5453;RBI=0.0340621;REFB=-0.00200664;REVB=0.00861594;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367163;STB=0.701422;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00309442;OID=.;OPOS=140532420;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:15:16:13:13:0.448276:10:3:9:6:10:3:9:7 chr5 140532871 . T A 298.53 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.129966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1224;QD=23.882;RBI=0.151449;REFB=-0.0355064;REVB=-0.0777532;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690909;STB=0.538433;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0298018;OID=.;OPOS=140532871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:14:13:13:10:14:13:13:10 chr5 140536838 . C G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0225619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.675;QD=18.8205;RBI=0.0481735;REFB=-0.00848925;REVB=0.0425635;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670073;STB=0.538397;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00722082;OID=.;OPOS=140536838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:5:5:7:5:5:5 chr5 140537157 . G C 362.54 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0201473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4972;QD=32.9585;RBI=0.0279748;REFB=-0.0151853;REVB=-0.0194082;RO=14;SAF=15;SAR=15;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166799;STB=0.59085;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00687466;OID=.;OPOS=140537157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:15:15:3:11:15:15:3:11 chr5 140553581 . G C 545.63 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0123948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.22;QD=21.1894;RBI=0.0195672;REFB=-0.00603546;REVB=0.0151409;RO=47;SAF=23;SAR=32;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245469;STB=0.509219;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00707445;OID=.;OPOS=140553581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:48:55:55:0.533981:32:23:21:26:32:23:21:27 chr5 140553856 . G A 95.18 PASS AF=0.785714;AO=9;DP=13;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0161328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.686;QD=27.1955;RBI=0.0400316;REFB=-0.0714572;REVB=0.0366369;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974346;STB=0.526268;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00753815;OID=.;OPOS=140553856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:14:3:3:9:11:0.785714:4:5:1:2:6:5:1:2 chr5 140554006 . C G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00732721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.823;QD=16.4267;RBI=0.0156861;REFB=-0.0383978;REVB=0.0138696;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783488;STB=0.545372;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0330895;OID=.;OPOS=140554006;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:6:5:6:5:6:5 chr5 140554481 . G T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00155276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6054;QD=12.1823;RBI=0.00157972;REFB=0.000848926;REVB=-0.000290569;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527018;STB=0.81189;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00132193;OID=.;OPOS=140554481;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:11:4:8:2:11:4 chr5 140554606 . T C 128.68 PASS AF=0.295082;AO=20;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0795078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5039;QD=8.43787;RBI=0.0795163;REFB=-0.0134333;REVB=-0.00115686;RO=39;SAF=6;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353075;STB=0.673721;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0079927;OID=.;OPOS=140554606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:43:20:18:0.295082:14:6:24:15:12:6:25:18 chr5 140554808 . T A 577.96 PASS AF=0.462121;AO=58;DP=128;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.00465406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6729;QD=17.514;RBI=0.0300688;REFB=-0.0179268;REVB=-0.0297064;RO=67;SAF=29;SAR=29;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12253;STB=0.56971;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0189321;OID=.;OPOS=140554808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:132:67:71:58:61:0.462121:29:29:25:42:29:32:28:43 chr5 140558326 . T C 33.04 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0208201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.363;QD=2.03353;RBI=0.022773;REFB=0.00402738;REVB=-0.00922677;RO=57;SAF=6;SAR=1;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411277;STB=0.827568;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.020553;OID=.;OPOS=140558326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:57:58:7:7:0.107692:1:6:30:27:1:6:30:28 chr5 140559320 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0357322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.325;QD=21.0138;RBI=0.044805;REFB=-0.0444913;REVB=0.0270314;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270925;STB=0.653205;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0212297;OID=.;OPOS=140559320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:6:1:6:5:6:1 chr5 140559596 . T G 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.766;QD=50.8367;RBI=0.0430106;REFB=0.0770325;REVB=0.0151012;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.533306;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000526506;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:18:7:1:0:18:7:1:0 chr5 140563579 . C T 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0883677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=358.074;QD=32.352;RBI=0.0888184;REFB=-0.0296223;REVB=0.00893595;RO=2;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818657;STB=0.545377;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0107631;OID=.;OPOS=140563579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:10:1:0:2:10:1:0:2 chr5 140564048 . G C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0417138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.62;QD=12.1822;RBI=0.0417256;REFB=-0.00823427;REVB=-0.000991877;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13532;STB=0.580483;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0208153;OID=.;OPOS=140564048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:7:8:4:6:7:8 chr5 140564088 . C T 87.37 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0341869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.416;QD=13.4423;RBI=0.0361354;REFB=-0.0088913;REVB=0.0117057;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542807;STB=0.531857;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0221654;OID=.;OPOS=140564088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:9:6:5:6:9:6 chr5 140564263 . C T 181.23 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000670715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.974;QD=16.4752;RBI=0.00348096;REFB=-0.0291288;REVB=0.00341573;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137654;STB=0.578864;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0299568;OID=.;OPOS=140564263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:14:11:11:8:14:11 chr5 140565168 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.938;QD=33.4285;RBI=0.0968447;REFB=0;REVB=0.0968283;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000928929;OID=.;OPOS=140565168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr5 140567264 . G T 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0221841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.64;QD=10.2709;RBI=0.0254051;REFB=-0.00294636;REVB=-0.0123808;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148457;STB=0.588128;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00723495;OID=.;OPOS=140567264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:8:8:22:13:8:8:22:13 chr5 140567445 . A G 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00190388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.073;QD=16.4439;RBI=0.00942456;REFB=-0.00440947;REVB=0.00923025;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056272;STB=0.503223;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00567305;OID=.;OPOS=140567445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:15:12:9:11:15:12 chr5 140567608 . C T 423.11 PASS AF=0.77551;AO=19;DP=49;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0730283;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.3103;QD=34.5392;RBI=0.109222;REFB=-0.11677;REVB=-0.0812173;RO=8;SAF=6;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415736;STB=0.549106;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0417809;OID=.;OPOS=140567608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:49:49:8:11:19:38:0.77551:13:6:2:6:13:25:5:6 chr5 140568026 . T C 395.59 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00800973;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.252;QD=18.616;RBI=0.0219824;REFB=-0.0211446;REVB=0.0204712;RO=44;SAF=22;SAR=18;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828207;STB=0.552301;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0202696;OID=.;OPOS=140568026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:44:44:40:41:0.482353:18:22:28:16:19:22:28:16 chr5 140568034 . C CA 947.51 PASS AF=1;AO=78;DP=84;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889705;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1748;QD=46.7907;RBI=0.170268;REFB=0;REVB=-0.170035;RO=4;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00284438;OID=.;OPOS=140568035;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:84:81:81:0:51:30:0:0:17:4:51:27:0:4 chr5 140568998 . C T 129.6 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.019046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5258;QD=9.59999;RBI=0.0305042;REFB=-0.0151802;REVB=0.0238277;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107637;STB=0.563803;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0353029;OID=.;OPOS=140568998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:9:8:14:23:9:8:14:23 chr5 140572156 . C T 333.9 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00904866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0754;QD=21.1999;RBI=0.037853;REFB=-0.00141297;REVB=-0.0367556;RO=28;SAF=18;SAR=16;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240521;STB=0.506348;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00116621;OID=.;OPOS=140572156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:28:34:35:0.555556:16:18:14:14:17:18:14:14 chr5 140572668 . C T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0131349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9941;QD=17.9527;RBI=0.0192089;REFB=0.00138371;REVB=0.0140163;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121395;STB=0.568194;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00190096;OID=.;OPOS=140572668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:17:10:14:14:17:10:14:14 chr5 140572729 . C A 180.06 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00666846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.496;QD=23.2335;RBI=0.0102634;REFB=-0.0212724;REVB=0.0078019;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116022;STB=0.55313;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0218807;OID=.;OPOS=140572729;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:13:5:5:7:13:5:5:8 chr5 140573439 . G C 161.42 PASS AF=0.30137;AO=21;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=-0.0944712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5391;QD=8.84479;RBI=0.0984995;REFB=-0.00147776;REVB=-0.0278807;RO=52;SAF=8;SAR=13;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400273;STB=0.710887;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.000294208;OID=.;OPOS=140573439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:51:21:22:0.30137:13:8:38:14:13:9:37:14 chr5 140573442 . C G 130.7 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=-0.0013048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.701;QD=7.26132;RBI=0.00472252;REFB=-0.0103509;REVB=0.00453869;RO=52;SAF=6;SAR=13;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471825;STB=0.782877;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0278132;OID=.;OPOS=140573442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:52:53:19:19:0.263889:13:6:38:14:13:6:39:14 chr5 140573671 . C T 35.12 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.044829;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9159;QD=4.3898;RBI=0.134986;REFB=-0.0225948;REVB=0.127325;RO=27;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937647;STB=0.577511;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.109438;OID=.;OPOS=140573671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:33:32:27:26:6:6:0.1875:4:2:11:16:4:2:11:15 chr5 140575211 . G T 271.9 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0130547;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.175;QD=23.1402;RBI=0.0141551;REFB=-0.0235519;REVB=0.00547207;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106358;STB=0.536557;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0232343;OID=.;OPOS=140575211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:24:25:0.531915:13:11:7:14:14:11:8:14 chr5 140580493 . T A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0102705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=358.824;QD=21.3533;RBI=0.0184567;REFB=-0.00212155;REVB=-0.0153352;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225945;STB=0.627399;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00143482;OID=.;OPOS=140580493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:7:2:7:6:7:2 chr5 140580931 . C G 259.99 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.03407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.496;QD=31.5144;RBI=0.0417978;REFB=0.00197445;REVB=-0.0242135;RO=10;SAF=9;SAR=14;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535888;STB=0.529387;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00420966;OID=.;OPOS=140580931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:14:9:3:7:14:9:3:7 chr5 140581510 . G T 323.04 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00937424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.116;QD=19.2861;RBI=0.0328962;REFB=-0.0173585;REVB=0.0315322;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16474;STB=0.59696;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0153892;OID=.;OPOS=140581510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:33:33:34:0.507463:17:16:10:23:17:17:10:23 chr5 140594442 . A G 49.06 PASS AF=0.1;AO=13;DP=130;FAO=13;FDP=130;FR=.;FRO=117;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=-0.00585838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.628;QD=1.5094;RBI=0.0254891;REFB=-0.00332928;REVB=-0.0248067;RO=116;SAF=8;SAR=5;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167251;STB=0.622454;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.032668;OID=.;OPOS=140594442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:130:130:116:117:13:13:0.1:5:8:55:61:5:8:56:61 chr5 140605030 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2913;QD=37.4885;RBI=0.0469504;REFB=0;REVB=-0.0294742;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00473986;OID=.;OPOS=140605030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr5 140626627 . G A 75.08 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0108926;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.827;QD=9.68777;RBI=0.0156404;REFB=-0.0236165;REVB=-0.0112238;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376342;STB=0.712955;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0202325;OID=.;OPOS=140626627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:32:31:20:21:10:10:0.322581:7:3:13:7:7:3:13:8 chr5 140682958 . C A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0203353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.849;QD=17.3782;RBI=0.0238161;REFB=-0.00279204;REVB=0.0123969;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376028;STB=0.521699;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00278143;OID=.;OPOS=140682958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:5:5:5:6:5:5 chr5 140683527 . A T 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0247122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2724;QD=11.3677;RBI=0.104337;REFB=-0.0205083;REVB=-0.101368;RO=19;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198379;STB=0.620445;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0262623;OID=.;OPOS=140683527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:2:9:13:6:2:9:13:6 chr5 140683555 . A G 36.78 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.052193;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.066;QD=5.44885;RBI=0.0591675;REFB=-0.0102596;REVB=-0.0278691;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215052;STB=0.540403;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0709133;OID=.;OPOS=140683555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:27:20:21:6:6:0.222222:2:4:13:7:2:4:13:8 chr5 140699057 . G C 387.87 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0467762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1032;QD=21.2529;RBI=0.0583539;REFB=-0.00421004;REVB=-0.0348879;RO=34;SAF=28;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989664;STB=0.554884;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00241611;OID=.;OPOS=140699057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:11:28:21:13:11:28:21:13 chr5 140710705 . GT AC,AT 300.06 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=2,21;DP=23;FAO=2,21;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328702,0.0249089;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=273.32,262.453;QD=52.1841;RBI=0.00393785,0.0249379;REFB=0,0;REVB=-0.00216844,0.00120382;RO=0;SAF=2,7;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0615188,-0.00136602;OID=.,.;OPOS=140710705,140710705;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:2,21:2,21:0.0869565,0.913043:0,14:2,7:0:0:0,14:2,7:0:0 chr5 140710810 . G A 221.33 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00523018;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0682;QD=14.2793;RBI=0.00814711;REFB=-0.0159524;REVB=-0.00624664;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125516;STB=0.564467;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00571773;OID=.;OPOS=140710810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:37:36:26:26:0.419355:13:13:14:23:13:13:14:22 chr5 140712210 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.395;QD=45.8068;RBI=0.123103;REFB=0;REVB=0.119694;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184032;OID=.;OPOS=140712210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr5 140750044 . T C 2869.7 PASS AF=0.973822;AO=186;DP=191;FAO=186;FDP=191;FR=.;FRO=5;FSAF=102;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0487207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.247;QD=60.0984;RBI=0.0533678;REFB=0.0117464;REVB=0.0217811;RO=4;SAF=102;SAR=84;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022129;STB=0.509189;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000186374;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:191:191:4:5:186:186:0.973822:84:102:0:4:84:102:1:4 chr5 140762554 . C A 411.47 PASS AF=0.434343;AO=41;DP=97;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0452521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.152;QD=16.6251;RBI=0.0455336;REFB=-0.0137119;REVB=0.00505505;RO=56;SAF=17;SAR=24;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422016;STB=0.525536;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0251832;OID=.;OPOS=140762554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:56:56:41:43:0.434343:24:17:21:35:25:18:21:35 chr5 140774288 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.994;QD=56.7066;RBI=0.0273621;REFB=0;REVB=0.0254976;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200701;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr5 140800914 . C T 536.5 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00601473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.863;QD=18.9911;RBI=0.00648488;REFB=-0.00630642;REVB=-0.00242417;RO=57;SAF=30;SAR=26;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104288;STB=0.557635;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00681859;OID=.;OPOS=140800914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:26:30:24:33:26:30:24:33 chr5 140811854 . G A 192.38 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00762969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.306;QD=16.0318;RBI=0.0172862;REFB=-0.0127232;REVB=-0.0155113;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0308266;OID=.;OPOS=140811854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:28:20:20:0.416667:10:10:12:14:10:10:14:14 chr5 141014494 . T C 561.63 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=0.0103601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.519;QD=17.8295;RBI=0.0118852;REFB=-0.00957728;REVB=0.00582477;RO=67;SAF=23;SAR=36;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252424;STB=0.639911;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0155203;OID=.;OPOS=141014494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:67:59:59:0.468254:36:23:44:23:36:23:44:23 chr5 141016288 . T G 466.35 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00627722;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.293;QD=19.4313;RBI=0.00681055;REFB=-0.0208767;REVB=-0.002642;RO=50;SAF=20;SAR=26;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720991;STB=0.54002;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0246233;OID=.;OPOS=141016288;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:50:50:46:46:0.479167:26:20:18:32:26:20:18:32 chr5 141036337 . A G 611.5 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4153;QD=61.1499;RBI=0.0238945;REFB=0;REVB=-0.000698226;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215652;OID=.;OPOS=141036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr5 141059868 . T C 486.21 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000902712;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.184;QD=58.9348;RBI=0.0941614;REFB=0;REVB=0.094157;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734609;OID=.;OPOS=141059868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:34:33:1:13:21:0:0:12:21:0:0 chr5 141233804 . TG T 35.22 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0899906;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.2259;QD=8.28615;RBI=0.0901871;REFB=-0.0655678;REVB=0.00594975;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.634962;STB=0.865916;STBP=0.195;TYPE=del;VARB=0.120225;OID=.;OPOS=141233805;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:6:18:6:17:11:2:4:11:0:35:11:2:4:11:0 chr5 141242842 . G A 205.25 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0215008;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.834;QD=22.1891;RBI=0.0225017;REFB=-0.0323791;REVB=0.00663669;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810706;STB=0.54541;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0201804;OID=.;OPOS=141242842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:11:6:9:11:11:6 chr5 141243646 . A G 1076.59 PASS AF=0.539683;AO=101;DP=188;FAO=102;FDP=189;FR=.;FRO=87;FSAF=65;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.0048604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.055;QD=22.7849;RBI=0.00547639;REFB=-0.025689;REVB=-0.00252337;RO=86;SAF=64;SAR=37;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174835;STB=0.599726;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0185958;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:86:87:101:102:0.539683:37:64:37:49:37:65:37:50 chr5 141324954 . AC ACCTGCTGCTG,TG 796.76 PASS AF=0.845528,0.113821;AO=49,14;DP=127;FAO=104,14;FDP=123;FR=.;FRO=5;FSAF=87,13;FSAR=17,1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0168802,-0.0232159;FXX=0.0390594;HRUN=2,1;LEN=9,2;MLLD=117.362,170.472;QD=25.9108;RBI=0.0204216,0.036055;REFB=-0.0768769,-0.0135753;REVB=0.0114935,-0.027586;RO=53;SAF=32,13;SAR=17,1;SRF=53;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.420366,-0.612108;STB=0.503051,0.604475;STBP=0.872,0.442;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0116955,0.0414621;OID=.,.;OPOS=141324956,141324954;OREF=-,AC;OALT=CTGCTGCTG,TG;OMAPALT=ACCTGCTGCTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:62:127:123:53:5:49,14:104,14:0.845528,0.113821:17,1:32,13:53:0:17,1:87,13:4:1 chr5 141325249 . T C 1899.05 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0234045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.168;QD=60.7695;RBI=0.0305695;REFB=-0.0339633;REVB=0.0196653;RO=1;SAF=28;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166626;STB=0.508771;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00019561;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:96:28:1:0:96:28:1:0 chr5 141335241 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.323;QD=59.0187;RBI=0.0259557;REFB=0;REVB=0.0144427;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75397e-05;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr5 141335284 . G A 738.94 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0473053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0658;QD=52.7814;RBI=0.118148;REFB=-0.0144585;REVB=0.108264;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00634102;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:0:2:53:54:0.964286:27:26:0:0:27:27:1:1 chr5 141336264 . G T 1059.56 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.192;QD=59.6936;RBI=0.0578181;REFB=0;REVB=0.00744952;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84146e-05;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:66:71:1:36:30:0:0:41:30:0:0 chr5 141337126 . C T 891.2 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0996205;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.896;QD=58.4393;RBI=0.100237;REFB=0;REVB=0.0110992;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690614;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:62:61:1:38:24:0:0:38:23:0:0 chr5 141337225 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.99;QD=53.9112;RBI=0.0368093;REFB=0;REVB=-0.00454725;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332559;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr5 141391532 . G A 632.18 PASS AF=0.460993;AO=65;DP=141;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0232014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6888;QD=17.9341;RBI=0.0232485;REFB=0.00683797;REVB=-0.00147928;RO=75;SAF=27;SAR=38;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762612;STB=0.539114;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0129185;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:76:65:65:0.460993:38:27:37:38:38:27:37:39 chr5 141531735 . C T 1098.72 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.62;QD=60.2038;RBI=0.0303928;REFB=0;REVB=0.0198473;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29487e-05;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:69:73:1:46:23:0:0:47:26:0:0 chr5 141973349 . C G 1695.19 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4507;QD=60.5425;RBI=0.0470832;REFB=0;REVB=-0.00510895;RO=0;SAF=41;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65433e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112699;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:70:41:0:0:71:41:0:0 chr5 141973501 . T C 1377.4 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.346;QD=62.6092;RBI=0.0500283;REFB=0;REVB=0.0465665;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40934e-05;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:38:50:0:0:38:50:0:0 chr5 142254679 . A G 854.08 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00931448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.449;QD=56.0054;RBI=0.0137156;REFB=0.0357815;REVB=-0.0100677;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014981;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000241775;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:29:31:1:0:29:31:1:0 chr5 142421415 . T G 380.53 PASS AF=0.481928;AO=37;DP=81;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00104746;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.013;QD=18.3386;RBI=0.00313264;REFB=-0.0105944;REVB=-0.00295234;RO=43;SAF=21;SAR=16;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229167;STB=0.602461;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0129071;OID=.;OPOS=142421415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:43:43:37:40:0.481928:16:21:14:29:19:21:14:29 chr5 142593652 . C T 1053.96 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164193;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.641;QD=56.9707;RBI=0.031444;REFB=-0.167638;REVB=0.0268166;RO=2;SAF=52;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471998;STB=0.511625;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00131227;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:2:1:71:73:0.986486:19:52:0:2:21:52:0:1 chr5 143539785 . T C 664.37 PASS AF=0.546218;AO=65;DP=119;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00189105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.595;QD=22.3317;RBI=0.00201373;REFB=-0.0111137;REVB=0.000692137;RO=54;SAF=40;SAR=25;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12885;STB=0.570652;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0103895;OID=.;OPOS=143539785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:54:54:65:65:0.546218:25:40:25:29:25:40:25:29 chr5 145246085 . T G 3031.74 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000511069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.137;QD=62.8339;RBI=0.000511403;REFB=0;REVB=-1.84685e-05;RO=0;SAF=107;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06746e-07;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:193:0:0:190:193:1:83:107:0:0:85:108:0:0 chr5 145393364 . C T 697.36 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00280731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.741;QD=52.6311;RBI=0.0413757;REFB=-0.211357;REVB=0.0412804;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015962;STB=0.502637;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00157906;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:53:1:2:51:51:0.962264:29:22:0:1:29:22:1:1 chr5 145439647 . T C 1175.62 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159012;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.24;QD=61.0713;RBI=0.0159661;REFB=0;REVB=0.00143779;RO=0;SAF=19;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08014e-05;OID=.;OPOS=145439647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:58:19:0:0:58:19:0:0 chr5 145442133 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0138691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.352;QD=14.9787;RBI=0.0172138;REFB=-0.0239359;REVB=0.0101963;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.666349;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0123559;OID=.;OPOS=145442133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:8:3:6:4:8:3 chr5 145442203 . G C 340.08 PASS AF=0.928571;AO=27;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00970071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4951;QD=48.5831;RBI=0.0214232;REFB=-0.0653981;REVB=0.019101;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344248;STB=0.538432;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0249013;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:27:26:0.928571:13:14:0:1:12:14:0:2 chr5 145890028 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.187;QD=59.8558;RBI=0.0468187;REFB=0;REVB=0.0443028;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2277e-05;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr5 145894896 . G C 854.07 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00737401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.385;QD=56.0048;RBI=0.0295685;REFB=-0.0520627;REVB=0.0286342;RO=1;SAF=19;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024187;STB=0.512816;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00134972;OID=.;OPOS=145894896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:41:19:1:0:41:19:1:0 chr5 145935658 . G A 849.19 PASS AF=0.551724;AO=78;DP=142;FAO=80;FDP=145;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00577167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.352;QD=23.426;RBI=0.0117655;REFB=-0.0122505;REVB=-0.0102525;RO=64;SAF=38;SAR=40;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929011;STB=0.540774;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0124944;OID=.;OPOS=145935658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:64:65:78:80:0.551724:40:38:24:40:42:38:25:40 chr5 146971253 . C T 101.8 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00452199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.138;QD=12.7247;RBI=0.0423645;REFB=-0.00672495;REVB=-0.0421225;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272843;STB=0.507235;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0159868;OID=.;OPOS=146971253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:6:6:10:9:6:7:10:9 chr5 147012303 . T C 474.16 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.0749452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5067;QD=14.9341;RBI=0.0941002;REFB=-0.0011787;REVB=0.056904;RO=74;SAF=22;SAR=31;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171448;STB=0.596294;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00269053;OID=.;OPOS=147012303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:74:53:53:0.417323:31:22:43:31:31:22:43:31 chr5 147024476 . C A 556.57 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.00186991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.371;QD=17.1253;RBI=0.00328777;REFB=-0.00696479;REVB=0.00270423;RO=71;SAF=29;SAR=30;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566196;STB=0.531516;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0105786;OID=.;OPOS=147024476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:71:59:59:0.453846:30:29:39:32:30:29:39:32 chr5 147024509 . C T 444.95 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00854498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.745;QD=18.161;RBI=0.0165362;REFB=0.016115;REVB=-0.0141573;RO=53;SAF=24;SAR=21;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10629;STB=0.559203;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0275157;OID=.;OPOS=147024509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:21:24:34:19:21:24:34:19 chr5 147286013 . A T 139.4 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0350316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7413;QD=12.9673;RBI=0.0829651;REFB=-0.0248463;REVB=-0.0752064;RO=22;SAF=13;SAR=2;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238378;STB=0.730088;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.038817;OID=.;OPOS=147286013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:27:15:16:0.372093:2:13:16:6:2:14:17:10 chr5 147286054 . G A 273.92 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0268577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.093;QD=17.6722;RBI=0.0275732;REFB=-0.0280964;REVB=0.00624037;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424109;STB=0.532237;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0243401;OID=.;OPOS=147286054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:32:29:30:0.483871:15:14:14:18:15:15:14:18 chr5 147468614 . A G 1229.79 PASS AF=0.933333;AO=83;DP=89;FAO=84;FDP=90;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0284055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2887;QD=54.6571;RBI=0.0371413;REFB=-0.0476704;REVB=-0.0239291;RO=5;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519497;STB=0.521458;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0226574;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:89:90:5:6:83:84:0.933333:43:40:0:5:43:41:1:5 chr5 147475386 . A G 613.11 PASS AF=0.565657;AO=54;DP=97;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00761704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.871;QD=24.772;RBI=0.0177638;REFB=-0.00848826;REVB=0.0160478;RO=43;SAF=33;SAR=21;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958529;STB=0.545439;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00684723;OID=.;OPOS=147475386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:43:43:54:56:0.565657:21:33:31:12:21:35:31:12 chr5 147477551 . C T 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00429189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.154;QD=15.617;RBI=0.00432594;REFB=-0.010132;REVB=-0.000541731;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496384;STB=0.528036;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0125589;OID=.;OPOS=147477551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:20:13:19:24:20:13:19:24 chr5 147480027 . G A 291.26 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0333974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.906;QD=16.8848;RBI=0.0481098;REFB=-0.0020421;REVB=0.034629;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991512;STB=0.563664;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00255195;OID=.;OPOS=147480027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:37:31:32:0.463768:14:17:24:13:15:17:24:13 chr5 147480080 . G A 477.77 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00881664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.631;QD=22.2219;RBI=0.0638678;REFB=-0.0149906;REVB=-0.0632563;RO=40;SAF=29;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135024;STB=0.574524;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0102173;OID=.;OPOS=147480080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:17:29:19:21:17:29:19:21 chr5 147480112 . T C 393.16 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0120087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.1;QD=17.0937;RBI=0.0227997;REFB=0.0098671;REVB=0.0193809;RO=50;SAF=19;SAR=22;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945186;STB=0.558111;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.013888;OID=.;OPOS=147480112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:22:19:28:22:22:19:29:22 chr5 147480955 . A G 146.76 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0073716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3381;QD=16.7724;RBI=0.0185403;REFB=-0.00829551;REVB=0.0170118;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154634;STB=0.610022;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00503854;OID=.;OPOS=147480955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:12:4:7:11:12:4:8:11 chr5 147481430 . A G 671.53 PASS AF=0.50365;AO=63;DP=126;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00530989;FXX=0.00724585;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.8428;QD=19.6067;RBI=0.0501664;REFB=-0.0299773;REVB=0.0498846;RO=63;SAF=23;SAR=40;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756813;STB=0.540928;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0274997;OID=.;OPOS=147481430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:137:63:68:63:69:0.50365:40:23:28:35:43:26:31:37 chr5 147486677 . C A 378.9 PASS AF=0.4;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00917868;FXX=0.0265463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3875;QD=13.7782;RBI=0.0858714;REFB=-0.0311886;REVB=-0.0853794;RO=64;SAF=24;SAR=20;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00150244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0397821;OID=.;OPOS=147486677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:64:66:44:44:0.4:20:24:35:29:20:24:36:30 chr5 147488367 . C T 152.81 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0246434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0933;QD=11.9848;RBI=0.0474627;REFB=-0.0116974;REVB=-0.0405637;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186918;STB=0.594495;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0255326;OID=.;OPOS=147488367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:33:18:18:0.352941:8:10:23:9:8:10:23:10 chr5 147498019 . G A 548.44 PASS AF=0.375723;AO=65;DP=173;FAO=65;FDP=173;FR=.;FRO=108;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=65;FWDB=-0.00239861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.419;QD=12.6806;RBI=0.0109516;REFB=-0.00263602;REVB=-0.0106857;RO=108;SAF=24;SAR=41;SRF=43;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033812;STB=0.519178;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00470291;OID=.;OPOS=147498019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:108:108:65:65:0.375723:41:24:43:65:41:24:43:65 chr5 147499616 . C T 342.35 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00855397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.639;QD=19.8465;RBI=0.0166692;REFB=-0.00328544;REVB=-0.014307;RO=30;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200363;STB=0.524577;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00206558;OID=.;OPOS=147499616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:33:35:36:0.521739:16:19:17:13:16:20:20:13 chr5 147499670 . C T 231.47 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0255356;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.216;QD=16.5332;RBI=0.0272942;REFB=0.00583657;REVB=-0.00963888;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00622934;OID=.;OPOS=147499670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:30:30:26:26:0.464286:13:13:15:15:13:13:15:15 chr5 147499891 . G T 292.34 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0176264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.488;QD=20.1615;RBI=0.0227143;REFB=-0.0113198;REVB=-0.0143266;RO=27;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879823;STB=0.54164;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00102555;OID=.;OPOS=147499891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:30:31:0.534483:17:13:9:18:18:13:9:18 chr5 147505116 . G A 233.36 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0159262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.799;QD=12.787;RBI=0.0315871;REFB=-0.0126186;REVB=-0.0272781;RO=45;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074136;STB=0.542492;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0190089;OID=.;OPOS=147505116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:13:15:21:24:13:15:21:24 chr5 147510866 . T C 581.94 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00669027;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.787;QD=18.925;RBI=0.0519463;REFB=-0.0142575;REVB=0.0515137;RO=63;SAF=31;SAR=29;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11071;STB=0.561179;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0106502;OID=.;OPOS=147510866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:63:63:60:60:0.487805:29:31:25:38:29:31:25:38 chr5 147516598 . T C 258.48 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0161936;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.614;QD=18.4626;RBI=0.0167225;REFB=-0.0223429;REVB=0.00417244;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133645;STB=0.574417;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0235257;OID=.;OPOS=147516598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:16:12:8:20:16:12:8:20 chr5 147554889 . A C 783.1 PASS AF=0.400901;AO=89;DP=224;FAO=89;FDP=222;FR=.;FRO=133;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=65;FSRR=68;FWDB=0.0104301;FXX=0.00892817;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.637;QD=14.11;RBI=0.0104999;REFB=-0.021165;REVB=0.00120786;RO=133;SAF=47;SAR=42;SRF=65;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420389;STB=0.523592;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.029768;OID=.;OPOS=147554889;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:222:133:133:89:89:0.400901:42:47:65:68:42:47:65:68 chr5 147593497 . C A 2413.63 PASS AF=0.98773;AO=160;DP=163;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000917543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.417;QD=59.2301;RBI=0.00699571;REFB=0.0123932;REVB=-0.00693528;RO=3;SAF=75;SAR=85;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186482;STB=0.506493;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-4.7096e-05;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:163:163:3:2:160:161:0.98773:85:75:3:0:85:76:2:0 chr5 147692967 . G T 68.6 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0804891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.145;QD=4.81372;RBI=0.0810441;REFB=0.00449616;REVB=-0.00946852;RO=44;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280984;STB=0.519196;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0184751;OID=.;OPOS=147692967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:56:57:44:46:11:11:0.192982:6:5:21:23:6:5:22:24 chr5 147778631 . A G 560.17 PASS AF=0.412903;AO=64;DP=155;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.0415072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.504;QD=14.456;RBI=0.0483431;REFB=-0.0128174;REVB=-0.0247832;RO=88;SAF=38;SAR=26;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747852;STB=0.546187;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0173732;OID=.;OPOS=147778631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:88:91:64:64:0.412903:26:38:46:42:26:38:47:44 chr5 147796718 . T C 379.65 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00131568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.042;QD=22.0085;RBI=0.00607817;REFB=-0.00461906;REVB=0.00593406;RO=30;SAF=17;SAR=21;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174164;STB=0.588145;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00494926;OID=.;OPOS=147796718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:31:38:38:0.550725:21:17:20:10:21:17:20:11 chr5 147822069 . A T 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0131496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.455;QD=18.3356;RBI=0.0146606;REFB=-0.0119087;REVB=-0.0064824;RO=37;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149897;STB=0.583354;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0143458;OID=.;OPOS=147822069;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:18:17:12:25:18:17:12:25 chr5 148206440 . G A 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0423998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.309;QD=61.8143;RBI=0.050464;REFB=-0.0761904;REVB=0.0273654;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000364607;OID=.;OPOS=148206440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:28:21:1:0:28:21:1:0 chr5 148206473 . G C 783.7 PASS AF=0.857143;AO=59;DP=70;FAO=60;FDP=70;FR=.;FRO=10;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0114464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.665;QD=44.7826;RBI=0.0539431;REFB=-0.130429;REVB=0.0527146;RO=9;SAF=34;SAR=25;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115998;STB=0.566644;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00476577;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:70:70:9:10:59:60:0.857143:25:34:1:8:26:34:1:9 chr5 148407708 . A C 468.93 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182269;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0799;QD=58.6157;RBI=0.0248126;REFB=0;REVB=0.0168358;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10501e-05;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr5 148610276 . C A 3568.21 PASS AF=1;AO=221;DP=221;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.03;QD=62.876;RBI=0.0407614;REFB=0;REVB=0.0217747;RO=0;SAF=107;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5001e-05;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:227:0:0:221:227:1:114:107:0:0:118:109:0:0 chr5 148627252 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.054;QD=61.3752;RBI=0.011683;REFB=0;REVB=-0.00146988;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55012e-05;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:52:28:0:0:52:28:0:0 chr5 148632373 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0226274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.266;QD=15.1663;RBI=0.0427805;REFB=-0.0236204;REVB=-0.0363067;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717256;STB=0.54161;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0325942;OID=.;OPOS=148632373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:8:12:10:5:8:12 chr5 148986244 . G C 239.68 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0381726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3807;QD=18.0892;RBI=0.0381899;REFB=-0.0481657;REVB=0.00115011;RO=27;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167962;STB=0.509427;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0220393;OID=.;OPOS=148986244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:13:13:14:13:13:13:14:13 chr5 148989122 . C T 181.61 PASS AF=0.260417;AO=23;DP=95;FAO=25;FDP=96;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=56;FWDB=0.00977727;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.059;QD=7.56695;RBI=0.0113524;REFB=-0.004193;REVB=-0.00576911;RO=72;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436622;STB=0.746063;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0133671;OID=.;OPOS=148989122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:72:71:23:25:0.260417:10:13:15:57:11:14:15:56 chr5 149001551 . A C 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00264951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.955;QD=15.7731;RBI=0.00295556;REFB=-0.0120745;REVB=0.00130974;RO=33;SAF=8;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282369;STB=0.660109;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00824856;OID=.;OPOS=149001551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:19:8:19:14:19:8:19:14 chr5 149006837 . A G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0514534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.949;QD=14.7015;RBI=0.051704;REFB=-0.0226173;REVB=-0.00508451;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229432;STB=0.636106;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0165708;OID=.;OPOS=149006837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:10:2:5:10:10:2:5:10 chr5 149008403 . A G 607.65 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.000905059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.846;QD=22.5054;RBI=0.000914608;REFB=-0.00823249;REVB=0.000131817;RO=47;SAF=33;SAR=27;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00258811;STB=0.505616;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00431159;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:48:60:60:0.555556:27:33:26:21:27:33:27:21 chr5 149008467 . C A 638.76 PASS AF=0.512;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0158515;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.507;QD=20.4402;RBI=0.0159889;REFB=-0.0129055;REVB=-0.00209191;RO=60;SAF=31;SAR=33;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283886;STB=0.511624;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0097821;OID=.;OPOS=149008467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:60:61:64:64:0.512:33:31:31:29:33:31:31:30 chr5 149008521 . A G 642.62 PASS AF=0.587629;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0229557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.322;QD=26.5;RBI=0.0245218;REFB=-0.00947996;REVB=-0.0086229;RO=40;SAF=22;SAR=35;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126479;STB=0.569081;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00891065;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:40:57:57:0.587629:35:22:22:18:35:22:22:18 chr5 149101810 . T C 643.97 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0228782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.616;QD=19.5143;RBI=0.02432;REFB=-0.0111135;REVB=0.00824924;RO=67;SAF=21;SAR=44;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514333;STB=0.528451;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0121191;OID=.;OPOS=149101810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:44:21:25:42:44:21:25:42 chr5 149212510 . C A 298.67 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00292147;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.537;QD=29.1382;RBI=0.0352701;REFB=-0.0244597;REVB=0.0351489;RO=16;SAF=5;SAR=21;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611926;STB=0.504501;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00597563;OID=.;OPOS=149212510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:16:15:26:26:0.634146:21:5:4:12:21:5:3:12 chr5 149247738 . C A 290.71 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.084779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2025;QD=19.3807;RBI=0.0849238;REFB=-0.0280158;REVB=-0.004956;RO=27;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839894;STB=0.547795;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0268257;OID=.;OPOS=149247738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:27:29:31:31:0.516667:18:13:14:13:18:13:15:14 chr5 149360877 . T C 1098.56 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.278;QD=60.1951;RBI=0.047489;REFB=0;REVB=0.0305639;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71651e-05;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:48:25:0:0:48:25:0:0 chr5 149374876 . CTTCT CTCT,CTTC 273.49 PASS AF=0,0.609375;AO=7,38;DP=65;FAO=0,39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=0,15;FSAR=0,24;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.321285,-0.0757175;FXX=0.0153822;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.8913,24.3108;QD=17.0933;RBI=0.323904,0.0792041;REFB=-0.113913,-0.0537169;REVB=-0.0411081,-0.0232413;RO=17;SAF=7,14;SAR=0,24;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.750748,-0.0612745;STB=0.5,0.585322;STBP=1,0.096;TYPE=del,del;VARB=0,0.0353786;OID=.,.;OPOS=149374877,149374880;OREF=T,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTCT,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.609375:7,38:65:0,39:64:25:0,15:0,24:15:10:99:17:7,14:0,24:8:9 chr5 149374932 . T C 450.92 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.043135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.682;QD=21.9959;RBI=0.0459585;REFB=0.00149682;REVB=-0.0158605;RO=38;SAF=18;SAR=26;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997469;STB=0.555031;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000625273;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:26:18:20:18:26:18:20:18 chr5 149375758 . T C 536.03 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0739902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5613;QD=20.2275;RBI=0.0751447;REFB=-0.0222794;REVB=0.0131215;RO=51;SAF=17;SAR=38;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136186;STB=0.575293;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0317572;OID=.;OPOS=149375758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:38:17:23:28:38:17:23:28 chr5 149406271 . C T 296.4 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0188636;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.44;QD=17.1825;RBI=0.0257197;REFB=-0.0174934;REVB=0.0174834;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150306;STB=0.624218;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.015389;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:69:41:37:32:32:0.463768:14:18:29:12:14:18:29:8 chr5 149431745 . TG T 133.6 PASS AF=0.740741;AO=18;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.208236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.5113;QD=19.7921;RBI=0.236486;REFB=-0.14809;REVB=0.112085;RO=9;SAF=0;SAR=18;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.852527;STB=0.719725;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.111581;OID=.;OPOS=149431746;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.740741:18:27:20:27:7:2:18:4:3:21:9:0:18:6:3 chr5 149432863 . T C 645.39 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0137918;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.788;QD=17.9274;RBI=0.013941;REFB=-0.00788141;REVB=-0.00203407;RO=77;SAF=26;SAR=40;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123595;STB=0.572383;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00912256;OID=.;OPOS=149432863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:77:78:66:66:0.458333:40:26:40:37:40:26:41:37 chr5 149433400 . G GC 304.27 PASS AF=0.578947;AO=17;DP=70;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=0.00309046;FXX=0.149231;HRUN=0;LEN=1;MLLD=241.481;QD=21.3524;RBI=0.0599423;REFB=-0.0152466;REVB=-0.0598625;RO=47;SAF=12;SAR=5;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543284;STB=0.652978;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=0.0144393;OID=.;OPOS=149433401;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:17:70:33:57:24:17:16:21:3:99:47:12:5:33:14 chr5 149433401 . G C 95.6 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=15;FWDB=-0.00498101;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=185.806;QD=5.03167;RBI=0.0050129;REFB=-0.00671989;REVB=0.000564504;RO=60;SAF=7;SAR=9;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386616;STB=0.735605;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0218321;OID=.;OPOS=149433401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:76:76:60:60:16:16:0.210526:9:7:45:15:9:7:45:15 chr5 149456771 . CT AA 491.27 PASS AF=0.5;AO=50;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.000780838;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=247.596;QD=19.2654;RBI=0.0275878;REFB=-0.0157966;REVB=0.0275768;RO=51;SAF=32;SAR=18;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244373;STB=0.627401;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.0148037;OID=.;OPOS=149456771;OREF=CT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:50:51:0.5:18:32:19:32:19:32:19:32 chr5 149456811 . G A 673.57 PASS AF=0.528;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0164243;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.484;QD=21.5541;RBI=0.0305649;REFB=-0.0297991;REVB=-0.025777;RO=60;SAF=21;SAR=45;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211242;STB=0.619702;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0297074;OID=.;OPOS=149456811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:60:59:66:66:0.528:45:21:33:27:45:21:33:26 chr5 149457678 . G A 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.015496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.899;QD=13.5518;RBI=0.0155679;REFB=-0.0127583;REVB=0.00149429;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359409;STB=0.520531;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0207333;OID=.;OPOS=149457678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:9:15:23:12:9:15:23:12 chr5 149460343 . G A 224.8 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.013182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.088;QD=19.9824;RBI=0.055426;REFB=-0.0033374;REVB=0.0538357;RO=23;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268159;STB=0.515138;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00366517;OID=.;OPOS=149460343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:8:14:14:9:8:14:14:9 chr5 149460553 . A G 185.88 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0117173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1487;QD=21.868;RBI=0.0384082;REFB=-0.00513596;REVB=-0.0365772;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118771;STB=0.574999;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00315584;OID=.;OPOS=149460553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:15:18:19:0.558824:11:7:8:7:12:7:8:7 chr5 149493472 . C A,T 1255.95 PASS AF=0.0481928,0.951807;AO=4,77;DP=81;FAO=4,79;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=4,48;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000379595,0.000862878;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.034,142.367;QD=60.5276;RBI=0.000469252,0.0678737;REFB=0,0;REVB=-0.000275872,0.0678682;RO=0;SAF=4,48;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0857389,-0.00836618;OID=.,.;OPOS=149493472,149493472;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:81:83:0:0:4,77:4,79:0.0481928,0.951807:0,29:4,48:0:0:0,31:4,48:0:0 chr5 149495050 . T C 3760.24 PASS AF=0.983607;AO=240;DP=245;FAO=240;FDP=244;FR=.;FRO=4;FSAF=115;FSAR=125;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0129474;FXX=0.00408147;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.731;QD=61.6432;RBI=0.0151984;REFB=-0.00233395;REVB=0.0079598;RO=4;SAF=115;SAR=125;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00847138;STB=0.504446;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=2.52647e-06;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:245:244:4:4:240:240:0.983607:125:115:3:1:125:115:3:1 chr5 149563715 . T C 1101.63 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0716494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0023;QD=58.7538;RBI=0.0818215;REFB=0.0177545;REVB=-0.039511;RO=1;SAF=43;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108759;STB=0.505746;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00251288;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:31:43:1:0:31:43:1:0 chr5 149585025 . A C 1314.12 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.315;QD=61.8409;RBI=0.0371902;REFB=0;REVB=0.013098;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90495e-06;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:39:44:0:0:41:44:0:0 chr5 149597160 . A G 388.39 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0215071;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.677;QD=20.994;RBI=0.0251998;REFB=0.00628747;REVB=-0.0131331;RO=34;SAF=24;SAR=15;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00201429;STB=0.507655;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00277661;OID=.;OPOS=149597160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:34:35:39:39:0.527027:15:24:21:13:15:24:21:14 chr5 149602280 . T C 425.8 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00922605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.846;QD=20.5204;RBI=0.00930468;REFB=-0.00338926;REVB=0.00120704;RO=39;SAF=17;SAR=25;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279274;STB=0.527218;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00574388;OID=.;OPOS=149602280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:39:40:42:43:0.518072:25:17:17:22:26:17:18:22 chr5 149602608 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.792;QD=63.5828;RBI=0.0192408;REFB=0;REVB=0.0155496;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69212e-05;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr5 149644597 . T G 2565.28 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.686;QD=61.8139;RBI=0.0207525;REFB=0;REVB=0.0179768;RO=0;SAF=95;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86901e-06;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:71:95:0:0:71:95:0:0 chr5 149677593 . A G 469.07 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0229277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.656;QD=20.3944;RBI=0.0311779;REFB=0.000788329;REVB=-0.0211277;RO=44;SAF=21;SAR=25;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834971;STB=0.533032;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000886171;OID=.;OPOS=149677593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:46:46:46:0.5:25:21:16:28:25:21:18:28 chr5 149677851 . A G 1305.89 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752198;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.463;QD=62.1852;RBI=0.0403262;REFB=0;REVB=0.0396184;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013249;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:83:84:1:44:39:0:0:44:40:0:0 chr5 149754991 . C T 298.23 PASS AF=0.415584;AO=27;DP=83;FAO=32;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00386315;FXX=0.0722804;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.584;QD=15.4922;RBI=0.00401519;REFB=-0.0196452;REVB=-0.00109444;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178571;STB=0.565329;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0276854;OID=.;OPOS=149754991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:77:28:41:27:32:0.415584:15:12:18:10:20:12:20:21 chr5 149755421 . A G 269.08 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0378293;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.366;QD=21.526;RBI=0.0381054;REFB=-0.0146623;REVB=0.00457885;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104877;STB=0.558303;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0114183;OID=.;OPOS=149755421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:13:14:9:14:13:14:9:14 chr5 149755744 . G C 274.74 PASS AF=0.315789;AO=32;DP=118;FAO=36;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0123369;FXX=0.0655684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.821;QD=9.63991;RBI=0.0124552;REFB=-0.011643;REVB=0.00171233;RO=51;SAF=14;SAR=18;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140431;STB=0.553906;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0251999;OID=.;OPOS=149755744;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:114:51:78:32:36:0.315789:18:14:29:22:19:17:43:35 chr5 149759096 . T C 195.88 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.000589901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.857;QD=25.2749;RBI=0.0218924;REFB=-0.0421103;REVB=0.0218844;RO=12;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138976;STB=0.577693;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.014845;OID=.;OPOS=149759096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:13:6:6:6:13:6:6:6 chr5 149763305 . A G 463.31 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0102402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.544;QD=17.4832;RBI=0.0103628;REFB=-0.025573;REVB=-0.00158925;RO=55;SAF=20;SAR=30;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50588;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0243641;OID=.;OPOS=149763305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:55:56:50:50:0.471698:30:20:22:33:30:20:23:33 chr5 149824223 . T C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00562314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=399.951;QD=19.6682;RBI=0.00975214;REFB=0.000436908;REVB=0.00796772;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158189;STB=0.588698;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.000527147;OID=.;OPOS=149824223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:12:7:4:15:12:7:4:15 chr5 149825159 . G C 276.44 PASS AF=0.454545;AO=23;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0181827;FXX=0.017854;HRUN=6;LEN=1;MLLD=50.9072;QD=20.1049;RBI=0.023759;REFB=-0.0343536;REVB=-0.0152932;RO=14;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045027;STB=0.602329;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0208218;OID=.;OPOS=149825159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:14:21:23:25:0.454545:13:10:7:7:14:11:14:7 chr5 149826526 . C T 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0232291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.615;QD=16.1562;RBI=0.0246529;REFB=-0.0221768;REVB=-0.00825683;RO=32;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215465;STB=0.621599;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0312927;OID=.;OPOS=149826526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:10:17:13:19:10:17:13:19 chr5 149932822 . C T 496.04 PASS AF=0.442623;AO=53;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0157551;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.243;QD=16.2635;RBI=0.0250201;REFB=-0.0217298;REVB=0.0194367;RO=69;SAF=32;SAR=21;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157009;STB=0.587444;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0234167;OID=.;OPOS=149932822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:68:53:54:0.442623:21:32:31:38:21:33:31:37 chr5 149933255 . GC G 30.43 PASS AF=0.236364;AO=11;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.104442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.296;QD=2.21325;RBI=0.117929;REFB=-0.0383085;REVB=0.0547637;RO=42;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=29;SSEN=0.422713;SSEP=0;SSSB=0.386287;STB=0.771056;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.128144;OID=.;OPOS=149933256;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236364:11:55:13:55:42:9:4:13:29:30:42:7:4:13:29 chr5 149998128 . G A 224.56 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00176547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.396;QD=17.6129;RBI=0.00382069;REFB=-0.00724836;REVB=0.00338833;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191926;STB=0.607757;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00853577;OID=.;OPOS=149998128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:19:8:12:12:19:8 chr5 150027814 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0555286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.598;QD=15.3789;RBI=0.0560383;REFB=0.00290103;REVB=-0.00754085;RO=14;SAF=1;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500024;STB=0.801439;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0218029;OID=.;OPOS=150027814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:11:1:6:8:11:1:6:8 chr5 150051958 . T C 2385.6 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.071;QD=60.7795;RBI=0.0428995;REFB=0;REVB=0.0345122;RO=0;SAF=90;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84104e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85028e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:157:0:0:151:157:1:61:90:0:0:64:93:0:0 chr5 150097883 . G C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0400978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.345;QD=10.6346;RBI=0.0427921;REFB=-0.0204172;REVB=0.0149443;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380118;STB=0.731115;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0219955;OID=.;OPOS=150097883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:8:5:6:2:8:5 chr5 150158164 . C G 228.7 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0161545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.597;QD=11.7283;RBI=0.0218348;REFB=-0.00569608;REVB=-0.0146898;RO=49;SAF=19;SAR=9;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807812;STB=0.555403;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00863506;OID=.;OPOS=150158164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:49:50:28:28:0.358974:9:19:30:19:9:19:30:20 chr5 150158199 . C T 226.15 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0890129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7198;QD=11.168;RBI=0.0927068;REFB=-0.0271381;REVB=0.0259085;RO=53;SAF=15;SAR=13;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560893;STB=0.532479;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0523262;OID=.;OPOS=150158199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:13:15:31:22:13:15:31:22 chr5 150158226 . A C 237.17 PASS AF=0.4;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0548063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.704;QD=13.5527;RBI=0.0549393;REFB=-0.0215217;REVB=-0.00382157;RO=41;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245738;STB=0.521457;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0283245;OID=.;OPOS=150158226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:42:28:28:0.4:13:15:21:20:13:15:21:21 chr5 150227966 . C A 284.44 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00391413;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.813;QD=21.8797;RBI=0.0242449;REFB=-0.0221464;REVB=0.0239269;RO=24;SAF=6;SAR=22;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893988;STB=0.536559;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0168066;OID=.;OPOS=150227966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:23:28:29:0.557692:22:6:7:17:22:7:7:16 chr5 150311773 . T C 1547.68 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5972;QD=63.1707;RBI=0.0690503;REFB=0;REVB=0.0403903;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634992;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:95:98:1:58:37:0:0:60:38:0:0 chr5 150407456 . T C 3627.4 PASS AF=1;AO=231;DP=233;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208069;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.836;QD=62.5414;RBI=0.0444913;REFB=-0.0120182;REVB=0.0444426;RO=1;SAF=125;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447459;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118285;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:233:232:1:0:231:232:1:106:125:0:1:107:125:0:0 chr5 150409477 . T C 1028.12 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.615;QD=57.9222;RBI=0.0408316;REFB=-0.0852406;REVB=0.0248651;RO=1;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237089;OID=.;OPOS=150409477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:1:0:69:71:1:47:22:0:1:49:22:0:0 chr5 150480520 . C T 465.78 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0152286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1021;QD=16.6349;RBI=0.0208612;REFB=-0.0310987;REVB=-0.0142576;RO=61;SAF=19;SAR=32;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021668;STB=0.512091;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0336743;OID=.;OPOS=150480520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:51:51:0.455357:32:19:24:37:32:19:24:37 chr5 150484787 . C T 788.78 PASS AF=0.512821;AO=80;DP=156;FAO=80;FDP=156;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0224961;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4851;QD=20.2252;RBI=0.0224986;REFB=0.00295299;REVB=-0.000340485;RO=75;SAF=31;SAR=49;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720908;STB=0.543352;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00371331;OID=.;OPOS=150484787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:75:76:80:80:0.512821:49:31:35:40:49:31:36:40 chr5 150489390 . A G 834.55 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.23;QD=57.5549;RBI=0.0192891;REFB=0;REVB=0.0154371;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24234e-05;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:31:27:0:0 chr5 150512740 . G A 570.0 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.023084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.88;QD=22.8001;RBI=0.0234171;REFB=-0.0214859;REVB=0.00393542;RO=47;SAF=22;SAR=31;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474002;STB=0.526058;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0207363;OID=.;OPOS=150512740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:31:22:17:30:31:22:17:30 chr5 150562696 . CT C,CC 320.33 PASS AF=0.540984,0.0327869;AO=29,2;DP=57;FAO=33,2;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=21,2;FSAR=12,0;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00150154,0.00100587;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.927,125.522;QD=21.0055;RBI=0.022022,0.0214511;REFB=-0.0372925,-0.0305555;REVB=0.0219707,0.0214275;RO=25;SAF=21,2;SAR=8,0;SRF=16;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0836983,0.428369;STB=0.509928,0.993638;STBP=0.89,0.203;TYPE=del,snp;VARB=0.0284976,0.0151764;OID=.,.;OPOS=150562697,150562697;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.540984,0.0327869:29,2:57:33,2:61:26:21,2:12,0:16:10:99:25:21,2:8,0:16:9 chr5 150565008 . C T 88.09 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0866046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2937;QD=14.0943;RBI=0.0940478;REFB=-0.00229698;REVB=0.0366691;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065293;STB=0.525501;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00862535;OID=.;OPOS=150565008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:5:6:7:6:5:6:7:7 chr5 150578574 . A G 272.26 PASS AF=0.52;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0195111;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.931;QD=21.7806;RBI=0.0195142;REFB=-0.0134021;REVB=0.000346786;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486878;STB=0.54542;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0271634;OID=.;OPOS=150578574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:20:22:26:26:0.52:12:14:12:8:12:14:14:8 chr5 150632832 . G A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0376377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.643;QD=7.1246;RBI=0.0376474;REFB=-0.00896228;REVB=0.000851566;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296779;STB=0.699328;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.051907;OID=.;OPOS=150632832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:15:18:7:7:0.28:6:1:5:10:6:1:6:12 chr5 150639409 . A G 478.06 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00048828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.183;QD=19.7136;RBI=0.00818935;REFB=-0.0135323;REVB=-0.00817478;RO=50;SAF=18;SAR=29;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740549;STB=0.541175;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0155572;OID=.;OPOS=150639409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:29:18:23:27:29:18:23:27 chr5 150639439 . A G 1189.13 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6954;QD=60.9813;RBI=0.0216531;REFB=0;REVB=0.00895761;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.88796e-05;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:42:35:0:0:42:36:0:0 chr5 150647156 . T C 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00438674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.715;QD=11.1268;RBI=0.0139455;REFB=-0.0133354;REVB=-0.0132376;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263856;STB=0.655781;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.029274;OID=.;OPOS=150647156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:6:11:14:20:6:11:14:20 chr5 150666843 . A C 141.93 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00889068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7258;QD=13.847;RBI=0.00947312;REFB=0.0068832;REVB=0.00327043;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194534;STB=0.613354;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0110975;OID=.;OPOS=150666843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:14:11:10:6:14:11 chr5 150666933 . C A 532.69 PASS AF=0.509259;AO=54;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0470836;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4467;QD=19.7293;RBI=0.0527353;REFB=-0.00665113;REVB=0.0237517;RO=54;SAF=18;SAR=36;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186957;STB=0.50704;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00633483;OID=.;OPOS=150666933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:53:54:55:0.509259:36:18:19:35:36:19:19:34 chr5 150666962 . G A 533.62 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.0271052;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.794;QD=17.0758;RBI=0.0295096;REFB=-0.00939801;REVB=0.0116673;RO=68;SAF=21;SAR=36;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163301;STB=0.509088;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0118274;OID=.;OPOS=150666962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:68:57:57:0.456:36:21:24:44:36:21:24:44 chr5 150667016 . T C 630.04 PASS AF=0.48855;AO=61;DP=129;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.00794873;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.921;QD=19.2379;RBI=0.0134161;REFB=-0.00694795;REVB=-0.0108078;RO=53;SAF=17;SAR=44;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432833;STB=0.54499;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00758426;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:53:67:61:64:0.48855:44:17:17:36:45:19:25:42 chr5 150695254 . T C 235.19 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0159254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.778;QD=25.4255;RBI=0.0319894;REFB=-0.0500318;REVB=0.0277435;RO=15;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128189;STB=0.571362;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0402578;OID=.;OPOS=150695254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:8:14:7:8:8:14:7:8 chr5 150695279 . A C 136.12 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0270253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.342;QD=13.9605;RBI=0.0877184;REFB=0.00712031;REVB=0.0834515;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257187;STB=0.660182;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00624881;OID=.;OPOS=150695279;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:9:6:15:8:10:6:15:8 chr5 150695791 . G T 437.86 PASS AF=0.530864;AO=44;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.0170358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4116;QD=21.6228;RBI=0.0176041;REFB=0.000320726;REVB=-0.00443697;RO=37;SAF=12;SAR=32;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917306;STB=0.528669;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.000614145;OID=.;OPOS=150695791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:38:44:43:0.530864:32:12:7:30:32:11:8:30 chr5 150696447 . C T 230.11 PASS AF=0.349398;AO=30;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.02489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2384;QD=11.0897;RBI=0.0514801;REFB=0.00395414;REVB=-0.0450632;RO=52;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177383;STB=0.516784;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0107823;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:54:30:29:0.349398:18:12:20:32:17:12:21:33 chr5 150696540 . C T 360.77 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0265427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.212;QD=17.5983;RBI=0.035304;REFB=0.00682346;REVB=-0.0232778;RO=44;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119688;STB=0.566975;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.0112086;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:22:16:24:20:22:16:24:20 chr5 150723747 . C T 457.04 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.000599562;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.604;QD=17.7491;RBI=0.0074594;REFB=-0.00989372;REVB=-0.00743526;RO=54;SAF=27;SAR=22;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100395;STB=0.555797;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0102132;OID=.;OPOS=150723747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:54:54:49:49:0.475728:22:27:24:30:22:27:24:30 chr5 150723806 . G A 1227.76 PASS AF=0.923077;AO=83;DP=90;FAO=84;FDP=91;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00812479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1569;QD=53.9673;RBI=0.0167482;REFB=0.00717808;REVB=-0.0146455;RO=7;SAF=23;SAR=60;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525465;STB=0.526309;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00395253;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:90:91:7:7:83:84:0.923077:60:23:4:3:60:24:4:3 chr5 150886725 . G A 1261.85 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.651;QD=61.5536;RBI=0.0896271;REFB=0;REVB=-0.0878214;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000500544;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr5 150886882 . G A 2802.86 PASS AF=0.968254;AO=182;DP=188;FAO=183;FDP=189;FR=.;FRO=6;FSAF=101;FSAR=82;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0286615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.98;QD=59.3198;RBI=0.0320196;REFB=-0.0574731;REVB=0.0142749;RO=3;SAF=100;SAR=82;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00365538;STB=0.503685;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00109985;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:188:189:3:6:182:183:0.968254:82:100:2:1:82:101:4:2 chr5 150891733 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.232;QD=57.8845;RBI=0.0431112;REFB=0;REVB=-0.0127715;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49452e-05;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr5 150901111 . A G 1604.49 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.857;QD=64.1798;RBI=0.00954001;REFB=0;REVB=0.00233301;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73647e-05;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:48:51:0:0:48:52:0:0 chr5 150901261 . C T 622.9 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333638;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2817;QD=59.3236;RBI=0.0496692;REFB=-0.0265705;REVB=0.0367952;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253417;STB=0.512814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00218164;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:40:41:0.97619:22:18:1:0:22:19:1:0 chr5 150901300 . G A 582.39 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0038392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.577;QD=58.2387;RBI=0.0174139;REFB=0.0092084;REVB=0.0169854;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=5.68143e-05;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:22:17:0:1:22:17:0:1 chr5 150901613 . A G 302.06 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0639037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.555;QD=48.3301;RBI=0.0678283;REFB=-0.0853101;REVB=0.0227373;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342828;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0044218;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:25:1:1:23:24:0.96:10:13:1:0:11:13:1:0 chr5 150905485 . C T 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000877685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.652;QD=59.9239;RBI=0.00981578;REFB=0;REVB=0.00977646;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20074e-05;OID=.;OPOS=150905485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:58:47:0:0:58:47:0:0 chr5 150914184 . A T 1037.17 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0196087;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.312;QD=58.4322;RBI=0.0247975;REFB=-0.101149;REVB=-0.0151794;RO=1;SAF=27;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171877;STB=0.509088;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00065333;OID=.;OPOS=150914184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:71:1:1:70:70:0.985915:43:27:1:0:43:27:1:0 chr5 150923405 . A G 972.66 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5812;QD=58.9491;RBI=0.066192;REFB=0;REVB=-0.0538641;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000872454;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr5 150925144 . A G 277.26 PASS AF=0.557692;AO=27;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0049423;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.306;QD=21.3273;RBI=0.0285209;REFB=-0.0110049;REVB=0.0280894;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218039;STB=0.555518;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00470975;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:27:29:0.557692:13:14:12:10:15:14:14:9 chr5 150930186 . C T 462.31 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-8.53859e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.196;QD=18.1298;RBI=0.0142266;REFB=-0.0170974;REVB=-0.0142264;RO=53;SAF=24;SAR=25;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169404;STB=0.509407;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0197995;OID=.;OPOS=150930186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:53:49:49:0.480392:25:24:25:28:25:24:25:28 chr5 150930345 . C T 842.86 PASS AF=0.528302;AO=83;DP=158;FAO=84;FDP=159;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0160714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.333;QD=21.204;RBI=0.0269397;REFB=0.00315591;REVB=-0.0216208;RO=74;SAF=35;SAR=48;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014397;STB=0.513809;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.00389899;OID=.;OPOS=150930345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:74:75:83:84:0.528302:48:35:30:44:48:36:30:45 chr5 150942919 . A G 745.37 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.211;QD=63.4361;RBI=0.0288412;REFB=0;REVB=-0.000253791;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71172e-05;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:26:19:0:0:28:19:0:0 chr5 150946966 . G A 732.78 PASS AF=0.490909;AO=64;DP=161;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=-0.0125893;FXX=0.00602373;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.602;QD=17.7645;RBI=0.0462905;REFB=-0.0744238;REVB=0.0445457;RO=76;SAF=45;SAR=19;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309278;STB=0.582309;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0264682;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:165:76:84:64:81:0.490909:19:45:30:46:36:45:33:51 chr5 151167380 . A T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.619;QD=57.6807;RBI=0.0218837;REFB=0;REVB=0.0145601;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.186e-05;OID=.;OPOS=151167380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr5 151248069 . G A 792.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.16;QD=56.5853;RBI=0.020147;REFB=0;REVB=0.0200394;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85911e-05;OID=.;OPOS=151248069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:34:21:0:0:34:22:0:0 chr5 151771817 . C T 2404.14 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.813;QD=60.4815;RBI=0.0288706;REFB=0;REVB=0.0269421;RO=0;SAF=60;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67818e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:159:0:0:155:159:1:95:60:0:0:98:61:0:0 chr5 153413390 . C T 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0106068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.581;QD=12.0467;RBI=0.0199504;REFB=-0.00131192;REVB=-0.0168972;RO=53;SAF=17;SAR=13;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219097;STB=0.512624;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00237322;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:13:17:29:24:13:17:29:24 chr5 153429459 . T C 671.77 PASS AF=0.592593;AO=64;DP=107;FAO=64;FDP=108;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=50;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0255071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8211;QD=24.8805;RBI=0.0330454;REFB=-0.0115369;REVB=0.0210092;RO=43;SAF=14;SAR=50;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262953;STB=0.650441;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00941532;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:43:44:64:64:0.592593:50:14:22:21:50:14:23:21 chr5 153432733 . T C 175.11 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00635283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.103;QD=20.0128;RBI=0.0134148;REFB=-0.0105675;REVB=-0.0118151;RO=17;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282956;STB=0.66083;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00729904;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:5:13:7:10:5:13:7:10 chr5 153432970 . C T 391.97 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0205511;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9846;QD=19.1203;RBI=0.0473414;REFB=-0.0107793;REVB=-0.0426481;RO=41;SAF=13;SAR=27;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603635;STB=0.523294;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0146854;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:42:40:40:0.487805:27:13:11:30:27:13:12:30 chr5 153729217 . A G 508.93 PASS AF=0.657143;AO=46;DP=70;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0117868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.902;QD=29.0816;RBI=0.0120158;REFB=-0.0149681;REVB=0.00233438;RO=24;SAF=17;SAR=29;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315866;STB=0.517166;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0077798;OID=.;OPOS=153729217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:24:24:46:46:0.657143:29:17:10:14:29:17:10:14 chr5 153788991 . G C 791.23 PASS AF=0.479532;AO=82;DP=171;FAO=82;FDP=171;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.00206672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.829;QD=18.5083;RBI=0.00248087;REFB=-0.00735279;REVB=-0.00137238;RO=89;SAF=32;SAR=50;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089856;STB=0.54968;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00698338;OID=.;OPOS=153788991;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:89:89:82:82:0.479532:50:32:43:46:50:32:43:46 chr5 154196026 . G A 114.03 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0066301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0503;QD=18.2453;RBI=0.0419079;REFB=0.0222762;REVB=0.0413801;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173529;STB=0.59984;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0178274;OID=.;OPOS=154196026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:4:9:6:6:4:9:6:6 chr5 154199786 . G GTCT 547.84 PASS AF=0.464;AO=55;DP=135;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=49;FWDB=0.0060915;FXX=0.0310053;HRUN=0;LEN=3;MLLD=192.329;QD=17.5308;RBI=0.0173344;REFB=-0.00735178;REVB=0.0162288;RO=74;SAF=19;SAR=36;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241241;STB=0.555845;STBP=0.297;TYPE=ins;VARB=0.00678261;OID=.;OPOS=154199787;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464:55:135:58:125:67:21:37:18:49:99:74:19:36:24:50 chr5 154209024 . A G 372.26 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=122;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0202188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.837;QD=12.2054;RBI=0.0444424;REFB=-0.0196035;REVB=-0.0395769;RO=77;SAF=29;SAR=16;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199073;STB=0.613762;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0341832;OID=.;OPOS=154209024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:77:77:45:45:0.368852:16:29:36:41:16:29:36:41 chr5 154268902 . C T 1335.22 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.118;QD=62.1033;RBI=0.0789559;REFB=0;REVB=0.0785656;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255012;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:41:43:0:0:43:43:0:0 chr5 154271948 . G A 837.82 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02242;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1316;QD=57.781;RBI=0.0233677;REFB=0;REVB=-0.00658742;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37384e-05;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr5 154291409 . C T 347.05 PASS AF=0.528571;AO=35;DP=68;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0542229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.22;QD=19.8315;RBI=0.0767868;REFB=-0.0204749;REVB=0.0543699;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521406;STB=0.540519;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0178614;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:33:33:35:37:0.528571:17:18:15:18:17:20:15:18 chr5 154300940 . A C 367.94 PASS AF=0.408163;AO=39;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.00833905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1174;QD=15.018;RBI=0.0399167;REFB=-0.00608709;REVB=0.0390359;RO=57;SAF=15;SAR=24;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377802;STB=0.519221;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.010177;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:58:39:40:0.408163:24:15:20:37:25:15:20:38 chr5 154306972 . T C 471.33 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.016234;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7495;QD=16.1138;RBI=0.0385062;REFB=0.00156506;REVB=0.0349169;RO=64;SAF=26;SAR=26;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463174;STB=0.529903;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00129675;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:64:65:52:52:0.444444:26:26:29:35:26:26:29:36 chr5 154394077 . A G 413.97 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00133758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.254;QD=16.559;RBI=0.0147559;REFB=-0.0108027;REVB=0.0146951;RO=57;SAF=16;SAR=27;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227474;STB=0.627847;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0124453;OID=.;OPOS=154394077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:57:43:43:0.43:27:16:34:23:27:16:34:23 chr5 154394985 . G A 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00290573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.654;QD=20.7504;RBI=0.0059174;REFB=-0.0132132;REVB=0.00515484;RO=38;SAF=22;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774492;STB=0.542854;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0134257;OID=.;OPOS=154394985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:19:22:17:21:19:22:17:21 chr5 154395158 . G T 937.55 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.699;QD=58.5971;RBI=0.052916;REFB=0;REVB=0.0212627;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.95396e-05;OID=.;OPOS=154395158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:30:33:0:0:31:33:0:0 chr5 154395689 . C T 632.44 PASS AF=0.558559;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00889043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.872;QD=22.7906;RBI=0.0149382;REFB=-0.0126622;REVB=0.0120045;RO=49;SAF=20;SAR=42;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145176;STB=0.579647;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00919568;OID=.;OPOS=154395689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:49:62:62:0.558559:42:20:24:25:42:20:24:25 chr5 155511486 . T C 1415.39 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.803;QD=62.9063;RBI=0.0441746;REFB=0;REVB=0.0441072;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1621e-05;OID=.;OPOS=155511486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:53:37:0:0:53:37:0:0 chr5 155771579 . T C 2285.69 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0134228;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.595;QD=62.1957;RBI=0.0179361;REFB=-0.0905653;REVB=0.0118967;RO=1;SAF=68;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613637;STB=0.500424;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=8.95618e-05;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:147:1:2:145:145:0.986395:77:68:0:1:77:68:1:1 chr5 156278066 . C A 606.55 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0297655;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.119;QD=19.104;RBI=0.0303297;REFB=-0.018664;REVB=-0.00582301;RO=65;SAF=23;SAR=39;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239957;STB=0.632657;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0115091;OID=.;OPOS=156278066;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:65:62:62:0.488189:39:23:41:24:39:23:41:24 chr5 156376703 . A G 137.89 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.05502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.055;QD=39.3973;RBI=0.0645569;REFB=-0.161245;REVB=0.0337696;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00630588;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:1:0:5:8:1:0 chr5 156479424 . A C 2049.3 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000811205;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.985;QD=62.574;RBI=0.0552831;REFB=0;REVB=0.0552772;RO=0;SAF=65;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69301e-05;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:65:65:0:0:65:66:0:0 chr5 156479443 . CTTG C 543.93 PASS AF=0.527778;AO=75;DP=144;FAO=76;FDP=144;FR=.;FRO=68;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0127747;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=284.917;QD=15.1092;RBI=0.0161358;REFB=-0.0221064;REVB=-0.00985757;RO=60;SAF=40;SAR=35;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542572;STB=0.539463;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=0.0191318;OID=.;OPOS=156479444;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527778:75:144:76:144:68:41:35:31:37:99:60:40:35:28:32 chr5 156479508 . CAGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT C 50.0 PASS AO=36;DP=192;LEN=66;RO=156;SAF=14;SAR=70;SRF=48;SRR=60;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=156479509;OREF=AGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:192:156:36:70:14:48:60 chr5 156479509 . A G 2812.14 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335261;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.823;QD=62.4919;RBI=0.0139833;REFB=0.024379;REVB=0.0135755;RO=1;SAF=68;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09503e-05;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:180:1:0:178:180:1:110:68:0:1:111:69:0:0 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTCGTTG,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG 1604.76 PASS AF=0.274336,0.0176991,0.610619,0.0973451;AO=31,5,60,12;DP=131;FAO=31,2,69,11;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0,12,1;FSAR=19,2,57,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754923,0.0303786,0.0669318,-0.0075712;FXX=0.117178;HRUN=2,1,1,1;LEN=15,2,3,5;MLLD=125.228,217.986,280.871,74.598;QD=56.8056;RBI=0.0803916,0.0363186,0.0694849,0.0402372;REFB=-0.078044,-0.0866884,-0.0562543,-0.0783637;REVB=-0.0276354,-0.0199044,0.0186624,-0.0395185;RO=0;SAF=13,0,9,1;SAR=18,5,51,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=5.33668e-08,0,0,-3.23983e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,ins,mnp;VARB=0.0215199,0.0378307,0.0336317,0.0215723;OID=.,.,.,.;OPOS=156479558,156479571,156479569,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,CA,-,CGTCA;OALT=-,TG,GTT,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTCGTTG,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.274336,0.0176991,0.610619,0.0973451:31,5,60,12:131:31,2,69,11:113:0:12,0,12,1:19,2,57,10:0:0:99:0:13,0,9,1:18,5,51,11:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=54;DP=192;LEN=69;RO=138;SAF=14;SAR=70;SRF=48;SRR=60;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:192:138:54:70:14:48:60 chr5 156482459 . G T 1476.21 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0593116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2576;QD=62.1563;RBI=0.0651148;REFB=-0.108605;REVB=-0.0268714;RO=1;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104202;STB=0.505493;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000996801;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:45:49:0:1:45:49:0:1 chr5 156531736 . C A 928.38 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0190166;FXX=0.0579626;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.121;QD=57.1308;RBI=0.0190374;REFB=0.0365934;REVB=0.000889684;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140981;STB=0.50746;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00103485;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:65:1:1:64:64:0.984615:31:33:1:0:31:33:1:0 chr5 156715652 . G C 505.57 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0112391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.533;QD=19.8264;RBI=0.0115037;REFB=-0.021657;REVB=-0.00245315;RO=50;SAF=31;SAR=21;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191172;STB=0.605519;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0190666;OID=.;OPOS=156715652;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:21:31:19:31:21:31:19:31 chr5 156721863 . T C,TC 1931.65 PASS AF=0,1;AO=5,121;DP=139;FAO=0,138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=0,72;FSAR=0,66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176944,-0.0336132;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=8.04194,23.1401;QD=55.9899;RBI=0.0185541,0.0924307;REFB=-0.0348771,-0.0145785;REVB=-0.00558245,0.0861022;RO=11;SAF=0,64;SAR=5,57;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.772858,-0.0314657;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00105382;OID=.,.;OPOS=156721863,156721864;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:9:139:138:11:0:5,121:0,138:0,1:5,57:0,64:8:3:0,66:0,72:0:0 chr5 156747669 . A G 451.95 PASS AF=0.466667;AO=47;DP=103;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.00697339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.309;QD=17.2173;RBI=0.0172856;REFB=-0.0124034;REVB=0.0158165;RO=56;SAF=29;SAR=18;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250525;STB=0.645774;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0164662;OID=.;OPOS=156747669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:56:56:47:49:0.466667:18:29:20:36:18:31:20:36 chr5 156770209 . G A 395.97 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0163168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.683;QD=20.3059;RBI=0.0325924;REFB=-0.0192138;REVB=-0.028214;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896744;STB=0.549717;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0195058;OID=.;OPOS=156770209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:23:17:20:18:23:17:20:18 chr5 156898690 . A G 381.9 PASS AF=0.455556;AO=34;DP=83;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.000167618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.829;QD=16.9734;RBI=0.000864568;REFB=-0.0225273;REVB=0.000848164;RO=49;SAF=8;SAR=26;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258059;STB=0.630974;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0298655;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:90:49:49:34:41:0.455556:26:8:22:27:31:10:22:27 chr5 156899869 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00477991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.891;QD=45.8066;RBI=0.0132088;REFB=0;REVB=0.0123136;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70937e-05;OID=.;OPOS=156899869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr5 156904633 . C T 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0518132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.57;QD=17.9198;RBI=0.0529193;REFB=-0.00502917;REVB=-0.0107632;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270859;STB=0.515142;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00381183;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:16:16:18:16:16:16:18:16 chr5 156936364 . T C 236.58 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00812478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.91;QD=15.7718;RBI=0.0309262;REFB=-0.00452186;REVB=-0.0298399;RO=33;SAF=19;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255172;STB=0.644797;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00669399;OID=.;OPOS=156936364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:8:19:15:18:8:19:15:18 chr5 157006568 . C T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0114182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.277;QD=11.597;RBI=0.0138247;REFB=-0.0170215;REVB=-0.00779401;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399758;STB=0.738058;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0259657;OID=.;OPOS=157006568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:9:3:13:8:9:3:13:8 chr5 157158553 . C T 637.77 PASS AF=0.507937;AO=62;DP=123;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=16;FWDB=0.0634116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3641;QD=20.2465;RBI=0.0643234;REFB=-0.0236299;REVB=0.0107921;RO=61;SAF=36;SAR=26;SRF=46;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165734;STB=0.584787;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0285323;OID=.;OPOS=157158553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:61:62:62:64:0.507937:26:36:46:15:27:37:46:16 chr5 157164962 . T C 205.15 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0132342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.371;QD=15.7808;RBI=0.0133083;REFB=-0.00457423;REVB=-0.00140204;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124307;STB=0.578967;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00370456;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:29:23:23:0.442308:11:12:11:17:11:12:11:18 chr5 157213497 . A G 765.49 PASS AF=0.45;AO=81;DP=181;FAO=81;FDP=180;FR=.;FRO=99;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=0.0835271;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.157;QD=17.011;RBI=0.0837416;REFB=-0.0103908;REVB=0.00599097;RO=99;SAF=54;SAR=27;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187848;STB=0.604625;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0173505;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:99:99:81:81:0.45:27:54:48:51:27:54:48:51 chr5 158122999 . A C 44.9 PASS AF=0.113636;AO=9;DP=71;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.00554377;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=104.337;QD=2.04108;RBI=0.00788189;REFB=-0.005114;REVB=-0.00560275;RO=60;SAF=2;SAR=7;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409936;STB=0.839719;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0229247;OID=.;OPOS=158122999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:71:88:60:78:9:10:0.113636:7:2:34:26:8:2:48:30 chr5 158204425 . A G 1831.56 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175299;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.175;QD=61.565;RBI=0.0176381;REFB=0;REVB=-0.00195085;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37618e-05;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:65:54:0:0:65:54:0:0 chr5 159344461 . G A 552.06 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0164144;FXX=0.0145975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.613;QD=16.3573;RBI=0.0182773;REFB=-0.0105785;REVB=0.00803898;RO=75;SAF=25;SAR=34;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705105;STB=0.543364;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0142928;OID=.;OPOS=159344461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:75:76:59:59:0.437037:34:25:37:38:34:25:38:38 chr5 159505208 . C A 221.86 PASS AF=0.458333;AO=23;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00717888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.022;QD=18.4881;RBI=0.0655593;REFB=-0.0134071;REVB=-0.0651651;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839702;STB=0.5764;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0164132;OID=.;OPOS=159505208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:23:22:0.458333:9:14:13:12:8:14:13:13 chr5 159659273 . C T 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00431223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4356;QD=25.1493;RBI=0.0347482;REFB=-0.00699083;REVB=0.0344795;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108186;STB=0.559956;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00585487;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:14:13:13:8:14:13:13:8 chr5 159665599 . G A 272.85 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0143788;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.022;QD=14.7488;RBI=0.035901;REFB=0.000787354;REVB=0.0328957;RO=42;SAF=22;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156747;STB=0.584014;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.000706452;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:43:31:31:0.418919:9:22:24:18:9:22:25:18 chr5 159679636 . C T 520.29 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00932895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.109;QD=20.4036;RBI=0.0216394;REFB=-0.000947973;REVB=-0.0195252;RO=47;SAF=24;SAR=29;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856793;STB=0.547152;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000789726;OID=.;OPOS=159679636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:49:53:53:0.519608:29:24:26:21:29:24:27:22 chr5 159680046 . T C 115.67 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0355301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1027;QD=11.0159;RBI=0.0426417;REFB=-0.0114414;REVB=0.023578;RO=27;SAF=11;SAR=2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496477;STB=0.802667;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0220401;OID=.;OPOS=159680046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:28:13:14:0.333333:2:11:12:15:2:12:13:15 chr5 159686503 . G A 201.5 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00331576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.348;QD=20.6663;RBI=0.027679;REFB=-0.0275089;REVB=0.0274797;RO=19;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164463;STB=0.593123;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0247216;OID=.;OPOS=159686503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:6:14:10:9:6:14:10:9 chr5 159696554 . A G 270.57 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0145024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7371;QD=14.4306;RBI=0.0323659;REFB=-0.0143924;REVB=-0.028935;RO=44;SAF=15;SAR=16;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869633;STB=0.549325;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0219814;OID=.;OPOS=159696554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:16:15:25:19:16:15:25:19 chr5 159775741 . G A 417.37 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0160672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1574;QD=14.2691;RBI=0.0245789;REFB=0.00769858;REVB=-0.0186002;RO=62;SAF=22;SAR=26;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154514;STB=0.554348;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0620086;OID=.;OPOS=159775741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:69:48:48:0.410256:26:22:38:24:26:22:38:31 chr5 159776047 . A G 261.78 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0164551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.352;QD=22.2788;RBI=0.0250501;REFB=-0.0122744;REVB=-0.0188874;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222019;STB=0.621216;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.011996;OID=.;OPOS=159776047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:24:25:0.531915:15:9:3:18:16:9:3:19 chr5 159831803 . A G 288.48 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0567832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.544;QD=13.737;RBI=0.057705;REFB=-0.016974;REVB=-0.0102731;RO=48;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277199;STB=0.520595;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0290454;OID=.;OPOS=159831803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:51:33:33:0.392857:17:16:22:26:17:16:23:28 chr5 159835658 . A G 477.2 PASS AF=0.397059;AO=53;DP=136;FAO=54;FDP=136;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.00216754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.371;QD=14.0353;RBI=0.0128482;REFB=-0.0205061;REVB=-0.012664;RO=81;SAF=33;SAR=20;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153568;STB=0.587481;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0361369;OID=.;OPOS=159835658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:81:82:53:54:0.397059:20:33:39:42:20:34:40:42 chr5 159990279 . G A 894.86 PASS AF=0.517442;AO=89;DP=172;FAO=89;FDP=172;FR=.;FRO=83;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.00553296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1806;QD=20.8107;RBI=0.0606914;REFB=-0.0125232;REVB=-0.0604387;RO=83;SAF=43;SAR=46;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730336;STB=0.540038;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0168444;OID=.;OPOS=159990279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:83:83:89:89:0.517442:46:43:47:36:46:43:47:36 chr5 159992655 . T C 275.97 PASS AF=0.5;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.000693061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7499;QD=18.3982;RBI=0.0307776;REFB=-0.0118981;REVB=0.0307698;RO=30;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201103;STB=0.617634;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0108713;OID=.;OPOS=159992655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:29:30:0.5:18:11:18:12:19:11:18:12 chr5 159992754 . T G 382.42 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0459193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2612;QD=17.5824;RBI=0.0460936;REFB=-0.00765657;REVB=0.00400543;RO=47;SAF=32;SAR=8;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405688;STB=0.729042;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00755899;OID=.;OPOS=159992754;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:8:32:20:27:8:32:20:27 chr5 160049566 . GTTT GTTA,GTT 479.22 PASS AF=0.0631579,0.936842;AO=4,14;DP=95;FAO=6,89;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=6,41;FSAR=0,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0766684,-0.269299;FXX=0.0206164;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=206.054,7.60275;QD=20.1777;RBI=0.13062,0.890384;REFB=0.0549951,0.0899021;REVB=0.105752,0.848682;RO=53;SAF=4,7;SAR=0,7;SRF=12;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.677484,0.353773;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.163143,-0.0334919;OID=.,.;OPOS=160049569,160049567;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GTTA,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0631579,0.936842:4,14:95:6,89:95:0:6,41:0,48:0:0:15:53:4,7:0,7:12:41 chr5 160097496 . A G 263.81 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.0136103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4275;QD=15.293;RBI=0.0136279;REFB=-0.00780771;REVB=-0.000693213;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123781;STB=0.569535;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0168501;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:19:11:10:29:19:11:10:29 chr5 160097632 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00133428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.852;QD=16.0426;RBI=0.0115617;REFB=-0.0214075;REVB=-0.0114845;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1937;STB=0.610996;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0197821;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:10:16:8:11:10:16 chr5 160716376 . CT C 72.22 PASS AF=0.636364;AO=11;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.113762;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.63808;QD=8.75451;RBI=0.188146;REFB=-0.00522355;REVB=-0.149857;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153845;STB=0.526291;STBP=0.641;TYPE=del;VARB=0.0513789;OID=.;OPOS=160716377;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:11:33:21:33:12:12:9:6:6:30:9:4:7:5:4 chr5 161119071 . G T 1589.85 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4629;QD=59.9945;RBI=0.014821;REFB=0;REVB=0.0147856;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97325e-05;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:62:43:0:0:63:43:0:0 chr5 161128761 . C G 1171.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6936;QD=60.8809;RBI=0.0721692;REFB=0;REVB=-0.0598887;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000771941;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr5 161325934 . A C 421.75 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00248728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.542;QD=18.1397;RBI=0.0477739;REFB=-0.0128621;REVB=0.0477091;RO=49;SAF=19;SAR=24;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327593;STB=0.511942;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0128784;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:50:43:43:0.462366:24:19:20:29:24:19:21:29 chr5 161522556 . C T 302.07 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00559548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.591;QD=14.3844;RBI=0.0152838;REFB=-0.00691105;REVB=-0.0142227;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130698;STB=0.578679;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00663208;OID=.;OPOS=161522556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:18:16:17:32:18:16:17:33 chr5 161528280 . C T 413.02 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00270236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.668;QD=24.2955;RBI=0.0137866;REFB=-0.00364326;REVB=0.0135191;RO=27;SAF=20;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681079;STB=0.529397;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00285486;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:28:40:40:0.588235:20:20:11:16:20:20:12:16 chr5 161582493 . CAT C 348.56 PASS AF=0.40404;AO=38;DP=102;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.0109277;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.058;QD=14.0834;RBI=0.0156563;REFB=0.00295668;REVB=0.0112117;RO=61;SAF=10;SAR=28;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433428;STB=0.50847;STBP=0.936;TYPE=del;VARB=-0.00411482;OID=.;OPOS=161582494;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40404:38:102:40:99:59:12:28:17:42:99:61:10:28:18:43 chr5 161904930 . A G 260.3 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344855;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.327;QD=52.0609;RBI=0.0481539;REFB=0;REVB=0.0336088;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686954;OID=.;OPOS=161904930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr5 162210532 . A G 539.13 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.13;QD=59.9032;RBI=0.0319097;REFB=0;REVB=0.0310315;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010398;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chr5 162890953 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.566;QD=59.1432;RBI=0.0219918;REFB=0;REVB=-0.00266386;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22897e-05;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr5 162902516 . T C 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0226479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.98;QD=22.3223;RBI=0.0251953;REFB=-0.00510347;REVB=0.0110397;RO=23;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130923;STB=0.57247;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00399375;OID=.;OPOS=162902516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:18:12:13:10:18:12:13:10 chr5 167674370 . C T 278.78 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00142012;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.428;QD=16.1613;RBI=0.0634327;REFB=-0.0106204;REVB=0.0634168;RO=39;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847769;STB=0.538897;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0140722;OID=.;OPOS=167674370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:38:31:31:0.449275:20:11:17:22:20:11:16:22 chr5 167690948 . CAAAAAAAAT AAAAAAAAAT,CAAAAAAAAA,CAAAAAAAT 34.75 PASS AF=0,0,0.351351;AO=3,3,6;DP=38;FAO=0,0,13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=0,0,8;FSAR=0,0,5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00656165,-0.115793,-0.107475;FXX=0.0749813;HRUN=1,4,8;LEN=1,1,1;MLLD=178.938,17.8585,7.2202;QD=3.75656;RBI=0.0322475,0.181549,0.196511;REFB=0.00550703,0.00877631,-0.0308023;REVB=-0.0315729,-0.139829,0.164516;RO=16;SAF=3,2,5;SAR=0,1,1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.63787,0.248148,0.467764;STB=0.5,0.5,0.521705;STBP=1,1,0.883;TYPE=snp,snp,del;VARB=0,0,0.00704805;OID=.,.,.;OPOS=167690948,167690957,167690949;OREF=C,T,A;OALT=A,A,-;OMAPALT=AAAAAAAAAT,CAAAAAAAAA,CAAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:38:38:37:16:24:3,3,6:0,0,13:0,0,0.351351:0,1,1:3,2,5:7:9:0,0,5:0,0,8:14:10 chr5 167850748 . A G 2770.47 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.623;QD=62.6095;RBI=0.0419156;REFB=0;REVB=0.0143297;RO=0;SAF=87;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55665e-05;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:177:0:0:171:177:1:84:87:0:0:86:91:0:0 chr5 167868779 . A G 448.49 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0652516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.475;QD=16.4584;RBI=0.0652532;REFB=-0.0146501;REVB=-0.000456259;RO=59;SAF=26;SAR=24;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10482;STB=0.558323;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0136401;OID=.;OPOS=167868779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:24:26:37:22:24:26:37:22 chr5 167868809 . C T 382.26 PASS AF=0.444444;AO=38;DP=88;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.105665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.828;QD=16.9891;RBI=0.105996;REFB=-0.00174915;REVB=0.00836875;RO=50;SAF=20;SAR=18;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11609;STB=0.550995;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00208535;OID=.;OPOS=167868809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:50:50:38:40:0.444444:18:20:32:18:18:22:32:18 chr5 167895953 . T C 787.55 PASS AF=0.528169;AO=74;DP=142;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00483468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4597;QD=22.1846;RBI=0.00778122;REFB=-0.00303187;REVB=-0.00609698;RO=67;SAF=36;SAR=38;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181649;STB=0.512962;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0027943;OID=.;OPOS=167895953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:67:67:74:75:0.528169:38:36:34:33:39:36:34:33 chr5 167913510 . G A 465.26 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.311;QD=58.1572;RBI=0.062171;REFB=0;REVB=0.033886;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362125;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:19:13:0:0 chr5 167943827 . G A 1434.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.007;QD=63.0511;RBI=0.0209977;REFB=0;REVB=0.0166273;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01196e-06;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:47:43:0:0:47:44:0:0 chr5 167957055 . G A 275.2 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=43;FWDB=0.017425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.39;QD=13.1046;RBI=0.0201479;REFB=-0.00564374;REVB=-0.0101147;RO=50;SAF=8;SAR=24;SRF=9;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106642;STB=0.567758;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00999715;OID=.;OPOS=167957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:50:52:32:32:0.380952:24:8:9:41:24:8:9:43 chr5 168093302 . ATTTTTTG ATTT,ATTTTTG 121.65 PASS AF=0.354839,0;AO=18,7;DP=65;FAO=22,0;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9,0;FSAR=13,0;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00104551,-0.275879;FXX=0.0312451;HRUN=6,6;LEN=4,1;MLLD=241.434,13.9615;QD=7.84835;RBI=0.00350446,0.284638;REFB=-0.00706166,0.0206545;REVB=-0.00334487,0.0700678;RO=30;SAF=6,5;SAR=12,2;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0.340157,0.340157;SSSB=-0.219969,0.227745;STB=0.590826,0.5;STBP=0.297,1;TYPE=del,del;VARB=0.0103875,0;OID=.,.;OPOS=168093306,168093303;OREF=TTTG,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTT,ATTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839,0:18,7:65:22,0:62:40:9,0:13,0:22:18:99:30:6,5:12,2:16:14 chr5 168093522 . G A 115.82 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.01907;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.651;QD=10.5293;RBI=0.0190762;REFB=-0.0143639;REVB=-0.000487606;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119092;STB=0.571327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0280448;OID=.;OPOS=168093522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:14:16:6:8:14:16 chr5 168098463 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.726;QD=63.5807;RBI=0.0535317;REFB=0;REVB=0.021953;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76872e-05;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr5 168176517 . A G 257.47 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0713568;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6469;QD=16.3473;RBI=0.0878002;REFB=-0.00893793;REVB=-0.0511574;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15445;STB=0.575112;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00766604;OID=.;OPOS=168176517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:34:28:29:0.460317:12:16:14:20:13:16:14:20 chr5 168180081 . C T 488.21 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0111025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.931;QD=24.4105;RBI=0.0210384;REFB=-0.0557987;REVB=0.0178703;RO=34;SAF=16;SAR=30;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169666;STB=0.593179;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.032012;OID=.;OPOS=168180081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:30:16:19:15:30:16:19:15 chr5 168212951 . A G 588.1 PASS AF=0.977273;AO=34;DP=39;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.220329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5664;QD=53.4633;RBI=0.22576;REFB=-0.135848;REVB=0.0492188;RO=3;SAF=22;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595979;STB=0.508471;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00829361;OID=.;OPOS=168212951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:39:44:3:1:34:43:0.977273:12:22:3:0:14:29:1:0 chr5 168250350 . C G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.125561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.739;QD=15.1665;RBI=0.125786;REFB=-0.032288;REVB=-0.00751261;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171974;STB=0.599863;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.032587;OID=.;OPOS=168250350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:10:10:10:5:10:10 chr5 168671698 . A T 511.19 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00505837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.004;QD=17.0396;RBI=0.046416;REFB=-0.000597433;REVB=-0.0461395;RO=63;SAF=23;SAR=32;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257734;STB=0.515484;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00037268;OID=.;OPOS=168671698;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:65:55:55:0.458333:32:23:28:35:32:23:29:36 chr5 168690612 . A G 1038.48 PASS AF=0.439689;AO=113;DP=257;FAO=113;FDP=257;FR=.;FRO=144;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=68;FSRR=76;FWDB=-0.00900554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.208;QD=16.1631;RBI=0.0121542;REFB=-0.00924537;REVB=-0.00816239;RO=142;SAF=58;SAR=55;SRF=67;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415707;STB=0.522986;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0118834;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:142:144:113:113:0.439689:55:58:67:75:55:58:68:76 chr5 169021610 . C T 922.33 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.885;QD=58.5605;RBI=0.0884551;REFB=0;REVB=0.0876972;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037576;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:63:0:0:57:63:1:28:29:0:0:33:30:0:0 chr5 169028481 . T C 347.6 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00887992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.278;QD=51.496;RBI=0.0184388;REFB=-0.100723;REVB=0.0161597;RO=1;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545422;STB=0.529389;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00173827;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:8:18:0:1:8:18:0:1 chr5 169031150 . T C 1956.9 PASS AF=0.977273;AO=128;DP=133;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0109741;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.695;QD=59.3001;RBI=0.0426104;REFB=-0.188314;REVB=0.041173;RO=3;SAF=57;SAR=71;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019653;STB=0.502501;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0016688;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:132:3:3:128:129:0.977273:71:57:0:3:72:57:1:2 chr5 169129422 . A G 1587.76 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734162;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.3;QD=64.152;RBI=0.0150356;REFB=0;REVB=0.0131214;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15834e-06;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:50:49:0:0:50:49:0:0 chr5 169435713 . A C 955.73 PASS AF=0.531429;AO=93;DP=175;FAO=93;FDP=175;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00402891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.832;QD=21.8451;RBI=0.0233118;REFB=-0.0168424;REVB=-0.022961;RO=82;SAF=37;SAR=56;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471593;STB=0.525816;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0159938;OID=.;OPOS=169435713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:82:82:93:93:0.531429:56:37:37:45:56:37:37:45 chr5 169454941 . C G 319.88 PASS AF=0.476744;AO=27;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0038521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5831;QD=14.8783;RBI=0.0383221;REFB=-0.0230544;REVB=0.038128;RO=45;SAF=19;SAR=8;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741868;STB=0.593881;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0474679;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:27:41:0.476744:8:19:29:16:22:19:29:16 chr5 169461547 . C T 423.66 PASS AF=0.625;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0182804;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.294;QD=26.4787;RBI=0.0221882;REFB=-0.0184673;REVB=0.0125756;RO=24;SAF=5;SAR=35;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444804;STB=0.747042;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0120135;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:24:24:40:40:0.625:35:5:14:10:35:5:14:10 chr5 169510392 . G A 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0155695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3588;QD=22.8839;RBI=0.0213564;REFB=0.0062438;REVB=0.014618;RO=29;SAF=22;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130098;STB=0.571616;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00635329;OID=.;OPOS=169510392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:16:22:12:17:16:22:12:17 chr5 169533240 . G A 80.37 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0196409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.287;QD=16.919;RBI=0.0443732;REFB=-0.0264226;REVB=0.0397896;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121106;STB=0.533268;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0163764;OID=.;OPOS=169533240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:7:9:9:10:0.526316:5:4:3:4:6:4:3:6 chr5 169535522 . T C 1425.53 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.458;QD=61.9796;RBI=0.0334589;REFB=-0.0580272;REVB=0.0308822;RO=1;SAF=31;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539627;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:92:92:1:0:90:92:1:59:31:0:1:61:31:0:0 chr5 169695446 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.519;QD=33.4285;RBI=0.0775763;REFB=0;REVB=-0.0594575;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019558;OID=.;OPOS=169695446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr5 169714967 . T C 161.82 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0250944;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4282;QD=11.9869;RBI=0.0472599;REFB=-0.00849637;REVB=-0.0400471;RO=34;SAF=4;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410185;STB=0.705667;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0114906;OID=.;OPOS=169714967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:19:20:0.37037:15:4:19:15:15:5:19:15 chr5 169910062 . A G 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0101385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.977;QD=23.3696;RBI=0.0131395;REFB=-0.00838005;REVB=0.00835806;RO=26;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766635;STB=0.542102;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00603953;OID=.;OPOS=169910062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:16:20:17:9:16:20:17:9 chr5 169910084 . G T 840.61 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0507626;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.2679;QD=56.0406;RBI=0.0523609;REFB=2.05345e-05;REVB=0.0128384;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136765;STB=0.507244;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000666877;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:25:34:1:0:25:34:1:0 chr5 170240990 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC 1055.84 PASS AF=0,0.323699,0.0404624,0.398844,0.138728;AO=10,40,17,38,25;DP=174;FAO=0,56,7,69,24;FDP=173;FR=.;FRO=17;FSAF=0,55,7,8,0;FSAR=0,1,0,61,24;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0584349,0.0673083,0.00976474,-0.0473843,-0.0547114;FXX=0.0335177;HRUN=1,2,5,5,5;LEN=2,1,2,1,1;MLLD=17.4345,13.8041,8.03311,12.1339,160.441;QD=24.4125;RBI=0.17799,0.0857663,0.0262018,0.0929473,0.0603028;REFB=-0.0059476,-0.0970985,-0.102748,-0.0938406,0.00996144;REVB=-0.168125,0.053155,-0.0243143,-0.0799621,-0.0253593;RO=24;SAF=0,40,17,6,0;SAR=10,0,0,32,25;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.802114,0.860264,0.799098,-0.443259,-0.859893;STB=0.5,0.853459,0.997858,0.683712,0.99939;STBP=1,0,0.024,0,0;TYPE=mnp,ins,mnp,del,snp;VARB=0,0.125716,0.145958,-0.0428524,0.0449431;OID=.,.,.,.,.;OPOS=170240990,170240997,170240995,170240991,170240992;OREF=TA,-,AC,A,A;OALT=AT,A,CA,-,T;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:99:174:173:24:17:10,40,17,38,25:0,56,7,69,24:0,0.323699,0.0404624,0.398844,0.138728:10,0,0,32,25:0,40,17,6,0:16:8:0,1,0,61,24:0,55,7,8,0:11:6 chr5 170294132 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.391;QD=62.3508;RBI=0.0257667;REFB=0;REVB=0.0201959;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36511e-05;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr5 170395512 . A T 1429.97 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303105;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.867;QD=62.8556;RBI=0.0573391;REFB=0;REVB=0.0486728;RO=0;SAF=29;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308429;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:61:29:0:0:62:29:0:0 chr5 171472417 . A G 300.4 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0134967;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.2407;QD=44.5036;RBI=0.0171316;REFB=-0.0295597;REVB=-0.0105513;RO=3;SAF=8;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145412;STB=0.57888;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00262259;OID=.;OPOS=171472417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:16:8:3:0:16:8:3:0 chr5 171481606 . A G 141.98 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.0393957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.884;QD=8.23054;RBI=0.049896;REFB=-0.0178493;REVB=-0.0306201;RO=49;SAF=12;SAR=8;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147731;STB=0.587418;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0599535;OID=.;OPOS=171481606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:8:12:35:14:8:12:35:14 chr5 171533629 . A G 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00371396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.534;QD=15.3051;RBI=0.0119902;REFB=-0.0191414;REVB=-0.0114006;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107749;STB=0.536208;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.020238;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:39:30:30:0.434783:15:15:14:22:15:15:17:22 chr5 171533656 . C T 407.45 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0020635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.283;QD=15.3754;RBI=0.0334518;REFB=-0.0108488;REVB=0.0333881;RO=60;SAF=23;SAR=23;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101003;STB=0.556579;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0126207;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:23:23:24:36:23:23:24:36 chr5 171533782 . T C 729.09 PASS AF=0.56;AO=69;DP=122;FAO=70;FDP=125;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0666092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8768;QD=23.3308;RBI=0.0726103;REFB=-0.0120041;REVB=0.0289044;RO=53;SAF=24;SAR=45;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119908;STB=0.577197;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00793709;OID=.;OPOS=171533782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:53:55:69:70:0.56:45:24:26:27:46:24:28:27 chr5 171723736 . A G 145.17 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9788;QD=44.6675;RBI=0.0263865;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000669012;OID=.;OPOS=171723736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:0:13:0:0:0:13:0:0 chr5 171723739 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.943;QD=44.6891;RBI=0.14651;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025717;OID=.;OPOS=171723739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:0:13:0:0:0:13:0:0 chr5 171724060 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0737405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.167;QD=33.4285;RBI=0.0797674;REFB=0;REVB=0.0304166;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000900198;OID=.;OPOS=171724060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr5 171724082 . T C 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.083;QD=37.8931;RBI=0.059095;REFB=-0.0915351;REVB=0.0553879;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00130189;OID=.;OPOS=171724082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:1:0:5:7:1:0 chr5 171760569 . A G 838.86 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.956;QD=55.0071;RBI=0.0200811;REFB=-0.127499;REVB=-0.000146757;RO=2;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000524089;STB=0.508194;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000218958;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:2:1:59:60:0.983607:29:30:1:1:30:30:1:0 chr5 171849471 . G A 300.6 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00261902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.829;QD=23.1232;RBI=0.0582674;REFB=-0.0227745;REVB=-0.0582085;RO=22;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00932699;STB=0.505151;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0159065;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:16:14:10:12:16:14:10:12 chr5 172113235 . C T 608.45 PASS AF=0.432432;AO=63;DP=145;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.0119425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.166;QD=16.4445;RBI=0.0125081;REFB=-0.00376273;REVB=-0.00371875;RO=81;SAF=25;SAR=38;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280345;STB=0.522058;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00673424;OID=.;OPOS=172113235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:81:84:63:64:0.432432:38:25:30:51:38:26:31:53 chr5 172196711 . G T 695.36 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0423376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.487;QD=54.5378;RBI=0.065375;REFB=0.0025163;REVB=0.0498138;RO=1;SAF=5;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852016;STB=0.545435;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=9.94435e-05;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:44:5:1:0:45:5:1:0 chr5 172261462 . G A 63.31 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0136865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.825;QD=23.0207;RBI=0.0333804;REFB=-0.0833993;REVB=-0.0304456;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215133;STB=0.66617;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0309884;OID=.;OPOS=172261462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:11:11:2:3:6:6:0.545455:3:3:0:2:3:3:0:3 chr5 172294194 . G T 920.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.625;QD=58.4138;RBI=0.0249178;REFB=0;REVB=0.0170258;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133435;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr5 172341917 . T C 262.98 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0164173;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.603;QD=14.8157;RBI=0.026086;REFB=-0.0239025;REVB=-0.0202719;RO=40;SAF=16;SAR=14;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169128;STB=0.501886;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0307922;OID=.;OPOS=172341917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:14:16:22:18:14:16:22:19 chr5 172342029 . G GT,T 192.67 PASS AF=0.447368,0;AO=19,5;DP=82;FAO=34,0;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=15,0;FSAR=19,0;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.103023,0.0559833;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.251,16.7853;QD=10.1407;RBI=0.113311,0.0794723;REFB=0.0591891,0.0081003;REVB=-0.0471763,-0.0564067;RO=54;SAF=8,2;SAR=11,3;SRF=32;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.206291,-0.206043;STB=0.584566,0.5;STBP=0.194,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.068371,0;OID=.,.;OPOS=172342030,172342029;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:76:54:42:19,5:34,0:0.447368,0:11,3:8,2:32:22:19,0:15,0:25:17 chr5 172381973 . A AGGT 364.18 PASS AF=0.528571;AO=35;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00710522;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=3;MLLD=226.03;QD=20.8102;RBI=0.0124338;REFB=-0.0193661;REVB=-0.0102037;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957787;STB=0.531233;STBP=0.612;TYPE=ins;VARB=0.017059;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528571:35:71:37:70:33:20:17:20:13:99:32:18:17:20:12 chr5 172447762 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.854;QD=59.8394;RBI=0.0235571;REFB=0;REVB=-0.0225752;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178834;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr5 172631051 . T G 359.4 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2636;QD=55.2915;RBI=0.0783215;REFB=0;REVB=-0.0243882;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119501;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:7:16:0:0:7:19:0:0 chr5 172660526 . AT A,AA 154.11 PASS AF=0.642857,0.357143;AO=5,8;DP=14;FAO=9,5;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=7,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01567,0.0129994;FXX=0.0666222;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.353,257.194;QD=44.0315;RBI=0.0168801,0.0147711;REFB=0,0;REVB=0.00627606,0.00701445;RO=1;SAF=1,2;SAR=4,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0951258,0.0679981;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000448189,0.00115248;OID=.,.;OPOS=172660527,172660527;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.642857,0.357143:5,8:14:9,5:14:0:2,0:7,5:0:0:12:1:1,2:4,6:0:1 chr5 172662024 . T C 289.13 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.798;QD=52.5699;RBI=0.0477339;REFB=0;REVB=0.0476983;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225043;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr5 172750436 . G A 457.03 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.018034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2054;QD=23.1405;RBI=0.0184705;REFB=-0.00400581;REVB=-0.00399198;RO=35;SAF=13;SAR=31;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964446;STB=0.553181;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00259441;OID=.;OPOS=172750436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:31:13:14:21:31:13:14:21 chr5 173376506 . A G 350.15 PASS AF=0.447059;AO=36;DP=86;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0140011;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7828;QD=16.4778;RBI=0.0233837;REFB=-0.00977041;REVB=0.0187288;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159502;STB=0.588225;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0110854;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:43:47:36:38:0.447059:15:21:18:25:15:23:21:26 chr5 174156168 . T C 697.92 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0258771;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.61;QD=52.6733;RBI=0.0270644;REFB=-0.0837563;REVB=0.00792831;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.504259;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000903833;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:53:0:2:51:51:0.962264:20:31:0:0:20:31:1:1 chr5 174422374 . C T 1533.52 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473005;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9854;QD=63.8966;RBI=0.0188268;REFB=0;REVB=-0.0182229;RO=0;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03817e-05;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:38:58:0:0:38:58:0:0 chr5 174868840 . T C 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.38;QD=62.6144;RBI=0.0167198;REFB=0;REVB=0.010864;RO=0;SAF=31;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.90485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77751e-06;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:57:31:0:0:57:31:0:0 chr5 174870150 . C T 885.07 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.415;QD=58.0372;RBI=0.00685903;REFB=0;REVB=0.00521843;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09289e-05;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:38:22:0:0:38:23:0:0 chr5 175511992 . C T 120.94 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=37;FWDB=-0.00309813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.536;QD=8.19924;RBI=0.0617941;REFB=-0.0100783;REVB=-0.0617164;RO=42;SAF=2;SAR=15;SRF=5;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0039685;STB=0.502389;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.022671;OID=.;OPOS=175511992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:15:2:5:37:15:2:5:37 chr5 175530790 . A G 299.0 PASS AF=0.23;AO=45;DP=200;FAO=46;FDP=200;FR=.;FRO=154;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=88;FSRR=66;FWDB=0.0548992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9399;QD=5.98007;RBI=0.0558289;REFB=0.00148416;REVB=-0.0101459;RO=151;SAF=16;SAR=29;SRF=88;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28394;STB=0.67003;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00408253;OID=.;OPOS=175530790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:151:154:45:46:0.23:29:16:88:63:30:16:88:66 chr5 175811094 . C CAT,CGT,T 615.45 PASS AF=0.529412,0.372549,0.0392157;AO=26,18,4;DP=56;FAO=27,19,2;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=8,8,1;FSAR=19,11,1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.031091,0.0177538,0.00691689;FXX=0.0555453;HRUN=0,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=151.633,132.939,113.506;QD=48.2703;RBI=0.0310926,0.0180998,0.0086495;REFB=-0.0477344,-0.133548,-0.00173956;REVB=0.000321456,0.00352207,-0.00519331;RO=8;SAF=8,7,2;SAR=18,11,2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.255931,-0.265901,-0.404244;STB=0.578886,0.578864,0.798048;STBP=0.022,0.105,0.718;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0194703,0.0387658,0.034156;OID=.,.,.;OPOS=175811095,175811095,175811094;OREF=-,-,C;OALT=AT,GT,T;OMAPALT=CAT,CGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:56:51:8:3:26,18,4:27,19,2:0.529412,0.372549,0.0392157:18,11,2:8,7,2:7:1:19,11,1:8,8,1:3:0 chr5 175956271 . A C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00577588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.49;QD=13.314;RBI=0.0162635;REFB=-0.013462;REVB=-0.0152033;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129855;STB=0.574259;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0214648;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:12:10:11:22:12:10:11:22 chr5 175998246 . T C 442.02 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.000658255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.927;QD=31.0192;RBI=0.0152569;REFB=-0.0450032;REVB=0.0152427;RO=17;SAF=15;SAR=25;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129873;STB=0.507039;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0087354;OID=.;OPOS=175998246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:40:40:0.701754:25:15:6:11:25:15:6:11 chr5 176002144 . A C 451.27 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222222;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.625;QD=58.2285;RBI=0.0407674;REFB=0;REVB=0.0341783;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288877;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:6:25:0:0:6:25:0:0 chr5 176002388 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.00184781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.997;QD=22.1888;RBI=0.00734524;REFB=-0.00904284;REVB=-0.00710902;RO=22;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186871;STB=0.60358;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00918459;OID=.;OPOS=176002388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:9:15:18:4:9:15:18:4 chr5 176004476 . T C 74.18 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.887;QD=37.0895;RBI=0.059244;REFB=0;REVB=0.0589676;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253477;OID=.;OPOS=176004476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:1:5:0:0:3:5:0:0 chr5 176005477 . C T 276.7 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00974115;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.266;QD=18.1442;RBI=0.0486547;REFB=-0.0194617;REVB=0.0476696;RO=30;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118881;STB=0.573864;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0158833;OID=.;OPOS=176005477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:14:16:12:18:14:16:12:19 chr5 176011264 . T C 289.79 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00272704;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.902;QD=25.1993;RBI=0.00282169;REFB=-0.0187987;REVB=-0.0007247;RO=19;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157887;STB=0.510301;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.017651;OID=.;OPOS=176011264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:19:20:26:26:0.565217:15:11:8:11:15:11:8:12 chr5 176017455 . C T 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0171554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.161;QD=18.0082;RBI=0.0171645;REFB=-0.0217544;REVB=-0.00055768;RO=40;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560349;STB=0.523797;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.02084;OID=.;OPOS=176017455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:37:37:0.474359:17:20:24:16:17:20:24:17 chr5 176017639 . C A 476.77 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=45;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.00241368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.301;QD=16.7289;RBI=0.0110129;REFB=-0.0229988;REVB=0.0107451;RO=62;SAF=7;SAR=45;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292602;STB=0.666043;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0251573;OID=.;OPOS=176017639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:62:52:52:0.45614:45:7:20:42:45:7:20:42 chr5 176024880 . C T 965.62 PASS AF=0.92;AO=69;DP=75;FAO=69;FDP=75;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00718921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.358;QD=51.4998;RBI=0.0117515;REFB=0.00612725;REVB=0.00929588;RO=4;SAF=13;SAR=56;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125309;STB=0.59372;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-3.77823e-05;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:75:75:4:6:69:69:0.92:56:13:4:0:56:13:6:0 chr5 176025938 . T C 567.66 PASS AF=0.854167;AO=39;DP=46;FAO=41;FDP=48;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0128913;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.73;QD=47.3053;RBI=0.0395979;REFB=-0.125617;REVB=-0.0374407;RO=2;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520011;STB=0.57774;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00368861;OID=.;OPOS=176025938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:48:2:7:39:41:0.854167:17:22:0:2:19:22:0:7 chr5 176026717 . G A 484.81 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0248923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.718;QD=21.0786;RBI=0.029409;REFB=-0.00413714;REVB=-0.0156607;RO=45;SAF=25;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210269;STB=0.511623;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00625871;OID=.;OPOS=176026717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:22:25:25:20:22:25:25:20 chr5 176053622 . G A 96.72 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0332291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8505;QD=12.4801;RBI=0.0483169;REFB=-0.0102237;REVB=0.0350763;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891716;STB=0.530676;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00824376;OID=.;OPOS=176053622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:7:5:6:12:7:5:7:12 chr5 176069831 . G A 1534.56 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3548;QD=59.5946;RBI=0.0130318;REFB=0;REVB=-0.0110774;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04249e-06;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:53:49:0:0:53:50:0:0 chr5 176081907 . C T 347.45 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0474286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7753;QD=17.1582;RBI=0.052434;REFB=0.00576538;REVB=0.0223574;RO=43;SAF=27;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231986;STB=0.63803;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00372462;OID=.;OPOS=176081907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:44:37:37:0.45679:10:27:22:21:10:27:22:22 chr5 176295922 . C T 681.69 PASS AF=0.489362;AO=65;DP=138;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.0197664;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.409;QD=19.3386;RBI=0.0217337;REFB=-0.0156487;REVB=0.00903572;RO=73;SAF=36;SAR=29;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122903;STB=0.55349;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0190132;OID=.;OPOS=176295922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:73:72:65:69:0.489362:29:36:31:42:33:36:30:42 chr5 176314459 . G A 486.28 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.494;QD=57.2093;RBI=0.187908;REFB=0;REVB=0.185934;RO=2;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639185;OID=.;OPOS=176314459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:2:0:32:34:1:12:20:0:2:14:20:0:0 chr5 176314639 . G A 715.48 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803792;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.775;QD=57.2381;RBI=0.089515;REFB=0;REVB=0.039397;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303218;OID=.;OPOS=176314639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr5 176334195 . C T 210.72 PASS AF=0.477273;AO=17;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.012856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.661;QD=19.1559;RBI=0.0150836;REFB=-0.00329469;REVB=-0.0078892;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106788;STB=0.568901;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00348961;OID=.;OPOS=176334195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:23:17:21:0.477273:7:10:9:10:10:11:9:14 chr5 176378574 . G T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00660636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.125;QD=17.9407;RBI=0.00750594;REFB=-0.00372807;REVB=0.00356302;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675074;STB=0.538421;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00365833;OID=.;OPOS=176378574;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:12:10:10:9:12:10 chr5 176382995 . G A 144.75 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0209489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.25;QD=15.6486;RBI=0.0209547;REFB=-0.0178028;REVB=-0.000493257;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261743;STB=0.651374;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0195504;OID=.;OPOS=176382995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:12:9:11:5:12:9 chr5 176397657 . C T 140.71 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0269957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.002;QD=13.0889;RBI=0.0271917;REFB=-0.00789636;REVB=0.00325902;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280841;STB=0.6627;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0103171;OID=.;OPOS=176397657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:19:8:9:7:19:8 chr5 176402401 . G A 372.1 PASS AF=0.470588;AO=35;DP=79;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.00284892;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.695;QD=17.5108;RBI=0.0420438;REFB=-0.0172958;REVB=-0.0419471;RO=44;SAF=19;SAR=16;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164631;STB=0.611712;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0200906;OID=.;OPOS=176402401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:85:44:45:35:40:0.470588:16:19:31:13:20:20:32:13 chr5 176492557 . G A 182.0 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0236571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.466;QD=22.0608;RBI=0.0283968;REFB=-0.0382547;REVB=0.0157073;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10519;STB=0.520525;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.016312;OID=.;OPOS=176492557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:15:18:18:0.545455:10:8:4:9:10:8:6:9 chr5 176516631 . G A 1339.66 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907619;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.793;QD=62.3098;RBI=0.04153;REFB=0;REVB=0.0405261;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04654e-05;OID=.;OPOS=176516631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:33:53:0:0:33:53:0:0 chr5 176517170 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.16;QD=46.848;RBI=0.0318763;REFB=0;REVB=0.00265778;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363355;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr5 176517292 . A G 555.6 PASS AF=1;AO=33;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.984;QD=56.9849;RBI=0.0307128;REFB=0;REVB=-0.00915884;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537214;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:33:39:1:19:14:0:0:22:17:0:0 chr5 176517326 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.624;QD=63.872;RBI=0.0310971;REFB=0;REVB=0.029258;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72565e-05;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr5 176517461 . T G 777.06 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.755;QD=62.1646;RBI=0.0341498;REFB=-0.121844;REVB=0.0319245;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171119;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927621;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:1:0:49:50:1:22:27:1:0:22:28:0:0 chr5 176517797 . C T 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000673352;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.918;QD=55.4105;RBI=0.0152017;REFB=-0.00491853;REVB=0.0151867;RO=1;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177934;STB=0.509431;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=5.07909e-05;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:26:31:0:1:26:31:0:1 chr5 176518784 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.907;QD=61.3756;RBI=0.019974;REFB=0;REVB=0.00535845;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81782e-05;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr5 176721198 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.025;QD=57.1772;RBI=0.0191738;REFB=0;REVB=-0.0137561;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57685e-06;OID=.;OPOS=176721198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr5 176728400 . G A 1041.75 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.010813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1804;QD=55.5602;RBI=0.0130625;REFB=-0.024528;REVB=-0.00732859;RO=3;SAF=32;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851118;STB=0.504503;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0125353;OID=.;OPOS=176728400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:3:72:72:0.96:40:32:1:2:40:32:1:2 chr5 176728458 . G T 1264.56 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.38;QD=61.6856;RBI=0.0740548;REFB=0;REVB=0.0189257;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253928;OID=.;OPOS=176728458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:46:35:0:0:47:35:0:0 chr5 176733116 . A G,T 1132.93 PASS AF=0.960526,0.0394737;AO=73,3;DP=76;FAO=73,3;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=41,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151392,0.0202184;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.678,91.879;QD=59.6277;RBI=0.0151514,0.0202203;REFB=0,0;REVB=0.00060861,-0.000281046;RO=0;SAF=32,0;SAR=41,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00325238,0.101646;OID=.,.;OPOS=176733116,176733116;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:76:76:0:0:73,3:73,3:0.960526,0.0394737:41,3:32,0:0:0:41,3:32,0:0:0 chr5 176733615 . CT C,CC 645.18 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=5,37;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=1,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622132,0.0541073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=192.544,214.02;QD=61.4456;RBI=0.0813536,0.0737137;REFB=0,0;REVB=0.0524206,0.0500611;RO=0;SAF=0,6;SAR=5,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0283345,0.00139467;OID=.,.;OPOS=176733616,176733616;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:5,37:42:1,41:42:0:0,6:1,35:0:0:4:0:0,6:5,31:0:0 chr5 176737720 . A G 499.59 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.661;QD=58.7758;RBI=0.0569639;REFB=0;REVB=0.0481691;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195377;OID=.;OPOS=176737720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:13:20:0:0:14:20:0:0 chr5 176831826 . C G 1909.92 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00479954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.794;QD=60.6323;RBI=0.0262811;REFB=-0.073822;REVB=0.0258392;RO=0;SAF=73;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000547139;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:0:1:125:125:0.992063:52:73:0:0:52:73:1:0 chr5 176863519 . G C 635.99 PASS AF=0.594059;AO=60;DP=101;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0242999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.997;QD=25.1876;RBI=0.0262339;REFB=-0.0323587;REVB=0.00988594;RO=41;SAF=35;SAR=25;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161738;STB=0.588109;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0200786;OID=.;OPOS=176863519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:41:60:60:0.594059:25:35:15:26:25:35:15:26 chr5 176867943 . A G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00290455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8912;QD=15.1719;RBI=0.0358771;REFB=0.00971484;REVB=-0.0357593;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107476;STB=0.541498;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0106145;OID=.;OPOS=176867943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:24:16:17:0.414634:9:7:13:11:9:8:13:11 chr5 176885178 . A G 409.63 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1683;QD=56.5003;RBI=0.0242696;REFB=0;REVB=-0.0229784;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000404506;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr5 176885499 . T C 570.87 PASS AF=0.537037;AO=57;DP=107;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=48;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.0164695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.996;QD=21.1432;RBI=0.0170481;REFB=-0.0132305;REVB=-0.00440384;RO=50;SAF=9;SAR=48;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168524;STB=0.578284;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0109708;OID=.;OPOS=176885499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:50:50:57:58:0.537037:48:9:14:36:48:10:14:36 chr5 176894756 . C T 64.47 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00608248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.413;QD=9.91896;RBI=0.00608904;REFB=-0.00719623;REVB=0.000282546;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807627;STB=0.575601;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0108703;OID=.;OPOS=176894756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:15:17:9:9:0.346154:6:3:4:11:6:3:4:13 chr5 176916516 . C T 178.7 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0265499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.834;QD=22.337;RBI=0.0270633;REFB=-0.0310917;REVB=0.00524644;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435261;STB=0.524448;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0500279;OID=.;OPOS=176916516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:7:7:8:10:7:7 chr5 176917078 . T C 648.04 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0208609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.933;QD=57.6032;RBI=0.0257826;REFB=-0.0702353;REVB=0.0151515;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500517;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00303916;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:0:2:43:43:0.955556:21:22:0:0:21:22:1:1 chr5 176930135 . G A 1081.12 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.626;QD=60.0622;RBI=0.0638392;REFB=0;REVB=0.0633216;RO=0;SAF=18;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167287;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:53:18:0:0:54:18:0:0 chr5 176930171 . AGAG A 325.86 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=0.00901795;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.975;QD=16.4994;RBI=0.0282962;REFB=-0.0352372;REVB=0.0268208;RO=42;SAF=9;SAR=26;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563598;STB=0.539801;STBP=0.629;TYPE=del;VARB=0.0407846;OID=.;OPOS=176930172;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443038:35:80:35:79:44:9:26:9:35:99:42:9:26:9:33 chr5 176936590 . T C 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0652161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.497;QD=16.0642;RBI=0.0686928;REFB=-0.00430198;REVB=-0.021577;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995669;STB=0.564467;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00574533;OID=.;OPOS=176936590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:12:14:13:17:12:14:13:18 chr5 176936650 . T C 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0421;QD=62.3457;RBI=0.0569552;REFB=0;REVB=0.0533106;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344129;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr5 176951276 . A G 769.25 PASS AF=1;AO=39;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.176;QD=64.1044;RBI=0.0610818;REFB=0;REVB=0.0584087;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126342;OID=.;OPOS=176951276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:39:48:1:29:10:0:0:36:12:0:0 chr5 177022652 . A G 295.17 PASS AF=1;AO=16;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167955;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6078;QD=53.6664;RBI=0.298118;REFB=0;REVB=0.246303;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0126061;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:16:22:1:1:15:0:0:2:20:0:0 chr5 177023098 . A T 682.34 PASS AF=0.967213;AO=22;DP=55;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0166537;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=116.118;QD=44.7437;RBI=0.0668966;REFB=-0.121474;REVB=0.0647905;RO=5;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107391;STB=0.512191;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00194812;OID=.;OPOS=177023098;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:61:5:2:22:59:0.967213:19:3:0:5:40:19:0:2 chr5 177031348 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.106548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.311;QD=7.96599;RBI=0.10657;REFB=-0.0207157;REVB=0.00214795;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682721;STB=0.517207;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0459422;OID=.;OPOS=177031348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:24:26:10:10:0.277778:6:4:11:13:6:4:11:15 chr5 177034478 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0047806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.645;QD=18.4388;RBI=0.00480416;REFB=-0.0328265;REVB=0.000475163;RO=29;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618617;STB=0.534582;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.031867;OID=.;OPOS=177034478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:16:13:15:14:16:13:15:14 chr5 177035964 . T C 1641.92 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.136;QD=60.2539;RBI=0.039178;REFB=0;REVB=0.0154602;RO=0;SAF=42;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57388e-05;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:67:42:0:0:67:42:0:0 chr5 177161891 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.053;QD=39.2064;RBI=0.0373652;REFB=0;REVB=0.0373652;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231128;OID=.;OPOS=177161891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr5 177180236 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.413;QD=57.1062;RBI=0.085824;REFB=0;REVB=-0.0856879;RO=0;SAF=50;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.99273e-05;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:5:50:0:0:5:50:0:0 chr5 177310717 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1875;QD=37.4884;RBI=0.0512345;REFB=0;REVB=0.0472474;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00527556;OID=.;OPOS=177310717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr5 177422823 . C T 1321.69 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.583;QD=62.1974;RBI=0.0370696;REFB=0;REVB=0.0370432;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38294e-05;OID=.;OPOS=177422823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:45:38:0:0:47:38:0:0 chr5 177422876 . T C 1491.64 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.771;QD=63.4742;RBI=0.0269919;REFB=0;REVB=0.0129382;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8308e-05;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:51:43:0:0:51:43:0:0 chr5 177547247 . T C 1025.53 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616055;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.429;QD=59.4508;RBI=0.00628153;REFB=0;REVB=0.00122689;RO=0;SAF=9;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.236e-05;OID=.;OPOS=177547247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:58:9:0:0:59:10:0:0 chr5 177547336 . G A 208.83 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00987453;FXX=0.0465008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.091;QD=20.3733;RBI=0.00999368;REFB=-0.0447284;REVB=0.0015386;RO=19;SAF=3;SAR=17;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488905;STB=0.75039;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0324908;OID=.;OPOS=177547336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:20:20:21:0.512195:17:3:12:7:17:4:13:7 chr5 177551154 . C T 278.84 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0992526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3392;QD=21.8701;RBI=0.105204;REFB=-0.0199042;REVB=0.0348832;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762207;STB=0.542342;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.034834;OID=.;OPOS=177551154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:12:16:11:12:12:16:11:12 chr5 177551169 . T C 822.48 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237289;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.233;QD=56.723;RBI=0.0317249;REFB=0;REVB=0.0210572;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115106;OID=.;OPOS=177551169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:56:58:1:29:27:0:0:30:28:0:0 chr5 177551176 . T C 854.23 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.062147;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.721;QD=56.0152;RBI=0.0631233;REFB=0.0690056;REVB=0.0110594;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171508;STB=0.508769;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00166805;OID=.;OPOS=177551176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:58:60:0.983607:31:27:1:0:32:28:1:0 chr5 177612734 . T C 1853.55 PASS AF=0.97619;AO=123;DP=126;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00635621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.682;QD=58.8429;RBI=0.00662493;REFB=0.129547;REVB=0.00186772;RO=3;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02243;STB=0.511809;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=1.73656e-06;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:126:126:3:3:123:123:0.97619:62:61:0:3:62:61:0:3 chr5 177612739 . G T 546.14 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0489473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4496;QD=17.4766;RBI=0.0659933;REFB=0.000286662;REVB=-0.0442637;RO=67;SAF=25;SAR=33;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885204;STB=0.54922;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00114708;OID=.;OPOS=177612739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:67:58:58:0.464:33:25:35:32:33:25:35:32 chr5 177612744 . A G 1732.99 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237664;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.44;QD=60.8065;RBI=0.0257159;REFB=0;REVB=-0.00982167;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36143e-05;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:56:58:0:0:56:58:0:0 chr5 177612983 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0192587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.971;QD=14.4116;RBI=0.0305596;REFB=-0.00178062;REVB=-0.0237275;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210139;STB=0.512182;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.002562;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:13:15:10:8:13:15 chr5 177613123 . T C 727.24 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0070984;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.4445;QD=60.6033;RBI=0.0439235;REFB=0.00350963;REVB=0.0433461;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159381;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00130587;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:17:29:1:0:18:29:1:0 chr5 177613168 . C T 503.6 PASS AF=0.638889;AO=46;DP=72;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00910397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4727;QD=27.9779;RBI=0.0409188;REFB=-0.00338211;REVB=0.0398932;RO=26;SAF=27;SAR=19;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329544;STB=0.517938;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00223157;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:26:26:46:46:0.638889:19:27:14:12:19:27:14:12 chr5 177614183 . T C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0304221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.731;QD=21.1726;RBI=0.0340001;REFB=-0.0298459;REVB=-0.0151822;RO=8;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395799;STB=0.728732;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0200592;OID=.;OPOS=177614183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:10:2:5:3:10:2:5:3 chr5 177669413 . T G 399.35 PASS AF=0.609375;AO=38;DP=63;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00641961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.001;QD=24.9595;RBI=0.00846951;REFB=-0.0149443;REVB=-0.0055246;RO=24;SAF=26;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141589;STB=0.590503;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0040368;OID=.;OPOS=177669413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:24:25:38:39:0.609375:12:26:12:12:12:27:12:13 chr5 177681946 . C CT 158.58 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0627962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.5368;QD=16.2645;RBI=0.0969918;REFB=0.0389579;REVB=0.0739191;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123879;STB=0.529384;STBP=0.734;TYPE=ins;VARB=-0.0237925;OID=.;OPOS=177681947;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:20:39:21:39:18:14:7:13:5:99:18:13:7:14:4 chr5 177683377 . T C 206.87 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00300729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6627;QD=17.6057;RBI=0.0128469;REFB=-0.0391649;REVB=0.01249;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11837;STB=0.567502;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0583496;OID=.;OPOS=177683377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:13:13:13:8:13:13 chr5 177683905 . G A 341.82 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0131804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.621;QD=15.8985;RBI=0.0135664;REFB=-0.00944848;REVB=-0.003213;RO=49;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00288872;STB=0.501628;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0124617;OID=.;OPOS=177683905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:22:15:20:29:22:15:20:29 chr5 177715291 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0205724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.636;QD=18.1185;RBI=0.0240955;REFB=-0.0177649;REVB=-0.0125447;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150387;STB=0.585703;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0276528;OID=.;OPOS=177715291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:9:11:7:11:9:11 chr5 177715302 . CAAAAAAAT CAAAAAAT,CAAAAAATA,CAAAAAT 174.62 PASS AF=0.725,0,0;AO=17,5,5;DP=40;FAO=29,0,0;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=16,0,0;FSAR=13,0,0;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.241626,-0.133237,-0.125166;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,2;MLLD=10.8562,14.3108,13.9194;QD=17.4619;RBI=0.242288,0.152309,0.125472;REFB=0.00510879,-0.0169661,0.00329681;REVB=0.0178947,-0.0737965,0.00875413;RO=9;SAF=10,0,5;SAR=7,5,0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0208503,-0.739778,0.718987;STB=0.526845,0.5,0.5;STBP=0.551,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=-0.00117686,-0.0143083,0.0347863;OID=.,.,.;OPOS=177715303,177715309,177715303;OREF=A,AT,AA;OALT=-,TA,-;OMAPALT=CAAAAAAT,CAAAAAATA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.725,0,0:17,5,5:40:29,0,0:40:11:16,0,0:13,0,0:5:6:43:9:10,0,5:7,5,0:5:4 chr5 177715575 . CGGGGCT CGGGCT,CGGGGC,CGGGGCC 295.83 PASS AF=0,0.273684,0.115789;AO=13,12,8;DP=97;FAO=0,26,11;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=0,20,9;FSAR=0,6,2;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.434278,0.00134575,0.00166946;FXX=0.0206164;HRUN=4,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=16.0811,154.873,158.192;QD=12.4561;RBI=0.436864,0.0147272,0.0122801;REFB=0.0329637,-0.0255009,-0.0193446;REVB=-0.0474632,-0.0146655,-0.0121661;RO=43;SAF=13,11,7;SAR=0,1,1;SRF=18;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0.576471,0,0;SSSB=0.778236,0.633815,0.548121;STB=0.5,0.672126,0.753984;STBP=1,0.047,0.089;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0212615,0.00794183,0.0642189;OID=.,.,.;OPOS=177715576,177715581,177715581;OREF=G,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CGGGCT,CGGGGC,CGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.273684,0.115789:13,12,8:97:0,26,11:95:58:0,20,9:0,6,2:32:26:99:43:13,11,7:0,1,1:18:25 chr5 178310446 . C T 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0364213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.585;QD=21.9722;RBI=0.0368266;REFB=-0.0182614;REVB=0.0054489;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154712;STB=0.58675;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00980274;OID=.;OPOS=178310446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:14:9:12:9:14:9:12:9 chr5 178359136 . A G 74.66 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0217508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.927;QD=10.6659;RBI=0.0264409;REFB=0.00119714;REVB=-0.0150342;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487512;STB=0.529352;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00194577;OID=.;OPOS=178359136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:10:8:4:6:10:8 chr5 178391860 . G A 376.23 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0736286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0715;QD=21.1958;RBI=0.073666;REFB=-0.0188222;REVB=-0.00234627;RO=33;SAF=14;SAR=24;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101832;STB=0.556384;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0146605;OID=.;OPOS=178391860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:24:14:16:17:24:14:16:17 chr5 178391902 . A C 237.15 PASS AF=0.45;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.010408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.667;QD=15.8103;RBI=0.0228196;REFB=-0.0242294;REVB=0.0203078;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00968786;STB=0.507687;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.030317;OID=.;OPOS=178391902;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:33:26:27:0.45:16:10:13:20:16:11:13:20 chr5 178395850 . G C 2389.66 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.295;QD=64.1519;RBI=0.0422477;REFB=0;REVB=0.00778132;RO=0;SAF=66;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80846e-05;OID=.;OPOS=178395850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:83:66:0:0:83:66:0:0 chr5 178410151 . C T 426.93 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.079148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.797;QD=21.8936;RBI=0.0792505;REFB=-0.0201425;REVB=-0.00402842;RO=36;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199373;STB=0.510997;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0223974;OID=.;OPOS=178410151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:20:22:18:18:20:22:18:18 chr5 178413816 . T C,G 1142.87 PASS AF=0.936709,0.0632911;AO=68,5;DP=74;FAO=74,5;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=56,2;FSAR=18,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337749,0.0334004;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.491,104.813;QD=57.867;RBI=0.0340118,0.0339217;REFB=0,0;REVB=-0.00400691,-0.00592382;RO=0;SAF=52,0;SAR=16,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.11257e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00305531,0.132207;OID=.,.;OPOS=178413816,178413816;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:74:79:0:0:68,5:74,5:0.936709,0.0632911:16,5:52,0:0:0:18,3:56,2:0:0 chr5 178413947 . T C 969.22 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.414;QD=58.7404;RBI=0.00541684;REFB=0;REVB=0.00360447;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30582e-06;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:27:38:0:0:28:38:0:0 chr5 178415937 . A G 396.9 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235995;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.041;QD=56.7002;RBI=0.0405386;REFB=0;REVB=-0.0329612;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304185;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr5 178415982 . A G 759.34 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206075;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.338;QD=61.9868;RBI=0.0223713;REFB=-0.0829494;REVB=0.00870669;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-8.91642e-05;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:49:0:1:48:48:0.979592:23:25:0:0:23:25:0:1 chr5 178416063 . G A 622.34 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0276637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.551;QD=48.8112;RBI=0.038687;REFB=-0.00267881;REVB=0.0270445;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.541649;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000130259;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:51:1:4:47:47:0.921569:25:22:1:0:25:22:4:0 chr5 178416288 . G A 1090.53 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0324357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.448;QD=57.3962;RBI=0.073005;REFB=-0.162299;REVB=0.0654038;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161409;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:76:1:2:73:74:0.973684:37:36:0:1:37:37:1:1 chr5 178419279 . G GGGCAAGGTCT 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205497;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=10;MLLD=385.209;QD=39.6158;RBI=0.0531161;REFB=0;REVB=0.0489798;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000332622;OID=.;OPOS=178419280;OREF=-;OALT=GGCAAGGTCT;OMAPALT=GGGCAAGGTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:9:8:8:0:3:5:0:0:4:0:3:5:0:0 chr5 178419288 . C T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4664;QD=50.4108;RBI=0.0379288;REFB=0;REVB=0.037871;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555512;OID=.;OPOS=178419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr5 178459283 . A G 601.26 PASS AF=0.443662;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=0.0270117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3112;QD=16.937;RBI=0.0271263;REFB=-0.0350999;REVB=0.00249102;RO=76;SAF=21;SAR=42;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038176;STB=0.513085;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0401623;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:76:79:63:63:0.443662:42:21:28:48:42:21:28:51 chr5 178459426 . A C 381.2 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00032107;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.513;QD=14.2505;RBI=0.00375008;REFB=-0.0146264;REVB=-0.00373631;RO=63;SAF=17;SAR=27;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627676;STB=0.535462;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0251407;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:63:63:44:44:0.411215:27:17:28:35:27:17:28:35 chr5 178507069 . T C 131.29 PASS AF=0.305085;AO=14;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0170132;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.145;QD=8.90123;RBI=0.0170374;REFB=0.00127931;REVB=0.000908806;RO=27;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036665;STB=0.605642;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00279356;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:41:14:18:0.305085:10:4:7:20:14:4:14:27 chr5 178507090 . G A 169.21 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0134985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.597;QD=13.0159;RBI=0.0238724;REFB=-0.0161431;REVB=-0.0196896;RO=31;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320977;STB=0.525726;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0216855;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:13:7:10:21:13:7:10:22 chr5 178555045 . G A 255.82 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0201477;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.488;QD=21.3185;RBI=0.0374342;REFB=-0.026809;REVB=0.0315498;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150974;STB=0.52196;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0290227;OID=.;OPOS=178555045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:15:9:9:14:15:9:10:14 chr5 178556975 . C T 620.37 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.00484853;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6696;QD=21.0294;RBI=0.0260213;REFB=-0.000545799;REVB=0.0255656;RO=56;SAF=29;SAR=33;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144202;STB=0.57901;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000840932;OID=.;OPOS=178556975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:56:56:62:62:0.525424:33:29:17:39:33:29:17:39 chr5 178562967 . G A 620.33 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0044881;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.443;QD=19.3852;RBI=0.0210917;REFB=-0.0101337;REVB=0.0206087;RO=65;SAF=31;SAR=32;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848251;STB=0.546818;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0121485;OID=.;OPOS=178562967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:65:63:63:0.492188:32:31:26:39:32:31:26:39 chr5 178634619 . C T 803.72 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.218;QD=55.4287;RBI=0.0384391;REFB=-0.135542;REVB=0.0344452;RO=1;SAF=31;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149715;STB=0.507934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00116919;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:26:31:1:0:26:31:1:0 chr5 178634672 . C T 771.92 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431359;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.722;QD=57.1795;RBI=0.0443808;REFB=0;REVB=0.0104381;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160605;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:28:26:0:0 chr5 178634683 . C T 236.14 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0446916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3665;QD=19.277;RBI=0.0480193;REFB=-0.0201145;REVB=0.0175646;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489109;STB=0.514376;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0239657;OID=.;OPOS=178634683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:13:10:11:14:13:10:12:14 chr5 178770981 . A G 729.6 PASS AF=0.427027;AO=79;DP=185;FAO=79;FDP=185;FR=.;FRO=106;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.0172221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.663;QD=15.7752;RBI=0.0190604;REFB=-0.00465072;REVB=-0.00816699;RO=104;SAF=36;SAR=43;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336228;STB=0.518053;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00597138;OID=.;OPOS=178770981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:104:106:79:79:0.427027:43:36:44:60:43:36:45:61 chr5 179069468 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8022;QD=54.5176;RBI=0.0586831;REFB=0;REVB=-0.0394015;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123884;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr5 179071866 . A G 1135.18 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3011;QD=60.5429;RBI=0.00559129;REFB=0;REVB=0.00146647;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05727e-05;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:31:43:0:0:31:44:0:0 chr5 179078940 . T C 649.59 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.352;QD=61.8656;RBI=0.0457395;REFB=0;REVB=0.00453057;RO=1;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191432;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129079;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:1:0:40:42:1:24:16:0:1:26:16:0:0 chr5 179126090 . C T 257.73 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0328072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.417;QD=19.825;RBI=0.035794;REFB=-0.0176404;REVB=-0.0143143;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122813;STB=0.575831;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0158514;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:13:13:16:9:14:13:16:9 chr5 179193598 . C T 200.81 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00378012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.5279;QD=20.5954;RBI=0.00378587;REFB=-0.0217031;REVB=0.000208495;RO=19;SAF=15;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309899;STB=0.675869;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.019065;OID=.;OPOS=179193598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:5:15:8:11:5:15:8:11 chr5 179201847 . G A 128.86 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00391226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2493;QD=8.44956;RBI=0.0088698;REFB=-0.0112303;REVB=-0.00796037;RO=43;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874873;STB=0.552182;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0244917;OID=.;OPOS=179201847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:10:8:16:27:10:8:16:27 chr5 179203933 . A G 476.59 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0226365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.823;QD=21.9122;RBI=0.0283298;REFB=-0.0366614;REVB=0.0170343;RO=41;SAF=17;SAR=29;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188391;STB=0.510395;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0243635;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:29:17:16:25:29:17:16:25 chr5 179218842 . G A 384.84 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.000765036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.167;QD=15.3937;RBI=0.000908347;REFB=-0.0164412;REVB=-0.000489707;RO=59;SAF=20;SAR=21;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493049;STB=0.527846;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.025321;OID=.;OPOS=179218842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:21:20:26:33:21:20:26:33 chr5 179226227 . C T 435.35 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.00533612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.122;QD=13.9311;RBI=0.00893982;REFB=-0.0238213;REVB=0.0071726;RO=75;SAF=21;SAR=29;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514088;STB=0.528991;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0346863;OID=.;OPOS=179226227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:75:75:50:50:0.4:29:21:28:47:29:21:28:47 chr5 179260153 . C T 538.1 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0312565;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.1868;QD=26.5729;RBI=0.0367845;REFB=-0.0344578;REVB=-0.0193941;RO=30;SAF=26;SAR=23;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722701;STB=0.550107;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0251365;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:30:32:49:49:0.604938:23:26:19:11:23:26:21:11 chr5 179260213 . G A 286.22 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.100351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5182;QD=22.0166;RBI=0.103235;REFB=-0.00653713;REVB=0.0242302;RO=22;SAF=10;SAR=19;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542831;STB=0.542827;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00646159;OID=.;OPOS=179260213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:29:29:0.557692:19:10:9:13:19:10:10:13 chr5 179264731 . T C 434.1 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=-0.000269404;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.257;QD=16.2279;RBI=0.00340831;REFB=-0.011342;REVB=-0.00339764;RO=59;SAF=23;SAR=25;SRF=16;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208838;STB=0.615945;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0145921;OID=.;OPOS=179264731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:59:59:48:48:0.448598:25:23:16:43:25:23:16:43 chr5 179267949 . T C 1026.38 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.358;QD=59.5005;RBI=0.0396871;REFB=0;REVB=-0.000682869;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108795;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:33:36:0:0 chr5 179280379 . T C 298.94 PASS AF=0.377778;AO=35;DP=91;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00275918;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.682;QD=13.286;RBI=0.0177923;REFB=-0.000945503;REVB=0.0175771;RO=56;SAF=18;SAR=17;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346526;STB=0.529395;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00261622;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:56:56:35:34:0.377778:17:18:27:29:16:18:27:29 chr5 179285752 . G A 397.32 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0278301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.354;QD=20.64;RBI=0.103856;REFB=-0.0336724;REVB=0.100058;RO=36;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262697;STB=0.507488;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0330124;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:40:40:0.519481:19:21:20:16:19:21:20:17 chr5 179287576 . C G 696.21 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009835;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.304;QD=63.2923;RBI=0.036869;REFB=0;REVB=0.035533;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343955;OID=.;OPOS=179287576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:40:44:1:21:19:0:0:25:19:0:0 chr5 179287585 . GC CT,TC 666.77 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=45;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923572,0.0206314;FXX=0.0444346;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=187.872,136.168;QD=62.0247;RBI=0.0205583,0.0332713;REFB=0,0;REVB=0.0183669,0.0261022;RO=0;SAF=17,0;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.2194e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00420318,-0.102247;OID=.,.;OPOS=179287585,179287585;OREF=GC,G;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:45:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:24,2:17,0:0:0:24,2:17,0:0:0 chr5 179287597 . C G 222.11 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0199868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5197;QD=19.3135;RBI=0.0208421;REFB=-0.00912696;REVB=0.0059092;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232296;STB=0.622292;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0169237;OID=.;OPOS=179287597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:15:7:13:10:15:7:13:11 chr5 179287622 . G GTA 603.03 PASS AF=0.931818;AO=40;DP=45;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0397232;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.064;QD=54.8208;RBI=0.0441713;REFB=-0.053078;REVB=0.0193177;RO=3;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624129;STB=0.533317;STBP=0.128;TYPE=ins;VARB=0.00550323;OID=.;OPOS=179287623;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.931818:40:45:41:44:3:20:21:0:3:13:3:19:21:0:3 chr5 179290845 . T G 1163.53 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0151635;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.839;QD=58.1766;RBI=0.0248833;REFB=-0.0597833;REVB=0.0197294;RO=2;SAF=31;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005059;STB=0.502673;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000923026;OID=.;OPOS=179290845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:47:31:1:1:47:31:1:1 chr5 179297268 . G A 204.12 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00913154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.594;QD=16.3294;RBI=0.0703659;REFB=-0.00364321;REVB=0.0697709;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156566;STB=0.599904;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00870975;OID=.;OPOS=179297268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:29:20:21:0.42:12:8:16:13:13:8:16:13 chr5 179302921 . C T 338.9 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.070051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.066;QD=17.1593;RBI=0.070475;REFB=-0.0218032;REVB=0.00771894;RO=43;SAF=13;SAR=23;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172504;STB=0.578978;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0184902;OID=.;OPOS=179302921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:42:36:37:0.468354:23:13:23:20:23:14:22:20 chr5 179529124 . G A 785.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.094;QD=57.1009;RBI=0.0221772;REFB=0;REVB=0.0181064;RO=0;SAF=14;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41905e-05;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:41:14:0:0:41:14:0:0 chr5 179554602 . C T 236.45 PASS AF=0.578947;AO=16;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0781155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2543;QD=24.8896;RBI=0.118688;REFB=-0.0162226;REVB=0.0893572;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054861;STB=0.586127;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0164567;OID=.;OPOS=179554602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:16:22:0.578947:8:8:9:7:14:8:9:7 chr5 179555407 . T C 629.87 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=114;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.005309;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.573;QD=22.2962;RBI=0.00855264;REFB=-0.00888211;REVB=-0.00670538;RO=51;SAF=36;SAR=26;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754214;STB=0.54134;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.007559;OID=.;OPOS=179555407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:51:51:62:62:0.548673:26:36:25:26:26:36:25:26 chr5 179563435 . T C 955.15 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6415;QD=58.7785;RBI=0.07446;REFB=0;REVB=0.0146983;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000501787;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:34:31:0:0 chr5 179729519 . A G 842.51 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0615313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2961;QD=54.3555;RBI=0.0641801;REFB=-0.0560194;REVB=0.018248;RO=2;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254976;STB=0.513509;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00399071;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:36:24:0:2:36:24:0:2 chr5 179740827 . T C 603.82 PASS AF=0.357488;AO=74;DP=205;FAO=74;FDP=207;FR=.;FRO=133;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=93;FWDB=-0.0199904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4037;QD=11.668;RBI=0.0291018;REFB=-0.0150388;REVB=0.0211495;RO=131;SAF=27;SAR=47;SRF=40;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740747;STB=0.545521;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0225068;OID=.;OPOS=179740827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:207:131:133:74:74:0.357488:47:27:40:91:47:27:40:93 chr5 179744009 . T G 335.77 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0117625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.558;QD=14.5985;RBI=0.012321;REFB=-0.00239625;REVB=-0.00366729;RO=54;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636216;STB=0.530019;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00352146;OID=.;OPOS=179744009;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:55:37:37:0.402174:19:18:23:31:19:18:24:31 chr5 179996111 . C T 1441.88 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00213688;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.989;QD=62.0164;RBI=0.00396852;REFB=-0.0537391;REVB=0.00334409;RO=1;SAF=40;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117038;STB=0.506171;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-1.69801e-05;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:52:40:1:0:52:40:1:0 chr5 180043388 . G A 342.92 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00458072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.86;QD=21.4326;RBI=0.0429472;REFB=-0.00390814;REVB=-0.0427022;RO=28;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040214;STB=0.529867;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00201562;OID=.;OPOS=180043388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:29:35:35:0.546875:17:18:13:15:17:18:13:16 chr5 180046344 . G C 533.49 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.00968065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.816;QD=19.9437;RBI=0.0106526;REFB=-0.0333783;REVB=0.00444544;RO=52;SAF=27;SAR=28;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162532;STB=0.589327;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0436916;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:52:55:55:0.514019:28:27:16:36:28:27:16:36 chr5 180046426 . C CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG,G 113.91 PASS AF=0.351351,0.027027;AO=10,2;DP=42;FAO=13,1;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7,0;FSAR=6,1;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00633591,-0.0472224;FXX=0.0512689;HRUN=0,3;LEN=22,1;MLLD=785.589,164.439;QD=12.3149;RBI=0.00785398,0.0479156;REFB=-0.0122106,-0.0322985;REVB=0.00464125,0.00812139;RO=28;SAF=6,0;SAR=4,2;SRF=12;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.200274,-0.437493;STB=0.538402,0.98937;STBP=0.77,0.459;TYPE=ins,snp;VARB=0.0177678,0.0848575;OID=.,.;OPOS=180046427,180046426;OREF=-,C;OALT=TGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG,G;OMAPALT=CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:37:28:23:10,2:13,1:0.351351,0.027027:4,2:6,0:12:16:6,1:7,0:11:12 chr5 180046492 . CAG C 248.25 PASS AF=0.402778;AO=24;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00491304;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=2;MLLD=287.521;QD=13.7917;RBI=0.00657255;REFB=-0.0172173;REVB=-0.00436583;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859044;STB=0.544902;STBP=0.56;TYPE=del;VARB=0.0301917;OID=.;OPOS=180046493;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402778:24:72:29:72:43:14:15:24:19:99:37:13:11:23:14 chr5 180048056 . C T 419.45 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00189437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3976;QD=20.2142;RBI=0.0351949;REFB=-0.0127915;REVB=-0.0351438;RO=41;SAF=18;SAR=24;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139455;STB=0.577283;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.015083;OID=.;OPOS=180048056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:24:18:24:17:24:18:24:17 chr5 180120149 . T C 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0144924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9127;QD=18.498;RBI=0.0243803;REFB=-0.0207335;REVB=-0.0196054;RO=27;SAF=20;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225014;STB=0.626859;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.011269;OID=.;OPOS=180120149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:7:20:14:13:7:20:14:13 chr5 180120192 . G T 355.7 PASS AF=0.638298;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00348301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.077;QD=30.2726;RBI=0.00424944;REFB=-0.0270282;REVB=0.00243441;RO=17;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708204;STB=0.54388;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0162039;OID=.;OPOS=180120192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:17:17:29:30:0.638298:15:14:10:7:16:14:10:7 chr5 180166461 . C G 393.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1274;QD=56.1812;RBI=0.0360734;REFB=0;REVB=0.0300089;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642391;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr5 180218668 . A G 462.55 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0182707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.823;QD=19.0741;RBI=0.0185427;REFB=-0.0134353;REVB=-0.00316422;RO=51;SAF=28;SAR=18;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956334;STB=0.553285;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00761878;OID=.;OPOS=180218668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:18:28:26:25:18:28:26:25 chr5 180276402 . C T 1399.9 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0247935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.129;QD=61.5341;RBI=0.025109;REFB=-0.0433797;REVB=-0.00396784;RO=0;SAF=54;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000223211;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:36:54:0:0:36:54:1:0 chr5 180278393 . C G 512.42 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3199;QD=58.5626;RBI=0.0722894;REFB=0;REVB=-0.00991321;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369624;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:32:35:1:13:19:0:0:13:22:0:0 chr5 180329359 . T C 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0106136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9314;QD=18.0355;RBI=0.0863012;REFB=0.00122034;REVB=0.0856461;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203692;STB=0.615283;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000249702;OID=.;OPOS=180329359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:9:18:10:12:9:18 chr5 180336849 . C T 390.38 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00606146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.951;QD=19.0429;RBI=0.041328;REFB=-0.0111708;REVB=-0.0408811;RO=38;SAF=21;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911543;STB=0.573386;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00876879;OID=.;OPOS=180336849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:38:42:40:40:0.487805:19:21:16:22:19:21:16:26 chr5 180338368 . A G 534.2 PASS AF=0.51;AO=50;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0672903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.673;QD=21.3681;RBI=0.0673057;REFB=-0.0140048;REVB=0.00144332;RO=46;SAF=23;SAR=27;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797091;STB=0.561213;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.01471;OID=.;OPOS=180338368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:49:50:51:0.51:27:23:17:29:27:24:17:32 chr5 180374534 . G A 516.52 PASS AF=0.388535;AO=61;DP=158;FAO=61;FDP=157;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=-0.0118376;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3379;QD=13.1597;RBI=0.0283033;REFB=-0.0165602;REVB=0.0257089;RO=96;SAF=33;SAR=28;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444469;STB=0.525117;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0215586;OID=.;OPOS=180374534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:96:96:61:61:0.388535:28:33:48:48:28:33:48:48 chr5 180432416 . C T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00911326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=341.932;QD=15.6509;RBI=0.0121749;REFB=-0.00226307;REVB=0.00807324;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125006;STB=0.572397;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00338567;OID=.;OPOS=180432416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:12:9:5:11:12:9 chr5 180472498 . C T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=26;DP=57;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0331388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.023;QD=17.0638;RBI=0.0418081;REFB=0.00374646;REVB=0.02549;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726166;STB=0.55928;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00771833;OID=.;OPOS=180472498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:31:31:26:28:0.474576:14:12:12:19:14:14:12:19 chr5 180472513 . A G 251.75 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0114182;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.12;QD=16.5083;RBI=0.017603;REFB=0.000711365;REVB=-0.0133974;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148193;STB=0.576198;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000174232;OID=.;OPOS=180472513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:33:28:28:0.459016:13:15:13:21:13:15:13:20 chr5 180482899 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0264541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.923;QD=12.8679;RBI=0.0601775;REFB=-0.0309327;REVB=-0.054051;RO=16;SAF=10;SAR=1;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221813;STB=0.634628;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.052419;OID=.;OPOS=180482899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:1:10:13:3:1:10:13:3 chr5 180486247 . G T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.561;QD=61.6838;RBI=0.01919;REFB=0;REVB=0.0129096;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7119e-05;OID=.;OPOS=180486247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr5 180486785 . G C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0204058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.903;QD=15.3789;RBI=0.0204537;REFB=-0.0041761;REVB=0.00139828;RO=14;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442137;STB=0.766867;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00525871;OID=.;OPOS=180486785;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:11:1:5:9:11:1:5:9 chr5 180582604 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0641;QD=58.587;RBI=0.037096;REFB=0;REVB=0.0115847;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415044;OID=.;OPOS=180582604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr5 180591141 . A G 59.34 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0806522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5127;QD=15.8233;RBI=0.0858865;REFB=-0.0122351;REVB=-0.0295246;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363249;STB=0.705493;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.016403;OID=.;OPOS=180591141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:0:7:5:3:0:7 chr5 180596597 . A G 1276.87 PASS AF=0.605;AO=116;DP=192;FAO=121;FDP=200;FR=.;FRO=79;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0233153;FXX=0.00497488;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3974;QD=25.5375;RBI=0.0483999;REFB=-0.00286087;REVB=0.042414;RO=76;SAF=55;SAR=61;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293381;STB=0.51587;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00509403;OID=.;OPOS=180596597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:200:76:79:116:121:0.605:61:55:33:43:61:60:36:43 chr5 180600638 . T C 1477.48 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00448085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.371;QD=62.2096;RBI=0.0322644;REFB=-0.0909719;REVB=0.0319517;RO=1;SAF=54;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869881;STB=0.506328;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=2.00467e-06;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:92:94:0.989474:38:54:1:0:39:55:0:1 chr5 180618713 . A AC 931.74 PASS AF=1;AO=81;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.9433;QD=40.9556;RBI=0.102324;REFB=-0.00385399;REVB=-0.102234;RO=9;SAF=33;SAR=48;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922761;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000493573;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:91:91:91:0:42:49:0:0:14:9:33:48:8:1 chr6 203878 . C T 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7328;QD=60.2233;RBI=0.0469508;REFB=0;REVB=0.0142974;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356633;OID=.;OPOS=203878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr6 203909 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.08;QD=60.978;RBI=0.0420685;REFB=0;REVB=-0.00072171;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74508e-05;OID=.;OPOS=203909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr6 204072 . G T 1214.83 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256305;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.017;QD=61.5102;RBI=0.0256594;REFB=0;REVB=-0.00121888;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53407e-05;OID=.;OPOS=204072;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:31:47:0:0:31:48:0:0 chr6 335175 . A T 650.98 PASS AF=1;AO=37;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.703;QD=61.9977;RBI=0.0415271;REFB=0;REVB=0.0295916;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313244;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:37:42:1:21:16:0:0:24:18:0:0 chr6 348906 . G A 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0234875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.176;QD=14.7663;RBI=0.0255718;REFB=-0.00909112;REVB=0.0101122;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785118;STB=0.544519;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0108102;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:21:12:11:14:21:12 chr6 350829 . G A 609.45 PASS AF=0.5;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=0.00138379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.156;QD=19.6596;RBI=0.00146827;REFB=-0.00660035;REVB=-0.00049084;RO=61;SAF=37;SAR=25;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28035;STB=0.657312;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00422008;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:61:62:62:62:0.5:25:37:17:44:25:37:17:45 chr6 350940 . T TA 338.37 PASS AF=0.477477;AO=51;DP=117;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0878472;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.7038;QD=12.1934;RBI=0.0928552;REFB=0.0238613;REVB=0.0300827;RO=64;SAF=19;SAR=32;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145702;STB=0.574884;STBP=0.137;TYPE=ins;VARB=-0.0295095;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477477:51:117:53:111:58:20:33:30:28:99:64:19:32:33:31 chr6 393359 . G C 225.69 PASS AF=0.3;AO=19;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.00465346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.753;QD=12.8968;RBI=0.00474064;REFB=-0.0253023;REVB=-0.000904988;RO=42;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137036;STB=0.551677;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0621451;OID=.;OPOS=393359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:19:21:0.3:11:8:13:29:13:8:13:29 chr6 408012 . G A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.454;QD=60.7157;RBI=0.0498407;REFB=0;REVB=0.0336833;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57242e-05;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr6 564145 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0554195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2353;QD=14.7983;RBI=0.0560552;REFB=-0.00359789;REVB=0.00841827;RO=13;SAF=1;SAR=10;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409687;STB=0.523768;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00626912;OID=.;OPOS=564145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:10:1:1:12:10:1:1:12 chr6 656143 . C A 1366.68 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1672;QD=62.1217;RBI=0.0292883;REFB=0;REVB=-0.0213872;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179265;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:45:42:0:0:46:42:0:0 chr6 1395043 . T C 594.73 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0240143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.715;QD=17.6217;RBI=0.024046;REFB=-0.00692852;REVB=0.00123309;RO=72;SAF=27;SAR=35;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00879868;STB=0.501578;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00797916;OID=.;OPOS=1395043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:72:73:62:62:0.459259:35:27:32:40:35:27:32:41 chr6 1507626 . G A 1526.72 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253149;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.8;QD=59.8712;RBI=0.0364617;REFB=0;REVB=0.0262414;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137076;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:51:50:0:0:52:50:0:0 chr6 1507808 . G T 2532.55 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141651;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.703;QD=61.7694;RBI=0.0385757;REFB=0;REVB=0.0358808;RO=0;SAF=79;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14401e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57646e-05;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:164:0:0:164:164:1:85:79:0:0:85:79:0:0 chr6 1523145 . C CG,G 1196.23 PASS AF=0.13253,0.86747;AO=9,71;DP=83;FAO=11,72;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,56;FSAR=11,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0761839,-0.0359176;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=26.0796,51.319;QD=57.6494;RBI=0.125948,0.0823082;REFB=0,0;REVB=-0.100294,-0.0740579;RO=3;SAF=0,56;SAR=9,15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0856438;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0494909,0.00329992;OID=.,.;OPOS=1523146,1523145;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:83:83:3:0:9,71:11,72:0.13253,0.86747:9,15:0,56:0:3:11,16:0,56:0:0 chr6 1742794 . A G 1154.31 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.437;QD=60.7534;RBI=0.0642575;REFB=0;REVB=0.0128706;RO=0;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299331;OID=.;OPOS=1742794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:51:24:0:0:51:25:0:0 chr6 2623820 . G A 275.46 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0288687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.963;QD=25.6243;RBI=0.0664447;REFB=-0.0321539;REVB=0.0598456;RO=18;SAF=10;SAR=15;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984477;STB=0.554413;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0330741;OID=.;OPOS=2623820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:15:10:5:13:15:10:5:13 chr6 2623930 . G A 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0177979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.5501;QD=16.5647;RBI=0.0278426;REFB=-0.00685336;REVB=0.0214113;RO=48;SAF=14;SAR=24;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214585;STB=0.620626;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0058113;OID=.;OPOS=2623930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:24:14:28:20:24:14:28:20 chr6 2664375 . C A 132.16 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00302117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.868;QD=18.2289;RBI=0.0341601;REFB=-0.00518429;REVB=-0.0340263;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294207;STB=0.677702;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0102218;OID=.;OPOS=2664375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:14:15:0.517241:11:3:7:7:12:3:7:7 chr6 2667031 . A G 538.47 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.457;QD=59.8294;RBI=0.0638202;REFB=0;REVB=0.0622927;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016042;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:16:20:0:0 chr6 2668071 . G C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0207667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.564;QD=16.4078;RBI=0.0228101;REFB=-0.00376178;REVB=0.00943638;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359958;STB=0.703125;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00220583;OID=.;OPOS=2668071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:6:23:9:12:6:23 chr6 2679676 . G A 444.46 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00295505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.301;QD=17.7783;RBI=0.0250494;REFB=-0.0186024;REVB=0.0248745;RO=53;SAF=17;SAR=28;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755863;STB=0.554048;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0240114;OID=.;OPOS=2679676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:55:45:45:0.45:28:17:24:29:28:17:26:29 chr6 2749381 . C T 401.13 PASS AF=0.326667;AO=49;DP=150;FAO=49;FDP=150;FR=.;FRO=101;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=71;FSRR=30;FWDB=0.00660765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.228;QD=10.6968;RBI=0.0168397;REFB=-0.00374292;REVB=-0.0154891;RO=101;SAF=19;SAR=30;SRF=71;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355377;STB=0.703049;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00890156;OID=.;OPOS=2749381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:101:101:49:49:0.326667:30:19:71:30:30:19:71:30 chr6 2889071 . A C 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0185477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.867;QD=5.78798;RBI=0.0203095;REFB=-0.00437847;REVB=0.00827384;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440473;STB=0.765061;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0096615;OID=.;OPOS=2889071;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:22:23:7:7:0.233333:2:5:7:15:2:5:8:15 chr6 2953394 . C T 353.57 PASS AF=0.59322;AO=33;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0146755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.479;QD=23.9706;RBI=0.0167961;REFB=-0.0335833;REVB=0.00816947;RO=24;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177045;STB=0.579665;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0226405;OID=.;OPOS=2953394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:33:35:0.59322:20:13:15:9:20:15:15:9 chr6 2959513 . C T 218.14 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0228354;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.133;QD=11.3319;RBI=0.028986;REFB=-0.00348472;REVB=-0.0178531;RO=50;SAF=12;SAR=15;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19481;STB=0.612454;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00775598;OID=.;OPOS=2959513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:50:50:27:27:0.350649:15:12:31:19:15:12:31:19 chr6 2994218 . C T 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000947905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.024;QD=56.9969;RBI=0.0738132;REFB=0;REVB=0.0738071;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294283;OID=.;OPOS=2994218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr6 3010390 . C T 1231.29 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00167253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.246;QD=60.063;RBI=0.00416963;REFB=0.0570388;REVB=-0.00381948;RO=1;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097636;STB=0.505153;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00102876;OID=.;OPOS=3010390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:48:33:0:1:48:33:0:1 chr6 3015790 . A G 1505.16 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132784;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.728;QD=64.0496;RBI=0.0139754;REFB=0;REVB=0.0043585;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078202;OID=.;OPOS=3015790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chr6 3015865 . C T 373.83 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0293266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.75;QD=14.8051;RBI=0.0298235;REFB=-0.00894406;REVB=-0.00542128;RO=59;SAF=20;SAR=22;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108057;STB=0.560808;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0122176;OID=.;OPOS=3015865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:22:20:22:37:22:20:22:37 chr6 3019744 . T C 196.57 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.100612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7021;QD=18.2854;RBI=0.102582;REFB=-0.00845302;REVB=0.0200072;RO=23;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356162;STB=0.70349;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0218196;OID=.;OPOS=3019744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:5:15:9:14:5:15:9:14 chr6 3077141 . T C 2027.73 PASS AF=0.944056;AO=118;DP=144;FAO=135;FDP=143;FR=.;FRO=8;FSAF=65;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0127466;FXX=0.027209;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.287;QD=56.7198;RBI=0.020468;REFB=-0.114622;REVB=-0.0160145;RO=0;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527023;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000805314;OID=.;OPOS=3077141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:144:143:0:8:118:135:0.944056:59:59:0:0:70:65:0:8 chr6 3118998 . G T 531.93 PASS AF=0.691176;AO=47;DP=68;FAO=47;FDP=68;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0119051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.179;QD=31.2902;RBI=0.0162256;REFB=-0.0279719;REVB=0.0110245;RO=21;SAF=22;SAR=25;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226688;STB=0.512267;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0141248;OID=.;OPOS=3118998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:21:47:47:0.691176:25:22:9:12:25:22:9:12 chr6 3255327 . G A 505.52 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0073635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1944;QD=20.2207;RBI=0.0193457;REFB=-0.00649708;REVB=-0.0178895;RO=51;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200286;STB=0.511107;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00742223;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:27:22:24:27:27:22:24:27 chr6 3255340 . A C 651.05 PASS AF=0.52;AO=62;DP=122;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0201396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.921;QD=20.8335;RBI=0.0235236;REFB=-0.00855787;REVB=-0.0121554;RO=59;SAF=28;SAR=34;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00536999;STB=0.512962;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00814714;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:59:60:62:65:0.52:34:28:27:32:34:31:27:33 chr6 3264440 . C G 469.14 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.031978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3158;QD=17.0596;RBI=0.0345933;REFB=-0.0141256;REVB=-0.0131949;RO=58;SAF=18;SAR=33;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22581;STB=0.630219;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0171492;OID=.;OPOS=3264440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:59:51:51:0.463636:33:18:34:24:33:18:35:24 chr6 3264487 . T C 348.56 PASS AF=0.378378;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.0309955;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.474;QD=12.5608;RBI=0.0310299;REFB=-0.0108974;REVB=0.00146058;RO=67;SAF=18;SAR=24;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196333;STB=0.619234;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00722232;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:67:69:42:42:0.378378:24:18:41:26:24:18:43:26 chr6 3264502 . G C 394.37 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0127629;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.644;QD=14.882;RBI=0.0138319;REFB=-0.00631043;REVB=0.00533186;RO=61;SAF=19;SAR=26;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219459;STB=0.623087;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00839403;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:61:61:45:45:0.424528:26:19:39:22:26:19:39:22 chr6 3264527 . T C 373.88 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0962865;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0276;QD=17.8036;RBI=0.0963744;REFB=-0.0133178;REVB=-0.00411635;RO=44;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112066;STB=0.562012;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0177096;OID=.;OPOS=3264527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:44:45:38:39:0.464286:20:18:26:18:21:18:26:19 chr6 3273457 . A G 384.32 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00320035;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.803;QD=27.9503;RBI=0.00482479;REFB=0.0090607;REVB=-0.0036106;RO=19;SAF=12;SAR=24;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196668;STB=0.607533;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00240017;OID=.;OPOS=3273457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:36:36:0.654545:24:12:12:7:24:12:12:7 chr6 3287118 . T C 174.07 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0493054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.022;QD=19.3415;RBI=0.0570142;REFB=-0.0113062;REVB=-0.0286287;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215916;STB=0.623143;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00875471;OID=.;OPOS=3287118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:13:5:9:9:13:5:9:9 chr6 3438738 . G A 432.93 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000326969;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.253;QD=57.7233;RBI=0.0441801;REFB=0;REVB=0.0441789;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234982;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr6 3439595 . G GA 482.2 PASS AF=1;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.0358;QD=49.4561;RBI=0.0464687;REFB=0;REVB=-0.0447848;RO=4;SAF=18;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934331;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00104145;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:43:39:39:0:18:21:0:0:8:4:18:21:4:0 chr6 3727811 . C G 570.22 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=146;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.00525684;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.472;QD=15.7301;RBI=0.0109933;REFB=-0.0127722;REVB=0.00965499;RO=83;SAF=24;SAR=37;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11776;STB=0.569731;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0159646;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:83:84:61:61:0.42069:37:24:42:41:37:24:43:41 chr6 3851193 . C G 377.81 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00128887;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.237;QD=23.6131;RBI=0.0155395;REFB=-0.0201165;REVB=-0.0154859;RO=25;SAF=10;SAR=27;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176879;STB=0.58575;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0234937;OID=.;OPOS=3851193;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:25:27:37:37:0.578125:27:10:12:13:27:10:12:15 chr6 4069166 . C T 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.408;QD=62.3453;RBI=0.0180098;REFB=0;REVB=-0.0159771;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38079e-05;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr6 4074612 . A C 2894.77 PASS AF=0.938679;AO=196;DP=209;FAO=199;FDP=212;FR=.;FRO=13;FSAF=97;FSAR=102;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0438585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.02;QD=54.6182;RBI=0.0441234;REFB=-0.0433102;REVB=0.0048274;RO=3;SAF=94;SAR=102;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149539;STB=0.526692;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000266814;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:209:212:3:13:196:199:0.938679:102:94:3:0:102:97:12:1 chr6 4428223 . C G 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00548425;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=304.409;QD=4.81087;RBI=0.0164687;REFB=-0.00567132;REVB=-0.0155288;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768798;STB=0.551554;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.024405;OID=.;OPOS=4428223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:13:10:3:3:13:10 chr6 4716016 . A G 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0151696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.396;QD=20.4849;RBI=0.0242387;REFB=-0.00174347;REVB=-0.018905;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105797;STB=0.559915;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000917496;OID=.;OPOS=4716016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:4:7:7:7:4:7 chr6 4716037 . T C 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0400927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2568;QD=19.8484;RBI=0.0509293;REFB=-0.00558833;REVB=0.0314065;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677684;STB=0.538411;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00432895;OID=.;OPOS=4716037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:5:8:8:7:5:8 chr6 4735035 . T C 134.9 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0990748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5487;QD=16.8622;RBI=0.0990861;REFB=-0.0407989;REVB=0.00149689;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512395;STB=0.529373;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0589307;OID=.;OPOS=4735035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:7:10:8:7:7:10 chr6 4735071 . C G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00443451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.794;QD=14.6497;RBI=0.0103244;REFB=-0.00968862;REVB=0.00932352;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163226;STB=0.526278;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0135518;OID=.;OPOS=4735071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:19:14:14:0.424242:8:6:7:10:8:6:9:10 chr6 5086558 . C A 318.75 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.021846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.269;QD=20.9013;RBI=0.046065;REFB=-0.0108603;REVB=0.0405554;RO=28;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160154;STB=0.588474;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00710078;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:17:16:19:9:17:16:19:9 chr6 5139012 . C A 167.01 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.113364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0381;QD=41.7524;RBI=0.116334;REFB=0.0131578;REVB=0.0261183;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100543;STB=0.545392;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0145834;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:16:1:1:14:15:0.9375:4:10:0:1:5:10:0:1 chr6 5260936 . A C 1992.46 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.574;QD=61.3063;RBI=0.0867269;REFB=-0.0821426;REVB=0.0844655;RO=0;SAF=76;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503268;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000449876;OID=.;OPOS=5260936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:0:1:129:129:0.992308:53:76:0:0:53:76:1:0 chr6 6003985 . C T 1555.45 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085617;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2289;QD=59.2554;RBI=0.105146;REFB=0;REVB=0.0610357;RO=2;SAF=47;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044657;OID=.;OPOS=6003985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:2:0:101:105:1:54:47:2:0:54:51:0:0 chr6 6320808 . T G 2063.99 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.328;QD=62.5451;RBI=0.135137;REFB=0;REVB=-0.129163;RO=0;SAF=66;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000648807;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:131:132:1:65:66:0:0:66:66:0:0 chr6 6938928 . C T 694.46 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149827;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.4417;QD=63.1327;RBI=0.0444607;REFB=0;REVB=0.0418602;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639353;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr6 7182798 . T C 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00995384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.479;QD=19.4666;RBI=0.0100851;REFB=-0.00987698;REVB=0.00162183;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115193;STB=0.564797;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0150907;OID=.;OPOS=7182798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:7:17:13:9:7:17 chr6 7211818 . G A 1715.86 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.764;QD=59.6822;RBI=0.0399012;REFB=-0.128696;REVB=0.032435;RO=1;SAF=63;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921969;STB=0.504853;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000194232;OID=.;OPOS=7211818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:115:1:1:114:114:0.991304:51:63:0:1:51:63:0:1 chr6 7230680 . G T 86.82 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17457;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.7664;QD=38.5887;RBI=0.174688;REFB=0;REVB=0.00640032;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121209;OID=.;OPOS=7230680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:1:0:8:9:1:5:3:1:0:5:4:0:0 chr6 7231770 . A G 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0406393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9894;QD=11.8136;RBI=0.0477595;REFB=-0.030851;REVB=0.0250883;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560947;STB=0.533282;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0402771;OID=.;OPOS=7231770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:8:5:10:13:8:5:10:13 chr6 7246679 . T A 789.46 PASS AF=0.4375;AO=82;DP=192;FAO=84;FDP=192;FR=.;FRO=108;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=-0.0392253;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.083;QD=16.4471;RBI=0.0428541;REFB=-0.0201638;REVB=0.0172584;RO=108;SAF=38;SAR=44;SRF=42;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769605;STB=0.542879;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0273024;OID=.;OPOS=7246679;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:108:108:82:84:0.4375:44:38:42:66:45:39:42:66 chr6 7246998 . G A 772.82 PASS AF=0.984127;AO=46;DP=55;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0534227;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.736;QD=49.0677;RBI=0.0678109;REFB=-0.14382;REVB=0.0417652;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000853915;OID=.;OPOS=7246998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:63:0:1:46:62:0.984127:27:19:0:0:33:29:0:1 chr6 7247248 . T C 652.44 PASS AF=1;AO=37;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.79;QD=62.1366;RBI=0.0436288;REFB=0;REVB=0.0406657;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546712;OID=.;OPOS=7247248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:37:42:1:21:16:0:0:26:16:0:0 chr6 7248925 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0303705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.421;QD=15.1663;RBI=0.0370354;REFB=-0.0123986;REVB=-0.0211955;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072901;STB=0.558061;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0122791;OID=.;OPOS=7248925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:9:6:9:10:9:6:10:10 chr6 7251037 . C T 607.88 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00643104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.66;QD=22.514;RBI=0.0312593;REFB=-0.00271509;REVB=-0.0305906;RO=47;SAF=27;SAR=33;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133503;STB=0.577322;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0026264;OID=.;OPOS=7251037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:47:48:60:60:0.555556:33:27:29:18:33:27:30:18 chr6 7288544 . A C 236.6 PASS AF=0.490196;AO=26;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0172696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8181;QD=18.5571;RBI=0.0479237;REFB=-0.017319;REVB=0.0447039;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193566;STB=0.588539;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0310716;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:26:25:0.490196:13:13:7:18:13:12:8:18 chr6 7289957 . CCA C 232.08 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00908415;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=2;MLLD=253.7;QD=11.9016;RBI=0.0231497;REFB=-0.0104077;REVB=-0.0212929;RO=43;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820035;STB=0.546099;STBP=0.492;TYPE=del;VARB=0.011931;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448718:35:80:35:78:43:20:15:21:22:99:43:20:15:21:22 chr6 7295283 . T A 108.58 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0586094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.708;QD=13.5721;RBI=0.0603507;REFB=-0.0459302;REVB=-0.0143927;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960223;STB=0.556013;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0393273;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:7:12:7:6:7:12 chr6 7310259 . A G 109.23 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00368391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.547;QD=14.0938;RBI=0.0403377;REFB=-0.0095842;REVB=0.0401691;RO=18;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46486;STB=0.775992;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0380558;OID=.;OPOS=7310259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:11:2:10:8:11:2:10:8 chr6 7387236 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000802793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.051;QD=58.7817;RBI=0.0201804;REFB=0;REVB=0.0201644;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76133e-05;OID=.;OPOS=7387236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr6 7563983 . T G 2018.35 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426011;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6633;QD=62.5845;RBI=0.0196965;REFB=0;REVB=0.0192303;RO=0;SAF=52;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623945;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:129:0:0:129:129:1:77:52:0:0:77:52:0:0 chr6 7572262 . A G 180.4 PASS AF=0.389831;AO=20;DP=56;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00950185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.848;QD=12.2306;RBI=0.00983106;REFB=-0.0127218;REVB=-0.00252282;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586578;STB=0.576036;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0211998;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:35:36:20:23:0.389831:13:7:14:21:16:7:15:21 chr6 7576527 . G A 206.62 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00577267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2494;QD=13.1188;RBI=0.0172754;REFB=-0.0448769;REVB=-0.0162824;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210532;STB=0.512061;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0209819;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:12:13:19:19:12:13:19:19 chr6 7577260 . C T 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0138364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0351;QD=12.8967;RBI=0.0146446;REFB=-0.01349;REVB=-0.0047977;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129068;STB=0.575825;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0231252;OID=.;OPOS=7577260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:16:14:6:11:16:14 chr6 7581636 . G A 309.53 PASS AF=0.551724;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00767138;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6749;QD=21.3468;RBI=0.0324454;REFB=-0.0195963;REVB=0.0315255;RO=27;SAF=10;SAR=21;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449392;STB=0.520034;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.017395;OID=.;OPOS=7581636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:26:31:32:0.551724:21:10:10:17:21:11:10:16 chr6 7585411 . G A 166.57 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0191974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.91;QD=19.0365;RBI=0.0194126;REFB=-0.0147714;REVB=0.00288234;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527849;STB=0.540938;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.01417;OID=.;OPOS=7585411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:17:17:18:0.514286:10:7:8:9:11:7:8:9 chr6 7585967 . G C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0422671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.832;QD=10.3908;RBI=0.0424951;REFB=-0.0324713;REVB=0.00439617;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0418542;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:5:6:3:4:5:6 chr6 7601720 . C T 449.67 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0192619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1814;QD=18.9333;RBI=0.0361153;REFB=-0.0118539;REVB=-0.0305499;RO=49;SAF=22;SAR=23;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133818;STB=0.568045;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0123288;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:50:45:45:0.473684:23:22:17:32:23:22:18:32 chr6 7727828 . A G 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0193156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.899;QD=14.4325;RBI=0.0242871;REFB=0.00412824;REVB=-0.0147232;RO=41;SAF=23;SAR=8;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157521;STB=0.603969;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0051328;OID=.;OPOS=7727828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:44:31:31:0.413333:8:23:25:16:8:23:26:18 chr6 7862631 . G C 592.45 PASS AF=0.521739;AO=47;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0364848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.995;QD=20.607;RBI=0.0371307;REFB=-0.0188896;REVB=-0.00689552;RO=53;SAF=19;SAR=28;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026737;STB=0.557503;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0348369;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:53:53:47:60:0.521739:28:19:20:33:30:30:20:33 chr6 7884652 . C T 382.84 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0182915;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.543;QD=17.4017;RBI=0.0183023;REFB=-0.015942;REVB=-0.00062841;RO=44;SAF=16;SAR=24;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742526;STB=0.555527;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0210062;OID=.;OPOS=7884652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:48:40:40:0.454545:24:16:21:23:24:16:24:24 chr6 7986847 . G A 234.17 PASS AF=0.301887;AO=32;DP=106;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=-0.0170649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8558;QD=8.83661;RBI=0.0216288;REFB=-0.0116596;REVB=-0.0132889;RO=72;SAF=9;SAR=23;SRF=21;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150707;STB=0.524948;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0389777;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:72:74:32:32:0.301887:23:9:21:51:23:9:23:51 chr6 7988189 . T C 476.95 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=0.00527968;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.725;QD=17.998;RBI=0.0192662;REFB=-0.014409;REVB=-0.0185287;RO=53;SAF=18;SAR=33;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312657;STB=0.680713;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0231273;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:55:51:51:0.481132:33:18:37:16:33:18:39:16 chr6 8015129 . T C 207.62 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0141401;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.671;QD=16.9484;RBI=0.0141418;REFB=-0.0232806;REVB=0.000216484;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138058;STB=0.589657;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0346586;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:28:21:21:0.428571:8:13:13:14:8:13:13:15 chr6 8015821 . T C 838.33 PASS AF=0.5;AO=85;DP=170;FAO=85;FDP=170;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=21;FSRR=64;FWDB=0.00549436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8287;QD=19.7253;RBI=0.0273048;REFB=0.00792705;REVB=0.0267463;RO=85;SAF=27;SAR=58;SRF=21;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764996;STB=0.541945;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00382978;OID=.;OPOS=8015821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:85:85:85:85:0.5:58:27:21:64:58:27:21:64 chr6 8413890 . A G 223.57 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.021391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.785;QD=17.1974;RBI=0.0294759;REFB=-0.00734017;REVB=0.0202794;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894198;STB=0.517228;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00699865;OID=.;OPOS=8413890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:24:25:0.480769:14:10:11:16:14:11:11:16 chr6 8428137 . A AAGT 354.57 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090305;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=260.95;QD=52.5287;RBI=0.0268343;REFB=0;REVB=0.0252691;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000465975;OID=.;OPOS=8428138;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=AAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:28:27:27:0:16:11:0:0:4:0:16:8:0:0 chr6 8430049 . G A 1731.29 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8956;QD=60.7469;RBI=0.0360124;REFB=0;REVB=0.0110515;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100132;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:58:56:0:0:58:56:0:0 chr6 9776058 . G A 374.14 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0536278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6452;QD=18.031;RBI=0.0679619;REFB=-0.0213088;REVB=-0.0417479;RO=44;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337184;STB=0.518829;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0221007;OID=.;OPOS=9776058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:20:19:23:21:20:19:23:21 chr6 9900599 . T TGAG 752.99 PASS AF=0.514085;AO=72;DP=143;FAO=73;FDP=142;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.0195629;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.266;QD=21.211;RBI=0.0255574;REFB=-0.0094887;REVB=0.0164461;RO=70;SAF=36;SAR=36;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896288;STB=0.542492;STBP=0.326;TYPE=ins;VARB=0.00863572;OID=.;OPOS=9900600;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514085:72:143:73:142:69:37:36:41:28:99:70:36:36:42:28 chr6 9933492 . G A 366.45 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0167629;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.725;QD=18.5542;RBI=0.0170817;REFB=-0.0184358;REVB=-0.00328455;RO=41;SAF=24;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223225;STB=0.628755;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0132088;OID=.;OPOS=9933492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:41:37:38:0.481013:13:24:17:24:13:25:17:24 chr6 10587038 . C G 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0284997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7571;QD=17.8592;RBI=0.0304698;REFB=-0.0208042;REVB=0.0107786;RO=35;SAF=12;SAR=22;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460628;STB=0.529394;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0227334;OID=.;OPOS=10587038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:37:34:34:0.478873:22:12:14:21:22:12:15:22 chr6 10729020 . C T 344.82 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0221457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4895;QD=21.8933;RBI=0.0293771;REFB=-0.0151862;REVB=-0.0193025;RO=28;SAF=14;SAR=21;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16715;STB=0.592304;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00965782;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:21:14:17:11:21:14:17:11 chr6 10753107 . T A 998.51 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0122394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.5318;QD=56.2538;RBI=0.0404834;REFB=-0.135088;REVB=0.0385889;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513885;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00160598;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:0:2:69:69:0.971831:35:34:0:0:35:34:0:2 chr6 10763312 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.987;QD=63.583;RBI=0.0110903;REFB=0;REVB=0.0109955;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39903e-05;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr6 10764727 . A G 1456.82 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00074885;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.857;QD=63.3401;RBI=0.00946651;REFB=0;REVB=-0.00943685;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65517e-05;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr6 10891781 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.404;QD=58.1421;RBI=0.0170711;REFB=0;REVB=-0.00332392;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137429;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr6 10955408 . C T 1133.85 PASS AF=0.9625;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0426413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0405;QD=56.6923;RBI=0.0431079;REFB=-0.0321237;REVB=0.00632525;RO=2;SAF=38;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242497;STB=0.505529;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00176208;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:80:2:3:75:77:0.9625:37:38:2:0:37:40:2:1 chr6 10981053 . G A 582.43 PASS AF=0.975;AO=40;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00455278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.205;QD=58.2429;RBI=0.0222236;REFB=-0.0115709;REVB=-0.0217523;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.000344592;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:40:39:0.975:13:27:0:0:12:27:0:1 chr6 11005686 . G A 1084.37 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.497;QD=58.6144;RBI=0.0407281;REFB=-0.112972;REVB=-0.0329814;RO=1;SAF=41;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113981;STB=0.506022;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000522412;OID=.;OPOS=11005686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:32:41:1:0:32:41:1:0 chr6 11105763 . C T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.000217355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.766;QD=10.4292;RBI=0.052632;REFB=-0.00373559;REVB=-0.0526315;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156193;STB=0.593416;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00784449;OID=.;OPOS=11105763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:8:6:17:13:8:6:17:13 chr6 11185257 . A T 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5652;QD=63.5804;RBI=0.0431909;REFB=0;REVB=-0.0330291;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28917e-05;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr6 11185533 . G A 651.87 PASS AF=0.507812;AO=64;DP=127;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0019421;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.833;QD=20.3709;RBI=0.0115137;REFB=-0.0114138;REVB=0.0113488;RO=62;SAF=27;SAR=37;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155814;STB=0.584589;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0135;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:62:63:64:65:0.507812:37:27:37:25:38:27:37:26 chr6 11190626 . A G 1503.48 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154324;FXX=0.0309246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.619;QD=63.9779;RBI=0.00161067;REFB=0;REVB=-0.000461136;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746993;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:56:38:0:0:56:38:0:0 chr6 11192575 . C T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1918;QD=64.4142;RBI=0.0347756;REFB=0;REVB=0.0238736;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76892e-06;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr6 11538534 . C T 384.32 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=68;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00318288;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.091;QD=21.3509;RBI=0.0699997;REFB=-0.00830535;REVB=0.0699273;RO=31;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510357;STB=0.56941;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00658286;OID=.;OPOS=11538534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:31:32:34:40:0.555556:14:20:20:11:20:20:21:11 chr6 11576130 . T C 1895.27 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0660679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.0984;QD=60.6486;RBI=0.082337;REFB=-0.0849601;REVB=0.0491366;RO=0;SAF=61;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00133423;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:125:125:0:1:124:124:0.992:63:61:0:0:63:61:1:0 chr6 11644302 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9974;QD=57.1999;RBI=0.033814;REFB=0;REVB=-0.0260989;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.64796e-05;OID=.;OPOS=11644302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr6 11644518 . C T 277.41 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0613209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0268;QD=18.4941;RBI=0.0616372;REFB=-0.0248898;REVB=0.00623571;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0261551;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:13:17:17:13:13:17:17:13 chr6 11723636 . C T 211.87 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0010374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.167;QD=16.6175;RBI=0.0643638;REFB=-0.0352149;REVB=-0.0643554;RO=26;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12372;STB=0.554864;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0369855;OID=.;OPOS=11723636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:28:23:23:0.45098:7:16:15:11:7:16:17:11 chr6 12122645 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.682;QD=61.8519;RBI=0.0302341;REFB=0;REVB=-0.00663286;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12788e-05;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:43:38:0:0:45:38:0:0 chr6 12122773 . T C 236.03 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0123956;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.371;QD=17.1659;RBI=0.0203318;REFB=-0.00566287;REVB=0.0161161;RO=28;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759229;STB=0.534857;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00598608;OID=.;OPOS=12122773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:16:10:13:15:16:10:13:16 chr6 12123049 . G A 424.49 PASS AF=0.433628;AO=47;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.00658685;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.311;QD=15.0261;RBI=0.0516669;REFB=-0.0150501;REVB=-0.0512454;RO=64;SAF=15;SAR=32;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812919;STB=0.540103;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0201479;OID=.;OPOS=12123049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:64:47:49:0.433628:32:15:25:39:33:16:25:39 chr6 12123249 . A G 296.5 PASS AF=0.377778;AO=33;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=44;FWDB=0.0506741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.388;QD=13.1775;RBI=0.050915;REFB=-0.00556071;REVB=0.00494707;RO=54;SAF=10;SAR=23;SRF=12;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109705;STB=0.582104;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00755162;OID=.;OPOS=12123249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:56:33:34:0.377778:23:10:12:42:23:11:12:44 chr6 12123538 . G T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00626835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.665;QD=10.379;RBI=0.00948332;REFB=0.0030966;REVB=0.00711627;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124271;STB=0.575055;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00715834;OID=.;OPOS=12123538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:7:9:4:5:7:9 chr6 12125772 . A G 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0189959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.265;QD=21.227;RBI=0.0223853;REFB=-0.0137143;REVB=-0.0118431;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143399;STB=0.579506;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0104953;OID=.;OPOS=12125772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:16:13:15:9:16:13:15:9 chr6 12164612 . C G 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00589628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.467;QD=9.85816;RBI=0.0183724;REFB=-0.0148441;REVB=-0.0174005;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957769;STB=0.557534;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0274542;OID=.;OPOS=12164612;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:18:11:6:7:18:11 chr6 12294258 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000280216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.62;QD=57.0007;RBI=0.0118136;REFB=0;REVB=-0.0118103;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77559e-05;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr6 13185117 . A C 280.7 PASS AF=0.802632;AO=36;DP=52;FAO=61;FDP=76;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.151033;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=14.5119;QD=14.7736;RBI=0.181426;REFB=-0.148144;REVB=0.100522;RO=16;SAF=1;SAR=35;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609177;STB=0.520334;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.281604;OID=.;OPOS=13185117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:52:76:16:15:36:61:0.802632:35:1:6:10:39:22:4:11 chr6 13321097 . G A 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0159313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.521;QD=15.0668;RBI=0.0162258;REFB=-0.00951813;REVB=-0.00307772;RO=46;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782607;STB=0.501457;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0128057;OID=.;OPOS=13321097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:16:18:24:22:16:18:25:22 chr6 13361088 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.17;QD=61.3756;RBI=0.0276312;REFB=0;REVB=-0.00245256;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50066e-05;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr6 13470113 . A T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.451;QD=62.3509;RBI=0.0263366;REFB=0;REVB=-0.0108053;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26193e-05;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr6 13547958 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.738;QD=57.177;RBI=0.0366848;REFB=0;REVB=-0.00218707;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417086;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr6 13548165 . A G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00369625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.145;QD=51.5087;RBI=0.0280682;REFB=-0.0604085;REVB=-0.0278238;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000452873;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:1:0:15:11:1:0 chr6 13615851 . G A 230.56 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0216329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.583;QD=12.1348;RBI=0.0290653;REFB=-0.0227754;REVB=0.0194116;RO=47;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539707;STB=0.512186;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0366449;OID=.;OPOS=13615851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:18:10:17:30:18:10:18:30 chr6 13794110 . C A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.581;QD=63.872;RBI=0.0142837;REFB=0;REVB=-0.0141514;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68651e-05;OID=.;OPOS=13794110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr6 13801615 . T C 358.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7908;QD=55.0832;RBI=0.0933292;REFB=0;REVB=0.0818424;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192316;OID=.;OPOS=13801615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr6 13978854 . G T 685.97 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00113654;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.599;QD=54.8778;RBI=0.00152286;REFB=0.0143005;REVB=-0.0010136;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165122;STB=0.508768;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-8.23369e-05;OID=.;OPOS=13978854;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:21:28:1:0:21:28:1:0 chr6 13979526 . A G 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00401082;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=324.013;QD=53.4965;RBI=0.00422858;REFB=-0.0365198;REVB=0.00133947;RO=2;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306052;STB=0.501638;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00224854;OID=.;OPOS=13979526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:18:16:1:1:18:16:1:1 chr6 13980527 . G A 1558.96 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.568;QD=63.631;RBI=0.0499379;REFB=0;REVB=0.0423717;RO=0;SAF=63;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.76468e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11891e-05;OID=.;OPOS=13980527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:34:63:0:0:34:64:0:0 chr6 14646772 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0248;QD=62.9806;RBI=0.0368968;REFB=0;REVB=-0.0239583;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86084e-05;OID=.;OPOS=14646772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr6 15496662 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.923;QD=51.9167;RBI=0.0358526;REFB=0;REVB=0.035512;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233363;OID=.;OPOS=15496662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr6 15513482 . G A 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0235181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1718;QD=18.3436;RBI=0.0353018;REFB=-0.0114352;REVB=0.0263271;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138146;STB=0.578852;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0113797;OID=.;OPOS=15513482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:9:9:6:11:9:9 chr6 15520911 . GACACA GACA,GACACG 248.45 PASS AF=0.440678,0.0508475;AO=22,3;DP=61;FAO=26,3;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17,3;FSAR=9,0;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=-0.0261229,-0.00327975;FXX=0.0327815;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=127.838,78.2565;QD=16.8441;RBI=0.026529,0.0441693;REFB=-0.035024,-0.0256743;REVB=-0.00462414,-0.0440474;RO=30;SAF=16,3;SAR=6,0;SRF=26;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.198669,0.42776;STB=0.636423,0.994175;STBP=0.118,0.348;TYPE=del,snp;VARB=0.0363833,0.0215907;OID=.,.;OPOS=15520912,15520916;OREF=AC,A;OALT=-,G;OMAPALT=GACA,GACACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440678,0.0508475:22,3:61:26,3:59:30:17,3:9,0:26:4:99:30:16,3:6,0:26:4 chr6 15586009 . G T 1206.04 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.047795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.621;QD=58.8311;RBI=0.0490167;REFB=-0.13795;REVB=0.0108757;RO=2;SAF=37;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024902;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000959336;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:2:1:80:81:0.987805:43:37:2:0:43:38:1:0 chr6 16145325 . A G 1472.56 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.242;QD=63.336;RBI=0.0147178;REFB=0;REVB=0.0132225;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43062e-06;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:57:35:0:0:58:35:0:0 chr6 16148176 . G A 383.78 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.0203128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.029;QD=14.6201;RBI=0.0207955;REFB=-0.00731625;REVB=-0.00445468;RO=60;SAF=21;SAR=23;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167145;STB=0.597332;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.010235;OID=.;OPOS=16148176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:60:61:44:44:0.419048:23:21:19:41:23:21:19:42 chr6 16290761 . T A 1399.63 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279256;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.384;QD=62.9046;RBI=0.0405494;REFB=0;REVB=0.0294009;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74926e-05;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr6 16300444 . G GTCCTT 286.65 PASS AF=0.5;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00643506;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=333.121;QD=18.4935;RBI=0.0170942;REFB=-0.0056773;REVB=0.0158367;RO=33;SAF=10;SAR=20;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231933;STB=0.599506;STBP=0.137;TYPE=ins;VARB=0.00570678;OID=.;OPOS=16300445;OREF=-;OALT=TCCTT;OMAPALT=GTCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:30:63:31:62:31:11:20:17:14:99:33:10:20:19:14 chr6 16327372 . C T 613.12 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1719;QD=61.3118;RBI=0.0417132;REFB=0;REVB=0.0148497;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039118;OID=.;OPOS=16327372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr6 16327615 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.907;QD=57.5447;RBI=0.0679808;REFB=0;REVB=0.0654238;RO=0;SAF=51;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60738e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021787;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:7:51:0:0:7:51:0:0 chr6 16328068 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5088;QD=58.1398;RBI=0.0190354;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=32;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247398;OID=.;OPOS=16328068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:0:32:0:0:0:32:0:0 chr6 17421855 . A G 309.41 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0206248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.776;QD=16.0733;RBI=0.0233246;REFB=-0.0237393;REVB=0.0108928;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080762;STB=0.545428;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0310432;OID=.;OPOS=17421855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:17:17:18:25:17:17:18:25 chr6 17543302 . A G 989.74 PASS AF=0.933333;AO=70;DP=75;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00317835;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=304.071;QD=52.7863;RBI=0.0127369;REFB=-0.135054;REVB=-0.012334;RO=5;SAF=29;SAR=41;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00185161;STB=0.500981;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.000752885;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:75:75:5:5:70:70:0.933333:41:29:2:3:41:29:2:3 chr6 17629616 . G A 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=0.00633503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.493;QD=21.1201;RBI=0.0108938;REFB=-0.0235711;REVB=-0.00886243;RO=32;SAF=23;SAR=14;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179655;STB=0.598555;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0164291;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:14:23:26:6:14:23:26:6 chr6 17633061 . C T 805.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0656187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.854;QD=64.4069;RBI=0.0659242;REFB=0;REVB=0.00633928;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248597;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr6 17665479 . G C 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.026715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.507;QD=17.6719;RBI=0.0282324;REFB=-0.0221796;REVB=-0.0091312;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255069;STB=0.514276;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0209043;OID=.;OPOS=17665479;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:13:17:19:13:13:17:19:13 chr6 17688798 . G A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0418439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.338;QD=15.5772;RBI=0.0483845;REFB=-0.0210422;REVB=-0.0242929;RO=30;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498079;STB=0.528278;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0246532;OID=.;OPOS=17688798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:14:10:14:16:14:10:14:16 chr6 17737690 . T A 571.75 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0492387;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.4204;QD=55.78;RBI=0.0965606;REFB=-0.0544082;REVB=0.0830633;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.503175;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00379203;OID=.;OPOS=17737690;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:41:1:2:39:39:0.95122:22:17:1:0:22:17:1:1 chr6 17764530 . C T 969.62 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5032;QD=57.8878;RBI=0.0587332;REFB=0;REVB=-0.0161479;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669739;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:66:67:1:36:30:1:0:36:31:0:0 chr6 17773796 . A G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0113278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.528;QD=18.9664;RBI=0.0155659;REFB=0.00148828;REVB=0.0106761;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150844;STB=0.585578;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00157002;OID=.;OPOS=17773796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:8:14:12:13:8:14:12:13 chr6 17794494 . G A 1370.92 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122983;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.242;QD=62.3144;RBI=0.0295863;REFB=0;REVB=0.0269091;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73487e-05;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:85:88:1:52:33:0:0:54:34:0:0 chr6 18161563 . G A 726.02 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.971;QD=56.9429;RBI=0.0375043;REFB=0;REVB=0.0225342;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22803e-05;OID=.;OPOS=18161563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:28:23:0:0 chr6 18215303 . T C 2528.58 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.346;QD=61.6727;RBI=0.033167;REFB=0;REVB=0.0063551;RO=0;SAF=69;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25475e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67223e-05;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:163:164:1:94:69:0:0:95:69:0:0 chr6 18225640 . G A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0160031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.058;QD=16.1182;RBI=0.0191724;REFB=-0.0162351;REVB=0.0105585;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309193;STB=0.677144;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0187004;OID=.;OPOS=18225640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:3:10:5:7:3:10 chr6 18466677 . A T 1234.37 PASS AF=0.965116;AO=84;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0435646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9467;QD=57.4125;RBI=0.0435747;REFB=-0.0820299;REVB=-0.000938656;RO=2;SAF=41;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225432;STB=0.506023;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0183666;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:2:3:84:83:0.965116:43:41:2:0:42:41:2:1 chr6 20492995 . T C 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.652;QD=61.0481;RBI=0.0154668;REFB=0;REVB=0.00893067;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77409e-05;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr6 20599628 . C T 1790.35 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847654;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.016;QD=61.2085;RBI=0.0296327;REFB=0;REVB=0.0283945;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32724e-05;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:61:56:0:0:61:56:0:0 chr6 22136879 . G T 292.42 PASS AF=0.384615;AO=33;DP=89;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0101934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.375;QD=12.8535;RBI=0.0218451;REFB=-0.0197245;REVB=-0.0193211;RO=53;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132561;STB=0.605203;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0237231;OID=.;OPOS=22136879;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:53:56:33:35:0.384615:14:19:24:29:14:21:24:32 chr6 22287745 . C T 563.6 PASS AF=0.53271;AO=56;DP=106;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=39;FWDB=0.0302044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.501;QD=21.069;RBI=0.0487664;REFB=-0.0353705;REVB=-0.0382866;RO=50;SAF=20;SAR=36;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134125;STB=0.577532;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.025353;OID=.;OPOS=22287745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:50:50:56:57:0.53271:36:20:11:39:36:21:11:39 chr6 22570064 . C T 363.22 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0128362;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.28;QD=22.7014;RBI=0.013036;REFB=0.00235971;REVB=0.00227348;RO=28;SAF=15;SAR=21;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789875;STB=0.543455;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0020254;OID=.;OPOS=22570064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:28:28:36:36:0.5625:21:15:9:19:21:15:9:19 chr6 24147483 . A G 1543.43 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652224;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.004;QD=59.9391;RBI=0.0654671;REFB=0;REVB=-0.00565583;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195109;OID=.;OPOS=24147483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:41:62:0:0:41:62:0:0 chr6 24174955 . G C 1548.95 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717064;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5244;QD=60.1533;RBI=0.00902262;REFB=0;REVB=-0.00547627;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116752;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:101:103:1:46:55:0:0:47:56:0:0 chr6 24291203 . T C 723.85 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6159;QD=55.6811;RBI=0.0597075;REFB=0;REVB=0.00117182;RO=1;SAF=35;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572407;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:16:35:1:0:16:36:0:0 chr6 24418348 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.076;QD=62.0083;RBI=0.0124287;REFB=0;REVB=0.0106099;RO=0;SAF=27;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89869e-06;OID=.;OPOS=24418348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:57:27:0:0:57:27:0:0 chr6 24437445 . G A 1139.17 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00681898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.764;QD=59.1774;RBI=0.0533637;REFB=-0.115166;REVB=0.0529262;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114027;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000752514;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:35:41:1:0:35:41:1:0 chr6 24437458 . T C 493.43 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0572812;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2584;QD=27.799;RBI=0.0579553;REFB=-0.0262628;REVB=0.00881426;RO=26;SAF=25;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634767;STB=0.534576;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0196584;OID=.;OPOS=24437458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:26:26:45:45:0.633803:20:25:12:14:20:25:12:14 chr6 24463020 . G C 362.76 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0294197;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0107;QD=13.3123;RBI=0.0295505;REFB=-0.0153572;REVB=-0.00277695;RO=65;SAF=20;SAR=23;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699946;STB=0.543552;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0245373;OID=.;OPOS=24463020;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:66:43:43:0.394495:23:20:26:39:23:20:26:40 chr6 24596478 . T G 255.78 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0185919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.839;QD=16.24;RBI=0.0252737;REFB=-0.0237246;REVB=0.0171202;RO=33;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145058;STB=0.588176;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0260273;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:14:15:12:21:14:15:12:22 chr6 24653273 . G C 530.59 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00494965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.686;QD=20.6054;RBI=0.018644;REFB=-0.022276;REVB=0.017975;RO=49;SAF=30;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394525;STB=0.521731;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0159228;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:24:30:25:24:24:30:25:24 chr6 24653376 . G A 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.237;QD=60.8827;RBI=0.0381969;REFB=0;REVB=0.00813354;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.21373e-05;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr6 24698215 . G A 255.69 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0166774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.593;QD=17.9428;RBI=0.0182624;REFB=0.00134967;REVB=-0.0074418;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333177;STB=0.509427;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.00165574;OID=.;OPOS=24698215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:29:27:28:0.491228:12:15:14:13:13:15:15:14 chr6 24780892 . A C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00344323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.551;QD=21.0076;RBI=0.0485925;REFB=0.00766364;REVB=0.0484704;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915077;STB=0.551568;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0094039;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:9:8:11:8:9:8 chr6 24805826 . GA G 403.86 PASS AF=0.511905;AO=39;DP=85;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00067791;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.522;QD=19.2314;RBI=0.012594;REFB=-0.00341106;REVB=-0.0125757;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17297;STB=0.592897;STBP=0.082;TYPE=del;VARB=0.00426579;OID=.;OPOS=24805827;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511905:39:85:43:84:41:18:25:25:16:99:38:16:23:23:15 chr6 24825511 . A C,G 956.1 PASS AF=0.0441176,0.941176;AO=4,64;DP=68;FAO=3,64;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=1,23;FSAR=2,41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00193488,-0.0307406;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.604,59.9418;QD=56.2409;RBI=0.0187518,0.0313152;REFB=0.0356298,-0.0412583;REVB=-0.0186517,0.00597162;RO=0;SAF=2,23;SAR=2,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665547,0.510635;STBP=0.558,0.296;TYPE=snp,snp;VARB=0.00242041,0.00794286;OID=.,.;OPOS=24825511,24825511;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:68:68:0:1:4,64:3,64:0.0441176,0.941176:2,41:2,23:0:0:2,41:1,23:1:0 chr6 24828490 . C T 216.87 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.174381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1374;QD=11.2657;RBI=0.17465;REFB=-0.0257354;REVB=-0.00968499;RO=40;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121924;STB=0.640341;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0340669;OID=.;OPOS=24828490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:50:27:27:0.350649:19:8:16:24:19:8:25:25 chr6 24869300 . T C 851.58 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.743;QD=57.7345;RBI=0.00493139;REFB=0;REVB=-0.00365083;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.80728e-06;OID=.;OPOS=24869300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:21:37:0:0:21:38:0:0 chr6 25031372 . C T 426.48 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0302751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.982;QD=20.8037;RBI=0.0303408;REFB=-0.00228014;REVB=-0.00199581;RO=40;SAF=23;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151123;STB=0.593883;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00295729;OID=.;OPOS=25031372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:39:42:43:0.52439:19:23:15:25:19:24:14:25 chr6 25084718 . A G 2159.62 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9053;QD=63.0547;RBI=0.0441755;REFB=0;REVB=0.0384481;RO=0;SAF=75;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270378;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:62:75:0:0:62:75:0:0 chr6 25106745 . A G 901.87 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.109;QD=58.1853;RBI=0.0399557;REFB=0;REVB=0.0171145;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66563e-05;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:59:62:1:30:29:0:0:30:32:0:0 chr6 25106783 . G A 306.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.144876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5983;QD=53.262;RBI=0.145384;REFB=0;REVB=-0.0121442;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201201;OID=.;OPOS=25106783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr6 25113931 . G A 393.03 PASS AF=0.4;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0555608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2442;QD=13.6705;RBI=0.06157;REFB=-0.0448506;REVB=-0.0265305;RO=68;SAF=13;SAR=33;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27601;STB=0.66125;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0436854;OID=.;OPOS=25113931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:68:69:46:46:0.4:33:13:36:32:33:13:37:32 chr6 25420344 . C G 1572.5 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.391;QD=62.9;RBI=0.0154397;REFB=0.0499114;REVB=0.00459696;RO=1;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104245;STB=0.505493;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000779098;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:45:54:0:1:45:54:0:1 chr6 25420350 . A C 509.72 PASS AF=0.514851;AO=51;DP=100;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0290779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.2;QD=20.1868;RBI=0.0291406;REFB=-0.0209546;REVB=-0.00191115;RO=48;SAF=23;SAR=28;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133964;STB=0.5727;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0156259;OID=.;OPOS=25420350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:48:49:51:52:0.514851:28:23:29:19:28:24:30:19 chr6 25435552 . G A 701.31 PASS AF=0.477419;AO=74;DP=155;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.00562517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.716;QD=18.0984;RBI=0.0134318;REFB=-0.0191753;REVB=0.0121972;RO=81;SAF=38;SAR=36;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111747;STB=0.561723;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0210762;OID=.;OPOS=25435552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:81:81:74:74:0.477419:36:38:32:49:36:38:32:49 chr6 25511008 . C CAT 191.1 PASS AF=0.403226;AO=16;DP=67;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0284006;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=152.483;QD=12.3287;RBI=0.0301075;REFB=0.00119964;REVB=0.00999342;RO=41;SAF=10;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136551;STB=0.681337;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=-0.00274318;OID=.;OPOS=25511009;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403226:16:67:25:62:37:19:6:18:19:99:41:10:6:21:20 chr6 25605091 . G A 321.31 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0110454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1202;QD=18.9004;RBI=0.0168668;REFB=-0.0310933;REVB=-0.012747;RO=34;SAF=22;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111081;STB=0.562006;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0387722;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:12:22:18:16:12:22:18:16 chr6 25726675 . G A 483.65 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00690381;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.151;QD=20.5809;RBI=0.0117441;REFB=-0.0171059;REVB=0.00950061;RO=47;SAF=20;SAR=27;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058308;STB=0.532311;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0175538;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:47:47:47:47:0.5:27:20:23:24:27:20:23:24 chr6 25727265 . C T 407.38 PASS AF=0.456522;AO=41;DP=91;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00464777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.648;QD=17.7122;RBI=0.0230159;REFB=-0.020423;REVB=-0.0225417;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359569;STB=0.512947;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.028508;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:50:50:41:42:0.456522:19:22:25:25:20:22:25:25 chr6 25727334 . C T 410.61 PASS AF=0.419643;AO=46;DP=111;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00330472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3051;QD=14.6645;RBI=0.0206746;REFB=-0.00472853;REVB=-0.0204088;RO=64;SAF=24;SAR=22;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00984956;STB=0.507221;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00333511;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:64:65:46:47:0.419643:22:24:34:30:23:24:34:31 chr6 25727517 . G A 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0252529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.265;QD=16.6246;RBI=0.0279305;REFB=-0.0315131;REVB=-0.0119333;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225385;STB=0.629024;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0268682;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:10:4:7:6:10:4 chr6 25769349 . T C 754.38 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0576621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4495;QD=54.8641;RBI=0.0577535;REFB=0.0338103;REVB=-0.00324808;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200481;STB=0.510634;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00781153;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:31:23:1:0:31:23:1:0 chr6 25776949 . G A 597.44 PASS AF=0.428571;AO=63;DP=147;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0120362;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.486;QD=16.2568;RBI=0.0195508;REFB=-0.0191503;REVB=0.0154066;RO=82;SAF=31;SAR=32;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573749;STB=0.531712;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0275351;OID=.;OPOS=25776949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:82:84:63:63:0.428571:32:31:45:37:32:31:46:38 chr6 25813150 . G A 143.41 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.000197033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7007;QD=8.43605;RBI=0.0095049;REFB=-0.00211252;REVB=-0.00950286;RO=47;SAF=8;SAR=12;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203798;STB=0.613922;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00292272;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:48:20:20:0.294118:12:8:27:20:12:8:27:21 chr6 25849620 . A G 393.1 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0397986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.592;QD=19.6552;RBI=0.0791207;REFB=0.0308652;REVB=0.0683824;RO=40;SAF=17;SAR=23;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265226;STB=0.646629;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0193721;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:23:17:29:11:23:17:29:11 chr6 25914801 . G A 288.5 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0232241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.487;QD=13.7382;RBI=0.0733662;REFB=0.00221484;REVB=-0.0695935;RO=51;SAF=20;SAR=13;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125132;STB=0.571385;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00655469;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:13:20:25:26:13:20:25:26 chr6 25914901 . G A 255.36 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0490703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.65;QD=13.2655;RBI=0.0514495;REFB=-0.00755733;REVB=-0.0154647;RO=47;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163909;STB=0.593687;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0144989;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:12:18:21:26:12:18:21:26 chr6 25916979 . C T 251.66 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0095524;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.224;QD=14.178;RBI=0.0231283;REFB=-5.67261e-05;REVB=-0.0210635;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19089;STB=0.635751;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.000344958;OID=.;OPOS=25916979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:42:29:29:0.408451:14:15:12:25:14:15:12:30 chr6 26027394 . G A 210.69 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0237783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3525;QD=19.154;RBI=0.0238627;REFB=-0.0189452;REVB=-0.00200517;RO=23;SAF=5;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127965;STB=0.572929;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0170728;OID=.;OPOS=26027394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:16:5:8:15:16:5:8:15 chr6 26027433 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.018572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.896;QD=12.7914;RBI=0.0203563;REFB=-0.0126536;REVB=-0.00833407;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181298;STB=0.607872;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0155473;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:11:3:8:15:11:3:8:15 chr6 26033506 . G A 483.97 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=47;FWDB=0.00409812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.71;QD=16.2679;RBI=0.0042365;REFB=-0.00271117;REVB=0.00107396;RO=65;SAF=23;SAR=30;SRF=18;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162387;STB=0.584265;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00314352;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:66:53:53:0.445378:30:23:18:47:30:23:19:47 chr6 26044369 . A G 292.4 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=-0.0160362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.135;QD=12.3116;RBI=0.0270586;REFB=-0.0156362;REVB=-0.0217947;RO=61;SAF=14;SAR=20;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319011;STB=0.681719;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0343457;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:61:34:34:0.357895:20:14:43:18:20:14:43:18 chr6 26045929 . T C 401.32 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0747959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2713;QD=18.8855;RBI=0.093979;REFB=0.00408117;REVB=-0.0569001;RO=43;SAF=29;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297848;STB=0.671928;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00650258;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:12:29:17:26:12:29:17:27 chr6 26056549 . A G 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0123865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.126;QD=15.9138;RBI=0.0129935;REFB=0.00051564;REVB=-0.00392496;RO=37;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486095;STB=0.527454;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.000731879;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:10:20:23:14:10:20:23:14 chr6 26056603 . G A 382.55 PASS AF=0.448276;AO=36;DP=89;FAO=39;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00336534;FXX=0.0224694;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.999;QD=17.5883;RBI=0.003524;REFB=-0.0469287;REVB=-0.0010455;RO=38;SAF=23;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586096;STB=0.508767;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0464882;OID=.;OPOS=26056603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:38:46:36:39:0.448276:13:23:22:16:13:26:30:16 chr6 26091179 . C G 457.98 PASS AF=0.4;AO=53;DP=131;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.00951703;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8315;QD=14.0917;RBI=0.00960497;REFB=-0.0106213;REVB=-0.00129677;RO=78;SAF=38;SAR=15;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25942;STB=0.658472;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0176554;OID=.;OPOS=26091179;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:78:78:53:52:0.4:15:38:38:40:14:38:38:40 chr6 26104448 . A G 456.09 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.000283663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.234;QD=20.2707;RBI=0.0172641;REFB=-0.00639285;REVB=0.0172618;RO=45;SAF=16;SAR=29;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220351;STB=0.512203;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00798956;OID=.;OPOS=26104448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:29:16:15:30:29:16:15:30 chr6 26107790 . G T 1065.58 PASS AF=0.530928;AO=98;DP=190;FAO=103;FDP=194;FR=.;FRO=91;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.0115969;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.182;QD=21.9707;RBI=0.0177272;REFB=-0.0233483;REVB=0.0134076;RO=89;SAF=44;SAR=54;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000402833;STB=0.502112;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0234118;OID=.;OPOS=26107790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:194:89:91:98:103:0.530928:54:44:40:49:55:48:42:49 chr6 26108282 . C G 220.37 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0209605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.74;QD=16.0267;RBI=0.0316329;REFB=-0.0303133;REVB=0.0236918;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184713;STB=0.604235;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0496461;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:19:11:14:11:19:11 chr6 26158520 . T C 292.68 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0160881;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.524;QD=14.4533;RBI=0.0166056;REFB=-0.00150683;REVB=-0.00411334;RO=48;SAF=14;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144001;STB=0.581728;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00230879;OID=.;OPOS=26158520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:48:48:33:33:0.407407:19:14:27:21:19:14:27:21 chr6 26184102 . G A 1680.12 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526618;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.69;QD=60.5447;RBI=0.0790043;REFB=0;REVB=0.0588932;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112434;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:58:53:0:0:57:54:0:0 chr6 26200083 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.026;QD=57.0005;RBI=0.00804987;REFB=0;REVB=0.0072673;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51453e-06;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr6 26200677 . A G 365.04 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.92;QD=52.1487;RBI=0.0292533;REFB=-0.107711;REVB=0.023614;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00626575;OID=.;OPOS=26200677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:0:1:27:27:0.964286:17:10:0:0:17:10:0:1 chr6 26205293 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.447;QD=54.5176;RBI=0.0265209;REFB=0;REVB=0.0249309;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166926;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr6 26285560 . A G 1887.91 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192871;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.585;QD=61.8988;RBI=0.0363327;REFB=0;REVB=0.0307908;RO=0;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176718;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:122:0:0:122:122:1:60:62:0:0:60:62:0:0 chr6 26285683 . T C 855.02 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.622;QD=57.0015;RBI=0.0694562;REFB=0;REVB=0.0119469;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356975;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:60:0:0:55:60:1:35:20:0:0:36:24:0:0 chr6 26286744 . C T 1152.88 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3269;QD=60.6777;RBI=0.0474232;REFB=0;REVB=-0.0358634;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83883e-05;OID=.;OPOS=26286744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr6 26286838 . TTCT TT,TTCC,TTT,TTTC,TTTT 1070.41 PASS AF=0.88,0.0666667,0,0.0533333,0;AO=17,5,13,9,6;DP=74;FAO=66,5,0,4,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=14,3,0,0,0;FSAR=52,2,0,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666096,0.06066,0.0494111,0.0492663,0.0332498;FXX=0.0131562;HRUN=1,1,1,1,1;LEN=2,1,1,2,1;MLLD=250.902,240.872,247.117,244.435,241.751;QD=57.0885;RBI=0.0669818,0.0612451,0.0500553,0.050024,0.0343466;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.00705101,-0.00844552,-0.00800456,-0.00867345,-0.00861052;RO=0;SAF=0,3,2,0,2;SAR=17,2,11,9,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,mnp,snp;VARB=-0.00258462,-0.00111997,-0.0174987,0.00230535,-0.00777655;OID=.,.,.,.,.;OPOS=26286839,26286841,26286840,26286840,26286840;OREF=TC,T,C,CT,C;OALT=-,C,-,TC,T;OMAPALT=TT,TTCC,TTT,TTTC,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.88,0.0666667,0,0.0533333,0:17,5,13,9,6:74:66,5,0,4,0:75:0:14,3,0,0,0:52,2,0,4,0:0:0:17:0:0,3,2,0,2:17,2,11,9,4:0:0 chr6 26299900 . C G,T 3709.16 PASS AF=0.0700389,0.929961;AO=17,228;DP=246;FAO=18,239;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=14,154;FSAR=4,85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732934,-0.00417657;FXX=0.00772171;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.562,60.1054;QD=57.7301;RBI=0.0226352,0.0303007;REFB=0,0;REVB=-0.0214157,-0.0300115;RO=0;SAF=13,152;SAR=4,76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.070319,-0.00152481;OID=.,.;OPOS=26299900,26299900;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:43:246:257:0:0:17,228:18,239:0.0700389,0.929961:4,76:13,152:0:0:4,85:14,154:0:0 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 600.44 PASS AF=0.73913;AO=50;DP=70;FAO=51;FDP=69;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00431201;FXX=0;HRUN=2;LEN=16;MLLD=412.316;QD=34.8081;RBI=0.00791222;REFB=-0.0237405;REVB=0.00663399;RO=19;SAF=22;SAR=28;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124466;STB=0.575694;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.00573261;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913:50:70:51:69:18:22:29:13:5:99:19:22:28:13:6 chr6 26305796 . C T 806.48 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0255914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3997;QD=51.2052;RBI=0.0274327;REFB=0.0523678;REVB=0.00988099;RO=2;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248227;STB=0.525633;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00383979;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:63:2:4:59:59:0.936508:37:22:0:2:37:22:0:4 chr6 26305801 . C G 831.42 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0717774;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.872;QD=54.5193;RBI=0.0754852;REFB=-0.0623985;REVB=0.023367;RO=2;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248227;STB=0.513153;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00146524;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:61:2:2:59:59:0.967213:37:22:0:2:37:22:0:2 chr6 26327814 . T C 2216.66 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.826;QD=63.3333;RBI=0.00764766;REFB=0;REVB=0.00666473;RO=0;SAF=75;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83115e-06;OID=.;OPOS=26327814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:65:75:0:0:65:75:0:0 chr6 26328365 . A G 1895.83 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.222;QD=61.6531;RBI=0.0440936;REFB=0;REVB=-0.0368622;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09916e-05;OID=.;OPOS=26328365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:63:60:0:0:63:60:0:0 chr6 26448976 . A G 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0205648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2196;QD=21.7156;RBI=0.0209142;REFB=0.00610354;REVB=-0.00380666;RO=39;SAF=20;SAR=24;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027924;STB=0.515411;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00651436;OID=.;OPOS=26448976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:24:20:19:20:24:20:19:20 chr6 26466225 . A C 1590.06 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234211;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.863;QD=64.2448;RBI=0.0291239;REFB=0;REVB=-0.0173105;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186999;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:98:99:1:52:46:0:0:53:46:0:0 chr6 26501897 . T C 1524.55 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.063;QD=63.5227;RBI=0.0132204;REFB=0;REVB=0.00518001;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68264e-06;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:51:43:0:0:52:44:0:0 chr6 26505362 . G A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.088504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6246;QD=60.608;RBI=0.0908543;REFB=0;REVB=-0.0205315;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153916;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr6 26505403 . C A 414.95 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280133;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.624;QD=57.235;RBI=0.0333998;REFB=0;REVB=0.0181879;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0414e-05;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr6 26508729 . T C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0136837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.663;QD=23.2631;RBI=0.0194166;REFB=0.0110983;REVB=-0.0137753;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745436;STB=0.54163;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0122103;OID=.;OPOS=26508729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:10:9:13:10:10:9 chr6 26509330 . C G 803.43 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00919188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3406;QD=55.4086;RBI=0.0218224;REFB=-0.0971581;REVB=0.0197921;RO=1;SAF=16;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285524;STB=0.514281;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00237836;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:40:16:1:0:40:17:1:0 chr6 26521435 . C G 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.867;QD=63.4766;RBI=0.0177882;REFB=0;REVB=0.0142208;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44392e-05;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:55:39:0:0:55:39:0:0 chr6 26521520 . T C 1952.2 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.091;QD=61.9747;RBI=0.0293258;REFB=0;REVB=0.0195661;RO=0;SAF=42;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71353e-05;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:84:42:0:0:84:42:0:0 chr6 26537732 . G A 356.0 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00250908;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.054;QD=22.2503;RBI=0.00713337;REFB=-0.0263772;REVB=-0.00667754;RO=28;SAF=21;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671053;STB=0.537016;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0284625;OID=.;OPOS=26537732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:15:21:14:14:15:21:14:14 chr6 26538268 . T C 738.59 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00948122;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.97;QD=61.5489;RBI=0.0672243;REFB=-0.139307;REVB=0.0665523;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000424941;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:19:28:0:0:19:28:0:1 chr6 26545632 . G A 691.81 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0712914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5623;QD=51.245;RBI=0.0844086;REFB=-0.198697;REVB=0.0451922;RO=2;SAF=12;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229722;STB=0.51219;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0196301;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:2:2:52:52:0.962963:40:12:0:2:40:12:0:2 chr6 26546048 . C T 1139.04 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00563322;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.019;QD=59.171;RBI=0.0135443;REFB=-0.0226064;REVB=-0.0123173;RO=1;SAF=43;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108787;STB=0.505746;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000498667;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:33:43:1:0:33:43:1:0 chr6 26546808 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.848;QD=64.152;RBI=0.0296222;REFB=0;REVB=0.0247883;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221818;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:29:19:0:0:30:19:0:0 chr6 26553815 . C G,T 796.2 PASS AF=0.98,0.02;AO=48,2;DP=50;FAO=49,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049064,-0.0654981;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=61.3081,11.8123;QD=63.6959;RBI=0.0750042,0.0697011;REFB=0,0;REVB=0.0567305,0.0238377;RO=0;SAF=19,1;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00233138,0.045484;OID=.,.;OPOS=26553815,26553815;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:50:50:0:0:48,2:49,1:0.98,0.02:29,1:19,1:0:0:30,0:19,1:0:0 chr6 26555484 . A G 2087.75 PASS AF=0.978571;AO=136;DP=141;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0250251;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.187;QD=59.6501;RBI=0.0355085;REFB=-0.0487796;REVB=0.0251912;RO=2;SAF=71;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132014;STB=0.503032;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.000811571;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:141:140:2:3:136:137:0.978571:65:71:2:0:65:72:2:1 chr6 26556769 . G T 2078.39 PASS AF=0.985294;AO=133;DP=137;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0353913;FXX=0.0144917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.749;QD=61.1292;RBI=0.0447892;REFB=0.046643;REVB=0.0274504;RO=1;SAF=74;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638035;STB=0.506578;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.000195009;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:136:1:2:133:134:0.985294:59:74:1:0:59:75:2:0 chr6 26569180 . C A 280.98 PASS AF=0.477612;AO=30;DP=65;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0234406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.585;QD=16.775;RBI=0.0269552;REFB=-0.000781206;REVB=0.0133087;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728516;STB=0.522374;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00366286;OID=.;OPOS=26569180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:35:35:30:32:0.477612:14:16:16:19:16:16:16:19 chr6 26572160 . T C 392.06 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0295603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7355;QD=14.6566;RBI=0.0538647;REFB=-0.0526831;REVB=-0.0450289;RO=60;SAF=18;SAR=27;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069425;STB=0.530755;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0313319;OID=.;OPOS=26572160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:62:45:45:0.420561:27:18:28:32:27:18:28:34 chr6 26572165 . G T 1418.54 PASS AF=0.990099;AO=96;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277602;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.073;QD=56.1799;RBI=0.0283064;REFB=-0.108699;REVB=-0.00553402;RO=1;SAF=38;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123156;STB=0.506172;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000268259;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:101:1:1:96:100:0.990099:58:38:1:0:60:40:1:0 chr6 26575798 . CT C 2105.84 PASS AF=1;AO=178;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118511;FXX=0.0103622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.2957;QD=44.1014;RBI=0.158427;REFB=0;REVB=-0.10514;RO=1;SAF=77;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00121684;OID=.;OPOS=26575799;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:178:192:191:191:0:86:105:0:0:36:1:77:101:1:0 chr6 26577326 . C A 2979.34 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.815;QD=63.3903;RBI=0.0530036;REFB=0;REVB=0.0499292;RO=0;SAF=93;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65344e-05;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:188:0:0:187:188:1:94:93:0:0:94:94:0:0 chr6 26577370 . C T 3477.67 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.769;QD=62.6606;RBI=0.0505499;REFB=0;REVB=0.0462429;RO=0;SAF=108;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97131e-05;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:222:0:0:220:222:1:112:108:0:0:113:109:0:0 chr6 26595168 . T C 2634.59 PASS AF=0.994118;AO=145;DP=173;FAO=169;FDP=170;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114407;FXX=0.01734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8002;QD=61.9904;RBI=0.114931;REFB=0;REVB=0.0109547;RO=0;SAF=46;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00746953;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:173:170:0:0:145:169:0.994118:99:46:0:0:99:70:0:0 chr6 26597333 . A G 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.757;QD=60.5459;RBI=0.0310435;REFB=0;REVB=0.0282201;RO=0;SAF=43;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30281e-05;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:69:43:0:0:69:43:0:0 chr6 26598188 . A G 1634.09 PASS AF=0.991453;AO=91;DP=109;FAO=116;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0469735;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.8706;QD=55.8663;RBI=0.103629;REFB=-0.000721059;REVB=-0.0923717;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.000722992;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:117:0:1:91:116:0.991453:49:42:0:0:67:49:0:1 chr6 26687523 . G A 733.17 PASS AF=0.321799;AO=93;DP=289;FAO=93;FDP=289;FR=.;FRO=196;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=120;FSRR=76;FWDB=-0.0396984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7614;QD=10.1477;RBI=0.0692576;REFB=0.00248159;REVB=-0.0567508;RO=196;SAF=54;SAR=39;SRF=120;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385831;STB=0.522156;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00615827;OID=.;OPOS=26687523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:196:196:93:93:0.321799:39:54:120:76:39:54:120:76 chr6 26745250 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.183;QD=43.4862;RBI=0.0273897;REFB=0;REVB=0.0261382;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490397;OID=.;OPOS=26745250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr6 26745257 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.33;QD=43.4862;RBI=0.030864;REFB=0;REVB=-0.0177804;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000629172;OID=.;OPOS=26745257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr6 26745260 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.705;QD=43.4861;RBI=0.017563;REFB=0;REVB=-0.00296487;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000474953;OID=.;OPOS=26745260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr6 26745262 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.652;QD=43.4823;RBI=0.147898;REFB=0;REVB=0.145499;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260233;OID=.;OPOS=26745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr6 26745286 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.747;QD=51.9167;RBI=0.0962587;REFB=0;REVB=-0.0314026;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438329;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr6 26745312 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.882;QD=52.6132;RBI=0.00905105;REFB=0;REVB=-0.00742688;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.99944e-05;OID=.;OPOS=26745312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr6 26745333 . T A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00950043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.198;QD=15.2927;RBI=0.0158597;REFB=-0.00164683;REVB=0.0126992;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36755;STB=0.713832;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00179151;OID=.;OPOS=26745333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:2:7:3:6:2:7 chr6 26758631 . AT GC 240.26 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0327658;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.591;QD=43.6826;RBI=0.0329992;REFB=-0.0507714;REVB=0.003918;RO=2;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918973;STB=0.54995;STBP=0.252;TYPE=mnp;VARB=0.0100612;OID=.;OPOS=26758631;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:9:11:0:2:9:11:0:2 chr6 26758634 . ATGC TCAA 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113385;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=243.781;QD=51.1846;RBI=0.011706;REFB=0;REVB=0.00291016;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.98521e-05;OID=.;OPOS=26758634;OREF=ATGC;OALT=TCAA;OMAPALT=TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr6 27181610 . G A 443.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.089;QD=57.2879;RBI=0.0950596;REFB=0;REVB=0.0330107;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68151e-05;OID=.;OPOS=27181610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:16:13:0:0:17:14:0:0 chr6 27181701 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7945;QD=61.3351;RBI=0.0100214;REFB=0;REVB=0.00996373;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21485e-05;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr6 27228786 . A G 795.9 PASS AF=0.4375;AO=84;DP=193;FAO=84;FDP=192;FR=.;FRO=108;FSAF=25;FSAR=59;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=0.00160002;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7341;QD=16.5812;RBI=0.00160543;REFB=-0.0043431;REVB=-0.000131676;RO=108;SAF=25;SAR=59;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182425;STB=0.602015;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0100117;OID=.;OPOS=27228786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:108:108:84:84:0.4375:59:25:50:58:59:25:50:58 chr6 27277402 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.379;QD=60.9786;RBI=0.00537594;REFB=0;REVB=-0.00348461;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80766e-05;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr6 27279852 . T C,G 743.19 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=50,3;DP=53;FAO=51,3;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=26,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115562,-0.0257969;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.091,123.096;QD=55.0508;RBI=0.0349863,0.0370125;REFB=0,0;REVB=0.0330226,0.0265414;RO=0;SAF=24,0;SAR=26,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.10374e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00300417,0.105326;OID=.,.;OPOS=27279852,27279852;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:53:54:0:0:50,3:51,3:0.944444,0.0555556:26,3:24,0:0:0:26,3:25,0:0:0 chr6 27300755 . T TA 987.05 PASS AF=1;AO=87;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114291;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.7289;QD=34.94;RBI=0.244819;REFB=-0.010226;REVB=0.216504;RO=27;SAF=40;SAR=47;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234065;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.005331;OID=.;OPOS=27300756;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:114:113:113:0:50:63:0:0:15:27:40:47:11:16 chr6 27327349 . C G 1413.69 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2282;QD=62.8307;RBI=0.0279611;REFB=0;REVB=0.0134636;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028331;OID=.;OPOS=27327349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:43:46:0:0:44:46:0:0 chr6 27356867 . A G 1098.35 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00485939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.208;QD=60.1836;RBI=0.00617055;REFB=0;REVB=-0.00380288;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33732e-05;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chr6 27515585 . C T 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00348296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.397;QD=14.6688;RBI=0.00557588;REFB=-0.001773;REVB=0.00435424;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529259;STB=0.530096;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00240952;OID=.;OPOS=27515585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:13:11:13:19:13:11:13:19 chr6 27559590 . G C 321.46 PASS AF=0.514706;AO=33;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0437173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5765;QD=18.9093;RBI=0.0447744;REFB=-0.000939071;REVB=-0.0096721;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543019;STB=0.542833;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0112335;OID=.;OPOS=27559590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:33:35:0.514706:17:16:18:15:19:16:18:15 chr6 27559650 . A C 263.92 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00274389;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0856;QD=15.0811;RBI=0.0276719;REFB=0.00943038;REVB=-0.0275356;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923068;STB=0.566622;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0197268;OID=.;OPOS=27559650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:40:30:30:0.428571:13:17:18:20:13:17:18:22 chr6 27586122 . T C 323.8 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0185203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9412;QD=28.7819;RBI=0.0360349;REFB=-0.00568938;REVB=0.0309114;RO=17;SAF=18;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240627;STB=0.632493;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00429811;OID=.;OPOS=27586122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:10:18:5:12:10:18:5:12 chr6 27586181 . G A 330.88 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0109132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.194;QD=25.452;RBI=0.0286005;REFB=-0.0144963;REVB=0.0264366;RO=19;SAF=21;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166479;STB=0.58328;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0100635;OID=.;OPOS=27586181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:20:32:32:0.615385:11:21:8:11:11:21:9:11 chr6 27618731 . G T 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0105238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.315;QD=19.9734;RBI=0.0191107;REFB=-0.0175264;REVB=-0.0159521;RO=35;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243435;STB=0.513506;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0180881;OID=.;OPOS=27618731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:19:18:18:17:19:18:18:17 chr6 27636354 . A G 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00718231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7917;QD=11.8411;RBI=0.0514928;REFB=-0.00672875;REVB=-0.0509894;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154643;STB=0.596579;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0166223;OID=.;OPOS=27636354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:23:23:0.370968:10:13:16:22:10:13:16:23 chr6 27636378 . C T 187.76 PASS AF=0.328947;AO=24;DP=75;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00674033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.6;QD=9.88217;RBI=0.0104456;REFB=-0.00945493;REVB=-0.00797983;RO=46;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168402;STB=0.585706;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0251593;OID=.;OPOS=27636378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:46:51:24:25:0.328947:11:13:18:28:11:14:22:29 chr6 27648894 . C T 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0153478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.689;QD=9.26749;RBI=0.0158257;REFB=-0.0108539;REVB=0.00385959;RO=46;SAF=9;SAR=12;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279771;STB=0.663754;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0143256;OID=.;OPOS=27648894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:12:9:31:15:12:9:31:15 chr6 27648908 . C G 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.000725537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=379.04;QD=10.1486;RBI=0.00261858;REFB=-0.00278407;REVB=0.00251606;RO=44;SAF=11;SAR=11;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20849;STB=0.621108;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00596392;OID=.;OPOS=27648908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:11:11:30:14:11:11:30:14 chr6 27650521 . C T 454.26 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0147719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.034;QD=17.4714;RBI=0.0566691;REFB=0.000843256;REVB=-0.0547099;RO=54;SAF=28;SAR=21;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119875;STB=0.571399;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00161998;OID=.;OPOS=27650521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:54:55:49:49:0.471154:21:28:24:30:21:28:24:31 chr6 27655994 . T G 594.4 PASS AF=0.417178;AO=67;DP=162;FAO=68;FDP=163;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=63;FSRR=32;FWDB=-0.0185313;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.549;QD=14.5865;RBI=0.0315524;REFB=-0.0130805;REVB=-0.0255371;RO=95;SAF=32;SAR=35;SRF=63;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193231;STB=0.603094;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0195417;OID=.;OPOS=27655994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:95:95:67:68:0.417178:35:32:63:32:35:33:63:32 chr6 27688927 . G A 423.61 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.0811559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.743;QD=18.6201;RBI=0.0825268;REFB=-0.00903527;REVB=0.01498;RO=48;SAF=28;SAR=15;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609041;STB=0.533854;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.014488;OID=.;OPOS=27688927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:15:28:34:14:15:28:34:14 chr6 27688930 . C T 425.43 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.0115468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.976;QD=18.9082;RBI=0.012135;REFB=-0.0116535;REVB=0.00373225;RO=47;SAF=28;SAR=15;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536552;STB=0.529807;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0103874;OID=.;OPOS=27688930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:15:28:33:14:15:28:33:14 chr6 27694460 . A G 470.24 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0423314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.094;QD=26.1245;RBI=0.0535954;REFB=-0.0101071;REVB=0.0328713;RO=27;SAF=23;SAR=21;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157138;STB=0.591553;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00149512;OID=.;OPOS=27694460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:28:44:44:0.611111:21:23:8:19:21:23:8:20 chr6 27745719 . T G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0302355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.402;QD=18.7441;RBI=0.0660732;REFB=0.0321438;REVB=-0.0587493;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219787;STB=0.62471;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0126712;OID=.;OPOS=27745719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:0:4:6:1:0:4 chr6 27745737 . AG A,AA 40.69 PASS AF=0.4,0.2;AO=4,2;DP=10;FAO=4,2;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=0,0;FSAR=4,2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.327,208.426;QD=16.274;RBI=0.0332872,0.0256279;REFB=-0.041693,-0.0356836;REVB=0.0332872,0.0256279;RO=3;SAF=0,0;SAR=4,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0245887,0.0245941;OID=.,.;OPOS=27745738,27745738;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.2:4,2:10:4,2:10:4:0,0:4,2:0:4:22:3:0,0:4,2:0:3 chr6 27775674 . A G 603.41 PASS AF=0.555556;AO=58;DP=106;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00145775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.102;QD=22.3485;RBI=0.00268448;REFB=-0.0136079;REVB=0.0022542;RO=48;SAF=22;SAR=36;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407835;STB=0.53124;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0108209;OID=.;OPOS=27775674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:48:48:58:60:0.555556:36:22:16:32:36:24:16:32 chr6 27775697 . G C 398.84 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0314481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7493;QD=20.9917;RBI=0.0392406;REFB=-0.0116075;REVB=0.0234701;RO=36;SAF=15;SAR=25;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012733;STB=0.507039;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0136621;OID=.;OPOS=27775697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:25:15:13:23:25:15:13:23 chr6 27782528 . T C 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0468286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.28;QD=4.16606;RBI=0.0468328;REFB=-0.00198065;REVB=-0.000623771;RO=33;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250271;STB=0.517191;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.045625;OID=.;OPOS=27782528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:5:2:10:23:5:2:10:23 chr6 27782535 . C T 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0127337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.133;QD=4.28866;RBI=0.0155235;REFB=-0.00169724;REVB=0.00887866;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660187;STB=0.504492;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176775;OID=.;OPOS=27782535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:5:2:9:23:5:2:9:23 chr6 27782538 . T A 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0434083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.296;QD=4.16604;RBI=0.0462984;REFB=-0.00781504;REVB=-0.0161014;RO=33;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194037;STB=0.513237;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0459344;OID=.;OPOS=27782538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:5:2:9:24:5:2:9:24 chr6 27792163 . G A 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.00258809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.269;QD=5.69647;RBI=0.0160133;REFB=-0.00260969;REVB=0.0158028;RO=33;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340876;STB=0.713878;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0134262;OID=.;OPOS=27792163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:4:5:9:24:4:5:9:24 chr6 27792221 . C T 385.91 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0657634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4192;QD=36.753;RBI=0.0657658;REFB=-0.0491874;REVB=0.000563556;RO=11;SAF=9;SAR=22;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917395;STB=0.549967;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0183342;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:11:11:31:31:0.738095:22:9:5:6:22:9:5:6 chr6 27792228 . T C 427.46 PASS AF=0.785714;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00232874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.823;QD=40.7101;RBI=0.00718812;REFB=-0.011241;REVB=-0.00680045;RO=9;SAF=9;SAR=24;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131574;STB=0.571383;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00423098;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:9:9:33:33:0.785714:24:9:5:4:24:9:5:4 chr6 27792232 . T C 51.32 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0134676;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6528;QD=5.00701;RBI=0.0543638;REFB=-0.0194662;REVB=0.0526692;RO=32;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400949;STB=0.762165;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00968771;OID=.;OPOS=27792232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:42:41:32:33:8:8:0.195122:3:5:9:23:3:5:9:24 chr6 27799045 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00479592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.01;QD=20.3167;RBI=0.0296069;REFB=-0.00667168;REVB=-0.0292158;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226898;STB=0.512807;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00648922;OID=.;OPOS=27799045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:9:9:10:9:9:9 chr6 27833174 . A G 197.64 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00718469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.218;QD=14.6401;RBI=0.0705056;REFB=-0.0211766;REVB=-0.0701386;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167386;STB=0.59512;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0263982;OID=.;OPOS=27833174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:11:12:11:20:11:12:11:20 chr6 27835182 . TGGGGG TGG,TGGG,TGGGG,TGGGGC 317.87 PASS AF=0.545455,0,0.0909091,0.272727;AO=6,9,4,6;DP=31;FAO=18,0,3,9;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,2,9;FSAR=18,0,1,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0300481,0.0437883,0.0836462,0.18938;FXX=0.0294031;HRUN=5,5,5,5;LEN=3,2,1,1;MLLD=25.4802,14.3946,9.92022,19.5959;QD=38.5296;RBI=0.162756,0.241009,0.461201,0.272181;REFB=-0.0518586,-0.072833,-0.104511,-0.0658855;REVB=0.159958,0.236998,0.453552,0.195494;RO=2;SAF=0,0,3,6;SAR=6,9,1,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.416667,0.416667,0.416667,0;SSEP=0.382979,0.382979,0.382979,0;SSSB=-0.794076,-0.819737,-0.210252,0;STB=0.999042,0.5,0.713247,0.5;STBP=0,1,0.746,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0209936,0.0133367,0.00958583,0.00452211;OID=.,.,.,.;OPOS=27835183,27835183,27835183,27835187;OREF=GGG,GG,G,G;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=TGG,TGGG,TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.545455,0,0.0909091,0.272727:6,9,4,6:31:18,0,3,9:33:3:0,0,2,9:18,0,1,0:3:0:57:2:0,0,3,6:6,9,1,0:2:0 chr6 27839746 . T C 231.65 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00779176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.098;QD=12.3546;RBI=0.0163816;REFB=-0.0156044;REVB=0.0144099;RO=45;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182766;STB=0.590845;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.029845;OID=.;OPOS=27839746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:45:47:28:28:0.373333:12:16:18:27:12:16:20:27 chr6 27858421 . A G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0138398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0337;QD=14.1957;RBI=0.0274413;REFB=-0.00886595;REVB=-0.0236957;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097023;STB=0.505542;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0098795;OID=.;OPOS=27858421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:11:12:17:15:11:12:17:15 chr6 27879551 . C G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00648385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.647;QD=14.9787;RBI=0.0110611;REFB=-0.0124774;REVB=0.00896142;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204937;STB=0.618823;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0114729;OID=.;OPOS=27879551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:3:8:5:5:3:8 chr6 27925456 . T C 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0131646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.114;QD=19.2113;RBI=0.0140582;REFB=-5.74985e-05;REVB=-0.00493233;RO=39;SAF=17;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925454;STB=0.557838;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.000179949;OID=.;OPOS=27925456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:39:39:0.493671:22:17:21:18:22:17:22:18 chr6 27925827 . A G 592.07 PASS AF=0.504132;AO=59;DP=120;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00963675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.53;QD=19.5727;RBI=0.0292432;REFB=-0.0140643;REVB=0.0276097;RO=60;SAF=30;SAR=29;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226943;STB=0.512469;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0143728;OID=.;OPOS=27925827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:60:60:59:61:0.504132:29:30:32:28:30:31:32:28 chr6 28059020 . G A 569.05 PASS AF=0.542056;AO=57;DP=106;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.000181312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.609;QD=21.273;RBI=0.0126267;REFB=0.00109201;REVB=0.0126254;RO=49;SAF=42;SAR=15;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106323;STB=0.550059;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000689793;OID=.;OPOS=28059020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:49:49:57:58:0.542056:15:42:31:18:16:42:31:18 chr6 28059217 . G C 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.011717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.048;QD=18.0081;RBI=0.0233691;REFB=-0.0158743;REVB=0.0202195;RO=41;SAF=23;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829714;STB=0.546411;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0156717;OID=.;OPOS=28059217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:14:23:22:19:14:23:22:19 chr6 28104634 . G T 859.17 PASS AF=0.468085;AO=88;DP=188;FAO=88;FDP=188;FR=.;FRO=100;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=0.0068372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.722;QD=18.2802;RBI=0.00696497;REFB=-0.0237032;REVB=0.00132798;RO=100;SAF=44;SAR=44;SRF=38;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115563;STB=0.563816;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0276467;OID=.;OPOS=28104634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:100:100:88:88:0.468085:44:44:38:62:44:44:38:62 chr6 28120898 . G A 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00180984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.999;QD=24.9761;RBI=0.0018145;REFB=-0.0366202;REVB=0.000129982;RO=21;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203363;STB=0.611476;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0189152;OID=.;OPOS=28120898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:19:14:15:6:19:14:15:6 chr6 28134582 . C T 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00404444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.295;QD=20.4486;RBI=0.00466608;REFB=-0.00373423;REVB=0.00232698;RO=43;SAF=13;SAR=31;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101707;STB=0.556526;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00358127;OID=.;OPOS=28134582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:31:13:17:26:31:13:17:26 chr6 28180818 . G C 607.09 PASS AF=0.382514;AO=70;DP=183;FAO=70;FDP=183;FR=.;FRO=113;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=64;FSRR=49;FWDB=0.0312318;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1285;QD=13.2698;RBI=0.0902019;REFB=0.00510928;REVB=0.0846224;RO=112;SAF=47;SAR=23;SRF=63;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127364;STB=0.569964;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00578811;OID=.;OPOS=28180818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:112:113:70:70:0.382514:23:47:63:49:23:47:64:49 chr6 28180870 . A C 535.84 PASS AF=0.388889;AO=62;DP=162;FAO=63;FDP=162;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.0381029;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.748;QD=13.2305;RBI=0.0712542;REFB=-0.0235669;REVB=-0.0602107;RO=99;SAF=42;SAR=20;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196671;STB=0.61463;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0358934;OID=.;OPOS=28180870;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:99:99:62:63:0.388889:20:42:50:49:20:43:50:49 chr6 28180904 . A G 391.0 PASS AF=0.328767;AO=48;DP=146;FAO=48;FDP=146;FR=.;FRO=98;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.0103662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.944;QD=10.7123;RBI=0.0124958;REFB=-0.010234;REVB=-0.00697766;RO=98;SAF=28;SAR=20;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740672;STB=0.542806;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0205825;OID=.;OPOS=28180904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:98:98:48:48:0.328767:20:28:51:47:20:28:51:47 chr6 28213239 . T C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0194239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.211;QD=13.4054;RBI=0.0317824;REFB=-0.000243874;REVB=0.0251561;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855785;STB=0.547904;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.000359672;OID=.;OPOS=28213239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:34:23:23:0.403509:11:12:14:18:11:12:15:19 chr6 28219270 . G A 2403.39 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4573;QD=61.233;RBI=0.00791023;REFB=0;REVB=-0.00493391;RO=0;SAF=74;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.87047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5238e-05;OID=.;OPOS=28219270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:83:74:0:0:83:74:0:0 chr6 28219661 . G A 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0431294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2334;QD=17.2461;RBI=0.0835512;REFB=0.00532859;REVB=0.0715588;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159191;STB=0.509082;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00311265;OID=.;OPOS=28219661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:15:12:9:12:15:12 chr6 28227436 . A G 549.7 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.00141957;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.968;QD=17.3135;RBI=0.0307447;REFB=-0.012271;REVB=-0.0307119;RO=68;SAF=20;SAR=38;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848755;STB=0.552307;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0142853;OID=.;OPOS=28227436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:69:58:58:0.456693:38:20:29:39:38:20:30:39 chr6 28227604 . C A 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00397928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.6838;QD=14.653;RBI=0.0387887;REFB=0.0196157;REVB=0.0385841;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23873;STB=0.642474;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0161044;OID=.;OPOS=28227604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:4:4:6:2:4:4 chr6 28227633 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0153235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.817;QD=12.8606;RBI=0.0352883;REFB=-0.0269389;REVB=0.0317876;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172968;STB=0.603481;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0142845;OID=.;OPOS=28227633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:3:5:3:4:3:5 chr6 28228342 . A G 344.93 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00117172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.189;QD=19.7103;RBI=0.0211689;REFB=-0.0220859;REVB=0.0211365;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014646;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:34:35:36:0.514286:17:18:17:17:18:18:17:17 chr6 28239873 . A G 526.72 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0276516;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.278;QD=24.217;RBI=0.0279009;REFB=-0.00934691;REVB=-0.00372179;RO=38;SAF=25;SAR=24;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290696;STB=0.515941;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0057849;OID=.;OPOS=28239873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:38:38:49:49:0.563218:24:25:18:20:24:25:18:20 chr6 28239915 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0155801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.611;QD=17.3254;RBI=0.0324961;REFB=0.000601047;REVB=0.0285176;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194604;STB=0.5111;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.000184569;OID=.;OPOS=28239915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:13:12:10:10:13:12 chr6 28239932 . T TG 473.97 PASS AF=1;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.1348;QD=49.8912;RBI=0.0303593;REFB=0;REVB=0.0300828;RO=4;SAF=17;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098277;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0010794;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:42:38:38:0:17:21:0:0:8:4:17:21:4:0 chr6 28264681 . G A 428.55 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0100472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.995;QD=22.2621;RBI=0.0154038;REFB=-0.023732;REVB=-0.0116761;RO=35;SAF=16;SAR=26;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592848;STB=0.532608;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0190376;OID=.;OPOS=28264681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:26:16:11:24:26:16:11:24 chr6 28269407 . G A 425.8 PASS AF=0.463158;AO=42;DP=93;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0015394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.241;QD=17.9284;RBI=0.0211759;REFB=-0.0254719;REVB=-0.0211198;RO=51;SAF=9;SAR=33;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219713;STB=0.592312;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0255962;OID=.;OPOS=28269407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:51:51:42:44:0.463158:33:9:20:31:33:11:20:31 chr6 28269663 . A G 1444.54 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368364;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.875;QD=62.1309;RBI=0.0502483;REFB=-0.0594039;REVB=0.0341755;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000451871;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:93:0:1:92:92:0.989247:56:36:0:0:56:36:0:1 chr6 28270064 . T A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0330168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.78;QD=19.4207;RBI=0.0332468;REFB=-0.0242344;REVB=-0.00390419;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124372;STB=0.569278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0221963;OID=.;OPOS=28270064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:13:16:11:16:13:16:11:16 chr6 28294550 . T C 1343.87 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.044879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.248;QD=61.0848;RBI=0.0460011;REFB=-0.115545;REVB=0.0100984;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.504672;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000201194;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:86:87:0.988636:53:33:0:0:53:34:0:1 chr6 28297313 . T A 999.46 PASS AF=0.515957;AO=97;DP=188;FAO=97;FDP=188;FR=.;FRO=91;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.011533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8329;QD=21.265;RBI=0.0564905;REFB=0.00237843;REVB=-0.0553007;RO=91;SAF=49;SAR=48;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488555;STB=0.526772;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00283774;OID=.;OPOS=28297313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:91:91:97:97:0.515957:48:49:51:40:48:49:51:40 chr6 28327371 . G C 198.73 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0288693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.151;QD=19.3881;RBI=0.0520415;REFB=0.00180026;REVB=0.0432999;RO=21;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04193;STB=0.523785;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00102076;OID=.;OPOS=28327371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:15:5:6:15:15:5:6:15 chr6 28328791 . CA C 277.2 PASS AF=0.494118;AO=38;DP=87;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0642314;FXX=0.034087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.7119;QD=13.0447;RBI=0.0656865;REFB=-0.000424103;REVB=0.0137493;RO=42;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785498;STB=0.557494;STBP=0.331;TYPE=del;VARB=0.00485464;OID=.;OPOS=28328792;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494118:38:87:42:85:43:15:27:20:23:99:42:15:23:20:22 chr6 28331094 . G A 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0370298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.037;QD=19.7627;RBI=0.0379342;REFB=0.000596083;REVB=-0.00823358;RO=25;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250228;STB=0.642721;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.000316147;OID=.;OPOS=28331094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:18:5:11:14:18:5:11:14 chr6 28331127 . AA GC 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0453133;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=238.694;QD=21.7452;RBI=0.0515315;REFB=-0.0127966;REVB=0.0245398;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165376;STB=0.593535;STBP=0.283;TYPE=mnp;VARB=0.0104246;OID=.;OPOS=28331127;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:14:5:7:9:14:5:7:9 chr6 28358320 . A G 805.93 PASS AF=0.572519;AO=75;DP=131;FAO=75;FDP=131;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00362343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.916;QD=24.6085;RBI=0.0117734;REFB=-0.0228732;REVB=0.0112019;RO=56;SAF=40;SAR=35;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058425;STB=0.531819;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0158362;OID=.;OPOS=28358320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:56:56:75:75:0.572519:35:40:34:22:35:40:34:22 chr6 28358335 . G C 741.7 PASS AF=0.578512;AO=70;DP=121;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0141545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.474;QD=24.519;RBI=0.0152146;REFB=-0.0308007;REVB=-0.00557982;RO=51;SAF=36;SAR=34;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118555;STB=0.564498;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0095989;OID=.;OPOS=28358335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:51:51:70:70:0.578512:34:36:34:17:34:36:34:17 chr6 28359170 . A G 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.802;QD=61.6948;RBI=0.0402218;REFB=0;REVB=0.00769693;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96876e-05;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr6 28359186 . C T 479.18 PASS AF=0.541176;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0139915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9311;QD=22.5497;RBI=0.0751429;REFB=-0.0318012;REVB=-0.0738288;RO=39;SAF=17;SAR=28;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138332;STB=0.57966;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0239084;OID=.;OPOS=28359186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:39:45:46:0.541176:28:17:21:18:29:17:21:18 chr6 28483482 . A C 680.18 PASS AF=0.528;AO=64;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0242541;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.1;QD=21.7656;RBI=0.0318617;REFB=-0.0286843;REVB=-0.0206617;RO=43;SAF=36;SAR=28;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551592;STB=0.520477;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0195385;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:43:58:64:66:0.528:28:36:21:22:29:37:30:28 chr6 28542424 . G A 804.67 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2236;QD=64.3733;RBI=0.102123;REFB=0;REVB=0.0108093;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105844;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:20:27:0:0:21:29:0:0 chr6 28542520 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.775;QD=58.4197;RBI=0.0229843;REFB=0;REVB=0.0202826;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02839e-05;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr6 28543264 . C T 207.38 PASS AF=0.583333;AO=19;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0411495;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.81;QD=23.0419;RBI=0.0412392;REFB=0.0188521;REVB=0.00271814;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481864;STB=0.570184;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0100919;OID=.;OPOS=28543264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:13:15:19:21:0.583333:12:7:4:9:12:9:4:11 chr6 28601934 . A T 770.35 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.058391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6732;QD=55.0251;RBI=0.0765726;REFB=-0.0730133;REVB=0.0495363;RO=1;SAF=39;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119331;STB=0.506171;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00352792;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:15:39:1:0:15:40:1:0 chr6 28616066 . T A 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.088;QD=63.6135;RBI=0.035979;REFB=0;REVB=0.0359318;RO=0;SAF=31;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22238e-05;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:64:31:0:0:64:31:0:0 chr6 28626098 . G A 694.98 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261667;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.242;QD=63.1803;RBI=0.0292774;REFB=0;REVB=-0.0131328;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114086;OID=.;OPOS=28626098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr6 28641689 . A G 284.6 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0106011;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.29;QD=21.892;RBI=0.0469299;REFB=-0.020379;REVB=-0.0457168;RO=23;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229241;STB=0.626548;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0228599;OID=.;OPOS=28641689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:23:29:29:0.557692:16:13:17:6:16:13:17:6 chr6 28663716 . A G 1178.64 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000813219;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.624;QD=59.678;RBI=0.0221301;REFB=-0.045196;REVB=-0.0221152;RO=1;SAF=46;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421134;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:79:1:0:77:79:1:31:46:1:0:31:48:0:0 chr6 28663754 . T C 1587.74 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.488;QD=64.1509;RBI=0.0506814;REFB=0;REVB=0.0196432;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207943;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:50:49:0:0:50:49:0:0 chr6 28678357 . T C 538.66 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.131;QD=59.8516;RBI=0.0148885;REFB=0;REVB=-0.00398521;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08675e-05;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:14:22:0:0 chr6 28687469 . G A 197.17 PASS AF=0.466667;AO=15;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0604841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.722;QD=17.5258;RBI=0.138221;REFB=-0.0423991;REVB=0.124285;RO=24;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360835;STB=0.565154;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0664172;OID=.;OPOS=28687469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:15:21:0.466667:3:12:12:12:8:13:12:12 chr6 28687489 . A G 249.78 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00354648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.191;QD=16.6522;RBI=0.0719264;REFB=-0.0247305;REVB=0.0718389;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197017;STB=0.616588;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.039502;OID=.;OPOS=28687489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:14:14:22:9:14:14:23:9 chr6 28687542 . T C 868.19 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.548;QD=57.8793;RBI=0.0240094;REFB=0;REVB=0.000695103;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70037e-05;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:29:30:0:0:29:31:0:0 chr6 28697086 . C T 640.85 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0205592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.54;QD=26.157;RBI=0.0326762;REFB=-0.0244946;REVB=-0.0253978;RO=41;SAF=29;SAR=28;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720587;STB=0.539328;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0197597;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:57:57:0.581633:28:29:17:24:28:29:17:24 chr6 28703244 . T C 1422.6 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132253;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.966;QD=61.852;RBI=0.0259455;REFB=-0.0279282;REVB=0.0223218;RO=1;SAF=46;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101937;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=4.36919e-05;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:91:91:0.98913:45:46:1:0:45:46:1:0 chr6 28703281 . T C 382.69 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00702015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.134;QD=17.3949;RBI=0.00707582;REFB=-0.00601518;REVB=0.00088586;RO=43;SAF=14;SAR=25;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126532;STB=0.592439;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00849801;OID=.;OPOS=28703281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:43:48:39:40:0.454545:25:14:21:22:25:15:26:22 chr6 28715516 . C G 272.8 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=105;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.00943213;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.076;QD=10.4922;RBI=0.0166883;REFB=-0.010782;REVB=0.0137672;RO=69;SAF=18;SAR=17;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418579;STB=0.524215;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.020463;OID=.;OPOS=28715516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:69:69:35:35:0.336538:17:18:38:31:17:18:38:31 chr6 28715537 . T C 315.65 PASS AF=0.347826;AO=39;DP=118;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0084871;FXX=0.0254216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.778;QD=10.9789;RBI=0.0180071;REFB=-0.010628;REVB=0.0158816;RO=72;SAF=20;SAR=19;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483284;STB=0.539111;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0241223;OID=.;OPOS=28715537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:115:72:75:39:40:0.347826:19:20:40:32:20:20:42:33 chr6 28715564 . C G 327.48 PASS AF=0.35;AO=39;DP=117;FAO=42;FDP=120;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.0297177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.402;QD=10.9159;RBI=0.0318466;REFB=-0.0267128;REVB=-0.0114483;RO=78;SAF=14;SAR=25;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250596;STB=0.611146;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0297611;OID=.;OPOS=28715564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:78:78:39:42:0.35:25:14:45:33:25:17:45:33 chr6 28715583 . C T 302.3 PASS AF=0.333333;AO=39;DP=117;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=0.0156893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.993;QD=10.3349;RBI=0.0211872;REFB=-0.00649558;REVB=0.0142388;RO=77;SAF=15;SAR=24;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269814;STB=0.651087;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0181744;OID=.;OPOS=28715583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:77:78:39:39:0.333333:24:15:48:29:24:15:48:30 chr6 28715604 . G C 1595.91 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0705;QD=59.6602;RBI=0.0557144;REFB=0;REVB=0.0134003;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211955;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:53:53:0:0:53:54:0:0 chr6 28726163 . CG CC,C 201.71 PASS AF=0.0444444,0.466667;AO=2,19;DP=43;FAO=2,21;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=2,13;FSAR=0,8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.024533,-0.0698543;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=25.028,22.1706;QD=17.9295;RBI=0.0698117,0.104008;REFB=-0.024467,0.00220147;REVB=-0.0653591,-0.0770588;RO=21;SAF=2,11;SAR=0,8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.514114,0.0955612;STB=0.994628,0.562582;STBP=0.177,0.426;TYPE=snp,del;VARB=0.0339861,-0.0189986;OID=.,.;OPOS=28726164,28726164;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0444444,0.466667:2,19:43:2,21:45:22:2,13:0,8:11:11:99:21:2,11:0,8:10:11 chr6 28732209 . G A 513.87 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.000921204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.471;QD=21.8666;RBI=0.00162495;REFB=-0.00639954;REVB=0.0013386;RO=45;SAF=22;SAR=27;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235245;STB=0.512973;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00501955;OID=.;OPOS=28732209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:27:22:19:26:27:22:19:26 chr6 28758580 . TTTG T 484.83 PASS AF=0.9;AO=44;DP=51;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0177541;FXX=0.0565931;HRUN=3;LEN=3;MLLD=292.571;QD=38.786;RBI=0.0201473;REFB=-0.0517838;REVB=0.00952406;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.554647;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=0.00476974;OID=.;OPOS=28758581;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:44:51:45:50:5:14:31:4:1:12:0:14:30:0:0 chr6 28770596 . A AC 653.89 PASS AF=0.984848;AO=58;DP=69;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.197754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.7522;QD=39.6296;RBI=0.201869;REFB=-0.0191374;REVB=-0.0405539;RO=9;SAF=37;SAR=21;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101941;STB=0.505616;STBP=0.616;TYPE=ins;VARB=0.00687955;OID=.;OPOS=28770597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.984848:58:69:65:66:1:44:21:1:0:8:9:37:21:9:0 chr6 28775664 . C T 618.85 PASS AF=0.554545;AO=61;DP=110;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0196269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.871;QD=22.5036;RBI=0.0236332;REFB=-0.0133805;REVB=0.0131647;RO=49;SAF=34;SAR=27;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386829;STB=0.521183;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0115206;OID=.;OPOS=28775664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:49:49:61:61:0.554545:27:34:25:24:27:34:25:24 chr6 28779887 . C G 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00605588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.465;QD=19.4997;RBI=0.00611747;REFB=-0.0231398;REVB=-0.000865868;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0018185;STB=0.501012;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0236091;OID=.;OPOS=28779887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:17:15:14:16:17:15:14:16 chr6 28779933 . G A 223.1 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0512665;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.025;QD=12.5693;RBI=0.0514179;REFB=-0.00936326;REVB=-0.00394254;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08365;STB=0.539554;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.014459;OID=.;OPOS=28779933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:41:44:27:27:0.380282:13:14:18:23:13:14:20:24 chr6 28785085 . C A,T 1002.27 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=3,65;DP=68;FAO=3,66;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=3,30;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160104,0.0355774;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.9348,103.033;QD=58.1025;RBI=0.00625007,0.0374576;REFB=0,0;REVB=0.00604153,0.0117182;RO=0;SAF=3,30;SAR=0,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.141794,-4.95198e-05;OID=.,.;OPOS=28785085,28785085;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:68:69:0:0:3,65:3,66:0.0434783,0.956522:0,35:3,30:0:0:0,36:3,30:0:0 chr6 28791134 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00513581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.536;QD=18.9486;RBI=0.0052217;REFB=-0.0178225;REVB=-0.000943159;RO=27;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122653;STB=0.568811;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0173274;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:20:8:11:16:20:8:11:16 chr6 28806218 . G A 444.96 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0466636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6699;QD=52.3482;RBI=0.046901;REFB=-0.0511144;REVB=0.00471263;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.529393;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0388237;OID=.;OPOS=28806218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:34:34:1:2:32:32:0.941176:16:16:0:1:16:16:0:2 chr6 28831535 . A G 230.68 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0199414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.776;QD=14.4177;RBI=0.0477655;REFB=-0.0125883;REVB=0.0434037;RO=37;SAF=6;SAR=21;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488397;STB=0.777572;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.020552;OID=.;OPOS=28831535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:21:6:26:11:21:6:26:11 chr6 28849157 . T C 860.63 PASS AF=0.468085;AO=88;DP=189;FAO=88;FDP=188;FR=.;FRO=100;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=0.00323259;FXX=0.00529073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.1819;QD=18.3113;RBI=0.0424207;REFB=0.0026459;REVB=-0.0422974;RO=95;SAF=57;SAR=31;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21677;STB=0.628031;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00190515;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:95:100:88:88:0.468085:31:57:40:55:31:57:41:59 chr6 28864100 . C T 135.86 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0178837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4972;QD=9.70459;RBI=0.0178949;REFB=0.0236078;REVB=-0.000632594;RO=38;SAF=4;SAR=14;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138986;STB=0.583234;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.0491511;OID=.;OPOS=28864100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:14:4:12:26:14:4:12:26 chr6 28911802 . G A 1080.4 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.959;QD=60.0223;RBI=0.0916837;REFB=0;REVB=0.0596514;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119276;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr6 28912076 . C T 352.89 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.010449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.118;QD=15.8602;RBI=0.0156437;REFB=-0.0126777;REVB=0.0116423;RO=50;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602837;STB=0.528831;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0198643;OID=.;OPOS=28912076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:22:16:24:26:22:16:24:27 chr6 28912345 . G C 454.84 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0128837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2055;QD=16.5397;RBI=0.0233919;REFB=-0.00155115;REVB=0.0195241;RO=60;SAF=16;SAR=34;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202127;STB=0.613154;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00334857;OID=.;OPOS=28912345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:60:50:50:0.454545:34:16:31:29:34:16:31:29 chr6 28912437 . T C 336.27 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00963818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.209;QD=12.3401;RBI=0.0175316;REFB=-0.0152311;REVB=-0.0146446;RO=67;SAF=17;SAR=24;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858305;STB=0.54469;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0208444;OID=.;OPOS=28912437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:68:41:41:0.376147:24:17:33:34:24:17:33:35 chr6 28945522 . C T 492.68 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0043147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.892;QD=17.4398;RBI=0.0136211;REFB=-0.0181551;REVB=-0.0129196;RO=60;SAF=27;SAR=26;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567141;STB=0.53152;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0217754;OID=.;OPOS=28945522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:26:27:27:33:26:27:27:33 chr6 28963248 . T G 3046.8 PASS AF=0.989744;AO=193;DP=196;FAO=193;FDP=195;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00359428;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8755;QD=62.4986;RBI=0.0139501;REFB=0.0643344;REVB=0.0134791;RO=1;SAF=90;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460124;STB=0.500347;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.000311084;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:195:1:2:193:193:0.989744:103:90:0:1:103:90:1:1 chr6 28964086 . G A 388.86 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0194859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.551;QD=16.2023;RBI=0.0216181;REFB=-0.0132526;REVB=0.0093616;RO=53;SAF=16;SAR=25;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195298;STB=0.609703;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.012788;OID=.;OPOS=28964086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:55:41:41:0.427083:25:16:31:22:25:16:32:23 chr6 29012067 . C T 950.83 PASS AF=0.494845;AO=94;DP=192;FAO=96;FDP=194;FR=.;FRO=98;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=0.00402558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6598;QD=19.6048;RBI=0.079953;REFB=0.00477102;REVB=-0.0798516;RO=98;SAF=50;SAR=44;SRF=37;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142394;STB=0.577178;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00500931;OID=.;OPOS=29012067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:194:98:98:94:96:0.494845:44:50:37:61:45:51:37:61 chr6 29012116 . G A 973.27 PASS AF=0.489796;AO=95;DP=196;FAO=96;FDP=196;FR=.;FRO=100;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=65;FWDB=0.0029304;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.975;QD=19.8627;RBI=0.0216153;REFB=-0.00731748;REVB=-0.0214158;RO=100;SAF=50;SAR=45;SRF=35;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163358;STB=0.586663;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0114905;OID=.;OPOS=29012116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:100:100:95:96:0.489796:45:50:35:65:46:50:35:65 chr6 29068759 . C A 790.35 PASS AF=0.451087;AO=83;DP=185;FAO=83;FDP=184;FR=.;FRO=101;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0289318;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5337;QD=17.1815;RBI=0.0446552;REFB=-5.62929e-05;REVB=-0.0340153;RO=100;SAF=39;SAR=44;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976915;STB=0.502497;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.000375387;OID=.;OPOS=29068759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:100:101:83:83:0.451087:44:39:46:54:44:39:47:54 chr6 29069337 . A T 1221.17 PASS AF=0.447917;AO=123;DP=283;FAO=129;FDP=288;FR=.;FRO=159;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=83;FSRR=76;FWDB=-0.000554748;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.848;QD=16.9607;RBI=0.0105819;REFB=-0.0113427;REVB=0.0105674;RO=157;SAF=63;SAR=60;SRF=83;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166533;STB=0.510014;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0137047;OID=.;OPOS=29069337;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:288:157:159:123:129:0.447917:60:63:83:74:64:65:83:76 chr6 29080004 . A G 1656.12 PASS AF=0.495495;AO=165;DP=333;FAO=165;FDP=333;FR=.;FRO=168;FSAF=62;FSAR=103;FSRF=71;FSRR=97;FWDB=-0.0222527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.457;QD=19.8933;RBI=0.0222724;REFB=-0.00754362;REVB=0.000937508;RO=168;SAF=62;SAR=103;SRF=71;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453427;STB=0.524883;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00862269;OID=.;OPOS=29080004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:168:168:165:165:0.495495:103:62:71:97:103:62:71:97 chr6 29080344 . G A 830.91 PASS AF=0.425926;AO=92;DP=216;FAO=92;FDP=216;FR=.;FRO=124;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=-0.0105569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6369;QD=15.3872;RBI=0.0105902;REFB=-0.0146968;REVB=0.000839239;RO=124;SAF=41;SAR=51;SRF=57;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145785;STB=0.508132;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0142836;OID=.;OPOS=29080344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:124:124:92:92:0.425926:51:41:57:67:51:41:57:67 chr6 29080349 . A G 856.72 PASS AF=0.431193;AO=94;DP=218;FAO=94;FDP=218;FR=.;FRO=124;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=0.00985558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.263;QD=15.7197;RBI=0.0100141;REFB=-0.00532612;REVB=0.00177498;RO=124;SAF=43;SAR=51;SRF=55;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143166;STB=0.507972;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00550548;OID=.;OPOS=29080349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:124:124:94:94:0.431193:51:43:55:69:51:43:55:69 chr6 29080450 . G A 703.87 PASS AF=0.447059;AO=76;DP=171;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.0117756;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9453;QD=16.5616;RBI=0.0170892;REFB=-0.027373;REVB=-0.0123845;RO=94;SAF=39;SAR=37;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659;STB=0.536632;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0335339;OID=.;OPOS=29080450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:94:94:76:76:0.447059:37:39:42:52:37:39:42:52 chr6 29141743 . A G 4874.99 PASS AF=1;AO=311;DP=312;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580549;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1248;QD=62.7008;RBI=0.0626359;REFB=0;REVB=0.0235136;RO=0;SAF=138;SAR=173;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.1206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120339;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:312:311:0:0:311:311:1:173:138:0:0:173:138:0:0 chr6 29141772 . A G 1155.66 PASS AF=0.422442;AO=128;DP=304;FAO=128;FDP=303;FR=.;FRO=175;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=73;FSRR=102;FWDB=-8.11838e-05;FXX=0.00328937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.586;QD=15.2563;RBI=0.010813;REFB=-0.0137039;REVB=-0.0108127;RO=175;SAF=61;SAR=67;SRF=73;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619977;STB=0.5345;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.019425;OID=.;OPOS=29141772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:303:175:175:128:128:0.422442:67:61:73:102:67:61:73:102 chr6 29275507 . T C 388.32 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0188245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.547;QD=21.2775;RBI=0.0238129;REFB=-0.0132696;REVB=0.014584;RO=34;SAF=18;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172837;STB=0.509549;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00962617;OID=.;OPOS=29275507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:21:18:15:19:21:18:15:19 chr6 29323259 . G A 571.22 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.923;QD=60.1282;RBI=0.0576379;REFB=0;REVB=0.0575816;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35535e-05;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:19:19:0:0 chr6 29342236 . A G 872.16 PASS AF=0.5375;AO=85;DP=159;FAO=86;FDP=160;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.0303352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.748;QD=21.8039;RBI=0.0334302;REFB=-0.000644039;REVB=-0.0140484;RO=74;SAF=28;SAR=57;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209353;STB=0.513439;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.000689848;OID=.;OPOS=29342236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:74:74:85:86:0.5375:57:28:26:48:58:28:26:48 chr6 29364615 . G T 2880.32 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.384;QD=62.9579;RBI=0.0515592;REFB=0;REVB=0.0235761;RO=0;SAF=86;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95356e-05;OID=.;OPOS=29364615;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:169:183:0:0:169:183:1:83:86:0:0:90:93:0:0 chr6 29364643 . T C 2595.88 PASS AF=0.977654;AO=169;DP=174;FAO=175;FDP=179;FR=.;FRO=4;FSAF=83;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.016611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.521;QD=58.0085;RBI=0.143056;REFB=-0.165666;REVB=0.142089;RO=5;SAF=82;SAR=87;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627753;STB=0.500576;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00414272;OID=.;OPOS=29364643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:174:179:5:4:169:175:0.977654:87:82:3:2:92:83:2:2 chr6 29364787 . C T 1904.13 PASS AF=0.976744;AO=125;DP=128;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0629357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1808;QD=59.0429;RBI=0.06451;REFB=-0.154881;REVB=0.0141644;RO=3;SAF=61;SAR=64;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227906;STB=0.511998;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00321216;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:128:129:3:3:125:126:0.976744:64:61:3:0:65:61:3:0 chr6 29364815 . C G 1914.33 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.75;QD=61.7526;RBI=0.0291293;REFB=0;REVB=-0.00279434;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49091e-05;OID=.;OPOS=29364815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:57:67:0:0:57:67:0:0 chr6 29364835 . T G 1540.09 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0928103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.823;QD=59.8093;RBI=0.0938681;REFB=0;REVB=0.0140522;RO=0;SAF=60;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106127;OID=.;OPOS=29364835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:43:60:0:0:43:60:0:0 chr6 29364838 . C G 506.3 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0220256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9217;QD=19.1056;RBI=0.0294601;REFB=-0.0228965;REVB=0.0195645;RO=53;SAF=35;SAR=18;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143933;STB=0.579788;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0229761;OID=.;OPOS=29364838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:18:35:27:26:18:35:27:26 chr6 29364951 . G A 1859.37 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.102;QD=61.4667;RBI=0.00668178;REFB=0;REVB=-0.00425164;RO=0;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28856e-06;OID=.;OPOS=29364951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:56:65:0:0:56:65:0:0 chr6 29365241 . T C 2186.17 PASS AF=0.985915;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0169899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=329.619;QD=61.5823;RBI=0.0176156;REFB=-0.1393;REVB=-0.00465318;RO=2;SAF=74;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141881;STB=0.507462;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-1.79307e-05;OID=.;OPOS=29365241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:142:2:2:140:140:0.985915:66:74:0:2:66:74:0:2 chr6 29365423 . A T 1803.4 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.902;QD=61.1322;RBI=0.0239772;REFB=0;REVB=0.0205105;RO=0;SAF=49;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89215e-05;OID=.;OPOS=29365423;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:68:49:0:0:69:49:0:0 chr6 29385237 . T C 2277.19 PASS AF=0.968553;AO=154;DP=159;FAO=154;FDP=159;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=89;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0501964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0915;QD=57.2878;RBI=0.0513215;REFB=-0.0158644;REVB=0.0106876;RO=1;SAF=65;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726234;STB=0.518516;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00166989;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:159:159:1:5:154:154:0.968553:89:65:1:0:89:65:5:0 chr6 29394926 . C T 530.23 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0231341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.071;QD=25.2488;RBI=0.0235691;REFB=-0.0139384;REVB=0.00450687;RO=35;SAF=27;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932363;STB=0.551;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0113691;OID=.;OPOS=29394926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:49:49:0.583333:22:27:15:20:22:27:15:20 chr6 29407970 . T C 666.97 PASS AF=0.475524;AO=66;DP=141;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=0.0119473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.048;QD=18.6565;RBI=0.0176934;REFB=-0.0451851;REVB=-0.0130506;RO=75;SAF=30;SAR=36;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176484;STB=0.58821;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0513429;OID=.;OPOS=29407970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:75:75:66:68:0.475524:36:30:48:27:36:32:48:27 chr6 29408313 . C A 430.6 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0117474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.366;QD=22.6629;RBI=0.0186458;REFB=-0.0280779;REVB=-0.0144798;RO=34;SAF=32;SAR=10;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314198;STB=0.501729;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0252226;OID=.;OPOS=29408313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:10:32:26:8:10:32:26:8 chr6 29408528 . A G 500.99 PASS AF=0.453782;AO=53;DP=120;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00504864;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.329;QD=16.8398;RBI=0.0181464;REFB=-0.0202443;REVB=-0.01743;RO=64;SAF=27;SAR=26;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00925205;STB=0.505917;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0194692;OID=.;OPOS=29408528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:64:65:53:54:0.453782:26:27:32:32:26:28:33:32 chr6 29431698 . A G 457.6 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0396125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7185;QD=17.7707;RBI=0.0399716;REFB=-0.0252956;REVB=0.00534543;RO=54;SAF=27;SAR=22;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483304;STB=0.526871;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0279797;OID=.;OPOS=29431698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:22:27:27:27:22:27:27:27 chr6 29523676 . C G 1252.64 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955963;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9976;QD=61.8589;RBI=0.10875;REFB=0;REVB=-0.0518457;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207511;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:45:35:0:0:46:35:0:0 chr6 29555809 . C T 2555.5 PASS AF=0.982456;AO=168;DP=171;FAO=168;FDP=171;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0806589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7746;QD=59.7778;RBI=0.0924499;REFB=-0.101563;REVB=0.0451789;RO=2;SAF=90;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000803636;STB=0.503567;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00690645;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:171:171:2:3:168:168:0.982456:78:90:1:1:78:90:1:2 chr6 29555864 . C T 2584.69 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.349;QD=61.9089;RBI=0.0328472;REFB=0;REVB=0.0134283;RO=0;SAF=86;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90453e-05;OID=.;OPOS=29555864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:81:86:0:0:81:86:0:0 chr6 29570841 . A G 288.2 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00392437;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.582;QD=18.5936;RBI=0.0039708;REFB=-0.0406166;REVB=0.000605491;RO=31;SAF=9;SAR=21;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241229;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0317318;OID=.;OPOS=29570841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:31:30:31:0.5:21:9:10:21:21:10:10:21 chr6 29571373 . GC CG 47.5 PASS AF=0.1;AO=5;DP=41;FAO=4;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.00863598;FXX=0.0243843;HRUN=6;LEN=2;MLLD=103.86;QD=4.74968;RBI=0.0137305;REFB=-0.00124312;REVB=-0.0106746;RO=29;SAF=2;SAR=3;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416352;STB=0.8988;STBP=0.379;TYPE=mnp;VARB=0.0410694;OID=.;OPOS=29571373;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:40:29:32:5:4:0.1:3:2:22:7:3:1:26:6 chr6 29576393 . A G 335.1 PASS AF=0.45122;AO=35;DP=79;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0664565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0609;QD=16.3465;RBI=0.066479;REFB=-0.028656;REVB=0.00173232;RO=44;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00259002;STB=0.506699;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0356765;OID=.;OPOS=29576393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:44:45:35:37:0.45122:19:16:20:24:21:16:20:25 chr6 29581041 . A G 698.82 PASS AF=0.386792;AO=82;DP=212;FAO=82;FDP=212;FR=.;FRO=130;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=61;FSRR=69;FWDB=-0.0152164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8506;QD=13.1853;RBI=0.0833176;REFB=-0.00725838;REVB=-0.0819163;RO=128;SAF=33;SAR=49;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648116;STB=0.541872;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0149;OID=.;OPOS=29581041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:128:130:82:82:0.386792:49:33:59:69:49:33:61:69 chr6 29581110 . A G 745.2 PASS AF=0.376623;AO=87;DP=231;FAO=87;FDP=231;FR=.;FRO=144;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=60;FSRR=84;FWDB=0.00825981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.199;QD=12.9039;RBI=0.0265505;REFB=-0.00822205;REVB=-0.025233;RO=143;SAF=38;SAR=49;SRF=60;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193032;STB=0.512781;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.014918;OID=.;OPOS=29581110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:143:144:87:87:0.376623:49:38:60:83:49:38:60:84 chr6 29581113 . A G 702.29 PASS AF=0.368889;AO=83;DP=225;FAO=83;FDP=225;FR=.;FRO=142;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=58;FSRR=84;FWDB=-0.0025959;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.031;QD=12.4852;RBI=0.00699425;REFB=-0.000901249;REVB=-0.00649468;RO=141;SAF=38;SAR=45;SRF=57;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604;STB=0.531547;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00152787;OID=.;OPOS=29581113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:141:142:83:83:0.368889:45:38:57:84:45:38:58:84 chr6 29625001 . A G 1013.73 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00181518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8947;QD=57.9274;RBI=0.023639;REFB=-0.154933;REVB=0.0235692;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129508;STB=0.506847;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00284681;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:36:33:0:1:36:33:0:1 chr6 29634003 . G C 578.01 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.024601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.313;QD=24.3372;RBI=0.0274336;REFB=-0.0250566;REVB=-0.0121406;RO=41;SAF=16;SAR=37;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201409;STB=0.606515;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0234383;OID=.;OPOS=29634003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:42:53:53:0.557895:37:16:22:19:37:16:22:20 chr6 29634012 . A G 1457.36 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.028;QD=62.0155;RBI=0.0181471;REFB=-0.0270081;REVB=0.0149022;RO=1;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886206;STB=0.504672;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=3.76465e-05;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:53:40:0:1:53:40:0:1 chr6 29691303 . G A 255.74 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00494487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.383;QD=16.2372;RBI=0.0165444;REFB=-0.0186639;REVB=0.0157881;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331711;STB=0.685593;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0282031;OID=.;OPOS=29691303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:18:11:25:9:18:11:25:9 chr6 29691857 . C G 108.01 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.024494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.317;QD=13.0922;RBI=0.0299615;REFB=-0.0184095;REVB=-0.0172549;RO=19;SAF=10;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447328;STB=0.516104;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0156646;OID=.;OPOS=29691857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:3:10:14:5:3:10:15:5 chr6 29693011 . C T 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00995697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3086;QD=58.1357;RBI=0.0234084;REFB=0;REVB=0.0211851;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227968;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr6 29694680 . AA CT 270.55 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00822449;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=2;MLLD=171.545;QD=18.9858;RBI=0.012781;REFB=-0.0170614;REVB=-0.00978321;RO=28;SAF=21;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307004;STB=0.672091;STBP=0.015;TYPE=mnp;VARB=0.0177718;OID=.;OPOS=29694680;OREF=AA;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:28:29:29:0.508772:8:21:11:17:8:21:11:17 chr6 29695808 . A G 566.26 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.000480124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.021;QD=27.2894;RBI=0.0224847;REFB=-0.0403285;REVB=-0.0224796;RO=32;SAF=24;SAR=27;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208525;STB=0.511359;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.025103;OID=.;OPOS=29695808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:32:51:51:0.614458:27:24:16:16:27:24:16:16 chr6 29695854 . G A 233.4 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.04557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9559;QD=12.7887;RBI=0.0493462;REFB=0.00575996;REVB=0.0189321;RO=44;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242482;STB=0.506844;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00839929;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:45:28:28:0.383562:14:14:23:21:14:14:23:22 chr6 29718220 . G A 259.6 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0346487;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9445;QD=16.4826;RBI=0.0367828;REFB=-0.0133232;REVB=-0.0123467;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00688244;STB=0.503873;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0302941;OID=.;OPOS=29718220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:34:29:29:0.460317:16:13:15:19:16:13:15:19 chr6 29794860 . C T 334.88 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=92;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00385722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5881;QD=14.4036;RBI=0.0137952;REFB=-0.032273;REVB=-0.0132449;RO=56;SAF=13;SAR=23;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171375;STB=0.603175;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.025508;OID=.;OPOS=29794860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:56:56:36:37:0.397849:23:13:29:27:24:13:29:27 chr6 29795636 . G A 260.97 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0173335;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8032;QD=12.138;RBI=0.0183549;REFB=-0.0110267;REVB=0.00603741;RO=52;SAF=15;SAR=16;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244326;STB=0.507133;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0299673;OID=.;OPOS=29795636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:52:55:31:31:0.360465:16:15:24:28:16:15:26:29 chr6 29795657 . G A 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00832608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1073;QD=14.2587;RBI=0.0245757;REFB=-0.00782645;REVB=-0.0231223;RO=41;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804427;STB=0.545691;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0276294;OID=.;OPOS=29795657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:14:15:18:23:14:15:18:23 chr6 29795993 . G A 309.7 PASS AF=0.542373;AO=26;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00169679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.275;QD=20.9969;RBI=0.015877;REFB=-0.0264047;REVB=0.0157861;RO=27;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216992;STB=0.548662;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.020066;OID=.;OPOS=29795993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:26:32:0.542373:16:10:11:16:22:10:11:16 chr6 29796369 . A T 706.58 PASS AF=0.645161;AO=60;DP=93;FAO=60;FDP=93;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00555766;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3865;QD=30.3903;RBI=0.0356827;REFB=-0.0291477;REVB=-0.0352473;RO=32;SAF=26;SAR=34;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142784;STB=0.571916;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0116235;OID=.;OPOS=29796369;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:32:33:60:60:0.645161:34:26:21:11:34:26:21:12 chr6 29797696 . A G 508.47 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.0346312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5726;QD=16.6711;RBI=0.0955589;REFB=-0.00355895;REVB=-0.0890628;RO=65;SAF=24;SAR=31;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114161;STB=0.561209;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00275458;OID=.;OPOS=29797696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:65:67:55:55:0.45082:31:24:21:44:31:24:22:45 chr6 29798140 . A G 379.32 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00668301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.179;QD=19.2062;RBI=0.0221026;REFB=0.000848913;REVB=-0.0210681;RO=37;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360111;STB=0.519134;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.000832791;OID=.;OPOS=29798140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:40:38:39:0.493671:19:19:17:20:19:20:19:21 chr6 29855580 . GCCCTGACCCT GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT 1339.39 PASS AF=0.752577,0.0927835,0.154639;AO=62,7,11;DP=95;FAO=73,9,15;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=18,8,8;FSAR=55,1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126124,0.0503159,-0.0571727;FXX=0.0673012;HRUN=1,1,1;LEN=6,1,1;MLLD=276.487,80.2435,188.292;QD=55.2324;RBI=0.0132083,0.0503885,0.0578431;REFB=0,0,0;REVB=-0.00392229,-0.00270269,-0.008781;RO=0;SAF=10,7,5;SAR=52,0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.000996066,0.00573016,0.0210205;OID=.,.,.;OPOS=29855581,29855590,29855586;OREF=CCCTGA,T,A;OALT=-,A,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.752577,0.0927835,0.154639:62,7,11:95:73,9,15:97:0:18,8,8:55,1,7:0:0:80:0:10,7,5:52,0,6:0:0 chr6 29855849 . A C 231.44 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0365204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6197;QD=30.8583;RBI=0.0426529;REFB=-0.0332379;REVB=-0.0220347;RO=9;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129629;STB=0.57136;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0083898;OID=.;OPOS=29855849;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:9:12:3:6:9:12:3:6 chr6 29855858 . C A 197.57 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0216618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.497;QD=26.3428;RBI=0.0272154;REFB=-0.0318532;REVB=0.0164755;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472971;STB=0.526288;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0237714;OID=.;OPOS=29855858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:9:10:5:6:9:10:5:6 chr6 29855862 . AGA GAT 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0084595;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=193.361;QD=26.3417;RBI=0.0271641;REFB=-0.0549707;REVB=0.0258132;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126582;STB=0.507035;STBP=0.955;TYPE=mnp;VARB=0.0185005;OID=.;OPOS=29855862;OREF=AGA;OALT=GAT;OMAPALT=GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:9:10:6:5:9:10:6:5 chr6 29855901 . A G 228.4 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00944866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.25;QD=21.752;RBI=0.0208245;REFB=-0.00597805;REVB=0.0185576;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388945;STB=0.502181;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00222682;OID=.;OPOS=29855901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:11:9:10:12:11:9 chr6 29855902 . G A 197.72 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-5.51019e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.26;QD=18.8302;RBI=0.0133161;REFB=-0.0219914;REVB=0.013316;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423538;STB=0.502401;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00165199;OID=.;OPOS=29855902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:12:10:9:11:12:10 chr6 29856330 . G A 299.03 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00115149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.741;QD=16.1637;RBI=0.0347892;REFB=-0.017231;REVB=0.0347701;RO=41;SAF=15;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104485;STB=0.558788;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0194677;OID=.;OPOS=29856330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:18:15:23:18:18:15:23:18 chr6 29856347 . C T 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0201049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.113;QD=15.419;RBI=0.0247136;REFB=-0.0202255;REVB=-0.0143721;RO=41;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121348;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0275055;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:16:16:21:20:16:16:21:21 chr6 29856427 . G A 341.52 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0308583;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2047;QD=18.2146;RBI=0.0404529;REFB=-0.00491896;REVB=-0.0261572;RO=38;SAF=14;SAR=22;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126169;STB=0.57484;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0071829;OID=.;OPOS=29856427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:39:36:36:0.48:22:14:10:28:22:14:10:29 chr6 29856439 . T G 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.058215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.949;QD=17.5364;RBI=0.0596439;REFB=-0.0123647;REVB=-0.0129771;RO=38;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123116;STB=0.506893;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.014929;OID=.;OPOS=29856439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:21:13:15:23:21:13:15:23 chr6 29856445 . C T 361.55 PASS AF=0.506849;AO=34;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00758075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7643;QD=19.811;RBI=0.0677337;REFB=-0.0533591;REVB=-0.0673081;RO=24;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053422;STB=0.548265;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0356134;OID=.;OPOS=29856445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:24:36:34:37:0.506849:18:16:13:11:19:18:14:22 chr6 29856546 . G T 493.08 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00697504;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.123;QD=25.286;RBI=0.0327506;REFB=-0.0176841;REVB=0.0319992;RO=32;SAF=30;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474454;STB=0.525986;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0115231;OID=.;OPOS=29856546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:32:32:46:46:0.589744:16:30:19:13:16:30:19:13 chr6 29856550 . C G 239.37 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.02078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.119;QD=11.8206;RBI=0.0247256;REFB=-0.0268151;REVB=-0.0133995;RO=51;SAF=17;SAR=12;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117295;STB=0.571895;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0259304;OID=.;OPOS=29856550;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:51:52:29:29:0.358025:12:17:35:16:12:17:36:16 chr6 29856633 . T C 441.08 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=15;FWDB=-0.00869508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8562;QD=16.0392;RBI=0.00887877;REFB=-0.00095215;REVB=-0.00179672;RO=61;SAF=27;SAR=22;SRF=46;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21;STB=0.616463;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0005788;OID=.;OPOS=29856633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:22:27:46:15:22:27:46:15 chr6 29856686 . C G 462.6 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.00569477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.555;QD=16.2316;RBI=0.0284903;REFB=-0.00396219;REVB=-0.0279153;RO=63;SAF=27;SAR=24;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896299;STB=0.549981;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0116148;OID=.;OPOS=29856686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:24:27:39:24:24:27:39:24 chr6 29856693 . C T 512.59 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00437872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.181;QD=17.2297;RBI=0.00933712;REFB=-0.00932975;REVB=-0.00824673;RO=64;SAF=30;SAR=25;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627469;STB=0.534871;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0129384;OID=.;OPOS=29856693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:64:55:55:0.462185:25:30:39:25:25:30:39:25 chr6 29856718 . G C 482.52 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.00457698;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0519;QD=17.3879;RBI=0.0433303;REFB=-0.00335559;REVB=0.0430879;RO=58;SAF=29;SAR=23;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442711;STB=0.528444;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0039853;OID=.;OPOS=29856718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:58:59:52:52:0.468468:23:29:35:23:23:29:36:23 chr6 29910324 . G C 183.67 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.017565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.516;QD=14.9931;RBI=0.01967;REFB=-0.0118252;REVB=-0.00885324;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106561;STB=0.55097;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0167331;OID=.;OPOS=29910324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:29:19:20:0.408163:10:9:10:17:10:10:12:17 chr6 29910358 . C G 302.65 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00166167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6518;QD=25.7575;RBI=0.0245686;REFB=-0.0171351;REVB=0.0245124;RO=19;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291155;STB=0.507931;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0203349;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:18:9:7:12:18:9:7:13 chr6 29910378 . C T 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0527677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.15;QD=20.6011;RBI=0.0530758;REFB=-0.0106027;REVB=0.0057102;RO=19;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140079;STB=0.579624;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00740062;OID=.;OPOS=29910378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:16:4:6:13:16:4:6:13 chr6 29910538 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0196289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.614;QD=8.24622;RBI=0.0226216;REFB=-0.00915934;REVB=0.0112447;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11411;STB=0.571224;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0274809;OID=.;OPOS=29910538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:7:8:3:4:7:8 chr6 29910558 . T A 124.18 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0819909;FXX=0.119952;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.877;QD=22.5783;RBI=0.0850093;REFB=-0.0159415;REVB=0.0224516;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147025;STB=0.583207;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0155979;OID=.;OPOS=29910558;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:25:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:6:3:7:6:6:3 chr6 29910562 . A C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0349098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.062;QD=15.9167;RBI=0.0404933;REFB=-0.0172081;REVB=-0.0205186;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188592;STB=0.608534;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00956491;OID=.;OPOS=29910562;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:10:5:7:6:10:5 chr6 29910604 . C A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0103483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.559;QD=17.402;RBI=0.0430021;REFB=-0.0140531;REVB=0.0417384;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263617;STB=0.650935;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00937953;OID=.;OPOS=29910604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:4:9:5:8:4:9 chr6 29910700 . G T 205.07 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.048876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.279;QD=16.4057;RBI=0.051918;REFB=-0.0115277;REVB=-0.0175105;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990281;STB=0.556569;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0173335;OID=.;OPOS=29910700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:11:18:11:10:11:18 chr6 29910716 . CA GG 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0226806;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=219.561;QD=12.5794;RBI=0.02746;REFB=-0.0129716;REVB=-0.0154804;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447419;STB=0.526285;STBP=0.81;TYPE=mnp;VARB=0.0185743;OID=.;OPOS=29910716;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:10:7:14:17:10:7:14:17 chr6 29910730 . T A 125.29 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00447878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.801;QD=10.8947;RBI=0.0212275;REFB=-0.0123921;REVB=-0.0207496;RO=31;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112839;STB=0.535666;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0273901;OID=.;OPOS=29910730;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:31:14:15:0.326087:9:5:14:17:9:6:14:17 chr6 29910742 . G C 138.84 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.010129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2756;QD=12.0729;RBI=0.0917962;REFB=0.000995848;REVB=0.0912357;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468114;STB=0.502759;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00119652;OID=.;OPOS=29910742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:9:7:13:17:9:7:13:17 chr6 29910752 . G C 138.44 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00881874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.988;QD=11.782;RBI=0.0177072;REFB=-0.00494366;REVB=0.015355;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159409;STB=0.509422;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0147089;OID=.;OPOS=29910752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:9:7:14:17:9:7:14:17 chr6 29910801 . C A 307.5 PASS AF=0.692308;AO=25;DP=37;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0458921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8751;QD=31.5381;RBI=0.0712603;REFB=-0.0310242;REVB=0.0545155;RO=12;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609451;STB=0.531286;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0156799;OID=.;OPOS=29910801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:39:12:12:25:27:0.692308:13:12:7:5:14:13:7:5 chr6 29911056 . A G 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0459821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.476;QD=4.62974;RBI=0.075793;REFB=-0.00219696;REVB=-0.0602513;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200237;STB=0.632921;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00974522;OID=.;OPOS=29911056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:16:8:3:3:16:8 chr6 29911063 . TA GG 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0184625;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=114.886;QD=4.6299;RBI=0.0797675;REFB=-0.00130349;REVB=-0.0776015;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200237;STB=0.632921;STBP=0.579;TYPE=mnp;VARB=0.00346328;OID=.;OPOS=29911063;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:16:8:3:3:16:8 chr6 29911086 . T C 267.74 PASS AF=0.727273;AO=23;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0213219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8937;QD=32.4533;RBI=0.0626564;REFB=0.062832;REVB=0.0589169;RO=9;SAF=16;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199719;STB=0.595662;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00667503;OID=.;OPOS=29911086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:23:24:0.727273:7:16:3:6:8:16:3:6 chr6 29911092 . G T 73.05 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0188124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.445;QD=9.13071;RBI=0.020106;REFB=-0.00463958;REVB=0.00709546;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370656;STB=0.725171;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0620113;OID=.;OPOS=29911092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:14:8:7:3:14:8 chr6 29911114 . GG AC 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0295019;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=128.77;QD=11.8306;RBI=0.0295125;REFB=0.017877;REVB=-0.000790623;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309174;STB=0.682607;STBP=0.156;TYPE=mnp;VARB=-0.0270486;OID=.;OPOS=29911114;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:12:6:7:4:12:6 chr6 29911119 . G T 85.73 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0214787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1057;QD=11.8245;RBI=0.0214864;REFB=-0.00386895;REVB=-0.000576607;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361346;STB=0.712216;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00874767;OID=.;OPOS=29911119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:13:5:7:4:13:5 chr6 29911154 . C A 102.49 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0911902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1921;QD=17.0824;RBI=0.206828;REFB=0.00887266;REVB=0.185639;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398755;STB=0.736509;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00415297;OID=.;OPOS=29911154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:22:24:12:12:10:12:0.5:5:5:11:1:7:5:11:1 chr6 29911190 . G A 272.87 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0147725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4788;QD=45.4777;RBI=0.032749;REFB=-0.0232638;REVB=-0.029228;RO=2;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083825;STB=0.545413;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00121951;OID=.;OPOS=29911190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:10:12:0:2:10:12:0:2 chr6 29911198 . T C 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00467092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.008;QD=24.3893;RBI=0.057338;REFB=-0.0170874;REVB=-0.0571474;RO=13;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183443;STB=0.590814;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0191351;OID=.;OPOS=29911198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:14:6:7:6:14:6:7:7 chr6 29911207 . G A 216.26 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00292466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4624;QD=22.1805;RBI=0.0738084;REFB=-0.0357883;REVB=0.0737504;RO=18;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147786;STB=0.58325;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0189666;OID=.;OPOS=29911207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:15:6:8:10:15:6:8:10 chr6 29911228 . A C,T 457.71 PASS AF=0.325,0.55;AO=13,22;DP=40;FAO=13,22;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=8,5;FSAR=5,17;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0301165,0.0326843;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.827,42.7866;QD=45.7706;RBI=0.0313772,0.0710534;REFB=0.0044886,-0.0541765;REVB=-0.00880491,0.0630898;RO=5;SAF=8,5;SAR=5,17;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.205918,0.013293;STB=0.615207,0.50724;STBP=0.159,0.879;TYPE=snp,snp;VARB=0.0353075,0.0127742;OID=.,.;OPOS=29911228,29911228;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:40:40:5:5:13,22:13,22:0.325,0.55:5,17:8,5:1:4:5,17:8,5:1:4 chr6 29911239 . TT CA 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00241168;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=107.734;QD=15.6194;RBI=0.0151748;REFB=0.00790661;REVB=0.0149819;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17303;STB=0.598827;STBP=0.328;TYPE=mnp;VARB=-0.013783;OID=.;OPOS=29911239;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:7:18:10:8:7:18 chr6 29911256 . T G 501.69 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.204;QD=59.022;RBI=0.0377961;REFB=0;REVB=0.0371421;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.919e-05;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:23:11:0:0 chr6 29911296 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.000791205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.094;QD=9.18906;RBI=0.018292;REFB=-0.0153185;REVB=0.0182749;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137716;STB=0.502727;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0240416;OID=.;OPOS=29911296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:7:4:9:15:7:4:9:16 chr6 29911306 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0155886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.223;QD=10.4719;RBI=0.0344702;REFB=-0.00778233;REVB=-0.0307439;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0446824;OID=.;OPOS=29911306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:8:16:8:4:8:16 chr6 29911319 . G T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0108282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.697;QD=9.83038;RBI=0.0499389;REFB=-0.00978008;REVB=0.0487509;RO=25;SAF=2;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333258;STB=0.7218;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0251009;OID=.;OPOS=29911319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:25:26:12:12:0.315789:10:2:10:15:10:2:11:15 chr6 29912108 . G C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0138525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5656;QD=15.1958;RBI=0.0455475;REFB=0.0049266;REVB=0.0433899;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253924;STB=0.514685;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00236557;OID=.;OPOS=29912108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:6:12:9:5:6:12 chr6 29912147 . C T 187.81 PASS AF=0.425532;AO=18;DP=45;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0173395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.319;QD=15.9839;RBI=0.0211587;REFB=-0.0230159;REVB=0.0121257;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104216;STB=0.534572;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0265194;OID=.;OPOS=29912147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:27:27:18:20:0.425532:11:7:8:19:13:7:8:19 chr6 29912280 . T C 210.36 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00203964;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.927;QD=13.3562;RBI=0.0136097;REFB=-0.00395412;REVB=0.013456;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602254;STB=0.527864;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0107458;OID=.;OPOS=29912280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:39:38:25:25:0.396825:11:14:24:15:11:14:23:15 chr6 29912333 . C T 263.4 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.025342;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1552;QD=13.0074;RBI=0.0269004;REFB=-0.0161991;REVB=-0.00902309;RO=48;SAF=20;SAR=11;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101461;STB=0.537754;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0242107;OID=.;OPOS=29912333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:48:50:31:31:0.382716:11:20:35:13:11:20:35:15 chr6 29912368 . C T 155.2 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.00879752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.604;QD=7.57077;RBI=0.0620376;REFB=-0.0140652;REVB=-0.0614106;RO=60;SAF=17;SAR=5;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161356;STB=0.598495;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0377866;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:60:60:22:22:0.268293:5:17:40:20:5:17:40:20 chr6 29912398 . A G 132.0 PASS AF=0.229885;AO=20;DP=88;FAO=20;FDP=87;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.00765102;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.001;QD=6.06873;RBI=0.0311394;REFB=-0.00912114;REVB=-0.0301848;RO=68;SAF=16;SAR=4;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30905;STB=0.688679;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.029435;OID=.;OPOS=29912398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:68:67:20:20:0.229885:4:16:40:28:4:16:40:27 chr6 29912830 . T C 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.871;QD=62.3147;RBI=0.0321727;REFB=0;REVB=0.000316634;RO=0;SAF=55;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47409e-05;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:31:55:0:0:31:55:0:0 chr6 29912852 . T C 409.13 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00765156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.024;QD=17.9839;RBI=0.0207463;REFB=-0.0115065;REVB=0.0192837;RO=49;SAF=31;SAR=11;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245026;STB=0.63779;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0133609;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:11:31:25:24:11:31:25:24 chr6 29912856 . A T 410.23 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00515506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.09;QD=18.2326;RBI=0.027846;REFB=-0.0162057;REVB=-0.0273647;RO=48;SAF=31;SAR=11;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271631;STB=0.652554;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.051382;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:11:31:23:25:11:31:23:25 chr6 29913042 . C T 1552.59 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259074;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.818;QD=64.0245;RBI=0.0307649;REFB=0;REVB=0.0165918;RO=0;SAF=39;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77548e-05;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:58:39:0:0:58:39:0:0 chr6 29913067 . T C 441.81 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.010832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3679;QD=19.8566;RBI=0.0748103;REFB=-0.00403616;REVB=0.074022;RO=45;SAF=17;SAR=27;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341152;STB=0.518945;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0051289;OID=.;OPOS=29913067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:27:17:19:26:27:17:19:26 chr6 29913074 . A G 1310.17 PASS AF=0.988372;AO=77;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.131;QD=60.9381;RBI=0.0445351;REFB=0;REVB=0.00560945;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013089;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:86:0:0:77:85:0.988372:44:33:0:0:51:34:0:0 chr6 29913078 . A G 1229.38 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00731879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.096;QD=59.9699;RBI=0.0173435;REFB=-0.113133;REVB=-0.0157236;RO=1;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996906;STB=0.505262;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-3.74049e-05;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:47:34:0:1:47:34:0:1 chr6 29976838 . A G 520.06 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0037829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3657;QD=18.2477;RBI=0.0167158;REFB=-0.0109607;REVB=0.0162822;RO=58;SAF=35;SAR=20;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156054;STB=0.505153;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0110663;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:59:55:55:0.482456:20:35:36:22:20:35:37:22 chr6 30025281 . C T 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=0.0174072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.794;QD=19.5769;RBI=0.0245496;REFB=-0.021654;REVB=-0.017311;RO=31;SAF=10;SAR=23;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157561;STB=0.586779;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0216715;OID=.;OPOS=30025281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:23:10:5:26:23:10:5:26 chr6 30075843 . T C 716.39 PASS AF=0.946429;AO=46;DP=55;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0301638;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=168.15;QD=51.1708;RBI=0.0301644;REFB=-0.00571405;REVB=0.000189735;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.506465;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=2.60838e-05;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:56:0:3:46:53:0.946429:25:21:0:0:29:24:1:2 chr6 30075864 . A G 905.76 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116033;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5184;QD=58.4364;RBI=0.017104;REFB=0;REVB=0.0125661;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197305;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr6 30075903 . C T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0201559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.291;QD=19.4397;RBI=0.028961;REFB=-0.0117403;REVB=-0.0207961;RO=28;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21749;STB=0.62852;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0121176;OID=.;OPOS=30075903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:31:31:0.516667:12:19:10:18:12:19:10:19 chr6 30114845 . T C 437.67 PASS AF=0.558442;AO=38;DP=74;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0130533;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.795;QD=22.7361;RBI=0.0280663;REFB=-0.0319405;REVB=0.0248461;RO=36;SAF=12;SAR=26;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28854;STB=0.682732;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0143752;OID=.;OPOS=30114845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:36:34:38:43:0.558442:26:12:23:13:31:12:23:11 chr6 30114955 . C T 338.05 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00810337;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.321;QD=19.3172;RBI=0.00967253;REFB=-0.0102918;REVB=-0.0052814;RO=35;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265462;STB=0.514784;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00941668;OID=.;OPOS=30114955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:35:35:35:35:0.5:21:14:15:20:21:14:15:20 chr6 30115542 . G A 190.81 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0205486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2598;QD=13.3902;RBI=0.0226664;REFB=0.0301779;REVB=0.00956669;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163865;STB=0.594211;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0442326;OID=.;OPOS=30115542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:8:15:17:17:8:15:17:17 chr6 30121460 . C T 492.41 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0217042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.601;QD=20.0985;RBI=0.0252473;REFB=-0.00874802;REVB=0.0128979;RO=50;SAF=26;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384379;STB=0.521322;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0087096;OID=.;OPOS=30121460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:22:26:25:25:22:26:25:25 chr6 30121752 . G T 331.1 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=1.84308e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.563;QD=15.9565;RBI=0.0214608;REFB=-0.00652839;REVB=0.0214608;RO=46;SAF=16;SAR=20;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772081;STB=0.537613;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00747427;OID=.;OPOS=30121752;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:47:36:36:0.433735:20:16:24:22:20:16:24:23 chr6 30122154 . T C 1043.39 PASS AF=0.935897;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.000238708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.326;QD=53.5072;RBI=0.00127567;REFB=-0.0217201;REVB=0.00125314;RO=5;SAF=46;SAR=27;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048689;STB=0.525766;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00236424;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:78:5:5:73:73:0.935897:27:46:5:0:27:46:5:0 chr6 30131546 . A G 407.77 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0354807;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.291;QD=15.3875;RBI=0.0405542;REFB=-0.019434;REVB=-0.019641;RO=55;SAF=28;SAR=18;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636228;STB=0.562786;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.02472;OID=.;OPOS=30131546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:60:46:46:0.433962:18:28:30:25:18:28:30:30 chr6 30139699 . G A 503.95 PASS AF=0.413534;AO=54;DP=134;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0169902;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.02;QD=15.1563;RBI=0.0175915;REFB=-0.0232267;REVB=-0.00455998;RO=76;SAF=22;SAR=32;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286702;STB=0.510634;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0250771;OID=.;OPOS=30139699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:76:78:54:55:0.413534:32:22:33:43:32:23:34:44 chr6 30140040 . T G 357.5 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.024231;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0509;QD=22.0001;RBI=0.0255765;REFB=-0.0531307;REVB=-0.0081862;RO=29;SAF=11;SAR=25;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036743;STB=0.520306;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0272619;OID=.;OPOS=30140040;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:25:11:10:19:25:11:10:19 chr6 30140342 . T C 1396.09 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.031;QD=62.7454;RBI=0.0212378;REFB=0;REVB=0.0204586;RO=0;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3343e-05;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:56:33:0:0:56:33:0:0 chr6 30154199 . T C 237.17 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00215728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.465;QD=19.7642;RBI=0.0219968;REFB=-0.0223558;REVB=-0.0218908;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19247;STB=0.608601;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0168548;OID=.;OPOS=30154199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:9:14:10:15:9:14:10:15 chr6 30228230 . A C 448.74 PASS AF=0.48;AO=46;DP=101;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00678525;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.067;QD=17.9496;RBI=0.0135116;REFB=-0.0340986;REVB=0.0116843;RO=55;SAF=26;SAR=20;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904663;STB=0.553849;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.033316;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:55:52:46:48:0.48:20:26:26:29:20:28:25:27 chr6 30228379 . A G 295.58 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.021472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.918;QD=24.1288;RBI=0.0307172;REFB=-0.0438039;REVB=-0.0219659;RO=22;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824948;STB=0.504584;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0299222;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:12:15:12:10:12:15:12:10 chr6 30228398 . CG C 102.28 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0333015;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.4951;QD=9.97821;RBI=0.0333035;REFB=0.00324568;REVB=-0.000363877;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238133;STB=0.538421;STBP=0.687;TYPE=del;VARB=0.00626486;OID=.;OPOS=30228399;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:19:42:19:41:22:10:9:10:12:99:20:9:10:10:10 chr6 30229013 . A G 207.15 PASS AF=0.444444;AO=22;DP=52;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0253046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.421;QD=15.3445;RBI=0.0253715;REFB=-0.0140379;REVB=-0.00184063;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123128;STB=0.518503;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0162445;OID=.;OPOS=30229013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:30:30:22:24:0.444444:12:10:14:16:12:12:14:16 chr6 30229034 . C CT 139.13 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0157335;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.03;QD=11.3578;RBI=0.0895664;REFB=-0.00657331;REVB=0.0881737;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794843;STB=0.535284;STBP=0.648;TYPE=ins;VARB=0.011869;OID=.;OPOS=30229035;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44898:22:53:22:49:27:12:10:13:14:99:30:12:10:14:16 chr6 30229457 . C T 767.02 PASS AF=0.657143;AO=69;DP=105;FAO=69;FDP=105;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0174657;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7544;QD=29.2199;RBI=0.0429928;REFB=-0.0538844;REVB=-0.0392852;RO=35;SAF=29;SAR=40;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950002;STB=0.546861;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0454414;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:35:36:69:69:0.657143:40:29:20:15:40:29:20:16 chr6 30229463 . G A 745.28 PASS AF=0.656863;AO=67;DP=102;FAO=67;FDP=102;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0115083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.133;QD=29.2266;RBI=0.0153064;REFB=-0.0346314;REVB=-0.0100917;RO=35;SAF=28;SAR=39;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116272;STB=0.562868;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0207743;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:35:35:67:67:0.656863:39:28:21:14:39:28:21:14 chr6 30230085 . T C 275.03 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0764413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.501;QD=17.4623;RBI=0.0766912;REFB=-0.0534994;REVB=0.00618659;RO=33;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165178;STB=0.555519;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0667198;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:19:30:0.47619:14:5:13:20:15:15:13:20 chr6 30231071 . G A 181.98 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00175915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6584;QD=7.74366;RBI=0.0100917;REFB=-0.00082897;REVB=0.00993724;RO=69;SAF=11;SAR=14;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292816;STB=0.517613;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00363248;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:69:69:25:25:0.265957:14:11:32:37:14:11:32:37 chr6 30231108 . G T 215.92 PASS AF=0.253968;AO=32;DP=127;FAO=32;FDP=126;FR=.;FRO=94;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0499243;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8472;QD=6.85468;RBI=0.0536997;REFB=-0.00853727;REVB=-0.0197793;RO=94;SAF=14;SAR=18;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776946;STB=0.554638;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0299702;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:94:94:32:32:0.253968:18:14:47:47:18:14:48:46 chr6 30297529 . T C 430.67 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0229715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.405;QD=20.0309;RBI=0.0232557;REFB=-0.0137081;REVB=0.00362426;RO=42;SAF=18;SAR=25;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00910952;STB=0.511893;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.01195;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:43:43:43:0.5:25:18:18:24:25:18:19:24 chr6 30309508 . T C 372.42 PASS AF=0.535211;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0108091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.198;QD=20.9815;RBI=0.0315049;REFB=0.00310461;REVB=0.0295926;RO=33;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191119;STB=0.503369;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00301925;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:33:33:37:38:0.535211:21:16:15:18:21:17:15:18 chr6 30313268 . G A 242.5 PASS AF=0.361446;AO=29;DP=85;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0251919;FXX=0.0235266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.996;QD=11.6865;RBI=0.0254813;REFB=-0.0175075;REVB=0.00382928;RO=53;SAF=16;SAR=13;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162098;STB=0.500409;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0330762;OID=.;OPOS=30313268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:53:53:29:30:0.361446:13:16:30:23:13:17:30:23 chr6 30314566 . TC GA 498.05 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00774901;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=289.578;QD=19.7248;RBI=0.0207842;REFB=-0.0276759;REVB=-0.0192856;RO=49;SAF=26;SAR=25;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108149;STB=0.554242;STBP=0.291;TYPE=mnp;VARB=0.0232374;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:50:51:51:0.50495:25:26:19:30:25:26:20:30 chr6 30457732 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=59;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.115;QD=59.8557;RBI=0.0473321;REFB=0;REVB=0.0414439;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84116e-05;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:59:71:1:30:29:0:0:39:32:0:0 chr6 30458064 . G A 336.98 PASS AF=0.364407;AO=40;DP=115;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=21;FWDB=-0.00461144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.3934;QD=11.423;RBI=0.0098643;REFB=-0.0262704;REVB=-0.00872004;RO=74;SAF=26;SAR=14;SRF=54;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103053;STB=0.549576;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0521846;OID=.;OPOS=30458064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:74:75:40:43:0.364407:14:26:54:20:15:28:54:21 chr6 30460232 . C T 669.87 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00712015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1259;QD=23.0989;RBI=0.0145098;REFB=-0.0531602;REVB=-0.0126427;RO=51;SAF=36;SAR=29;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120426;STB=0.506582;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0389804;OID=.;OPOS=30460232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:51:51:65:65:0.560345:29:36:29:22:29:36:29:22 chr6 30521137 . G A 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00183676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.64;QD=18.5414;RBI=0.00619289;REFB=-0.0225368;REVB=-0.00591423;RO=35;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068398;STB=0.538172;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0267454;OID=.;OPOS=30521137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:14:20:18:17:14:20:18:17 chr6 30530245 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.706;QD=60.7158;RBI=0.0352233;REFB=0;REVB=-0.00610452;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48561e-05;OID=.;OPOS=30530245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr6 30558477 . G GA 1478.69 PASS AF=1;AO=119;DP=152;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159287;FXX=0.0277759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.057;QD=42.2484;RBI=0.222254;REFB=-0.0167553;REVB=0.154998;RO=33;SAF=48;SAR=71;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00882745;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00800757;OID=.;OPOS=30558478;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:119:152:140:140:0:55:85:0:0:25:33:48:71:14:19 chr6 30569951 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0182157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.37;QD=12.0518;RBI=0.0300082;REFB=-0.0195493;REVB=-0.023847;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13422;STB=0.580461;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0325034;OID=.;OPOS=30569951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:6:7:6:3:6:7 chr6 30575603 . A G 331.37 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.000325664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9792;QD=18.6687;RBI=0.0195394;REFB=0.00325148;REVB=-0.0195366;RO=36;SAF=14;SAR=21;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673139;STB=0.537551;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00387134;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:21:14:17:19:21:14:17:19 chr6 30652647 . CG CT,GC 49.88 PASS AF=0,0.135135;AO=4,6;DP=75;FAO=0,10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=0,3;FSAR=0,7;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.058943,-0.0328252;FXX=0.0133316;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=134.814,37.3665;QD=2.69637;RBI=0.0687093,0.0833888;REFB=-0.00266565,-0.0434102;REVB=-0.0353086,0.0766564;RO=58;SAF=0,3;SAR=4,3;SRF=31;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.524858,-0.0386668;STB=0.5,0.710813;STBP=1,0.201;TYPE=snp,mnp;VARB=0,0.0461102;OID=.,.;OPOS=30652648,30652647;OREF=G,CG;OALT=T,GC;OMAPALT=CT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:75:74:58:64:4,6:0,10:0,0.135135:4,3:0,3:31:27:0,7:0,3:35:29 chr6 30672286 . GCC CGC,GCA,GC 375.96 PASS AF=0,0.155172,0.793103;AO=3,6,21;DP=58;FAO=0,9,46;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=0,3,11;FSAR=0,6,35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0486484,0.0794929,0.384297;FXX=0.0169463;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=55.8295,103.732,10.5216;QD=25.9286;RBI=0.0784446,0.108632,0.403944;REFB=-0.0404594,-0.0288857,-0.244283;REVB=-0.0615376,-0.0740392,0.124443;RO=18;SAF=0,0,0;SAR=3,6,21;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0,0.376812;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.567432,-0.694933,-0.833167;STB=0.5,0.599799,0.520539;STBP=1,0.326,0.391;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.100482,0.222392,0.118491;OID=.,.,.;OPOS=30672286,30672288,30672287;OREF=GC,C,C;OALT=CG,A,-;OMAPALT=CGC,GCA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:49:58:58:18:3:3,6,21:0,9,46:0,0.155172,0.793103:3,6,21:0,0,0:7:11:0,6,35:0,3,11:0:3 chr6 30673105 . C G 32.5 PASS AF=0.193548;AO=4;DP=29;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0366272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.767;QD=4.19314;RBI=0.0905765;REFB=-0.0168321;REVB=0.0828405;RO=23;SAF=1;SAR=3;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475605;STB=0.857475;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.06914;OID=.;OPOS=30673105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:29:31:23:25:4:6:0.193548:3:1:16:7:5:1:16:9 chr6 30673351 . C G 47.79 PASS AF=0.264706;AO=7;DP=30;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0965754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0056;QD=5.62205;RBI=0.107891;REFB=-0.0326431;REVB=0.0481012;RO=21;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.678941;STB=0.909356;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0601335;OID=.;OPOS=30673351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:30:34:21:25:7:9:0.264706:6:1:17:4:8:1:18:7 chr6 30680916 . C T 260.27 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0353056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7716;QD=17.0671;RBI=0.0507865;REFB=-0.0352878;REVB=-0.0365073;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523286;STB=0.529391;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0378303;OID=.;OPOS=30680916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:15:17:17:12:15:17 chr6 30711805 . C G 778.61 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000814204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.392;QD=56.6265;RBI=0.0462395;REFB=0;REVB=0.0462323;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46661e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:0:0:50:55:1:28:22:0:0:31:24:0:0 chr6 30781985 . A G 480.68 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0133406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8794;QD=25.6363;RBI=0.0566941;REFB=-0.0106129;REVB=0.0551022;RO=29;SAF=31;SAR=14;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301986;STB=0.671403;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00971414;OID=.;OPOS=30781985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:30:45:45:0.6:14:31:8:21:14:31:8:22 chr6 30782105 . T C 1567.91 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000770456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.67;QD=63.9963;RBI=0.0213168;REFB=0;REVB=-0.0213029;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62828e-05;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:48:49:0:0:48:50:0:0 chr6 30782218 . C CTGTT 386.46 PASS AF=0.481928;AO=39;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0180317;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=4;MLLD=271.357;QD=18.6244;RBI=0.0204601;REFB=-0.0152846;REVB=0.00966811;RO=44;SAF=17;SAR=22;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138782;STB=0.566279;STBP=0.285;TYPE=ins;VARB=0.0152391;OID=.;OPOS=30782219;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481928:39:83:40:83:43:17:23:13:30:99:44:17:22:13:31 chr6 30782235 . G A 1098.59 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.829;QD=60.1965;RBI=0.0146528;REFB=0;REVB=0.0139522;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39349e-05;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chr6 30782303 . C T 332.99 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.991;QD=53.2788;RBI=0.026947;REFB=0;REVB=0.0240745;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395959;OID=.;OPOS=30782303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:25:0:0:24:25:1:18:6:0:0:18:7:0:0 chr6 30782360 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0254785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.86;QD=13.4409;RBI=0.0296084;REFB=-0.0108055;REVB=-0.0150833;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243833;STB=0.620451;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0063561;OID=.;OPOS=30782360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:4:6:4:8:4:6:5:8 chr6 30782361 . G A 103.46 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0458145;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.204;QD=17.9933;RBI=0.047862;REFB=-0.00905766;REVB=0.0138493;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183634;STB=0.605879;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00741308;OID=.;OPOS=30782361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:24:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:6:5:8:4:6:5 chr6 30782407 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.975;QD=59.0187;RBI=0.0462774;REFB=0;REVB=0.02764;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225475;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr6 30832063 . C T 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0213413;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.066;QD=18.7914;RBI=0.021342;REFB=-0.00494554;REVB=0.000171279;RO=49;SAF=19;SAR=25;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627969;STB=0.534927;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00583316;OID=.;OPOS=30832063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:25:19:18:31:25:19:18:31 chr6 30832119 . T C 474.26 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0172669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6053;QD=18.9705;RBI=0.0400322;REFB=-0.036731;REVB=-0.0361168;RO=53;SAF=22;SAR=25;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326901;STB=0.518194;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0390732;OID=.;OPOS=30832119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:25:22:23:30:25:22:23:30 chr6 30857072 . G C 163.72 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00653896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.194;QD=11.0995;RBI=0.00670542;REFB=-0.00814305;REVB=-0.00148485;RO=38;SAF=5;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415308;STB=0.742715;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0275194;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:16:5:23:15:16:5:23:15 chr6 30858857 . C T 791.09 PASS AF=0.569231;AO=74;DP=130;FAO=74;FDP=130;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0295346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6731;QD=24.3414;RBI=0.0295423;REFB=-0.0332455;REVB=0.000672379;RO=55;SAF=35;SAR=39;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000192729;STB=0.503754;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0204296;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:55:56:74:74:0.569231:39:35:26:29:39:35:26:30 chr6 30862423 . C T 244.25 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.000319754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.349;QD=17.4465;RBI=0.00147786;REFB=-0.0208231;REVB=-0.00144286;RO=28;SAF=19;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998522;STB=0.549429;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0269028;OID=.;OPOS=30862423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:8:19:17:11:8:19:18:11 chr6 30864829 . T C 600.29 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=105;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00916738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.164;QD=22.8681;RBI=0.0566292;REFB=-0.00342058;REVB=0.0558823;RO=45;SAF=35;SAR=24;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136188;STB=0.57933;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00283631;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:45:46:59:59:0.561905:24:35:19:26:24:35:19:27 chr6 30882634 . C T 334.56 PASS AF=0.372727;AO=40;DP=111;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0486863;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1664;QD=12.1658;RBI=0.0542139;REFB=-0.0387962;REVB=0.0238494;RO=70;SAF=25;SAR=15;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277558;STB=0.659015;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0974873;OID=.;OPOS=30882634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:70:69:40:41:0.372727:15:25:26:44:15:26:26:43 chr6 30882781 . G T 192.52 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.00489791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.426;QD=16.385;RBI=0.00663989;REFB=-0.0347045;REVB=0.00448315;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226935;STB=0.635639;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0516133;OID=.;OPOS=30882781;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:9:11:20:6:9:11:21:6 chr6 30887988 . C T 685.97 PASS AF=0.469388;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0215435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.608;QD=18.6658;RBI=0.0242965;REFB=-0.00778033;REVB=-0.0112337;RO=78;SAF=35;SAR=34;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176173;STB=0.509762;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0116297;OID=.;OPOS=30887988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:78:78:69:69:0.469388:34:35:41:37:34:35:41:37 chr6 30888161 . T C 331.01 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00923806;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.674;QD=18.3897;RBI=0.0385238;REFB=-1.01849e-05;REVB=-0.0373997;RO=37;SAF=28;SAR=7;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386493;STB=0.717812;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000141855;OID=.;OPOS=30888161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:37:35:35:0.486111:7:28:16:21:7:28:16:21 chr6 30888169 . G A 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0088316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.692;QD=17.379;RBI=0.0135236;REFB=0.000713164;REVB=-0.0102416;RO=36;SAF=26;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339449;STB=0.699768;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000526294;OID=.;OPOS=30888169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:7:26:17:19:7:26:17:20 chr6 30890194 . AA AG,GC 174.45 PASS AF=0.4,0;AO=4,7;DP=42;FAO=16,0;FDP=40;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=4,0;FSAR=12,0;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.000503626,-0.00306781;FXX=0.0476077;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=179.731,183.272;QD=17.4452;RBI=0.016537,0.0314177;REFB=4.98577e-05,0.00553318;REVB=0.0165294,-0.0312676;RO=11;SAF=3,0;SAR=1,7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.241825,-0.769917;STB=0.688275,0.5;STBP=0.044,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00333763,0;OID=.,.;OPOS=30890195,30890194;OREF=A,AA;OALT=G,GC;OMAPALT=AG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:11:17:4,7:16,0:0.4,0:1,7:3,0:6:5:12,0:4,0:10:7 chr6 30890206 . T C 259.95 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.00602666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3746;QD=18.9057;RBI=0.0640099;REFB=-0.061024;REVB=-0.0637255;RO=27;SAF=13;SAR=15;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21914;STB=0.621434;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0188368;OID=.;OPOS=30890206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:15:13:6:21:15:13:6:21 chr6 30890483 . G T 133.28 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0115897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7767;QD=15.6797;RBI=0.0559271;REFB=0.00291744;REVB=0.054713;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143553;STB=0.582175;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00104175;OID=.;OPOS=30890483;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:5:14:9:6:5:14 chr6 30892322 . C T 339.87 PASS AF=0.55;AO=23;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0558075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.0052;QD=22.6583;RBI=0.0563139;REFB=-0.0351851;REVB=-0.00753528;RO=17;SAF=5;SAR=18;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812719;STB=0.612114;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0603688;OID=.;OPOS=30892322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:24:23:33:0.55:18:5:5:12:26:7:10:14 chr6 30893428 . G A 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0191181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.25;QD=28.4023;RBI=0.0982715;REFB=-0.0196872;REVB=0.096394;RO=10;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164194;STB=0.608589;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0156504;OID=.;OPOS=30893428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:10:11:21:21:0.65625:14:7:6:4:14:7:7:4 chr6 30893728 . C T 791.8 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.050313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3067;QD=53.6815;RBI=0.0717723;REFB=-0.0839505;REVB=0.0511846;RO=1;SAF=16;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113664;STB=0.511901;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00305466;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:41:16:0:1:41:16:0:2 chr6 30893941 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0577316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.617;QD=19.8256;RBI=0.0577721;REFB=-0.00478934;REVB=-0.00216243;RO=25;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327065;STB=0.681752;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00336632;OID=.;OPOS=30893941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:17:10:19:6:17:10:19:6 chr6 30900427 . T G 1048.67 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385825;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.62;QD=59.9238;RBI=0.0507174;REFB=0;REVB=0.0329187;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233951;OID=.;OPOS=30900427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr6 30920890 . G A 272.29 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0246018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8448;QD=17.2884;RBI=0.0251136;REFB=-0.00684505;REVB=-0.00504419;RO=33;SAF=21;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187195;STB=0.605463;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0176152;OID=.;OPOS=30920890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:9:21:17:16:9:21:17:16 chr6 30954245 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0689812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.16;QD=33.4285;RBI=0.0781701;REFB=0;REVB=0.0367718;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00177896;OID=.;OPOS=30954245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 30955201 . GC AT 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0132496;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=202.49;QD=17.6438;RBI=0.020055;REFB=-0.00545292;REVB=-0.015055;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301282;STB=0.676989;STBP=0.143;TYPE=mnp;VARB=0.0125974;OID=.;OPOS=30955201;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:3:4:2:7:3:4 chr6 30955209 . T A 118.73 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.019085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8074;QD=22.6149;RBI=0.118324;REFB=-0.0755699;REVB=-0.116775;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0520438;OID=.;OPOS=30955209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:4:4:5:8:4:4 chr6 30955211 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00827365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.012;QD=21.1727;RBI=0.0262824;REFB=-0.0896048;REVB=0.0249462;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303028;STB=0.517213;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0418626;OID=.;OPOS=30955211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:5:3:5:7:5:3 chr6 30955359 . G A 991.67 PASS AF=0.596154;AO=85;DP=150;FAO=93;FDP=156;FR=.;FRO=63;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0141808;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1784;QD=25.4274;RBI=0.102418;REFB=-0.0426599;REVB=0.101432;RO=65;SAF=35;SAR=50;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967602;STB=0.511563;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0328301;OID=.;OPOS=30955359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:156:65:63:85:93:0.596154:50:35:26:39:52:41:26:37 chr6 30955929 . C A 433.29 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0293471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.574;QD=18.0538;RBI=0.0293982;REFB=-0.00934798;REVB=0.00173323;RO=52;SAF=10;SAR=34;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229886;STB=0.629566;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0102376;OID=.;OPOS=30955929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:34:10:22:30:34:10:22:30 chr6 30993313 . C T 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0157212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.83;QD=25.3678;RBI=0.0632771;REFB=-0.0419443;REVB=0.061293;RO=14;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210268;STB=0.61529;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0268541;OID=.;OPOS=30993313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:6:15:13:1:6:15:13:1 chr6 30993377 . T A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2345;QD=59.0178;RBI=0.0352688;REFB=0;REVB=0.0197197;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013285;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr6 30993499 . C T 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0431481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.535;QD=19.0578;RBI=0.0533615;REFB=-0.0136569;REVB=0.0313957;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206817;STB=0.616324;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0176699;OID=.;OPOS=30993499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:15:5:9:10:15:5 chr6 30993533 . A G 189.68 PASS AF=0.571429;AO=17;DP=33;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00785002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.847;QD=21.6772;RBI=0.0477398;REFB=-0.0474363;REVB=0.04709;RO=15;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168842;STB=0.548969;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0281268;OID=.;OPOS=30993533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:15:15:17:20:0.571429:4:13:9:6:6:14:9:6 chr6 30993590 . A G 109.62 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0512815;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7886;QD=15.6598;RBI=0.0555722;REFB=-0.0278292;REVB=0.0214121;RO=14;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095395;STB=0.526274;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0224223;OID=.;OPOS=30993590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:2:11:11:3:3:10:11:4 chr6 30993813 . G A 41.53 PASS AF=0.5;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0257241;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.657;QD=13.8439;RBI=0.0332069;REFB=-0.0588544;REVB=0.0209993;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.583063;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0587822;OID=.;OPOS=30993813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:12:7:6:5:6:0.5:2:3:5:2:3:3:4:2 chr6 30993866 . A T 109.47 PASS AF=0.52;AO=11;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.076675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4469;QD=17.5151;RBI=0.0802331;REFB=-0.0141757;REVB=-0.0236281;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121367;STB=0.610503;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0161683;OID=.;OPOS=30993866;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:13:12:11:13:0.52:3:8:8:5:3:10:7:5 chr6 30993880 . G C 100.63 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0311511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.911;QD=15.4814;RBI=0.0775396;REFB=-0.0426225;REVB=-0.071007;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193547;STB=0.613434;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0387355;OID=.;OPOS=30993880;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:8:6:3:9:8:6 chr6 30993958 . A G 72.64 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0290171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6618;QD=8.80442;RBI=0.0451125;REFB=-0.00561207;REVB=-0.0345419;RO=21;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626297;STB=0.518481;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0186282;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:21:23:10:10:0.30303:2:8:16:5:2:8:18:5 chr6 30994253 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.192;QD=51.9166;RBI=0.0878783;REFB=0;REVB=0.0878341;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132301;OID=.;OPOS=30994253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr6 30994412 . G A 222.31 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.174;QD=49.4014;RBI=0.03094;REFB=0;REVB=-0.00295061;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224813;OID=.;OPOS=30994412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:9:9:0:0 chr6 30994635 . C T 226.68 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449733;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.955;QD=50.3724;RBI=0.0450244;REFB=0;REVB=0.0021449;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126083;OID=.;OPOS=30994635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr6 30994730 . G A 557.7 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2131;QD=60.2916;RBI=0.0392965;REFB=0;REVB=0.025329;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495354;OID=.;OPOS=30994730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:10:26:0:0:11:26:0:0 chr6 30995178 . C T 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0246578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.831;QD=15.9137;RBI=0.0284409;REFB=-0.0183964;REVB=0.014173;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314671;STB=0.680587;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0259314;OID=.;OPOS=30995178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:11:4:8:5:11:4 chr6 30995187 . T C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00077574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.185;QD=21.5107;RBI=0.0283664;REFB=-0.0355599;REVB=0.0283558;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189201;STB=0.605948;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0234103;OID=.;OPOS=30995187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:11:4:9:9:11:4 chr6 30995297 . A G 352.41 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00549702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.587;QD=21.0393;RBI=0.0477409;REFB=-0.0232733;REVB=0.0474234;RO=30;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18627;STB=0.608816;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0172618;OID=.;OPOS=30995297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:31:36:36:0.537313:19:17:21:9:19:17:22:9 chr6 30995532 . T C 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0557393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8748;QD=18.481;RBI=0.0774796;REFB=-0.00099491;REVB=-0.0538165;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103365;STB=0.558841;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00140271;OID=.;OPOS=30995532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:11:10:7:12:11:10 chr6 30995786 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0377167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.348;QD=16.4271;RBI=0.0523462;REFB=0.0177229;REVB=0.0362984;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33488;STB=0.689369;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0156906;OID=.;OPOS=30995786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:10:1:5:6:10:1 chr6 30996314 . A G 95.09 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0121878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.588;QD=11.1869;RBI=0.0491904;REFB=-0.0505965;REVB=0.0476566;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24837;STB=0.649732;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0769466;OID=.;OPOS=30996314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:3:9:12:10:3:9:12:10 chr6 30997078 . T C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00338411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.897;QD=20.6011;RBI=0.0407418;REFB=-0.029445;REVB=-0.040601;RO=19;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164463;STB=0.593123;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0288096;OID=.;OPOS=30997078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:6:14:10:9:6:14:10:9 chr6 30997334 . A G 107.9 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.00542332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3702;QD=10.7897;RBI=0.03928;REFB=-0.0295186;REVB=-0.0389038;RO=25;SAF=12;SAR=2;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532129;STB=0.514265;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.101294;OID=.;OPOS=30997334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:2:12:22:3:2:12:22:4 chr6 30997692 . G C 239.29 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.418;QD=50.3771;RBI=0.0324856;REFB=0;REVB=0.0274974;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240492;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr6 30997816 . G T 713.51 PASS AF=0.978723;AO=40;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.821;QD=60.7245;RBI=0.0346888;REFB=-0.112124;REVB=-0.00488881;RO=1;SAF=30;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153811;STB=0.506846;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0015932;OID=.;OPOS=30997816;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:40:46:0.978723:10:30:1:0:10:36:1:0 chr6 30997824 . T C 304.55 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=52;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0219876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.385;QD=22.5595;RBI=0.0222804;REFB=-0.038912;REVB=-0.00360001;RO=22;SAF=21;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164371;STB=0.5072;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0278147;OID=.;OPOS=30997824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:22:23:30:31:0.574074:9:21:15:7:9:22:16:7 chr6 30999997 . T C 1566.51 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.235;QD=63.9392;RBI=0.0195591;REFB=0;REVB=-0.0107397;RO=0;SAF=36;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60209e-06;OID=.;OPOS=30999997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:61:36:0:0:61:37:0:0 chr6 31000139 . C T 209.18 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.0588014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5269;QD=8.12333;RBI=0.0605518;REFB=-0.00864577;REVB=0.0144538;RO=73;SAF=10;SAR=19;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29136;STB=0.676661;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0231435;OID=.;OPOS=31000139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:73:74:29:29:0.281553:19:10:43:30:19:10:44:30 chr6 31002452 . A G 976.21 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.147;QD=57.4241;RBI=0.0113924;REFB=-0.00124602;REVB=0.00307683;RO=1;SAF=24;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192778;STB=0.510201;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=8.62511e-06;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:42:24:1:0:43:24:1:0 chr6 31002527 . A G 2161.05 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0532401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8967;QD=62.1885;RBI=0.0577585;REFB=0.0429344;REVB=-0.0223949;RO=2;SAF=61;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123452;STB=0.503225;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000704104;OID=.;OPOS=31002527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:2:1:137:138:0.992806:76:61:0:2:77:61:0:1 chr6 31002616 . C T 696.32 PASS AF=0.496403;AO=69;DP=139;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0153771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7709;QD=20.038;RBI=0.0363024;REFB=-0.0050354;REVB=-0.0328848;RO=70;SAF=26;SAR=43;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495726;STB=0.527368;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00436454;OID=.;OPOS=31002616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:70:70:69:69:0.496403:43:26:30:40:43:26:30:40 chr6 31079889 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.889;QD=46.848;RBI=0.0290234;REFB=0;REVB=-0.00533645;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199372;OID=.;OPOS=31079889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr6 31079894 . A G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0160714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.64;QD=20.8931;RBI=0.0782606;REFB=-0.0115215;REVB=0.0765926;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332953;STB=0.687177;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00873619;OID=.;OPOS=31079894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:6:0:5:5:6:0 chr6 31079994 . C T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0141042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.999;QD=12.8732;RBI=0.0157706;REFB=-0.0231444;REVB=0.00705565;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129044;STB=0.574871;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0386218;OID=.;OPOS=31079994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:9:10:13:19:9:10:13:19 chr6 31080320 . C T 144.7 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0315774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9854;QD=15.6433;RBI=0.0453629;REFB=-0.00428434;REVB=0.0325678;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177126;STB=0.601881;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00563937;OID=.;OPOS=31080320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:8:13:7:9:8:13 chr6 31084942 . GCTT G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00515676;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=138.178;QD=19.1341;RBI=0.0539272;REFB=-0.0379128;REVB=-0.0536801;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=del;VARB=0.0187627;OID=.;OPOS=31084943;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:5:8:5:7:2:3:2:2:0:10:3:3:2:3:0 chr6 31097453 . T G 357.84 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00493154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4756;QD=14.7564;RBI=0.0360423;REFB=-0.0199615;REVB=-0.0357033;RO=57;SAF=23;SAR=16;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860971;STB=0.554337;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0258444;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:58:39:39:0.402062:16:23:29:28:16:23:29:29 chr6 31105891 . A G 49.77 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00430874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.967;QD=15.313;RBI=0.0165913;REFB=-0.0322992;REVB=-0.016022;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145035;STB=0.609426;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0484322;OID=.;OPOS=31105891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:6:6:6:7:0.538462:2:4:3:3:2:5:3:3 chr6 31106268 . A G 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00141873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.733;QD=12.5691;RBI=0.041663;REFB=-0.0141563;REVB=0.0416389;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211241;STB=0.611502;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.020282;OID=.;OPOS=31106268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:6:9:10:15:6:9:11:15 chr6 31106459 . C A 281.46 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0135475;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1643;QD=16.5564;RBI=0.0388372;REFB=-0.0282506;REVB=0.0363977;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287321;STB=0.501424;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0425917;OID=.;OPOS=31106459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:35:37:31:31:0.455882:15:16:17:18:15:16:19:18 chr6 31107648 . C T 484.87 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0330947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.544;QD=26.5681;RBI=0.0337429;REFB=-0.0205639;REVB=-0.00658208;RO=27;SAF=17;SAR=28;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147111;STB=0.584591;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0149682;OID=.;OPOS=31107648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:28:45:45:0.616438:28:17:5:22:28:17:5:23 chr6 31107723 . AC A 239.0 PASS AF=0.5;AO=41;DP=89;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.0081521;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.0045;QD=10.8636;RBI=0.125486;REFB=0.0514393;REVB=0.125221;RO=37;SAF=8;SAR=33;SRF=10;SRR=27;SSEN=0.366197;SSEP=0;SSSB=-0.0954336;STB=0.533521;STBP=0.599;TYPE=del;VARB=-0.0188308;OID=.;OPOS=31107724;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:41:89:44:88:44:9:35:11:33:99:37:8:33:10:27 chr6 31110391 . G C 449.35 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0378278;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.318;QD=16.9566;RBI=0.0378576;REFB=0.00510531;REVB=0.00150351;RO=56;SAF=31;SAR=18;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197701;STB=0.614888;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00971138;OID=.;OPOS=31110391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:56:57:49:49:0.462264:18:31:24:32:18:31:24:33 chr6 31110786 . T A 1004.1 PASS AF=0.545455;AO=96;DP=177;FAO=96;FDP=176;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.0106515;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.17;QD=22.8206;RBI=0.0107655;REFB=-0.0117135;REVB=-0.0015625;RO=80;SAF=38;SAR=58;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887512;STB=0.548486;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00933954;OID=.;OPOS=31110786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:80:80:96:96:0.545455:58:38:40:40:58:38:40:40 chr6 31111180 . T C,G 971.66 PASS AF=0.942029,0.057971;AO=62,4;DP=66;FAO=65,4;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=22,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580512,-0.0223655;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.6208,84.6522;QD=56.3283;RBI=0.0581746,0.0493776;REFB=0,0;REVB=0.00378771,-0.044022;RO=0;SAF=42,0;SAR=20,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=2.86186e-05,0.161433;OID=.,.;OPOS=31111180,31111180;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:66:69:0:0:62,4:65,4:0.942029,0.057971:20,4:42,0:0:0:22,4:43,0:0:0 chr6 31112484 . C T 246.9 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0339518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.607;QD=15.9291;RBI=0.0403647;REFB=-0.0438527;REVB=0.021831;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253405;STB=0.633392;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0471649;OID=.;OPOS=31112484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:16:12:23:10:16:12:23:11 chr6 31112602 . G C 219.09 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00765467;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.149;QD=11.3812;RBI=0.011085;REFB=-0.0087746;REVB=-0.00801767;RO=50;SAF=13;SAR=14;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654742;STB=0.537916;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0166088;OID=.;OPOS=31112602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:14:13:27:23:14:13:27:23 chr6 31112701 . G A 303.15 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0351775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.888;QD=25.8003;RBI=0.0367282;REFB=-0.0115539;REVB=-0.0105596;RO=20;SAF=10;SAR=17;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193135;STB=0.605989;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0109147;OID=.;OPOS=31112701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:17:10:3:17:17:10:3:17 chr6 31113030 . A G 981.93 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00258754;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.457;QD=57.7606;RBI=0.0106311;REFB=-0.0283645;REVB=0.0103114;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.507244;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000541116;OID=.;OPOS=31113030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:0:1:67:67:0.985294:34:33:0:0:34:33:0:1 chr6 31113052 . G A 1062.91 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.627;QD=58.2414;RBI=0.0577844;REFB=-0.0951424;REVB=0.0567133;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133193;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0006727;OID=.;OPOS=31113052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:35:36:0:1:36:36:0:1 chr6 31113275 . AG GA 257.62 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0495761;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.666;QD=39.6333;RBI=0.106499;REFB=-0.0973062;REVB=0.0942557;RO=2;SAF=1;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402723;STB=0.520816;STBP=0.623;TYPE=mnp;VARB=0.00218486;OID=.;OPOS=31113275;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:25:26:2:2:23:24:0.923077:22:1:0:2:23:1:0:2 chr6 31116210 . G A 421.76 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=41;FWDB=-0.0173231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.008;QD=18.1401;RBI=0.0277687;REFB=-0.0201739;REVB=0.0217028;RO=50;SAF=19;SAR=24;SRF=9;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267562;STB=0.647553;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0315037;OID=.;OPOS=31116210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:24:19:9:41:24:19:9:41 chr6 31116246 . G A 339.26 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.00725786;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.461;QD=13.3042;RBI=0.0712789;REFB=0.000989472;REVB=0.0709085;RO=59;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101412;STB=0.569244;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.000612007;OID=.;OPOS=31116246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:59:62:40:40:0.392157:22:18:21:38:22:18:21:41 chr6 31118565 . C G 188.08 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0204599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.955;QD=14.7517;RBI=0.0207284;REFB=-0.001922;REVB=-0.00332567;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525772;STB=0.530092;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0033887;OID=.;OPOS=31118565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:8:13:20:10:8:13:20:10 chr6 31118898 . A T 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0150713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6399;QD=8.6406;RBI=0.048827;REFB=-0.00651406;REVB=-0.0464428;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05956;STB=0.536368;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0175776;OID=.;OPOS=31118898;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:6:7:20:14:6:7:20:14 chr6 31122502 . C T 138.09 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0323598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.405;QD=11.0468;RBI=0.0333065;REFB=-0.0160154;REVB=-0.00788452;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301445;STB=0.676982;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0371501;OID=.;OPOS=31122502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:7:9:10:24:7:9:10:24 chr6 31125158 . C T 512.43 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00807504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.909;QD=18.6339;RBI=0.00863142;REFB=-0.0174493;REVB=-0.0030488;RO=56;SAF=28;SAR=26;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334376;STB=0.518512;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0176027;OID=.;OPOS=31125158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:26:28:27:29:26:28:27:29 chr6 31125257 . C A 733.87 PASS AF=0.493151;AO=72;DP=146;FAO=72;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00302305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4243;QD=20.1061;RBI=0.0130134;REFB=-0.0134946;REVB=-0.0126574;RO=74;SAF=39;SAR=33;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365996;STB=0.520179;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00886781;OID=.;OPOS=31125257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:74:74:72:72:0.493151:33:39:43:31:33:39:43:31 chr6 31129616 . A G 157.71 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.10925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.8329;QD=11.2649;RBI=0.111163;REFB=0.000531135;REVB=-0.0205311;RO=34;SAF=4;SAR=16;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570418;STB=0.547319;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0071658;OID=.;OPOS=31129616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:36:20:20:0.357143:16:4:8:26:16:4:9:27 chr6 31129642 . A C,G 809.01 PASS AF=0.293103,0.706897;AO=16,41;DP=58;FAO=17,41;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=4,14;FSAR=13,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000449916,0.0433009;FXX=0.0169463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=207.532,103.928;QD=55.7936;RBI=0.00348085,0.0633328;REFB=0,0;REVB=0.00345165,-0.0462176;RO=0;SAF=4,14;SAR=12,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.07465e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.028768,0.00571565;OID=.,.;OPOS=31129642,31129642;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:58:0:0:16,41:17,41:0.293103,0.706897:12,27:4,14:0:0:13,27:4,14:0:0 chr6 31129707 . C T 210.22 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0463038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3818;QD=11.8433;RBI=0.0471469;REFB=-0.00347195;REVB=0.00887626;RO=45;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636385;STB=0.536813;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00752513;OID=.;OPOS=31129707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:17:9:18:27:17:9:18:27 chr6 31132956 . G C 337.5 PASS AF=0.39;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=17;FWDB=0.0119427;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.949;QD=13.4998;RBI=0.012936;REFB=-0.000287202;REVB=0.0049712;RO=61;SAF=19;SAR=20;SRF=44;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251723;STB=0.641807;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000448627;OID=.;OPOS=31132956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:61:61:39:39:0.39:20:19:44:17:20:19:44:17 chr6 31133870 . G A 439.63 PASS AF=0.442478;AO=47;DP=112;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0056906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.601;QD=15.562;RBI=0.00571917;REFB=-0.00318977;REVB=-0.000570985;RO=62;SAF=29;SAR=18;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216222;STB=0.627623;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00356775;OID=.;OPOS=31133870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:62:63:47:50:0.442478:18:29:25:37:18:32:26:37 chr6 31134118 . C CGAG 622.95 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=54;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.012533;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.059;QD=47.0153;RBI=0.0229708;REFB=-0.0370921;REVB=0.0192505;RO=6;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653701;STB=0.526429;STBP=0.251;TYPE=ins;VARB=0.00566862;OID=.;OPOS=31134119;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.90566:48:54:48:53:5:23:25:1:4:24:6:23:25:1:5 chr6 31165566 . T C 1588.45 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6912;QD=64.1797;RBI=0.0213588;REFB=0;REVB=0.0152308;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21119e-06;OID=.;OPOS=31165566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:48:50:0:0:49:50:0:0 chr6 31165597 . AT A 470.38 PASS AF=0.5;AO=50;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.031006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9538;QD=18.4461;RBI=0.0316828;REFB=-0.0208117;REVB=0.00651328;RO=47;SAF=22;SAR=28;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031974;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0121345;OID=.;OPOS=31165598;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:50:102:51:102:51:23:28:23:28:99:47:22:28:19:28 chr6 31165653 . G A 466.29 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00135984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.33;QD=25.2049;RBI=0.0056086;REFB=-0.0378855;REVB=0.00544126;RO=28;SAF=17;SAR=27;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134132;STB=0.561055;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0242425;OID=.;OPOS=31165653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:28:30:44:44:0.594595:27:17:16:12:27:17:16:14 chr6 31165962 . G A 1018.96 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0292106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.688;QD=56.609;RBI=0.0421288;REFB=-0.205284;REVB=0.0303575;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129528;STB=0.51351;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00101006;OID=.;OPOS=31165962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:34:36:1:0:34:36:2:0 chr6 31170228 . G C 579.71 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0215466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.621;QD=24.6685;RBI=0.0236713;REFB=-0.0386412;REVB=-0.00980192;RO=40;SAF=23;SAR=30;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523769;STB=0.523742;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.021635;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:41:53:53:0.56383:30:23:20:20:30:23:20:21 chr6 31170514 . A G 383.41 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.022055;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2643;QD=22.5533;RBI=0.0288445;REFB=-0.00902636;REVB=-0.0185898;RO=28;SAF=7;SAR=31;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055294;STB=0.513082;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00714688;OID=.;OPOS=31170514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:30:38:38:0.558824:31:7:4:24:31:7:5:25 chr6 31170528 . A G 362.44 PASS AF=0.544118;AO=35;DP=66;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=0.0432077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.976;QD=21.3201;RBI=0.0459009;REFB=-0.013866;REVB=-0.0154916;RO=31;SAF=6;SAR=29;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153044;STB=0.538536;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0128758;OID=.;OPOS=31170528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:31:31:35:37:0.544118:29:6:5:26:29:8:5:26 chr6 31236853 . G A 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.075258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5917;QD=57.6762;RBI=0.0856476;REFB=0;REVB=0.040887;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539623;OID=.;OPOS=31236853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr6 31237124 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7289;QD=54.5149;RBI=0.028159;REFB=0;REVB=0.00465151;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764486;OID=.;OPOS=31237124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr6 31237162 . C G 312.95 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0685809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0348;QD=50.0713;RBI=0.0700933;REFB=0.0469614;REVB=-0.014482;RO=2;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710841;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00174826;OID=.;OPOS=31237162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:2:1:23:24:0.96:11:12:2:0:11:13:1:0 chr6 31237255 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2119;QD=59.8389;RBI=0.0177246;REFB=0;REVB=-0.00230039;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237584;OID=.;OPOS=31237255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr6 31237323 . A G 519.64 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4718;QD=59.3876;RBI=0.0374835;REFB=0;REVB=0.0292568;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384089;OID=.;OPOS=31237323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr6 31237333 . T A,G 491.29 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=34;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127107,-0.00440098;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=235.332,183.52;QD=57.7991;RBI=0.0162385,0.0315018;REFB=0,0;REVB=-0.0161887,-0.0311929;RO=0;SAF=19,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00813352,0.101612;OID=.,.;OPOS=31237333,31237333;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:13,0:19,2:0:0:13,0:19,2:0:0 chr6 31237723 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.898;QD=42.1826;RBI=0.0244299;REFB=0;REVB=-0.00758054;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240466;OID=.;OPOS=31237723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 31237727 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7605;QD=40.7615;RBI=0.101965;REFB=0;REVB=-0.0831451;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00830943;OID=.;OPOS=31237727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 31237767 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8455;QD=35.5759;RBI=0.0138643;REFB=0;REVB=-0.0138643;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000724586;OID=.;OPOS=31237767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr6 31237769 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.025;QD=35.5759;RBI=0.0148204;REFB=0;REVB=0.0131066;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057403;OID=.;OPOS=31237769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 31237771 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.148;QD=35.5756;RBI=0.0399083;REFB=0;REVB=0.0217805;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024591;OID=.;OPOS=31237771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 31237773 . TG CC 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136485;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.719;QD=35.5759;RBI=0.0542977;REFB=0;REVB=0.0525543;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000712207;OID=.;OPOS=31237773;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 31237786 . A T 77.9 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.826;QD=34.6212;RBI=0.0561809;REFB=0;REVB=0.0384564;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019727;OID=.;OPOS=31237786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:9:0:0:8:9:1:7:1:0:0:8:1:0:0 chr6 31237802 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=337.038;QD=39.2068;RBI=0.0389543;REFB=0;REVB=-0.0112484;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403448;OID=.;OPOS=31237802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr6 31237833 . T C 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.584;QD=43.4761;RBI=0.0792485;REFB=0;REVB=0.0512968;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344462;OID=.;OPOS=31237833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr6 31238053 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0901864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9245;QD=35.5759;RBI=0.0995466;REFB=0;REVB=0.0421418;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00403951;OID=.;OPOS=31238053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 31238135 . G A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00334814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.218;QD=37.893;RBI=0.0240246;REFB=0.025014;REVB=0.0237901;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.000231123;OID=.;OPOS=31238135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:1:0:5:7:1:0 chr6 31238138 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.292;QD=44.6898;RBI=0.00521582;REFB=0;REVB=-0.00396172;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37382e-05;OID=.;OPOS=31238138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr6 31238155 . G A 101.71 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0318724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.266;QD=29.0587;RBI=0.132639;REFB=-0.0149705;REVB=0.128753;RO=3;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205996;STB=0.615181;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0172914;OID=.;OPOS=31238155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:6:5:3:0:6:5:3:0 chr6 31238230 . GGGGG CGGGA 205.89 PASS AF=1;AO=9;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212384;FXX=0.0555247;HRUN=5;LEN=5;MLLD=192.429;QD=48.4442;RBI=0.0476288;REFB=0;REVB=-0.0426313;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.87154e-05;OID=.;OPOS=31238230;OREF=GGGGG;OALT=CGGGA;OMAPALT=CGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:9:17:1:0:9:0:0:8:9:0:0 chr6 31238259 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518466;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.063;QD=52.6132;RBI=0.0550413;REFB=0;REVB=0.0184789;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159164;OID=.;OPOS=31238259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr6 31238490 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.287;QD=60.9786;RBI=0.0322102;REFB=0;REVB=0.0170904;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258883;OID=.;OPOS=31238490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr6 31238492 . C A 585.93 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.457;QD=60.0951;RBI=0.0262842;REFB=0;REVB=0.0238492;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102138;OID=.;OPOS=31238492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:14:23:0:0:16:23:0:0 chr6 31238851 . T C 620.18 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.095;QD=60.5049;RBI=0.0746488;REFB=0;REVB=0.053245;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469809;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:15:25:0:0:15:26:0:0 chr6 31238930 . AG CA,CG 143.0 PASS AF=0.347826,0.434783;AO=9,10;DP=24;FAO=8,10;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=5,10;FSAR=3,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0178797,-0.00793921;FXX=0.0416493;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=54.5047,167.255;QD=24.8688;RBI=0.0512437,0.0336156;REFB=-0.0337923,-0.045892;REVB=0.0480233,0.0326647;RO=5;SAF=6,10;SAR=3,0;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.289354,0.827726;STB=0.659985,0.998529;STBP=0.198,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.246272,0.00233203;OID=.,.;OPOS=31238930,31238930;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:24:23:5:5:9,10:8,10:0.347826,0.434783:3,0:6,10:1:4:3,0:5,10:1:4 chr6 31238942 . G T 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.93;QD=49.5905;RBI=0.0373441;REFB=0;REVB=-0.00734925;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216658;OID=.;OPOS=31238942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr6 31238957 . A C 288.68 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0723;QD=52.4877;RBI=0.0787183;REFB=0;REVB=-0.0786799;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168521;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:8:14:0:0 chr6 31238983 . G C 262.75 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00861494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7731;QD=40.4229;RBI=0.0436328;REFB=-0.00845994;REVB=-0.0427739;RO=4;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976385;STB=0.553143;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000288086;OID=.;OPOS=31238983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:22:22:0.846154:9:13:1:3:9:13:1:3 chr6 31238992 . G A 90.69 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00311994;FXX=0.0714031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9224;QD=13.9523;RBI=0.00709247;REFB=-0.00757333;REVB=0.00636939;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141797;STB=0.583184;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0117285;OID=.;OPOS=31238992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:28:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:9:6:6:5:9:6 chr6 31239010 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0326348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.836;QD=17.4014;RBI=0.0363808;REFB=0.00472922;REVB=0.0160789;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200611;STB=0.615207;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00238696;OID=.;OPOS=31239010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:5:8:5:8:5:8 chr6 31239050 . G A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0301047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6541;QD=24.0665;RBI=0.0309218;REFB=0.0360198;REVB=0.00706151;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111394;STB=0.562422;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0220724;OID=.;OPOS=31239050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:4:6:7:9:4:6 chr6 31239057 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0622893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.331;QD=24.0663;RBI=0.0624367;REFB=-0.00642824;REVB=0.00428684;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111394;STB=0.562422;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00401091;OID=.;OPOS=31239057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:4:6:7:9:4:6 chr6 31239082 . G C 150.31 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0188759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0063;QD=22.2681;RBI=0.0190009;REFB=-0.0244425;REVB=0.00217617;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329238;STB=0.518495;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.034172;OID=.;OPOS=31239082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:27:27:11:11:16:16:0.592593:8:8:5:6:8:8:5:6 chr6 31239100 . AG AA,GT 330.19 PASS AF=0.68,0.32;AO=17,8;DP=25;FAO=17,8;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9,3;FSAR=8,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418388,0.0382951;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=125.763,127.246;QD=52.8298;RBI=0.0624671,0.0383604;REFB=0,0;REVB=0.0463859,0.00223687;RO=0;SAF=9,3;SAR=8,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.126e-08,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00712103,-0.00215046;OID=.,.;OPOS=31239101,31239100;OREF=G,AG;OALT=A,GT;OMAPALT=AA,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:54:25:25:0:0:17,8:17,8:0.68,0.32:8,5:9,3:0:0:8,5:9,3:0:0 chr6 31239378 . T G 102.67 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0149194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5797;QD=9.33388;RBI=0.0238743;REFB=0.00275627;REVB=-0.0186386;RO=29;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172263;STB=0.630788;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00712919;OID=.;OPOS=31239378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:31:13:13:0.295455:4:9:16:13:4:9:16:15 chr6 31239407 . G T 476.55 PASS AF=0.68254;AO=43;DP=64;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00408127;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8602;QD=30.257;RBI=0.0452273;REFB=0.0412586;REVB=0.0450427;RO=20;SAF=23;SAR=20;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384066;STB=0.520824;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.01137;OID=.;OPOS=31239407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:20:20:43:43:0.68254:20:23:12:8:20:23:12:8 chr6 31239417 . C T 464.64 PASS AF=0.671875;AO=42;DP=63;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0246707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.107;QD=29.0398;RBI=0.0324317;REFB=-0.0310305;REVB=0.0210516;RO=21;SAF=23;SAR=19;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044424;STB=0.527846;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0122232;OID=.;OPOS=31239417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:21:21:42:43:0.671875:19:23:13:8:20:23:13:8 chr6 31239501 . G T 256.83 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0126793;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.004;QD=19.7559;RBI=0.013104;REFB=-0.0445693;REVB=-0.00330925;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238106;STB=0.502163;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.023988;OID=.;OPOS=31239501;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:24:25:27:27:0.519231:12:15:14:10:12:15:14:11 chr6 31239518 . C T 686.73 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.20224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7471;QD=51.829;RBI=0.204292;REFB=-0.0294925;REVB=0.0288786;RO=2;SAF=14;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00461853;OID=.;OPOS=31239518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:53:2:0:39:53:1:25:14:2:0:25:28:0:0 chr6 31239577 . A C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.505;QD=58.1417;RBI=0.0628869;REFB=0;REVB=0.0556951;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751841;OID=.;OPOS=31239577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr6 31239593 . T C 50.51 PASS AF=0.380952;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0234244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.631;QD=9.62174;RBI=0.0234256;REFB=-0.0206786;REVB=0.000235635;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883056;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0481074;OID=.;OPOS=31239593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:19:21:12:13:6:8:0.380952:3:3:5:7:4:4:6:7 chr6 31239621 . TC GA,TA 171.7 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=5,10;DP=15;FAO=5,10;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4,5;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210639,0.00694424;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=99.8789,107.482;QD=45.7863;RBI=0.0272366,0.0148428;REFB=0,0;REVB=0.0172669,0.0131182;RO=0;SAF=4,5;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00519471,0.00750862;OID=.,.;OPOS=31239621,31239622;OREF=TC,C;OALT=GA,A;OMAPALT=GA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:15:15:0:0:5,10:5,10:0.333333,0.666667:1,5:4,5:0:0:1,5:4,5:0:0 chr6 31239652 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0320005;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.5457;QD=12.3959;RBI=0.0320466;REFB=0.0246651;REVB=-0.00171861;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00603925;OID=.;OPOS=31239652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:4:1:1:4:4:1 chr6 31239722 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.261;QD=53.2771;RBI=0.046777;REFB=0;REVB=0.020694;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151371;OID=.;OPOS=31239722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr6 31239742 . G C 164.28 PASS AF=0.486486;AO=16;DP=35;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00274952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.941;QD=17.7602;RBI=0.0241905;REFB=-0.0106603;REVB=0.0240337;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221534;STB=0.574391;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0107297;OID=.;OPOS=31239742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:18:19:16:18:0.486486:6:10:15:3:6:12:15:4 chr6 31239752 . C T 638.11 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272282;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.49;QD=62.2541;RBI=0.0602134;REFB=0;REVB=0.0537055;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012687;OID=.;OPOS=31239752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:10:30:0:0:11:30:0:0 chr6 31239776 . A C 338.14 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00538122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.001;QD=22.9244;RBI=0.0125888;REFB=-0.0211159;REVB=0.0113807;RO=25;SAF=21;SAR=13;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853687;STB=0.546899;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0158232;OID=.;OPOS=31239776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:13:21:18:7:13:21:18:7 chr6 31239821 . G T 1109.87 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0459852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.302;QD=57.6558;RBI=0.101899;REFB=-0.066876;REVB=0.0909324;RO=2;SAF=53;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429374;STB=0.522721;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000595517;OID=.;OPOS=31239821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:77:2:2:74:75:0.974026:21:53:0:2:21:54:0:2 chr6 31239827 . C T 1148.14 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.863;QD=60.4282;RBI=0.103528;REFB=0;REVB=0.101819;RO=0;SAF=50;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116151;OID=.;OPOS=31239827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:76:0:0:69:76:1:19:50:0:0:23:53:0:0 chr6 31322303 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7075;QD=37.4885;RBI=0.0822435;REFB=0;REVB=-0.0821204;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.005307;OID=.;OPOS=31322303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr6 31322470 . C G 684.45 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.59;QD=62.223;RBI=0.0541129;REFB=0;REVB=0.0259686;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00872e-05;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:29:15:0:0 chr6 31322888 . A G 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0877;QD=61.3324;RBI=0.0527939;REFB=0;REVB=0.0450731;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506388;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr6 31322911 . C T 754.09 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.44;QD=56.9122;RBI=0.0746983;REFB=0;REVB=0.0481486;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394189;OID=.;OPOS=31322911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr6 31322980 . C T 909.77 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0453064;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.238;QD=56.8605;RBI=0.0525879;REFB=-0.0763366;REVB=0.0266987;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000254979;OID=.;OPOS=31322980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:62:63:0.984375:30:32:0:0:30:33:1:0 chr6 31322996 . C T 1026.42 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.885;QD=59.5028;RBI=0.018907;REFB=0;REVB=0.0176804;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10294e-05;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:32:37:0:0 chr6 31323233 . A G 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0455731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.984;QD=8.89986;RBI=0.0614306;REFB=-0.00439288;REVB=-0.0411924;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243363;STB=0.648512;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0107623;OID=.;OPOS=31323233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:7:4:15:11:7:4:15:11 chr6 31323296 . A G 676.42 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0198303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.897;QD=50.105;RBI=0.0198546;REFB=-0.0730871;REVB=-0.000980686;RO=3;SAF=27;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494789;STB=0.525414;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-2.85274e-05;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:50:51:0.944444:23:27:3:0:23:28:3:0 chr6 31323337 . T C 293.5 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00911358;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.208;QD=22.1506;RBI=0.032292;REFB=-0.0119515;REVB=0.0309792;RO=20;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546235;STB=0.515615;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0105836;OID=.;OPOS=31323337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:20:23:29:30:0.566038:11:18:11:9:12:18:13:10 chr6 31323353 . G A 180.9 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0168038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9875;QD=12.9212;RBI=0.0938887;REFB=-0.0155707;REVB=0.0923728;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029352;STB=0.516877;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0157829;OID=.;OPOS=31323353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:9:13:21:13:9:13:21:13 chr6 31323945 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.77;QD=59.4348;RBI=0.00722562;REFB=0;REVB=0.00480673;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38907e-05;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr6 31323953 . C G 501.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.335;QD=58.9892;RBI=0.0749287;REFB=0;REVB=0.0237195;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640267;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr6 31323958 . T G 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.989;QD=55.0096;RBI=0.0137333;REFB=-0.00207135;REVB=-0.00341442;RO=1;SAF=20;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227759;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=9.32827e-05;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:12:20:1:0:12:20:1:0 chr6 31323960 . G C 483.0 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.42;QD=58.546;RBI=0.0245043;REFB=0;REVB=0.00281408;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121554;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:12:21:0:0 chr6 31323980 . A G 50.83 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00765117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.978;QD=5.21369;RBI=0.011727;REFB=0.00147452;REVB=-0.00888725;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137015;STB=0.589527;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00354845;OID=.;OPOS=31323980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:4:4:19:12:4:4:19:12 chr6 31324003 . TC AG,GT 628.67 PASS AF=0.761905,0.238095;AO=32,10;DP=43;FAO=32,10;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20,7;FSAR=12,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345638,0.0211374;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=120.885,76.2901;QD=59.873;RBI=0.0423623,0.0274239;REFB=0,0;REVB=0.024493,0.0174723;RO=0;SAF=20,7;SAR=12,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00573547,0.0272531;OID=.,.;OPOS=31324003,31324003;OREF=TC,TC;OALT=AG,GT;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:70:43:42:0:0:32,10:32,10:0.761905,0.238095:12,3:20,7:0:0:12,3:20,7:0:0 chr6 31324025 . G A 296.33 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0242152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.654;QD=28.9103;RBI=0.0602417;REFB=-0.0164836;REVB=0.0551605;RO=15;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117869;STB=0.564922;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0119248;OID=.;OPOS=31324025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:15:11:9:6:15:11:9:6 chr6 31324086 . G C 314.87 PASS AF=0.702703;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0292156;FXX=0.0975372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6438;QD=34.0405;RBI=0.0530916;REFB=0.0228225;REVB=0.0443302;RO=11;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137352;STB=0.567517;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00774886;OID=.;OPOS=31324086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:41:37:11:11:25:26:0.702703:13:12:8:3:13:13:8:3 chr6 31324100 . G T 300.41 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0399461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.936;QD=30.8108;RBI=0.0416953;REFB=-0.0301975;REVB=0.0119504;RO=12;SAF=14;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222357;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0277878;OID=.;OPOS=31324100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:12:13:26:26:0.666667:12:14:6:6:12:14:7:6 chr6 31324104 . G A 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0165874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.163;QD=7.04872;RBI=0.0395639;REFB=-0.0117166;REVB=-0.0359187;RO=30;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282208;STB=0.678208;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0303801;OID=.;OPOS=31324104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:3:7:14:16:3:7:14:16 chr6 31324144 . T A,G 464.91 PASS AF=0.25641,0.641026;AO=10,25;DP=39;FAO=10,25;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=7,10;FSAR=3,15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00106622,0.00242494;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.582,143.494;QD=47.6826;RBI=0.0507909,0.0424852;REFB=-0.0517582,-0.0585876;REVB=0.0507797,0.0424159;RO=4;SAF=7,10;SAR=3,15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0303873,-0.0908935;STB=0.517207,0.549256;STBP=0.859,0.254;TYPE=snp,snp;VARB=0.00412634,0.00489022;OID=.,.;OPOS=31324144,31324144;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:75:39:39:4:4:10,25:10,25:0.25641,0.641026:3,15:7,10:3:1:3,15:7,10:3:1 chr6 31324151 . C T 83.75 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0337126;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.109;QD=9.05454;RBI=0.0352606;REFB=0.00199428;REVB=0.0103331;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389423;STB=0.737437;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0156725;OID=.;OPOS=31324151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:37:26:26:11:11:0.297297:3:8:10:16:3:8:10:16 chr6 31324154 . G A 62.25 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0146889;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.91;QD=6.91637;RBI=0.0205139;REFB=-0.00140688;REVB=0.0143197;RO=25;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405392;STB=0.777161;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00935266;OID=.;OPOS=31324154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:36:36:25:27:9:9:0.25:2:7:11:14:2:7:11:16 chr6 31324200 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.247;QD=51.9167;RBI=0.0454214;REFB=0;REVB=0.0421336;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883706;OID=.;OPOS=31324200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr6 31324516 . C A 88.36 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3009;QD=39.2716;RBI=0.130753;REFB=0;REVB=0.0433507;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00622074;OID=.;OPOS=31324516;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr6 31324525 . CC TG 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550814;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=316.593;QD=39.2068;RBI=0.0564533;REFB=0;REVB=-0.0123699;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000357477;OID=.;OPOS=31324525;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 31324531 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.697;QD=39.2068;RBI=0.0374344;REFB=0;REVB=0.00716495;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000745621;OID=.;OPOS=31324531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 31324536 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9915;QD=39.2063;RBI=0.0513569;REFB=0;REVB=0.0286704;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000923021;OID=.;OPOS=31324536;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 31324547 . G C 85.69 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.615;QD=38.0847;RBI=0.0785816;REFB=0;REVB=0.0503234;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369988;OID=.;OPOS=31324547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:7:9:1:4:3:0:0:5:4:0:0 chr6 31324549 . T C 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00606786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4772;QD=24.324;RBI=0.0256232;REFB=-4.29962e-05;REVB=-0.0248944;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00135185;OID=.;OPOS=31324549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:1:1:4:3:1:1 chr6 31324595 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.126;QD=33.4285;RBI=0.0379104;REFB=0;REVB=0.00196835;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457759;OID=.;OPOS=31324595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 31324666 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.564;QD=37.4878;RBI=0.0143922;REFB=0;REVB=-0.00775641;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000915714;OID=.;OPOS=31324666;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 31324702 . C T 33.02 PASS AF=0.571429;AO=5;DP=7;FAO=4;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0492663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.076;QD=18.8675;RBI=0.0759269;REFB=-0.00463585;REVB=-0.0577731;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002038;OID=.;OPOS=31324702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:7:7:0:2:5:4:0.571429:3:2:0:0:2:2:1:1 chr6 31324705 . A C 52.04 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353908;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.711;QD=34.6959;RBI=0.0571625;REFB=0;REVB=0.0448892;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000418047;OID=.;OPOS=31324705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:5:6:1:3:2:0:0:3:3:0:0 chr6 31324742 . T C 50.02 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1539;QD=33.3437;RBI=0.0760155;REFB=0;REVB=0.0500308;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000675818;OID=.;OPOS=31324742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 31324829 . GG CA 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290867;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=186.113;QD=40.7629;RBI=0.0512707;REFB=0;REVB=0.0422214;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000712661;OID=.;OPOS=31324829;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr6 31324886 . AGG ACT,AG 81.25 PASS AF=0.7,0.2;AO=6,2;DP=11;FAO=7,2;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5,0;FSAR=2,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00494321,0.0257529;FXX=0.0908265;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=319.854,18.6228;QD=32.5013;RBI=0.0346029,0.119605;REFB=0.00660729,0.0439327;REVB=0.034248,0.1168;RO=1;SAF=4,0;SAR=2,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0962265,-0.697199;STB=0.54533,0.993266;STBP=0.646,0.232;TYPE=mnp,del;VARB=-0.000115752,0.0829109;OID=.,.;OPOS=31324887,31324887;OREF=GG,G;OALT=CT,-;OMAPALT=ACT,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.7,0.2:6,2:11:7,2:10:1:5,0:2,2:1:0:11:1:4,0:2,2:1:0 chr6 31324891 . CG CC,TC 104.22 PASS AF=0.7,0.3;AO=7,3;DP=11;FAO=7,3;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5,1;FSAR=2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125716,-0.0123325;FXX=0.0908265;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=203.262,86.046;QD=41.6891;RBI=0.0260917,0.0345063;REFB=0,0;REVB=0.0228634,0.0322272;RO=0;SAF=5,1;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00656123,0.00534047;OID=.,.;OPOS=31324892,31324891;OREF=G,CG;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:11:10:0:0:7,3:7,3:0.7,0.3:2,2:5,1:0:0:2,2:5,1:0:0 chr6 31324895 . G C 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0348207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.699;QD=16.8212;RBI=0.0456169;REFB=-0.00537732;REVB=-0.029469;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237226;STB=0.640603;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=1.56756e-05;OID=.;OPOS=31324895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:2:3:2:5:2:3 chr6 31324925 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2765;QD=40.7626;RBI=0.0319846;REFB=0;REVB=-0.0317172;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164046;OID=.;OPOS=31324925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 31324931 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.965;QD=40.7629;RBI=0.0142423;REFB=0;REVB=-0.0105236;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.24912e-06;OID=.;OPOS=31324931;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 31371430 . T C 747.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0733203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5658;QD=63.5746;RBI=0.084222;REFB=0;REVB=-0.0414426;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132136;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr6 31378335 . G C 366.01 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0634425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2858;QD=21.5297;RBI=0.0669907;REFB=-0.00227309;REVB=0.0215127;RO=31;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033415;STB=0.518449;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00283429;OID=.;OPOS=31378335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:20:17:13:18:20:17:13:18 chr6 31378956 . C G 310.6 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00425447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4483;QD=16.3472;RBI=0.00925124;REFB=-0.0245162;REVB=-0.00821493;RO=42;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546182;STB=0.530764;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0274125;OID=.;OPOS=31378956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:22:12:17:25:22:12:17:25 chr6 31379115 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000538882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.099;QD=61.3364;RBI=0.00502764;REFB=0;REVB=-0.00499867;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81835e-05;OID=.;OPOS=31379115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr6 31379817 . T C 161.27 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=91;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0103447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.421;QD=7.08862;RBI=0.0112242;REFB=-0.00686131;REVB=-0.00435567;RO=68;SAF=11;SAR=12;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267496;STB=0.516238;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0257014;OID=.;OPOS=31379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:68:68:23:23:0.252747:12:11:34:34:12:11:34:34 chr6 31379931 . G A 167.09 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0408124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.527;QD=8.25122;RBI=0.0422799;REFB=-0.0153043;REVB=0.0110427;RO=58;SAF=10;SAR=13;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163993;STB=0.509795;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0192381;OID=.;OPOS=31379931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:13:10:26:32:13:10:26:32 chr6 31380160 . TG T,TGCT 798.68 PASS AF=0.474576,0.525424;AO=29,30;DP=61;FAO=28,31;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=6,12;FSAR=22,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349531,0.0256315;FXX=0.0166639;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=25.7637,218.655;QD=54.1476;RBI=0.0398458,0.0273654;REFB=0,0;REVB=0.0191302,0.00958595;RO=0;SAF=6,12;SAR=23,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0153544,0.0330946;OID=.,.;OPOS=31380161,31380162;OREF=G,-;OALT=-,CT;OMAPALT=T,TGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.474576,0.525424:29,30:61:28,31:59:0:6,12:22,19:0:0:99:0:6,12:23,18:0:0 chr6 31382911 . A G 1525.73 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8252;QD=59.8327;RBI=0.0596838;REFB=0;REVB=-0.0409404;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54701e-05;OID=.;OPOS=31382911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:58:44:0:0:58:44:0:0 chr6 31473546 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.212;QD=60.8835;RBI=0.0287646;REFB=0;REVB=0.0221086;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37886e-05;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr6 31477681 . A G 900.25 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113565;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3213;QD=59.0325;RBI=0.124668;REFB=0;REVB=-0.0514311;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271574;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr6 31496925 . G A 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.693;QD=56.9931;RBI=0.0542067;REFB=0;REVB=0.0289479;RO=0;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142874;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:43:11:0:0:43:11:0:0 chr6 31497706 . C T 2013.75 PASS AF=0.992754;AO=130;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.173661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.707;QD=58.3695;RBI=0.173718;REFB=-0.204396;REVB=0.00444586;RO=7;SAF=47;SAR=83;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656956;STB=0.504587;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00188293;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:138:138:7:1:130:137:0.992754:83:47:7:0:83:54:1:0 chr6 31506624 . T C 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.364;QD=56.6222;RBI=0.0453232;REFB=0.0586519;REVB=0.038273;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122662;STB=0.506491;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000257937;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:38:25:0:1:38:25:0:1 chr6 31506648 . G T 942.27 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566425;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2206;QD=58.8916;RBI=0.0604027;REFB=0;REVB=0.0209788;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118471;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr6 31506691 . G A 1156.85 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0164516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2474;QD=59.3257;RBI=0.0508533;REFB=-0.0584763;REVB=-0.0481186;RO=1;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111359;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000575103;OID=.;OPOS=31506691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:42:35:0:1:42:35:0:1 chr6 31509432 . G A 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.651;QD=59.8544;RBI=0.043706;REFB=0;REVB=0.0289692;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025346;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr6 31510105 . A G 1245.83 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000740187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.504;QD=61.5225;RBI=0.000843128;REFB=0;REVB=-0.000403718;RO=0;SAF=61;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.26704e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58583e-07;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:20:61:0:0:20:61:0:0 chr6 31525912 . C T 1054.14 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0141346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.767;QD=56.9805;RBI=0.0284413;REFB=-0.0723172;REVB=0.0246804;RO=2;SAF=29;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031499;STB=0.516662;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000281393;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:43:29:2:0:43:29:2:0 chr6 31528326 . G C 1083.2 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7814;QD=58.5511;RBI=0.0581204;REFB=-0.0743669;REVB=0.053183;RO=1;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101732;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000982885;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:46:27:0:1:46:27:0:1 chr6 31540784 . C A 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.527;QD=47.818;RBI=0.163184;REFB=0;REVB=0.0687098;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00824059;OID=.;OPOS=31540784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr6 31555130 . A G 1543.24 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127723;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.482;QD=59.9318;RBI=0.0621918;REFB=0;REVB=0.0621787;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9577e-05;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:100:103:1:59:41:0:0:62:41:0:0 chr6 31583155 . G A 289.52 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0502006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5166;QD=46.3228;RBI=0.0502006;REFB=-0.026439;REVB=0;RO=2;SAF=23;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172718;OID=.;OPOS=31583155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:0:23:2:0:0:23:2:0 chr6 31590898 . C T 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.01;QD=61.2112;RBI=0.0414432;REFB=0;REVB=-0.0110179;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184945;OID=.;OPOS=31590898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr6 31594628 . T A 1284.71 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00669729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7085;QD=60.4571;RBI=0.0257128;REFB=-0.121175;REVB=0.0248252;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00106614;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:35:49:0:0:35:49:0:1 chr6 31595882 . C A 851.61 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.536;QD=57.7364;RBI=0.0823378;REFB=0;REVB=0.0157864;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172704;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:37:21:0:0:37:22:0:0 chr6 31601344 . T C 822.49 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0585231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7664;QD=51.4059;RBI=0.0725183;REFB=0.00828453;REVB=0.0428247;RO=4;SAF=28;SAR=32;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00394019;STB=0.502091;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.0174733;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:64:4:4:60:60:0.9375:32:28:2:2:32:28:2:2 chr6 31604010 . C G 452.55 PASS AF=0.788462;AO=32;DP=51;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.179084;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.1393;QD=34.8113;RBI=0.179237;REFB=-0.176618;REVB=0.00741577;RO=1;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169852;STB=0.532753;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.028833;OID=.;OPOS=31604010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:51:52:1:11:32:41:0.788462:27:5:0:1:28:13:5:6 chr6 31604044 . T G 790.23 PASS AF=0.983051;AO=52;DP=54;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.08442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2441;QD=53.5747;RBI=0.0909796;REFB=-0.205099;REVB=-0.0339197;RO=2;SAF=15;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587391;STB=0.512191;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0170132;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:59:2:1:52:58:0.983051:37:15:2:0:38:20:1:0 chr6 31610686 . A G 2284.27 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=153;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00637251;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.276;QD=60.1123;RBI=0.0130358;REFB=-0.114275;REVB=0.011372;RO=0;SAF=83;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000451703;OID=.;OPOS=31610686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:152:0:1:151:151:0.993421:68:83:0:0:68:83:1:0 chr6 31627523 . C T 2807.69 PASS AF=0.963351;AO=184;DP=191;FAO=184;FDP=191;FR=.;FRO=7;FSAF=85;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00340979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.6732;QD=58.7999;RBI=0.0158334;REFB=-0.175143;REVB=0.0154619;RO=0;SAF=85;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517071;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0029413;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:191:191:0:7:184:184:0.963351:99:85:0:0:99:85:0:7 chr6 31634758 . G A 1738.37 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990604;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.918;QD=60.4652;RBI=0.0284301;REFB=0;REVB=0.0266485;RO=1;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37176e-05;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:115:1:0:114:115:1:54:60:0:1:55:60:0:0 chr6 31657413 . T C 1472.89 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.594;QD=63.3502;RBI=0.0554012;REFB=0;REVB=0.0530832;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95913e-05;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:41:51:0:0:42:51:0:0 chr6 31746821 . G A 176.97 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0173499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.168;QD=20.8203;RBI=0.0186317;REFB=-0.0340397;REVB=0.00679132;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586403;STB=0.503308;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0187902;OID=.;OPOS=31746821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:9:7:8:10:9:7 chr6 31747555 . C T 519.75 PASS AF=0.69697;AO=46;DP=66;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0116874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.15;QD=31.4998;RBI=0.0136368;REFB=-0.010196;REVB=-0.00702626;RO=19;SAF=27;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335696;STB=0.511497;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00466092;OID=.;OPOS=31747555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:19:20:46:46:0.69697:19:27:10:9:19:27:11:9 chr6 31762843 . GG CT 144.53 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353558;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=219.705;QD=44.4698;RBI=0.0354425;REFB=0;REVB=0.00247736;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000161928;OID=.;OPOS=31762843;OREF=GG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:3:9:0:0:3:10:0:0 chr6 31777946 . C T 1011.8 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0283247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1407;QD=57.8172;RBI=0.0334258;REFB=0.02646;REVB=-0.0177481;RO=1;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108681;STB=0.505745;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000996457;OID=.;OPOS=31777946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:43:26:0:1:43:26:0:1 chr6 31778272 . G A 788.22 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0546304;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.432;QD=55.3133;RBI=0.0564804;REFB=-0.0301929;REVB=0.0143371;RO=1;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192307;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000579618;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:54:56:0.982456:24:30:0:1:24:32:0:1 chr6 31797587 . C G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.258;QD=57.0008;RBI=0.0292144;REFB=0;REVB=0.0166171;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21596e-05;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr6 31838441 . T C 1066.56 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0264524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.842;QD=58.4416;RBI=0.0412071;REFB=-0.0330364;REVB=0.0315958;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-5.92838e-05;OID=.;OPOS=31838441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:37:35:0:0:37:35:0:1 chr6 31838713 . G A 840.02 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0436221;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144;QD=56.001;RBI=0.0465656;REFB=-0.073928;REVB=0.0162931;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000498614;OID=.;OPOS=31838713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:0:1:59:59:0.983333:33:26:0:0:33:26:0:1 chr6 31839309 . C T 1225.96 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000951691;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8391;QD=61.2981;RBI=0.0291611;REFB=0;REVB=0.0291456;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545369;OID=.;OPOS=31839309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:78:80:1:49:29:0:0:51:29:0:0 chr6 31839331 . C T 860.07 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0366965;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.5203;QD=54.6077;RBI=0.0381751;REFB=0.0257758;REVB=-0.0105216;RO=2;SAF=21;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999562;STB=0.504782;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.000420595;OID=.;OPOS=31839331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:63:2:2:60:61:0.968254:39:21:1:1:39:22:1:1 chr6 31842598 . T A 579.39 PASS AF=0.557895;AO=51;DP=93;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0286889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8605;QD=24.3954;RBI=0.0293512;REFB=-0.040483;REVB=0.00619981;RO=42;SAF=23;SAR=28;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989175;STB=0.543996;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0313191;OID=.;OPOS=31842598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:42:42:51:53:0.557895:28:23:24:18:28:25:24:18 chr6 31860337 . T C 1117.33 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.703;QD=60.396;RBI=0.0200194;REFB=0;REVB=0.0158803;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40412e-06;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:38:35:0:0:39:35:0:0 chr6 31864547 . G T 695.04 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0175714;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.0084;QD=52.4557;RBI=0.0314785;REFB=-0.0794866;REVB=-0.0261178;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209217;STB=0.502637;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00103789;OID=.;OPOS=31864547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:53:1:2:51:51:0.962264:22:29:0:1:22:29:1:1 chr6 31914179 . C T 526.46 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.0184838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.973;QD=16.0752;RBI=0.0185551;REFB=-0.0184075;REVB=-0.00162579;RO=74;SAF=28;SAR=29;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100698;STB=0.556222;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0162438;OID=.;OPOS=31914179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:74:74:57:57:0.435115:29:28:29:45:29:28:29:45 chr6 31928799 . T C 561.71 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00455782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2527;QD=26.4333;RBI=0.0354248;REFB=0.0142178;REVB=-0.0351303;RO=34;SAF=36;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122219;STB=0.566902;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0101245;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:15:36:19:15:15:36:19:15 chr6 31929014 . A C 319.26 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=-0.00575139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4175;QD=13.4427;RBI=0.0355809;REFB=-0.00795317;REVB=-0.035113;RO=59;SAF=21;SAR=15;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148799;STB=0.584371;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0149507;OID=.;OPOS=31929014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:15:21:42:17:15:21:42:17 chr6 31936668 . T C 170.53 PASS AF=0.323529;AO=23;DP=67;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.0132483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.406;QD=10.031;RBI=0.0133244;REFB=-0.0272151;REVB=-0.00142162;RO=39;SAF=12;SAR=11;SRF=32;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338164;STB=0.646937;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.022052;OID=.;OPOS=31936668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:46:23:22:0.323529:11:12:32:7:11:11:33:13 chr6 31936679 . C T 193.26 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00565797;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2698;QD=11.7129;RBI=0.0279726;REFB=-0.0136489;REVB=-0.0273944;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264591;STB=0.621117;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0148914;OID=.;OPOS=31936679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:36:42:24:24:0.363636:12:12:27:9:12:12:29:13 chr6 31974849 . C G 448.99 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00661746;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6534;QD=21.129;RBI=0.02795;REFB=-0.0123276;REVB=-0.0271553;RO=42;SAF=22;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105155;STB=0.552917;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00983867;OID=.;OPOS=31974849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:42:41:44:44:0.517647:22:22:16:26:22:22:16:25 chr6 31975113 . G C 204.4 PASS AF=0.306818;AO=26;DP=87;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0101111;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.625;QD=9.29103;RBI=0.0115465;REFB=-0.00945255;REVB=0.00557561;RO=61;SAF=21;SAR=5;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397714;STB=0.697847;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0109359;OID=.;OPOS=31975113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:61:61:26:27:0.306818:5:21:31:30:6:21:32:29 chr6 31975151 . T G 294.85 PASS AF=0.336283;AO=38;DP=113;FAO=38;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.000117843;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.005;QD=10.4372;RBI=0.0337525;REFB=-0.0131326;REVB=-0.0337523;RO=75;SAF=21;SAR=17;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682298;STB=0.539447;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0402621;OID=.;OPOS=31975151;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:75:75:38:38:0.336283:17:21:37:38:17:21:37:38 chr6 31977391 . C T 241.91 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0140873;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.65;QD=11.9461;RBI=0.0188701;REFB=-0.0159443;REVB=0.012555;RO=49;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290152;STB=0.6716;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0524171;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:52:29:29:0.358025:10:19:19:30:10:19:20:32 chr6 31977528 . C G 39.68 PASS AF=0.0961538;AO=9;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=-0.0152522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.77;QD=1.52599;RBI=0.0169957;REFB=-0.00401658;REVB=-0.00749818;RO=93;SAF=3;SAR=6;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114726;STB=0.533529;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.050452;OID=.;OPOS=31977528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:104:104:93:94:9:10:0.0961538:6:3:40:53:6:4:41:53 chr6 31978746 . G A 193.72 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.0319283;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.372;QD=13.8368;RBI=0.0361746;REFB=-0.0259216;REVB=-0.0170054;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141263;STB=0.591284;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0232807;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:33:23:23:0.410714:7:16:25:6:7:16:27:6 chr6 32006858 . C A 740.89 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3581;QD=56.9913;RBI=0.216294;REFB=0;REVB=0.16462;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00349491;OID=.;OPOS=32006858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:1:0:50:52:1:23:27:0:1:25:27:0:0 chr6 32007849 . G C 1000.59 PASS AF=0.579268;AO=95;DP=165;FAO=95;FDP=164;FR=.;FRO=69;FSAF=68;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00541298;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.017;QD=24.4047;RBI=0.0449567;REFB=-0.0196834;REVB=0.0446297;RO=67;SAF=68;SAR=27;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117812;STB=0.572933;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0117392;OID=.;OPOS=32007849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:67:69:95:95:0.579268:27:68:39:28:27:68:39:30 chr6 32008500 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0173117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.497;QD=9.18847;RBI=0.0476615;REFB=-0.00256267;REVB=-0.0444063;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07195;STB=0.538393;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00751826;OID=.;OPOS=32008500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:23:25:11:11:0.305556:5:6:14:9:5:6:15:10 chr6 32011644 . A G 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=0.019097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.029;QD=14.2703;RBI=0.0282015;REFB=-0.0185053;REVB=-0.0207516;RO=33;SAF=18;SAR=6;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146007;STB=0.582217;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0269687;OID=.;OPOS=32011644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:6:18:28:5:6:18:28:5 chr6 32012987 . A G 690.7 PASS AF=0.283582;AO=95;DP=336;FAO=95;FDP=335;FR=.;FRO=240;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=89;FSRR=151;FWDB=-0.0329794;FXX=0.0029761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.015;QD=8.2471;RBI=0.0377168;REFB=-0.0146855;REVB=-0.0183006;RO=241;SAF=41;SAR=54;SRF=90;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737325;STB=0.544885;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0335144;OID=.;OPOS=32012987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:335:241:240:95:95:0.283582:54:41:90:151:54:41:89:151 chr6 32025870 . C T 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00910856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.128;QD=24.5993;RBI=0.0116912;REFB=-0.020444;REVB=0.00732931;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268045;STB=0.514912;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0188726;OID=.;OPOS=32025870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:13:9:6:10:13:9:6:10 chr6 32026107 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0167539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.139;QD=12.3961;RBI=0.0245932;REFB=-0.0175143;REVB=-0.0180037;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0186204;OID=.;OPOS=32026107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:2:3:3:2:2:3 chr6 32029183 . C T 207.37 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00458474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.967;QD=23.6996;RBI=0.0152834;REFB=-0.0372683;REVB=-0.0145795;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525291;STB=0.529382;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0245774;OID=.;OPOS=32029183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:8:7:8:12:8:7 chr6 32029226 . A G 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0161484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.473;QD=19.5184;RBI=0.01748;REFB=-0.0182915;REVB=-0.00669173;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127499;STB=0.571185;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0158023;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:11:17:12:14:11:17:12:14 chr6 32029415 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00153963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.786;QD=15.8821;RBI=0.00658961;REFB=-0.0012264;REVB=0.00640722;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171427;STB=0.5998;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00276058;OID=.;OPOS=32029415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:4:6:4:6:4:6 chr6 32035603 . C T 245.63 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0194358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.905;QD=23.9641;RBI=0.044164;REFB=-0.0378963;REVB=0.0396574;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147834;STB=0.582208;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.02598;OID=.;OPOS=32035603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:12:11:12:6:12:11:12:6 chr6 32036357 . G A 395.43 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0106247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.718;QD=17.5746;RBI=0.0124335;REFB=-0.0144145;REVB=-0.00645817;RO=49;SAF=25;SAR=16;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387602;STB=0.521704;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0113821;OID=.;OPOS=32036357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:16:25:28:21:16:25:28:21 chr6 32050067 . T C 306.74 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0160094;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.811;QD=17.5282;RBI=0.0201882;REFB=-0.0143411;REVB=0.012299;RO=36;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377575;STB=0.513435;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0140145;OID=.;OPOS=32050067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:36:37:33:33:0.471429:16:17:20:16:16:17:20:17 chr6 32056580 . A C 194.9 PASS AF=0.444444;AO=21;DP=41;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0349275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8758;QD=17.3246;RBI=0.167067;REFB=-0.0332868;REVB=-0.163375;RO=20;SAF=16;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705105;STB=0.643519;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0347594;OID=.;OPOS=32056580;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:20:25:21:20:0.444444:5:16:14:6:4:16:15:10 chr6 32063681 . C T 440.35 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00463053;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.818;QD=21.4806;RBI=0.00493596;REFB=-0.0237976;REVB=-0.00170934;RO=36;SAF=23;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518516;STB=0.522717;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0270517;OID=.;OPOS=32063681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:36:39:43:43:0.52439:20:23:17:19:20:23:19:20 chr6 32064098 . C T 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0631716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9512;QD=22.9148;RBI=0.105009;REFB=-0.0189196;REVB=0.0838825;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221916;STB=0.624758;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00861311;OID=.;OPOS=32064098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:4:0:3:6:4:0 chr6 32065023 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0498799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8802;QD=30.5927;RBI=0.0539957;REFB=-0.0593853;REVB=0.0206769;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169801;OID=.;OPOS=32065023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:1:1:5:5:1:1 chr6 32119898 . T C 4036.67 PASS AF=0.967273;AO=266;DP=275;FAO=266;FDP=275;FR=.;FRO=9;FSAF=115;FSAR=151;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0103798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.126;QD=58.7151;RBI=0.016409;REFB=-0.03794;REVB=0.0127088;RO=9;SAF=115;SAR=151;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288663;STB=0.515157;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=8.03157e-07;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:275:275:9:9:266:266:0.967273:151:115:8:1:151:115:8:1 chr6 32122386 . C G 929.89 PASS AF=1;AO=52;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.893;QD=58.1184;RBI=0.0599896;REFB=0;REVB=0.0468598;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123572;OID=.;OPOS=32122386;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:52:64:1:30:22:0:0:42:22:0:0 chr6 32130329 . C G 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00423187;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=333.093;QD=16.1951;RBI=0.0089645;REFB=-0.00947491;REVB=-0.00790275;RO=46;SAF=18;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650221;STB=0.536565;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0116504;OID=.;OPOS=32130329;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:18:18:26:20:18:18:26:20 chr6 32151994 . A T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000211991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.174;QD=58.4197;RBI=0.0343485;REFB=0;REVB=-0.0343479;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135826;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr6 32172065 . T G 1713.23 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.051;QD=60.6454;RBI=0.00921764;REFB=0;REVB=-0.00484781;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68604e-06;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:55:58:0:0:55:58:0:0 chr6 32184705 . G A 380.12 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.05963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0538;QD=24.9261;RBI=0.0597133;REFB=-0.00433356;REVB=0.00315128;RO=24;SAF=10;SAR=27;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156739;STB=0.5863;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00273173;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:27:10:11:13:27:10:11:13 chr6 32188296 . CG C,CC 256.48 PASS AF=0.444444,0.0740741;AO=13,15;DP=53;FAO=24,4;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14,1;FSAR=10,3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00498377,-0.00662104;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.083,199.62;QD=18.9984;RBI=0.0324683,0.0342919;REFB=0.00419874,0.00754708;REVB=-0.0320836,-0.0336466;RO=24;SAF=7,6;SAR=6,9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0494956,-0.191897;STB=0.52379,0.748754;STBP=0.751,0.381;TYPE=del,snp;VARB=-0.0145665,0.0332549;OID=.,.;OPOS=32188297,32188297;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0.0740741:13,15:53:24,4:54:26:14,1:10,3:14:12:99:24:7,6:6,9:14:10 chr6 32188383 . T C 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0683628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.042;QD=17.8264;RBI=0.0691365;REFB=0.00708837;REVB=-0.0103144;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581219;STB=0.533279;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00711307;OID=.;OPOS=32188383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:8:3:4:8:8:3 chr6 32188603 . C T 250.37 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.000818056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.947;QD=20.0297;RBI=0.0247205;REFB=0.00448323;REVB=0.024707;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235065;STB=0.630587;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00749715;OID=.;OPOS=32188603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:9:15:22:4:9:15:22:4 chr6 32188640 . T C 264.86 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0279372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.906;QD=20.7734;RBI=0.0382828;REFB=-0.0697991;REVB=0.0261742;RO=23;SAF=17;SAR=9;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125513;STB=0.562657;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0429399;OID=.;OPOS=32188640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:24:26:27:0.529412:9:17:18:5:10:17:18:6 chr6 32188642 . T C 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00632187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.102;QD=19.8256;RBI=0.0303358;REFB=-0.0078449;REVB=0.0296698;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125346;STB=0.569571;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00747882;OID=.;OPOS=32188642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:10:17:19:6:10:17:19:6 chr6 32189032 . T C 772.08 PASS AF=0.465517;AO=80;DP=173;FAO=81;FDP=174;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.0241632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.282;QD=17.7489;RBI=0.0269165;REFB=0.007262;REVB=-0.0118591;RO=93;SAF=38;SAR=42;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081471;STB=0.541426;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0122353;OID=.;OPOS=32189032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:93:93:80:81:0.465517:42:38:52:41:42:39:52:41 chr6 32190406 . A G 327.92 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00177142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.835;QD=17.968;RBI=0.00446327;REFB=-0.0264529;REVB=0.00409669;RO=38;SAF=13;SAR=22;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230761;STB=0.512899;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0247468;OID=.;OPOS=32190406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:22:13:15:23:22:13:15:23 chr6 32190871 . T A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=8.81971e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.973;QD=20.5461;RBI=0.0151616;REFB=-0.0367294;REVB=-0.0151613;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594698;STB=0.523284;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0383396;OID=.;OPOS=32190871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:9:13:11:10:9:13:12:10 chr6 32191620 . C T 532.47 PASS AF=0.662162;AO=47;DP=73;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0332969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.966;QD=28.7823;RBI=0.0337046;REFB=-0.0396428;REVB=0.00522603;RO=23;SAF=24;SAR=23;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860162;STB=0.550954;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0212484;OID=.;OPOS=32191620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:23:25:47:49:0.662162:23:24:15:8:23:26:17:8 chr6 32191658 . TAGC T 345.74 PASS AF=0.539683;AO=29;DP=74;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0256872;FXX=0.159979;HRUN=1;LEN=3;MLLD=176.323;QD=21.9517;RBI=0.0276059;REFB=-0.0717902;REVB=-0.0101119;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828149;STB=0.51931;STBP=0.761;TYPE=del;VARB=0.0536291;OID=.;OPOS=32191659;OREF=AGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.539683:29:74:34:63:29:19:15:15:14:99:24:16:13:13:11 chr6 32223530 . CA C,CC 861.37 PASS AF=0.949153,0.0508475;AO=10,46;DP=56;FAO=56,3;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=13,3;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608064,0.0699982;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=251.422,239.352;QD=58.3978;RBI=0.0740254,0.123295;REFB=0,0;REVB=-0.0422179,-0.101498;RO=0;SAF=10,3;SAR=0,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.94467e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00048589,0.00198322;OID=.,.;OPOS=32223531,32223531;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.949153,0.0508475:10,46:56:56,3:59:0:13,3:43,0:0:0:12:0:10,3:0,43:0:0 chr6 32261771 . A G,T 859.36 PASS AF=0.903226,0.0967742;AO=51,6;DP=57;FAO=56,6;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39,2;FSAR=17,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851506,0.00542354;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=243.003,196.057;QD=55.4422;RBI=0.0515432,0.0437482;REFB=0,0;REVB=0.050835,0.0434108;RO=0;SAF=35,2;SAR=16,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.5765e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-9.18361e-05,0.00734978;OID=.,.;OPOS=32261771,32261771;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:57:62:0:0:51,6:56,6:0.903226,0.0967742:16,4:35,2:0:0:17,4:39,2:0:0 chr6 32268501 . A T 1135.51 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.762;QD=60.5607;RBI=0.0554602;REFB=0;REVB=0.0273529;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103335;OID=.;OPOS=32268501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:36:38:0:0:37:38:0:0 chr6 32290927 . G T 2306.5 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7701;QD=63.6275;RBI=0.0336432;REFB=0;REVB=-0.0317028;RO=0;SAF=64;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274795;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:143:145:1:79:64:0:0:79:66:0:0 chr6 32291270 . CAG CAC,C 642.41 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=2,39;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527139,0.00720575;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=72.84,203.728;QD=61.1822;RBI=0.0909944,0.0581574;REFB=0,0;REVB=0.0908416,0.0577093;RO=0;SAF=1,21;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.34792e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0145047,-0.000437694;OID=.,.;OPOS=32291272,32291271;OREF=G,AG;OALT=C,-;OMAPALT=CAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:2,39:42:1,41:42:0:1,21:0,20:0:0:5:0:1,21:1,18:0:0 chr6 32291359 . T G 1145.02 PASS AF=0.974684;AO=78;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0193395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5366;QD=57.9759;RBI=0.0207574;REFB=0.0227746;REVB=0.00754017;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111373;STB=0.511902;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00329724;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:78:77:0.974684:36:42:1:0:36:41:2:0 chr6 32298372 . A G 591.55 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.198;QD=60.6717;RBI=0.097155;REFB=0;REVB=0.0219545;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374034;OID=.;OPOS=32298372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:12:25:0:0:13:26:0:0 chr6 32301804 . G C 1590.42 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.852;QD=60.0158;RBI=0.0074901;REFB=0;REVB=0.00672829;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08597e-05;OID=.;OPOS=32301804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:50:54:0:0:50:56:0:0 chr6 32303672 . T A 313.1 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0140121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.221;QD=19.569;RBI=0.0140507;REFB=-0.00915386;REVB=-0.00104132;RO=29;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239195;STB=0.529896;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0120415;OID=.;OPOS=32303672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:31:33:33:0.515625:15:18:15:14:15:18:15:16 chr6 32307260 . T G 979.74 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210675;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.192;QD=59.3782;RBI=0.0396459;REFB=0;REVB=0.0335851;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000475424;OID=.;OPOS=32307260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr6 32307382 . G A 761.86 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=62;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0354576;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.228;QD=50.7906;RBI=0.0385292;REFB=-0.0216582;REVB=-0.0150753;RO=4;SAF=26;SAR=30;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671936;STB=0.535702;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00185311;OID=.;OPOS=32307382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:62:60:4:4:56:56:0.933333:30:26:4:0:30:26:4:0 chr6 32310986 . C G 689.35 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.537;QD=62.6683;RBI=0.0403231;REFB=0;REVB=-0.0213601;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64625e-05;OID=.;OPOS=32310986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chr6 32317922 . TTTTCTTTCTG TTTTCT,TTTTCTG 697.15 PASS AF=0,1;AO=9,46;DP=57;FAO=0,57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151688,0.046028;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=148.848,223.941;QD=48.9225;RBI=0.0239251,0.0505664;REFB=0,0;REVB=0.0185019,0.0209376;RO=0;SAF=2,27;SAR=7,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,8.56409e-05;OID=.,.;OPOS=32317928,32317923;OREF=TTCTG,TTTC;OALT=-,-;OMAPALT=TTTTCT,TTTTCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,46:57:0,57:57:0:0,30:0,27:0:0:12:0:2,27:7,19:0:0 chr6 32333093 . A G 1495.67 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0420303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.001;QD=62.3194;RBI=0.0425452;REFB=-0.109184;REVB=0.0065994;RO=1;SAF=28;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166317;STB=0.50877;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00118306;OID=.;OPOS=32333093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:67:28:1:0:67:28:1:0 chr6 32333098 . C T 1394.92 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00385346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.387;QD=59.3583;RBI=0.0130373;REFB=-0.139534;REVB=0.0124548;RO=3;SAF=29;SAR=62;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022383;STB=0.511808;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000650928;OID=.;OPOS=32333098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:3:3:91:91:0.968085:62:29:0:3:62:29:0:3 chr6 32333341 . A G 356.9 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00278304;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.339;QD=12.5228;RBI=0.0058944;REFB=-0.0245536;REVB=-0.00519603;RO=70;SAF=19;SAR=24;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00109942;STB=0.505574;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0516133;OID=.;OPOS=32333341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:70:71:43:43:0.377193:24:19:31:39:24:19:32:39 chr6 32333955 . T C 1332.88 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300741;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3301;QD=61.9945;RBI=0.124297;REFB=0;REVB=0.120604;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000937154;OID=.;OPOS=32333955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:47:38:0:0:48:38:0:0 chr6 32334224 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7467;QD=58.5874;RBI=0.0362941;REFB=0;REVB=0.0181962;RO=0;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430771;OID=.;OPOS=32334224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:27:6:0:0:27:6:0:0 chr6 32336586 . A G 2421.0 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.436;QD=61.2912;RBI=0.0181302;REFB=0;REVB=0.0100835;RO=0;SAF=76;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57893e-05;OID=.;OPOS=32336586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:82:76:0:0:82:76:0:0 chr6 32337686 . A G 1357.96 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.706;QD=62.4349;RBI=0.02421;REFB=0;REVB=0.0200249;RO=0;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53711e-05;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:56:31:0:0:56:31:0:0 chr6 32363816 . T C 226.36 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.000829626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7904;QD=17.0841;RBI=0.0220014;REFB=0.00458444;REVB=-0.0219857;RO=28;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854308;STB=0.548347;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00580057;OID=.;OPOS=32363816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:7:18:18:10:7:18:18:10 chr6 32363844 . C T 203.01 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.00395348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5484;QD=12.3038;RBI=0.0136016;REFB=-0.00783188;REVB=-0.0130144;RO=41;SAF=19;SAR=6;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740128;STB=0.542822;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0221684;OID=.;OPOS=32363844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:6:19:29:12:6:19:29:12 chr6 32363955 . T C 309.19 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.0254444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.477;QD=13.5909;RBI=0.0255565;REFB=-0.0268844;REVB=-0.00239118;RO=54;SAF=24;SAR=11;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461316;STB=0.520698;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0297218;OID=.;OPOS=32363955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:56:35:35:0.384615:11:24:39:15:11:24:40:16 chr6 32370835 . T C 447.24 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0351034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.307;QD=18.4427;RBI=0.0358101;REFB=0.000656903;REVB=-0.00707901;RO=51;SAF=32;SAR=13;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209276;STB=0.613159;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00127676;OID=.;OPOS=32370835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:13:32:26:25:13:32:27:25 chr6 32410987 . A G 1102.44 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.342;QD=58.7966;RBI=0.0230745;REFB=-0.0108898;REVB=-0.0112367;RO=1;SAF=36;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129601;STB=0.506848;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000167592;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:38:36:1:0:38:36:1:0 chr6 32411035 . A C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.534;QD=61.8525;RBI=0.0198556;REFB=0;REVB=0.00476026;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94045e-05;OID=.;OPOS=32411035;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr6 32411646 . T G 1556.46 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6111;QD=59.8639;RBI=0.0300124;REFB=0;REVB=0.0116626;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.74483e-05;OID=.;OPOS=32411646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:53:51:0:0:53:51:0:0 chr6 32412435 . G A 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00548007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.434;QD=18.9418;RBI=0.0152164;REFB=-0.012696;REVB=0.0141954;RO=38;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601223;STB=0.533459;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0125191;OID=.;OPOS=32412435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:18:19:17:21:18:19:17:21 chr6 32412480 . G A 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.987;QD=62.314;RBI=0.0230272;REFB=0;REVB=-0.0155772;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57157e-06;OID=.;OPOS=32412480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:37:49:0:0:37:49:0:0 chr6 32487170 . G A 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00345596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.683;QD=5.44286;RBI=0.0146657;REFB=0.00774595;REVB=0.0142527;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215052;STB=0.514238;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0170945;OID=.;OPOS=32487170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:2:4:13:7:2:4:13:7 chr6 32487174 . C G,T 275.71 PASS AF=0.769231,0.115385;AO=20,3;DP=26;FAO=20,3;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=13,3;FSAR=7,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0215548,-0.0322673;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.109,95.9312;QD=42.4168;RBI=0.0518216,0.0637213;REFB=-0.0125127,0.0484651;REVB=0.0471261,-0.0549475;RO=3;SAF=13,3;SAR=7,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0809037,0.712642;STB=0.544141,0.995542;STBP=0.317,0.086;TYPE=snp,snp;VARB=0.00551998,0.0598461;OID=.,.;OPOS=32487174,32487174;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:26:26:3:3:20,3:20,3:0.769231,0.115385:7,0:13,3:1:2:7,0:13,3:1:2 chr6 32487214 . T C 195.55 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000199678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9592;QD=34.0094;RBI=0.00265434;REFB=-0.00279115;REVB=0.00264681;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516111;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00439669;OID=.;OPOS=32487214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:0:5:18:18:0.782609:6:12:0:0:6:12:3:2 chr6 32487268 . A G 340.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3977;QD=54.5074;RBI=0.0428686;REFB=0;REVB=-0.0424362;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125926;OID=.;OPOS=32487268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr6 32487277 . T C 53.7 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.000139963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.875;QD=7.95527;RBI=0.0278187;REFB=0.00503846;REVB=0.0278183;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210201;STB=0.629327;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00626502;OID=.;OPOS=32487277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:13:6:4:4:13:6 chr6 32487294 . C T 196.34 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0381591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0024;QD=34.1457;RBI=0.0390547;REFB=-0.0276255;REVB=-0.0083156;RO=4;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185841;STB=0.509793;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0125299;OID=.;OPOS=32487294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:23:4:5:18:18:0.782609:8:10:2:2:8:10:3:2 chr6 32487309 . T C 206.71 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.367;QD=48.6371;RBI=0.0490437;REFB=0;REVB=0.00108826;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374313;OID=.;OPOS=32487309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:8:7:0:0:8:9:0:0 chr6 32487361 . G A 46.0 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00760098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.256;QD=11.4996;RBI=0.0170426;REFB=-0.0304532;REVB=0.0152537;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539613;STB=0.509065;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0413733;OID=.;OPOS=32487361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:15:16:9:9:6:7:0.4375:3:3:4:5:4:3:4:5 chr6 32489749 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.732;QD=33.4278;RBI=0.0226564;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109896;OID=.;OPOS=32489749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr6 32497901 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00624037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.674;QD=15.2931;RBI=0.0358095;REFB=-0.00938541;REVB=-0.0352616;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946172;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00639615;OID=.;OPOS=32497901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:5:4:5:4:5:4 chr6 32497905 . G A,T 172.35 PASS AF=0.5,0.388889;AO=9,7;DP=18;FAO=9,7;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=4,5;FSAR=5,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.015076,0.0163843;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=81.3666,119.84;QD=38.3001;RBI=0.0393624,0.0214671;REFB=-0.0254643,0.0225728;REVB=0.0363609,0.0138706;RO=2;SAF=4,5;SAR=5,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.147719,0.28674;STB=0.583156,0.666171;STBP=0.326,0.117;TYPE=snp,snp;VARB=0.000560922,0.0143029;OID=.,.;OPOS=32497905,32497905;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:50:18:18:2:2:9,7:9,7:0.5,0.388889:5,2:4,5:0:2:5,2:4,5:0:2 chr6 32497914 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0346316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.525;QD=15.2929;RBI=0.0396108;REFB=-0.0172696;REVB=0.0192268;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946172;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0209726;OID=.;OPOS=32497914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:5:4:5:4:5:4 chr6 32497917 . C A 46.74 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0139816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.232;QD=10.3871;RBI=0.0177926;REFB=-0.0106596;REVB=-0.0110042;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350103;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0807751;OID=.;OPOS=32497917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:4:7:2:5:4:7 chr6 32497943 . A G 177.45 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0368927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.782;QD=39.433;RBI=0.0368974;REFB=-0.0259857;REVB=-0.000587115;RO=2;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151283;STB=0.583225;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00725747;OID=.;OPOS=32497943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:5:11:0:2:5:11:0:2 chr6 32497960 . CTT CGC,TGC 205.71 PASS AF=0.470588,0.529412;AO=8,9;DP=18;FAO=8,9;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3,8;FSAR=5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937738,0.0128403;FXX=0.0555247;HRUN=3,1;LEN=2,3;MLLD=209.822,220.301;QD=48.4011;RBI=0.0176215,0.0150607;REFB=0,0;REVB=0.0149191,0.0078709;RO=0;SAF=3,8;SAR=5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.000240694,0.00141735;OID=.,.;OPOS=32497961,32497960;OREF=TT,CTT;OALT=GC,TGC;OMAPALT=CGC,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:59:18:17:0:0:8,9:8,9:0.470588,0.529412:5,1:3,8:0:0:5,1:3,8:0:0 chr6 32517812 . C A 199.69 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0511572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9388;QD=36.3071;RBI=0.0592892;REFB=-0.0312405;REVB=-0.0299691;RO=4;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383221;STB=0.521029;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0380623;OID=.;OPOS=32517812;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:11:7:2:2:11:7:2:2 chr6 32546743 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.308;QD=35.5759;RBI=0.107445;REFB=0;REVB=-0.084284;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000593988;OID=.;OPOS=32546743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr6 32546783 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.586;QD=42.1818;RBI=0.111068;REFB=0;REVB=-0.0293953;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020548;OID=.;OPOS=32546783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr6 32546795 . T A 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.56;QD=40.7548;RBI=0.0656908;REFB=0;REVB=-0.0333493;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00265861;OID=.;OPOS=32546795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr6 32546800 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000809576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4227;QD=43.486;RBI=0.0444232;REFB=0;REVB=-0.0444159;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00238022;OID=.;OPOS=32546800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr6 32546805 . G C 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00754183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.737;QD=37.8929;RBI=0.0346665;REFB=0.0846847;REVB=-0.0338361;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00255183;OID=.;OPOS=32546805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:0:1:5:7:0:1 chr6 32546828 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0848008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.854;QD=44.6889;RBI=0.0865234;REFB=0;REVB=0.0171792;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101709;OID=.;OPOS=32546828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr6 32546836 . A T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.165;QD=39.318;RBI=0.0387024;REFB=-0.0168263;REVB=-0.0320491;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.000276092;OID=.;OPOS=32546836;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:1:0:7:6:1:0 chr6 32546838 . A G 160.27 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4888;QD=45.792;RBI=0.034189;REFB=0;REVB=-0.0012178;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161189;OID=.;OPOS=32546838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr6 32546866 . T C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0123198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.5041;QD=41.8676;RBI=0.040655;REFB=-0.0195109;REVB=0.0387434;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607183;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00208473;OID=.;OPOS=32546866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:7:8:0:1:7:8:0:1 chr6 32547988 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.839;QD=35.5759;RBI=0.0388858;REFB=0;REVB=-0.0173288;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313784;OID=.;OPOS=32547988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 32547991 . G A 54.95 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236945;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.662;QD=36.6365;RBI=0.0316645;REFB=0;REVB=-0.021005;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182642;OID=.;OPOS=32547991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr6 32548032 . T G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0338127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.21;QD=28.5377;RBI=0.0394157;REFB=0.0182051;REVB=0.0202559;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00167191;OID=.;OPOS=32548032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr6 32548058 . GAGGAA G 59.24 PASS AF=0.875;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126808;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=5;MLLD=246.619;QD=29.6204;RBI=0.0165417;REFB=-0.0491166;REVB=-0.0106219;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=del;VARB=0.00865603;OID=.;OPOS=32548059;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:6:8:7:8:1:4:3:0:1:7:1:3:3:0:1 chr6 32548544 . TG GA 55.21 PASS AF=0.176471;AO=8;DP=50;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00931934;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.286;QD=4.33017;RBI=0.00942733;REFB=-0.0137755;REVB=-0.00142287;RO=42;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146153;STB=0.640728;STBP=0.383;TYPE=mnp;VARB=0.0241262;OID=.;OPOS=32548544;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:50:51:42:42:8:9:0.176471:4:4:16:26:4:5:16:26 chr6 32548554 . G T 88.71 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0531282;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.554;QD=7.09669;RBI=0.0532982;REFB=-0.00693581;REVB=-0.0042541;RO=37;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274965;STB=0.658839;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0589061;OID=.;OPOS=32548554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:37:38:12:12:0.24:5:7:13:24:5:7:14:24 chr6 32548556 . C T 90.12 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0207221;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.183;QD=7.35712;RBI=0.020906;REFB=-0.0059951;REVB=-0.00276638;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230542;STB=0.650922;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0346157;OID=.;OPOS=32548556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:49:49:36:37:12:12:0.244898:5:7:14:22:5:7:14:23 chr6 32548581 . A G 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00217277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.435;QD=5.69647;RBI=0.0298576;REFB=-0.00514744;REVB=0.0297784;RO=33;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116546;STB=0.576097;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0223741;OID=.;OPOS=32548581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:6:3:14:19:6:3:14:19 chr6 32548628 . G A 34.86 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0432639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8635;QD=4.80795;RBI=0.0432904;REFB=-0.00733477;REVB=-0.00151207;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125574;STB=0.585073;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0142527;OID=.;OPOS=32548628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:4:2:10:13:4:2:10:13 chr6 32548632 . T A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0453979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.021;QD=7.95467;RBI=0.0641124;REFB=-0.0187011;REVB=-0.0452706;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210201;STB=0.629327;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0470845;OID=.;OPOS=32548632;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:6:13:4:4:6:13 chr6 32549396 . C G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0425333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.055;QD=19.1341;RBI=0.0580177;REFB=-0.0348561;REVB=-0.0394585;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0191382;OID=.;OPOS=32549396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr6 32549401 . TC CT 66.68 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234083;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=2;MLLD=240.944;QD=38.1037;RBI=0.0667007;REFB=0;REVB=0.0666596;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00041546;OID=.;OPOS=32549401;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 32549424 . C T 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00793706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.284;QD=5.44273;RBI=0.0213545;REFB=-0.00566275;REVB=-0.0198247;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329408;STB=0.72495;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0204178;OID=.;OPOS=32549424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:5:1:8:12:5:1:8:12 chr6 32549428 . G T 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00674938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.842;QD=4.6299;RBI=0.00791894;REFB=-0.00885243;REVB=-0.00414193;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385824;STB=0.768238;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0596528;OID=.;OPOS=32549428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:5:1:11:13:5:1:11:13 chr6 32549464 . T C 66.44 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00400861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.511;QD=3.79661;RBI=0.0186781;REFB=-0.00215387;REVB=-0.0182429;RO=58;SAF=7;SAR=5;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125099;STB=0.583194;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00760955;OID=.;OPOS=32549464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:70:70:58:58:12:12:0.171429:5:7:28:30:5:7:28:30 chr6 32549475 . T C 1221.6 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.956;QD=61.0798;RBI=0.0115811;REFB=0;REVB=0.00971568;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11419e-05;OID=.;OPOS=32549475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:40:38:0:0:41:39:0:0 chr6 32549481 . C T 180.85 PASS AF=0.260417;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=96;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0485842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.382;QD=7.53537;RBI=0.0490335;REFB=-0.0112082;REVB=0.00662303;RO=63;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356386;STB=0.668173;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0217773;OID=.;OPOS=32549481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:96:63:71:25:25:0.260417:9:16:21:42:9:16:29:42 chr6 32549497 . G A 402.77 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.00233527;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.197;QD=14.6461;RBI=0.0193567;REFB=-0.0217311;REVB=-0.0192154;RO=63;SAF=21;SAR=25;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11764;STB=0.570387;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0255599;OID=.;OPOS=32549497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:64:46:46:0.418182:25:21:36:27:25:21:37:27 chr6 32549501 . A C,T 1626.98 PASS AF=0.589286,0.410714;AO=66,45;DP=111;FAO=66,46;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=40,20;FSAR=26,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170701,-0.029383;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=221.36,147.864;QD=58.1064;RBI=0.0032521,0.0313877;REFB=0,0;REVB=0.00276808,0.0110373;RO=0;SAF=40,20;SAR=26,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.09779e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0207044,-0.0162386;OID=.,.;OPOS=32549501,32549501;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:111:112:0:0:66,45:66,46:0.589286,0.410714:26,25:40,20:0:0:26,26:40,20:0:0 chr6 32549525 . C G 99.87 PASS AF=0.141892;AO=21;DP=141;FAO=21;FDP=148;FR=.;FRO=127;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=67;FSRR=60;FWDB=0.0103901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9928;QD=2.69923;RBI=0.0833969;REFB=-0.00699479;REVB=-0.0827472;RO=120;SAF=10;SAR=11;SRF=67;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103914;STB=0.543953;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0424089;OID=.;OPOS=32549525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:148:120:127:21:21:0.141892:11:10:67:53:11:10:67:60 chr6 32549531 . T C 103.82 PASS AF=0.140127;AO=22;DP=157;FAO=22;FDP=157;FR=.;FRO=135;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=66;FWDB=-0.00828638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.233;QD=2.64502;RBI=0.0203905;REFB=0.00177113;REVB=0.0186308;RO=135;SAF=11;SAR=11;SRF=69;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140359;STB=0.509546;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.0101919;OID=.;OPOS=32549531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:135:135:22:22:0.140127:11:11:69:66:11:11:69:66 chr6 32549540 . C T 846.41 PASS AF=0.521472;AO=80;DP=158;FAO=85;FDP=163;FR=.;FRO=78;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0115319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.92;QD=20.7707;RBI=0.0199662;REFB=-0.032886;REVB=0.0162992;RO=77;SAF=45;SAR=35;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619778;STB=0.519769;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0350233;OID=.;OPOS=32549540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:163:77:78:80:85:0.521472:35:45:38:39:39:46:39:39 chr6 32549548 . G A 424.18 PASS AF=0.323529;AO=55;DP=170;FAO=55;FDP=170;FR=.;FRO=115;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=-0.010522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.553;QD=9.9807;RBI=0.0107974;REFB=-0.0146421;REVB=0.00242331;RO=113;SAF=32;SAR=23;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101275;STB=0.56452;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.021137;OID=.;OPOS=32549548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:113:115:55:55:0.323529:23:32:56:57:23:32:56:59 chr6 32549582 . GTC TCT 280.86 PASS AF=0.24581;AO=43;DP=180;FAO=44;FDP=179;FR=.;FRO=135;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=66;FSRR=69;FWDB=0.0111144;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=3;MLLD=49.4113;QD=6.27615;RBI=0.0256379;REFB=-0.00268962;REVB=0.0231035;RO=128;SAF=19;SAR=24;SRF=63;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630655;STB=0.54332;STBP=0.525;TYPE=mnp;VARB=0.00955007;OID=.;OPOS=32549582;OREF=GTC;OALT=TCT;OMAPALT=TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:128:135:43:44:0.24581:24:19:63:65:25:19:66:69 chr6 32549588 . G A 91.23 PASS AF=0.122222;AO=22;DP=180;FAO=22;FDP=180;FR=.;FRO=158;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=73;FSRR=85;FWDB=-0.010634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.588;QD=2.02727;RBI=0.0110439;REFB=-0.000169651;REVB=-0.00298084;RO=153;SAF=12;SAR=10;SRF=71;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101498;STB=0.572799;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00094803;OID=.;OPOS=32549588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:180:180:153:158:22:22:0.122222:10:12:71:82:10:12:73:85 chr6 32549596 . T C 2703.36 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3374;QD=62.1461;RBI=0.0124996;REFB=0;REVB=0.00717988;RO=0;SAF=85;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54544e-05;OID=.;OPOS=32549596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:173:174:1:88:85:0:0:89:85:0:0 chr6 32549611 . T A 100.47 PASS AF=0.136646;AO=22;DP=161;FAO=22;FDP=161;FR=.;FRO=139;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=67;FSRR=72;FWDB=0.00091976;FXX=0.0122692;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.687;QD=2.49611;RBI=0.014215;REFB=-3.39819e-05;REVB=-0.0141852;RO=137;SAF=13;SAR=9;SRF=66;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137628;STB=0.593823;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.000164367;OID=.;OPOS=32549611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:137:139:22:22:0.136646:9:13:66:71:9:13:67:72 chr6 32549614 . G A 511.36 PASS AF=0.38125;AO=61;DP=160;FAO=61;FDP=160;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0276945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4359;QD=12.7841;RBI=0.0278971;REFB=0.00411234;REVB=0.00335522;RO=99;SAF=31;SAR=30;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144739;STB=0.508194;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0103073;OID=.;OPOS=32549614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:99:99:61:61:0.38125:30:31:49:50:30:31:49:50 chr6 32551948 . G T 575.79 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.735;QD=60.609;RBI=0.0394928;REFB=0;REVB=0.00532898;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295007;OID=.;OPOS=32551948;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:12:26:0:0 chr6 32551957 . GC CT,TC 559.46 PASS AF=0.923077,0.0512821;AO=36,2;DP=41;FAO=36,2;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=24,2;FSAR=12,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00851385,0.00447892;FXX=0.0487686;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=136.559,89.407;QD=57.3801;RBI=0.034775,0.0429349;REFB=-0.0128008,-0.0636164;REVB=0.0337167,0.0427007;RO=1;SAF=24,2;SAR=12,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0191068,0;STB=0.510198,0.5;STBP=0.594,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000840179,-0.00126388;OID=.,.;OPOS=32551957,32551957;OREF=GC,G;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:41:39:1:1:36,2:36,2:0.923077,0.0512821:12,0:24,2:1:0:12,0:24,2:1:0 chr6 32551970 . T G 609.89 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0208663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.308;QD=56.7341;RBI=0.0450091;REFB=-0.0380313;REVB=0.03988;RO=2;SAF=28;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323315;STB=0.516659;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00640287;OID=.;OPOS=32551970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:2:2:40:41:0.953488:12:28:2:0:12:29:2:0 chr6 32551995 . A G 380.55 PASS AF=0.789474;AO=29;DP=37;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0256833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.785;QD=40.0579;RBI=0.02685;REFB=-0.0422143;REVB=0.00782916;RO=7;SAF=18;SAR=11;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150974;STB=0.590852;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00493295;OID=.;OPOS=32551995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:37:38:7:8:29:30:0.789474:11:18:7:0:12:18:8:0 chr6 32551998 . G A 341.24 PASS AF=0.763158;AO=28;DP=37;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0206522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.371;QD=35.9195;RBI=0.0475937;REFB=-0.021971;REVB=0.0428794;RO=9;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124955;STB=0.569675;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000827131;OID=.;OPOS=32551998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:38:9:9:28:29:0.763158:10:18:8:1:11:18:8:1 chr6 32552029 . A T 400.11 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00995335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8136;QD=53.3479;RBI=0.010106;REFB=0.0035929;REVB=0.00174975;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000158547;OID=.;OPOS=32552029;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:11:18:1:0:11:18:1:0 chr6 32552067 . C T 306.21 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5213;QD=53.2541;RBI=0.122116;REFB=0;REVB=0.029555;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00392797;OID=.;OPOS=32552067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr6 32552072 . T G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0425009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2105;QD=47.8139;RBI=0.0445826;REFB=0.127504;REVB=-0.013464;RO=1;SAF=15;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297929;STB=0.516114;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00491415;OID=.;OPOS=32552072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:6:15:1:0:6:15:1:0 chr6 32552112 . A G 66.31 PASS AF=0.8;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0159725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6317;QD=26.5254;RBI=0.0488541;REFB=-0.0194948;REVB=-0.0461693;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223089;STB=0.635964;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0436004;OID=.;OPOS=32552112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:10:2:2:7:8:0.8:1:6:1:1:1:7:1:1 chr6 32557483 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0705006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.572;QD=33.4285;RBI=0.0705006;REFB=0;REVB=-9.17023e-06;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00634791;OID=.;OPOS=32557483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 32605257 . C A 336.58 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.00972696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.418;QD=17.2605;RBI=0.0201596;REFB=0.00637541;REVB=-0.0176578;RO=42;SAF=15;SAR=21;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183937;STB=0.60222;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00206264;OID=.;OPOS=32605257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:21:15:10:32:21:15:10:32 chr6 32605274 . T C 474.82 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.00725821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.957;QD=21.5827;RBI=0.0145591;REFB=-0.011181;REVB=0.0126209;RO=42;SAF=19;SAR=27;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138902;STB=0.576328;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0155286;OID=.;OPOS=32605274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:27:19:11:31:27:19:11:31 chr6 32605284 . G A 438.47 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00359972;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.568;QD=18.4617;RBI=0.00745277;REFB=-0.0136287;REVB=-0.00652577;RO=51;SAF=14;SAR=30;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992081;STB=0.55553;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00991785;OID=.;OPOS=32605284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:51:44:44:0.463158:30:14:21:30:30:14:21:30 chr6 32605295 . C T 519.93 PASS AF=0.518868;AO=48;DP=105;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0288418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5829;QD=19.62;RBI=0.029303;REFB=0.000103729;REVB=0.00517879;RO=40;SAF=18;SAR=30;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221823;STB=0.515882;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.000502015;OID=.;OPOS=32605295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:40:51:48:55:0.518868:30:18:14:26:35:20:17:34 chr6 32605309 . A G 374.62 PASS AF=0.417476;AO=41;DP=102;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0298644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.065;QD=14.5484;RBI=0.0298962;REFB=-0.0241896;REVB=-0.00137862;RO=60;SAF=16;SAR=25;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261955;STB=0.503387;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0281067;OID=.;OPOS=32605309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:60:60:41:43:0.417476:25:16:22:38:27:16:22:38 chr6 32606695 . T C 1148.83 PASS AF=0.611765;AO=104;DP=170;FAO=104;FDP=170;FR=.;FRO=66;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0342751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.362;QD=27.0312;RBI=0.0461535;REFB=-0.0597465;REVB=0.0309091;RO=66;SAF=54;SAR=50;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463939;STB=0.525097;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0196525;OID=.;OPOS=32606695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:66:66:104:104:0.611765:50:54:30:36:50:54:30:36 chr6 32606701 . A G 1172.92 PASS AF=0.609195;AO=105;DP=172;FAO=106;FDP=174;FR=.;FRO=68;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0501101;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4745;QD=26.9637;RBI=0.0533853;REFB=-0.0207375;REVB=0.018411;RO=66;SAF=55;SAR=50;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494108;STB=0.53033;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00675462;OID=.;OPOS=32606701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:66:68:105:106:0.609195:50:55:30:36:51:55:30:38 chr6 32606732 . G A 769.32 PASS AF=0.422886;AO=85;DP=201;FAO=85;FDP=201;FR=.;FRO=116;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=52;FSRR=64;FWDB=0.00665658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.38;QD=15.3098;RBI=0.0337124;REFB=-0.013412;REVB=-0.0330487;RO=115;SAF=39;SAR=46;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00690024;STB=0.506133;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0173018;OID=.;OPOS=32606732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:115:116:85:85:0.422886:46:39:52:63:46:39:52:64 chr6 32609173 . C G 1115.4 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.248;QD=60.2916;RBI=0.0619635;REFB=0;REVB=0.018011;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181359;OID=.;OPOS=32609173;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:44:29:0:0:44:30:0:0 chr6 32609746 . C T 100.27 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0016207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2956;QD=8.02143;RBI=0.00802378;REFB=0.00598494;REVB=0.0078584;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313917;STB=0.687657;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0329846;OID=.;OPOS=32609746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:6:7:29:8:6:7:29:8 chr6 32609813 . T C 95.14 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=7;FWDB=-0.0384341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.644;QD=7.04711;RBI=0.0409952;REFB=-0.0164518;REVB=-0.0142629;RO=40;SAF=8;SAR=4;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247676;STB=0.650586;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0617098;OID=.;OPOS=32609813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:54:54:40:40:12:12:0.222222:4:8:33:7:4:8:33:7 chr6 32610008 . CC TG 332.35 PASS AF=0.352941;AO=41;DP=120;FAO=42;FDP=119;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=-0.00130534;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=2;MLLD=227.342;QD=11.1714;RBI=0.0334535;REFB=-0.00404568;REVB=-0.033428;RO=77;SAF=16;SAR=25;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287892;STB=0.669189;STBP=0.012;TYPE=mnp;VARB=0.00907331;OID=.;OPOS=32610008;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:77:77:41:42:0.352941:25:16:50:27:26:16:50:27 chr6 32610047 . T C 381.59 PASS AF=0.368;AO=46;DP=125;FAO=46;FDP=125;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=0.014058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0155;QD=12.211;RBI=0.0470642;REFB=0.00685786;REVB=0.0449157;RO=79;SAF=16;SAR=30;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260232;STB=0.648471;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0093076;OID=.;OPOS=32610047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:79:79:46:46:0.368:30:16:46:33:30:16:46:33 chr6 32610059 . T G 359.52 PASS AF=0.360656;AO=44;DP=122;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.00597247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.269;QD=11.7875;RBI=0.00610351;REFB=-0.0136889;REVB=0.00125794;RO=77;SAF=13;SAR=31;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351567;STB=0.704452;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0180932;OID=.;OPOS=32610059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:77:78:44:44:0.360656:31:13:47:30:31:13:48:30 chr6 32610099 . TC T 100.69 PASS AF=0.291139;AO=24;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.106692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.426;QD=5.09796;RBI=0.108592;REFB=-0.0135294;REVB=-0.0202282;RO=49;SAF=3;SAR=21;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455421;STB=0.858585;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.022181;OID=.;OPOS=32610100;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291139:24:79:23:79:56:2:21:27:29:99:49:3:21:21:28 chr6 32610109 . A C 120.71 PASS AF=0.257576;AO=16;DP=67;FAO=17;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.100505;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.0919;QD=7.31558;RBI=0.103838;REFB=-0.00705457;REVB=-0.0260951;RO=32;SAF=1;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601082;STB=0.836463;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0103747;OID=.;OPOS=32610109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:47:16:17:0.257576:15:1:14:18:15:2:24:23 chr6 32610134 . G A 94.64 PASS AF=0.245614;AO=13;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0404043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.948;QD=6.64142;RBI=0.0410363;REFB=0.000548232;REVB=-0.00717417;RO=43;SAF=1;SAR=12;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512061;STB=0.84611;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00158851;OID=.;OPOS=32610134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:13:14:0.245614:12:1:16:27:13:1:16:27 chr6 32610401 . G A 282.41 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00231359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.932;QD=12.4138;RBI=0.0103979;REFB=-0.00163808;REVB=0.0101372;RO=56;SAF=22;SAR=11;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151636;STB=0.589092;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0078028;OID=.;OPOS=32610401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:58:33:33:0.362637:11:22:30:26:11:22:31:27 chr6 32610403 . C A 280.81 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00420299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.352;QD=12.0777;RBI=0.00803669;REFB=0.00189975;REVB=-0.00685005;RO=60;SAF=22;SAR=11;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157127;STB=0.590852;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00236435;OID=.;OPOS=32610403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:60:33:33:0.354839:11:22:32:28:11:22:32:28 chr6 32610436 . T C 1534.26 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0851509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.219;QD=62.6228;RBI=0.104878;REFB=-0.13721;REVB=0.0612266;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000738739;OID=.;OPOS=32610436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:42:55:0:0:42:55:0:1 chr6 32610461 . A G 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.321;QD=63.4765;RBI=0.0126091;REFB=0;REVB=-0.00517045;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28112e-06;OID=.;OPOS=32610461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:43:51:0:0:43:51:0:0 chr6 32610478 . C G 140.33 PASS AF=0.233333;AO=21;DP=90;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0204227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.089;QD=6.23686;RBI=0.0255004;REFB=-0.00263266;REVB=-0.0152703;RO=69;SAF=13;SAR=8;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175796;STB=0.608407;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00950107;OID=.;OPOS=32610478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:69:69:21:21:0.233333:8:13:33:36:8:13:33:36 chr6 32610481 . T C 131.2 PASS AF=0.224719;AO=20;DP=89;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0350202;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.937;QD=5.89681;RBI=0.0369509;REFB=0.00543472;REVB=-0.0117879;RO=68;SAF=12;SAR=8;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143446;STB=0.5945;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00498069;OID=.;OPOS=32610481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:68:69:20:20:0.224719:8:12:33:35:8:12:33:36 chr6 32610487 . C G 130.95 PASS AF=0.227273;AO=20;DP=88;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0264366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6096;QD=5.95207;RBI=0.0277808;REFB=0.00687829;REVB=0.0085372;RO=67;SAF=13;SAR=7;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23366;STB=0.639448;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0180122;OID=.;OPOS=32610487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:67:68:20:20:0.227273:7:13:31:36:7:13:32:36 chr6 32610495 . A G 112.87 PASS AF=0.214286;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.118998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5862;QD=5.37488;RBI=0.119013;REFB=-0.00318247;REVB=0.00190329;RO=65;SAF=12;SAR=6;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256931;STB=0.655825;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00746002;OID=.;OPOS=32610495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:65:66:18:18:0.214286:6:12:30:35:6:12:31:35 chr6 32610695 . C T 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0147709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.369;QD=9.13236;RBI=0.0149046;REFB=-0.0108131;REVB=-0.00199157;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390753;STB=0.749375;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00753676;OID=.;OPOS=32610695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:9:1:7:15:9:1:7:15 chr6 32610704 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.287;QD=56.191;RBI=0.047146;REFB=0;REVB=0.012101;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576563;OID=.;OPOS=32610704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr6 32610718 . C T 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0135323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.952;QD=11.1309;RBI=0.0364613;REFB=-0.0150354;REVB=0.0338572;RO=17;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466808;STB=0.790488;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0364974;OID=.;OPOS=32610718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:9:1:7:10:9:1:7:10 chr6 32610736 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0302177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4565;QD=7.83698;RBI=0.0302225;REFB=-0.0313342;REVB=0.000541568;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343725;STB=0.723385;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0674308;OID=.;OPOS=32610736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:6:10:6:1:6:10 chr6 32610747 . G C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0626371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8999;QD=7.83703;RBI=0.0629401;REFB=-0.0260991;REVB=-0.00616859;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343725;STB=0.723385;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0302221;OID=.;OPOS=32610747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:6:10:6:1:6:10 chr6 32610751 . A G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0604305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1636;QD=8.24613;RBI=0.0750823;REFB=0.00821845;REVB=0.0445589;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296779;STB=0.691662;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00649304;OID=.;OPOS=32610751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:5:10:6:1:5:10 chr6 32610757 . A G 260.18 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454384;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9611;QD=52.0355;RBI=0.0484736;REFB=0;REVB=0.0168832;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170086;OID=.;OPOS=32610757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:14:5:0:0:14:6:0:0 chr6 32610769 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000724884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.064;QD=50.4135;RBI=0.0206015;REFB=0;REVB=0.0205887;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128416;OID=.;OPOS=32610769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr6 32627988 . A G 143.48 PASS AF=0.823529;AO=13;DP=16;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0143284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.385;QD=33.7599;RBI=0.0268725;REFB=-0.00404808;REVB=-0.0227338;RO=3;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018345;STB=0.517217;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00231856;OID=.;OPOS=32627988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:17:3:3:13:14:0.823529:5:8:2:1:6:8:2:1 chr6 32627991 . C T 129.39 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0214008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5572;QD=32.3466;RBI=0.0326483;REFB=0.004425;REVB=-0.024656;RO=3;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018345;STB=0.510188;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.0122869;OID=.;OPOS=32627991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:5:8:2:1:5:8:2:1 chr6 32628001 . T C 126.12 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=15;FAO=12;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0412422;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6164;QD=36.0335;RBI=0.0807384;REFB=-0.0577262;REVB=0.0694101;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562399;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0161783;OID=.;OPOS=32628001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:14:2:2:6:12:0.857143:0:6:2:0:5:7:2:0 chr6 32628045 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.981;QD=48.7373;RBI=0.0601442;REFB=0;REVB=0.0192845;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495616;OID=.;OPOS=32628045;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr6 32629129 . T C 552.21 PASS AF=0.886364;AO=39;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0414101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.775;QD=50.2004;RBI=0.0433278;REFB=-0.0352328;REVB=0.0127475;RO=5;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418172;STB=0.522377;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00520852;OID=.;OPOS=32629129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:44:44:5:5:39:39:0.886364:24:15:1:4:24:15:1:4 chr6 32629155 . C A 536.19 PASS AF=0.829787;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00775254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8937;QD=45.6331;RBI=0.092548;REFB=-0.0260272;REVB=0.0922228;RO=6;SAF=17;SAR=22;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260204;STB=0.532422;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00679318;OID=.;OPOS=32629155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:6:8:39:39:0.829787:22:17:2:4:22:17:2:6 chr6 32629161 . A G 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0180546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.674;QD=2.5689;RBI=0.018749;REFB=0.00123935;REVB=0.0050552;RO=44;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145686;STB=0.610732;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0226822;OID=.;OPOS=32629161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:4:2:20:24:4:2:20:24 chr6 32629193 . C T 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00827043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.217;QD=2.4954;RBI=0.0209311;REFB=-0.0105665;REVB=0.0192278;RO=45;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559961;STB=0.542711;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0551691;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:4:2:17:28:4:2:17:28 chr6 32629755 . G A 139.63 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.000937132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.239;QD=12.6933;RBI=0.0261907;REFB=-0.00628254;REVB=-0.0261739;RO=28;SAF=14;SAR=2;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237287;STB=0.642648;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0444733;OID=.;OPOS=32629755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:2:14:21:7:2:14:21:7 chr6 32629764 . C T 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00187201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.311;QD=13.9482;RBI=0.0278025;REFB=-0.0128611;REVB=-0.0277394;RO=26;SAF=14;SAR=3;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898525;STB=0.578412;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0147947;OID=.;OPOS=32629764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:27:17:17:0.386364:3:14:20:6:3:14:20:7 chr6 32629802 . A G 190.89 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0129878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.782;QD=12.3157;RBI=0.0140966;REFB=-0.00860995;REVB=-0.00548006;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103653;STB=0.547714;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0160588;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:38:38:23:24:0.387097:10:13:25:13:10:14:25:13 chr6 32629847 . A G 1207.55 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2299;QD=61.1417;RBI=0.0803651;REFB=0;REVB=-0.0493501;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000879156;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr6 32629859 . A G 1227.4 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.149;QD=61.3702;RBI=0.0193768;REFB=0;REVB=-0.00272359;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85212e-05;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:31:49:0:0:31:49:0:0 chr6 32629868 . A G 502.42 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0256578;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.744;QD=24.5084;RBI=0.0281038;REFB=-0.000709704;REVB=-0.0114674;RO=35;SAF=33;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206255;STB=0.613471;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000833271;OID=.;OPOS=32629868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:47:47:0.573171:14:33:16:19:14:33:16:19 chr6 32629889 . G A 225.33 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00516266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.688;QD=10.9917;RBI=0.00661183;REFB=0.00509889;REVB=0.00413078;RO=54;SAF=12;SAR=16;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224985;STB=0.630047;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00844621;OID=.;OPOS=32629889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:54:28:28:0.341463:16:12:34:20:16:12:34:20 chr6 32629891 . C T 225.73 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0280092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2393;QD=11.1472;RBI=0.0316823;REFB=-0.0047927;REVB=-0.0148073;RO=51;SAF=12;SAR=16;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198083;STB=0.624913;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0201662;OID=.;OPOS=32629891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:51:53:28:28:0.345679:16:12:31:20:16:12:33:20 chr6 32629904 . A G 251.61 PASS AF=0.365854;AO=29;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00730215;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.826;QD=12.2735;RBI=0.0142736;REFB=-0.0308065;REVB=0.0122643;RO=53;SAF=13;SAR=16;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193195;STB=0.61389;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0272762;OID=.;OPOS=32629904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:52:29:30:0.365854:16:13:33:20:17:13:32:20 chr6 32629935 . C G 212.74 PASS AF=0.358974;AO=24;DP=74;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0116864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.892;QD=10.9099;RBI=0.0120867;REFB=-0.00217131;REVB=0.0030848;RO=50;SAF=9;SAR=15;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21299;STB=0.630902;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0374454;OID=.;OPOS=32629935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:50:50:24:28:0.358974:15:9:28:22:18:10:28:22 chr6 32629936 . C T 559.42 PASS AF=0.641026;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00574097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.282;QD=28.6883;RBI=0.00584788;REFB=-0.00159664;REVB=-0.00111306;RO=28;SAF=28;SAR=22;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133606;STB=0.572568;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00642952;OID=.;OPOS=32629936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:28:28:50:50:0.641026:22:28:10:18:22:28:10:18 chr6 32629955 . C T 172.78 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00775908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.617;QD=9.4675;RBI=0.0165881;REFB=0.00279121;REVB=0.0146616;RO=50;SAF=7;SAR=16;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215552;STB=0.627733;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00423807;OID=.;OPOS=32629955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:16:7:24:26:16:7:24:26 chr6 32629963 . C T 554.33 PASS AF=0.671233;AO=49;DP=73;FAO=49;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0270002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8451;QD=30.3743;RBI=0.0590041;REFB=0.00145612;REVB=-0.052464;RO=24;SAF=22;SAR=27;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715123;STB=0.538709;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00118668;OID=.;OPOS=32629963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:24:24:49:49:0.671233:27:22:8:16:27:22:8:16 chr6 32630028 . G A 487.29 PASS AF=0.676923;AO=43;DP=64;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0271357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.034;QD=29.987;RBI=0.0279918;REFB=-0.0368797;REVB=0.00686976;RO=21;SAF=17;SAR=26;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00911563;STB=0.501844;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0191776;OID=.;OPOS=32630028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:21:21:43:44:0.676923:26:17:8:13:27:17:8:13 chr6 32632587 . A G 428.69 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5221;QD=57.1586;RBI=0.0738024;REFB=0;REVB=0.0657281;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713809;OID=.;OPOS=32632587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr6 32632598 . A T 483.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.616;QD=58.56;RBI=0.042553;REFB=0;REVB=0.025235;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202382;OID=.;OPOS=32632598;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:18:15:0:0 chr6 32632628 . G C 374.22 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0148835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.538;QD=31.8483;RBI=0.0151776;REFB=-0.0249952;REVB=-0.00297355;RO=16;SAF=13;SAR=18;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284835;STB=0.515571;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00556536;OID=.;OPOS=32632628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:18:13:6:10:18:13:6:10 chr6 32632637 . TC GA 344.92 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0111166;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.763;QD=29.9932;RBI=0.0383235;REFB=-0.0167047;REVB=0.0366757;RO=16;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722961;STB=0.532764;STBP=0.559;TYPE=mnp;VARB=0.00818858;OID=.;OPOS=32632637;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:27:28:0.608696:14:13:6:10:15:13:6:10 chr6 32632647 . T C 323.03 PASS AF=0.608696;AO=26;DP=44;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0126529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.879;QD=28.0895;RBI=0.0321301;REFB=-0.0797993;REVB=0.0295338;RO=18;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0033317;STB=0.515912;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0083255;OID=.;OPOS=32632647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:18:18:26:28:0.608696:16:10:7:11:16:12:7:11 chr6 32632650 . C T 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00807143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.606;QD=13.6997;RBI=0.0119107;REFB=-0.0134048;REVB=-0.00875883;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124903;STB=0.507273;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0293789;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:11:7:12:18:11:7:12:18 chr6 32632687 . AT AA,GG 714.3 PASS AF=0.462963,0.518519;AO=25,28;DP=54;FAO=25,28;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=6,12;FSAR=19,16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000889987,-0.00169769;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=155.612,168.307;QD=52.9113;RBI=0.0183356,0.00864881;REFB=-0.00129093,-0.157189;REVB=0.018314,0.00848055;RO=1;SAF=6,12;SAR=19,16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0711625,-0.0372036;STB=0.53843,0.519986;STBP=0.147,0.277;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00523357,0.00998873;OID=.,.;OPOS=32632688,32632687;OREF=T,AT;OALT=A,GG;OMAPALT=AA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:54:54:1:1:25,28:25,28:0.462963,0.518519:19,16:6,12:1:0:19,16:6,12:1:0 chr6 32632694 . C G 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0100801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7013;QD=18.7763;RBI=0.0243956;REFB=-0.0120311;REVB=-0.0222157;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740284;STB=0.54137;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0238211;OID=.;OPOS=32632694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:16:10:8:18:16:10:8:18 chr6 32632700 . T A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00561102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.32;QD=20.8994;RBI=0.0148092;REFB=-0.00866154;REVB=0.013705;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155756;STB=0.586149;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0046797;OID=.;OPOS=32632700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:16:12:6:18:16:12:6:18 chr6 32632711 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0598457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.324;QD=14.2416;RBI=0.0598923;REFB=-0.00594188;REVB=-0.00236269;RO=30;SAF=4;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320237;STB=0.698073;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0170714;OID=.;OPOS=32632711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:18:4:13:17:18:4:14:17 chr6 32632714 . G C 733.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.387;QD=56.4574;RBI=0.0228445;REFB=0;REVB=0.0108916;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318565;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:33:18:0:0:34:18:0:0 chr6 32632717 . G A 289.87 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00316346;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.573;QD=22.7348;RBI=0.0150796;REFB=-0.00795484;REVB=0.014744;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178574;STB=0.598262;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.018792;OID=.;OPOS=32632717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:16:13:5:17:16:13:5:17 chr6 32632744 . C T 462.49 PASS AF=0.734694;AO=36;DP=50;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0234871;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.667;QD=37.754;RBI=0.0302778;REFB=-0.0266437;REVB=-0.0191077;RO=12;SAF=15;SAR=21;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804462;STB=0.551574;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0121651;OID=.;OPOS=32632744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:12:13:36:36:0.734694:21:15:3:9:21:15:3:10 chr6 32632745 . G A 88.97 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00654796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.069;QD=7.11782;RBI=0.00806945;REFB=-0.00717875;REVB=-0.00471596;RO=38;SAF=3;SAR=9;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200768;STB=0.627679;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0443224;OID=.;OPOS=32632745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:9:3:15:23:9:3:15:23 chr6 32632770 . A G 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0382888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4464;QD=5.12635;RBI=0.0485612;REFB=0.00184211;REVB=-0.029869;RO=37;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486219;STB=0.531949;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00779999;OID=.;OPOS=32632770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:5:4:15:22:5:4:15:22 chr6 32632781 . AGA CCC 56.87 PASS AF=0.179487;AO=8;DP=40;FAO=7;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.021585;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=3;MLLD=217.475;QD=5.83274;RBI=0.0219437;REFB=-0.00618022;REVB=-0.00395105;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206554;STB=0.557973;STBP=0.781;TYPE=mnp;VARB=0.0269759;OID=.;OPOS=32632781;OREF=AGA;OALT=CCC;OMAPALT=CCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:40:39:29:30:8:7:0.179487:4:4:14:15:4:3:15:15 chr6 32632818 . T G 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00901966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.605;QD=4.30365;RBI=0.0122253;REFB=-0.00491199;REVB=0.00825252;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00517991;OID=.;OPOS=32632818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:13:13:3:3:13:13 chr6 32632832 . A T 298.18 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166392;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.639;QD=49.6974;RBI=0.018376;REFB=-0.00810939;REVB=0.00779846;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342828;STB=0.518502;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000221875;OID=.;OPOS=32632832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:24:1:1:23:23:0.958333:13:10:0:1:13:10:0:1 chr6 32634300 . GTAG CCGG,GTGA 378.97 PASS AF=0.285714,0.714286;AO=7,20;DP=27;FAO=8,20;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4,4;FSAR=4,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133257,-0.0117043;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=208.393,102.769;QD=54.1388;RBI=0.0233087,0.0144396;REFB=0,0;REVB=-0.0191238,-0.00845639;RO=0;SAF=3,4;SAR=4,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0239114,0.00126467;OID=.,.;OPOS=32634300,32634302;OREF=GTA,AG;OALT=CCG,GA;OMAPALT=CCGG,GTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:52:27:28:0:0:7,20:8,20:0.285714,0.714286:4,16:3,4:0:0:4,16:4,4:0:0 chr6 32634306 . A T 52.85 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0242643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.138;QD=7.04728;RBI=0.0272574;REFB=-0.00847993;REVB=-0.0124181;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385824;STB=0.732877;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0757969;OID=.;OPOS=32634306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:4:18:4:4:4:18 chr6 32634313 . C G 249.37 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00227338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.86;QD=33.2497;RBI=0.00317982;REFB=-0.0183247;REVB=0.00222328;RO=8;SAF=4;SAR=18;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217777;STB=0.620567;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00421006;OID=.;OPOS=32634313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:18:4:4:4:18:4:4:4 chr6 32634331 . G C 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00994543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.562;QD=8.40246;RBI=0.0405301;REFB=-0.00232806;REVB=-0.0392909;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410712;STB=0.744243;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00430915;OID=.;OPOS=32634331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:4:17:4:5:4:17 chr6 32634350 . T C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0236196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.325;QD=8.73784;RBI=0.0242802;REFB=-0.0080634;REVB=-0.00562523;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452618;STB=0.765972;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0265522;OID=.;OPOS=32634350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:3:17:4:5:3:17 chr6 32634355 . G A 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0285945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.559;QD=7.62901;RBI=0.0320941;REFB=-0.00659889;REVB=0.0145736;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419435;STB=0.749531;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0137146;OID=.;OPOS=32634355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:3:17:4:4:3:17 chr6 32634369 . C A 218.58 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00487043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.176;QD=31.225;RBI=0.0220478;REFB=-0.024138;REVB=0.0215031;RO=8;SAF=3;SAR=17;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275167;STB=0.653668;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00800121;OID=.;OPOS=32634369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:17:3:4:4:17:3:4:4 chr6 32634387 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.558;QD=52.6131;RBI=0.0187763;REFB=0;REVB=0.0118557;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203435;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr6 32636040 . T C 175.66 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3707;QD=46.8421;RBI=0.0560635;REFB=0;REVB=0.0478147;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280508;OID=.;OPOS=32636040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:9:6:0:0 chr6 32636073 . A G 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0317789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5945;QD=45.4841;RBI=0.0612369;REFB=-0.0358606;REVB=0.0523456;RO=2;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224789;STB=0.512184;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00610474;OID=.;OPOS=32636073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:14:8:1:1:14:8:1:1 chr6 32636221 . T G 32.72 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00732738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6602;QD=2.84527;RBI=0.0244068;REFB=-0.00419314;REVB=-0.0232809;RO=40;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332748;STB=0.738995;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0286123;OID=.;OPOS=32636221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:2:4:15:25:2:4:15:25 chr6 32636263 . T A 383.57 PASS AF=0.810811;AO=30;DP=37;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0161782;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.202;QD=41.4669;RBI=0.0162014;REFB=-0.0271973;REVB=-0.000866825;RO=7;SAF=13;SAR=17;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487898;STB=0.526394;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00797331;OID=.;OPOS=32636263;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:7:7:30:30:0.810811:17:13:4:3:17:13:4:3 chr6 32636364 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00803455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.639;QD=52.6125;RBI=0.0372958;REFB=0;REVB=0.0364201;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455072;OID=.;OPOS=32636364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr6 32636385 . A T 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8216;QD=53.9088;RBI=0.0657996;REFB=0;REVB=0.0656284;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760757;OID=.;OPOS=32636385;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr6 32636392 . T A 62.68 PASS AF=0.45;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0169873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.906;QD=12.5366;RBI=0.0234727;REFB=-0.00630503;REVB=0.0161987;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380216;STB=0.698535;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0139274;OID=.;OPOS=32636392;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:19:20:10:11:8:9:0.45:5:3:8:2:5:4:9:2 chr6 32636434 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00278237;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.235;QD=11.9539;RBI=0.0290659;REFB=-0.0121757;REVB=-0.0289325;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043798;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0148252;OID=.;OPOS=32636434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:5:6:4:4:5:6 chr6 32636443 . A C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0126982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.333;QD=14.3342;RBI=0.01618;REFB=-0.00365637;REVB=-0.0100274;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138165;STB=0.581216;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0193706;OID=.;OPOS=32636443;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:4:6:4:5:4:6 chr6 32709309 . A G 518.37 PASS AF=0.474138;AO=52;DP=115;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=-0.00555276;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.256;QD=17.8749;RBI=0.00565211;REFB=-0.0527053;REVB=0.00105508;RO=61;SAF=20;SAR=32;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941607;STB=0.539778;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0414359;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:61:61:52:55:0.474138:32:20:18:43:35:20:18:43 chr6 32713827 . C T 38.69 PASS AF=0.077381;AO=13;DP=168;FAO=13;FDP=168;FR=.;FRO=155;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=85;FSRR=70;FWDB=0.011471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.211;QD=0.9213;RBI=0.013914;REFB=-0.00169083;REVB=-0.00787498;RO=154;SAF=8;SAR=5;SRF=85;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725706;STB=0.563282;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0171808;OID=.;OPOS=32713827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:168:168:154:155:13:13:0.077381:5:8:85:69:5:8:85:70 chr6 32714164 . T C 34.7 PASS AF=0.0862069;AO=9;DP=115;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=73;FWDB=-0.00463626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.741;QD=1.19664;RBI=0.0210932;REFB=-0.00436141;REVB=-0.0205773;RO=106;SAF=5;SAR=4;SRF=33;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275935;STB=0.747158;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0593375;OID=.;OPOS=32714164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:115:116:106:106:9:10:0.0862069:4:5:33:73:4:6:33:73 chr6 32714168 . A G 36.61 PASS AF=0.0884956;AO=10;DP=113;FAO=10;FDP=113;FR=.;FRO=103;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=71;FWDB=-0.0113487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.289;QD=1.29605;RBI=0.0149936;REFB=0.00150596;REVB=0.00979871;RO=103;SAF=6;SAR=4;SRF=32;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330333;STB=0.747094;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0151509;OID=.;OPOS=32714168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:113:113:103:103:10:10:0.0884956:4:6:32:71:4:6:32:71 chr6 32726838 . C T 957.66 PASS AF=0.51087;AO=94;DP=184;FAO=94;FDP=184;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0219605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.98;QD=20.8187;RBI=0.0357058;REFB=-0.0020709;REVB=0.0281539;RO=89;SAF=39;SAR=55;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109974;STB=0.509257;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00195911;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:89:90:94:94:0.51087:55:39:38:51:55:39:39:51 chr6 32796653 . C A 284.27 PASS AF=0.304;AO=38;DP=126;FAO=38;FDP=125;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=29;FWDB=-0.00598171;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.119;QD=9.09655;RBI=0.00897377;REFB=-0.0172676;REVB=0.00668937;RO=85;SAF=29;SAR=9;SRF=58;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121215;STB=0.584568;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0302453;OID=.;OPOS=32796653;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:85:87:38:38:0.304:9:29:58:27:9:29:58:29 chr6 32796685 . A G 363.69 PASS AF=0.308725;AO=46;DP=149;FAO=46;FDP=149;FR=.;FRO=103;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=-0.0238771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.298;QD=9.76361;RBI=0.0401767;REFB=-0.0142645;REVB=-0.0323118;RO=100;SAF=36;SAR=10;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314616;STB=0.690354;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0245455;OID=.;OPOS=32796685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:100:103:46:46:0.308725:10:36:55:45:10:36:56:47 chr6 32796751 . T C 807.77 PASS AF=0.436275;AO=88;DP=203;FAO=89;FDP=204;FR=.;FRO=115;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=50;FSRR=65;FWDB=-0.0874658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7083;QD=15.8386;RBI=0.088282;REFB=-0.027892;REVB=-0.0119763;RO=115;SAF=33;SAR=55;SRF=50;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636117;STB=0.531027;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0328981;OID=.;OPOS=32796751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:115:115:88:89:0.436275:55:33:50:65:55:34:50:65 chr6 32796793 . G A 948.47 PASS AF=0.558282;AO=90;DP=162;FAO=91;FDP=163;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.00595804;FXX=0.00609719;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.987;QD=23.2754;RBI=0.0111155;REFB=-0.00982976;REVB=-0.0093838;RO=72;SAF=45;SAR=45;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101958;STB=0.552844;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00644025;OID=.;OPOS=32796793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:72:72:90:91:0.558282:45:45:27:45:46:45:27:45 chr6 32797297 . T C 218.98 PASS AF=0.412698;AO=27;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0247646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4811;QD=13.9036;RBI=0.0295591;REFB=0.0103026;REVB=-0.0161386;RO=34;SAF=4;SAR=23;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263985;STB=0.632068;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0140035;OID=.;OPOS=32797297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:37:27:26:0.412698:23:4:11:23:22:4:11:26 chr6 32800224 . C A 772.85 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0204077;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.292;QD=50.6785;RBI=0.0549768;REFB=-0.014753;REVB=0.0510487;RO=4;SAF=27;SAR=30;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341275;STB=0.518128;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000733872;OID=.;OPOS=32800224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:61:4:4:57:57:0.934426:30:27:3:1:30:27:3:1 chr6 32823948 . G A 721.41 PASS AF=0.482993;AO=71;DP=150;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0105266;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1542;QD=19.6301;RBI=0.0171186;REFB=-0.00290067;REVB=-0.0134996;RO=75;SAF=32;SAR=39;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00246784;STB=0.505121;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0031542;OID=.;OPOS=32823948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:147:75:76:71:71:0.482993:39:32:34:41:39:32:35:41 chr6 32826233 . A G 523.22 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0272158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.676;QD=23.7828;RBI=0.0294907;REFB=-0.0125183;REVB=0.0113579;RO=38;SAF=23;SAR=26;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387427;STB=0.526379;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0110404;OID=.;OPOS=32826233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:38:39:49:49:0.556818:26:23:16:22:26:23:16:23 chr6 32904981 . G A 927.18 PASS AF=0.559006;AO=89;DP=160;FAO=90;FDP=161;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=-0.00542545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.662;QD=23.0356;RBI=0.00624684;REFB=-0.00314959;REVB=-0.00309637;RO=71;SAF=43;SAR=46;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107301;STB=0.55579;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0026186;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:71:71:89:90:0.559006:46:43:25:46:47:43:25:46 chr6 32939894 . G T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.26;QD=15.9166;RBI=0.0101315;REFB=-0.00106814;REVB=0.0101315;RO=15;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105489;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:13:0:0:15:13:0:0:15 chr6 32948607 . C T 137.91 PASS AF=0.736842;AO=9;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0117301;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=238.78;QD=29.0338;RBI=0.0119384;REFB=0.0123558;REVB=0.00222042;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535662;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00456138;OID=.;OPOS=32948607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:0:5:9:14:0.736842:5:4:0:0:10:4:2:3 chr6 32948804 . C T 432.13 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00705687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.45;QD=17.8198;RBI=0.00752219;REFB=-0.00441593;REVB=-0.0026046;RO=53;SAF=28;SAR=16;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913318;STB=0.551157;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0030997;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:16:28:29:24:16:28:29:24 chr6 32974934 . G A 334.35 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00016173;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.141;QD=19.106;RBI=0.0452898;REFB=-0.0275363;REVB=0.0452895;RO=33;SAF=22;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206343;STB=0.628498;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0146553;OID=.;OPOS=32974934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:33:35:35:35:0.5:13:22:13:20:13:22:13:22 chr6 32975014 . T C 523.07 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00670119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1775;QD=26.4847;RBI=0.0272171;REFB=-0.015426;REVB=0.0263792;RO=31;SAF=27;SAR=21;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193837;STB=0.605591;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0223743;OID=.;OPOS=32975014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:31:48:48:0.607595:21:27:9:22:21:27:9:22 chr6 32975257 . C T 619.79 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.0132147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8457;QD=17.8357;RBI=0.0210067;REFB=-0.00749021;REVB=-0.0163296;RO=75;SAF=39;SAR=25;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215325;STB=0.619565;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00755638;OID=.;OPOS=32975257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:75:75:64:64:0.460432:25:39:29:46:25:39:29:46 chr6 32975869 . G A 338.34 PASS AF=0.46988;AO=26;DP=82;FAO=39;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0236841;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8464;QD=16.3056;RBI=0.126711;REFB=-0.100512;REVB=0.124478;RO=43;SAF=4;SAR=22;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326218;STB=0.526868;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.10877;OID=.;OPOS=32975869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:43:44:26:39:0.46988:22:4:16:27:22:17:17:27 chr6 32977315 . A G 65.23 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0587249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7742;QD=10.8709;RBI=0.0762073;REFB=-0.0347423;REVB=0.0485688;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149263;STB=0.588062;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0267664;OID=.;OPOS=32977315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:2:7:13:2:2:7:13:2 chr6 33036435 . T G 161.98 PASS AF=0.392157;AO=12;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0124635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.731;QD=12.7044;RBI=0.0376435;REFB=-0.00669146;REVB=-0.0355203;RO=30;SAF=12;SAR=0;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.756668;STB=0.866168;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0938216;OID=.;OPOS=33036435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:12:20:0.392157:0:12:18:12:1:19:19:12 chr6 33036505 . G C 341.01 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00306194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.447;QD=20.9854;RBI=0.0657503;REFB=-0.00902502;REVB=0.0656789;RO=29;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359198;STB=0.526675;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00557404;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:30:35:35:0.538462:16:19:17:12:16:19:18:12 chr6 33036853 . A C 560.3 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=49;FWDB=-0.0108264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.836;QD=17.6473;RBI=0.0154762;REFB=-0.0238767;REVB=-0.011059;RO=66;SAF=26;SAR=33;SRF=19;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151046;STB=0.58941;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0335097;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:68:59:59:0.464567:33:26:19:47:33:26:19:49 chr6 33036951 . A G 540.32 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00819569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.713;QD=18.0108;RBI=0.0136018;REFB=-0.0139856;REVB=-0.0108554;RO=63;SAF=33;SAR=24;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142251;STB=0.57892;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0338662;OID=.;OPOS=33036951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:57:57:0.475:24:33:27:36:24:33:27:36 chr6 33036959 . G A 558.14 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.00400647;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.696;QD=18.4508;RBI=0.00832747;REFB=-0.00402425;REVB=0.00730034;RO=62;SAF=33;SAR=25;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124477;STB=0.572989;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00436963;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:62:63:58:58:0.479339:25:33:27:35:25:33:27:36 chr6 33036971 . C T 617.55 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.044158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.687;QD=19.1488;RBI=0.0506144;REFB=-0.0193639;REVB=-0.0247365;RO=66;SAF=36;SAR=27;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122279;STB=0.567606;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0228643;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:66:63:63:0.488372:27:36:29:37:27:36:29:37 chr6 33036977 . G A 596.0 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0093258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.874;QD=17.791;RBI=0.010424;REFB=-0.0221356;REVB=-0.00465723;RO=71;SAF=35;SAR=27;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827009;STB=0.542359;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0218736;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:71:72:62:62:0.462687:27:35:34:37:27:35:35:37 chr6 33036999 . T C 543.62 PASS AF=0.453125;AO=57;DP=127;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00376132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.227;QD=16.9881;RBI=0.0202747;REFB=-0.0116749;REVB=0.0199228;RO=70;SAF=30;SAR=27;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00223543;STB=0.506204;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0217871;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:70:70:57:58:0.453125:27:30:37:33:28:30:37:33 chr6 33037061 . G C 433.28 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.119553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6417;QD=18.0535;RBI=0.119794;REFB=0.0266944;REVB=0.00759208;RO=52;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099819;STB=0.55574;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0319207;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:20:24:23:29:20:24:23:29 chr6 33037080 . G A 377.35 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0242495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.038;QD=16.0574;RBI=0.0289382;REFB=-0.0027269;REVB=0.0157917;RO=53;SAF=23;SAR=17;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12385;STB=0.574962;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00270594;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:54:40:40:0.425532:17:23:24:29:17:23:24:30 chr6 33037419 . G A 532.37 PASS AF=0.411348;AO=57;DP=140;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.00120087;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.623;QD=15.1028;RBI=0.0322684;REFB=-0.00445977;REVB=-0.032246;RO=81;SAF=36;SAR=21;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160105;STB=0.583221;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00982086;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:81:83:57:58:0.411348:21:36:39:42:22:36:40:43 chr6 33037424 . T C 583.82 PASS AF=0.427586;AO=62;DP=146;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.00824208;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5648;QD=16.1055;RBI=0.0370669;REFB=-0.024109;REVB=0.0361389;RO=81;SAF=39;SAR=23;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152854;STB=0.586171;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.027621;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:81:83:62:62:0.427586:23:39:39:42:23:39:40:43 chr6 33037522 . T C 475.86 PASS AF=0.367089;AO=56;DP=156;FAO=58;FDP=158;FR=.;FRO=100;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.0102308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.141;QD=12.047;RBI=0.0151403;REFB=-0.000201032;REVB=0.0111606;RO=99;SAF=33;SAR=23;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615607;STB=0.541223;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.000573584;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:99:100:56:58:0.367089:23:33:53:46:23:35:54:46 chr6 33037579 . AT TG 296.4 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=113;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00396648;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.594;QD=10.5857;RBI=0.00470413;REFB=-0.0195199;REVB=0.002529;RO=73;SAF=21;SAR=17;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679595;STB=0.543762;STBP=0.533;TYPE=mnp;VARB=0.0367367;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:73:74:38:38:0.339286:17:21:36:37:17:21:36:38 chr6 33037611 . C T 235.68 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0231533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.389;QD=11.0906;RBI=0.0245608;REFB=-0.0110968;REVB=0.00819486;RO=56;SAF=17;SAR=12;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987371;STB=0.557337;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.023106;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:12:17:28:28:12:17:28:28 chr6 33037626 . C G 172.48 PASS AF=0.306667;AO=22;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0346892;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.843;QD=9.19893;RBI=0.0350469;REFB=-0.00526911;REVB=-0.00499442;RO=53;SAF=14;SAR=8;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154051;STB=0.608496;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0145299;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:52:22:23:0.306667:8:14:27:26:8:15:26:26 chr6 33037639 . GC AT 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.000148836;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.552;QD=11.0822;RBI=0.0347493;REFB=-0.00710295;REVB=-0.034749;RO=42;SAF=14;SAR=9;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122602;STB=0.571366;STBP=0.396;TYPE=mnp;VARB=0.0180651;OID=.;OPOS=33037639;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:9:14:21:21:9:14:21:21 chr6 33048538 . T C 438.36 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00535564;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.314;QD=18.854;RBI=0.00767252;REFB=-0.0165584;REVB=0.00549406;RO=49;SAF=23;SAR=20;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043093;STB=0.517352;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0114967;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:49:49:43:44:0.473118:20:23:24:25:21:23:24:25 chr6 33048542 . C T 432.14 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.040202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.572;QD=17.8203;RBI=0.0418124;REFB=-0.00851605;REVB=0.0114924;RO=53;SAF=22;SAR=22;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276504;STB=0.515457;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0237217;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:22:22:28:25:22:22:28:25 chr6 33048599 . CT AG 357.59 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00857068;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.66;QD=16.632;RBI=0.0546675;REFB=-0.00904409;REVB=-0.0539915;RO=47;SAF=17;SAR=21;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205756;STB=0.51787;STBP=0.8;TYPE=mnp;VARB=0.013956;OID=.;OPOS=33048599;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:47:48:38:38:0.44186:21:17:22:25:21:17:23:25 chr6 33048686 . G A 138.86 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0119257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.4802;QD=12.0747;RBI=0.0124673;REFB=-0.0101892;REVB=-0.00363467;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23012;STB=0.624844;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0633539;OID=.;OPOS=33048686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:10:6:17:12:10:6:17:13 chr6 33048689 . G A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00386897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.21;QD=13.0887;RBI=0.0250503;REFB=-0.00498862;REVB=-0.0247497;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269091;STB=0.656951;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0121791;OID=.;OPOS=33048689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:10:6:17:10:10:6:17:10 chr6 33048694 . A G 141.34 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.000422418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.351;QD=13.4604;RBI=0.0130882;REFB=-0.011545;REVB=-0.0130814;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252144;STB=0.646878;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0256442;OID=.;OPOS=33048694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:16:10:10:6:16:10 chr6 33052736 . G A 153.43 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0228635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3978;QD=8.89441;RBI=0.0381627;REFB=-0.00257305;REVB=-0.0305557;RO=48;SAF=3;SAR=18;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502533;STB=0.803505;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00657325;OID=.;OPOS=33052736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:18:3:25:23:18:3:25:23 chr6 33052743 . T C 173.53 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00276161;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.759;QD=9.50848;RBI=0.00406891;REFB=-0.000362772;REVB=0.00298823;RO=48;SAF=4;SAR=19;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389133;STB=0.746951;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0025954;OID=.;OPOS=33052743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:48:50:23:23:0.315068:19:4:22:26:19:4:24:26 chr6 33052768 . T C 227.06 PASS AF=0.315789;AO=28;DP=94;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0517297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1611;QD=9.56029;RBI=0.0556691;REFB=-0.012447;REVB=0.0205691;RO=66;SAF=10;SAR=18;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841155;STB=0.535187;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0667447;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:66:65:28:30:0.315789:18:10:28:38:19:11:27:38 chr6 33052803 . G A 394.49 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.000336818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.075;QD=13.8417;RBI=0.00793617;REFB=-0.0065269;REVB=0.00792901;RO=67;SAF=19;SAR=27;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0052638;STB=0.500786;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00943286;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:67:68:46:46:0.403509:27:19:28:39:27:19:28:40 chr6 33052950 . T C 355.37 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0197801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.795;QD=12.4692;RBI=0.023588;REFB=-0.00544483;REVB=-0.0128507;RO=70;SAF=26;SAR=17;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176377;STB=0.596188;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0126524;OID=.;OPOS=33052950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:71:43:43:0.377193:17:26:31:39:17:26:32:39 chr6 33052958 . C T 352.86 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0182285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.832;QD=13.1909;RBI=0.0376376;REFB=-0.000631476;REVB=0.0329289;RO=65;SAF=25;SAR=17;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127667;STB=0.572484;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00134417;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:65:42:42:0.392523:17:25:31:34:17:25:31:34 chr6 33052986 . T C 263.45 PASS AF=0.323232;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0188586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.904;QD=10.6445;RBI=0.0219525;REFB=0.00566208;REVB=-0.0112368;RO=67;SAF=18;SAR=14;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986506;STB=0.557486;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0248383;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:67:67:32:32:0.323232:14:18:32:35:14:18:32:35 chr6 33053609 . G A 686.69 PASS AF=0.470968;AO=73;DP=155;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0213158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.589;QD=17.7211;RBI=0.0240989;REFB=-0.018543;REVB=-0.0112425;RO=81;SAF=32;SAR=41;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586923;STB=0.506897;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.019278;OID=.;OPOS=33053609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:81:82:73:73:0.470968:41:32:36:45:41:32:37:45 chr6 33053682 . G A 556.22 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00860036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3861;QD=18.6964;RBI=0.0662503;REFB=-0.000922169;REVB=0.0656897;RO=61;SAF=25;SAR=33;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087091;STB=0.54822;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00148053;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:33:25:32:29:33:25:32:29 chr6 33053968 . T A 43.75 PASS AF=0.126761;AO=7;DP=69;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=18;FWDB=0.0582893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7621;QD=2.46481;RBI=0.10195;REFB=-0.00786805;REVB=0.0836428;RO=62;SAF=3;SAR=4;SRF=44;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327838;STB=0.796078;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0709286;OID=.;OPOS=33053968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:69:71:62:62:7:9:0.126761:4:3:44:18:6:3:44:18 chr6 33053971 . T C 42.38 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=0.000721241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.541;QD=2.29089;RBI=0.06727;REFB=-0.00189685;REVB=0.0672661;RO=64;SAF=3;SAR=6;SRF=46;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444988;STB=0.796216;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0255685;OID=.;OPOS=33053971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:64:65:9:9:0.121622:6:3:46:18:6:3:46:19 chr6 33053982 . G C 61.29 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=19;FWDB=-0.0251808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.606;QD=3.02659;RBI=0.03365;REFB=-0.00950599;REVB=-0.0223215;RO=66;SAF=6;SAR=6;SRF=49;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315169;STB=0.691086;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.035765;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:66:69:12:12:0.148148:6:6:49:17:6:6:50:19 chr6 33054046 . T G 35.48 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.00173146;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.92;QD=1.89235;RBI=0.025851;REFB=0.0020238;REVB=-0.025793;RO=64;SAF=7;SAR=1;SRF=45;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284024;STB=0.755104;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0144396;OID=.;OPOS=33054046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:75:64:67:8:8:0.106667:1:7:45:19:1:7:45:22 chr6 33054057 . G A 40.64 PASS AF=0.0990099;AO=10;DP=101;FAO=10;FDP=101;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.00877324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.394;QD=1.60939;RBI=0.0219425;REFB=-0.00575637;REVB=-0.0201123;RO=90;SAF=6;SAR=4;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117532;STB=0.595047;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0318332;OID=.;OPOS=33054057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:101:101:90:91:10:10:0.0990099:4:6:45:45:4:6:45:46 chr6 33080359 . CT TG 193.42 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00777379;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.227;QD=13.8154;RBI=0.00797322;REFB=-0.0118534;REVB=-0.00177213;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129705;STB=0.565161;STBP=0.437;TYPE=mnp;VARB=0.0196009;OID=.;OPOS=33080359;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:10:13:14:18:10:13:15:18 chr6 33086249 . C T 732.91 PASS AF=0.433333;AO=46;DP=182;FAO=78;FDP=180;FR=.,HEALED;FRO=102;FSAF=16;FSAR=62;FSRF=32;FSRR=70;FWDB=0.00325407;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.971;QD=16.2869;RBI=0.00743909;REFB=-0.018517;REVB=-0.00668962;RO=56;SAF=16;SAR=30;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102702;STB=0.584882;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0220548;OID=.;OPOS=33086249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:56:102:46:78:0.433333:30:16:25:31:62:16:32:70 chr6 33138674 . TCCG CTCC,TCCA 252.98 PASS AF=0,0.521739;AO=5,16;DP=46;FAO=0,24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=0,7;FSAR=0,17;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0420434,0.00625545;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=25.1034,127.819;QD=21.998;RBI=0.140885,0.0637958;REFB=-0.0656473,-0.044499;REVB=-0.134466,-0.0634883;RO=12;SAF=0,7;SAR=5,9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.699781,0.0161227;STB=0.5,0.511053;STBP=1,0.921;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0461616;OID=.,.;OPOS=33138674,33138677;OREF=TCCG,G;OALT=CTCC,A;OMAPALT=CTCC,TCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:46:12:22:5,16:0,24:0,0.521739:5,9:0,7:5:7:0,17:0,7:6:16 chr6 33138955 . G A 1008.63 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255;QD=59.3311;RBI=0.0637523;REFB=0;REVB=0.0607606;RO=0;SAF=59;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03444e-05;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:6:59:0:0:8:60:0:0 chr6 33139328 . C T 341.87 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00356874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4817;QD=16.0882;RBI=0.00358249;REFB=-0.00267259;REVB=0.000313598;RO=48;SAF=15;SAR=22;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198165;STB=0.611437;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0027714;OID=.;OPOS=33139328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:22:15:29:19:22:15:29:19 chr6 33141161 . A G 726.83 PASS AF=1;AO=42;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240703;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.714;QD=57.0059;RBI=0.02677;REFB=0;REVB=0.0117155;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68132e-05;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:42:51:1:31:11:0:0:33:18:0:0 chr6 33141475 . C T 320.96 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9137;QD=53.4936;RBI=0.0528867;REFB=0;REVB=0.0460741;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924538;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr6 33141920 . G C 175.25 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.624;QD=46.7323;RBI=0.0407039;REFB=0;REVB=0.0359509;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130943;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:8:7:0:0 chr6 33144243 . T A 435.11 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00438234;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.641;QD=17.7598;RBI=0.00501273;REFB=-0.0140788;REVB=0.00243363;RO=53;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123224;STB=0.573374;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0214469;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:53:54:44:44:0.44898:21:23:21:32:21:23:21:33 chr6 33153528 . C T 220.55 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00142445;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0533;QD=23.8432;RBI=0.0287514;REFB=-0.0317652;REVB=0.0287161;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426487;STB=0.523787;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00265636;OID=.;OPOS=33153528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:10:6:9:12:10:6 chr6 33163451 . G A 1069.72 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.366;QD=59.4286;RBI=0.0733081;REFB=0;REVB=0.0695262;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123193;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:72:0:0:67:72:1:29:38:0:0:32:40:0:0 chr6 33169895 . C G 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00430886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.88;QD=18.0145;RBI=0.00638602;REFB=-0.0148362;REVB=-0.00471328;RO=55;SAF=25;SAR=26;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504051;STB=0.527962;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0177185;OID=.;OPOS=33169895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:26:25:24:31:26:25:24:31 chr6 33235755 . G A 644.42 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00647813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.967;QD=19.5278;RBI=0.0119339;REFB=-0.0177838;REVB=-0.0100225;RO=65;SAF=36;SAR=29;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699277;STB=0.538809;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0182111;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:65:67:65:65:0.492424:29:36:31:34:29:36:32:35 chr6 33239905 . A G 183.64 PASS AF=0.421053;AO=18;DP=51;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00684426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.72;QD=12.8874;RBI=0.0199415;REFB=-0.0239139;REVB=0.0187302;RO=33;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354387;STB=0.557474;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0382322;OID=.;OPOS=33239905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:57:33:33:18:24:0.421053:4:14:16:17:10:14:16:17 chr6 33240506 . A G 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.018172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.931;QD=18.49;RBI=0.019015;REFB=-0.0162619;REVB=-0.00559886;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283243;STB=0.646715;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0144125;OID=.;OPOS=33240506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:10:12:6:19:10:12:7:19 chr6 33254665 . A G 205.82 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00181429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.972;QD=23.5217;RBI=0.0052061;REFB=-0.0197682;REVB=-0.00487973;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370888;STB=0.507197;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0109975;OID=.;OPOS=33254665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:11:9:7:7:11:9:7:8 chr6 33256397 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00274786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.109;QD=20.1601;RBI=0.0195791;REFB=-0.000701318;REVB=-0.0193853;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167883;STB=0.594924;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000375282;OID=.;OPOS=33256397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:9:5:9:7:9:5 chr6 33256471 . T C 446.65 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.137;QD=57.6325;RBI=0.0125341;REFB=0;REVB=0.0108654;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6669e-05;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr6 33260065 . A G 365.87 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00172141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.197;QD=18.7627;RBI=0.0117761;REFB=-0.0109833;REVB=-0.0116496;RO=38;SAF=18;SAR=20;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144052;STB=0.577041;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00914413;OID=.;OPOS=33260065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:40:38:38:0.487179:20:18:12:26:20:18:13:27 chr6 33263097 . T TC 79.54 PASS AF=0.234568;AO=18;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0293961;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.3894;QD=3.92805;RBI=0.0427516;REFB=-0.00811084;REVB=-0.0310413;RO=63;SAF=3;SAR=15;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473903;STB=0.809778;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.124382;OID=.;OPOS=33263098;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234568:18:81:19:81:62:3:16:33:29:79:63:3:15:33:30 chr6 33272855 . G C 492.09 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0116657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.042;QD=22.6246;RBI=0.0345543;REFB=-0.0111226;REVB=0.0325256;RO=40;SAF=28;SAR=19;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604841;STB=0.533319;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0121053;OID=.;OPOS=33272855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:19:28:21:19:19:28:21:19 chr6 33283766 . T C 506.42 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.000104152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.059;QD=19.1102;RBI=0.00603942;REFB=-0.015274;REVB=-0.00603852;RO=52;SAF=19;SAR=33;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126002;STB=0.567898;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0160376;OID=.;OPOS=33283766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:52:53:52:53:0.5:33:19:26:26:33:20:27:26 chr6 33333446 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0133713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.358;QD=18.645;RBI=0.0278892;REFB=-0.0131401;REVB=-0.0244748;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343571;STB=0.693628;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0134462;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:11:2:8:6:11:2 chr6 33333564 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0111112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5247;QD=18.4831;RBI=0.0184644;REFB=-0.00428227;REVB=-0.014747;RO=21;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176717;STB=0.601114;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00931035;OID=.;OPOS=33333564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:5:14:12:9:5:14:12:9 chr6 33333916 . G T 144.91 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0103425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.519;QD=16.101;RBI=0.0126033;REFB=0.000355314;REVB=0.0072025;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377231;STB=0.719765;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000443584;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:20:15:16:0.444444:8:7:17:3:9:7:17:3 chr6 33368220 . A T 257.51 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0127325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.675;QD=19.8087;RBI=0.0148383;REFB=-0.0133185;REVB=0.0076195;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136111;STB=0.575831;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0128224;OID=.;OPOS=33368220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:13:14:9:16:13:14:9:16 chr6 33382136 . TG T 35.71 PASS AF=0.314815;AO=19;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.213171;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.01668;QD=2.64535;RBI=0.213799;REFB=-0.0543855;REVB=-0.0163797;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0.518519;SSEP=0;SSSB=0.102876;STB=0.699733;STBP=0.07;TYPE=del;VARB=-0.0250024;OID=.;OPOS=33382137;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314815:19:54:17:54:37:14:3:22:15:35:27:13:6:16:11 chr6 33382288 . G A 1005.18 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5132;QD=59.1281;RBI=0.12075;REFB=0;REVB=0.00564707;RO=1;SAF=11;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130511;OID=.;OPOS=33382288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:1:0:63:68:1:52:11:1:0:53:15:0:0 chr6 33385953 . A G 259.73 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0134018;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.727;QD=23.6115;RBI=0.0160634;REFB=-0.0267564;REVB=-0.00885576;RO=20;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223404;STB=0.624893;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0341265;OID=.;OPOS=33385953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:16:8:12:8:16:8:12:8 chr6 33408542 . G A 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00451608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.819;QD=15.5748;RBI=0.0360655;REFB=0.010733;REVB=0.0357816;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153358;STB=0.577463;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0133104;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:14:11:18:12:14:11:18:13 chr6 33408680 . G A 389.28 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0138115;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.124;QD=18.5372;RBI=0.013824;REFB=-0.0146135;REVB=0.000587785;RO=44;SAF=15;SAR=25;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337949;STB=0.518858;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0175975;OID=.;OPOS=33408680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:44:44:40:40:0.47619:25:15:18:26:25:15:18:26 chr6 33420410 . GCCCCCCCCT GCCCCCCC,GCCCCCCCT,GGCCCCCCCT 104.19 PASS AF=0,1,0;AO=4,9,2;DP=27;FAO=0,25,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,0;FSAR=0,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472941,0.116977,-0.00192562;FXX=0.0740466;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=182.077,6.60379,14.0657;QD=16.6707;RBI=0.056387,0.128049,0.0485578;REFB=0.0241778,-0.0251215,-0.00921265;REVB=0.0307045,-0.0520858,0.0485196;RO=7;SAF=2,8,2;SAR=2,1,0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.539327,-0.271782,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00616547,-0.00257515;OID=.,.,.;OPOS=33420418,33420411,33420411;OREF=CT,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCCCCC,GCCCCCCCT,GGCCCCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0:4,9,2:27:0,25,0:25:0:0,22,0:0,3,0:0:0:5:7:2,8,2:2,1,0:7:0 chr6 33422976 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8049;QD=59.4352;RBI=0.0702774;REFB=0;REVB=0.0618712;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156446;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr6 33508476 . G A 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0123268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.923;QD=27.1544;RBI=0.0458093;REFB=-0.00816626;REVB=-0.0441196;RO=6;SAF=13;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170612;STB=0.593636;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.000898855;OID=.;OPOS=33508476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:1:13:6:0:1:13:6:0 chr6 33508531 . G A 104.71 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00061015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.127;QD=19.9454;RBI=0.0151583;REFB=-0.0624584;REVB=-0.015146;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213307;STB=0.512175;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.04851;OID=.;OPOS=33508531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:5:4:5:7:5:4 chr6 33541507 . A G 112.99 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0114727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.356;QD=9.41542;RBI=0.0175556;REFB=-0.0207845;REVB=-0.0132883;RO=34;SAF=4;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293687;STB=0.678749;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0459174;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:10:4:18:16:10:4:18:16 chr6 33545340 . G A 300.04 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0222767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.027;QD=19.3576;RBI=0.0397888;REFB=-0.022489;REVB=0.0329681;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897984;STB=0.549867;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.02765;OID=.;OPOS=33545340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:17:15:11:19:17:15:11:19 chr6 33631640 . C T 547.99 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00127373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.028;QD=19.0604;RBI=0.0140741;REFB=-0.00859739;REVB=0.0140163;RO=58;SAF=18;SAR=39;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179499;STB=0.599571;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00830948;OID=.;OPOS=33631640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:39:18:29:29:39:18:29:29 chr6 33636907 . C T 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00561115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.459;QD=26.8486;RBI=0.0332328;REFB=-0.0518541;REVB=0.0327557;RO=7;SAF=4;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951497;STB=0.552779;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00885819;OID=.;OPOS=33636907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:11:4:1:6:11:4:1:6 chr6 33641379 . T C 372.98 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0304352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.251;QD=17.7609;RBI=0.0304635;REFB=-0.00107253;REVB=0.00131348;RO=44;SAF=17;SAR=22;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259672;STB=0.507459;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00128812;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:45:39:39:0.464286:22:17:18:26:22:17:19:26 chr6 33643558 . G A 972.9 PASS AF=0.472973;AO=57;DP=222;FAO=105;FDP=222;FR=.;FRO=117;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=75;FWDB=0.0668951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5888;QD=17.5297;RBI=0.0905773;REFB=-0.0445464;REVB=0.061068;RO=110;SAF=3;SAR=54;SRF=37;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58279;STB=0.567094;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0467628;OID=.;OPOS=33643558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:110:117:57:105:0.472973:54:3:37:73:54:51:42:75 chr6 33648144 . C T 332.15 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0207883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.76;QD=13.8397;RBI=0.025503;REFB=-0.0224041;REVB=-0.0147732;RO=59;SAF=18;SAR=19;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237109;STB=0.513506;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0306743;OID=.;OPOS=33648144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:19:18:30:29:19:18:30:29 chr6 33648228 . C T 1629.54 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0212155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.283;QD=58.1978;RBI=0.0374541;REFB=0.00371001;REVB=0.030866;RO=1;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871036;STB=0.509089;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-1.37422e-05;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:1:2:110:110:0.982143:54:56:0:1:54:56:0:2 chr6 33659472 . C G 212.39 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=95;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00965256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1761;QD=8.84956;RBI=0.0172832;REFB=-0.013098;REVB=-0.0143365;RO=67;SAF=7;SAR=21;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357321;STB=0.708636;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0343074;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:67:68:28:28:0.291667:21:7:36:31:21:7:36:32 chr6 33690597 . T G 284.65 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0203963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.702;QD=17.7907;RBI=0.0213863;REFB=-0.0131449;REVB=-0.00643157;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215268;STB=0.625541;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0142704;OID=.;OPOS=33690597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:30:31:0.484375:13:17:11:22:13:18:11:22 chr6 33690749 . A G 429.71 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=-0.0299629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5821;QD=17.3619;RBI=0.0429664;REFB=-0.0198346;REVB=-0.030795;RO=54;SAF=22;SAR=22;SRF=13;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257421;STB=0.636306;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0263013;OID=.;OPOS=33690749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:54:55:44:44:0.444444:22:22:13:41:22:22:14:41 chr6 33690797 . A G 386.22 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=89;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=39;FWDB=0.0238566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.424;QD=16.9766;RBI=0.0281505;REFB=-0.0164611;REVB=-0.0149438;RO=47;SAF=16;SAR=24;SRF=11;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174749;STB=0.614407;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0453212;OID=.;OPOS=33690797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:47:50:40:41:0.450549:24:16:11:36:24:17:11:39 chr6 33690807 . G A 398.25 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=0.0185774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.714;QD=18.3101;RBI=0.0198693;REFB=-0.0233674;REVB=-0.00704755;RO=44;SAF=17;SAR=24;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187135;STB=0.611461;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0257603;OID=.;OPOS=33690807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:46:41:41:0.471264:24:17:10:34:24:17:10:36 chr6 33739960 . A G 710.24 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.045698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9453;QD=54.6337;RBI=0.0646617;REFB=-0.0589958;REVB=0.0457474;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184631;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00740127;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:25:26:0:1:25:26:0:1 chr6 33768897 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.617;QD=63.2868;RBI=0.0107112;REFB=0;REVB=0.00966328;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37096e-05;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr6 33990447 . T C 146.38 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0095262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.153;QD=16.7287;RBI=0.0208494;REFB=-0.0368172;REVB=0.0185459;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374449;STB=0.711111;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0315605;OID=.;OPOS=33990447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:16:3:9:7:16:3 chr6 34003685 . T C 463.41 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00706383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4199;QD=24.3901;RBI=0.0164009;REFB=0.00463235;REVB=0.0148018;RO=32;SAF=25;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287587;STB=0.515769;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00322248;OID=.;OPOS=34003685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:19:25:17:15:19:25:17:15 chr6 34008006 . A G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.000943571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.474;QD=12.7913;RBI=0.0299386;REFB=0.00271924;REVB=0.0299238;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12178;STB=0.584495;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0048168;OID=.;OPOS=34008006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:8:6:12:10:8:6:13:10 chr6 34212743 . A G 195.37 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5091;QD=48.8418;RBI=0.0232336;REFB=0;REVB=-0.0232336;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000377356;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:14:16:1:14:0:0:0:16:0:0:0 chr6 34213296 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.828;QD=62.0218;RBI=0.0167843;REFB=0;REVB=-0.011292;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05908e-06;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr6 34213868 . A G 381.22 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0328874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.3666;QD=52.5822;RBI=0.0333112;REFB=-0.0125302;REVB=-0.00529677;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000341918;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:15:12:0:1:15:13:0:1 chr6 34214322 . C G 715.05 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176796;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.645;QD=60.8557;RBI=0.0228059;REFB=-0.112692;REVB=0.0144064;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000536219;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:26:20:0:0:26:20:1:0 chr6 34214348 . C T 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00500273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.866;QD=12.8973;RBI=0.0155138;REFB=-0.00787504;REVB=-0.0146851;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03206;STB=0.518775;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0146389;OID=.;OPOS=34214348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:8:9:15:15:8:9:15:15 chr6 34502687 . T C 1731.0 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.531;QD=60.7368;RBI=0.0333432;REFB=0;REVB=0.0263423;RO=0;SAF=41;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2989e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:114:0:0:109:114:1:68:41:0:0:70:44:0:0 chr6 34557374 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.259;QD=59.8387;RBI=0.0336474;REFB=0;REVB=-0.0132767;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26249e-05;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr6 34840515 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0188945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.342;QD=11.6341;RBI=0.030159;REFB=0.00214748;REVB=-0.0235067;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270173;STB=0.516097;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.004637;OID=.;OPOS=34840515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:10:6:4:6:10:6 chr6 34949607 . C T 441.34 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0128028;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.05;QD=19.3994;RBI=0.014289;REFB=-0.0144359;REVB=-0.00634538;RO=45;SAF=22;SAR=22;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506123;STB=0.538444;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0140134;OID=.;OPOS=34949607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:47:44:44:0.483516:22:22:20:25:22:22:20:27 chr6 35027927 . T C 1806.43 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00115969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.596;QD=60.2145;RBI=0.00786795;REFB=-0.069863;REVB=-0.00778202;RO=1;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075998;STB=0.503999;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-1.6897e-05;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:62:57:0:1:62:57:0:1 chr6 35050506 . G A 697.59 PASS AF=1;AO=36;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6236;QD=62.0076;RBI=0.0583106;REFB=0;REVB=0.0555414;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240278;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:36:45:1:20:16:0:0:21:24:0:0 chr6 35203203 . T G 143.3 PASS AF=0.380952;AO=14;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0046257;FXX=0.0232504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=221.412;QD=13.6476;RBI=0.0296177;REFB=-0.0102949;REVB=0.0292543;RO=18;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411139;STB=0.76435;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00943308;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:18:26:14:16:0.380952:3:11:7:11:3:13:11:15 chr6 35260503 . C T 244.79 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0157309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.556;QD=17.4852;RBI=0.0157322;REFB=-0.0169592;REVB=-0.000198939;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842919;STB=0.536301;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0144807;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:29:26:27:0.482143:12:14:13:16:13:14:13:16 chr6 35260530 . C T 267.51 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0852359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.185;QD=21.8378;RBI=0.0872037;REFB=-0.00783308;REVB=0.0184208;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174911;STB=0.509796;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0105283;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:12:12:13:12:12:12 chr6 35263555 . A G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.00475653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3691;QD=13.4056;RBI=0.00709607;REFB=0.0193427;REVB=0.0052659;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297845;STB=0.668543;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0297581;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:11:12:8:26:11:12:8:26 chr6 35285720 . A C 364.29 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.036813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6857;QD=52.042;RBI=0.0430486;REFB=-0.0679593;REVB=0.0223157;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320266;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0123574;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:12:14:1:0:13:14:1:0 chr6 35391787 . C G,T 437.73 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=2,29;DP=31;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235654,0.0119212;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.072,183.482;QD=56.4809;RBI=0.00775186,0.0163769;REFB=0,0;REVB=0.00738498,0.0112288;RO=0;SAF=1,11;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0497239,-0.00117081;OID=.,.;OPOS=35391787,35391787;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:2,29:2,29:0.0645161,0.935484:1,18:1,11:0:0:1,18:1,11:0:0 chr6 35395010 . C T 1388.07 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0412833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.635;QD=60.3508;RBI=0.0494286;REFB=-0.190033;REVB=0.0271822;RO=2;SAF=58;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286985;STB=0.515148;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000423789;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:92:2:2:90:90:0.978261:32:58:0:2:32:58:0:2 chr6 35395795 . G C 923.03 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3631;QD=57.6896;RBI=0.0535927;REFB=0;REVB=0.0170594;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300962;OID=.;OPOS=35395795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:58:64:1:37:21:0:0:39:25:0:0 chr6 35430686 . G A 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0279608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.746;QD=19.3867;RBI=0.0279633;REFB=-0.0111173;REVB=-0.000377848;RO=34;SAF=22;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243331;STB=0.635237;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00926115;OID=.;OPOS=35430686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:13:22:12:22:13:22:12:22 chr6 35436571 . C T 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00450723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.281;QD=16.0339;RBI=0.0110842;REFB=0.00111335;REVB=0.0101264;RO=27;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231656;STB=0.62487;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.000928383;OID=.;OPOS=35436571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:14:6:14:13:14:6:14:14 chr6 35441516 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAAAT,CACAAAA 516.16 PASS AF=0.922481,0.0310078,0.0155039;AO=63,6,6;DP=130;FAO=119,4,2;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=53,2,1;FSAR=66,2,1;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.117593,-0.104142,-0.039457;FXX=0.015266;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=6.98576,163.864,131.493;QD=16.0049;RBI=0.135071,0.104717,0.0403213;REFB=0.122197,0.0213336,0.0316472;REVB=0.066453,-0.01096,-0.00830346;RO=27;SAF=19,4,5;SAR=44,2,1;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.06777,0.301369,0.49769;STB=0.514703,0.749055,0.831449;STBP=0.085,0.342,0.746;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0209861,0.0228932,0.0281061;OID=.,.,.;OPOS=35441517,35441522,35441518;OREF=A,A,A;OALT=-,T,C;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT,CACAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.922481,0.0310078,0.0155039:63,6,6:130:119,4,2:129:4:53,2,1:66,2,1:0:4:8:27:19,4,5:44,2,1:11:16 chr6 35465786 . A C 513.13 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0391339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.259;QD=18.4911;RBI=0.0392052;REFB=-0.0376119;REVB=-0.00236371;RO=51;SAF=24;SAR=30;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921543;STB=0.577661;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0399095;OID=.;OPOS=35465786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:51:57:54:54:0.486486:30:24:28:23:30:24:34:23 chr6 35474073 . C G 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0602192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.665;QD=17.7314;RBI=0.0602324;REFB=-0.00436952;REVB=0.00125715;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671833;STB=0.538415;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00798578;OID=.;OPOS=35474073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:11:6:8:11:11:6:8:11 chr6 35477025 . C G 122.3 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0168658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4477;QD=15.7805;RBI=0.0460619;REFB=-0.0352405;REVB=0.0428631;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406974;STB=0.531871;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0365661;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:13:14:0.451613:11:2:3:14:11:3:3:14 chr6 35477032 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.035307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.667;QD=16.2717;RBI=0.0353428;REFB=4.53863e-05;REVB=-0.00159056;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556387;STB=0.531874;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.000271739;OID=.;OPOS=35477032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:11:4:4:14:11:4:4:14 chr6 35479574 . G C 118.79 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00566461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.828;QD=22.627;RBI=0.018259;REFB=-0.0316438;REVB=0.017358;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15565;STB=0.587034;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0213191;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:9:4:1:7:9:4:1:7 chr6 35705892 . T C 327.73 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206349;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.876;QD=54.6218;RBI=0.0693321;REFB=0;REVB=0.0661902;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513347;OID=.;OPOS=35705892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr6 35745655 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6206;QD=61.3341;RBI=0.0382509;REFB=0;REVB=0.0106711;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385887;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr6 35748929 . CTT CT,CTC 1222.09 PASS AF=0.2,0.8;AO=16,67;DP=85;FAO=17,68;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=15,34;FSAR=2,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549223,0.10315;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.6969,48.1225;QD=57.51;RBI=0.0631466,0.103739;REFB=-0.0269342,-0.0686528;REVB=-0.0311614,-0.0110344;RO=1;SAF=14,33;SAR=2,34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.031564,-0.0141052;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0167869,-0.00746519;OID=.,.;OPOS=35748930,35748931;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.8:16,67:85:17,68:85:0:15,34:2,34:0:0:90:1:14,33:2,34:1:0 chr6 35748933 . T C 86.11 PASS AF=0.211765;AO=17;DP=84;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0377715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.9285;QD=4.05203;RBI=0.0561923;REFB=-0.0575025;REVB=-0.041604;RO=67;SAF=15;SAR=2;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.537287;STB=0.854163;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.23385;OID=.;OPOS=35748933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:84:85:67:67:17:18:0.211765:2:15:33:34:2:16:33:34 chr6 35755658 . A G 719.0 PASS AF=0.681818;AO=60;DP=89;FAO=60;FDP=88;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00178304;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.343;QD=32.6821;RBI=0.0208715;REFB=-0.029724;REVB=-0.0207952;RO=26;SAF=22;SAR=38;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122254;STB=0.567587;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.012476;OID=.;OPOS=35755658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:26:28:60:60:0.681818:38:22:15:11:38:22:16:12 chr6 35923246 . T C 821.19 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313641;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.907;QD=57.6277;RBI=0.0468652;REFB=0;REVB=0.0348231;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.28649e-05;OID=.;OPOS=35923246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr6 35928780 . G A 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00654768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.944;QD=13.5799;RBI=0.024741;REFB=-0.00415732;REVB=0.0238588;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206386;STB=0.620016;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00436381;OID=.;OPOS=35928780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:7:10:11:17:7:10:11:17 chr6 36098410 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=378.844;QD=33.4285;RBI=0.0253009;REFB=0;REVB=0.0253009;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304777;OID=.;OPOS=36098410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 36198421 . T C 167.77 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00127733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.963;QD=15.9784;RBI=0.0198313;REFB=-0.0374104;REVB=-0.0197901;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244114;STB=0.508371;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0689287;OID=.;OPOS=36198421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:24:13:18:0.428571:7:6:14:6:7:11:15:9 chr6 36198577 . G C 500.0 PASS AF=0.51;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00859054;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.706;QD=20.0001;RBI=0.0456935;REFB=-0.00980742;REVB=-0.0448787;RO=47;SAF=25;SAR=26;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547379;STB=0.519788;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00863186;OID=.;OPOS=36198577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:47:49:51:51:0.51:26:25:26:21:26:25:26:23 chr6 36198608 . AGGGGA AGGGA,AGGGAG 209.87 PASS AF=0.494624,0.0107527;AO=40,6;DP=90;FAO=46,1;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=6,1;FSAR=40,0;FSRF=39;FSRR=7;FWDB=-0.0734462,-0.0630119;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.3286,88.296;QD=9.02657;RBI=0.0748144,0.0694055;REFB=-0.13113,-0.0182162;REVB=0.0142425,-0.0290969;RO=42;SAF=3,6;SAR=37,0;SRF=35;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.73942,0.54114;STB=0.864392,0.983486;STBP=0,0.555;TYPE=del,mnp;VARB=0.15812,0.0991864;OID=.,.;OPOS=36198609,36198612;OREF=G,GA;OALT=-,AG;OMAPALT=AGGGA,AGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494624,0.0107527:40,6:90:46,1:93:46:6,1:40,0:39:7:99:42:3,6:37,0:35:7 chr6 36260858 . C T 803.0 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.404;QD=64.2398;RBI=0.0783462;REFB=0;REVB=0.073787;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444006;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:25:23:0:0:26:24:0:0 chr6 36341294 . C T 511.3 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0435225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.8106;QD=24.3474;RBI=0.0455185;REFB=0.00490599;REVB=0.0133314;RO=35;SAF=18;SAR=30;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266071;STB=0.506367;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00304163;OID=.;OPOS=36341294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:35:36:48:48:0.571429:30:18:12:23:30:18:13:23 chr6 36463627 . C T 487.12 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362065;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.316;QD=59.0453;RBI=0.0363771;REFB=0;REVB=0.00351905;RO=0;SAF=27;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102765;OID=.;OPOS=36463627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:6:27:0:0:6:27:0:0 chr6 36645696 . A G 610.12 PASS AF=0.394444;AO=69;DP=178;FAO=71;FDP=180;FR=.;FRO=109;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=66;FWDB=-0.0072084;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.883;QD=13.5582;RBI=0.0215158;REFB=-0.00732458;REVB=-0.0202723;RO=106;SAF=31;SAR=38;SRF=40;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789517;STB=0.534597;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.016111;OID=.;OPOS=36645696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:106:109:69:71:0.394444:38:31:40:66:39:32:43:66 chr6 36651971 . C A 499.63 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0122761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.612;QD=54.0142;RBI=0.0389848;REFB=-0.150108;REVB=0.0370015;RO=2;SAF=25;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359488;STB=0.518508;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00453377;OID=.;OPOS=36651971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:34:35:0.945946:9:25:2:0:9:26:2:0 chr6 36653597 . C T 1134.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.673;QD=60.5295;RBI=0.0101633;REFB=0;REVB=-0.00465418;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91767e-06;OID=.;OPOS=36653597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:36:38:0:0:36:39:0:0 chr6 36713263 . A G 3478.26 PASS AF=1;AO=221;DP=221;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6522;QD=62.6714;RBI=0.0301334;REFB=0;REVB=-0.0295092;RO=0;SAF=103;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74489e-05;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:222:0:0:221:222:1:118:103:0:0:118:104:0:0 chr6 36733132 . G A,C 1113.23 PASS AF=0.973333,0.0266667;AO=72,3;DP=75;FAO=73,2;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=48,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164954,-0.0834277;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.096,80.7903;QD=59.3725;RBI=0.0248585,0.0920916;REFB=0,0;REVB=0.0185969,-0.038996;RO=0;SAF=25,0;SAR=47,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000328846,0.123115;OID=.,.;OPOS=36733132,36733132;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:75:75:0:0:72,3:73,2:0.973333,0.0266667:47,3:25,0:0:0:48,2:25,0:0:0 chr6 36766292 . C G,T 738.04 PASS AF=0.0754717,0.924528;AO=5,48;DP=53;FAO=4,49;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=4,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00765254,0.0913757;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.4095,77.3781;QD=55.7013;RBI=0.0447564,0.0916562;REFB=0,0;REVB=-0.0440973,0.00716434;RO=0;SAF=0,21;SAR=5,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.150139,0.000265796;OID=.,.;OPOS=36766292,36766292;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:53:53:0:0:5,48:4,49:0.0754717,0.924528:5,27:0,21:0:0:4,28:0,21:0:0 chr6 36867369 . GACC CGAC,GAC,GA 167.42 PASS AF=0,0.677966,0.0508475;AO=3,22,7;DP=58;FAO=0,40,3;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=0,23,3;FSAR=0,17,0;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0219613,-0.129716,-0.0681534;FXX=0;HRUN=1,8,8;LEN=3,1,2;MLLD=45.7811,7.0626,11.0162;QD=11.3502;RBI=0.136376,0.282411,0.145922;REFB=-0.0577151,-0.13359,-0.0771895;REVB=0.134596,0.250858,0.129029;RO=21;SAF=0,15,7;SAR=3,7,0;SRF=3;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.479708,0.445832,0.827085;STB=0.5,0.626476,0.998244;STBP=1,0.008,0.001;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.0942391,0.0454026;OID=.,.,.;OPOS=36867369,36867371,36867371;OREF=GAC,C,CC;OALT=CGA,-,-;OMAPALT=CGAC,GAC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:58:59:21:16:3,22,7:0,40,3:0,0.677966,0.0508475:3,7,0:0,15,7:3:18:0,17,0:0,23,3:2:14 chr6 36882353 . A G 1116.07 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0316197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1753;QD=56.5097;RBI=0.0344473;REFB=0.013427;REVB=-0.0136678;RO=1;SAF=47;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099631;STB=0.501942;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00916923;OID=.;OPOS=36882353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:1:3:76:76:0.962025:29:47:1:0:29:47:2:1 chr6 36895835 . C T 1596.95 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00167188;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.085;QD=59.1464;RBI=0.00458698;REFB=-0.0709765;REVB=0.00427144;RO=1;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082545;STB=0.504347;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=4.59178e-05;OID=.;OPOS=36895835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:108:1:1:107:107:0.990741:57:50:0:1:57:50:0:1 chr6 36922684 . A C 718.21 PASS AF=0.486301;AO=71;DP=146;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=-0.00122672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9471;QD=19.6771;RBI=0.0574955;REFB=0.0501197;REVB=0.0574825;RO=74;SAF=25;SAR=46;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284346;STB=0.518268;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0418469;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:74:75:71:71:0.486301:46:25:24:50:46:25:24:51 chr6 36931162 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00143215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.933;QD=11.6341;RBI=0.0198518;REFB=0.0035435;REVB=-0.0198001;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104401;STB=0.562374;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00568466;OID=.;OPOS=36931162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:8:8:6:4:8:8 chr6 36976637 . G C 1610.48 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.353;QD=58.5631;RBI=0.0618434;REFB=-0.0414626;REVB=0.0336655;RO=1;SAF=51;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921638;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303282;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:110:110:1:0:108:110:1:57:51:1:0:57:53:0:0 chr6 36978834 . A G 315.66 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.181;QD=52.6099;RBI=0.0620562;REFB=0;REVB=0.0591033;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000944243;OID=.;OPOS=36978834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr6 36988364 . C T 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0114316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.484;QD=21.3987;RBI=0.0149665;REFB=-0.0111015;REVB=0.00965993;RO=27;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00360522;STB=0.508836;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00934232;OID=.;OPOS=36988364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:28:34:34:0.548387:14:20:16:11:14:20:17:11 chr6 37138909 . C T 367.63 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00912658;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.394;QD=12.7873;RBI=0.0433991;REFB=-0.0199038;REVB=-0.0424286;RO=70;SAF=17;SAR=27;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109837;STB=0.558594;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0403808;OID=.;OPOS=37138909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:70:71:44:44:0.382609:27:17:34:36:27:17:34:37 chr6 37180237 . G A 179.05 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0413943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4814;QD=10.8513;RBI=0.0508018;REFB=0.0116135;REVB=0.0294506;RO=43;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115059;STB=0.566872;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.022985;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:11:12:18:25:11:12:18:25 chr6 37180355 . G A 249.49 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00236662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.876;QD=14.2565;RBI=0.0028605;REFB=-0.00753284;REVB=0.00160672;RO=41;SAF=15;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0052018;STB=0.502957;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0115747;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:14:15:21:20:14:15:21:20 chr6 37180523 . A G 498.81 PASS AF=0.516129;AO=46;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0133123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.4262;QD=21.4542;RBI=0.0158992;REFB=0.0149356;REVB=0.0086929;RO=36;SAF=16;SAR=30;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214887;STB=0.59087;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0158709;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:36:45:46:48:0.516129:30:16:22:14:32:16:23:22 chr6 37250112 . A G 126.83 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0560064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.354;QD=19.5125;RBI=0.0560681;REFB=-0.028543;REVB=-0.0026281;RO=12;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108256;STB=0.560896;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0228311;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:12:2:1:11:12:2:1:11 chr6 37252210 . C T 318.43 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0455763;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.934;QD=17.9396;RBI=0.0457809;REFB=-0.0140933;REVB=0.0043234;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217218;STB=0.620507;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0284597;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:37:34:34:0.478873:18:16:9:28:18:16:9:28 chr6 37288036 . A G 278.66 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0348316;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.324;QD=25.3327;RBI=0.0348934;REFB=-0.00318973;REVB=0.00207464;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166505;STB=0.582213;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0017772;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:19:25:25:0.568182:11:14:7:13:11:14:7:12 chr6 37349033 . G A 1556.4 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.611;QD=59.8615;RBI=0.00374355;REFB=0;REVB=0.0033505;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07118e-06;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:43:61:0:0:43:61:0:0 chr6 37603102 . TG AG,CA 732.39 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=3,49;DP=53;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102749,0.0376372;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=53.2373,188.766;QD=56.3373;RBI=0.0729779,0.0597037;REFB=0,0;REVB=0.0722509,0.0463463;RO=0;SAF=2,24;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0457193,0.00263935;OID=.,.;OPOS=37603102,37603102;OREF=T,TG;OALT=A,CA;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:52:0:0:3,49:2,50:0.0384615,0.961538:1,25:2,24:0:0:1,25:1,25:0:0 chr6 37623566 . C G,T 646.81 PASS AF=0.0930233,0.906977;AO=4,39;DP=43;FAO=4,39;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=3,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206046,-0.0015219;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.303,96.2463;QD=60.1688;RBI=0.00306682,0.0191255;REFB=0,0;REVB=0.00227154,-0.0190648;RO=0;SAF=1,22;SAR=3,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.21799,-0.000335774;OID=.,.;OPOS=37623566,37623566;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:43:43:0:0:4,39:4,39:0.0930233,0.906977:3,17:1,22:0:0:3,17:1,22:0:0 chr6 38650628 . T G 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.025633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.54;QD=20.8995;RBI=0.0289998;REFB=-0.00795193;REVB=0.0135624;RO=24;SAF=18;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216675;STB=0.51204;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0143125;OID=.;OPOS=38650628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:10:18:16:8:10:18:16:8 chr6 38670837 . G A 1552.81 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570598;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6682;QD=64.0334;RBI=0.0697627;REFB=0;REVB=0.0401375;RO=0;SAF=27;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.69335e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223808;OID=.;OPOS=38670837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:68:27:0:0:68:29:0:0 chr6 38705727 . A G 701.17 PASS AF=0.567797;AO=67;DP=119;FAO=67;FDP=118;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00729561;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9822;QD=23.7686;RBI=0.0153269;REFB=0.00214116;REVB=0.0134792;RO=51;SAF=21;SAR=46;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136054;STB=0.574498;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00100319;OID=.;OPOS=38705727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:51:51:67:67:0.567797:46:21:24:27:46:21:24:27 chr6 38750888 . A G 1530.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.107;QD=63.7519;RBI=0.0108029;REFB=0;REVB=-0.00307248;RO=0;SAF=34;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30169e-05;OID=.;OPOS=38750888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:62:34:0:0:62:34:0:0 chr6 38754694 . A G 305.48 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0492675;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.606;QD=25.4563;RBI=0.0544877;REFB=-0.0063647;REVB=-0.0232728;RO=21;SAF=9;SAR=18;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415133;STB=0.52306;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00247127;OID=.;OPOS=38754694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:18:9:8:13:18:9:8:13 chr6 38773293 . G A 888.34 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0339893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9033;QD=56.4023;RBI=0.0390522;REFB=-0.107035;REVB=-0.0192303;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119536;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0119318;OID=.;OPOS=38773293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:39:23:0:1:39:23:0:1 chr6 38781866 . C G 731.56 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208159;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5635;QD=63.6141;RBI=0.0355588;REFB=0;REVB=-0.0288292;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000537703;OID=.;OPOS=38781866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr6 38800164 . G A 395.86 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0187381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3371;QD=18.2006;RBI=0.0372734;REFB=0.0177862;REVB=0.0322209;RO=46;SAF=13;SAR=28;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140071;STB=0.507809;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.0181941;OID=.;OPOS=38800164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:28:13:14:32:28:13:14:32 chr6 38825329 . C T 1415.33 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3875;QD=62.9037;RBI=0.032198;REFB=0;REVB=0.0267385;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12416e-05;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:52:38:0:0:52:38:0:0 chr6 38841101 . G A 746.92 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0600763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.723;QD=63.568;RBI=0.0649843;REFB=0;REVB=0.0247748;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.57491e-05;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr6 38843426 . C T 2389.5 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9287;QD=64.1478;RBI=0.037591;REFB=0;REVB=-0.025771;RO=0;SAF=69;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00721e-06;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:80:69:0:0:80:69:0:0 chr6 38851669 . C T 176.2 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0100638;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1245;QD=11.9461;RBI=0.0454077;REFB=-0.0178119;REVB=-0.0442784;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118481;STB=0.574404;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0226083;OID=.;OPOS=38851669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:13:9:11:25:13:9:11:26 chr6 39024225 . G A 811.91 PASS AF=0.5125;AO=82;DP=162;FAO=82;FDP=160;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.000521943;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.059;QD=20.2978;RBI=0.00399457;REFB=-0.0205035;REVB=0.00396032;RO=77;SAF=36;SAR=46;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827154;STB=0.548612;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0188788;OID=.;OPOS=39024225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:77:78:82:82:0.5125:46:36:41:36:46:36:42:36 chr6 39033602 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.77;QD=58.4191;RBI=0.0383895;REFB=0;REVB=0.0277005;RO=0;SAF=13;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26186e-05;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:50:13:0:0:50:13:0:0 chr6 39048542 . ACCC ACCG,ACC,GACC 30.71 PASS AF=0.0727273,0.0909091,0;AO=6,9,2;DP=51;FAO=4,5,0;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=0,3,0;FSAR=4,2,0;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00395364,-0.204632,-0.111284;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,1,2;MLLD=76.0662,12.4414,25.4405;QD=2.23329;RBI=0.0535113,0.220995,0.112268;REFB=-0.0211167,-0.168375,-0.0836167;REVB=-0.053365,-0.0834532,-0.0148317;RO=29;SAF=0,8,0;SAR=6,1,2;SRF=19;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.56087,0;SSSB=-0.734135,0.395258,-0.541223;STB=0.997708,0.512146,0.5;STBP=0.018,0.998,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.203631,0.173909,0;OID=.,.,.;OPOS=39048545,39048543,39048542;OREF=C,C,AC;OALT=G,-,GA;OMAPALT=ACCG,ACC,GACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:51:55:29:46:6,9,2:4,5,0:0.0727273,0.0909091,0:6,1,2:0,8,0:19:10:4,2,0:0,3,0:27:19 chr6 39282036 . T C 134.09 PASS AF=0.777778;AO=13;DP=17;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0871475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0052;QD=29.7967;RBI=0.0877233;REFB=-0.0603374;REVB=0.0100344;RO=4;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162773;STB=0.516106;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0180818;OID=.;OPOS=39282036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:18:4:4:13:14:0.777778:7:6:2:2:8:6:2:2 chr6 39282806 . G T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0145321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=323.385;QD=12.73;RBI=0.024723;REFB=-0.00436856;REVB=0.0200011;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110103;STB=0.565077;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00606404;OID=.;OPOS=39282806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:8:4:4:5:8:4 chr6 39283083 . G A 404.77 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00341644;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9374;QD=21.8793;RBI=0.0107769;REFB=-0.0111407;REVB=-0.010221;RO=32;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132452;STB=0.586913;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00879523;OID=.;OPOS=39283083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:34:40:40:0.540541:24:16:18:14:24:16:20:14 chr6 39284050 . G T 119.91 PASS AF=0.283333;AO=15;DP=59;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00846497;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.984;QD=7.99386;RBI=0.0168079;REFB=-0.0122587;REVB=0.0145207;RO=41;SAF=7;SAR=8;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835654;STB=0.588131;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0207668;OID=.;OPOS=39284050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:41:43:15:17:0.283333:8:7:22:19:10:7:23:20 chr6 39284184 . A G 630.79 PASS AF=0.464286;AO=63;DP=138;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00275309;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.055;QD=18.0227;RBI=0.0353584;REFB=-0.0218517;REVB=-0.035251;RO=74;SAF=46;SAR=17;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180763;STB=0.610651;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0309461;OID=.;OPOS=39284184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:74:75:63:65:0.464286:17:46:42:32:17:48:42:33 chr6 39290200 . C T 213.84 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0216698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.69;QD=20.8619;RBI=0.0280274;REFB=-0.0186996;REVB=0.0177752;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624822;STB=0.535178;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0153902;OID=.;OPOS=39290200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:10:10:9:12:10:10 chr6 39330207 . C G 467.29 PASS AF=0.433333;AO=50;DP=119;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0265106;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.721;QD=15.5762;RBI=0.0269114;REFB=-0.0107895;REVB=-0.0046269;RO=67;SAF=22;SAR=28;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084288;STB=0.552305;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.013737;OID=.;OPOS=39330207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:67:68:50:52:0.433333:28:22:35:32:30:22:35:33 chr6 39507889 . C T 449.92 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00148434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.08;QD=21.4246;RBI=0.054381;REFB=-0.0307903;REVB=-0.0543608;RO=40;SAF=31;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125934;STB=0.56982;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0289419;OID=.;OPOS=39507889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:13:31:23:17:13:31:23:17 chr6 39828862 . A C 267.83 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0241043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.683;QD=16.2321;RBI=0.0246348;REFB=-0.0181945;REVB=-0.00508478;RO=36;SAF=10;SAR=20;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221299;STB=0.624915;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0183103;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:20:10:20:16:20:10:20:16 chr6 39851818 . G A 783.81 PASS AF=1;AO=38;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.606;QD=63.9848;RBI=0.045142;REFB=0;REVB=0.00468335;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191558;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:38:49:1:28:10:0:0:28:21:0:0 chr6 39855288 . C A 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0186429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.455;QD=16.5034;RBI=0.0195241;REFB=-0.00137547;REVB=-0.00579958;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126864;STB=0.571375;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000975087;OID=.;OPOS=39855288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:13:13:11:19:13:13:11:19 chr6 39865047 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.606;QD=56.1915;RBI=0.0104787;REFB=0;REVB=-0.00877461;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7857e-05;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr6 39872504 . C A 587.18 PASS AF=0.5625;AO=53;DP=95;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0454912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.758;QD=24.4657;RBI=0.0898065;REFB=-0.0135287;REVB=0.0774323;RO=42;SAF=25;SAR=28;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543524;STB=0.533682;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00920501;OID=.;OPOS=39872504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:42:42:53:54:0.5625:28:25:17:25:28:26:17:25 chr6 39881120 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0138401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.569;QD=17.3213;RBI=0.0151299;REFB=-0.014189;REVB=0.00611259;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352469;STB=0.702859;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0230321;OID=.;OPOS=39881120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:11:7:12:4:11:7 chr6 40360465 . A G 769.4 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8704;QD=56.9927;RBI=0.0545398;REFB=0;REVB=0.00131646;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000662425;OID=.;OPOS=40360465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr6 41166149 . A G 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0192602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.084;QD=8.51155;RBI=0.0199243;REFB=-0.00968916;REVB=-0.00510126;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682721;STB=0.542084;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0126025;OID=.;OPOS=41166149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:6:4:11:13:6:4:11:13 chr6 41166151 . A G 58.7 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0353716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.338;QD=7.11473;RBI=0.0393226;REFB=-0.0173971;REVB=-0.0171788;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162722;STB=0.510181;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0570116;OID=.;OPOS=41166151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:11:13:5:4:11:13 chr6 41166154 . GT CC 63.37 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0344414;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.278;QD=7.92091;RBI=0.0347457;REFB=-0.00686694;REVB=-0.00458874;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011285;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0154156;OID=.;OPOS=41166154;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:10:13:5:4:10:13 chr6 41196156 . C T 850.02 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.274;QD=57.6282;RBI=0.0430029;REFB=0;REVB=0.0395589;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66678e-05;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:23:35:0:0:24:35:0:0 chr6 41196605 . T C 736.91 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.251;QD=56.6852;RBI=0.076128;REFB=0;REVB=0.00301269;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165629;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:20:30:0:0:20:32:0:0 chr6 41196727 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7371;QD=60.9775;RBI=0.0409749;REFB=0;REVB=-0.0193059;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000575987;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr6 41197785 . T C 958.72 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.472;QD=57.2369;RBI=0.0659835;REFB=-0.0939521;REVB=0.0617686;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145365;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000412136;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:34:32:1:0:34:32:1:0 chr6 41197857 . C T 856.22 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.564;QD=56.1456;RBI=0.0513986;REFB=-0.0559516;REVB=0.0483575;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145205;STB=0.50769;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000468715;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:0:1:32:28:0:1 chr6 41270223 . C T 341.69 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0493607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5818;QD=30.3726;RBI=0.1004;REFB=-0.0261518;REVB=-0.0874278;RO=16;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187561;STB=0.603102;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0110281;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:19:10:10:6:19:10:10:6 chr6 41303592 . T C 357.77 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0743016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.635;QD=55.0411;RBI=0.0798028;REFB=0;REVB=-0.0291161;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000636095;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr6 41309552 . T C 737.36 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.079;QD=62.7543;RBI=0.0302231;REFB=0;REVB=0.0103073;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50761e-05;OID=.;OPOS=41309552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:26:21:0:0 chr6 41318438 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.477;QD=58.6004;RBI=0.0390008;REFB=0;REVB=0.0131735;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58327e-05;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:32:32:0:0 chr6 41533579 . C A 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.39;QD=62.3143;RBI=0.0533899;REFB=0;REVB=0.0248665;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78537e-05;OID=.;OPOS=41533579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr6 41568064 . G A 358.86 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0540436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.655;QD=25.1834;RBI=0.0587467;REFB=0.0122628;REVB=0.0230318;RO=22;SAF=18;SAR=17;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169668;STB=0.592763;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00681071;OID=.;OPOS=41568064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:17:18:6:16:17:18:6:16 chr6 41621618 . A G 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.0318813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1951;QD=15.9136;RBI=0.0318813;REFB=-0.0311203;REVB=0;RO=13;SAF=13;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0230845;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:15:13:13:0.464286:0:13:13:0:0:13:15:0 chr6 41621625 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.00833901;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.337;QD=14.0792;RBI=0.00833901;REFB=-0.0201809;REVB=0;RO=13;SAF=12;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0203194;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:13:16:12:12:0.428571:0:12:13:0:0:12:16:0 chr6 41652514 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00373709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.987;QD=18.249;RBI=0.00378625;REFB=-0.0291137;REVB=0.000608157;RO=10;SAF=11;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275703;STB=0.720916;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.015864;OID=.;OPOS=41652514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:10:12:13:13:0.52:2:11:6:4:2:11:6:6 chr6 41708938 . C G 1265.13 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.436;QD=61.7139;RBI=0.029429;REFB=0;REVB=0.0288587;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7452e-05;OID=.;OPOS=41708938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:40:41:0:0:40:42:0:0 chr6 41709537 . C A 207.54 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.000275778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.125;QD=17.6632;RBI=0.00527206;REFB=-0.0226427;REVB=-0.00526485;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428005;STB=0.524393;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0309285;OID=.;OPOS=41709537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:11:15:13:8:11:15 chr6 41739088 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0147175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.06;QD=14.3343;RBI=0.0206735;REFB=-0.0216349;REVB=0.0145186;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538374;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0247825;OID=.;OPOS=41739088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:9:9:0.473684:3:6:6:3:3:6:6:4 chr6 41754573 . C CCTT,T 420.63 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=26,3;DP=30;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400337,0.0583544;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=224.495,51.6166;QD=56.0841;RBI=0.0583303,0.131014;REFB=0,0;REVB=0.0424232,0.117301;RO=0;SAF=17,2;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00771604,0.0287552;OID=.,.;OPOS=41754574,41754573;OREF=-,C;OALT=CTT,T;OMAPALT=CCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:26,3:28,2:0.933333,0.0666667:9,1:17,2:0:0:10,0:18,2:0:0 chr6 41773576 . G C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.113;QD=60.9764;RBI=0.0649993;REFB=0;REVB=0.0357893;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131121;OID=.;OPOS=41773576;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:30:9:0:0:30:9:0:0 chr6 42044945 . G A 791.83 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.025034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.46;QD=53.6834;RBI=0.0254416;REFB=0.0420036;REVB=-0.00453556;RO=2;SAF=26;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00282326;STB=0.501497;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00117158;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:31:26:1:1:31:26:1:1 chr6 42072989 . G A 432.03 PASS AF=0.428571;AO=46;DP=110;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00204424;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.411;QD=15.4296;RBI=0.00626907;REFB=-0.0197784;REVB=0.00592641;RO=60;SAF=27;SAR=19;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381277;STB=0.53029;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.029729;OID=.;OPOS=42072989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:60:64:46:48:0.428571:19:27:33:27:20:28:34:30 chr6 42073958 . C T 247.77 PASS AF=0.483871;AO=25;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0253824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0836;QD=15.9852;RBI=0.0303075;REFB=-0.0821105;REVB=-0.0165613;RO=26;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269143;STB=0.518506;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0712767;OID=.;OPOS=42073958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:32:25:30:0.483871:17:8:9:17:17:13:15:17 chr6 42074106 . A G 257.32 PASS AF=0.615385;AO=22;DP=37;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0139225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.217;QD=26.3913;RBI=0.0196564;REFB=-0.0205422;REVB=-0.0138758;RO=15;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121721;STB=0.56405;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0124113;OID=.;OPOS=42074106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:15:15:22:24:0.615385:11:11:10:5:12:12:10:5 chr6 42123317 . A C 2334.92 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0066266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.356;QD=63.106;RBI=0.0221687;REFB=-0.0703467;REVB=0.0211551;RO=1;SAF=80;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590816;STB=0.503105;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00015707;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:67:80:1:0:67:80:1:0 chr6 42162388 . A G 2008.43 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.209;QD=62.277;RBI=0.0569749;REFB=0;REVB=0.0238608;RO=0;SAF=54;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15065e-05;OID=.;OPOS=42162388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:74:54:0:0:75:54:0:0 chr6 42224546 . A T 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0641208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.57;QD=13.4158;RBI=0.0641913;REFB=-0.00968703;REVB=-0.00300701;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132564;STB=0.575775;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0241204;OID=.;OPOS=42224546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:11:14:16:21:11:14:16:21 chr6 42532102 . C T 230.84 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00401475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.633;QD=17.7572;RBI=0.0143818;REFB=-0.0126516;REVB=0.0138101;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307803;STB=0.662894;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0234587;OID=.;OPOS=42532102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:27:24:25:0.480769:17:7:16:10:17:8:17:10 chr6 42600319 . A G 1509.92 PASS AF=0.979798;AO=95;DP=98;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0228723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.85;QD=61.0069;RBI=0.0229238;REFB=-0.139479;REVB=0.00153587;RO=2;SAF=50;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185879;STB=0.509432;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000164066;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:99:2:2:95:97:0.979798:45:50:2:0:45:52:2:0 chr6 42627430 . C T 294.36 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0220406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.3019;QD=17.5739;RBI=0.0294227;REFB=-0.00517182;REVB=-0.0194912;RO=34;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520205;STB=0.519988;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0113943;OID=.;OPOS=42627430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:35:32:32:0.477612:14:18:21:13:14:18:21:14 chr6 42627434 . G A 324.73 PASS AF=0.5;AO=35;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0828563;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7936;QD=19.1016;RBI=0.0831108;REFB=-0.00102557;REVB=0.00649801;RO=33;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310479;STB=0.530018;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.000238915;OID=.;OPOS=42627434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:35:34:0.5:15:20:20:13:15:19:21:13 chr6 42666061 . T C 769.8 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9295;QD=57.022;RBI=0.0823071;REFB=0;REVB=0.0806556;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117139;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:33:20:0:0:34:20:0:0 chr6 42666145 . C T 1053.97 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.124832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6906;QD=56.9712;RBI=0.153162;REFB=-0.119224;REVB=0.0887446;RO=2;SAF=19;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175133;STB=0.509257;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0118345;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:53:19:0:2:53:19:0:2 chr6 42666164 . G C 1029.97 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0148378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.426;QD=58.0266;RBI=0.0264819;REFB=0.147295;REVB=0.0219347;RO=1;SAF=19;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091821;STB=0.504853;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.000430686;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:51:19:0:1:51:19:0:1 chr6 42689755 . A G 84.61 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0377862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8743;QD=5.83545;RBI=0.0491792;REFB=-0.0212086;REVB=-0.0314769;RO=44;SAF=8;SAR=5;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878716;STB=0.547871;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0626119;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:57:58:44:45:13:13:0.224138:5:8:24:20:5:8:25:20 chr6 42713618 . A G 871.53 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.562;QD=56.2278;RBI=0.0301647;REFB=-0.143189;REVB=0.0212736;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000350269;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:60:61:0.983871:30:30:0:0:31:30:1:0 chr6 42989057 . T C 631.8 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.438;QD=61.6393;RBI=0.0327625;REFB=0;REVB=0.0263801;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106874;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr6 43014298 . TT CC 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193851;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=137.284;QD=51.1846;RBI=0.0337489;REFB=0;REVB=0.0336931;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000180979;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr6 43040666 . A T 125.3 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00197551;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.131;QD=17.2824;RBI=0.0258236;REFB=-0.0159403;REVB=0.025748;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269488;STB=0.653638;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0190388;OID=.;OPOS=43040666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:4:11:6:8:4:11 chr6 43044620 . A G 846.24 PASS AF=0.488636;AO=84;DP=175;FAO=86;FDP=176;FR=.;FRO=90;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.00969096;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.346;QD=19.2328;RBI=0.0108284;REFB=-0.0210702;REVB=0.00483108;RO=90;SAF=48;SAR=36;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455191;STB=0.504424;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0234273;OID=.;OPOS=43044620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:90:90:84:86:0.488636:36:48:51:39:38:48:51:39 chr6 43148987 . G C 625.7 PASS AF=0.625;AO=55;DP=88;FAO=55;FDP=88;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0311921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.354;QD=28.4407;RBI=0.0312735;REFB=-0.0407914;REVB=0.00225521;RO=33;SAF=20;SAR=35;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445218;STB=0.52422;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.024632;OID=.;OPOS=43148987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:33:33:55:55:0.625:35:20:14:19:35:20:14:19 chr6 43152573 . A G 317.23 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0210232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.694;QD=25.8961;RBI=0.0238038;REFB=-0.0201461;REVB=-0.0111645;RO=21;SAF=7;SAR=21;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242515;STB=0.63519;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0184954;OID=.;OPOS=43152573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:21:7:11:10:21:7:11:10 chr6 43154091 . C G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00667518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=338.214;QD=60.1582;RBI=0.0396418;REFB=-0.0124546;REVB=0.0390758;RO=1;SAF=29;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015927;STB=0.508471;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000416562;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:15:29:1:0:15:29:1:0 chr6 43184132 . A C 208.52 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0114226;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.308;QD=18.535;RBI=0.0165831;REFB=-0.0239946;REVB=-0.0120218;RO=24;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176508;STB=0.527247;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.030093;OID=.;OPOS=43184132;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:20:21:0.466667:13:7:8:16:13:8:8:16 chr6 43230970 . G C 77.82 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0803859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.5331;QD=16.3832;RBI=0.0978246;REFB=-0.0486301;REVB=-0.0557473;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456945;STB=0.761894;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.030901;OID=.;OPOS=43230970;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:8:1:7:3:8:1 chr6 43251912 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0689821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4335;QD=10.1731;RBI=0.177541;REFB=-0.00480878;REVB=-0.163591;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27543;STB=0.666172;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0151595;OID=.;OPOS=43251912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:2:7:3:3:2:7 chr6 43270097 . T C 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7126;QD=57.7103;RBI=0.0274319;REFB=0;REVB=0.0240264;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023977;OID=.;OPOS=43270097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr6 43273604 . A G 1358.37 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.211;QD=62.4537;RBI=0.0163365;REFB=0;REVB=0.0144757;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76947e-05;OID=.;OPOS=43273604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr6 43306346 . A G 1268.85 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.193;QD=60.4213;RBI=0.044946;REFB=-0.154736;REVB=0.0321133;RO=1;SAF=53;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885353;STB=0.504672;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000467008;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:30:53:1:0:30:53:1:0 chr6 43323705 . AGGGGA AGGG,AGGGA 253.96 PASS AF=0,0.770492;AO=59,24;DP=125;FAO=0,94;FDP=122;FR=.;FRO=28;FSAF=0,92;FSAR=0,2;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0612951,0.0129481;FXX=0.0239981;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=85.5014,6.92627;QD=8.3266;RBI=0.0834385,0.162495;REFB=0.00359592,-0.168508;REVB=0.0566118,0.161978;RO=36;SAF=59,23;SAR=0,1;SRF=21;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.872284,0.654778;STB=0.5,0.881497;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.161199;OID=.,.;OPOS=43323709,43323706;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGG,AGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.770492:59,24:125:0,94:122:28:0,92:0,2:13:15:54:36:59,23:0,1:21:15 chr6 43488144 . A G 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00487562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.71;QD=22.398;RBI=0.0197909;REFB=-0.0346109;REVB=-0.0191809;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159319;STB=0.50892;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0242674;OID=.;OPOS=43488144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:9:10:12:10:9:10 chr6 43492578 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.481;QD=60.9786;RBI=0.0263411;REFB=0;REVB=0.0178874;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27836e-05;OID=.;OPOS=43492578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr6 43582161 . A G 254.33 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00912308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.587;QD=13.0424;RBI=0.0153397;REFB=-0.00922563;REVB=0.0123319;RO=42;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198507;STB=0.502607;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.021435;OID=.;OPOS=43582161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:48:30:30:0.384615:13:17:23:19:13:17:27:21 chr6 43753325 . G A 347.54 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00867779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.343;QD=19.8595;RBI=0.0105364;REFB=-0.0111182;REVB=0.005976;RO=33;SAF=18;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130628;STB=0.514278;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00984382;OID=.;OPOS=43753325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:36:36:0.514286:18:18:16:17:18:18:16:18 chr6 44081718 . G A 1391.9 PASS AF=1;AO=76;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785272;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2156;QD=62.5573;RBI=0.231349;REFB=0;REVB=0.231216;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172873;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:76:89:1:37:39:0:0:49:40:0:0 chr6 44115169 . G A 772.7 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978702;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.139;QD=57.2374;RBI=0.0333012;REFB=0;REVB=-0.0318306;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35542e-05;OID=.;OPOS=44115169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:28:26:0:0 chr6 44117607 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.093;QD=44.6889;RBI=0.0852949;REFB=0;REVB=0.0117042;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927101;OID=.;OPOS=44117607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr6 44117664 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8516;QD=35.5758;RBI=0.0352988;REFB=0;REVB=0.0352988;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167023;OID=.;OPOS=44117664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr6 44119676 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.843;QD=55.6555;RBI=0.0232672;REFB=0;REVB=0.0110405;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223109;OID=.;OPOS=44119676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr6 44223010 . G T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00425297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.058;QD=24.6004;RBI=0.0187037;REFB=-0.0302702;REVB=0.0182137;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0179668;OID=.;OPOS=44223010;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:11:11:8:8:11:11:8:8 chr6 44247951 . T G 1193.84 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225041;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.051;QD=61.2225;RBI=0.0276451;REFB=0;REVB=-0.0160568;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4288e-05;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr6 44250165 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.488;QD=60.6102;RBI=0.025701;REFB=0;REVB=0.0194602;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301231;OID=.;OPOS=44250165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr6 44253749 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3999;QD=58.1408;RBI=0.0436759;REFB=0;REVB=0.0398318;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568537;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr6 44255459 . G A 2210.66 PASS AF=0.967742;AO=150;DP=155;FAO=150;FDP=155;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0203736;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.297;QD=57.0493;RBI=0.0381123;REFB=-0.143477;REVB=0.0322096;RO=4;SAF=48;SAR=102;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00397715;STB=0.502958;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00106291;OID=.;OPOS=44255459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:155:155:4:5:150:150:0.967742:102:48:1:3:102:48:2:3 chr6 44268135 . C T 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.103;QD=59.5002;RBI=0.0288992;REFB=0;REVB=0.00728971;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129679;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr6 44268371 . T C 1134.41 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.808;QD=60.5019;RBI=0.0537789;REFB=0;REVB=0.0535315;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121128;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:46:29:0:0:46:29:0:0 chr6 44269192 . TC T,TT 317.57 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=5,18;DP=23;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851233,-0.00995005;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=303.088,307.755;QD=52.9275;RBI=0.0277578,0.0288932;REFB=0,0;REVB=0.0264203,0.0271259;RO=0;SAF=0,7;SAR=5,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00747507,0.00185351;OID=.,.;OPOS=44269193,44269193;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:5,18:23:2,22:24:0:0,7:2,15:0:0:10:0:0,7:5,11:0:0 chr6 44275011 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.585;QD=61.3363;RBI=0.0231125;REFB=0;REVB=0.0155843;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22654e-06;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr6 44310854 . G A 350.03 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.000684354;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.475;QD=17.5017;RBI=0.0290071;REFB=-0.0123939;REVB=0.0289991;RO=43;SAF=18;SAR=19;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135542;STB=0.575717;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.016382;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:43:43:37:37:0.4625:19:18:27:16:19:18:27:16 chr6 44320548 . T A 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6941;QD=62.0062;RBI=0.041466;REFB=0;REVB=-0.000930454;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309478;OID=.;OPOS=44320548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:35:49:0:0:35:49:0:0 chr6 44360533 . G A 183.53 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0114064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.099;QD=11.8406;RBI=0.0127546;REFB=-0.0187622;REVB=-0.0057073;RO=39;SAF=16;SAR=7;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029048;STB=0.516764;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0257564;OID=.;OPOS=44360533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:7:16:28:11:7:16:28:11 chr6 44371714 . C T 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00285125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.18;QD=17.4899;RBI=0.0198921;REFB=-0.00670405;REVB=-0.0196867;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922441;STB=0.551688;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00653388;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:14:14:12:18:14:14:12:18 chr6 44403438 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.405;QD=50.4135;RBI=0.0400504;REFB=0;REVB=-0.00847121;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030835;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr6 44413463 . T A 468.81 PASS AF=0.386861;AO=53;DP=140;FAO=53;FDP=137;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.00557442;FXX=0.021427;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.808;QD=13.6878;RBI=0.00570252;REFB=-0.00291438;REVB=-0.00120186;RO=80;SAF=27;SAR=26;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165929;STB=0.516123;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00318833;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:137:80:84:53:53:0.386861:26:27:42:38:26:27:45:39 chr6 45866361 . A T 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00615215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.07;QD=22.8673;RBI=0.00874156;REFB=0.00321496;REVB=-0.00621015;RO=27;SAF=21;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665458;STB=0.544746;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00186041;OID=.;OPOS=45866361;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:28:37:37:0.569231:16:21:13:14:16:21:13:15 chr6 46107752 . C G 329.77 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0334689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5501;QD=15.7034;RBI=0.0379568;REFB=-0.000986017;REVB=0.0179041;RO=48;SAF=19;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492282;STB=0.527762;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00199095;OID=.;OPOS=46107752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:17:19:23:25:17:19:23:25 chr6 46108083 . A G 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0286277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.752;QD=25.2554;RBI=0.0287409;REFB=0.00606359;REVB=-0.00254767;RO=10;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189933;STB=0.605937;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00466135;OID=.;OPOS=46108083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:7:10:3:7:7:10:3:7 chr6 46128688 . G C 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0194753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.277;QD=16.6181;RBI=0.0289727;REFB=-0.00187839;REVB=-0.0214506;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193117;STB=0.609046;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0030984;OID=.;OPOS=46128688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:12:11:19:9:12:11:19:9 chr6 46128745 . C T 206.75 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0677685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6546;QD=17.2294;RBI=0.0770096;REFB=-0.0287313;REVB=-0.0365776;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301342;STB=0.670369;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.025327;OID=.;OPOS=46128745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:12:9:20:7:12:9:20:7 chr6 46129345 . G A 503.76 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0112822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.497;QD=22.3892;RBI=0.0112829;REFB=-0.0118608;REVB=0.000129901;RO=42;SAF=18;SAR=30;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129432;STB=0.571398;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00802061;OID=.;OPOS=46129345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:30:18:22:20:30:18:22:20 chr6 46135489 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0139311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.191;QD=11.0193;RBI=0.0139625;REFB=-0.0161753;REVB=0.000936461;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247224;STB=0.646649;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0326042;OID=.;OPOS=46135489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:1:7:4:2:1:7 chr6 46135984 . G T 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00661361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9411;QD=24.3826;RBI=0.0120126;REFB=0.0101233;REVB=0.0100281;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191212;STB=0.51063;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00752364;OID=.;OPOS=46135984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:13:13:11:10:13:13:11:10 chr6 46190377 . A C 76.88 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00336444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1451;QD=10.6035;RBI=0.0212059;REFB=-0.0237598;REVB=0.0209373;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756198;STB=0.549196;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0358609;OID=.;OPOS=46190377;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:29:17:19:10:10:0.344828:6:4:8:9:6:4:9:10 chr6 46563817 . A T 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.39;QD=58.5986;RBI=0.0283728;REFB=0;REVB=-0.0176178;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26e-06;OID=.;OPOS=46563817;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr6 46623698 . T C 1224.66 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.694;QD=61.2328;RBI=0.0805169;REFB=0;REVB=0.0804719;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71415e-05;OID=.;OPOS=46623698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:80:0:0:73:80:1:48:25:0:0:52:28:0:0 chr6 46656727 . CGGGG CGGG,CGGGT 53.64 PASS AF=0.142857,0.107143;AO=12,4;DP=56;FAO=8,6;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=4,4;FSAR=4,2;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0347062,0.0732414;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.0195,26.131;QD=3.83148;RBI=0.12171,0.0874921;REFB=-0.0943262,-0.0640455;REVB=-0.116656,0.0478598;RO=34;SAF=5,3;SAR=7,1;SRF=12;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0797888,0.416391;STB=0.659641,0.784019;STBP=0.392,0.205;TYPE=del,snp;VARB=0.0842434,0.235737;OID=.,.;OPOS=46656728,46656731;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=CGGG,CGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857,0.107143:12,4:56:8,6:56:42:4,4:4,2:13:29:27:34:5,3:7,1:12:22 chr6 46656735 . C G 44.91 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00974704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6626;QD=3.26629;RBI=0.0706845;REFB=0.00331935;REVB=-0.0700093;RO=43;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.629862;STB=0.899517;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0261809;OID=.;OPOS=46656735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:55:55:43:47:8:8:0.145455:1:7:13:30:1:7:17:30 chr6 46657057 . A G 1609.66 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139791;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.364;QD=59.617;RBI=0.0271312;REFB=0;REVB=0.0232527;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425884;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:104:108:1:53:51:0:0:54:54:0:0 chr6 46657273 . G A 151.24 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0194554;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.811;QD=9.91755;RBI=0.0199808;REFB=-0.0169653;REVB=0.00455199;RO=43;SAF=4;SAR=16;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160868;STB=0.587062;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0313015;OID=.;OPOS=46657273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:43:41:20:20:0.327869:16:4:13:30:16:4:12:29 chr6 46658892 . A T 228.18 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00731207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.089;QD=13.8288;RBI=0.00786877;REFB=-0.0155198;REVB=0.0029071;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187972;STB=0.607064;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0192152;OID=.;OPOS=46658892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:11:16:16:23:11:16:16:23 chr6 46658905 . C G 272.85 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00257457;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.732;QD=14.7486;RBI=0.04989;REFB=-0.00754999;REVB=-0.0498236;RO=42;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16884;STB=0.588179;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00952586;OID=.;OPOS=46658905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:43:31:31:0.418919:14:17:16:26:14:17:17:26 chr6 46672943 . A G 2027.23 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.312;QD=62.3763;RBI=0.0212438;REFB=0;REVB=0.0205144;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03234e-05;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:68:62:0:0:68:62:0:0 chr6 46684222 . C T 373.17 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0326714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2998;QD=14.7788;RBI=0.0876477;REFB=-0.0333388;REVB=-0.0813307;RO=58;SAF=21;SAR=21;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532343;STB=0.534637;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0396084;OID=.;OPOS=46684222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:59:42:42:0.415842:21:21:32:26:21:21:33:26 chr6 46766321 . TTAA T,TA,TTTA,TTTT 483.69 PASS AF=0.26087,0.608696,0,0;AO=10,23,14,3;DP=77;FAO=18,42,0,0;FDP=69;FR=.;FRO=9;FSAF=15,32,0,0;FSAR=3,10,0,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0426753,-0.0859974,0.0542646,0.0265572;FXX=0.0416609;HRUN=7,7,8,8;LEN=3,2,1,2;MLLD=17.0094,15.5063,5.79992,17.3796;QD=28.0403;RBI=0.0684617,0.100585,0.114289,0.0624236;REFB=-0.0587044,-0.114764,0.0604316,0.0327721;REVB=-0.0535334,-0.0521715,-0.100585,-0.0564926;RO=16;SAF=10,22,0,0;SAR=0,1,14,3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.768836,0.566296,-0.830504,-0.661837;STB=0.677739,0.571393,0.5,0.5;STBP=0.041,0.071,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=-0.0173467,0.0201842,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=46766322,46766322,46766323,46766323;OREF=TAA,TA,A,AA;OALT=-,-,T,TT;OMAPALT=T,TA,TTTA,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.26087,0.608696,0,0:10,23,14,3:77:18,42,0,0:69:9:15,32,0,0:3,10,0,0:4:5:31:16:10,22,0,0:0,1,14,3:10:6 chr6 46802370 . G A 736.58 PASS AF=0.416667;AO=80;DP=191;FAO=80;FDP=192;FR=.;FRO=112;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.0160537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.159;QD=15.3455;RBI=0.0268662;REFB=-0.000546854;REVB=0.0215423;RO=111;SAF=38;SAR=42;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00257994;STB=0.504174;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.000799816;OID=.;OPOS=46802370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:111:112:80:80:0.416667:42:38:53:58:42:38:54:58 chr6 46803018 . A T 146.29 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0168473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3147;QD=16.7194;RBI=0.0217077;REFB=-0.0170008;REVB=0.0136891;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13331;STB=0.576417;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0198589;OID=.;OPOS=46803018;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:11:8:9:7:11:8 chr6 46803102 . A G 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0103507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.777;QD=13.4585;RBI=0.014746;REFB=-0.00606101;REVB=0.0105027;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320833;STB=0.687266;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00641659;OID=.;OPOS=46803102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:11:5:16:10:11:5:16:10 chr6 46824448 . A G 522.53 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000666825;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.1056;QD=55.0032;RBI=0.0127149;REFB=0.158408;REVB=0.0126974;RO=1;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374036;STB=0.518508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00481875;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:12:24:0:1:13:24:0:1 chr6 46826508 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.695;QD=61.6839;RBI=0.037145;REFB=0;REVB=-0.0370455;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111488;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr6 46826715 . T A 1822.48 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.978;QD=61.26;RBI=0.0288173;REFB=0;REVB=-0.00530625;RO=0;SAF=66;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59014e-05;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:52:66:0:0:52:67:0:0 chr6 46826844 . T C 1788.27 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.573;QD=60.1101;RBI=0.035634;REFB=0.0308422;REVB=0.0235106;RO=1;SAF=56;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840614;STB=0.504424;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=4.21092e-05;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:62:56:1:0:62:56:1:0 chr6 46826910 . G A 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.712;QD=60.5459;RBI=0.0251864;REFB=0;REVB=0.0248857;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91484e-05;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:53:59:0:0:53:59:0:0 chr6 46826979 . A G 973.66 PASS AF=0.513514;AO=95;DP=186;FAO=95;FDP=185;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.00344601;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.582;QD=21.0521;RBI=0.00481133;REFB=-0.0171211;REVB=0.00335766;RO=90;SAF=40;SAR=55;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708815;STB=0.53348;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0131936;OID=.;OPOS=46826979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:90:90:95:95:0.513514:55:40:45:45:55:40:44:46 chr6 46827073 . A G 696.77 PASS AF=0.454545;AO=75;DP=165;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=0.0124734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.691;QD=16.8913;RBI=0.0139201;REFB=-0.0128056;REVB=0.00617926;RO=89;SAF=32;SAR=43;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109474;STB=0.502479;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0152375;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:89:90:75:75:0.454545:43:32:37:52:43:32:38:52 chr6 46827126 . C T 1824.03 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00750209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.101;QD=60.2984;RBI=0.0111356;REFB=-0.0791161;REVB=0.00822919;RO=0;SAF=48;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503448;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-3.72934e-06;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:72:48:0:0:72:48:0:1 chr6 46827239 . C T 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.102302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.805;QD=30.8212;RBI=0.102475;REFB=0.0064849;REVB=-0.00595006;RO=3;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387972;STB=0.521702;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00226981;OID=.;OPOS=46827239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:9:3:1:2:9:3:1:2 chr6 46832813 . G A 442.83 PASS AF=0.431034;AO=49;DP=115;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.000270346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.241;QD=15.27;RBI=0.00747662;REFB=-0.014839;REVB=0.00747173;RO=65;SAF=20;SAR=29;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193826;STB=0.616392;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0167888;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:65:66:49:50:0.431034:29:20:39:26:30:20:40:26 chr6 46834685 . G A 1752.66 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010465;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.18;QD=60.9621;RBI=0.0169145;REFB=0;REVB=0.0132885;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63716e-05;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:114:115:1:64:50:0:0:65:50:0:0 chr6 46856100 . G A 1262.5 PASS AF=0.965517;AO=83;DP=89;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0211505;FXX=0.0333296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.812;QD=58.046;RBI=0.0280713;REFB=-0.0505955;REVB=0.0184568;RO=3;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342003;STB=0.518068;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00219511;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:87:3:3:83:84:0.965517:40:43:0:3:40:44:0:3 chr6 46976812 . T C 130.96 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0152616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.294;QD=10.2714;RBI=0.0295548;REFB=-0.0325943;REVB=0.0253095;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181906;STB=0.607715;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0357487;OID=.;OPOS=46976812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:8:8:23:12:8:8:23:12 chr6 46977458 . T C 320.21 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0270148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4876;QD=18.5626;RBI=0.0488312;REFB=-0.0101245;REVB=0.0406779;RO=35;SAF=23;SAR=10;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190476;STB=0.522242;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.012758;OID=.;OPOS=46977458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:33:34:0.492754:10:23:25:10:11:23:25:10 chr6 47563692 . C T 1290.21 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2053;QD=60.7158;RBI=0.0724945;REFB=0;REVB=0.0211603;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756041;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:85:0:0:80:85:1:50:30:0:0:50:35:0:0 chr6 47594302 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.84;QD=62.4654;RBI=0.00907546;REFB=0;REVB=0.00838698;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2078e-05;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr6 47594722 . G A 442.88 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00789835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.373;QD=16.2525;RBI=0.00955459;REFB=-0.0177912;REVB=0.00537644;RO=59;SAF=17;SAR=32;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114515;STB=0.569591;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0183798;OID=.;OPOS=47594722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:60:49:49:0.449541:32:17:27:32:32:17:28:32 chr6 47649265 . T A 773.35 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00949147;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.884;QD=55.2393;RBI=0.0106608;REFB=-0.16996;REVB=0.00485441;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000972513;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:0:1:55:55:0.982143:31:24:0:0:31:24:0:1 chr6 47682604 . A C 1955.85 PASS AF=0.977273;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0589834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.545;QD=59.2681;RBI=0.059004;REFB=-0.10262;REVB=-0.00156187;RO=2;SAF=58;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161029;STB=0.504978;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.000350488;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:132:2:3:129:129:0.977273:71:58:2:0:71:58:2:1 chr6 47685100 . CTTTTA CGTTTA,CTTTA,CTTTAT 314.73 PASS AF=0,1,0;AO=17,9,10;DP=51;FAO=0,55,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,0;FSAR=0,35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217002,0.0176671,-0.241231;FXX=0.017854;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=23.2534,7.31726,17.3007;QD=22.8892;RBI=0.162264,0.218128,0.264099;REFB=-0.0266859,-0.0222935,0.0178845;REVB=-0.160806,0.217411,0.107498;RO=10;SAF=0,8,10;SAR=17,1,0;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.815122,0.680544,0.845064;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0127055,0;OID=.,.,.;OPOS=47685101,47685101,47685104;OREF=T,T,TA;OALT=G,-,AT;OMAPALT=CGTTTA,CTTTA,CTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0:17,9,10:51:0,55,0:55:0:0,20,0:0,35,0:0:0:4:10:0,8,10:17,1,0:1:9 chr6 47791205 . G A 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0941215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.332;QD=21.0641;RBI=0.0941229;REFB=-0.0128595;REVB=0.000522423;RO=40;SAF=15;SAR=29;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228074;STB=0.632092;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00801171;OID=.;OPOS=47791205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:41:44:44:0.517647:29:15:24:16:29:15:25:16 chr6 47847179 . A G 1419.2 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.037514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.693;QD=61.7042;RBI=0.0467015;REFB=0.0407555;REVB=0.027816;RO=1;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920437;STB=0.504853;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0006052;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:51:40:0:1:51:40:0:1 chr6 47847401 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.08;QD=57.5449;RBI=0.0218559;REFB=0;REVB=0.0184617;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17979e-06;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr6 49459978 . A G 763.62 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6995;QD=55.5362;RBI=0.0358171;REFB=0;REVB=0.0340675;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064496;OID=.;OPOS=49459978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:34:18:0:0:36:19:0:0 chr6 49460152 . A G 651.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7511;QD=62.014;RBI=0.0484267;REFB=0;REVB=0.0309485;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000994363;OID=.;OPOS=49460152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr6 49479750 . T C 922.29 PASS AF=0.508287;AO=91;DP=184;FAO=92;FDP=181;FR=.;FRO=89;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=59;FWDB=-0.000387234;FXX=0.0163035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.693;QD=20.382;RBI=0.00919793;REFB=-0.00108803;REVB=0.00918978;RO=89;SAF=54;SAR=37;SRF=30;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228172;STB=0.621326;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.001308;OID=.;OPOS=49479750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:181:89:89:91:92:0.508287:37:54:30:59:38:54:30:59 chr6 49479775 . A T 925.31 PASS AF=0.545455;AO=90;DP=165;FAO=90;FDP=165;FR=.;FRO=75;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=20;FSRR=55;FWDB=-0.0305896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2549;QD=22.4318;RBI=0.0311384;REFB=-0.0146979;REVB=0.00582046;RO=74;SAF=49;SAR=41;SRF=20;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22418;STB=0.624426;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0132295;OID=.;OPOS=49479775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:74:75:90:90:0.545455:41:49:20:54:41:49:20:55 chr6 49485266 . C A 533.44 PASS AF=0.528846;AO=54;DP=103;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0143945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.733;QD=20.5168;RBI=0.0145902;REFB=-0.014131;REVB=-0.00238139;RO=49;SAF=16;SAR=38;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511367;STB=0.531148;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0143924;OID=.;OPOS=49485266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:49:49:54:55:0.528846:38:16:17:32:39:16:17:32 chr6 49489397 . C A 581.76 PASS AF=0.54717;AO=57;DP=105;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.000605524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.085;QD=21.9533;RBI=0.0190431;REFB=-0.02557;REVB=-0.0190334;RO=47;SAF=23;SAR=34;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054674;STB=0.520212;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0160485;OID=.;OPOS=49489397;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:47:48:57:58:0.54717:34:23:16:31:35:23:17:31 chr6 49494241 . A G 302.9 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00596754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.39;QD=17.0645;RBI=0.046548;REFB=-0.00659213;REVB=0.0461639;RO=38;SAF=22;SAR=11;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018975;STB=0.510632;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0126486;OID=.;OPOS=49494241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:11:22:26:12:11:22:26:12 chr6 49518914 . C G 1578.63 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246889;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4293;QD=60.1383;RBI=0.0269476;REFB=0;REVB=0.0107997;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70802e-05;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:55:50:0:0:55:50:0:0 chr6 49701439 . C A 240.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.0168392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.526;QD=12.1824;RBI=0.0255318;REFB=-0.0101601;REVB=0.0191914;RO=50;SAF=18;SAR=11;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465677;STB=0.526742;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0166831;OID=.;OPOS=49701439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:11:18:33:17:11:18:33:17 chr6 49701523 . A G 272.66 PASS AF=0.424658;AO=24;DP=66;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=-0.00689991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.523;QD=14.9405;RBI=0.0690415;REFB=-0.0156443;REVB=0.0686958;RO=42;SAF=15;SAR=9;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202095;STB=0.656746;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0217772;OID=.;OPOS=49701523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:73:42:42:24:31:0.424658:9:15:33:9:15:16:33:9 chr6 49755030 . G C 425.56 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.118901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.123;QD=21.5473;RBI=0.126367;REFB=-0.0406086;REVB=-0.0427926;RO=36;SAF=11;SAR=31;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459766;STB=0.520998;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0310409;OID=.;OPOS=49755030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:37:42:42:0.531646:31:11:11:25:31:11:11:26 chr6 50683009 . T C 116.92 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0952354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1811;QD=12.6397;RBI=0.0982368;REFB=-0.0174008;REVB=0.0240975;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473803;STB=0.513494;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0216189;OID=.;OPOS=50683009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:23:14:14:0.378378:7:7:10:12:7:7:11:12 chr6 50815229 . T C 935.23 PASS AF=0.422594;AO=100;DP=241;FAO=101;FDP=239;FR=.;FRO=138;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=53;FSRR=85;FWDB=0.0086485;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.595;QD=15.6524;RBI=0.00966037;REFB=-0.00667888;REVB=0.0043042;RO=139;SAF=35;SAR=65;SRF=54;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043354;STB=0.517207;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00957133;OID=.;OPOS=50815229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:239:139:138:100:101:0.422594:65:35:54:85:65:36:53:85 chr6 51480486 . G T 695.44 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.121;QD=59.1866;RBI=0.0392358;REFB=-0.00230083;REVB=-0.0130241;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284632;STB=0.515145;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000497497;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:16:29:0:1:16:30:0:1 chr6 51483961 . T C 905.53 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00362557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.224;QD=56.5957;RBI=0.00499865;REFB=0.0333502;REVB=0.00344118;RO=1;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136847;STB=0.507244;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000379317;OID=.;OPOS=51483961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:34:28:0:1:34:29:0:1 chr6 51491884 . T C 1169.27 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188021;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.507;QD=60.7413;RBI=0.0238711;REFB=0;REVB=0.0147075;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585576;OID=.;OPOS=51491884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:50:27:0:0:50:27:0:0 chr6 51586771 . G A 736.42 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.017;QD=62.6741;RBI=0.033945;REFB=0;REVB=0.0308773;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781325;OID=.;OPOS=51586771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:16:30:0:0:17:30:0:0 chr6 51613177 . C T 785.73 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.6803;QD=64.141;RBI=0.0187712;REFB=0;REVB=0.0184861;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010011;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr6 51720838 . T C 894.31 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0110916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.061;QD=55.0343;RBI=0.0127318;REFB=-0.0411665;REVB=0.00625094;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165659;STB=0.517236;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00105262;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:35:28:1:0:35:28:2:0 chr6 51875250 . A C 1048.06 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.438;QD=58.2256;RBI=0.0419644;REFB=0.00349272;REVB=0.030436;RO=1;SAF=26;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178383;STB=0.509431;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-5.50948e-06;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:45:26:1:0:45:26:1:0 chr6 51890823 . G A 785.79 PASS AF=0.461111;AO=80;DP=178;FAO=83;FDP=180;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=37;FWDB=0.020305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.472;QD=17.4619;RBI=0.0310919;REFB=-0.0204082;REVB=0.023546;RO=96;SAF=42;SAR=38;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088808;STB=0.554421;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0244208;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:96:97:80:83:0.461111:38:42:59:37:40:43:60:37 chr6 51914956 . G A 298.03 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00908708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.953;QD=20.9145;RBI=0.0405775;REFB=-0.00542685;REVB=0.0395469;RO=26;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126829;STB=0.570393;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00435269;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:19:12:14:12:19:12:14:12 chr6 51924774 . A G 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00850049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1402;QD=58.0584;RBI=0.0196623;REFB=0;REVB=-0.0177299;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261057;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr6 51947237 . G A 387.82 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00241147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.61;QD=18.4675;RBI=0.026643;REFB=-0.0122621;REVB=0.0265337;RO=44;SAF=24;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526786;STB=0.529397;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0167495;OID=.;OPOS=51947237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:16:24:24:20:16:24:24:20 chr6 52051274 . G A 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0127642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.726;QD=14.6213;RBI=0.0238627;REFB=-0.00614911;REVB=0.0201619;RO=46;SAF=20;SAR=13;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343948;STB=0.697564;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0136127;OID=.;OPOS=52051274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:13:20:12:34:13:20:12:35 chr6 52101739 . T C 308.22 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0340119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0374;QD=20.8963;RBI=0.0765788;REFB=-0.0317684;REVB=0.0686112;RO=27;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121889;STB=0.567643;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0340694;OID=.;OPOS=52101739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:12:20:13:14:12:20:13:14 chr6 52269046 . C G 116.09 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0287625;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.173;QD=18.5751;RBI=0.0431743;REFB=-0.0278047;REVB=-0.0321984;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167751;STB=0.596124;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0367195;OID=.;OPOS=52269046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:12:12:13:13:0.52:8:5:7:5:8:5:7:5 chr6 52270925 . G T 482.87 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0229418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3476;QD=26.1012;RBI=0.0714127;REFB=-0.0112078;REVB=-0.0676272;RO=29;SAF=24;SAR=21;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884688;STB=0.548248;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00620832;OID=.;OPOS=52270925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:21:24:19:10:21:24:19:10 chr6 52272033 . C T 894.09 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0152456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8482;QD=55.021;RBI=0.0370579;REFB=-0.0806171;REVB=-0.0337766;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145261;STB=0.514701;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00961752;OID=.;OPOS=52272033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:1:2:62:63:0.969231:32:30:0:1:33:30:0:2 chr6 52272313 . A G 518.72 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-3.33057e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.419;QD=19.3912;RBI=0.0127333;REFB=-0.0100091;REVB=0.0127332;RO=53;SAF=23;SAR=31;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755521;STB=0.541753;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00981416;OID=.;OPOS=52272313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:31:23:27:26:31:23:27:26 chr6 52272467 . C A,CTTGA 359.42 PASS AF=0,1;AO=3,18;DP=48;FAO=0,26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135358,-0.0157005;FXX=0.297217;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=121.306,192.634;QD=55.2951;RBI=0.0304153,0.0367037;REFB=0,0;REVB=0.0272373,0.0331762;RO=27;SAF=3,5;SAR=0,13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.567561,-0.23005;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00105472;OID=.,.;OPOS=52272467,52272468;OREF=C,-;OALT=A,TTGA;OMAPALT=A,CTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:48:26:27:0:3,18:0,26:0,1:0,13:3,5:13:14:0,13:0,13:0:0 chr6 52272471 . C A 170.98 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00578827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.092;QD=17.5362;RBI=0.00731079;REFB=-0.00725642;REVB=-0.00446583;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215916;STB=0.623093;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0216768;OID=.;OPOS=52272471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:8:13:7:11:8:13 chr6 52288586 . G C 186.24 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00335316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.645;QD=13.7952;RBI=0.10234;REFB=-0.0181084;REVB=-0.102285;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299951;STB=0.517226;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.024446;OID=.;OPOS=52288586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:7:15:21:11:7:15:21:11 chr6 52303291 . C T 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0174402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.548;QD=19.5182;RBI=0.0374531;REFB=0.00260506;REVB=-0.0331447;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256005;STB=0.608564;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00339606;OID=.;OPOS=52303291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:26:28:28:0.518519:15:13:18:5:15:13:18:8 chr6 52360283 . T A 288.64 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.000842666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.666;QD=16.2611;RBI=0.0266388;REFB=-0.0133854;REVB=0.0266255;RO=39;SAF=22;SAR=9;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788859;STB=0.550436;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0137347;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:39:31:32:0.450704:9:22:25:14:9:23:25:14 chr6 52360331 . G A 446.29 PASS AF=0.473684;AO=43;DP=93;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0214002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.904;QD=18.7913;RBI=0.0220826;REFB=0.00111678;REVB=-0.00544711;RO=50;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243455;STB=0.514118;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00112729;OID=.;OPOS=52360331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:50:50:43:45:0.473684:23:20:22:28:24:21:22:28 chr6 52374319 . T TAC 267.37 PASS AF=0.324324;AO=35;DP=111;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0028298;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.479;QD=9.63488;RBI=0.0274464;REFB=-0.0108582;REVB=0.0273001;RO=75;SAF=15;SAR=20;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137802;STB=0.568824;STBP=0.337;TYPE=ins;VARB=0.0269149;OID=.;OPOS=52374320;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324324:35:111:36:111:75:16:20:41:34:99:75:15:20:41:34 chr6 52617731 . C G 1610.21 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939273;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3132;QD=60.1949;RBI=0.0130487;REFB=0;REVB=-0.00905795;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169962;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:61:46:0:0:61:46:0:0 chr6 52701143 . C T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.01;QD=64.4141;RBI=0.019876;REFB=0;REVB=-0.00643779;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55449e-05;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr6 52843131 . G T 1511.48 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7097;QD=62.9782;RBI=0.134114;REFB=0;REVB=0.129106;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122357;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:96:0:0:88:96:1:46:42:0:0:53:43:0:0 chr6 52844045 . G A 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.802;QD=61.7128;RBI=0.0664578;REFB=0.017143;REVB=0.0656873;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=6.82916e-05;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:47:44:0:0:47:44:0:1 chr6 52930188 . C A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.13;QD=55.6554;RBI=0.0795997;REFB=0;REVB=0.0555951;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440345;OID=.;OPOS=52930188;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr6 52963071 . A G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.698;QD=54.4809;RBI=0.0178544;REFB=-0.12875;REVB=0.00326407;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000971505;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:12:19:1:0:12:19:1:0 chr6 53514946 . A G 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.679;QD=59.4239;RBI=0.0918535;REFB=0.000626635;REVB=0.0909557;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000289063;OID=.;OPOS=53514946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:1:0:23:19:1:0 chr6 53516876 . T G 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.307;QD=60.8823;RBI=0.0255246;REFB=0;REVB=-0.0211286;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65128e-05;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr6 53517035 . G A 4130.73 PASS AF=0.996283;AO=265;DP=270;FAO=268;FDP=269;FR=.;FRO=1;FSAF=138;FSAR=130;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0828969;FXX=0.0073798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.678;QD=61.4234;RBI=0.103367;REFB=-0.119305;REVB=0.0617484;RO=3;SAF=137;SAR=128;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00319849;STB=0.501805;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000621947;OID=.;OPOS=53517035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:270:269:3:1:265:268:0.996283:128:137:2:1:130:138:1:0 chr6 53518922 . C T 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000440774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.839;QD=18.8278;RBI=0.00275147;REFB=-0.0104711;REVB=-0.00271593;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197257;STB=0.5999;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.012542;OID=.;OPOS=53518922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:12:8:13:8:12:8:13:9 chr6 53519605 . C T 2477.38 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018396;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.012;QD=61.5499;RBI=0.0251725;REFB=0;REVB=-0.0171827;RO=0;SAF=81;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29815e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64937e-06;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:79:81:0:0:80:81:0:0 chr6 53989526 . G A 1135.09 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.08;QD=60.5382;RBI=0.0491555;REFB=0;REVB=0.0455997;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252478;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr6 54054686 . T A 1080.89 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.297;QD=60.0493;RBI=0.0496939;REFB=0;REVB=0.0188308;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125975;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:70:72:1:37:33:0:0:37:35:0:0 chr6 54079968 . G A 1960.94 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0630174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.688;QD=60.8043;RBI=0.0630638;REFB=0.0404367;REVB=0.0024187;RO=1;SAF=65;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725477;STB=0.503759;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-7.55546e-05;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:127:128:0.992248:62:65:1:0:62:66:1:0 chr6 54130846 . A G 253.56 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0324162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.478;QD=17.487;RBI=0.0324982;REFB=-0.011114;REVB=0.00230771;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154061;STB=0.586147;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0102328;OID=.;OPOS=54130846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:14:14:20:10:14:14:20:10 chr6 54186147 . T C 695.04 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0143643;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8392;QD=21.2226;RBI=0.0294884;REFB=0.0057952;REVB=0.0257533;RO=65;SAF=23;SAR=45;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303768;STB=0.522603;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00515948;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:65:63:68:68:0.519084:45:23:24:41:45:23:24:39 chr6 54191970 . T A 385.32 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0446035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5941;QD=26.1237;RBI=0.0448056;REFB=-0.0160019;REVB=-0.00425001;RO=22;SAF=22;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297261;STB=0.516244;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0088089;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:15:22:14:8:15:22:14:8 chr6 54735122 . A G 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0282448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.651;QD=15.3049;RBI=0.0316634;REFB=-0.00701167;REVB=-0.014311;RO=39;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283029;STB=0.660087;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0127197;OID=.;OPOS=54735122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:10:20:15:24:10:20:15:24 chr6 55142337 . A G 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.308;QD=61.1581;RBI=0.0110294;REFB=0;REVB=0.00591251;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04989e-05;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:62:56:0:0:62:56:0:0 chr6 55266625 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.633;QD=57.6796;RBI=0.0298147;REFB=0;REVB=-0.000217377;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251242;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr6 55428658 . A C 189.35 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0178532;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.228;QD=19.4209;RBI=0.0293868;REFB=-0.0226708;REVB=0.023342;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158189;STB=0.597467;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0182437;OID=.;OPOS=55428658;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:20:19:19:0.487179:7:12:15:4:7:12:16:4 chr6 56044578 . T C 1769.96 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.266;QD=59.9987;RBI=0.015684;REFB=-0.00937776;REVB=0.00581798;RO=1;SAF=56;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840555;STB=0.504424;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=1.95808e-05;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:61:56:1:0:61:56:1:0 chr6 56327849 . C T 436.8 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00974466;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.48;QD=18.5872;RBI=0.0155637;REFB=-0.0143457;REVB=-0.0121356;RO=49;SAF=24;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141284;STB=0.513612;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.019373;OID=.;OPOS=56327849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:49:50:44:44:0.468085:20:24:26:23:20:24:26:24 chr6 56417282 . C T 416.71 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00524544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.436;QD=19.6099;RBI=0.0492035;REFB=-0.0339451;REVB=-0.0489231;RO=43;SAF=21;SAR=21;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010587;STB=0.50588;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0363066;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:21:21:22:21:21:21:22:21 chr6 56417545 . T C 154.41 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00115222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.123;QD=14.3636;RBI=0.00149933;REFB=-0.00738731;REVB=-0.00095937;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125103;STB=0.517026;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0121512;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:26:17:17:0.395349:10:7:10:15:10:7:10:16 chr6 56420538 . C T 495.08 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0112403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.606;QD=20.6285;RBI=0.0303989;REFB=-0.000747403;REVB=-0.0282444;RO=47;SAF=27;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467755;STB=0.521044;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.000721697;OID=.;OPOS=56420538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:48:48:48:0.5:21:27:24:23:21:27:25:23 chr6 56810539 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.307;QD=47.8224;RBI=0.0418311;REFB=0;REVB=0.0355458;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506566;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr6 57244780 . G A 159.21 PASS AF=0.242105;AO=23;DP=95;FAO=23;FDP=95;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0717334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.046;QD=6.70369;RBI=0.0719998;REFB=-0.00253445;REVB=-0.00618787;RO=72;SAF=17;SAR=6;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280548;STB=0.673108;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.011853;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:72:72:23:23:0.242105:6:17:38:34:6:17:38:34 chr6 57246884 . A G 1419.37 PASS AF=0.47973;AO=142;DP=297;FAO=142;FDP=296;FR=.;FRO=154;FSAF=79;FSAR=63;FSRF=81;FSRR=73;FWDB=-0.0120653;FXX=0.00336689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.504;QD=19.1807;RBI=0.0234601;REFB=-0.0100913;REVB=-0.0201198;RO=153;SAF=79;SAR=63;SRF=80;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318201;STB=0.515941;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00887211;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:296:153:154:142:142:0.47973:63:79:80:73:63:79:81:73 chr6 57246969 . G A 803.37 PASS AF=0.378601;AO=92;DP=244;FAO=92;FDP=243;FR=.;FRO=151;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=76;FSRR=75;FWDB=-0.0232484;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.639;QD=13.2241;RBI=0.0237821;REFB=-0.0119998;REVB=-0.00501011;RO=151;SAF=42;SAR=50;SRF=76;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516263;STB=0.529142;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0221053;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:151:151:92:92:0.378601:50:42:76:75:50:42:76:75 chr6 57246982 . G T 664.87 PASS AF=0.363636;AO=80;DP=218;FAO=80;FDP=220;FR=.;FRO=140;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=68;FSRR=72;FWDB=-0.0570757;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.484;QD=12.0886;RBI=0.0571037;REFB=-0.00519439;REVB=0.00178801;RO=137;SAF=36;SAR=44;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437085;STB=0.522846;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0065572;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:220:137:140:80:80:0.363636:44:36:67:70:44:36:68:72 chr6 57254927 . A G 503.1 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00114774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.172;QD=16.0992;RBI=0.015855;REFB=-0.00844504;REVB=0.0158134;RO=70;SAF=31;SAR=24;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021088;STB=0.511788;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0123585;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:70:55:55:0.44:24:31:38:32:24:31:38:32 chr6 57254950 . A AT 236.04 PASS AF=0.428571;AO=43;DP=114;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.110855;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.3573;QD=8.42987;RBI=0.132064;REFB=-0.0790167;REVB=-0.0717767;RO=69;SAF=24;SAR=19;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722609;STB=0.515378;STBP=0.797;TYPE=ins;VARB=0.08461;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:43:114:48:112:64:28:20:39:25:99:69:24:19:43:26 chr6 57254955 . G A 324.79 PASS AF=0.366337;AO=34;DP=111;FAO=37;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0198799;FXX=0.090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.403;QD=12.863;RBI=0.0407404;REFB=-0.014732;REVB=-0.0355608;RO=44;SAF=20;SAR=14;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744064;STB=0.533051;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.047106;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:101:44:63:34:37:0.366337:14:20:29:15:14:23:36:27 chr6 57254986 . G A 233.44 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0556299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.948;QD=10.9852;RBI=0.0709886;REFB=-0.01942;REVB=-0.0440986;RO=55;SAF=22;SAR=7;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309658;STB=0.676792;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0592815;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:56:29:29:0.341176:7:22:28:27:7:22:29:27 chr6 57255001 . C A 186.04 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.046824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8651;QD=10.4812;RBI=0.0564863;REFB=0.00981173;REVB=-0.0315945;RO=47;SAF=21;SAR=3;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504962;STB=0.80147;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.024209;OID=.;OPOS=57255001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:3:21:24:23:3:21:24:23 chr6 57372361 . C A 1186.39 PASS AF=0.671233;AO=98;DP=147;FAO=98;FDP=146;FR=.;FRO=48;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0181823;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1876;QD=32.5038;RBI=0.0183354;REFB=-0.0140066;REVB=0.00236429;RO=48;SAF=54;SAR=44;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948293;STB=0.55101;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00454362;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:48:48:98:98:0.671233:44:54:19:29:44:54:19:29 chr6 57372365 . A G 126.89 PASS AF=0.165517;AO=24;DP=145;FAO=24;FDP=145;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=0.0239135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.122;QD=3.50054;RBI=0.0295608;REFB=-0.00599423;REVB=0.0173778;RO=120;SAF=11;SAR=13;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637722;STB=0.538208;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.032807;OID=.;OPOS=57372365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:120:121:24:24:0.165517:13:11:61:59:13:11:61:60 chr6 57393112 . T C 87.71 PASS AF=0.147541;AO=18;DP=124;FAO=18;FDP=122;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=-0.0103864;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.76;QD=2.87571;RBI=0.0104903;REFB=0.000173001;REVB=-0.00147242;RO=106;SAF=4;SAR=14;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282087;STB=0.70119;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0005725;OID=.;OPOS=57393112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:124:122:106:104:18:18:0.147541:14:4:45:61:14:4:45:59 chr6 57393125 . A G 727.75 PASS AF=0.510791;AO=71;DP=139;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.00503395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.853;QD=20.9426;RBI=0.0192139;REFB=-0.00447267;REVB=0.0185427;RO=67;SAF=26;SAR=45;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346;STB=0.5237;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00364992;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:67:68:71:71:0.510791:45:26:27:40:45:26:28:40 chr6 57393160 . G A 226.53 PASS AF=0.227848;AO=35;DP=157;FAO=36;FDP=158;FR=.;FRO=122;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=79;FWDB=0.0331573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.425;QD=5.73504;RBI=0.0395372;REFB=-0.00356527;REVB=-0.0215357;RO=122;SAF=17;SAR=18;SRF=43;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171455;STB=0.613864;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0151637;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:122:122:35:36:0.227848:18:17:43:79:18:18:43:79 chr6 57398154 . T C 805.06 PASS AF=0.440415;AO=85;DP=192;FAO=85;FDP=193;FR=.;FRO=108;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=63;FWDB=-0.00429645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7808;QD=16.6852;RBI=0.00489084;REFB=-0.00123805;REVB=-0.00233686;RO=107;SAF=33;SAR=52;SRF=44;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240797;STB=0.516618;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00159786;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:107:108:85:85:0.440415:52:33:44:63:52:33:45:63 chr6 57398157 . A G 840.53 PASS AF=0.444444;AO=87;DP=197;FAO=88;FDP=198;FR=.;FRO=110;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=66;FWDB=-0.0024771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.04;QD=16.9804;RBI=0.0116942;REFB=-0.0214316;REVB=0.0114288;RO=109;SAF=35;SAR=52;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00142542;STB=0.505232;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0285149;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:109:110:87:88:0.444444:52:35:44:65:52:36:44:66 chr6 57398163 . A G 853.31 PASS AF=0.45098;AO=92;DP=204;FAO=92;FDP=204;FR=.;FRO=112;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=43;FSRR=69;FWDB=-0.010314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.478;QD=16.7316;RBI=0.0119924;REFB=-0.0111342;REVB=-0.00611868;RO=112;SAF=38;SAR=54;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298991;STB=0.516575;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0183312;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:112:112:92:92:0.45098:54:38:43:69:54:38:43:69 chr6 57398186 . G GA 109.85 PASS AF=0.213333;AO=45;DP=230;FAO=48;FDP=225;FR=.;FRO=177;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=71;FSRR=106;FWDB=0.180884;FXX=0.0131573;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.4683;QD=1.95282;RBI=0.181747;REFB=-0.00122118;REVB=-0.0176902;RO=171;SAF=17;SAR=28;SRF=67;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189868;STB=0.512619;STBP=0.853;TYPE=ins;VARB=-0.0281039;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213333:45:230:48:225:177:20:28:71:106:99:171:17:28:67:104 chr6 57398201 . T C 1077.18 PASS AF=0.458678;AO=111;DP=242;FAO=111;FDP=242;FR=.;FRO=131;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=49;FSRR=82;FWDB=-0.0193617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.5581;QD=17.8046;RBI=0.0195329;REFB=-0.00547226;REVB=0.00258044;RO=129;SAF=49;SAR=62;SRF=48;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690696;STB=0.537307;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0129808;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:129:131:111:111:0.458678:62:49:48:81:62:49:49:82 chr6 57398207 . G T 399.3 PASS AF=0.240964;AO=60;DP=249;FAO=60;FDP=249;FR=.;FRO=189;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=71;FSRR=118;FWDB=-0.00172636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.604;QD=6.41447;RBI=0.01622;REFB=0.00220134;REVB=0.0161278;RO=189;SAF=29;SAR=31;SRF=71;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137597;STB=0.58224;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00645432;OID=.;OPOS=57398207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:189:189:60:60:0.240964:31:29:71:118:31:29:71:118 chr6 57398226 . T A,G 1028.98 PASS AF=0.231076,0.231076;AO=58,58;DP=251;FAO=58,58;FDP=251;FR=.;FRO=135;FSAF=29,23;FSAR=29,35;FSRF=52;FSRR=83;FWDB=-0.0447903,-0.0152208;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.5982,75.9425;QD=16.398;RBI=0.045624,0.0295258;REFB=-0.0150095,-0.0120622;REVB=0.00868223,0.0253002;RO=135;SAF=29,23;SAR=29,35;SRF=52;SRR=83;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.138335,0.0143118;STB=0.580284,0.508332;STBP=0.15,0.876;TYPE=snp,snp;VARB=0.0154776,0.0168491;OID=.,.;OPOS=57398226,57398226;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:135:135:58,58:58,58:0.231076,0.231076:29,35:29,23:52:83:29,35:29,23:52:83 chr6 57398264 . A G 872.13 PASS AF=0.451923;AO=93;DP=207;FAO=94;FDP=208;FR=.;FRO=114;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=70;FWDB=-0.0218172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.024;QD=16.7717;RBI=0.0359629;REFB=-0.016655;REVB=-0.0285892;RO=114;SAF=43;SAR=50;SRF=44;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768375;STB=0.539722;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0224031;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:114:114:93:94:0.451923:50:43:44:70:51:43:44:70 chr6 57398270 . C T 221.59 PASS AF=0.191176;AO=39;DP=205;FAO=39;FDP=204;FR=.;FRO=165;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=63;FSRR=102;FWDB=-0.00496312;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.096;QD=4.34483;RBI=0.0331138;REFB=-0.000877388;REVB=-0.0327397;RO=164;SAF=20;SAR=19;SRF=62;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173788;STB=0.605402;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00533423;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:164:165:39:39:0.191176:19:20:62:102:19:20:63:102 chr6 57467084 . A G 161.92 PASS AF=0.157635;AO=32;DP=202;FAO=32;FDP=203;FR=.;FRO=171;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=78;FSRR=93;FWDB=-0.00482833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.864;QD=3.19054;RBI=0.00485741;REFB=-0.00222776;REVB=-0.000530721;RO=168;SAF=18;SAR=14;SRF=75;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148073;STB=0.588936;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0109548;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:168:171:32:32:0.157635:14:18:75:93:14:18:78:93 chr6 57467093 . A G 197.43 PASS AF=0.177033;AO=37;DP=209;FAO=37;FDP=209;FR=.;FRO=172;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=78;FSRR=94;FWDB=0.00831766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.892;QD=3.77861;RBI=0.0158867;REFB=-0.00131702;REVB=0.0135353;RO=172;SAF=19;SAR=18;SRF=78;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772214;STB=0.549277;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00486902;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:172:172:37:37:0.177033:18:19:78:94:18:19:78:94 chr6 57467100 . G C 1250.29 PASS AF=0.561321;AO=119;DP=212;FAO=119;FDP=212;FR=.;FRO=93;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=0.000740146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.179;QD=23.5904;RBI=0.00119535;REFB=-0.0174444;REVB=-0.000938643;RO=93;SAF=49;SAR=70;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094036;STB=0.551172;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0112302;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:93:93:119:119:0.561321:70:49:49:44:70:49:49:44 chr6 57467107 . C T 204.47 PASS AF=0.180095;AO=38;DP=211;FAO=38;FDP=211;FR=.;FRO=173;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=77;FSRR=96;FWDB=-0.00981441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.19;QD=3.87626;RBI=0.0588498;REFB=-0.00381072;REVB=-0.0580257;RO=173;SAF=19;SAR=19;SRF=77;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708067;STB=0.545;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0307657;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:173:173:38:38:0.180095:19:19:77:96:19:19:77:96 chr6 57467175 . A G 539.13 PASS AF=0.355191;AO=65;DP=183;FAO=65;FDP=183;FR=.;FRO=118;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=-0.0200314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.192;QD=11.7841;RBI=0.0207423;REFB=-0.0105952;REVB=-0.0053837;RO=118;SAF=29;SAR=36;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00626961;STB=0.503574;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.021724;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:118:118:65:65:0.355191:36:29:52:66:36:29:52:66 chr6 57512476 . G A 1915.55 PASS AF=0.526761;AO=187;DP=356;FAO=187;FDP=355;FR=.;FRO=168;FSAF=105;FSAR=82;FSRF=77;FSRR=91;FWDB=-0.00453955;FXX=0.00280891;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.642;QD=21.5836;RBI=0.00519212;REFB=-0.00714831;REVB=-0.00252003;RO=168;SAF=105;SAR=82;SRF=77;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897853;STB=0.548969;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00695568;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:355:168:168:187:187:0.526761:82:105:77:91:82:105:77:91 chr6 57512510 . T G 2058.12 PASS AF=0.508906;AO=200;DP=393;FAO=200;FDP=393;FR=.;FRO=193;FSAF=109;FSAR=91;FSRF=92;FSRR=101;FWDB=-0.0128769;FXX=0.00253801;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.424;QD=20.9478;RBI=0.0142495;REFB=-0.0282373;REVB=0.00610179;RO=193;SAF=109;SAR=91;SRF=92;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614844;STB=0.533616;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0276426;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:193:193:200:200:0.508906:91:109:92:101:91:109:92:101 chr6 57512529 . C A 632.98 PASS AF=0.246753;AO=94;DP=387;FAO=95;FDP=385;FR=.;FRO=290;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=138;FSRR=152;FWDB=-0.0134598;FXX=0.00773176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.216;QD=6.57637;RBI=0.0195348;REFB=-0.00284607;REVB=-0.0141577;RO=290;SAF=56;SAR=38;SRF=138;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151853;STB=0.59373;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00700245;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:385:290:290:94:95:0.246753:38:56:138:152:38:57:138:152 chr6 57512565 . T C 1686.61 PASS AF=0.515244;AO=137;DP=297;FAO=169;FDP=328;FR=.;FRO=159;FSAF=83;FSAR=86;FSRF=75;FSRR=84;FWDB=0.0449118;FXX=0.00606042;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.682;QD=20.5684;RBI=0.0464876;REFB=-0.00911306;REVB=-0.0120012;RO=158;SAF=52;SAR=85;SRF=75;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953706;STB=0.509422;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00876046;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:328:158:159:137:169:0.515244:85:52:75:83:86:83:75:84 chr6 57512678 . G A 498.88 PASS AF=0.566265;AO=46;DP=82;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0532714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3897;QD=24.0423;RBI=0.0537282;REFB=-0.0593274;REVB=-0.0069912;RO=35;SAF=18;SAR=28;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404642;STB=0.519563;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0380255;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:35:36:46:47:0.566265:28:18:12:23:28:19:13:23 chr6 58141869 . C T 117.47 PASS AF=0.195876;AO=19;DP=98;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.000519892;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.508;QD=4.84398;RBI=0.0209377;REFB=-0.00323731;REVB=-0.0209313;RO=78;SAF=12;SAR=7;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120637;STB=0.577099;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0121235;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:78:78:19:19:0.195876:7:12:42:36:7:12:42:36 chr6 58141876 . C T 1064.95 PASS AF=0.79798;AO=79;DP=99;FAO=79;FDP=99;FR=.;FRO=20;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00501593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.43;QD=43.0282;RBI=0.00521451;REFB=0.00298954;REVB=-0.00142533;RO=20;SAF=43;SAR=36;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405006;STB=0.521599;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00153448;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:20:20:79:79:0.79798:36:43:13:7:36:43:13:7 chr6 58141878 . A G 122.69 PASS AF=0.196078;AO=20;DP=102;FAO=20;FDP=102;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.00156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.907;QD=4.81124;RBI=0.0159453;REFB=-0.00342927;REVB=-0.0158688;RO=82;SAF=13;SAR=7;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132733;STB=0.58478;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0245595;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:82:82:20:20:0.196078:7:13:45:37:7:13:45:37 chr6 58141886 . G C 1500.68 PASS AF=0.962963;AO=103;DP=108;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0132232;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.839;QD=55.5806;RBI=0.0322068;REFB=0.0356184;REVB=0.029367;RO=4;SAF=61;SAR=42;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00675667;STB=0.5033;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.000342354;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:108:108:4:4:103:104:0.962963:42:61:2:2:43:61:2:2 chr6 58141920 . G C 85.76 PASS AF=0.151786;AO=17;DP=112;FAO=17;FDP=112;FR=.;FRO=95;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=0.00393886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.861;QD=3.06288;RBI=0.00465079;REFB=-0.00538647;REVB=-0.00247288;RO=95;SAF=12;SAR=5;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222228;STB=0.650978;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.030119;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:112:112:95:95:17:17:0.151786:5:12:51:44:5:12:51:44 chr6 58141935 . T C 66.62 PASS AF=0.130841;AO=14;DP=107;FAO=14;FDP=107;FR=.;FRO=93;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.00153794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0258;QD=2.49032;RBI=0.0262049;REFB=-0.00518065;REVB=-0.0261597;RO=93;SAF=12;SAR=2;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424003;STB=0.806853;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0319553;OID=.;OPOS=58141935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:107:107:93:93:14:14:0.130841:2:12:51:42:2:12:51:42 chr6 58141946 . C T 378.69 PASS AF=0.431579;AO=40;DP=93;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0413762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.1388;QD=15.9448;RBI=0.0825848;REFB=-0.0152783;REVB=0.0714721;RO=53;SAF=19;SAR=21;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205854;STB=0.614159;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0219391;OID=.;OPOS=58141946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:53:54:40:41:0.431579:21:19:36:17:22:19:36:18 chr6 58164635 . T C 540.82 PASS AF=0.442748;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0362188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5575;QD=16.5135;RBI=0.0369366;REFB=-0.0109381;REVB=0.00724625;RO=73;SAF=35;SAR=23;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708937;STB=0.539613;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0208513;OID=.;OPOS=58164635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:73:58:58:0.442748:23:35:39:34:23:35:39:34 chr6 58182701 . C T 853.14 PASS AF=0.541935;AO=84;DP=155;FAO=84;FDP=155;FR=.;FRO=71;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=-0.00132769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.188;QD=22.0166;RBI=0.00540837;REFB=-0.0192183;REVB=0.00524288;RO=71;SAF=45;SAR=39;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164596;STB=0.589828;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0156367;OID=.;OPOS=58182701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:71:71:84:84:0.541935:39:45:24:47:39:45:24:47 chr6 58196684 . G A 223.9 PASS AF=0.278261;AO=32;DP=115;FAO=32;FDP=115;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.00704757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.303;QD=7.78791;RBI=0.00894199;REFB=-0.0142923;REVB=-0.00550373;RO=83;SAF=18;SAR=14;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543262;STB=0.532291;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0324507;OID=.;OPOS=58196684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:83:83:32:32:0.278261:14:18:43:40:14:18:43:40 chr6 62282965 . C T 1249.81 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0464286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3612;QD=60.2317;RBI=0.0482613;REFB=-0.0465566;REVB=0.0131732;RO=1;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108864;STB=0.505746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0005763;OID=.;OPOS=62282965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:43:39:0:1:43:39:0:1 chr6 62283016 . T G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.701;QD=63.2859;RBI=0.064503;REFB=0;REVB=0.00993229;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322344;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr6 62284247 . T G 1570.67 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3155;QD=59.835;RBI=0.0426777;REFB=0;REVB=0.0323154;RO=0;SAF=63;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037819;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:41:63:0:0:42:63:0:0 chr6 62284487 . C T 2232.81 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.065;QD=62.896;RBI=0.0150696;REFB=0;REVB=0.0134903;RO=0;SAF=69;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128321;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:142:0:0:138:142:1:69:69:0:0:70:72:0:0 chr6 62284512 . T C 2033.81 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00912106;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.878;QD=62.5787;RBI=0.0307867;REFB=0;REVB=0.0294045;RO=0;SAF=68;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65122e-05;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:130:0:0:130:130:1:62:68:0:0:62:68:0:0 chr6 62390916 . T C 2370.41 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.166;QD=64.0651;RBI=0.0243251;REFB=0;REVB=0.0238339;RO=0;SAF=60;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68366e-05;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:147:148:1:87:60:0:0:87:61:0:0 chr6 63921853 . A G 518.72 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0217212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.321;QD=19.3913;RBI=0.0229962;REFB=-0.0101141;REVB=-0.00755091;RO=53;SAF=34;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424171;STB=0.523452;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00563267;OID=.;OPOS=63921853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:20:34:31:22:20:34:31:22 chr6 63921873 . A T 402.71 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00591488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.284;QD=15.639;RBI=0.00639043;REFB=-0.0111492;REVB=-0.00241905;RO=57;SAF=25;SAR=20;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590782;STB=0.502182;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0167701;OID=.;OPOS=63921873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:58:45:45:0.436893:20:25:32:25:20:25:32:26 chr6 63921924 . A G 312.69 PASS AF=0.397727;AO=34;DP=87;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0142665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.249;QD=14.213;RBI=0.016227;REFB=-0.00584475;REVB=-0.0077319;RO=53;SAF=16;SAR=18;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121757;STB=0.559552;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0109709;OID=.;OPOS=63921924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:53:53:34:35:0.397727:18:16:31:22:18:17:31:22 chr6 63922023 . C T 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.013485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.094;QD=16.35;RBI=0.016213;REFB=-0.00029019;REVB=-0.00900086;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560804;STB=0.531484;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.000340961;OID=.;OPOS=63922023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:20:14:15:27:20:14:15:27 chr6 63922916 . T C 198.78 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.000648689;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.81;QD=24.847;RBI=0.0320051;REFB=-0.0113991;REVB=0.0319985;RO=15;SAF=1;SAR=18;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439247;STB=0.650404;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00818118;OID=.;OPOS=63922916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:15:13:19:19:0.59375:18:1:4:11:18:1:2:11 chr6 65016977 . TGA T 529.81 PASS AF=0.947368;AO=34;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.102113;FXX=0.0952154;HRUN=1;LEN=2;MLLD=113.111;QD=55.7693;RBI=0.16844;REFB=-0.307669;REVB=0.133958;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526301;STBP=0.219;TYPE=del;VARB=0.0270422;OID=.;OPOS=65016978;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:34:39:36:38:2:18:18:2:0:7:0:17:17:0:0 chr6 65301504 . A G 522.75 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00885877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.26;QD=17.1394;RBI=0.019458;REFB=-0.00937573;REVB=0.0173244;RO=66;SAF=33;SAR=23;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584633;STB=0.532565;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0114201;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:56:56:0.459016:23:33:35:31:23:33:35:31 chr6 65336140 . T TA 1049.55 PASS AF=1;AO=34;DP=190;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.233874;FXX=0.0540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=7.72848;QD=23.9898;RBI=0.238595;REFB=0;REVB=-0.0472291;RO=150;SAF=22;SAR=12;SRF=53;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000336855;OID=.;OPOS=65336141;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:190:175:175:0:71:104:0:0:28:150:22:12:53:97 chr6 65622463 . A G 875.66 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0334098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0219;QD=52.2781;RBI=0.0776756;REFB=-0.129573;REVB=0.0701233;RO=3;SAF=19;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365477;STB=0.530983;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00807039;OID=.;OPOS=65622463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:67:67:3:4:63:63:0.940299:44:19:2:1:44:19:3:1 chr6 66005857 . T A 726.54 PASS AF=0.443182;AO=78;DP=176;FAO=78;FDP=176;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=62;FWDB=-0.00229697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.55;QD=16.5123;RBI=0.0180317;REFB=-0.0250192;REVB=0.0178848;RO=98;SAF=41;SAR=37;SRF=36;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157719;STB=0.587558;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.032488;OID=.;OPOS=66005857;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:98:98:78:78:0.443182:37:41:36:62:37:41:36:62 chr6 66005888 . C T 993.32 PASS AF=0.552326;AO=95;DP=172;FAO=95;FDP=172;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=68;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.02465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.039;QD=23.1006;RBI=0.050714;REFB=-0.0184958;REVB=-0.0443203;RO=77;SAF=27;SAR=68;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212536;STB=0.6164;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0193337;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:77:77:95:95:0.552326:68:27:40:37:68:27:40:37 chr6 66005970 . G A 613.72 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00869634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.795;QD=26.1158;RBI=0.0102155;REFB=-0.0194229;REVB=-0.00536008;RO=39;SAF=13;SAR=42;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142353;STB=0.578141;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0121065;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:39:55:55:0.585106:42:13:15:24:42:13:15:24 chr6 66063513 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0211896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.412;QD=17.8275;RBI=0.0232653;REFB=0.000893516;REVB=-0.00960602;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145313;STB=0.604144;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00215626;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:7:5:6:4:7:5:7:4 chr6 66112409 . A G 476.96 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0416215;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.123;QD=27.255;RBI=0.0530527;REFB=0.00872896;REVB=0.0328975;RO=26;SAF=18;SAR=26;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115447;STB=0.562963;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00281713;OID=.;OPOS=66112409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:26:26:44:44:0.628571:26:18:15:11:26:18:15:11 chr6 66204945 . G A 129.56 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00512229;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.763;QD=12.3392;RBI=0.0313484;REFB=-0.00274031;REVB=0.0309271;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169479;STB=0.599867;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00571132;OID=.;OPOS=66204945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:27:27:15:15:0.357143:9:6:15:12:9:6:15:12 chr6 69666684 . A G 1264.55 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9052;QD=61.6853;RBI=0.0064262;REFB=0;REVB=-0.00626901;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8654e-05;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr6 70071173 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.52;QD=61.6825;RBI=0.0268325;REFB=0;REVB=0.0244419;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199904;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr6 70407465 . A T 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.846;QD=60.7133;RBI=0.0389615;REFB=0;REVB=0.0180707;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137912;OID=.;OPOS=70407465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr6 70733547 . C G 788.66 PASS AF=0.646018;AO=69;DP=109;FAO=73;FDP=113;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00299507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.284;QD=27.917;RBI=0.00717767;REFB=-0.0263363;REVB=-0.00652292;RO=40;SAF=35;SAR=34;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289807;STB=0.505605;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0183765;OID=.;OPOS=70733547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:113:40:40:69:73:0.646018:34:35:22:18:34:39:22:18 chr6 70778378 . GC CT 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945513;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=110.173;QD=57.1998;RBI=0.0136636;REFB=0;REVB=0.00986374;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000158448;OID=.;OPOS=70778378;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr6 70812123 . A G 253.2 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0219549;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.409;QD=20.6697;RBI=0.0225818;REFB=-0.0196519;REVB=0.00528394;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155862;STB=0.508765;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0208286;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:10:15:14:10:10:15 chr6 70916888 . A C 1024.56 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.412;QD=59.3949;RBI=0.00784355;REFB=0;REVB=-0.00119636;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35544e-06;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:35:31:0:0:37:32:0:0 chr6 70917550 . T C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-8.69612e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.727;QD=20.5431;RBI=0.0054743;REFB=-0.00693784;REVB=-0.00547361;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181252;STB=0.510196;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00669169;OID=.;OPOS=70917550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:12:12:13:12:12:12:13:12 chr6 70917559 . A AT,T 585.05 PASS AF=1,0;AO=34,2;DP=45;FAO=39,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00180072,-0.000926932;FXX=0.0930016;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=109.386,167.516;QD=60.0055;RBI=0.0338759,0.00701757;REFB=0,0;REVB=0.033828,0.00695609;RO=7;SAF=16,1;SAR=18,1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0319831,-0.0720733;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000102095,0;OID=.,.;OPOS=70917560,70917559;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:39:7:0:34,2:39,0:1,0:18,1:16,1:4:3:20,0:19,0:0:0 chr6 70981786 . A G 378.36 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.018101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2581;QD=16.4506;RBI=0.0308608;REFB=-0.000170253;REVB=0.0249948;RO=52;SAF=21;SAR=19;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829631;STB=0.546615;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000569191;OID=.;OPOS=70981786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:19:21:23:29:19:21:23:29 chr6 70984436 . A G 720.12 PASS AF=0.569106;AO=68;DP=122;FAO=70;FDP=123;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0364343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.663;QD=23.4186;RBI=0.037029;REFB=0.00368886;REVB=-0.00660971;RO=52;SAF=24;SAR=44;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043556;STB=0.519935;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00166103;OID=.;OPOS=70984436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:52:53:68:70:0.569106:44:24:21:31:44:26:22:31 chr6 70989703 . A G 511.82 PASS AF=0.393103;AO=57;DP=145;FAO=57;FDP=145;FR=.;FRO=88;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=61;FWDB=0.00276717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.22;QD=14.1191;RBI=0.0131146;REFB=-0.00602096;REVB=-0.0128194;RO=87;SAF=30;SAR=27;SRF=27;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230024;STB=0.631686;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00689106;OID=.;OPOS=70989703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:87:88:57:57:0.393103:27:30:27:60:27:30:27:61 chr6 71162209 . G A 623.48 PASS AF=0.470588;AO=63;DP=136;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0150221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.707;QD=18.3376;RBI=0.0296662;REFB=0.00229758;REVB=-0.0255816;RO=71;SAF=25;SAR=38;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530438;STB=0.537025;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.0035565;OID=.;OPOS=71162209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:72:63:64:0.470588:38:25:32:39:39:25:33:39 chr6 71238105 . A G 1008.19 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.316;QD=59.3055;RBI=0.067209;REFB=0;REVB=-0.0101603;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187122;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:45:22:0:0:45:23:0:0 chr6 71546702 . C T 445.88 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.000595191;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9722;QD=18.0155;RBI=0.0091109;REFB=0.0139625;REVB=-0.00909144;RO=52;SAF=24;SAR=23;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463199;STB=0.525762;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0144494;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:52:52:47:47:0.474747:23:24:24:28:23:24:24:28 chr6 71547572 . A T 577.08 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.057264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0494;QD=17.0987;RBI=0.0615957;REFB=-0.00600737;REVB=-0.0226905;RO=70;SAF=25;SAR=36;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530212;STB=0.510201;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.012514;OID=.;OPOS=71547572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:70:74:61:61:0.451852:36:25:25:45:36:25:29:45 chr6 71569090 . T C 283.14 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0055827;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.35;QD=14.7084;RBI=0.0109905;REFB=0.00365248;REVB=0.00946699;RO=45;SAF=10;SAR=22;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124044;STB=0.570616;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0036109;OID=.;OPOS=71569090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:45:32:32:0.415584:22:10:19:26:22:10:19:26 chr6 71665986 . G A 224.25 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267762;FXX=0.142789;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.454;QD=49.8336;RBI=0.177377;REFB=0;REVB=0.175344;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010891;OID=.;OPOS=71665986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:18:0:0:17:18:1:4:13:0:0:4:14:0:0 chr6 72889472 . A G 509.6 PASS AF=0.395833;AO=56;DP=133;FAO=57;FDP=144;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.120265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.661;QD=14.1556;RBI=0.120302;REFB=-0.00458427;REVB=0.00294536;RO=76;SAF=30;SAR=26;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210662;STB=0.578079;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00766128;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:144:76:87:56:57:0.395833:26:30:25:51:26:31:36:51 chr6 72892257 . A G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3255;QD=47.8183;RBI=0.0918445;REFB=0;REVB=-0.0577904;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343883;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr6 74073531 . C G 1045.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.49;QD=59.7361;RBI=0.0349737;REFB=0;REVB=0.031559;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42996e-05;OID=.;OPOS=74073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:44:26:0:0 chr6 74079024 . A G 1438.4 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00758009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.932;QD=61.8665;RBI=0.00758589;REFB=0.000651921;REVB=0.000296639;RO=1;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869881;STB=0.504586;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-1.1626e-05;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:54:38:0:1:54:38:0:1 chr6 74079041 . A C 1474.43 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00631808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.494;QD=58.3932;RBI=0.0516543;REFB=0.0612498;REVB=0.0512665;RO=1;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784092;STB=0.504064;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00120673;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:1:1:99:100:0.990099:60:39:0:1:61:39:0:1 chr6 74125875 . A G 656.29 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.068557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.639;QD=58.337;RBI=0.0757985;REFB=-0.0655884;REVB=0.0323319;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0014272;OID=.;OPOS=74125875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:0:1:43:44:0.977778:27:16:0:0:27:17:0:1 chr6 74125888 . A G 573.17 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0163114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.134;QD=55.919;RBI=0.01868;REFB=0.0340655;REVB=0.00910385;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.535696;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000292714;OID=.;OPOS=74125888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:41:0:2:38:39:0.95122:26:12:0:0:26:13:2:0 chr6 74135016 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0508;QD=57.2019;RBI=0.0530596;REFB=0;REVB=-0.0480127;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119458;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr6 74155346 . G T 495.37 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0105275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.293;QD=20.8577;RBI=0.0272458;REFB=-0.0116459;REVB=-0.0251298;RO=47;SAF=25;SAR=23;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122903;STB=0.567906;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0178671;OID=.;OPOS=74155346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:23:25:18:29:23:25:18:29 chr6 74161503 . A G 160.46 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.768;QD=45.8458;RBI=0.0307187;REFB=0;REVB=0.0265985;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452298;OID=.;OPOS=74161503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:7:5:0:0:9:5:0:0 chr6 74161801 . G T 391.71 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00723157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2768;QD=50.5433;RBI=0.0769769;REFB=0.00795676;REVB=0.0766365;RO=2;SAF=21;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330812;STB=0.517796;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000430157;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:8:21:1:1:8:21:1:1 chr6 74331619 . C T 327.31 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0149519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.053;QD=17.6927;RBI=0.017789;REFB=-0.00623993;REVB=-0.00963805;RO=39;SAF=16;SAR=19;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195692;STB=0.6091;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00558893;OID=.;OPOS=74331619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:19:16:26:13:19:16:26:13 chr6 74354175 . C T 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0178686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2649;QD=20.2456;RBI=0.0446406;REFB=-0.0102819;REVB=-0.0409084;RO=33;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202375;STB=0.511216;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00732917;OID=.;OPOS=74354175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:15:21:20:13:15:21:20:13 chr6 74466377 . C T 300.48 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00305159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.006;QD=30.8189;RBI=0.0283078;REFB=-0.050541;REVB=-0.0281429;RO=11;SAF=15;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164569;STB=0.589322;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.014585;OID=.;OPOS=74466377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:11:13:26:26:0.666667:11:15:3:8:11:15:4:9 chr6 74493432 . A C 821.61 PASS AF=0.443299;AO=86;DP=193;FAO=86;FDP=194;FR=.;FRO=108;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=-0.00975763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.719;QD=16.9404;RBI=0.0183216;REFB=-0.00414293;REVB=-0.0155071;RO=106;SAF=44;SAR=42;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165888;STB=0.503838;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.006178;OID=.;OPOS=74493432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:106:108:86:86:0.443299:42:44:56:50:42:44:56:52 chr6 74497009 . A G 171.58 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00193079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8895;QD=11.0697;RBI=0.0903801;REFB=-0.00926272;REVB=0.0903594;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129091;STB=0.575153;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0331472;OID=.;OPOS=74497009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:9:13:19:21:9:13:19:21 chr6 74497152 . G A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0114925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.825;QD=17.423;RBI=0.0120129;REFB=-0.0272937;REVB=-0.00349735;RO=34;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620864;STB=0.534861;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0343748;OID=.;OPOS=74497152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:21:10:13:21:21:10:13:21 chr6 74521947 . C T 300.41 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0144795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.838;QD=30.8108;RBI=0.0181411;REFB=-0.00934151;REVB=-0.0109291;RO=13;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486566;STB=0.526728;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00415978;OID=.;OPOS=74521947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:10:16:7:6:10:16:7:6 chr6 74533192 . T G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.727;QD=64.1537;RBI=0.0449745;REFB=0;REVB=-0.00193749;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140508;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr6 75797302 . C T 262.61 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00881837;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5265;QD=12.5052;RBI=0.0370505;REFB=0.00364374;REVB=0.0359858;RO=54;SAF=8;SAR=23;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231717;STB=0.638793;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0053499;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:54:53:31:31:0.369048:23:8:24:30:23:8:24:29 chr6 75841722 . A T 2057.43 PASS AF=1;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198695;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.819;QD=62.8222;RBI=0.0255695;REFB=0;REVB=0.0160934;RO=0;SAF=71;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325126;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:131:0:0:131:131:1:60:71:0:0:60:71:0:0 chr6 76138146 . C CAG 136.4 PASS AF=0.25;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00850324;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=2;MLLD=313.543;QD=6.82009;RBI=0.00895172;REFB=-0.00865579;REVB=-0.00279789;RO=59;SAF=6;SAR=14;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224797;STB=0.644587;STBP=0.15;TYPE=ins;VARB=0.0275324;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:20:80:20:80:60:6:14:29:31:99:59:6:14:28:31 chr6 76312315 . C T 107.62 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0300817;FXX=0.0833194;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.935;QD=7.82678;RBI=0.0344533;REFB=-0.0116883;REVB=-0.0167965;RO=38;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397131;STB=0.740067;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0603219;OID=.;OPOS=76312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:38:40:15:15:0.272727:4:11:15:23:4:11:16:24 chr6 76343382 . TTA T,TT,TTT 48.0 PASS AF=0.294118,0,0;AO=7,4,3;DP=35;FAO=10,0,0;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.230987,-0.0699572,0.154476;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=18.813,9.05601,18.2038;QD=5.64676;RBI=0.235875,0.179256,0.187196;REFB=-0.0808439,-0.102746,-0.0173598;REVB=-0.047768,-0.165041,-0.105733;RO=17;SAF=3,0,0;SAR=4,4,3;SRF=3;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0.372549,0,0;SSSB=0.316679,-0.576325,-0.514261;STB=0.622866,0.5,0.5;STBP=0.464,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.165607,0,0;OID=.,.,.;OPOS=76343383,76343384,76343384;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118,0,0:7,4,3:35:10,0,0:34:24:3,0,0:7,0,0:4:20:48:17:3,0,0:4,4,3:3:14 chr6 76369054 . A G 690.32 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=132;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00544002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.883;QD=20.9187;RBI=0.011931;REFB=-0.0105826;REVB=0.0106187;RO=63;SAF=37;SAR=31;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382314;STB=0.52435;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0107254;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:63:64:68:68:0.515152:31:37:37:26:31:37:38:26 chr6 76425594 . A C 771.54 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000189782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.936;QD=56.1116;RBI=0.0252094;REFB=0;REVB=0.0252087;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90661e-05;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:1:0:53:55:1:25:28:0:1:26:29:0:0 chr6 76564953 . A G 599.01 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0151851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.158;QD=21.3933;RBI=0.0188388;REFB=-0.00739341;REVB=0.0111497;RO=52;SAF=36;SAR=24;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213235;STB=0.616983;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00702963;OID=.;OPOS=76564953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:60:60:0.535714:24:36:18:34:24:36:18:34 chr6 76625079 . T C 527.79 PASS AF=0.435115;AO=56;DP=130;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00657889;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=319.007;QD=16.1157;RBI=0.00808054;REFB=0.000445796;REVB=0.00469182;RO=72;SAF=25;SAR=31;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680663;STB=0.540056;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.000406855;OID=.;OPOS=76625079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:72:74:56:57:0.435115:31:25:37:35:31:26:39:35 chr6 76631823 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00657319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.743;QD=17.0892;RBI=0.00879764;REFB=-0.00898482;REVB=0.00584736;RO=28;SAF=4;SAR=21;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428893;STB=0.74557;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00861587;OID=.;OPOS=76631823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:21:4:15:13:21:4:15:13 chr6 76640781 . C T 520.23 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.00208955;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7644;QD=18.0948;RBI=0.0420219;REFB=-0.00916996;REVB=0.0419699;RO=58;SAF=25;SAR=30;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220154;STB=0.519993;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0086909;OID=.;OPOS=76640781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:58:60:55:55:0.478261:30:25:25:33:30:25:25:35 chr6 76660397 . T C 194.19 PASS AF=0.444444;AO=18;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0120576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2451;QD=17.2613;RBI=0.0417809;REFB=-0.000295619;REVB=0.0400033;RO=26;SAF=14;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356258;STB=0.630196;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00216873;OID=.;OPOS=76660397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:25:18:20:0.444444:4:14:12:14:6:14:12:13 chr6 76660551 . G C 474.79 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0055759;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.301;QD=24.3481;RBI=0.00809526;REFB=-0.0344138;REVB=-0.00586877;RO=33;SAF=23;SAR=22;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903067;STB=0.549466;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0255789;OID=.;OPOS=76660551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:22:23:13:20:22:23:13:20 chr6 78172260 . C G 163.4 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=2;FWDB=-0.00277527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.602;QD=12.8158;RBI=0.0518714;REFB=-0.0137756;REVB=0.0517971;RO=32;SAF=18;SAR=1;SRF=30;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050168;STB=0.529379;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.039165;OID=.;OPOS=78172260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:1:18:30:2:1:18:30:2 chr6 78172992 . G A 613.2 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0102205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.68;QD=21.7063;RBI=0.0227885;REFB=-0.0145748;REVB=0.0203681;RO=51;SAF=25;SAR=36;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184112;STB=0.506282;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.01557;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:52:61:61:0.539823:36:25:22:29:36:25:22:30 chr6 79595167 . A ACTTAT 218.23 PASS AF=0.791667;AO=18;DP=26;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0257753;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=5;MLLD=283.515;QD=36.3712;RBI=0.0257753;REFB=-0.032475;REVB=7.3579e-08;RO=5;SAF=18;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00491402;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.791667:18:26:19:24:5:19:0:5:0:29:5:18:0:5:0 chr6 79612800 . G A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.67;QD=58.4192;RBI=0.0264817;REFB=0;REVB=-0.00950382;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58473e-05;OID=.;OPOS=79612800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr6 79657391 . G A 1066.3 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371745;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.63;QD=60.0733;RBI=0.0190112;REFB=0;REVB=-0.0186442;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27974e-05;OID=.;OPOS=79657391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr6 79679577 . A G 940.78 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207736;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.661;QD=58.7988;RBI=0.0211092;REFB=0;REVB=0.00374917;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62868e-05;OID=.;OPOS=79679577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr6 79708000 . A C 997.22 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0258591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2608;QD=53.904;RBI=0.0261554;REFB=-0.0781203;REVB=-0.00392561;RO=2;SAF=50;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449512;STB=0.514015;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00816722;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:74:2:4:70:70:0.945946:20:50:0:2:20:50:2:2 chr6 79918309 . G A 812.21 PASS AF=1;AO=47;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6802;QD=56.9969;RBI=0.152752;REFB=0;REVB=0.000750795;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214528;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:47:57:1:29:18:0:0:33:24:0:0 chr6 80196498 . T C 919.95 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3843;QD=58.4096;RBI=0.0363649;REFB=0;REVB=0.0230121;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391493;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr6 80228541 . A G 3485.75 PASS AF=0.966102;AO=227;DP=236;FAO=228;FDP=236;FR=.;FRO=8;FSAF=118;FSAR=110;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0357955;FXX=0.00421923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.707;QD=59.0804;RBI=0.0454341;REFB=-0.143438;REVB=0.0279811;RO=4;SAF=117;SAR=110;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000509117;STB=0.507893;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00138824;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:236:236:4:8:227:228:0.966102:110:117:2:2:110:118:6:2 chr6 80411572 . C A 473.17 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0308031;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4149;QD=23.6584;RBI=0.0603578;REFB=-0.00905703;REVB=-0.051906;RO=35;SAF=17;SAR=28;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111979;STB=0.561577;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00612003;OID=.;OPOS=80411572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:35:35:45:45:0.5625:28:17:18:17:28:17:18:17 chr6 80513565 . G GCTCTCTGATATGCCATC 108.0 PASS AF=0.271186;AO=13;DP=62;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.00417747;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=17;MLLD=508.282;QD=7.3223;RBI=0.00450605;REFB=-0.0100367;REVB=-0.00168914;RO=44;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275045;STB=0.657547;STBP=0.18;TYPE=ins;VARB=0.0267174;OID=.;OPOS=80513566;OREF=-;OALT=CTCTCTGATATGCCATC;OMAPALT=GCTCTCTGATATGCCATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271186:13:62:16:59:43:7:9:10:33:99:44:6:7:11:33 chr6 80580038 . T G 1253.1 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287159;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.04;QD=61.8815;RBI=0.0320719;REFB=0;REVB=0.0142831;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327855;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr6 80715838 . T G 431.72 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0125086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.432;QD=14.7598;RBI=0.0465101;REFB=-0.00904761;REVB=0.0447965;RO=66;SAF=19;SAR=30;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664247;STB=0.505677;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0116406;OID=.;OPOS=80715838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:66:68:49:49:0.418803:30:19:26:40:30:19:27:41 chr6 82900811 . G A 567.09 PASS AF=0.479675;AO=58;DP=124;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0107251;FXX=0.00806387;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.526;QD=18.442;RBI=0.0114175;REFB=-0.00291746;REVB=-0.0039154;RO=63;SAF=34;SAR=24;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104287;STB=0.556276;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00221205;OID=.;OPOS=82900811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:63:64:58:59:0.479675:24:34:30:33:25:34:30:34 chr6 82933309 . C T 195.11 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00609376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.751;QD=18.1501;RBI=0.00848101;REFB=-0.0410787;REVB=0.0058986;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148808;STB=0.581316;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0151594;OID=.;OPOS=82933309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:23:19:20:0.465116:9:10:15:7:10:10:15:8 chr6 83075914 . G A 209.46 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0220354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.04;QD=15.5156;RBI=0.0256309;REFB=-0.0136507;REVB=0.0130913;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353687;STB=0.509546;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0155856;OID=.;OPOS=83075914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:30:23:24:0.444444:13:10:12:18:14:10:12:18 chr6 83079988 . TA T 48.46 PASS AF=0.316667;AO=28;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0872806;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.46702;QD=3.23085;RBI=0.142246;REFB=-0.0478064;REVB=-0.112321;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485052;STB=0.509656;STBP=0.964;TYPE=del;VARB=0.0384484;OID=.;OPOS=83079989;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.316667:28:60:19:60:41:10:9:21:20:48:31:15:13:15:16 chr6 83080386 . C CTTTG 199.58 PASS AF=0.22963;AO=28;DP=137;FAO=31;FDP=135;FR=.;FRO=104;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=0.000278559;FXX=0.0217376;HRUN=3;LEN=4;MLLD=290.665;QD=5.91339;RBI=0.00104436;REFB=0.000714126;REVB=0.00100653;RO=100;SAF=15;SAR=13;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00544491;STB=0.502391;STBP=0.974;TYPE=ins;VARB=-0.00230023;OID=.;OPOS=83080387;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22963:28:137:31:135:104:16:15:54:50:99:100:15:13:54:46 chr6 83904237 . T C 171.98 PASS AF=0.4;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0234202;FXX=0.107124;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.748;QD=13.7583;RBI=0.0308376;REFB=-0.0147501;REVB=-0.0200612;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12016;STB=0.5999;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0282702;OID=.;OPOS=83904237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:50:27:30:20:20:0.4:12:8:14:13:12:8:17:13 chr6 83905790 . C T 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0246125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.367;QD=18.0728;RBI=0.0266727;REFB=-0.0282106;REVB=-0.0102791;RO=31;SAF=7;SAR=23;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20519;STB=0.615713;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0228663;OID=.;OPOS=83905790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:23:7:13:18:23:7:13:18 chr6 84233831 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.463;QD=43.486;RBI=0.0187733;REFB=0;REVB=-0.00229949;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002254;OID=.;OPOS=84233831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr6 84234144 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000627942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.678;QD=63.8719;RBI=0.00097575;REFB=0;REVB=-0.000746844;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54836e-06;OID=.;OPOS=84234144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr6 84300997 . A G 3406.54 PASS AF=1;AO=218;DP=219;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414164;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.63;QD=62.5053;RBI=0.070277;REFB=0;REVB=0.0567762;RO=0;SAF=103;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57684e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012243;OID=.;OPOS=84300997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:218:0:0:218:218:1:115:103:0:0:115:103:0:0 chr6 84303342 . T C,G 944.07 PASS AF=0.984615,0.0153846;AO=62,3;DP=65;FAO=64,1;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287893,-0.0432685;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.427,100.726;QD=58.0964;RBI=0.0387692,0.0447558;REFB=0,0;REVB=0.0259659,0.011442;RO=0;SAF=22,2;SAR=40,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000611187,0.109584;OID=.,.;OPOS=84303342,84303342;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:65:65:0:0:62,3:64,1:0.984615,0.0153846:40,1:22,2:0:0:40,1:24,0:0:0 chr6 84388513 . C T 469.01 PASS AF=0.485149;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0209758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.125;QD=18.5745;RBI=0.0429472;REFB=-0.0190245;REVB=-0.0374764;RO=52;SAF=19;SAR=29;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686118;STB=0.533464;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0141553;OID=.;OPOS=84388513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:52:52:48:49:0.485149:29:19:17:35:30:19:17:35 chr6 85457739 . C T 558.13 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0107679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5551;QD=23.0156;RBI=0.0108006;REFB=-0.0194593;REVB=0.000839383;RO=45;SAF=17;SAR=35;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237369;STB=0.630837;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0101639;OID=.;OPOS=85457739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:35:17:27:18:35:17:27:18 chr6 85473758 . C T 169.46 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00411595;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.016;QD=16.5326;RBI=0.0179232;REFB=-0.0410623;REVB=0.0174442;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149685;STB=0.586108;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0525009;OID=.;OPOS=85473758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:12:6:11:12:12:6:11:12 chr6 86199233 . A G 462.51 PASS AF=0.381295;AO=53;DP=139;FAO=53;FDP=139;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.00770712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.048;QD=13.3095;RBI=0.0503651;REFB=-0.00410131;REVB=0.0497719;RO=86;SAF=26;SAR=27;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483119;STB=0.527391;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00804707;OID=.;OPOS=86199233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:86:86:53:53:0.381295:27:26:46:40:27:26:46:40 chr6 86205323 . T G 202.15 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0011574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.021;QD=9.86105;RBI=0.0548717;REFB=-0.0159081;REVB=0.0548595;RO=52;SAF=18;SAR=8;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367316;STB=0.69216;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0169613;OID=.;OPOS=86205323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:56:26:26:0.317073:8:18:19:33:8:18:23:33 chr6 86303091 . G A 290.09 PASS AF=0.39759;AO=31;DP=81;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.116185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5578;QD=13.9802;RBI=0.116444;REFB=-0.00700305;REVB=0.00775324;RO=50;SAF=17;SAR=14;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952167;STB=0.551391;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0131681;OID=.;OPOS=86303091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:50:50:31:33:0.39759:14:17:23:27:15:18:23:27 chr6 87796233 . G A 164.47 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231373;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.321;QD=46.9907;RBI=0.0336057;REFB=0;REVB=-0.0243724;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30474e-05;OID=.;OPOS=87796233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr6 87965528 . T C 581.45 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00624266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.69;QD=25.0086;RBI=0.0181639;REFB=-0.0200044;REVB=-0.0170575;RO=39;SAF=16;SAR=37;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285178;STB=0.52407;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0101778;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:40:53:53:0.569892:37:16:13:26:37:16:14:26 chr6 87968565 . A G 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0491865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.266;QD=23.598;RBI=0.055114;REFB=0.00258989;REVB=0.0248645;RO=21;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293126;STB=0.66407;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0002723;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:18:7:13:8:18:7:13:8 chr6 87969737 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0576098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.64;QD=14.9787;RBI=0.0615752;REFB=0.0202237;REVB=-0.0217398;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501495;STB=0.529352;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0154327;OID=.;OPOS=87969737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:5:6:6:4:5:6 chr6 87970301 . C G 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0291485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.651;QD=19.9283;RBI=0.029397;REFB=-0.0195719;REVB=0.00381408;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977979;STB=0.555467;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0137756;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:7:2:4:8:7:2 chr6 87994015 . A G 97.25 PASS AF=0.4;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.074398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8789;QD=12.9668;RBI=0.113186;REFB=-0.00482324;REVB=0.0853001;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431518;STB=0.768734;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0108774;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:11:12:0.4:9:2:10:8:10:2:10:8 chr6 87994572 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0272727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.352;QD=12.1822;RBI=0.0390657;REFB=-0.0306367;REVB=-0.0279701;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181314;STB=0.608469;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0361406;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:8:7:3:7:8:7 chr6 88108048 . AGAT A 145.57 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0147028;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=225.362;QD=16.1742;RBI=0.0169491;REFB=-0.0317036;REVB=0.00843202;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194256;STB=0.610979;STBP=0.272;TYPE=del;VARB=0.0304111;OID=.;OPOS=88108049;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:16:36:16:36:20:8:8:14:6:99:20:8:8:14:6 chr6 88182704 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241343;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=319.986;QD=44.6898;RBI=0.0343156;REFB=0;REVB=0.0243947;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29264e-05;OID=.;OPOS=88182704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:1:12:0:0:1:12:0:0 chr6 88221892 . T G 264.48 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00102202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.914;QD=13.0609;RBI=0.00479743;REFB=-0.00857271;REVB=0.00468731;RO=47;SAF=11;SAR=20;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191003;STB=0.604506;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0121944;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:50:31:31:0.382716:20:11:25:22:20:11:26:24 chr6 88231226 . T C 228.41 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0061228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.447;QD=19.4391;RBI=0.0165266;REFB=-0.0292077;REVB=0.0153506;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178323;STB=0.600747;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0536895;OID=.;OPOS=88231226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:21:21:0.446809:11:10:16:8:11:10:16:8 chr6 88315741 . TA T 434.13 PASS AF=0.554745;AO=78;DP=140;FAO=76;FDP=137;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0129234;FXX=0.021427;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.4008;QD=12.6752;RBI=0.0729422;REFB=-0.00506664;REVB=-0.0717883;RO=54;SAF=36;SAR=42;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00107813;STB=0.50077;STBP=0.983;TYPE=del;VARB=0.0146191;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.554745:78:140:76:137:61:36:40:29:32:99:54:36:42:25:29 chr6 88366708 . C T 304.12 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00106764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.434;QD=17.378;RBI=0.00808627;REFB=-0.0234276;REVB=0.00801548;RO=37;SAF=13;SAR=20;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154313;STB=0.508639;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0241593;OID=.;OPOS=88366708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:20:13:14:23:20:13:14:23 chr6 88852609 . A C 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00471581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1351;QD=16.4432;RBI=0.0149229;REFB=-0.00591691;REVB=0.0141582;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190708;STB=0.599898;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0219316;OID=.;OPOS=88852609;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:7:13:12:14:7:13:13:14 chr6 89793894 . G C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.556;QD=61.5363;RBI=0.0173026;REFB=0;REVB=0.0154341;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92468e-06;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:49:32:0:0:49:32:0:0 chr6 89806689 . T C 868.15 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.566;QD=57.8763;RBI=0.0575208;REFB=0;REVB=0.0131986;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251778;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr6 89806992 . A C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.555;QD=64.1536;RBI=0.0132185;REFB=0;REVB=0.00837732;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00847e-05;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr6 89888744 . C T 706.66 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000301252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9012;QD=62.8141;RBI=0.038435;REFB=0;REVB=0.0384338;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048516;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr6 89907873 . G A 1970.85 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.048;QD=62.074;RBI=0.0387707;REFB=0;REVB=-0.00753311;RO=0;SAF=42;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26678e-05;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:85:42:0:0:85:42:0:0 chr6 89913209 . C T 1344.78 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121911;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.844;QD=62.5477;RBI=0.00713647;REFB=0;REVB=0.00703157;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0146e-05;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:39:46:0:0:40:46:0:0 chr6 89913218 . T A 968.69 PASS AF=0.909091;AO=70;DP=77;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0214583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5306;QD=50.3215;RBI=0.032561;REFB=-0.037185;REVB=-0.02449;RO=7;SAF=40;SAR=30;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495669;STB=0.526308;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00898538;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:77:77:7:7:70:70:0.909091:30:40:2:5:30:40:2:5 chr6 89981413 . T C 254.76 PASS AF=0.439394;AO=27;DP=64;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00853547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.034;QD=15.4401;RBI=0.0129522;REFB=-0.0230775;REVB=-0.0097419;RO=37;SAF=20;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282025;STB=0.620756;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0164195;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:37:37:27:29:0.439394:7:20:18:19:9:20:18:19 chr6 90039670 . G C 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0225097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.649;QD=10.1037;RBI=0.0274416;REFB=-0.0106176;REVB=0.0156957;RO=40;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607793;STB=0.535806;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0240383;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:13:7:16:24:13:7:16:24 chr6 90315789 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.726;QD=58.5854;RBI=0.0629941;REFB=0;REVB=-0.00231937;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644691;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr6 90327873 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0579;QD=61.3753;RBI=0.0602286;REFB=0;REVB=0.0512317;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102853;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr6 90333599 . A C,G 717.45 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=4,47;DP=53;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291642,0.0724724;FXX=0.0377287;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.9471,105.786;QD=56.2708;RBI=0.0155903,0.0819356;REFB=0,0;REVB=-0.0153151,0.0382256;RO=0;SAF=3,14;SAR=1,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.149698,0.00341513;OID=.,.;OPOS=90333599,90333599;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:53:51:0:0:4,47:1,50:0.0196078,0.980392:1,33:3,14:0:0:1,33:0,17:0:0 chr6 90338863 . C T 515.34 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00081814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7769;QD=22.165;RBI=0.0920185;REFB=-0.0218494;REVB=-0.0920149;RO=44;SAF=25;SAR=24;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089058;STB=0.549034;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0138486;OID=.;OPOS=90338863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:24:25:27:17:24:25:27:17 chr6 90340187 . G A 377.88 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0210668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.411;QD=21.5933;RBI=0.0223537;REFB=-0.0140269;REVB=0.00747518;RO=32;SAF=20;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476334;STB=0.526302;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0103497;OID=.;OPOS=90340187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:18:20:15:17:18:20:15:17 chr6 90340276 . G A 731.79 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0108545;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.437;QD=53.2213;RBI=0.011632;REFB=-0.107069;REVB=0.00418135;RO=2;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303767;STB=0.516123;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=5.09913e-05;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:55:2:2:53:53:0.963636:30:23:0:2:30:23:0:2 chr6 90371202 . G A 1770.46 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548645;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0311;QD=61.0503;RBI=0.00862804;REFB=0;REVB=-0.00665897;RO=0;SAF=71;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30368e-05;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:45:71:0:0:45:71:0:0 chr6 90382295 . G C 453.71 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00485423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4011;QD=25.2061;RBI=0.036293;REFB=-0.0438578;REVB=-0.0359669;RO=29;SAF=27;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325084;STB=0.5178;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0184653;OID=.;OPOS=90382295;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:16:27:17:12:16:27:17:12 chr6 90384230 . CT CTG,GG 48.28 PASS AF=0.14,0.04;AO=6,2;DP=54;FAO=7,2;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=1,0;FSAR=6,2;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0334788,-0.0104432;FXX=0.0740604;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=20.8744,183.377;QD=3.86224;RBI=0.0603413,0.0362942;REFB=-0.00451683,6.35287e-06;REVB=-0.0502019,-0.0347593;RO=43;SAF=1,0;SAR=5,2;SRF=20;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.374549,-0.387944;STB=0.834433,0.994929;STBP=0.081,0.184;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00123406,0.0796834;OID=.,.;OPOS=90384232,90384230;OREF=-,CT;OALT=G,GG;OMAPALT=CTG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:50:43:41:6,2:7,2:0.14,0.04:5,2:1,0:20:23:6,2:1,0:21:20 chr6 90390443 . C A 471.16 PASS AF=0.945946;AO=32;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0984046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.9;QD=50.9362;RBI=0.0990698;REFB=-0.220966;REVB=0.0114613;RO=3;SAF=9;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132569;STB=0.538439;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0101528;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:37:37:3:2:32:35:0.945946:23:9:3:0:23:12:2:0 chr6 90402482 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.305;QD=60.2043;RBI=0.0369479;REFB=0;REVB=0.0267624;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00959e-05;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr6 90402840 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.94;QD=46.8469;RBI=0.0220127;REFB=0;REVB=0.00544637;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180221;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr6 90408742 . C T 183.36 PASS AF=0.431818;AO=15;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00149215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.243;QD=16.6692;RBI=0.0351916;REFB=-0.00886115;REVB=0.0351599;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181622;STB=0.571354;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0119164;OID=.;OPOS=90408742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:25:15:19:0.431818:6:9:14:10:10:9:15:10 chr6 90418262 . C T 1989.69 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.046;QD=62.1778;RBI=0.031828;REFB=0;REVB=0.0296374;RO=0;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11562e-05;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:61:67:0:0:61:67:0:0 chr6 90448092 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.047;QD=59.5012;RBI=0.0122721;REFB=0;REVB=0.000263079;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07479e-05;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:27:42:0:0:27:42:0:0 chr6 90455084 . A G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.112;QD=64.4137;RBI=0.094689;REFB=0;REVB=0.00338808;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521031;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr6 90459454 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.084;QD=61.3357;RBI=0.0348698;REFB=0;REVB=0.00091786;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100181;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr6 90461123 . G A 164.32 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00242756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.746;QD=11.1406;RBI=0.0619703;REFB=-0.00667065;REVB=-0.0619227;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151776;STB=0.596063;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0150557;OID=.;OPOS=90461123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:38:21:21:0.355932:9:12:16:21:9:12:16:22 chr6 90482397 . T C 446.39 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00230434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.378;QD=16.6875;RBI=0.00692187;REFB=-0.00827327;REVB=-0.00652705;RO=58;SAF=26;SAR=23;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146335;STB=0.581468;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00803662;OID=.;OPOS=90482397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:23:26:22:36:23:26:22:36 chr6 90497589 . A C 128.25 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0062068;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.4626;QD=13.1539;RBI=0.0368914;REFB=-0.0184253;REVB=0.0363655;RO=23;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337441;STB=0.691075;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0326223;OID=.;OPOS=90497589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:3:12:12:11:3:12:13:11 chr6 90565242 . A G 181.18 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.015602;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=70.0296;QD=16.4704;RBI=0.0321682;REFB=-0.00592513;REVB=0.0281313;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687748;STB=0.519064;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0349749;OID=.;OPOS=90565242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:12:7:9:15:12:7:10:15 chr6 90638390 . G A 375.4 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.987;QD=55.6146;RBI=0.00637061;REFB=0;REVB=-0.00553643;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91724e-05;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr6 90638553 . T G 632.09 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00586995;FXX=0.0908884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7415;QD=63.2088;RBI=0.0117214;REFB=0;REVB=-0.0101456;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107717;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr6 90641522 . T C 3009.45 PASS AF=1;AO=187;DP=189;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013137;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.8;QD=63.0252;RBI=0.0233744;REFB=0;REVB=0.0233374;RO=0;SAF=94;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.83816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317998;OID=.;OPOS=90641522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:189:191:0:0:187:191:1:93:94:0:0:97:94:0:0 chr6 90660754 . G A 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0104232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.192;QD=18.7663;RBI=0.0447535;REFB=-0.00985827;REVB=0.0435228;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00667952;OID=.;OPOS=90660754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:2:1:2:4:2:1 chr6 93967851 . C T 708.22 PASS AF=0.404145;AO=78;DP=194;FAO=78;FDP=193;FR=.;FRO=115;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=-0.00648413;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7835;QD=14.6781;RBI=0.0216174;REFB=-0.00108623;REVB=-0.0206221;RO=109;SAF=43;SAR=35;SRF=67;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673317;STB=0.518933;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00275202;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:109:115:78:78:0.404145:35:43:67:42:35:43:67:48 chr6 93982124 . A G 250.81 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0575273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.089;QD=12.2347;RBI=0.058133;REFB=-0.000573794;REVB=0.00836991;RO=52;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177999;STB=0.602187;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00242326;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:13:17:21:31:13:17:21:31 chr6 94067981 . C T 1904.46 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.377;QD=61.4343;RBI=0.0271623;REFB=0;REVB=0.0270024;RO=0;SAF=70;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222012;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:122:124:1:52:70:0:0:52:72:0:0 chr6 96034869 . G A,GTATA 223.64 PASS AF=0.112676,0.267606;AO=13,18;DP=148;FAO=8,19;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=8,14;FSAR=0,5;FSRF=42;FSRR=2;FWDB=-0.0977578,-0.0469066;FXX=0.496419;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=59.0941,115.475;QD=12.5997;RBI=0.10465,0.0583986;REFB=-0.0618055,-0.0663077;REVB=-0.0373513,0.0347875;RO=115;SAF=12,13;SAR=1,5;SRF=87;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.334428,-0.0559293;STB=0.997579,0.740582;STBP=0.374,0.1;TYPE=snp,ins;VARB=0.153197,0.10027;OID=.,.;OPOS=96034869,96034870;OREF=G,-;OALT=A,TATA;OMAPALT=A,GTATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:148:71:115:44:13,18:8,19:0.112676,0.267606:1,5:12,13:87:28:0,5:8,14:42:2 chr6 96034881 . A ATATG,G 1104.01 PASS AF=0.306122,0.255102;AO=59,51;DP=253;FAO=60,50;FDP=196;FR=.;FRO=86;FSAF=39,21;FSAR=21,29;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.0107736,-0.0206288;FXX=0.176463;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=123.867,79.6603;QD=22.5307;RBI=0.0168632,0.0206294;REFB=-0.0742408,-0.0404637;REVB=-0.0129729,-0.000161302;RO=138;SAF=38,22;SAR=21,29;SRF=87;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0177486,-0.242;STB=0.611619,0.528996;STBP=0.033,0.612;TYPE=ins,snp;VARB=0.0839129,0.0531985;OID=.,.;OPOS=96034882,96034881;OREF=-,A;OALT=TATG,G;OMAPALT=ATATG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:196:138:86:59,51:60,50:0.306122,0.255102:21,29:38,22:87:51:21,29:39,21:40:46 chr6 96034883 . G A 161.18 PASS AF=0.140078;AO=38;DP=258;FAO=36;FDP=257;FR=.;FRO=221;FSAF=34;FSAR=2;FSRF=111;FSRR=110;FWDB=-0.0419607;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0617;QD=2.50857;RBI=0.0821352;REFB=-0.0146344;REVB=-0.070608;RO=220;SAF=36;SAR=2;SRF=110;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632337;STB=0.928969;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.069964;OID=.;OPOS=96034883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:257:220:221:38:36:0.140078:2:36:110:110:2:34:111:110 chr6 96035175 . T C 2201.79 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149502;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.883;QD=63.3609;RBI=0.0716554;REFB=0;REVB=0.0700785;RO=0;SAF=62;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161122;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:138:139:1:76:62:0:0:77:62:0:0 chr6 96055915 . G C 5851.27 PASS AF=1;AO=369;DP=373;FAO=371;FDP=371;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=219;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300764;FXX=0.00802118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.947;QD=63.0864;RBI=0.0668024;REFB=0;REVB=0.0596487;RO=0;SAF=151;SAR=218;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131176;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:373:371:0:0:369:371:1:218:151:0:0:219:152:0:0 chr6 96386052 . G C 512.36 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0747437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1569;QD=18.1366;RBI=0.0892817;REFB=-0.0297478;REVB=0.0488325;RO=58;SAF=26;SAR=29;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412535;STB=0.522851;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0340609;OID=.;OPOS=96386052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:55:55:0.486726:29:26:30:28:29:26:30:28 chr6 96386151 . G A 2002.7 PASS AF=0.977612;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0160772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.812;QD=59.7822;RBI=0.0226599;REFB=-0.017645;REVB=0.0159685;RO=3;SAF=49;SAR=82;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00184996;STB=0.500974;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.000434288;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:134:3:3:131:131:0.977612:82:49:1:2:82:49:1:2 chr6 96651740 . A G 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7561;QD=58.2352;RBI=0.0232643;REFB=0;REVB=0.0143573;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294736;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr6 96652371 . T C 531.46 PASS AF=0.95122;AO=35;DP=37;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000918066;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=171.685;QD=51.8494;RBI=0.00438444;REFB=-0.111219;REVB=0.00428725;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032238;STB=0.527763;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000955914;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:41:1:2:35:39:0.95122:14:21:0:1:17:22:0:2 chr6 96652582 . G T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.086;QD=59.5017;RBI=0.0127692;REFB=0;REVB=0.0121305;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06412e-05;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr6 96652706 . G A 849.83 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019634;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.466;QD=55.7268;RBI=0.0265967;REFB=-0.122612;REVB=0.0179413;RO=1;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154685;STB=0.507934;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000400125;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:59:60:0.983607:30:29:0:1:31:29:0:1 chr6 96653038 . T C 4603.32 PASS AF=1;AO=236;DP=304;FAO=301;FDP=301;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=133;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378819;FXX=0.0098681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9284;QD=61.1736;RBI=0.0794333;REFB=0;REVB=0.0698184;RO=2;SAF=127;SAR=109;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00470153;OID=.;OPOS=96653038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:304:301:2:0:236:301:1:109:127:0:2:168:133:0:0 chr6 96653208 . C G 937.52 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0891;QD=58.5948;RBI=0.0195069;REFB=0;REVB=-0.0137224;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274831;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:26:37:0:0:27:37:0:0 chr6 96661315 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000261832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.553;QD=42.1826;RBI=0.0622921;REFB=0;REVB=0.0622916;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102833;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 96661410 . A G 712.12 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000974978;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.499;QD=63.2993;RBI=0.00371546;REFB=0;REVB=0.00358525;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8271e-06;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr6 97058574 . G A 893.62 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.332;QD=56.7374;RBI=0.0248628;REFB=-0.0566659;REVB=0.00937362;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379207;OID=.;OPOS=97058574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:63:0:0:62:63:1:30:32:0:0:31:32:0:0 chr6 97339078 . A G 1713.86 PASS AF=0.982906;AO=114;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0505369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.072;QD=58.5934;RBI=0.0626553;REFB=-0.0311735;REVB=0.0370365;RO=2;SAF=56;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000287216;STB=0.500223;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000877442;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:114:115:0.982906:58:56:1:1:59:56:1:1 chr6 97339088 . C T 2064.72 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4664;QD=62.5673;RBI=0.061806;REFB=0;REVB=-0.0309755;RO=0;SAF=58;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388743;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:74:58:0:0:74:58:0:0 chr6 97533027 . A G 211.83 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00629408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.614;QD=12.4607;RBI=0.0062995;REFB=-0.00255691;REVB=0.000261319;RO=42;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135598;STB=0.562452;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00499522;OID=.;OPOS=97533027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:25:26:0.382353:10:15:20:22:11:15:20:22 chr6 99283376 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.084485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0854;QD=37.4885;RBI=0.0870371;REFB=0;REVB=-0.0209222;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0050043;OID=.;OPOS=99283376;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr6 99284532 . T C 806.93 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0202;QD=55.65;RBI=0.027144;REFB=-0.11348;REVB=0.0236743;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158202;OID=.;OPOS=99284532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:58:0:0:57:58:1:33:24:0:0:33:25:0:0 chr6 99724713 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.322;QD=58.7817;RBI=0.0145487;REFB=0;REVB=-0.0036682;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54863e-05;OID=.;OPOS=99724713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr6 99728442 . A G 675.57 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.00638431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.675;QD=18.897;RBI=0.00659006;REFB=-0.00890309;REVB=-0.00163383;RO=75;SAF=37;SAR=31;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984451;STB=0.55449;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00886992;OID=.;OPOS=99728442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:31:37:33:42:31:37:33:42 chr6 99771540 . T C 871.27 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161052;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.054;QD=58.0849;RBI=0.0169642;REFB=0;REVB=-0.00532954;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08667e-05;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr6 99817419 . T C,TC 1012.46 PASS AF=0,1;AO=5,65;DP=73;FAO=0,69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160964,0.0170968;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=294.477,321.933;QD=58.6934;RBI=0.0196769,0.0186671;REFB=0,0;REVB=0.0113176,0.00749404;RO=0;SAF=4,30;SAR=1,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0103502,-0.000267295;OID=.,.;OPOS=99817419,99817420;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:73:69:0:0:5,65:0,69:0,1:1,35:4,30:0:0:0,38:0,31:0:0 chr6 99817601 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.866;QD=57.1052;RBI=0.0228142;REFB=0;REVB=-0.00167849;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123991;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr6 99819379 . T C 472.21 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8381;QD=55.554;RBI=0.0846788;REFB=-0.137473;REVB=0.0838816;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301269;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00620795;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:0:1:15:18:0:1 chr6 99825348 . T C 442.18 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0617743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5045;QD=23.5829;RBI=0.094862;REFB=0.00808462;REVB=-0.0719912;RO=32;SAF=16;SAR=27;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198421;STB=0.608971;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00514096;OID=.;OPOS=99825348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:43:43:0.573333:27:16:20:12:27:16:20:12 chr6 99842056 . C A 177.5 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.015081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.627;QD=14.4899;RBI=0.0192038;REFB=-0.0230204;REVB=-0.0118891;RO=29;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740905;STB=0.535071;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0239002;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:6:13:18:11:6:13:19:11 chr6 99883694 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0189502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.675;QD=16.4078;RBI=0.0252715;REFB=-0.0180255;REVB=0.0167194;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283682;STB=0.516237;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0275988;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:10:11:16:13:10:11:16:13 chr6 99883704 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.683;QD=62.6702;RBI=0.029181;REFB=0;REVB=0.0281426;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013725;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr6 99893938 . T C 1026.24 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.949;QD=59.4922;RBI=0.0144492;REFB=0;REVB=0.0143324;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20383e-05;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr6 99956560 . T C 1306.08 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.276;QD=60.748;RBI=0.0238545;REFB=-0.101252;REVB=0.0109991;RO=1;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885539;STB=0.504672;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000178556;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:53:32:0:1:53:32:0:1 chr6 100868721 . G A 444.79 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0193159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3355;QD=13.7918;RBI=0.0196634;REFB=0.000399066;REVB=0.00368016;RO=69;SAF=26;SAR=25;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270965;STB=0.513672;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00107096;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:69:78:51:51:0.395349:25:26:37:32:25:26:38:40 chr6 100868779 . G T 345.56 PASS AF=0.358333;AO=43;DP=121;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0184176;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7696;QD=11.5185;RBI=0.0201318;REFB=-0.0111866;REVB=0.00812904;RO=75;SAF=18;SAR=25;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00602624;STB=0.510582;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0474077;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:75:77:43:43:0.358333:25:18:31:44:25:18:31:46 chr6 100964147 . G C 147.75 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0120718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.416;QD=7.67508;RBI=0.0185529;REFB=-0.00232245;REVB=0.0140884;RO=56;SAF=17;SAR=4;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278761;STB=0.671223;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00671672;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:56:56:21:21:0.272727:4:17:35:21:4:17:35:21 chr6 101094554 . A G 528.06 PASS AF=0.432836;AO=53;DP=129;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00367263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.86;QD=15.7628;RBI=0.0212395;REFB=-0.0260993;REVB=0.0209196;RO=69;SAF=31;SAR=22;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401569;STB=0.508074;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0265603;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:134:69:76:53:58:0.432836:22:31:43:26:26:32:43:33 chr6 101166095 . G A 492.39 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00776133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.719;QD=20.0975;RBI=0.0217623;REFB=-0.0176385;REVB=0.0203312;RO=50;SAF=27;SAR=21;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209518;STB=0.511623;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0167878;OID=.;OPOS=101166095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:21:27:27:23:21:27:27:23 chr6 101296389 . G A 380.43 PASS AF=0.465116;AO=38;DP=84;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00612525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.956;QD=17.6945;RBI=0.0129962;REFB=-0.00761605;REVB=-0.0114622;RO=45;SAF=18;SAR=20;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121843;STB=0.558111;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00874904;OID=.;OPOS=101296389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:45:46:38:40:0.465116:20:18:27:18:20:20:28:18 chr6 101405050 . T G 281.63 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0315515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.385;QD=17.0686;RBI=0.0327768;REFB=-0.0038042;REVB=-0.00887834;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796361;STB=0.544623;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00433188;OID=.;OPOS=101405050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:15:16:21:14:15:16:21:14 chr6 102503317 . G A 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00916633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.68;QD=12.5664;RBI=0.00930046;REFB=-0.0182404;REVB=-0.00157386;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276655;STB=0.515911;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0250316;OID=.;OPOS=102503317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:15:10:17:23:15:10:17:23 chr6 102517921 . T A,TA 49.67 PASS AF=0,0.340426;AO=5,15;DP=59;FAO=0,16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=0,5;FSAR=0,11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0406822,-0.17481;FXX=0.040808;HRUN=2,8;LEN=1,1;MLLD=20.584,7.24068;QD=4.22738;RBI=0.0858795,0.198271;REFB=-0.0584942,-0.0946158;REVB=0.0756323,0.0935577;RO=38;SAF=3,7;SAR=2,8;SRF=14;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.261153,0.118305;STB=0.5,0.531682;STBP=1,0.777;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.095035;OID=.,.;OPOS=102517921,102517922;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:59:47:38:31:5,15:0,16:0,0.340426:2,8:3,7:14:24:0,11:0,5:11:20 chr6 105300250 . A G 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.000157523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.941;QD=20.8719;RBI=0.0140493;REFB=-0.00978124;REVB=0.0140484;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210923;STB=0.617545;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0177779;OID=.;OPOS=105300250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:12:9:4:16:12:9:4:16 chr6 105300262 . C G 124.36 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0386353;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3108;QD=13.4444;RBI=0.0393508;REFB=-0.00457331;REVB=-0.0074703;RO=22;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232628;STB=0.644839;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0197583;OID=.;OPOS=105300262;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:37:37:22:22:10:10:0.27027:8:2:8:14:8:2:8:14 chr6 105526774 . G T 162.39 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00993228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.43;QD=12.0287;RBI=0.0114537;REFB=0.00226945;REVB=0.00570416;RO=34;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228982;STB=0.633719;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00364583;OID=.;OPOS=105526774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:14:6:17:17:14:6:17:17 chr6 105530994 . GTA G,GTG 355.11 PASS AF=0.307018,0.0877193;AO=33,10;DP=113;FAO=35,10;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=13,10;FSAR=22,0;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0161695,0.0446451;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=285.85,54.4199;QD=12.4599;RBI=0.0166008,0.051115;REFB=-0.0102054,-0.0204999;REVB=-0.00375957,-0.0248908;RO=69;SAF=12,10;SAR=21,0;SRF=35;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.170033,0.666166;STB=0.591875,0.998862;STBP=0.191,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0257372,0.0185968;OID=.,.;OPOS=105530995,105530996;OREF=TA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307018,0.0877193:33,10:113:35,10:114:69:13,10:22,0:35:34:99:69:12,10:21,0:35:34 chr6 106352349 . T C 1451.21 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.626;QD=63.096;RBI=0.0610785;REFB=0;REVB=0.0607361;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178884;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr6 106959936 . G C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0271293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.573;QD=14.6578;RBI=0.0272677;REFB=-0.0176117;REVB=-0.00274394;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112273;STB=0.56561;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0246883;OID=.;OPOS=106959936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:7:10:9:4:7:10 chr6 106959999 . C G 40.98 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00504151;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=156.704;QD=6.82973;RBI=0.0211894;REFB=-0.0313595;REVB=-0.0205809;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168697;STB=0.599733;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0611923;OID=.;OPOS=106959999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:25:24:14:16:7:8:0.333333:5:2:6:8:6:2:6:10 chr6 106987370 . A C 2162.73 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00508592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.117;QD=62.2369;RBI=0.014743;REFB=-0.000334733;REVB=0.013838;RO=1;SAF=53;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562645;STB=0.502958;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=2.44939e-05;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:139:1:1:137:138:0.992806:84:53:0:1:84:54:0:1 chr6 106992464 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.426;QD=60.5472;RBI=0.0121273;REFB=0;REVB=0.00918058;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83849e-05;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr6 107016731 . T C 482.59 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.00381851;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.593;QD=17.3908;RBI=0.00599268;REFB=-0.00390464;REVB=0.00461857;RO=57;SAF=20;SAR=32;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134145;STB=0.506605;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.005005;OID=.;OPOS=107016731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:57:59:52:52:0.468468:32:20:22:35:32:20:22:37 chr6 107076783 . A T 805.11 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00905256;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4141;QD=57.5079;RBI=0.0124561;REFB=0;REVB=-0.00855604;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640334;OID=.;OPOS=107076783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:30:26:0:0 chr6 107113715 . G A 621.01 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.0299146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.45;QD=18.0003;RBI=0.0328677;REFB=-0.00465802;REVB=0.0136163;RO=72;SAF=21;SAR=43;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064034;STB=0.52992;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00540571;OID=.;OPOS=107113715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:72:74:64:64:0.463768:43:21:28:44:43:21:28:46 chr6 107351293 . G T 464.98 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9963;QD=58.1227;RBI=0.154201;REFB=0;REVB=-0.152982;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00200789;OID=.;OPOS=107351293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr6 107565060 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.97;QD=57.2376;RBI=0.0657304;REFB=0;REVB=-0.00443036;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205241;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr6 107980406 . A T 1194.43 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.686;QD=59.7213;RBI=0.041801;REFB=-0.108834;REVB=0.0381713;RO=1;SAF=36;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129683;STB=0.506848;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000110806;OID=.;OPOS=107980406;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:43:36:1:0:43:36:1:0 chr6 108026146 . C T 184.37 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=65;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00171891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.873;QD=11.1739;RBI=0.00179135;REFB=-0.00827542;REVB=0.000504259;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16505;STB=0.571549;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00920533;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:42:23:24:0.363636:13:10:24:17:13:11:24:18 chr6 108026317 . G T 763.09 PASS AF=0.470588;AO=79;DP=169;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=61;FWDB=-0.00424548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.597;QD=17.9551;RBI=0.0137027;REFB=-0.0210316;REVB=0.0130284;RO=89;SAF=31;SAR=48;SRF=29;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680216;STB=0.54363;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0324708;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:89:90:79:80:0.470588:48:31:29:60:48:32:29:61 chr6 108026402 . A C 619.08 PASS AF=0.488372;AO=61;DP=130;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.0104186;FXX=0.015266;HRUN=6;LEN=1;MLLD=225.188;QD=19.1964;RBI=0.0113264;REFB=-0.00567726;REVB=-0.00444287;RO=65;SAF=22;SAR=39;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384654;STB=0.517679;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00982077;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:65:66:61:63:0.488372:39:22:21:44:40:23:22:44 chr6 108026455 . A G 466.49 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0144975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.51;QD=22.4813;RBI=0.0148778;REFB=-0.0151609;REVB=-0.00334273;RO=38;SAF=15;SAR=30;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032382;STB=0.517849;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0139167;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:30:15:14:24:30:15:14:24 chr6 108233929 . G A 176.81 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00165055;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.096;QD=13.3438;RBI=0.0332959;REFB=-0.00171932;REVB=-0.033255;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1708;STB=0.580688;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0026048;OID=.;OPOS=108233929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:32:21:21:0.396226:11:10:9:20:11:10:11:21 chr6 108277287 . C A 2851.63 PASS AF=0.989189;AO=183;DP=185;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0231296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7732;QD=61.6569;RBI=0.0276031;REFB=-0.0705393;REVB=-0.015065;RO=2;SAF=94;SAR=89;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000281368;STB=0.500148;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00181549;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:185:2:2:183:183:0.989189:89:94:1:1:89:94:1:1 chr6 108364582 . T C 217.92 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00221015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.41;QD=22.9392;RBI=0.00305792;REFB=-0.0134775;REVB=0.00211331;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448759;STB=0.50251;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0101677;OID=.;OPOS=108364582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:10:11:9:8:10:11:9:8 chr6 109197379 . T C 255.66 PASS AF=0.4;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.000933099;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.978;QD=13.6352;RBI=0.0126326;REFB=-0.0135207;REVB=-0.0125981;RO=44;SAF=11;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166225;STB=0.588819;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0214515;OID=.;OPOS=109197379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:44:45:30:30:0.4:19:11:23:21:19:11:23:22 chr6 109233725 . T C 364.36 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.00207209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.855;QD=13.4948;RBI=0.0159782;REFB=-0.00553381;REVB=0.0158433;RO=65;SAF=23;SAR=20;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142623;STB=0.580622;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00776776;OID=.;OPOS=109233725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:65:43:43:0.398148:20:23:26:39:20:23:26:39 chr6 109583186 . A G 561.43 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.000836468;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.885;QD=21.8029;RBI=0.00354677;REFB=0.00661092;REVB=0.00344672;RO=47;SAF=18;SAR=38;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132064;STB=0.572694;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00690342;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:38:18:22:25:38:18:22:25 chr6 109752451 . T C 431.07 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0113259;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.23;QD=22.1063;RBI=0.0138182;REFB=-0.00444313;REVB=0.00791634;RO=35;SAF=15;SAR=27;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18109;STB=0.60669;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0106312;OID=.;OPOS=109752451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:27:15:20:15:27:15:21:15 chr6 109837229 . C T 479.37 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=-0.0166065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.136;QD=19.9739;RBI=0.0191628;REFB=-0.0239913;REVB=0.00956224;RO=49;SAF=14;SAR=33;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599741;STB=0.533175;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0245495;OID=.;OPOS=109837229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:33:14:12:37:33:14:12:37 chr6 109850103 . T A 132.12 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0173478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.813;QD=24.0224;RBI=0.056618;REFB=-0.0144586;REVB=0.0538949;RO=8;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335036;STB=0.691984;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.017175;OID=.;OPOS=109850103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:12:2:4:4:12:2:4:4 chr6 109935484 . G A 680.87 PASS AF=0.467949;AO=73;DP=156;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.0143062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7684;QD=17.4582;RBI=0.0420247;REFB=-0.0241748;REVB=0.0395146;RO=83;SAF=39;SAR=34;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733093;STB=0.54061;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0282911;OID=.;OPOS=109935484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:83:83:73:73:0.467949:34:39:38:45:34:39:38:45 chr6 109935606 . A G 508.2 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0265528;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.933;QD=17.9894;RBI=0.0338973;REFB=-0.0242558;REVB=-0.0210708;RO=60;SAF=30;SAR=24;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371238;STB=0.524743;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0250055;OID=.;OPOS=109935606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:60:59:54:54:0.477876:24:30:31:29:24:30:30:29 chr6 109954252 . C T 425.37 PASS AF=0.462264;AO=44;DP=107;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00414013;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.665;QD=16.0518;RBI=0.0113078;REFB=-0.0124878;REVB=-0.0105226;RO=46;SAF=18;SAR=26;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124536;STB=0.587641;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0144869;OID=.;OPOS=109954252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:46:57:44:49:0.462264:26:18:25:21:31:18:30:27 chr6 110074396 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.026128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3491;QD=10.3902;RBI=0.100405;REFB=-0.00605459;REVB=-0.0969457;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090156;STB=0.555391;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00311604;OID=.;OPOS=110074396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:4:7:5:2:4:7 chr6 110074412 . C T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0366265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.521;QD=25.4947;RBI=0.0468246;REFB=-0.0297757;REVB=0.0291727;RO=7;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469771;STB=0.526279;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0173418;OID=.;OPOS=110074412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:9:5:2:5:9:5:2:5 chr6 110107517 . T C 545.25 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00878438;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0218;QD=20.0091;RBI=0.0198212;REFB=-0.0227143;REVB=0.0177683;RO=51;SAF=22;SAR=34;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018512;STB=0.501715;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0184703;OID=.;OPOS=110107517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:53:56:56:0.513761:34:22:19:32:34:22:21:32 chr6 110146303 . G A 628.41 PASS AF=0.512195;AO=40;DP=83;FAO=42;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=-0.0129796;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.554;QD=30.6542;RBI=0.0162848;REFB=-0.0140923;REVB=0.0098348;RO=19;SAF=10;SAR=30;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171949;STB=0.596489;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00563288;OID=.;OPOS=110146303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:19:20:40:42:0.512195:30:10:1:18:31:11:1:19 chr6 110301661 . A G 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.771;QD=58.0576;RBI=0.0308832;REFB=0;REVB=0.0307589;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49073e-05;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr6 110421361 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.389;QD=58.4195;RBI=0.0257774;REFB=0;REVB=-0.0235755;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61503e-05;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr6 110746526 . T C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0848;QD=60.5465;RBI=0.0282093;REFB=0;REVB=0.00385691;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016234;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:46:29:0:0:46:29:0:0 chr6 110746545 . T G 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0229382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0896;QD=16.5646;RBI=0.0243336;REFB=-0.0141697;REVB=0.00812186;RO=48;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226517;STB=0.512732;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0171778;OID=.;OPOS=110746545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:23:15:20:28:23:15:20:28 chr6 110777962 . A G 598.44 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0256666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1403;QD=25.7393;RBI=0.0324179;REFB=-0.0152672;REVB=0.0198027;RO=39;SAF=24;SAR=30;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169263;STB=0.592383;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0124518;OID=.;OPOS=110777962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:39:54:54:0.580645:30:24:26:13:30:24:26:13 chr6 110778128 . T C 495.5 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00373081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.192;QD=23.3178;RBI=0.00887378;REFB=-0.0119734;REVB=-0.00805139;RO=38;SAF=16;SAR=31;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251077;STB=0.513806;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00988166;OID=.;OPOS=110778128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:31:16:14:24:31:16:14:24 chr6 110797705 . G C 209.67 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.001159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.278;QD=29.953;RBI=0.0132166;REFB=-0.0386107;REVB=0.0131657;RO=8;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518376;STB=0.528812;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0472078;OID=.;OPOS=110797705;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:28:28:8:8:17:17:0.607143:10:7:4:4:10:7:4:4 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCCA 350.2 PASS AF=0.703704,0.296296;AO=17,6;DP=26;FAO=19,8;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9,4;FSAR=10,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479359,0.0550578;FXX=0.0357015;HRUN=4,4;LEN=4,4;MLLD=172.367,154.733;QD=51.8809;RBI=0.0505811,0.0558432;REFB=0,0;REVB=0.016143,0.00933334;RO=0;SAF=7,2;SAR=10,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.00329601,0.0241364;OID=.,.;OPOS=110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCCA;OMAPALT=CACC,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:26:27:0:0:17,6:19,8:0.703704,0.296296:10,4:7,2:0:0:10,4:9,4:0:0 chr6 110797713 . C T 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0107106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.263;QD=26.3418;RBI=0.0165019;REFB=-0.0345977;REVB=0.0125537;RO=10;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783405;STB=0.559378;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0110317;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:10:11:19:19:0.633333:10:9:6:4:10:9:7:4 chr6 110935291 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTAT 96.44 PASS AF=0.351852,0;AO=26,4;DP=110;FAO=38,0;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=34,0;FSAR=4,0;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.0880965,-0.050187;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.95713,139.031;QD=3.57178;RBI=0.219795,0.0544324;REFB=-0.106601,-0.013558;REVB=0.201368,0.0210747;RO=58;SAF=25,4;SAR=1,0;SRF=16;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.789175,0.631293;STB=0.875708,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0777535,0.129207;OID=.,.;OPOS=110935292,110935296;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351852,0:26,4:110:38,0:108:70:34,0:4,0:25:45:97:58:25,4:1,0:16:42 chr6 110964409 . G A 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00715647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.476;QD=23.8207;RBI=0.0583906;REFB=-0.0210359;REVB=-0.0579504;RO=17;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133867;STB=0.57481;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00201104;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:8:14:8:9:8:14:8:9 chr6 111280038 . C T 123.74 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.120927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.203;QD=17.0677;RBI=0.120936;REFB=-0.0207183;REVB=0.00143881;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263751;STB=0.51513;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.03395;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:9:6:6:8:9:6 chr6 111283592 . C T 323.23 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3744;QD=53.8718;RBI=0.0940939;REFB=0;REVB=-0.0935241;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00165365;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr6 111587266 . T C 394.25 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00856843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.766;QD=14.8775;RBI=0.0100846;REFB=-0.00720928;REVB=0.00531805;RO=61;SAF=24;SAR=21;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592526;STB=0.533319;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00939941;OID=.;OPOS=111587266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:61:45:45:0.424528:21:24:29:32:21:24:29:32 chr6 111589293 . A C 352.91 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0330884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4264;QD=29.4095;RBI=0.106266;REFB=-0.00988059;REVB=0.100983;RO=18;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152482;STB=0.508374;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00910529;OID=.;OPOS=111589293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:14:16:10:8:14:16:10:8 chr6 111620758 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.363;QD=59.4355;RBI=0.0190262;REFB=0;REVB=0.0150179;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83162e-05;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr6 111628708 . A G 480.77 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0107486;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.391;QD=25.6411;RBI=0.0149427;REFB=-0.0017131;REVB=0.0103804;RO=30;SAF=10;SAR=35;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272156;STB=0.649927;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000639517;OID=.;OPOS=111628708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:35:10:16:14:35:10:16:14 chr6 111695073 . C T 223.22 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0102247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.05;QD=21.7772;RBI=0.0185874;REFB=-0.00584945;REVB=-0.0155225;RO=19;SAF=5;SAR=16;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319183;STB=0.684956;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00741945;OID=.;OPOS=111695073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:21:22:0.536585:16:5:11:8:17:5:11:8 chr6 111695268 . C T 432.15 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00140562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.611;QD=17.8205;RBI=0.0181631;REFB=-0.0282612;REVB=-0.0181086;RO=53;SAF=25;SAR=19;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356466;STB=0.519914;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0361483;OID=.;OPOS=111695268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:19:25:32:21:19:25:32:21 chr6 111695887 . G A 68.08 PASS AF=0.45;AO=5;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.10703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.892;QD=13.6156;RBI=0.107103;REFB=-0.0327605;REVB=-0.00394109;RO=8;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430337;STB=0.597497;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0393297;OID=.;OPOS=111695887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:20:20:8:11:5:9:0.45:1:4:3:5:5:4:3:8 chr6 111696257 . G A 378.44 PASS AF=0.409091;AO=43;DP=107;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=46;FWDB=-0.0183262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6364;QD=13.7615;RBI=0.0209804;REFB=-0.00133469;REVB=0.0102141;RO=64;SAF=15;SAR=28;SRF=19;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618957;STB=0.527766;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00288762;OID=.;OPOS=111696257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:64:65:43:45:0.409091:28:15:19:45:30:15:19:46 chr6 111696852 . T C 269.23 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0385898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1062;QD=16.5678;RBI=0.0500913;REFB=-0.0386985;REVB=-0.0319369;RO=35;SAF=9;SAR=21;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245001;STB=0.638341;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0415827;OID=.;OPOS=111696852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:21:9:19:16:21:9:19:16 chr6 111901453 . G T 1208.69 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.724;QD=61.1997;RBI=0.0140273;REFB=0;REVB=-0.0115736;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46817e-06;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:40:38:0:0:40:39:0:0 chr6 112382313 . G T 476.26 PASS AF=0.490196;AO=49;DP=101;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00485602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.781;QD=18.6769;RBI=0.00583634;REFB=-0.0325956;REVB=0.00323758;RO=52;SAF=29;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506646;STB=0.532245;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0353591;OID=.;OPOS=112382313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:52:52:49:50:0.490196:20:29:28:24:20:30:28:24 chr6 112408610 . T C 384.84 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0155823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.784;QD=15.3936;RBI=0.0222757;REFB=-0.0169304;REVB=-0.0159186;RO=59;SAF=20;SAR=21;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388478;STB=0.502195;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0296277;OID=.;OPOS=112408610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:21:20:29:30:21:20:29:30 chr6 112435912 . A T 535.47 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0113526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1119;QD=18.9545;RBI=0.0372136;REFB=-0.0127855;REVB=0.0354397;RO=56;SAF=26;SAR=30;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162602;STB=0.504131;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0131288;OID=.;OPOS=112435912;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:57:56:56:0.495575:30:26:25:31:30:26:26:31 chr6 112440489 . C A 301.49 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0252592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2571;QD=16.7495;RBI=0.0300126;REFB=0.0156815;REVB=0.016209;RO=39;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022516;STB=0.51264;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0215826;OID=.;OPOS=112440489;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:16:17:21:18:16:17:21:18 chr6 112457383 . G C 499.77 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0309137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.476;QD=18.3403;RBI=0.048622;REFB=-0.0255957;REVB=-0.0375293;RO=53;SAF=24;SAR=29;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202727;STB=0.605576;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0369239;OID=.;OPOS=112457383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:53:56:53:53:0.486239:29:24:36:17:29:24:37:19 chr6 112457390 . C T 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000335645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.558;QD=60.255;RBI=0.0156433;REFB=0;REVB=-0.0156397;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33836e-05;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:49:60:0:0:49:60:0:0 chr6 112471688 . G C 489.52 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=18;FWDB=-0.0143366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8145;QD=17.0269;RBI=0.0159752;REFB=-0.000532599;REVB=-0.00704769;RO=61;SAF=42;SAR=11;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117317;STB=0.562821;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00024998;OID=.;OPOS=112471688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:62:53:53:0.46087:11:42:43:18:11:42:44:18 chr6 112493872 . A G 1768.69 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010507;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.999;QD=60.9894;RBI=0.0110027;REFB=0;REVB=0.00326522;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38005e-05;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:114:116:1:53:61:0:0:54:62:0:0 chr6 112508697 . A C 584.42 PASS AF=0.427632;AO=65;DP=152;FAO=65;FDP=152;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=58;FWDB=-0.0042849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.45;QD=15.3795;RBI=0.00471205;REFB=-0.0170602;REVB=-0.00196035;RO=86;SAF=28;SAR=37;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989397;STB=0.557752;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0244275;OID=.;OPOS=112508697;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:86:87:65:65:0.427632:37:28:29:57:37:28:29:58 chr6 112508769 . TG GT 534.59 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.09708;FXX=0.429866;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.133;QD=35.0548;RBI=0.127863;REFB=0;REVB=0.0832129;RO=0;SAF=43;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0125031;OID=.;OPOS=112508769;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:61:0:0:106:61:1:63:43:0:0:18:43:0:0 chr6 112512905 . G A 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00442025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.494;QD=58.0319;RBI=0.00443194;REFB=0.118627;REVB=-0.000321738;RO=1;SAF=38;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122803;STB=0.506492;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000471739;OID=.;OPOS=112512905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:32:38:1:0:32:38:1:0 chr6 116262976 . G A 633.55 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228411;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.889;QD=61.8096;RBI=0.037811;REFB=0;REVB=-0.0377419;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465911;OID=.;OPOS=116262976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr6 116263181 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.224;QD=60.2307;RBI=0.0610804;REFB=0;REVB=0.0566126;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180718;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr6 116325142 . C T 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.334;QD=58.9627;RBI=0.0102545;REFB=0;REVB=-0.00286552;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33867e-05;OID=.;OPOS=116325142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr6 116441646 . C G 308.62 PASS AF=0.425;AO=36;DP=82;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00227245;FXX=0.0243873;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.27;QD=15.4307;RBI=0.00479682;REFB=-0.0106904;REVB=0.00422438;RO=46;SAF=14;SAR=22;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217983;STB=0.61218;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0112175;OID=.;OPOS=116441646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:46:46:36:34:0.425:22:14:28:18:20:14:28:18 chr6 116446576 . A G 1110.14 PASS AF=0.46888;AO=113;DP=242;FAO=113;FDP=241;FR=.;FRO=128;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=47;FSRR=81;FWDB=0.00869801;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.344;QD=18.4255;RBI=0.0252269;REFB=-0.013918;REVB=-0.02368;RO=127;SAF=49;SAR=64;SRF=47;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626751;STB=0.536261;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0168601;OID=.;OPOS=116446576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:127:128:113:113:0.46888:64:49:47:80:64:49:47:81 chr6 116571255 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.06;QD=57.1772;RBI=0.0390393;REFB=0;REVB=-0.0209405;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314044;OID=.;OPOS=116571255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr6 116574455 . G A 464.93 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8232;QD=58.1167;RBI=0.0203797;REFB=0;REVB=0.0186827;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316569;OID=.;OPOS=116574455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr6 116575083 . C A 1481.57 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0979283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.499;QD=62.3817;RBI=0.0980959;REFB=0;REVB=0.0057327;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707274;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:92:95:1:57:35:0:0:57:38:0:0 chr6 116600453 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0106843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.149;QD=12.3287;RBI=0.0186911;REFB=-0.0161193;REVB=-0.0153363;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373858;STB=0.713979;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0546461;OID=.;OPOS=116600453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:15:2:5:6:15:2 chr6 116600465 . T C,TCAC 216.71 PASS AF=0.0869565,0.782609;AO=2,17;DP=23;FAO=2,18;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=2,14;FSAR=0,4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0875668,-0.00727854;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=52.8329,188.063;QD=37.6878;RBI=0.113095,0.0191004;REFB=-0.0941856,-0.0481161;REVB=-0.0715713,-0.0176592;RO=4;SAF=2,13;SAR=0,4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.569412,0.00703885;STB=0.991947,0.522363;STBP=0.367,0.703;TYPE=snp,ins;VARB=0.124305,0.00971395;OID=.,.;OPOS=116600465,116600466;OREF=T,-;OALT=C,CAC;OMAPALT=C,TCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:23:23:4:3:2,17:2,18:0.0869565,0.782609:0,4:2,13:3:1:0,4:2,14:2:1 chr6 116600774 . C G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00437002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.841;QD=8.81107;RBI=0.00912969;REFB=0.0010549;REVB=-0.00801587;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22268;STB=0.639526;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00167045;OID=.;OPOS=116600774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:5:6:2:4:5:6 chr6 116600810 . G A 86.68 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.132546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7093;QD=12.8416;RBI=0.158977;REFB=-0.0380226;REVB=0.0877792;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140607;STB=0.583179;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0692309;OID=.;OPOS=116600810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:8:8:4:7:8:8 chr6 116757557 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00246623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5106;QD=51.9137;RBI=0.00269379;REFB=0;REVB=0.00108363;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99571e-05;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr6 116783330 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.000634991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.992;QD=11.9536;RBI=0.0154227;REFB=-0.0128844;REVB=0.0154096;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409206;STB=0.740214;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0238328;OID=.;OPOS=116783330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:2:9:3:5:2:9 chr6 116875427 . G A 1788.87 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.039205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.233;QD=60.1301;RBI=0.04305;REFB=0.00770502;REVB=0.017784;RO=1;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683397;STB=0.503546;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-2.43414e-05;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:119:1:1:117:118:0.991597:69:48:0:1:70:48:0:1 chr6 116875493 . T C 277.36 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0333425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5347;QD=18.4907;RBI=0.0333475;REFB=-0.00363058;REVB=0.000574312;RO=30;SAF=10;SAR=20;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215423;STB=0.620607;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00293402;OID=.;OPOS=116875493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:20:10:17:13:20:10:17:13 chr6 116950734 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00263627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4547;QD=15.1962;RBI=0.00275821;REFB=0.00645701;REVB=-0.000811048;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571009;STB=0.532958;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0093869;OID=.;OPOS=116950734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:13:13:8:10:13:13 chr6 116950833 . T C 206.6 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0457297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3761;QD=15.0256;RBI=0.0540347;REFB=-0.0455675;REVB=-0.0287844;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258799;STB=0.517227;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0312693;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:31:24:24:0.436364:15:9:12:18:14:10:12:19 chr6 116973182 . T C 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00604878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8311;QD=19.0494;RBI=0.019162;REFB=0.0189383;REVB=0.0181823;RO=48;SAF=28;SAR=16;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114612;STB=0.50638;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.0192992;OID=.;OPOS=116973182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:16:28:30:18:16:28:30:18 chr6 117113653 . T C 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.267;QD=59.4278;RBI=0.00981311;REFB=0;REVB=0.00582099;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71693e-05;OID=.;OPOS=117113653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr6 117114025 . G A 593.86 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0927155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.586;QD=60.9082;RBI=0.121257;REFB=0;REVB=-0.0781475;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103639;OID=.;OPOS=117114025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:35:39:1:23:12:0:0:23:16:0:0 chr6 117114223 . T A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00487877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6129;QD=57.1058;RBI=0.00946588;REFB=0;REVB=0.00811175;RO=0;SAF=41;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78271e-05;OID=.;OPOS=117114223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:14:41:0:0:14:41:0:0 chr6 117114403 . G A 1264.62 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0975;QD=61.6889;RBI=0.0419776;REFB=0;REVB=0.00514323;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193391;OID=.;OPOS=117114403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr6 117121894 . G A 1283.32 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.283;QD=61.847;RBI=0.022349;REFB=0;REVB=0.0222845;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15183e-05;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr6 117130704 . G A 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9432;QD=60.5468;RBI=0.0375256;REFB=0;REVB=0.0272555;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4588e-06;OID=.;OPOS=117130704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:48:27:0:0:48:27:0:0 chr6 117591755 . T C 146.39 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0296553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.247;QD=16.7301;RBI=0.0356051;REFB=-0.0131746;REVB=0.019705;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277181;STB=0.656966;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0183904;OID=.;OPOS=117591755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:15:4:8:8:15:4 chr6 117620574 . AG A 313.29 PASS AF=0.5;AO=51;DP=107;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0871267;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.1524;QD=11.8221;RBI=0.139022;REFB=-0.0517506;REVB=-0.108333;RO=52;SAF=20;SAR=31;SRF=28;SRR=24;SSEN=0.56051;SSEP=0;SSSB=-0.135209;STB=0.547388;STBP=0.322;TYPE=del;VARB=0.0423496;OID=.;OPOS=117620575;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:51:107:53:106:53:23:30:28:25:99:52:20:31:28:24 chr6 117622184 . G C 467.73 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00531708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.635;QD=20.1172;RBI=0.00975623;REFB=-0.0244135;REVB=0.00818002;RO=47;SAF=23;SAR=23;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0096914;STB=0.505374;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0286685;OID=.;OPOS=117622184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:23:23:23:24:23:23:23:24 chr6 117622188 . T G 425.42 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0293673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.613;QD=18.9074;RBI=0.0299346;REFB=-0.0200258;REVB=0.00579998;RO=47;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228002;STB=0.512695;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00795413;OID=.;OPOS=117622188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:23:20:23:24:23:20:23:24 chr6 117622233 . C T 319.78 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0166353;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6498;QD=18.2729;RBI=0.0305588;REFB=-0.0116519;REVB=-0.0256341;RO=35;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705493;STB=0.533255;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.011269;OID=.;OPOS=117622233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:21:13:16:19:21:13:16:20 chr6 117631431 . T G 942.7 PASS AF=0.6;AO=84;DP=141;FAO=84;FDP=140;FR=.;FRO=56;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0114347;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.845;QD=26.9344;RBI=0.0157717;REFB=0.00148864;REVB=-0.0108625;RO=56;SAF=44;SAR=40;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109375;STB=0.559308;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00101731;OID=.;OPOS=117631431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:56:56:84:84:0.6:40:44:21:35:40:44:21:35 chr6 117639419 . T C 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00802664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.855;QD=19.9055;RBI=0.00810245;REFB=0.00200425;REVB=-0.00110575;RO=27;SAF=11;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368864;STB=0.520534;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00179318;OID=.;OPOS=117639419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:19:11:11:16:19:11:11:16 chr6 117649988 . T C 540.23 PASS AF=0.406897;AO=59;DP=145;FAO=59;FDP=145;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.00575533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.953;QD=14.9028;RBI=0.0170782;REFB=-0.00545165;REVB=0.0160792;RO=86;SAF=25;SAR=34;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553488;STB=0.503113;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0112298;OID=.;OPOS=117649988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:86:86:59:59:0.406897:34:25:36:50:34:25:36:50 chr6 117710661 . T C 536.85 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0184422;FXX=0.0471654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.061;QD=21.2615;RBI=0.0198248;REFB=-0.00563832;REVB=0.0072738;RO=49;SAF=39;SAR=15;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186363;STB=0.630252;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00726644;OID=.;OPOS=117710661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:101:49:47:54:54:0.534653:15:39:26:23:15:39:22:25 chr6 117725448 . T G 1859.15 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.715;QD=61.4595;RBI=0.0104475;REFB=0;REVB=0.00686397;RO=0;SAF=26;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25312e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37951e-06;OID=.;OPOS=117725448;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:95:26:0:0:95:26:0:0 chr6 117725578 . T A 1320.79 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.654;QD=62.155;RBI=0.0106304;REFB=0;REVB=0.00720572;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08537e-05;OID=.;OPOS=117725578;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:50:34:0:0:51:34:0:0 chr6 117842698 . A G 370.54 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.00908288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1837;QD=14.8217;RBI=0.00974542;REFB=-0.0129177;REVB=-0.0035319;RO=59;SAF=25;SAR=15;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035276;STB=0.515865;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0169272;OID=.;OPOS=117842698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:60:40:40:0.4:15:25:35:24:15:25:36:24 chr6 117869491 . G A 252.34 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0202914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.982;QD=12.6172;RBI=0.0654411;REFB=-0.0365004;REVB=-0.0622157;RO=41;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409648;STB=0.526298;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0613677;OID=.;OPOS=117869491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:50:30:30:0.375:18:12:18:23:18:12:18:32 chr6 118786486 . T C 255.2 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00926355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.008;QD=22.1911;RBI=0.0110643;REFB=0.00232917;REVB=0.00605022;RO=22;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155274;STB=0.587322;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00220841;OID=.;OPOS=118786486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:17:7:10:12:17:7:10:12 chr6 118880640 . T G 382.03 PASS AF=0.427184;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0170382;FXX=0.0636306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.825;QD=14.836;RBI=0.047833;REFB=-0.0259029;REVB=0.0446956;RO=49;SAF=18;SAR=25;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493103;STB=0.514666;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.037911;OID=.;OPOS=118880640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:49:59:43:44:0.427184:25:18:23:26:25:19:24:35 chr6 118881244 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA 31.24 PASS AF=0.175,0,0;AO=9,5,3;DP=43;FAO=7,0,0;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=1,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.180775,-0.265088,-0.0932294;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=25.4556,12.1393,20.95;QD=3.12424;RBI=0.180809,0.300139,0.17345;REFB=-0.0304787,-0.0186495,0.0131771;REVB=-0.00350593,0.140756,0.146264;RO=22;SAF=3,5,3;SAR=6,0,0;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.195702,0.678213,0.584149;STB=0.843428,0.5,0.5;STBP=0.084,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.127943,0,0;OID=.,.,.;OPOS=118881250,118881245,118881250;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175,0,0:9,5,3:43:7,0,0:40:33:1,0,0:6,0,0:18:15:30:22:3,5,3:6,0,0:11:11 chr6 118881822 . C T 506.34 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0234675;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.272;QD=16.2028;RBI=0.0246405;REFB=-0.0221359;REVB=-0.00751195;RO=70;SAF=26;SAR=29;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844073;STB=0.547153;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0190304;OID=.;OPOS=118881822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:70:55:55:0.44:29:26:39:31:29:26:39:31 chr6 118886961 . G T 356.18 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0504599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.444;QD=21.9191;RBI=0.055078;REFB=-0.0389699;REVB=-0.0220767;RO=29;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194336;STB=0.510724;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0335952;OID=.;OPOS=118886961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:17:19:16:13:17:19:16:13 chr6 118887303 . T C 687.19 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0111941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.819;QD=18.827;RBI=0.0117609;REFB=-0.0103946;REVB=-0.00360722;RO=76;SAF=33;SAR=36;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020597;STB=0.514894;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0114179;OID=.;OPOS=118887303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:76:77:69:69:0.472603:36:33:38:38:36:33:39:38 chr6 118973953 . A G 236.48 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0040826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.234;QD=22.5221;RBI=0.00513918;REFB=-0.0116589;REVB=0.00312146;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585855;STB=0.565161;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00818779;OID=.;OPOS=118973953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:19:22:23:0.547619:12:10:9:8:13:10:11:8 chr6 119149149 . C G 1364.23 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333157;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.411;QD=62.0106;RBI=0.036544;REFB=0;REVB=0.0150174;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55579e-05;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:47:39:0:0:48:40:0:0 chr6 119510941 . C A 349.91 PASS AF=0.378378;AO=42;DP=116;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0359559;FXX=0.0430997;HRUN=6;LEN=1;MLLD=102.048;QD=12.6094;RBI=0.0359623;REFB=-0.00609473;REVB=-0.000678117;RO=65;SAF=27;SAR=15;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165627;STB=0.59598;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00892615;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:111:65:69:42:42:0.378378:15:27:32:33:15:27:34:35 chr6 120583498 . G A 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.000777367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6886;QD=4.65902;RBI=0.0199496;REFB=-0.03424;REVB=0.0199345;RO=35;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169536;STB=0.613749;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0194328;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:3:5:17:18:3:5:17:18 chr6 120583501 . T G 50.18 PASS AF=0.186047;AO=7;DP=42;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00485078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.206;QD=4.66745;RBI=0.0096609;REFB=-0.0052789;REVB=0.00835482;RO=35;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279165;STB=0.613749;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0297552;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:43:35:35:7:8:0.186047:2:5:17:18:3:5:17:18 chr6 120583509 . A G 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0260234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.544;QD=4.65897;RBI=0.0351402;REFB=-0.00332572;REVB=0.0236139;RO=35;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169536;STB=0.613749;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0222759;OID=.;OPOS=120583509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:3:5:17:18:3:5:17:18 chr6 120583521 . A T 50.25 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0150993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.309;QD=4.78618;RBI=0.0555497;REFB=-1.58979e-05;REVB=-0.0534583;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170197;STB=0.624688;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00233374;OID=.;OPOS=120583521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:33:34:8:8:0.190476:3:5:16:17:3:5:16:18 chr6 120583526 . C G 50.65 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0466454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3233;QD=5.06471;RBI=0.0496797;REFB=-0.0285689;REVB=0.0170962;RO=32;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152349;STB=0.60101;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0190916;OID=.;OPOS=120583526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:3:5:16:16:3:5:16:16 chr6 120583533 . A G 42.13 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0466545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.018;QD=4.55496;RBI=0.0470478;REFB=0.00241434;REVB=-0.00607065;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146643;STB=0.584375;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00999947;OID=.;OPOS=120583533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:29:30:7:7:0.189189:3:4:13:16:3:4:14:16 chr6 121451095 . C T 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0146951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8292;QD=21.2646;RBI=0.0433804;REFB=0.022977;REVB=-0.0408157;RO=18;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950562;STB=0.553789;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0225331;OID=.;OPOS=121451095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:4:16:13:5:4:16:13:5 chr6 121602785 . T A 240.1 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0356187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.239;QD=16.5586;RBI=0.0360072;REFB=-0.0171129;REVB=0.00527464;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154838;STB=0.586976;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0153026;OID=.;OPOS=121602785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:13:14:11:20:13:14:11:20 chr6 121602795 . C T 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.003284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.462;QD=17.0881;RBI=0.019974;REFB=-0.00607235;REVB=-0.0197022;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188264;STB=0.605887;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00559435;OID=.;OPOS=121602795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:11:14:10:18:11:14:10:18 chr6 121620608 . G T 792.6 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.146;QD=56.6143;RBI=0.00545229;REFB=0;REVB=0.00348941;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143722;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:51:56:1:28:23:0:0:32:24:0:0 chr6 121625945 . A G 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00304617;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.458;QD=14.7961;RBI=0.00443088;REFB=0.00731581;REVB=-0.00321769;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218381;STB=0.626645;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00690782;OID=.;OPOS=121625945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:4:9:5:6:4:9 chr6 121629167 . G A 646.72 PASS AF=0.461538;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0545338;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3948;QD=18.0901;RBI=0.0834732;REFB=-0.00955307;REVB=-0.0631968;RO=75;SAF=35;SAR=31;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286436;STB=0.508194;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00985316;OID=.;OPOS=121629167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:77:66:66:0.461538:31:35:42:33:31:35:42:35 chr6 121632008 . T A 1268.09 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484425;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6102;QD=61.8582;RBI=0.0548672;REFB=0;REVB=0.0257631;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106372;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:50:32:0:0:50:32:0:0 chr6 121638666 . G A 313.34 PASS AF=0.459459;AO=32;DP=72;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0210271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.764;QD=16.9375;RBI=0.0224633;REFB=-0.0329202;REVB=-0.00790317;RO=40;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153254;STB=0.567529;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.051298;OID=.;OPOS=121638666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:40:40:32:34:0.459459:17:15:25:15:17:17:25:15 chr6 121638682 . G A 363.25 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.000808923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.468;QD=18.1627;RBI=0.0205547;REFB=-0.0127461;REVB=-0.0205388;RO=42;SAF=20;SAR=18;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652819;STB=0.536405;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.016853;OID=.;OPOS=121638682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:18:20:25:17:18:20:25:17 chr6 121642790 . T C 485.32 PASS AF=0.381944;AO=55;DP=144;FAO=55;FDP=144;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.0303382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5452;QD=13.481;RBI=0.0489851;REFB=-0.00247797;REVB=0.0384596;RO=89;SAF=30;SAR=25;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435841;STB=0.524706;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00610763;OID=.;OPOS=121642790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:89:89:55:55:0.381944:25:30:45:44:25:30:45:44 chr6 121642916 . C T 396.55 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0318809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.982;QD=15.1066;RBI=0.0335608;REFB=-0.0164683;REVB=-0.0104848;RO=60;SAF=26;SAR=19;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146661;STB=0.582381;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0255198;OID=.;OPOS=121642916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:60:45:45:0.428571:19:26:26:34:19:26:26:34 chr6 121901599 . A G 1098.05 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7119;QD=60.1673;RBI=0.126597;REFB=0;REVB=0.0445279;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123091;OID=.;OPOS=121901599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:48:23:0:0:48:25:0:0 chr6 122532808 . G A 479.2 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0350836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.713;QD=15.7114;RBI=0.0350849;REFB=-0.00734725;REVB=0.00030373;RO=66;SAF=32;SAR=21;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178498;STB=0.611549;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00933324;OID=.;OPOS=122532808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:66:69:53:53:0.434426:21:32:28:38:21:32:28:41 chr6 122766138 . G A 177.28 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0154938;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.365;QD=15.7582;RBI=0.0571352;REFB=-0.00219568;REVB=-0.0549943;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231808;STB=0.578229;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.010986;OID=.;OPOS=122766138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:26:18:19:0.422222:12:6:13:10:12:7:13:13 chr6 123066514 . T C 1480.23 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00821025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.418;QD=58.623;RBI=0.0218646;REFB=0.0220083;REVB=0.0202645;RO=1;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810947;STB=0.504273;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=1.11183e-05;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:58:42:0:1:58:42:0:1 chr6 123066585 . G A 940.49 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00209744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4397;QD=56.9992;RBI=0.0148071;REFB=-0.031968;REVB=-0.0146578;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011665;STB=0.506171;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00569927;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:40:25:0:1:40:25:0:1 chr6 123594510 . T TA 2738.51 PASS AF=1;AO=258;DP=353;FAO=297;FDP=297;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157524;FXX=0.0230256;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.7418;QD=36.8822;RBI=0.0623024;REFB=0.0320995;REVB=0.0602781;RO=85;SAF=96;SAR=162;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00322877;OID=.;OPOS=123594511;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:258:353:297:297:0:110:187:0:0:37:85:96:162:44:41 chr6 123658825 . G T 1689.37 PASS AF=0.48324;AO=172;DP=358;FAO=173;FDP=358;FR=.;FRO=185;FSAF=101;FSAR=72;FSRF=115;FSRR=70;FWDB=-0.0371161;FXX=0.00278544;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7355;QD=18.8757;RBI=0.0443697;REFB=-0.0386305;REVB=-0.0243118;RO=184;SAF=101;SAR=71;SRF=115;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369537;STB=0.520236;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.043319;OID=.;OPOS=123658825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:358:184:185:172:173:0.48324:71:101:115:69:72:101:115:70 chr6 123687288 . A C,T 1603.15 PASS AF=0.869565,0.104348;AO=97,14;DP=114;FAO=100,12;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=54,1;FSAR=46,11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0131061,0.0432367;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=127.914,19.559;QD=55.7617;RBI=0.0135507,0.0538818;REFB=0.0257451,0.0519272;REVB=-0.00344267,-0.0321533;RO=2;SAF=54,0;SAR=43,14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0215451,0;STB=0.515786,0.559908;STBP=0.077,0.652;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000896787,0.0911058;OID=.,.;OPOS=123687288,123687288;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:114:115:2:3:97,14:100,12:0.869565,0.104348:43,14:54,0:0:2:46,11:54,1:0:3 chr6 123699042 . T C 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0131591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.326;QD=14.0474;RBI=0.0132753;REFB=-0.020233;REVB=-0.00175291;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122911;STB=0.553785;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0296873;OID=.;OPOS=123699042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:29:18:18:0.382979:6:12:15:12:6:12:17:12 chr6 123702499 . G A 437.91 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0207814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.603;QD=15.6396;RBI=0.0224149;REFB=-0.0199748;REVB=-0.00840015;RO=63;SAF=29;SAR=20;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535512;STB=0.530014;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0259789;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:20:29:34:29:20:29:34:29 chr6 123758492 . C T 151.0 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00232816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.397;QD=11.1851;RBI=0.0136307;REFB=-0.0113641;REVB=-0.0134304;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167152;STB=0.510752;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0206417;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:33:35:18:19:0.351852:9:9:16:17:10:9:16:19 chr6 123833457 . G C 2330.74 PASS AF=1;AO=152;DP=157;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129087;FXX=0.0318451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.987;QD=61.3352;RBI=0.0236092;REFB=0;REVB=0.0197676;RO=0;SAF=87;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.2175e-06;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:152:0:0:152:152:1:65:87:0:0:65:87:0:0 chr6 123869607 . G C 140.07 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.018936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9523;QD=12.7336;RBI=0.076763;REFB=-0.0205714;REVB=-0.0743908;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011194;STB=0.506571;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0322831;OID=.;OPOS=123869607;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:5:11:19:9:5:11:19:9 chr6 124603390 . A G 175.74 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00261865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.5602;QD=11.9145;RBI=0.0027401;REFB=-4.09706e-05;REVB=0.000806729;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839477;STB=0.50239;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.000284299;OID=.;OPOS=124603390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:13:9:15:21:13:9:15:22 chr6 125144352 . T G 711.48 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00295318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.324;QD=52.7018;RBI=0.0168654;REFB=-0.0293601;REVB=0.0166048;RO=2;SAF=17;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136353;STB=0.507244;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000798912;OID=.;OPOS=125144352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:35:17:1:1:35:17:1:1 chr6 125284457 . T C 1561.16 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00174815;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.363;QD=58.9116;RBI=0.0197511;REFB=-0.268106;REVB=0.0196736;RO=1;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759342;STB=0.503999;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00211204;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:1:1:105:105:0.990566:62:43:0:1:62:43:0:1 chr6 125475139 . G A 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.791;QD=60.7149;RBI=0.0249619;REFB=0;REVB=0.00944902;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50419e-05;OID=.;OPOS=125475139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr6 125573194 . A G 831.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.655;QD=57.3184;RBI=0.0449198;REFB=0;REVB=-0.0395103;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22251e-05;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:18:37:0:0:18:40:0:0 chr6 125614100 . C A 498.05 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0108501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.82;QD=19.7248;RBI=0.0140232;REFB=-0.00901591;REVB=-0.00888403;RO=50;SAF=29;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620011;STB=0.534287;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0109558;OID=.;OPOS=125614100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:51:51:0.50495:22:29:25:25:22:29:25:25 chr6 125614121 . C A 439.61 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00566231;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.353;QD=19.1136;RBI=0.0065306;REFB=-0.00570481;REVB=-0.00325376;RO=49;SAF=24;SAR=20;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00530956;STB=0.508978;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00681579;OID=.;OPOS=125614121;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:49:48:44:44:0.478261:20:24:27:22:20:24:27:21 chr6 126080845 . GCCC GCC,GCCT 117.04 PASS AF=1,0;AO=5,3;DP=20;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.203037,-0.139901;FXX=0.0475964;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=10.1343,11.694;QD=23.4075;RBI=0.296746,0.144655;REFB=-0.118261,-0.0219638;REVB=0.216412,-0.0367794;RO=9;SAF=1,0;SAR=4,3;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.64,0;SSSB=0.460568,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0432786,0;OID=.,.;OPOS=126080846,126080848;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GCC,GCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:5,3:20:20,0:20:0:2,0:18,0:0:0:5:9:1,0:4,3:0:9 chr6 126210395 . T G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00205604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.591;QD=12.8607;RBI=0.00791874;REFB=-0.02884;REVB=0.00764716;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09181;STB=0.555391;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.035451;OID=.;OPOS=126210395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:5:3:2:5:5:3 chr6 126249914 . T G 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0116624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.745;QD=14.7661;RBI=0.0120625;REFB=-0.00305918;REVB=-0.00308105;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105494;STB=0.559952;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00518261;OID=.;OPOS=126249914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:15:18:11:14:15:18 chr6 126278230 . G C 1541.71 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0527645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2874;QD=57.6339;RBI=0.0527762;REFB=0.0211677;REVB=-0.00111226;RO=1;SAF=42;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747393;STB=0.501945;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0029965;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:107:1:2:105:105:0.981308:63:42:0:1:63:42:1:1 chr6 127476516 . G A 180.46 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0230195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3355;QD=16.0412;RBI=0.0267937;REFB=0.000569402;REVB=-0.0137115;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173884;STB=0.509989;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00199731;OID=.;OPOS=127476516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:10:16:12:7:10:16 chr6 127609691 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.229;QD=54.5177;RBI=0.0656957;REFB=0;REVB=-0.0167641;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198648;OID=.;OPOS=127609691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr6 127768472 . G A 392.5 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.017099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2967;QD=20.6576;RBI=0.0320089;REFB=-0.00742283;REVB=0.0270592;RO=35;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962929;STB=0.564188;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.007924;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:35:36:39:40:0.526316:20:19:21:14:21:19:22:14 chr6 127797179 . G A 262.02 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00474642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.447;QD=24.9543;RBI=0.00914583;REFB=-0.0336129;REVB=-0.00781779;RO=17;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659176;STB=0.52379;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0210388;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:12:12:7:10:12:12:8:10 chr6 127797374 . G A 388.48 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00926148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.598;QD=14.256;RBI=0.00927044;REFB=-0.00237691;REVB=0.00040759;RO=64;SAF=19;SAR=26;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817211;STB=0.546108;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00530108;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:45:45:0.412844:26:19:32:32:26:19:32:32 chr6 128312033 . A G 508.16 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0029881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.741;QD=26.0594;RBI=0.013901;REFB=-0.005006;REVB=0.013576;RO=31;SAF=21;SAR=26;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740867;STB=0.540464;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00297799;OID=.;OPOS=128312033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:26:21:17:14:26:21:17:14 chr6 128321491 . A G 106.45 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0334628;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=275.415;QD=19.3548;RBI=0.0385116;REFB=-0.0325217;REVB=0.0190627;RO=4;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113004;STB=0.639731;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00235464;OID=.;OPOS=128321491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:22:22:4:9:10:11:0.5:7:3:2:2:8:3:5:4 chr6 128403745 . A G 2459.55 PASS AF=0.970588;AO=160;DP=165;FAO=165;FDP=170;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=103;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00877125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.024;QD=57.8717;RBI=0.0117193;REFB=-0.10267;REVB=-0.00777226;RO=5;SAF=59;SAR=101;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386242;STB=0.519377;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00685005;OID=.;OPOS=128403745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:165:170:5:5:160:165:0.970588:101:59:5:0:103:62:5:0 chr6 128934390 . G C 244.87 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00278084;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.924;QD=14.8404;RBI=0.0198374;REFB=-0.0026817;REVB=-0.0196415;RO=38;SAF=19;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137592;STB=0.578396;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00481215;OID=.;OPOS=128934390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:38:38:28:28:0.424242:9:19:21:17:9:19:21:17 chr6 129381026 . C A 1157.45 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00908532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.321;QD=59.3562;RBI=0.0170475;REFB=0.00122676;REVB=0.0144248;RO=1;SAF=29;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160369;STB=0.508472;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=2.22335e-05;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:47:29:1:0:48:29:1:0 chr6 129807629 . C T 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.786;QD=60.2026;RBI=0.0168689;REFB=0;REVB=-0.00491431;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54508e-05;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr6 129807699 . G C 1160.34 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244508;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.448;QD=61.0706;RBI=0.0252454;REFB=0;REVB=-0.00628397;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157271;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr6 129927014 . A G 546.36 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00319939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2148;QD=18.8399;RBI=0.0133396;REFB=-0.0202416;REVB=0.0129502;RO=59;SAF=32;SAR=25;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141589;STB=0.578286;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0155675;OID=.;OPOS=129927014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:25:32:24:35:25:32:24:35 chr6 130031215 . T C 646.05 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00544786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5221;QD=19.8784;RBI=0.0477017;REFB=-0.0244626;REVB=0.0473896;RO=65;SAF=32;SAR=33;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418777;STB=0.523092;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0348193;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:65:65:65:0.5:33:32:29:36:33:32:29:36 chr6 130152452 . G A 180.34 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0139898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.867;QD=16.0304;RBI=0.0236319;REFB=-0.027259;REVB=0.0190461;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195552;STB=0.61278;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0356788;OID=.;OPOS=130152452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:13:6:13:13:13:6:13:13 chr6 130154667 . T C 267.46 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0502391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2919;QD=21.8332;RBI=0.0507262;REFB=-0.0519751;REVB=-0.00701299;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125218;STB=0.570191;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0248533;OID=.;OPOS=130154667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:10:15:11:13:10:15:11:13 chr6 130154686 . A G 207.8 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0379409;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=114.68;QD=17.6849;RBI=0.0395358;REFB=-0.0200137;REVB=0.0111159;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228258;STB=0.608857;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0185664;OID=.;OPOS=130154686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:26:21:21:0.446809:8:13:9:15:8:13:11:15 chr6 130374102 . C A 524.37 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0308;QD=55.1968;RBI=0.0400084;REFB=0.0518464;REVB=-0.02577;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0102537;OID=.;OPOS=130374102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:35:37:0.973684:18:17:0:1:20:17:0:1 chr6 130381246 . T C 1562.14 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.222;QD=59.5102;RBI=0.0185554;REFB=0;REVB=0.0183945;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125485;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:103:105:1:58:45:0:0:58:47:0:0 chr6 130537005 . G A 264.02 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0179722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.363;QD=15.3052;RBI=0.0329322;REFB=-0.00571637;REVB=-0.0275959;RO=39;SAF=15;SAR=15;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167216;STB=0.594142;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00851609;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:15:15:26:13:15:15:26:13 chr6 130761798 . T C 618.6 PASS AF=0.554545;AO=60;DP=108;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.00733718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.154;QD=22.4944;RBI=0.0214811;REFB=-0.0199035;REVB=0.0201892;RO=48;SAF=29;SAR=31;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157079;STB=0.582933;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.011628;OID=.;OPOS=130761798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:48:49:60:61:0.554545:31:29:14:34:31:30:15:34 chr6 130761957 . A G 236.8 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0029748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.329;QD=26.3113;RBI=0.0328576;REFB=-0.010811;REVB=0.0327226;RO=14;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128079;STB=0.57136;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00751305;OID=.;OPOS=130761957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:16:6:6:8:16:6:6:8 chr6 130764061 . G A 608.53 PASS AF=0.488189;AO=57;DP=129;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00928566;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8903;QD=19.1661;RBI=0.0151158;REFB=-0.0160811;REVB=0.0119274;RO=64;SAF=20;SAR=37;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147888;STB=0.555305;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00874445;OID=.;OPOS=130764061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:64:65:57:62:0.488189:37:20:32:32:38:24:32:33 chr6 131148737 . G A 650.58 PASS AF=0.457516;AO=69;DP=152;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0109045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.425;QD=17.0086;RBI=0.0109162;REFB=-0.0170251;REVB=-0.000505202;RO=83;SAF=37;SAR=32;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112146;STB=0.557773;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0185698;OID=.;OPOS=131148737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:83:83:69:70:0.457516:32:37:35:48:33:37:35:48 chr6 131156102 . G T 344.25 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00517392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=379.554;QD=14.051;RBI=0.0098396;REFB=0.000390325;REVB=-0.00836948;RO=60;SAF=13;SAR=25;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193453;STB=0.610373;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.000617562;OID=.;OPOS=131156102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:25:13:31:29:25:13:31:29 chr6 131160876 . G T 1231.51 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012504;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.754;QD=61.5754;RBI=0.0697548;REFB=0;REVB=0.0686249;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18285e-05;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:80:0:0:76:80:1:27:49:0:0:30:50:0:0 chr6 131603366 . AGT A 928.43 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651343;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.997;QD=58.9479;RBI=0.0599947;REFB=0;REVB=0.0596401;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000119868;OID=.;OPOS=131603367;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:64:63:63:0:26:37:0:0:5:0:25:37:0:0 chr6 131999001 . C T 338.93 PASS AF=0.430233;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0303635;FXX=0.0227247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.422;QD=15.764;RBI=0.0303886;REFB=-0.0312523;REVB=0.00123494;RO=48;SAF=15;SAR=21;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642636;STB=0.532977;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0290714;OID=.;OPOS=131999001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:36:37:0.430233:21:15:23:25:21:16:24:25 chr6 132172368 . A C 333.79 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=50;FWDB=-0.0442635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8738;QD=12.0285;RBI=0.0447373;REFB=0.00257035;REVB=0.00649372;RO=70;SAF=15;SAR=26;SRF=20;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986789;STB=0.556071;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00478851;OID=.;OPOS=132172368;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:70:41:41:0.369369:26:15:20:50:26:15:20:50 chr6 132212742 . A C 478.37 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00273041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.703;QD=16.9335;RBI=0.00672155;REFB=-0.010973;REVB=-0.006142;RO=60;SAF=36;SAR=16;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259071;STB=0.649163;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0117646;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:61:52:52:0.460177:16:36:26:34:16:36:26:35 chr6 132212808 . C T 317.66 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.00455726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9499;QD=15.4954;RBI=0.022095;REFB=-0.013199;REVB=0.0216199;RO=47;SAF=26;SAR=9;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446925;STB=0.751924;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0216736;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:9:26:14:33:9:26:14:33 chr6 132271952 . G C 932.57 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0284729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6027;QD=55.676;RBI=0.0689224;REFB=-0.135902;REVB=0.0627662;RO=2;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242098;STB=0.512496;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00159516;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:66:67:2:2:64:65:0.970149:38:26:0:2:39:26:0:2 chr6 132271959 . T G 990.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.368;QD=59.14;RBI=0.0705687;REFB=0;REVB=0.0364394;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152414;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr6 132271980 . T G 1085.64 PASS AF=1;AO=61;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3681;QD=59.4871;RBI=0.0899824;REFB=0;REVB=0.0702799;RO=0;SAF=18;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294868;OID=.;OPOS=132271980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:61:73:1:43:18:0:0:51:22:0:0 chr6 132859609 . T A 2371.11 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.637;QD=64.0841;RBI=0.0475842;REFB=0;REVB=0.0308632;RO=0;SAF=66;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94291e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69324e-05;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:81:66:0:0:81:67:0:0 chr6 132892332 . G A 304.26 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0482238;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.435;QD=14.6632;RBI=0.0489358;REFB=-0.016042;REVB=-0.00831734;RO=49;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259377;STB=0.514697;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0213485;OID=.;OPOS=132892332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:49:49:34:34:0.409639:14:20:30:19:14:20:30:19 chr6 132910612 . G A 229.4 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.000129463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6212;QD=14.1172;RBI=0.0765465;REFB=-0.0185905;REVB=0.0765464;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190167;STB=0.510824;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0281892;OID=.;OPOS=132910612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:14:13:19:19:14:13:19:19 chr6 132966279 . T C 269.54 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0123419;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.962;QD=16.0918;RBI=0.0126356;REFB=-0.0156624;REVB=0.0027082;RO=36;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512385;STB=0.538274;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.022764;OID=.;OPOS=132966279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:37:30:30:0.447761:19:11:15:21:19:11:16:21 chr6 133015271 . T C 2411.49 PASS AF=0.981595;AO=160;DP=163;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00934659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.018;QD=59.1776;RBI=0.0134307;REFB=0.0422078;REVB=0.00964489;RO=1;SAF=61;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00773599;STB=0.511998;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.000220399;OID=.;OPOS=133015271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:163:163:1:3:160:160:0.981595:99:61:1:0:99:61:3:0 chr6 133045005 . C T 395.81 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0362383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.808;QD=20.2979;RBI=0.0367071;REFB=-0.0233317;REVB=-0.00584775;RO=38;SAF=20;SAR=20;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162385;STB=0.5897;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0322255;OID=.;OPOS=133045005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:20:20:12:26:20:20:12:26 chr6 133045812 . G A 760.72 PASS AF=0.503226;AO=78;DP=155;FAO=78;FDP=155;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0220568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.976;QD=19.6315;RBI=0.0223466;REFB=-0.0159568;REVB=0.00358719;RO=76;SAF=29;SAR=49;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165324;STB=0.594415;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0128486;OID=.;OPOS=133045812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:76:77:78:78:0.503226:49:29:42:34:49:29:43:34 chr6 133045902 . A G 796.31 PASS AF=0.582677;AO=74;DP=128;FAO=74;FDP=127;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00879812;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1746;QD=25.0807;RBI=0.0387916;REFB=0.00985513;REVB=0.0377807;RO=54;SAF=28;SAR=46;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182153;STB=0.595315;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00622296;OID=.;OPOS=133045902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:54:53:74:74:0.582677:46:28:33:21:46:28:32:21 chr6 133052616 . C T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.351;QD=62.9813;RBI=0.00422955;REFB=0;REVB=0.00171444;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56466e-05;OID=.;OPOS=133052616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:32:13:0:0:32:13:0:0 chr6 133070995 . G T 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0814549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.936;QD=64.1527;RBI=0.0824649;REFB=0;REVB=0.0128675;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141698;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:48:51:0:0:48:51:0:0 chr6 133072650 . A G 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0113874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.253;QD=21.008;RBI=0.0166598;REFB=-0.0200827;REVB=-0.0121604;RO=25;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021978;STB=0.512187;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0198233;OID=.;OPOS=133072650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:16:14:11:14:16:14:11:14 chr6 133074645 . A G 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0357081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.874;QD=20.44;RBI=0.0374909;REFB=0.000764679;REVB=0.0114234;RO=29;SAF=11;SAR=22;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10451;STB=0.558103;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.000480193;OID=.;OPOS=133074645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:22:11:13:16:22:11:13:16 chr6 133074663 . T C 726.31 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0118614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5115;QD=52.8223;RBI=0.0230523;REFB=-0.175721;REVB=-0.0197665;RO=2;SAF=18;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121857;STB=0.506471;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00907865;OID=.;OPOS=133074663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:35:18:1:1:35:18:1:1 chr6 133077063 . T C 532.1 PASS AF=0.417266;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0162892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.63;QD=15.3121;RBI=0.0229538;REFB=-0.0182327;REVB=0.0161721;RO=81;SAF=27;SAR=31;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422512;STB=0.523719;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0220633;OID=.;OPOS=133077063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:81:81:58:58:0.417266:31:27:41:40:31:27:41:40 chr6 133789728 . G A 410.18 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00130127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.47;QD=26.4633;RBI=0.0101814;REFB=-0.00253023;REVB=0.0100979;RO=23;SAF=17;SAR=22;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881367;STB=0.548148;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00227079;OID=.;OPOS=133789728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:22:17:13:10:22:17:13:10 chr6 133849966 . C T 1537.54 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00277556;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.15;QD=62.7566;RBI=0.00555645;REFB=-0.0843214;REVB=-0.00481356;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-1.74569e-05;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:98:0:1:97:97:0.989796:51:46:0:0:51:46:0:1 chr6 133850246 . ACCCT ACCT,ACCTA 1145.07 PASS AF=1,0;AO=72,3;DP=79;FAO=79,0;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211501,-0.0344752;FXX=0.0124984;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=24.3054,148.07;QD=57.9782;RBI=0.0498528,0.0505754;REFB=0,0;REVB=-0.045144,-0.0370045;RO=0;SAF=34,0;SAR=38,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.414462,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000366257,0.0172048;OID=.,.;OPOS=133850247,133850249;OREF=C,CT;OALT=-,TA;OMAPALT=ACCT,ACCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:72,3:79:79,0:79:0:35,0:44,0:0:0:6:0:34,0:38,3:0:0 chr6 134323136 . C T 443.47 PASS AF=0.473684;AO=43;DP=93;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00784244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.267;QD=18.6723;RBI=0.0112356;REFB=-5.52643e-06;REVB=-0.00804584;RO=47;SAF=14;SAR=29;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202268;STB=0.636923;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-7.72323e-05;OID=.;OPOS=134323136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:47:50:43:45:0.473684:29:14:25:22:31:14:28:22 chr6 134493397 . G A 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0026649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.505;QD=11.1268;RBI=0.00297112;REFB=-0.00109869;REVB=0.00131371;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165059;STB=0.597143;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00237457;OID=.;OPOS=134493397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:8:9:13:21:8:9:13:21 chr6 135263557 . C A 427.98 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00170838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.835;QD=19.4538;RBI=0.00174147;REFB=-0.00792568;REVB=-0.000337857;RO=43;SAF=27;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15004;STB=0.584376;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00842609;OID=.;OPOS=135263557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:45:43:43:0.488636:16:27:20:23:16:27:21:24 chr6 135286230 . T C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00494193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.239;QD=20.4558;RBI=0.0102049;REFB=-0.0194154;REVB=0.0089284;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155953;STB=0.588131;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0193981;OID=.;OPOS=135286230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:7:10:6:9:7:10:6:9 chr6 135358567 . T G 285.97 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00857104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.033;QD=21.9973;RBI=0.0276491;REFB=-0.0288239;REVB=0.0262871;RO=21;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764456;STB=0.545423;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0266006;OID=.;OPOS=135358567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:23:29:29:0.557692:18:11:10:11:18:11:11:12 chr6 135358916 . G A 400.32 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0023839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6842;QD=16.1746;RBI=0.02813;REFB=0.0102642;REVB=0.0280288;RO=57;SAF=20;SAR=22;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333206;STB=0.518759;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00895224;OID=.;OPOS=135358916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:22:20:29:28:22:20:29:28 chr6 135375762 . G A 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0121595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.764;QD=15.626;RBI=0.0175627;REFB=-0.00728306;REVB=0.0126727;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47829;STB=0.770935;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00751128;OID=.;OPOS=135375762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:13:6:22:5:13:6:22:5 chr6 135523774 . A G 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0129831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.934;QD=20.1554;RBI=0.0208081;REFB=-0.00141367;REVB=-0.0162608;RO=32;SAF=9;SAR=26;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181932;STB=0.601548;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00138379;OID=.;OPOS=135523774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:26:9:14:18:26:9:14:18 chr6 135749889 . G A 197.75 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0104656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.688;QD=14.6478;RBI=0.0258706;REFB=0.00372278;REVB=-0.0236592;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227424;STB=0.618947;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0065455;OID=.;OPOS=135749889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:31:23:23:0.425926:10:13:10:20:10:13:11:20 chr6 136359280 . C CG 178.75 PASS AF=0.390411;AO=50;DP=151;FAO=57;FDP=146;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.141757;FXX=0.00680226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.7501;QD=4.89738;RBI=0.143778;REFB=-0.00391608;REVB=-0.024024;RO=89;SAF=29;SAR=21;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133862;STB=0.564154;STBP=0.226;TYPE=ins;VARB=-0.0535606;OID=.;OPOS=136359281;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390411:50:151:57:146:89:31:26:39:50:99:89:29:21:41:48 chr6 136359446 . A C 169.71 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0224521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.116;QD=16.9715;RBI=0.0250028;REFB=-0.0504627;REVB=0.011002;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730157;STB=0.541622;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0433047;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:15:7:7:11:15:7 chr6 136582417 . G A 52.36 PASS AF=0.157895;AO=8;DP=56;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0377741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.489;QD=3.67416;RBI=0.0460757;REFB=-0.0015737;REVB=0.0263836;RO=48;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127106;STB=0.541741;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0119548;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:56:57:48:48:8:9:0.157895:4:4:29:19:4:5:29:19 chr6 136582497 . G T 330.63 PASS AF=0.292994;AO=44;DP=155;FAO=46;FDP=157;FR=.;FRO=111;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=49;FWDB=0.0107202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.653;QD=8.42369;RBI=0.0167316;REFB=-0.0120176;REVB=-0.0128462;RO=107;SAF=24;SAR=20;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00413272;STB=0.510759;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0272375;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:107:111:44:46:0.292994:20:24:58:49:21:25:62:49 chr6 136597004 . A G 60.92 PASS AF=0.114504;AO=14;DP=130;FAO=15;FDP=131;FR=.;FRO=116;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=73;FWDB=0.00101293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.339;QD=1.86004;RBI=0.0126965;REFB=-0.00417501;REVB=0.012656;RO=115;SAF=7;SAR=7;SRF=43;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154726;STB=0.586239;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0320713;OID=.;OPOS=136597004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:130:131:115:116:14:15:0.114504:7:7:43:72:8:7:43:73 chr6 136597262 . T C 249.4 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00755358;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.161;QD=11.7363;RBI=0.00817905;REFB=-0.0141084;REVB=-0.0031369;RO=55;SAF=11;SAR=19;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122698;STB=0.571032;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0212721;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:55:55:30:30:0.352941:19:11:26:29:19:11:26:29 chr6 136597281 . A T 193.79 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00443816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.979;QD=10.1994;RBI=0.00956051;REFB=-0.0024385;REVB=-0.00846794;RO=50;SAF=8;SAR=17;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146803;STB=0.59406;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00580255;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:51:25:25:0.328947:17:8:22:28:17:8:23:28 chr6 136597288 . A C 162.96 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0014101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.134;QD=9.18054;RBI=0.0115869;REFB=-0.00315241;REVB=0.0115008;RO=49;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259072;STB=0.515299;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.02649;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:13:9:19:30:13:9:19:30 chr6 136599393 . G C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0095071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.856;QD=19.3861;RBI=0.00951812;REFB=-0.0247288;REVB=0.00045793;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15199;STB=0.585871;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0184318;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:13:8:11:9:13:8 chr6 136599404 . T C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0287835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.31;QD=13.7528;RBI=0.0332829;REFB=-0.0174338;REVB=-0.0167111;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371963;STB=0.52171;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0277934;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:13:10:6:9:13:10 chr6 136599822 . C G 94.28 PASS AF=0.17;AO=17;DP=100;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.00989316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.526;QD=3.77125;RBI=0.0240604;REFB=-0.00433287;REVB=-0.0219323;RO=83;SAF=9;SAR=8;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016185;STB=0.510626;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0255591;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:100:100:83:83:17:17:0.17:8:9:45:38:8:9:45:38 chr6 136599836 . G A 88.85 PASS AF=0.164948;AO=16;DP=97;FAO=16;FDP=97;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.0686093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.682;QD=3.66387;RBI=0.070718;REFB=-0.0116115;REVB=-0.0171404;RO=81;SAF=8;SAR=8;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544817;STB=0.536038;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.040655;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:97:97:81:81:16:16:0.164948:8:8:44:37:8:8:44:37 chr6 136599842 . G A 88.31 PASS AF=0.163265;AO=16;DP=98;FAO=16;FDP=98;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0644946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7424;QD=3.60459;RBI=0.0662781;REFB=-0.00361858;REVB=-0.0152717;RO=79;SAF=8;SAR=8;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558709;STB=0.530574;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0207678;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:98:98:79:82:16:16:0.163265:8:8:43:36:8:8:44:38 chr6 136682172 . G A 523.88 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468302;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1066;QD=59.8716;RBI=0.103786;REFB=0;REVB=0.0926204;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167931;OID=.;OPOS=136682172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr6 137026266 . T G 3477.24 PASS AF=0.974138;AO=225;DP=235;FAO=226;FDP=232;FR=.;FRO=6;FSAF=122;FSAR=104;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0601441;FXX=0.0169484;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.381;QD=59.9524;RBI=0.0602262;REFB=-0.061344;REVB=0.00314239;RO=3;SAF=122;SAR=103;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314307;STB=0.501036;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00170263;OID=.;OPOS=137026266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:235:232:3:6:225:226:0.974138:103:122:2:1:104:122:3:3 chr6 137113137 . G A 36.55 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.397;QD=20.8876;RBI=0.0151721;REFB=-0.00813602;REVB=-0.0151721;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230196;OID=.;OPOS=137113137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:8:7:2:2:5:5:0.714286:5:0:0:2:5:0:0:2 chr6 137325847 . C T 801.47 PASS AF=1;AO=42;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0807;QD=64.1179;RBI=0.0762928;REFB=0;REVB=0.0265511;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118975;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:42:50:1:32:10:0:0:33:17:0:0 chr6 137325848 . G T 46.81 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0745662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4289;QD=3.74459;RBI=0.0748963;REFB=-0.0280634;REVB=0.00702403;RO=42;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.675301;STB=0.930671;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.107121;OID=.;OPOS=137325848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:50:50:42:42:8:8:0.16:1:7:10:32:1:7:10:32 chr6 137814509 . A G 154.95 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0263632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.796;QD=22.9562;RBI=0.0408872;REFB=-0.0346027;REVB=0.0312529;RO=11;SAF=14;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290291;STB=0.666419;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0228306;OID=.;OPOS=137814509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:2:14:7:4:2:14:7:4 chr6 138199959 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=351.342;QD=12.3961;RBI=0.00447119;REFB=-0.00431061;REVB=0.00447119;RO=5;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00426937;OID=.;OPOS=138199959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:5:0:0:5:5:0:0:5 chr6 138413269 . A G 955.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.24;QD=58.7772;RBI=0.0424621;REFB=0;REVB=0.00729843;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032099;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr6 138413333 . G C 686.07 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0168918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.367;QD=50.8197;RBI=0.0731242;REFB=-0.157939;REVB=0.0711464;RO=3;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512726;STB=0.526305;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00242443;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:54:3:3:50:51:0.944444:26:24:0:3:27:24:0:3 chr6 138539183 . A AG 54.51 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0654841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.1921;QD=4.03774;RBI=0.143803;REFB=0.0120726;REVB=0.128028;RO=39;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312408;STB=0.517215;STBP=0.88;TYPE=ins;VARB=-0.0104576;OID=.;OPOS=138539184;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.240741:13:54:13:54:41:6:7:18:23:54:39:6:7:17:22 chr6 138539315 . A G 488.11 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.00228125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5327;QD=15.3736;RBI=0.0159566;REFB=0.00426073;REVB=0.0157927;RO=73;SAF=30;SAR=24;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220404;STB=0.512363;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00671866;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:73:54:54:0.425197:24:30:39:34:24:30:39:34 chr6 138539556 . T C 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00429321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.58;QD=12.059;RBI=0.0152412;REFB=0.000640711;REVB=0.014624;RO=42;SAF=8;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204623;STB=0.618472;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000706748;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:17:8:21:21:17:8:21:21 chr6 138584685 . T G 376.78 PASS AF=0.353846;AO=46;DP=130;FAO=46;FDP=130;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0365976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.82;QD=11.5931;RBI=0.039325;REFB=-0.0148686;REVB=-0.0143899;RO=84;SAF=20;SAR=26;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00652342;STB=0.503737;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0311915;OID=.;OPOS=138584685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:84:84:46:46:0.353846:26:20:37:47:26:20:37:47 chr6 138753337 . C T 741.99 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.325;QD=63.1484;RBI=0.0268003;REFB=0;REVB=0.0223361;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26822e-05;OID=.;OPOS=138753337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:27:20:0:0 chr6 138754323 . A G 1380.92 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014841;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.069;QD=62.769;RBI=0.0155402;REFB=0;REVB=0.0046091;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8156e-05;OID=.;OPOS=138754323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr6 139017815 . A G 516.79 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.00199313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.693;QD=17.8202;RBI=0.0436756;REFB=-0.0151528;REVB=-0.0436301;RO=61;SAF=19;SAR=36;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278294;STB=0.654489;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0262185;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:55:55:0.474138:36:19:39:22:36:19:39:22 chr6 139180200 . T C 1305.81 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0290613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.462;QD=60.7354;RBI=0.0347344;REFB=0.0191776;REVB=0.0190242;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000393358;OID=.;OPOS=139180200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:0:1:84:85:0.988372:49:35:0:0:49:36:0:1 chr6 139206937 . A G 715.22 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0128211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.629;QD=57.2176;RBI=0.0209521;REFB=-0.0577841;REVB=0.0165713;RO=2;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058354;STB=0.514725;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000282648;OID=.;OPOS=139206937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:2:3:47:47:0.94:27:20:1:1:27:20:2:1 chr6 139266402 . G A 1206.55 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.101;QD=61.091;RBI=0.045358;REFB=0;REVB=0.0204447;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205201;OID=.;OPOS=139266402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr6 139561849 . CT C,TT 34.79 PASS AF=0.291667,0;AO=15,2;DP=47;FAO=14,0;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=5,0;FSAR=9,0;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.131309,0.0122286;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=9.33939,197.152;QD=2.89881;RBI=0.137712,0.0684424;REFB=-0.0996045,0.000907059;REVB=-0.0415016,-0.067341;RO=28;SAF=5,2;SAR=10,0;SRF=23;SRR=5;SSEN=0.417163,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.501624,0.358963;STB=0.766162,0.5;STBP=0.032,1;TYPE=del,snp;VARB=0.156682,0;OID=.,.;OPOS=139561850,139561849;OREF=T,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:47:48:28:34:15,2:14,0:0.291667,0:10,0:5,2:23:5:9,0:5,0:26:8 chr6 141004961 . CT TG 37.59 PASS AF=0.0942029;AO=13;DP=139;FAO=13;FDP=138;FR=.;FRO=125;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=86;FWDB=0.00992074;FXX=0.00719373;HRUN=4;LEN=2;MLLD=36.5092;QD=1.08949;RBI=0.0198583;REFB=-0.012161;REVB=-0.0172027;RO=124;SAF=9;SAR=4;SRF=38;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434081;STB=0.807998;STBP=0.049;TYPE=mnp;VARB=0.124053;OID=.;OPOS=141004961;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:139:138:124:125:13:13:0.0942029:4:9:38:86:4:9:39:86 chr6 141004964 . G GT,T 1889.54 PASS AF=0.871212,0.128788;AO=93,26;DP=139;FAO=115,17;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=36,13;FSAR=79,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588841,-0.0595726;FXX=0.0294096;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=48.839,36.4893;QD=57.2587;RBI=0.0626672,0.0665156;REFB=0,0;REVB=0.0214438,0.0295876;RO=7;SAF=18,22;SAR=75,4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0759761,0.176562;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000424851,0.0181405;OID=.,.;OPOS=141004965,141004964;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:139:132:7:0:93,26:115,17:0.871212,0.128788:75,4:18,22:4:3:79,4:36,13:0:0 chr6 142688811 . C T 889.76 PASS AF=0.517647;AO=88;DP=170;FAO=88;FDP=170;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0235773;FXX=0.01734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.977;QD=20.9356;RBI=0.0237548;REFB=-0.0281721;REVB=0.00289895;RO=82;SAF=40;SAR=48;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00294988;STB=0.501618;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0255492;OID=.;OPOS=142688811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:82:82:88:88:0.517647:48:40:37:45:48:40:37:45 chr6 142688827 . C T 944.8 PASS AF=0.534884;AO=92;DP=172;FAO=92;FDP=172;FR=.;FRO=80;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0378566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.691;QD=21.9721;RBI=0.0378891;REFB=-0.00235828;REVB=0.00157015;RO=80;SAF=45;SAR=47;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546564;STB=0.529875;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00217178;OID=.;OPOS=142688827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:80:80:92:92:0.534884:47:45:34:46:47:45:34:46 chr6 142718801 . G A 1200.28 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00130057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.637;QD=58.5503;RBI=0.00142408;REFB=-0.0123798;REVB=0.000580107;RO=2;SAF=36;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233086;STB=0.501231;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000685271;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:44:36:1:1:44:36:1:1 chr6 142758631 . A G 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.426;QD=59.3219;RBI=0.0632459;REFB=0;REVB=-0.0453287;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.55161e-06;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr6 143074700 . T C 1587.74 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7022;QD=59.9146;RBI=0.0571977;REFB=0;REVB=0.0542926;RO=0;SAF=68;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135598;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:38:68:0:0:38:68:0:0 chr6 143091263 . A G 1018.36 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000724331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.825;QD=59.0356;RBI=0.0351126;REFB=0;REVB=0.0351051;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1141e-05;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:35:34:0:0 chr6 143745915 . A G 1542.83 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0611;QD=58.7745;RBI=0.039064;REFB=-0.102902;REVB=0.0230767;RO=0;SAF=38;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00309281;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:105:105:0:0:104:105:1:66:38:0:0:66:39:0:0 chr6 143770944 . T G 503.64 PASS AF=0.469565;AO=53;DP=114;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0107662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2977;QD=17.5178;RBI=0.0646039;REFB=-0.000449221;REVB=-0.0637004;RO=60;SAF=35;SAR=18;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19156;STB=0.603209;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.000182209;OID=.;OPOS=143770944;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:60:61:53:54:0.469565:18:35:28:32:19:35:28:33 chr6 143816859 . C T 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0166553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.918;QD=18.9417;RBI=0.0224036;REFB=0.00157137;REVB=0.014984;RO=38;SAF=22;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1113;STB=0.56201;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00215623;OID=.;OPOS=143816859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:15:22:18:20:15:22:18:20 chr6 144151306 . CTTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTT,CTTTTTTTA 146.65 PASS AF=0.269231,0.230769,0.346154;AO=4,4,6;DP=28;FAO=7,6,9;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=3,0,2;FSAR=4,6,7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00410284,-0.00390093,-0.0399619;FXX=0.0714031;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=12.1969,7.91824,9.28236;QD=22.5621;RBI=0.00696388,0.0152837,0.173611;REFB=0.0114196,0.0213247,0.0628002;REVB=0.00562694,0.0147775,0.168949;RO=3;SAF=2,0,2;SAR=2,4,4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.115334,-0.74182,-0.194334;STB=0.52624,0.997317,0.608433;STBP=0.932,0.063,0.313;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0557388,0.000575454,-0.0437374;OID=.,.,.;OPOS=144151307,144151307,144151314;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTT,CTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.269231,0.230769,0.346154:4,4,6:28:7,6,9:26:4:3,0,2:4,6,7:2:2:34:3:2,0,2:2,4,4:2:1 chr6 144537771 . T C 1626.14 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136622;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.285;QD=60.2275;RBI=0.0140386;REFB=0;REVB=0.00322895;RO=0;SAF=17;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00969e-05;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:90:17:0:0:90:18:0:0 chr6 144665357 . T C 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00619068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.128;QD=18.2898;RBI=0.00862733;REFB=-0.00684985;REVB=-0.00600885;RO=33;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970047;STB=0.554137;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00662675;OID=.;OPOS=144665357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:17:15:19:14:17:15:19:14 chr6 144758799 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5796;QD=57.7114;RBI=0.0463513;REFB=0;REVB=-0.00844657;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424946;OID=.;OPOS=144758799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr6 144759887 . C T 487.5 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0120117;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.25;QD=24.0741;RBI=0.0150014;REFB=-0.0191432;REVB=-0.00898667;RO=35;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337474;STB=0.51851;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0165786;OID=.;OPOS=144759887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:35:35:46:46:0.567901:23:23:16:19:23:23:16:19 chr6 144904655 . G A 691.74 PASS AF=0.441176;AO=75;DP=171;FAO=75;FDP=170;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.00481285;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.563;QD=16.2763;RBI=0.0279889;REFB=-0.00880687;REVB=0.027572;RO=94;SAF=39;SAR=36;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225975;STB=0.515333;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0108224;OID=.;OPOS=144904655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:94:95:75:75:0.441176:36:39:51:43:36:39:52:43 chr6 145051594 . G A 1295.95 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.288;QD=61.7119;RBI=0.0228717;REFB=0;REVB=-0.00494012;RO=0;SAF=26;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25355e-05;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:82:84:1:56:26:0:0:58:26:0:0 chr6 145172505 . A G 1660.03 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.787;QD=60.3648;RBI=0.0328948;REFB=0;REVB=-0.00261766;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1572e-05;OID=.;OPOS=145172505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:57:52:0:0:57:53:0:0 chr6 145822992 . A G 407.93 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0597169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8354;QD=17.736;RBI=0.0622744;REFB=-0.0203281;REVB=-0.0176633;RO=49;SAF=8;SAR=34;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229258;STB=0.638313;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.017466;OID=.;OPOS=145822992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:50:42:42:0.456522:34:8:18:31:34:8:19:31 chr6 145823642 . G A 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0169759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.976;QD=18.7852;RBI=0.0175912;REFB=-0.00823192;REVB=-0.00461187;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835656;STB=0.546625;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00794251;OID=.;OPOS=145823642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:20:13:16:17:20:13:16:17 chr6 146125793 . A T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0554527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7949;QD=16.931;RBI=0.0605665;REFB=0.029325;REVB=0.0243578;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722214;STB=0.541598;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0296129;OID=.;OPOS=146125793;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:7:5:6:6:7:5 chr6 146125915 . T C 255.16 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.004462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.805;QD=22.1877;RBI=0.0047828;REFB=-0.0108629;REVB=0.00172212;RO=22;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709017;STB=0.539739;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00907329;OID=.;OPOS=146125915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:15:9:10:12:15:9:10:12 chr6 146126419 . C T 109.7 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.000695341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.385;QD=12.9061;RBI=0.00280457;REFB=-0.00630484;REVB=-0.002717;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374026;STB=0.739911;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00630038;OID=.;OPOS=146126419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:19:21:13:13:0.382353:4:9:6:13:4:9:6:15 chr6 146207563 . A G 188.66 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00994465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.079;QD=14.2382;RBI=0.0354811;REFB=-0.024787;REVB=0.034059;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074053;STB=0.553907;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0335951;OID=.;OPOS=146207563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:14:8:13:17:14:8:14:17 chr6 146234644 . G A 258.6 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0236247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3213;QD=16.4187;RBI=0.0367924;REFB=-0.0163437;REVB=-0.0282055;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609162;STB=0.534223;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0187695;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:17:12:12:22:17:12:12:22 chr6 146243916 . T C 413.3 PASS AF=0.442308;AO=44;DP=102;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=0.00370039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.242;QD=15.896;RBI=0.0434113;REFB=-0.00703246;REVB=0.0432533;RO=58;SAF=9;SAR=35;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147032;STB=0.590383;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0109939;OID=.;OPOS=146243916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:58:58:44:46:0.442308:35:9:18:40:37:9:18:40 chr6 146755515 . T G 264.23 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.017585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.538;QD=17.9142;RBI=0.0176041;REFB=-0.0298762;REVB=0.000820985;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152473;STB=0.559441;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0280096;OID=.;OPOS=146755515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:25:29:29:30:0.508475:19:10:13:12:19:11:14:15 chr6 146755566 . G A 197.04 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0254404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.839;QD=12.9205;RBI=0.0259591;REFB=-0.0118592;REVB=-0.00516347;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115764;STB=0.53645;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0153884;OID=.;OPOS=146755566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:37:23:24:0.393443:15:8:15:18:15:9:16:21 chr6 147049868 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.46;QD=63.5828;RBI=0.0218266;REFB=0;REVB=0.00541762;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43773e-05;OID=.;OPOS=147049868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr6 147136212 . A T 1719.79 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0541024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.479;QD=58.7962;RBI=0.0549476;REFB=-0.176549;REVB=0.00960015;RO=2;SAF=53;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01758;STB=0.509258;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000470394;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:115:115:0.982906:62:53:2:0:62:53:2:0 chr6 147136244 . A G 1381.0 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1473;QD=61.3776;RBI=0.126291;REFB=0;REVB=-0.0131978;RO=3;SAF=44;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312113;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124434;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:3:0:87:90:1:43:44:3:0:43:47:0:0 chr6 147635385 . C G 269.9 PASS AF=0.315789;AO=36;DP=114;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0102611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.301;QD=9.47013;RBI=0.0207844;REFB=-0.00507341;REVB=-0.0180749;RO=78;SAF=16;SAR=20;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504035;STB=0.529395;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0124588;OID=.;OPOS=147635385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:78:78:36:36:0.315789:20:16:38:40:20:16:38:40 chr6 147635413 . A G 318.93 PASS AF=0.353982;AO=40;DP=113;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0137359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.077;QD=11.2895;RBI=0.013907;REFB=0.00308465;REVB=0.00217441;RO=72;SAF=19;SAR=21;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050101;STB=0.523777;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00425985;OID=.;OPOS=147635413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:72:73:40:40:0.353982:21:19:31:41:21:19:32:41 chr6 147680359 . A G 662.26 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00141585;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6434;QD=20.2216;RBI=0.0112129;REFB=-0.00067368;REVB=-0.0111232;RO=65;SAF=35;SAR=31;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203962;STB=0.511242;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.000856025;OID=.;OPOS=147680359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:65:65:66:66:0.503817:31:35:33:32:31:35:33:32 chr6 148599813 . C T 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0233782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.276;QD=17.8269;RBI=0.0267546;REFB=-0.0287404;REVB=-0.0130102;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321591;STB=0.518487;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0258977;OID=.;OPOS=148599813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:5:6:7:5:5:6 chr6 149068610 . G C 46.03 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0555562;FXX=0.0365809;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0439;QD=2.33069;RBI=0.106901;REFB=-0.00119355;REVB=-0.0913314;RO=68;SAF=2;SAR=8;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509809;STB=0.847311;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0311126;OID=.;OPOS=149068610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:79:79:68:69:10:10:0.126582:8:2:44:24:8:2:44:25 chr6 149700491 . G A 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7026;QD=58.7786;RBI=0.0364402;REFB=0;REVB=-0.00366522;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174798;OID=.;OPOS=149700491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr6 149721690 . G A 538.17 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.17;QD=59.7965;RBI=0.0103847;REFB=0;REVB=0.00813192;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54579e-05;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:21:15:0:0 chr6 149721965 . T C 820.34 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00414741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.7684;QD=55.6161;RBI=0.00441003;REFB=-0.0575979;REVB=0.00149912;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017147;STB=0.508769;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.000535028;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:1:1:57:58:0.983051:27:30:0:1:28:30:0:1 chr6 149722040 . A G 548.84 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.234;QD=59.3339;RBI=0.0777913;REFB=0;REVB=0.0190945;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810276;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:24:13:0:0 chr6 149730846 . G A 1477.61 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=98;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0168331;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2759;QD=60.9323;RBI=0.0235546;REFB=0.00807207;REVB=0.0164762;RO=2;SAF=42;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220401;STB=0.511625;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=7.10582e-06;OID=.;OPOS=149730846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:97:2:2:94:95:0.979381:52:42:2:0:53:42:2:0 chr6 149953981 . C T 1534.49 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154872;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.824;QD=59.5917;RBI=0.020605;REFB=0;REVB=0.0135908;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07564e-05;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:102:103:1:51:51:0:0:52:51:0:0 chr6 149983216 . G A 655.12 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5902;QD=60.9416;RBI=0.0241873;REFB=0;REVB=-0.0240787;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50259e-05;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:15:26:0:0:15:28:0:0 chr6 150004779 . A G 952.94 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.979;QD=58.6425;RBI=0.0168606;REFB=0;REVB=-0.0143739;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32365e-05;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:30:35:0:0 chr6 150039148 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.86;QD=33.4285;RBI=0.0793204;REFB=0;REVB=0.0751493;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014806;OID=.;OPOS=150039148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr6 150067675 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.633;QD=58.6004;RBI=0.0434904;REFB=0;REVB=0.0395365;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194317;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr6 150093678 . C T 570.42 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.05;QD=60.0446;RBI=0.0361225;REFB=0;REVB=0.0304947;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03481e-05;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:38:0:0:34:38:1:13:21:0:0:17:21:0:0 chr6 150093682 . C T 479.95 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0431603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4319;QD=47.9949;RBI=0.0522989;REFB=-0.00113923;REVB=-0.0295358;RO=5;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140931;STB=0.575714;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00234834;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:35:35:0.875:14:21:0:5:14:21:0:5 chr6 150114745 . G A 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.112;QD=58.1363;RBI=0.0740705;REFB=0;REVB=0.0408622;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842957;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr6 150209717 . C G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0124646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2381;QD=17.4275;RBI=0.0727816;REFB=-0.0190665;REVB=-0.0717063;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806656;STB=0.546169;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0207221;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:6:13:14:9:6:13:14:9 chr6 150210681 . G A 327.1 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0197115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.189;QD=17.6812;RBI=0.0197276;REFB=-0.00626897;REVB=-0.000798337;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255296;STB=0.514278;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00762136;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:18:17:20:19:18:17:20:19 chr6 150210685 . C T 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00173953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.169;QD=18.3354;RBI=0.00992242;REFB=-0.0283749;REVB=-0.00976875;RO=37;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050436;STB=0.528136;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0317457;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:18:17:20:17:18:17:20:17 chr6 150211123 . A T 395.43 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0138265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.131;QD=17.5745;RBI=0.0138607;REFB=-0.00657113;REVB=0.000973124;RO=49;SAF=26;SAR=15;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163877;STB=0.591848;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00669087;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:15:26:23:26:15:26:23:26 chr6 150212003 . C T 230.97 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0126195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6176;QD=16.498;RBI=0.0441518;REFB=-0.00376985;REVB=0.0423099;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101567;STB=0.56826;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00623509;OID=.;OPOS=150212003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:17:9:13:16:17:9:14:16 chr6 150239330 . C T 306.11 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0255493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4172;QD=20.4072;RBI=0.0315322;REFB=0.000628915;REVB=0.0184801;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693361;STB=0.552599;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.000721505;OID=.;OPOS=150239330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:27:28:31:32:0.533333:14:17:17:10:15:17:18:10 chr6 150240829 . G C 657.25 PASS AF=0.461039;AO=71;DP=154;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0192032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5559;QD=17.0713;RBI=0.0415336;REFB=-0.0112622;REVB=-0.0368277;RO=83;SAF=33;SAR=38;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049658;STB=0.502756;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0124628;OID=.;OPOS=150240829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:83:83:71:71:0.461039:38:33:39:44:38:33:39:44 chr6 150267527 . A C 1202.75 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157428;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6719;QD=59.3951;RBI=0.137857;REFB=0.126609;REVB=0.136956;RO=2;SAF=43;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208615;STB=0.505746;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-5.79178e-05;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:2:1:79:80:0.987654:36:43:1:1:37:43:1:0 chr6 150342232 . G A 916.25 PASS AF=0.505556;AO=91;DP=180;FAO=91;FDP=180;FR=.;FRO=89;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.0231294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.226;QD=20.3611;RBI=0.0269727;REFB=-0.0176886;REVB=0.0138765;RO=88;SAF=52;SAR=39;SRF=56;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599688;STB=0.535181;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0179001;OID=.;OPOS=150342232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:88:89:91:91:0.505556:39:52:56:32:39:52:57:32 chr6 150346532 . T C 309.22 PASS AF=0.462963;AO=23;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0130811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.619;QD=22.905;RBI=0.0132919;REFB=-0.0293026;REVB=0.00235756;RO=22;SAF=4;SAR=19;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457621;STB=0.764944;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0302659;OID=.;OPOS=150346532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:23:25:0.462963:19:4:14:8:21:4:14:8 chr6 150385730 . T G 637.8 PASS AF=0.488722;AO=63;DP=131;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.00642034;FXX=0.0362293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.455;QD=19.1818;RBI=0.0518937;REFB=-0.000443297;REVB=0.051495;RO=64;SAF=43;SAR=20;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432922;STB=0.543293;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00189404;OID=.;OPOS=150385730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:64:68:63:65:0.488722:20:43:41:23:20:45:42:26 chr6 150716696 . T C 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0159882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.365;QD=14.7422;RBI=0.0175288;REFB=-0.00926205;REVB=-0.00718584;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997197;STB=0.557457;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0171605;OID=.;OPOS=150716696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:17:8:7:10:17:8 chr6 150722187 . T C 387.62 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00610908;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.24;QD=14.0954;RBI=0.00782691;REFB=-0.0289606;REVB=0.00489281;RO=65;SAF=17;SAR=28;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170243;STB=0.596189;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0368945;OID=.;OPOS=150722187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:65:65:45:45:0.409091:28:17:35:30:28:17:35:30 chr6 151055189 . C G 271.93 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0553341;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1114;QD=23.1429;RBI=0.0835661;REFB=-0.0211622;REVB=-0.0626214;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319077;STB=0.669293;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0143683;OID=.;OPOS=151055189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:22:25:25:0.531915:10:15:5:18:10:15:5:17 chr6 151121915 . G A 589.63 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00230039;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.804;QD=19.9874;RBI=0.00298928;REFB=-0.0167735;REVB=-0.00190893;RO=58;SAF=36;SAR=24;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443506;STB=0.524467;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.014118;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:58:58:60:60:0.508475:24:36:32:26:24:36:32:26 chr6 151152059 . G A 246.63 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0184147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9786;QD=15.9115;RBI=0.0596005;REFB=0.0132105;REVB=-0.0566844;RO=34;SAF=10;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11522;STB=0.56517;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.01938;OID=.;OPOS=151152059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:18:10:16:18:18:10:16:18 chr6 151152257 . A G 465.75 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0253934;FXX=0.0374953;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.458;QD=24.1948;RBI=0.0269389;REFB=-0.0208945;REVB=-0.00899336;RO=32;SAF=28;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203372;STB=0.618084;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0169478;OID=.;OPOS=151152257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:32:33:44:44:0.571429:16:28:12:20:16:28:12:21 chr6 151152656 . T C 1295.9 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.827;QD=61.7095;RBI=0.0100607;REFB=0;REVB=0.00699646;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22255e-06;OID=.;OPOS=151152656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:42:40:0:0:42:42:0:0 chr6 151161018 . A G 263.35 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.00196245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.227;QD=17.5563;RBI=0.0445163;REFB=-0.0201285;REVB=0.0444731;RO=31;SAF=19;SAR=9;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146257;STB=0.574421;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0273317;OID=.;OPOS=151161018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:31:28:29:0.483333:9:19:25:6:9:20:25:6 chr6 151198895 . T C 336.8 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0301942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.726;QD=12.3598;RBI=0.0327656;REFB=-0.00736847;REVB=-0.0127238;RO=68;SAF=20;SAR=21;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188556;STB=0.510747;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0128701;OID=.;OPOS=151198895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:68:68:41:41:0.376147:21:20:32:36:21:20:32:36 chr6 151336739 . C G 647.18 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0571574;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.471;QD=18.6237;RBI=0.0585779;REFB=0.00270198;REVB=-0.012822;RO=73;SAF=39;SAR=27;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106829;STB=0.552074;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00254646;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:73:73:66:66:0.47482:27:39:35:38:27:39:36:37 chr6 151362895 . CTTG C 62.06 PASS AF=0.282609;AO=11;DP=47;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00372605;FXX=0.079984;HRUN=2;LEN=3;MLLD=280.053;QD=5.39659;RBI=0.0149786;REFB=-0.0128076;REVB=-0.0145078;RO=30;SAF=8;SAR=3;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394614;STB=0.593066;STBP=0.516;TYPE=del;VARB=0.0342398;OID=.;OPOS=151362896;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282609:11:47:13:46:33:10:3:22:11:62:30:8:3:21:9 chr6 151362942 . T C 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0152291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.476;QD=12.724;RBI=0.0437416;REFB=-0.00625584;REVB=-0.0410049;RO=36;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581722;STB=0.533507;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0130503;OID=.;OPOS=151362942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:9:14:20:16:9:14:20:16 chr6 151640835 . G A 295.73 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00106181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.293;QD=20.3955;RBI=0.0239606;REFB=-0.0184736;REVB=0.023937;RO=24;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17666;STB=0.584664;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0205236;OID=.;OPOS=151640835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:24:27:31:31:0.534483:16:15:17:7:16:15:18:9 chr6 151766822 . C A 288.22 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00845144;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.358;QD=20.5875;RBI=0.0142152;REFB=-0.0248546;REVB=-0.01143;RO=25;SAF=20;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19334;STB=0.599931;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0143137;OID=.;OPOS=151766822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:25:26:30:30:0.535714:10:20:11:14:10:20:12:14 chr6 151789868 . G A 140.07 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0287926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.8527;QD=20.7513;RBI=0.0360802;REFB=-0.030306;REVB=-0.0217431;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144746;STB=0.581979;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0260556;OID=.;OPOS=151789868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:7:5:9:6:7:5 chr6 151859314 . A G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00950542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.263;QD=14.1388;RBI=0.012105;REFB=-0.0117008;REVB=0.00749527;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462575;STB=0.526988;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0168912;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:9:5:8:12:9:5:8:12 chr6 151894505 . T C 794.02 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6459;QD=63.5218;RBI=0.0628981;REFB=0;REVB=-0.0563715;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111973;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:29:21:0:0 chr6 151936677 . G A 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00152297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.534;QD=15.064;RBI=0.00317808;REFB=-0.00425915;REVB=-0.0027894;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893996;STB=0.550618;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00527406;OID=.;OPOS=151936677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:13:14:15:20:13:14:15:20 chr6 151939181 . G A 990.56 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.764;QD=59.1381;RBI=0.0359366;REFB=0;REVB=-0.0198895;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1376e-05;OID=.;OPOS=151939181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr6 152201875 . T C 1456.53 PASS AF=0.990099;AO=97;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00849728;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.748;QD=57.6844;RBI=0.00863423;REFB=-0.140697;REVB=0.00153173;RO=1;SAF=32;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145886;STB=0.507245;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000600693;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:101:1:1:97:100:0.990099:65:32:1:0:66:34:1:0 chr6 152265522 . G C 583.5 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=133;FAO=56;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=22;FWDB=0.00456218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.005;QD=17.5489;RBI=0.00867919;REFB=-0.0133607;REVB=0.00738341;RO=69;SAF=29;SAR=19;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861597;STB=0.526307;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0197416;OID=.;OPOS=152265522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:70:48:56:0.421053:19:29:47:22:20:36:48:22 chr6 152420095 . G A 285.86 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0084202;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.127;QD=17.8663;RBI=0.00900461;REFB=-0.00838613;REVB=0.0031911;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643113;STB=0.536027;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0122979;OID=.;OPOS=152420095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:33:31:31:0.484375:12:19:18:15:12:19:18:15 chr6 152422335 . C T 1731.4 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.367;QD=60.751;RBI=0.0196249;REFB=0;REVB=0.0154065;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7686e-06;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:60:53:0:0:61:53:0:0 chr6 152423984 . G A 544.35 PASS AF=0.491379;AO=55;DP=115;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0115082;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5705;QD=18.7708;RBI=0.0119227;REFB=-0.0167134;REVB=0.00311649;RO=59;SAF=27;SAR=28;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310989;STB=0.5171;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0188688;OID=.;OPOS=152423984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:59:59:55:57:0.491379:28:27:27:32:29:28:27:32 chr6 152443756 . C T 754.28 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0971758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.128;QD=56.9271;RBI=0.0972934;REFB=0;REVB=0.00478279;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403558;OID=.;OPOS=152443756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr6 152446487 . C T 954.99 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8299;QD=58.7684;RBI=0.0353107;REFB=0;REVB=0.00849338;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414394;OID=.;OPOS=152446487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr6 152489294 . T C 645.8 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0316802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.267;QD=58.7089;RBI=0.0381211;REFB=-0.116425;REVB=0.0212034;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00495589;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:0:1:42:43:0.977273:26:16:0:0:26:17:0:1 chr6 152529260 . G A 942.76 PASS AF=0.573248;AO=89;DP=156;FAO=90;FDP=157;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0421647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4027;QD=24.0194;RBI=0.0438484;REFB=-0.0235904;REVB=-0.0120342;RO=67;SAF=37;SAR=52;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851957;STB=0.543207;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0165287;OID=.;OPOS=152529260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:67:67:89:90:0.573248:52:37:35:32:52:38:35:32 chr6 152540278 . A C 1097.17 PASS AF=0.973684;AO=75;DP=77;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00554157;FXX=0.0256377;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.205;QD=57.746;RBI=0.00878888;REFB=-0.111266;REVB=-0.00682169;RO=2;SAF=26;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350062;STB=0.519226;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000368473;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:76:2:2:75:74:0.973684:49:26:2:0:49:25:2:0 chr6 152629631 . C T 589.8 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0191219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.017;QD=24.0735;RBI=0.0404439;REFB=-0.017154;REVB=-0.0356379;RO=43;SAF=33;SAR=21;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120383;STB=0.561462;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0141589;OID=.;OPOS=152629631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:43:44:54:54:0.55102:21:33:20:23:21:33:21:23 chr6 152647681 . A T 1509.05 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2616;QD=63.5389;RBI=0.0451866;REFB=0;REVB=-0.0369744;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346124;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:54:41:0:0:54:41:0:0 chr6 152651759 . C G 579.24 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.294;QD=59.409;RBI=0.0952809;REFB=0;REVB=0.0302587;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917991;OID=.;OPOS=152651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:19:18:0:0:20:19:0:0 chr6 152652034 . A T 1517.24 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.002;QD=62.5665;RBI=0.0347693;REFB=-0.105236;REVB=0.0110363;RO=1;SAF=43;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109008;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454525;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:97:1:0:96:97:1:53:43:1:0:53:44:0:0 chr6 152658142 . T C 739.29 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0299875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.2786;QD=54.7625;RBI=0.0449768;REFB=-0.112119;REVB=0.033521;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154433;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00259727;OID=.;OPOS=152658142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:22:30:1:0:22:31:1:0 chr6 152665261 . C A 426.74 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.00980642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.326;QD=15.3781;RBI=0.0162715;REFB=-0.00472826;REVB=-0.0129845;RO=62;SAF=24;SAR=24;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113723;STB=0.558535;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00496248;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:63:48:48:0.432432:24:24:38:24:24:24:38:25 chr6 152683413 . G T 376.21 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00515732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.574;QD=21.1948;RBI=0.0151763;REFB=-0.0159859;REVB=-0.0142731;RO=33;SAF=22;SAR=16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228869;STB=0.626213;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00865723;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:16:22:10:23:16:22:10:23 chr6 152772264 . A G 370.11 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00746928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8147;QD=14.0994;RBI=0.00941988;REFB=-0.00482;REVB=0.00573968;RO=61;SAF=21;SAR=22;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105684;STB=0.563824;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00595649;OID=.;OPOS=152772264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:62:43:43:0.409524:22:21:36:25:22:21:37:25 chr6 152777819 . G A 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.015154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.455;QD=22.404;RBI=0.0166615;REFB=-0.0160063;REVB=0.00692552;RO=29;SAF=14;SAR=23;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582121;STB=0.532116;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0130051;OID=.;OPOS=152777819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:23:14:13:16:23:14:13:16 chr6 153019099 . GAGAT G,GAGAA 196.55 PASS AF=0.433962,0;AO=21,2;DP=56;FAO=23,0;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9,0;FSAR=14,0;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0183488,0.00637282;FXX=0.086192;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=225.945,161.74;QD=14.8342;RBI=0.0196645,0.0221512;REFB=-0.0128316,-0.00510906;REVB=-0.00707206,-0.0212147;RO=30;SAF=9,0;SAR=12,2;SRF=19;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.207496,-0.523937;STB=0.617545,0.5;STBP=0.164,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0152413,0;OID=.,.;OPOS=153019100,153019103;OREF=AGAT,T;OALT=-,A;OMAPALT=G,GAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433962,0:21,2:56:23,0:53:30:9,0:14,0:18:12:99:30:9,0:12,2:19:11 chr6 153296541 . G C 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0340307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.139;QD=20.5629;RBI=0.0341886;REFB=-0.0127956;REVB=-0.00328161;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144557;STB=0.58;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0137724;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:7:18:16:13:7:18 chr6 153315921 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.425;QD=49.5984;RBI=0.00696613;REFB=0;REVB=-0.00681708;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109915;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr6 153323594 . C T 673.83 PASS AF=0.472222;AO=67;DP=144;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.00513111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.183;QD=18.7175;RBI=0.0141629;REFB=-0.0162963;REVB=0.0132007;RO=74;SAF=24;SAR=43;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612568;STB=0.522563;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0228315;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:74:76:67:68:0.472222:43:24:31:43:43:25:31:45 chr6 153323709 . T C 42.79 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.184037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.276;QD=5.18617;RBI=0.184044;REFB=-0.00687729;REVB=-0.00162242;RO=26;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105363;STB=0.571206;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0105526;OID=.;OPOS=153323709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:6:1:5:21:6:1:5:21 chr6 153365100 . A C 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.873;QD=61.3751;RBI=0.0203109;REFB=0;REVB=0.0196591;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55037e-05;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr6 153741613 . G C 2252.84 PASS AF=0.987179;AO=149;DP=153;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.035523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1131;QD=57.7651;RBI=0.0540549;REFB=-0.21675;REVB=0.0407438;RO=4;SAF=59;SAR=90;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311527;STB=0.507936;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00726921;OID=.;OPOS=153741613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:153:156:4:2:149:154:0.987179:90:59:4:0:92:62:2:0 chr6 153987576 . G A 239.31 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0264402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6282;QD=20.8096;RBI=0.0351086;REFB=0.00990498;REVB=-0.0230982;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419051;STB=0.523593;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0345439;OID=.;OPOS=153987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:15:8:9:14:15:8:9:14 chr6 153989702 . T G 825.23 PASS AF=0.52349;AO=78;DP=149;FAO=78;FDP=149;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.0427617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7947;QD=22.1538;RBI=0.0462354;REFB=-0.0321293;REVB=0.0175826;RO=71;SAF=43;SAR=35;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355029;STB=0.519464;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0334192;OID=.;OPOS=153989702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:71:71:78:78:0.52349:35:43:42:29:35:43:42:29 chr6 154360797 . A G 681.89 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00273818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.406;QD=21.4768;RBI=0.0323185;REFB=-0.00509332;REVB=-0.0322023;RO=60;SAF=40;SAR=27;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416305;STB=0.522869;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00433164;OID=.;OPOS=154360797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:60:67:67:0.527559:27:40:33:27:27:40:33:27 chr6 154414446 . A T 3003.94 PASS AF=1;AO=188;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294213;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.517;QD=63.5754;RBI=0.0463768;REFB=0;REVB=-0.0358497;RO=0;SAF=102;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92092e-06;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:188:189:1:86:102:0:0:86:103:0:0 chr6 154414563 . A G 1410.33 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.949;QD=62.6813;RBI=0.039405;REFB=0;REVB=0.0285276;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45374e-05;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:1:0:86:90:1:47:39:1:0:50:40:0:0 chr6 154414573 . C T 1165.23 PASS AF=0.963415;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0838041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8637;QD=56.8404;RBI=0.0868792;REFB=-0.145168;REVB=0.02291;RO=1;SAF=36;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129667;STB=0.519995;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0147199;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:82:1:3:78:79:0.963415:42:36:1:0:43:36:3:0 chr6 154771277 . A G 1396.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3684;QD=62.761;RBI=0.0131072;REFB=0;REVB=0.00847616;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28977e-05;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:40:49:0:0:40:49:0:0 chr6 155451352 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0171327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.338;QD=24.3281;RBI=0.0277291;REFB=0.00604113;REVB=-0.021803;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00272313;OID=.;OPOS=155451352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:5:2:1:1:5:2:1:1 chr6 155485554 . G A 439.37 PASS AF=0.335329;AO=56;DP=167;FAO=56;FDP=167;FR=.;FRO=111;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=-0.0111766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7171;QD=10.5237;RBI=0.0964113;REFB=0.00525831;REVB=-0.0957613;RO=107;SAF=26;SAR=30;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180812;STB=0.521338;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.0104371;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:107:111:56:56:0.335329:30:26:48:59:30:26:48:63 chr6 155561760 . T C 1340.03 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000774932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.006;QD=62.3268;RBI=0.0645554;REFB=0;REVB=0.0645507;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147067;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:53:32:0:0:54:32:0:0 chr6 155577823 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.69;QD=60.9779;RBI=0.0236612;REFB=0;REVB=0.0235013;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131468;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr6 155578592 . A AT 494.96 PASS AF=1;AO=12;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102113;FXX=0.0266631;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.4032;QD=27.121;RBI=0.194952;REFB=-0.00951076;REVB=-0.16607;RO=61;SAF=3;SAR=9;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380377;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000981361;OID=.;OPOS=155578593;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:75:73:73:0:36:37:0:0:7:61:3:9:34:27 chr6 155578599 . A T 1023.16 PASS AF=0.961538;AO=68;DP=75;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0171464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.3394;QD=52.4695;RBI=0.0472038;REFB=-0.153336;REVB=-0.0439796;RO=6;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831367;STB=0.519475;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00824619;OID=.;OPOS=155578599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:78:6:3:68:75:0.961538:31:37:0:6:37:38:0:3 chr6 155578756 . A T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.079;QD=58.7816;RBI=0.0350041;REFB=0;REVB=0.0235104;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202456;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr6 155596901 . T C 797.1 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527872;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.517;QD=56.9358;RBI=0.0125363;REFB=0;REVB=0.0113708;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519821;OID=.;OPOS=155596901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:26:28:0:0:28:28:0:0 chr6 155597147 . C T 2273.18 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00254368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.347;QD=60.2168;RBI=0.00255667;REFB=-0.0438535;REVB=-0.000257388;RO=0;SAF=57;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97759e-08;STB=0.504347;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000783048;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:0:1:150:150:0.993377:93:57:0:0:93:57:1:0 chr6 155606325 . C T 1282.3 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.72;QD=61.7974;RBI=0.0248783;REFB=0;REVB=0.00100251;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19251e-05;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr6 155750035 . C T 167.53 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0622729;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6989;QD=14.8911;RBI=0.0635954;REFB=0.00509993;REVB=0.0129019;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191516;STB=0.600384;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0124458;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:27:18:18:0.4:7:11:12:16:7:11:12:15 chr6 155761246 . G T 484.51 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.924;QD=58.7281;RBI=0.0581801;REFB=0;REVB=0.0458395;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31271e-05;OID=.;OPOS=155761246;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:12:19:0:0:14:19:0:0 chr6 157099286 . GCCCCCG GCCCCG,GCCCCGC 63.36 PASS AF=0.346154,0.115385;AO=7,3;DP=24;FAO=9,3;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3,0;FSAR=6,3;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.0335394,0.0728985;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=13.2391,20.7651;QD=9.74742;RBI=0.034281,0.0751137;REFB=-0.080606,-0.0559022;REVB=0.00709187,-0.0181071;RO=12;SAF=2,0;SAR=5,3;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.308108,-0.531021;STB=0.70337,0.993655;STBP=0.218,0.46;TYPE=del,mnp;VARB=0.138458,0.118049;OID=.,.;OPOS=157099287,157099291;OREF=C,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=GCCCCG,GCCCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154,0.115385:7,3:24:9,3:26:14:3,0:6,3:1:13:48:12:2,0:5,3:1:11 chr6 157405930 . G A 757.0 PASS AF=0.506579;AO=77;DP=151;FAO=77;FDP=152;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=25;FWDB=-0.00398439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.412;QD=19.921;RBI=0.0232386;REFB=-0.00960519;REVB=0.0228944;RO=72;SAF=35;SAR=42;SRF=49;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197037;STB=0.603524;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00661874;OID=.;OPOS=157405930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:72:75:77:77:0.506579:42:35:49:23:42:35:50:25 chr6 157801040 . T A 706.29 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015387;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.299;QD=56.5033;RBI=0.0154905;REFB=0;REVB=-0.00178787;RO=0;SAF=5;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149392;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:49:50:1:44:5:0:0:45:5:0:0 chr6 157801186 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.67;QD=58.1421;RBI=0.0377935;REFB=0;REVB=0.0152219;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127401;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr6 157801516 . A G 1601.63 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.755;QD=59.8739;RBI=0.0125731;REFB=0;REVB=0.00643411;RO=0;SAF=73;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28572e-05;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:33:73:0:0:33:74:0:0 chr6 157963743 . G A 215.44 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0126795;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.894;QD=14.6062;RBI=0.0157513;REFB=-0.0117215;REVB=-0.00934513;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112218;STB=0.545295;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0121803;OID=.;OPOS=157963743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:32:34:25:25:0.423729:12:13:13:19:12:13:15:19 chr6 158132992 . G A 388.1 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0196178;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3111;QD=18.0514;RBI=0.0672359;REFB=0.000229603;REVB=0.0643102;RO=48;SAF=27;SAR=13;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921116;STB=0.513773;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.000351271;OID=.;OPOS=158132992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:48:46:40:40:0.465116:13:27:32:16:13:27:30:16 chr6 158133074 . A AT 255.86 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.011181;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.5115;QD=11.3715;RBI=0.0714287;REFB=-0.0303302;REVB=0.0705482;RO=50;SAF=27;SAR=14;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103205;STB=0.550995;STBP=0.395;TYPE=ins;VARB=0.038028;OID=.;OPOS=158133075;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455556:41:91:41:90:49:27:14:28:21:99:50:27:14:28:22 chr6 158294184 . G C 223.5 PASS AF=0.617647;AO=22;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0186341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2602;QD=26.2939;RBI=0.0484692;REFB=-0.0644514;REVB=0.0447441;RO=12;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702354;STB=0.521718;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0421665;OID=.;OPOS=158294184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:13:22:21:0.617647:15:7:5:7:14:7:5:8 chr6 158330765 . G A 663.45 PASS AF=0.464052;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.000995658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1924;QD=17.3451;RBI=0.0209484;REFB=0.0155657;REVB=-0.0209248;RO=78;SAF=36;SAR=35;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309076;STB=0.516837;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0151186;OID=.;OPOS=158330765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:78:82:71:71:0.464052:35:36:37:41:35:36:39:43 chr6 158497717 . T C 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.016513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3361;QD=16.034;RBI=0.018702;REFB=0.00437444;REVB=-0.00877989;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687895;STB=0.529259;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0047284;OID=.;OPOS=158497717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:11:9:14:13:11:9:14:14 chr6 158499302 . G T 375.55 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00798206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.965;QD=14.5843;RBI=0.0433728;REFB=-0.0060395;REVB=0.042632;RO=60;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875405;STB=0.549324;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00910213;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:20:23:27:33:20:23:27:33 chr6 158505088 . A G 501.31 PASS AF=0.681818;AO=44;DP=65;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00520756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.874;QD=30.3823;RBI=0.00920402;REFB=-0.0113857;REVB=-0.00758915;RO=21;SAF=18;SAR=26;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119629;STB=0.502068;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00499444;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:21:21:44:45:0.681818:26:18:9:12:26:19:9:12 chr6 158507981 . G A 379.69 PASS AF=0.642857;AO=35;DP=57;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0288505;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0805;QD=27.1205;RBI=0.0474283;REFB=-0.0350034;REVB=0.0376443;RO=19;SAF=21;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150135;STB=0.583287;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.016597;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:19:20:35:36:0.642857:14:21:7:12:15:21:7:13 chr6 158509750 . A G 431.03 PASS AF=0.494253;AO=39;DP=83;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.143907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5474;QD=19.8175;RBI=0.144087;REFB=-0.0308164;REVB=0.00719069;RO=43;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108733;STB=0.574593;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0345605;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:43:44:39:43:0.494253:20:19:16:27:21:22:16:28 chr6 158517308 . A G 177.43 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0387854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4557;QD=21.5069;RBI=0.0545466;REFB=-0.0068378;REVB=0.0383539;RO=15;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621057;STB=0.534846;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00565039;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:12:6:4:11:12:6:4:11 chr6 158571501 . G A 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6454;QD=61.3334;RBI=0.0245435;REFB=0;REVB=-0.0113073;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491505;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr6 158735087 . C T 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4566;QD=57.0998;RBI=0.0776757;REFB=0;REVB=-0.0709976;RO=0;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116836;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:39:16:0:0:39:16:0:0 chr6 158735090 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00941777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.554;QD=57.1062;RBI=0.0100235;REFB=0;REVB=-0.00343177;RO=0;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79785e-05;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:39:16:0:0:39:16:0:0 chr6 158870081 . A G 358.01 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0140047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8462;QD=19.6167;RBI=0.0496063;REFB=0.00715057;REVB=-0.0475884;RO=36;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088707;STB=0.549185;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0081947;OID=.;OPOS=158870081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:20:17:13:23:20:17:13:23 chr6 158923434 . G C 1262.85 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0257;QD=61.6026;RBI=0.0229314;REFB=0;REVB=0.0228381;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72981e-05;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr6 158924088 . T C 787.18 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.048;QD=64.2592;RBI=0.130234;REFB=0;REVB=0.130144;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282702;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:22:25:0:0:24:25:0:0 chr6 158927651 . A G 280.24 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00418538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8765;QD=16.7308;RBI=0.00453668;REFB=0.00371568;REVB=0.00175045;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00180422;STB=0.501014;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00542913;OID=.;OPOS=158927651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:12:19:22:14:12:19:22:14 chr6 158932817 . G C 196.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00523471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0077;QD=14.5765;RBI=0.0539029;REFB=-0.00756443;REVB=0.0536481;RO=31;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174729;STB=0.599911;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0185208;OID=.;OPOS=158932817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:8:15:15:16:8:15:15:16 chr6 159058767 . C A 363.8 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00322941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5195;QD=13.4742;RBI=0.00880428;REFB=-0.00311752;REVB=-0.00819062;RO=65;SAF=25;SAR=18;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954378;STB=0.554082;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00666664;OID=.;OPOS=159058767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:65:43:43:0.398148:18:25:32:33:18:25:32:33 chr6 159065758 . C G 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0158889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.204;QD=19.9735;RBI=0.015982;REFB=-0.0389629;REVB=0.00172308;RO=35;SAF=12;SAR=25;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732705;STB=0.540743;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0363421;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:25:12:14:21:25:12:14:21 chr6 159184462 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2804;QD=64.4145;RBI=0.0529315;REFB=0;REVB=-0.0416964;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000724771;OID=.;OPOS=159184462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr6 159185563 . T A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.574;QD=58.0607;RBI=0.0696842;REFB=0;REVB=0.0692329;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241419;OID=.;OPOS=159185563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr6 159205668 . G A 1123.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.35;QD=59.9448;RBI=0.0614718;REFB=0;REVB=0.0229245;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173375;OID=.;OPOS=159205668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:36:38:0:0:37:38:0:0 chr6 159398633 . T C 201.91 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0223216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.587;QD=9.97091;RBI=0.0223552;REFB=-0.0252408;REVB=0.0012254;RO=55;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137663;STB=0.580211;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0515831;OID=.;OPOS=159398633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:55:26:26:0.320988:14:12:19:36:14:12:19:36 chr6 159398700 . C T 287.64 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00846882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.715;QD=13.5361;RBI=0.0202423;REFB=4.28513e-05;REVB=-0.0183856;RO=50;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101812;STB=0.546734;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000221333;OID=.;OPOS=159398700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:50:52:33:33:0.388235:19:14:26:24:19:14:26:26 chr6 159398764 . G A 318.93 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0063749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1288;QD=15.7496;RBI=0.0177107;REFB=-0.00435037;REVB=0.0165236;RO=45;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318201;STB=0.524402;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00583263;OID=.;OPOS=159398764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:46:35:35:0.432099:16:19:23:22:16:19:23:23 chr6 159399348 . A G 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0125884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.304;QD=12.8667;RBI=0.014462;REFB=0.000872935;REVB=0.00711912;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259909;STB=0.653058;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00174999;OID=.;OPOS=159399348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:6:10:4:7:6:10 chr6 159407446 . C T 462.59 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00301942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.582;QD=19.0759;RBI=0.00776896;REFB=0.000468432;REVB=-0.0071582;RO=50;SAF=19;SAR=27;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825538;STB=0.551498;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.000504117;OID=.;OPOS=159407446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:51:46:46:0.474227:27:19:25:25:27:19:26:25 chr6 159414899 . T C 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0146866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.565;QD=17.0892;RBI=0.0242433;REFB=-0.0157563;REVB=0.0192883;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114815;STB=0.564491;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0114546;OID=.;OPOS=159414899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:9:19:14:11:9:19 chr6 159414937 . A G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0203737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.012;QD=17.6896;RBI=0.0204103;REFB=-0.0197383;REVB=0.00122205;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204588;STB=0.615284;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0239151;OID=.;OPOS=159414937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:12:9:6:20:12:9:6:20 chr6 159420574 . T C 332.33 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0341029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.346;QD=32.4222;RBI=0.0351144;REFB=-0.0116901;REVB=-0.00836734;RO=13;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1195;STB=0.565172;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00665876;OID=.;OPOS=159420574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:12:16:10:3:12:16:10:3 chr6 159650978 . A G 2109.68 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111992;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.75;QD=62.0494;RBI=0.0416695;REFB=-0.114713;REVB=-0.0401364;RO=0;SAF=66;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62241e-08;STB=0.503759;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000201343;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:136:136:0:1:135:135:0.992647:69:66:0:0:69:66:1:0 chr6 159652931 . G C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5214;QD=57.3856;RBI=0.0313279;REFB=0;REVB=0.0294501;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201917;OID=.;OPOS=159652931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr6 159654487 . G C,T 750.83 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,46;DP=48;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011561,0.085938;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.387,76.4224;QD=62.5694;RBI=0.0177086,0.101447;REFB=0,0;REVB=-0.0134141,0.0539082;RO=0;SAF=1,22;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.229563,-0.00123936;OID=.,.;OPOS=159654487,159654487;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:48:48:0:0:2,46:2,46:0.0416667,0.958333:1,24:1,22:0:0:1,24:1,22:0:0 chr6 159654829 . G A 428.47 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2339;QD=57.1296;RBI=0.231349;REFB=0;REVB=0.200173;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00454269;OID=.;OPOS=159654829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:1:0:27:30:1:18:9:0:1:20:10:0:0 chr6 159654913 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7816;QD=52.6112;RBI=0.0988066;REFB=0;REVB=0.0776346;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215627;OID=.;OPOS=159654913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr6 159654994 . A C 778.26 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.158;QD=56.6004;RBI=0.0436696;REFB=0;REVB=0.0331493;RO=0;SAF=42;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010484;OID=.;OPOS=159654994;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:10:42:0:0:10:45:0:0 chr6 159655084 . C G 3824.87 PASS AF=0.991803;AO=242;DP=244;FAO=242;FDP=244;FR=.;FRO=2;FSAF=131;FSAR=111;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00238127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.519;QD=62.7028;RBI=0.0203559;REFB=-0.0921291;REVB=0.0202162;RO=2;SAF=131;SAR=111;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00722052;STB=0.503788;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000359154;OID=.;OPOS=159655084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:244:244:2:2:242:242:0.991803:111:131:2:0:111:131:2:0 chr6 159655102 . A G 3668.15 PASS AF=1;AO=178;DP=257;FAO=250;FDP=250;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=131;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025321;FXX=0.0272363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.041;QD=58.6903;RBI=0.0438977;REFB=0;REVB=0.0358588;RO=2;SAF=86;SAR=92;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109409;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101113;OID=.;OPOS=159655102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:257:250:2:0:178:250:1:92:86:2:0:119:131:0:0 chr6 159655103 . T G 193.45 PASS AF=0.190114;AO=49;DP=237;FAO=50;FDP=263;FR=.;FRO=213;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=105;FSRR=108;FWDB=-0.0211284;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.9246;QD=2.94217;RBI=0.027228;REFB=-0.0283726;REVB=-0.0171743;RO=188;SAF=32;SAR=17;SRF=91;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218963;STB=0.707964;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0645621;OID=.;OPOS=159655103;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:263:188:213:49:50:0.190114:17:32:91:97:13:37:105:108 chr6 159655383 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.55;QD=56.1915;RBI=0.042014;REFB=0;REVB=0.00553208;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253339;OID=.;OPOS=159655383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr6 159655402 . A G 562.45 PASS AF=1;AO=25;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.328;QD=59.2048;RBI=0.0290461;REFB=0;REVB=0.00322348;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037031;OID=.;OPOS=159655402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:25:38:1:15:10:0:0:18:20:0:0 chr6 159672419 . G C 699.24 PASS AF=0.539683;AO=68;DP=126;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0310068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.941;QD=22.1982;RBI=0.0310094;REFB=-0.0174387;REVB=0.000406831;RO=58;SAF=26;SAR=42;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130537;STB=0.571612;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.018096;OID=.;OPOS=159672419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:58:58:68:68:0.539683:42:26:31:27:42:26:31:27 chr6 159672455 . C T 447.03 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.0581498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.504;QD=15.5488;RBI=0.0581503;REFB=-0.0102707;REVB=-0.000238476;RO=65;SAF=24;SAR=26;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128536;STB=0.571801;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0137276;OID=.;OPOS=159672455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:65:50:50:0.434783:26:24:23:42:26:24:23:42 chr6 159672542 . C T 358.08 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0141756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.211;QD=31.1377;RBI=0.0305079;REFB=-0.0166529;REVB=0.0270146;RO=16;SAF=8;SAR=22;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251742;STB=0.638612;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0120164;OID=.;OPOS=159672542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:22:8:10:6:22:8:10:6 chr6 160114168 . T C 271.68 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0878364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3732;QD=19.4053;RBI=0.150223;REFB=0.00256868;REVB=-0.121868;RO=26;SAF=22;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372776;STB=0.716923;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00670985;OID=.;OPOS=160114168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:7:22:9:17:7:22:9:18 chr6 160169258 . G T 410.32 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00414148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.421;QD=18.2366;RBI=0.0139726;REFB=-0.0151441;REVB=-0.0133447;RO=48;SAF=18;SAR=24;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186128;STB=0.603725;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0142291;OID=.;OPOS=160169258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:24:18:30:18:24:18:30:18 chr6 160182617 . C T 215.04 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00155074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.368;QD=13.2332;RBI=0.0280181;REFB=-0.0345361;REVB=0.0279752;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164795;STB=0.599926;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0394062;OID=.;OPOS=160182617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:13:13:13:25:13:13:13:26 chr6 160198359 . C T 503.74 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0194303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9138;QD=22.3885;RBI=0.0271134;REFB=-0.0107156;REVB=-0.0189102;RO=42;SAF=29;SAR=19;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20833;STB=0.614699;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00807665;OID=.;OPOS=160198359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:19:29:15:27:19:29:15:27 chr6 160201295 . C A 270.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00561837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.287;QD=18.9832;RBI=0.0209064;REFB=-0.0169359;REVB=-0.0201373;RO=27;SAF=19;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920479;STB=0.54424;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0206072;OID=.;OPOS=160201295;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:10:19:15:12:10:19:16:12 chr6 160206716 . T C 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00569943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2241;QD=19.3687;RBI=0.023341;REFB=0.00704152;REVB=0.0226345;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588234;STB=0.548327;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00772864;OID=.;OPOS=160206716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:8:8:6:8:8:8:6:9 chr6 160211636 . G A 842.39 PASS AF=0.406926;AO=93;DP=230;FAO=94;FDP=231;FR=.;FRO=137;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=74;FWDB=0.00962433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.392;QD=14.5868;RBI=0.0395854;REFB=-0.0126429;REVB=0.0383976;RO=136;SAF=47;SAR=46;SRF=63;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446521;STB=0.523804;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0143773;OID=.;OPOS=160211636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:136:137:93:94:0.406926:46:47:63:73:47:47:63:74 chr6 160211645 . GGTT G 482.7 PASS AF=0.401826;AO=67;DP=210;FAO=88;FDP=219;FR=.;FRO=131;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=57;FSRR=74;FWDB=0.00845282;FXX=0.0266655;HRUN=5;LEN=3;MLLD=296.826;QD=8.81638;RBI=0.0108568;REFB=-0.000387091;REVB=0.00681319;RO=117;SAF=38;SAR=29;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146272;STB=0.525323;STBP=0.531;TYPE=del;VARB=0.00157554;OID=.;OPOS=160211646;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401826:67:210:88:219:131:42:46:57:74:99:117:38:29:51:66 chr6 160224346 . T C 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0322136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.234;QD=13.7739;RBI=0.042003;REFB=-0.0045554;REVB=0.0269544;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348818;STB=0.699066;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00578884;OID=.;OPOS=160224346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:12:8:23:8:12:8:23:8 chr6 160234625 . G C 604.22 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0226334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6484;QD=23.9297;RBI=0.0622746;REFB=0.00315858;REVB=0.058016;RO=42;SAF=24;SAR=34;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103924;STB=0.552159;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.002105;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:43:58:58:0.574257:34:24:23:19:34:24:23:20 chr6 160453978 . A G 166.0 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=64;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00824371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.474;QD=10.0606;RBI=0.00970207;REFB=-0.0124054;REVB=-0.00511579;RO=44;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110426;STB=0.590826;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0282891;OID=.;OPOS=160453978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:44:44:20:22:0.333333:9:11:20:24:9:13:20:24 chr6 160464289 . G A 736.58 PASS AF=0.5;AO=72;DP=144;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.00321971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.916;QD=20.4605;RBI=0.00356508;REFB=-0.0283645;REVB=0.00153076;RO=71;SAF=36;SAR=36;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120808;STB=0.562483;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0266932;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:71:72:72:72:0.5:36:36:26:45:36:36:27:45 chr6 160468278 . A G 278.29 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.000953881;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9301;QD=15.9024;RBI=0.0145504;REFB=-7.88257e-05;REVB=0.0145191;RO=37;SAF=25;SAR=6;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430577;STB=0.74648;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00126365;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:39:31:31:0.442857:6:25:15:22:6:25:16:23 chr6 160484555 . G A 550.97 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0117522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.268;QD=16.3251;RBI=0.014068;REFB=-0.00435619;REVB=0.00773262;RO=75;SAF=27;SAR=32;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492587;STB=0.523921;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00634601;OID=.;OPOS=160484555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:75:76:59:59:0.437037:32:27:38:37:32:27:38:38 chr6 160493834 . G A 512.32 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0104403;FXX=0.0176975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.307;QD=18.4619;RBI=0.0108272;REFB=-0.0134423;REVB=0.00286868;RO=57;SAF=29;SAR=25;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139304;STB=0.577086;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0124217;OID=.;OPOS=160493834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:57:57:54:54:0.486486:25:29:22:35:25:29:22:35 chr6 160494409 . A G 608.46 PASS AF=0.585106;AO=53;DP=92;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00908744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.501;QD=25.892;RBI=0.0238468;REFB=-0.0327023;REVB=0.0220474;RO=39;SAF=26;SAR=27;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262511;STB=0.506008;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0200102;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:39:39:53:55:0.585106:27:26:19:20:29:26:19:20 chr6 160505199 . C G 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.984;QD=58.418;RBI=0.0441121;REFB=0;REVB=0.0113254;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88634e-05;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr6 160517481 . C T 706.26 PASS AF=0.552846;AO=66;DP=121;FAO=68;FDP=123;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.0253553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.55;QD=22.9678;RBI=0.0268177;REFB=-0.012966;REVB=-0.00873497;RO=55;SAF=35;SAR=31;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182439;STB=0.603945;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0102266;OID=.;OPOS=160517481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:55:55:66:68:0.552846:31:35:17:38:31:37:17:38 chr6 160551204 . G C 540.87 PASS AF=0.483051;AO=56;DP=120;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0183498;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.203;QD=18.3345;RBI=0.026926;REFB=-0.00899123;REVB=0.0197051;RO=59;SAF=26;SAR=30;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697722;STB=0.541489;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0122436;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:59:61:56:57:0.483051:30:26:23:36:31:26:23:38 chr6 160557643 . C T 374.87 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00692647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.224;QD=18.0662;RBI=0.00767009;REFB=-0.0173918;REVB=0.00329459;RO=44;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435898;STB=0.530848;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0227311;OID=.;OPOS=160557643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:38:39:0.46988:19:19:24:20:20:19:24:20 chr6 160560845 . A G 401.52 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.054428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.034;QD=18.8951;RBI=0.0549777;REFB=-0.0189794;REVB=0.00775462;RO=44;SAF=28;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201746;STB=0.612709;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0111401;OID=.;OPOS=160560845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:13:28:21:23:13:28:21:23 chr6 160560897 . CTGGTAAGT C 129.96 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.01867;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=8;MLLD=269.894;QD=11.552;RBI=0.0187102;REFB=-0.00453662;REVB=-0.00122619;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521122;STB=0.545393;STBP=0.697;TYPE=del;VARB=0.00628468;OID=.;OPOS=160560898;OREF=TGGTAAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:15:40:15:45:30:6:9:14:16:99:20:6:9:7:13 chr6 160645832 . C T 637.24 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.422;QD=60.6895;RBI=0.0253917;REFB=0;REVB=0.0234538;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208513;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324137;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:22:19:0:1:23:19:0:0 chr6 160670282 . A C 3987.52 PASS AF=0.98855;AO=259;DP=262;FAO=259;FDP=262;FR=.;FRO=3;FSAF=122;FSAR=137;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.026597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.152;QD=60.8782;RBI=0.0490007;REFB=-0.133527;REVB=0.0411542;RO=3;SAF=122;SAR=137;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0042833;STB=0.502247;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000165982;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:262:262:3:3:259:259:0.98855:137:122:2:1:137:122:2:1 chr6 160679400 . C A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00310525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.859;QD=10.2403;RBI=0.00681307;REFB=-0.00561299;REVB=0.00606427;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813642;STB=0.549196;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0143247;OID=.;OPOS=160679400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:10:9:4:6:10:9 chr6 160769811 . C T 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0352159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.74;QD=32.352;RBI=0.0481682;REFB=-0.0449737;REVB=0.0328635;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128043;STB=0.571303;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0111591;OID=.;OPOS=160769811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:6:5:0:2:6:5:0:2 chr6 160858188 . G A 676.04 PASS AF=0.575221;AO=64;DP=113;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0120112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.6;QD=23.9307;RBI=0.0145798;REFB=-0.0149381;REVB=-0.00826459;RO=48;SAF=36;SAR=28;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658151;STB=0.538576;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0121992;OID=.;OPOS=160858188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:48:48:64:65:0.575221:28:36:23:25:28:37:23:25 chr6 160872151 . C T 368.25 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.015641;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.739;QD=16.5505;RBI=0.0231845;REFB=-0.0198971;REVB=-0.0171137;RO=49;SAF=14;SAR=25;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251086;STB=0.646106;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0324799;OID=.;OPOS=160872151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:49:50:39:39:0.438202:25:14:30:19:25:14:31:19 chr6 160961137 . T C 443.34 PASS AF=0.449541;AO=48;DP=108;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00418842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.37;QD=16.2692;RBI=0.0419383;REFB=-0.00283156;REVB=0.0417286;RO=60;SAF=19;SAR=29;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137978;STB=0.581273;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00433942;OID=.;OPOS=160961137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:60:60:48:49:0.449541:29:19:32:28:30:19:32:28 chr6 161085267 . C T 1647.52 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0130797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.08;QD=58.3192;RBI=0.0204332;REFB=-0.14832;REVB=0.0156983;RO=2;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182513;STB=0.509614;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000762223;OID=.;OPOS=161085267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:2:2:111:111:0.982301:51:60:0:2:51:60:0:2 chr6 161137779 . T C 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0345574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2804;QD=22.7942;RBI=0.0457712;REFB=-0.00986645;REVB=-0.0300132;RO=21;SAF=17;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321094;STB=0.679846;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00687362;OID=.;OPOS=161137779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:7:17:7:14:7:17:7:14 chr6 161139480 . C T 392.98 PASS AF=0.431579;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=0.0744502;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0591;QD=16.5464;RBI=0.0797647;REFB=-0.00313939;REVB=0.028628;RO=54;SAF=21;SAR=19;SRF=13;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288717;STB=0.674973;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00457648;OID=.;OPOS=161139480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:54:54:40:41:0.431579:19:21:13:41:19:22:12:42 chr6 161173946 . T G 4226.62 PASS AF=0.98913;AO=270;DP=271;FAO=273;FDP=276;FR=.;FRO=3;FSAF=166;FSAR=107;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00287185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.123;QD=61.2553;RBI=0.0374431;REFB=-0.0396924;REVB=0.0373328;RO=1;SAF=165;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00288104;STB=0.500668;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.000141134;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:271:276:1:3:270:273:0.98913:105:165:1:0:107:166:2:1 chr6 161469774 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.836;QD=56.9379;RBI=0.0156383;REFB=0;REVB=-0.00189081;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28361e-05;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr6 161519349 . CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT 200.74 PASS AF=0,1,0;AO=2,9,4;DP=18;FAO=0,16,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,0;FSAR=0,9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526974,0.0730888,0.0713362;FXX=0.111049;HRUN=1,1,3;LEN=4,3,4;MLLD=192.67,220.654,199.978;QD=50.1844;RBI=0.0734385,0.101127,0.0827943;REFB=0,0,0;REVB=0.0511488,0.06989,0.0420245;RO=0;SAF=2,4,0;SAR=0,5,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0.319328;SSEP=0,0,0.453333;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.00110323,0;OID=.,.,.;OPOS=161519381,161519351,161519350;OREF=CTGT,CTG,CCTG;OALT=-,-,-;OMAPALT=CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:2,9,4:18:0,16,0:16:0:0,7,0:0,9,0:0:0:3:0:2,4,0:0,5,4:0:0 chr6 161538250 . G A 2736.31 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000567876;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.458;QD=62.5442;RBI=0.0608486;REFB=0;REVB=0.060846;RO=0;SAF=72;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15798e-05;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:175:0:0:175:175:1:103:72:0:0:103:72:0:0 chr6 161557662 . G A 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0154089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.106;QD=9.14903;RBI=0.0154771;REFB=-0.00471401;REVB=0.00145104;RO=40;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579505;STB=0.534445;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0109079;OID=.;OPOS=161557662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:9:9:18:22:9:9:18:22 chr6 162137099 . CATCTT C 614.26 PASS AF=0.503937;AO=56;DP=129;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.00721304;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=5;MLLD=302.683;QD=19.3467;RBI=0.00746015;REFB=-0.00902341;REVB=0.00190415;RO=62;SAF=33;SAR=23;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24861;STB=0.61975;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0104991;OID=.;OPOS=162137100;OREF=ATCTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.503937:56:129:64:127:63:36:28:20:43:99:62:33:23:20:42 chr6 162622197 . C T 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00240846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.689;QD=18.0094;RBI=0.00251307;REFB=-0.0251291;REVB=0.000717524;RO=37;SAF=13;SAR=22;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748524;STB=0.546755;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0299059;OID=.;OPOS=162622197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:22:13:11:26:22:13:11:27 chr6 163587146 . C G 1915.47 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424923;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.99;QD=61.7893;RBI=0.068259;REFB=0;REVB=0.0534199;RO=0;SAF=75;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134665;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:124:0:0:116:124:1:41:75:0:0:48:76:0:0 chr6 163600225 . C A 161.34 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0159023;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.059;QD=17.9271;RBI=0.0879989;REFB=0.00341785;REVB=0.0865502;RO=20;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238057;STB=0.618896;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00258315;OID=.;OPOS=163600225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:19:17:17:0.472222:4:13:11:9:4:13:11:8 chr6 163612783 . C A 487.77 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.286471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.376;QD=55.7455;RBI=0.28668;REFB=0;REVB=0.0109368;RO=2;SAF=8;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00487137;OID=.;OPOS=163612783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:2:0:32:35:1:24:8:2:0:25:10:0:0 chr6 163736204 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.881;QD=64.1531;RBI=0.0220693;REFB=0;REVB=-0.00934368;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60589e-05;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr6 165895824 . T C 471.66 PASS AF=0.436975;AO=51;DP=118;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.101919;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.523;QD=15.854;RBI=0.103065;REFB=-0.0113081;REVB=0.0153286;RO=66;SAF=23;SAR=28;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495635;STB=0.536848;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0125454;OID=.;OPOS=165895824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:66:67:51:52:0.436975:28:23:33:33:29:23:34:33 chr6 166307718 . T C 1305.99 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000261865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.778;QD=60.7439;RBI=0.0258085;REFB=-0.0204101;REVB=0.0258072;RO=1;SAF=48;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976784;STB=0.505153;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=4.40518e-05;OID=.;OPOS=166307718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:37:48:1:0:37:48:1:0 chr6 166308090 . AT TC 2948.31 PASS AF=0.989474;AO=185;DP=188;FAO=188;FDP=190;FR=.;FRO=2;FSAF=95;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00682357;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=2;MLLD=304.547;QD=62.0697;RBI=0.0604851;REFB=-0.0965258;REVB=0.0600989;RO=1;SAF=94;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520365;STB=0.500056;STBP=0.867;TYPE=mnp;VARB=0.000318213;OID=.;OPOS=166308090;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:188:190:1:2:185:188:0.989474:91:94:0:1:93:95:1:1 chr6 166308584 . C A 1593.94 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.120954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5417;QD=57.9615;RBI=0.121039;REFB=-0.0396985;REVB=-0.00454346;RO=2;SAF=40;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478876;STB=0.502523;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0014816;OID=.;OPOS=166308584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:2:2:108:108:0.981818:68:40:1:1:68:40:1:1 chr6 166308611 . G C 1449.74 PASS AF=0.961905;AO=100;DP=105;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0258151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.052;QD=55.228;RBI=0.0297535;REFB=-0.0440759;REVB=0.0147936;RO=3;SAF=36;SAR=64;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378977;STB=0.515606;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000702608;OID=.;OPOS=166308611;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:105:3:4:100:101:0.961905:64:36:3:0:64:37:3:1 chr6 166308682 . G GAAAT 909.26 PASS AF=0.786517;AO=65;DP=91;FAO=70;FDP=89;FR=.;FRO=19;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.018408;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=4;MLLD=314.931;QD=40.8654;RBI=0.0260231;REFB=-0.0373179;REVB=0.0183941;RO=20;SAF=24;SAR=41;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144379;STB=0.501487;STBP=0.963;TYPE=ins;VARB=0.00833744;OID=.;OPOS=166308683;OREF=-;OALT=AAAT;OMAPALT=GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.786517:65:91:70:89:19:29:41:8:11:99:20:24:41:8:12 chr6 166308924 . G A 1245.9 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.874;QD=61.5257;RBI=0.0324603;REFB=0;REVB=0.0322911;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68531e-05;OID=.;OPOS=166308924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr6 166309167 . G A 711.93 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262446;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.767;QD=63.2822;RBI=0.0272592;REFB=0;REVB=-0.00736778;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04076e-05;OID=.;OPOS=166309167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr6 166309245 . A T 445.32 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.013135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.544;QD=52.39;RBI=0.0246442;REFB=0.117881;REVB=0.0208521;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=6.48038e-05;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:1:2:31:32:0.941176:16:15:1:0:17:15:1:1 chr6 166309249 . G T 519.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.6594;QD=59.4125;RBI=0.03244;REFB=0;REVB=0.018333;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08991e-05;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr6 166309288 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.474;QD=60.2307;RBI=0.0293054;REFB=0;REVB=-0.0214544;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41303e-05;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr6 166571157 . G A 216.34 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0119319;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.906;QD=13.7361;RBI=0.0176434;REFB=-0.0144179;REVB=-0.0129969;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268581;STB=0.669738;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0236283;OID=.;OPOS=166571157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:37:25:26:0.412698:12:13:9:26:12:14:9:28 chr6 166571164 . T G 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.00349102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.594;QD=14.2309;RBI=0.013713;REFB=-0.00872603;REVB=-0.0132612;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291332;STB=0.664118;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0213082;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:12:14:9:27:12:14:9:27 chr6 166572005 . T C 225.57 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0114136;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.433;QD=19.6147;RBI=0.0323561;REFB=-0.0365066;REVB=-0.0302761;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046491;STB=0.526292;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.027448;OID=.;OPOS=166572005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:24:22:22:0.478261:9:13:13:11:9:13:13:11 chr6 166736362 . C T 837.61 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.638;QD=55.8408;RBI=0.0275705;REFB=-0.0435079;REVB=-0.0092022;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140815;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=4.30949e-05;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:33:25:0:1:33:26:0:1 chr6 166739684 . G A 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.372;QD=57.1938;RBI=0.0372866;REFB=0;REVB=0.00976079;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.99114e-05;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr6 166755975 . T C 829.26 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.974;QD=57.1904;RBI=0.0280463;REFB=0;REVB=-0.0245898;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14935e-05;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:31:27:0:0 chr6 166755979 . A C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.303;QD=57.3848;RBI=0.0279722;REFB=0;REVB=-0.00511981;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33546e-05;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr6 166778679 . T G 356.53 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00220579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9007;QD=19.272;RBI=0.0258694;REFB=-0.0113241;REVB=0.0257752;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520045;STB=0.513506;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0172771;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:37:37:35:37:0.5:16:19:18:19:18:19:18:19 chr6 166826255 . G A 250.05 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469337;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.704;QD=52.6414;RBI=0.0476179;REFB=0;REVB=-0.0080429;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017392;OID=.;OPOS=166826255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr6 166826304 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000465091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.107;QD=52.6132;RBI=0.0133671;REFB=0;REVB=-0.013359;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.36071e-05;OID=.;OPOS=166826304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr6 166889281 . T A 480.69 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00188606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.214;QD=20.2397;RBI=0.00483884;REFB=-0.0389515;REVB=-0.00445613;RO=47;SAF=27;SAR=20;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1344;STB=0.579573;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0306005;OID=.;OPOS=166889281;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:48:47:47:0.494737:20:27:20:27:20:27:20:28 chr6 166889331 . CAG C 370.74 PASS AF=0.412371;AO=38;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0238362;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=2;MLLD=106.6;QD=15.2882;RBI=0.0361695;REFB=-0.0380708;REVB=-0.0272042;RO=57;SAF=18;SAR=20;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560371;STB=0.531866;STBP=0.61;TYPE=del;VARB=0.0415319;OID=.;OPOS=166889332;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412371:38:97:40:97:57:19:21:24:33:99:57:18:20:24:33 chr6 166952264 . G A 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0670076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5601;QD=15.7823;RBI=0.0673975;REFB=-0.0258671;REVB=0.00723832;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012387;STB=0.507036;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0306819;OID=.;OPOS=166952264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:18:11:9:14:18:11 chr6 167271711 . T C 1431.68 PASS AF=0.98;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00646334;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.555;QD=57.267;RBI=0.0316659;REFB=-0.117582;REVB=0.0309992;RO=2;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182337;STB=0.509613;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00247835;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:100:2:2:97:98:0.98:51:46:0:2:51:47:0:2 chr6 167271716 . T C 1499.44 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.809;QD=63.1342;RBI=0.0329345;REFB=0;REVB=0.0227379;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35043e-05;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:50:42:0:0:51:44:0:0 chr6 167352104 . C A 272.81 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00521732;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.395;QD=14.7462;RBI=0.0336556;REFB=-0.00645282;REVB=0.0332487;RO=42;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403815;STB=0.528437;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0155623;OID=.;OPOS=167352104;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:42:43:31:31:0.418919:18:13:16:26:18:13:16:27 chr6 167435928 . C T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00627725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.304;QD=18.637;RBI=0.022948;REFB=-0.017205;REVB=0.0220727;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163462;STB=0.592908;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0143873;OID=.;OPOS=167435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:6:10:7:9:6:10 chr6 167438276 . G T 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.000398109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.589;QD=10.3431;RBI=0.0159871;REFB=-0.0145532;REVB=0.0159822;RO=41;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144587;STB=0.508466;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0285025;OID=.;OPOS=167438276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:10:11:22:19:10:11:22:19 chr6 167438364 . T C 174.07 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0628973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8962;QD=11.6047;RBI=0.0780019;REFB=0.00324094;REVB=-0.0461328;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574853;STB=0.533303;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0115941;OID=.;OPOS=167438364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:11:11:21:17:11:11:21:17 chr6 167453718 . C T 321.7 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.025835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6225;QD=16.7119;RBI=0.0409613;REFB=-0.0505085;REVB=-0.0317865;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145191;STB=0.572444;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0366295;OID=.;OPOS=167453718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:42:34:35:0.454545:18:16:26:16:18:17:26:16 chr6 167453800 . G A 248.03 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0236772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1001;QD=16.2645;RBI=0.0296354;REFB=0.00746985;REVB=-0.0178226;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169285;STB=0.595281;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0191377;OID=.;OPOS=167453800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:16:12:20:13:16:12:20:13 chr6 167571048 . T C 1418.79 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072299;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6166;QD=63.0574;RBI=0.00740308;REFB=0;REVB=0.00159193;RO=0;SAF=58;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75137e-05;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:32:58:0:0:32:58:0:0 chr6 167571430 . A T 2421.07 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.976;QD=61.2929;RBI=0.0217113;REFB=0;REVB=0.0191217;RO=0;SAF=88;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73715e-05;OID=.;OPOS=167571430;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:70:88:0:0:70:88:0:0 chr6 167590541 . G A 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0231884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5537;QD=5.90513;RBI=0.0400023;REFB=0.00010936;REVB=-0.0325958;RO=25;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235792;STB=0.542751;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.001757;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:25:27:8:8:0.228571:4:4:12:13:4:4:12:15 chr6 167590574 . G C 305.08 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.697;QD=53.0575;RBI=0.0488223;REFB=0;REVB=0.0226377;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010447;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:21:23:1:15:6:0:0:15:8:0:0 chr6 167591954 . G A 287.17 PASS AF=0.295455;AO=38;DP=131;FAO=39;FDP=132;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=74;FWDB=-0.012433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.281;QD=8.70215;RBI=0.02822;REFB=-0.0165008;REVB=-0.0253335;RO=93;SAF=4;SAR=34;SRF=19;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237977;STB=0.601711;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0363057;OID=.;OPOS=167591954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:93:93:38:39:0.295455:34:4:19:74:34:5:19:74 chr6 167592524 . T C 432.0 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0064275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.731;QD=20.3296;RBI=0.0176842;REFB=-0.0146684;REVB=0.0164748;RO=42;SAF=24;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094935;STB=0.505261;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0136044;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:19:24:23:19:19:24:23:19 chr6 167592576 . G A 467.68 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0722275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5828;QD=20.1154;RBI=0.0732707;REFB=0.00512615;REVB=0.0123197;RO=47;SAF=26;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108006;STB=0.559899;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00364304;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:20:26:21:26:20:26:21:26 chr6 167711559 . G C 287.01 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0202718;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.856;QD=23.9178;RBI=0.0326839;REFB=-0.00678796;REVB=0.0256377;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112334;STB=0.562453;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0040518;OID=.;OPOS=167711559;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:22:22:26:26:0.541667:13:13:8:14:13:13:8:14 chr6 167719436 . G A 292.28 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0126064;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9629;QD=11.9298;RBI=0.0343593;REFB=-0.0118225;REVB=0.0319631;RO=63;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102269;STB=0.552697;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0210575;OID=.;OPOS=167719436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:63:64:34:34:0.346939:18:16:24:39:18:16:25:39 chr6 167728774 . TG CA 197.47 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=96;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00429858;FXX=0.0504999;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.531;QD=8.40308;RBI=0.0295426;REFB=-0.00970754;REVB=-0.0292282;RO=67;SAF=14;SAR=12;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016759;STB=0.504115;STBP=0.96;TYPE=mnp;VARB=0.0100445;OID=.;OPOS=167728774;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:67:68:26:26:0.276596:12:14:37:30:12:14:37:31 chr6 167754661 . A G 427.89 PASS AF=0.567568;AO=40;DP=72;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00126402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240;QD=23.1293;RBI=0.00536662;REFB=-0.00206774;REVB=-0.00521564;RO=32;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504291;STB=0.537257;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00177023;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:32:32:40:42:0.567568:20:20:18:14:22:20:18:14 chr6 167789493 . T C 235.16 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.0276675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4234;QD=10.9378;RBI=0.0356065;REFB=-0.0276181;REVB=0.0224128;RO=57;SAF=13;SAR=16;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265667;STB=0.652962;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0351028;OID=.;OPOS=167789493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:16:13:39:18:16:13:39:18 chr6 167796280 . C T 242.23 PASS AF=0.31068;AO=32;DP=103;FAO=32;FDP=103;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00634702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.996;QD=9.40716;RBI=0.0152642;REFB=-0.0103617;REVB=0.013882;RO=71;SAF=15;SAR=17;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945604;STB=0.555319;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0190663;OID=.;OPOS=167796280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:71:71:32:32:0.31068:17:15:39:32:17:15:39:32 chr6 167796309 . C T 231.85 PASS AF=0.296296;AO=32;DP=108;FAO=32;FDP=108;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00213584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.475;QD=8.58705;RBI=0.0153597;REFB=-0.0174294;REVB=0.0152105;RO=76;SAF=14;SAR=18;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152342;STB=0.5896;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0352947;OID=.;OPOS=167796309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:76:76:32:32:0.296296:18:14:43:33:18:14:43:33 chr6 167796319 . T C 226.36 PASS AF=0.292453;AO=31;DP=106;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0318632;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.561;QD=8.54203;RBI=0.0339108;REFB=-0.00298059;REVB=0.0116053;RO=73;SAF=13;SAR=18;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184421;STB=0.607893;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.018724;OID=.;OPOS=167796319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:73:75:31:31:0.292453:18:13:42:31:18:13:43:32 chr6 168323664 . A G 739.7 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9063;QD=56.9003;RBI=0.028069;REFB=0;REVB=0.0116987;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170641;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr6 168343838 . T C 1193.76 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530596;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8779;QD=61.2184;RBI=0.0618365;REFB=0;REVB=0.0317558;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr6 168349011 . C T 771.43 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2453;QD=61.7147;RBI=0.0973596;REFB=0;REVB=0.0539983;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234764;OID=.;OPOS=168349011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:28:18:0:0:30:20:0:0 chr6 168376866 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5003;QD=40.7625;RBI=0.0473356;REFB=0;REVB=0.00780659;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157177;OID=.;OPOS=168376866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 168376869 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371327;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.227;QD=40.763;RBI=0.0467454;REFB=0;REVB=0.0283953;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616826;OID=.;OPOS=168376869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 168376881 . TGG GTT 70.24 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106803;FXX=0.221976;HRUN=2;LEN=3;MLLD=135.593;QD=40.1388;RBI=0.106821;REFB=0;REVB=0.00196668;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00199009;OID=.;OPOS=168376881;OREF=TGG;OALT=GTT;OMAPALT=GTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:9:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:5:2:0:0 chr6 168376892 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7918;QD=37.4884;RBI=0.112092;REFB=0;REVB=0.0170844;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00691954;OID=.;OPOS=168376892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 168442687 . A C 164.25 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.044858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3471;QD=13.6877;RBI=0.04505;REFB=-0.011874;REVB=-0.00415468;RO=30;SAF=14;SAR=4;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110976;STB=0.565141;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.017415;OID=.;OPOS=168442687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:4:14:21:9:4:14:21:9 chr6 168457801 . A G 793.52 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000876611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.243;QD=63.4818;RBI=0.0368;REFB=0;REVB=0.0367896;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86308e-05;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:23:25:0:0:24:26:0:0 chr6 168457966 . G A 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0122798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.371;QD=20.2676;RBI=0.0234145;REFB=-0.0145953;REVB=-0.019936;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249224;STB=0.639872;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0279784;OID=.;OPOS=168457966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:6:15:9:12:6:15 chr6 168459790 . G T 539.82 PASS AF=0.60241;AO=49;DP=77;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.00990012;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=38.3147;QD=26.0156;RBI=0.0148552;REFB=-0.120346;REVB=0.0110754;RO=28;SAF=18;SAR=31;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277083;STB=0.656427;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0602866;OID=.;OPOS=168459790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:83:28:33:49:50:0.60241:31:18:22:6:32:18:25:8 chr6 168459792 . G A 521.62 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00620717;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=245.091;QD=23.4435;RBI=0.00634343;REFB=-0.0130688;REVB=0.00130768;RO=40;SAF=18;SAR=31;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212469;STB=0.616796;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0106259;OID=.;OPOS=168459792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:31:18:25:15:31:18:25:15 chr6 168459845 . G C 1659.31 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.11;QD=60.3387;RBI=0.0607997;REFB=0;REVB=0.0540709;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69449e-05;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:58:52:0:0:58:52:0:0 chr6 168479604 . G A 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.621;QD=62.1621;RBI=0.0413616;REFB=0;REVB=0.0356262;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80319e-05;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr6 168482110 . C T 1561.63 PASS AF=1;AO=80;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0797899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.935;QD=58.9296;RBI=0.10359;REFB=0;REVB=0.0660645;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165879;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:80:106:1:34:46:0:0:53:53:0:0 chr6 168482111 . G T 143.78 PASS AF=0.216981;AO=19;DP=102;FAO=23;FDP=106;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.00905071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.3241;QD=5.42561;RBI=0.035053;REFB=-0.0660664;REVB=0.0338644;RO=83;SAF=3;SAR=16;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541373;STB=0.825803;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0384589;OID=.;OPOS=168482111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:83:83:19:23:0.216981:16:3:49:34:19:4:49:34 chr6 168694594 . C T 1898.85 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.074364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0666;QD=60.7631;RBI=0.0797362;REFB=-0.00167328;REVB=-0.0287724;RO=1;SAF=44;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106749;STB=0.505617;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000396113;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:80:44:1:0:80:44:1:0 chr6 168695309 . C T 1510.05 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00918444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7257;QD=55.4146;RBI=0.00925207;REFB=-0.197193;REVB=-0.00111658;RO=2;SAF=75;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00926885;STB=0.501607;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00702018;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:108:109:2:4:105:105:0.963303:30:75:1:1:30:75:3:1 chr6 168695345 . G A 2275.72 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6401;QD=63.6565;RBI=0.0643299;REFB=0;REVB=0.0636165;RO=0;SAF=87;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48387e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297283;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:141:143:1:54:87:0:0:56:87:0:0 chr6 169617726 . A C 832.93 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7139;QD=57.4437;RBI=0.0484764;REFB=0;REVB=0.0460782;RO=0;SAF=42;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337837;OID=.;OPOS=169617726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:15:42:0:0:15:43:0:0 chr6 169619943 . G T 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=27;FWDB=0.0652621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.545;QD=8.62769;RBI=0.0679573;REFB=-0.00846162;REVB=-0.0189488;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585515;STB=0.828979;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0259977;OID=.;OPOS=169619943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:7:4:0:26:7:4:0:27 chr6 169619947 . G T 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=27;FWDB=0.0503875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.359;QD=5.71704;RBI=0.0511788;REFB=-0.0244608;REVB=0.00896516;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570435;STB=0.827183;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0408825;OID=.;OPOS=169619947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:5:3:1:27:5:3:1:27 chr6 170033086 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.76;QD=62.1621;RBI=0.0228321;REFB=0;REVB=0.0164551;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16589e-06;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:36:49:0:0:36:49:0:0 chr6 170059627 . G A 844.49 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.033;QD=57.2535;RBI=0.0369581;REFB=0;REVB=0.0317063;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287777;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chr6 170068180 . A G 2324.18 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1054;QD=63.6761;RBI=0.100009;REFB=0;REVB=-0.0880587;RO=0;SAF=74;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333351;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:145:146:1:71:74:0:0:72:74:0:0 chr6 170070723 . A G 578.95 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.87;QD=60.9424;RBI=0.0704019;REFB=0;REVB=0.0462791;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451584;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:33:38:1:19:14:0:0:19:19:0:0 chr6 170102267 . A G 402.45 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4167;QD=55.5106;RBI=0.0430681;REFB=0;REVB=-0.0415633;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286088;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:16:13:0:0 chr6 170103165 . C CAT 338.12 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0186828;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=2;MLLD=288.696;QD=17.1201;RBI=0.0201863;REFB=-0.024011;REVB=0.00764461;RO=44;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667995;STB=0.531628;STBP=0.645;TYPE=ins;VARB=0.0231599;OID=.;OPOS=170103166;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455696:36:80:36:79:43:18:18:24:19:99:44:18:18:25:19 chr6 170103508 . G GT 616.23 PASS AF=1;AO=46;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533304;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.5117;QD=46.5082;RBI=0.0577681;REFB=0;REVB=-0.0222039;RO=8;SAF=26;SAR=20;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876304;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00122978;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:55:53:53:0:27:26:0:0:11:8:26:20:2:6 chr6 170190200 . G A 2237.46 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8716;QD=62.5863;RBI=0.0926108;REFB=-0.0998806;REVB=0.0682361;RO=1;SAF=60;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598067;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703447;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:140:143:1:0:139:143:1:79:60:0:1:81:62:0:0 chr6 170190659 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.528;QD=54.5176;RBI=0.0570825;REFB=0;REVB=-0.0054817;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054861;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr6 170591923 . T G 392.48 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0100026;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.392;QD=15.5436;RBI=0.0116676;REFB=-0.0122552;REVB=-0.00600673;RO=57;SAF=17;SAR=27;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363989;STB=0.520442;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0192714;OID=.;OPOS=170591923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:57:57:44:44:0.435644:27:17:24:33:27:17:24:33 chr6 170592945 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0108196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.405;QD=21.5109;RBI=0.01967;REFB=-0.0241615;REVB=-0.016427;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100864;STB=0.545635;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0146625;OID=.;OPOS=170592945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:8:13:9:9:8:13:10:9 chr6 170597305 . C T 339.71 PASS AF=0.5;AO=32;DP=71;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0319695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9827;QD=17.4212;RBI=0.0671913;REFB=-0.0233042;REVB=0.0590984;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062575;STB=0.577239;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0159656;OID=.;OPOS=170597305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:78:39:39:32:39:0.5:16:16:22:17:23:16:22:17 chr6 170626943 . T C 200.83 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00146497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8365;QD=20.5979;RBI=0.0102338;REFB=0.0405876;REVB=-0.0101284;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682328;STB=0.538423;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0379126;OID=.;OPOS=170626943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:8:11:10:10:8:11 chr6 170627586 . G T 31.82 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00138214;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5372;QD=10.6059;RBI=0.122257;REFB=0.00583988;REVB=0.122249;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.000130366;OID=.;OPOS=170627586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr6 170627761 . A G 68.78 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.224365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3715;QD=16.1845;RBI=0.230513;REFB=-0.110903;REVB=-0.0528792;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162764;STB=0.639683;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0335419;OID=.;OPOS=170627761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:8:8:9:0.529412:3:5:4:5:3:6:3:5 chr6 170628009 . T G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0175373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.588;QD=18.4387;RBI=0.018651;REFB=-0.0128359;REVB=0.00634823;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123988;STB=0.56933;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0127201;OID=.;OPOS=170628009;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:16:13:17:12:16:13 chr6 170845354 . A G 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00136117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.037;QD=11.4388;RBI=0.00513304;REFB=-0.0155453;REVB=-0.00494927;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351636;STB=0.502089;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0393173;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:13:11:6:7:13:11 chr6 170862300 . G C 713.28 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=138;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0908696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.597;QD=20.6747;RBI=0.0911015;REFB=-0.00890443;REVB=0.00649496;RO=67;SAF=32;SAR=38;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580843;STB=0.528427;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00931885;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:67:68:70:70:0.507246:38:32:35:32:38:32:35:33 chr6 170871013 . A ACAG,G 77.76 PASS AF=0.347826,0.0869565;AO=6,2;DP=45;FAO=8,2;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3,2;FSAR=5,0;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.127415,-0.068151;FXX=0.079968;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=96.5264,113.864;QD=13.5237;RBI=0.140317,0.0875161;REFB=-0.0830167,-0.0650324;REVB=0.0587734,0.0549046;RO=36;SAF=3,2;SAR=3,0;SRF=19;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0328589,0.418334;STB=0.689206,0.992731;STBP=0.236,0.317;TYPE=ins,snp;VARB=0.094669,0.147784;OID=.,.;OPOS=170871014,170871013;OREF=-,A;OALT=CAG,G;OMAPALT=ACAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:45:23:36:13:6,2:8,2:0.347826,0.0869565:3,0:3,2:19:17:5,0:3,2:9:4 chr6 170878793 . T C 643.4 PASS AF=0.461538;AO=65;DP=143;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0118108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.476;QD=17.9972;RBI=0.0204738;REFB=-0.0238833;REVB=0.0167237;RO=77;SAF=28;SAR=37;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281524;STB=0.511969;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0347734;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:77:77:65:66:0.461538:37:28:31:46:38:28:31:46 chr6 170887693 . G C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0276719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.661;QD=22.7197;RBI=0.03109;REFB=-0.0158793;REVB=-0.0141724;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312085;STB=0.674468;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0146985;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:8:6:8:1:8:6:8:1 chr7 228431 . A AC,C 44.52 PASS AF=0.3,0;AO=8,2;DP=30;FAO=9,0;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0323022,-0.028641;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=19.8888,141.445;QD=5.93652;RBI=0.0411593,0.0291802;REFB=-0.0649478,-0.00433195;REVB=0.025508,0.00558368;RO=20;SAF=1,2;SAR=7,0;SRF=14;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.627826,0.438113;STB=0.820038,0.5;STBP=0.044,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.133655,0;OID=.,.;OPOS=228432,228431;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:30:30:20:21:8,2:9,0:0.3,0:7,0:1,2:14:6:7,0:2,0:15:6 chr7 299850 . G T 447.33 PASS AF=0.438596;AO=49;DP=113;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.00267373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.83;QD=15.6956;RBI=0.0191106;REFB=-0.0148541;REVB=0.0189226;RO=64;SAF=23;SAR=26;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112688;STB=0.557355;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0130263;OID=.;OPOS=299850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:64:64:49:50:0.438596:26:23:23:41:27:23:23:41 chr7 299881 . A G 451.61 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=110;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0887311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7183;QD=16.1288;RBI=0.0961751;REFB=0.00585675;REVB=-0.0371005;RO=60;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490684;STB=0.520749;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00850892;OID=.;OPOS=299881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:60:62:49:50:0.446429:27:22:24:36:28:22:25:37 chr7 470239 . A G 484.72 PASS AF=0.534091;AO=46;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.010858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.565;QD=22.0326;RBI=0.0332377;REFB=-0.0122336;REVB=-0.0314141;RO=41;SAF=16;SAR=30;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393555;STB=0.51428;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0106725;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:46:47:0.534091:30:16:16:25:30:17:16:25 chr7 470281 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.537;QD=57.0008;RBI=0.0348057;REFB=0;REVB=0.0199459;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57219e-05;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:39:15:0:0:39:15:0:0 chr7 470316 . A G 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0344909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2881;QD=26.8492;RBI=0.0405666;REFB=-0.0400101;REVB=-0.0213547;RO=7;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143879;STB=0.580534;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0163903;OID=.;OPOS=470316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:10:5:4:3:10:5:4:3 chr7 624220 . GT G,GG 3383.85 PASS AF=0.036036,0.963964;AO=44,170;DP=224;FAO=8,214;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=1,91;FSAR=7,123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144878,0.0183464;FXX=0.00892817;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.496,200.034;QD=60.9702;RBI=0.0292689,0.0279465;REFB=0,0;REVB=0.0254317,0.0210812;RO=0;SAF=20,66;SAR=24,104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.30465e-08,3.07725e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.02558,0.000779303;OID=.,.;OPOS=624221,624221;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.036036,0.963964:44,170:224:8,214:222:0:1,91:7,123:0:0:4:0:20,66:24,104:0:0 chr7 624222 . A G 212.83 PASS AF=0.1875;AO=38;DP=214;FAO=42;FDP=224;FR=.;FRO=182;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=69;FSRR=113;FWDB=-0.0205905;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.5526;QD=3.80058;RBI=0.0538892;REFB=-0.0254376;REVB=-0.0498004;RO=176;SAF=20;SAR=18;SRF=69;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17274;STB=0.652484;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.177275;OID=.;OPOS=624222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:224:176:182:38:42:0.1875:18:20:69:107:18:24:69:113 chr7 772174 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.811;QD=56.9381;RBI=0.0308712;REFB=0;REVB=0.0068538;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8785e-05;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr7 808810 . C G 94.65 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.029142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.559;QD=10.8172;RBI=0.029164;REFB=-0.00569308;REVB=-0.00113304;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302979;STB=0.703376;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0201396;OID=.;OPOS=808810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:21:23:12:12:0.342857:4:8:8:13:4:8:8:15 chr7 810219 . T C 975.02 PASS AF=0.519126;AO=95;DP=183;FAO=95;FDP=183;FR=.;FRO=88;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.0852221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4626;QD=21.312;RBI=0.0852236;REFB=-0.0107903;REVB=-0.000501607;RO=88;SAF=48;SAR=47;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055265;STB=0.530272;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0117288;OID=.;OPOS=810219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:88:88:95:95:0.519126:47:48:50:38:47:48:50:38 chr7 814788 . G A 338.51 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0276258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3858;QD=26.5496;RBI=0.0333052;REFB=0.0276443;REVB=-0.0186026;RO=19;SAF=17;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325953;STB=0.517868;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0242717;OID=.;OPOS=814788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:15:17:11:8:15:17:11:8 chr7 878471 . G A 399.32 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0228138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.225;QD=15.973;RBI=0.0262139;REFB=-0.0030934;REVB=0.0129113;RO=58;SAF=23;SAR=19;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136162;STB=0.507674;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00592918;OID=.;OPOS=878471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:19:23:31:27:19:23:31:27 chr7 881668 . C T 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554759;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.132;QD=60.6304;RBI=0.0566004;REFB=0;REVB=-0.0112265;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169446;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr7 882829 . GT G,TG,TT 89.42 PASS AF=0.272727,0.318182,0.227273;AO=4,2,4;DP=18;FAO=6,7,5;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=2,7,1;FSAR=4,0,4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.702673,-0.166781,-0.0173069;FXX=0.0434594;HRUN=11,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=4.24476,43.869,158.501;QD=16.2582;RBI=0.84601,0.19197,0.0485478;REFB=-0.00262745,0.0489165,0.0174696;REVB=-0.471152,-0.0950608,0.0453581;RO=3;SAF=2,2,2;SAR=2,0,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.115334,0.666583,0.115334;STB=0.571183,0.997646,0.665923;STBP=0.691,0.037,0.429;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0686201,0.0919895,0.0434241;OID=.,.,.;OPOS=882830,882829,882829;OREF=T,GT,G;OALT=-,TG,T;OMAPALT=G,TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:42:18:22:3:4:4,2,4:6,7,5:0.272727,0.318182,0.227273:2,0,2:2,2,2:1:2:4,0,4:2,7,1:2:2 chr7 882895 . C G 490.1 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00908059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.086;QD=56.0118;RBI=0.00930692;REFB=0.142974;REVB=-0.00204002;RO=1;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444293;STB=0.523795;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00344853;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:10:23:0:1:10:24:0:1 chr7 897492 . A G 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0180674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.624;QD=13.2651;RBI=0.0181484;REFB=-0.0150543;REVB=0.00171296;RO=47;SAF=10;SAR=20;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171608;STB=0.509797;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0242148;OID=.;OPOS=897492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:20:10:15:32:20:10:15:32 chr7 909048 . G A 178.94 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0149205;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.563;QD=13.7646;RBI=0.0250202;REFB=-0.0192833;REVB=-0.0200845;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161855;STB=0.592508;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0267956;OID=.;OPOS=909048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:10:21:11:10:10:21 chr7 917943 . C A 385.5 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0225833;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3894;QD=14.827;RBI=0.0413027;REFB=-0.00482051;REVB=-0.034582;RO=58;SAF=16;SAR=28;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159402;STB=0.599954;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00540172;OID=.;OPOS=917943;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:58:60:44:44:0.423077:28:16:30:28:28:16:32:28 chr7 923855 . G A 224.63 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00715701;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.15;QD=24.9591;RBI=0.0810566;REFB=-0.0397245;REVB=0.0807401;RO=15;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10729;STB=0.559941;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0189235;OID=.;OPOS=923855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:7:14:8:7:7:14:8:7 chr7 923935 . G A 270.78 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00665799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.548;QD=16.9238;RBI=0.0233317;REFB=-0.00848817;REVB=0.0223615;RO=34;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740286;STB=0.541638;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00999847;OID=.;OPOS=923935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:11:19:19:15:11:19:19:15 chr7 926788 . AGGG AGG,AGGGCGTC 189.0 PASS AF=0,0.352113;AO=7,22;DP=69;FAO=0,25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=0,6;FSAR=0,19;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.269745,-0.0598339;FXX=0.013887;HRUN=3,1;LEN=1,4;MLLD=18.3992,217.381;QD=10.6477;RBI=0.305294,0.0608953;REFB=-0.0581544,-0.0282208;REVB=-0.142974,-0.0113197;RO=32;SAF=4,6;SAR=3,16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0.220994,0;SSSB=0.159854,-0.191433;STB=0.5,0.673269;STBP=1,0.041;TYPE=del,ins;VARB=0,0.0493873;OID=.,.;OPOS=926789,926792;OREF=G,-;OALT=-,CGTC;OMAPALT=AGG,AGGGCGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.352113:7,22:69:0,25:71:46:0,6:0,19:22:24:99:32:4,6:3,16:14:18 chr7 926801 . T G 31.39 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.0840943;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5576;QD=1.81984;RBI=0.0846985;REFB=-0.0146159;REVB=-0.0100984;RO=61;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103152;STB=0.568776;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0378204;OID=.;OPOS=926801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:71:69:61:62:7:7:0.101449:4:3:21:40:4:3:22:40 chr7 926827 . T C 698.98 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00726403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.11;QD=54.8223;RBI=0.0107555;REFB=0.0127021;REVB=0.00793192;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5102;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.000184448;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:24:26:0:0:24:26:0:1 chr7 930689 . C T 256.42 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00296261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.521;QD=22.7924;RBI=0.00471271;REFB=-0.00423763;REVB=-0.00366505;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815005;STB=0.533306;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00338052;OID=.;OPOS=930689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:12:12:12:8:12:12:12:9 chr7 940181 . C T 545.11 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.721;QD=57.3796;RBI=0.0110327;REFB=-0.0108814;REVB=-0.00185438;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019929;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000490676;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:14:23:1:0:14:23:1:0 chr7 1009016 . ATTTTTTTG AATTTTTTG,ATTTTTTG,ATTTTTTGC 38.69 PASS AF=0.0714286,0.142857,0.0238095;AO=2,12,2;DP=42;FAO=3,6,1;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=0,1,0;FSAR=3,5,1;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0882292,-0.178369,-0.0302784;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=30.8283,10.2563,30.1546;QD=3.68447;RBI=0.122393,0.198097,0.0427237;REFB=-0.0267548,-0.0662992,-0.0348729;REVB=-0.0848273,-0.0861796,-0.0301418;RO=24;SAF=0,8,0;SAR=2,4,2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.487253,0.191176,-0.487253;STB=0.997154,0.859546,0.992228;STBP=0.038,0.094,0.246;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.040096,0.0218066,0.0544177;OID=.,.,.;OPOS=1009017,1009017,1009023;OREF=T,T,TG;OALT=A,-,GC;OMAPALT=AATTTTTTG,ATTTTTTG,ATTTTTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0714286,0.142857,0.0238095:2,12,2:42:3,6,1:42:32:0,1,0:3,5,1:20:12:21:24:0,8,0:2,4,2:12:12 chr7 1023013 . C T 278.3 PASS AF=0.54902;AO=23;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.019429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.401;QD=21.8276;RBI=0.198292;REFB=-0.0952122;REVB=-0.197337;RO=8;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127673;STB=0.537546;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0708486;OID=.;OPOS=1023013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:8:23:23:28:0.54902:12:11:6:2:16:12:8:15 chr7 1028448 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0209657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.129;QD=13.2053;RBI=0.0210032;REFB=-0.03049;REVB=-0.00125608;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0522666;OID=.;OPOS=1028448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:4:2:4:2:4:2 chr7 1098404 . C T 152.03 PASS AF=0.295775;AO=20;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0182164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.451;QD=8.56528;RBI=0.0313993;REFB=-0.00437179;REVB=-0.025575;RO=50;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954956;STB=0.572695;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00853015;OID=.;OPOS=1098404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:20:21:0.295775:10:10:21:29:10:11:21:29 chr7 1132691 . C T 53.3 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0231138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3179;QD=7.61406;RBI=0.0236928;REFB=-0.00659255;REVB=0.00520589;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398056;STB=0.749375;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0183957;OID=.;OPOS=1132691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:12:8:6:2:12:8 chr7 1133305 . C G 294.46 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0579148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5876;QD=15.1003;RBI=0.0653167;REFB=-0.00623477;REVB=0.0302018;RO=45;SAF=23;SAR=10;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00970359;STB=0.505491;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0061082;OID=.;OPOS=1133305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:10:23:31:14:10:23:31:14 chr7 1481919 . C A 1193.66 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152348;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.799;QD=61.2135;RBI=0.0338979;REFB=0;REVB=0.0302815;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14188e-05;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:46:32:0:0:46:32:0:0 chr7 1484566 . TCCCCCA CTCCCCG,TCCCCC,TCCCCCG 220.97 PASS AF=0.0555556,0,0.944444;AO=2,3,8;DP=18;FAO=1,0,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,12;FSAR=0,0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.131073,-0.00457837,-0.100983;FXX=0.0526039;HRUN=1,1,1;LEN=7,1,1;MLLD=26.791,155.866,46.7753;QD=49.1051;RBI=0.159705,0.0209385,0.102902;REFB=0,0,0;REVB=-0.0912453,0.0204319,0.0197803;RO=0;SAF=2,0,8;SAR=0,3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.052428,0,-0.0199524;OID=.,.,.;OPOS=1484566,1484572,1484572;OREF=TCCCCCA,A,A;OALT=CTCCCCG,-,G;OMAPALT=CTCCCCG,TCCCCC,TCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:6:18:18:0:0:2,3,8:1,0,17:0.0555556,0,0.944444:0,3,0:2,0,8:0:0:0,0,5:1,0,12:0:0 chr7 1533513 . A G 1230.49 PASS AF=0.923077;AO=84;DP=92;FAO=84;FDP=91;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.000949689;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.486;QD=54.0877;RBI=0.00624839;REFB=-0.0270511;REVB=-0.0061758;RO=7;SAF=41;SAR=43;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328553;STB=0.517391;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000706401;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:92:91:7:7:84:84:0.923077:43:41:5:2:43:41:5:2 chr7 1535838 . C T 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0970025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6568;QD=49.5894;RBI=0.101265;REFB=0;REVB=0.0290717;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299234;OID=.;OPOS=1535838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr7 1538614 . G A 1006.79 PASS AF=0.986667;AO=60;DP=77;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171994;FXX=0.0259707;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.353;QD=53.6957;RBI=0.0487311;REFB=0.165748;REVB=0.0455949;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00214201;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:75:0:1:60:74:0.986667:22:38:0:0:34:40:1:0 chr7 1542697 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.224;QD=63.2864;RBI=0.0441139;REFB=0;REVB=0.0402717;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203344;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr7 1542814 . T C,G 249.15 PASS AF=0.9,0.1;AO=17,2;DP=19;FAO=18,2;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427926,-0.0209316;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.86,92.4577;QD=49.8308;RBI=0.0129065,0.0215843;REFB=0,0;REVB=0.0121764,0.00526792;RO=0;SAF=11,1;SAR=6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00683327,0.061903;OID=.,.;OPOS=1542814,1542814;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:19:20:0:0:17,2:18,2:0.9,0.1:6,1:11,1:0:0:7,1:11,1:0:0 chr7 1543981 . C A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.705;QD=62.9812;RBI=0.0303013;REFB=0;REVB=0.02027;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135804;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr7 1544128 . G T 191.31 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.158;QD=47.8283;RBI=0.118782;REFB=0;REVB=0.0906469;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145146;OID=.;OPOS=1544128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:7:8:0:0:8:8:0:0 chr7 1586653 . A AGCC 83.28 PASS AF=0.818182;AO=7;DP=12;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0452183;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.914;QD=30.2854;RBI=0.0509325;REFB=-0.0417366;REVB=0.0234399;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149414;STB=0.567407;STBP=0.551;TYPE=ins;VARB=0.00562042;OID=.;OPOS=1586654;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:7:12:9:11:2:2:7:1:1:10:4:2:5:2:2 chr7 1586662 . T C 130.11 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.771;QD=43.3708;RBI=0.0678992;REFB=0;REVB=0.0643497;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588153;OID=.;OPOS=1586662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:8:4:0:0 chr7 1588391 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2853;QD=50.413;RBI=0.063877;REFB=0;REVB=0.0476142;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232256;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr7 1588549 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.067;QD=53.2757;RBI=0.0343334;REFB=0;REVB=-0.0306427;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.24233e-05;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr7 1588768 . G A 382.06 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.344;QD=52.6985;RBI=0.0504621;REFB=-0.0395369;REVB=0.0378107;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00124868;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:1:0:15:13:1:0 chr7 1733102 . G T 698.34 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0422717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1216;QD=54.7715;RBI=0.0424265;REFB=-0.0363643;REVB=-0.0036205;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.50943;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000531063;OID=.;OPOS=1733102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:26:24:0:0:26:24:0:1 chr7 1784828 . TG T 60.28 PASS AF=0.5;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.124399;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.5366;QD=8.61104;RBI=0.178974;REFB=-0.115037;REVB=-0.128672;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0.390244;SSEP=0;SSSB=0.327611;STB=0.768787;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0850295;OID=.;OPOS=1784829;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:13:29:14:28:14:12:2:6:8:58:12:10:3:5:7 chr7 1785738 . G A 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.026;QD=56.0077;RBI=0.028915;REFB=0.0452268;REVB=0.00743495;RO=1;SAF=47;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00993771;STB=0.505261;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00028687;OID=.;OPOS=1785738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:13:47:1:0:13:47:1:0 chr7 1878377 . A G 1153.48 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.224;QD=60.7092;RBI=0.00845794;REFB=0;REVB=0.000839667;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41408e-05;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:50:26:0:0:50:26:0:0 chr7 2297006 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.322;QD=61.8522;RBI=0.0396088;REFB=0;REVB=-0.0310572;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.41826e-06;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:35:48:0:0:35:48:0:0 chr7 2303986 . T C 557.04 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0016;QD=60.2207;RBI=0.076825;REFB=0;REVB=0.0767566;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885321;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr7 2349470 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=3;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0241022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.922;QD=14.6525;RBI=0.0242579;REFB=-0.0201546;REVB=0.00274422;RO=4;SAF=3;SAR=0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.642277;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0233355;OID=.;OPOS=2349470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:4:5:3:6:0.545455:0:3:3:1:3:3:3:2 chr7 2472429 . C A 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-4.4317e-06;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.936;QD=22.072;RBI=0.0103854;REFB=-0.0295555;REVB=-0.0103854;RO=22;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102668;STB=0.571384;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0246792;OID=.;OPOS=2472429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:24:31:31:0.563636:14:17:15:7:14:17:17:7 chr7 2472455 . A T 271.91 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0358363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0003;QD=19.422;RBI=0.036755;REFB=0.00413504;REVB=-0.00816606;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068717;STB=0.538242;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00296862;OID=.;OPOS=2472455;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:13:16:17:10:13:16:17:10 chr7 2472707 . G C 199.27 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0272481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.469;QD=19.9265;RBI=0.0272663;REFB=-0.043697;REVB=0.000996246;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122806;STB=0.578454;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0496006;OID=.;OPOS=2472707;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:20:19:20:0.5:7:12:10:10:7:13:10:10 chr7 2552881 . AGATG A,AGATGGATG 520.94 PASS AF=0.461538,0.487179;AO=18,18;DP=41;FAO=18,19;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=7,6;FSAR=11,13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00522498,0.00161716;FXX=0.0714116;HRUN=1,2;LEN=4,4;MLLD=156.974,133.98;QD=53.4299;RBI=0.0576377,0.0606261;REFB=-0.105086,-0.0950824;REVB=0.0574003,0.0606045;RO=0;SAF=7,5;SAR=11,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.511615,0.519979;STBP=0.859,0.592;TYPE=del,ins;VARB=0.00836851,0.0490032;OID=.,.;OPOS=2552882,2552882;OREF=GATG,-;OALT=-,GATG;OMAPALT=A,AGATGGATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.461538,0.487179:18,18:41:18,19:39:2:7,6:11,13:1:1:99:0:7,5:11,13:0:0 chr7 2578246 . C T 131.95 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00179939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.209;QD=14.6611;RBI=0.0170793;REFB=-0.0162836;REVB=0.0169843;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104935;STB=0.560805;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.013957;OID=.;OPOS=2578246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:12:9:8:7:12:9 chr7 2627489 . G A 294.2 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0700361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6415;QD=28.0186;RBI=0.0799727;REFB=-0.0542722;REVB=0.0386081;RO=16;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102088;STB=0.547583;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0358657;OID=.;OPOS=2627489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:16:25:26:0.619048:13:12:10:6:13:13:10:6 chr7 2748758 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.019326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.588;QD=22.1887;RBI=0.0206122;REFB=-0.0118454;REVB=0.00716711;RO=22;SAF=5;SAR=19;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335938;STB=0.689997;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0117264;OID=.;OPOS=2748758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:19:5:12:10:19:5:12:10 chr7 2946461 . T C 123.92 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0224527;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.055;QD=15.4899;RBI=0.0286749;REFB=0.000120974;REVB=-0.017836;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219339;STB=0.624843;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000186871;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:3:15:9:5:3:15 chr7 2957005 . T C 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0144543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.549;QD=9.33494;RBI=0.0386393;REFB=-0.00110809;REVB=0.0358339;RO=30;SAF=4;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30056;STB=0.692012;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0048456;OID=.;OPOS=2957005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:31:13:13:0.295455:9:4:17:13:9:4:18:13 chr7 4026944 . C G 264.91 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0702024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9239;QD=15.5831;RBI=0.0709284;REFB=-0.00110414;REVB=-0.0101225;RO=38;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125348;STB=0.570531;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000123604;OID=.;OPOS=4026944;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:16:14:13:25:16:14:13:25 chr7 4189075 . G C 238.81 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00650379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9884;QD=18.023;RBI=0.0699074;REFB=-0.03112;REVB=0.0696043;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140118;STB=0.566423;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0248716;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:27:25:26:0.490566:11:14:11:16:12:14:11:16 chr7 4213877 . T C 1106.45 PASS AF=0.986486;AO=67;DP=71;FAO=73;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.075;QD=59.8082;RBI=0.011589;REFB=0;REVB=0.00743767;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804445;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:74:0:0:67:73:0.986486:29:38:0:0:35:38:0:0 chr7 4213940 . T C 1008.37 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00839003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.755;QD=59.3158;RBI=0.0215303;REFB=0;REVB=0.0198283;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72786e-05;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr7 4213975 . A G 772.79 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.653;QD=61.8232;RBI=0.0232025;REFB=-0.0927948;REVB=0.0205294;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000851074;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:49:49:0.98:29:20:0:0:29:20:0:1 chr7 4714912 . C T 487.74 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00479317;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5175;QD=24.0859;RBI=0.0495799;REFB=0.0160442;REVB=-0.0493476;RO=36;SAF=26;SAR=20;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375392;STB=0.515344;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00880782;OID=.;OPOS=4714912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:36:35:46:46:0.567901:20:26:22:14:20:26:21:14 chr7 4780514 . G T 834.0 PASS AF=0.535484;AO=82;DP=153;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.0232461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.474;QD=21.5227;RBI=0.024979;REFB=-0.0343366;REVB=-0.00914172;RO=69;SAF=44;SAR=38;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241066;STB=0.506268;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0226095;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:69:72:82:83:0.535484:38:44:39:30:38:45:40:32 chr7 4802029 . T G 669.58 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.349;QD=62.2864;RBI=0.0563763;REFB=0;REVB=0.0332921;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120588;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:39:43:1:21:18:0:0:21:22:0:0 chr7 4841470 . T C 851.6 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.865;QD=57.7353;RBI=0.00984826;REFB=0;REVB=0.0080695;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89071e-06;OID=.;OPOS=4841470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:35:23:0:0:36:23:0:0 chr7 4874420 . G C 652.07 PASS AF=0.572727;AO=62;DP=109;FAO=63;FDP=110;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0555334;FXX=0.0090082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.406;QD=23.7116;RBI=0.0573826;REFB=-0.0101113;REVB=0.0144503;RO=46;SAF=30;SAR=32;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802834;STB=0.541905;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00801771;OID=.;OPOS=4874420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:46:47:62:63:0.572727:32:30:27:19:33:30:27:20 chr7 4876057 . C T 176.16 PASS AF=0.514286;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.000569651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.266;QD=20.1325;RBI=0.00671025;REFB=-0.0379154;REVB=-0.00668603;RO=17;SAF=13;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205582;STB=0.543676;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0184629;OID=.;OPOS=4876057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:17:17:16:18:0.514286:3:13:11:6:5:13:11:6 chr7 4900095 . A G 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0335241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.961;QD=20.156;RBI=0.036218;REFB=-0.0161886;REVB=-0.0137068;RO=25;SAF=20;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249168;STB=0.63943;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0142231;OID=.;OPOS=4900095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:8:20:11:14:8:20:11:14 chr7 4900341 . G A 269.54 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0402577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.549;QD=18.9152;RBI=0.0403111;REFB=-0.00880677;REVB=-0.00207388;RO=28;SAF=8;SAR=21;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120417;STB=0.567519;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00883163;OID=.;OPOS=4900341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:21:8:11:17:21:8:11:17 chr7 4901385 . A C 222.08 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.104803;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1847;QD=14.8051;RBI=0.10672;REFB=-0.0583136;REVB=-0.0201367;RO=31;SAF=4;SAR=21;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474261;STB=0.762354;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0595196;OID=.;OPOS=4901385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:34:25:26:0.433333:21:4:18:13:21:5:21:13 chr7 4955653 . C T 113.56 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0150816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8639;QD=20.6465;RBI=0.0168262;REFB=-0.00635643;REVB=0.00746086;RO=9;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171427;STB=0.5998;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0144649;OID=.;OPOS=4955653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:22:22:9:9:11:11:0.5:2:9:6:3:2:9:6:3 chr7 4959807 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00498865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.051;QD=14.6579;RBI=0.0329739;REFB=0.000794543;REVB=0.0325944;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228757;STB=0.631394;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00120443;OID=.;OPOS=4959807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:13:4:6:7:13:4 chr7 5105552 . G T 501.14 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0147969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.785;QD=21.5542;RBI=0.0218264;REFB=-0.0183347;REVB=-0.016045;RO=44;SAF=15;SAR=33;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720763;STB=0.535753;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0272948;OID=.;OPOS=5105552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:45:48:48:0.516129:33:15:17:27:33:15:17:28 chr7 5112108 . G T 78.85 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.045846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.968;QD=28.6717;RBI=0.0462243;REFB=-0.0545223;REVB=0.00590197;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.510181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0040146;OID=.;OPOS=5112108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:11:1:2:9:9:0.818182:5:4:0:1:5:4:1:1 chr7 5112554 . A C 353.41 PASS AF=0.481013;AO=35;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0557786;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.099;QD=17.8944;RBI=0.0575065;REFB=-0.0113036;REVB=-0.0139908;RO=30;SAF=23;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218395;STB=0.574572;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0426034;OID=.;OPOS=5112554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:41:35:38:0.481013:12:23:19:11:15:23:19:22 chr7 5161512 . G T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0139064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.617;QD=15.9169;RBI=0.0311891;REFB=-0.0302797;REVB=0.0279172;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298971;STB=0.502758;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0302477;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:7:6:6:8:7:6:7:8 chr7 5166500 . A G 81.74 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0216217;FXX=0.156201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6727;QD=12.1098;RBI=0.0234659;REFB=-0.0135585;REVB=-0.00911871;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154872;STB=0.615758;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0462271;OID=.;OPOS=5166500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:32:27:16:17:10:10:0.37037:3:7:9:7:3:7:9:8 chr7 5254227 . C G 1571.68 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0752063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6301;QD=59.8737;RBI=0.0926636;REFB=0;REVB=0.0541346;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127167;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:50:55:0:0:50:55:0:0 chr7 5271656 . GCTTCC G 550.19 PASS AF=0.882353;AO=40;DP=50;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00607946;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=5;MLLD=198.79;QD=43.1522;RBI=0.00629793;REFB=-0.0454776;REVB=0.00164441;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526304;STBP=0.329;TYPE=del;VARB=0.00681779;OID=.;OPOS=5271657;OREF=CTTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:40:50:45:51:6:25:20:2:4:31:0:25:15:0:0 chr7 5346735 . T C 244.71 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.29;QD=48.9427;RBI=0.0157149;REFB=0;REVB=0.00505545;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334632;OID=.;OPOS=5346735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:3:15:0:0:3:17:0:0 chr7 5372406 . G T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00153241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.325;QD=16.199;RBI=0.0439731;REFB=0.00213915;REVB=0.0439464;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361596;STB=0.713517;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000530355;OID=.;OPOS=5372406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:0:3:2:3:0:3 chr7 5399044 . C G 344.79 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0954486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.569;QD=21.8915;RBI=0.0956469;REFB=0.00973928;REVB=-0.00615492;RO=28;SAF=21;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238098;STB=0.51315;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0065064;OID=.;OPOS=5399044;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:14:21:16:12:14:21:16:12 chr7 5427517 . G A 157.86 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0075715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.026;QD=21.0477;RBI=0.0817485;REFB=-0.0253502;REVB=0.0813971;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110236;STB=0.529377;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0311231;OID=.;OPOS=5427517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:13:16:17:0.566667:7:9:6:8:8:9:6:7 chr7 5427652 . G A 150.92 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0745445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.192;QD=12.5763;RBI=0.0745527;REFB=-0.0129853;REVB=0.00110416;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146336;STB=0.508589;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0334774;OID=.;OPOS=5427652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:8:9:16:15:8:9:16:15 chr7 5427720 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6465;QD=58.5869;RBI=0.049909;REFB=0;REVB=-0.0464849;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000500021;OID=.;OPOS=5427720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr7 5434135 . A G 561.3 PASS AF=0.931818;AO=36;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.12328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4033;QD=51.0276;RBI=0.135707;REFB=-0.0267144;REVB=-0.0567328;RO=4;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631868;STB=0.500567;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00556517;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:44:44:4:2:36:41:0.931818:15:21:1:3:20:21:1:1 chr7 5460550 . C T 586.67 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00218143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.615;QD=19.7199;RBI=0.00508298;REFB=-0.0148082;REVB=-0.00459109;RO=59;SAF=26;SAR=34;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680134;STB=0.537537;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0141116;OID=.;OPOS=5460550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:59:60:60:0.504202:34:26:30:29:34:26:30:29 chr7 5487423 . C G 482.8 PASS AF=1;AO=19;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.192237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0323;QD=56.8002;RBI=0.19399;REFB=0;REVB=0.0260199;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100372;OID=.;OPOS=5487423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:19:34:1:7:12:0:0:10:24:0:0 chr7 5487457 . CTG ACG,GAC 442.54 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=25,2;DP=32;FAO=30,1;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264845,0.0242922;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=234.528,201.227;QD=57.1015;RBI=0.0429841,0.0288987;REFB=0,0;REVB=0.0338556,0.0156533;RO=0;SAF=16,1;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-2.1963e-05,0.00684546;OID=.,.;OPOS=5487457,5487457;OREF=CT,CTG;OALT=AC,GAC;OMAPALT=ACG,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:32:31:0:0:25,2:30,1:0.967742,0.0322581:9,1:16,1:0:0:11,0:19,1:0:0 chr7 5515624 . T G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.264;QD=59.5017;RBI=0.021896;REFB=0;REVB=-0.0198368;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59997e-05;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr7 5518331 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2489;QD=44.6898;RBI=0.0329232;REFB=0;REVB=0.00494457;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165846;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr7 5518333 . A T 144.52 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.036;QD=44.4675;RBI=0.0325114;REFB=0;REVB=0.0196908;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363443;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:10:3:0:0 chr7 5521552 . C T 288.01 PASS AF=0.388235;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0187647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.364;QD=13.5534;RBI=0.0268685;REFB=-0.0404967;REVB=0.0192303;RO=52;SAF=22;SAR=10;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271756;STB=0.639914;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0286244;OID=.;OPOS=5521552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:52:52:32:33:0.388235:10:22:23:29:11:22:23:29 chr7 5528883 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.388;QD=62.3509;RBI=0.00341968;REFB=0;REVB=-0.00180642;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09634e-07;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr7 5529758 . G A 102.12 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.395;QD=40.8482;RBI=0.0804839;REFB=0;REVB=0.0545469;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000984148;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:3:5:0:0:3:7:0:0 chr7 5540769 . A C 946.45 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6912;QD=58.2433;RBI=0.0292014;REFB=0;REVB=-0.0290417;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224375;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:33:32:0:0 chr7 5541657 . G A 752.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487133;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8081;QD=64.0076;RBI=0.0489827;REFB=0;REVB=0.00513058;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619725;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr7 5646231 . T C 179.27 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00567242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.215;QD=15.2573;RBI=0.0157016;REFB=-0.0356193;REVB=-0.0146411;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695562;STB=0.567493;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0596694;OID=.;OPOS=5646231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:28:19:19:0.404255:14:5:8:17:14:5:10:18 chr7 5770400 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0179856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.347;QD=9.49523;RBI=0.0309158;REFB=-0.00374599;REVB=0.0251457;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218937;STB=0.615182;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00801634;OID=.;OPOS=5770400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:23:24:11:11:0.314286:6:5:15:8:6:5:15:9 chr7 5983012 . A G 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0166616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.367;QD=35.1475;RBI=0.0334611;REFB=-0.00865745;REVB=0.0290179;RO=4;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13066;STB=0.571351;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0017486;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:12:5:0:4:12:5:0:4 chr7 6026775 . T C 356.5 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.318;QD=54.8467;RBI=0.01571;REFB=0;REVB=0.0119079;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35476e-06;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr7 6026942 . G T 1017.15 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.019232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.581;QD=56.5082;RBI=0.0572898;REFB=-0.163938;REVB=0.0539653;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145434;STB=0.515147;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0013051;OID=.;OPOS=6026942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:72:1:2:69:70:0.972222:32:37:0:1:32:38:0:2 chr7 6036980 . G C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3484;QD=40.7601;RBI=0.0834388;REFB=0;REVB=-0.0816956;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00395079;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr7 6043386 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.002;QD=57.0005;RBI=0.0553332;REFB=0;REVB=-0.0519466;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101342;OID=.;OPOS=6043386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr7 6056530 . G A 819.79 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00560654;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.122;QD=52.8895;RBI=0.0903303;REFB=-0.0352548;REVB=-0.0901562;RO=3;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553977;STB=0.529402;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000212462;OID=.;OPOS=6056530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:62:3:3:59:59:0.951613:24:35:0:3:24:35:0:3 chr7 6066450 . T C 790.77 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2722;QD=56.4833;RBI=0.0309349;REFB=0;REVB=-0.0138248;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754052;OID=.;OPOS=6066450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:30:26:0:0 chr7 6066461 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.463;QD=57.2374;RBI=0.0256296;REFB=0;REVB=0.0205245;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22183e-05;OID=.;OPOS=6066461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr7 6087389 . C A 207.41 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.519;QD=48.8021;RBI=0.0933169;REFB=0;REVB=0.0924611;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474164;OID=.;OPOS=6087389;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chr7 6087400 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.184;QD=49.599;RBI=0.0243293;REFB=0;REVB=0.0183684;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36636e-05;OID=.;OPOS=6087400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr7 6087566 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0315758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.714;QD=21.0138;RBI=0.0328711;REFB=-0.0121514;REVB=-0.00913659;RO=7;SAF=10;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407764;STB=0.740184;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0126625;OID=.;OPOS=6087566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:1:10:4:3:1:10:4:3 chr7 6088420 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1603;QD=51.9152;RBI=0.121382;REFB=0;REVB=0.0554568;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153939;OID=.;OPOS=6088420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr7 6189780 . T C 281.17 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0706381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6891;QD=14.6061;RBI=0.0889762;REFB=-0.0267129;REVB=-0.0541019;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139747;STB=0.571385;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0429898;OID=.;OPOS=6189780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:16:16:16:28:16:16:17:28 chr7 6190126 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00250782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.526;QD=21.377;RBI=0.0101617;REFB=-0.0132674;REVB=-0.00984736;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147333;STB=0.582261;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00969408;OID=.;OPOS=6190126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:6:16:13:10:6:16 chr7 6193464 . T G 423.9 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.0170909;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.902;QD=20.9333;RBI=0.017118;REFB=-0.0174031;REVB=0.000962272;RO=38;SAF=13;SAR=29;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104382;STB=0.545887;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0141826;OID=.;OPOS=6193464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:29:13:8:30:29:13:9:30 chr7 6193521 . G C 175.44 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.987;QD=46.783;RBI=0.0796961;REFB=0;REVB=0.00988207;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011659;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:7:5:0:0:9:6:0:0 chr7 6194274 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.761;QD=57.8849;RBI=0.0154672;REFB=0;REVB=-0.00611542;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65221e-06;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr7 6204999 . A C 392.9 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0558926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.93;QD=56.128;RBI=0.065451;REFB=0;REVB=0.0340566;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178651;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr7 6252291 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00943846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.179;QD=16.8838;RBI=0.0291871;REFB=-0.0398275;REVB=0.0276189;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116243;STB=0.555478;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0310305;OID=.;OPOS=6252291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:11:4:6:10:11:4:6:11 chr7 6370144 . G A 258.18 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00899269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.283;QD=16.6569;RBI=0.0126681;REFB=-0.00715904;REVB=0.00892259;RO=32;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497671;STB=0.545423;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0123151;OID=.;OPOS=6370144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:33:28:29:0.467742:10:18:19:13:10:19:19:14 chr7 6370194 . C T 773.92 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233992;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6564;QD=63.1769;RBI=0.0635131;REFB=-0.0611497;REVB=0.0590457;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235746;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:22:27:0:0 chr7 6370305 . C G 379.73 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079206;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.245;QD=56.2564;RBI=0.0798917;REFB=0;REVB=-0.0104454;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300798;OID=.;OPOS=6370305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr7 6370406 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.047;QD=46.8478;RBI=0.031759;REFB=0;REVB=0.0190107;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288492;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr7 6442433 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.984;QD=59.5014;RBI=0.0429114;REFB=0;REVB=0.00948891;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94192e-05;OID=.;OPOS=6442433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr7 6452461 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.811;QD=58.7816;RBI=0.0269538;REFB=0;REVB=-0.0197102;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39026e-06;OID=.;OPOS=6452461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr7 6502367 . T C 124.15 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00446062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5879;QD=27.5879;RBI=0.0432527;REFB=-0.043898;REVB=0.0430221;RO=5;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195689;STB=0.610918;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.033765;OID=.;OPOS=6502367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:11:2:2:3:11:2:2:3 chr7 6505901 . T C 402.92 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0138827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.348;QD=19.1868;RBI=0.0243165;REFB=-0.00579776;REVB=0.019964;RO=43;SAF=17;SAR=24;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632041;STB=0.535092;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00726013;OID=.;OPOS=6505901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:24:17:15:28:24:17:15:28 chr7 6537821 . G C 504.1 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=48;FSRF=20;FSRR=51;FWDB=-0.0171937;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.384;QD=16.0032;RBI=0.0197999;REFB=-0.0104257;REVB=0.00981898;RO=71;SAF=7;SAR=48;SRF=20;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266041;STB=0.651519;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0158968;OID=.;OPOS=6537821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:71:71:55:55:0.436508:48:7:20:51:48:7:20:51 chr7 6566322 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.493;QD=43.4862;RBI=0.0653982;REFB=0;REVB=0.0489817;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007836;OID=.;OPOS=6566322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr7 6628514 . A G 250.29 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.013129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.289;QD=20.0229;RBI=0.0151399;REFB=-0.00249294;REVB=0.00753961;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248652;STB=0.639235;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00194268;OID=.;OPOS=6628514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:7:19:11:13:7:19 chr7 6639791 . C T 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0268205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.392;QD=18.7118;RBI=0.0362503;REFB=-0.000925241;REVB=-0.0243874;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148193;STB=0.584676;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00158555;OID=.;OPOS=6639791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:13:5:8:11:13:5:8:11 chr7 6647738 . T C 266.7 PASS AF=0.510204;AO=23;DP=46;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0325063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8737;QD=21.7712;RBI=0.0518253;REFB=-0.0347893;REVB=-0.0403634;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778015;STB=0.570676;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0254042;OID=.;OPOS=6647738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:23:24:23:25:0.510204:12:11:9:14:12:13:9:15 chr7 6656830 . G A 803.65 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.198;QD=55.4244;RBI=0.0316809;REFB=-0.117213;REVB=0.0223322;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.50746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000258852;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:24:33:0:0:24:33:1:0 chr7 6656897 . A G 851.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00841118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3509;QD=57.7049;RBI=0.0592647;REFB=0;REVB=-0.0586648;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000694535;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr7 6660790 . G A 773.74 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.215;QD=63.1626;RBI=0.0337027;REFB=0;REVB=0.0182369;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106518;OID=.;OPOS=6660790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:20:29:0:0 chr7 6713985 . A G 504.87 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109819;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.403;QD=59.397;RBI=0.111983;REFB=0;REVB=0.0219109;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731162;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr7 7283569 . G A 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0368315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1091;QD=13.4057;RBI=0.0381427;REFB=-0.0137912;REVB=-0.00991501;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129261;STB=0.58326;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0154176;OID=.;OPOS=7283569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:14:9:17:16:14:9:18:16 chr7 7476098 . T C 105.3 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0234261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.741;QD=11.0845;RBI=0.0261282;REFB=0.00766928;REVB=0.0115716;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151886;STB=0.590225;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0146156;OID=.;OPOS=7476098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:10:15:6:7:10:15 chr7 7493097 . C G 787.02 PASS AF=0.393162;AO=83;DP=225;FAO=92;FDP=234;FR=.;FRO=142;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=86;FWDB=0.00327011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.502;QD=13.4533;RBI=0.00359023;REFB=-0.00970381;REVB=-0.00148195;RO=138;SAF=33;SAR=50;SRF=55;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00110665;STB=0.525109;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0137189;OID=.;OPOS=7493097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:234:138:142:83:92:0.393162:50:33:55:83:52:40:56:86 chr7 7495735 . T C 1512.29 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.116;QD=59.8927;RBI=0.0347736;REFB=0;REVB=0.0160878;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93612e-05;OID=.;OPOS=7495735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:101:0:0:97:101:1:46:51:0:0:48:53:0:0 chr7 7514235 . C G 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1329;QD=60.5469;RBI=0.0755405;REFB=0;REVB=-0.000603208;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301783;OID=.;OPOS=7514235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr7 7545691 . G C 1525.19 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5445;QD=59.8114;RBI=0.0168201;REFB=0;REVB=-0.00845733;RO=0;SAF=59;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61752e-05;OID=.;OPOS=7545691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:42:59:0:0:43:59:0:0 chr7 7551443 . A T 227.67 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00198682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.731;QD=12.8267;RBI=0.00809929;REFB=-0.0139493;REVB=-0.00785181;RO=43;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267796;STB=0.636266;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0245611;OID=.;OPOS=7551443;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:43:43:27:28:0.394366:9:18:18:25:10:18:18:25 chr7 7571094 . G C 1692.69 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.978;QD=59.9182;RBI=0.0300688;REFB=0;REVB=0.0275129;RO=0;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346968;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:113:0:0:108:113:1:49:59:0:0:53:60:0:0 chr7 7613039 . C T 260.64 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00338666;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.076;QD=14.2816;RBI=0.00644946;REFB=-0.00257287;REVB=-0.00548872;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108586;STB=0.561603;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00312448;OID=.;OPOS=7613039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:43:30:30:0.410959:15:15:26:17:15:15:26:17 chr7 7646651 . G T 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.303;QD=62.7616;RBI=0.0169314;REFB=0;REVB=0.0167735;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71405e-05;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:40:49:0:0:40:49:0:0 chr7 7646687 . A G 482.7 PASS AF=0.441667;AO=52;DP=119;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=0.00159769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.605;QD=16.0899;RBI=0.00491897;REFB=-0.00522931;REVB=-0.00465228;RO=65;SAF=21;SAR=31;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266663;STB=0.658217;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00672778;OID=.;OPOS=7646687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:65:67:52:53:0.441667:31:21:44:21:32:21:46:21 chr7 8125964 . C T 709.41 PASS AF=0.616162;AO=61;DP=99;FAO=61;FDP=99;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0015901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.196;QD=28.6629;RBI=0.0169711;REFB=-0.023495;REVB=0.0168964;RO=38;SAF=27;SAR=34;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408401;STB=0.522196;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0151163;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:38:38:61:61:0.616162:34:27:19:19:34:27:19:19 chr7 8132252 . T C 401.37 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00352927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.033;QD=16.3826;RBI=0.00528293;REFB=-0.00526601;REVB=-0.0039311;RO=55;SAF=23;SAR=19;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756066;STB=0.547596;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00691847;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:56:42:42:0.428571:19:23:26:29:19:23:26:30 chr7 8153053 . T C 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.04004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.143;QD=16.6616;RBI=0.0402165;REFB=0.00273172;REVB=0.00376401;RO=32;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226069;STB=0.627312;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00212971;OID=.;OPOS=8153053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:18:10:19:13:18:10:19:13 chr7 8196529 . A T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000977355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.657;QD=56.9566;RBI=0.00761016;REFB=0;REVB=-0.00754714;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72149e-05;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr7 8196594 . AAAG A 36.84 PASS AF=0.192982;AO=10;DP=62;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0209135;FXX=0.095223;HRUN=3;LEN=3;MLLD=228.421;QD=2.58546;RBI=0.0237325;REFB=-0.00225417;REVB=0.0112187;RO=50;SAF=4;SAR=6;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147826;STB=0.611445;STBP=0.427;TYPE=del;VARB=0.0100918;OID=.;OPOS=8196595;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.192982:10:62:11:57:46:4:7:23:23:36:50:4:6:26:24 chr7 8792148 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1071;QD=60.0303;RBI=0.0582268;REFB=0;REVB=0.00642908;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308618;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:42:28:0:0:44:28:0:0 chr7 11414586 . G A 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0151099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.603;QD=15.5754;RBI=0.0152225;REFB=0.00514351;REVB=0.00184836;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195899;STB=0.511102;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00636056;OID=.;OPOS=11414586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:10:15:18:13:10:15:18:13 chr7 11581121 . T C 1268.6 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.371;QD=60.4097;RBI=0.021702;REFB=-0.0314279;REVB=0.0170907;RO=1;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137257;STB=0.507245;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00030069;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:34:49:0:1:34:49:0:1 chr7 11581134 . T C 396.55 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00350619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.454;QD=17.8225;RBI=0.00983553;REFB=-0.0309837;REVB=-0.00918936;RO=47;SAF=23;SAR=18;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548605;STB=0.535337;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0372717;OID=.;OPOS=11581134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:48:41:41:0.460674:18:23:29:18:18:23:30:18 chr7 12269417 . C G 758.85 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00756052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.108;QD=53.2527;RBI=0.00853777;REFB=-0.00974027;REVB=-0.00396638;RO=2;SAF=26;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348843;STB=0.518512;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=6.29578e-05;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:29:26:2:0:29:26:2:0 chr7 12271997 . G A 764.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.513;QD=56.5923;RBI=0.0851668;REFB=0;REVB=0.0462772;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165159;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:26:24:0:0:27:27:0:0 chr7 12272750 . A C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0019714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0405;QD=7.12513;RBI=0.00634227;REFB=-0.0124726;REVB=-0.0060281;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110839;STB=0.507022;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0203313;OID=.;OPOS=12272750;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:2:5:13:5:2:5:13:5 chr7 12370794 . T C 512.38 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00231387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1609;QD=21.5738;RBI=0.0556694;REFB=-0.0401169;REVB=0.0556213;RO=46;SAF=28;SAR=21;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101156;STB=0.555868;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0272585;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:21:28:21:25:21:28:21:25 chr7 12376811 . A C 433.54 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0071768;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.384;QD=17.878;RBI=0.0071776;REFB=0.000717741;REVB=0.00010769;RO=53;SAF=26;SAR=18;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18925;STB=0.60573;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00118914;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:53:53:44:44:0.453608:18:26:21:32:18:26:21:32 chr7 12391319 . G T 300.25 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00432271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.82;QD=16.4518;RBI=0.00476215;REFB=-0.0122101;REVB=-0.00199805;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877038;STB=0.549266;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0174109;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:16:17:17:23:16:17:17:23 chr7 12393966 . A G 972.13 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00531099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.195;QD=55.5504;RBI=0.114964;REFB=-0.0561992;REVB=0.114841;RO=3;SAF=38;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820777;STB=0.512817;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00322472;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:3:2:67:68:0.971429:29:38:2:1:30:38:2:0 chr7 12393974 . A C 1096.12 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.607;QD=60.0615;RBI=0.0229034;REFB=0;REVB=0.00531963;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15384e-05;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:29:43:0:0:30:43:0:0 chr7 12394053 . G T 1153.61 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.299;QD=60.7162;RBI=0.0200751;REFB=0;REVB=0.0172018;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38585e-05;OID=.;OPOS=12394053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:28:47:0:0:28:48:0:0 chr7 12395813 . T C 929.35 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00074517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.488;QD=55.4837;RBI=0.00887838;REFB=-0.0695908;REVB=0.00884706;RO=2;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349541;STB=0.518513;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.000158618;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:26:39:0:2:26:39:0:2 chr7 12400837 . G A 446.79 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00363639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.037;QD=16.7025;RBI=0.00869957;REFB=-0.0112053;REVB=0.00790311;RO=57;SAF=24;SAR=25;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521229;STB=0.524199;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0125255;OID=.;OPOS=12400837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:58:49:49:0.457944:25:24:31:26:25:24:31:27 chr7 12406989 . C G 413.49 PASS AF=0.431193;AO=42;DP=104;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00341764;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.957;QD=15.1738;RBI=0.0523074;REFB=-0.024951;REVB=0.0521956;RO=62;SAF=33;SAR=9;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312031;STB=0.605587;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0331981;OID=.;OPOS=12406989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:109:62:62:42:47:0.431193:9:33:33:29:14:33:33:29 chr7 12409882 . G A 228.03 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0435006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.727;QD=12.3261;RBI=0.0436978;REFB=-0.0117393;REVB=0.00414595;RO=46;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470648;STB=0.527008;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0224384;OID=.;OPOS=12409882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:14:14:21:25:14:14:21:25 chr7 12410112 . G A 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00382897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.759;QD=11.9923;RBI=0.0143647;REFB=0.00422898;REVB=0.013845;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209572;STB=0.622186;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0057638;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:8:10:12:21:8:10:12:21 chr7 12417407 . C T 275.78 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0115966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.721;QD=18.0842;RBI=0.026456;REFB=-0.00974513;REVB=-0.023779;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509428;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0152413;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:30:31:30:30:0.491803:13:17:17:13:13:17:17:14 chr7 12419108 . A T 348.64 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00434906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.7182;QD=17.432;RBI=0.0145396;REFB=-0.0229009;REVB=0.0138739;RO=43;SAF=15;SAR=22;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570824;STB=0.531898;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0246245;OID=.;OPOS=12419108;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:22:15:15:28:22:15:15:28 chr7 12428608 . C A 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00303891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.163;QD=22.1886;RBI=0.00410591;REFB=-0.00754678;REVB=-0.00276107;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194103;STB=0.608594;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00558867;OID=.;OPOS=12428608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:6:12:9:12:6:12 chr7 12428803 . G A 624.53 PASS AF=0.52459;AO=57;DP=115;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00609176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.642;QD=20.4764;RBI=0.00708149;REFB=-0.0145564;REVB=-0.0036108;RO=57;SAF=29;SAR=28;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063632;STB=0.511479;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0132026;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:122:57:58:57:64:0.52459:28:29:33:24:28:36:34:24 chr7 12611252 . T C 877.34 PASS AF=0.544304;AO=84;DP=155;FAO=86;FDP=158;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0222055;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.089;QD=22.211;RBI=0.0384948;REFB=-0.017517;REVB=0.0314447;RO=70;SAF=34;SAR=50;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568137;STB=0.536833;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0164961;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:70:72:84:86:0.544304:50:34:33:37:51:35:35:37 chr7 12636026 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7855;QD=54.5155;RBI=0.0766655;REFB=0;REVB=0.0763004;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919876;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chr7 12728977 . G A 244.33 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0203629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.955;QD=17.4522;RBI=0.0328396;REFB=-0.00206176;REVB=-0.0257642;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329533;STB=0.518505;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0021386;OID=.;OPOS=12728977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:15:14:14:13:15:14 chr7 12729269 . C G 130.05 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00301815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.078;QD=13.3381;RBI=0.0126041;REFB=-0.00997113;REVB=-0.0122374;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189194;STB=0.609619;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0153389;OID=.;OPOS=12729269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:7:17:8:7:7:17 chr7 12730503 . T G 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00982297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.983;QD=16.5647;RBI=0.0105223;REFB=-0.0113152;REVB=0.003772;RO=48;SAF=17;SAR=21;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734202;STB=0.541177;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0128238;OID=.;OPOS=12730503;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:21:17:18:30:21:17:18:30 chr7 13934358 . A T 336.03 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0464165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.29;QD=19.4797;RBI=0.047571;REFB=-0.0213667;REVB=-0.0104168;RO=33;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179968;STB=0.59297;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0165719;OID=.;OPOS=13934358;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:21:14:20:13:21:14:20:14 chr7 13978809 . T C 433.07 PASS AF=0.448598;AO=47;DP=108;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0100593;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.088;QD=16.1895;RBI=0.0118495;REFB=-0.00461018;REVB=0.00626266;RO=59;SAF=21;SAR=26;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404721;STB=0.528751;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0058494;OID=.;OPOS=13978809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:59:59:47:48:0.448598:26:21:24:35:26:22:24:35 chr7 14025727 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.785;QD=62.669;RBI=0.0172348;REFB=0;REVB=-0.013491;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23292e-05;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr7 14025766 . T A 976.11 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000561324;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5869;QD=59.1582;RBI=0.0666252;REFB=0;REVB=-0.0666228;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000579057;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr7 14187931 . T C 1419.51 PASS AF=0.970297;AO=96;DP=100;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00625954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.766;QD=56.2184;RBI=0.00995484;REFB=-0.0926487;REVB=0.00774061;RO=1;SAF=40;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117078;STB=0.502597;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00121196;OID=.;OPOS=14187931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:101:1:3:96:98:0.970297:56:40:1:0:57:41:1:2 chr7 14217673 . G A 223.28 PASS AF=0.488889;AO=20;DP=43;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00691337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.052;QD=19.8467;RBI=0.00768102;REFB=-0.0266571;REVB=0.00334714;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517722;STB=0.513501;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0339918;OID=.;OPOS=14217673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:22:23:20:22:0.488889:12:8:10:12:13:9:10:13 chr7 14758273 . C T 2183.76 PASS AF=0.985915;AO=139;DP=141;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0390485;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2805;QD=61.5144;RBI=0.0465783;REFB=-0.0274876;REVB=-0.025392;RO=2;SAF=57;SAR=82;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163872;STB=0.508619;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00148886;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:142:2:2:139:140:0.985915:82:57:2:0:83:57:2:0 chr7 14775822 . GGA G,GCA,GG 465.46 PASS AF=0,0.626866,0.343284;AO=9,17,10;DP=82;FAO=0,42,23;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=0,14,8;FSAR=0,28,15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0146219,0.0218326,0.0380354;FXX=0.0289813;HRUN=2,2,10;LEN=2,1,1;MLLD=23.0002,233.498,3.01901;QD=27.7889;RBI=0.219943,0.0227913,0.353259;REFB=0.119156,-0.0249483,0.20317;REVB=-0.219457,-0.00654057,-0.351205;RO=20;SAF=4,7,5;SAR=5,10,5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.10924,0.0610493,0.165876;STB=0.5,0.508471,0.513296;STBP=1,0.755,0.78;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.0142818,0.752367;OID=.,.,.;OPOS=14775823,14775823,14775824;OREF=GA,G,A;OALT=-,C,-;OMAPALT=G,GCA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.626866,0.343284:9,17,10:82:0,42,23:67:2:0,14,8:0,28,15:1:1:62:20:4,7,5:5,10,5:7:13 chr7 15651692 . T C 269.3 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00748593;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.672;QD=16.0777;RBI=0.0120557;REFB=-0.0094095;REVB=-0.00944991;RO=30;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14956;STB=0.522373;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0268762;OID=.;OPOS=15651692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:67:30:37:30:30:0.447761:15:15:10:20:15:15:17:20 chr7 15651770 . C T 545.18 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6092;QD=57.3868;RBI=0.0235284;REFB=-0.0154707;REVB=0.0174426;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000767358;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:24:13:0:1:24:13:0:1 chr7 15652068 . T G 686.69 PASS AF=0.470968;AO=73;DP=155;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.0119125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.237;QD=17.7211;RBI=0.0208759;REFB=-0.00739069;REVB=0.0171433;RO=82;SAF=48;SAR=25;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865725;STB=0.548036;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00736984;OID=.;OPOS=15652068;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:82:82:73:73:0.470968:25:48:47:35:25:48:47:35 chr7 16129153 . C T 150.16 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=-0.00618841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.337;QD=10.5373;RBI=0.00773805;REFB=-0.0191592;REVB=0.00464554;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455348;STB=0.719121;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0350077;OID=.;OPOS=16129153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:33:37:20:20:0.350877:10:10:3:30:10:10:6:31 chr7 16129172 . A G 746.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.411;QD=63.5739;RBI=0.133853;REFB=0;REVB=0.0320502;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617931;OID=.;OPOS=16129172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:35:12:0:0:35:12:0:0 chr7 16129214 . G A 92.94 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0436305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7417;QD=13.769;RBI=0.0928316;REFB=-0.0934804;REVB=-0.0819395;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234756;STB=0.636143;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.138388;OID=.;OPOS=16129214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:5:10:5:7:5:10 chr7 16566645 . C G 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0652614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7097;QD=20.4487;RBI=0.0683446;REFB=0.0117053;REVB=0.0202962;RO=43;SAF=27;SAR=17;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300741;STB=0.516668;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0103353;OID=.;OPOS=16566645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:17:27:25:18:17:27:25:18 chr7 16639615 . A C 1381.42 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7163;QD=61.3966;RBI=0.060452;REFB=-0.0744184;REVB=0.0575699;RO=1;SAF=45;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104156;STB=0.505493;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000922618;OID=.;OPOS=16639615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:44:45:1:0:44:45:1:0 chr7 16834551 . C A 2139.03 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.118;QD=62.9127;RBI=0.0244315;REFB=0;REVB=-0.0166561;RO=0;SAF=69;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58259e-07;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:66:69:0:0:66:70:0:0 chr7 16872913 . G A 662.75 PASS AF=0.541667;AO=64;DP=119;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0084086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6995;QD=22.0915;RBI=0.0459845;REFB=-0.00176697;REVB=-0.0452092;RO=54;SAF=32;SAR=32;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773347;STB=0.534008;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00122515;OID=.;OPOS=16872913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:54:55:64:65:0.541667:32:32:32:22:32:33:32:23 chr7 16899197 . C T 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.00959324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.213;QD=28.0214;RBI=0.00978836;REFB=-0.00444664;REVB=0.0019447;RO=17;SAF=11;SAR=17;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162518;STB=0.596546;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00382082;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:28:28:0.608696:17:11:3:14:17:11:3:15 chr7 16913394 . A G 781.79 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0175;QD=56.8573;RBI=0.0775225;REFB=0;REVB=0.0666262;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976734;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr7 17379110 . G A 269.13 PASS AF=0.407895;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00789453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.957;QD=14.1645;RBI=0.0111045;REFB=-0.0172542;REVB=0.00780931;RO=44;SAF=10;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858243;STB=0.564369;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0210815;OID=.;OPOS=17379110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:45:30:31:0.407895:20:10:18:26:21:10:19:26 chr7 17831806 . C T 805.74 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.058;QD=64.4595;RBI=0.0461915;REFB=0;REVB=-0.0208911;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35913e-05;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:27:23:0:0 chr7 17854532 . G T 930.85 PASS AF=0.942857;AO=65;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0219921;FXX=0.0277739;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.284;QD=53.1916;RBI=0.0308705;REFB=-0.0198174;REVB=0.0216641;RO=4;SAF=21;SAR=44;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219165;STB=0.510635;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.000144409;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:70:4:4:65:66:0.942857:44:21:2:2:44:22:2:2 chr7 18767343 . A G 450.92 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0118659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.491;QD=19.1881;RBI=0.0123259;REFB=-0.00505439;REVB=-0.00333568;RO=49;SAF=21;SAR=24;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359555;STB=0.519991;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00621199;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:24:21:21:28:24:21:21:28 chr7 18977653 . G A 370.84 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.0324293;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3031;QD=17.0503;RBI=0.0378113;REFB=-0.0105342;REVB=0.0194432;RO=48;SAF=18;SAR=21;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260618;STB=0.645148;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0183749;OID=.;OPOS=18977653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:48:48:39:39:0.448276:21:18:35:13:21:18:35:13 chr7 18993870 . C T 691.62 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00568609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.763;QD=58.8612;RBI=0.0142765;REFB=0.0359138;REVB=0.0130953;RO=1;SAF=7;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012532;STB=0.538444;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000863943;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:47:1:1:44:46:0.978723:37:7:0:1:40:6:1:0 chr7 19184732 . C A 295.53 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0423331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6825;QD=15.3522;RBI=0.0450848;REFB=-0.0107294;REVB=0.0155097;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232301;STB=0.513119;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0157335;OID=.;OPOS=19184732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:15:18:25:19:15:18:25:19 chr7 19760985 . A G 344.45 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0774609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.733;QD=19.136;RBI=0.0807343;REFB=-0.0182723;REVB=0.022756;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113816;STB=0.514011;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0148645;OID=.;OPOS=19760985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:36:36:36:0.5:20:16:16:19:20:16:17:19 chr7 20178174 . GC G,GT 871.11 PASS AF=0.0163934,0.983607;AO=17,38;DP=61;FAO=1,60;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194817,0.0189324;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=248.952,254.739;QD=57.1221;RBI=0.0357493,0.036426;REFB=0,0;REVB=0.0299746,0.0311194;RO=0;SAF=7,16;SAR=10,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00146308,0.00322275;OID=.,.;OPOS=20178175,20178175;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0163934,0.983607:17,38:61:1,60:61:0:0,24:1,36:0:0:6:0:7,16:10,22:0:0 chr7 20180717 . C G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.17;QD=61.5361;RBI=0.0391361;REFB=0;REVB=-4.51722e-05;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01394e-05;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr7 20198440 . G A 1514.9 PASS AF=0.990385;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00627057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.769;QD=58.2656;RBI=0.0222294;REFB=0.0173762;REVB=0.0213266;RO=0;SAF=37;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000128089;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:104:0:1:99:103:0.990385:62:37:0:0:65:38:0:1 chr7 20201395 . G C 385.09 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0154294;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.308;QD=20.0045;RBI=0.032564;REFB=0.000655026;REVB=-0.0286766;RO=36;SAF=29;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190307;STB=0.610228;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.000376509;OID=.;OPOS=20201395;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:36:38:39:39:0.506494:10:29:20:16:10:29:21:17 chr7 20698270 . A G 748.1 PASS AF=0.464706;AO=79;DP=170;FAO=79;FDP=170;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.00305116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.658;QD=17.6023;RBI=0.00333697;REFB=-0.0307953;REVB=-0.00135122;RO=91;SAF=38;SAR=41;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660454;STB=0.536576;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0380938;OID=.;OPOS=20698270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:91:91:79:79:0.464706:41:38:50:41:41:38:50:41 chr7 20778646 . G A 533.99 PASS AF=0.495652;AO=51;DP=109;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00931377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.303;QD=18.5735;RBI=0.0107967;REFB=-0.0108136;REVB=-0.00546091;RO=56;SAF=18;SAR=33;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22545;STB=0.619313;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0134074;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:115:56:58:51:57:0.495652:33:18:33:23:36:21:35:23 chr7 20822196 . A AC 689.42 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.6032;QD=46.7403;RBI=0.199521;REFB=0;REVB=0.150038;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171508;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00616024;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:59:59:59:0:28:31:0:0:12:1:27:31:1:0 chr7 20822304 . C CA 211.29 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.026;QD=40.246;RBI=0.193173;REFB=0;REVB=0.188344;RO=3;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00962656;OID=.;OPOS=20822305;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:23:21:21:0:12:9:0:0:4:3:11:8:1:2 chr7 20824614 . C T 229.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.010888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.112;QD=14.3576;RBI=0.0284302;REFB=-0.00412358;REVB=-0.0262627;RO=37;SAF=21;SAR=6;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447318;STB=0.7552;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00967299;OID=.;OPOS=20824614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:6:21:13:24:6:21:13:24 chr7 20826452 . TTTTTA GTTTTA,TTTTAT,TTTTTAT 472.07 PASS AF=0.52,0.02,0.32;AO=26,6,9;DP=62;FAO=26,1,16;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=16,1,15;FSAR=10,0,1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00603096,0.136005,0.298938;FXX=0.166639;HRUN=6,6,1;LEN=1,2,1;MLLD=193.53,20.0019,19.3343;QD=37.7653;RBI=0.00690032,0.151228,0.30791;REFB=-0.0120689,-0.0583346,-0.120248;REVB=0.0033529,-0.0661253,-0.0737887;RO=6;SAF=15,6,8;SAR=11,0,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0270742,0.759974,0.409156;STB=0.571373,0.992551,0.840555;STBP=0.124,0.251,0;TYPE=snp,mnp,ins;VARB=0.0120958,0.17299,0.111869;OID=.,.,.;OPOS=20826452,20826456,20826458;OREF=T,TA,-;OALT=G,AT,T;OMAPALT=GTTTTA,TTTTAT,TTTTTAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:95:62:50:6:7:26,6,9:26,1,16:0.52,0.02,0.32:11,0,1:15,6,8:3:3:10,0,1:16,1,15:2:5 chr7 21553621 . T G 366.09 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.000396861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.909;QD=16.2708;RBI=0.0108735;REFB=0.000771104;REVB=0.0108662;RO=50;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243921;STB=0.519875;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.000812702;OID=.;OPOS=21553621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:51:39:39:0.433333:22:17:23:27:22:17:24:27 chr7 21599233 . C T 329.41 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00586499;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.051;QD=20.5879;RBI=0.0138182;REFB=-0.0117658;REVB=-0.0125118;RO=30;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500691;STB=0.527761;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0106916;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:30:34:34:0.53125:19:15:15:15:19:15:15:15 chr7 21603886 . A G 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.861;QD=57.1938;RBI=0.0738384;REFB=0;REVB=0.0438224;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637526;OID=.;OPOS=21603886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr7 21628237 . C T 1805.11 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0406471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.124;QD=60.1703;RBI=0.0406511;REFB=-0.11281;REVB=0.000569543;RO=1;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772287;STB=0.503999;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000164952;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:119:120:1:1:118:119:0.991667:61:57:0:1:62:57:0:1 chr7 21630982 . A G 717.94 PASS AF=0.642105;AO=61;DP=95;FAO=61;FDP=95;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0404984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7717;QD=30.2288;RBI=0.0412561;REFB=-0.0195235;REVB=-0.00787061;RO=34;SAF=19;SAR=42;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136601;STB=0.574225;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00770159;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:34:34:61:61:0.642105:42:19:17:17:42:19:17:17 chr7 21640405 . A G 526.38 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0219811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0711;QD=16.0728;RBI=0.0653465;REFB=-0.00575126;REVB=0.0615386;RO=72;SAF=24;SAR=33;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134544;STB=0.575195;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00740727;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:72:74:57:57:0.435115:33:24:40:32:33:24:41:33 chr7 21641129 . A G 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0443594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0015;QD=18.3009;RBI=0.0488648;REFB=-0.00209896;REVB=-0.0204941;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260532;STB=0.648627;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00284224;OID=.;OPOS=21641129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:6:14:10:13:6:14:10:13 chr7 21641218 . G A 225.34 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0150698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.61;QD=27.3136;RBI=0.0189536;REFB=0.0289244;REVB=0.0114953;RO=12;SAF=4;SAR=16;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4589;STB=0.757697;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0118328;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:20:21:0.636364:16:4:10:2:17:4:10:2 chr7 21659645 . T C 456.68 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0231929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1483;QD=16.7588;RBI=0.024278;REFB=0.00207016;REVB=0.00717714;RO=59;SAF=26;SAR=24;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027647;STB=0.515412;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00276571;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:24:26:29:30:24:26:29:30 chr7 21765497 . G A 489.17 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0113278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.224;QD=21.9851;RBI=0.105762;REFB=-0.0124728;REVB=-0.105154;RO=42;SAF=35;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238091;STB=0.632124;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00968317;OID=.;OPOS=21765497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:12:35:21:21:12:35:21:21 chr7 21775443 . G A 306.55 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.000929578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.237;QD=21.8961;RBI=0.00299989;REFB=-0.0283465;REVB=-0.00285223;RO=23;SAF=6;SAR=25;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405445;STB=0.713256;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0297919;OID=.;OPOS=21775443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:24:31:32:0.571429:25:6:15:8:25:7:16:8 chr7 21824122 . G A 248.63 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0217168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.943;QD=16.3035;RBI=0.0221095;REFB=-0.0195399;REVB=-0.00414865;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184652;STB=0.604241;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0186211;OID=.;OPOS=21824122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:18:10:18:15:18:10:18:15 chr7 21856151 . G A 573.82 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.00180598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.886;QD=17.9319;RBI=0.0412659;REFB=0.00136847;REVB=-0.0412264;RO=68;SAF=38;SAR=22;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226908;STB=0.626004;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00113384;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:68:60:60:0.46875:22:38:27:41:22:38:27:41 chr7 21893993 . G T 1376.91 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.246;QD=62.5867;RBI=0.0209967;REFB=0;REVB=-0.0183517;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48413e-05;OID=.;OPOS=21893993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr7 21901566 . T C 1540.58 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.74;QD=59.8282;RBI=0.0477947;REFB=0;REVB=0.0169482;RO=0;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125851;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:45:58:0:0:45:58:0:0 chr7 21924014 . A G 484.02 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0357532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.869;QD=23.6106;RBI=0.035791;REFB=-0.00637202;REVB=-0.00164527;RO=36;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791518;STB=0.543459;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00993787;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:25:21:20:16:25:21:20:16 chr7 21939032 . C A 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0222124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3312;QD=20.5629;RBI=0.0487029;REFB=-0.0238922;REVB=0.0433426;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849208;STB=0.547292;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0269909;OID=.;OPOS=21939032;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:19:10:11:14:19:10:11:14 chr7 21940960 . A G 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0186425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.181;QD=11.1266;RBI=0.029449;REFB=0.00221523;REVB=0.022797;RO=34;SAF=15;SAR=2;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637794;STB=0.877769;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0185476;OID=.;OPOS=21940960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:2:15:11:23:2:15:11:23 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 267.76 PASS AF=0.340426;AO=31;DP=87;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=-0.00875267;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=7;MLLD=299.21;QD=11.394;RBI=0.0106599;REFB=-0.0114798;REVB=0.00608482;RO=51;SAF=11;SAR=20;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330607;STB=0.711512;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.021242;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340426:31:87:32:94:62:11:21:42:20:99:51:11:20:34:17 chr7 21941669 . A C 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0085851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.321;QD=14.5323;RBI=0.00860762;REFB=-0.00797753;REVB=-0.000622219;RO=40;SAF=10;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139359;STB=0.579334;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00696697;OID=.;OPOS=21941669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:19:10:19:21:19:10:19:21 chr7 21956405 . G A 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0342689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0768;QD=9.21738;RBI=0.0354203;REFB=-0.0250056;REVB=0.0089576;RO=37;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353457;STB=0.711059;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0269215;OID=.;OPOS=21956405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:5:11:14:23:5:11:14:23 chr7 22157962 . A T 40.33 PASS AF=0.0763359;AO=11;DP=130;FAO=10;FDP=131;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=119;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=64;FWDB=0.0544943;FXX=0.00757518;HRUN=9;LEN=1;MLLD=20.9239;QD=1.23149;RBI=0.0673038;REFB=-0.00260051;REVB=-0.0394991;RO=75;SAF=2;SAR=9;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360409;STB=0.75945;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0492372;OID=.;OPOS=22157962;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:130:131:75:119:11:10:0.0763359:9:2:34:41:8:2:55:64 chr7 22158386 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.756;QD=56.7057;RBI=0.0565661;REFB=0;REVB=0.0484393;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165975;OID=.;OPOS=22158386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr7 22197507 . A G 1180.01 PASS AF=0.975309;AO=81;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000257165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0545;QD=58.272;RBI=0.0151575;REFB=-0.151932;REVB=-0.0151553;RO=0;SAF=25;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00332312;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:0:2:81:79:0.975309:56:25:0:0:54:25:0:2 chr7 22202117 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.982;QD=58.4197;RBI=0.0176688;REFB=0;REVB=0.0162592;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81614e-05;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr7 22330783 . C T 169.81 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0203775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.361;QD=15.0941;RBI=0.0214062;REFB=-0.0076166;REVB=0.00655609;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421295;STB=0.73824;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00759793;OID=.;OPOS=22330783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:21:5:12:7:21:5 chr7 22478207 . G T 457.69 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0402818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7525;QD=14.192;RBI=0.0416341;REFB=-0.00116347;REVB=-0.010525;RO=77;SAF=25;SAR=27;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820472;STB=0.546248;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00137021;OID=.;OPOS=22478207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:52:52:0.403101:27:25:43:34:27:25:43:34 chr7 22532321 . T C 43.17 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0233624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.035;QD=5.7559;RBI=0.0236639;REFB=-0.00206272;REVB=0.00376531;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743092;STB=0.50484;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00724545;OID=.;OPOS=22532321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:3:4:13:10:3:4:13:10 chr7 22787205 . G T 1358.49 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.625;QD=62.4593;RBI=0.0188861;REFB=0;REVB=-0.00100213;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48379e-05;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr7 22984395 . T C 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0173641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.053;QD=18.4582;RBI=0.0259875;REFB=-0.013823;REVB=0.0193349;RO=41;SAF=17;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083098;STB=0.54634;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0225364;OID=.;OPOS=22984395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:21:17:22:19:21:17:22:19 chr7 23004127 . C T 345.49 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0106344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.851;QD=15.0211;RBI=0.013042;REFB=-0.0329688;REVB=-0.0075501;RO=54;SAF=15;SAR=22;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138579;STB=0.568276;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0325469;OID=.;OPOS=23004127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:54:37:38:0.413043:22:15:29:25:22:16:29:25 chr7 23164526 . C G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8789;QD=57.1774;RBI=0.00875391;REFB=0;REVB=0.00859817;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115978;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr7 23164701 . C T 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.0242897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.893;QD=16.5332;RBI=0.0260994;REFB=-0.00212256;REVB=-0.00954921;RO=43;SAF=14;SAR=21;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179403;STB=0.599947;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00260011;OID=.;OPOS=23164701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:21:14:10:33:21:14:10:33 chr7 23313171 . T C 346.91 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.009644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.708;QD=13.3427;RBI=0.0123907;REFB=0.00336133;REVB=0.00777956;RO=63;SAF=25;SAR=16;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769611;STB=0.543719;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00792073;OID=.;OPOS=23313171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:41:41:0.394231:16:25:34:29:16:25:34:29 chr7 23357321 . C T 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0247078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.642;QD=18.0733;RBI=0.025298;REFB=-0.0241557;REVB=0.005433;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150035;STB=0.576108;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0218017;OID=.;OPOS=23357321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:18:12:17:13:18:12:17:14 chr7 23757162 . G C 501.53 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0423911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8325;QD=17.1461;RBI=0.051469;REFB=-0.0123188;REVB=0.02919;RO=61;SAF=33;SAR=21;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116163;STB=0.556941;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0102829;OID=.;OPOS=23757162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:61:63:54:54:0.461538:21:33:30:31:21:33:32:31 chr7 23808718 . G T 488.09 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.000171185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.957;QD=16.8308;RBI=0.000948938;REFB=-0.0116533;REVB=-0.000933369;RO=63;SAF=31;SAR=22;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292686;STB=0.516316;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0177981;OID=.;OPOS=23808718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:22:31:35:28:22:31:35:28 chr7 23811795 . T G 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0324054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8694;QD=15.2437;RBI=0.0393132;REFB=0.00373429;REVB=0.022258;RO=60;SAF=24;SAR=23;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772945;STB=0.533527;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00437965;OID=.;OPOS=23811795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:62:47:47:0.431193:23:24:26:34:23:24:28:34 chr7 23811800 . G T 452.61 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00379645;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.655;QD=16.1646;RBI=0.0133054;REFB=-0.00695948;REVB=0.0127523;RO=63;SAF=26;SAR=24;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594199;STB=0.528896;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00815552;OID=.;OPOS=23811800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:63:62:50:50:0.446429:24:26:29:34:24:26:29:33 chr7 23854838 . G GA 227.86 PASS AF=0.46988;AO=37;DP=90;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0906744;FXX=0.0674082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.0245;QD=10.9811;RBI=0.0906921;REFB=-0.0217938;REVB=-0.00179053;RO=52;SAF=15;SAR=22;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433306;STB=0.551852;STBP=0.411;TYPE=ins;VARB=0.0259029;OID=.;OPOS=23854839;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46988:37:90:39:83:44:17:22:15:29:99:52:15:22:19:33 chr7 23934657 . A C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00526041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.921;QD=16.8839;RBI=0.0218554;REFB=-0.00483859;REVB=0.0212129;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277356;STB=0.658333;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00307717;OID=.;OPOS=23934657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:12:5:9:6:12:5 chr7 24325009 . G A 290.98 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0311091;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.757;QD=19.0807;RBI=0.0313126;REFB=-0.00523631;REVB=0.00356417;RO=29;SAF=9;SAR=22;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242783;STB=0.629203;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00431717;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:29:30:31:31:0.508197:22:9:16:13:22:9:16:14 chr7 24329133 . C T 157.83 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0103554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.694;QD=16.614;RBI=0.0137277;REFB=-0.0214943;REVB=-0.00901195;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318969;STB=0.683324;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0350317;OID=.;OPOS=24329133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:5:12:8:13:5:12:8:13 chr7 24703298 . G A 449.03 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00602217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.667;QD=16.9444;RBI=0.0236946;REFB=-0.0173097;REVB=0.0229165;RO=57;SAF=21;SAR=28;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610665;STB=0.534046;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0174529;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:28:21:28:29:28:21:28:29 chr7 24742436 . T C 393.6 PASS AF=0.445652;AO=39;DP=91;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0406444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0321;QD=17.1132;RBI=0.0441766;REFB=-0.00963761;REVB=0.0173092;RO=51;SAF=8;SAR=31;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280192;STB=0.666128;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0121612;OID=.;OPOS=24742436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:51:39:41:0.445652:31:8:22:29:33:8:22:29 chr7 24756841 . A G 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0304203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.281;QD=3.02362;RBI=0.0371925;REFB=-0.00437827;REVB=-0.0213982;RO=49;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137043;STB=0.603201;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0298141;OID=.;OPOS=24756841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:49:50:8:8:0.137931:4:4:19:30:4:4:19:31 chr7 24758795 . T C 1243.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.135153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0998;QD=61.4071;RBI=0.137498;REFB=0;REVB=-0.0252895;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134615;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:46:34:0:0:46:35:0:0 chr7 24854765 . G A 281.65 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0212288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2012;QD=17.0699;RBI=0.0212454;REFB=-0.00688153;REVB=0.000839894;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136439;STB=0.576388;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0114846;OID=.;OPOS=24854765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:16:15:22:13:16:15:22:13 chr7 24911357 . T G 724.47 PASS AF=0.440678;AO=78;DP=177;FAO=78;FDP=177;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.0587132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.854;QD=16.3723;RBI=0.0599891;REFB=-0.00375957;REVB=-0.012307;RO=99;SAF=34;SAR=44;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698917;STB=0.538923;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00352087;OID=.;OPOS=24911357;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:99:99:78:78:0.440678:44:34:50:49:44:34:50:49 chr7 25181912 . T C 1529.78 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153317;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.485;QD=59.9913;RBI=0.0454152;REFB=0;REVB=0.0427491;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199619;OID=.;OPOS=25181912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:61:41:0:0:61:41:0:0 chr7 25194665 . G C 2163.22 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000243617;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.596;QD=63.1598;RBI=0.0442595;REFB=0;REVB=0.0442589;RO=0;SAF=78;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19897e-05;OID=.;OPOS=25194665;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:137:137:1:59:78:0:0:59:78:0:0 chr7 25194753 . C T 2591.77 PASS AF=1;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267204;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.391;QD=62.0783;RBI=0.039843;REFB=0;REVB=0.0295548;RO=0;SAF=75;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87942e-05;OID=.;OPOS=25194753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:167:0:0:167:167:1:92:75:0:0:92:75:0:0 chr7 25267934 . T C 153.3 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0151403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5247;QD=13.9367;RBI=0.0179479;REFB=0.00343704;REVB=-0.00963847;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248103;STB=0.652569;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0036569;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:7:10:9:17:7:10:9:18 chr7 25267963 . G C 823.94 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3113;QD=56.8236;RBI=0.0692229;REFB=0;REVB=0.0681936;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154619;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815332;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:1:0:57:58:1:30:27:0:1:31:27:0:0 chr7 25304395 . A G 1288.59 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00476005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.243;QD=59.2454;RBI=0.0247093;REFB=-0.00102227;REVB=0.0242465;RO=2;SAF=34;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027048;STB=0.507041;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000274914;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:2:1:85:86:0.988506:51:34:2:0:51:35:1:0 chr7 26251843 . C T 92.18 PASS AF=0.223881;AO=11;DP=68;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0125442;FXX=0.0694348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.597;QD=5.50331;RBI=0.0127761;REFB=-0.016133;REVB=0.00242305;RO=55;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457704;STB=0.528265;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0577995;OID=.;OPOS=26251843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:68:67:55:52:11:15:0.223881:6:5:23:32:9:6:19:33 chr7 26252932 . CTGG C 140.33 PASS AF=0.233333;AO=20;DP=90;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=48;FWDB=-0.0220524;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=319.475;QD=6.23692;RBI=0.0257548;REFB=-0.00829672;REVB=-0.0133042;RO=69;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19068;STB=0.63361;STBP=0.213;TYPE=del;VARB=0.024182;OID=.;OPOS=26252933;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:20:90:21:90:69:10:11:21:48:99:69:9:11:21:48 chr7 26778406 . A G 639.69 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0327133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.927;QD=55.6254;RBI=0.0528987;REFB=-0.0239747;REVB=0.0415706;RO=3;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653794;STB=0.534868;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000724459;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:20:23:0:3:20:23:0:3 chr7 27135314 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.185;QD=59.4352;RBI=0.0237636;REFB=0;REVB=0.0160356;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19801e-06;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr7 27147138 . T C 230.04 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0199916;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.66;QD=16.1434;RBI=0.0201785;REFB=-0.0114857;REVB=-0.00274061;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105531;STB=0.519759;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0136646;OID=.;OPOS=27147138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:26:31:26:26:0.45614:16:10:13:13:16:10:13:18 chr7 27169093 . T G 1575.92 PASS AF=0.990654;AO=103;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203578;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.676;QD=58.9129;RBI=0.0259348;REFB=-0.0867944;REVB=0.0160679;RO=1;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958531;STB=0.50505;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000240076;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:1:1:103:106:0.990654:49:54:0:1:49:57:0:1 chr7 27196069 . A C 2758.27 PASS AF=1;AO=176;DP=180;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257856;FXX=0.022221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3831;QD=62.688;RBI=0.0438039;REFB=0;REVB=0.0354103;RO=0;SAF=60;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31631e-05;OID=.;OPOS=27196069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:176:0:0:176:176:1:116:60:0:0:116:60:0:0 chr7 27196113 . C T 2766.41 PASS AF=0.978261;AO=178;DP=182;FAO=180;FDP=184;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=121;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0773875;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.3313;QD=60.1393;RBI=0.0898584;REFB=-0.0743932;REVB=0.0456695;RO=4;SAF=59;SAR=119;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196036;STB=0.510339;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00155237;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:182:184:4:4:178:180:0.978261:119:59:3:1:121:59:3:1 chr7 27202289 . A G 582.16 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.962;QD=58.2159;RBI=0.0324664;REFB=-0.0475529;REVB=0.0305231;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00214407;OID=.;OPOS=27202289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:20:19:0:1:20:19:0:1 chr7 27702390 . C A 620.27 PASS AF=0.53913;AO=61;DP=114;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00750056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.675;QD=21.5747;RBI=0.00751757;REFB=-0.0133272;REVB=0.000505572;RO=53;SAF=29;SAR=32;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999151;STB=0.550877;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0181865;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:53:53:61:62:0.53913:32:29:19:34:33:29:19:34 chr7 27886171 . A G 1525.02 PASS AF=1;AO=84;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.744;QD=62.8873;RBI=0.0916145;REFB=0;REVB=0.0754853;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108934;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:97:97:0:0:84:97:1:49:35:0:0:61:36:0:0 chr7 27954422 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0304638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.716;QD=12.9746;RBI=0.0310347;REFB=-0.00321429;REVB=-0.0059254;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361791;STB=0.723054;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00820472;OID=.;OPOS=27954422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:8:4:12:5:8:4:13:5 chr7 28319007 . T A 165.66 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.000706269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.273;QD=11.4249;RBI=0.0316378;REFB=0.00110459;REVB=0.0316299;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716143;STB=0.551733;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00266931;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:13:8:16:20:13:8:17:20 chr7 28319234 . A C 198.82 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00254058;FXX=0.036357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6384;QD=15.0055;RBI=0.0502318;REFB=0.00752843;REVB=0.0501675;RO=28;SAF=17;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255913;STB=0.650134;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0115302;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:28:30:23:23:0.433962:6:17:14:14:6:17:15:15 chr7 28843898 . TG T 445.39 PASS AF=0.941176;AO=40;DP=52;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.108725;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.5143;QD=34.9322;RBI=0.297488;REFB=0.117572;REVB=0.276908;RO=10;SAF=23;SAR=17;SRF=3;SRR=7;SSEN=0.27422;SSEP=0;SSSB=0.102743;STB=0.5294;STBP=0.102;TYPE=del;VARB=-0.000564469;OID=.;OPOS=28843899;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:40:52:48:51:3:24:24:3:0:5:10:23:17:3:7 chr7 28995800 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00533521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.356;QD=10.0339;RBI=0.0311557;REFB=-0.00628184;REVB=-0.0306955;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0283961;OID=.;OPOS=28995800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:3:4:3:2:3:4 chr7 28996557 . C T 227.31 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0337264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.388;QD=21.145;RBI=0.0424334;REFB=-0.0580115;REVB=0.0257512;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152826;STB=0.581323;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0467946;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:19:21:22:22:0.511628:11:11:6:13:11:11:7:14 chr7 28996944 . T C 52.82 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.005692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.693;QD=6.81484;RBI=0.0398012;REFB=-0.0263702;REVB=-0.039392;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15909;STB=0.580449;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0741942;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:31:22:23:8:8:0.258065:4:4:14:8:4:4:14:9 chr7 28997141 . G C 355.57 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0256666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.859;QD=26.3387;RBI=0.0258178;REFB=-0.0181655;REVB=-0.00279024;RO=20;SAF=16;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139807;STB=0.507654;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0160455;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:18:16:9:11:18:16:9:11 chr7 28997497 . GC G,GG 789.74 PASS AF=0.983333,0;AO=50,8;DP=62;FAO=59,0;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=12,0;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0427011,-0.0914287;FXX=0.0322529;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.016,7.46587;QD=52.6496;RBI=0.0871352,0.199613;REFB=-0.0547734,-0.077152;REVB=-0.075955,-0.177443;RO=1;SAF=12,0;SAR=38,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.01223,0;STB=0.505261,0.5;STBP=0.649,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00217647,0;OID=.,.;OPOS=28997498,28997498;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.983333,0:50,8:62:59,0:60:1:12,0:47,0:0:1:3:1:12,0:38,8:0:1 chr7 29070320 . C T 922.31 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350871;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0431;QD=58.5596;RBI=0.0360198;REFB=0;REVB=0.00814376;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410241;OID=.;OPOS=29070320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr7 29152371 . G A 581.83 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00601663;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.566;QD=21.9557;RBI=0.00675075;REFB=-0.00578787;REVB=-0.0030615;RO=48;SAF=22;SAR=36;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119954;STB=0.565863;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00472069;OID=.;OPOS=29152371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:48:48:58:58:0.54717:36:22:25:23:36:22:25:23 chr7 29152416 . G A 460.41 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00543248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.819;QD=21.1681;RBI=0.00555375;REFB=0.00831011;REVB=-0.00115425;RO=41;SAF=17;SAR=28;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114035;STB=0.513755;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00843092;OID=.;OPOS=29152416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:42:45:45:0.517241:28:17:16:25:28:17:17:25 chr7 29160604 . C T 337.67 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0516924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.817;QD=17.5413;RBI=0.0526116;REFB=-0.0224369;REVB=0.00979187;RO=41;SAF=13;SAR=23;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30137;STB=0.668229;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0121368;OID=.;OPOS=29160604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:23:13:28:13:23:13:28:13 chr7 29186576 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.039;QD=59.1426;RBI=0.0413174;REFB=0;REVB=0.0335904;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169629;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr7 29523563 . G A 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0063969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.936;QD=19.5835;RBI=0.00648702;REFB=-0.0137728;REVB=-0.0010776;RO=49;SAF=24;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107199;STB=0.505955;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0117834;OID=.;OPOS=29523563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:22:24:25:24:22:24:25:24 chr7 29552213 . T C 541.69 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00172809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.478;QD=18.2081;RBI=0.00803373;REFB=-0.0116405;REVB=0.00784567;RO=62;SAF=35;SAR=22;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124759;STB=0.569252;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.015798;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:62:62:57:57:0.478992:22:35:30:32:22:35:30:32 chr7 29605975 . C G 148.11 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.124334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9449;QD=17.9521;RBI=0.134559;REFB=-0.00866892;REVB=0.0514507;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304714;STB=0.674109;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0066741;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:11:6:11:5:11:6 chr7 29606288 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0176427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.465;QD=14.6579;RBI=0.0207879;REFB=-0.00324915;REVB=-0.0109942;RO=17;SAF=11;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559631;STB=0.82743;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00472317;OID=.;OPOS=29606288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:2:11:5:12:2:11:5:12 chr7 29720404 . A G 33.78 PASS AF=0.1875;AO=5;DP=31;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0246542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.499;QD=4.22285;RBI=0.0291649;REFB=-0.0177609;REVB=-0.0155808;RO=26;SAF=5;SAR=0;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.627601;STB=0.722836;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0968497;OID=.;OPOS=29720404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:31:32:26:26:5:6:0.1875:0:5:16:10:1:5:16:10 chr7 29924072 . A G 372.79 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0339716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8463;QD=23.2994;RBI=0.0370617;REFB=-0.0406607;REVB=-0.0148154;RO=26;SAF=21;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165341;STB=0.597938;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0260398;OID=.;OPOS=29924072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:27:37:37:0.578125:16:21:9:17:16:21:9:18 chr7 29952207 . C G 1305.75 PASS AF=1;AO=83;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031053;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.585;QD=60.7326;RBI=0.0338092;REFB=-0.0974528;REVB=0.0133708;RO=1;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997129;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287225;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:86:1:0:83:86:1:47:36:0:1:49:37:0:0 chr7 30177278 . C T 494.2 PASS AF=0.380645;AO=59;DP=157;FAO=59;FDP=155;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=61;FWDB=0.0162377;FXX=0.012738;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3816;QD=12.7537;RBI=0.0163041;REFB=0.0162991;REVB=-0.00147005;RO=98;SAF=28;SAR=31;SRF=35;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130955;STB=0.568756;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.026107;OID=.;OPOS=30177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:98:96:59:59:0.380645:31:28:35:63:31:28:35:61 chr7 30491311 . C T 430.94 PASS AF=0.650794;AO=40;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00410871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.081;QD=27.3613;RBI=0.00667881;REFB=-0.0177248;REVB=0.00526545;RO=23;SAF=16;SAR=24;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832044;STB=0.530372;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0077908;OID=.;OPOS=30491311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:22:40:41:0.650794:24:16:12:11:24:17:11:11 chr7 30492550 . G A 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.010955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.627;QD=14.794;RBI=0.0120339;REFB=0.0138951;REVB=0.0049803;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457506;STB=0.758383;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00765901;OID=.;OPOS=30492550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:4:23:7:11:4:23 chr7 30496382 . G C 371.46 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0177856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1248;QD=22.8593;RBI=0.0574374;REFB=-0.0290892;REVB=-0.0546144;RO=28;SAF=12;SAR=25;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895673;STB=0.549423;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0207305;OID=.;OPOS=30496382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:25:12:12:16:25:12:12:16 chr7 30538651 . T C 631.89 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.845;QD=61.6475;RBI=0.0531956;REFB=0;REVB=0.0162906;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149195;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr7 30695202 . C T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0168363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.385;QD=15.2296;RBI=0.0199651;REFB=-0.00747075;REVB=0.0107305;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100654;STB=0.557975;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0121683;OID=.;OPOS=30695202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:12:16:9:10:12:16 chr7 30795288 . A G 469.67 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00119451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.787;QD=17.0787;RBI=0.0794319;REFB=-0.00935438;REVB=-0.0794229;RO=57;SAF=35;SAR=16;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212795;STB=0.62869;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00973087;OID=.;OPOS=30795288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:59:51:51:0.463636:16:35:27:30:16:35:27:32 chr7 30795331 . A G 1578.48 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.884;QD=63.7769;RBI=0.0447101;REFB=0;REVB=0.0409292;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53598e-05;OID=.;OPOS=30795331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:50:47:0:0:52:47:0:0 chr7 30795436 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.493;QD=60.9786;RBI=0.0101919;REFB=0;REVB=0.0017207;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34444e-05;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:30:9:0:0:30:9:0:0 chr7 30831082 . C T 414.57 PASS AF=0.443299;AO=40;DP=94;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0340308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5548;QD=17.0957;RBI=0.0353017;REFB=-0.0255116;REVB=-0.00938687;RO=54;SAF=17;SAR=23;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138053;STB=0.595661;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0399939;OID=.;OPOS=30831082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:54:54:40:43:0.443299:23:17:16:38:23:20:16:38 chr7 31117634 . G A 664.85 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00389057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.044;QD=51.1422;RBI=0.0673634;REFB=-0.177175;REVB=0.0672509;RO=3;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494652;STB=0.517235;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00423494;OID=.;OPOS=31117634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:52:3:2:49:50:0.961538:27:22:0:3:28:22:0:2 chr7 31377369 . T G 153.49 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.031632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1917;QD=8.89788;RBI=0.033968;REFB=-0.00845844;REVB=0.0123791;RO=48;SAF=17;SAR=4;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297467;STB=0.679808;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0182066;OID=.;OPOS=31377369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:4:17:29:19:4:17:29:19 chr7 31592733 . C A 386.58 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0106059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.531;QD=18.1919;RBI=0.0219015;REFB=-0.0324238;REVB=0.0191622;RO=45;SAF=19;SAR=21;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503347;STB=0.528076;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.034652;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:21:19:19:26:21:19:19:26 chr7 31611758 . G T 307.74 PASS AF=0.351351;AO=36;DP=111;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0315314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.654;QD=11.0896;RBI=0.0315592;REFB=-0.00525326;REVB=0.00132501;RO=58;SAF=20;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973627;STB=0.523797;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00867637;OID=.;OPOS=31611758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:72:36:39:0.351351:16:20:27:31:17:22:38:34 chr7 31617733 . T C 464.6 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6396;QD=58.0752;RBI=0.105903;REFB=0;REVB=-0.088287;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00306426;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:1:0:31:32:1:17:14:1:0:17:15:0:0 chr7 31618008 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.97;QD=44.687;RBI=0.102322;REFB=0;REVB=0.0207396;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176207;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr7 31682453 . C T 1335.67 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2425;QD=62.1243;RBI=0.0400127;REFB=0;REVB=0.0185308;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819734;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:40:45:0:0:40:46:0:0 chr7 31683410 . G A 1507.11 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00385932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.772;QD=58.5286;RBI=0.0325308;REFB=0.0433574;REVB=0.0323011;RO=0;SAF=60;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000120697;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:42:60:0:0:42:60:1:0 chr7 31848706 . A G 478.38 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.034704;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5071;QD=16.6394;RBI=0.0359571;REFB=-0.0101299;REVB=0.00940999;RO=63;SAF=32;SAR=20;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123617;STB=0.569057;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0110963;OID=.;OPOS=31848706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:63:63:52:52:0.452174:20:32:31:32:20:32:31:32 chr7 31855577 . AG A,AA,AT 1163.63 PASS AF=0,0.935897,0.0641026;AO=9,63,6;DP=78;FAO=0,73,5;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37,2;FSAR=0,36,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455231,0.0586294,-0.0469999;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=57.1602,80.6999,46.7002;QD=59.6734;RBI=0.0606939,0.0715509,0.0772972;REFB=0,0,0;REVB=0.0401422,0.0410136,0.0613667;RO=0;SAF=2,34,3;SAR=7,29,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,-0.00110525,0.004631;OID=.,.,.;OPOS=31855578,31855578,31855578;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.935897,0.0641026:9,63,6:78:0,73,5:78:0:0,37,2:0,36,3:0:0:16:0:2,34,3:7,29,3:0:0 chr7 32209425 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000411358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.29;QD=63.1954;RBI=0.0201804;REFB=0;REVB=0.0201762;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58536e-05;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:39:53:0:0:39:53:0:0 chr7 32209459 . C T 1715.06 PASS AF=0.991304;AO=110;DP=110;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00677183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.541;QD=59.6543;RBI=0.0200058;REFB=-0.130249;REVB=0.0188248;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=7.00348e-05;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:115:0:1:110:114:0.991304:49:61:0:0:53:61:1:0 chr7 32338337 . G A 1667.01 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0824212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7536;QD=58.4915;RBI=0.0872533;REFB=-0.189716;REVB=0.0286337;RO=2;SAF=35;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724471;STB=0.503816;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00203295;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:114:114:2:2:112:112:0.982456:77:35:1:1:77:35:1:1 chr7 32529936 . G C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.46;QD=60.2271;RBI=0.0332294;REFB=0;REVB=-0.0003752;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165959;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr7 32530105 . G C 1084.3 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0444169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.694;QD=58.6107;RBI=0.0460753;REFB=-0.032603;REVB=0.0122503;RO=1;SAF=48;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185424;STB=0.509801;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000148324;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:25:48:0:1:25:48:0:1 chr7 32530198 . AA TC 1138.75 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720446;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=2;MLLD=112.923;QD=60.7334;RBI=0.0118597;REFB=0;REVB=-0.00942063;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000136634;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:34:40:0:0:34:41:0:0 chr7 32535357 . CCG CCC,CC,C 357.25 PASS AF=0,0,0.93617;AO=3,13,14;DP=45;FAO=0,0,44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,13;FSAR=0,0,31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0711422,0.129417,0.0671716;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=6.8743,7.43489,13.8749;QD=30.4044;RBI=0.495734,0.472388,0.0694731;REFB=-0.111703,-0.184116,-0.0944862;REVB=-0.490603,-0.454315,0.0177337;RO=5;SAF=1,1,5;SAR=2,12,9;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.584388,-0.621431,-0.299345;STB=0.5,0.5,0.5517;STBP=1,1,0.03;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0691934,0.0151641;OID=.,.,.;OPOS=32535359,32535359,32535358;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.93617:3,13,14:45:0,0,44:47:3:0,0,13:0,0,31:3:0:14:5:1,1,5:2,12,9:5:0 chr7 32598630 . T A 239.01 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0133466;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.703;QD=18.0386;RBI=0.0148854;REFB=-0.0126517;REVB=0.0065913;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212057;STB=0.609779;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00701469;OID=.;OPOS=32598630;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:27:26:26:0.490566:17:9:16:12:17:9:15:12 chr7 32598656 . C T 251.62 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.004536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0126;QD=20.5407;RBI=0.0186608;REFB=-0.0171068;REVB=-0.0181011;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058343;STB=0.532844;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0188428;OID=.;OPOS=32598656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:12:13:14:10:12:13 chr7 32613020 . A G 337.89 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00359454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9613;QD=17.5525;RBI=0.0278856;REFB=-0.017525;REVB=0.0276529;RO=41;SAF=18;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348031;STB=0.51947;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0211085;OID=.;OPOS=32613020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:18:18:19:22:18:18:19:22 chr7 32623477 . C G 351.13 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0569318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5173;QD=18.0065;RBI=0.0575643;REFB=-0.011753;REVB=-0.00850985;RO=41;SAF=17;SAR=20;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208391;STB=0.615956;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00943169;OID=.;OPOS=32623477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:20:17:28:13:20:17:28:13 chr7 32623796 . C T 1407.64 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.425;QD=62.5617;RBI=0.031035;REFB=0;REVB=0.0132316;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25677e-05;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:86:90:1:45:41:0:0:46:44:0:0 chr7 32908287 . T C 713.97 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.501;QD=60.7632;RBI=0.0103902;REFB=0.0380793;REVB=0.00252504;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.512815;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00149554;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:47:0:1:45:46:0.978723:26:19:0:0:27:19:1:0 chr7 33003171 . G A 201.58 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00221186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.372;QD=13.9017;RBI=0.0407783;REFB=-0.00116346;REVB=0.0407183;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707983;STB=0.540506;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00137187;OID=.;OPOS=33003171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:9:15:19:15:9:15:19:15 chr7 33385852 . C T 691.47 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191277;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.768;QD=60.1278;RBI=0.051888;REFB=-0.0918898;REVB=0.0482338;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000611118;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:44:45:0.978261:21:23:0:0:22:23:1:0 chr7 33427727 . G A 301.72 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00495598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3566;QD=25.1431;RBI=0.0379657;REFB=-0.0135418;REVB=-0.0376408;RO=21;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268465;STB=0.648746;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0178178;OID=.;OPOS=33427727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:17:10:15:6:17:10:15:6 chr7 34192762 . G C 1513.96 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.367;QD=59.9589;RBI=0.0476057;REFB=0;REVB=0.0436892;RO=0;SAF=61;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124493;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:38:61:0:0:40:61:0:0 chr7 34193023 . G T 49.26 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0453943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8795;QD=3.45697;RBI=0.058131;REFB=-0.0227305;REVB=-0.0363122;RO=48;SAF=1;SAR=8;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513432;STB=0.861194;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.166588;OID=.;OPOS=34193023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:57:57:48:48:9:9:0.157895:8:1:24:24:8:1:24:24 chr7 34818129 . A G 257.97 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00459444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.096;QD=11.5941;RBI=0.00462371;REFB=-0.0135567;REVB=0.00051943;RO=58;SAF=17;SAR=14;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150804;STB=0.586995;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0225851;OID=.;OPOS=34818129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:14:17:24:34:14:17:24:34 chr7 35293193 . A G 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0205633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.503;QD=18.9137;RBI=0.0223107;REFB=-0.0316959;REVB=0.00865542;RO=28;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147643;STB=0.582722;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0342682;OID=.;OPOS=35293193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:20:9:13:15:20:9:13:15 chr7 35709842 . C T 506.01 PASS AF=0.405797;AO=54;DP=137;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.00115602;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6454;QD=14.6669;RBI=0.0585687;REFB=-0.00999532;REVB=-0.0585573;RO=82;SAF=35;SAR=19;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111647;STB=0.570773;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0102181;OID=.;OPOS=35709842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:82:82:54:56:0.405797:19:35:45:37:19:37:45:37 chr7 35840898 . G C,GC 1442.98 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=8,86;DP=100;FAO=4,92;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=4,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432238,0.0427448;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=94.2383,110.803;QD=60.124;RBI=0.0464742,0.0445279;REFB=0,0;REVB=-0.0170751,0.0124747;RO=6;SAF=0,31;SAR=8,55;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.773302,0.00363134;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.133695,0.00392006;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:100:96:6:0:8,86:4,92:0.0416667,0.958333:8,55:0,31:2:4:4,61:0,31:0:0 chr7 36124292 . G A 1048.18 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00922565;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.644;QD=59.8961;RBI=0.0251017;REFB=0;REVB=-0.0233449;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01539e-05;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr7 36194769 . CCG CCC,CC,C 156.78 PASS AF=0,0,0.463415;AO=9,8,5;DP=43;FAO=0,0,19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=0,0,1;FSAR=0,0,18;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.140293,0.0380707,-0.0974512;FXX=0.0465008;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=16.5497,12.8262,24.5375;QD=15.2956;RBI=0.172974,0.106057,0.0975802;REFB=0.0216551,-0.0720834,-0.0964256;REVB=-0.101182,-0.0989883,0.00501519;RO=19;SAF=1,0,0;SAR=8,8,5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.409624,-0.729566,-0.654971;STB=0.5,0.5,0.834566;STBP=1,1,0.008;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0409728,0.106679;OID=.,.,.;OPOS=36194771,36194771,36194770;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.463415:9,8,5:43:0,0,19:41:22:0,0,1:0,0,18:8:14:99:19:1,0,0:8,8,5:7:12 chr7 36320821 . G A 2045.37 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.528;QD=62.454;RBI=0.0196913;REFB=0;REVB=0.00485023;RO=0;SAF=65;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30339e-05;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:66:65:0:0:66:65:0:0 chr7 36338749 . T C 1989.67 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.977;QD=62.1773;RBI=0.021169;REFB=0;REVB=0.0092398;RO=0;SAF=73;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77288e-06;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:54:73:0:0:54:74:0:0 chr7 36339269 . C G 146.05 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0252668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8871;QD=16.6915;RBI=0.0261522;REFB=-0.00839659;REVB=-0.00674743;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681493;STB=0.514268;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00770808;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:15:16:0.457143:7:8:10:9:8:8:10:9 chr7 36396480 . A G 329.33 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.031749;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.1645;QD=16.4663;RBI=0.0465003;REFB=-0.0115114;REVB=0.0339747;RO=40;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153287;STB=0.574817;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0160601;OID=.;OPOS=36396480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:44:36:36:0.45:22:14:22:18:22:14:23:21 chr7 36445856 . G A 1376.91 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.534;QD=62.5867;RBI=0.0430512;REFB=0;REVB=-0.0113196;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50836e-05;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:51:36:0:0:51:37:0:0 chr7 36447349 . A ACTT 857.09 PASS AF=0.876712;AO=63;DP=73;FAO=64;FDP=73;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00305562;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.176;QD=46.964;RBI=0.0304666;REFB=-0.0459363;REVB=0.030313;RO=9;SAF=27;SAR=36;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03029;STB=0.514727;STBP=0.52;TYPE=ins;VARB=0.00648706;OID=.;OPOS=36447350;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.876712:63:73:64:73:9:28:36:5:4:42:9:27:36:5:4 chr7 36458979 . T A 599.22 PASS AF=0.535714;AO=59;DP=111;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00371192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.905;QD=21.4006;RBI=0.0125269;REFB=-0.0377894;REVB=0.0119644;RO=51;SAF=26;SAR=33;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916345;STB=0.557857;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0338337;OID=.;OPOS=36458979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:51:52:59:60:0.535714:33:26:28:23:34:26:29:23 chr7 36552729 . A AT 598.75 PASS AF=1;AO=50;DP=67;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.214973;FXX=0.0447694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.4589;QD=37.422;RBI=0.267761;REFB=0;REVB=0.159633;RO=10;SAF=34;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062746;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000786876;OID=.;OPOS=36552730;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:67:64:64:0:43:21:0:0:12:10:34:16:5:5 chr7 36552790 . G GT,T 988.09 PASS AF=1,0;AO=60,6;DP=77;FAO=70,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.096992,0.11827;FXX=0.0140825;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=23.4776,4.6245;QD=56.4625;RBI=0.103324,0.165513;REFB=0,0;REVB=0.0356155,-0.115787;RO=8;SAF=34,0;SAR=26,6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0149629,-0.754315;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00244797,0;OID=.,.;OPOS=36552791,36552790;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:70:8:0:60,6:70,0:1,0:26,6:34,0:4:4:34,0:36,0:0:0 chr7 36729757 . T C 385.34 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0165223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.266;QD=17.923;RBI=0.0185621;REFB=0.0144536;REVB=0.00845953;RO=46;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1218;STB=0.567824;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0124528;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:22:18:15:31:22:18:15:31 chr7 36763688 . C T 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0251552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.182;QD=25.898;RBI=0.0264067;REFB=-0.0251244;REVB=-0.00803313;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753722;STB=0.53059;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0320432;OID=.;OPOS=36763688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:14:14:8:12:14:14:9:12 chr7 36894420 . C T 266.62 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0248905;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.877;QD=12.5469;RBI=0.0428798;REFB=-0.0164894;REVB=-0.0349162;RO=52;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122389;STB=0.580448;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0311018;OID=.;OPOS=36894420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:52:54:31:31:0.364706:15:16:21:31:15:16:21:33 chr7 37209284 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.953;QD=59.4355;RBI=0.0428703;REFB=0;REVB=-0.0161631;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51857e-05;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr7 37355590 . C CT,T 741.37 PASS AF=1,0;AO=45,2;DP=51;FAO=49,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622727,-0.0437469;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=26.0086,12.7225;QD=60.5197;RBI=0.0662962,0.0459238;REFB=0,0;REVB=-0.0227441,0.0139715;RO=3;SAF=18,0;SAR=27,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0323307,-0.666583;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00185329,0;OID=.,.;OPOS=37355591,37355590;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:49:3:0:45,2:49,0:1,0:27,2:18,0:2:1:31,0:18,0:0:0 chr7 37780799 . C A 846.88 PASS AF=0.530201;AO=79;DP=150;FAO=79;FDP=149;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00223642;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.38;QD=22.7351;RBI=0.00277023;REFB=-0.00500782;REVB=0.00163481;RO=68;SAF=37;SAR=42;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00189481;STB=0.505291;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00495108;OID=.;OPOS=37780799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:68:70:79:79:0.530201:42:37:32:36:42:37:32:38 chr7 37907304 . T C 1476.01 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.211;QD=62.1477;RBI=0.0381955;REFB=-0.0705709;REVB=0.0291093;RO=1;SAF=51;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092068;STB=0.504853;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000173529;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:43:51:1:0:43:51:1:0 chr7 37916455 . A G 557.54 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00911335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.08;QD=22.0807;RBI=0.0372345;REFB=0.0101574;REVB=0.036102;RO=46;SAF=27;SAR=28;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285511;STB=0.51567;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00682665;OID=.;OPOS=37916455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:46:55:55:0.544554:28:27:21:25:28:27:21:25 chr7 37936530 . T C 287.59 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0110162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.464;QD=15.9771;RBI=0.0118179;REFB=0.000321326;REVB=-0.00427837;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135101;STB=0.576077;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.000393244;OID=.;OPOS=37936530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:14:18:17:23:14:18:17:23 chr7 37947164 . G T 805.33 PASS AF=0.449198;AO=84;DP=189;FAO=84;FDP=187;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=-0.0462795;FXX=0.0105815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9427;QD=17.2263;RBI=0.0492568;REFB=-0.0180319;REVB=-0.0168651;RO=101;SAF=33;SAR=51;SRF=38;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172152;STB=0.502605;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0182308;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:187:101:103:84:84:0.449198:51:33:38:63:51:33:40:63 chr7 37951726 . G A 542.83 PASS AF=0.483051;AO=56;DP=117;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00550043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.161;QD=18.4009;RBI=0.0204174;REFB=-0.0211473;REVB=0.0196625;RO=61;SAF=29;SAR=27;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00633772;STB=0.500894;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0212999;OID=.;OPOS=37951726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:61:61:56:57:0.483051:27:29:32:29:27:30:32:29 chr7 37953840 . C T 651.51 PASS AF=0.444444;AO=71;DP=161;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.00525918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7239;QD=16.0867;RBI=0.0410786;REFB=-0.0136656;REVB=-0.0407405;RO=89;SAF=26;SAR=45;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984644;STB=0.546611;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0208973;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:89:90:71:72:0.444444:45:26:41:48:45:27:41:49 chr7 37961001 . C A 588.02 PASS AF=0.436242;AO=65;DP=153;FAO=65;FDP=149;FR=.;FRO=84;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.0236381;FXX=0.0324654;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.083;QD=15.7857;RBI=0.0330272;REFB=-0.0358679;REVB=-0.023066;RO=79;SAF=43;SAR=22;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208975;STB=0.627631;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0573542;OID=.;OPOS=37961001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:149:79:84:65:65:0.436242:22:43:36:43:22:43:37:47 chr7 37988589 . C T 251.76 PASS AF=0.367089;AO=28;DP=84;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0369338;FXX=0.112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.807;QD=12.7474;RBI=0.0377582;REFB=-0.0133434;REVB=0.00784704;RO=39;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153442;STB=0.563062;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0238066;OID=.;OPOS=37988589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:79:39:50:28:29:0.367089:19:9:18:21:20:9:20:30 chr7 37991129 . C A 555.2 PASS AF=0.617284;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0190996;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.431;QD=27.4171;RBI=0.020417;REFB=-0.0153483;REVB=0.00721513;RO=28;SAF=20;SAR=30;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677317;STB=0.545436;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0108801;OID=.;OPOS=37991129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:28:31:50:50:0.617284:30:20:14:14:30:20:16:15 chr7 38268395 . C T 239.94 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00206488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.733;QD=14.3247;RBI=0.0132756;REFB=-0.0153554;REVB=-0.0131141;RO=39;SAF=20;SAR=7;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181711;STB=0.610535;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0258603;OID=.;OPOS=38268395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:27:28:0.41791:7:20:23:16:7:21:23:16 chr7 38269675 . T C 466.42 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00565852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.049;QD=20.0609;RBI=0.010537;REFB=-0.0150465;REVB=0.00888871;RO=46;SAF=20;SAR=26;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604506;STB=0.537928;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0133231;OID=.;OPOS=38269675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:47:46:46:0.494624:26:20:17:29:26:20:17:30 chr7 38284794 . C T 56.63 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.033739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5531;QD=3.06104;RBI=0.0361748;REFB=0.00372781;REVB=-0.0130497;RO=62;SAF=6;SAR=5;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363443;STB=0.518485;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.0159984;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:62:63:11:11:0.148649:5:6:32:30:5:6:33:30 chr7 38284804 . T C 52.37 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0413428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.958;QD=3.03599;RBI=0.0421262;REFB=-0.00336032;REVB=0.00808659;RO=59;SAF=6;SAR=4;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719445;STB=0.550194;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0360665;OID=.;OPOS=38284804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:69:69:59:59:10:10:0.144928:4:6:32:27:4:6:32:27 chr7 38284808 . A C 42.47 PASS AF=0.130435;AO=8;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0672165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2016;QD=2.46225;RBI=0.0937872;REFB=-0.00491202;REVB=-0.0654063;RO=59;SAF=5;SAR=3;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120125;STB=0.633361;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.034137;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:69:69:59:60:8:9:0.130435:3:5:31:28:3:6:31:29 chr7 38284834 . A G 42.77 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00759434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.659;QD=2.34375;RBI=0.0307192;REFB=-0.00590018;REVB=-0.0297656;RO=64;SAF=5;SAR=4;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122702;STB=0.588928;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0464847;OID=.;OPOS=38284834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:73:64:64:9:9:0.123288:4:5:29:35:4:5:29:35 chr7 38284854 . C T 36.98 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00167286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.676;QD=2.08354;RBI=0.0216229;REFB=-0.00277771;REVB=-0.0215581;RO=63;SAF=4;SAR=4;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657611;STB=0.549174;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0249922;OID=.;OPOS=38284854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:63:63:8:8:0.112676:4:4:28:35:4:4:28:35 chr7 38289121 . C T 427.88 PASS AF=0.373134;AO=50;DP=134;FAO=50;FDP=134;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0934472;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8426;QD=12.7725;RBI=0.0961611;REFB=-0.00626603;REVB=-0.0226844;RO=81;SAF=30;SAR=20;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130359;STB=0.570968;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.010862;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:81:84:50:50:0.373134:20:30:39:42:20:30:41:43 chr7 38299727 . T C 64.18 PASS AF=0.238095;AO=9;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0107957;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.602;QD=6.11234;RBI=0.0126309;REFB=-0.00578548;REVB=0.00655689;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20252;STB=0.622399;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.051777;OID=.;OPOS=38299727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:42:42:28:32:9:10:0.238095:6:3:14:14:6:4:18:14 chr7 38309102 . A C 205.0 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00264148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5952;QD=15.7694;RBI=0.0285431;REFB=-0.00415233;REVB=0.0284206;RO=29;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22109;STB=0.62622;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0063407;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:7:16:14:15:7:16:14:15 chr7 38331271 . C A 292.72 PASS AF=0.458333;AO=28;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00374893;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.335;QD=16.2622;RBI=0.0426929;REFB=-0.0196131;REVB=0.0425279;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019846;STB=0.509213;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0165016;OID=.;OPOS=38331271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:39:28:33:0.458333:15:13:16:20:20:13:16:23 chr7 38331504 . C T 237.1 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.028538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.738;QD=19.7585;RBI=0.0285383;REFB=-0.0121075;REVB=-0.000123248;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151649;STB=0.586128;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0190518;OID=.;OPOS=38331504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:17:6:10:15:17:6:10:15 chr7 38356849 . C T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.688;QD=64.154;RBI=0.0310733;REFB=0;REVB=0.0250479;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30467e-05;OID=.;OPOS=38356849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:52:47:0:0:52:47:0:0 chr7 38388895 . A T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.311;QD=50.4135;RBI=0.0345957;REFB=0;REVB=-0.0317113;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114524;OID=.;OPOS=38388895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr7 38389410 . G C 1198.97 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0235005;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.843;QD=59.9484;RBI=0.0461519;REFB=-0.139487;REVB=0.0397206;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00276589;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:33:46:0:0:33:46:0:1 chr7 38393319 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0666;QD=49.5991;RBI=0.0257409;REFB=0;REVB=0.0247865;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057885;OID=.;OPOS=38393319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr7 38393343 . T C 306.49 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.991;QD=53.3026;RBI=0.0228663;REFB=0;REVB=0.0178631;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161193;OID=.;OPOS=38393343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:15:8:0:0 chr7 38393390 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.226;QD=61.684;RBI=0.0147576;REFB=0;REVB=0.0138169;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27509e-05;OID=.;OPOS=38393390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr7 38393424 . G A 818.18 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.509;QD=57.4158;RBI=0.0243738;REFB=0;REVB=0.00343107;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.512e-05;OID=.;OPOS=38393424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:30:27:0:0 chr7 38393448 . G C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.516;QD=58.9627;RBI=0.0157205;REFB=0;REVB=0.00906621;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59469e-05;OID=.;OPOS=38393448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr7 38393524 . C T 764.7 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0542796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.551;QD=49.3353;RBI=0.0542798;REFB=-0.019137;REVB=0.000164473;RO=5;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854638;STB=0.545439;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00230534;OID=.;OPOS=38393524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:62:5:5:57:57:0.919355:25:32:0:5:25:32:0:5 chr7 38393534 . C T 891.07 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212348;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5401;QD=56.5759;RBI=0.0227277;REFB=-0.129699;REVB=0.00810141;RO=2;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304354;STB=0.508194;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0103485;OID=.;OPOS=38393534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:2:1:62:62:0.984127:30:32:0:2:30:32:0:1 chr7 38393592 . C A 762.79 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00165581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.777;QD=54.485;RBI=0.00886643;REFB=-0.106974;REVB=0.00871045;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145012;STB=0.507689;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=6.93048e-05;OID=.;OPOS=38393592;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:32:22:0:1:32:23:0:1 chr7 38393713 . A G 371.34 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0118234;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.996;QD=47.915;RBI=0.0271144;REFB=-0.0805285;REVB=-0.0244008;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.519616;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00201622;OID=.;OPOS=38393713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:31:1:3:28:28:0.903226:15:13:1:0:15:13:2:1 chr7 38393798 . A G 145.09 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.488;QD=44.6437;RBI=0.0421944;REFB=0;REVB=-0.0136469;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185386;OID=.;OPOS=38393798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:5:8:0:0 chr7 38397930 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2986;QD=37.4861;RBI=0.0326628;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166743;OID=.;OPOS=38397930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr7 38398565 . G C 724.96 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1317;QD=63.0402;RBI=0.0629166;REFB=0;REVB=0.0624644;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101701;OID=.;OPOS=38398565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:23:23:0:0 chr7 38402496 . A G 1282.21 PASS AF=0.965909;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0285682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.152;QD=58.2823;RBI=0.0323682;REFB=-0.0644385;REVB=0.0152171;RO=2;SAF=41;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225432;STB=0.517237;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00246857;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:88:2:3:84:85:0.965909:43:41:2:0:43:42:3:0 chr7 38402517 . C T 334.78 PASS AF=0.386792;AO=36;DP=101;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00978531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7681;QD=12.6333;RBI=0.0186607;REFB=-0.0112914;REVB=-0.0158893;RO=65;SAF=23;SAR=13;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167835;STB=0.605675;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0142661;OID=.;OPOS=38402517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:106:65:65:36:41:0.386792:13:23:32:33:14:27:32:33 chr7 38431436 . C T 475.06 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0633063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.557;QD=17.7591;RBI=0.0646746;REFB=-0.0328509;REVB=-0.0132331;RO=56;SAF=26;SAR=25;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092359;STB=0.50513;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0308405;OID=.;OPOS=38431436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:25:26:28:28:25:26:28:28 chr7 38431481 . C A 520.03 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0124191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.564;QD=18.2468;RBI=0.0461787;REFB=-0.0139036;REVB=0.0444774;RO=58;SAF=27;SAR=28;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235431;STB=0.508455;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0115517;OID=.;OPOS=38431481;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:59:55:55:0.482456:28:27:27:31:28:27:28:31 chr7 38467842 . A G 1011.99 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0740246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8724;QD=57.8278;RBI=0.0747301;REFB=-0.116418;REVB=-0.0102449;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126057;STB=0.506665;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0106124;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:32:37:1:0:32:37:1:0 chr7 38467923 . A G 557.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.785;QD=58.6847;RBI=0.0505931;REFB=0;REVB=0.0425077;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103155;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:18:18:0:0:18:20:0:0 chr7 38468463 . C T 1301.99 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.977;QD=61.9998;RBI=0.0241615;REFB=0;REVB=-0.0228;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6055e-05;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr7 38468695 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00439115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.325;QD=48.737;RBI=0.0122243;REFB=0;REVB=0.0114084;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26323e-05;OID=.;OPOS=38468695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr7 38469039 . C A 836.8 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0359734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4143;QD=55.7869;RBI=0.0645411;REFB=-0.104156;REVB=0.053586;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192526;STB=0.510201;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00248853;OID=.;OPOS=38469039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:35:24:1:0:35:24:1:0 chr7 38725804 . C T 235.97 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0303841;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.812;QD=11.1045;RBI=0.0306916;REFB=-0.00402615;REVB=-0.00433351;RO=55;SAF=17;SAR=12;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161138;STB=0.514276;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00569212;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:56:29:29:0.341176:12:17:33:22:12:17:34:22 chr7 38780883 . C T 2460.89 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=163;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00820728;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.272;QD=60.7627;RBI=0.00997658;REFB=-0.035373;REVB=0.0056721;RO=1;SAF=68;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694596;STB=0.503649;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=8.40381e-05;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:162:1:1:161:161:0.993827:93:68:1:0:93:68:1:0 chr7 38780924 . T C 3037.67 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.485;QD=63.6161;RBI=0.0328011;REFB=0;REVB=0.0274827;RO=0;SAF=70;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02418e-05;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:191:191:1:121:70:0:0:121:70:0:0 chr7 38796570 . G A 558.09 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0976016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.822;QD=18.9183;RBI=0.0985294;REFB=-0.0194833;REVB=-0.0134898;RO=60;SAF=22;SAR=36;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200737;STB=0.511107;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0181639;OID=.;OPOS=38796570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:60:58:58:0.491525:36:22:24:36:36:22:24:36 chr7 39472708 . A G 273.87 PASS AF=0.426667;AO=30;DP=74;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0187461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.502;QD=14.6065;RBI=0.0187461;REFB=-0.0141964;REVB=-3.83146e-05;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223659;STB=0.650115;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0223118;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:43:30:32:0.426667:19:11:23:16:21:11:26:17 chr7 39472846 . G A 251.05 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0942831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6837;QD=19.6903;RBI=0.128225;REFB=-0.0348159;REVB=-0.0869044;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243844;STB=0.611561;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0259248;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:22:25:26:26:0.509804:18:8:13:9:18:8:13:12 chr7 39649275 . G A 708.96 PASS AF=0.59292;AO=67;DP=113;FAO=67;FDP=113;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0137714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.926;QD=25.096;RBI=0.0146356;REFB=-0.0245652;REVB=0.00495477;RO=46;SAF=33;SAR=34;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124953;STB=0.567891;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0174125;OID=.;OPOS=39649275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:46:46:67:67:0.59292:34:33:15:31:34:33:15:31 chr7 40314165 . G A 572.17 PASS AF=0.684932;AO=50;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0133811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6425;QD=31.3518;RBI=0.0193362;REFB=-0.0242388;REVB=0.0139584;RO=23;SAF=22;SAR=28;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123325;STB=0.566713;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.012938;OID=.;OPOS=40314165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:23:23:50:50:0.684932:28:22:15:8:28:22:15:8 chr7 40314243 . A G 111.43 PASS AF=0.275862;AO=15;DP=57;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0147034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.037;QD=7.68454;RBI=0.0160758;REFB=-0.00463066;REVB=-0.00649939;RO=42;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285844;STB=0.687278;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0181923;OID=.;OPOS=40314243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:42:42:15:16:0.275862:6:9:15:27:6:10:15:27 chr7 40899967 . G C 1213.49 PASS AF=1;AO=65;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.503;QD=60.6743;RBI=0.063955;REFB=0;REVB=0.0182228;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017151;OID=.;OPOS=40899967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:0:0:65:80:1:34:31:0:0:41:39:0:0 chr7 42088222 . T C 223.52 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0113556;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1825;QD=13.5467;RBI=0.0284461;REFB=0.0121705;REVB=0.0260813;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123673;STB=0.578714;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0201765;OID=.;OPOS=42088222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:36:39:26:27:0.409091:14:12:21:15:14:13:24:15 chr7 42950640 . C T 1178.49 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.3463;QD=60.4352;RBI=0.0183935;REFB=0;REVB=-0.0061048;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671354;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:37:39:0:0:37:41:0:0 chr7 42970733 . C T 560.72 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363054;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4059;QD=60.6182;RBI=0.0383051;REFB=0;REVB=0.0122147;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430163;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr7 42976789 . A G 1513.39 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.206;QD=59.9362;RBI=0.0815863;REFB=0;REVB=0.081577;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188098;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:57:44:0:0:57:44:0:0 chr7 42977091 . G A 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.2186;QD=59.142;RBI=0.0344493;REFB=0;REVB=0.00556715;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015926;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr7 43635671 . A C 464.99 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0259216;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.213;QD=18.4156;RBI=0.0259495;REFB=-0.0147641;REVB=-0.00120321;RO=52;SAF=15;SAR=34;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210619;STB=0.61733;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0104561;OID=.;OPOS=43635671;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:52:52:49:49:0.485149:34:15:27:25:34:15:27:25 chr7 43664280 . A G 2163.31 PASS AF=0.992806;AO=136;DP=138;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.377;QD=62.2535;RBI=0.0242663;REFB=0.0383813;REVB=0.00884986;RO=1;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684004;STB=0.503546;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-2.57106e-05;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:139:1:1:136:138:0.992806:69:67:0:1:70:68:0:1 chr7 43664625 . G T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.661;QD=62.0218;RBI=0.0400952;REFB=0;REVB=0.017148;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136383;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr7 43664785 . C T 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.064;QD=64.1517;RBI=0.0369037;REFB=0;REVB=0.0171039;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137155;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr7 43810764 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.981;QD=59.1431;RBI=0.0202875;REFB=0;REVB=0.0182816;RO=0;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00648e-05;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:48:19:0:0:48:19:0:0 chr7 43846603 . A G 1516.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000934544;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.682;QD=63.867;RBI=0.00682187;REFB=0;REVB=0.00675755;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141862;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:43:52:0:0 chr7 43916128 . C CCT 960.87 PASS AF=1;AO=57;DP=82;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197851;FXX=0.0844951;HRUN=3;LEN=2;MLLD=292.492;QD=59.1306;RBI=0.0281803;REFB=0;REVB=0.0200668;RO=17;SAF=27;SAR=30;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00014044;OID=.;OPOS=43916129;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:82:65:65:0:29:36:0:0:5:17:27:30:13:4 chr7 43916138 . C G 1011.98 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0510452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.964;QD=57.8277;RBI=0.0512161;REFB=-0.128963;REVB=0.00418064;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150024;STB=0.50769;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00147709;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:37:31:1:0:37:32:1:0 chr7 43916727 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.842;QD=52.6124;RBI=0.0254548;REFB=0;REVB=-0.00617578;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334322;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr7 43917013 . G A 1695.23 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.952;QD=60.5441;RBI=0.0233779;REFB=0;REVB=0.0210516;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43144e-05;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:59:53:0:0:59:53:0:0 chr7 43917274 . A G 908.98 PASS AF=1;AO=43;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9825;QD=57.7132;RBI=0.0607988;REFB=0;REVB=-0.0333034;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652238;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:43:63:1:20:23:0:0:32:31:0:0 chr7 43982482 . A C 1819.92 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.752;QD=61.1738;RBI=0.0341868;REFB=0;REVB=0.0316923;RO=0;SAF=44;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26857e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12058e-05;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:117:119:1:73:44:0:0:74:45:0:0 chr7 43982612 . C T 306.6 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00888511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.852;QD=13.0467;RBI=0.0221888;REFB=-0.00903934;REVB=0.0203322;RO=58;SAF=14;SAR=21;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11057;STB=0.558408;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0197942;OID=.;OPOS=43982612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:58:59:35:35:0.37234:21:14:29:29:21:14:29:30 chr7 44027348 . A G 2109.59 PASS AF=0.992647;AO=133;DP=135;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0458248;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4988;QD=62.0467;RBI=0.0464343;REFB=0.0744173;REVB=-0.00749857;RO=1;SAF=58;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812469;STB=0.504273;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000729059;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:136:1:1:133:135:0.992647:75:58:1:0:77:58:1:0 chr7 44047066 . T C 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0392075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.77;QD=18.1184;RBI=0.0481404;REFB=-0.0069712;REVB=-0.0279332;RO=20;SAF=1;SAR=17;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371826;STB=0.720014;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00573139;OID=.;OPOS=44047066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:17:1:4:16:17:1:4:16 chr7 44099664 . T C 898.86 PASS AF=0.457547;AO=95;DP=212;FAO=97;FDP=212;FR=.;FRO=115;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=-0.0252969;FXX=0.0139528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4211;QD=16.9596;RBI=0.0524766;REFB=-0.0236146;REVB=0.0459767;RO=114;SAF=46;SAR=49;SRF=46;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797959;STB=0.535766;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0372469;OID=.;OPOS=44099664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:114:115:95:97:0.457547:49:46:46:68:51:46:47:68 chr7 44104788 . A C 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0583448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.988;QD=13.7745;RBI=0.0687039;REFB=-0.00359071;REVB=-0.0362782;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883697;STB=0.557235;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00402531;OID=.;OPOS=44104788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:15:13:22:18:15:13:23:18 chr7 44112694 . C T 333.8 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0399401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.9606;QD=12.8387;RBI=0.0423539;REFB=-0.0145986;REVB=0.014094;RO=64;SAF=26;SAR=14;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183917;STB=0.604897;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0281237;OID=.;OPOS=44112694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:14:26:31:33:14:26:31:33 chr7 44112873 . G T 267.35 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0307725;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.2735;QD=22.753;RBI=0.0411321;REFB=-0.0029678;REVB=0.0272929;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196709;STB=0.609963;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0024433;OID=.;OPOS=44112873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:9:16:9:13:9:16:9:13 chr7 44121936 . C A 298.98 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0475245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5766;QD=16.161;RBI=0.112777;REFB=-0.0139355;REVB=-0.102275;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18231;STB=0.593515;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0259334;OID=.;OPOS=44121936;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:41:33:33:0.445946:17:16:12:28:17:16:13:28 chr7 44148553 . A G 716.16 PASS AF=0.547619;AO=69;DP=126;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00131512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.798;QD=22.7354;RBI=0.0249613;REFB=-0.0379556;REVB=-0.0249266;RO=57;SAF=27;SAR=42;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004637;STB=0.502537;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0337532;OID=.;OPOS=44148553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:57:57:69:69:0.547619:42:27:22:35:42:27:22:35 chr7 44153780 . A G 267.99 PASS AF=0.484375;AO=28;DP=58;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00993426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.9835;QD=16.7491;RBI=0.0530943;REFB=-0.0856926;REVB=-0.0521567;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181982;STB=0.502584;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.105346;OID=.;OPOS=44153780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:64:29:33:28:31:0.484375:16:12:13:16:18:13:14:19 chr7 44180079 . A AG 378.31 PASS AF=1;AO=44;DP=54;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0957049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.0045;QD=29.6714;RBI=0.116167;REFB=0;REVB=-0.0658427;RO=6;SAF=5;SAR=39;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287816;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0020003;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:54:51:51:0:5:46:0:0:9:6:5:39:1:5 chr7 44258963 . TG GT,TT 45.53 PASS AF=0,0.222222;AO=2,4;DP=22;FAO=0,6;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=0,5;FSAR=0,1;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0789885,0.0117337;FXX=0.0357015;HRUN=20,1;LEN=2,1;MLLD=9.96871,183.491;QD=6.7453;RBI=0.0907846,0.0301017;REFB=0.0457895,-0.0174796;REVB=-0.0447511,-0.0277206;RO=12;SAF=1,3;SAR=1,1;SRF=12;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.725467,-0.578147;STB=0.5,0.666259;STBP=1,0.792;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0571902;OID=.,.;OPOS=44258963,44258964;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:22:27:12:16:2,4:0,6:0,0.222222:1,1:1,3:12:0:0,1:0,5:15:1 chr7 44259706 . G A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.030588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.561;QD=12.5694;RBI=0.0308643;REFB=-0.00749025;REVB=-0.00411997;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180005;STB=0.613222;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.010538;OID=.;OPOS=44259706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:26:15:15:0.365854:11:4:10:14:11:4:11:15 chr7 44259871 . C T 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0253394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.752;QD=15.1658;RBI=0.0290069;REFB=-0.0288108;REVB=0.014118;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100239;STB=0.558061;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0287163;OID=.;OPOS=44259871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:10:10:9:6:10:10 chr7 44442296 . A C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.679;QD=59.0185;RBI=0.0245475;REFB=0;REVB=-0.0138069;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96572e-05;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr7 44579180 . G C 267.82 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0469097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2855;QD=16.2312;RBI=0.0662963;REFB=-0.0153937;REVB=0.0468474;RO=36;SAF=21;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975596;STB=0.555134;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.022872;OID=.;OPOS=44579180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:9:21:22:14:9:21:22:14 chr7 44606098 . C T 39.61 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0226978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.852;QD=13.2049;RBI=0.02551;REFB=-0.00121734;REVB=0.0116435;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892949;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022398;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:11:12:6:6:5:6:0.5:3:2:3:3:3:3:3:3 chr7 44620836 . C A 61.27 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00864016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.635;QD=6.80723;RBI=0.0125773;REFB=-0.00838828;REVB=-0.0091398;RO=27;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480638;STB=0.530543;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0239185;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:6:3:10:17:6:3:10:17 chr7 44747514 . C T 156.27 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00832283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.12;QD=15.6274;RBI=0.0140126;REFB=-0.0112193;REVB=-0.0112731;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180203;STB=0.603381;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.016283;OID=.;OPOS=44747514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:15:8:9:8:15:8 chr7 44747578 . G A 168.3 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00796715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.81;QD=16.0283;RBI=0.0114969;REFB=-0.0149676;REVB=0.00828868;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266391;STB=0.540496;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0228029;OID=.;OPOS=44747578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:24:18:18:0.428571:8:10:10:9:8:10:15:9 chr7 44747589 . C T 181.39 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0522747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4756;QD=16.8736;RBI=0.0523206;REFB=-0.00756129;REVB=0.00219266;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972961;STB=0.555498;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.01244;OID=.;OPOS=44747589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:15:9:9:10:15:9 chr7 44748451 . G A 46.2 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.026567;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.84;QD=8.03397;RBI=0.0291334;REFB=-0.00330017;REVB=-0.0119563;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22718;STB=0.636059;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00950236;OID=.;OPOS=44748451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:1:15:6:1:1:15 chr7 44836314 . A G 586.07 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0111843;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0839;QD=19.3741;RBI=0.0179265;REFB=-0.000644973;REVB=0.0140097;RO=60;SAF=33;SAR=27;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755665;STB=0.537684;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.000701117;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:60:61:60:60:0.495868:27:33:28:32:27:33:29:32 chr7 44919200 . G A 107.98 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00471727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3652;QD=13.0887;RBI=0.0195948;REFB=-0.00240622;REVB=0.0190185;RO=19;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178261;STB=0.596733;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00327495;OID=.;OPOS=44919200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:11:2:5:14:11:2:5:15 chr7 45004063 . T C 990.63 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000704457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.014;QD=59.1423;RBI=0.00565375;REFB=0;REVB=0.00560969;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93698e-06;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:34:33:0:0 chr7 45005795 . G A 467.06 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0022728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5229;QD=25.5925;RBI=0.00229017;REFB=-0.0168707;REVB=-0.000281546;RO=29;SAF=20;SAR=24;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169572;STB=0.592551;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.017049;OID=.;OPOS=45005795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:44:44:0.60274:24:20:20:9:24:20:20:9 chr7 45009325 . G A 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0159188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.754;QD=22.7212;RBI=0.0362265;REFB=-0.0100451;REVB=0.0325415;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626526;STB=0.534584;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00917273;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:16:15:13:10:16:15:13:10 chr7 45009341 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0803756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3445;QD=57.8838;RBI=0.0822854;REFB=0;REVB=0.0176249;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000627789;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr7 45009723 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0361639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.293;QD=22.6321;RBI=0.0365527;REFB=-0.0219543;REVB=0.00531767;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141855;STB=0.580516;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0165928;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:9:4:4:4:9:4:4:4 chr7 45015107 . G A 277.73 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.021115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6209;QD=11.4526;RBI=0.0211503;REFB=0.000248473;REVB=0.00122135;RO=64;SAF=10;SAR=23;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235742;STB=0.637117;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.000103635;OID=.;OPOS=45015107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:64:33:33:0.340206:23:10:32:32:23:10:32:32 chr7 45016621 . C T 56.12 PASS AF=0.32;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.065246;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.204;QD=8.97842;RBI=0.0673361;REFB=-0.00522628;REVB=-0.0166469;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550255;STB=0.845217;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0191857;OID=.;OPOS=45016621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:26:25:17:17:8:8:0.32:7:1:10:7:7:1:10:7 chr7 45124008 . T C 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0107385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.7181;QD=19.697;RBI=0.0307205;REFB=0.00608279;REVB=0.0287825;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691752;STB=0.539133;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00573248;OID=.;OPOS=45124008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:13:8:10:12:13:8:10:12 chr7 45753434 . C T 698.63 PASS AF=0.480519;AO=72;DP=151;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.0248016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1539;QD=18.1462;RBI=0.0248126;REFB=-0.0422495;REVB=-0.000739638;RO=79;SAF=37;SAR=35;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016812;STB=0.512475;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0452973;OID=.;OPOS=45753434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:79:80:72:74:0.480519:35:37:42:37:36:38:43:37 chr7 45756997 . C G 628.12 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.00559867;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.21;QD=17.2087;RBI=0.0144185;REFB=-0.00940561;REVB=-0.0132871;RO=80;SAF=23;SAR=42;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100515;STB=0.56023;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.012155;OID=.;OPOS=45756997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:80:81:65:65:0.445205:42:23:36:44:42:23:37:44 chr7 45762687 . A AAAT 209.2 PASS AF=0.382353;AO=22;DP=72;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00806416;FXX=0.0422476;HRUN=5;LEN=3;MLLD=394.09;QD=12.3056;RBI=0.0109531;REFB=-0.00630552;REVB=-0.00741211;RO=47;SAF=8;SAR=14;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239312;STB=0.507457;STBP=0.951;TYPE=ins;VARB=0.00930499;OID=.;OPOS=45762688;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:22:72:26:68:42:9:17:15:27:99:47:8:14:18:29 chr7 45764099 . A G 239.62 PASS AF=0.534884;AO=21;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00502197;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=331.223;QD=22.2898;RBI=0.0161195;REFB=-0.019761;REVB=-0.0153173;RO=13;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578375;STB=0.528277;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0131575;OID=.;OPOS=45764099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:20:21:23:0.534884:13:8:6:7:14:9:9:11 chr7 45765234 . G T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00427013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3143;QD=15.1663;RBI=0.0427981;REFB=0.012975;REVB=0.0425846;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327351;STB=0.686347;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0102091;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:4:16:7:8:4:16 chr7 45883240 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.000313019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.729;QD=16.8229;RBI=0.00640185;REFB=-0.0104202;REVB=0.00639419;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121017;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00821345;OID=.;OPOS=45883240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:3:2:4:3:3:2 chr7 45932669 . A G 402.14 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00755343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6055;QD=21.7375;RBI=0.0120912;REFB=-0.00419518;REVB=-0.00944159;RO=34;SAF=13;SAR=27;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105392;STB=0.558316;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00325398;OID=.;OPOS=45932669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:27:13:15:19:27:13:15:19 chr7 46732428 . A G 1733.63 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00582361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.707;QD=59.7804;RBI=0.00677386;REFB=-0.103786;REVB=0.00345988;RO=0;SAF=67;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000208647;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:0:1:115:115:0.991379:48:67:0:0:48:67:0:1 chr7 47323456 . A G 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00132949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.77;QD=18.9485;RBI=0.0266631;REFB=-0.00382437;REVB=-0.02663;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34611;STB=0.683417;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00564261;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:18:10:20:6:18:10:20:7 chr7 47408029 . A G 1551.51 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143639;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.757;QD=59.6734;RBI=0.0162257;REFB=0;REVB=-0.00754671;RO=0;SAF=33;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32612e-05;OID=.;OPOS=47408029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:103:104:1:70:33:0:0:70:34:0:0 chr7 47408443 . C G 243.36 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148935;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.318;QD=51.2339;RBI=0.0341457;REFB=0;REVB=0.0307264;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429859;OID=.;OPOS=47408443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr7 47408974 . T A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.155;QD=60.61;RBI=0.0509363;REFB=0;REVB=-0.00211172;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109036;OID=.;OPOS=47408974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr7 47568718 . C T 687.14 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=124;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0590954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.582;QD=22.1656;RBI=0.0599656;REFB=-0.00976826;REVB=0.0101787;RO=57;SAF=28;SAR=39;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327406;STB=0.517948;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00679365;OID=.;OPOS=47568718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:57:57:67:67:0.540323:39:28:26:31:39:28:26:31 chr7 47698685 . A G 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0217657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.401;QD=24.3828;RBI=0.0218526;REFB=-0.0131492;REVB=-0.00194704;RO=21;SAF=4;SAR=22;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539508;STB=0.802666;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00989955;OID=.;OPOS=47698685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:22:4:16:5:22:4:16:5 chr7 47851623 . C T 300.84 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00724218;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.635;QD=25.0699;RBI=0.0117737;REFB=-0.0100851;REVB=-0.00928283;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100651;STB=0.55624;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00689708;OID=.;OPOS=47851623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:20:21:26:27:0.5625:15:11:6:14:16:11:6:15 chr7 47852837 . C T 386.29 PASS AF=0.405405;AO=44;DP=112;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.00381528;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.819;QD=13.9204;RBI=0.00444608;REFB=-0.00172894;REVB=-0.00228282;RO=63;SAF=18;SAR=26;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305685;STB=0.526674;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00222305;OID=.;OPOS=47852837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:63:66:44:45:0.405405:26:18:24:39:26:19:25:41 chr7 47854956 . C T 870.11 PASS AF=0.462687;AO=89;DP=198;FAO=93;FDP=201;FR=.;FRO=108;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.0208616;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.811;QD=17.3155;RBI=0.0252665;REFB=-0.0167628;REVB=0.0142546;RO=99;SAF=63;SAR=26;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181298;STB=0.596284;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0248311;OID=.;OPOS=47854956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:201:99:108:89:93:0.462687:26:63:53:46:30:63:55:53 chr7 47872845 . A G 1116.48 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000303698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5453;QD=60.3504;RBI=0.0557398;REFB=0;REVB=0.055739;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338902;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:50:24:0:0:50:24:0:0 chr7 47879049 . G A 573.5 PASS AF=0.404908;AO=66;DP=163;FAO=66;FDP=163;FR=.;FRO=97;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.00248495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.598;QD=14.0735;RBI=0.0223637;REFB=-0.0033537;REVB=-0.0222252;RO=94;SAF=40;SAR=26;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134935;STB=0.579359;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00568127;OID=.;OPOS=47879049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:94:97:66:66:0.404908:26:40:45:49:26:40:46:51 chr7 47913579 . T C 994.31 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00771268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.843;QD=57.6413;RBI=0.0136157;REFB=-0.0854923;REVB=0.0112206;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=7.95566e-06;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:38:30:1:0:38:30:1:0 chr7 47925525 . G T 354.69 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0160968;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.554;QD=18.4255;RBI=0.0176856;REFB=-0.028557;REVB=-0.00732618;RO=39;SAF=11;SAR=26;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918505;STB=0.560669;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0347842;OID=.;OPOS=47925525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:26:11:15:24:26:11:16:24 chr7 47968927 . C A 237.6 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0183704;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.194;QD=19.3958;RBI=0.0238678;REFB=-0.0142523;REVB=0.0152381;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168273;STB=0.594989;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.01357;OID=.;OPOS=47968927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:16:10:13:10:16:10 chr7 47971575 . A G 483.42 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.015837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.722;QD=20.7922;RBI=0.0534024;REFB=-0.0257172;REVB=-0.0510001;RO=46;SAF=27;SAR=20;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477774;STB=0.526451;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0214866;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:20:27:24:22:20:27:24:22 chr7 47971626 . G A 304.09 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0454856;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.505;QD=17.132;RBI=0.0479235;REFB=-0.00405056;REVB=0.0150907;RO=39;SAF=9;SAR=24;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204088;STB=0.620612;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00520054;OID=.;OPOS=47971626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:38:33:33:0.464789:24:9:18:21:24:9:18:20 chr7 48004962 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00844788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.499;QD=13.5766;RBI=0.035714;REFB=-0.0123174;REVB=-0.0347005;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656314;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.01838;OID=.;OPOS=48004962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:10:9:7:6:10:9 chr7 48018103 . G C 371.46 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00857518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.873;QD=15.0084;RBI=0.0158276;REFB=-0.0202581;REVB=-0.0133034;RO=59;SAF=28;SAR=12;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180312;STB=0.602595;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0367635;OID=.;OPOS=48018103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:59:40:40:0.40404:12:28:32:27:12:28:32:27 chr7 48285485 . C T 740.12 PASS AF=0.541985;AO=71;DP=131;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00343954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.353;QD=22.599;RBI=0.0228784;REFB=-0.00915856;REVB=-0.0226184;RO=59;SAF=48;SAR=23;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149058;STB=0.578693;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00633082;OID=.;OPOS=48285485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:59:60:71:71:0.541985:23:48:30:29:23:48:31:29 chr7 48312674 . G A 1168.88 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212172;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.065;QD=61.5201;RBI=0.0212499;REFB=0;REVB=0.0011792;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202932;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:47:29:0:0:47:29:0:0 chr7 48313757 . G A 232.76 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0212705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.624;QD=15.7802;RBI=0.0214202;REFB=-0.00709388;REVB=-0.00252748;RO=31;SAF=17;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286346;STB=0.637399;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0138558;OID=.;OPOS=48313757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:26:27:0.457627:9:17:11:20:10:17:12:20 chr7 48313881 . T C 306.17 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00627162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.407;QD=20.411;RBI=0.00643676;REFB=-0.0313601;REVB=-0.00144869;RO=27;SAF=8;SAR=24;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311528;STB=0.5;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0153431;OID=.;OPOS=48313881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:24:8:6:21:24:8:7:21 chr7 48315796 . C A 1065.57 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.268;QD=59.1983;RBI=0.0495918;REFB=0;REVB=0.0266449;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378312;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:43:28:0:0:43:29:0:0 chr7 48317708 . A C 595.74 PASS AF=0.495935;AO=60;DP=122;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00449523;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.685;QD=19.3735;RBI=0.00462485;REFB=-0.0101423;REVB=0.00108726;RO=61;SAF=27;SAR=33;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680339;STB=0.503758;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0113921;OID=.;OPOS=48317708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:61:62:60:61:0.495935:33:27:27:34:33:28:28:34 chr7 48318811 . C T 693.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469314;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.598;QD=63.0153;RBI=0.015991;REFB=0;REVB=0.0152868;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47699e-05;OID=.;OPOS=48318811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:14:29:0:0:15:29:0:0 chr7 48336844 . C T 1151.64 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0907586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.319;QD=60.6124;RBI=0.0907603;REFB=0;REVB=0.000555737;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019333;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:41:34:0:0:42:34:0:0 chr7 48349647 . C T 1120.34 PASS AF=0.518519;AO=111;DP=216;FAO=112;FDP=216;FR=.;FRO=104;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=69;FSRR=35;FWDB=-0.00346052;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1627;QD=20.747;RBI=0.0511494;REFB=-0.013877;REVB=-0.0510322;RO=102;SAF=57;SAR=54;SRF=69;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143648;STB=0.574614;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0121478;OID=.;OPOS=48349647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:102:104:111:112:0.518519:54:57:69:33:55:57:69:35 chr7 48443570 . G A 796.78 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0589786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4005;QD=56.9131;RBI=0.0630221;REFB=0;REVB=-0.0222107;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000508787;OID=.;OPOS=48443570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:34:21:0:0:34:22:0:0 chr7 48450157 . T C 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.648;QD=63.8873;RBI=0.0264146;REFB=0;REVB=0.0144832;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00248e-05;OID=.;OPOS=48450157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr7 48506566 . A G 528.11 PASS AF=0.459016;AO=55;DP=120;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0109419;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.877;QD=17.3151;RBI=0.0123411;REFB=-0.0009463;REVB=-0.00570778;RO=64;SAF=26;SAR=29;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190232;STB=0.506742;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.000369198;OID=.;OPOS=48506566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:64:66:55:56:0.459016:29:26:29:35:29:27:31:35 chr7 48506642 . A G 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00441014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.641;QD=16.4506;RBI=0.0161119;REFB=-0.00513856;REVB=-0.0154965;RO=45;SAF=23;SAR=13;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216053;STB=0.621553;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00826763;OID=.;OPOS=48506642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:13:23:19:26:13:23:19:26 chr7 48545976 . A G 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000349991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.435;QD=61.5342;RBI=0.0111006;REFB=0;REVB=0.0110951;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07285e-05;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr7 48964322 . G T 2032.52 PASS AF=0.992647;AO=124;DP=126;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0371435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.9;QD=59.78;RBI=0.0377972;REFB=-0.0243062;REVB=0.00699923;RO=1;SAF=61;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772532;STB=0.503649;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00108098;OID=.;OPOS=48964322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:136:1:1:124:135:0.992647:63:61:1:0:67:68:1:0 chr7 48964751 . G A 280.54 PASS AF=0.476923;AO=29;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00257846;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.529;QD=17.2637;RBI=0.0141825;REFB=0.00439005;REVB=-0.0139462;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227607;STB=0.620101;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00492772;OID=.;OPOS=48964751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:29:31:0.476923:18:11:21:13:19:12:21:13 chr7 48965000 . G A 801.91 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0458117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.055;QD=54.3666;RBI=0.0522033;REFB=-0.0511384;REVB=0.0250293;RO=1;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021926;STB=0.511107;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00234249;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:57:58:0.983051:21:36:0:1:22:36:0:1 chr7 49815390 . C G 56.06 PASS AF=0.421053;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0152483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.206;QD=11.8029;RBI=0.0153578;REFB=-0.0198907;REVB=-0.0018306;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238861;STB=0.631272;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0339848;OID=.;OPOS=49815390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:19:19:11:11:6:8:0.421053:3:3:8:3:4:4:8:3 chr7 50173777 . A G 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00606456;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.373;QD=13.849;RBI=0.00812426;REFB=-0.00918759;REVB=0.00540599;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127805;STB=0.574375;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00533341;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:11:14:7:9:11:14 chr7 50175681 . C T 782.62 PASS AF=0.506329;AO=80;DP=155;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00624548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.744;QD=19.8132;RBI=0.00660648;REFB=-0.0184888;REVB=-0.00215398;RO=73;SAF=35;SAR=45;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488249;STB=0.518395;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0168707;OID=.;OPOS=50175681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:73:78:80:80:0.506329:45:35:36:37:45:35:37:41 chr7 50180972 . C T 486.03 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00229554;FXX=0.0454504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.446;QD=18.5153;RBI=0.0159047;REFB=-0.0207837;REVB=-0.0157382;RO=54;SAF=22;SAR=29;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641784;STB=0.535606;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0215726;OID=.;OPOS=50180972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:54:54:51:51:0.485714:29:22:27:27:29:22:27:27 chr7 50611735 . T C 2200.18 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013887;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9261;QD=61.9768;RBI=0.0349234;REFB=-0.041283;REVB=-0.0320437;RO=0;SAF=72;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578481;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:141:142:0:0:139:142:1:67:72:0:0:68:74:0:0 chr7 50660438 . T C 1339.72 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.955;QD=62.3127;RBI=0.029037;REFB=0;REVB=0.0116308;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73163e-05;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:39:46:0:0:40:46:0:0 chr7 50673029 . T C 986.44 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596227;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.685;QD=58.026;RBI=0.0131157;REFB=0;REVB=0.0116821;RO=2;SAF=28;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325534;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162989;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:2:0:66:68:1:38:28:2:0:39:29:0:0 chr7 51093013 . A T 222.96 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6669;QD=49.5476;RBI=0.0496;REFB=0;REVB=0.0475059;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015231;OID=.;OPOS=51093013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr7 51096036 . G C 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0363333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1388;QD=21.6111;RBI=0.0365637;REFB=-0.00762839;REVB=0.00409869;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056906;STB=0.531888;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00518246;OID=.;OPOS=51096036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:13:10:12:12:13:10 chr7 51096974 . C T 1862.41 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.849;QD=60.5663;RBI=0.0192644;REFB=-0.0647042;REVB=0.0134613;RO=1;SAF=46;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621043;STB=0.503267;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=3.33644e-05;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:76:46:0:1:76:46:0:1 chr7 51097063 . T G 1477.4 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405984;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.113;QD=63.5439;RBI=0.0446707;REFB=0;REVB=0.0186345;RO=0;SAF=31;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14131e-05;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:60:31:0:0:60:33:0:0 chr7 51098567 . GTCTTCT GTCT,GTCTTCA 2497.3 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=152,8;DP=165;FAO=160,5;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=87,4;FSAR=73,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131728,0.0117545;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=238.674,110.939;QD=60.5405;RBI=0.0170067,0.0510307;REFB=0,0;REVB=0.0107566,-0.0496585;RO=0;SAF=79,7;SAR=73,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.3138e-08,4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000300462,0.0196931;OID=.,.;OPOS=51098568,51098573;OREF=TCT,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTCT,GTCTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.969697,0.030303:152,8:165:160,5:165:0:87,4:73,1:0:0:7:0:79,7:73,1:0:0 chr7 51287470 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9084;QD=57.1055;RBI=0.031984;REFB=0;REVB=-0.0314264;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204615;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr7 53103425 . C A 751.69 PASS AF=0.476471;AO=78;DP=160;FAO=81;FDP=170;FR=.;FRO=89;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.0105191;FXX=0.00584761;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6652;QD=17.6869;RBI=0.0126522;REFB=-0.0265803;REVB=0.00703047;RO=82;SAF=48;SAR=30;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409436;STB=0.505823;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0355645;OID=.;OPOS=53103425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:170:82:89:78:81:0.476471:30:48:47:35:31:50:54:35 chr7 53103673 . C A 318.39 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00944758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.13;QD=20.8779;RBI=0.0279445;REFB=-0.0199648;REVB=0.0262991;RO=26;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103893;STB=0.572234;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0133827;OID=.;OPOS=53103673;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:28:33:33:0.540984:17:16:16:10:17:16:18:10 chr7 53103794 . C T 508.23 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00308282;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.651;QD=20.7442;RBI=0.00789504;REFB=-0.0234996;REVB=0.00726828;RO=48;SAF=17;SAR=32;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474155;STB=0.53308;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0235276;OID=.;OPOS=53103794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:49:49:49:0.5:32:17:19:29:32:17:20:29 chr7 53433863 . G A 249.26 PASS AF=0.5;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0555358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.68;QD=18.4635;RBI=0.0561074;REFB=-0.0248804;REVB=0.00798805;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165216;STB=0.610276;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0227463;OID=.;OPOS=53433863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:27:26:27:0.5:13:13:9:19:13:14:8:19 chr7 53557963 . A G 1261.51 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020823;FXX=0.0348797;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.49;QD=60.7956;RBI=0.0246269;REFB=-0.0128216;REVB=0.0131486;RO=1;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119868;STB=0.506328;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000264852;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:39:42:0:1:39:43:0:1 chr7 53558015 . G T 1490.15 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0135835;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.727;QD=60.8224;RBI=0.0522052;REFB=-0.00410835;REVB=0.0504071;RO=1;SAF=44;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106552;STB=0.510867;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=9.39515e-05;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:1:2:95:96:0.979592:51:44:1:0:51:45:2:0 chr7 54614698 . C CG 490.44 PASS AF=1;AO=47;DP=74;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145642;FXX=0.0294074;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9359;QD=29.7239;RBI=0.194087;REFB=-0.136192;REVB=0.12829;RO=25;SAF=26;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725299;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0399991;OID=.;OPOS=54614699;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:74:66:66:0:37:29:0:0:4:25:26:21:11:14 chr7 55229255 . G A 421.04 PASS AF=0.379845;AO=50;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0381462;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0931;QD=13.0554;RBI=0.0602996;REFB=0.00895056;REVB=0.0467002;RO=79;SAF=15;SAR=35;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168959;STB=0.612697;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0132821;OID=.;OPOS=55229255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:79:80:50:49:0.379845:35:15:35:44:35:14:36:44 chr7 55238874 . T A 197.68 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.000548585;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2501;QD=10.4044;RBI=0.0227652;REFB=-0.00493546;REVB=0.0227586;RO=51;SAF=17;SAR=8;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160046;STB=0.59406;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0169282;OID=.;OPOS=55238874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:8:17:28:23:8:17:28:23 chr7 55248926 . T C 418.31 PASS AF=0.546667;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0189499;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.161;QD=22.31;RBI=0.0208559;REFB=-0.00914861;REVB=-0.00871025;RO=31;SAF=18;SAR=22;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129218;STB=0.516626;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00623901;OID=.;OPOS=55248926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:31:34:40:41:0.546667:22:18:14:17:22:19:17:17 chr7 55249063 . G A 267.62 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0079529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.462;QD=16.2195;RBI=0.00936104;REFB=-0.0229217;REVB=0.00493765;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148111;STB=0.59085;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0287944;OID=.;OPOS=55249063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:36:29:30:0.454545:14:15:24:12:15:15:24:12 chr7 55266417 . T C 1659.54 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.51;QD=60.3468;RBI=0.00392747;REFB=0;REVB=0.00342277;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21163e-06;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:48:62:0:0:48:62:0:0 chr7 55459563 . A G 629.93 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.831;QD=61.4566;RBI=0.0717525;REFB=0;REVB=0.0710984;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340716;OID=.;OPOS=55459563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr7 55499058 . A G 724.14 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00346604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.473;QD=59.1138;RBI=0.0239515;REFB=-0.103946;REVB=0.0236994;RO=2;SAF=20;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447272;STB=0.523799;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00381696;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:27:20:2:0:27:20:2:0 chr7 55759146 . C T 901.43 PASS AF=0.561644;AO=83;DP=146;FAO=82;FDP=146;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0110389;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3444;QD=24.6967;RBI=0.0547903;REFB=-0.0139753;REVB=-0.0536668;RO=63;SAF=31;SAR=52;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0062985;STB=0.501422;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0146148;OID=.;OPOS=55759146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:63:64:83:82:0.561644:52:31:24:39:51:31:24:40 chr7 56087300 . C T 47.05 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0107184;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2597;QD=2.35245;RBI=0.0369326;REFB=0.00271059;REVB=-0.035343;RO=67;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271651;STB=0.691953;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00530655;OID=.;OPOS=56087300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:80:80:67:70:10:10:0.125:4:6:25:42:4:6:26:44 chr7 56087319 . T G 75.73 PASS AF=0.166667;AO=13;DP=92;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.0707588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.5053;QD=3.15527;RBI=0.0707615;REFB=-0.0117282;REVB=0.000616924;RO=79;SAF=8;SAR=5;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331559;STB=0.671954;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0604478;OID=.;OPOS=56087319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:92:96:79:80:13:16:0.166667:5:8:27:52:7:9:28:52 chr7 56087374 . C T 97.63 PASS AF=0.178947;AO=17;DP=95;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=-0.0109388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0217;QD=4.11089;RBI=0.0163983;REFB=-0.00186133;REVB=0.0122167;RO=78;SAF=10;SAR=7;SRF=27;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299796;STB=0.691093;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00278657;OID=.;OPOS=56087374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:95:95:78:78:17:17:0.178947:7:10:27:51:7:10:27:51 chr7 56087379 . T C 89.56 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=95;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=53;FWDB=0.00293489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.774;QD=3.77109;RBI=0.0115336;REFB=-0.00289825;REVB=-0.0111539;RO=78;SAF=10;SAR=6;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356221;STB=0.731753;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0170856;OID=.;OPOS=56087379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:95:95:78:79:16:16:0.168421:6:10:26:52:6:10:26:53 chr7 56087399 . G A 86.29 PASS AF=0.185185;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.00454376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.441;QD=4.26123;RBI=0.0195791;REFB=0.00231038;REVB=0.0190446;RO=65;SAF=10;SAR=5;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274702;STB=0.682686;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0159207;OID=.;OPOS=56087399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:81:81:65:66:15:15:0.185185:5:10:29:36:5:10:29:37 chr7 56087409 . G A 30.7 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=73;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0173381;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9369;QD=1.72965;RBI=0.0428568;REFB=0.00256119;REVB=0.0391931;RO=63;SAF=3;SAR=4;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506155;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.0233551;OID=.;OPOS=56087409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:73:71:63:64:7:7:0.0985915:4:3:27:36:4:3:27:37 chr7 56088786 . A T 219.54 PASS AF=0.311111;AO=27;DP=89;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.00179132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.214;QD=9.75748;RBI=0.00576085;REFB=-0.0244818;REVB=0.00547527;RO=62;SAF=16;SAR=11;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450838;STB=0.515902;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0429564;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:62:62:27:28:0.311111:11:16:39:23:11:17:39:23 chr7 56088789 . G A 234.39 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.006541;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.866;QD=10.6539;RBI=0.0335556;REFB=0.0105059;REVB=-0.0329119;RO=59;SAF=19;SAR=10;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559836;STB=0.532687;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0163721;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:59:59:29:29:0.329545:10:19:36:23:10:19:36:23 chr7 56088811 . T C 292.07 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.00382043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.252;QD=12.2978;RBI=0.0456646;REFB=-0.00348759;REVB=0.0455045;RO=61;SAF=19;SAR=15;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734447;STB=0.542144;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00752269;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:61:34:34:0.357895:15:19:38:23:15:19:38:23 chr7 56088825 . T A 292.33 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00386744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.317;QD=11.464;RBI=0.00748374;REFB=-0.0101979;REVB=0.00640697;RO=66;SAF=21;SAR=15;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00874195;STB=0.505031;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0157496;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:66:36:36:0.352941:15:21:38:28:15:21:38:28 chr7 56088902 . C T 192.23 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00666948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.406;QD=9.85778;RBI=0.00710401;REFB=-0.026832;REVB=-0.00244643;RO=52;SAF=15;SAR=10;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027495;STB=0.52379;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0425081;OID=.;OPOS=56088902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:52:53:25:25:0.320513:10:15:30:22:10:15:30:23 chr7 56088907 . GC CT 169.83 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.011458;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.766;QD=10.2929;RBI=0.0298362;REFB=-0.0199407;REVB=-0.0275483;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929941;STB=0.515222;STBP=0.85;TYPE=mnp;VARB=0.0291077;OID=.;OPOS=56088907;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:44:22:22:0.333333:10:12:17:20:10:12:23:21 chr7 56126360 . T C 704.76 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0861851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0954;QD=58.7301;RBI=0.117794;REFB=-0.144526;REVB=0.0802967;RO=2;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361334;STB=0.519222;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0035822;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:2:2:46:46:0.958333:25:21:0:2:25:21:0:2 chr7 56130952 . TAAAAA TAAAA,TAAAAT,TTAAAA 38.69 PASS AF=0.170732,0.097561,0;AO=5,4,4;DP=37;FAO=7,4,0;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=1,3,0;FSAR=6,1,0;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0741445,-0.0269253,0.0352629;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=11.1233,27.6405,17.9946;QD=3.77424;RBI=0.161877,0.0419047,0.0357867;REFB=-0.0963783,-0.0441776,-0.0655163;REVB=-0.143899,-0.0321097,0.00610061;RO=24;SAF=0,3,0;SAR=5,1,4;SRF=6;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.600627,0.527326,-0.554043;STB=0.622975,0.876748,0.5;STBP=0.589,0.332,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.137979,0.0417889,0;OID=.,.,.;OPOS=56130953,56130957,56130953;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAAA,TAAAAT,TTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170732,0.097561,0:5,4,4:37:7,4,0:41:30:1,3,0:6,1,0:7:23:18:24:0,3,0:5,1,4:6:18 chr7 56136260 . C A 1437.08 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464317;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.848;QD=62.4818;RBI=0.0612283;REFB=0;REVB=0.061052;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335486;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:88:92:1:42:46:0:0:45:47:0:0 chr7 56149939 . G A 595.21 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1532;QD=61.0472;RBI=0.115988;REFB=0;REVB=0.0553656;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000768128;OID=.;OPOS=56149939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:1:0:38:39:1:20:18:0:1:21:18:0:0 chr7 56174115 . A C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.022;QD=60.9773;RBI=0.0751441;REFB=0;REVB=-0.0445883;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66917e-05;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr7 56407936 . C T 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0174017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.157;QD=14.6537;RBI=0.021429;REFB=-0.00196392;REVB=-0.0125054;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266628;OID=.;OPOS=56407936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:5:3:3:5:5:3 chr7 57188016 . A G 64.91 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0189559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.569;QD=11.2894;RBI=0.0826387;REFB=-0.0315759;REVB=-0.0804352;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103585;STB=0.562357;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.109811;OID=.;OPOS=57188016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:8:6:3:6:8:6 chr7 57188718 . T C 406.06 PASS AF=0.342657;AO=49;DP=143;FAO=49;FDP=143;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.00618631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.647;QD=11.3583;RBI=0.0130201;REFB=-0.00112694;REVB=0.0114566;RO=94;SAF=23;SAR=26;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350583;STB=0.52014;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00304116;OID=.;OPOS=57188718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:94:94:49:49:0.342657:26:23:47:47:26:23:47:47 chr7 57238635 . G A 385.84 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.0155558;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.375;QD=14.8401;RBI=0.0237866;REFB=-0.00604353;REVB=-0.0179949;RO=58;SAF=24;SAR=20;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218294;STB=0.620637;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0053582;OID=.;OPOS=57238635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:60:44:44:0.423077:20:24:19:39:20:24:20:40 chr7 57257162 . A C 534.59 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0137769;FXX=0.0582468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.572;QD=22.0451;RBI=0.0141604;REFB=-0.00896504;REVB=0.00327316;RO=44;SAF=26;SAR=27;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486011;STB=0.526675;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00879409;OID=.;OPOS=57257162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:97:44:44:53:53:0.546392:27:26:19:25:27:26:19:25 chr7 57528997 . T C 273.3 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.088;QD=52.0578;RBI=0.0258296;REFB=0;REVB=0.024091;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185533;OID=.;OPOS=57528997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:17:21:1:2:15:0:0:6:15:0:0 chr7 57529392 . A C 167.47 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8406;QD=44.658;RBI=0.114517;REFB=0;REVB=-0.0154718;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060556;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425762;OID=.;OPOS=57529392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:1:0:14:15:1:7:7:1:0:7:8:0:0 chr7 63225682 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.032;QD=46.848;RBI=0.0690707;REFB=0;REVB=0.0633117;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064763;OID=.;OPOS=63225682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:3:11:0:0:3:12:0:0 chr7 63225725 . C T 365.07 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0570019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.147;QD=52.1525;RBI=0.204533;REFB=-0.0852821;REVB=-0.19643;RO=0;SAF=23;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.57137;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000145008;OID=.;OPOS=63225725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:26:27:0.964286:3:23:0:0:3:24:0:1 chr7 63225803 . T A,G 537.3 PASS AF=0.918919,0.0810811;AO=34,3;DP=38;FAO=34,3;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=20,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254698,0.00180105;FXX=0.0263089;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=179.592,85.1048;QD=58.0863;RBI=0.0415677,0.00881294;REFB=0,0;REVB=0.0328506,-0.00862694;RO=0;SAF=14,0;SAR=20,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.48532e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00132035,0.178416;OID=.,.;OPOS=63225803,63225803;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:38:37:0:0:34,3:34,3:0.918919,0.0810811:20,3:14,0:0:0:20,3:14,0:0:0 chr7 63225821 . A T 531.54 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178943;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.382;QD=59.0598;RBI=0.0238765;REFB=0;REVB=0.0158076;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483923;OID=.;OPOS=63225821;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr7 63225842 . A C,T 586.18 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=2,37;DP=40;FAO=2,37;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504909,0.0154546;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.9263,77.1461;QD=60.121;RBI=0.0734549,0.0216466;REFB=0,0;REVB=-0.0533506,-0.0151569;RO=0;SAF=0,15;SAR=2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.82408e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0805419,-0.000512109;OID=.,.;OPOS=63225842,63225842;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:39:0:0:2,37:2,37:0.0512821,0.948718:2,22:0,15:0:0:2,22:0,15:0:0 chr7 63225873 . C T 597.17 PASS AF=1;AO=38;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.240511;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.61;QD=58.2606;RBI=0.241192;REFB=0;REVB=0.0181066;RO=3;SAF=11;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111885;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128751;OID=.;OPOS=63225873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:41:3:0:38:41:1:27:11:3:0:27:14:0:0 chr7 63225986 . T C 87.21 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.032;QD=38.7582;RBI=0.0562827;REFB=0;REVB=0.0286922;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132826;OID=.;OPOS=63225986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr7 63529956 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.138;QD=63.5826;RBI=0.0223779;REFB=0;REVB=0.0177187;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18414e-05;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr7 63537720 . T C 272.28 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0116585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.601;QD=17.2878;RBI=0.0410936;REFB=-0.0115632;REVB=0.0394051;RO=32;SAF=9;SAR=21;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226685;STB=0.621076;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0187963;OID=.;OPOS=63537720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:21:9:17:15:21:9:17:16 chr7 63537849 . G A 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.235;QD=55.6057;RBI=0.0238193;REFB=-0.0815659;REVB=0.0163273;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000219739;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:30:28:0:1:30:28:0:1 chr7 63565953 . A C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.454;QD=56.9565;RBI=0.0600638;REFB=0;REVB=0.0562324;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336277;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr7 63566387 . A ATGT 706.13 PASS AF=0.929825;AO=49;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00327957;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=205.085;QD=49.5532;RBI=0.0351144;REFB=-0.0446675;REVB=0.0349609;RO=4;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259343;STB=0.511974;STBP=0.536;TYPE=ins;VARB=0.00226439;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.929825:49:57:53:57:4:22:31:1:3:16:4:21:28:1:3 chr7 63568887 . A ATAACT 550.92 PASS AF=0.818182;AO=44;DP=59;FAO=45;FDP=55;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0268381;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=5;MLLD=325.969;QD=40.0665;RBI=0.0290498;REFB=-0.0556472;REVB=-0.0111181;RO=10;SAF=30;SAR=14;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724763;STB=0.527766;STBP=0.452;TYPE=ins;VARB=0.00569138;OID=.;OPOS=63568888;OREF=-;OALT=TAACT;OMAPALT=ATAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:44:59:45:55:10:30:15:8:2:57:10:30:14:7:3 chr7 63570733 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.243;QD=60.0309;RBI=0.0376136;REFB=0;REVB=-0.000249843;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74854e-05;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:45:27:0:0:45:27:0:0 chr7 63572047 . A G 760.37 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.861;QD=63.3639;RBI=0.0283051;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=47;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49099e-05;OID=.;OPOS=63572047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:0:47:0:0:0:48:0:0 chr7 63679733 . A G 2134.65 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.423;QD=62.7837;RBI=0.071119;REFB=0;REVB=0.0710053;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03879e-05;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:136:0:0:130:136:1:68:62:0:0:74:62:0:0 chr7 63680133 . T A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.251;QD=60.2286;RBI=0.0108866;REFB=0;REVB=-0.00462945;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94025e-05;OID=.;OPOS=63680133;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr7 63796744 . T C 1869.91 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764499;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.615;QD=60.8101;RBI=0.0425111;REFB=-0.0854503;REVB=0.041818;RO=1;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751252;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:122:123:1:0:120:123:1:74:46:0:1:77:46:0:0 chr7 63808867 . C A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.146;QD=55.6542;RBI=0.017135;REFB=0;REVB=0.000933345;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2169e-05;OID=.;OPOS=63808867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr7 63981563 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.655;QD=59.4356;RBI=0.0467783;REFB=0;REVB=0.0446164;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570916;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr7 64152353 . A G 96.46 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0667175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.255;QD=35.0773;RBI=0.107878;REFB=-0.150224;REVB=0.0847735;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00601967;OID=.;OPOS=64152353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:11:11:0:1:10:10:0.909091:6:4:0:0:6:4:1:0 chr7 64169019 . G A 509.22 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.597;QD=58.1966;RBI=0.069015;REFB=0;REVB=0.0362024;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631444;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:26:8:0:0:26:9:0:0 chr7 64254901 . T C 741.11 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1164;QD=57.0084;RBI=0.0477778;REFB=0;REVB=0.0333772;RO=0;SAF=43;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25574e-05;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:49:52:1:6:43:0:0:6:46:0:0 chr7 64291333 . T A 1566.91 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.609;QD=62.6764;RBI=0.0118156;REFB=0.0194345;REVB=0.0015706;RO=1;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939286;STB=0.50495;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=8.72671e-06;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:50:49:0:1:50:49:0:1 chr7 64291987 . G A 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0112561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4404;QD=13.3678;RBI=0.0344488;REFB=-0.0119208;REVB=-0.0325579;RO=31;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392661;STB=0.522866;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0117876;OID=.;OPOS=64291987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:7:11:20:11:7:11:20:11 chr7 64291991 . T A 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0027051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.595;QD=60.8526;RBI=0.0120106;REFB=-0.0570332;REVB=0.011702;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159381;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00167573;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:17:29:1:0:17:29:1:0 chr7 64389089 . A C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0274775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4818;QD=15.9167;RBI=0.0664203;REFB=0.00117751;REVB=0.0604702;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477241;STB=0.502758;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.000233998;OID=.;OPOS=64389089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:8:7:6:7:8:7 chr7 64438667 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.169;QD=51.9167;RBI=0.0468439;REFB=0;REVB=0.0445934;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019078;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr7 64439613 . T G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0184597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.1155;QD=14.2621;RBI=0.0407497;REFB=-0.00739565;REVB=0.0363288;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243225;STB=0.642666;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00873336;OID=.;OPOS=64439613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:12:4:11:13:12:4:11:13 chr7 64439701 . C T 333.32 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00257498;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.097;QD=13.8881;RBI=0.01074;REFB=-0.0105236;REVB=-0.0104267;RO=59;SAF=21;SAR=16;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275456;STB=0.515697;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0143471;OID=.;OPOS=64439701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:59:59:37:37:0.385417:16:21:32:27:16:21:32:27 chr7 64451656 . G A 601.63 PASS AF=0.508333;AO=60;DP=120;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0140021;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9264;QD=20.0543;RBI=0.0270882;REFB=-0.000841211;REVB=0.0231886;RO=60;SAF=29;SAR=31;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150981;STB=0.508194;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.000519168;OID=.;OPOS=64451656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:59:60:61:0.508333:31:29:30:30:31:30:30:29 chr7 64451699 . T C 2116.21 PASS AF=0.978571;AO=136;DP=140;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0120725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.607;QD=60.4631;RBI=0.0120725;REFB=-0.157374;REVB=-5.58675e-06;RO=3;SAF=64;SAR=72;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565099;STB=0.502881;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00116021;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:140:3:3:136:137:0.978571:72:64:1:2:73:64:1:2 chr7 64451963 . T C 1108.8 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00239246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.191;QD=57.6002;RBI=0.0378723;REFB=0.0551545;REVB=0.0377967;RO=2;SAF=47;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197053;STB=0.510414;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.000550459;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:77:2:2:74:75:0.974026:27:47:2:0:28:47:2:0 chr7 64452830 . C T 610.33 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00991444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.091;QD=22.8159;RBI=0.0437599;REFB=-0.0505694;REVB=-0.042622;RO=46;SAF=32;SAR=28;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781088;STB=0.53797;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0232401;OID=.;OPOS=64452830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:47:60:60:0.560748:28:32:20:26:28:32:21:26 chr7 64453136 . G A 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.338;QD=54.6367;RBI=0.0193178;REFB=-0.0591716;REVB=0.0142565;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000313477;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:27:24:1:0:27:24:1:0 chr7 64453615 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.588;QD=62.0189;RBI=0.0392245;REFB=0;REVB=0.0324944;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411013;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr7 64453634 . G A 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0090052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.094;QD=26.4135;RBI=0.0313674;REFB=-0.0129552;REVB=0.030047;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137232;STB=0.575757;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00970414;OID=.;OPOS=64453634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:12:13:12:5:12:13:12:5 chr7 64483597 . T C 212.77 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.000644093;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0591;QD=14.4251;RBI=0.0583125;REFB=-0.0107263;REVB=0.0583089;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796197;STB=0.545295;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0213547;OID=.;OPOS=64483597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:19:15:13:12:19:15 chr7 64863392 . C T 249.51 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.00174022;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.269;QD=24.9511;RBI=0.00501562;REFB=-0.0205701;REVB=-0.00470406;RO=15;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27544;STB=0.669395;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0239937;OID=.;OPOS=64863392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:17:23:23:0.575:11:12:2:13:11:12:2:15 chr7 64864607 . G A 382.33 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0103717;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.156;QD=19.6066;RBI=0.0128747;REFB=-0.0198803;REVB=-0.00762791;RO=39;SAF=21;SAR=18;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228565;STB=0.626397;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0135435;OID=.;OPOS=64864607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:39:39:39:0.5:18:21:11:28:18:21:11:28 chr7 64864800 . A G 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00356453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1493;QD=13.7843;RBI=0.0841307;REFB=-0.00383004;REVB=0.0840551;RO=33;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177471;STB=0.601836;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0169588;OID=.;OPOS=64864800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:8:15:16:17:8:15:16:17 chr7 64864912 . A C 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0133323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.902;QD=9.47531;RBI=0.0165083;REFB=-0.00289552;REVB=0.00973519;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264681;STB=0.516097;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0111588;OID=.;OPOS=64864912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:11:10:5:5:11:10 chr7 64865118 . A G 256.99 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0145968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.076;QD=16.0618;RBI=0.0181147;REFB=-0.0108923;REVB=-0.0107274;RO=35;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783026;STB=0.544202;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0114229;OID=.;OPOS=64865118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:11:18:19:16:11:18:19:16 chr7 64865280 . G A 704.25 PASS AF=0.480519;AO=74;DP=154;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0302608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.987;QD=18.2922;RBI=0.030526;REFB=-0.000249932;REVB=-0.00401492;RO=79;SAF=30;SAR=44;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048218;STB=0.523803;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000237414;OID=.;OPOS=64865280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:79:80:74:74:0.480519:44:30:36:43:44:30:36:44 chr7 65159983 . A G 172.39 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0304017;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.312;QD=11.1219;RBI=0.0307995;REFB=-0.00708904;REVB=0.00493459;RO=38;SAF=2;SAR=20;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389778;STB=0.744399;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0101345;OID=.;OPOS=65159983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:40:22:22:0.354839:20:2:11:27:20:2:12:28 chr7 65279676 . A T 1000.22 PASS AF=0.434426;AO=105;DP=244;FAO=106;FDP=244;FR=.;FRO=138;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=70;FSRR=68;FWDB=0.00856957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.03;QD=16.397;RBI=0.0488972;REFB=-0.0243256;REVB=-0.0481404;RO=137;SAF=59;SAR=46;SRF=70;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522638;STB=0.533535;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0319263;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:137:138:105:106:0.434426:46:59:70:67:46:60:70:68 chr7 65279754 . CATA CA,CATT 693.73 PASS AF=0.322404,0.131148;AO=25,34;DP=189;FAO=59,24;FDP=183;FR=.;FRO=100;FSAF=33,15;FSAR=26,9;FSRF=59;FSRR=41;FWDB=0.00324845,0.00410345;FXX=0.0368402;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=248.665,251.848;QD=15.1636;RBI=0.0204559,0.0186827;REFB=-0.013156,-0.0109731;REVB=0.0201963,0.0182265;RO=81;SAF=23,19;SAR=2,15;SRF=51;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.517799,-0.0872118;STB=0.519654,0.529636;STBP=0.696,0.78;TYPE=del,snp;VARB=0.0194086,0.0342178;OID=.,.;OPOS=65279755,65279757;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=CA,CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322404,0.131148:25,34:189:59,24:183:100:33,15:26,9:59:41:99:81:23,19:2,15:51:30 chr7 65425894 . A G 305.61 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=31;FWDB=0.0212967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7577;QD=17.7163;RBI=0.0215441;REFB=-0.0167231;REVB=0.00325537;RO=36;SAF=11;SAR=22;SRF=5;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223862;STB=0.623464;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0175476;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:22:11:5:31:22:11:5:31 chr7 65579838 . A G 143.79 PASS AF=0.387097;AO=10;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0154331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.455;QD=18.554;RBI=0.0163755;REFB=-0.0523833;REVB=-0.00547513;RO=15;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.586477;STB=0.774143;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.053346;OID=.;OPOS=65579838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:31:31:15:15:10:12:0.387097:1:9:6:9:2:10:6:9 chr7 65842543 . C CAT 86.37 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00619414;FXX=0.0571265;HRUN=0;LEN=2;MLLD=231.863;QD=10.4696;RBI=0.00923701;REFB=-0.00430994;REVB=0.00685237;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178993;STB=0.621998;STBP=0.322;TYPE=ins;VARB=0.0114243;OID=.;OPOS=65842544;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:11:35:11:33:22:7:4:10:12:86:23:7:4:11:12 chr7 65842545 . T C 94.69 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.025308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5725;QD=10.8221;RBI=0.0267925;REFB=-0.000109167;REVB=-0.00879443;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211998;STB=0.627234;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00157556;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:4:8:11:12:4:8:11:12 chr7 65860213 . T TAGAG 105.99 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00730947;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=328.234;QD=12.1133;RBI=0.0158308;REFB=-0.00914186;REVB=-0.0140422;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148019;STB=0.539937;STBP=0.773;TYPE=ins;VARB=0.0146739;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:12:35:13:35:22:9:4:14:8:99:22:9:3:14:8 chr7 65860264 . CCATATG C,CG 53.35 PASS AF=0,0.344828;AO=4,6;DP=31;FAO=0,10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=0,6;FSAR=0,4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00490812,-0.00395086;FXX=0.0644953;HRUN=2,2;LEN=6,5;MLLD=265.862,261.545;QD=7.35908;RBI=0.0136301,0.00455594;REFB=-0.0160228,-0.0159681;REVB=-0.0127157,-0.00226876;RO=17;SAF=3,3;SAR=1,3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.137231,-0.16883;STB=0.5,0.55871;STBP=1,0.688;TYPE=del,del;VARB=0,0.0350353;OID=.,.;OPOS=65860265,65860265;OREF=CATATG,CATAT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.344828:4,6:31:0,10:29:19:0,6:0,4:13:6:53:17:3,3:1,3:11:6 chr7 66015630 . C G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0186579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.1;QD=12.9748;RBI=0.0232215;REFB=-0.0170829;REVB=-0.0138247;RO=18;SAF=11;SAR=1;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306567;STB=0.687108;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0281926;OID=.;OPOS=66015630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:1:11:14:4:1:11:14:4 chr7 66105163 . C G 323.81 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=-0.00208963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.965;QD=14.3916;RBI=0.00321967;REFB=-0.00775428;REVB=-0.00244943;RO=54;SAF=14;SAR=22;SRF=12;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196455;STB=0.610299;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0148224;OID=.;OPOS=66105163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:22:14:12:42:22:14:12:42 chr7 66147057 . T C 1441.64 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.023446;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.092;QD=62.0062;RBI=0.027876;REFB=-0.124663;REVB=0.0150783;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.506023;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-7.09905e-05;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:41:51:0:0:41:51:0:1 chr7 66147101 . G A 411.04 PASS AF=0.690909;AO=30;DP=58;FAO=38;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0237543;FXX=0.017854;HRUN=7;LEN=1;MLLD=236.382;QD=29.894;RBI=0.0316033;REFB=-0.046895;REVB=-0.0208448;RO=21;SAF=9;SAR=21;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283888;STB=0.561572;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0158343;OID=.;OPOS=66147101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:21:17:30:38:0.690909:21:9:14:7:21:17:11:6 chr7 66147110 . C A 388.59 PASS AF=0.672727;AO=33;DP=50;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00322879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.233;QD=28.261;RBI=0.0175314;REFB=-0.0162703;REVB=0.0172315;RO=16;SAF=14;SAR=19;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120446;STB=0.567987;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0142087;OID=.;OPOS=66147110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:55:16:18:33:37:0.672727:19:14:10:6:22:15:11:7 chr7 66147149 . A G 320.15 PASS AF=0.892857;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0425317;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.082;QD=45.735;RBI=0.0514844;REFB=-0.0479116;REVB=0.0290121;RO=3;SAF=9;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131699;STB=0.57137;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00569285;OID=.;OPOS=66147149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:24:25:0.892857:15:9:3:0:16:9:3:0 chr7 66147178 . C T 163.8 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0984045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.014;QD=29.7822;RBI=0.0994786;REFB=-0.0812739;REVB=0.0145789;RO=4;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13913;STB=0.581292;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0290803;OID=.;OPOS=66147178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:4:6:16:16:0.727273:10:6:3:1:10:6:4:2 chr7 66147656 . G C 441.79 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00230612;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.984;QD=19.6351;RBI=0.00847428;REFB=-0.018675;REVB=0.00815446;RO=46;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419687;STB=0.523316;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0192381;OID=.;OPOS=66147656;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:46:46:44:44:0.488889:24:20:23:23:24:20:23:23 chr7 66147746 . C G 264.0 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0699694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8636;QD=10.7756;RBI=0.0943017;REFB=-0.00326528;REVB=-0.0632226;RO=66;SAF=18;SAR=14;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726232;STB=0.542281;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0040672;OID=.;OPOS=66147746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:66:32:32:0.326531:14:18:33:33:14:18:33:33 chr7 68796377 . G A 1972.05 PASS AF=0.970149;AO=130;DP=134;FAO=130;FDP=134;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0157406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.732;QD=58.8673;RBI=0.0213919;REFB=-0.0308243;REVB=0.0144861;RO=4;SAF=58;SAR=72;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112655;STB=0.505931;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000113804;OID=.;OPOS=68796377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:134:134:4:4:130:130:0.970149:72:58:1:3:72:58:1:3 chr7 70254788 . G A 1012.84 PASS AF=0.488372;AO=104;DP=214;FAO=105;FDP=215;FR=.;FRO=110;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=-0.0227834;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8996;QD=18.8435;RBI=0.0262123;REFB=-0.00260727;REVB=0.0129616;RO=110;SAF=59;SAR=45;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802689;STB=0.546176;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00162204;OID=.;OPOS=70254788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:110:110:104:105:0.488372:45:59:53:57:45:60:53:57 chr7 70597522 . C A,G 2876.68 PASS AF=0.962567,0.0374332;AO=177,7;DP=184;FAO=180,7;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=90,4;FSAR=90,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514435,0.0115051;FXX=0.00531887;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.8257,14.7441;QD=61.5332;RBI=0.0938337,0.0120004;REFB=0,0;REVB=0.078475,0.00341232;RO=0;SAF=89,4;SAR=88,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.39664e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00110299,0.0958099;OID=.,.;OPOS=70597522,70597522;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:184:187:0:0:177,7:180,7:0.962567,0.0374332:88,3:89,4:0:0:90,3:90,4:0:0 chr7 70597675 . T C 288.85 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0192975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4093;QD=21.0072;RBI=0.0570687;REFB=-0.0150062;REVB=-0.053707;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555383;STB=0.503081;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0104927;OID=.;OPOS=70597675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:11:14:17:13:11:14 chr7 70597884 . G A 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0209177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.226;QD=18.2495;RBI=0.0414922;REFB=-0.0224356;REVB=-0.0358337;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118644;STB=0.56748;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0300701;OID=.;OPOS=70597884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:5:10:8:7:5:10 chr7 71150706 . A T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.298;QD=64.4132;RBI=0.0568018;REFB=0;REVB=0.0332045;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385344;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr7 71248676 . C T 786.79 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0413236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0467;QD=55.2131;RBI=0.0425216;REFB=0.131886;REVB=0.0100224;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149682;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00383464;OID=.;OPOS=71248676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:25:31:1:0:25:31:1:0 chr7 72093957 . A G 182.78 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0175284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3411;QD=9.74813;RBI=0.0431696;REFB=-0.016977;REVB=-0.0394508;RO=49;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105898;STB=0.548239;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0328365;OID=.;OPOS=72093957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:51:24:24:0.32:11:13:22:27:11:13:24:27 chr7 72178756 . C A 566.8 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00654257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.394;QD=21.5924;RBI=0.0211272;REFB=-0.0245999;REVB=-0.0200887;RO=48;SAF=33;SAR=24;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101148;STB=0.555536;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0193674;OID=.;OPOS=72178756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:48:57:57:0.542857:24:33:22:26:24:33:22:26 chr7 72193864 . T C 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00647449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.336;QD=13.2874;RBI=0.0111664;REFB=-0.0164638;REVB=0.00909781;RO=41;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147727;STB=0.584354;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0207062;OID=.;OPOS=72193864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:12:15:17:24:12:15:17:24 chr7 72193868 . G A 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0129637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.858;QD=13.2874;RBI=0.0129651;REFB=-0.00536679;REVB=-0.000191415;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175695;STB=0.598634;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00879501;OID=.;OPOS=72193868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:41:27:27:0.397059:12:15:15:24:12:15:16:25 chr7 72286028 . C T 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0064085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.507;QD=8.37077;RBI=0.0097315;REFB=0.00142031;REVB=0.00732347;RO=27;SAF=9;SAR=2;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356989;STB=0.715469;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00363291;OID=.;OPOS=72286028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:27:28:11:11:0.282051:2:9:15:12:2:9:16:12 chr7 72312214 . A G 216.28 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0280213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8749;QD=29.8323;RBI=0.0379525;REFB=-0.0524654;REVB=0.0255969;RO=9;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891533;STB=0.549246;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0277716;OID=.;OPOS=72312214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:8:12:4:5:8:12:4:5 chr7 72413443 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.274;QD=39.2067;RBI=0.112094;REFB=0;REVB=0.109823;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000961417;OID=.;OPOS=72413443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr7 72413874 . T C 55.05 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=53;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00159155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.139;QD=4.07769;RBI=0.00751835;REFB=-0.00254777;REVB=-0.00734796;RO=45;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216852;STB=0.682526;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00852151;OID=.;OPOS=72413874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:54:45:45:8:9:0.166667:5:3:25:20:6:3:25:20 chr7 72418963 . T C 166.34 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.044721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6306;QD=9.93065;RBI=0.057234;REFB=0.00748846;REVB=-0.0357178;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166062;STB=0.59693;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0306622;OID=.;OPOS=72418963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:11:11:29:16:11:11:29:16 chr7 72418992 . C T 395.6 PASS AF=0.6;AO=36;DP=63;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.108288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9096;QD=24.3443;RBI=0.113689;REFB=-0.0515303;REVB=0.0346235;RO=26;SAF=22;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116356;STB=0.563074;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0385535;OID=.;OPOS=72418992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:26:26:36:39:0.6:14:22:12:14:15:24:12:14 chr7 72658255 . A G 74.7 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00991239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.732;QD=5.06432;RBI=0.0285039;REFB=-0.00440613;REVB=-0.0267249;RO=47;SAF=7;SAR=5;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642976;STB=0.541478;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0193482;OID=.;OPOS=72658255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:47:47:12:12:0.20339:5:7:25:22:5:7:25:22 chr7 72738749 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.926;QD=57.6792;RBI=0.062843;REFB=0;REVB=-0.00502559;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349014;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr7 72738762 . CA TG 354.25 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106094;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=156.546;QD=54.5005;RBI=0.115853;REFB=0;REVB=0.0465414;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00204129;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:24:26:1:7:17:0:0:7:19:0:0 chr7 72891754 . C T 340.17 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0116383;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.013;QD=28.9507;RBI=0.014945;REFB=-0.00444911;REVB=0.00937561;RO=16;SAF=18;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121758;STB=0.590101;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0030675;OID=.;OPOS=72891754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:16:18:29:29:0.617021:11:18:7:9:11:18:7:11 chr7 73020301 . T C 1822.5 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.933;QD=61.2603;RBI=0.00770682;REFB=0;REVB=0.00546843;RO=0;SAF=56;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36349e-08;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:63:56:0:0:63:56:0:0 chr7 73096993 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.777;QD=39.2067;RBI=0.0338247;REFB=0;REVB=0.0336422;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710134;OID=.;OPOS=73096993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr7 73097654 . C T 3384.07 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1874;QD=62.3792;RBI=0.00689501;REFB=0;REVB=0.00228302;RO=1;SAF=100;SAR=116;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00408966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50863e-05;OID=.;OPOS=73097654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:217:1:0:216:217:1:116:100:0:1:117:100:0:0 chr7 73117765 . G A 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0174888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.072;QD=24.5989;RBI=0.0273752;REFB=-0.0125604;REVB=0.0210605;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130074;STB=0.50724;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0111189;OID=.;OPOS=73117765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:7:9:12:10:7:9 chr7 73122923 . A G 235.36 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00797097;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.658;QD=12.8966;RBI=0.0349098;REFB=-0.0111244;REVB=-0.0339876;RO=45;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875717;STB=0.550421;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0287182;OID=.;OPOS=73122923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:45:45:28:28:0.383562:20:8:16:29:20:8:16:29 chr7 73147068 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0369882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.808;QD=18.9667;RBI=0.0445767;REFB=-0.000101654;REVB=-0.0248789;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240293;STB=0.513606;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-9.8045e-05;OID=.;OPOS=73147068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:12:13:12:10:12:13 chr7 73151644 . A G 170.11 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00145649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.838;QD=17.0105;RBI=0.00847218;REFB=-0.00359401;REVB=-0.00834605;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151944;STB=0.586981;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00588549;OID=.;OPOS=73151644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:10:12:7:11:10:12 chr7 73245888 . C T 194.33 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.013065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.465;QD=24.2911;RBI=0.0559174;REFB=0.017107;REVB=0.0543697;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127572;STB=0.571352;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00974282;OID=.;OPOS=73245888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:7:12:6:7:7:12:6:7 chr7 73246461 . A G 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.07;QD=59.4959;RBI=0.0404194;REFB=0;REVB=0.0344417;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00195e-05;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr7 73246496 . C T 1677.35 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.135;QD=60.445;RBI=0.0395169;REFB=0;REVB=0.0207958;RO=0;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110154;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:66:45:0:0:66:45:0:0 chr7 73246555 . C G 1810.92 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0141197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.368;QD=59.3746;RBI=0.0183693;REFB=-0.0581447;REVB=0.01175;RO=2;SAF=50;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133774;STB=0.507041;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0001364;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:2:2:120:120:0.983607:70:50:0:2:70:50:0:2 chr7 73249165 . T A 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.084;QD=62.976;RBI=0.0175563;REFB=0;REVB=0.00127123;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103877;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr7 73249299 . G C 374.06 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.781;QD=55.4157;RBI=0.066689;REFB=0;REVB=-0.0303765;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023789;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:13:12:0:0:13:14:0:0 chr7 73254812 . T C,G 383.33 PASS AF=0.892857,0.107143;AO=25,3;DP=28;FAO=25,3;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3,1;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050442,0.0564138;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.245,52.6433;QD=54.761;RBI=0.0541939,0.0617294;REFB=0,0;REVB=0.0198138,0.02506;RO=0;SAF=3,1;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.65945e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00379329,0.0359169;OID=.,.;OPOS=73254812,73254812;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:28:28:0:0:25,3:25,3:0.892857,0.107143:22,2:3,1:0:0:22,2:3,1:0:0 chr7 73275565 . T A 289.13 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0253284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.799;QD=46.2608;RBI=0.0253764;REFB=0.072323;REVB=0.00156092;RO=1;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250351;STB=0.526294;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00106544;OID=.;OPOS=73275565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:18:5:0:1:18:5:0:2 chr7 73279482 . T C 213.73 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427568;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.399;QD=50.2898;RBI=0.0447615;REFB=0;REVB=0.0132456;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102767;OID=.;OPOS=73279482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr7 73280020 . C T 305.6 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0319683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0585;QD=20.3736;RBI=0.0568493;REFB=-0.0389126;REVB=0.0470092;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111198;STB=0.583283;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0350942;OID=.;OPOS=73280020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:28:32:32:0.533333:16:16:9:16:16:16:9:19 chr7 73483689 . G C 267.83 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0865148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6159;QD=13.9135;RBI=0.135104;REFB=-0.00784553;REVB=-0.10377;RO=46;SAF=20;SAR=11;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112326;STB=0.563528;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00875988;OID=.;OPOS=73483689;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:11:20:34:12:11:20:34:12 chr7 73753250 . T C 560.61 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891658;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.144;QD=60.6062;RBI=0.0146056;REFB=0;REVB=0.011568;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57602e-05;OID=.;OPOS=73753250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr7 73814749 . G C 1900.09 PASS AF=1;AO=107;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.63;QD=60.8029;RBI=0.1691;REFB=0;REVB=-0.0517557;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608763;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:107:125:1:54:53:0:0:55:70:0:0 chr7 73932560 . A G 713.79 PASS AF=0.780488;AO=32;DP=82;FAO=64;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=55;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0286621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.5356;QD=34.8191;RBI=0.217331;REFB=-0.0485174;REVB=0.215432;RO=17;SAF=9;SAR=23;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384226;STB=0.716532;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0206704;OID=.;OPOS=73932560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:17:18:32:64:0.780488:23:9:15:2:55:9:15:3 chr7 73944185 . T C 141.79 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0174495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2421;QD=11.1207;RBI=0.0285705;REFB=0.000593417;REVB=-0.0226227;RO=33;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125353;STB=0.566847;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00290844;OID=.;OPOS=73944185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:12:5:13:20:12:5:13:21 chr7 74626276 . ATCTT A 50.0 PASS AO=30;DP=190;LEN=4;RO=160;SAF=26;SAR=19;SRF=74;SRR=71;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=74626277;OREF=TCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:190:160:30:19:26:74:71 chr7 75045363 . A T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0538321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7154;QD=14.0963;RBI=0.0824091;REFB=-0.0201139;REVB=-0.0623968;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240656;STB=0.63887;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0203686;OID=.;OPOS=75045363;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:11:3:5:6:11:3 chr7 75051207 . T C 35.13 PASS AF=0.206897;AO=5;DP=28;FAO=6;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00514607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7294;QD=4.84608;RBI=0.0835682;REFB=-0.00358434;REVB=-0.0834096;RO=11;SAF=5;SAR=0;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.66034;STB=0.841583;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0039555;OID=.;OPOS=75051207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:29:11:23:5:6:0.206897:0:5:9:2:1:5:9:14 chr7 75142389 . CA C 31.08 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.220344;FXX=0.0370233;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.93183;QD=4.7817;RBI=0.220723;REFB=-0.0221998;REVB=-0.0129402;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252475;STB=0.601558;STBP=0.516;TYPE=del;VARB=-0.0320963;OID=.;OPOS=75142390;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:8:27:9:26:17:5:4:12:5:31:15:4:4:11:4 chr7 75185453 . G A 156.22 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0132393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.247;QD=15.6223;RBI=0.0136562;REFB=-0.011325;REVB=-0.00334841;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198847;STB=0.615243;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0285063;OID=.;OPOS=75185453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:12:5:11:12:12:5:11:12 chr7 75190644 . T C 676.7 PASS AF=0.545455;AO=63;DP=118;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00854977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.898;QD=22.3703;RBI=0.0289168;REFB=-0.00733998;REVB=-0.027624;RO=54;SAF=30;SAR=33;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897499;STB=0.541972;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00361063;OID=.;OPOS=75190644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:54:55:63:66:0.545455:33:30:20:34:36:30:20:35 chr7 75441111 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.189;QD=53.9112;RBI=0.0473248;REFB=0;REVB=0.0472975;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131176;OID=.;OPOS=75441111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr7 75442730 . T G 1348.3 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2176;QD=61.9907;RBI=0.0639947;REFB=0;REVB=-0.0501552;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8194e-05;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr7 75513062 . A G 828.5 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428213;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.133;QD=57.1376;RBI=0.0586457;REFB=0;REVB=0.0400706;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466094;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:26:32:0:0 chr7 75597545 . C T 891.74 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738116;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8703;QD=58.4747;RBI=0.0433297;REFB=0;REVB=0.0426964;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207094;OID=.;OPOS=75597545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:60:61:1:39:21:0:0:40:21:0:0 chr7 75609677 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.553;QD=62.3503;RBI=0.0432606;REFB=0;REVB=0.00358115;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177188;OID=.;OPOS=75609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr7 75614953 . T C 1181.97 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9415;QD=60.614;RBI=0.0379296;REFB=0;REVB=0.0334345;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123572;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:50:27:0:0:51:27:0:0 chr7 75621827 . A G 650.87 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.53;QD=61.9871;RBI=0.0277967;REFB=0;REVB=0.0265538;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35203e-05;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr7 75629778 . T C 727.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.673;QD=57.0845;RBI=0.0347648;REFB=0;REVB=0.0307337;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83925e-05;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:13:36:0:0:13:38:0:0 chr7 75630274 . T C 741.13 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8965;QD=63.0746;RBI=0.0431578;REFB=0;REVB=0.0300464;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000850462;OID=.;OPOS=75630274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:18:28:0:0:18:29:0:0 chr7 75659815 . T C 1916.24 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077088;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.861;QD=61.8142;RBI=0.0234944;REFB=0;REVB=0.0221938;RO=0;SAF=53;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03809e-06;OID=.;OPOS=75659815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:124:124:1:71:53:0:0:71:53:0:0 chr7 75914934 . G GC 847.66 PASS AF=1;AO=78;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.054845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.7633;QD=33.5706;RBI=0.256074;REFB=0;REVB=0.250131;RO=22;SAF=46;SAR=32;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568627;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00312149;OID=.;OPOS=75914935;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:102:101:101:0:56:45:0:0:17:22:46:32:10:12 chr7 75959188 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0430363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.643;QD=13.4417;RBI=0.0456093;REFB=-0.0389394;REVB=0.0151024;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154027;STB=0.509073;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0393716;OID=.;OPOS=75959188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:5:8:6:4:5:8 chr7 76029673 . G A 249.06 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0477595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0466;QD=14.2319;RBI=0.0686394;REFB=-0.0114079;REVB=0.0492991;RO=41;SAF=22;SAR=7;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129035;STB=0.573859;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0193362;OID=.;OPOS=76029673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:7:22:27:14:7:22:27:14 chr7 76069811 . T C 323.51 PASS AF=0.344538;AO=40;DP=118;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00767086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.88;QD=10.8742;RBI=0.0121002;REFB=-0.0221757;REVB=-0.00935797;RO=77;SAF=13;SAR=27;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171735;STB=0.609435;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0369781;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:77:78:40:41:0.344538:27:13:36:41:28:13:37:41 chr7 76112060 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00708753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.332;QD=16.1192;RBI=0.0192386;REFB=-0.0100161;REVB=0.0178855;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318548;STB=0.683908;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0113653;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:9:4:8:4:9:4 chr7 76131645 . A G 705.74 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.298;QD=62.7322;RBI=0.0184465;REFB=0;REVB=-0.0182855;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92179e-05;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:21:24:0:0 chr7 76131650 . G A 238.2 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00487284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.826;QD=20.2719;RBI=0.0412641;REFB=0.00817467;REVB=0.0409753;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216262;STB=0.512185;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0111538;OID=.;OPOS=76131650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:13:11:10:13:13:11 chr7 76131695 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.51;QD=57.3855;RBI=0.0174184;REFB=0;REVB=-0.000576154;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81598e-05;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:26:31:0:0 chr7 76132898 . T C 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0288226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.402;QD=13.5052;RBI=0.0361479;REFB=-0.0193951;REVB=-0.0218157;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28299;STB=0.664545;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0368789;OID=.;OPOS=76132898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:5:12:5:7:5:12 chr7 76135134 . G A 92.72 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0774367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1848;QD=9.27194;RBI=0.0819847;REFB=0.00195341;REVB=0.0269268;RO=27;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53584;STB=0.832778;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0013645;OID=.;OPOS=76135134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:2:10:10:17:2:10:10:18 chr7 76140023 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00121485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.779;QD=17.2299;RBI=0.0151023;REFB=0.0112339;REVB=0.0150534;RO=6;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392868;STB=0.736128;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00300356;OID=.;OPOS=76140023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:1:7:3:3:1:7:3:3 chr7 76140186 . T C 182.83 PASS AF=0.4;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00469239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.521;QD=13.2969;RBI=0.00476631;REFB=-0.0140832;REVB=-0.000836163;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144325;STB=0.564215;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.025389;OID=.;OPOS=76140186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:21:22:0.4:13:8:17:16:13:9:17:16 chr7 76144455 . A C 725.41 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.279;QD=63.0789;RBI=0.017879;REFB=0;REVB=0.0114259;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02968e-06;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr7 76144483 . A G 150.66 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.12176;FXX=0.0555401;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9104;QD=17.7249;RBI=0.122901;REFB=-0.0404177;REVB=-0.0167081;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513688;STB=0.529375;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0125034;OID=.;OPOS=76144483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:10:8:8:8:10:8 chr7 76144560 . T C,G 474.28 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=31,2;DP=33;FAO=32,1;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061808,0.0281885;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.043,83.0014;QD=57.4887;RBI=0.0621226,0.0282733;REFB=0,0;REVB=0.00624376,-0.00218775;RO=0;SAF=10,1;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0029687,0.163767;OID=.,.;OPOS=76144560,76144560;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:33:33:0:0:31,2:32,1:0.969697,0.030303:21,1:10,1:0:0:22,0:10,1:0:0 chr7 76885769 . A G 62.61 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0269951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7229;QD=8.34754;RBI=0.0272001;REFB=-0.0142611;REVB=-0.00333331;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269229;STB=0.669154;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0984437;OID=.;OPOS=76885769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:7:2:9:12:7:2:9:12 chr7 76891485 . A G 350.57 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0114381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.342;QD=15.4095;RBI=0.0115076;REFB=-0.0165121;REVB=-0.00126278;RO=52;SAF=12;SAR=26;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199211;STB=0.608315;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0198313;OID=.;OPOS=76891485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:53:38:38:0.417582:26:12:26:26:26:12:26:27 chr7 76984572 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.779;QD=59.0186;RBI=0.0523967;REFB=0;REVB=0.0232221;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521203;OID=.;OPOS=76984572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr7 77010682 . AAAAC A,AAAAG 291.21 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=16,3;DP=22;FAO=20,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331946,0.0199514;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=240.221,72.2755;QD=50.6449;RBI=0.0391216,0.020559;REFB=0,0;REVB=0.020703,-0.00496116;RO=0;SAF=5,2;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.36667e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00103606,0.0419754;OID=.,.;OPOS=77010683,77010686;OREF=AAAC,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.869565,0.130435:16,3:22:20,3:23:0:7,2:13,1:0:0:14:0:5,2:11,1:0:0 chr7 77033937 . A G 1132.04 PASS AF=0.908046;AO=79;DP=87;FAO=79;FDP=87;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.000487839;FXX=0.0113623;HRUN=8;LEN=1;MLLD=315.99;QD=52.0477;RBI=0.00728754;REFB=-0.0650083;REVB=-0.0072712;RO=8;SAF=22;SAR=57;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969129;STB=0.554126;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000371495;OID=.;OPOS=77033937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:8:8:79:79:0.908046:57:22:6:2:58:21:6:2 chr7 77035392 . T C 757.59 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123215;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.283;QD=57.1767;RBI=0.023755;REFB=0;REVB=0.0203096;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011658;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr7 77247821 . G A 1032.35 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158632;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3148;QD=59.8462;RBI=0.0365782;REFB=0;REVB=-0.0329594;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455406;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr7 77256713 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.531;QD=49.5992;RBI=0.0367465;REFB=0;REVB=0.0116304;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597637;OID=.;OPOS=77256713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr7 77408774 . TATA T,TAT 103.51 PASS AF=0.636364,0.363636;AO=4,4;DP=14;FAO=7,4;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1;FSAR=5,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465066,0.0783623;FXX=0.0832639;HRUN=1,3;LEN=3,1;MLLD=108.607,17.2535;QD=37.638;RBI=0.185666,0.270033;REFB=0,0;REVB=0.179747,0.258412;RO=6;SAF=1,1;SAR=3,3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.254893,-0.254893;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0351258,0.0588701;OID=.,.;OPOS=77408775,77408777;OREF=ATA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.636364,0.363636:4,4:14:7,4:11:0:2,1:5,3:0:0:23:6:1,1:3,3:3:3 chr7 77423574 . G A 331.91 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0294088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.817;QD=16.1909;RBI=0.0294351;REFB=-0.0126099;REVB=0.0012434;RO=45;SAF=20;SAR=16;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195699;STB=0.603161;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0221163;OID=.;OPOS=77423574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:46:36:36:0.439024:16:20:16:29:16:20:17:29 chr7 77525199 . T C 293.39 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00123422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.078;QD=14.855;RBI=0.0186765;REFB=-0.00855742;REVB=0.0186356;RO=46;SAF=13;SAR=20;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434464;STB=0.524627;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0544198;OID=.;OPOS=77525199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:20:13:20:26:20:13:20:26 chr7 77531113 . T C 633.72 PASS AF=0.368687;AO=73;DP=198;FAO=73;FDP=198;FR=.;FRO=125;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=56;FSRR=69;FWDB=-0.000121382;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0133;QD=12.8025;RBI=0.0416426;REFB=0.00918038;REVB=-0.0416424;RO=124;SAF=28;SAR=45;SRF=55;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690326;STB=0.542157;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0147335;OID=.;OPOS=77531113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:124:125:73:73:0.368687:45:28:55:69:45:28:56:69 chr7 77552127 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.66;QD=57.237;RBI=0.0102482;REFB=0;REVB=0.00955022;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75375e-05;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr7 77756580 . T C 1231.77 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911387;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.375;QD=61.5884;RBI=0.0453912;REFB=0;REVB=0.0444668;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133922;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:29:50:0:0:29:51:0:0 chr7 77756724 . C T 1157.49 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.597;QD=59.3586;RBI=0.0340575;REFB=-0.0239844;REVB=0.0184204;RO=1;SAF=44;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106357;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=7.84501e-05;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:33:44:1:0:33:44:1:0 chr7 78119109 . C T 522.11 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0213425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4351;QD=21.0952;RBI=0.0340103;REFB=-0.0253031;REVB=-0.0264801;RO=47;SAF=23;SAR=27;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713515;STB=0.505492;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0106278;OID=.;OPOS=78119109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:49:50:50:0.505051:27:23:22:25:27:23:22:27 chr7 80088041 . G A 648.15 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=129;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0151888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.735;QD=20.0975;RBI=0.02582;REFB=-0.00947689;REVB=-0.02088;RO=64;SAF=39;SAR=26;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204033;STB=0.511251;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0127222;OID=.;OPOS=80088041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:64:65:65:0.503876:26:39:37:27:26:39:37:27 chr7 80374342 . A G 1635.43 PASS AF=0.982143;AO=109;DP=113;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00178404;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0095;QD=58.4081;RBI=0.0097069;REFB=0.0158983;REVB=-0.00954155;RO=1;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077189;STB=0.507935;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-9.34009e-05;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:112:1:2:109:110:0.982143:61:48:0:1:62:48:0:2 chr7 80374438 . T C 482.71 PASS AF=0.456897;AO=51;DP=115;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0102462;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.083;QD=16.6452;RBI=0.0127274;REFB=-0.00251443;REVB=0.00754989;RO=58;SAF=23;SAR=28;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528964;STB=0.529518;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00196584;OID=.;OPOS=80374438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:58:63:51:53:0.456897:28:23:23:35:30:23:24:39 chr7 80378319 . G C 833.42 PASS AF=0.488506;AO=85;DP=174;FAO=85;FDP=174;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.000962157;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.151;QD=19.1591;RBI=0.0171698;REFB=-0.0123328;REVB=-0.0171428;RO=89;SAF=38;SAR=47;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127541;STB=0.507031;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0116461;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:89:89:85:85:0.488506:47:38:41:48:47:38:41:48 chr7 80962963 . A T 3297.5 PASS AF=1;AO=213;DP=215;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695119;FXX=0.00465095;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.116;QD=61.6356;RBI=0.010218;REFB=0;REVB=0.0074892;RO=1;SAF=111;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427281;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.98793e-05;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:215:214:1:0:213:214:1:102:111:1:0:102:112:0:0 chr7 81372772 . G A 258.85 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0214447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.539;QD=16.4347;RBI=0.0214517;REFB=-0.00981912;REVB=-0.000548209;RO=32;SAF=20;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249167;STB=0.648348;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0100404;OID=.;OPOS=81372772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:34:28:29:0.460317:8:20:15:17:8:21:16:18 chr7 82435033 . C T 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00946982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.982;QD=13.9458;RBI=0.010207;REFB=-0.0164858;REVB=0.00380853;RO=48;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219512;STB=0.624922;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0264531;OID=.;OPOS=82435033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:12:20:20:28:12:20:20:28 chr7 82453708 . A C 1396.21 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.575;QD=62.7508;RBI=0.0275985;REFB=0;REVB=0.0268485;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93248e-05;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:44:44:0:0:45:44:0:0 chr7 82455895 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00264501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.84;QD=60.2046;RBI=0.00485835;REFB=0;REVB=0.00407523;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81958e-07;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr7 82544987 . A G 188.86 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.000724608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.42;QD=11.1092;RBI=0.0180368;REFB=-0.0152179;REVB=0.0180223;RO=44;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716952;STB=0.541632;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0329939;OID=.;OPOS=82544987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:13:11:23:21:13:11:23:21 chr7 82581488 . T TTCA 684.46 PASS AF=0.980392;AO=43;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00467816;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=347.396;QD=53.6833;RBI=0.00536558;REFB=0.0385168;REVB=-0.00262759;RO=2;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426412;STB=0.5098;STBP=0.526;TYPE=ins;VARB=-0.000257196;OID=.;OPOS=82581489;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.980392:43:51:50:51:1:25:25:0:1:4:2:22:21:0:2 chr7 82581859 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0411861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.775;QD=17.6438;RBI=0.0675133;REFB=-0.00363568;REVB=-0.0534953;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121106;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155555;OID=.;OPOS=82581859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:3:4:5:4:3:4 chr7 82582846 . C T 214.34 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00205742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.957;QD=12.7967;RBI=0.00629186;REFB=0.00114958;REVB=-0.00594596;RO=41;SAF=8;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15242;STB=0.587869;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00208947;OID=.;OPOS=82582846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:18:8:18:23:18:8:18:23 chr7 82764425 . C G 833.66 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112495;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.19;QD=57.4937;RBI=0.0511021;REFB=0;REVB=0.0498485;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198075;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:54:58:1:35:19:0:0:39:19:0:0 chr7 82784832 . C G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0427062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8224;QD=15.8821;RBI=0.058268;REFB=0.0117351;REVB=-0.0396401;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342855;STB=0.6996;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0190237;OID=.;OPOS=82784832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:3:7:3:7:3:7 chr7 82993568 . T C 780.86 PASS AF=0.517007;AO=74;DP=145;FAO=76;FDP=147;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.00228869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.973;QD=21.2477;RBI=0.010733;REFB=-0.0111292;REVB=0.0104861;RO=69;SAF=30;SAR=44;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141214;STB=0.575607;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0101254;OID=.;OPOS=82993568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:69:71:74:76:0.517007:44:30:39:30:44:32:41:30 chr7 82996706 . A T 1132.33 PASS AF=0.432432;AO=122;DP=276;FAO=128;FDP=296;FR=.;FRO=168;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=70;FSRR=98;FWDB=0.0108107;FXX=0.00336689;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.8213;QD=15.3017;RBI=0.0117223;REFB=-0.0387714;REVB=0.00453218;RO=151;SAF=56;SAR=66;SRF=60;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623724;STB=0.520955;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0400066;OID=.;OPOS=82996706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:296:151:168:122:128:0.432432:66:56:60:91:70:58:70:98 chr7 83023587 . TAC T 728.66 PASS AF=1;AO=48;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346321;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.798;QD=56.0508;RBI=0.105862;REFB=0;REVB=0.100037;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000285416;OID=.;OPOS=83023588;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:53:52:52:0:23:29:0:0:4:0:21:27:0:0 chr7 83029438 . C T 538.84 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.031105;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.043;QD=16.5796;RBI=0.0675753;REFB=-0.0198884;REVB=-0.0599909;RO=71;SAF=19;SAR=39;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101905;STB=0.553894;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0425487;OID=.;OPOS=83029438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:71:72:58:58:0.446154:39:19:30:41:39:19:30:42 chr7 83034754 . T A 505.31 PASS AF=0.44;AO=53;DP=123;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.00355984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.741;QD=16.1698;RBI=0.00652178;REFB=-0.00837364;REVB=-0.00546453;RO=70;SAF=26;SAR=27;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385805;STB=0.521074;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0113535;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:70:70:53:55:0.44:27:26:37:33:28:27:37:33 chr7 83037731 . C G 137.63 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00303224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9327;QD=11.9677;RBI=0.0272591;REFB=-0.00929184;REVB=0.02709;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374191;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0159572;OID=.;OPOS=83037731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:30:15:16:0.347826:7:8:15:15:8:8:15:15 chr7 83037751 . C A 294.51 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0428124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3203;QD=28.0481;RBI=0.05116;REFB=-0.00212783;REVB=0.028008;RO=16;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266401;STB=0.514695;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00130868;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:14:12:8:8:14:12:8:8 chr7 83590852 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6174;QD=57.2356;RBI=0.0429772;REFB=0;REVB=0.0351206;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352427;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr7 83606518 . G A 1428.07 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.293;QD=62.7725;RBI=0.0354069;REFB=0;REVB=0.0120502;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6491e-05;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:91:0:0:87:91:1:36:51:0:0:36:55:0:0 chr7 83636809 . T C 430.67 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0105714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.95;QD=20.0309;RBI=0.0115841;REFB=0.0121313;REVB=-0.00473674;RO=43;SAF=12;SAR=31;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987256;STB=0.554961;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0079773;OID=.;OPOS=83636809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:31:12:16:27:31:12:16:27 chr7 84624924 . T C 218.66 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00499122;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.832;QD=16.5023;RBI=0.025393;REFB=-0.0105941;REVB=0.0248977;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631228;STB=0.543822;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0145275;OID=.;OPOS=84624924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:28:23:23:0.433962:13:10:10:17:13:10:10:18 chr7 84628989 . T G 432.93 PASS AF=0.381679;AO=50;DP=133;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.00840864;FXX=0.0223864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.101;QD=13.2193;RBI=0.0114659;REFB=-0.0167423;REVB=-0.00779495;RO=76;SAF=26;SAR=24;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493822;STB=0.5238;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0222873;OID=.;OPOS=84628989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:76:81:50:50:0.381679:24:26:36:40:24:26:39:42 chr7 84644500 . C T 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00172747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.349;QD=19.0768;RBI=0.0217665;REFB=-0.00565002;REVB=0.0216978;RO=37;SAF=15;SAR=23;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154694;STB=0.598988;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00447778;OID=.;OPOS=84644500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:39:38:38:0.493506:23:15:21:16:23:15:23:16 chr7 86800351 . A G 428.51 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0103004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.504;QD=22.2603;RBI=0.0116561;REFB=-0.00877646;REVB=0.00545597;RO=35;SAF=13;SAR=29;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581338;STB=0.532094;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00945099;OID=.;OPOS=86800351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:29:13:13:22:29:13:13:22 chr7 87022264 . C A 430.53 PASS AF=0.378788;AO=50;DP=133;FAO=50;FDP=132;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.00063421;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.438;QD=13.0464;RBI=0.0294263;REFB=-0.00149278;REVB=-0.0294195;RO=80;SAF=23;SAR=27;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029939;STB=0.524899;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00224312;OID=.;OPOS=87022264;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:80:82:50:50:0.378788:27:23:39:41:27:23:41:41 chr7 87082292 . G A 551.22 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=137;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00420597;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8864;QD=16.2123;RBI=0.0141697;REFB=0.00148127;REVB=0.013531;RO=76;SAF=24;SAR=35;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952569;STB=0.557221;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00132036;OID=.;OPOS=87082292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:76:77:59:59:0.433824:35:24:38:38:35:24:39:38 chr7 87138645 . A G 1749.39 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8255;QD=60.8482;RBI=0.0359598;REFB=0;REVB=0.0269424;RO=0;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212655;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:62:53:0:0:62:53:0:0 chr7 87160618 . A C 1256.6 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00368355;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.573;QD=60.5591;RBI=0.0204202;REFB=-0.011359;REVB=0.0200852;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997022;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=3.67189e-05;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:83:1:1:82:82:0.987952:47:35:0:1:47:35:0:1 chr7 87229501 . T C 975.52 PASS AF=0.945205;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0760549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7884;QD=53.4532;RBI=0.0787206;REFB=-0.136684;REVB=-0.020312;RO=4;SAF=14;SAR=54;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457269;STB=0.522178;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.020262;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:72:73:4:4:68:69:0.945205:54:14:2:2:54:15:2:2 chr7 87774727 . T C 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0220505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.276;QD=12.6186;RBI=0.0288372;REFB=-0.0161771;REVB=-0.0185838;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801619;STB=0.546179;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0358307;OID=.;OPOS=87774727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:15:9:17:21:15:9:17:21 chr7 87813635 . C T 919.94 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.722;QD=58.4092;RBI=0.015696;REFB=0;REVB=-0.0119196;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73432e-06;OID=.;OPOS=87813635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr7 87910278 . CAAAGA CAAGA,CAAGAG 545.4 PASS AF=0.846154,0.0769231;AO=16,4;DP=67;FAO=55,5;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=21,5;FSAR=34,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0669258,-0.0381547;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=14.0759,181.609;QD=33.5631;RBI=0.945795,0.0728652;REFB=0.0617008,0.0346805;REVB=0.943424,0.062077;RO=39;SAF=16,4;SAR=0,0;SRF=7;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.852877,0.739959;STB=0.553172,0.5;STBP=0.012,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0433672,0.0834701;OID=.,.;OPOS=87910279,87910281;OREF=A,AGA;OALT=-,GAG;OMAPALT=CAAGA,CAAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.846154,0.0769231:16,4:67:55,5:65:5:21,5:34,0:5:0:22:39:16,4:0,0:7:32 chr7 87913361 . C T 868.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3403;QD=57.8805;RBI=0.0821798;REFB=0;REVB=-0.0443338;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223452;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr7 88423881 . T C 423.47 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.000823349;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.269;QD=25.6646;RBI=0.0156383;REFB=-0.00149754;REVB=0.0156166;RO=19;SAF=17;SAR=23;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293576;STB=0.545084;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00114426;OID=.;OPOS=88423881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:19:26:40:40:0.606061:23:17:9:10:23:17:14:12 chr7 88956699 . A G 4838.54 PASS AF=1;AO=310;DP=311;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264463;FXX=0.00321533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.595;QD=62.4328;RBI=0.0435106;REFB=-0.0920201;REVB=0.0345509;RO=0;SAF=139;SAR=171;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112437;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:311:310:0:0:310:310:1:171:139:0:0:171:139:0:0 chr7 88963039 . G A 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.126946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.394;QD=16.8966;RBI=0.127763;REFB=-0.0358468;REVB=-0.0144215;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304629;STB=0.677057;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0413716;OID=.;OPOS=88963039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:3:6:3:7:3:6 chr7 88964000 . C T 669.45 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.905;QD=60.8587;RBI=0.0215805;REFB=0;REVB=-0.00564006;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386782;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr7 88964196 . T A 1460.52 PASS AF=0.905172;AO=104;DP=117;FAO=105;FDP=116;FR=.;FRO=11;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00961289;FXX=0.0169477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.519;QD=50.3627;RBI=0.016547;REFB=-0.0754674;REVB=0.0134683;RO=10;SAF=56;SAR=48;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102776;STB=0.501154;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.000462734;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:117:116:10:11:104:105:0.905172:48:56:6:4:49:56:6:5 chr7 88965021 . G A 391.96 PASS AF=0.44086;AO=37;DP=90;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00469084;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.652;QD=16.8584;RBI=0.0155321;REFB=-0.018831;REVB=0.0148068;RO=51;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111642;STB=0.547058;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0228422;OID=.;OPOS=88965021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:51:52:37:41:0.44086:17:20:22:29:21:20:21:31 chr7 89792351 . G A 261.21 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0739301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2286;QD=23.7459;RBI=0.109719;REFB=-0.019206;REVB=-0.0810715;RO=19;SAF=4;SAR=20;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366167;STB=0.674002;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0213329;OID=.;OPOS=89792351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:20:4:10:9:20:5:10:9 chr7 89797144 . G T 2197.76 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=142;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=103;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240941;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.243;QD=62.3478;RBI=0.0334187;REFB=-0.031544;REVB=0.0231578;RO=1;SAF=103;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130217;STB=0.506666;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000114238;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:141:1:1:139:140:0.992908:36:103:0:1:37:103:0:1 chr7 89861890 . G T 716.26 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642489;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.8818;QD=57.3007;RBI=0.0652079;REFB=0;REVB=0.0111422;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930685;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr7 89867422 . G A 466.19 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00104802;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.872;QD=21.6832;RBI=0.0254252;REFB=0.00583357;REVB=0.0254036;RO=41;SAF=30;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765456;STB=0.542354;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0047927;OID=.;OPOS=89867422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:41:41:45:45:0.523256:15:30:24:17:15:30:24:17 chr7 89881239 . G C 191.61 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0204277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.514;QD=15.6412;RBI=0.0208016;REFB=0.00928706;REVB=0.00392634;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156566;STB=0.590073;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0111536;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:8:12:13:16:8:12:13:16 chr7 89906609 . C T 1713.24 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.888;QD=60.6458;RBI=0.0206699;REFB=0;REVB=-0.000242419;RO=0;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20102e-05;OID=.;OPOS=89906609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:110:113:1:55:55:0:0:55:58:0:0 chr7 89912300 . C CA 295.89 PASS AF=0.96875;AO=7;DP=60;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00164131;FXX=0.466589;HRUN=0;LEN=1;MLLD=152.518;QD=36.9863;RBI=0.0138448;REFB=-0.00393912;REVB=0.0137472;RO=53;SAF=0;SAR=7;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.650271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000834798;OID=.;OPOS=89912301;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96875:7:60:31:32:1:0:31:0:1:8:53:0:7:28:25 chr7 89912301 . G A,T 807.31 PASS AF=0.883333,0.116667;AO=52,7;DP=60;FAO=53,7;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=25,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795787,-0.0188844;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.2662,34.9815;QD=53.8208;RBI=0.00810883,0.0189405;REFB=-0.0912812,-0.101009;REVB=0.00155739,-0.0014564;RO=0;SAF=28,0;SAR=24,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000184285,0.18332;OID=.,.;OPOS=89912301,89912301;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:60:60:0:0:52,7:53,7:0.883333,0.116667:24,7:28,0:0:0:25,7:28,0:0:0 chr7 89938588 . C G 1242.7 PASS AF=0.965116;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.035666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0977;QD=57.7998;RBI=0.0484033;REFB=-0.0371868;REVB=0.0327233;RO=3;SAF=40;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341967;STB=0.517643;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0161649;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:86:3:3:82:83:0.965116:42:40:3:0:42:41:3:0 chr7 89982132 . T C 264.57 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00219526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.46;QD=20.7504;RBI=0.00228877;REFB=0.00277342;REVB=-0.000647541;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549235;STB=0.53059;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00305715;OID=.;OPOS=89982132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:13:14:14:10:13:14:14:10 chr7 89983808 . T G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.376;QD=57.1063;RBI=0.0172557;REFB=0;REVB=0.0133699;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89265e-05;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr7 89984409 . A G 508.21 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.012444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.44;QD=26.0622;RBI=0.0129942;REFB=-0.00642637;REVB=0.00374134;RO=31;SAF=26;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740867;STB=0.540464;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00638458;OID=.;OPOS=89984409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:21:26:14:17:21:26:14:17 chr7 90042857 . G T 200.94 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0139425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4721;QD=11.8198;RBI=0.0374084;REFB=-0.0148869;REVB=-0.034713;RO=43;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499826;STB=0.528823;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.024339;OID=.;OPOS=90042857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:14:11:17:26:14:11:17:26 chr7 90043182 . A G 365.14 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00411648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.414;QD=16.0499;RBI=0.0190848;REFB=-0.0148863;REVB=-0.0186356;RO=52;SAF=27;SAR=12;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244542;STB=0.638225;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0286598;OID=.;OPOS=90043182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:12:27:24:28:12:27:24:28 chr7 90043304 . C T 304.96 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00764465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.85;QD=12.5757;RBI=0.0122101;REFB=-0.00819932;REVB=-0.0095208;RO=61;SAF=21;SAR=14;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138979;STB=0.574957;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0137447;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:61:62:35:35:0.360825:14:21:29:32:14:21:30:32 chr7 90043314 . C T 1510.75 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.068;QD=63.6107;RBI=0.0274972;REFB=0;REVB=0.000865264;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16217e-05;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr7 90044945 . G A 750.68 PASS AF=0.470238;AO=79;DP=166;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=-0.0375047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2349;QD=17.8734;RBI=0.0444212;REFB=-0.0185565;REVB=-0.0238042;RO=87;SAF=46;SAR=33;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201542;STB=0.605237;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0161401;OID=.;OPOS=90044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:87:89:79:79:0.470238:33:46:32:55:33:46:34:55 chr7 90236415 . A G 1036.02 PASS AF=0.935065;AO=72;DP=77;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.050512;FXX=0.0253133;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.443;QD=53.8191;RBI=0.0506536;REFB=-0.13048;REVB=0.00378411;RO=5;SAF=25;SAR=47;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337725;STB=0.517901;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00271207;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:77:77:5:5:72:72:0.935065:47:25:3:2:47:25:3:2 chr7 90741929 . G A 687.54 PASS AF=0.433526;AO=75;DP=170;FAO=75;FDP=173;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=61;FSRR=37;FWDB=-0.0545741;FXX=0.0114279;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.328;QD=15.897;RBI=0.0556392;REFB=-0.0322265;REVB=0.0108343;RO=94;SAF=40;SAR=35;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738088;STB=0.551039;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0439955;OID=.;OPOS=90741929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:173:94:98:75:75:0.433526:35:40:57:37:35:40:61:37 chr7 90837216 . G A 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0127449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.892;QD=14.8961;RBI=0.013413;REFB=-0.0181652;REVB=0.00418055;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145886;STB=0.508259;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0278826;OID=.;OPOS=90837216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:17:15:20:24:17:15:20:24 chr7 90838866 . G A 271.96 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0694749;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.204;QD=22.2009;RBI=0.0728658;REFB=-0.0167007;REVB=0.0219697;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882175;STB=0.548984;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0149128;OID=.;OPOS=90838866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:22:22:27:27:0.55102:14:13:13:9:14:13:13:9 chr7 90838869 . G C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1752;QD=56.9555;RBI=0.0355534;REFB=0;REVB=0.00929749;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308818;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr7 90896831 . T C 284.6 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0102428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.028;QD=29.9582;RBI=0.0110569;REFB=-0.0691596;REVB=0.00416401;RO=13;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134789;STB=0.573856;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0279055;OID=.;OPOS=90896831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:11:14:10:3:11:14:10:3 chr7 90897731 . A C 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0103409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.555;QD=15.2376;RBI=0.0119888;REFB=-0.00753105;REVB=0.00606612;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302812;STB=0.670933;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00888543;OID=.;OPOS=90897731;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:10:18:12:24:10:18:12:24 chr7 91503228 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0793145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.489;QD=55.0965;RBI=0.0796224;REFB=0;REVB=0.00699571;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266766;OID=.;OPOS=91503228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr7 91632306 . C T 165.14 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0140503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.61;QD=14.0546;RBI=0.0163048;REFB=-0.00405536;REVB=-0.00827267;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149609;STB=0.586759;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00662735;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:12:17:8:10:12:17 chr7 91708898 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0298422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.375;QD=6.52645;RBI=0.0298451;REFB=-0.0019629;REVB=-0.000416069;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139361;STB=0.58922;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00589042;OID=.;OPOS=91708898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:11:9:4:3:11:9 chr7 91714911 . C T 1954.87 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.548;QD=61.0896;RBI=0.0212645;REFB=-0.0317191;REVB=-0.00507755;RO=1;SAF=63;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748315;STB=0.503936;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=7.06018e-05;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:127:127:0.992188:64:63:1:0:64:63:1:0 chr7 91743132 . A G 134.49 PASS AF=0.316667;AO=17;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0323356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.7641;QD=8.96618;RBI=0.0416282;REFB=0.00257125;REVB=0.0262167;RO=38;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260379;STB=0.684017;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00494695;OID=.;OPOS=91743132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:41:17:19:0.316667:6:11:16:22:6:13:17:24 chr7 91774220 . C T 291.58 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0235571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2064;QD=12.149;RBI=0.0400489;REFB=-0.014505;REVB=-0.0323879;RO=62;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25533;STB=0.646654;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0263593;OID=.;OPOS=91774220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:62:34:34:0.354167:13:21:24:38:13:21:24:38 chr7 92028039 . C A 393.41 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.003;QD=56.2019;RBI=0.0469791;REFB=0;REVB=0.0315676;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028369;OID=.;OPOS=92028039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:20:8:0:0 chr7 92029302 . G A 1525.66 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5882;QD=59.8299;RBI=0.0373904;REFB=0;REVB=-0.0253713;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248778;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:58:44:0:0:58:44:0:0 chr7 92131289 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.749;QD=57.1773;RBI=0.0126669;REFB=0;REVB=-0.00410029;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7192e-05;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr7 92241633 . G C 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0437404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.011;QD=15.172;RBI=0.047461;REFB=-0.00525333;REVB=-0.0184207;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300162;STB=0.675102;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0066791;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:13:4:12:12:13:4:12:12 chr7 92600509 . T C 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0188691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.427;QD=25.1494;RBI=0.019051;REFB=-0.0411474;REVB=0.00262583;RO=21;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732228;STB=0.540511;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0238084;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:10:17:15:6:10:17:15:6 chr7 92734451 . A G 446.68 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0381549;FXX=0.0249969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2635;QD=22.9067;RBI=0.0399965;REFB=-0.0272989;REVB=-0.0119966;RO=32;SAF=17;SAR=26;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088403;STB=0.50218;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0159725;OID=.;OPOS=92734451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:32:35:43:43:0.551282:26:17:13:19:26:17:14:21 chr7 92762681 . A G 579.03 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0446268;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9026;QD=24.3801;RBI=0.0466821;REFB=-0.0227964;REVB=0.0136992;RO=41;SAF=25;SAR=28;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261395;STB=0.508573;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0199278;OID=.;OPOS=92762681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:41:42:53:53:0.557895:28:25:18:23:28:25:19:23 chr7 92764982 . C T 349.1 PASS AF=0.415842;AO=36;DP=93;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0119024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.375;QD=13.8258;RBI=0.0132813;REFB=-0.0107073;REVB=0.00589282;RO=56;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663195;STB=0.520823;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0152618;OID=.;OPOS=92764982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:101:56:59:36:42:0.415842:19:17:23:33:22:20:26:33 chr7 92970847 . C T 545.63 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=48;FWDB=-0.0124396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.761;QD=17.1853;RBI=0.018456;REFB=0.00213992;REVB=-0.0136338;RO=68;SAF=22;SAR=36;SRF=21;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742401;STB=0.544155;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.00456523;OID=.;OPOS=92970847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:68:69:58:58:0.456693:36:22:21:47:36:22:21:48 chr7 92985252 . T C 190.68 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0093068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.516;QD=15.2547;RBI=0.0386696;REFB=-0.00248101;REVB=0.0375329;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139706;STB=0.580564;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00469372;OID=.;OPOS=92985252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:12:8:16:14:12:8:16:14 chr7 93054827 . C CTCTT 236.67 PASS AF=0.292035;AO=31;DP=115;FAO=33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.000840948;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=276.677;QD=8.37763;RBI=0.0423766;REFB=-0.00872463;REVB=-0.0423683;RO=79;SAF=26;SAR=5;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468365;STB=0.732673;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0190271;OID=.;OPOS=93054828;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=CTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292035:31:115:33:113:80:26:7:39:41:99:79:26:5:39:40 chr7 93054884 . AAT A,ATT 45.01 PASS AF=0.134615,0;AO=16,8;DP=127;FAO=14,0;FDP=104;FR=.;FRO=90;FSAF=10,0;FSAR=4,0;FSRF=30;FSRR=60;FWDB=-0.16586,-0.0461956;FXX=0.0630574;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=25.673,24.2457;QD=1.73118;RBI=0.184122,0.0461967;REFB=-0.0406416,-0.00345469;REVB=-0.0799455,0.000320495;RO=92;SAF=12,7;SAR=4,1;SRF=30;SRR=62;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.497718,0.555135;STB=0.799631,0.5;STBP=0.039,1;TYPE=del,snp;VARB=0.164169,0;OID=.,.;OPOS=93054885,93054885;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134615,0:16,8:127:14,0:104:90:10,0:4,0:30:60:45:92:12,7:4,1:30:62 chr7 93055650 . G A 454.84 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00361746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9663;QD=19.9928;RBI=0.0253504;REFB=0.0176965;REVB=0.0250909;RO=46;SAF=22;SAR=23;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892409;STB=0.549466;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0179527;OID=.;OPOS=93055650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:23:22:27:19:23:22:27:19 chr7 93055753 . A G 222.35 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0104515;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.184;QD=18.1506;RBI=0.0246322;REFB=-0.00348549;REVB=0.0223049;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118398;STB=0.575686;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00306743;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:27:22:22:0.44898:15:7:12:16:15:7:12:15 chr7 93116298 . GA G,GG 442.49 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=6,24;DP=31;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605655,0.0692776;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.022,146.934;QD=57.095;RBI=0.0613218,0.0701441;REFB=0,0;REVB=0.00960128,0.010991;RO=0;SAF=4,15;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0331544,0.00576892;OID=.,.;OPOS=93116299,93116299;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0645161,0.935484:6,24:31:2,29:31:0:0,19:2,10:0:0:8:0:4,15:2,9:0:0 chr7 93515993 . T G 89.79 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00403623;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=141.796;QD=7.48279;RBI=0.00433855;REFB=-0.00282508;REVB=0.00159119;RO=32;SAF=3;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313399;STB=0.681497;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0142353;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:32:36:12:12:0.25:9:3:16:16:9:3:17:19 chr7 93623458 . A G 415.92 PASS AF=0.488372;AO=41;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.000721987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.346;QD=19.3451;RBI=0.00993994;REFB=-0.0165145;REVB=0.00991368;RO=43;SAF=17;SAR=24;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132284;STB=0.583296;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0164415;OID=.;OPOS=93623458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:44:41:42:0.488372:24:17:12:31:24:18:12:32 chr7 94027699 . T C 1417.21 PASS AF=0.433702;AO=152;DP=358;FAO=157;FDP=362;FR=.;FRO=205;FSAF=73;FSAR=84;FSRF=92;FSRR=113;FWDB=0.00404227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.234;QD=15.6598;RBI=0.00464055;REFB=-0.0177706;REVB=-0.0022792;RO=204;SAF=69;SAR=83;SRF=91;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00818797;STB=0.509223;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0227075;OID=.;OPOS=94027699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:362:204:205:152:157:0.433702:83:69:91:113:84:73:92:113 chr7 94030899 . T C 1587.21 PASS AF=0.40553;AO=176;DP=437;FAO=176;FDP=434;FR=.;FRO=258;FSAF=90;FSAR=86;FSRF=163;FSRR=95;FWDB=0.00194425;FXX=0.0113893;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.336;QD=14.6287;RBI=0.0123175;REFB=-0.00828009;REVB=-0.0121631;RO=257;SAF=90;SAR=86;SRF=162;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127288;STB=0.571849;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0145738;OID=.;OPOS=94030899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:434:257:258:176:176:0.40553:86:90:162:95:86:90:163:95 chr7 94038934 . C T 847.0 PASS AF=0.415929;AO=94;DP=226;FAO=94;FDP=226;FR=.;FRO=132;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=71;FSRR=61;FWDB=-0.0260634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8411;QD=14.9912;RBI=0.0366365;REFB=-0.0207786;REVB=-0.0257476;RO=132;SAF=46;SAR=48;SRF=71;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506654;STB=0.52831;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0301634;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:132:132:94:94:0.415929:48:46:71:61:48:46:71:61 chr7 94039032 . C T 1023.25 PASS AF=0.535519;AO=98;DP=183;FAO=98;FDP=183;FR=.;FRO=85;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.00271051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.007;QD=22.3661;RBI=0.0047327;REFB=-0.0202909;REVB=-0.00387964;RO=85;SAF=62;SAR=36;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505507;STB=0.527654;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0153898;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:85:85:98:98:0.535519:36:62:49:36:36:62:49:36 chr7 94043239 . C G 267.79 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00983987;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=330.633;QD=11.5178;RBI=0.00984044;REFB=-0.00565579;REVB=0.000105573;RO=61;SAF=9;SAR=23;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289284;STB=0.668211;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00972389;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:61:32:32:0.344086:23:9:32:29:23:9:32:29 chr7 94047050 . G T 635.28 PASS AF=0.44;AO=65;DP=147;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.00123546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6475;QD=16.9408;RBI=0.00216054;REFB=-0.0409735;REVB=0.00177246;RO=82;SAF=35;SAR=30;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385666;STB=0.523648;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.052288;OID=.;OPOS=94047050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:82:84:65:66:0.44:30:35:41:41:31:35:41:43 chr7 94296769 . T C 622.59 PASS AF=0.625;AO=53;DP=86;FAO=55;FDP=88;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0171924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.895;QD=28.2996;RBI=0.0464048;REFB=-0.0377254;REVB=0.0431025;RO=33;SAF=21;SAR=32;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00168493;STB=0.502369;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0211471;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:33:33:53:55:0.625:32:21:13:20:33:22:13:20 chr7 94297293 . GTTTTTTTG GTTTTTTG,GTTTTTTGT 87.7 PASS AF=0.447368,0.0131579;AO=31,3;DP=78;FAO=34,1;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=16,1;FSAR=18,0;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00377147,-0.0458984;FXX=0.0256377;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.51214,24.0066;QD=4.61572;RBI=0.0777734,0.103969;REFB=-0.0864729,-0.0360208;REVB=-0.0776819,-0.0932889;RO=34;SAF=13,2;SAR=18,1;SRF=16;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0486165,0.196745;STB=0.503935,0.990641;STBP=0.962,0.279;TYPE=del,mnp;VARB=0.0663119,0.109431;OID=.,.;OPOS=94297294,94297300;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=GTTTTTTG,GTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368,0.0131579:31,3:78:34,1:76:41:16,1:18,0:19:22:88:34:13,2:18,1:16:18 chr7 94539536 . C T 266.5 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0286792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.988;QD=13.4938;RBI=0.0302792;REFB=-0.00608666;REVB=-0.00971242;RO=46;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977452;STB=0.553698;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0100969;OID=.;OPOS=94539536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:48:31:31:0.392405:16:15:18:28:16:15:19:29 chr7 94540416 . A G 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00903472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.946;QD=14.8164;RBI=0.0342518;REFB=-0.00244847;REVB=0.0330388;RO=38;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165012;STB=0.600335;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00387755;OID=.;OPOS=94540416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:17:12:22:16:17:12:23:16 chr7 94898811 . G A 83.49 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00425005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.721;QD=9.82249;RBI=0.0441748;REFB=-0.0154679;REVB=0.0439699;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218937;STB=0.631351;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0118343;OID=.;OPOS=94898811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:8:15:5:6:8:15 chr7 94903420 . G A 246.24 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0131839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.04;QD=16.416;RBI=0.0176668;REFB=-0.0297222;REVB=-0.0117601;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016893;STB=0.524674;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.022971;OID=.;OPOS=94903420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:32:27:28:0.466667:16:11:14:19:17:11:14:18 chr7 94924538 . G T 333.13 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0154337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.489;QD=16.4506;RBI=0.0173471;REFB=-0.00324478;REVB=-0.00791972;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164976;STB=0.509273;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00387709;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:19:17:22:23:19:17:22:23 chr7 94937446 . T C 342.86 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0184605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.394;QD=21.4288;RBI=0.0213949;REFB=-0.00536298;REVB=0.0108145;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307358;STB=0.516985;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00664913;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:18:17:13:16:18:17:13:16 chr7 95001555 . C T 2178.17 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0762158;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.031;QD=63.1353;RBI=0.0769821;REFB=0;REVB=0.0108352;RO=0;SAF=65;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43793e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138189;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:73:65:0:0:73:65:0:0 chr7 95024046 . A G 1103.55 PASS AF=1;AO=61;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.554;QD=59.6515;RBI=0.0506083;REFB=0;REVB=0.0150044;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252471;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:61:74:1:30:31:0:0:41:33:0:0 chr7 95025600 . G A 759.29 PASS AF=0.400922;AO=87;DP=217;FAO=87;FDP=217;FR=.;FRO=130;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=0.00953624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4944;QD=13.9962;RBI=0.0809436;REFB=0.00836741;REVB=0.0803799;RO=129;SAF=40;SAR=47;SRF=61;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140119;STB=0.510323;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.0128136;OID=.;OPOS=95025600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:129:130:87:87:0.400922:47:40:61:68:47:40:62:68 chr7 95034252 . G GTTA 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00839155;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=290.404;QD=11.7419;RBI=0.0178033;REFB=-0.00489764;REVB=0.0157015;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158788;STB=0.592502;STBP=0.312;TYPE=ins;VARB=0.00722682;OID=.;OPOS=95034253;OREF=-;OALT=TTA;OMAPALT=GTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:21:57:21:57:36:7:14:17:19:99:36:7:14:17:19 chr7 95034775 . G C 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.0129871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.71;QD=17.9915;RBI=0.0142267;REFB=-0.0184922;REVB=-0.0058082;RO=30;SAF=11;SAR=18;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183031;STB=0.601498;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0233867;OID=.;OPOS=95034775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:18:11:6:24:18:11:6:24 chr7 95041016 . G C 327.74 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.012672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.483;QD=15.2438;RBI=0.012672;REFB=-0.000365899;REVB=-9.1498e-06;RO=48;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142131;STB=0.502616;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.000448533;OID=.;OPOS=95041016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:50:36:36:0.418605:20:16:22:26:20:16:22:28 chr7 95213059 . G A 834.88 PASS AF=1;AO=39;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.147;QD=57.5777;RBI=0.0514109;REFB=0;REVB=0.0510618;RO=0;SAF=31;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590485;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:39:58:1:8:31:0:0:27:31:0:0 chr7 95213953 . A C 1324.87 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0030611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.627;QD=60.9136;RBI=0.0542594;REFB=0.0199833;REVB=0.054173;RO=1;SAF=37;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126324;STB=0.506665;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000645453;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:49:37:1:0:49:37:1:0 chr7 95216394 . T G 711.4 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0145016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.0994;QD=52.6961;RBI=0.014515;REFB=0.0178753;REVB=0.000622531;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171263;STB=0.500713;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00558091;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:52:52:0.962963:25:27:1:0:25:27:1:1 chr7 95224412 . G C 638.43 PASS AF=0.445946;AO=66;DP=148;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0291034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.653;QD=17.2547;RBI=0.0406861;REFB=-0.00521379;REVB=0.0284315;RO=82;SAF=32;SAR=34;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514155;STB=0.528633;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00701326;OID=.;OPOS=95224412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:82:82:66:66:0.445946:34:32:44:38:34:32:44:38 chr7 95800820 . T C 178.66 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00312425;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.778;QD=20.4178;RBI=0.00351766;REFB=-0.000699024;REVB=0.00161646;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731248;STB=0.541355;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00102775;OID=.;OPOS=95800820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:9:8:10:8:9:8 chr7 95818951 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00530327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.114;QD=17.6172;RBI=0.00879874;REFB=0.0117403;REVB=-0.00702091;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217963;STB=0.512305;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0112366;OID=.;OPOS=95818951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:14:13:11:13:14:13 chr7 96640130 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00240224;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=260.479;QD=17.3789;RBI=0.0185667;REFB=-0.0121952;REVB=0.0184107;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278546;STB=0.516099;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0081909;OID=.;OPOS=96640130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:3:7:8:3:3:7 chr7 97488569 . A T 196.24 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0114887;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.614;QD=10.4663;RBI=0.0196119;REFB=-0.0102132;REVB=-0.0158945;RO=50;SAF=14;SAR=11;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232407;STB=0.513561;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0239605;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:50:50:25:25:0.333333:11:14:29:21:11:14:29:21 chr7 97821855 . T C 257.19 PASS AF=0.484375;AO=28;DP=60;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0092441;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.8939;QD=16.0744;RBI=0.0214397;REFB=-0.0511801;REVB=-0.0193445;RO=31;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103917;STB=0.546189;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0327274;OID=.;OPOS=97821855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:31:33:28:31:0.484375:15:13:11:20:18:13:11:22 chr7 97822115 . T A 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00437611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.833;QD=14.5325;RBI=0.00514447;REFB=0.00203999;REVB=0.00270467;RO=40;SAF=18;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222725;STB=0.512649;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00251832;OID=.;OPOS=97822115;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:11:18:24:16:11:18:24:16 chr7 97822210 . G A 228.07 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0123437;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.409;QD=13.6159;RBI=0.0129432;REFB=-0.0119493;REVB=-0.00389354;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671044;STB=0.548137;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0151893;OID=.;OPOS=97822210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:26:27:0.402985:14:12:21:19:15:12:21:19 chr7 97823125 . G A 223.65 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00542624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.144;QD=14.9098;RBI=0.0422074;REFB=-0.0170526;REVB=-0.0418572;RO=34;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117671;STB=0.566877;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0273841;OID=.;OPOS=97823125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:16:10:17:17:16:10:17:17 chr7 97823629 . A G 320.03 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.023534;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.797;QD=20.9854;RBI=0.0417081;REFB=-0.00720102;REVB=-0.0344342;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176347;STB=0.509447;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00529292;OID=.;OPOS=97823629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:29:28:33:33:0.540984:16:17:15:14:16:17:15:13 chr7 97847040 . G A 170.34 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0349683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3619;QD=17.0336;RBI=0.0372162;REFB=-0.00713955;REVB=0.0127383;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188164;STB=0.580022;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0112893;OID=.;OPOS=97847040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:22:18:18:0.45:8:10:7:13:8:10:9:13 chr7 97852399 . G A 1132.98 PASS AF=0.441606;AO=120;DP=277;FAO=121;FDP=274;FR=.;FRO=153;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=94;FSRR=59;FWDB=-0.00408272;FXX=0.0179205;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.972;QD=16.5398;RBI=0.013255;REFB=-0.0219027;REVB=0.0126106;RO=151;SAF=57;SAR=63;SRF=93;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140995;STB=0.579537;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0236392;OID=.;OPOS=97852399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:274:151:153:120:121:0.441606:63:57:93:58:64:57:94:59 chr7 97854393 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.052296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.313;QD=17.5596;RBI=0.055124;REFB=0.00147623;REVB=0.0174296;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157753;STB=0.589647;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000504843;OID=.;OPOS=97854393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:14:7:9:9:14:7 chr7 97863145 . G A 138.92 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00564855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.479;QD=12.0799;RBI=0.00788706;REFB=-0.00627762;REVB=-0.0055045;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274891;STB=0.509542;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00934943;OID=.;OPOS=97863145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:11:5:9:20:11:5:9:21 chr7 97873994 . G A 181.04 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00201102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6905;QD=16.4585;RBI=0.0134346;REFB=-0.010408;REVB=0.0132832;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456741;STB=0.553134;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0152209;OID=.;OPOS=97873994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:18:19:0.431818:6:12:15:9:6:13:15:10 chr7 97933601 . C T 249.54 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0281774;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4939;QD=16.3632;RBI=0.0297138;REFB=-0.0118312;REVB=-0.00943109;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112381;STB=0.563335;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0192194;OID=.;OPOS=97933601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:16:12:18:15:16:12:18:15 chr7 98258736 . G A 459.37 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0190284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3589;QD=18.9432;RBI=0.019337;REFB=-0.0359023;REVB=-0.00344059;RO=51;SAF=22;SAR=24;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444803;STB=0.524742;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0454948;OID=.;OPOS=98258736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:24:22:22:29:24:22:22:29 chr7 98460824 . C A 415.82 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0351844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0725;QD=22.1769;RBI=0.0440185;REFB=-0.0236039;REVB=0.0264516;RO=33;SAF=15;SAR=26;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149493;STB=0.589682;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0431311;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:34:41:41:0.546667:26:15:18:15:26:15:19:15 chr7 98559980 . C T 676.13 PASS AF=0.575221;AO=65;DP=112;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0182674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.49;QD=23.9336;RBI=0.0192013;REFB=0.0153039;REVB=0.00591532;RO=47;SAF=32;SAR=33;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843256;STB=0.541029;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0102834;OID=.;OPOS=98559980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:47:48:65:65:0.575221:33:32:18:29:33:32:19:29 chr7 98650051 . G C 536.76 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1181;QD=59.6404;RBI=0.0458381;REFB=0;REVB=0.0289673;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.34212e-05;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chr7 98782750 . C T 316.95 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0141955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.633;QD=17.8561;RBI=0.0309989;REFB=-0.0158175;REVB=-0.0275576;RO=36;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10243;STB=0.563344;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0229683;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:34:34:0.478873:17:17:22:14:17:17:23:14 chr7 99036390 . TCCC CCCT,TCC 557.16 PASS AF=0.0823529,0.917647;AO=8,11;DP=81;FAO=7,78;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=7,17;FSAR=0,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.064619,-0.244703;FXX=0.0229859;HRUN=1,5;LEN=4,1;MLLD=235.987,8.16304;QD=26.2192;RBI=0.0972307,1.11853;REFB=0,0;REVB=0.0726511,1.09144;RO=51;SAF=8,9;SAR=0,2;SRF=0;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.894383,0.833456;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.115353,0.00304123;OID=.,.;OPOS=99036390,99036391;OREF=TCCC,C;OALT=CCCT,-;OMAPALT=CCCT,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:81:85:51:0:8,11:7,78:0.0823529,0.917647:0,2:8,9:0:51:0,61:7,17:0:0 chr7 99306685 . C G 1525.67 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115121;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2727;QD=58.6795;RBI=0.0155937;REFB=-0.116867;REVB=0.0105184;RO=0;SAF=60;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000681043;OID=.;OPOS=99306685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:0:1:103:103:0.990385:43:60:0:0:43:60:1:0 chr7 99569394 . G A 1661.44 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0290802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.532;QD=59.3373;RBI=0.0362581;REFB=-0.0865446;REVB=-0.0216561;RO=1;SAF=66;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713918;STB=0.503703;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000144238;OID=.;OPOS=99569394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:110:111:0.991071:44:66:1:0:44:67:1:0 chr7 99578411 . T C 497.78 PASS AF=0.384106;AO=57;DP=150;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.00950213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.536;QD=13.1862;RBI=0.0108598;REFB=-0.0146109;REVB=0.00525785;RO=93;SAF=18;SAR=39;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111518;STB=0.567065;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0217879;OID=.;OPOS=99578411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:93:93:57:58:0.384106:39:18:38:55:40:18:38:55 chr7 99580907 . C G 748.86 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0143433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.21;QD=51.6454;RBI=0.0144605;REFB=-0.00809477;REVB=-0.00183717;RO=2;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314024;STB=0.507235;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000777297;OID=.;OPOS=99580907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:2:3:55:55:0.948276:29:26:0:2:29:26:1:2 chr7 99654689 . G A 327.48 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0499809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2928;QD=46.7826;RBI=0.0723907;REFB=-0.0795894;REVB=0.0523672;RO=3;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131832;STB=0.545419;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.01009;OID=.;OPOS=99654689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:3:2:25:26:0.928571:9:16:0:3:10:16:0:2 chr7 99669620 . TCTC T 288.32 PASS AF=0.361702;AO=33;DP=96;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0324009;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.663;QD=12.2691;RBI=0.0398364;REFB=-0.0173146;REVB=-0.0231758;RO=56;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948582;STB=0.539976;STBP=0.585;TYPE=del;VARB=0.026306;OID=.;OPOS=99669621;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361702:33:96:34:94:60:18:16:28:32:99:56:17:16:24:32 chr7 99693078 . G A 834.55 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.687;QD=57.5554;RBI=0.0572957;REFB=0;REVB=0.0474929;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354549;OID=.;OPOS=99693078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:29:29:0:0 chr7 99757954 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00979351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.645;QD=14.4116;RBI=0.0106382;REFB=-0.00549635;REVB=0.00415429;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25303;STB=0.646893;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00655625;OID=.;OPOS=99757954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:6:12:12:16:6:12:12:16 chr7 99772298 . A C 924.5 PASS AF=1;AO=51;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.627;QD=58.6986;RBI=0.0701536;REFB=0;REVB=0.0416196;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220162;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:51:63:1:32:19:0:0:35:28:0:0 chr7 99796146 . A C 407.02 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00525115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.641;QD=15.9617;RBI=0.0248813;REFB=-0.00552094;REVB=-0.0243209;RO=57;SAF=22;SAR=23;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502502;STB=0.528141;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00618294;OID=.;OPOS=99796146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:23:22:25:32:23:22:25:32 chr7 99799845 . T A 482.9 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00771715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=350.058;QD=18.5729;RBI=0.0104062;REFB=-0.00447778;REVB=-0.00698103;RO=52;SAF=25;SAR=26;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613206;STB=0.52869;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00391334;OID=.;OPOS=99799845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:53:51:51:0.490385:26:25:22:30:26:25:23:30 chr7 99816256 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.287;QD=35.5759;RBI=0.0434636;REFB=0;REVB=-0.00438603;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575762;OID=.;OPOS=99816256;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr7 99816272 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6739;QD=33.4273;RBI=0.175771;REFB=0;REVB=0.0303336;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202684;OID=.;OPOS=99816272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr7 99817859 . A G 188.69 PASS AF=0.692308;AO=10;DP=18;FAO=18;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0256462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9716;QD=29.0292;RBI=0.0435516;REFB=0.00532608;REVB=-0.0351997;RO=5;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327428;STB=0.545822;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00545056;OID=.;OPOS=99817859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:18:26:5:8:10:18:0.692308:1:9:3:2:7:11:6:2 chr7 99821685 . C T 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0500051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.609;QD=23.8997;RBI=0.0514451;REFB=-0.0237864;REVB=0.012087;RO=23;SAF=18;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133949;STB=0.507457;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0226573;OID=.;OPOS=99821685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:9:18:15:8:9:18:15:8 chr7 99971313 . T C 567.42 PASS AF=0.516949;AO=54;DP=108;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.100563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.5993;QD=19.2346;RBI=0.107148;REFB=-0.0716012;REVB=0.0369844;RO=54;SAF=18;SAR=36;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125408;STB=0.540038;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0590711;OID=.;OPOS=99971313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:118:54:57:54:61:0.516949:36:18:25:29:36:25:28:29 chr7 99971834 . A G 707.58 PASS AF=0.427778;AO=77;DP=180;FAO=77;FDP=180;FR=.;FRO=103;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.0104081;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.18;QD=15.7241;RBI=0.0104636;REFB=-0.0126771;REVB=-0.00107646;RO=102;SAF=30;SAR=47;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044292;STB=0.522373;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0185963;OID=.;OPOS=99971834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:102:103:77:77:0.427778:47:30:44:58:47:30:44:59 chr7 100173282 . G A 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0287635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.011;QD=21.5095;RBI=0.0300065;REFB=-0.0148849;REVB=-0.00854674;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355486;STB=0.519981;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0129092;OID=.;OPOS=100173282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:13:8:8:11:13:8:8:11 chr7 100175473 . T C 352.24 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.099;QD=54.1911;RBI=0.0665334;REFB=0;REVB=0.0662793;RO=0;SAF=19;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172801;OID=.;OPOS=100175473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:26:0:0:22:26:1:3:19:0:0:7:19:0:0 chr7 100205413 . GCCCCCCCA GCCCCCCA,GCCCCCCAC 56.02 PASS AF=0.368421,0;AO=18,6;DP=60;FAO=21,0;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=11,0;FSAR=10,0;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0679707,-0.201876;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.04257,46.8355;QD=3.93134;RBI=0.121181,0.202334;REFB=-0.146722,-0.0215598;REVB=0.100324,0.013609;RO=28;SAF=7,6;SAR=11,0;SRF=10;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0354092,0.732338;STB=0.567324,0.5;STBP=0.488,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.187355,0;OID=.,.;OPOS=100205414,100205420;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCCCA,GCCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421,0:18,6:60:21,0:57:36:11,0:10,0:15:21:57:28:7,6:11,0:10:18 chr7 100210459 . GC G,GG 68.26 PASS AF=0.407407,0.111111;AO=7,4;DP=26;FAO=11,3;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6,0;FSAR=5,3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.144814,0.052949;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.0192,15.8959;QD=10.1121;RBI=0.213467,0.0956858;REFB=-0.119343,-0.0648724;REVB=0.156834,0.0797006;RO=10;SAF=5,1;SAR=2,3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.30137,0;SSSB=0.310426,-0.182961;STB=0.545372,0.995851;STBP=0.735,0.104;TYPE=del,snp;VARB=0.177665,0.0658713;OID=.,.;OPOS=100210460,100210460;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407,0.111111:7,4:26:11,3:27:13:6,0:5,3:6:7:51:10:5,1:2,3:4:6 chr7 100276038 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00365772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.401;QD=14.6975;RBI=0.00916386;REFB=-0.0185002;REVB=0.00840223;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158106;STB=0.590822;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0277429;OID=.;OPOS=100276038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:13:8:16:14:13:8:16:14 chr7 100278657 . A G 632.13 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.697;QD=61.6709;RBI=0.0256686;REFB=0;REVB=-0.0231187;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174048;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr7 100281768 . TG CA,CG 210.66 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,15;DP=18;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235883,-0.0240111;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=134.798,57.6674;QD=46.813;RBI=0.0321514,0.0268402;REFB=0,0;REVB=-0.0218472,-0.0119942;RO=0;SAF=2,3;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00155684,0.00385992;OID=.,.;OPOS=100281768,100281768;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:18:18:0:0:2,15:2,16:0.111111,0.888889:0,12:2,3:0:0:0,12:2,4:0:0 chr7 100285169 . AG AC,A,CA 64.11 PASS AF=0.0481928,0.289157,0;AO=4,24,4;DP=83;FAO=4,24,0;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=0,10,0;FSAR=4,14,0;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0049249,-0.0509806,0.0135169;FXX=0.0119033;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=34.8805,8.56753,22.9392;QD=3.08979;RBI=0.0619125,0.0715382,0.0205066;REFB=-0.0141466,-0.109509,-0.0649309;REVB=-0.0617163,-0.0501865,-0.0154212;RO=44;SAF=0,11,1;SAR=4,13,3;SRF=22;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.553532,-0.0464946,-0.2661;STB=0.997132,0.526859,0.5;STBP=0.048,0.778,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.148443,0.114602,0;OID=.,.,.;OPOS=100285170,100285170,100285169;OREF=G,G,AG;OALT=C,-,CA;OMAPALT=AC,A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:83:83:44:55:4,24,4:4,24,0:0.0481928,0.289157,0:4,13,3:0,11,1:22:22:4,14,0:0,10,0:25:30 chr7 100285476 . C T 955.03 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.987;QD=58.7709;RBI=0.0317316;REFB=0;REVB=0.0242531;RO=0;SAF=15;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224204;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:50:15:0:0:50:15:0:0 chr7 100334556 . G C 155.93 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.00977105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3142;QD=10.9424;RBI=0.063312;REFB=-0.00555397;REVB=-0.0625535;RO=37;SAF=4;SAR=16;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190377;STB=0.5111;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0205927;OID=.;OPOS=100334556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:16:4:7:30:16:4:7:30 chr7 100348327 . C T 190.13 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0438391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7901;QD=13.1125;RBI=0.0468763;REFB=-0.024897;REVB=-0.0165986;RO=34;SAF=17;SAR=6;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379386;STB=0.725411;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0576712;OID=.;OPOS=100348327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:6:17:13:21:6:17:13:22 chr7 100348384 . T C 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0215454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.921;QD=16.2725;RBI=0.0231389;REFB=0.000745394;REVB=-0.00843827;RO=38;SAF=12;SAR=20;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29317;STB=0.657343;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00085328;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:20:12:26:12:20:12:26:13 chr7 100361675 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0100656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5562;QD=13.6607;RBI=0.0991615;REFB=-0.0116868;REVB=0.0986493;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024428;STB=0.514265;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0240586;OID=.;OPOS=100361675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:11:10:7:7:11:10 chr7 100364221 . A C 162.43 PASS AF=0.439024;AO=16;DP=39;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.019157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.874;QD=15.8467;RBI=0.0301232;REFB=-0.0133784;REVB=0.0232469;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263702;STB=0.599344;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0112357;OID=.;OPOS=100364221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:23:23:16:18:0.439024:5:11:10:13:7:11:10:13 chr7 100366284 . T C 95.65 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0548976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.472;QD=16.6345;RBI=0.0698436;REFB=-0.0774086;REVB=0.0431784;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347252;STB=0.703751;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0402484;OID=.;OPOS=100366284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:23:9:9:8:8:0.347826:5:3:7:2:5:3:7:2 chr7 100371100 . C A 98.97 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0873515;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.997;QD=11.6437;RBI=0.0883982;REFB=-0.00345041;REVB=-0.0135626;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492868;STB=0.529363;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0170955;OID=.;OPOS=100371100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:10:12:6:6:10:12 chr7 100371114 . C T 61.67 PASS AF=0.272727;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.000965004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.264;QD=7.47537;RBI=0.00735709;REFB=0.00429389;REVB=0.00729352;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189669;STB=0.565068;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.0101738;OID=.;OPOS=100371114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:23:24:8:9:0.272727:6:2:9:14:6:3:10:14 chr7 100371358 . G A 207.83 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.00126472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.345;QD=17.6873;RBI=0.0412992;REFB=-0.00933299;REVB=0.0412798;RO=25;SAF=17;SAR=4;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145864;STB=0.501638;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.01259;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:4:17:20:5:4:17:21:5 chr7 100371417 . G A 287.16 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.017265;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.415;QD=23.4415;RBI=0.0225169;REFB=-0.0173016;REVB=0.0144544;RO=23;SAF=19;SAR=7;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572161;STB=0.531804;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0129538;OID=.;OPOS=100371417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:23:26:26:0.530612:7:19:18:5:7:19:18:5 chr7 100371474 . G A 116.42 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0354744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.132;QD=11.9404;RBI=0.0398062;REFB=0.00180492;REVB=0.0180584;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787639;STB=0.55548;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0011832;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:5:9:17:7:5:9:18:7 chr7 100371476 . T TG 78.38 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0254929;FXX=0.0277701;HRUN=0;LEN=1;MLLD=241.528;QD=8.95751;RBI=0.0258637;REFB=-0.0270653;REVB=-0.00436349;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169457;STB=0.562072;STBP=0.62;TYPE=ins;VARB=0.0442053;OID=.;OPOS=100371477;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:12:38:13:35:22:9:4:17:5:78:25:8:4:17:8 chr7 100373077 . C G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0446764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.375;QD=7.76204;RBI=0.0466947;REFB=0.00621675;REVB=0.0135797;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2918e-08;STB=0.516076;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0243995;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:12:13:6:6:0.315789:5:1:2:10:5:1:2:11 chr7 100373367 . G C 181.35 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0194094;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.456;QD=11.1599;RBI=0.0219246;REFB=-0.00844158;REVB=0.0101963;RO=42;SAF=9;SAR=14;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249595;STB=0.644614;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.01598;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:14:9:26:16:14:9:26:16 chr7 100377138 . A AGGGC 143.97 PASS AF=0.327586;AO=18;DP=61;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0032654;FXX=0.0333278;HRUN=3;LEN=4;MLLD=160.083;QD=9.92906;RBI=0.0294347;REFB=-0.0104707;REVB=-0.029253;RO=40;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101869;STB=0.564902;STBP=0.517;TYPE=ins;VARB=0.0297307;OID=.;OPOS=100377139;OREF=-;OALT=GGGC;OMAPALT=AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327586:18:61:19:58:39:12:7:21:18:99:40:11:7:21:19 chr7 100383750 . T C 304.2 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00022531;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2743;QD=22.1236;RBI=0.00270596;REFB=-0.0206809;REVB=0.00269657;RO=24;SAF=11;SAR=20;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132301;STB=0.57272;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0158502;OID=.;OPOS=100383750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:20:11:5:19:20:11:5:19 chr7 100385714 . G A 129.97 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0241552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.382;QD=13.3304;RBI=0.0251136;REFB=-0.0199194;REVB=0.00687155;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106901;STB=0.583226;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0234523;OID=.;OPOS=100385714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:24:15:15:0.384615:7:8:14:8:7:8:16:8 chr7 100386900 . T C 675.56 PASS AF=0.979167;AO=43;DP=44;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0226293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5979;QD=56.2967;RBI=0.0243825;REFB=0.0214813;REVB=0.00907861;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218371;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00517126;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:48:1:1:43:47:0.979167:22:21:1:0:23:24:1:0 chr7 100389586 . AG A 190.7 PASS AF=0.394737;AO=51;DP=116;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=3;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0534662;FXX=0.0256388;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.4625;QD=6.69106;RBI=0.0968679;REFB=-0.0505241;REVB=-0.080776;RO=58;SAF=5;SAR=46;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0.249497;SSSB=-0.583207;STB=0.879018;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0528769;OID=.;OPOS=100389587;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:51:116:45:114:69:3:42:36:33:99:58:5:46:33:25 chr7 100391644 . T C 2051.18 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154573;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.599;QD=62.6314;RBI=0.0170252;REFB=0;REVB=-0.00713643;RO=0;SAF=56;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239301;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:74:56:0:0:74:57:0:0 chr7 100411278 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0708;QD=62.6686;RBI=0.0474932;REFB=0;REVB=0.0246888;RO=0;SAF=9;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595685;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:34:9:0:0:35:9:0:0 chr7 100416139 . T C 1008.47 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.168;QD=59.3219;RBI=0.0182233;REFB=0;REVB=0.017182;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45482e-05;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:43:24:0:0:43:25:0:0 chr7 100416250 . A G 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.222;QD=59.829;RBI=0.00740296;REFB=0;REVB=-0.00676147;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00827e-05;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:58:45:0:0:58:45:0:0 chr7 100424586 . CG C,CC 1229.19 PASS AF=0.0246914,0.975309;AO=14,61;DP=75;FAO=2,79;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=2,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114965,0.139461;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.712,214.356;QD=60.7009;RBI=0.115055,0.13954;REFB=0,0;REVB=0.00455892,0.00470972;RO=0;SAF=7,2;SAR=7,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.46677e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000878607,0.00162637;OID=.,.;OPOS=100424587,100424587;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0246914,0.975309:14,61:75:2,79:81:0:0,15:2,64:0:0:8:0:7,2:7,59:0:0 chr7 100458795 . T C 2406.88 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.79;QD=64.1835;RBI=0.0221656;REFB=0;REVB=0.0148978;RO=0;SAF=75;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12416e-05;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:74:75:0:0:74:76:0:0 chr7 100460331 . G A 222.7 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.00499239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.924;QD=12.5466;RBI=0.0415692;REFB=-0.00737182;REVB=0.0412684;RO=41;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158117;STB=0.604867;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00764965;OID=.;OPOS=100460331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:44:27:27:0.380282:16:11:11:30:16:11:11:33 chr7 100463627 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG 70.44 PASS AF=0.26506,0.0481928;AO=23,8;DP=84;FAO=22,4;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=3,3;FSAR=19,1;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.058564,-0.0259157;FXX=0.0119033;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.1326,76.9115;QD=3.39479;RBI=0.0593786,0.0691047;REFB=-0.126939,-0.0198642;REVB=-0.00980222,-0.0640612;RO=45;SAF=4,4;SAR=19,4;SRF=31;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0.423729,0;SSSB=-0.573522,-0.23589;STB=0.847679,0.659696;STBP=0,0.574;TYPE=del,mnp;VARB=0.12804,0.185472;OID=.,.;OPOS=100463628,100463632;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26506,0.0481928:23,8:84:22,4:83:57:3,3:19,1:34:23:58:45:4,4:19,4:31:14 chr7 100466441 . G A 734.29 PASS AF=0.412935;AO=83;DP=202;FAO=83;FDP=201;FR=.;FRO=118;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=72;FWDB=-0.00537686;FXX=0.00985173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.72;QD=14.6127;RBI=0.0118921;REFB=-0.0157594;REVB=-0.0106072;RO=117;SAF=40;SAR=43;SRF=46;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933955;STB=0.554338;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0327746;OID=.;OPOS=100466441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:117:118:83:83:0.412935:43:40:46:71:43:40:46:72 chr7 100468284 . A G 1491.65 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7205;QD=63.4744;RBI=0.0515405;REFB=0;REVB=-0.0389611;RO=0;SAF=19;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000472727;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:74:19:0:0:74:20:0:0 chr7 100482026 . T C 575.34 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5803;QD=60.5625;RBI=0.0798528;REFB=0;REVB=-0.0796523;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138098;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr7 100486656 . T G 669.96 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3656;QD=62.3216;RBI=0.0386057;REFB=0;REVB=0.017553;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306085;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:32:10:0:0:32:11:0:0 chr7 100494222 . G GC 1498.38 PASS AF=1;AO=123;DP=129;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619681;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.2626;QD=47.9483;RBI=0.0752585;REFB=0;REVB=0.0427059;RO=3;SAF=52;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00414528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000150781;OID=.;OPOS=100494223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:123:129:125:125:0:52:73:0:0:27:3:52:71:1:2 chr7 100549505 . T C 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0221365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.942;QD=2.84585;RBI=0.0283827;REFB=-0.00203615;REVB=-0.0177638;RO=47;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344756;STB=0.764226;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0130179;OID=.;OPOS=100549505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:1:6:29:18:1:6:29:18 chr7 100549512 . A T 37.92 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0427674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.258;QD=2.75805;RBI=0.0428965;REFB=-0.00203323;REVB=-0.00332489;RO=48;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355647;STB=0.773295;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0234357;OID=.;OPOS=100549512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:48:48:7:7:0.127273:1:6:29:19:1:6:29:19 chr7 100549516 . C A 38.26 PASS AF=0.14;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0859919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.173;QD=3.06086;RBI=0.0879605;REFB=-0.011078;REVB=0.0185054;RO=39;SAF=6;SAR=1;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378513;STB=0.754708;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0826168;OID=.;OPOS=100549516;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:46:50:39:43:7:7:0.14:1:6:23:16:1:6:27:16 chr7 100549573 . G T 94.7 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0477728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8882;QD=6.64544;RBI=0.0526516;REFB=-0.0151757;REVB=0.022135;RO=43;SAF=8;SAR=6;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01642;STB=0.510189;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0373979;OID=.;OPOS=100549573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:6:8:24:19:6:8:24:19 chr7 100549583 . G A 130.05 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0143989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.181;QD=8.66976;RBI=0.0147406;REFB=-0.0065407;REVB=-0.0031554;RO=42;SAF=10;SAR=8;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473977;STB=0.528271;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0117888;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:8:10:25:17:8:10:25:17 chr7 100549592 . TT AA 132.86 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00893865;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=2;MLLD=200.54;QD=9.00709;RBI=0.00895564;REFB=-0.00402161;REVB=-0.000551444;RO=37;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126199;STB=0.518643;STBP=0.868;TYPE=mnp;VARB=0.0106495;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:41:18:18:0.305085:7:11:23:14:7:11:24:17 chr7 100549650 . A G 482.21 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0206521;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.186;QD=20.0921;RBI=0.0348635;REFB=-0.0201896;REVB=0.0280883;RO=49;SAF=33;SAR=14;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525525;STB=0.529216;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0147194;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:49:49:47:47:0.489583:14:33:32:17:14:33:32:17 chr7 100549697 . A G 745.49 PASS AF=0.588235;AO=70;DP=119;FAO=70;FDP=119;FR=.;FRO=49;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0297409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.991;QD=25.0585;RBI=0.0297531;REFB=-0.015859;REVB=0.000853301;RO=48;SAF=47;SAR=23;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055717;STB=0.527095;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0282678;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:48:49:70:70:0.588235:23:47:29:19:23:47:30:19 chr7 100549703 . C T 745.72 PASS AF=0.588235;AO=69;DP=119;FAO=70;FDP=119;FR=.;FRO=49;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.032531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.454;QD=25.0661;RBI=0.0331491;REFB=-0.0306871;REVB=0.00637142;RO=49;SAF=46;SAR=23;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626133;STB=0.536206;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0409471;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:49:49:69:70:0.588235:23:46:29:20:23:47:29:20 chr7 100549787 . CA TG 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00632041;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.866;QD=22.0563;RBI=0.00945254;REFB=-0.00921938;REVB=0.00702872;RO=36;SAF=25;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146115;STB=0.580074;STBP=0.126;TYPE=mnp;VARB=0.00805979;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:38:44:44:0.536585:19:25:14:22:19:25:15:23 chr7 100549840 . C T 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00653872;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.655;QD=7.52766;RBI=0.0112927;REFB=-0.00767468;REVB=0.00920702;RO=43;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170976;STB=0.603646;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0205526;OID=.;OPOS=100549840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:7:9:18:25:7:9:18:25 chr7 100549873 . G A 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0276799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.936;QD=8.88584;RBI=0.0279292;REFB=-0.00608097;REVB=0.00372396;RO=37;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256185;STB=0.653937;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0215635;OID=.;OPOS=100549873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:6:9:14:23:6:9:14:23 chr7 100549884 . C T 89.47 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0132435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.226;QD=7.30355;RBI=0.0192695;REFB=-0.00727018;REVB=-0.0139973;RO=37;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310314;STB=0.693019;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0130815;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:4:8:15:22:4:8:15:22 chr7 100549894 . T C 75.57 PASS AF=0.244444;AO=9;DP=43;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0229892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.541;QD=6.71725;RBI=0.0245847;REFB=-0.0129808;REVB=-0.00871224;RO=34;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303758;STB=0.735576;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0345461;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:43:45:34:34:9:11:0.244444:3:6:14:20:3:8:14:20 chr7 100549896 . G C 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0421149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1322;QD=6.90591;RBI=0.0557784;REFB=-0.0171608;REVB=-0.0365728;RO=34;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404881;STB=0.743752;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0447669;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:46:34:35:11:11:0.23913:3:8:13:21:3:8:14:21 chr7 100549902 . C T 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0170223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.664;QD=6.73526;RBI=0.018938;REFB=-0.0213928;REVB=0.00830003;RO=35;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388587;STB=0.735208;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0306074;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:35:36:11:11:0.234043:3:8:14:21:3:8:15:21 chr7 100549914 . G A 71.52 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0329187;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.355;QD=6.65256;RBI=0.0331688;REFB=-0.0105059;REVB=-0.00406572;RO=33;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297751;STB=0.689757;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.04773;OID=.;OPOS=100549914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:44:43:33:33:10:10:0.232558:3:7:15:18:3:7:15:18 chr7 100549935 . T G 88.9 PASS AF=0.26087;AO=10;DP=44;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0288479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.793;QD=7.73058;RBI=0.0302829;REFB=-0.0152135;REVB=-0.00921162;RO=34;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443098;STB=0.807152;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0628394;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:44:46:34:34:10:12:0.26087:2:8:15:19:2:10:15:19 chr7 100549942 . T C 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0295049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.741;QD=8.74515;RBI=0.0303471;REFB=-0.00856871;REVB=0.00709988;RO=30;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465495;STB=0.788951;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0188635;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:2:10:14:16:2:10:14:16 chr7 100549979 . C T 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0436155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.457;QD=9.89849;RBI=0.0823277;REFB=-0.0212977;REVB=0.0698251;RO=32;SAF=11;SAR=3;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361205;STB=0.72035;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0315627;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:3:11:16:16:3:11:16:16 chr7 100550032 . C CCCT 92.78 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=40;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.043143;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=3;MLLD=197.06;QD=9.51541;RBI=0.044649;REFB=-0.0213345;REVB=-0.0114983;RO=29;SAF=9;SAR=2;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363382;STB=0.713878;STBP=0.119;TYPE=ins;VARB=0.0611358;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:11:40:12:39:27:10:2:16:11:92:29:9:2:16:13 chr7 100550079 . A C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00754371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.584;QD=17.9405;RBI=0.0291361;REFB=-0.0258813;REVB=-0.0281425;RO=22;SAF=17;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509034;STB=0.797452;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0373121;OID=.;OPOS=100550079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:2:17:11:11:2:17:11:11 chr7 100550133 . A G 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00743368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.976;QD=22.144;RBI=0.0167203;REFB=-0.038302;REVB=0.0149769;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260481;STB=0.647123;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0291962;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:5:12:5:8:5:12:5:8 chr7 100550138 . C T 166.08 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0698218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.192;QD=21.4293;RBI=0.0721316;REFB=-0.00471759;REVB=-0.0181078;RO=14;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289578;STB=0.663832;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000854335;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:5:12:5:9:5:12:5:9 chr7 100550191 . C T 65.6 PASS AF=0.36;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00608761;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.274;QD=10.496;RBI=0.0110209;REFB=-0.0157955;REVB=-0.00918702;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271745;STB=0.629368;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0295217;OID=.;OPOS=100550191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:25:15:16:9:9:0.36:5:4:3:12:5:4:4:12 chr7 100551502 . A C 93.7 PASS AF=0.25;AO=13;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.0344896;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.113;QD=6.69294;RBI=0.0347403;REFB=-0.0187642;REVB=0.0041663;RO=42;SAF=7;SAR=6;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32374;STB=0.696191;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.047396;OID=.;OPOS=100551502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:56:56:42:42:13:14:0.25:6:7:33:9:7:7:32:10 chr7 100551565 . AT GC 96.04 PASS AF=0.197531;AO=16;DP=83;FAO=16;FDP=81;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00986262;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=2;MLLD=242.498;QD=4.74254;RBI=0.0166314;REFB=-0.0072019;REVB=0.0133914;RO=65;SAF=13;SAR=3;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29817;STB=0.69571;STBP=0.113;TYPE=mnp;VARB=0.0260982;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:83:81:65:65:16:16:0.197531:3:13:40:25:3:13:40:25 chr7 100551578 . T G 112.83 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=86;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0140173;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6768;QD=5.30982;RBI=0.0211115;REFB=0.00145173;REVB=0.0157864;RO=67;SAF=13;SAR=5;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135867;STB=0.586365;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00605736;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:67:67:18:18:0.211765:5:13:42:25:5:13:42:25 chr7 100551626 . T C 151.04 PASS AF=0.241758;AO=22;DP=92;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00241289;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9906;QD=6.639;RBI=0.0352177;REFB=-0.00362018;REVB=-0.0351349;RO=69;SAF=12;SAR=10;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247569;STB=0.515138;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00710673;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:69:69:22:22:0.241758:10:12:39:30:10:12:39:30 chr7 100551637 . C CCAA 90.8 PASS AF=0.177778;AO=15;DP=93;FAO=16;FDP=90;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00160741;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=3;MLLD=231.399;QD=4.0354;RBI=0.00466703;REFB=-0.00993355;REVB=0.00438148;RO=76;SAF=7;SAR=8;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124193;STB=0.616297;STBP=0.332;TYPE=ins;VARB=0.0378125;OID=.;OPOS=100551638;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177778:15:93:16:90:74:7:9:43:31:90:76:7:8:43:33 chr7 100551646 . A G 115.86 PASS AF=0.214286;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.038728;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.811;QD=5.51731;RBI=0.0389957;REFB=0.00461888;REVB=-0.00456123;RO=65;SAF=10;SAR=8;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040797;STB=0.519978;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00437798;OID=.;OPOS=100551646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:65:66:18:18:0.214286:8:10:34:31:8:10:35:31 chr7 100551662 . C T 167.7 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0277019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.299;QD=8.38503;RBI=0.037042;REFB=0.003633;REVB=-0.024591;RO=57;SAF=14;SAR=9;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121097;STB=0.572312;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0142486;OID=.;OPOS=100551662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:57:57:23:23:0.2875:9:14:29:28:9:14:29:28 chr7 100551666 . A T 157.26 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0255469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.722;QD=7.96226;RBI=0.0292738;REFB=-0.0143528;REVB=-0.0142937;RO=57;SAF=14;SAR=8;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156803;STB=0.594252;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0289555;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:57:57:22:22:0.278481:8:14:29:28:8:14:29:28 chr7 100551687 . T C 156.53 PASS AF=0.289474;AO=19;DP=73;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.000894999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.468;QD=8.23845;RBI=0.0148621;REFB=-0.010174;REVB=-0.0148351;RO=50;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235463;STB=0.660234;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0412848;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:50:54:19:22:0.289474:8:11:19:31:8:14:22:32 chr7 100551692 . C T 140.3 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00287948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.71;QD=7.79461;RBI=0.03444;REFB=-0.00867257;REVB=-0.0343194;RO=52;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210434;STB=0.626249;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0133668;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:8:12:22:30:8:12:22:30 chr7 100551711 . T C 120.97 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.063884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.1852;QD=6.91254;RBI=0.0639004;REFB=0.00354441;REVB=0.00144791;RO=51;SAF=9;SAR=9;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356799;STB=0.52854;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0130782;OID=.;OPOS=100551711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:52:18:18:0.257143:9:9:24:27:9:9:24:28 chr7 100551719 . C T 129.81 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00461042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.52;QD=7.21187;RBI=0.00477596;REFB=-0.00992584;REVB=-0.00124653;RO=53;SAF=13;SAR=6;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262131;STB=0.65953;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0231558;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:53:19:19:0.263889:6:13:25:28:6:13:25:28 chr7 100551729 . C T 118.32 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.000852468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.49;QD=6.39585;RBI=0.0043818;REFB=-0.00332287;REVB=-0.00429808;RO=56;SAF=13;SAR=5;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323443;STB=0.699773;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00729562;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:5:13:26:30:5:13:26:30 chr7 100551773 . C A 180.52 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0125746;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.717;QD=10.9408;RBI=0.0240815;REFB=-0.0196004;REVB=-0.0205378;RO=45;SAF=18;SAR=5;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321245;STB=0.700409;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0321003;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:45:43:23:23:0.348485:5:18:24:21:5:18:22:21 chr7 100551778 . G A 191.82 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0657875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.321;QD=11.8045;RBI=0.0678118;REFB=-0.0354841;REVB=-0.0164451;RO=38;SAF=18;SAR=6;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266134;STB=0.637046;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0522881;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:38:41:24:24:0.369231:6:18:20:18:6:18:23:18 chr7 100551793 . G T 156.73 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.051983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3207;QD=9.64516;RBI=0.0532802;REFB=-0.0128909;REVB=-0.0116852;RO=44;SAF=16;SAR=5;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254697;STB=0.651796;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0278898;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:5:16:25:19:5:16:25:19 chr7 100551840 . T A 95.34 PASS AF=0.34;AO=21;DP=54;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0536655;FXX=0.0908926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.754;QD=7.62745;RBI=0.0539527;REFB=-0.0355064;REVB=0.0055599;RO=32;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181956;STB=0.807958;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0374343;OID=.;OPOS=100551840;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:54:50:32:33:21:17:0.34:7:14:16:16:2:15:17:16 chr7 100551842 . CT TC 195.21 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.037953;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=109.47;QD=14.1972;RBI=0.040197;REFB=-0.0251339;REVB=-0.0132428;RO=32;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180564;STB=0.60368;STBP=0.194;TYPE=mnp;VARB=0.00458448;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:7:16:17:15:7:16:17:15 chr7 100551849 . A T 261.51 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0106108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.485;QD=17.1481;RBI=0.0153899;REFB=-0.0284864;REVB=0.0111472;RO=31;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172252;STB=0.590341;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.028518;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:32:29:29:0.47541:9:20:16:15:9:20:17:15 chr7 100552018 . T G 505.89 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.058321;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8431;QD=24.6776;RBI=0.0676676;REFB=-0.0552093;REVB=0.0343156;RO=34;SAF=29;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231874;STB=0.507655;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0411958;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:34:35:47:47:0.573171:18:29:20:14:18:29:21:14 chr7 100552020 . C T 513.64 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00421851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.843;QD=24.4591;RBI=0.0117633;REFB=-0.0203938;REVB=-0.0109808;RO=35;SAF=29;SAR=19;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00335066;STB=0.509294;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0163435;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:36:48:48:0.571429:19:29:21:14:19:29:21:15 chr7 100552044 . T G 427.08 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0560266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3849;QD=24.758;RBI=0.0562045;REFB=-0.041627;REVB=0.00446797;RO=28;SAF=22;SAR=19;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079711;STB=0.543613;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.024063;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:19:22:18:10:19:22:18:10 chr7 100552094 . G C 127.35 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.117639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7504;QD=13.0613;RBI=0.119163;REFB=-0.0044981;REVB=-0.0189963;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381199;STB=0.721033;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00563513;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:10:5:17:7:10:5:17:7 chr7 100552117 . G T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0212308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.816;QD=13.0913;RBI=0.0241644;REFB=-0.0399004;REVB=-0.0115401;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248152;STB=0.631394;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0491605;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:20:13:13:0.393939:6:7:14:4:6:7:15:5 chr7 100552135 . T C 96.7 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0117946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1213;QD=12.4773;RBI=0.0219763;REFB=-0.0248337;REVB=-0.0185431;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215384;STB=0.599845;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0376012;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:18:19:12:12:0.387097:5:7:14:4:5:7:14:5 chr7 100552251 . T C 313.87 PASS AF=0.532258;AO=27;DP=56;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0203295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.831;QD=20.2498;RBI=0.0207093;REFB=-0.0440095;REVB=-0.0039482;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149268;STB=0.533313;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0463007;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:62:28:29:27:33:0.532258:16:11:16:12:16:17:17:12 chr7 100552311 . C T 617.56 PASS AF=0.784615;AO=51;DP=65;FAO=51;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0442589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.204;QD=38.0034;RBI=0.0470678;REFB=-0.0154902;REVB=0.0160163;RO=14;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204349;STB=0.609334;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00333279;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:14:14:51:51:0.784615:25:26:0:14:25:26:0:14 chr7 100552338 . C T 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00234692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.4;QD=21.4297;RBI=0.00474317;REFB=-0.0142141;REVB=0.00412185;RO=29;SAF=18;SAR=17;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223365;STB=0.622826;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0139576;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:17:18:7:22:17:18:7:22 chr7 100552358 . C G 329.72 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0736265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1928;QD=20.9343;RBI=0.0778761;REFB=-0.0139087;REVB=0.0253737;RO=29;SAF=18;SAR=16;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237739;STB=0.630923;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0100845;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:16:18:7:22:16:18:7:22 chr7 100552371 . C G 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0112258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.231;QD=18.9979;RBI=0.0120226;REFB=-0.0224295;REVB=0.00430397;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243786;STB=0.635429;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.016218;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:13:18:9:21:13:18:9:21 chr7 100552384 . A G 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0409133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.876;QD=15.2374;RBI=0.0420013;REFB=-0.0239931;REVB=0.00949776;RO=36;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241635;STB=0.636468;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0144351;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:11:17:13:23:11:17:13:23 chr7 100552390 . T C 230.68 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00561487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6718;QD=14.4177;RBI=0.00574727;REFB=-0.0173646;REVB=-0.00122651;RO=37;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227918;STB=0.629534;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.024549;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:10:17:15:22:10:17:15:22 chr7 100552412 . T C 203.75 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0156417;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.846;QD=14.298;RBI=0.0159891;REFB=-0.00880725;REVB=-0.0033151;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292548;STB=0.65869;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0184096;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:8:16:12:20:8:16:13:20 chr7 100552435 . TC AT 203.58 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0232343;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.068;QD=14.2861;RBI=0.0258586;REFB=-0.00691376;REVB=-0.0113504;RO=32;SAF=17;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224499;STB=0.638377;STBP=0.097;TYPE=mnp;VARB=0.00518292;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:7:17:16:16:7:17:16:17 chr7 100552440 . C T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00500577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.062;QD=15.2681;RBI=0.0183154;REFB=-0.0167014;REVB=0.0176181;RO=33;SAF=18;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187378;STB=0.606656;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0197222;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:8:18:17:16:8:18:17:16 chr7 100552452 . T C 52.24 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0186172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.95;QD=3.07307;RBI=0.0286548;REFB=-0.0110008;REVB=-0.021783;RO=58;SAF=8;SAR=2;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278607;STB=0.69886;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0363422;OID=.;OPOS=100552452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:2:8:35:23:2:8:35:23 chr7 100552535 . GT AC 489.63 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0322881;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=2;MLLD=113.506;QD=24.1793;RBI=0.0327263;REFB=0.00187469;REVB=0.00533747;RO=35;SAF=33;SAR=13;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302731;STB=0.516627;STBP=0.778;TYPE=mnp;VARB=-0.00179834;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:35:35:46:46:0.567901:13:33:24:11:13:33:24:11 chr7 100552549 . CT AC 482.22 PASS AF=0.547619;AO=45;DP=87;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0320018;FXX=0.0344788;HRUN=5;LEN=2;MLLD=140.596;QD=22.9631;RBI=0.0322171;REFB=-0.00906846;REVB=0.00371856;RO=37;SAF=30;SAR=15;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00833661;STB=0.516122;STBP=0.791;TYPE=mnp;VARB=0.00850995;OID=.;OPOS=100552549;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:37:38:45:46:0.547619:15:30:25:12:16:30:26:12 chr7 100552644 . C A 178.63 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.128844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.279;QD=31.0666;RBI=0.12988;REFB=-0.0120414;REVB=0.0163745;RO=4;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101865;STB=0.578866;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00329121;OID=.;OPOS=100552644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:4:6:17:17:0.73913:16:1:0:4:16:1:0:6 chr7 100552657 . A G 83.27 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0236884;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.663;QD=15.1401;RBI=0.0240193;REFB=0.00151015;REVB=0.00397273;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684722;STB=0.540456;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.000609968;OID=.;OPOS=100552657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:25:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:3:9:8:2:3:9 chr7 100552659 . T C 114.04 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.027119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.326;QD=18.2471;RBI=0.0333297;REFB=-0.0184162;REVB=0.019376;RO=11;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157818;STB=0.578814;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0430587;OID=.;OPOS=100552659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:11:2:3:8:11:2:3:9 chr7 100552675 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00624962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.085;QD=14.7983;RBI=0.00768104;REFB=-0.0074962;REVB=0.00446551;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.5998;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00890051;OID=.;OPOS=100552675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:4:9:9:2:4:9 chr7 100552711 . T A 62.21 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0221209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.622;QD=9.9529;RBI=0.0221376;REFB=-0.0217491;REVB=-0.000859685;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244812;STB=0.648314;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0195519;OID=.;OPOS=100552711;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:9:7:6:3:9:7 chr7 100552713 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0238112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0477;QD=10.8848;RBI=0.0491056;REFB=-0.013128;REVB=0.0429463;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276263;STB=0.666296;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0118888;OID=.;OPOS=100552713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:9:6:6:3:9:6 chr7 100552727 . G C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0227206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.904;QD=9.84393;RBI=0.030017;REFB=-0.0108429;REVB=-0.0196161;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165876;STB=0.599808;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0176776;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:13:7:5:5:13:7 chr7 100552738 . CA TG 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00829124;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.4;QD=9.2582;RBI=0.0085109;REFB=-0.00831052;REVB=-0.00192114;RO=28;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556225;STB=0.533841;STBP=0.828;TYPE=mnp;VARB=0.0169972;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:5:7:15:13:5:7:15:13 chr7 100552915 . A C 2806.18 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183534;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.834;QD=62.7079;RBI=0.02322;REFB=0;REVB=-0.0142241;RO=0;SAF=81;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44306e-05;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:179:0:0:177:179:1:96:81:0:0:98:81:0:0 chr7 100552978 . T C 632.52 PASS AF=0.421687;AO=69;DP=172;FAO=70;FDP=166;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.00225411;FXX=0.0459744;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.052;QD=15.2414;RBI=0.00226039;REFB=-0.00480928;REVB=0.000168298;RO=87;SAF=32;SAR=37;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650128;STB=0.530864;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0100008;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:166:87:96:69:70:0.421687:37:32:46:41:38:32:49:47 chr7 100552984 . T C 663.46 PASS AF=0.45283;AO=71;DP=158;FAO=72;FDP=159;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.0216239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7852;QD=16.6908;RBI=0.0612266;REFB=0.0112746;REVB=0.0572809;RO=86;SAF=32;SAR=39;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943349;STB=0.552433;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.0140076;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:86:87:71:72:0.45283:39:32:47:39:40:32:47:40 chr7 100553002 . A G 573.99 PASS AF=0.435714;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0267049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.073;QD=16.3997;RBI=0.0355219;REFB=-0.021883;REVB=-0.0234233;RO=79;SAF=25;SAR=36;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986214;STB=0.555142;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0241842;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:79:79:61:61:0.435714:36:25:40:39:36:25:40:39 chr7 100607851 . C G 324.77 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00652305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.076;QD=14.5966;RBI=0.0144664;REFB=-0.00450099;REVB=0.0129122;RO=53;SAF=14;SAR=22;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108998;STB=0.561906;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00639555;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:22:14:26:27:22:14:26:27 chr7 100607871 . C T 284.11 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00647187;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.754;QD=14.7592;RBI=0.00681607;REFB=-0.0155602;REVB=0.00213862;RO=45;SAF=11;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110137;STB=0.562622;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0207449;OID=.;OPOS=100607871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:45:32:32:0.415584:21:11:20:25:21:11:20:25 chr7 100608370 . A C 266.2 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.020544;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.978;QD=11.0917;RBI=0.0254219;REFB=-0.00800919;REVB=-0.0149738;RO=63;SAF=10;SAR=22;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125361;STB=0.568921;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.013093;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:63:64:32:32:0.333333:22:10:26:37:22:10:26:38 chr7 100608375 . G A 253.53 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0113773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.711;QD=10.6751;RBI=0.0135014;REFB=-0.00877363;REVB=-0.0072694;RO=64;SAF=10;SAR=21;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105373;STB=0.561623;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0214911;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:64:31:31:0.326316:21:10:26:38:21:10:26:38 chr7 100608823 . G T 274.04 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0126008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.846;QD=10.5399;RBI=0.0129361;REFB=-0.0258324;REVB=-0.0029262;RO=67;SAF=17;SAR=18;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774469;STB=0.533865;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.025162;OID=.;OPOS=100608823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:67:69:35:35:0.336538:18:17:28:39:18:17:30:39 chr7 100608826 . C G 209.93 PASS AF=0.34;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0425122;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.778;QD=8.39714;RBI=0.0466442;REFB=-0.043014;REVB=0.0191935;RO=68;SAF=17;SAR=17;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676564;STB=0.559965;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.114595;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:68:66:34:34:0.34:17:17:30:38:17:17:27:39 chr7 100608868 . A G 198.97 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00428536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.909;QD=11.3699;RBI=0.0519107;REFB=-0.0157696;REVB=-0.0517335;RO=45;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0304363;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:15:10:18:27:15:10:18:27 chr7 100608884 . G A 151.66 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0366158;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4978;QD=10.1106;RBI=0.0384393;REFB=-0.0288292;REVB=-0.011699;RO=40;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287356;STB=0.516875;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0570748;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:40:40:20:20:0.333333:11:9:17:23:11:9:17:23 chr7 100610069 . C T 763.74 PASS AF=0.810811;AO=60;DP=74;FAO=60;FDP=74;FR=.;FRO=14;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0340562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.471;QD=41.283;RBI=0.0363278;REFB=-0.00616876;REVB=-0.0126445;RO=14;SAF=30;SAR=30;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101159;STB=0.554036;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00114064;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:74:74:14:14:60:60:0.810811:30:30:3:11:30:30:3:11 chr7 100612898 . T C 399.18 PASS AF=0.506024;AO=38;DP=81;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00731898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.787;QD=19.2377;RBI=0.00752332;REFB=0.00118682;REVB=0.00174153;RO=37;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103446;STB=0.529603;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00301978;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:37:41:38:42:0.506024:16:22:21:16:18:24:21:20 chr7 100612945 . C T 314.32 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0398388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.238;QD=17.2232;RBI=0.041464;REFB=-0.0019062;REVB=0.0114949;RO=39;SAF=21;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127004;STB=0.571268;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00204182;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:13:21:19:20:13:21:19:20 chr7 100612952 . G A 291.42 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0383112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.921;QD=16.8942;RBI=0.0383739;REFB=-0.0116836;REVB=0.00219228;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129192;STB=0.572557;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0114087;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:13:19:17:20:13:19:17:20 chr7 100612955 . A ACTG 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0051852;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=316.692;QD=12.3036;RBI=0.00978417;REFB=-0.0113404;REVB=-0.00829721;RO=43;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377641;STB=0.521722;STBP=0.812;TYPE=ins;VARB=0.0155671;OID=.;OPOS=100612956;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376812:26:69:26:69:43:13:13:23:20:99:43:13:13:23:20 chr7 100612961 . G C 217.94 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.000325058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.697;QD=13.6213;RBI=0.0204697;REFB=-0.000215363;REVB=-0.0204672;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547171;STB=0.531226;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=7.89839e-05;OID=.;OPOS=100612961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:13:13:17:21:13:13:17:21 chr7 100612969 . A G 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0212175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.963;QD=12.6192;RBI=0.0240648;REFB=-0.00122053;REVB=-0.011355;RO=38;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127939;STB=0.573469;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00370504;OID=.;OPOS=100612969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:11:13:16:22:11:13:16:22 chr7 100615387 . C T 97.27 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0313849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5626;QD=6.17567;RBI=0.0323815;REFB=-0.00343479;REVB=0.00797196;RO=48;SAF=8;SAR=7;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061946;STB=0.538411;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0122388;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:48:48:15:15:0.238095:7:8:28:20:7:8:28:20 chr7 100624718 . G C 990.39 PASS AF=0.986301;AO=69;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0465323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9464;QD=54.2681;RBI=0.120488;REFB=-0.0567308;REVB=0.11114;RO=4;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043915;STB=0.505616;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00707975;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:73:4:1:69:72:0.986301:41:28:0:4:44:28:0:1 chr7 100634476 . C G 255.89 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2876;QD=51.1776;RBI=0.189043;REFB=0;REVB=0.0783479;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00705404;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:7:13:0:0 chr7 100634640 . T G 710.17 PASS AF=1;AO=39;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.413;QD=63.1263;RBI=0.0740731;REFB=0;REVB=0.047082;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160285;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:39:45:1:16:23:0:0:16:29:0:0 chr7 100634921 . AG GA 36.27 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0109787;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=80.1863;QD=5.00312;RBI=0.0157559;REFB=-0.010085;REVB=0.0113011;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255635;STB=0.517184;STBP=0.934;TYPE=mnp;VARB=0.0212185;OID=.;OPOS=100634921;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:30:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:12:11:3:3:12:11 chr7 100634933 . G C 53.7 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00651478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.545;QD=7.95554;RBI=0.0806303;REFB=0.00342801;REVB=-0.0803667;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171661;STB=0.607206;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00353495;OID=.;OPOS=100634933;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:9:10:3:5:9:10 chr7 100634964 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.663;QD=52.6125;RBI=0.0235322;REFB=0;REVB=-0.00517261;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101891;OID=.;OPOS=100634964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr7 100635375 . A C 732.26 PASS AF=1;AO=37;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.636;QD=63.6747;RBI=0.1725;REFB=0;REVB=0.01056;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043763;OID=.;OPOS=100635375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:37:46:1:28:9:0:0:29:17:0:0 chr7 100635591 . C A 732.52 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0231334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.688;QD=51.4048;RBI=0.0238868;REFB=-0.162268;REVB=-0.00595185;RO=2;SAF=14;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626725;STB=0.527173;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0104375;OID=.;OPOS=100635591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:2:3:54:54:0.947368:40:14:2:0:40:14:2:1 chr7 100635661 . T C 1396.22 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.136;QD=62.7513;RBI=0.0241213;REFB=0;REVB=0.0097007;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18994e-05;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr7 100635679 . C G 1419.66 PASS AF=0.970297;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0333424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.2;QD=56.2242;RBI=0.051358;REFB=-0.16365;REVB=0.0390631;RO=3;SAF=49;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281502;STB=0.51456;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00140767;OID=.;OPOS=100635679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:101:3:3:97:98:0.970297:48:49:3:0:48:50:3:0 chr7 100638856 . A G 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0089;QD=62.9785;RBI=0.0677;REFB=0;REVB=0.0355883;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105249;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr7 100639012 . C T 323.98 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.205454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7262;QD=53.9965;RBI=0.207617;REFB=0;REVB=0.0298955;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294353;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:9:13:0:0:9:15:0:0 chr7 100639040 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.482;QD=49.5992;RBI=0.0543123;REFB=0;REVB=0.0172013;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319059;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr7 100639049 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=8;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0822289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.176;QD=44.6891;RBI=0.0836663;REFB=0;REVB=-0.015442;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101809;OID=.;OPOS=100639049;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:8:13:1:7:1:0:0:7:6:0:0 chr7 100639054 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.676;QD=44.6898;RBI=0.00612887;REFB=0;REVB=0.00395293;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97383e-05;OID=.;OPOS=100639054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr7 100639066 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.218;QD=42.1813;RBI=0.116018;REFB=0;REVB=-0.0238928;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122445;OID=.;OPOS=100639066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr7 100639095 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3876;QD=33.4277;RBI=0.0587574;REFB=0;REVB=0.0479483;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00747471;OID=.;OPOS=100639095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 100643477 . A C 705.97 PASS AF=0.382488;AO=83;DP=217;FAO=83;FDP=217;FR=.;FRO=134;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=74;FSRR=60;FWDB=-0.00105607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.344;QD=13.0132;RBI=0.013382;REFB=-0.0109068;REVB=-0.0133403;RO=129;SAF=48;SAR=35;SRF=70;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392353;STB=0.516417;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0177371;OID=.;OPOS=100643477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:129:134:83:83:0.382488:35:48:70:59:35:48:74:60 chr7 100643832 . C G 87.2 PASS AF=0.153846;AO=16;DP=103;FAO=16;FDP=104;FR=.;FRO=88;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=-0.0694143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6155;QD=3.35366;RBI=0.0698752;REFB=-0.00597928;REVB=0.00801192;RO=86;SAF=3;SAR=13;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319302;STB=0.721914;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0225447;OID=.;OPOS=100643832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:103:104:86:88:16:16:0.153846:13:3:35:51:13:3:36:52 chr7 100643876 . C T 102.77 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=40;FWDB=0.0159996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9751;QD=6.04538;RBI=0.0215943;REFB=-0.00328524;REVB=0.0145026;RO=52;SAF=3;SAR=13;SRF=12;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808817;STB=0.55078;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00907511;OID=.;OPOS=100643876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:13:3:12:40:13:3:12:40 chr7 100647819 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.164;QD=51.184;RBI=0.0613443;REFB=0;REVB=0.0612138;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047775;OID=.;OPOS=100647819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr7 100647875 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.886;QD=55.0987;RBI=0.0406526;REFB=0;REVB=0.030852;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218321;OID=.;OPOS=100647875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr7 100647920 . A C 477.26 PASS AF=0.970588;AO=34;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0194477;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7573;QD=56.1477;RBI=0.0391761;REFB=-0.00267019;REVB=0.0340081;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.513505;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000280485;OID=.;OPOS=100647920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:34:33:0.970588:19:15:0:1:18:15:0:1 chr7 100648029 . G A 379.63 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274035;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3885;QD=56.2415;RBI=0.0350083;REFB=0;REVB=-0.021786;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66914e-05;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr7 100648117 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.078;QD=47.8217;RBI=0.0198749;REFB=0;REVB=0.013464;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010588;OID=.;OPOS=100648117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr7 100675976 . G A 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.325;QD=54.4805;RBI=0.0304656;REFB=-0.0733257;REVB=0.027998;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51723;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=8.46035e-05;OID=.;OPOS=100675976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:17:14:0:0:17:14:1:0 chr7 100677625 . G A 289.39 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0408347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9853;QD=18.9763;RBI=0.0409953;REFB=-0.0286965;REVB=0.00362531;RO=30;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106686;STB=0.559636;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0260801;OID=.;OPOS=100677625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:10:21:17:13:10:21:17:13 chr7 100678086 . T C 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2494;QD=63.8681;RBI=0.0421037;REFB=0;REVB=-0.0293001;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000824386;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr7 100679902 . A G 400.14 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0771214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2517;QD=53.3525;RBI=0.0847665;REFB=-0.0610659;REVB=-0.0351802;RO=1;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714284;STB=0.538434;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00807406;OID=.;OPOS=100679902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:6:23:0:1:6:23:0:1 chr7 100681359 . C G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.898;QD=56.7054;RBI=0.0187147;REFB=0;REVB=0.0177755;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275946;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr7 100681762 . A G 508.32 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0556174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.792;QD=56.4796;RBI=0.0582225;REFB=-0.0155364;REVB=0.0172212;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00038493;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:1:0:20:15:1:0 chr7 100686777 . C T 93.57 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0411473;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6656;QD=11.6966;RBI=0.0418973;REFB=-0.0409361;REVB=-0.00789199;RO=20;SAF=1;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.670313;STB=0.832778;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0453313;OID=.;OPOS=100686777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:31:32:20:20:11:12:0.375:10:1:14:6:10:2:14:6 chr7 100692680 . T G 1851.04 PASS AF=0.97619;AO=121;DP=124;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00205922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.52;QD=58.7631;RBI=0.0208193;REFB=-0.0290708;REVB=-0.0207172;RO=3;SAF=62;SAR=59;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224278;STB=0.511626;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00268826;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:126:3:3:121:123:0.97619:59:62:3:0:60:63:3:0 chr7 100701610 . T A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000856068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.076;QD=51.5087;RBI=0.00981685;REFB=-0.00874862;REVB=0.00977946;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000644683;OID=.;OPOS=100701610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:1:0:13:13:1:0 chr7 100731505 . C G 145.17 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2537;QD=44.668;RBI=0.0293955;REFB=0;REVB=-0.0269526;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000715961;OID=.;OPOS=100731505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr7 100731829 . T C 2572.76 PASS AF=1;AO=164;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244097;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.324;QD=61.9942;RBI=0.0464076;REFB=0;REVB=0.0394694;RO=0;SAF=82;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88662e-05;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:164:166:1:82:82:0:0:83:83:0:0 chr7 100804240 . T C,TACCTCC 237.88 PASS AF=0,0.8;AO=2,25;DP=38;FAO=0,28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=0,13;FSAR=0,15;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0071215,-0.0333388;FXX=0.0789266;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=210.045,114.406;QD=27.186;RBI=0.0225608,0.0477832;REFB=-0.000759887,-0.008664;REVB=-0.0214074,-0.0342309;RO=9;SAF=1,11;SAR=1,14;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.307174,-0.162576;STB=0.5,0.549863;STBP=1,0.264;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.004648;OID=.,.;OPOS=100804240,100804241;OREF=T,-;OALT=C,ACCTCC;OMAPALT=C,TACCTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:38:35:9:7:2,25:0,28:0,0.8:1,14:1,11:7:2:0,15:0,13:5:2 chr7 100817901 . A G 223.13 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00579432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.082;QD=16.528;RBI=0.0342658;REFB=-0.0189767;REVB=-0.0337723;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185735;STB=0.605058;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0192979;OID=.;OPOS=100817901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:9:16:13:16:9:16:13:16 chr7 100845051 . C T 372.96 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0601756;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8087;QD=15.7034;RBI=0.0628228;REFB=-0.0411233;REVB=0.0180441;RO=53;SAF=26;SAR=14;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329396;STB=0.526426;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0372668;OID=.;OPOS=100845051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:53:55:40:40:0.421053:14:26:36:17:14:26:38:17 chr7 100850135 . C T 439.44 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.0143915;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.367;QD=15.6941;RBI=0.0268862;REFB=-0.0322994;REVB=-0.0227102;RO=62;SAF=20;SAR=29;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072961;STB=0.544252;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0492953;OID=.;OPOS=100850135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:62:63:49:49:0.4375:29:20:21:41:29:20:21:42 chr7 101006376 . C T 817.37 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.671;QD=57.3596;RBI=0.0887517;REFB=0;REVB=0.0328338;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348342;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr7 101006382 . C T 723.25 PASS AF=0.964286;AO=50;DP=54;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.188465;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0641;QD=51.6607;RBI=0.236722;REFB=-0.20238;REVB=0.143242;RO=4;SAF=26;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00278596;STB=0.519224;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0167641;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:56:4:2:50:54:0.964286:24:26:2:2:25:29:0:2 chr7 101200669 . A AG 780.12 PASS AF=1;AO=68;DP=81;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.2492;QD=40.0061;RBI=0.148596;REFB=0;REVB=-0.143998;RO=6;SAF=44;SAR=24;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00102143;OID=.;OPOS=101200670;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:81:78:78:0:48:30:0:0:15:6:44:24:5:1 chr7 101200727 . G A 1115.96 PASS AF=0.962025;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00478622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.497;QD=56.5044;RBI=0.0302699;REFB=-0.0583184;REVB=0.0298891;RO=2;SAF=36;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255586;STB=0.506829;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00261761;OID=.;OPOS=101200727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:79:2:3:75:76:0.962025:39:36:2:0:39:37:2:1 chr7 101892833 . C T 1339.32 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8993;QD=62.294;RBI=0.0412673;REFB=0;REVB=0.0205505;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117582;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:53:33:0:0:53:33:0:0 chr7 101916647 . A G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00392653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.431;QD=23.0883;RBI=0.0217558;REFB=-0.00445292;REVB=-0.0213986;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766139;STB=0.542676;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00423406;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:8:14:13:5:8:14:13:5 chr7 101917521 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0032688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.143;QD=15.1964;RBI=0.00418652;REFB=-0.0155716;REVB=-0.0026157;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00948154;STB=0.505487;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0271797;OID=.;OPOS=101917521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:5:13:10:4:5:13 chr7 101928495 . G C 228.95 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0660891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.352;QD=16.6508;RBI=0.0662645;REFB=-0.0287274;REVB=0.0048182;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148385;STB=0.631631;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0321466;OID=.;OPOS=101928495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:20:25:0.454545:11:9:9:20:11:14:9:20 chr7 102063527 . G C 410.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.783;QD=56.6869;RBI=0.0559436;REFB=0;REVB=0.0391728;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6613e-06;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr7 102066539 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.603;QD=46.848;RBI=0.0407971;REFB=0;REVB=0.0285253;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524175;OID=.;OPOS=102066539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr7 102087202 . T C 976.07 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191616;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8498;QD=59.1557;RBI=0.0295294;REFB=0;REVB=-0.0224681;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224017;OID=.;OPOS=102087202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr7 102108152 . C T 1293.4 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.114597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3193;QD=59.4665;RBI=0.117072;REFB=-0.136025;REVB=0.0239461;RO=2;SAF=51;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182123;STB=0.509613;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00334172;OID=.;OPOS=102108152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:86:87:2:2:84:85:0.977011:33:51:2:0:34:51:2:0 chr7 102111980 . C T 563.49 PASS AF=0.851064;AO=40;DP=48;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0440363;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.838;QD=47.957;RBI=0.0535398;REFB=-0.135389;REVB=0.0304518;RO=8;SAF=8;SAR=32;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307865;STB=0.652089;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00275946;OID=.;OPOS=102111980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:48:47:8:7:40:40:0.851064:32:8:8:0:32:8:7:0 chr7 102114087 . C T 695.71 PASS AF=0.978261;AO=39;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0410107;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.8716;QD=60.4966;RBI=0.061397;REFB=-0.124972;REVB=-0.0456915;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0029785;OID=.;OPOS=102114087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:39:45:0.978261:24:15:0:0:30:15:1:0 chr7 102235769 . T C 134.94 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513616;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5398;QD=44.9787;RBI=0.121737;REFB=0;REVB=0.110372;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00620014;OID=.;OPOS=102235769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr7 102389710 . A T 74.25 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.024807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.875;QD=10.2407;RBI=0.0546992;REFB=-0.0399387;REVB=-0.0487505;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638208;STB=0.551075;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0520426;OID=.;OPOS=102389710;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:17:19:10:10:0.344828:7:3:6:11:7:3:7:12 chr7 102389833 . G C 257.11 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.136;QD=48.9731;RBI=0.0322264;REFB=0;REVB=0.0304655;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440424;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:14:7:0:0 chr7 102462636 . T C 461.36 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0566091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.193;QD=18.8309;RBI=0.0570337;REFB=-0.00905519;REVB=-0.00694576;RO=52;SAF=23;SAR=23;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128452;STB=0.571398;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00824509;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:23:23:33:19:23:23:33:19 chr7 102497902 . T C 150.09 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0161334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.035;QD=19.3669;RBI=0.0651883;REFB=-0.016411;REVB=0.0631604;RO=15;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269615;STB=0.654339;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00978323;OID=.;OPOS=102497902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:4:12:7:8:4:12:7:8 chr7 102553603 . C G 435.35 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0145513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3505;QD=13.9311;RBI=0.0973924;REFB=0.0121503;REVB=0.0962993;RO=75;SAF=22;SAR=28;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851839;STB=0.548119;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0167184;OID=.;OPOS=102553603;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:75:75:50:50:0.4:28:22:39:36:28:22:39:36 chr7 102574920 . G C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00280079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.751;QD=21.7452;RBI=0.00488999;REFB=-0.00734712;REVB=-0.00400844;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210827;STB=0.618918;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00660445;OID=.;OPOS=102574920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:6:13:7:9:6:13:7:9 chr7 102574999 . TGAA T 216.74 PASS AF=0.468085;AO=20;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00383653;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=335.485;QD=18.4458;RBI=0.00402299;REFB=-0.000458701;REVB=0.00121057;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250896;STB=0.551135;STBP=0.53;TYPE=del;VARB=0.000656464;OID=.;OPOS=102575000;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.468085:20:48:22:47:25:12:10:16:9:99:24:12:8:15:9 chr7 102668001 . A C 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00990716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.089;QD=57.0313;RBI=0.0170503;REFB=0.184398;REVB=0.0138766;RO=1;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113841;STB=0.506022;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=3.94858e-05;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:41:24:0:1:41:24:0:1 chr7 102740683 . G A 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00420109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.137;QD=54.8829;RBI=0.00903427;REFB=-0.0323574;REVB=-0.00799806;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177809;STB=0.50943;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=6.21222e-05;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:26:28:0:1:26:28:0:1 chr7 102742144 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.59;QD=62.6708;RBI=0.0325483;REFB=0;REVB=-0.0067138;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223422;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:24:20:0:0 chr7 102743893 . C T 834.21 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.089;QD=57.5314;RBI=0.0527614;REFB=0;REVB=0.00640596;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393341;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr7 102760511 . A C 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0181567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.886;QD=13.037;RBI=0.0215656;REFB=-0.0140144;REVB=0.0116366;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198537;STB=0.511615;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0207545;OID=.;OPOS=102760511;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:11:7:13:19:11:7:13:19 chr7 102948040 . T C 292.78 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00410969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.228;QD=17.2224;RBI=0.00658754;REFB=-0.00485392;REVB=-0.00514841;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331283;STB=0.518576;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00498822;OID=.;OPOS=102948040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:18:14:17:19:18:14:17:19 chr7 103007949 . A C 1707.02 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000144433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.614;QD=60.4256;RBI=0.0104529;REFB=0;REVB=0.0104519;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141282;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:46:65:0:0:48:65:0:0 chr7 103389954 . A G 1213.9 PASS AF=1;AO=78;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149151;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.363;QD=59.2146;RBI=0.149649;REFB=0;REVB=0.0122028;RO=4;SAF=21;SAR=57;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820248;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762864;OID=.;OPOS=103389954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:82:4:0:78:82:1:57:21:4:0:57:25:0:0 chr7 103474041 . G C 576.49 PASS AF=0.409938;AO=66;DP=161;FAO=66;FDP=161;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.000124195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.374;QD=14.3227;RBI=0.00332536;REFB=-0.00141003;REVB=-0.00332304;RO=92;SAF=28;SAR=38;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681394;STB=0.529582;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00184846;OID=.;OPOS=103474041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:92:95:66:66:0.409938:38:28:45:47:38:28:45:50 chr7 104110492 . C T 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00913242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.093;QD=12.5692;RBI=0.110132;REFB=-0.00632468;REVB=-0.109753;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153548;STB=0.589362;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0150131;OID=.;OPOS=104110492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:6:9:19:7:6:9:19:7 chr7 104263425 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.442;QD=39.2067;RBI=0.0469309;REFB=0;REVB=0.0459652;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400772;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr7 104714062 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0085521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.915;QD=8.69145;RBI=0.034658;REFB=-0.0243425;REVB=-0.0335863;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171013;STB=0.605793;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0407309;OID=.;OPOS=104714062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:9:8:5:3:9:8 chr7 104717517 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8815;QD=59.838;RBI=0.0181004;REFB=0;REVB=0.0147557;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386587;OID=.;OPOS=104717517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr7 104782888 . A T 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0116769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.278;QD=19.3682;RBI=0.0158223;REFB=-0.0154844;REVB=-0.0106769;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679609;STB=0.518496;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0180884;OID=.;OPOS=104782888;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:15:16:16:0.516129:9:7:5:9:9:7:6:9 chr7 104785779 . T G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.011281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.173;QD=17.9407;RBI=0.012044;REFB=-0.0266461;REVB=-0.00421863;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110079;STB=0.562594;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0237745;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:13:9:10:9:13:9 chr7 104808539 . C T 43.31 PASS AF=0.28;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0813428;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.8346;QD=6.92953;RBI=0.0814407;REFB=-0.0478643;REVB=0.00399221;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241432;STB=0.666222;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0965502;OID=.;OPOS=104808539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:24:25:17:18:7:7:0.28:3:4:6:11:3:4:6:12 chr7 104844229 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00807706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.988;QD=16.3858;RBI=0.0295541;REFB=0.00937626;REVB=0.0284289;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364502;STB=0.657229;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00535245;OID=.;OPOS=104844229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:5:4:0:7:5:4:1:7 chr7 105245754 . A G 1518.24 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281135;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.878;QD=62.6078;RBI=0.0284394;REFB=0.00929432;REVB=-0.0042933;RO=1;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109008;STB=0.505746;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000101274;OID=.;OPOS=105245754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:1:1:96:96:0.989691:43:53:0:1:43:53:0:1 chr7 105245877 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.454;QD=58.0611;RBI=0.015214;REFB=0;REVB=-0.0111183;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04622e-06;OID=.;OPOS=105245877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr7 105621512 . G T 669.68 PASS AF=0.55;AO=62;DP=116;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0119507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.524;QD=22.3226;RBI=0.0196387;REFB=-0.019914;REVB=0.0155839;RO=54;SAF=26;SAR=36;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376884;STB=0.503816;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0172731;OID=.;OPOS=105621512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:120:54:54:62:66:0.55:36:26:25:29:36:30:25:29 chr7 105671267 . T C 412.28 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=0.0231955;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.408;QD=17.7326;RBI=0.0232134;REFB=-0.0064001;REVB=0.000912869;RO=51;SAF=13;SAR=29;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645079;STB=0.535983;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00841018;OID=.;OPOS=105671267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:29:13:13:38:29:13:13:38 chr7 105848638 . T C 128.92 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0314561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.443;QD=8.45353;RBI=0.0317687;REFB=-0.0110955;REVB=0.00444598;RO=42;SAF=5;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34809;STB=0.70182;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0246474;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:43:18:18:0.295082:13:5:24:18:13:5:24:19 chr7 105903904 . T C 1549.19 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1161;QD=63.8843;RBI=0.0547027;REFB=0;REVB=0.0540162;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369746;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr7 106508978 . A G 2388.27 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000585497;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1145;QD=61.2377;RBI=0.00877826;REFB=0;REVB=0.00875871;RO=0;SAF=85;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.99165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35725e-05;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:71:85:0:0:71:85:0:0 chr7 106508987 . T C 2514.13 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289628;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9992;QD=61.6965;RBI=0.0369538;REFB=0;REVB=0.0229508;RO=0;SAF=86;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1879e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70611e-05;OID=.;OPOS=106508987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:163:0:0:163:163:1:77:86:0:0:77:86:0:0 chr7 106513011 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.786;QD=60.2045;RBI=0.0309054;REFB=0;REVB=-0.0270759;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40977e-05;OID=.;OPOS=106513011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:37:35:0:0:38:35:0:0 chr7 106685448 . G T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.454;QD=58.7816;RBI=0.101993;REFB=0;REVB=0.069717;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006734;OID=.;OPOS=106685448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr7 106799997 . G A 196.34 PASS AF=0.454545;AO=18;DP=42;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00447251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.209;QD=17.8488;RBI=0.0697393;REFB=-0.0121838;REVB=0.0695957;RO=22;SAF=14;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345864;STB=0.653682;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0180352;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:22:24:18:20:0.454545:4:14:10:12:5:15:12:12 chr7 106826381 . C T 374.62 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00228827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.459;QD=20.8122;RBI=0.00415894;REFB=-0.0278927;REVB=-0.00347284;RO=34;SAF=14;SAR=24;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127149;STB=0.507039;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0257116;OID=.;OPOS=106826381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:24:14:13:21:24:14:13:21 chr7 106842683 . A ATCTT 162.61 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00314705;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=4;MLLD=191.861;QD=10.6629;RBI=0.00456931;REFB=-0.0065508;REVB=-0.00331281;RO=39;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450928;STB=0.517225;STBP=0.856;TYPE=ins;VARB=0.0108138;OID=.;OPOS=106842684;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344262:21:62:21:61:40:10:11:18:22:99:39:10:11:17:22 chr7 106897237 . A C 491.72 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0212589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1294;QD=18.5555;RBI=0.0571588;REFB=-0.0178748;REVB=0.0530584;RO=54;SAF=14;SAR=38;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252019;STB=0.640392;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0199363;OID=.;OPOS=106897237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:38:14:28:26:38:14:28:26 chr7 107002806 . A G 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.994;QD=59.9234;RBI=0.0126084;REFB=0;REVB=0.00278691;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8803e-05;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:57:48:0:0:57:48:0:0 chr7 107208250 . T C 1017.63 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.678;QD=58.9928;RBI=0.045619;REFB=0;REVB=0.00865549;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12927e-05;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:69:0:0:63:69:1:33:30:0:0:33:36:0:0 chr7 107259721 . T C 481.27 PASS AF=0.430894;AO=52;DP=122;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.00617254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.595;QD=15.6511;RBI=0.0329187;REFB=-0.0201894;REVB=0.0323348;RO=69;SAF=21;SAR=31;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106582;STB=0.560152;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0354754;OID=.;OPOS=107259721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:69:70:52:53:0.430894:31:21:35:34:32:21:35:35 chr7 107414419 . A G 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.264;QD=60.3746;RBI=0.0137553;REFB=0;REVB=0.0135754;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41801e-06;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr7 107559911 . G A 1339.69 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7363;QD=62.3112;RBI=0.0454001;REFB=0;REVB=-0.0134279;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000422929;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr7 107593989 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.72;QD=51.9144;RBI=0.0271224;REFB=0;REVB=0.019821;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247964;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr7 107603431 . A C 713.66 PASS AF=0.463415;AO=76;DP=165;FAO=76;FDP=164;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0151248;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.005;QD=17.4064;RBI=0.0162471;REFB=-0.0153944;REVB=0.00593372;RO=89;SAF=39;SAR=37;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619079;STB=0.53749;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0195962;OID=.;OPOS=107603431;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:89:88:76:76:0.463415:37:39:40:49:37:39:39:49 chr7 107738882 . G A 804.79 PASS AF=0.400881;AO=67;DP=227;FAO=91;FDP=227;FR=.;FRO=136;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=66;FSRR=70;FWDB=-0.00593729;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.698;QD=14.1813;RBI=0.0125665;REFB=-0.0157599;REVB=0.0110755;RO=129;SAF=28;SAR=39;SRF=64;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907412;STB=0.590842;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0242771;OID=.;OPOS=107738882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:129:136:67:91:0.400881:39:28:64:65:60:31:66:70 chr7 107738948 . G A 881.95 PASS AF=0.460784;AO=94;DP=205;FAO=94;FDP=204;FR=.;FRO=110;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=-0.0117726;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.441;QD=17.2931;RBI=0.0117958;REFB=-0.00710894;REVB=-0.000740482;RO=110;SAF=31;SAR=63;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139266;STB=0.577319;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0105402;OID=.;OPOS=107738948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:110:110:94:94:0.460784:63:31:51:59:63:31:51:59 chr7 107743664 . A G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00229377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2411;QD=14.9041;RBI=0.0404877;REFB=-0.0244379;REVB=-0.0404227;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230813;STB=0.521834;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.02711;OID=.;OPOS=107743664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:14:12:16:17:14:12:17:17 chr7 107818851 . T C 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00256601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.537;QD=54.637;RBI=0.0407706;REFB=-0.0501253;REVB=0.0406898;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.508768;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000369265;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:28:23:0:0:28:23:0:1 chr7 107824677 . TA T,TG 1195.14 PASS AF=0.0253165,0.974684;AO=9,70;DP=80;FAO=2,77;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=2,39;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712841,0.0690587;FXX=0.0124984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.527,140.212;QD=60.5134;RBI=0.0716879,0.0798369;REFB=0,0;REVB=0.00759877,0.0400603;RO=0;SAF=8,33;SAR=1,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0127143,0.00556787;OID=.,.;OPOS=107824678,107824678;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0253165,0.974684:9,70:80:2,77:79:0:2,39:0,38:0:0:4:0:8,33:1,37:0:0 chr7 107824889 . C G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.949;QD=57.6768;RBI=0.0478964;REFB=0;REVB=0.0253024;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300099;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr7 107834613 . G C 883.7 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.408;QD=57.9477;RBI=0.104096;REFB=0;REVB=0.0185153;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333096;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr7 107834734 . C T 1163.01 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.97;QD=59.6415;RBI=0.0268413;REFB=-0.0200158;REVB=-0.00177496;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126197;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509069;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:78:1:0:77:78:1:40:37:1:0:40:38:0:0 chr7 107838464 . G T 1198.32 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.566;QD=60.6743;RBI=0.0394871;REFB=0;REVB=-0.0381164;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46855e-05;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:46:32:0:0:47:32:0:0 chr7 107849908 . G A,T 1286.87 PASS AF=0.788235,0.2;AO=77,7;DP=85;FAO=67,17;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=30,17;FSAR=37,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0225171,-0.00262331;FXX=0.0555494;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.0452,183.247;QD=60.5586;RBI=0.0231761,0.00265364;REFB=-0.155489,0.00871541;REVB=0.00548711,-0.000400015;RO=0;SAF=40,7;SAR=37,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.508194,0.5;STBP=0.291,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000299856,0.0424009;OID=.,.;OPOS=107849908,107849908;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:94:85:85:0:1:77,7:67,17:0.788235,0.2:37,0:40,7:0:0:37,0:30,17:1:0 chr7 107872816 . G A 196.26 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00909063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.746;QD=10.7538;RBI=0.00913678;REFB=-0.00867162;REVB=-0.00091723;RO=48;SAF=16;SAR=9;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677162;STB=0.539503;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0168961;OID=.;OPOS=107872816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:9:16:28:20:9:16:28:20 chr7 107875170 . T C 972.74 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00341148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.332;QD=58.9542;RBI=0.00781405;REFB=0;REVB=0.00703002;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94331e-06;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr7 108212353 . G A 1175.83 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0829458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.7;QD=59.5359;RBI=0.0880225;REFB=-0.025562;REVB=0.0294612;RO=1;SAF=27;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172063;STB=0.509089;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000193183;OID=.;OPOS=108212353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:51:27:1:0:51:27:1:0 chr7 111366334 . T A 32.22 PASS AF=0.0506329;AO=7;DP=79;FAO=4;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0472458;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=40.4007;QD=1.63117;RBI=0.0473142;REFB=-0.00104079;REVB=0.00254243;RO=60;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335507;STB=0.791098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0831917;OID=.;OPOS=111366334;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:79:79:60:71:7:4:0.0506329:2:5:25:35:1:3:30:41 chr7 111367623 . T C 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00888203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.958;QD=13.9178;RBI=0.0191818;REFB=-0.00198567;REVB=0.0170015;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191255;STB=0.608615;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00414101;OID=.;OPOS=111367623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:14:12:24:13:14:12:24:13 chr7 111382130 . C T 360.59 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=62;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00576576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.381;QD=22.8947;RBI=0.0141749;REFB=-0.000953715;REVB=-0.0129492;RO=27;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186445;STB=0.594354;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000419754;OID=.;OPOS=111382130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:27:27:35:36:0.571429:20:15:18:9:20:16:18:9 chr7 111487098 . C T 378.1 PASS AF=0.542857;AO=37;DP=69;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0296906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.993;QD=21.6058;RBI=0.0327788;REFB=-0.0445778;REVB=0.0138896;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308556;STB=0.522193;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.01508;OID=.;OPOS=111487098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:32:32:37:38:0.542857:21:16:15:17:22:16:15:17 chr7 112405982 . TA T 280.08 PASS AF=0.621622;AO=62;DP=112;FAO=69;FDP=111;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0833653;FXX=0.00892777;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.41367;QD=10.0929;RBI=0.139162;REFB=0.0531082;REVB=0.111428;RO=43;SAF=30;SAR=32;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906044;STB=0.544162;STBP=0.244;TYPE=del;VARB=0.0194045;OID=.;OPOS=112405983;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.621622:62:112:69:111:42:33:36:25:17:99:43:30:32:26:17 chr7 112406507 . C T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0085268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.586;QD=15.7817;RBI=0.0117238;REFB=-0.0196771;REVB=0.00804612;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255172;STB=0.644614;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0241847;OID=.;OPOS=112406507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:10:19:9:14:10:19 chr7 112459652 . T A 146.78 PASS AF=0.339286;AO=18;DP=55;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0158383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.654;QD=10.484;RBI=0.0166437;REFB=-0.00733848;REVB=-0.00511459;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109081;STB=0.578864;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0153928;OID=.;OPOS=112459652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:37:37:18:19:0.339286:8:10:17:20:8:11:17:20 chr7 112461608 . A G 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.028285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.594;QD=25.8982;RBI=0.0287028;REFB=-0.0111785;REVB=-0.00487956;RO=21;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278396;STB=0.515408;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00878448;OID=.;OPOS=112461608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:15:13:9:12:15:13:9:12 chr7 112722278 . A AC,C 414.83 PASS AF=0.1,0.9;AO=8,22;DP=30;FAO=3,27;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=3,15;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374003,0.0357834;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=83.3208,86.9793;QD=55.3108;RBI=0.0376981,0.0358067;REFB=0,0;REVB=-0.00472903,0.00129015;RO=0;SAF=5,13;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,-5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0185612,0.00437146;OID=.,.;OPOS=112722279,112722278;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:30:30:0:0:8,22:3,27:0.1,0.9:3,9:5,13:0:0:0,12:3,15:0:0 chr7 112724417 . A G 728.25 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479941;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.5367;QD=61.979;RBI=0.0552882;REFB=0;REVB=0.0274472;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00450247;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:47:0:0:46:47:1:32:14:0:0:32:15:0:0 chr7 112724525 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.191;QD=60.9786;RBI=0.0323528;REFB=0;REVB=0.0173326;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013533;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr7 113518434 . C A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0609;QD=59.0179;RBI=0.0060689;REFB=0;REVB=-0.00326959;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.60071e-05;OID=.;OPOS=113518434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr7 113518502 . A T 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.545;QD=61.8134;RBI=0.0228308;REFB=-0.0101156;REVB=0.0153637;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209097;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000132244;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:22:27:0:1:22:27:0:1 chr7 113519719 . A T 1523.37 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.472;QD=63.4737;RBI=0.0202514;REFB=0;REVB=0.0190205;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65344e-06;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:96:0:0:92:96:1:54:38:0:0:56:40:0:0 chr7 113519796 . C T 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0115;QD=58.4184;RBI=0.0384677;REFB=0;REVB=-0.016417;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259511;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr7 114296590 . A C 235.19 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0126478;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.321;QD=13.0658;RBI=0.0256912;REFB=-0.0242254;REVB=0.0223623;RO=44;SAF=4;SAR=24;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427368;STB=0.749792;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0305372;OID=.;OPOS=114296590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:44:44:28:28:0.388889:24:4:20:24:24:4:20:24 chr7 114619598 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.419;QD=51.9167;RBI=0.0194663;REFB=0;REVB=-0.0119772;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22042e-05;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr7 115578124 . G T 754.12 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.891;QD=62.8433;RBI=0.043724;REFB=0;REVB=-0.0378815;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044397;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr7 115892650 . T G 387.92 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00300836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.298;QD=15.9967;RBI=0.00311707;REFB=-0.00909066;REVB=0.000815997;RO=55;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108434;STB=0.554969;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.010307;OID=.;OPOS=115892650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:21:20:21:34:21:20:22:34 chr7 115897392 . G C 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00104081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.052;QD=20.4403;RBI=0.00438577;REFB=-0.0261451;REVB=-0.00426048;RO=29;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853282;STB=0.547289;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0202807;OID=.;OPOS=115897392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:17:16:17:12:17:16:17:12 chr7 116165360 . A C 871.27 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297342;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.269;QD=58.0847;RBI=0.0396222;REFB=0;REVB=0.0395104;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014446;OID=.;OPOS=116165360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr7 116165463 . T C 646.2 PASS AF=0.909091;AO=46;DP=53;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0318822;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3784;QD=46.996;RBI=0.0364744;REFB=-0.011952;REVB=0.0177173;RO=6;SAF=37;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190331;STB=0.570702;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00732403;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:53:55:6:5:46:50:0.909091:9:37:1:5:11:39:1:4 chr7 116364823 . CA C,CG 767.84 PASS AF=1,0;AO=48,2;DP=51;FAO=49,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627332,0.00937478;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.509,101.9;QD=62.6804;RBI=0.0271043,0.0298678;REFB=0,0;REVB=0.0263683,0.0283584;RO=0;SAF=31,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=3.85836e-05,0;OID=.,.;OPOS=116364824,116364824;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:48,2:51:49,0:49:0:32,0:17,0:0:0:4:0:31,0:17,2:0:0 chr7 116435768 . C T 1490.31 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320031;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.954;QD=62.0963;RBI=0.0329755;REFB=-0.0138363;REVB=-0.00794912;RO=1;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106543;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=9.32665e-05;OID=.;OPOS=116435768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:1:1:94:95:0.989583:44:50:0:1:44:51:0:1 chr7 116436022 . G A 1365.39 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.696;QD=61.3659;RBI=0.0698713;REFB=-0.0983586;REVB=0.0619107;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866147;OID=.;OPOS=116436022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:89:89:0:0:87:89:1:41:46:0:0:43:46:0:0 chr7 116436097 . G A 1868.19 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000162461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0538;QD=61.252;RBI=0.0352998;REFB=0;REVB=0.0352995;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320057;OID=.;OPOS=116436097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:66:55:0:0:67:55:0:0 chr7 116437606 . G A 2988.35 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982249;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.445;QD=63.5818;RBI=0.0100134;REFB=0;REVB=-0.0019462;RO=0;SAF=89;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57548e-05;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:188:0:0:187:188:1:98:89:0:0:98:90:0:0 chr7 116558716 . G A 1334.97 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00894144;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.626;QD=59.9986;RBI=0.0144802;REFB=-0.0181501;REVB=0.0113897;RO=2;SAF=35;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00432003;STB=0.50228;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000160166;OID=.;OPOS=116558716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:89:2:2:87:87:0.977528:52:35:1:1:52:35:1:1 chr7 116595130 . G A 644.63 PASS AF=0.59375;AO=57;DP=96;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00116435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.805;QD=26.8595;RBI=0.0146359;REFB=-0.0169018;REVB=0.0145895;RO=39;SAF=31;SAR=26;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735322;STB=0.540045;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0135338;OID=.;OPOS=116595130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:39:39:57:57:0.59375:26:31:25:14:26:31:25:14 chr7 116596697 . A G 1611.65 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305841;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.032;QD=60.2487;RBI=0.00593607;REFB=0;REVB=0.00508754;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27565e-05;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:56:50:0:0:57:50:0:0 chr7 116598724 . C T 461.4 PASS AF=0.480769;AO=49;DP=106;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0181978;FXX=0.0188661;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.421;QD=17.7461;RBI=0.0184039;REFB=0.000556668;REVB=0.00274658;RO=52;SAF=25;SAR=24;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170272;STB=0.586505;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.000177848;OID=.;OPOS=116598724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:52:54:49:50:0.480769:24:25:36:16:25:25:36:18 chr7 116598735 . A G 496.46 PASS AF=0.505263;AO=47;DP=94;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0137107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3664;QD=20.9035;RBI=0.0379007;REFB=-0.0279925;REVB=-0.0353338;RO=47;SAF=32;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164468;STB=0.582054;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0229458;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:47:47:47:48:0.505263:15:32:24:23:16:32:24:23 chr7 117024820 . T G 359.48 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.02207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.9086;QD=19.9712;RBI=0.0220862;REFB=-0.0217159;REVB=-0.000847215;RO=35;SAF=26;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276636;STB=0.654002;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.021173;OID=.;OPOS=117024820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:11:26:14:21:11:26:14:21 chr7 117160988 . A G 211.15 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.010324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.577;QD=16.2426;RBI=0.0110934;REFB=-0.0177341;REVB=0.00405937;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172662;STB=0.5967;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0299977;OID=.;OPOS=117160988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:9:15:22:6:9:15:22:6 chr7 117170774 . G A 203.2 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.024395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.538;QD=21.967;RBI=0.0254105;REFB=-0.00530128;REVB=-0.00711175;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160139;STB=0.589724;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00658833;OID=.;OPOS=117170774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:6:11:9:11:6:11 chr7 117199533 . G A 576.53 PASS AF=0.409938;AO=66;DP=161;FAO=66;FDP=161;FR=.;FRO=95;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=35;FWDB=-0.00425521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.409;QD=14.3238;RBI=0.0156855;REFB=-0.0035972;REVB=-0.0150973;RO=94;SAF=26;SAR=40;SRF=60;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252349;STB=0.638178;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00538984;OID=.;OPOS=117199533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:94:95:66:66:0.409938:40:26:60:34:40:26:60:35 chr7 117235055 . T G 521.59 PASS AF=0.386667;AO=58;DP=150;FAO=58;FDP=150;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.00798931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.311;QD=13.9092;RBI=0.0158507;REFB=-0.00437202;REVB=0.01369;RO=92;SAF=33;SAR=25;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110286;STB=0.562392;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00629047;OID=.;OPOS=117235055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:92:92:58:58:0.386667:25:33:43:49:25:33:43:49 chr7 117282644 . A G 297.16 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.000639291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7238;QD=18.2865;RBI=0.00255363;REFB=-0.0301463;REVB=-0.00247231;RO=33;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495884;STB=0.527731;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.030053;OID=.;OPOS=117282644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:21:11:13:20:21:11:13:20 chr7 117307108 . G A 262.91 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.000509114;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.446;QD=20.6205;RBI=0.00951508;REFB=-0.0129561;REVB=-0.00950145;RO=24;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389279;STB=0.502331;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0122891;OID=.;OPOS=117307108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:24:24:27:27:0.529412:18:9:9:15:17:10:9:15 chr7 117308205 . A C 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0091472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.707;QD=24.5996;RBI=0.0197862;REFB=-0.0127663;REVB=0.0175448;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815793;STB=0.545413;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00812932;OID=.;OPOS=117308205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:7:9:10:12:7:9 chr7 117865028 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0105576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.178;QD=18.9665;RBI=0.0150538;REFB=-0.00388023;REVB=0.010731;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142154;STB=0.580509;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00470018;OID=.;OPOS=117865028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:14:11:13:9:14:11 chr7 120380961 . ATTTG A 104.21 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0263497;FXX=0.079984;HRUN=3;LEN=4;MLLD=148.317;QD=9.0619;RBI=0.0335404;REFB=-0.0246729;REVB=0.0207522;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115989;STB=0.521252;STBP=0.852;TYPE=del;VARB=0.033004;OID=.;OPOS=120380962;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565:16:35:17:46:29:7:10:11:18:99:8:7:9:2:6 chr7 120428799 . C A 1975.45 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147684;FXX=0.00781189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.534;QD=62.2189;RBI=0.019225;REFB=0;REVB=0.0191682;RO=0;SAF=74;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116044;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:53:74:0:0:53:74:0:0 chr7 120704289 . C T 791.69 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.882;QD=56.5496;RBI=0.034389;REFB=0;REVB=0.0200271;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673179;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chr7 120740103 . G A,T 2262.78 PASS AF=0.0397351,0.960265;AO=6,145;DP=151;FAO=6,145;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=0,69;FSAR=6,76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548382,0.0114902;FXX=0.013071;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=43.3526,98.185;QD=59.9411;RBI=0.0195634,0.0135889;REFB=0,0;REVB=-0.0187791,-0.00725494;RO=0;SAF=0,69;SAR=6,76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.01877e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0581286,-0.000133229;OID=.,.;OPOS=120740103,120740103;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:151:151:0:0:6,145:6,145:0.0397351,0.960265:6,76:0,69:0:0:6,76:0,69:0:0 chr7 120764477 . G C 556.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8482;QD=60.2153;RBI=0.077933;REFB=0;REVB=0.0521405;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187665;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:22:13:0:0:22:15:0:0 chr7 120765954 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.304;QD=56.9378;RBI=0.0219702;REFB=0;REVB=0.0180567;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40035e-05;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr7 120773954 . A G 97.27 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0115533;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=81.8498;QD=12.9693;RBI=0.0170155;REFB=-0.0228354;REVB=-0.0124919;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228527;STB=0.666389;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0102216;OID=.;OPOS=120773954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:16:18:12:12:0.4:8:4:9:7:8:4:11:7 chr7 120776097 . C A,G 471.21 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,31;DP=33;FAO=3,30;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173433,0.0250929;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.361,261.055;QD=57.1163;RBI=0.0193421,0.0265736;REFB=0,0;REVB=-0.00856309,-0.00874646;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.33668e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0131766,8.41088e-05;OID=.,.;OPOS=120776097,120776097;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:33:33:0:0:2,31:3,30:0.0909091,0.909091:2,18:0,13:0:0:2,18:1,12:0:0 chr7 120936006 . G A 287.78 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0506311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.856;QD=18.5662;RBI=0.0518651;REFB=-0.0257426;REVB=-0.0112464;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937903;STB=0.552156;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0221641;OID=.;OPOS=120936006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:12:19:22:9:12:19:22:9 chr7 121616250 . G A 431.01 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00344445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.719;QD=17.5924;RBI=0.0046554;REFB=-0.00762118;REVB=-0.00313185;RO=54;SAF=17;SAR=27;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040599;STB=0.522739;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00973797;OID=.;OPOS=121616250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:27:17:23:31:27:17:23:31 chr7 121653177 . A G 219.76 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0297465;FXX=0.0922935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.773;QD=14.8993;RBI=0.0308412;REFB=-0.0162551;REVB=0.00814407;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337527;STB=0.507037;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.027683;OID=.;OPOS=121653177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:30:34:25:25:0.423729:15:10:11:19:15:10:14:20 chr7 121653250 . G A 176.69 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0347302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.656;QD=22.0868;RBI=0.0357736;REFB=-0.0135673;REVB=-0.0085772;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.560911;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0139369;OID=.;OPOS=121653250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:17:18:0.5625:11:6:3:11:12:6:3:11 chr7 121653398 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.233;QD=57.6807;RBI=0.0222944;REFB=0;REVB=-0.00110657;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152016;OID=.;OPOS=121653398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr7 122078414 . T G 2238.84 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00182285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.095;QD=62.6249;RBI=0.0052669;REFB=0.0093928;REVB=0.00494141;RO=1;SAF=77;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613567;STB=0.503225;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=7.39047e-06;OID=.;OPOS=122078414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:142:142:0.993007:65:77:1:0:65:77:1:0 chr7 122303321 . C T 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.501;QD=63.3357;RBI=0.033229;REFB=0;REVB=-0.032493;RO=0;SAF=33;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92605e-05;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:60:33:0:0:60:33:0:0 chr7 122635024 . C T 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00705582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.486;QD=20.7237;RBI=0.0380271;REFB=-0.00334555;REVB=-0.0373667;RO=33;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602593;STB=0.533316;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0025985;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:16:21:21:12:16:21:21:12 chr7 122809234 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.219;QD=59.5016;RBI=0.0619766;REFB=0;REVB=0.047744;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223292;OID=.;OPOS=122809234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr7 123109353 . TG GT 89.14 PASS AF=0.172043;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0486632;FXX=0.0412329;HRUN=4;LEN=2;MLLD=27.03;QD=3.83381;RBI=0.0929809;REFB=-0.108723;REVB=-0.0792297;RO=54;SAF=11;SAR=5;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360067;STB=0.773221;STBP=0.026;TYPE=mnp;VARB=0.140201;OID=.;OPOS=123109353;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:96:93:54:77:16:16:0.172043:5:11:21:33:3:13:39:38 chr7 123197005 . TAAAAAAA ATAAAAAA,TAAAAAAG,TAAAAAA 54.1 PASS AF=0.0217391,0.0217391,0.304348;AO=3,2,11;DP=47;FAO=1,1,14;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=0,0,7;FSAR=1,1,7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0461748,-0.00275917,-0.0473379;FXX=0.061212;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=34.0486,101.584,10.773;QD=4.70464;RBI=0.124674,0.0206241,0.054993;REFB=-0.0228896,-0.00142723,-0.0764359;REVB=-0.115808,-0.0204387,-0.0279884;RO=25;SAF=0,0,9;SAR=3,2,2;SRF=8;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.506164,-0.415184,0.551349;STB=0.987394,0.987394,0.590784;STBP=0.476,0.476,0.417;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.0304302,0.0896223,0.0762896;OID=.,.,.;OPOS=123197005,123197012,123197006;OREF=TA,A,A;OALT=AT,G,-;OMAPALT=ATAAAAAA,TAAAAAAG,TAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:45:47:46:25:30:3,2,11:1,1,14:0.0217391,0.0217391,0.304348:3,2,2:0,0,9:8:17:1,1,7:0,0,7:11:19 chr7 123256427 . C T 355.79 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0326814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9766;QD=16.5482;RBI=0.0377624;REFB=-0.00891776;REVB=-0.018919;RO=48;SAF=18;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261611;STB=0.514698;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00779817;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:20:18:24:24:20:18:24:24 chr7 123269118 . G C 1193.88 PASS AF=0.9875;AO=76;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0502437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8463;QD=59.694;RBI=0.0503735;REFB=-0.0119803;REVB=0.00361276;RO=3;SAF=34;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399359;STB=0.506665;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00244971;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:3:1:76:79:0.9875:42:34:3:0:42:37:1:0 chr7 123321978 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.784;QD=51.9167;RBI=0.0260915;REFB=0;REVB=0.0169802;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9773e-05;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr7 123324178 . C CT 33.97 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0563924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.6764;QD=2.89093;RBI=0.0589491;REFB=-0.0107677;REVB=0.0171723;RO=36;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383033;STB=0.754607;STBP=0.12;TYPE=ins;VARB=0.00648159;OID=.;OPOS=123324179;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212766:10:46:10:47:37:1:9:11:26:33:36:1:9:11:25 chr7 123336722 . G A 706.92 PASS AF=0.471698;AO=75;DP=159;FAO=75;FDP=159;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.03008;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.696;QD=17.7842;RBI=0.0304505;REFB=-0.0103107;REVB=0.00473541;RO=80;SAF=38;SAR=37;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171374;STB=0.509058;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0107067;OID=.;OPOS=123336722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:80:84:75:75:0.471698:37:38:42:38:37:38:44:40 chr7 123336804 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.951;QD=60.0308;RBI=0.00902777;REFB=0;REVB=0.00674097;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9293e-05;OID=.;OPOS=123336804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr7 124116470 . A G 102.49 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00261449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.136;QD=17.8244;RBI=0.0328039;REFB=-0.00345936;REVB=0.0326995;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670073;STB=0.518487;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00786687;OID=.;OPOS=124116470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:7:5:5:5:7:5:5:6 chr7 124387374 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4795;QD=45.8067;RBI=0.10243;REFB=0;REVB=-0.0986165;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00571827;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr7 124486980 . T C 1436.36 PASS AF=1;AO=67;DP=96;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359527;FXX=0.0624935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.567;QD=63.8382;RBI=0.134462;REFB=0;REVB=0.129567;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658562;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:90:0:0:67:90:1:30:37:0:0:37:53:0:0 chr7 124491951 . T C 583.59 PASS AF=0.526786;AO=58;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00188395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.95;QD=20.8424;RBI=0.00188974;REFB=0.000921005;REVB=0.000147786;RO=53;SAF=34;SAR=24;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100346;STB=0.558262;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.000760261;OID=.;OPOS=124491951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:58:59:0.526786:24:34:25:28:24:35:25:28 chr7 127222157 . G A 1284.03 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4451;QD=61.8808;RBI=0.0164431;REFB=0;REVB=0.0140679;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79657e-05;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:40:42:0:0:41:42:0:0 chr7 127224286 . A G 732.58 PASS AF=0.981481;AO=49;DP=49;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00629264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.089;QD=54.265;RBI=0.00642181;REFB=-0.0368858;REVB=0.00128153;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00254585;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:54:0:1:49:53:0.981481:25:24:0:0:29:24:0:1 chr7 127253550 . C T 394.69 PASS AF=0.506329;AO=38;DP=77;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0215226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.768;QD=19.984;RBI=0.0248929;REFB=-0.0146008;REVB=-0.0125074;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198401;STB=0.605591;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0120591;OID=.;OPOS=127253550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:39:39:38:40:0.506329:16:22:14:25:17:23:14:25 chr7 127958040 . G A 506.69 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0118436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0794;QD=20.4723;RBI=0.044623;REFB=0.000793802;REVB=0.0430225;RO=49;SAF=30;SAR=19;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946251;STB=0.558115;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0003967;OID=.;OPOS=127958040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:50:49:49:0.494949:19:30:25:24:19:30:25:25 chr7 127999645 . C T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00983307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.354;QD=18.4899;RBI=0.0115929;REFB=-0.0086474;REVB=0.00614053;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615519;STB=0.545413;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00705409;OID=.;OPOS=127999645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:10:12:12:13:10:12:12:14 chr7 128038555 . C G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0746997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.839;QD=14.9039;RBI=0.0747064;REFB=-0.00881253;REVB=0.00100167;RO=34;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931506;STB=0.552593;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0169171;OID=.;OPOS=128038555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:17:9:9:25:17:9:9:25 chr7 128038612 . G A 180.92 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0120612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.59;QD=12.9228;RBI=0.0189201;REFB=-0.0322677;REVB=-0.0145774;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164199;STB=0.59367;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0478069;OID=.;OPOS=128038612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:13:9:9:25:13:9:9:25 chr7 128098071 . G A 390.23 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00743482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.341;QD=19.0354;RBI=0.0202589;REFB=0.00129459;REVB=0.0188453;RO=42;SAF=20;SAR=20;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119485;OID=.;OPOS=128098071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:20:20:21:21:20:20:21:21 chr7 128098198 . AT A 454.81 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00148872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.723;QD=20.4408;RBI=0.0030071;REFB=-0.0143946;REVB=-0.00261273;RO=44;SAF=31;SAR=14;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164225;STB=0.509087;STBP=0.89;TYPE=del;VARB=0.0114647;OID=.;OPOS=128098199;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.505618:45:89:45:89:44:31:14:31:13:99:44:31:14:31:13 chr7 128098268 . GT G 229.98 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=0.039784;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.9586;QD=15.332;RBI=0.0618347;REFB=0.013514;REVB=-0.0473367;RO=28;SAF=25;SAR=7;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151786;STB=0.583287;STBP=0.308;TYPE=del;VARB=-0.0103011;OID=.;OPOS=128098269;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:32:61:32:60:28:25:7:25:3:99:28:25:7:25:3 chr7 128133984 . G A 1172.09 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.552;QD=60.888;RBI=0.0377352;REFB=0;REVB=-0.00820385;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36343e-05;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:38:38:0:0:39:38:0:0 chr7 128141865 . T C 388.59 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00708352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.751;QD=14.2601;RBI=0.00727778;REFB=0.00400636;REVB=-0.00167027;RO=63;SAF=22;SAR=23;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460984;STB=0.530215;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00386482;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:64:45:45:0.412844:23:22:28:35:23:22:28:36 chr7 128312450 . C T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00594337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.071;QD=60.5101;RBI=0.0235266;REFB=0.0243261;REVB=0.0227635;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000797202;OID=.;OPOS=128312450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:1:0:21:24:1:0 chr7 128358891 . C A 387.79 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00791798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.501;QD=18.4663;RBI=0.0221422;REFB=-0.0213191;REVB=0.0206781;RO=44;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407599;STB=0.522716;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0205694;OID=.;OPOS=128358891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:19:21:25:19:19:21:25:19 chr7 128371206 . G A 1629.92 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129606;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.049;QD=60.3674;RBI=0.0206403;REFB=0;REVB=0.0160638;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6203e-05;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:54:54:0:0:54:54:0:0 chr7 128371298 . C T 977.21 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01582;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.087;QD=59.2246;RBI=0.0422331;REFB=0;REVB=0.0391582;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181743;OID=.;OPOS=128371298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:31:33:0:0:32:34:0:0 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 509.51 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306156;FXX=0.0555401;HRUN=2;LEN=13;MLLD=432.038;QD=59.9421;RBI=0.0352585;REFB=0;REVB=0.0174885;RO=3;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.61019e-05;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:37:34:34:0:20:14:0:0:4:3:19:14:1:2 chr7 128455767 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.256;QD=47.8224;RBI=0.00920603;REFB=0;REVB=0.00920603;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50457e-06;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:16:0:0:0:16:0:0:0 chr7 128455916 . G A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3705;QD=53.9077;RBI=0.10256;REFB=0;REVB=0.0838755;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385918;OID=.;OPOS=128455916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr7 128478103 . C T 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00627059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.241;QD=60.5452;RBI=0.0120206;REFB=0;REVB=0.0102554;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98669e-06;OID=.;OPOS=128478103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr7 128480123 . C A 672.38 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1825;QD=57.2237;RBI=0.118523;REFB=-0.165318;REVB=0.113906;RO=2;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426567;STB=0.510634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.014464;OID=.;OPOS=128480123;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:2:1:44:46:0.978723:21:23:0:2:23:23:1:0 chr7 128484816 . A G 1731.29 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.799;QD=60.7471;RBI=0.0138589;REFB=0;REVB=-0.00555381;RO=0;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07359e-06;OID=.;OPOS=128484816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:58:55:0:0:59:55:0:0 chr7 128486363 . C T 1026.5 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.773;QD=59.5073;RBI=0.0359663;REFB=0;REVB=0.0356396;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32555e-05;OID=.;OPOS=128486363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:28:38:0:0:31:38:0:0 chr7 128486446 . C T 1274.8 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0119871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.33;QD=59.2932;RBI=0.0142312;REFB=-0.186368;REVB=0.00767048;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.512817;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000684485;OID=.;OPOS=128486446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:0:2:84:84:0.976744:38:46:0:0:38:46:0:2 chr7 128487866 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.066;QD=52.6092;RBI=0.0261511;REFB=0;REVB=0.00990572;RO=0;SAF=19;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160424;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:3:19:0:0:3:19:0:0 chr7 128487893 . G A 313.45 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.051;QD=50.1518;RBI=0.036957;REFB=-0.146306;REVB=0.0225625;RO=0;SAF=22;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47154e-08;STB=0.510629;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00179893;OID=.;OPOS=128487893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:0:1:23:24:0.96:1:22:0:0:1:23:1:0 chr7 128491603 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.516;QD=57.5451;RBI=0.0226888;REFB=0;REVB=-0.00917185;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38931e-05;OID=.;OPOS=128491603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr7 128495338 . C T 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.902;QD=57.2331;RBI=0.0388198;REFB=0;REVB=0.0243055;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462679;OID=.;OPOS=128495338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr7 128532980 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5212;QD=39.2067;RBI=0.0628675;REFB=0;REVB=0.0582584;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887051;OID=.;OPOS=128532980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr7 128544133 . G T 878.54 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0851179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6934;QD=54.9089;RBI=0.0994166;REFB=-0.20594;REVB=0.0513673;RO=2;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294861;STB=0.51562;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00956371;OID=.;OPOS=128544133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:2:2:62:62:0.96875:31:31:0:2:31:31:0:2 chr7 128550680 . GC G 397.82 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235978;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=24.1078;QD=46.8017;RBI=0.0461139;REFB=0;REVB=-0.0396186;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.323529;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00209402;OID=.;OPOS=128550681;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:34:34:34:0:18:16:0:0:7:0:17:15:0:0 chr7 128607384 . G A 556.75 PASS AF=0.389222;AO=65;DP=168;FAO=65;FDP=167;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=65;FSRR=37;FWDB=-0.0301535;FXX=0.0118336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0114;QD=13.3354;RBI=0.037647;REFB=0.00800318;REVB=-0.0225403;RO=102;SAF=31;SAR=34;SRF=65;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172807;STB=0.597226;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0134346;OID=.;OPOS=128607384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:102:102:65:65:0.389222:34:31:65:37:34:31:65:37 chr7 128630227 . C T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.769;QD=62.1622;RBI=0.0419439;REFB=0;REVB=0.0187975;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.20917e-05;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:40:45:0:0:40:45:0:0 chr7 128641226 . G C 379.5 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0174664;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.439;QD=18.9748;RBI=0.0443154;REFB=-0.0182044;REVB=-0.0407281;RO=41;SAF=18;SAR=21;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135756;STB=0.575487;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0183202;OID=.;OPOS=128641226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:41:41:39:39:0.4875:21:18:25:16:21:18:25:16 chr7 128767250 . G A 464.39 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0253553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.694;QD=16.4386;RBI=0.025358;REFB=-0.012917;REVB=-0.000368332;RO=61;SAF=19;SAR=32;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135917;STB=0.580751;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0204046;OID=.;OPOS=128767250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:61:62:51:51:0.451327:32:19:31:30:32:19:32:30 chr7 128767410 . A G 495.29 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0186234;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1357;QD=20.4244;RBI=0.0187277;REFB=-0.0374901;REVB=-0.00197387;RO=50;SAF=29;SAR=19;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134157;STB=0.569094;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0243284;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:50:49:48:48:0.494845:19:29:23:27:19:29:23:26 chr7 128767490 . T C 210.06 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0757653;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.162;QD=13.5522;RBI=0.0758888;REFB=-0.00311974;REVB=-0.00432783;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24987;STB=0.631614;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00149212;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:36:37:25:25:0.403226:12:13:10:26:12:13:11:26 chr7 128767506 . T G 212.25 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.036721;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4024;QD=16.0189;RBI=0.0367785;REFB=-0.0126675;REVB=0.00205553;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328142;STB=0.684785;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00824456;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:8:21:9:15:8:21 chr7 128804780 . C G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.439;QD=59.3221;RBI=0.134068;REFB=0;REVB=0.025876;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145364;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr7 128846328 . G C 2064.16 PASS AF=0.957746;AO=136;DP=142;FAO=136;FDP=142;FR=.;FRO=6;FSAF=78;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0105034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.895;QD=58.1453;RBI=0.0325193;REFB=-0.170276;REVB=0.0307764;RO=2;SAF=78;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00206979;STB=0.517478;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0006012;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:142:142:2:6:136:136:0.957746:58:78:1:1:58:78:1:5 chr7 129067053 . T C 988.26 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.249;QD=59.0008;RBI=0.0741206;REFB=0;REVB=0.0651407;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616779;OID=.;OPOS=129067053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:31:36:0:0 chr7 129142694 . C G 370.64 PASS AF=0.828571;AO=30;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0327723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.492;QD=42.3593;RBI=0.0486278;REFB=-0.15447;REVB=0.0359254;RO=5;SAF=10;SAR=20;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403345;STB=0.504584;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0233622;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:35:35:5:6:30:29:0.828571:20:10:1:4:20:9:2:4 chr7 129297332 . T G 1060.46 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7476;QD=59.7441;RBI=0.0470615;REFB=0;REVB=0.0156853;RO=0;SAF=47;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390382;OID=.;OPOS=129297332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:24:47:0:0:24:47:0:0 chr7 129474470 . G A 1656.49 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.325;QD=60.2359;RBI=0.0240832;REFB=0;REVB=-0.00545825;RO=0;SAF=65;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47011e-05;OID=.;OPOS=129474470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:44:65:0:0:45:65:0:0 chr7 129504866 . C G 885.33 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7913;QD=58.0544;RBI=0.0263426;REFB=0;REVB=0.0157289;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238228;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr7 129664312 . T C 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0111289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.38;QD=28.0214;RBI=0.0219913;REFB=-0.0201973;REVB=-0.0189675;RO=18;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447855;STB=0.524654;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0126681;OID=.;OPOS=129664312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:17:11:6:12:17:11:6:12 chr7 129813738 . T C 1405.53 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3929;QD=62.4679;RBI=0.185023;REFB=0;REVB=0.182223;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112575;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:88:90:1:37:51:0:0:38:52:0:0 chr7 129916515 . T C 1178.19 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.92;QD=59.655;RBI=0.0820687;REFB=-0.0547187;REVB=0.0802043;RO=1;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901699;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545475;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:79:79:1:0:78:79:1:52:26:0:1:53:26:0:0 chr7 129962360 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.643;QD=64.1532;RBI=0.0390413;REFB=0;REVB=0.011939;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142802;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr7 129962682 . A G 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.784;QD=62.7621;RBI=0.0311871;REFB=0;REVB=0.0268489;RO=0;SAF=58;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2855e-05;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:31:58:0:0:31:58:0:0 chr7 129984274 . A G 238.55 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0168546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9513;QD=27.2624;RBI=0.0321711;REFB=-0.0126589;REVB=0.0274026;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154276;STB=0.585032;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0101803;OID=.;OPOS=129984274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:12:10:3:10:12:10:3:10 chr7 129986338 . C T 340.58 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00116177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.473;QD=23.4881;RBI=0.0212094;REFB=-0.0316816;REVB=0.0211775;RO=24;SAF=23;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263847;STB=0.645443;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0192114;OID=.;OPOS=129986338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:11:23:8:16:11:23:8:16 chr7 129989878 . T C 762.74 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.571;QD=54.4811;RBI=0.0402014;REFB=0.0281682;REVB=0.01804;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00151445;OID=.;OPOS=129989878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:55:55:0.982143:26:29:0:0:25:30:0:1 chr7 130002317 . T C 347.6 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0687176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.123;QD=51.4957;RBI=0.09809;REFB=-0.18368;REVB=0.0699967;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320266;STB=0.517228;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00579491;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:12:14:1:0:12:14:1:0 chr7 130021488 . G C 872.03 PASS AF=0.454976;AO=97;DP=211;FAO=96;FDP=211;FR=.;FRO=115;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=0.00591301;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.9048;QD=16.5313;RBI=0.0111815;REFB=-0.00598567;REVB=-0.00949012;RO=112;SAF=39;SAR=58;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617895;STB=0.536484;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0068695;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:112:115:97:96:0.454976:58:39:52:60:58:38:53:62 chr7 130080812 . T G 660.37 PASS AF=0.550847;AO=62;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0038052;FXX=0.0166653;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.922;QD=22.3853;RBI=0.00431363;REFB=-0.030473;REVB=-0.00203171;RO=52;SAF=35;SAR=27;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105125;STB=0.500134;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0215765;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:52:53:62:65:0.550847:27:35:30:22:27:38:31:22 chr7 131185995 . C A 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.020994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.975;QD=12.0712;RBI=0.0301064;REFB=-0.00781376;REVB=-0.0215789;RO=40;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248626;STB=0.642742;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.02048;OID=.;OPOS=131185995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:10:14:14:26:10:14:14:26 chr7 131195712 . G A 1035.74 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0271408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8078;QD=56.753;RBI=0.10291;REFB=-0.0745088;REVB=0.0992666;RO=1;SAF=61;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00769084;STB=0.508062;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00338915;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:10:61:1:0:10:61:2:0 chr7 131195959 . C T 692.78 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625788;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7646;QD=62.98;RBI=0.0097933;REFB=0;REVB=-0.00753311;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0019079;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr7 131812922 . T C 1045.92 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075066;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4919;QD=59.7667;RBI=0.0261938;REFB=0;REVB=-0.0250951;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232377;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr7 131814185 . A G 1723.22 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.951;QD=60.4639;RBI=0.0854762;REFB=0;REVB=0.0837428;RO=0;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23703e-05;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:58:55:0:0:58:56:0:0 chr7 131814529 . G A 111.9 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00494211;FXX=0.0322477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.96;QD=14.9198;RBI=0.00885692;REFB=-0.0164776;REVB=0.00734987;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144167;STB=0.547868;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0211395;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:17:13:13:0.433333:3:10:9:5:3:10:12:5 chr7 131815310 . A G 1318.01 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157197;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8155;QD=62.7624;RBI=0.0219603;REFB=0;REVB=-0.0219039;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86944e-05;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr7 131817850 . T C 488.8 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0365644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5908;QD=19.1686;RBI=0.0559271;REFB=-0.0338848;REVB=0.0423189;RO=48;SAF=26;SAR=25;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.034212;OID=.;OPOS=131817850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:51:51:51:0.5:25:26:23:25:25:26:26:25 chr7 131864591 . T C 491.52 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.014603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.218;QD=25.2061;RBI=0.0150462;REFB=-0.00690386;REVB=-0.00362517;RO=32;SAF=20;SAR=26;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119412;STB=0.56514;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0054344;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:26:20:9:23:26:20:9:23 chr7 132192295 . G A 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00663373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.43;QD=23.8198;RBI=0.0149314;REFB=-0.00343361;REVB=0.0133769;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229677;STB=0.512809;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0055871;OID=.;OPOS=132192295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:8:9:11:11:8:9 chr7 132192949 . T C 443.2 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00455953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.628;QD=20.3768;RBI=0.0147739;REFB=-0.0150319;REVB=-0.0140527;RO=43;SAF=30;SAR=14;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141884;STB=0.578851;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0207239;OID=.;OPOS=132192949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:14:30:23:20:14:30:23:20 chr7 132720555 . T C 783.75 PASS AF=0.487952;AO=81;DP=166;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0040625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.531;QD=18.8854;RBI=0.00439418;REFB=-0.0341424;REVB=0.0016748;RO=82;SAF=36;SAR=45;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510415;STB=0.5256;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0395835;OID=.;OPOS=132720555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:82:85:81:81:0.487952:45:36:41:41:45:36:42:43 chr7 133261358 . G T 226.88 PASS AF=0.285714;AO=32;DP=112;FAO=32;FDP=112;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.00734623;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.418;QD=8.10299;RBI=0.00870738;REFB=-0.0067165;REVB=-0.00467453;RO=79;SAF=12;SAR=20;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380916;STB=0.518856;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0182668;OID=.;OPOS=133261358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:79:80:32:32:0.285714:20:12:32:47:20:12:32:48 chr7 133580447 . G A 1458.14 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453472;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.143;QD=63.3974;RBI=0.0503518;REFB=0;REVB=0.0218845;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208476;OID=.;OPOS=133580447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:46:44:0:0:46:46:0:0 chr7 133749164 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.456;QD=61.5363;RBI=0.0217465;REFB=0;REVB=0.0175005;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06974e-05;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr7 133868507 . C T 2410.23 PASS AF=0.981595;AO=160;DP=163;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00630119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.096;QD=59.1468;RBI=0.011825;REFB=-0.107048;REVB=0.0100063;RO=3;SAF=73;SAR=87;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00433832;STB=0.50228;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=5.60921e-06;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:163:163:3:3:160:160:0.981595:87:73:1:2:87:73:1:2 chr7 133932334 . C T 191.48 PASS AF=0.316456;AO=24;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0140386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6502;QD=9.69493;RBI=0.0235035;REFB=0.0033153;REVB=0.0188503;RO=54;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217065;STB=0.526295;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00979686;OID=.;OPOS=133932334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:54:24:25:0.316456:12:12:26:28:12:13:26:28 chr7 133979368 . C T 296.77 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00338805;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.331;QD=11.4141;RBI=0.025608;REFB=-0.0104499;REVB=-0.0253829;RO=67;SAF=16;SAR=21;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678477;STB=0.539004;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0182983;OID=.;OPOS=133979368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:67:67:37:37:0.355769:21:16:33:34:21:16:33:34 chr7 133979711 . G A 210.33 PASS AF=0.277778;AO=30;DP=108;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=-0.0108716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.889;QD=7.78982;RBI=0.0158051;REFB=-0.0151955;REVB=-0.0114722;RO=77;SAF=15;SAR=15;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166053;STB=0.601787;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0389077;OID=.;OPOS=133979711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:77:78:30:30:0.277778:15:15:28:49:15:15:28:50 chr7 133979795 . T C 156.6 PASS AF=0.318182;AO=18;DP=64;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0437772;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.642;QD=9.49118;RBI=0.0444785;REFB=-0.0192088;REVB=0.0078672;RO=44;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983812;STB=0.502295;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0496913;OID=.;OPOS=133979795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:44:45:18:21:0.318182:10:8:16:28:13:8:17:28 chr7 133989543 . A G 300.39 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0518183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5242;QD=30.8097;RBI=0.0578564;REFB=0.00230882;REVB=0.0257338;RO=13;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187748;STB=0.603095;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000731311;OID=.;OPOS=133989543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:16:10:9:4:16:10:9:4 chr7 134212741 . A G 427.99 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0263946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.438;QD=19.454;RBI=0.0288158;REFB=-0.00872225;REVB=-0.0115619;RO=45;SAF=20;SAR=23;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1236;STB=0.568616;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00781805;OID=.;OPOS=134212741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:23:20:27:18:23:20:27:18 chr7 134215403 . T C 435.31 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0191995;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.62;QD=26.3827;RBI=0.0243502;REFB=-0.0195151;REVB=-0.014977;RO=25;SAF=19;SAR=22;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945035;STB=0.551597;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0166803;OID=.;OPOS=134215403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:25:25:41:41:0.621212:22:19:15:10:22:19:15:10 chr7 134221826 . A G 68.59 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0276101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.926;QD=4.81329;RBI=0.0342022;REFB=-0.00824401;REVB=-0.0201861;RO=46;SAF=1;SAR=10;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533696;STB=0.861977;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0630158;OID=.;OPOS=134221826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:10:1:21:25:10:1:21:25 chr7 134225788 . C T 145.25 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.81;QD=44.6918;RBI=0.0675046;REFB=0;REVB=0.0187092;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239651;OID=.;OPOS=134225788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:8:5:0:0 chr7 134225827 . A G 323.32 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5715;QD=53.8863;RBI=0.030458;REFB=0;REVB=-0.0235938;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.38072e-05;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr7 134261097 . C G 1424.84 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.163;QD=61.9495;RBI=0.0329994;REFB=-0.0547183;REVB=0.00106939;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171894;OID=.;OPOS=134261097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:92:92:0:0:91:92:1:48:43:0:0:49:43:0:0 chr7 134264286 . C T 109.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00513814;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8183;QD=16.7865;RBI=0.0656552;REFB=-0.0334755;REVB=-0.0654538;RO=14;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18945;STB=0.622427;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.023733;OID=.;OPOS=134264286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:14:13:13:13:0.5:2:11:10:4:2:11:9:4 chr7 134576441 . T C 1198.71 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00132488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4269;QD=58.4736;RBI=0.062108;REFB=-0.186526;REVB=0.0620938;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.504672;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00161505;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:82:0:1:81:81:0.987805:53:28:0:0:53:28:0:1 chr7 134653930 . T C 226.05 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00261751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.1268;QD=17.06;RBI=0.0211568;REFB=-0.0106174;REVB=0.0209942;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118784;STB=0.566864;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0209806;OID=.;OPOS=134653930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:12:13:11:17:12:13:11:17 chr7 134678253 . T A 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00354249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.566;QD=17.067;RBI=0.00712189;REFB=-0.00721381;REVB=0.00617836;RO=45;SAF=26;SAR=12;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260954;STB=0.641482;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00715912;OID=.;OPOS=134678253;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:46:38:38:0.452381:12:26:19:26:12:26:20:26 chr7 134701856 . G C 2629.6 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=172;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00158646;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.435;QD=61.5111;RBI=0.00964226;REFB=-0.109066;REVB=-0.00951086;RO=1;SAF=93;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509055;STB=0.502674;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-1.18965e-05;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:171:1:1:170:170:0.994152:77:93:1:0:77:93:1:0 chr7 134719551 . C G 2153.04 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030521;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9364;QD=62.8625;RBI=0.0352287;REFB=0;REVB=0.0175934;RO=0;SAF=76;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137763;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:136:137:1:60:76:0:0:61:76:0:0 chr7 134849280 . T A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.303;QD=60.0309;RBI=0.0351768;REFB=0;REVB=0.0328726;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05582e-05;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr7 134849704 . T C 33.76 PASS AF=0.1;AO=10;DP=99;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=33;FWDB=-0.0167718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.353;QD=1.3503;RBI=0.0593959;REFB=-0.00170142;REVB=-0.0569788;RO=87;SAF=1;SAR=9;SRF=57;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.600393;STB=0.924797;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0374128;OID=.;OPOS=134849704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:99:100:87:90:10:10:0.1:9:1:57:30:9:1:57:33 chr7 134850465 . C T 990.55 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.267;QD=59.1371;RBI=0.065095;REFB=0;REVB=0.0609743;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246115;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr7 134850469 . A G 1006.39 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.665;QD=59.1993;RBI=0.00488267;REFB=0;REVB=-0.00477119;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12585e-05;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr7 134871775 . C T 582.89 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.349;QD=58.289;RBI=0.0348395;REFB=-0.170596;REVB=0.0185278;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.518509;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000550655;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:38:39:0.975:26:12:0:0:26:13:1:0 chr7 134879830 . G A 1143.29 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00155409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.764;QD=60.1731;RBI=0.0389884;REFB=0;REVB=0.0389574;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951537;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:34:40:0:0:34:42:0:0 chr7 134889141 . G A 853.36 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0632665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9341;QD=55.958;RBI=0.0667592;REFB=-0.0518411;REVB=0.0213105;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00178189;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:61:0:1:59:60:0.983607:27:32:0:0:28:32:0:1 chr7 135047703 . T C 62.21 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.0104;QD=35.5509;RBI=0.040377;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327267;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr7 135048804 . C T 267.34 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0232604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.614;QD=18.4372;RBI=0.0254775;REFB=-0.0066962;REVB=-0.0103952;RO=29;SAF=1;SAR=28;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501175;STB=0.793229;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.011894;OID=.;OPOS=135048804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:28:1:6:23:28:1:6:23 chr7 135095270 . A G 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.654;QD=62.0076;RBI=0.0349523;REFB=0;REVB=0.0141966;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112284;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr7 135304273 . G C 1776.54 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=120;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229625;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.178;QD=60.2215;RBI=0.0267917;REFB=-0.0497423;REVB=0.0138029;RO=1;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736305;STB=0.503875;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=9.27734e-06;OID=.;OPOS=135304273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:118:1:1:116:117:0.991525:64:52:0:1:64:53:0:1 chr7 135329690 . T C 438.25 PASS AF=0.413223;AO=49;DP=120;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.00779143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.141;QD=14.4875;RBI=0.00781037;REFB=-0.0107598;REVB=-0.000543577;RO=71;SAF=21;SAR=28;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212857;STB=0.612228;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0153237;OID=.;OPOS=135329690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:71:71:49:50:0.413223:28:21:45:26:28:22:45:26 chr7 135387656 . G A 545.16 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1398;QD=57.3849;RBI=0.0552717;REFB=0.0047374;REVB=-0.0477887;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000980174;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:1:0:20:17:1:0 chr7 135392876 . T C 2120.12 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.203;QD=62.8185;RBI=0.0218853;REFB=0;REVB=0.0160005;RO=0;SAF=79;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.02569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47446e-05;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:135:0:0:132:135:1:53:79:0:0:55:80:0:0 chr7 135406176 . A G 310.09 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.024383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.04;QD=13.7819;RBI=0.0296801;REFB=-0.0110943;REVB=-0.0169226;RO=55;SAF=23;SAR=12;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662106;STB=0.537805;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0163523;OID=.;OPOS=135406176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:12:23:33:22:12:23:33:22 chr7 135613262 . G A 113.46 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=32;FWDB=-0.00799253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.959;QD=9.65606;RBI=0.0123828;REFB=0.00107221;REVB=-0.00945802;RO=32;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429138;STB=0.745456;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00312432;OID=.;OPOS=135613262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:11:3:1:31:11:3:1:32 chr7 136701563 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.69;QD=57.6807;RBI=0.0151103;REFB=0;REVB=0.0129333;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08183e-05;OID=.;OPOS=136701563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr7 136702950 . A G 41.66 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0490517;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=18.1373;QD=4.90142;RBI=0.0529491;REFB=-0.0940925;REVB=-0.0199382;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448782;STB=0.799041;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.004472;OID=.;OPOS=136702950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:33:34:14:23:7:7:0.205882:6:1:7:7:6:1:11:12 chr7 136703707 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000938979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.626;QD=59.1432;RBI=0.0148766;REFB=0;REVB=-0.014847;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19114e-05;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr7 137075847 . T A 433.23 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=79;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0132846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5903;QD=20.8783;RBI=0.0986343;REFB=-0.0307499;REVB=-0.0977356;RO=37;SAF=25;SAR=17;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719849;STB=0.521729;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0320444;OID=.;OPOS=137075847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:37:40:42:43:0.518072:17:25:25:12:18:25:25:15 chr7 137128830 . T C 947.82 PASS AF=0.459091;AO=99;DP=218;FAO=101;FDP=220;FR=.;FRO=119;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=-0.0073937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7059;QD=17.233;RBI=0.0282736;REFB=-0.0235468;REVB=0.0272898;RO=119;SAF=37;SAR=62;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737125;STB=0.539061;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0288406;OID=.;OPOS=137128830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:220:119:119:99:101:0.459091:62:37:53:66:63:38:53:66 chr7 137564501 . C G 336.16 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00433837;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6119;QD=17.2391;RBI=0.0358933;REFB=-0.0105437;REVB=-0.0356301;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551744;STB=0.523626;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0180913;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:41:42:36:36:0.461538:19:17:17:24:19:17:18:24 chr7 137600690 . C T 2809.97 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018029;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8558;QD=62.7925;RBI=0.0329479;REFB=0;REVB=-0.0328985;RO=0;SAF=80;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.04902e-05;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:179:0:0:177:179:1:97:80:0:0:97:82:0:0 chr7 137612913 . CTGG C 1000.19 PASS AF=0.945946;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00350094;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.061;QD=54.0645;RBI=0.0256084;REFB=-0.00832474;REVB=0.0253679;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514282;STBP=0.332;TYPE=del;VARB=0.000204668;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.945946:69:71:70:74:4:34:36:3:1:13:0:34:35:0:0 chr7 137801413 . A C 330.2 PASS AF=0.45;AO=34;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00892202;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.795;QD=16.5102;RBI=0.0223161;REFB=-0.0224352;REVB=0.020455;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101024;STB=0.560276;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0401101;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:44:34:36:0.45:17:17:18:27:19:17:16:28 chr7 138305806 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.718;QD=56.7055;RBI=0.00967854;REFB=0;REVB=0.00637685;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16971e-06;OID=.;OPOS=138305806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr7 138312122 . A C 1576.68 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0336095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.029;QD=57.8597;RBI=0.0381676;REFB=-0.122321;REVB=0.0180877;RO=1;SAF=51;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921579;STB=0.50043;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00043758;OID=.;OPOS=138312122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:109:1:2:107:107:0.981651:56:51:1:0:56:51:1:1 chr7 138363767 . A G 1795.48 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.952;QD=60.8639;RBI=0.061989;REFB=0;REVB=0.061976;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507176;OID=.;OPOS=138363767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:118:0:0:111:118:1:50:61:0:0:57:61:0:0 chr7 138417718 . A G 1282.98 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7471;QD=61.8302;RBI=0.0667954;REFB=0;REVB=0.0462124;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426824;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr7 138418910 . G A 427.18 PASS AF=0.96875;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.389;QD=53.398;RBI=0.0579243;REFB=-0.0426567;REVB=0.0562483;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000163252;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:32:0:1:28:31:0.96875:17:11:0:0:18:13:0:1 chr7 138455988 . A G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00554643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.142;QD=8.2462;RBI=0.0131365;REFB=-0.00303161;REVB=-0.0119082;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570552;STB=0.856123;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.015406;OID=.;OPOS=138455988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:1:6:5:10:1:6:5:10 chr7 138486096 . G C 169.47 PASS AF=0.45;AO=16;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00505168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.535;QD=16.9472;RBI=0.0084478;REFB=-0.016704;REVB=-0.00677096;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108015;STB=0.586981;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0199541;OID=.;OPOS=138486096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:16:18:0.45:7:9:10:12:7:11:10:12 chr7 138583840 . C A 1051.13 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134158;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.991;QD=60.0646;RBI=0.0138314;REFB=0;REVB=-0.00336495;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4566e-05;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:42:28:0:0:42:28:0:0 chr7 138710903 . C G 112.85 PASS AF=0.419355;AO=14;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0322336;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0102;QD=14.5616;RBI=0.035017;REFB=-0.00448645;REVB=0.0136816;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205028;STB=0.586076;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0155961;OID=.;OPOS=138710903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:18:14:13:0.419355:8:6:11:6:7:6:11:7 chr7 138732457 . G A 514.59 PASS AF=0.434109;AO=55;DP=129;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.00137215;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.888;QD=15.9564;RBI=0.0631203;REFB=-0.000136436;REVB=0.0631054;RO=73;SAF=22;SAR=33;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191889;STB=0.621316;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.000364985;OID=.;OPOS=138732457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:73:73:55:56:0.434109:33:22:43:30:35:21:43:30 chr7 138732497 . G A 402.17 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0102407;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.706;QD=14.7586;RBI=0.0165956;REFB=-0.00482175;REVB=-0.0130592;RO=60;SAF=18;SAR=28;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918281;STB=0.522378;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00430502;OID=.;OPOS=138732497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:60:63:46:46:0.422018:28:18:24:36:28:18:27:36 chr7 138740037 . G C 627.86 PASS AF=0.632184;AO=55;DP=87;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00148214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3856;QD=28.8669;RBI=0.0319451;REFB=-0.0249462;REVB=-0.0319107;RO=32;SAF=21;SAR=34;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039495;STB=0.521465;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0166606;OID=.;OPOS=138740037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:32:32:55:55:0.632184:34:21:14:18:34:21:14:18 chr7 138874416 . C G 615.24 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0121904;FXX=0.0287749;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.028;QD=18.2293;RBI=0.0130016;REFB=-0.00124485;REVB=-0.00452044;RO=71;SAF=31;SAR=32;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00085423;STB=0.503175;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00161326;OID=.;OPOS=138874416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:135:71:72:63:63:0.466667:32:31:35:36:32:31:35:37 chr7 138988494 . GT GG,G 40.93 PASS AF=0.111111,0.333333;AO=3,8;DP=28;FAO=3,9;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3,8;FSAR=0,1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0270173,-0.178873;FXX=0.0357015;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=24.5888,10.0891;QD=6.06338;RBI=0.107774,0.178896;REFB=-0.0713807,-0.150559;REVB=0.104333,0.00287305;RO=15;SAF=3,7;SAR=0,1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0.342857;SSSB=0.656613,0.550847;STB=0.996678,0.850192;STBP=0.082,0.013;TYPE=snp,del;VARB=0.0588538,0.0470585;OID=.,.;OPOS=138988495,138988495;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.111111,0.333333:3,8:28:3,9:27:15:3,8:0,1:6:9:23:15:3,7:0,1:6:9 chr7 139077318 . A T 33.02 PASS AF=0.175;AO=5;DP=39;FAO=7;FDP=40;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=30;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0566707;FXX=0.0243843;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.7511;QD=3.30224;RBI=0.0567405;REFB=-0.147351;REVB=0.00281392;RO=19;SAF=1;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481471;STB=0.655275;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.109539;OID=.;OPOS=139077318;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:39:40:19:30:5:7:0.175:4:1:12:7:5:2:14:16 chr7 139138871 . T G 51.0 PASS AF=0.152941;AO=5;DP=78;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00163469;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.186;QD=2.3999;RBI=0.00316918;REFB=-0.0123621;REVB=-0.00271505;RO=71;SAF=2;SAR=3;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00883782;STB=0.516104;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.102029;OID=.;OPOS=139138871;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:78:85:71:72:5:13:0.152941:3:2:29:42:8:5:29:43 chr7 139138950 . C G 148.56 PASS AF=0.268293;AO=23;DP=77;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=45;FWDB=-0.207567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8557;QD=7.24663;RBI=0.238462;REFB=-0.0340058;REVB=-0.117387;RO=54;SAF=4;SAR=19;SRF=9;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150985;STB=0.640302;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0441073;OID=.;OPOS=139138950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:54:60:23:22:0.268293:19:4:9:45:19:3:15:45 chr7 139246743 . T C 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0185044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.286;QD=7.03246;RBI=0.022275;REFB=-0.00892519;REVB=0.0124002;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264784;STB=0.653501;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0131692;OID=.;OPOS=139246743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:9:9:0.257143:6:3:14:11:6:3:14:12 chr7 139252244 . T C 371.14 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0258287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.719;QD=14.9956;RBI=0.0343415;REFB=-0.0133203;REVB=0.0226323;RO=59;SAF=18;SAR=22;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114734;STB=0.564922;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0182122;OID=.;OPOS=139252244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:59:40:40:0.40404:22:18:33:26:22:18:33:26 chr7 139252780 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.304;QD=62.3508;RBI=0.0441792;REFB=0;REVB=0.0399928;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302883;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr7 139415775 . G C 688.52 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00343242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3648;QD=18.8634;RBI=0.00380931;REFB=-0.0171661;REVB=-0.00165206;RO=75;SAF=33;SAR=36;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392867;STB=0.514894;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0230554;OID=.;OPOS=139415775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:75:77:69:69:0.472603:36:33:39:36:36:33:39:38 chr7 139415943 . G A 428.8 PASS AF=0.44;AO=43;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00197829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.646;QD=17.152;RBI=0.0185735;REFB=-0.00614402;REVB=-0.0184678;RO=56;SAF=28;SAR=15;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479171;STB=0.517502;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00759915;OID=.;OPOS=139415943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:43:44:0.44:15:28:34:22:16:28:34:22 chr7 139653196 . A C 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5044;QD=64.4121;RBI=0.0281288;REFB=0;REVB=-0.0258362;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462783;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr7 139724358 . G A 537.02 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0112663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6571;QD=17.7528;RBI=0.021313;REFB=-0.0054485;REVB=0.0180918;RO=64;SAF=30;SAR=27;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196598;STB=0.510913;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00814332;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:27:30:35:29:27:30:35:29 chr7 139724555 . C T 665.24 PASS AF=0.515625;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0227965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7907;QD=20.7886;RBI=0.0303835;REFB=-0.00902937;REVB=-0.0200867;RO=59;SAF=30;SAR=36;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415873;STB=0.525172;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0121904;OID=.;OPOS=139724555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:59:62:66:66:0.515625:36:30:24:35:36:30:25:37 chr7 139727135 . G A 456.85 PASS AF=0.494505;AO=42;DP=88;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00620364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.994;QD=20.0812;RBI=0.0175323;REFB=-0.00253127;REVB=0.016398;RO=46;SAF=21;SAR=21;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203931;STB=0.527847;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00251478;OID=.;OPOS=139727135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:46:46:42:45:0.494505:21:21:24:22:24:21:24:22 chr7 139784641 . A G 1377.48 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.307;QD=62.6127;RBI=0.021509;REFB=0;REVB=0.0201435;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14664e-05;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr7 139797431 . G T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00216667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6363;QD=10.6686;RBI=0.0121339;REFB=-0.0107101;REVB=-0.0119389;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398055;STB=0.749375;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0141694;OID=.;OPOS=139797431;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:9:1:6:12:9:1:6:12 chr7 139801777 . T G 554.69 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.0463382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.048;QD=18.4895;RBI=0.0490837;REFB=0.00287308;REVB=0.0161859;RO=62;SAF=38;SAR=20;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267051;STB=0.514803;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00266356;OID=.;OPOS=139801777;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:62:58:58:0.483333:20:38:39:23:20:38:39:23 chr7 140051091 . G A 260.78 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00459804;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0898;QD=20.4533;RBI=0.0198747;REFB=-0.0269757;REVB=0.0193355;RO=24;SAF=18;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766718;STB=0.542825;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0181527;OID=.;OPOS=140051091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:24:27:27:0.529412:9:18:14:10:9:18:14:10 chr7 140080087 . C G 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5409;QD=57.541;RBI=0.0507465;REFB=0;REVB=0.0356049;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578987;OID=.;OPOS=140080087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr7 140258000 . T C 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.937;QD=62.6669;RBI=0.0254051;REFB=0;REVB=0.0128775;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101623;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr7 140301731 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.708;QD=56.1916;RBI=0.0351999;REFB=0;REVB=0.033413;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106929;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:5:23:0:0:5:23:0:0 chr7 140501350 . GTTTTTC GTTTTC,GTTTTCG 48.76 PASS AF=0.294118,0;AO=15,2;DP=52;FAO=15,0;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=5,0;FSAR=10,0;FSRF=5;FSRR=31;FWDB=0.00284825,0.0219608;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.8414,28.4711;QD=3.8245;RBI=0.00558433,0.0624602;REFB=-0.0867338,-0.0397697;REVB=-0.00480336,0.0584722;RO=32;SAF=4,2;SAR=11,0;SRF=4;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.240344,0.708625;STB=0.671949,0.5;STBP=0.224,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.132013,0;OID=.,.;OPOS=140501351,140501355;OREF=T,TC;OALT=-,CG;OMAPALT=GTTTTC,GTTTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118,0:15,2:52:15,0:51:36:5,0:10,0:5:31:50:32:4,2:11,0:4:28 chr7 140774467 . C G 246.81 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00978552;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.6152;QD=47.012;RBI=0.0305686;REFB=-0.140137;REVB=-0.02896;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545407;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00620041;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:20:20:0.952381:15:5:0:0:15:5:1:0 chr7 141137460 . C T 491.26 PASS AF=0.477064;AO=39;DP=110;FAO=52;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.00755063;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.83;QD=18.0279;RBI=0.0153789;REFB=-0.0174321;REVB=0.0133977;RO=57;SAF=24;SAR=15;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577725;STB=0.564445;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0324218;OID=.;OPOS=141137460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:57:56:39:52:0.477064:15:24:38:19:23:29:38:18 chr7 141364712 . G A 754.94 PASS AF=0.545455;AO=72;DP=132;FAO=72;FDP=132;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00497497;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6432;QD=22.877;RBI=0.0327523;REFB=-0.0204206;REVB=0.0323722;RO=59;SAF=36;SAR=36;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628233;STB=0.530295;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0172077;OID=.;OPOS=141364712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:59:60:72:72:0.545455:36:36:34:25:36:36:34:26 chr7 141420768 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.458;QD=62.1623;RBI=0.0457153;REFB=0;REVB=0.038026;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113492;OID=.;OPOS=141420768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:36:49:0:0:36:49:0:0 chr7 141429371 . T G 529.76 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0227194;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4298;QD=19.0904;RBI=0.0257089;REFB=-0.0111094;REVB=0.0120324;RO=55;SAF=27;SAR=29;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121768;STB=0.567145;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0106094;OID=.;OPOS=141429371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:55:55:56:56:0.504505:29:27:34:21:29:27:34:21 chr7 141478297 . G C 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0122854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.737;QD=9.49525;RBI=0.0123326;REFB=0.00565477;REVB=0.0010785;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15701;STB=0.595568;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0171125;OID=.;OPOS=141478297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:12:12:7:4:12:12 chr7 141478574 . G C 212.14 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0377143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2539;QD=12.2977;RBI=0.0451754;REFB=-0.0125778;REVB=0.0248686;RO=42;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875513;STB=0.555514;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0214694;OID=.;OPOS=141478574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:16:10:13:29:16:10:13:30 chr7 141478800 . G A 361.81 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00699069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.034;QD=17.8673;RBI=0.0439979;REFB=-0.0214137;REVB=-0.0434389;RO=43;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773484;STB=0.543187;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0132327;OID=.;OPOS=141478800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:19:19:18:25:19:19:18:25 chr7 141490238 . G T 345.25 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00406732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.823;QD=14.6915;RBI=0.0305903;REFB=-0.0142201;REVB=0.0303187;RO=52;SAF=20;SAR=18;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269648;STB=0.536893;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0199037;OID=.;OPOS=141490238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:56:38:38:0.404255:18:20:26:26:18:20:26:30 chr7 141501943 . G C 233.01 PASS AF=0.409091;AO=24;DP=67;FAO=27;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.197436;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6006;QD=14.122;RBI=0.204936;REFB=0.028028;REVB=0.0549365;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286288;STB=0.555514;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0278057;OID=.;OPOS=141501943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:26:39:24:27:0.409091:15:9:9:17:15:12:21:18 chr7 141537735 . T G 835.96 PASS AF=0.541096;AO=75;DP=145;FAO=79;FDP=146;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.0138609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7218;QD=22.9031;RBI=0.0219832;REFB=-0.0304845;REVB=-0.0170627;RO=67;SAF=25;SAR=50;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00482418;STB=0.51317;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0165073;OID=.;OPOS=141537735;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:67:67:75:79:0.541096:50:25:22:45:51:28:22:45 chr7 141619035 . G A 594.7 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.0112172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.362;QD=17.6207;RBI=0.0116981;REFB=-0.00777439;REVB=0.00331958;RO=72;SAF=30;SAR=32;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105965;STB=0.554471;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00891561;OID=.;OPOS=141619035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:73:62:62:0.459259:32:30:27:45:32:30:28:45 chr7 141619152 . G A 714.68 PASS AF=0.445087;AO=77;DP=173;FAO=77;FDP=173;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=61;FWDB=-0.0252848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.157;QD=16.5243;RBI=0.0279094;REFB=-0.0069422;REVB=0.0118159;RO=96;SAF=31;SAR=46;SRF=35;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397917;STB=0.52211;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00884078;OID=.;OPOS=141619152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:96:96:77:77:0.445087:46:31:35:61:46:31:35:61 chr7 141635690 . G T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0189867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4325;QD=17.4275;RBI=0.0195663;REFB=-0.0101759;REVB=0.0047272;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138241;STB=0.578864;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00931262;OID=.;OPOS=141635690;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:10:13:8:11:10:13 chr7 141672604 . T C 135.86 PASS AF=0.387097;AO=7;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.01454;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7179;QD=17.53;RBI=0.0370271;REFB=-0.00211625;REVB=0.0340528;RO=12;SAF=0;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.707383;STB=0.59985;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.130198;OID=.;OPOS=141672604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:32:31:12:12:7:12:0.387097:7:0:2:10:8:4:2:10 chr7 141672705 . G A 103.52 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0239964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.595;QD=18.8209;RBI=0.0245255;REFB=-0.0360242;REVB=-0.00506696;RO=10;SAF=10;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412846;STB=0.740286;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0226431;OID=.;OPOS=141672705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:2:10:4:6:2:10:4:6 chr7 141673074 . T C 179.59 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.02017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2241;QD=22.4484;RBI=0.0250984;REFB=-0.00631305;REVB=0.0149366;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153541;STB=0.586112;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00850759;OID=.;OPOS=141673074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:9:5:10:8:9:5 chr7 141673345 . C G 230.01 PASS AF=0.536585;AO=20;DP=39;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.113137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8872;QD=22.4397;RBI=0.11341;REFB=-0.0134873;REVB=0.00786618;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682328;STB=0.515681;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0151828;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:19:19:20:22:0.536585:10:10:11:8:10:12:11:8 chr7 141673506 . T C 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0251915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9574;QD=16.0923;RBI=0.0285587;REFB=0.0226783;REVB=0.0134532;RO=38;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875969;STB=0.549264;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0288836;OID=.;OPOS=141673506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:15:16:23:15:15:16:23:15 chr7 141747658 . A G 803.4 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00215182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5237;QD=55.4071;RBI=0.0178181;REFB=-0.0185171;REVB=0.0176877;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000400481;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:1:0:28:29:1:0 chr7 141796131 . G A 964.77 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.498;QD=56.7511;RBI=0.0215094;REFB=0.0273573;REVB=-0.00222143;RO=1;SAF=21;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219643;STB=0.511108;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=7.49935e-05;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:66:67:0.985294:45:21:1:0:45:22:1:0 chr7 141838362 . C G 560.97 PASS AF=0.423611;AO=60;DP=144;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=0.00657152;FXX=0.0136977;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.425;QD=15.5826;RBI=0.0239414;REFB=-0.0108765;REVB=-0.0230219;RO=82;SAF=24;SAR=36;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226435;STB=0.623302;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0182099;OID=.;OPOS=141838362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:82:83:60:61:0.423611:36:24:51:31:36:25:52:31 chr7 141857846 . A G 3037.66 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.695;QD=63.616;RBI=0.0386215;REFB=0;REVB=0.0120478;RO=0;SAF=80;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63001e-05;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:191:191:1:111:80:0:0:111:80:0:0 chr7 141872523 . T A 387.83 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0202502;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.893;QD=15.9931;RBI=0.023475;REFB=-0.0159623;REVB=-0.0118746;RO=54;SAF=21;SAR=20;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157467;STB=0.586114;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0248131;OID=.;OPOS=141872523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:56:41:41:0.42268:20:21:36:18:20:21:37:19 chr7 141896059 . A G 554.32 PASS AF=0.44697;AO=60;DP=133;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.0193544;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.12;QD=16.7975;RBI=0.0228354;REFB=-0.016614;REVB=-0.0121188;RO=72;SAF=27;SAR=33;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117303;STB=0.572639;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0167243;OID=.;OPOS=141896059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:72:73:60:59:0.44697:33:27:24:48:32:27:24:49 chr7 141898522 . T A 428.53 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.987;QD=57.1367;RBI=0.00227716;REFB=0;REVB=0.000105462;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15005e-05;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr7 141920342 . G A 39.78 PASS AF=0.190476;AO=9;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0629013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.501;QD=3.78858;RBI=0.0858629;REFB=-0.0229468;REVB=-0.0584454;RO=33;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636543;STB=0.893533;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.213057;OID=.;OPOS=141920342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:42:42:33:34:9:8:0.190476:1:8:11:22:1:7:12:22 chr7 141957504 . A G 110.02 PASS AF=0.304348;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.002539;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.586;QD=9.56648;RBI=0.0164159;REFB=-0.012913;REVB=-0.0162183;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449609;STB=0.549928;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0310324;OID=.;OPOS=141957504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:13:14:0.304348:7:6:16:16:8:6:16:16 chr7 142001030 . A G 1456.82 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282977;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.438;QD=63.34;RBI=0.0615371;REFB=0;REVB=0.0546448;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137819;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:44:47:0:0:44:48:0:0 chr7 142013384 . G A,C 1217.78 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=4,77;DP=81;FAO=4,78;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=4,34;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135964,0.0142564;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.5694,102.766;QD=59.4041;RBI=0.030708,0.0280575;REFB=0,0;REVB=0.027534,0.0241656;RO=0;SAF=4,34;SAR=0,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,7.11157e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.153409,0.000301276;OID=.,.;OPOS=142013384,142013384;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:81:82:0:0:4,77:4,78:0.0487805,0.95122:0,43:4,34:0:0:0,44:4,34:0:0 chr7 142045613 . G T 112.31 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0237446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.842;QD=8.47628;RBI=0.0260413;REFB=-0.00598664;REVB=0.0106932;RO=36;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21236;STB=0.626699;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.012261;OID=.;OPOS=142045613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:38:15:15:0.283019:6:9:15:21:6:9:16:22 chr7 142045678 . ACT GTC 94.15 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00085215;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=264.401;QD=5.62092;RBI=0.0125564;REFB=-0.00299509;REVB=-0.0125275;RO=52;SAF=9;SAR=6;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536019;STB=0.533697;STBP=0.79;TYPE=mnp;VARB=0.0121354;OID=.;OPOS=142045678;OREF=ACT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:52:52:15:15:0.223881:6:9:29:23:6:9:29:23 chr7 142045683 . A G 94.15 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.000191194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.493;QD=5.62093;RBI=0.00039503;REFB=-0.00144641;REVB=-0.000345678;RO=52;SAF=9;SAR=6;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536019;STB=0.533697;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00758699;OID=.;OPOS=142045683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:52:52:15:15:0.223881:6:9:29:23:6:9:29:23 chr7 142045690 . A G 90.04 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00272124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.361;QD=5.90438;RBI=0.0163358;REFB=0.0049557;REVB=-0.0161075;RO=47;SAF=9;SAR=5;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114414;STB=0.572022;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0106437;OID=.;OPOS=142045690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:47:47:14:14:0.229508:5:9:26:21:5:9:26:21 chr7 142045692 . AC GT 90.04 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.000418421;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=314.77;QD=5.9045;RBI=0.0244225;REFB=0.000559961;REVB=-0.0244189;RO=47;SAF=9;SAR=5;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114414;STB=0.572022;STBP=0.61;TYPE=mnp;VARB=-0.0016073;OID=.;OPOS=142045692;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:47:47:14:14:0.229508:5:9:26:21:5:9:26:21 chr7 142045802 . T C 133.82 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0677504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8258;QD=6.77567;RBI=0.0678144;REFB=-0.00890577;REVB=-0.00294632;RO=59;SAF=9;SAR=11;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922543;STB=0.556202;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0288111;OID=.;OPOS=142045802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:59:20:20:0.253165:11:9:31:28:11:9:31:28 chr7 142045848 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.233;QD=58.6005;RBI=0.0281814;REFB=0;REVB=0.0277129;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07029e-05;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr7 142045899 . A G 100.72 PASS AF=0.25;AO=14;DP=59;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.0701765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2341;QD=6.71481;RBI=0.0780675;REFB=0.00250605;REVB=0.0342022;RO=45;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21377;STB=0.653577;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00394712;OID=.;OPOS=142045899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:45:45:14:15:0.25:8:6:12:33:8:7:12:33 chr7 142045912 . A G 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0153313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.466;QD=6.71702;RBI=0.0271621;REFB=-0.0102722;REVB=-0.0224217;RO=41;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298305;STB=0.682201;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0195607;OID=.;OPOS=142045912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:6:7:12:29:6:7:12:29 chr7 142045924 . A G 446.52 PASS AF=0.75;AO=39;DP=53;FAO=39;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0512351;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5278;QD=34.3476;RBI=0.0513039;REFB=-0.0263223;REVB=0.00265504;RO=13;SAF=11;SAR=28;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136492;STB=0.573992;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0079319;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:53:52:13:13:39:39:0.75:28:11:7:6:28:11:7:6 chr7 142099484 . G C 87.74 PASS AF=0.179775;AO=15;DP=81;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0781886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4998;QD=3.94324;RBI=0.0782624;REFB=-0.0371953;REVB=0.00339707;RO=66;SAF=11;SAR=4;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428778;STB=0.753874;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.13976;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:81:89:66:73:15:16:0.179775:4:11:25:41:4:12:32:41 chr7 142099512 . T G 70.98 PASS AF=0.14;AO=14;DP=94;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.021675;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.559;QD=2.83905;RBI=0.0220167;REFB=-0.00389083;REVB=-0.00386378;RO=80;SAF=10;SAR=4;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354504;STB=0.722065;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0218739;OID=.;OPOS=142099512;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:94:100:80:86:14:14:0.14:4:10:34:46:4:10:39:47 chr7 142099533 . T C 56.29 PASS AF=0.152174;AO=11;DP=92;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0186939;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.467;QD=2.44734;RBI=0.0205776;REFB=-0.00724364;REVB=-0.00860101;RO=79;SAF=9;SAR=2;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462207;STB=0.792532;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0923854;OID=.;OPOS=142099533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:92:92:79:78:11:14:0.152174:2:9:34:45:3:11:34:44 chr7 142099537 . G T 58.33 PASS AF=0.139785;AO=13;DP=92;FAO=13;FDP=93;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0455711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.099;QD=2.50867;RBI=0.0484644;REFB=-0.00943408;REVB=-0.0164944;RO=77;SAF=10;SAR=3;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391039;STB=0.772609;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0484331;OID=.;OPOS=142099537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:92:93:77:80:13:13:0.139785:3:10:35:42:3:10:36:44 chr7 142099541 . T C 49.63 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=95;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0172534;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.279;QD=2.11198;RBI=0.0256455;REFB=-0.00316171;REVB=-0.018974;RO=83;SAF=8;SAR=3;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310877;STB=0.72686;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0268696;OID=.;OPOS=142099541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:95:94:83:83:11:11:0.117021:3:8:39:44:3:8:39:44 chr7 142099548 . A G 63.92 PASS AF=0.135417;AO=13;DP=96;FAO=13;FDP=96;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0113136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.344;QD=2.66324;RBI=0.0175086;REFB=0.0020348;REVB=-0.0133624;RO=82;SAF=10;SAR=3;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368066;STB=0.753699;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0173312;OID=.;OPOS=142099548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:96:96:82:83:13:13:0.135417:3:10:39:43:3:10:40:43 chr7 142099571 . C T 34.21 PASS AF=0.0891089;AO=9;DP=101;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0226101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.125;QD=1.35472;RBI=0.0268566;REFB=-0.000438938;REVB=-0.0144934;RO=91;SAF=7;SAR=2;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338127;STB=0.766735;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0039766;OID=.;OPOS=142099571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:101:101:91:92:9:9:0.0891089:2:7:44:47:2:7:45:47 chr7 142119831 . G A 345.84 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0157129;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.067;QD=13.1747;RBI=0.039974;REFB=-0.000571003;REVB=0.0367563;RO=64;SAF=24;SAR=17;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142085;STB=0.580696;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00132534;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:64:41:41:0.390476:17:24:29:35:17:24:29:35 chr7 142124170 . C T 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.454;QD=62.7621;RBI=0.0155369;REFB=0;REVB=0.011315;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29611e-05;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:33:56:0:0:33:56:0:0 chr7 142124424 . T G 2512.24 PASS AF=0.976608;AO=164;DP=169;FAO=167;FDP=171;FR=.;FRO=4;FSAF=89;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00686728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.7;QD=58.7658;RBI=0.0200541;REFB=-0.0180001;REVB=0.0188417;RO=4;SAF=87;SAR=77;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127384;STB=0.506641;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00046152;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:169:171:4:4:164:167:0.976608:77:87:1:3:78:89:1:3 chr7 142139348 . C T 1509.87 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184376;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1712;QD=58.6357;RBI=0.0197281;REFB=0.0581075;REVB=0.007018;RO=1;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839763;STB=0.504424;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000858609;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:103:1:1:102:102:0.990291:56:46:0:1:56:46:0:1 chr7 142139783 . C A,G 747.76 PASS AF=0.795918,0.204082;AO=38,10;DP=49;FAO=39,10;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19,8;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206231,0.0158136;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=199.015,18.6012;QD=61.0415;RBI=0.0211329,0.0235171;REFB=0,0;REVB=0.00461417,-0.0174065;RO=0;SAF=19,8;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0101091,0.0033945;OID=.,.;OPOS=142139783,142139783;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:64:49:49:0:0:38,10:39,10:0.795918,0.204082:19,2:19,8:0:0:20,2:19,8:0:0 chr7 142139791 . AGG GAG,GGA 50.7 PASS AF=0,0.173913;AO=2,7;DP=45;FAO=0,8;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=0,6;FSAR=0,2;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.272891,-0.139208;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=31.314,66.642;QD=4.40861;RBI=0.272905,0.139215;REFB=-0.0827166,-0.0419067;REVB=0.00276929,0.00141626;RO=23;SAF=2,6;SAR=0,1;SRF=4;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.686036,0.69369;STB=0.5,0.71535;STBP=1,0.2;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0935772,0.142176;OID=.,.;OPOS=142139791,142139791;OREF=AG,AGG;OALT=GA,GGA;OMAPALT=GAG,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:45:46:23:38:2,7:0,8:0,0.173913:0,1:2,6:4:19:0,2:0,6:19:19 chr7 142143804 . A C 2050.15 PASS AF=0.971223;AO=134;DP=138;FAO=135;FDP=139;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0192132;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.299;QD=58.9972;RBI=0.0197143;REFB=-0.0809575;REVB=-0.00441633;RO=4;SAF=77;SAR=57;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419956;STB=0.502064;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00188896;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:138:139:4:4:134:135:0.971223:57:77:2:2:58:77:2:2 chr7 142143879 . A T 81.35 PASS AF=0.105263;AO=22;DP=209;FAO=22;FDP=209;FR=.;FRO=187;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=89;FSRR=98;FWDB=-0.0135926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9176;QD=1.55689;RBI=0.0175034;REFB=-0.00591481;REVB=-0.0110277;RO=185;SAF=10;SAR=12;SRF=87;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192861;STB=0.519213;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0290839;OID=.;OPOS=142143879;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:209:209:185:187:22:22:0.105263:12:10:87:98:12:10:89:98 chr7 142143906 . GT CC 165.16 PASS AF=0.160804;AO=32;DP=200;FAO=32;FDP=199;FR=.;FRO=167;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=85;FSRR=82;FWDB=0.00464435;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=318.221;QD=3.31974;RBI=0.0106352;REFB=-7.29273e-05;REVB=0.00956748;RO=165;SAF=14;SAR=18;SRF=83;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842165;STB=0.559988;STBP=0.484;TYPE=mnp;VARB=0.000345567;OID=.;OPOS=142143906;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:165:167:32:32:0.160804:18:14:83:82:18:14:85:82 chr7 142143941 . T C 236.9 PASS AF=0.211957;AO=39;DP=184;FAO=39;FDP=184;FR=.;FRO=145;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=84;FSRR=61;FWDB=-0.00405287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.575;QD=5.15007;RBI=0.00615203;REFB=-0.000423741;REVB=0.00462835;RO=145;SAF=16;SAR=23;SRF=84;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213281;STB=0.631109;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00208318;OID=.;OPOS=142143941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:145:145:39:39:0.211957:23:16:84:61:23:16:84:61 chr7 142144022 . T C 179.85 PASS AF=0.25;AO=26;DP=111;FAO=28;FDP=112;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=28;FWDB=-0.0263854;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.036;QD=6.42334;RBI=0.0264411;REFB=-0.00421799;REVB=-0.00171493;RO=85;SAF=9;SAR=17;SRF=57;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389565;STB=0.696932;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0152066;OID=.;OPOS=142144022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:85:84:26:28:0.25:17:9:57:28:17:11:56:28 chr7 142144059 . A C 118.89 PASS AF=0.208791;AO=16;DP=91;FAO=19;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=-0.00208014;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.952;QD=5.22598;RBI=0.0186944;REFB=-0.00966538;REVB=-0.0185783;RO=74;SAF=5;SAR=11;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405471;STB=0.677319;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0323475;OID=.;OPOS=142144059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:74:72:16:19:0.208791:11:5:48:26:11:8:47:25 chr7 142144091 . GG AA 59.28 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.00518685;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=2;MLLD=184.202;QD=3.4366;RBI=0.00518968;REFB=-0.00626206;REVB=-0.000171277;RO=58;SAF=5;SAR=6;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248191;STB=0.664673;STBP=0.302;TYPE=mnp;VARB=0.0222345;OID=.;OPOS=142144091;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:70:69:58:58:11:11:0.15942:6:5:38:20:6:5:38:20 chr7 142144101 . C T 39.76 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0243365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2644;QD=2.44655;RBI=0.0255467;REFB=-0.00316683;REVB=-0.0077697;RO=53;SAF=3;SAR=5;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334761;STB=0.713796;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00960805;OID=.;OPOS=142144101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:53:57:8:8:0.123077:5:3:35:18:5:3:36:21 chr7 142149160 . T G 777.4 PASS AF=0.496894;AO=80;DP=161;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.0328696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.798;QD=19.3143;RBI=0.033219;REFB=-0.00464719;REVB=0.0048055;RO=81;SAF=31;SAR=49;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996417;STB=0.554939;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00420558;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:81:81:80:80:0.496894:49:31:40:41:49:31:40:41 chr7 142149349 . A C 1153.96 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.014;QD=60.7347;RBI=0.0347354;REFB=0;REVB=0.00643569;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33111e-05;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:27:48:0:0:27:49:0:0 chr7 142162001 . A C 2884.92 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000295258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.685;QD=63.0585;RBI=0.00961507;REFB=0;REVB=0.00961054;RO=0;SAF=90;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09626e-06;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:93:90:0:0:93:90:0:0 chr7 142162050 . A G 911.56 PASS AF=0.471795;AO=92;DP=195;FAO=92;FDP=195;FR=.;FRO=103;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=0.00695993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.408;QD=18.6986;RBI=0.00707672;REFB=-0.00908302;REVB=0.00128036;RO=103;SAF=57;SAR=35;SRF=40;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220755;STB=0.621953;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0105735;OID=.;OPOS=142162050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:103:103:92:92:0.471795:35:57:40:63:35:57:40:63 chr7 142162148 . C T 737.57 PASS AF=0.467066;AO=78;DP=167;FAO=78;FDP=167;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.0118966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.017;QD=17.6663;RBI=0.0260114;REFB=-0.0114313;REVB=-0.0231315;RO=89;SAF=35;SAR=43;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108622;STB=0.560138;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0123289;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:89:89:78:78:0.467066:43:35:50:39:43:35:50:39 chr7 142162306 . A G 506.26 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00118515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.219;QD=25.6336;RBI=0.00343376;REFB=0.000139623;REVB=-0.00322275;RO=32;SAF=27;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00905259;STB=0.504948;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.000140908;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:32:47:47:0.594937:20:27:18:14:20:27:18:14 chr7 142168414 . G C 40.09 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=-0.01191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.534;QD=2.00459;RBI=0.0119383;REFB=-0.00201944;REVB=-0.000820736;RO=70;SAF=7;SAR=2;SRF=21;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526201;STB=0.8596;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0334051;OID=.;OPOS=142168414;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:80:70:71:9:9:0.1125:2:7:21:49:2:7:22:49 chr7 142168429 . A G 1205.31 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780492;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.015;QD=58.7956;RBI=0.0791512;REFB=-0.0464878;REVB=0.0131619;RO=1;SAF=25;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304418;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:79:82:1:0:77:82:1:52:25:1:0:53:29:0:0 chr7 142168452 . C A 1445.15 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043188;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.54;QD=62.8328;RBI=0.0163892;REFB=0;REVB=0.01581;RO=0;SAF=34;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144371;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:56:34:0:0:58:34:0:0 chr7 142168466 . A C 48.31 PASS AF=0.112245;AO=11;DP=98;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=-0.0105061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.495;QD=1.97185;RBI=0.0108097;REFB=-0.00108781;REVB=0.00254395;RO=86;SAF=8;SAR=3;SRF=30;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432723;STB=0.807598;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00619644;OID=.;OPOS=142168466;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:98:98:86:87:11:11:0.112245:3:8:30:56:3:8:30:57 chr7 142168474 . G A 52.37 PASS AF=0.11215;AO=10;DP=105;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.00584223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.915;QD=1.95767;RBI=0.037775;REFB=-0.00412545;REVB=-0.0373205;RO=94;SAF=7;SAR=3;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34564;STB=0.79867;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.031317;OID=.;OPOS=142168474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:105:107:94:95:10:12:0.11215:3:7:37:57:3:9:37:58 chr7 142168662 . CG TC 1498.88 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406213;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.862;QD=63.782;RBI=0.0287404;REFB=0;REVB=0.0284518;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000155301;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chr7 142168819 . G A 281.6 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0028262;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.62;QD=14.2581;RBI=0.0344354;REFB=-0.0221973;REVB=0.0343192;RO=46;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415854;STB=0.531542;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0422752;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:20:12:19:27:20:12:20:27 chr7 142168856 . C G 1041.62 PASS AF=0.96;AO=68;DP=71;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.116214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6627;QD=55.5528;RBI=0.120196;REFB=-0.10502;REVB=-0.0306812;RO=3;SAF=23;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000436811;STB=0.501779;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00579886;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:75:3:3:68:72:0.96:45:23:1:2:45:27:1:2 chr7 142176378 . A G 1268.11 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171796;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.914;QD=61.8591;RBI=0.0375723;REFB=0;REVB=0.0334147;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01942e-06;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:81:82:1:33:48:0:0:34:48:0:0 chr7 142180704 . G T 503.0 PASS AF=0.25;AO=74;DP=296;FAO=74;FDP=296;FR=.;FRO=222;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=91;FSRR=131;FWDB=0.00708725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.501;QD=6.79729;RBI=0.0130486;REFB=-0.00369362;REVB=-0.0109561;RO=221;SAF=21;SAR=53;SRF=91;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178031;STB=0.605684;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00830623;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:221:222:74:74:0.25:53:21:91:130:53:21:91:131 chr7 142180737 . T A 410.49 PASS AF=0.244186;AO=63;DP=260;FAO=63;FDP=258;FR=.;FRO=195;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=91;FSRR=104;FWDB=-0.00799454;FXX=0.0114938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.236;QD=6.36413;RBI=0.0172;REFB=-0.00354393;REVB=-0.0152291;RO=193;SAF=19;SAR=44;SRF=89;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212729;STB=0.632471;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0365124;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:258:193:195:63:63:0.244186:44:19:89:104:44:19:91:104 chr7 142180770 . T C 417.75 PASS AF=0.280952;AO=59;DP=210;FAO=59;FDP=210;FR=.;FRO=151;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=76;FSRR=75;FWDB=-0.0022975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.508;QD=7.95705;RBI=0.00278034;REFB=-0.00392056;REVB=0.00156581;RO=150;SAF=15;SAR=44;SRF=76;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326877;STB=0.691588;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0121574;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:150:151:59:59:0.280952:44:15:76:74:44:15:76:75 chr7 142206617 . G A 40.02 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0102134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.218;QD=8.00371;RBI=0.0108723;REFB=-0.0118469;REVB=0.00372747;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434685;STB=0.832223;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0252693;OID=.;OPOS=142206617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:20:20:11:14:6:6:0.3:1:5:5:6:1:5:5:9 chr7 142231701 . G T 312.37 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0570086;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.154;QD=16.4404;RBI=0.057171;REFB=-0.0172149;REVB=0.00430602;RO=42;SAF=23;SAR=11;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432446;STB=0.524267;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0133002;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:11:23:30:12:11:23:30:12 chr7 142242511 . A G 39.47 PASS AF=0.0839161;AO=12;DP=143;FAO=12;FDP=143;FR=.;FRO=131;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=-0.0588072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0437;QD=1.10404;RBI=0.0594139;REFB=0.000627386;REVB=-0.00846888;RO=131;SAF=5;SAR=7;SRF=55;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371861;STB=0.502989;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.0100673;OID=.;OPOS=142242511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:143:143:131:131:12:12:0.0839161:7:5:55:76:7:5:55:76 chr7 142242552 . G T 43.22 PASS AF=0.0930233;AO=12;DP=129;FAO=12;FDP=129;FR=.;FRO=117;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=3.78164e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.286;QD=1.34019;RBI=0.0127501;REFB=-0.00179257;REVB=-0.0127501;RO=117;SAF=4;SAR=8;SRF=46;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746667;STB=0.558559;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0197559;OID=.;OPOS=142242552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:129:129:117:117:12:12:0.0930233:8:4:46:71:8:4:46:71 chr7 142247134 . T C 314.94 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00930456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.741;QD=19.9965;RBI=0.0396603;REFB=-0.0232055;REVB=0.0385534;RO=29;SAF=12;SAR=21;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450057;STB=0.518507;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0187911;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:21:12:12:17:21:12:12:18 chr7 142247263 . G A 34.27 PASS AF=0.12963;AO=6;DP=56;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0113333;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.424;QD=2.53826;RBI=0.0123037;REFB=-0.00245428;REVB=-0.00478945;RO=49;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334607;STB=0.791511;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0293661;OID=.;OPOS=142247263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:56:54:49:47:6:7:0.12963:5:1:21:28:6:1:20:27 chr7 142247270 . TG CA 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0468255;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.305;QD=2.67222;RBI=0.0492159;REFB=-0.00942647;REVB=-0.0151518;RO=48;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355647;STB=0.781689;STBP=0.158;TYPE=mnp;VARB=0.0137881;OID=.;OPOS=142247270;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:48:49:7:7:0.125:6:1:19:29:6:1:20:29 chr7 142247288 . T C 48.58 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0339067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.784;QD=3.13451;RBI=0.0403288;REFB=-0.00461415;REVB=-0.0218345;RO=53;SAF=1;SAR=8;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426609;STB=0.813988;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0263176;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:8:1:21:32:8:1:21:32 chr7 142247347 . AT CC 55.39 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.049507;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=2;MLLD=115.571;QD=4.02804;RBI=0.0623918;REFB=-0.00365195;REVB=-0.0379711;RO=42;SAF=2;SAR=7;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331073;STB=0.715043;STBP=0.213;TYPE=mnp;VARB=0.0165962;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:56:55:42:46:9:9:0.163636:7:2:20:22:7:2:21:25 chr7 142247380 . T A 58.96 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00591082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4768;QD=5.12658;RBI=0.048595;REFB=-0.00206826;REVB=0.0482341;RO=37;SAF=2;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342082;STB=0.728628;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0146171;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:7:2:18:19:7:2:18:19 chr7 142247396 . A T 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0174852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.837;QD=3.43663;RBI=0.0633196;REFB=-0.0022954;REVB=-0.0608576;RO=32;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165316;STB=0.631132;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0126742;OID=.;OPOS=142247396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:32:33:6:6:0.153846:4:2:15:17:4:2:16:17 chr7 142250938 . T G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.668;QD=61.2132;RBI=0.0445413;REFB=0;REVB=0.0307311;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149665;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr7 142250988 . G A 1022.53 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9993;QD=59.277;RBI=0.0507111;REFB=0;REVB=0.0420112;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446735;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr7 142251132 . G T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.349;QD=61.3363;RBI=0.0471118;REFB=0;REVB=0.0265921;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171529;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr7 142326607 . C T 529.23 PASS AF=0.42029;AO=51;DP=132;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.023062;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.209;QD=15.3401;RBI=0.0231437;REFB=-0.023221;REVB=0.00194372;RO=80;SAF=22;SAR=29;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340113;STB=0.521465;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0320104;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:138:80:80:51:58:0.42029:29:22:37:43:34:24:36:44 chr7 142326783 . A G 159.56 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0334601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.1647;QD=17.7292;RBI=0.0335117;REFB=0.0115377;REVB=0.00185799;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074462;STB=0.526285;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0075135;OID=.;OPOS=142326783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:19:17:17:0.472222:8:9:11:7:8:9:11:8 chr7 142326909 . C G 1026.2 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.969;QD=59.4899;RBI=0.0580085;REFB=0;REVB=0.0579928;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347431;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr7 142334648 . A T 621.86 PASS AF=0.559633;AO=60;DP=110;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00438933;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.478;QD=22.8205;RBI=0.024267;REFB=-0.000983648;REVB=-0.0238667;RO=47;SAF=34;SAR=26;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180207;STB=0.597704;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000973257;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:47:48:60:61:0.559633:26:34:16:31:27:34:16:32 chr7 142334744 . C A 666.4 PASS AF=0.462585;AO=54;DP=149;FAO=68;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.0151305;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.031;QD=18.1334;RBI=0.0153646;REFB=-0.0158813;REVB=0.00267162;RO=78;SAF=27;SAR=27;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528408;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0203984;OID=.;OPOS=142334744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:78:79:54:68:0.462585:27:27:39:39:38:30:39:40 chr7 142373010 . C T 200.43 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0206112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.611;QD=9.65932;RBI=0.0735356;REFB=-0.0164429;REVB=-0.070588;RO=57;SAF=13;SAR=13;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051244;STB=0.530097;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0472888;OID=.;OPOS=142373010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:57:26:26:0.313253:13:13:31:26:13:13:31:26 chr7 142374072 . C A 355.02 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0129834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1766;QD=16.3228;RBI=0.0243608;REFB=0.0134566;REVB=0.0206127;RO=49;SAF=15;SAR=23;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196866;STB=0.610684;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0168469;OID=.;OPOS=142374072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:23:15:29:20:23:15:29:20 chr7 142374083 . A G 352.76 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0517469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.581;QD=15.8542;RBI=0.0548605;REFB=-0.00405345;REVB=0.018219;RO=51;SAF=15;SAR=23;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196229;STB=0.610561;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00393015;OID=.;OPOS=142374083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:23:15:30:21:23:15:30:21 chr7 142378633 . G A 316.06 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00915254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3385;QD=20.0675;RBI=0.0303137;REFB=0.00512976;REVB=0.028899;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500356;STB=0.536492;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00628605;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:30:33:33:0.52381:19:14:14:15:19:14:15:15 chr7 142378831 . C G 810.17 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.616;QD=56.8543;RBI=0.0311012;REFB=0;REVB=0.0308238;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692433;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:27:27:0:0:29:28:0:0 chr7 142423562 . C T 1514.83 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00176163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1952;QD=62.4673;RBI=0.0151282;REFB=-0.0940712;REVB=-0.0150253;RO=0;SAF=35;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00103645;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:61:35:0:0:61:35:1:0 chr7 142458451 . A T 250.77 PASS AF=0.184426;AO=45;DP=245;FAO=45;FDP=244;FR=.;FRO=199;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=111;FSRR=88;FWDB=-0.000775159;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.447;QD=4.11098;RBI=0.00104704;REFB=0.000826408;REVB=-0.000703858;RO=198;SAF=29;SAR=16;SRF=110;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119066;STB=0.573787;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.0061848;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:198:199:45:45:0.184426:16:29:110:88:16:29:111:88 chr7 142458486 . C T 51.23 PASS AF=0.079646;AO=18;DP=226;FAO=18;FDP=226;FR=.;FRO=208;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=117;FSRR=91;FWDB=-0.0186902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3479;QD=0.906803;RBI=0.02836;REFB=-0.000639014;REVB=-0.0213299;RO=204;SAF=9;SAR=9;SRF=113;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619294;STB=0.557459;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00532027;OID=.;OPOS=142458486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:226:226:204:208:18:18:0.079646:9:9:113:91:9:9:117:91 chr7 142458677 . G A 46.51 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00431447;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.155;QD=3.4455;RBI=0.0124251;REFB=-0.00529313;REVB=-0.011652;RO=47;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311202;STB=0.723181;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0186028;OID=.;OPOS=142458677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:55:54:47:46:8:8:0.148148:3:5:17:30:3:5:16:30 chr7 142458697 . T A 67.81 PASS AF=0.2;AO=9;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00315149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.752;QD=5.42518;RBI=0.0181159;REFB=-0.0142152;REVB=-0.0178397;RO=40;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280521;STB=0.709546;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0435126;OID=.;OPOS=142458697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:9:10:0.2:4:5:13:27:4:6:13:27 chr7 142458700 . G T 66.16 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0138278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.936;QD=5.08958;RBI=0.0249164;REFB=-0.00820614;REVB=-0.0207272;RO=42;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320147;STB=0.70551;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.037263;OID=.;OPOS=142458700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:42:42:10:10:0.192308:4:6:14:28:4:6:14:28 chr7 142458737 . C G 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00376446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.407;QD=7.71921;RBI=0.0100469;REFB=-0.00195693;REVB=-0.00931502;RO=38;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171695;STB=0.510622;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00677111;OID=.;OPOS=142458737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:6:7:21:17:6:7:21:17 chr7 142458829 . A G 106.81 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00164722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.647;QD=6.78135;RBI=0.0191586;REFB=-0.0122169;REVB=-0.0190877;RO=47;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139816;STB=0.585692;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0353115;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:47:47:16:16:0.253968:7:9:21:26:7:9:21:26 chr7 142458837 . A T 108.38 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.000313861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.181;QD=7.10673;RBI=0.0096981;REFB=-0.00668814;REVB=0.00969302;RO=45;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167966;STB=0.602308;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0387626;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:7:9:19:26:7:9:19:26 chr7 142458841 . AT A 85.56 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0227535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4262;QD=5.70429;RBI=0.0324158;REFB=0.00017009;REVB=-0.0230881;RO=46;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114094;STB=0.571327;STBP=0.572;TYPE=del;VARB=-0.00210143;OID=.;OPOS=142458842;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:14:60:14:60:46:8:6:22:24:85:46:8:6:22:24 chr7 142460335 . A G 389.61 PASS AF=0.311377;AO=52;DP=167;FAO=52;FDP=167;FR=.;FRO=115;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=53;FWDB=0.0148624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2359;QD=9.33186;RBI=0.0198281;REFB=-0.00535547;REVB=-0.0131248;RO=115;SAF=24;SAR=28;SRF=62;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091818;STB=0.553288;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0124229;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:115:115:52:52:0.311377:28:24:62:53:28:24:62:53 chr7 142460369 . G A 296.14 PASS AF=0.271523;AO=41;DP=151;FAO=41;FDP=151;FR=.;FRO=110;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=0.0161834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.697;QD=7.84476;RBI=0.0166746;REFB=-0.00586564;REVB=-0.00401722;RO=108;SAF=17;SAR=24;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105171;STB=0.556108;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0182371;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:108:110:41:41:0.271523:24:17:54:54:24:17:54:56 chr7 142460394 . T C 195.84 PASS AF=0.216783;AO=31;DP=143;FAO=31;FDP=143;FR=.;FRO=112;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=0.038029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0487;QD=5.47818;RBI=0.0386354;REFB=-0.00567965;REVB=-0.00681832;RO=112;SAF=10;SAR=21;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219613;STB=0.636274;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0176257;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:112:112:31:31:0.216783:21:10:55:57:21:10:55:57 chr7 142460412 . A C 49.67 PASS AF=0.107143;AO=12;DP=112;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.0260078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.555;QD=1.7738;RBI=0.0313483;REFB=-0.00680793;REVB=-0.0175017;RO=100;SAF=8;SAR=4;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155923;STB=0.617084;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0542394;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:112:112:100:100:12:12:0.107143:4:8:54:46:4:8:54:46 chr7 142460415 . T C 51.59 PASS AF=0.111111;AO=12;DP=108;FAO=12;FDP=108;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.0210299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.364;QD=1.91064;RBI=0.0496245;REFB=-0.000969558;REVB=0.0449481;RO=95;SAF=8;SAR=4;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148602;STB=0.615188;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0369753;OID=.;OPOS=142460415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:108:108:95:96:12:12:0.111111:4:8:52:43:4:8:52:44 chr7 142479915 . T C 1200.41 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.142;QD=60.7802;RBI=0.0204971;REFB=0;REVB=-0.0176768;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18221e-05;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:79:0:0:74:79:1:39:35:0:0:40:39:0:0 chr7 142479954 . C T 1648.76 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00343026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.577;QD=59.4146;RBI=0.00689986;REFB=-0.0499758;REVB=0.00598677;RO=1;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904204;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61127e-05;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:111:111:1:0:110:111:1:52:58:0:1:53:58:0:0 chr7 142480002 . C A 1874.52 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0214791;FXX=0.0157468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.129;QD=59.9847;RBI=0.0376799;REFB=0.141352;REVB=0.0309583;RO=2;SAF=63;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148416;STB=0.507811;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.000401595;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:60:63:2:0:60:63:2:0 chr7 142480067 . C T 1282.53 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.465;QD=61.8086;RBI=0.0161887;REFB=0;REVB=0.00145122;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63034e-05;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:38:44:0:0:38:45:0:0 chr7 142498732 . GAAAAAC GAACAAG 129.71 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0422038;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=239.76;QD=9.60848;RBI=0.0429029;REFB=-0.00571402;REVB=0.00771386;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15086;STB=0.533294;STBP=0.724;TYPE=mnp;VARB=0.0123918;OID=.;OPOS=142498735;OREF=AAAC;OALT=CAAG;OMAPALT=GAACAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314815:17:54:17:54:37:10:7:20:17:99:29:10:7:13:16 chr7 142498833 . A T 496.42 PASS AF=0.442623;AO=53;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0426034;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1042;QD=16.2762;RBI=0.0606255;REFB=-0.00810041;REVB=0.0431324;RO=65;SAF=24;SAR=29;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00866086;STB=0.501844;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0162817;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:68:53:54:0.442623:29:24:30:35:30:24:30:38 chr7 142498837 . C T 501.23 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00116428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.455;QD=15.6633;RBI=0.040775;REFB=-0.000333422;REVB=0.0407584;RO=73;SAF=25;SAR=30;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00255702;STB=0.501432;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.000892788;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:73:55:55:0.429688:30:25:33:40:30:25:33:40 chr7 142498897 . A G 600.27 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=143;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.0100707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.877;QD=16.7908;RBI=0.0114975;REFB=-0.0181479;REVB=-0.00554736;RO=80;SAF=29;SAR=34;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398847;STB=0.522255;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0242971;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:80:80:63:63:0.440559:34:29:40:40:34:29:40:40 chr7 142499071 . T C 375.81 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0194421;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.803;QD=15.0323;RBI=0.0194457;REFB=-0.018113;REVB=0.000377032;RO=57;SAF=18;SAR=24;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646661;STB=0.541767;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0233366;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:58:42:42:0.42:24:18:28:29:24:18:29:29 chr7 142499874 . T C 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00236093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.953;QD=2.49544;RBI=0.0266496;REFB=0.00174813;REVB=0.0265449;RO=45;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183255;STB=0.639527;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0134073;OID=.;OPOS=142499874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:4:2:22:23:4:2:22:23 chr7 142561447 . AGGGGGGGT AGGGGGGT,AGGGGGGTG 265.03 PASS AF=0.952381,0;AO=30,3;DP=43;FAO=40,0;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=21,0;FSAR=19,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.100928,-0.147713;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.74343,13.2486;QD=25.2407;RBI=0.197737,0.191369;REFB=0.146663,0.0344892;REVB=0.17004,0.121667;RO=5;SAF=16,3;SAR=14,0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0353635,0.698233;STB=0.501193,0.5;STBP=0.884,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000460767,0;OID=.,.;OPOS=142561448,142561454;OREF=G,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=AGGGGGGT,AGGGGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381,0:30,3:43:40,0:42:2:21,0:19,0:1:1:7:5:16,3:14,0:2:3 chr7 142562397 . GC G 47.94 PASS AF=0.338235;AO=24;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00180736;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.91835;QD=2.82002;RBI=0.0600319;REFB=-0.108314;REVB=-0.0600047;RO=35;SAF=8;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25047;STB=0.536051;STBP=0.667;TYPE=del;VARB=0.110143;OID=.;OPOS=142562398;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338235:24:68:23:68:45:10:13:22:23:47:35:8:16:20:15 chr7 143017807 . G T 859.71 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00429872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.114;QD=54.5849;RBI=0.00507633;REFB=-0.0174247;REVB=-0.00270002;RO=1;SAF=37;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125883;STB=0.513154;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000321153;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:24:37:1:0:24:37:2:0 chr7 143020649 . G A 267.91 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.000280809;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.488;QD=18.4763;RBI=0.0307021;REFB=-0.0433935;REVB=-0.0307008;RO=29;SAF=20;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102945;STB=0.557728;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0349722;OID=.;OPOS=143020649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:29:29:29:0.5:9:20:17:12:9:20:17:12 chr7 143020944 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00909056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.924;QD=11.597;RBI=0.0531828;REFB=-0.0267645;REVB=0.0524001;RO=21;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303663;STB=0.684578;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0523623;OID=.;OPOS=143020944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:10:2:8:13:10:2:8:13 chr7 143042837 . C T 651.69 PASS AF=0.596154;AO=62;DP=104;FAO=62;FDP=104;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00593067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.719;QD=25.065;RBI=0.00807176;REFB=-0.0212275;REVB=-0.00547544;RO=42;SAF=23;SAR=39;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451377;STB=0.524598;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0181531;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:42:42:62:62:0.596154:39:23:18:24:39:23:18:24 chr7 143043267 . C T 141.81 PASS AF=0.285714;AO=19;DP=69;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0500355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0271;QD=8.10318;RBI=0.0547338;REFB=-0.0063623;REVB=0.0221863;RO=49;SAF=5;SAR=14;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19617;STB=0.594241;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0197572;OID=.;OPOS=143043267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:49:50:19:20:0.285714:14:5:20:29:14:6:21:29 chr7 143053260 . A G 785.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.744;QD=64.1154;RBI=0.0270376;REFB=0;REVB=0.0254926;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7202e-05;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:31:18:0:0 chr7 143053723 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0244488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.612;QD=15.8393;RBI=0.0332267;REFB=-0.00821975;REVB=0.0225005;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359217;STB=0.717291;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00410838;OID=.;OPOS=143053723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:3:4:7:1:3:4 chr7 143088823 . T C,G 383.84 PASS AF=0.892857,0.107143;AO=25,3;DP=28;FAO=25,3;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964285,0.00757054;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.497,163.925;QD=54.8339;RBI=0.0146143,0.0176655;REFB=0,0;REVB=-0.0109815,-0.0159611;RO=0;SAF=13,2;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00911997,0.0650469;OID=.,.;OPOS=143088823,143088823;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:28:28:0:0:25,3:25,3:0.892857,0.107143:12,1:13,2:0:0:12,1:13,2:0:0 chr7 143088867 . T C 272.73 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.014;QD=51.9483;RBI=0.0217149;REFB=0;REVB=0.00755577;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156063;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:10:11:0:0 chr7 143093538 . G A 1491.54 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3615;QD=63.4699;RBI=0.0871873;REFB=0;REVB=-0.0871786;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000532267;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr7 143097100 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1594;QD=60.23;RBI=0.0127024;REFB=0;REVB=0.00102987;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157139;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr7 143098436 . C T 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00140767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.358;QD=15.738;RBI=0.00451936;REFB=-0.0101058;REVB=0.00429454;RO=36;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103868;STB=0.558782;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.015469;OID=.;OPOS=143098436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:19:10:16:20:19:10:16:20 chr7 143141475 . T C 657.52 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000557599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5704;QD=59.7743;RBI=0.0927539;REFB=-0.016619;REVB=0.0927522;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00150288;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:22:21:0:0:22:21:0:1 chr7 143270172 . A G 416.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.031696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3302;QD=53.8042;RBI=0.111864;REFB=0.0503633;REVB=-0.10728;RO=1;SAF=6;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714849;STB=0.538435;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00475721;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:24:6:1:0:24:6:1:0 chr7 143632618 . C T 282.71 PASS AF=0.327434;AO=37;DP=113;FAO=37;FDP=113;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0220527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.707;QD=10.0075;RBI=0.0235661;REFB=-0.00670937;REVB=0.00830913;RO=75;SAF=24;SAR=13;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107796;STB=0.558955;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0136842;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:75:76:37:37:0.327434:13:24:42:33:13:24:43:33 chr7 143633297 . A G 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0102435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.277;QD=15.2684;RBI=0.0109909;REFB=0.00197138;REVB=-0.00398368;RO=33;SAF=6;SAR=20;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197253;STB=0.612809;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00215697;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:20:6:13:20:20:6:13:20 chr7 143657801 . A G 466.43 PASS AF=0.395522;AO=51;DP=132;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.000760567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.313;QD=13.9232;RBI=0.0233211;REFB=-0.00719191;REVB=-0.0233087;RO=79;SAF=16;SAR=35;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255617;STB=0.638876;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0144431;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:79:81:51:53:0.395522:35:16:43:36:36:17:44:37 chr7 143701516 . C T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0289988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.865;QD=23.3818;RBI=0.0317273;REFB=-0.0174642;REVB=-0.0128722;RO=14;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321207;STB=0.681608;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0113891;OID=.;OPOS=143701516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:15:4:8:6:15:4:8:6 chr7 143701884 . C T 490.94 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0273128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4887;QD=51.6775;RBI=0.0407798;REFB=-0.0420921;REVB=-0.0302821;RO=3;SAF=15;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355985;STB=0.519073;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0191808;OID=.;OPOS=143701884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:20:15:2:1:20:15:2:1 chr7 143748364 . T C 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.848;QD=61.8517;RBI=0.0327891;REFB=0;REVB=0.0327118;RO=0;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36441e-05;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:53:30:0:0:53:30:0:0 chr7 143771408 . G C,T 1245.53 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=79,3;DP=82;FAO=80,2;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=39,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107587,-0.00661862;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.269,84.8856;QD=60.7576;RBI=0.0342431,0.0496402;REFB=0,0;REVB=0.0325091,-0.0491969;RO=0;SAF=41,0;SAR=38,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000426871,0.111286;OID=.,.;OPOS=143771408,143771408;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:82:82:0:0:79,3:80,2:0.97561,0.0243902:38,3:41,0:0:0:39,2:41,0:0:0 chr7 143771536 . G A 1339.68 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.324;QD=62.3106;RBI=0.0218966;REFB=0;REVB=0.0217209;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08734e-05;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:52:34:0:0:52:34:0:0 chr7 143771557 . T C 1587.19 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.045;QD=64.129;RBI=0.0121653;REFB=0;REVB=0.00420613;RO=0;SAF=37;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80164e-05;OID=.;OPOS=143771557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:61:37:0:0:61:38:0:0 chr7 143771937 . G C 1225.11 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.076;QD=61.2553;RBI=0.0206983;REFB=0;REVB=0.012289;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5893e-05;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:49:30:0:0:49:31:0:0 chr7 143807515 . T G 629.25 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0099085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.108;QD=57.2046;RBI=0.0669814;REFB=-0.0797164;REVB=0.0662444;RO=2;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409436;STB=0.502182;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0018604;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:23:19:1:1:23:19:1:1 chr7 143807518 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.035;QD=62.6711;RBI=0.00613569;REFB=0;REVB=0.00446103;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47031e-05;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr7 143826603 . G T 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.277;QD=58.9607;RBI=0.0299719;REFB=0;REVB=0.0278411;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130198;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr7 143826697 . C A,G 411.17 PASS AF=0.348837,0.44186;AO=15,19;DP=43;FAO=15,19;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=15,1;FSAR=0,18;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.061565,-0.0103524;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=82.856,58.0205;QD=38.2488;RBI=0.0618029,0.0108752;REFB=-0.217515,0.0114845;REVB=0.00541786,0.00333163;RO=9;SAF=15,1;SAR=0,18;SRF=9;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.722111;STB=0.5,0.908559;STBP=1,0;TYPE=snp,snp;VARB=0.0836235,0.0169163;OID=.,.;OPOS=143826697,143826697;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:43:43:9:9:15,19:15,19:0.348837,0.44186:0,18:15,1:9:0:0,18:15,1:9:0 chr7 143826729 . ACTT A 401.54 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324353;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=249.022;QD=55.385;RBI=0.0348127;REFB=0;REVB=-0.0126441;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00126173;OID=.;OPOS=143826730;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:30:29:29:0:7:22:0:0:4:0:7:21:0:0 chr7 143884103 . G A 1079.88 PASS AF=0.638158;AO=94;DP=149;FAO=97;FDP=152;FR=.;FRO=55;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0287036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.096;QD=28.418;RBI=0.0331712;REFB=-0.0318952;REVB=0.0166262;RO=55;SAF=55;SAR=39;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902731;STB=0.544872;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0167779;OID=.;OPOS=143884103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:55:55:94:97:0.638158:39:55:25:30:41:56:25:30 chr7 143884139 . G A 253.03 PASS AF=0.262774;AO=36;DP=131;FAO=36;FDP=137;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=42;FWDB=-0.000120636;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.025;QD=7.38784;RBI=0.0074489;REFB=0.00176428;REVB=-0.00744792;RO=95;SAF=10;SAR=26;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411043;STB=0.725017;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00730883;OID=.;OPOS=143884139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:137:95:101:36:36:0.262774:26:10:59:36:26:10:59:42 chr7 144015434 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.892;QD=33.4284;RBI=0.05805;REFB=0;REVB=0.0565484;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217586;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr7 144015437 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.823;QD=35.5758;RBI=0.0875477;REFB=0;REVB=-0.0722949;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000829284;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr7 144095600 . A G 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0888;QD=42.1771;RBI=0.0576336;REFB=0;REVB=0.0481384;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508914;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr7 144098992 . G A 705.12 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8668;QD=62.6777;RBI=0.0634051;REFB=0;REVB=0.0317785;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341264;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:17:27:0:0:18:27:0:0 chr7 144547012 . T C 365.85 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00156245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.475;QD=13.6767;RBI=0.00800875;REFB=-0.00159116;REVB=0.00785486;RO=64;SAF=18;SAR=25;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478155;STB=0.527015;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00241988;OID=.;OPOS=144547012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:25:18:24:40:25:18:24:40 chr7 148113623 . ATAGTT A 387.96 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384503;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=290.394;QD=55.4233;RBI=0.0384511;REFB=0;REVB=0.000261848;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.37342e-05;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:26:28:28:0:12:16:0:0:4:0:11:13:0:0 chr7 148143136 . A G 3152.52 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1424;QD=64.0105;RBI=0.0470525;REFB=0;REVB=-0.0336725;RO=0;SAF=109;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187891;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:88:109:0:0:88:109:0:0 chr7 148481488 . G A 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0202846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.472;QD=15.1562;RBI=0.0353647;REFB=-0.0118695;REVB=0.0289689;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814413;STB=0.546182;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0215691;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:13:12:18:14:13:12:18:14 chr7 148638572 . G A 614.05 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0707169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3889;QD=20.299;RBI=0.0713241;REFB=0.00907164;REVB=0.0092867;RO=59;SAF=34;SAR=28;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803878;STB=0.544276;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00827458;OID=.;OPOS=148638572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:59:62:62:0.512397:28:34:27:32:28:34:27:32 chr7 148700542 . A C 66.84 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00251387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.681;QD=12.7309;RBI=0.00940496;REFB=-0.0191099;REVB=0.00906276;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13278;STB=0.578773;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.022258;OID=.;OPOS=148700542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:5:7:4:5:5:7 chr7 148724945 . T C 452.08 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00995568;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.275;QD=22.0527;RBI=0.0103907;REFB=-0.0148791;REVB=0.00297498;RO=38;SAF=23;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019116;STB=0.510539;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00604037;OID=.;OPOS=148724945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:21:23:19:19:21:23:19:19 chr7 148801091 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=365.719;QD=39.2068;RBI=0.0372032;REFB=0;REVB=-0.030561;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07217e-05;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr7 148801658 . C T 384.53 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0293411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.73;QD=53.0382;RBI=0.0405435;REFB=-0.198472;REVB=0.0279798;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282029;STB=0.515141;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00200296;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:1:0:12:16:1:0 chr7 148822810 . C T 2377.77 PASS AF=1;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573825;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.079;QD=64.2642;RBI=0.0641062;REFB=0;REVB=0.0285807;RO=0;SAF=82;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93196e-05;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:147:148:1:65:82:0:0:65:83:0:0 chr7 148848358 . G A 404.03 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0400188;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.203;QD=53.8711;RBI=0.0530876;REFB=-0.0883135;REVB=0.0348826;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000606998;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:16:13:0:0:16:13:0:1 chr7 148851213 . G A 724.09 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0390619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.023;QD=59.1093;RBI=0.0400384;REFB=-0.131658;REVB=0.00878865;RO=2;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494209;STB=0.526304;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00124231;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:18:29:0:2:18:29:0:2 chr7 148937136 . C A 333.69 PASS AF=0.557377;AO=32;DP=59;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0629831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.024;QD=21.8812;RBI=0.0655871;REFB=-0.0220858;REVB=0.0182976;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105414;STB=0.518003;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0210905;OID=.;OPOS=148937136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:27:27:32:34:0.557377:15:17:14:13:15:19:14:13 chr7 148979649 . G T 658.4 PASS AF=0.583333;AO=63;DP=110;FAO=63;FDP=108;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00253991;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.643;QD=24.3852;RBI=0.00612325;REFB=-0.0225581;REVB=-0.00557162;RO=45;SAF=23;SAR=40;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104281;STB=0.505687;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0146112;OID=.;OPOS=148979649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:45:45:63:63:0.583333:40:23:17:28:40:23:17:28 chr7 148991712 . A G 98.56 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0216933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.578;QD=14.0793;RBI=0.0262313;REFB=-0.0383825;REVB=-0.0147473;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211339;STB=0.624777;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0549448;OID=.;OPOS=148991712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:9:7:3:9:9:7 chr7 148991853 . G A 370.05 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00141473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.696;QD=19.7361;RBI=0.00657604;REFB=-0.010539;REVB=-0.00642206;RO=37;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391702;STB=0.521728;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00778566;OID=.;OPOS=148991853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:22:16:14:23:22:16:14:23 chr7 149112306 . A G 526.78 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.294;QD=56.9497;RBI=0.0148306;REFB=-0.0495258;REVB=-0.00663999;RO=1;SAF=9;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491764;STB=0.526301;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000648742;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:27:9:1:0:27:9:1:0 chr7 149152770 . A G 252.93 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.861;QD=50.5858;RBI=0.0315395;REFB=0;REVB=0.0218625;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139731;OID=.;OPOS=149152770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:5:14:0:0:5:15:0:0 chr7 149152906 . G A 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00993044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.296;QD=19.2766;RBI=0.0333936;REFB=0.00215234;REVB=0.0318829;RO=33;SAF=19;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171461;STB=0.595245;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00168798;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:15:19:12:21:15:19:12:21 chr7 149191568 . C T 239.37 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00139036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.376;QD=20.8143;RBI=0.0128412;REFB=-0.00943191;REVB=0.0127657;RO=23;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206326;STB=0.616527;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00689246;OID=.;OPOS=149191568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:16:7:12:11:16:7:12:11 chr7 149243619 . C T 217.72 PASS AF=0.358974;AO=27;DP=77;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=-0.0146671;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0416;QD=11.165;RBI=0.0564061;REFB=-0.0193796;REVB=-0.0544658;RO=50;SAF=18;SAR=9;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964559;STB=0.570492;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.048792;OID=.;OPOS=149243619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:50:50:27:28:0.358974:9:18:37:13:10:18:37:13 chr7 149317062 . C T 1265.76 PASS AF=0.5125;AO=123;DP=240;FAO=123;FDP=240;FR=.;FRO=117;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=0.0137393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7018;QD=21.0959;RBI=0.0335964;REFB=-0.0203609;REVB=0.0306586;RO=117;SAF=57;SAR=66;SRF=54;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00167928;STB=0.50092;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0203976;OID=.;OPOS=149317062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:117:117:123:123:0.5125:66:57:54:63:66:57:54:63 chr7 149318375 . C T 192.84 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0153706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.098;QD=40.5986;RBI=0.0153712;REFB=-0.0901059;REVB=-0.000134236;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538535;STB=0.503102;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00071821;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:1:2:17:17:0.894737:9:8:1:0:9:8:1:1 chr7 149344105 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0839619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.105;QD=50.1344;RBI=0.084153;REFB=0.00937739;REVB=-0.0056671;RO=1;SAF=7;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616508;STB=0.533305;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000126858;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:17:7:1:0:17:7:1:0 chr7 149426305 . G GC 883.6 PASS AF=1;AO=71;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.198;QD=46.505;RBI=0.149786;REFB=0;REVB=0.141433;RO=4;SAF=31;SAR=40;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064799;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0031298;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:76:76:76:0:34:42:0:0:16:4:31:40:2:2 chr7 149427409 . T G 1607.45 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0149635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.725;QD=58.9891;RBI=0.0736505;REFB=-0.151993;REVB=-0.0721144;RO=0;SAF=34;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22246e-08;STB=0.503355;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000434722;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:0:1:107:108:0.990826:73:34:0:0:74:34:0:1 chr7 149430438 . C G 429.71 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0239366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.555;QD=15.9153;RBI=0.0297707;REFB=-0.0185309;REVB=-0.0177013;RO=51;SAF=5;SAR=27;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299064;STB=0.528834;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0230528;OID=.;OPOS=149430438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:60:32:48:0.444444:27:5:18:33:28:20:22:38 chr7 149462337 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0356576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.811;QD=23.2183;RBI=0.0522328;REFB=-0.00137252;REVB=0.038168;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00100909;OID=.;OPOS=149462337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr7 149462381 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0263239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.932;QD=21.2668;RBI=0.0640965;REFB=-0.00060094;REVB=-0.0584415;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364953;STB=0.702398;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00197408;OID=.;OPOS=149462381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:13:1:9:8:13:1 chr7 149462523 . C G 484.29 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=1;FWDB=-0.00250745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.566;QD=23.6237;RBI=0.0199924;REFB=-0.00836139;REVB=-0.0198346;RO=36;SAF=31;SAR=15;SRF=35;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308206;STB=0.66616;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00891228;OID=.;OPOS=149462523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:15:31:35:1:15:31:35:1 chr7 149462816 . G C 375.55 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0134392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.574;QD=18.3193;RBI=0.0141455;REFB=-0.0240578;REVB=-0.00441368;RO=43;SAF=13;SAR=26;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153979;STB=0.586161;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0258499;OID=.;OPOS=149462816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:26:13:21:22:26:13:21:22 chr7 149474393 . A G 281.02 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=38;FWDB=-0.023607;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.2425;QD=14.2291;RBI=0.0742522;REFB=0.000731349;REVB=-0.0703995;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302174;STB=0.669008;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00132646;OID=.;OPOS=149474393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:47:47:32:32:0.405063:17:15:9:38:17:15:9:38 chr7 149479335 . G C 445.53 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.012347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.982;QD=18.1849;RBI=0.0221227;REFB=-0.0188116;REVB=-0.0183566;RO=52;SAF=21;SAR=24;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136687;STB=0.569625;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0279719;OID=.;OPOS=149479335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:53:45:45:0.459184:24:21:17:35:24:21:18:35 chr7 149480706 . T A 333.34 PASS AF=0.443038;AO=26;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0113121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.743;QD=16.878;RBI=0.0192141;REFB=-0.0543657;REVB=0.0155313;RO=41;SAF=6;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284184;STB=0.553744;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0579079;OID=.;OPOS=149480706;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:43:26:35:0.443038:20:6:19:22:22:13:20:23 chr7 149483237 . G A 787.51 PASS AF=0.560606;AO=74;DP=132;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00262559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.493;QD=23.8639;RBI=0.00507942;REFB=-0.0524459;REVB=-0.0043482;RO=57;SAF=42;SAR=32;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333267;STB=0.514745;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0369401;OID=.;OPOS=149483237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:57:58:74:74:0.560606:32:42:30:27:32:42:31:27 chr7 149484798 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0834257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2276;QD=14.9783;RBI=0.0851983;REFB=-0.0176137;REVB=0.0172891;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20973;STB=0.622399;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0243441;OID=.;OPOS=149484798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:7:4:6:4:7:4 chr7 149485059 . T C 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00604777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.266;QD=17.378;RBI=0.0307504;REFB=-0.0307329;REVB=-0.0301498;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358864;STB=0.707579;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0210229;OID=.;OPOS=149485059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:3:8:3:7:3:8:3:7 chr7 149486294 . A G 259.45 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=104;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0340455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.319;QD=9.88382;RBI=0.0607185;REFB=-0.0233853;REVB=-0.0502756;RO=70;SAF=12;SAR=22;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20641;STB=0.615931;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0637795;OID=.;OPOS=149486294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:70:71:34:34:0.32381:22:12:37:33:22:12:37:34 chr7 149486382 . C G 403.98 PASS AF=0.442105;AO=41;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00577682;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.89;QD=17.0097;RBI=0.0231514;REFB=-0.024888;REVB=-0.0224191;RO=52;SAF=25;SAR=16;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167841;STB=0.590113;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0268026;OID=.;OPOS=149486382;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:53:41:42:0.442105:16:25:23:29:17:25:23:30 chr7 149489491 . C T 543.3 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0126703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.954;QD=22.6376;RBI=0.0201604;REFB=-0.0445548;REVB=0.0156814;RO=45;SAF=23;SAR=28;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107727;STB=0.559292;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0278778;OID=.;OPOS=149489491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:28:23:26:19:28:23:26:19 chr7 149498893 . A G 203.21 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.000269543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.624;QD=14.2604;RBI=0.0136567;REFB=-0.0256818;REVB=-0.013654;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529259;STB=0.519924;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0396609;OID=.;OPOS=149498893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:33:24:24:0.421053:13:11:13:19:13:11:14:19 chr7 149498903 . T C 225.11 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0547254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.873;QD=15.2619;RBI=0.0567819;REFB=-0.0353646;REVB=-0.0151434;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948309;STB=0.546816;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0282851;OID=.;OPOS=149498903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:33:26:26:0.440678:17:9:14:18:17:9:14:19 chr7 149499284 . C T 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0131026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.305;QD=23.5971;RBI=0.0340696;REFB=0.00244156;REVB=0.0314493;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596777;STB=0.533306;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00192463;OID=.;OPOS=149499284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:16:9:9:12:16:9:9:12 chr7 149500809 . AGGGGG AGGGG,AGGGGC,GAGGGG 320.34 PASS AF=0.757576,0,0.030303;AO=31,6,3;DP=63;FAO=50,0,2;FDP=66;FR=.;FRO=14;FSAF=36,0,2;FSAR=14,0,0;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0396943,0.021899,-0.0249158;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=10.337,13.375,135.063;QD=19.4145;RBI=0.155124,0.0648756,0.0294264;REFB=-0.159086,-0.050847,-0.0300511;REVB=0.14996,-0.0610678,0.0156561;RO=17;SAF=29,0,3;SAR=2,6,0;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0.384615,0,0;SSSB=0.552418,-0.717468,0.620678;STB=0.538906,0.5,0.993802;STBP=0.314,1,0.187;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.109947,0.0172811,0.035799;OID=.,.,.;OPOS=149500810,149500814,149500809;OREF=G,G,AG;OALT=-,C,GA;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC,GAGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:63:66:17:14:31,6,3:50,0,2:0.757576,0,0.030303:2,6,0:29,0,3:8:9:14,0,0:36,0,2:8:6 chr7 149506211 . G GC 2840.82 PASS AF=1;AO=238;DP=252;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173966;FXX=0.0121946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.9745;QD=46.7624;RBI=0.177938;REFB=0;REVB=0.0373848;RO=11;SAF=110;SAR=128;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300255;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0012554;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:238:252:243:243:0:112:131:0:0:52:11:110:128:9:2 chr7 149511985 . A G 625.81 PASS AF=0.895833;AO=42;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0480893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.566;QD=52.1506;RBI=0.0492699;REFB=8.19932e-05;REVB=0.0107212;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55553;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=7.23399e-05;OID=.;OPOS=149511985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:0:5:42:43:0.895833:22:20:0:0:23:20:5:0 chr7 149513152 . C T 40.4 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0215759;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.546;QD=10.7733;RBI=0.0376099;REFB=-0.016957;REVB=-0.0308056;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228861;STB=0.644611;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0242538;OID=.;OPOS=149513152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:3:6:5:1:3:6 chr7 149513560 . T C 329.95 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00454635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.104;QD=20.9495;RBI=0.0116915;REFB=-0.0370836;REVB=0.0107714;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716827;STB=0.539659;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0313586;OID=.;OPOS=149513560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:17:17:12:17:17:17:12:17 chr7 149515103 . C T 226.55 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0200575;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.238;QD=19.2808;RBI=0.0270909;REFB=-0.0468916;REVB=0.0182102;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754884;STB=0.542818;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0324057;OID=.;OPOS=149515103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:11:14:14:8:11:14 chr7 149515188 . TAA TA,TAC 137.51 PASS AF=0.625,0;AO=13,2;DP=24;FAO=15,0;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4,0;FSAR=11,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00888575,-0.0778701;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.296,19.1132;QD=22.9183;RBI=0.0102041,0.0908516;REFB=-0.042852,-0.0487828;REVB=-0.00501662,-0.0468002;RO=9;SAF=3,1;SAR=10,1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00872399,0.307174;STB=0.521711,0.5;STBP=0.829,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0236077,0;OID=.,.;OPOS=149515189,149515190;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TA,TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625,0:13,2:24:15,0:24:9:4,0:11,0:2:7:55:9:3,1:10,1:2:7 chr7 149515754 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0149402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.059;QD=10.0752;RBI=0.0197647;REFB=0.00319718;REVB=-0.0129396;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319996;STB=0.672562;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00561193;OID=.;OPOS=149515754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:12:14:8:8:0.363636:7:1:4:8:7:1:4:10 chr7 149515775 . C G 55.33 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0052404;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.058;QD=8.19751;RBI=0.0712769;REFB=-0.00130769;REVB=0.071084;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423404;STB=0.76299;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000845622;OID=.;OPOS=149515775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:28:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:7:12:2:6:7:12 chr7 149515796 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0317394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.956;QD=14.196;RBI=0.0344341;REFB=-0.0156368;REVB=-0.0133536;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286975;STB=0.654338;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0358366;OID=.;OPOS=149515796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:5:10:8:13:5:10:9:13 chr7 149516486 . A G 357.4 PASS AF=0.40625;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=-0.02091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.888;QD=14.8917;RBI=0.0209105;REFB=-0.0300449;REVB=0.000143812;RO=57;SAF=4;SAR=34;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354898;STB=0.668949;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0492185;OID=.;OPOS=149516486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:57:57:38:39:0.40625:34:4:17:40:34:5:17:40 chr7 149516881 . G T 613.78 PASS AF=0.635294;AO=53;DP=85;FAO=54;FDP=85;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00800144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.071;QD=28.8837;RBI=0.0327898;REFB=-0.0437358;REVB=0.0317986;RO=31;SAF=22;SAR=31;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198532;STB=0.609484;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0209086;OID=.;OPOS=149516881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:31:31:53:54:0.635294:31:22:22:9:32:22:22:9 chr7 149518148 . A G 188.65 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.059808;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.498;QD=18.8647;RBI=0.075141;REFB=-0.0117423;REVB=-0.0454883;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086445;STB=0.548847;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00867389;OID=.;OPOS=149518148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:13:6:5:16:13:6:5:16 chr7 149518532 . TC T 396.79 PASS AF=0.732558;AO=54;DP=86;FAO=63;FDP=86;FR=.;FRO=23;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00107646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.1348;QD=18.4553;RBI=0.0591705;REFB=0.0198539;REVB=0.0591608;RO=24;SAF=26;SAR=28;SRF=6;SRR=18;SSEN=0.227976;SSEP=0;SSSB=0.132961;STB=0.530412;STBP=0.34;TYPE=del;VARB=0.0477695;OID=.;OPOS=149518533;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.732558:54:86:63:86:23:29:34:8:15:57:24:26:28:6:18 chr7 149518961 . T C 3724.42 PASS AF=0.976285;AO=243;DP=250;FAO=247;FDP=253;FR=.;FRO=6;FSAF=116;FSAR=131;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0205954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6926;QD=58.8841;RBI=0.0490975;REFB=0.00744773;REVB=0.0445689;RO=5;SAF=115;SAR=128;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00282213;STB=0.503245;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00056237;OID=.;OPOS=149518961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:250:253:5:6:243:247:0.976285:128:115:2:3:131:116:2:4 chr7 149519184 . C T 333.21 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00569424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.795;QD=19.3163;RBI=0.036465;REFB=-0.0211182;REVB=0.0360177;RO=34;SAF=11;SAR=23;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141803;STB=0.583734;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0306057;OID=.;OPOS=149519184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:34:34:35:0.507246:23:11:16:18:24:11:16:18 chr7 149521183 . G A 404.23 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.01965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6013;QD=12.8327;RBI=0.0354234;REFB=-0.0144985;REVB=0.0294736;RO=78;SAF=16;SAR=32;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119604;STB=0.568153;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0189835;OID=.;OPOS=149521183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:78:78:48:48:0.380952:32:16:34:44:32:16:34:44 chr7 149521544 . C T 721.61 PASS AF=0.610619;AO=67;DP=113;FAO=69;FDP=113;FR=.;FRO=44;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0886417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.077;QD=25.5436;RBI=0.0895841;REFB=-0.0365964;REVB=0.0129604;RO=43;SAF=43;SAR=24;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132347;STB=0.589388;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0323624;OID=.;OPOS=149521544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:43:44:67:69:0.610619:24:43:20:23:24:45:19:25 chr7 149522162 . G T 1164.44 PASS AF=0.5;AO=113;DP=231;FAO=116;FDP=232;FR=.;FRO=116;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=63;FSRR=53;FWDB=0.0274605;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.328;QD=20.0765;RBI=0.0435245;REFB=-0.0110751;REVB=0.0337683;RO=112;SAF=59;SAR=54;SRF=61;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204855;STB=0.512956;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0122299;OID=.;OPOS=149522162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:112:116:113:116:0.5:54:59:61:51:56:60:63:53 chr7 149522366 . T G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.765;QD=57.177;RBI=0.0192901;REFB=0;REVB=0.017637;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122204;OID=.;OPOS=149522366;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr7 149523277 . A G 2176.04 PASS AF=1;AO=138;DP=142;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388892;FXX=0.0397325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.02;QD=60.0286;RBI=0.043957;REFB=0;REVB=0.0204902;RO=0;SAF=53;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492935;OID=.;OPOS=149523277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:145:0:0:138:145:1:85:53:0:0:86:59:0:0 chr7 149523584 . C T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.0440925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0078;QD=13.0914;RBI=0.0462802;REFB=0.0100251;REVB=0.0140609;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292812;STB=0.666464;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0161079;OID=.;OPOS=149523584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:9:4:2:18:9:4:2:18 chr7 149528262 . C T 300.58 PASS AF=0.507937;AO=30;DP=61;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0780647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1133;QD=19.0845;RBI=0.102232;REFB=0.00874063;REVB=0.0660098;RO=30;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612244;STB=0.538983;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00405195;OID=.;OPOS=149528262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:30:31:30:32:0.507937:12:18:16:14:13:19:16:15 chr7 149530894 . G A 350.87 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00498978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.637;QD=20.6396;RBI=0.00575999;REFB=-0.011972;REVB=0.00287744;RO=32;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765638;STB=0.542391;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0153381;OID=.;OPOS=149530894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:17:19:14:18:17:19:14:18 chr7 149543269 . C T 428.8 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00825196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.154;QD=17.152;RBI=0.0134927;REFB=-0.00814377;REVB=0.0106751;RO=56;SAF=27;SAR=17;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115933;STB=0.565086;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0101963;OID=.;OPOS=149543269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:44:44:0.44:17:27:28:28:17:27:28:28 chr7 149556518 . C T 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0208051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.697;QD=22.1268;RBI=0.0208567;REFB=-0.00351365;REVB=0.00146637;RO=33;SAF=24;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031283;STB=0.517233;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00275807;OID=.;OPOS=149556518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:16:24:21:12:16:24:21:12 chr7 149558409 . G C 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0154182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.699;QD=15.164;RBI=0.0157383;REFB=-0.0177843;REVB=0.00315807;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382624;STB=0.721708;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0340434;OID=.;OPOS=149558409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:11:4:13:7:11:4:13:7 chr7 149559273 . C T 273.42 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00686694;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.078;QD=17.3602;RBI=0.0132614;REFB=-0.00962399;REVB=0.011345;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593248;STB=0.541199;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0118843;OID=.;OPOS=149559273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:33:30:30:0.47619:16:14:18:16:16:14:18:15 chr7 149559465 . C T 298.55 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00580562;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7686;QD=13.4182;RBI=0.0371319;REFB=0.00471518;REVB=0.0366753;RO=55;SAF=21;SAR=13;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10049;STB=0.557488;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00524297;OID=.;OPOS=149559465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:55:55:34:34:0.382022:13:21:29:26:13:21:29:26 chr7 149562627 . CCG C 141.17 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=2;FWDB=-0.0282856;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=2;MLLD=171.917;QD=9.90687;RBI=0.033082;REFB=-0.0251484;REVB=-0.0171564;RO=35;SAF=19;SAR=3;SRF=33;SRR=2;SSEN=0.402516;SSEP=0;SSSB=-0.216355;STB=0.609297;STBP=0.516;TYPE=del;VARB=0.0425994;OID=.;OPOS=149562628;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403509:22:58:23:57:34:20:3:32:2:99:35:19:3:33:2 chr7 149576818 . A G 125.77 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.127041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.029;QD=18.6322;RBI=0.127921;REFB=-0.0234571;REVB=-0.0149739;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926398;STB=0.552995;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.016495;OID=.;OPOS=149576818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:6:7:9:5:6:7 chr7 150028958 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.75;QD=58.2394;RBI=0.0266967;REFB=0;REVB=0.024047;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43593e-05;OID=.;OPOS=150028958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr7 150034184 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.194;QD=53.9106;RBI=0.0301518;REFB=0;REVB=-0.00922657;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111052;OID=.;OPOS=150034184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr7 150034378 . A G 447.7 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.52;QD=57.7675;RBI=0.0181854;REFB=0;REVB=0.0112711;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140543;OID=.;OPOS=150034378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:29:31:1:11:18:0:0:11:20:0:0 chr7 150035183 . C T 497.29 PASS AF=0.880952;AO=36;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0323875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.209;QD=47.3613;RBI=0.0400112;REFB=-0.221884;REVB=0.0234936;RO=6;SAF=14;SAR=22;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164057;STB=0.57139;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00261261;OID=.;OPOS=150035183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:42:42:6:5:36:37:0.880952:22:14:6:0:22:15:5:0 chr7 150035459 . T G 378.72 PASS AF=0.965517;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0559236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1822;QD=52.2377;RBI=0.0763407;REFB=-0.0147497;REVB=0.0519659;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0093548;OID=.;OPOS=150035459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:29:1:1:26:28:0.965517:13:13:0:1:15:13:0:1 chr7 150035500 . C G 323.37 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0708;QD=53.8942;RBI=0.0666025;REFB=0;REVB=-0.0249333;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0021887;OID=.;OPOS=150035500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr7 150035526 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.767;QD=51.1846;RBI=0.0353912;REFB=0;REVB=0.0257749;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16476e-06;OID=.;OPOS=150035526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr7 150037660 . A G 791.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520119;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.003;QD=64.6423;RBI=0.055987;REFB=0;REVB=0.0207196;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159309;OID=.;OPOS=150037660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr7 150068371 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.668;QD=57.1771;RBI=0.0448357;REFB=0;REVB=0.0376431;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04382e-05;OID=.;OPOS=150068371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr7 150068605 . G A 1807.38 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.444;QD=60.7524;RBI=0.138945;REFB=0;REVB=0.0496867;RO=0;SAF=46;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315241;OID=.;OPOS=150068605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:119:0:0:115:119:1:69:46:0:0:69:50:0:0 chr7 150068620 . C T 1411.13 PASS AF=0.927928;AO=98;DP=107;FAO=103;FDP=111;FR=.;FRO=8;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.145144;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.4188;QD=50.8514;RBI=0.146093;REFB=-0.141762;REVB=0.016618;RO=9;SAF=43;SAR=55;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366084;STB=0.522795;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0102847;OID=.;OPOS=150068620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:107:111:9:8:98:103:0.927928:55:43:6:3:58:45:6:2 chr7 150068933 . T C 416.59 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287067;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.902;QD=57.4599;RBI=0.0401439;REFB=0;REVB=0.0280617;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497646;OID=.;OPOS=150068933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:20:8:0:0:21:8:0:0 chr7 150070630 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.186;QD=45.8068;RBI=0.0403453;REFB=0;REVB=-0.0201658;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177013;OID=.;OPOS=150070630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr7 150070663 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.236;QD=46.8479;RBI=0.0422697;REFB=0;REVB=-0.0421605;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197799;OID=.;OPOS=150070663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr7 150070814 . G A 1549.07 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2941;QD=63.8791;RBI=0.0292486;REFB=0;REVB=-0.0289101;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144473;OID=.;OPOS=150070814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chr7 150093701 . A C 1365.49 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00054614;FXX=0.0784237;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.624;QD=58.1061;RBI=0.0104533;REFB=-0.021183;REVB=0.010439;RO=1;SAF=53;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886129;STB=0.504586;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00126345;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:92:93:0.989362:39:53:1:0:39:54:1:0 chr7 150093702 . T C 33.97 PASS AF=0.0882353;AO=9;DP=102;FAO=9;FDP=102;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.0529406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4439;QD=1.33212;RBI=0.0533588;REFB=-0.0469873;REVB=-0.0066678;RO=93;SAF=6;SAR=3;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102679;STB=0.583143;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0529827;OID=.;OPOS=150093702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:102:102:93:93:9:9:0.0882353:3:6:54:39:3:6:54:39 chr7 150163837 . A G 180.59 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0788263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5647;QD=9.38112;RBI=0.0795401;REFB=0.0200978;REVB=-0.0106324;RO=52;SAF=13;SAR=11;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261806;STB=0.509241;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.0461606;OID=.;OPOS=150163837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:52:53:24:24:0.311688:11:13:27:25:11:13:28:25 chr7 150171710 . T C 362.53 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0251214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.767;QD=14.0788;RBI=0.0269499;REFB=-0.0112668;REVB=0.00975771;RO=60;SAF=26;SAR=16;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210755;STB=0.623558;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0145564;OID=.;OPOS=150171710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:61:42:42:0.407767:16:26:25:35:16:26:25:36 chr7 150217248 . A G 1640.75 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570135;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.636;QD=60.2111;RBI=0.00957066;REFB=0;REVB=0.00768714;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.62281e-06;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:51:57:0:0:51:58:0:0 chr7 150217309 . C T 360.14 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0120294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.388;QD=15.0058;RBI=0.0167295;REFB=-0.0167012;REVB=-0.0116262;RO=56;SAF=21;SAR=18;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587222;STB=0.528075;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0314636;OID=.;OPOS=150217309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:57:39:39:0.40625:18:21:27:29:18:21:28:29 chr7 150217335 . G T 569.18 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00221398;FXX=0.0309246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.638;QD=24.2203;RBI=0.00223819;REFB=-0.0121392;REVB=-0.000328288;RO=36;SAF=24;SAR=28;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111679;STB=0.549001;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0115136;OID=.;OPOS=150217335;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:36:42:52:52:0.553191:28:24:22:14:28:24:24:18 chr7 150218007 . ATAGTT AT,ATAGAG 241.77 PASS AF=0.416667,0.05;AO=25,3;DP=62;FAO=25,3;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10,0;FSAR=15,3;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00605255,0.0112172;FXX=0.0322529;HRUN=1,2;LEN=4,2;MLLD=264.46,134.14;QD=16.1181;RBI=0.0129404,0.0156402;REFB=-0.0146478,-0.01377;REVB=0.0114377,-0.010899;RO=33;SAF=10,0;SAR=15,3;SRF=11;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0707753,-0.471293;STB=0.552198,0.995272;STBP=0.533,0.175;TYPE=del,mnp;VARB=0.0179377,0.0272255;OID=.,.;OPOS=150218008,150218011;OREF=TAGT,TT;OALT=-,AG;OMAPALT=AT,ATAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0.05:25,3:62:25,3:60:32:10,0:15,3:10:22:99:33:10,0:15,3:11:22 chr7 150269542 . G T 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0143747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.265;QD=12.3071;RBI=0.0168349;REFB=-0.00868032;REVB=-0.0087625;RO=40;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437324;STB=0.516037;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0145327;OID=.;OPOS=150269542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:41:25:25:0.378788:11:14:24:16:11:14:24:17 chr7 150325175 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0163482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.672;QD=15.7841;RBI=0.0166254;REFB=-0.00544251;REVB=-0.00302297;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403838;STB=0.523331;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00708028;OID=.;OPOS=150325175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:8:9:8:6:8:9 chr7 150326562 . T G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0223394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.65;QD=21.5104;RBI=0.0322442;REFB=-0.0103274;REVB=0.0232517;RO=15;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02641;STB=0.514835;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00913773;OID=.;OPOS=150326562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:14:4:3:12:14:4:3:12 chr7 150326819 . C T 268.21 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0349563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.373;QD=14.9004;RBI=0.038014;REFB=-0.0331201;REVB=0.0149373;RO=40;SAF=15;SAR=4;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36716;STB=0.719749;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0552435;OID=.;OPOS=150326819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:19:19:0.263889:4:15:20:20:4:15:20:20 chr7 150327024 . C T 530.32 PASS AF=0.5;AO=52;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0378198;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8082;QD=19.6413;RBI=0.0489634;REFB=-0.029731;REVB=-0.0310978;RO=37;SAF=25;SAR=27;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454359;STB=0.560364;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0362951;OID=.;OPOS=150327024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:37:53:52:54:0.5:27:25:20:17:28:26:32:21 chr7 150389593 . T C 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00934822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.587;QD=17.6941;RBI=0.0133377;REFB=-0.0179783;REVB=0.0095134;RO=39;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765887;STB=0.542833;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0189565;OID=.;OPOS=150389593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:16:19:18:21:16:19:18:21 chr7 150389856 . A G 280.18 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0303521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.385;QD=16.7272;RBI=0.0725386;REFB=-0.0294172;REVB=0.0658832;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859695;STB=0.548162;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0309306;OID=.;OPOS=150389856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:12:24:18:13:12:24 chr7 150439500 . C T 209.32 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00645878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.001;QD=11.6287;RBI=0.00645989;REFB=-0.0140254;REVB=0.000119574;RO=45;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436071;STB=0.531294;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0229995;OID=.;OPOS=150439500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:46:26:26:0.361111:14:12:19:26:14:12:19:27 chr7 150440043 . C T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0604425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0228;QD=24.4132;RBI=0.0977676;REFB=-0.0222113;REVB=0.0768454;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144298;STB=0.581253;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0111563;OID=.;OPOS=150440043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:1:4:6:5:1:4 chr7 150446936 . A G 150.6 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.030304;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.3266;QD=18.8252;RBI=0.0450229;REFB=-0.00375063;REVB=0.0332976;RO=16;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364347;STB=0.699824;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000702757;OID=.;OPOS=150446936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:16:16:16:16:0.5:4:12:16:0:4:12:16:0 chr7 150447027 . T G 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0166804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.757;QD=19.0784;RBI=0.0178918;REFB=-0.0154393;REVB=-0.00647161;RO=31;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119597;STB=0.506662;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0125065;OID=.;OPOS=150447027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:13:19:18:13:13:19:18:13 chr7 150488616 . A G 275.82 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0177463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.842;QD=26.269;RBI=0.0290391;REFB=-0.018761;REVB=-0.0229856;RO=17;SAF=6;SAR=19;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288212;STB=0.660731;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0061295;OID=.;OPOS=150488616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:19:6:10:7:19:6:10:7 chr7 150490376 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0406674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7103;QD=21.3529;RBI=0.0424277;REFB=-0.0353254;REVB=-0.0120945;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128523;STB=0.572413;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0264795;OID=.;OPOS=150490376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:2:7:8:5:2:7 chr7 150491084 . T G 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00251094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5367;QD=24.0301;RBI=0.0295863;REFB=0.00174429;REVB=-0.0294795;RO=9;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306606;STB=0.517218;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00234414;OID=.;OPOS=150491084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:6:9:5:4:6:9:5:4 chr7 150500729 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000529923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.774;QD=55.6561;RBI=0.0208063;REFB=0;REVB=0.0207995;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012646;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr7 150501515 . GA G,GG 1544.13 PASS AF=0.0204082,0.979592;AO=13,83;DP=99;FAO=2,96;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=2,47;FSAR=0,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454693,0.00489018;FXX=0.0101;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.6557,112.22;QD=63.0257;RBI=0.0463834,0.0238507;REFB=0,0;REVB=0.00916347,0.023344;RO=0;SAF=2,45;SAR=11,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.04629e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0388963,-0.000140346;OID=.,.;OPOS=150501516,150501516;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0204082,0.979592:13,83:99:2,96:98:0:2,47:0,49:0:0:3:0:2,45:11,38:0:0 chr7 150556055 . CG GC 1496.07 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165712;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.08;QD=63.6624;RBI=0.0200548;REFB=0;REVB=0.0112957;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.84012e-05;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:42:52:0:0:42:52:0:0 chr7 150648198 . A G 1171.53 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.477;QD=60.8589;RBI=0.0438201;REFB=0;REVB=0.0358361;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021405;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr7 150648789 . T C 1262.54 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.138;QD=61.5872;RBI=0.0255896;REFB=0;REVB=0.0133565;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41195e-05;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:34:46:0:0:36:46:0:0 chr7 150649531 . G A 1227.06 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.701;QD=61.3531;RBI=0.115423;REFB=0;REVB=0.115376;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316986;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:39:40:0:0:40:40:0:0 chr7 150649603 . G A 2178.64 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.916;QD=63.1491;RBI=0.0362939;REFB=0;REVB=0.0355842;RO=0;SAF=68;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76103e-05;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:70:68:0:0:70:68:0:0 chr7 150656678 . TGGGGGGGC TGGGC,TGGGGGG,TGGGGGGG,TGGTGGGGC 334.97 PASS AF=0.151515,0.0606061,0.560606,0.0757576;AO=13,8,24,5;DP=68;FAO=10,4,37,5;FDP=66;FR=.;FRO=10;FSAF=0,4,35,0;FSAR=10,0,2,5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.000824699,0.056323,0.116377,-0.00554981;FXX=0.0294074;HRUN=7,7,4,7;LEN=4,2,1,1;MLLD=33.9303,11.6202,12.5311,209.557;QD=20.3011;RBI=0.159922,0.268357,0.118327,0.140933;REFB=-0.531373,-1.00227,-0.0779059,-0.222339;REVB=-0.15992,-0.26238,0.0213906,-0.140824;RO=4;SAF=0,8,24,0;SAR=13,0,0,5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.435374,0;SSSB=-0.848349,0,0,-0.804028;STB=0.998061,0.998212,0.842198,0.996206;STBP=0.244,0,0,0.376;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0848097,-0.0174843,0.110604,0.124175;OID=.,.,.,.;OPOS=150656679,150656685,150656686,150656681;OREF=GGGG,GC,C,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TGGGC,TGGGGGG,TGGGGGGG,TGGTGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.151515,0.0606061,0.560606,0.0757576:13,8,24,5:68:10,4,37,5:66:10:0,4,35,0:10,0,2,5:1:9:33:4:0,8,24,0:13,0,0,5:4:0 chr7 150695726 . T C 662.45 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.96;QD=61.6236;RBI=0.040017;REFB=0;REVB=-0.00765615;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302477;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:26:15:0:0:26:17:0:0 chr7 150696111 . T C,G 2766.49 PASS AF=0.121053,0.873684;AO=22,154;DP=177;FAO=23,166;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=0,87;FSAR=23,79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00413457,0.0112732;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.1845,101.32;QD=58.2419;RBI=0.015873,0.0411865;REFB=-0.146844,-0.095114;REVB=-0.0153251,0.0396137;RO=1;SAF=0,78;SAR=22,76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.00621846;STB=0.5,0.503144;STBP=1,0.332;TYPE=snp,snp;VARB=0.123513,0.00270678;OID=.,.;OPOS=150696111,150696111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:94:177:190:1:1:22,154:23,166:0.121053,0.873684:22,76:0,78:0:1:23,79:0,87:0:1 chr7 150704250 . C G 354.35 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0540653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1691;QD=21.4757;RBI=0.108183;REFB=-0.0145053;REVB=-0.0937049;RO=30;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200983;STB=0.611049;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.011486;OID=.;OPOS=150704250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:22:14:19:11:22:14:19:11 chr7 150715817 . A G 74.72 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.352;QD=37.3611;RBI=0.089548;REFB=0;REVB=-0.0329024;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131239;OID=.;OPOS=150715817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:6:0:0:0:7:1:0:0 chr7 150733025 . T A 275.22 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00254376;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3012;QD=12.9514;RBI=0.00572977;REFB=-0.0165691;REVB=0.00513416;RO=53;SAF=15;SAR=17;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186988;STB=0.606636;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0343888;OID=.;OPOS=150733025;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:53:53:32:32:0.376471:17:15:34:19:17:15:34:19 chr7 150734380 . T C 650.35 PASS AF=0.612903;AO=57;DP=86;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00115295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2457;QD=27.9721;RBI=0.0505435;REFB=-0.0744463;REVB=-0.0505304;RO=29;SAF=27;SAR=30;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271618;STB=0.522177;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.045514;OID=.;OPOS=150734380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:93:29:36:57:57:0.612903:30:27:15:14:30:27:15:21 chr7 150763655 . T A 276.55 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333768;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8684;QD=52.6755;RBI=0.0438881;REFB=0;REVB=0.0284984;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454137;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr7 150765065 . T C 3115.15 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.325;QD=63.9005;RBI=0.03196;REFB=0;REVB=0.0159939;RO=0;SAF=109;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86609e-05;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:195:0:0:194:195:1:85:109:0:0:86:109:0:0 chr7 150767632 . A C 492.55 PASS AF=0.745763;AO=43;DP=59;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=43;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.114363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.62;QD=33.3933;RBI=0.119178;REFB=-0.0587436;REVB=-0.0335345;RO=16;SAF=43;SAR=0;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.883533;STB=0.907589;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00965144;OID=.;OPOS=150767632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:16:15:43:44:0.745763:0:43:5:11:1:43:5:10 chr7 150768786 . G A 416.7 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0212044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.843;QD=19.6093;RBI=0.0213846;REFB=-0.0123443;REVB=0.00277013;RO=43;SAF=18;SAR=24;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751303;STB=0.541647;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0128975;OID=.;OPOS=150768786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:24:18:15:28:24:18:15:28 chr7 150771855 . TGG TG,TGT 862.73 PASS AF=0.905405,0.0540541;AO=38,4;DP=74;FAO=67,4;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=27,0;FSAR=40,4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.893778,0.0181769;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.4323,118.275;QD=46.6339;RBI=0.899415,0.0519833;REFB=-0.024412,-0.00538076;REVB=-0.100538,-0.0487018;RO=27;SAF=0,0;SAR=38,4;SRF=23;SRR=4;SSEN=0.310476,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.886666,-0.779692;STB=0.518067,0.5;STBP=0.206,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0107052,0.106476;OID=.,.;OPOS=150771856,150771857;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.905405,0.0540541:38,4:74:67,4:74:3:27,0:40,4:0:3:13:27:0,0:38,4:23:4 chr7 150773779 . TGGGGGGG TGGGGGG,TGGGGGGC 239.56 PASS AF=0.978723,0.0212766;AO=17,7;DP=49;FAO=46,1;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.292147,0.100328;FXX=0.040808;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.93297,14.029;QD=20.3881;RBI=0.292255,0.143586;REFB=0.00109162,0.0272811;REVB=-0.00794832,-0.102719;RO=14;SAF=7,3;SAR=10,4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.346166,-0.453064;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00908668,0.0871771;OID=.,.;OPOS=150773780,150773786;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGGGG,TGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.978723,0.0212766:17,7:49:46,1:47:0:27,0:19,1:0:0:6:14:7,3:10,4:12:2 chr7 150773788 . C G 42.33 PASS AF=0.140625;AO=8;DP=63;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0634028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3928;QD=2.64551;RBI=0.0680609;REFB=0.00309759;REVB=0.0247461;RO=55;SAF=7;SAR=1;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547435;STB=0.899817;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0400563;OID=.;OPOS=150773788;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:63:64:55:55:8:9:0.140625:1:7:22:33:1:8:22:33 chr7 150773807 . A T 302.08 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0106582;FXX=0.038956;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.316;QD=16.3286;RBI=0.0189535;REFB=-0.0170297;REVB=-0.0156728;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863997;STB=0.525436;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0173233;OID=.;OPOS=150773807;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:74:38:41:33:33:0.445946:17:16:15:23:17:16:18:23 chr7 150864240 . G C 169.26 PASS AF=0.708333;AO=16;DP=23;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.159525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2628;QD=28.2101;RBI=0.161014;REFB=0.0443668;REVB=0.0218481;RO=7;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113727;STB=0.569755;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0104507;OID=.;OPOS=150864240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:24:7:7:16:17:0.708333:11:5:1:6:11:6:1:6 chr7 150873754 . G A 253.58 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0397726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4104;QD=17.4882;RBI=0.0455294;REFB=-0.0204574;REVB=0.0221601;RO=30;SAF=7;SAR=21;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963359;STB=0.554307;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0230902;OID=.;OPOS=150873754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:21:7:10:20:21:7:10:20 chr7 150878260 . C G 818.69 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0278866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5004;QD=55.5044;RBI=0.0707999;REFB=-0.104968;REVB=-0.0650766;RO=1;SAF=11;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409549;STB=0.521731;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00966348;OID=.;OPOS=150878260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:47:11:1:0:47:11:1:0 chr7 150878332 . G A 609.5 PASS AF=0.560748;AO=59;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0115628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.634;QD=22.7851;RBI=0.0373552;REFB=-0.0227332;REVB=0.0355206;RO=47;SAF=25;SAR=34;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190634;STB=0.506014;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0217659;OID=.;OPOS=150878332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:47:59:60:0.560748:34:25:21:26:34:26:21:26 chr7 150883593 . G A 582.09 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00775361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.695;QD=19.0851;RBI=0.0078673;REFB=-0.0225223;REVB=0.00133263;RO=62;SAF=31;SAR=29;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597305;STB=0.533013;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0191314;OID=.;OPOS=150883593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:29:31:28:34:29:31:28:34 chr7 150916228 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.044;QD=57.2361;RBI=0.0332954;REFB=0;REVB=0.0331589;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150949;OID=.;OPOS=150916228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr7 150921950 . A G 2319.68 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.052;QD=61.0443;RBI=0.0545608;REFB=0;REVB=0.0153973;RO=0;SAF=88;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79217e-05;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:64:88:0:0:64:88:0:0 chr7 150931268 . C G 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3661;QD=63.3349;RBI=0.0361174;REFB=0;REVB=-0.00280114;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242083;OID=.;OPOS=150931268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:39:54:0:0:39:54:0:0 chr7 150934975 . C G 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.082;QD=59.7163;RBI=0.0331879;REFB=-0.0214145;REVB=0.0150445;RO=1;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122951;STB=0.506492;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000386412;OID=.;OPOS=150934975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:38:41:0:1:38:41:0:1 chr7 150972189 . G A 712.16 PASS AF=0.47205;AO=76;DP=161;FAO=76;FDP=161;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.0637953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2672;QD=17.6935;RBI=0.0768925;REFB=-0.0117987;REVB=0.0429257;RO=77;SAF=39;SAR=37;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160017;STB=0.565753;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0182741;OID=.;OPOS=150972189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:77:85:76:76:0.47205:37:39:26:51:37:39:33:52 chr7 151049231 . C T 419.76 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00278767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.409;QD=20.2294;RBI=0.0048562;REFB=-0.00886128;REVB=-0.00397638;RO=37;SAF=21;SAR=21;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218906;STB=0.59032;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00669084;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:37:41:42:42:0.506024:21:21:9:28:21:21:13:28 chr7 151064064 . C T 203.43 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=97;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00724854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.049;QD=8.38893;RBI=0.00802417;REFB=-0.0125664;REVB=-0.00344181;RO=69;SAF=13;SAR=14;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153288;STB=0.585045;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0341666;OID=.;OPOS=151064064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:69:70:27:27:0.278351:14:13:42:27:14:13:42:28 chr7 151074296 . A G 86.7 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0120316;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.284;QD=11.9585;RBI=0.0226922;REFB=-0.00592739;REVB=0.01924;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201747;STB=0.620033;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00683094;OID=.;OPOS=151074296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:8:10:4:7:8:10 chr7 151097314 . A G 3472.24 PASS AF=1;AO=222;DP=226;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177965;FXX=0.0176983;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.179;QD=62.5628;RBI=0.00561537;REFB=-0.0055162;REVB=-0.00532591;RO=0;SAF=106;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71089e-06;OID=.;OPOS=151097314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:226:222:0:0:222:222:1:116:106:0:0:116:106:0:0 chr7 151097323 . A G 3351.11 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118946;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.795;QD=62.3463;RBI=0.0266522;REFB=0;REVB=-0.0238507;RO=0;SAF=104;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65305e-05;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:215:0:0:215:215:1:111:104:0:0:111:104:0:0 chr7 151106066 . C T 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.597;QD=60.7138;RBI=0.0375892;REFB=0;REVB=0.0368209;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89391e-05;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr7 151133271 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.196;QD=57.1062;RBI=0.0169595;REFB=0;REVB=0.0157568;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13446e-05;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr7 151168534 . G A 259.39 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0111629;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.032;QD=23.0571;RBI=0.0150091;REFB=0.00197164;REVB=-0.0100331;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308568;STB=0.517227;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00108053;OID=.;OPOS=151168534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:14:10:8:13:14:10:8:13 chr7 151478497 . C T 149.76 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00523351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.806;QD=28.5249;RBI=0.00524483;REFB=-0.0492778;REVB=-0.000344342;RO=5;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168538;STB=0.537767;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.017697;OID=.;OPOS=151478497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:5:6:15:15:0.714286:11:4:0:5:11:4:1:5 chr7 151504017 . ACT ACC,CAC 86.53 PASS AF=0.347826,0;AO=6,2;DP=23;FAO=8,0;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4,0;FSAR=4,0;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00913384,-0.00653738;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=161.963,158.753;QD=15.0488;RBI=0.0304059,0.0470781;REFB=-0.0134383,-0.0163497;REVB=0.0290016,0.046622;RO=12;SAF=4,0;SAR=2,2;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.496201,-0.460273;STB=0.699579,0.5;STBP=0.218,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0340492,0;OID=.,.;OPOS=151504019,151504017;OREF=T,ACT;OALT=C,CAC;OMAPALT=ACC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:23:23:12:12:6,2:8,0:0.347826,0:2,2:4,0:2:10:4,0:4,0:2:10 chr7 151597368 . G A 740.19 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7328;QD=56.9375;RBI=0.120473;REFB=0;REVB=0.0957451;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191515;OID=.;OPOS=151597368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr7 151613438 . G A 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0198064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.386;QD=20.9025;RBI=0.0345931;REFB=-0.0133207;REVB=-0.0283618;RO=28;SAF=14;SAR=19;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886647;STB=0.548991;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00990727;OID=.;OPOS=151613438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:19:14:9:19:19:14:9:19 chr7 151680072 . T C 2037.98 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0368;QD=61.7569;RBI=0.116597;REFB=0;REVB=0.113213;RO=1;SAF=58;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655546;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337458;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:1:0:130:132:1:72:58:0:1:74:58:0:0 chr7 151684256 . A G 189.2 PASS AF=0.4;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.026118;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.1267;QD=12.6134;RBI=0.054402;REFB=0.00391783;REVB=-0.0477224;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387223;STB=0.508373;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00157289;OID=.;OPOS=151684256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:34:36:23:24:0.4:11:12:19:15:11:13:19:17 chr7 151722338 . G A 2793.98 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182945;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.33;QD=62.7861;RBI=0.0395702;REFB=0;REVB=0.0350872;RO=0;SAF=115;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.63396e-05;OID=.;OPOS=151722338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:177:178:1:62:115:0:0:62:116:0:0 chr7 151722388 . A G 3116.68 PASS AF=1;AO=184;DP=186;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232278;FXX=0.019999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.914;QD=63.6056;RBI=0.023228;REFB=0;REVB=8.90912e-05;RO=0;SAF=113;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817451;OID=.;OPOS=151722388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:186:196:0:0:184:196:1:71:113:0:0:76:120:0:0 chr7 151833692 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.788;QD=50.4135;RBI=0.0216047;REFB=0;REVB=-0.0206357;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336715;OID=.;OPOS=151833692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr7 151873853 . C T 766.12 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0986914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5547;QD=63.8431;RBI=0.0996915;REFB=0;REVB=-0.0140855;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145609;OID=.;OPOS=151873853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr7 151874498 . C T 732.9 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.512;QD=56.3768;RBI=0.133993;REFB=0;REVB=0.133987;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409752;OID=.;OPOS=151874498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:46:52:1:16:30:0:0:22:30:0:0 chr7 151932908 . T C 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0251352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.396;QD=5.12631;RBI=0.0478879;REFB=-0.0156233;REVB=-0.0407611;RO=37;SAF=8;SAR=1;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372059;STB=0.758419;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0564024;OID=.;OPOS=151932908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:1:8:25:12:1:8:25:12 chr7 151945007 . C T 1483.45 PASS AF=0.498294;AO=146;DP=293;FAO=146;FDP=293;FR=.;FRO=147;FSAF=137;FSAR=9;FSRF=131;FSRR=16;FWDB=-0.00607017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.924;QD=20.2519;RBI=0.116947;REFB=-0.0119781;REVB=-0.11679;RO=145;SAF=137;SAR=9;SRF=129;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159571;STB=0.58676;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0124893;OID=.;OPOS=151945007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:145:147:146:146:0.498294:9:137:129:16:9:137:131:16 chr7 151945071 . G GT 462.71 PASS AF=0.232633;AO=139;DP=631;FAO=144;FDP=619;FR=.;FRO=475;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=233;FSRR=242;FWDB=0.0860007;FXX=0.00959985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3728;QD=2.99004;RBI=0.114908;REFB=0.00543726;REVB=-0.0762078;RO=485;SAF=63;SAR=76;SRF=237;SRR=248;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456552;STB=0.52477;STBP=0.475;TYPE=ins;VARB=-0.0189123;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232633:139:631:144:619:475:66:78:233:242:99:485:63:76:237:248 chr7 151945140 . C T 1521.91 PASS AF=0.468657;AO=156;DP=335;FAO=157;FDP=335;FR=.;FRO=178;FSAF=85;FSAR=72;FSRF=89;FSRR=89;FWDB=-0.0322326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5309;QD=18.172;RBI=0.0448705;REFB=-0.0104635;REVB=-0.0312157;RO=177;SAF=84;SAR=72;SRF=88;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039913;STB=0.522066;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0137482;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:335:177:178:156:157:0.468657:72:84:88:89:72:85:89:89 chr7 151945167 . G T 782.24 PASS AF=0.417062;AO=88;DP=211;FAO=88;FDP=211;FR=.;FRO=123;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=0.0136043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.876;QD=14.8292;RBI=0.0161599;REFB=-0.0134644;REVB=-0.00872162;RO=121;SAF=48;SAR=40;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086281;STB=0.509972;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0177568;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:121:123:88:88:0.417062:40:48:65:56:40:48:65:58 chr7 151945204 . G A 258.74 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00214006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0604;QD=11.7608;RBI=0.0740553;REFB=0.00135191;REVB=0.0740244;RO=57;SAF=28;SAR=3;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497151;STB=0.796261;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000867425;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:3:28:34:23:3:28:34:23 chr7 151949068 . C G 278.91 PASS AF=0.535714;AO=28;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0638852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3268;QD=19.922;RBI=0.0644767;REFB=0.00498854;REVB=0.00871387;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316508;STB=0.66578;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00327341;OID=.;OPOS=151949068;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:26:28:30:0.535714:18:10:19:7:19:11:19:7 chr7 151962176 . T A 216.78 PASS AF=0.211765;AO=33;DP=168;FAO=36;FDP=170;FR=.;FRO=134;FSAF=3;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=79;FWDB=-0.0150567;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.549;QD=5.1006;RBI=0.021647;REFB=-0.011703;REVB=-0.0155528;RO=132;SAF=3;SAR=30;SRF=55;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528162;STB=0.850429;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0322604;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:132:134:33:36:0.211765:30:3:55:77:33:3:55:79 chr7 151970797 . A T 53.24 PASS AF=0.0651629;AO=25;DP=399;FAO=26;FDP=399;FR=.;FRO=373;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=171;FSRR=202;FWDB=0.00126567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.495;QD=0.533769;RBI=0.0134012;REFB=-0.00343616;REVB=-0.0133413;RO=369;SAF=12;SAR=13;SRF=169;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236739;STB=0.502908;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0420487;OID=.;OPOS=151970797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:399:399:369:373:25:26:0.0651629:13:12:169:200:14:12:171:202 chr7 151970856 . T A 3081.51 PASS AF=0.664141;AO=263;DP=400;FAO=263;FDP=396;FR=.;FRO=133;FSAF=107;FSAR=156;FSRF=67;FSRR=66;FWDB=-0.00940683;FXX=0.014925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.213;QD=31.1263;RBI=0.0182454;REFB=-0.0324966;REVB=0.0156335;RO=133;SAF=107;SAR=156;SRF=67;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621219;STB=0.533299;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00739525;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:396:133:133:263:263:0.664141:156:107:67:66:156:107:67:66 chr7 151970931 . G A 330.58 PASS AF=0.292994;AO=45;DP=158;FAO=46;FDP=157;FR=.;FRO=111;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.0540913;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7559;QD=8.42251;RBI=0.0657549;REFB=-0.00460044;REVB=-0.0373876;RO=113;SAF=17;SAR=28;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155956;STB=0.597136;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0132365;OID=.;OPOS=151970931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:113:111:45:46:0.292994:28:17:57:56:29:17:56:55 chr7 152099906 . T A 1048.31 PASS AF=0.669173;AO=89;DP=133;FAO=89;FDP=133;FR=.;FRO=44;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0235652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.874;QD=31.5282;RBI=0.0258066;REFB=-0.0249286;REVB=0.0105198;RO=44;SAF=52;SAR=37;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807744;STB=0.543513;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00896686;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:44:44:89:89:0.669173:37:52:20:24:37:52:20:24 chr7 152099917 . G A 1015.36 PASS AF=0.669231;AO=85;DP=128;FAO=87;FDP=130;FR=.;FRO=43;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00799101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.942;QD=31.2417;RBI=0.00840039;REFB=-0.00817753;REVB=-0.00259043;RO=43;SAF=49;SAR=36;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113393;STB=0.563622;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00306846;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:43:43:85:87:0.669231:36:49:17:26:36:51:17:26 chr7 152099924 . T C 998.11 PASS AF=0.656489;AO=86;DP=131;FAO=86;FDP=131;FR=.;FRO=45;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0267722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.84;QD=30.4767;RBI=0.0303062;REFB=-0.0165632;REVB=0.0142026;RO=45;SAF=49;SAR=37;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944462;STB=0.550943;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00895383;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:45:45:86:86:0.656489:37:49:19:26:37:49:19:26 chr7 152099948 . C A 131.94 PASS AF=0.177778;AO=24;DP=135;FAO=24;FDP=135;FR=.;FRO=111;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=-0.02157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.922;QD=3.90939;RBI=0.0248424;REFB=-0.00884808;REVB=-0.0123239;RO=111;SAF=13;SAR=11;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589017;STB=0.537955;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.036008;OID=.;OPOS=152099948;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:111:111:24:24:0.177778:11:13:55:56:11:13:55:56 chr7 152290144 . A G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0106592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.946;QD=20.1601;RBI=0.0114198;REFB=5.88471e-05;REVB=0.00409805;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117832;STB=0.566585;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-8.98215e-05;OID=.;OPOS=152290144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:9:5:8:8:9:5 chr7 154429560 . C T 1249.47 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107931;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.884;QD=61.7021;RBI=0.01326;REFB=0;REVB=-0.007703;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24903e-06;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr7 154461112 . A G 1792.5 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0258467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.061;QD=59.2563;RBI=0.0371015;REFB=-0.121041;REVB=0.0266171;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.500348;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00188088;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:0:2:119:119:0.983471:57:62:0:0:57:62:1:1 chr7 154667628 . A G 738.97 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1257;QD=62.8906;RBI=0.0290007;REFB=0;REVB=0.0022986;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126045;OID=.;OPOS=154667628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:32:14:0:0:32:15:0:0 chr7 154672662 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.648;QD=60.9785;RBI=0.0361485;REFB=0;REVB=0.00966454;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336894;OID=.;OPOS=154672662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr7 154679447 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5694;QD=61.3753;RBI=0.0347599;REFB=0;REVB=-0.00373289;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001778;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr7 154681050 . C T 732.0 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155043;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.567;QD=63.6518;RBI=0.0184374;REFB=0;REVB=0.00997777;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0305e-07;OID=.;OPOS=154681050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr7 154681216 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199502;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.8;QD=59.4356;RBI=0.0207996;REFB=0;REVB=0.00588298;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23957e-05;OID=.;OPOS=154681216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr7 154684153 . T C 286.4 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0373282;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.949;QD=15.481;RBI=0.037653;REFB=-0.0179043;REVB=-0.00493527;RO=42;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192537;STB=0.59793;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0274756;OID=.;OPOS=154684153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:31:32:0.432432:14:17:15:27:15:17:15:27 chr7 154685562 . T C 166.21 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0521115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5358;QD=11.6641;RBI=0.0538493;REFB=0.00605166;REVB=0.0135701;RO=36;SAF=5;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313754;STB=0.683827;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00882771;OID=.;OPOS=154685562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:16:5:18:18:16:5:18:18 chr7 154685612 . G T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00126305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.858;QD=14.1952;RBI=0.00596437;REFB=-0.0141138;REVB=0.00582911;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353591;STB=0.708554;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.013964;OID=.;OPOS=154685612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:12:3:11:11:12:3:11:11 chr7 154738409 . T C 481.39 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.029651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.527;QD=17.3473;RBI=0.0297531;REFB=-6.46436e-05;REVB=0.00246249;RO=58;SAF=29;SAR=23;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386807;STB=0.517307;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.000248898;OID=.;OPOS=154738409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:59:52:52:0.468468:23:29:30:28:23:29:31:28 chr7 154760369 . A G 53.76 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=13;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.237607;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2091;QD=16.5425;RBI=0.243547;REFB=-0.0506766;REVB=-0.0534631;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00177356;OID=.;OPOS=154760369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:13:2:5:5:5:0.384615:4:1:1:1:4:1:4:1 chr7 154862621 . T A 361.87 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00400617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2286;QD=25.8476;RBI=0.00580273;REFB=-0.00643669;REVB=0.00419789;RO=21;SAF=19;SAR=16;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174739;STB=0.595498;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00267366;OID=.;OPOS=154862621;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:16:19:6:15:16:19:6:15 chr7 154973721 . C T 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0224796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.08;QD=14.3246;RBI=0.0269201;REFB=-0.0126439;REVB=-0.0148109;RO=39;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393731;STB=0.522372;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0178306;OID=.;OPOS=154973721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:14:14:18:21:14:14:18:21 chr7 155100685 . G A 541.38 PASS AF=0.409722;AO=59;DP=144;FAO=59;FDP=144;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.0406081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.474;QD=15.0384;RBI=0.0437546;REFB=-0.00172805;REVB=-0.0162926;RO=85;SAF=22;SAR=37;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190824;STB=0.607387;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00203573;OID=.;OPOS=155100685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:85:85:59:59:0.409722:37:22:47:38:37:22:47:38 chr7 155150472 . G A 1135.07 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.231;QD=60.5371;RBI=0.0660496;REFB=0;REVB=0.0603062;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131386;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:26:49:0:0:26:49:0:0 chr7 155150560 . A G 1053.58 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0384387;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1554;QD=56.9502;RBI=0.0403389;REFB=-0.0612296;REVB=-0.0122349;RO=3;SAF=42;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325877;STB=0.511625;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00825572;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:74:3:2:72:72:0.972973:30:42:3:0:30:42:2:0 chr7 155150602 . T C 818.01 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.749;QD=56.4143;RBI=0.0392778;REFB=0;REVB=0.0367958;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95782e-05;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:23:31:0:0:25:33:0:0 chr7 155150765 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.057;QD=57.3857;RBI=0.0497142;REFB=0;REVB=0.0466007;RO=0;SAF=42;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74528e-05;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:15:42:0:0:15:42:0:0 chr7 155151018 . G A 856.57 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.401;QD=56.1687;RBI=0.117449;REFB=-0.117646;REVB=0.0404493;RO=1;SAF=49;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317503;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:61:1:0:59:61:1:10:49:1:0:10:51:0:0 chr7 155151095 . T C 575.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.726;QD=60.5329;RBI=0.0321192;REFB=0;REVB=0.0030258;RO=0;SAF=31;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00588e-05;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:6:31:0:0:6:32:0:0 chr7 155151194 . G A 1008.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4079;QD=59.3185;RBI=0.0606103;REFB=0;REVB=0.051162;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479062;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr7 155151307 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.114;QD=59.5011;RBI=0.013226;REFB=0;REVB=0.00333595;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5136e-05;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr7 155151367 . G T 774.71 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030592;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.039;QD=57.3861;RBI=0.0421676;REFB=0;REVB=0.0290213;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651328;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:55:54:1:23:32:0:0:24:30:0:0 chr7 155151369 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.823;QD=57.2365;RBI=0.0394044;REFB=0;REVB=0.0339806;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60439e-05;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr7 155151432 . AT A,AC 625.39 PASS AF=0.238095,0.761905;AO=12,30;DP=42;FAO=10,32;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10,11;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547876,0.0228592;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.712,141.246;QD=59.5612;RBI=0.0564041,0.0523254;REFB=0,0;REVB=0.0561373,0.047068;RO=0;SAF=12,9;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0328861,0.00915285;OID=.,.;OPOS=155151433,155151433;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.238095,0.761905:12,30:42:10,32:42:0:10,11:0,21:0:0:45:0:12,9:0,21:0:0 chr7 155151437 . G A 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2942;QD=62.0169;RBI=0.084782;REFB=0;REVB=0.0441257;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138648;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr7 155255332 . T C 185.75 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0222014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9595;QD=19.0513;RBI=0.0335076;REFB=-0.0412589;REVB=-0.0250969;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145897;STB=0.583241;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0380789;OID=.;OPOS=155255332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:5:14:12:8:5:14:12:8 chr7 155503920 . A T 1080.25 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3723;QD=60.0137;RBI=0.127731;REFB=0;REVB=0.0187718;RO=0;SAF=18;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115358;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:53:18:0:0:54:18:0:0 chr7 155755826 . A G 356.17 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00143499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.042;QD=21.9178;RBI=0.00636163;REFB=-0.0443837;REVB=-0.00619768;RO=29;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102946;STB=0.556918;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0314995;OID=.;OPOS=155755826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:23:13:14:15:23:13:14:15 chr7 155757502 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.692;QD=57.8841;RBI=0.0374586;REFB=0;REVB=-0.00214058;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138608;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr7 156469133 . C G 2235.85 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.23;QD=63.4284;RBI=0.0300244;REFB=0;REVB=-0.0139957;RO=0;SAF=48;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76966e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99841e-05;OID=.;OPOS=156469133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:92:48:0:0:92:49:0:0 chr7 156469179 . C T 1981.48 PASS AF=1;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118365;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.681;QD=62.4089;RBI=0.0201278;REFB=0;REVB=0.0162796;RO=0;SAF=65;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344439;OID=.;OPOS=156469179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:127:0:0:127:127:1:62:65:0:0:62:65:0:0 chr7 156469190 . A G 1933.33 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.135;QD=61.8665;RBI=0.0435837;REFB=0;REVB=0.0404212;RO=0;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69542e-05;OID=.;OPOS=156469190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:60:64:0:0:60:65:0:0 chr7 156476683 . T A 753.98 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0392913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5236;QD=54.8348;RBI=0.0435901;REFB=0.0412926;REVB=-0.0188757;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000546145;OID=.;OPOS=156476683;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:53:54:0.981818:29:24:0:0:29:25:0:1 chr7 156664783 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.439;QD=59.0187;RBI=0.0323519;REFB=0;REVB=-0.0201598;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115305;OID=.;OPOS=156664783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr7 156742501 . C G 160.23 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.79;QD=45.779;RBI=0.0733244;REFB=0;REVB=0.0698257;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476396;OID=.;OPOS=156742501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr7 156742749 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3981;QD=35.5746;RBI=0.0800165;REFB=0;REVB=-0.0265045;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00427352;OID=.;OPOS=156742749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr7 156742965 . G C 286.31 PASS AF=0.92;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0107211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9269;QD=45.8097;RBI=0.0824752;REFB=-0.135105;REVB=0.0817754;RO=2;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768812;STB=0.541631;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0149669;OID=.;OPOS=156742965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:25:2:2:22:23:0.92:11:11:0:2:11:12:0:2 chr7 156743264 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0802718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.718;QD=45.8068;RBI=0.0840513;REFB=0;REVB=0.0249212;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00087912;OID=.;OPOS=156743264;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr7 156981672 . A G 1059.71 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431408;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.647;QD=59.702;RBI=0.0433755;REFB=-0.0969607;REVB=0.00450664;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377527;OID=.;OPOS=156981672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:36:35:0:0 chr7 157000176 . T C 1016.8 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134278;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.085;QD=58.1031;RBI=0.01466;REFB=0;REVB=0.00588302;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000836273;OID=.;OPOS=157000176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:66:70:1:40:26:0:0:40:30:0:0 chr7 157162068 . T C 1157.08 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.798;QD=59.3374;RBI=0.0273115;REFB=-0.0509704;REVB=0.0166922;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000367488;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:76:77:0.987179:30:46:0:0:30:47:0:1 chr7 157162103 . A G 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6368;QD=60.7131;RBI=0.0124952;REFB=0;REVB=0.00461668;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91458e-05;OID=.;OPOS=157162103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:29:47:0:0:29:47:0:0 chr7 157318751 . G T 371.58 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0168992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.838;QD=22.8663;RBI=0.0275261;REFB=0.00735488;REVB=-0.0217279;RO=27;SAF=14;SAR=23;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110676;STB=0.56956;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00423939;OID=.;OPOS=157318751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:28:37:37:0.569231:23:14:14:13:23:14:15:13 chr7 157931119 . A G 2584.72 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.954;QD=61.9094;RBI=0.0171462;REFB=0;REVB=-0.00532363;RO=0;SAF=76;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61679e-06;OID=.;OPOS=157931119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:91:76:0:0:91:76:0:0 chr7 157931144 . C T 2152.74 PASS AF=0.96732;AO=142;DP=148;FAO=148;FDP=153;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0500084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.445;QD=56.2808;RBI=0.100843;REFB=-0.190201;REVB=0.0875703;RO=0;SAF=63;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514791;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000980709;OID=.;OPOS=157931144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:148:153:0:5:142:148:0.96732:79:63:0:0:82:66:0:5 chr7 157959636 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.201;QD=56.937;RBI=0.0696984;REFB=0;REVB=0.0696811;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132965;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr7 157959911 . A G 1218.95 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4767;QD=60.9473;RBI=0.105121;REFB=0;REVB=0.102946;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010988;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:73:80:0:0:72:80:1:35:37:0:0:40:40:0:0 chr7 157985149 . C G 804.92 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7722;QD=64.3935;RBI=0.0826413;REFB=0;REVB=0.0539488;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869721;OID=.;OPOS=157985149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr7 158263331 . T C 462.22 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0370595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8964;QD=52.8247;RBI=0.0373964;REFB=0.122336;REVB=0.00500838;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.524985;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00971599;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:14:19:1:0:14:19:2:0 chr7 158263336 . G C 494.58 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.188;QD=58.1856;RBI=0.0375998;REFB=0;REVB=0.031535;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010824;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:12:20:0:0:13:21:0:0 chr7 158263344 . T A 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4148;QD=58.5808;RBI=0.035337;REFB=0;REVB=0.0242976;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035141;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr7 158384305 . CTGTG C 165.38 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=62;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0063795;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=4;MLLD=302.844;QD=11.212;RBI=0.0106325;REFB=-0.0116671;REVB=-0.00850605;RO=38;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515333;STBP=0.852;TYPE=del;VARB=0.0214928;OID=.;OPOS=158384306;OREF=TGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355932:20:62:21:59:38:11:10:19:19:99:38:10:10:19:19 chr7 158524504 . G A 338.57 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0246367;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.939;QD=14.8821;RBI=0.0262532;REFB=-0.0051281;REVB=-0.00906984;RO=54;SAF=24;SAR=13;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830426;STB=0.547156;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0122615;OID=.;OPOS=158524504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:13:24:31:23:13:24:31:23 chr7 158526495 . G A 513.55 PASS AF=0.421053;AO=57;DP=136;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.0223711;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.886;QD=15.4452;RBI=0.0352493;REFB=-0.00106467;REVB=-0.0272405;RO=77;SAF=22;SAR=35;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165024;STB=0.603513;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00244468;OID=.;OPOS=158526495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:133:77:77:57:56:0.421053:35:22:42:35:34:22:44:33 chr7 158526880 . G A 242.24 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0300301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3483;QD=16.999;RBI=0.0316729;REFB=-0.029643;REVB=0.010068;RO=26;SAF=6;SAR=21;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142156;STB=0.617552;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0322719;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:30:27:27:0.473684:21:6:9:17:21:6:12:18 chr7 158528233 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1356;QD=60.0306;RBI=0.0380983;REFB=0;REVB=-0.0201271;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109864;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr7 158534372 . G A 163.25 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0275202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1571;QD=20.4065;RBI=0.0293019;REFB=-0.0117538;REVB=0.0100615;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332704;STB=0.689557;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0118491;OID=.;OPOS=158534372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:13:4:9:6:13:4:9:6 chr7 158534381 . G C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0319765;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.286;QD=21.2676;RBI=0.0383577;REFB=0.00785254;REVB=-0.0211854;RO=14;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302788;STB=0.672195;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0096507;OID=.;OPOS=158534381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:13:4:8:6:13:4:8:6 chr7 158536267 . T C 167.88 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0231544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.824;QD=15.617;RBI=0.0241946;REFB=-0.0245653;REVB=-0.00701794;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466393;STB=0.766307;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0211396;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:13:5:19:6:13:5:19:6 chr7 158536334 . G A 108.59 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0124769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.546;QD=13.5741;RBI=0.0130295;REFB=-0.0201726;REVB=0.00375433;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226252;STB=0.664765;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0229118;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:19:13:13:0.40625:9:4:9:8:9:4:11:8 chr7 158536345 . A G 89.36 PASS AF=0.344828;AO=8;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0645408;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6441;QD=12.3254;RBI=0.106058;REFB=0.00999583;REVB=-0.0841598;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478793;STB=0.810985;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00799364;OID=.;OPOS=158536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:30:29:17:17:8:10:0.344828:6:2:12:5:8:2:12:5 chr7 158536376 . A C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0104744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.862;QD=11.6342;RBI=0.0130513;REFB=-0.00872358;REVB=-0.00778603;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352803;STB=0.713815;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0105127;OID=.;OPOS=158536376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:8:2:8:8:8:2:8:8 chr7 158536388 . A C 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0107857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.264;QD=12.7796;RBI=0.0582506;REFB=0.00127997;REVB=-0.0572433;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367135;STB=0.705428;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00271238;OID=.;OPOS=158536388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:13:14:10:10:0.416667:8:2:7:6:8:2:7:7 chr7 158536408 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0611235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.964;QD=10.0752;RBI=0.0670692;REFB=-0.015981;REVB=-0.0276078;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376558;STB=0.764832;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0169938;OID=.;OPOS=158536408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:7:1:5:8:7:1:6:8 chr7 158536411 . T C 55.42 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.075685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.713;QD=10.0755;RBI=0.0796758;REFB=-0.0137885;REVB=-0.0249003;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420621;STB=0.764832;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00416959;OID=.;OPOS=158536411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:7:1:6:8:7:1:6:8 chr7 158540880 . A G 340.79 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.0165093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.235;QD=15.6684;RBI=0.0234776;REFB=-0.010316;REVB=0.0166926;RO=50;SAF=14;SAR=23;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110241;STB=0.561873;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0115621;OID=.;OPOS=158540880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:23:14:14:36:23:14:14:36 chr7 158662137 . C T 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0169936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.539;QD=17.289;RBI=0.017465;REFB=-0.0498637;REVB=0.00403028;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330353;STB=0.511271;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0451012;OID=.;OPOS=158662137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:13:17:17:15:13:17:18:15 chr7 158672476 . C G 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0899758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.196;QD=53.2693;RBI=0.0902313;REFB=0;REVB=0.0067863;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116274;OID=.;OPOS=158672476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr7 158672619 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.143;QD=59.4333;RBI=0.0379222;REFB=0;REVB=-0.0143044;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87276e-05;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr7 158715219 . A G 1230.68 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00989183;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4431;QD=57.9144;RBI=0.0192821;REFB=-0.0990669;REVB=0.0165514;RO=4;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371004;STB=0.514848;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00359496;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:86:85:4:3:82:82:0.964706:49:33:0:4:49:33:0:3 chr7 158719084 . C T 666.34 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942237;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.529;QD=61.9853;RBI=0.0112289;REFB=0;REVB=-0.00610793;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636056;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:16:26:0:0:17:26:0:0 chr7 158827326 . G A 769.98 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528284;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2435;QD=64.1646;RBI=0.0536397;REFB=0;REVB=0.00929357;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664307;OID=.;OPOS=158827326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr7 158851234 . T G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.408;QD=58.1421;RBI=0.0329606;REFB=0;REVB=0.0326424;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16608e-05;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr8 363192 . G A 175.86 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=-0.040012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.308;QD=8.27596;RBI=0.0438501;REFB=-0.00483298;REVB=-0.0179408;RO=60;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938742;STB=0.545418;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0108093;OID=.;OPOS=363192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:60:61:24:24:0.282353:16:8:16:44:16:8:17:44 chr8 566618 . GAGAG GA,GGAG,GGGAG 89.05 PASS AF=0,1,0;AO=3,3,2;DP=9;FAO=0,9,0;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,0;FSAR=0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006353,-0.0484609,-0.0873949;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=147.813,168.948,164.887;QD=39.5787;RBI=0.138001,0.173315,0.175967;REFB=0,0,0;REVB=0.137855,0.166402,0.15273;RO=0;SAF=0,1,2;SAR=3,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.000534005,0.00891637;OID=.,.,.;OPOS=566620,566619,566619;OREF=GAG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GA,GGAG,GGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:3,3,2:9:0,9,0:9:0:0,3,0:0,6,0:0:0:4:0:0,1,2:3,2,0:0:0 chr8 577101 . A G 902.34 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0882;QD=58.2154;RBI=0.0463331;REFB=0;REVB=-0.00380234;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211936;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr8 607766 . C G 990.91 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3963;QD=59.1585;RBI=0.0733768;REFB=0;REVB=-0.0227208;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420087;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:29:36:0:0:29:38:0:0 chr8 608018 . C T 664.43 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.737;QD=60.4023;RBI=0.0675277;REFB=-0.0334187;REVB=-0.00100581;RO=1;SAF=9;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035272;OID=.;OPOS=608018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:1:0:43:44:1:34:9:1:0:34:10:0:0 chr8 608034 . T C 782.35 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.02;QD=56.8984;RBI=0.00974918;REFB=0;REVB=0.00415312;RO=0;SAF=9;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72296e-05;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:53:55:1:44:9:0:0:44:11:0:0 chr8 609879 . AT CC 1156.95 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00777362;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=2;MLLD=161.841;QD=60.892;RBI=0.0106105;REFB=0;REVB=0.00722168;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.72145e-07;OID=.;OPOS=609879;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr8 618728 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.164;QD=60.3763;RBI=0.0340902;REFB=0;REVB=0.0191939;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166995;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr8 665858 . C T 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00340223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.804;QD=13.6198;RBI=0.0386007;REFB=-0.00202608;REVB=0.0384505;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047588;STB=0.517313;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00329877;OID=.;OPOS=665858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:11:15:23:14:11:15:23:15 chr8 939075 . A AC 44.15 PASS AF=0.48;AO=4;DP=26;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.174066;FXX=0.0384468;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.8699;QD=7.06448;RBI=0.177291;REFB=-0.042264;REVB=0.0336657;RO=22;SAF=4;SAR=0;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.63949;STB=0.559901;STBP=0.594;TYPE=ins;VARB=-0.00200321;OID=.;OPOS=939076;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:4:26:12:25:13:6:6:8:5:44:22:4:0:11:11 chr8 939076 . G C 98.78 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0533043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2298;QD=15.1967;RBI=0.0608235;REFB=-0.0397191;REVB=0.0292941;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13274;STB=0.576798;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0192478;OID=.;OPOS=939076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:9:5:6:6:9:5 chr8 943494 . TGG CAC 79.13 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287743;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=3;MLLD=236.226;QD=39.5627;RBI=0.0311744;REFB=0;REVB=0.0119951;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.03987e-05;OID=.;OPOS=943494;OREF=TGG;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:2:6:0:0 chr8 977316 . A G 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0311702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.319;QD=8.89954;RBI=0.032409;REFB=-0.0232471;REVB=0.00887465;RO=25;SAF=9;SAR=2;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101167;STB=0.553742;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0561467;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:2:9:19:6:2:9:20:6 chr8 1514009 . C A 594.3 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5516;QD=60.9536;RBI=0.0553175;REFB=0;REVB=-0.0516155;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121601;OID=.;OPOS=1514009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr8 1616718 . A G 667.0 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0312064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.566;QD=57.9997;RBI=0.0418924;REFB=-0.066007;REVB=0.0279488;RO=2;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469098;STB=0.524989;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00277846;OID=.;OPOS=1616718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:19:25:0:2:19:25:0:2 chr8 1649960 . G A 247.3 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.029627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1387;QD=13.7389;RBI=0.0310235;REFB=-0.0442002;REVB=-0.00920328;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921382;STB=0.552419;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0366161;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:15:14:17:26:15:14:17:26 chr8 1650528 . TAAAAAAAA TAAAAAAA,TAAAAAAAAC,TAAAAAAAC 426.34 PASS AF=0.4375,0.0208333,0.541667;AO=9,13,11;DP=48;FAO=21,1,26;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0,11;FSAR=9,1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.793996,0.0278281,0.0418281;FXX=0;HRUN=9,1,9;LEN=1,1,1;MLLD=4.65088,203.283,206.025;QD=35.528;RBI=0.796194,0.0300047,0.0431081;REFB=0.0138034,0.0145148,0.016414;REVB=0.0591154,-0.0112196,-0.0104269;RO=9;SAF=2,8,1;SAR=7,5,10;SRF=9;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.603316,-0.324612,-0.710521;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.00554358,0.0158472,-0.000308443;OID=.,.,.;OPOS=1650529,1650537,1650536;OREF=A,-,A;OALT=-,C,C;OMAPALT=TAAAAAAA,TAAAAAAAAC,TAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.4375,0.0208333,0.541667:9,13,11:48:21,1,26:48:0:12,0,11:9,1,15:0:0:99:9:2,8,1:7,5,10:9:0 chr8 1651129 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.845;QD=63.2867;RBI=0.0248156;REFB=0;REVB=0.0168211;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139757;OID=.;OPOS=1651129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr8 1833801 . G C 464.11 PASS AF=0.416;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.00841832;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5571;QD=14.8517;RBI=0.0220706;REFB=0.00340661;REVB=0.020402;RO=72;SAF=24;SAR=28;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110917;STB=0.510503;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00599661;OID=.;OPOS=1833801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:72:73:52:52:0.416:28:24:34:38:28:24:35:38 chr8 1846688 . C T 431.91 PASS AF=0.56;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0550383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0814;QD=23.0349;RBI=0.0800739;REFB=-0.0283909;REVB=0.0581603;RO=33;SAF=15;SAR=26;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083485;STB=0.5517;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0231703;OID=.;OPOS=1846688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:33:33:41:42:0.56:26:15:9:24:26:16:9:24 chr8 1873540 . C T 187.89 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.00471053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.567;QD=20.3126;RBI=0.0260469;REFB=-0.0100473;REVB=-0.0256174;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384939;STB=0.715239;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0121292;OID=.;OPOS=1873540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:15:3:12:7:15:3 chr8 1905132 . G A 1104.13 PASS AF=0.917647;AO=77;DP=86;FAO=78;FDP=85;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0202768;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.632;QD=51.9593;RBI=0.0234435;REFB=-0.152244;REVB=0.0117664;RO=7;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654516;STB=0.533972;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00555233;OID=.;OPOS=1905132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:86:85:7:7:77:78:0.917647:47:30:0:7:48:30:0:7 chr8 1906630 . G T 1102.39 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234478;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.41;QD=60.405;RBI=0.028828;REFB=0;REVB=0.0167706;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.89686e-05;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr8 1953194 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9961;QD=57.6802;RBI=0.045855;REFB=0;REVB=0.0355171;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576158;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr8 1953223 . C T 538.52 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.666;QD=59.8354;RBI=0.0963055;REFB=0;REVB=0.0931345;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111141;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:31:36:1:13:18:0:0:18:18:0:0 chr8 1953567 . C A 1739.01 PASS AF=0.991525;AO=105;DP=108;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0617323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.094;QD=58.9495;RBI=0.0633675;REFB=-0.12254;REVB=0.0143028;RO=1;SAF=55;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855071;STB=0.503759;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00130177;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:108:118:1:1:105:117:0.991525:50:55:1:0:51:66:1:0 chr8 1953642 . CAG C 1112.8 PASS AF=1;AO=62;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385681;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.613;QD=59.3495;RBI=0.0512433;REFB=0;REVB=0.0337398;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.82464e-05;OID=.;OPOS=1953643;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:76:75:75:0:45:30:0:0:6:0:33:29:0:0 chr8 1953759 . A T 754.74 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00546119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9414;QD=54.8899;RBI=0.0168497;REFB=-0.112898;REVB=-0.0159401;RO=1;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125691;STB=0.506664;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00139479;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:37:17:0:1:37:17:0:1 chr8 1954237 . G C 1339.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.904;QD=62.3118;RBI=0.0137657;REFB=0;REVB=0.0082642;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32276e-05;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr8 1954587 . G A,T 503.84 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=32,2;DP=34;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196602,-0.0036985;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.383,146.656;QD=57.5811;RBI=0.00755893,0.010391;REFB=0,0;REVB=0.00729878,-0.00971047;RO=0;SAF=16,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000796054,0.062987;OID=.,.;OPOS=1954587,1954587;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:35:0:0:32,2:33,2:0.942857,0.0571429:16,2:16,0:0:0:17,2:16,0:0:0 chr8 2021421 . G T 456.48 PASS AF=0.475728;AO=47;DP=102;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0140441;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.624;QD=17.7272;RBI=0.0345179;REFB=-0.0254439;REVB=-0.0315317;RO=55;SAF=22;SAR=25;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144388;STB=0.573093;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0396053;OID=.;OPOS=2021421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:55:54:47:49:0.475728:25:22:34:21:25:24:34:20 chr8 2037833 . G C 225.38 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.023027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6072;QD=13.0653;RBI=0.129451;REFB=0.00564731;REVB=0.127386;RO=42;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233219;STB=0.632817;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0107944;OID=.;OPOS=2037833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:12:15:14:28:12:15:14:28 chr8 2040337 . T C 2714.86 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7073;QD=62.4105;RBI=0.0664491;REFB=0;REVB=-0.0526795;RO=0;SAF=103;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348794;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:71:103:0:0:71:103:0:0 chr8 2048811 . A C 1358.34 PASS AF=0.967391;AO=87;DP=90;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00973102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.142;QD=59.0584;RBI=0.0597838;REFB=-0.0381332;REVB=0.0589865;RO=2;SAF=39;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236761;STB=0.518514;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00042588;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:92:2:3:87:89:0.967391:48:39:2:0:50:39:3:0 chr8 2048831 . A G 479.35 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00389766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.311;QD=22.5578;RBI=0.0130471;REFB=-0.0100782;REVB=0.0124513;RO=39;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256661;STB=0.514133;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00770547;OID=.;OPOS=2048831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:25:21:19:20:25:21:19:20 chr8 2092835 . C T 391.6 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0418585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.292;QD=22.0622;RBI=0.0440405;REFB=-0.00643003;REVB=0.0136904;RO=31;SAF=14;SAR=25;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321221;STB=0.523041;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0059425;OID=.;OPOS=2092835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:32:39:39:0.549296:25:14:10:21:25:14:10:22 chr8 2148550 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.326;QD=57.6807;RBI=0.0373683;REFB=0;REVB=0.0178674;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038659;OID=.;OPOS=2148550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr8 2148771 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.839;QD=53.2751;RBI=0.0451535;REFB=0;REVB=-0.0442318;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309949;OID=.;OPOS=2148771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr8 2792964 . ATTTTTTTG AATTTTTTG,ATTTTTTG,ATTTTTTGT 79.09 PASS AF=0.0265487,0.283186,0.0265487;AO=5,36,4;DP=112;FAO=3,32,3;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=0,16,3;FSAR=3,16,0;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00689497,0.0891291,0.000464319;FXX=0.00877116;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=21.2334,7.05247,93.3973;QD=2.79949;RBI=0.084859,0.202364,0.0252463;REFB=-0.101326,-0.17521,-0.018393;REVB=-0.0845785,-0.181679,-0.025242;RO=57;SAF=0,15,4;SAR=5,21,0;SRF=37;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.631293,-0.246132,0.45423;STB=0.996939,0.54203,0.996179;STBP=0.054,0.565,0.097;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.00458859,0.172621,0.169614;OID=.,.,.;OPOS=2792965,2792965,2792971;OREF=T,T,TG;OALT=A,-,GT;OMAPALT=AATTTTTTG,ATTTTTTG,ATTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0265487,0.283186,0.0265487:5,36,4:112:3,32,3:113:75:0,16,3:3,16,0:42:33:67:57:0,15,4:5,21,0:37:20 chr8 2795835 . T C 1541.62 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.488;QD=63.5721;RBI=0.030433;REFB=0;REVB=0.0232162;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69109e-05;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:56:39:0:0:57:40:0:0 chr8 2820745 . G C 2307.83 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.455;QD=61.1346;RBI=0.0372379;REFB=0;REVB=0.0354047;RO=0;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75005e-05;OID=.;OPOS=2820745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:77:74:0:0:77:74:0:0 chr8 2832139 . C G 2391.82 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.296;QD=63.7819;RBI=0.0408055;REFB=0;REVB=0.00142658;RO=0;SAF=51;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226043;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:150:0:0:147:150:1:96:51:0:0:98:52:0:0 chr8 2909992 . G A,C 2002.36 PASS AF=0.954198,0.0458015;AO=125,6;DP=131;FAO=125,6;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67,0;FSAR=58,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318674,-0.00780531;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.753,117.19;QD=61.1407;RBI=0.0214157,0.0216138;REFB=0,0;REVB=-0.0211772,-0.0201552;RO=0;SAF=67,0;SAR=58,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00096551,0.140774;OID=.,.;OPOS=2909992,2909992;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:131:131:0:0:125,6:125,6:0.954198,0.0458015:58,6:67,0:0:0:58,6:67,0:0:0 chr8 2910020 . A G 2227.31 PASS AF=0.986111;AO=142;DP=146;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0246399;FXX=0.0136977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.324;QD=61.8698;RBI=0.0327936;REFB=-0.0807552;REVB=0.0216401;RO=2;SAF=77;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014404;STB=0.507575;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000723108;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:146:144:2:2:142:142:0.986111:65:77:0:2:65:77:0:2 chr8 2965244 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.511;QD=64.4154;RBI=0.00584273;REFB=0;REVB=0.00426185;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74634e-05;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr8 3265590 . C T 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0139404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7227;QD=16.0288;RBI=0.0432576;REFB=-0.0378306;REVB=-0.0409498;RO=30;SAF=6;SAR=19;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151149;STB=0.586133;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0488841;OID=.;OPOS=3265590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:19:6:11:19:19:6:11:19 chr8 3351147 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.079;QD=57.2024;RBI=0.0518664;REFB=0;REVB=-0.0496476;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000578789;OID=.;OPOS=3351147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr8 3351195 . C A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.244;QD=60.6099;RBI=0.0557895;REFB=0;REVB=0.047444;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236958;OID=.;OPOS=3351195;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr8 3558050 . G A 1343.93 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0404889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.731;QD=61.0878;RBI=0.0405687;REFB=-0.142085;REVB=-0.00254385;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000298657;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:87:87:0.988636:38:49:0:0:38:49:0:1 chr8 3807438 . T G 255.73 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.012248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9424;QD=15.7375;RBI=0.119343;REFB=0.016617;REVB=-0.118713;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713018;STB=0.540227;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0236524;OID=.;OPOS=3807438;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:16:20:14:15:16:20 chr8 6272399 . G T 1573.81 PASS AF=0.990826;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0300841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2099;QD=57.7544;RBI=0.0431545;REFB=-0.000373318;REVB=0.0309396;RO=2;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193615;STB=0.50505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00141445;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:2:1:106:108:0.990826:48:58:0:2:49:59:0:1 chr8 6296550 . G T 1504.8 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485152;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2857;QD=59.596;RBI=0.0490501;REFB=0;REVB=0.00722367;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345844;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:100:101:1:46:54:0:0:46:55:0:0 chr8 6302112 . AAT A,TAA 31.37 PASS AF=0.177778,0;AO=11,2;DP=48;FAO=8,0;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.179045,-0.0729066;FXX=0.0217344;HRUN=3,3;LEN=2,3;MLLD=28.9878,185.605;QD=2.78836;RBI=0.219562,0.112131;REFB=-0.0817497,-0.0158812;REVB=-0.127084,-0.0851943;RO=31;SAF=6,0;SAR=5,2;SRF=10;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.262511,-0.385888;STB=0.526249,0.5;STBP=0.926,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.196616,0;OID=.,.;OPOS=6302113,6302112;OREF=AT,AAT;OALT=-,TAA;OMAPALT=A,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:45:31:37:11,2:8,0:0.177778,0:5,2:6,0:10:21:5,0:3,0:15:22 chr8 6302183 . G C 363.22 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040789;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.271;QD=55.8795;RBI=0.0446238;REFB=0;REVB=0.018098;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783066;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr8 6302418 . A G 575.56 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.858;QD=60.585;RBI=0.107162;REFB=0;REVB=-0.0777934;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56568e-05;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr8 6302971 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.000486142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.442;QD=14.6579;RBI=0.0060525;REFB=-0.00932568;REVB=0.00603295;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563216;STB=0.817796;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00469985;OID=.;OPOS=6302971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:16:1:9:4:16:1 chr8 6389889 . C A,G 1421.57 PASS AF=0.514019,0.448598;AO=55,48;DP=107;FAO=55,48;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=32,17;FSAR=23,31;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00900113,0.0487279;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=97.9222,32.6462;QD=53.1426;RBI=0.0491414,0.0597411;REFB=-0.0951832,-0.168969;REVB=0.04831,0.0345629;RO=4;SAF=32,17;SAR=23,31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0553625,-0.0986337;STB=0.529401,0.552609;STBP=0.113,0.019;TYPE=snp,snp;VARB=0.010676,0.0215398;OID=.,.;OPOS=6389889,6389889;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:107:107:4:4:55,48:55,48:0.514019,0.448598:23,31:32,17:4:0:23,31:32,17:4:0 chr8 6474473 . C G 1425.4 PASS AF=0.94;AO=94;DP=100;FAO=94;FDP=100;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0117465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.587;QD=57.0162;RBI=0.0288394;REFB=-0.110248;REVB=0.0263388;RO=4;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364288;STB=0.528296;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0022428;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:100:100:4:6:94:94:0.94:50:44:0:4:50:44:0:6 chr8 6478986 . C T 952.7 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2929;QD=58.6275;RBI=0.14507;REFB=0;REVB=0.0474778;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137397;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:34:30:0:0:34:31:0:0 chr8 6479042 . C T 1102.64 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0840886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.748;QD=58.8074;RBI=0.0860703;REFB=-0.134644;REVB=0.0183627;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.506492;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000650249;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:36:38:0:0:36:38:1:0 chr8 6479178 . C A 169.16 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0203561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5513;QD=13.0123;RBI=0.0377231;REFB=0.00720526;REVB=0.0317595;RO=33;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00355702;STB=0.523786;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0108143;OID=.;OPOS=6479178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:32:19:20:0.384615:8:11:19:14:8:12:18:14 chr8 6500544 . C T 1182.0 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00927235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.174;QD=58.3703;RBI=0.0257452;REFB=-0.0548139;REVB=0.0240175;RO=1;SAF=40;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116883;STB=0.512192;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000172862;OID=.;OPOS=6500544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:1:2:79:79:0.975309:39:40:1:0:39:40:2:0 chr8 6566351 . C G 1351.3 PASS AF=0.492754;AO=133;DP=273;FAO=136;FDP=276;FR=.;FRO=140;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=59;FSRR=81;FWDB=0.0215227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.128;QD=19.5841;RBI=0.0264049;REFB=-0.0185869;REVB=-0.0152968;RO=137;SAF=65;SAR=68;SRF=58;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605408;STB=0.539849;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0205675;OID=.;OPOS=6566351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:276:137:140:133:136:0.492754:68:65:58:79:68:68:59:81 chr8 6590078 . G A 249.2 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0334379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6801;QD=33.2262;RBI=0.0696381;REFB=-0.00217787;REVB=0.061085;RO=8;SAF=8;SAR=14;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699998;STB=0.538426;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00294406;OID=.;OPOS=6590078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:14:8:4:4:14:8:4:4 chr8 6615663 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.346;QD=64.4152;RBI=0.0463315;REFB=0;REVB=0.0154805;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395109;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr8 6615754 . G A 213.97 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00869359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.571;QD=20.875;RBI=0.0153561;REFB=-0.0162348;REVB=-0.0126583;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227679;STB=0.512808;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0146048;OID=.;OPOS=6615754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:9:11:11:10:9:11 chr8 6673376 . ACA AC,CAC 743.37 PASS AF=1,0;AO=43,2;DP=47;FAO=47,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292161,-0.0391725;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=148.736,122.558;QD=63.2654;RBI=0.0135229,0.0415914;REFB=0,0;REVB=0.0132035,0.013977;RO=0;SAF=18,2;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.65211e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=4.19995e-05,0;OID=.,.;OPOS=6673378,6673376;OREF=A,ACA;OALT=-,CAC;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:43,2:47,0:1,0:25,0:18,2:0:0:27,0:20,0:0:0 chr8 6690276 . T C 443.35 PASS AF=0.5;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0448718;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5247;QD=20.1523;RBI=0.0501487;REFB=-0.00870346;REVB=0.0223922;RO=45;SAF=20;SAR=23;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830754;STB=0.556675;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00714788;OID=.;OPOS=6690276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:45:44:43:44:0.5:23:20:25:20:24:20:25:19 chr8 6735300 . T A 840.11 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.081792;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.383;QD=56.0072;RBI=0.0830602;REFB=-0.0716519;REVB=0.0144594;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000113061;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:59:59:0.983333:29:30:0:1:29:30:0:1 chr8 6793540 . C T 976.17 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189139;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.128;QD=59.1616;RBI=0.0195415;REFB=0;REVB=-0.00491264;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.17924e-05;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr8 6793581 . A G 750.6 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674691;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6909;QD=63.8809;RBI=0.0678953;REFB=0;REVB=0.00759515;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225224;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr8 7308386 . T C 233.76 PASS AF=0.259542;AO=33;DP=130;FAO=34;FDP=131;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=0.00141449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.006;QD=7.13762;RBI=0.00373709;REFB=-0.00858099;REVB=-0.00345905;RO=95;SAF=19;SAR=14;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022491;STB=0.523883;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0260064;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:95:97:33:34:0.259542:14:19:53:42:14:20:54:43 chr8 7308729 . G C 1630.32 PASS AF=0.556364;AO=153;DP=277;FAO=153;FDP=275;FR=.;FRO=122;FSAF=75;FSAR=78;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=0.0471698;FXX=0.00721996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.101;QD=23.7137;RBI=0.0474909;REFB=-0.0100584;REVB=0.00551331;RO=118;SAF=75;SAR=78;SRF=56;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125353;STB=0.506563;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00908744;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:275:118:122:153:153:0.556364:78:75:56:62:78:75:58:64 chr8 8098577 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.223;QD=58.7817;RBI=0.0203769;REFB=0;REVB=-0.00419412;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83808e-05;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr8 8099514 . A G 49.91 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0519306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.883;QD=4.53685;RBI=0.052435;REFB=0.00306773;REVB=-0.00725543;RO=36;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346469;STB=0.745164;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00989639;OID=.;OPOS=8099514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:7:1:12:24:7:1:12:24 chr8 8099554 . TGG CTA 49.39 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00357551;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=208.908;QD=4.20318;RBI=0.00357551;REFB=-0.00220051;REVB=4.02339e-07;RO=39;SAF=1;SAR=7;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395343;STB=0.782382;STBP=0.115;TYPE=mnp;VARB=0.00783594;OID=.;OPOS=8099554;OREF=TGG;OALT=CTA;OMAPALT=CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:7:1:15:24:7:1:15:24 chr8 8099618 . T C 49.33 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0152501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3107;QD=4.19808;RBI=0.0264074;REFB=-0.0186234;REVB=0.0215588;RO=39;SAF=1;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520953;STB=0.859394;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.100575;OID=.;OPOS=8099618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:7:1:21:18:7:1:21:18 chr8 8176221 . C T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0132894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.197;QD=21.0073;RBI=0.0454851;REFB=-0.012517;REVB=-0.0435004;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282709;STB=0.65953;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0245155;OID=.;OPOS=8176221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:13:6:11:6:13:6:11:6 chr8 8176554 . C T 820.31 PASS AF=0.538462;AO=77;DP=144;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.027443;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.067;QD=22.9456;RBI=0.029157;REFB=-0.0176202;REVB=-0.00984948;RO=66;SAF=33;SAR=44;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929859;STB=0.50509;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0160615;OID=.;OPOS=8176554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:66:66:77:77:0.538462:44:33:29:37:44:33:29:37 chr8 8234077 . G C 541.54 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110957;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1653;QD=60.1714;RBI=0.115885;REFB=0;REVB=0.0334339;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114505;OID=.;OPOS=8234077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr8 8234192 . G C 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651768;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4918;QD=57.2314;RBI=0.0399922;REFB=0;REVB=0.0394575;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110976;OID=.;OPOS=8234192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr8 8234218 . CG TA 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117936;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.299;QD=59.323;RBI=0.0209061;REFB=0;REVB=0.017262;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.93283e-05;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr8 8234714 . C G,T 323.8 PASS AF=0.137931,0.793103;AO=3,23;DP=29;FAO=4,23;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=4,14;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0337541,0.0141693;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=26.2069,122.237;QD=44.6627;RBI=0.0547736,0.0173155;REFB=-0.04134,-0.127482;REVB=-0.0431371,0.00995283;RO=1;SAF=3,14;SAR=0,9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0486633;STB=0.996649,0.549956;STBP=0.028,0.153;TYPE=snp,snp;VARB=0.215524,0.00305685;OID=.,.;OPOS=8234714,8234714;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:29:29:1:2:3,23:4,23:0.137931,0.793103:0,9:3,14:0:1:0,9:4,14:0:2 chr8 8234868 . C CGCCGCT 82.35 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00322803;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=6;MLLD=258.073;QD=29.9437;RBI=0.0530963;REFB=-0.0958359;REVB=0.0529981;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147719;STB=0.583156;STBP=0.31;TYPE=ins;VARB=0.00656863;OID=.;OPOS=8234869;OREF=-;OALT=GCCGCT;OMAPALT=CGCCGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:9:12:9:11:2:5:4:2:0:11:2:5:4:2:0 chr8 8439879 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0488;QD=58.1399;RBI=0.023129;REFB=0;REVB=-0.0136871;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6822e-05;OID=.;OPOS=8439879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr8 8440074 . G A 208.71 PASS AF=0.444444;AO=22;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00820943;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.69;QD=15.4599;RBI=0.0275431;REFB=-0.0173671;REVB=0.0262912;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33123;STB=0.578156;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0149379;OID=.;OPOS=8440074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:19:30:22:24:0.444444:11:11:17:2:13:11:18:12 chr8 8560602 . C T 170.66 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.10955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.821;QD=25.2827;RBI=0.215643;REFB=-0.0307393;REVB=0.185743;RO=10;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106683;STB=0.575083;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0256784;OID=.;OPOS=8560602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:26:27:10:10:16:17:0.62963:3:13:9:1:4:13:9:1 chr8 8560909 . G C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00898662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.673;QD=17.379;RBI=0.0268537;REFB=-0.0168199;REVB=0.0253053;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044658;STB=0.524985;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0205963;OID=.;OPOS=8560909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:19:14:14:23:19:14:14:23 chr8 8561391 . AT A,ATT 37.34 PASS AF=0,0.357143;AO=6,20;DP=56;FAO=0,20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=0,7;FSAR=0,13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.131207,0.130621;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.1305,8.07509;QD=2.66748;RBI=0.133926,0.132887;REFB=0.0159688,-0.0200377;REVB=-0.0268491,0.0244386;RO=28;SAF=2,7;SAR=4,13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0.344262,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119068,-0.0848809;STB=0.5,0.545755;STBP=1,0.599;TYPE=del,ins;VARB=0,-0.0176499;OID=.,.;OPOS=8561392,8561392;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.357143:6,20:56:0,20:56:36:0,7:0,13:15:21:39:28:2,7:4,13:12:16 chr8 8561399 . G T 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0118335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.368;QD=10.6444;RBI=0.0119083;REFB=-0.0117381;REVB=-0.00133246;RO=38;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538073;STB=0.531566;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0275094;OID=.;OPOS=8561399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:13:7:15:23:13:7:15:23 chr8 8561442 . A G 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0138881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6088;QD=14.8509;RBI=0.0358755;REFB=0.0164497;REVB=0.0330783;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500627;STB=0.528971;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0225156;OID=.;OPOS=8561442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:12:7:12:17:12:7:12:17 chr8 8561452 . A G 167.98 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00990004;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.9679;QD=13.9985;RBI=0.0764722;REFB=0.0299523;REVB=0.0758286;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124903;STB=0.507273;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.0246957;OID=.;OPOS=8561452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:11:7:12:18:11:7:12:18 chr8 8561531 . CAAAATG CAAAACA 55.87 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0119098;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.518;QD=10.1576;RBI=0.0163493;REFB=-0.0219104;REVB=-0.0112008;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424782;STB=0.599781;STBP=0.657;TYPE=mnp;VARB=0.0378771;OID=.;OPOS=8561536;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:8:22:8:22:14:2:6:2:12:55:11:2:6:0:11 chr8 8561552 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0785607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.66;QD=8.81109;RBI=0.104721;REFB=-0.00456321;REVB=0.0692435;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194949;STB=0.6187;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0186304;OID=.;OPOS=8561552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:2:9:4:2:2:9 chr8 8643582 . C G 780.03 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0685983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0763;QD=56.7295;RBI=0.0760095;REFB=0;REVB=0.032737;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411887;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:32:22:0:0:33:22:0:0 chr8 8747894 . A G 1518.85 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8307;QD=62.633;RBI=0.0374283;REFB=-0.090276;REVB=-0.0287165;RO=0;SAF=62;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930751;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:97:0:0:96:97:1:34:62:0:0:34:63:0:0 chr8 8819186 . T A 372.45 PASS AF=0.371901;AO=44;DP=120;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0106845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.241;QD=12.3123;RBI=0.0114712;REFB=-0.00883645;REVB=-0.0041748;RO=76;SAF=23;SAR=21;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543403;STB=0.523484;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0139413;OID=.;OPOS=8819186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:76:76:44:45:0.371901:21:23:36:40:22:23:36:40 chr8 8860620 . T C 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0134412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.27;QD=17.2891;RBI=0.01987;REFB=-0.0463686;REVB=-0.0146339;RO=33;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284231;STB=0.659468;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0571946;OID=.;OPOS=8860620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:10:20:12:21:10:20:12:21 chr8 9414502 . C G 259.69 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00492253;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.584;QD=16.488;RBI=0.00823377;REFB=-0.00348596;REVB=-0.00660027;RO=34;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549382;STB=0.530843;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00527806;OID=.;OPOS=9414502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:34:29:29:0.460317:19:10:10:24:19:10:10:24 chr8 9414642 . G A 362.83 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00106258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.541;QD=19.3511;RBI=0.00361425;REFB=-0.0153212;REVB=-0.00345452;RO=37;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739387;STB=0.547359;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0146893;OID=.;OPOS=9414642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:37:37:38:0.506667:20:17:14:23:20:18:14:23 chr8 9415168 . G A 1013.93 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221569;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.579;QD=59.6432;RBI=0.0241801;REFB=0;REVB=0.00968231;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594897;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:30:36:0:0:30:38:0:0 chr8 9564437 . A G 409.91 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.000681216;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.048;QD=20.4954;RBI=0.003873;REFB=-0.0116627;REVB=-0.00381262;RO=37;SAF=19;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430434;STB=0.536568;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0119659;OID=.;OPOS=9564437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:37:39:41:41:0.5125:22:19:19:18:22:19:21:18 chr8 9577940 . T C 1044.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00899041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.958;QD=59.678;RBI=0.00899491;REFB=0;REVB=-0.000284671;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33684e-05;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:42:27:0:0:42:28:0:0 chr8 9734267 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.143;QD=52.6132;RBI=0.0349324;REFB=0;REVB=0.0247629;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3615e-05;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr8 9734284 . G A 230.49 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00266509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.27;QD=46.0974;RBI=0.0277441;REFB=-0.160818;REVB=0.0276158;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00157005;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:0:1:10:9:0:1 chr8 10211175 . C G,T 1611.9 PASS AF=0.036036,0.954955;AO=5,104;DP=111;FAO=4,106;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=4,55;FSAR=0,51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0481717,0.000809177;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.1947,67.6513;QD=58.0864;RBI=0.0715013,0.00968404;REFB=0.0599624,-0.0242162;REVB=-0.0528387,-0.00965018;RO=1;SAF=5,54;SAR=0,50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767767,0.00939623;STB=0.995941,0.504853;STBP=0.099,0.312;TYPE=snp,snp;VARB=0.242537,-0.00193074;OID=.,.;OPOS=10211175,10211175;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:111:111:1:1:5,104:4,106:0.036036,0.954955:0,50:5,54:0:1:0,51:4,55:0:1 chr8 10285810 . T C 532.21 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3973;QD=57.5362;RBI=0.0659005;REFB=-0.0977054;REVB=0.0655462;RO=1;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549407;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00509348;OID=.;OPOS=10285810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:1:0:36:37:1:8:28:0:1:9:28:0:0 chr8 10285825 . T G 558.25 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.877;QD=60.3515;RBI=0.0230653;REFB=0;REVB=-0.00350711;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51974e-05;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:35:37:1:13:22:0:0:13:24:0:0 chr8 10333811 . C T 272.13 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0263622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6779;QD=31.1003;RBI=0.0621495;REFB=-0.058939;REVB=0.0562814;RO=11;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047844;STB=0.526294;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0260733;OID=.;OPOS=10333811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:15:9:5:6:15:9:5:6 chr8 10383138 . G A 321.41 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0143503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.571;QD=18.9066;RBI=0.0152925;REFB=-0.0430967;REVB=-0.00528496;RO=33;SAF=9;SAR=25;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246164;STB=0.64646;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.03656;OID=.;OPOS=10383138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:25:9:17:16:25:9:18:16 chr8 10383226 . C G 62.06 PASS AF=0.466667;AO=4;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0.062461;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.919;QD=16.5481;RBI=0.0333241;REFB=-0.0396055;REVB=-0.0333241;RO=5;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.026919;OID=.;OPOS=10383226;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:16:15:5:6:4:7:0.466667:4:0:0:5:7:0:0:6 chr8 10390452 . C T 365.39 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0230299;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.468;QD=15.8863;RBI=0.0478301;REFB=-0.00994929;REVB=-0.0419207;RO=52;SAF=14;SAR=25;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279766;STB=0.511426;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0126326;OID=.;OPOS=10390452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:52:53:39:39:0.423913:25:14:20:32:25:14:20:33 chr8 10396054 . A C 1033.39 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4666;QD=58.219;RBI=0.0281732;REFB=-0.0553871;REVB=0.0139937;RO=1;SAF=47;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023106;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:71:1:0:69:71:1:22:47:0:1:24:47:0:0 chr8 10464755 . C G,T 470.45 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=2,30;DP=32;FAO=1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164791,-0.00464299;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=94.1211,138.244;QD=57.0243;RBI=0.0234656,0.0264151;REFB=0,0;REVB=0.0167054,0.0260039;RO=0;SAF=2,29;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.048257,0.000721837;OID=.,.;OPOS=10464755,10464755;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:32:33:0:0:2,30:1,32:0.030303,0.969697:0,1:2,29:0:0:0,1:1,31:0:0 chr8 10464885 . T C 610.44 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0435082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.11;QD=56.7849;RBI=0.0503571;REFB=-0.0692806;REVB=0.0253549;RO=2;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066852;STB=0.535697;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00518617;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:13:28:0:2:13:28:0:2 chr8 10465748 . T C 53.92 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0794196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.93;QD=30.8132;RBI=0.123338;REFB=0;REVB=0.0943647;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031679;OID=.;OPOS=10465748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:7:1:0:6:7:1:2:4:1:0:2:5:0:0 chr8 10465942 . T A 65.85 PASS AF=0.45;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0702252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.838;QD=13.1708;RBI=0.0718319;REFB=-0.0240558;REVB=-0.0151078;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270467;STB=0.666221;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0201189;OID=.;OPOS=10465942;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:20:10:11:8:9:0.45:7:1:3:7:8:1:3:8 chr8 10467123 . G GC 1082.32 PASS AF=1;AO=14;DP=112;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266342;FXX=0.0092584;HRUN=0;LEN=1;MLLD=267.014;QD=40.4607;RBI=0.0357272;REFB=0;REVB=-0.0238129;RO=95;SAF=13;SAR=1;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000567693;OID=.;OPOS=10467124;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:112:107:107:0:68:39:0:0:22:95:13:1:56:39 chr8 10467124 . G C 1205.72 PASS AF=0.853211;AO=92;DP=109;FAO=93;FDP=109;FR=.;FRO=16;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0379847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.469;QD=44.2467;RBI=0.037986;REFB=-0.107191;REVB=0.000309409;RO=16;SAF=52;SAR=40;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125781;STB=0.555884;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00191873;OID=.;OPOS=10467124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:109:109:16:16:92:93:0.853211:40:52:16:0:40:53:15:1 chr8 10467160 . G A 757.94 PASS AF=0.614035;AO=70;DP=115;FAO=70;FDP=114;FR=.;FRO=44;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0392331;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5806;QD=26.5943;RBI=0.0538279;REFB=-0.044859;REVB=0.0368539;RO=41;SAF=50;SAR=20;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138346;STB=0.57469;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0297592;OID=.;OPOS=10467160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:41:44:70:70:0.614035:20:50:22:19:20:50:24:20 chr8 10467207 . C A 1556.97 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.059614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.256;QD=58.7537;RBI=0.0955687;REFB=-0.0142519;REVB=0.0746964;RO=1;SAF=65;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724526;STB=0.503759;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000475734;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:39:65:1:0:39:66:1:0 chr8 10467652 . G C 38.27 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00499101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.057;QD=10.2065;RBI=0.0135389;REFB=-0.0197127;REVB=-0.0125853;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177426;STB=0.644611;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0244319;OID=.;OPOS=10467652;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:9:9:5:6:0.4:1:4:6:3:1:5:6:3 chr8 10468172 . G A 461.69 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.235;QD=57.7117;RBI=0.0423745;REFB=0;REVB=0.0386423;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151451;OID=.;OPOS=10468172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr8 10469030 . G A 68.86 PASS AF=0.416667;AO=7;DP=22;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0177882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.377;QD=11.4772;RBI=0.0180409;REFB=-0.0230846;REVB=0.00300891;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226678;STB=0.6996;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0228911;OID=.;OPOS=10469030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:24:14:14:7:10:0.416667:3:4:5:9:3:7:5:9 chr8 10469340 . G A 717.68 PASS AF=0.489655;AO=70;DP=142;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00889182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.055;QD=19.7981;RBI=0.0210445;REFB=-0.0229124;REVB=0.0190737;RO=69;SAF=29;SAR=41;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978372;STB=0.540583;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0222048;OID=.;OPOS=10469340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:69:74:70:71:0.489655:41:29:36:33:42:29:36:38 chr8 10469817 . G A 3304.69 PASS AF=1;AO=212;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354586;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.649;QD=61.4826;RBI=0.0653735;REFB=-0.0371977;REVB=0.0549216;RO=1;SAF=127;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557165;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152115;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:215:215:1:0:212:215:1:85:127:0:1:87:128:0:0 chr8 10530218 . C T 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.015;QD=62.3427;RBI=0.0352024;REFB=0;REVB=0.0249468;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246295;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr8 10754511 . C T 2254.81 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1313;QD=63.5158;RBI=0.0199511;REFB=0;REVB=0.00158468;RO=0;SAF=70;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69009e-05;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:72:70:0:0:72:70:0:0 chr8 11162496 . A C 1662.28 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019849;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.464;QD=60.4467;RBI=0.00300073;REFB=0;REVB=0.00225045;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.74904e-05;OID=.;OPOS=11162496;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:61:49:0:0:61:49:0:0 chr8 11184937 . G A 2159.76 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151966;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2153;QD=63.0586;RBI=0.0154369;REFB=0;REVB=-0.00271302;RO=0;SAF=54;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100054;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:136:137:1:82:54:0:0:83:54:0:0 chr8 11188743 . C T 398.27 PASS AF=0.465909;AO=40;DP=87;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0145835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.051;QD=18.1032;RBI=0.0146964;REFB=-0.0298083;REVB=-0.00181764;RO=47;SAF=28;SAR=12;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113287;STB=0.567875;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0445845;OID=.;OPOS=11188743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:47:47:40:41:0.465909:12:28:28:19:12:29:28:19 chr8 11188752 . G A 1162.35 PASS AF=0.9;AO=81;DP=91;FAO=81;FDP=90;FR=.;FRO=9;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0229247;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.142;QD=51.6601;RBI=0.0787364;REFB=-0.0874913;REVB=0.0753252;RO=8;SAF=53;SAR=28;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054863;STB=0.510841;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00253438;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:91:90:8:9:81:81:0.9:28:53:5:3:28:53:5:4 chr8 11189316 . G C 689.29 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0391795;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0079;QD=58.6633;RBI=0.0917751;REFB=-0.11506;REVB=0.0829919;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408209;STB=0.521729;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0032582;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:23:22:2:0:23:22:2:0 chr8 11189488 . T C 1872.14 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0781342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.082;QD=58.9649;RBI=0.0783632;REFB=-0.0603199;REVB=-0.00598688;RO=1;SAF=62;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760175;STB=0.503936;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.000870655;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:127:1:3:124:124:0.976378:62:62:1:0:62:62:1:2 chr8 11189535 . T C 797.91 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2863;QD=55.9933;RBI=0.12072;REFB=0;REVB=0.108;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200481;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00368643;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:1:0:54:57:1:31:23:1:0:31:26:0:0 chr8 11204165 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000599776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3479;QD=57.1773;RBI=0.0288137;REFB=0;REVB=-0.0288075;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021111;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr8 11204184 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.297;QD=63.583;RBI=0.0144839;REFB=0;REVB=0.0112785;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07141e-06;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr8 11249928 . G GA,GAA 32.29 PASS AF=0.380952,0;AO=3,4;DP=20;FAO=8,0;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1,0;FSAR=7,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0935614,0.0522427;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=14.2028,20.9568;QD=6.15113;RBI=0.146303,0.0782762;REFB=-0.0442305,-0.0238981;REVB=-0.112476,-0.0582911;RO=13;SAF=0,0;SAR=3,4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.671217,-0.713165;STB=0.810699,0.5;STBP=0.05,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0621182,0;OID=.,.;OPOS=11249929,11249929;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952,0:3,4:20:8,0:21:13:1,0:7,0:7:6:32:13:0,0:3,4:8:5 chr8 11301753 . A C 3934.45 PASS AF=1;AO=253;DP=254;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308913;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6862;QD=62.2047;RBI=0.0310497;REFB=0;REVB=-0.00313268;RO=0;SAF=152;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164897;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:253:0:0:253:253:1:101:152:0:0:101:152:0:0 chr8 11414237 . T C 990.54 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.066558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9551;QD=59.1368;RBI=0.066562;REFB=0;REVB=-0.000726573;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000568057;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr8 11418385 . G A 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.986;QD=60.5457;RBI=0.0468589;REFB=0;REVB=0.0451206;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93434e-05;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr8 11418773 . C T 1151.66 PASS AF=0.963415;AO=78;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0414648;FXX=0.0120467;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.4778;QD=56.1787;RBI=0.0454551;REFB=-0.217683;REVB=0.0186236;RO=4;SAF=39;SAR=39;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230506;STB=0.505866;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00682212;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:82:4:3:78:79:0.963415:39:39:1:3:40:39:1:2 chr8 11421793 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.059;QD=62.9078;RBI=0.0771991;REFB=0;REVB=0.0771284;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58487e-05;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr8 11619261 . T A 1578.68 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642272;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9291;QD=59.016;RBI=0.124156;REFB=-0.0272208;REVB=0.106252;RO=1;SAF=51;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295193;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:107:107:1:0:105:107:1:54:51:1:0:55:52:0:0 chr8 11619334 . C T 1464.64 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.123152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8042;QD=60.3974;RBI=0.127452;REFB=-0.177209;REVB=0.0328287;RO=2;SAF=39;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236911;STB=0.506023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00608638;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:2:1:94:96:0.989691:55:39:2:0:55:41:1:0 chr8 11619635 . T A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.158;QD=51.1845;RBI=0.0277652;REFB=0;REVB=0.0140235;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.81069e-05;OID=.;OPOS=11619635;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr8 11619986 . C T 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.432;QD=53.9071;RBI=0.0414307;REFB=0;REVB=0.0216574;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430575;OID=.;OPOS=11619986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr8 11620077 . GAC CAG,G 86.19 PASS AF=0.222222,0.777778;AO=3,4;DP=8;FAO=2,7;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2,5;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560223,0.00683902;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=60.2321,110.075;QD=38.3051;RBI=0.129181,0.116602;REFB=0,0;REVB=0.116402,0.116402;RO=0;SAF=2,3;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0904605,0.0367522;OID=.,.;OPOS=11620077,11620078;OREF=GAC,AC;OALT=CAG,-;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:8:9:0:0:3,4:2,7:0.222222,0.777778:1,1:2,3:0:0:0,2:2,5:0:0 chr8 11620315 . T C 1201.98 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00260937;FXX=0.0243873;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.571;QD=60.0991;RBI=0.00478334;REFB=-0.0939451;REVB=-0.00400894;RO=1;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108827;STB=0.505746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000168054;OID=.;OPOS=11620315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:43:36:0:1:43:36:0:1 chr8 11621351 . C G 570.38 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00538087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1945;QD=60.0403;RBI=0.015054;REFB=0;REVB=0.0140595;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00604995;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:34:38:1:16:18:0:0:17:21:0:0 chr8 11621450 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5456;QD=61.6816;RBI=0.0396308;REFB=0;REVB=-0.0323361;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000840253;OID=.;OPOS=11621450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr8 11637276 . G A 360.12 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0297874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.99;QD=22.8644;RBI=0.0377172;REFB=-0.0300088;REVB=0.0231364;RO=27;SAF=14;SAR=22;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773859;STB=0.54251;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0220667;OID=.;OPOS=11637276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:22:14:8:19:22:14:8:19 chr8 11643553 . G T 304.41 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.010658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.321;QD=19.9611;RBI=0.0125087;REFB=-0.0358452;REVB=-0.0065479;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15677;STB=0.576278;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0159674;OID=.;OPOS=11643553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:17:15:8:20:17:15:9:20 chr8 11666218 . GTCCCACTCCCACTCCCACT GTCCCACTCCCACT,GTCCCACTCCCACTC 282.12 PASS AF=0.672414,0;AO=24,7;DP=48;FAO=39,0;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=4,0;FSAR=35,0;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00697756,0.0111062;FXX=0.107676;HRUN=3,3;LEN=6,5;MLLD=148.289,146.111;QD=19.4567;RBI=0.0411336,0.021981;REFB=-0.0108409,-0.00300455;REVB=0.0405374,0.0189688;RO=0;SAF=0,0;SAR=24,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.797281,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,del;VARB=0.00748016,-0.0324687;OID=.,.;OPOS=11666219,11666233;OREF=TCCCAC,CCACT;OALT=-,-;OMAPALT=GTCCCACTCCCACT,GTCCCACTCCCACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.672414,0:24,7:48:39,0:58:19:4,0:35,0:14:5:91:0:0,0:24,7:0:0 chr8 11667179 . C T 603.99 PASS AF=0.435065;AO=67;DP=154;FAO=67;FDP=154;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0165649;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.693;QD=15.6881;RBI=0.0256179;REFB=0.00108622;REVB=-0.0195417;RO=87;SAF=38;SAR=29;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858192;STB=0.54792;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00117527;OID=.;OPOS=11667179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:87:87:67:67:0.435065:29:38:42:45:29:38:42:45 chr8 11667238 . C G 1044.31 PASS AF=0.465517;AO=108;DP=232;FAO=108;FDP=232;FR=.;FRO=124;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=0.000836255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.728;QD=18.0053;RBI=0.00134191;REFB=-0.00915964;REVB=-0.00104947;RO=124;SAF=52;SAR=56;SRF=55;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368051;STB=0.520329;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0100683;OID=.;OPOS=11667238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:124:124:108:108:0.465517:56:52:55:69:56:52:55:69 chr8 11683653 . T C 1643.6 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00578885;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=384.517;QD=59.2287;RBI=0.00616795;REFB=-0.0477454;REVB=0.00212905;RO=1;SAF=16;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287402;STB=0.515149;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-1.06324e-06;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:94:16:1:0:94:16:1:0 chr8 11689119 . G C 1305.01 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6068;QD=60.6981;RBI=0.0355593;REFB=0.0220578;REVB=0.0223967;RO=1;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938023;STB=0.504853;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000254024;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:50:34:0:1:51:34:0:1 chr8 11701842 . A C 1391.88 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0318373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.6825;QD=59.229;RBI=0.0354851;REFB=-0.0212931;REVB=0.0156709;RO=1;SAF=53;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886055;STB=0.502766;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.000462149;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:1:3:91:91:0.968085:38:53:1:0:38:53:2:1 chr8 11701887 . CTG C 469.35 PASS AF=0.42623;AO=45;DP=127;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00282864;FXX=0.0468713;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.644;QD=15.3885;RBI=0.0106507;REFB=0.00258861;REVB=0.0102682;RO=69;SAF=26;SAR=19;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761197;STB=0.513919;STBP=0.812;TYPE=del;VARB=-0.00352171;OID=.;OPOS=11701888;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42623:45:127:52:122:70:28:24:36:34:99:69:26:19:35:34 chr8 11702542 . T C 447.81 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0371767;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.649;QD=20.8285;RBI=0.0371778;REFB=-0.0120862;REVB=-0.000296526;RO=41;SAF=22;SAR=22;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319095;STB=0.534868;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00467763;OID=.;OPOS=11702542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:42:44:44:0.511628:22:22:22:19:22:22:24:18 chr8 11705677 . C G 202.64 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00400111;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.042;QD=15.2937;RBI=0.0211846;REFB=-0.00427929;REVB=-0.0208033;RO=29;SAF=17;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33585;STB=0.684595;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00467458;OID=.;OPOS=11705677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:6:17:12:17:6:17:13:17 chr8 11706581 . T G 353.78 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00865608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.802;QD=18.6202;RBI=0.0134778;REFB=-0.0165184;REVB=0.0103306;RO=39;SAF=8;SAR=29;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197929;STB=0.6113;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0175091;OID=.;OPOS=11706581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:29:8:15:24:29:8:15:24 chr8 11710888 . G C 199.35 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00538655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.503;QD=15.0451;RBI=0.010142;REFB=-0.0207513;REVB=-0.00859338;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366509;STB=0.687439;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0307752;OID=.;OPOS=11710888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:27:30:22:23:0.433962:15:7:19:8:16:7:19:11 chr8 11793447 . T C 1555.97 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2513;QD=59.845;RBI=0.0596029;REFB=0;REVB=0.0213271;RO=0;SAF=34;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315998;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:70:34:0:0:70:34:0:0 chr8 11832079 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440046;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.416;QD=63.8706;RBI=0.00451466;REFB=0;REVB=-0.001009;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80799e-06;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr8 11872239 . C A 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.12036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.833;QD=57.8226;RBI=0.133797;REFB=-0.132454;REVB=0.0584396;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521727;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00416344;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:27:11:0:0:27:11:1:0 chr8 11872314 . T C 61.43 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.863;QD=35.105;RBI=0.0386528;REFB=0;REVB=0.0386528;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303682;OID=.;OPOS=11872314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:5:7:1:5:0:0:0:7:0:0:0 chr8 11995062 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.124;QD=42.1826;RBI=0.0418867;REFB=0;REVB=0.040125;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875177;OID=.;OPOS=11995062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr8 11995274 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.479;QD=52.613;RBI=0.0318587;REFB=0;REVB=0.0215647;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11889e-05;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr8 12516729 . T G 525.91 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315063;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1259;QD=60.1041;RBI=0.00335363;REFB=0;REVB=0.00114907;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199482;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr8 12516857 . T C 1008.19 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.851;QD=59.3055;RBI=0.114712;REFB=0;REVB=0.0359102;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224873;OID=.;OPOS=12516857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr8 12580049 . G A 185.87 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4566;QD=46.4674;RBI=0.0816755;REFB=0;REVB=-0.0802496;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011487;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:4:11:0:0:4:12:0:0 chr8 12809667 . A T 5862.39 PASS AF=1;AO=374;DP=384;FAO=376;FDP=376;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=190;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200812;FXX=0.0208328;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.628;QD=62.3659;RBI=0.0250979;REFB=-0.0161156;REVB=0.015055;RO=5;SAF=184;SAR=190;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47792e-05;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:384:376:5:0:374:376:1:190:184:1:4:190:186:0:0 chr8 12809700 . G A 5479.95 PASS AF=0.97027;AO=359;DP=372;FAO=359;FDP=370;FR=.;FRO=11;FSAF=172;FSAR=187;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00087231;FXX=0.0053762;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.465;QD=59.2427;RBI=0.0394354;REFB=-0.019513;REVB=0.0394258;RO=10;SAF=172;SAR=187;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165965;STB=0.507386;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00111288;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:372:370:10:11:359:359:0.97027:187:172:8:2:187:172:8:3 chr8 12878637 . A G 1104.53 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135439;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2214;QD=60.5224;RBI=0.0150725;REFB=0;REVB=0.00661399;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550889;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr8 12878677 . T C 1438.04 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.042;QD=62.5234;RBI=0.0715533;REFB=0;REVB=0.0650494;RO=1;SAF=25;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185691;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001679;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:92:1:0:85:92:1:60:25:1:0:61:31:0:0 chr8 12878807 . T G 1659.05 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00657961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.368;QD=59.2518;RBI=0.0082925;REFB=0.000417956;REVB=-0.00504721;RO=0;SAF=39;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503545;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-5.21475e-06;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:112:0:1:110:111:0.991071:71:39:0:0:70:41:0:1 chr8 12879062 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.585;QD=60.6103;RBI=0.0324269;REFB=0;REVB=0.0231344;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125154;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr8 12879099 . G A 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00579852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.637;QD=60.8526;RBI=0.0177947;REFB=0.0631805;REVB=-0.0168235;RO=1;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028473;STB=0.515145;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00153212;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:16:30:0:1:16:30:0:1 chr8 12879334 . T C 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1165;QD=62.6678;RBI=0.075198;REFB=0;REVB=0.06377;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154111;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr8 12879539 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.761;QD=45.8068;RBI=0.0120765;REFB=0;REVB=-0.00647997;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65117e-05;OID=.;OPOS=12879539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr8 12888908 . T G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.64;QD=63.2864;RBI=0.0338508;REFB=0;REVB=-0.00311607;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176368;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr8 12941709 . C A 612.42 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.558;QD=61.2417;RBI=0.0242583;REFB=0;REVB=0.0166974;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05883e-05;OID=.;OPOS=12941709;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:15:23:0:0:17:23:0:0 chr8 12943065 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.118;QD=39.2068;RBI=0.0283294;REFB=0;REVB=0.0207569;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439345;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr8 12958025 . C A 346.77 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0516085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9702;QD=51.3727;RBI=0.0787405;REFB=-0.0593859;REVB=0.0594696;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.033907;OID=.;OPOS=12958025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:0:1:11:15:0:1 chr8 13072177 . C T 1217.49 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015288;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.208;QD=61.6449;RBI=0.0212842;REFB=0;REVB=0.0212292;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08815e-05;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:79:0:0:77:79:1:30:47:0:0:32:47:0:0 chr8 13356802 . G A 447.31 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.844;QD=57.7174;RBI=0.0538405;REFB=0;REVB=0.0525816;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690274;OID=.;OPOS=13356802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:13:17:0:0:14:17:0:0 chr8 13356818 . TT CG 450.83 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327296;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=2;MLLD=324.939;QD=58.1717;RBI=0.00870852;REFB=0;REVB=0.00807007;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.15654e-05;OID=.;OPOS=13356818;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr8 13424583 . C T 1149.0 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202537;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.885;QD=60.4737;RBI=0.0203812;REFB=0;REVB=-0.0022765;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821877;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:32:42:0:0:32:44:0:0 chr8 13425353 . T A 713.57 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279319;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.486;QD=57.0855;RBI=0.0355951;REFB=0;REVB=0.0220641;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279037;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr8 15095085 . C G 399.07 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.00987902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5711;QD=14.5116;RBI=0.0777057;REFB=-0.0502903;REVB=0.0770752;RO=63;SAF=19;SAR=27;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172436;STB=0.513508;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0643706;OID=.;OPOS=15095085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:64:46:46:0.418182:27:19:25:38:27:19:25:39 chr8 15978063 . C T 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.538;QD=56.2123;RBI=0.0253932;REFB=-0.0836503;REVB=0.0145476;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000237804;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:31:30:0:1:31:30:0:1 chr8 16025964 . T C 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0105589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.845;QD=21.2269;RBI=0.019294;REFB=-0.0118352;REVB=0.0161484;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371465;STB=0.520625;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.012908;OID=.;OPOS=16025964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:12:17:13:11:12:17:13:11 chr8 16043667 . C T 421.58 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.00153783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.924;QD=17.9397;RBI=0.130241;REFB=-0.0173749;REVB=-0.130232;RO=45;SAF=19;SAR=24;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602927;STB=0.560502;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0118705;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:45:51:43:43:0.457447:24:19:17:28:24:19:17:34 chr8 16853208 . C G 681.54 PASS AF=0.4;AO=75;DP=191;FAO=76;FDP=190;FR=.;FRO=114;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=0.00326568;FXX=0.0155432;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9467;QD=14.3482;RBI=0.0395596;REFB=-0.0207218;REVB=-0.0394246;RO=114;SAF=32;SAR=43;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060467;STB=0.537329;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0305069;OID=.;OPOS=16853208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:114:114:75:76:0.4:43:32:55:59:44:32:55:59 chr8 16939284 . G A 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0166329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.202;QD=8.89989;RBI=0.0259776;REFB=0.000117206;REVB=-0.0199546;RO=26;SAF=9;SAR=2;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199952;STB=0.624747;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.000200814;OID=.;OPOS=16939284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:2:9:18:8:2:9:18:8 chr8 16939299 . C CA 66.06 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0140539;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=170.012;QD=7.14183;RBI=0.0145045;REFB=-0.00179244;REVB=-0.00358732;RO=26;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820682;STB=0.559218;STBP=0.654;TYPE=ins;VARB=0.00672511;OID=.;OPOS=16939300;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324324:12:38:12:37:25:9:3:17:8:66:26:9:3:18:8 chr8 17078905 . GT AG,G 50.73 PASS AF=0,0.444444;AO=2,12;DP=32;FAO=0,16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=0,3;FSAR=0,13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0465731,-0.0561173;FXX=0.0526177;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=12.7349,8.43805;QD=5.63684;RBI=0.0759365,0.165432;REFB=-0.0524385,-0.116747;REVB=-0.0599775,-0.155623;RO=14;SAF=0,2;SAR=2,10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.576453,-0.435749;STB=0.5,0.709791;STBP=1,0.053;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0754932,0.107115;OID=.,.;OPOS=17078905,17078906;OREF=GT,T;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:32:36:14:20:2,12:0,16:0,0.444444:2,10:0,2:8:6:0,13:0,3:10:10 chr8 17079358 . A G 233.58 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.000202879;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.95;QD=18.3201;RBI=0.00216059;REFB=-0.00380336;REVB=0.00215104;RO=21;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639746;STB=0.512185;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00316996;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:26:25:25:0.490196:10:15:11:10:10:15:15:11 chr8 17092164 . G T 1301.75 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2661;QD=61.9883;RBI=0.0122887;REFB=0;REVB=0.00958981;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114366;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr8 17125768 . T C 280.68 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0134929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4237;QD=28.0676;RBI=0.0264685;REFB=-0.0341272;REVB=-0.0227711;RO=15;SAF=10;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477178;STB=0.526295;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0241049;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:15:10:5:10:15:10:5:10 chr8 17132462 . A G 174.08 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00193775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3512;QD=19.3426;RBI=0.00443408;REFB=-0.0254389;REVB=0.00398825;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757821;STB=0.527747;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0355459;OID=.;OPOS=17132462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:9:9:7:10:9:9:8:10 chr8 17142065 . C T 215.62 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00602661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.538;QD=13.0681;RBI=0.0165276;REFB=-0.0221707;REVB=-0.0153897;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175627;STB=0.605983;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0211742;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:40:26:26:0.393939:13:13:13:26:13:13:13:27 chr8 17152857 . T G 165.04 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0406869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.9113;QD=14.0462;RBI=0.044964;REFB=-0.0174263;REVB=0.0191401;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774132;STB=0.544974;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0149688;OID=.;OPOS=17152857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:14:15:8:10:14:15 chr8 17157259 . G A 430.22 PASS AF=0.444444;AO=46;DP=106;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00626965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.816;QD=15.934;RBI=0.0108051;REFB=-0.017829;REVB=0.00880013;RO=60;SAF=21;SAR=25;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439882;STB=0.53495;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0219926;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:60:60:46:48:0.444444:25:21:30:30:27:21:30:30 chr8 17206588 . G A 386.93 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0018504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.587;QD=14.0701;RBI=0.0219355;REFB=-0.0124691;REVB=-0.0218573;RO=64;SAF=28;SAR=17;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20896;STB=0.622168;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0166111;OID=.;OPOS=17206588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:65:45:45:0.409091:17:28:27:37:17:28:27:38 chr8 17230644 . G C 1495.71 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00108262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.91;QD=62.3213;RBI=0.00586673;REFB=-0.0449479;REVB=0.00576597;RO=1;SAF=55;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854429;STB=0.504504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-9.20396e-06;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:40:55:1:0:40:55:1:0 chr8 17270759 . C T 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.00934556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.765;QD=11.6231;RBI=0.0106434;REFB=-0.0182969;REVB=-0.00509328;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321959;STB=0.683189;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0490753;OID=.;OPOS=17270759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:11:11:8:30:11:11:8:30 chr8 17270763 . G C 407.76 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0245722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.743;QD=28.6148;RBI=0.0256039;REFB=-0.0544469;REVB=-0.00719478;RO=19;SAF=8;SAR=30;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171544;STB=0.594006;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0187368;OID=.;OPOS=17270763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:19:38:38:0.666667:30:8:8:11:30:8:8:11 chr8 17270770 . T C 112.04 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=-0.00804923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.025;QD=8.45623;RBI=0.0480416;REFB=-0.0262568;REVB=-0.0473625;RO=38;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29289;STB=0.672079;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0827696;OID=.;OPOS=17270770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:9:6:7:31:9:6:7:31 chr8 17270787 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.855;QD=56.9378;RBI=0.0126385;REFB=0;REVB=0.000695261;RO=0;SAF=11;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92228e-05;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:42:11:0:0:42:11:0:0 chr8 17270837 . G C 252.8 PASS AF=0.657143;AO=22;DP=34;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0254923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9981;QD=28.8911;RBI=0.0422394;REFB=-0.0232128;REVB=-0.0336795;RO=12;SAF=2;SAR=20;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391079;STB=0.663732;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0613741;OID=.;OPOS=17270837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:34:35:12:12:22:23:0.657143:20:2:5:7:20:3:5:7 chr8 17415862 . A C 173.59 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0287225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.255;QD=9.64366;RBI=0.0298838;REFB=-0.0241472;REVB=-0.00824995;RO=48;SAF=9;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219253;STB=0.621743;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0482839;OID=.;OPOS=17415862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:49:23:23:0.319444:14:9:28:20:14:9:28:21 chr8 17419461 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0176519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.749;QD=16.9414;RBI=0.0313339;REFB=-0.00896054;REVB=0.0258887;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257126;STB=0.521254;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00905428;OID=.;OPOS=17419461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:24:18:19:0.44186:11:7:8:14:12:7:8:16 chr8 17422481 . T C 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00445611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.042;QD=15.699;RBI=0.079324;REFB=-0.0292807;REVB=0.0791987;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123511;STB=0.571332;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0301385;OID=.;OPOS=17422481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:9:10:6:9:9:10 chr8 17424920 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.407;QD=54.5151;RBI=0.0109244;REFB=0;REVB=0.00874859;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09286e-05;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr8 17427541 . A G 219.21 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0142412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7865;QD=17.5364;RBI=0.0191967;REFB=-0.00600752;REVB=-0.0128725;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258211;STB=0.514693;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0072496;OID=.;OPOS=17427541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:10:12:16:12:10:12:16:12 chr8 17486282 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.859;QD=62.9797;RBI=0.0646792;REFB=0;REVB=0.01648;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297259;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:33:12:0:0:33:12:0:0 chr8 17500223 . T C 1556.37 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000684871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.4537;QD=58.7309;RBI=0.0116014;REFB=-0.0284621;REVB=0.0115811;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=3.42908e-05;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:59:46:0:0:59:46:0:1 chr8 17503125 . C T 1538.64 PASS AF=0.963964;AO=108;DP=111;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0319113;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.9304;QD=55.4465;RBI=0.0429611;REFB=-0.160696;REVB=-0.0287632;RO=1;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797772;STB=0.501871;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00540306;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:111:111:1:4:108:107:0.963964:59:49:0:1:59:48:2:2 chr8 17503270 . G C 1037.47 PASS AF=0.973684;AO=65;DP=71;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0598413;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2075;QD=54.6035;RBI=0.0914317;REFB=-0.113809;REVB=0.0691286;RO=4;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496463;STB=0.510867;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00477901;OID=.;OPOS=17503270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:76:4:2:65:74:0.973684:36:29:0:4:45:29:0:2 chr8 17503316 . T G 591.13 PASS AF=0.449275;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=47;FSRF=18;FSRR=58;FWDB=-0.00526457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.38;QD=17.1343;RBI=0.00594912;REFB=-0.00823669;REVB=0.00277062;RO=75;SAF=15;SAR=47;SRF=18;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00259824;STB=0.503838;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0105478;OID=.;OPOS=17503316;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:75:76:62:62:0.449275:47:15:18:57:47:15:18:58 chr8 17541999 . T C 379.86 PASS AF=0.449438;AO=36;DP=85;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00359387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.992;QD=17.0725;RBI=0.00753945;REFB=-0.0352157;REVB=0.00662778;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705094;STB=0.508156;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0425272;OID=.;OPOS=17541999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:48:49:36:40:0.449438:19:17:23:25:21:19:24:25 chr8 17611886 . G A 397.33 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00500345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.799;QD=20.6404;RBI=0.00586315;REFB=-0.0190352;REVB=0.00305646;RO=37;SAF=24;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767584;STB=0.542532;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0174707;OID=.;OPOS=17611886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:16:24:19:18:16:24:19:18 chr8 17611959 . T G 364.03 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0113547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.379;QD=13.4827;RBI=0.0185543;REFB=-0.0153317;REVB=0.0146742;RO=65;SAF=19;SAR=24;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198708;STB=0.612194;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0245686;OID=.;OPOS=17611959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:65:43:43:0.398148:24:19:41:24:24:19:41:24 chr8 17612456 . C T 54.54 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0007581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7479;QD=9.08965;RBI=0.0459674;REFB=0.00850526;REVB=0.0459612;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328342;STB=0.707902;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0134764;OID=.;OPOS=17612456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:4:4:3:12:4:4:3:13 chr8 17612639 . T C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00475491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.705;QD=22.7198;RBI=0.0326267;REFB=-0.0454918;REVB=0.0322783;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223167;STB=0.63141;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0186673;OID=.;OPOS=17612639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:9:9:13:14:0.608696:5:8:8:1:6:8:8:1 chr8 17612875 . A G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0177029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.82;QD=19.3695;RBI=0.0177466;REFB=-0.0121828;REVB=0.00124372;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137855;STB=0.578216;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.014529;OID=.;OPOS=17612875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:6:9:7:9:6:9 chr8 17731961 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0257684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.51;QD=21.377;RBI=0.0257877;REFB=-0.00570144;REVB=-0.000998801;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605424;STB=0.533951;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00472454;OID=.;OPOS=17731961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:11:12:13:9:11:12:13:9 chr8 17743020 . G A 473.23 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0260338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.535;QD=23.961;RBI=0.0263152;REFB=-0.0100474;REVB=0.00383804;RO=34;SAF=16;SAR=29;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952645;STB=0.552357;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00526422;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:29:16:16:18:29:16:16:18 chr8 17794792 . G A 308.02 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0154395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.779;QD=24.1582;RBI=0.0190215;REFB=-0.0409963;REVB=-0.0111103;RO=20;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13876;STB=0.58362;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0248245;OID=.;OPOS=17794792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:20:21:30:30:0.588235:13:17:15:5:13:17:16:5 chr8 17796382 . ACC AGT,GTC,TCC 785.53 PASS AF=0.0526316,0.877193,0.0701754;AO=3,50,4;DP=57;FAO=3,50,4;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=3,25,1;FSAR=0,25,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599386,0.00682384,0.0051231;FXX=0;HRUN=6,3,3;LEN=2,2,1;MLLD=194.452,225.098,183.64;QD=55.1252;RBI=0.0403528,0.02723,0.00544006;REFB=0,0,0;REVB=0.0399052,0.0263612,0.00182977;RO=0;SAF=3,25,1;SAR=0,25,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=-0.0203438,0.00261975,0.036689;OID=.,.,.;OPOS=17796383,17796382,17796382;OREF=CC,AC,A;OALT=GT,GT,T;OMAPALT=AGT,GTC,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:16:57:57:0:0:3,50,4:3,50,4:0.0526316,0.877193,0.0701754:0,25,3:3,25,1:0:0:0,25,3:3,25,1:0:0 chr8 17814915 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.01;QD=57.8849;RBI=0.00545768;REFB=0;REVB=0.00190007;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19704e-05;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr8 17817553 . G T 145.92 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00565245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.831;QD=12.9703;RBI=0.0244704;REFB=-0.00718227;REVB=-0.0238086;RO=28;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136739;STB=0.54994;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0136538;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:16:17:0.377778:11:5:12:16:11:6:12:16 chr8 17820714 . A T 258.54 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0311026;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4164;QD=18.1434;RBI=0.0547564;REFB=-0.00132477;REVB=0.0450654;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146244;STB=0.508191;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00651164;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:16:13:13:15:16:13 chr8 17885406 . C G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0473615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4535;QD=15.5715;RBI=0.0474311;REFB=0.023968;REVB=0.00256691;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504152;STB=0.529358;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0250862;OID=.;OPOS=17885406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:7:5:4:7:7:5 chr8 17918934 . A G 6953.14 PASS AF=1;AO=444;DP=446;FAO=446;FDP=446;FR=.;FRO=0;FSAF=207;FSAR=239;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057539;FXX=0.013274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0966;QD=62.36;RBI=0.0643753;REFB=0.00513389;REVB=0.0288693;RO=0;SAF=205;SAR=239;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49974e-05;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:446:446:0:0:444:446:1:239:205:0:0:239:207:0:0 chr8 18077007 . G C 866.83 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0221802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.404;QD=53.3434;RBI=0.0285605;REFB=-0.0455029;REVB=0.0179928;RO=2;SAF=13;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672487;STB=0.551707;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00156936;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:2:3:62:62:0.953846:49:13:2:0:49:13:3:0 chr8 18080644 . A T 651.28 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.017527;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.545;QD=54.273;RBI=0.0349938;REFB=-0.15079;REVB=0.0302881;RO=4;SAF=23;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00355448;STB=0.501897;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.000986092;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:4:4:44:44:0.916667:21:23:2:2:21:23:2:2 chr8 18080651 . A C 758.69 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403041;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3785;QD=63.2237;RBI=0.0511353;REFB=0;REVB=0.0314706;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563863;OID=.;OPOS=18080651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr8 18080923 . G A 1290.52 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129933;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.488;QD=62.1939;RBI=0.0203968;REFB=0;REVB=0.0157227;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00045524;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:52:31:0:0:52:31:0:0 chr8 18257795 . C T 337.45 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0184442;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.249;QD=27.5466;RBI=0.0334464;REFB=0.0125902;REVB=-0.0279011;RO=20;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127541;STB=0.507037;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00956435;OID=.;OPOS=18257795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:20:20:29:29:0.591837:14:15:10:10:14:15:10:10 chr8 18258316 . G A 786.72 PASS AF=1;AO=49;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.069;QD=57.2158;RBI=0.0603979;REFB=0;REVB=0.0151156;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272344;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:49:55:1:38:11:0:0:39:16:0:0 chr8 18258370 . G A 230.94 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.014055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3899;QD=16.4955;RBI=0.0149605;REFB=-0.0032293;REVB=-0.00512582;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135134;STB=0.507616;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00388047;OID=.;OPOS=18258370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:17:9:10:20:17:9:10:20 chr8 18388177 . T G 294.99 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.000381696;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6624;QD=18.7297;RBI=0.0058592;REFB=0.00551971;REVB=-0.00584675;RO=31;SAF=25;SAR=6;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230622;STB=0.606569;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0003751;OID=.;OPOS=18388177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:31:31:32:0.507937:6:25:19:12:7:25:19:12 chr8 18457957 . A G 376.82 PASS AF=0.458333;AO=34;DP=92;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0104617;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.7179;QD=15.701;RBI=0.0791918;REFB=-0.0500393;REVB=0.0784977;RO=37;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857417;STB=0.562472;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0226945;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:37:52:34:44:0.458333:20:14:12:25:22:22:20:32 chr8 18513220 . C A 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00888489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.035;QD=22.7217;RBI=0.0103503;REFB=-0.020129;REVB=0.00530919;RO=23;SAF=19;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726312;STB=0.540147;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0144579;OID=.;OPOS=18513220;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:12:19:12:11:12:19:12:11 chr8 18620570 . T C 366.86 PASS AF=0.542857;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0800385;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0903;QD=20.9635;RBI=0.0823415;REFB=-0.0327035;REVB=-0.019338;RO=33;SAF=10;SAR=27;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095453;STB=0.529396;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0258378;OID=.;OPOS=18620570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:33:32:37:38:0.542857:27:10:12:21:27:11:11:21 chr8 18729459 . T C 1490.71 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0184119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.988;QD=57.3351;RBI=0.0190356;REFB=0.0355363;REVB=0.00483308;RO=2;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172465;STB=0.509089;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.000270271;OID=.;OPOS=18729459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:54:48:0:2:54:48:0:2 chr8 18729496 . G A 946.9 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0249535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.102;QD=55.6997;RBI=0.0249672;REFB=-0.0408116;REVB=-0.00082886;RO=2;SAF=27;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337138;STB=0.517852;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000666149;OID=.;OPOS=18729496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:39:27:2:0:39:27:2:0 chr8 18729817 . GT AG 1260.8 PASS AF=0.955056;AO=83;DP=88;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0275604;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.103;QD=56.6651;RBI=0.0383068;REFB=-0.0789917;REVB=0.0266052;RO=4;SAF=35;SAR=48;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697315;STB=0.504086;STBP=0.754;TYPE=mnp;VARB=0.000632707;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:88:89:4:4:83:85:0.955056:48:35:2:2:50:35:2:2 chr8 19252189 . G A 533.21 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0455619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.168;QD=23.1831;RBI=0.0500911;REFB=-0.0207357;REVB=-0.0208142;RO=41;SAF=19;SAR=31;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556452;STB=0.534696;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0177395;OID=.;OPOS=19252189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:41:42:50:50:0.543478:31:19:13:28:31:19:13:29 chr8 19252272 . GAAAGT G 122.39 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00223593;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=5;MLLD=244.594;QD=11.3846;RBI=0.00966477;REFB=-0.0099034;REVB=-0.00940257;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351908;STB=0.511224;STBP=0.886;TYPE=del;VARB=0.0103685;OID=.;OPOS=19252273;OREF=AAAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44186:19:40:19:43:24:13:6:16:8:99:20:13:6:13:7 chr8 19316086 . G A 757.05 PASS AF=0.407583;AO=86;DP=214;FAO=86;FDP=211;FR=.;FRO=125;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=80;FWDB=-0.0123608;FXX=0.014018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6842;QD=14.3516;RBI=0.0166826;REFB=-0.0115857;REVB=0.0112036;RO=123;SAF=37;SAR=49;SRF=43;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878287;STB=0.542932;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0304273;OID=.;OPOS=19316086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:211:123:125:86:86:0.407583:49:37:43:80:49:37:45:80 chr8 19362768 . C T 382.99 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00441595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.927;QD=17.4084;RBI=0.00462368;REFB=-0.030614;REVB=0.00137035;RO=48;SAF=21;SAR=19;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162879;STB=0.509117;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0334625;OID=.;OPOS=19362768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:19:21:26:22:19:21:26:22 chr8 19819724 . C G 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0146687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.141;QD=16.5645;RBI=0.0409329;REFB=-0.00412612;REVB=-0.0382143;RO=48;SAF=14;SAR=24;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174981;STB=0.598451;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00563342;OID=.;OPOS=19819724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:24:14:26:22:24:14:26:22 chr8 19822810 . C T 401.22 PASS AF=0.418367;AO=32;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0131148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.331;QD=16.3765;RBI=0.0179286;REFB=-0.00391886;REVB=-0.0122244;RO=53;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17541;STB=0.581891;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0150252;OID=.;OPOS=19822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:55:32:41:0.418367:16:16:18:35:21:20:19:36 chr8 19824071 . A G 543.93 PASS AF=0.407895;AO=62;DP=152;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.00992189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.754;QD=14.314;RBI=0.0145536;REFB=-0.0117563;REVB=-0.0106472;RO=90;SAF=24;SAR=38;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264494;STB=0.514877;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0147399;OID=.;OPOS=19824071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:90:90:62:62:0.407895:38:24:37:53:38:24:37:53 chr8 19824626 . C CTT 339.02 PASS AF=0.44;AO=53;DP=127;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0205177;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=2;MLLD=42.7349;QD=10.8488;RBI=0.0430193;REFB=-0.000528514;REVB=-0.0378112;RO=71;SAF=29;SAR=24;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698208;STB=0.54147;STBP=0.415;TYPE=ins;VARB=0.000143434;OID=.;OPOS=19824627;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:53:127:55:125:70:30:25:33:37:99:71:29:24:34:37 chr8 19824667 . C T 413.86 PASS AF=0.4;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.014493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.38;QD=13.7953;RBI=0.0157703;REFB=-0.00942834;REVB=-0.00621734;RO=72;SAF=28;SAR=20;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450704;STB=0.525485;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0139122;OID=.;OPOS=19824667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:72:48:48:0.4:20:28:39:33:20:28:39:33 chr8 20008206 . G A 225.02 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.025624;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.477;QD=18.3686;RBI=0.0325563;REFB=-0.0260155;REVB=0.0200828;RO=27;SAF=4;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285743;STB=0.664855;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.025334;OID=.;OPOS=20008206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:18:4:11:16:18:4:11:16 chr8 20068163 . T G 2157.66 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.813;QD=62.5408;RBI=0.0386296;REFB=0;REVB=0.0275332;RO=0;SAF=51;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32388e-05;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:138:0:0:133:138:1:82:51:0:0:84:54:0:0 chr8 20103654 . G A 80.17 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0496931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1074;QD=7.45733;RBI=0.0591025;REFB=-0.013977;REVB=0.0319953;RO=32;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283414;STB=0.678233;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0432878;OID=.;OPOS=20103654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:8:3:16:16:8:3:16:16 chr8 20104905 . G T 226.67 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.000962245;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.442;QD=20.1485;RBI=0.0296449;REFB=-0.013236;REVB=0.0296293;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677659;STB=0.519982;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0150004;OID=.;OPOS=20104905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:23:22:22:0.488889:6:16:16:8:6:16:16:7 chr8 20107601 . G C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.013297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1896;QD=16.1192;RBI=0.066388;REFB=-0.00673514;REVB=-0.0650427;RO=13;SAF=11;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516542;STB=0.809866;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0030762;OID=.;OPOS=20107601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:1:11:7:6:1:11:7:6 chr8 20147748 . G T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00486121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.687;QD=18.6371;RBI=0.00547019;REFB=0.000422551;REVB=-0.00250831;RO=16;SAF=13;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840057;STB=0.548129;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.000391281;OID=.;OPOS=20147748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:3:13:12:4:3:13:12:4 chr8 21455978 . GT G 130.89 PASS AF=0.657895;AO=22;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0335482;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.3764;QD=13.7773;RBI=0.144311;REFB=-0.00510622;REVB=-0.140358;RO=13;SAF=21;SAR=1;SRF=11;SRR=2;SSEN=0.375;SSEP=0;SSSB=0.286936;STB=0.672717;STBP=0.162;TYPE=del;VARB=0.0177476;OID=.;OPOS=21455979;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.657895:22:38:25:38:13:24:1:11:2:48:13:21:1:11:2 chr8 21455993 . C T 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0137514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.535;QD=26.3157;RBI=0.0150517;REFB=-0.0363732;REVB=-0.00611984;RO=13;SAF=21;SAR=1;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107189;STB=0.552579;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.024035;OID=.;OPOS=21455993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:1:21:12:1:1:21:13:1 chr8 21456116 . G A 306.72 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00432061;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.451;QD=22.7201;RBI=0.0233317;REFB=-0.0125234;REVB=0.0229282;RO=22;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909561;STB=0.558186;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0231274;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:31:31:0.574074:16:15:8:14:16:15:8:15 chr8 21456275 . C T 120.91 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0185422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.441;QD=15.6016;RBI=0.0186507;REFB=-0.00972361;REVB=0.00200953;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125735;STB=0.502509;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0172139;OID=.;OPOS=21456275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:12:14:0.451613:9:3:6:11:9:5:6:11 chr8 21550800 . A T 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00972761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.212;QD=21.0068;RBI=0.0132571;REFB=-0.0106621;REVB=0.00900696;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422077;STB=0.523784;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0120753;OID=.;OPOS=21550800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:8:9:11:8:8:9 chr8 21846586 . G C 178.92 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00966266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.743;QD=15.2273;RBI=0.0128837;REFB=-0.0136767;REVB=0.00852182;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139408;STB=0.580559;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0253558;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:14:14:7:12:14:14 chr8 21862551 . A G 94.52 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=17;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00203752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4612;QD=21.004;RBI=0.00584768;REFB=-0.00754293;REVB=0.00548123;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103689;STB=0.571292;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0071516;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:7:7:10:11:0.611111:7:3:3:4:8:3:3:4 chr8 21927460 . C G 692.76 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.812;QD=61.5791;RBI=0.00780533;REFB=0;REVB=0.000176543;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03605e-05;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:21:24:0:0 chr8 21939435 . C T 1086.14 PASS AF=0.949367;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0726196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2893;QD=54.9944;RBI=0.0757708;REFB=-0.127447;REVB=0.021624;RO=4;SAF=20;SAR=55;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331756;STB=0.517539;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.023325;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:79:79:4:4:75:75:0.949367:55:20:0:4:55:20:0:4 chr8 21961834 . G A 837.06 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0306922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2273;QD=55.8041;RBI=0.0369858;REFB=-0.0500872;REVB=0.0206383;RO=1;SAF=22;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209618;STB=0.511107;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00182024;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:37:22:1:0:37:22:1:0 chr8 21965113 . T C 543.97 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246381;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4632;QD=60.4413;RBI=0.0277583;REFB=0;REVB=0.0127861;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.93153e-05;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr8 22021289 . C T 331.46 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00927178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.684;QD=18.6735;RBI=0.0295717;REFB=-0.0352171;REVB=-0.0280806;RO=36;SAF=25;SAR=10;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307858;STB=0.672167;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0252214;OID=.;OPOS=22021289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:10:25:14:22:10:25:14:22 chr8 22034505 . GGCC G,GC,GCCC 387.44 PASS AF=0,0.781818,0;AO=15,21,8;DP=88;FAO=0,43,0;FDP=55;FR=.;FRO=12;FSAF=0,39,0;FSAR=0,4,0;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0676785,-0.0528278,0.178626;FXX=0.126964;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=20.7334,20.6354,9.21118;QD=28.1778;RBI=0.0739233,0.221852,0.551788;REFB=-0.0703793,-0.10567,0.022812;REVB=-0.0297367,-0.21547,-0.522076;RO=36;SAF=15,21,8;SAR=0,0,0;SRF=12;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.819694,0.842447,0.759034;STB=0.5,0.506326,0.5;STBP=1,0.882,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0544326,-0.0196521,0;OID=.,.,.;OPOS=22034506,22034506,22034506;OREF=GCC,GC,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=G,GC,GCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.781818,0:15,21,8:88:0,43,0:55:12:0,39,0:0,4,0:11:1:67:36:15,21,8:0,0,0:12:24 chr8 22054197 . T C 225.21 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0465554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.002;QD=15.5314;RBI=0.0476253;REFB=0.0184483;REVB=0.0100382;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981343;STB=0.565988;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0238473;OID=.;OPOS=22054197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:32:25:26:0.448276:11:14:21:11:12:14:21:11 chr8 22079355 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.233;QD=48.7373;RBI=0.0153337;REFB=0;REVB=0.00990628;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.05164e-06;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr8 22105502 . T C 209.41 PASS AF=0.409836;AO=26;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00559919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.727;QD=13.7321;RBI=0.0149967;REFB=-0.0327083;REVB=0.0139122;RO=35;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118198;STB=0.595993;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.032319;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:26:25:0.409836:9:17:19:16:8:17:19:17 chr8 22108611 . A C 407.68 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0425643;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8771;QD=19.6473;RBI=0.0536735;REFB=-0.0218337;REVB=0.0326975;RO=40;SAF=20;SAR=21;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191459;STB=0.590625;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0194342;OID=.;OPOS=22108611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:42:41:41:0.493976:21:20:11:29:21:20:13:29 chr8 22262321 . T C 1598.93 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.068;QD=59.2198;RBI=0.0616708;REFB=0;REVB=-0.0598974;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140496;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:103:108:1:53:50:0:0:53:55:0:0 chr8 22262418 . A G 1514.0 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478117;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.803;QD=63.7472;RBI=0.047999;REFB=0;REVB=-0.00423537;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90395e-05;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:58:37:0:0:58:37:0:0 chr8 22279010 . G GGGA 709.65 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=49;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0394827;FXX=0.040808;HRUN=3;LEN=3;MLLD=163.863;QD=60.3958;RBI=0.0433426;REFB=-0.0204312;REVB=0.0178801;RO=5;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103981;STB=0.511106;STBP=0.326;TYPE=ins;VARB=0.000748822;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.978723:44:49:46:47:1:24:22:0:1:5:5:24:20:0:5 chr8 22428658 . T C 306.49 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.974;QD=53.3024;RBI=0.0322191;REFB=0;REVB=-0.0314812;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164421;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr8 22442661 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00178686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.444;QD=18.2484;RBI=0.00381001;REFB=-0.0201521;REVB=-0.00336501;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173529;STB=0.59984;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0226731;OID=.;OPOS=22442661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:6:6:9:4:6:6 chr8 22463623 . C T 935.7 PASS AF=0.446429;AO=100;DP=223;FAO=100;FDP=224;FR=.;FRO=124;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=-0.0122871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.215;QD=16.709;RBI=0.017314;REFB=-0.0179864;REVB=0.0121983;RO=123;SAF=44;SAR=56;SRF=55;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00720945;STB=0.506511;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0183035;OID=.;OPOS=22463623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:123:124:100:100:0.446429:56:44:55:68:56:44:56:68 chr8 22471824 . G A 322.67 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00146688;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.134;QD=16.1336;RBI=0.0245313;REFB=-0.0209688;REVB=0.0244874;RO=38;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604288;STB=0.560941;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0188092;OID=.;OPOS=22471824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:38:45:35:35:0.4375:18:17:16:22:18:17:17:28 chr8 22472251 . CTTCC CTTCCTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT,TGGGT 206.69 PASS AF=0.666667,0.0740741;AO=8,2;DP=27;FAO=18,2;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=14,2;FSAR=4,0;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0248946,0.0169408;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=22,5;MLLD=332.829,203.072;QD=30.6201;RBI=0.0286795,0.0266959;REFB=-0.0203316,-0.0249272;REVB=0.0142398,-0.020632;RO=14;SAF=5,2;SAR=3,0;SRF=13;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.397462,0.420526;STB=0.524971,0.992254;STBP=0.788,0.347;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0135636,0.00468676;OID=.,.;OPOS=22472256,22472251;OREF=-,CTTCC;OALT=TGCTGCCTTCATCCTGATGGGT,TGGGT;OMAPALT=CTTCCTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT,TGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:27:27:14:7:8,2:18,2:0.666667,0.0740741:3,0:5,2:13:1:4,0:14,2:5:2 chr8 22473158 . C T 237.56 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0019471;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.685;QD=13.5748;RBI=0.0106506;REFB=-0.00293665;REVB=0.0104711;RO=36;SAF=19;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290636;STB=0.626503;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00293426;OID=.;OPOS=22473158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:42:28:28:0.4:9:19:14:22:9:19:20:22 chr8 22473465 . T C 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0157162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.289;QD=12.3074;RBI=0.0194208;REFB=-0.0348294;REVB=0.0114092;RO=41;SAF=16;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895629;STB=0.551682;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0470512;OID=.;OPOS=22473465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:9:16:23:18:9:16:23:18 chr8 22473850 . T C 152.96 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00668329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9338;QD=15.2962;RBI=0.00796981;REFB=-0.00178955;REVB=-0.00434183;RO=23;SAF=14;SAR=2;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347299;STB=0.713979;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00528223;OID=.;OPOS=22473850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:23:16:17:0.425:2:14:15:8:2:15:15:8 chr8 22477131 . ACAT A 221.45 PASS AF=0.433333;AO=24;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0150107;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=202.615;QD=14.763;RBI=0.019143;REFB=-0.0103644;REVB=-0.01188;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111221;STB=0.574266;STBP=0.339;TYPE=del;VARB=0.018634;OID=.;OPOS=22477132;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:24:60:26:60:34:17:9:18:16:99:31:15:9:16:15 chr8 22477931 . T G 56.1 PASS AF=1;AO=2;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.22173;FXX=0.199867;HRUN=18;LEN=1;MLLD=9.22431;QD=18.7005;RBI=0.227673;REFB=-0.129896;REVB=-0.0516816;RO=1;SAF=2;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0316253;OID=.;OPOS=22477931;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:13:12:1:0:2:12:1:0:2:1:0:0:12:0:0 chr8 22482851 . A C 648.95 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.521;QD=61.8045;RBI=0.0386292;REFB=0;REVB=0.00237937;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111786;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:16:25:0:0:16:26:0:0 chr8 22491980 . G T 437.92 PASS AF=0.375;AO=51;DP=136;FAO=51;FDP=136;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0212466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.776;QD=12.88;RBI=0.0432296;REFB=0.00448828;REVB=0.0376481;RO=83;SAF=16;SAR=35;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155558;STB=0.605095;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0081344;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:83:85:51:51:0.375:35:16:37:46:36:15:38:47 chr8 22492052 . G A 396.36 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.00451262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.911;QD=12.7858;RBI=0.00452553;REFB=-0.00569338;REVB=-0.000341483;RO=77;SAF=15;SAR=32;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114971;STB=0.565597;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00957692;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:77:77:47:47:0.379032:32:15:32:45:32:15:32:45 chr8 22570901 . C T 429.71 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.00390595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3515;QD=14.5664;RBI=0.0201709;REFB=-0.0136911;REVB=-0.0197891;RO=67;SAF=21;SAR=28;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509915;STB=0.520876;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0307691;OID=.;OPOS=22570901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:69:49:49:0.415254:28:21:32:35:28:21:32:37 chr8 22570907 . GT G 213.7 PASS AF=0.420168;AO=55;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.199555;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.1364;QD=7.18305;RBI=0.204743;REFB=-0.0553121;REVB=-0.0457986;RO=54;SAF=25;SAR=30;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=0.0597851;STB=0.502197;STBP=0.982;TYPE=del;VARB=0.0470216;OID=.;OPOS=22570908;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.420168:55:119:50:119:69:23:27:32:37:99:54:25:30:21:33 chr8 22570935 . T C 481.57 PASS AF=0.375796;AO=59;DP=157;FAO=59;FDP=157;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=-0.0137344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2426;QD=12.2692;RBI=0.0179182;REFB=0.00448311;REVB=-0.0115077;RO=98;SAF=20;SAR=39;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584606;STB=0.533228;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00773639;OID=.;OPOS=22570935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:98:98:59:59:0.375796:39:20:38:60:39:20:38:60 chr8 22571018 . A G 562.99 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.0338974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.68;QD=16.4376;RBI=0.0349354;REFB=-0.00240561;REVB=0.00845264;RO=77;SAF=22;SAR=38;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246486;STB=0.513776;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00333995;OID=.;OPOS=22571018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:77:77:60:60:0.437956:38:22:30:47:38:22:30:47 chr8 22785159 . G A 357.31 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0115971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.671;QD=16.8147;RBI=0.014012;REFB=-0.0236795;REVB=0.00786414;RO=47;SAF=21;SAR=17;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647009;STB=0.536259;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0204942;OID=.;OPOS=22785159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:17:21:29:18:17:21:29:18 chr8 22864622 . T C 1607.07 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1814;QD=64.2827;RBI=0.0573903;REFB=0;REVB=-0.00513651;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403429;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:44:56:0:0:44:56:0:0 chr8 22886020 . A G 1110.91 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00046218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.65;QD=60.0494;RBI=0.0153531;REFB=0;REVB=0.0153462;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74253e-05;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:68:74:1:26:42:0:0:31:43:0:0 chr8 22926313 . G A 127.23 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0156999;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.838;QD=11.5664;RBI=0.0219058;REFB=-0.0264218;REVB=0.0152767;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170345;STB=0.60047;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0277174;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:18:11:8:7:18:11 chr8 22960704 . G C 2197.96 PASS AF=0.980132;AO=144;DP=146;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0282643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7979;QD=58.224;RBI=0.0531864;REFB=-0.0637126;REVB=0.0450547;RO=2;SAF=74;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000362055;STB=0.503177;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000271706;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:146:151:2:3:144:148:0.980132:70:74:1:1:73:75:2:1 chr8 22974323 . CCG C,CCA 163.28 PASS AF=0.1875,0.75;AO=3,10;DP=17;FAO=3,12;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=0,4;FSAR=3,8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.122959,0.0414319;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=2,1;MLLD=28.9426,253.653;QD=40.8193;RBI=0.16976,0.0562575;REFB=-0.116855,-0.0634061;REVB=0.117045,0.0380565;RO=2;SAF=0,2;SAR=3,8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.314815,0;SSEP=0.551724,0;SSSB=-0.74993,-0.292303;STB=0.994936,0.55546;STBP=0.121,0.283;TYPE=del,snp;VARB=0.0224167,0.0154644;OID=.,.;OPOS=22974324,22974325;OREF=CG,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1875,0.75:3,10:17:3,12:16:1:0,4:3,8:1:0:15:2:0,2:3,8:2:0 chr8 22974450 . T C 222.94 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.142;QD=49.5427;RBI=0.0293158;REFB=0;REVB=-0.0144939;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263846;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr8 23001988 . A G 828.02 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220884;FXX=0.0483793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.585;QD=56.1367;RBI=0.137142;REFB=0.00442643;REVB=-0.135351;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165496;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000498573;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:59:1:1:58:58:0.983051:30:28:1:0:30:28:1:0 chr8 23049292 . C T 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0098992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.433;QD=14.6689;RBI=0.0300914;REFB=-0.011534;REVB=0.0284166;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973269;STB=0.555508;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0174486;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:15:9:15:17:15:9:15:17 chr8 23058188 . T C 202.27 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0119713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.977;QD=21.2916;RBI=0.0158397;REFB=0.00941544;REVB=0.0103722;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173225;STB=0.576391;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0114938;OID=.;OPOS=23058188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:18:20:20:0.526316:6:14:8:8:6:14:10:8 chr8 23059324 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8671;QD=59.8384;RBI=0.0536795;REFB=0;REVB=0.0256074;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103354;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr8 23060256 . T C 1320.87 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3;QD=62.1586;RBI=0.0181643;REFB=0;REVB=-0.00216767;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.56254e-05;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr8 23118304 . C T 289.71 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00682313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.739;QD=18.9975;RBI=0.00901712;REFB=-0.0014461;REVB=-0.0058952;RO=30;SAF=10;SAR=21;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381943;STB=0.712098;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00182788;OID=.;OPOS=23118304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:21:10:23:7:21:10:23:7 chr8 23118495 . C T 212.81 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0657229;FXX=0.0121936;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.4048;QD=10.509;RBI=0.080072;REFB=-0.0257557;REVB=0.0457386;RO=52;SAF=10;SAR=17;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14987;STB=0.600296;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0489085;OID=.;OPOS=23118495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:52:54:27:27:0.333333:17:10:26:26:17:10:28:26 chr8 23147562 . C CA 338.94 PASS AF=1;AO=5;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.0947;QD=33.8938;RBI=0.203419;REFB=0;REVB=0.0709938;RO=34;SAF=0;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.64437;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00959933;OID=.;OPOS=23147563;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:40:40:40:0:19:21:0:0:7:34:0:5:18:16 chr8 23147564 . G A 456.99 PASS AF=0.85;AO=32;DP=38;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.1122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9105;QD=45.6994;RBI=0.149784;REFB=-0.191559;REVB=0.0992301;RO=6;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097669;STB=0.55422;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0333465;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:38:40:6:6:32:34:0.85:16:16:1:5:16:18:1:5 chr8 23148930 . A G 1724.82 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302394;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.933;QD=59.9937;RBI=0.0326273;REFB=-0.0925994;REVB=0.0122525;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.504424;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000303482;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:0:1:113:114:0.991304:56:57:0:0:56:58:0:1 chr8 23148940 . G A 1854.27 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623299;FXX=0.0322555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.803;QD=61.8089;RBI=0.0207132;REFB=0;REVB=0.0197531;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192382;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:120:0:0:120:120:1:62:58:0:0:62:58:0:0 chr8 23150878 . T G 2260.89 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184266;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.462;QD=62.8025;RBI=0.0215919;REFB=-0.0161395;REVB=0.0112547;RO=0;SAF=44;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.000348148;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:0:1:143:143:0.993056:99:44:0:0:99:44:1:0 chr8 23152334 . A G 1307.68 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0238196;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.99;QD=60.8222;RBI=0.0257761;REFB=-0.0832638;REVB=-0.00985059;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.504949;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00168236;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:0:1:84:85:0.988372:50:34:0:0:50:35:0:1 chr8 23153022 . T C 1741.08 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137464;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.283;QD=60.5592;RBI=0.027155;REFB=0;REVB=0.0234186;RO=0;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28682e-05;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:59:55:0:0:60:55:0:0 chr8 23154982 . C T 288.22 PASS AF=1;AO=16;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.388;QD=52.4031;RBI=0.0272121;REFB=0;REVB=0.0271072;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65218e-05;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:16:22:1:2:14:0:0:7:15:0:0 chr8 23154989 . T G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.636;QD=56.1895;RBI=0.0429693;REFB=0;REVB=0.040691;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259934;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr8 23167353 . T G 292.1 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00573954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.476;QD=21.6371;RBI=0.00604316;REFB=0.00431466;REVB=0.00189141;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481689;STB=0.5267;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00443706;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:18:12:11:13:18:12:11:13 chr8 23174499 . G A 346.13 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0479111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1253;QD=19.5004;RBI=0.0726245;REFB=0.0040129;REVB=0.0545789;RO=34;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290548;STB=0.507932;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00205307;OID=.;OPOS=23174499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:20:16:14:20:20:16:15:20 chr8 23190926 . C T 366.2 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.012436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.566;QD=16.2755;RBI=0.021202;REFB=-0.0192664;REVB=-0.0171717;RO=51;SAF=26;SAR=13;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146414;STB=0.582633;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0308367;OID=.;OPOS=23190926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:13:26:27:24:13:26:27:24 chr8 23190941 . T C 388.21 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00611884;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.823;QD=15.0761;RBI=0.084594;REFB=-0.0101944;REVB=-0.0843724;RO=57;SAF=29;SAR=15;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158149;STB=0.590425;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0114621;OID=.;OPOS=23190941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:57:59:44:44:0.427184:15:29:29:28:15:29:30:29 chr8 23190995 . T C 193.7 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=36;FWDB=-0.00219696;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0417;QD=12.106;RBI=0.0419485;REFB=-0.0397985;REVB=-0.0418909;RO=39;SAF=7;SAR=17;SRF=4;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286599;STB=0.664767;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.031594;OID=.;OPOS=23190995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:17:7:4:35:17:7:4:36 chr8 23290451 . C T 371.09 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0133462;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.102;QD=16.8677;RBI=0.0149754;REFB=-0.0134027;REVB=-0.0067926;RO=45;SAF=14;SAR=25;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212167;STB=0.608975;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0204471;OID=.;OPOS=23290451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:45:49:39:39:0.443182:25:14:26:19:25:14:27:22 chr8 23292985 . A G 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00290331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.682;QD=20.7694;RBI=0.011195;REFB=-0.0069361;REVB=0.0108119;RO=24;SAF=18;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250601;STB=0.639895;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00933265;OID=.;OPOS=23292985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:9:18:9:15:9:18:9:15 chr8 23392733 . C T 242.56 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00327986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1908;QD=15.1598;RBI=0.032093;REFB=-0.0204685;REVB=0.0319249;RO=35;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239562;STB=0.628286;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0266327;OID=.;OPOS=23392733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:18:10:21:14:18:10:21:15 chr8 23423697 . G A 400.24 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00362435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.414;QD=15.8509;RBI=0.00866325;REFB=-0.00909628;REVB=0.00786867;RO=57;SAF=29;SAR=15;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140619;STB=0.579136;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0129861;OID=.;OPOS=23423697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:15:29:30:27:15:29:30:27 chr8 23431192 . G T 377.99 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0576928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0195;QD=18.8993;RBI=0.057801;REFB=0.0241803;REVB=0.00353613;RO=41;SAF=13;SAR=26;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278894;STB=0.655382;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0268754;OID=.;OPOS=23431192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:26:13:26:15:26:13:26:15 chr8 23431344 . C A 174.99 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.193444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8697;QD=15.2161;RBI=0.193447;REFB=-0.00778405;REVB=-0.00102882;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373159;STB=0.524469;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0964997;OID=.;OPOS=23431344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:18:19:0.413043:13:5:8:18:14:5:8:19 chr8 23431407 . A G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0164937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.945;QD=16.5274;RBI=0.0169646;REFB=-0.0121509;REVB=-0.00396907;RO=29;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274782;STB=0.655971;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0241738;OID=.;OPOS=23431407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:18:7:16:13:18:7:16:13 chr8 23431700 . C G 236.13 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00816099;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.512;QD=17.4907;RBI=0.00816142;REFB=-0.0114166;REVB=-8.43683e-05;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115386;OID=.;OPOS=23431700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:28:26:26:0.481481:13:13:12:14:13:13:14:14 chr8 23432033 . C A 415.81 PASS AF=0.517647;AO=39;DP=78;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0235536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.717;QD=19.5674;RBI=0.0236872;REFB=-0.0212349;REVB=-0.0025122;RO=39;SAF=15;SAR=24;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480798;STB=0.504308;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0190783;OID=.;OPOS=23432033;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:85:39:41:39:44:0.517647:24:15:17:22:24:20:19:22 chr8 23432213 . T C 330.08 PASS AF=0.514706;AO=30;DP=64;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.053015;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.623;QD=19.4163;RBI=0.054494;REFB=-0.0296292;REVB=0.0126095;RO=34;SAF=5;SAR=25;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283481;STB=0.584364;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0273171;OID=.;OPOS=23432213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:34:33:30:35:0.514706:25:5:13:21:27:8:12:21 chr8 23432314 . T C 180.98 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00744472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.811;QD=12.9272;RBI=0.00745413;REFB=-0.00711043;REVB=0.000374533;RO=33;SAF=3;SAR=19;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406203;STB=0.749732;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00693545;OID=.;OPOS=23432314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:19:3:14:19:19:3:15:19 chr8 23432326 . T A 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.361;QD=57.2309;RBI=0.0275903;REFB=0;REVB=0.0141342;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4862e-05;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr8 23432332 . C T 394.42 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0252736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.78;QD=28.1726;RBI=0.0257277;REFB=-0.0153518;REVB=0.00481279;RO=19;SAF=15;SAR=22;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586138;STB=0.531898;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0093066;OID=.;OPOS=23432332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:19:37:37:0.660714:22:15:6:13:22:15:6:13 chr8 23432776 . A C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.508;QD=59.8292;RBI=0.0289751;REFB=0;REVB=0.0249323;RO=0;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16407e-06;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:60:43:0:0:60:43:0:0 chr8 23934594 . C T 466.62 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.000279519;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.364;QD=19.6473;RBI=0.0409456;REFB=0.00803168;REVB=-0.0409446;RO=49;SAF=23;SAR=23;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284139;STB=0.515783;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00756229;OID=.;OPOS=23934594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:49:49:46:46:0.484211:23:23:23:26:23:23:23:26 chr8 23934598 . C T 479.37 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0139973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.238;QD=19.9739;RBI=0.0141186;REFB=-0.00318818;REVB=-0.00184609;RO=49;SAF=24;SAR=23;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379199;STB=0.521037;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0028154;OID=.;OPOS=23934598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:23:24:23:26:23:24:23:26 chr8 24171051 . C T 539.31 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0215788;FXX=0.0561735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8308;QD=25.6815;RBI=0.0788368;REFB=-0.00282987;REVB=-0.0758261;RO=29;SAF=17;SAR=32;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494892;STB=0.501878;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.000690088;OID=.;OPOS=24171051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:29:35:49:49:0.583333:32:17:12:17:32:17:12:23 chr8 24208847 . G A 661.58 PASS AF=0.496241;AO=65;DP=132;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00391729;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.865;QD=19.8971;RBI=0.0175968;REFB=-0.0311219;REVB=-0.0171553;RO=67;SAF=45;SAR=20;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210003;STB=0.618545;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.034905;OID=.;OPOS=24208847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:67:67:65:66:0.496241:20:45:32:35:20:46:32:35 chr8 24211278 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.366;QD=54.5177;RBI=0.0195455;REFB=0;REVB=0.0141068;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18614e-06;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr8 24211331 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.981;QD=58.1415;RBI=0.0304445;REFB=0;REVB=-0.0146806;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178293;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr8 24211869 . G T 310.09 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0203037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.752;QD=13.7818;RBI=0.0247726;REFB=-0.0296229;REVB=-0.014193;RO=54;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838639;STB=0.541378;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0413656;OID=.;OPOS=24211869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:54:55:35:35:0.388889:18:17:22:32:18:17:23:32 chr8 24211884 . A ATGTC,C 1004.35 PASS AF=0.747368,0.0631579;AO=70,6;DP=96;FAO=71,6;FDP=95;FR=.;FRO=18;FSAF=33,2;FSAR=38,4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0192843,0.0264036;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=247.407,55.1848;QD=42.2886;RBI=0.02269,0.0528758;REFB=0.00519329,0.00104134;REVB=0.0119561,0.0458116;RO=19;SAF=32,2;SAR=38,4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0145373,-0.107663;STB=0.515456,0.5453;STBP=0.572,0.83;TYPE=ins,snp;VARB=0.00257698,-0.00377294;OID=.,.;OPOS=24211885,24211884;OREF=-,A;OALT=TGTC,C;OMAPALT=ATGTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:19:18:70,6:71,6:0.747368,0.0631579:38,4:32,2:8:11:38,4:33,2:7:11 chr8 24774683 . C A 996.01 PASS AF=0.985507;AO=64;DP=65;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00774759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5532;QD=57.7397;RBI=0.0767845;REFB=-0.0936668;REVB=0.0763926;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129402;STB=0.506665;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00247111;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:69:1:1:64:68:0.985507:28:36:1:0:31:37:1:0 chr8 24810088 . T A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.666;QD=62.0213;RBI=0.0347959;REFB=0;REVB=0.00571088;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363742;OID=.;OPOS=24810088;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr8 25159885 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0122781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9296;QD=17.0889;RBI=0.0314806;REFB=0.00190332;REVB=0.0289875;RO=28;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854308;STB=0.548347;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00140107;OID=.;OPOS=25159885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:18:7:10:18:18:7:10:18 chr8 25182969 . C A,T 637.28 PASS AF=0.15,0.716667;AO=9,43;DP=60;FAO=9,43;FDP=60;FR=.;FRO=8;FSAF=8,22;FSAR=1,21;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0335215,0.00465684;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=40.2827,198.055;QD=42.4853;RBI=0.0400845,0.0138667;REFB=-0.0553167,0.0021934;REVB=0.021979,0.0130614;RO=8;SAF=8,22;SAR=1,21;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.522614,0.0399513;STB=0.812733,0.521412;STBP=0.033,0.503;TYPE=snp,snp;VARB=0.108714,-0.00215226;OID=.,.;OPOS=25182969,25182969;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:54:60:60:8:8:9,43:9,43:0.15,0.716667:1,21:8,22:3:5:1,21:8,22:3:5 chr8 25182970 . A T 35.62 PASS AF=0.116667;AO=8;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0262209;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.3026;QD=2.37442;RBI=0.0341336;REFB=-0.0053778;REVB=-0.0218533;RO=52;SAF=3;SAR=5;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239436;STB=0.752738;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0215108;OID=.;OPOS=25182970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:52:53:8:7:0.116667:5:3:30:22:5:2:31:22 chr8 25203022 . A G 1044.66 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.343;QD=59.6946;RBI=0.0358186;REFB=0;REVB=0.00319142;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109038;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:40:29:0:0:40:30:0:0 chr8 25220572 . A T 244.38 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0139444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.715;QD=17.4555;RBI=0.02435;REFB=-0.0125882;REVB=0.0199619;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260342;STB=0.646027;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00934243;OID=.;OPOS=25220572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:17:10:19:10:17:10:19:10 chr8 25234858 . A G 1878.62 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.103849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1344;QD=60.6005;RBI=0.103992;REFB=-0.154239;REVB=0.00544354;RO=1;SAF=64;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736582;STB=0.503875;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00897069;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:59:64:1:0:59:64:1:0 chr8 25258442 . C T 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0253365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.889;QD=8.81216;RBI=0.0263096;REFB=-0.0103777;REVB=-0.00708952;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113609;STB=0.585194;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0173002;OID=.;OPOS=25258442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:4:6:11:11:4:6:11:12 chr8 25287397 . T C 253.09 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0360707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9095;QD=21.5397;RBI=0.0362256;REFB=-0.0401627;REVB=-0.00334672;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254828;STB=0.514274;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0330581;OID=.;OPOS=25287397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:8:15:15:9:8:15 chr8 25317824 . A T 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.175;QD=60.3755;RBI=0.0379363;REFB=0;REVB=0.0207417;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148751;OID=.;OPOS=25317824;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr8 25323777 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.436;QD=57.2371;RBI=0.0412721;REFB=0;REVB=0.0286141;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96539e-05;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:37:19:0:0:37:19:0:0 chr8 25325730 . T C 954.03 PASS AF=0.571429;AO=91;DP=161;FAO=92;FDP=161;FR=.;FRO=69;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=-0.0140391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.097;QD=23.7026;RBI=0.083792;REFB=-0.0056188;REVB=0.0826075;RO=70;SAF=51;SAR=40;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183532;STB=0.593876;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00314983;OID=.;OPOS=25325730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:70:69:91:92:0.571429:40:51:23:47:41:51:23:46 chr8 25364834 . A T 468.16 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=80;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0176835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.254;QD=22.8369;RBI=0.020256;REFB=-0.0204124;REVB=0.00987932;RO=36;SAF=21;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269322;STB=0.515541;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0154644;OID=.;OPOS=25364834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:36:37:44:45:0.54878:23:21:16:20:24:21:16:21 chr8 25364960 . A G 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00313702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.832;QD=18.1178;RBI=0.0328512;REFB=0.00305572;REVB=0.0327011;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461927;STB=0.526287;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00287355;OID=.;OPOS=25364960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:11:9:9:9:11:9 chr8 26240646 . A G 2607.15 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128531;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.601;QD=62.0751;RBI=0.0243859;REFB=0;REVB=-0.0207236;RO=0;SAF=80;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67443e-05;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:88:80:0:0:88:80:0:0 chr8 26269191 . C T 189.22 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0679281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.544;QD=13.0495;RBI=0.0680771;REFB=-0.00816414;REVB=-0.00450124;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150652;STB=0.586777;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0151888;OID=.;OPOS=26269191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:8:15:18:17:8:15:18:17 chr8 26362201 . A T 1026.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.5451;QD=59.4968;RBI=0.00951159;REFB=0;REVB=-0.00813863;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06211e-05;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr8 26481666 . C T 707.77 PASS AF=0.526718;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00468147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.415;QD=21.6114;RBI=0.0101572;REFB=-0.00320227;REVB=-0.00901398;RO=61;SAF=33;SAR=36;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536044;STB=0.52554;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00312684;OID=.;OPOS=26481666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:61:62:69:69:0.526718:36:33:33:28:36:33:33:29 chr8 26481697 . G A 616.16 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=130;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0433978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8088;QD=18.9588;RBI=0.0448056;REFB=-0.00703024;REVB=0.0111432;RO=67;SAF=34;SAR=29;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717112;STB=0.53967;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0078682;OID=.;OPOS=26481697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:67:63:63:0.484615:29:34:31:36:29:34:31:36 chr8 26481771 . T C 1731.15 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000259668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3191;QD=60.742;RBI=0.0154061;REFB=0;REVB=0.0154039;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0628e-05;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:63:51:0:0:63:51:0:0 chr8 26510792 . T C 1769.37 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408221;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.66;QD=61.0126;RBI=0.0545621;REFB=0;REVB=0.0362019;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99913e-05;OID=.;OPOS=26510792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:112:116:1:53:59:0:0:53:63:0:0 chr8 26515138 . C T 772.48 PASS AF=0.98;AO=50;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.977;QD=61.7981;RBI=0.0307282;REFB=0.0267649;REVB=0.0271111;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000153492;OID=.;OPOS=26515138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:50:49:0.98:18:32:0:0:18:31:1:0 chr8 26628028 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.723;QD=60.547;RBI=0.0355173;REFB=0;REVB=0.0347647;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7086e-05;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:45:29:0:0:46:29:0:0 chr8 26636906 . T A 221.23 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0302244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3588;QD=15.5246;RBI=0.0318768;REFB=-0.0156719;REVB=0.0101299;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393535;STB=0.523143;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0369144;OID=.;OPOS=26636906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:25:26:0.45614:11:14:18:12:12:14:18:13 chr8 26636925 . T C 784.6 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1801;QD=64.049;RBI=0.0306463;REFB=0;REVB=-0.00843455;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000499758;OID=.;OPOS=26636925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:21:27:1:0:21:28:0:0 chr8 26716715 . G A 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0155387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.992;QD=15.7059;RBI=0.0411119;REFB=-0.0159636;REVB=-0.0380623;RO=48;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984563;STB=0.555525;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0196168;OID=.;OPOS=26716715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:16:20:22:26:16:20:22:26 chr8 26944733 . G A 871.93 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272268;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.203;QD=58.1285;RBI=0.0213809;REFB=0;REVB=-0.0212068;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83576e-05;OID=.;OPOS=26944733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:30:30:0:0 chr8 27101204 . T A 1952.66 PASS AF=0.977099;AO=127;DP=132;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00304372;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.077;QD=59.6231;RBI=0.0106658;REFB=-0.0576115;REVB=0.0102223;RO=3;SAF=62;SAR=65;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214233;STB=0.511276;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=2.45418e-05;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:131:3:3:127:128:0.977099:65:62:0:3:65:63:0:3 chr8 27101206 . A C 1968.28 PASS AF=0.977273;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00703148;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.254;QD=59.6448;RBI=0.034583;REFB=0.0375117;REVB=-0.0338607;RO=3;SAF=63;SAR=66;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211082;STB=0.511109;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00213943;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:132:3:3:129:129:0.977273:66:63:0:3:66:63:0:3 chr8 27147716 . A C 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0180596;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=226.778;QD=20.755;RBI=0.0235667;REFB=-0.00430544;REVB=-0.0151406;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368335;STB=0.685483;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00578714;OID=.;OPOS=27147716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:6:9:1:10:6:9:2:10 chr8 27255128 . T C 539.78 PASS AF=0.396226;AO=63;DP=160;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.0197869;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.076;QD=13.5793;RBI=0.0363105;REFB=-0.0154787;REVB=0.0304456;RO=95;SAF=20;SAR=43;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210343;STB=0.622364;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00740916;OID=.;OPOS=27255128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:95:96:63:63:0.396226:43:20:48:47:43:20:49:47 chr8 27255146 . G A 542.74 PASS AF=0.385542;AO=64;DP=166;FAO=64;FDP=166;FR=.;FRO=102;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=-0.0119825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.3;QD=13.0781;RBI=0.0127283;REFB=-0.0193346;REVB=-0.00429282;RO=102;SAF=21;SAR=43;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205331;STB=0.61642;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0274208;OID=.;OPOS=27255146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:102:102:64:64:0.385542:43:21:52:50:43:21:52:50 chr8 27255263 . A G 284.07 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0115856;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.716;QD=12.7674;RBI=0.0124885;REFB=-0.00107194;REVB=0.00466203;RO=55;SAF=8;SAR=25;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116471;STB=0.563218;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00176767;OID=.;OPOS=27255263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:56:33:33:0.370787:25:8:18:37:25:8:18:38 chr8 27301725 . C G 236.2 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.000620442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.731;QD=17.4964;RBI=0.00940943;REFB=-0.0303572;REVB=0.00938896;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129152;STB=0.564903;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0292295;OID=.;OPOS=27301725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:9:17:14:13:9:17:15:13 chr8 27308585 . A C 272.43 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00320558;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.41;QD=14.9274;RBI=0.0524022;REFB=-0.00494631;REVB=-0.0523041;RO=42;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030031;STB=0.508639;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00738673;OID=.;OPOS=27308585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:42:30:31:0.424658:13:17:25:17:13:18:25:17 chr8 27310644 . GC G 42.84 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=46;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.098735;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0685;QD=3.56996;RBI=0.0992141;REFB=-0.0812302;REVB=0.00973808;RO=28;SAF=13;SAR=1;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.686669;STB=0.749687;STBP=0.022;TYPE=del;VARB=0.0877637;OID=.;OPOS=27310645;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:14:46:16:48:32:12:4:12:20:42:28:13:1:10:18 chr8 27311703 . T C 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0038828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.761;QD=16.3501;RBI=0.0142281;REFB=-0.0199932;REVB=-0.0136881;RO=41;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308832;STB=0.523351;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0248722;OID=.;OPOS=27311703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:42:34:34:0.447368:18:16:18:23:18:16:18:24 chr8 27315876 . A G 499.31 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0117323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.034;QD=26.9897;RBI=0.0213598;REFB=-0.0259813;REVB=0.0178492;RO=28;SAF=20;SAR=26;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552859;STB=0.530108;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0123055;OID=.;OPOS=27315876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:28:46:46:0.621622:26:20:10:18:26:20:10:18 chr8 27315900 . A G 521.43 PASS AF=0.652778;AO=47;DP=72;FAO=47;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0190778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.655;QD=28.9683;RBI=0.0190807;REFB=-0.0118356;REVB=-0.000333456;RO=25;SAF=24;SAR=23;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195776;STB=0.510634;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00783482;OID=.;OPOS=27315900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:25:25:47:47:0.652778:23:24:12:13:23:24:12:13 chr8 27324822 . T C 1075.45 PASS AF=1;AO=66;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.382;QD=58.9287;RBI=0.0223382;REFB=0;REVB=0.0211608;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399909;OID=.;OPOS=27324822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:66:73:1:42:24:0:0:44:29:0:0 chr8 27324844 . G A 431.25 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0574747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0664;QD=25.7463;RBI=0.0721244;REFB=0.0181285;REVB=0.0435728;RO=26;SAF=15;SAR=26;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142788;STB=0.507809;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00918326;OID=.;OPOS=27324844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:26:15:10:16:26:15:10:16 chr8 27328511 . G A 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00166746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.886;QD=22.5835;RBI=0.00166754;REFB=-0.00791107;REVB=1.60483e-05;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656402;STB=0.536713;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00737589;OID=.;OPOS=27328511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:10:16:13:11:10:16:13:11 chr8 27373923 . T C 243.57 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0504046;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.149;QD=22.1431;RBI=0.0529;REFB=-0.0131748;REVB=0.0160557;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356536;STB=0.519983;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.015151;OID=.;OPOS=27373923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:21:23:23:0.522727:13:10:10:11:13:10:10:11 chr8 27396208 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00221998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.476;QD=15.6188;RBI=0.00555199;REFB=-0.0339271;REVB=0.00508884;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036135;STB=0.52081;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0464913;OID=.;OPOS=27396208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:12:13:10:8:12:13 chr8 27401964 . A C 173.81 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0906976;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.122;QD=18.2954;RBI=0.0971314;REFB=0.0240094;REVB=0.0347628;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142977;STB=0.581306;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.029735;OID=.;OPOS=27401964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:8:12:8:10:8:12 chr8 27462481 . A G 902.54 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3076;QD=58.2286;RBI=0.013007;REFB=0;REVB=-0.0118208;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48799e-05;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr8 27516955 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.014111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.87;QD=22.1439;RBI=0.0142363;REFB=-0.0169004;REVB=-0.00188482;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127272;STB=0.571347;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0145106;OID=.;OPOS=27516955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:9:8:4:9:9:8:4:9 chr8 27528446 . T C 137.86 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0120821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.607;QD=19.0155;RBI=0.0347153;REFB=-0.0225507;REVB=-0.032545;RO=12;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585624;STB=0.510624;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0392981;OID=.;OPOS=27528446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:12:14:15:15:0.517241:3:12:9:3:3:12:11:3 chr8 27559214 . G A 387.36 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0336123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.92;QD=23.8378;RBI=0.0379089;REFB=-0.03397;REVB=0.01753;RO=27;SAF=29;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191571;STB=0.60591;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0243014;OID=.;OPOS=27559214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:9:29:15:12:9:29:15:12 chr8 27591164 . C A,T 657.58 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=2,41;DP=43;FAO=2,41;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704695,0.077526;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.2317,98.1319;QD=61.1703;RBI=0.0705572,0.0799204;REFB=0,0;REVB=0.00351721,-0.0194162;RO=0;SAF=1,10;SAR=1,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.09277e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.150158,-9.04804e-05;OID=.,.;OPOS=27591164,27591164;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:43:43:0:0:2,41:2,41:0.0465116,0.953488:1,31:1,10:0:0:1,31:1,10:0:0 chr8 27592828 . G A 2277.64 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0465709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.243;QD=62.8314;RBI=0.0822102;REFB=-0.105384;REVB=0.0677471;RO=1;SAF=70;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646973;STB=0.503401;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00162568;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:145:1:1:143:144:0.993103:73:70:0:1:73:71:0:1 chr8 27631179 . A C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.57;QD=53.9106;RBI=0.042779;REFB=0;REVB=0.0323393;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57209e-05;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr8 27737198 . A G 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0125721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.748;QD=18.008;RBI=0.0184261;REFB=-0.0151271;REVB=-0.0134708;RO=40;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04009;STB=0.529396;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0200475;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:37:37:0.474359:16:21:21:19:16:21:21:20 chr8 27767231 . C G 519.46 PASS AF=0.51;AO=49;DP=96;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=10;FWDB=0.00359662;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.228;QD=20.7785;RBI=0.00605602;REFB=-0.00248088;REVB=0.00487234;RO=47;SAF=24;SAR=25;SRF=39;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302185;STB=0.656954;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00401783;OID=.;OPOS=27767231;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:47:49:49:51:0.51:25:24:39:8:27:24:39:10 chr8 27779093 . G A 84.74 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0368259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9633;QD=11.2988;RBI=0.0595179;REFB=-0.0360376;REVB=0.0467572;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230469;STB=0.651953;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0673713;OID=.;OPOS=27779093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:29:30:17:19:11:11:0.366667:8:3:2:15:8:3:2:17 chr8 27903069 . C T 571.04 PASS AF=0.426573;AO=61;DP=143;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0103887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.665;QD=15.9732;RBI=0.0120807;REFB=-0.0188143;REVB=-0.00616581;RO=80;SAF=35;SAR=26;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755146;STB=0.535703;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0245876;OID=.;OPOS=27903069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:80:82:61:61:0.426573:26:35:40:40:26:35:42:40 chr8 27915830 . T C 2544.08 PASS AF=0.960227;AO=168;DP=176;FAO=169;FDP=176;FR=.;FRO=7;FSAF=89;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0246381;FXX=0.0276228;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.9364;QD=57.8199;RBI=0.0386964;REFB=-0.0495755;REVB=0.0298392;RO=7;SAF=88;SAR=80;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181266;STB=0.509598;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00276372;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:176:176:7:7:168:169:0.960227:80:88:2:5:80:89:2:5 chr8 27918057 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=327.472;QD=62.022;RBI=0.0358477;REFB=0;REVB=0.0357795;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21142e-05;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr8 27925204 . T C 212.67 PASS AF=0.525;AO=19;DP=38;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00971259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.537;QD=21.2671;RBI=0.00975583;REFB=-0.0307534;REVB=-0.00091756;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927571;STB=0.526291;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0293553;OID=.;OPOS=27925204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:19:19:19:21:0.525:10:9:11:8:10:11:11:8 chr8 27927849 . C G 769.34 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.937;QD=56.9884;RBI=0.0470463;REFB=0;REVB=0.00235622;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159532;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr8 27931875 . A G 498.2 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.00436073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.423;QD=16.7463;RBI=0.00450075;REFB=-0.00543507;REVB=-0.00111388;RO=65;SAF=28;SAR=26;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557719;STB=0.531083;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00655415;OID=.;OPOS=27931875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:54:54:0.453782:26:28:30:35:26:28:30:35 chr8 28203188 . AAT A,AAA 97.11 PASS AF=0.518519,0;AO=8,5;DP=35;FAO=14,0;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6,0;FSAR=8,0;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.139509,0.0232468;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=21.4751,13.9469;QD=14.3861;RBI=0.141852,0.147012;REFB=0.00296413,-0.00689032;REVB=-0.0256761,0.145162;RO=15;SAF=5,1;SAR=3,4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.129171,-0.555549;STB=0.624826,0.5;STBP=0.199,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0044912,0;OID=.,.;OPOS=28203189,28203190;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519,0:8,5:35:14,0:27:13:6,0:8,0:9:4:95:15:5,1:3,4:11:4 chr8 28286174 . T G 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0275488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.115;QD=13.3417;RBI=0.0309865;REFB=-0.0255364;REVB=-0.0141854;RO=32;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574707;STB=0.503308;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0393113;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:15:6:9:23:15:6:9:23 chr8 28304769 . C T 955.19 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.598;QD=58.7811;RBI=0.0227193;REFB=0;REVB=-0.00690253;RO=0;SAF=16;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.63629e-05;OID=.;OPOS=28304769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:48:16:0:0:48:17:0:0 chr8 28384712 . A G 2139.32 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.976;QD=62.9213;RBI=0.00684161;REFB=0;REVB=0.00122201;RO=0;SAF=81;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.74756e-06;OID=.;OPOS=28384712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:54:81:0:0:54:82:0:0 chr8 28574803 . G A 357.91 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.019602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.054;QD=19.8839;RBI=0.0201916;REFB=-0.0269149;REVB=0.00484406;RO=35;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163246;STB=0.595077;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0216994;OID=.;OPOS=28574803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:35:36:37:0.513889:22:14:20:15:23:14:20:15 chr8 28651298 . A C 51.96 PASS AF=0.875;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00109619;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=202.348;QD=25.9784;RBI=0.04801;REFB=-0.121223;REVB=0.0479975;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281147;STB=0.666107;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000695169;OID=.;OPOS=28651298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:8:1:1:6:7:0.875:1:5:0:1:1:6:0:1 chr8 28651300 . A C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000375611;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=224.791;QD=21.8421;RBI=0.0281857;REFB=-0.0226058;REVB=0.0281832;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.624528;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00287025;OID=.;OPOS=28651300;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:1:5:1:0:1:5:1:1 chr8 29197672 . A G 670.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.304;QD=62.3362;RBI=0.0432173;REFB=0;REVB=-0.0420147;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91053e-05;OID=.;OPOS=29197672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:20:23:0:0 chr8 29927300 . C G 1315.32 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.392;QD=61.8975;RBI=0.0312537;REFB=0;REVB=-0.000578366;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25914e-05;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:85:0:0:80:85:1:46:34:0:0:46:39:0:0 chr8 29927321 . A G 1102.55 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0560084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.861;QD=58.8028;RBI=0.0573225;REFB=-0.0678801;REVB=0.0122035;RO=1;SAF=30;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155074;STB=0.508194;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000274769;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:44:30:1:0:44:30:1:0 chr8 29965519 . T C 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.213;QD=63.579;RBI=0.0276041;REFB=0;REVB=-0.00956284;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164784;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:34:13:0:0:34:13:0:0 chr8 29989564 . A G 866.2 PASS AF=0.983871;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0430618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.014;QD=55.8836;RBI=0.0873121;REFB=-0.00382172;REVB=0.0759545;RO=1;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184944;STB=0.508769;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000729057;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:62:1:1:58:61:0.983871:25:33:0:1:28:33:0:1 chr8 29996158 . A G 765.1 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.198;QD=56.674;RBI=0.0568646;REFB=0;REVB=0.0568191;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07629e-05;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:21:31:0:0:23:31:0:0 chr8 29996256 . T C 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.608;QD=60.9757;RBI=0.0964817;REFB=0;REVB=0.0958054;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471321;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr8 30423886 . C CAG 1419.65 PASS AF=0.895652;AO=102;DP=127;FAO=103;FDP=115;FR=.;FRO=12;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0154252;FXX=0.0725748;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.03;QD=49.3791;RBI=0.0194714;REFB=-0.0538522;REVB=0.0118827;RO=24;SAF=37;SAR=65;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113627;STB=0.52372;STBP=0.139;TYPE=ins;VARB=0.00639805;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.895652:102:127:103:115:12:38:65:7:5:49:24:37:65:16:8 chr8 30501232 . C T 425.35 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295645;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.755;QD=56.7139;RBI=0.0439807;REFB=0;REVB=-0.0325613;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134088;OID=.;OPOS=30501232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:16:14:0:0 chr8 30608976 . C T 1234.92 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7296;QD=60.9836;RBI=0.0102025;REFB=0;REVB=0.00877175;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281446;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:78:81:1:28:50:0:0:30:51:0:0 chr8 30620840 . G GT,T 942.26 PASS AF=1,0;AO=64,3;DP=84;FAO=73,0;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657794,-0.0773311;FXX=0.0135117;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=18.7973,9.77987;QD=51.6309;RBI=0.156179,0.0783072;REFB=0,0;REVB=0.141651,0.0123256;RO=15;SAF=38,2;SAR=26,1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0519843,-0.0873843;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00129736,0;OID=.,.;OPOS=30620841,30620840;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:73:15:0:64,3:73,0:1,0:26,1:38,2:11:4:30,0:43,0:0:0 chr8 30695226 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2295;QD=46.8447;RBI=0.063311;REFB=0;REVB=0.034707;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000691048;OID=.;OPOS=30695226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr8 30924557 . C T 875.69 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.74;QD=57.422;RBI=0.016134;REFB=0;REVB=0.00389822;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06794e-05;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:23:37:0:0:23:38:0:0 chr8 30973957 . G T 531.6 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.000429638;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.691;QD=22.6214;RBI=0.00798833;REFB=-0.00203562;REVB=-0.00797677;RO=44;SAF=16;SAR=34;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163761;STB=0.590456;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0025078;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:44:44:50:50:0.531915:34:16:22:22:34:16:22:22 chr8 30999280 . G T 264.02 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00198397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.376;QD=15.3052;RBI=0.00666816;REFB=-0.0041815;REVB=0.00636618;RO=39;SAF=9;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215917;STB=0.628394;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00556756;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:29:30:0.434783:20:9:20:19:21:9:20:19 chr8 31024638 . C T 439.26 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00769001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3315;QD=19.3083;RBI=0.0237468;REFB=0.0197209;REVB=-0.0224672;RO=47;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261953;STB=0.514557;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0214412;OID=.;OPOS=31024638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:25:19:19:28:25:19:19:28 chr8 32453358 . G A 175.13 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00468725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7151;QD=20.0147;RBI=0.0304804;REFB=0.00439481;REVB=0.0301178;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384389;STB=0.510626;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.00169637;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:6:12:10:6:6:12:11:6 chr8 32621844 . G T 107.37 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0464385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5303;QD=12.6317;RBI=0.0477788;REFB=-0.00526388;REVB=0.0112376;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164083;STB=0.596268;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0118108;OID=.;OPOS=32621844;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:8:13:6:7:8:13 chr8 32663420 . A G 1637.09 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.794;QD=60.0767;RBI=0.0346124;REFB=0;REVB=-0.00658077;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40176e-05;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:106:109:1:56:50:0:0:56:53:0:0 chr8 33313329 . G A 740.72 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773275;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.709;QD=56.9785;RBI=0.0308974;REFB=0;REVB=0.0299141;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78353e-05;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr8 33356074 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.854;QD=54.5177;RBI=0.00869923;REFB=0;REVB=-0.00174861;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29733e-05;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr8 33369944 . T C 724.07 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00353345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3352;QD=59.108;RBI=0.00529024;REFB=-0.00379328;REVB=-0.00393717;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.501307;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-8.95736e-05;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:47:47:0.959184:25:22:1:0:25:22:1:1 chr8 33369994 . A G 672.8 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9381;QD=61.1636;RBI=0.0353774;REFB=0;REVB=0.0305714;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146609;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:22:22:0:0 chr8 33416189 . G A 817.55 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8526;QD=57.3718;RBI=0.0144567;REFB=0;REVB=0.001359;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.33308e-05;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr8 33416222 . C T 710.24 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000876251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1367;QD=54.6341;RBI=0.00154092;REFB=0.0178429;REVB=-0.00126752;RO=1;SAF=32;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144898;STB=0.507689;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00214591;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:19:32:1:0:19:32:1:0 chr8 33437926 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.991;QD=62.9829;RBI=0.0394718;REFB=0;REVB=-0.0221729;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61411e-05;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:23:22:0:0 chr8 33573577 . A G 275.6 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887081;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4103;QD=52.4959;RBI=0.0901657;REFB=0;REVB=0.0161467;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263142;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:19:21:1:8:11:0:0:9:12:0:0 chr8 36788479 . A G 636.48 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0171419;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7608;QD=18.1851;RBI=0.0357628;REFB=-0.0117188;REVB=0.0313868;RO=74;SAF=38;SAR=27;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431562;STB=0.520775;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0135988;OID=.;OPOS=36788479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:74:75:65:65:0.464286:27:38:40:34:27:38:41:34 chr8 36925433 . C T 242.31 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0288301;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.572;QD=21.5382;RBI=0.031461;REFB=-0.00876982;REVB=-0.0125945;RO=23;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446302;STB=0.50793;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0100118;OID=.;OPOS=36925433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:22:23:23:0.511111:16:7:8:15:16:7:7:15 chr8 37635649 . A G 926.96 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111874;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.182;QD=57.0437;RBI=0.0123104;REFB=-0.0267238;REVB=0.00513681;RO=1;SAF=27;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171708;STB=0.509088;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-7.63131e-05;OID=.;OPOS=37635649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:64:64:0.984615:37:27:1:0:37:27:1:0 chr8 37699777 . G A 83.97 PASS AF=0.188119;AO=19;DP=101;FAO=19;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.000612804;FXX=0.0194156;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.0895;QD=3.32557;RBI=0.00354787;REFB=-0.0438711;REVB=0.00349455;RO=63;SAF=2;SAR=17;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.647033;STB=0.880504;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.170153;OID=.;OPOS=37699777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:101:101:63:82:19:19:0.188119:17:2:40:23:17:2:45:37 chr8 37702472 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.081321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6919;QD=16.9315;RBI=0.11155;REFB=0.00773334;REVB=0.0763565;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175524;STB=0.59985;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=7.7055e-05;OID=.;OPOS=37702472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:2:10:8:4:2:10 chr8 37728017 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.464;QD=63.8714;RBI=0.0261303;REFB=0;REVB=0.0131832;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144616;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr8 37728019 . T G 759.58 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6867;QD=63.2981;RBI=0.0230515;REFB=0;REVB=0.00895959;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174439;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr8 37730368 . G A 1125.52 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0389781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.0649;QD=58.4683;RBI=0.0538216;REFB=-0.110727;REVB=0.0371142;RO=2;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181934;STB=0.504761;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000710684;OID=.;OPOS=37730368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:2:1:75:76:0.987013:51:24:0:2:52:24:0:1 chr8 37823798 . A G 273.75 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0239346;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.604;QD=30.4162;RBI=0.0317194;REFB=-0.000233491;REVB=-0.0208149;RO=12;SAF=2;SAR=22;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457745;STB=0.758343;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-6.45457e-05;OID=.;OPOS=37823798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:36:12:12:24:24:0.666667:22:2:6:6:22:2:6:6 chr8 37979919 . G C 602.86 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.026;QD=60.2856;RBI=0.0148209;REFB=0;REVB=0.00973305;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819869;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:24:16:0:0 chr8 37985897 . A G 1084.38 PASS AF=0.986486;AO=74;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0027713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0817;QD=58.6153;RBI=0.0356673;REFB=-0.115723;REVB=-0.0355595;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.505746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00158314;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:74:73:0.986486:44:30:0:0:43:30:0:1 chr8 38005835 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.354;QD=57.106;RBI=0.0364281;REFB=0;REVB=0.0223618;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123195;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr8 38458371 . G T 596.22 PASS AF=0.425676;AO=63;DP=148;FAO=63;FDP=148;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.00652566;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.917;QD=16.114;RBI=0.00761034;REFB=-0.0106299;REVB=0.00391575;RO=85;SAF=32;SAR=31;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341349;STB=0.519101;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.014338;OID=.;OPOS=38458371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:85:85:63:63:0.425676:31:32:46:39:31:32:46:39 chr8 38458552 . G GTCT 2172.76 PASS AF=1;AO=137;DP=143;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790315;FXX=0.0283668;HRUN=0;LEN=3;MLLD=193.248;QD=63.4383;RBI=0.0367145;REFB=0;REVB=0.0358538;RO=4;SAF=85;SAR=52;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00742758;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.10096e-05;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:137:143:137:137:0:85:52:0:0:12:4:85:52:3:1 chr8 38458659 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.751;QD=62.0082;RBI=0.0522276;REFB=0;REVB=-0.0107974;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92256e-05;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:36:48:0:0:36:48:0:0 chr8 38677932 . A G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0011056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.825;QD=17.6896;RBI=0.00854152;REFB=-0.0183556;REVB=0.00846966;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15601;STB=0.576541;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0189039;OID=.;OPOS=38677932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:10:11:9:16:10:11:10:16 chr8 38684853 . T C 534.26 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00975227;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.752;QD=19.9722;RBI=0.0109651;REFB=-0.00928258;REVB=-0.0050127;RO=53;SAF=18;SAR=37;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13771;STB=0.570458;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00695398;OID=.;OPOS=38684853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:53:52:55:55:0.514019:37:18:25:28:37:18:24:28 chr8 38695996 . T C 99.92 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0282458;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.602;QD=13.7819;RBI=0.0319285;REFB=-0.0325663;REVB=0.0148864;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147429;STB=0.586067;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0310354;OID=.;OPOS=38695996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:6:11:6:6:6:11 chr8 38707452 . A T 250.4 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0135143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7469;QD=14.9492;RBI=0.0139347;REFB=-0.0465585;REVB=0.00339721;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778604;STB=0.559055;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0349247;OID=.;OPOS=38707452;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:38:29:29:0.432836:16:13:18:16:16:13:21:17 chr8 38827185 . GCCT GCT,GCTG 1138.5 PASS AF=1,0;AO=73,3;DP=80;FAO=80,0;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44,0;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578929,-0.0190564;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=24.4459,191.248;QD=56.9252;RBI=0.154911,0.0192285;REFB=0,0;REVB=0.143686,-0.00256673;RO=1;SAF=42,0;SAR=31,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0150135,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00317969,0;OID=.,.;OPOS=38827186,38827187;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:73,3:80:80,0:80:0:44,0:36,0:0:0:6:1:42,0:31,3:0:1 chr8 38835666 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.136;QD=59.8385;RBI=0.0128253;REFB=0;REVB=0.0118993;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19951e-05;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr8 38848850 . C T 738.47 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.131;QD=56.805;RBI=0.0228422;REFB=0;REVB=-0.009378;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53866e-05;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:31:17:0:0:32:20:0:0 chr8 38964647 . G A 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.278;QD=59.8554;RBI=0.0345631;REFB=0;REVB=0.00945591;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94762e-05;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr8 38965271 . C T 2811.92 PASS AF=0.944162;AO=186;DP=198;FAO=186;FDP=197;FR=.;FRO=11;FSAF=68;FSAR=118;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0296829;FXX=0.00505025;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.258;QD=57.0948;RBI=0.0524545;REFB=-0.157512;REVB=0.0432482;RO=2;SAF=68;SAR=118;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293219;STB=0.532143;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000796359;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:198:197:2:11:186:186:0.944162:118:68:1:1:118:68:10:1 chr8 39080632 . C G 2027.2 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.545;QD=62.3754;RBI=0.0449233;REFB=0;REVB=-0.036075;RO=0;SAF=61;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2574e-05;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:69:61:0:0:69:61:0:0 chr8 39091526 . T C 1161.51 PASS AF=0.438127;AO=126;DP=294;FAO=131;FDP=299;FR=.;FRO=168;FSAF=31;FSAR=100;FSRF=41;FSRR=127;FWDB=0.0200536;FXX=0.00993345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.845;QD=15.5385;RBI=0.0354258;REFB=-0.0167839;REVB=0.0292034;RO=167;SAF=26;SAR=100;SRF=40;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050043;STB=0.505724;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0284678;OID=.;OPOS=39091526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:299:167:168:126:131:0.438127:100:26:40:127:100:31:41:127 chr8 39128387 . C T 209.49 PASS AF=0.403846;AO=12;DP=43;FAO=21;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0299831;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.361;QD=16.1142;RBI=0.0382152;REFB=-0.0304301;REVB=0.0236942;RO=22;SAF=0;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.806547;STB=0.637548;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0593922;OID=.;OPOS=39128387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:52:22:26:12:21:0.403846:12:0:13:9:14:7:15:11 chr8 39311600 . C T 2557.06 PASS AF=0.994083;AO=167;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00181761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.12;QD=60.5221;RBI=0.0562529;REFB=-0.0552255;REVB=-0.0562235;RO=1;SAF=91;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520129;STB=0.503268;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000122829;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:169:169:1:1:167:168:0.994083:76:91:1:0:76:92:0:1 chr8 39312886 . G A 2015.62 PASS AF=1;AO=106;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.529;QD=62.0189;RBI=0.043085;REFB=0;REVB=0.0286479;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00318507;OID=.;OPOS=39312886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:106:130:1:48:58:0:0:58:72:0:0 chr8 39496029 . T C 270.92 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0125283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.46;QD=12.1762;RBI=0.018195;REFB=-0.00148164;REVB=-0.0131947;RO=57;SAF=20;SAR=12;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934666;STB=0.553902;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00194909;OID=.;OPOS=39496029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:12:20:31:26:12:20:31:26 chr8 39872845 . C T 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0214616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.777;QD=13.5535;RBI=0.0344173;REFB=-0.0177497;REVB=0.0269063;RO=40;SAF=11;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149377;STB=0.585302;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0287423;OID=.;OPOS=39872845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:16:11:22:18:16:11:22:18 chr8 39872866 . A C 948.41 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.733;QD=58.3638;RBI=0.025953;REFB=0;REVB=0.0167165;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15903e-05;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr8 39873478 . T C 95.04 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0284804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.2451;QD=34.5613;RBI=0.186856;REFB=-0.1259;REVB=-0.184673;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.666259;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00968089;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:10:11:0:1:10:10:0.909091:1:9:0:0:1:9:0:1 chr8 39873483 . TT AA 114.55 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032284;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=256.483;QD=41.654;RBI=0.0434901;REFB=0;REVB=0.02914;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000142061;OID=.;OPOS=39873483;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:11:0:0:9:11:1:2:7:0:0:2:9:0:0 chr8 40011079 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.081;QD=60.9786;RBI=0.0269018;REFB=0;REVB=-0.0224763;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16132e-05;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr8 41132742 . A T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.413;QD=62.3504;RBI=0.0713559;REFB=0;REVB=0.0521624;RO=0;SAF=36;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201573;OID=.;OPOS=41132742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:7:36:0:0:7:36:0:0 chr8 41391704 . A G 2465.71 PASS AF=0.993827;AO=160;DP=164;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201696;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2869;QD=60.8817;RBI=0.0258202;REFB=-0.0948002;REVB=0.0161204;RO=1;SAF=63;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00749243;STB=0.503999;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00137653;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:162:1:1:160:161:0.993827:97:63:1:0:99:62:1:0 chr8 41391761 . A T 1660.34 PASS AF=0.913669;AO=111;DP=128;FAO=127;FDP=139;FR=.;FRO=12;FSAF=47;FSAR=80;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0785255;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=51.2121;QD=47.7795;RBI=0.0956637;REFB=-0.0767604;REVB=0.0546378;RO=16;SAF=41;SAR=70;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330273;STB=0.511952;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00647564;OID=.;OPOS=41391761;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:128:139:16:12:111:127:0.913669:70:41:8:8:80:47:6:6 chr8 41517958 . A AG 2088.29 PASS AF=1;AO=178;DP=211;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181009;FXX=0.0144224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.6674;QD=40.7471;RBI=0.182107;REFB=0;REVB=-0.0199681;RO=27;SAF=95;SAR=83;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00125127;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:178:211:205:205:0:115:90:0:0:41:27:95:83:23:4 chr8 41525914 . C T 1767.6 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1721;QD=60.9518;RBI=0.0712328;REFB=0;REVB=9.40499e-05;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303243;OID=.;OPOS=41525914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:64:52:0:0:64:52:0:0 chr8 41583294 . C T 989.08 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004108;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.576;QD=58.1812;RBI=0.0404182;REFB=0;REVB=0.0402089;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178847;OID=.;OPOS=41583294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:30:38:0:0 chr8 41787705 . CTCATT C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223794;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=384.106;QD=50.4135;RBI=0.0228376;REFB=0;REVB=0.00455164;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.09751e-05;OID=.;OPOS=41787706;OREF=TCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:20:19:19:0:9:10:0:0:4:0:9:10:0:0 chr8 41791283 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.542;QD=57.545;RBI=0.0549466;REFB=0;REVB=0.0434501;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345951;OID=.;OPOS=41791283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr8 41798417 . C T 1347.45 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.737;QD=61.2479;RBI=0.0207515;REFB=-0.0853788;REVB=0.0136987;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222695;OID=.;OPOS=41798417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:88:0:0:87:88:1:46:41:0:0:47:41:0:0 chr8 41906095 . A G 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.34;QD=63.052;RBI=0.0431805;REFB=0;REVB=0.0230336;RO=0;SAF=33;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.45581e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128456;OID=.;OPOS=41906095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:58:33:0:0:58:33:0:0 chr8 42013563 . T TATG 1026.54 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=75;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00220416;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=3;MLLD=337.674;QD=55.4887;RBI=0.0112065;REFB=0.0158671;REVB=0.0109876;RO=3;SAF=26;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243674;STB=0.512241;STBP=0.313;TYPE=ins;VARB=5.24515e-06;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.959459:70:75:71:74:3:27:44:2:1:9:3:26:44:2:1 chr8 42036577 . A G 401.92 PASS AF=0.547945;AO=38;DP=71;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.000466201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.833;QD=22.0231;RBI=0.0125675;REFB=-0.017421;REVB=0.0125588;RO=33;SAF=12;SAR=26;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153536;STB=0.592097;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0136288;OID=.;OPOS=42036577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:33:33:38:40:0.547945:26:12:16:17:28:12:16:17 chr8 42044954 . G A 466.41 PASS AF=0.56962;AO=44;DP=81;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0268163;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.236;QD=23.6159;RBI=0.0366327;REFB=-0.0262906;REVB=0.0249568;RO=33;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112559;STB=0.571558;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0242104;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:33:34:44:45:0.56962:25:19:19:14:26:19:20:14 chr8 42231786 . G A 534.78 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0027682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2881;QD=18.7642;RBI=0.0512816;REFB=0.00674972;REVB=-0.0512068;RO=58;SAF=38;SAR=18;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142744;STB=0.579239;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00725127;OID=.;OPOS=42231786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:18:38:31:27:18:38:31:27 chr8 42295022 . G A 417.81 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=8.12637e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.303;QD=22.5842;RBI=0.00736748;REFB=0.00210798;REVB=-0.00736747;RO=32;SAF=17;SAR=24;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440103;STB=0.531885;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00161214;OID=.;OPOS=42295022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:33:41:41:0.554054:24:17:15:17:24:17:16:17 chr8 42882555 . A ATTTGT 1518.0 PASS AF=0.938596;AO=97;DP=117;FAO=107;FDP=114;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00857521;FXX=0.0256388;HRUN=3;LEN=5;MLLD=293.518;QD=53.2631;RBI=0.0112745;REFB=-0.0148768;REVB=-0.00731989;RO=7;SAF=51;SAR=46;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241039;STB=0.514016;STBP=0.279;TYPE=ins;VARB=0.000627588;OID=.;OPOS=42882556;OREF=-;OALT=TTTGT;OMAPALT=ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.938596:97:117:107:114:7:52:55:5:2:19:7:51:46:5:2 chr8 43054553 . T C 902.53 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000711416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.954;QD=58.2278;RBI=0.0176019;REFB=0;REVB=0.0175876;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74525e-05;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr8 43054818 . G A 599.16 PASS AF=0.4375;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0267999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.5;QD=16.6433;RBI=0.0570956;REFB=-0.0151731;REVB=-0.0504151;RO=81;SAF=24;SAR=39;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917279;STB=0.551283;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0197293;OID=.;OPOS=43054818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:81:81:63:63:0.4375:39:24:38:43:39:24:38:43 chr8 47979781 . G C 304.01 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0319469;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6314;QD=11.922;RBI=0.03249;REFB=0.00206034;REVB=0.00591582;RO=64;SAF=16;SAR=21;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143349;STB=0.577125;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00285726;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:64:65:37:37:0.362745:21:16:36:28:21:16:36:29 chr8 48102786 . C T 406.7 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0420571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3316;QD=17.4924;RBI=0.0425952;REFB=-0.00638658;REVB=-0.00674912;RO=51;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109442;STB=0.561196;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00557378;OID=.;OPOS=48102786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:20:22:21:30:20:22:21:30 chr8 48102987 . A G 291.16 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0165316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.855;QD=16.8789;RBI=0.0170469;REFB=-0.0215211;REVB=0.00415953;RO=37;SAF=21;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117078;STB=0.565886;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0189121;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:11:21:20:17:11:21:20:17 chr8 48104722 . G T 342.07 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0238766;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1625;QD=17.5419;RBI=0.0451587;REFB=-0.0169047;REVB=-0.0383303;RO=41;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058022;STB=0.525627;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0185708;OID=.;OPOS=48104722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:41:42:36:36:0.461538:18:18:18:23:18:18:19:23 chr8 48697705 . C T 654.1 PASS AF=0.52;AO=65;DP=125;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0145656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.555;QD=20.9312;RBI=0.0289316;REFB=-0.00908432;REVB=0.0249976;RO=60;SAF=23;SAR=42;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13322;STB=0.573393;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00839375;OID=.;OPOS=48697705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:60:60:65:65:0.52:42:23:30:30:42:23:30:30 chr8 48701569 . AG A,AT 73.39 PASS AF=0.309091,0.0363636;AO=18,2;DP=56;FAO=17,2;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=2,2;FSAR=15,0;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0302426,-0.0120581;FXX=0.017854;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.872,109.226;QD=5.33766;RBI=0.139666,0.0162452;REFB=-0.137524,-0.00761444;REVB=-0.136352,-0.0108862;RO=28;SAF=1,2;SAR=17,0;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.714338,0.411757;STB=0.86079,0.993752;STBP=0.003,0.216;TYPE=del,snp;VARB=0.10212,0.16639;OID=.,.;OPOS=48701570,48701570;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309091,0.0363636:18,2:56:17,2:55:36:2,2:15,0:22:14:68:28:1,2:17,0:18:10 chr8 48805816 . A AG,G 394.89 PASS AF=0.766667,0.233333;AO=19,10;DP=30;FAO=23,7;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=7,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332213,0.0074655;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.8383,19.9678;QD=52.6523;RBI=0.0799843,0.0178016;REFB=0,0;REVB=-0.0727587,-0.0161605;RO=1;SAF=14,1;SAR=5,9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0317459,-0.290714;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0217669,0.0477899;OID=.,.;OPOS=48805817,48805816;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:30:30:1:0:19,10:23,7:0.766667,0.233333:5,9:14,1:1:0:7,7:16,0:0:0 chr8 48885436 . T A 1334.23 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.841;QD=59.9655;RBI=0.0204882;REFB=-0.183598;REVB=0.0151124;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000652765;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:89:0:1:87:88:0.988764:47:40:0:0:48:40:0:1 chr8 50242815 . C T 304.1 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00658843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1138;QD=17.3773;RBI=0.067153;REFB=-0.00505754;REVB=-0.066829;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685169;STB=0.538438;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0108839;OID=.;OPOS=50242815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:21:12:16:21:21:12:16:21 chr8 50242991 . G T 745.56 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000330479;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.974;QD=57.3508;RBI=0.0013913;REFB=0;REVB=0.00135148;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345925;OID=.;OPOS=50242991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr8 51571172 . G A 445.38 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.035213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9413;QD=52.3974;RBI=0.0462488;REFB=-0.0516282;REVB=0.0299832;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252339;STB=0.503729;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0168708;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:1:2:32:32:0.941176:14:18:1:0:14:18:1:1 chr8 52232487 . G T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0215043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.381;QD=15.1658;RBI=0.0477044;REFB=0.000979593;REVB=-0.0425825;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269642;STB=0.654036;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00300038;OID=.;OPOS=52232487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:7:16:13:17:7:16:13:17 chr8 52233408 . C T 482.49 PASS AF=0.452991;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.00531683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=375.39;QD=16.4953;RBI=0.0126066;REFB=-0.0165716;REVB=-0.0114306;RO=64;SAF=16;SAR=36;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920403;STB=0.542502;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0171321;OID=.;OPOS=52233408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:64:64:52:53:0.452991:36:16:25:39:36:17:25:39 chr8 52321243 . T C 1981.46 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.275;QD=61.4407;RBI=0.0401393;REFB=0;REVB=-0.0040963;RO=0;SAF=48;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37532e-05;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:129:0:0:124:129:1:76:48:0:0:76:53:0:0 chr8 52321686 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00786352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.465;QD=15.1968;RBI=0.032335;REFB=0.0113162;REVB=-0.0313643;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960359;STB=0.540482;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0105311;OID=.;OPOS=52321686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:6:8:8:9:6:8:9:9 chr8 52325767 . T G 275.73 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0183613;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.528;QD=15.3184;RBI=0.0186895;REFB=-0.014168;REVB=0.00348748;RO=41;SAF=13;SAR=18;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213813;STB=0.620613;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0169078;OID=.;OPOS=52325767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:41:31:31:0.430556:18:13:26:15:18:13:26:15 chr8 52366200 . G A 2317.44 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.849;QD=60.9854;RBI=0.0360155;REFB=0;REVB=0.0357848;RO=0;SAF=78;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19322e-05;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:74:78:0:0:74:78:0:0 chr8 52730521 . C T 1544.62 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4193;QD=63.0458;RBI=0.0560811;REFB=0;REVB=0.0549867;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483894;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:98:0:0:94:98:1:40:54:0:0:44:54:0:0 chr8 52730864 . T C 355.87 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0700399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.396;QD=29.656;RBI=0.0702222;REFB=-0.00829817;REVB=0.0050571;RO=17;SAF=19;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260968;STB=0.652372;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00609893;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:18:30:30:0.625:11:19:4:13:11:19:4:14 chr8 52733050 . T A 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0331255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.507;QD=24.2745;RBI=0.0399732;REFB=-0.0228614;REVB=0.0223731;RO=21;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531016;STB=0.529246;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0122702;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:14:17:10:11:14:17:10:11 chr8 52746153 . C T 433.37 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0123526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.071;QD=20.6369;RBI=0.0446252;REFB=-0.00252603;REVB=-0.0428815;RO=41;SAF=30;SAR=13;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111206;STB=0.561768;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0024215;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:13:30:24:17:13:30:24:17 chr8 53062395 . A G 546.23 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0169845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.187;QD=20.2308;RBI=0.0239545;REFB=-0.0234583;REVB=-0.0168922;RO=51;SAF=30;SAR=26;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564038;STB=0.526481;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0297648;OID=.;OPOS=53062395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:52:56:56:0.518519:26:30:24:27:26:30:25:27 chr8 53071461 . G A 265.54 PASS AF=0.441176;AO=28;DP=66;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0103404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.438;QD=15.6201;RBI=0.0180966;REFB=0.00295711;REVB=0.0148514;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133759;STB=0.555519;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00379393;OID=.;OPOS=53071461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:38:38:28:30:0.441176:14:14:24:14:14:16:24:14 chr8 53477789 . AAG AA,A 45.33 PASS AF=0.357143,0;AO=9,7;DP=43;FAO=15,0;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=2,0;FSAR=13,0;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0875538,-0.0955947;FXX=0.0232504;HRUN=4,3;LEN=1,2;MLLD=12.6819,22.5207;QD=4.31721;RBI=0.151822,0.230002;REFB=-0.0655828,-0.00256221;REVB=-0.124033,-0.209195;RO=22;SAF=1,1;SAR=8,6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.488923,-0.426211;STB=0.744107,0.5;STBP=0.051,1;TYPE=del,del;VARB=0.0664811,0;OID=.,.;OPOS=53477791,53477790;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143,0:9,7:43:15,0:42:27:2,0:13,0:11:16:45:22:1,1:8,6:10:12 chr8 53852871 . A T 253.59 PASS AF=0.631579;AO=20;DP=34;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.106534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.197;QD=26.6933;RBI=0.107177;REFB=-0.0596936;REVB=0.0117212;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162123;STB=0.531224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0266659;OID=.;OPOS=53852871;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:38:14:14:20:24:0.631579:14:6:7:7:14:10:7:7 chr8 54155452 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0642717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.204;QD=12.2128;RBI=0.0643167;REFB=-0.00215628;REVB=0.00240547;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260252;STB=0.654301;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00451503;OID=.;OPOS=54155452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:10:12:4:9:10:12 chr8 54155455 . T C 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00784886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3749;QD=12.6369;RBI=0.013815;REFB=0.00153168;REVB=0.0113687;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235942;STB=0.639588;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00144838;OID=.;OPOS=54155455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:10:11:4:9:10:11 chr8 54163562 . C A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00339905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.104;QD=18.7442;RBI=0.0035763;REFB=0.0262671;REVB=-0.00111192;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115856;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0111243;OID=.;OPOS=54163562;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:3:1:3:4:3:1 chr8 54745538 . C G 1083.2 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522763;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.088;QD=60.178;RBI=0.0534748;REFB=0;REVB=0.0112578;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000862023;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:31:40:0:0:31:41:0:0 chr8 55539057 . G A 219.85 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0150783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.086;QD=17.5877;RBI=0.0197165;REFB=-0.000251911;REVB=0.0127038;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242292;STB=0.645931;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.000899417;OID=.;OPOS=55539057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:21:22:0.44:14:7:16:12:15:7:16:12 chr8 55540909 . C T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0132083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.915;QD=17.4016;RBI=0.0214114;REFB=-0.0150811;REVB=-0.016852;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302232;STB=0.675383;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0172956;OID=.;OPOS=55540909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:10:3:7:6:10:3:7:6 chr8 55541450 . G A 271.89 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0283895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.296;QD=13.103;RBI=0.0287178;REFB=-0.00773299;REVB=0.00432965;RO=50;SAF=10;SAR=21;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261149;STB=0.639668;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00814565;OID=.;OPOS=55541450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:50:51:31:32:0.385542:21:10:28:22:21:11:29:22 chr8 55541513 . T C 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00796109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.495;QD=13.9955;RBI=0.0175855;REFB=-0.0058265;REVB=-0.0156802;RO=42;SAF=10;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214883;STB=0.622555;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00826487;OID=.;OPOS=55541513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:19:10:23:19:19:10:23:19 chr8 55541617 . A G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0288249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.869;QD=11.3693;RBI=0.029952;REFB=-0.0117332;REVB=-0.00813923;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.572193;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0137743;OID=.;OPOS=55541617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:9:10:7:4:9:10 chr8 55632762 . C T 845.37 PASS AF=0.537415;AO=79;DP=147;FAO=79;FDP=147;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.0160618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.769;QD=23.0032;RBI=0.0161885;REFB=-0.0171209;REVB=0.00202211;RO=67;SAF=35;SAR=44;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599017;STB=0.535611;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.012414;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:67:68:79:79:0.537415:44:35:25:42:44:35:25:43 chr8 56054696 . C T 240.99 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0101017;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.238;QD=21.421;RBI=0.0196632;REFB=-0.0115465;REVB=-0.01687;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13598;STB=0.576403;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00719671;OID=.;OPOS=56054696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:10:12:9:14:10:12 chr8 56652048 . CAT C 981.54 PASS AF=0.411321;AO=107;DP=275;FAO=109;FDP=265;FR=.;FRO=156;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=67;FSRR=89;FWDB=-0.00968621;FXX=0.0433197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.714;QD=14.8156;RBI=0.0238839;REFB=-0.00976064;REVB=0.0218316;RO=157;SAF=54;SAR=53;SRF=68;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075996;STB=0.538833;STBP=0.271;TYPE=del;VARB=0.0124627;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411321:107:275:109:265:156:54:55:67:89:99:157:54:53:68:89 chr8 56657801 . C T 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00783833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3364;QD=12.3031;RBI=0.0133223;REFB=0.0131711;REVB=-0.0107723;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168195;STB=0.602572;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.025238;OID=.;OPOS=56657801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:14:12:26:16:14:12:27:16 chr8 56686224 . T C 1098.69 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.43;QD=60.2023;RBI=0.0353916;REFB=0;REVB=0.0342324;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158725;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:44:27:0:0:46:27:0:0 chr8 56699216 . G C 292.4 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0072668;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8978;QD=16.9507;RBI=0.00734059;REFB=-0.0207751;REVB=-0.00103822;RO=37;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838554;STB=0.54714;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0301645;OID=.;OPOS=56699216;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:37:37:32:32:0.463768:12:20:20:17:12:20:20:17 chr8 56821700 . T G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.686;QD=57.3847;RBI=0.00632881;REFB=0;REVB=-0.00543624;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.17158e-06;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr8 56821795 . T G 1026.98 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.147;QD=59.5353;RBI=0.0185704;REFB=0;REVB=-0.000836117;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.407e-05;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:65:69:1:32:33:0:0:35:34:0:0 chr8 56821809 . C T 1000.27 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0201039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.216;QD=56.3532;RBI=0.0207856;REFB=-0.0973283;REVB=0.0052797;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133153;STB=0.500204;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000688447;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:1:2:69:69:0.971831:34:35:1:0:34:35:1:1 chr8 56821945 . G A 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1268;QD=57.3833;RBI=0.0760767;REFB=0;REVB=0.0719603;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000753982;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr8 57074194 . T C 856.91 PASS AF=0.564286;AO=78;DP=135;FAO=79;FDP=140;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00433073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.961;QD=24.4832;RBI=0.0378673;REFB=-0.0254031;REVB=0.0376188;RO=56;SAF=35;SAR=43;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258584;STB=0.528569;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0129809;OID=.;OPOS=57074194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:140:56:61:78:79:0.564286:43:35:27:29:44:35:31:30 chr8 57285647 . T G 344.67 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00560354;FXX=0.048187;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6493;QD=17.4514;RBI=0.0294082;REFB=-0.00742056;REVB=0.0288694;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112801;STB=0.506326;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0157916;OID=.;OPOS=57285647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:18:18:22:21:18:18:22:21 chr8 57294571 . C G 236.63 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00622694;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.547;QD=17.528;RBI=0.0133766;REFB=-0.00570516;REVB=0.0118388;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166084;STB=0.59315;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00979315;OID=.;OPOS=57294571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:18:10:14:12:18:10 chr8 57307749 . A G 505.58 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.00674276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.541;QD=19.8265;RBI=0.00686874;REFB=-0.0137374;REVB=0.00130953;RO=50;SAF=34;SAR=18;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460254;STB=0.525371;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.012579;OID=.;OPOS=57307749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:18:34:35:15:18:34:35:15 chr8 57358432 . G A 751.95 PASS AF=0.603448;AO=70;DP=116;FAO=70;FDP=116;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0167039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9821;QD=25.9293;RBI=0.021731;REFB=-0.014253;REVB=0.0139002;RO=46;SAF=37;SAR=33;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099908;STB=0.554258;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00889199;OID=.;OPOS=57358432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:46:46:70:70:0.603448:33:37:18:28:33:37:18:28 chr8 57829649 . G T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00575234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.348;QD=25.4667;RBI=0.0583332;REFB=-0.0437877;REVB=0.0580489;RO=3;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671366;STB=0.538372;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0135047;OID=.;OPOS=57829649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:2:7:2:1:2:7:2:1 chr8 57872679 . T C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.00859012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3376;QD=15.626;RBI=0.016171;REFB=0.00329485;REVB=0.0137008;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463591;STB=0.764256;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00419277;OID=.;OPOS=57872679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:12:5:18:5:12:5:18:5 chr8 59060275 . A G 1566.72 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.426;QD=63.9477;RBI=0.0116723;REFB=0;REVB=0.00263393;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42836e-06;OID=.;OPOS=59060275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:41:57:0:0:41:57:0:0 chr8 59329438 . A G 400.23 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.00907186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5821;QD=14.5537;RBI=0.015963;REFB=-0.00402615;REVB=-0.0131347;RO=64;SAF=19;SAR=27;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138654;STB=0.578079;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00579145;OID=.;OPOS=59329438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:27:19:35:29:27:19:35:29 chr8 59361116 . C T 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0110119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.088;QD=25.3616;RBI=0.0144157;REFB=-0.0257028;REVB=-0.00930335;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207478;STB=0.511612;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0110556;OID=.;OPOS=59361116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:8:7:4:4:8:7:4:4 chr8 59361140 . TCAA T 87.4 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00745172;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=279.519;QD=12.9487;RBI=0.0075896;REFB=0.00243307;REVB=0.00144011;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376273;STB=0.680509;STBP=0.142;TYPE=del;VARB=-0.00449722;OID=.;OPOS=59361141;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:10:26:11:27:16:8:3:7:9:87:15:8:2:7:8 chr8 59512334 . G A 1502.45 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00540917;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.211;QD=62.6021;RBI=0.0395536;REFB=-0.0809928;REVB=0.039182;RO=1;SAF=65;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724032;STB=0.503816;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=9.02569e-05;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:96:1:1:95:95:0.989583:30:65:1:0:30:65:1:0 chr8 59571856 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.796;QD=40.7628;RBI=0.0772115;REFB=0;REVB=-0.04713;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207915;OID=.;OPOS=59571856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr8 59719394 . C T 276.34 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00861701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.135;QD=15.7906;RBI=0.00861722;REFB=-0.0152721;REVB=6.03736e-05;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149897;STB=0.590848;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0217032;OID=.;OPOS=59719394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:39:30:31:0.442857:21:9:17:22:22:9:17:22 chr8 61178574 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.284;QD=57.3858;RBI=0.0138915;REFB=0;REVB=-0.00206353;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28291e-05;OID=.;OPOS=61178574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr8 61488824 . T C 398.35 PASS AF=0.418182;AO=44;DP=109;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0115053;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.195;QD=14.4853;RBI=0.0129888;REFB=-0.00690885;REVB=-0.006028;RO=64;SAF=22;SAR=22;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114993;OID=.;OPOS=61488824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:64:64:44:46:0.418182:22:22:32:32:23:23:32:32 chr8 61488859 . A G 475.06 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0258689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5499;QD=17.7592;RBI=0.0308788;REFB=-0.0123351;REVB=0.0168612;RO=56;SAF=29;SAR=22;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651946;STB=0.536228;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0162793;OID=.;OPOS=61488859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:22:29:28:28:22:29:28:28 chr8 62489334 . C T 286.4 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0129277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.232;QD=15.6934;RBI=0.0147783;REFB=-0.00277851;REVB=-0.00716046;RO=41;SAF=6;SAR=26;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40162;STB=0.7293;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00297947;OID=.;OPOS=62489334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:26:6:22:19:26:6:22:19 chr8 62490978 . T C 1142.19 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.974;QD=60.1153;RBI=0.0230589;REFB=0;REVB=0.0163545;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496787;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:45:30:0:0:46:30:0:0 chr8 62491095 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.506;QD=60.6101;RBI=0.0172854;REFB=0;REVB=0.00962637;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119874;OID=.;OPOS=62491095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr8 62491107 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.652;QD=55.6561;RBI=0.00694164;REFB=0;REVB=0.00470592;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43522e-05;OID=.;OPOS=62491107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr8 62491170 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.97;QD=40.7629;RBI=0.0308444;REFB=0;REVB=-0.0149392;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191816;OID=.;OPOS=62491170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr8 62491628 . A G 42.37 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0200771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.378;QD=8.06979;RBI=0.0485327;REFB=-0.0236022;REVB=-0.0441852;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162774;STB=0.599733;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0454958;OID=.;OPOS=62491628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:10:4:3:4:10:4 chr8 62491943 . G A 268.61 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0969448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.112;QD=48.8386;RBI=0.0974124;REFB=-0.0363717;REVB=0.00953303;RO=1;SAF=6;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00806684;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:22:1:0:21:22:1:15:6:1:0:15:7:0:0 chr8 62491985 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6715;QD=49.599;RBI=0.0472257;REFB=0;REVB=-0.0438772;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201201;OID=.;OPOS=62491985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr8 62544428 . G T 1513.07 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.545;QD=59.9235;RBI=0.0282204;REFB=0;REVB=-0.00949074;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25347e-05;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:97:101:1:52:45:0:0:52:49:0:0 chr8 62550936 . A C 50.5 PASS AF=0.583333;AO=3;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0591446;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=266.49;QD=16.8318;RBI=0.0594108;REFB=-0.0190681;REVB=0.00561777;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.650752;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00428738;OID=.;OPOS=62550936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:12:0:5:3:7:0.583333:3:0:0:0:4:3:4:1 chr8 62595068 . C T 785.46 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.719;QD=64.1195;RBI=0.0152076;REFB=0;REVB=-0.0111883;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62e-06;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:29:18:0:0:30:19:0:0 chr8 63161612 . C G 339.84 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0107755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6745;QD=29.5514;RBI=0.0630383;REFB=-0.0252187;REVB=-0.0621105;RO=17;SAF=21;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231495;STB=0.627814;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0177263;OID=.;OPOS=63161612;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:8:21:7:10:8:21:7:10 chr8 63659610 . G A 2385.93 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.377;QD=61.1776;RBI=0.0427264;REFB=0;REVB=0.0426813;RO=0;SAF=67;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8019e-05;OID=.;OPOS=63659610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:89:67:0:0:89:67:0:0 chr8 63902715 . T G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00282016;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=263.062;QD=16.8984;RBI=0.00766164;REFB=-0.01986;REVB=-0.00712373;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109203;STB=0.578793;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0163907;OID=.;OPOS=63902715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:6:9:10:10:0.526316:5:5:2:4:5:5:3:6 chr8 63942717 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0208701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.285;QD=10.9406;RBI=0.0282426;REFB=-0.00932829;REVB=0.0190285;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969096;STB=0.558174;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0168208;OID=.;OPOS=63942717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:9:11:7:4:9:11 chr8 63942733 . T C 96.39 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00773849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.645;QD=12.4375;RBI=0.0104573;REFB=-0.0110829;REVB=-0.00703352;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176841;STB=0.590753;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0278107;OID=.;OPOS=63942733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:8:4:9:9:8:4:9:10 chr8 63951237 . C T 433.28 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0248206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.123;QD=18.0534;RBI=0.0248388;REFB=-0.000354841;REVB=0.00095026;RO=50;SAF=19;SAR=25;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906709;STB=0.53702;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000633618;OID=.;OPOS=63951237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:52:44:44:0.458333:25:19:17:33:25:19:19:33 chr8 63951312 . A G 234.89 PASS AF=0.48;AO=22;DP=48;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0386964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.624;QD=18.7909;RBI=0.0467984;REFB=-0.0433457;REVB=-0.0263188;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754884;STB=0.52379;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0347843;OID=.;OPOS=63951312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:25:26:22:24:0.48:14:8:11:14:14:10:12:14 chr8 63978658 . TAAAAAAAAT TAAAAAAAT,TAAAAAAATA 213.05 PASS AF=1,0;AO=22,2;DP=35;FAO=34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171469,-0.0225498;FXX=0.0285633;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=8.80798,8.88685;QD=25.0643;RBI=0.194243,0.0313556;REFB=-0.057511,-0.0728198;REVB=-0.0912619,-0.0217873;RO=3;SAF=11,2;SAR=11,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0368142,0.666583;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0118384,0.0332595;OID=.,.;OPOS=63978659,63978666;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=TAAAAAAAT,TAAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:22,2:35:34,0:34:0:17,0:17,0:0:0:4:3:11,2:11,0:1:2 chr8 64098729 . A AG 1585.29 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221132;FXX=0.009999;HRUN=0;LEN=1;MLLD=272.502;QD=64.0523;RBI=0.0345038;REFB=0;REVB=0.0264862;RO=0;SAF=35;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.68906e-05;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:99:100:99:99:0:35:64:0:0:8:0:35:64:0:0 chr8 64147448 . C T 783.92 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=378.119;QD=55.0118;RBI=0.0132246;REFB=0.142311;REVB=0.00826583;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000125429;OID=.;OPOS=64147448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:0:1:55:56:0.982456:24:31:0:0:25:31:1:0 chr8 65290650 . C T 797.95 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.466;QD=63.8359;RBI=0.0674445;REFB=0;REVB=0.0610901;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252666;OID=.;OPOS=65290650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:24:22:0:0:28:22:0:0 chr8 65488962 . G A 1428.5 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000323543;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.31;QD=60.7871;RBI=0.0163879;REFB=-0.0944612;REVB=0.0163847;RO=0;SAF=64;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504896;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000395854;OID=.;OPOS=65488962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:94:0:2:92:92:0.978723:28:64:0:0:28:64:1:1 chr8 66439790 . A C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0205921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.298;QD=17.9406;RBI=0.025321;REFB=-0.010315;REVB=0.014735;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018094;STB=0.510298;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0216623;OID=.;OPOS=66439790;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:10:12:10:9:10:12 chr8 66515783 . G A 260.92 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0468194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7283;QD=16.8333;RBI=0.0473523;REFB=-0.00822847;REVB=-0.00708396;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194463;STB=0.510925;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0241538;OID=.;OPOS=66515783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:17:12:13:20:17:12:13:20 chr8 66516490 . C T 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00898449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5229;QD=14.1954;RBI=0.0184872;REFB=0.0083455;REVB=0.0161572;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282975;STB=0.522949;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0114359;OID=.;OPOS=66516490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:15:8:10:21:15:8:10:22 chr8 66517485 . A AT 41.18 PASS AF=0.229508;AO=9;DP=88;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00155818;FXX=0.290664;HRUN=0;LEN=1;MLLD=49.3326;QD=2.70053;RBI=0.0287226;REFB=-0.0166361;REVB=-0.0286803;RO=76;SAF=1;SAR=8;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.591164;STB=0.921133;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.210267;OID=.;OPOS=66517486;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229508:9:88:14:61:47:1:13:28:19:41:76:1:8:50:26 chr8 66517486 . C T 280.61 PASS AF=0.397727;AO=33;DP=89;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0309028;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5196;QD=12.7552;RBI=0.10652;REFB=-0.0407991;REVB=-0.101939;RO=50;SAF=22;SAR=11;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163131;STB=0.562548;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.051631;OID=.;OPOS=66517486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:50:53:33:35:0.397727:11:22:26:24:13:22:28:25 chr8 66525548 . T C 351.18 PASS AF=0.583333;AO=30;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0169121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.562;QD=23.4119;RBI=0.02973;REFB=-0.0110582;REVB=0.024451;RO=21;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400491;STB=0.524071;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00658252;OID=.;OPOS=66525548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:25:30:35:0.583333:13:17:13:8:16:19:15:10 chr8 67089425 . T G 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00883456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.416;QD=24.4133;RBI=0.0188659;REFB=-0.0126761;REVB=-0.0166696;RO=5;SAF=10;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153281;STB=0.588052;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00765662;OID=.;OPOS=67089425;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:1:10:4:1:1:10:4:1 chr8 67341378 . G A 977.67 PASS AF=0.510638;AO=91;DP=184;FAO=96;FDP=188;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=67;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=0.0109553;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.02;QD=20.8015;RBI=0.0217926;REFB=-0.042342;REVB=0.0188387;RO=93;SAF=29;SAR=62;SRF=32;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265503;STB=0.525992;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0342773;OID=.;OPOS=67341378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:188:93:92:91:96:0.510638:62:29:32:61:67:29:32:60 chr8 67342077 . G A 130.68 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00606209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.154;QD=13.7555;RBI=0.0238222;REFB=-0.00703903;REVB=-0.023038;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257187;STB=0.649291;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0148352;OID=.;OPOS=67342077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:15:8:9:6:15:8 chr8 67380528 . T C 1435.38 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2426;QD=62.4079;RBI=0.0115246;REFB=0;REVB=0.0104313;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016469;OID=.;OPOS=67380528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:92:0:0:88:92:1:48:40:0:0:51:41:0:0 chr8 68494981 . C CATT 697.48 PASS AF=0.496403;AO=67;DP=139;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=51;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00493583;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=274.764;QD=20.0714;RBI=0.00732451;REFB=-0.0180977;REVB=-0.00541166;RO=70;SAF=18;SAR=49;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198062;STB=0.614127;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.0169345;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.496403:67:139:69:139:70:18:51:32:38:99:70:18:49:32:38 chr8 68864728 . G A 1822.68 PASS AF=0.991597;AO=97;DP=117;FAO=118;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0885788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.034;QD=61.2666;RBI=0.102914;REFB=0;REVB=0.0523928;RO=0;SAF=35;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822944;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:117:119:0:0:97:118:0.991597:62:35:0:0:70:48:0:0 chr8 68993013 . AT GC 998.25 PASS AF=0.985507;AO=64;DP=66;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297627;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.501;QD=57.8696;RBI=0.066861;REFB=-0.104711;REVB=0.0598714;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154834;STB=0.50746;STBP=0.326;TYPE=mnp;VARB=0.00588238;OID=.;OPOS=68993013;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:69:1:1:64:68:0.985507:30:34:0:1:33:35:0:1 chr8 69009268 . C T 2056.55 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00533226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.164;QD=62.3197;RBI=0.00587925;REFB=0;REVB=0.00247641;RO=0;SAF=59;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93641e-05;OID=.;OPOS=69009268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:131:132:1:72:59:0:0:72:60:0:0 chr8 69012364 . G A 1677.5 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.116;QD=60.4504;RBI=0.0136385;REFB=0;REVB=-0.00503113;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27778e-05;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:53:57:0:0:54:57:0:0 chr8 69020496 . T C 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0157;QD=60.0289;RBI=0.0274937;REFB=0;REVB=0.0174073;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4092e-05;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:47:25:0:0:47:25:0:0 chr8 69434195 . T C 279.57 PASS AF=0.424658;AO=21;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0556662;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.478;QD=15.319;RBI=0.0557436;REFB=-0.0305591;REVB=-0.00293626;RO=41;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305867;STB=0.551628;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0439175;OID=.;OPOS=69434195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:42:21:31:0.424658:8:13:14:27:18:13:14:28 chr8 69699756 . G A 305.19 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0859095;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.238;QD=14.8872;RBI=0.0859819;REFB=-0.00584115;REVB=-0.00352781;RO=48;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134701;STB=0.576324;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0131991;OID=.;OPOS=69699756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:48:48:34:34:0.414634:14:20:22:26:14:20:22:26 chr8 70072423 . G A 449.76 PASS AF=0.454545;AO=48;DP=109;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0153693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.787;QD=16.3548;RBI=0.0272246;REFB=-0.0202361;REVB=-0.0224714;RO=59;SAF=15;SAR=33;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671696;STB=0.538571;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0307873;OID=.;OPOS=70072423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:59:60:48:50:0.454545:33:15:22:37:34:16:23:37 chr8 70571313 . G A 625.42 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652953;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5015;QD=62.5424;RBI=0.0701828;REFB=0;REVB=0.0257324;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00521773;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr8 70571531 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.359;QD=58.4196;RBI=0.0339858;REFB=0;REVB=-0.0315939;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19656e-05;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr8 70573004 . G A 1202.26 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.536;QD=60.1128;RBI=0.0483714;REFB=0;REVB=0.0461441;RO=1;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379913;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:1:0:79:80:1:43:36:0:1:44:36:0:0 chr8 70584628 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3909;QD=60.978;RBI=0.0195523;REFB=0;REVB=-0.0166164;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103233;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr8 70602259 . T C 56.26 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00284541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.5;QD=11.2517;RBI=0.072727;REFB=-0.00281886;REVB=-0.0726713;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00902362;OID=.;OPOS=70602259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:7:5:3:5:7:5 chr8 70602299 . A G 1243.06 PASS AF=0.837607;AO=79;DP=119;FAO=98;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0115148;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0505;QD=42.4977;RBI=0.0180929;REFB=-0.00332895;REVB=0.0139556;RO=17;SAF=37;SAR=42;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398981;STB=0.521554;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0164137;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:119:117:17:19:79:98:0.837607:42:37:10:7:59:39:10:9 chr8 70602341 . A G 5367.91 PASS AF=0.959569;AO=354;DP=371;FAO=356;FDP=371;FR=.;FRO=15;FSAF=174;FSAR=182;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00513385;FXX=0.0026881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.897;QD=57.875;RBI=0.0215613;REFB=-0.0322327;REVB=0.0209412;RO=14;SAF=173;SAR=181;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00599939;STB=0.504499;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=5.79041e-05;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:371:371:14:15:354:356:0.959569:181:173:8:6:182:174:9:6 chr8 70602526 . A G 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00252392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.623;QD=13.6198;RBI=0.00654517;REFB=0.0167516;REVB=0.00603896;RO=38;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129722;STB=0.574409;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00903093;OID=.;OPOS=70602526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:18:8:16:22:18:8:16:22 chr8 70602529 . A G 125.95 PASS AF=0.303571;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0168768;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.814;QD=8.99616;RBI=0.0352174;REFB=-0.0103562;REVB=-0.0309102;RO=39;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074463;STB=0.517221;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0156161;OID=.;OPOS=70602529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:16:17:0.303571:10:6:17:22:10:7:17:22 chr8 70602538 . T A 201.62 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00683773;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.777;QD=20.1622;RBI=0.0221097;REFB=-0.0195333;REVB=-0.0210258;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901606;STB=0.550969;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0169533;OID=.;OPOS=70602538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:20:20:20:0.5:12:8:10:10:12:8:10:10 chr8 70612637 . C A 246.7 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0153523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.353;QD=15.9161;RBI=0.0194026;REFB=-0.00921862;REVB=-0.0118646;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068273;STB=0.539506;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0159755;OID=.;OPOS=70612637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:34:28:28:0.451613:16:12:16:16:16:12:17:17 chr8 70612692 . G A 97.16 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0701209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2766;QD=12.9546;RBI=0.074974;REFB=-0.0210731;REVB=0.0265362;RO=18;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379842;STB=0.732835;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0364039;OID=.;OPOS=70612692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:11:1:5:13:11:1:5:13 chr8 70744812 . G A 273.28 PASS AF=0.430769;AO=22;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0173145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.9737;QD=16.817;RBI=0.0826511;REFB=-0.0658065;REVB=-0.0808171;RO=25;SAF=20;SAR=2;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556749;STB=0.694298;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0599067;OID=.;OPOS=70744812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:30:22:28:0.430769:2:20:12:13:7:21:12:18 chr8 70964399 . A G 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0336164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.304;QD=20.2743;RBI=0.0472999;REFB=-0.0292687;REVB=-0.033275;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197085;STB=0.511101;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0270165;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:12:12:12:11:12:12 chr8 70967607 . T C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0867691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.451;QD=15.5718;RBI=0.103819;REFB=0.0311957;REVB=-0.0570052;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126336;STB=0.573634;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0302015;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:6:6:4:7:6:6 chr8 70978690 . C T 266.31 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0173838;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.4543;QD=18.0545;RBI=0.027093;REFB=0.00608354;REVB=0.0207807;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166835;STB=0.593216;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0104455;OID=.;OPOS=70978690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:30:29:29:0.491525:16:13:19:11:16:13:19:11 chr8 71486568 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.181;QD=45.8062;RBI=0.0410246;REFB=0;REVB=0.0161546;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409294;OID=.;OPOS=71486568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr8 71575184 . A G 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4687;QD=45.7988;RBI=0.123756;REFB=0;REVB=-0.123727;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00540094;OID=.;OPOS=71575184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr8 72111599 . A G 1125.11 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.502;QD=60.0061;RBI=0.0306454;REFB=0;REVB=0.023155;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114106;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:36:37:0:0:37:38:0:0 chr8 72129009 . G A 183.66 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0419157;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0243;QD=9.6664;RBI=0.042368;REFB=-0.0141819;REVB=-0.0061743;RO=50;SAF=9;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123955;STB=0.561173;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0237499;OID=.;OPOS=72129009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:50:52:24:24:0.315789:15:9:24:26:15:9:24:28 chr8 72211295 . T C 1309.65 PASS AF=0.507692;AO=119;DP=248;FAO=132;FDP=260;FR=.;FRO=128;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=58;FSRR=70;FWDB=0.0349223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.714;QD=20.1485;RBI=0.0349224;REFB=-0.0221016;REVB=-5.25037e-05;RO=127;SAF=51;SAR=68;SRF=57;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193226;STB=0.515644;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.022437;OID=.;OPOS=72211295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:260:127:128:119:132:0.507692:68:51:57:70:68:64:58:70 chr8 72246578 . A G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.012107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.556;QD=22.3411;RBI=0.01213;REFB=0.00317021;REVB=0.000747765;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352736;STB=0.696464;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00294694;OID=.;OPOS=72246578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:7:11:2:12:7:11:2:12 chr8 72914433 . CTTTT CTTTC,CTTTCT,CT,CTT,TCTTT 86.05 PASS AF=0.117647,0.352941,0.117647,0.117647,0.117647;AO=3,4,2,2,2;DP=19;FAO=2,6,2,2,2;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=0,2,2,1,0;FSAR=2,4,0,1,2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00872005,0.00838156,0.0433622,0.0635701,0.05077;FXX=0.0555247;HRUN=16,0,16,16,1;LEN=1,1,3,2,2;MLLD=158.306,157.114,19.0382,15.9794,14.7466;QD=20.2482;RBI=0.066662,0.0763341,0.0963599,0.122322,0.103954;REFB=-0.00288426,-0.00151201,-0.0505125,-0.0695431,-0.100991;REVB=-0.0660892,-0.0758726,-0.086052,-0.104506,-0.0907124;RO=2;SAF=1,1,2,1,0;SAR=2,3,0,1,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.111102,-0.161039,0.639851,0,-0.639851;STB=0.993997,0.614989,0.991947,0.599037,0.993997;STBP=0.169,0.462,0.367,0.777,0.169;TYPE=snp,ins,del,del,mnp;VARB=-0.0105309,0.00293205,0.0631232,0.147931,0.138181;OID=.,.,.,.,.;OPOS=72914437,72914437,72914434,72914434,72914433;OREF=T,-,TTT,TT,CT;OALT=C,C,-,-,TC;OMAPALT=CTTTC,CTTTCT,CT,CTT,TCTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/5:16:19:17:2:3:3,4,2,2,2:2,6,2,2,2:0.117647,0.352941,0.117647,0.117647,0.117647:2,3,0,1,2:1,1,2,1,0:1:1:2,4,0,1,2:0,2,2,1,0:2:1 chr8 72935000 . C A,CTAA 223.75 PASS AF=0.0416667,0.347222;AO=3,25;DP=72;FAO=3,25;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=3,17;FSAR=0,8;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0147484,-0.0028862;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=113.048,233.678;QD=12.4303;RBI=0.0449021,0.0202188;REFB=-0.00463429,-0.00584623;REVB=-0.0424109,-0.0200117;RO=39;SAF=3,17;SAR=0,8;SRF=20;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.503478,0.187161;STB=0.996474,0.620339;STBP=0.092,0.138;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0194506,0.0177025;OID=.,.;OPOS=72935000,72935001;OREF=C,-;OALT=A,TAA;OMAPALT=A,CTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:72:72:39:44:3,25:3,25:0.0416667,0.347222:0,8:3,17:20:19:0,8:3,17:22:22 chr8 72935008 . C T 473.23 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0183009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.16;QD=23.961;RBI=0.0219029;REFB=-0.0185307;REVB=0.012034;RO=34;SAF=22;SAR=23;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10085;STB=0.555282;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00935012;OID=.;OPOS=72935008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:23:22:21:13:23:22:21:13 chr8 72935039 . C T 485.22 PASS AF=0.520833;AO=47;DP=93;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00597561;FXX=0.0495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.654;QD=20.2173;RBI=0.012959;REFB=-0.00621179;REVB=-0.011499;RO=44;SAF=25;SAR=22;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520526;STB=0.522718;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00518115;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:44:46:47:50:0.520833:22:25:26:18:23:27:27:19 chr8 72935045 . G C 1497.3 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168338;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5657;QD=59.8919;RBI=0.0406499;REFB=0;REVB=0.0370005;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038166;OID=.;OPOS=72935045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:99:100:1:45:54:0:0:46:54:0:0 chr8 72936145 . T C 287.08 PASS AF=0.375;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00334692;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.195;QD=13.0489;RBI=0.04511;REFB=-0.0215343;REVB=0.0449856;RO=55;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478328;STB=0.527347;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0392121;OID=.;OPOS=72936145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:55:55:33:33:0.375:19:14:21:34:19:14:21:34 chr8 72942210 . G T 763.87 PASS AF=1;AO=41;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5349;QD=63.656;RBI=0.0505056;REFB=0;REVB=0.0112243;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036029;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:41:48:1:13:28:0:0:19:29:0:0 chr8 72966002 . G A 1046.5 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6969;QD=58.139;RBI=0.0983524;REFB=0.00307518;REVB=-0.0931883;RO=1;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103923;STB=0.505493;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0003336;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:45:25:0:1:45:26:0:1 chr8 72975801 . T G 1023.47 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0181009;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=301.503;QD=56.0806;RBI=0.0207418;REFB=-0.123344;REVB=-0.0101281;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137031;STB=0.50058;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000271758;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:70:71:0.972603:34:36:0:1:34:37:1:1 chr8 72981327 . A G 2322.19 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321828;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.807;QD=64.0605;RBI=0.00700387;REFB=0;REVB=0.00622068;RO=0;SAF=50;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43672e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154297;OID=.;OPOS=72981327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:95:50:0:0:95:50:0:0 chr8 72984041 . C G 399.95 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0564079;FXX=0.0458673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8434;QD=15.3825;RBI=0.0573291;REFB=0.00559118;REVB=-0.010236;RO=52;SAF=28;SAR=17;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227761;STB=0.640074;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00743357;OID=.;OPOS=72984041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:104:52:59:45:45:0.432692:17:28:20:32:17:28:22:37 chr8 72987638 . G A 383.72 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0170999;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.301;QD=19.9335;RBI=0.0172296;REFB=-0.0352065;REVB=-0.00211029;RO=37;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024368;STB=0.51967;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0324164;OID=.;OPOS=72987638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:38:39:39:0.506494:19:20:20:17:19:20:21:17 chr8 74169337 . T C 1268.06 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3852;QD=60.3838;RBI=0.034855;REFB=-0.08999;REVB=-0.0308514;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116936;STB=0.506171;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00135459;OID=.;OPOS=74169337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:43:40:1:0:43:40:1:0 chr8 74234185 . G A 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0291223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.72;QD=16.2719;RBI=0.0313781;REFB=-0.0214291;REVB=0.0116824;RO=39;SAF=10;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157256;STB=0.588852;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0172801;OID=.;OPOS=74234185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:22:10:18:21:22:10:18:21 chr8 74234193 . G A 387.68 PASS AF=0.637931;AO=28;DP=63;FAO=37;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0863424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.326;QD=26.7364;RBI=0.109047;REFB=-0.0465359;REVB=0.0666051;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191975;STB=0.503729;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0279287;OID=.;OPOS=74234193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:58:26:21:28:37:0.637931:11:17:10:16:19:18:10:11 chr8 74527996 . C T 464.43 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.817;QD=58.0532;RBI=0.0288995;REFB=0;REVB=0.0228489;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152461;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr8 74581288 . AGA AGAG,GAG 1388.63 PASS AF=0.989011,0;AO=81,8;DP=92;FAO=90,0;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=40,0;FSAR=50,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0391829,0.00648933;FXX=0.0108684;HRUN=0,4;LEN=1,3;MLLD=221.062,201.09;QD=61.0386;RBI=0.0484319,0.0365327;REFB=-0.0845805,0.0664578;REVB=0.0284666,0.0359517;RO=1;SAF=31,8;SAR=50,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00937721,0.803989;STB=0.504949,0.5;STBP=0.516,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000855661,0;OID=.,.;OPOS=74581291,74581288;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:1:1:81,8:90,0:0.989011,0:50,0:31,8:0:1:50,0:40,0:0:1 chr8 74917084 . A G 1433.68 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9115;QD=63.0187;RBI=0.0698925;REFB=0;REVB=-0.0684368;RO=1;SAF=34;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000587455;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:1:0:90:91:1:56:34:1:0:56:35:0:0 chr8 75262798 . G C 1287.68 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299766;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0613;QD=62.0569;RBI=0.0419158;REFB=0;REVB=0.0292975;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45383e-06;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr8 75274141 . T G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.601;QD=59.8394;RBI=0.0142293;REFB=0;REVB=-0.00134205;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99975e-05;OID=.;OPOS=75274141;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr8 75460784 . T TG 1676.24 PASS AF=0.986667;AO=126;DP=222;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.038578;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.5638;QD=44.6996;RBI=0.0397171;REFB=-0.0151614;REVB=0.00944347;RO=78;SAF=63;SAR=63;SRF=74;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32049;STB=0.500729;STBP=0.869;TYPE=ins;VARB=-0.000107346;OID=.;OPOS=75460785;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.986667:126:222:148:150:2:82:66:1:1:18:78:63:63:74:4 chr8 75460789 . A AG 1316.37 PASS AF=1;AO=124;DP=149;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116336;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.4229;QD=37.0807;RBI=0.123915;REFB=0.00979715;REVB=-0.042671;RO=22;SAF=69;SAR=55;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00993472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00143309;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:124:149:142:142:0:78:64:0:0:23:22:69:55:13:9 chr8 75614617 . A G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5793;QD=57.3827;RBI=0.0460236;REFB=0;REVB=0.0457426;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055646;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr8 75664694 . CA C 1304.82 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.646;QD=60.6891;RBI=0.0705176;REFB=0;REVB=0.0486407;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000406168;OID=.;OPOS=75664695;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:81:86:86:0:49:37:0:0:7:0:44:35:0:0 chr8 76452313 . G A 459.31 PASS AF=0.494624;AO=41;DP=88;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0269902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0015;QD=19.7552;RBI=0.0608077;REFB=-0.02035;REVB=0.0544895;RO=47;SAF=21;SAR=20;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123396;STB=0.537679;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0239052;OID=.;OPOS=76452313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:47:47:41:46:0.494624:20:21:18:29:25:21:18:29 chr8 76468282 . G A 1550.28 PASS AF=0.580247;AO=140;DP=243;FAO=141;FDP=243;FR=.;FRO=102;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=65;FSRR=37;FWDB=-0.0820318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4581;QD=25.519;RBI=0.0820943;REFB=-0.0283128;REVB=0.00320322;RO=98;SAF=68;SAR=72;SRF=62;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111522;STB=0.564829;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0188136;OID=.;OPOS=76468282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:98:102:140:141:0.580247:72:68:62:36:73:68:65:37 chr8 76476396 . G A 257.24 PASS AF=0.304348;AO=35;DP=113;FAO=35;FDP=115;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.016853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.765;QD=8.94748;RBI=0.0811198;REFB=2.47941e-06;REVB=-0.0793498;RO=78;SAF=7;SAR=28;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29991;STB=0.672304;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00112221;OID=.;OPOS=76476396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:78:80:35:35:0.304348:28:7:32:46:28:7:32:48 chr8 76476457 . G A 251.48 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.0222619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.791;QD=10.2646;RBI=0.026192;REFB=-0.00373423;REVB=0.0137995;RO=67;SAF=7;SAR=24;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228085;STB=0.635029;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00658882;OID=.;OPOS=76476457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:67:31:31:0.316327:24:7:26:41:24:7:26:41 chr8 76478768 . C T 2595.47 PASS AF=0.467014;AO=266;DP=575;FAO=269;FDP=576;FR=.;FRO=307;FSAF=102;FSAR=167;FSRF=127;FSRR=180;FWDB=-0.0129078;FXX=0.00689643;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.814;QD=18.0241;RBI=0.0136184;REFB=-0.0130445;REVB=-0.00434161;RO=303;SAF=100;SAR=166;SRF=122;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273172;STB=0.519343;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0136429;OID=.;OPOS=76478768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:575:576:303:307:266:269:0.467014:166:100:122:181:167:102:127:180 chr8 77048621 . C A 902.71 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.427;QD=58.2396;RBI=0.0125474;REFB=0;REVB=-0.0100164;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64334e-06;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:31:31:0:0 chr8 77690563 . T C 613.2 PASS AF=0.420732;AO=69;DP=164;FAO=69;FDP=164;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.00628135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.661;QD=14.9561;RBI=0.0110942;REFB=-0.01453;REVB=-0.00914478;RO=95;SAF=30;SAR=39;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733486;STB=0.541077;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0236908;OID=.;OPOS=77690563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:95:95:69:69:0.420732:39:30:48:47:39:30:48:47 chr8 77745635 . G A 491.72 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0490948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.536;QD=18.2117;RBI=0.0536572;REFB=-0.00582473;REVB=-0.0216516;RO=54;SAF=28;SAR=25;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126645;STB=0.565042;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00293601;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:54:55:53:53:0.490741:25:28:21:33:25:28:22:33 chr8 77754957 . A T 661.75 PASS AF=0.468531;AO=67;DP=143;FAO=67;FDP=143;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0138334;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9799;QD=18.5104;RBI=0.0229103;REFB=-0.0163862;REVB=0.0182624;RO=76;SAF=34;SAR=33;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032362;STB=0.517941;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0178309;OID=.;OPOS=77754957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:76:76:67:67:0.468531:33:34:36:40:33:34:36:40 chr8 77768390 . T G 650.04 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00395358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.324;QD=18.7062;RBI=0.00442305;REFB=-0.0157638;REVB=0.00198308;RO=73;SAF=23;SAR=43;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117298;STB=0.565117;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0139379;OID=.;OPOS=77768390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:73:73:66:66:0.47482:43:23:34:39:43:23:34:39 chr8 77778119 . G T 393.4 PASS AF=0.477273;AO=29;DP=87;FAO=42;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0239985;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.579;QD=17.8816;RBI=0.0245668;REFB=-0.00548374;REVB=0.00525324;RO=47;SAF=8;SAR=21;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158031;STB=0.57617;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0101968;OID=.;OPOS=77778119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:47:46:29:42:0.477273:21:8:19:28:30:12:19:27 chr8 77778999 . CAT C 311.45 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0103081;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=2;MLLD=304.592;QD=21.4796;RBI=0.0135985;REFB=0.0034253;REVB=0.00886928;RO=27;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976323;STB=0.562461;STBP=0.327;TYPE=del;VARB=-0.00209655;OID=.;OPOS=77779000;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.551724:32:59:32:58:26:18:14:11:15:99:27:18:14:12:15 chr8 77895865 . A G 635.93 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742227;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.625;QD=62.042;RBI=0.0314737;REFB=0;REVB=0.030586;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22742e-05;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr8 77912148 . G A 502.5 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.077117;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3827;QD=18.611;RBI=0.0789375;REFB=-0.000663307;REVB=-0.0168552;RO=56;SAF=16;SAR=37;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130734;STB=0.566523;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.000284793;OID=.;OPOS=77912148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:56:55:53:53:0.490741:37:16:24:32:37:16:23:32 chr8 77912230 . G T 114.46 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0221007;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.456;QD=9.74113;RBI=0.0221156;REFB=-0.0127885;REVB=-0.000809517;RO=33;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304806;STB=0.518369;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0339852;OID=.;OPOS=77912230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:33:33:14:14:0.297872:9:5:11:22:9:5:11:22 chr8 79610710 . A G 801.79 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407638;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.858;QD=57.2705;RBI=0.0485814;REFB=0;REVB=0.0264284;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70456e-05;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:31:25:0:0 chr8 80678427 . T C 1084.12 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9198;QD=58.6013;RBI=0.0334981;REFB=-0.0025862;REVB=-0.0255322;RO=1;SAF=30;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155053;STB=0.508195;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=1.45629e-05;OID=.;OPOS=80678427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:43:30:1:0:43:30:1:0 chr8 81116920 . G C 1252.21 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9903;QD=61.0835;RBI=0.0458889;REFB=0;REVB=0.0402508;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134706;OID=.;OPOS=81116920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:79:82:1:45:34:0:0:48:34:0:0 chr8 81399047 . TGTC T 63.71 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0412767;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.325;QD=23.1665;RBI=0.043837;REFB=-0.00550257;REVB=0.0147619;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21311;STB=0.631225;STBP=0.277;TYPE=del;VARB=0.000863364;OID=.;OPOS=81399048;OREF=GTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:7:11:8:11:3:6:2:1:2:16:3:5:2:1:2 chr8 81905397 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.492;QD=62.3509;RBI=0.0476513;REFB=0;REVB=0.0112466;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278578;OID=.;OPOS=81905397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr8 82196105 . C T 33.99 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=44;FWDB=0.0649002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.322;QD=2.51757;RBI=0.0661985;REFB=-0.00150348;REVB=-0.0130464;RO=45;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.704678;STB=0.899055;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0929149;OID=.;OPOS=82196105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:53:54:45:47:7:7:0.12963:3:4:2:43:3:4:3:44 chr8 82355621 . A G 118.89 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0333881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0237;QD=13.2098;RBI=0.0462575;REFB=-0.00997836;REVB=-0.0320156;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980542;STB=0.543937;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0133065;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:6:8:10:11:6:8:11:11 chr8 82357112 . T C 853.05 PASS AF=0.480663;AO=87;DP=181;FAO=87;FDP=181;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=70;FWDB=0.0140407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.992;QD=18.8519;RBI=0.0143275;REFB=-0.0097174;REVB=-0.00285262;RO=93;SAF=40;SAR=47;SRF=24;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194508;STB=0.608718;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0101733;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:93:94:87:87:0.480663:47:40:24:69:47:40:24:70 chr8 82606416 . T C 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.020278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.717;QD=17.0333;RBI=0.0289528;REFB=-0.0146851;REVB=0.0206656;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291139;STB=0.666481;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0168493;OID=.;OPOS=82606416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:12:6:14:8:12:6:14:8 chr8 82606782 . A G 153.53 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0119239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5814;QD=14.2819;RBI=0.0581505;REFB=-0.0155441;REVB=0.0569148;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122584;STB=0.587049;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.045912;OID=.;OPOS=82606782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:12:5:10:15:12:5:11:15 chr8 82607068 . C G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.102653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8583;QD=14.0438;RBI=0.10801;REFB=0.00377448;REVB=0.0335935;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0105281;OID=.;OPOS=82607068;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr8 82607752 . G C 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0123022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2868;QD=18.3002;RBI=0.0273612;REFB=0.0110559;REVB=-0.0244396;RO=23;SAF=17;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32217;STB=0.686651;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0142376;OID=.;OPOS=82607752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:3:17:14:9:3:17:14:9 chr8 82607949 . A ATGGT 189.79 PASS AF=0.513514;AO=17;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00182759;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=325.006;QD=20.5179;RBI=0.00456061;REFB=-0.00458446;REVB=0.0041784;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18715;STB=0.622621;STBP=0.155;TYPE=ins;VARB=0.00358889;OID=.;OPOS=82607950;OREF=-;OALT=TGGT;OMAPALT=ATGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513514:17:37:19:37:18:6:13:10:8:99:18:6:11:10:8 chr8 82608238 . A T 438.13 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0327315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0153;QD=19.0492;RBI=0.0367761;REFB=-0.000217771;REVB=0.0167669;RO=48;SAF=25;SAR=19;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448851;STB=0.524989;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000963569;OID=.;OPOS=82608238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:19:25:25:23:19:25:25:23 chr8 85833168 . A G 214.92 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0469531;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0778;QD=20.4686;RBI=0.056549;REFB=-0.00621455;REVB=-0.0315149;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434181;STB=0.524452;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00113496;OID=.;OPOS=85833168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:13:8:9:12:13:8 chr8 85833437 . GAA GA,GAG 446.18 PASS AF=0.310811,0.418919;AO=14,31;DP=68;FAO=23,31;FDP=74;FR=.;FRO=20;FSAF=0,13;FSAR=23,18;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0694929,-0.00779162;FXX=0.0263123;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=14.8677,203.102;QD=24.1175;RBI=0.0769398,0.0400012;REFB=-0.166667,-0.0381875;REVB=0.0330222,-0.039235;RO=20;SAF=0,13;SAR=14,18;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.816214,-0.093947;STB=0.999352,0.551691;STBP=0,0.374;TYPE=del,snp;VARB=0.131449,0.0539139;OID=.,.;OPOS=85833438,85833439;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.310811,0.418919:14,31:68:23,31:74:20:0,13:23,18:11:9:99:20:0,13:14,18:11:9 chr8 86057894 . GTATT G 276.99 PASS AF=0.449275;AO=29;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.000665044;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=4;MLLD=256.66;QD=16.0576;RBI=0.0268464;REFB=-0.00694309;REVB=0.0268382;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743881;STB=0.508881;STBP=0.891;TYPE=del;VARB=0.00985179;OID=.;OPOS=86057895;OREF=TATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449275:29:70:31:69:38:15:16:19:19:99:32:14:15:18:14 chr8 86126827 . C CAACATT,T 1008.39 PASS AF=0.92,0.04;AO=66,3;DP=75;FAO=69,3;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=38,2;FSAR=31,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0198797,-0.0324761;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=263.597,67.4342;QD=53.781;RBI=0.022529,0.0334837;REFB=-0.0260329,0.00453847;REVB=0.0105996,-0.00815229;RO=3;SAF=37,2;SAR=29,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00884326,0;STB=0.504885,0.5;STBP=0.742,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00167632,0.0209967;OID=.,.;OPOS=86126828,86126827;OREF=-,C;OALT=AACATT,T;OMAPALT=CAACATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:3:66,3:69,3:0.92,0.04:29,1:37,2:2:1:31,1:38,2:2:1 chr8 86135008 . G A 943.82 PASS AF=0.473684;AO=99;DP=209;FAO=99;FDP=209;FR=.;FRO=110;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=34;FSRR=76;FWDB=0.00908294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.095;QD=18.0635;RBI=0.0107305;REFB=-0.0225178;REVB=-0.00571353;RO=109;SAF=44;SAR=55;SRF=34;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129862;STB=0.57329;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.027095;OID=.;OPOS=86135008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:109:110:99:99:0.473684:55:44:34:75:55:44:34:76 chr8 86351997 . G A 323.86 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.000899825;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.141;QD=16.3982;RBI=0.00840815;REFB=-0.00137165;REVB=0.00835987;RO=44;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425394;STB=0.523934;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00170807;OID=.;OPOS=86351997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:44:35:35:0.443038:16:19:22:22:16:19:22:22 chr8 86389403 . T C 694.68 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0162895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9022;QD=21.5405;RBI=0.0209433;REFB=0.00634896;REVB=-0.0131633;RO=61;SAF=39;SAR=29;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427603;STB=0.523483;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00574189;OID=.;OPOS=86389403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:61:61:68:68:0.527132:29:39:32:29:29:39:32:29 chr8 87076520 . C A 274.76 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0115377;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.476;QD=24.4232;RBI=0.0121;REFB=-0.0210936;REVB=0.00364563;RO=20;SAF=18;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195702;STB=0.609469;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0147707;OID=.;OPOS=87076520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:20:25:25:0.555556:7:18:10:10:7:18:10:10 chr8 87229702 . A G 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.143;QD=63.8678;RBI=0.0305441;REFB=0;REVB=0.0128042;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75925e-05;OID=.;OPOS=87229702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr8 87229739 . C T 912.3 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0447323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0638;QD=55.2907;RBI=0.0491926;REFB=-0.0704735;REVB=-0.0204681;RO=1;SAF=22;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209782;STB=0.505228;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00881166;OID=.;OPOS=87229739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:66:1:2:63:64:0.969697:41:22:1:0:42:22:1:1 chr8 87241847 . G A 1160.23 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000747705;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8843;QD=61.0647;RBI=0.0132672;REFB=0;REVB=-0.0132461;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.81676e-05;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr8 87474085 . A G 704.8 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0267393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0682;QD=58.7336;RBI=0.0465802;REFB=0.0378285;REVB=0.0381409;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.502761;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00625319;OID=.;OPOS=87474085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:46:46:0.958333:26:20:1:0:26:20:1:1 chr8 87479810 . C T 2268.53 PASS AF=0.986395;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00459326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9528;QD=61.7287;RBI=0.0750479;REFB=-0.0491631;REVB=-0.0749072;RO=0;SAF=74;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06798e-08;STB=0.507041;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000400917;OID=.;OPOS=87479810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:144:147:0:2:144:145:0.986395:70:74:0:0:70:75:0:2 chr8 87480890 . C T 1404.17 PASS AF=0.98913;AO=86;DP=86;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0325044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3505;QD=61.0507;RBI=0.0356119;REFB=-0.0634993;REVB=0.0145487;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00119602;OID=.;OPOS=87480890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:92:0:1:86:91:0.98913:41:45:0:0:46:45:1:0 chr8 87484669 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.183;QD=53.9109;RBI=0.0473319;REFB=0;REVB=0.032792;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690871;OID=.;OPOS=87484669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr8 87489562 . AACAC AAC,AACA,AACAA 1361.33 PASS AF=0.94382,0,0.0561798;AO=65,11,5;DP=90;FAO=84,0,5;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47,0,0;FSAR=37,0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122371,-5.81601e-06,-0.00847135;FXX=0.0111099;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=309.885,299.009,289.241;QD=61.1834;RBI=0.0128769,0.00344162,0.00890889;REFB=0,0,0;REVB=0.0040085,0.00344161,0.00275764;RO=0;SAF=29,10,0;SAR=36,1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00193315,0,0.0220482;OID=.,.,.;OPOS=87489563,87489566,87489566;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=AAC,AACA,AACAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.94382,0,0.0561798:65,11,5:90:84,0,5:89:0:47,0,0:37,0,5:0:0:15:0:29,10,0:36,1,5:0:0 chr8 87497176 . G A 666.02 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00173386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.38;QD=59.2013;RBI=0.00174555;REFB=-0.128647;REVB=0.000201648;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240734;STB=0.51219;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00713213;OID=.;OPOS=87497176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:43:44:0.977778:19:24:0:1:20:24:0:1 chr8 87656928 . CA AA,AC 34.83 PASS AF=0.12766,0;AO=5,12;DP=93;FAO=12,0;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0129048,-0.00196885;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=125.915,88.0725;QD=1.48195;RBI=0.0142621,0.0239212;REFB=-0.00742436,-0.0105767;REVB=0.00607256,-0.0238401;RO=69;SAF=0,0;SAR=5,12;SRF=36;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.538619,-0.706338;STB=0.894117,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.127606,0;OID=.,.;OPOS=87656928,87656928;OREF=C,CA;OALT=A,AC;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:93:94:69:82:5,12:12,0:0.12766,0:5,12:0,0:36:33:11,0:1,0:40:42 chr8 87666251 . T G 219.83 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00372952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.951;QD=11.8826;RBI=0.0385883;REFB=-0.000116507;REVB=0.0384076;RO=47;SAF=10;SAR=17;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134402;STB=0.577696;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000347156;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:17:10:23:24:17:10:23:24 chr8 87679303 . A C 1911.46 PASS AF=0.984496;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0334826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9992;QD=59.27;RBI=0.0337163;REFB=-0.0141049;REVB=-0.00396304;RO=1;SAF=46;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010217;STB=0.506172;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000150778;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:129:129:1:2:126:127:0.984496:80:46:1:0:80:47:0:2 chr8 88622043 . T G 342.9 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0160257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.883;QD=16.1364;RBI=0.0231285;REFB=-0.010017;REVB=0.0166764;RO=47;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782554;STB=0.538441;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0191263;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:37:37:0.435294:21:16:24:23:21:16:24:24 chr8 89081730 . T C 509.8 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=13;FSRR=44;FWDB=0.0784889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5575;QD=18.371;RBI=0.0876724;REFB=0.00220621;REVB=0.0390634;RO=55;SAF=13;SAR=41;SRF=13;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00547745;STB=0.508979;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.000937504;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:57:54:54:0.486486:41:13:13:42:41:13:13:44 chr8 90958422 . T C 1593.18 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195835;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.289;QD=60.12;RBI=0.025071;REFB=0;REVB=0.0156539;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04233e-05;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:60:45:0:0:60:46:0:0 chr8 90967711 . A G 1642.3 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728171;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.906;QD=59.7201;RBI=0.0728663;REFB=0;REVB=-0.0026782;RO=1;SAF=63;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206802;OID=.;OPOS=90967711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:1:0:109:110:1:46:63:1:0:46:64:0:0 chr8 90990479 . C G 2832.2 PASS AF=1;AO=179;DP=183;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450204;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5945;QD=62.59;RBI=0.0065503;REFB=0;REVB=-0.00475795;RO=0;SAF=72;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264013;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:181:0:0:179:181:1:107:72:0:0:109:72:0:0 chr8 90995019 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.493;QD=57.8848;RBI=0.0315058;REFB=0;REVB=0.00660045;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05849e-05;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr8 91031074 . G A 400.17 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0672001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3941;QD=53.3553;RBI=0.0672089;REFB=-0.105168;REVB=0.00108949;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00467405;OID=.;OPOS=91031074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:1:0:15:14:1:0 chr8 91940446 . C T 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0109389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.717;QD=12.2757;RBI=0.0109781;REFB=-0.00626028;REVB=-0.000927056;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063212;STB=0.503718;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00951091;OID=.;OPOS=91940446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:10:7:13:19:10:7:13:19 chr8 91971072 . A ATTCT 137.9 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=58;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0181802;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=4;MLLD=304.754;QD=10.2147;RBI=0.0212373;REFB=-0.0110043;REVB=0.0109774;RO=39;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167898;STB=0.591736;STBP=0.342;TYPE=ins;VARB=0.0201693;OID=.;OPOS=91971073;OREF=-;OALT=TTCT;OMAPALT=ATTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:17:58:18:54:36:10:8:15:21:99:39:9:8:15:24 chr8 91990893 . G A 270.59 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00258803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6621;QD=14.4316;RBI=0.0619483;REFB=0.0107493;REVB=-0.0618942;RO=44;SAF=7;SAR=24;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341261;STB=0.695516;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0154099;OID=.;OPOS=91990893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:24:7:23:21:24:7:23:21 chr8 92083424 . A G 342.87 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0119111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5325;QD=21.4292;RBI=0.0369162;REFB=-0.0166005;REVB=0.0349418;RO=29;SAF=10;SAR=25;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179956;STB=0.59994;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0112314;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:25:10:14:15:25:10:14:15 chr8 92136728 . C T 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.013586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.302;QD=14.2151;RBI=0.0266008;REFB=-0.00768001;REVB=-0.0228697;RO=43;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303444;STB=0.51723;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.010107;OID=.;OPOS=92136728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:18:12:16:27:18:12:16:27 chr8 94146656 . G T 1224.21 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.05;QD=61.2104;RBI=0.04067;REFB=0;REVB=0.0398585;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41287e-05;OID=.;OPOS=94146656;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:50:27:0:0:53:27:0:0 chr8 94739345 . A G 244.68 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00889392;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.381;QD=17.1704;RBI=0.0136467;REFB=-0.000388102;REVB=0.0103504;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506952;STB=0.511802;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00129359;OID=.;OPOS=94739345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:30:27:27:0.473684:12:15:14:14:12:15:16:14 chr8 94744813 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0199061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4405;QD=18.2513;RBI=0.0776451;REFB=-0.0277739;REVB=-0.07505;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263751;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0312721;OID=.;OPOS=94744813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:14:15:0.5:6:8:9:6:6:9:9:6 chr8 94745050 . T C 143.3 PASS AF=0.327586;AO=18;DP=57;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0166847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.206;QD=9.88269;RBI=0.0220604;REFB=-0.00333144;REVB=-0.014432;RO=39;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346196;STB=0.678264;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00742286;OID=.;OPOS=94745050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:39:39:18:19:0.327586:6:12:14:25:7:12:14:25 chr8 94745386 . G T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0719715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0696;QD=15.2622;RBI=0.0751462;REFB=0.0052782;REVB=-0.0216112;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27196;STB=0.656028;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0115473;OID=.;OPOS=94745386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:12:4:7:6:12:4 chr8 94746698 . G T 54.83 PASS AF=0.25;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0115153;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.594;QD=6.85424;RBI=0.0129486;REFB=-0.0150737;REVB=-0.00592141;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267715;STB=0.642551;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0390849;OID=.;OPOS=94746698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:31:32:22:24:8:8:0.25:3:5:18:4:3:5:19:5 chr8 94752754 . G A 430.46 PASS AF=0.44898;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00128512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.49;QD=17.5699;RBI=0.00144567;REFB=-0.00842663;REVB=-0.000662143;RO=53;SAF=17;SAR=26;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202461;STB=0.500959;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.011246;OID=.;OPOS=94752754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:54:43:44:0.44898:26:17:22:31:26:18:22:32 chr8 94792828 . C G 234.35 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0205148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6044;QD=15.3674;RBI=0.0488381;REFB=0.0362613;REVB=-0.0443205;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689946;STB=0.538996;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0657759;OID=.;OPOS=94792828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:14:13:14:20:14:13:14:20 chr8 94794620 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.82;QD=57.1763;RBI=0.0246711;REFB=0;REVB=0.0122918;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22317e-05;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr8 94808165 . A G 1386.49 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.040181;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2015;QD=61.6216;RBI=0.0621545;REFB=0.0327493;REVB=-0.0474202;RO=1;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869637;STB=0.504586;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00123768;OID=.;OPOS=94808165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:1:1:89:89:0.988889:54:35:0:1:54:35:0:1 chr8 94827660 . A C 228.11 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0360745;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.559;QD=15.7315;RBI=0.0365519;REFB=-0.00427871;REVB=0.00588809;RO=32;SAF=7;SAR=19;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330628;STB=0.687872;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00322651;OID=.;OPOS=94827660;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:32:32:26:26:0.448276:19:7:19:13:19:7:19:13 chr8 94935937 . T C 715.36 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0125158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2523;QD=60.8819;RBI=0.0370522;REFB=-0.1528;REVB=0.0348744;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00153648;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:0:1:46:46:0.978723:25:21:0:0:25:21:0:1 chr8 94936532 . G A,C 941.87 PASS AF=0.0461538,0.953846;AO=3,62;DP=65;FAO=3,62;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34;FSAR=3,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000294552,-0.00525147;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.003,156.94;QD=57.9613;RBI=0.00870028,0.0247871;REFB=0,0;REVB=-0.00869529,0.0242244;RO=0;SAF=0,34;SAR=3,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00354521,0.00119206;OID=.,.;OPOS=94936532,94936532;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:65:65:0:0:3,62:3,62:0.0461538,0.953846:3,28:0,34:0:0:3,28:0,34:0:0 chr8 95143172 . T G 67.37 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0180594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.554;QD=13.4734;RBI=0.0413654;REFB=0.00718693;REVB=-0.0372149;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769224;STB=0.545355;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0090914;OID=.;OPOS=95143172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:4:7:5:4:4:7 chr8 95143186 . C G 77.91 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0113685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.765;QD=14.1654;RBI=0.0177466;REFB=0.0105666;REVB=-0.0136271;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160312;STB=0.509415;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0160468;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:5:7:6:4:5:7 chr8 95158382 . C T 368.64 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.0148501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.287;QD=16.9491;RBI=0.0274118;REFB=0.0010035;REVB=0.0230408;RO=48;SAF=22;SAR=16;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279688;STB=0.646987;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000756037;OID=.;OPOS=95158382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:48:38:39:0.448276:16:22:14:34:17:22:14:34 chr8 95186382 . G A 424.15 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0126984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.376;QD=15.1482;RBI=0.0397259;REFB=-0.0185595;REVB=0.0376417;RO=64;SAF=17;SAR=31;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169235;STB=0.595198;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0241076;OID=.;OPOS=95186382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:64:48:48:0.428571:31:17:33:31:31:17:33:31 chr8 95188850 . T C 781.11 PASS AF=0.434555;AO=83;DP=191;FAO=83;FDP=191;FR=.;FRO=108;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.00926777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.443;QD=16.3584;RBI=0.0127312;REFB=0.00216841;REVB=0.00872876;RO=108;SAF=35;SAR=48;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802736;STB=0.544748;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00292558;OID=.;OPOS=95188850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:108:108:83:83:0.434555:48:35:54:54:48:35:54:54 chr8 95521985 . A G 478.28 PASS AF=0.693548;AO=43;DP=62;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.000401658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.243;QD=30.857;RBI=0.0140403;REFB=-0.0103619;REVB=0.0140346;RO=19;SAF=26;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135269;STB=0.57335;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00350275;OID=.;OPOS=95521985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:19:19:43:43:0.693548:17:26:7:12:17:26:7:12 chr8 95531419 . T C 1406.49 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0154937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.243;QD=60.4941;RBI=0.0518493;REFB=-0.0760917;REVB=0.0494803;RO=2;SAF=38;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00345055;STB=0.50182;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00162348;OID=.;OPOS=95531419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:53:38:1:1:53:38:1:1 chr8 95538468 . T C 575.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.095;QD=60.5959;RBI=0.0339987;REFB=0;REVB=0.0292588;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150157;OID=.;OPOS=95538468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr8 95541371 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.167;QD=51.9167;RBI=0.0524325;REFB=0;REVB=0.050293;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641959;OID=.;OPOS=95541371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr8 95559092 . T C 927.06 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219594;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.07;QD=57.0496;RBI=0.0501099;REFB=-0.0411593;REVB=-0.0450421;RO=1;SAF=38;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122684;STB=0.506491;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000575347;OID=.;OPOS=95559092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:26:38:1:0:26:38:1:0 chr8 95560485 . T C 471.89 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.983;QD=55.5168;RBI=0.053858;REFB=-0.0569907;REVB=0.0427511;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0026135;OID=.;OPOS=95560485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:20:13:1:0:20:13:1:0 chr8 95680229 . C T 572.92 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0442343;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8686;QD=19.0972;RBI=0.0565276;REFB=0.00490882;REVB=-0.0351951;RO=62;SAF=29;SAR=30;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227734;STB=0.508472;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00541804;OID=.;OPOS=95680229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:62:61:59:59:0.491667:30:29:32:30:30:29:31:30 chr8 95690579 . T C 375.81 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=2.38731e-05;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.27;QD=17.8955;RBI=0.00688543;REFB=-0.018595;REVB=-0.00688539;RO=45;SAF=19;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410206;STB=0.522924;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0183365;OID=.;OPOS=95690579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:45:45:39:39:0.464286:20:19:20:25:20:19:20:25 chr8 95719387 . A T 173.71 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00654094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3428;QD=12.8677;RBI=0.0377746;REFB=-0.0102193;REVB=-0.037204;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229928;STB=0.513262;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0196362;OID=.;OPOS=95719387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:11:10:15:18:11:10:15:18 chr8 95732283 . G C 32.39 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0602951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.891;QD=16.1971;RBI=0.0673455;REFB=-0.0309504;REVB=0.0299986;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0145757;OID=.;OPOS=95732283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr8 95877787 . T C 491.64 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.000892772;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.933;QD=19.2799;RBI=0.00727131;REFB=-0.0170081;REVB=0.0072163;RO=51;SAF=22;SAR=29;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036335;STB=0.520087;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0196021;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:29:22:20:31:29:22:20:31 chr8 95888307 . C T 339.46 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0322091;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5736;QD=17.4081;RBI=0.102171;REFB=-0.00206976;REVB=-0.0969617;RO=40;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021012;STB=0.523626;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00297505;OID=.;OPOS=95888307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:42:36:36:0.461538:19:17:18:22:19:17:18:24 chr8 95896106 . G C 515.26 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00389944;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9403;QD=18.9088;RBI=0.00762945;REFB=0.00424403;REVB=0.00655765;RO=55;SAF=25;SAR=29;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580498;STB=0.532086;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00597619;OID=.;OPOS=95896106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:55:55:54:54:0.495413:29:25:22:33:29:25:22:33 chr8 95918288 . C T 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0529491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.559;QD=13.7531;RBI=0.0572159;REFB=-0.025512;REVB=0.0216808;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340922;STB=0.507033;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0314092;OID=.;OPOS=95918288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:7:8:11:11:7:8:12:11 chr8 95938422 . C A 1178.57 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255164;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.156;QD=61.2245;RBI=0.0346258;REFB=0;REVB=0.0234064;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87843e-05;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr8 95942244 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2136;QD=58.7815;RBI=0.0328595;REFB=0;REVB=0.0307849;RO=0;SAF=50;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87045e-05;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:15:50:0:0:15:50:0:0 chr8 96053782 . GCT G 1135.99 PASS AF=1;AO=71;DP=79;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553923;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.24;QD=59.789;RBI=0.00598955;REFB=0;REVB=0.00227853;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000110177;OID=.;OPOS=96053783;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:79:76:76:0:41:35:0:0:6:0:39:32:0:0 chr8 97605800 . C T 1356.01 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.604;QD=61.637;RBI=0.0556447;REFB=0;REVB=0.0223692;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263692;OID=.;OPOS=97605800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:55:32:0:0:55:33:0:0 chr8 97614625 . G A 78.71 PASS AF=0.47619;AO=8;DP=19;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00113584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.108;QD=14.9931;RBI=0.0942891;REFB=-0.0122306;REVB=0.0942822;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221468;STB=0.666349;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0176195;OID=.;OPOS=97614625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:19:21:11:11:8:10:0.47619:4:4:8:3:6:4:8:3 chr8 97847358 . G T 1539.46 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0241228;FXX=0.0181802;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.0101;QD=57.0172;RBI=0.031676;REFB=0.0101781;REVB=0.0205296;RO=3;SAF=52;SAR=53;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853144;STB=0.500175;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0013887;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:3:2:105:106:0.981481:53:52:1:2:54:52:1:1 chr8 98287261 . A G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.000342713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.135;QD=18.6419;RBI=0.00608942;REFB=-0.0216983;REVB=-0.00607977;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160967;STB=0.590478;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0208943;OID=.;OPOS=98287261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:15:10:15:11:15:10:15:11 chr8 98289714 . G C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0513726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3445;QD=18.0868;RBI=0.0534167;REFB=-0.0274904;REVB=0.0146356;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120726;STB=0.567477;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0273054;OID=.;OPOS=98289714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:15:11:8:19:15:11:8:19 chr8 98725970 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=-0.027377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.283;QD=11.1978;RBI=0.0281001;REFB=-0.00580599;REVB=0.00633375;RO=22;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260596;STB=0.515598;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00989999;OID=.;OPOS=98725970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:11:1:2:20:11:1:2:20 chr8 98787952 . GC CT 324.83 PASS AF=0.308824;AO=42;DP=137;FAO=42;FDP=136;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=63;FWDB=0.0588876;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=2;MLLD=55.0888;QD=9.55378;RBI=0.0714492;REFB=-0.00954195;REVB=0.0404627;RO=93;SAF=22;SAR=20;SRF=30;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237426;STB=0.63265;STBP=0.061;TYPE=mnp;VARB=0.0245729;OID=.;OPOS=98787952;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:93:94:42:42:0.308824:20:22:30:63:20:22:31:63 chr8 98787994 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0892269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.697;QD=51.1824;RBI=0.0994152;REFB=0;REVB=0.04384;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000906317;OID=.;OPOS=98787994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr8 98788033 . G C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9287;QD=35.5724;RBI=0.0221072;REFB=0;REVB=-0.0221072;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00172656;OID=.;OPOS=98788033;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr8 98827531 . G A 107.24 PASS AF=0.35;AO=10;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.01214;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.447;QD=10.7242;RBI=0.0154044;REFB=-0.0125296;REVB=0.00948237;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181351;STB=0.570792;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0309608;OID=.;OPOS=98827531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:27:26:10:14:0.35:7:3:12:15:9:5:12:14 chr8 98827551 . G C 283.55 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00427428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.675;QD=23.1469;RBI=0.009855;REFB=0.0199407;REVB=0.00887984;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275126;STB=0.515336;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0190096;OID=.;OPOS=98827551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:15:11:9:14:15:11:9:14 chr8 98943446 . T C 264.72 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.00247479;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9659;QD=17.6481;RBI=0.00876088;REFB=-0.00751678;REVB=-0.00840408;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14434;STB=0.571003;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00662781;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:31:29:29:0.483333:19:10:6:23:19:10:7:24 chr8 98943545 . A G 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0115491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.527;QD=21.0082;RBI=0.0219788;REFB=-0.0196468;REVB=-0.0186999;RO=25;SAF=9;SAR=21;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602409;STB=0.533312;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0171605;OID=.;OPOS=98943545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:21:9:6:19:21:9:6:19 chr8 98943598 . C T 187.34 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0241429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4956;QD=14.6936;RBI=0.0476046;REFB=-0.0207311;REVB=-0.0410283;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199287;STB=0.619145;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0213297;OID=.;OPOS=98943598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:13:8:6:23:13:8:6:24 chr8 98954012 . T C 885.25 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2793;QD=58.0494;RBI=0.0066376;REFB=0;REVB=-0.00108705;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96421e-05;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr8 98991220 . T A,TA,TG 269.71 PASS AF=0,0,0.528302;AO=2,9,8;DP=56;FAO=0,0,28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=0,0,6;FSAR=0,0,22;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00588156,-0.0248892,0.0490338;FXX=0.0185151;HRUN=1,7,0;LEN=1,1,1;MLLD=210.068,5.71594,131.587;QD=20.3551;RBI=0.0255559,0.210031,0.052582;REFB=-0.0125041,-0.4539,-0.0249902;REVB=0.0248699,0.208551,0.0189885;RO=36;SAF=1,1,0;SAR=1,8,8;SRF=15;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0709114,-0.45926,-0.684779;STB=0.5,0.5,0.591327;STBP=1,1,0.201;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,-0.00487557,0.0246028;OID=.,.,.;OPOS=98991220,98991221,98991221;OREF=T,-,-;OALT=A,A,G;OMAPALT=A,TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:56:53:36:25:2,9,8:0,0,28:0,0,0.528302:1,8,8:1,1,0:15:21:0,0,22:0,0,6:9:16 chr8 98991221 . A G 157.56 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00748385;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=158.138;QD=11.2545;RBI=0.0165624;REFB=-0.008179;REVB=0.0147751;RO=35;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183986;STB=0.504233;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0140024;OID=.;OPOS=98991221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:36:20:20:0.357143:14:6:11:24:14:6:11:25 chr8 99030280 . T C 415.97 PASS AF=0.452632;AO=40;DP=92;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0293169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9758;QD=17.5145;RBI=0.0623915;REFB=-0.0161053;REVB=0.0550746;RO=52;SAF=15;SAR=25;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306311;STB=0.532473;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.023785;OID=.;OPOS=99030280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:52:52:40:43:0.452632:25:15:21:31:28:15:21:31 chr8 99044528 . C T 165.64 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00551579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9298;QD=14.4032;RBI=0.0126227;REFB=-0.0124291;REVB=0.0113538;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386588;STB=0.533943;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00692085;OID=.;OPOS=99044528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:28:18:18:0.391304:8:10:14:13:8:10:14:14 chr8 99045978 . A C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0040011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.6802;QD=23.0006;RBI=0.0124746;REFB=-0.000905183;REVB=0.0118155;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283733;STB=0.655984;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000738187;OID=.;OPOS=99045978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:13:16:4:18:13:16:4:18 chr8 99205612 . C T 2181.59 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0411849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.911;QD=62.3313;RBI=0.0459323;REFB=-0.0476956;REVB=0.0203368;RO=1;SAF=77;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613501;STB=0.503225;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000175939;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:62:77:1:0:62:77:1:0 chr8 99208190 . A C 254.18 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00210624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.299;QD=15.405;RBI=0.0367193;REFB=-0.0168801;REVB=0.0366588;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597565;STB=0.543517;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.027772;OID=.;OPOS=99208190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:37:28:29:0.439394:13:15:22:15:14:15:22:15 chr8 99441904 . G T 1420.01 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.063;QD=62.4182;RBI=0.00942205;REFB=0;REVB=0.00930485;RO=0;SAF=55;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56583e-06;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:91:0:0:87:91:1:32:55:0:0:34:57:0:0 chr8 100133706 . T G 192.99 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00864818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.689;QD=13.7849;RBI=0.0197839;REFB=-0.018969;REVB=-0.0177936;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301364;STB=0.517227;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0247836;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:9:14:21:12:9:14:21:12 chr8 100975002 . A G 323.17 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0181274;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.104;QD=47.8777;RBI=0.0249808;REFB=-0.2045;REVB=-0.0171882;RO=2;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206975;STB=0.511173;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00262016;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:16:9:1:1:16:9:1:1 chr8 101608919 . T C 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0243511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.791;QD=18.9979;RBI=0.0249154;REFB=-0.00958334;REVB=0.0052728;RO=26;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600018;STB=0.574536;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00453833;OID=.;OPOS=101608919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:30:31:31:0.508197:11:20:15:11:11:20:15:15 chr8 101721705 . G T 43.95 PASS AF=0.0872483;AO=13;DP=148;FAO=13;FDP=149;FR=.;FRO=136;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=68;FWDB=-0.0393507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.815;QD=1.17993;RBI=0.0394262;REFB=-0.00439073;REVB=0.00243925;RO=131;SAF=6;SAR=7;SRF=67;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579439;STB=0.53507;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0224809;OID=.;OPOS=101721705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:148:149:131:136:13:13:0.0872483:7:6:67:64:7:6:68:68 chr8 101721709 . T A 63.18 PASS AF=0.111111;AO=15;DP=151;FAO=17;FDP=153;FR=.;FRO=136;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=69;FWDB=-0.0173202;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.485;QD=1.6518;RBI=0.0286751;REFB=-0.00386669;REVB=-0.0228532;RO=134;SAF=6;SAR=9;SRF=66;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111061;STB=0.572227;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0907868;OID=.;OPOS=101721709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:151:153:134:136:15:17:0.111111:9:6:66:68:10:7:67:69 chr8 101721727 . G A 140.58 PASS AF=0.16092;AO=28;DP=172;FAO=28;FDP=174;FR=.;FRO=146;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=68;FSRR=78;FWDB=0.0169522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.245;QD=3.23177;RBI=0.0257813;REFB=-0.00632039;REVB=-0.0194242;RO=144;SAF=14;SAR=14;SRF=68;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355659;STB=0.528715;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0288995;OID=.;OPOS=101721727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:144:146:28:28:0.16092:14:14:68:76:14:14:68:78 chr8 101721756 . A C 334.93 PASS AF=0.246377;AO=50;DP=206;FAO=51;FDP=207;FR=.;FRO=156;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=76;FSRR=80;FWDB=-0.00748514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.942;QD=6.47217;RBI=0.0188168;REFB=-0.00868802;REVB=-0.0172639;RO=155;SAF=31;SAR=19;SRF=75;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172361;STB=0.591567;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0303574;OID=.;OPOS=101721756;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:155:156:50:51:0.246377:19:31:75:80:20:31:76:80 chr8 101721812 . G A 461.13 PASS AF=0.268595;AO=65;DP=242;FAO=65;FDP=242;FR=.;FRO=177;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=76;FSRR=101;FWDB=-0.0243204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.99;QD=7.62192;RBI=0.0703676;REFB=-0.00770464;REVB=0.0660312;RO=174;SAF=38;SAR=27;SRF=73;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201834;STB=0.612406;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0137413;OID=.;OPOS=101721812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:174:177:65:65:0.268595:27:38:73:101:27:38:76:101 chr8 101721817 . T C 449.64 PASS AF=0.263374;AO=64;DP=242;FAO=64;FDP=243;FR=.;FRO=179;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=77;FSRR=102;FWDB=0.0404776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8481;QD=7.40149;RBI=0.0458343;REFB=0.0143339;REVB=-0.0215023;RO=178;SAF=37;SAR=27;SRF=77;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179448;STB=0.607915;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0462746;OID=.;OPOS=101721817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:178:179:64:64:0.263374:27:37:77:101:27:37:77:102 chr8 101721839 . C A 457.64 PASS AF=0.277056;AO=64;DP=232;FAO=64;FDP=231;FR=.;FRO=167;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=68;FSRR=99;FWDB=-0.0153145;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.358;QD=7.92448;RBI=0.0218049;REFB=-0.00528331;REVB=-0.0155217;RO=168;SAF=38;SAR=26;SRF=68;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229537;STB=0.632787;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.012422;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:168:167:64:64:0.277056:26:38:68:100:26:38:68:99 chr8 101721870 . G A 350.39 PASS AF=0.260417;AO=50;DP=192;FAO=50;FDP=192;FR=.;FRO=142;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=82;FWDB=-0.00495373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.507;QD=7.29988;RBI=0.0203387;REFB=-0.00811352;REVB=-0.0197262;RO=139;SAF=26;SAR=24;SRF=58;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126951;STB=0.571756;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0222877;OID=.;OPOS=101721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:139:142:50:50:0.260417:24:26:58:81:24:26:60:82 chr8 101721899 . C A 277.03 PASS AF=0.259494;AO=41;DP=158;FAO=41;FDP=158;FR=.;FRO=117;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=66;FWDB=-0.00870636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6355;QD=7.01336;RBI=0.0258137;REFB=-0.0138564;REVB=-0.0243011;RO=116;SAF=25;SAR=16;SRF=50;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219463;STB=0.627617;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0446589;OID=.;OPOS=101721899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:116:117:41:41:0.259494:16:25:50:66:16:25:51:66 chr8 102209357 . A T 801.07 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.725;QD=57.219;RBI=0.0518599;REFB=0;REVB=-0.0498559;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113704;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr8 102504974 . C G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.04;QD=57.6807;RBI=0.0415367;REFB=0;REVB=0.0357034;RO=0;SAF=2;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72466e-05;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:29:2:0:0:29:2:0:0 chr8 103572992 . C G 474.42 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.6033;QD=57.505;RBI=0.0557513;REFB=0;REVB=0.038776;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000770797;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:17:15:0:1:18:15:0:0 chr8 103573001 . C G 437.47 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0556034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.5267;QD=54.6837;RBI=0.0789084;REFB=-0.0835719;REVB=0.0559892;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51723;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00200617;OID=.;OPOS=103573001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:0:1:31:31:0.96875:17:14:0:0:17:14:1:0 chr8 103573006 . G A 439.0 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.853;QD=56.6456;RBI=0.0708059;REFB=0;REVB=0.0435116;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396308;OID=.;OPOS=103573006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:28:31:1:16:12:0:0:17:14:0:0 chr8 103663912 . T G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.100204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1309;QD=13.5759;RBI=0.104648;REFB=0.0431303;REVB=0.0301732;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145442;STB=0.585233;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0495175;OID=.;OPOS=103663912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:9:10:5:8:9:10 chr8 103845372 . G A 412.11 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0042309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.75;QD=14.8509;RBI=0.0196911;REFB=-0.00127752;REVB=-0.0192312;RO=64;SAF=24;SAR=23;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269245;STB=0.515133;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00177603;OID=.;OPOS=103845372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:23:24:31:33:23:24:31:33 chr8 104081226 . A G 1167.05 PASS AF=0.975;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0200778;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.323;QD=58.3526;RBI=0.0233827;REFB=-0.0659004;REVB=0.0119847;RO=1;SAF=47;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099656;STB=0.510414;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000629123;OID=.;OPOS=104081226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:80:1:2:78:78:0.975:31:47:1:0:31:47:2:0 chr8 104082307 . C T 195.73 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.006162;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.427;QD=10.439;RBI=0.0443876;REFB=-0.0170816;REVB=-0.0439578;RO=50;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136383;STB=0.579555;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0353154;OID=.;OPOS=104082307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:50:50:25:25:0.333333:11:14:22:28:11:14:22:28 chr8 104312341 . A G 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0139127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.892;QD=17.5365;RBI=0.0181891;REFB=-0.00556594;REVB=0.0117167;RO=38;SAF=9;SAR=25;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420181;STB=0.735156;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00610813;OID=.;OPOS=104312341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:25:9:27:11:25:9:27:11 chr8 104337096 . A G 554.3 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0122776;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.305;QD=21.116;RBI=0.024034;REFB=-0.0131015;REVB=-0.0206615;RO=50;SAF=29;SAR=27;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495667;STB=0.522603;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0119682;OID=.;OPOS=104337096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:50:49:56:56:0.533333:27:29:23:27:27:29:23:26 chr8 104337367 . A C 298.31 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0258504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.221;QD=29.8308;RBI=0.0367345;REFB=-0.0246441;REVB=0.0260995;RO=14;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909643;STB=0.549962;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00902756;OID=.;OPOS=104337367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:13:13:9:5:13:13:9:5 chr8 104343686 . G A 449.52 PASS AF=0.462963;AO=49;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0571317;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.33;QD=16.6489;RBI=0.0571973;REFB=-0.00213027;REVB=-0.00273828;RO=58;SAF=23;SAR=26;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206218;STB=0.517081;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00332893;OID=.;OPOS=104343686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:49:50:0.462963:26:23:26:32:26:24:26:32 chr8 104343822 . A G 783.82 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.722;QD=57.0049;RBI=0.0120706;REFB=0;REVB=-0.000946463;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.50909e-05;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr8 104394744 . T C 1015.31 PASS AF=0.515789;AO=98;DP=191;FAO=98;FDP=190;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.0117883;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4843;QD=21.375;RBI=0.0459553;REFB=-0.00549745;REVB=0.0444176;RO=91;SAF=42;SAR=56;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0098397;STB=0.503067;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00729382;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:91:92:98:98:0.515789:56:42:40:51:56:42:40:52 chr8 104411282 . T C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0108471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.072;QD=13.9118;RBI=0.0130878;REFB=-0.00394635;REVB=0.00732329;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654683;STB=0.537514;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0064408;OID=.;OPOS=104411282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:13:8:10:21:13:8:10:21 chr8 104412388 . C A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0306256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.046;QD=11.1852;RBI=0.0307298;REFB=-0.0172398;REVB=-0.00252897;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502701;STB=0.529381;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0382499;OID=.;OPOS=104412388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:10:9:15:20:10:9:15:20 chr8 104427359 . A C 430.2 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00491926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.594;QD=22.6421;RBI=0.00718686;REFB=-0.0276053;REVB=0.00523945;RO=34;SAF=29;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404966;STB=0.522323;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0154766;OID=.;OPOS=104427359;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:13:29:22:12:13:29:22:12 chr8 104427541 . C T 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00114698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.5;QD=18.4269;RBI=0.0103658;REFB=-0.0106736;REVB=0.0103022;RO=28;SAF=8;SAR=20;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24058;STB=0.635258;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0101546;OID=.;OPOS=104427541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:20:8:15:13:20:8:15:13 chr8 104427578 . T C 322.96 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0192186;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3434;QD=18.7224;RBI=0.0321717;REFB=-0.0304901;REVB=-0.0258005;RO=34;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239372;STB=0.626867;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0243258;OID=.;OPOS=104427578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:34:35:34:34:0.492754:22:12:21:13:22:12:21:14 chr8 104432545 . A G 545.39 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.0512675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.293;QD=15.5825;RBI=0.0575364;REFB=-0.00675948;REVB=0.0261166;RO=80;SAF=28;SAR=31;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124434;STB=0.510325;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00823212;OID=.;OPOS=104432545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:81:59:59:0.421429:31:28:37:43:31:28:37:44 chr8 104934028 . G A,T 1927.36 PASS AF=0.976378,0.023622;AO=120,5;DP=125;FAO=124,3;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=49,1;FSAR=75,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00334568,-0.0438713;FXX=0.00781189;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.199,42.8609;QD=60.7042;RBI=0.0167203,0.047694;REFB=0,0;REVB=0.0163821,0.0187089;RO=0;SAF=47,3;SAR=73,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.06139e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000153901,0.145747;OID=.,.;OPOS=104934028,104934028;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:125:127:0:0:120,5:124,3:0.976378,0.023622:73,2:47,3:0:0:75,2:49,1:0:0 chr8 105261725 . G A 415.07 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0300533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.768;QD=19.0837;RBI=0.0356184;REFB=-0.00350044;REVB=-0.0191173;RO=44;SAF=22;SAR=20;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219256;STB=0.506576;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0033782;OID=.;OPOS=105261725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:45:42:42:0.482759:20:22:22:22:20:22:23:22 chr8 105263979 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.435;QD=63.583;RBI=0.0387425;REFB=0;REVB=0.0202291;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51434e-05;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr8 105361095 . C T 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0188649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.189;QD=25.1492;RBI=0.0335226;REFB=-0.00072617;REVB=-0.0277106;RO=21;SAF=8;SAR=19;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344023;STB=0.519111;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.000449909;OID=.;OPOS=105361095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:19:8:7:14:19:8:7:14 chr8 105361354 . G C 565.33 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0329253;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.01;QD=18.3848;RBI=0.0329616;REFB=-0.00889685;REVB=-0.00154685;RO=62;SAF=19;SAR=40;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507472;STB=0.530854;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00895689;OID=.;OPOS=105361354;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:64:59:59:0.479675:40:19:23:39:40:19:24:40 chr8 105367121 . A G 195.63 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0156419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.571;QD=12.6215;RBI=0.0170412;REFB=-0.00814134;REVB=-0.00676262;RO=38;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514675;STB=0.529636;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0141082;OID=.;OPOS=105367121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:9:15:22:16:9:15:22:16 chr8 105459614 . G A 242.71 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0155173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.538;QD=14.9359;RBI=0.0185988;REFB=-0.00892985;REVB=0.0102532;RO=37;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14884;STB=0.569782;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0180527;OID=.;OPOS=105459614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:37:27:28:0.430769:10:17:18:19:11:17:18:19 chr8 107710044 . T A 1752.04 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428712;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6954;QD=60.9404;RBI=0.0570157;REFB=0;REVB=0.0375879;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267555;OID=.;OPOS=107710044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:69:45:0:0:70:45:0:0 chr8 107782122 . AG A 41.41 PASS AF=0.40625;AO=11;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.100176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.861;QD=5.17647;RBI=0.110545;REFB=-0.0881104;REVB=-0.0467444;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.345756;SSSB=-0.334483;STB=0.713903;STBP=0.098;TYPE=del;VARB=0.111819;OID=.;OPOS=107782123;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:11:31:13:32:19:2:11:8:11:41:18:2:9:8:10 chr8 107782335 . G A 192.31 PASS AF=0.352113;AO=24;DP=70;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0464201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.131;QD=10.8345;RBI=0.0497974;REFB=-0.0131697;REVB=0.0180265;RO=45;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10592;STB=0.565318;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0142714;OID=.;OPOS=107782335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:45:46:24:25:0.352113:15:9:21:24:16:9:21:25 chr8 107782395 . G A 137.36 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0798444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2337;QD=11.2134;RBI=0.115099;REFB=-0.00578013;REVB=0.0829017;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152979;STB=0.50908;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0176237;OID=.;OPOS=107782395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:9:7:14:19:9:7:14:19 chr8 108970367 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.51;QD=62.008;RBI=0.00535878;REFB=0;REVB=0.00153985;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86533e-06;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr8 109455863 . C T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0583501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.287;QD=9.91659;RBI=0.0595526;REFB=-0.0138639;REVB=0.0119072;RO=17;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491068;STB=0.808172;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.026197;OID=.;OPOS=109455863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:8:1:8:9:8:1:8:9 chr8 110255497 . AAT A,AAA 86.96 PASS AF=0.5,0;AO=6,5;DP=40;FAO=13,0;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5,0;FSAR=8,0;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0742327,0.206211;FXX=0.235225;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=18.0897,12.5433;QD=13.3778;RBI=0.12675,0.266109;REFB=-0.185401,-0.0418518;REVB=-0.102738,0.168199;RO=23;SAF=2,0;SAR=4,5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.073651,-0.642625;STB=0.584294,0.5;STBP=0.468,1;TYPE=del,snp;VARB=0.131325,0;OID=.,.;OPOS=110255498,110255499;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:6,5:40:13,0:26:13:5,0:8,0:3:10:81:23:2,0:4,5:9:14 chr8 110657514 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.009;QD=57.0003;RBI=0.0429294;REFB=0;REVB=0.0416008;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60182e-05;OID=.;OPOS=110657514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr8 111946844 . G C 696.86 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00836251;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3835;QD=54.6557;RBI=0.0200543;REFB=-0.0801383;REVB=0.0182276;RO=1;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229535;STB=0.51219;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00221558;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:51:1:1:50:50:0.980392:20:30:0:1:20:30:0:1 chr8 113241088 . T G 734.24 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.133;QD=61.1862;RBI=0.0291224;REFB=0.00769772;REVB=0.0187921;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025408;STB=0.513508;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=3.10992e-05;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:29:18:1:0:29:18:1:0 chr8 113323089 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.07419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.397;QD=17.8272;RBI=0.0766682;REFB=-0.0214338;REVB=-0.0193355;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247797;STB=0.514262;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0279203;OID=.;OPOS=113323089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:9:3:3:8:9:3:3:8 chr8 113516208 . TG T,TA 662.34 PASS AF=0.25,0.75;AO=23,19;DP=44;FAO=11,33;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=9,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614487,-0.0716709;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.185,206.134;QD=60.2127;RBI=0.0640274,0.0779605;REFB=0,0;REVB=0.0179882,0.0306777;RO=0;SAF=2,6;SAR=21,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.63689e-08,-3.851e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00438852,0.006305;OID=.,.;OPOS=113516209,113516209;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75:23,19:44:11,33:44:0:2,8:9,25:0:0:25:0:2,6:21,13:0:0 chr8 114186003 . T C 1695.53 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.521;QD=60.5547;RBI=0.019328;REFB=0;REVB=0.0182659;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42951e-05;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:54:57:0:0:55:57:0:0 chr8 116423424 . T A,C 756.9 PASS AF=0.0517241,0.913793;AO=3,53;DP=58;FAO=3,53;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=0,20;FSAR=3,33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0284371,0.032242;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=158.64,178.445;QD=52.2002;RBI=0.0285599,0.0367963;REFB=-0.190094,-0.200073;REVB=0.00264533,0.0177319;RO=2;SAF=0,20;SAR=3,33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.74993,-0.0448028;STB=0.995982,0.5238;STBP=0.069,0.13;TYPE=snp,snp;VARB=0.133372,0.00113252;OID=.,.;OPOS=116423424,116423424;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:58:58:2:2:3,53:3,53:0.0517241,0.913793:3,33:0,20:2:0:3,33:0,20:2:0 chr8 116423490 . A T 851.2 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.289;QD=57.7082;RBI=0.0354211;REFB=0;REVB=0.0353895;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91108e-05;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:40:18:0:0:41:18:0:0 chr8 116424270 . A AC,C 692.49 PASS AF=0.977778,0.0222222;AO=32,12;DP=46;FAO=44,1;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388924,-0.0554098;FXX=0.0217344;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=235.061,227.416;QD=61.5545;RBI=0.0413179,0.0575048;REFB=0,0;REVB=0.0139483,0.0153806;RO=0;SAF=12,9;SAR=20,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00149107,-0.0135466;OID=.,.;OPOS=116424271,116424270;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:46:45:0:0:32,12:44,1:0.977778,0.0222222:20,3:12,9:0:0:23,1:21,0:0:0 chr8 116635872 . T TA 347.61 PASS AF=0.50495;AO=44;DP=102;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0358709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.9462;QD=13.7665;RBI=0.041431;REFB=0.00620002;REVB=-0.0207319;RO=51;SAF=19;SAR=25;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982068;STB=0.566297;STBP=0.179;TYPE=ins;VARB=-0.00889631;OID=.;OPOS=116635873;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.50495:44:102:51:101:50:23:28:16:34:99:51:19:25:17:34 chr8 117035009 . C T 612.88 PASS AF=0.441379;AO=64;DP=145;FAO=64;FDP=145;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.00889143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.105;QD=16.9071;RBI=0.0101819;REFB=-0.0202301;REVB=0.00496113;RO=81;SAF=31;SAR=33;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400936;STB=0.522352;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0204168;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:81:81:64:64:0.441379:33:31:36:45:33:31:36:45 chr8 117791733 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.001;QD=64.1538;RBI=0.0130723;REFB=0;REVB=0.0100904;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57228e-05;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr8 117858350 . G A 531.56 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=-0.00366402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.238;QD=18.3296;RBI=0.00775911;REFB=-0.0063458;REVB=0.0068395;RO=59;SAF=30;SAR=26;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21191;STB=0.620397;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00734007;OID=.;OPOS=117858350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:59:60:56:56:0.482759:26:30:18:41:26:30:18:42 chr8 117858389 . G A 1713.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.67;QD=60.646;RBI=0.0139394;REFB=0;REVB=-0.0130287;RO=0;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31404e-05;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:68:45:0:0:68:45:0:0 chr8 117858445 . A T 657.14 PASS AF=0.524194;AO=65;DP=124;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00808007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.699;QD=21.1979;RBI=0.00833796;REFB=-0.0280818;REVB=-0.00205767;RO=59;SAF=26;SAR=39;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00610479;STB=0.503355;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0178318;OID=.;OPOS=117858445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:59:59:65:65:0.524194:39:26:24:35:39:26:24:35 chr8 117887121 . GCCCCCCCCT GCCCCCCCCC,GCCCCCCCT,GCCCCCCT 176.98 PASS AF=0.290323,0.709677,0;AO=2,15,6;DP=32;FAO=9,22,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=9,22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0;FXX=0.0312402;HRUN=1,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=150.245,4.97389,6.71944;QD=22.8358;RBI=0.0281868,0.0332486,0.0168304;REFB=0.0541852,0.195194,0.269441;REVB=-0.0281868,0.0332486,0.0168304;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=2,15,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0664324,0.0165072,0;OID=.,.,.;OPOS=117887130,117887122,117887122;OREF=T,C,CC;OALT=C,-,-;OMAPALT=GCCCCCCCCC,GCCCCCCCT,GCCCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.290323,0.709677,0:2,15,6:32:9,22,0:31:0:0,0,0:9,22,0:0:0:55:0:0,0,0:2,15,6:0:0 chr8 118184783 . C T 200.57 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0298296;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.748;QD=13.5979;RBI=0.0299856;REFB=-0.00464596;REVB=0.00305449;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792099;STB=0.535021;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00634742;OID=.;OPOS=118184783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:35:24:24:0.40678:13:11:13:21:13:11:14:21 chr8 118819578 . C T 178.53 PASS AF=0.425532;AO=17;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0103727;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.413;QD=15.1937;RBI=0.0127897;REFB=-0.011068;REVB=-0.00748216;RO=28;SAF=4;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409142;STB=0.640116;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.016048;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:27:17:20:0.425532:13:4:17:11:13:7:16:11 chr8 119945260 . C T 360.11 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0311593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.777;QD=22.8638;RBI=0.0329986;REFB=-0.035386;REVB=0.0108631;RO=27;SAF=19;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647752;STB=0.535663;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0233125;OID=.;OPOS=119945260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:17:19:12:15:17:19:12:15 chr8 119964052 . G C 1472.14 PASS AF=0.441261;AO=152;DP=348;FAO=154;FDP=349;FR=.;FRO=195;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=81;FSRR=114;FWDB=-0.00931864;FXX=0.00285706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.424;QD=16.8726;RBI=0.0229946;REFB=-0.00903219;REVB=0.0210218;RO=191;SAF=71;SAR=81;SRF=80;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489216;STB=0.529368;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0143639;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:349:191:195:152:154:0.441261:81:71:80:111:82:72:81:114 chr8 120592406 . T C 719.94 PASS AF=0.455621;AO=77;DP=170;FAO=77;FDP=169;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.00840065;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.092;QD=17.04;RBI=0.00894254;REFB=-0.00782322;REVB=0.00306564;RO=91;SAF=35;SAR=42;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176656;STB=0.512984;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00948939;OID=.;OPOS=120592406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:91:92:77:77:0.455621:42:35:43:48:42:35:44:48 chr8 120596023 . A G 503.2 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.676;QD=59.1999;RBI=0.025562;REFB=0;REVB=0.0149253;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569525;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:29:34:1:11:18:0:0:14:20:0:0 chr8 120903471 . C CA 1451.94 PASS AF=1;AO=90;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335844;FXX=0.0107515;HRUN=0;LEN=1;MLLD=213.331;QD=63.1276;RBI=0.0580368;REFB=0;REVB=0.0473324;RO=2;SAF=47;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197398;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.46111e-05;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:94:92:92:0:49:43:0:0:7:2:47:43:2:0 chr8 121013770 . A G 1073.16 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.602;QD=58.0088;RBI=0.0213904;REFB=0.0883436;REVB=-0.00907442;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-4.07557e-05;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:72:73:0.986486:33:39:0:0:34:39:1:0 chr8 121061879 . G A 2173.15 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.416;QD=62.5366;RBI=0.0565291;REFB=0;REVB=0.0405262;RO=0;SAF=60;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19469e-05;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:139:0:0:135:139:1:75:60:0:0:79:60:0:0 chr8 121210069 . T C 834.02 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.76;QD=57.5189;RBI=0.0201715;REFB=0;REVB=0.0201208;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122561;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr8 121215991 . T C 1572.74 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.31134e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.199;QD=59.914;RBI=0.00555719;REFB=0;REVB=-0.00555684;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95206e-06;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:51:54:0:0:51:54:0:0 chr8 121228679 . A C 2736.51 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0340055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2835;QD=61.842;RBI=0.0988325;REFB=-0.102761;REVB=0.0927981;RO=1;SAF=92;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563338;STB=0.502958;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000959832;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:177:177:1:1:176:176:0.99435:84:92:0:1:84:92:0:1 chr8 121259861 . CGGGGC CGGC,CGGG,CGGGC 1325.73 PASS AF=0.345455,0.0242424,0.624242;AO=52,20,61;DP=167;FAO=57,4,103;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=23,4,66;FSAR=34,0,37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0879583,-0.263853,-0.173778;FXX=0.0119753;HRUN=4,4,4;LEN=2,2,1;MLLD=16.8721,7.09408,14.2439;QD=32.139;RBI=0.0915793,0.268717,0.181514;REFB=-0.0268762,0.000128368,-0.04056;REVB=-0.0254972,-0.0508999,-0.0524265;RO=8;SAF=18,20,31;SAR=34,0,30;SRF=3;SRR=5;SSEN=0.450091,0.450091,0.450091;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00793467,0.855944,0.0290055;STB=0.507244,0.995941,0.506665;STBP=0.533,0.099,0.264;TYPE=del,del,del;VARB=0.000528065,-0.0164918,0.00501196;OID=.,.,.;OPOS=121259862,121259865,121259862;OREF=GG,GC,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=CGGC,CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.345455,0.0242424,0.624242:52,20,61:167:57,4,103:165:1:23,4,66:34,0,37:0:1:99:8:18,20,31:34,0,30:3:5 chr8 121383048 . T C 363.25 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000716708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1314;QD=46.8706;RBI=0.0168574;REFB=-0.00632639;REVB=0.0168422;RO=3;SAF=6;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184371;STB=0.599922;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00904179;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:3:3:28:28:0.903226:22:6:3:0:22:6:3:0 chr8 121383453 . TG T 56.97 PASS AF=0.35;AO=22;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0282146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.3421;QD=2.84851;RBI=0.186934;REFB=-0.0341742;REVB=-0.184792;RO=47;SAF=0;SAR=22;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.803807;STB=0.854942;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.0644735;OID=.;OPOS=121383454;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:22:80:28:80:52:2:26:23:29:56:47:0:22:22:25 chr8 121528385 . T C 975.87 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256114;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.735;QD=59.1434;RBI=0.0258168;REFB=0;REVB=-0.00325044;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31872e-05;OID=.;OPOS=121528385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr8 123964335 . T A 353.64 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.031326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3418;QD=18.6124;RBI=0.0313446;REFB=-0.0105803;REVB=-0.00107986;RO=38;SAF=22;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1113;STB=0.555926;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0116153;OID=.;OPOS=123964335;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:38:39:37:37:0.486842:15:22:18:20:15:22:19:20 chr8 124027628 . T C 773.08 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0470166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3216;QD=61.8464;RBI=0.0686879;REFB=-0.136007;REVB=0.0500746;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229468;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00232357;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:20:29:0:1:20:29:0:1 chr8 124121798 . A G 141.18 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0710079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.915;QD=11.073;RBI=0.0716282;REFB=-0.00779257;REVB=0.00940585;RO=34;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673668;STB=0.539859;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0154499;OID=.;OPOS=124121798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:7:10:18:16:7:10:18:16 chr8 124169554 . G A 2047.89 PASS AF=0.935484;AO=144;DP=155;FAO=145;FDP=155;FR=.;FRO=10;FSAF=88;FSAR=57;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00201979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.947;QD=52.8488;RBI=0.00831117;REFB=-0.0582364;REVB=0.00806201;RO=10;SAF=87;SAR=57;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261334;STB=0.513902;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.000306798;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:155:155:10:10:144:145:0.935484:57:87:4:6:57:88:4:6 chr8 124440174 . A G 151.27 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00952334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.589;QD=20.1686;RBI=0.0122304;REFB=-0.00530586;REVB=0.00767396;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109589;STB=0.562418;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00649404;OID=.;OPOS=124440174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:12:4:5:9:12:4:5:9 chr8 124448736 . A G 154.76 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.017354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.8;QD=14.7389;RBI=0.0429473;REFB=-0.0119649;REVB=0.039285;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718897;STB=0.529377;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0150554;OID=.;OPOS=124448736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:9:8:13:11:9:8:13:12 chr8 124448804 . T A 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0459046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.2405;QD=24.4929;RBI=0.0459783;REFB=0.00740082;REVB=0.00260268;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426929;STB=0.523787;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00307985;OID=.;OPOS=124448804;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:8:7:11:10:8:7 chr8 124453543 . T A 253.12 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0484075;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=46.2691;QD=19.1035;RBI=0.049848;REFB=0.0047433;REVB=0.011897;RO=25;SAF=21;SAR=6;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445783;STB=0.757379;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00338024;OID=.;OPOS=124453543;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:6:21:7:18:6:21:7:19 chr8 124594546 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.014691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.217;QD=10.3792;RBI=0.0178742;REFB=-0.00373319;REVB=-0.0101814;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426521;STB=0.789344;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00919032;OID=.;OPOS=124594546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:8:1:6:9:8:1:7:9 chr8 124658210 . C T 374.85 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00281132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.052;QD=26.305;RBI=0.00586183;REFB=-0.0461452;REVB=-0.00514369;RO=21;SAF=16;SAR=20;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043547;STB=0.523796;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0235925;OID=.;OPOS=124658210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:20:16:8:13:20:16:8:13 chr8 124664130 . C T 876.89 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0235294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.322;QD=54.8059;RBI=0.0383092;REFB=-0.0286538;REVB=-0.0302318;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140901;STB=0.517236;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000504247;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:61:62:0.96875:33:28:0:1:34:28:2:0 chr8 124664167 . T C 1320.92 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.638;QD=62.161;RBI=0.0390004;REFB=0;REVB=0.0382566;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48777e-05;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:52:32:0:0:52:33:0:0 chr8 124664792 . C G,T 1465.46 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=4,90;DP=94;FAO=4,90;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=4,37;FSAR=0,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104607,0.0354972;FXX=0.0105252;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.6683,217.29;QD=62.3602;RBI=0.0722013,0.0358144;REFB=0,0;REVB=0.0714395,0.00475614;RO=0;SAF=4,37;SAR=0,53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0707428,-0.00135661;OID=.,.;OPOS=124664792,124664792;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:94:94:0:0:4,90:4,90:0.0425532,0.957447:0,53:4,37:0:0:0,53:4,37:0:0 chr8 124664873 . AT GC 1575.78 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190777;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=2;MLLD=285.276;QD=64.3176;RBI=0.0209631;REFB=0;REVB=0.00868867;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.31468e-05;OID=.;OPOS=124664873;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:49:49:0:0:49:49:0:0 chr8 124696867 . C T 444.66 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00914364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.16;QD=15.2021;RBI=0.0129117;REFB=-0.0134544;REVB=-0.00911619;RO=67;SAF=20;SAR=30;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111228;STB=0.562475;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0180119;OID=.;OPOS=124696867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:30:20:34:33:30:20:34:33 chr8 124749610 . C T 1358.31 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4379;QD=62.4508;RBI=0.0485606;REFB=0;REVB=0.0069263;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144556;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr8 124824826 . G A 1731.3 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.731;QD=60.7475;RBI=0.0415118;REFB=0;REVB=0.0412628;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143085;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:60:54:0:0:60:54:0:0 chr8 125035788 . G C 280.66 PASS AF=1;AO=6;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.761;QD=46.776;RBI=0.0894132;REFB=-0.0434249;REVB=0.0884573;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557749;OID=.;OPOS=125035788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:24:0:0:6:24:1:0:6:0:0:18:6:0:0 chr8 125061895 . G A 3011.91 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.045;QD=63.4086;RBI=0.0407511;REFB=0;REVB=0.00221633;RO=0;SAF=79;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09644e-05;OID=.;OPOS=125061895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:190:0:0:181:190:1:102:79:0:0:104:86:0:0 chr8 125072426 . T C 740.51 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.26;QD=56.9626;RBI=0.0643361;REFB=0;REVB=0.0580689;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109569;OID=.;OPOS=125072426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:26:26:0:0 chr8 125076589 . T G 1243.07 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0791874;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3446;QD=59.9072;RBI=0.0819895;REFB=-0.0494477;REVB=0.021252;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00185687;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:0:1:82:82:0.987952:50:32:0:0:50:32:1:0 chr8 125107201 . G A 1237.64 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00286462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.592;QD=58.9352;RBI=0.00448772;REFB=-0.123488;REVB=0.00345449;RO=2;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210376;STB=0.511108;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00024665;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:44:38:0:2:44:38:0:2 chr8 125107207 . C T 1199.67 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00366336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.706;QD=58.5204;RBI=0.00526123;REFB=-0.176661;REVB=-0.00377629;RO=2;SAF=35;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262835;STB=0.513885;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00170888;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:45:35:2:0:45:35:2:0 chr8 125463250 . T C 824.53 PASS AF=0.70297;AO=71;DP=101;FAO=71;FDP=101;FR=.;FRO=30;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00792537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.52;QD=32.6548;RBI=0.00795062;REFB=-0.0142434;REVB=0.000633072;RO=30;SAF=32;SAR=39;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848716;STB=0.545597;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00811201;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:30:30:71:71:0.70297:39:32:9:21:39:32:9:21 chr8 125498547 . C T 217.91 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0053982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.755;QD=13.6191;RBI=0.0104142;REFB=1.81705e-05;REVB=-0.00890586;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161309;STB=0.592035;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.000131252;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:15:11:22:16:15:11:22:16 chr8 125499363 . G A 354.18 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.000908764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.1;QD=13.8895;RBI=0.030434;REFB=0.00042653;REVB=-0.0304204;RO=61;SAF=19;SAR=22;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127178;STB=0.507201;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.000899488;OID=.;OPOS=125499363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:22:19:29:32:22:19:29:32 chr8 125528135 . G A 570.69 PASS AF=0.429577;AO=61;DP=142;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0636355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0518;QD=16.0758;RBI=0.0637032;REFB=-0.0232302;REVB=0.00293592;RO=81;SAF=29;SAR=32;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09408;STB=0.552596;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0299993;OID=.;OPOS=125528135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:81:81:61:61:0.429577:32:29:46:35:32:29:46:35 chr8 125568182 . A G 63.03 PASS AF=0.3;AO=2;DP=23;FAO=9;FDP=30;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0254431;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.417;QD=8.40404;RBI=0.026123;REFB=-0.00692821;REVB=-0.00592094;RO=7;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.67228;STB=0.660046;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0594675;OID=.;OPOS=125568182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:23:30:7:14:2:9:0.3:0:2:2:5:4:5:4:10 chr8 125579973 . C T 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.225;QD=57.1037;RBI=0.0257936;REFB=0;REVB=0.0128566;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178343;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr8 125579990 . C T 873.39 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734005;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.279;QD=58.2259;RBI=0.0125974;REFB=0;REVB=-0.0102381;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150848;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:31:29:0:0 chr8 125580075 . G C 258.57 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00553666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3021;QD=16.4171;RBI=0.0457356;REFB=-0.0225448;REVB=0.0453992;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327001;STB=0.51842;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0360802;OID=.;OPOS=125580075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:18:11:14:20:18:11:14:20 chr8 126283111 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.259;QD=54.5177;RBI=0.0172661;REFB=0;REVB=0.00377428;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91817e-05;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr8 126448789 . G A 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00595005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.224;QD=14.259;RBI=0.038079;REFB=0.00277859;REVB=-0.0376113;RO=41;SAF=10;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153608;STB=0.587567;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00638722;OID=.;OPOS=126448789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:19:10:20:21:19:10:20:21 chr8 127565184 . A G 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.041958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.806;QD=21.277;RBI=0.0429224;REFB=-0.00801529;REVB=-0.00904758;RO=34;SAF=24;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148951;STB=0.582398;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00722324;OID=.;OPOS=127565184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:15:24:15:19:15:24:15:19 chr8 127683774 . G T 204.03 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0600467;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.323;QD=14.3181;RBI=0.0602685;REFB=-0.00992039;REVB=0.00516672;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209588;STB=0.618952;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0203619;OID=.;OPOS=127683774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:33:24:24:0.421053:11:13:11:22:11:13:11:22 chr8 127683850 . T C 1227.45 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.704;QD=61.3727;RBI=0.0701541;REFB=0;REVB=0.0245566;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213196;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr8 128428638 . G A 805.61 PASS AF=0.383333;AO=92;DP=241;FAO=92;FDP=240;FR=.;FRO=148;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=63;FSRR=85;FWDB=0.0103512;FXX=0.00414921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.072;QD=13.4268;RBI=0.0105246;REFB=-0.00584084;REVB=-0.00190215;RO=148;SAF=39;SAR=53;SRF=63;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00197308;STB=0.501112;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00965014;OID=.;OPOS=128428638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:148:148:92:92:0.383333:53:39:63:85:53:39:63:85 chr8 128428795 . G A 321.97 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0169568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9627;QD=11.7079;RBI=0.0281381;REFB=-0.0293115;REVB=-0.0224549;RO=69;SAF=16;SAR=24;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167048;STB=0.591195;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0217535;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:70:40:40:0.363636:24:16:38:31:24:16:38:32 chr8 128428823 . G C 329.52 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0226602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.157;QD=13.3139;RBI=0.0243443;REFB=-0.00623972;REVB=0.00889719;RO=61;SAF=16;SAR=21;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170738;STB=0.592142;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0133065;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:61:62:37:37:0.373737:21:16:36:25:21:16:36:26 chr8 128429262 . G C 521.7 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0272839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5682;QD=50.8974;RBI=0.0923311;REFB=-0.022428;REVB=0.0882078;RO=3;SAF=11;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111831;STB=0.57688;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.015069;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:41:41:3:4:37:37:0.902439:26:11:3:0:26:11:4:0 chr8 128429315 . T A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.045;QD=35.5759;RBI=0.0610068;REFB=0;REVB=0.0513564;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553891;OID=.;OPOS=128429315;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr8 128429455 . AG AGA,GA 54.59 PASS AF=0.222222,0.666667;AO=2,5;DP=9;FAO=2,6;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3;FSAR=2,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0815408,0.0618946;FXX=0;HRUN=3,16;LEN=1,2;MLLD=14.1077,67.5574;QD=24.2613;RBI=0.0815433,0.114209;REFB=0.0695629,0.0783689;REVB=-0.000644346,0.0959835;RO=1;SAF=0,3;SAR=2,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.169284;STB=0.5,0.571194;STBP=1,0.508;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.117618,0.0247613;OID=.,.;OPOS=128429457,128429455;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:9:9:1:1:2,5:2,6:0.222222,0.666667:2,2:0,3:0:1:2,3:0,3:0:1 chr8 128429510 . G A 522.11 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148125;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.36;QD=59.6696;RBI=0.0604112;REFB=0;REVB=0.0585671;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605214;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr8 128429519 . G A 548.96 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00925255;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.12;QD=57.7857;RBI=0.0462288;REFB=-0.0993288;REVB=0.0452934;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00116177;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:1:0:20:17:1:0 chr8 128429660 . T C 805.13 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5563;QD=64.4104;RBI=0.02537;REFB=0;REVB=0.025327;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171119;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348482;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:27:22:0:1:28:22:0:0 chr8 128429721 . T C 513.48 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4339;QD=57.0538;RBI=0.117412;REFB=-0.0760624;REVB=0.0495375;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375545;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:1:0:35:36:1:22:13:1:0:22:14:0:0 chr8 128429732 . C T 428.71 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0877076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.528;QD=57.1616;RBI=0.0903101;REFB=0;REVB=0.0215241;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622757;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr8 128430478 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000761111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.429;QD=48.737;RBI=0.0452402;REFB=0;REVB=0.0452338;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323833;OID=.;OPOS=128430478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr8 128430807 . C A 137.12 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0167171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.115;QD=11.6701;RBI=0.02675;REFB=-0.00207418;REVB=-0.020883;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00985559;STB=0.508464;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00595952;OID=.;OPOS=128430807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:10:6:11:19:10:6:12:19 chr8 128430872 . A AATG,ATG 365.93 PASS AF=0.933333,0;AO=21,6;DP=30;FAO=28,0;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=16,0;FSAR=12,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.028093,0.019471;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=3,2;MLLD=287.989,275.519;QD=48.791;RBI=0.0359218,0.0285495;REFB=-0.0634805,-0.0618049;REVB=0.0223865,0.0208795;RO=2;SAF=13,2;SAR=8,4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0200927,-0.0772509;STB=0.504851,0.5;STBP=0.882,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00564446,0;OID=.,.;OPOS=128430873,128430873;OREF=-,-;OALT=ATG,TG;OMAPALT=AATG,ATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333,0:21,6:30:28,0:30:2:16,0:12,0:1:1:9:2:13,2:8,4:1:1 chr8 128431694 . A G 436.01 PASS AF=0.530864;AO=41;DP=80;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0102775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.911;QD=21.5313;RBI=0.0105279;REFB=-0.0361732;REVB=0.00228291;RO=37;SAF=23;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642657;STB=0.55102;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0332976;OID=.;OPOS=128431694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:37:38:41:43:0.530864:18:23:18:19:18:25:18:20 chr8 128432206 . C A 222.23 PASS AF=0.511628;AO=19;DP=39;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0124624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.618;QD=20.6727;RBI=0.0207882;REFB=-0.0206622;REVB=0.0166384;RO=19;SAF=2;SAR=17;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198511;STB=0.6602;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0221532;OID=.;OPOS=128432206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:43:19:21:19:22:0.511628:17:2:4:15:20:2:5:16 chr8 128747953 . G T 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.028779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.169;QD=20.7539;RBI=0.0403911;REFB=-0.0325059;REVB=-0.0283409;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207806;STB=0.617491;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0241148;OID=.;OPOS=128747953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:8:4:9:6:8:4 chr8 128751201 . G A 270.05 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.0378826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7535;QD=12.5604;RBI=0.0379993;REFB=-0.0253674;REVB=-0.0029758;RO=53;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167457;STB=0.586263;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0676374;OID=.;OPOS=128751201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:54:32:32:0.372093:19:13:14:39:19:13:15:39 chr8 129021179 . G A,T 758.03 PASS AF=0.946429,0.0357143;AO=53,2;DP=56;FAO=53,2;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214605,-0.0534138;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=177.263,18.6974;QD=54.1447;RBI=0.0448467,0.0664746;REFB=-0.0682827,-0.119291;REVB=0.0393785,0.0395707;RO=1;SAF=34,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0241485,0;STB=0.512816,0.5;STBP=0.283,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000386056,0.143837;OID=.,.;OPOS=129021179,129021179;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:1:1:53,2:53,2:0.946429,0.0357143:19,2:34,0:0:1:19,2:34,0:0:1 chr8 129022785 . T C 1054.81 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.26;QD=59.4259;RBI=0.00566695;REFB=0;REVB=-0.00131116;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05357e-05;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:69:71:1:32:37:0:0:32:39:0:0 chr8 129022816 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.591;QD=60.5473;RBI=0.0209051;REFB=0;REVB=0.00811728;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85663e-05;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr8 129022818 . T A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.94;QD=60.2043;RBI=0.0292024;REFB=0;REVB=0.0192753;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75119e-05;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr8 129162433 . G T 159.05 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.038162;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=51.3068;QD=18.1767;RBI=0.0382014;REFB=-0.0542696;REVB=-0.00173424;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230545;STB=0.571347;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0337438;OID=.;OPOS=129162433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:15:18:17:17:0.485714:8:9:12:3:8:9:12:6 chr8 130760850 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.613;QD=63.2868;RBI=0.0209664;REFB=0;REVB=0.00409867;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45046e-05;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr8 130762291 . G A 1765.82 PASS AF=0.952381;AO=120;DP=126;FAO=120;FDP=126;FR=.;FRO=6;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00687779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.337;QD=56.0578;RBI=0.018637;REFB=0.0543411;REVB=-0.0173215;RO=6;SAF=68;SAR=52;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00612441;STB=0.503229;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-8.76541e-06;OID=.;OPOS=130762291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:126:126:6:6:120:120:0.952381:52:68:3:3:52:68:3:3 chr8 131124559 . T C 257.13 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=-0.0240701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.928;QD=16.3256;RBI=0.0274964;REFB=-0.000162916;REVB=0.0132922;RO=34;SAF=5;SAR=24;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00677292;STB=0.503814;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.000289061;OID=.;OPOS=131124559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:24:5:6:28:24:5:6:28 chr8 131353139 . T C 291.59 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.027781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.013;QD=19.4396;RBI=0.0314709;REFB=-0.0330654;REVB=0.0147862;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000966427;STB=0.500538;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0223136;OID=.;OPOS=131353139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:15:16:15:14:15:16:15:14 chr8 131921956 . A G 1861.18 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144458;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.721;QD=61.0224;RBI=0.0145055;REFB=0;REVB=0.00131383;RO=0;SAF=53;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124814;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:120:122:1:67:53:0:0:68:54:0:0 chr8 131922027 . T G 560.56 PASS AF=0.412903;AO=64;DP=155;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=14;FSAR=50;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-9.80186e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7927;QD=14.4661;RBI=0.0151146;REFB=-0.00635646;REVB=-0.0151143;RO=91;SAF=14;SAR=50;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329868;STB=0.686942;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00857119;OID=.;OPOS=131922027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:91:91:64:64:0.412903:50:14:45:46:50:14:45:46 chr8 132947786 . C T 319.79 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0572105;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.653;QD=23.2575;RBI=0.0629715;REFB=-0.0083662;REVB=-0.0263129;RO=23;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00723531;STB=0.503988;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00765641;OID=.;OPOS=132947786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:23:23:32:32:0.581818:17:15:11:12:17:15:11:12 chr8 132982824 . A G 463.37 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0227304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6489;QD=21.8057;RBI=0.0388767;REFB=-0.0104316;REVB=0.0315393;RO=40;SAF=11;SAR=34;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229737;STB=0.627631;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0137568;OID=.;OPOS=132982824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:34:11:19:21:34:11:19:21 chr8 133047071 . G A 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00633084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.657;QD=15.4716;RBI=0.0129209;REFB=-0.00163777;REVB=0.0112637;RO=49;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238338;STB=0.513453;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00191728;OID=.;OPOS=133047071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:19:17:22:27:19:17:22:27 chr8 133048593 . C T 171.86 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00248548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6087;QD=11.4575;RBI=0.029968;REFB=-0.0153592;REVB=-0.0298648;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859467;STB=0.544546;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0855466;OID=.;OPOS=133048593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:38:22:22:0.366667:9:13:24:12:9:13:25:13 chr8 133048619 . T C 972.03 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000369442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.748;QD=54.762;RBI=0.0189134;REFB=-0.0634601;REVB=0.0189098;RO=3;SAF=49;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689665;STB=0.536574;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000311903;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:19:49:0:3:19:49:0:3 chr8 133053309 . T C 979.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.1;QD=58.4975;RBI=0.0306635;REFB=0;REVB=0.0182115;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212515;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:26:40:0:0:26:41:0:0 chr8 133053318 . T C 990.27 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.924;QD=59.1203;RBI=0.0333672;REFB=0;REVB=-0.0185766;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97221e-05;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr8 133067315 . G A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0110465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.78;QD=55.5202;RBI=0.0332676;REFB=-0.141279;REVB=0.03138;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00126925;OID=.;OPOS=133067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:20:13:1:0:20:13:1:0 chr8 133089975 . A G 636.12 PASS AF=0.594059;AO=60;DP=101;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.000767979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.284;QD=25.1928;RBI=0.0635137;REFB=-0.0192151;REVB=-0.0635091;RO=41;SAF=26;SAR=34;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142115;STB=0.507742;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0146052;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:41:60:60:0.594059:34:26:17:24:34:26:17:24 chr8 133092264 . TA T 35.16 PASS AF=0.293103;AO=21;DP=60;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0620532;FXX=0.0333278;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.95938;QD=2.4246;RBI=0.0760178;REFB=-0.0619185;REVB=0.0439102;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947741;STB=0.515771;STBP=0.884;TYPE=del;VARB=0.0418407;OID=.;OPOS=133092265;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.293103:21:60:17:58:41:10:7:25:16:35:32:13:8:17:15 chr8 133101818 . G A 1026.33 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.073;QD=59.4973;RBI=0.0276039;REFB=0;REVB=0.0144124;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20569e-05;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr8 133107830 . T C 1920.8 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300029;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.057;QD=61.9612;RBI=0.0325767;REFB=0;REVB=0.0126913;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31357e-05;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:59:64:0:0:60:64:0:0 chr8 133112392 . G A 953.37 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.976;QD=58.6691;RBI=0.0372462;REFB=0;REVB=0.0163751;RO=0;SAF=9;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15439e-05;OID=.;OPOS=133112392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:54:9:0:0:55:10:0:0 chr8 133113531 . A T 772.2 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00355976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.257;QD=55.1573;RBI=0.0298882;REFB=-0.124043;REVB=0.0296755;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145046;STB=0.507689;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00064893;OID=.;OPOS=133113531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:55:55:0.982143:32:23:0:1:32:23:0:1 chr8 133175736 . T C 136.86 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00125095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5264;QD=18.2483;RBI=0.0418696;REFB=-0.00371877;REVB=0.041851;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589223;STB=0.533588;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00324298;OID=.;OPOS=133175736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:6:9:8:7:6:9 chr8 133175766 . A T 55.4 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0160226;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=65.5001;QD=10.0734;RBI=0.0178835;REFB=-0.00749852;REVB=-0.00794334;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0399553;OID=.;OPOS=133175766;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:7:7:4:4:7:7 chr8 133723166 . A G 707.35 PASS AF=0.61;AO=61;DP=100;FAO=61;FDP=100;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0037767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.766;QD=28.2939;RBI=0.010843;REFB=-0.0222678;REVB=-0.010164;RO=39;SAF=31;SAR=30;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217166;STB=0.511807;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0137487;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:39:39:61:61:0.61:30:31:21:18:30:31:21:18 chr8 133769554 . TGA T 420.74 PASS AF=0.40678;AO=42;DP=119;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.00270681;FXX=0.0559955;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.264;QD=14.2623;RBI=0.00273843;REFB=-0.0190599;REVB=-0.000414984;RO=65;SAF=18;SAR=24;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484656;STB=0.505386;STBP=0.923;TYPE=del;VARB=0.0316077;OID=.;OPOS=133769555;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40678:42:119:48:118:70:21:27:30:40:99:65:18:24:25:40 chr8 133844508 . C T 698.91 PASS AF=0.469799;AO=69;DP=149;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.00704499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.541;QD=18.7626;RBI=0.0335862;REFB=-0.00450194;REVB=-0.032839;RO=80;SAF=35;SAR=34;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00701097;STB=0.510929;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00571013;OID=.;OPOS=133844508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:80:79:69:70:0.469799:34:35:40:40:34:36:39:40 chr8 133858712 . G A 703.36 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.000975486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.331;QD=20.9958;RBI=0.0133041;REFB=-0.0206986;REVB=-0.0132683;RO=65;SAF=40;SAR=29;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131636;STB=0.572399;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0155944;OID=.;OPOS=133858712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:65:65:69:69:0.514925:29:40:28:37:29:40:28:37 chr8 133859877 . G T 283.73 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0172686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6769;QD=23.1618;RBI=0.0210123;REFB=-0.00622847;REVB=0.0119713;RO=23;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813267;STB=0.545419;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00337895;OID=.;OPOS=133859877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:16:10:11:12:16:10:11:12 chr8 133883744 . C T 358.34 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00247557;FXX=0.0908973;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.516;QD=20.4766;RBI=0.0137336;REFB=-0.0139994;REVB=-0.0135086;RO=34;SAF=11;SAR=25;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183645;STB=0.60235;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0187102;OID=.;OPOS=133883744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:70:34:34:36:36:0.514286:25:11:17:17:25:11:17:17 chr8 133900252 . T G 991.21 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.105;QD=59.1767;RBI=0.0645412;REFB=0;REVB=0.0476037;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151242;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:30:35:0:0:31:36:0:0 chr8 133900386 . T C 719.28 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.069;QD=54.2854;RBI=0.0248451;REFB=-0.0450551;REVB=0.0212468;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165215;STB=0.508769;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000363068;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:28:23:0:1:28:24:0:1 chr8 133909974 . ATGC CGTG,GTCG,GTGC 739.06 PASS AF=0.0416667,0,0.958333;AO=2,2,33;DP=48;FAO=2,0,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,12;FSAR=0,0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299591,-0.0113597,0.130351;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=4,4,1;MLLD=31.201,87.462,69.8157;QD=61.5885;RBI=0.0474226,0.0614204,0.130375;REFB=0,0,0;REVB=-0.0367608,-0.0603608,-0.00246795;RO=0;SAF=2,2,0;SAR=0,0,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=-0.0772029,0,0.0353686;OID=.,.,.;OPOS=133909974,133909974,133909974;OREF=ATGC,ATGC,A;OALT=CGTG,GTCG,G;OMAPALT=CGTG,GTCG,GTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:8:48:48:0:0:2,2,33:2,0,46:0.0416667,0,0.958333:0,0,33:2,2,0:0:0:0,0,34:2,0,12:0:0 chr8 134239746 . G A 537.35 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0358133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.997;QD=21.4938;RBI=0.0363043;REFB=-0.00135171;REVB=-0.00595021;RO=48;SAF=26;SAR=25;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026902;STB=0.5098;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00116143;OID=.;OPOS=134239746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:49:51:51:0.51:25:26:23:25:25:26:24:25 chr8 134260948 . A G 244.19 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.036465;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9383;QD=22.1988;RBI=0.0643903;REFB=-0.0257542;REVB=-0.0530699;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254509;STB=0.505193;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0215625;OID=.;OPOS=134260948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:21:23:23:0.522727:14:9:8:14:14:9:8:13 chr8 134292516 . A G 158.95 PASS AF=0.5;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0396756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.7824;QD=18.7;RBI=0.0535987;REFB=-0.0511326;REVB=-0.036037;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161694;STB=0.616307;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0365497;OID=.;OPOS=134292516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:15:17:17:17:0.5:9:8:10:5:9:8:12:5 chr8 135602581 . A G 269.34 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.041777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2919;QD=14.1756;RBI=0.0626575;REFB=-0.0297312;REVB=0.0466974;RO=44;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108164;STB=0.569349;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0460104;OID=.;OPOS=135602581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:45:31:31:0.407895:11:20:24:20:11:20:24:21 chr8 135612595 . A G 391.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.578;QD=55.935;RBI=0.0268902;REFB=0;REVB=0.0258334;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00585e-05;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:8:19:0:0:9:19:0:0 chr8 135612745 . A G 618.79 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0303477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.736;QD=20.976;RBI=0.0361482;REFB=-0.0242418;REVB=0.0196396;RO=56;SAF=37;SAR=25;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161082;STB=0.588562;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0277418;OID=.;OPOS=135612745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:56:62:62:0.525424:25:37:23:33:25:37:23:33 chr8 135614705 . A G 1062.36 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6914;QD=59.8512;RBI=0.0692778;REFB=0;REVB=-0.0526942;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000905627;OID=.;OPOS=135614705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr8 135614972 . A G 466.38 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00352278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8844;QD=22.4759;RBI=0.0161826;REFB=-0.00767551;REVB=-0.0157945;RO=38;SAF=21;SAR=24;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127461;STB=0.570002;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.010652;OID=.;OPOS=135614972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:24:21:12:26:24:21:12:26 chr8 136659426 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.996;QD=55.6561;RBI=0.00781281;REFB=0;REVB=0.00756266;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00844e-06;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr8 139143942 . A G 1320.81 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00565772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3846;QD=60.7267;RBI=0.0576748;REFB=-0.00644616;REVB=0.0573966;RO=1;SAF=47;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997334;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000312776;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:1:1:85:86:0.988506:38:47:1:0:38:48:1:0 chr8 139164570 . C T 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00174268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.686;QD=25.2766;RBI=0.00461642;REFB=-0.0286141;REVB=0.00427486;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731151;STB=0.522161;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0180468;OID=.;OPOS=139164570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:11:12:19:19:0.612903:9:10:7:4:9:10:7:5 chr8 139165272 . T C 414.47 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00997673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.693;QD=21.8139;RBI=0.0133964;REFB=-0.0236763;REVB=0.00894024;RO=35;SAF=20;SAR=21;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117295;STB=0.56463;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0178635;OID=.;OPOS=139165272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:21:20:22:13:21:20:22:13 chr8 139165289 . T C 484.24 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.026037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8603;QD=23.6213;RBI=0.0538451;REFB=-0.0323057;REVB=0.0471314;RO=35;SAF=22;SAR=24;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11802;STB=0.558114;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0210985;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:36:46:46:0.560976:24:22:22:13:24:22:22:14 chr8 139626176 . C G 555.1 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0235812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5471;QD=22.4283;RBI=0.03046;REFB=0.017382;REVB=-0.0192805;RO=47;SAF=21;SAR=31;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381003;STB=0.521;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0151114;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:31:21:21:26:31:21:21:26 chr8 139642974 . T C 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00718645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.744;QD=16.5614;RBI=0.00894752;REFB=-0.00886909;REVB=-0.00533039;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947585;STB=0.566348;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0117774;OID=.;OPOS=139642974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:31:27:27:0.465517:11:16:20:9:11:16:22:9 chr8 139647262 . A G 533.35 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.264;QD=59.2614;RBI=0.0678996;REFB=0;REVB=0.0658021;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169907;OID=.;OPOS=139647262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:36:0:0:31:36:1:8:23:0:0:12:24:0:0 chr8 139672671 . T C 747.86 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.431;QD=63.6476;RBI=0.0292339;REFB=0;REVB=0.0262878;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024886;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:27:20:0:0 chr8 139697478 . T C 4909.49 PASS AF=0.996885;AO=311;DP=318;FAO=320;FDP=321;FR=.;FRO=1;FSAF=132;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0539492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3453;QD=61.1774;RBI=0.0564555;REFB=-0.123574;REVB=0.0166345;RO=3;SAF=126;SAR=185;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493874;STB=0.501326;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000496679;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:318:321:3:1:311:320:0.996885:185:126:2:1:188:132:0:1 chr8 139712323 . A G 769.15 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158507;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.854;QD=64.0955;RBI=0.0200755;REFB=0;REVB=-0.0123199;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162962;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr8 139749758 . G T 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00881933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.283;QD=15.8613;RBI=0.012637;REFB=-0.0088211;REVB=-0.00905061;RO=51;SAF=19;SAR=19;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996306;STB=0.505615;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00999702;OID=.;OPOS=139749758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:19:19:26:25:19:19:26:25 chr8 139767379 . C T 372.19 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0145661;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.047;QD=17.1123;RBI=0.0150308;REFB=-0.020092;REVB=-0.00370823;RO=48;SAF=15;SAR=24;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116065;STB=0.565184;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0254448;OID=.;OPOS=139767379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:48:48:39:39:0.448276:24:15:24:24:24:15:24:24 chr8 139768085 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0341081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6643;QD=13.4557;RBI=0.0341144;REFB=-0.0188208;REVB=-0.000655416;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11125;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0134456;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:5:6:6:8:5:6:7:8 chr8 139824057 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0450392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.287;QD=19.0583;RBI=0.0514095;REFB=-0.0271254;REVB=0.0247871;RO=20;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13202;STB=0.575139;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0208274;OID=.;OPOS=139824057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:13:6:9:11:13:6:9:11 chr8 139838912 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.044;QD=57.3848;RBI=0.0377684;REFB=0;REVB=0.037744;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017234;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr8 140630990 . A G 297.29 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00607096;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.58;QD=22.8688;RBI=0.0248806;REFB=-0.0364199;REVB=-0.0241286;RO=21;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151582;STB=0.524532;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0284728;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:22:29:30:0.576923:16:13:9:12:16:14:9:13 chr8 141310644 . G A 2140.66 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.098;QD=62.9607;RBI=0.0288273;REFB=0;REVB=-0.010377;RO=0;SAF=70;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9242e-05;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:66:70:0:0:66:70:0:0 chr8 141461062 . G A 433.29 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0413157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5399;QD=18.0536;RBI=0.0796631;REFB=-0.000101662;REVB=0.0681119;RO=52;SAF=19;SAR=25;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103641;STB=0.557903;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00147248;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:25:19:28:24:25:19:28:24 chr8 141461185 . A G 51.62 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=52;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0361956;FXX=0.12725;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.294;QD=4.30153;RBI=0.0437138;REFB=0.00126967;REVB=-0.0245107;RO=37;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134052;STB=0.662869;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0246138;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:52:48:37:40:7:8:0.166667:3:4:17:20:3:5:17:23 chr8 141461266 . A G 344.93 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00274759;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6796;QD=17.4647;RBI=0.0865313;REFB=-0.0211586;REVB=-0.0864877;RO=41;SAF=15;SAR=21;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453181;STB=0.523533;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.025841;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:36:37:0.468354:21:15:19:22:21:16:20:22 chr8 141551407 . G A 322.38 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0215123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.927;QD=16.5323;RBI=0.0261917;REFB=-0.0205029;REVB=0.0149408;RO=43;SAF=23;SAR=12;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360815;STB=0.701806;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.031638;OID=.;OPOS=141551407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:12:23:12:31:12:23:12:31 chr8 141559358 . G A 346.11 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0299636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.802;QD=19.4994;RBI=0.0301654;REFB=-0.0199277;REVB=-0.00348377;RO=34;SAF=15;SAR=21;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480442;STB=0.520372;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0217148;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:35:36:36:0.507042:21:15:16:18:21:15:16:19 chr8 141566311 . C T 1184.56 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.318;QD=59.2278;RBI=0.0222088;REFB=0.0410159;REVB=0.0126161;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133317;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00137715;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:78:79:0.9875:43:35:1:0:44:35:1:0 chr8 141568622 . G A 557.94 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.0032446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1847;QD=18.913;RBI=0.00910028;REFB=0.00464616;REVB=-0.00850221;RO=58;SAF=26;SAR=32;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112115;STB=0.568581;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00617154;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:60:58:58:0.491525:32:26:19:39:32:26:19:41 chr8 141774282 . A C 714.53 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0891062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7799;QD=60.8108;RBI=0.0981174;REFB=-0.0214362;REVB=0.0410745;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177403;STB=0.50943;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00245257;OID=.;OPOS=141774282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:20:26:1:0:20:26:1:0 chr8 141780818 . T C 1055.81 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0462156;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1499;QD=58.6561;RBI=0.062026;REFB=-0.130039;REVB=0.0413684;RO=1;SAF=51;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918066;STB=0.504853;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00220375;OID=.;OPOS=141780818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:72:1:1:69:71:0.986111:18:51:1:0:20:51:1:0 chr8 141840645 . G A 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.264;QD=58.5992;RBI=0.00110721;REFB=0;REVB=0.000103033;RO=0;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00074e-06;OID=.;OPOS=141840645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:46:18:0:0:46:18:0:0 chr8 142146708 . T C 698.57 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.332;QD=62.0954;RBI=0.0292459;REFB=0;REVB=0.0194698;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91733e-06;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr8 142152442 . A G 1572.52 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.348;QD=62.9007;RBI=0.0358836;REFB=-0.0662612;REVB=0.0259583;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000524653;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:49:50:0:0:49:50:0:1 chr8 142154291 . G A 1642.44 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00868345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.582;QD=60.2729;RBI=0.0234766;REFB=0;REVB=0.0218116;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64895e-05;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:53:55:0:0:53:56:0:0 chr8 142161032 . A C 1513.42 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00830078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.479;QD=59.9374;RBI=0.013897;REFB=0;REVB=0.0111456;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17863e-05;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:56:44:0:0:57:44:0:0 chr8 142161873 . C T 613.05 PASS AF=0.923077;AO=45;DP=50;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0753029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6433;QD=47.1578;RBI=0.0786891;REFB=-0.0341273;REVB=0.022835;RO=4;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507524;STB=0.526305;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00116337;OID=.;OPOS=142161873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:50:52:4:4:45:48:0.923077:35:10:0:4:36:12:0:4 chr8 142161888 . G A 673.75 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000202202;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.071;QD=62.6746;RBI=0.00565355;REFB=0;REVB=0.00564993;RO=0;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29413e-06;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:33:9:0:0:34:9:0:0 chr8 142200467 . G A 755.94 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.26;QD=54.9776;RBI=0.0218775;REFB=-0.150283;REVB=0.000844037;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.512191;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000870979;OID=.;OPOS=142200467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:0:1:54:54:0.981818:34:20:0:0:34:20:1:0 chr8 142202856 . C T 556.83 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.425;QD=60.1978;RBI=0.0579338;REFB=0;REVB=0.03684;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201508;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr8 142202884 . T C 669.85 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.133;QD=62.312;RBI=0.0158568;REFB=0;REVB=0.0151763;RO=0;SAF=8;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9691e-05;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:35:8:0:0:35:8:0:0 chr8 142204326 . C G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.55;QD=59.8394;RBI=0.031691;REFB=0;REVB=0.0316128;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99631e-05;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr8 142218119 . G A 365.32 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1327;QD=52.1889;RBI=0.0538422;REFB=-0.168489;REVB=0.0514555;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281787;STB=0.51514;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00581;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:16:11:0:1:16:11:0:1 chr8 142221361 . C G 463.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.497;QD=57.8886;RBI=0.0270036;REFB=0;REVB=0.0237906;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76876e-05;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr8 142222374 . A G 1789.27 PASS AF=1;AO=116;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146652;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1625;QD=61.1715;RBI=0.02913;REFB=0;REVB=-0.0251692;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316318;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:116:117:1:64:52:0:0:65:52:0:0 chr8 142222445 . T C 2241.66 PASS AF=1;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455664;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.087;QD=63.5931;RBI=0.0488595;REFB=0;REVB=0.017634;RO=0;SAF=58;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332306;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:141:0:0:141:141:1:83:58:0:0:83:58:0:0 chr8 142228809 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.646;QD=62.0219;RBI=0.0276729;REFB=0;REVB=0.0154681;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283081;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr8 142228909 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.044;QD=62.671;RBI=0.0624916;REFB=0;REVB=0.0518201;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270827;OID=.;OPOS=142228909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr8 142229891 . A G 3334.06 PASS AF=1;AO=214;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470212;FXX=0.00921617;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.941;QD=62.029;RBI=0.0470228;REFB=-0.100965;REVB=0.0003871;RO=0;SAF=81;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011071;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:216:215:0:0:214:215:1:133:81:0:0:134:81:0:0 chr8 142266691 . A C 1604.67 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.777;QD=64.1869;RBI=0.0376417;REFB=0;REVB=0.0315741;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18081e-05;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:100:0:0:96:100:1:49:47:0:0:53:47:0:0 chr8 142441642 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.000700728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.501;QD=21.2672;RBI=0.0265873;REFB=-0.0295966;REVB=-0.0265781;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.571349;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.03236;OID=.;OPOS=142441642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:11:6:3:11:11:6:3:11 chr8 142446937 . C T 822.04 PASS AF=0.493976;AO=82;DP=166;FAO=82;FDP=166;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0111469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.043;QD=19.8081;RBI=0.0111479;REFB=-0.0249716;REVB=0.000149312;RO=62;SAF=48;SAR=34;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205906;STB=0.558294;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0261025;OID=.;OPOS=142446937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:62:81:82:82:0.493976:34:48:20:42:34:48:38:43 chr8 142459814 . C T 1880.27 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.044092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.932;QD=60.6537;RBI=0.0445086;REFB=0.027683;REVB=-0.00607569;RO=1;SAF=56;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703848;STB=0.503703;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000120375;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:67:56:0:1:67:56:0:1 chr8 142476529 . G A 204.4 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00502921;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.998;QD=19.9415;RBI=0.0242677;REFB=-0.0199383;REVB=0.0237409;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442434;STB=0.535929;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0205601;OID=.;OPOS=142476529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:20:20:21:0.512195:10:10:11:9:11:10:11:9 chr8 142488837 . G A 396.6 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.014292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.96;QD=17.8245;RBI=0.0284732;REFB=-0.0110614;REVB=0.0246265;RO=48;SAF=12;SAR=29;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176213;STB=0.598977;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0124174;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:29:12:22:26:29:12:22:26 chr8 142490079 . G A 1540.84 PASS AF=1;AO=74;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070907;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.243;QD=58.6988;RBI=0.0146352;REFB=0;REVB=0.0128027;RO=1;SAF=53;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219909;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129247;OID=.;OPOS=142490079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:1:0:74:105:1:21:53:0:1:41:64:0:0 chr8 142490080 . T A 122.52 PASS AF=0.194444;AO=21;DP=108;FAO=21;FDP=108;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=63;FSRR=24;FWDB=-0.0076527;FXX=0.00917347;HRUN=7;LEN=1;MLLD=96.085;QD=4.53784;RBI=0.0309967;REFB=-0.00450767;REVB=0.0300371;RO=87;SAF=4;SAR=17;SRF=63;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.611641;STB=0.873845;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0127821;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:87:87:21:21:0.194444:17:4:63:24:17:4:63:24 chr8 142490120 . G T 225.37 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0133409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.654;QD=10.8614;RBI=0.0198872;REFB=-0.011674;REVB=-0.0147487;RO=54;SAF=20;SAR=8;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014572;STB=0.518659;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0201786;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:54:55:28:28:0.337349:8:20:38:16:8:20:38:17 chr8 142500345 . C T 282.97 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00109483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.222;QD=14.8932;RBI=0.0138499;REFB=0.00712501;REVB=0.0138066;RO=43;SAF=11;SAR=21;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814244;STB=0.554543;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0104821;OID=.;OPOS=142500345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:21:11:18:25:21:11:19:25 chr8 142505038 . T C 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0159521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.414;QD=22.404;RBI=0.0191844;REFB=-0.0233756;REVB=-0.010657;RO=29;SAF=20;SAR=17;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18206;STB=0.600109;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.017927;OID=.;OPOS=142505038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:17:20:9:20:17:20:9:20 chr8 142517222 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.014694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6552;QD=11.1041;RBI=0.0613066;REFB=-0.000454433;REVB=-0.0595196;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22218;STB=0.635955;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00451215;OID=.;OPOS=142517222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:5:5:5:2:5:5 chr8 142517227 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0350595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9565;QD=11.1043;RBI=0.128599;REFB=-0.0441732;REVB=-0.123728;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263271;STB=0.635955;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0503974;OID=.;OPOS=142517227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:5:2:5:4:5:2:5:5 chr8 143413136 . C T 588.71 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=128;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.00283833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.758;QD=18.3972;RBI=0.0124179;REFB=-0.0044555;REVB=0.0120892;RO=67;SAF=34;SAR=27;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131273;STB=0.572717;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0049158;OID=.;OPOS=143413136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:67:67:61:61:0.476562:27:34:28:39:27:34:28:39 chr8 143425354 . C T 173.58 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00581579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.933;QD=9.64364;RBI=0.00592558;REFB=-0.0193282;REVB=0.00113537;RO=46;SAF=12;SAR=11;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747827;STB=0.519983;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0341605;OID=.;OPOS=143425354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:46:49:23:23:0.319444:11:12:27:19:11:12:27:22 chr8 143425406 . C T 186.09 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0134692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.572;QD=10.484;RBI=0.0234361;REFB=-0.0154197;REVB=0.019179;RO=47;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131741;STB=0.507686;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0303051;OID=.;OPOS=143425406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:11:13:26:21:11:13:26:21 chr8 143425720 . T C 337.9 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0314029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.448;QD=17.5531;RBI=0.0342516;REFB=-0.0122191;REVB=-0.0136759;RO=41;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182624;STB=0.602094;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.021451;OID=.;OPOS=143425720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:15:21:16:25:15:21:16:25 chr8 143427178 . C G 231.26 PASS AF=0.402985;AO=21;DP=61;FAO=27;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0187324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.395;QD=13.8063;RBI=0.0581264;REFB=-0.00935613;REVB=0.0550252;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317837;STB=0.659881;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0123367;OID=.;OPOS=143427178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:67:31:40:21:27:0.402985:12:9:23:8:18:9:24:16 chr8 143436034 . A G 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0197959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.271;QD=19.4397;RBI=0.0222228;REFB=-0.00859721;REVB=0.0100982;RO=29;SAF=10;SAR=21;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836196;STB=0.54635;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00916833;OID=.;OPOS=143436034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:21:10:7:22:21:10:7:22 chr8 143603418 . G C 1295.47 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511012;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4287;QD=61.689;RBI=0.0685757;REFB=0;REVB=0.0457306;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270642;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr8 143623372 . C A 304.12 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.00558813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.449;QD=12.541;RBI=0.00737913;REFB=-0.022097;REVB=-0.00481917;RO=62;SAF=19;SAR=16;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153978;STB=0.587904;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0328599;OID=.;OPOS=143623372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:62:62:35:35:0.360825:16:19:42:20:16:19:42:20 chr8 143694775 . G C 271.7 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0203033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.9;QD=20.8996;RBI=0.022246;REFB=-0.0184734;REVB=-0.0090916;RO=24;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103816;STB=0.557652;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0155229;OID=.;OPOS=143694775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:14:14:9:15:14:14:9:15 chr8 143695144 . G A 553.67 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0182377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.192;QD=18.303;RBI=0.032594;REFB=-0.0300072;REVB=0.0270139;RO=63;SAF=36;SAR=22;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329756;STB=0.51829;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.033171;OID=.;OPOS=143695144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:63:58:58:0.479339:22:36:37:26:22:36:37:26 chr8 143695678 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.53;QD=35.5756;RBI=0.0377161;REFB=0;REVB=0.0238079;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53752e-05;OID=.;OPOS=143695678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr8 143695681 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1236;QD=33.4283;RBI=0.0303913;REFB=0;REVB=0.012136;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354609;OID=.;OPOS=143695681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr8 143746087 . CCA C 498.12 PASS AF=0.9375;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00177867;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=303.31;QD=41.5101;RBI=0.00386701;REFB=-0.0343199;REVB=-0.00343368;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508376;STBP=0.742;TYPE=del;VARB=-4.11937e-06;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:43:45:45:48:3:21:24:1:2:5:0:20:23:0:0 chr8 143746119 . AG A,GA 35.77 PASS AF=0.25,0.0681818;AO=13,3;DP=46;FAO=11,3;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8,0;FSAR=3,3;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.123055,-0.0281523;FXX=0.0434688;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.2479,171.035;QD=3.25192;RBI=0.135608,0.0328802;REFB=-0.14706,-0.0160387;REVB=0.0569807,0.016987;RO=22;SAF=12,0;SAR=1,3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0.333333,0;SSSB=0.591738,-0.584149;STB=0.675723,0.996383;STBP=0.216,0.07;TYPE=del,mnp;VARB=0.172333,0.0286938;OID=.,.;OPOS=143746120,143746119;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:44:22:30:13,3:11,3:0.25,0.0681818:1,3:12,0:11:11:3,3:8,0:15:15 chr8 143761931 . C T 193.73 PASS AF=0.375;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0057379;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6801;QD=12.108;RBI=0.00845503;REFB=-0.00400489;REVB=-0.00620999;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310972;STB=0.510462;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00870065;OID=.;OPOS=143761931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:40:24:24:0.375:13:11:19:20:13:11:19:21 chr8 143763490 . T C 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00800444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.732;QD=24.5166;RBI=0.0326769;REFB=-0.0325172;REVB=0.0316813;RO=22;SAF=9;SAR=18;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563422;STB=0.531227;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0174117;OID=.;OPOS=143763490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:18:9:6:16:18:9:6:16 chr8 143763547 . C A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0380541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.792;QD=11.0922;RBI=0.039124;REFB=-0.0192744;REVB=0.00908695;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477139;STB=0.529298;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.021494;OID=.;OPOS=143763547;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:1:5:4:1:1:5 chr8 143808951 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0118174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.191;QD=11.2567;RBI=0.0119987;REFB=-0.0062473;REVB=-0.00207823;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192383;STB=0.617332;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0122397;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:5:7:6:2:5:7 chr8 143845950 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.809;QD=40.7627;RBI=0.00998503;REFB=0;REVB=0.00912637;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125143;OID=.;OPOS=143845950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr8 143845953 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.564;QD=39.2059;RBI=0.0328518;REFB=0;REVB=-0.0111629;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194912;OID=.;OPOS=143845953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr8 143845982 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000244146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.144;QD=23.2182;RBI=0.0536354;REFB=0.0213057;REVB=0.0536348;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.66592;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-6.06672e-05;OID=.;OPOS=143845982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:0:1:1:4:0:1 chr8 143867905 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0237151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0263;QD=12.8682;RBI=0.0529051;REFB=-0.00919081;REVB=0.0472921;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283924;STB=0.664077;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0158392;OID=.;OPOS=143867905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:3:13:6:5:3:13 chr8 143922620 . C T 390.46 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00576787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.323;QD=19.0469;RBI=0.0310731;REFB=-0.0227558;REVB=-0.0305331;RO=42;SAF=26;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228695;STB=0.627411;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0240708;OID=.;OPOS=143922620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:14:26:17:25:14:26:17:25 chr8 143956693 . G A 65.21 PASS AF=0.2;AO=9;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0537647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.548;QD=5.21686;RBI=0.0561761;REFB=-0.00948203;REVB=0.016282;RO=38;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996894;STB=0.580483;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0365697;OID=.;OPOS=143956693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:50:50:38:40:9:10:0.2:4:5:18:20:4:6:20:20 chr8 143957163 . C G 147.61 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.081693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.753;QD=10.7353;RBI=0.0847183;REFB=-0.00710505;REVB=-0.0224377;RO=36;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197767;STB=0.630224;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.020784;OID=.;OPOS=143957163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:36:36:18:19:0.345455:10:8:10:26:10:9:10:26 chr8 143957738 . C T 668.38 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00158216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.151;QD=21.2183;RBI=0.00739909;REFB=-0.0118976;REVB=0.00722795;RO=60;SAF=29;SAR=37;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384314;STB=0.52112;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0103734;OID=.;OPOS=143957738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:60:66:66:0.52381:37:29:29:31:37:29:29:31 chr8 143959188 . G T 187.06 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=71;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0185748;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.227;QD=9.97639;RBI=0.0266183;REFB=-0.0196806;REVB=0.019066;RO=50;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277414;STB=0.592717;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0207947;OID=.;OPOS=143959188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:50:50:21:25:0.333333:8:13:19:31:12:13:19:31 chr8 143959250 . T C 336.58 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0251925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2984;QD=17.2602;RBI=0.0346775;REFB=0.00662893;REVB=-0.0238299;RO=42;SAF=13;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686117;STB=0.538498;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00439698;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:23:13:18:24:23:13:18:24 chr8 143961005 . T C 199.49 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00530356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.1;QD=15.6461;RBI=0.0154103;REFB=-0.00535579;REVB=-0.014469;RO=28;SAF=18;SAR=3;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386249;STB=0.724948;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00934302;OID=.;OPOS=143961005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:29:21:22:0.431373:3:18:16:12:3:19:17:12 chr8 143961102 . C T 221.82 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0328303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.413;QD=18.4852;RBI=0.046774;REFB=-0.0138632;REVB=-0.0333164;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194024;STB=0.606647;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0259264;OID=.;OPOS=143961102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:26:22:22:0.458333:10:12:8:16:10:12:9:17 chr8 143994041 . C T 388.89 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.00275404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.758;QD=16.2036;RBI=0.0437733;REFB=-0.0121539;REVB=-0.0436866;RO=55;SAF=20;SAR=21;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127187;STB=0.571395;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.011809;OID=.;OPOS=143994041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:21:20:20:35:21:20:20:35 chr8 143994253 . C T 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0193818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.176;QD=13.9988;RBI=0.0205704;REFB=-0.00663115;REVB=-0.00689121;RO=55;SAF=20;SAR=16;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881226;STB=0.555525;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0118632;OID=.;OPOS=143994253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:56:36:36:0.391304:16:20:26:29:16:20:26:30 chr8 143994702 . G T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.051262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.674;QD=15.3778;RBI=0.0540723;REFB=-0.00915055;REVB=0.0172052;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143325;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00794529;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:6:8:5:7:6:8 chr8 143994806 . A G 325.8 PASS AF=0.5;AO=33;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0310292;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.614;QD=18.6169;RBI=0.0375912;REFB=-0.0108737;REVB=-0.0212199;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173693;STB=0.585041;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0151943;OID=.;OPOS=143994806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:35:33:35:0.5:15:18:12:22:16:19:13:22 chr8 143995761 . C T 627.87 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00348428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.054;QD=20.586;RBI=0.00351461;REFB=-0.0209423;REVB=-0.000460692;RO=57;SAF=29;SAR=34;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116098;STB=0.515147;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0165249;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:57:59:63:63:0.516393:34:29:27:30:34:29:29:30 chr8 143996683 . T C 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.030763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.252;QD=6.7876;RBI=0.0913374;REFB=-0.00263912;REVB=-0.086001;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527542;STB=0.533253;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00177334;OID=.;OPOS=143996683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:6:2:5:18:6:2:5:18 chr8 144063723 . G A 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0157129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.02;QD=19.6923;RBI=0.0418194;REFB=-0.0351689;REVB=0.0387552;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297034;STB=0.666536;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0621281;OID=.;OPOS=144063723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:18:8:16:9:18:8:16:9 chr8 144063817 . G A 92.14 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.000673156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8097;QD=9.6987;RBI=0.118736;REFB=0.0133673;REVB=0.118734;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159583;STB=0.557426;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.0221599;OID=.;OPOS=144063817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:37:38:26:26:11:12:0.315789:7:4:13:13:7:5:13:13 chr8 144099678 . G A 1648.63 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409198;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.862;QD=60.5001;RBI=0.110663;REFB=0;REVB=0.102819;RO=0;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265907;OID=.;OPOS=144099678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:109:0:0:109:109:1:54:55:0:0:54:55:0:0 chr8 144102747 . C T 868.74 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.944;QD=57.9159;RBI=0.0565763;REFB=0;REVB=0.0408323;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011533;OID=.;OPOS=144102747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:27:33:0:0 chr8 144124609 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00907349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.816;QD=55.0987;RBI=0.0189747;REFB=0;REVB=0.0166647;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27728e-05;OID=.;OPOS=144124609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr8 144295183 . G T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00253498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.712;QD=16.3859;RBI=0.0330905;REFB=-0.0132204;REVB=0.0329933;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.583142;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0104036;OID=.;OPOS=144295183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:4:4:3:6:4:4 chr8 144295782 . G T 463.51 PASS AF=0.474227;AO=43;DP=94;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.082064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3465;QD=19.1137;RBI=0.117932;REFB=0.00156615;REVB=0.0846969;RO=51;SAF=24;SAR=19;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472381;STB=0.506281;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.000575874;OID=.;OPOS=144295782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:51:51:43:46:0.474227:19:24:26:25:22:24:26:25 chr8 144332012 . T C 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2265;QD=59.6756;RBI=0.0464654;REFB=0;REVB=-0.0129693;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034345;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr8 144332082 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.064;QD=57.2375;RBI=0.0477019;REFB=0;REVB=0.0152612;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278814;OID=.;OPOS=144332082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr8 144333315 . G A 1346.77 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0408489;FXX=0.0434735;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.644;QD=61.2167;RBI=0.0459676;REFB=-0.122951;REVB=0.0210803;RO=1;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116972;STB=0.506171;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00206742;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:88:1:1:86:87:0.988636:40:46:0:1:40:47:0:1 chr8 144333434 . G A 807.64 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.098;QD=51.2787;RBI=0.10056;REFB=-0.11639;REVB=0.0442506;RO=1;SAF=20;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230041;STB=0.545439;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00375832;OID=.;OPOS=144333434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:63:63:1:4:59:59:0.936508:39:20:1:0:39:20:4:0 chr8 144351632 . A G 844.33 PASS AF=1;AO=49;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.617;QD=57.2424;RBI=0.0395681;REFB=0;REVB=0.0183787;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02138e-05;OID=.;OPOS=144351632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:49:59:1:31:18:0:0:38:21:0:0 chr8 144357213 . G C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.644;QD=55.6547;RBI=0.0359131;REFB=0;REVB=0.0333245;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30113e-05;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr8 144358381 . G A 54.49 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0935896;FXX=0.142653;HRUN=6;LEN=1;MLLD=187.995;QD=36.3289;RBI=0.0938668;REFB=0;REVB=-0.00720842;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153909;OID=.;OPOS=144358381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr8 144378184 . C G 102.18 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.803;QD=40.873;RBI=0.102898;REFB=0;REVB=0.0873515;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719774;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:1:0:8:10:1:2:6:1:0:4:6:0:0 chr8 144378868 . A G 88.3 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.464;QD=39.2429;RBI=0.127125;REFB=0;REVB=0.0908493;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425092;OID=.;OPOS=144378868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:1:7:0:0:1:8:0:0 chr8 144391924 . CT TC 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329677;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=226.351;QD=48.7365;RBI=0.0398107;REFB=0;REVB=-0.0223165;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.83969e-05;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr8 144391930 . G A 219.16 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.2;QD=48.7015;RBI=0.0205799;REFB=0;REVB=0.00428682;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416156;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:18:0:0:16:18:1:6:10:0:0:7:11:0:0 chr8 144392368 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.321;QD=43.4862;RBI=0.106465;REFB=0;REVB=0.0530023;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0038598;OID=.;OPOS=144392368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr8 144400036 . C T 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.162;QD=56.9523;RBI=0.0394418;REFB=0;REVB=0.0327454;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205646;OID=.;OPOS=144400036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr8 144409934 . C A 2128.54 PASS AF=0.93125;AO=149;DP=160;FAO=149;FDP=160;FR=.;FRO=11;FSAF=110;FSAR=39;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0179615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.784;QD=53.2136;RBI=0.0180258;REFB=-0.0112696;REVB=0.00152089;RO=11;SAF=110;SAR=39;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292722;STB=0.515416;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00171098;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:160:160:11:11:149:149:0.93125:39:110:10:1:39:110:10:1 chr8 144409938 . A AG,G 2299.32 PASS AF=0.987179,0.0128205;AO=138,12;DP=163;FAO=154,2;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=118,2;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282595,-0.00327797;FXX=0.00636902;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=28.3079,4.65416;QD=58.957;RBI=0.0657907,0.0203297;REFB=0,0;REVB=-0.0594123,-0.0200637;RO=12;SAF=103,11;SAR=35,1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0158222,0.405775;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00195636,0.0389574;OID=.,.;OPOS=144409939,144409938;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:163:156:12:0:138,12:154,2:0.987179,0.0128205:35,1:103,11:8:4:36,0:118,2:0:0 chr8 144623574 . T C 401.56 PASS AF=0.328859;AO=49;DP=149;FAO=49;FDP=149;FR=.;FRO=100;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=-0.0314352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.537;QD=10.7802;RBI=0.0588173;REFB=-0.00611094;REVB=-0.0497122;RO=100;SAF=24;SAR=25;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814279;STB=0.546933;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00891145;OID=.;OPOS=144623574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:100:100:49:49:0.328859:25:24:42:58:25:24:42:58 chr8 144642178 . T C 727.05 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.628;QD=63.2215;RBI=0.0847704;REFB=0;REVB=0.0285976;RO=0;SAF=5;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271101;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:41:5:0:0:41:5:0:0 chr8 144642593 . CTTT CTT,CTTC 266.78 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=6,15;DP=22;FAO=1,20;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502645,0.249784;FXX=0.0454339;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.2739,41.4301;QD=50.8159;RBI=0.159015,0.252315;REFB=0,0;REVB=-0.150862,-0.035653;RO=0;SAF=6,8;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0355132,0.0148556;OID=.,.;OPOS=144642594,144642596;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTT,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.047619,0.952381:6,15:22:1,20:21:0:1,13:0,7:0:0:5:0:6,8:0,7:0:0 chr8 144642626 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.919;QD=53.9101;RBI=0.0971202;REFB=0;REVB=-0.096358;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107735;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr8 144643603 . G A 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0066997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.308;QD=18.4581;RBI=0.0163346;REFB=-0.0198808;REVB=-0.0148974;RO=41;SAF=31;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369213;STB=0.708448;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0119645;OID=.;OPOS=144643603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:7:31:20:21:7:31:20:21 chr8 144649968 . C T 1934.28 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277842;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2682;QD=61.897;RBI=0.0799484;REFB=0;REVB=0.0749652;RO=0;SAF=67;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308313;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:58:67:0:0:58:67:0:0 chr8 144654255 . A G 282.85 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0227728;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.882;QD=17.1426;RBI=0.0418708;REFB=-0.0196726;REVB=-0.0351364;RO=35;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956469;STB=0.553734;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.020689;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:35:35:31:31:0.469697:12:19:18:17:12:19:18:17 chr8 144657801 . G A 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.022992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6809;QD=9.82108;RBI=0.0231056;REFB=-0.00915156;REVB=-0.00228915;RO=23;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28822;STB=0.681409;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.032896;OID=.;OPOS=144657801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:10:1:5:18:10:1:5:18 chr8 144658711 . G A 336.26 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0237638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5255;QD=17.2441;RBI=0.0458508;REFB=-0.0197996;REVB=0.0392119;RO=42;SAF=13;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921043;STB=0.551695;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0282211;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:23:13:19:23:23:13:19:23 chr8 144660046 . G A 462.72 PASS AF=0.416;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0133381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.878;QD=14.8071;RBI=0.0140282;REFB=-0.0255089;REVB=0.00434563;RO=73;SAF=30;SAR=22;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00168037;STB=0.500945;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0291101;OID=.;OPOS=144660046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:73:73:52:52:0.416:22:30:42:31:22:30:42:31 chr8 144671244 . C A 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0180666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.304;QD=21.2933;RBI=0.0290309;REFB=-0.0299369;REVB=0.0227243;RO=25;SAF=15;SAR=10;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312591;STB=0.674287;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0304853;OID=.;OPOS=144671244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:10:15:6:19:10:15:6:19 chr8 144671685 . G C 616.88 PASS AF=1;AO=35;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275591;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.209;QD=61.6884;RBI=0.075341;REFB=0;REVB=0.0701196;RO=1;SAF=30;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846903;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064204;OID=.;OPOS=144671685;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:1:0:35:40:1:5:30:0:1:9:31:0:0 chr8 144681777 . G T 875.37 PASS AF=0.572368;AO=83;DP=139;FAO=87;FDP=152;FR=.;FRO=65;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0488921;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.6687;QD=23.0361;RBI=0.0542626;REFB=-0.0477536;REVB=0.023537;RO=56;SAF=46;SAR=37;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264201;STB=0.507372;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0281367;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:152:56:65:83:87:0.572368:37:46:33:23:40:47:34:31 chr8 144681805 . A T 245.93 PASS AF=0.276423;AO=34;DP=123;FAO=34;FDP=123;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.0343882;FXX=0.053842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0437;QD=7.99782;RBI=0.0390458;REFB=-0.0177978;REVB=0.0184938;RO=89;SAF=27;SAR=7;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385695;STB=0.73191;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0557725;OID=.;OPOS=144681805;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:89:89:34:34:0.276423:7:27:45:44:7:27:45:44 chr8 144689146 . C T 698.42 PASS AF=0.407407;AO=77;DP=184;FAO=77;FDP=189;FR=.;FRO=112;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=-0.00790098;FXX=0.00526288;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.593;QD=14.7815;RBI=0.0346724;REFB=-0.0139492;REVB=0.0337602;RO=107;SAF=40;SAR=37;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153995;STB=0.500963;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0199991;OID=.;OPOS=144689146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:189:107:112:77:77:0.407407:37:40:54:53:37:40:58:54 chr8 144695769 . G A 176.29 PASS AF=0.422222;AO=14;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00135604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4136;QD=15.6704;RBI=0.0178861;REFB=-0.0121854;REVB=-0.0178346;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844256;STB=0.621048;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00864677;OID=.;OPOS=144695769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:14:19:0.422222:7:7:11:15:7:12:11:15 chr8 144732363 . T C 739.51 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0313576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2297;QD=54.7781;RBI=0.0496985;REFB=-0.129019;REVB=0.038557;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018468;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00176344;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:27:25:1:0:27:26:1:0 chr8 144732418 . A G 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.563;QD=63.5699;RBI=0.0232354;REFB=0;REVB=-0.00549629;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06692e-05;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr8 144732450 . G A 708.49 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000408813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.99;QD=62.9768;RBI=0.00821917;REFB=0;REVB=0.00820899;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43134e-05;OID=.;OPOS=144732450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr8 144733805 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.205;QD=58.142;RBI=0.0653735;REFB=0;REVB=0.0643247;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212484;OID=.;OPOS=144733805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr8 144734383 . G A 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.861;QD=44.6871;RBI=0.0181069;REFB=0;REVB=0.0117178;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534097;OID=.;OPOS=144734383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr8 144735977 . T C 910.38 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.177;QD=57.8018;RBI=0.0514248;REFB=0;REVB=0.0134084;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144737;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:38:24:0:0:39:24:0:0 chr8 144776109 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.259;QD=54.5163;RBI=0.0092895;REFB=0;REVB=0.00834524;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80773e-05;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr8 144801241 . C G 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00108106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.77;QD=19.2766;RBI=0.0156804;REFB=-0.010722;REVB=0.0156431;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684359;STB=0.538031;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0133657;OID=.;OPOS=144801241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:16:18:20:13:16:18:20:13 chr8 144801243 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355968;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.793;QD=59.1432;RBI=0.0440745;REFB=0;REVB=0.025989;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43768e-05;OID=.;OPOS=144801243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr8 144808747 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6212;QD=42.1792;RBI=0.0711888;REFB=0;REVB=0.0227929;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00510922;OID=.;OPOS=144808747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr8 144811338 . C G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.694;QD=57.7118;RBI=0.0514179;REFB=0;REVB=0.0325964;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207808;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:19:40:0:0:19:40:0:0 chr8 144812408 . G A 653.88 PASS AF=0.566038;AO=57;DP=104;FAO=60;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00774988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.993;QD=24.6748;RBI=0.0398047;REFB=0.0089319;REVB=0.0390429;RO=32;SAF=21;SAR=36;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213201;STB=0.573619;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0054355;OID=.;OPOS=144812408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:32:41:57:60:0.566038:36:21:22:10:37:23:23:18 chr8 144885580 . A G 2496.78 PASS AF=0.993902;AO=161;DP=162;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.135814;FXX=0.029584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.394;QD=60.897;RBI=0.139253;REFB=-0.0103484;REVB=-0.0307591;RO=1;SAF=77;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563111;STB=0.50289;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00196141;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:164:1:1:161:163:0.993902:84:77:0:1:86:77:0:1 chr8 144889172 . A G 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.309;QD=63.3364;RBI=0.0469851;REFB=0;REVB=0.0206651;RO=0;SAF=26;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07991e-05;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:67:26:0:0:67:26:0:0 chr8 144890873 . A T 501.62 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.953;QD=59.0135;RBI=0.013461;REFB=0;REVB=0.013461;RO=0;SAF=0;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67333e-05;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:33:0:0:0:34:0:0:0 chr8 144893084 . G A 619.92 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00919647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.897;QD=59.0395;RBI=0.0954253;REFB=0.0445285;REVB=0.0949811;RO=1;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407263;STB=0.51999;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=3.58618e-06;OID=.;OPOS=144893084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:40:41:0.97619:11:29:0:1:12:29:0:1 chr8 144894496 . G A 1264.69 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.331;QD=61.6921;RBI=0.0322141;REFB=0;REVB=0.000830029;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31669e-05;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr8 144904690 . A G 255.71 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0478;QD=51.1423;RBI=0.0352555;REFB=0;REVB=0.0276103;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157994;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr8 144911443 . C CG 31.27 PASS AF=0.357143;AO=8;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0227977;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=61.6627;QD=4.46691;RBI=0.0667906;REFB=-0.0155029;REVB=0.0627794;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00792354;STB=0.507448;STBP=0.993;TYPE=ins;VARB=0.0996745;OID=.;OPOS=144911444;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:8:27:10:28:18:6:4:11:7:31:19:5:3:12:7 chr8 144917790 . A G 1373.22 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.361;QD=62.4193;RBI=0.0388693;REFB=0;REVB=0.0232835;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16366e-05;OID=.;OPOS=144917790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:43:43:0:0:44:44:0:0 chr8 144940222 . A C 923.48 PASS AF=0.542169;AO=90;DP=166;FAO=90;FDP=166;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=77;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.00339576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.632;QD=22.2526;RBI=0.0231853;REFB=-0.0250079;REVB=-0.0229352;RO=76;SAF=13;SAR=77;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414578;STB=0.729798;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0153838;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:76:76:90:90:0.542169:77:13:39:37:77:13:39:37 chr8 144940230 . G C 1281.44 PASS AF=0.596859;AO=113;DP=191;FAO=114;FDP=191;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=87;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00903911;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.345;QD=26.8365;RBI=0.0520584;REFB=-0.0249846;REVB=0.0512677;RO=77;SAF=26;SAR=87;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237597;STB=0.624355;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0166056;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:77:77:113:114:0.596859:87:26:38:39:87:27:38:39 chr8 144940267 . G A 141.59 PASS AF=0.141176;AO=27;DP=241;FAO=36;FDP=255;FR=.;FRO=219;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=86;FSRR=133;FWDB=-0.0147539;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.911;QD=2.22097;RBI=0.0672881;REFB=-0.00888064;REVB=0.0656507;RO=195;SAF=14;SAR=13;SRF=84;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109883;STB=0.503431;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0590147;OID=.;OPOS=144940267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:255:195:219:27:36:0.141176:13:14:84:111:22:14:86:133 chr8 144940300 . G A 1661.84 PASS AF=0.565693;AO=155;DP=274;FAO=155;FDP=274;FR=.;FRO=119;FSAF=55;FSAR=100;FSRF=48;FSRR=71;FWDB=-0.00813399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.644;QD=24.2605;RBI=0.00813424;REFB=-0.00463876;REVB=-6.32953e-05;RO=119;SAF=55;SAR=100;SRF=48;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417995;STB=0.522707;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00312591;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:119:119:155:155:0.565693:100:55:48:71:100:55:48:71 chr8 144941419 . C T 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00217108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.537;QD=20.2733;RBI=0.00253914;REFB=-0.0176662;REVB=-0.00131668;RO=24;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305408;STB=0.517226;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0212055;OID=.;OPOS=144941419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:16:7:8:16:16:7:8:16 chr8 144942903 . T C 576.27 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.978;QD=59.1047;RBI=0.0171561;REFB=0;REVB=0.0165823;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00674852;OID=.;OPOS=144942903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:12:25:0:0:13:26:0:0 chr8 144944176 . T C 854.76 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072403;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.185;QD=57.95;RBI=0.0400464;REFB=0;REVB=0.0393864;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80866e-05;OID=.;OPOS=144944176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr8 144944638 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.785;QD=42.1826;RBI=0.0407887;REFB=0;REVB=0.0121317;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635051;OID=.;OPOS=144944638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr8 144945191 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.455;QD=63.8719;RBI=0.0192207;REFB=0;REVB=-0.0163671;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65913e-05;OID=.;OPOS=144945191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr8 144945792 . T C 2238.88 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.054089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.567;QD=62.626;RBI=0.0559819;REFB=0.061703;REVB=0.0144342;RO=1;SAF=74;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638263;STB=0.503355;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000398493;OID=.;OPOS=144945792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:142:142:0.993007:68:74:1:0:68:74:1:0 chr8 144946252 . C T 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0464966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.855;QD=49.3967;RBI=0.0520432;REFB=-0.0260399;REVB=-0.0233786;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440445;STB=0.523789;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00336227;OID=.;OPOS=144946252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:10:13:0:1:10:13:0:1 chr8 144946799 . C T 1899.02 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.604;QD=60.7685;RBI=0.0556926;REFB=0.0232853;REVB=0.0450905;RO=1;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071447;STB=0.503759;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-4.3494e-05;OID=.;OPOS=144946799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:66:58:0:1:66:58:0:1 chr8 144992361 . T C 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.02185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.341;QD=16.1561;RBI=0.0235301;REFB=-0.0138175;REVB=0.00873172;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210618;STB=0.61168;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0137593;OID=.;OPOS=144992361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:18:9:17:14:18:9:17:15 chr8 144994566 . G A 695.43 PASS AF=0.422222;AO=76;DP=182;FAO=76;FDP=180;FR=.;FRO=104;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=0.0153751;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9768;QD=15.454;RBI=0.0657001;REFB=-0.0187372;REVB=0.0638757;RO=103;SAF=35;SAR=41;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855206;STB=0.544978;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0340305;OID=.;OPOS=144994566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:103:104:76:76:0.422222:41:35:56:47:41:35:56:48 chr8 145066886 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00264789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.407;QD=17.5596;RBI=0.0526959;REFB=-0.0256267;REVB=-0.0526293;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163499;STB=0.593118;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0313209;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:8:13:8:10:8:13 chr8 145107795 . G A 435.52 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.000818106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.817;QD=23.8643;RBI=0.00357144;REFB=-0.0162257;REVB=-0.00347647;RO=31;SAF=15;SAR=27;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294002;STB=0.516121;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0130507;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:27:15:10:21:27:15:10:21 chr8 145112612 . GC G,GT 37.71 PASS AF=0.285714,0.0952381;AO=5,2;DP=21;FAO=6,2;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2,2;FSAR=4,0;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0462946,0.000638337;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=14.557,262.257;QD=7.18337;RBI=0.0496756,0.0276402;REFB=-0.0670509,-0.00197223;REVB=0.0180132,-0.0276328;RO=13;SAF=2,2;SAR=3,0;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0177233,0.601607;STB=0.538331,0.995358;STBP=0.837,0.09;TYPE=del,snp;VARB=0.159245,0.0116232;OID=.,.;OPOS=145112613,145112613;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0.0952381:5,2:21:6,2:21:13:2,2:4,0:5:8:27:13:2,2:3,0:5:8 chr8 145150832 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.118;QD=53.9105;RBI=0.0214921;REFB=0;REVB=0.00732038;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106255;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr8 145160646 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.962;QD=62.9829;RBI=0.0284656;REFB=0;REVB=0.0242237;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56505e-05;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr8 145161823 . G A 88.94 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000556671;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.586;QD=32.3424;RBI=0.0992535;REFB=-0.145175;REVB=0.0992519;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00493092;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:10:11:1:1:9:10:0.909091:5:4:0:1:6:4:0:1 chr8 145161896 . T C 463.32 PASS AF=0.942857;AO=34;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0569818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2725;QD=52.9509;RBI=0.0597848;REFB=0.0128018;REVB=0.0180911;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.500866;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00401589;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:34:33:0.942857:16:18:0:1:16:17:1:1 chr8 145163414 . C G 832.84 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00509471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6678;QD=53.7319;RBI=0.0399377;REFB=-0.0950877;REVB=0.0396114;RO=1;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024187;STB=0.506796;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00590771;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:62:62:1:2:60:60:0.967742:19:41:0:1:19:41:1:1 chr8 145163647 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.774;QD=47.8223;RBI=0.0401673;REFB=0;REVB=-0.00707046;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240237;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr8 145164847 . A G 190.53 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4;QD=47.6331;RBI=0.111663;REFB=0;REVB=-0.109849;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00261061;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:5:10:0:0:5:11:0:0 chr8 145168611 . A G 696.92 PASS AF=1;AO=30;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015585;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.477;QD=63.3564;RBI=0.0255446;REFB=0;REVB=0.0202394;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264383;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:30:44:1:13:17:0:0:26:18:0:0 chr8 145170440 . A C,G 1173.11 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=74,3;DP=79;FAO=76,2;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131958,-0.0194724;FXX=0.0126566;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=127.732,22.7435;QD=60.1596;RBI=0.0132558,0.0519174;REFB=0,0;REVB=-0.00126015,-0.0481273;RO=0;SAF=26,3;SAR=48,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.16077e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00111713,0.0367201;OID=.,.;OPOS=145170440,145170440;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:79:78:0:0:74,3:76,2:0.974359,0.025641:48,0:26,3:0:0:49,0:27,2:0:0 chr8 145170704 . A T 407.66 PASS AF=1;AO=18;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8199;QD=56.2283;RBI=0.0617398;REFB=0;REVB=-0.00541235;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374959;OID=.;OPOS=145170704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:18:29:1:10:8:0:0:12:17:0:0 chr8 145223288 . C T 283.86 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6594;QD=51.6117;RBI=0.145588;REFB=0;REVB=0.0202598;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210267;OID=.;OPOS=145223288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr8 145578296 . A G 1116.13 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.878;QD=60.3316;RBI=0.0709197;REFB=0;REVB=-0.0708145;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94724e-05;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:25:49:0:0:25:49:0:0 chr8 145603114 . A C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.245;QD=62.3509;RBI=0.0196741;REFB=0;REVB=0.0109053;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54841e-05;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr8 145618597 . G A 167.48 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.132;QD=41.8694;RBI=0.0246603;REFB=-0.0845266;REVB=0.0109264;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000986891;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:7:8:1:0:7:8:1:0 chr8 145623963 . G A 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.917;QD=56.9969;RBI=0.102964;REFB=0;REVB=0.0515372;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466582;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr8 145640411 . A G 958.67 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0352149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.113;QD=57.2342;RBI=0.0352718;REFB=0.00924045;REVB=-0.00200297;RO=1;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171739;STB=0.508769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000203737;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:27:38:0:1:28:38:0:1 chr8 145641328 . C T 737.64 PASS AF=0.6;AO=69;DP=115;FAO=69;FDP=115;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00173915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2298;QD=25.6569;RBI=0.00536019;REFB=-0.0129607;REVB=0.00507021;RO=46;SAF=29;SAR=40;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552761;STB=0.530017;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0102984;OID=.;OPOS=145641328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:46:46:69:69:0.6:40:29:16:30:40:29:16:30 chr8 145689915 . G A 332.17 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0189338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.132;QD=13.8402;RBI=0.045476;REFB=-0.0159608;REVB=0.041347;RO=59;SAF=8;SAR=29;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268822;STB=0.654939;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0323422;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:29:8:25:34:29:8:25:34 chr8 145690308 . C T 420.78 PASS AF=0.45098;AO=44;DP=100;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00408043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.77;QD=16.5012;RBI=0.0178326;REFB=-0.0312149;REVB=-0.0173595;RO=56;SAF=16;SAR=28;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192522;STB=0.589814;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0427327;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:56:56:44:46:0.45098:28:16:31:25:28:18:31:25 chr8 145690348 . G A 385.68 PASS AF=0.43;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00659562;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6976;QD=15.4271;RBI=0.0388359;REFB=-0.0236581;REVB=0.0382717;RO=52;SAF=21;SAR=22;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067746;STB=0.531584;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0468452;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:52:57:43:43:0.43:22:21:29:23:22:21:31:26 chr8 145690396 . A C 427.29 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.000516114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0398;QD=16.9222;RBI=0.0270123;REFB=-0.02402;REVB=-0.0270073;RO=54;SAF=18;SAR=28;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245678;STB=0.631971;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0264596;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:54:55:46:46:0.455446:28:18:35:19:28:18:35:20 chr8 145692385 . C T 125.8 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0407236;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8025;QD=17.352;RBI=0.0535502;REFB=-0.0315229;REVB=-0.0347737;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211553;STB=0.620527;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0436288;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:4:11:7:7:4:11 chr8 145692952 . C T 142.37 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0085036;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.952;QD=9.65207;RBI=0.0118462;REFB=-0.012339;REVB=0.00824752;RO=40;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21967;STB=0.630455;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0286933;OID=.;OPOS=145692952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:40:40:19:19:0.322034:13:6:20:20:13:6:20:20 chr8 145693720 . A G 1316.13 PASS AF=0.610526;AO=116;DP=189;FAO=116;FDP=190;FR=.;FRO=74;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.024133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.733;QD=27.7081;RBI=0.0295023;REFB=-0.0134629;REVB=0.0169701;RO=72;SAF=56;SAR=60;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122284;STB=0.506719;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0090642;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:72:74:116:116:0.610526:60:56:36:36:60:56:37:37 chr8 145701046 . C CG 50.14 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0660466;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=20.5066;QD=20.0561;RBI=0.0660466;REFB=0.0210399;REVB=0;RO=3;SAF=7;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0029723;OID=.;OPOS=145701047;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:7:10:7:10:3:7:0:3:0:15:3:7:0:3:0 chr8 145723419 . T G 425.7 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0108338;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0952;QD=17.2002;RBI=0.050072;REFB=-0.0108194;REVB=-0.048886;RO=53;SAF=15;SAR=29;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587601;STB=0.546334;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0281226;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:53:55:44:44:0.444444:29:15:21:32:29:15:23:32 chr8 145724275 . T C 335.8 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0237232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.007;QD=14.6001;RBI=0.0317275;REFB=-0.0226285;REVB=-0.0210675;RO=55;SAF=24;SAR=13;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114336;STB=0.56502;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0278722;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:13:24:30:25:13:24:30:25 chr8 145729727 . C A 589.83 PASS AF=0.43662;AO=61;DP=141;FAO=62;FDP=142;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=57;FWDB=0.0122318;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.998;QD=16.615;RBI=0.0145376;REFB=-0.0469517;REVB=-0.00785653;RO=71;SAF=20;SAR=41;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043167;STB=0.522972;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0576921;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:71:80:61:62:0.43662:41:20:23:48:42:20:23:57 chr8 145737636 . A G 322.61 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0528122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3764;QD=19.2603;RBI=0.0637532;REFB=-0.0151124;REVB=-0.035712;RO=32;SAF=12;SAR=22;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133929;STB=0.583131;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0108741;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:34:34:0.507463:22:12:16:16:22:12:17:16 chr8 145737816 . C T 133.68 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0372717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.173;QD=20.5666;RBI=0.04109;REFB=-0.0760713;REVB=0.0172975;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808139;STB=0.599863;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0635548;OID=.;OPOS=145737816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:26:26:8:11:14:14:0.538462:7:7:5:3:7:7:8:3 chr8 145738767 . CG C 574.06 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.8912;QD=46.8616;RBI=0.0893953;REFB=0;REVB=-0.0758972;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000692515;OID=.;OPOS=145738768;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:49:49:49:0:20:29:0:0:10:0:20:28:0:0 chr8 145741440 . G T 227.01 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0131632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.521;QD=13.9698;RBI=0.0185452;REFB=-0.0144336;REVB=0.0130635;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510824;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0241305;OID=.;OPOS=145741440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:38:26:27:0.415385:13:13:19:19:14:13:19:19 chr8 145741702 . C G 132.74 PASS AF=0.355556;AO=11;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=29;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.165687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.184;QD=11.7993;RBI=0.168181;REFB=-0.0160198;REVB=-0.0288555;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333332;STB=0.666444;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0448812;OID=.;OPOS=145741702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:29:11:16:0.355556:3:8:8:11:4:12:15:14 chr8 145741765 . G A 127.29 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0553109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7719;QD=9.25743;RBI=0.0746132;REFB=-0.0141536;REVB=0.0500783;RO=38;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120192;STB=0.571347;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0352534;OID=.;OPOS=145741765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:8:9:24:14:8:9:24:14 chr8 145742514 . A G 889.7 PASS AF=0.362069;AO=106;DP=286;FAO=105;FDP=290;FR=.;FRO=185;FSAF=66;FSAR=39;FSRF=101;FSRR=84;FWDB=-0.0180132;FXX=0.00343631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.129;QD=12.2717;RBI=0.0588227;REFB=-0.00831192;REVB=-0.0559967;RO=179;SAF=66;SAR=40;SRF=99;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803208;STB=0.554839;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0152883;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:290:179:185:106:105:0.362069:40:66:99:80:39:66:101:84 chr8 145742879 . T C 62.96 PASS AF=0.3;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0908701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7895;QD=8.39487;RBI=0.142342;REFB=-0.0458015;REVB=-0.109563;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295649;STB=0.666296;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0927259;OID=.;OPOS=145742879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:29:30:20:21:9:9:0.3:6:3:12:8:6:3:12:9 chr8 145745182 . T C 545.29 PASS AF=0.495726;AO=57;DP=112;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.102168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9996;QD=18.6423;RBI=0.104184;REFB=-0.049589;REVB=-0.0203962;RO=55;SAF=31;SAR=26;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127521;STB=0.555929;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0494557;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:117:55:59:57:58:0.495726:26:31:22:33:26:32:26:33 chr8 145747920 . T G 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00319011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.893;QD=10.378;RBI=0.0155704;REFB=-0.0177174;REVB=0.0152401;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407492;STB=0.732786;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.032075;OID=.;OPOS=145747920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:2:7:6:9:2:7:7:9 chr8 145947776 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.010437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.646;QD=19.6459;RBI=0.0108682;REFB=0.00647667;REVB=-0.00303098;RO=8;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300156;STB=0.67464;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00301085;OID=.;OPOS=145947776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:2:9:4:4:2:9:4:4 chr8 145999616 . CTTT C 153.88 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0003928;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=189.272;QD=8.66903;RBI=0.0321362;REFB=0.00663616;REVB=0.0321338;RO=44;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220034;STB=0.626067;STBP=0.106;TYPE=del;VARB=-0.00962584;OID=.;OPOS=145999617;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380282:27:71:27:71:44:16:11:17:27:99:44:16:11:17:27 chr8 146010776 . T C 394.5 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00445112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.155;QD=19.9744;RBI=0.0136979;REFB=-0.0179349;REVB=0.0129545;RO=39;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787796;STB=0.543704;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.021988;OID=.;OPOS=146010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:18:22:18:21:18:22:18:21 chr8 146010817 . C A 955.4 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=73;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00112907;FXX=0.0405351;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.347;QD=53.8254;RBI=0.0103333;REFB=-0.08164;REVB=0.0102715;RO=4;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539059;STB=0.528563;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00136405;OID=.;OPOS=146010817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:71:4:4:67:67:0.943662:33:34:0:4:33:34:0:4 chr8 146045868 . T C 893.18 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753099;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.384;QD=58.5693;RBI=0.0431658;REFB=0;REVB=-0.0425037;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15623e-05;OID=.;OPOS=146045868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr8 146056367 . G A 838.32 PASS AF=0.535484;AO=83;DP=157;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0210533;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.72;QD=21.6339;RBI=0.0247993;REFB=-0.0133977;REVB=-0.0131058;RO=72;SAF=31;SAR=52;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263425;STB=0.514424;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0107608;OID=.;OPOS=146056367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:72:72:83:83:0.535484:52:31:29:43:52:31:29:43 chr8 146067054 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.794;QD=64.4154;RBI=0.0507514;REFB=0;REVB=0.0169714;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85619e-05;OID=.;OPOS=146067054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr8 146068322 . C T 115.49 PASS AF=0.225;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00507051;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.516;QD=5.77441;RBI=0.0061099;REFB=0.00151178;REVB=0.00340893;RO=61;SAF=9;SAR=9;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305257;STB=0.512486;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00935612;OID=.;OPOS=146068322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:61:62:18:18:0.225:9:9:32:29:9:9:32:30 chr8 146068594 . T C 464.36 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8197;QD=58.0443;RBI=0.10522;REFB=0;REVB=0.103515;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140362;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr8 146076708 . C T 562.66 PASS AF=0.42;AO=63;DP=148;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0373031;FXX=0.013157;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.3246;QD=15.0042;RBI=0.037798;REFB=-0.0369129;REVB=-0.00609617;RO=85;SAF=31;SAR=32;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383007;STB=0.521254;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0400226;OID=.;OPOS=146076708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:85:87:63:63:0.42:32:31:45:40:32:31:46:41 chr8 146115367 . A C,G 900.65 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=3,58;DP=62;FAO=3,60;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214236,0.0718395;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=14.2013,53.9512;QD=57.1843;RBI=0.0268766,0.0789845;REFB=0,0;REVB=0.016229,-0.0328275;RO=0;SAF=2,23;SAR=1,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.166356,0.00259674;OID=.,.;OPOS=146115367,146115367;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:62:63:0:0:3,58:3,60:0.047619,0.952381:1,35:2,23:0:0:1,36:2,24:0:0 chr8 146115684 . A AC,C 197.83 PASS AF=0.678571,0;AO=16,2;DP=27;FAO=19,0;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=12,0;FSAR=7,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.092714,-0.00302401;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.1301,55.3935;QD=28.2614;RBI=0.0940864,0.064469;REFB=0.0370513,-0.00153132;REVB=-0.016011,-0.0643981;RO=9;SAF=11,1;SAR=5,1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.303446,0.307174;STB=0.63144,0.5;STBP=0.059,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0136668,0;OID=.,.;OPOS=146115685,146115684;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:9:9:16,2:19,0:0.678571,0:5,1:11,1:2:7:7,0:12,0:2:7 chr8 146156247 . C A 179.13 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00175168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.906;QD=8.95657;RBI=0.015354;REFB=-0.0123815;REVB=-0.0152538;RO=55;SAF=16;SAR=8;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310542;STB=0.68837;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0328374;OID=.;OPOS=146156247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:55:56:24:24:0.3:8:16:22:33:8:16:22:34 chr8 146157339 . T C 106.05 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0139646;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.842;QD=19.2816;RBI=0.014531;REFB=-0.0103729;REVB=0.00401734;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793454;STB=0.545379;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0109466;OID=.;OPOS=146157339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:4:6:6:6:4:6 chr8 146171437 . A G 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0102338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.868;QD=17.7524;RBI=0.0200641;REFB=-0.0285898;REVB=-0.0172579;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422374;STB=0.52379;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0350159;OID=.;OPOS=146171437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:15:12:10:15:15:12 chr8 146229161 . T A 886.37 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131385;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.296;QD=56.2772;RBI=0.0131831;REFB=0.00155808;REVB=-0.00108278;RO=2;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409887;STB=0.510635;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-5.18128e-05;OID=.;OPOS=146229161;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:2:1:61:62:0.984127:22:39:0:2:23:39:0:1 chr9 14889 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.112;QD=43.4861;RBI=0.023533;REFB=0;REVB=0.016447;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08362e-06;OID=.;OPOS=14889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr9 116800 . C G 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0207333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.744;QD=29.8325;RBI=0.0430438;REFB=-0.0283736;REVB=-0.0377214;RO=9;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059495;STB=0.532839;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00625009;OID=.;OPOS=116800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:9:11:4:5:9:11:4:5 chr9 116832 . T C 149.58 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0210069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.349;QD=23.0129;RBI=0.0381697;REFB=-0.00491842;REVB=0.0318691;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944299;STB=0.538414;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00843239;OID=.;OPOS=116832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:26:26:10:10:15:16:0.615385:7:8:4:6:8:8:4:6 chr9 154795 . T C 1504.32 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00353184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3948;QD=62.0337;RBI=0.0231645;REFB=-0.131208;REVB=0.0228937;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.505746;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00114184;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:97:0:1:95:96:0.989691:42:53:0:0:43:53:0:1 chr9 162405 . C G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8276;QD=53.9096;RBI=0.035015;REFB=0;REVB=-0.0235786;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19362e-05;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr9 214804 . A G 117.4 PASS AF=0.482759;AO=12;DP=27;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.000604404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2068;QD=16.1933;RBI=0.0347553;REFB=-0.0718479;REVB=0.03475;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692817;STB=0.51513;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0134017;OID=.;OPOS=214804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:15:15:12:14:0.482759:4:8:9:6:6:8:9:6 chr9 214864 . C T 311.57 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0235421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.798;QD=19.1733;RBI=0.0256202;REFB=-0.0152409;REVB=0.0101077;RO=32;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153812;STB=0.585316;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0257691;OID=.;OPOS=214864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:16:17:22:10:16:17:22:10 chr9 215534 . C T 451.09 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0129778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.377;QD=19.1952;RBI=0.0192422;REFB=-0.00523458;REVB=0.014207;RO=48;SAF=27;SAR=18;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132836;STB=0.579364;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00391926;OID=.;OPOS=215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:49:45:45:0.478723:18:27:22:26:18:27:22:27 chr9 286593 . C A 506.66 PASS AF=0.411765;AO=56;DP=135;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=0.00290509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2776;QD=14.9017;RBI=0.023505;REFB=-0.0134569;REVB=-0.0233248;RO=79;SAF=13;SAR=43;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159968;STB=0.588025;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0248724;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:79:80:56:56:0.411765:43:13:28:51:43:13:28:52 chr9 312109 . G T 253.23 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00388665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.639;QD=15.1184;RBI=0.0474014;REFB=-0.0171516;REVB=0.0472418;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384514;STB=0.509243;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0194801;OID=.;OPOS=312109;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:36:38:29:29:0.432836:11:18:21:15:11:18:23:15 chr9 421032 . C G 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00183386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.361;QD=25.1494;RBI=0.0286809;REFB=-0.0277956;REVB=-0.0286222;RO=21;SAF=5;SAR=22;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168808;STB=0.594518;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0267212;OID=.;OPOS=421032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:22:5:7:14:22:5:7:14 chr9 429719 . T C 1032.92 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.6443;QD=56.5982;RBI=0.0865525;REFB=-0.133009;REVB=0.0853006;RO=2;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269982;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00446272;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:2:1:70:72:0.986301:34:36:0:2:36:36:0:1 chr9 433978 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.397;QD=61.3753;RBI=0.0204113;REFB=0;REVB=-0.0201231;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2567e-05;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr9 441952 . G A 1067.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006861;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.618;QD=60.1301;RBI=0.0077301;REFB=0;REVB=0.00356105;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135485;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr9 676954 . T C 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00599254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.926;QD=10.3431;RBI=0.0226851;REFB=-0.0109788;REVB=0.0218793;RO=41;SAF=13;SAR=8;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397778;STB=0.523327;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0219997;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:8:13:24:17:8:13:24:17 chr9 712479 . TAAG T 117.28 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00875396;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=3;MLLD=167.987;QD=11.4419;RBI=0.0305212;REFB=-0.0296724;REVB=-0.0292388;RO=24;SAF=4;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190479;STB=0.59144;STBP=0.351;TYPE=del;VARB=0.033116;OID=.;OPOS=712480;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.439024:18:44:18:41:23:4:14:8:15:99:24:4:14:9:15 chr9 742342 . A G 352.31 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0876813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.9879;QD=54.2009;RBI=0.104592;REFB=0;REVB=-0.0570211;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.116698;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:21:26:1:13:8:0:0:18:8:0:0 chr9 841971 . T A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.898;QD=51.1846;RBI=0.0628042;REFB=0;REVB=0.0367257;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106669;OID=.;OPOS=841971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr9 969044 . A G 2064.88 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.231;QD=62.5721;RBI=0.0157308;REFB=0;REVB=0.00265746;RO=0;SAF=68;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9514e-05;OID=.;OPOS=969044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:64:68:0:0:64:68:0:0 chr9 991114 . A G 294.63 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0509166;FXX=0.0243873;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1691;QD=14.7314;RBI=0.0516644;REFB=0.0278445;REVB=0.00875814;RO=49;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266412;STB=0.527614;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0415819;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:49:47:33:33:0.4125:17:16:25:24:17:16:25:22 chr9 1056728 . G C 213.3 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0294835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.867;QD=12.7344;RBI=0.0297858;REFB=-0.0134844;REVB=-0.00423273;RO=41;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146714;STB=0.584128;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0296943;OID=.;OPOS=1056728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:11:15:18:23:11:15:18:23 chr9 2101545 . T A 335.32 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00760361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7724;QD=27.9436;RBI=0.0188244;REFB=-0.0120957;REVB=-0.0172204;RO=19;SAF=20;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129123;STB=0.571378;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00697127;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:9:20:10:9:9:20:10:9 chr9 2191309 . C G 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0202355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.743;QD=21.511;RBI=0.024449;REFB=-0.00821085;REVB=-0.0137215;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211786;STB=0.618934;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00954204;OID=.;OPOS=2191309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:7:12:8:13:7:12 chr9 2635545 . G A 2235.82 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.349;QD=63.4275;RBI=0.0382176;REFB=0;REVB=0.00828302;RO=0;SAF=41;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.13786e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3179e-05;OID=.;OPOS=2635545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:100:41:0:0:100:41:0:0 chr9 2717922 . C G 733.22 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.048;QD=56.4016;RBI=0.0490582;REFB=0;REVB=0.0103766;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110538;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:29:22:0:0:29:23:0:0 chr9 2718534 . C G 972.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6374;QD=58.9584;RBI=0.0207018;REFB=0;REVB=-0.0143552;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85013e-06;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr9 3825328 . A G 899.03 PASS AF=0.497238;AO=90;DP=181;FAO=90;FDP=181;FR=.;FRO=91;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=62;FWDB=0.0376814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7224;QD=19.868;RBI=0.0824456;REFB=-0.0353732;REVB=0.0733306;RO=90;SAF=44;SAR=46;SRF=29;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152592;STB=0.585925;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0385306;OID=.;OPOS=3825328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:90:91:90:90:0.497238:46:44:29:61:46:44:29:62 chr9 3898632 . C G 820.75 PASS AF=0.461957;AO=85;DP=185;FAO=85;FDP=184;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=59;FSRR=40;FWDB=0.00516121;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.095;QD=17.8423;RBI=0.006191;REFB=0.00129922;REVB=-0.00341913;RO=99;SAF=34;SAR=51;SRF=59;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189941;STB=0.605181;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00113238;OID=.;OPOS=3898632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:99:99:85:85:0.461957:51:34:59:40:51:34:59:40 chr9 4118208 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.127;QD=33.4283;RBI=0.02018;REFB=0;REVB=0.00573954;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060883;OID=.;OPOS=4118208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr9 4564432 . G A 420.59 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0347585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.956;QD=17.8976;RBI=0.0364387;REFB=0.0129249;REVB=0.0109372;RO=51;SAF=19;SAR=24;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297348;STB=0.516609;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0141711;OID=.;OPOS=4564432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:24:19:21:30:24:19:21:30 chr9 4576680 . T C 567.13 PASS AF=0.58427;AO=51;DP=88;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00820421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.723;QD=25.4889;RBI=0.0343589;REFB=-0.0200533;REVB=0.033365;RO=37;SAF=19;SAR=32;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485026;STB=0.529562;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.014649;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:37:37:51:52:0.58427:32:19:16:21:33:19:16:21 chr9 4622453 . T C 124.89 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0259552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.984;QD=17.8416;RBI=0.0373468;REFB=-0.0196975;REVB=-0.0268535;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192161;OID=.;OPOS=4622453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:7:7:7:7:7:7 chr9 4625429 . T C 566.05 PASS AF=0.537736;AO=56;DP=105;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0578265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7943;QD=21.3604;RBI=0.0588949;REFB=-0.0146319;REVB=0.0111669;RO=49;SAF=35;SAR=21;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100889;STB=0.558407;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0155538;OID=.;OPOS=4625429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:49:49:56:57:0.537736:21:35:25:24:21:36:25:24 chr9 4629170 . T TAAAA 119.47 PASS AF=0.45;AO=13;DP=43;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0659989;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=4;MLLD=53.0731;QD=11.9466;RBI=0.0691716;REFB=-0.0146281;REVB=0.020709;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426379;STB=0.701921;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.0201643;OID=.;OPOS=4629171;OREF=-;OALT=AAAA;OMAPALT=TAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:13:43:18:40:22:11:7:5:17:99:27:9:4:8:19 chr9 4662394 . A G 46.26 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0128332;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.301;QD=8.04518;RBI=0.0128337;REFB=-0.0114598;REVB=-0.000109621;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281128;STB=0.657425;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0180236;OID=.;OPOS=4662394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:17:16:7:7:0.304348:5:2:9:8:5:2:8:8 chr9 4664749 . C T 201.59 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0275788;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5948;QD=20.159;RBI=0.0570339;REFB=7.50682e-05;REVB=-0.0499227;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660691;STB=0.54995;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00190545;OID=.;OPOS=4664749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:9:11:9:10:9:11:9:11 chr9 4685008 . C T 252.61 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0132705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2954;QD=15.081;RBI=0.0256569;REFB=-0.0231506;REVB=-0.0219583;RO=37;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823234;STB=0.55528;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0290729;OID=.;OPOS=4685008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:18:11:17:20:18:11:18:20 chr9 4711440 . T A 480.08 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0394059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.651;QD=22.8611;RBI=0.0441505;REFB=-0.0373546;REVB=0.0199107;RO=38;SAF=24;SAR=22;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12567;STB=0.569043;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0302;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:22:24:14:24:22:24:14:24 chr9 4860300 . A G 400.13 PASS AF=0.418182;AO=45;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.0477878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7254;QD=14.5502;RBI=0.113502;REFB=-0.00240309;REVB=0.102951;RO=63;SAF=31;SAR=14;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632399;STB=0.536702;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00484339;OID=.;OPOS=4860300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:64:45:46:0.418182:14:31:40:23:14:32:41:23 chr9 5044432 . G A 329.75 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0251659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.784;QD=20.9365;RBI=0.0468078;REFB=-0.0284069;REVB=-0.039467;RO=29;SAF=11;SAR=23;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112848;STB=0.562653;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0255455;OID=.;OPOS=5044432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:23:11:13:16:23:11:13:16 chr9 5050706 . C T 608.98 PASS AF=0.457143;AO=63;DP=138;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0136471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7286;QD=17.3994;RBI=0.143888;REFB=-0.0112538;REVB=-0.143239;RO=67;SAF=40;SAR=23;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229121;STB=0.541032;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0147851;OID=.;OPOS=5050706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:67:76:63:64:0.457143:23:40:41:26:24:40:42:34 chr9 5081780 . G A 314.4 PASS AF=0.354545;AO=38;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00725871;FXX=0.0265463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.4599;QD=11.4327;RBI=0.00897282;REFB=-0.00672417;REVB=0.00527472;RO=70;SAF=25;SAR=13;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244805;STB=0.632546;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00969595;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:70:71:38:39:0.354545:13:25:31:39:14:25:31:40 chr9 5092466 . G A 787.39 PASS AF=0.651376;AO=71;DP=109;FAO=71;FDP=109;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0188087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.367;QD=28.8951;RBI=0.026707;REFB=0.0027019;REVB=-0.0189604;RO=38;SAF=32;SAR=39;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217284;STB=0.501174;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00148414;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:38:38:71:71:0.651376:39:32:17:21:39:32:17:21 chr9 5094034 . G A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0158437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.644;QD=15.6538;RBI=0.0158668;REFB=-0.0120646;REVB=-0.000856381;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299451;STB=0.669163;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0151929;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:17:9:21:11:17:9:21:11 chr9 5095095 . A C 192.9 PASS AF=0.324675;AO=24;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=10;FWDB=-0.00199243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.016;QD=10.0207;RBI=0.0642653;REFB=-0.00175908;REVB=0.0642344;RO=51;SAF=18;SAR=6;SRF=41;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882198;STB=0.546234;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00388466;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:52:24:25:0.324675:6:18:41:10:6:19:42:10 chr9 5095167 . A C 125.12 PASS AF=0.35;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00503429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.096;QD=12.5119;RBI=0.00802035;REFB=-0.0245279;REVB=-0.00624354;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262225;STB=0.630808;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0499465;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:13:14:0.35:9:4:13:11:9:5:14:11 chr9 5095191 . T A 144.66 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00376714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.765;QD=15.6393;RBI=0.00460767;REFB=-0.0328316;REVB=0.00265318;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234155;STB=0.513497;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0474806;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:10:11:8:8:10:11 chr9 5096433 . A G 333.1 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00460044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.661;QD=15.315;RBI=0.028536;REFB=-0.00548574;REVB=0.0281627;RO=49;SAF=22;SAR=14;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421075;STB=0.5251;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00819038;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:50:36:37:0.425287:14:22:28:21:14:23:29:21 chr9 5098223 . T C 334.39 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0231372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9996;QD=27.2968;RBI=0.0553991;REFB=-0.00822788;REVB=-0.0503362;RO=20;SAF=21;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224146;STB=0.624322;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0040771;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:8:21:9:11:8:21:9:11 chr9 5231712 . T A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0403548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6163;QD=14.169;RBI=0.0474939;REFB=0.00684509;REVB=-0.0250432;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360904;STB=0.521233;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0118796;OID=.;OPOS=5231712;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:4:8:7:3:4:8 chr9 5557672 . T C 2642.12 PASS AF=0.994186;AO=170;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00207717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.998;QD=61.4447;RBI=0.0527747;REFB=0.0537332;REVB=-0.0527338;RO=1;SAF=86;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563252;STB=0.502958;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00696774;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:172:1:1:170:171:0.994186:84:86:0:1:84:87:0:1 chr9 5656610 . G C 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.008;QD=60.7147;RBI=0.026496;REFB=0;REVB=0.0152288;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03476e-05;OID=.;OPOS=5656610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr9 5732483 . T C 448.96 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.0053385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.114;QD=14.3668;RBI=0.020661;REFB=-0.00857944;REVB=0.0199593;RO=74;SAF=25;SAR=26;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132435;STB=0.574413;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00980091;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:74:51:51:0.408:26:25:27:47:26:25:27:47 chr9 5745969 . C T 689.83 PASS AF=0.492857;AO=69;DP=140;FAO=69;FDP=140;FR=.;FRO=71;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0711206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8848;QD=19.7095;RBI=0.0957016;REFB=-0.00466301;REVB=-0.0640364;RO=71;SAF=49;SAR=20;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278279;STB=0.654145;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00327565;OID=.;OPOS=5745969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:71:71:69:69:0.492857:20:49:30:41:20:49:30:41 chr9 5774225 . T G 2277.12 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.244;QD=62.8172;RBI=0.0427438;REFB=0.0707176;REVB=0.0412976;RO=1;SAF=66;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715074;STB=0.503759;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-8.9165e-05;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:144:144:0.993103:78:66:1:0:78:66:1:0 chr9 5787566 . C T 591.46 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.000778961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.465;QD=24.39;RBI=0.00558232;REFB=-0.0222752;REVB=0.00552771;RO=43;SAF=27;SAR=27;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658337;STB=0.536069;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.012024;OID=.;OPOS=5787566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:27:27:18:25:27:27:18:25 chr9 5909152 . T G 669.69 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0385978;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6939;QD=58.2338;RBI=0.0503204;REFB=-0.00180161;REVB=0.0322856;RO=2;SAF=15;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143703;STB=0.507655;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000292612;OID=.;OPOS=5909152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:46:2:2:44:44:0.956522:29:15:1:1:29:15:1:1 chr9 5968416 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.398;QD=51.9138;RBI=0.0297335;REFB=0;REVB=0.0250106;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002273;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr9 5969249 . A G 771.54 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294785;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.747;QD=57.1509;RBI=0.0433077;REFB=0;REVB=0.0432073;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09795e-06;OID=.;OPOS=5969249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr9 6007500 . G A 2069.78 PASS AF=0.985294;AO=133;DP=139;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.017613;FXX=0.0215812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.311;QD=60.8758;RBI=0.0602627;REFB=-0.0119959;REVB=0.0576314;RO=2;SAF=83;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113151;STB=0.505881;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000205109;OID=.;OPOS=6007500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:136:2:2:133:134:0.985294:50:83:2:0:50:84:2:0 chr9 6253571 . C T 440.65 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.048771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.036;QD=19.5843;RBI=0.0695322;REFB=-0.0199683;REVB=-0.0495593;RO=46;SAF=24;SAR=20;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141077;STB=0.578278;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0307442;OID=.;OPOS=6253571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:20:24:18:28:20:24:18:28 chr9 6328947 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.048;QD=57.6807;RBI=0.012582;REFB=0;REVB=0.0110967;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69689e-05;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr9 6329888 . A G 811.46 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409143;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7071;QD=56.9449;RBI=0.0540386;REFB=0;REVB=0.0353014;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63754e-06;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr9 6330915 . G A 966.67 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00835546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.665;QD=58.5859;RBI=0.0235444;REFB=0;REVB=0.0220119;RO=0;SAF=16;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12348e-05;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:48:16:0:0:49:17:0:0 chr9 6984172 . G A 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00689836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.91;QD=11.6671;RBI=0.0228702;REFB=-0.0212324;REVB=-0.021805;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201192;STB=0.619392;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0431647;OID=.;OPOS=6984172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:12:14:5:9:12:14 chr9 6984236 . G A 412.18 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0117844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.447;QD=35.0789;RBI=0.0244657;REFB=-0.00430747;REVB=0.0214406;RO=14;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812791;STB=0.544244;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00327508;OID=.;OPOS=6984236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:19:14:8:6:19:14:8:6 chr9 7013909 . A G 1346.6 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321034;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.013;QD=61.2093;RBI=0.0414247;REFB=-0.104409;REVB=0.0261798;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000349645;OID=.;OPOS=7013909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:87:87:0.988636:47:40:0:0:47:40:1:0 chr9 7046901 . C G 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0117628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.603;QD=21.0081;RBI=0.0119363;REFB=-0.0039157;REVB=-0.00202764;RO=23;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170478;STB=0.575524;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00269412;OID=.;OPOS=7046901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:25:30:30:0.545455:17:13:15:8:17:13:15:10 chr9 7076463 . G A 272.79 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0160648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.3;QD=24.2481;RBI=0.0227567;REFB=-0.0240229;REVB=-0.0161181;RO=19;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264483;STB=0.504501;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0156697;OID=.;OPOS=7076463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:14:11:9:10:14:11:9:11 chr9 7798435 . C T 1112.58 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.769;QD=60.1394;RBI=0.0158682;REFB=0;REVB=0.0106669;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95801e-05;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:44:29:0:0:45:29:0:0 chr9 7798518 . G C 609.68 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.021947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8088;QD=18.0646;RBI=0.0299794;REFB=-0.0208014;REVB=0.0204228;RO=72;SAF=28;SAR=35;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04076;STB=0.522606;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0225925;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:72:63:63:0.466667:35:28:29:43:35:28:29:43 chr9 7799606 . C A 279.03 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0176311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.447;QD=27.2224;RBI=0.0177514;REFB=-0.0105372;REVB=-0.00206356;RO=16;SAF=18;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255911;STB=0.646132;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00695168;OID=.;OPOS=7799606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:24:25:0.609756:6:18:7:9:6:19:7:9 chr9 7799653 . G T 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00705299;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.684;QD=17.3232;RBI=0.0158993;REFB=-0.0174229;REVB=-0.0142493;RO=25;SAF=16;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248276;STB=0.643519;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0277317;OID=.;OPOS=7799653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:4:16:15:10:4:16:15:10 chr9 8389364 . C G 2664.2 PASS AF=0.988571;AO=173;DP=175;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0279689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.894;QD=60.896;RBI=0.0313275;REFB=-0.0154459;REVB=0.0141122;RO=2;SAF=79;SAR=94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000950098;STB=0.500499;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=4.53578e-05;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:175:175:2:2:173:173:0.988571:94:79:1:1:94:79:1:1 chr9 8465598 . A G 840.72 PASS AF=0.526667;AO=79;DP=150;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0369637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.612;QD=22.4192;RBI=0.0369643;REFB=-0.00238773;REVB=-0.000207311;RO=71;SAF=33;SAR=46;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290999;STB=0.515958;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00207029;OID=.;OPOS=8465598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:71:71:79:79:0.526667:46:33:32:39:46:33:32:39 chr9 8518052 . G C 1023.68 PASS AF=0.581818;AO=96;DP=165;FAO=96;FDP=165;FR=.;FRO=69;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0175059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9238;QD=24.8166;RBI=0.0304477;REFB=-0.0162069;REVB=-0.024912;RO=69;SAF=49;SAR=47;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198884;STB=0.510803;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00983694;OID=.;OPOS=8518052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:69:69:96:96:0.581818:47:49:37:32:47:49:37:32 chr9 8518143 . T C 722.91 PASS AF=0.461078;AO=77;DP=167;FAO=77;FDP=167;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.0527335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.348;QD=17.3151;RBI=0.0534097;REFB=-0.0154323;REVB=-0.0084723;RO=89;SAF=38;SAR=39;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535651;STB=0.532453;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0193124;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:89:90:77:77:0.461078:39:38:39:50:39:38:39:51 chr9 8518395 . G A 463.72 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0199019;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.028;QD=16.2708;RBI=0.0214786;REFB=-0.0200243;REVB=0.00807756;RO=63;SAF=26;SAR=25;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00184747;STB=0.501032;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0248256;OID=.;OPOS=8518395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:63:63:51:51:0.447368:25:26:32:31:25:26:32:31 chr9 8528506 . A G 210.11 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0596879;FXX=0.039992;HRUN=6;LEN=1;MLLD=59.0967;QD=17.5089;RBI=0.0601069;REFB=-0.070088;REVB=0.00708516;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148257;STB=0.608589;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0479601;OID=.;OPOS=8528506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:27:21:21:0.4375:14:7:12:13:14:7:14:13 chr9 8888193 . T A 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0137601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.465;QD=11.0153;RBI=0.0173549;REFB=-0.0106357;REVB=-0.010576;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0229613;OID=.;OPOS=8888193;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:8:6:12:16:8:6:12:16 chr9 12764879 . C T 322.14 PASS AF=0.336066;AO=41;DP=122;FAO=41;FDP=122;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00360093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.736;QD=10.5621;RBI=0.0166202;REFB=-0.0193518;REVB=-0.0162254;RO=81;SAF=16;SAR=25;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148899;STB=0.586053;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0418131;OID=.;OPOS=12764879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:81:81:41:41:0.336066:25:16:42:39:25:16:42:39 chr9 12775889 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1418;QD=46.8443;RBI=0.0331632;REFB=0;REVB=-0.0119373;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652187;OID=.;OPOS=12775889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr9 13105959 . T G 1538.38 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450016;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4021;QD=59.1684;RBI=0.073645;REFB=0;REVB=0.0582961;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769906;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:104:0:0:102:104:1:56:46:0:0:57:47:0:0 chr9 13112116 . A G 2545.29 PASS AF=0.988166;AO=166;DP=170;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0280607;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.817;QD=60.2434;RBI=0.0308044;REFB=-0.0783858;REVB=-0.0127086;RO=2;SAF=77;SAR=89;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121988;STB=0.506328;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00125235;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:169:2:2:166:167:0.988166:89:77:2:0:89:78:2:0 chr9 13150531 . T C 566.23 PASS AF=0.390533;AO=66;DP=164;FAO=66;FDP=169;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=65;FSRR=38;FWDB=0.0108326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.343;QD=13.4019;RBI=0.0156925;REFB=-0.0123537;REVB=-0.0113538;RO=98;SAF=34;SAR=32;SRF=65;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158948;STB=0.570996;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0232782;OID=.;OPOS=13150531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:169:98:103:66:66:0.390533:32:34:65:33:32:34:65:38 chr9 13176312 . C T 287.78 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0111793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.595;QD=10.5605;RBI=0.0113492;REFB=-0.0048648;REVB=0.0019567;RO=72;SAF=23;SAR=14;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943575;STB=0.554613;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00815696;OID=.;OPOS=13176312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:72:37:37:0.33945:14:23:39:33:14:23:39:33 chr9 14082782 . A G 36.01 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0115934;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=160.865;QD=2.40036;RBI=0.0141527;REFB=-0.000430739;REVB=-0.00811733;RO=42;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182932;STB=0.640605;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000999647;OID=.;OPOS=14082782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:51:60:42:53:7:7:0.116667:5:2:18:24:5:2:23:30 chr9 14082784 . G A 127.66 PASS AF=0.350877;AO=4;DP=47;FAO=20;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00273135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.73;QD=8.95845;RBI=0.0115415;REFB=-0.010759;REVB=0.0112137;RO=31;SAF=3;SAR=1;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388797;STB=0.558337;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.020064;OID=.;OPOS=14082784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:57:31:36:4:20:0.350877:1:3:12:19:11:9:13:23 chr9 14087769 . C T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0184683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.338;QD=21.7462;RBI=0.0229438;REFB=-0.0285839;REVB=0.013614;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165061;STB=0.592936;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0246877;OID=.;OPOS=14087769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:15:7:10:10:15:7:10:10 chr9 14618856 . C T 198.34 PASS AF=0.4;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00952442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.254;QD=13.2229;RBI=0.0155468;REFB=-0.0245157;REVB=-0.0122877;RO=35;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216359;STB=0.611025;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0312559;OID=.;OPOS=14618856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:36:24:24:0.4:13:11:9:26:13:11:10:26 chr9 14722477 . G C 507.94 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0200436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8619;QD=20.7323;RBI=0.0849902;REFB=-0.00664816;REVB=0.0825929;RO=49;SAF=17;SAR=32;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171919;STB=0.595373;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00802207;OID=.;OPOS=14722477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:32:17:26:23:32:17:26:23 chr9 14737506 . T G 1194.83 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7608;QD=59.7414;RBI=0.0263817;REFB=-0.0904776;REVB=-0.00982593;RO=1;SAF=29;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160428;STB=0.508472;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00189469;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:50:29:1:0:50:29:1:0 chr9 14775853 . A G 308.45 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.050477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.004;QD=16.0235;RBI=0.0511698;REFB=-0.00999866;REVB=-0.00839196;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00551917;STB=0.509948;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00743808;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:18:16:20:22:18:16:21:22 chr9 14775859 . G A 269.66 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0011538;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.135;QD=14.0081;RBI=0.00969297;REFB=-0.0159581;REVB=-0.00962406;RO=46;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509382;STB=0.528997;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0258261;OID=.;OPOS=14775859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:46:46:31:31:0.402597:17:14:23:23:17:14:23:23 chr9 14801687 . T C 645.11 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0317044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.009;QD=21.3261;RBI=0.0341846;REFB=-0.035684;REVB=0.0127836;RO=57;SAF=38;SAR=26;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134017;STB=0.573636;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0327746;OID=.;OPOS=14801687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:57:57:64:64:0.528926:26:38:25:32:26:38:25:32 chr9 14801769 . C T 476.92 PASS AF=0.464286;AO=53;DP=111;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0997694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7151;QD=17.0327;RBI=0.146344;REFB=-0.00525201;REVB=-0.107064;RO=58;SAF=21;SAR=32;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03394;STB=0.516294;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00838706;OID=.;OPOS=14801769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:58:60:53:52:0.464286:32:21:25:33:31:21:26:34 chr9 14816829 . G C 205.79 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0305465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.027;QD=23.5185;RBI=0.0308589;REFB=-0.00922593;REVB=0.00437953;RO=15;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640112;STB=0.535781;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0103021;OID=.;OPOS=14816829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:11:9:8:7:11:9:8:7 chr9 14824799 . G A 390.02 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.011302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.31;QD=14.4451;RBI=0.0540082;REFB=-0.0297354;REVB=-0.0528124;RO=48;SAF=17;SAR=28;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228965;STB=0.568497;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0439153;OID=.;OPOS=14824799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:63:45:45:0.416667:28:17:30:18:28:17:31:32 chr9 14846036 . C G 527.52 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0160276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.506;QD=20.892;RBI=0.0302825;REFB=-0.0177466;REVB=0.0256933;RO=48;SAF=26;SAR=27;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118195;STB=0.564982;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0128427;OID=.;OPOS=14846036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:48:53:53:0.524752:27:26:17:31:27:26:17:31 chr9 14859356 . T C 305.84 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=27;FWDB=-0.0926466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2695;QD=20.3893;RBI=0.0934301;REFB=-6.45591e-05;REVB=-0.0120743;RO=28;SAF=5;SAR=27;SRF=1;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229729;STB=0.624937;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0020931;OID=.;OPOS=14859356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:27:5:1:27:27:5:1:27 chr9 15188106 . T C 527.16 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0153563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.514;QD=19.1693;RBI=0.0204222;REFB=-0.00671523;REVB=0.013463;RO=55;SAF=30;SAR=25;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114778;STB=0.563404;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00606536;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:25:30:23:32:25:30:23:32 chr9 15307090 . C T 601.85 PASS AF=0.440559;AO=59;DP=139;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0153502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.81;QD=16.835;RBI=0.0527123;REFB=-0.0221655;REVB=0.0504277;RO=77;SAF=31;SAR=28;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585652;STB=0.502553;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0462656;OID=.;OPOS=15307090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:143:77:80:59:63:0.440559:28:31:36:41:32:31:39:41 chr9 15464898 . C A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0057;QD=56.7048;RBI=0.0445493;REFB=0;REVB=-0.0319927;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101146;OID=.;OPOS=15464898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr9 15591372 . T A 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0259025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.92;QD=18.6421;RBI=0.0266722;REFB=-0.0116139;REVB=-0.00636175;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114699;STB=0.565154;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0153678;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:12:12:13:8:12:12 chr9 15922137 . A G 1201.25 PASS AF=0.97561;AO=81;DP=81;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00533788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.739;QD=58.5978;RBI=0.0290644;REFB=-0.0704972;REVB=0.02857;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.500305;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00100755;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:82:0:2:81:80:0.97561:40:41:0:0:39:41:1:1 chr9 16410956 . G C 74.68 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0219399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.287;QD=14.2248;RBI=0.0306564;REFB=-0.0634137;REVB=-0.0214116;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241623;STB=0.622399;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.132013;OID=.;OPOS=16410956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:20:21:10:11:9:10:0.47619:6:3:6:4:6:4:7:4 chr9 16411463 . G T 331.19 PASS AF=0.439024;AO=37;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.130738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4079;QD=16.1554;RBI=0.131396;REFB=-0.0240144;REVB=-0.0131315;RO=44;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105069;STB=0.56753;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0279516;OID=.;OPOS=16411463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:46:37:36:0.439024:20:17:25:19:20:16:26:20 chr9 16417431 . G A 2308.37 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.971;QD=63.6792;RBI=0.00418329;REFB=0;REVB=5.74832e-05;RO=0;SAF=70;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61676e-06;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:74:70:0:0:75:70:0:0 chr9 16418440 . TGGCCCCTCAA T 190.36 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0123215;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=10;MLLD=286.289;QD=10.0189;RBI=0.0306255;REFB=-0.0171263;REVB=-0.0280375;RO=38;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157682;STB=0.516119;STBP=0.85;TYPE=del;VARB=0.0250757;OID=.;OPOS=16418441;OREF=GGCCCCTCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407895:31:75:31:76:45:16:15:22:23:99:38:16:15:19:19 chr9 16685539 . T C 159.52 PASS AF=1;AO=11;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0762142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8471;QD=45.5769;RBI=0.0765841;REFB=0;REVB=0.00751775;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00212161;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:11:14:1:3:8:0:0:3:11:0:0 chr9 17001122 . C A 549.82 PASS AF=0.5;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=10;FWDB=0.00835869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9333;QD=19.2919;RBI=0.031479;REFB=-0.0292478;REVB=-0.0303489;RO=56;SAF=42;SAR=15;SRF=46;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103779;STB=0.559729;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0308954;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:56:57:57:57:0.5:15:42:46:10:15:42:47:10 chr9 17001200 . C A 2312.63 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.923;QD=63.7967;RBI=0.0306784;REFB=0;REVB=0.0272792;RO=0;SAF=107;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.18308e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87874e-05;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:38:107:0:0:38:107:0:0 chr9 17001216 . A C 776.22 PASS AF=0.532374;AO=73;DP=138;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=11;FWDB=0.00512257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.227;QD=22.3373;RBI=0.0117557;REFB=-0.00790898;REVB=0.0105809;RO=64;SAF=48;SAR=25;SRF=53;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172256;STB=0.593432;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00840975;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:64:65:73:74:0.532374:25:48:53:11:25:49:54:11 chr9 17053994 . G A 112.5 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0351828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.03;QD=9.18387;RBI=0.0512753;REFB=-0.0176624;REVB=-0.0373005;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676631;STB=0.541117;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0510916;OID=.;OPOS=17053994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:6:8:18:17:6:8:18:17 chr9 17054142 . A G 542.51 PASS AF=0.513761;AO=55;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0404526;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2713;QD=19.9085;RBI=0.0423095;REFB=-0.0236257;REVB=0.0123967;RO=54;SAF=18;SAR=37;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431047;STB=0.510341;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0225109;OID=.;OPOS=17054142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:53:55:56:0.513761:37:18:20:34:37:19:19:34 chr9 17340864 . C T 127.72 PASS AF=0.348837;AO=9;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.000500916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.191;QD=11.8807;RBI=0.0257962;REFB=-0.00277076;REVB=-0.0257914;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151847;STB=0.542315;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00488211;OID=.;OPOS=17340864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:28:9:15:0.348837:6:3:11:13:10:5:11:17 chr9 17342383 . C T 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.616;QD=62.0068;RBI=0.0224657;REFB=0;REVB=0.00025853;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30676e-05;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr9 17394536 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00124039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.69;QD=16.4544;RBI=0.0234419;REFB=-0.00681349;REVB=-0.023409;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00744384;OID=.;OPOS=17394536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr9 17394636 . CT C 62.63 PASS AF=0.529412;AO=7;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0614709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2246;QD=14.7356;RBI=0.0662326;REFB=-0.0333098;REVB=0.0246595;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.683595;STB=0.899152;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0220547;OID=.;OPOS=17394637;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:7:17:9:17:8:8:1:0:8:53:8:6:1:0:8 chr9 17394996 . T C 458.83 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00170935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.26;QD=20.8558;RBI=0.0204112;REFB=-0.0183138;REVB=0.0203395;RO=43;SAF=26;SAR=19;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457595;STB=0.525289;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0202126;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:19:26:27:16:19:26:27:16 chr9 17409366 . G A 405.78 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0457206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.176;QD=21.0793;RBI=0.0489085;REFB=-0.0423395;REVB=-0.0173685;RO=30;SAF=21;SAR=20;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240155;STB=0.583294;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0368457;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:30:36:41:41:0.532468:20:21:6:24:20:21:12:24 chr9 17464537 . G A 416.12 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.024909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.235;QD=16.1599;RBI=0.0265437;REFB=-0.0212832;REVB=0.00917116;RO=57;SAF=24;SAR=22;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128365;STB=0.507182;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0239998;OID=.;OPOS=17464537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:22:24:29:28:22:24:29:28 chr9 17486984 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0155959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.034;QD=13.2053;RBI=0.0266201;REFB=0.00295426;REVB=0.0215731;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.583063;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00201495;OID=.;OPOS=17486984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:4:2:3:3:4:2 chr9 18504916 . T A 235.48 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00309807;FXX=0.0937354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.701;QD=16.2397;RBI=0.0238179;REFB=-0.0145698;REVB=0.0236156;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120866;STB=0.559954;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0149972;OID=.;OPOS=18504916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:58:31:32:26:26:0.448276:15:11:17:14:15:11:17:15 chr9 18651156 . C T 349.88 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.000596379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.292;QD=20.283;RBI=0.0120399;REFB=-0.0221776;REVB=-0.0120251;RO=33;SAF=19;SAR=16;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165607;STB=0.596684;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0291435;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:33:35:36:0.521739:16:19:24:9:17:19:24:9 chr9 18651282 . A G 458.98 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0107464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.237;QD=18.3594;RBI=0.017182;REFB=-0.0103386;REVB=-0.0134065;RO=54;SAF=24;SAR=22;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312083;STB=0.501741;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0142677;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:22:24:28:26:22:24:28:26 chr9 18681821 . A G 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0288713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.739;QD=13.2648;RBI=0.0350121;REFB=-0.00986362;REVB=-0.0198064;RO=47;SAF=9;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237325;STB=0.636269;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0249468;OID=.;OPOS=18681821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:21:9:24:23:21:9:24:23 chr9 18775810 . C A 316.91 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00212635;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.425;QD=12.8042;RBI=0.0142265;REFB=-0.0127065;REVB=-0.0140667;RO=61;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105854;STB=0.548361;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0210273;OID=.;OPOS=18775810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:61:63:36:36:0.363636:19:17:23:38:19:17:25:38 chr9 18776840 . A C 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.908;QD=57.1041;RBI=0.00525651;REFB=0;REVB=-0.00145919;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67019e-05;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr9 18777368 . T C 363.27 PASS AF=0.475;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00647208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.583;QD=18.1635;RBI=0.0291164;REFB=-0.00283753;REVB=-0.028388;RO=41;SAF=25;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187211;STB=0.611353;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00320148;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:42:38:38:0.475:13:25:19:22:13:25:19:23 chr9 19032907 . A G 515.68 PASS AF=0.411348;AO=55;DP=139;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.00927212;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.34;QD=14.6291;RBI=0.0144556;REFB=-0.0124176;REVB=-0.0110902;RO=78;SAF=14;SAR=41;SRF=25;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859341;STB=0.54665;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0235092;OID=.;OPOS=19032907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:78:83:55:58:0.411348:41:14:25:53:41:17:30:53 chr9 19056147 . T TA 258.41 PASS AF=0.5625;AO=34;DP=65;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0299131;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.2413;QD=16.1506;RBI=0.0865178;REFB=-0.0238002;REVB=-0.0811821;RO=31;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14541;STB=0.540047;STBP=0.518;TYPE=ins;VARB=0.0145689;OID=.;OPOS=19056148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:34:65:36:64:28:20:16:13:15:99:31:20:14:13:18 chr9 19058483 . C A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0446856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.693;QD=23.0936;RBI=0.0448065;REFB=-0.0209057;REVB=0.00328901;RO=11;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192334;STB=0.594478;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0158093;OID=.;OPOS=19058483;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:12:5:6:5:12:5:6:6 chr9 19058921 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00541232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.45;QD=19.0582;RBI=0.00668193;REFB=-0.020457;REVB=-0.00391854;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721724;STB=0.54094;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0215754;OID=.;OPOS=19058921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:10:10:11:8:10:10 chr9 19093287 . A G 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.131808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.417;QD=19.6659;RBI=0.132002;REFB=-0.0265665;REVB=-0.00715011;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134131;STB=0.574425;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0340358;OID=.;OPOS=19093287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:16:18:12:20:16:18:12:20 chr9 19434980 . C T 949.94 PASS AF=0.582192;AO=85;DP=147;FAO=85;FDP=146;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0156057;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.403;QD=26.0257;RBI=0.0288788;REFB=-0.0119658;REVB=0.0242991;RO=61;SAF=39;SAR=46;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128138;STB=0.506968;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00845211;OID=.;OPOS=19434980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:61:61:85:85:0.582192:46:39:29:32:46:39:29:32 chr9 19492973 . A G 1044.95 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0119842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.851;QD=56.4835;RBI=0.0122163;REFB=-0.151107;REVB=-0.00236997;RO=2;SAF=32;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028636;STB=0.514702;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00256081;OID=.;OPOS=19492973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:74:2:2:71:72:0.972973:39:32:2:0:39:33:2:0 chr9 19576949 . T G 1970.86 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.817;QD=62.0745;RBI=0.0506121;REFB=0;REVB=0.0225193;RO=0;SAF=52;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34646e-05;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:75:52:0:0:75:52:0:0 chr9 19622268 . T C 536.2 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0114095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.236;QD=54.995;RBI=0.043652;REFB=0.0340987;REVB=0.0421346;RO=2;SAF=21;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042533;STB=0.522715;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.000443106;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:16:21:2:0:16:21:2:0 chr9 20418323 . T C 300.4 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.004782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.044;QD=21.4568;RBI=0.0098985;REFB=-0.0153213;REVB=0.00866677;RO=25;SAF=20;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945984;STB=0.540514;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0118257;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:30:31:0.553571:10:20:14:11:11:20:14:11 chr9 20786994 . G C 1751.16 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.743;QD=60.9098;RBI=0.0406282;REFB=0;REVB=0.00875949;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52258e-05;OID=.;OPOS=20786994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:112:115:1:60:52:0:0:61:54:0:0 chr9 20866974 . C G 1116.62 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.922;QD=60.3579;RBI=0.0668444;REFB=0;REVB=-0.0178847;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442017;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr9 20933030 . A C 693.45 PASS AF=0.489362;AO=69;DP=141;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=-0.00626709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.502;QD=19.6724;RBI=0.00753967;REFB=-0.0103308;REVB=-0.00419169;RO=71;SAF=30;SAR=39;SRF=21;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13289;STB=0.568308;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00551755;OID=.;OPOS=20933030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:71:72:69:69:0.489362:39:30:21:50:39:30:22:50 chr9 20953049 . A G 703.3 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.138249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.502;QD=53.0791;RBI=0.138764;REFB=-0.142842;REVB=-0.0119445;RO=2;SAF=16;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552805;STB=0.51428;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00160006;OID=.;OPOS=20953049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:53:2:1:51:52:0.981132:35:16:2:0:35:17:1:0 chr9 20988426 . A G 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.025522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.504;QD=56.2119;RBI=0.0279527;REFB=0.000891737;REVB=-0.0114008;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154749;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=4.07138e-06;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:0:1:30:31:0:1 chr9 21077716 . G A 221.8 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0299418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.198;QD=18.8769;RBI=0.0304576;REFB=-0.0172402;REVB=0.00558155;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162969;STB=0.576854;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.026124;OID=.;OPOS=21077716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:25:21:22:0.468085:12:9:15:10:12:10:15:10 chr9 21187121 . T A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0184571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.783;QD=20.3168;RBI=0.0198998;REFB=-0.0238127;REVB=0.00743894;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122433;STB=0.568895;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0317804;OID=.;OPOS=21187121;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:9:10:12:6:9:10:12:6 chr9 21187225 . C G 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00273776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.391;QD=21.9525;RBI=0.0206045;REFB=-0.0294671;REVB=0.0204218;RO=25;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059825;STB=0.533088;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0369682;OID=.;OPOS=21187225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:19:13:12:13:19:13:12:13 chr9 21187311 . C T 1256.08 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00726499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.933;QD=59.1096;RBI=0.0226163;REFB=-0.0701529;REVB=0.0214176;RO=2;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178672;STB=0.509432;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=5.56255e-05;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:52:31:0:2:52:31:0:2 chr9 21207129 . G A 2395.33 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.229;QD=61.0276;RBI=0.0138609;REFB=0;REVB=0.0122551;RO=0;SAF=69;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96828e-05;OID=.;OPOS=21207129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:157:0:0:155:157:1:86:69:0:0:88:69:0:0 chr9 21227622 . A C 130.74 PASS AF=0.203704;AO=17;DP=104;FAO=22;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.011464;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.579;QD=4.84204;RBI=0.026466;REFB=-0.00346527;REVB=0.0238542;RO=60;SAF=9;SAR=8;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489517;STB=0.563717;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00740282;OID=.;OPOS=21227622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:60:86:17:22:0.203704:8:9:32:28:13:9:42:44 chr9 21227651 . A G 50.15 PASS AF=0.117021;AO=10;DP=94;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0137488;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.888;QD=2.13424;RBI=0.0148641;REFB=-0.00457847;REVB=-0.00564901;RO=84;SAF=4;SAR=6;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132595;STB=0.545372;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0401805;OID=.;OPOS=21227651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:94:94:84:83:10:11:0.117021:6:4:43:41:6:5:42:41 chr9 21227942 . G T 581.76 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00836382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7163;QD=21.9531;RBI=0.00839618;REFB=-0.0194583;REVB=0.000736391;RO=48;SAF=34;SAR=24;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10654;STB=0.558455;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0193453;OID=.;OPOS=21227942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:48:58:58:0.54717:24:34:22:26:24:34:22:26 chr9 21228040 . C G 394.94 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0184906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.761;QD=22.8951;RBI=0.0234705;REFB=-0.0240172;REVB=-0.0144554;RO=23;SAF=21;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996875;STB=0.502241;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0153348;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:23:30:39:39:0.565217:18:21:9:14:18:21:16:14 chr9 21228182 . GC TG 506.81 PASS AF=0.45625;AO=69;DP=160;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0063322;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.432;QD=12.6703;RBI=0.0326449;REFB=-0.0474792;REVB=0.0320249;RO=85;SAF=35;SAR=34;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596559;STB=0.518158;STBP=0.678;TYPE=mnp;VARB=0.0555777;OID=.;OPOS=21228182;OREF=GC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:85:87:69:73:0.45625:34:35:38:47:37:36:40:47 chr9 21304803 . G A 566.35 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00111916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.114;QD=24.624;RBI=0.0156156;REFB=-0.0201172;REVB=0.0155755;RO=40;SAF=26;SAR=26;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396763;STB=0.521731;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0151154;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:40:52:52:0.565217:26:26:22:18:26:26:22:18 chr9 21350620 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0259031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.274;QD=19.8256;RBI=0.0335864;REFB=-0.0100996;REVB=-0.0213793;RO=25;SAF=7;SAR=20;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654428;STB=0.536645;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00845697;OID=.;OPOS=21350620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:20:7:8:17:20:7:8:17 chr9 21409901 . G A 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00640282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.807;QD=13.9657;RBI=0.00641403;REFB=0.000393883;REVB=0.000379109;RO=41;SAF=11;SAR=19;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102521;STB=0.568178;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000591582;OID=.;OPOS=21409901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:44:30:30:0.405405:19:11:19:22:19:11:21:23 chr9 21410117 . ATTCT A 359.54 PASS AF=0.407895;AO=52;DP=150;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=0.00480565;FXX=0.0440224;HRUN=2;LEN=4;MLLD=252.677;QD=9.46148;RBI=0.010687;REFB=-0.0148723;REVB=0.00954559;RO=84;SAF=27;SAR=25;SRF=29;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189008;STB=0.597192;STBP=0.052;TYPE=del;VARB=0.0191117;OID=.;OPOS=21410118;OREF=TTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407895:52:150:62:152:90:33:29:33:57:99:84:27:25:29:55 chr9 21482089 . G A,T 833.82 PASS AF=0.936508,0.0634921;AO=51,5;DP=56;FAO=59,4;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23,3;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151421,-0.0111119;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.7348,47.6001;QD=52.9409;RBI=0.0154927,0.0128695;REFB=0,0;REVB=-0.00327701,-0.00649227;RO=0;SAF=19,4;SAR=32,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.2152e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00671906,0.0301379;OID=.,.;OPOS=21482089,21482089;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:56:63:0:0:51,5:59,4:0.936508,0.0634921:32,1:19,4:0:0:36,1:23,3:0:0 chr9 21482090 . T A 40.48 PASS AF=0.123077;AO=7;DP=64;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0150012;FXX=0.0151492;HRUN=7;LEN=1;MLLD=84.0791;QD=2.4908;RBI=0.0383531;REFB=-0.00383161;REVB=0.0352977;RO=57;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194255;STB=0.687288;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00437324;OID=.;OPOS=21482090;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:65:57:57:7:8:0.123077:3:4:23:34:3:5:23:34 chr9 21699406 . G A 695.41 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0184817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3271;QD=60.4708;RBI=0.0555612;REFB=-0.12088;REVB=0.0523972;RO=1;SAF=7;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012211;STB=0.506491;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00349202;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:38:7:0:1:38:7:0:1 chr9 21699444 . C T 815.17 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6765;QD=57.205;RBI=0.00329882;REFB=0;REVB=0.000375592;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20958e-05;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:36:20:0:0:37:20:0:0 chr9 21968199 . C G 888.14 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0472067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3783;QD=56.3897;RBI=0.0516186;REFB=0.221503;REVB=-0.0208809;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.509431;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00398285;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:36:26:0:0:36:26:1:0 chr9 21968712 . C A 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0104706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.939;QD=13.3343;RBI=0.0107646;REFB=-0.00541532;REVB=-0.00249889;RO=39;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558747;STB=0.531995;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00814872;OID=.;OPOS=21968712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:16:10:17:22:16:10:17:22 chr9 22029445 . G A 276.97 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00423427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.539;QD=13.5105;RBI=0.0464227;REFB=-0.0101919;REVB=0.0462292;RO=48;SAF=24;SAR=8;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204836;STB=0.608623;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0157062;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:50:32:32:0.390244:8:24:28:20:8:24:30:20 chr9 24545513 . G A 419.31 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00412103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.825;QD=17.6553;RBI=0.00871399;REFB=-0.00608036;REVB=-0.00767793;RO=51;SAF=26;SAR=17;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940232;STB=0.558414;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00985109;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:51:52:43:43:0.452632:17:26:26:25:17:26:26:26 chr9 24905556 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.578;QD=62.9081;RBI=0.0204704;REFB=0;REVB=0.00673537;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33286e-05;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr9 25677698 . A C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0342318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.703;QD=10.6345;RBI=0.0419592;REFB=-0.0472849;REVB=-0.0242645;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752617;STB=0.545344;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0478049;OID=.;OPOS=25677698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:9:4:3:5:9:4 chr9 25678640 . T A 563.52 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0318657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.666;QD=21.0661;RBI=0.0346368;REFB=-0.0325602;REVB=0.0135751;RO=48;SAF=21;SAR=36;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425923;STB=0.535257;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0303502;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:50:57:57:0.53271:36:21:20:28:36:21:22:28 chr9 26116149 . AG A,AT 220.41 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,16;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276428,0.0335968;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=193.309,214.624;QD=48.9803;RBI=0.0421937,0.0522995;REFB=0,0;REVB=0.0318776,0.040081;RO=0;SAF=1,2;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0169808,0.00314644;OID=.,.;OPOS=26116150,26116150;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:2,16:18:1,17:18:0:1,2:0,15:0:0:3:0:1,2:1,14:0:0 chr9 26892654 . G A 753.82 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.997;QD=56.8918;RBI=0.0461008;REFB=0;REVB=0.0453406;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136024;OID=.;OPOS=26892654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr9 26895808 . A G 820.2 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00261479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.408;QD=55.607;RBI=0.0538112;REFB=-0.0676084;REVB=-0.0537476;RO=1;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125779;STB=0.506491;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000188007;OID=.;OPOS=26895808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:37:20:0:1:38:20:0:1 chr9 26978170 . A G 401.87 PASS AF=0.418803;AO=42;DP=111;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00728502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.772;QD=13.7391;RBI=0.0143651;REFB=-0.0158437;REVB=-0.0123809;RO=68;SAF=22;SAR=20;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895716;STB=0.504585;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0200121;OID=.;OPOS=26978170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:117:68:68:42:49:0.418803:20:22:30:38:27:22:30:38 chr9 26978259 . A G 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.101;QD=60.0767;RBI=0.0217009;REFB=0;REVB=0.018742;RO=0;SAF=39;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95179e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4818e-05;OID=.;OPOS=26978259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:68:39:0:0:68:39:0:0 chr9 27168571 . T C 354.05 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0100178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.803;QD=24.0036;RBI=0.0346794;REFB=-0.0117104;REVB=0.0332009;RO=24;SAF=11;SAR=23;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234592;STB=0.632141;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0105191;OID=.;OPOS=27168571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:24:24:34:35:0.59322:23:11:15:9:24:11:15:9 chr9 27183463 . A C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.206;QD=62.9829;RBI=0.0214548;REFB=0;REVB=0.0209666;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19596e-05;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr9 27202870 . A G 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0261854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.251;QD=25.2555;RBI=0.0270209;REFB=-0.00581795;REVB=-0.00666719;RO=10;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389577;STB=0.521714;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00274503;OID=.;OPOS=27202870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:11:6:3:7:11:6:3:7 chr9 27205021 . G A 402.56 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00645337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.971;QD=15.6333;RBI=0.0257554;REFB=-0.0129978;REVB=-0.0249338;RO=58;SAF=17;SAR=28;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142814;STB=0.580211;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0175944;OID=.;OPOS=27205021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:45:45:0.436893:28:17:30:28:28:17:30:28 chr9 27328886 . C A 704.59 PASS AF=0.496503;AO=65;DP=138;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0272263;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.917;QD=19.7088;RBI=0.0282334;REFB=-0.0165421;REVB=-0.00747352;RO=71;SAF=33;SAR=32;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404295;STB=0.545818;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0170967;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:143:71:72:65:71:0.496503:32:33:33:38:32:39:33:39 chr9 27328964 . C T 3072.58 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361973;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.558;QD=63.6804;RBI=0.036201;REFB=0;REVB=0.000513229;RO=0;SAF=91;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97086e-05;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:193:0:0:192:193:1:101:91:0:0:101:92:0:0 chr9 27378301 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.407;QD=51.9166;RBI=0.0272947;REFB=0;REVB=0.0267091;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248553;OID=.;OPOS=27378301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:9:12:0:0 chr9 27524731 . A G 908.65 PASS AF=1;AO=53;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969306;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4387;QD=58.6223;RBI=0.0865046;REFB=0;REVB=0.0859598;RO=2;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254583;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153429;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:2:0:53:62:1:36:17:0:2:45:17:0:0 chr9 27556780 . G A 63.13 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00537421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.707;QD=8.70755;RBI=0.00705869;REFB=-0.00375065;REVB=-0.00457635;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133986;STB=0.57126;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0177719;OID=.;OPOS=27556780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:7:2:6:13:7:2:6:14 chr9 32069857 . T G 237.96 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0245862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9331;QD=20.2518;RBI=0.0308414;REFB=0.00323897;REVB=-0.0186202;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670041;STB=0.537815;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00328969;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:15:8:10:14:15:8:10:14 chr9 32069938 . G C 121.62 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0783544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4999;QD=15.203;RBI=0.081173;REFB=0.0313212;REVB=0.0212051;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531206;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0431158;OID=.;OPOS=32069938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:18:14:14:0.4375:7:7:8:8:7:7:8:10 chr9 32425910 . A G 3139.35 PASS AF=0.994949;AO=197;DP=199;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0532062;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3468;QD=63.4212;RBI=0.0537627;REFB=0.0137464;REVB=0.00771525;RO=1;SAF=86;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427156;STB=0.502242;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-7.66303e-05;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:198:1:1:197:197:0.994949:111:86:0:1:111:86:0:1 chr9 32436014 . A G 464.18 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.0208117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.04;QD=24.7564;RBI=0.0214494;REFB=-0.0291353;REVB=-0.00519118;RO=30;SAF=30;SAR=14;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105568;STB=0.562017;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0228227;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:31:44:44:0.586667:14:30:24:6:14:30:25:6 chr9 32450187 . T C 273.18 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0176429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.729;QD=18.212;RBI=0.0344635;REFB=-0.0150531;REVB=-0.0296052;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249128;STB=0.631493;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0154851;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:28:30:0.5:11:17:10:20:12:18:10:20 chr9 32459450 . T G 309.11 PASS AF=0.366337;AO=36;DP=100;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.00391391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.147;QD=12.2422;RBI=0.00598063;REFB=-0.00942619;REVB=0.00452208;RO=64;SAF=17;SAR=19;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186808;STB=0.597179;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0219503;OID=.;OPOS=32459450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:64:64:36:37:0.366337:19:17:41:23:19:18:41:23 chr9 32487521 . T C 629.03 PASS AF=0.48855;AO=63;DP=131;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00558433;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.149;QD=19.207;RBI=0.00669878;REFB=-0.0140759;REVB=-0.00369985;RO=68;SAF=27;SAR=36;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108644;STB=0.559377;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0151189;OID=.;OPOS=32487521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:67:63:64:0.48855:36:27:37:31:37:27:36:31 chr9 32492529 . G A 293.35 PASS AF=0.417722;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00485479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.782;QD=14.8534;RBI=0.0205901;REFB=-0.0272799;REVB=-0.0200096;RO=46;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132949;STB=0.581897;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0313393;OID=.;OPOS=32492529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:46:46:32:33:0.417722:20:12:23:23:21:12:23:23 chr9 32498291 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.624;QD=60.2307;RBI=0.0495348;REFB=0;REVB=0.0495241;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010626;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr9 32526146 . G A 197.26 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0111815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.232;QD=18.3495;RBI=0.0700055;REFB=-0.0335919;REVB=0.0691068;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207579;STB=0.595083;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0384937;OID=.;OPOS=32526146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:19:20:0.465116:6:13:11:12:7:13:11:12 chr9 32568024 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.023963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.746;QD=14.9787;RBI=0.0243528;REFB=-0.00501686;REVB=-0.00433973;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376093;STB=0.719196;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00783729;OID=.;OPOS=32568024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:3:8:3:7:3:8 chr9 32568168 . A T 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00661999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.688;QD=8.71557;RBI=0.0104089;REFB=-0.000974237;REVB=-0.00803255;RO=43;SAF=14;SAR=5;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352965;STB=0.717715;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00369243;OID=.;OPOS=32568168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:44:19:19:0.301587:5:14:19:24:5:14:19:25 chr9 32630472 . T C 946.99 PASS AF=0.531429;AO=85;DP=176;FAO=93;FDP=175;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.0158041;FXX=0.0056815;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.906;QD=21.6454;RBI=0.0165734;REFB=-0.0270265;REVB=-0.00499084;RO=58;SAF=44;SAR=41;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051393;STB=0.526797;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0226659;OID=.;OPOS=32630472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:58:82:85:93:0.531429:41:44:34:24:45:48:47:35 chr9 32784838 . T C 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0355743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.618;QD=18.7769;RBI=0.0370676;REFB=0.00421834;REVB=-0.0104151;RO=26;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109064;STB=0.561272;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00444354;OID=.;OPOS=32784838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:17:9:12:14:17:9:12:14 chr9 32785399 . C T 2485.18 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157832;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.997;QD=60.9861;RBI=0.0732774;REFB=0;REVB=-0.0715574;RO=0;SAF=78;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196051;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:163:0:0:161:163:1:83:78:0:0:84:79:0:0 chr9 32785888 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=375.468;QD=51.1846;RBI=0.0312339;REFB=0;REVB=0.0135119;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67773e-05;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr9 32786553 . T C 475.58 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262477;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.094;QD=55.9508;RBI=0.0354475;REFB=-0.123823;REVB=0.0238241;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.512813;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00148124;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:14:19:0:0:14:19:1:0 chr9 32786586 . G T 446.17 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.115;QD=55.7709;RBI=0.0269644;REFB=0;REVB=0.0171847;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157343;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:11:19:0:0:12:20:0:0 chr9 32786653 . G T 358.2 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.003;QD=55.1079;RBI=0.0230402;REFB=0;REVB=0.0150232;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82207e-05;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:11:15:0:0 chr9 32820257 . C T 1145.3 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00695079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.024;QD=57.9897;RBI=0.0238415;REFB=0.00522352;REVB=-0.0228058;RO=1;SAF=36;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129652;STB=0.51351;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000225871;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:41:36:1:0:41:36:2:0 chr9 33026572 . T C 411.37 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0147719;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6217;QD=20.8287;RBI=0.0520295;REFB=-0.0114062;REVB=-0.0498885;RO=37;SAF=23;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155765;STB=0.604104;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00905965;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:37:38:41:41:0.518987:18:23:14:23:18:23:13:25 chr9 33240225 . G A 441.14 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0106016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.929;QD=17.471;RBI=0.018276;REFB=-0.0308042;REVB=0.0148868;RO=52;SAF=14;SAR=33;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323856;STB=0.680919;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.027332;OID=.;OPOS=33240225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:52:54:47:47:0.465347:33:14:33:19:33:14:34:20 chr9 33264540 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.1384;QD=33.4284;RBI=0.0645746;REFB=0;REVB=-0.0594816;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150378;OID=.;OPOS=33264540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr9 33352826 . C A,CAAA 401.14 PASS AF=0.0441176,0.544118;AO=4,36;DP=69;FAO=3,37;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=1,18;FSAR=2,19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0267107,-0.0133724;FXX=0.0144907;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=49.1848,160.212;QD=23.5963;RBI=0.0267484,0.0251669;REFB=-0.0202954,0.00795591;REVB=-0.0014188,0.0213203;RO=29;SAF=2,18;SAR=2,18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0972666,0.0696902;STB=0.590288,0.524987;STBP=0.718,0.683;TYPE=snp,ins;VARB=0.0375829,-0.00402078;OID=.,.;OPOS=33352826,33352827;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:69:68:29:28:4,36:3,37:0.0441176,0.544118:2,18:2,18:12:17:2,19:1,18:12:16 chr9 33395196 . A G 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00645464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.412;QD=50.8367;RBI=0.0126759;REFB=-0.0168802;REVB=0.0109094;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0016534;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:1:0:13:12:1:0 chr9 33442952 . G A 247.32 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0187664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1497;QD=13.74;RBI=0.0209417;REFB=-0.00590072;REVB=-0.00929392;RO=42;SAF=8;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179032;STB=0.597303;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00900692;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:43:29:29:0.402778:21:8:18:24:21:8:18:25 chr9 33447424 . C G 4641.03 PASS AF=0.974684;AO=305;DP=317;FAO=308;FDP=316;FR=.;FRO=8;FSAF=127;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0175099;FXX=0.00315447;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.866;QD=58.7472;RBI=0.021123;REFB=-0.144776;REVB=0.0118146;RO=10;SAF=126;SAR=179;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258955;STB=0.51081;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000381233;OID=.;OPOS=33447424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:317:316:10:8:305:308:0.974684:179:126:0:10:181:127:0:8 chr9 33461567 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0146866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.066;QD=11.6341;RBI=0.0219408;REFB=-0.0112017;REVB=0.0163004;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349884;STB=0.705509;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0336165;OID=.;OPOS=33461567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:12:4:6:4:12:4 chr9 33524684 . G A 374.67 PASS AF=0.527027;AO=31;DP=70;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0187821;FXX=0.0512755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.291;QD=20.2524;RBI=0.0274363;REFB=-0.0247219;REVB=0.0199996;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859701;STB=0.577309;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0196072;OID=.;OPOS=33524684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:37:35:31:39:0.527027:14:17:17:20:17:22:14:21 chr9 33618358 . A G 520.08 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0303456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.548;QD=18.2485;RBI=0.0308528;REFB=-0.0188035;REVB=-0.00557117;RO=59;SAF=17;SAR=38;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118544;STB=0.565933;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0182249;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:38:17:25:34:38:17:25:34 chr9 33618460 . A T 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00944438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.081;QD=9.2618;RBI=0.0331845;REFB=-0.00619314;REVB=0.0318122;RO=38;SAF=2;SAR=15;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354688;STB=0.718865;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0174145;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:15:2:12:26:15:2:12:26 chr9 33618497 . G A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0121095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1247;QD=9.85794;RBI=0.0338423;REFB=-0.00558002;REVB=-0.0316016;RO=28;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258518;STB=0.649101;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00847781;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:10:3:12:16:10:3:12:17 chr9 33625082 . G C 828.34 PASS AF=0.477528;AO=84;DP=178;FAO=85;FDP=178;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0239819;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.887;QD=18.6144;RBI=0.0260825;REFB=-0.0107738;REVB=0.010255;RO=91;SAF=42;SAR=42;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517398;STB=0.505354;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0103586;OID=.;OPOS=33625082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:91:93:84:85:0.477528:42:42:46:45:42:43:48:45 chr9 33625185 . C T 609.81 PASS AF=0.530435;AO=59;DP=114;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0306544;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.092;QD=21.2109;RBI=0.0313602;REFB=-0.00685384;REVB=0.00661587;RO=55;SAF=26;SAR=33;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363315;STB=0.533323;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0061972;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:55:54:59:61:0.530435:33:26:22:33:33:28:21:33 chr9 33638046 . G C 294.63 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0318809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0147;QD=13.392;RBI=0.0630717;REFB=-0.0416852;REVB=0.0544211;RO=53;SAF=16;SAR=18;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201761;STB=0.618981;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0670012;OID=.;OPOS=33638046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:54:34:34:0.386364:18:16:35:18:18:16:36:18 chr9 33662181 . TCTGTAGCCCCAA T 96.1 PASS AF=0.25;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.010596;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=12;MLLD=329.577;QD=6.86463;RBI=0.0179883;REFB=-0.00120002;REVB=0.0145363;RO=36;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847792;STB=0.553769;STBP=0.646;TYPE=del;VARB=0.0043127;OID=.;OPOS=33662182;OREF=CTGTAGCCCCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:14:57:14:56:42:8:6:21:21:96:36:8:6:18:18 chr9 33662389 . A G 812.87 PASS AF=0.527397;AO=76;DP=145;FAO=77;FDP=146;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=-0.000131266;FXX=0.00680226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2184;QD=22.2705;RBI=0.00460986;REFB=0.00235352;REVB=0.00460799;RO=69;SAF=38;SAR=38;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132212;STB=0.575841;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00221129;OID=.;OPOS=33662389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:69:69:76:77:0.527397:38:38:24:45:39:38:23:46 chr9 33662607 . C G 452.51 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0201902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.894;QD=22.0737;RBI=0.0236639;REFB=0.00432277;REVB=0.0123424;RO=37;SAF=24;SAR=20;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13785;STB=0.581461;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00481993;OID=.;OPOS=33662607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:38:44:44:0.536585:20:24:14:23:20:24:14:24 chr9 33675629 . A C 619.8 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00250546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.499;QD=17.836;RBI=0.0062303;REFB=-0.00268509;REVB=-0.00570433;RO=75;SAF=34;SAR=30;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028086;STB=0.515599;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00346015;OID=.;OPOS=33675629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:75:75:64:64:0.460432:30:34:42:33:30:34:42:33 chr9 33676094 . C G 1404.21 PASS AF=0.4947;AO=140;DP=283;FAO=140;FDP=283;FR=.;FRO=143;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=87;FSRR=56;FWDB=-0.00785817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.221;QD=19.8475;RBI=0.0147428;REFB=-0.0134684;REVB=0.0124739;RO=142;SAF=63;SAR=77;SRF=87;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148476;STB=0.579546;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0108716;OID=.;OPOS=33676094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:142:143:140:140:0.4947:77:63:87:55:77:63:87:56 chr9 33794812 . G T 37.41 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0387127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.08;QD=2.13778;RBI=0.0387614;REFB=0.000170792;REVB=-0.0019425;RO=62;SAF=7;SAR=1;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476539;STB=0.860999;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00407944;OID=.;OPOS=33794812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:62:62:8:8:0.114286:1:7:30:32:1:7:30:32 chr9 33796777 . A G 37.66 PASS AF=0.0721649;AO=14;DP=194;FAO=14;FDP=194;FR=.;FRO=180;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=96;FSRR=84;FWDB=-0.030276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.829;QD=0.776591;RBI=0.0557113;REFB=-0.000192754;REVB=-0.0467666;RO=180;SAF=6;SAR=8;SRF=96;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114768;STB=0.596355;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00249287;OID=.;OPOS=33796777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:194:194:180:180:14:14:0.0721649:8:6:96:84:8:6:96:84 chr9 33796785 . C G 46.3 PASS AF=0.0833333;AO=15;DP=180;FAO=15;FDP=180;FR=.;FRO=165;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=91;FSRR=74;FWDB=0.0218495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.11;QD=1.02892;RBI=0.025443;REFB=-0.00486209;REVB=-0.0130364;RO=165;SAF=6;SAR=9;SRF=91;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172327;STB=0.636583;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.046754;OID=.;OPOS=33796785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:180:180:165:165:15:15:0.0833333:9:6:91:74:9:6:91:74 chr9 33796799 . A T 72.06 PASS AF=0.1125;AO=18;DP=160;FAO=18;FDP=160;FR=.;FRO=142;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=-0.0106592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.537;QD=1.80156;RBI=0.0157485;REFB=-0.00406902;REVB=-0.011593;RO=141;SAF=9;SAR=9;SRF=67;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304452;STB=0.518729;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0369144;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:160:160:141:142:18:18:0.1125:9:9:67:74:9:9:68:74 chr9 33797987 . G T 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0230289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.43;QD=1.61379;RBI=0.023514;REFB=-0.00387163;REVB=-0.00475147;RO=73;SAF=3;SAR=5;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258671;STB=0.701285;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0501622;OID=.;OPOS=33797987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:73:74:8:8:0.097561:5:3:44:29:5:3:45:29 chr9 33797999 . A G 35.44 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.0155211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9169;QD=1.8903;RBI=0.0172454;REFB=-0.00035304;REVB=0.00751658;RO=67;SAF=4;SAR=4;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16966;STB=0.626371;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00241764;OID=.;OPOS=33797999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:67:67:8:8:0.106667:4:4:43:24:4:4:43:24 chr9 33798016 . CA CG,TG 819.69 PASS AF=0.932203,0.0677966;AO=53,5;DP=59;FAO=55,4;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=24,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029501,-0.00152577;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=87.4026,118.146;QD=55.572;RBI=0.0306428,0.00191954;REFB=0,0;REVB=-0.00828685,-0.00116476;RO=1;SAF=29,2;SAR=24,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0159704,-0.169284;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00220904,0.0218409;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:59:59:1:0:53,5:55,4:0.932203,0.0677966:24,3:29,2:1:0:24,3:31,1:0:0 chr9 33798042 . G C 38.71 PASS AF=0.121212;AO=7;DP=65;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0276269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.389;QD=2.34624;RBI=0.0301117;REFB=-0.004198;REVB=0.0119778;RO=56;SAF=3;SAR=4;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16564;STB=0.575573;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0536427;OID=.;OPOS=33798042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:65:66:56:58:7:8:0.121212:4:3:32:24:4:4:34:24 chr9 33798075 . T C 48.59 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0121554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.676;QD=3.13452;RBI=0.0142849;REFB=-0.0081131;REVB=-0.00750366;RO=53;SAF=4;SAR=5;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792323;STB=0.555432;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0351689;OID=.;OPOS=33798075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:5:4:27:26:5:4:27:26 chr9 33798574 . G A 30.99 PASS AF=0.0888889;AO=7;DP=89;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.0254774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.02;QD=1.37715;RBI=0.028481;REFB=-0.00316452;REVB=-0.0127306;RO=80;SAF=3;SAR=4;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11878;STB=0.533251;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0348556;OID=.;OPOS=33798574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:89:90:80:82:7:8:0.0888889:4:3:43:37:4:4:44:38 chr9 33798596 . T C 39.1 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0269949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9483;QD=1.88446;RBI=0.0362079;REFB=-0.0015821;REVB=-0.0241307;RO=74;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498324;STB=0.537551;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0139564;OID=.;OPOS=33798596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:74:74:9:9:0.108434:5:4:36:38:5:4:36:38 chr9 33927899 . G A 1501.63 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0430998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.161;QD=61.291;RBI=0.0654927;REFB=-0.130441;REVB=0.0493123;RO=2;SAF=38;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0042094;STB=0.50222;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00123899;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:58:38:1:1:58:38:1:1 chr9 33935736 . A G 283.0 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0202582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.436;QD=14.8947;RBI=0.0260617;REFB=-0.0149907;REVB=0.0163956;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873681;STB=0.504947;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0314691;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:15:17:23:21:15:17:23:21 chr9 33971740 . A G 135.57 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0217253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.489;QD=9.68353;RBI=0.0433187;REFB=-0.00680164;REVB=0.0374769;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250317;STB=0.66068;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0151754;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:38:38:17:18:0.321429:10:7:24:14:11:7:24:14 chr9 34017106 . C T 378.56 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345831;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.994;QD=56.0827;RBI=0.0476418;REFB=0;REVB=-0.0327681;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93398e-05;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr9 34050070 . G C 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.031054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.884;QD=21.0495;RBI=0.037024;REFB=-0.0305278;REVB=-0.02016;RO=31;SAF=20;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113692;STB=0.562879;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0260339;OID=.;OPOS=34050070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:16:20:13:18:16:20:13:18 chr9 34088022 . G GAAAGA 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150206;FXX=0;HRUN=0;LEN=5;MLLD=332.14;QD=42.1826;RBI=0.0514717;REFB=0;REVB=0.0514498;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000308204;OID=.;OPOS=34088023;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:11:11:11:0:7:4:0:0:4:0:7:4:0:0 chr9 34107505 . C T 219.79 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.03909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8031;QD=17.583;RBI=0.0397512;REFB=-0.00694336;REVB=0.00721977;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448264;STB=0.525524;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0146526;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:14:14:12:10:14:14 chr9 34251943 . G C 946.9 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9658;QD=58.2709;RBI=0.0356622;REFB=0;REVB=0.0173437;RO=0;SAF=44;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88295e-05;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:19:44:0:0:20:45:0:0 chr9 34252466 . GCTAA G 773.81 PASS AF=1;AO=48;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113208;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=4;MLLD=297.343;QD=56.2771;RBI=0.0117434;REFB=0;REVB=0.0116887;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.5256e-05;OID=.;OPOS=34252467;OREF=CTAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:56:55:55:0:28:27:0:0:4:0:21:27:0:0 chr9 34256347 . C T 602.36 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0113979;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.566;QD=54.7599;RBI=0.0155506;REFB=-0.0931367;REVB=0.0105788;RO=3;SAF=21;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197437;STB=0.510539;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.000584002;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:20:21:2:1:20:21:2:1 chr9 34310927 . T C 1556.78 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00406961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.833;QD=58.7463;RBI=0.0384391;REFB=-0.111292;REVB=0.038223;RO=0;SAF=40;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02925e-08;STB=0.503816;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000311388;OID=.;OPOS=34310927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:65:40:0:0:65:40:0:1 chr9 34311195 . G C 351.88 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0290218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.511;QD=15.639;RBI=0.0504453;REFB=-0.019594;REVB=0.041261;RO=52;SAF=23;SAR=15;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20532;STB=0.615772;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.021304;OID=.;OPOS=34311195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:15:23:21:31:15:23:21:31 chr9 34370020 . T A 255.77 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.022;QD=51.1536;RBI=0.213319;REFB=0;REVB=0.134338;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010438;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr9 34372783 . G C 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.805;QD=58.7757;RBI=0.0518696;REFB=0;REVB=0.0502764;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37301e-05;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr9 34372873 . C G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.6;QD=57.712;RBI=0.00937174;REFB=0;REVB=0.00901423;RO=0;SAF=43;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50947e-05;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:16:43:0:0:16:43:0:0 chr9 34382726 . A G 1859.44 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.149;QD=61.4692;RBI=0.0431603;REFB=0;REVB=0.0241471;RO=0;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232596;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:121:0:0:117:121:1:66:51:0:0:69:52:0:0 chr9 34397545 . A G 2203.93 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.715;QD=62.9695;RBI=0.022779;REFB=0;REVB=0.00895889;RO=0;SAF=111;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85802e-05;OID=.;OPOS=34397545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:140:0:0:135:140:1:24:111:0:0:26:114:0:0 chr9 34521148 . G A 1009.15 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.643;QD=57.666;RBI=0.0357331;REFB=-0.0444441;REVB=0.0232094;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.506022;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000289896;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:70:0:1:67:69:0.985714:39:28:0:0:41:28:0:1 chr9 34723744 . C A 380.14 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.023617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4143;QD=24.9271;RBI=0.0497708;REFB=-0.0135949;REVB=0.0438106;RO=24;SAF=19;SAR=18;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129073;STB=0.570634;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0054885;OID=.;OPOS=34723744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:18:19:8:16:18:19:8:16 chr9 34723935 . C T 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0368676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.372;QD=15.1645;RBI=0.041034;REFB=-0.016475;REVB=-0.0180158;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435088;STB=0.512299;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0133106;OID=.;OPOS=34723935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:20:15:15:0.428571:11:4:5:14:11:4:5:15 chr9 34724241 . C A 441.09 PASS AF=0.483871;AO=43;DP=91;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.000879115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.494;QD=18.9718;RBI=0.0125884;REFB=-0.0239047;REVB=0.0125576;RO=48;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110039;STB=0.517234;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0270623;OID=.;OPOS=34724241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:48:48:43:45:0.483871:22:21:24:24:24:21:24:24 chr9 34725047 . C T 440.7 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00609916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.855;QD=19.5868;RBI=0.0109008;REFB=-0.00354054;REVB=0.00903485;RO=44;SAF=26;SAR=18;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832592;STB=0.547206;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00374778;OID=.;OPOS=34725047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:46:44:44:0.488889:18:26:22:22:18:26:23:23 chr9 34726470 . G A 614.16 PASS AF=0.423313;AO=68;DP=163;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.0487929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9625;QD=15.0713;RBI=0.0936436;REFB=-0.0200121;REVB=0.0799273;RO=94;SAF=41;SAR=27;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864743;STB=0.542886;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0273139;OID=.;OPOS=34726470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:94:94:68:69:0.423313:27:41:49:45:28:41:49:45 chr9 34726671 . G A 621.15 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0130311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.245;QD=22.7944;RBI=0.0290302;REFB=0.00194746;REVB=0.0259411;RO=48;SAF=32;SAR=29;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365656;STB=0.520005;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00135549;OID=.;OPOS=34726671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:48:61:61:0.559633:29:32:23:25:29:32:23:25 chr9 34834494 . C T 451.07 PASS AF=0.318681;AO=58;DP=182;FAO=58;FDP=182;FR=.;FRO=124;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=0.00650959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.39;QD=9.91355;RBI=0.029441;REFB=-0.00695157;REVB=-0.0287123;RO=124;SAF=23;SAR=35;SRF=57;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761593;STB=0.544097;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0168525;OID=.;OPOS=34834494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:124:124:58:58:0.318681:35:23:57:67:35:23:57:67 chr9 34835273 . A C 595.49 PASS AF=0.402367;AO=68;DP=170;FAO=68;FDP=169;FR=.;FRO=101;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=-0.00472979;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.631;QD=14.0945;RBI=0.0052864;REFB=-0.0110139;REVB=0.00236115;RO=96;SAF=35;SAR=33;SRF=35;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156455;STB=0.570665;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0178666;OID=.;OPOS=34835273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:96:101:68:68:0.402367:33:35:35:61:33:35:40:61 chr9 34835861 . C G 277.33 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0235886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2265;QD=26.4128;RBI=0.0473288;REFB=-0.014619;REVB=-0.0410316;RO=17;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00560647;STB=0.503103;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0115926;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:16:9:6:11:16:9:6:11 chr9 34978431 . G A 987.03 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206219;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.114;QD=58.9273;RBI=0.0233325;REFB=0;REVB=0.0109153;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04812e-06;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr9 35043291 . G T 286.95 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.000592404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6487;QD=17.391;RBI=0.0044216;REFB=-0.000287923;REVB=0.00438173;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179268;STB=0.591292;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00105953;OID=.;OPOS=35043291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:34:31:32:0.484848:16:15:10:24:17:15:10:24 chr9 35044493 . T A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0763407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.101;QD=19.3688;RBI=0.0764691;REFB=-0.0072656;REVB=-0.00442919;RO=7;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394541;STB=0.734106;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00760269;OID=.;OPOS=35044493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:9:1:3:4:9:1:3:4 chr9 35049508 . C T 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0068673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.969;QD=28.2259;RBI=0.0124445;REFB=-0.0246325;REVB=0.0103781;RO=4;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136204;STB=0.576787;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0173655;OID=.;OPOS=35049508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:9:3:2:2:9:3:2:2 chr9 35062972 . C T 284.66 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0236829;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.851;QD=21.8971;RBI=0.0354397;REFB=-0.00645432;REVB=0.0263645;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383817;STB=0.521262;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00537938;OID=.;OPOS=35062972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:23:29:29:0.557692:15:14:10:13:15:14:10:13 chr9 35089403 . G A 199.4 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0486905;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4469;QD=18.9908;RBI=0.0835032;REFB=-0.00181694;REVB=0.0678382;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848779;STB=0.533299;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00174576;OID=.;OPOS=35089403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:22:20:20:0.47619:7:13:13:10:7:13:13:9 chr9 35089431 . AAG AA,A 266.22 PASS AF=0.90625,0;AO=22,4;DP=30;FAO=29,0;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=13,0;FSAR=16,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0340906,0.0125136;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=16.0226,9.41842;QD=33.2775;RBI=0.27903,0.335424;REFB=0.0601157,0.152756;REVB=-0.276939,-0.335191;RO=3;SAF=13,0;SAR=9,4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.285418,0;SSSB=0.0581212,-0.705357;STB=0.510909,0.5;STBP=0.705,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0175799,0;OID=.,.;OPOS=35089433,35089432;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.90625,0:22,4:30:29,0:32:3:13,0:16,0:1:2:7:3:13,0:9,4:1:2 chr9 35105257 . G A 749.07 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0042807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5925;QD=19.8428;RBI=0.0170241;REFB=-0.0138523;REVB=0.0164771;RO=75;SAF=48;SAR=28;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152544;STB=0.584086;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0174833;OID=.;OPOS=35105257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:75:76:76:0.503311:28:48:35:40:28:48:35:40 chr9 35107858 . C T 267.38 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.020238;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.871;QD=42.781;RBI=0.0206626;REFB=-0.0735197;REVB=0.00416722;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031885;STB=0.538426;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000444145;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:1:3:22:22:0.88:14:8:0:1:14:8:2:1 chr9 35546735 . A G 391.52 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000360841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.827;QD=55.9313;RBI=0.000629145;REFB=0;REVB=-0.000515381;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52441e-07;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:15:13:0:0 chr9 35548264 . TCGGG GATGC,TC 1380.15 PASS AF=0.0727273,0.918182;AO=6,29;DP=109;FAO=8,101;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=0,37;FSAR=8,64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.213622,0.861924;FXX=0.0265463;HRUN=1,6;LEN=5,3;MLLD=151.788,25.1777;QD=50.1874;RBI=0.22138,0.861928;REFB=0.0309172,0.00323172;REVB=-0.0580902,-0.0025625;RO=21;SAF=0,0;SAR=6,29;SRF=20;SRR=1;SSEN=0,0.54321;SSEP=0,0.411765;SSSB=-0.852527,-0.887277;STB=0.5,0.503875;STBP=1,0.504;TYPE=mnp,del;VARB=0.110314,0.00412115;OID=.,.;OPOS=35548264,35548266;OREF=TCGGG,GGG;OALT=GATGC,-;OMAPALT=GATGC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:109:110:21:1:6,29:8,101:0.0727273,0.918182:6,29:0,0:20:1:8,64:0,37:0:1 chr9 35559213 . C T 300.9 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=83;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00268049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.462;QD=14.3287;RBI=0.00775981;REFB=-0.0130185;REVB=-0.00728214;RO=50;SAF=18;SAR=15;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102218;STB=0.566534;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0191075;OID=.;OPOS=35559213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:50:50:33:34:0.404762:15:18:32:18:16:18:32:18 chr9 35562387 . GCCCCCA GCCCA,GCCCCA,GCCCCCATAGT 59.81 PASS AF=0,0.25,0.35;AO=2,6,5;DP=20;FAO=0,5,7;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=0,2,5;FSAR=0,3,2;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0928559,-0.17514,-0.024164;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=2,1,4;MLLD=28.1713,13.0856,233.228;QD=11.9627;RBI=0.19001,0.322476,0.0243902;REFB=-0.13912,-0.254098,-0.0340114;REVB=-0.165776,-0.270771,-0.003314;RO=5;SAF=0,5,5;SAR=2,1,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0.478673,0.478673,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.78221,-0.290708,0;STB=0.5,0.832474,0.72179;STBP=1,0.242,0.396;TYPE=del,del,ins;VARB=0,0.0412746,0.0458722;OID=.,.,.;OPOS=35562388,35562388,35562394;OREF=CC,C,-;OALT=-,-,TAGT;OMAPALT=GCCCA,GCCCCA,GCCCCCATAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.25,0.35:2,6,5:20:0,5,7:20:8:0,2,5:0,3,2:8:0:50:5:0,5,5:2,1,0:5:0 chr9 35606884 . G A 447.28 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.00763194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.648;QD=18.4445;RBI=0.00943159;REFB=2.55978e-05;REVB=0.00554151;RO=52;SAF=23;SAR=22;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195445;STB=0.60853;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-1.82659e-05;OID=.;OPOS=35606884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:22:23:16:36:22:23:16:36 chr9 35618523 . G A 47.2 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00523561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.644;QD=13.4852;RBI=0.00629583;REFB=-0.00724721;REVB=0.00349656;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0178151;OID=.;OPOS=35618523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:14:5:7:6:6:0.428571:3:3:4:1:3:3:4:3 chr9 35657838 . G A 663.37 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=47;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0249778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.679;QD=20.4112;RBI=0.0347775;REFB=-0.00573658;REVB=-0.0241988;RO=62;SAF=47;SAR=19;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161736;STB=0.583439;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0107151;OID=.;OPOS=35657838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:62:64:66:66:0.507692:19:47:34:28:19:47:36:28 chr9 35657859 . C G 722.61 PASS AF=0.514286;AO=63;DP=131;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0138123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.371;QD=20.646;RBI=0.0138561;REFB=-0.0307998;REVB=-0.00110094;RO=67;SAF=50;SAR=13;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263626;STB=0.581855;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0625626;OID=.;OPOS=35657859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:140:67:68:63:72:0.514286:13:50:38:29:21:51:38:30 chr9 35660901 . C T 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0108064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.85;QD=21.8719;RBI=0.0126834;REFB=-0.0161003;REVB=0.00664001;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180183;STB=0.599929;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0142428;OID=.;OPOS=35660901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:12:16:8:15:12:16:8:15 chr9 35660990 . A G 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.59;QD=56.9956;RBI=0.00392137;REFB=0;REVB=-0.00356908;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64533e-05;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr9 35661488 . A G 76.99 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0299517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9928;QD=13.3902;RBI=0.100886;REFB=-0.00823472;REVB=0.0963376;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036821;STB=0.521696;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0154922;OID=.;OPOS=35661488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:7:6:5:5:7:6 chr9 35661943 . A C 340.45 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0222443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7057;QD=18.1575;RBI=0.0308923;REFB=-0.0142452;REVB=0.0214365;RO=39;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823459;STB=0.545905;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0157498;OID=.;OPOS=35661943;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:19:17:15:24:19:17:15:24 chr9 35663228 . G C 132.69 PASS AF=0.320755;AO=16;DP=52;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0279497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.596;QD=10.0145;RBI=0.0285207;REFB=-0.018038;REVB=0.00567847;RO=36;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505075;STB=0.546044;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0419654;OID=.;OPOS=35663228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:36:36:16:17:0.320755:10:6:15:21:11:6:15:21 chr9 35665153 . C A 313.74 PASS AF=0.764706;AO=25;DP=33;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0987112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.276;QD=36.9108;RBI=0.102952;REFB=-0.0326576;REVB=0.029245;RO=8;SAF=9;SAR=16;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660409;STB=0.538994;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0078726;OID=.;OPOS=35665153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:34:8:8:25:26:0.764706:16:9:4:4:17:9:4:4 chr9 35674053 . G A 215.75 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00855358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.833;QD=16.2833;RBI=0.00866446;REFB=-0.0120728;REVB=0.00138171;RO=28;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19967;STB=0.605173;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0215182;OID=.;OPOS=35674053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:8:16:13:15:8:16:14:15 chr9 35674101 . T C 214.93 PASS AF=0.465517;AO=21;DP=53;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0697036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8672;QD=14.8226;RBI=0.0834032;REFB=-0.00547164;REVB=0.0457985;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142457;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0263898;OID=.;OPOS=35674101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:58:31:31:21:27:0.465517:8:13:15:16:13:14:15:16 chr9 35679251 . A G 820.04 PASS AF=0.575758;AO=75;DP=131;FAO=76;FDP=132;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.026326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9019;QD=24.8496;RBI=0.0694223;REFB=-0.00996372;REVB=-0.0642371;RO=56;SAF=36;SAR=39;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716048;STB=0.535833;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00806052;OID=.;OPOS=35679251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:56:56:75:76:0.575758:39:36:32:24:39:37:32:24 chr9 35682764 . A AG 146.3 PASS AF=0.446429;AO=23;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0113817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.559;QD=10.4502;RBI=0.0899283;REFB=-0.00693762;REVB=-0.0892051;RO=33;SAF=17;SAR=6;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015666;STB=0.507037;STBP=0.955;TYPE=ins;VARB=-0.00177344;OID=.;OPOS=35682765;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446429:23:57:25:56:31:18:7:22:9:99:33:17:6:24:9 chr9 35683148 . C T 143.31 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0584075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.868;QD=15.4924;RBI=0.0585723;REFB=-0.0132169;REVB=-0.00439019;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172385;STB=0.59987;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0337402;OID=.;OPOS=35683148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:11:10:5:11:11:10 chr9 35704150 . C T 78.4 PASS AF=0.588235;AO=8;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.15548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3888;QD=18.4463;RBI=0.156096;REFB=-0.0133566;REVB=-0.0138552;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.549903;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0176955;OID=.;OPOS=35704150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:16:17:6:7:8:10:0.588235:5:3:2:4:6:4:2:5 chr9 35809221 . CTTC CT,CTC 41.48 PASS AF=0,0.533333;AO=2,6;DP=15;FAO=0,8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=0,3;FSAR=0,5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00449318,0.0312023;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=188.986,15.2257;QD=11.0602;RBI=0.0422493,0.205924;REFB=-0.000578423,-0.183558;REVB=0.0420097,0.203547;RO=5;SAF=0,3;SAR=2,3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.705406,-0.229845;STB=0.5,0.713795;STBP=1,0.131;TYPE=del,del;VARB=0,0.153064;OID=.,.;OPOS=35809223,35809222;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.533333:2,6:15:0,8:15:7:0,3:0,5:6:1:35:5:0,3:2,3:4:1 chr9 35841215 . C T 296.51 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0105458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6749;QD=11.189;RBI=0.0108299;REFB=-0.0133976;REVB=-0.00246438;RO=63;SAF=17;SAR=21;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142747;STB=0.524463;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0244746;OID=.;OPOS=35841215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:63:68:38:38:0.358491:21:17:29:34:21:17:33:35 chr9 35841783 . G A 404.84 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.052792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.929;QD=32.3873;RBI=0.0532524;REFB=-0.0362266;REVB=0.00698663;RO=17;SAF=20;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194066;STB=0.605996;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0109254;OID=.;OPOS=35841783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:13:20:5:12:13:20:5:12 chr9 35870001 . T C 191.25 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0845286;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2719;QD=18.2147;RBI=0.0909068;REFB=0.00144368;REVB=-0.0334508;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152848;STB=0.609267;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0138163;OID=.;OPOS=35870001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:17:22:19:19:0.452381:10:9:5:12:10:9:6:16 chr9 35870225 . G A 308.4 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00872262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.904;QD=18.4121;RBI=0.0150141;REFB=-0.0193794;REVB=0.0122204;RO=34;SAF=21;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465311;STB=0.525996;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0160858;OID=.;OPOS=35870225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:12:21:20:14:12:21:20:14 chr9 35906519 . G A 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0323439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.366;QD=18.9983;RBI=0.0337449;REFB=-0.00972448;REVB=0.00962243;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159237;STB=0.588611;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00690244;OID=.;OPOS=35906519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:14:17:11:19:14:17:11:19 chr9 36066899 . T C 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00667179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.182;QD=18.4893;RBI=0.00938885;REFB=-0.0222935;REVB=0.00660588;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180797;STB=0.524692;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.024963;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:26:22:22:0.458333:10:12:13:10:10:12:13:13 chr9 36085307 . C T 83.94 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.028968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.873;QD=10.1744;RBI=0.0383918;REFB=-0.0177155;REVB=-0.025195;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248891;STB=0.648395;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0196358;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:5:6:7:15:5:6:7:15 chr9 36087876 . G A 669.26 PASS AF=0.52381;AO=64;DP=124;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0428144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.706;QD=21.2463;RBI=0.0437636;REFB=-0.0277538;REVB=0.0090651;RO=59;SAF=28;SAR=36;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177839;STB=0.502183;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0250101;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:59:60:64:66:0.52381:36:28:27:32:36:30:27:33 chr9 36169598 . T C 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0105429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.601;QD=19.4668;RBI=0.0112427;REFB=-0.0078344;REVB=0.0039047;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769398;STB=0.543439;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00938298;OID=.;OPOS=36169598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:14:10:11:11:14:10 chr9 36607660 . A G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00180111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9144;QD=16.5271;RBI=0.0266064;REFB=0.00898923;REVB=0.0265453;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259277;STB=0.64676;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00914898;OID=.;OPOS=36607660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:17:8:17:12:17:8:17:12 chr9 36674842 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.204;QD=57.0007;RBI=0.0709196;REFB=0;REVB=-0.0705913;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000520524;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr9 36840623 . G A 516.1 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.067;QD=57.344;RBI=0.0888672;REFB=-0.0576115;REVB=0.0665965;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300566;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:1:0:35:36:1:21:14:1:0:21:15:0:0 chr9 37429814 . A G 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00211939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.068;QD=24.2022;RBI=0.00587599;REFB=0.00627128;REVB=-0.00548046;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143906;STB=0.580067;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0059243;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:10:8:3:9:10:8:3:9 chr9 37440201 . AATTTTTTTTG AAATTTTTTTG,AATTTTTTTG,AATTTTTTTGT,ATTTTTTTG 81.02 PASS AF=0,0.131579,0,0.315789;AO=4,9,2,7;DP=42;FAO=0,5,0,12;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=0,3,0,6;FSAR=0,2,0,6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0618111,0.067944,-0.0725917,0.012435;FXX=0.0731529;HRUN=8,8,8,6;LEN=1,1,2,2;MLLD=11.2514,7.93204,54.4281,16.2816;QD=8.52857;RBI=0.0682804,0.149631,0.0795375,0.100856;REFB=-0.0910988,-0.150473,-0.0167973,-0.0600807;REVB=-0.0290103,-0.133315,-0.0325064,-0.100087;RO=14;SAF=1,4,2,3;SAR=3,5,0,4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.291996,-0.0565464,0.547468,-0.0769493;STB=0.5,0.63583,0.5,0.545379;STBP=1,0.498,1,0.733;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0,0.133926,-0.0162571,0.0765403;OID=.,.,.,.;OPOS=37440203,37440203,37440210,37440202;OREF=T,T,TG,AT;OALT=A,-,GT,-;OMAPALT=AAATTTTTTTG,AATTTTTTTG,AATTTTTTTGT,ATTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0.131579,0,0.315789:4,9,2,7:42:0,5,0,12:38:21:0,3,0,6:0,2,0,6:9:12:44:14:1,4,2,3:3,5,0,4:7:7 chr9 37441808 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.49;QD=60.6102;RBI=0.0358592;REFB=0;REVB=-0.00502644;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166632;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr9 37486603 . A G 282.26 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0334788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.524;QD=22.5806;RBI=0.0351168;REFB=-0.0223134;REVB=0.0105999;RO=23;SAF=6;SAR=20;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824327;STB=0.539388;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0318518;OID=.;OPOS=37486603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:20:6:7:16:20:6:7:17 chr9 37492367 . C T 544.79 PASS AF=0.487179;AO=55;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00641594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.606;QD=18.6254;RBI=0.0429766;REFB=-0.00529763;REVB=-0.042495;RO=60;SAF=27;SAR=28;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242143;STB=0.522044;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0077807;OID=.;OPOS=37492367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:55:57:0.487179:28:27:31:29:30:27:31:29 chr9 37492679 . G T 553.94 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00155628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.879;QD=21.1024;RBI=0.0142992;REFB=-0.0178312;REVB=-0.0142143;RO=48;SAF=28;SAR=28;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035004;STB=0.523801;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0132684;OID=.;OPOS=37492679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:49:56:56:0.533333:28:28:22:26:28:28:22:27 chr9 37493588 . C T 321.07 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00884448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.187;QD=13.8094;RBI=0.0279119;REFB=-0.00399647;REVB=-0.0264736;RO=57;SAF=23;SAR=13;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125633;STB=0.571743;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00746608;OID=.;OPOS=37493588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:13:23:30:27:13:23:30:27 chr9 37500895 . T C 367.28 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0405355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4425;QD=24.4851;RBI=0.0609833;REFB=0.00157062;REVB=-0.0455614;RO=24;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109677;STB=0.559968;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00115769;OID=.;OPOS=37500895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:14:22:18:6:14:22:18:6 chr9 37501844 . G A 146.32 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0404681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.946;QD=16.7226;RBI=0.0430915;REFB=-0.00904053;REVB=-0.0148056;RO=19;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456479;STB=0.76435;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0276323;OID=.;OPOS=37501844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:3:13:7:12:3:13:7:12 chr9 37503087 . G A 489.18 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=113;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0156961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4314;QD=17.0148;RBI=0.0210129;REFB=-0.0183936;REVB=0.0139705;RO=61;SAF=27;SAR=25;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101245;STB=0.5559;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0262262;OID=.;OPOS=37503087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:61:62:52:53:0.46087:25:27:38:23:26:27:38:24 chr9 37503124 . G A 1491.15 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4309;QD=63.4531;RBI=0.0290262;REFB=0;REVB=0.0118234;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124822;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:46:48:0:0:46:48:0:0 chr9 37537557 . G A 171.04 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.107132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5675;QD=25.339;RBI=0.155676;REFB=-0.0501561;REVB=0.112951;RO=10;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125498;STB=0.570092;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0311539;OID=.;OPOS=37537557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:27:27:10:10:17:17:0.62963:7:10:4:6:7:10:4:6 chr9 37707441 . G A 291.06 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0412308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.503;QD=19.4043;RBI=0.0427397;REFB=-0.0193678;REVB=-0.011256;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085487;STB=0.547641;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0373465;OID=.;OPOS=37707441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:19:12:14:15:19:12:14:15 chr9 37740138 . C G 458.72 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0161514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.998;QD=16.9895;RBI=0.0203777;REFB=-0.0223652;REVB=0.0124251;RO=58;SAF=29;SAR=21;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779757;STB=0.543461;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0359347;OID=.;OPOS=37740138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:21:29:29:29:21:29:29:29 chr9 37740637 . T C 335.66 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00729465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.166;QD=22.3772;RBI=0.00977761;REFB=-0.00857442;REVB=-0.00651074;RO=26;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180851;STB=0.59994;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00567786;OID=.;OPOS=37740637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:22:12:15:11:22:12:15:11 chr9 37782111 . C T 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0143003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8924;QD=24.3823;RBI=0.0180921;REFB=-4.35881e-05;REVB=-0.0110826;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186611;STB=0.603979;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.000300755;OID=.;OPOS=37782111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:17:9:12:9:17:9:12:9 chr9 37888101 . C T 493.39 PASS AF=0.484848;AO=47;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.000776186;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.767;QD=19.9351;RBI=0.0375343;REFB=-0.0147667;REVB=0.0375262;RO=51;SAF=22;SAR=25;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148445;STB=0.596291;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0187814;OID=.;OPOS=37888101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:47:48:0.484848:25:22:32:19:26:22:33:18 chr9 37948724 . T C 146.22 PASS AF=0.470588;AO=14;DP=32;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0202882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.614;QD=17.2024;RBI=0.0381193;REFB=-0.0306038;REVB=0.0322718;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837908;STB=0.558751;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0355874;OID=.;OPOS=37948724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:17:18:14:16:0.470588:7:7:10:7:8:8:11:7 chr9 37974743 . T C 321.45 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=22;FWDB=-0.000398599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.377;QD=11.5839;RBI=0.00432867;REFB=-0.00176151;REVB=0.00431028;RO=71;SAF=22;SAR=18;SRF=49;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161934;STB=0.592171;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00315218;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:71:71:40:40:0.36036:18:22:49:22:18:22:49:22 chr9 38395940 . T C 1209.62 PASS AF=1;AO=52;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0980507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1952;QD=61.2465;RBI=0.160054;REFB=0;REVB=0.126505;RO=0;SAF=44;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00571144;OID=.;OPOS=38395940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:52:79:1:8:44:0:0:31:48:0:0 chr9 38396065 . G T 248.1 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.000478375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.707;QD=16.2689;RBI=0.0416302;REFB=-0.00641061;REVB=0.0416274;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436236;STB=0.524573;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0153575;OID=.;OPOS=38396065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:15:18:14:14:15:18 chr9 38396502 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6251;QD=60.6102;RBI=0.0391524;REFB=0;REVB=0.00791556;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595696;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr9 38397355 . G C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00127461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.538;QD=12.1823;RBI=0.0634421;REFB=-0.00248672;REVB=0.0634293;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03914;STB=0.523317;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00374071;OID=.;OPOS=38397355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:10:5:3:7:10:5 chr9 38397915 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.070228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.149;QD=51.9167;RBI=0.0794039;REFB=0;REVB=0.037054;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297769;OID=.;OPOS=38397915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr9 38398153 . A T 302.1 PASS AF=0.561404;AO=27;DP=55;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0100702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.839;QD=21.1997;RBI=0.014315;REFB=-0.0390826;REVB=0.010174;RO=17;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347388;STB=0.609055;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0166236;OID=.;OPOS=38398153;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:17:25:27:32:0.561404:13:14:17:0:17:15:18:7 chr9 38528531 . T C 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=0.00287276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.217;QD=19.7385;RBI=0.0121865;REFB=-0.0104699;REVB=-0.0118431;RO=44;SAF=22;SAR=21;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259308;STB=0.642872;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00768983;OID=.;OPOS=38528531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:21:22:10:34:21:22:10:34 chr9 38571986 . C G 376.5 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.00863548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.311;QD=12.7627;RBI=0.0430494;REFB=-0.0123932;REVB=-0.0421744;RO=72;SAF=17;SAR=28;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105415;STB=0.556266;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0234376;OID=.;OPOS=38571986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:72:73:45:45:0.381356:28:17:34:38:28:17:34:39 chr9 38588602 . T C 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0118007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.796;QD=16.5036;RBI=0.015052;REFB=-0.01222;REVB=0.00934372;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681525;STB=0.538432;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0154577;OID=.;OPOS=38588602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:12:14:14:16:12:14:14:16 chr9 38595886 . T C 456.39 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0200443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5284;QD=15.4708;RBI=0.0206394;REFB=-0.0261774;REVB=0.00492059;RO=67;SAF=22;SAR=29;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152049;STB=0.585147;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0338342;OID=.;OPOS=38595886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:29:22:39:28:29:22:39:28 chr9 38603140 . A AT 80.37 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0230993;FXX=0.0158705;HRUN=0;LEN=1;MLLD=285.416;QD=5.18508;RBI=0.026837;REFB=-0.00540445;REVB=-0.013662;RO=49;SAF=2;SAR=11;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54148;STB=0.845622;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0211746;OID=.;OPOS=38603141;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209677:13:63:13:62:49:2:11:29:20:80:49:2:11:29:20 chr9 38615698 . C T 652.05 PASS AF=0.410112;AO=73;DP=178;FAO=73;FDP=178;FR=.;FRO=105;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=-0.0204498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4148;QD=14.6529;RBI=0.0786597;REFB=-0.000620582;REVB=-0.0759549;RO=105;SAF=38;SAR=35;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166129;STB=0.509318;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000317622;OID=.;OPOS=38615698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:105:105:73:73:0.410112:35:38:53:52:35:38:53:52 chr9 38621344 . G A 265.41 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00919863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.242;QD=17.9939;RBI=0.0202971;REFB=-0.0269967;REVB=0.0180931;RO=28;SAF=20;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256105;STB=0.506169;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0208416;OID=.;OPOS=38621344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:30:29:29:0.491525:9:20:20:8:9:20:21:9 chr9 39103743 . C T 598.7 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00754925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.242;QD=19.7918;RBI=0.00842443;REFB=-0.00776528;REVB=0.00373896;RO=60;SAF=29;SAR=32;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788032;STB=0.504346;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00819378;OID=.;OPOS=39103743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:32:29:28:32:32:29:28:32 chr9 39118108 . C T 36.85 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.000476081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3023;QD=7.75811;RBI=0.02675;REFB=0.0149661;REVB=0.0267458;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298785;STB=0.683679;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0281852;OID=.;OPOS=39118108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:10:3:3:3:10:3 chr9 39118196 . C A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00739394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4472;QD=13.0903;RBI=0.0164122;REFB=0.0120897;REVB=-0.0146523;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158812;STB=0.593758;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0205227;OID=.;OPOS=39118196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:4:9:11:9:4:9:11:9 chr9 39118205 . G T 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.285;QD=60.6081;RBI=0.021643;REFB=0;REVB=-0.0195361;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64979e-05;OID=.;OPOS=39118205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr9 39118207 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6937;QD=60.6094;RBI=0.0325574;REFB=0;REVB=-0.0271781;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148737;OID=.;OPOS=39118207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr9 39133031 . C A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0180005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.119;QD=21.842;RBI=0.0312889;REFB=-0.0313568;REVB=0.0255926;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284202;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0251664;OID=.;OPOS=39133031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:2:0:4:2:2:0 chr9 39287976 . C T 295.78 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.110381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.242;QD=20.3986;RBI=0.114005;REFB=-0.0141056;REVB=-0.0285181;RO=27;SAF=7;SAR=24;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503379;STB=0.527851;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0112707;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:24:7:5:22:24:7:5:22 chr9 40503105 . G C 130.74 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9395;QD=43.5789;RBI=0.14073;REFB=0;REVB=0.137276;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00645854;OID=.;OPOS=40503105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:5:5:0:0:7:5:0:0 chr9 40784154 . TCTC T 998.54 PASS AF=0.674603;AO=84;DP=129;FAO=85;FDP=126;FR=.;FRO=41;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0298277;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.755;QD=31.6998;RBI=0.0353283;REFB=-0.0308906;REVB=0.0189314;RO=41;SAF=37;SAR=47;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616939;STB=0.531297;STBP=0.34;TYPE=del;VARB=0.013803;OID=.;OPOS=40784155;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.674603:84:129:85:126:41:37:48:14:27:99:41:37:47:14:27 chr9 40784183 . A G 1660.31 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.962;QD=59.8311;RBI=0.0566614;REFB=0;REVB=0.0190816;RO=0;SAF=36;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848363;OID=.;OPOS=40784183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:111:0:0:104:111:1:68:36:0:0:71:40:0:0 chr9 43685298 . G T 591.03 PASS AF=0.84;AO=42;DP=50;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0180174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0799;QD=47.282;RBI=0.0332864;REFB=0.0150637;REVB=0.0279885;RO=8;SAF=11;SAR=31;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087482;STB=0.547036;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00415011;OID=.;OPOS=43685298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:8:8:42:42:0.84:31:11:4:4:31:11:4:4 chr9 43818062 . T A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.615;QD=43.4845;RBI=0.0304461;REFB=0;REVB=-0.0238003;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18404e-05;OID=.;OPOS=43818062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr9 43822686 . C A 154.86 PASS AF=0.833333;AO=14;DP=17;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00243663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.045;QD=34.4134;RBI=0.0109784;REFB=0.00469685;REVB=-0.0107046;RO=3;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103575;STB=0.559918;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00167421;OID=.;OPOS=43822686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:18:3:3:14:15:0.833333:5:9:1:2:5:10:1:2 chr9 43822704 . G A 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0396724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.26;QD=32.3682;RBI=0.0598873;REFB=-0.00612382;REVB=0.0448619;RO=3;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097715;STB=0.55437;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00415737;OID=.;OPOS=43822704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:5:8:1:2:5:8:1:2 chr9 43822762 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00430316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.165;QD=26.6016;RBI=0.00433872;REFB=0.038177;REVB=0.000554333;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459355;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00250862;OID=.;OPOS=43822762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:1:1:3:5:1:1 chr9 43849812 . T G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00282696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.41;QD=13.9591;RBI=0.0193331;REFB=-0.0372935;REVB=0.0191253;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125462;STB=0.574264;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0306687;OID=.;OPOS=43849812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:5:2:3:4:5:2 chr9 43861081 . T G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0794454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3189;QD=14.3343;RBI=0.0794851;REFB=-0.00078246;REVB=-0.00251136;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241623;STB=0.642535;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00428554;OID=.;OPOS=43861081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:4:6:3:6:4:6 chr9 66457018 . C T 45.34 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0122017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5312;QD=8.24388;RBI=0.0380165;REFB=-0.00611132;REVB=0.0360052;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493865;STB=0.832323;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0223546;OID=.;OPOS=66457018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:6:7:0.318182:5:1:9:6:6:1:9:6 chr9 66457019 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00355116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.687;QD=14.1697;RBI=0.0331191;REFB=-0.00839852;REVB=-0.0329281;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243311;STB=0.660047;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0208756;OID=.;OPOS=66457019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:12:12:9:10:0.454545:6:3:7:5:7:3:7:5 chr9 66457027 . T A 79.35 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00507848;FXX=0.227169;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.162;QD=18.6695;RBI=0.0106374;REFB=-0.00492284;REVB=0.00934685;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51159;STB=0.79683;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00788912;OID=.;OPOS=66457027;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:7:1:7:2:7:1 chr9 66457076 . T C 104.17 PASS AF=0.45;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0110259;FXX=0.0908678;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7208;QD=20.8339;RBI=0.0155121;REFB=0.00314229;REVB=0.0109112;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574942;STB=0.847614;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00884736;OID=.;OPOS=66457076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:22:20:8:8:8:9:0.45:7:1:6:2:8:1:6:2 chr9 66457092 . G T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0127179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1629;QD=5.00536;RBI=0.0311838;REFB=-0.0193673;REVB=-0.0284725;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171939;STB=0.599658;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0564322;OID=.;OPOS=66457092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:21:22:6:6:0.214286:4:2:10:11:4:2:10:12 chr9 66457127 . G A 63.53 PASS AF=0.3;AO=7;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0406035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.414;QD=8.47052;RBI=0.0510521;REFB=-0.0165485;REVB=0.0309464;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272656;STB=0.651856;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0669609;OID=.;OPOS=66457127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:30:21:21:7:9:0.3:3:4:7:14:4:5:7:14 chr9 66457161 . A G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0655548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5901;QD=6.26163;RBI=0.0765161;REFB=-0.0271092;REVB=-0.0394623;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420719;STB=0.794232;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0365919;OID=.;OPOS=66457161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:20:21:7:7:0.25:6:1:9:11:6:1:10:11 chr9 66457451 . T C 125.52 PASS AF=0.2375;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0122885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.239;QD=6.27606;RBI=0.0169599;REFB=-0.0212995;REVB=0.0116889;RO=59;SAF=3;SAR=16;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377692;STB=0.741431;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.01643;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:59:61:19:19:0.2375:16:3:24:35:16:3:25:36 chr9 66457460 . G A 93.09 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.0159392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.548;QD=4.32957;RBI=0.0164679;REFB=-0.00601149;REVB=-0.00413948;RO=70;SAF=1;SAR=15;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551658;STB=0.878063;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.046476;OID=.;OPOS=66457460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:86:86:70:70:16:16:0.186047:15:1:27:43:15:1:27:43 chr9 66457465 . T G 169.75 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0115784;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.534;QD=8.59495;RBI=0.0384775;REFB=-0.0161915;REVB=-0.0366941;RO=54;SAF=2;SAR=21;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480592;STB=0.732243;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0563559;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:54:56:23:23:0.291139:21:2:19:35:20:3:20:36 chr9 66457475 . C T 139.87 PASS AF=0.267857;AO=7;DP=77;FAO=15;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0619853;FXX=0.272692;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2254;QD=9.99092;RBI=0.219765;REFB=0.105951;REVB=0.210843;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116701;STB=0.639793;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.10656;OID=.;OPOS=66457475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:56:11:24:7:15:0.267857:4:3:6:5:12:3:9:15 chr9 66457480 . G A 111.55 PASS AF=0.195652;AO=18;DP=93;FAO=18;FDP=92;FR=.;FRO=74;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=53;FWDB=0.0646535;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.895;QD=4.84981;RBI=0.104026;REFB=8.68265e-05;REVB=0.081494;RO=69;SAF=1;SAR=17;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518793;STB=0.841826;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000633759;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:69:74:18:18:0.195652:17:1:21:48:17:1:21:53 chr9 66457498 . G T 148.79 PASS AF=0.216981;AO=22;DP=107;FAO=23;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=62;FWDB=-0.0121731;FXX=0.0363603;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.865;QD=5.6147;RBI=0.0421989;REFB=-0.0119853;REVB=-0.040405;RO=64;SAF=5;SAR=17;SRF=17;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636416;STB=0.539135;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0271133;OID=.;OPOS=66457498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:64:83:22:23:0.216981:17:5:17:47:18:5:21:62 chr9 66457549 . A T 95.48 PASS AF=0.137931;AO=20;DP=152;FAO=20;FDP=145;FR=.;FRO=125;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=84;FWDB=-0.0199049;FXX=0.0522842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.708;QD=2.63396;RBI=0.0565754;REFB=-0.00782635;REVB=-0.0529582;RO=122;SAF=4;SAR=16;SRF=41;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213507;STB=0.642699;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0534214;OID=.;OPOS=66457549;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:152:145:122:125:20:20:0.137931:16:4:41:81:16:4:41:84 chr9 66457562 . C T 60.26 PASS AF=0.103448;AO=15;DP=147;FAO=15;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=129;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=88;FWDB=0.00539318;FXX=0.0136045;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.682;QD=1.66243;RBI=0.0423877;REFB=-0.00602668;REVB=-0.0420432;RO=106;SAF=6;SAR=9;SRF=41;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170733;STB=0.579005;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0469111;OID=.;OPOS=66457562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:147:145:106:129:15:15:0.103448:9:6:41:65:9:6:41:88 chr9 66457585 . G T 75.31 PASS AF=0.12782;AO=17;DP=133;FAO=17;FDP=133;FR=.;FRO=116;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=75;FWDB=-0.0320546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.169;QD=2.26487;RBI=0.032645;REFB=-0.00737803;REVB=-0.00618088;RO=114;SAF=8;SAR=9;SRF=40;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15387;STB=0.603658;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0387307;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:133:133:114:116:17:17:0.12782:9:8:40:74:9:8:41:75 chr9 66457588 . T C 61.69 PASS AF=0.114504;AO=15;DP=132;FAO=15;FDP=131;FR=.;FRO=116;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=70;FWDB=-0.0148516;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7083;QD=1.88376;RBI=0.0321591;REFB=-0.00505534;REVB=-0.0285243;RO=115;SAF=3;SAR=12;SRF=44;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258928;STB=0.704735;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0545476;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:132:131:115:116:15:15:0.114504:12:3:44:71:12:3:46:70 chr9 66457594 . AG GA,GG 1297.17 PASS AF=0,0.882883;AO=6,93;DP=112;FAO=0,98;FDP=111;FR=.;FRO=13;FSAF=0,35;FSAR=0,63;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0129754,0.0144754;FXX=0.0347796;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=69.8038,230.099;QD=46.745;RBI=0.0746386,0.0376284;REFB=0.0686445,-0.0571099;REVB=-0.0735021,0.0347326;RO=12;SAF=4,32;SAR=2,61;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.264239,-0.0172316;STB=0.5,0.503496;STBP=1,0.887;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00878941;OID=.,.;OPOS=66457594,66457594;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:57:112:111:12:13:6,93:0,98:0,0.882883:2,61:4,32:5:7:0,63:0,35:5:8 chr9 66457652 . C T 75.08 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0675784;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.856;QD=4.29056;RBI=0.0691692;REFB=-0.00963249;REVB=-0.0147492;RO=56;SAF=2;SAR=11;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41719;STB=0.77498;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0309857;OID=.;OPOS=66457652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:72:70:56:57:13:13:0.185714:11:2:25:31:11:2:25:32 chr9 66458150 . C T 146.56 PASS AF=0.139831;AO=33;DP=236;FAO=33;FDP=236;FR=.;FRO=203;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=110;FSRR=93;FWDB=-0.0215025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.171;QD=2.48398;RBI=0.0215104;REFB=-0.00453279;REVB=0.000582892;RO=195;SAF=20;SAR=13;SRF=107;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748577;STB=0.556396;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0323131;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:195:203:33:33:0.139831:13:20:107:88:13:20:110:93 chr9 66458154 . A AC 32.9 PASS AF=0.112108;AO=25;DP=236;FAO=25;FDP=223;FR=.;FRO=198;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=112;FSRR=86;FWDB=0.0294407;FXX=0.0510617;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.4725;QD=0.59018;RBI=0.0294517;REFB=0.000790245;REVB=-0.000801721;RO=202;SAF=11;SAR=14;SRF=114;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152309;STB=0.644254;STBP=0.124;TYPE=ins;VARB=-0.014871;OID=.;OPOS=66458155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.112108:25:236:25:223:198:10:15:112:86:32:202:11:14:114:88 chr9 66458183 . A G 47.04 PASS AF=0.0740741;AO=16;DP=242;FAO=18;FDP=243;FR=.;FRO=225;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=123;FSRR=102;FWDB=0.015009;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1479;QD=0.77424;RBI=0.0176197;REFB=-0.000167679;REVB=-0.00922954;RO=219;SAF=4;SAR=12;SRF=118;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309907;STB=0.742926;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00191472;OID=.;OPOS=66458183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:242:243:219:225:16:18:0.0740741:12:4:118:101:13:5:123:102 chr9 66458195 . TC GA,GC 226.09 PASS AF=0.0765957,0.114894;AO=18,27;DP=236;FAO=18,27;FDP=235;FR=.;FRO=190;FSAF=8,11;FSAR=10,16;FSRF=103;FSRR=87;FWDB=-0.035794,-0.031624;FXX=0.0126045;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=177.413,65.7664;QD=3.84834;RBI=0.0358348,0.0330733;REFB=-0.000835672,-0.00306868;REVB=-0.00170992,-0.00968324;RO=187;SAF=8,11;SAR=10,16;SRF=101;SRR=86;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.111307,-0.16584;STB=0.58845,0.616756;STBP=0.451,0.191;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0122507,0.0137169;OID=.,.;OPOS=66458195,66458195;OREF=TC,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:236:235:187:190:18,27:18,27:0.0765957,0.114894:10,16:8,11:101:86:10,16:8,11:103:87 chr9 66458231 . GC G 1451.57 PASS AF=0.904459;AO=132;DP=162;FAO=142;FDP=157;FR=.;FRO=15;FSAF=79;FSAR=63;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0430396;FXX=0.102851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.0714;QD=36.9826;RBI=0.0469167;REFB=-0.0249496;REVB=0.0186754;RO=16;SAF=76;SAR=56;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288026;STB=0.508659;STBP=0.509;TYPE=del;VARB=0.00393228;OID=.;OPOS=66458232;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.904459:132:162:142:157:15:79:63:7:8:18:16:76:56:7:9 chr9 66499220 . C T 80.31 PASS AF=0.139344;AO=17;DP=123;FAO=17;FDP=122;FR=.;FRO=105;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=0.00992817;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4162;QD=2.63315;RBI=0.0106236;REFB=-0.000881401;REVB=-0.00378052;RO=104;SAF=13;SAR=4;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400344;STB=0.775984;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0130352;OID=.;OPOS=66499220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:123:122:104:105:17:17:0.139344:4:13:46:58:4:13:46:59 chr9 66499336 . A C 30.08 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.0425396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.367;QD=1.29359;RBI=0.0425661;REFB=-0.00361351;REVB=-0.00150254;RO=85;SAF=1;SAR=7;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385434;STB=0.827742;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0187999;OID=.;OPOS=66499336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:93:85:85:8:8:0.0860215:7:1:37:48:7:1:37:48 chr9 66499385 . G T 53.04 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=22;FAO=7;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0174923;FXX=0.0454339;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.721;QD=10.103;RBI=0.111955;REFB=-0.0126212;REVB=-0.11058;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0106186;OID=.;OPOS=66499385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:22:21:5:13:5:7:0.333333:1:4:4:1:3:4:6:7 chr9 68415338 . A C 106.39 PASS AF=0.142857;AO=22;DP=154;FAO=22;FDP=154;FR=.;FRO=132;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=86;FWDB=-0.0414885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9145;QD=2.76324;RBI=0.0416557;REFB=0.00208617;REVB=0.00372873;RO=132;SAF=9;SAR=13;SRF=46;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815283;STB=0.554746;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00707932;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:132:132:22:22:0.142857:13:9:46:86:13:9:46:86 chr9 68415352 . A G 51.35 PASS AF=0.0972222;AO=14;DP=144;FAO=14;FDP=144;FR=.;FRO=130;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=85;FWDB=-0.00169262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.424;QD=1.42628;RBI=0.00973754;REFB=-0.00443041;REVB=-0.0095893;RO=130;SAF=7;SAR=7;SRF=45;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187024;STB=0.638706;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0429009;OID=.;OPOS=68415352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:144:144:130:130:14:14:0.0972222:7:7:45:85:7:7:45:85 chr9 68415353 . T G 64.66 PASS AF=0.111111;AO=16;DP=144;FAO=16;FDP=144;FR=.;FRO=128;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=86;FWDB=-0.0222117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.473;QD=1.79602;RBI=0.0222637;REFB=-0.00168497;REVB=0.00152058;RO=128;SAF=10;SAR=6;SRF=42;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353255;STB=0.746487;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0433549;OID=.;OPOS=68415353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:144:144:128:128:16:16:0.111111:6:10:42:86:6:10:42:86 chr9 68415355 . C T 60.57 PASS AF=0.110294;AO=15;DP=133;FAO=15;FDP=136;FR=.;FRO=121;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=73;FWDB=-0.0294449;FXX=0.0285694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8473;QD=1.78151;RBI=0.0620985;REFB=-0.00310664;REVB=-0.0546738;RO=118;SAF=4;SAR=11;SRF=48;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186389;STB=0.629772;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0346063;OID=.;OPOS=68415355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:133:136:118:121:15:15:0.110294:11:4:48:70:11:4:48:73 chr9 68415386 . G A 147.4 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0630742;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.5011;QD=7.65733;RBI=0.0713454;REFB=-0.0521112;REVB=-0.0333437;RO=56;SAF=9;SAR=11;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263985;STB=0.521718;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.108019;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:56:57:20:20:0.25974:11:9:24:32:11:9:24:33 chr9 68415387 . GA AT,GT 510.25 PASS AF=0.108108,0.540541;AO=8,40;DP=74;FAO=8,40;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=1,20;FSAR=7,20;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.10685,-0.103437;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=69.7316,120.236;QD=27.5811;RBI=0.108361,0.103438;REFB=0.00365673,-0.0288921;REVB=-0.0180327,0.00029008;RO=25;SAF=1,20;SAR=7,20;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.415128,0.0703517;STB=0.791597,0.530288;STBP=0.096,0.585;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0132688,0.0174067;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:74:74:25:26:8,40:8,40:0.108108,0.540541:7,20:1,20:10:15:7,20:1,20:11:15 chr9 68415394 . T A 43.54 PASS AF=0.132353;AO=8;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.000110571;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.773;QD=2.56095;RBI=0.00836202;REFB=-0.00569029;REVB=-0.00836129;RO=60;SAF=2;SAR=6;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268994;STB=0.721894;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0320559;OID=.;OPOS=68415394;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:68:68:60:59:8:9:0.132353:6:2:28:32:7:2:27:32 chr9 68415397 . T C 59.73 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0150532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.631;QD=3.51362;RBI=0.0157844;REFB=-0.00391244;REVB=-0.00474853;RO=57;SAF=4;SAR=7;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961943;STB=0.565338;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00845611;OID=.;OPOS=68415397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:7:4:25:32:7:4:25:32 chr9 69002294 . C T 70.25 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.042549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.891;QD=7.80541;RBI=0.0462372;REFB=-0.0140538;REVB=-0.0180958;RO=26;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381596;STB=0.740221;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0670669;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:36:36:26:26:10:10:0.277778:2:8:13:13:2:8:13:13 chr9 69002317 . T C 138.27 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0169247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.068;QD=11.7673;RBI=0.0176387;REFB=-0.00589785;REVB=-0.00496797;RO=31;SAF=12;SAR=4;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317785;STB=0.689405;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0115032;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:4:12:15:16:4:12:15:16 chr9 69256833 . A G 453.34 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0241801;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8622;QD=14.8637;RBI=0.0697272;REFB=-0.00636929;REVB=0.0654004;RO=70;SAF=32;SAR=19;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149137;STB=0.588277;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00907591;OID=.;OPOS=69256833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:71:51:51:0.418033:19:32:34:36:19:32:34:37 chr9 71396239 . C T 171.27 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00366821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.594;QD=12.456;RBI=0.0230801;REFB=-0.0147283;REVB=-0.0227868;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254597;STB=0.514717;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0232475;OID=.;OPOS=71396239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:11:10:17:17:11:10:17:17 chr9 71396746 . A G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00483763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.629;QD=20.5465;RBI=0.00601057;REFB=-0.0139376;REVB=-0.00356712;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403423;STB=0.522707;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0286587;OID=.;OPOS=71396746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:10:12:11:11:10:12 chr9 71396859 . C G 251.04 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0187311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.857;QD=19.6893;RBI=0.0205435;REFB=-0.0342255;REVB=0.00843695;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151314;STB=0.508468;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0262985;OID=.;OPOS=71396859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:15:11:11:14:15:11:11:14 chr9 71397734 . A G 213.79 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.000478999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.996;QD=21.3792;RBI=0.00808368;REFB=0.00375488;REVB=0.00806947;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212294;STB=0.501192;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00355131;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:10:9:10:11:10:9 chr9 71628207 . G C 670.14 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.612;QD=62.339;RBI=0.0262992;REFB=0;REVB=0.014362;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130764;OID=.;OPOS=71628207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr9 71843023 . C A 915.87 PASS AF=1;AO=51;DP=61;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645853;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.8498;QD=53.8744;RBI=0.124959;REFB=0;REVB=0.106975;RO=2;SAF=30;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645825;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00846233;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:68:2:0:51:68:1:21:30:1:1:31:37:0:0 chr9 71986315 . TG CA 949.01 PASS AF=1;AO=21;DP=76;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507076;FXX=0.19478;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.284;QD=61.2262;RBI=0.00676615;REFB=0;REVB=0.00447975;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.25006e-05;OID=.;OPOS=71986315;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:62:0:0:21:62:1:17:4:0:0:45:17:0:0 chr9 72003036 . T C 1614.98 PASS AF=0.990826;AO=106;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226224;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.824;QD=59.2652;RBI=0.0421568;REFB=-0.00177257;REVB=0.0355728;RO=1;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839996;STB=0.504347;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000222121;OID=.;OPOS=72003036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:106:108:0.990826:56:50:0:1:57:51:0:1 chr9 72373624 . A G 2046.02 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.515;QD=62.474;RBI=0.0240854;REFB=0;REVB=0.0177273;RO=0;SAF=47;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54242e-05;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:84:47:0:0:84:47:0:0 chr9 72472831 . C T 431.22 PASS AF=0.387597;AO=50;DP=129;FAO=50;FDP=129;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.0309822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.169;QD=13.3712;RBI=0.0310445;REFB=0.00203214;REVB=-0.00196666;RO=79;SAF=18;SAR=32;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374938;STB=0.521268;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00281144;OID=.;OPOS=72472831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:79:79:50:50:0.387597:32:18:31:48:32:18:31:48 chr9 72741312 . G A 868.52 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4796;QD=57.9016;RBI=0.0368764;REFB=0;REVB=0.0280024;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003563;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:28:32:0:0 chr9 72785477 . C T 187.72 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.030399;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.985;QD=14.1675;RBI=0.0317303;REFB=-0.0285118;REVB=0.00909471;RO=32;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13305;STB=0.569171;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0313744;OID=.;OPOS=72785477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:32:31:22:22:0.415094:14:8:8:24:14:8:8:23 chr9 72840692 . A G 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0547276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.692;QD=18.3162;RBI=0.0579018;REFB=-0.02063;REVB=-0.0189079;RO=43;SAF=27;SAR=12;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225312;STB=0.626175;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0330899;OID=.;OPOS=72840692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:12:27:20:23:12:27:20:23 chr9 72841354 . A AT 141.64 PASS AF=0.5;AO=8;DP=75;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0160595;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.5503;QD=8.09382;RBI=0.0545312;REFB=0.0187523;REVB=-0.0521128;RO=65;SAF=4;SAR=4;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634686;STB=0.620618;STBP=0.051;TYPE=ins;VARB=-0.0102811;OID=.;OPOS=72841355;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:75:35:70:35:24:11:16:19:99:65:4:4:36:29 chr9 72841360 . A T 290.72 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0441492;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.2716;QD=16.8533;RBI=0.0629395;REFB=-0.0179173;REVB=-0.0448578;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13262;STB=0.59484;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0196931;OID=.;OPOS=72841360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:37:31:32:0.463768:11:20:19:18:11:21:18:19 chr9 72897434 . G A 1607.04 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.926;QD=60.0763;RBI=0.0404612;REFB=0;REVB=0.0218488;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03855e-05;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:62:45:0:0:62:45:0:0 chr9 72897440 . T C 442.88 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00379402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.206;QD=16.2525;RBI=0.00610137;REFB=-0.00357585;REVB=0.00477829;RO=60;SAF=17;SAR=32;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140718;STB=0.578811;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00495587;OID=.;OPOS=72897440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:49:49:0.449541:32:17:29:31:32:17:29:31 chr9 73150873 . T G 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0130296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.75;QD=52.7683;RBI=0.0596909;REFB=0.0264984;REVB=0.0582515;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251595;STB=0.513504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00526271;OID=.;OPOS=73150873;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:18:10:0:1:18:10:0:1 chr9 73150918 . C T 859.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.389;QD=57.2861;RBI=0.0318576;REFB=0;REVB=0.0204872;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45885e-05;OID=.;OPOS=73150918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:31:27:0:0:32:28:0:0 chr9 73151715 . C T 1246.03 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.536;QD=61.5322;RBI=0.0179034;REFB=0;REVB=-0.0136597;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49226e-06;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr9 73240431 . T G 133.21 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0204553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1323;QD=15.672;RBI=0.0492444;REFB=-0.0215734;REVB=0.044795;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445112;STB=0.525658;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0314401;OID=.;OPOS=73240431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:8:11:8:7:8:11 chr9 73376414 . G T 530.05 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00445931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.408;QD=22.5553;RBI=0.00905374;REFB=0.00462129;REVB=0.00787939;RO=44;SAF=27;SAR=23;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034102;STB=0.51878;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00471064;OID=.;OPOS=73376414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:23:27:22:22:23:27:22:22 chr9 73391369 . T C 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0165434;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=279.296;QD=11.1273;RBI=0.0247896;REFB=-0.0194111;REVB=-0.0184619;RO=33;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249125;STB=0.637888;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0330481;OID=.;OPOS=73391369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:6:11:14:19:6:11:15:19 chr9 73391409 . C CA 227.21 PASS AF=1;AO=22;DP=38;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.229432;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.84037;QD=25.9666;RBI=0.235879;REFB=-0.0213581;REVB=0.0547715;RO=11;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217386;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0165034;OID=.;OPOS=73391410;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:38:35:35:0:17:18:0:0:4:11:10:12:9:2 chr9 73461337 . T A 700.96 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=166;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=0.0353804;FXX=0.0120475;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.29;QD=17.0965;RBI=0.0354248;REFB=-0.0230309;REVB=0.00177262;RO=87;SAF=43;SAR=32;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154011;STB=0.579268;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0338102;OID=.;OPOS=73461337;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:87:89:75:75:0.457317:32:43:36:51:32:43:38:51 chr9 74319576 . A T 1443.32 PASS AF=0.547244;AO=139;DP=254;FAO=139;FDP=254;FR=.;FRO=115;FSAF=65;FSAR=74;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=0.00331267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.71;QD=22.7295;RBI=0.00450872;REFB=-0.0243989;REVB=-0.00305856;RO=112;SAF=65;SAR=74;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339374;STB=0.520592;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0201389;OID=.;OPOS=74319576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:112:115:139:139:0.547244:74:65:57:55:74:65:59:56 chr9 74319677 . T C 722.69 PASS AF=0.518248;AO=68;DP=133;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.00413338;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.923;QD=21.1005;RBI=0.00774143;REFB=-0.0113738;REVB=0.00654561;RO=65;SAF=31;SAR=37;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502857;STB=0.521003;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0117732;OID=.;OPOS=74319677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:137:65:66:68:71:0.518248:37:31:26:39:40:31:26:40 chr9 74360131 . AAT A 36.08 PASS AF=0.197368;AO=11;DP=78;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.124087;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=19.4918;QD=1.89884;RBI=0.124929;REFB=-0.0566263;REVB=-0.0144776;RO=62;SAF=5;SAR=6;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760156;STB=0.722612;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.178378;OID=.;OPOS=74360132;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197368:11:78:15:76:61:11:4:28:33:36:62:5:6:32:30 chr9 74671719 . T C 403.83 PASS AF=0.47191;AO=41;DP=85;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0559494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0051;QD=18.1498;RBI=0.0713103;REFB=-0.0223239;REVB=-0.0442133;RO=44;SAF=19;SAR=22;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115849;STB=0.572321;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0214031;OID=.;OPOS=74671719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:44:47:41:42:0.47191:22:19:15:29:22:20:16:31 chr9 74834384 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.755;QD=60.031;RBI=0.0119278;REFB=0;REVB=-0.00234891;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07855e-06;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr9 74846104 . A G 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.724;QD=61.5695;RBI=0.0151427;REFB=0;REVB=0.002994;RO=0;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7411e-05;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:68:54:0:0:68:54:0:0 chr9 74969864 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.058;QD=55.0965;RBI=0.0454906;REFB=0;REVB=0.0360391;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116516;OID=.;OPOS=74969864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr9 74975136 . T C 1539.28 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00211976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2389;QD=58.6391;RBI=0.0424639;REFB=-0.0548461;REVB=0.0424109;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0011107;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:54:50:0:0:54:50:1:0 chr9 75303653 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0173777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.858;QD=14.6579;RBI=0.0225575;REFB=-0.00942372;REVB=-0.0143826;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.59984;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0105574;OID=.;OPOS=75303653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:8:9:9:4:8:9 chr9 75315438 . G A 304.4 PASS AF=0.563636;AO=28;DP=52;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0135704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.7;QD=22.1379;RBI=0.036656;REFB=-0.049102;REVB=0.0340516;RO=24;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205873;STB=0.528948;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0417679;OID=.;OPOS=75315438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:24:24:28:31:0.563636:17:11:10:14:20:11:10:14 chr9 75545882 . G A 541.94 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0139077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=358.565;QD=20.8439;RBI=0.0165742;REFB=-0.00449368;REVB=0.0090155;RO=49;SAF=18;SAR=37;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183324;STB=0.601144;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00432193;OID=.;OPOS=75545882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:37:18:26:23:37:18:26:23 chr9 75775235 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=20;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0179788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.62;QD=18.4388;RBI=0.0180189;REFB=-0.00637875;REVB=0.00120037;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309681;STB=0.700679;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00478052;OID=.;OPOS=75775235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:29:20:29:0.5:15:5:14:12:23:6:16:13 chr9 75778370 . A G 643.97 PASS AF=0.557522;AO=62;DP=112;FAO=63;FDP=113;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00105471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.142;QD=22.7954;RBI=0.009716;REFB=-0.00163148;REVB=0.00965859;RO=50;SAF=33;SAR=29;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042648;STB=0.519387;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0018993;OID=.;OPOS=75778370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:50:50:62:63:0.557522:29:33:24:26:30:33:24:26 chr9 77407636 . C T 1480.23 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.599;QD=58.623;RBI=0.0205209;REFB=-0.0625822;REVB=-0.00801133;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.504424;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.000348227;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:0:1:100:100:0.990099:44:56:0:0:44:56:1:0 chr9 77415000 . T C 265.07 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0137556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.528;QD=24.0977;RBI=0.0333576;REFB=-0.00634431;REVB=0.0303894;RO=19;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277459;STB=0.509084;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00407106;OID=.;OPOS=77415000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:17:7:5:14:18:7:5:14 chr9 77415284 . A C 593.24 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00875758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.618;QD=20.6345;RBI=0.0161813;REFB=-0.00506197;REVB=0.0136066;RO=55;SAF=27;SAR=33;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280266;STB=0.515413;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00310621;OID=.;OPOS=77415284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:33:27:23:32:33:27:23:32 chr9 77472604 . T C 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0107721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.535;QD=8.6988;RBI=0.0150698;REFB=-0.0101668;REVB=0.0105385;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215026;STB=0.629318;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0161014;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:12:2:2:5:12:2 chr9 77752510 . C T 716.21 PASS AF=0.469136;AO=75;DP=161;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.0180292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.75;QD=17.6843;RBI=0.0180358;REFB=-0.00225276;REVB=-0.000488971;RO=86;SAF=40;SAR=35;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110236;STB=0.563899;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00395551;OID=.;OPOS=77752510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:86:86:75:76:0.469136:35:40:36:50:35:41:36:50 chr9 78291861 . G T 436.6 PASS AF=0.581081;AO=38;DP=70;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0237539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.117;QD=23.5998;RBI=0.0262892;REFB=-0.0233657;REVB=0.0112638;RO=31;SAF=13;SAR=25;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680765;STB=0.531871;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0123441;OID=.;OPOS=78291861;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:31:31:38:43:0.581081:25:13:13:18:28:15:13:18 chr9 78790153 . A G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0778863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.706;QD=41.8678;RBI=0.0778977;REFB=-0.0749944;REVB=-0.00132993;RO=1;SAF=1;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296964;STB=0.666386;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00468925;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:14:1:1:0:14:1:1:0 chr9 78937974 . C T 624.63 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00338351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0093;QD=25.758;RBI=0.00878286;REFB=0.00493611;REVB=-0.00810496;RO=41;SAF=29;SAR=27;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109561;STB=0.559772;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00299431;OID=.;OPOS=78937974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:41:56:56:0.57732:27:29:27:14:27:29:27:14 chr9 78942956 . A G 228.74 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0312024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0266;QD=16.0519;RBI=0.0465583;REFB=-0.035274;REVB=-0.0345556;RO=30;SAF=21;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222048;STB=0.620969;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0447511;OID=.;OPOS=78942956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:5:21:19:11:5:21:20:11 chr9 79009106 . A C 628.02 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=47;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0428643;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.303;QD=55.8242;RBI=0.0428802;REFB=-0.0140715;REVB=0.00116854;RO=3;SAF=7;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364356;STB=0.519471;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000449273;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:45:3:3:42:42:0.933333:35:7:1:2:35:7:1:2 chr9 79118329 . G A 854.49 PASS AF=0.6;AO=77;DP=130;FAO=78;FDP=130;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0236369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.573;QD=26.2921;RBI=0.0251274;REFB=-0.0250947;REVB=0.00852536;RO=53;SAF=23;SAR=54;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295677;STB=0.651494;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0103764;OID=.;OPOS=79118329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:53:52:77:78:0.6:54:23:36:17:54:24:35:17 chr9 79118631 . AC A 244.65 PASS AF=0.5625;AO=34;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0431546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.8873;QD=15.2905;RBI=0.0677787;REFB=-0.00896475;REVB=0.052265;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531616;STB=0.515616;STBP=0.808;TYPE=del;VARB=0.0255713;OID=.;OPOS=79118632;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:34:64:36:64:28:18:18:15:13:99:28:16:18:15:13 chr9 79118661 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.332;QD=59.8557;RBI=0.033092;REFB=0;REVB=0.0307462;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68667e-05;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr9 79118903 . A C 53.37 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0619668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5677;QD=7.62475;RBI=0.0637934;REFB=-0.0263694;REVB=-0.0151561;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244923;STB=0.721649;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0848324;OID=.;OPOS=79118903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:18:20:9:8:0.285714:3:6:8:10:2:6:9:11 chr9 79120475 . A T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0157691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.697;QD=12.8731;RBI=0.0158189;REFB=-0.0114648;REVB=-0.00125327;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08715;STB=0.550486;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0207349;OID=.;OPOS=79120475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:11:8:11:21:11:8:11:21 chr9 79120552 . C CAGT 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0149937;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=196.413;QD=10.1734;RBI=0.0158311;REFB=-0.0114052;REVB=-0.00508077;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0165944;OID=.;OPOS=79120553;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=CAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:6:15:6:15:9:4:2:6:3:38:9:4:2:6:3 chr9 79121085 . G T 2306.07 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6969;QD=61.0879;RBI=0.0186184;REFB=0;REVB=0.0185802;RO=0;SAF=62;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53458e-05;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:150:151:1:88:62:0:0:89:62:0:0 chr9 79121906 . C T 187.09 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.03367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9817;QD=12.6839;RBI=0.0820604;REFB=-0.0202684;REVB=-0.0748348;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270715;STB=0.654549;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0373812;OID=.;OPOS=79121906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:10:13:11:25:10:13:11:25 chr9 79186729 . T C 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0063473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.872;QD=26.5999;RBI=0.0243131;REFB=-0.00696135;REVB=-0.0234699;RO=2;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426219;STB=0.749246;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00473982;OID=.;OPOS=79186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:1:7:0:2:1:7:0:2 chr9 79186750 . G T 168.9 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0289088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.106;QD=24.129;RBI=0.0328968;REFB=-0.0134458;REVB=0.0156998;RO=10;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152038;STB=0.571341;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00697766;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:11:17:17:0.607143:5:12:5:5:5:12:6:5 chr9 79186765 . C G 289.07 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0272574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.408;QD=32.1187;RBI=0.029434;REFB=-0.06118;REVB=-0.0111083;RO=11;SAF=18;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167719;STB=0.592327;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0165078;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:7:18:5:6:7:18:5:6 chr9 79186781 . T C 395.55 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0256172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2589;QD=34.3953;RBI=0.0260192;REFB=-0.0215713;REVB=0.00455625;RO=14;SAF=21;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134145;STB=0.573229;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00722524;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:11:21:6:8:11:21:6:8 chr9 79186787 . C T 134.18 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.01851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.536;QD=9.4158;RBI=0.0203827;REFB=-0.00769779;REVB=0.00853432;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894416;STB=0.559935;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0110665;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:8:10:24:14:8:10:25:14 chr9 79186820 . A C 629.15 PASS AF=0.736111;AO=53;DP=72;FAO=53;FDP=72;FR=.;FRO=19;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0177753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6174;QD=34.9526;RBI=0.0337224;REFB=-0.0369613;REVB=-0.0286573;RO=19;SAF=38;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1909;STB=0.603134;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0117433;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:19:19:53:53:0.736111:15:38:7:12:15:38:7:12 chr9 79186886 . C G 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0402426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.691;QD=5.00557;RBI=0.0406194;REFB=-0.0305786;REVB=-0.00552054;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835743;STB=0.571196;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0271186;OID=.;OPOS=79186886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:21:22:6:6:0.214286:3:3:9:12:3:3:9:13 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=85;DP=104;LEN=15;RO=19;SAF=35;SAR=48;SRF=9;SRR=12;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:104:19:85:48:35:9:12 chr9 79318471 . C T 1124.66 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0247514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.769;QD=55.539;RBI=0.0300887;REFB=-0.0126272;REVB=-0.0171084;RO=4;SAF=33;SAR=44;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679744;STB=0.503596;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.000537752;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:81:81:4:4:77:77:0.950617:44:33:2:2:44:33:2:2 chr9 79318677 . T C 1886.48 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0476195;FXX=0.0078734;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6729;QD=59.8882;RBI=0.060904;REFB=-0.120666;REVB=0.0379695;RO=2;SAF=69;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169608;STB=0.508927;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00189882;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:2:2:124:124:0.984127:55:69:0:2:55:69:0:2 chr9 79318896 . C T 180.47 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0460204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7784;QD=13.8824;RBI=0.0568787;REFB=-0.0477777;REVB=-0.0334262;RO=31;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212;STB=0.631451;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0568244;OID=.;OPOS=79318896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:31:20:21:0.403846:13:7:17:14:14:7:17:14 chr9 79318921 . A G 249.1 PASS AF=0.575;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00897866;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.432;QD=24.9101;RBI=0.0276021;REFB=-0.0253189;REVB=-0.0261009;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726852;STB=0.540446;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0243541;OID=.;OPOS=79318921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:17:23:23:0.575:10:13:8:9:10:13:8:9 chr9 79318998 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1118;QD=53.9109;RBI=0.0248664;REFB=0;REVB=0.00750288;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212751;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr9 79320095 . T G 475.72 PASS AF=0.534884;AO=44;DP=84;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0135343;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.367;QD=22.1266;RBI=0.0171289;REFB=-0.0224013;REVB=-0.0104987;RO=40;SAF=11;SAR=33;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555356;STB=0.509884;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0157593;OID=.;OPOS=79320095;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:40:40:44:46:0.534884:33:11:12:28:33:13:12:28 chr9 79320640 . C T 1109.29 PASS AF=1;AO=60;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.8;QD=59.9618;RBI=0.0553064;REFB=0;REVB=0.0208695;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109739;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:60:74:1:24:36:0:0:38:36:0:0 chr9 79320847 . G C 236.53 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0101515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.41;QD=33.7904;RBI=0.0133435;REFB=-0.0235637;REVB=0.00866006;RO=7;SAF=13;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897153;STB=0.549248;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0060396;OID=.;OPOS=79320847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:8:13:3:4:8:13:3:4 chr9 79321276 . T C 976.02 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0102;QD=58.2695;RBI=0.0721288;REFB=0;REVB=0.068836;RO=1;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446446;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:66:67:1:31:35:0:1:32:35:0:0 chr9 79321871 . C T 385.15 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00636616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.643;QD=20.5412;RBI=0.0077261;REFB=-0.0285373;REVB=0.00437774;RO=35;SAF=16;SAR=23;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114351;STB=0.557064;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0240906;OID=.;OPOS=79321871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:36:39:39:0.52:23:16:19:16:23:16:19:17 chr9 79322068 . G T 313.57 PASS AF=0.571429;AO=30;DP=55;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0187724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8331;QD=22.3978;RBI=0.0308022;REFB=0.0198591;REVB=-0.0244208;RO=24;SAF=6;SAR=24;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29748;STB=0.647038;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0201635;OID=.;OPOS=79322068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:24:30:32:0.571429:24:6:12:12:25:7:12:12 chr9 79322674 . A G 1534.02 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0764771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0308;QD=62.613;RBI=0.0850846;REFB=-0.101831;REVB=0.0372914;RO=0;SAF=36;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76228e-08;STB=0.506848;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0013775;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:61:36:0:0:61:36:1:0 chr9 79322720 . A G 1212.76 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.661;QD=59.8896;RBI=0.0239646;REFB=-0.00511788;REVB=-0.00272678;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=1.44047e-05;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:79:80:0.987654:52:27:0:0:53:27:0:1 chr9 79324135 . A ATGACTGTTGCAG 77.41 PASS AF=0.20339;AO=10;DP=62;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=4.55449e-05;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=12;MLLD=314.359;QD=5.24844;RBI=0.0147977;REFB=-0.00586637;REVB=-0.0147977;RO=48;SAF=2;SAR=8;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347601;STB=0.656863;STBP=0.247;TYPE=ins;VARB=0.0205082;OID=.;OPOS=79324136;OREF=-;OALT=TGACTGTTGCAG;OMAPALT=ATGACTGTTGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.20339:10:62:12:59:47:3:9:20:27:77:48:2:8:22:26 chr9 79324179 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0125688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.66;QD=13.5054;RBI=0.0306321;REFB=-0.0106443;REVB=0.0279348;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147429;STB=0.586067;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0147935;OID=.;OPOS=79324179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:6:11:6:6:6:11 chr9 79324439 . A G 570.22 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00209177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.984;QD=20.5484;RBI=0.00217073;REFB=-0.0165431;REVB=-0.000580146;RO=53;SAF=30;SAR=28;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558232;STB=0.530716;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0170552;OID=.;OPOS=79324439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:53:58:58:0.522523:28:30:24:29:28:30:24:29 chr9 79324741 . T C 304.54 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00976377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0584;QD=15.0391;RBI=0.0583201;REFB=-0.00545686;REVB=0.057497;RO=47;SAF=24;SAR=10;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194156;STB=0.610425;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0125905;OID=.;OPOS=79324741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:10:24:25:22:10:24:25:22 chr9 79324955 . C T 165.19 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0101603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.759;QD=12.4672;RBI=0.0204058;REFB=-0.016107;REVB=-0.0176965;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304564;STB=0.535474;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0385337;OID=.;OPOS=79324955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:19:20:0.377358:11:8:13:20:11:9:13:20 chr9 79325297 . T G 732.27 PASS AF=0.493151;AO=72;DP=146;FAO=72;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00445083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.819;QD=20.062;RBI=0.018175;REFB=-0.00996612;REVB=0.0176216;RO=74;SAF=39;SAR=33;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259767;STB=0.514331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0103021;OID=.;OPOS=79325297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:74:74:72:72:0.493151:33:39:38:36:33:39:38:36 chr9 79325558 . G C 436.67 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0489821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6922;QD=23.9271;RBI=0.0698816;REFB=-0.00867386;REVB=-0.0498417;RO=30;SAF=16;SAR=26;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118737;STB=0.572729;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00644207;OID=.;OPOS=79325558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:30:31:42:42:0.575342:26:16:16:14:26:16:17:14 chr9 79325615 . A G 722.82 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153207;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5591;QD=56.6918;RBI=0.0710676;REFB=0;REVB=-0.0693966;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142273;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr9 79325759 . C T 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0209173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.354;QD=16.2721;RBI=0.0288877;REFB=-0.0113845;REVB=-0.019924;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167201;STB=0.593829;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0115907;OID=.;OPOS=79325759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:15:17:14:25:15:17:14:25 chr9 79471995 . T C 538.78 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.007;QD=59.8643;RBI=0.0425965;REFB=0;REVB=-0.000142753;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14156e-05;OID=.;OPOS=79471995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:11:24:0:0:11:25:0:0 chr9 79827964 . G C 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0253282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.636;QD=19.905;RBI=0.0292726;REFB=-0.0307908;REVB=0.0146754;RO=28;SAF=14;SAR=17;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24364;STB=0.634123;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0240586;OID=.;OPOS=79827964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:17:14:5:23:17:14:5:23 chr9 79836131 . A G 277.33 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00405307;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5097;QD=15.8476;RBI=0.0713483;REFB=-0.00653854;REVB=-0.0712331;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475202;STB=0.526785;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00715385;OID=.;OPOS=79836131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:39:31:31:0.442857:15:16:22:17:15:16:22:17 chr9 79930225 . G A 272.06 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.000471527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0011;QD=17.2736;RBI=0.0247529;REFB=-0.02121;REVB=-0.0247484;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145149;STB=0.588178;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0380837;OID=.;OPOS=79930225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:14:16:12:20:14:16:12:21 chr9 79932585 . G A 1484.62 PASS AF=0.514184;AO=145;DP=282;FAO=145;FDP=282;FR=.;FRO=137;FSAF=77;FSAR=68;FSRF=45;FSRR=92;FWDB=-0.0154508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.158;QD=21.0584;RBI=0.0160719;REFB=7.16131e-05;REVB=0.00442476;RO=137;SAF=77;SAR=68;SRF=45;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178811;STB=0.597581;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-6.55928e-05;OID=.;OPOS=79932585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:137:137:145:145:0.514184:68:77:45:92:68:77:45:92 chr9 79946961 . C T 320.82 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00607403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.913;QD=21.3876;RBI=0.027385;REFB=-0.0142313;REVB=-0.0267028;RO=27;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111944;STB=0.561896;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00975739;OID=.;OPOS=79946961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:18:15:16:11:18:15:16:11 chr9 80049298 . C T 660.85 PASS AF=0.53719;AO=65;DP=121;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00556644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.45;QD=21.8463;RBI=0.0091323;REFB=-0.00911777;REVB=0.00723972;RO=56;SAF=40;SAR=25;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115131;STB=0.563214;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00808736;OID=.;OPOS=80049298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:56:65:65:0.53719:25:40:27:29:25:40:27:29 chr9 80250143 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.162;QD=57.6807;RBI=0.0414534;REFB=0;REVB=0.0356022;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146311;OID=.;OPOS=80250143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr9 80335438 . A C 1000.87 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00224148;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.2914;QD=56.3872;RBI=0.0319504;REFB=-0.0792181;REVB=0.0318717;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521733;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00124367;OID=.;OPOS=80335438;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:71:0:2:68:69:0.971831:46:22:0:0:47:22:2:0 chr9 80645467 . A C 71.7 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00621928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.901;QD=20.4862;RBI=0.00894803;REFB=-0.0204815;REVB=-0.00643333;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428999;STB=0.659987;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.018811;OID=.;OPOS=80645467;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:14:5:5:8:9:0.642857:7:1:3:2:7:2:3:2 chr9 82187750 . A G 1673.87 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.785;QD=60.3197;RBI=0.00889954;REFB=0;REVB=-0.00498959;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39207e-06;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:59:51:0:0:59:52:0:0 chr9 83179630 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.006;QD=59.5017;RBI=0.0139371;REFB=0;REVB=0.00140712;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8831e-05;OID=.;OPOS=83179630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr9 83179857 . C T 2370.77 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246894;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.996;QD=61.1812;RBI=0.0299166;REFB=0;REVB=-0.0298146;RO=0;SAF=56;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78116e-05;OID=.;OPOS=83179857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:155:155:1:99:56:0:0:99:56:0:0 chr9 84267147 . T C 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.012726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1919;QD=17.2645;RBI=0.0249191;REFB=-0.00921611;REVB=0.0214245;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771216;STB=0.50432;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0115006;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:16:20:23:19:16:20:23:19 chr9 84340199 . G A 119.49 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00992126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1279;QD=13.6564;RBI=0.0472668;REFB=-0.00488865;REVB=0.0462139;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733535;STB=0.542796;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0128044;OID=.;OPOS=84340199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:12:9:7:7:12:9 chr9 84503901 . C A 151.51 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00984453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7854;QD=12.8944;RBI=0.127772;REFB=-0.0123088;REVB=-0.127392;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107954;STB=0.575825;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0187836;OID=.;OPOS=84503901;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:11:6:13:16:11:6:14:16 chr9 84607758 . T A 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0610945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.494;QD=19.941;RBI=0.0623005;REFB=-0.0195706;REVB=0.0121992;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147463;STB=0.508192;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0185667;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:16:16:14:15:16:16:14:15 chr9 85627408 . G A 469.14 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.021986;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.939;QD=16.7548;RBI=0.023575;REFB=-0.00867892;REVB=0.00850843;RO=57;SAF=25;SAR=26;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000979789;STB=0.500875;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0112294;OID=.;OPOS=85627408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:57:61:51:51:0.455357:26:25:28:29:26:25:30:31 chr9 86278817 . C A 699.8 PASS AF=0.539683;AO=66;DP=124;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.018417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.252;QD=22.2159;RBI=0.0185251;REFB=-0.0226968;REVB=0.00199788;RO=56;SAF=29;SAR=37;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660742;STB=0.520388;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0192849;OID=.;OPOS=86278817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:56:58:66:68:0.539683:37:29:29:27:37:31:29:29 chr9 86284178 . C A 1659.05 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.588;QD=60.329;RBI=0.015213;REFB=0;REVB=0.00882443;RO=0;SAF=69;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58796e-06;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:40:69:0:0:40:70:0:0 chr9 86327898 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.053;QD=59.8559;RBI=0.0288579;REFB=0;REVB=0.0111842;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43753e-05;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:49:22:0:0:49:22:0:0 chr9 86468715 . A T 658.49 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00598527;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.615;QD=50.6531;RBI=0.0413668;REFB=-0.0403056;REVB=0.0409315;RO=3;SAF=24;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019171;STB=0.5102;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000754254;OID=.;OPOS=86468715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:52:3:3:49:49:0.942308:25:24:2:1:25:24:2:1 chr9 86585776 . A T 171.22 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=58;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00468235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.172;QD=11.608;RBI=0.0288233;REFB=-0.00815769;REVB=0.0284404;RO=37;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204602;STB=0.628366;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0247099;OID=.;OPOS=86585776;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:37:21:22:0.372881:13:8:21:16:14:8:21:16 chr9 86616700 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0223856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.342;QD=15.6257;RBI=0.0232164;REFB=-0.0150205;REVB=0.00615496;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356984;STB=0.70564;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0277855;OID=.;OPOS=86616700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:12:5:15:8:12:5:15:8 chr9 86617265 . A G 231.49 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0139796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.514;QD=12.3463;RBI=0.0302329;REFB=-0.0062543;REVB=0.0268066;RO=47;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812117;STB=0.546634;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0103293;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:14:14:20:27:14:14:20:27 chr9 86618232 . AC A,AA,AT 547.91 PASS AF=0,0.945946,0.0540541;AO=4,32,2;DP=38;FAO=0,35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,0;FSAR=0,20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887546,0.0722325,0.119827;FXX=0.0263089;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=25.8509,48.3004,18.0933;QD=59.2337;RBI=0.0895257,0.0722547,0.120736;REFB=0,0,0;REVB=0.0117248,-0.00179167,-0.0147876;RO=0;SAF=3,12,0;SAR=1,20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,-0.00281332,0.153857;OID=.,.,.;OPOS=86618233,86618233,86618233;OREF=C,C,C;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.945946,0.0540541:4,32,2:38:0,35,2:37:0:0,15,0:0,20,2:0:0:8:0:3,12,0:1,20,2:0:0 chr9 86618699 . ACAT A 325.68 PASS AF=0.507463;AO=31;DP=65;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.000897077;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=3;MLLD=314.359;QD=19.4434;RBI=0.00487618;REFB=-0.0195239;REVB=-0.00479295;RO=31;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891329;STB=0.536964;STBP=0.574;TYPE=del;VARB=0.0174305;OID=.;OPOS=86618700;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507463:31:65:34:67:33:13:21:15:18:99:31:12:19:15:16 chr9 86920236 . T C 789.55 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00564004;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.803;QD=55.4072;RBI=0.00718776;REFB=-0.0400065;REVB=0.00445577;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000219709;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:23:33:0:0:23:33:1:0 chr9 87488521 . G A 283.02 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00592522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.2;QD=14.8956;RBI=0.0138152;REFB=-0.00844386;REVB=-0.01248;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522198;STB=0.544307;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0115394;OID=.;OPOS=87488521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:31:32:0.421053:15:16:20:23:15:17:20:24 chr9 88692336 . C T 332.9 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0252182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1581;QD=19.023;RBI=0.0529185;REFB=0.0235887;REVB=0.0465232;RO=35;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259118;STB=0.514419;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0150786;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:16:19:20:15:16:19:20:15 chr9 88694179 . G T 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0655598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6747;QD=16.5344;RBI=0.0673675;REFB=-0.065416;REVB=-0.0155012;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957813;STB=0.505488;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0612447;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:10:13:10:8:10:13 chr9 89772284 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00475734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.412;QD=42.1819;RBI=0.0334776;REFB=0;REVB=0.0331379;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299057;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr9 89772547 . T C 494.26 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00160713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3866;QD=16.2053;RBI=0.0819874;REFB=-0.0237135;REVB=0.0819716;RO=68;SAF=25;SAR=29;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370216;STB=0.520686;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0318794;OID=.;OPOS=89772547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:29:25:34:34:29:25:34:34 chr9 90265015 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.313;QD=57.3851;RBI=0.00753378;REFB=0;REVB=0.00690883;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9137e-06;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr9 90321583 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0969328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.334;QD=56.1912;RBI=0.101135;REFB=0;REVB=0.0288511;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983931;OID=.;OPOS=90321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr9 90322023 . G A 1212.3 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188612;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.551;QD=61.3825;RBI=0.0232055;REFB=0;REVB=0.0231288;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49893e-05;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr9 90343780 . A C 711.45 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0108624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.04;QD=52.7;RBI=0.0192716;REFB=-0.111288;REVB=0.0159187;RO=2;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00695;STB=0.503691;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00137356;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:31:21:1:1:31:21:1:1 chr9 90388370 . G A 278.8 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0343685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7144;QD=21.8669;RBI=0.088484;REFB=-0.00408543;REVB=0.0815367;RO=23;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103313;STB=0.55748;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00583142;OID=.;OPOS=90388370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:18:10:11:12:18:10:11:12 chr9 90388539 . T A 1059.8 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0724256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.564;QD=57.2867;RBI=0.0830302;REFB=0.0526478;REVB=0.0406024;RO=2;SAF=33;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277951;STB=0.50704;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000114174;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:74:2:1:71:73:0.986486:38:33:2:0:38:35:1:0 chr9 90500405 . A C 447.28 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00619904;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.473;QD=16.7209;RBI=0.00620254;REFB=-0.0077314;REVB=-0.000208558;RO=59;SAF=16;SAR=33;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13756;STB=0.571281;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00915567;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:59:58:49:49:0.457944:33:16:27:32:33:16:26:32 chr9 90501280 . G A 715.62 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=148;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=12;FSRR=65;FWDB=0.013011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.926;QD=19.3412;RBI=0.0136861;REFB=-0.00980637;REVB=0.0042454;RO=76;SAF=24;SAR=47;SRF=12;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204045;STB=0.61367;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0118738;OID=.;OPOS=90501280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:76:77:71:71:0.47973:47:24:12:64:47:24:12:65 chr9 90501448 . C A 781.99 PASS AF=0.521127;AO=71;DP=138;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00696595;FXX=0.0340113;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.409;QD=22.0279;RBI=0.024841;REFB=-0.0210559;REVB=-0.0238443;RO=62;SAF=39;SAR=32;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123782;STB=0.560624;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0216504;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:142:62:68:71:74:0.521127:32:39:25:37:32:42:30:38 chr9 90502458 . T A 274.97 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0251272;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8411;QD=17.7397;RBI=0.0495551;REFB=-0.0122162;REVB=-0.0427122;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330353;STB=0.518506;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0113;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:32:30:30:0.483871:13:17:17:15:13:17:17:15 chr9 90503734 . C T 172.18 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0486306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.571;QD=26.4894;RBI=0.111253;REFB=-0.041768;REVB=-0.100061;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050836;STB=0.528269;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0152382;OID=.;OPOS=90503734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:10:7:3:6:10:7:3:6 chr9 90534156 . T TTCTTGTCTCCCAGCGTCA 56.56 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.068928;FXX=0.306626;HRUN=3;LEN=18;MLLD=263.995;QD=4.35081;RBI=0.0689642;REFB=-0.010077;REVB=0.00223398;RO=63;SAF=1;SAR=8;SRF=51;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.715016;STB=0.926774;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=0.019868;OID=.;OPOS=90534157;OREF=-;OALT=TCTTGTCTCCCAGCGTCA;OMAPALT=TTCTTGTCTCCCAGCGTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173077:9:74:9:52:43:1:8:31:12:56:63:1:8:51:12 chr9 90534206 . T C 170.11 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0459392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.447;QD=9.0725;RBI=0.0508814;REFB=-0.00249254;REVB=-0.0218746;RO=52;SAF=22;SAR=1;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.717807;STB=0.935725;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00735617;OID=.;OPOS=90534206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:52:23:23:0.306667:1:22:23:29:1:22:23:29 chr9 90536919 . C T 374.55 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00114019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1944;QD=20.8081;RBI=0.0377481;REFB=-0.0123741;REVB=0.0377309;RO=34;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165923;STB=0.591863;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00486389;OID=.;OPOS=90536919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:23:15:20:14:23:15:20:14 chr9 90588903 . C T 604.96 PASS AF=0.893617;AO=43;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0346041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2771;QD=51.4861;RBI=0.0455634;REFB=-0.036848;REVB=0.0296408;RO=3;SAF=12;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571943;STB=0.569121;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0197099;OID=.;OPOS=90588903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:47:47:3:5:43:42:0.893617:31:12:2:1:31:11:4:1 chr9 90744786 . T A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.02265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.884;QD=16.5356;RBI=0.030293;REFB=-0.0301652;REVB=0.0201157;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235552;STB=0.622506;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0338925;OID=.;OPOS=90744786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:7:11:8:14:7:11:9:14 chr9 90746125 . G T 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0142759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.48;QD=10.9435;RBI=0.059533;REFB=-0.00477835;REVB=0.057796;RO=36;SAF=14;SAR=6;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427247;STB=0.5185;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00586278;OID=.;OPOS=90746125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:6:14:24:12:6:14:25:12 chr9 90746922 . A G 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.0156939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.568;QD=9.11189;RBI=0.0156939;REFB=-0.00108211;REVB=0;RO=16;SAF=8;SAR=0;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197726;OID=.;OPOS=90746922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:0:8:16:0:0:8:16:0 chr9 90747509 . G C 165.54 PASS AF=0.310811;AO=21;DP=72;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0162789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0688;QD=8.94829;RBI=0.0787006;REFB=-0.0213585;REVB=0.0769986;RO=51;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621576;STB=0.528598;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0365699;OID=.;OPOS=90747509;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:51:51:21:23:0.310811:13:8:22:29:14:9:22:29 chr9 91262343 . A ATGG 106.76 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00939675;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.015;QD=8.37364;RBI=0.0365113;REFB=-0.00307136;REVB=0.0352814;RO=37;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145165;STB=0.588113;STBP=0.449;TYPE=ins;VARB=0.00807516;OID=.;OPOS=91262344;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27451:14:51:14:51:37:7:7:23:14:99:37:7:7:23:14 chr9 91262387 . G A 140.32 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00810763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5629;QD=7.79563;RBI=0.0496115;REFB=-0.0016744;REVB=-0.0489446;RO=52;SAF=8;SAR=12;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188349;STB=0.613147;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0036217;OID=.;OPOS=91262387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:12:8:29:23:12:8:29:23 chr9 91262522 . T A 280.24 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0209084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5489;QD=16.7308;RBI=0.0331066;REFB=-0.00877936;REVB=-0.0256687;RO=36;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00180422;STB=0.501014;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00957809;OID=.;OPOS=91262522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:19:12:14:22:19:12:14:22 chr9 91652414 . A T 990.72 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.392;QD=59.1476;RBI=0.0667772;REFB=0;REVB=0.01125;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010031;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:32:34:0:0:32:35:0:0 chr9 91656963 . T C 1446.34 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0110133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.68;QD=56.1685;RBI=0.0110153;REFB=-0.00460516;REVB=-0.000208844;RO=3;SAF=58;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491566;STB=0.502592;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=8.06957e-05;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:3:3:100:100:0.970874:42:58:2:1:42:58:2:1 chr9 92003679 . C T 1556.55 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.052263;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8725;QD=58.7376;RBI=0.0522984;REFB=-0.0604491;REVB=-0.0019238;RO=1;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093969;STB=0.50495;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00221947;OID=.;OPOS=92003679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:1:1:105:105:0.990566:50:55:0:1:50:55:0:1 chr9 93629630 . T C 365.05 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00928558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.217;QD=21.7944;RBI=0.0217962;REFB=-0.0368453;REVB=-0.0197193;RO=30;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380532;STB=0.525811;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.029454;OID=.;OPOS=93629630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:30:36:37:0.552239:14:22:17:13:14:23:17:13 chr9 93637015 . C T 652.59 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00874255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.833;QD=20.7172;RBI=0.0105916;REFB=-0.0172337;REVB=0.00597906;RO=61;SAF=39;SAR=26;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969403;STB=0.553381;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0128692;OID=.;OPOS=93637015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:61:61:65:65:0.515873:26:39:30:31:26:39:30:31 chr9 93639973 . G C 657.88 PASS AF=0.462069;AO=67;DP=145;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=-0.014973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.454;QD=18.1483;RBI=0.0225912;REFB=-0.000387981;REVB=0.0169166;RO=77;SAF=38;SAR=29;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687063;STB=0.533732;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000460383;OID=.;OPOS=93639973;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:77:78:67:67:0.462069:29:38:49:28:29:38:49:29 chr9 93640009 . G A 691.15 PASS AF=0.479167;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.00643864;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.09;QD=19.1985;RBI=0.0211676;REFB=-0.0116372;REVB=0.0201646;RO=75;SAF=37;SAR=32;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606862;STB=0.533541;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00974824;OID=.;OPOS=93640009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:75:75:69:69:0.479167:32:37:45:30:32:37:45:30 chr9 93641175 . C T 459.96 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0098443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.245;QD=18.5842;RBI=0.019609;REFB=-0.0117307;REVB=-0.0169589;RO=52;SAF=19;SAR=27;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666512;STB=0.541094;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00314104;OID=.;OPOS=93641175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:53:46:46:0.464646:27:19:18:34:27:19:18:35 chr9 93641199 . T C 413.86 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0251326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.366;QD=19.0279;RBI=0.0260513;REFB=-0.0144635;REVB=-0.0068572;RO=45;SAF=15;SAR=27;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160678;STB=0.500894;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0176351;OID=.;OPOS=93641199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:27:15:16:29:27:15:16:29 chr9 93983121 . T C 395.75 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0191315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0792;QD=20.2948;RBI=0.0313923;REFB=-0.00028274;REVB=-0.0248889;RO=38;SAF=25;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181358;STB=0.600599;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000354704;OID=.;OPOS=93983121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:15:25:16:22:15:25:16:22 chr9 94087622 . T G 406.73 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.024266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1907;QD=17.4936;RBI=0.0244912;REFB=-0.00679214;REVB=0.00331353;RO=51;SAF=23;SAR=19;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755068;STB=0.542266;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0106046;OID=.;OPOS=94087622;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:19:23:24:27:19:23:24:27 chr9 94456643 . G C 698.98 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00399163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.701;QD=54.8217;RBI=0.0188652;REFB=-0.0170759;REVB=0.0184381;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209158;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000189272;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:22:28:0:1:22:28:0:1 chr9 94456705 . T A 541.41 PASS AF=1;AO=26;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.3069;QD=55.5296;RBI=0.11731;REFB=0;REVB=-0.0569309;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00458972;OID=.;OPOS=94456705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:26:39:1:12:14:0:0:18:21:0:0 chr9 94456714 . C T 516.94 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.761;QD=59.0789;RBI=0.0127331;REFB=0;REVB=0.00501294;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08355e-05;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:13:19:0:0:16:19:0:0 chr9 94486321 . C T 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525861;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.582;QD=60.6307;RBI=0.0526029;REFB=0;REVB=0.00133159;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155849;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr9 94486688 . G A 500.21 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.694;QD=58.8486;RBI=0.0185035;REFB=0;REVB=0.014492;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115316;OID=.;OPOS=94486688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:10:22:0:0:12:22:0:0 chr9 94495608 . T C 572.37 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3808;QD=58.7042;RBI=0.155322;REFB=0;REVB=0.0978429;RO=2;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271463;OID=.;OPOS=94495608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:2:0:35:39:1:23:12:0:2:26:13:0:0 chr9 94518328 . C T 426.91 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0034987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5338;QD=21.8928;RBI=0.0306467;REFB=-0.0127221;REVB=-0.0304463;RO=35;SAF=16;SAR=26;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227094;STB=0.618991;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0118434;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:26:16:23:12:26:16:23:13 chr9 95068046 . C T 823.57 PASS AF=0.477528;AO=84;DP=177;FAO=85;FDP=178;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=-0.0140063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.936;QD=18.5072;RBI=0.0143696;REFB=-0.00929798;REVB=-0.00321072;RO=91;SAF=34;SAR=50;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124912;STB=0.504086;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00978632;OID=.;OPOS=95068046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:91:93:84:85:0.477528:50:34:38:53:50:35:39:54 chr9 95147434 . C T 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0164738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.363;QD=16.0341;RBI=0.0179871;REFB=-0.0100119;REVB=-0.00722147;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116894;STB=0.566604;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.014769;OID=.;OPOS=95147434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:13:7:7:21:13:7:7:21 chr9 95218829 . G T 249.79 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00323393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.66;QD=18.5026;RBI=0.0034254;REFB=-0.00901019;REVB=-0.00112921;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131904;STB=0.573717;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00658228;OID=.;OPOS=95218829;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:13:14:10:17:13:14:10:17 chr9 95219248 . A G 350.5 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0524597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8379;QD=18.693;RBI=0.0561606;REFB=-0.00255587;REVB=0.0200497;RO=38;SAF=27;SAR=10;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402714;STB=0.724316;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0046601;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:10:27:11:27:10:27:11:27 chr9 95219597 . G A 802.45 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.91;QD=56.3121;RBI=0.0388239;REFB=0;REVB=-0.0313389;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17586e-05;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:55:57:1:28:27:0:0:28:29:0:0 chr9 95237024 . CTCA ATCA,C 214.2 PASS AF=0,1;AO=3,14;DP=23;FAO=0,17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494887,0.077324;FXX=0.291545;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=73.2613,148.424;QD=50.4007;RBI=0.0734714,0.0773256;REFB=0,0;REVB=-0.054304,-0.000486026;RO=1;SAF=0,8;SAR=3,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.0534678;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0,0.000904187;OID=.,.;OPOS=95237024,95237025;OREF=C,TCA;OALT=A,-;OMAPALT=ATCA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:23:17:1:0:3,14:0,17:0,1:3,6:0,8:1:0:0,7:0,10:0:0 chr9 95274338 . A G 364.11 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0122652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.184;QD=15.8307;RBI=0.0124559;REFB=-0.00133105;REVB=0.00217096;RO=52;SAF=15;SAR=24;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507039;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00158702;OID=.;OPOS=95274338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:53:39:39:0.423913:24:15:20:32:24:15:21:32 chr9 95279985 . C A 300.37 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.0133861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.911;QD=13.9706;RBI=0.0261787;REFB=-0.0160959;REVB=-0.0224975;RO=52;SAF=28;SAR=6;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225233;STB=0.630051;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0192034;OID=.;OPOS=95279985;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:6:28:35:17:6:28:35:17 chr9 95284873 . A G 311.84 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0269188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.411;QD=16.6313;RBI=0.0341914;REFB=-0.0210538;REVB=0.0210816;RO=41;SAF=21;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175248;STB=0.598516;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0185751;OID=.;OPOS=95284873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:13:21:18:23:13:21:18:23 chr9 95284982 . T G 1440.86 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.668;QD=62.646;RBI=0.0423487;REFB=0;REVB=0.0145961;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111143;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:48:43:0:0:48:44:0:0 chr9 95378176 . C T 531.79 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.000777293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.373;QD=16.8821;RBI=0.00740321;REFB=0.000982563;REVB=-0.00736229;RO=68;SAF=31;SAR=26;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858726;STB=0.551706;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.000907956;OID=.;OPOS=95378176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:69:57:57:0.452381:26:31:31:37:26:31:31:38 chr9 95380726 . G A 327.99 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0407339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3877;QD=30.5108;RBI=0.0532971;REFB=-0.0136056;REVB=-0.0343704;RO=14;SAF=15;SAR=13;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151185;STB=0.593016;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00290046;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:15:28:28:0.651163:13:15:4:10:13:15:4:11 chr9 95381833 . G A 392.02 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0349643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0146;QD=16.8611;RBI=0.0372534;REFB=-0.0116854;REVB=-0.0128577;RO=52;SAF=18;SAR=23;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155627;STB=0.587243;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0150449;OID=.;OPOS=95381833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:23:18:31:21:23:18:31:21 chr9 95475352 . G A 122.1 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00854738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4803;QD=25.7058;RBI=0.0205132;REFB=-0.0553964;REVB=-0.0186476;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207161;STB=0.615828;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00993562;OID=.;OPOS=95475352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:7:6:5:1:7:6:5:1 chr9 95481735 . G A 241.09 PASS AF=0.5;AO=20;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0321171;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.656;QD=20.9646;RBI=0.0555696;REFB=-0.0474041;REVB=0.0453484;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358479;STB=0.690447;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0228772;OID=.;OPOS=95481735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:23:20:23:0.5:8:12:4:17:8:15:6:17 chr9 95738781 . C A 1922.15 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0312799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.191;QD=60.0671;RBI=0.0317649;REFB=-0.101704;REVB=0.00553008;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501008;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00034266;OID=.;OPOS=95738781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:128:128:0:2:126:126:0.984375:71:55:0:0:71:55:1:1 chr9 95768448 . G A 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.194;QD=63.8873;RBI=0.0315349;REFB=0;REVB=-0.000688619;RO=0;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60548e-05;OID=.;OPOS=95768448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:60:37:0:0:60:37:0:0 chr9 95780465 . A G 1963.46 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.527;QD=61.8412;RBI=0.025963;REFB=0;REVB=0.0257524;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07916e-05;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:62:64:0:0:63:64:0:0 chr9 95782667 . C T 1222.96 PASS AF=1;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040264;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.625;QD=61.148;RBI=0.031486;REFB=0;REVB=0.0312275;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175164;OID=.;OPOS=95782667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:78:80:1:31:47:0:0:33:47:0:0 chr9 95795227 . A G 239.83 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0287669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.147;QD=20.8547;RBI=0.0317327;REFB=-0.0162193;REVB=-0.0133951;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143734;STB=0.590477;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0230161;OID=.;OPOS=95795227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:22:23:0.5:13:9:6:17:13:10:6:17 chr9 95797999 . C T 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.671;QD=59.0079;RBI=0.0139931;REFB=0;REVB=-0.00664298;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80216e-06;OID=.;OPOS=95797999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr9 95887320 . G T 545.46 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0654554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8038;QD=57.4166;RBI=0.0662811;REFB=-0.0894478;REVB=0.0104295;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217802;STB=0.511622;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00187839;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:16:21:1:0:16:21:1:0 chr9 95993170 . A G 370.22 PASS AF=0.409524;AO=41;DP=103;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.000607157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.881;QD=14.1035;RBI=0.0126551;REFB=-0.0253958;REVB=0.0126405;RO=61;SAF=13;SAR=28;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211633;STB=0.633738;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0330094;OID=.;OPOS=95993170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:61:62:41:43:0.409524:28:13:31:30:30:13:32:30 chr9 96015256 . C T 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0671954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.729;QD=22.5827;RBI=0.0674129;REFB=-0.0254327;REVB=0.0054112;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104305;STB=0.558238;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.027397;OID=.;OPOS=96015256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:12:14:10:14:12:14:10:14 chr9 96021312 . G A 364.31 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=28;FWDB=0.0467775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.627;QD=21.1194;RBI=0.0488975;REFB=-0.0228143;REVB=0.014242;RO=32;SAF=7;SAR=30;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939557;STB=0.551604;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0288496;OID=.;OPOS=96021312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:30:7:4:28:30:7:4:28 chr9 96051521 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.545;QD=53.2768;RBI=0.013675;REFB=0;REVB=0.00535373;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.95051e-05;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:17:5:0:0:18:5:0:0 chr9 96055063 . C T 265.79 PASS AF=0.6;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0860237;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.467;QD=26.579;RBI=0.0861162;REFB=-0.0121965;REVB=0.00398917;RO=16;SAF=5;SAR=19;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105504;STB=0.558772;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0116172;OID=.;OPOS=96055063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:16:16:24:24:0.6:19:5:5:11:19:5:5:11 chr9 96097673 . G A 49.56 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0366281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.992;QD=7.34259;RBI=0.0368573;REFB=-0.0147882;REVB=0.00410397;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793713;STB=0.60839;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0399238;OID=.;OPOS=96097673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:27:16:19:7:7:0.259259:3:4:8:8:3:4:8:11 chr9 96097747 . C T 195.43 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0248306;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.814;QD=16.2854;RBI=0.0338032;REFB=-0.0211772;REVB=-0.0229367;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196061;STB=0.618075;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0242785;OID=.;OPOS=96097747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:27:28:20:20:0.416667:12:8:6:21:12:8:6:22 chr9 96209943 . T C 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00048409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.735;QD=7.81289;RBI=0.00459607;REFB=-0.0180464;REVB=-0.0045705;RO=39;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438475;STB=0.518772;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0448107;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:40:15:15:0.272727:6:9:22:17:6:9:23:17 chr9 96238578 . C T 902.61 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.482;QD=58.233;RBI=0.0456021;REFB=0;REVB=-0.0447733;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.89047e-05;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr9 96328303 . T C 2236.65 PASS AF=0.986207;AO=141;DP=143;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0330157;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2514;QD=61.7008;RBI=0.0606724;REFB=-0.111244;REVB=0.0509029;RO=2;SAF=70;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.43219e-05;STB=0.500145;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00174952;OID=.;OPOS=96328303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:143:145:2:2:141:143:0.986207:71:70:1:1:73:70:1:1 chr9 96439007 . G T 35.05 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000311687;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4627;QD=17.5253;RBI=0.0183516;REFB=-0.0411744;REVB=0.018349;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23409;STB=0.635921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0265923;OID=.;OPOS=96439007;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:0:3:4:1:0:3 chr9 97063303 . GC CG,G 56.29 PASS AF=0,0.384615;AO=5,10;DP=39;FAO=0,15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=0,2;FSAR=0,13;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0205145,-0.0756748;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=68.098,11.6232;QD=5.77351;RBI=0.0504802,0.0785331;REFB=-0.0225214,-0.131589;REVB=-0.0461238,0.0209945;RO=22;SAF=0,2;SAR=5,8;SRF=5;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.60518,-0.0459899;STB=0.5,0.626312;STBP=1,0.33;TYPE=mnp,del;VARB=0.167225,0.179884;OID=.,.;OPOS=97063303,97063304;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:39:39:22:24:5,10:0,15:0,0.384615:5,8:0,2:5:17:0,13:0,2:6:18 chr9 97080944 . GAGA G 423.9 PASS AF=1;AO=25;DP=38;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299426;FXX=0.263089;HRUN=1;LEN=3;MLLD=214.875;QD=60.5571;RBI=0.0169691;REFB=0;REVB=-0.0167028;RO=8;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.98889e-05;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:38:28:28:0:7:21:0:0:3:8:7:18:6:2 chr9 97080948 . A G 78.78 PASS AF=0.275;AO=9;DP=38;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00695247;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.342;QD=7.8782;RBI=0.0123096;REFB=-0.0118368;REVB=-0.0101582;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406672;STB=0.666389;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.115563;OID=.;OPOS=97080948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:38:40:29:29:9:11:0.275:3:6:9:20:5:6:9:20 chr9 97080953 . A C 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.000373782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.764;QD=6.48175;RBI=0.0573592;REFB=-0.00781486;REVB=-0.057358;RO=33;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482537;STB=0.796964;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0170227;OID=.;OPOS=97080953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:3:7:9:24:3:7:9:24 chr9 97081010 . T G 93.88 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0248358;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.422;QD=8.1639;RBI=0.0340056;REFB=-0.0096958;REVB=-0.0232285;RO=33;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527489;STB=0.832778;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0272663;OID=.;OPOS=97081010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:46:46:33:34:12:12:0.26087:2:10:13:20:2:10:13:21 chr9 97081252 . G C 134.24 PASS AF=0.432432;AO=14;DP=35;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00285419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.064;QD=14.5126;RBI=0.00437827;REFB=-0.0112555;REVB=0.00332006;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775117;STB=0.531874;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0245185;OID=.;OPOS=97081252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:21:21:14:16:0.432432:9:5:9:12:10:6:9:12 chr9 97081263 . G C 139.55 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0062218;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.906;QD=13.29;RBI=0.00699632;REFB=-0.0264929;REVB=-0.00319964;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614915;STB=0.519207;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.047621;OID=.;OPOS=97081263;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:26:15:16:0.380952:9:6:9:17:10:6:9:17 chr9 97082681 . CAG C,CG,CGG 251.86 PASS AF=0.031746,0.444444,0;AO=9,17,4;DP=64;FAO=2,28,0;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=1,7,0;FSAR=1,21,0;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00663907,-0.0013368,-0.0079651;FXX=0.0156226;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=103.41,100.324,100.324;QD=15.9909;RBI=0.0480222,0.019624,0.0143634;REFB=-0.0404628,-0.0662858,-0.0674393;REVB=-0.0475611,-0.0195784,0.0119526;RO=29;SAF=1,4,3;SAR=8,13,1;SRF=20;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.650092,-0.480427,0.0825194;STB=0.599047,0.704195,0.5;STBP=0.747,0.005,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0346165,0.0327134,0;OID=.,.,.;OPOS=97082682,97082682,97082682;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.031746,0.444444,0:9,17,4:64:2,28,0:63:33:1,7,0:1,21,0:20:13:99:29:1,4,3:8,13,1:20:9 chr9 97216332 . C T 346.09 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.000916594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.199;QD=24.7206;RBI=0.0206963;REFB=0.0017869;REVB=-0.020676;RO=22;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424216;STB=0.523291;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.000583451;OID=.;OPOS=97216332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:19:15:11:11:19:15:11:11 chr9 97325726 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.349;QD=56.9569;RBI=0.0177889;REFB=0;REVB=0.000950699;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45109e-05;OID=.;OPOS=97325726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr9 97365720 . T C 1498.75 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.513;QD=63.1054;RBI=0.0286675;REFB=0;REVB=0.0220687;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473074;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:90:95:1:35:55:0:0:37:58:0:0 chr9 97369149 . C T 1523.43 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0191624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7054;QD=62.1809;RBI=0.0249227;REFB=-0.126836;REVB=0.0159356;RO=1;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824859;STB=0.506328;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00221184;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:1:1:97:97:0.989796:57:40:0:1:58:39:1:0 chr9 97768286 . T C 268.38 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00232846;FXX=0.0285673;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.47;QD=15.7872;RBI=0.00725807;REFB=-0.011426;REVB=-0.00687444;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105011;STB=0.566622;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0138154;OID=.;OPOS=97768286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:38:30:30:0.441176:13:17:16:19:13:17:17:21 chr9 97849090 . A G 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0213796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.125;QD=19.1559;RBI=0.0289094;REFB=-0.0249671;REVB=-0.0194595;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820088;STB=0.546392;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0251168;OID=.;OPOS=97849090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:13:10:11:10:13:10 chr9 97887391 . C T 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00166942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.978;QD=15.2375;RBI=0.0158472;REFB=-0.00527197;REVB=-0.015759;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188219;STB=0.612505;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00522345;OID=.;OPOS=97887391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:15:13:23:12:15:13:24:12 chr9 98206791 . G GCA 94.35 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0346523;FXX=0.0806322;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.265;QD=6.62076;RBI=0.0557408;REFB=-0.0501019;REVB=0.0436607;RO=47;SAF=6;SAR=8;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25391;STB=0.630361;STBP=0.324;TYPE=ins;VARB=0.161462;OID=.;OPOS=98206792;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245614:14:64:14:57:43:6:8:26:17:94:47:6:8:30:17 chr9 98209594 . G A 98.85 PASS AF=0.4;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0138732;FXX=0.0322477;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.813;QD=13.1795;RBI=0.0265653;REFB=-0.0271718;REVB=-0.0226549;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173541;STB=0.521702;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.026503;OID=.;OPOS=98209594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:30:9:18:12:12:0.4:3:9:5:4:3:9:13:5 chr9 98209664 . ACCC ACCG,ACC 133.65 PASS AF=0.0810811,0.567568;AO=3,21;DP=38;FAO=3,21;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=3,20;FSAR=0,1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0304072,-0.00190252;FXX=0.0263089;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=26.6149,11.1033;QD=14.4482;RBI=0.0491077,0.0809429;REFB=-0.0404599,-0.197552;REVB=0.0385612,0.0809206;RO=13;SAF=3,20;SAR=0,1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0.403698;SSSB=0.556789,0.395421;STB=0.9946,0.72698;STBP=0.269,0.066;TYPE=snp,del;VARB=0.0986359,0.168208;OID=.,.;OPOS=98209667,98209665;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=ACCG,ACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0810811,0.567568:3,21:38:3,21:37:13:3,20:0,1:10:3:65:13:3,20:0,1:10:3 chr9 98218474 . G GC 229.06 PASS AF=0.438776;AO=31;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0519898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.3577;QD=9.34934;RBI=0.0607439;REFB=-0.0120233;REVB=-0.0314145;RO=66;SAF=19;SAR=12;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116076;STB=0.539468;STBP=0.494;TYPE=ins;VARB=0.0137591;OID=.;OPOS=98218475;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438776:31:99:43:98:55:22:21:32:23:99:66:19:12:34:32 chr9 98231008 . A G 272.1 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0681244;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6931;QD=22.6752;RBI=0.0683547;REFB=-0.00587528;REVB=-0.00560596;RO=25;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401997;STB=0.538144;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00308239;OID=.;OPOS=98231008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:25:23:25:25:0.520833:17:8:9:16:17:8:9:14 chr9 98238379 . A G 605.13 PASS AF=0.550459;AO=60;DP=109;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.017098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.102;QD=22.2066;RBI=0.024113;REFB=-0.0110548;REVB=0.0170028;RO=49;SAF=38;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105212;STB=0.557734;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00813017;OID=.;OPOS=98238379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:49:49:60:60:0.550459:22:38:25:24:22:38:25:24 chr9 98638288 . A G 397.34 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.00543059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.718;QD=12.9217;RBI=0.0484086;REFB=-0.00902265;REVB=-0.048103;RO=75;SAF=26;SAR=21;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221303;STB=0.516145;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0157223;OID=.;OPOS=98638288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:75:76:47:47:0.382114:21:26:43:32:21:26:44:32 chr9 98691137 . T C 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00826978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.186;QD=18.0353;RBI=0.0108833;REFB=-0.0225703;REVB=0.00707511;RO=44;SAF=13;SAR=26;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166331;STB=0.593171;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.023128;OID=.;OPOS=98691137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:26:13:22:22:26:13:22:22 chr9 98729382 . A C 432.9 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.027328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2737;QD=16.183;RBI=0.0312805;REFB=-0.0276477;REVB=-0.01522;RO=58;SAF=20;SAR=28;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144319;STB=0.513551;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0388049;OID=.;OPOS=98729382;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:59:48:48:0.448598:28:20:25:33:28:20:26:33 chr9 98734269 . C G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00108249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.622;QD=18.9664;RBI=0.0364011;REFB=-0.0220158;REVB=-0.036385;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167894;STB=0.606201;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0241681;OID=.;OPOS=98734269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:14:8:13:11:14:8:14:11 chr9 98734670 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.011222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.873;QD=17.2298;RBI=0.0327525;REFB=-0.00631258;REVB=-0.03077;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032898;STB=0.519183;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00503735;OID=.;OPOS=98734670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:4:2:3:5:4:2 chr9 98775235 . T C 387.05 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.00345196;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.79;QD=18.0021;RBI=0.0164026;REFB=-0.00943988;REVB=0.0160353;RO=44;SAF=16;SAR=24;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260425;STB=0.654471;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0104597;OID=.;OPOS=98775235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:44:46:40:40:0.465116:24:16:30:14:24:16:32:14 chr9 98997810 . C T 526.71 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0173621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.235;QD=24.498;RBI=0.0179231;REFB=-0.0250785;REVB=0.00444916;RO=37;SAF=20;SAR=29;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16754;STB=0.591799;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0182307;OID=.;OPOS=98997810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:37:49:49:0.569767:29:20:23:14:29:20:23:14 chr9 99525909 . T C 773.64 PASS AF=0.98;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.469;QD=61.8908;RBI=0.0626305;REFB=-0.168797;REVB=0.0598158;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00362855;OID=.;OPOS=99525909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:50:0:1:47:49:0.98:20:27:0:0:22:27:1:0 chr9 99537071 . T C 1450.79 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.907;QD=61.7357;RBI=0.0406297;REFB=-0.0793077;REVB=0.0277715;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.504672;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00198779;OID=.;OPOS=99537071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:0:1:92:93:0.989362:40:52:0:0:40:53:1:0 chr9 99538365 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.882;QD=60.5471;RBI=0.0440399;REFB=0;REVB=0.0439365;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79253e-05;OID=.;OPOS=99538365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr9 99581811 . C T 1367.92 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.627;QD=62.1781;RBI=0.0197482;REFB=0;REVB=-0.0155922;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67238e-06;OID=.;OPOS=99581811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:35:51:0:0:36:52:0:0 chr9 99581916 . C A,G,T 850.55 PASS AF=0,0.967742,0.0322581;AO=2,52,2;DP=56;FAO=0,60,2;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,2;FSAR=0,32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996616,0.018807,-0.0154523;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=61.9397,102.19,75.6591;QD=54.8745;RBI=0.0107872,0.0189523,0.018937;REFB=0,0,0;REVB=0.00412796,0.00234238,-0.0109469;RO=0;SAF=0,22,2;SAR=2,30,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;VARB=0.0519353,0.00150963,0.133048;OID=.,.,.;OPOS=99581916,99581916,99581916;OREF=C,C,C;OALT=A,G,T;OMAPALT=A,G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:7:56:62:0:0:2,52,2:0,60,2:0,0.967742,0.0322581:2,30,0:0,22,2:0:0:0,32,0:0,28,2:0:0 chr9 99691351 . T G 191.45 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0109;QD=47.862;RBI=0.0883061;REFB=0;REVB=0.0278893;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219819;OID=.;OPOS=99691351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:12:4:0:0 chr9 99694397 . C G 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.011158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7681;QD=14.9767;RBI=0.0973914;REFB=-0.00395852;REVB=0.0967501;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406606;STB=0.523762;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0194449;OID=.;OPOS=99694397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:5:6:5:5:5:6 chr9 100071728 . G A 485.39 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=45;FWDB=0.0887277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0072;QD=17.1819;RBI=0.0890744;REFB=-0.025817;REVB=-0.0078507;RO=55;SAF=17;SAR=36;SRF=12;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113699;STB=0.544468;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0371344;OID=.;OPOS=100071728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:60:53:53:0.469027:36:17:12:43:36:17:15:45 chr9 100074446 . C T 217.9 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0510923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.355;QD=15.5642;RBI=0.0513063;REFB=-0.027612;REVB=0.00468123;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131686;STB=0.507457;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0200774;OID=.;OPOS=100074446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:15:10:12:19:15:10:12:19 chr9 100087345 . A G 233.58 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0185379;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3608;QD=18.3199;RBI=0.0227919;REFB=-0.0135993;REVB=-0.0132596;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966341;STB=0.554411;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00778224;OID=.;OPOS=100087345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:26:25:25:0.490196:16:9:12:14:16:9:12:14 chr9 100105735 . T C 591.46 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0114464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.603;QD=24.3901;RBI=0.0120726;REFB=-0.0108589;REVB=0.00383779;RO=43;SAF=25;SAR=29;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394285;STB=0.521615;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00832547;OID=.;OPOS=100105735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:29:25:22:21:29:25:22:21 chr9 100122291 . T C 393.47 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=101;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0117383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0079;QD=15.4303;RBI=0.0222968;REFB=0.00172618;REVB=-0.0189567;RO=58;SAF=15;SAR=28;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525358;STB=0.509574;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00298484;OID=.;OPOS=100122291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:58:58:43:44:0.431373:28:15:23:35:28:16:22:36 chr9 100139161 . A G 129.33 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0689232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3694;QD=13.9816;RBI=0.0781242;REFB=-0.0155643;REVB=-0.0367828;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576655;STB=0.50561;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0267236;OID=.;OPOS=100139161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:14:15:0.405405:9:5:9:13:9:6:9:13 chr9 100190780 . A G 238.92 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00692132;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.809;QD=18.0319;RBI=0.00779502;REFB=-0.0103003;REVB=0.00358576;RO=27;SAF=8;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136383;STB=0.576862;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0107279;OID=.;OPOS=100190780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:27:26:26:0.490566:18:8:12:15:18:8:12:15 chr9 100194406 . T C 471.0 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0108708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.219;QD=17.2845;RBI=0.0110452;REFB=-0.0094577;REVB=0.0019545;RO=58;SAF=27;SAR=24;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116669;STB=0.506491;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00915907;OID=.;OPOS=100194406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:51:51:0.46789:24:27:30:28:24:27:30:28 chr9 100365086 . A G 135.09 PASS AF=0.322034;AO=18;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00404366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.856;QD=9.15844;RBI=0.00413839;REFB=-0.0264838;REVB=0.000880389;RO=40;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101869;STB=0.574506;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0511836;OID=.;OPOS=100365086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:40:40:18:19:0.322034:7:11:21:19:7:12:21:19 chr9 100365431 . G T 69.03 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0173204;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=202.97;QD=13.1477;RBI=0.0473311;REFB=-0.0372354;REVB=0.0440481;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243059;STB=0.531844;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0316489;OID=.;OPOS=100365431;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:21:21:8:12:9:9:0.428571:4:5:2:6:4:5:6:6 chr9 100367810 . G A 599.67 PASS AF=0.439716;AO=48;DP=149;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0368041;FXX=0.0536877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.172;QD=17.0118;RBI=0.0380389;REFB=-0.0110443;REVB=0.00961342;RO=68;SAF=27;SAR=21;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141015;STB=0.574925;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0218998;OID=.;OPOS=100367810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:141:68:79:48:62:0.439716:21:27:29:39:27:35:34:45 chr9 100367813 . A G 701.4 PASS AF=0.477419;AO=73;DP=155;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.00168704;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.495;QD=18.1007;RBI=0.0018439;REFB=-0.00514758;REVB=-0.000744225;RO=80;SAF=37;SAR=36;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891411;STB=0.54889;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0103935;OID=.;OPOS=100367813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:80:81:73:74:0.477419:36:37:33:47:36:38:34:47 chr9 100380093 . T C 199.97 PASS AF=0.5;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0233028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.572;QD=19.9972;RBI=0.0273555;REFB=0.00702453;REVB=0.0143284;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227307;STB=0.524975;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00929106;OID=.;OPOS=100380093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:20:20:20:0.5:10:10:10:9:10:10:11:9 chr9 100388197 . C T 676.73 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=121;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0108496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.242;QD=22.3712;RBI=0.0108838;REFB=-0.00862976;REVB=0.000861945;RO=55;SAF=35;SAR=31;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00252307;STB=0.501382;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0107772;OID=.;OPOS=100388197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:55:55:66:66:0.545455:31:35:29:26:31:35:29:26 chr9 100420976 . G A 341.23 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0355827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7709;QD=15.8712;RBI=0.0356516;REFB=-0.0297581;REVB=-0.0022156;RO=49;SAF=9;SAR=28;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13063;STB=0.57409;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0385807;OID=.;OPOS=100420976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:28:9:17:32:28:9:17:32 chr9 100616583 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.4;QD=56.7062;RBI=0.0151475;REFB=0;REVB=-0.0114411;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16547e-05;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr9 100617375 . T C 1897.45 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.62349e-05;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.021;QD=61.7057;RBI=0.0211382;REFB=0;REVB=0.0211381;RO=0;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112013;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:121:123:1:57:64:0:0:59:64:0:0 chr9 100617479 . G T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=17;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0256959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.041;QD=17.0637;RBI=0.027087;REFB=-0.0163984;REVB=0.00856895;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235913;STB=0.631045;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0228259;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:17:28:0.474576:11:6:10:20:11:17:11:20 chr9 100617583 . T C 419.54 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00609021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.349;QD=22.9887;RBI=0.0268436;REFB=-0.00359615;REVB=0.0261436;RO=32;SAF=18;SAR=23;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171807;STB=0.594388;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00476552;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:23:18:21:11:23:18:21:11 chr9 100617879 . T C 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0251963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.269;QD=14.7422;RBI=0.03233;REFB=-0.0156739;REVB=-0.0202578;RO=24;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00299335;STB=0.518251;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0221804;OID=.;OPOS=100617879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:25:17:17:0.404762:5:12:17:7:5:12:17:8 chr9 100672338 . C T 260.87 PASS AF=0.509091;AO=26;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00793957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.646;QD=18.9727;RBI=0.00891345;REFB=-0.00281981;REVB=0.00405128;RO=27;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227111;STB=0.637483;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00319737;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:27:26:28:0.509091:17:9:16:11:19:9:16:11 chr9 100675777 . C T 234.05 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.010395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.251;QD=15.0999;RBI=0.0138456;REFB=-0.0110194;REVB=-0.00914583;RO=35;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136322;STB=0.589683;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0201217;OID=.;OPOS=100675777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:35:26:27:0.435484:18:8:7:28:18:9:7:28 chr9 100684719 . A C 204.2 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0024556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4867;QD=12.566;RBI=0.0313439;REFB=-0.0288291;REVB=-0.0312476;RO=39;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356892;STB=0.540951;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.034384;OID=.;OPOS=100684719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:39:40:24:25:0.384615:14:10:15:24:14:11:15:25 chr9 100684757 . A G 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00903704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.883;QD=14.5324;RBI=0.0591618;REFB=-0.0181616;REVB=-0.0584675;RO=40;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074918;STB=0.54259;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0212342;OID=.;OPOS=100684757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:18:11:18:22:18:11:18:22 chr9 101533220 . C T 842.8 PASS AF=0.983607;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0475105;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.867;QD=55.2657;RBI=0.0480387;REFB=-0.101433;REVB=0.00710386;RO=1;SAF=12;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103678;STB=0.505493;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00116614;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:61:1:1:57:60:0.983607:45:12:0:1:45:15:0:1 chr9 101767315 . G A 324.01 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0256158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.964;QD=28.8013;RBI=0.0341802;REFB=-0.00858029;REVB=0.02263;RO=17;SAF=8;SAR=20;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144129;STB=0.579651;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0101307;OID=.;OPOS=101767315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:20:8:8:9:20:8:8:9 chr9 101778265 . G T 234.89 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00605396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5921;QD=15.4028;RBI=0.0175859;REFB=-0.00621602;REVB=-0.016511;RO=34;SAF=18;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171973;STB=0.597627;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00784268;OID=.;OPOS=101778265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:9:18:17:17:9:18:17:17 chr9 101787280 . C T 347.57 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0102436;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.064;QD=17.1641;RBI=0.0156259;REFB=-0.00467486;REVB=0.0118;RO=43;SAF=26;SAR=11;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153675;STB=0.581609;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00651413;OID=.;OPOS=101787280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:44:37:37:0.45679:11:26:24:19:11:26:25:19 chr9 101796880 . A T 32.06 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=103;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=83;FWDB=-0.0194343;FXX=0.0280348;HRUN=28;LEN=1;MLLD=145.935;QD=1.23317;RBI=0.0194644;REFB=-0.00083537;REVB=0.00108243;RO=92;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18891;STB=0.647225;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00720235;OID=.;OPOS=101796880;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:103:104:92:95:9:9:0.0865385:7:2:12:80:7:2:12:83 chr9 101804329 . T C 1016.48 PASS AF=0.605442;AO=89;DP=147;FAO=89;FDP=147;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0194838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.317;QD=27.6593;RBI=0.0334178;REFB=-0.0173962;REVB=0.0271502;RO=57;SAF=38;SAR=51;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043569;STB=0.505318;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00886052;OID=.;OPOS=101804329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:57:58:89:89:0.605442:51:38:24:33:51:38:24:34 chr9 101822220 . C T 516.87 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00491114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.999;QD=22.4725;RBI=0.00752033;REFB=-0.0130576;REVB=0.00569527;RO=43;SAF=27;SAR=22;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073027;STB=0.540224;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0103266;OID=.;OPOS=101822220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:22:27:20:23:22:27:20:23 chr9 102067887 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.199;QD=33.4285;RBI=0.0508316;REFB=0;REVB=0.0506242;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170061;OID=.;OPOS=102067887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr9 102068770 . T C 444.64 PASS AF=0.453704;AO=50;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=-0.00887806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.08;QD=16.468;RBI=0.0117989;REFB=-0.0429862;REVB=-0.00777143;RO=58;SAF=30;SAR=20;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128818;STB=0.5588;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0352602;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:59:50:49:0.453704:20:30:42:16:19:30:42:17 chr9 102068832 . G A 2935.66 PASS AF=1;AO=184;DP=187;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0881;QD=62.4609;RBI=0.133778;REFB=-0.0714473;REVB=0.0639471;RO=1;SAF=113;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419513;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013578;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:187:188:1:0:184:188:1:71:113:1:0:73:115:0:0 chr9 102595069 . G A 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00681144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.773;QD=11.6171;RBI=0.00878712;REFB=-0.00764436;REVB=0.00555137;RO=34;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163368;STB=0.509544;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0128496;OID=.;OPOS=102595069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:12:7:13:21:12:7:13:21 chr9 102626461 . GA G,GG 82.07 PASS AF=0.209091,0.1;AO=32,11;DP=110;FAO=23,11;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=8,0;FSAR=15,11;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.104983,0.0653712;FXX=0.0090082;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.80187,25.1743;QD=2.98443;RBI=0.117471,0.0706895;REFB=-0.127911,-0.0779478;REVB=-0.0527067,0.0269;RO=58;SAF=13,0;SAR=19,11;SRF=30;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.124992,-0.71171;STB=0.609659,0.998956;STBP=0.236,0;TYPE=del,snp;VARB=0.084628,0.0891858;OID=.,.;OPOS=102626462,102626462;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209091,0.1:32,11:110:23,11:110:76:8,0:15,11:37:39:46:58:13,0:19,11:30:28 chr9 102713580 . G A 397.46 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0418052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.541;QD=20.6473;RBI=0.0421054;REFB=-0.0125807;REVB=-0.00501906;RO=37;SAF=19;SAR=21;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108405;STB=0.559892;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0125206;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:21:19:13:24:21:19:13:24 chr9 102732237 . T C 65.09 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00153093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.801;QD=10.4148;RBI=0.0113398;REFB=-0.0403224;REVB=-0.011236;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353734;STB=0.716607;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0376843;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:15:16:9:9:0.36:5:4:2:13:5:4:2:14 chr9 103060386 . T G 1510.78 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3433;QD=63.6118;RBI=0.0409683;REFB=0;REVB=0.0333409;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037441;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:42:53:0:0 chr9 103064530 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.233;QD=56.1914;RBI=0.0164483;REFB=0;REVB=0.0115562;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41406e-07;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr9 103339031 . A G 746.64 PASS AF=0.472727;AO=78;DP=165;FAO=78;FDP=165;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=0.000336107;FXX=0.0178561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.693;QD=18.1004;RBI=0.00228357;REFB=-0.00634717;REVB=-0.0022587;RO=87;SAF=47;SAR=31;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169509;STB=0.593799;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00482993;OID=.;OPOS=103339031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:87:87:78:78:0.472727:31:47:37:50:31:47:37:50 chr9 103348208 . A T 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0189059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.523;QD=24.5991;RBI=0.0204123;REFB=0.0184457;REVB=0.00769627;RO=16;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195183;STB=0.609034;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0143095;OID=.;OPOS=103348208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:7:15:7:9:7:15:7:9 chr9 104188842 . C G 621.48 PASS AF=0.658537;AO=54;DP=82;FAO=54;FDP=82;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00996105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4832;QD=30.3159;RBI=0.0162321;REFB=-0.013441;REVB=0.0128163;RO=27;SAF=25;SAR=29;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576062;STB=0.536516;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00741152;OID=.;OPOS=104188842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:27:28:54:54:0.658537:29:25:10:17:29:25:10:18 chr9 104324545 . G A 557.69 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0191232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.031;QD=22.0869;RBI=0.0198503;REFB=-0.00541335;REVB=0.00532332;RO=46;SAF=21;SAR=34;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189402;STB=0.604023;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00404572;OID=.;OPOS=104324545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:46:55:55:0.544554:34:21:28:18:34:21:28:18 chr9 104385712 . A G 172.02 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=0.0560621;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.934;QD=16.7825;RBI=0.0562139;REFB=-0.00310035;REVB=-0.00412798;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450042;STB=0.751074;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00874006;OID=.;OPOS=104385712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:2:21:8:10:2:21 chr9 104449063 . C T 463.09 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00402427;FXX=0.0183469;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.26;QD=17.3117;RBI=0.014007;REFB=-0.0292336;REVB=-0.0134165;RO=53;SAF=33;SAR=17;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215175;STB=0.621157;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0235267;OID=.;OPOS=104449063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:53:57:50:50:0.46729:17:33:23:30:17:33:25:32 chr9 104499575 . T C 556.11 PASS AF=0.391566;AO=64;DP=166;FAO=65;FDP=166;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=-0.0569256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6885;QD=13.4003;RBI=0.0638075;REFB=-0.000785578;REVB=0.0288249;RO=100;SAF=30;SAR=34;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983051;STB=0.553034;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000708992;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:100:101:64:65:0.391566:34:30:56:44:34:31:57:44 chr9 105018910 . A C 435.84 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0206765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.656;QD=26.821;RBI=0.0475492;REFB=-0.0182623;REVB=0.0428183;RO=23;SAF=15;SAR=26;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219062;STB=0.626916;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.011811;OID=.;OPOS=105018910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:24:41:41:0.630769:26:15:16:7:26:15:17:7 chr9 105763912 . T C 451.14 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0342311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9202;QD=19.4039;RBI=0.0349313;REFB=-0.0273187;REVB=-0.006959;RO=48;SAF=18;SAR=27;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359494;STB=0.519991;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0301389;OID=.;OPOS=105763912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:27:18:21:27:27:18:21:27 chr9 105780618 . G A 876.99 PASS AF=0.456311;AO=94;DP=205;FAO=94;FDP=206;FR=.;FRO=112;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=70;FWDB=0.040706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3446;QD=17.0289;RBI=0.0408544;REFB=-0.0144669;REVB=-0.00347857;RO=111;SAF=47;SAR=47;SRF=42;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119087;STB=0.567947;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0191628;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:111:112:94:94:0.456311:47:47:42:69:47:47:42:70 chr9 107266596 . T C 756.24 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0027998;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=284.374;QD=50.4162;RBI=0.00929319;REFB=-0.0390649;REVB=0.0088614;RO=4;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078341;STB=0.541652;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00144193;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:56:56:0.933333:22:34:0:4:22:34:0:4 chr9 107266774 . C G 1652.24 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=114;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271072;FXX=0.0263135;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.262;QD=59.5404;RBI=0.0362687;REFB=-0.136822;REVB=0.0240961;RO=1;SAF=43;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109111;STB=0.505617;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000175793;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:111:1:1:109:110:0.990991:66:43:1:0:66:44:1:0 chr9 107266844 . A G 1378.29 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.94;QD=62.6495;RBI=0.0839653;REFB=0;REVB=0.0048739;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130556;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:85:88:1:50:35:0:0:51:37:0:0 chr9 107266943 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.833;QD=57.8844;RBI=0.00856435;REFB=0;REVB=0.00316053;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95365e-05;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr9 107267304 . C G,T 1882.54 PASS AF=0.031746,0.960317;AO=5,118;DP=124;FAO=4,121;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=4,51;FSAR=0,70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257514,-0.00783116;FXX=0.0078734;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.152,71.8897;QD=59.7631;RBI=0.0337771,0.0316962;REFB=-0.1204,-0.0297131;REVB=-0.0218578,-0.0307135;RO=1;SAF=5,49;SAR=0,69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767767,0.00683429;STB=0.995941,0.503546;STBP=0.099,0.518;TYPE=snp,snp;VARB=0.0280101,0.00402353;OID=.,.;OPOS=107267304,107267304;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:124:126:1:1:5,118:4,121:0.031746,0.960317:0,69:5,49:0:1:0,70:4,51:0:1 chr9 107331504 . C A 1513.21 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.572;QD=59.9289;RBI=0.0370685;REFB=0;REVB=-0.0324801;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06566e-05;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:52:49:0:0:52:49:0:0 chr9 107360767 . GGT GG,G 1381.6 PASS AF=1,0;AO=72,9;DP=89;FAO=89,0;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49,0;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619859,0.0449705;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=232.141,210.483;QD=62.0942;RBI=0.0662654,0.0488981;REFB=0,0;REVB=0.0234275,0.0192012;RO=0;SAF=36,8;SAR=36,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000266199,0.00349848;OID=.,.;OPOS=107360769,107360768;OREF=T,GT;OALT=-,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:72,9:89:89,0:89:0:49,0:40,0:0:0:7:0:36,8:36,1:0:0 chr9 107360826 . A G 1488.54 PASS AF=0.979798;AO=95;DP=98;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0129142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8091;QD=60.1432;RBI=0.0373878;REFB=-0.1004;REVB=0.0350866;RO=3;SAF=48;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936498;STB=0.509998;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0021352;OID=.;OPOS=107360826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:98:99:3:2:95:97:0.979798:47:48:2:1:48:49:2:0 chr9 107360851 . T C 1548.58 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000394176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.939;QD=63.8591;RBI=0.0667174;REFB=0;REVB=0.0667163;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140468;OID=.;OPOS=107360851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:48:49:0:0:48:49:0:0 chr9 107360922 . A G 1481.03 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110672;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9021;QD=59.2413;RBI=0.0199024;REFB=0;REVB=0.0165416;RO=1;SAF=45;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69229e-05;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:1:0:99:100:1:54:45:1:0:54:46:0:0 chr9 107361111 . T C 504.35 PASS AF=0.533333;AO=47;DP=89;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00530651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.871;QD=22.4157;RBI=0.0302987;REFB=-0.0142613;REVB=0.0298303;RO=42;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695838;STB=0.501391;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0125483;OID=.;OPOS=107361111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:42:42:47:48:0.533333:22:25:22:20:23:25:22:20 chr9 107361129 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00355828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4095;QD=61.695;RBI=0.0208973;REFB=0;REVB=-0.0205922;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180989;OID=.;OPOS=107361129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:37:44:0:0:37:45:0:0 chr9 107361599 . G C 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2306;QD=60.0294;RBI=0.0310737;REFB=0;REVB=0.0264784;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296073;OID=.;OPOS=107361599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr9 107361710 . G A 1701.36 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0019793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.016;QD=58.6675;RBI=0.0178088;REFB=-0.00279102;REVB=-0.0176985;RO=2;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160906;STB=0.508473;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.000236397;OID=.;OPOS=107361710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:58:56:0:2:58:56:0:2 chr9 107367008 . T C 1632.53 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00644649;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.559;QD=58.3048;RBI=0.0347782;REFB=-0.0716177;REVB=0.0341755;RO=1;SAF=70;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117194;STB=0.512193;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00142382;OID=.;OPOS=107367008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:112:1:2:110:110:0.982143:40:70:0:1:40:70:0:2 chr9 107367392 . TGTTA T 750.87 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020851;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=4;MLLD=275.736;QD=63.9037;RBI=0.0393455;REFB=0;REVB=0.0333662;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000376319;OID=.;OPOS=107367393;OREF=GTTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:46:47:47:0:22:25:0:0:4:0:21:25:0:0 chr9 107367431 . A T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.637;QD=56.1894;RBI=0.0520004;REFB=0;REVB=0.0288716;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722521;OID=.;OPOS=107367431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr9 107367612 . C T 688.52 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00663838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.716;QD=55.082;RBI=0.0186023;REFB=0.00125108;REVB=0.0173775;RO=4;SAF=30;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024939;STB=0.513302;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=5.6497e-05;OID=.;OPOS=107367612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:50:4:4:46:46:0.92:16:30:2:2:16:30:2:2 chr9 107367664 . AGC A,AG,AGT 220.04 PASS AF=0.944444,0,0.0555556;AO=15,2,3;DP=20;FAO=17,0,1;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0,1;FSAR=4,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116323,-0.00552876,-0.0771086;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=200.642,177.594,49.6778;QD=48.8967;RBI=0.0131121,0.00896102,0.0847723;REFB=0,0,0;REVB=-0.00605107,-0.00705215,-0.0352223;RO=0;SAF=11,2,1;SAR=4,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.33019e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00442221,0,0.0136303;OID=.,.,.;OPOS=107367665,107367666,107367666;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,AG,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.944444,0,0.0555556:15,2,3:20:17,0,1:18:0:13,0,1:4,0,0:0:0:6:0:11,2,1:4,0,2:0:0 chr9 107367841 . A T 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.155;QD=63.6139;RBI=0.0116987;REFB=0;REVB=0.00789647;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11083e-05;OID=.;OPOS=107367841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:50:45:0:0:50:45:0:0 chr9 107380177 . A G 786.97 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0365977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.147;QD=55.2262;RBI=0.050271;REFB=-0.12674;REVB=0.0344642;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192399;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000825095;OID=.;OPOS=107380177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:32:24:1:0:32:24:1:0 chr9 107380215 . T A 500.73 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.931;QD=55.637;RBI=0.0365671;REFB=-0.106965;REVB=0.035087;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.512188;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000752683;OID=.;OPOS=107380215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:36:0:1:33:35:0.972222:20:13:0:0:20:15:0:1 chr9 107380414 . C A 1077.95 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224348;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5642;QD=59.8859;RBI=0.0279447;REFB=0;REVB=0.0166609;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152151;OID=.;OPOS=107380414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:42:29:0:0:44:28:0:0 chr9 107456933 . C T 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.049979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.703;QD=16.092;RBI=0.0511385;REFB=-0.00369237;REVB=-0.0108282;RO=38;SAF=11;SAR=20;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147075;STB=0.583036;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00709308;OID=.;OPOS=107456933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:20:11:19:19:20:11:19:19 chr9 107457275 . A C 368.38 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00121119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.423;QD=16.7444;RBI=0.01688;REFB=-0.00695012;REVB=0.0168365;RO=49;SAF=17;SAR=22;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489197;STB=0.527432;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00936116;OID=.;OPOS=107457275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:22:17:19:30:22:17:19:30 chr9 107457332 . C T 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0399797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5745;QD=10.7925;RBI=0.0412392;REFB=0.00592577;REVB=0.0101142;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243153;STB=0.641365;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0128116;OID=.;OPOS=107457332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:9:9:10:25:9:9:10:25 chr9 107457532 . C T 542.09 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315549;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2901;QD=60.2326;RBI=0.0643971;REFB=0;REVB=-0.0561363;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196366;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr9 107457725 . G A 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0098254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.486;QD=14.7348;RBI=0.0131857;REFB=-0.00519308;REVB=-0.00879341;RO=36;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779232;STB=0.544302;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00570226;OID=.;OPOS=107457725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:17:10:16:20:17:10:16:20 chr9 107510145 . G C 671.18 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129223;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.6203;QD=55.9313;RBI=0.0156141;REFB=-0.17;REVB=0.00876425;RO=2;SAF=12;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720805;STB=0.518511;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0213884;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:48:2:1:45:47:0.979167:33:12:2:0:34:13:1:0 chr9 107515214 . G A 769.15 PASS AF=0.548872;AO=73;DP=133;FAO=73;FDP=133;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.013329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.824;QD=23.1322;RBI=0.0173664;REFB=-0.0259059;REVB=-0.0111324;RO=60;SAF=29;SAR=44;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558142;STB=0.53048;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0192583;OID=.;OPOS=107515214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:60:60:73:73:0.548872:44:29:20:40:44:29:20:40 chr9 107526592 . CG C 61.62 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.014829;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.4871;QD=10.7167;RBI=0.0330302;REFB=-0.0427512;REVB=0.0295144;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273019;STB=0.658254;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=0.0423845;OID=.;OPOS=107526593;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739:12:23:12:23:11:9:3:5:6:58:11:9:3:5:6 chr9 107531152 . G C 307.17 PASS AF=0.43038;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00653872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.391;QD=15.5528;RBI=0.0116233;REFB=-0.00636777;REVB=-0.00960974;RO=45;SAF=11;SAR=22;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294487;STB=0.652729;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0124325;OID=.;OPOS=107531152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:45:33:34:0.43038:22:11:28:17:22:12:28:17 chr9 107533175 . C G 792.56 PASS AF=0.503106;AO=81;DP=161;FAO=81;FDP=161;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0263765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.029;QD=19.691;RBI=0.0484667;REFB=-0.015746;REVB=-0.0406608;RO=79;SAF=39;SAR=42;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223186;STB=0.515413;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0176267;OID=.;OPOS=107533175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:79:80:81:81:0.503106:42:39:40:39:42:39:41:39 chr9 107586753 . T C 1190.42 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.295;QD=61.0471;RBI=0.0229559;REFB=0;REVB=0.0221283;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86412e-05;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr9 107588033 . C T 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.454;QD=57.1049;RBI=0.00522746;REFB=0;REVB=0.00433163;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96345e-05;OID=.;OPOS=107588033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr9 107591272 . G T 809.65 PASS AF=0.581395;AO=75;DP=129;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0324165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.033;QD=25.1056;RBI=0.0330665;REFB=-0.00335404;REVB=-0.00652438;RO=54;SAF=37;SAR=38;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118977;STB=0.564689;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00247807;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:54:54:75:75:0.581395:38:37:35:19:38:37:35:19 chr9 107620867 . C T 1292.91 PASS AF=0.967033;AO=86;DP=90;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0563271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2636;QD=56.8311;RBI=0.0564946;REFB=-0.226369;REVB=-0.00434675;RO=4;SAF=39;SAR=47;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461451;STB=0.517643;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0134398;OID=.;OPOS=107620867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:91:4:3:86:88:0.967033:47:39:4:0:47:41:3:0 chr9 107624029 . C T 438.73 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.000148969;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.351;QD=15.6688;RBI=0.0163464;REFB=-0.0242305;REVB=0.0163457;RO=63;SAF=24;SAR=25;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659801;STB=0.536934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0264739;OID=.;OPOS=107624029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:63:63:49:49:0.4375:25:24:35:28:25:24:35:28 chr9 107652561 . A T 70.77 PASS AF=0.5;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=16.7964;QD=17.6915;RBI=0.0820153;REFB=-0.113424;REVB=0.0820153;RO=5;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0432629;OID=.;OPOS=107652561;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:15:16:5:6:8:8:0.5:8:0:0:5:8:0:0:6 chr9 108152199 . G A 1135.15 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.875;QD=60.5415;RBI=0.0134028;REFB=0;REVB=0.000709784;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4901e-05;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr9 108398331 . T G 1175.84 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9838;QD=59.5363;RBI=0.0347469;REFB=-0.0737629;REVB=0.018133;RO=1;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010637;STB=0.505617;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00023964;OID=.;OPOS=108398331;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:44:34:0:1:44:34:0:1 chr9 108425267 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.289;QD=63.5822;RBI=0.0411497;REFB=0;REVB=0.0395464;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135675;OID=.;OPOS=108425267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr9 108536426 . AT A 111.1 PASS AF=0.512195;AO=19;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.100293;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.9015;QD=10.8385;RBI=0.213571;REFB=-0.0243874;REVB=-0.188558;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285675;STB=0.514272;STBP=0.888;TYPE=del;VARB=0.00935449;OID=.;OPOS=108536427;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512195:19:41:21:41:20:9:12:8:12:99:18:8:11:7:11 chr9 109687403 . A G 306.71 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00264485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.597;QD=22.7193;RBI=0.0378685;REFB=-0.0146536;REVB=-0.0377761;RO=23;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303754;STB=0.516785;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0122278;OID=.;OPOS=109687403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:11:20:14:9:11:20:14:9 chr9 109689752 . C T 381.71 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=40;FWDB=0.0348659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5095;QD=17.1556;RBI=0.0632899;REFB=-0.0149284;REVB=0.0528203;RO=49;SAF=12;SAR=27;SRF=9;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15543;STB=0.594496;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0195541;OID=.;OPOS=109689752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:49:49:39:40:0.449438:27:12:9:40:27:13:9:40 chr9 109689859 . T C 601.94 PASS AF=0.593407;AO=54;DP=91;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0415044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.364;QD=26.4589;RBI=0.0450686;REFB=-0.0208137;REVB=0.0175658;RO=36;SAF=28;SAR=26;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135929;STB=0.513025;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0158553;OID=.;OPOS=109689859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:37:54:54:0.593407:26:28:18:18:26:28:18:19 chr9 109691676 . A G 184.77 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00942472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.222;QD=12.1164;RBI=0.0696639;REFB=-0.0171131;REVB=-0.0690235;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171399;STB=0.50224;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0313916;OID=.;OPOS=109691676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:38:22:23:0.377049:8:14:23:14:9:14:23:15 chr9 110084328 . C T 923.04 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240806;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.062;QD=58.6054;RBI=0.0252899;REFB=0;REVB=0.00772688;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13245e-05;OID=.;OPOS=110084328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:35:28:0:0 chr9 111617341 . A G 1785.79 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.535;QD=61.0528;RBI=0.0375464;REFB=0;REVB=-0.0130313;RO=0;SAF=40;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13272e-05;OID=.;OPOS=111617341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:76:40:0:0:76:41:0:0 chr9 111618602 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6869;QD=61.3347;RBI=0.0228934;REFB=0;REVB=-0.00355713;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196312;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr9 111618926 . A G 1672.69 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.835;QD=59.739;RBI=0.020608;REFB=0;REVB=0.00267615;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401058;OID=.;OPOS=111618926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:112:0:0:108:112:1:62:46:0:0:65:47:0:0 chr9 111625913 . A G 777.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.09;QD=56.5364;RBI=0.0140733;REFB=0;REVB=0.0115598;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595867;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:29:24:0:0:30:25:0:0 chr9 111641825 . G A 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00763009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.132;QD=17.672;RBI=0.0128719;REFB=0.00275244;REVB=-0.0103667;RO=31;SAF=9;SAR=21;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292959;STB=0.65761;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00252143;OID=.;OPOS=111641825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:21:9:19:12:21:9:19:13 chr9 111651620 . A T 596.77 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.000990853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.863;QD=23.4027;RBI=0.00671368;REFB=-0.00509289;REVB=-0.00664016;RO=43;SAF=27;SAR=31;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035987;STB=0.524704;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00478488;OID=.;OPOS=111651620;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:44:58:58:0.568627:31:27:22:21:31:27:23:21 chr9 111688828 . C T 190.74 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=65;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00684017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.628;QD=11.5601;RBI=0.0074379;REFB=-0.0135028;REVB=-0.00292138;RO=42;SAF=10;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176854;STB=0.612408;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0224575;OID=.;OPOS=111688828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:42:42:23:24:0.363636:13:10:25:17:14:10:25:17 chr9 111718135 . ATTTTTTC AATTTTTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 65.33 PASS AF=0,0.284091,0;AO=4,17,3;DP=79;FAO=0,25,0;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=0,9,0;FSAR=0,16,0;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0240792,-0.0912287,-0.120863;FXX=0.0112347;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=17.5388,10.9942,25.6525;QD=2.96938;RBI=0.0339999,0.175687,0.152022;REFB=-0.0594462,-0.0565985,-0.0158713;REVB=0.0240039,-0.150144,-0.0922095;RO=52;SAF=0,9,2;SAR=4,8,1;SRF=19;SRR=33;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.474979,0.200232,0.269062;STB=0.5,0.516116,0.5;STBP=1,0.863,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.00565496,0.0633678,0;OID=.,.,.;OPOS=111718136,111718136,111718141;OREF=T,T,TC;OALT=A,-,CT;OMAPALT=AATTTTTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.284091,0:4,17,3:79:0,25,0:88:63:0,9,0:0,16,0:24:39:66:52:0,9,2:4,8,1:19:33 chr9 111754288 . T C 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.923;QD=63.7518;RBI=0.0233112;REFB=0;REVB=0.0203098;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72904e-05;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:48:48:0:0:48:48:0:0 chr9 111781789 . A G 305.59 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0343326;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5449;QD=12.4732;RBI=0.039768;REFB=0.00459799;REVB=0.020069;RO=60;SAF=20;SAR=15;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151563;STB=0.601099;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00944488;OID=.;OPOS=111781789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:60:63:35:35:0.357143:15:20:26:34:15:20:26:37 chr9 111782684 . C G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00880871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.897;QD=16.884;RBI=0.0132242;REFB=-0.0114047;REVB=0.00986338;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364105;STB=0.502089;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0130612;OID=.;OPOS=111782684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:9:8:7:8:9:8 chr9 111935013 . CAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAAAT 126.62 PASS AF=0.815789,0.0789474;AO=19,3;DP=39;FAO=31,3;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=14,2;FSAR=17,1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.057728,-0.0288353;FXX=0.0256345;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=7.5763,242.221;QD=13.3279;RBI=0.201932,0.0294791;REFB=-0.0470404,-0.00611917;REVB=0.193505,0.00612736;RO=13;SAF=10,2;SAR=9,1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.158253,0.378161;STB=0.505573,0.599313;STBP=0.925,0.678;TYPE=del,snp;VARB=0.100949,-0.010665;OID=.,.;OPOS=111935014,111935021;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.815789,0.0789474:19,3:39:31,3:38:4:14,2:17,1:2:2:15:13:10,2:9,1:4:9 chr9 111945049 . T G 682.01 PASS AF=0.492754;AO=68;DP=138;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.0121403;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0879;QD=19.7684;RBI=0.0311115;REFB=0.00283482;REVB=-0.0286451;RO=70;SAF=34;SAR=34;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131507;STB=0.572443;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00279073;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:70:70:68:68:0.492754:34:34:25:45:34:34:25:45 chr9 112069477 . T A 185.48 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.000621372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.8862;QD=13.7391;RBI=0.0153791;REFB=-0.0360884;REVB=0.0153666;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367241;STB=0.521034;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0254876;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:9:13:20:12:9:13:20:12 chr9 112082510 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.367;QD=43.4862;RBI=0.141262;REFB=0;REVB=0.019069;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245782;OID=.;OPOS=112082510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr9 112629397 . G A,T 439.21 PASS AF=0.8125,0.1875;AO=24,7;DP=31;FAO=26,6;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=16,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316355,-0.0526521;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.403,81.1238;QD=54.9019;RBI=0.0321766,0.0528835;REFB=0,0;REVB=0.00587624,0.00494185;RO=0;SAF=8,2;SAR=16,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000432436,0.0903282;OID=.,.;OPOS=112629397,112629397;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:31:32:0:0:24,7:26,6:0.8125,0.1875:16,5:8,2:0:0:16,5:10,1:0:0 chr9 112629858 . A G 689.42 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.42;QD=62.6747;RBI=0.0366972;REFB=0;REVB=0.0354918;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010606;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:29:14:0:0:30:14:0:0 chr9 112687381 . G T 166.6 PASS AF=0.280488;AO=20;DP=83;FAO=23;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0706155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2026;QD=8.12672;RBI=0.0817518;REFB=-0.0265072;REVB=-0.0411924;RO=48;SAF=16;SAR=4;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515564;STB=0.581674;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0684247;OID=.;OPOS=112687381;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:48:59:20:23:0.280488:4:16:37:11:6:17:38:21 chr9 112713075 . C CA 132.04 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0504667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.5593;QD=12.0038;RBI=0.0890652;REFB=-0.0663312;REVB=-0.0733875;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215716;STB=0.528132;STBP=0.705;TYPE=ins;VARB=0.0229981;OID=.;OPOS=112713076;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568182:24:45:25:44:19:16:9:11:8:86:20:15:9:12:8 chr9 112899361 . A C 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00758964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.377;QD=61.1862;RBI=0.0308238;REFB=-0.0425034;REVB=0.0298748;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177461;STB=0.50943;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00182387;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:26:21:0:1:26:21:0:1 chr9 112900199 . T C 209.08 PASS AF=0.361111;AO=25;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0125914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3121;QD=11.6158;RBI=0.0126049;REFB=-0.0065029;REVB=0.000584022;RO=41;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12233;STB=0.576864;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0116173;OID=.;OPOS=112900199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:46:25:26:0.361111:10:15:20:21:11:15:21:25 chr9 112900480 . GGGCCCCCCC GCCCCCC,GGCCCCC,GGGCCCCCC,GGGCCCCCCG 145.49 PASS AF=0,0.103448,0.862069,0.0344828;AO=3,4,6,2;DP=25;FAO=0,3,25,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,18,1;FSAR=0,1,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113162,-0.0854493,-0.0731821,-0.0564729;FXX=0;HRUN=5,5,7,7;LEN=3,3,1,1;MLLD=23.9455,14.9218,7.47054,135.139;QD=20.067;RBI=0.886699,0.395817,0.199206,0.101593;REFB=0.0990526,0.0633563,0.0144862,-0.0374954;REVB=-0.879449,-0.386483,0.185277,-0.0844513;RO=5;SAF=0,4,6,2;SAR=3,0,0,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0.354167,0.354167,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.743083,0.672226,0.731761,0.544828;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0,0.090953,-0.00474478,-0.0205931;OID=.,.,.,.;OPOS=112900481,112900482,112900483,112900489;OREF=GGC,GCC,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=GCCCCCC,GGCCCCC,GGGCCCCCC,GGGCCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.103448,0.862069,0.0344828:3,4,6,2:25:0,3,25,1:29:0:0,2,18,1:0,1,7,0:0:0:9:5:0,4,6,2:3,0,0,0:4:1 chr9 112900785 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0619186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8291;QD=18.644;RBI=0.0738443;REFB=-0.0145994;REVB=0.0402375;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926398;STB=0.552995;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0167879;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:6:7:9:5:6:7 chr9 112931646 . G A 902.26 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8431;QD=58.2105;RBI=0.0363593;REFB=0;REVB=-0.00573593;RO=0;SAF=52;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00040952;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:10:52:0:0:10:52:0:0 chr9 112932329 . G A 1122.97 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.83;QD=59.8919;RBI=0.0244598;REFB=0;REVB=0.0200969;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313625;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:71:75:1:40:31:0:0:42:33:0:0 chr9 112934337 . T C 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0140774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.299;QD=14.8508;RBI=0.0161743;REFB=-0.0269092;REVB=0.00796454;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35931;STB=0.70568;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.02751;OID=.;OPOS=112934337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:7:12:8:21:7:12:8:21 chr9 112960869 . A G 1731.24 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.739;QD=60.7452;RBI=0.00842988;REFB=0;REVB=0.00104644;RO=0;SAF=46;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24584e-05;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:112:114:1:66:46:0:0:67:47:0:0 chr9 112963504 . A G 1607.04 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.982;QD=64.2815;RBI=0.00709914;REFB=0;REVB=-0.00162015;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16635e-05;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:51:49:0:0:51:49:0:0 chr9 113006420 . A G 1213.38 PASS AF=1;AO=49;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=74;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7347;QD=59.9198;RBI=0.104806;REFB=0;REVB=0.104767;RO=0;SAF=45;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998333;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:49:81:1:4:45:0:0:7:74:0:0 chr9 113006421 . T G 290.58 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=4;FWDB=-0.0207393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.712;QD=14.1748;RBI=0.0567929;REFB=-0.0826592;REVB=0.0528707;RO=49;SAF=30;SAR=3;SRF=45;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304209;STB=0.517231;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00570352;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:3:30:45:4:3:30:45:4 chr9 113192655 . T G 1687.24 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0027848;FXX=0.0258598;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.548;QD=59.7252;RBI=0.0248587;REFB=-0.113721;REVB=0.0247022;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-1.17055e-05;OID=.;OPOS=113192655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:113:0:1:112:112:0.99115:56:56:0:0:56:56:1:0 chr9 113220820 . C T 1572.97 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6976;QD=59.9227;RBI=0.0291961;REFB=0;REVB=0.0156191;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140538;OID=.;OPOS=113220820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:56:49:0:0:56:49:0:0 chr9 113233720 . G A 1607.04 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.623;QD=60.0762;RBI=0.0400011;REFB=0;REVB=0.0299794;RO=0;SAF=69;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10424e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68125e-05;OID=.;OPOS=113233720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:37:69:0:0:38:69:0:0 chr9 113261483 . C T 1881.09 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012254;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.79;QD=61.6752;RBI=0.0190192;REFB=0;REVB=-0.0145455;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23311e-06;OID=.;OPOS=113261483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:61:61:0:0:61:61:0:0 chr9 113302016 . G A 7206.12 PASS AF=0.968;AO=474;DP=496;FAO=484;FDP=500;FR=.;FRO=16;FSAF=251;FSAR=233;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0467942;FXX=0.00199597;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5407;QD=57.6489;RBI=0.0587796;REFB=-0.209748;REVB=0.0355718;RO=21;SAF=246;SAR=228;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304241;STB=0.510601;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00802924;OID=.;OPOS=113302016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:496:500:21:16:474:484:0.968:228:246:3:18:233:251:3:13 chr9 113636353 . T G 436.28 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=35;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00270279;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.998;QD=51.3268;RBI=0.0166442;REFB=0.013831;REVB=0.0164233;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239259;STB=0.5057;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=2.99825e-05;OID=.;OPOS=113636353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:34:1:2:31:32:0.941176:12:19:1:0:13:19:1:1 chr9 113636379 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0124482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.757;QD=18.4831;RBI=0.0199486;REFB=0.00856326;REVB=-0.0155881;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103365;STB=0.558841;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0267949;OID=.;OPOS=113636379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:11:10:7:12:11:10 chr9 113636393 . TTAAAAAAAG TAAAAAAG,TAAAAAAGTA,TAAAAGTAAA,TTAAAAAAG,TTAAAAAAGA,TTTAAAAAAG 143.37 PASS AF=0,0.15625,0.125,0.71875,0,0;AO=5,2,2,7,3,5;DP=43;FAO=0,5,4,23,0,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,4,7,0,0;FSAR=0,0,0,16,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.210506,-0.0705478,-0.0250693,0.0518121,-0.048111,0.265508;FXX=0.135099;HRUN=7,7,7,7,7,7;LEN=2,9,9,1,2,1;MLLD=8.81448,113.291,129.798,6.57017,16.592,4.83271;QD=17.9206;RBI=0.227647,0.0753955,0.0325905,0.0896426,0.0634521,0.311099;REFB=0.207048,0.0369842,0.0193796,0.111663,0.0237999,-0.0402899;REVB=-0.0866619,-0.0265986,-0.0208248,0.0731526,0.0413703,0.162137;RO=6;SAF=2,2,2,0,3,0;SAR=3,0,0,7,0,5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.0892949,0.606693,0.606693,-0.775639,0.672276,-0.739739;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp,del,mnp,snp;VARB=0,-0.178448,0.153036,0.15365,-0.0194445,0.0288299;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=113636394,113636394,113636394,113636395,113636401,113636395;OREF=TA,TAAAAAAAG,TAAAAAAAG,A,AG,A;OALT=-,AAAAAAGTA,AAAAGTAAA,-,GA,T;OMAPALT=TAAAAAAG,TAAAAAAGTA,TAAAAGTAAA,TTAAAAAAG,TTAAAAAAGA,TTTAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.15625,0.125,0.71875,0,0:5,2,2,7,3,5:43:0,5,4,23,0,0:32:0:0,5,4,7,0,0:0,0,0,16,0,0:0:0:21:6:2,2,2,0,3,0:3,0,0,7,0,5:3:3 chr9 113636486 . G C 230.46 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0106894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8016;QD=20.0396;RBI=0.022321;REFB=-0.0257705;REVB=-0.019595;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.020444;OID=.;OPOS=113636486;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:22:23:0.5:14:8:9:13:14:9:9:14 chr9 113637854 . G A 280.43 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0136838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5904;QD=24.3854;RBI=0.0299839;REFB=0.00262559;REVB=0.0266794;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236738;STB=0.635658;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000638362;OID=.;OPOS=113637854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:20:25:26:0.565217:10:15:6:14:10:16:6:14 chr9 114089882 . C T 479.03 PASS AF=0.541176;AO=44;DP=83;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0109891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.418;QD=22.5427;RBI=0.0126257;REFB=-0.0137134;REVB=-0.00621679;RO=36;SAF=18;SAR=26;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893084;STB=0.515669;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0142172;OID=.;OPOS=114089882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:36:39:44:46:0.541176:26:18:11:25:28:18:14:25 chr9 114090279 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0230864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.911;QD=15.7005;RBI=0.0230971;REFB=0.00590947;REVB=0.000700245;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964265;STB=0.555483;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00403324;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:7:12:8:7:7:12 chr9 114125854 . T A 46.35 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0106124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.51;QD=9.75883;RBI=0.0490923;REFB=-0.0127615;REVB=-0.0479315;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196632;STB=0.618737;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0144507;OID=.;OPOS=114125854;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:9:3:3:4:9:3 chr9 114174415 . T C 457.04 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0103956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.302;QD=23.1411;RBI=0.0417024;REFB=-0.0242597;REVB=0.040386;RO=35;SAF=18;SAR=26;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155877;STB=0.58524;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0178462;OID=.;OPOS=114174415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:26:18:8:27:26:18:8:27 chr9 114190337 . G A 291.6 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00136915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8388;QD=11.4354;RBI=0.0438944;REFB=-0.0162579;REVB=-0.043873;RO=64;SAF=21;SAR=15;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763903;STB=0.544677;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0239947;OID=.;OPOS=114190337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:66:36:36:0.352941:15:21:33:31:15:21:34:32 chr9 114195587 . G A 203.0 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0101163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.216;QD=12.303;RBI=0.0179531;REFB=-0.00733654;REVB=-0.0148315;RO=41;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164726;STB=0.595252;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0128312;OID=.;OPOS=114195587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:17:8:19:22:17:8:19:22 chr9 114326505 . T G 634.46 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0603282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.217;QD=21.5069;RBI=0.0637297;REFB=-0.0291885;REVB=0.0205423;RO=55;SAF=32;SAR=31;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298846;STB=0.516401;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0199624;OID=.;OPOS=114326505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:55:63:63:0.533898:31:32:26:29:31:32:26:29 chr9 114359624 . C A 370.62 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.020576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.256;QD=17.2381;RBI=0.043554;REFB=-0.00660663;REVB=-0.0383872;RO=47;SAF=22;SAR=17;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317523;STB=0.517794;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00963498;OID=.;OPOS=114359624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:17:22:25:22:17:22:25:22 chr9 114366094 . G C 414.48 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0106388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.69;QD=21.8146;RBI=0.049411;REFB=-0.0306166;REVB=-0.0482521;RO=34;SAF=23;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262417;STB=0.5217;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0184896;OID=.;OPOS=114366094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:18:23:18:16:18:23:18:17 chr9 114411945 . G T 527.78 PASS AF=0.544444;AO=48;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0182542;FXX=0.0109878;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.805;QD=23.4567;RBI=0.0192629;REFB=-0.0141875;REVB=-0.00615145;RO=29;SAF=22;SAR=26;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646185;STB=0.539733;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00909634;OID=.;OPOS=114411945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:29:39:48:49:0.544444:26:22:16:13:27:22:21:18 chr9 114454544 . T C 1281.98 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00859988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8173;QD=58.272;RBI=0.0160828;REFB=-0.0136253;REVB=-0.0135904;RO=3;SAF=41;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033404;STB=0.517643;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000377223;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:3:3:85:85:0.965909:44:41:3:0:44:41:3:0 chr9 114454580 . A G 1241.22 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00269279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.986;QD=59.8178;RBI=0.00661076;REFB=-0.12028;REVB=0.00603747;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-1.12644e-05;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:0:1:82:82:0.987952:45:37:0:0:45:37:0:1 chr9 114462322 . A G 1397.39 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.364;QD=62.8039;RBI=0.0715154;REFB=0;REVB=0.0278828;RO=0;SAF=27;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138019;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:59:27:0:0:60:29:0:0 chr9 114464487 . T C 787.33 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015839;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.87;QD=57.2604;RBI=0.0742936;REFB=0;REVB=0.0725856;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038822;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr9 114490308 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.865;QD=60.9786;RBI=0.0151888;REFB=0;REVB=0.0128656;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00358e-05;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr9 114694486 . A G 224.75 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00163237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.564;QD=10.8311;RBI=0.0141984;REFB=-0.00657436;REVB=0.0141042;RO=55;SAF=20;SAR=8;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268165;STB=0.656818;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00716078;OID=.;OPOS=114694486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:8:20:27:28:8:20:27:28 chr9 114803286 . C T 298.21 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0439354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4628;QD=13.5552;RBI=0.0551401;REFB=-0.0232484;REVB=-0.0333183;RO=54;SAF=25;SAR=9;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217334;STB=0.624922;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0418294;OID=.;OPOS=114803286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:9:25:30:24:9:25:30:24 chr9 114904712 . C T 220.36 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0276219;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.13;QD=17.2832;RBI=0.0284313;REFB=-0.0245449;REVB=-0.00673537;RO=27;SAF=3;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390773;STB=0.725699;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0302676;OID=.;OPOS=114904712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:27:24:24:0.470588:21:3:11:16:21:3:11:16 chr9 114980967 . T C 250.12 PASS AF=0.509091;AO=18;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0769469;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=43.1797;QD=18.1907;RBI=0.0769696;REFB=-0.00144176;REVB=0.0018691;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250214;STB=0.642352;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00205204;OID=.;OPOS=114980967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:27:18:28:0.509091:6:12:8:12:8:20:12:15 chr9 114982463 . T C 226.06 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0453186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.184;QD=16.441;RBI=0.0453435;REFB=-0.00178942;REVB=-0.00150397;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12143;STB=0.575787;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0025938;OID=.;OPOS=114982463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:25:26:0.472727:9:16:15:14:9:17:15:14 chr9 114982549 . C T 206.48 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0036681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.129;QD=13.1097;RBI=0.0176383;REFB=-0.0218406;REVB=-0.0172526;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823583;STB=0.571374;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0267336;OID=.;OPOS=114982549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:38:25:25:0.396825:15:10:11:23:15:10:11:27 chr9 115024796 . T C 255.59 PASS AF=0.394737;AO=29;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00746285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.312;QD=13.4519;RBI=0.00773855;REFB=-0.00520421;REVB=0.00204719;RO=46;SAF=13;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556072;STB=0.520197;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00801361;OID=.;OPOS=115024796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:29:30:0.394737:16:13:23:23:16:14:23:23 chr9 115034899 . A T 126.7 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0525697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.077;QD=11.2624;RBI=0.0525895;REFB=-0.0129521;REVB=-0.00144382;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23268;STB=0.636198;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0215204;OID=.;OPOS=115034899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:7:8:22:8:7:8:22:8 chr9 115095743 . T C 173.08 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00460912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.55;QD=11.3495;RBI=0.00564525;REFB=-0.011108;REVB=-0.00325957;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360461;STB=0.520939;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.021061;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:12:10:19:20:12:10:19:20 chr9 115216321 . A G 336.72 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00229297;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.334;QD=17.049;RBI=0.0145677;REFB=-0.026772;REVB=-0.0143861;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165456;STB=0.592856;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0327801;OID=.;OPOS=115216321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:43:43:36:36:0.455696:22:14:24:19:22:14:24:19 chr9 115248746 . C T 119.77 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00154211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.133;QD=7.98448;RBI=0.0156656;REFB=-0.00695964;REVB=-0.0155896;RO=42;SAF=6;SAR=11;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150345;STB=0.583573;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0345701;OID=.;OPOS=115248746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:43:17:17:0.283333:11:6:20:22:11:6:20:23 chr9 115567184 . T C 1051.33 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0707219;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.56;QD=58.407;RBI=0.0813254;REFB=0.00231158;REVB=0.0401526;RO=1;SAF=28;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165877;STB=0.508769;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000449213;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:43:28:1:0:43:28:1:0 chr9 115580008 . G C 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.706;QD=58.4181;RBI=0.0240861;REFB=0;REVB=-0.00585286;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.14142e-05;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr9 115600848 . T C 1138.41 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324206;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.49;QD=60.7152;RBI=0.0289711;REFB=0;REVB=0.0287891;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00754e-05;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr9 115617061 . T C 320.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.00523158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.285;QD=18.8794;RBI=0.00821555;REFB=-0.00762446;REVB=-0.0063345;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317649;STB=0.68468;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00606162;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:33:34:33:34:0.5:20:13:25:8:21:13:26:8 chr9 115632898 . G A 676.83 PASS AF=0.478873;AO=68;DP=141;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0390659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.576;QD=19.0657;RBI=0.0399566;REFB=-0.00541473;REVB=-0.00838955;RO=73;SAF=32;SAR=36;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978159;STB=0.557374;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0056081;OID=.;OPOS=115632898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:73:74:68:68:0.478873:36:32:42:31:36:32:43:31 chr9 115632969 . A G 1879.94 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00518438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.059;QD=60.6433;RBI=0.0394699;REFB=-0.0859021;REVB=0.0391279;RO=1;SAF=73;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646413;STB=0.503401;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000349391;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:50:73:1:0:50:73:1:0 chr9 115635641 . C G 1914.96 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275306;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.176;QD=61.7728;RBI=0.0279863;REFB=0;REVB=0.00502996;RO=0;SAF=54;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257373;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:70:54:0:0:70:54:0:0 chr9 115652143 . A C 654.64 PASS AF=0.427746;AO=72;DP=173;FAO=74;FDP=173;FR=.;FRO=99;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=0.00946103;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.506;QD=15.1361;RBI=0.0127353;REFB=-0.0150792;REVB=0.00852513;RO=97;SAF=27;SAR=45;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839337;STB=0.537;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0216493;OID=.;OPOS=115652143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:97:99:72:74:0.427746:45:27:44:53:45:29:45:54 chr9 115652463 . C T 166.47 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0106032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.05;QD=20.8088;RBI=0.0106067;REFB=-0.0316732;REVB=0.000274043;RO=15;SAF=2;SAR=15;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23198;STB=0.633619;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0279221;OID=.;OPOS=115652463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:15:2:4:11:15:2:4:11 chr9 115652881 . G T 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0393231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.95;QD=15.1662;RBI=0.039324;REFB=-0.00678689;REVB=0.000264105;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117085;STB=0.56748;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00779696;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:7:13:8:7:7:13 chr9 115925104 . C T 2316.0 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466071;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.591;QD=63.8897;RBI=0.0622396;REFB=0;REVB=-0.0620648;RO=0;SAF=70;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31584e-05;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:75:70:0:0:75:70:0:0 chr9 115926197 . TG T 1157.52 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.0443;QD=48.7375;RBI=0.0742593;REFB=0;REVB=-0.0547982;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00136333;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:95:95:95:0:45:50:0:0:21:0:44:48:0:0 chr9 115928275 . T C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.543;QD=59.5018;RBI=0.0492677;REFB=0;REVB=0.0355771;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51532e-05;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr9 115931692 . A G 1539.86 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8718;QD=59.8005;RBI=0.0862418;REFB=0;REVB=-0.084717;RO=0;SAF=35;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039545;OID=.;OPOS=115931692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:68:35:0:0:68:35:0:0 chr9 116049104 . G A 409.8 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0052084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.045;QD=20.7495;RBI=0.0388906;REFB=-0.0219812;REVB=0.0385403;RO=38;SAF=21;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791061;STB=0.543752;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0153879;OID=.;OPOS=116049104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:20:21:16:22:20:21:16:22 chr9 116132334 . C T 721.24 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0404458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.311;QD=53.4251;RBI=0.0821284;REFB=-0.0408757;REVB=0.0714788;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016526;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00150913;OID=.;OPOS=116132334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:24:28:1:0:24:29:1:0 chr9 116136198 . C T 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0014225;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=244.914;QD=52.7694;RBI=0.0168985;REFB=-0.0598806;REVB=0.0168385;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00288557;OID=.;OPOS=116136198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:10:18:0:1:10:18:0:1 chr9 116153900 . A G 464.24 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0132733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.786;QD=24.7592;RBI=0.0175482;REFB=-0.0185056;REVB=-0.0114787;RO=31;SAF=28;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11963;STB=0.565626;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0123752;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:16:28:15:16:16:28:15:16 chr9 116191244 . G A 408.94 PASS AF=0.625;AO=37;DP=61;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0115022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.205;QD=25.5588;RBI=0.028413;REFB=-0.0277708;REVB=0.0259807;RO=24;SAF=14;SAR=23;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674571;STB=0.524378;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.014699;OID=.;OPOS=116191244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:24:24:37:40:0.625:23:14:7:17:26:14:7:17 chr9 116345881 . CTGGGC CTGGC,CTGGCG,GCTGGC 45.39 PASS AF=0.268293,0,0;AO=8,2,4;DP=41;FAO=11,0,0;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=2,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.187886,-0.0547445,-0.025053;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,2,3;MLLD=17.435,54.7273,145.201;QD=4.42843;RBI=0.19215,0.074056,0.0279678;REFB=-0.0902388,-0.00437645,-0.0149856;REVB=0.0402526,-0.0498731,0.0124315;RO=23;SAF=6,0,0;SAR=2,2,4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0.260775,0,0;SSSB=0.2856,-0.502119,-0.642669;STB=0.794789,0.5,0.5;STBP=0.044,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0960968,0,0;OID=.,.,.;OPOS=116345883,116345885,116345881;OREF=G,GC,CTG;OALT=-,CG,GCT;OMAPALT=CTGGC,CTGGCG,GCTGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:41:41:23:30:8,2,4:11,0,0:0.268293,0,0:2,2,4:6,0,0:12:11:9,0,0:2,0,0:17:13 chr9 116346287 . C T 137.74 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0541701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7216;QD=18.998;RBI=0.08625;REFB=0.00782498;REVB=0.0671168;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325116;STB=0.518494;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00186517;OID=.;OPOS=116346287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:6:8:8:7:6:8 chr9 116356373 . G C 1606.76 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7082;QD=64.2704;RBI=0.0572738;REFB=0;REVB=-0.0348307;RO=0;SAF=21;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21751e-05;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:78:21:0:0:79:21:0:0 chr9 116356516 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.749;QD=42.1823;RBI=0.0443983;REFB=0;REVB=-0.012947;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000977586;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr9 116356529 . C G 100.87 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.092;QD=40.3478;RBI=0.116645;REFB=0;REVB=0.114824;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409734;OID=.;OPOS=116356529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:10:0:0:8:10:1:2:6:0:0:4:6:0:0 chr9 116791161 . T C 1568.42 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.511;QD=64.0173;RBI=0.050214;REFB=0;REVB=0.042365;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69724e-05;OID=.;OPOS=116791161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:52:45:0:0:52:46:0:0 chr9 116813001 . T C 1023.61 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0445231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7661;QD=55.3303;RBI=0.0450461;REFB=-0.0123515;REVB=-0.00684461;RO=3;SAF=23;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577696;STB=0.530603;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=8.72649e-05;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:3:3:71:71:0.959459:48:23:3:0:48:23:3:0 chr9 116822510 . G A 1600.57 PASS AF=0.498442;AO=159;DP=322;FAO=160;FDP=321;FR=.;FRO=161;FSAF=72;FSAR=88;FSRF=86;FSRR=75;FWDB=0.0182371;FXX=0.00619176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.272;QD=19.9447;RBI=0.0187295;REFB=-0.00784608;REVB=-0.00426654;RO=161;SAF=71;SAR=88;SRF=86;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805476;STB=0.542272;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0072759;OID=.;OPOS=116822510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:321:161:161:159:160:0.498442:88:71:86:75:88:72:86:75 chr9 116858384 . CGG CAC,C,CG 1022.86 PASS AF=0.0515464,0,0.907216;AO=4,21,23;DP=99;FAO=5,0,88;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=5,0,38;FSAR=0,0,50;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0822872,-0.207833,-0.40778;FXX=0.0202;HRUN=3,3,3;LEN=2,2,1;MLLD=207.379,10.4967,14.3614;QD=42.18;RBI=0.0891459,0.451005,0.885749;REFB=0.0518981,0.137407,0.211904;REVB=0.0342901,0.400264,0.786299;RO=47;SAF=4,21,17;SAR=0,0,6;SRF=4;SRR=43;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.803593,0.879964,0.656924;STB=0.5,0.5,0.524994;STBP=1,1,0.037;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0835541,0,-0.0266994;OID=.,.,.;OPOS=116858385,116858385,116858385;OREF=GG,GG,G;OALT=AC,-,-;OMAPALT=CAC,C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0515464,0,0.907216:4,21,23:99:5,0,88:97:4:5,0,38:0,0,50:4:0:12:47:4,21,17:0,0,6:4:43 chr9 116931099 . G A 35.97 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.078713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7402;QD=10.2762;RBI=0.0837374;REFB=-0.0470653;REVB=-0.0285693;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.683376;STB=0.545312;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0648045;OID=.;OPOS=116931099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:14:14:7:8:5:6:0.428571:5:0:1:6:5:1:1:7 chr9 116958216 . C T 1471.54 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0221067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.593;QD=60.0627;RBI=0.0240459;REFB=-0.209646;REVB=0.00946025;RO=2;SAF=61;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603137;STB=0.500818;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00152679;OID=.;OPOS=116958216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:98:98:2:3:95:95:0.969388:34:61:1:1:34:61:2:1 chr9 116980052 . C T 204.18 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0157992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.95;QD=12.5646;RBI=0.0598609;REFB=0.00160322;REVB=0.0577383;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645236;STB=0.537099;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.000720833;OID=.;OPOS=116980052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:14:11:20:20:14:11:20:20 chr9 117002517 . C T 493.21 PASS AF=0.393103;AO=55;DP=143;FAO=57;FDP=145;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0168959;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.607;QD=13.6057;RBI=0.0169504;REFB=-0.00411249;REVB=-0.00135828;RO=87;SAF=29;SAR=26;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853411;STB=0.554087;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00504046;OID=.;OPOS=117002517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:87:88:55:57:0.393103:26:29:39:48:26:31:40:48 chr9 117033022 . T C 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00234875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1864;QD=19.0372;RBI=0.0566711;REFB=0.0142866;REVB=-0.0566224;RO=45;SAF=15;SAR=27;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427179;STB=0.523798;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0152782;OID=.;OPOS=117033022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:27:15:18:27:27:15:18:27 chr9 117044751 . T C 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.779;QD=61.6775;RBI=0.0217575;REFB=0;REVB=0.00275976;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89793e-05;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr9 117050998 . G A 1355.95 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.381;QD=62.3425;RBI=0.0944933;REFB=0;REVB=0.0842564;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246696;OID=.;OPOS=117050998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:45:41:0:0:46:41:0:0 chr9 117051584 . GCC GC,GCG 801.22 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=19,32;DP=60;FAO=5,55;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=5,31;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290329,-0.0365979;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.7135,30.3479;QD=53.4149;RBI=0.0817187,0.247047;REFB=0,0;REVB=-0.0763874,0.244322;RO=0;SAF=4,27;SAR=15,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.00629e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0427354,0.0104813;OID=.,.;OPOS=117051585,117051586;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:19,32:60:5,55:60:0:5,31:0,24:0:0:12:0:4,27:15,5:0:0 chr9 117064345 . G A 153.43 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0103019;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.11;QD=13.3419;RBI=0.0830265;REFB=-0.0140403;REVB=0.0823849;RO=28;SAF=14;SAR=3;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121034;STB=0.564435;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.02178;OID=.;OPOS=117064345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:28:29:17:17:0.369565:3:14:21:7:3:14:22:7 chr9 117071744 . A G 171.25 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0282086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3712;QD=12.4543;RBI=0.0429333;REFB=-0.0023721;REVB=-0.0323658;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2;STB=0.615277;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00400697;OID=.;OPOS=117071744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:13:21:9:12:13:21 chr9 117085526 . G A 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.595;QD=59.0415;RBI=0.027007;REFB=-0.0116083;REVB=-0.00755555;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00010679;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:1:0:18:23:1:0 chr9 117085635 . T C 497.59 PASS AF=0.97561;AO=33;DP=36;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.09407;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.627;QD=48.5451;RBI=0.0964941;REFB=-0.093741;REVB=0.0214929;RO=3;SAF=3;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305881;STB=0.523797;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.019567;OID=.;OPOS=117085635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:41:3:1:33:40:0.97561:30:3:3:0:30:10:1:0 chr9 117103973 . A G 919.72 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.224;QD=58.3946;RBI=0.030656;REFB=0;REVB=-0.0241233;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22957e-05;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr9 117166206 . G T 170.36 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.09333;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9986;QD=8.84994;RBI=0.0936761;REFB=-0.00527738;REVB=0.00804451;RO=54;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311558;STB=0.681375;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0230061;OID=.;OPOS=117166206;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:54:54:23:23:0.298701:11:12:14:40:11:12:14:40 chr9 117166246 . A G 196.2 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.000857324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.829;QD=10.7506;RBI=0.0411655;REFB=-0.00414279;REVB=-0.0411566;RO=45;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231466;STB=0.64848;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00829634;OID=.;OPOS=117166246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:48:25:25:0.342466:12:13:14:31:12:13:14:34 chr9 117166338 . G C 531.24 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00940298;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.208;QD=57.4313;RBI=0.0462653;REFB=-0.120774;REVB=0.0452997;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199188;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000851984;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:37:1:1:36:36:0.972973:23:13:0:1:23:13:0:1 chr9 117169033 . A G 402.1 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0325085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7713;QD=21.735;RBI=0.0394391;REFB=-0.0372422;REVB=-0.0223302;RO=34;SAF=17;SAR=23;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113881;STB=0.562646;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0275619;OID=.;OPOS=117169033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:23:17:10:24:23:17:10:24 chr9 117186677 . A G 1139.63 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190402;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.578;QD=60.7803;RBI=0.0203427;REFB=0;REVB=0.00716211;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027809;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr9 117186712 . C T 457.05 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.022963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.594;QD=23.1419;RBI=0.0342274;REFB=-0.019766;REVB=0.0253813;RO=35;SAF=16;SAR=28;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793175;STB=0.543669;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0129423;OID=.;OPOS=117186712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:28:16:16:19:28:16:16:19 chr9 117188566 . C T 1957.55 PASS AF=0.984615;AO=125;DP=133;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00389291;FXX=0.0441144;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.084;QD=60.2323;RBI=0.0384635;REFB=-0.0732836;REVB=0.038266;RO=0;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507462;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000102249;OID=.;OPOS=117188566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:130:0:2:125:128:0.984615:60:65:0:0:62:66:2:0 chr9 117241002 . C T 125.69 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0349812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.893;QD=18.6207;RBI=0.0356638;REFB=-0.0243519;REVB=0.00694419;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316854;STB=0.682943;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0152129;OID=.;OPOS=117241002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:11:3:7:6:11:3:7:6 chr9 117552885 . T C 765.56 PASS AF=0.506849;AO=74;DP=146;FAO=74;FDP=146;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00382819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.52;QD=20.9741;RBI=0.00383571;REFB=-0.00871982;REVB=-0.000240079;RO=71;SAF=34;SAR=40;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674692;STB=0.53372;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00714989;OID=.;OPOS=117552885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:71:72:74:74:0.506849:40:34:38:33:40:34:38:34 chr9 117553249 . T C 135.6 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0170884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1392;QD=17.4973;RBI=0.0251744;REFB=-0.00198264;REVB=0.0184861;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264526;STB=0.515131;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000455188;OID=.;OPOS=117553249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:9:7:7:8:9:7 chr9 117554069 . A G 642.75 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.00497963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.179;QD=17.7309;RBI=0.00502905;REFB=-0.0240347;REVB=-0.000703312;RO=79;SAF=16;SAR=50;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20463;STB=0.614614;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0219779;OID=.;OPOS=117554069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:79:79:66:66:0.455172:50:16:33:46:50:16:33:46 chr9 117668142 . C T 685.97 PASS AF=0.469388;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.0019597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.482;QD=18.6658;RBI=0.00532089;REFB=-0.00674102;REVB=0.00494686;RO=78;SAF=30;SAR=39;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114195;STB=0.506327;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00739043;OID=.;OPOS=117668142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:78:78:69:69:0.469388:39:30:33:45:39:30:33:45 chr9 117792583 . C G 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.014489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8659;QD=17.4968;RBI=0.0304185;REFB=0.0122947;REVB=0.0267461;RO=46;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543786;STB=0.530424;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.0145021;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:19:20:21:25:19:20:21:25 chr9 117797597 . T C 509.17 PASS AF=0.666667;AO=45;DP=68;FAO=46;FDP=69;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00611898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.051;QD=29.5172;RBI=0.0219817;REFB=-0.0181667;REVB=0.0211129;RO=23;SAF=18;SAR=27;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501674;STB=0.530013;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00995248;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:23:23:45:46:0.666667:27:18:11:12:28:18:11:12 chr9 117808785 . T A 459.12 PASS AF=0.337209;AO=58;DP=172;FAO=58;FDP=172;FR=.;FRO=114;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=66;FSRR=48;FWDB=-0.00127522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.883;QD=10.6771;RBI=0.0088135;REFB=-0.00481912;REVB=0.00872075;RO=114;SAF=31;SAR=27;SRF=66;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518104;STB=0.529723;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00983353;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:114:114:58:58:0.337209:27:31:66:48:27:31:66:48 chr9 117846570 . C T 1804.73 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.018;QD=61.1773;RBI=0.0271503;REFB=0;REVB=0.0204701;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04582e-05;OID=.;OPOS=117846570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:118:0:0:115:118:1:51:64:0:0:54:64:0:0 chr9 117848197 . C T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.079;QD=55.0095;RBI=0.0278655;REFB=-0.087767;REVB=-0.0142648;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00186046;OID=.;OPOS=117848197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:15:17:0:0:15:17:1:0 chr9 117848394 . T C 929.18 PASS AF=1;AO=54;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.724;QD=58.0738;RBI=0.0657293;REFB=0;REVB=0.0116201;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161383;OID=.;OPOS=117848394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:54:64:1:31:23:0:0:31:33:0:0 chr9 118163563 . C T 1998.9 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0331502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0685;QD=61.0352;RBI=0.0485341;REFB=-0.105848;REVB=0.0354489;RO=1;SAF=34;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00497681;STB=0.502617;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00131492;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:131:1:1:129:130:0.992366:95:34:0:1:95:35:0:1 chr9 119106881 . C A 543.17 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0352327;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.418;QD=21.7267;RBI=0.0374061;REFB=-0.0216659;REVB=0.0125647;RO=46;SAF=34;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755335;STB=0.541554;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0196388;OID=.;OPOS=119106881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:20:34:25:21:20:34:25:21 chr9 119158814 . T C 452.1 PASS AF=0.534884;AO=39;DP=80;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00210122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.29;QD=21.028;RBI=0.0108784;REFB=-0.0245494;REVB=0.0106736;RO=39;SAF=30;SAR=9;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394193;STB=0.641486;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0234688;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:39:40:39:46:0.534884:9:30:14:25:16:30:14:26 chr9 119160791 . T C 81.21 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0624469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4687;QD=18.0463;RBI=0.065727;REFB=-0.0460789;REVB=0.0205042;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0375832;OID=.;OPOS=119160791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:5:3:4:6:5:3 chr9 119161253 . A G 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0329507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.583;QD=12.0529;RBI=0.078528;REFB=-0.0190962;REVB=-0.0712804;RO=12;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590305;STB=0.868688;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0312768;OID=.;OPOS=119161253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:12:13:9:9:0.409091:1:8:4:8:1:8:4:9 chr9 119162545 . C A 773.9 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.716;QD=63.1756;RBI=0.00955395;REFB=0;REVB=0.00393522;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47531e-05;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:16:32:0:0:17:32:0:0 chr9 119163067 . T C 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0101483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4193;QD=18.4898;RBI=0.0219511;REFB=0.0174396;REVB=0.0194644;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1344;STB=0.5764;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.0131034;OID=.;OPOS=119163067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:8:14:13:13:8:14:13:13 chr9 119163989 . A G 1341.03 PASS AF=0.433735;AO=144;DP=332;FAO=144;FDP=332;FR=.;FRO=188;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=95;FSRR=93;FWDB=0.0552634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0228;QD=16.1569;RBI=0.0596517;REFB=-0.0133123;REVB=0.0224563;RO=186;SAF=72;SAR=72;SRF=94;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546066;STB=0.503012;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0150316;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:186:188:144:144:0.433735:72:72:94:92:72:72:95:93 chr9 119187839 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0262075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8613;QD=15.8817;RBI=0.037649;REFB=-0.00228591;REVB=0.0270299;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292681;STB=0.666388;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00244183;OID=.;OPOS=119187839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:9:1:4:6:9:1 chr9 119199820 . C G 937.45 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4696;QD=58.5903;RBI=0.0915506;REFB=0;REVB=-0.0155238;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065417;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr9 119462112 . C T 1093.95 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.963;QD=59.9424;RBI=0.025766;REFB=0;REVB=0.00591631;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82292e-05;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:42:30:0:0:42:31:0:0 chr9 119463189 . T C 185.15 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00808531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8342;QD=10.2858;RBI=0.00811157;REFB=-0.00277401;REVB=-0.000652186;RO=47;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225418;STB=0.637817;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00523414;OID=.;OPOS=119463189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:48:24:24:0.333333:9:15:20:27:9:15:20:28 chr9 119491303 . C T 514.57 PASS AF=0.474138;AO=53;DP=115;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.000448599;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.144;QD=17.7439;RBI=0.00280847;REFB=-0.0212298;REVB=0.00277241;RO=57;SAF=31;SAR=22;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885198;STB=0.538011;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0262523;OID=.;OPOS=119491303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:57:61:53:55:0.474138:22:31:28:29:24:31:30:31 chr9 119495697 . T C 2106.11 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00334673;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=356.216;QD=62.8691;RBI=0.0159445;REFB=0;REVB=0.0155893;RO=0;SAF=65;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07012e-07;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:69:65:0:0:69:65:0:0 chr9 119739015 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0378189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.142;QD=12.9752;RBI=0.0390201;REFB=-0.00230061;REVB=-0.00960729;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310145;STB=0.695334;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00238521;OID=.;OPOS=119739015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:8:4:11:6:8:4:12:6 chr9 119770480 . C T 2110.74 PASS AF=0.936306;AO=147;DP=159;FAO=147;FDP=157;FR=.;FRO=10;FSAF=77;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.00603443;FXX=0.0187488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.623;QD=53.7768;RBI=0.0085492;REFB=-0.0627561;REVB=0.00605594;RO=10;SAF=77;SAR=70;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063249;STB=0.533329;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=3.83732e-05;OID=.;OPOS=119770480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:159:157:10:10:147:147:0.936306:70:77:0:10:70:77:0:10 chr9 120039299 . T C 2081.51 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.909;QD=62.6017;RBI=0.0264898;REFB=0;REVB=0.0244603;RO=0;SAF=57;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23218e-05;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:133:0:0:129:133:1:72:57:0:0:76:57:0:0 chr9 120053776 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.835;QD=61.6953;RBI=0.0252314;REFB=0;REVB=0.025092;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52024e-05;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr9 120470358 . G A 786.89 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.447;QD=55.2207;RBI=0.021651;REFB=-0.0427041;REVB=0.0127912;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149682;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00337488;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:31:25:0:1:31:25:0:1 chr9 122001000 . G A 1587.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00128291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.042;QD=64.1419;RBI=0.0193675;REFB=0;REVB=0.019325;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78523e-05;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:45:53:0:0:46:53:0:0 chr9 123170733 . C G 497.59 PASS AF=0.923077;AO=35;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.117736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.367;QD=51.0353;RBI=0.143606;REFB=-0.195026;REVB=0.0822244;RO=3;SAF=11;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587267;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102527;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:3:3:35:36:0.923077:24:11:2:1:24:12:1:2 chr9 123220829 . A G 568.33 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0143159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.69;QD=20.2975;RBI=0.0143317;REFB=-0.0255077;REVB=-0.000672781;RO=53;SAF=31;SAR=27;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707814;STB=0.534471;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0252172;OID=.;OPOS=123220829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:54:58:58:0.517857:27:31:24:29:27:31:25:29 chr9 123291036 . C G 457.19 PASS AF=0.529412;AO=44;DP=82;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0167468;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.898;QD=21.5147;RBI=0.054617;REFB=-0.0206425;REVB=0.0519862;RO=36;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149837;STB=0.572884;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0202224;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:36:40:44:45:0.529412:24:20:23:13:25:20:24:16 chr9 123301346 . T G 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.013767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.947;QD=17.6714;RBI=0.0160322;REFB=-0.0209864;REVB=0.00821597;RO=30;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596491;STB=0.51723;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0166102;OID=.;OPOS=123301346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:32:30:30:0.483871:14:16:14:16:14:16:16:16 chr9 123342259 . C A 801.59 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.198;QD=57.2564;RBI=0.0733741;REFB=0;REVB=0.015645;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195115;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:33:23:0:0 chr9 123342275 . A G 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0476895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.78;QD=61.8139;RBI=0.0501189;REFB=0.0142864;REVB=-0.015415;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015953;STB=0.508471;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00051451;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:29:20:0:1:29:20:0:1 chr9 123583192 . A G 279.59 PASS AF=0.517241;AO=28;DP=56;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0857013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.338;QD=19.282;RBI=0.085945;REFB=-0.0240449;REVB=0.0064681;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189786;STB=0.58442;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0234317;OID=.;OPOS=123583192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:28:28:28:30:0.517241:12:16:10:18:14:16:10:18 chr9 123586737 . T G 680.99 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00694439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.317;QD=21.2808;RBI=0.0100482;REFB=-0.0226066;REVB=0.00726241;RO=59;SAF=33;SAR=34;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298107;STB=0.523802;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0178692;OID=.;OPOS=123586737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:59:61:67:67:0.523438:34:33:27:32:34:33:27:34 chr9 123618971 . A G 291.42 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00352346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.558;QD=16.8942;RBI=0.0227364;REFB=-0.000937626;REVB=-0.0224617;RO=37;SAF=22;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152157;STB=0.585743;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00108585;OID=.;OPOS=123618971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:10:22:20:17:10:22:20:17 chr9 123632045 . A G 313.12 PASS AF=0.465753;AO=32;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0197684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.799;QD=17.1572;RBI=0.0227137;REFB=-0.0304535;REVB=0.0111858;RO=37;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00801862;STB=0.503519;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0228512;OID=.;OPOS=123632045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:39:32:34:0.465753:21:11:13:24:22:12:14:25 chr9 123671520 . G A 285.58 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8567;QD=49.6661;RBI=0.0869617;REFB=0;REVB=-0.0496913;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130286;OID=.;OPOS=123671520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:16:5:0:0:16:7:0:0 chr9 123769200 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.758;QD=60.3766;RBI=0.0119872;REFB=0;REVB=-0.011379;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26046e-05;OID=.;OPOS=123769200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr9 123780005 . G A 1767.58 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00766826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8782;QD=60.9511;RBI=0.0105009;REFB=0;REVB=0.00717398;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1369e-06;OID=.;OPOS=123780005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:61:55:0:0:61:55:0:0 chr9 123850770 . G A 1290.46 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.824;QD=61.4505;RBI=0.0112667;REFB=0;REVB=-0.00519232;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191716;OID=.;OPOS=123850770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:50:33:0:0:50:34:0:0 chr9 123860689 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.198;QD=59.8556;RBI=0.0368985;REFB=0;REVB=-0.0365809;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.48782e-05;OID=.;OPOS=123860689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr9 123917020 . T A 2121.68 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.371;QD=62.8646;RBI=0.0359701;REFB=0;REVB=0.0277558;RO=0;SAF=55;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95982e-05;OID=.;OPOS=123917020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:80:55:0:0:80:55:0:0 chr9 123965499 . C G 31.76 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0546459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.1296;QD=3.96992;RBI=0.106545;REFB=-0.0297099;REVB=-0.091464;RO=24;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523806;STB=0.864279;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.111725;OID=.;OPOS=123965499;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:30:32:24:26:6:6:0.1875:1:5:9:15:1:5:9:17 chr9 124043867 . C T 293.17 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0135373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.036;QD=12.4754;RBI=0.121632;REFB=0.00894144;REVB=0.120877;RO=60;SAF=21;SAR=13;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133097;STB=0.576583;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0167128;OID=.;OPOS=124043867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:60:34:34:0.361702:13:21:30:30:13:21:30:30 chr9 124044995 . C T 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00700153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.531;QD=12.724;RBI=0.0154938;REFB=-0.00342414;REVB=-0.0138215;RO=32;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24193;STB=0.658395;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00630024;OID=.;OPOS=124044995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:36:23:23:0.389831:7:16:15:17:7:16:16:20 chr9 124045949 . GTTCA G 288.06 PASS AF=0.690909;AO=18;DP=53;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0610907;FXX=0.202869;HRUN=2;LEN=4;MLLD=166.72;QD=20.95;RBI=0.0625798;REFB=-0.0592321;REVB=0.0135702;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.556044;STBP=0.251;TYPE=del;VARB=0.0282821;OID=.;OPOS=124045950;OREF=TTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.690909:18:53:38:55:17:10:28:7:10:89:0:8:10:0:0 chr9 124046722 . C T 123.96 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00401542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.375;QD=17.0985;RBI=0.0115772;REFB=-0.00534506;REVB=0.0108585;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901033;STB=0.551651;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00465672;OID=.;OPOS=124046722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:9:6:7:7:9:6 chr9 124046830 . CTTA CT,CTA 174.25 PASS AF=0,1;AO=2,13;DP=15;FAO=0,16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158924,0.0185873;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=111.001,20.1367;QD=43.5612;RBI=0.0365369,0.079886;REFB=0,0;REVB=-0.0328994,-0.0776935;RO=0;SAF=0,4;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0411133,-0.00463223;OID=.,.;OPOS=124046832,124046831;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=CT,CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,13:15:0,16:16:0:0,4:0,12:0:0:4:0:0,4:2,9:0:0 chr9 124083614 . C T 396.82 PASS AF=0.573529;AO=38;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0192749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.608;QD=23.3425;RBI=0.0194198;REFB=0.000779615;REVB=0.00236789;RO=19;SAF=11;SAR=27;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227008;STB=0.692209;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000302504;OID=.;OPOS=124083614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:19:29:38:39:0.573529:27:11:12:7:27:12:22:7 chr9 124218133 . C T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00787981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.773;QD=60.7158;RBI=0.00870437;REFB=0;REVB=-0.00369792;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78252e-06;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr9 124241369 . T G 298.92 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=-0.00678175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.644;QD=16.1579;RBI=0.00778189;REFB=-0.00762149;REVB=0.00381649;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266504;STB=0.648388;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0132062;OID=.;OPOS=124241369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:16:17:32:9:16:17:32:9 chr9 124256817 . C T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0207961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.57;QD=25.4669;RBI=0.0441652;REFB=0.0450452;REVB=0.0389627;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204298;STB=0.615147;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00574364;OID=.;OPOS=124256817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:0:3:5:4:0:3 chr9 124256975 . G T 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.000804102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.979;QD=18.5412;RBI=0.0206939;REFB=-0.00368362;REVB=-0.0206782;RO=35;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925815;STB=0.551635;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00289901;OID=.;OPOS=124256975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:19:15:19:16:19:15:19:16 chr9 124257091 . C T 284.66 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0774176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5008;QD=29.9646;RBI=0.0866344;REFB=0.0178524;REVB=-0.0388849;RO=13;SAF=13;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13161;STB=0.57227;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00890853;OID=.;OPOS=124257091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:12:13:4:9:12:13:4:9 chr9 124547496 . G A 104.83 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0214699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5979;QD=10.7512;RBI=0.0577266;REFB=0.00231235;REVB=0.0535855;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253517;STB=0.650936;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00391533;OID=.;OPOS=124547496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:8:5:16:10:8:5:16:10 chr9 124914613 . C T 325.11 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0169425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.303;QD=24.5366;RBI=0.0179984;REFB=-0.000714018;REVB=-0.00607384;RO=21;SAF=13;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861261;STB=0.547389;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00068751;OID=.;OPOS=124914613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:19:13:11:10:19:13:11:10 chr9 124976152 . G C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.595;QD=51.1817;RBI=0.0123582;REFB=0;REVB=0.0123582;RO=0;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76319e-05;OID=.;OPOS=124976152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:20:0:0:0:20:0:0:0 chr9 125133479 . T C 1254.77 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547739;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.114;QD=61.2081;RBI=0.0552634;REFB=0;REVB=0.00733939;RO=0;SAF=17;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13548e-05;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:63:17:0:0:64:18:0:0 chr9 125239253 . T C 433.51 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031011;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.53;QD=57.8007;RBI=0.0340429;REFB=0;REVB=0.014044;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257207;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr9 125273574 . G A 849.23 PASS AF=0.546053;AO=82;DP=151;FAO=83;FDP=152;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.0228774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0375;QD=22.3482;RBI=0.0249672;REFB=-0.00370919;REVB=0.00999932;RO=69;SAF=39;SAR=43;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122929;STB=0.569248;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00207057;OID=.;OPOS=125273574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:69:69:82:83:0.546053:43:39:43:26:44:39:43:26 chr9 125289083 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.499;QD=56.7057;RBI=0.0361124;REFB=0;REVB=-0.0230474;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92666e-05;OID=.;OPOS=125289083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr9 125289521 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.638;QD=53.2751;RBI=0.0207467;REFB=0;REVB=0.0171188;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02982e-05;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr9 125315542 . C T 1322.86 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.321;QD=61.5284;RBI=0.0136406;REFB=0;REVB=0.00630537;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002123;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:86:0:0:81:86:1:40:41:0:0:40:46:0:0 chr9 125315557 . T C 1237.43 PASS AF=0.966292;AO=81;DP=85;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0386483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0551;QD=55.6147;RBI=0.0479133;REFB=0.00185167;REVB=0.0283194;RO=3;SAF=41;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333899;STB=0.504466;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00429385;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:89:3:3:81:86:0.966292:40:41:3:0:40:46:2:1 chr9 125315778 . G C 792.25 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00212401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1013;QD=54.6376;RBI=0.0107395;REFB=-0.0287853;REVB=0.0105273;RO=2;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473428;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-9.88102e-05;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:58:2:1:56:57:0.982759:32:24:1:1:32:25:0:1 chr9 125316033 . T C 658.04 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.852;QD=59.8213;RBI=0.0373267;REFB=-0.140742;REVB=0.0300028;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.513507;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000720604;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:25:18:0:0:25:18:1:0 chr9 125316042 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.527;QD=63.2871;RBI=0.0151296;REFB=0;REVB=-0.00842178;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34285e-05;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr9 125316179 . T G 910.87 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0905123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6044;QD=56.0537;RBI=0.09055;REFB=-0.0601092;REVB=-0.00261299;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.509801;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00345217;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:0:1:63:64:0.984615:39:24:0:0:39:25:1:0 chr9 125316350 . C T 1933.55 PASS AF=0.992248;AO=123;DP=124;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00249172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.122;QD=59.955;RBI=0.0412261;REFB=0.0446592;REVB=-0.0411507;RO=1;SAF=66;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714433;STB=0.503496;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00226961;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:129:1:1:123:128:0.992248:57:66:1:0:57:71:1:0 chr9 125316455 . C T 799.65 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0793402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.734;QD=57.1179;RBI=0.079417;REFB=0;REVB=-0.00349136;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000377088;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:25:31:0:0 chr9 125330125 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7607;QD=60.2305;RBI=0.0696012;REFB=0;REVB=-0.0482912;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017083;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr9 125330184 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.45;QD=52.6129;RBI=0.0403339;REFB=0;REVB=0.0289799;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684987;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr9 125330325 . C G 744.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.857;QD=63.3247;RBI=0.0892005;REFB=0;REVB=-0.0891866;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316073;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr9 125330678 . T G 2150.4 PASS AF=0.985714;AO=136;DP=138;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0101455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.922;QD=61.44;RBI=0.0347444;REFB=-0.019474;REVB=0.0332302;RO=1;SAF=65;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664882;STB=0.500415;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000828222;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:138:140:1:2:136:138:0.985714:71:65:0:1:73:65:1:1 chr9 125330739 . G A 2403.39 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6925;QD=61.2329;RBI=0.0350951;REFB=0;REVB=-0.0194153;RO=0;SAF=65;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160059;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:92:65:0:0:92:65:0:0 chr9 125377087 . A G 914.98 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0211325;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.2192;QD=55.453;RBI=0.0345752;REFB=-0.00787472;REVB=-0.0273654;RO=2;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262242;STB=0.513885;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-9.8424e-05;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:35:29:0:2:35:29:0:2 chr9 125377505 . A G 392.93 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.168;QD=56.1323;RBI=0.0247648;REFB=0;REVB=0.0231036;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95862e-05;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:13:15:0:0 chr9 125377734 . A G 231.88 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0260919;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.288;QD=17.8368;RBI=0.0269587;REFB=-0.00931501;REVB=0.00678122;RO=25;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361987;STB=0.719824;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00691916;OID=.;OPOS=125377734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:27:25:25:0.480769:18:7:17:8:18:7:19:8 chr9 125377901 . G A 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00807101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.852;QD=17.4331;RBI=0.0103153;REFB=-0.00498697;REVB=-0.00642373;RO=43;SAF=22;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168901;STB=0.594543;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00708546;OID=.;OPOS=125377901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:15:22:18:25:15:22:18:25 chr9 125378014 . T G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0221399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.048;QD=17.9561;RBI=0.0228854;REFB=-0.0251503;REVB=0.00579373;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785036;STB=0.544692;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0256043;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:11:6:7:9:11:6 chr9 125390874 . A C 1006.32 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.25;QD=59.1952;RBI=0.0384673;REFB=0;REVB=0.0105773;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33527e-05;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:68:0:0:63:68:1:36:27:0:0:39:29:0:0 chr9 125391026 . A C 348.28 PASS AF=0.514286;AO=34;DP=68;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00508453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.521;QD=19.9018;RBI=0.0377702;REFB=-0.0235629;REVB=0.0374264;RO=34;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794179;STB=0.541378;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.023265;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:34:34:34:36:0.514286:15:19:16:18:16:20:16:18 chr9 125391127 . C T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0251391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.461;QD=15.6454;RBI=0.046123;REFB=-0.00882579;REVB=-0.0386698;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746387;STB=0.542611;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00579043;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:9:13:15:14:9:13:15:14 chr9 125391241 . G A 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0826736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.911;QD=15.1661;RBI=0.0832581;REFB=-0.0118457;REVB=0.00984844;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11009;STB=0.562759;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0118447;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:14:9:15:15:14:9:15:15 chr9 125391677 . T C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00288217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.377;QD=14.3999;RBI=0.00933183;REFB=-0.0162138;REVB=-0.00887559;RO=34;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162603;STB=0.592946;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.024256;OID=.;OPOS=125391677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:17:8:16:18:17:8:16:18 chr9 125424507 . A C 220.72 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0195928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3531;QD=12.0944;RBI=0.0564939;REFB=-0.0133933;REVB=-0.0529875;RO=44;SAF=16;SAR=11;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184515;STB=0.59906;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.017864;OID=.;OPOS=125424507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:44:46:27:27:0.369863:11:16:33:11:11:16:34:12 chr9 125486968 . G A 2738.58 PASS AF=0.988827;AO=174;DP=177;FAO=177;FDP=179;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=136;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0473669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.931;QD=61.1973;RBI=0.0506845;REFB=-0.032171;REVB=0.0180359;RO=2;SAF=38;SAR=136;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088725;STB=0.504192;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=6.77425e-05;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:177:179:2:2:174:177:0.988827:136:38:1:1:136:41:1:1 chr9 125512193 . C A 1229.21 PASS AF=1;AO=70;DP=73;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9986;QD=61.4605;RBI=0.194102;REFB=0;REVB=0.0666911;RO=0;SAF=17;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013723;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:73:80:0:0:70:80:1:53:17:0:0:53:27:0:0 chr9 125512269 . C T 185.42 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.0141216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.065;QD=8.42811;RBI=0.0141446;REFB=-0.0234713;REVB=-0.000804629;RO=61;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978237;STB=0.566958;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0378836;OID=.;OPOS=125512269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:63:25:25:0.284091:14:11:22:39:14:11:22:41 chr9 125512575 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000941789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.052;QD=60.2307;RBI=0.010263;REFB=0;REVB=0.0102197;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08727e-05;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr9 125512770 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1473;QD=58.0602;RBI=0.0365297;REFB=0;REVB=0.0186297;RO=0;SAF=2;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46677e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109503;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:59:2:0:0:59:2:0:0 chr9 125512788 . G A 1134.76 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2333;QD=60.5205;RBI=0.0433368;REFB=0;REVB=0.0338675;RO=0;SAF=6;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332399;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:67:6:0:0:69:6:0:0 chr9 125512795 . G C 1311.59 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426182;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.111;QD=61.7219;RBI=0.0474029;REFB=-0.0297014;REVB=-0.0207538;RO=0;SAF=9;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.62043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79605e-05;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:85:0:0:85:85:1:76:9:0:0:76:9:0:0 chr9 125512826 . G A 1608.09 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0117;QD=59.0125;RBI=0.0437565;REFB=-0.126585;REVB=0.036464;RO=1;SAF=16;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00513235;STB=0.502702;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00168853;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:92:16:0:1:92:16:0:1 chr9 125524836 . A G 834.12 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.7372;QD=57.5258;RBI=0.0467003;REFB=0;REVB=-0.0366081;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0645e-05;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:32:26:0:0 chr9 125551633 . C T 215.8 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0301751;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2226;QD=21.0538;RBI=0.03088;REFB=-0.0134955;REVB=0.00656016;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850945;STB=0.537348;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0189161;OID=.;OPOS=125551633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:20:21:21:0.512195:10:11:13:8:10:11:12:8 chr9 125563212 . T C 242.74 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0147242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.534;QD=17.0345;RBI=0.0201281;REFB=-0.0156519;REVB=0.0137236;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198334;STB=0.578478;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0136225;OID=.;OPOS=125563212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:30:27:27:0.473684:13:14:18:6:13:14:20:10 chr9 125582173 . C T 1227.4 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.533;QD=61.37;RBI=0.0246701;REFB=0;REVB=0.0209229;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92963e-05;OID=.;OPOS=125582173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr9 125611806 . TTTAA T,TTAAA 610.16 PASS AF=0.888889,0;AO=16,10;DP=91;FAO=56,0;FDP=63;FR=.;FRO=7;FSAF=54,0;FSAR=2,0;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.138769,-0.432493;FXX=0.336807;HRUN=8,8;LEN=4,1;MLLD=20.0186,2.65134;QD=38.7405;RBI=0.215165,0.582423;REFB=-0.148468,-0.0505671;REVB=-0.164435,0.390084;RO=27;SAF=13,1;SAR=3,9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.463856,-0.479636;STB=0.77129,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0465251,0.240738;OID=.,.;OPOS=125611807,125611808;OREF=TTAA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889,0:16,10:91:56,0:63:7:54,0:2,0:2:5:21:27:13,1:3,9:11:16 chr9 125637471 . A T 837.61 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00749171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.513;QD=53.1818;RBI=0.0247196;REFB=-0.1823;REVB=-0.023557;RO=3;SAF=34;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00915033;STB=0.502392;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00149736;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:63:3:2:60:61:0.968254:26:34:2:1:26:35:1:1 chr9 125637648 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.285;QD=51.1841;RBI=0.0334525;REFB=0;REVB=0.0289449;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148232;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr9 125652757 . G A 263.04 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0190553;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.953;QD=12.5255;RBI=0.0271104;REFB=-0.00911335;REVB=-0.0192838;RO=53;SAF=11;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917244;STB=0.552811;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.022159;OID=.;OPOS=125652757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:53:53:31:31:0.369048:20:11:23:30:20:11:23:30 chr9 125672326 . G A 281.79 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0252624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5952;QD=23.0033;RBI=0.0437138;REFB=0.0113864;REVB=-0.035675;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640485;STB=0.546715;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0113601;OID=.;OPOS=125672326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:23:26:26:0.530612:11:15:11:11:11:15:11:12 chr9 125782663 . A G 457.06 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0031455;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.415;QD=22.2958;RBI=0.0174988;REFB=-0.00231088;REVB=-0.0172138;RO=41;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493587;STB=0.5319;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00191215;OID=.;OPOS=125782663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:41:38:44:44:0.536585:25:19:20:21:25:19:19:19 chr9 125866070 . G C 494.04 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=70;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.000597339;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.516;QD=27.833;RBI=0.00997723;REFB=-0.0178139;REVB=0.00995933;RO=25;SAF=28;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699319;STB=0.532096;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0123586;OID=.;OPOS=125866070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:25:26:45:45:0.633803:17:28:13:12:17:28:14:12 chr9 126028395 . C G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.086;QD=57.2376;RBI=0.0556412;REFB=0;REVB=0.0141814;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113113;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr9 126125318 . C A 1395.53 PASS AF=0.953271;AO=99;DP=107;FAO=102;FDP=107;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0229312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8401;QD=52.1695;RBI=0.0641014;REFB=-0.210242;REVB=0.0598594;RO=8;SAF=46;SAR=53;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484668;STB=0.521735;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0123188;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:107:107:8:5:99:102:0.953271:53:46:1:7:55:47:0:5 chr9 126128211 . T C 718.12 PASS AF=0.632075;AO=66;DP=105;FAO=67;FDP=106;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00661976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.331;QD=27.0988;RBI=0.0110529;REFB=-0.0309451;REVB=0.00885131;RO=39;SAF=19;SAR=47;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07772;STB=0.543986;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0186588;OID=.;OPOS=126128211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:39:39:66:67:0.632075:47:19:15:24:48:19:15:24 chr9 126128253 . G C 405.47 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0748858;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.5672;QD=25.7439;RBI=0.0887887;REFB=-0.0313274;REVB=0.0477028;RO=23;SAF=12;SAR=27;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00266799;STB=0.507201;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0193089;OID=.;OPOS=126128253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:24:39:39:0.619048:27:12:7:16:27:12:7:17 chr9 126129904 . C T 1607.92 PASS AF=0.493865;AO=161;DP=324;FAO=161;FDP=326;FR=.;FRO=165;FSAF=85;FSAR=76;FSRF=83;FSRR=82;FWDB=0.0388341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0439;QD=19.7291;RBI=0.0518511;REFB=-0.0141044;REVB=-0.0343577;RO=160;SAF=85;SAR=76;SRF=79;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311511;STB=0.512633;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.013671;OID=.;OPOS=126129904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:326:160:165:161:161:0.493865:76:85:79:81:76:85:83:82 chr9 126131161 . G A 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.002929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.641;QD=17.0636;RBI=0.0051563;REFB=-0.018695;REVB=0.00424363;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108427;STB=0.560874;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0264815;OID=.;OPOS=126131161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:13:18:13:15:13:18 chr9 126132919 . G A 81.11 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0175087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9667;QD=18.0248;RBI=0.0255508;REFB=-0.0368362;REVB=0.0186088;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573375;STB=0.533264;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00856577;OID=.;OPOS=126132919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:8:2:2:6:8:2:2:6 chr9 126133497 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00298475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.308;QD=21.0155;RBI=0.031395;REFB=-0.0159253;REVB=0.0312528;RO=13;SAF=13;SAR=3;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162596;STB=0.590452;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0154685;OID=.;OPOS=126133497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:3:13:12:1:3:13:12:1 chr9 126133547 . T C 269.19 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9115;QD=51.2742;RBI=0.102851;REFB=0;REVB=0.068687;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200983;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:6:14:0:0:7:14:0:0 chr9 126134542 . G A 423.7 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00295517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.101;QD=16.1408;RBI=0.0181414;REFB=-0.0218539;REVB=0.0178991;RO=57;SAF=20;SAR=27;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057907;STB=0.526305;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0307198;OID=.;OPOS=126134542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:58:47:47:0.447619:27:20:21:36:27:20:22:36 chr9 126136247 . A G 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0438379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9051;QD=28.9128;RBI=0.102366;REFB=0.0380649;REVB=-0.0925044;RO=15;SAF=19;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243027;STB=0.634546;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0461573;OID=.;OPOS=126136247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:7:19:6:9:7:19:6:9 chr9 126136269 . C T 177.17 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00636859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.207;QD=12.2185;RBI=0.0709857;REFB=-0.000968387;REVB=-0.0706995;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142731;STB=0.574065;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00148823;OID=.;OPOS=126136269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:22:22:0.37931:13:9:19:16:13:9:19:17 chr9 126144746 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7485;QD=43.4849;RBI=0.116673;REFB=0;REVB=-0.116594;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00543375;OID=.;OPOS=126144746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr9 126144758 . T C 101.48 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.638;QD=40.5925;RBI=0.185588;REFB=0;REVB=0.0113664;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157112;OID=.;OPOS=126144758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:8:1:0:0:8:2:0:0 chr9 126520068 . T C 503.56 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00487229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.43;QD=15.9862;RBI=0.010128;REFB=-0.0127852;REVB=0.00887905;RO=71;SAF=29;SAR=26;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119294;STB=0.566643;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0148682;OID=.;OPOS=126520068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:71:71:55:55:0.436508:26:29:29:42:26:29:29:42 chr9 127101924 . C T 1227.87 PASS AF=0.854545;AO=94;DP=107;FAO=94;FDP=110;FR=.;FRO=16;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0408145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0562;QD=44.6498;RBI=0.0535413;REFB=0.00141655;REVB=-0.0346533;RO=12;SAF=51;SAR=43;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802966;STB=0.551553;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00133916;OID=.;OPOS=127101924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:107:110:12:16:94:94:0.854545:43:51:2:10:43:51:3:13 chr9 127113660 . A G 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.677;QD=60.4468;RBI=0.0103968;REFB=0;REVB=-0.00887798;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3599e-05;OID=.;OPOS=127113660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:57:54:0:0:57:54:0:0 chr9 127214450 . C T 363.59 PASS AF=0.569231;AO=25;DP=67;FAO=37;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.000250352;FXX=0.0298463;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.674;QD=22.3745;RBI=0.0230003;REFB=-0.039063;REVB=-0.0229989;RO=16;SAF=17;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915269;STB=0.523797;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0263987;OID=.;OPOS=127214450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:16:26:25:37:0.569231:8:17:9:7:15:22:14:12 chr9 127216839 . C T 782.55 PASS AF=0.51634;AO=79;DP=153;FAO=79;FDP=153;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.0441193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6987;QD=20.4589;RBI=0.0443951;REFB=-0.000406861;REVB=0.00494114;RO=74;SAF=31;SAR=48;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190211;STB=0.604447;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000526372;OID=.;OPOS=127216839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:74:74:79:79:0.51634:48:31:45:29:48:31:45:29 chr9 127228596 . A G 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0212721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.087;QD=26.8491;RBI=0.0219459;REFB=-0.0299214;REVB=-0.00539654;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689833;STB=0.538411;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.010947;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:9:6:2:5:9:6:2:5 chr9 127230813 . G A 631.4 PASS AF=0.595745;AO=56;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0389033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.2;QD=26.8682;RBI=0.0439425;REFB=-0.0369691;REVB=0.0204322;RO=38;SAF=27;SAR=29;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104502;STB=0.556894;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.025347;OID=.;OPOS=127230813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:38:38:56:56:0.595745:29:27:13:25:29:27:13:25 chr9 127230891 . G A 404.18 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.000798512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.473;QD=13.9373;RBI=0.0268706;REFB=-0.0243916;REVB=-0.0268587;RO=69;SAF=16;SAR=31;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419608;STB=0.523723;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0309549;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:69:47:47:0.405172:31:16:26:43:31:16:26:43 chr9 127231503 . G A 197.32 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00554261;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3342;QD=17.1582;RBI=0.0795434;REFB=-0.0182484;REVB=0.07935;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262169;STB=0.64985;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0357763;OID=.;OPOS=127231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:26:20:20:0.434783:7:13:10:16:7:13:10:16 chr9 127231774 . C G 411.01 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8485;QD=56.6906;RBI=0.0416361;REFB=0;REVB=0.0368076;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953875;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr9 127369679 . C T 804.89 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.294;QD=64.3909;RBI=0.0697326;REFB=0;REVB=0.051327;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205061;OID=.;OPOS=127369679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr9 127563364 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.974;QD=64.4144;RBI=0.0528992;REFB=0;REVB=0.0481409;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248772;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr9 127566378 . A C,G 744.74 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=4,43;DP=48;FAO=4,44;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=4,32;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107858,0.00316214;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.479,147.736;QD=62.0616;RBI=0.0148859,0.110171;REFB=0,0;REVB=-0.0102595,-0.110125;RO=0;SAF=4,31;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.41862e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0807992,-0.0198153;OID=.,.;OPOS=127566378,127566378;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:48:48:0:0:4,43:4,44:0.0833333,0.916667:0,12:4,31:0:0:0,12:4,32:0:0 chr9 127616537 . A G 490.08 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0346631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6199;QD=56.0092;RBI=0.071556;REFB=-0.00187189;REVB=-0.0625998;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00149071;OID=.;OPOS=127616537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:16:18:0:0:16:18:0:1 chr9 127618776 . A G 108.99 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0323348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0201;QD=14.0629;RBI=0.0732172;REFB=-0.0203831;REVB=-0.0656904;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547742;STB=0.531867;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0229252;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:6:12:8:5:6:12 chr9 127618839 . C G 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9721;QD=62.0117;RBI=0.0231761;REFB=0;REVB=-0.0230496;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312704;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr9 127619629 . C T 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0183557;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.811;QD=24.2041;RBI=0.0203384;REFB=-0.0447822;REVB=-0.00875884;RO=12;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0293554;OID=.;OPOS=127619629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:6:12:8:4:6:12:8:4 chr9 127643456 . T C 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0165757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.762;QD=17.5878;RBI=0.0264465;REFB=-0.00342269;REVB=-0.0206073;RO=28;SAF=5;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200469;STB=0.615271;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00153229;OID=.;OPOS=127643456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:17:5:11:17:17:5:11:17 chr9 127661645 . G A 1442.55 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0495508;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1917;QD=62.0451;RBI=0.0566448;REFB=-0.150177;REVB=0.0274472;RO=1;SAF=58;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081028;STB=0.504273;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00217253;OID=.;OPOS=127661645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:1:1:90:92:0.989247:32:58:1:0:34:58:1:0 chr9 127674200 . A C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.288;QD=57.3856;RBI=0.0473616;REFB=0;REVB=0.0391819;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186751;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr9 127951863 . G A 137.14 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00731824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5766;QD=18.285;RBI=0.0202909;REFB=0.0146903;REVB=-0.0189252;RO=14;SAF=14;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480513;STB=0.809367;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0231853;OID=.;OPOS=127951863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:1:14:9:5:1:14:9:6 chr9 127962916 . G A 207.0 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.010953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.671;QD=17.2496;RBI=0.012395;REFB=-0.0209317;REVB=-0.00580237;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00545082;STB=0.509082;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0231257;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:27:21:21:0.4375:12:9:11:15:12:9:12:15 chr9 127996046 . A G 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.00150151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.748;QD=8.8456;RBI=0.00397307;REFB=-0.00542841;REVB=-0.00367842;RO=38;SAF=8;SAR=8;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249928;STB=0.647979;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0131004;OID=.;OPOS=127996046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:8:8:27:11:8:8:27:11 chr9 128072273 . G C 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0151489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7116;QD=14.7662;RBI=0.0169205;REFB=-0.00601401;REVB=-0.00753748;RO=33;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224011;STB=0.628117;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00417581;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:18:7:16:17:18:7:16:17 chr9 128074807 . T C 769.32 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00931734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1703;QD=54.9512;RBI=0.0411936;REFB=-0.00343639;REVB=-0.040126;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171391;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-2.0607e-05;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:27:28:0:1:27:28:0:1 chr9 128728459 . A G 111.82 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0346351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.403;QD=12.4248;RBI=0.0348256;REFB=-0.0171212;REVB=-0.00363759;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188323;STB=0.630085;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0233243;OID=.;OPOS=128728459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:22:13:14:0.388889:8:5:5:17:8:6:5:17 chr9 129102840 . G A 327.9 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.000920468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.774;QD=20.4938;RBI=0.000920723;REFB=-0.00960208;REVB=-2.16725e-05;RO=28;SAF=14;SAR=20;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108815;STB=0.538439;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0110886;OID=.;OPOS=129102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:30:34:34:0.53125:20:14:8:20:20:14:10:20 chr9 129143435 . A G 239.37 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00966332;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.963;QD=16.2287;RBI=0.0226481;REFB=-0.00739335;REVB=0.0204831;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429834;STB=0.516783;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00754547;OID=.;OPOS=129143435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:11:16:17:14:11:16:18:14 chr9 129265715 . C G 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4807;QD=60.0297;RBI=0.0823096;REFB=0;REVB=0.0787824;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440287;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr9 129265797 . G C 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.000733367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.493;QD=15.8126;RBI=0.00432128;REFB=-0.0148568;REVB=-0.0042586;RO=44;SAF=16;SAR=18;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142478;STB=0.580163;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0173121;OID=.;OPOS=129265797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:18:16:27:17:18:16:27:17 chr9 129453229 . A G 448.74 PASS AF=0.53012;AO=43;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.011971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.842;QD=21.626;RBI=0.0277755;REFB=-0.0461265;REVB=-0.0250634;RO=39;SAF=20;SAR=23;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700576;STB=0.543782;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0443258;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:43:44:0.53012:23:20:15:24:23:21:15:24 chr9 129455587 . G C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0315257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.063;QD=20.1601;RBI=0.03155;REFB=-0.00554322;REVB=0.00123906;RO=14;SAF=2;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375392;STB=0.71762;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00929151;OID=.;OPOS=129455587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:14:2:6:8:14:2:6:8 chr9 129460914 . A G 89.85 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0535973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4025;QD=15.6256;RBI=0.0577631;REFB=-0.020061;REVB=-0.0215384;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167732;STB=0.613407;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0148025;OID=.;OPOS=129460914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:12:12:10:11:0.478261:8:2:4:8:9:2:4:8 chr9 129595667 . C T 196.14 PASS AF=0.364865;AO=23;DP=71;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0139352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9851;QD=10.6022;RBI=0.0180891;REFB=-0.0214611;REVB=0.0115336;RO=41;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288676;STB=0.666547;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0466244;OID=.;OPOS=129595667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:41:47:23:27:0.364865:9:14:14:27:10:17:17:30 chr9 129595895 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.509;QD=63.583;RBI=0.0112582;REFB=0;REVB=0.0102008;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09936e-05;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr9 129597065 . C T 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0876147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.016;QD=26.3119;RBI=0.0894409;REFB=-0.0399259;REVB=-0.0179817;RO=10;SAF=13;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325443;STB=0.704625;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.041522;OID=.;OPOS=129597065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:10:12:20:20:0.625:7:13:1:9:7:13:1:11 chr9 129598644 . TAAA T 175.51 PASS AF=0.439394;AO=26;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00496796;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=3;MLLD=302.76;QD=10.6369;RBI=0.0058295;REFB=0.00137369;REVB=-0.00304999;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133551;STB=0.555518;STBP=0.457;TYPE=del;VARB=-0.00121914;OID=.;OPOS=129598645;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.439394:26:67:29:66:37:13:16:13:24:99:36:12:14:12:24 chr9 129599706 . A G 162.7 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=2.35015e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.572;QD=13.8464;RBI=0.0445447;REFB=-0.00885836;REVB=-0.0445447;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233139;STB=0.617513;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0125364;OID=.;OPOS=129599706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:29:17:18:0.382979:5:12:14:14:6:12:14:15 chr9 129643296 . G T 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.204;QD=56.6974;RBI=0.0466172;REFB=0;REVB=0.0346797;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6382e-05;OID=.;OPOS=129643296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr9 129645251 . C T 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.037;QD=62.0064;RBI=0.0275131;REFB=0;REVB=0.026892;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28244e-05;OID=.;OPOS=129645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr9 129646716 . GC G 1231.82 PASS AF=1;AO=96;DP=146;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0794118;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.8476;QD=30.4153;RBI=0.260909;REFB=0;REVB=0.248531;RO=25;SAF=21;SAR=75;SRF=10;SRR=15;SSEN=0.310377;SSEP=0;SSSB=-0.0965339;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00313093;OID=.;OPOS=129646717;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:146:162:162:0:67:95:0:0:25:25:21:75:10:15 chr9 129646734 . TTTG T 301.07 PASS AF=0.396947;AO=39;DP=115;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.00424282;FXX=0.108836;HRUN=6;LEN=3;MLLD=240.522;QD=9.19286;RBI=0.00426567;REFB=-0.0183463;REVB=0.000440968;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.566667;SSSB=4.68708e-08;STB=0.551604;STBP=0.373;TYPE=del;VARB=0.0211409;OID=.;OPOS=129646735;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396947:39:115:52:131:79:17:35:32:47:99:0:9:30:0:0 chr9 129646775 . A G 1694.92 PASS AF=1;AO=42;DP=117;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169424;FXX=0.074374;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.856;QD=60.533;RBI=0.0176815;REFB=0;REVB=0.00505875;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27248e-06;OID=.;OPOS=129646775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:112:0:0:42:112:1:24:18:0:0:82:30:0:0 chr9 129752239 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.135;QD=59.8558;RBI=0.0219061;REFB=0;REVB=0.0156547;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43694e-05;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr9 129831659 . T A 1232.3 PASS AF=0.884615;AO=93;DP=105;FAO=92;FDP=104;FR=.;FRO=12;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000137005;FXX=0.0095229;HRUN=9;LEN=1;MLLD=246.821;QD=47.3963;RBI=0.00884937;REFB=-0.0190075;REVB=0.00884831;RO=11;SAF=45;SAR=48;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586207;STB=0.502512;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.000307536;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:105:104:11:12:93:92:0.884615:48:45:5:6:48:44:6:6 chr9 130197441 . C T 484.78 PASS AF=0.546512;AO=46;DP=85;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0459131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8685;QD=22.5478;RBI=0.0479389;REFB=-0.0145101;REVB=0.0137886;RO=38;SAF=18;SAR=28;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698224;STB=0.548828;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0105762;OID=.;OPOS=130197441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:38:39:46:47:0.546512:28:18:18:20:29:18:19:20 chr9 130457374 . G A 154.3 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0196671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.331;QD=22.8587;RBI=0.0235227;REFB=-0.0872369;REVB=0.0129043;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988922;STB=0.555487;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0335255;OID=.;OPOS=130457374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:8:8:4:7:8:8:4:7 chr9 130457377 . A G 64.94 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0110865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.759;QD=10.8238;RBI=0.0165285;REFB=-0.0308056;REVB=-0.0122588;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354635;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0964774;OID=.;OPOS=130457377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:24:15:15:8:9:0.375:4:4:8:7:5:4:8:7 chr9 130475011 . T C 1230.6 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0798964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7241;QD=60.0293;RBI=0.119151;REFB=-0.0919376;REVB=0.0883942;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.504949;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0011374;OID=.;OPOS=130475011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:50:31:0:0:50:31:0:1 chr9 130475371 . G A 710.95 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=129;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0046192;FXX=0.00763301;HRUN=5;LEN=1;MLLD=76.5335;QD=21.8755;RBI=0.0622402;REFB=0.00197861;REVB=0.0620686;RO=60;SAF=34;SAR=35;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767864;STB=0.545644;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00207858;OID=.;OPOS=130475371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:60:61:69:69:0.530769:35:34:35:25:35:34:36:25 chr9 130475442 . A C 1595.39 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.463;QD=59.6408;RBI=0.0196969;REFB=0;REVB=0.0109067;RO=0;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705807;OID=.;OPOS=130475442;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:46:60:0:0:47:60:0:0 chr9 130477768 . G A 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.171;QD=58.0586;RBI=0.0144275;REFB=0;REVB=0.0110656;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21086e-05;OID=.;OPOS=130477768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr9 130489558 . A G 1785.71 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.805;QD=61.0498;RBI=0.0336069;REFB=0;REVB=-0.0329785;RO=0;SAF=65;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.7179e-05;OID=.;OPOS=130489558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:52:65:0:0:52:65:0:0 chr9 130489743 . A G 731.17 PASS AF=0.96;AO=49;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0427217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.717;QD=58.4938;RBI=0.0454665;REFB=-0.0338186;REVB=0.0155583;RO=1;SAF=10;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119172;STB=0.519991;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000558016;OID=.;OPOS=130489743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:49:48:0.96:39:10:0:1:39:9:1:1 chr9 130493513 . A G 817.72 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.552;QD=57.3836;RBI=0.029269;REFB=0;REVB=0.0270295;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16947e-05;OID=.;OPOS=130493513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:23:34:0:0 chr9 130494791 . C T 292.45 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00794859;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.223;QD=16.7116;RBI=0.00943339;REFB=-0.020492;REVB=0.00508023;RO=38;SAF=25;SAR=7;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337464;STB=0.691468;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0164576;OID=.;OPOS=130494791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:38:32:32:0.457143:7:25:18:20:7:25:18:20 chr9 130494811 . T C 1276.89 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346573;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.377;QD=62.2871;RBI=0.0280963;REFB=0;REVB=0.0278818;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.34607e-05;OID=.;OPOS=130494811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:82:0:0:83:82:1:35:48:0:0:34:48:0:0 chr9 130494957 . T C 1418.74 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332096;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.734;QD=63.0553;RBI=0.0441252;REFB=0;REVB=0.0290544;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56437e-05;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr9 130495633 . C G 637.32 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0361933;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=280.889;QD=47.2091;RBI=0.0509611;REFB=-0.155008;REVB=0.0358759;RO=4;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893168;STB=0.539468;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000998125;OID=.;OPOS=130495633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:4:5:49:49:0.907407:19:30:0:4:19:30:1:4 chr9 130504070 . G A 1935.88 PASS AF=0.955556;AO=129;DP=136;FAO=129;FDP=135;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0224987;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.259;QD=57.3593;RBI=0.0320184;REFB=-0.0733591;REVB=0.0227813;RO=5;SAF=56;SAR=73;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314386;STB=0.519734;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00164064;OID=.;OPOS=130504070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:136:135:5:6:129:129:0.955556:73:56:0:5:73:56:0:6 chr9 130507317 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00665292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.108;QD=16.4544;RBI=0.00665292;REFB=-0.0109886;REVB=0;RO=4;SAF=6;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00496787;OID=.;OPOS=130507317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:0:6:4:0:0:6:4:0 chr9 130605385 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0195306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.853;QD=17.3212;RBI=0.0223517;REFB=0.00174344;REVB=-0.01087;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209483;STB=0.61942;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00141445;OID=.;OPOS=130605385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:6:12:7:9:6:12 chr9 130630639 . A G 1639.1 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.902;QD=59.6038;RBI=0.0932712;REFB=0;REVB=0.093265;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124333;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:110:0:0:103:110:1:49:54:0:0:56:54:0:0 chr9 130631702 . C T 192.29 PASS AF=0.47619;AO=17;DP=39;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0596516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.23;QD=18.3132;RBI=0.0596896;REFB=-0.0180356;REVB=0.00213037;RO=22;SAF=3;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341639;STB=0.624866;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0151148;OID=.;OPOS=130631702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:22:22:17:20:0.47619:14:3:10:12:15:5:10:12 chr9 130647583 . T C 1380.95 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194861;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.224;QD=62.7705;RBI=0.0710504;REFB=0;REVB=-0.068326;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000882687;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr9 130648680 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.664;QD=53.9108;RBI=0.0934457;REFB=0;REVB=0.0934177;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108685;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr9 130648731 . G T 190.41 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00521538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9752;QD=11.5398;RBI=0.00621377;REFB=-0.0221323;REVB=0.00337798;RO=42;SAF=11;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123768;STB=0.571549;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0520523;OID=.;OPOS=130648731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:13:11:24:18:13:11:24:18 chr9 130653131 . G A 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00911677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.676;QD=11.8203;RBI=0.0339217;REFB=-0.0159024;REVB=0.0326736;RO=43;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144018;STB=0.583713;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.025981;OID=.;OPOS=130653131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:18:7:17:26:18:7:17:26 chr9 130670310 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00793322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.885;QD=53.2772;RBI=0.0214702;REFB=0;REVB=0.0199508;RO=0;SAF=20;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20075e-05;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:3:20:0:0:3:20:0:0 chr9 130677112 . G A 89.44 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0218554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.759;QD=15.5553;RBI=0.0404836;REFB=-0.0410407;REVB=0.0340773;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504152;STB=0.529358;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0502497;OID=.;OPOS=130677112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:7:5:4:7:7:5 chr9 130690412 . G C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.091;QD=64.1539;RBI=0.0283355;REFB=0;REVB=0.0279396;RO=0;SAF=9;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0414e-05;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:40:9:0:0:40:9:0:0 chr9 130698029 . G C 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.019369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.862;QD=11.8155;RBI=0.0205979;REFB=-0.021181;REVB=0.00700822;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322619;STB=0.518646;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0274111;OID=.;OPOS=130698029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:20:21:13:11:20:21 chr9 130698043 . A G 858.59 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.703;QD=57.2393;RBI=0.0673888;REFB=0;REVB=0.0449942;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363747;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:56:60:1:29:27:0:0:31:29:0:0 chr9 130698845 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0301538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.355;QD=14.2415;RBI=0.0443785;REFB=-0.0221882;REVB=-0.0325607;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025645;STB=0.514692;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.034777;OID=.;OPOS=130698845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:14:8:12:19:14:8:12:19 chr9 130703789 . G A 184.8 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0183801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4528;QD=12.1178;RBI=0.0762321;REFB=-0.0108428;REVB=0.0739831;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253731;STB=0.651686;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0198356;OID=.;OPOS=130703789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:38:23:23:0.377049:10:13:12:25:10:13:12:26 chr9 130703852 . A AAAC 198.16 PASS AF=0.944444;AO=13;DP=25;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0336482;FXX=0.0526039;HRUN=4;LEN=3;MLLD=244.97;QD=44.0352;RBI=0.0393347;REFB=0.129966;REVB=0.020372;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090647;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=ins;VARB=-0.00429125;OID=.;OPOS=130703853;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:13:25:17:18:1:8:9:1:0:6:10:5:8:5:5 chr9 130707081 . A G 371.52 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0648494;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.339;QD=17.2798;RBI=0.0748019;REFB=-0.0283288;REVB=-0.0372812;RO=46;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543786;STB=0.524421;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0306972;OID=.;OPOS=130707081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:46:47:39:39:0.453488:19:20:21:25:19:20:22:25 chr9 130829039 . A G 450.89 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225583;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.93;QD=58.1798;RBI=0.0314226;REFB=0;REVB=-0.0218748;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35579e-05;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr9 130860866 . T C 800.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.061;QD=57.156;RBI=0.0286781;REFB=0;REVB=0.0274921;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29168e-05;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:27:29:0:0 chr9 130864676 . T C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.032;QD=56.9351;RBI=0.0305268;REFB=0;REVB=0.027463;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93793e-05;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr9 130869499 . A T 1380.79 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159312;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5164;QD=62.7633;RBI=0.0164295;REFB=0;REVB=0.00401545;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28601e-05;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chr9 130883511 . C T 2121.68 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.432;QD=62.8647;RBI=0.0261719;REFB=0;REVB=0.0215821;RO=0;SAF=55;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89789e-05;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:80:55:0:0:80:55:0:0 chr9 130980957 . C G 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.104059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.252;QD=27.6513;RBI=0.110336;REFB=-0.0205859;REVB=0.0366849;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132849;STB=0.573689;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0124826;OID=.;OPOS=130980957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:8:10:3:6:8:10:3:6 chr9 130984755 . C T 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0178187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.939;QD=16.9406;RBI=0.0274297;REFB=-0.0159907;REVB=0.0208538;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210735;STB=0.620562;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0121558;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:14:10:12:7:14:10 chr9 131019738 . T C 184.84 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0158095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.329;QD=12.1206;RBI=0.0185637;REFB=-0.00309611;REVB=-0.00972979;RO=38;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386237;STB=0.719721;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00564928;OID=.;OPOS=131019738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:9:14:9:29:9:14:9:29 chr9 131027963 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00955204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.368;QD=14.0792;RBI=0.0104364;REFB=0.0011774;REVB=-0.00420441;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822464;STB=0.548112;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00170603;OID=.;OPOS=131027963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:8:8:7:5:8:8 chr9 131028226 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0204828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.618;QD=19.3432;RBI=0.0205937;REFB=-0.00820304;REVB=-0.0021344;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048982;STB=0.527747;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00818516;OID=.;OPOS=131028226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:8:10:9:9:8:10 chr9 131085373 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.379;QD=59.4357;RBI=0.017583;REFB=0;REVB=-0.00490089;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53548e-05;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr9 131088076 . G A 199.92 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0235816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7136;QD=11.5897;RBI=0.0487525;REFB=0.000292115;REVB=0.0426698;RO=43;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592559;STB=0.524371;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.000239659;OID=.;OPOS=131088076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:43:44:25:25:0.362319:15:10:15:28:15:10:16:28 chr9 131110892 . G A 307.91 PASS AF=0.325203;AO=39;DP=122;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=0.0144469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.132;QD=10.0132;RBI=0.0165866;REFB=-0.00101859;REVB=0.00814876;RO=82;SAF=18;SAR=21;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171855;STB=0.585413;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.000981895;OID=.;OPOS=131110892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:82:83:39:40:0.325203:21:18:50:32:21:19:50:33 chr9 131235321 . A G 359.41 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.538;QD=55.2944;RBI=0.0224675;REFB=0;REVB=0.0176969;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204218;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:21:2:0:0:24:2:0:0 chr9 131262911 . G GT 259.93 PASS AF=1;AO=25;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16091;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.1847;QD=31.5071;RBI=0.234684;REFB=-0.0289227;REVB=-0.170835;RO=7;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00331733;OID=.;OPOS=131262912;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:35:33:33:0:16:17:0:0:4:7:11:14:7:0 chr9 131346218 . A C 1659.18 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.502;QD=60.334;RBI=0.0134748;REFB=0;REVB=0.00667438;RO=0;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14095e-05;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:110:0:0:105:110:1:64:41:0:0:69:41:0:0 chr9 131353800 . G A 496.96 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.00693654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.326;QD=15.0593;RBI=0.0142853;REFB=-0.00249121;REVB=0.0124881;RO=77;SAF=26;SAR=29;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11467;STB=0.564251;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00405883;OID=.;OPOS=131353800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:77:55:55:0.416667:29:26:28:49:29:26:28:49 chr9 131360750 . C T 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0291579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.367;QD=16.9796;RBI=0.0306693;REFB=-0.029763;REVB=0.00950897;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200658;STB=0.60325;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0433075;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:11:15:10:18:11:15:11:18 chr9 131375701 . A G 593.31 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2735;QD=60.8518;RBI=0.0258147;REFB=0;REVB=0.0214134;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38201e-05;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr9 131379967 . C T 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0413495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.662;QD=17.2647;RBI=0.0422214;REFB=-0.0110331;REVB=0.00853628;RO=41;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153346;STB=0.578569;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0155445;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:17:19:15:26:17:19:16:26 chr9 131379998 . C A 206.61 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.045341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.224;QD=13.1183;RBI=0.0471748;REFB=-0.00893928;REVB=-0.0130251;RO=36;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216208;STB=0.637392;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0146682;OID=.;OPOS=131379998;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:38:25:25:0.396825:10:15:14:22:10:15:14:24 chr9 131390472 . C A 88.76 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00915651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.918;QD=14.7935;RBI=0.0233974;REFB=-0.0115446;REVB=0.0215313;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0075477;OID=.;OPOS=131390472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:6:7:5:6:6:7 chr9 131397395 . C T 574.88 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0345436;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.457;QD=20.7163;RBI=0.0435382;REFB=-0.0340716;REVB=0.0265012;RO=51;SAF=33;SAR=25;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084234;STB=0.55564;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0396586;OID=.;OPOS=131397395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:51:53:58:58:0.522523:25:33:24:27:25:33:24:29 chr9 131397479 . G A 473.28 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0173115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.884;QD=14.79;RBI=0.0173146;REFB=-0.0177554;REVB=-0.000328058;RO=75;SAF=24;SAR=29;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562255;STB=0.531626;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0284299;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:75:53:53:0.414062:29:24:38:37:29:24:38:37 chr9 131398636 . C T 138.95 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0298799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.031;QD=12.0824;RBI=0.0304153;REFB=-0.00870371;REVB=-0.00568211;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140886;STB=0.583228;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0182359;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:6:10:15:15:6:10:15:15 chr9 131403096 . A G 300.39 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00981349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.664;QD=30.8091;RBI=0.0182427;REFB=0.00552421;REVB=-0.0153783;RO=13;SAF=18;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104419;STB=0.557476;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00247744;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:8:18:7:6:8:18:7:6 chr9 131465167 . A G 554.59 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0687401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0582;QD=55.4588;RBI=0.0689259;REFB=0.0326009;REVB=-0.00505729;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217908;STB=0.502658;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0213765;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:21:17:0:1:21:17:1:1 chr9 131479023 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.098;QD=64.4154;RBI=0.0256118;REFB=0;REVB=0.0200529;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57687e-05;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr9 131483551 . T A 328.09 PASS AF=0.418605;AO=35;DP=84;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.00779206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.966;QD=15.2599;RBI=0.00781886;REFB=-0.019395;REVB=0.000646802;RO=47;SAF=25;SAR=10;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149925;STB=0.529764;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.022854;OID=.;OPOS=131483551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:47:50:35:36:0.418605:10:25:33:14:10:26:34:16 chr9 131483749 . T A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.307;QD=60.6097;RBI=0.0294848;REFB=0;REVB=0.00690396;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21724e-05;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr9 131492850 . T C 424.61 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.551;QD=56.615;RBI=0.0503246;REFB=0;REVB=0.0135071;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115012;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:27:30:1:15:12:0:0:15:15:0:0 chr9 131565554 . T C 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0322511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.695;QD=17.716;RBI=0.0322845;REFB=-0.0146009;REVB=-0.00146726;RO=42;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872503;STB=0.548804;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0203516;OID=.;OPOS=131565554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:16:21:20:22:16:21:20:22 chr9 131570274 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.00634363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.141;QD=11.1977;RBI=0.00634765;REFB=-0.00487236;REVB=0.000225773;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457113;STB=0.745032;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0101205;OID=.;OPOS=131570274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:5:7:3:18:5:7:4:18 chr9 131570317 . C CCTT 159.56 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0091511;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=3;MLLD=239.505;QD=18.2353;RBI=0.0209963;REFB=-0.0188954;REVB=0.0188971;RO=19;SAF=2;SAR=14;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554103;STB=0.777425;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0234656;OID=.;OPOS=131570318;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:16:37:17:35:18:3:14:12:6:99:19:2:14:12:7 chr9 131583071 . C A 107.24 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0713485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0734;QD=22.5775;RBI=0.0724111;REFB=0.0374879;REVB=0.0123596;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327739;STB=0.689345;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0129678;OID=.;OPOS=131583071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:7:7:11:12:0.631579:7:4:6:1:8:4:6:1 chr9 131585069 . A G 99.21 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0448656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.42;QD=14.6981;RBI=0.0462756;REFB=0.00280088;REVB=0.0113361;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109955;STB=0.565108;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0044479;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:15:12:12:0.444444:5:7:6:7:5:7:7:8 chr9 131586374 . G A 140.66 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.102002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0443;QD=13.0844;RBI=0.104031;REFB=-0.0166575;REVB=-0.0204481;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18464;STB=0.639812;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0227402;OID=.;OPOS=131586374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:25:27:16:16:0.372093:12:4:10:15:12:4:12:15 chr9 131588652 . T C 331.55 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.31;QD=53.0475;RBI=0.0662915;REFB=0;REVB=-0.0188288;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00335212;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr9 131588888 . G C 337.74 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.00626638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9958;QD=20.1633;RBI=0.0359313;REFB=0.026047;REVB=-0.0353806;RO=30;SAF=24;SAR=11;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394911;STB=0.728939;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.012336;OID=.;OPOS=131588888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:32:35:35:0.522388:11:24:6:24:11:24:6:26 chr9 131670457 . T C 282.68 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0155117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.101;QD=28.9924;RBI=0.0167477;REFB=-0.0227407;REVB=0.00631437;RO=14;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127734;STB=0.570193;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0101798;OID=.;OPOS=131670457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:13:12:4:10:13:12:4:10 chr9 131670919 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0547441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.518;QD=8.30747;RBI=0.0556522;REFB=-0.00359303;REVB=-0.0100125;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00470143;OID=.;OPOS=131670919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:9:9:4:4:9:9 chr9 131670952 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0180869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.329;QD=12.1823;RBI=0.0200274;REFB=-0.00418605;REVB=-0.00859998;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317544;STB=0.691881;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00931881;OID=.;OPOS=131670952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:2:8:8:7:2:8:8:7 chr9 131709776 . C A 227.12 PASS AF=0.4;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0202823;FXX=0.0425441;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.4431;QD=20.1882;RBI=0.0425062;REFB=-0.0224738;REVB=0.0373552;RO=18;SAF=14;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414893;STB=0.749711;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0220571;OID=.;OPOS=131709776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:18:21:18:18:0.4:4:14:6:12:4:14:7:14 chr9 131767668 . A C 233.19 PASS AF=0.472727;AO=23;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0164018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0442;QD=16.9594;RBI=0.0709711;REFB=-0.0947698;REVB=-0.0690498;RO=18;SAF=5;SAR=18;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174846;STB=0.635186;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0815914;OID=.;OPOS=131767668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:18:29:23:26:0.472727:18:5:7:11:18:8:16:13 chr9 131849036 . C T 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00908572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.661;QD=22.5827;RBI=0.0108026;REFB=-0.00578514;REVB=-0.0058434;RO=24;SAF=18;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141922;STB=0.579597;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0074269;OID=.;OPOS=131849036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:8:18:13:11:8:18:13:11 chr9 131860901 . G T 1071.93 PASS AF=0.925926;AO=74;DP=80;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00826334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.848;QD=52.935;RBI=0.0132806;REFB=-0.125977;REVB=0.0103968;RO=6;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764872;STB=0.54053;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0009952;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:80:81:6:6:74:75:0.925926:34:40:0:6:34:41:0:6 chr9 131866523 . C G 468.99 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.00240532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0744;QD=17.0541;RBI=0.0209002;REFB=-0.0110973;REVB=-0.0207614;RO=58;SAF=22;SAR=29;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683486;STB=0.532246;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0107585;OID=.;OPOS=131866523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:59:51:51:0.463636:29:22:21:37:29:22:22:37 chr9 132375432 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00168626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.292;QD=14.6972;RBI=0.00456668;REFB=-0.0125933;REVB=-0.00424395;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978491;STB=0.505613;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.023067;OID=.;OPOS=132375432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:16:14:10:11:16:14 chr9 132400480 . G A 410.97 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.297;QD=56.686;RBI=0.0340751;REFB=0;REVB=0.0268873;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162963;OID=.;OPOS=132400480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr9 132402908 . C G 1362.59 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0340559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8289;QD=61.24;RBI=0.0350236;REFB=-0.0716358;REVB=0.00817617;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.505493;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000580845;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:45:43:0:0:45:43:0:1 chr9 132594180 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0125968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.072;QD=19.0176;RBI=0.0383684;REFB=-0.0012994;REVB=0.0362416;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149262;STB=0.585249;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00153852;OID=.;OPOS=132594180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:5:10:7:7:5:10:7:7 chr9 132618578 . T C 496.21 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.265;QD=58.3775;RBI=0.0587968;REFB=0;REVB=-0.0130245;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123706;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:21:12:0:0:21:13:0:0 chr9 132620364 . T C 355.09 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0720323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.275;QD=54.629;RBI=0.0729237;REFB=0;REVB=0.0113675;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268564;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:15:7:0:0:15:11:0:0 chr9 132623293 . C T 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6758;QD=56.6984;RBI=0.102992;REFB=0;REVB=0.10236;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139041;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr9 132623868 . T C 1208.84 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.252;QD=61.2071;RBI=0.0240511;REFB=0;REVB=0.0118111;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3758e-05;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr9 132630664 . TGAC T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633229;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=317.817;QD=49.5992;RBI=0.0648878;REFB=0;REVB=0.0141647;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000247004;OID=.;OPOS=132630665;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:18:18:18:0:5:13:0:0:4:0:5:13:0:0 chr9 132631680 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.982;QD=57.7124;RBI=0.0465945;REFB=0;REVB=0.0352672;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11833e-05;OID=.;OPOS=132631680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr9 132636030 . CA C,CG 233.34 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=4,15;DP=19;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372356,0.0407389;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.4991,96.8524;QD=49.1249;RBI=0.0483838,0.0600783;REFB=0,0;REVB=-0.0308951,-0.0441558;RO=0;SAF=4,3;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0124458,0.0529653;OID=.,.;OPOS=132636031,132636031;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:4,15:19:1,18:19:0:1,6:0,12:0:0:5:0:4,3:0,12:0:0 chr9 132636033 . T C 240.19 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.468;QD=50.567;RBI=0.0307798;REFB=0;REVB=0.0227656;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63371e-06;OID=.;OPOS=132636033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:15:19:1:12:3:0:0:12:7:0:0 chr9 132649662 . A G,T 882.33 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=58,4;DP=62;FAO=60,3;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36,2;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191239,-0.0309788;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.572,151.215;QD=56.0207;RBI=0.034585,0.0393367;REFB=0,0;REVB=0.0288166,0.0242424;RO=0;SAF=34,3;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.31293e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00335502,0.0285632;OID=.,.;OPOS=132649662,132649662;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:62:63:0:0:58,4:60,3:0.952381,0.047619:24,1:34,3:0:0:24,1:36,2:0:0 chr9 132662786 . C T 410.94 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1061;QD=56.6818;RBI=0.0880965;REFB=0;REVB=0.0600656;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023978;OID=.;OPOS=132662786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr9 132671359 . T TG 171.86 PASS AF=0.962963;AO=19;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.183013;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.3178;QD=25.4613;RBI=0.205149;REFB=0.0657649;REVB=0.0926962;RO=5;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479404;STB=0.523791;STBP=0.319;TYPE=ins;VARB=0.0189844;OID=.;OPOS=132671360;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.962963:19:28:26:27:1:10:16:1:0:4:5:10:9:2:3 chr9 132686186 . A G 1062.24 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.472;QD=59.8446;RBI=0.00707778;REFB=0;REVB=0.00321726;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23598e-05;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr9 132871091 . TAGGTTCTTTTCAGTGGCTTTAAGC T 40.61 PASS AF=0.14;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00703471;FXX=0.122785;HRUN=1;LEN=24;MLLD=464.41;QD=3.24884;RBI=0.0239852;REFB=-0.00171108;REVB=-0.0229304;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294077;STB=0.647642;STBP=0.431;TYPE=del;VARB=0.0108436;OID=.;OPOS=132871092;OREF=AGGTTCTTTTCAGTGGCTTTAAGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.14:7:59:7:50:43:3:4:26:17:40:40:3:4:27:13 chr9 132872686 . A G 753.43 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.356;QD=61.5043;RBI=0.020157;REFB=-0.0464319;REVB=0.0160682;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149366;STB=0.507933;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000893886;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:31:17:0:1:31:17:0:1 chr9 132883161 . C CCTT 1004.09 PASS AF=0.879518;AO=64;DP=84;FAO=73;FDP=83;FR=.;FRO=10;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0132097;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=3;MLLD=223.445;QD=48.3901;RBI=0.0529625;REFB=-0.111486;REVB=0.0512887;RO=13;SAF=30;SAR=34;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464265;STB=0.540226;STBP=0.057;TYPE=ins;VARB=0.0107009;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.879518:64:84:73:83:10:34:39:8:2:46:13:30:34:8:5 chr9 132988709 . T G 1040.55 PASS AF=0.986301;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8191;QD=57.0164;RBI=0.0368489;REFB=-0.084208;REVB=-0.0129895;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111236;STB=0.505746;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00171392;OID=.;OPOS=132988709;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:73:1:1:69:72:0.986301:42:27:0:1:43:29:0:1 chr9 133048501 . G A 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.151;QD=58.7798;RBI=0.055937;REFB=0;REVB=-0.00179465;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169613;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr9 133271664 . G A 555.9 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=43;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0153153;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.28;QD=20.0326;RBI=0.0209761;REFB=-0.00471459;REVB=0.0143331;RO=53;SAF=14;SAR=43;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638219;STB=0.532167;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00550662;OID=.;OPOS=133271664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:53:54:57:57:0.513514:43:14:16:37:43:14:16:38 chr9 133284310 . G A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.546;QD=59.4326;RBI=0.107014;REFB=0;REVB=0.0292483;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739519;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr9 133294244 . G A,C 777.02 PASS AF=0.982143,0.0178571;AO=50,2;DP=52;FAO=55,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779796,0.0621212;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=192.423,140.278;QD=55.5017;RBI=0.103397,0.0888534;REFB=0,0;REVB=0.0678978,0.0635285;RO=0;SAF=20,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00260444,0.0357302;OID=.,.;OPOS=133294244,133294244;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:52:56:0:0:50,2:55,1:0.982143,0.0178571:30,2:20,0:0:0:31,1:24,0:0:0 chr9 133346920 . A G 1616.1 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.811;QD=59.3065;RBI=0.0557566;REFB=0;REVB=-0.00932515;RO=1;SAF=39;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120136;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11648e-05;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:108:109:1:0:107:109:1:68:39:1:0:68:41:0:0 chr9 133553993 . C T 647.82 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0133597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.614;QD=57.5838;RBI=0.0136611;REFB=0.053503;REVB=-0.00285372;RO=2;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0029222;STB=0.501557;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00170644;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:20:23:1:1:20:23:1:1 chr9 133558282 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.197;QD=61.5362;RBI=0.0294166;REFB=0;REVB=0.00983311;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77921e-05;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr9 133710804 . T C 742.68 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00202733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.649;QD=53.0486;RBI=0.0203347;REFB=-0.0178848;REVB=-0.0202334;RO=2;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392253;STB=0.520826;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000527176;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:23:31:0:2:23:31:0:2 chr9 133710819 . T TC 1027.27 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.092272;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.4568;QD=56.2886;RBI=0.0937625;REFB=0;REVB=-0.0166521;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00132774;OID=.;OPOS=133710820;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:73:73:73:0:38:35:0:0:6:0:37:34:0:0 chr9 133761001 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.541;QD=60.6103;RBI=0.0209111;REFB=0;REVB=-6.5159e-05;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09276e-05;OID=.;OPOS=133761001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr9 133769083 . CGGGGC CGGG,CGGGC,CGGGCC 1065.31 PASS AF=0,1,0;AO=13,71,7;DP=126;FAO=0,122,0;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=0,50,0;FSAR=0,72,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.150928,0.121563,0.284585;FXX=0.00812942;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=7.17708,12.4689,7.76584;QD=34.9281;RBI=0.167554,0.125543,0.288104;REFB=-0.0421248,-0.0351548,-0.00688871;REVB=0.0727678,0.0313608,-0.0448898;RO=20;SAF=13,22,0;SAR=0,49,7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0.445946,0.445946,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.803319,-0.0879118,-0.735248;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00762118,0;OID=.,.,.;OPOS=133769087,133769084,133769087;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=CGGG,CGGGC,CGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:13,71,7:126:0,122,0:122:0:0,50,0:0,72,0:0:0:4:20:13,22,0:0,49,7:10:10 chr9 133779448 . A G 857.17 PASS AF=0.488764;AO=87;DP=178;FAO=87;FDP=178;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=64;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=-0.0273186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.432;QD=19.2623;RBI=0.0289875;REFB=-0.0321557;REVB=0.00969394;RO=89;SAF=23;SAR=64;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117423;STB=0.560862;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0278454;OID=.;OPOS=133779448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:89:91:87:87:0.488764:64:23:33:56:64:23:33:58 chr9 133787225 . A G 1608.04 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.562;QD=59.0108;RBI=0.0346291;REFB=0;REVB=0.0259246;RO=0;SAF=42;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754134;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:109:0:0:105:109:1:63:42:0:0:63:46:0:0 chr9 133907539 . G A 156.38 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0239388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1579;QD=24.0584;RBI=0.024845;REFB=-0.0121794;REVB=-0.00664888;RO=10;SAF=13;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278322;STB=0.658006;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0183302;OID=.;OPOS=133907539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:3:13:5:5:3:13:5:5 chr9 133911598 . A G 253.1 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0210878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.839;QD=15.1105;RBI=0.0210932;REFB=-0.0153605;REVB=0.000478506;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104361;STB=0.559055;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0246291;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:16:13:21:17:16:13:21:17 chr9 133911706 . C T 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00646889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.296;QD=16.8251;RBI=0.0310363;REFB=-0.0422171;REVB=0.0303547;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119288;STB=0.506816;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0516403;OID=.;OPOS=133911706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:15:13:10:11:15:13 chr9 133927878 . A G 745.22 PASS AF=0.521739;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0125547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.922;QD=21.6006;RBI=0.0191809;REFB=-0.00597807;REVB=0.0145013;RO=65;SAF=44;SAR=28;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179602;STB=0.512773;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00593377;OID=.;OPOS=133927878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:65:66:72:72:0.521739:28:44:41:24:28:44:42:24 chr9 133928345 . C T 94.8 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0580247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.388;QD=21.0673;RBI=0.0674351;REFB=0.0109707;REVB=-0.0343602;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332953;STB=0.687177;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.000949603;OID=.;OPOS=133928345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:18:18:6:6:10:10:0.555556:5:5:0:6:5:5:0:6 chr9 133936571 . C G 713.2 PASS AF=0.915254;AO=53;DP=58;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00708841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9169;QD=48.3526;RBI=0.0243512;REFB=-0.028499;REVB=-0.0232966;RO=5;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920485;STB=0.547152;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0200125;OID=.;OPOS=133936571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:58:59:5:5:53:54:0.915254:23:30:0:5:24:30:0:5 chr9 133948049 . A G 1436.64 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.152;QD=62.4628;RBI=0.0742342;REFB=0;REVB=0.048941;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209927;OID=.;OPOS=133948049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:92:0:0:87:92:1:46:41:0:0:49:43:0:0 chr9 133951230 . C T 482.49 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0405901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.488;QD=23.2525;RBI=0.0509447;REFB=-0.016063;REVB=0.0307864;RO=37;SAF=16;SAR=30;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314649;STB=0.501729;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0131125;OID=.;OPOS=133951230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:30:16:13:24:30:16:13:24 chr9 133960932 . G C 37.37 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0455828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2258;QD=8.30494;RBI=0.0533325;REFB=0.00234062;REVB=-0.0276869;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264239;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0339068;OID=.;OPOS=133960932;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:7:5:4:2:7:5 chr9 133981629 . T C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0120592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.042;QD=14.6579;RBI=0.01749;REFB=-0.00784358;REVB=-0.012668;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179374;STB=0.603905;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00885672;OID=.;OPOS=133981629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:6:11:6:7:6:11 chr9 133986980 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.854;QD=62.3509;RBI=0.0053907;REFB=0;REVB=0.00252244;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49372e-06;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr9 133987060 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.654;QD=58.5878;RBI=0.032908;REFB=0;REVB=0.0292335;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31697e-05;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr9 133996456 . GTTTT GTTT,GTTTG,GTTTTG,TTTGG 312.08 PASS AF=0.0243902,0.341463,0.585366,0.0487805;AO=6,9,10,2;DP=42;FAO=1,14,24,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,14,2;FSAR=1,7,10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.150335,-0.182872,-0.199898,-0.0740394;FXX=0.0888691;HRUN=4,4,5,4;LEN=1,1,1,5;MLLD=12.8809,12.8103,9.59309,19.4318;QD=30.4467;RBI=0.429218,0.182875,0.472962,0.0874822;REFB=0.000151302,-0.00594391,-0.00646762,-0.045311;REVB=-0.402029,-0.00104573,0.428642,0.0465973;RO=3;SAF=0,6,7,2;SAR=6,3,3,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.358521,0,0,0;SSSB=-0.754681,0.154191,0.163937,0.666583;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,ins,mnp;VARB=-0.0123108,-0.0209422,0.0379312,0.159156;OID=.,.,.,.;OPOS=133996457,133996460,133996461,133996456;OREF=T,T,-,GTTTT;OALT=-,G,G,TTTGG;OMAPALT=GTTT,GTTTG,GTTTTG,TTTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:66:42:41:3:0:6,9,10,2:1,14,24,2:0.0243902,0.341463,0.585366,0.0487805:6,3,3,0:0,6,7,2:1:2:1,7,10,0:0,7,14,2:0:0 chr9 133996503 . T A 233.71 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.004032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.477;QD=15.0781;RBI=0.00539358;REFB=-0.0154787;REVB=-0.00358241;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992697;STB=0.512306;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0170861;OID=.;OPOS=133996503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:32:35:26:27:0.435484:10:16:20:12:11:16:20:15 chr9 134020092 . C T 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0132402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.8176;QD=22.5822;RBI=0.0440867;REFB=-0.0385474;REVB=0.0420516;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20701;STB=0.615414;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0205329;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:15:11:16:8:15:11:16:8 chr9 134021630 . A G 147.64 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.174069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2161;QD=17.8953;RBI=0.17487;REFB=-0.0221146;REVB=0.0167178;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177849;STB=0.599891;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0390412;OID=.;OPOS=134021630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:2:15:12:4:2:15 chr9 134133539 . G T 885.58 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.132;QD=58.0705;RBI=0.0351335;REFB=0;REVB=0.0184996;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19241e-05;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:28:31:0:0:30:31:0:0 chr9 134136515 . A G 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.586;QD=60.2018;RBI=0.0758355;REFB=0;REVB=-0.0655289;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74738e-05;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr9 134136677 . A G 673.9 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275304;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.389;QD=62.6888;RBI=0.0275899;REFB=0;REVB=0.00181111;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71339e-05;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:42:43:1:28:14:0:0:29:14:0:0 chr9 134183379 . C T 525.08 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00763986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.396;QD=21.6526;RBI=0.0268572;REFB=-0.0262504;REVB=0.0257477;RO=47;SAF=24;SAR=26;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455366;STB=0.525134;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0331853;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:26:24:25:22:26:24:25:22 chr9 134183503 . T C 336.44 PASS AF=0.318519;AO=43;DP=135;FAO=43;FDP=135;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.0595991;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.731;QD=9.96862;RBI=0.0629701;REFB=-0.0274332;REVB=-0.0203267;RO=92;SAF=26;SAR=17;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21069;STB=0.622166;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0686247;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:92:92:43:43:0.318519:17:26:39:53:17:26:39:53 chr9 134346315 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3303;QD=57.176;RBI=0.0274886;REFB=0;REVB=0.0204696;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246897;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr9 134350323 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.011;QD=55.0984;RBI=0.0646641;REFB=0;REVB=0.0301851;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351691;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr9 134350458 . C T 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00276391;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.75;QD=55.8054;RBI=0.0477066;REFB=-0.0383941;REVB=0.0476265;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154685;STB=0.508194;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000227273;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:29:30:1:0:29:30:1:0 chr9 134350647 . T C 726.91 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150815;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.798;QD=57.0125;RBI=0.0175929;REFB=0;REVB=0.00905878;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66804e-05;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:23:28:0:0 chr9 134350778 . C G 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0109012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.399;QD=24.9293;RBI=0.0166786;REFB=-0.00586422;REVB=-0.0126229;RO=17;SAF=20;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997102;STB=0.540507;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00355675;OID=.;OPOS=134350778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:19:25:25:0.568182:5:20:12:5:5:20:14:5 chr9 134351065 . G T 300.04 PASS AF=0.892857;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0550848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.684;QD=42.8629;RBI=0.0957333;REFB=-0.181914;REVB=0.0782977;RO=3;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145412;STB=0.534926;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0411461;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:28:28:3:3:24:25:0.892857:8:16:0:3:9:16:1:2 chr9 134373770 . G C 374.37 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5876;QD=55.4621;RBI=0.06224;REFB=0;REVB=-0.00191452;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133102;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:17:10:0:0 chr9 134385436 . A G 1008.01 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.861;QD=59.2945;RBI=0.0236818;REFB=0;REVB=0.000101959;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07614e-05;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr9 134386744 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.413;QD=58.2396;RBI=0.0334329;REFB=0;REVB=0.0317302;RO=0;SAF=15;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98684e-05;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:47:15:0:0:47:15:0:0 chr9 134387488 . T C 443.79 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00197965;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.762;QD=53.7924;RBI=0.00205478;REFB=-0.023969;REVB=-0.000550549;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00048595;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:31:32:0.969697:14:17:0:0:15:17:1:0 chr9 134401335 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0756;QD=58.1398;RBI=0.0199566;REFB=0;REVB=0.0109894;RO=0;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041292;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:27:5:0:0:27:5:0:0 chr9 134406071 . C G 376.05 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0787222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0606;QD=55.7115;RBI=0.0801821;REFB=0;REVB=0.0152313;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000734276;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr9 134600816 . G A 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0478515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.455;QD=11.9172;RBI=0.0545917;REFB=0.00521579;REVB=-0.0262772;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318742;STB=0.689164;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.025535;OID=.;OPOS=134600816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:2:7:3:4:2:7 chr9 134658234 . G A 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00170773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.057;QD=15.773;RBI=0.00594182;REFB=-0.00973751;REVB=0.00569112;RO=33;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18451;STB=0.604571;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0103364;OID=.;OPOS=134658234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:18:9:17:16:18:9:17:16 chr9 135073877 . C T 1622.84 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.255;QD=60.1051;RBI=0.0288626;REFB=0;REVB=0.0266066;RO=0;SAF=72;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55843e-06;OID=.;OPOS=135073877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:108:0:0:101:108:1:29:72:0:0:35:73:0:0 chr9 135102254 . C T 2890.23 PASS AF=0.989305;AO=184;DP=187;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=112;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00276742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.754;QD=61.8231;RBI=0.0158342;REFB=-0.128061;REVB=0.0155905;RO=1;SAF=111;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0064774;STB=0.501179;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-6.29708e-05;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:187:1:2:184:185:0.989305:73:111:0:1:73:112:1:1 chr9 135105964 . A G 1108.81 PASS AF=1;AO=59;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045526;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6033;QD=59.9356;RBI=0.045527;REFB=0;REVB=0.000307736;RO=0;SAF=14;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179909;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:59:74:1:45:14:0:0:46:28:0:0 chr9 135114365 . G A 467.54 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00795198;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.868;QD=19.8955;RBI=0.00907145;REFB=-0.0122751;REVB=-0.00436546;RO=48;SAF=28;SAR=18;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158045;STB=0.508768;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.012986;OID=.;OPOS=135114365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:48:48:46:46:0.489362:18:28:30:18:18:28:30:18 chr9 135139826 . T C 156.47 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.000756722;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.485;QD=22.353;RBI=0.00697423;REFB=-0.0114699;REVB=0.00693305;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126935;STB=0.571341;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00735342;OID=.;OPOS=135139826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:8:4:8:8:8:4 chr9 135139901 . T C 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.029201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6998;QD=26.8485;RBI=0.0292504;REFB=-0.0194997;REVB=0.00169906;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016877;STB=0.509421;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0146389;OID=.;OPOS=135139901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:9:6:3:4:9:6:3:4 chr9 135172412 . A G 328.72 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.017939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.812;QD=13.1489;RBI=0.0247914;REFB=-0.00951338;REVB=-0.0171115;RO=63;SAF=18;SAR=19;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463984;STB=0.52653;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0114657;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:63:37:37:0.37:19:18:28:35:19:18:28:35 chr9 135173685 . T C 323.99 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00591392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.5816;QD=20.5709;RBI=0.00892729;REFB=0.00076929;REVB=-0.00668745;RO=29;SAF=10;SAR=23;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135772;STB=0.596214;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.000287024;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:23:10:13:16:24:10:14:15 chr9 135202829 . T C 266.89 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0242588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.199;QD=23.2082;RBI=0.0245745;REFB=-0.00501679;REVB=0.00392625;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141453;STB=0.578884;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00310756;OID=.;OPOS=135202829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:15:10:12:9:15:10:12:9 chr9 135203231 . C T 493.82 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00539301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3608;QD=18.812;RBI=0.0136977;REFB=-0.0122475;REVB=0.0125914;RO=49;SAF=28;SAR=24;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114161;STB=0.552611;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.015558;OID=.;OPOS=135203231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:53:52:52:0.495238:24:28:20:29:24:28:23:30 chr9 135203409 . A C 264.03 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0194618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.555;QD=15.3063;RBI=0.0303845;REFB=-0.0234815;REVB=0.0233336;RO=37;SAF=18;SAR=12;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863643;STB=0.564662;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0254364;OID=.;OPOS=135203409;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:39:30:30:0.434783:12:18:19:18:12:18:19:20 chr9 135205006 . G C 181.03 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0212979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.448;QD=16.8403;RBI=0.0455408;REFB=-0.0272311;REVB=-0.0402538;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199228;STB=0.623817;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.029844;OID=.;OPOS=135205006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:24:18:19:0.44186:5:13:13:11:5:14:13:11 chr9 135206460 . A G 105.93 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0484147;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.635;QD=19.2599;RBI=0.0486111;REFB=-0.0245372;REVB=0.00436526;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670073;STB=0.538397;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0224314;OID=.;OPOS=135206460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:5:5:5:7:5:5 chr9 135263573 . G T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6269;QD=57.3852;RBI=0.0239854;REFB=0;REVB=0.0196413;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257988;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr9 135273607 . C G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.485;QD=61.6952;RBI=0.0330199;REFB=0;REVB=-6.65082e-05;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.17669e-05;OID=.;OPOS=135273607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr9 135276861 . G A 192.22 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0167778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.904;QD=9.85754;RBI=0.021209;REFB=-0.0187005;REVB=0.012974;RO=53;SAF=12;SAR=13;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122414;STB=0.507181;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0331968;OID=.;OPOS=135276861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:53:25:25:0.320513:13:12:26:27:13:12:26:27 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=77;DP=66;LEN=76;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=5;SRR=0;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:66:0:77:44:22:5:0 chr9 135297013 . T TTCTC 205.54 PASS AF=1;AO=14;DP=51;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.374844;HRUN=1;LEN=4;MLLD=295.935;QD=54.8109;RBI=0.00498239;REFB=0;REVB=0.00498239;RO=33;SAF=0;SAR=14;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.848723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.20554e-05;OID=.;OPOS=135297014;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:14:51:15:15:0:0:15:0:0:3:33:0:14:27:6 chr9 135297016 . T G 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.505;QD=22.7198;RBI=0.00492072;REFB=-0.0544813;REVB=0.00492072;RO=9;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00594749;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:14:0:0:9:14:0:0:9 chr9 135297017 . GCTC CCAG,CTCC,GCT 86.29 PASS AF=0,0,1;AO=2,3,8;DP=13;FAO=0,0,8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=0,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0;FXX=0.27248;HRUN=1,1,1;LEN=4,3,1;MLLD=87.5982,35.299,189.845;QD=43.1454;RBI=0.00852223,0.110827,0.0295813;REFB=0,0,0;REVB=-0.00852223,0.110827,0.0295813;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=2,3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0,0.000361598;OID=.,.,.;OPOS=135297017,135297017,135297020;OREF=GCTC,GCT,C;OALT=CCAG,CTC,-;OMAPALT=CCAG,CTCC,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:3:13:8:0:0:2,3,8:0,0,8:0,0,1:2,3,8:0,0,0:0:0:0,0,8:0,0,0:0:0 chr9 135297022 . G C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.674;QD=23.3999;RBI=0.0103417;REFB=0.00701946;REVB=0.0103417;RO=3;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00253112;OID=.;OPOS=135297022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:8:0:0:3:8:0:0:3 chr9 135297024 . T C,TGACA 113.94 PASS AF=0.272727,0.727273;AO=3,8;DP=11;FAO=3,8;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=3,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,4;MLLD=104.854,309.121;QD=41.4332;RBI=0.0113118,0.00883019;REFB=0,0;REVB=0.0113118,0.00883019;RO=0;SAF=0,0;SAR=3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00104152,-0.00117437;OID=.,.;OPOS=135297024,135297025;OREF=T,-;OALT=C,GACA;OMAPALT=C,TGACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:11:11:0:0:3,8:3,8:0.272727,0.727273:3,8:0,0:0:0:3,8:0,0:0:0 chr9 135357713 . C T 210.67 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0321673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.243;QD=15.6049;RBI=0.0333451;REFB=-0.0219779;REVB=-0.00878411;RO=29;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152367;STB=0.597319;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0339934;OID=.;OPOS=135357713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:8:16:15:14:8:16:15:15 chr9 135374764 . G A 331.53 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0123514;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.98;QD=13.532;RBI=0.0123645;REFB=-0.020763;REVB=0.000570341;RO=61;SAF=15;SAR=22;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217114;STB=0.623707;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0326768;OID=.;OPOS=135374764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:61:61:37:37:0.377551:22:15:37:24:22:15:37:24 chr9 135374898 . T C 1937.76 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043977;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9072;QD=62.0082;RBI=0.0478647;REFB=0;REVB=-0.0188957;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235696;OID=.;OPOS=135374898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:69:56:0:0:69:56:0:0 chr9 135448320 . C A 971.1 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431444;FXX=0.0714184;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.032;QD=59.76;RBI=0.00592152;REFB=0;REVB=-0.00405586;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109366;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:35:29:0:0:36:29:0:0 chr9 135470414 . T C 707.59 PASS AF=0.427778;AO=78;DP=181;FAO=77;FDP=180;FR=.;FRO=103;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=-0.0353984;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.307;QD=15.7241;RBI=0.0465773;REFB=-0.0113684;REVB=-0.030272;RO=102;SAF=41;SAR=37;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00384246;STB=0.500869;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0177961;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:102:103:78:77:0.427778:37:41:54:48:36:41:55:48 chr9 135554566 . G A 383.89 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0265993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9081;QD=13.7104;RBI=0.0273212;REFB=-0.0203465;REVB=-0.0062386;RO=67;SAF=19;SAR=26;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114782;STB=0.506491;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0615263;OID=.;OPOS=135554566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:67:45:45:0.401786:26:19:29:38:26:19:29:38 chr9 135771331 . GGA G,GG,GGG 217.48 PASS AF=0,1,0;AO=2,13,3;DP=19;FAO=0,18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,0;FSAR=0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835458,-0.0395757,-0.128731;FXX=0.0526039;HRUN=7,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=18.0766,26.1988,17.7546;QD=48.3287;RBI=0.335655,0.0526131,0.323182;REFB=0,0,0;REVB=-0.325092,-0.0346685,0.296437;RO=0;SAF=0,10,3;SAR=2,3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00596121,-0.00197869,0;OID=.,.,.;OPOS=135771332,135771333,135771333;OREF=GA,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:2,13,3:19:0,18,0:18:0:0,12,0:0,6,0:0:0:4:0:0,10,3:2,3,0:0:0 chr9 135956966 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000505602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.7;QD=30.7904;RBI=0.0855469;REFB=0.0401181;REVB=-0.0855454;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00683967;OID=.;OPOS=135956966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:1:7:1:0:1:7:1:0 chr9 135957091 . A G 234.98 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0101742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.537;QD=15.4088;RBI=0.0403955;REFB=-0.00904547;REVB=-0.0390933;RO=34;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215281;STB=0.621861;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.016093;OID=.;OPOS=135957091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:17:10:20:14:17:10:20:14 chr9 135957117 . G T 301.17 PASS AF=0.515625;AO=31;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00513654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.458;QD=18.823;RBI=0.00747518;REFB=-0.0214944;REVB=0.00543087;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25672;STB=0.620843;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0166665;OID=.;OPOS=135957117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:31:33:0.515625:12:19:10:21:14:19:10:21 chr9 135957227 . G C 191.74 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0660575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1943;QD=15.6523;RBI=0.0871456;REFB=-0.0164401;REVB=-0.0568398;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142176;STB=0.582006;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0185758;OID=.;OPOS=135957227;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:7:13:15:14:7:13:15:14 chr9 135961787 . A G 296.68 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=40;FWDB=-0.119808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9741;QD=15.6149;RBI=0.119811;REFB=-0.00572624;REVB=0.000832552;RO=42;SAF=12;SAR=21;SRF=3;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356456;STB=0.699049;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00375736;OID=.;OPOS=135961787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:42:43:33:33:0.434211:21:12:3:39:21:12:3:40 chr9 135961796 . C T 225.87 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=38;FWDB=0.116187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4581;QD=13.2862;RBI=0.116834;REFB=-0.028365;REVB=0.0122791;RO=41;SAF=9;SAR=18;SRF=3;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361355;STB=0.69989;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0344134;OID=.;OPOS=135961796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:18:9:3:38:18:9:3:38 chr9 135961809 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.789;QD=57.8849;RBI=0.0287292;REFB=0;REVB=-0.00927574;RO=0;SAF=11;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40773e-05;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:49:11:0:0:49:11:0:0 chr9 135968511 . C CTG 838.03 PASS AF=0.952381;AO=59;DP=66;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0201959;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=2;MLLD=281.454;QD=53.2085;RBI=0.0235449;REFB=-0.0266926;REVB=0.0121033;RO=3;SAF=30;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014432;STB=0.507152;STBP=0.74;TYPE=ins;VARB=0.00153475;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:59:66:60:63:3:31:29:2:1:10:3:30:29:2:1 chr9 135974079 . G C 543.77 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111612;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.527;QD=60.4189;RBI=0.0116044;REFB=0;REVB=0.00317652;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330223;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr9 135974100 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.35;QD=59.4356;RBI=0.0273961;REFB=0;REVB=0.026018;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107797;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr9 135976698 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00858898;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.492;QD=12.8689;RBI=0.0173605;REFB=-0.00867511;REVB=0.0150869;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191357;STB=0.624791;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0129054;OID=.;OPOS=135976698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:6:5:4:11:6:5:4:12 chr9 135985796 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0628473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.605;QD=15.1962;RBI=0.06508;REFB=-0.0167413;REVB=0.0169007;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787827;STB=0.545404;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0318313;OID=.;OPOS=135985796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:11:15:9:9:11:15 chr9 136004699 . G A 673.21 PASS AF=0.532258;AO=66;DP=124;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.000975646;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.288;QD=21.7163;RBI=0.00838658;REFB=-0.00731264;REVB=0.00832963;RO=57;SAF=35;SAR=31;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182339;STB=0.506126;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00604759;OID=.;OPOS=136004699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:57:58:66:66:0.532258:31:35:29:28:31:35:30:28 chr9 136031346 . A G 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0353789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.01;QD=11.4911;RBI=0.0379699;REFB=-0.0117208;REVB=0.0137856;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037005;STB=0.52195;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0230339;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:10:6:13:19:10:6:13:19 chr9 136036927 . TA T 98.9 PASS AF=0.826087;AO=16;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.128205;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.82025;QD=17.2001;RBI=0.140545;REFB=-0.0290875;REVB=0.0575873;RO=5;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429424;STB=0.522365;STBP=0.675;TYPE=del;VARB=0.0575094;OID=.;OPOS=136036928;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.826087:16:23:19:23:4:7:12:1:3:11:5:5:11:2:3 chr9 136037742 . G A 441.29 PASS AF=0.45;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00149743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0751;QD=17.6516;RBI=0.0253274;REFB=-0.043018;REVB=0.0252831;RO=55;SAF=24;SAR=20;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548882;STB=0.536996;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0750271;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:55:55:44:45:0.45:20:24:33:22:21:24:33:22 chr9 136081283 . C T 307.46 PASS AF=0.280255;AO=44;DP=148;FAO=44;FDP=157;FR=.;FRO=113;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=0.0113631;FXX=0.0248432;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.1236;QD=7.83338;RBI=0.0278952;REFB=-0.0127599;REVB=-0.0254759;RO=104;SAF=14;SAR=30;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320616;STB=0.667761;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0258426;OID=.;OPOS=136081283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:157:104:113:44:44:0.280255:30:14:61:43:30:14:62:51 chr9 136081289 . T C 311.19 PASS AF=0.272727;AO=44;DP=165;FAO=45;FDP=165;FR=.;FRO=120;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=-0.0253576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.164;QD=7.5439;RBI=0.0298203;REFB=-0.00799992;REVB=-0.0156921;RO=119;SAF=13;SAR=31;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304068;STB=0.664942;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0227763;OID=.;OPOS=136081289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:119:120:44:45:0.272727:31:13:64:55:31:14:64:56 chr9 136081356 . T G 326.12 PASS AF=0.318182;AO=42;DP=132;FAO=42;FDP=132;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.04711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.047;QD=9.88226;RBI=0.0509912;REFB=-0.0114499;REVB=-0.0195129;RO=90;SAF=16;SAR=26;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116311;STB=0.567695;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0428304;OID=.;OPOS=136081356;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:90:90:42:42:0.318182:26:16:43:47:26:16:43:47 chr9 136081362 . G A 296.92 PASS AF=0.317073;AO=39;DP=123;FAO=39;FDP=123;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0634264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.204;QD=9.65604;RBI=0.0645444;REFB=-0.0021693;REVB=-0.0119609;RO=84;SAF=16;SAR=23;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064539;STB=0.537592;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0173359;OID=.;OPOS=136081362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:84:84:39:39:0.317073:23:16:39:45:23:16:39:45 chr9 136081364 . GC G 149.66 PASS AF=0.304348;AO=37;DP=115;FAO=35;FDP=115;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0523297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.8281;QD=5.2056;RBI=0.0595606;REFB=-0.000590672;REVB=-0.0284441;RO=78;SAF=17;SAR=20;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277448;STB=0.515143;STBP=0.843;TYPE=del;VARB=-0.00503597;OID=.;OPOS=136081365;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:37:115:35:115:80:15:20:36:44:99:78:17:20:34:44 chr9 136083580 . T G 521.43 PASS AF=0.652778;AO=46;DP=72;FAO=47;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00373883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.366;QD=28.9684;RBI=0.0179661;REFB=-0.00391293;REVB=0.0175728;RO=25;SAF=22;SAR=24;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786994;STB=0.545703;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00166175;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:25:25:46:47:0.652778:24:22:15:10:25:22:15:10 chr9 136083638 . C G 131.07 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0121234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9895;QD=6.99024;RBI=0.0226779;REFB=0.00357916;REVB=0.0191654;RO=55;SAF=3;SAR=17;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384329;STB=0.738853;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0129366;OID=.;OPOS=136083638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:55:20:20:0.266667:17:3:22:33:17:3:22:33 chr9 136131289 . C T 300.34 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00410687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.666;QD=19.0691;RBI=0.0050559;REFB=-0.016075;REVB=0.00294886;RO=30;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140777;STB=0.570253;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0121901;OID=.;OPOS=136131289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:31:32:32:0.507937:14:18:12:18:14:18:13:18 chr9 136131347 . G A 487.76 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00312309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.693;QD=24.3881;RBI=0.0246642;REFB=-0.00535832;REVB=0.0244656;RO=34;SAF=26;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738032;STB=0.540464;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00401744;OID=.;OPOS=136131347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:20:26:16:18:20:26:16:18 chr9 136131437 . C T 514.5 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.039575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9702;QD=27.4398;RBI=0.0396327;REFB=0.0158111;REVB=-0.00213871;RO=28;SAF=20;SAR=27;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212913;STB=0.50116;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.00931795;OID=.;OPOS=136131437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:28:47:47:0.626667:27:20:12:16:27:20:12:16 chr9 136131472 . A T 435.93 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0163153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.911;QD=26.8265;RBI=0.0185526;REFB=-0.0199314;REVB=-0.00883221;RO=24;SAF=18;SAR=23;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132336;STB=0.507221;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00874906;OID=.;OPOS=136131472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:23:18:11:13:23:18:11:13 chr9 136131651 . G A 447.28 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.0280862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.802;QD=18.4446;RBI=0.0287267;REFB=0.00184741;REVB=-0.00603205;RO=52;SAF=34;SAR=11;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552665;STB=0.530917;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00198055;OID=.;OPOS=136131651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:11:34:37:15:11:34:37:15 chr9 136132873 . T C 385.41 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.00839391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.776;QD=13.8888;RBI=0.0182354;REFB=-0.0145917;REVB=-0.0161887;RO=65;SAF=20;SAR=25;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177489;STB=0.603915;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0333056;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:66:45:45:0.405405:25:20:40:25:25:20:41:25 chr9 136132908 . T TC 344.37 PASS AF=0.5;AO=33;DP=81;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0212131;FXX=0.0263123;HRUN=0;LEN=1;MLLD=192.58;QD=18.6146;RBI=0.0243549;REFB=-0.00969483;REVB=0.0119651;RO=42;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092336;STB=0.593858;STBP=0.114;TYPE=ins;VARB=0.00905037;OID=.;OPOS=136132909;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:33:81:37:74:37:21:16:14:23:99:42:18:15:19:23 chr9 136133506 . A G 135.98 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.000212435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.081;QD=17.5462;RBI=0.024248;REFB=-0.0145384;REVB=0.0242471;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300857;STB=0.517218;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0147025;OID=.;OPOS=136133506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:8:8:8:7:8:8 chr9 136135237 . AT GC 411.05 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0329045;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.141;QD=23.829;RBI=0.0330339;REFB=-0.0106841;REVB=-0.0029208;RO=29;SAF=13;SAR=27;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234036;STB=0.628784;STBP=0.021;TYPE=mnp;VARB=0.00709294;OID=.;OPOS=136135237;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:27:13:18:11:27:13:18:11 chr9 136136770 . A C 147.06 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00482649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7689;QD=17.826;RBI=0.0456651;REFB=0.01417;REVB=-0.0454094;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135474;STB=0.577262;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0156305;OID=.;OPOS=136136770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:10:7:9:7:10:7 chr9 136177993 . G A 351.15 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.00878642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.582;QD=13.0055;RBI=0.0220555;REFB=-0.00249378;REVB=0.0202297;RO=66;SAF=15;SAR=27;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281478;STB=0.659611;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00534532;OID=.;OPOS=136177993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:66:42:42:0.388889:27:15:41:25:27:15:41:25 chr9 136219448 . C G 351.92 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.018997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.742;QD=15.6409;RBI=0.0190231;REFB=-0.0121345;REVB=-0.000995165;RO=50;SAF=13;SAR=25;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185623;STB=0.606003;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0163583;OID=.;OPOS=136219448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:50:52:38:38:0.422222:25:13:26:24:25:13:27:25 chr9 136219594 . G A 392.06 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00289287;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.224;QD=16.336;RBI=0.0215851;REFB=-0.0119477;REVB=0.0213903;RO=53;SAF=24;SAR=17;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133406;STB=0.57518;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0132902;OID=.;OPOS=136219594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:55:41:41:0.427083:17:24:24:29:17:24:25:30 chr9 136227260 . A G 1553.76 PASS AF=1;AO=86;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595509;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.526;QD=64.0728;RBI=0.102115;REFB=0;REVB=0.0829525;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260416;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:86:97:1:43:43:0:0:45:52:0:0 chr9 136237783 . C A 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00226181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.893;QD=12.0831;RBI=0.015629;REFB=-0.0221874;REVB=-0.0154645;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.038516;OID=.;OPOS=136237783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:12:9:15:20:12:9:15:20 chr9 136268038 . C T 2333.19 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450129;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1796;QD=60.9984;RBI=0.0598025;REFB=0;REVB=0.0393722;RO=0;SAF=67;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05312e-05;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:151:153:1:84:67:0:0:84:69:0:0 chr9 136277480 . A G 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0133101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.156;QD=59.0417;RBI=0.064528;REFB=-0.115573;REVB=0.0631404;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000990056;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:20:21:0:0:20:21:1:0 chr9 136291063 . C T 1309.69 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0113907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.347;QD=57.5686;RBI=0.0386128;REFB=-0.038182;REVB=0.0368944;RO=4;SAF=42;SAR=45;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193993;STB=0.510248;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.000245165;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:4:4:87:87:0.956044:45:42:1:3:45:42:1:3 chr9 136295290 . A C 1400.63 PASS AF=0.990291;AO=89;DP=93;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.6306;QD=54.3935;RBI=0.0746274;REFB=-0.0707916;REVB=0.0734202;RO=4;SAF=34;SAR=55;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101441;STB=0.506328;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00756232;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:103:4:1:89:102:0.990291:55:34:2:2:63:39:1:0 chr9 136304497 . A G 644.68 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.239;QD=61.398;RBI=0.0431722;REFB=0;REVB=-0.0386101;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52107e-05;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:16:25:0:0:16:26:0:0 chr9 136308542 . C T 1270.7 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059616;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.453;QD=60.5097;RBI=0.0607257;REFB=-0.0248088;REVB=0.0115559;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371286;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:84:0:0:82:84:1:46:36:0:0:47:37:0:0 chr9 136324239 . C A 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.00831171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.216;QD=17.7107;RBI=0.017349;REFB=-0.0186577;REVB=-0.0152284;RO=36;SAF=6;SAR=27;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603036;STB=0.533877;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.02175;OID=.;OPOS=136324239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:27:6:8:28:27:6:8:28 chr9 136328657 . T C 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0934279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.286;QD=57.8832;RBI=0.099213;REFB=0;REVB=0.0333833;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145702;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr9 136338580 . G A 405.51 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0242898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.011;QD=22.5284;RBI=0.0244439;REFB=-0.00494592;REVB=0.00274019;RO=32;SAF=13;SAR=27;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450981;STB=0.524871;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00400927;OID=.;OPOS=136338580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:27:13:12:20:27:13:12:20 chr9 136340200 . T G 844.62 PASS AF=1;AO=43;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.136;QD=57.2626;RBI=0.114931;REFB=0;REVB=0.111432;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289813;OID=.;OPOS=136340200;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:43:59:1:14:29:0:0:30:29:0:0 chr9 136379890 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0259583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.826;QD=18.4388;RBI=0.0268947;REFB=-0.00503546;REVB=-0.00703488;RO=28;SAF=6;SAR=23;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055461;STB=0.525465;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00486629;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:23:6:7:21:23:6:7:22 chr9 136412170 . C T 327.94 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0123415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.301;QD=20.4961;RBI=0.0147928;REFB=-0.032586;REVB=0.00815565;RO=30;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130314;STB=0.572325;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0377492;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:21:13:16:14:21:13:16:14 chr9 136412236 . A T 320.56 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0190571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.498;QD=16.0277;RBI=0.0211897;REFB=-0.00360569;REVB=0.00926435;RO=45;SAF=13;SAR=21;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261058;STB=0.651537;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00414224;OID=.;OPOS=136412236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:45:34:35:0.4375:21:13:29:16:22:13:29:16 chr9 136412255 . A C 362.01 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0108846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.116;QD=17.8768;RBI=0.0116225;REFB=-0.000779518;REVB=-0.00407531;RO=43;SAF=16;SAR=22;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216031;STB=0.620451;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000989099;OID=.;OPOS=136412255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:22:16:28:15:22:16:28:15 chr9 136419629 . G A 1748.76 PASS AF=0.967213;AO=118;DP=122;FAO=118;FDP=122;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0290829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.094;QD=57.3363;RBI=0.0364409;REFB=-0.10251;REVB=0.0219573;RO=1;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714242;STB=0.51026;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000750009;OID=.;OPOS=136419629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:122:122:1:4:118:118:0.967213:66:52:0:1:66:52:3:1 chr9 136509437 . T A 478.21 PASS AF=0.575;AO=44;DP=78;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0110166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.554;QD=23.9107;RBI=0.0115965;REFB=-0.0123143;REVB=0.00362118;RO=34;SAF=18;SAR=26;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713247;STB=0.539756;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0105927;OID=.;OPOS=136509437;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:34:34:44:46:0.575:26:18:11:23:27:19:11:23 chr9 136518097 . A G 1745.72 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145455;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.677;QD=60.1971;RBI=0.0179365;REFB=0;REVB=-0.0104952;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320307;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:116:0:0:111:116:1:60:51:0:0:64:52:0:0 chr9 136536679 . G A 218.25 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00306681;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.019;QD=13.2271;RBI=0.0325179;REFB=-0.00761535;REVB=0.032373;RO=43;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00938361;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:43:40:26:26:0.393939:13:13:20:23:13:13:20:20 chr9 136536793 . C G 384.24 PASS AF=0.377049;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.0116696;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.0718;QD=12.5979;RBI=0.0162191;REFB=-0.00373701;REVB=-0.011264;RO=73;SAF=25;SAR=21;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499068;STB=0.530673;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00928506;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:73:76:46:46:0.377049:21:25:43:30:21:25:45:31 chr9 136573412 . G A 681.72 PASS AF=0.464968;AO=73;DP=157;FAO=73;FDP=157;FR=.;FRO=84;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=0.0171951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.665;QD=17.3687;RBI=0.0208223;REFB=-0.0339675;REVB=-0.0117428;RO=83;SAF=45;SAR=28;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253717;STB=0.637269;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0287325;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:83:84:73:73:0.464968:28:45:29:54:28:45:30:54 chr9 136577775 . GCC G,GC 240.11 PASS AF=0.115385,0.884615;AO=3,22;DP=27;FAO=3,23;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=3,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658802,0.120702;FXX=0.0714031;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=14.9282,15.5198;QD=36.9393;RBI=0.0773908,0.142869;REFB=0,0;REVB=-0.0406095,-0.0764365;RO=1;SAF=0,9;SAR=3,13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.0486023;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0162282,0.00917129;OID=.,.;OPOS=136577776,136577776;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.115385,0.884615:3,22:27:3,23:26:0:0,10:3,13:0:0:9:1:0,9:3,13:1:0 chr9 136599146 . C T 1658.88 PASS AF=0.51735;AO=163;DP=317;FAO=164;FDP=317;FR=.;FRO=153;FSAF=88;FSAR=76;FSRF=79;FSRR=74;FWDB=0.0155227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8262;QD=20.9322;RBI=0.0547539;REFB=-0.019026;REVB=0.0525075;RO=151;SAF=87;SAR=76;SRF=78;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151794;STB=0.509809;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0162738;OID=.;OPOS=136599146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:317:151:153:163:164:0.51735:76:87:78:73:76:88:79:74 chr9 136628770 . T C 1732.58 PASS AF=1;AO=96;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00014646;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.121;QD=60.2638;RBI=0.037444;REFB=0;REVB=0.0374437;RO=0;SAF=36;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21307e-05;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:96:115:1:60:36:0:0:65:50:0:0 chr9 136628771 . G C 90.88 PASS AF=0.155172;AO=18;DP=116;FAO=18;FDP=116;FR=.;FRO=98;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=0.000874292;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.2736;QD=3.1338;RBI=0.00349524;REFB=-0.0315561;REVB=-0.00338413;RO=98;SAF=13;SAR=5;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407495;STB=0.767903;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0144351;OID=.;OPOS=136628771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:116:116:98:98:18:18:0.155172:5:13:38:60:5:13:38:60 chr9 136898627 . A G 306.43 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=43;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0157776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5777;QD=27.8571;RBI=0.0158099;REFB=-0.0183582;REVB=-0.00101053;RO=17;SAF=7;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120948;STB=0.551218;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00690188;OID=.;OPOS=136898627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:17:17:26:27:0.613636:19:7:7:10:19:8:7:10 chr9 136907005 . G A 397.61 PASS AF=0.56338;AO=38;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0316621;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.4622;QD=22.4006;RBI=0.031666;REFB=-0.0738248;REVB=-0.000493737;RO=24;SAF=17;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220059;STB=0.503879;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0265909;OID=.;OPOS=136907005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:24:31:38:40:0.56338:21:17:10:14:21:19:15:16 chr9 136913355 . T C 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0192545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.556;QD=19.386;RBI=0.0270277;REFB=-0.0143309;REVB=0.0189675;RO=34;SAF=11;SAR=24;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251429;STB=0.640193;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0173046;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:24:11:20:14:24:11:20:14 chr9 136916733 . A C 317.0 PASS AF=0.356522;AO=37;DP=115;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.0061926;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.626;QD=11.0261;RBI=0.00752715;REFB=-0.012258;REVB=-0.00427898;RO=66;SAF=16;SAR=21;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616709;STB=0.548996;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0208854;OID=.;OPOS=136916733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:74:37:41:0.356522:21:16:25:41:23:18:27:47 chr9 137005023 . C T 1789.3 PASS AF=1;AO=115;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914504;FXX=0.0166653;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.861;QD=60.6542;RBI=0.0932301;REFB=0;REVB=0.0181296;RO=0;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012407;OID=.;OPOS=137005023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:118:0:0:115:118:1:61:54:0:0:61:57:0:0 chr9 137271318 . C A 251.08 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.074757;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=107.172;QD=14.5553;RBI=0.0747757;REFB=-0.00968286;REVB=0.00167041;RO=37;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731361;STB=0.521457;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0163097;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:37:40:29:29:0.42029:17:12:18:19:17:12:18:22 chr9 137330560 . C T 844.55 PASS AF=1;AO=53;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.168;QD=57.2575;RBI=0.063097;REFB=0;REVB=0.0181909;RO=0;SAF=13;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125915;OID=.;OPOS=137330560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:53:59:1:40:13:0:0:41:18:0:0 chr9 137332311 . T G 2405.46 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894656;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.474;QD=61.2855;RBI=0.0527534;REFB=0;REVB=0.0519892;RO=0;SAF=57;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74231e-05;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:100:57:0:0:100:57:0:0 chr9 137630587 . T C 1072.14 PASS AF=0.948718;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.021715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9003;QD=54.9815;RBI=0.0218014;REFB=-0.0392067;REVB=0.00193908;RO=1;SAF=40;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011681;STB=0.523803;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0089222;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:78:78:1:4:74:74:0.948718:34:40:1:0:34:40:4:0 chr9 137686906 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.272;QD=60.2046;RBI=0.0248045;REFB=0;REVB=-0.0198896;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.2605e-06;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chr9 137690318 . A T 307.91 PASS AF=0.653061;AO=27;DP=46;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.0337451;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.963;QD=25.1353;RBI=0.0808182;REFB=-0.084113;REVB=0.073436;RO=15;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243385;STB=0.623125;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0479216;OID=.;OPOS=137690318;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:15:17:27:32:0.653061:21:6:0:15:26:6:0:17 chr9 137708934 . T G 326.56 PASS AF=0.608696;AO=21;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00703888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.287;QD=28.3966;RBI=0.0081731;REFB=-0.00669699;REVB=0.00415377;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118849;STB=0.510197;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00152631;OID=.;OPOS=137708934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:21:28:0.608696:10:11:12:6:10:18:12:6 chr9 137711997 . G C 272.29 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0580113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4363;QD=17.2881;RBI=0.0589683;REFB=-0.00591563;REVB=-0.0105806;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213481;STB=0.618973;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0045963;OID=.;OPOS=137711997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:15:15:24:9:15:15:24:9 chr9 137735232 . GCTAT G 672.55 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.00431794;FXX=0.0347198;HRUN=1;LEN=4;MLLD=307.781;QD=19.3541;RBI=0.013357;REFB=-0.0201676;REVB=-0.0126399;RO=57;SAF=28;SAR=39;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270663;STB=0.515523;STBP=0.742;TYPE=del;VARB=0.0221974;OID=.;OPOS=137735233;OREF=CTAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482014:67:132:67:139:72:28:39:28:44:99:57:28:39:24:33 chr9 137735274 . A T 670.91 PASS AF=0.528;AO=54;DP=127;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0498465;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8025;QD=21.469;RBI=0.0618016;REFB=-0.0163629;REVB=-0.0365344;RO=52;SAF=22;SAR=32;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327889;STB=0.502965;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0161089;OID=.;OPOS=137735274;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:52:59:54:66:0.528:32:22:21:31:41:25:22:37 chr9 137742124 . G A 37.81 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0709285;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6411;QD=7.56159;RBI=0.122727;REFB=-0.0162168;REVB=-0.100155;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784305;STB=0.549835;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0289146;OID=.;OPOS=137742124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:14:14:6:6:0.3:3:3:6:8:3:3:6:8 chr9 137775212 . G A 1526.18 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0409091;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.322;QD=61.6639;RBI=0.0994052;REFB=-0.17457;REVB=0.0905971;RO=1;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903379;STB=0.504672;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00506121;OID=.;OPOS=137775212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:97:98:0.989899:52:45:0:1:53:45:0:1 chr9 137777727 . C T 145.82 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0541743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7378;QD=25.3597;RBI=0.0580262;REFB=0.000928206;REVB=0.020789;RO=8;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769418;STB=0.542803;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00232536;OID=.;OPOS=137777727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:3:12:7:1:3:12:7:1 chr9 137779091 . G T 407.27 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00416959;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.429;QD=19.867;RBI=0.0160856;REFB=0.00376253;REVB=0.0155358;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143128;STB=0.58472;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00295613;OID=.;OPOS=137779091;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:41:41:41:0.5:22:19:25:15:22:19:26:15 chr9 137801314 . A G 315.8 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0453896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.657;QD=17.5443;RBI=0.0455201;REFB=-0.0284287;REVB=-0.00344408;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308473;STB=0.519252;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0247676;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:38:34:34:0.472222:20:14:16:20:20:14:17:21 chr9 137801416 . T C 97.61 PASS AF=0.375;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00190298;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.433;QD=12.2018;RBI=0.00299719;REFB=0.00185591;REVB=-0.00231556;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287731;STB=0.672108;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00410099;OID=.;OPOS=137801416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:32:20:20:12:12:0.375:9:3:10:10:9:3:10:10 chr9 137801800 . T C 545.99 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0309263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6443;QD=23.2338;RBI=0.0309761;REFB=0.0278018;REVB=-0.00175598;RO=43;SAF=28;SAR=23;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312983;STB=0.517206;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0231473;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:23:28:22:21:23:28:22:21 chr9 137804360 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0190903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3701;QD=18.6449;RBI=0.052263;REFB=-0.0120348;REVB=-0.0486517;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973626;STB=0.555477;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00815316;OID=.;OPOS=137804360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:5:8:7:7:5:8 chr9 137968919 . G A,GAA 1621.82 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=5,96;DP=113;FAO=4,106;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=0,48;FSAR=4,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139819,0.0189876;FXX=0.0090082;HRUN=2,0;LEN=1,2;MLLD=30.4827,253.962;QD=58.9751;RBI=0.092822,0.035705;REFB=0,0;REVB=0.0917629,0.0302377;RO=4;SAF=1,41;SAR=4,55;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.268008,-0.00563992;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0425292,0.000649161;OID=.,.;OPOS=137968919,137968920;OREF=G,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:113:110:4:0:5,96:4,106:0.0363636,0.963636:4,55:1,41:2:2:4,58:0,48:0:0 chr9 137978552 . A G 1171.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6984;QD=60.8811;RBI=0.0454026;REFB=0;REVB=-0.0141068;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272943;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr9 137982127 . T C 1529.59 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.476;QD=63.7328;RBI=0.0457064;REFB=0;REVB=0.0439002;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79221e-05;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:54:39:0:0:56:40:0:0 chr9 138236027 . GCCCA GCCA,GCCCG 1401.74 PASS AF=0.306748,0.484663;AO=38,76;DP=166;FAO=50,79;FDP=163;FR=.;FRO=34;FSAF=48,33;FSAR=2,46;FSRF=0;FSRR=34;FWDB=-0.163586,-0.026204;FXX=0.0121205;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=18.186,157.13;QD=34.3986;RBI=0.170111,0.0300571;REFB=-0.0956939,-0.0383585;REVB=-0.0466613,-0.0147235;RO=35;SAF=36,32;SAR=2,44;SRF=1;SRR=34;SSEN=0.306818,0;SSEP=0,0;SSSB=0.803673,0.24741;STB=0.947166,0.63489;STBP=0,0;TYPE=del,snp;VARB=-0.100566,0.0241193;OID=.,.;OPOS=138236028,138236031;OREF=C,A;OALT=-,G;OMAPALT=GCCA,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.306748,0.484663:38,76:166:50,79:163:34:48,33:2,46:0:34:99:35:36,32:2,44:1:34 chr9 138236212 . T G 2295.73 PASS AF=1;AO=151;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.035;QD=58.4901;RBI=0.0325534;REFB=-0.108493;REVB=0.0306278;RO=1;SAF=49;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280624;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:157:1:0:151:157:1:102:49:0:1:107:50:0:0 chr9 138376649 . T C 919.64 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1144;QD=58.3897;RBI=0.0426163;REFB=0;REVB=0.0424973;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388655;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr9 138376972 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.369;QD=48.7372;RBI=0.06005;REFB=0;REVB=-0.0571172;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020564;OID=.;OPOS=138376972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr9 138377657 . T C 1715.63 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438302;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.25;QD=60.7303;RBI=0.0044146;REFB=0;REVB=-0.000527066;RO=0;SAF=67;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430661;OID=.;OPOS=138377657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:112:113:1:45:67:0:0:46:67:0:0 chr9 138377853 . A G 1527.81 PASS AF=1;AO=78;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.998;QD=63.6587;RBI=0.0545927;REFB=0;REVB=0.0498968;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436732;OID=.;OPOS=138377853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:78:96:1:31:47:0:0:49:47:0:0 chr9 138377915 . G A 1190.25 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2602;QD=61.0385;RBI=0.0362345;REFB=0;REVB=0.0349388;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330665;OID=.;OPOS=138377915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:49:29:0:0:49:29:0:0 chr9 138378856 . A G 1575.06 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393367;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.399;QD=60.0022;RBI=0.0521996;REFB=0;REVB=-0.0343136;RO=0;SAF=42;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.24299e-05;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:63:42:0:0:63:42:0:0 chr9 138379001 . CT C,CG 540.79 PASS AF=0.108108,0.891892;AO=4,33;DP=38;FAO=4,33;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=3,19;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288412,0.0262577;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.209,183.378;QD=58.4634;RBI=0.0363192,0.0264765;REFB=0,0;REVB=0.0220742,0.00339648;RO=0;SAF=3,19;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-4.71297e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0368039,0.00141254;OID=.,.;OPOS=138379002,138379002;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.108108,0.891892:4,33:38:4,33:37:0:3,19:1,14:0:0:17:0:3,19:1,14:0:0 chr9 138379059 . G T 901.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9511;QD=58.1718;RBI=0.103442;REFB=0;REVB=0.0962295;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130521;OID=.;OPOS=138379059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr9 138380334 . T C 210.02 PASS AF=0.431034;AO=22;DP=55;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00903756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.692;QD=14.4839;RBI=0.00907369;REFB=-0.0120202;REVB=-0.000808965;RO=33;SAF=17;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413533;STB=0.664671;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0135281;OID=.;OPOS=138380334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:33:33:22:25:0.431034:5:17:13:20:8:17:13:20 chr9 138387275 . A G 308.37 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00682728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7071;QD=15.8138;RBI=0.00694409;REFB=-0.023688;REVB=0.00126834;RO=44;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747834;STB=0.542144;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0287205;OID=.;OPOS=138387275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:18:16:24:20:18:16:24:20 chr9 138391299 . T A 358.83 PASS AF=0.513889;AO=34;DP=68;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0295864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5275;QD=19.9351;RBI=0.0297406;REFB=-0.000731771;REVB=-0.00302442;RO=34;SAF=24;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147419;STB=0.555525;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.000528914;OID=.;OPOS=138391299;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:34:35:34:37:0.513889:10:24:19:15:12:25:20:15 chr9 138391600 . T C 359.16 PASS AF=0.402062;AO=40;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0579962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.614;QD=14.8108;RBI=0.0587741;REFB=-0.0423524;REVB=-0.0095305;RO=54;SAF=18;SAR=22;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00572456;STB=0.528267;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0586055;OID=.;OPOS=138391600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:58:40:39:0.402062:22:18:24:30:22:17:28:30 chr9 138394124 . C T 177.45 PASS AF=0.514286;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0284465;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=174.022;QD=20.2797;RBI=0.0286435;REFB=-0.01172;REVB=-0.00335429;RO=8;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269029;STB=0.518498;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0137389;OID=.;OPOS=138394124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:8:17:16:18:0.514286:5:11:2:6:7:11:11:6 chr9 138395122 . G A 341.75 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00792452;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.807;QD=15.5341;RBI=0.00795073;REFB=-0.0152933;REVB=0.00064501;RO=50;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819487;STB=0.540519;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0267442;OID=.;OPOS=138395122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:50:51:37:37:0.420455:17:20:23:27:17:20:24:27 chr9 138439806 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1241;QD=53.9107;RBI=0.0892797;REFB=0;REVB=0.0482007;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342769;OID=.;OPOS=138439806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr9 138439809 . T C 310.23 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014163;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.994;QD=53.9536;RBI=0.0423987;REFB=0;REVB=0.0399633;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143778;OID=.;OPOS=138439809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr9 138440554 . G C 1302.04 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000844403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.373;QD=62.002;RBI=0.0190527;REFB=0;REVB=-0.0190339;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.20674e-05;OID=.;OPOS=138440554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr9 138440562 . C T 1229.46 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0342057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9474;QD=59.9738;RBI=0.0423632;REFB=-0.101965;REVB=-0.0249922;RO=1;SAF=42;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111412;STB=0.505881;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00342433;OID=.;OPOS=138440562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:39:42:1:0:39:42:1:0 chr9 138440624 . G C 878.09 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0528482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.19;QD=55.7515;RBI=0.0539515;REFB=-0.0785349;REVB=0.0108551;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00205805;OID=.;OPOS=138440624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:30:31:1:0:31:31:1:0 chr9 138440641 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.606;QD=62.67;RBI=0.0290411;REFB=0;REVB=-0.00470479;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60556e-05;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:19:25:0:0 chr9 138456155 . C A 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00683329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.974;QD=13.7531;RBI=0.0205755;REFB=-0.00315448;REVB=-0.0194076;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155071;STB=0.599874;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00468556;OID=.;OPOS=138456155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:8:7:7:15:8:7:7:16 chr9 138457209 . C G 231.02 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00527824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9216;QD=16.5011;RBI=0.00537129;REFB=-0.0100542;REVB=-0.000995443;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995303;STB=0.505614;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0125413;OID=.;OPOS=138457209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:15:11:13:17:15:11:13:17 chr9 138457475 . CT C,CC 140.74 PASS AF=0.333333,0.0714286;AO=14,3;DP=43;FAO=14,3;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=3,3;FSAR=11,0;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0313634,0.0404541;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=252.858,258.535;QD=13.4038;RBI=0.0314825,0.0405827;REFB=-0.0100782,-0.00881893;REVB=-0.00273654,-0.00322782;RO=23;SAF=3,3;SAR=11,0;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.181298,0.644655;STB=0.646828,0.996917;STBP=0.195,0.041;TYPE=del,snp;VARB=0.00780575,0.0431856;OID=.,.;OPOS=138457476,138457476;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0714286:14,3:43:14,3:42:25:3,3:11,0:10:15:99:23:3,3:11,0:8:15 chr9 138458462 . C T 949.18 PASS AF=0.525424;AO=92;DP=177;FAO=93;FDP=177;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=64;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=0.0316907;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0764;QD=21.4504;RBI=0.0317043;REFB=-0.00654541;REVB=-0.00092745;RO=85;SAF=28;SAR=64;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946585;STB=0.543329;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0078711;OID=.;OPOS=138458462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:85:84:92:93:0.525424:64:28:34:51:64:29:33:51 chr9 138458570 . C T 1040.86 PASS AF=0.484163;AO=105;DP=221;FAO=107;FDP=221;FR=.;FRO=114;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=-0.00583822;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.591;QD=18.839;RBI=0.00728056;REFB=-0.0130583;REVB=-0.00434992;RO=115;SAF=52;SAR=53;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168746;STB=0.506639;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0135605;OID=.;OPOS=138458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:115:114:105:107:0.484163:53:52:59:56:53:54:59:55 chr9 138518010 . A G 2355.33 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158395;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.511;QD=61.1774;RBI=0.0169306;REFB=0;REVB=0.00597968;RO=0;SAF=83;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41857e-05;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:71:83:0:0:71:83:0:0 chr9 138523332 . C A 1409.85 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00444146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.187;QD=62.6599;RBI=0.028518;REFB=0;REVB=0.02817;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17204e-05;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:87:90:1:49:38:0:0:52:38:0:0 chr9 138586198 . G A 648.85 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00601746;FXX=0.0444346;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.163;QD=60.3583;RBI=0.0317695;REFB=-0.162945;REVB=0.0311944;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000518667;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:43:1:1:41:42:0.976744:21:20:1:0:21:21:1:0 chr9 138586966 . GC AA 2201.58 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458555;FXX=0.00714235;HRUN=4;LEN=2;MLLD=158.116;QD=63.3547;RBI=0.0552696;REFB=0;REVB=0.0308545;RO=0;SAF=78;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.08485e-05;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:61:78:0:0:61:78:0:0 chr9 138590928 . C T 513.31 PASS AF=0.826087;AO=26;DP=46;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0404382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.401;QD=44.6352;RBI=0.0522034;REFB=-0.0852776;REVB=0.0330143;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.550534;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00224027;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:0:8:26:38:0.826087:10:16:0:0:10:28:4:4 chr9 138591266 . A G 2335.83 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.299;QD=63.5601;RBI=0.0362018;REFB=0;REVB=-0.00249205;RO=0;SAF=68;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15646e-05;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:147:0:0:133:147:1:65:68:0:0:69:78:0:0 chr9 138669261 . G A 627.35 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0215761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1637;QD=57.032;RBI=0.0338235;REFB=-0.0432461;REVB=0.026048;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539219;STB=0.502182;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00301014;OID=.;OPOS=138669261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:2:2:41:42:0.954545:23:18:1:1:23:19:1:1 chr9 138817003 . C G 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0559939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.292;QD=6.57203;RBI=0.0574597;REFB=-0.00161444;REVB=0.0128954;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134412;OID=.;OPOS=138817003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:8:8:3:3:8:8 chr9 138836941 . GCCT G 271.48 PASS AF=0.476744;AO=42;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00151183;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=278.684;QD=12.627;RBI=0.00500995;REFB=-0.02666;REVB=-0.00477639;RO=39;SAF=16;SAR=26;SRF=22;SRR=17;SSEN=0.4;SSEP=0;SSSB=-0.161537;STB=0.612236;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.0266738;OID=.;OPOS=138836942;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.476744:42:85:41:86:45:15:26:26:19:99:39:16:26:22:17 chr9 138838140 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.734;QD=63.583;RBI=0.00470073;REFB=0;REVB=0.00426243;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11457e-06;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr9 138898893 . C G 1918.01 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00485853;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.345;QD=61.8712;RBI=0.0175128;REFB=0;REVB=0.0168254;RO=0;SAF=42;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39361e-05;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:82:42:0:0:82:42:0:0 chr9 138903671 . A G 258.39 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.013309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.095;QD=24.609;RBI=0.0152199;REFB=-0.0776955;REVB=-0.00738344;RO=17;SAF=3;SAR=20;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219465;STB=0.513878;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0272322;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:18:23:24:0.571429:20:3:2:15:21:3:2:16 chr9 138905136 . C T 766.95 PASS AF=0.5;AO=79;DP=158;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0234292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.917;QD=19.4166;RBI=0.030039;REFB=-0.0224533;REVB=0.0187993;RO=79;SAF=24;SAR=55;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16348;STB=0.590333;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0187247;OID=.;OPOS=138905136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:79:79:79:79:0.5:55:24:37:42:55:24:37:42 chr9 138908250 . C T 260.55 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00576718;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4706;QD=14.0838;RBI=0.00932336;REFB=-0.0229155;REVB=0.00732561;RO=43;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129056;STB=0.579839;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0330324;OID=.;OPOS=138908250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:44:30:30:0.405405:17:13:24:19:17:13:25:19 chr9 139142710 . G A 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.039578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.387;QD=43.0162;RBI=0.040043;REFB=-0.0729593;REVB=0.00608414;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.518496;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0019429;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:0:1:16:16:0.941176:13:3:0:0:13:3:0:1 chr9 139142808 . T C 200.71 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0334492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2614;QD=21.6987;RBI=0.13711;REFB=0.0337321;REVB=0.132967;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169061;STB=0.594503;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0243349;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:5:12:10:10:5:12 chr9 139235480 . CTC CGT,CT,GCT 1030.9 PASS AF=0.0394737,0.960526,0;AO=3,68,3;DP=79;FAO=3,73,0;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23,0;FSAR=1,50,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555677,-0.023778,-0.0349672;FXX=0.0379699;HRUN=1,4,1;LEN=2,1,3;MLLD=76.9147,20.1699,6.18756;QD=54.258;RBI=0.018797,0.0299401,0.0858969;REFB=0,0,0;REVB=-0.0179568,0.0181939,-0.0784575;RO=0;SAF=2,22,0;SAR=1,46,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.306569,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=-0.0287103,0.00375239,0;OID=.,.,.;OPOS=139235481,139235482,139235480;OREF=TC,C,CTC;OALT=GT,-,GCT;OMAPALT=CGT,CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:79:76:0:0:3,68,3:3,73,0:0.0394737,0.960526,0:1,46,3:2,22,0:0:0:1,50,0:2,23,0:0:0 chr9 139235526 . C A 1099.9 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.754;QD=60.2683;RBI=0.0569707;REFB=0;REVB=0.0381131;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010808;OID=.;OPOS=139235526;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:46:25:0:0:48:25:0:0 chr9 139235606 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.919;QD=59.8393;RBI=0.0647006;REFB=0;REVB=0.0141097;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266338;OID=.;OPOS=139235606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr9 139252495 . G A 3064.06 PASS AF=1;AO=192;DP=195;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577691;FXX=0.0203035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.014;QD=63.5039;RBI=0.0745099;REFB=-0.0982602;REVB=0.0470581;RO=0;SAF=98;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291673;OID=.;OPOS=139252495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:193:0:0:192:193:1:94:98:0:0:95:98:0:0 chr9 139256468 . C G 832.98 PASS AF=0.512195;AO=84;DP=164;FAO=84;FDP=164;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=0.00713614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.205;QD=20.3165;RBI=0.00887131;REFB=-0.0188132;REVB=0.00527027;RO=80;SAF=38;SAR=46;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141509;STB=0.577638;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0176506;OID=.;OPOS=139256468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:80:80:84:84:0.512195:46:38:49:31:46:38:49:31 chr9 139256541 . C T 941.94 PASS AF=0.489209;AO=49;DP=146;FAO=68;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=2;FWDB=-0.0129133;FXX=0.0479419;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.271;QD=27.1061;RBI=0.0129739;REFB=-0.0336557;REVB=0.00125236;RO=26;SAF=32;SAR=17;SRF=25;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236697;STB=0.646833;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0429353;OID=.;OPOS=139256541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:139:26:35:49:68:0.489209:17:32:25:1:33:35:33:2 chr9 139261991 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=12;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0271101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.836;QD=14.7979;RBI=0.0485026;REFB=0.0304602;REVB=-0.0402187;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214087;STB=0.673766;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.124961;OID=.;OPOS=139261991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:12:11:0.458333:7:5:8:4:7:4:9:4 chr9 139266405 . G A 553.3 PASS AF=0.483871;AO=55;DP=118;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00678936;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.285;QD=17.8484;RBI=0.0112389;REFB=-0.00756598;REVB=0.00895638;RO=62;SAF=27;SAR=28;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701423;STB=0.557952;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00966596;OID=.;OPOS=139266405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:124:62:64:55:60:0.483871:28:27:35:27:33:27:36:28 chr9 139266496 . C T 359.99 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0101698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.815;QD=17.3488;RBI=0.0277093;REFB=-0.0233455;REVB=0.0257756;RO=44;SAF=16;SAR=21;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878871;STB=0.546642;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0254379;OID=.;OPOS=139266496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:45:37:38:0.457831:21:16:23:21:21:17:24:21 chr9 139272058 . A G 117.37 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0126085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8511;QD=8.5358;RBI=0.0128259;REFB=-0.0230232;REVB=0.00235128;RO=39;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955761;STB=0.557307;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.041707;OID=.;OPOS=139272058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:9:7:14:25:9:7:14:25 chr9 139273288 . C T 62.98 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.186139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1977;QD=20.9948;RBI=0.189382;REFB=-0.00262012;REVB=-0.0348978;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.699532;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0108111;OID=.;OPOS=139273288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:3:4:7:8:0.666667:3:4:0:3:3:5:0:4 chr9 139273402 . C T 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00111374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.614;QD=11.7419;RBI=0.0183875;REFB=-0.0117033;REVB=0.0183538;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516521;STB=0.537779;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0174831;OID=.;OPOS=139273402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:36:21:21:0.368421:11:10:15:20:11:10:15:21 chr9 139275204 . A C 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0125233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.684;QD=21.7464;RBI=0.0265165;REFB=-0.000172705;REVB=-0.0233729;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125498;STB=0.507036;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.000116734;OID=.;OPOS=139275204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:8:14:13:7:8:14:13:7 chr9 139275294 . G C 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00670433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.805;QD=14.6972;RBI=0.0317238;REFB=-0.0156269;REVB=0.0310072;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409559;STB=0.523779;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.019526;OID=.;OPOS=139275294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:5:11:15:8:5:11:15:8 chr9 139279173 . G A 99.97 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00427341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.579;QD=7.40552;RBI=0.0177815;REFB=-0.00689491;REVB=-0.0172604;RO=40;SAF=9;SAR=5;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112945;STB=0.568769;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0179507;OID=.;OPOS=139279173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:5:9:29:11:5:9:29:11 chr9 139288692 . T C 230.81 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0477852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.351;QD=17.7545;RBI=0.0503468;REFB=-0.0336564;REVB=0.0158548;RO=24;SAF=18;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137319;STB=0.61634;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0217641;OID=.;OPOS=139288692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:27:25:25:0.480769:7:18:14:10:7:18:14:13 chr9 139289825 . A G 265.21 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.024181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.844;QD=20.8009;RBI=0.042652;REFB=-0.0269207;REVB=-0.0351351;RO=23;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728211;STB=0.540511;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0211842;OID=.;OPOS=139289825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:24:26:27:0.529412:16:10:7:16:17:10:7:17 chr9 139298580 . C T 426.1 PASS AF=0.46;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00607998;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.019;QD=17.0438;RBI=0.00833399;REFB=-0.0306168;REVB=-0.00569994;RO=54;SAF=25;SAR=21;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113379;STB=0.563231;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0364364;OID=.;OPOS=139298580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:54:54:46:46:0.46:21:25:23:31:21:25:23:31 chr9 139298593 . A G 476.97 PASS AF=0.485714;AO=50;DP=104;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.010641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.357;QD=18.1703;RBI=0.0406074;REFB=-0.0252741;REVB=-0.0391884;RO=52;SAF=26;SAR=24;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713418;STB=0.543064;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.026473;OID=.;OPOS=139298593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:52:54:50:51:0.485714:24:26:23:29:25:26:23:31 chr9 139299637 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00866196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.882;QD=12.7913;RBI=0.0286589;REFB=-0.00447068;REVB=-0.0273185;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864895;STB=0.550946;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0137609;OID=.;OPOS=139299637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:13:10:5:9:13:10 chr9 139304427 . G A 1155.67 PASS AF=0.518182;AO=113;DP=221;FAO=114;FDP=220;FR=.;FRO=106;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=0.0273649;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.067;QD=21.0122;RBI=0.0307045;REFB=-0.0261776;REVB=0.0139256;RO=106;SAF=69;SAR=44;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834467;STB=0.542765;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.022026;OID=.;OPOS=139304427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:106:106:113:114:0.518182:44:69:55:51:45:69:55:51 chr9 139306467 . C T 813.06 PASS AF=0.447368;AO=85;DP=191;FAO=85;FDP=190;FR=.;FRO=105;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=32;FSRR=73;FWDB=-0.0182362;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2683;QD=17.117;RBI=0.0630334;REFB=-0.00823209;REVB=-0.0603378;RO=103;SAF=34;SAR=51;SRF=31;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104541;STB=0.556041;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00837936;OID=.;OPOS=139306467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:103:105:85:85:0.447368:51:34:31:72:51:34:32:73 chr9 139316601 . C T 98.29 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.10862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3778;QD=15.7264;RBI=0.108647;REFB=-0.0173778;REVB=0.00242827;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777652;STB=0.563652;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00958163;OID=.;OPOS=139316601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:25:13:13:11:12:0.48:5:6:6:7:5:7:6:7 chr9 139324740 . C T 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00294704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.375;QD=21.595;RBI=0.00944439;REFB=-0.0142387;REVB=0.00897281;RO=32;SAF=24;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602593;STB=0.533316;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0133585;OID=.;OPOS=139324740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:14:24:18:14:14:24:18:14 chr9 139326304 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00847368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.397;QD=14.6982;RBI=0.0341963;REFB=-0.0160723;REVB=0.0331298;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703055;STB=0.540931;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0435589;OID=.;OPOS=139326304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:4:12:16:7:4:12:16:7 chr9 139327034 . A G 494.0 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0259996;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5433;QD=22.7127;RBI=0.0440614;REFB=-0.0311162;REVB=-0.0355728;RO=36;SAF=22;SAR=25;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177826;STB=0.616788;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0235063;OID=.;OPOS=139327034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:36:40:47:47:0.54023:25:22:25:11:25:22:29:11 chr9 139327439 . A G 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0710459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8759;QD=12.9406;RBI=0.0737486;REFB=0.0139276;REVB=-0.019782;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0261476;OID=.;OPOS=139327439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:15:10:6:9:15:10 chr9 139328551 . T C 178.01 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0194677;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.696;QD=23.7345;RBI=0.0240678;REFB=-0.0224216;REVB=0.0141515;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207715;STB=0.511615;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0162014;OID=.;OPOS=139328551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:12:12:18:18:0.6:7:11:7:5:7:11:7:5 chr9 139343719 . C T 595.81 PASS AF=1;AO=26;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.219061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.835;QD=61.1088;RBI=0.219243;REFB=0;REVB=0.00893114;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019675;OID=.;OPOS=139343719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:26:39:1:22:4:0:0:23:16:0:0 chr9 139371234 . G A 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0112003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.211;QD=22.5829;RBI=0.0139464;REFB=-0.0352612;REVB=0.00830999;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715993;STB=0.539969;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0277566;OID=.;OPOS=139371234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:13:13:10:14:13:13:10:14 chr9 139371786 . A C 166.62 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00351101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.331;QD=31.7366;RBI=0.0208919;REFB=-0.0315596;REVB=0.0205947;RO=5;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492927;STB=0.777365;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0122738;OID=.;OPOS=139371786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:14:2:5:0:14:2:5:0 chr9 139391636 . G A 2980.25 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.342;QD=63.4097;RBI=0.0230276;REFB=0;REVB=0.022437;RO=0;SAF=73;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77507e-06;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:115:73:0:0:115:73:0:0 chr9 139397707 . G A 819.73 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0508526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.946;QD=55.5752;RBI=0.0764538;REFB=-0.0111245;REVB=0.0570895;RO=1;SAF=33;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140815;STB=0.50746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000289158;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:25:33:1:0:25:33:1:0 chr9 139407932 . A G 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6239;QD=59.3209;RBI=0.0145008;REFB=0;REVB=-0.0143263;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr9 139418260 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.698;QD=51.9167;RBI=0.0244977;REFB=0;REVB=-0.0102599;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127096;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr9 139510820 . G A 143.42 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0180661;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.109;QD=13.992;RBI=0.0246921;REFB=-0.0265429;REVB=-0.016832;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371963;STB=0.526121;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.047952;OID=.;OPOS=139510820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:25:15:16:0.390244:6:9:13:10:7:9:13:12 chr9 139510938 . T C 113.09 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0301521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.481;QD=17.3989;RBI=0.0311694;REFB=0.00389317;REVB=0.00789844;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304683;STB=0.658287;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00356996;OID=.;OPOS=139510938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:9:4:8:4:9:4:8:5 chr9 139616742 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.388;QD=56.9565;RBI=0.0562012;REFB=0;REVB=0.00744526;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121817;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr9 139617662 . T C 157.66 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0606205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4882;QD=25.2253;RBI=0.0868072;REFB=-0.00129526;REVB=-0.0621341;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469743;STB=0.526282;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00409551;OID=.;OPOS=139617662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:6:10:5:4:6:10:5:4 chr9 139621326 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0187431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.545;QD=10.5424;RBI=0.0193768;REFB=-0.00981527;REVB=-0.00491473;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139686;STB=0.556863;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.025057;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:7:4:5:15:7:4:6:15 chr9 139634495 . G A 396.35 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00281693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.995;QD=25.9902;RBI=0.014971;REFB=-0.00946222;REVB=-0.0147036;RO=22;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260586;STB=0.504801;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00538295;OID=.;OPOS=139634495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:23:38:38:0.622951:17:21:13:9:17:21:13:10 chr9 139635430 . C T 308.77 PASS AF=0.6;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0149493;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.224;QD=27.4462;RBI=0.0149537;REFB=-0.0087962;REVB=-0.000364035;RO=17;SAF=9;SAR=18;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182962;STB=0.578893;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00880449;OID=.;OPOS=139635430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:17:18:27:27:0.6:18:9:2:15:18:9:3:15 chr9 139649580 . G A 240.12 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-2.72434e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2396;QD=14.5524;RBI=0.0151997;REFB=-0.0185964;REVB=0.0151997;RO=38;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096251;STB=0.554755;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.042644;OID=.;OPOS=139649580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:18:10:17:21:18:10:17:21 chr9 139650060 . C A 389.45 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00417343;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.3658;QD=21.9408;RBI=0.0198328;REFB=-0.00605633;REVB=0.0193887;RO=32;SAF=13;SAR=26;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922662;STB=0.550994;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00526926;OID=.;OPOS=139650060;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:26:13:14:18:26:13:14:18 chr9 139652338 . C G 603.37 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=-0.00589025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.557;QD=20.4531;RBI=0.0139636;REFB=-0.0013641;REVB=-0.0126604;RO=55;SAF=22;SAR=39;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666849;STB=0.533282;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00115227;OID=.;OPOS=139652338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:57:61:61:0.516949:39:22:16:39:39:22:17:40 chr9 139656670 . T C 771.1 PASS AF=0.55814;AO=72;DP=133;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00501431;FXX=0.0373106;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.287;QD=23.9099;RBI=0.00502513;REFB=-0.0378413;REVB=-0.000329637;RO=53;SAF=38;SAR=34;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744164;STB=0.538384;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0372791;OID=.;OPOS=139656670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:129:53:57:72:72:0.55814:34:38:33:20:34:38:35:22 chr9 139656706 . A C 1003.18 PASS AF=0.583851;AO=93;DP=161;FAO=94;FDP=161;FR=.;FRO=67;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.00570887;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.366;QD=24.9238;RBI=0.00571214;REFB=-0.00531804;REVB=-0.000193132;RO=65;SAF=45;SAR=48;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878447;STB=0.5491;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00361296;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:65:67:93:94:0.583851:48:45:39:26:49:45:40:27 chr9 139657834 . G C 232.66 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.0158583;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.674;QD=14.7722;RBI=0.0177395;REFB=-0.0104384;REVB=0.00795025;RO=36;SAF=17;SAR=10;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169353;STB=0.595173;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0187774;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:10:17:28:8:10:17:28:8 chr9 139690840 . G A 281.25 PASS AF=0.469697;AO=29;DP=64;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0101114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.709;QD=17.0455;RBI=0.032014;REFB=-0.0166414;REVB=0.0303752;RO=35;SAF=21;SAR=8;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118755;STB=0.522713;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00828112;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:35:35:29:31:0.469697:8:21:25:10:10:21:25:10 chr9 139693596 . T C 1455.33 PASS AF=0.553785;AO=138;DP=251;FAO=139;FDP=251;FR=.;FRO=112;FSAF=73;FSAR=66;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=-0.0262256;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4631;QD=23.1926;RBI=0.0266826;REFB=-0.00722145;REVB=-0.00491729;RO=108;SAF=73;SAR=65;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023457;STB=0.507264;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00534137;OID=.;OPOS=139693596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:108:112:138:139:0.553785:65:73:54:54:66:73:57:55 chr9 139694521 . T G 585.01 PASS AF=0.5;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0190072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2465;QD=19.5002;RBI=0.0190869;REFB=-0.00128723;REVB=0.00174168;RO=59;SAF=33;SAR=27;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679209;STB=0.541722;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00108711;OID=.;OPOS=139694521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:59:60:60:60:0.5:27:33:28:31:27:33:28:32 chr9 139694569 . A C 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0854694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7577;QD=16.3814;RBI=0.0862302;REFB=-0.0115313;REVB=-0.0114296;RO=47;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395563;STB=0.522232;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00988897;OID=.;OPOS=139694569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:19:18:21:26:19:18:21:26 chr9 139694613 . C A 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.000977166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.797;QD=19.7024;RBI=0.00135658;REFB=-0.0156651;REVB=0.00094098;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184484;STB=0.604121;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0118517;OID=.;OPOS=139694613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:5:11:8:9:5:11 chr9 139700605 . T C 817.34 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2962;QD=57.3572;RBI=0.103659;REFB=0;REVB=0.103234;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114061;OID=.;OPOS=139700605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:17:40:0:0:17:40:0:0 chr9 139701108 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0885618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5965;QD=60.2298;RBI=0.0908412;REFB=0;REVB=0.0202217;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00071472;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr9 139726239 . A G 985.66 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.0069;QD=56.3234;RBI=0.0623583;REFB=0;REVB=-0.0581638;RO=1;SAF=21;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106901;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:70:1:0:67:70:1:46:21:1:0:46:24:0:0 chr9 139732331 . G C 1912.33 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.905;QD=61.6881;RBI=0.0482446;REFB=0;REVB=0.0133739;RO=1;SAF=74;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063774;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147214;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:1:0:123:124:1:49:74:1:0:49:75:0:0 chr9 139735319 . C T 242.84 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0298733;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5196;QD=12.6152;RBI=0.0363171;REFB=-0.0150139;REVB=-0.0206522;RO=47;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144534;STB=0.575328;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0144386;OID=.;OPOS=139735319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:47:48:29:29:0.376623:14:15:18:29:14:15:19:29 chr9 139739643 . T C 632.8 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.187;QD=60.2666;RBI=0.0615374;REFB=0;REVB=0.0171949;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794144;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:36:42:1:16:20:0:0:17:25:0:0 chr9 139749067 . C T 711.38 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706864;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.944;QD=63.2341;RBI=0.0710754;REFB=0;REVB=0.00742626;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644155;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr9 139751649 . G A 78.8 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00152916;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.897;QD=6.8526;RBI=0.0454507;REFB=-0.0212444;REVB=0.045425;RO=34;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124755;STB=0.545372;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0687328;OID=.;OPOS=139751649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:47:46:34:35:11:11:0.23913:5:6:15:19:5:6:17:18 chr9 139752459 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00332428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7615;QD=17.9559;RBI=0.0352903;REFB=-0.0107301;REVB=-0.0351334;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993111;STB=0.556889;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0287568;OID=.;OPOS=139752459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:7:10:11:5:7:10 chr9 139752899 . T G 753.22 PASS AF=1;AO=21;DP=42;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.754;QD=61.4869;RBI=0.154374;REFB=0;REVB=0.078175;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270964;OID=.;OPOS=139752899;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:49:0:0:21:49:1:12:9:0:0:19:30:0:0 chr9 139837071 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0241427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.268;QD=13.948;RBI=0.0244048;REFB=-0.00135099;REVB=0.00356726;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129826;STB=0.574987;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00262099;OID=.;OPOS=139837071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:10:7:8:19:10:7:8:19 chr9 139839904 . T G 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.014264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.623;QD=25.3157;RBI=0.0171056;REFB=-0.0056106;REVB=-0.00944141;RO=13;SAF=2;SAR=18;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474477;STB=0.52629;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00379001;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:18:2:1:12:18:2:1:12 chr9 139840543 . A G 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.262;QD=53.2705;RBI=0.0341761;REFB=0;REVB=0.0338945;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001933;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr9 139841212 . T C 294.02 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0165384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.419;QD=15.0779;RBI=0.0219882;REFB=-0.0231669;REVB=-0.01449;RO=45;SAF=14;SAR=19;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199896;STB=0.612836;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.025594;OID=.;OPOS=139841212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:19:14:28:17:19:14:28:17 chr9 139848688 . C T 1693.94 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.18;QD=60.4978;RBI=0.0161608;REFB=0;REVB=0.0154539;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12227e-05;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:62:48:0:0:64:48:0:0 chr9 139863841 . C T 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0262372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.442;QD=16.6319;RBI=0.0312587;REFB=-0.0153632;REVB=-0.0169916;RO=41;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548591;STB=0.530788;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0163843;OID=.;OPOS=139863841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:18:16:17:24:18:16:17:24 chr9 139863909 . C T 307.38 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0158696;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.553;QD=17.8193;RBI=0.0285784;REFB=-0.0186194;REVB=0.0237672;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168973;STB=0.59411;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0137372;OID=.;OPOS=139863909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:36:36:33:33:0.478261:17:16:11:25:17:16:11:25 chr9 139864341 . A G 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00165838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.586;QD=12.7389;RBI=0.0253314;REFB=-0.0221935;REVB=-0.025277;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245631;STB=0.514669;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0125553;OID=.;OPOS=139864341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:6:4:3:5:6:4 chr9 139864438 . G C 188.07 PASS AF=0.337838;AO=23;DP=72;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00560416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.728;QD=10.1658;RBI=0.015414;REFB=-0.0189176;REVB=-0.0143592;RO=47;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08995;STB=0.519635;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0396052;OID=.;OPOS=139864438;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:47:49:23:25:0.337838:14:9:22:25:14:11:23:26 chr9 139866247 . T G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0115182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1149;QD=18.8867;RBI=0.0132236;REFB=-0.0465504;REVB=-0.00649578;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538366;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.005832;OID=.;OPOS=139866247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:4:4:2:2:4:4:2:3 chr9 139872048 . A G 2458.29 PASS AF=0.987805;AO=161;DP=164;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0232213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.025;QD=59.9582;RBI=0.0360347;REFB=-0.0445914;REVB=-0.0275549;RO=2;SAF=89;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124631;STB=0.500608;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=5.74495e-05;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:164:2:2:161:162:0.987805:72:89:1:1:73:89:1:1 chr9 139878317 . C T 738.61 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.761;QD=55.7442;RBI=0.152148;REFB=0;REVB=0.0194283;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118267;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:29:24:0:0 chr9 139878828 . T C 683.0 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.39;QD=62.091;RBI=0.0264766;REFB=0;REVB=0.0260944;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37676e-05;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:21:23:0:0 chr9 139902214 . A G 1635.45 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6861;QD=60.0165;RBI=0.0451618;REFB=0;REVB=-0.0445442;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024297;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:52:57:0:0:52:57:0:0 chr9 139904036 . C CG 238.7 PASS AF=1;AO=3;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574763;FXX=0.0434594;HRUN=0;LEN=1;MLLD=101.043;QD=43.3995;RBI=0.0584416;REFB=0;REVB=-0.0105785;RO=20;SAF=3;SAR=0;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000708;OID=.;OPOS=139904037;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:23:22:22:0:13:9:0:0:4:20:3:0:11:9 chr9 139904037 . A G 254.1 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0271648;FXX=0.0869187;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.128;QD=48.399;RBI=0.0376035;REFB=-0.0324726;REVB=-0.0260018;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00514246;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:1:0:9:11:1:0 chr9 139906359 . G A 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.714;QD=60.853;RBI=0.0631513;REFB=-0.0938941;REVB=0.0618786;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.515145;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000870659;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:16:30:0:0:16:30:0:1 chr9 139912484 . A G 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00402561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.361;QD=16.6252;RBI=0.015707;REFB=-0.0127331;REVB=-0.0151824;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288924;STB=0.664572;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0279659;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:11:3:7:6:11:3 chr9 139913239 . T G 1975.93 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.604;QD=61.2693;RBI=0.0611116;REFB=0;REVB=0.0510006;RO=0;SAF=61;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81304e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:129:0:0:124:129:1:63:61:0:0:67:62:0:0 chr9 139923265 . A G 148.01 PASS AF=0.345455;AO=17;DP=53;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0290475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.07;QD=10.7642;RBI=0.0348677;REFB=-0.0200571;REVB=0.0192872;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285419;STB=0.6887;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0331464;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:36:36:17:19:0.345455:10:7:24:12:12:7:24:12 chr9 139926402 . T C 194.34 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0123744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1078;QD=24.2921;RBI=0.0446435;REFB=-0.0515838;REVB=-0.0428943;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206689;STB=0.526854;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0328789;OID=.;OPOS=139926402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:13:18:19:0.59375:12:6:5:9:12:7:4:9 chr9 139937795 . T C 1227.36 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000931434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.203;QD=61.3678;RBI=0.0491288;REFB=0;REVB=0.04912;RO=0;SAF=24;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124141;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:54:24:0:0:54:26:0:0 chr9 139937799 . G A 1213.68 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.653;QD=60.6838;RBI=0.0274439;REFB=0;REVB=0.00525522;RO=0;SAF=25;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108861;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:0:0:79:80:1:54:25:0:0:55:25:0:0 chr9 139943429 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.935;QD=40.7621;RBI=0.114974;REFB=0;REVB=0.0876117;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337839;OID=.;OPOS=139943429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr9 139943549 . G A 474.2 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0246169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.124;QD=51.2652;RBI=0.0277303;REFB=-0.212511;REVB=0.0127662;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.534864;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00379127;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:0:3:34:34:0.918919:14:20:0:0:14:20:3:0 chr9 139943666 . C G 239.81 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00024868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4121;QD=14.3172;RBI=0.0469756;REFB=-0.0114495;REVB=0.0469749;RO=38;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125769;STB=0.578667;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0172166;OID=.;OPOS=139943666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:12:16:17:21:12:16:17:22 chr9 139973820 . C T 2216.83 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9754;QD=63.338;RBI=0.0294397;REFB=0;REVB=-0.0276429;RO=0;SAF=1;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154171;OID=.;OPOS=139973820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:139:1:0:0:139:1:0:0 chr9 139981627 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.565;QD=60.6102;RBI=0.0146955;REFB=0;REVB=0.0021147;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86307e-05;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr9 139996641 . C A 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0656291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.782;QD=28.5374;RBI=0.159628;REFB=-0.0134278;REVB=0.145513;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00567224;OID=.;OPOS=139996641;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:1:0:1:6:1:0 chr9 140002220 . A G 62.36 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.958;QD=35.6329;RBI=0.124736;REFB=0;REVB=0.123676;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133247;OID=.;OPOS=140002220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:1:5:0:0:2:5:0:0 chr9 140002989 . T C 1471.03 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470735;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8036;QD=63.2701;RBI=0.0743002;REFB=0;REVB=0.0574857;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52098e-05;OID=.;OPOS=140002989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr9 140003427 . A G 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.506;QD=57.171;RBI=0.0168874;REFB=0;REVB=0.0112134;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06341e-06;OID=.;OPOS=140003427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr9 140006202 . G A 341.14 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.572;QD=54.5817;RBI=0.0956038;REFB=0;REVB=0.085778;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170633;OID=.;OPOS=140006202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:9:16:0:0 chr9 140006425 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0840226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.058;QD=51.1832;RBI=0.103814;REFB=0;REVB=0.0609715;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019657;OID=.;OPOS=140006425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr9 140008750 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9931;QD=37.4884;RBI=0.0748721;REFB=0;REVB=0.0412913;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00778886;OID=.;OPOS=140008750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr9 140110727 . C T 233.44 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0555157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8829;QD=15.0604;RBI=0.0555204;REFB=-0.0182843;REVB=0.000716806;RO=35;SAF=6;SAR=21;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121447;STB=0.569323;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0268767;OID=.;OPOS=140110727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:21:6:11:24:21:6:11:24 chr9 140120396 . C T 173.28 PASS AF=0.941176;AO=14;DP=19;FAO=16;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.177625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.481;QD=40.7705;RBI=0.1822;REFB=-0.223837;REVB=0.0405718;RO=1;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364168;STB=0.51722;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0120574;OID=.;OPOS=140120396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:17:1:1:14:16:0.941176:12:2:0:1:14:2:0:1 chr9 140128084 . G GC 135.37 PASS AF=0.531915;AO=5;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0362671;FXX=0.020829;HRUN=0;LEN=1;MLLD=34.6017;QD=11.5206;RBI=0.0680558;REFB=-0.0571564;REVB=0.0575872;RO=40;SAF=1;SAR=4;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204364;STB=0.580924;STBP=0.24;TYPE=ins;VARB=0.0698047;OID=.;OPOS=140128085;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.531915:5:46:25:47:22:11:14:6:16:99:40:1:4:14:26 chr9 140128085 . T C 204.46 PASS AF=0.4375;AO=19;DP=46;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00293859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2163;QD=17.0386;RBI=0.0370543;REFB=-0.00949351;REVB=0.0369376;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224385;STB=0.646929;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0118545;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:27:27:19:21:0.4375:10:9:7:20:10:11:7:20 chr9 140130606 . A T 1098.93 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157442;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8013;QD=60.2156;RBI=0.0299529;REFB=0;REVB=-0.0299114;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123171;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:72:73:1:27:45:0:0:28:45:0:0 chr9 140139757 . G A 583.1 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9922;QD=59.8052;RBI=0.118528;REFB=0;REVB=0.117546;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195099;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:23:16:0:0 chr9 140147152 . C G 349.69 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0211514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2063;QD=22.9306;RBI=0.0495561;REFB=-0.0422544;REVB=0.0448154;RO=26;SAF=22;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162142;STB=0.589422;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0308623;OID=.;OPOS=140147152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:13:22:11:15:13:22:11:15 chr9 140147273 . C T 463.51 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=93;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0140682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.328;QD=19.5162;RBI=0.0252458;REFB=-0.0214314;REVB=0.0209627;RO=47;SAF=12;SAR=33;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189712;STB=0.62298;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0313035;OID=.;OPOS=140147273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:47:49:45:46:0.484211:33:12:21:26:34:12:23:26 chr9 140167022 . G A 246.36 PASS AF=0.386667;AO=24;DP=77;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.018532;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.688;QD=13.139;RBI=0.0199552;REFB=-0.00240286;REVB=0.0074011;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514675;STB=0.518506;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0128596;OID=.;OPOS=140167022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:38:46:24:29:0.386667:15:9:16:22:16:13:22:24 chr9 140176294 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768229;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=354.313;QD=51.9167;RBI=0.0186505;REFB=0;REVB=-0.0169948;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.378e-05;OID=.;OPOS=140176294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr9 140177040 . A T 1115.72 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6606;QD=60.3093;RBI=0.0445684;REFB=0;REVB=-0.027121;RO=1;SAF=14;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00795152;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000542385;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:1:0:73:74:1:59:14:0:1:60:14:0:0 chr9 140194949 . T A 193.24 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0157133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.02;QD=16.4461;RBI=0.0157759;REFB=-0.0093663;REVB=-0.00140367;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658443;STB=0.546592;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0121715;OID=.;OPOS=140194949;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:11:9:10:16:11:9:10:17 chr9 140195282 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00374255;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.139;QD=12.1821;RBI=0.0152557;REFB=-0.0242593;REVB=0.0147895;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807627;STB=0.524224;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0352102;OID=.;OPOS=140195282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:15:15:9:10:0.4:3:6:11:4:3:7:11:4 chr9 140243844 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.359;QD=62.9821;RBI=0.0554403;REFB=0;REVB=0.0239237;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411763;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr9 140247143 . T G 1334.81 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4813;QD=60.6731;RBI=0.0303863;REFB=0.0618583;REVB=-0.0252796;RO=1;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106453;STB=0.505375;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00101205;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:88:1:1:85:87:0.988636:41:44:1:0:41:46:1:0 chr9 140250817 . C CT 386.21 PASS AF=1;AO=11;DP=86;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460626;FXX=0.360423;HRUN=0;LEN=1;MLLD=125.875;QD=28.0877;RBI=0.0465823;REFB=0;REVB=0.0069384;RO=75;SAF=5;SAR=6;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226694;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00186262;OID=.;OPOS=140250818;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:86:55:55:0:52:3:0:0:4:75:5:6:48:27 chr9 140250818 . C G,T 1294.61 PASS AF=0.116279,0.883721;AO=11,75;DP=86;FAO=10,76;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=5,48;FSAR=5,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363122,-0.0314862;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.6983,144.223;QD=60.2146;RBI=0.0239513,0.0425579;REFB=0,0;REVB=0.0236745,0.028632;RO=0;SAF=5,48;SAR=6,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.00823e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0323826,-0.00126522;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:86:86:0:0:11,75:10,76:0.116279,0.883721:6,27:5,48:0:0:5,28:5,48:0:0 chr9 140262426 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.33;QD=53.2769;RBI=0.0584343;REFB=0;REVB=0.0161234;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594544;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr9 140277794 . T C 311.22 PASS AF=0.366337;AO=35;DP=101;FAO=37;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0220108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.101;QD=12.3255;RBI=0.0483861;REFB=-0.0372854;REVB=-0.0430899;RO=50;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446071;STB=0.560956;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0578112;OID=.;OPOS=140277794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:64:35:37:0.366337:19:16:25:25:19:18:25:39 chr9 140277826 . C T 270.89 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.00398456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.999;QD=12.1748;RBI=0.00598367;REFB=-0.00345496;REVB=0.00446402;RO=57;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186478;STB=0.606678;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0256582;OID=.;OPOS=140277826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:16:16:19:38:16:16:19:38 chr9 140330976 . T C 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.914;QD=58.4152;RBI=0.126508;REFB=0;REVB=-0.125628;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226781;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr9 140332478 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.141;QD=57.5448;RBI=0.00858261;REFB=0;REVB=0.00245034;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.118e-05;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr9 140357972 . A G 902.53 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7569;QD=58.2279;RBI=0.0468306;REFB=0;REVB=-0.0424803;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194913;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr9 140374861 . A G 861.45 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000960743;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.585;QD=57.4298;RBI=0.0231377;REFB=0;REVB=-0.0231177;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132723;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:28:32:0:0 chr9 140446955 . G T 56.81 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.025385;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.621;QD=11.9605;RBI=0.0255655;REFB=-0.00832428;REVB=-0.0030328;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215402;STB=0.626586;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0095139;OID=.;OPOS=140446955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:2:9:5:3:2:9 chr9 140777306 . C G 304.81 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0315569;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2204;QD=12.7005;RBI=0.0324855;REFB=-0.0227038;REVB=-0.00771185;RO=62;SAF=16;SAR=19;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136744;STB=0.583877;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0297922;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:62:61:35:35:0.364583:19:16:36:26:19:16:36:25 chr9 140786918 . T C 1291.77 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0010561;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.5926;QD=60.789;RBI=0.0306332;REFB=0.0444374;REVB=0.030615;RO=1;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129756;STB=0.506848;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000180772;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:84:84:0.988235:36:48:0:1:36:48:0:1 chr9 140881314 . A C 815.01 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.986;QD=56.2076;RBI=0.0906634;REFB=0;REVB=0.090582;RO=0;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016267;OID=.;OPOS=140881314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:58:0:0:57:58:1:16:41:0:0:16:42:0:0 chr9 140911670 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.103;QD=60.2305;RBI=0.0126888;REFB=0;REVB=0.0111368;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197063;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr9 141008876 . C T 289.1 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00379954;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.869;QD=18.6517;RBI=0.0106971;REFB=-0.00326249;REVB=-0.00999962;RO=32;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476197;STB=0.516855;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00219063;OID=.;OPOS=141008876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:31:31:31:0.5:19:12:14:18:19:12:13:18 chr9 141016262 . T G 814.23 PASS AF=0.518987;AO=82;DP=158;FAO=82;FDP=158;FR=.;FRO=76;FSAF=59;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=26;FWDB=-0.0041887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9346;QD=20.6134;RBI=0.0044621;REFB=0.00380173;REVB=-0.0015379;RO=76;SAF=59;SAR=23;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646597;STB=0.53556;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00477117;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:76:76:82:82:0.518987:23:59:50:26:23:59:50:26 chr9 141069521 . T C 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00238109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.467;QD=16.7843;RBI=0.00727096;REFB=-0.0308102;REVB=-0.00687002;RO=33;SAF=9;SAR=20;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251107;STB=0.514129;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0256939;OID=.;OPOS=141069521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:20:9:11:22:20:9:11:22 chr9 141069563 . A G 153.31 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0222649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.891;QD=16.5741;RBI=0.0231987;REFB=-0.0178106;REVB=0.00651559;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510904;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0153737;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:12:4:5:15:13:4:5:15 chr9 141070125 . C T 304.18 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0163589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.09;QD=19.9461;RBI=0.0225556;REFB=-0.0311801;REVB=0.0155288;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476002;STB=0.508192;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0199527;OID=.;OPOS=141070125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:25:29:32:32:0.52459:16:16:11:14:16:16:15:14 chr9 141070283 . T C 232.48 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0166489;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.016;QD=12.2357;RBI=0.0169175;REFB=-0.0126187;REVB=0.00300293;RO=48;SAF=20;SAR=8;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371958;STB=0.724748;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0354361;OID=.;OPOS=141070283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:48:48:28:28:0.368421:8:20:18:30:8:20:17:31 chr9 141070335 . T G 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0116878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.109;QD=11.261;RBI=0.0199344;REFB=-0.00994984;REVB=-0.0161485;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185943;STB=0.609829;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0225578;OID=.;OPOS=141070335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:7:8:11:19:7:8:11:19 chr9 141071438 . A G 537.01 PASS AF=0.376471;AO=64;DP=170;FAO=64;FDP=170;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=0.0379384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.179;QD=12.6356;RBI=0.0393714;REFB=-0.0192936;REVB=-0.0105251;RO=103;SAF=32;SAR=32;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264661;STB=0.50588;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0281285;OID=.;OPOS=141071438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:103:106:64:64:0.376471:32:32:54:49:32:32:54:52 chr9 141071475 . C G 674.68 PASS AF=0.409836;AO=75;DP=183;FAO=75;FDP=183;FR=.;FRO=108;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=0.0468122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3794;QD=14.7472;RBI=0.0485756;REFB=0.015652;REVB=-0.0129698;RO=107;SAF=39;SAR=36;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650098;STB=0.539056;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.0257004;OID=.;OPOS=141071475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:107:108:75:75:0.409836:36:39:49:58:36:39:49:59 chr9 141071552 . C T 240.12 PASS AF=0.315789;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.0809201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.07;QD=10.1103;RBI=0.0818876;REFB=-0.0027722;REVB=0.0125505;RO=64;SAF=13;SAR=17;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892051;STB=0.556164;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00642068;OID=.;OPOS=141071552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:65:30:30:0.315789:17:13:23:41:17:13:23:42 chr10 93694 . T C 39.34 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.00752097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5894;QD=3.02599;RBI=0.0868269;REFB=7.25662e-05;REVB=0.0865006;RO=45;SAF=5;SAR=2;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461891;STB=0.503346;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00761795;OID=.;OPOS=93694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:45:45:7:7:0.134615:2:5:32:13:2:5:32:13 chr10 93711 . C T 118.96 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.00381772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0097;QD=6.51809;RBI=0.0677806;REFB=-0.0140147;REVB=-0.067673;RO=55;SAF=13;SAR=5;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971168;STB=0.560074;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0320515;OID=.;OPOS=93711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:55:18:18:0.246575:5:13:36:19:5:13:36:19 chr10 93714 . A C 107.32 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00830442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.37;QD=5.64861;RBI=0.0204016;REFB=-0.00527338;REVB=-0.018635;RO=58;SAF=13;SAR=4;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187819;STB=0.62809;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0237208;OID=.;OPOS=93714;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:58:59:17:17:0.223684:4:13:37:21:4:13:37:22 chr10 94018 . T C 59.37 PASS AF=0.139535;AO=12;DP=86;FAO=12;FDP=86;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.00131218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.936;QD=2.76154;RBI=0.00577327;REFB=-0.00450466;REVB=-0.00562218;RO=73;SAF=4;SAR=8;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184638;STB=0.623789;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0280398;OID=.;OPOS=94018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:86:86:73:74:12:12:0.139535:8:4:35:38:8:4:35:39 chr10 294953 . A G 283.7 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0110619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7724;QD=43.6454;RBI=0.0177501;REFB=-0.0420624;REVB=-0.0138817;RO=2;SAF=7;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115122;STB=0.547486;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0241986;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:2:3:23:23:0.884615:16:7:2:0:16:7:2:1 chr10 429977 . G A 156.28 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0198062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.706;QD=15.6284;RBI=0.0344606;REFB=-0.0229849;REVB=-0.0282001;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288764;STB=0.529377;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0344434;OID=.;OPOS=429977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:17:17:0.425:8:9:11:11:8:9:11:12 chr10 445061 . C T 764.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.811;QD=63.6925;RBI=0.0571417;REFB=0;REVB=0.0530242;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422827;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr10 459940 . G A 332.24 PASS AF=0.682927;AO=27;DP=40;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00560794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.775;QD=32.4137;RBI=0.0166868;REFB=-0.0335246;REVB=0.0157163;RO=13;SAF=16;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168869;STB=0.595378;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0137349;OID=.;OPOS=459940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:13:13:27:28:0.682927:11:16:4:9:11:17:4:9 chr10 465117 . G A 417.2 PASS AF=0.435185;AO=46;DP=107;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.00746157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.404;QD=15.4518;RBI=0.0248079;REFB=-0.0112132;REVB=0.0236592;RO=61;SAF=17;SAR=29;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192757;STB=0.599321;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0130808;OID=.;OPOS=465117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:61:61:46:47:0.435185:29:17:34:27:29:18:34:27 chr10 696237 . G A 615.69 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0131627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.321;QD=20.523;RBI=0.0131643;REFB=-0.0315486;REVB=-0.000207431;RO=56;SAF=24;SAR=38;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845336;STB=0.539219;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0216863;OID=.;OPOS=696237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:58:62:62:0.516667:38:24:27:29:38:24:27:31 chr10 696868 . AC A 555.02 PASS AF=0.544304;AO=83;DP=156;FAO=86;FDP=158;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.007477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.6889;QD=14.0512;RBI=0.0460835;REFB=0.0193397;REVB=0.0454729;RO=69;SAF=38;SAR=45;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029131;STB=0.514951;STBP=0.644;TYPE=del;VARB=-0.0127709;OID=.;OPOS=696869;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.544304:83:156:86:158:72:39:47:35:37:99:69:38:45:34:35 chr10 1018585 . T G 502.48 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.010024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.627;QD=24.8138;RBI=0.0169462;REFB=-0.0303397;REVB=0.0136635;RO=34;SAF=28;SAR=19;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291767;STB=0.515982;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0193284;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:19:28:19:15:19:28:19:15 chr10 1046712 . G A 545.76 PASS AF=0.421429;AO=58;DP=136;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0144776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.954;QD=15.5931;RBI=0.0210779;REFB=-0.025785;REVB=0.0153192;RO=78;SAF=33;SAR=25;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183941;STB=0.516628;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0268931;OID=.;OPOS=1046712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:140:78:81:58:59:0.421429:25:33:43:35:26:33:43:38 chr10 1081882 . T C 655.86 PASS AF=0.524194;AO=65;DP=124;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00605881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.384;QD=21.1569;RBI=0.010734;REFB=0.0151828;REVB=-0.00886056;RO=59;SAF=26;SAR=39;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513413;STB=0.52823;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0124296;OID=.;OPOS=1081882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:59:59:65:65:0.524194:39:26:27:32:39:26:27:32 chr10 1089616 . T C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.975;QD=64.413;RBI=0.0380335;REFB=0;REVB=0.0337692;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99374e-05;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr10 1142208 . T C 1514.77 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0554949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.031;QD=62.4647;RBI=0.0599088;REFB=-0.0397629;REVB=0.0225696;RO=1;SAF=31;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724091;STB=0.503816;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000859778;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:65:31:0:1:65:31:0:1 chr10 1175894 . A G 266.77 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0674968;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2569;QD=11.0007;RBI=0.0674972;REFB=-0.0213456;REVB=0.000222172;RO=65;SAF=17;SAR=15;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271929;STB=0.515807;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0539039;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:65:65:32:32:0.329897:15:17:33:32:15:17:33:32 chr10 1175939 . C T 525.2 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00967224;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.071;QD=26.5922;RBI=0.021175;REFB=-0.027045;REVB=0.0188369;RO=31;SAF=20;SAR=28;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11859;STB=0.564729;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0130754;OID=.;OPOS=1175939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:31:31:48:48:0.607595:28:20:18:13:28:20:18:13 chr10 1230968 . C T 3083.69 PASS AF=0.990244;AO=202;DP=205;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=125;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.133379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.149;QD=60.1695;RBI=0.135789;REFB=-0.150642;REVB=0.0254693;RO=3;SAF=77;SAR=125;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181915;STB=0.506329;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000458555;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:205:205:3:2:202:203:0.990244:125:77:3:0:125:78:2:0 chr10 1569095 . G A 3553.22 PASS AF=1;AO=225;DP=228;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191587;FXX=0.00877155;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.01;QD=62.8889;RBI=0.0121582;REFB=0;REVB=0.0120063;RO=0;SAF=106;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121612;OID=.;OPOS=1569095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:226:0:0:225:226:1:119:106:0:0:120:106:0:0 chr10 3143643 . A C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.627;QD=61.684;RBI=0.0398629;REFB=0;REVB=0.036852;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194336;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr10 3150973 . C T 371.58 PASS AF=0.550725;AO=37;DP=68;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0324727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.193;QD=21.5411;RBI=0.0339355;REFB=-0.00336302;REVB=0.00985608;RO=30;SAF=15;SAR=22;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131839;STB=0.570063;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00296118;OID=.;OPOS=3150973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:30:31:37:38:0.550725:22:15:17:13:23:15:17:14 chr10 3155620 . A G 1846.3 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176757;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9395;QD=61.5434;RBI=0.0216752;REFB=0;REVB=-0.0125451;RO=0;SAF=60;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61257e-05;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:60:60:0:0:60:60:0:0 chr10 3159006 . C T 343.93 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00621812;FXX=0.0705799;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.761;QD=17.4142;RBI=0.0127802;REFB=-0.00893206;REVB=-0.0111656;RO=38;SAF=12;SAR=24;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185461;STB=0.576533;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0110323;OID=.;OPOS=3159006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:79:38:43:36:36:0.455696:24:12:20:18:24:12:20:23 chr10 3172121 . C T 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.129;QD=55.8052;RBI=0.0342133;REFB=0.00467235;REVB=0.0281418;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136765;STB=0.507244;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=2.42266e-05;OID=.;OPOS=3172121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:25:34:1:0:25:34:1:0 chr10 3178814 . TG T,TC 1514.31 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=16,70;DP=106;FAO=2,102;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=1,48;FSAR=1,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434108,0.0271523;FXX=0.0188661;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.317,133.825;QD=58.2428;RBI=0.0553725,0.0320806;REFB=0,0;REVB=-0.0552021,-0.0170857;RO=1;SAF=14,34;SAR=2,36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.031564,-0.0137031;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00370607,0.00034574;OID=.,.;OPOS=3178815,3178815;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0192308,0.980769:16,70:106:2,102:104:0:1,48:1,54:0:0:3:1:14,34:2,36:1:0 chr10 3178816 . T C 93.67 PASS AF=0.160714;AO=18;DP=112;FAO=18;FDP=112;FR=.;FRO=94;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=-0.0189335;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.303;QD=3.34533;RBI=0.0207682;REFB=-7.57958e-05;REVB=-0.00853461;RO=94;SAF=16;SAR=2;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614525;STB=0.901834;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-2.69447e-05;OID=.;OPOS=3178816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:112:112:94:94:18:18:0.160714:2:16:36:58:2:16:36:58 chr10 3179703 . C T 1806.96 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0387253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.648;QD=60.2321;RBI=0.0604171;REFB=-0.12683;REVB=0.0463744;RO=1;SAF=70;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673779;STB=0.503546;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000330997;OID=.;OPOS=3179703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:49:70:1:0:49:70:1:0 chr10 3179708 . A G 1933.58 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.469;QD=61.8744;RBI=0.0415159;REFB=0;REVB=0.0335413;RO=0;SAF=74;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17192e-05;OID=.;OPOS=3179708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:51:74:0:0:51:74:0:0 chr10 3180227 . T C 1646.43 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0013543;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.611;QD=59.3306;RBI=0.0108427;REFB=-0.0595184;REVB=0.0107577;RO=1;SAF=50;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939993;STB=0.50495;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00175287;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:60:50:1:0:60:50:1:0 chr10 3180316 . T C 1098.79 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.591;QD=60.2079;RBI=0.0748125;REFB=0;REVB=0.0711166;RO=0;SAF=20;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293639;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:50:20:0:0:52:21:0:0 chr10 3181003 . A G 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0510866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.071;QD=54.6504;RBI=0.0630299;REFB=0.0972424;REVB=0.0369179;RO=1;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140615;STB=0.50746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000619051;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:33:19:0:1:33:19:0:1 chr10 3189380 . C T 854.56 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522162;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.724;QD=57.936;RBI=0.0157352;REFB=0;REVB=0.0148436;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106578;OID=.;OPOS=3189380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr10 3190262 . CAAA CAA,CAAG 1127.21 PASS AF=0.125,0.8625;AO=9,68;DP=79;FAO=10,69;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=7,44;FSAR=3,25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.113723,0.0935444;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=22.5431,40.5329;QD=56.3603;RBI=0.145058,0.113605;REFB=0.0469383,0.00134391;REVB=0.0900495,0.0644627;RO=1;SAF=7,43;SAR=2,25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.175672,0.0185286;STB=0.57128,0.509801;STBP=0.267,0.264;TYPE=del,snp;VARB=-0.0513056,0.00372953;OID=.,.;OPOS=3190263,3190265;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAA,CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.8625:9,68:79:10,69:80:1:7,44:3,25:0:1:41:1:7,43:2,25:0:1 chr10 3193557 . TAAAAAAGAAACAA T 416.16 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166403;FXX=0.186003;HRUN=6;LEN=13;MLLD=282.664;QD=47.5613;RBI=0.0266995;REFB=0;REVB=0.0208798;RO=0;SAF=31;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.304348;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00017195;OID=.;OPOS=3193558;OREF=AAAAAAGAAACAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:42:35:35:0:27:8:0:0:8:0:31:8:0:0 chr10 3197856 . C G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.558;QD=57.7109;RBI=0.0178621;REFB=0;REVB=0.0127815;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84731e-07;OID=.;OPOS=3197856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr10 3200292 . G A,C 638.21 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101588,0.00637119;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.656,175.593;QD=60.7818;RBI=0.0126808,0.0157132;REFB=0,0;REVB=-0.00758952,0.0143635;RO=0;SAF=21,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.17587e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00368344,-0.0116738;OID=.,.;OPOS=3200292,3200292;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:19,1:21,1:0:0:19,1:21,1:0:0 chr10 3202065 . T C 1454.34 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142967;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.168;QD=63.2322;RBI=0.0858348;REFB=0;REVB=0.0846358;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512484;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:89:92:1:48:41:0:0:51:41:0:0 chr10 3206027 . A G 1515.94 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122785;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.687;QD=59.4485;RBI=0.0457542;REFB=0;REVB=0.0440759;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200466;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:102:0:0:99:102:1:51:48:0:0:52:50:0:0 chr10 3208557 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.663;QD=57.5449;RBI=0.0467666;REFB=0;REVB=0.0293656;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109346;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr10 3208567 . T TGCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG 51.9 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=56;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0228859;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=25;MLLD=511.06;QD=3.84417;RBI=0.0283635;REFB=-0.0136937;REVB=-0.0167548;RO=45;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382877;STB=0.812011;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=0.0474922;OID=.;OPOS=3208568;OREF=-;OALT=GCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG;OMAPALT=TGCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:7:56:9:54:45:1:8:18:27:51:45:1:6:19:26 chr10 3214369 . A G 756.18 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153157;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.804;QD=57.07;RBI=0.0276417;REFB=0;REVB=0.0230107;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452731;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:38:15:0:0:38:15:0:0 chr10 5014878 . A G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=21;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.969;QD=9.47555;RBI=0.0164716;REFB=-0.00857113;REVB=-0.0164716;RO=21;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0195556;OID=.;OPOS=5014878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:10:0:0:21:10:0:0:21 chr10 5019959 . G A 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00435058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.087;QD=8.28247;RBI=0.0113283;REFB=-0.00411211;REVB=-0.0104596;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906472;STB=0.555466;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00770609;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:7:5:11:21:7:5:11:21 chr10 5032239 . A AG 36.48 PASS AF=0.219512;AO=5;DP=42;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0160382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.8051;QD=3.55909;RBI=0.0859489;REFB=0.0108579;REVB=0.0844392;RO=37;SAF=5;SAR=0;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5992;STB=0.535633;STBP=0.88;TYPE=ins;VARB=-0.0248014;OID=.;OPOS=5032240;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219512:5:42:9:41:32:6:3:20:12:36:37:5:0:21:16 chr10 5042664 . C T 419.44 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00179771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.987;QD=17.6605;RBI=0.0109364;REFB=-0.00791786;REVB=-0.0107876;RO=50;SAF=26;SAR=17;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121766;STB=0.558414;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0089822;OID=.;OPOS=5042664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:52:43:43:0.452632:17:26:24:26:17:26:26:26 chr10 5046957 . A T 545.63 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.868;QD=57.4343;RBI=0.0399549;REFB=-0.0229298;REVB=0.0214132;RO=1;SAF=9;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492024;STB=0.526301;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=6.25723e-05;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:28:9:1:0:28:9:1:0 chr10 5120157 . G T 276.55 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586048;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.084;QD=52.6759;RBI=0.0505607;REFB=0;REVB=0.0502199;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183038;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr10 5136651 . C G 2312.57 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.491;QD=63.7951;RBI=0.013749;REFB=0;REVB=0.0102667;RO=0;SAF=68;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26604e-05;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:77:68:0:0:77:68:0:0 chr10 5139685 . G A 984.67 PASS AF=1;AO=59;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.461;QD=58.7865;RBI=0.0247602;REFB=0;REVB=0.00396985;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241413;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:59:67:1:32:27:0:0:35:32:0:0 chr10 5141058 . G A 257.77 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0356662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8707;QD=23.4335;RBI=0.036473;REFB=0.00532667;REVB=0.0076291;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202067;STB=0.624893;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00878055;OID=.;OPOS=5141058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:16:8:11:8:16:8:12:8 chr10 5199934 . G C 599.29 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8151;QD=58.467;RBI=0.0952287;REFB=-0.0944698;REVB=0.092017;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0173325;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:39:40:0.97561:20:19:0:0:21:19:1:0 chr10 5202060 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353032;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.9812;QD=51.9152;RBI=0.0735795;REFB=0;REVB=0.0645571;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804008;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr10 5202104 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.518;QD=49.5991;RBI=0.0130352;REFB=0;REVB=-0.00409245;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00056766;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr10 5202145 . T A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0119026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.518;QD=24.3281;RBI=0.0201675;REFB=0.0132056;REVB=-0.0162806;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.599732;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00196707;OID=.;OPOS=5202145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:2:0:3:4:2:0 chr10 5244441 . A G,T 1145.09 PASS AF=0.911392,0.0759494;AO=68,7;DP=78;FAO=72,6;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=25,1;FSAR=47,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308505,0.0265716;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=146.395,33.0512;QD=57.9793;RBI=0.033874,0.0396826;REFB=-0.0791026,-0.0169258;REVB=0.0139893,-0.029473;RO=0;SAF=23,1;SAR=45,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.505262,0.54531;STBP=0.521,0.659;TYPE=snp,snp;VARB=0.0011138,0.0559486;OID=.,.;OPOS=5244441,5244441;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:78:79:0:1:68,7:72,6:0.911392,0.0759494:45,6:23,1:0:0:47,5:25,1:0:1 chr10 5255025 . A G 1650.0 PASS AF=1;AO=92;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486602;FXX=0.0512777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.973;QD=59.4594;RBI=0.103656;REFB=-0.0635339;REVB=-0.091525;RO=8;SAF=33;SAR=59;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184495;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:112:111:8:0:92:111:1:59:33:2:6:65:46:0:0 chr10 5415954 . A G 320.07 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0113243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.896;QD=16.0034;RBI=0.0194112;REFB=-0.017469;REVB=-0.0157656;RO=43;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139234;STB=0.57647;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0257349;OID=.;OPOS=5415954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:45:35:35:0.4375:17:18:16:27:17:18:17:28 chr10 5435918 . G A 1432.1 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9607;QD=62.9493;RBI=0.0327792;REFB=0;REVB=0.0265398;RO=0;SAF=31;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41875e-05;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:59:31:0:0:60:31:0:0 chr10 5436260 . A G 1346.87 PASS AF=1;AO=79;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.516;QD=61.9251;RBI=0.0705361;REFB=0;REVB=0.00321601;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105751;OID=.;OPOS=5436260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:79:87:1:51:28:0:0:50:37:0:0 chr10 5437365 . A G 1253.3 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.632;QD=61.1366;RBI=0.0318227;REFB=0;REVB=-0.0217893;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95655e-05;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:35:45:0:0:36:46:0:0 chr10 5446794 . C T 908.91 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8863;QD=57.7083;RBI=0.00848203;REFB=0;REVB=0.00126257;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131702;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:26:35:0:0:27:36:0:0 chr10 5471200 . C T 2004.67 PASS AF=0.970803;AO=132;DP=137;FAO=133;FDP=137;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.023242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1304;QD=58.5304;RBI=0.0270976;REFB=-0.156709;REVB=0.0139315;RO=1;SAF=51;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583228;STB=0.503337;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00465265;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:137:137:1:4:132:133:0.970803:81:51:0:1:81:52:2:2 chr10 5495218 . T C 994.42 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00124577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.602;QD=57.6477;RBI=0.0528282;REFB=-0.119672;REVB=0.0528135;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.506847;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00025793;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:36:32:0:0:36:32:0:1 chr10 5499703 . ATA AT,ATT,TAT 1074.95 PASS AF=0.945946,0,0.0540541;AO=36,58,7;DP=111;FAO=70,0,4;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,3;FSAR=52,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102348,-0.00541056,-0.007121;FXX=0.0263123;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=145.879,142.128,126.788;QD=58.1053;RBI=0.0901403,0.0124576,0.0503223;REFB=0,0,0;REVB=0.0901345,0.0112213,0.0498159;RO=4;SAF=6,28,6;SAR=30,30,1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0584496,0.0588482,0.563426;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.000939652,0,0.023612;OID=.,.,.;OPOS=5499705,5499705,5499703;OREF=A,A,ATA;OALT=-,T,TAT;OMAPALT=AT,ATT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:11:111:74:4:0:36,58,7:70,0,4:0.945946,0,0.0540541:30,30,1:6,28,6:0:4:52,0,1:18,0,3:0:0 chr10 5567366 . G A 2739.04 PASS AF=1;AO=176;DP=179;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597127;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2304;QD=62.2509;RBI=0.0394858;REFB=0.0054096;REVB=0.0390317;RO=1;SAF=102;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464433;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228376;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:176:1:0:176:176:1:74:102:1:0:74:102:0:0 chr10 5567695 . G A 1817.73 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737937;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.586;QD=61.6178;RBI=0.0783277;REFB=0;REVB=0.0262625;RO=0;SAF=74;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208842;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:118:0:0:118:118:1:44:74:0:0:44:74:0:0 chr10 5567967 . G T 2085.35 PASS AF=0.978261;AO=135;DP=140;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0578953;FXX=0.0142847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.488;QD=60.445;RBI=0.0641621;REFB=-0.0835152;REVB=0.027657;RO=1;SAF=47;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537177;STB=0.500355;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.000214111;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:138:1:3:135:135:0.978261:88:47:0:1:88:47:1:2 chr10 5673528 . G A 740.7 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116624;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.737;QD=56.9771;RBI=0.0183015;REFB=0;REVB=0.0141044;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90253e-06;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr10 5765637 . C T 185.47 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00564192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.619;QD=15.4561;RBI=0.0107679;REFB=-0.0102196;REVB=-0.00917155;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116309;STB=0.576842;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0315729;OID=.;OPOS=5765637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:28:19:20:0.416667:14:5:10:18:15:5:10:18 chr10 5781628 . T G 344.43 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0254434;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8541;QD=13.9164;RBI=0.0448377;REFB=0.00887501;REVB=-0.0369196;RO=61;SAF=24;SAR=14;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137126;STB=0.568245;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.022485;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:61:61:38:38:0.383838:14:24:31:30:14:24:32:29 chr10 5781969 . A T 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00692777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6682;QD=15.6186;RBI=0.00780221;REFB=-0.0158658;REVB=-0.00358894;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217041;STB=0.62353;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0102313;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:19:6:8:10:19:6 chr10 5788608 . G C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0217133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.279;QD=14.0782;RBI=0.0217577;REFB=-0.0172653;REVB=-0.0013884;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184269;STB=0.606972;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0364652;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:5:11:6:6:5:11 chr10 5789966 . CCTGCCTCAG C 158.94 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0207192;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=9;MLLD=343.945;QD=10.5961;RBI=0.0232211;REFB=-0.00892305;REVB=-0.0104849;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059742;STB=0.523791;STBP=0.791;TYPE=del;VARB=0.013817;OID=.;OPOS=5789967;OREF=CTGCCTCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:25:61:25:60:35:11:14:14:21:99:34:11:14:13:21 chr10 5790420 . T C 167.04 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0448258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0538;QD=41.7591;RBI=0.0623506;REFB=-0.198472;REVB=0.0433387;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.521711;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0113845;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:15:16:0:1:15:15:0.9375:4:11:0:0:4:11:1:0 chr10 5790616 . A G 291.42 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0388558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.616;QD=16.8939;RBI=0.0391168;REFB=-0.012075;REVB=-0.00451167;RO=37;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387181;STB=0.521726;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0217234;OID=.;OPOS=5790616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:16:16:20:17:16:16:20:17 chr10 5804531 . G A 405.94 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=-0.00904139;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.113;QD=15.1752;RBI=0.0158755;REFB=-0.00492901;REVB=0.0130493;RO=59;SAF=12;SAR=34;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055572;STB=0.52468;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0071802;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:59:61:46:46:0.429907:34:12:18:41:34:12:18:43 chr10 5853817 . G C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0469201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.822;QD=8.25455;RBI=0.0473787;REFB=-0.0127349;REVB=-0.00657606;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181968;STB=0.61499;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0322458;OID=.;OPOS=5853817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:6:6:2:4:6:6 chr10 5855225 . G A 206.99 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00131837;FXX=0.0333278;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.5727;QD=14.2753;RBI=0.0106697;REFB=-0.0287661;REVB=-0.0105879;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894198;STB=0.502956;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0411629;OID=.;OPOS=5855225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:34:24:24:0.413793:14:10:11:16:14:10:14:20 chr10 5920121 . T C 477.58 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194072;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.354;QD=57.8881;RBI=0.0968907;REFB=0;REVB=0.0949272;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451124;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:28:33:1:5:23:0:0:8:25:0:0 chr10 5925971 . C A 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.1601;QD=59.0137;RBI=0.0386493;REFB=0;REVB=0.0094547;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513247;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr10 5931094 . A G 49.25 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.00159083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.273;QD=3.22935;RBI=0.0393089;REFB=-0.00579961;REVB=-0.0392767;RO=52;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419395;STB=0.779475;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0576391;OID=.;OPOS=5931094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:52:52:9:9:0.147541:3:6:16:36:3:6:16:36 chr10 6008172 . C T 277.41 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00704827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.857;QD=18.4942;RBI=0.00719508;REFB=-0.0154422;REVB=0.00144601;RO=30;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123457;STB=0.569077;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0171952;OID=.;OPOS=6008172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:11:19:15:15:11:19:15:15 chr10 6191735 . T C 727.5 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.008;QD=63.2609;RBI=0.0458746;REFB=0;REVB=0.021131;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010998;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr10 6287695 . G A 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0644099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.838;QD=14.9774;RBI=0.0669399;REFB=-0.0116722;REVB=0.0182295;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283851;STB=0.710646;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0090995;OID=.;OPOS=6287695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:19:21:8:11:10:10:0.47619:8:2:4:4:8:2:6:5 chr10 6392848 . G A 154.91 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0157469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.899;QD=15.1129;RBI=0.0220413;REFB=-0.0230593;REVB=0.0154225;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203965;STB=0.62947;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0285443;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:24:16:17:0.414634:11:5:12:12:12:5:12:12 chr10 6393009 . A G 230.8 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0475285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7791;QD=23.0804;RBI=0.0626628;REFB=-0.027706;REVB=-0.0408371;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089494;STB=0.549955;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0201325;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:11:11:7:11:11:11:7:11 chr10 6393260 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.05;QD=59.0185;RBI=0.0286509;REFB=0;REVB=0.0285887;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159871;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr10 6393706 . ACAGG A 410.82 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866511;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=4;MLLD=190.232;QD=56.6655;RBI=0.0751182;REFB=0;REVB=0.0746167;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000280254;OID=.;OPOS=6393707;OREF=CAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:29:29:29:0:11:18:0:0:4:0:10:14:0:0 chr10 6527143 . G A 276.54 PASS AF=0.339806;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=19;FWDB=0.0146526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.236;QD=10.7395;RBI=0.0158609;REFB=-2.19134e-05;REVB=0.00607199;RO=68;SAF=21;SAR=14;SRF=49;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149524;STB=0.585728;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000149533;OID=.;OPOS=6527143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:68:68:35:35:0.339806:14:21:49:19:14:21:49:19 chr10 7285632 . A G 867.72 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0886245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.525;QD=57.8479;RBI=0.0937616;REFB=0;REVB=0.0306094;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612501;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr10 7601805 . CTTTTTTTTG CTTTTTTT,CTTTTTTTG 30.92 PASS AF=0,0.433333;AO=4,7;DP=31;FAO=0,13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=0,8;FSAR=0,5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0178539,0.0521841;FXX=0.0322477;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=162.858,8.0627;QD=4.12218;RBI=0.0178603,0.169729;REFB=-0.00755172,-0.00490672;REVB=0.000477293,0.161508;RO=13;SAF=3,3;SAR=1,4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0291583,-0.351603;STB=0.5,0.555473;STBP=1,0.659;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00192731;OID=.,.;OPOS=7601813,7601806;OREF=TG,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTTTTT,CTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.433333:4,7:31:0,13:30:17:0,8:0,5:12:5:32:13:3,3:1,4:10:3 chr10 7605067 . C T 509.75 PASS AF=0.5;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0099577;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.591;QD=20.8062;RBI=0.0254524;REFB=-0.0193189;REVB=0.0234237;RO=48;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458625;STB=0.520528;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0216194;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:48:49:49:49:0.5:27:22:24:24:27:22:24:25 chr10 7605077 . TC T 1194.78 PASS AF=1;AO=96;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664139;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.1341;QD=47.7913;RBI=0.104926;REFB=0;REVB=-0.0812315;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.213368;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000267079;OID=.;OPOS=7605078;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:102:100:100:0:46:54:0:0:22:0:44:52:0:0 chr10 7605101 . A G 1820.18 PASS AF=0.976;AO=118;DP=121;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0579052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4398;QD=58.2459;RBI=0.0624523;REFB=0.00171087;REVB=-0.0233941;RO=3;SAF=49;SAR=69;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202001;STB=0.510637;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.000348378;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:125:3:3:118:122:0.976:69:49:0:3:69:53:0:3 chr10 7611648 . G A 239.39 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00475957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.501;QD=20.8163;RBI=0.0114686;REFB=-0.0176326;REVB=-0.0104343;RO=23;SAF=19;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379986;STB=0.716767;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0170755;OID=.;OPOS=7611648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:4:19:11:12:4:19:11:12 chr10 7618501 . A G 338.36 PASS AF=0.355932;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0131827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.877;QD=11.4698;RBI=0.0492448;REFB=-0.00717616;REVB=-0.0474475;RO=75;SAF=20;SAR=22;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787216;STB=0.540674;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0100142;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:75:76:42:42:0.355932:22:20:41:34:22:20:41:35 chr10 7618686 . T G 748.82 PASS AF=0.981818;AO=48;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.955;QD=54.4596;RBI=0.0542461;REFB=0.0387112;REVB=0.0402327;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149366;STB=0.507244;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000959958;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:48:54:0.981818:31:17:0:1:34:20:0:1 chr10 7679393 . C T 526.74 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00695263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5786;QD=56.9446;RBI=0.0482695;REFB=-0.0247752;REVB=-0.0477661;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00462644;OID=.;OPOS=7679393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr10 7759595 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.624;QD=55.0987;RBI=0.045225;REFB=0;REVB=0.0259232;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.63115e-05;OID=.;OPOS=7759595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr10 7763661 . A G 1306.65 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0256086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.118;QD=60.7744;RBI=0.0324987;REFB=-0.12844;REVB=0.0200092;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00043809;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:0:1:84:85:0.988372:43:41:0:0:43:42:0:1 chr10 7797902 . AC ACAACT,CT 381.91 PASS AF=0.896552,0.0689655;AO=25,2;DP=31;FAO=26,2;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14,2;FSAR=12,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00698885,-0.00959373;FXX=0.0644953;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=242.579,109.371;QD=52.6777;RBI=0.0173033,0.0178825;REFB=-0.0863508,-0.00268877;REVB=0.015829,0.0150912;RO=1;SAF=13,2;SAR=12,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0343588,0;STB=0.517228,0.5;STBP=0.515,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00130443,0.0412496;OID=.,.;OPOS=7797904,7797902;OREF=-,AC;OALT=AACT,CT;OMAPALT=ACAACT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:31:29:1:1:25,2:26,2:0.896552,0.0689655:12,0:13,2:1:0:12,0:14,2:1:0 chr10 7808086 . T C 657.26 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00590696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8939;QD=59.7506;RBI=0.029822;REFB=0.0163274;REVB=0.0292312;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000147137;OID=.;OPOS=7808086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:0:1:20:23:0:1 chr10 8006798 . A G 563.74 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.536;QD=57.8192;RBI=0.0327942;REFB=-0.0420805;REVB=0.0112779;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00114737;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:1:0:16:22:1:0 chr10 8007559 . GT CC 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999682;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=218.635;QD=51.1846;RBI=0.0381888;REFB=0;REVB=0.0368571;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00024887;OID=.;OPOS=8007559;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr10 8100461 . C T 140.97 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0162028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.82;QD=21.6871;RBI=0.0189613;REFB=-0.0239578;REVB=-0.00984876;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285642;STB=0.516108;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0143154;OID=.;OPOS=8100461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:4:7:9:6:4:7 chr10 11299735 . A T 1503.86 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.748;QD=62.6607;RBI=0.0298123;REFB=0;REVB=0.0289337;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205098;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:96:0:0:90:96:1:38:52:0:0:41:55:0:0 chr10 11356160 . C T 718.98 PASS AF=0.569106;AO=68;DP=121;FAO=70;FDP=123;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00315798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.57;QD=23.3815;RBI=0.0142658;REFB=-0.0084977;REVB=-0.0139119;RO=51;SAF=34;SAR=34;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230976;STB=0.518341;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00863993;OID=.;OPOS=11356160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:51:53:68:70:0.569106:34:34:24:27:34:36:25:28 chr10 11373418 . A ATC 924.72 PASS AF=0.692308;AO=73;DP=118;FAO=81;FDP=117;FR=.;FRO=36;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00329778;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.935;QD=31.6145;RBI=0.0172663;REFB=-0.0123936;REVB=-0.0169485;RO=36;SAF=43;SAR=30;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106688;STB=0.538956;STBP=0.224;TYPE=ins;VARB=0.00309335;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.692308:73:118:81:117:36:44:37:15:21:99:36:43:30:15:21 chr10 11373420 . G C 143.5 PASS AF=0.205128;AO=24;DP=120;FAO=24;FDP=117;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.0082327;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5146;QD=4.90584;RBI=0.0287643;REFB=-0.0139904;REVB=-0.027561;RO=86;SAF=9;SAR=15;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173294;STB=0.604664;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0149477;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:117:86:93:24:24:0.205128:15:9:44:42:15:9:47:46 chr10 11502634 . A C 59.4 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0568188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9165;QD=8.48598;RBI=0.0571925;REFB=-0.00980923;REVB=-0.00652737;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385725;STB=0.744008;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.100777;OID=.;OPOS=11502634;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:28:19:19:7:7:0.25:2:5:7:12:2:5:7:12 chr10 11502640 . A G 51.0 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0765117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1483;QD=5.51299;RBI=0.0778541;REFB=-0.0221453;REVB=0.0143953;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398662;STB=0.75936;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.119886;OID=.;OPOS=11502640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:37:37:29:29:8:8:0.216216:2:6:12:17:2:6:12:17 chr10 11502653 . TAAAAAT TAAAAT,TAAAATA,TATAAAT 221.36 PASS AF=0.964912,0,0.0350877;AO=23,3,5;DP=60;FAO=55,0,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0,1;FSAR=34,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109049,-0.0875942,-0.0363723;FXX=0.095223;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=7.27893,81.4641,69.2766;QD=15.5337;RBI=0.173548,0.0879977,0.0574359;REFB=-0.107515,-0.0139158,-0.0319966;REVB=0.135009,0.00841698,0.0444516;RO=18;SAF=3,3,3;SAR=20,0,2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.411212,0.604808,0.115693;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.0113477,0,0.0194167;OID=.,.,.;OPOS=11502654,11502658,11502655;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TAAAAT,TAAAATA,TATAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.964912,0,0.0350877:23,3,5:60:55,0,2:57:0:21,0,1:34,0,1:0:0:12:18:3,3,3:20,0,2:9:9 chr10 11504313 . C T 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4823;QD=59.6785;RBI=0.0241629;REFB=0;REVB=0.0240355;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183236;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr10 11505051 . GC G 413.55 PASS AF=0.953488;AO=38;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00492418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.4863;QD=38.4695;RBI=0.251474;REFB=-0.0416772;REVB=0.251426;RO=5;SAF=5;SAR=33;SRF=2;SRR=3;SSEN=0.356912;SSEP=0;SSSB=-0.115071;STB=0.583288;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.0118354;OID=.;OPOS=11505052;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.953488:38:43:41:43:2:5:36:2:0:3:5:5:33:2:3 chr10 11505175 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=487.001;QD=37.4885;RBI=0.0109018;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3429e-05;OID=.;OPOS=11505175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr10 11789382 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5137;QD=57.2362;RBI=0.0566063;REFB=0;REVB=-0.0458338;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000749846;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr10 11789405 . G A 800.38 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.593;QD=57.1696;RBI=0.0488338;REFB=0;REVB=-0.0123844;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104995;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:30:26:0:0 chr10 11797436 . T C 1008.13 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7774;QD=59.3019;RBI=0.072932;REFB=0;REVB=-0.0654123;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000900855;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr10 11797467 . G A 1046.34 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111405;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.842;QD=57.3339;RBI=0.108898;REFB=-0.176901;REVB=0.108327;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00191085;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:73:0:1:71:72:0.986301:36:35:0:0:37:35:0:1 chr10 12111090 . T C 1513.04 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4613;QD=59.9225;RBI=0.0505037;REFB=0;REVB=0.00980002;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240628;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:41:60:0:0:41:60:0:0 chr10 12131081 . T G 314.77 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00429529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.94;QD=14.8129;RBI=0.0118599;REFB=-0.00165472;REVB=-0.0110548;RO=50;SAF=18;SAR=17;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475837;STB=0.526939;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00195289;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:17:18:28:22:17:18:28:22 chr10 12143105 . C G 1190.36 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000222395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.681;QD=61.0444;RBI=0.0684087;REFB=0;REVB=-0.0684084;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186229;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr10 12148259 . A C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.13;QD=59.3217;RBI=0.0199731;REFB=0;REVB=-0.0143989;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.59022e-07;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr10 12148286 . T C 1035.56 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0174539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5992;QD=56.7432;RBI=0.0298107;REFB=-0.0515158;REVB=0.0241669;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133193;STB=0.500193;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000876794;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:35:36:0:1:35:36:1:1 chr10 12149939 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.139;QD=62.022;RBI=0.027416;REFB=0;REVB=0.00743516;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41123e-05;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr10 12158365 . G T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000909483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.772;QD=12.3961;RBI=0.0478116;REFB=-0.0117583;REVB=-0.047803;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20967;STB=0.630995;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00992137;OID=.;OPOS=12158365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:3:2:1:4:3:2 chr10 12191933 . C T 352.57 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00394874;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.017;QD=18.0804;RBI=0.010599;REFB=-0.00205641;REVB=-0.00983601;RO=38;SAF=17;SAR=20;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596448;STB=0.536822;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00183539;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:38:41:37:37:0.474359:20:17:15:23:20:17:16:25 chr10 12209752 . T C 346.2 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.087321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.429;QD=14.5769;RBI=0.0880805;REFB=-0.0137435;REVB=0.0115414;RO=57;SAF=20;SAR=18;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740961;STB=0.542013;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0261704;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:18:20:26:31:18:20:26:31 chr10 12212186 . T A 216.47 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0241307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.304;QD=16.6515;RBI=0.0241318;REFB=-0.0108634;REVB=0.000223437;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210389;STB=0.522489;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0159367;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:23:24:0.461538:11:12:14:14:11:13:14:14 chr10 12291584 . C T 205.3 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00332099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3549;QD=12.8311;RBI=0.128944;REFB=-0.0163059;REVB=0.128901;RO=38;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301621;STB=0.666111;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0283187;OID=.;OPOS=12291584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:39:25:25:0.390625:8:17:15:23:8:17:16:23 chr10 12292344 . A G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00301805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.371;QD=17.7317;RBI=0.00626381;REFB=0.00492764;REVB=-0.00548877;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582958;STB=0.533294;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00821705;OID=.;OPOS=12292344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:10:9:7:10:10:9 chr10 12695177 . A G 349.13 PASS AF=0.371681;AO=37;DP=114;FAO=42;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.00932748;FXX=0.00877116;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.316;QD=12.3587;RBI=0.011918;REFB=-0.0198749;REVB=-0.0074187;RO=49;SAF=12;SAR=25;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254099;STB=0.50987;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0352724;OID=.;OPOS=12695177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:49:71:37:42:0.371681:25:12:16:33:26:16:26:45 chr10 12867598 . C G 785.1 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0793831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4336;QD=57.0985;RBI=0.0810674;REFB=0;REVB=0.0164392;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000580193;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr10 12940455 . A G 1054.65 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456214;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.003;QD=59.417;RBI=0.0457316;REFB=0;REVB=-0.00317399;RO=0;SAF=20;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95071e-05;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:68:71:1:48:20:0:0:48:23:0:0 chr10 13152400 . T A 412.89 PASS AF=0.588235;AO=39;DP=67;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00113329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.997;QD=24.2877;RBI=0.0121409;REFB=-0.0127402;REVB=0.0120878;RO=28;SAF=21;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835103;STB=0.539628;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00785598;OID=.;OPOS=13152400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:28:28:39:40:0.588235:18:21:12:16:19:21:12:16 chr10 13158257 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0156485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.226;QD=15.5715;RBI=0.0539254;REFB=0.0146691;REVB=-0.051605;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155332;STB=0.564402;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.011356;OID=.;OPOS=13158257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:12:12:10:11:0.478261:5:5:8:4:5:6:8:4 chr10 13158262 . C T 337.1 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.05;QD=53.9362;RBI=0.043553;REFB=0;REVB=0.0259599;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0051077;OID=.;OPOS=13158262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:20:25:1:10:10:0:0:10:15:0:0 chr10 13166076 . A G 426.54 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.067;QD=55.0371;RBI=0.0511437;REFB=0;REVB=-0.0315849;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404935;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806712;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:1:0:30:31:1:19:11:1:0:19:12:0:0 chr10 13206233 . A T 1346.64 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154473;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.555;QD=62.6343;RBI=0.0262533;REFB=0;REVB=0.0212277;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14733e-05;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:34:51:0:0:34:52:0:0 chr10 13214753 . G C 75.12 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.103633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1751;QD=11.1289;RBI=0.105813;REFB=0.0211178;REVB=-0.0213687;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11281;STB=0.538383;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0416177;OID=.;OPOS=13214753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:15:17:10:10:0.37037:7:3:6:9:7:3:6:11 chr10 13230950 . C T 770.22 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.553;QD=57.0532;RBI=0.0386437;REFB=0;REVB=-0.00368751;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100182;OID=.;OPOS=13230950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:30:22:0:0:30:24:0:0 chr10 13275553 . T G 538.55 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.247;QD=59.8388;RBI=0.0551827;REFB=0;REVB=0.0530252;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181896;OID=.;OPOS=13275553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:22:14:0:0 chr10 13337588 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.327;QD=62.9829;RBI=0.0386766;REFB=0;REVB=0.00954472;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116433;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr10 13375906 . T C 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00402292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.711;QD=18.6203;RBI=0.00848819;REFB=-0.00160803;REVB=0.00747433;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619944;STB=0.541525;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00168081;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:21:16:19:19:21:16:20:19 chr10 13481427 . T A 300.06 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.029678;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.603;QD=18.7535;RBI=0.0297102;REFB=-0.0244239;REVB=-0.00138272;RO=32;SAF=7;SAR=25;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322782;STB=0.681694;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0252561;OID=.;OPOS=13481427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:32:32:32:32:0.5:25:7:17:15:25:7:17:15 chr10 13494594 . T C 769.39 PASS AF=0.460227;AO=80;DP=175;FAO=81;FDP=176;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=60;FWDB=-0.00398416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.306;QD=17.4861;RBI=0.0320218;REFB=-0.00379238;REVB=0.031773;RO=95;SAF=30;SAR=50;SRF=35;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00688055;STB=0.501128;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00474067;OID=.;OPOS=13494594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:95:95:80:81:0.460227:50:30:35:60:51:30:35:60 chr10 13534851 . A G 161.99 PASS AF=0.328358;AO=20;DP=65;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00988328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.469;QD=9.67078;RBI=0.0151807;REFB=-0.00372099;REVB=0.0115227;RO=44;SAF=6;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192463;STB=0.628275;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00889821;OID=.;OPOS=13534851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:44:45:20:22:0.328358:14:6:20:24:16:6:20:25 chr10 13633835 . A G 1457.11 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939208;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7018;QD=63.3526;RBI=0.106491;REFB=0;REVB=-0.0501907;RO=0;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031854;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:35:57:0:0:35:57:0:0 chr10 13685766 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.264;QD=61.3359;RBI=0.053588;REFB=0;REVB=-0.0513754;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107559;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr10 13687890 . G A 631.83 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.084407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.48;QD=61.6414;RBI=0.0856245;REFB=0;REVB=0.0143881;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178348;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr10 13735887 . C A 538.73 PASS AF=0.504505;AO=53;DP=108;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0744421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5698;QD=19.4136;RBI=0.0791583;REFB=-0.0385964;REVB=0.0269149;RO=55;SAF=18;SAR=35;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781017;STB=0.532313;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0349021;OID=.;OPOS=13735887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:55:55:53:56:0.504505:35:18:23:32:36:20:23:32 chr10 13735947 . A G 1818.47 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239657;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.629;QD=61.6432;RBI=0.0259293;REFB=0;REVB=-0.00989823;RO=0;SAF=49;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320623;OID=.;OPOS=13735947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:118:0:0:118:118:1:69:49:0:0:69:49:0:0 chr10 13769842 . A G 412.02 PASS AF=0.66129;AO=35;DP=56;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0991806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.31;QD=26.5819;RBI=0.0991994;REFB=-0.0340944;REVB=0.00193368;RO=21;SAF=15;SAR=20;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207564;STB=0.624356;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0333542;OID=.;OPOS=13769842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:62:21:21:35:41:0.66129:20:15:3:18:20:21:3:18 chr10 14705438 . C G 191.06 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.012367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.399;QD=13.4076;RBI=0.013251;REFB=-0.0089982;REVB=0.00475882;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284342;STB=0.512728;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0114575;OID=.;OPOS=14705438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:14:9:13:20:14:9:14:20 chr10 14950962 . A C 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00478442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4862;QD=15.198;RBI=0.0102391;REFB=-0.0144009;REVB=0.00905254;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214209;STB=0.622482;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0137391;OID=.;OPOS=14950962;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:14:4:6:8:14:4 chr10 14976727 . G C 247.88 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00450159;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5372;QD=24.1835;RBI=0.0322962;REFB=-0.00886939;REVB=0.031981;RO=18;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122749;STB=0.568658;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00893652;OID=.;OPOS=14976727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:16:7:8:10:16:7:8:10 chr10 15008493 . A C 253.15 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.000503521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.946;QD=15.1132;RBI=0.00607049;REFB=-0.00655361;REVB=0.00604957;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00910152;STB=0.505151;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00769762;OID=.;OPOS=15008493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:14:15:20:18:14:15:20:18 chr10 15573050 . A G 696.68 PASS AF=0.53125;AO=68;DP=128;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0314031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.709;QD=21.7711;RBI=0.0428393;REFB=-0.0249238;REVB=0.0291386;RO=59;SAF=39;SAR=29;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557911;STB=0.527019;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0250333;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:59:60:68:68:0.53125:29:39:30:29:29:39:31:29 chr10 15649710 . G A 493.41 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0127358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3804;QD=20.3469;RBI=0.0386471;REFB=-0.0304554;REVB=-0.0364883;RO=49;SAF=17;SAR=31;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527858;STB=0.529291;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0292009;OID=.;OPOS=15649710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:31:17:20:29:31:17:20:29 chr10 16547058 . A G 694.95 PASS AF=0.492857;AO=69;DP=140;FAO=69;FDP=140;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00597847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.642;QD=19.8558;RBI=0.0198288;REFB=-0.00470855;REVB=0.018906;RO=71;SAF=31;SAR=38;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117647;STB=0.506492;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0045188;OID=.;OPOS=16547058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:71:71:69:69:0.492857:38:31:31:40:38:31:31:40 chr10 16796919 . C A 492.18 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0106767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.078;QD=22.6289;RBI=0.0164251;REFB=-0.0213332;REVB=0.0124816;RO=40;SAF=22;SAR=25;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151793;STB=0.508354;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0208844;OID=.;OPOS=16796919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:25:22:18:22:25:22:18:22 chr10 16870912 . G T 666.26 PASS AF=0.51938;AO=63;DP=127;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.00275617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.009;QD=20.6592;RBI=0.00664332;REFB=-0.0250436;REVB=0.0060446;RO=62;SAF=30;SAR=33;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165768;STB=0.580905;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0292918;OID=.;OPOS=16870912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:62:62:63:67:0.51938:33:30:41:21:34:33:41:21 chr10 16882518 . T C 176.95 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0121085;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.691;QD=10.2582;RBI=0.0213896;REFB=-0.0156802;REVB=0.0176323;RO=46;SAF=17;SAR=6;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437758;STB=0.755338;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0213226;OID=.;OPOS=16882518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:6:17:16:30:6:17:16:30 chr10 16918972 . A G 566.38 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00528667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.993;QD=21.3727;RBI=0.0057811;REFB=-0.00644804;REVB=-0.00233926;RO=49;SAF=33;SAR=24;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109967;STB=0.560418;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00597915;OID=.;OPOS=16918972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:24:33:22:27:24:33:22:27 chr10 16943371 . G C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.86;QD=58.9627;RBI=0.0199588;REFB=0;REVB=0.00975186;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.72072e-06;OID=.;OPOS=16943371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:45:21:0:0:45:21:0:0 chr10 16967401 . C T 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.334;QD=62.9788;RBI=0.0276094;REFB=0;REVB=-0.0275229;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172726;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr10 16967586 . C G 237.85 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00163801;FXX=0.0468677;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.815;QD=15.5967;RBI=0.00722795;REFB=0.0095843;REVB=0.0070399;RO=32;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365231;STB=0.507128;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0127907;OID=.;OPOS=16967586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:32:34:27:27:0.442623:10:17:19:13:10:17:21:13 chr10 16979661 . T C 918.02 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.051;QD=58.2869;RBI=0.011471;REFB=0;REVB=0.0105288;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67552e-05;OID=.;OPOS=16979661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:27:35:0:0:28:35:0:0 chr10 17113563 . C T 625.33 PASS AF=0.40113;AO=71;DP=177;FAO=71;FDP=177;FR=.;FRO=106;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=66;FWDB=-0.00566718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9646;QD=14.1317;RBI=0.0131145;REFB=-0.00821761;REVB=-0.0118268;RO=106;SAF=35;SAR=36;SRF=40;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123647;STB=0.569359;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0122438;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:106:106:71:71:0.40113:36:35:40:66:36:35:40:66 chr10 17147521 . G T 431.13 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.000274833;FXX=0.0326052;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3281;QD=19.3764;RBI=0.0514862;REFB=-0.013929;REVB=-0.0514854;RO=44;SAF=20;SAR=23;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195928;STB=0.617716;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0143288;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:44:46:43:43:0.483146:23:20:30:14:23:20:32:14 chr10 17152994 . G A 492.28 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0028654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.669;QD=22.6335;RBI=0.0188838;REFB=-0.00636724;REVB=-0.0186651;RO=39;SAF=28;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910281;STB=0.544891;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00648651;OID=.;OPOS=17152994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:40:47:47:0.54023:19:28:19:20:19:28:20:20 chr10 17153023 . C T 225.83 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0100346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.539;QD=13.2839;RBI=0.0124306;REFB=-0.015292;REVB=0.00733675;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390109;STB=0.533164;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0248549;OID=.;OPOS=17153023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:41:41:26:27:0.397059:13:13:22:19:14:13:22:19 chr10 17156151 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240457;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.857;QD=60.5473;RBI=0.0242002;REFB=0;REVB=0.00272993;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95562e-05;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:46:29:0:0:46:29:0:0 chr10 17187634 . G C 206.64 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00731998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.752;QD=11.0206;RBI=0.00742724;REFB=-0.00453788;REVB=0.00125773;RO=49;SAF=14;SAR=12;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374391;STB=0.521722;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00799772;OID=.;OPOS=17187634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:12:14:28:21:12:14:28:21 chr10 17204187 . G A 177.78 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.103343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7515;QD=12.2604;RBI=0.105388;REFB=-0.00955311;REVB=-0.0206609;RO=35;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127505;STB=0.584666;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0103801;OID=.;OPOS=17204187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:36:22:22:0.37931:15:7:15:20:15:7:16:20 chr10 17216556 . C T 108.6 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0537618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7514;QD=13.1632;RBI=0.138413;REFB=0.0357403;REVB=0.127546;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142088;STB=0.583207;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0498455;OID=.;OPOS=17216556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:12:8:7:6:12:8 chr10 17891705 . A G 1325.69 PASS AF=0.456376;AO=136;DP=298;FAO=136;FDP=298;FR=.;FRO=162;FSAF=47;FSAR=89;FSRF=74;FSRR=88;FWDB=0.0175318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.16;QD=17.7945;RBI=0.018844;REFB=0.000359348;REVB=0.006909;RO=160;SAF=47;SAR=89;SRF=73;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114726;STB=0.564167;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.000334218;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:160:162:136:136:0.456376:89:47:73:87:89:47:74:88 chr10 18242304 . T C 651.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.8;QD=62.0179;RBI=0.00811425;REFB=0;REVB=-0.00597552;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27027e-05;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:24:18:0:0 chr10 18829981 . A ATGTT 1153.48 PASS AF=0.85567;AO=80;DP=100;FAO=83;FDP=97;FR=.;FRO=14;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0278874;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=4;MLLD=229.584;QD=47.5661;RBI=0.0295976;REFB=-0.0281551;REVB=0.00991517;RO=16;SAF=38;SAR=42;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784325;STB=0.511175;STBP=0.625;TYPE=ins;VARB=0.00359402;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.85567:80:100:83:97:14:41:42:8:6:72:16:38:42:8:8 chr10 18965160 . G A 412.78 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0209666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.051;QD=18.7626;RBI=0.0255306;REFB=-0.0144577;REVB=-0.0145676;RO=46;SAF=19;SAR=23;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100259;STB=0.555714;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0140755;OID=.;OPOS=18965160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:23:19:16:30:23:19:16:30 chr10 19492832 . A C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.828;QD=57.5447;RBI=0.072935;REFB=0;REVB=0.00698853;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178408;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr10 19498278 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.055;QD=60.8836;RBI=0.0300109;REFB=0;REVB=0.0174972;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76914e-05;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr10 19640982 . C T 398.94 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0119986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5199;QD=18.3419;RBI=0.0450819;REFB=0.0229044;REVB=-0.0434559;RO=44;SAF=20;SAR=21;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116808;STB=0.563728;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0448033;OID=.;OPOS=19640982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:46:41:41:0.471264:21:20:27:17:21:20:28:18 chr10 19676553 . A G 352.72 PASS AF=0.367521;AO=43;DP=118;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=23;FWDB=-0.00764153;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.618;QD=12.0586;RBI=0.00766133;REFB=-0.00734483;REVB=0.000550468;RO=75;SAF=25;SAR=18;SRF=52;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131677;STB=0.571635;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0169534;OID=.;OPOS=19676553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:75:74:43:43:0.367521:18:25:52:23:18:25:51:23 chr10 19676561 . G A 363.38 PASS AF=0.369748;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=119;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=0.0144356;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.915;QD=12.2144;RBI=0.0212353;REFB=-0.00605002;REVB=0.0155741;RO=76;SAF=24;SAR=20;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112677;STB=0.569392;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0023474;OID=.;OPOS=19676561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:76:75:44:44:0.369748:20:24:49:27:20:24:49:26 chr10 19678286 . C T 1624.4 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.471;QD=60.1631;RBI=0.0234095;REFB=0;REVB=0.00487846;RO=0;SAF=42;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33539e-05;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:66:42:0:0:66:42:0:0 chr10 19678449 . A G 266.94 PASS AF=0.307692;AO=36;DP=117;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.00225643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.606;QD=9.12625;RBI=0.00613285;REFB=-0.0021729;REVB=-0.00570266;RO=81;SAF=11;SAR=25;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147566;STB=0.586804;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00475916;OID=.;OPOS=19678449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:81:81:36:36:0.307692:25:11:34:47:25:11:34:47 chr10 19678497 . G A 1511.68 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277447;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.163;QD=59.8684;RBI=0.0256436;REFB=0;REVB=0.0254931;RO=0;SAF=37;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150032;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:64:37:0:0:64:37:0:0 chr10 19777982 . G A 2275.44 PASS AF=0.521226;AO=221;DP=424;FAO=221;FDP=424;FR=.;FRO=203;FSAF=56;FSAR=165;FSRF=65;FSRR=138;FWDB=-0.0079104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.928;QD=21.4664;RBI=0.0126477;REFB=-0.0308116;REVB=-0.00986869;RO=202;SAF=56;SAR=165;SRF=64;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704216;STB=0.54057;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0254635;OID=.;OPOS=19777982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:424:424:202:203:221:221:0.521226:165:56:64:138:165:56:65:138 chr10 19778056 . G A 860.82 PASS AF=0.53012;AO=84;DP=161;FAO=88;FDP=166;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=0.0216001;FXX=0.0119041;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3969;QD=20.7426;RBI=0.0372896;REFB=-0.00981155;REVB=0.0303966;RO=76;SAF=31;SAR=53;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377529;STB=0.516506;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0087958;OID=.;OPOS=19778056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:166:76:78:84:88:0.53012:53:31:25:51:57:31:25:53 chr10 19778072 . A G 2115.88 PASS AF=0.978571;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00680792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.407;QD=60.4538;RBI=0.00937248;REFB=-0.0329473;REVB=0.0064417;RO=3;SAF=46;SAR=91;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000111068;STB=0.500058;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=4.99937e-06;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:140:3:3:137:137:0.978571:91:46:1:2:91:46:1:2 chr10 19780463 . C A 171.33 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0040888;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.767;QD=20.7674;RBI=0.0283962;REFB=-0.0452152;REVB=-0.0281003;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602254;STB=0.521714;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0351342;OID=.;OPOS=19780463;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:16:17:17:0.515152:6:11:10:4:6:11:11:5 chr10 19780543 . C T 250.62 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=51;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.000790569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8657;QD=18.9149;RBI=0.0177109;REFB=-0.0508674;REVB=0.0176933;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126906;STB=0.564923;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0402271;OID=.;OPOS=19780543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:26:26:25:27:0.509434:10:15:12:14:11:16:12:14 chr10 19787418 . T G 278.2 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0157714;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.085;QD=18.2424;RBI=0.0186227;REFB=-0.0182816;REVB=-0.00990298;RO=30;SAF=10;SAR=20;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298245;STB=0.659234;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0262806;OID=.;OPOS=19787418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:30:31:30:30:0.491803:20:10:20:10:20:10:20:11 chr10 19896830 . C A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00895998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.766;QD=57.3858;RBI=0.0130611;REFB=0;REVB=0.00950316;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23677e-06;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr10 20036605 . A AGT 58.33 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.00611012;FXX=0.0166639;HRUN=0;LEN=2;MLLD=121.321;QD=3.95452;RBI=0.00637273;REFB=-0.00762442;REVB=0.00181057;RO=50;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124087;STB=0.60996;STBP=0.488;TYPE=ins;VARB=0.0130663;OID=.;OPOS=20036606;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169492:10:62:10:59:49:5:5:18:31:58:50:5:5:20:30 chr10 20036609 . C A 42.45 PASS AF=0.133333;AO=7;DP=62;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0333212;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.767;QD=2.82968;RBI=0.0347415;REFB=-0.0103626;REVB=-0.00983186;RO=51;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36765;STB=0.699534;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0283727;OID=.;OPOS=20036609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:62:60:51:52:7:8:0.133333:2:5:20:31:3:5:20:32 chr10 20500592 . T C 389.15 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00194939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.655;QD=15.1128;RBI=0.0262392;REFB=-0.0129309;REVB=0.0261667;RO=59;SAF=17;SAR=27;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057405;STB=0.53231;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0153363;OID=.;OPOS=20500592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:44:44:0.427184:27:17:26:33:27:17:26:33 chr10 20534333 . A G 1087.98 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1882;QD=59.6154;RBI=0.05366;REFB=0;REVB=-0.00589675;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809939;OID=.;OPOS=20534333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:44:28:0:0:44:29:0:0 chr10 21071191 . G C 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00402876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.047;QD=17.5869;RBI=0.0066898;REFB=-0.0232172;REVB=-0.00534064;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00352189;STB=0.545413;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0246461;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:28:22:22:0.44:10:12:13:11:10:12:13:15 chr10 21074344 . A G 1959.35 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-1.7598e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1839;QD=60.2876;RBI=0.0920831;REFB=-0.0791795;REVB=0.0920831;RO=2;SAF=65;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143957;STB=0.507575;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000854901;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:2:2:128:128:0.984615:63:65:2:0:63:65:2:0 chr10 21074455 . T C 578.79 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00359363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.906;QD=17.0231;RBI=0.00705032;REFB=-0.00792953;REVB=0.00606571;RO=75;SAF=33;SAR=28;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086633;STB=0.548263;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0131774;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:75:61:61:0.448529:28:33:34:41:28:33:34:41 chr10 21108377 . C T 628.67 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0158093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.446;QD=19.0505;RBI=0.0295397;REFB=-0.0264719;REVB=-0.0249532;RO=68;SAF=30;SAR=34;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110918;STB=0.561302;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0325439;OID=.;OPOS=21108377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:68:64:64:0.484848:34:30:40:28:34:30:40:28 chr10 21807000 . TTA T,TTT 132.13 PASS AF=0.512195,0;AO=7,10;DP=48;FAO=21,0;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7,0;FSAR=14,0;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0647946,0.205686;FXX=0;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=18.0968,12.1996;QD=12.8912;RBI=0.0648451,0.227648;REFB=-0.0805516,-0.0968382;REVB=0.00255951,0.0975561;RO=27;SAF=1,0;SAR=6,10;SRF=19;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.614933,-0.806266;STB=0.655588,0.5;STBP=0.065,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0929418,0;OID=.,.;OPOS=21807001,21807002;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512195,0:7,10:48:21,0:41:20:7,0:14,0:13:7:99:27:1,0:6,10:19:8 chr10 22498749 . A T 2123.9 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0545882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3888;QD=62.0116;RBI=0.0589796;REFB=-0.0859754;REVB=0.0223319;RO=1;SAF=66;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714828;STB=0.503759;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000726801;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:137:1:1:135:136:0.992701:69:66:1:0:70:66:1:0 chr10 22825069 . G A 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00144877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.339;QD=14.8507;RBI=0.0150627;REFB=0.00474162;REVB=0.0149928;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118707;STB=0.578864;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00936241;OID=.;OPOS=22825069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:8:11:13:15:8:11:13:16 chr10 22825596 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6186;QD=57.2005;RBI=0.0427023;REFB=0;REVB=0.0416424;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769946;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr10 23297252 . G A 1163.39 PASS AF=0.42623;AO=127;DP=303;FAO=130;FDP=305;FR=.;FRO=175;FSAF=46;FSAR=84;FSRF=65;FSRR=110;FWDB=-0.0119111;FXX=0.00326787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6759;QD=15.2576;RBI=0.0308536;REFB=-0.0140187;REVB=0.0284617;RO=167;SAF=44;SAR=83;SRF=64;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408668;STB=0.510958;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0173134;OID=.;OPOS=23297252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:305:167:175:127:130:0.42623:83:44:64:103:84:46:65:110 chr10 23297301 . C T 1385.59 PASS AF=0.556522;AO=128;DP=240;FAO=128;FDP=230;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=90;FSRF=33;FSRR=69;FWDB=-0.015574;FXX=0.0456413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.359;QD=24.0972;RBI=0.0594048;REFB=-0.0104499;REVB=-0.0573269;RO=102;SAF=38;SAR=90;SRF=33;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025704;STB=0.513994;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00978663;OID=.;OPOS=23297301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:230:102:102:128:128:0.556522:90:38:33:69:90:38:33:69 chr10 23393091 . A G 431.02 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.000268623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.593;QD=17.5924;RBI=0.000268624;REFB=-0.00553056;REVB=8.40826e-07;RO=54;SAF=27;SAR=17;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961635;STB=0.553887;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00642274;OID=.;OPOS=23393091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:17:27:28:26:17:27:28:26 chr10 23556110 . A G 1095.51 PASS AF=0.938272;AO=76;DP=81;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0393207;FXX=0.0121936;HRUN=6;LEN=1;MLLD=104.64;QD=54.0994;RBI=0.0459106;REFB=-0.0769496;REVB=0.0236994;RO=0;SAF=24;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16397e-08;STB=0.52293;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00247997;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:81:81:0:5:76:76:0.938272:52:24:0:0:52:24:0:5 chr10 23633566 . C A 1581.45 PASS AF=0.972973;AO=106;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0149127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.134;QD=56.9893;RBI=0.0551562;REFB=-0.0983324;REVB=0.053102;RO=3;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231362;STB=0.512193;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00266719;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:111:3:3:106:108:0.972973:60:46:0:3:60:48:0:3 chr10 23688486 . T C 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0301459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.562;QD=13.4408;RBI=0.0301465;REFB=-0.018081;REVB=-0.000187592;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945612;STB=0.555448;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0302074;OID=.;OPOS=23688486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:4:9:6:4:4:9 chr10 23688521 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0247262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.457;QD=13.4559;RBI=0.0335327;REFB=-0.005945;REVB=0.0226507;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.522347;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00844069;OID=.;OPOS=23688521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:13:15:11:11:0.423077:7:4:6:7:7:4:6:9 chr10 23688542 . T A 91.38 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0267377;FXX=0.0416493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.4862;QD=15.892;RBI=0.131911;REFB=0.039245;REVB=0.129172;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128939;STB=0.517207;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00149326;OID=.;OPOS=23688542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:23:5:11:8:10:0.434783:5:3:1:4:7:3:3:8 chr10 24564653 . C T 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0167456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.171;QD=24.2039;RBI=0.0524683;REFB=-0.0216895;REVB=0.0497243;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817516;STB=0.54575;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0122318;OID=.;OPOS=24564653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:7:11:6:6:7:11:6:6 chr10 24721946 . A C 99.58 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0276739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8112;QD=8.65872;RBI=0.047975;REFB=-0.0117277;REVB=0.0391888;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154991;STB=0.593719;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0317853;OID=.;OPOS=24721946;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:7:6:11:22:7:6:11:22 chr10 24873369 . C G 288.52 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00586797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.814;QD=13.739;RBI=0.0105933;REFB=-0.0152069;REVB=0.00881959;RO=51;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130799;STB=0.574363;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0211211;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:16:17:20:31:16:17:20:31 chr10 24879281 . A G 1063.74 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.742;QD=59.0966;RBI=0.0241659;REFB=0;REVB=0.0191246;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73542e-05;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:72:0:0:67:72:1:26:41:0:0:28:44:0:0 chr10 24908686 . T C 419.31 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.019778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6797;QD=22.9757;RBI=0.0210163;REFB=-0.0502708;REVB=-0.00710744;RO=32;SAF=15;SAR=26;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301104;STB=0.665275;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0285951;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:26:15:24:8:26:15:24:8 chr10 24910209 . G A 199.23 PASS AF=0.477273;AO=19;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00496421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6727;QD=18.1117;RBI=0.025301;REFB=-0.0674631;REVB=-0.0248092;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.543285;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0571569;OID=.;OPOS=24910209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:23:19:21:0.477273:12:7:7:12:13:8:7:16 chr10 24929141 . G A 1034.65 PASS AF=0.505051;AO=100;DP=199;FAO=100;FDP=198;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=32;FSRR=66;FWDB=0.00619845;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.668;QD=20.902;RBI=0.0177517;REFB=-0.0146165;REVB=0.0166344;RO=98;SAF=44;SAR=56;SRF=32;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105467;STB=0.557761;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.01188;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:98:98:100:100:0.505051:56:44:32:66:56:44:32:66 chr10 25144247 . A G 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00687442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.897;QD=22.9154;RBI=0.01831;REFB=-0.00899816;REVB=0.0169705;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228994;STB=0.63128;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00512592;OID=.;OPOS=25144247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:3:1:6:3:3:1 chr10 25888180 . A G 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0185252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.623;QD=17.9536;RBI=0.0308151;REFB=-0.0241958;REVB=0.0246249;RO=17;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205582;STB=0.618883;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0113146;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:13:3:6:11:13:3:6:11 chr10 26355906 . G A 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.0578414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8472;QD=18.0354;RBI=0.0600614;REFB=-0.0143882;REVB=0.0161784;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448307;STB=0.750667;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.018574;OID=.;OPOS=26355906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:14:8:23:4:14:8:23:4 chr10 26355992 . A G 471.78 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0219571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.8395;QD=55.5036;RBI=0.0247661;REFB=-0.0475619;REVB=0.0114561;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00103609;OID=.;OPOS=26355992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:32:33:0.970588:14:18:0:1:14:19:0:1 chr10 26357747 . CG CA,TA 611.35 PASS AF=0.560976,0.439024;AO=23,19;DP=43;FAO=23,18;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12,6;FSAR=11,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00932739,-0.00863984;FXX=0.0465008;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=109.203,110.396;QD=59.6439;RBI=0.021055,0.0462491;REFB=0,0;REVB=-0.0188762,-0.0454349;RO=0;SAF=12,6;SAR=11,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.851e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00649037,-0.00960775;OID=.,.;OPOS=26357748,26357747;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:43:41:0:0:23,19:23,18:0.560976,0.439024:11,13:12,6:0:0:11,12:12,6:0:0 chr10 26446312 . G A 637.81 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00814744;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.997;QD=21.8056;RBI=0.0187832;REFB=-0.0109862;REVB=-0.0169241;RO=54;SAF=34;SAR=29;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334899;STB=0.518372;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00933868;OID=.;OPOS=26446312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:54:54:63:63:0.538462:29:34:27:27:29:34:27:27 chr10 26462790 . G A 200.5 PASS AF=0.487805;AO=21;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0663701;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6662;QD=19.5613;RBI=0.0707283;REFB=0.0160995;REVB=0.0244438;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664426;STB=0.560915;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0225898;OID=.;OPOS=26462790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:21:21:20:0.487805:11:10:8:12:10:10:8:13 chr10 26463043 . A T 73.18 PASS AF=0.344828;AO=8;DP=27;FAO=10;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00062587;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=257.181;QD=10.0939;RBI=0.00477534;REFB=0.00262253;REVB=-0.00473415;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467468;STB=0.810202;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00715084;OID=.;OPOS=26463043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:27:29:14:19:8:10:0.344828:2:6:4:10:2:8:6:13 chr10 26463130 . C A 393.17 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.07;QD=56.1673;RBI=0.0522513;REFB=0;REVB=0.00474915;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305475;OID=.;OPOS=26463130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr10 26505822 . G A 385.56 PASS AF=0.405405;AO=44;DP=110;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0819458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8139;QD=13.8941;RBI=0.158498;REFB=-0.0227087;REVB=0.13567;RO=66;SAF=23;SAR=21;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881678;STB=0.555664;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0349064;OID=.;OPOS=26505822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:66:66:44:45:0.405405:21:23:29:37:21:24:29:37 chr10 26790109 . T C 182.96 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.180077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7654;QD=17.425;RBI=0.184068;REFB=-0.00322748;REVB=0.0381243;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138241;STB=0.578864;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00122295;OID=.;OPOS=26790109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:13:10:11:8:13:10 chr10 27303605 . A T 541.34 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0660989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7751;QD=22.0956;RBI=0.0668464;REFB=-0.0271991;REVB=-0.00996878;RO=39;SAF=23;SAR=28;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00842087;STB=0.549;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0210133;OID=.;OPOS=27303605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:98:39:47:51:51:0.520408:28:23:18:21:28:23:26:21 chr10 27317778 . T C 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00763716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.058;QD=10.1075;RBI=0.00765553;REFB=-0.00585896;REVB=-0.000529997;RO=41;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233711;STB=0.645021;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0245963;OID=.;OPOS=27317778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:42:21:21:0.333333:7:14:19:22:7:14:19:23 chr10 27317840 . C T 152.68 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0169832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2866;QD=8.72427;RBI=0.0387537;REFB=-0.00661852;REVB=-0.0348342;RO=49;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321642;STB=0.519108;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0142975;OID=.;OPOS=27317840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:11:10:22:27:11:10:22:27 chr10 27377283 . A T 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00205235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.462;QD=14.6859;RBI=0.00301468;REFB=-0.0196894;REVB=0.0022082;RO=43;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255898;STB=0.645068;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0121419;OID=.;OPOS=27377283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:11:20:17:26:11:20:17:26 chr10 27381349 . T C 274.99 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00965858;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.312;QD=21.5676;RBI=0.0360542;REFB=-0.0179394;REVB=0.0347364;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677289;STB=0.537546;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0163008;OID=.;OPOS=27381349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:23:23:28:28:0.54902:12:16:15:8:12:16:15:8 chr10 27389197 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.659;QD=57.6807;RBI=0.0295385;REFB=0;REVB=0.00924966;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136537;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr10 27400861 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9434;QD=61.3349;RBI=0.0556721;REFB=0;REVB=0.0111908;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000572998;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr10 27434483 . G A 460.91 PASS AF=0.458716;AO=49;DP=108;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00846973;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.258;QD=16.914;RBI=0.00897772;REFB=-0.00498129;REVB=-0.0029771;RO=59;SAF=21;SAR=28;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218492;STB=0.507358;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00608231;OID=.;OPOS=27434483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:59:59:49:50:0.458716:28:21:24:35:29:21:24:35 chr10 27437964 . T C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0039337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.151;QD=12.7914;RBI=0.0075944;REFB=-0.0169928;REVB=-0.00649622;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256112;STB=0.648455;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0254842;OID=.;OPOS=27437964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:6:17:7:7:6:17 chr10 27442121 . A G 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0306165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.737;QD=27.6513;RBI=0.0306498;REFB=-0.0399025;REVB=-0.00142819;RO=9;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207144;STB=0.615253;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0153814;OID=.;OPOS=27442121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:12:6:6:3:12:6:6:3 chr10 27443077 . GAAAAAA GAAAAAT,GAAAATG 120.97 PASS AF=0.65,0;AO=4,2;DP=21;FAO=13,0;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=8,0;FSAR=5,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00799222,-0.0209459;FXX=0.0475964;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=235.923,195.097;QD=24.1948;RBI=0.0259389,0.0337043;REFB=-0.0606197,-0.0377631;REVB=-0.024677,-0.0264054;RO=4;SAF=2,2;SAR=2,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.201109,0.569412;STB=0.517215,0.5;STBP=0.842,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0260416,0;OID=.,.;OPOS=27443083,27443082;OREF=A,AA;OALT=T,TG;OMAPALT=GAAAAAT,GAAAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65,0:4,2:21:13,0:20:6:8,0:5,0:4:2:31:4:2,2:2,0:3:1 chr10 27459670 . C T 88.72 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0210733;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.647;QD=10.7539;RBI=0.0231878;REFB=-0.0261345;REVB=0.00967433;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191599;STB=0.650002;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0361691;OID=.;OPOS=27459670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:35:33:20:22:12:11:0.333333:7:5:12:8:7:4:13:9 chr10 27475444 . T C 405.71 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00368941;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.362;QD=21.9304;RBI=0.0047849;REFB=-0.00385311;REVB=0.00304688;RO=34;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418243;STB=0.523086;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00418431;OID=.;OPOS=27475444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:22:18:17:17:22:18:17:17 chr10 27475693 . T C 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0108749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.921;QD=12.1202;RBI=0.0114959;REFB=-0.0135121;REVB=0.00372711;RO=37;SAF=4;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444667;STB=0.767112;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.018676;OID=.;OPOS=27475693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:38:23:23:0.377049:19:4:20:17:19:4:21:17 chr10 27494106 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA 38.02 PASS AF=0.35,0;AO=4,5;DP=21;FAO=7,0;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4,0;FSAR=3,0;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.130923,-0.173769;FXX=0.0475964;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=24.1413,11.4371;QD=7.60481;RBI=0.168035,0.256603;REFB=-0.0274679,-0.0617935;REVB=-0.105332,-0.18881;RO=8;SAF=3,2;SAR=1,3;SRF=0;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.672551,0.492993;STB=0.799398,0.5;STBP=0.121,1;TYPE=del,del;VARB=0.0245911,0;OID=.,.;OPOS=27494112,27494107;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35,0:4,5:21:7,0:20:13:4,0:3,0:1:12:36:8:3,2:1,3:0:8 chr10 27538942 . T C 1008.0 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2914;QD=57.5998;RBI=0.0806576;REFB=-0.063564;REVB=0.0727998;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122766;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201999;OID=.;OPOS=27538942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:1:0:68:70:1:30:38:1:0:30:40:0:0 chr10 27687225 . A G 531.05 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.00497156;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.987;QD=19.4879;RBI=0.00681587;REFB=-0.000371986;REVB=-0.00466258;RO=55;SAF=24;SAR=31;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136819;STB=0.562155;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000329606;OID=.;OPOS=27687225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:55:54:55:55:0.504587:31:24:16:39:31:24:17:37 chr10 27687534 . C CT 38.11 PASS AF=0.344828;AO=11;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0875213;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.0741;QD=5.25677;RBI=0.117519;REFB=-0.0808739;REVB=-0.078427;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444202;STB=0.514257;STBP=0.96;TYPE=ins;VARB=0.109978;OID=.;OPOS=27687535;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:11:29:10:29:19:6:4:11:8:38:17:6:5:10:7 chr10 27687775 . T C 1226.26 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000638842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.206;QD=57.7062;RBI=0.00233423;REFB=-0.0689989;REVB=0.00224511;RO=3;SAF=44;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136318;STB=0.507203;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00561561;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:3:3:82:82:0.964706:38:44:1:2:38:44:1:2 chr10 27687965 . A G 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.123067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.288;QD=16.7547;RBI=0.123072;REFB=-0.0123416;REVB=0.00115452;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590111;STB=0.533306;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0194591;OID=.;OPOS=27687965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:14:10:10:18:14:10:10:18 chr10 27687994 . A G 172.89 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.117021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.727;QD=18.6908;RBI=0.117109;REFB=-0.0122564;REVB=0.00454087;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351237;STB=0.519978;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0136203;OID=.;OPOS=27687994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:7:12:12:6:7:12 chr10 27692279 . A C 588.54 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=9.98242e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.199;QD=23.3087;RBI=0.00985536;REFB=-0.00547981;REVB=0.00985485;RO=44;SAF=22;SAR=35;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567075;STB=0.531058;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00448655;OID=.;OPOS=27692279;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:44:57:57:0.564356:35:22:20:24:35:22:20:24 chr10 27702624 . G T 308.84 PASS AF=0.764706;AO=25;DP=33;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0317022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.93;QD=36.3341;RBI=0.0343286;REFB=-0.0190542;REVB=0.0131692;RO=8;SAF=16;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122739;STB=0.569323;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0141024;OID=.;OPOS=27702624;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:34:8:8:25:26:0.764706:9:16:3:5:9:17:3:5 chr10 27794104 . T G 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00809808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.685;QD=18.4902;RBI=0.0110848;REFB=-0.00523631;REVB=0.00756932;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00545912;OID=.;OPOS=27794104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:13:13:11:11:13:13 chr10 28378758 . T C 1121.4 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0163346;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.934;QD=59.021;RBI=0.0175189;REFB=-0.146866;REVB=0.00633206;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-8.95091e-05;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:37:38:0:0:37:38:1:0 chr10 28909299 . GT G 147.74 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0125427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.7474;QD=9.53165;RBI=0.0174617;REFB=0.016297;REVB=0.0121487;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120937;STB=0.552589;STBP=0.502;TYPE=del;VARB=-0.0238558;OID=.;OPOS=28909300;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403226:24:62:25:62:37:15:10:19:18:99:37:15:9:19:18 chr10 28941653 . C T 159.52 PASS AF=0.472222;AO=13;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00729507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.123;QD=17.7246;RBI=0.0206029;REFB=-0.0115647;REVB=0.0192682;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210035;STB=0.618896;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0198573;OID=.;OPOS=28941653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:19:13:17:0.472222:10:3:8:12:13:4:8:11 chr10 28970425 . T C 240.0 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00809627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1596;QD=14.3283;RBI=0.0137502;REFB=-0.000592798;REVB=0.0111139;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164069;STB=0.593154;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000652332;OID=.;OPOS=28970425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:16:12:23:16:16:12:23:16 chr10 28971525 . CTTTT CTTT,CTTTA 345.93 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=21,6;DP=30;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.171265,-0.186365;FXX=0.0644953;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.5565,9.29449;QD=47.7146;RBI=0.172642,0.203079;REFB=0,0;REVB=0.021762,-0.080678;RO=0;SAF=13,2;SAR=8,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000328016,0.0323057;OID=.,.;OPOS=28971526,28971529;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTT,CTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.931034,0.0689655:21,6:30:27,2:29:0:17,0:10,2:0:0:9:0:13,2:8,4:0:0 chr10 29163413 . G A 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0226369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.527;QD=12.0244;RBI=0.0265307;REFB=-0.0202271;REVB=-0.0138365;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492362;STB=0.794926;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0184598;OID=.;OPOS=29163413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:10:2:12:8:10:2:12:8 chr10 29578084 . A G 185.02 PASS AF=0.287356;AO=26;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.00608286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8689;QD=8.50661;RBI=0.0446459;REFB=-0.0161109;REVB=-0.0442295;RO=59;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211387;STB=0.589912;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.029624;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:62:26:25:0.287356:13:13:19:40:13:12:22:40 chr10 29599972 . G A 373.84 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=0.0077134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.747;QD=14.8054;RBI=0.01147;REFB=0.00834428;REVB=-0.00848904;RO=58;SAF=24;SAR=18;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127273;STB=0.564676;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0116642;OID=.;OPOS=29599972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:59:42:42:0.415842:18:24:40:18:18:24:40:19 chr10 29606197 . C G 548.03 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0214895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.172;QD=23.5711;RBI=0.0215184;REFB=-0.0538226;REVB=-0.00111501;RO=41;SAF=31;SAR=20;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597595;STB=0.528167;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0308084;OID=.;OPOS=29606197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:42:51:51:0.548387:20:31:22:19:20:31:23:19 chr10 29606270 . A T 375.24 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0137635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.491;QD=16.8645;RBI=0.0306605;REFB=-0.0265458;REVB=-0.0273977;RO=48;SAF=29;SAR=10;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205563;STB=0.608334;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0163749;OID=.;OPOS=29606270;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:49:39:40:0.449438:10:29:27:21:11:29:27:22 chr10 29746346 . C CTGTT 227.89 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00314101;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=4;MLLD=276.874;QD=13.6052;RBI=0.00593427;REFB=-0.00447973;REVB=0.00503485;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25132;STB=0.655769;STBP=0.051;TYPE=ins;VARB=0.00708513;OID=.;OPOS=29746347;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402985:26:68:27:67:40:11:16:27:13:99:39:11:15:26:13 chr10 29747417 . C T 197.89 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00472944;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.197;QD=10.8431;RBI=0.0092794;REFB=-0.00583569;REVB=0.00798371;RO=45;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148597;STB=0.606472;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0129791;OID=.;OPOS=29747417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:45:48:25:25:0.342466:10:15:21:24:10:15:21:27 chr10 29754609 . T C 266.57 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.00997246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.992;QD=13.4973;RBI=0.0116843;REFB=-0.00529126;REVB=-0.00608869;RO=48;SAF=21;SAR=10;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123422;STB=0.507038;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00907839;OID=.;OPOS=29754609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:10:21:33:15:10:21:33:15 chr10 29759225 . A G 499.87 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0121962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3976;QD=16.9447;RBI=0.0239634;REFB=-0.020119;REVB=-0.0206276;RO=63;SAF=23;SAR=31;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289291;STB=0.510943;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0216621;OID=.;OPOS=29759225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:64:54:54:0.457627:31:23:25:38:31:23:26:38 chr10 29783856 . C T 59.43 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.00555231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.555;QD=2.82993;RBI=0.194517;REFB=-0.00234481;REVB=-0.194438;RO=64;SAF=8;SAR=4;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356904;STB=0.588084;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0725711;OID=.;OPOS=29783856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:76:84:64:72:12:12:0.142857:4:8:41:23:4:8:41:31 chr10 29783908 . A G 268.88 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00588005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.477;QD=10.5442;RBI=0.0338845;REFB=-0.0132113;REVB=-0.0333704;RO=68;SAF=21;SAR=13;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070066;STB=0.540694;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0218159;OID=.;OPOS=29783908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:68:68:34:34:0.333333:13:21:38:30:13:21:38:30 chr10 29784072 . G C 562.42 PASS AF=0.7;AO=49;DP=70;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.000263666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.434;QD=32.1385;RBI=0.0137722;REFB=-0.042861;REVB=0.0137696;RO=21;SAF=31;SAR=18;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269888;STB=0.645774;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0247259;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:21:21:49:49:0.7:18:31:3:18:18:31:3:18 chr10 29784114 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7993;QD=62.9807;RBI=0.0286499;REFB=0;REVB=-0.00424872;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140548;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr10 29822032 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.258;QD=56.1909;RBI=0.0389641;REFB=0;REVB=-0.0350496;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211454;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:5:23:0:0:5:23:0:0 chr10 29833998 . A G 349.66 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.000364156;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.398;QD=22.5586;RBI=0.0107007;REFB=-0.0165784;REVB=0.0106945;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822353;STB=0.530369;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0188295;OID=.;OPOS=29833998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:29:27:35:35:0.564516:18:17:17:12:18:17:15:12 chr10 29834003 . G A 318.77 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.000175554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.241;QD=20.9026;RBI=0.023509;REFB=-0.0496767;REVB=-0.0235084;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966861;STB=0.553539;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0148443;OID=.;OPOS=29834003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:18:15:16:12:18:15:16:12 chr10 29839787 . A G 471.84 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.00874223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.579;QD=20.9705;RBI=0.0116322;REFB=-0.0181775;REVB=-0.00767347;RO=44;SAF=19;SAR=27;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291303;STB=0.660329;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0202849;OID=.;OPOS=29839787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:27:19:33:11:27:19:33:11 chr10 29839864 . A C 718.03 PASS AF=0.503597;AO=69;DP=143;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0613183;FXX=0.0279701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1438;QD=20.6627;RBI=0.0615864;REFB=-0.0142859;REVB=-0.00574033;RO=68;SAF=25;SAR=44;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167877;STB=0.591702;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0146667;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:139:68:69:69:70:0.503597:44:25:37:31:45:25:37:32 chr10 29840038 . A G 540.11 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00171252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.791;QD=19.4636;RBI=0.0175561;REFB=-0.0302085;REVB=-0.0174723;RO=55;SAF=30;SAR=26;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153536;STB=0.584635;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0219756;OID=.;OPOS=29840038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:26:30:20:35:26:30:20:35 chr10 29840164 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00389272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.708;QD=12.7389;RBI=0.0163603;REFB=-0.0236149;REVB=0.0158904;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380216;STB=0.72318;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0152706;OID=.;OPOS=29840164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:2:8:3:5:2:8 chr10 29843833 . C T 216.87 PASS AF=0.489362;AO=20;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0165168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4847;QD=18.4569;RBI=0.0246385;REFB=-0.0140552;REVB=0.0182826;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283305;STB=0.637251;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0234154;OID=.;OPOS=29843833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:20:23:0.489362:9:11:6:18:11:12:6:18 chr10 30316208 . T C 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0638934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.681;QD=12.4668;RBI=0.0650138;REFB=-0.0110165;REVB=-0.0120177;RO=33;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926754;STB=0.553792;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.016013;OID=.;OPOS=30316208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:12:8:16:17:12:8:16:17 chr10 30316872 . T C 380.18 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0320398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.667;QD=14.9092;RBI=0.0363209;REFB=-0.0273004;REVB=0.0171073;RO=58;SAF=14;SAR=29;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116491;STB=0.561818;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0253834;OID=.;OPOS=30316872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:59:43:43:0.421569:29:14:25:33:29:14:25:34 chr10 30317826 . A G 173.26 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00579145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.02;QD=9.62534;RBI=0.0208549;REFB=-0.0130564;REVB=-0.0200346;RO=49;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180094;STB=0.605644;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0158196;OID=.;OPOS=30317826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:10:13:20:29:10:13:20:29 chr10 30317838 . A G 174.97 PASS AF=0.319444;AO=24;DP=73;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0200014;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.468;QD=9.72055;RBI=0.0583659;REFB=-0.0333068;REVB=-0.0548318;RO=48;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165188;STB=0.576857;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0300323;OID=.;OPOS=30317838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:48:49:24:23:0.319444:11:13:19:29:11:12:20:29 chr10 30318186 . A AG,G 36.02 PASS AF=0.333333,0;AO=5,2;DP=24;FAO=8,0;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4,0;FSAR=4,0;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0781007,0.0212322;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=18.0084,29.6854;QD=6.00313;RBI=0.0792184,0.0718118;REFB=-0.0701628,-0.0548017;REVB=-0.0132603,-0.0686013;RO=17;SAF=4,0;SAR=1,2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.217272,-0.594792;STB=0.624707,0.5;STBP=0.416,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.141829,0;OID=.,.;OPOS=30318187,30318186;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:24:17:16:5,2:8,0:0.333333,0:1,2:4,0:11:6:4,0:4,0:11:5 chr10 30629226 . G A 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00105621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.816;QD=17.4903;RBI=0.00580469;REFB=-0.00593706;REVB=-0.00570779;RO=30;SAF=5;SAR=23;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165848;STB=0.594022;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00595962;OID=.;OPOS=30629226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:23:5:9:21:23:5:9:21 chr10 30844579 . G A 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.010599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.469;QD=25.0391;RBI=0.0447612;REFB=-0.0326893;REVB=0.0434883;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999618;STB=0.555513;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.031929;OID=.;OPOS=30844579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:11:15:9:11:11:15:9:11 chr10 30918549 . G C 243.72 PASS AF=0.259259;AO=34;DP=136;FAO=35;FDP=135;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=41;FWDB=0.0013085;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.973;QD=7.2214;RBI=0.0153264;REFB=-0.00594562;REVB=-0.0152704;RO=102;SAF=18;SAR=16;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061561;STB=0.535373;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0148149;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:102:100:34:35:0.259259:16:18:59:43:16:19:59:41 chr10 30918597 . T C 96.4 PASS AF=0.159664;AO=19;DP=119;FAO=19;FDP=119;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.013848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2664;QD=3.2404;RBI=0.020194;REFB=-0.000627578;REVB=-0.014698;RO=100;SAF=8;SAR=11;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174585;STB=0.615265;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00331061;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:119:119:100:100:19:19:0.159664:11:8:56:44:11:8:56:44 chr10 30989188 . G C 996.08 PASS AF=1;AO=59;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07028;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.262;QD=59.4675;RBI=0.0703035;REFB=0;REVB=-0.00181978;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82556e-05;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:59:67:1:34:25:0:0:34:33:0:0 chr10 30993404 . G A 327.88 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0857491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1486;QD=20.4926;RBI=0.0899819;REFB=-0.0325455;REVB=0.027273;RO=30;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845937;STB=0.546848;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0307412;OID=.;OPOS=30993404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:17:17:12:18:17:17:12:18 chr10 30993448 . G A 403.16 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0202987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.767;QD=19.1979;RBI=0.022934;REFB=-0.0178162;REVB=-0.0106739;RO=42;SAF=23;SAR=18;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989887;STB=0.560946;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0213679;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:43:41:41:0.488095:18:23:19:23:18:23:19:24 chr10 31001494 . A C 482.7 PASS AF=0.897436;AO=28;DP=38;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00583932;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=66.8567;QD=49.5071;RBI=0.0109395;REFB=-0.163959;REVB=0.00925067;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.545429;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0040814;OID=.;OPOS=31001494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:38:39:0:4:28:35:0.897436:17:11:0:0:20:15:0:4 chr10 31134214 . A G 457.69 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0051531;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.572;QD=16.796;RBI=0.00975897;REFB=-0.00319074;REVB=-0.00828753;RO=58;SAF=23;SAR=27;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113137;STB=0.55719;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00330163;OID=.;OPOS=31134214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:58:59:50:50:0.458716:27:23:20:38:27:23:21:38 chr10 31146643 . T C 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0431951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.831;QD=7.03217;RBI=0.0451785;REFB=-0.00191302;REVB=0.0132393;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202753;STB=0.512792;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00645154;OID=.;OPOS=31146643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:5:4:12:14:5:4:12:14 chr10 32045045 . A C 537.0 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.518;QD=59.6664;RBI=0.0645741;REFB=0;REVB=0.0220953;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285952;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:17:17:0:0:18:18:0:0 chr10 32095666 . T C 834.58 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.268;QD=57.557;RBI=0.00470831;REFB=0;REVB=0.00388958;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56133e-07;OID=.;OPOS=32095666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:34:23:0:0:35:23:0:0 chr10 32120672 . C CT 256.26 PASS AF=1;AO=5;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0952104;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.49959;QD=25.0006;RBI=0.112655;REFB=0.0457379;REVB=-0.0602182;RO=35;SAF=3;SAR=2;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00394757;OID=.;OPOS=32120673;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:42:41:41:0:24:17:0:0:3:35:3:2:21:14 chr10 32120678 . C T 635.17 PASS AF=1;AO=34;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.9065;QD=60.4922;RBI=0.050355;REFB=0;REVB=0.0363087;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317127;OID=.;OPOS=32120678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:34:42:1:15:19:0:0:18:24:0:0 chr10 32128611 . A G 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0284852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.189;QD=60.5101;RBI=0.0327497;REFB=-0.06526;REVB=0.0161598;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240908;STB=0.512815;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000667186;OID=.;OPOS=32128611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:19:26:0:1:19:26:0:1 chr10 32141460 . T C 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.814;QD=60.5463;RBI=0.073046;REFB=0;REVB=0.0727939;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14778e-05;OID=.;OPOS=32141460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr10 32328298 . T C 515.7 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00398763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.721;QD=20.0272;RBI=0.017654;REFB=0.00888949;REVB=-0.0171977;RO=49;SAF=28;SAR=25;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13965;STB=0.581179;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00661538;OID=.;OPOS=32328298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:49:50:53:53:0.514563:25:28:18:31:25:28:18:32 chr10 32345710 . G A 2312.57 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9015;QD=63.7951;RBI=0.0163447;REFB=0;REVB=-0.0129959;RO=0;SAF=61;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11288e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01149e-06;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:84:61:0:0:84:61:0:0 chr10 32699547 . A G 747.64 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.445;QD=63.6292;RBI=0.0428224;REFB=0;REVB=0.0395544;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65768e-05;OID=.;OPOS=32699547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:24:21:0:0:25:22:0:0 chr10 32745262 . T C 630.85 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.954;QD=61.546;RBI=0.0170493;REFB=0;REVB=-0.00975824;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41552e-05;OID=.;OPOS=32745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr10 32807434 . G T 195.4 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108698;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9044;QD=48.8493;RBI=0.148059;REFB=0;REVB=-0.10053;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00867323;OID=.;OPOS=32807434;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr10 32863405 . A G 337.77 PASS AF=0.307692;AO=42;DP=144;FAO=44;FDP=143;FR=.;FRO=99;FSAF=3;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=64;FWDB=0.00842259;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.853;QD=9.44796;RBI=0.00844533;REFB=-0.0186743;REVB=0.000619264;RO=99;SAF=1;SAR=41;SRF=35;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.69651;STB=0.831623;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0492195;OID=.;OPOS=32863405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:99:99:42:44:0.307692:41:1:35:64:41:3:35:64 chr10 32974969 . A G 474.36 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0495253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.632;QD=52.7071;RBI=0.0530932;REFB=-0.13855;REVB=0.0191345;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.5263;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00273803;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:34:34:0.944444:16:18:1:0:16:18:2:0 chr10 33018351 . G C 2246.81 PASS AF=1;AO=147;DP=152;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661864;FXX=0.0328926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.581;QD=61.1376;RBI=0.00751734;REFB=0;REVB=0.00356427;RO=0;SAF=67;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09533e-05;OID=.;OPOS=33018351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:152:147:0:0:147:147:1:80:67:0:0:80:67:0:0 chr10 33123824 . G C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.975;QD=57.2368;RBI=0.0490243;REFB=0;REVB=0.0272692;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156596;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr10 33143396 . G A 955.13 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9395;QD=58.7774;RBI=0.0230526;REFB=0;REVB=-0.00405675;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124616;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:37:27:0:0:38:27:0:0 chr10 33190285 . G A 481.21 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.474;QD=58.3288;RBI=0.0489847;REFB=0;REVB=0.0447428;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325948;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:20:13:0:0 chr10 33190567 . C A 449.44 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.417;QD=56.1796;RBI=0.0229056;REFB=0;REVB=0.0226916;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167305;OID=.;OPOS=33190567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:20:12:0:0 chr10 33208944 . C T 302.67 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0200998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7557;QD=17.052;RBI=0.0535243;REFB=-0.0199875;REVB=-0.049607;RO=27;SAF=23;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15914;STB=0.678709;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0226254;OID=.;OPOS=33208944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:38:33:33:0.464789:10:23:14:13:10:23:14:24 chr10 33209266 . G T 1513.36 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.559;QD=59.935;RBI=0.0190947;REFB=0;REVB=0.00951117;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28943e-05;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr10 33466566 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.31;QD=57.1055;RBI=0.0423233;REFB=0;REVB=0.0075921;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36958e-05;OID=.;OPOS=33466566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr10 33466843 . T C 512.51 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2984;QD=58.5722;RBI=0.125859;REFB=0;REVB=0.0854008;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226607;OID=.;OPOS=33466843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:22:13:0:0 chr10 33468014 . T C 674.34 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.982;QD=61.3033;RBI=0.0550542;REFB=0;REVB=0.0499468;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743097;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:25:17:0:0:27:17:0:0 chr10 33469181 . A G 1047.88 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452325;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.002;QD=59.8786;RBI=0.0499483;REFB=0;REVB=0.0211862;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19406e-05;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr10 33495267 . C T 1172.25 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.922;QD=60.8962;RBI=0.0601785;REFB=0;REVB=0.0106924;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47945e-05;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:37:39:0:0:38:39:0:0 chr10 33502240 . C T 1731.27 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9229;QD=60.7464;RBI=0.0520892;REFB=0;REVB=0.0102775;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217504;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:53:61:0:0:53:61:0:0 chr10 33510663 . G A 976.19 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025592;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.262;QD=59.1628;RBI=0.0151767;REFB=0;REVB=0.0149594;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121059;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr10 33510768 . G A 814.3 PASS AF=1;AO=32;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.795;QD=57.1436;RBI=0.104391;REFB=0;REVB=-0.103508;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00281966;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:32:57:1:8:24:0:0:33:24:0:0 chr10 33552695 . CA TG 1511.3 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538328;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=2;MLLD=347.942;QD=59.8537;RBI=0.00619305;REFB=0;REVB=0.00306174;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.49452e-06;OID=.;OPOS=33552695;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:52:49:0:0:52:49:0:0 chr10 33577361 . G A 1466.86 PASS AF=0.962264;AO=100;DP=104;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0644464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5112;QD=55.3533;RBI=0.0653773;REFB=-0.0179382;REVB=0.0109936;RO=4;SAF=46;SAR=54;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212334;STB=0.51096;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00104078;OID=.;OPOS=33577361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:106:4:4:100:102:0.962264:54:46:3:1:55:47:3:1 chr10 34688287 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1594;QD=56.9999;RBI=0.00148578;REFB=0;REVB=-0.000885712;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28033e-06;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr10 35215790 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.078;QD=40.7629;RBI=0.048978;REFB=0;REVB=-0.00324853;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610576;OID=.;OPOS=35215790;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:8:1:0:0:9:1:0:0 chr10 35302705 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.317;QD=60.6099;RBI=0.0266339;REFB=0;REVB=0.0222266;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166002;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr10 35321414 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.491;QD=61.6837;RBI=0.0364433;REFB=0;REVB=-0.027524;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87648e-06;OID=.;OPOS=35321414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr10 35338699 . G A 982.38 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00329898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.546;QD=56.1362;RBI=0.0185217;REFB=0.061148;REVB=0.0182255;RO=2;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021975;STB=0.511625;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000254707;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:42:26:0:2:42:26:0:2 chr10 35362977 . A G 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00051584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.048;QD=58.0571;RBI=0.0266829;REFB=0;REVB=-0.0266779;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133058;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr10 35426755 . A G 1361.86 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0797748;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.831;QD=62.6143;RBI=0.0800311;REFB=0;REVB=0.00640009;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26283e-05;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr10 35464778 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.306;QD=63.1954;RBI=0.00414334;REFB=0;REVB=-0.00214271;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00188e-06;OID=.;OPOS=35464778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr10 35772402 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.283;QD=63.2868;RBI=0.00974898;REFB=0;REVB=0.00966041;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85e-05;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr10 36723415 . C A,T 1205.61 PASS AF=0.95,0.05;AO=76,4;DP=80;FAO=76,4;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=49,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00512149,-0.00534094;FXX=0.0123442;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.141,95.2501;QD=60.2807;RBI=0.00969347,0.0276782;REFB=0,0;REVB=-0.00823006,-0.027158;RO=0;SAF=27,0;SAR=49,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000307148,0.104833;OID=.,.;OPOS=36723415,36723415;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:80:80:0:0:76,4:76,4:0.95,0.05:49,4:27,0:0:0:49,4:27,0:0:0 chr10 36812362 . C T 1649.72 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.632;QD=58.9186;RBI=0.0196848;REFB=-0.046333;REVB=0.00203763;RO=1;SAF=64;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736047;STB=0.503875;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000827321;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:110:111:0.991071:46:64:1:0:47:64:1:0 chr10 37447445 . A G 935.64 PASS AF=0.5625;AO=89;DP=159;FAO=90;FDP=160;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.0118986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.418;QD=23.3909;RBI=0.0143321;REFB=-0.0026402;REVB=-0.00798951;RO=69;SAF=42;SAR=47;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886888;STB=0.55312;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00232143;OID=.;OPOS=37447445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:69:70:89:90:0.5625:47:42:25:44:47:43:25:45 chr10 37488689 . G C 484.43 PASS AF=0.348837;AO=60;DP=172;FAO=60;FDP=172;FR=.;FRO=112;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=72;FWDB=-0.0282593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.076;QD=11.2658;RBI=0.0329203;REFB=-0.0177138;REVB=-0.0168866;RO=111;SAF=30;SAR=30;SRF=39;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169604;STB=0.592993;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0400921;OID=.;OPOS=37488689;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:111:112:60:60:0.348837:30:30:39:72:30:30:40:72 chr10 37508450 . A C 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.012506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.609;QD=26.5139;RBI=0.0251215;REFB=-0.00209076;REVB=0.0217874;RO=19;SAF=7;SAR=20;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40341;STB=0.723515;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000991815;OID=.;OPOS=37508450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:20:7:15:4:20:7:15:4 chr10 37586532 . G A 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0172776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.448;QD=19.0497;RBI=0.0204474;REFB=-0.0108074;REVB=0.0109352;RO=48;SAF=16;SAR=28;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132247;STB=0.573736;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0131783;OID=.;OPOS=37586532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:28:16:24:24:28:16:24:24 chr10 37592001 . G A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00868947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.998;QD=22.6;RBI=0.00898235;REFB=-0.0220434;REVB=0.00227502;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252709;STB=0.641424;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0252721;OID=.;OPOS=37592001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:8:15:7:13:8:15:7:13 chr10 37890955 . G A 232.69 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.000558124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.304;QD=23.8661;RBI=0.0282841;REFB=-0.0102493;REVB=0.0282786;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994097;STB=0.564045;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0100156;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:10:11:11:6:11:11:11:6 chr10 37891101 . T C 265.93 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.028985;FXX=0.0240935;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.7343;QD=13.1321;RBI=0.0299591;REFB=-0.000902014;REVB=0.00757753;RO=49;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718647;STB=0.534584;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00219322;OID=.;OPOS=37891101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:50:31:31:0.382716:15:16:22:27:15:16:23:27 chr10 37891465 . G T 210.8 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0921541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7888;QD=14.0531;RBI=0.100112;REFB=0.0224961;REVB=0.0391167;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17827;STB=0.592519;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0324604;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:14:11:21:13:14:11:21:14 chr10 37891576 . G A 423.67 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.033206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.857;QD=21.1836;RBI=0.0388311;REFB=0.016952;REVB=0.02013;RO=37;SAF=10;SAR=32;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291256;STB=0.669279;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0179187;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:38:42:42:0.525:32:10:20:17:32:10:21:17 chr10 38239494 . ATTTTT ATTTTG,ATTT,ATTTT 473.65 PASS AF=0.566038,0.433962,0;AO=2,6,7;DP=55;FAO=30,23,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23,0;FSAR=30,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015439,0.0112849,0.0216641;FXX=0.0535619;HRUN=14,14,14;LEN=1,2,1;MLLD=140.935,5.82912,2.84681;QD=35.7472;RBI=0.0865278,0.643395,1.24989;REFB=0,0,0;REVB=0.0851393,-0.643296,-1.2497;RO=3;SAF=0,6,7;SAR=2,0,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.74993,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.000247375,0.0309949,0.188403;OID=.,.,.;OPOS=38239499,38239495,38239495;OREF=T,TT,T;OALT=G,-,-;OMAPALT=ATTTTG,ATTT,ATTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.566038,0.433962,0:2,6,7:55:30,23,0:53:0:0,23,0:30,0,0:0:0:99:3:0,6,7:2,0,0:3:0 chr10 38344700 . C G 345.13 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0357471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.309;QD=22.2665;RBI=0.0360771;REFB=-0.0184489;REVB=-0.00486842;RO=27;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384274;STB=0.514278;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0138816;OID=.;OPOS=38344700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:27:34:35:0.564516:16:18:13:14:17:18:13:14 chr10 38407519 . A G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000769209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.877;QD=17.1002;RBI=0.00239614;REFB=-0.0169728;REVB=0.00226931;RO=15;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272544;STB=0.658433;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.014201;OID=.;OPOS=38407519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:3:11:8:7:3:11:8:7 chr10 38645403 . T C 746.16 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=152;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=54;FWDB=0.0060169;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.507;QD=19.7659;RBI=0.00825997;REFB=-0.0257363;REVB=-0.00565897;RO=74;SAF=44;SAR=32;SRF=21;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260089;STB=0.645257;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0207341;OID=.;OPOS=38645403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:74:75:76:76:0.503311:32:44:21:53:32:44:21:54 chr10 38672144 . A C 267.51 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0101638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5733;QD=21.8372;RBI=0.0447149;REFB=-0.0114869;REVB=0.0435445;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924322;STB=0.551683;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0151734;OID=.;OPOS=38672144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:9:15:13:12:9:15 chr10 38740000 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0341228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.131;QD=14.6657;RBI=0.0359382;REFB=0.00213192;REVB=-0.0112779;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790844;STB=0.565135;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00575218;OID=.;OPOS=38740000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:21:15:15:0.416667:10:5:5:14:10:5:5:16 chr10 38740029 . C T 64.42 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0870731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.319;QD=9.54325;RBI=0.0870731;REFB=-0.0190909;REVB=-8.23462e-05;RO=18;SAF=0;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.747245;STB=0.7992;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0315815;OID=.;OPOS=38740029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:18:18:8:9:0.333333:8:0:8:10:8:1:8:10 chr10 38740050 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0336163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.023;QD=9.44451;RBI=0.0336292;REFB=-0.0055397;REVB=0.000930241;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467859;STB=0.794397;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0129564;OID=.;OPOS=38740050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:6:4:5:1:6:4 chr10 38740353 . T C 275.53 PASS AF=0.33;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=-0.0847026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1776;QD=11.0211;RBI=0.0859257;REFB=-0.00665877;REVB=-0.0144463;RO=67;SAF=27;SAR=6;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249719;STB=0.647542;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0153719;OID=.;OPOS=38740353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:67:67:33:33:0.33:6:27:44:23:6:27:44:23 chr10 38740382 . T C 260.32 PASS AF=0.363636;AO=30;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00791346;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.251;QD=11.8328;RBI=0.0233442;REFB=-0.0224708;REVB=-0.021962;RO=54;SAF=16;SAR=14;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00414551;STB=0.519902;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0408254;OID=.;OPOS=38740382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:56:30:32:0.363636:14:16:29:25:15:17:28:28 chr10 38740546 . G T 332.01 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=48;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0103508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.396;QD=27.1026;RBI=0.0108798;REFB=-0.0436324;REVB=0.00335131;RO=20;SAF=5;SAR=23;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856249;STB=0.551686;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0369005;OID=.;OPOS=38740546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:20:28:29:0.591837:23:5:5:15:24:5:5:15 chr10 38740590 . A G 135.03 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0525335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.961;QD=16.8783;RBI=0.0565772;REFB=-0.0190274;REVB=-0.021005;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379435;STB=0.521711;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0141139;OID=.;OPOS=38740590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:4:13:11:4:4:13 chr10 42907201 . G A 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.109;QD=62.4642;RBI=0.0106922;REFB=0;REVB=-0.0050454;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63091e-06;OID=.;OPOS=42907201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr10 42907260 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.832;QD=57.8847;RBI=0.0362025;REFB=0;REVB=0.0360746;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120137;OID=.;OPOS=42907260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr10 42920832 . G A 990.74 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.419;QD=59.1485;RBI=0.0315225;REFB=0;REVB=0.0147235;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08926e-05;OID=.;OPOS=42920832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:37:30:0:0 chr10 42920884 . C T 803.67 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.129;QD=64.2937;RBI=0.0210219;REFB=0;REVB=0.0165789;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77776e-05;OID=.;OPOS=42920884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:46:50:1:30:16:0:0:33:17:0:0 chr10 42924560 . TCACCTTTGCTTGATATGATAATATAGTGCCAAGG T 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949683;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=34;MLLD=1301.31;QD=45.966;RBI=0.0121176;REFB=0;REVB=0.00752636;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.96024e-06;OID=.;OPOS=42924561;OREF=CACCTTTGCTTGATATGATAATATAGTGCCAAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:13:13:13:0:7:6:0:0:4:0:7:6:0:0 chr10 42941685 . T TA 274.42 PASS AF=1;AO=25;DP=33;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.161158;FXX=0.0644953;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.4729;QD=37.851;RBI=0.21927;REFB=0;REVB=0.148686;RO=6;SAF=10;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248625;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000765561;OID=.;OPOS=42941686;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:33:29:29:0:12:17:0:0:5:6:10:15:2:4 chr10 42949664 . A T 848.51 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6083;QD=57.5262;RBI=0.0987844;REFB=0;REVB=0.0961883;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000928277;OID=.;OPOS=42949664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:25:32:0:0:27:32:0:0 chr10 43089761 . G C 206.46 PASS AF=0.462963;AO=18;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0321418;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6574;QD=15.2934;RBI=0.049967;REFB=-0.0245848;REVB=0.0382572;RO=29;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426907;STB=0.611679;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0317411;OID=.;OPOS=43089761;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:18:25:0.462963:5:13:9:20:12:13:9:20 chr10 43089965 . G A 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.613;QD=62.0073;RBI=0.0143707;REFB=0;REVB=-0.000538506;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91828e-05;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr10 43281089 . T C 1525.59 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.848;QD=59.827;RBI=0.0441212;REFB=0;REVB=0.0355671;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57381e-05;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:44:57:0:0:44:58:0:0 chr10 43312807 . C T 2189.26 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00870369;FXX=0.0140835;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.225;QD=62.5502;RBI=0.0235952;REFB=-0.039032;REVB=0.0219313;RO=1;SAF=61;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00773038;STB=0.504064;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=6.81751e-05;OID=.;OPOS=43312807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:140:1:1:139:139:0.992857:78:61:1:0:78:61:1:0 chr10 43595968 . A G 1435.03 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.159;QD=63.0781;RBI=0.0422568;REFB=0;REVB=0.0333138;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021121;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:47:43:0:0:47:44:0:0 chr10 43606687 . A G 1096.98 PASS AF=0.438662;AO=118;DP=271;FAO=118;FDP=269;FR=.;FRO=151;FSAF=40;FSAR=78;FSRF=69;FSRR=82;FWDB=0.00121428;FXX=0.0146515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.051;QD=16.312;RBI=0.00123407;REFB=-0.00929877;REVB=-0.000220143;RO=148;SAF=40;SAR=78;SRF=66;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114499;STB=0.570515;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0110864;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:269:148:151:118:118:0.438662:78:40:66:82:78:40:69:82 chr10 43613843 . G T 2361.68 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100717;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.739;QD=64.2635;RBI=0.107864;REFB=0;REVB=0.038609;RO=0;SAF=66;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.18654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155674;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:147:0:0:144:147:1:78:66:0:0:79:68:0:0 chr10 43690189 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.844;QD=62.0082;RBI=0.020436;REFB=0;REVB=0.0119517;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16937e-05;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr10 43696279 . A G 818.26 PASS AF=0.571429;AO=76;DP=133;FAO=76;FDP=133;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0274745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5501;QD=24.6094;RBI=0.0304956;REFB=-0.000371196;REVB=-0.0132339;RO=57;SAF=36;SAR=40;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416067;STB=0.522667;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-4.11289e-05;OID=.;OPOS=43696279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:57:57:76:76:0.571429:40:36:24:33:40:36:24:33 chr10 43701471 . C T 81.23 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0130299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7682;QD=19.1121;RBI=0.0403723;REFB=-0.0301879;REVB=0.0382118;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207621;STB=0.620002;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0331596;OID=.;OPOS=43701471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:3:4:3:7:3:4 chr10 43701478 . G A 78.61 PASS AF=0.625;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0370838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0991;QD=19.6513;RBI=0.0401546;REFB=-0.0334579;REVB=-0.0154008;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122922;STB=0.583159;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0776116;OID=.;OPOS=43701478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:16:16:6:6:9:10:0.625:3:6:3:3:3:7:3:3 chr10 43837352 . A G 479.86 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00863208;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.708;QD=58.1648;RBI=0.0234231;REFB=0;REVB=0.0217745;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2877e-05;OID=.;OPOS=43837352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:14:19:0:0 chr10 43978087 . A G 646.41 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0117698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6336;QD=50.6986;RBI=0.0135629;REFB=0.0100486;REVB=-0.00673977;RO=3;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256271;STB=0.513642;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00231843;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:3:3:48:48:0.941176:21:27:1:2:21:27:1:2 chr10 44052903 . A C 367.07 PASS AF=0.465116;AO=29;DP=89;FAO=40;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0116471;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.588;QD=17.0729;RBI=0.01565;REFB=-0.0104647;REVB=0.0104531;RO=46;SAF=18;SAR=11;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131997;STB=0.632792;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0142013;OID=.;OPOS=44052903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:46:46:29:40:0.465116:11:18:23:23:11:29:23:23 chr10 44053013 . G C 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0236617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.742;QD=14.9204;RBI=0.0254261;REFB=-0.00833129;REVB=-0.00930664;RO=37;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085779;STB=0.548638;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0146505;OID=.;OPOS=44053013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:12:16:18:19:12:16:18:19 chr10 44053585 . C T 142.95 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.016912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.028;QD=15.047;RBI=0.0235958;REFB=-0.0154009;REVB=-0.0164544;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126392;STB=0.588126;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0193814;OID=.;OPOS=44053585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:22:15:16:0.421053:7:8:9:13:7:9:9:13 chr10 44285777 . T C 1318.3 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348565;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.946;QD=61.3165;RBI=0.0358634;REFB=0;REVB=0.00843828;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113823;OID=.;OPOS=44285777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:37:47:0:0:39:47:0:0 chr10 44788299 . C CT 117.33 PASS AF=1;AO=2;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359124;FXX=0.0832639;HRUN=0;LEN=1;MLLD=177.37;QD=42.6662;RBI=0.0361077;REFB=0;REVB=-0.00375047;RO=10;SAF=0;SAR=2;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000205868;OID=.;OPOS=44788300;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:12:11:11:0:0:11:0:0:4:10:0:2:1:9 chr10 44788758 . G A 921.37 PASS AF=0.5625;AO=88;DP=158;FAO=90;FDP=160;FR=.;FRO=70;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.00512631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.377;QD=23.0342;RBI=0.00953381;REFB=-0.00755048;REVB=-0.00803831;RO=70;SAF=40;SAR=48;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106323;STB=0.551942;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00779467;OID=.;OPOS=44788758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:70:70:88:90:0.5625:48:40:41:29:48:42:41:29 chr10 44788826 . C T 576.09 PASS AF=0.425806;AO=60;DP=149;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.0723485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7132;QD=14.8668;RBI=0.083907;REFB=-0.00841811;REVB=0.042498;RO=89;SAF=34;SAR=26;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413729;STB=0.536793;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0136647;OID=.;OPOS=44788826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:155:89:89:60:66:0.425806:26:34:47:42:27:39:47:42 chr10 44793355 . G A 177.13 PASS AF=0.38;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0957356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4119;QD=14.1702;RBI=0.0984451;REFB=-0.00867263;REVB=-0.0229377;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176753;STB=0.593448;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0154241;OID=.;OPOS=44793355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:31:19:19:0.38:12:7:16:14:12:7:16:15 chr10 44865739 . T C 279.75 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0106848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3779;QD=16.7016;RBI=0.0164284;REFB=-0.0136693;REVB=0.0124792;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110839;STB=0.548162;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0185391;OID=.;OPOS=44865739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:36:30:31:0.462687:17:13:12:25:18:13:12:24 chr10 44865841 . AT CA,CT 222.94 PASS AF=0,0.458333;AO=2,22;DP=49;FAO=0,22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=0,11;FSAR=0,11;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0301891,0.0303021;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=39.9772,147.774;QD=18.5782;RBI=0.0422216,0.0317806;REFB=-0.0236481,-0.0144608;REVB=-0.0295175,0.00958061;RO=24;SAF=0,11;SAR=2,11;SRF=6;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.399466,0.232452;STB=0.5,0.645712;STBP=1,0.086;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0104749;OID=.,.;OPOS=44865841,44865841;OREF=AT,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:49:48:24:26:2,22:0,22:0,0.458333:2,11:0,11:6:18:0,11:0,11:6:20 chr10 44868465 . C T 590.42 PASS AF=0.428571;AO=66;DP=154;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=57;FWDB=-0.00255656;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.902;QD=15.3355;RBI=0.0170613;REFB=-0.0134225;REVB=0.0168687;RO=82;SAF=17;SAR=49;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130109;STB=0.56618;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0218998;OID=.;OPOS=44868465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:82:88:66:66:0.428571:49:17:30:52:49:17:31:57 chr10 45467099 . C T 562.28 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00777613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.319;QD=26.4602;RBI=0.0233466;REFB=-0.0309763;REVB=-0.0220136;RO=34;SAF=27;SAR=24;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0241188;OID=.;OPOS=45467099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:24:27:18:16:24:27:18:16 chr10 45473317 . C T 426.73 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0346182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.369;QD=19.179;RBI=0.0372688;REFB=-0.0212956;REVB=0.0138036;RO=43;SAF=26;SAR=17;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064696;STB=0.555233;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0324344;OID=.;OPOS=45473317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:46:43:43:0.483146:17:26:23:20:17:26:23:23 chr10 45496120 . A T 386.91 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00631707;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0668;QD=17.196;RBI=0.0322698;REFB=-0.0249046;REVB=0.0316455;RO=41;SAF=23;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505782;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0137899;OID=.;OPOS=45496120;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:49:41:41:0.455556:18:23:23:18:18:23:28:21 chr10 45499886 . TC T 40.51 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.000265975;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.66;QD=9.53202;RBI=0.0175325;REFB=0.00350261;REVB=0.0175305;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.903;TYPE=del;VARB=-0.00964246;OID=.;OPOS=45499887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:6:18:6:17:11:3:3:6:5:40:11:3:3:6:5 chr10 45499897 . A AAAAATT 38.88 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00971851;FXX=0.0555247;HRUN=6;LEN=6;MLLD=314.313;QD=9.14816;RBI=0.0137022;REFB=0.000867405;REVB=-0.00965925;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529314;STBP=0.903;TYPE=ins;VARB=-0.00161063;OID=.;OPOS=45499898;OREF=-;OALT=AAAATT;OMAPALT=AAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:6:18:6:17:11:3:3:6:5:38:12:3:3:6:6 chr10 46342667 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCCCA C 50.0 PASS AO=62;DP=225;LEN=21;RO=163;SAF=32;SAR=34;SRF=50;SRR=109;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=46342668;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:225:163:62:34:32:50:109 chr10 46934832 . A G 57.21 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.747;QD=28.6026;RBI=0.0134008;REFB=-0.170074;REVB=0;RO=1;SAF=7;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202818;OID=.;OPOS=46934832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:0:7:1:0:0:7:1:0 chr10 46965727 . G A 173.53 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0102259;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.51;QD=9.50839;RBI=0.0226994;REFB=-0.0127807;REVB=-0.0202655;RO=50;SAF=9;SAR=14;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283096;STB=0.665755;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0390125;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:14:9:32:18:14:9:32:18 chr10 46967672 . C T 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00431131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.382;QD=12.834;RBI=0.0055858;REFB=-0.0136073;REVB=0.00355158;RO=49;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835489;STB=0.54789;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0193062;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:17:13:25:24:17:13:25:24 chr10 46970792 . G C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00167311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.016;QD=19.6682;RBI=0.00208624;REFB=-0.0185614;REVB=-0.00124624;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472314;STB=0.526732;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0179177;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:10:9:8:11:10:9 chr10 46998894 . G A 425.23 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00859779;FXX=0.0920931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3064;QD=24.6511;RBI=0.074589;REFB=-0.0126613;REVB=0.0740918;RO=28;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435494;STB=0.530176;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0207522;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:69:28:29:40:40:0.57971:18:22:17:11:18:22:18:11 chr10 46998995 . C G 543.6 PASS AF=0.527778;AO=55;DP=106;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.0149747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.457;QD=20.1332;RBI=0.018854;REFB=-0.0388326;REVB=0.0114557;RO=51;SAF=28;SAR=27;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187687;STB=0.608659;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0274588;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:51:51:55:57:0.527778:27:28:15:36:27:30:15:36 chr10 46998999 . G A 439.54 PASS AF=0.47;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0494941;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.154;QD=17.5818;RBI=0.0539903;REFB=-0.00766407;REVB=0.0215706;RO=52;SAF=13;SAR=34;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283195;STB=0.654376;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0193401;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:52:53:47:47:0.47:34:13:29:23:34:13:29:24 chr10 46999019 . G A 442.5 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=90;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0329332;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.006;QD=19.8877;RBI=0.0590552;REFB=-0.0284407;REVB=0.0490196;RO=45;SAF=12;SAR=31;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309587;STB=0.675242;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.030232;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:45:45:43:44:0.494382:31:12:27:18:32:12:27:18 chr10 46999030 . C T 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.00727469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.211;QD=19.4776;RBI=0.0169634;REFB=-0.0366092;REVB=0.0153244;RO=42;SAF=25;SAR=16;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309115;STB=0.670965;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0427474;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:16:25:11:31:16:25:11:31 chr10 46999151 . T C 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0412572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5418;QD=13.3341;RBI=0.0423983;REFB=-0.00658669;REVB=0.00977046;RO=39;SAF=10;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188773;STB=0.607993;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0124982;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:16:10:22:17:16:10:22:17 chr10 46999178 . A C 372.05 PASS AF=0.631579;AO=35;DP=56;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00547409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.881;QD=26.109;RBI=0.0055974;REFB=-0.011471;REVB=-0.00116845;RO=21;SAF=21;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118957;STB=0.55749;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0071519;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:21:21:35:36:0.631579:14:21:9:12:15:21:9:12 chr10 46999189 . CA CG,TG 822.0 PASS AF=0.644068,0.355932;AO=38,21;DP=59;FAO=38,21;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23,9;FSAR=15,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241177,0.0146286;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=101.824,131.225;QD=55.7286;RBI=0.0251031,0.0237616;REFB=0,0;REVB=-0.00696429,-0.0187247;RO=0;SAF=23,9;SAR=15,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00601727,0.0209101;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:59:59:0:0:38,21:38,21:0.644068,0.355932:15,12:23,9:0:0:15,12:23,9:0:0 chr10 46999198 . G T 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0114915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.412;QD=10.1486;RBI=0.0284287;REFB=-0.0184894;REVB=-0.0260027;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20497;STB=0.61946;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0407671;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:12:10:28:16:12:10:28:16 chr10 46999465 . A G 152.14 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00479463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.975;QD=13.2299;RBI=0.012752;REFB=-0.00670591;REVB=0.0118163;RO=29;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252729;STB=0.648467;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00718714;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:12:5:15:14:12:5:15:14 chr10 46999484 . G T 247.12 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0191687;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.098;QD=24.712;RBI=0.0236981;REFB=-0.0214385;REVB=-0.0139341;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307705;STB=0.669395;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0136247;OID=.;OPOS=46999484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:11:12:2:15:11:12:2:15 chr10 46999577 . G T 150.52 PASS AF=0.714286;AO=13;DP=19;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0396112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.917;QD=28.6694;RBI=0.151088;REFB=-0.0421906;REVB=0.145803;RO=6;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187025;STB=0.551653;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0135167;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:21:6:6:13:15:0.714286:3:10:3:3:5:10:3:3 chr10 46999596 . G A 210.86 PASS AF=0.7;AO=17;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.112916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4389;QD=28.1151;RBI=0.134485;REFB=-0.114808;REVB=0.0730491;RO=9;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608555;STB=0.50485;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0365806;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:30:30:9:9:17:21:0.7:6:11:5:4:9:12:5:4 chr10 46999604 . A G 431.29 PASS AF=1;AO=22;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103455;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.059;QD=57.5055;RBI=0.128608;REFB=0;REVB=0.128191;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00415576;OID=.;OPOS=46999604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:30:0:0:22:30:1:4:18:0:0:11:19:0:0 chr10 46999732 . G A 1411.83 PASS AF=0.625616;AO=127;DP=204;FAO=127;FDP=203;FR=.;FRO=76;FSAF=52;FSAR=75;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.00417239;FXX=0.00490172;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.102;QD=27.8193;RBI=0.0189826;REFB=-0.0186636;REVB=0.0185184;RO=75;SAF=52;SAR=75;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216458;STB=0.50955;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0101881;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:75:76:127:127:0.625616:75:52:33:42:75:52:33:43 chr10 46999747 . T C 562.46 PASS AF=0.346535;AO=68;DP=201;FAO=70;FDP=202;FR=.;FRO=132;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=80;FWDB=0.000509894;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.971;QD=11.1378;RBI=0.025853;REFB=-0.0191223;REVB=-0.0258479;RO=131;SAF=29;SAR=39;SRF=52;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349335;STB=0.513759;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0309096;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:131:132:68:70:0.346535:39:29:52:79:41:29:52:80 chr10 46999922 . G T 390.03 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00388136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.43;QD=38.0521;RBI=0.0219732;REFB=-0.0257155;REVB=0.0216277;RO=10;SAF=18;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082095;STB=0.544557;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00804416;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:10:10:31:31:0.756098:13:18:4:6:13:18:4:6 chr10 47000004 . T C 784.04 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8292;QD=64.0034;RBI=0.041587;REFB=0;REVB=-0.041004;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400945;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr10 47000071 . G A 442.68 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0745858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.065;QD=25.6626;RBI=0.0872583;REFB=-0.0212534;REVB=-0.0452876;RO=26;SAF=19;SAR=23;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757015;STB=0.547413;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0390029;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:27:42:42:0.608696:23:19:9:17:23:19:9:18 chr10 47000079 . T C 199.95 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00489896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.91;QD=11.5911;RBI=0.0189468;REFB=-0.0146358;REVB=-0.0183025;RO=44;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108726;STB=0.563055;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0221328;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:16:9:20:24:16:9:20:24 chr10 47000146 . C T 122.77 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0266353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.781;QD=15.8416;RBI=0.0335215;REFB=-0.0907947;REVB=-0.0203533;RO=9;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311305;STB=0.590021;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0645789;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:9:17:14:14:0.451613:12:2:4:5:12:2:4:13 chr10 47000188 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00891405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.086;QD=51.1844;RBI=0.0733807;REFB=0;REVB=-0.0728373;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000985252;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr10 47000239 . C T 83.22 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0109082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.666;QD=9.51036;RBI=0.0332384;REFB=-0.021284;REVB=0.0313975;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630838;STB=0.538391;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0265451;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:14:10:4:7:14:10 chr10 47000321 . G A 316.4 PASS AF=0.347826;AO=38;DP=115;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.00502249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.06;QD=11.0053;RBI=0.0261065;REFB=-0.00164828;REVB=0.0256188;RO=74;SAF=16;SAR=22;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22643;STB=0.644981;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00512988;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:75:38:40:0.347826:22:16:46:28:24:16:47:28 chr10 47000366 . C G 457.35 PASS AF=0.351852;AO=57;DP=162;FAO=57;FDP=162;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=69;FSRR=36;FWDB=-0.0110828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6754;QD=11.2926;RBI=0.0115963;REFB=-0.00697683;REVB=0.0034126;RO=103;SAF=26;SAR=31;SRF=67;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217122;STB=0.628291;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00752557;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:103:105:57:57:0.351852:31:26:67:36:31:26:69:36 chr10 47000374 . T C 450.61 PASS AF=0.341317;AO=55;DP=165;FAO=57;FDP=167;FR=.;FRO=110;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=72;FSRR=38;FWDB=-0.00637239;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.686;QD=10.7931;RBI=0.0217856;REFB=-0.0024362;REVB=-0.0208328;RO=108;SAF=24;SAR=31;SRF=71;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251097;STB=0.628682;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00440156;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:108:110:55:57:0.341317:31:24:71:37:31:26:72:38 chr10 47000381 . T C 2735.87 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.158;QD=61.8276;RBI=0.0130754;REFB=-0.0286876;REVB=0.0049785;RO=0;SAF=101;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502463;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=5.78727e-05;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:177:0:1:176:176:0.99435:75:101:0:0:75:101:1:0 chr10 47000426 . T C 3180.18 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5412;QD=63.6036;RBI=0.0492951;REFB=0;REVB=0.0172924;RO=0;SAF=101;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139186;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:191:200:0:0:190:200:1:89:101:0:0:91:109:0:0 chr10 47000487 . G A 384.33 PASS AF=0.295455;AO=52;DP=175;FAO=52;FDP=176;FR=.;FRO=124;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=0.000522461;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.328;QD=8.73471;RBI=0.00672219;REFB=-0.00457683;REVB=0.00670186;RO=123;SAF=23;SAR=29;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647736;STB=0.540792;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0102173;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:123:124:52:52:0.295455:29:23:61:62:29:23:62:62 chr10 47000547 . G T 278.53 PASS AF=0.345133;AO=34;DP=109;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00071598;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.633;QD=9.85959;RBI=0.013593;REFB=0.00400856;REVB=-0.0135742;RO=75;SAF=13;SAR=21;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178647;STB=0.542835;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00863199;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:113:75:74:34:39:0.345133:21:13:40:35:21:18:39:35 chr10 47000728 . T C 679.47 PASS AF=0.575221;AO=57;DP=107;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00118675;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.812;QD=24.0522;RBI=0.0130934;REFB=-0.0274566;REVB=0.0130395;RO=50;SAF=30;SAR=27;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901781;STB=0.536296;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0197263;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:113:50:48:57:65:0.575221:27:30:21:29:31:34:21:27 chr10 47000863 . A G 2236.43 PASS AF=0.993007;AO=138;DP=138;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.933;QD=62.5574;RBI=0.0460141;REFB=-0.0777448;REVB=0.00613344;RO=0;SAF=52;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70885e-08;STB=0.50289;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000316533;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:138:143:0:1:138:142:0.993007:86:52:0:0:86:56:0:1 chr10 47000873 . T A,G 2072.08 PASS AF=0.374101,0.625899;AO=51,83;DP=135;FAO=52,87;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=23,31;FSAR=29,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237352,-0.00562915;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.037,163.91;QD=59.6281;RBI=0.0240963,0.00722501;REFB=0,0;REVB=0.0041556,0.00452917;RO=0;SAF=22,32;SAR=29,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000272438,0.0164051;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:135:139:0:0:51,83:52,87:0.374101,0.625899:29,51:22,32:0:0:29,56:23,31:0:0 chr10 47000898 . C T 995.65 PASS AF=0.621429;AO=87;DP=140;FAO=87;FDP=140;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00987453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.05;QD=28.4472;RBI=0.0110803;REFB=-0.0385785;REVB=-0.00502665;RO=53;SAF=32;SAR=55;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715989;STB=0.503875;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0209023;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:53:53:87:87:0.621429:55:32:20:33:55:32:20:33 chr10 47001032 . G A 156.14 PASS AF=0.328125;AO=22;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0480563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.929;QD=9.75848;RBI=0.0554585;REFB=-0.0284764;REVB=-0.0276809;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132867;STB=0.616631;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0554837;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:43:22:21:0.328125:10:12:17:23:9:12:17:26 chr10 47001098 . C T 214.59 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00260399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.354;QD=12.8115;RBI=0.0605988;REFB=-0.00728741;REVB=-0.0605428;RO=37;SAF=20;SAR=6;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156478;STB=0.635246;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0242289;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:37:41:26:26:0.38806:6:20:24:13:6:20:24:17 chr10 47001371 . C G 1915.46 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.329;QD=60.8081;RBI=0.0261591;REFB=0.0714045;REVB=0.00143805;RO=1;SAF=63;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772532;STB=0.503999;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-8.84942e-05;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:124:125:0.992063:61:63:0:1:62:63:0:1 chr10 47001409 . G A 539.51 PASS AF=0.39375;AO=63;DP=161;FAO=63;FDP=160;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=0.0119597;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.811;QD=13.4877;RBI=0.0130414;REFB=-0.0104345;REVB=0.00520035;RO=97;SAF=33;SAR=30;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132283;STB=0.513735;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.012266;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:97:97:63:63:0.39375:30:33:52:45:30:33:53:44 chr10 47001485 . A T 674.51 PASS AF=0.387255;AO=79;DP=204;FAO=79;FDP=204;FR=.;FRO=125;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=68;FSRR=57;FWDB=-0.0150637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.473;QD=13.2257;RBI=0.0178204;REFB=0.000446646;REVB=-0.00952117;RO=125;SAF=37;SAR=42;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820746;STB=0.546254;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00147607;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:125:125:79:79:0.387255:42:37:68:57:42:37:68:57 chr10 47001504 . G T 697.63 PASS AF=0.38785;AO=80;DP=215;FAO=83;FDP=214;FR=.;FRO=131;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=73;FSRR=58;FWDB=0.0251977;FXX=0.0138242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.237;QD=13.0398;RBI=0.0257049;REFB=-0.00142906;REVB=0.00508155;RO=134;SAF=40;SAR=40;SRF=73;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495614;STB=0.524051;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00225623;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:134:131:80:83:0.38785:40:40:73:61:40:43:73:58 chr10 47001543 . C T 722.33 PASS AF=0.390698;AO=84;DP=214;FAO=84;FDP=215;FR=.;FRO=131;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=69;FSRR=62;FWDB=-0.0373413;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.304;QD=13.4387;RBI=0.0373414;REFB=-0.00405904;REVB=7.60526e-05;RO=130;SAF=40;SAR=44;SRF=69;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588694;STB=0.530759;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00523626;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:130:131:84:84:0.390698:44:40:69:61:44:40:69:62 chr10 47001786 . A C 264.02 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0286746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.322;QD=15.3052;RBI=0.0307706;REFB=-0.00881611;REVB=-0.0111624;RO=39;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109265;STB=0.561604;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00782315;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:14:16:25:14:14:16:25:14 chr10 47001954 . C T 301.2 PASS AF=0.4;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0316483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.186;QD=14.1743;RBI=0.0319425;REFB=-0.0188345;REVB=-0.00432557;RO=49;SAF=13;SAR=21;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197232;STB=0.600778;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0295016;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:49:51:34:34:0.4:21:13:28:21:21:13:28:23 chr10 47001984 . G A,GA 1243.0 PASS AF=0.951807,0.0481928;AO=76,9;DP=85;FAO=79,4;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49,4;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027089,0.00793199;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=100.151,52.3281;QD=59.9037;RBI=0.0524577,0.0509308;REFB=0,0;REVB=0.0449221,0.0503093;RO=0;SAF=45,8;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00593467,0.0747503;OID=.,.;OPOS=47001984,47001985;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:85:83:0:0:76,9:79,4:0.951807,0.0481928:31,1:45,8:0:0:30,0:49,4:0:0 chr10 47002079 . T C 452.85 PASS AF=0.434426;AO=48;DP=124;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0239869;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8724;QD=14.8475;RBI=0.0477893;REFB=-0.017188;REVB=0.0413333;RO=64;SAF=24;SAR=24;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191779;STB=0.603389;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0269277;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:64:69:48:53:0.434426:24:24:44:20:29:24:44:25 chr10 47002118 . T A 718.72 PASS AF=0.496644;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.0158951;FXX=0.0261421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.857;QD=19.2946;RBI=0.0315332;REFB=-0.0181438;REVB=0.027234;RO=75;SAF=44;SAR=30;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200891;STB=0.610641;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0178955;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:149:75:75:74:74:0.496644:30:44:28:47:30:44:28:47 chr10 47002127 . T C 2463.72 PASS AF=1;AO=157;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132779;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.84;QD=61.2103;RBI=0.0330455;REFB=0;REVB=0.0302606;RO=0;SAF=66;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65189e-05;OID=.;OPOS=47002127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:157:161:1:91:66:0:0:92:69:0:0 chr10 47002135 . A G 735.85 PASS AF=0.461538;AO=78;DP=170;FAO=78;FDP=169;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.0284866;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.875;QD=17.4166;RBI=0.0693073;REFB=-0.0124223;REVB=-0.0631824;RO=91;SAF=27;SAR=51;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966698;STB=0.553705;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0204517;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:91:91:78:78:0.461538:51:27:40:51:51:27:40:51 chr10 47002501 . T A 338.76 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00273358;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.597;QD=20.2245;RBI=0.0437343;REFB=-0.0237182;REVB=0.0436488;RO=31;SAF=23;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700325;STB=0.532882;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0164945;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:32:35:35:0.522388:12:23:18:13:12:23:19:13 chr10 47002529 . C G 51.48 PASS AF=0.125;AO=11;DP=88;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=-0.00696994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.697;QD=2.3401;RBI=0.0332751;REFB=-0.00142335;REVB=0.032537;RO=77;SAF=6;SAR=5;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131759;STB=0.59306;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00982296;OID=.;OPOS=47002529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:88:88:77:77:11:11:0.125:5:6:50:27:5:6:50:27 chr10 47002542 . C A 1549.18 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.953;QD=63.8838;RBI=0.00216625;REFB=0;REVB=-0.0013964;RO=0;SAF=59;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39951e-06;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:37:59:0:0:37:60:0:0 chr10 47002606 . G A 393.16 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0281283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4554;QD=13.6752;RBI=0.0303117;REFB=-0.0171013;REVB=-0.011296;RO=69;SAF=30;SAR=16;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276062;STB=0.656041;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0285241;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:69:46:46:0.4:16:30:27:42:16:30:27:42 chr10 47002617 . T C 351.69 PASS AF=0.364407;AO=42;DP=118;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0337235;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.19;QD=11.9217;RBI=0.0404944;REFB=0.00389681;REVB=-0.0224169;RO=75;SAF=26;SAR=16;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214841;STB=0.612674;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00792589;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:75:75:42:43:0.364407:16:26:32:43:17:26:32:43 chr10 47002724 . G A 317.84 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.043579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5082;QD=13.2432;RBI=0.0449221;REFB=-0.0258587;REVB=0.0109028;RO=58;SAF=25;SAR=11;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308017;STB=0.667165;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0460003;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:60:36:36:0.375:11:25:24:34:11:25:26:34 chr10 47002757 . A G 1033.63 PASS AF=0.960526;AO=66;DP=69;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0111457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.174;QD=54.4014;RBI=0.0230414;REFB=-0.00936385;REVB=0.0201663;RO=3;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038789;STB=0.520542;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00207602;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:69:76:3:3:66:73:0.960526:35:31:0:3:35:38:0:3 chr10 47002792 . T C 110.33 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0198216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8483;QD=6.2157;RBI=0.019978;REFB=-0.0172428;REVB=0.00249514;RO=54;SAF=6;SAR=11;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232247;STB=0.514371;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0451347;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:54:17:17:0.239437:11:6:20:34:11:6:20:34 chr10 47002911 . A AC 547.8 PASS AF=1;AO=12;DP=78;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150979;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.3042;QD=29.6107;RBI=0.217417;REFB=0.00573286;REVB=-0.156446;RO=64;SAF=2;SAR=10;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00332309;OID=.;OPOS=47002912;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:78:74:74:0:33:41:0:0:8:64:2:10:33:31 chr10 47002916 . CTTT CCTT,CTTC,CTT 1241.12 PASS AF=0.939759,0,0.060241;AO=65,5,11;DP=83;FAO=78,0,5;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0,0;FSAR=41,0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333885,-0.0498247,-0.0829467;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=35.8952,6.48039,23.4972;QD=59.8128;RBI=0.0449743,0.156918,0.126574;REFB=0,0,0;REVB=-0.0448501,-0.148798,-0.0956083;RO=0;SAF=25,0,11;SAR=40,5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.0195996,0,-0.0826306;OID=.,.,.;OPOS=47002917,47002919,47002917;OREF=T,T,T;OALT=C,C,-;OMAPALT=CCTT,CTTC,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.939759,0,0.060241:65,5,11:83:78,0,5:83:0:37,0,0:41,0,5:0:0:9:0:25,0,11:40,5,0:0:0 chr10 47002937 . A G 229.23 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.000369538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9981;QD=9.7543;RBI=0.0387388;REFB=-0.00108839;REVB=-0.0387371;RO=65;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135087;STB=0.578972;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00165926;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:65:65:29:29:0.308511:15:14:24:41:15:14:24:41 chr10 47002942 . C G 283.43 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.0537117;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6755;QD=11.9337;RBI=0.0589006;REFB=-0.00641916;REVB=-0.024173;RO=60;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198466;STB=0.62257;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0130819;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:60:62:33:33:0.347368:15:18:22:38:15:18:22:40 chr10 47003115 . C T 377.32 PASS AF=0.315436;AO=38;DP=150;FAO=47;FDP=149;FR=.;FRO=102;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=72;FWDB=-0.0668811;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.249;QD=10.1293;RBI=0.0721183;REFB=-0.0088238;REVB=-0.026981;RO=85;SAF=11;SAR=27;SRF=26;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232823;STB=0.55403;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0249611;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:85:102:38:47:0.315436:27:11:26:59:36:11:30:72 chr10 47003177 . A G 275.35 PASS AF=0.277372;AO=38;DP=137;FAO=38;FDP=137;FR=.;FRO=99;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=68;FWDB=0.0102975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.631;QD=8.03935;RBI=0.0104593;REFB=-0.00919409;REVB=0.00183273;RO=99;SAF=10;SAR=28;SRF=31;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748204;STB=0.544568;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0193096;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:99:99:38:38:0.277372:28:10:31:68:28:10:31:68 chr10 47003215 . T C 198.31 PASS AF=0.266055;AO=28;DP=109;FAO=29;FDP=109;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.00818298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.263;QD=7.27737;RBI=0.0114751;REFB=-0.00897817;REVB=-0.0080447;RO=79;SAF=6;SAR=22;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261135;STB=0.627062;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0232384;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:79:80:28:29:0.266055:22:6:31:48:22:7:31:49 chr10 47003229 . C G 182.75 PASS AF=0.245614;AO=28;DP=114;FAO=28;FDP=114;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.029217;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.858;QD=6.41214;RBI=0.0292339;REFB=-0.00463445;REVB=0.000995047;RO=84;SAF=7;SAR=21;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188938;STB=0.627453;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0148697;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:84:86:28:28:0.245614:21:7:32:52:21:7:34:52 chr10 47003250 . C T 194.19 PASS AF=0.266667;AO=28;DP=104;FAO=28;FDP=105;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0142208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.291;QD=7.39777;RBI=0.0152615;REFB=-0.00693048;REVB=-0.0055391;RO=76;SAF=11;SAR=17;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035684;STB=0.517327;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.020941;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:76:77:28:28:0.266667:17:11:32:44:17:11:32:45 chr10 47003615 . C T 349.01 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00107802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.642;QD=15.011;RBI=0.0272978;REFB=-0.0124303;REVB=-0.0272765;RO=53;SAF=19;SAR=19;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291735;STB=0.526868;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0198096;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:55:38:38:0.408602:19:19:25:28:19:19:25:30 chr10 47003896 . C T 373.87 PASS AF=0.387931;AO=43;DP=114;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.00669262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.74;QD=12.892;RBI=0.00710387;REFB=-0.00199035;REVB=-0.00238197;RO=71;SAF=11;SAR=32;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161307;STB=0.564344;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0034629;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:71:71:43:45:0.387931:32:11:27:44:32:13:27:44 chr10 47004068 . T C 391.99 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.00886986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.257;QD=16.8596;RBI=0.0220798;REFB=-0.0134458;REVB=-0.0202198;RO=52;SAF=25;SAR=16;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467352;STB=0.526186;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0270152;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:16:25:34:18:16:25:34:18 chr10 47004182 . G A 1093.62 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0405361;FXX=0.0129853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.7159;QD=57.5589;RBI=0.0434645;REFB=-0.182253;REVB=0.0156839;RO=1;SAF=43;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108759;STB=0.511361;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00325285;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:76:1:2:74:74:0.973684:31:43:1:0:31:43:2:0 chr10 47004217 . T C 161.4 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00431994;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.753;QD=8.7242;RBI=0.0135094;REFB=-0.000274389;REVB=0.0128001;RO=52;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159954;STB=0.581009;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00049176;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:52:52:22:22:0.297297:11:11:19:33:11:11:20:32 chr10 47004355 . C CA 133.92 PASS AF=0.263158;AO=19;DP=79;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0297328;FXX=0.0129853;HRUN=0;LEN=1;MLLD=204.686;QD=7.04839;RBI=0.0312669;REFB=-0.00783544;REVB=-0.00967369;RO=59;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832637;STB=0.592016;STBP=0.372;TYPE=ins;VARB=0.0290564;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:19:79:20:76:56:10:10:21:35:99:59:9:10:24:35 chr10 47004362 . C T 186.71 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.00459663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.342;QD=8.68403;RBI=0.0136556;REFB=-0.0102657;REVB=0.0128588;RO=60;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132007;STB=0.570004;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.017854;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:61:25:25:0.290698:14:11:20:40:14:11:21:40 chr10 47004463 . G A 151.65 PASS AF=0.252874;AO=20;DP=85;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=47;FWDB=0.0593374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.373;QD=6.97218;RBI=0.0613153;REFB=-0.00332288;REVB=-0.0154483;RO=63;SAF=6;SAR=14;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212684;STB=0.572708;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0126296;OID=.;OPOS=47004463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:63:65:20:22:0.252874:14:6:18:45:14:8:18:47 chr10 47004633 . CA TG 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0254874;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.404;QD=8.99487;RBI=0.0302598;REFB=-0.00498599;REVB=-0.016311;RO=29;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179546;STB=0.609981;STBP=0.387;TYPE=mnp;VARB=0.0149176;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:8:4:14:15:8:4:14:15 chr10 47004702 . A G 127.08 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0251274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3184;QD=11.5527;RBI=0.0340999;REFB=-0.035958;REVB=-0.0230525;RO=29;SAF=12;SAR=3;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250535;STB=0.650939;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0408481;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:3:12:18:11:3:12:18:11 chr10 47004971 . A G 428.91 PASS AF=0.488636;AO=41;DP=86;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0196257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.845;QD=19.4959;RBI=0.020861;REFB=-0.00867305;REVB=0.00707196;RO=45;SAF=12;SAR=29;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450234;STB=0.504497;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00917102;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:45:45:41:43:0.488636:29:12:15:30:29:14:15:30 chr10 47004994 . A G 225.22 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0157323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.932;QD=15.2688;RBI=0.0168602;REFB=-0.00731885;REVB=-0.00606315;RO=33;SAF=7;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110846;STB=0.563132;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0128734;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:19:7:12:21:19:7:12:21 chr10 47005224 . C T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0113855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.244;QD=24.5996;RBI=0.0230269;REFB=-0.0188867;REVB=-0.0200152;RO=16;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484217;STB=0.527002;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0133756;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:15:7:6:10:15:7:6:10 chr10 47005267 . C T 203.3 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00384105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.041;QD=14.2667;RBI=0.0038975;REFB=-0.00498416;REVB=0.000660916;RO=32;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180564;STB=0.592513;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.012142;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:32:33:23:24:0.421053:16:7:15:17:16:8:16:17 chr10 47005466 . C T 1517.01 PASS AF=0.534799;AO=146;DP=274;FAO=146;FDP=273;FR=.;FRO=127;FSAF=86;FSAR=60;FSRF=77;FSRR=50;FWDB=0.00719598;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.943;QD=22.2273;RBI=0.0167146;REFB=-0.0131528;REVB=-0.0150863;RO=124;SAF=86;SAR=60;SRF=77;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279583;STB=0.508315;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0107675;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:273:124:127:146:146:0.534799:60:86:77:47:60:86:77:50 chr10 47005504 . T C 1233.48 PASS AF=0.449477;AO=129;DP=286;FAO=129;FDP=287;FR=.;FRO=158;FSAF=74;FSAR=55;FSRF=100;FSRR=58;FWDB=-0.0131635;FXX=0.0034721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.35;QD=17.1914;RBI=0.0249343;REFB=-0.018761;REVB=0.0211764;RO=156;SAF=74;SAR=55;SRF=98;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557334;STB=0.533678;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0225756;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:287:156:158:129:129:0.449477:55:74:98:58:55:74:100:58 chr10 47005575 . C T 1549.53 PASS AF=0.568093;AO=144;DP=257;FAO=146;FDP=257;FR=.;FRO=111;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.00794908;FXX=0.00387582;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.05;QD=24.1172;RBI=0.0128328;REFB=-0.00804268;REVB=0.0100744;RO=111;SAF=69;SAR=75;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203243;STB=0.507863;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00582956;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:111:111:144:146:0.568093:75:69:56:55:75:71:56:55 chr10 47086915 . C T 1052.35 PASS AF=0.352459;AO=129;DP=366;FAO=129;FDP=366;FR=.;FRO=237;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=131;FSRR=106;FWDB=-0.00717331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.926;QD=11.5011;RBI=0.0158997;REFB=-0.00879485;REVB=-0.0141896;RO=237;SAF=73;SAR=56;SRF=131;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152256;STB=0.508644;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0248411;OID=.;OPOS=47086915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:366:237:237:129:129:0.352459:56:73:131:106:56:73:131:106 chr10 47086978 . G A 1133.04 PASS AF=0.346835;AO=137;DP=395;FAO=137;FDP=395;FR=.;FRO=258;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=129;FSRR=129;FWDB=-0.0212749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.997;QD=11.4739;RBI=0.0237726;REFB=-0.00255797;REVB=0.0106071;RO=256;SAF=73;SAR=64;SRF=128;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377088;STB=0.521483;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00475491;OID=.;OPOS=47086978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:395:256:258:137:137:0.346835:64:73:128:128:64:73:129:129 chr10 47087474 . C T 2568.56 PASS AF=0.971429;AO=170;DP=175;FAO=170;FDP=175;FR=.;FRO=5;FSAF=83;FSAR=87;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0108186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8497;QD=58.71;RBI=0.0240092;REFB=-0.0161137;REVB=0.0214335;RO=4;SAF=83;SAR=87;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114505;STB=0.508908;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00264142;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:175:175:4:5:170:170:0.971429:87:83:3:1:87:83:4:1 chr10 47087501 . C T 736.02 PASS AF=0.467066;AO=78;DP=167;FAO=78;FDP=167;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=0.0573956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.279;QD=17.6293;RBI=0.0574468;REFB=-0.0177035;REVB=0.00242709;RO=89;SAF=45;SAR=33;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144161;STB=0.579823;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0245896;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:89:89:78:78:0.467066:33:45:38:51:33:45:38:51 chr10 47087608 . TG CA,CG 1920.85 PASS AF=0.210526,0.766917;AO=28,102;DP=139;FAO=28,102;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=14,51;FSAR=14,51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0182485,0.0142706;FXX=0.0431624;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=72.2348,118.956;QD=57.7699;RBI=0.0559586,0.0938267;REFB=-0.0232626,-0.157668;REVB=0.0528995,0.0927351;RO=3;SAF=14,51;SAR=14,51;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0898157,0.0270893;STB=0.548353,0.514283;STBP=0.105,0.119;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00354707,0.00694762;OID=.,.;OPOS=47087608,47087608;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:139:133:3:3:28,102:28,102:0.210526,0.766917:14,51:14,51:0:3:14,51:14,51:0:3 chr10 47087680 . C T 1677.4 PASS AF=0.991228;AO=110;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148463;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1648;QD=58.8561;RBI=0.0496818;REFB=-0.0598648;REVB=0.0474117;RO=1;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921748;STB=0.504761;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00219343;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:110:113:0.991228:51:59:0:1:52:61:0:1 chr10 47087731 . C T 1318.8 PASS AF=0.868421;AO=99;DP=114;FAO=99;FDP=114;FR=.;FRO=15;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=0.112049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8827;QD=46.2738;RBI=0.112087;REFB=-0.157836;REVB=0.00292625;RO=15;SAF=48;SAR=51;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127522;STB=0.567554;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0293438;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:114:114:15:15:99:99:0.868421:51:48:15:0:51:48:15:0 chr10 47087830 . G A 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0477076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.089;QD=58.2272;RBI=0.0499658;REFB=-0.145449;REVB=0.0148516;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000778728;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:32:39:0:0:32:39:0:1 chr10 47416908 . A G 9191.59 PASS AF=0.728981;AO=732;DP=1010;FAO=737;FDP=1011;FR=.;FRO=274;FSAF=429;FSAR=308;FSRF=107;FSRR=167;FWDB=-0.00638074;FXX=0.000988133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.556;QD=36.3663;RBI=0.0890671;REFB=-0.0243076;REVB=0.0888383;RO=264;SAF=428;SAR=304;SRF=106;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924502;STB=0.552439;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00603531;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1010:1011:264:274:732:737:0.728981:304:428:106:158:308:429:107:167 chr10 47747159 . G C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0091865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.887;QD=16.4544;RBI=0.0188202;REFB=-0.00910299;REVB=-0.0164258;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443891;STB=0.768234;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0119676;OID=.;OPOS=47747159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:1:3:1:5:1:3 chr10 47756065 . C T 156.38 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00243691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.228;QD=24.0587;RBI=0.0426594;REFB=-0.0178581;REVB=0.0425898;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222788;STB=0.624844;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00573566;OID=.;OPOS=47756065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:6:10:3:7:6:10:3:7 chr10 47911590 . GT AG 54.59 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473451;FXX=0.142653;HRUN=2;LEN=2;MLLD=257.441;QD=36.3901;RBI=0.0145151;REFB=0;REVB=-0.0137212;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000359563;OID=.;OPOS=47911590;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr10 48370595 . G A 299.72 PASS AF=0.348624;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=109;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0828827;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.006;QD=10.9988;RBI=0.0837856;REFB=-0.000317811;REVB=0.0122676;RO=70;SAF=20;SAR=18;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938282;STB=0.549107;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000535528;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:70:71:38:38:0.348624:18:20:31:39:18:20:32:39 chr10 49446097 . C T 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00224055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.394;QD=14.132;RBI=0.00583223;REFB=-0.00912652;REVB=-0.00538468;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535825;STB=0.531002;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0139774;OID=.;OPOS=49446097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:12:7:10:21:12:7:10:21 chr10 49659559 . C T 809.16 PASS AF=0.967213;AO=57;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0649867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.504;QD=53.0596;RBI=0.0828552;REFB=-0.118777;REVB=0.0513976;RO=2;SAF=18;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135418;STB=0.505866;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00149622;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:60:61:2:2:57:59:0.967213:39:18:1:1:39:20:1:1 chr10 49659637 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.111;QD=59.0179;RBI=0.0211129;REFB=0;REVB=-0.0129793;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222484;OID=.;OPOS=49659637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:24:9:0:0:25:9:0:0 chr10 49667795 . T C 1008.35 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7996;QD=59.3147;RBI=0.0347841;REFB=0;REVB=0.0326062;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60091e-05;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr10 49687800 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0187585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.603;QD=11.4398;RBI=0.0190273;REFB=-0.015865;REVB=0.00318676;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128213;STB=0.576753;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0183152;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:6:8:4:5:6:8 chr10 49860258 . A G 581.25 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001532;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.673;QD=61.1838;RBI=0.028298;REFB=0;REVB=0.0282565;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60089e-05;OID=.;OPOS=49860258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:19:19:0:0 chr10 49933974 . T C 589.53 PASS AF=0.512821;AO=59;DP=116;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00331535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.4;QD=20.155;RBI=0.0133912;REFB=-0.0237189;REVB=-0.0129744;RO=57;SAF=32;SAR=27;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612747;STB=0.537263;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0218269;OID=.;OPOS=49933974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:57:57:59:60:0.512821:27:32:27:30:27:33:27:30 chr10 49998824 . C T 458.51 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0084416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.879;QD=15.6757;RBI=0.00844322;REFB=-0.0035272;REVB=-0.000165742;RO=66;SAF=36;SAR=15;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280199;STB=0.65747;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00673207;OID=.;OPOS=49998824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:51:51:0.435897:15:36:29:37:15:36:29:37 chr10 50013402 . T C 1397.17 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.721;QD=62.7942;RBI=0.0491932;REFB=0;REVB=0.0109199;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89037e-05;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:50:36:0:0:51:38:0:0 chr10 50018706 . G A 376.34 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0228567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0425;QD=16.0147;RBI=0.0396303;REFB=-0.0155632;REVB=0.0323748;RO=53;SAF=22;SAR=18;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164332;STB=0.514002;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0176132;OID=.;OPOS=50018706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:54:40:40:0.425532:18:22:30:23:18:22:31:23 chr10 50025396 . G A 952.57 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.521;QD=58.6195;RBI=0.034751;REFB=0;REVB=0.0049064;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58356e-05;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:43:20:0:0:45:20:0:0 chr10 50038800 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.847;QD=59.8559;RBI=0.0261443;REFB=0;REVB=0.0186262;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50642e-05;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr10 50083111 . T C 1410.61 PASS AF=0.910714;AO=103;DP=111;FAO=102;FDP=112;FR=.;FRO=10;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0113419;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.8987;QD=50.3791;RBI=0.0283034;REFB=0.0195452;REVB=0.0259315;RO=8;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714178;STB=0.537405;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00164226;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:111:112:8:10:103:102:0.910714:49:54:0:8:49:53:1:9 chr10 50109902 . G A 941.9 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389845;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.557;QD=58.8685;RBI=0.0390185;REFB=0;REVB=-0.00162958;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500477;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:27:37:0:0 chr10 50121784 . T C 1675.65 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2212;QD=60.3839;RBI=0.0676399;REFB=0;REVB=0.0675545;RO=0;SAF=42;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029754;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:69:42:0:0:69:42:0:0 chr10 50122181 . C A 1287.35 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.617;QD=60.5814;RBI=0.0185036;REFB=0.0418542;REVB=0.00880179;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000757067;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:40:44:0:0:40:44:1:0 chr10 50184949 . C T 259.41 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0205924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.204;QD=14.214;RBI=0.022257;REFB=0.00352123;REVB=0.00844574;RO=43;SAF=8;SAR=22;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318574;STB=0.682044;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00512824;OID=.;OPOS=50184949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:22:8:24:19:22:8:24:19 chr10 50186415 . C T 295.67 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0261303;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.836;QD=17.9195;RBI=0.0265912;REFB=-0.0006155;REVB=0.00492907;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152411;STB=0.592048;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000818951;OID=.;OPOS=50186415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:32:32:0.484848:18:14:20:13:18:14:21:13 chr10 50193562 . G A 234.9 PASS AF=0.430769;AO=26;DP=63;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00712871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.556;QD=14.4551;RBI=0.0716387;REFB=-0.0104827;REVB=0.0712832;RO=35;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161294;STB=0.578891;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00938005;OID=.;OPOS=50193562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:35:37:26:28:0.430769:10:16:16:19:12:16:16:21 chr10 50227785 . T C 1443.44 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0419411;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.065;QD=60.7765;RBI=0.0419782;REFB=-0.0876812;REVB=-0.0017645;RO=2;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175532;STB=0.509257;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00101327;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:96:95:2:2:93:93:0.978947:53:40:0:2:53:40:0:2 chr10 50315893 . A G 461.36 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.04044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6006;QD=17.2471;RBI=0.0577757;REFB=-0.0100649;REVB=-0.0412631;RO=57;SAF=28;SAR=22;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132555;STB=0.573741;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0102427;OID=.;OPOS=50315893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:57:50:50:0.46729:22:28:24:33:22:28:24:33 chr10 50339925 . G A 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0675908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7581;QD=9.09893;RBI=0.0904838;REFB=-0.0118778;REVB=0.0601565;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913134;STB=0.555438;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0314952;OID=.;OPOS=50339925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:14:5:3:6:14:5 chr10 50340304 . C A 301.1 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.021128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.981;QD=14.1694;RBI=0.0258506;REFB=-0.00929597;REVB=0.014895;RO=50;SAF=22;SAR=12;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117651;STB=0.573869;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0211601;OID=.;OPOS=50340304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:51:34:34:0.4:12:22:27:23:12:22:27:24 chr10 50341954 . A G 446.14 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.021701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.159;QD=20.7507;RBI=0.023926;REFB=-0.0192361;REVB=-0.0100756;RO=42;SAF=23;SAR=21;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103814;STB=0.557403;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.025779;OID=.;OPOS=50341954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:21:23:17:25:21:23:17:25 chr10 50374819 . T C 237.91 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0126424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6754;QD=26.4344;RBI=0.0753038;REFB=-0.0543819;REVB=0.074235;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107588;STB=0.545413;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0340687;OID=.;OPOS=50374819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:12:10:8:5:12:10:8:6 chr10 50531604 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.443;QD=59.4343;RBI=0.0373302;REFB=0;REVB=0.0345733;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5634e-05;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr10 50532683 . T C 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0887925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6414;QD=44.683;RBI=0.0890233;REFB=0;REVB=-0.0064052;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00458769;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr10 50533617 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000286174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3983;QD=54.5173;RBI=0.0422335;REFB=0;REVB=0.0422325;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102129;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr10 50534599 . G A 361.22 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0138786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3222;QD=29.4873;RBI=0.0358931;REFB=-0.000384552;REVB=0.0331014;RO=14;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329886;STB=0.66579;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00556594;OID=.;OPOS=50534599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:15:23:23:0.469388:10:13:1:13:10:13:2:13 chr10 50534862 . T C 532.34 PASS AF=0.537634;AO=49;DP=91;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00810632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.334;QD=22.8963;RBI=0.0106197;REFB=-0.0173714;REVB=0.00686045;RO=42;SAF=13;SAR=36;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702859;STB=0.55075;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0220048;OID=.;OPOS=50534862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:42:43:49:50:0.537634:36:13:14:28:37:13:15:28 chr10 50535186 . C T 470.04 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=27;FWDB=0.0568037;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.32;QD=25.7555;RBI=0.0573447;REFB=-0.0396674;REVB=0.00785859;RO=28;SAF=16;SAR=28;SRF=2;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243551;STB=0.635785;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0251266;OID=.;OPOS=50535186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:28:29:44:44:0.60274:28:16:2:26:28:16:2:27 chr10 50598254 . G A 156.62 PASS AF=0.275;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00254688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.803;QD=7.83095;RBI=0.0268869;REFB=-0.0177563;REVB=-0.026766;RO=58;SAF=6;SAR=16;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230769;STB=0.639866;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0398283;OID=.;OPOS=50598254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:58:22:22:0.275:16:6:26:32:16:6:26:32 chr10 50678317 . C G 1341.99 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00658226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.211;QD=60.9994;RBI=0.007051;REFB=-0.112444;REVB=-0.00252793;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000238957;OID=.;OPOS=50678317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:88:0:1:86:87:0.988636:47:39:0:0:47:40:1:0 chr10 50723684 . G A,T 1398.96 PASS AF=0.956044,0.043956;AO=86,4;DP=90;FAO=87,4;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37,4;FSAR=50,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701832,0.00644154;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.052,149.616;QD=61.4929;RBI=0.00752506,0.009539;REFB=0,0;REVB=0.00271473,0.00703556;RO=0;SAF=36,4;SAR=50,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000902736,0.0414358;OID=.,.;OPOS=50723684,50723684;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:90:91:0:0:86,4:87,4:0.956044,0.043956:50,0:36,4:0:0:50,0:37,4:0:0 chr10 50724016 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.535;QD=59.6795;RBI=0.01273;REFB=0;REVB=0.00605897;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79198e-05;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr10 50732280 . C T 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0805467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.855;QD=56.0107;RBI=0.108766;REFB=0.0957363;REVB=0.0730906;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000348966;OID=.;OPOS=50732280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:0:1:16:18:0:1 chr10 50736560 . TA AT 93.5 PASS AF=0.226804;AO=14;DP=98;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0173561;FXX=0.010203;HRUN=6;LEN=2;MLLD=111.308;QD=3.8556;RBI=0.0173767;REFB=-0.00637886;REVB=0.000845942;RO=75;SAF=14;SAR=0;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.748995;STB=0.949425;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.21755;OID=.;OPOS=50736560;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:98:97:75:75:14:22:0.226804:0:14:29:46:1:21:30:45 chr10 50820345 . C A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.002;QD=57.5449;RBI=0.052178;REFB=0;REVB=0.0231127;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113642;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr10 50824610 . C T 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00582132;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.747;QD=18.0812;RBI=0.0115225;REFB=-0.00661588;REVB=-0.00994388;RO=46;SAF=20;SAR=21;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115566;STB=0.500832;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00827025;OID=.;OPOS=50824610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:41:41:0.465909:21:20:23:23:21:20:23:24 chr10 50856652 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.257;QD=57.2362;RBI=0.0547437;REFB=0;REVB=0.0545053;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251967;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr10 50863147 . T C 381.83 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0372668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.941;QD=17.161;RBI=0.0402337;REFB=-0.00812938;REVB=-0.0151638;RO=48;SAF=24;SAR=16;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255224;STB=0.507039;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00891734;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:49:40:40:0.449438:16:24:30:18:16:24:30:19 chr10 50872912 . C T 342.35 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.00574782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7804;QD=13.6939;RBI=0.0149297;REFB=-0.0100627;REVB=0.0137789;RO=62;SAF=18;SAR=20;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168152;STB=0.595562;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0283429;OID=.;OPOS=50872912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:20:18:39:23:20:18:39:23 chr10 50902906 . G A 178.77 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00280512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.904;QD=22.3464;RBI=0.012548;REFB=-0.00352605;REVB=0.0122305;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156888;STB=0.609247;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00211331;OID=.;OPOS=50902906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:13:5:6:7:13:5:7:7 chr10 50911075 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00249241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.496;QD=16.8983;RBI=0.0431362;REFB=-0.0263509;REVB=0.0430642;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215579;STB=0.624753;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0566855;OID=.;OPOS=50911075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:6:3:6:4:6:3 chr10 50916484 . A G 817.84 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.177;QD=57.3925;RBI=0.0206558;REFB=0;REVB=0.0125367;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24676e-05;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:24:33:0:0 chr10 50916542 . C T 313.48 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0239932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.191;QD=19.5927;RBI=0.0475756;REFB=-0.0153934;REVB=0.0410824;RO=31;SAF=9;SAR=23;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356545;STB=0.701629;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0197812;OID=.;OPOS=50916542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:32:33:0.515625:23:9:21:10:24:9:21:10 chr10 50942763 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00428712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5249;QD=14.7663;RBI=0.06222;REFB=0.0143842;REVB=-0.0620721;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137644;STB=0.577719;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.020167;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:15:10:9:24:15:10:9:24 chr10 50950976 . G A 467.37 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00642973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.91;QD=15.4502;RBI=0.00780444;REFB=-0.000171892;REVB=0.00442355;RO=69;SAF=34;SAR=18;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212514;STB=0.619342;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000251596;OID=.;OPOS=50950976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:69:52:52:0.429752:18:34:31:38:18:34:31:38 chr10 50960209 . G A 196.33 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0193195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.165;QD=17.8482;RBI=0.0366615;REFB=-0.0257633;REVB=0.0311581;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138984;STB=0.565053;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.026584;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:24:19:20:0.454545:10:9:8:16:11:9:8:16 chr10 51246281 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCCCA C 50.0 PASS AO=73;DP=249;LEN=21;RO=176;SAF=29;SAR=44;SRF=63;SRR=113;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=51246282;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:249:176:73:44:29:63:113 chr10 51465552 . A T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.788;QD=53.2772;RBI=0.0370782;REFB=0;REVB=-0.028891;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09713e-05;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:4:19:0:0:4:19:0:0 chr10 51486073 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCTCA C 50.0 PASS AO=70;DP=220;LEN=21;RO=150;SAF=57;SAR=34;SRF=46;SRR=83;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=51486074;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCTCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:220:150:70:34:57:46:83 chr10 51549545 . G T 946.67 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00033145;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.479;QD=58.2565;RBI=0.0013072;REFB=0;REVB=0.00126448;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64261e-06;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:61:65:1:28:33:0:0:29:36:0:0 chr10 51568378 . T G 421.3 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0028631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.328;QD=14.7825;RBI=0.00450582;REFB=-0.0144785;REVB=-0.00347924;RO=66;SAF=36;SAR=12;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31409;STB=0.677806;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0215982;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:66:48:48:0.421053:12:36:31:35:12:36:31:35 chr10 51623866 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0867967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.277;QD=26.0262;RBI=0.0868031;REFB=0.0535278;REVB=0.00105675;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281147;STB=0.666027;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0119232;OID=.;OPOS=51623866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:1:0:5:1:1:0 chr10 51631812 . A G 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000551862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0237;QD=30.8204;RBI=0.0225131;REFB=-0.0478774;REVB=0.0225063;RO=3;SAF=11;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405314;STB=0.732833;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0155096;OID=.;OPOS=51631812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:1:11:1:2:1:11:1:2 chr10 51748684 . G A 315.65 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0417483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.286;QD=17.5358;RBI=0.0423034;REFB=-0.00588246;REVB=0.00683078;RO=38;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557845;STB=0.531232;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00589792;OID=.;OPOS=51748684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:15:19:19:19:15:19:19:19 chr10 51827763 . A G 129.57 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0132195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.541;QD=9.59741;RBI=0.0153878;REFB=-0.0137888;REVB=0.00787589;RO=37;SAF=12;SAR=5;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173819;STB=0.604188;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0405365;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:5:12:21:16:5:12:21:16 chr10 51827934 . G A 363.28 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0187785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.626;QD=18.164;RBI=0.0292275;REFB=-0.0203389;REVB=0.0223968;RO=40;SAF=6;SAR=32;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312523;STB=0.695533;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0249525;OID=.;OPOS=51827934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:42:38:38:0.475:32:6:16:24:32:6:18:24 chr10 52002980 . T G 335.45 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00593481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.624;QD=20.33;RBI=0.00659904;REFB=-0.0103286;REVB=-0.00288537;RO=31;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443082;STB=0.531232;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00868567;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:31:34:35:0.530303:16:18:18:13:17:18:18:13 chr10 52005153 . A G 378.66 PASS AF=0.387931;AO=45;DP=116;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0172149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.17;QD=13.0572;RBI=0.0354709;REFB=-0.0223862;REVB=-0.0310134;RO=71;SAF=27;SAR=18;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715058;STB=0.540618;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0434927;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:71:71:45:45:0.387931:18:27:38:33:18:27:38:33 chr10 52103707 . A G 1565.98 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.8;QD=59.6564;RBI=0.0378694;REFB=0;REVB=0.014093;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34658e-05;OID=.;OPOS=52103707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:48:56:0:0:49:56:0:0 chr10 54074757 . A G 499.7 PASS AF=0.504854;AO=50;DP=101;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0310409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.204;QD=19.4057;RBI=0.0315721;REFB=-0.0199577;REVB=-0.00576725;RO=50;SAF=28;SAR=22;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905223;STB=0.543258;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0127197;OID=.;OPOS=54074757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:50:51:50:52:0.504854:22:28:23:27:23:29:24:27 chr10 54405572 . A G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.955;QD=61.6822;RBI=0.0489316;REFB=0;REVB=0.0461786;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271404;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr10 54528266 . G C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.347;QD=64.1535;RBI=0.0236895;REFB=0;REVB=0.018781;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69924e-05;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr10 54531235 . C T 429.91 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0388458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9252;QD=17.3699;RBI=0.0541414;REFB=-0.0135857;REVB=0.0377133;RO=53;SAF=24;SAR=20;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168643;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0126798;OID=.;OPOS=54531235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:53:55:44:44:0.444444:20:24:28:25:20:24:30:25 chr10 55568972 . T G 700.42 PASS AF=0.50365;AO=69;DP=138;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00133922;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.209;QD=20.4502;RBI=0.0315944;REFB=-0.0318543;REVB=0.031566;RO=67;SAF=29;SAR=40;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386341;STB=0.525402;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0362092;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:67:68:69:69:0.50365:40:29:31:36:40:29:32:36 chr10 55569202 . T G 184.85 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00596621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.574;QD=18.4854;RBI=0.0157967;REFB=-0.022061;REVB=0.0146267;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26503;STB=0.649205;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0318908;OID=.;OPOS=55569202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:16:5:10:9:16:5 chr10 55582905 . G T 1625.87 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00188334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=329.865;QD=59.1226;RBI=0.00517626;REFB=0.0245681;REVB=0.00482148;RO=0;SAF=47;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59784e-08;STB=0.503999;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=2.70079e-06;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:109:109:0.990909:62:47:0:0:62:47:0:1 chr10 55590946 . CAGAC TAGAT 1074.51 PASS AF=1;AO=4;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174124;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=5;MLLD=70.0064;QD=55.1033;RBI=0.230823;REFB=0;REVB=0.151526;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00299248;OID=.;OPOS=55590946;OREF=CAGAC;OALT=TAGAT;OMAPALT=TAGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:4:78:1:4:0:0:0:59:19:0:0 chr10 55755491 . C T 283.63 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0105726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9527;QD=19.9041;RBI=0.0282023;REFB=-0.00447132;REVB=-0.0261456;RO=27;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710281;STB=0.539542;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00737319;OID=.;OPOS=55755491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:18:12:13:14:18:12:13:14 chr10 55949151 . G A 283.6 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0116953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7644;QD=19.9015;RBI=0.0275624;REFB=-0.0206166;REVB=-0.024958;RO=27;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414486;STB=0.523061;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0126638;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:13:17:14:13:13:17:14:13 chr10 55955444 . T G 571.5 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0124565;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.797;QD=25.1209;RBI=0.0556567;REFB=-0.0251574;REVB=0.0542449;RO=39;SAF=38;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194364;STB=0.606926;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0142832;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:39:39:52:52:0.571429:14:38:20:19:14:38:20:19 chr10 55955485 . A G 443.73 PASS AF=0.392308;AO=51;DP=130;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=0.00503644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7095;QD=13.6531;RBI=0.0586282;REFB=-0.0152039;REVB=0.0584114;RO=78;SAF=24;SAR=27;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154137;STB=0.590262;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0296694;OID=.;OPOS=55955485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:78:79:51:51:0.392308:27:24:48:30:27:24:49:30 chr10 55955610 . C T 495.57 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.010756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.299;QD=16.3823;RBI=0.0127353;REFB=-0.0117636;REVB=-0.0068188;RO=67;SAF=23;SAR=31;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699599;STB=0.503906;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0161851;OID=.;OPOS=55955610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:67:54:54:0.446281:31:23:29:38:31:23:29:38 chr10 56335031 . A G 1475.49 PASS AF=0.945455;AO=103;DP=109;FAO=104;FDP=110;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0300409;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.547;QD=53.6542;RBI=0.0302692;REFB=-0.109838;REVB=0.00371124;RO=6;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473683;STB=0.524585;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0024584;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:109:110:6:6:103:104:0.945455:57:46:0:6:58:46:0:6 chr10 56335067 . A G 1571.05 PASS AF=0.816901;AO=118;DP=144;FAO=116;FDP=142;FR=.;FRO=26;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00597022;FXX=0.0138879;HRUN=11;LEN=1;MLLD=239.209;QD=44.2548;RBI=0.00614314;REFB=-0.133677;REVB=0.00144729;RO=12;SAF=49;SAR=69;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000253998;STB=0.535796;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000899854;OID=.;OPOS=56335067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:12:26:118:116:0.816901:69:49:5:7:67:49:16:10 chr10 56345303 . T C 374.33 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.917;QD=51.6313;RBI=0.0299774;REFB=-0.189361;REVB=0.0160423;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00565629;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:27:29:0:1:27:28:0.965517:10:17:0:0:11:17:0:1 chr10 56345335 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9437;QD=57.2021;RBI=0.0526847;REFB=0;REVB=0.0376307;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000940729;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr10 57327576 . C T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0233607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7117;QD=9.47554;RBI=0.0296813;REFB=-0.00536079;REVB=0.0183101;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350957;STB=0.712955;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00701038;OID=.;OPOS=57327576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:8:13:3:7:8:13 chr10 57358667 . G A 419.41 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00404036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.011;QD=22.6706;RBI=0.00476037;REFB=-0.00198944;REVB=0.00251727;RO=33;SAF=18;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121693;STB=0.506699;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00201151;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:23:18:14:19:23:18:14:19 chr10 57359697 . C T 410.17 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00346697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.107;QD=26.4627;RBI=0.0974011;REFB=-0.00627209;REVB=-0.0973393;RO=23;SAF=13;SAR=26;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106163;STB=0.558109;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00631862;OID=.;OPOS=57359697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:26:13:11:12:26:13:11:12 chr10 57359819 . T C 558.47 PASS AF=0.704918;AO=43;DP=64;FAO=43;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0375222;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0799;QD=36.6212;RBI=0.0388015;REFB=0.00716058;REVB=0.00988107;RO=11;SAF=13;SAR=30;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554742;STB=0.538295;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00146657;OID=.;OPOS=57359819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:64:61:11:11:43:43:0.704918:30:13:2:9:28:15:2:9 chr10 57360079 . G T 178.24 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0491385;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2024;QD=20.9695;RBI=0.0491567;REFB=-0.0207001;REVB=0.0013364;RO=17;SAF=14;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591671;STB=0.571356;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0255675;OID=.;OPOS=57360079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:16:18:18:0.529412:4:14:14:3:4:14:14:2 chr10 58118626 . A AC,G 444.43 PASS AF=1,0;AO=8,3;DP=70;FAO=52,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643159,0.00653354;FXX=0.223847;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=18.7918,33.2807;QD=34.1867;RBI=0.299487,0.0251914;REFB=0,0;REVB=-0.292499,-0.0243294;RO=57;SAF=0,0;SAR=8,3;SRF=24;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.627868,-0.414632;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00976122,0;OID=.,.;OPOS=58118627,58118626;OREF=-,A;OALT=C,G;OMAPALT=AC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:52:57:0:8,3:52,0:1,0:8,3:0,0:24:33:35,0:17,0:0:0 chr10 58118630 . T C 978.46 PASS AF=1;AO=66;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231135;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6722;QD=56.7226;RBI=0.0234171;REFB=-0.0558889;REVB=0.00375845;RO=1;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736136;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:69:1:0:66:69:1:40:26:0:1:42:27:0:0 chr10 60573753 . G T 2294.52 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.594;QD=63.297;RBI=0.0950864;REFB=0;REVB=0.0937333;RO=0;SAF=80;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88418e-05;OID=.;OPOS=60573753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:145:0:0:133:145:1:53:80:0:0:65:80:0:0 chr10 60577393 . T C 1466.5 PASS AF=0.962264;AO=102;DP=106;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0301585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6628;QD=55.3395;RBI=0.0497069;REFB=-0.16016;REVB=0.0395125;RO=4;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033259;STB=0.51754;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00495649;OID=.;OPOS=60577393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:106:106:4:4:102:102:0.962264:55:47:0:4:55:47:0:4 chr10 60588553 . T C 1607.0 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.785;QD=60.0749;RBI=0.00858867;REFB=0;REVB=0.00576463;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52866e-06;OID=.;OPOS=60588553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:55:52:0:0:55:52:0:0 chr10 61005244 . G C 1033.46 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8579;QD=58.2232;RBI=0.0445654;REFB=-0.0172549;REVB=0.0386864;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162925;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:1:0:70:71:1:35:35:1:0:35:36:0:0 chr10 61122268 . T TTA 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0836861;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.4;QD=61.683;RBI=0.0883296;REFB=0;REVB=0.0282622;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000329539;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:41:41:41:0:23:18:0:0:4:0:23:18:0:0 chr10 61414011 . G T 1662.95 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.897;QD=59.391;RBI=0.0317669;REFB=0;REVB=0.0317081;RO=0;SAF=45;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137759;OID=.;OPOS=61414011;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:112:0:0:106:112:1:61:45:0:0:64:48:0:0 chr10 61549657 . AT A 659.01 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.8636;QD=47.9283;RBI=0.196166;REFB=0;REVB=0.049976;RO=1;SAF=18;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254518;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00566629;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:55:55:55:0:19:36:0:0:12:1:18:35:1:0 chr10 61665886 . C A 876.42 PASS AF=0.505747;AO=84;DP=171;FAO=88;FDP=174;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.00323543;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.981;QD=20.1477;RBI=0.0080722;REFB=-0.0364462;REVB=-0.00739543;RO=82;SAF=27;SAR=57;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103838;STB=0.548769;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0365544;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:174:82:86:84:88:0.505747:57:27:35:47:60:28:35:51 chr10 61719159 . C T 456.84 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00831509;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.323;QD=16.6125;RBI=0.0182605;REFB=-0.0205667;REVB=-0.0162574;RO=60;SAF=30;SAR=20;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994341;STB=0.555533;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.02457;OID=.;OPOS=61719159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:60:60:50:50:0.454545:20:30:30:30:20:30:30:30 chr10 61719232 . A AT 1084.81 PASS AF=1;AO=93;DP=105;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112458;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.7134;QD=42.9629;RBI=0.0564428;REFB=0;REVB=-0.0553112;RO=10;SAF=57;SAR=36;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00361909;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:105:101:101:0:60:41:0:0:21:10:57:36:7:3 chr10 61719385 . T G 257.25 PASS AF=0.5;AO=26;DP=56;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0457755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8858;QD=17.1503;RBI=0.0754286;REFB=-0.0276092;REVB=0.0599507;RO=29;SAF=17;SAR=9;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152838;STB=0.604586;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0210123;OID=.;OPOS=61719385;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:29:30:26:30:0.5:9:17:23:6:13:17:23:7 chr10 61840347 . G A 415.32 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0176817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.486;QD=19.317;RBI=0.0259554;REFB=-0.013144;REVB=-0.0190011;RO=44;SAF=15;SAR=27;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237382;STB=0.632044;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0236203;OID=.;OPOS=61840347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:27:15:27:17:27:15:27:17 chr10 61841573 . CTTTT CTTT,CTTTC 876.31 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=59,5;DP=74;FAO=68,4;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=36,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10518,0.040135;FXX=0.0270234;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.9518,6.39302;QD=48.6838;RBI=0.207021,0.0942739;REFB=0,0;REVB=-0.178312,-0.0853039;RO=0;SAF=26,2;SAR=33,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.422397,0;SSEP=0,0;SSSB=3.00382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00166222,-0.0238221;OID=.,.;OPOS=61841574,61841577;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.944444,0.0555556:59,5:74:68,4:72:0:32,2:36,2:0:0:9:0:26,2:33,3:0:0 chr10 62060128 . A G 379.81 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0118037;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.117;QD=16.5134;RBI=0.0145977;REFB=-0.0159979;REVB=0.00858876;RO=52;SAF=16;SAR=24;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121291;STB=0.568247;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0200622;OID=.;OPOS=62060128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:24:16:27:25:24:16:27:25 chr10 62634745 . G A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0186131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.101;QD=16.9796;RBI=0.0259044;REFB=-0.0006134;REVB=0.0180164;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111235;STB=0.562453;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.000734005;OID=.;OPOS=62634745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:10:19:14:12:10:19 chr10 63170292 . A G 457.56 PASS AF=0.505618;AO=43;DP=87;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0340439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.823;QD=20.5645;RBI=0.0341359;REFB=-0.0340265;REVB=0.00250492;RO=44;SAF=19;SAR=24;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114892;STB=0.572254;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0328793;OID=.;OPOS=63170292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:44:44:43:45:0.505618:24:19:25:19:26:19:25:19 chr10 63422754 . G GGGCCGACCCCGGCA,GGGGCCGACCCCGGCA 1385.89 PASS AF=0,0.832;AO=39,47;DP=137;FAO=0,104;FDP=125;FR=.;FRO=21;FSAF=0,57;FSAR=0,47;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0143819,0.0218118;FXX=0.0808764;HRUN=5,5;LEN=14,15;MLLD=261.143,273.617;QD=44.3483;RBI=0.020215,0.0249264;REFB=-0.0290254,-0.0261923;REVB=-0.0142058,-0.0120653;RO=27;SAF=38,1;SAR=1,46;SRF=16;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.687528,-0.764593;STB=0.5,0.503962;STBP=1,0.854;TYPE=ins,ins;VARB=0.0696979,0.00597691;OID=.,.;OPOS=63422755,63422755;OREF=-,-;OALT=GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA;OMAPALT=GGGCCGACCCCGGCA,GGGGCCGACCCCGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.832:39,47:137:0,104:125:21:0,57:0,47:12:9:99:27:38,1:1,46:16:11 chr10 63520698 . T C 1522.92 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0247567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.373;QD=58.5739;RBI=0.0254361;REFB=-0.033657;REVB=0.00583966;RO=1;SAF=38;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735649;STB=0.503816;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-2.33674e-05;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:102:103:0.990385:64:38:0:1:65:38:0:1 chr10 63856057 . CAAAA CAAA,CAAAC 54.45 PASS AF=0.253731,0.0447761;AO=25,4;DP=70;FAO=17,3;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=14,3;FSAR=3,0;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.162089,-0.0905421;FXX=0.042851;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.3754,208.267;QD=3.25048;RBI=0.224886,0.0909818;REFB=-0.137588,-0.0106552;REVB=0.155887,-0.00893458;RO=34;SAF=22,4;SAR=3,0;SRF=4;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.71577,0.790609;STB=0.848836,0.997608;STBP=0.001,0.021;TYPE=del,snp;VARB=0.102707,0.168269;OID=.,.;OPOS=63856058,63856061;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CAAA,CAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253731,0.0447761:25,4:70:17,3:67:47:14,3:3,0:15:32:43:34:22,4:3,0:4:30 chr10 63958112 . T C 851.14 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.605;QD=57.7044;RBI=0.0586044;REFB=0;REVB=0.0482543;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250069;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:42:17:0:0:42:17:0:0 chr10 63995983 . C T 2031.44 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144231;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.107;QD=62.5058;RBI=0.0286683;REFB=0;REVB=-0.0247759;RO=0;SAF=72;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97593e-05;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:129:130:1:57:72:0:0:58:72:0:0 chr10 64000878 . T G 523.73 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344071;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.946;QD=59.8543;RBI=0.0569221;REFB=0;REVB=0.0453462;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362783;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr10 64110037 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0127542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9034;QD=10.4386;RBI=0.015672;REFB=-0.0024355;REVB=0.00910726;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433429;STB=0.768817;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0060349;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:10:3:16:10:10:3:17:10 chr10 64159333 . G T 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0928489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.733;QD=16.4518;RBI=0.103956;REFB=-0.00624475;REVB=-0.0467549;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000235767;OID=.;OPOS=64159333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:3:4:6:6:0.6:3:3:2:1:3:3:3:1 chr10 64415184 . A G 1605.97 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.124;QD=60.0363;RBI=0.0763256;REFB=0;REVB=0.0176073;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117773;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:55:52:0:0:55:52:0:0 chr10 64566258 . C T 453.7 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0303836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5358;QD=54.9944;RBI=0.0439462;REFB=0.0422716;REVB=0.0317507;RO=2;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00389373;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0195227;OID=.;OPOS=64566258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:2:1:30:32:0.969697:16:14:1:1:17:15:0:1 chr10 64572037 . ATT A,AT 451.98 PASS AF=0,1;AO=10,51;DP=66;FAO=0,66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0520154,-0.098848;FXX=0.0149231;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=7.62098,9.0768;QD=27.3929;RBI=0.112822,0.220311;REFB=0,0;REVB=-0.100116,-0.196891;RO=2;SAF=5,24;SAR=5,27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.148436,-0.037631;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.107733,-0.00594799;OID=.,.;OPOS=64572038,64572038;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:10,51:66:0,66:66:0:0,33:0,33:0:0:10:2:5,24:5,27:2:0 chr10 64573771 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.417;QD=55.6533;RBI=0.041218;REFB=0;REVB=0.0281156;RO=0;SAF=25;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268838;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:2:25:0:0:2:25:0:0 chr10 64869942 . A G 156.5 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0331316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1926;QD=15.2679;RBI=0.0615155;REFB=-0.00685864;REVB=0.051831;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158032;STB=0.512182;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.015324;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:22:23:17:18:0.439024:8:9:12:10:9:9:12:11 chr10 64914016 . T A,TA 286.85 PASS AF=0,0.596154;AO=2,27;DP=53;FAO=0,31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=0,15;FSAR=0,16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0210466,-0.0438078;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=262.801,23.682;QD=22.0651;RBI=0.0227517,0.0470425;REFB=0.00994236,-0.0571955;REVB=-0.00864191,-0.0171427;RO=21;SAF=2,12;SAR=0,15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.514114,-0.0252462;STB=0.5,0.503104;STBP=1,0.97;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0375278;OID=.,.;OPOS=64914016,64914017;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:53:52:21:21:2,27:0,31:0,0.596154:0,15:2,12:10:11:0,16:0,15:10:11 chr10 64914518 . CATA C 300.07 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.002362;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.536;QD=18.754;RBI=0.0109281;REFB=-0.017001;REVB=0.0106697;RO=32;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288312;STB=0.516086;STBP=0.813;TYPE=del;VARB=0.0169483;OID=.;OPOS=64914519;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:32:65:32:64:32:13:19:14:18:99:32:13:19:14:18 chr10 64927823 . C G 305.3 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0403388;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.144;QD=14.8928;RBI=0.0470158;REFB=-0.0280171;REVB=0.0241509;RO=48;SAF=19;SAR=15;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385309;STB=0.502182;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0266161;OID=.;OPOS=64927823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:48:48:34:34:0.414634:15:19:27:21:15:19:27:21 chr10 64945364 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.04454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8471;QD=21.3764;RBI=0.0679565;REFB=0.0164376;REVB=-0.0513252;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387692;STB=0.510629;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0391877;OID=.;OPOS=64945364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:11:12:10:11:11:12:11:11 chr10 64967445 . A T 1510.6 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7021;QD=63.6042;RBI=0.0375451;REFB=0;REVB=-0.0101914;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136463;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:41:54:0:0:41:54:0:0 chr10 64968251 . T C 670.73 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0139698;FXX=0.0143875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.563;QD=19.5832;RBI=0.0182338;REFB=-0.0160216;REVB=0.0117181;RO=68;SAF=19;SAR=48;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189958;STB=0.614457;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0162295;OID=.;OPOS=64968251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:68:70:67:67:0.489051:48:19:32:36:48:19:34:36 chr10 64974537 . A T 219.2 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00342365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.419;QD=13.9174;RBI=0.0206116;REFB=-0.0293881;REVB=-0.0203253;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341666;STB=0.529239;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0343548;OID=.;OPOS=64974537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:37:26:26:0.412698:10:16:21:15:10:16:21:16 chr10 65322381 . G T 476.93 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0320967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.289;QD=27.6483;RBI=0.0371165;REFB=-0.0100311;REVB=-0.0186395;RO=25;SAF=22;SAR=22;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119879;STB=0.565188;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00773331;OID=.;OPOS=65322381;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:44:44:0.637681:22:22:8:17:22:22:8:17 chr10 68040325 . C T 514.84 PASS AF=1;AO=27;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.666;QD=58.8384;RBI=0.0492868;REFB=0;REVB=0.0429526;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236427;OID=.;OPOS=68040325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:27:35:1:12:15:0:0:18:17:0:0 chr10 68685929 . G C 728.69 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.921;QD=57.1519;RBI=0.0311578;REFB=0;REVB=0.0310989;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65944e-05;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr10 68857397 . T G 218.92 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0454446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3751;QD=11.676;RBI=0.0454762;REFB=0.0109469;REVB=-0.00169498;RO=47;SAF=16;SAR=11;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444254;STB=0.519782;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.0136263;OID=.;OPOS=68857397;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:11:16:26:21:11:16:27:21 chr10 69773841 . G A 1774.08 PASS AF=0.983333;AO=117;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0751844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.3706;QD=59.1359;RBI=0.0751949;REFB=-0.0533015;REVB=0.00125894;RO=2;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153152;STB=0.508063;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000194189;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:117:118:0.983333:61:56:0:2:61:57:0:2 chr10 69917921 . C T 447.03 PASS AF=0.410256;AO=46;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00607963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.68;QD=15.2831;RBI=0.0148863;REFB=-0.0296381;REVB=-0.0135882;RO=38;SAF=28;SAR=18;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258891;STB=0.554222;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0234342;OID=.;OPOS=69917921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:38:62:46:48:0.410256:18:28:11:27:18:30:33:29 chr10 69917925 . T C 376.53 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.00880162;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=306.788;QD=12.7636;RBI=0.00907271;REFB=-0.00450848;REVB=0.00220124;RO=71;SAF=30;SAR=15;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103626;STB=0.569665;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00689858;OID=.;OPOS=69917925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:73:45:45:0.381356:15:30:41:30:15:30:41:32 chr10 69926097 . T C 229.56 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0101505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7431;QD=22.3958;RBI=0.029562;REFB=-0.0373022;REVB=0.0277648;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159319;STB=0.50892;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0214565;OID=.;OPOS=69926097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:10:12:10:9:10:12:10:9 chr10 69926334 . C G 393.11 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0301568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.494;QD=33.4563;RBI=0.0302365;REFB=-0.0356802;REVB=0.00219411;RO=15;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766542;STB=0.541807;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0133308;OID=.;OPOS=69926334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:17:15:9:6:17:15:9:6 chr10 69933921 . G A 260.54 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0178027;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.218;QD=14.2763;RBI=0.0193785;REFB=-0.0236642;REVB=-0.00765424;RO=42;SAF=8;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138126;STB=0.573861;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0134149;OID=.;OPOS=69933921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:43:30:30:0.410959:22:8:16:26:22:8:16:27 chr10 69933969 . G A 452.85 PASS AF=0.5;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0266981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.546;QD=20.1266;RBI=0.0276807;REFB=0.0028837;REVB=0.00730986;RO=45;SAF=12;SAR=32;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670148;STB=0.526428;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00284726;OID=.;OPOS=69933969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:44:45:0.5:32:12:15:30:32:13:15:30 chr10 69934257 . GC G,GG 267.42 PASS AF=0.285714,0.714286;AO=3,16;DP=19;FAO=6,15;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3,4;FSAR=3,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022772,0.029338;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.425,205.061;QD=50.9376;RBI=0.0256486,0.0294887;REFB=0,0;REVB=0.0118019,0.00297701;RO=0;SAF=1,4;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.07465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0121932,-0.00884777;OID=.,.;OPOS=69934258,69934258;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.285714,0.714286:3,16:19:6,15:21:0:3,4:3,11:0:0:21:0:1,4:2,12:0:0 chr10 69948844 . T C 1713.06 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.625;QD=60.6391;RBI=0.00525238;REFB=0;REVB=0.00314269;RO=0;SAF=32;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34045e-06;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:81:32:0:0:81:32:0:0 chr10 69959242 . C A 866.05 PASS AF=0.544872;AO=85;DP=156;FAO=85;FDP=156;FR=.;FRO=71;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0145515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.851;QD=22.2063;RBI=0.0147373;REFB=-0.0421544;REVB=0.0023329;RO=71;SAF=45;SAR=40;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421171;STB=0.523013;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0289597;OID=.;OPOS=69959242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:71:71:85:85:0.544872:40:45:34:37:40:45:34:37 chr10 69991853 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.988;QD=46.847;RBI=0.0260263;REFB=0;REVB=0.0157555;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498514;OID=.;OPOS=69991853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr10 70051810 . A G 1076.41 PASS AF=0.796296;AO=87;DP=109;FAO=86;FDP=108;FR=.;FRO=22;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.000101098;FXX=0.00917347;HRUN=8;LEN=1;MLLD=262.176;QD=39.8671;RBI=0.00796178;REFB=0.000623779;REVB=0.00796113;RO=22;SAF=43;SAR=44;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101291;STB=0.553335;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-8.89765e-05;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:22:22:87:86:0.796296:44:43:5:17:44:42:5:17 chr10 70051811 . A G 52.11 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.000310582;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=78.2838;QD=1.94809;RBI=0.00778092;REFB=-0.000610031;REVB=0.00777472;RO=95;SAF=4;SAR=8;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172873;STB=0.627987;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.000603293;OID=.;OPOS=70051811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:107:107:95:95:12:12:0.11215:8:4:45:50:8:4:45:50 chr10 70051928 . A G 1724.65 PASS AF=1;AO=94;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.904;QD=60.5141;RBI=0.0455093;REFB=0;REVB=0.0347103;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69949e-05;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:94:114:1:41:53:0:0:61:53:0:0 chr10 70102936 . T A 1539.24 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0804071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7416;QD=58.6376;RBI=0.0804431;REFB=-0.00485596;REVB=-0.00240639;RO=1;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078438;STB=0.504131;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000556331;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:60:44:0:1:60:44:0:1 chr10 70103272 . G C 734.03 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00912969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3403;QD=61.1695;RBI=0.0325217;REFB=0.0231117;REVB=0.0312139;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229327;STB=0.51219;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0013873;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:27:20:1:0:27:20:1:0 chr10 70105560 . G A 871.16 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421721;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2208;QD=58.0775;RBI=0.0437809;REFB=0;REVB=-0.0117595;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316638;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr10 70231801 . GGC G,GG 61.13 PASS AF=0.4,0.12;AO=8,3;DP=27;FAO=10,3;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7,2;FSAR=3,1;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.156131,-0.381746;FXX=0.0384468;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.1886,13.2506;QD=9.78112;RBI=0.16535,0.381802;REFB=-0.0801637,-0.0960132;REVB=-0.0544417,0.00651054;RO=16;SAF=5,2;SAR=3,1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0.611111,0.395619;SSEP=0,0.509542;SSSB=0.266321,0.311196;STB=0.770697,0.84459;STBP=0.035,0.474;TYPE=del,del;VARB=0.0790835,0.059087;OID=.,.;OPOS=70231802,70231803;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.12:8,3:27:10,3:25:12:7,2:3,1:2:10:48:16:5,2:3,1:6:10 chr10 70333555 . C T 503.51 PASS AF=0.76;AO=38;DP=50;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00737119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.447;QD=40.281;RBI=0.00739806;REFB=-0.00863041;REVB=0.000629905;RO=12;SAF=17;SAR=21;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133898;STB=0.572289;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00109657;OID=.;OPOS=70333555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:12:12:38:38:0.76:21:17:9:3:21:17:9:3 chr10 70401116 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0170187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.24;QD=14.6981;RBI=0.0176641;REFB=-0.0166506;REVB=0.00473117;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285167;STB=0.672698;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0159894;OID=.;OPOS=70401116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:7:9:6:16:7:9:6:17 chr10 70405855 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3313;QD=53.2765;RBI=0.130705;REFB=0;REVB=0.0334774;RO=0;SAF=20;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457918;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:3:20:0:0:3:20:0:0 chr10 70495544 . T C 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1498;QD=62.0167;RBI=0.0494361;REFB=0;REVB=0.0429794;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776018;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr10 70502288 . G A 1197.98 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127459;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.956;QD=61.435;RBI=0.0166466;REFB=0;REVB=-0.0107075;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151786;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr10 70534744 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.744;QD=51.1843;RBI=0.0237219;REFB=0;REVB=-0.000225;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182953;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr10 70641860 . T C 609.76 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0170741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2069;QD=46.9045;RBI=0.0183444;REFB=-0.148614;REVB=0.00670767;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555532;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0084518;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:52:52:0:5:47:47:0.903846:27:20:0:0:27:20:5:0 chr10 70696713 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.817;QD=58.0611;RBI=0.0225085;REFB=0;REVB=0.0206767;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93485e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr10 70700944 . A G 612.04 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8175;QD=61.2042;RBI=0.0351404;REFB=0;REVB=0.0167166;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218208;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:31:8:0:0:32:8:0:0 chr10 70856852 . G A 284.07 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0244495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.743;QD=12.7672;RBI=0.0249346;REFB=-0.0171963;REVB=-0.00489447;RO=56;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122471;STB=0.570217;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0149355;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:56:33:33:0.370787:14:19:26:30:14:19:26:30 chr10 70884013 . G A 83.0 PASS AF=0.55;AO=5;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0352551;FXX=0.0475964;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.196;QD=16.6;RBI=0.289081;REFB=-0.0682897;REVB=-0.286923;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370384;STB=0.642612;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0399082;OID=.;OPOS=70884013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:19:20:6:9:5:11:0.55:1:4:6:0:6:5:7:2 chr10 70892791 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0106096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.241;QD=16.0425;RBI=0.0106481;REFB=-0.00547142;REVB=-0.000904461;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973853;STB=0.556037;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00911681;OID=.;OPOS=70892791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:12:14:12:7:12:14 chr10 70922159 . T C 254.28 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0147324;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.221;QD=15.1809;RBI=0.0147718;REFB=-0.00736849;REVB=0.00107868;RO=38;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438044;STB=0.524821;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00572212;OID=.;OPOS=70922159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:18:11:16:22:18:11:16:22 chr10 70931199 . G A 300.7 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0291131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.077;QD=21.4786;RBI=0.0292413;REFB=-0.0416671;REVB=0.00273542;RO=25;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678772;STB=0.537548;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.029846;OID=.;OPOS=70931199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:15:16:15:10:15:16:15:10 chr10 70940191 . C T 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0761088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2273;QD=13.0286;RBI=0.0824702;REFB=0.0104742;REVB=0.0317613;RO=46;SAF=10;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149241;STB=0.585681;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00802487;OID=.;OPOS=70940191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:19:10:22:24:19:10:22:24 chr10 70992664 . C T 456.1 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0068202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.056;QD=20.2712;RBI=0.00716289;REFB=-0.0165079;REVB=-0.00218904;RO=45;SAF=17;SAR=28;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627739;STB=0.534832;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0201696;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:28:17:20:25:28:17:20:25 chr10 71018660 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.404;QD=57.7124;RBI=0.016162;REFB=0;REVB=0.0159275;RO=0;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36577e-05;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:41:18:0:0:41:18:0:0 chr10 71026510 . C A 400.52 PASS AF=0.476744;AO=43;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0341218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2726;QD=18.6287;RBI=0.0344499;REFB=-0.0298152;REVB=0.0047432;RO=41;SAF=24;SAR=19;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244104;STB=0.515971;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0230139;OID=.;OPOS=71026510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:45:43:41:0.476744:19:24:24:17:17:24:25:20 chr10 71027231 . G C 557.67 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0155802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.61;QD=22.086;RBI=0.016854;REFB=-0.0289066;REVB=0.00642755;RO=44;SAF=32;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301124;STB=0.517831;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0307217;OID=.;OPOS=71027231;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:46:55:55:0.544554:23:32:24:20:23:32:25:21 chr10 71055459 . T C 203.65 PASS AF=1;AO=10;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760215;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=82.5597;QD=47.9167;RBI=0.0777871;REFB=0;REVB=0.0164791;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00195195;OID=.;OPOS=71055459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:10:17:1:4:6:0:0:5:12:0:0 chr10 71060610 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.848;QD=52.6129;RBI=0.037939;REFB=0;REVB=0.0201137;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104338;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr10 71060621 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.647;QD=52.6131;RBI=0.0564249;REFB=0;REVB=0.0078731;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386777;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr10 71060634 . G A 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00272119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.858;QD=46.9599;RBI=0.011278;REFB=-0.0261532;REVB=0.0109448;RO=1;SAF=4;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101866;STB=0.555497;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00105235;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:16:4:1:0:16:4:1:0 chr10 71142420 . G A 1475.43 PASS AF=1;AO=55;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.228864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5796;QD=64.1492;RBI=0.248177;REFB=0;REVB=0.0959838;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245531;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:55:92:1:37:18:0:0:38:54:0:0 chr10 71168685 . A T 792.28 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000650818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.561;QD=63.3825;RBI=0.0583809;REFB=0;REVB=0.0583773;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123325;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:16:33:0:0:16:34:0:0 chr10 71168727 . C T 645.27 PASS AF=0.598039;AO=59;DP=100;FAO=61;FDP=102;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0401442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0708;QD=25.3048;RBI=0.0991399;REFB=-0.0111288;REVB=0.0906486;RO=41;SAF=33;SAR=26;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386688;STB=0.521433;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00872959;OID=.;OPOS=71168727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:41:41:59:61:0.598039:26:33:25:16:27:34:25:16 chr10 71176012 . A G 251.83 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0187378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.769;QD=14.8134;RBI=0.0224245;REFB=-0.017767;REVB=-0.0123188;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000918638;STB=0.507671;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0272748;OID=.;OPOS=71176012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:16:13:17:21:16:13:18:21 chr10 71332204 . A G 832.43 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00572945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.817;QD=52.8524;RBI=0.0323444;REFB=0.0302747;REVB=0.0318329;RO=2;SAF=26;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412713;STB=0.511274;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.000572938;OID=.;OPOS=71332204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:2:3:60:60:0.952381:34:26:1:1:34:26:2:1 chr10 71351011 . T C 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0159098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.703;QD=21.8716;RBI=0.0490879;REFB=-0.0137621;REVB=0.0464381;RO=22;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206952;STB=0.622323;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00799975;OID=.;OPOS=71351011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:15:13:16:6:15:13:17:6 chr10 71390392 . C T 1135.2 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.248;QD=60.544;RBI=0.0204824;REFB=0;REVB=-0.013153;RO=0;SAF=54;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42153e-06;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:21:54:0:0:21:54:0:0 chr10 71392557 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.82;QD=60.23;RBI=0.0266686;REFB=0;REVB=-0.0213097;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42126e-05;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr10 71392692 . T C 905.95 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0766955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.518;QD=56.6221;RBI=0.0830474;REFB=-0.0359326;REVB=0.0318541;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=9.29866e-05;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:32:31:1:0:32:31:1:0 chr10 71562437 . G A 411.38 PASS AF=0.914286;AO=30;DP=34;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0363173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.644;QD=47.0146;RBI=0.0451109;REFB=-0.0360478;REVB=0.026759;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345091;STB=0.545426;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00532609;OID=.;OPOS=71562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:35:1:3:30:32:0.914286:17:13:1:0:17:15:3:0 chr10 71582188 . C T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0196069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.651;QD=17.3255;RBI=0.0240955;REFB=-0.0255722;REVB=-0.0140059;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895806;STB=0.55097;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0341101;OID=.;OPOS=71582188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:16:9:9:11:16:9 chr10 71620403 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00157319;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.638;QD=15.172;RBI=0.0217442;REFB=-0.012076;REVB=-0.0216872;RO=24;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138692;STB=0.580546;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0162289;OID=.;OPOS=71620403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:5:12:14:10:5:12:14:10 chr10 71620436 . A AC 406.62 PASS AF=1;AO=34;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.9175;QD=40.6619;RBI=0.104991;REFB=-0.0224454;REVB=-0.0984643;RO=3;SAF=21;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000143514;OID=.;OPOS=71620437;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:41:40:40:0:23:17:0:0:6:3:21:13:2:1 chr10 71640255 . G A 391.59 PASS AF=0.903226;AO=26;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0283482;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.18;QD=50.5273;RBI=0.117343;REFB=-0.0895805;REVB=0.113868;RO=1;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712358;STB=0.549963;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0015398;OID=.;OPOS=71640255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:31:31:1:2:26:28:0.903226:6:20:0:1:9:19:0:2 chr10 71657272 . A G 677.38 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0162346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.995;QD=56.4482;RBI=0.0162955;REFB=-0.0460919;REVB=-0.00140807;RO=3;SAF=22;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598776;STB=0.531901;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000737368;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:23:22:3:0:23:22:3:0 chr10 71658512 . G A 972.8 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.174;QD=58.9575;RBI=0.0110503;REFB=0;REVB=-0.00533165;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4496e-05;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:44:22:0:0:44:22:0:0 chr10 71718724 . C G 782.56 PASS AF=0.544828;AO=35;DP=143;FAO=79;FDP=145;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0290274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.789;QD=21.5879;RBI=0.119969;REFB=-0.0688764;REVB=0.116404;RO=58;SAF=35;SAR=0;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.836809;STB=0.500613;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0625886;OID=.;OPOS=71718724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:58:66:35:79:0.544828:0:35:28:30:42:37:31:35 chr10 71876382 . C T 575.89 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.859;QD=60.6197;RBI=0.0392127;REFB=0;REVB=0.0118925;RO=0;SAF=30;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236381;OID=.;OPOS=71876382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:7:30:0:0:8:30:0:0 chr10 71880858 . A G 432.64 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00804465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.786;QD=18.0266;RBI=0.0221222;REFB=-0.0204633;REVB=0.0206077;RO=52;SAF=21;SAR=23;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592648;STB=0.533098;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0439648;OID=.;OPOS=71880858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:23:21:28:24:23:21:28:24 chr10 71902488 . C G 195.56 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0550801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.336;QD=12.6166;RBI=0.0605416;REFB=-0.014076;REVB=0.0251289;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243581;STB=0.639884;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0569072;OID=.;OPOS=71902488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:15:9:23:15:15:9:23:15 chr10 72043389 . T G 857.44 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.056;QD=57.1629;RBI=0.017498;REFB=0;REVB=-0.00868422;RO=0;SAF=15;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778357;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:44:15:0:0:45:15:0:0 chr10 72043460 . T G 216.22 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0362439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4544;QD=22.1765;RBI=0.0559312;REFB=-0.00935738;REVB=-0.0425991;RO=17;SAF=4;SAR=17;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121886;STB=0.560378;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00573211;OID=.;OPOS=72043460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:18:21:21:0.538462:17:4:5:12:17:4:5:13 chr10 72179746 . C T 685.39 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000414893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.627;QD=58.3312;RBI=0.0182723;REFB=-0.0687918;REVB=0.0182676;RO=2;SAF=18;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493883;STB=0.526304;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0044407;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:27:18:2:0:27:18:2:0 chr10 72181460 . G A,T 805.39 PASS AF=0.0350877,0.964912;AO=2,55;DP=57;FAO=2,55;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258956,-0.0467915;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.4738,58.486;QD=56.5188;RBI=0.0488261,0.0574282;REFB=0,0;REVB=-0.0413934,-0.0332948;RO=0;SAF=2,29;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.40922e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0191503,0.000106946;OID=.,.;OPOS=72181460,72181460;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:2,55:2,55:0.0350877,0.964912:0,26:2,29:0:0:0,26:2,29:0:0 chr10 72183580 . CA C 44.6 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=37;FWDB=0.0175977;FXX=0.0156226;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.62496;QD=2.83164;RBI=0.16912;REFB=-0.110201;REVB=-0.168202;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258318;STB=0.687961;STBP=0.113;TYPE=del;VARB=0.103986;OID=.;OPOS=72183581;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.349206:21:61:22:63:41:7:15:4:37:44:30:7:14:4:26 chr10 72195438 . GT CT,GC 600.59 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,19;DP=41;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709955,0.0104628;FXX=0.0243843;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=40.3702,66.3594;QD=60.0594;RBI=0.0296942,0.0151571;REFB=0,0;REVB=-0.028833,0.0109666;RO=0;SAF=2,4;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.00629e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00827415,0.00400084;OID=.,.;OPOS=72195438,72195439;OREF=G,T;OALT=C,C;OMAPALT=CT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:41:40:0:0:2,19:2,38:0.05,0.95:0,15:2,4:0:0:0,16:2,22:0:0 chr10 72289701 . G A 241.19 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0146071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.451;QD=21.4393;RBI=0.0146167;REFB=-0.0154489;REVB=0.000528351;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2083;STB=0.601479;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0135733;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:22:23:23:0.511111:11:12:16:5:11:12:16:6 chr10 72307101 . C T 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0320092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.537;QD=19.5008;RBI=0.0323854;REFB=-0.0123301;REVB=-0.00492193;RO=35;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137503;STB=0.576428;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0116014;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:21:15:20:15:21:15:20:15 chr10 72324143 . A G 1347.42 PASS AF=0.92;AO=91;DP=100;FAO=92;FDP=100;FR=.;FRO=8;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.000270396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1005;QD=53.8968;RBI=0.00282552;REFB=0.00310477;REVB=-0.00281255;RO=8;SAF=47;SAR=44;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741415;STB=0.539207;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00120037;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:100:100:8:8:91:92:0.92:44:47:8:0:45:47:8:0 chr10 72358577 . G A 572.24 PASS AF=0.53211;AO=57;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0314247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6806;QD=20.9997;RBI=0.0647471;REFB=-0.00722062;REVB=0.0566099;RO=50;SAF=26;SAR=31;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105046;STB=0.565277;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00488103;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:51:57:58:0.53211:31:26:29:21:32:26:30:21 chr10 72434569 . G C 233.21 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0125173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.248;QD=16.9609;RBI=0.0156863;REFB=-0.00503518;REVB=-0.00945401;RO=29;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750589;STB=0.542137;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0210379;OID=.;OPOS=72434569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:16:10:9:20:16:10:9:20 chr10 72500763 . T C 290.67 PASS AF=0.589286;AO=28;DP=51;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0119641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.513;QD=20.762;RBI=0.0183452;REFB=-0.0116947;REVB=-0.0139071;RO=23;SAF=3;SAR=25;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124768;STB=0.539854;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0107885;OID=.;OPOS=72500763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:56:23:23:28:33:0.589286:25:3:4:19:25:8:4:19 chr10 72500863 . C G 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0101706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.918;QD=15.8124;RBI=0.0112556;REFB=-0.00480637;REVB=0.00482156;RO=44;SAF=6;SAR=28;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256995;STB=0.646961;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00633254;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:28:6:16:28:28:6:16:28 chr10 72503344 . G A 503.36 PASS AF=0.388889;AO=54;DP=140;FAO=56;FDP=144;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.00431008;FXX=0.0335548;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.772;QD=13.9823;RBI=0.00828689;REFB=-0.00760425;REVB=-0.00707783;RO=84;SAF=38;SAR=16;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32689;STB=0.666181;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00995183;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:144:84:88:54:56:0.388889:16:38:34:50:17:39:38:50 chr10 72513682 . C T 853.73 PASS AF=0.553333;AO=82;DP=154;FAO=83;FDP=150;FR=.;FRO=67;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.130386;FXX=0.032256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5881;QD=22.7662;RBI=0.130572;REFB=-0.0287345;REVB=0.00697061;RO=65;SAF=46;SAR=36;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310349;STB=0.52654;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.020896;OID=.;OPOS=72513682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:150:65:67:82:83:0.553333:36:46:34:31:36:47:34:33 chr10 72517837 . C T 120.92 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00298353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.122;QD=14.6569;RBI=0.00482086;REFB=-0.0134283;REVB=-0.00378673;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346333;STB=0.701463;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0165424;OID=.;OPOS=72517837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:12:7:10:4:12:7 chr10 72520330 . A G 706.85 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.265;QD=54.3732;RBI=0.0451105;REFB=-0.126558;REVB=0.0271256;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00135383;OID=.;OPOS=72520330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:0:1:50:51:0.980769:27:23:0:0:28:23:1:0 chr10 72520567 . A G 192.98 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0188992;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.498;QD=17.9511;RBI=0.104366;REFB=-0.00559788;REVB=-0.102641;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195504;STB=0.588696;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00557041;OID=.;OPOS=72520567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:20:20:0.465116:12:8:14:9:12:8:13:10 chr10 72532037 . C T 655.82 PASS AF=0.601942;AO=62;DP=103;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0329189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.262;QD=25.4687;RBI=0.0335695;REFB=-0.0252437;REVB=-0.00657693;RO=41;SAF=39;SAR=23;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338638;STB=0.518439;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0164449;OID=.;OPOS=72532037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:41:41:62:62:0.601942:23:39:24:17:23:39:24:17 chr10 72537086 . C T 197.47 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.12645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1495;QD=26.3286;RBI=0.136794;REFB=-0.0146542;REVB=0.0521819;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166367;STB=0.59224;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0154062;OID=.;OPOS=72537086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:9:10:3:8:9:10:3:8 chr10 72619205 . C T 1521.24 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015218;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.252;QD=59.6565;RBI=0.0240612;REFB=0;REVB=0.0186373;RO=0;SAF=34;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25111e-06;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:67:34:0:0:67:35:0:0 chr10 73044580 . G A 518.62 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00124297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.798;QD=19.3875;RBI=0.0158675;REFB=-0.0170744;REVB=-0.0158187;RO=51;SAF=29;SAR=25;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106175;STB=0.504346;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0173526;OID=.;OPOS=73044580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:51:53:54:54:0.504673:25:29:28:23:25:29:28:25 chr10 73057755 . G C 792.9 PASS AF=0.503106;AO=81;DP=162;FAO=81;FDP=161;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0060918;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.401;QD=19.6994;RBI=0.0244379;REFB=-0.0140115;REVB=-0.0236664;RO=79;SAF=27;SAR=54;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944101;STB=0.55604;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0132959;OID=.;OPOS=73057755;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:79:80:81:81:0.503106:54:27:34:45:54:27:35:45 chr10 73082563 . A G 414.26 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0245186;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.883;QD=14.7949;RBI=0.0256016;REFB=-0.0247101;REVB=0.0073675;RO=66;SAF=25;SAR=22;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644809;STB=0.531901;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0267752;OID=.;OPOS=73082563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:66:65:47:47:0.419643:22:25:31:35:22:25:31:34 chr10 73104056 . A G 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0156243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.512;QD=10.7151;RBI=0.0408633;REFB=-0.0304015;REVB=-0.0377584;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974191;STB=0.558058;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0510038;OID=.;OPOS=73104056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:7:7:12:17:7:7:12:17 chr10 73115941 . TG CA 433.55 PASS AF=0.463918;AO=43;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00564829;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.51;QD=17.8785;RBI=0.00571705;REFB=-0.0115502;REVB=0.000883977;RO=52;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224626;STB=0.525;STBP=0.667;TYPE=mnp;VARB=0.0139492;OID=.;OPOS=73115941;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:43:45:0.463918:23:20:23:29:23:22:23:29 chr10 73121913 . A G 177.71 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00223488;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.883;QD=14.2171;RBI=0.0106471;REFB=-0.0158676;REVB=-0.0104099;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346768;STB=0.6998;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0079944;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:14:6:19:11:14:6:19:11 chr10 73121945 . T C 179.01 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0508615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.488;QD=12.5621;RBI=0.0514014;REFB=-0.0258094;REVB=-0.00743093;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174917;STB=0.606467;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0349881;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:35:22:22:0.385965:10:12:24:10:10:12:25:10 chr10 73270906 . T C,G 1133.11 PASS AF=0.962025,0.0253165;AO=74,3;DP=79;FAO=76,2;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=35,0;FSAR=41,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0051473,0.00698293;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=251.543,25.258;QD=57.3725;RBI=0.0130599,0.0204006;REFB=-0.0480572,0.0393489;REVB=0.0120028,-0.0191683;RO=2;SAF=34,0;SAR=40,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0270134,-0.74993;STB=0.50704,0.993266;STBP=0.305,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.000581716,0.0712298;OID=.,.;OPOS=73270906,73270906;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:79:79:2:1:74,3:76,2:0.962025,0.0253165:40,3:34,0:2:0:41,2:35,0:1:0 chr10 73270982 . G A 240.32 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0382464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.809;QD=43.6948;RBI=0.0382487;REFB=-0.219079;REVB=-0.000418293;RO=2;SAF=11;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766752;STB=0.541626;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00873921;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:9:11:2:0:9:11:2:0 chr10 73326579 . C T 726.39 PASS AF=0.533835;AO=71;DP=133;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.0545191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9148;QD=21.8464;RBI=0.0712573;REFB=-0.0173138;REVB=0.0458832;RO=58;SAF=34;SAR=37;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102157;STB=0.569692;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0369881;OID=.;OPOS=73326579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:58:62:71:71:0.533835:37:34:35:23:37:34:39:23 chr10 73455201 . T C 460.06 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0508376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.357;QD=26.6702;RBI=0.0510789;REFB=0.00407062;REVB=-0.00495839;RO=25;SAF=23;SAR=20;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170756;STB=0.599153;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00353328;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:26:43:43:0.623188:20:23:7:18:20:23:7:19 chr10 73455273 . T C 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0386472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.334;QD=16.9923;RBI=0.0410114;REFB=-0.00314826;REVB=-0.0137235;RO=30;SAF=18;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22422;STB=0.62641;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00424654;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:9:18:13:17:9:18:13:17 chr10 73461805 . G A 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0120412;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.242;QD=16.4439;RBI=0.0130428;REFB=-0.00853912;REVB=-0.00501249;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222387;STB=0.512748;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0119498;OID=.;OPOS=73461805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:7:13:17:10:7:13:17:10 chr10 73466709 . T C 915.88 PASS AF=0.572414;AO=83;DP=145;FAO=83;FDP=145;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0344067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.515;QD=25.2655;RBI=0.0397414;REFB=-0.0319907;REVB=-0.0198886;RO=62;SAF=34;SAR=49;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122601;STB=0.56679;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0216282;OID=.;OPOS=73466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:62:62:83:83:0.572414:49:34:35:27:49:34:35:27 chr10 73472867 . GCG GC,GG,GGG 173.62 PASS AF=0,0.210526,0.175439;AO=6,10,8;DP=54;FAO=0,12,10;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=0,3,4;FSAR=0,9,6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0169233,0.00121433,0.000542616;FXX=0.0172384;HRUN=4,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=17.1146,220.525,223.279;QD=12.1838;RBI=0.276977,0.0386878,0.0529703;REFB=0.0290781,-0.00968013,-0.00828965;REVB=-0.276459,0.0386687,0.0529675;RO=29;SAF=0,3,4;SAR=6,7,4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0.2,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.710522,-0.336122,-0.103706;STB=0.5,0.689321,0.567431;STBP=1,0.158,0.663;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0179232,0.0240898;OID=.,.,.;OPOS=73472869,73472868,73472868;OREF=G,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GC,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.210526,0.175439:6,10,8:54:0,12,10:57:35:0,3,4:0,9,6:17:18:46:29:0,3,4:6,7,4:17:12 chr10 73472882 . C T 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0070568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.357;QD=10.8511;RBI=0.00726752;REFB=-0.0176702;REVB=0.00173736;RO=43;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187825;STB=0.609659;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00919855;OID=.;OPOS=73472882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:15:8:22:21:15:8:22:21 chr10 73492079 . A G 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9453;QD=57.195;RBI=0.0447965;REFB=0;REVB=-0.0145614;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591329;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr10 73498344 . T A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0122938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2619;QD=17.4228;RBI=0.053329;REFB=-0.0133303;REVB=0.0518926;RO=34;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220451;STB=0.623662;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00903891;OID=.;OPOS=73498344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:11:20:14:20:11:20:14:20 chr10 73498386 . T C 222.75 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0369362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.512;QD=14.6065;RBI=0.0554021;REFB=-0.0189546;REVB=-0.0412929;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13588;STB=0.584841;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0364505;OID=.;OPOS=73498386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:35:26:26:0.42623:11:15:14:18:11:15:15:20 chr10 73500599 . C T 344.08 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.339;QD=31.2797;RBI=0.026023;REFB=0.0152798;REVB=-0.0259792;RO=15;SAF=6;SAR=23;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110643;STB=0.560931;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00857359;OID=.;OPOS=73500599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:23:6:5:10:23:6:5:10 chr10 73501556 . G A 937.45 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.711;QD=58.5908;RBI=0.0691493;REFB=0;REVB=0.0137572;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493038;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr10 73520632 . A C 1116.75 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6754;QD=60.3647;RBI=0.0941673;REFB=0;REVB=0.0934692;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642736;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr10 73521371 . C T 398.99 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0112604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.589;QD=18.3445;RBI=0.0189216;REFB=-0.0243236;REVB=-0.0152062;RO=46;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090498;STB=0.505048;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0333748;OID=.;OPOS=73521371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:20:21:24:22:20:21:24:22 chr10 73537978 . C T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0390638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0655;QD=23.8207;RBI=0.0435653;REFB=0.0141173;REVB=0.0192861;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104181;STB=0.558087;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00777604;OID=.;OPOS=73537978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:12:10:10:7:12:10:10:7 chr10 73544086 . G A 573.23 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.000401081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.486;QD=23.397;RBI=0.0132785;REFB=-0.00915781;REVB=0.0132724;RO=43;SAF=27;SAR=26;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207889;STB=0.50077;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0078457;OID=.;OPOS=73544086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:43:45:53:53:0.540816:26:27:23:20:26:27:23:22 chr10 73550969 . G A 1679.12 PASS AF=0.99115;AO=113;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.81;QD=59.438;RBI=0.0561281;REFB=0.00395611;REVB=0.049218;RO=0;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=8.67405e-05;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:113:112:0.99115:58:55:0:0:57:55:0:1 chr10 73558886 . G A 646.48 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0179839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.4;QD=56.2152;RBI=0.0416079;REFB=-0.194109;REVB=0.0375206;RO=2;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034762;STB=0.517849;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00179647;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:2:2:43:44:0.956522:26:17:0:2:27:17:0:2 chr10 73558952 . C T 681.92 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00389833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.922;QD=52.4557;RBI=0.0253247;REFB=-0.0918912;REVB=0.0250229;RO=1;SAF=14;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324327;STB=0.510393;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.000462505;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:50:50:0.961538:36:14:1:0:36:14:1:1 chr10 73562744 . G A 739.54 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.3112;QD=54.7808;RBI=0.035971;REFB=-0.0017145;REVB=0.019529;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016526;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000314881;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:28:24:0:1:29:24:0:1 chr10 73569761 . C T 618.9 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.023652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.461;QD=16.3946;RBI=0.0260654;REFB=-0.0201452;REVB=-0.0109539;RO=84;SAF=36;SAR=31;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491952;STB=0.527412;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0283607;OID=.;OPOS=73569761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:84:84:67:67:0.443709:31:36:41:43:31:36:41:43 chr10 73571765 . T C 101.83 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0860095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3383;QD=9.05184;RBI=0.087001;REFB=-4.40864e-05;REVB=-0.0130971;RO=32;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509236;STB=0.806012;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00414617;OID=.;OPOS=73571765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:3:10:10:22:3:10:10:22 chr10 73574843 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0148336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.494;QD=17.3256;RBI=0.0466751;REFB=-0.0181879;REVB=0.0442552;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106824;STB=0.560915;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0290295;OID=.;OPOS=73574843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:14:11:11:9:14:11 chr10 73576307 . C T 479.85 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.18;QD=58.1641;RBI=0.0423129;REFB=0;REVB=0.0385626;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043707;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:24:7:0:0:26:7:0:0 chr10 73585526 . A G 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00124519;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.858;QD=16.0718;RBI=0.0079435;REFB=-0.00221189;REVB=0.0078453;RO=35;SAF=9;SAR=20;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383772;STB=0.715645;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00190843;OID=.;OPOS=73585526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:20:9:25:10:20:9:25:10 chr10 73610982 . G A 1808.85 PASS AF=0.671053;AO=152;DP=227;FAO=153;FDP=228;FR=.;FRO=75;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.00585796;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.648;QD=31.7342;RBI=0.0101376;REFB=-0.0132563;REVB=-0.00827375;RO=73;SAF=67;SAR=85;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608392;STB=0.530712;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00510547;OID=.;OPOS=73610982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:73:75:152:153:0.671053:85:67:25:48:86:67:26:49 chr10 73767859 . G A 174.35 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=28;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0203776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.48;QD=24.048;RBI=0.0423399;REFB=-0.0498837;REVB=0.0371136;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115872;STB=0.551667;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0255243;OID=.;OPOS=73767859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:29:11:11:17:18:0.62069:9:8:7:4:9:9:7:4 chr10 73768992 . C A 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00174267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.411;QD=17.0669;RBI=0.0103321;REFB=-0.0120765;REVB=-0.0101841;RO=44;SAF=25;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221445;STB=0.63606;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0111101;OID=.;OPOS=73768992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:46:38:38:0.452381:13:25:19:25:13:25:19:27 chr10 73772661 . T A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0370521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.826;QD=14.7986;RBI=0.0372135;REFB=-0.00722487;REVB=-0.00346191;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398606;STB=0.523321;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00758113;OID=.;OPOS=73772661;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:8:3:4:9:8:3:4:9 chr10 73820396 . G A 438.0 PASS AF=0.348101;AO=55;DP=158;FAO=55;FDP=158;FR=.;FRO=103;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0182116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8128;QD=11.0886;RBI=0.0196317;REFB=-0.0152465;REVB=0.00733095;RO=103;SAF=29;SAR=26;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255507;STB=0.514629;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0198799;OID=.;OPOS=73820396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:103:103:55:55:0.348101:26:29:52:51:26:29:52:51 chr10 74830335 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0161221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.979;QD=15.6507;RBI=0.0182123;REFB=-0.0136647;REVB=0.00847134;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125006;STB=0.572397;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.018077;OID=.;OPOS=74830335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:12:9:5:11:12:9 chr10 74834651 . T C 142.69 PASS AF=0.4;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0182047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.505;QD=14.2694;RBI=0.07755;REFB=-0.0243344;REVB=-0.0753829;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198429;STB=0.619051;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0438193;OID=.;OPOS=74834651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:22:24:16:16:0.4:5:11:11:11:5:11:12:12 chr10 74894375 . T C 637.32 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.00697183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.101;QD=18.6079;RBI=0.0366092;REFB=-0.00448414;REVB=0.0359392;RO=71;SAF=27;SAR=38;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205212;STB=0.515635;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00493523;OID=.;OPOS=74894375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:72:65:65:0.474453:38:27:31:40:38:27:32:40 chr10 74896664 . T C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0265773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2243;QD=13.2125;RBI=0.0318712;REFB=0.00583949;REVB=-0.0175905;RO=22;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522663;STB=0.530446;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00724796;OID=.;OPOS=74896664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:11:3:4:18:11:3:4:18 chr10 74899134 . C G 267.62 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.029613;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3645;QD=15.7424;RBI=0.035199;REFB=-0.0154158;REVB=-0.0190275;RO=38;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215762;STB=0.512187;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0195331;OID=.;OPOS=74899134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:38:38:30:30:0.441176:12:18:22:16:12:18:22:16 chr10 74916173 . T A 213.85 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0113415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8679;QD=20.8631;RBI=0.0558872;REFB=-0.0412698;REVB=0.0547244;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199785;STB=0.611665;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0377511;OID=.;OPOS=74916173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:15:5:10:11:15:5 chr10 74923562 . C T 561.57 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0171988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.453;QD=17.8275;RBI=0.0189963;REFB=-0.00356848;REVB=0.00806601;RO=67;SAF=33;SAR=26;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926725;STB=0.551465;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00479005;OID=.;OPOS=74923562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:67:59:59:0.468254:26:33:31:36:26:33:31:36 chr10 74934442 . C T 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0246614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6188;QD=20.031;RBI=0.0556106;REFB=-0.00781485;REVB=-0.0498433;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297501;STB=0.501676;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00410972;OID=.;OPOS=74934442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:12:14:13:11:12:14 chr10 74995086 . C T 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00705806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.682;QD=15.8863;RBI=0.00933258;REFB=-0.00529125;REVB=-0.0061058;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799238;STB=0.544985;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00910335;OID=.;OPOS=74995086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:17:16:17:25:17:16:17:25 chr10 75000698 . T C 99.94 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00031562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.596;QD=15.3754;RBI=0.0234214;REFB=-0.0217755;REVB=-0.0234193;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225663;STB=0.631355;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0466144;OID=.;OPOS=75000698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:8:6:8:4:8:6 chr10 75000739 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00615824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.517;QD=17.5413;RBI=0.011091;REFB=-0.0127674;REVB=0.00922419;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917347;STB=0.552561;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0175006;OID=.;OPOS=75000739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:8:8:9:6:8:8 chr10 75006804 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00374321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.194;QD=13.6609;RBI=0.0496206;REFB=-0.0155184;REVB=-0.0494792;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324157;STB=0.677704;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0259755;OID=.;OPOS=75006804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:4:10:8:12:4:10:9:12 chr10 75009107 . T A 222.8 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.029932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.833;QD=18.9619;RBI=0.0303946;REFB=-0.0125375;REVB=0.00528284;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172845;STB=0.597614;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0212998;OID=.;OPOS=75009107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:16:9:12:10:16:9 chr10 75035257 . T C 283.1 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0294283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2541;QD=17.4212;RBI=0.0821799;REFB=-0.0075944;REVB=0.0767302;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952966;STB=0.553306;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00960403;OID=.;OPOS=75035257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:16:15:13:21:16:15:13:21 chr10 75056863 . A C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0108056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.258;QD=17.8518;RBI=0.0120212;REFB=-0.0168162;REVB=0.00526764;RO=39;SAF=26;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215546;STB=0.615945;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0146109;OID=.;OPOS=75056863;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:10:26:20:19:10:26:21:19 chr10 75095253 . G A 212.19 PASS AF=0.45283;AO=26;DP=55;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0908465;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.762;QD=16.0142;RBI=0.0909428;REFB=-0.000970852;REVB=0.00418385;RO=27;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15164;STB=0.563149;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0027775;OID=.;OPOS=75095253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:27:29:26:24:0.45283:13:13:9:18:13:11:10:19 chr10 75138691 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00890052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.349;QD=17.1002;RBI=0.0108971;REFB=-0.00852806;REVB=-0.00628711;RO=15;SAF=2;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442134;STB=0.759063;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00633576;OID=.;OPOS=75138691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:12:2:8:7:12:2:8:7 chr10 75148116 . A G 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0183486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.508;QD=19.3866;RBI=0.0192951;REFB=-0.0169355;REVB=-0.00596918;RO=34;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116203;STB=0.564669;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0154069;OID=.;OPOS=75148116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:21:14:18:16:21:14:18:16 chr10 75289359 . C A 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00512571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.416;QD=16.7552;RBI=0.0052636;REFB=-0.0102295;REVB=0.0011969;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882001;STB=0.549958;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0110876;OID=.;OPOS=75289359;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:13:15:15:9:13:15 chr10 75391823 . C A 257.03 PASS AF=0.323529;AO=33;DP=102;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0290732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2587;QD=10.0796;RBI=0.0292989;REFB=-0.0029602;REVB=-0.00362998;RO=69;SAF=14;SAR=19;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146508;STB=0.585257;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00693964;OID=.;OPOS=75391823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:69:69:33:33:0.323529:19:14:38:31:19:14:38:31 chr10 75406764 . G C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000113242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.254;QD=18.767;RBI=0.0386593;REFB=-0.00410744;REVB=-0.0386591;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146968;STB=0.58791;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00284465;OID=.;OPOS=75406764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:2:1:1:5:2:1 chr10 75407124 . A G 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.012021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.73;QD=25.7105;RBI=0.0263115;REFB=-0.0208933;REVB=-0.0234049;RO=6;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769806;STB=0.543408;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0132081;OID=.;OPOS=75407124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:10:3:2:4:10:3:2:4 chr10 75451768 . A G 40.1 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=57;FWDB=-0.0329137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.72;QD=2.00513;RBI=0.0331209;REFB=-0.000804461;REVB=0.00369814;RO=70;SAF=1;SAR=8;SRF=14;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192501;STB=0.648257;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0045414;OID=.;OPOS=75451768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:70:71:9:9:0.1125:8:1:14:56:8:1:14:57 chr10 75490354 . GAAGA G 200.1 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00142363;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=243.897;QD=11.9465;RBI=0.0150325;REFB=-0.0152713;REVB=-0.014965;RO=30;SAF=22;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107444;STB=0.576997;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=0.0156352;OID=.;OPOS=75490355;OREF=AAGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462687:30:65:31:67:36:22:9:21:15:99:30:22:8:19:11 chr10 75533448 . A G 155.68 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00715878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.461;QD=9.43499;RBI=0.0754538;REFB=-0.00417806;REVB=-0.0751134;RO=43;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176914;STB=0.604551;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00563969;OID=.;OPOS=75533448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:45:21:21:0.318182:13:8:23:20:13:8:24:21 chr10 75554039 . G A 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0371962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.931;QD=15.0111;RBI=0.0379111;REFB=-0.0264032;REVB=-0.00732782;RO=53;SAF=9;SAR=28;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250325;STB=0.642923;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0252802;OID=.;OPOS=75554039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:28:9:24:29:28:9:24:29 chr10 75558867 . G A 439.45 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0485763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8891;QD=21.9724;RBI=0.0523226;REFB=-0.00777578;REVB=0.0194419;RO=37;SAF=20;SAR=23;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857593;STB=0.547279;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00752375;OID=.;OPOS=75558867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:23:20:21:16:23:20:21:16 chr10 75673101 . T C 438.82 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3168;QD=56.6213;RBI=0.0286092;REFB=0;REVB=0.0251833;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223374;OID=.;OPOS=75673101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr10 75865065 . G A 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0466401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2283;QD=19.7634;RBI=0.0479125;REFB=-0.0161903;REVB=-0.0109685;RO=32;SAF=13;SAR=22;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00328766;STB=0.511621;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.011713;OID=.;OPOS=75865065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:33:35:35:0.514706:22:13:12:20:22:13:13:20 chr10 75871735 . C G 448.68 PASS AF=0.511364;AO=41;DP=84;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00447013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.726;QD=20.3943;RBI=0.0345279;REFB=-0.0213238;REVB=0.0342373;RO=43;SAF=18;SAR=23;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153221;STB=0.56308;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0189724;OID=.;OPOS=75871735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:43:43:41:45:0.511364:23:18:12:31:27:18:12:31 chr10 75878915 . C CTA 286.62 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.000427224;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.684;QD=24.3932;RBI=0.00120978;REFB=-0.0159998;REVB=0.00113184;RO=21;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193984;STB=0.607698;STBP=0.103;TYPE=ins;VARB=0.0127778;OID=.;OPOS=75878916;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.553191:26:47:26:47:21:15:11:7:14:99:21:15:11:7:14 chr10 75883134 . C CTT 307.68 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=88;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00306903;FXX=0.0348797;HRUN=0;LEN=2;MLLD=240.083;QD=14.8277;RBI=0.00737093;REFB=-0.00546957;REVB=-0.00670161;RO=49;SAF=14;SAR=19;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026469;STB=0.502195;STBP=0.993;TYPE=ins;VARB=0.00750668;OID=.;OPOS=75883135;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409639:33:88:34:83:49:14:20:20:29:99:49:14:19:22:27 chr10 75884157 . G T 322.83 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0139448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.034;QD=11.7393;RBI=0.0140953;REFB=-0.00351553;REVB=-0.0020542;RO=70;SAF=21;SAR=19;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011927;STB=0.506827;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00570866;OID=.;OPOS=75884157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:70:70:40:40:0.363636:19:21:36:34:19:21:36:34 chr10 75936611 . C T 218.6 PASS AF=0.510638;AO=22;DP=51;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00281233;FXX=0.113186;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.321;QD=18.6042;RBI=0.0260939;REFB=-0.0469498;REVB=0.0259419;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831127;STB=0.511618;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0371629;OID=.;OPOS=75936611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:47:27:23:22:24:0.510638:12:10:10:17:13:11:10:13 chr10 76790612 . TG T 257.52 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.144294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.1164;QD=29.4309;RBI=0.170335;REFB=-0.0202877;REVB=0.0905159;RO=8;SAF=17;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.464789;SSSB=0.169514;STB=0.504851;STBP=0.933;TYPE=del;VARB=0.0150572;OID=.;OPOS=76790613;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:24:35:30:35:5:17:13:3:2:16:8:17:7:3:5 chr10 76854564 . C T 1515.15 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0328203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.147;QD=62.4802;RBI=0.0329181;REFB=-0.102666;REVB=0.002536;RO=0;SAF=62;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95992e-08;STB=0.503999;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000335279;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:34:62:0:0:34:62:1:0 chr10 76855412 . G A 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00588072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.171;QD=18.6733;RBI=0.0221133;REFB=-0.00468981;REVB=0.021317;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642995;STB=0.535838;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00507587;OID=.;OPOS=76855412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:19:16:19:17:19:16:19:17 chr10 76855421 . G A 346.12 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0164416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9373;QD=19.4999;RBI=0.0176075;REFB=-0.00326115;REVB=0.00630067;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756363;STB=0.534774;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0022727;OID=.;OPOS=76855421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:35:36:36:0.507042:17:19:15:19:17:19:16:19 chr10 76861680 . T C 841.2 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305888;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7997;QD=58.0137;RBI=0.0484398;REFB=0;REVB=-0.0375598;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08712e-05;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr10 76867899 . T C 295.6 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0450657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7275;QD=17.9152;RBI=0.0545463;REFB=-0.0290756;REVB=0.0307307;RO=34;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171662;STB=0.596093;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0276903;OID=.;OPOS=76867899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:20:12:19:15:20:12:19:15 chr10 76868883 . TCCCCCCA TCCCCCAC 35.9 PASS AF=0.0792079;AO=5;DP=106;FAO=8;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=90;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=65;FSRR=25;FWDB=-0.0525287;FXX=0.0560695;HRUN=6;LEN=2;MLLD=50.0604;QD=1.42185;RBI=0.0526059;REFB=-0.0289703;REVB=0.00284767;RO=55;SAF=0;SAR=5;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.658913;STB=0.934464;STBP=0.073;TYPE=mnp;VARB=-0.0405287;OID=.;OPOS=76868889;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=TCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0792079:5:106:8:101:90:1:7:65:25:24:55:0:5:38:17 chr10 76993930 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00704175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.292;QD=21.0153;RBI=0.0135608;REFB=-0.0250903;REVB=-0.0115891;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782386;STB=0.543988;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.020657;OID=.;OPOS=76993930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:11:5:3:10:11:5:3:10 chr10 79253623 . G GCC 260.66 PASS AF=0.529412;AO=34;DP=79;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0122838;FXX=0.0555478;HRUN=2;LEN=2;MLLD=39.0387;QD=15.3331;RBI=0.0508584;REFB=0.00405716;REVB=0.0493527;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156815;STB=0.569994;STBP=0.251;TYPE=ins;VARB=-0.00406235;OID=.;OPOS=79253624;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:34:79:36:68:32:16:20:19:13:99:42:14:20:24:18 chr10 79570873 . G T 330.86 PASS AF=0.591837;AO=27;DP=46;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0349915;FXX=0.019996;HRUN=7;LEN=1;MLLD=44.2136;QD=27.0087;RBI=0.12152;REFB=-0.0805131;REVB=0.116374;RO=19;SAF=23;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383237;STB=0.670539;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0476693;OID=.;OPOS=79570873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:19:20:27:29:0.591837:4:23:9:10:6:23:9:11 chr10 79584178 . G C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0246721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.987;QD=19.0582;RBI=0.0356348;REFB=-0.0297471;REVB=-0.0257124;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293844;STB=0.664736;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0237713;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:4:16:9:10:4:16 chr10 79601912 . C T 224.81 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=-0.0661434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.885;QD=13.0322;RBI=0.0661541;REFB=0.00399676;REVB=0.00119203;RO=42;SAF=4;SAR=23;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376417;STB=0.521633;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00539671;OID=.;OPOS=79601912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:23:4:7:35:23:4:7:35 chr10 79616605 . T C 1837.74 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244246;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.451;QD=61.258;RBI=0.0308474;REFB=0;REVB=0.0188415;RO=0;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.92182e-05;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:118:120:1:67:51:0:0:67:53:0:0 chr10 79628875 . A G 217.82 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00530651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.689;QD=18.9404;RBI=0.00788499;REFB=-0.0277077;REVB=-0.00583215;RO=24;SAF=18;SAR=3;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173693;STB=0.606274;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0146538;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:3:18:18:6:3:19:18:6 chr10 79628961 . G A 409.77 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0689685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3322;QD=18.2118;RBI=0.0738073;REFB=-0.0195914;REVB=0.0262841;RO=45;SAF=20;SAR=22;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941844;STB=0.556935;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0108719;OID=.;OPOS=79628961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:48:42:42:0.466667:22:20:26:19:22:20:28:20 chr10 79793688 . C T 305.82 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.014909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.954;QD=20.3878;RBI=0.0176442;REFB=-0.0299604;REVB=0.00943611;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962285;STB=0.559567;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0291552;OID=.;OPOS=79793688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:28:32:32:0.533333:19:13:8:19:19:13:8:20 chr10 79814751 . T C 181.26 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0227118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.57;QD=9.41611;RBI=0.0242262;REFB=-0.018737;REVB=-0.00843125;RO=53;SAF=10;SAR=14;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279001;STB=0.663029;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0388533;OID=.;OPOS=79814751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:14:10:35:18:14:10:35:18 chr10 81045207 . T C 375.36 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.0109663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.685;QD=13.7747;RBI=0.0116361;REFB=-0.0119719;REVB=-0.00389096;RO=62;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117992;STB=0.547977;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0215748;OID=.;OPOS=81045207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:65:44:44:0.40367:25:19:20:42:25:19:23:42 chr10 81045280 . T C 566.54 PASS AF=0.418301;AO=64;DP=153;FAO=64;FDP=153;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=-0.0562405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2683;QD=14.8114;RBI=0.0565366;REFB=0.017685;REVB=-0.00577814;RO=89;SAF=24;SAR=40;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323149;STB=0.518129;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0247506;OID=.;OPOS=81045280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:89:89:64:64:0.418301:40:24:36:53:40:24:36:53 chr10 81053475 . G A 241.18 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0508105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6487;QD=16.9246;RBI=0.0557733;REFB=-0.0417672;REVB=0.0229989;RO=30;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179592;STB=0.600962;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0395305;OID=.;OPOS=81053475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:16:11:18:12:16:11:18:12 chr10 81145701 . G C 339.93 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0175991;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8317;QD=28.9303;RBI=0.117395;REFB=0.0365035;REVB=0.116068;RO=19;SAF=23;SAR=6;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557211;STB=0.559771;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0207625;OID=.;OPOS=81145701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:19:18:29:29:0.617021:6:23:16:3:6:23:16:2 chr10 81146091 . G A 490.72 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0194365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.554;QD=22.3055;RBI=0.0194541;REFB=-0.0371236;REVB=0.000828406;RO=41;SAF=26;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555264;STB=0.530599;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0324229;OID=.;OPOS=81146091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:21:26:20:21:21:26:20:21 chr10 81272814 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.272;QD=59.0183;RBI=0.0153939;REFB=0;REVB=0.00754848;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166376;OID=.;OPOS=81272814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr10 81273085 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.243;QD=60.2299;RBI=0.0470364;REFB=0;REVB=0.0193635;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228947;OID=.;OPOS=81273085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr10 81273490 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.606;QD=33.4285;RBI=0.0427002;REFB=0;REVB=0.0182891;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613599;OID=.;OPOS=81273490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr10 81273879 . A G 321.13 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.435;QD=53.522;RBI=0.024005;REFB=0;REVB=0.0151298;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99885e-05;OID=.;OPOS=81273879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:14:10:0:0 chr10 81274334 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.794;QD=46.8479;RBI=0.0712523;REFB=0;REVB=0.00539024;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387081;OID=.;OPOS=81274334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr10 81275154 . G T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.806;QD=57.2017;RBI=0.031948;REFB=0;REVB=0.0168328;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.91376e-05;OID=.;OPOS=81275154;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr10 81275669 . A C 274.17 PASS AF=1;AO=14;DP=28;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536532;FXX=0.0768935;HRUN=7;LEN=1;MLLD=18.4873;QD=45.6942;RBI=0.0594441;REFB=0;REVB=0.0255918;RO=7;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340304;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00485849;OID=.;OPOS=81275669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:24:7:0:14:24:1:11:3:5:2:14:10:0:0 chr10 81275738 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8143;QD=59.018;RBI=0.0733057;REFB=0;REVB=0.0147317;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153725;OID=.;OPOS=81275738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr10 81275840 . A G 436.24 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0482217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.12;QD=54.5295;RBI=0.0567042;REFB=-0.134806;REVB=0.0298334;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000598229;OID=.;OPOS=81275840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:17:14:0:0:17:14:0:1 chr10 81318663 . C G 315.44 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0018183;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.451;QD=17.5247;RBI=0.0148833;REFB=-0.0473727;REVB=0.0147718;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111814;STB=0.554424;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0539631;OID=.;OPOS=81318663;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:33:34:0.472222:17:16:14:24:18:16:14:24 chr10 81319423 . C T 521.84 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0930429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.87;QD=50.9114;RBI=0.0931739;REFB=-0.0748281;REVB=0.00493809;RO=4;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747707;STB=0.539979;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0136976;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:41:4:4:37:37:0.902439:23:14:0:4:23:14:0:4 chr10 81319458 . C T 497.92 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0144402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.878;QD=48.5777;RBI=0.0230783;REFB=-0.00989318;REVB=0.0180025;RO=4;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778341;STB=0.524482;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000335708;OID=.;OPOS=81319458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:41:41:4:5:36:36:0.878049:22:14:0:4:22:14:1:4 chr10 81319483 . A G 482.0 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.211;QD=58.4245;RBI=0.0460523;REFB=0;REVB=0.0192279;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186422;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:21:12:0:0 chr10 81371341 . G T 89.65 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.042654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4958;QD=4.84605;RBI=0.0547099;REFB=-0.00313117;REVB=0.034261;RO=59;SAF=9;SAR=6;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943819;STB=0.560358;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0148881;OID=.;OPOS=81371341;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:6:9:31:28:6:9:31:28 chr10 81371698 . C T 257.16 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0277538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.597;QD=16.0722;RBI=0.0295341;REFB=-0.0173948;REVB=-0.0100991;RO=34;SAF=7;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224885;STB=0.622017;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0137957;OID=.;OPOS=81371698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:22:7:15:19:22:7:15:20 chr10 81372081 . A G 194.55 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0350605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3208;QD=10.3762;RBI=0.0608227;REFB=-0.0259849;REVB=-0.0497007;RO=50;SAF=18;SAR=7;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155006;STB=0.591164;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0411231;OID=.;OPOS=81372081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:7:18:30:20:7:18:30:20 chr10 81373777 . C T 630.35 PASS AF=0.416667;AO=61;DP=162;FAO=70;FDP=168;FR=.;FRO=98;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=0.00525144;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5462;QD=15.0083;RBI=0.0845558;REFB=-0.0226989;REVB=0.0843926;RO=93;SAF=37;SAR=24;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14432;STB=0.534491;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0462877;OID=.;OPOS=81373777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:168:93:98:61:70:0.416667:24:37:44:49:33:37:46:52 chr10 81701722 . T C 1510.76 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0832504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5476;QD=63.6107;RBI=0.0838085;REFB=0;REVB=-0.00965644;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195103;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr10 81706324 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00785629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5783;QD=18.4386;RBI=0.00806376;REFB=-0.01099;REVB=-0.00181737;RO=29;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628569;STB=0.535085;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00941713;OID=.;OPOS=81706324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:16:13:11:18:16:13:11:18 chr10 81841692 . G T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.166;QD=57.5453;RBI=0.0306287;REFB=0;REVB=0.0160861;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54915e-05;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr10 81915136 . T C 820.33 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00188156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4351;QD=54.6887;RBI=0.060744;REFB=-0.0191315;REVB=0.0607148;RO=2;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023004;STB=0.506022;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00509017;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:2:1:58:59:0.983333:40:18:0:2:41:18:0:1 chr10 81917708 . A G 316.81 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0169693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.454;QD=20.4395;RBI=0.0169863;REFB=-0.00751071;REVB=0.000759051;RO=28;SAF=11;SAR=22;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204535;STB=0.606675;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0058527;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:33:33:0.532258:22:11:16:12:22:11:16:13 chr10 81926702 . G A 957.03 PASS AF=0.461187;AO=101;DP=219;FAO=101;FDP=219;FR=.;FRO=118;FSAF=76;FSAR=25;FSRF=70;FSRR=48;FWDB=-0.000442749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.073;QD=17.4801;RBI=0.0103876;REFB=-0.00222165;REVB=0.0103782;RO=117;SAF=76;SAR=25;SRF=70;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179389;STB=0.603153;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00189572;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:117:118:101:101:0.461187:25:76:70:47:25:76:70:48 chr10 82013134 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.754;QD=62.4654;RBI=0.0486805;REFB=0;REVB=0.0424461;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66238e-05;OID=.;OPOS=82013134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr10 82013146 . T C 1254.84 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.333;QD=61.2119;RBI=0.0253587;REFB=0;REVB=0.000537063;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59159e-05;OID=.;OPOS=82013146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:38:42:0:0:39:43:0:0 chr10 82033594 . G A 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6883;QD=59.9954;RBI=0.0218795;REFB=0;REVB=-0.00688668;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90855e-05;OID=.;OPOS=82033594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:47:59:0:0:47:59:0:0 chr10 82034842 . A G 1353.25 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2204;QD=62.2185;RBI=0.128201;REFB=0;REVB=0.113833;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120006;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:47:37:0:0:49:38:0:0 chr10 82034854 . T C 1218.66 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137109;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.158;QD=60.9329;RBI=0.0279333;REFB=0;REVB=0.0243368;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199928;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:79:80:1:46:33:0:0:47:33:0:0 chr10 82040052 . A G 744.71 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0365785;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0491;QD=55.164;RBI=0.0411699;REFB=-0.103773;REVB=0.0188937;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177671;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000581775;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:54:1:1:51:53:0.981481:25:26:1:0:26:27:1:0 chr10 82095968 . T G 436.22 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.882;QD=54.5272;RBI=0.0229033;REFB=-0.187392;REVB=0.00615969;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.510198;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000498137;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:24:7:0:0:24:7:0:1 chr10 82192713 . T A 86.77 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0158799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.118;QD=12.8546;RBI=0.0232119;REFB=-0.00824329;REVB=-0.0169299;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146881;STB=0.586057;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0308627;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:11:5:5:6:11:5 chr10 82363340 . C A 581.09 PASS AF=0.424837;AO=65;DP=153;FAO=65;FDP=153;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-9.22228e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.025;QD=15.192;RBI=0.015868;REFB=-0.0192905;REVB=-0.0158677;RO=87;SAF=24;SAR=41;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120067;STB=0.570961;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0250027;OID=.;OPOS=82363340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:87:88:65:65:0.424837:41:24:42:45:41:24:43:45 chr10 82363404 . A G 623.49 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0429502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6544;QD=18.3379;RBI=0.0438117;REFB=-0.0256899;REVB=-0.00864549;RO=72;SAF=27;SAR=37;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219897;STB=0.512197;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0210148;OID=.;OPOS=82363404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:72:72:64:64:0.470588:37:27:32:40:37:27:32:40 chr10 82369219 . T A 338.5 PASS AF=0.467532;AO=34;DP=74;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0202639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4865;QD=17.5844;RBI=0.078745;REFB=-0.0418312;REVB=0.076093;RO=40;SAF=21;SAR=13;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00751216;STB=0.514533;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0431417;OID=.;OPOS=82369219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:40:41:34:36:0.467532:13:21:25:15:15:21:25:16 chr10 84745256 . C T 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8602;QD=63.5794;RBI=0.0663005;REFB=0;REVB=0.00846683;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100012;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr10 85960395 . A G 753.7 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.386;QD=54.8143;RBI=0.0383831;REFB=0.0214113;REVB=0.0365847;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209328;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-1.00875e-05;OID=.;OPOS=85960395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:31:22:1:0:32:22:1:0 chr10 85972043 . A G 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=0.011484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.111;QD=6.80611;RBI=0.0858231;REFB=-0.00820734;REVB=-0.0850513;RO=27;SAF=7;SAR=2;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670003;STB=0.541967;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0291232;OID=.;OPOS=85972043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:2:7:22:5:2:7:22:5 chr10 85974236 . T C 1720.11 PASS AF=0.982906;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0453636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.368;QD=58.8072;RBI=0.0468182;REFB=1.00849e-05;REVB=0.0115797;RO=2;SAF=61;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115422;STB=0.500673;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=3.2455e-05;OID=.;OPOS=85974236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:117:2:2:114:115:0.982906:53:61:1:1:53:62:1:1 chr10 85978939 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.048;QD=60.7161;RBI=0.0127266;REFB=0;REVB=-0.00109607;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05056e-05;OID=.;OPOS=85978939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr10 85981801 . T G 603.71 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.068;QD=60.3714;RBI=0.0466753;REFB=0;REVB=0.0217829;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57866e-05;OID=.;OPOS=85981801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:36:40:1:28:8:0:0:29:11:0:0 chr10 85981842 . A G 263.57 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.183;QD=50.2029;RBI=0.104783;REFB=0;REVB=0.104708;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00433607;OID=.;OPOS=85981842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:7:12:0:0:8:13:0:0 chr10 85981889 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.586;QD=49.5991;RBI=0.0558972;REFB=0;REVB=-0.00450301;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029248;OID=.;OPOS=85981889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:9:9:0:0 chr10 85984323 . G A 784.88 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1832;QD=57.0824;RBI=0.0205671;REFB=0;REVB=-0.0054329;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287413;OID=.;OPOS=85984323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr10 85984423 . C T 876.98 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00303419;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.262;QD=54.811;RBI=0.0372702;REFB=-0.0364016;REVB=0.0371465;RO=2;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336837;STB=0.517236;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000231498;OID=.;OPOS=85984423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:61:62:0.96875:27:34:0:2:28:34:0:2 chr10 85984444 . T G 412.77 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00258533;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.221;QD=23.9288;RBI=0.0188712;REFB=-0.000125764;REVB=-0.0186933;RO=29;SAF=23;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713204;STB=0.539174;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.000840669;OID=.;OPOS=85984444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:17:23:14:15:17:23:14:15 chr10 85984723 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000457479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.235;QD=59.3227;RBI=0.0120408;REFB=0;REVB=0.0120321;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29337e-05;OID=.;OPOS=85984723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr10 85992478 . T C 431.05 PASS AF=0.530864;AO=40;DP=78;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.000462608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.625;QD=21.2863;RBI=0.043385;REFB=-0.0260557;REVB=0.0433826;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434276;STB=0.537807;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.027696;OID=.;OPOS=85992478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:38:38:40:43:0.530864:23:17:18:20:26:17:18:20 chr10 85992511 . T C 425.41 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0372867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3999;QD=18.9071;RBI=0.0420294;REFB=-0.00675202;REVB=-0.019395;RO=45;SAF=13;SAR=30;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206056;STB=0.616953;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00984006;OID=.;OPOS=85992511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:47:43:43:0.477778:30:13:23:22:30:13:24:23 chr10 85993836 . A G 523.8 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267802;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.11;QD=59.8628;RBI=0.0283047;REFB=0;REVB=0.00916409;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55868e-05;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr10 85993910 . G A 738.66 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.286;QD=56.8196;RBI=0.109145;REFB=0;REVB=0.105209;RO=1;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807643;OID=.;OPOS=85993910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:1:0:47:52:1:33:14:0:1:38:14:0:0 chr10 85997105 . G T 727.24 PASS AF=0.542636;AO=70;DP=129;FAO=70;FDP=129;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0784714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.968;QD=22.5502;RBI=0.0798033;REFB=-0.00374332;REVB=0.0145193;RO=59;SAF=30;SAR=40;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626056;STB=0.534237;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00362519;OID=.;OPOS=85997105;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:59:59:70:70:0.542636:40:30:21:38:40:30:21:38 chr10 85997250 . G A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.010197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.847;QD=16.1188;RBI=0.038447;REFB=-0.0165595;REVB=0.0370701;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290625;STB=0.610921;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0167976;OID=.;OPOS=85997250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:10:13:12:12:0.48:8:4:7:3:8:4:7:6 chr10 86004873 . T C 604.7 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028412;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.654;QD=62.0207;RBI=0.0289292;REFB=0;REVB=-0.00544557;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76357e-05;OID=.;OPOS=86004873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:39:0:0:40:39:1:23:17:0:0:23:16:0:0 chr10 86012713 . C T 275.11 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.00122816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.812;QD=15.4992;RBI=0.0087871;REFB=-0.00420645;REVB=0.00870085;RO=40;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665141;STB=0.537464;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00633891;OID=.;OPOS=86012713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:19:12:13:27:19:12:13:27 chr10 86017740 . C T 601.95 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.000866347;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5723;QD=26.1719;RBI=0.0978942;REFB=-0.0230951;REVB=0.0978904;RO=39;SAF=30;SAR=24;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150023;STB=0.587498;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0166132;OID=.;OPOS=86017740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:39:38:54:54:0.586957:24:30:14:25:24:30:13:25 chr10 86274871 . C T 2771.46 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.747;QD=62.6319;RBI=0.0225921;REFB=0;REVB=0.0188986;RO=0;SAF=79;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31254e-05;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:98:79:0:0:98:79:0:0 chr10 87359435 . A C 211.33 PASS AF=0.466667;AO=16;DP=43;FAO=21;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0378815;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=242.356;QD=18.7846;RBI=0.0389323;REFB=-0.025635;REVB=-0.00898413;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23871;STB=0.556908;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0187423;OID=.;OPOS=87359435;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:17:24:16:21:0.466667:9:7:12:5:11:10:14:10 chr10 87359826 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0126784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.531;QD=13.4859;RBI=0.0185625;REFB=-0.0370402;REVB=0.0135582;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281248;STB=0.666296;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0401067;OID=.;OPOS=87359826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:7:4:6:3:7:4 chr10 88126072 . G A 368.7 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0175831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6438;QD=30.0981;RBI=0.0224601;REFB=-0.00514806;REVB=0.0139746;RO=18;SAF=10;SAR=21;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898428;STB=0.549386;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00431856;OID=.;OPOS=88126072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:21:10:8:10:21:10:8:10 chr10 88203068 . T C 772.59 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.606;QD=61.8068;RBI=0.0979076;REFB=-0.0718668;REVB=0.0950273;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.508193;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00179158;OID=.;OPOS=88203068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:19:30:0:0:19:30:1:0 chr10 88248288 . T C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00322917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.842;QD=17.6437;RBI=0.0340338;REFB=0.0220765;REVB=0.0338802;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038662;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0149242;OID=.;OPOS=88248288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:9:9:0.5625:4:5:3:3:4:5:4:3 chr10 88422116 . C T 647.51 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0244112;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.35;QD=18.2396;RBI=0.0288371;REFB=-0.0103701;REVB=0.0153515;RO=71;SAF=28;SAR=38;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038597;STB=0.526855;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0122049;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:71:76:66:66:0.464789:38:28:33:38:38:28:36:40 chr10 88422151 . C A 823.52 PASS AF=0.532468;AO=81;DP=153;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.04251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.104;QD=21.3901;RBI=0.0431815;REFB=-0.0155323;REVB=0.00758523;RO=71;SAF=37;SAR=44;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309822;STB=0.516413;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0119077;OID=.;OPOS=88422151;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:71:72:81:82:0.532468:44:37:35:36:45:37:35:37 chr10 88439193 . G A 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00135402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.469;QD=15.7728;RBI=0.00683521;REFB=-0.0244469;REVB=-0.00669976;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120022;STB=0.559955;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0260266;OID=.;OPOS=88439193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:16:11:17:15:16:11:17:16 chr10 88505700 . T G 1132.52 PASS AF=1;AO=67;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.168;QD=60.4011;RBI=0.0306751;REFB=0;REVB=0.030471;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277637;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:67:75:1:22:45:0:0:27:48:0:0 chr10 88635779 . C A 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2951;QD=60.6061;RBI=0.0336287;REFB=0;REVB=-0.0322272;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000554896;OID=.;OPOS=88635779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr10 88683890 . T A 495.08 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119897;FXX=0.0571265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.106;QD=60.0099;RBI=0.0132927;REFB=0;REVB=-0.00573965;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134771;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr10 88702350 . G C 366.68 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7433;QD=54.3228;RBI=0.107609;REFB=0;REVB=0.0559389;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00509799;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr10 88717140 . T A 1508.17 PASS AF=1;AO=97;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00863654;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.105;QD=59.7295;RBI=0.0664069;REFB=0;REVB=0.0658429;RO=0;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156285;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:97:101:1:37:60:0:0:41:60:0:0 chr10 88717154 . C T 398.41 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00270019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.609;QD=13.0627;RBI=0.00399463;REFB=-0.0170967;REVB=0.00294382;RO=69;SAF=28;SAR=19;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124874;STB=0.595704;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0286147;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:75:47:47:0.385246:19:28:33:36:19:28:33:42 chr10 88730106 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4893;QD=51.1816;RBI=0.103482;REFB=0;REVB=0.0991547;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226334;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:19:1:0:0:19:1:0:0 chr10 88730177 . A G 207.27 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.875;QD=48.7688;RBI=0.117239;REFB=0;REVB=0.110725;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323808;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:11:3:0:0:14:3:0:0 chr10 88730312 . T C 731.62 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7237;QD=60.9686;RBI=0.0354192;REFB=-0.0213176;REVB=0.0253795;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.50943;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00431102;OID=.;OPOS=88730312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:25:21:0:1:26:21:0:1 chr10 88768253 . A G 1368.84 PASS AF=0.978723;AO=87;DP=89;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0517813;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9417;QD=58.2485;RBI=0.0636907;REFB=-0.12936;REVB=0.0370838;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.510867;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00384049;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:94:0:2:87:92:0.978723:45:42:0:0:45:47:0:2 chr10 88768657 . C T 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.993;QD=58.5994;RBI=0.0326841;REFB=0;REVB=-0.021942;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78498e-05;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr10 88782084 . A G 61.09 PASS AF=0.225;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.010551;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0207;QD=6.10895;RBI=0.135072;REFB=-0.0186039;REVB=-0.134659;RO=32;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253316;STB=0.651856;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0538246;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:41:40:32:31:9:9:0.225:4:5:11:21:4:5:11:20 chr10 88820789 . T C 724.9 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.113411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.106;QD=54.7091;RBI=0.115538;REFB=-0.195615;REVB=0.0220678;RO=1;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241422;STB=0.512816;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00252214;OID=.;OPOS=88820789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:19:33:0:1:19:33:0:1 chr10 88939962 . T C 540.98 PASS AF=0.439394;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0122518;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.651;QD=16.3932;RBI=0.0126855;REFB=-0.0147012;REVB=0.00328851;RO=73;SAF=19;SAR=39;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239993;STB=0.631022;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0140626;OID=.;OPOS=88939962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:74:58:58:0.439394:39:19:41:32:39:19:41:33 chr10 88992641 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.264;QD=35.5759;RBI=0.0319167;REFB=0;REVB=0.0146833;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415456;OID=.;OPOS=88992641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr10 89267957 . C T 335.29 PASS AF=0.347107;AO=42;DP=121;FAO=42;FDP=121;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00509837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.378;QD=11.0838;RBI=0.0266125;REFB=-0.00442809;REVB=-0.0261196;RO=79;SAF=19;SAR=23;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613691;STB=0.535289;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00849997;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:79:79:42:42:0.347107:23:19:40:39:23:19:40:39 chr10 89420789 . A G 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.110046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.266;QD=17.2392;RBI=0.110069;REFB=-0.0130755;REVB=-0.00228004;RO=47;SAF=9;SAR=30;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346654;STB=0.695717;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0116657;OID=.;OPOS=89420789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:30:9:26:21:30:9:26:21 chr10 89720907 . T G 3004.7 PASS AF=1;AO=189;DP=192;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303363;FXX=0.0104161;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8209;QD=63.2569;RBI=0.0303865;REFB=-0.0920934;REVB=-0.00174662;RO=1;SAF=67;SAR=122;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705376;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68914e-05;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:192:190:1:0:189:190:1:122:67:1:0:122:68:0:0 chr10 89725861 . C T 33.39 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0278304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.416;QD=1.64909;RBI=0.111791;REFB=0.00109138;REVB=-0.108272;RO=72;SAF=3;SAR=5;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12973;STB=0.59537;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0160569;OID=.;OPOS=89725861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:72:73:8:8:0.0987654:5:3:35:37:5:3:35:38 chr10 90305177 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0202096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.016;QD=12.7388;RBI=0.0463872;REFB=-0.00734234;REVB=-0.0417534;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594079;STB=0.535622;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00861115;OID=.;OPOS=90305177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:7:3:2:6:7:3 chr10 90345429 . G A 1120.28 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0766874;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7283;QD=60.5556;RBI=0.0768865;REFB=0;REVB=0.00552971;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000611248;OID=.;OPOS=90345429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:25:49:0:0:25:49:0:0 chr10 90356598 . A G 1890.13 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=127;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100019;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.936;QD=60.0042;RBI=0.0107417;REFB=-0.0315178;REVB=0.00391737;RO=2;SAF=29;SAR=95;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031636;STB=0.508195;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-3.6258e-05;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:127:126:2:1:124:125:0.992063:95:29:2:0:95:30:1:0 chr10 90425327 . T C 356.39 PASS AF=0.405405;AO=33;DP=116;FAO=45;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0117374;FXX=0.0430997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.603;QD=12.8428;RBI=0.0140509;REFB=-0.0073243;REVB=0.00772413;RO=66;SAF=18;SAR=15;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869384;STB=0.542416;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0155896;OID=.;OPOS=90425327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:111:66:66:33:45:0.405405:15:18:31:35:27:18:31:35 chr10 90433345 . T A 484.29 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0198401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.443;QD=23.6241;RBI=0.0201295;REFB=-0.0126906;REVB=-0.003401;RO=36;SAF=24;SAR=22;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139588;STB=0.576438;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00780937;OID=.;OPOS=90433345;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:22:24:25:11:22:24:25:11 chr10 90438207 . A G 505.42 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00922514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.602;QD=22.7154;RBI=0.014367;REFB=-0.0187994;REVB=0.011014;RO=40;SAF=28;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281728;STB=0.510552;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0152773;OID=.;OPOS=90438207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:41:48:48:0.539326:20:28:22:18:20:28:23:18 chr10 90490921 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0292021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.375;QD=14.5586;RBI=0.0299986;REFB=-0.00464633;REVB=-0.0068669;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110524;STB=0.562766;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0068297;OID=.;OPOS=90490921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:15:20:12:14:15:20 chr10 90503075 . T C 278.11 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00163876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.858;QD=14.2619;RBI=0.0103838;REFB=-0.00484469;REVB=-0.0102537;RO=46;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130731;STB=0.564063;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00812351;OID=.;OPOS=90503075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:46:46:31:32:0.410256:15:16:18:28:16:16:18:28 chr10 90512306 . G C 152.76 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0652568;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0039;QD=11.529;RBI=0.0654606;REFB=-0.00161742;REVB=0.00516131;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061122;STB=0.535677;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00249414;OID=.;OPOS=90512306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:34:34:19:19:0.358491:10:9:18:16:10:9:18:16 chr10 90524237 . T C 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00398255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.543;QD=17.5647;RBI=0.0359723;REFB=-0.0020639;REVB=0.0357512;RO=35;SAF=8;SAR=24;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762054;STB=0.542829;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00286652;OID=.;OPOS=90524237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:24:8:11:24:24:8:11:24 chr10 90537942 . C T 456.41 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=131;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0550184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9;QD=13.9362;RBI=0.0562678;REFB=0.00237158;REVB=0.0117915;RO=79;SAF=23;SAR=29;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148611;STB=0.583861;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00744225;OID=.;OPOS=90537942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:79:79:52:52:0.396947:29:23:46:33:29:23:46:33 chr10 90681048 . C T 190.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0103178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.818;QD=15.2553;RBI=0.0105217;REFB=-0.0123037;REVB=0.00206126;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529296;STB=0.530458;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0237453;OID=.;OPOS=90681048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:9:11:18:12:9:11:18:12 chr10 90771829 . T C 563.46 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0564183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2221;QD=57.7906;RBI=0.0595005;REFB=-0.0414983;REVB=-0.0189017;RO=1;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164445;STB=0.508767;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.001788;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:28:10:0:1:28:10:0:1 chr10 90966546 . C T 69.04 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00193958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.447;QD=6.73513;RBI=0.0450979;REFB=-0.00816918;REVB=-0.0450561;RO=31;SAF=8;SAR=2;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339417;STB=0.718621;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0563249;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:41:41:31:31:10:10:0.243902:2:8:17:14:2:8:17:14 chr10 90966996 . C G 169.43 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0183923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.448;QD=16.5297;RBI=0.0424568;REFB=-0.0387523;REVB=-0.0382662;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465867;STB=0.526731;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0370105;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:11:7:10:13:11:7:10:13 chr10 91066460 . T A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.893;QD=61.8526;RBI=0.0149914;REFB=0;REVB=-0.0114793;RO=0;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22657e-06;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:53:30:0:0:53:30:0:0 chr10 91066769 . C A 1156.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142249;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.398;QD=60.8922;RBI=0.0177139;REFB=0;REVB=-0.0105562;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87985e-05;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:77:76:1:48:29:0:0:48:28:0:0 chr10 91067595 . C G 1827.24 PASS AF=1;AO=107;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.39;QD=61.4197;RBI=0.0241579;REFB=0;REVB=0.00299043;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103268;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:107:119:1:54:53:0:0:56:63:0:0 chr10 91099943 . C G 867.02 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.363;QD=57.8012;RBI=0.0267945;REFB=0;REVB=0.0256666;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10398e-05;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:28:32:0:0 chr10 91100068 . C A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00959009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.517;QD=24.0663;RBI=0.0185123;REFB=-0.0293594;REVB=0.0158347;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170403;STB=0.594888;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0216368;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:9:7:2:8:9:7:2:8 chr10 91143255 . A C 403.2 PASS AF=0.6;AO=38;DP=64;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00734489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=331.111;QD=24.8126;RBI=0.011812;REFB=-0.00287192;REVB=-0.00925069;RO=26;SAF=21;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190927;OID=.;OPOS=91143255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:26:26:38:39:0.6:17:21:14:12:18:21:14:12 chr10 91143529 . T A 476.46 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0188507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.95;QD=18.6846;RBI=0.0254604;REFB=-0.0354107;REVB=-0.0171138;RO=49;SAF=23;SAR=27;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102965;STB=0.558941;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0421721;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:52:50:50:0.490196:27:23:17:32:27:23:18:34 chr10 91162497 . A G 731.36 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00012048;FXX=0.0212721;HRUN=6;LEN=1;MLLD=289;QD=63.5962;RBI=0.00792098;REFB=0;REVB=0.00792006;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72427e-06;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:47:46:1:34:13:0:0:33:13:0:0 chr10 91162677 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0129513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1498;QD=19.1096;RBI=0.0536277;REFB=-0.0348941;REVB=-0.0520403;RO=26;SAF=21;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348567;STB=0.696525;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0168393;OID=.;OPOS=91162677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:6:21:11:15:6:21:11:15 chr10 91172555 . AAG A,AA 114.44 PASS AF=0.105263,0.578947;AO=5,7;DP=19;FAO=2,11;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=1,8;FSAR=1,3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0304254,0.0321163;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=256.564,266.337;QD=24.0917;RBI=0.0496663,0.0600181;REFB=-0.00882219,-0.00592194;REVB=0.039256,0.0507023;RO=6;SAF=4,4;SAR=1,3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.158244,-0.0767769;STB=0.623829,0.526267;STBP=0.784,0.819;TYPE=del,del;VARB=-0.0150625,0.00764607;OID=.,.;OPOS=91172556,91172557;OREF=AG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.105263,0.578947:5,7:19:2,11:19:6:1,8:1,3:4:2:40:6:4,4:1,3:4:2 chr10 91178000 . C T 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00304009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.583;QD=26.3057;RBI=0.0136516;REFB=-0.0182943;REVB=-0.0133088;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428632;STB=0.523787;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00917451;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:11:10:7:6:11:10:7:6 chr10 91179138 . C A 366.15 PASS AF=0.432203;AO=3;DP=68;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0640811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.166;QD=12.4117;RBI=0.0643689;REFB=-0.0142579;REVB=0.00607955;RO=63;SAF=3;SAR=0;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426447;STB=0.570226;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0227945;OID=.;OPOS=91179138;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:118:63:67:3:51:0.432203:0:3:32:31:19:32:34:33 chr10 91222287 . A C 355.48 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0310156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0953;QD=17.1318;RBI=0.0349585;REFB=-0.0140375;REVB=-0.0161285;RO=45;SAF=11;SAR=26;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136431;STB=0.563602;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0180246;OID=.;OPOS=91222287;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:45:45:37:38:0.457831:26:11:19:26:26:12:19:26 chr10 91343930 . TTA T,TTT 230.6 PASS AF=0.771429,0;AO=15,5;DP=41;FAO=27,0;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=6,0;FSAR=21,0;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.287465,-0.155226;FXX=0.0789266;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=15.3234,7.27224;QD=26.3545;RBI=0.290729,0.16204;REFB=-0.131513,0.0820889;REVB=-0.0434448,0.0464962;RO=15;SAF=2,0;SAR=13,5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.204677,-0.652156;STB=0.53331,0.5;STBP=0.601,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0544919,0;OID=.,.;OPOS=91343931,91343932;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.771429,0:15,5:41:27,0:35:8:6,0:21,0:1:7:27:15:2,0:13,5:4:11 chr10 91352966 . G A 2267.31 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.346;QD=63.4213;RBI=0.0434774;REFB=0;REVB=0.0372381;RO=0;SAF=68;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13135e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99142e-05;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:75:68:0:0:75:68:0:0 chr10 91468925 . C G 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0357059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.257;QD=16.1044;RBI=0.0361048;REFB=-0.00750523;REVB=-0.00535224;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241845;STB=0.624856;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0138982;OID=.;OPOS=91468925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:7:10:7:14:7:10:8:14 chr10 91470834 . A C 82.28 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0708744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8158;QD=8.89492;RBI=0.0736428;REFB=-0.0128423;REVB=0.0200023;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128107;STB=0.577753;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0454563;OID=.;OPOS=91470834;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:6:5:9:17:6:5:9:17 chr10 91487649 . A T 236.98 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00063869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5187;QD=13.7381;RBI=0.0184292;REFB=-0.0229696;REVB=-0.0184181;RO=39;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144805;STB=0.565172;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.043605;OID=.;OPOS=91487649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:41:28:28:0.405797:14:14:14:25:14:14:16:25 chr10 91488979 . A T 446.17 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00555031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.345;QD=20.7519;RBI=0.00634778;REFB=-0.0131556;REVB=0.00308031;RO=41;SAF=14;SAR=30;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201026;STB=0.606691;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00834151;OID=.;OPOS=91488979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:42:44:44:0.511628:30:14:22:19:30:14:22:20 chr10 91497207 . A G 579.71 PASS AF=0.373626;AO=68;DP=182;FAO=68;FDP=182;FR=.;FRO=114;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=76;FWDB=0.0216048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.686;QD=12.7408;RBI=0.0216363;REFB=-0.00304008;REVB=0.00116711;RO=114;SAF=31;SAR=37;SRF=38;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138992;STB=0.578412;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00574065;OID=.;OPOS=91497207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:114:114:68:68:0.373626:37:31:38:76:37:31:38:76 chr10 91497912 . A G 310.48 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.01881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3792;QD=16.3409;RBI=0.0273754;REFB=-0.0229626;REVB=0.0198896;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233865;STB=0.51315;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0330601;OID=.;OPOS=91497912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:17:17:22:20:17:17:22:20 chr10 91498127 . T C 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0295;QD=57.0985;RBI=0.0533967;REFB=0;REVB=0.000256859;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378728;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr10 91503627 . G C 147.66 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0350812;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9554;QD=16.4065;RBI=0.0372981;REFB=-0.00493554;REVB=0.0126671;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787552;STB=0.535668;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0485637;OID=.;OPOS=91503627;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:12:4:6:13:12:4:6:14 chr10 91738556 . C A 2148.02 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0116437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4721;QD=61.3719;RBI=0.0492258;REFB=-0.00286659;REVB=-0.0478289;RO=1;SAF=78;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605659;STB=0.500947;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-7.90467e-05;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:1:2:138:138:0.985714:60:78:1:0:60:78:1:1 chr10 91923501 . G A 1414.03 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111792;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.865;QD=62.8456;RBI=0.013625;REFB=0;REVB=-0.00778882;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6023e-05;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:40:50:0:0 chr10 92503619 . T C 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00911248;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.341;QD=17.9912;RBI=0.0132299;REFB=-0.0196645;REVB=-0.0095913;RO=30;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154234;STB=0.586673;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0305961;OID=.;OPOS=92503619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:30:30:29:29:0.491525:9:20:16:14:9:20:16:14 chr10 92639873 . T C 37.76 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00148898;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.274;QD=2.15762;RBI=0.0113981;REFB=-0.0111188;REVB=0.0113004;RO=58;SAF=1;SAR=7;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495531;STB=0.854022;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.103978;OID=.;OPOS=92639873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:72:70:58:62:8:8:0.114286:7:1:31:27:7:1:31:31 chr10 93608142 . G A 265.39 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0108933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.574;QD=17.9922;RBI=0.0121578;REFB=-0.0165598;REVB=0.0053988;RO=29;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947273;STB=0.559768;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0143292;OID=.;OPOS=93608142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:30:29:29:0.491525:16:13:10:19:16:13:10:20 chr10 93667635 . C T 686.08 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0502367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.901;QD=58.3902;RBI=0.0521173;REFB=-0.0766442;REVB=0.0138741;RO=2;SAF=32;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203286;STB=0.510828;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000837519;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:45:45:0.957447:13:32:1:1:13:32:1:1 chr10 93841227 . A G 1208.87 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.869;QD=61.2086;RBI=0.125566;REFB=0;REVB=0.0356407;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318881;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr10 93999850 . A G 165.89 PASS AF=1;AO=7;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204503;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.419;QD=47.3982;RBI=0.190528;REFB=0;REVB=0.189427;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208187;OID=.;OPOS=93999850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:7:14:1:1:6:0:0:8:6:0:0 chr10 94695617 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.796;QD=63.583;RBI=0.0262232;REFB=0;REVB=0.0246688;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76756e-05;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr10 95072906 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.142;QD=62.4653;RBI=0.0235158;REFB=0;REVB=0.00231655;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29556e-05;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:57:30:0:0:57:30:0:0 chr10 95083039 . C T 1558.89 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162615;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.018;QD=58.826;RBI=0.0334257;REFB=0.00211966;REVB=-0.0292035;RO=1;SAF=21;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056839;STB=0.502958;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.000147374;OID=.;OPOS=95083039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:1:1:104:105:0.990566:83:21:0:1:84:21:0:1 chr10 95168634 . A G 497.33 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0242766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2081;QD=19.1281;RBI=0.0374023;REFB=-0.00848178;REVB=-0.0284531;RO=51;SAF=26;SAR=26;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790867;STB=0.548059;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0135212;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:52:52:52:0.5:26:26:30:21:26:26:31:21 chr10 95216623 . A G 936.81 PASS AF=0.930556;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00248939;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=268.282;QD=52.0447;RBI=0.00313348;REFB=-0.117865;REVB=-0.00190306;RO=3;SAF=32;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042261;STB=0.508507;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.000635791;OID=.;OPOS=95216623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:3:5:67:67:0.930556:35:32:3:0:35:32:3:2 chr10 95262981 . A G 648.12 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0560687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.283;QD=57.6106;RBI=0.0985475;REFB=-0.0706053;REVB=0.0810426;RO=2;SAF=22;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040792;STB=0.521729;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00501258;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:21:22:2:0:21:22:2:0 chr10 95276742 . G C 831.11 PASS AF=0.511765;AO=80;DP=165;FAO=87;FDP=170;FR=.;FRO=83;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.00196864;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.144;QD=19.5556;RBI=0.048377;REFB=-0.000116239;REVB=0.0483369;RO=83;SAF=49;SAR=31;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329597;STB=0.521734;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=9.99917e-05;OID=.;OPOS=95276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:170:83:83:80:87:0.511765:31:49:48:35:33:54:48:35 chr10 95279506 . A T 868.0 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.728;QD=57.8667;RBI=0.0278358;REFB=0;REVB=0.0275177;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39555e-05;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr10 95279653 . A G 711.31 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0453436;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9875;QD=54.7162;RBI=0.0565436;REFB=-0.030338;REVB=0.0337807;RO=1;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140577;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00105896;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:33:18:0:1:33:18:0:1 chr10 95381773 . T A 373.61 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0180375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.678;QD=23.3504;RBI=0.0252029;REFB=-0.0122532;REVB=-0.0176022;RO=27;SAF=11;SAR=26;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213465;STB=0.617849;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00728561;OID=.;OPOS=95381773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:26:11:15:12:26:11:15:12 chr10 95389041 . G A 331.46 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00488561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.849;QD=18.6735;RBI=0.00744202;REFB=-0.023348;REVB=-0.00561378;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165478;STB=0.591852;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0116135;OID=.;OPOS=95389041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:17:18:25:11:17:18:25:11 chr10 95389083 . A G 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.000137702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.627;QD=17.5647;RBI=0.00192417;REFB=-0.00501033;REVB=0.00191924;RO=35;SAF=21;SAR=11;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282948;STB=0.515855;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00393173;OID=.;OPOS=95389083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:11:21:22:13:11:21:22:13 chr10 95433124 . A G 97.86 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0104823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.916;QD=24.4656;RBI=0.0352656;REFB=-0.0691435;REVB=0.0336717;RO=4;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295997;STB=0.691974;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0224791;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:15:16:4:5:11:11:0.6875:7:4:4:0:7:4:5:0 chr10 95454681 . G C 310.97 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=-0.00342679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.511;QD=13.9763;RBI=0.0240478;REFB=-0.0166587;REVB=-0.0238024;RO=54;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272468;STB=0.653423;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0207798;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:17:18:14:40:17:18:14:40 chr10 95458141 . A G 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.000268967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.617;QD=14.6505;RBI=0.0135889;REFB=-0.0170026;REVB=-0.0135862;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15915;STB=0.590829;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0306485;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:9:14:14:17:9:14:14:17 chr10 95459817 . C T 1491.62 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4496;QD=63.4732;RBI=0.0158019;REFB=0;REVB=0.0137057;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24067e-05;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:43:50:0:0:43:51:0:0 chr10 95552653 . T C 766.04 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220038;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.3762;QD=63.8365;RBI=0.0309408;REFB=0;REVB=0.0217523;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4909e-06;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr10 95931087 . G T 417.79 PASS AF=0.447619;AO=46;DP=106;FAO=47;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00956617;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.215;QD=15.916;RBI=0.0121902;REFB=-0.00848009;REVB=0.0075557;RO=31;SAF=21;SAR=25;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199889;STB=0.546097;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0112522;OID=.;OPOS=95931087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:31:58:46:47:0.447619:25:21:6:25:25:22:32:26 chr10 96039597 . G C 411.42 PASS AF=0.488372;AO=40;DP=84;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00295839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6937;QD=19.1359;RBI=0.0777004;REFB=-0.0143423;REVB=0.077644;RO=43;SAF=12;SAR=28;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526672;STB=0.546852;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0185832;OID=.;OPOS=96039597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:43:44:40:42:0.488372:28:12:15:28:30:12:16:28 chr10 96058298 . C T 337.27 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00798934;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.5911;QD=17.0772;RBI=0.00901272;REFB=-0.0211375;REVB=0.00417129;RO=43;SAF=21;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111055;STB=0.568111;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0249832;OID=.;OPOS=96058298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:35:36:0.455696:14:21:21:22:14:22:21:22 chr10 96066341 . A G 539.38 PASS AF=0.554348;AO=50;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0472104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.805;QD=23.4514;RBI=0.0480619;REFB=-0.000896043;REVB=0.00900708;RO=42;SAF=26;SAR=24;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229916;STB=0.503208;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.000829884;OID=.;OPOS=96066341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:41:50:51:0.554348:24:26:23:19:24:27:22:19 chr10 96104665 . T G 317.21 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0271114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.026;QD=19.8256;RBI=0.0493769;REFB=-0.0378376;REVB=0.041268;RO=30;SAF=20;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929959;STB=0.556784;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0290385;OID=.;OPOS=96104665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:33:34:0.53125:13:20:15:15:13:21:15:15 chr10 96106240 . G C 167.3 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00680295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.689;QD=11.7401;RBI=0.00680725;REFB=-0.0106684;REVB=-0.000241909;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183728;STB=0.525749;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0182736;OID=.;OPOS=96106240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:36:14:21:0.368421:5:9:14:15:12:9:14:22 chr10 96114835 . G A 164.84 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0325928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6842;QD=21.2695;RBI=0.0341824;REFB=0.00165351;REVB=-0.0103025;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169801;STB=0.577269;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00487598;OID=.;OPOS=96114835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:14:17:17:0.548387:8:9:4:9:8:9:5:9 chr10 96305729 . T C 271.57 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00492952;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.91;QD=16.7117;RBI=0.0149009;REFB=-0.0023047;REVB=0.0140618;RO=33;SAF=8;SAR=22;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332646;STB=0.675316;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000941713;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:35:30:30:0.461538:22:8:20:13:22:8:20:15 chr10 96313960 . A C 442.88 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0135299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.393;QD=16.2526;RBI=0.0137652;REFB=-0.00181092;REVB=-0.00253406;RO=60;SAF=21;SAR=28;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135863;STB=0.575885;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00415493;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:49:49:0.449541:28:21:34:26:28:21:34:26 chr10 97071748 . A AT 143.15 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139717;FXX=0.0555247;HRUN=0;LEN=1;MLLD=176.287;QD=33.6832;RBI=0.0150228;REFB=0;REVB=0.00552069;RO=16;SAF=1;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127296;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00040848;OID=.;OPOS=97071749;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:18:17:17:0:7:10:0:0:3:16:1:1:6:10 chr10 97071749 . C T 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.026102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.703;QD=39.4348;RBI=0.0266919;REFB=0.00642261;REVB=0.00558044;RO=2;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267697;STB=0.514687;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00195481;OID=.;OPOS=97071749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:10:6:1:1:10:6:1:1 chr10 97072040 . A G 669.29 PASS AF=0.945455;AO=50;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0204496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.9764;QD=48.6758;RBI=0.0204531;REFB=-0.0598887;REVB=-0.000376297;RO=2;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291179;STB=0.512363;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0018955;OID=.;OPOS=97072040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:55:55:2:3:50:52:0.945455:27:23:1:1:29:23:2:1 chr10 97106165 . T C 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.1548;QD=58.416;RBI=0.01304;REFB=0;REVB=-0.000517273;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.52766e-05;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr10 97127462 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.993;QD=57.2026;RBI=0.0187235;REFB=0;REVB=-0.0175787;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36292e-05;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr10 97141523 . G A 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.53;QD=60.5469;RBI=0.0319237;REFB=0;REVB=0.0063054;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.55947e-05;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr10 97174164 . A G 1256.17 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000223009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.524;QD=61.2764;RBI=0.0833386;REFB=0;REVB=0.0833384;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131721;OID=.;OPOS=97174164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:69:82:0:0:69:82:1:29:40:0:0:42:40:0:0 chr10 97192324 . A G 2530.42 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00507275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3638;QD=60.9741;RBI=0.0192568;REFB=0.0700503;REVB=0.0185766;RO=1;SAF=91;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520105;STB=0.502732;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000775013;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:166:1:1:165:165:0.993976:74:91:1:0:74:91:1:0 chr10 97447373 . A T 2353.2 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=157;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200505;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.376;QD=60.3384;RBI=0.072744;REFB=-0.000537592;REVB=0.0699261;RO=0;SAF=84;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=7.06276e-05;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:157:156:0:1:154:155:0.99359:70:84:0:0:71:84:0:1 chr10 97626051 . GT G,TG 1616.47 PASS AF=0.931624,0.0683761;AO=18,8;DP=114;FAO=109,8;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=75,0;FSAR=34,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.04539,0.0931697;FXX=0.00847386;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=21.4018,147.317;QD=55.2638;RBI=1.10329,0.095627;REFB=0,0;REVB=0.352704,0.0215391;RO=84;SAF=0,0;SAR=18,8;SRF=75;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.861886,-0.812598;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0239065,0.0556639;OID=.,.;OPOS=97626052,97626051;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:114:117:84:0:18,8:109,8:0.931624,0.0683761:18,8:0,0:75:9:34,8:75,0:0:0 chr10 97698370 . C T 786.07 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.026;QD=64.1688;RBI=0.0353904;REFB=0;REVB=0.0316022;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98455e-05;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:20:26:0:0:20:29:0:0 chr10 97817650 . G T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.962;QD=58.061;RBI=0.0386038;REFB=0;REVB=0.0356268;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120062;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr10 97920062 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.077;QD=57.1063;RBI=0.01509;REFB=0;REVB=0.0050738;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91421e-05;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr10 97920099 . T C,TC 729.57 PASS AF=0,1;AO=2,51;DP=56;FAO=0,54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259057,0.0347319;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.0641,24.1157;QD=54.0422;RBI=0.055208,0.158962;REFB=0,0;REVB=0.0487526,0.155121;RO=3;SAF=1,23;SAR=1,28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.142842,-0.0226901;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00449399;OID=.,.;OPOS=97920099,97920100;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:56:54:3:0:2,51:0,54:0,1:1,28:1,23:2:1:0,30:0,24:0:0 chr10 97990583 . A G 681.4 PASS AF=1;AO=29;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.907;QD=61.9456;RBI=0.109828;REFB=0;REVB=0.0964329;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116254;OID=.;OPOS=97990583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:29:44:1:11:18:0:0:25:19:0:0 chr10 98078127 . C T 1006.24 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0142942;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.576;QD=57.4995;RBI=0.0243587;REFB=0.00198419;REVB=0.0197236;RO=2;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325639;STB=0.508472;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000157057;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:2:1:68:69:0.985714:28:40:0:2:29:40:0:1 chr10 98078239 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1497;QD=59.855;RBI=0.0403939;REFB=0;REVB=0.0384735;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414579;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr10 98281330 . G A 273.88 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.037668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4585;QD=15.2157;RBI=0.0376904;REFB=-0.0160632;REVB=-0.00129859;RO=41;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383743;STB=0.521725;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0181055;OID=.;OPOS=98281330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:20:11:16:25:20:11:16:25 chr10 98287261 . G C 278.21 PASS AF=0.727273;AO=9;DP=29;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00523714;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=180.148;QD=33.7221;RBI=0.00995044;REFB=-0.0317691;REVB=-0.00846071;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080744;STB=0.510196;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00827406;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:29:33:1:9:9:24:0.727273:4:5:1:0:18:6:2:7 chr10 98287792 . G T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00306928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.762;QD=19.7024;RBI=0.0240592;REFB=-0.0233327;REVB=-0.0238626;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131511;STB=0.574382;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0214872;OID=.;OPOS=98287792;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:6:10:8:9:6:10 chr10 98319495 . TAAAAAAAA TAAAAAAAT,TAAAAA 205.19 PASS AF=0.292683,0.390244;AO=8,6;DP=43;FAO=12,16;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=3,14;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=-0.0670329,-0.0638427;FXX=0.0681663;HRUN=8,8;LEN=1,3;MLLD=11.4701,18.7426;QD=20.0184;RBI=0.131766,0.0646465;REFB=-0.0599201,-0.0382146;REVB=0.113441,-0.0101623;RO=9;SAF=1,6;SAR=7,0;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.348018,0.840898;STB=0.709438,0.881887;STBP=0.17,0.001;TYPE=snp,del;VARB=-0.0185096,0.0744737;OID=.,.;OPOS=98319503,98319496;OREF=A,AAA;OALT=T,-;OMAPALT=TAAAAAAAT,TAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.292683,0.390244:8,6:43:12,16:41:13:3,14:9,2:0:13:97:9:1,6:7,0:0:9 chr10 98353421 . A G 301.28 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00342606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9445;QD=16.7376;RBI=0.0140729;REFB=-0.0230567;REVB=-0.0136495;RO=39;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181677;STB=0.510198;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0277226;OID=.;OPOS=98353421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:18:15:17:22:18:15:17:22 chr10 98354373 . T C 206.62 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0754475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5697;QD=13.1185;RBI=0.0763224;REFB=0.0223806;REVB=0.0115237;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903866;STB=0.551683;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.045234;OID=.;OPOS=98354373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:13:12:15:23:13:12:15:23 chr10 98369536 . A G 294.65 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0134071;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.584;QD=19.9763;RBI=0.0370136;REFB=-0.0134089;REVB=-0.0345001;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047336;STB=0.526299;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0181825;OID=.;OPOS=98369536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:15:16:16:12:15:16:16:12 chr10 98380137 . T C 212.25 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.016436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.391;QD=12.3043;RBI=0.0202163;REFB=-0.00366147;REVB=-0.0117711;RO=42;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183594;STB=0.611823;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00630449;OID=.;OPOS=98380137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:11:15:17:25:11:15:17:26 chr10 98380277 . C T 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.020162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8165;QD=22.6;RBI=0.0202678;REFB=0.0083528;REVB=0.00206889;RO=20;SAF=4;SAR=19;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419515;STB=0.737632;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00284347;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:19:4:12:8:19:4:12:8 chr10 98386558 . G A 1393.17 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0128664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4374;QD=60.5726;RBI=0.012886;REFB=-0.116659;REVB=-0.000710203;RO=2;SAF=45;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205972;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0018751;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:92:2:1:90:91:0.98913:45:45:2:0:45:46:1:0 chr10 98469507 . C A 245.82 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0579636;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.202;QD=22.8667;RBI=0.0581121;REFB=-0.00508076;REVB=-0.00415223;RO=20;SAF=18;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28037;STB=0.658385;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0107416;OID=.;OPOS=98469507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:20:23:23:0.534884:5:18:10:10:5:18:10:10 chr10 98469693 . C T 629.8 PASS AF=0.445161;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=61;FSRR=25;FWDB=0.0201771;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.861;QD=16.2529;RBI=0.0369582;REFB=-0.000661164;REVB=-0.0309644;RO=87;SAF=46;SAR=23;SRF=62;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528982;STB=0.527086;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.000598212;OID=.;OPOS=98469693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:87:86:69:69:0.445161:23:46:62:25:23:46:61:25 chr10 98741293 . A G 253.18 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0284331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.154;QD=19.1076;RBI=0.0285349;REFB=-0.00693937;REVB=0.002408;RO=26;SAF=20;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389372;STB=0.718225;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0123871;OID=.;OPOS=98741293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:7:20:8:18:7:20:8:18 chr10 98742021 . C T 239.26 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=0.0396254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1663;QD=14.2839;RBI=0.0602868;REFB=-0.0128248;REVB=0.0454349;RO=38;SAF=20;SAR=8;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135646;STB=0.560399;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0207964;OID=.;OPOS=98742021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:8:20:31:7:8:20:31:8 chr10 98742605 . C T 282.33 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0235298;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.171;QD=19.4712;RBI=0.0245275;REFB=-0.0160887;REVB=-0.0069243;RO=29;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512753;STB=0.54012;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0110286;OID=.;OPOS=98742605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:28:30:30:0.517241:18:12:10:19:18:12:9:19 chr10 98806512 . G C 699.97 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0616139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2191;QD=50.9069;RBI=0.0639721;REFB=0.0184031;REVB=0.0172094;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513547;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00619713;OID=.;OPOS=98806512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:0:3:52:52:0.945455:30:22:0:0:30:22:2:1 chr10 98808866 . C G 810.63 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023331;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.244;QD=56.8862;RBI=0.00234252;REFB=0;REVB=0.000209925;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07439e-05;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:37:19:0:0:38:19:0:0 chr10 98819317 . A G 399.06 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0220385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.689;QD=21.8661;RBI=0.0220806;REFB=-0.0123061;REVB=-0.00136374;RO=33;SAF=11;SAR=28;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801104;STB=0.533316;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00860546;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:39:40:0.547945:28:11:12:21:28:12:12:21 chr10 98901432 . TCGTATTGTATCGTATCGTATCGTATCGTATTGTATTGTACTGTATTGTATTGTAC T 50.0 PASS AO=31;DP=198;LEN=55;RO=167;SAF=18;SAR=15;SRF=60;SRR=105;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=98901433;OREF=CGTATTGTATCGTATCGTATCGTATCGTATTGTATTGTACTGTATTGTATTGTAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:198:167:31:15:18:60:105 chr10 98901433 . C T 2639.67 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9101;QD=62.11;RBI=0.0241657;REFB=0;REVB=-0.0177648;RO=0;SAF=67;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09052e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63186e-05;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:169:170:1:102:67:0:0:103:67:0:0 chr10 98901438 . T C 153.53 PASS AF=0.164773;AO=14;DP=176;FAO=29;FDP=176;FR=.,HEALED;FRO=147;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=61;FSRR=86;FWDB=-0.0278531;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.228;QD=3.48929;RBI=0.0294839;REFB=-0.012275;REVB=0.00966976;RO=129;SAF=7;SAR=7;SRF=43;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203819;STB=0.664177;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0563562;OID=.;OPOS=98901438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:176:176:129:147:14:29:0.164773:7:7:43:86:22:7:61:86 chr10 98901463 . T C 116.28 PASS AF=0.134021;AO=26;DP=194;FAO=26;FDP=194;FR=.;FRO=168;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=103;FWDB=-0.0346555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.17;QD=2.39749;RBI=0.0350836;REFB=-0.00959626;REVB=0.00546398;RO=168;SAF=10;SAR=16;SRF=65;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00305186;STB=0.50209;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.044694;OID=.;OPOS=98901463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:168:168:26:26:0.134021:16:10:65:103:16:10:65:103 chr10 98901472 . C T 66.11 PASS AF=0.0974359;AO=19;DP=195;FAO=19;FDP=195;FR=.;FRO=176;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=72;FSRR=104;FWDB=-0.0514897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0306;QD=1.35618;RBI=0.0880731;REFB=-0.00702396;REVB=-0.071454;RO=171;SAF=4;SAR=15;SRF=72;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278242;STB=0.70521;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.100421;OID=.;OPOS=98901472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:195:195:171:176:19:19:0.0974359:15:4:72:99:15:4:72:104 chr10 98901477 . T C 48.46 PASS AF=0.0824742;AO=16;DP=193;FAO=16;FDP=194;FR=.;FRO=178;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=73;FSRR=105;FWDB=-0.0174783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8955;QD=0.999216;RBI=0.0434337;REFB=-0.0125977;REVB=-0.0397617;RO=176;SAF=3;SAR=13;SRF=72;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283822;STB=0.73589;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0645416;OID=.;OPOS=98901477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:193:194:176:178:16:16:0.0824742:13:3:72:104:13:3:73:105 chr10 98901487 . C T 68.27 PASS AF=0.0980392;AO=19;DP=203;FAO=20;FDP=204;FR=.;FRO=184;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=73;FSRR=111;FWDB=-0.0715624;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8753;QD=1.33866;RBI=0.109428;REFB=-0.0286372;REVB=-0.0827848;RO=181;SAF=4;SAR=15;SRF=72;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250592;STB=0.707817;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.163446;OID=.;OPOS=98901487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:203:204:181:184:19:20:0.0980392:15:4:72:109:16:4:73:111 chr10 98901493 . TGTATC T,TGTATT 562.38 PASS AF=0.269841,0.0793651;AO=57,14;DP=161;FAO=51,15;FDP=189;FR=.;FRO=123;FSAF=3,3;FSAR=48,12;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=-0.0840136,-0.0469568;FXX=0.0104707;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=169.174,143.73;QD=11.9022;RBI=0.0849713,0.0525292;REFB=-0.0286684,-0.021364;REVB=-0.0127217,-0.0235453;RO=60;SAF=11,2;SAR=46,12;SRF=26;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.284206,-0.425702;STB=0.907026,0.785325;STBP=0,0.025;TYPE=del,snp;VARB=0.0357754,0.0529558;OID=.,.;OPOS=98901494,98901498;OREF=GTATC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TGTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269841,0.0793651:57,14:161:51,15:189:123:3,3:48,12:63:60:99:60:11,2:46,12:26:34 chr10 99019177 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.383;QD=62.908;RBI=0.0199024;REFB=0;REVB=0.0171927;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06719e-05;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:58:32:0:0:58:32:0:0 chr10 99080246 . CT C 1088.24 PASS AF=1;AO=94;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037749;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.376;QD=40.3052;RBI=0.0629008;REFB=0;REVB=0.0503143;RO=1;SAF=62;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00137306;OID=.;OPOS=99080247;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:94:109:108:108:0:64:44:0:0:22:1:62:32:0:1 chr10 99080871 . G T 322.9 PASS AF=0.925926;AO=26;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0363133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0976;QD=47.8365;RBI=0.0404183;REFB=0.00536642;REVB=0.0177479;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281527;STB=0.511173;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.000823278;OID=.;OPOS=99080871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:1:2:26:25:0.925926:16:10:0:1:16:9:1:1 chr10 99080981 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5983;QD=46.8476;RBI=0.036443;REFB=0;REVB=-0.0227877;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233792;OID=.;OPOS=99080981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr10 99125949 . C T 1578.62 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.461;QD=58.4674;RBI=0.0420508;REFB=-0.108888;REVB=0.0365698;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00050701;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:0:1:105:107:0.990741:46:59:0:0:47:60:1:0 chr10 99160965 . A G 645.32 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0517339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2346;QD=48.7036;RBI=0.053803;REFB=-0.0620446;REVB=-0.0147773;RO=4;SAF=26;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312669;STB=0.516647;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.022587;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:4:4:49:49:0.924528:23:26:3:1:23:26:3:1 chr10 99205686 . A G 743.3 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.305;QD=63.2596;RBI=0.046514;REFB=0;REVB=0.0195265;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30637e-05;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:34:12:0:0:35:12:0:0 chr10 99220707 . C T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.5589;QD=56.7022;RBI=0.05858;REFB=0;REVB=0.0317768;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114211;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr10 99240758 . G C 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.167;QD=61.774;RBI=0.0172026;REFB=0;REVB=0.0140511;RO=0;SAF=49;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24633e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:75:49:0:0:75:49:0:0 chr10 99337572 . G A 958.46 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994039;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2571;QD=58.982;RBI=0.0691975;REFB=0;REVB=0.0684798;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521713;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr10 99342074 . G GC 45.85 PASS AF=0.285714;AO=11;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0291147;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.4905;QD=5.24047;RBI=0.0487635;REFB=-0.0456663;REVB=-0.0391179;RO=22;SAF=1;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.617945;STB=0.870147;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.0545985;OID=.;OPOS=99342075;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:11:35:10:35:25:1:9:14:11:45:22:1:10:13:9 chr10 99371344 . C A 607.24 PASS AF=0.459854;AO=63;DP=137;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0176453;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.643;QD=17.7296;RBI=0.0177379;REFB=-0.0205501;REVB=0.0018102;RO=73;SAF=29;SAR=34;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582579;STB=0.536042;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0242952;OID=.;OPOS=99371344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:74:63:63:0.459854:34:29:38:35:34:29:39:35 chr10 99410891 . G A 175.14 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0604426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.07;QD=20.0163;RBI=0.0605063;REFB=-0.0148236;REVB=-0.00277388;RO=17;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173039;STB=0.509793;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0141272;OID=.;OPOS=99410891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:13:5:5:12:13:5:5:12 chr10 99991408 . A G 1820.68 PASS AF=1;AO=116;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385854;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.385;QD=61.7179;RBI=0.039655;REFB=0;REVB=0.00914799;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748588;OID=.;OPOS=99991408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:118:0:0:116:118:1:66:50:0:0:66:52:0:0 chr10 100017453 . T G 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0149547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.981;QD=10.4379;RBI=0.0371447;REFB=0.00605706;REVB=-0.0340013;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332369;STB=0.519969;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0130951;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:9:4:9:18:9:4:9:18 chr10 100018844 . G A 181.85 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0463302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7399;QD=12.9889;RBI=0.0531856;REFB=-0.0140888;REVB=-0.0261194;RO=33;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244444;STB=0.649861;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0163244;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:34:22:22:0.392857:7:15:15:18:7:15:15:19 chr10 100020880 . C T 916.41 PASS AF=0.529412;AO=90;DP=170;FAO=90;FDP=170;FR=.;FRO=80;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.0143573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.334;QD=21.5625;RBI=0.014869;REFB=-0.00765185;REVB=0.00386697;RO=80;SAF=58;SAR=32;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410995;STB=0.522517;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00559703;OID=.;OPOS=100020880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:80:80:90:90:0.529412:32:58:48:32:32:58:48:32 chr10 100144782 . C T 179.96 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00765858;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.008;QD=14.6903;RBI=0.0103181;REFB=-0.0140088;REVB=-0.00691449;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743751;STB=0.504306;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0458403;OID=.;OPOS=100144782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:30:30:19:19:0.387755:9:10:16:14:9:10:16:14 chr10 100147060 . A G 1212.72 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0638;QD=59.1569;RBI=0.0104179;REFB=0;REVB=-0.000990216;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98545e-05;OID=.;OPOS=100147060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:82:0:0:76:82:1:43:33:0:0:47:35:0:0 chr10 100148176 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.342;QD=63.2853;RBI=0.0536441;REFB=0;REVB=0.0135311;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371771;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr10 100167396 . G A 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0106776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.88;QD=10.6294;RBI=0.021548;REFB=-0.00970915;REVB=-0.0187164;RO=44;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024473;STB=0.514273;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0205254;OID=.;OPOS=100167396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:12:11:22:22:12:11:22:22 chr10 100179851 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00447354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.36;QD=15.101;RBI=0.00627367;REFB=-0.011334;REVB=-0.00439844;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097989;STB=0.545417;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0148449;OID=.;OPOS=100179851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:12:12:12:18:12:12:13:18 chr10 100183570 . G C 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00467308;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.558;QD=20.6401;RBI=0.00668687;REFB=-0.0143891;REVB=0.00478295;RO=32;SAF=25;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12447;STB=0.569177;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0109179;OID=.;OPOS=100183570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:11:25:18:14:11:25:18:14 chr10 100184062 . CC AG 201.04 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0178084;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=245;QD=16.0834;RBI=0.017834;REFB=-0.00625427;REVB=-0.000955077;RO=29;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533689;STB=0.540501;STBP=0.659;TYPE=mnp;VARB=0.00945467;OID=.;OPOS=100184062;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:29:20:21:0.42:14:6:10:19:15:6:10:19 chr10 100190920 . G A 183.61 PASS AF=0.328767;AO=23;DP=72;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0189046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.765;QD=10.0608;RBI=0.0843366;REFB=-0.0105706;REVB=0.0821906;RO=49;SAF=6;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367498;STB=0.723212;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0571121;OID=.;OPOS=100190920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:49:49:23:24:0.328767:17:6:28:21:18:6:28:21 chr10 100195130 . G A 181.25 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00848104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.952;QD=18.1247;RBI=0.0124226;REFB=-0.0251571;REVB=0.00907709;RO=21;SAF=2;SAR=16;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296511;STB=0.679769;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0293391;OID=.;OPOS=100195130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:16:2:6:15:17:2:6:15 chr10 100219314 . G A 402.53 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0362516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.689;QD=15.6324;RBI=0.0369401;REFB=-0.0160556;REVB=0.00709837;RO=57;SAF=19;SAR=26;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344279;STB=0.524781;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.016137;OID=.;OPOS=100219314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:58:45:45:0.436893:26:19:26:31:26:19:27:31 chr10 100219374 . T A 263.81 PASS AF=0.392405;AO=22;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0028894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.454;QD=13.3577;RBI=0.0245332;REFB=-0.0177352;REVB=0.0243625;RO=47;SAF=6;SAR=16;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146645;STB=0.559282;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0377524;OID=.;OPOS=100219374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:48:22:31:0.392405:16:6:18:29:22:9:18:30 chr10 100453722 . A AAAAAAGATAT 50.81 PASS AF=0.258065;AO=7;DP=32;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0101472;FXX=0;HRUN=6;LEN=10;MLLD=294.394;QD=6.55576;RBI=0.0107657;REFB=-0.00475388;REVB=-0.00359627;RO=24;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55898;STB=0.711313;STBP=0.19;TYPE=ins;VARB=0.0122491;OID=.;OPOS=100453723;OREF=-;OALT=AAAAAGATAT;OMAPALT=AAAAAAGATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065:7:32:8:31:23:2:6:12:11:50:24:1:6:15:9 chr10 101090428 . T G 1193.32 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0945896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3295;QD=59.6659;RBI=0.100279;REFB=-0.0582549;REVB=0.0332968;RO=1;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996677;STB=0.505262;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00399993;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:47:32:0:1:47:32:0:1 chr10 101293035 . C A 1246.04 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.628;QD=61.5328;RBI=0.0304411;REFB=0;REVB=0.0210719;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191227;OID=.;OPOS=101293035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:51:30:0:0:51:30:0:0 chr10 101295863 . A G 654.26 PASS AF=0.98;AO=46;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049729;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.524;QD=52.341;RBI=0.0580534;REFB=-0.0896415;REVB=0.0299536;RO=2;SAF=29;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031325;STB=0.51428;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000707044;OID=.;OPOS=101295863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:2:1:46:49:0.98:17:29:2:0:17:32:0:1 chr10 101473218 . A G 457.56 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167726;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6424;QD=55.4617;RBI=0.0193269;REFB=-0.108902;REVB=0.00960244;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00378687;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:0:1:32:32:0.969697:18:14:0:0:18:14:1:0 chr10 101544447 . A T 1766.19 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.912;QD=60.9032;RBI=0.0381482;REFB=0;REVB=0.00221223;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75895e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:52:63:0:0:53:63:0:0 chr10 101590086 . A C 291.37 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0203445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9061;QD=14.3887;RBI=0.0451255;REFB=-0.00722876;REVB=-0.0402791;RO=48;SAF=11;SAR=21;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233766;STB=0.63857;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0103221;OID=.;OPOS=101590086;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:48:48:32:33:0.407407:21:11:27:21:22:11:27:21 chr10 101690050 . C T 100.5 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00248069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6121;QD=14.8883;RBI=0.0322218;REFB=-0.0476288;REVB=-0.0321261;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777652;STB=0.525501;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0262658;OID=.;OPOS=101690050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:27:27:13:14:11:11:0.407407:5:6:6:7:5:6:7:7 chr10 101716484 . G A 55.82 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0123494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.821;QD=10.6315;RBI=0.0920693;REFB=-0.0151894;REVB=0.0912373;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376558;STB=0.736129;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.012979;OID=.;OPOS=101716484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:1:7:8:5:1:7:8:5 chr10 101823396 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00724777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.682;QD=14.6506;RBI=0.00725647;REFB=-0.00525309;REVB=-0.000355294;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158289;STB=0.509023;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00561147;OID=.;OPOS=101823396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:13:18:13:10:13:18 chr10 101977883 . C T 325.04 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0235294;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7665;QD=28.2645;RBI=0.0408826;REFB=-0.00540562;REVB=0.0334328;RO=18;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252219;STB=0.639321;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00446666;OID=.;OPOS=101977883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:19:9:12:6:19:9:12:6 chr10 102006681 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.21536e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.851;QD=58.4197;RBI=0.00871615;REFB=0;REVB=-0.00871593;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57468e-05;OID=.;OPOS=102006681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr10 102107251 . C G 1264.47 PASS AF=0.597884;AO=113;DP=189;FAO=113;FDP=189;FR=.;FRO=76;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0101561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5734;QD=26.7614;RBI=0.0324242;REFB=0.0108401;REVB=0.0307926;RO=72;SAF=59;SAR=54;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241363;STB=0.501689;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00733468;OID=.;OPOS=102107251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:72:76:113:113:0.597884:54:59:40:32:54:59:40:36 chr10 102116311 . A C 669.29 PASS AF=0.587156;AO=64;DP=109;FAO=64;FDP=109;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0121776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.75;QD=24.5611;RBI=0.0265768;REFB=-0.0181922;REVB=-0.0236227;RO=44;SAF=33;SAR=31;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286854;STB=0.511038;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0116094;OID=.;OPOS=102116311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:44:45:64:64:0.587156:31:33:21:23:31:33:22:23 chr10 102295836 . C G 710.38 PASS AF=0.518519;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=135;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=0.000663793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2911;QD=21.0482;RBI=0.0667491;REFB=-0.031093;REVB=-0.0667458;RO=60;SAF=37;SAR=33;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177479;STB=0.605383;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0252485;OID=.;OPOS=102295836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:135:60:65:70:70:0.518519:33:37:19:41:33:37:20:45 chr10 102734778 . C G 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00473685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.385;QD=18.942;RBI=0.038604;REFB=6.21133e-05;REVB=-0.0383123;RO=38;SAF=15;SAR=22;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20439;STB=0.613673;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.000152572;OID=.;OPOS=102734778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:22:15:24:14:22:15:24:14 chr10 102745062 . G T 535.8 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00626009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.9189;QD=17.4242;RBI=0.0608806;REFB=-0.0145648;REVB=-0.0605579;RO=64;SAF=35;SAR=22;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963205;STB=0.554558;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0100622;OID=.;OPOS=102745062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:66:57:57:0.463415:22:35:33:31:22:35:34:32 chr10 102746503 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00020556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.023;QD=17.6893;RBI=0.0271523;REFB=-0.0202544;REVB=-0.0271515;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205836;STB=0.617532;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0390602;OID=.;OPOS=102746503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:14:7:14:12:14:7:14:12 chr10 102750623 . T C 291.43 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0235924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.307;QD=16.6529;RBI=0.0271158;REFB=-0.0114107;REVB=0.0133665;RO=37;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00801862;STB=0.500989;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0138275;OID=.;OPOS=102750623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:21:11:13:24:21:11:13:25 chr10 102750783 . C A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0514093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.09;QD=23.094;RBI=0.0524767;REFB=-0.0239964;REVB=0.0105307;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326793;STB=0.681085;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0284104;OID=.;OPOS=102750783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:1:11:8:9:1:11 chr10 102766574 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.26;QD=59.433;RBI=0.0298832;REFB=0;REVB=-0.0294554;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167978;OID=.;OPOS=102766574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr10 102766616 . TG T 125.94 PASS AF=0.894737;AO=11;DP=17;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.258171;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.9294;QD=26.5131;RBI=0.271038;REFB=-0.0587203;REVB=0.0825177;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134614;STB=0.509543;STBP=0.867;TYPE=del;VARB=0.0591472;OID=.;OPOS=102766617;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:11:17:17:19:2:7:10:1:1:10:5:4:7:3:2 chr10 102770082 . T G 721.81 PASS AF=0.41791;AO=76;DP=194;FAO=84;FDP=201;FR=.;FRO=117;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=-0.00178085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7573;QD=14.3645;RBI=0.0158338;REFB=-0.0134973;REVB=0.0157333;RO=116;SAF=31;SAR=45;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118429;STB=0.533231;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0197711;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:201:116:117:76:84:0.41791:45:31:60:56:45:39:61:56 chr10 102770327 . A G 136.14 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0219103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4441;QD=8.50846;RBI=0.111115;REFB=-0.0305812;REVB=-0.108933;RO=43;SAF=12;SAR=7;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143023;STB=0.601898;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.042608;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:43:45:19:19:0.296875:7:12:22:21:7:12:22:23 chr10 102798962 . C A 517.28 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0082097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.199;QD=25.2333;RBI=0.0167852;REFB=-0.0139354;REVB=-0.0146405;RO=33;SAF=27;SAR=21;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147569;STB=0.586328;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0060282;OID=.;OPOS=102798962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:34:48:48:0.585366:21:27:12:21:21:27:12:22 chr10 102824349 . G C 381.87 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.000434605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8489;QD=18.4033;RBI=0.0527959;REFB=-0.0194866;REVB=0.0527941;RO=43;SAF=22;SAR=18;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738731;STB=0.541084;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0263237;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:18:22:27:16:18:22:27:16 chr10 102827757 . G GT 179.65 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0140435;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.3031;QD=12.6068;RBI=0.0371803;REFB=-0.0427594;REVB=0.034426;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175508;STB=0.597497;STBP=0.158;TYPE=ins;VARB=0.0345862;OID=.;OPOS=102827758;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.508772:29:58:29:57:28:14:15:8:20:99:28:14:15:8:20 chr10 102897305 . C T 321.4 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0130846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.548;QD=19.188;RBI=0.0132743;REFB=-0.0193767;REVB=0.00223645;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12257;STB=0.580938;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0277622;OID=.;OPOS=102897305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:33:33:34:0.507463:14:19:15:19:14:20:14:19 chr10 102897311 . A G 335.97 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0249958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.251;QD=19.7628;RBI=0.032478;REFB=-0.024083;REVB=0.0207373;RO=33;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762195;STB=0.542349;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0166707;OID=.;OPOS=102897311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:15:20:16:17:15:20:16:17 chr10 102925957 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0335715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.013;QD=21.9446;RBI=0.0401189;REFB=-0.0214915;REVB=0.0219655;RO=12;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27582;STB=0.655764;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0210017;OID=.;OPOS=102925957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:11:5:8:4:11:5:8:4 chr10 103124606 . A G 5576.79 PASS AF=0.87146;AO=400;DP=459;FAO=400;FDP=459;FR=.;FRO=59;FSAF=84;FSAR=316;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0132924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.819;QD=48.5995;RBI=0.0160316;REFB=-0.0107792;REVB=-0.0089624;RO=59;SAF=84;SAR=316;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102502;STB=0.554178;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000311132;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:459:459:59:59:400:400:0.87146:316:84:30:29:316:84:30:29 chr10 103124647 . A G 5633.68 PASS AF=0.858351;AO=406;DP=473;FAO=406;FDP=473;FR=.;FRO=67;FSAF=86;FSAR=320;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.023518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.207;QD=47.6421;RBI=0.0312577;REFB=0.00420652;REVB=0.02059;RO=67;SAF=86;SAR=320;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100077;STB=0.552933;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000529389;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:473:473:67:67:406:406:0.858351:320:86:32:35:320:86:32:35 chr10 103124679 . T C 333.57 PASS AF=0.160093;AO=68;DP=430;FAO=69;FDP=431;FR=.;FRO=362;FSAF=18;FSAR=51;FSRF=95;FSRR=267;FWDB=-0.0112568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.735;QD=3.09581;RBI=0.0151476;REFB=-0.00212248;REVB=-0.0101358;RO=355;SAF=18;SAR=50;SRF=90;SRR=265;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188876;STB=0.501697;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.011415;OID=.;OPOS=103124679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:431:355:362:68:69:0.160093:50:18:90:265:51:18:95:267 chr10 103124696 . T C 4295.44 PASS AF=0.837766;AO=314;DP=378;FAO=315;FDP=376;FR=.;FRO=61;FSAF=75;FSAR=240;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0299996;FXX=0.00791536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.606;QD=45.6961;RBI=0.0300012;REFB=-0.00413626;REVB=-0.000302739;RO=59;SAF=75;SAR=239;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856186;STB=0.543635;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000252632;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:376:59:61:314:315:0.837766:239:75:27:32:240:75:27:34 chr10 103124715 . A G 3180.27 PASS AF=0.817241;AO=226;DP=281;FAO=237;FDP=290;FR=.;FRO=53;FSAF=71;FSAR=166;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0493347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.07;QD=43.8658;RBI=0.0496638;REFB=-0.0405227;REVB=0.005708;RO=53;SAF=64;SAR=162;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080029;STB=0.536382;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00462576;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:290:53:53:226:237:0.817241:162:64:25:28:166:71:25:28 chr10 103124726 . A G 2519.06 PASS AF=0.794979;AO=187;DP=236;FAO=190;FDP=239;FR=.;FRO=49;FSAF=62;FSAR=128;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0332458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.042;QD=42.1601;RBI=0.0374237;REFB=-0.00165336;REVB=0.0171829;RO=49;SAF=60;SAR=127;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649216;STB=0.532599;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000169946;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:239:49:49:187:190:0.794979:127:60:23:26:128:62:23:26 chr10 103124731 . A G 128.06 PASS AF=0.137255;AO=28;DP=204;FAO=28;FDP=204;FR=.;FRO=176;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=72;FSRR=104;FWDB=-0.00455765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.435;QD=2.51094;RBI=0.00508332;REFB=-0.00430401;REVB=-0.00225121;RO=176;SAF=9;SAR=19;SRF=72;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118951;STB=0.581572;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0233925;OID=.;OPOS=103124731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:176:176:28:28:0.137255:19:9:72:104:19:9:72:104 chr10 103124736 . C T 1622.0 PASS AF=0.741379;AO=127;DP=172;FAO=129;FDP=174;FR=.;FRO=45;FSAF=55;FSAR=74;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0011891;FXX=0.0279314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.627;QD=37.2873;RBI=0.0119854;REFB=-0.018208;REVB=0.0119263;RO=45;SAF=53;SAR=74;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00246676;STB=0.501093;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00742633;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:45:45:127:129:0.741379:74:53:19:26:74:55:19:26 chr10 103124746 . G A 1162.27 PASS AF=0.714286;AO=95;DP=133;FAO=95;FDP=133;FR=.;FRO=38;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0170592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2877;QD=34.9555;RBI=0.0200054;REFB=-0.0268504;REVB=0.0104499;RO=37;SAF=45;SAR=50;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644369;STB=0.537841;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00977646;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:37:38:95:95:0.714286:50:45:13:24:50:45:13:25 chr10 103558746 . G C 477.78 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.011414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.904;QD=22.2223;RBI=0.0147081;REFB=0.000773167;REVB=0.00927622;RO=40;SAF=17;SAR=29;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273181;STB=0.515063;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.000562664;OID=.;OPOS=103558746;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:29:17:16:24:29:17:16:24 chr10 103827737 . T G 356.17 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0227634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.781;QD=21.9182;RBI=0.0233881;REFB=-0.0112122;REVB=-0.00536964;RO=27;SAF=18;SAR=18;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188014;STB=0.58457;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0096088;OID=.;OPOS=103827737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:27:29:36:36:0.553846:18:18:7:20:18:18:9:20 chr10 103899871 . A G 252.63 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0149937;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.533;QD=19.0667;RBI=0.0354366;REFB=-0.0142362;REVB=0.0321083;RO=26;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320258;STB=0.695629;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0108333;OID=.;OPOS=103899871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:26:27:27:0.509434:19:8:17:9:19:8:18:8 chr10 103904763 . TC T 254.02 PASS AF=1;AO=30;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00740788;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.53845;QD=23.0926;RBI=0.238092;REFB=0.00180238;REVB=0.237977;RO=7;SAF=15;SAR=15;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00796048;OID=.;OPOS=103904764;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:40:44:44:0:23:21:0:0:4:7:15:15:3:4 chr10 103991381 . G A 813.01 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.103058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.3513;QD=52.4524;RBI=0.114725;REFB=-0.225154;REVB=0.0504073;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523801;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0132445;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:0:3:59:59:0.951613:30:29:0:0:30:29:0:3 chr10 104136469 . T C 794.14 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000568026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.029;QD=56.7241;RBI=0.058722;REFB=0;REVB=0.0587193;RO=1;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129164;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124093;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:55:56:1:36:19:0:1:37:19:0:0 chr10 104159196 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.851;QD=39.2042;RBI=0.0325991;REFB=0;REVB=0.0302853;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586958;OID=.;OPOS=104159196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr10 104160434 . A G 744.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.85321e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.756;QD=56.2082;RBI=0.00611492;REFB=0;REVB=-0.00611464;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57307e-05;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:27:24:0:0:27:26:0:0 chr10 104174895 . G A 268.85 PASS AF=0.430556;AO=29;DP=70;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0911046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.183;QD=14.9359;RBI=0.0953131;REFB=-0.0394848;REVB=0.0280095;RO=41;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000892467;STB=0.516391;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0544163;OID=.;OPOS=104174895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:41:41:29:31:0.430556:17:12:17:24:19:12:17:24 chr10 104229785 . C T 214.71 PASS AF=0.431034;AO=26;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0288319;FXX=0.0169463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=322.628;QD=14.8073;RBI=0.0301374;REFB=-0.0183865;REVB=0.00877416;RO=33;SAF=5;SAR=21;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288931;STB=0.660727;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.020749;OID=.;OPOS=104229785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:33:26:25:0.431034:21:5:14:19:20:5:14:19 chr10 104230609 . G C,GC 31.8 PASS AF=0,0.375;AO=2,4;DP=15;FAO=0,6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=0,1;FSAR=0,5;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0652178,-0.0242908;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=120.273,17.7532;QD=7.95108;RBI=0.0664875,0.127873;REFB=-0.00749463,-0.0438438;REVB=-0.0129318,0.125545;RO=9;SAF=1,0;SAR=1,4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.467969,-0.798025;STB=0.5,0.891803;STBP=1,0.044;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0667757;OID=.,.;OPOS=104230609,104230610;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:15:16:9:10:2,4:0,6:0,0.375:1,4:1,0:8:1:0,5:0,1:9:1 chr10 104231054 . A G 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0151321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.349;QD=14.8515;RBI=0.0776531;REFB=-0.0216089;REVB=-0.0761644;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686689;STB=0.547896;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0361652;OID=.;OPOS=104231054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:11:8:10:18:11:8:10:19 chr10 104236457 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7354;QD=57.2364;RBI=0.0237997;REFB=0;REVB=-0.0186908;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30834e-05;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr10 104239100 . T C 287.58 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0290888;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.746;QD=15.7578;RBI=0.0394079;REFB=-0.00966025;REVB=0.0265862;RO=40;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937633;STB=0.56024;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0175788;OID=.;OPOS=104239100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:41:32:32:0.438356:19:13:20:20:19:13:21:20 chr10 104240438 . A G 300.2 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00313014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2669;QD=24.5059;RBI=0.0201527;REFB=0.010106;REVB=-0.0199082;RO=22;SAF=21;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369595;STB=0.706906;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00982891;OID=.;OPOS=104240438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:6:21:8:14:6:21:8:14 chr10 104389932 . T G 1610.02 PASS AF=1;AO=97;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.157;QD=59.6302;RBI=0.0687142;REFB=0;REVB=0.0419011;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527465;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:97:108:1:56:41:0:0:64:44:0:0 chr10 104435746 . C T 1066.8 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175773;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.248;QD=60.1014;RBI=0.0206231;REFB=0;REVB=0.0107866;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57278e-05;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:26:45:0:0:26:45:0:0 chr10 104436641 . C T 372.91 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0209909;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.8;QD=20.1574;RBI=0.0229362;REFB=-0.0022359;REVB=0.00924401;RO=36;SAF=21;SAR=17;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190537;STB=0.605431;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00185018;OID=.;OPOS=104436641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:36:36:38:38:0.513514:17:21:12:24:17:21:12:24 chr10 104474046 . CCCT C 280.12 PASS AF=0.353333;AO=49;DP=122;FAO=53;FDP=150;FR=.;FRO=97;FSAF=8;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=-0.0176289;FXX=0.0683187;HRUN=3;LEN=3;MLLD=198.154;QD=7.46988;RBI=0.0333443;REFB=-0.026773;REVB=-0.0283031;RO=34;SAF=6;SAR=43;SRF=8;SRR=26;SSEN=0.239583;SSEP=0;SSSB=-0.167462;STB=0.737601;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0433221;OID=.;OPOS=104474047;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.353333:49:122:53:150:97:8:45:42:55:99:34:6:43:8:26 chr10 104596924 . C A 2285.75 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00643925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.371;QD=60.1513;RBI=0.00658305;REFB=0.0152563;REVB=0.00136843;RO=1;SAF=67;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704656;STB=0.503703;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=4.59747e-06;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:151:151:0.993421:84:67:1:0:84:67:1:0 chr10 104596981 . G A 2474.82 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00767081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.132;QD=61.4862;RBI=0.0293645;REFB=0;REVB=0.0283449;RO=0;SAF=66;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91878e-05;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:95:66:0:0:95:66:0:0 chr10 104628234 . T C 818.92 PASS AF=0.57037;AO=72;DP=131;FAO=77;FDP=135;FR=.;FRO=58;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00190615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.558;QD=24.2642;RBI=0.00363288;REFB=-0.0136314;REVB=-0.00309263;RO=58;SAF=49;SAR=23;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129683;STB=0.559033;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00867682;OID=.;OPOS=104628234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:135:58:58:72:77:0.57037:23:49:31:27:26:51:31:27 chr10 104661484 . T C 331.46 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00334325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=340.69;QD=18.6735;RBI=0.0230887;REFB=0.000608844;REVB=0.0228453;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382355;STB=0.521307;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.000473389;OID=.;OPOS=104661484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:17:18:17:19:17:18:17:19 chr10 104679371 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00121441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.989;QD=8.69788;RBI=0.00628173;REFB=-4.53472e-05;REVB=0.00616322;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168697;STB=0.605742;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000152032;OID=.;OPOS=104679371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:8:6:2:5:8:6 chr10 104814162 . T C 1713.13 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9175;QD=60.6419;RBI=0.0521536;REFB=0;REVB=0.0520961;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188495;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:63:50:0:0:63:50:0:0 chr10 104836940 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.025141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8733;QD=21.5462;RBI=0.0253454;REFB=0.0145421;REVB=0.00321238;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447948;STB=0.749687;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00492577;OID=.;OPOS=104836940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:9:5:10:0:9:5:10:0 chr10 104837816 . G A 420.45 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.00858399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.233;QD=16.4882;RBI=0.0324127;REFB=-0.00532871;REVB=0.0312553;RO=54;SAF=17;SAR=29;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057911;STB=0.528771;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00568092;OID=.;OPOS=104837816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:56:46:46:0.45098:29:17:17:37:29:17:18:38 chr10 104849468 . G A 407.7 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00201825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.444;QD=15.385;RBI=0.00264288;REFB=-0.0193708;REVB=0.00170631;RO=60;SAF=27;SAR=19;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210082;STB=0.511789;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0330337;OID=.;OPOS=104849468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:19:27:34:26:19:27:34:26 chr10 104851396 . G T 345.2 PASS AF=0.375;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00238642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.837;QD=12.3287;RBI=0.0177839;REFB=-0.0189868;REVB=0.017623;RO=66;SAF=7;SAR=35;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355803;STB=0.727489;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.019483;OID=.;OPOS=104851396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:70:42:42:0.375:35:7:28:38:35:7:32:38 chr10 104855670 . G A 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00461437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6724;QD=20.5454;RBI=0.0305927;REFB=-0.0034589;REVB=-0.0302427;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00349158;OID=.;OPOS=104855670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:9:13:13:9:9:13:13:9 chr10 104934709 . T C 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00617153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.852;QD=16.7548;RBI=0.0232819;REFB=-0.0183878;REVB=0.0224491;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212965;STB=0.620155;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0164227;OID=.;OPOS=104934709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:10:14:10:18:10:14:10:18 chr10 105049105 . C G 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0233636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.673;QD=62.0194;RBI=0.0233835;REFB=-0.0288952;REVB=-0.000964368;RO=1;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957698;STB=0.504949;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=2.38304e-05;OID=.;OPOS=105049105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:92:93:0.989362:49:43:0:1:50:43:0:1 chr10 105063636 . C T 242.58 PASS AF=0.534884;AO=21;DP=41;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0107564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.985;QD=22.5658;RBI=0.0241524;REFB=0.0107065;REVB=-0.021625;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148028;STB=0.576546;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00983628;OID=.;OPOS=105063636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:20:20:21:23:0.534884:12:9:12:8:13:10:12:8 chr10 105154089 . A G 598.96 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0301804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3949;QD=21.3915;RBI=0.0667678;REFB=-0.0297663;REVB=-0.0595574;RO=51;SAF=33;SAR=27;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502817;STB=0.523332;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0209684;OID=.;OPOS=105154089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:52:60:60:0.535714:27:33:25:26:27:33:26:26 chr10 105174869 . G A 648.62 PASS AF=0.440994;AO=71;DP=161;FAO=71;FDP=161;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=0.0226085;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.168;QD=16.1148;RBI=0.0266963;REFB=-0.0178073;REVB=0.0141968;RO=90;SAF=35;SAR=36;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104745;STB=0.558266;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0196818;OID=.;OPOS=105174869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:90:90:71:71:0.440994:36:35:35:55:36:35:35:55 chr10 105194086 . C T 262.95 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0643826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1986;QD=47.8083;RBI=0.104401;REFB=-0.168972;REVB=-0.082186;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.01034;OID=.;OPOS=105194086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:1:0:8:13:1:0 chr10 105205302 . A C 186.65 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00804982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.714;QD=12.8721;RBI=0.0429368;REFB=-0.0511343;REVB=0.0421754;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066034;STB=0.513666;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0825573;OID=.;OPOS=105205302;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:34:35:22:23:0.396552:13:9:16:18:13:10:16:19 chr10 105215016 . A G 742.22 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00677562;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.79;QD=57.0938;RBI=0.00693267;REFB=0;REVB=0.00146731;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486505;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr10 105215119 . C A 315.5 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=-0.0180909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.097;QD=25.2401;RBI=0.018723;REFB=-0.0417968;REVB=0.00482405;RO=22;SAF=3;SAR=25;SRF=1;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145819;STB=0.579782;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0322288;OID=.;OPOS=105215119;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:25:3:1:21:25:3:1:21 chr10 105218252 . A G 2389.58 PASS AF=1;AO=122;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.452;QD=64.1498;RBI=0.0384731;REFB=0;REVB=0.00181154;RO=0;SAF=51;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5959e-05;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:122:149:1:71:51:0:0:72:77:0:0 chr10 105218359 . T C 1959.48 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366869;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.016;QD=62.2057;RBI=0.0369308;REFB=0;REVB=0.0367482;RO=0;SAF=81;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7221e-05;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:125:126:1:44:81:0:0:45:81:0:0 chr10 105233110 . C T 515.43 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00906638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4345;QD=24.8401;RBI=0.129013;REFB=-0.0075733;REVB=0.128694;RO=35;SAF=21;SAR=27;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103253;STB=0.556537;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00733747;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:27:21:20:15:27:21:20:15 chr10 105350033 . C T 163.83 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.00387577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.746;QD=13.3737;RBI=0.00881098;REFB=-0.016234;REVB=0.00791276;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13961;STB=0.580562;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0303134;OID=.;OPOS=105350033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:12:6:7:24:12:6:7:24 chr10 105361816 . T G 205.13 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.857;QD=48.2657;RBI=0.0213788;REFB=0;REVB=0.0207077;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164615;OID=.;OPOS=105361816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:12:4:0:0:13:4:0:0 chr10 105362104 . G A 680.36 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.338;QD=61.8511;RBI=0.123249;REFB=0;REVB=0.123155;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011257;OID=.;OPOS=105362104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:40:44:1:15:25:0:0:19:25:0:0 chr10 105362209 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.924;QD=58.1419;RBI=0.0642261;REFB=0;REVB=-0.05688;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137526;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr10 105657316 . G C 982.43 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0300686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.039;QD=56.1388;RBI=0.0438221;REFB=-0.158503;REVB=0.0318787;RO=2;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000794477;STB=0.50042;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00116161;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:35:33:1:1:35:33:1:1 chr10 105659826 . T C 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.436;QD=59.9959;RBI=0.0404487;REFB=0;REVB=0.0313922;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37347e-05;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:50:56:0:0:50:56:0:0 chr10 105758670 . A G 474.2 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0343577;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.466;QD=18.5961;RBI=0.0345655;REFB=0.0116484;REVB=-0.00378414;RO=52;SAF=25;SAR=25;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177482;STB=0.598001;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0127538;OID=.;OPOS=105758670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:52:52:50:50:0.490196:25:25:16:36:25:25:16:36 chr10 105796819 . A G 805.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8464;QD=64.404;RBI=0.0375163;REFB=0;REVB=-0.0356659;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000604651;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr10 105798872 . T C 2013.13 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177057;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.218;QD=62.4225;RBI=0.0280347;REFB=0;REVB=0.0217359;RO=0;SAF=53;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18411e-05;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:76:53:0:0:76:53:0:0 chr10 105799216 . G T 1532.07 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2397;QD=59.4978;RBI=0.0482861;REFB=0;REVB=0.0442348;RO=0;SAF=63;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.76468e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352974;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:103:0:0:97:103:1:34:63:0:0:35:68:0:0 chr10 105801253 . G A 936.47 PASS AF=1;AO=36;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8463;QD=58.5294;RBI=0.174973;REFB=0;REVB=0.173641;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018909;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:36:64:1:25:11:0:0:27:37:0:0 chr10 105805497 . C T 479.78 PASS AF=0.4;AO=54;DP=134;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.00150812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6521;QD=14.2157;RBI=0.0106314;REFB=-0.000831942;REVB=-0.0105239;RO=80;SAF=31;SAR=23;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131349;STB=0.577664;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00184174;OID=.;OPOS=105805497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:80:81:54:54:0.4:23:31:36:44:23:31:36:45 chr10 105810400 . T C 530.07 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0102389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=336.1;QD=15.0376;RBI=0.0118949;REFB=-0.00703752;REVB=0.00605436;RO=83;SAF=28;SAR=30;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769574;STB=0.543207;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0114389;OID=.;OPOS=105810400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:83:83:58:58:0.411348:30:28:34:49:30:28:34:49 chr10 105811218 . T A 352.05 PASS AF=0.452381;AO=39;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0716032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1322;QD=16.7643;RBI=0.0818853;REFB=-0.02485;REVB=-0.0397263;RO=45;SAF=20;SAR=19;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410206;STB=0.509429;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0282947;OID=.;OPOS=105811218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:46:39:38:0.452381:19:20:25:20:18:20:25:21 chr10 105816916 . C T 2067.05 PASS AF=0.992537;AO=131;DP=132;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.305;QD=61.703;RBI=0.0368093;REFB=-0.065859;REVB=0.0343235;RO=1;SAF=74;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637979;STB=0.503355;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000620464;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:134:1:1:131:133:0.992537:57:74:1:0:59:74:1:0 chr10 105817891 . G A 436.19 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0143111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.02;QD=18.5612;RBI=0.0265744;REFB=0.00163033;REVB=-0.0223917;RO=49;SAF=20;SAR=24;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444507;STB=0.529399;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0024841;OID=.;OPOS=105817891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:49:50:44:44:0.468085:24:20:20:29:24:20:20:30 chr10 105882765 . A G 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0564973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.727;QD=16.504;RBI=0.0603943;REFB=-0.00751355;REVB=-0.0213432;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493329;STB=0.527757;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00820862;OID=.;OPOS=105882765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:17:9:9:21:17:9:9:21 chr10 105957714 . A G 684.14 PASS AF=0.45679;AO=74;DP=162;FAO=74;FDP=162;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0122346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9558;QD=16.8922;RBI=0.0302088;REFB=-0.0168604;REVB=0.0276204;RO=87;SAF=35;SAR=39;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241582;STB=0.510048;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0238145;OID=.;OPOS=105957714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:87:88:74:74:0.45679:39:35:39:48:39:35:40:48 chr10 105963553 . A G 111.33 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0272264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.1392;QD=15.9037;RBI=0.0274189;REFB=-0.0199731;REVB=-0.00324289;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664503;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0177789;OID=.;OPOS=105963553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:8:7:7:6:8:7 chr10 106058901 . G T 158.64 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0498823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3902;QD=17.1508;RBI=0.0498852;REFB=-0.0162584;REVB=0.000543853;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369472;STB=0.521148;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0242606;OID=.;OPOS=106058901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:9:11:10:7:9:11 chr10 106907440 . C T 797.58 PASS AF=0.509434;AO=81;DP=150;FAO=81;FDP=159;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0555479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.455;QD=20.065;RBI=0.0634224;REFB=-0.0546404;REVB=0.0306077;RO=69;SAF=35;SAR=46;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515359;STB=0.558603;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0528464;OID=.;OPOS=106907440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:159:69:78:81:81:0.509434:46:35:34:35:46:35:43:35 chr10 108338917 . T C 522.05 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00315289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.864;QD=15.4682;RBI=0.0312803;REFB=-0.00858091;REVB=0.031121;RO=78;SAF=30;SAR=27;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066651;STB=0.53737;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0105459;OID=.;OPOS=108338917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:78:78:57:57:0.422222:27:30:36:42:27:30:36:42 chr10 108380213 . G A 636.94 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0119748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.64;QD=19.4484;RBI=0.0123379;REFB=-0.00822796;REVB=0.00297116;RO=66;SAF=30;SAR=35;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203686;STB=0.511239;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00779086;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:66:66:65:65:0.496183:35:30:29:37:35:30:29:37 chr10 108389111 . A G 540.09 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0198234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.19;QD=19.4627;RBI=0.0200417;REFB=-0.00814932;REVB=0.00294952;RO=55;SAF=30;SAR=26;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760709;STB=0.5042;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00984205;OID=.;OPOS=108389111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:26:30:29:26:26:30:29:26 chr10 108459112 . C T 796.7 PASS AF=0.491018;AO=82;DP=167;FAO=82;FDP=167;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=0.00685207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2587;QD=19.0827;RBI=0.00774217;REFB=-0.0153405;REVB=-0.00360421;RO=84;SAF=43;SAR=39;SRF=28;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174684;STB=0.598498;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0133799;OID=.;OPOS=108459112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:84:85:82:82:0.491018:39:43:28:56:39:43:28:57 chr10 112044841 . TTAAAAC T,TT 128.07 PASS AF=0.0697674,0.418605;AO=3,15;DP=29;FAO=3,18;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=3,6;FSAR=0,12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0309796,-0.00427988;FXX=0.0444346;HRUN=3,4;LEN=6,5;MLLD=201.365,203.595;QD=11.9135;RBI=0.0310756,0.00430309;REFB=-0.0208099,-0.0197616;REVB=0.00244105,-0.00044634;RO=0;SAF=3,3;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.31058;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.996813,0.545403;STBP=0.043,0.601;TYPE=del,del;VARB=0.0260459,0.0218591;OID=.,.;OPOS=112044842,112044843;OREF=TAAAAC,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0697674,0.418605:3,15:29:3,18:43:22:3,6:0,12:9:13:99:0:3,3:0,12:0:0 chr10 112266771 . C T 821.56 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0702394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7682;QD=55.6989;RBI=0.108555;REFB=-0.0860167;REVB=0.0827685;RO=1;SAF=6;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898807;STB=0.50476;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0031734;OID=.;OPOS=112266771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:52:6:0:1:52:6:0:1 chr10 112266822 . GC AT 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167218;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.307;QD=64.1539;RBI=0.0269694;REFB=0;REVB=-0.0211596;RO=0;SAF=5;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.10112e-05;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:44:5:0:0:44:5:0:0 chr10 112271241 . GGTT G 223.34 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.014329;FXX=0.0421008;HRUN=2;LEN=3;MLLD=263.201;QD=9.81706;RBI=0.0158097;REFB=-0.0174256;REVB=-0.00668031;RO=35;SAF=8;SAR=29;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157866;STB=0.550756;STBP=0.494;TYPE=del;VARB=0.0221042;OID=.;OPOS=112271242;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406593:37:80:37:91:54:8:29:15:39:99:35:8:29:8:27 chr10 112361870 . A G 1250.88 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0746518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0773;QD=60.2835;RBI=0.0837466;REFB=-0.141105;REVB=0.0379553;RO=1;SAF=48;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976474;STB=0.505153;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00165375;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:1:1:82:82:0.987952:34:48:1:0:34:48:1:0 chr10 112402492 . G T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.497;QD=62.1623;RBI=0.0157507;REFB=0;REVB=-0.011758;RO=0;SAF=27;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79075e-06;OID=.;OPOS=112402492;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:58:27:0:0:58:27:0:0 chr10 112572458 . G C 811.45 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00522065;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.4244;QD=54.0969;RBI=0.0318124;REFB=-0.139035;REVB=0.0313811;RO=2;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00108476;STB=0.500575;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00310145;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:30:28:1:1:30:28:1:1 chr10 112595719 . G C 222.19 PASS AF=0.442623;AO=25;DP=59;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00498704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.134;QD=14.5696;RBI=0.0768871;REFB=-0.0133204;REVB=0.0767252;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251026;STB=0.518505;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0120776;OID=.;OPOS=112595719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:33:34:25:27:0.442623:10:15:19:14:12:15:20:14 chr10 112641053 . A G 834.84 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0160346;FXX=0.0468677;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.191;QD=54.7438;RBI=0.0270292;REFB=-0.0709609;REVB=0.0217593;RO=2;SAF=37;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838248;STB=0.521732;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000824042;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:61:2:2:59:59:0.967213:22:37:1:1:22:37:0:2 chr10 112839579 . A G 481.14 PASS AF=0.505155;AO=38;DP=101;FAO=49;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00685392;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.129;QD=19.8408;RBI=0.0116076;REFB=-0.0150421;REVB=-0.00936804;RO=33;SAF=8;SAR=30;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10817;STB=0.5472;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0142409;OID=.;OPOS=112839579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:97:33:48:38:49:0.505155:30:8:10:23:31:18:22:26 chr10 113912997 . A C 105.83 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00326515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.765;QD=11.4412;RBI=0.00415655;REFB=0.00670406;REVB=0.00257209;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238875;STB=0.652832;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0123337;OID=.;OPOS=113912997;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:5:8:9:14:5:8:9:15 chr10 113913193 . T C 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00652472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9926;QD=20.4948;RBI=0.00751182;REFB=-0.0145486;REVB=-0.0037223;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117585;STB=0.565018;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00867539;OID=.;OPOS=113913193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:18:16:10:20:18:16:10:20 chr10 113913222 . T C 411.34 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0491776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.321;QD=21.0943;RBI=0.0505145;REFB=-0.0171012;REVB=0.0115446;RO=36;SAF=21;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104211;STB=0.563288;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0140766;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:20:21:14:22:20:21:14:23 chr10 113917085 . T A 546.97 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0167641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.585;QD=17.3641;RBI=0.0171199;REFB=-0.00289874;REVB=-0.00347234;RO=66;SAF=27;SAR=31;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765028;STB=0.542358;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00281739;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:68:58:58:0.460317:31:27:36:30:31:27:37:31 chr10 113940329 . T C 264.25 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0237295;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.498;QD=12.8903;RBI=0.023758;REFB=-0.0152106;REVB=0.00116346;RO=51;SAF=19;SAR=12;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135194;STB=0.577549;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0310526;OID=.;OPOS=113940329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:12:19:25:26:12:19:25:26 chr10 114053546 . C G 2243.71 PASS AF=0.928571;AO=156;DP=168;FAO=156;FDP=168;FR=.;FRO=12;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0190511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.281;QD=53.4216;RBI=0.0325811;REFB=-0.0702928;REVB=0.0264307;RO=8;SAF=71;SAR=85;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019196;STB=0.520847;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00465966;OID=.;OPOS=114053546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:168:168:8:12:156:156:0.928571:85:71:2:6:85:71:2:10 chr10 114059330 . TCTCTGTTTTC T 274.34 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895248;FXX=0.230681;HRUN=1;LEN=10;MLLD=344.57;QD=54.8674;RBI=0.0228483;REFB=0;REVB=0.0210214;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.85255e-05;OID=.;OPOS=114059331;OREF=CTCTGTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:22:20:20:0:9:11:0:0:3:0:8:11:0:0 chr10 114154815 . C T 1501.26 PASS AF=0.962963;AO=103;DP=107;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0192971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.326;QD=55.6023;RBI=0.0233349;REFB=-0.115031;REVB=0.0131201;RO=3;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265856;STB=0.518515;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000767813;OID=.;OPOS=114154815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:107:108:3:4:103:104:0.962963:52:51:0:3:52:52:0:4 chr10 114169276 . A G 1111.73 PASS AF=0.986667;AO=43;DP=77;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250672;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7957;QD=59.2923;RBI=0.0441463;REFB=-0.119808;REVB=-0.0363392;RO=0;SAF=38;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00727055;OID=.;OPOS=114169276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:75:0:1:43:74:0.986667:5:38:0:0:35:39:1:0 chr10 114186624 . G A 1572.93 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5638;QD=59.921;RBI=0.0215438;REFB=0;REVB=0.0127277;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86178e-05;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:54:51:0:0:54:51:0:0 chr10 114190352 . G C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.307;QD=58.9617;RBI=0.0385178;REFB=0;REVB=0.0101648;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23946e-05;OID=.;OPOS=114190352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr10 114831434 . A T 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0017248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.671;QD=23.1236;RBI=0.00875354;REFB=-0.0128191;REVB=0.00858193;RO=22;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948969;STB=0.552395;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0114012;OID=.;OPOS=114831434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:14:16:9:13:14:16:9:13 chr10 114926002 . A AT 61.24 PASS AF=0.181159;AO=16;DP=155;FAO=25;FDP=138;FR=.;FRO=113;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=64;FSRR=49;FWDB=-0.141251;FXX=0.0416638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.388;QD=1.77503;RBI=0.141345;REFB=-0.00817739;REVB=-0.00516709;RO=127;SAF=7;SAR=9;SRF=76;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195041;STB=0.63418;STBP=0.14;TYPE=ins;VARB=0.0319956;OID=.;OPOS=114926003;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181159:16:155:25:138:113:10:15:64:49:61:127:7:9:76:51 chr10 115334124 . C T 706.59 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0703793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4146;QD=51.3884;RBI=0.0776562;REFB=-0.062708;REVB=0.0328215;RO=1;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241422;STB=0.5238;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00308748;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:1:2:52:53:0.963636:19:33:0:1:20:33:0:2 chr10 115350388 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0282031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.808;QD=13.2125;RBI=0.034421;REFB=0.00681768;REVB=0.0197329;RO=20;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117166;STB=0.617164;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00861059;OID=.;OPOS=115350388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:22:14:14:0.388889:3:11:14:6:3:11:14:8 chr10 115370254 . A G 1012.06 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0540219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.471;QD=57.8322;RBI=0.0605695;REFB=0.059742;REVB=-0.0273916;RO=1;SAF=41;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113915;STB=0.506022;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000416091;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:28:41:1:0:28:41:1:0 chr10 115370274 . T C 952.17 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7501;QD=58.5952;RBI=0.0525652;REFB=0;REVB=0.0524353;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754664;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:25:38:0:0:25:40:0:0 chr10 115375528 . C A 495.36 PASS AF=0.51;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00115385;FXX=0.0565984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.269;QD=19.8146;RBI=0.0115016;REFB=-0.0252669;REVB=0.0114435;RO=41;SAF=19;SAR=32;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21346;STB=0.579445;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0234796;OID=.;OPOS=115375528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:100:41:49:51:51:0.51:32:19:26:15:32:19:26:23 chr10 115377290 . T C 180.5 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.0193007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.533;QD=9.25661;RBI=0.0332369;REFB=-0.00478329;REVB=0.0270588;RO=54;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152874;STB=0.589217;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0123169;OID=.;OPOS=115377290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:15:9:14:40:15:9:14:40 chr10 115381747 . G A 905.49 PASS AF=0.46;AO=92;DP=200;FAO=92;FDP=200;FR=.;FRO=108;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=-0.00241754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.549;QD=18.1098;RBI=0.00312926;REFB=-0.0149663;REVB=0.00198691;RO=108;SAF=54;SAR=38;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148208;STB=0.582081;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0136412;OID=.;OPOS=115381747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:108:108:92:92:0.46:38:54:47:61:38:54:47:61 chr10 115389356 . G A 228.13 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0450532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.562;QD=13.8263;RBI=0.0806594;REFB=-0.013819;REVB=0.066904;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633553;STB=0.536056;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.023768;OID=.;OPOS=115389356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:12:15:24:15:12:15:24:15 chr10 115389366 . G A 248.2 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.061395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0958;QD=13.9831;RBI=0.0627185;REFB=0.00197571;REVB=0.0128167;RO=42;SAF=17;SAR=12;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614991;STB=0.534931;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00679105;OID=.;OPOS=115389366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:12:17:27:15:12:17:27:15 chr10 115393929 . G A 448.39 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00470387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.097;QD=18.6831;RBI=0.0195187;REFB=-0.017304;REVB=-0.0189435;RO=51;SAF=20;SAR=25;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070074;STB=0.53899;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.015704;OID=.;OPOS=115393929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:25:20:19:32:25:20:19:32 chr10 115405615 . T C 1506.51 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.071678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4171;QD=62.124;RBI=0.0722914;REFB=-0.0615043;REVB=0.00939793;RO=1;SAF=44;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106552;STB=0.505493;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000637655;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:95:96:0.989691:51:44:1:0:51:45:1:0 chr10 115405664 . C T 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.601;QD=62.6136;RBI=0.0296937;REFB=0;REVB=0.00104612;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120676;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr10 115410234 . T C 651.23 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.0123107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.588;QD=18.8762;RBI=0.0168223;REFB=-0.00606161;REVB=0.0114646;RO=72;SAF=32;SAR=34;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131815;STB=0.572845;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00901597;OID=.;OPOS=115410234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:72:72:66:66:0.478261:34:32:45:27:34:32:45:27 chr10 115411614 . A G 743.31 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186209;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6688;QD=57.1775;RBI=0.00395782;REFB=0;REVB=-0.00349242;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00396888;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr10 115417289 . G A 1806.68 PASS AF=1;AO=118;DP=122;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185689;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.835;QD=61.2434;RBI=0.0186475;REFB=0;REVB=0.00171071;RO=0;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88269e-05;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:118:0:0:118:118:1:66:52:0:0:66:52:0:0 chr10 115422474 . A G 140.51 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0079358;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.909;QD=11.7091;RBI=0.00814053;REFB=-0.0161077;REVB=0.00181423;RO=32;SAF=4;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166869;STB=0.599867;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0349965;OID=.;OPOS=115422474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:12:4:12:20:12:4:12:20 chr10 115439569 . C T 1025.91 PASS AF=0.631206;AO=87;DP=140;FAO=89;FDP=141;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00304077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.839;QD=29.1038;RBI=0.0150706;REFB=-0.0297183;REVB=0.0147606;RO=52;SAF=35;SAR=52;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421881;STB=0.521649;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0183548;OID=.;OPOS=115439569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:52:52:87:89:0.631206:52:35:24:28:53:36:24:28 chr10 115451781 . C T 397.21 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=48;FWDB=0.000651225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.503;QD=14.1861;RBI=0.0335964;REFB=0.00177702;REVB=-0.03359;RO=66;SAF=15;SAR=31;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652473;STB=0.536669;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00216702;OID=.;OPOS=115451781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:31:15:18:48:31:15:18:48 chr10 115525175 . T C 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00690037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.046;QD=54.7457;RBI=0.00710251;REFB=-0.133211;REVB=-0.00168239;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0014974;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:0:1:53:53:0.981481:29:24:0:0:29:24:1:0 chr10 115529576 . T A 1234.97 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252702;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.177;QD=60.2423;RBI=0.0263776;REFB=-0.0197845;REVB=0.00756264;RO=1;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108852;STB=0.505746;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000437849;OID=.;OPOS=115529576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:1:1:81:81:0.987805:43:38:0:1:43:38:0:1 chr10 115535599 . T C 997.65 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.812;QD=58.6852;RBI=0.0785042;REFB=0;REVB=0.0451603;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175463;OID=.;OPOS=115535599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:68:0:0:63:68:1:34:29:0:0:35:33:0:0 chr10 115540411 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.152;QD=56.9569;RBI=0.010445;REFB=0;REVB=-0.0103042;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96555e-05;OID=.;OPOS=115540411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:26:26:0:0 chr10 115609832 . A T 117.98 PASS AF=0.171429;AO=18;DP=103;FAO=18;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=53;FSRR=23;FWDB=-0.0227399;FXX=0.0454504;HRUN=7;LEN=1;MLLD=17.5556;QD=4.49451;RBI=0.0368848;REFB=-0.0464886;REVB=-0.0290411;RO=61;SAF=15;SAR=3;SRF=45;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177379;STB=0.656367;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0368441;OID=.;OPOS=115609832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:103:105:61:76:18:18:0.171429:3:15:45:16:3:15:53:23 chr10 115609915 . C G 1402.38 PASS AF=0.978723;AO=88;DP=92;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0252769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.241;QD=59.6758;RBI=0.0336421;REFB=-0.068102;REVB=-0.0222006;RO=2;SAF=50;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00292352;STB=0.501656;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00462416;OID=.;OPOS=115609915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:94:2:2:88:92:0.978723:38:50:1:1:39:53:1:1 chr10 115644040 . G A 787.36 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.514;QD=55.2536;RBI=0.048063;REFB=-0.120622;REVB=0.0307977;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171432;STB=0.509088;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00148258;OID=.;OPOS=115644040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:27:29:0:1:27:29:0:1 chr10 115675025 . G A 582.55 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0706573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7795;QD=58.255;RBI=0.0724282;REFB=-0.124037;REVB=-0.0159183;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218009;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00171807;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:21:18:0:1:21:18:0:1 chr10 115804036 . A G 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0247219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6566;QD=13.2113;RBI=0.106968;REFB=-0.000174587;REVB=-0.104072;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749621;STB=0.543937;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00536184;OID=.;OPOS=115804036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:11:11:6:8:11:11 chr10 115805056 . G C 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00866412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.883;QD=45.4847;RBI=0.0118958;REFB=-0.0513935;REVB=0.0081512;RO=1;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237245;STB=0.524978;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000693613;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:1:2:22:22:0.916667:19:3:0:1:19:3:0:2 chr10 115910928 . G T 603.63 PASS AF=0.45;AO=63;DP=140;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0105261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.994;QD=17.2464;RBI=0.0155186;REFB=-0.0180859;REVB=-0.011403;RO=76;SAF=33;SAR=30;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878459;STB=0.552222;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0191922;OID=.;OPOS=115910928;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:76:77:63:63:0.45:30:33:33:43:30:33:33:44 chr10 115922774 . G A 457.14 PASS AF=0.55;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.000604421;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.943;QD=22.857;RBI=0.0187023;REFB=-0.0111178;REVB=-0.0186926;RO=35;SAF=26;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161721;STB=0.516348;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00855498;OID=.;OPOS=115922774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:35:36:44:44:0.55:18:26:20:15:18:26:20:16 chr10 116008464 . T A 387.78 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0192106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0157;QD=15.9907;RBI=0.0515117;REFB=0.00822744;REVB=0.0477954;RO=55;SAF=11;SAR=30;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231154;STB=0.637157;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0108295;OID=.;OPOS=116008464;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:30:11:26:29:30:11:27:29 chr10 116008497 . G A 347.36 PASS AF=0.436782;AO=32;DP=82;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00405152;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.542;QD=15.9707;RBI=0.00408964;REFB=-0.0404415;REVB=0.000557138;RO=49;SAF=8;SAR=24;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261429;STB=0.611531;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0397617;OID=.;OPOS=116008497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:49:49:32:38:0.436782:24:8:23:26:27:11:23:26 chr10 116032519 . A G 251.67 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0192005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3819;QD=17.0624;RBI=0.112948;REFB=-0.00123369;REVB=-0.111304;RO=30;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131225;STB=0.58256;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00214403;OID=.;OPOS=116032519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:17:11:16:14:17:11:17:14 chr10 116050008 . A G 357.76 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0185375;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.206;QD=19.3385;RBI=0.0215132;REFB=-0.0077568;REVB=0.0109169;RO=38;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00864496;OID=.;OPOS=116050008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:38:37:37:37:0.5:18:19:19:19:18:19:19:18 chr10 116060387 . T C 239.5 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0209895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.536;QD=35.4818;RBI=0.0215667;REFB=-0.0107988;REVB=-0.00495596;RO=6;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294417;STB=0.516114;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00339244;OID=.;OPOS=116060387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:12:9:3:3:12:9:3:3 chr10 116073696 . C T 1116.84 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7483;QD=60.3698;RBI=0.0141007;REFB=0;REVB=0.00379633;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83333e-05;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:44:29:0:0:45:29:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 748.87 PASS AF=1;AO=49;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397629;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=192.459;QD=56.5185;RBI=0.0409614;REFB=0;REVB=-0.00983614;RO=2;SAF=15;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586898;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.46275e-05;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:55:53:53:0:18:35:0:0:4:2:15:34:2:0 chr10 116183816 . C T 147.68 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0256211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.891;QD=26.8503;RBI=0.0267241;REFB=-0.0515242;REVB=-0.00759873;RO=7;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177265;STB=0.599854;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0161485;OID=.;OPOS=116183816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:12:3:3:4:12:3:3:4 chr10 116307504 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.113;QD=57.2376;RBI=0.0371506;REFB=0;REVB=-0.00614845;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76732e-05;OID=.;OPOS=116307504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr10 116335246 . G A 1756.52 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.335;QD=60.0519;RBI=0.0423815;REFB=-0.0522776;REVB=0.0372561;RO=0;SAF=44;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40696e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125359;OID=.;OPOS=116335246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:115:117:0:0:114:117:1:70:44:0:0:71:46:0:0 chr10 116621887 . A C 299.02 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0116553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4742;QD=16.1633;RBI=0.0679345;REFB=0.0107754;REVB=0.0669271;RO=41;SAF=23;SAR=10;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706526;STB=0.539881;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.0125904;OID=.;OPOS=116621887;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:10:23:26:15:10:23:26:15 chr10 116931101 . C CTT,T 663.32 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=39,4;DP=53;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502157,-0.0230186;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=45.8987,243.777;QD=61.7043;RBI=0.0110484,0.0340514;REFB=0,0;REVB=0.00984134,-0.0250927;RO=9;SAF=19,2;SAR=20,2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0537325,0.175958;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000811727,0.0411227;OID=.,.;OPOS=116931102,116931101;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:53:43:9:0:39,4:41,2:0.953488,0.0465116:20,2:19,2:3:6:20,2:21,0:0:0 chr10 117075175 . G A 1510.8 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.883;QD=63.6125;RBI=0.00174895;REFB=0;REVB=0.00114214;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86737e-07;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr10 117228794 . A G 1262.14 PASS AF=0.467626;AO=128;DP=279;FAO=130;FDP=278;FR=.;FRO=148;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=67;FSRR=81;FWDB=-0.00605316;FXX=0.0106758;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.421;QD=18.1603;RBI=0.00734255;REFB=-0.00791055;REVB=-0.00415599;RO=148;SAF=64;SAR=64;SRF=67;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459397;STB=0.525176;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00921615;OID=.;OPOS=117228794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:278:148:148:128:130:0.467626:64:64:67:81:65:65:67:81 chr10 117486763 . G T 592.42 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.00660588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.496;QD=17.2969;RBI=0.00754755;REFB=-0.0175852;REVB=-0.00365074;RO=75;SAF=31;SAR=31;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124784;STB=0.569321;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0215822;OID=.;OPOS=117486763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:75:75:62:62:0.452555:31:31:28:47:31:31:28:47 chr10 117823739 . A G 372.73 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00870806;FXX=0.0253133;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.451;QD=19.3626;RBI=0.021731;REFB=-0.0108604;REVB=0.01991;RO=39;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034301;STB=0.519074;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0109557;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:17:21:23:16:17:21:23:16 chr10 117884950 . G A 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.443;QD=64.154;RBI=0.0390516;REFB=0;REVB=0.0388667;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92473e-05;OID=.;OPOS=117884950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr10 118228694 . C T 518.99 PASS AF=0.378049;AO=62;DP=164;FAO=62;FDP=164;FR=.;FRO=102;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=-0.00526548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.98;QD=12.6584;RBI=0.00559296;REFB=-0.00552155;REVB=0.0018857;RO=101;SAF=42;SAR=20;SRF=58;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122304;STB=0.573354;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00758107;OID=.;OPOS=118228694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:101:102:62:62:0.378049:20:42:58:43:20:42:58:44 chr10 118228763 . T C 654.03 PASS AF=0.4;AO=73;DP=184;FAO=74;FDP=185;FR=.;FRO=111;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=0.0218538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4387;QD=14.1411;RBI=0.0230165;REFB=-0.00141808;REVB=-0.00722288;RO=109;SAF=44;SAR=29;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573129;STB=0.533205;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00275586;OID=.;OPOS=118228763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:109:111:73:74:0.4:29:44:60:49:30:44:60:51 chr10 118231305 . A G 478.08 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00976693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.439;QD=19.7147;RBI=0.0133936;REFB=-0.021217;REVB=0.00916492;RO=49;SAF=22;SAR=25;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113017;STB=0.556321;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0203415;OID=.;OPOS=118231305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:50:47:47:0.484536:25:22:17:32:25:22:18:32 chr10 118231360 . G A 1046.8 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000623279;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.933;QD=59.8171;RBI=0.0509066;REFB=0;REVB=0.0509028;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123654;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:68:70:1:46:22:0:0:47:23:0:0 chr10 118231362 . TA T,TG 987.48 PASS AF=0.115942,0.884058;AO=10,58;DP=69;FAO=8,61;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=7,16;FSAR=1,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647299,-0.00885141;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.638,151.883;QD=57.2452;RBI=0.00775271,0.0253511;REFB=0,0;REVB=0.00426672,0.0237557;RO=0;SAF=7,15;SAR=3,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0144623,0.00248055;OID=.,.;OPOS=118231363,118231363;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.115942,0.884058:10,58:69:8,61:69:0:7,16:1,45:0:0:26:0:7,15:3,43:0:0 chr10 118313265 . T C 481.96 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00106333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7274;QD=20.5089;RBI=0.0254666;REFB=-0.0180765;REVB=0.0254444;RO=47;SAF=23;SAR=24;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115092;STB=0.563659;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0196087;OID=.;OPOS=118313265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:24:23:29:18:24:23:29:18 chr10 118363642 . T C 2064.92 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.444;QD=62.5732;RBI=0.0361848;REFB=0;REVB=0.0361634;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102636;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:71:61:0:0:71:61:0:0 chr10 118364967 . G C 1500.4 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.605;QD=63.1749;RBI=0.032921;REFB=0;REVB=0.0326869;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67416e-05;OID=.;OPOS=118364967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:49:45:0:0:49:46:0:0 chr10 118380511 . A G 539.71 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.174;QD=59.9676;RBI=0.0546866;REFB=0;REVB=0.0440276;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159499;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:15:18:0:0:17:19:0:0 chr10 118383461 . AGA AGAG,GAG 1748.66 PASS AF=1,0;AO=111,5;DP=121;FAO=119,0;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=69,0;FSAR=50,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.184476,0.0399442;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=27.6586,10.9899;QD=58.7786;RBI=0.188241,0.0401656;REFB=0,0;REVB=0.037461,0.00421144;RO=4;SAF=63,4;SAR=48,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0291888,-0.28673;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00234013,0;OID=.,.;OPOS=118383464,118383461;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:4:0:111,5:119,0:1,0:48,1:63,4:4:0:50,0:69,0:0:0 chr10 118387282 . AG A,GG 271.07 PASS AF=0.318182,0.386364;AO=13,17;DP=44;FAO=14,17;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=0,5;FSAR=14,12;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.228191,-0.13984;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=18.9562,160.326;QD=24.6429;RBI=0.229373,0.141087;REFB=0.0292558,-0.00910741;REVB=0.023259,-0.0187233;RO=11;SAF=0,5;SAR=13,12;SRF=11;SRR=0;SSEN=0.367647,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.865849,-0.471263;STB=0.999259,0.782313;STBP=0,0.002;TYPE=del,snp;VARB=-0.145767,-0.000589755;OID=.,.;OPOS=118387283,118387282;OREF=G,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:44:44:11:13:13,17:14,17:0.318182,0.386364:13,12:0,5:11:0:14,12:0,5:13:0 chr10 118439031 . G A 489.17 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00446646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3159;QD=21.9853;RBI=0.00907088;REFB=-0.0124694;REVB=0.00789504;RO=42;SAF=20;SAR=27;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084739;STB=0.54675;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0110442;OID=.;OPOS=118439031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:27:20:22:20:27:20:22:20 chr10 118616110 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00243372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.874;QD=14.6656;RBI=0.00641757;REFB=-0.0230529;REVB=0.0059382;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237804;STB=0.636198;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.023645;OID=.;OPOS=118616110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:5:16:8:7:5:16 chr10 118620459 . A C 406.48 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0104114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.5;QD=14.1384;RBI=0.0104312;REFB=-0.0146111;REVB=0.000641742;RO=66;SAF=19;SAR=28;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131716;STB=0.574595;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0184747;OID=.;OPOS=118620459;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:68:47:47:0.408696:28:19:35:31:28:19:36:32 chr10 118969346 . T C 92.09 PASS AF=0.342857;AO=10;DP=33;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0235651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.695;QD=10.5251;RBI=0.0555098;REFB=-0.0223089;REVB=-0.0502596;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283441;STB=0.571306;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0681354;OID=.;OPOS=118969346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:33:35:22:23:10:12:0.342857:2:8:13:9:4:8:13:10 chr10 119003564 . T G 172.18 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0484788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7077;QD=26.4894;RBI=0.0586978;REFB=-0.0213399;REVB=0.0330943;RO=9;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224669;STB=0.624856;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0104407;OID=.;OPOS=119003564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:7:10:2:7:7:10:2:7 chr10 119026566 . T C 453.47 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0202174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.642;QD=19.7159;RBI=0.0497169;REFB=-0.00341451;REVB=0.0454206;RO=47;SAF=14;SAR=31;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744962;STB=0.541466;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00444885;OID=.;OPOS=119026566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:31:14:18:29:31:14:18:29 chr10 119768551 . C T 394.46 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=-0.0105334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.754;QD=13.8406;RBI=0.023603;REFB=-0.0119826;REVB=0.0211222;RO=68;SAF=25;SAR=21;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127853;STB=0.571954;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0216849;OID=.;OPOS=119768551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:68:46:46:0.403509:21:25:45:23:21:25:45:23 chr10 119774598 . T A 416.93 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0440509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2423;QD=25.2682;RBI=0.0465947;REFB=0.000461807;REVB=-0.0151851;RO=26;SAF=18;SAR=22;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00837693;STB=0.504585;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-4.90331e-05;OID=.;OPOS=119774598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:22:18:12:14:22:18:12:14 chr10 120069610 . GT CA,GC 456.11 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,30;DP=32;FAO=2,30;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307757,-0.0156648;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=148.172,189.714;QD=57.0138;RBI=0.0308003,0.015704;REFB=0,0;REVB=-0.00123182,0.00110926;RO=0;SAF=2,22;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0755245,5.30837e-05;OID=.,.;OPOS=120069610,120069611;OREF=GT,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:32:32:0:0:2,30:2,30:0.0625,0.9375:0,8:2,22:0:0:0,8:2,22:0:0 chr10 120070427 . G T 93.22 PASS AF=0.545455;AO=9;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0547183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.628;QD=16.9499;RBI=0.0550349;REFB=-0.00280743;REVB=-0.00589494;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293173;STB=0.604677;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00268295;OID=.;OPOS=120070427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:21:22:10:10:9:12:0.545455:7:2:2:8:7:5:2:8 chr10 120353910 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.613;QD=57.6806;RBI=0.0341675;REFB=0;REVB=0.0329994;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207528;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr10 120791060 . A C 380.2 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743746;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.778;QD=56.3253;RBI=0.0805918;REFB=0;REVB=0.0310395;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067748;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr10 120791778 . TAAATACC T 118.93 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00289907;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=336.388;QD=7.43333;RBI=0.00567351;REFB=-0.00411463;REVB=0.00487689;RO=37;SAF=15;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133856;STB=0.57863;STBP=0.38;TYPE=del;VARB=0.0084686;OID=.;OPOS=120791779;OREF=AAATACC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:22:64:22:64:42:15:7:24:18:99:37:15:7:21:16 chr10 120791983 . C A 76.05 PASS AF=0.75;AO=7;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.078939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9413;QD=25.3514;RBI=0.0853301;REFB=0.0281442;REVB=-0.0324015;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21311;STB=0.588033;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00816762;OID=.;OPOS=120791983;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:7:9:0.75:5:2:2:1:6:3:2:1 chr10 120792297 . G GCTA 728.04 PASS AF=0.838235;AO=57;DP=69;FAO=57;FDP=68;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00492607;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=348.989;QD=42.8258;RBI=0.0188863;REFB=-0.00603983;REVB=0.0182326;RO=12;SAF=23;SAR=34;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872691;STB=0.553262;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.000860938;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.838235:57:69:57:68:11:23:34:8:3:59:12:23:34:8:4 chr10 120792684 . A G 324.03 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.595;QD=54.0046;RBI=0.076408;REFB=0;REVB=0.0747459;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792025;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:20:24:1:12:8:0:0:16:8:0:0 chr10 120792703 . C A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.788;QD=59.0184;RBI=0.0556042;REFB=0;REVB=0.00172781;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262282;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr10 120820528 . A G 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.8931;QD=51.1779;RBI=0.0524418;REFB=0;REVB=0.0234698;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033357;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr10 120828969 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.082;QD=56.1912;RBI=0.0608446;REFB=0;REVB=0.0580198;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042479;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr10 120896027 . G A 1137.38 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000811164;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.903;QD=59.8622;RBI=0.0452185;REFB=0;REVB=-0.0452112;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462843;OID=.;OPOS=120896027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:43:31:0:0:43:33:0:0 chr10 120909785 . C T 540.93 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.00209529;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.823;QD=20.8049;RBI=0.00398371;REFB=-0.0015929;REVB=0.00338817;RO=49;SAF=31;SAR=24;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13403;STB=0.573472;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00106221;OID=.;OPOS=120909785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:49:49:55:55:0.528846:24:31:35:14:24:31:35:14 chr10 120917445 . G A 272.75 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0176193;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.466;QD=17.5968;RBI=0.0287591;REFB=-0.00916312;REVB=0.0227298;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485445;STB=0.534684;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00920905;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:29:30:0.483871:16:13:16:16:17:13:16:16 chr10 120919246 . T C 383.67 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132171;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8029;QD=56.8404;RBI=0.0252333;REFB=0;REVB=0.0214949;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158338;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr10 120920588 . T C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0375407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1025;QD=14.1953;RBI=0.0376654;REFB=0.0260674;REVB=0.00306258;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083897;STB=0.548953;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.0358677;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:9:13:10:5:9:13 chr10 120933324 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.303;QD=10.0749;RBI=0.0355415;REFB=-0.00802195;REVB=-0.0355415;RO=14;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0152546;OID=.;OPOS=120933324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:8:0:0:14:8:0:0:14 chr10 121286832 . C T 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0048077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.087;QD=10.667;RBI=0.00560973;REFB=-0.0285845;REVB=0.00289051;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45528;STB=0.775545;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.029131;OID=.;OPOS=121286832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:2:8:7:11:2:8:7:11 chr10 121436362 . A G 375.71 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00503383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.38;QD=23.8548;RBI=0.0107936;REFB=-0.0023923;REVB=-0.00954792;RO=26;SAF=18;SAR=19;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678497;STB=0.537255;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00271983;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:19:18:15:11:19:18:15:11 chr10 121527965 . C T 288.5 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00564463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.506;QD=13.738;RBI=0.012358;REFB=-0.0149071;REVB=0.0109935;RO=48;SAF=14;SAR=19;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165181;STB=0.587295;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0237895;OID=.;OPOS=121527965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:48:51:33:33:0.392857:19:14:28:20:19:14:29:22 chr10 121589402 . T G 1491.56 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.9615;QD=63.4707;RBI=0.0259397;REFB=0;REVB=0.021763;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48723e-05;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:56:38:0:0:56:38:0:0 chr10 121679013 . A G 1682.68 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.012629;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.818;QD=58.528;RBI=0.0144686;REFB=-0.0158141;REVB=0.00706039;RO=2;SAF=46;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00317565;STB=0.501673;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=4.19213e-05;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:113:113:0.982609:67:46:1:1:67:46:1:1 chr10 121718112 . C G,T 788.94 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,53;DP=55;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487467,0.0456491;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.386,94.7289;QD=56.3525;RBI=0.0632765,0.0504091;REFB=0,0;REVB=-0.0403444,0.0213832;RO=0;SAF=1,18;SAR=1,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.145397,0.000777123;OID=.,.;OPOS=121718112,121718112;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:56:0:0:2,53:2,54:0.0357143,0.964286:1,35:1,18:0:0:1,36:1,18:0:0 chr10 122216862 . C T 2777.58 PASS AF=0.994505;AO=169;DP=172;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0632916;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.368;QD=61.0457;RBI=0.0663098;REFB=-0.0721151;REVB=0.0197779;RO=2;SAF=90;SAR=79;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000727507;STB=0.503144;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000394384;OID=.;OPOS=122216862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:182:2:1:169:181:0.994505:79:90:1:1:79:102:0:1 chr10 122358342 . G C 1154.3 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2793;QD=59.195;RBI=0.0477841;REFB=-0.103242;REVB=0.0336361;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126197;STB=0.506665;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00100754;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:40:37:1:0:40:37:1:0 chr10 122358604 . C T 316.39 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0181695;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.932;QD=46.872;RBI=0.0206925;REFB=-0.144956;REVB=-0.00990197;RO=1;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226226;STB=0.52271;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00934162;OID=.;OPOS=122358604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:27:1:2:24:25:0.925926:20:4:0:1:21:4:0:2 chr10 122358657 . A T 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.7074;QD=44.6897;RBI=0.00192476;REFB=0;REVB=0.00192476;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85154e-05;OID=.;OPOS=122358657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:12:0:0:0:13:0:0:0 chr10 122358876 . TGA T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152565;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.403;QD=56.9569;RBI=0.0532223;REFB=0;REVB=0.0532005;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00012988;OID=.;OPOS=122358877;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:52:52:52:0:22:30:0:0:4:0:22:30:0:0 chr10 122359040 . A G 610.16 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.09;QD=61.0163;RBI=0.0264909;REFB=0;REVB=-0.0117813;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14209e-05;OID=.;OPOS=122359040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:12:26:0:0:13:27:0:0 chr10 122359580 . C A 1375.85 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.25;QD=62.5388;RBI=0.0505352;REFB=0;REVB=0.0181517;RO=0;SAF=27;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01049e-05;OID=.;OPOS=122359580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:60:27:0:0:60:28:0:0 chr10 122624679 . G A 1139.05 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00218299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5731;QD=59.1716;RBI=0.00219981;REFB=0.0345739;REVB=-0.000271454;RO=1;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141217;STB=0.507244;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-1.30571e-05;OID=.;OPOS=122624679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:33:42:0:1:34:42:0:1 chr10 122645376 . A T 722.3 PASS AF=0.947368;AO=53;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.128088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.433;QD=50.6874;RBI=0.128345;REFB=-0.165451;REVB=0.00811957;RO=4;SAF=16;SAR=37;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10422;STB=0.540525;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00323872;OID=.;OPOS=122645376;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:4:3:53:54:0.947368:37:16:4:0:37:17:3:0 chr10 122663585 . G A 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.787;QD=63.0524;RBI=0.00979448;REFB=0;REVB=-0.0069223;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27086e-05;OID=.;OPOS=122663585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chr10 122665459 . C G 2230.88 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=144;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00204735;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6845;QD=62.8416;RBI=0.0253882;REFB=-0.0744524;REVB=0.0253055;RO=1;SAF=66;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714996;STB=0.503759;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0012802;OID=.;OPOS=122665459;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:144:142:1:1:141:141:0.992958:75:66:1:0:75:66:1:0 chr10 123239112 . G A 703.35 PASS AF=0.447059;AO=75;DP=168;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=0.00472525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.653;QD=16.5494;RBI=0.0186578;REFB=-0.020787;REVB=-0.0180496;RO=93;SAF=46;SAR=29;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162524;STB=0.588249;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0225119;OID=.;OPOS=123239112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:93:94:75:76:0.447059:29:46:42:51:30:46:42:52 chr10 123298158 . T C 4002.09 PASS AF=1;AO=255;DP=257;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=159;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.691;QD=62.2894;RBI=0.0254617;REFB=0;REVB=0.0228539;RO=0;SAF=158;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22278e-05;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:257:257:0:0:255:257:1:97:158:0:0:98:159:0:0 chr10 123549691 . T G 353.3 PASS AF=0.652174;AO=29;DP=45;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00370326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.218;QD=30.722;RBI=0.00371805;REFB=-0.0014532;REVB=0.000331356;RO=15;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244809;STB=0.646959;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000605172;OID=.;OPOS=123549691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:15:16:29:30:0.652174:19:10:11:4:20:10:12:4 chr10 123596254 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2439;QD=51.1825;RBI=0.0570593;REFB=0;REVB=0.0426034;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025392;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr10 123673339 . T C 710.29 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.147;QD=54.6375;RBI=0.017894;REFB=-0.100674;REVB=0.0125001;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144898;STB=0.507689;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000837387;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:32:19:0:1:32:19:0:1 chr10 123845322 . T C 718.16 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00221549;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.428;QD=54.2004;RBI=0.0243503;REFB=-0.164115;REVB=0.0242493;RO=1;SAF=33;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140577;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000344828;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:51:52:0.981132:18:33:1:0:18:34:1:0 chr10 123976391 . C A 1261.66 PASS AF=0.910891;AO=91;DP=100;FAO=92;FDP=101;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.00402279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.468;QD=49.9666;RBI=0.0102713;REFB=-0.150785;REVB=0.00945076;RO=9;SAF=39;SAR=52;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976744;STB=0.551713;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00470766;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:100:101:9:9:91:92:0.910891:52:39:9:0:53:39:9:0 chr10 123996976 . G A 266.61 PASS AF=0.6;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0135177;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2453;QD=26.6611;RBI=0.0226653;REFB=-0.0359661;REVB=-0.0181931;RO=16;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751633;STB=0.541632;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0232404;OID=.;OPOS=123996976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:16:16:24:24:0.6:13:11:9:7:13:11:9:7 chr10 124001539 . G C 185.52 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.028384;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.3996;QD=13.7419;RBI=0.0569291;REFB=0.013687;REVB=0.0493485;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142646;STB=0.590826;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0166242;OID=.;OPOS=124001539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:9:13:14:17:9:13:14:18 chr10 124013604 . C A 488.36 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=-0.0155224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.5;QD=15.3815;RBI=0.015676;REFB=-0.0115775;REVB=-0.00218949;RO=73;SAF=24;SAR=30;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215893;STB=0.620646;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.014234;OID=.;OPOS=124013604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:73:54:54:0.425197:30:24:48:25:30:24:48:25 chr10 124089036 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.32;QD=60.2046;RBI=0.0342341;REFB=0;REVB=-0.0115627;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60664e-05;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr10 124089075 . G A 376.13 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00458912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5167;QD=21.1907;RBI=0.0187941;REFB=-0.026188;REVB=0.0182252;RO=32;SAF=15;SAR=23;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16559;STB=0.584846;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0223172;OID=.;OPOS=124089075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:33:38:38:0.535211:23:15:19:13:23:15:19:14 chr10 124096035 . T C 252.16 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00364496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.814;QD=27.2607;RBI=0.00432409;REFB=-0.0094748;REVB=-0.00232638;RO=14;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999037;STB=0.561043;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00449001;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:14:8:7:7:15:8:7:7 chr10 124096041 . T C 296.94 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000202493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.617;QD=28.9694;RBI=0.00884938;REFB=-0.0474927;REVB=-0.00884706;RO=15;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056653;STB=0.531226;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00754467;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:16:10:7:8:16:10:7:8 chr10 124096061 . A C 334.54 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00276271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.911;QD=27.309;RBI=0.00280383;REFB=-0.0132127;REVB=-0.000478436;RO=20;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648239;STB=0.535792;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0085575;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:17:12:10:10:17:12:10:10 chr10 124183732 . T C 3861.79 PASS AF=1;AO=241;DP=241;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151203;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7049;QD=63.8312;RBI=0.0338806;REFB=0;REVB=-0.0303195;RO=0;SAF=115;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.66116e-05;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:242:0:0:241:242:1:126:115:0:0:127:115:0:0 chr10 124189197 . A G 757.94 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0484738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2062;QD=54.1383;RBI=0.0729382;REFB=-0.0553219;REVB=0.0545001;RO=0;SAF=42;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50588;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00165054;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:54:55:0.982143:12:42:0:0:13:42:1:0 chr10 124214448 . G T 510.22 PASS AF=0.55814;AO=47;DP=85;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0173604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.121;QD=23.7313;RBI=0.0183562;REFB=-0.018403;REVB=0.00596403;RO=38;SAF=27;SAR=20;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372793;STB=0.507393;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0149356;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:38:38:47:48:0.55814:20:27:22:16:21:27:22:16 chr10 124271528 . C T 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0243215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.79;QD=15.165;RBI=0.0243905;REFB=-0.00718325;REVB=0.00183404;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474967;STB=0.518256;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0101734;OID=.;OPOS=124271528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:13:10:14:15:13:10:14:16 chr10 124320355 . G A 350.15 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0393889;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.547;QD=17.5073;RBI=0.0411411;REFB=-0.0126532;REVB=-0.0118785;RO=38;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116592;STB=0.513506;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0124723;OID=.;OPOS=124320355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:38:43:37:37:0.4625:19:18:18:20:19:18:22:21 chr10 124329710 . C A 361.98 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00689794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.321;QD=17.8757;RBI=0.0112084;REFB=-0.00832559;REVB=-0.00883444;RO=42;SAF=22;SAR=16;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184867;STB=0.596849;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0118786;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:43:38:38:0.469136:16:22:16:26:16:22:17:26 chr10 124329746 . A T 275.74 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00163345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.492;QD=18.0815;RBI=0.003927;REFB=-0.0177735;REVB=-0.00357116;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195097;STB=0.589963;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0197197;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:31:30:30:0.491803:14:16:9:20:14:16:11:20 chr10 124330427 . C T 534.87 PASS AF=0.446154;AO=55;DP=126;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0247826;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7898;QD=16.4574;RBI=0.0308044;REFB=-0.00752562;REVB=-0.0182957;RO=69;SAF=36;SAR=19;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195453;STB=0.608318;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0192738;OID=.;OPOS=124330427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:130:69:72:55:58:0.446154:19:36:32:37:19:39:35:37 chr10 124330459 . G A 724.96 PASS AF=0.503546;AO=71;DP=141;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.0149483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.392;QD=20.5662;RBI=0.0251519;REFB=0.00570178;REVB=-0.0202278;RO=70;SAF=33;SAR=38;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134133;STB=0.573792;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00732616;OID=.;OPOS=124330459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:70:70:71:71:0.503546:38:33:43:27:38:33:43:27 chr10 124331867 . C T 3220.02 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.81;QD=61.9234;RBI=0.00544188;REFB=0;REVB=0.00509568;RO=0;SAF=87;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44138e-06;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:208:208:1:121:87:0:0:121:87:0:0 chr10 124339332 . T C 2273.87 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.284;QD=63.6047;RBI=0.0467998;REFB=0;REVB=0.007975;RO=0;SAF=81;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93524e-05;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:62:81:0:0:62:81:0:0 chr10 124348643 . G A 781.7 PASS AF=0.460674;AO=82;DP=178;FAO=82;FDP=178;FR=.;FRO=96;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=38;FSRR=58;FWDB=-0.00195162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.765;QD=17.5664;RBI=0.00494219;REFB=-0.00492447;REVB=-0.00454053;RO=96;SAF=26;SAR=56;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851843;STB=0.547331;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00496809;OID=.;OPOS=124348643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:96:96:82:82:0.460674:56:26:38:58:56:26:38:58 chr10 124351013 . C T 705.74 PASS AF=0.48951;AO=70;DP=143;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.00263326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5292;QD=19.7411;RBI=0.00327247;REFB=0.00169839;REVB=-0.00194294;RO=73;SAF=34;SAR=36;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070114;STB=0.538696;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00153947;OID=.;OPOS=124351013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:73:73:70:70:0.48951:36:34:41:32:36:34:41:32 chr10 124351954 . G A 893.93 PASS AF=0.463415;AO=95;DP=205;FAO=95;FDP=205;FR=.;FRO=110;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=73;FWDB=0.0130294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.59;QD=17.4425;RBI=0.0270132;REFB=-0.0215917;REVB=0.0236633;RO=110;SAF=46;SAR=49;SRF=37;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144657;STB=0.579796;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0090011;OID=.;OPOS=124351954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:110:110:95:95:0.463415:49:46:37:73:49:46:37:73 chr10 124353100 . C T 306.69 PASS AF=0.345133;AO=38;DP=113;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.031762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.48;QD=10.8563;RBI=0.0325073;REFB=-0.00152252;REVB=0.0069212;RO=74;SAF=21;SAR=17;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488796;STB=0.520398;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00244087;OID=.;OPOS=124353100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:74:74:38:39:0.345133:17:21:44:30:17:22:44:30 chr10 124357536 . T A 818.55 PASS AF=0.491228;AO=84;DP=171;FAO=84;FDP=171;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=0.00140527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9695;QD=19.1473;RBI=0.0335454;REFB=-0.0459877;REVB=-0.0335159;RO=87;SAF=47;SAR=37;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123688;STB=0.568137;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0472375;OID=.;OPOS=124357536;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:87:87:84:84:0.491228:37:47:37:50:37:47:37:50 chr10 124358420 . C G 786.65 PASS AF=0.42;AO=83;DP=197;FAO=84;FDP=200;FR=.;FRO=116;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=78;FWDB=0.104798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6264;QD=15.7329;RBI=0.108484;REFB=0.0024135;REVB=0.0280392;RO=112;SAF=38;SAR=45;SRF=37;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13422;STB=0.580592;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00230509;OID=.;OPOS=124358420;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:200:112:116:83:84:0.42:45:38:37:75:45:39:38:78 chr10 124358483 . G A 704.29 PASS AF=0.465839;AO=75;DP=158;FAO=75;FDP=161;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.0463308;FXX=0.0122692;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2907;QD=17.4978;RBI=0.0574599;REFB=-0.0229095;REVB=-0.0339868;RO=83;SAF=27;SAR=48;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143448;STB=0.571409;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.029157;OID=.;OPOS=124358483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:161:83:86:75:75:0.465839:48:27:42:41:48:27:42:44 chr10 124377608 . A G 408.09 PASS AF=0.347518;AO=49;DP=140;FAO=49;FDP=141;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=72;FWDB=-0.0174664;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.747;QD=11.5769;RBI=0.0241665;REFB=-0.016222;REVB=-0.0167016;RO=88;SAF=7;SAR=42;SRF=20;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164753;STB=0.586917;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0321713;OID=.;OPOS=124377608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:88:92:49:49:0.347518:42:7:20:68:42:7:20:72 chr10 124377837 . T C 865.16 PASS AF=0.552632;AO=84;DP=152;FAO=84;FDP=152;FR=.;FRO=68;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.00644632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.897;QD=22.7674;RBI=0.0412276;REFB=-0.015629;REVB=0.0407206;RO=68;SAF=48;SAR=36;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00175778;STB=0.500959;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0142825;OID=.;OPOS=124377837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:68:68:84:84:0.552632:36:48:39:29:36:48:39:29 chr10 124379794 . G A 735.66 PASS AF=0.458824;AO=78;DP=172;FAO=78;FDP=170;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=-0.0027874;FXX=0.0116272;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.67;QD=17.3096;RBI=0.00904634;REFB=0.0122611;REVB=-0.0086062;RO=92;SAF=39;SAR=39;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106176;STB=0.558809;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0160287;OID=.;OPOS=124379794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:92:92:78:78:0.458824:39:39:36:56:39:39:36:56 chr10 124380676 . C A 905.84 PASS AF=0.481481;AO=88;DP=187;FAO=91;FDP=189;FR=.;FRO=98;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=36;FSRR=62;FWDB=0.00638823;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.636;QD=19.1712;RBI=0.0111751;REFB=-0.023938;REVB=0.00916914;RO=99;SAF=36;SAR=52;SRF=37;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352831;STB=0.532703;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0237212;OID=.;OPOS=124380676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:99:98:88:91:0.481481:52:36:37:62:52:39:36:62 chr10 124402677 . A G 471.46 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0240873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1518;QD=23.5729;RBI=0.0470268;REFB=-0.0379626;REVB=-0.0403897;RO=34;SAF=18;SAR=27;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801678;STB=0.550997;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0353179;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:34:35:45:45:0.5625:27:18:17:17:27:18:18:17 chr10 124457452 . C T 568.65 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=133;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.00266193;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.331;QD=17.1021;RBI=0.00896883;REFB=-0.0131047;REVB=-0.0085647;RO=70;SAF=26;SAR=34;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512285;STB=0.518023;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0136654;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:70:73:60:60:0.451128:34:26:34:36:34:26:34:39 chr10 124457969 . C G 411.75 PASS AF=0.47191;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0317923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9412;QD=18.5057;RBI=0.0741877;REFB=0.0063015;REVB=-0.0670303;RO=47;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827698;STB=0.551736;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00755912;OID=.;OPOS=124457969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:47:47:41:42:0.47191:20:21:20:27:20:22:20:27 chr10 124585833 . T C 492.62 PASS AF=0.515789;AO=44;DP=91;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00246306;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.836;QD=20.7419;RBI=0.0538845;REFB=-0.0193825;REVB=0.0538281;RO=43;SAF=19;SAR=25;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923299;STB=0.545788;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0225304;OID=.;OPOS=124585833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:43:46:44:49:0.515789:25:19:23:20:27:22:25:21 chr10 124610027 . G A 312.45 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00981155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6507;QD=12.1341;RBI=0.0385729;REFB=-0.00182156;REVB=-0.0373041;RO=65;SAF=22;SAR=16;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179215;STB=0.602381;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00245937;OID=.;OPOS=124610027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:16:22:27:38:16:22:27:38 chr10 124648150 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0298549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9879;QD=10.3792;RBI=0.0364541;REFB=-0.00036351;REVB=0.0209186;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589112;STB=0.535635;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00443899;OID=.;OPOS=124648150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:8:8:5:4:8:8 chr10 124742792 . G A 324.62 PASS AF=0.5;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=-0.00648565;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.014;QD=19.0955;RBI=0.0106344;REFB=-0.0169985;REVB=0.0084278;RO=30;SAF=25;SAR=9;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155647;STB=0.559826;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0150034;OID=.;OPOS=124742792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:30:34:34:34:0.5:9:25:26:4:9:25:28:6 chr10 124742895 . G C 403.49 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=0.0110606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.148;QD=16.8122;RBI=0.0147856;REFB=-0.0130996;REVB=-0.00981204;RO=54;SAF=29;SAR=13;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156131;STB=0.508758;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0182267;OID=.;OPOS=124742895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:13:29:38:16:13:29:38:16 chr10 124800853 . C T 636.17 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=-0.0394078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.745;QD=18.4397;RBI=0.0455929;REFB=-0.00651952;REVB=-0.0229291;RO=72;SAF=33;SAR=32;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178652;STB=0.594368;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0133553;OID=.;OPOS=124800853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:72:73:65:65:0.471014:32:33:23:49:32:33:24:49 chr10 124816515 . C G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5241;QD=62.9822;RBI=0.030025;REFB=0;REVB=0.00522898;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003312;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr10 124896963 . C T 1140.55 PASS AF=0.479167;AO=115;DP=240;FAO=115;FDP=240;FR=.;FRO=125;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=0.0721209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8416;QD=19.0091;RBI=0.0750901;REFB=-0.0237664;REVB=0.0209069;RO=125;SAF=63;SAR=52;SRF=60;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642562;STB=0.535405;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0261;OID=.;OPOS=124896963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:125:125:115:115:0.479167:52:63:60:65:52:63:60:65 chr10 125426565 . G C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.622;QD=59.829;RBI=0.0215948;REFB=0;REVB=0.0189411;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06919e-05;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:54:49:0:0:54:49:0:0 chr10 125449015 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.903;QD=57.7122;RBI=0.00982137;REFB=0;REVB=0.000842932;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75259e-05;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr10 125450857 . C G 1180.2 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.449;QD=59.7568;RBI=0.113276;REFB=0;REVB=0.0563753;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480939;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:71:79:1:25:46:0:0:25:54:0:0 chr10 125506302 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.065;QD=62.9829;RBI=0.0147075;REFB=0;REVB=-0.00963852;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03269e-06;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr10 125528048 . G A 4651.45 PASS AF=1;AO=292;DP=298;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137403;FXX=0.016778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.006;QD=63.501;RBI=0.0219811;REFB=0;REVB=0.0171573;RO=0;SAF=131;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324911;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:298:293:0:0:292:293:1:161:131:0:0:161:132:0:0 chr10 126089434 . G A 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0182404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.629;QD=18.4268;RBI=0.0321624;REFB=-0.00884445;REVB=-0.0264897;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191975;STB=0.607066;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.013632;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:28:28:28:0.5:17:11:16:10:17:11:17:11 chr10 126172863 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.241;QD=63.8718;RBI=0.0565381;REFB=0;REVB=-0.022711;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141917;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr10 126517989 . G A 270.23 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0246009;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.733;QD=14.0378;RBI=0.0259559;REFB=-0.0204249;REVB=0.00827678;RO=46;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107972;STB=0.561364;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0339952;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:15:16:19:27:15:16:19:27 chr10 126674093 . T A,C 778.28 PASS AF=0.0204082,0.979592;AO=2,47;DP=49;FAO=1,48;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147796,0.00819199;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.229,161.053;QD=63.5333;RBI=0.027415,0.044188;REFB=0,0;REVB=-0.0230899,0.043422;RO=0;SAF=0,25;SAR=2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0363688,0.00182447;OID=.,.;OPOS=126674093,126674093;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:49:49:0:0:2,47:1,48:0.0204082,0.979592:2,22:0,25:0:0:0,24:1,24:0:0 chr10 126674227 . C CT 1114.99 PASS AF=1;AO=108;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.3305;QD=35.6798;RBI=0.0783661;REFB=0;REVB=-0.0496537;RO=8;SAF=44;SAR=64;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00083843;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:108:123:125:125:0:51:74:0:0:24:8:44:64:4:4 chr10 126677239 . GAAGAA G 120.32 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00272413;FXX=0.079968;HRUN=2;LEN=5;MLLD=238.832;QD=20.9253;RBI=0.0177758;REFB=-0.0121682;REVB=0.0175658;RO=6;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511612;STBP=0.941;TYPE=del;VARB=0.00708987;OID=.;OPOS=126677240;OREF=AAGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.652174:14:24:15:23:8:8:7:4:4:48:6:7:7:3:3 chr10 126677262 . G A 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0261492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.205;QD=5.37246;RBI=0.0317165;REFB=-0.0033327;REVB=-0.0179485;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120838;STB=0.578755;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0165255;OID=.;OPOS=126677262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:4:4:12:18:4:4:12:18 chr10 126677266 . A T 60.75 PASS AF=0.219512;AO=8;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0360499;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.6687;QD=5.9264;RBI=0.101292;REFB=-0.00838887;REVB=-0.0946597;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195377;STB=0.638005;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0127367;OID=.;OPOS=126677266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:24:32:8:9:0.219512:3:5:11:13:4:5:12:20 chr10 126677287 . GACAA G 48.83 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0191759;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=279.531;QD=3.90651;RBI=0.0215044;REFB=-0.00862514;REVB=-0.00973263;RO=41;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742608;STB=0.559852;STBP=0.73;TYPE=del;VARB=0.0337381;OID=.;OPOS=126677288;OREF=ACAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16:8:50:8:50:42:4:4:18:24:48:41:4:4:18:23 chr10 126677308 . A T 64.92 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0300567;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.6673;QD=4.89972;RBI=0.0338958;REFB=-0.0137749;REVB=-0.0156691;RO=42;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264162;STB=0.678496;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0482391;OID=.;OPOS=126677308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:52:53:42:43:10:10:0.188679:4:6:16:26:4:6:16:27 chr10 126677323 . A T 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0161382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.115;QD=4.72363;RBI=0.0247742;REFB=-0.000784771;REVB=-0.0187968;RO=44;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231548;STB=0.65188;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0051004;OID=.;OPOS=126677323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:4:6:18:26:4:6:18:26 chr10 126677367 . T G 31.64 PASS AF=0.115385;AO=5;DP=51;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00244451;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.089;QD=2.43392;RBI=0.00518352;REFB=-0.00405382;REVB=0.00457091;RO=46;SAF=3;SAR=2;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205775;STB=0.715366;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0338324;OID=.;OPOS=126677367;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:52:46:46:5:6:0.115385:2:3:19:27:2:4:19:27 chr10 126683071 . G C 52.58 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=0.0114948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.995;QD=1.98397;RBI=0.0345526;REFB=-0.000734874;REVB=0.0325846;RO=93;SAF=7;SAR=5;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429043;STB=0.527198;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00442486;OID=.;OPOS=126683071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:106:106:93:94:12:12:0.113208:5:7:51:42:5:7:52:42 chr10 126683075 . T A 39.04 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=0.014831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.835;QD=1.47318;RBI=0.0328393;REFB=-0.002222;REVB=0.0292995;RO=94;SAF=5;SAR=5;SRF=54;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871909;STB=0.556492;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0150325;OID=.;OPOS=126683075;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:106:94:96:10:10:0.0943396:5:5:54:40:5:5:54:42 chr10 126683087 . T C 87.43 PASS AF=0.152542;AO=17;DP=118;FAO=18;FDP=118;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.00571116;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.273;QD=2.96376;RBI=0.0274148;REFB=-0.0064552;REVB=0.0268133;RO=101;SAF=7;SAR=10;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129436;STB=0.610988;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0317751;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:118:118:101:100:17:18:0.152542:10:7:52:49:11:7:52:48 chr10 126683103 . C T 63.66 PASS AF=0.119048;AO=15;DP=126;FAO=15;FDP=126;FR=.;FRO=111;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=-0.0191427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.051;QD=2.02087;RBI=0.0570544;REFB=-0.00972254;REVB=-0.0537473;RO=107;SAF=5;SAR=10;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202019;STB=0.644965;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0803779;OID=.;OPOS=126683103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:126:126:107:111:15:15:0.119048:10:5:53:54:10:5:55:56 chr10 126683123 . A C 148.75 PASS AF=0.208333;AO=25;DP=118;FAO=25;FDP=120;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0596609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0994;QD=4.95844;RBI=0.0605147;REFB=-0.0184914;REVB=-0.0101295;RO=93;SAF=9;SAR=16;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185966;STB=0.616538;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0510879;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:93:95:25:25:0.208333:16:9:47:46:16:9:48:47 chr10 126683150 . AC AT,GT 97.15 PASS AF=0.113043,0.0608696;AO=13,7;DP=117;FAO=13,7;FDP=115;FR=.;FRO=95;FSAF=5,3;FSAR=8,4;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.00955814,0.00203753;FXX=0.0170926;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=84.8336,133.422;QD=3.37907;RBI=0.0566619,0.0460138;REFB=-0.00285878,-0.00262892;REVB=-0.05585,-0.0459686;RO=95;SAF=5,3;SAR=8,4;SRF=51;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.184938,-0.113047;STB=0.632566,0.599718;STBP=0.338,0.599;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0200707,0.0285517;OID=.,.;OPOS=126683151,126683150;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:117:115:95:95:13,7:13,7:0.113043,0.0608696:8,4:5,3:51:44:8,4:5,3:51:44 chr10 126683162 . C T 110.94 PASS AF=0.18018;AO=20;DP=111;FAO=20;FDP=111;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.00036097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.465;QD=3.9979;RBI=0.0108429;REFB=-0.00473962;REVB=-0.0108369;RO=91;SAF=8;SAR=12;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188301;STB=0.621309;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0158328;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:91:91:20:20:0.18018:12:8:50:41:12:8:50:41 chr10 126683190 . C A 124.66 PASS AF=0.19802;AO=20;DP=101;FAO=20;FDP=101;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0118351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.653;QD=4.93704;RBI=0.0147297;REFB=-0.00295258;REVB=-0.00876889;RO=80;SAF=8;SAR=12;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142433;STB=0.585571;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0135793;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:80:81:20:20:0.19802:12:8:41:39:12:8:41:40 chr10 126683197 . T C 48.49 PASS AF=0.112245;AO=11;DP=99;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0150882;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.113;QD=1.97909;RBI=0.0210187;REFB=-0.00162723;REVB=0.0146332;RO=87;SAF=4;SAR=7;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144842;STB=0.607349;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0255523;OID=.;OPOS=126683197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:99:98:87:87:11:11:0.112245:7:4:42:45:7:4:42:45 chr10 126714714 . G C 770.71 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.05129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.364;QD=55.0504;RBI=0.0625442;REFB=-0.169065;REVB=0.0357927;RO=1;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122458;STB=0.506491;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000666171;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:38:17:0:1:38:17:0:1 chr10 126714966 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7476;QD=48.7352;RBI=0.0615519;REFB=0;REVB=-0.056535;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157681;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr10 126721441 . C A 612.83 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=361.001;QD=61.2832;RBI=0.0528653;REFB=0;REVB=0.0261171;RO=0;SAF=6;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25591e-05;OID=.;OPOS=126721441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:33:6:0:0:34:6:0:0 chr10 126727602 . T A 54.92 PASS AF=0.113043;AO=13;DP=115;FAO=13;FDP=115;FR=.;FRO=102;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=68;FWDB=-0.0122569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.864;QD=1.91041;RBI=0.0335243;REFB=0.00218455;REVB=0.0312033;RO=102;SAF=2;SAR=11;SRF=34;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279085;STB=0.714418;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0114947;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:115:115:102:102:13:13:0.113043:11:2:34:68:11:2:34:68 chr10 126727604 . T C 61.76 PASS AF=0.121739;AO=14;DP=115;FAO=14;FDP=115;FR=.;FRO=101;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=68;FWDB=-0.0348109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6208;QD=2.14834;RBI=0.0348201;REFB=-0.00551932;REVB=-0.000797361;RO=101;SAF=3;SAR=11;SRF=33;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17064;STB=0.625396;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0363433;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:115:115:101:101:14:14:0.121739:11:3:33:68:11:3:33:68 chr10 126727630 . T G 49.68 PASS AF=0.115789;AO=11;DP=98;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=61;FWDB=0.00744601;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.788;QD=2.09176;RBI=0.0160661;REFB=-0.000747597;REVB=0.0142365;RO=84;SAF=1;SAR=10;SRF=23;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341414;STB=0.771078;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00753265;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:98:95:84:84:11:11:0.115789:10:1:23:61:10:1:23:61 chr10 127462525 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.549;QD=57.202;RBI=0.0858518;REFB=0;REVB=-0.0704251;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324249;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr10 127530325 . T C 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0222959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.923;QD=17.6164;RBI=0.0260851;REFB=-0.0134703;REVB=0.0135397;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894198;STB=0.505046;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0180435;OID=.;OPOS=127530325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:11:16:14:10:11:16 chr10 127579186 . C A 175.39 PASS AF=0.162791;AO=35;DP=217;FAO=35;FDP=215;FR=.;FRO=180;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=82;FSRR=98;FWDB=-0.0331575;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.269;QD=3.26306;RBI=0.0354276;REFB=-0.0063199;REVB=-0.0124776;RO=179;SAF=15;SAR=20;SRF=81;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312072;STB=0.522898;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0327789;OID=.;OPOS=127579186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:215:179:180:35:35:0.162791:20:15:81:98:20:15:82:98 chr10 127579210 . T C 81.33 PASS AF=0.102679;AO=22;DP=223;FAO=23;FDP=224;FR=.;FRO=201;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=91;FSRR=110;FWDB=0.0235959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0569;QD=1.45231;RBI=0.0576861;REFB=0.000412374;REVB=0.0526395;RO=199;SAF=8;SAR=14;SRF=90;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109566;STB=0.556389;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00143879;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:223:224:199:201:22:23:0.102679:14:8:90:109:14:9:91:110 chr10 127579238 . G T 237.77 PASS AF=0.186957;AO=43;DP=229;FAO=43;FDP=230;FR=.;FRO=187;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=83;FSRR=104;FWDB=-0.0148843;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.79;QD=4.13517;RBI=0.0259987;REFB=-0.00309452;REVB=-0.0213164;RO=185;SAF=12;SAR=31;SRF=82;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226827;STB=0.645055;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0168817;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:185:187:43:43:0.186957:31:12:82:103:31:12:83:104 chr10 127585173 . T C 159.64 PASS AF=0.548387;AO=14;DP=28;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0233133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.823;QD=20.598;RBI=0.0476255;REFB=-0.0765705;REVB=0.0415293;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190444;STB=0.545401;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0548669;OID=.;OPOS=127585173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:14:14:14:17:0.548387:5:9:6:8:8:9:6:8 chr10 127585179 . G C 278.02 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00388928;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.811;QD=33.6998;RBI=0.015015;REFB=-0.0174997;REVB=0.0145025;RO=7;SAF=11;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469244;STB=0.556628;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00419494;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:7:9:24:24:0.727273:13:11:4:3:13:11:6:3 chr10 127585195 . C G 61.3 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00377898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5433;QD=7.00527;RBI=0.0151197;REFB=-0.0149614;REVB=-0.0146398;RO=26;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284209;STB=0.678851;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0416534;OID=.;OPOS=127585195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:6:3:15:11:6:3:15:11 chr10 127585210 . C T 34.71 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0323821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3629;QD=4.62848;RBI=0.0324893;REFB=-0.0129199;REVB=0.00263733;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245612;STB=0.666112;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.108828;OID=.;OPOS=127585210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:4:2:13:11:4:2:13:11 chr10 127585259 . C CA 31.37 PASS AF=0.333333;AO=2;DP=19;FAO=4;FDP=12;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0896022;FXX=0.368227;HRUN=0;LEN=1;MLLD=96.1048;QD=10.458;RBI=0.0910872;REFB=-0.0420188;REVB=0.0163807;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216821;STB=0.74875;STBP=0.313;TYPE=ins;VARB=0.0502917;OID=.;OPOS=127585260;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:2:19:4:12:8:1:3:5:3:31:17:1:1:12:5 chr10 127668431 . A G 376.53 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0430283;FXX=0.034087;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.529;QD=17.7191;RBI=0.0430355;REFB=-0.0177962;REVB=-0.000785301;RO=45;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376435;STB=0.528287;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0203723;OID=.;OPOS=127668431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:45:46:39:39:0.458824:24:15:19:26:24:15:20:26 chr10 127677374 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.010871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.239;QD=18.6448;RBI=0.0298062;REFB=0.00277112;REVB=0.0277531;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347442;STB=0.698636;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0129927;OID=.;OPOS=127677374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:4:10:4:9:4:10:4:9 chr10 127730728 . C T 424.75 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0169727;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.548;QD=18.4674;RBI=0.0170087;REFB=-0.0110041;REVB=0.00110677;RO=48;SAF=13;SAR=30;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293765;STB=0.659609;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.013715;OID=.;OPOS=127730728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:43:43:0.467391:30:13:29:19:30:13:29:20 chr10 127753388 . C T 352.53 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0161502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4008;QD=21.0465;RBI=0.04631;REFB=-0.014506;REVB=-0.0434027;RO=31;SAF=27;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253051;STB=0.640942;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0175057;OID=.;OPOS=127753388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:9:27:15:16:9:27:15:16 chr10 127834067 . T C 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0414837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.793;QD=5.21543;RBI=0.0486519;REFB=-0.00680942;REVB=-0.0254187;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251436;STB=0.649495;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0160865;OID=.;OPOS=127834067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:20:21:6:6:0.222222:2:4:9:11:2:4:10:11 chr10 127834080 . G C 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00945563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.699;QD=6.26144;RBI=0.0131325;REFB=-0.00181484;REVB=0.00911344;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283315;STB=0.683671;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00597887;OID=.;OPOS=127834080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:2:5:10:11:2:5:10:11 chr10 127834139 . T G 289.5 PASS AF=0.92;AO=25;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0224606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.213;QD=46.3204;RBI=0.023519;REFB=0.00708769;REVB=0.00697588;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535684;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00123132;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:0:2:25:23:0.92:15:10:0:0:13:10:0:2 chr10 127834142 . A G 43.55 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0373047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.002;QD=6.96843;RBI=0.0406753;REFB=0.00503391;REVB=-0.0162123;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424152;STB=0.526249;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00247546;OID=.;OPOS=127834142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:7:10:5:3:7:10 chr10 128019025 . C G 488.35 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0252071;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1143;QD=21.4661;RBI=0.0326305;REFB=-0.0349109;REVB=0.0207209;RO=43;SAF=12;SAR=35;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230446;STB=0.623931;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.027679;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:43:44:47:47:0.516484:35:12:21:22:35:12:21:23 chr10 128114325 . G A 1019.53 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.698;QD=59.1033;RBI=0.0197738;REFB=0;REVB=0.0150532;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87494e-05;OID=.;OPOS=128114325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:32:35:0:0:33:36:0:0 chr10 128150096 . G T 998.94 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.053231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2705;QD=57.0821;RBI=0.0755791;REFB=-0.011312;REVB=0.0536532;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122785;STB=0.506492;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000444866;OID=.;OPOS=128150096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:38:31:0:1:38:31:0:1 chr10 128202435 . T C 1124.65 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00415169;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.5102;QD=55.5382;RBI=0.0878535;REFB=-0.217909;REVB=0.0877554;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514669;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00525622;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:81:81:0:4:77:77:0.950617:35:42:0:0:35:42:1:3 chr10 128926013 . A G 2331.53 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.377;QD=63.8774;RBI=0.0321771;REFB=0;REVB=0.0247658;RO=0;SAF=77;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85383e-05;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:145:146:1:68:77:0:0:69:77:0:0 chr10 128974621 . C T 30.98 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0390111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.49;QD=12.3923;RBI=0.0412662;REFB=-0.0149173;REVB=-0.0134548;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363118;STB=0.726279;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0236935;OID=.;OPOS=128974621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:2:3:1:4:2:3 chr10 129160458 . G A 603.57 PASS AF=0.539823;AO=59;DP=111;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0502388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8576;QD=21.3652;RBI=0.0533853;REFB=-0.0569671;REVB=0.0180571;RO=52;SAF=25;SAR=34;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821451;STB=0.551058;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0405123;OID=.;OPOS=129160458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:52:52:59:61:0.539823:34:25:27:25:36:25:27:25 chr10 129216658 . T C 677.65 PASS AF=0.603774;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00403143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.575;QD=25.5716;RBI=0.0348733;REFB=-0.0182492;REVB=-0.0346395;RO=42;SAF=39;SAR=25;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167668;STB=0.591232;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0133873;OID=.;OPOS=129216658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:42:64:64:0.603774:25:39:16:26:25:39:16:26 chr10 129242515 . G A 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00636802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.393;QD=15.9155;RBI=0.00641991;REFB=-0.0155226;REVB=0.000814553;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760672;STB=0.542827;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0156497;OID=.;OPOS=129242515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:16:12:12:22:16:12:12:22 chr10 129249662 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.462;QD=57.385;RBI=0.0556359;REFB=0;REVB=0.0349631;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188883;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr10 129249676 . C T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.010938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.154;QD=15.7819;RBI=0.0343898;REFB=-0.0235509;REVB=0.032604;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206691;STB=0.616818;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.030642;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:20:9:12:11:20:9 chr10 129249693 . G A 201.19 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0156473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.446;QD=13.8754;RBI=0.0428212;REFB=-0.00950447;REVB=0.03986;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239827;STB=0.642543;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0173946;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:13:11:23:10:13:11:24:10 chr10 129249701 . C G 769.15 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3541;QD=56.9741;RBI=0.0980391;REFB=0;REVB=0.0696703;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166913;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr10 129249925 . T C 462.8 PASS AF=0.360759;AO=55;DP=157;FAO=57;FDP=158;FR=.;FRO=101;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=-0.000262463;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.108;QD=11.7164;RBI=0.00733865;REFB=-0.0305093;REVB=0.00733395;RO=101;SAF=34;SAR=21;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860773;STB=0.534019;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0192958;OID=.;OPOS=129249925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:101:101:55:57:0.360759:21:34:55:46:23:34:55:46 chr10 129534478 . A AGCGCGGC,C 136.52 PASS AF=0.684211,0;AO=10,5;DP=22;FAO=13,0;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=9,0;FSAR=4,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0127675,0.0696765;FXX=0.208247;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=211.55,49.5951;QD=28.7405;RBI=0.024391,0.0697088;REFB=-0.0669562,-0.00098989;REVB=0.0207825,0.00212379;RO=6;SAF=7,5;SAR=3,0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.109864,0.694502;STB=0.554376,0.5;STBP=0.591,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0227358,0.102618;OID=.,.;OPOS=129534479,129534478;OREF=-,A;OALT=GCGCGGC,C;OMAPALT=AGCGCGGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:22:19:6:6:10,5:13,0:0.684211,0:3,0:7,5:5:1:4,0:9,0:5:1 chr10 129534679 . T C 2027.67 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.155;QD=62.3899;RBI=0.0642536;REFB=0;REVB=0.0620042;RO=0;SAF=80;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43997e-05;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:119:130:0:0:119:130:1:39:80:0:0:49:81:0:0 chr10 129534739 . C G 2297.81 PASS AF=0.975;AO=154;DP=160;FAO=156;FDP=160;FR=.;FRO=4;FSAF=80;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00771104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7396;QD=57.4452;RBI=0.0339705;REFB=-0.154205;REVB=0.0330837;RO=4;SAF=78;SAR=76;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237667;STB=0.500321;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00320307;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:160:160:4:4:154:156:0.975:76:78:4:0:76:80:2:2 chr10 129534864 . A C 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.69;QD=63.8868;RBI=0.0145843;REFB=0;REVB=0.00606902;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34177e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr10 129763277 . C T 489.9 PASS AF=0.385621;AO=58;DP=152;FAO=59;FDP=153;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=0.0102943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.764;QD=12.8078;RBI=0.0102991;REFB=-0.00310397;REVB=-0.000314439;RO=94;SAF=33;SAR=25;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988199;STB=0.549617;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00568503;OID=.;OPOS=129763277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:94:94:58:59:0.385621:25:33:45:49:26:33:45:49 chr10 129859992 . T C 299.04 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.010002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.617;QD=16.1644;RBI=0.0129365;REFB=-0.00291912;REVB=0.00820445;RO=41;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146644;STB=0.582333;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00297317;OID=.;OPOS=129859992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:17:16:26:15:17:16:26:15 chr10 129882401 . C T 318.04 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=6;FWDB=-0.00597692;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0402;QD=17.669;RBI=0.0322301;REFB=-0.0120963;REVB=-0.031671;RO=37;SAF=25;SAR=8;SRF=31;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110445;STB=0.560354;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00167791;OID=.;OPOS=129882401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:37:38:33:34:0.472222:8:25:31:6:8:26:32:6 chr10 129883370 . A G 795.57 PASS AF=0.439791;AO=84;DP=191;FAO=84;FDP=191;FR=.;FRO=107;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=0.016279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6689;QD=16.6611;RBI=0.0315548;REFB=-0.0157927;REVB=-0.0270315;RO=105;SAF=34;SAR=50;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101361;STB=0.556807;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0195943;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:105:107:84:84:0.439791:50:34:53:52:50:34:54:53 chr10 129883780 . G A 798.88 PASS AF=0.551471;AO=76;DP=137;FAO=75;FDP=136;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0123461;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.145;QD=23.4963;RBI=0.0141442;REFB=-0.00174575;REVB=0.00690145;RO=58;SAF=36;SAR=40;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202453;STB=0.524197;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00191929;OID=.;OPOS=129883780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:58:61:76:75:0.551471:40:36:26:32:39:36:26:35 chr10 129883933 . C T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00940392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.544;QD=13.8995;RBI=0.0094043;REFB=-0.00116795;REVB=-8.42775e-05;RO=33;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838594;STB=0.540506;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00121261;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:15:9:15:18:15:9:15:19 chr10 129899543 . C T 705.16 PASS AF=0.486111;AO=70;DP=144;FAO=70;FDP=144;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0153574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.66;QD=19.5878;RBI=0.0329074;REFB=-0.0164155;REVB=-0.029104;RO=74;SAF=42;SAR=28;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440442;STB=0.524348;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0167421;OID=.;OPOS=129899543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:74:74:70:70:0.486111:28:42:41:33:28:42:41:33 chr10 129899578 . T C 685.06 PASS AF=0.463087;AO=69;DP=150;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.0121817;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.577;QD=18.3907;RBI=0.0163844;REFB=-0.0163655;REVB=0.010957;RO=77;SAF=39;SAR=30;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655526;STB=0.505349;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0169171;OID=.;OPOS=129899578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:77:80:69:69:0.463087:30:39:43:34:30:39:46:34 chr10 129899778 . G C 574.95 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0272552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8855;QD=25.8406;RBI=0.0285773;REFB=-0.0174714;REVB=-0.00859177;RO=36;SAF=21;SAR=32;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939249;STB=0.551113;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00951517;OID=.;OPOS=129899778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:36:53:53:0.595506:32:21:10:26:32:21:10:26 chr10 129901393 . T C 579.62 PASS AF=0.415094;AO=65;DP=159;FAO=66;FDP=159;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=-0.0288319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.38;QD=14.5816;RBI=0.0357922;REFB=-0.0269458;REVB=-0.0212087;RO=92;SAF=28;SAR=37;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423316;STB=0.515871;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.053358;OID=.;OPOS=129901393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:92:93:65:66:0.415094:37:28:36:56:38:28:37:56 chr10 129901722 . G A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00473198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.14;QD=12.4551;RBI=0.0125973;REFB=-0.0193161;REVB=-0.0116748;RO=34;SAF=4;SAR=17;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116606;STB=0.568054;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0235097;OID=.;OPOS=129901722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:17:4:9:25:17:4:9:25 chr10 129901726 . C T 161.18 PASS AF=0.368421;AO=18;DP=54;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.019714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.956;QD=11.3107;RBI=0.056236;REFB=-0.0050025;REVB=0.0526673;RO=35;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134569;STB=0.602729;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0251047;OID=.;OPOS=129901726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:35:36:18:21:0.368421:14:4:11:24:17:4:11:25 chr10 129901825 . T C 246.84 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0122344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.209;QD=17.9521;RBI=0.0237237;REFB=-0.0171582;REVB=-0.0203257;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481927;STB=0.527007;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0230613;OID=.;OPOS=129901825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:14:13:12:16:14:13:12:16 chr10 129901946 . T G 503.11 PASS AF=0.533333;AO=45;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0361203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.607;QD=22.3603;RBI=0.0383942;REFB=-0.0282816;REVB=0.013017;RO=40;SAF=17;SAR=28;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169768;STB=0.588201;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0243013;OID=.;OPOS=129901946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:42:45:48:0.533333:28:17:8:32:28:20:10:32 chr10 129902158 . C T 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.105854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.131;QD=14.8513;RBI=0.105925;REFB=-0.0344384;REVB=0.00387121;RO=27;SAF=2;SAR=17;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103717;STB=0.629469;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0270439;OID=.;OPOS=129902158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:19:19:0.395833:17:2:4:23:17:2:6:23 chr10 129902281 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.010413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.298;QD=9.91739;RBI=0.0185654;REFB=-0.00954395;REVB=-0.0153702;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357641;STB=0.521691;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.016492;OID=.;OPOS=129902281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:10:7:4:5:10:7 chr10 129903016 . T C 332.74 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00545337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.317;QD=19.0137;RBI=0.0075103;REFB=-0.00886945;REVB=-0.00516386;RO=35;SAF=26;SAR=9;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394707;STB=0.720274;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0101648;OID=.;OPOS=129903016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:9:26:11:24:9:26:11:24 chr10 129904474 . G A 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0145811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.808;QD=11.6207;RBI=0.0191128;REFB=-0.00635421;REVB=-0.0123569;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156074;STB=0.509082;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0232966;OID=.;OPOS=129904474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:10:10:17:18:10:10:17:18 chr10 129904477 . C T 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0127935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.43;QD=12.467;RBI=0.0146102;REFB=0.000812421;REVB=-0.00705567;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162605;STB=0.509425;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00537906;OID=.;OPOS=129904477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:10:10:16:17:10:10:16:17 chr10 129904560 . C T 142.64 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0174534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.847;QD=15.0145;RBI=0.0174537;REFB=-0.00523836;REVB=-0.000109128;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152343;STB=0.578851;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00857833;OID=.;OPOS=129904560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:15:16:0.421053:8:7:13:8:8:8:14:8 chr10 129905429 . C T 689.72 PASS AF=0.479167;AO=69;DP=144;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0325614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.66;QD=19.1588;RBI=0.034496;REFB=-0.00892053;REVB=-0.0113898;RO=74;SAF=36;SAR=33;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329968;STB=0.514799;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00573755;OID=.;OPOS=129905429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:74:75:69:69:0.479167:33:36:36:38:33:36:37:38 chr10 129906364 . G A 434.75 PASS AF=0.45283;AO=47;DP=105;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0166174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.134;QD=16.4056;RBI=0.0228814;REFB=-0.0165151;REVB=0.0157296;RO=56;SAF=29;SAR=18;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133872;STB=0.579676;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0203621;OID=.;OPOS=129906364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:56:58:47:48:0.45283:18:29:27:29:18:30:28:30 chr10 129906468 . C T 623.93 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0251368;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.562;QD=21.5149;RBI=0.0252339;REFB=-0.0255608;REVB=0.00221154;RO=55;SAF=29;SAR=33;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270165;STB=0.510903;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0209531;OID=.;OPOS=129906468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:55:54:62:62:0.534483:33:29:24:31:33:29:24:30 chr10 129907544 . G C 133.99 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00291949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.126;QD=16.2409;RBI=0.0031339;REFB=-0.0150375;REVB=-0.00113924;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513058;STB=0.529374;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0271671;OID=.;OPOS=129907544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:12:3:3:15:12:3:3:15 chr10 129910475 . T G 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00330122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.464;QD=18.2895;RBI=0.0764342;REFB=-0.0209527;REVB=0.0763628;RO=33;SAF=24;SAR=8;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618212;STB=0.534631;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.017299;OID=.;OPOS=129910475;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:8:24:23:10:8:24:23:10 chr10 129911856 . C G 295.43 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0283786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.762;QD=17.9048;RBI=0.0314051;REFB=-0.00747381;REVB=-0.0134514;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11462;STB=0.564136;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00567487;OID=.;OPOS=129911856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:19:13:18:16:19:13:18:16 chr10 129913960 . A T 561.3 PASS AF=0.468254;AO=58;DP=124;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00327966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.492;QD=17.8189;RBI=0.0116522;REFB=-0.00978085;REVB=-0.0111811;RO=66;SAF=25;SAR=33;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228725;STB=0.513027;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00873924;OID=.;OPOS=129913960;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:66:67:58:59:0.468254:33:25:30:36:34:25:30:37 chr10 129917560 . T C 1232.14 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6163;QD=60.1044;RBI=0.0323895;REFB=-0.115127;REVB=0.0288887;RO=1;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097636;STB=0.505153;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000233983;OID=.;OPOS=129917560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:1:1:81:81:0.987805:48:33:0:1:48:33:0:1 chr10 129921195 . A T 406.94 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.014131;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.082;QD=16.1164;RBI=0.0145166;REFB=-0.00831626;REVB=0.0033236;RO=56;SAF=15;SAR=29;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373191;STB=0.525536;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00965414;OID=.;OPOS=129921195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:44:45:0.445545:29:15:21:35:30:15:21:35 chr10 131761693 . T G 685.89 PASS AF=0.433526;AO=75;DP=173;FAO=75;FDP=173;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.0246376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.298;QD=15.8587;RBI=0.0318311;REFB=-0.0166375;REVB=0.0201545;RO=98;SAF=38;SAR=37;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139593;STB=0.507785;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0226988;OID=.;OPOS=131761693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:98:98:75:75:0.433526:37:38:51:47:37:38:51:47 chr10 131934747 . G C 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.068344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9943;QD=9.25801;RBI=0.0908627;REFB=-0.00107924;REVB=0.0598759;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822896;STB=0.549917;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00942429;OID=.;OPOS=131934747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:6:6:16:12:6:6:16:12 chr10 131959150 . C T 454.17 PASS AF=0.597222;AO=42;DP=71;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0184674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.846;QD=25.2315;RBI=0.0249066;REFB=-0.0115388;REVB=0.016712;RO=29;SAF=15;SAR=27;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986222;STB=0.546537;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00567492;OID=.;OPOS=131959150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:29:29:42:43:0.597222:27:15:14:15:27:16:14:15 chr10 131967693 . T A 457.56 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00677883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.381;QD=20.5645;RBI=0.0156655;REFB=-0.0163708;REVB=0.0141229;RO=44;SAF=22;SAR=23;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707085;STB=0.539135;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0141556;OID=.;OPOS=131967693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:23:22:25:19:23:22:25:19 chr10 132303374 . G C 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00199791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.092;QD=15.0641;RBI=0.00699849;REFB=-0.00430272;REVB=-0.00670725;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127768;STB=0.507241;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00590268;OID=.;OPOS=132303374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:15:12:16:19:15:12:16:19 chr10 132891254 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.427;QD=63.2868;RBI=0.0565957;REFB=0;REVB=0.0134824;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64741e-05;OID=.;OPOS=132891254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr10 133948634 . T C 823.75 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.438;QD=56.8104;RBI=0.0271977;REFB=0;REVB=0.0248638;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118763;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:32:26:0:0 chr10 133950642 . T C 515.18 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0163363;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.776;QD=17.4636;RBI=0.0163428;REFB=-0.0112016;REVB=0.000457843;RO=62;SAF=34;SAR=21;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691205;STB=0.534819;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0120738;OID=.;OPOS=133950642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:63:55:55:0.466102:21:34:34:28:21:34:35:28 chr10 133954011 . C T 542.88 PASS AF=0.401274;AO=63;DP=157;FAO=63;FDP=157;FR=.;FRO=94;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=-0.00656987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.16;QD=13.8313;RBI=0.00831962;REFB=-0.0156312;REVB=-0.00510421;RO=93;SAF=42;SAR=21;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110215;STB=0.566188;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0204366;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:93:94:63:63:0.401274:21:42:53:40:21:42:53:41 chr10 133955427 . A G 451.63 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00748584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.438;QD=17.2049;RBI=0.0139933;REFB=-0.0106481;REVB=0.0118227;RO=54;SAF=17;SAR=32;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218337;STB=0.613127;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0107059;OID=.;OPOS=133955427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:54:56:49:49:0.466667:32:17:31:23:32:17:31:25 chr10 133961494 . C T 506.02 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0357213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.206;QD=23.0008;RBI=0.0430482;REFB=-0.021962;REVB=0.0240237;RO=37;SAF=28;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778545;STB=0.538445;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0207732;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:40:48:48:0.545455:20:28:18:19:20:28:20:20 chr10 133963466 . A G 1784.68 PASS AF=1;AO=115;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143357;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.539;QD=59.9892;RBI=0.0178166;REFB=0;REVB=0.0105793;RO=0;SAF=48;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176764;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:115:119:1:67:48:0:0:71:48:0:0 chr10 133981682 . G A 670.25 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0159598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.733;QD=50.5846;RBI=0.0161928;REFB=-0.207044;REVB=-0.00273729;RO=3;SAF=28;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115312;STB=0.506132;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00254688;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:22:28:2:1:22:28:2:1 chr10 134013990 . G A 169.78 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0743401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.68;QD=33.9557;RBI=0.0754136;REFB=-0.130127;REVB=0.0126789;RO=4;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165516;STB=0.590801;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00549921;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:7:9:4:0:7:9:4:0 chr10 134014445 . C T 582.08 PASS AF=0.491803;AO=59;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00117818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.087;QD=19.0847;RBI=0.00751304;REFB=-0.0145147;REVB=0.00742009;RO=61;SAF=31;SAR=28;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759874;STB=0.541176;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0112218;OID=.;OPOS=134014445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:61:62:59:60:0.491803:28:31:27:34:29:31:27:35 chr10 134017295 . A G 745.09 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4297;QD=60.8236;RBI=0.0257979;REFB=-0.158404;REVB=-0.00640662;RO=0;SAF=35;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04037e-08;STB=0.519992;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00292502;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:49:0:1:47:48:0.979592:12:35:0:0:12:36:0:1 chr10 134017388 . C G 456.87 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00278428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.5;QD=16.7657;RBI=0.0139238;REFB=-0.0333634;REVB=-0.0136425;RO=58;SAF=19;SAR=31;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167562;STB=0.598105;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0403666;OID=.;OPOS=134017388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:59:50:50:0.458716:31:19:32:26:31:19:33:26 chr10 134018834 . C T 904.24 PASS AF=0.609023;AO=81;DP=133;FAO=81;FDP=133;FR=.;FRO=52;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0107691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.818;QD=27.1953;RBI=0.0107851;REFB=-0.0104778;REVB=-0.000588761;RO=52;SAF=54;SAR=27;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708045;STB=0.538452;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00595851;OID=.;OPOS=134018834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:52:52:81:81:0.609023:27:54:30:22:27:54:30:22 chr10 134036193 . A G 682.44 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00660847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1001;QD=58.0797;RBI=0.0428497;REFB=-0.0794692;REVB=-0.0423371;RO=2;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267472;STB=0.501424;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00340804;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:24:21:1:1:24:21:1:1 chr10 134039242 . C T 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0119739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.714;QD=22.9824;RBI=0.0144128;REFB=-0.0230012;REVB=-0.00802208;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506428;STB=0.528279;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0279731;OID=.;OPOS=134039242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:11:11:14:11:11:11 chr10 134062574 . G A 558.12 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.014449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.315;QD=18.9193;RBI=0.0208349;REFB=-0.022036;REVB=0.0150106;RO=59;SAF=28;SAR=30;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384965;STB=0.51669;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0220284;OID=.;OPOS=134062574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:60:58:58:0.491525:30:28:26:33:30:28:27:33 chr10 134143942 . C T 755.51 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193524;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.428;QD=64.2989;RBI=0.0239832;REFB=0;REVB=0.014166;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129783;OID=.;OPOS=134143942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr10 134143985 . GC TT 709.65 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109963;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.393;QD=63.0803;RBI=0.0348117;REFB=0;REVB=0.0330293;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.12532e-05;OID=.;OPOS=134143985;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:25:18:0:0:27:18:0:0 chr10 134144005 . T C 648.04 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0311197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.439;QD=57.6038;RBI=0.0662393;REFB=-0.0472028;REVB=0.0584739;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284313;STB=0.529398;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00272169;OID=.;OPOS=134144005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:45:1:2:42:43:0.955556:26:16:1:0:27:16:2:0 chr10 134145136 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0414;QD=63.2862;RBI=0.0651615;REFB=0;REVB=-0.0637088;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456377;OID=.;OPOS=134145136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr10 134145138 . C G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3775;QD=62.6695;RBI=0.057927;REFB=0;REVB=-0.0499521;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292951;OID=.;OPOS=134145138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr10 134145166 . T C 556.7 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5739;QD=60.1837;RBI=0.0395744;REFB=0;REVB=0.00214749;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261945;OID=.;OPOS=134145166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr10 134145293 . G T 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8426;QD=48.7273;RBI=0.0733767;REFB=0;REVB=0.0668391;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188972;OID=.;OPOS=134145293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr10 134145336 . G T 102.1 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.479;QD=40.8387;RBI=0.0230445;REFB=0;REVB=0.0204165;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553948;OID=.;OPOS=134145336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:5:5:0:0 chr10 134161633 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.803;QD=62.6701;RBI=0.00613786;REFB=0;REVB=-0.00604576;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31993e-05;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr10 134596092 . AT A 67.57 PASS AF=0.329114;AO=30;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.00431234;FXX=0.0124984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.75252;QD=3.42102;RBI=0.00914432;REFB=-0.106039;REVB=-0.00806365;RO=45;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2645;STB=0.701349;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.138534;OID=.;OPOS=134596093;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.329114:30:79:26:79:53:16:10:16:37:67:45:17:13:14:31 chr10 134598628 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.497;QD=56.9567;RBI=0.0296098;REFB=0;REVB=0.0171558;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83965e-05;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr10 134622408 . T C 205.0 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0424866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6262;QD=14.6427;RBI=0.051348;REFB=-0.0103551;REVB=0.0288358;RO=32;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180564;STB=0.611014;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0157635;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:32:23:24:0.428571:16:7:15:17:17:7:15:17 chr10 134623959 . T C 958.61 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.96;QD=57.2307;RBI=0.0244734;REFB=0.0491657;REVB=-0.0109758;RO=1;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154862;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0002212;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:30:35:0:1:31:35:0:1 chr10 134624504 . C T 509.45 PASS AF=0.385135;AO=57;DP=148;FAO=57;FDP=148;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.0344886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.09;QD=13.7689;RBI=0.0351651;REFB=-0.0153931;REVB=-0.00686425;RO=91;SAF=28;SAR=29;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837902;STB=0.504742;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0149943;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:91:91:57:57:0.385135:29:28:44:47:29:28:44:47 chr10 134646988 . C T 172.71 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0362437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.967;QD=18.1799;RBI=0.0429128;REFB=-0.0322631;REVB=-0.0229762;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115484;STB=0.565962;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0301561;OID=.;OPOS=134646988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:12:6:9:11:12:6:9:11 chr10 134672671 . A G 312.83 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0169314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.255;QD=21.9526;RBI=0.017102;REFB=-0.00825046;REVB=-0.00241001;RO=25;SAF=8;SAR=23;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206225;STB=0.618477;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00852634;OID=.;OPOS=134672671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:25:31:32:0.561404:23:8:12:13:24:8:12:13 chr10 134682855 . C T 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0097384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.351;QD=20.5631;RBI=0.0223009;REFB=-0.0299798;REVB=0.0200623;RO=30;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00404922;STB=0.504422;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0266758;OID=.;OPOS=134682855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:20:15:13:17:20:15:13:18 chr10 134722022 . A G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0260514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.543;QD=22.5999;RBI=0.0696213;REFB=-0.0179573;REVB=-0.0645636;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173743;STB=0.597398;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0167182;OID=.;OPOS=134722022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:8:15:9:11:8:15:9:11 chr10 134726621 . G C 157.95 PASS AF=0.428571;AO=16;DP=40;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.037316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.366;QD=15.0425;RBI=0.0396316;REFB=-0.0174359;REVB=0.0133482;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255289;STB=0.633361;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.034206;OID=.;OPOS=134726621;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:24:24:16:18:0.428571:10:6:15:9:11:7:15:9 chr10 134735672 . A G 446.49 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00529329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.566;QD=16.6912;RBI=0.00607577;REFB=-0.029694;REVB=-0.00298263;RO=57;SAF=24;SAR=25;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352171;STB=0.514868;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0236791;OID=.;OPOS=134735672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:58:49:49:0.457944:25:24:30:27:25:24:30:28 chr10 134736026 . G A 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0178025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.955;QD=8.88633;RBI=0.018221;REFB=-0.00433869;REVB=-0.00388273;RO=36;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390089;STB=0.51412;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.010588;OID=.;OPOS=134736026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:37:15:15:0.288462:8:7:18:18:8:7:18:19 chr10 134736052 . G T 173.01 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0247594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.252;QD=11.3449;RBI=0.0398;REFB=-0.0135955;REVB=0.031161;RO=39;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195504;STB=0.614066;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0286576;OID=.;OPOS=134736052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:15:7:19:20:15:7:19:20 chr10 134736076 . T G 186.43 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00477342;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.098;QD=12.2249;RBI=0.0482064;REFB=-0.00897259;REVB=-0.0479695;RO=35;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14329;STB=0.597113;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00759982;OID=.;OPOS=134736076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:38:23:23:0.377049:16:7:15:20:16:7:17:21 chr10 134738232 . A G 808.32 PASS AF=0.434783;AO=87;DP=205;FAO=90;FDP=207;FR=.;FRO=117;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=72;FWDB=0.00524916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.031;QD=15.6198;RBI=0.01722;REFB=-0.0143457;REVB=-0.0164005;RO=116;SAF=42;SAR=45;SRF=45;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977938;STB=0.552998;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0204022;OID=.;OPOS=134738232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:207:116:117:87:90:0.434783:45:42:45:71:47:43:45:72 chr10 134748331 . C T 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00186727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.724;QD=19.0768;RBI=0.00890614;REFB=-0.0167037;REVB=-0.00870819;RO=39;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123033;STB=0.506846;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0155161;OID=.;OPOS=134748331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:20:18:19:20:20:18:19:20 chr10 134756013 . T C 85.29 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0329164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.284;QD=11.3715;RBI=0.0333843;REFB=-0.0322017;REVB=-0.00556935;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760866;STB=0.545372;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0577818;OID=.;OPOS=134756013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:10:9:6:5:10:9 chr10 134777790 . G A 1328.65 PASS AF=0.936842;AO=89;DP=95;FAO=89;FDP=95;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00410446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.331;QD=55.9433;RBI=0.0206848;REFB=-0.110642;REVB=0.0202735;RO=1;SAF=26;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074643;STB=0.522722;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00079895;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:95:95:1:6:89:89:0.936842:63:26:0:1:63:26:0:6 chr10 134884516 . G A 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0129027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.863;QD=20.3971;RBI=0.0129034;REFB=-0.0175212;REVB=0.000139298;RO=25;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392011;STB=0.54435;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0218319;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:27:31:31:0.534483:11:20:15:10:11:20:15:12 chr10 134884546 . A G 394.87 PASS AF=0.531646;AO=39;DP=76;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0485308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.603;QD=19.9933;RBI=0.0490344;REFB=-0.0554505;REVB=-0.00700953;RO=37;SAF=25;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436238;STB=0.537019;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0556512;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:37:37:39:42:0.531646:14:25:22:15:14:28:22:15 chr10 134884595 . G A 586.58 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0142076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.146;QD=23.4633;RBI=0.0149263;REFB=-0.0222544;REVB=-0.00457585;RO=46;SAF=38;SAR=16;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149413;STB=0.582404;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0271761;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:16:38:25:21:16:38:25:21 chr10 134884610 . C G 509.03 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00358801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2524;QD=19.3915;RBI=0.0183653;REFB=0.00318257;REVB=0.0180114;RO=52;SAF=34;SAR=19;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435298;STB=0.524076;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00604352;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:19:34:31:21:19:34:31:21 chr10 134886618 . G C 321.61 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000219018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.169;QD=28.5875;RBI=0.006446;REFB=-0.0187313;REVB=0.00644228;RO=13;SAF=14;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792521;STB=0.511103;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00915235;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:13:17:27:28:0.622222:13:14:5:8:14:14:8:9 chr10 134902396 . C G 400.17 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2501;QD=53.3554;RBI=0.0939924;REFB=-0.0222108;REVB=-0.0927147;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00557046;OID=.;OPOS=134902396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:12:17:1:0:12:17:1:0 chr10 134902398 . C T 432.79 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960074;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.905;QD=57.7057;RBI=0.0580493;REFB=0;REVB=0.0572498;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336175;OID=.;OPOS=134902398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr10 134942166 . A G 2102.43 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7053;QD=62.759;RBI=0.0429083;REFB=0;REVB=-0.0423898;RO=0;SAF=55;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.23868e-05;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:79:55:0:0:79:55:0:0 chr10 134942340 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.139;QD=19.1341;RBI=0.0307318;REFB=-0.0804098;REVB=0.0307318;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308944;OID=.;OPOS=134942340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:5:0:0:2:5:0:0:2 chr10 134942832 . G A 205.11 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0223203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1337;QD=14.6506;RBI=0.0276845;REFB=-0.0136791;REVB=-0.0163779;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171468;STB=0.585038;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0247969;OID=.;OPOS=134942832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:32:24:24:0.428571:11:13:22:9:11:13:22:10 chr10 134973995 . G A 171.8 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00610076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.685;QD=18.0842;RBI=0.043372;REFB=-0.0398226;REVB=-0.0429408;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310763;STB=0.677709;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0310246;OID=.;OPOS=134973995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:5:13:8:12:5:13:8:12 chr10 134997480 . C T 253.09 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00631168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7401;QD=23.5433;RBI=0.0149488;REFB=0.00903121;REVB=0.0135509;RO=18;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25749;STB=0.639875;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00659624;OID=.;OPOS=134997480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:19:23:24:0.55814:17:6:10:8:18:6:10:9 chr10 134999602 . G C 186.11 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0133108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0382;QD=10.485;RBI=0.0425683;REFB=-0.0214071;REVB=-0.0404337;RO=47;SAF=9;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179528;STB=0.604894;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0278957;OID=.;OPOS=134999602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:15:9:25:22:15:9:25:22 chr10 135012162 . T C 366.29 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960761;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.004;QD=56.3522;RBI=0.00961042;REFB=0;REVB=-0.000232707;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17594e-05;OID=.;OPOS=135012162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:24:26:1:14:10:0:0:16:10:0:0 chr10 135012429 . TT AC 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=2;MLLD=326.461;QD=44.8759;RBI=0.00747109;REFB=0;REVB=0.00747109;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.37182e-05;OID=.;OPOS=135012429;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr10 135012598 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00214303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.831;QD=16.9318;RBI=0.0513965;REFB=-0.079632;REVB=-0.0513518;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144848;STB=0.583198;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0346921;OID=.;OPOS=135012598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:4:8:6:6:4:8 chr10 135012652 . T C 1410.57 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.585;QD=62.0029;RBI=0.0737991;REFB=0;REVB=0.0458958;RO=1;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586998;OID=.;OPOS=135012652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:1:0:89:91:1:46:43:0:1:48:43:0:0 chr10 135015427 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.012;QD=49.5991;RBI=0.0474321;REFB=0;REVB=0.0311511;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372961;OID=.;OPOS=135015427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr10 135015667 . C T 754.35 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0958105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1753;QD=62.8628;RBI=0.0981884;REFB=0;REVB=0.0214783;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966207;OID=.;OPOS=135015667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:19:27:0:0:19:29:0:0 chr10 135016089 . T C 1501.65 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.083829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.527;QD=61.2918;RBI=0.0840624;REFB=-0.0357239;REVB=0.00625931;RO=0;SAF=35;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502977;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000660426;OID=.;OPOS=135016089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:98:0:2:96:96:0.979592:61:35:0:0:61:35:1:1 chr10 135016175 . T G 449.13 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0427743;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.648;QD=52.8391;RBI=0.0429904;REFB=-0.18009;REVB=0.00430538;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522713;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00491031;OID=.;OPOS=135016175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:0:2:32:32:0.941176:21:11:0:0:21:11:0:2 chr10 135032376 . A G 715.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261356;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.47;QD=57.2098;RBI=0.0466397;REFB=0;REVB=0.0386288;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149974;OID=.;OPOS=135032376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr10 135051562 . A G 902.48 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2343;QD=58.2246;RBI=0.0544761;REFB=0;REVB=0.0440929;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238493;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:38:23:0:0:39:23:0:0 chr10 135053604 . G A 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.033;QD=59.322;RBI=0.0131828;REFB=0;REVB=-0.00629754;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30923e-06;OID=.;OPOS=135053604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:23:45:0:0:23:45:0:0 chr10 135053710 . C A 667.02 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.063764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4757;QD=58.0018;RBI=0.146876;REFB=-0.0720709;REVB=0.132313;RO=1;SAF=34;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044666;STB=0.545433;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00235923;OID=.;OPOS=135053710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:1:2:44:44:0.956522:10:34:0:1:10:34:0:2 chr10 135053721 . C A 520.54 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350441;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.138;QD=59.4902;RBI=0.0353085;REFB=0;REVB=-0.00431323;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227444;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332235;OID=.;OPOS=135053721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:1:0:30:35:1:10:20:1:0:14:21:0:0 chr10 135053773 . G A 130.26 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.5441;QD=43.4202;RBI=0.0634718;REFB=0;REVB=0.0634718;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008992;OID=.;OPOS=135053773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr10 135076596 . T C 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00349786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.871;QD=15.26;RBI=0.00421437;REFB=-0.0206696;REVB=0.00235073;RO=15;SAF=11;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317008;STB=0.676607;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0317637;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:16:13:13:0.448276:2:11:9:6:2:11:10:6 chr10 135082346 . A G 223.32 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.00391711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3572;QD=14.8879;RBI=0.0346988;REFB=-0.0269543;REVB=-0.034477;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267015;STB=0.649895;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0286707;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:13:13:26:8:13:13:26:8 chr10 135084232 . C CAGA 414.71 PASS AF=0.295699;AO=54;DP=188;FAO=55;FDP=186;FR=.;FRO=131;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=-0.0221856;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.3;QD=8.9185;RBI=0.023722;REFB=-0.0142715;REVB=0.00839826;RO=133;SAF=27;SAR=27;SRF=57;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867832;STB=0.550139;STBP=0.367;TYPE=ins;VARB=0.027648;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295699:54:188:55:186:131:27:28:55:76:99:133:27:27:57:76 chr10 135084322 . A G 363.24 PASS AF=0.30625;AO=49;DP=160;FAO=49;FDP=160;FR=.;FRO=111;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=70;FWDB=-0.0639946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2328;QD=9.08103;RBI=0.0656146;REFB=0.00420762;REVB=-0.0144902;RO=111;SAF=21;SAR=28;SRF=41;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730419;STB=0.542418;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0117364;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:111:111:49:49:0.30625:28:21:41:70:28:21:41:70 chr10 135085321 . C T 210.46 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0108228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.218;QD=26.3069;RBI=0.0133411;REFB=-0.0530041;REVB=0.00780084;RO=12;SAF=5;SAR=15;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071701;STB=0.539959;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0198011;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:15:5:4:8:15:5:4:8 chr10 135085426 . A G 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.000259167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.351;QD=17.9911;RBI=0.00602439;REFB=-0.0187927;REVB=-0.00601881;RO=29;SAF=8;SAR=21;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108908;STB=0.573717;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0186498;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:30:29:29:0.491525:21:8:11:18:21:8:12:18 chr10 135085754 . G A 490.93 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=64;FWDB=0.000377911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.763;QD=14.2298;RBI=0.000861072;REFB=-0.00632814;REVB=-0.000773711;RO=81;SAF=25;SAR=30;SRF=17;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271397;STB=0.640281;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.011344;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:81:83:55:55:0.398551:30:25:17:64:30:25:19:64 chr10 135087521 . G A 284.68 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00557805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.325;QD=29.9662;RBI=0.00950184;REFB=-0.0183974;REVB=-0.00769222;RO=13;SAF=19;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169286;STB=0.59367;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00864227;OID=.;OPOS=135087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:6:19:7:6:6:19:7:6 chr10 135089035 . A G 537.32 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0115181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3979;QD=16.0395;RBI=0.0122296;REFB=-0.0250434;REVB=-0.00411048;RO=76;SAF=25;SAR=33;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571277;STB=0.53197;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0392621;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:76:76:58:58:0.432836:33:25:37:39:33:25:37:39 chr10 135097434 . A G 159.11 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0168658;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.729;QD=16.7485;RBI=0.0619138;REFB=-0.00824341;REVB=-0.0595723;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748639;STB=0.555491;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0158236;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:8:9:9:11:8:9:9:12 chr10 135098672 . G A 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.000695212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.036;QD=13.2583;RBI=0.04469;REFB=-0.0092441;REVB=0.0446846;RO=45;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904424;STB=0.551688;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0119582;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:13:16:21:24:13:16:21:24 chr10 135098830 . T C 130.79 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0403801;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.611;QD=13.0792;RBI=0.0416032;REFB=-0.0157602;REVB=0.0100135;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264333;STB=0.666444;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0169168;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:26:25:15:15:0.375:10:5:15:11:10:5:15:10 chr10 135098845 . C T 153.95 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00329841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.215;QD=14.3212;RBI=0.00780252;REFB=-0.0166186;REVB=0.00707106;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153997;STB=0.614388;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0315621;OID=.;OPOS=135098845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:26:17:17:0.395349:11:6:12:12:11:6:14:12 chr10 135112940 . C T 358.08 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0246056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.404;QD=31.1377;RBI=0.0246369;REFB=-0.0374242;REVB=-0.00124037;RO=16;SAF=17;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121632;STB=0.566622;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0267741;OID=.;OPOS=135112940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:13:17:6:10:13:17:6:10 chr10 135160950 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0440557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.8978;QD=14.0962;RBI=0.0910674;REFB=-0.00762973;REVB=0.0797018;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209699;STB=0.619539;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00395187;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:9:2:1:13:9:2:1:13 chr10 135165790 . A G 953.31 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.787;QD=58.665;RBI=0.0534724;REFB=0;REVB=-0.0373694;RO=0;SAF=48;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5711e-06;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:16:48:0:0:16:49:0:0 chr10 135180430 . A G 1530.01 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.663;QD=63.7504;RBI=0.0373268;REFB=0;REVB=-0.0342901;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.40896e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr10 135184122 . G A 322.82 PASS AF=0.378641;AO=38;DP=101;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0106489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.228;QD=12.5367;RBI=0.0251011;REFB=-0.0150183;REVB=0.0227303;RO=62;SAF=21;SAR=17;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14411;STB=0.597187;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0283634;OID=.;OPOS=135184122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:62:64:38:39:0.378641:17:21:26:36:17:22:26:38 chr10 135184126 . G A 1511.19 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0173006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.553;QD=56.4932;RBI=0.0275333;REFB=-0.0856896;REVB=0.0214189;RO=3;SAF=49;SAR=55;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0073562;STB=0.503878;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0049956;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:3:3:104:104:0.971963:55:49:1:2:55:49:1:2 chr10 135186806 . A G 178.34 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0506259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4672;QD=22.2928;RBI=0.0509133;REFB=-0.036093;REVB=0.00540204;RO=13;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144736;STB=0.577889;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0229434;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:14:17:18:0.5625:13:4:5:8:14:4:5:9 chr10 135204950 . C G 1621.7 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=114;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0438593;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.612;QD=57.4053;RBI=0.0507065;REFB=-0.224671;REVB=0.0254462;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.507352;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00198567;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:114:113:0:3:110:110:0.973451:66:44:0:0:66:44:2:1 chr10 135205009 . C G 1695.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.504;QD=60.5452;RBI=0.0415672;REFB=0;REVB=-0.00181379;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20861e-05;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:63:49:0:0:63:49:0:0 chr10 135233541 . A G 1928.51 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818816;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.911;QD=61.7123;RBI=0.00861607;REFB=0;REVB=0.00268152;RO=0;SAF=76;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45983e-05;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:124:125:1:48:76:0:0:49:76:0:0 chr10 135269955 . C T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0249682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.459;QD=23.0939;RBI=0.0333101;REFB=-0.00943859;REVB=0.0220489;RO=12;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291437;STB=0.664906;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0071399;OID=.;OPOS=135269955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:13:4:7:5:13:4:7:5 chr10 135347397 . T C 1185.37 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116166;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2047;QD=58.5369;RBI=0.0127255;REFB=-0.0864009;REVB=0.00519554;RO=2;SAF=54;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987219;STB=0.505216;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0080695;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:25:54:1:1:25:54:1:1 chr10 135351362 . T C 820.03 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.696;QD=55.5952;RBI=0.0287592;REFB=-0.0207017;REVB=0.00109369;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171508;STB=0.509088;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=9.96101e-05;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:27:31:0:1:27:31:0:1 chr10 135368163 . A G 634.74 PASS AF=1;AO=36;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.325;QD=60.4509;RBI=0.00258471;REFB=0;REVB=0.00171108;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165291;OID=.;OPOS=135368163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:36:42:1:26:10:0:0:30:12:0:0 chr10 135368590 . T C 1082.43 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399964;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.879;QD=60.1352;RBI=0.00562829;REFB=0;REVB=0.00395987;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141139;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97511e-06;OID=.;OPOS=135368590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:1:0:71:72:1:38:33:1:0:38:34:0:0 chr10 135369532 . T C 1287.17 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0108571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0436;QD=60.5726;RBI=0.0352148;REFB=0.0575773;REVB=-0.0334994;RO=1;SAF=38;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123019;STB=0.506492;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00119049;OID=.;OPOS=135369532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:46:38:1:0:46:38:1:0 chr10 135370343 . G A 1449.13 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1519;QD=63.0055;RBI=0.0717009;REFB=0;REVB=0.0306611;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574343;OID=.;OPOS=135370343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:52:38:0:0:53:39:0:0 chr10 135370633 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3015;QD=45.8059;RBI=0.0227275;REFB=0;REVB=0.00525519;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00076266;OID=.;OPOS=135370633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr10 135370639 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.523;QD=43.4861;RBI=0.0451621;REFB=0;REVB=0.0167234;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105644;OID=.;OPOS=135370639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr10 135372870 . C G 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.399;QD=58.2375;RBI=0.0460545;REFB=0;REVB=0.0153193;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132729;OID=.;OPOS=135372870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr10 135373591 . C T 493.26 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.243;QD=58.0311;RBI=0.0586856;REFB=0;REVB=0.056149;RO=1;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054844;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353034;OID=.;OPOS=135373591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:8:25:0:1:9:25:0:0 chr10 135381390 . G A 363.66 PASS AF=0.852941;AO=28;DP=32;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.126453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6705;QD=42.7833;RBI=0.247864;REFB=-0.24558;REVB=0.213181;RO=4;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500807;STB=0.537165;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0666556;OID=.;OPOS=135381390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:34:4:5:28:29:0.852941:15:13:1:3:16:13:1:4 chr10 135381425 . G A 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0434068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0635;QD=55.5185;RBI=0.0438036;REFB=-0.0543575;REVB=0.00588314;RO=1;SAF=8;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054844;STB=0.529393;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00174865;OID=.;OPOS=135381425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:25:8:1:0:25:8:1:0 chr10 135381443 . C T 471.95 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00291322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.798;QD=55.5232;RBI=0.0426594;REFB=-0.120253;REVB=0.0425598;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00152925;OID=.;OPOS=135381443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:23:10:0:0:23:10:0:1 chr10 135381623 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.087;QD=57.0007;RBI=0.0331174;REFB=0;REVB=-0.0209429;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29219e-05;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr10 135381766 . C T 599.38 PASS AF=0.901961;AO=45;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.051645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.955;QD=47.0099;RBI=0.0667345;REFB=-0.069376;REVB=0.0422644;RO=5;SAF=9;SAR=36;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500676;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.000857236;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:51:51:5:5:45:46:0.901961:36:9:1:4:37:9:1:4 chr10 135381927 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.457;QD=59.4352;RBI=0.0168683;REFB=0;REVB=-0.0132623;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.9158e-06;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr10 135438888 . C T 34.76 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00404154;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.971;QD=1.80593;RBI=0.0332232;REFB=-0.0042619;REVB=-0.0329765;RO=70;SAF=6;SAR=2;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337685;STB=0.754207;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.033196;OID=.;OPOS=135438888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:77:70:69:8:8:0.103896:2:6:32:38:2:6:32:37 chr10 135438929 . T G 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0213374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7315;QD=1.61381;RBI=0.021476;REFB=0.00217772;REVB=-0.0024357;RO=74;SAF=6;SAR=2;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305968;STB=0.740133;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0425877;OID=.;OPOS=135438929;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:8:8:0.097561:2:6:36:38:2:6:36:38 chr10 135438951 . G A 47.26 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00444953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.15;QD=2.39315;RBI=0.00796969;REFB=-0.00542563;REVB=-0.00661194;RO=69;SAF=7;SAR=3;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238327;STB=0.672375;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0436947;OID=.;OPOS=135438951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:69:69:10:10:0.126582:3:7:35:34:3:7:35:34 chr10 135438955 . C T 46.89 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00459618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.928;QD=2.34453;RBI=0.0192607;REFB=-0.00941293;REVB=-0.0187042;RO=70;SAF=7;SAR=3;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230179;STB=0.667183;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0450843;OID=.;OPOS=135438955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:70:70:10:10:0.125:3:7:36:34:3:7:36:34 chr10 135438967 . C T 52.62 PASS AF=0.130952;AO=11;DP=84;FAO=11;FDP=84;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.000636438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1588;QD=2.50553;RBI=0.0168892;REFB=7.34749e-05;REVB=-0.0168772;RO=73;SAF=7;SAR=4;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176048;STB=0.625043;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.000737178;OID=.;OPOS=135438967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:84:84:73:73:11:11:0.130952:4:7:36:37:4:7:36:37 chr10 135438977 . G A 48.7 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00152312;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.716;QD=2.46606;RBI=0.0101752;REFB=-0.00503424;REVB=0.0100605;RO=66;SAF=6;SAR=4;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158137;STB=0.605849;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0147893;OID=.;OPOS=135438977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:80:79:66:69:10:10:0.126582:4:6:31:35:4:6:33:36 chr10 135440203 . A T 144.17 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00985897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.842;QD=24.0285;RBI=0.0151563;REFB=0.00170352;REVB=-0.0115115;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468954;STB=0.526281;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00137139;OID=.;OPOS=135440203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:3:6:9:6:3:6 chr11 193096 . T C 69.9 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=-0.0317744;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9922;QD=12.7089;RBI=0.0318001;REFB=-0.0214307;REVB=0.00127904;RO=13;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.03069;OID=.;OPOS=193096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:24:22:13:13:8:9:0.409091:8:0:0:13:9:0:0:13 chr11 193146 . G A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0190635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.278;QD=7.52587;RBI=0.0270196;REFB=-0.00648812;REVB=-0.0191478;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559602;STB=0.534808;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.039383;OID=.;OPOS=193146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:6:3:7:17:6:3:7:17 chr11 193722 . A G 97.35 PASS AF=0.254902;AO=15;DP=50;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0162179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.118;QD=7.63558;RBI=0.026145;REFB=-0.00830554;REVB=-0.0205071;RO=33;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330952;STB=0.818249;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0144025;OID=.;OPOS=193722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:50:51:33:38:15:13:0.254902:4:11:15:18:2:11:17:21 chr11 193863 . T C 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.85;QD=62.3143;RBI=0.0110231;REFB=0;REVB=0.00260805;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53343e-05;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:50:36:0:0:50:36:0:0 chr11 193865 . T G 313.85 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00297156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2295;QD=14.5977;RBI=0.0132328;REFB=-0.00715845;REVB=-0.0128949;RO=51;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338672;STB=0.51922;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00729574;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:21:14:22:29:21:14:22:29 chr11 197337 . G A 920.56 PASS AF=0.917808;AO=66;DP=73;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00372456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.87;QD=50.4417;RBI=0.0181134;REFB=-0.0289946;REVB=0.0177263;RO=4;SAF=29;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207752;STB=0.509525;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0026245;OID=.;OPOS=197337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:73:73:4:6:66:67:0.917808:37:29:1:3:37:30:2:4 chr11 204523 . CATTTCT C 223.26 PASS AF=0.448276;AO=24;DP=56;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0337142;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=301.79;QD=15.3973;RBI=0.0348588;REFB=-0.0113109;REVB=-0.00885944;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273855;STB=0.509529;STBP=0.915;TYPE=del;VARB=0.0132399;OID=.;OPOS=204524;OREF=ATTTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:24:56:26:58:32:11:15:13:19:99:31:10:14:13:18 chr11 237087 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.489;QD=62.4653;RBI=0.0394144;REFB=0;REVB=-0.0262472;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15115e-06;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr11 244106 . A G 783.37 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00092288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2206;QD=63.9487;RBI=0.0431195;REFB=0;REVB=0.0431096;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051269;OID=.;OPOS=244106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:29:18:0:0:31:18:0:0 chr11 244108 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=325.476;QD=64.1539;RBI=0.0225143;REFB=0;REVB=0.0192813;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25972e-05;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:31:18:0:0 chr11 244115 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.642;QD=57.1775;RBI=0.037814;REFB=0;REVB=0.0375592;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119881;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr11 244129 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.377;QD=63.2857;RBI=0.01534;REFB=0;REVB=-0.00679616;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010425;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr11 244141 . G A 611.15 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00593648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.825;QD=53.1437;RBI=0.0190619;REFB=-0.0681251;REVB=-0.0181139;RO=4;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693976;STB=0.53702;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00963665;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:4:4:42:42:0.913043:25:17:0:4:25:17:0:4 chr11 244167 . C T 695.93 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0418783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.878;QD=60.5153;RBI=0.0431336;REFB=-0.132308;REVB=0.0103302;RO=1;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159327;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00141004;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:29:16:0:1:29:16:0:1 chr11 244171 . T C 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.069;QD=63.2779;RBI=0.0144635;REFB=0;REVB=0.0118706;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57855e-05;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr11 244197 . T C 542.9 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178764;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.967;QD=60.3221;RBI=0.0255174;REFB=0;REVB=0.0182091;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407726;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr11 244414 . C T 964.43 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0128608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8951;QD=55.9092;RBI=0.0519378;REFB=0.0342566;REVB=-0.0503203;RO=2;SAF=36;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00205397;STB=0.501087;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00754008;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:31:36:1:1:31:36:1:1 chr11 244490 . ATACCTTTTAGTACCTTTTAGA ATACCTTTTAG,ATACCTTTTAGA 777.38 PASS AF=0,1;AO=12,32;DP=49;FAO=0,49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578225,0.00627067;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=11,10;MLLD=189.042,357.527;QD=63.4595;RBI=0.00970453,0.0118677;REFB=0,0;REVB=0.00779381,0.0100757;RO=0;SAF=0,24;SAR=12,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000224283;OID=.,.;OPOS=244501,244491;OREF=TACCTTTTAGA,TACCTTTTAG;OALT=-,-;OMAPALT=ATACCTTTTAG,ATACCTTTTAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:12,32:49:0,49:49:0:0,26:0,23:0:0:4:0:0,24:12,8:0:0 chr11 280221 . A C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.709;QD=19.1085;RBI=0.00906699;REFB=-0.0208944;REVB=0.00906699;RO=6;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00667144;OID=.;OPOS=280221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:9:0:0:6:9:0:0:6 chr11 280816 . AT TC 495.46 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00835454;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.241;QD=26.0767;RBI=0.045354;REFB=-0.0185998;REVB=-0.0445779;RO=30;SAF=20;SAR=26;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00106542;STB=0.500582;STBP=0.994;TYPE=mnp;VARB=0.0138748;OID=.;OPOS=280816;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:26:20:13:17:26:20:13:17 chr11 284534 . G GC 217.29 PASS AF=1;AO=5;DP=31;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.218444;FXX=0.193486;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.397;QD=34.7657;RBI=0.2967;REFB=0;REVB=-0.200781;RO=26;SAF=0;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0168339;OID=.;OPOS=284535;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:31:25:25:0:4:21:0:0:5:26:0:5:10:16 chr11 284538 . T C 443.13 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0583646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2878;QD=53.7127;RBI=0.0584646;REFB=-0.211689;REVB=-0.0034185;RO=1;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227444;STB=0.511621;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00424949;OID=.;OPOS=284538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:30:32:0.969697:20:10:0:1:21:11:0:1 chr11 290816 . A G 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0167551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.799;QD=15.0178;RBI=0.0221134;REFB=-0.0156697;REVB=-0.0144315;RO=39;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630654;STB=0.54383;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0189268;OID=.;OPOS=290816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:40:30:30:0.428571:12:18:21:18:12:18:21:19 chr11 290891 . T C 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0123238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.512;QD=20.4399;RBI=0.0180183;REFB=-0.0291858;REVB=-0.0131447;RO=29;SAF=25;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743401;STB=0.541375;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0158933;OID=.;OPOS=290891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:8:25:20:9:8:25:20:9 chr11 290918 . G A 407.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0164236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.074;QD=22.9469;RBI=0.0174625;REFB=-0.0339092;REVB=0.00593331;RO=31;SAF=27;SAR=13;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932609;STB=0.551098;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0238985;OID=.;OPOS=290918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:13:27:24:7:13:27:24:7 chr11 291022 . C G 32.26 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.104572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.3668;QD=2.80562;RBI=0.104582;REFB=-0.0397929;REVB=0.0014152;RO=30;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564732;STB=0.871717;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.147044;OID=.;OPOS=291022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:46:46:30:38:7:7:0.152174:1:6:11:19:1:6:15:23 chr11 294119 . C T 323.41 PASS AF=0.578947;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00648592;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.474;QD=22.6953;RBI=0.0381777;REFB=-0.0213326;REVB=0.0376227;RO=22;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454469;STB=0.527011;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0151826;OID=.;OPOS=294119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:22:24:32:33:0.578947:12:20:15:7:13:20:16:8 chr11 294375 . C T 211.08 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.036002;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.262;QD=25.5853;RBI=0.0360337;REFB=-0.0108865;REVB=0.00151076;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153156;STB=0.58528;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00822471;OID=.;OPOS=294375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:13:13:20:20:0.606061:8:12:5:8:8:12:5:8 chr11 299411 . C G 158.83 PASS AF=0.391304;AO=12;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.072461;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.128;QD=13.8112;RBI=0.0751442;REFB=-0.024947;REVB=-0.0199013;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.672108;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.025798;OID=.;OPOS=299411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:8:28:12:18:0.391304:9:3:2:6:14:4:13:15 chr11 308290 . T C 941.01 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346341;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1325;QD=58.8132;RBI=0.0447605;REFB=0;REVB=-0.0283545;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15355e-05;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr11 308314 . T C 787.42 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00591167;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6734;QD=57.267;RBI=0.00631386;REFB=0;REVB=0.00221742;RO=0;SAF=14;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154103;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:41:14:0:0:41:14:0:0 chr11 308362 . T TC 729.37 PASS AF=1;AO=8;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.152019;FXX=0.0156226;HRUN=0;LEN=1;MLLD=145.021;QD=46.3094;RBI=0.152111;REFB=0;REVB=-0.00529978;RO=55;SAF=0;SAR=8;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599031;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000975198;OID=.;OPOS=308363;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:64:63:63:0:17:46:0:0:5:55:0:8:17:38 chr11 308363 . G C 905.07 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0760798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.808;QD=56.5671;RBI=0.0762816;REFB=0.0124651;REVB=0.00554465;RO=1;SAF=17;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103783;STB=0.505375;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000429906;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:45:17:0:1:46:17:0:1 chr11 308426 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6672;QD=61.6838;RBI=0.0257937;REFB=0;REVB=-0.0249641;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176497;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr11 314207 . C G 1127.19 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9162;QD=59.3257;RBI=0.109413;REFB=0;REVB=0.0909281;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039231;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:76:0:0:64:76:1:28:36:0:0:34:42:0:0 chr11 320639 . C T 134.26 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00533225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.402;QD=16.7824;RBI=0.0165835;REFB=-0.00990681;REVB=-0.0157028;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129571;STB=0.569527;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0195357;OID=.;OPOS=320639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:17:14:15:0.46875:5:9:7:7:6:9:8:9 chr11 320772 . A G 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0200313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.832;QD=21.1294;RBI=0.0271303;REFB=-0.0119702;REVB=-0.0182976;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174248;STB=0.509795;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0114923;OID=.;OPOS=320772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:9:12:13:9:9:12 chr11 372157 . C T 275.37 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.138715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3612;QD=18.0572;RBI=0.138734;REFB=-0.0454588;REVB=-0.00234192;RO=31;SAF=19;SAR=11;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279016;STB=0.655777;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0442762;OID=.;OPOS=372157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:11:19:10:21:11:19:10:21 chr11 372700 . G C 84.55 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0186877;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=306.474;QD=13.0084;RBI=0.0200114;REFB=-0.0187215;REVB=-0.00715725;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265087;STB=0.619359;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0303334;OID=.;OPOS=372700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:26:10:14:9:10:0.384615:6:3:1:9:7:3:2:12 chr11 375699 . TG T 49.68 PASS AF=0.733333;AO=8;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0489723;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.83779;QD=13.2492;RBI=0.0962861;REFB=-0.060961;REVB=0.0829018;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128939;STB=0.533274;STBP=0.733;TYPE=del;VARB=0.0624867;OID=.;OPOS=375700;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:8:15:11:15:4:4:7:1:3:15:5:3:5:1:4 chr11 379598 . A G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000265296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.758;QD=39.3178;RBI=0.0011731;REFB=-0.00734099;REVB=0.00114271;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100229;STB=0.555467;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00038123;OID=.;OPOS=379598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:9:4:1:0:9:4:1:0 chr11 400109 . A G 488.64 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.095633;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.512;QD=59.2293;RBI=0.099438;REFB=0;REVB=0.027244;RO=0;SAF=2;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014382;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:31:2:0:0:31:2:0:0 chr11 404468 . G A 1121.98 PASS AF=0.987013;AO=73;DP=75;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4157;QD=58.2844;RBI=0.119629;REFB=-0.206592;REVB=0.115818;RO=2;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325877;STB=0.507934;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0210491;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:77:2:1:73:76:0.987013:28:45:0:2:31:45:0:1 chr11 406043 . G A 1872.7 PASS AF=1;AO=109;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=83;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01504;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.807;QD=61.3999;RBI=0.0232641;REFB=0;REVB=-0.0177486;RO=0;SAF=72;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697712;OID=.;OPOS=406043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:109:122:1:37:72:0:0:39:83:0:0 chr11 428385 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4345;QD=56.1887;RBI=0.0505149;REFB=0;REVB=-0.0464138;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114791;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr11 428489 . T C 341.15 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.825;QD=54.5843;RBI=0.0396251;REFB=0;REVB=0.0284838;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300129;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chr11 429659 . C T 1117.38 PASS AF=1;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178243;FXX=0.121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.837;QD=62.0767;RBI=0.0337491;REFB=0;REVB=0.0286583;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317374;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr11 429660 . G T 33.09 PASS AF=0.097561;AO=6;DP=80;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.00909692;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.8909;QD=1.6143;RBI=0.0299473;REFB=-0.00165129;REVB=0.0285322;RO=74;SAF=3;SAR=3;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116883;STB=0.597327;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00135926;OID=.;OPOS=429660;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:82:74:74:6:8:0.097561:3:3:45:29:4:4:45:29 chr11 431834 . A G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.116;QD=61.6821;RBI=0.0417905;REFB=0;REVB=0.0252811;RO=0;SAF=3;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29394e-05;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:38:3:0:0:38:3:0:0 chr11 433387 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.829;QD=59.1432;RBI=0.00922201;REFB=0;REVB=-0.00682394;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59288e-05;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:27:39:0:0:27:40:0:0 chr11 433867 . G A 374.6 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00111839;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5734;QD=19.9784;RBI=0.135748;REFB=-0.0281511;REVB=0.135743;RO=36;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474267;STB=0.519653;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0312729;OID=.;OPOS=433867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:36:37:38:38:0.506667:18:20:17:19:18:20:18:19 chr11 490036 . G A 491.79 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0256931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.017;QD=18.558;RBI=0.0312277;REFB=-0.0239981;REVB=-0.0177492;RO=54;SAF=21;SAR=31;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339696;STB=0.501882;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0365335;OID=.;OPOS=490036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:31:21:22:32:31:21:22:32 chr11 494942 . G C 149.75 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0287816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3334;QD=19.9666;RBI=0.0288775;REFB=0.00150341;REVB=-0.00235194;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166101;STB=0.594472;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.000146821;OID=.;OPOS=494942;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:5:11:7:7:5:11:7:7 chr11 499059 . C T 787.45 PASS AF=0.556391;AO=74;DP=134;FAO=74;FDP=133;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0232879;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.22;QD=23.6827;RBI=0.0796044;REFB=-0.0188334;REVB=0.0761219;RO=59;SAF=29;SAR=45;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269321;STB=0.514717;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0174231;OID=.;OPOS=499059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:59:59:74:74:0.556391:45:29:25:34:45:29:25:34 chr11 499547 . A C 305.01 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0191557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.807;QD=19.0631;RBI=0.0195034;REFB=0.00588813;REVB=0.00366631;RO=30;SAF=20;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532295;STB=0.544882;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00448093;OID=.;OPOS=499547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:30:31:32:33:0.515625:12:20:17:13:12:21:17:14 chr11 499583 . G A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00757934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.131;QD=15.6537;RBI=0.00851712;REFB=-0.0287181;REVB=-0.00388522;RO=32;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156136;STB=0.588573;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0306629;OID=.;OPOS=499583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:9:17:16:16:9:17:16:16 chr11 502722 . C T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0580091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8381;QD=9.49508;RBI=0.0720694;REFB=0.000270854;REVB=0.0427661;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331235;STB=0.696656;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00316007;OID=.;OPOS=502722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:6:18:5:6:6:18 chr11 549959 . C T 594.57 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.049;QD=60.9815;RBI=0.0373372;REFB=0;REVB=0.0332819;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015962;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:26:12:0:0:26:13:0:0 chr11 551236 . C T 471.75 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0479646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4323;QD=20.9666;RBI=0.0819614;REFB=-0.0306461;REVB=0.066461;RO=43;SAF=28;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870842;STB=0.554431;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0280779;OID=.;OPOS=551236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:44:46:46:0.511111:18:28:22:21:18:28:22:22 chr11 551753 . G A 2331.79 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.698;QD=60.1753;RBI=0.0753668;REFB=-0.0889336;REVB=0.0745927;RO=1;SAF=68;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055639;STB=0.50289;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00010315;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:153:154:0.993548:85:68:0:1:86:68:0:1 chr11 554166 . C G 1266.88 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.858;QD=61.0543;RBI=0.0456211;REFB=0;REVB=-0.0111684;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174049;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:38:43:0:0:40:43:0:0 chr11 554214 . G C 1008.32 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1438;QD=59.3131;RBI=0.0901903;REFB=0;REVB=-0.0149528;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433609;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr11 556521 . C G 211.3 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0216939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9395;QD=14.087;RBI=0.0258419;REFB=-0.0164982;REVB=-0.014042;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160336;STB=0.510113;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00985342;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:35:25:25:0.416667:11:14:19:14:11:14:19:16 chr11 556857 . G C 583.25 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00817578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.005;QD=25.3586;RBI=0.0402504;REFB=-0.00323269;REVB=0.0394113;RO=34;SAF=24;SAR=29;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117858;STB=0.557899;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00268011;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:34:39:53:53:0.576087:29:24:21:13:29:24:23:16 chr11 558884 . C T 77.9 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00622755;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.571;QD=11.128;RBI=0.0216176;REFB=-0.0155232;REVB=-0.0207012;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167304;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0463503;OID=.;OPOS=558884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:28:28:16:18:10:10:0.357143:4:6:7:9:4:6:8:10 chr11 559016 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0119464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3363;QD=9.44487;RBI=0.0325675;REFB=-0.00371861;REVB=-0.0302973;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203317;STB=0.624609;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00532205;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:3:7:3:3:3:7 chr11 562421 . G A 475.97 PASS AF=0.547619;AO=45;DP=78;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00450856;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.5;QD=22.6652;RBI=0.0614053;REFB=-0.0206808;REVB=-0.0612395;RO=32;SAF=25;SAR=20;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102828;STB=0.543113;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0170668;OID=.;OPOS=562421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:84:32:38:45:46:0.547619:20:25:22:10:20:26:25:13 chr11 563257 . G A 313.22 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3485;QD=19.5763;RBI=0.011311;REFB=-0.0220691;REVB=-0.0102745;RO=31;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194871;STB=0.608628;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0193797;OID=.;OPOS=563257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:22:11:17:14:22:11:17:14 chr11 563649 . C T 340.55 PASS AF=0.630435;AO=28;DP=45;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.159985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.408;QD=29.6134;RBI=0.160851;REFB=-0.00976212;REVB=0.0166693;RO=17;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117933;STB=0.513668;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00840255;OID=.;OPOS=563649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:17:17:28:29:0.630435:16:12:7:10:16:13:7:10 chr11 616865 . G A 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00253597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.697;QD=22.9824;RBI=0.00267734;REFB=-0.0220107;REVB=-0.000858496;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167715;STB=0.509362;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0189389;OID=.;OPOS=616865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:13:12:11:11:13:12:11:11 chr11 616970 . A T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.106;QD=61.3364;RBI=0.0329043;REFB=0;REVB=0.0265544;RO=0;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010604;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:32:8:0:0:32:8:0:0 chr11 617967 . C G 1153.6 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.402;QD=60.716;RBI=0.0554253;REFB=0;REVB=0.00970081;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19031e-05;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:41:34:0:0:41:35:0:0 chr11 619767 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0759977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7734;QD=10.6346;RBI=0.0768816;REFB=-0.021533;REVB=0.0116246;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429499;STB=0.740393;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0309554;OID=.;OPOS=619767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:7:1:0:13:7:1:0:13 chr11 654043 . G A 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0127117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4298;QD=25.2439;RBI=0.078146;REFB=-0.0213375;REVB=0.0771052;RO=22;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108296;STB=0.559958;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0190557;OID=.;OPOS=654043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:14:14:14:8:14:14:14:8 chr11 709401 . A G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4771;QD=57.6767;RBI=0.0636276;REFB=0;REVB=-0.0634366;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142787;OID=.;OPOS=709401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr11 726178 . G C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.03;QD=35.572;RBI=0.131104;REFB=0;REVB=0.0213998;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00336135;OID=.;OPOS=726178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr11 771034 . A G 165.64 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0206949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.715;QD=11.4233;RBI=0.0320828;REFB=-0.00707255;REVB=-0.0245158;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151776;STB=0.588152;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0158144;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:9:12:16:21:9:12:16:21 chr11 788638 . GCCCCT GCCC,GCCCT 90.66 PASS AF=0,0.736842;AO=2,10;DP=19;FAO=0,14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=0,1;FSAR=0,13;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00155635,-0.0274194;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=41.9177,11.8287;QD=19.0865;RBI=0.0248839,0.1556;REFB=-0.0360649,-0.0972307;REVB=0.0248352,0.153165;RO=7;SAF=1,0;SAR=1,10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0720733,-0.811433;STB=0.5,0.822181;STBP=1,0.003;TYPE=del,del;VARB=0,0.0863712;OID=.,.;OPOS=788642,788639;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.736842:2,10:19:0,14:19:5:0,1:0,13:4:1:19:7:1,0:1,10:4:3 chr11 790762 . G A 255.08 PASS AF=0.52;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0187187;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.405;QD=20.4066;RBI=0.0198144;REFB=-0.0109125;REVB=-0.0064976;RO=23;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191123;STB=0.615414;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0122003;OID=.;OPOS=790762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:24:26:26:0.52:11:15:8:15:11:15:8:16 chr11 822588 . C T 207.14 PASS AF=0.4375;AO=18;DP=45;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00117712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.1;QD=17.2618;RBI=0.0256746;REFB=-0.0134267;REVB=0.0256476;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020074;STB=0.54541;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0176228;OID=.;OPOS=822588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:27:27:18:21:0.4375:11:7:11:16:14:7:11:16 chr11 823809 . C G 275.02 PASS AF=0.5;AO=29;DP=60;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00248886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1072;QD=17.7429;RBI=0.0264815;REFB=-0.0120641;REVB=0.0263642;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471945;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135851;OID=.;OPOS=823809;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:30:31:29:31:0.5:16:13:15:15:16:15:15:16 chr11 824428 . G T 929.39 PASS AF=0.683761;AO=79;DP=118;FAO=80;FDP=117;FR=.;FRO=37;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0167802;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.778;QD=31.7739;RBI=0.0364832;REFB=-0.0310891;REVB=0.0323952;RO=37;SAF=45;SAR=34;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818189;STB=0.549827;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0102568;OID=.;OPOS=824428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:37:37:79:80:0.683761:34:45:16:21:35:45:15:22 chr11 828916 . G A 247.47 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00589744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.461;QD=11.5103;RBI=0.0153094;REFB=-0.013299;REVB=-0.0141279;RO=56;SAF=14;SAR=16;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375642;STB=0.521725;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0367867;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:16:14:28:28:16:14:28:28 chr11 829539 . A G 1749.42 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.49;QD=60.8494;RBI=0.0122975;REFB=0;REVB=0.00697116;RO=0;SAF=44;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78559e-05;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:71:44:0:0:71:44:0:0 chr11 830487 . C T 275.81 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0474287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.645;QD=45.968;RBI=0.0495013;REFB=-0.069278;REVB=0.0141737;RO=1;SAF=3;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13106;STB=0.51281;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00305469;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:24:24:1:1:22:23:0.958333:19:3:1:0:19:4:0:1 chr11 830670 . G T 509.73 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744222;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.63;QD=59.9679;RBI=0.0809783;REFB=0;REVB=0.031919;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280068;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr11 831122 . C T 1034.6 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.656;QD=59.1203;RBI=0.027232;REFB=0;REVB=0.0156708;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485819;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:70:0:0:65:70:1:33:32:0:0:35:35:0:0 chr11 837582 . G A 401.0 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0125161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.3859;QD=19.8024;RBI=0.0252088;REFB=-0.0282147;REVB=0.0218822;RO=40;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04572;STB=0.519647;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0308812;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:40:41:0.506173:22:18:16:24:23:18:16:24 chr11 840477 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0165396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.991;QD=16.2711;RBI=0.0270104;REFB=-0.020064;REVB=-0.0213542;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174048;STB=0.614306;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0266867;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:6:9:7:10:6:9:7:11 chr11 862652 . T C 749.83 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0259763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6289;QD=61.2104;RBI=0.0430313;REFB=-0.151779;REVB=-0.0343064;RO=1;SAF=30;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154257;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00760769;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:18:30:1:0:18:30:1:0 chr11 870095 . G A 334.44 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.0233007;FXX=0.0454504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.12;QD=12.7404;RBI=0.0233045;REFB=-0.0200076;REVB=-0.00042109;RO=58;SAF=12;SAR=28;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00862504;STB=0.527702;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0317502;OID=.;OPOS=870095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:58:65:40:40:0.380952:28:12:17:41:28:12:22:43 chr11 870446 . G A,C 722.3 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=49,2;DP=51;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237812,-0.0980723;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=269.233,15.6698;QD=56.6507;RBI=0.0261735,0.0982756;REFB=0,0;REVB=0.0109319,0.006318;RO=0;SAF=28,1;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000644865,0.171029;OID=.,.;OPOS=870446,870446;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:51:51:0:0:49,2:50,1:0.980392,0.0196078:21,1:28,1:0:0:21,1:29,0:0:0 chr11 900929 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.978;QD=51.1846;RBI=0.0107374;REFB=0;REVB=-0.000134836;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.31594e-05;OID=.;OPOS=900929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr11 903070 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.731;QD=59.8388;RBI=0.0407129;REFB=0;REVB=0.0382973;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010257;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr11 1010649 . C T 412.21 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=-0.0151357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2678;QD=21.4135;RBI=0.027251;REFB=-0.011006;REVB=-0.0226612;RO=36;SAF=23;SAR=18;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304146;STB=0.666797;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0140161;OID=.;OPOS=1010649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:18:23:7:29:18:23:7:29 chr11 1016588 . G C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00188447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.349;QD=9.19992;RBI=0.0337171;REFB=-0.0328383;REVB=-0.0336644;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199998;STB=0.624625;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0430808;OID=.;OPOS=1016588;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:6:7:5:2:6:7 chr11 1016594 . A G 113.41 PASS AF=0.5;AO=14;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00767023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.169;QD=17.4471;RBI=0.0549989;REFB=-0.0170243;REVB=-0.0544614;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191435;STB=0.58428;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0485297;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:14:13:0.5:10:4:6:6:9:4:6:7 chr11 1016604 . ACT GGC 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00292023;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=120.267;QD=12.4807;RBI=0.037612;REFB=0.000908121;REVB=-0.0374984;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448575;STB=0.512175;STBP=0.96;TYPE=mnp;VARB=-0.00188638;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:16:19:12:12:0.387097:8:4:6:10:8:4:6:13 chr11 1016614 . G T 207.58 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.00399493;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5282;QD=16.2805;RBI=0.0107529;REFB=0.0015452;REVB=0.00998322;RO=29;SAF=4;SAR=19;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00256367;STB=0.504421;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00192034;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:29:28:23:23:0.45098:19:4:5:24:19:4:5:23 chr11 1016618 . G C 230.39 PASS AF=0.5;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0245143;FXX=0.0769083;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.347;QD=19.1994;RBI=0.0253953;REFB=-0.0538805;REVB=-0.00663124;RO=15;SAF=4;SAR=20;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178848;STB=0.535683;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0345309;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:48:15:24:24:24:0.5:20:4:5:10:20:4:5:19 chr11 1016665 . C T 201.74 PASS AF=0.306818;AO=26;DP=86;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=48;FWDB=-0.0221241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.557;QD=9.16988;RBI=0.0287585;REFB=-0.0278785;REVB=-0.0183732;RO=57;SAF=1;SAR=25;SRF=12;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514671;STB=0.830694;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0597878;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:57:61:26:27:0.306818:25:1:12:45:26:1:13:48 chr11 1016724 . A G 100.22 PASS AF=0.222222;AO=17;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=49;FWDB=-0.0150081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.08;QD=5.5676;RBI=0.0273362;REFB=-0.0174713;REVB=-0.0228478;RO=53;SAF=2;SAR=15;SRF=6;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133109;STB=0.5;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0532605;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:56:17:16:0.222222:15:2:6:47:14:2:7:49 chr11 1016779 . G A 43.74 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=47;FWDB=-0.0155747;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.422;QD=3.06925;RBI=0.025531;REFB=-0.00327571;REVB=-0.0202302;RO=49;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528244;STB=0.815022;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0294914;OID=.;OPOS=1016779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:57:49:49:8:8:0.140351:6:2:2:47:6:2:2:47 chr11 1016789 . T A 59.32 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=44;FWDB=-0.0185945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8978;QD=4.09117;RBI=0.0426634;REFB=-0.0126871;REVB=-0.038398;RO=48;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618169;STB=0.54074;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0614435;OID=.;OPOS=1016789;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:9:1:4:44:9:1:4:44 chr11 1016798 . AGGGT AGAGA 86.55 PASS AF=0.190476;AO=7;DP=45;FAO=8;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=26;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=24;FWDB=-0.0408993;FXX=0.0454442;HRUN=3;LEN=3;MLLD=132.353;QD=8.2432;RBI=0.0501938;REFB=-0.0623721;REVB=-0.0290974;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261794;STB=0.59595;STBP=0.801;TYPE=mnp;VARB=0.0826249;OID=.;OPOS=1016800;OREF=GGT;OALT=AGA;OMAPALT=AGAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190476:7:45:8:42:26:1:7:2:24:54:18:1:6:1:17 chr11 1016810 . GGT G,TGG,TGT 368.95 PASS AF=0.512195,0.170732,0.243902;AO=7,3,8;DP=45;FAO=21,7,10;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,1;FSAR=21,7,9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0302274,-0.0232736,-0.00907375;FXX=0.0465008;HRUN=4,4,4;LEN=2,3,1;MLLD=16.8863,98.9636,113.885;QD=35.9949;RBI=0.219429,0.0284566,0.0135009;REFB=-0.0791038,-0.0187244,-0.0103746;REVB=0.217337,0.0163744,-0.00999713;RO=24;SAF=0,0,1;SAR=7,3,7;SRF=3;SRR=21;SSEN=0.368421,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.638921,-0.457411,0;STB=0.999161,0.997992,0.799259;STBP=0,0.004,0.004;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0403738,0.147312,0.0496728;OID=.,.,.;OPOS=1016811,1016810,1016810;OREF=GT,GGT,G;OALT=-,TGG,T;OMAPALT=G,TGG,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:71:45:41:24:3:7,3,8:21,7,10:0.512195,0.170732,0.243902:7,3,7:0,0,1:3:21:21,7,9:0,0,1:3:0 chr11 1016833 . G T 31.68 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=87;FWDB=-0.0175055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2221;QD=1.21854;RBI=0.0318583;REFB=-0.00988528;REVB=-0.0266178;RO=91;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317525;STB=0.728361;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.098872;OID=.;OPOS=1016833;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:100:104:91:95:9:9:0.0865385:7:2:8:83:7:2:8:87 chr11 1016834 . G A 58.74 PASS AF=0.128713;AO=12;DP=104;FAO=13;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=83;FWDB=0.0270967;FXX=0.0288434;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2485;QD=2.3264;RBI=0.0857468;REFB=-0.00211954;REVB=0.0813528;RO=73;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428885;STB=0.776931;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0321222;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:104:101:73:88:12:13:0.128713:9:3:5:68:10:3:5:83 chr11 1016869 . AGG CAG,CAT,TGG 248.9 PASS AF=0,0,0.373333;AO=5,12,28;DP=94;FAO=0,0,28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=0,0,6;FSAR=0,0,22;FSRF=4;FSRR=43;FWDB=0.0260637,0.0208223,-0.00332803;FXX=0.202106;HRUN=2,2,2;LEN=2,3,1;MLLD=113.503,158.115,87.857;QD=13.2745;RBI=0.0336358,0.0288307,0.0240399;REFB=-0.017252,-0.0156346,-0.0261315;REVB=-0.0212615,-0.019941,-0.0238085;RO=41;SAF=0,2,6;SAR=5,10,22;SRF=4;SRR=37;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.486846,0.180716,0.208915;STB=0.5,0.5,0.639265;STBP=1,1,0.2;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0,0,0.0437439;OID=.,.,.;OPOS=1016869,1016869,1016869;OREF=AG,AGG,A;OALT=CA,CAT,T;OMAPALT=CAG,CAT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:94:75:41:47:5,12,28:0,0,28:0,0,0.373333:5,10,22:0,2,6:4:37:0,0,22:0,0,6:4:43 chr11 1016889 . GG AA,GA 190.65 PASS AF=0.15625,0.234375;AO=9,15;DP=59;FAO=10,15;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=1,4;FSAR=9,11;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=-0.00462514,-0.00088532;FXX=0.0153822;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=131.323,199.987;QD=11.9153;RBI=0.0310838,0.0394043;REFB=-0.0242326,-0.0280275;REVB=-0.0307378,-0.0393944;RO=34;SAF=1,4;SAR=8,11;SRF=6;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.161026,0.146431;STB=0.636843,0.586927;STBP=0.48,0.539;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0506857,0.0500271;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:59:64:34:39:9,15:10,15:0.15625,0.234375:8,11:1,4:6:28:9,11:1,4:7:32 chr11 1016894 . G A 48.59 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=45;FWDB=-0.0294162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.409;QD=3.13454;RBI=0.0327162;REFB=-0.00638372;REVB=-0.0143192;RO=52;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453873;STB=0.76883;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0350068;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:61:62:52:53:9:9:0.145161:5:4:7:45:5:4:8:45 chr11 1016914 . G T 55.39 PASS AF=0.411765;AO=5;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.000807446;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.4975;QD=13.0322;RBI=0.0462695;REFB=-0.0595199;REVB=0.0462625;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463402;STB=0.72672;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0661073;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:17:7:8:5:7:0.411765:2:3:7:0:4:3:7:1 chr11 1016928 . C G 163.71 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0140177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.314;QD=38.519;RBI=0.0522846;REFB=-0.170928;REVB=0.0503704;RO=2;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101074;STB=0.555483;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00515258;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:17:17:2:2:15:15:0.882353:8:7:0:2:8:7:0:2 chr11 1016933 . C T 56.78 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.035508;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.441;QD=10.3235;RBI=0.0459916;REFB=-0.0353304;REVB=-0.0292303;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479673;STB=0.529336;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0564035;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:4:10:6:2:4:10 chr11 1017029 . T G 450.3 PASS AF=0.558442;AO=44;DP=81;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=34;FWDB=-0.00759338;FXX=0.0493766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3254;QD=23.3923;RBI=0.0510264;REFB=-0.0545456;REVB=-0.0504582;RO=37;SAF=2;SAR=42;SRF=0;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285144;STB=0.646502;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0440009;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:77:37:34:44:43:0.558442:42:2:0:37:41:2:0:34 chr11 1017033 . GAAG GAAA,GAG 848.74 PASS AF=0.118421,0.881579;AO=8,18;DP=77;FAO=9,67;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=8,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0605536,0.23319;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=106.045,15.8537;QD=44.6707;RBI=0.0634543,0.550956;REFB=0.0178625,-0.0353093;REVB=-0.0189661,0.499174;RO=49;SAF=1,0;SAR=7,18;SRF=2;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.350019,-0.706694;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0878899,0.100381;OID=.,.;OPOS=1017036,1017034;OREF=G,A;OALT=A,-;OMAPALT=GAAA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.118421,0.881579:8,18:77:9,67:76:0:1,2:8,65:0:0:39:49:1,0:7,18:2:47 chr11 1017041 . GT TG 36.72 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=91;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=81;FWDB=0.0238106;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=123.424;QD=1.61401;RBI=0.06076;REFB=-0.00750369;REVB=-0.0559002;RO=81;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.584562;STB=0.847357;STBP=0.894;TYPE=mnp;VARB=0.118196;OID=.;OPOS=1017041;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:91:81:82:9:9:0.0989011:8:1:1:80:8:1:1:81 chr11 1017045 . G T 48.91 PASS AF=0.115789;AO=11;DP=95;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=83;FWDB=0.0142637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.082;QD=2.05919;RBI=0.0713588;REFB=-0.00535471;REVB=-0.0699187;RO=84;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.651983;STB=0.871831;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.051594;OID=.;OPOS=1017045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:95:95:84:84:11:11:0.115789:9:2:1:83:9:2:1:83 chr11 1017084 . G A 286.56 PASS AF=0.280576;AO=38;DP=133;FAO=39;FDP=139;FR=.;FRO=100;FSAF=3;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=88;FWDB=-0.0394915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.065;QD=8.24639;RBI=0.0535117;REFB=-0.0232384;REVB=-0.0361099;RO=95;SAF=3;SAR=35;SRF=12;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161076;STB=0.592051;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0684462;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:139:95:100:38:39:0.280576:35:3:12:83:36:3:12:88 chr11 1017110 . C T 184.2 PASS AF=0.206452;AO=31;DP=152;FAO=32;FDP=155;FR=.;FRO=123;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=119;FWDB=0.0316952;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.804;QD=4.75345;RBI=0.0354237;REFB=-0.0127278;REVB=-0.0158193;RO=118;SAF=13;SAR=18;SRF=4;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.626501;STB=0.847326;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0699677;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:155:118:123:31:32:0.206452:18:13:4:114:19:13:4:119 chr11 1017112 . GT CC 410.56 PASS AF=0.192053;AO=29;DP=157;FAO=29;FDP=151;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=92;FWDB=-0.00516666;FXX=0.0382141;HRUN=2;LEN=2;MLLD=139.748;QD=10.8758;RBI=0.015083;REFB=-0.0183834;REVB=0.0141705;RO=91;SAF=13;SAR=16;SRF=4;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.59478;STB=0.83759;STBP=0.021;TYPE=mnp;VARB=0.0521731;OID=.;OPOS=1017112;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:151:91:96:29:29:0.192053:16:13:4:87:16:13:4:92 chr11 1017173 . G A 554.13 PASS AF=0.414474;AO=63;DP=153;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=85;FWDB=0.0474395;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.904;QD=14.5824;RBI=0.0476941;REFB=-0.0340421;REVB=0.00492116;RO=89;SAF=15;SAR=48;SRF=4;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342301;STB=0.686232;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0548262;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:89:89:63:63:0.414474:48:15:4:85:48:15:4:85 chr11 1017183 . G T 216.87 PASS AF=0.232394;AO=33;DP=141;FAO=33;FDP=142;FR=.;FRO=109;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=97;FWDB=0.0736678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9134;QD=6.10888;RBI=0.074039;REFB=-0.00917753;REVB=-0.00740444;RO=108;SAF=5;SAR=28;SRF=12;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109753;STB=0.567629;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0410089;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:108:109:33:33:0.232394:28:5:12:96:28:5:12:97 chr11 1017220 . T C 644.48 PASS AF=0.612903;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=34;FWDB=0.00822372;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.322;QD=27.7194;RBI=0.00933804;REFB=-0.0554865;REVB=0.00442374;RO=36;SAF=13;SAR=44;SRF=2;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196584;STB=0.605703;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0614586;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:36:36:57:57:0.612903:44:13:2:34:44:13:2:34 chr11 1017231 . A G 392.41 PASS AF=0.541667;AO=36;DP=80;FAO=39;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=30;FWDB=0.0159598;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.79;QD=21.8006;RBI=0.0163524;REFB=-0.0440113;REVB=0.00356159;RO=33;SAF=11;SAR=25;SRF=2;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284131;STB=0.636669;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0558665;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:72:33:32:36:39:0.541667:25:11:2:31:28:11:2:30 chr11 1017239 . CG TA 358.99 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=31;FWDB=0.0597497;FXX=0.0410903;HRUN=2;LEN=2;MLLD=218.327;QD=20.5138;RBI=0.0616778;REFB=-0.0350831;REVB=-0.015301;RO=32;SAF=9;SAR=27;SRF=2;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244941;STB=0.641531;STBP=0.067;TYPE=mnp;VARB=0.023348;OID=.;OPOS=1017239;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:70:32:33:36:37:0.528571:27:9:2:30:27:10:2:31 chr11 1017384 . G C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.0155648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.147;QD=8.24622;RBI=0.0156801;REFB=-0.0271006;REVB=-0.00189843;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493953;STB=0.777376;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0451185;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:0:15:6:1:0:15 chr11 1017418 . TGGG TGG,TGGT,TGTG 196.95 PASS AF=0.444444,0.444444,0.111111;AO=8,7,2;DP=18;FAO=8,8,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,0;FSAR=8,7,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357519,-0.0231985,-0.0149452;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=20.6167,21.49,115.804;QD=43.7661;RBI=0.0834249,0.0567513,0.0657379;REFB=0,0,0;REVB=-0.0753759,0.0517932,-0.0640165;RO=0;SAF=0,1,0;SAR=8,6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0307845,0.0137374,0.131427;OID=.,.,.;OPOS=1017419,1017421,1017420;OREF=G,G,G;OALT=-,T,T;OMAPALT=TGG,TGGT,TGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.444444,0.444444,0.111111:8,7,2:18:8,8,2:18:0:0,1,0:8,7,2:0:0:46:0:0,1,0:8,6,2:0:0 chr11 1017440 . C T 146.89 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=34;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.343;QD=11.2992;RBI=0.0209239;REFB=-0.0569158;REVB=-0.0209239;RO=32;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0613724;OID=.;OPOS=1017440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:34:18:18:0.346154:18:0:0:32:18:0:0:34 chr11 1017443 . C G 40.64 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=40;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6186;QD=3.45891;RBI=0.0682697;REFB=-0.0190814;REVB=-0.0682697;RO=37;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.083877;OID=.;OPOS=1017443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:47:37:40:7:7:0.148936:7:0:0:37:7:0:0:40 chr11 1017451 . GG CG,TT 63.61 PASS AF=0.139535,0.0930233;AO=6,4;DP=42;FAO=6,4;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=0,0;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=33;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=148.28,80.8848;QD=5.9175;RBI=0.0581524,0.0240686;REFB=-0.00783319,-0.00332868;REVB=-0.0581524,-0.0240686;RO=32;SAF=0,0;SAR=6,4;SRF=0;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0436005,0.0632742;OID=.,.;OPOS=1017451,1017451;OREF=G,GG;OALT=C,TT;OMAPALT=CG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:42:43:32:33:6,4:6,4:0.139535,0.0930233:6,4:0,0:0:32:6,4:0,0:0:33 chr11 1017596 . T G 79.45 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=46;FWDB=0.0560254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.135;QD=5.04469;RBI=0.0609074;REFB=-0.00693437;REVB=-0.0238926;RO=50;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218367;STB=0.633172;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0450588;OID=.;OPOS=1017596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:50:50:13:13:0.206349:11:2:4:46:11:2:4:46 chr11 1017710 . G T 30.97 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=45;FWDB=-0.0245151;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.853;QD=2.2938;RBI=0.0298708;REFB=-0.0175767;REVB=-0.0170668;RO=49;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324672;STB=0.71383;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.077879;OID=.;OPOS=1017710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:54:49:48:6:6:0.111111:5:1:3:46:5:1:3:45 chr11 1017746 . T G 119.89 PASS AF=0.25;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=-0.0108813;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.2508;QD=6.6608;RBI=0.0214213;REFB=-0.00802672;REVB=-0.0184519;RO=52;SAF=1;SAR=17;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474802;STB=0.80359;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0373673;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:52:54:18:18:0.25:17:1:13:39:17:1:13:41 chr11 1017773 . G A 128.52 PASS AF=0.25;AO=17;DP=79;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.00101152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1779;QD=6.42618;RBI=0.019116;REFB=-0.017293;REVB=0.0190892;RO=61;SAF=5;SAR=12;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490957;STB=0.576842;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0380959;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:61:60:17:20:0.25:12:5:20:41:15:5:20:40 chr11 1017783 . A G 304.04 PASS AF=0.414634;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00662276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.757;QD=14.8313;RBI=0.0148177;REFB=-0.0077234;REVB=-0.0132553;RO=47;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032598;STB=0.53358;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00713553;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:47:48:33:34:0.414634:22:11:17:30:23:11:18:30 chr11 1017789 . A C 99.02 PASS AF=0.180851;AO=17;DP=94;FAO=17;FDP=94;FR=.;FRO=77;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.00588217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.608;QD=4.21363;RBI=0.0228195;REFB=-0.00340899;REVB=-0.0220484;RO=75;SAF=3;SAR=14;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289654;STB=0.696367;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0252497;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:75:77:17:17:0.180851:14:3:27:48:14:3:28:49 chr11 1017845 . C G 246.75 PASS AF=0.344828;AO=29;DP=86;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.122507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.981;QD=11.3446;RBI=0.123463;REFB=-0.041665;REVB=-0.0153309;RO=49;SAF=2;SAR=27;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571419;STB=0.849212;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0477447;OID=.;OPOS=1017845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:57:29:30:0.344828:27:2:20:29:28:2:23:34 chr11 1017858 . A G 257.75 PASS AF=0.340659;AO=32;DP=93;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0555719;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.533;QD=11.3295;RBI=0.066547;REFB=-0.0370215;REVB=-0.0366097;RO=60;SAF=2;SAR=30;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551871;STB=0.830352;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0766438;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:60:60:32:31:0.340659:30:2:21:39:29:2:21:39 chr11 1018024 . CC GA 38.5 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=12;FAO=4;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.037158;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.73;QD=12.8327;RBI=0.0587657;REFB=-0.00691858;REVB=-0.0455268;RO=6;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959372;STB=0.562171;STBP=0.785;TYPE=mnp;VARB=0.0243096;OID=.;OPOS=1018024;OREF=CC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:12:12:6:6:4:4:0.333333:3:1:2:4:3:1:2:4 chr11 1018031 . G A 31.07 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00180414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.77;QD=12.428;RBI=0.0399307;REFB=-0.0288817;REVB=0.03989;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0349158;OID=.;OPOS=1018031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:4:5:5:5:0.5:3:2:2:2:3:2:3:2 chr11 1018295 . T C 99.63 PASS AF=0.733333;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00217548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.811;QD=26.5677;RBI=0.00275023;REFB=-0.0514327;REVB=-0.00168258;RO=4;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172958;STB=0.605836;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.038484;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:10:11:0.733333:9:1:1:3:10:1:1:3 chr11 1018374 . T A 142.9 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0311873;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8308;QD=21.9852;RBI=0.0343766;REFB=-0.0644243;REVB=-0.0144605;RO=11;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270881;STB=0.648499;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0385357;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:27:26:11:11:15:15:0.576923:13:2:0:11:13:2:0:11 chr11 1019375 . C T 407.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0155707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.589;QD=22.9469;RBI=0.0155888;REFB=-0.0382853;REVB=0.00075043;RO=30;SAF=20;SAR=20;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182532;STB=0.605583;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0189443;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:31:40:40:0.56338:20:20:8:22:20:20:8:23 chr11 1075747 . T C 1595.48 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404306;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.823;QD=59.6443;RBI=0.0423682;REFB=0;REVB=0.0126661;RO=3;SAF=58;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427628;OID=.;OPOS=1075747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:107:3:0:98:107:1:40:58:0:3:44:63:0:0 chr11 1080576 . G A 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0427252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.036;QD=14.0469;RBI=0.0430168;REFB=0.00238511;REVB=-0.00500086;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278416;STB=0.659415;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0069238;OID=.;OPOS=1080576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:7:22:9:9:7:22 chr11 1081074 . T C 156.76 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0576978;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.963;QD=14.9294;RBI=0.0593248;REFB=-0.00568215;REVB=-0.0137985;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337983;STB=0.688236;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00582023;OID=.;OPOS=1081074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:25:17:17:0.404762:13:4:13:11:13:4:13:12 chr11 1081112 . G C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0229754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.457;QD=11.0866;RBI=0.0231959;REFB=-0.0182439;REVB=-0.00319098;RO=24;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281763;STB=0.684625;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0128652;OID=.;OPOS=1081112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:10:3:11:13:10:3:12:13 chr11 1081151 . T C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.13851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.069;QD=11.4395;RBI=0.138523;REFB=-0.021728;REVB=-0.00191715;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138413;STB=0.549218;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0188622;OID=.;OPOS=1081151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:24:13:13:0.351351:9:4:9:12:9:4:9:15 chr11 1081757 . G C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0607592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.829;QD=16.9796;RBI=0.060948;REFB=0.00231863;REVB=0.00479359;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807452;STB=0.54542;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00268067;OID=.;OPOS=1081757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:13:13:12:17:13:13:12:17 chr11 1083293 . T C 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0502611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.795;QD=13.2243;RBI=0.0504031;REFB=-0.0204821;REVB=-0.00378033;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102812;STB=0.541632;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0322728;OID=.;OPOS=1083293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:36:24:24:0.4:13:11:19:15:13:11:19:17 chr11 1084821 . T C 512.67 PASS AF=0.421053;AO=56;DP=135;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00353438;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.481;QD=15.4187;RBI=0.0255597;REFB=-0.0115957;REVB=0.0253142;RO=75;SAF=36;SAR=20;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144155;STB=0.589313;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0139614;OID=.;OPOS=1084821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:75:77:56:56:0.421053:20:36:38:37:20:36:38:39 chr11 1087972 . C T 54.84 PASS AF=0.257143;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0181766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.779;QD=6.2671;RBI=0.0667387;REFB=-0.0176411;REVB=-0.0642157;RO=25;SAF=7;SAR=1;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229572;STB=0.547715;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0302472;OID=.;OPOS=1087972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:33:35:25:26:8:9:0.257143:1:7:19:6:2:7:19:7 chr11 1093710 . C G 78.79 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0144326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.324;QD=28.6513;RBI=0.0521481;REFB=-0.0297303;REVB=0.0501111;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.510181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00250686;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:1:2:9:9:0.818182:4:5:0:1:4:5:1:1 chr11 1094690 . C T 381.2 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0616324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.846;QD=50.8268;RBI=0.0630701;REFB=-0.0661084;REVB=0.0133897;RO=2;SAF=2;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344825;STB=0.509085;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00150129;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:30:2:1:28:29:0.966667:26:2:0:2:27:2:0:1 chr11 1094748 . A AC 268.85 PASS AF=1;AO=5;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.5642;QD=34.6906;RBI=0.0608587;REFB=0;REVB=-0.00801801;RO=24;SAF=1;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142332;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00429832;OID=.;OPOS=1094749;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:31:31:31:0:8:23:0:0:5:24:1:4:7:17 chr11 1094753 . A C 328.83 PASS AF=0.736842;AO=26;DP=39;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0729624;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7704;QD=34.614;RBI=0.0744483;REFB=0.00121221;REVB=0.0147999;RO=13;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278496;STB=0.61897;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0110052;OID=.;OPOS=1094753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:39:38:13:10:26:28:0.736842:15:11:0:13:16:12:0:10 chr11 1096494 . T C 1936.46 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4857;QD=61.4749;RBI=0.0435035;REFB=0;REVB=0.0312566;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89122e-05;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:119:126:0:0:119:126:1:61:58:0:0:66:60:0:0 chr11 1101649 . T C 834.6 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3683;QD=57.5589;RBI=0.0422268;REFB=0;REVB=0.0361322;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590186;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:35:22:0:0:35:23:0:0 chr11 1158073 . T C 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.309;QD=63.2448;RBI=0.0173747;REFB=0;REVB=0.00569376;RO=0;SAF=75;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.268e-06;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:64:75:0:0:64:75:0:0 chr11 1161315 . T C,G 804.93 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=35,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013141,-0.00266157;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.8956,194.418;QD=56.4864;RBI=0.0258375,0.0238024;REFB=0,0;REVB=0.0258041,-0.0236531;RO=0;SAF=20,0;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.67221e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00020682,0.203381;OID=.,.;OPOS=1161315,1161315;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:35,2:20,0:0:0:35,2:20,0:0:0 chr11 1212877 . A G 86.21 PASS AF=0.185185;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.0119913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5382;QD=4.25745;RBI=0.0381845;REFB=-0.0102033;REVB=-0.0362527;RO=66;SAF=6;SAR=9;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326795;STB=0.707297;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.040677;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:81:81:66:66:15:15:0.185185:9:6:44:22:9:6:44:22 chr11 1212878 . C G 84.55 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0473931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8963;QD=3.97878;RBI=0.0505489;REFB=-0.0192231;REVB=-0.0175808;RO=70;SAF=12;SAR=3;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339254;STB=0.726942;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0697511;OID=.;OPOS=1212878;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:85:85:70:70:15:15:0.176471:3:12:39:31:3:12:39:31 chr11 1212921 . C T 73.32 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0100313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.88;QD=4.97071;RBI=0.0104535;REFB=-0.00430306;REVB=-0.00294062;RO=47;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439465;STB=0.780043;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0429261;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:59:59:47:47:12:12:0.20339:3:9:18:29:3:9:18:29 chr11 1212943 . C T 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00756818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0494;QD=2.64295;RBI=0.0312075;REFB=-0.00731028;REVB=0.0302759;RO=43;SAF=1;SAR=5;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452789;STB=0.837814;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0775611;OID=.;OPOS=1212943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:5:1:24:19:5:1:24:19 chr11 1212954 . C A 118.16 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0388814;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.698;QD=8.01071;RBI=0.0529923;REFB=-0.0235934;REVB=0.0360059;RO=42;SAF=5;SAR=12;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424027;STB=0.752572;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0853671;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:12:5:28:14:12:5:28:14 chr11 1213047 . T C 86.62 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0930428;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.502;QD=10.8269;RBI=0.0952912;REFB=-0.0296885;REVB=-0.0205783;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139686;STB=0.556863;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0470322;OID=.;OPOS=1213047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:32:20:21:11:11:0.34375:4:7:15:5:4:7:15:6 chr11 1213204 . C G 119.0 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00542837;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.022;QD=12.2056;RBI=0.00604063;REFB=0.00183721;REVB=0.00264991;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139864;STB=0.583209;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00312493;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:10:15:10:4:10:15 chr11 1246941 . A G 228.62 PASS AF=0.46;AO=21;DP=48;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00341267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.46;QD=18.2897;RBI=0.0103407;REFB=-0.0083833;REVB=0.00976133;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180528;STB=0.599215;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00916036;OID=.;OPOS=1246941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:27:27:21:23:0.46:10:11:19:8:11:12:19:8 chr11 1247458 . C T 910.99 PASS AF=0.520231;AO=90;DP=173;FAO=90;FDP=173;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=24;FSRR=59;FWDB=0.0276873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.8524;QD=21.0634;RBI=0.0545739;REFB=-0.031705;REVB=0.047029;RO=80;SAF=35;SAR=55;SRF=22;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105977;STB=0.551475;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0271461;OID=.;OPOS=1247458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:80:83:90:90:0.520231:55:35:22:58:55:35:24:59 chr11 1250488 . C T 395.96 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0302209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.925;QD=20.3055;RBI=0.0522491;REFB=-0.0157393;REVB=0.0426223;RO=38;SAF=18;SAR=22;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731002;STB=0.54045;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0133375;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:22:18:14:24:22:18:14:24 chr11 1252708 . G C 228.03 PASS AF=0.48;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00797121;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.404;QD=18.2427;RBI=0.0161727;REFB=-0.0198632;REVB=-0.0140718;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183891;STB=0.602757;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.023339;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:26:24:24:0.48:14:10:6:20:14:10:6:20 chr11 1253942 . T C 423.55 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0474927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.398;QD=33.8841;RBI=0.0484956;REFB=-0.0429866;REVB=0.00981197;RO=15;SAF=10;SAR=24;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150454;STB=0.595242;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0215907;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:16:34:34:0.68:24:10:8:7:24:10:9:7 chr11 1253969 . A G 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0328019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.764;QD=3.15728;RBI=0.0340692;REFB=-0.00077206;REVB=-0.00920577;RO=36;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364367;STB=0.771726;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00251006;OID=.;OPOS=1253969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:5:1:16:20:5:1:16:20 chr11 1255773 . C T 689.52 PASS AF=0.54918;AO=67;DP=122;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0436285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.292;QD=22.607;RBI=0.0444735;REFB=-0.0235223;REVB=0.00862863;RO=55;SAF=34;SAR=33;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134112;STB=0.500734;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0152721;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:55:55:67:67:0.54918:33:34:28:27:33:34:28:27 chr11 1258217 . T G 47.25 PASS AF=0.0955882;AO=13;DP=136;FAO=13;FDP=136;FR=.;FRO=123;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=73;FSRR=50;FWDB=-0.0347755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.03;QD=1.38957;RBI=0.0461163;REFB=-0.000638309;REVB=-0.0302882;RO=122;SAF=6;SAR=7;SRF=72;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151572;STB=0.617703;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0242873;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:136:136:122:123:13:13:0.0955882:7:6:72:50:7:6:73:50 chr11 1258226 . C T 46.42 PASS AF=0.0935252;AO=13;DP=139;FAO=13;FDP=139;FR=.;FRO=126;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=73;FSRR=53;FWDB=-0.00994887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.894;QD=1.33582;RBI=0.0106253;REFB=-0.00196452;REVB=-0.0037305;RO=124;SAF=6;SAR=7;SRF=71;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130276;STB=0.605538;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0192272;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:139:139:124:126:13:13:0.0935252:7:6:71:53:7:6:73:53 chr11 1258240 . CA TG 47.53 PASS AF=0.0962963;AO=13;DP=135;FAO=13;FDP=135;FR=.;FRO=122;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=71;FSRR=51;FWDB=-0.0284152;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.87;QD=1.40838;RBI=0.0286814;REFB=-0.00522021;REVB=-0.0038989;RO=121;SAF=6;SAR=7;SRF=71;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147741;STB=0.607506;STBP=0.462;TYPE=mnp;VARB=0.0423002;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:135:135:121:122:13:13:0.0962963:7:6:71:50:7:6:71:51 chr11 1258283 . G A 34.04 PASS AF=0.0826446;AO=10;DP=117;FAO=10;FDP=121;FR=.;FRO=111;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=43;FWDB=-0.021329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.123;QD=1.12543;RBI=0.0250383;REFB=-0.00470854;REVB=-0.0131145;RO=107;SAF=3;SAR=7;SRF=65;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338386;STB=0.767675;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0333526;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:117:121:107:111:10:10:0.0826446:7:3:65:42:7:3:68:43 chr11 1258286 . C T 34.66 PASS AF=0.0840336;AO=10;DP=119;FAO=10;FDP=119;FR=.;FRO=109;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=66;FSRR=43;FWDB=-0.020503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.676;QD=1.16518;RBI=0.0335897;REFB=-0.00645637;REVB=-0.0266063;RO=109;SAF=3;SAR=7;SRF=66;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335065;STB=0.762552;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0517046;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:119:119:109:109:10:10:0.0840336:7:3:66:43:7:3:66:43 chr11 1258295 . A G 32.57 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=38;FWDB=-0.0271924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.602;QD=1.21742;RBI=0.0492819;REFB=-0.00198569;REVB=-0.0411009;RO=91;SAF=3;SAR=6;SRF=56;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313782;STB=0.740687;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0423022;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:107:91:98:9:9:0.0841121:6:3:56:35:6:3:60:38 chr11 1262312 . G A 549.16 PASS AF=0.653333;AO=49;DP=75;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0381585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8583;QD=29.2886;RBI=0.117583;REFB=-0.0882568;REVB=0.111219;RO=24;SAF=18;SAR=31;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160134;STB=0.588133;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.038455;OID=.;OPOS=1262312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:24:26:49:49:0.653333:31:18:15:9:31:18:16:10 chr11 1264823 . T C 75.22 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.231559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.282;QD=37.6102;RBI=0.232585;REFB=0;REVB=0.0218252;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160248;OID=.;OPOS=1264823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:6:0:0:0:6:2:0:0 chr11 1272226 . A C 46.29 PASS AF=0.3;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0264223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.998;QD=9.2589;RBI=0.0268097;REFB=-0.0172972;REVB=-0.00454089;RO=9;SAF=0;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.761805;STB=0.846342;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0467515;OID=.;OPOS=1272226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:19:20:9:13:5:6:0.3:5:0:6:3:5:1:9:4 chr11 1272858 . C T 91.03 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00169843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.268;QD=17.3389;RBI=0.0153226;REFB=-9.69957e-05;REVB=-0.0152282;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200531;STB=0.615182;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000110737;OID=.;OPOS=1272858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:7:3:6:5:7:3 chr11 1309956 . C T 387.01 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=95;FAO=24;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=-0.0100336;FXX=0.231555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.727;QD=21.2059;RBI=0.0216629;REFB=-0.0203675;REVB=-0.0191992;RO=24;SAF=23;SAR=1;SRF=23;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.741657;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0238868;OID=.;OPOS=1309956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:73:24:30:24:24:0.328767:1:23:23:1:1:23:25:5 chr11 1482851 . T C 44.51 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.112174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.954;QD=7.12218;RBI=0.113919;REFB=-0.00940738;REVB=-0.0198614;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234837;STB=0.654033;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0415335;OID=.;OPOS=1482851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:6:1:5:13:6:1:5:13 chr11 1490994 . AC A 32.75 PASS AF=0.421053;AO=5;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0302313;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.83805;QD=6.89499;RBI=0.0610554;REFB=-0.0194003;REVB=0.0530456;RO=10;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.345455;SSSB=0.205781;STB=0.685222;STBP=0.208;TYPE=del;VARB=0.0382604;OID=.;OPOS=1490995;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:5:19:8:19:11:6:2:5:6:32:10:3:2:4:6 chr11 1501670 . G C 708.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8283;QD=62.9666;RBI=0.0523563;REFB=0;REVB=0.0501194;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967503;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:22:23:0:0 chr11 1502097 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00725351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.328;QD=59.6792;RBI=0.0129591;REFB=0;REVB=-0.0107389;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51687e-05;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:42:27:0:0:43:27:0:0 chr11 1507731 . A G 572.22 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.285;QD=60.2341;RBI=0.0198269;REFB=0;REVB=0.012016;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06124e-05;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:16:20:0:0:17:21:0:0 chr11 1576079 . C T 380.21 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=8;FWDB=-0.00185556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.951;QD=14.91;RBI=0.0525682;REFB=-0.0125591;REVB=-0.0525354;RO=57;SAF=38;SAR=5;SRF=49;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561809;STB=0.526079;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0171865;OID=.;OPOS=1576079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:59:43:43:0.421569:5:38:49:8:5:38:51:8 chr11 1576137 . C T 361.92 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=0;FWDB=-0.00562082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.086;QD=17.8725;RBI=0.0311227;REFB=-2.1083e-05;REVB=0.0306109;RO=40;SAF=34;SAR=4;SRF=40;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344057;STB=0.693627;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000284743;OID=.;OPOS=1576137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:43:38:38:0.469136:4:34:40:0:4:34:43:0 chr11 1619030 . CGGGGAC CGGGAC,CGGGACG 55.54 PASS AF=0.388889,0.111111;AO=5,2;DP=21;FAO=7,2;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6,0;FSAR=1,2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.166145,-0.0644923;FXX=0.181736;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=14.6412,47.7443;QD=12.3431;RBI=0.179554,0.0986919;REFB=-0.0811365,-0.0975005;REVB=0.0680835,-0.074705;RO=9;SAF=4,0;SAR=1,2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.291052,-0.602534;STB=0.730929,0.994575;STBP=0.169,0.187;TYPE=del,mnp;VARB=0.0514263,0.155368;OID=.,.;OPOS=1619031,1619034;OREF=G,GAC;OALT=-,ACG;OMAPALT=CGGGAC,CGGGACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889,0.111111:5,2:21:7,2:18:9:6,0:1,2:5:4:47:9:4,0:1,2:5:4 chr11 1629693 . CG C,TG 84.08 PASS AF=0.411765,0.352941;AO=7,5;DP=17;FAO=7,6;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=0,1;FSAR=7,5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0500266,-0.104772;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=14.463,90.5213;QD=19.7842;RBI=0.254521,0.11711;REFB=-0.178653,-0.00113125;REVB=-0.249556,-0.0523204;RO=4;SAF=0,1;SAR=7,4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0.252469,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.760919,-0.0543107;STB=0.997355,0.555356;STBP=0.165,0.845;TYPE=del,snp;VARB=0.152994,0.0316595;OID=.,.;OPOS=1629694,1629693;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:17:17:4:4:7,5:7,6:0.411765,0.352941:7,4:0,1:1:3:7,5:0,1:1:3 chr11 1642743 . C T 93.49 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0733945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9912;QD=21.9986;RBI=0.0742714;REFB=-0.0635;REVB=-0.0113793;RO=6;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249643;STB=0.592415;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0778477;OID=.;OPOS=1642743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:6:6:10:11:0.647059:8:2:3:3:8:3:3:3 chr11 1642884 . A C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0766098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.083;QD=12.396;RBI=0.0964477;REFB=-0.00680697;REVB=0.0585926;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164741;OID=.;OPOS=1642884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:4:1:1:4:4:1 chr11 1652021 . C A 86.85 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00437661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.444;QD=12.8666;RBI=0.0548318;REFB=-0.0272535;REVB=0.0546569;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288925;STB=0.533274;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0366789;OID=.;OPOS=1652021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:13:16:9:11:0.407407:3:6:9:4:4:7:11:5 chr11 1652103 . G C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00104692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.246;QD=14.0975;RBI=0.0145709;REFB=-0.0335945;REVB=0.0145332;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328858;STB=0.531867;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0320414;OID=.;OPOS=1652103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:5:8:11:6:5:8:12:6 chr11 1856683 . C T 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.0053231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.918;QD=16.7315;RBI=0.015844;REFB=-0.0172215;REVB=-0.014923;RO=36;SAF=22;SAR=9;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824573;STB=0.546088;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0219013;OID=.;OPOS=1856683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:9:22:28:8:9:22:28:8 chr11 1857173 . T C 709.47 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.808;QD=61.6933;RBI=0.0185725;REFB=0;REVB=0.00217414;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175969;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:30:13:0:0:30:16:0:0 chr11 1858262 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.771;QD=59.4349;RBI=0.0246986;REFB=0;REVB=0.00764959;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103648;OID=.;OPOS=1858262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr11 1861760 . T C 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.661;QD=58.0579;RBI=0.0476997;REFB=0;REVB=0.0379007;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172423;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr11 1887806 . T A 183.36 PASS AF=0.389831;AO=21;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0198104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.337;QD=12.4311;RBI=0.0273379;REFB=-0.00879352;REVB=0.0188391;RO=32;SAF=4;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285945;STB=0.675715;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0178352;OID=.;OPOS=1887806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:36:21:23:0.389831:17:4:13:19:19:4:14:22 chr11 1890990 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0313836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8093;QD=18.6451;RBI=0.0413258;REFB=-0.0436219;REVB=-0.0268867;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967639;STB=0.555473;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0555865;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:4:10:8:5:4:10:8:5 chr11 1891722 . C T 147.1 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0236745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3575;QD=12.7913;RBI=0.126147;REFB=-0.0192147;REVB=-0.123906;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109654;STB=0.538411;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0140306;OID=.;OPOS=1891722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:26:29:14:15:0.326087:5:9:19:7:6:9:19:10 chr11 1902768 . G A 811.6 PASS AF=0.494048;AO=82;DP=168;FAO=83;FDP=168;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.0109086;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.367;QD=19.3237;RBI=0.0255535;REFB=-0.0480935;REVB=0.023108;RO=70;SAF=30;SAR=52;SRF=20;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744525;STB=0.520468;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0405572;OID=.;OPOS=1902768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:70:85:82:83:0.494048:52:30:20:50:52:31:35:50 chr11 1911115 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.746;QD=44.6898;RBI=0.0360555;REFB=0;REVB=0.0275052;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105765;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr11 1977552 . G A 1086.35 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.315;QD=58.7219;RBI=0.0605258;REFB=0;REVB=0.0295435;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410151;OID=.;OPOS=1977552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:1:0:72:74:1:35:37:0:1:37:37:0:0 chr11 1993975 . C A 440.4 PASS AF=0.5;AO=40;DP=84;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0221201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.199;QD=20.018;RBI=0.0346449;REFB=-0.0125723;REVB=0.0266641;RO=44;SAF=16;SAR=24;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116798;STB=0.534146;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0110802;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:44:44:40:44:0.5:24:16:23:21:24:20:23:21 chr11 2016619 . A G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0104987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.788;QD=19.1804;RBI=0.0554436;REFB=-0.0436357;REVB=-0.0544405;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131312;STB=0.575046;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0219716;OID=.;OPOS=2016619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:5:6:5:8:5:6 chr11 2016659 . T C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0092853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.768;QD=19.1084;RBI=0.045315;REFB=-0.00505299;REVB=0.0443535;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057902;STB=0.533262;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00383938;OID=.;OPOS=2016659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:2:7:5:1:2:7:5:1 chr11 2016662 . T C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0356832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.835;QD=18.8866;RBI=0.0377709;REFB=-0.0313758;REVB=-0.0123834;RO=5;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233315;STB=0.631318;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0178569;OID=.;OPOS=2016662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:1:7:5:0:1:7:5:0 chr11 2017017 . A C 157.05 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0331496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8053;QD=16.1079;RBI=0.0332842;REFB=-0.00677547;REVB=-0.00298978;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145897;STB=0.583241;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.012503;OID=.;OPOS=2017017;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:16:6:7:10:16:6 chr11 2017110 . C G 817.44 PASS AF=0.637931;AO=73;DP=116;FAO=74;FDP=116;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00494588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8183;QD=28.1874;RBI=0.034451;REFB=-0.00510062;REVB=-0.0340941;RO=42;SAF=32;SAR=41;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10594;STB=0.559069;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00348851;OID=.;OPOS=2017110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:42:42:73:74:0.637931:41:32:25:17:42:32:25:17 chr11 2017439 . C G 285.92 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0199223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0559;QD=21.994;RBI=0.0204739;REFB=-0.0289488;REVB=0.00472029;RO=21;SAF=11;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112871;STB=0.564757;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0125103;OID=.;OPOS=2017439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:21:23:29:29:0.557692:18:11:11:10:18:11:12:11 chr11 2018336 . A T 276.78 PASS AF=0.34;AO=33;DP=99;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.00994652;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.547;QD=11.0713;RBI=0.032269;REFB=-0.0173566;REVB=-0.0306978;RO=66;SAF=23;SAR=10;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599016;STB=0.541698;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0367143;OID=.;OPOS=2018336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:66:66:33:34:0.34:10:23:43:23:10:24:43:23 chr11 2018449 . A G 86.92 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00394926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.053;QD=12.8765;RBI=0.0115816;REFB=-0.0118279;REVB=-0.0108875;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312947;STB=0.670769;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0162342;OID=.;OPOS=2018449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:14:16:11:11:0.407407:5:6:3:11:5:6:4:12 chr11 2018853 . G A 509.95 PASS AF=0.41791;AO=56;DP=135;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0334762;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.432;QD=15.2222;RBI=0.0381712;REFB=-0.0379139;REVB=0.0183408;RO=70;SAF=16;SAR=40;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114667;STB=0.605661;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0702506;OID=.;OPOS=2018853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:70:78:56:56:0.41791:40:16:27:43:40:16:35:43 chr11 2189828 . TGGGGGC TGGG,TGGGC,TGGGG 163.58 PASS AF=0,0,0.944444;AO=4,3,6;DP=19;FAO=0,0,17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,6;FSAR=0,0,11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0190117,0.0866625,-0.127482;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,2;MLLD=13.5745,8.89718,17.645;QD=36.3516;RBI=0.28692,0.491999,0.25635;REFB=-0.139616,-0.143816,-0.148489;REVB=-0.28629,-0.484307,-0.222404;RO=3;SAF=0,0,5;SAR=4,3,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.326531,0.326531,0.326531;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.782218,-0.767807,-0.200664;STB=0.5,0.5,0.538415;STBP=1,1,0.287;TYPE=del,del,del;VARB=-0.0367807,0,-0.00809215;OID=.,.,.;OPOS=2189832,2189829,2189833;OREF=GGC,GG,GC;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.944444:4,3,6:19:0,0,17:18:1:0,0,6:0,0,11:1:0:4:3:0,0,5:4,3,1:3:0 chr11 2190951 . C T 759.56 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716319;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8011;QD=55.2407;RBI=0.0816526;REFB=0;REVB=0.0391921;RO=0;SAF=7;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00324371;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:52:55:1:45:7:0:0:48:7:0:0 chr11 2291715 . G T 378.18 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333634;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3207;QD=54.0257;RBI=0.0423138;REFB=0;REVB=0.0260257;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00352791;OID=.;OPOS=2291715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:28:0:0:27:28:1:6:21:0:0:6:22:0:0 chr11 2291982 . T A 778.11 PASS AF=1;AO=43;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9878;QD=56.5895;RBI=0.0654243;REFB=0;REVB=0.0335919;RO=0;SAF=7;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540443;OID=.;OPOS=2291982;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:43:55:1:36:7:0:0:42:13:0:0 chr11 2337693 . G A 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0117308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.827;QD=20.7238;RBI=0.0190024;REFB=-0.0261509;REVB=0.0149492;RO=33;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758999;STB=0.541997;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0255197;OID=.;OPOS=2337693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:19:18:19:14:19:18:19:14 chr11 2343016 . C T 432.84 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695377;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.192;QD=57.7116;RBI=0.0188406;REFB=0;REVB=0.0175104;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195139;OID=.;OPOS=2343016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr11 2424541 . C G 438.82 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.253;QD=54.8528;RBI=0.108519;REFB=-0.102379;REVB=0.00491926;RO=1;SAF=9;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174151;OID=.;OPOS=2424541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:32:32:1:0:31:32:1:22:9:1:0:22:10:0:0 chr11 2424683 . CA C,CC 447.28 PASS AF=1,0;AO=16,14;DP=30;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324367,-0.0568354;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.253,206.942;QD=57.7135;RBI=0.0355424,0.0569565;REFB=0,0;REVB=0.0145299,0.00371263;RO=0;SAF=3,11;SAR=13,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.78418e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000322766,0.040454;OID=.,.;OPOS=2424684,2424684;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,14:30:31,0:31:0:15,0:16,0:0:0:4:0:3,11:13,3:0:0 chr11 2435946 . A G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0556075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.401;QD=20.8375;RBI=0.0604791;REFB=-0.0354539;REVB=0.0237807;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.599771;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0148216;OID=.;OPOS=2435946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:3:6:2:3:3:6:2:3 chr11 2435956 . C T 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0101875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.287;QD=26.0482;RBI=0.0241171;REFB=-0.0374707;REVB=0.0218597;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522328;STB=0.529363;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0243379;OID=.;OPOS=2435956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:6:6:2:3:6:6:2:3 chr11 2439542 . A G 250.75 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0103483;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.226;QD=14.3287;RBI=0.0201272;REFB=-0.00684257;REVB=-0.0172631;RO=40;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126729;STB=0.550985;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00696448;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:28:29:0.414286:18:10:19:21:18:11:19:22 chr11 2439767 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00402378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.328;QD=16.417;RBI=0.0110454;REFB=-0.0119198;REVB=-0.0102864;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510947;STB=0.52937;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0131029;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:6:10:8:6:6:10 chr11 2610034 . C G 254.56 PASS AF=0.361446;AO=25;DP=87;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.000632522;FXX=0.0568117;HRUN=6;LEN=1;MLLD=88.6888;QD=12.2678;RBI=0.0527798;REFB=-0.0119898;REVB=-0.052776;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280695;STB=0.533203;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0172925;OID=.;OPOS=2610034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:83:40:53:25:30:0.361446:15:10:15:25:16:14:22:31 chr11 2869129 . G A 486.85 PASS AF=0.485981;AO=51;DP=105;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0236916;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.433;QD=18.1998;RBI=0.034728;REFB=-0.0329508;REVB=0.0253918;RO=54;SAF=30;SAR=21;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058066;STB=0.531533;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0360908;OID=.;OPOS=2869129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:54:55:51:52:0.485981:21:30:35:19:21:31:36:19 chr11 2870108 . A G 941.56 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.679;QD=57.0642;RBI=0.0153069;REFB=-0.1508;REVB=0.00622;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-7.17542e-05;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:64:65:0.984848:36:28:0:0:36:29:0:1 chr11 2920666 . C T 1513.97 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0487315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8168;QD=56.5969;RBI=0.0499868;REFB=-0.127354;REVB=-0.011132;RO=3;SAF=60;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231331;STB=0.508063;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00141226;OID=.;OPOS=2920666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:107:107:3:2:104:105:0.981308:44:60:3:0:44:61:2:0 chr11 2924610 . G A 1025.53 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.463;QD=59.451;RBI=0.0758429;REFB=0;REVB=-0.0077535;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174834;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:24:45:0:0:24:45:0:0 chr11 2929552 . A G 646.86 PASS AF=1;AO=34;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.948;QD=61.6053;RBI=0.0468213;REFB=0;REVB=-0.0148867;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001947;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:34:42:1:21:13:0:0:23:19:0:0 chr11 2929553 . T G 33.31 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0577009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8519;QD=3.1727;RBI=0.0617377;REFB=-0.0882985;REVB=-0.0219579;RO=36;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504699;STB=0.857098;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0526661;OID=.;OPOS=2929553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:1:5:14:22:1:5:14:22 chr11 3000395 . C T 655.0 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6913;QD=60.93;RBI=0.0240017;REFB=0;REVB=0.0212917;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101261;OID=.;OPOS=3000395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:22:20:0:0:23:20:0:0 chr11 3061780 . C T 347.97 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0271032;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5085;QD=19.3314;RBI=0.0271167;REFB=-0.0354807;REVB=-0.000854175;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772238;STB=0.527762;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0166969;OID=.;OPOS=3061780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:34:36:36:36:0.5:18:18:20:14:18:18:20:16 chr11 3076104 . G C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0304676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.279;QD=9.13267;RBI=0.0369574;REFB=-0.00677884;REVB=0.0209183;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281769;STB=0.672723;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0101173;OID=.;OPOS=3076104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:12:10:7:3:12:10 chr11 3078535 . C CG 99.34 PASS AF=0.590909;AO=4;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.016971;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=186.922;QD=18.0624;RBI=0.054685;REFB=-0.0128137;REVB=-0.051985;RO=18;SAF=3;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238271;STB=0.627399;STBP=0.196;TYPE=ins;VARB=0.00622001;OID=.;OPOS=3078536;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909:4:22:13:22:9:6:7:7:2:67:18:3:1:10:8 chr11 3078536 . C G 45.4 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00190696;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.284;QD=8.25424;RBI=0.0262965;REFB=-0.0175174;REVB=0.0262273;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478256;STB=0.782407;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0217111;OID=.;OPOS=3078536;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:13:15:7:7:0.318182:5:2:10:3:5:2:11:4 chr11 3109403 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.367;QD=51.1846;RBI=0.0356808;REFB=0;REVB=-0.0310096;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131247;OID=.;OPOS=3109403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr11 3109408 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.229;QD=52.6124;RBI=0.0386842;REFB=0;REVB=0.0346009;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4263e-05;OID=.;OPOS=3109408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr11 3114222 . C T 206.97 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0228342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.784;QD=17.2471;RBI=0.0228348;REFB=-0.0142433;REVB=-0.000165109;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187016;STB=0.606202;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0193863;OID=.;OPOS=3114222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:18:9:11:10:18:9 chr11 3242959 . A C 122.83 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0141704;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.948;QD=14.8885;RBI=0.0155146;REFB=-0.0221322;REVB=0.00631686;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275051;STB=0.675417;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0273018;OID=.;OPOS=3242959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:4:10:8:10:4:10:8:11 chr11 3243194 . T C 409.5 PASS AF=0.387097;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=0.0167462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6125;QD=13.2097;RBI=0.0234171;REFB=-0.0122723;REVB=-0.0163684;RO=76;SAF=19;SAR=29;SRF=26;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617151;STB=0.534911;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0216787;OID=.;OPOS=3243194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:76:76:48:48:0.387097:29:19:26:50:29:19:26:50 chr11 3243346 . C T 45.97 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0691988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7096;QD=9.67809;RBI=0.0772182;REFB=0.00783093;REVB=0.0342662;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073775;STB=0.545324;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00287757;OID=.;OPOS=3243346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:6:6:3:4:6:6 chr11 3243367 . G T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00347227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.086;QD=20.8979;RBI=0.0195434;REFB=-0.028739;REVB=0.0192325;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749496;STB=0.543368;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.011925;OID=.;OPOS=3243367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:2:2:5:3:2:2 chr11 3243427 . T C 124.85 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0646927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7295;QD=17.8353;RBI=0.0732667;REFB=-0.00163497;REVB=-0.0343928;RO=14;SAF=1;SAR=13;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186725;STB=0.609191;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00119422;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:13:1:2:12:13:1:2:12 chr11 3243638 . A G 155.79 PASS AF=0.350877;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00441839;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.171;QD=10.9327;RBI=0.0117807;REFB=-0.00708018;REVB=-0.0109208;RO=38;SAF=2;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487652;STB=0.723144;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0102835;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:37:19:20:0.350877:17:2:16:22:17:3:15:22 chr11 3243665 . C T 175.76 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0115517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6038;QD=11.9162;RBI=0.0327276;REFB=-0.0116619;REVB=0.0306211;RO=37;SAF=2;SAR=20;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397523;STB=0.738361;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.025813;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:20:2:11:26:20:2:11:26 chr11 3243673 . G C 172.99 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0140699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4833;QD=11.3433;RBI=0.0841699;REFB=0.00100247;REVB=0.0829856;RO=38;SAF=2;SAR=20;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389778;STB=0.748376;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.000304851;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:39:22:22:0.360656:20:2:11:27:20:2:12:27 chr11 3243832 . C A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0071703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.802;QD=15.2588;RBI=0.0310424;REFB=-0.0129372;REVB=0.0302029;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45721;STB=0.788535;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0121399;OID=.;OPOS=3243832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:6:6:6:7:0.538462:5:1:4:2:6:1:4:2 chr11 3244005 . TC T 906.19 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.6734;QD=45.8831;RBI=0.0939423;REFB=0;REVB=-0.0455243;RO=1;SAF=36;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000733143;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:79:79:79:0:37:42:0:0:17:1:36:42:1:0 chr11 3249984 . C T 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00703182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.279;QD=20.2457;RBI=0.0239807;REFB=-0.0127207;REVB=-0.0229266;RO=32;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102941;STB=0.54937;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0186687;OID=.;OPOS=3249984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:36:36:0.521739:17:19:13:19:17:19:14:19 chr11 3361087 . T C 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0352581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4325;QD=59.042;RBI=0.0355662;REFB=0.0114252;REVB=0.00467146;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=8.40885e-05;OID=.;OPOS=3361087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:1:0:23:18:1:0 chr11 3436490 . C T 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.829;QD=44.0914;RBI=0.0502927;REFB=-0.016695;REVB=0.0382135;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0042857;OID=.;OPOS=3436490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:0:1:8:9:0:1 chr11 3436492 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.202;QD=49.5991;RBI=0.0534598;REFB=0;REVB=0.0519823;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701035;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:9:9:0:0 chr11 3661140 . T C 753.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.562;QD=62.7736;RBI=0.0432045;REFB=0;REVB=0.0416751;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685214;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:26:18:0:0:30:18:0:0 chr11 3661585 . A ATGG,G 235.35 PASS AF=0.869565,0;AO=16,4;DP=23;FAO=20,0;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=8,0;FSAR=12,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0207364,-0.00877513;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=161.339,143.513;QD=40.9298;RBI=0.0380684,0.0353204;REFB=-0.00886943,0.0273001;REVB=0.0319249,-0.034213;RO=3;SAF=5,3;SAR=11,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00693073,0.305979;STB=0.509082,0.5;STBP=0.923,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00541036,0;OID=.,.;OPOS=3661586,3661585;OREF=-,A;OALT=TGG,G;OMAPALT=ATGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:16,4:20,0:0.869565,0:11,1:5,3:1:2:12,0:8,0:1:2 chr11 3838910 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.749;QD=44.6898;RBI=0.108576;REFB=0;REVB=0.104438;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191189;OID=.;OPOS=3838910;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr11 3838953 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.543;QD=48.7373;RBI=0.0199875;REFB=0;REVB=0.0199244;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123699;OID=.;OPOS=3838953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr11 3848684 . T A 380.27 PASS AF=0.438202;AO=37;DP=91;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=11;FWDB=-0.000283122;FXX=0.0631512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.191;QD=17.0909;RBI=0.0113483;REFB=-0.00552028;REVB=-0.0113448;RO=50;SAF=28;SAR=9;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328306;STB=0.544694;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0111762;OID=.;OPOS=3848684;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:50:50:37:39:0.438202:9:28:39:11:11:28:39:11 chr11 4103524 . A G 1011.84 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0633;QD=57.8191;RBI=0.0366472;REFB=-0.150918;REVB=0.0342371;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00231433;OID=.;OPOS=4103524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:39:30:0:0:39:30:0:1 chr11 4141132 . C A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.108;QD=56.9566;RBI=0.0313554;REFB=0;REVB=0.0290784;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114115;OID=.;OPOS=4141132;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr11 4159457 . A G 902.45 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3997;QD=58.2228;RBI=0.0275221;REFB=0;REVB=0.0228408;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223772;OID=.;OPOS=4159457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr11 4159466 . G A 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.943;QD=56.2116;RBI=0.0253015;REFB=-0.0470705;REVB=0.00156128;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185059;STB=0.509801;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000938159;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:36:25:1:0:36:25:1:0 chr11 4388905 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00721686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.131;QD=19.1804;RBI=0.0100008;REFB=-0.00419841;REVB=0.0069233;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211474;STB=0.620075;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0025083;OID=.;OPOS=4388905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:3:8:6:7:3:8 chr11 4389587 . G C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.012459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.501;QD=8.25459;RBI=0.0126614;REFB=-0.00525051;REVB=-0.00225455;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270468;STB=0.666172;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0136117;OID=.;OPOS=4389587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:3:9:3:3:3:9 chr11 4566795 . C T 423.18 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00132176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4691;QD=23.8414;RBI=0.00293525;REFB=-0.0408158;REVB=0.00262081;RO=30;SAF=19;SAR=22;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492774;STB=0.527033;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0247973;OID=.;OPOS=4566795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:22:19:12:18:22:19:12:18 chr11 4592708 . C CAG 386.46 PASS AF=0.333333;AO=47;DP=146;FAO=47;FDP=141;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.00324729;FXX=0.0342442;HRUN=1;LEN=2;MLLD=297.639;QD=10.9634;RBI=0.0313015;REFB=0.00518607;REVB=-0.0311326;RO=94;SAF=26;SAR=21;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037122;STB=0.521413;STBP=0.723;TYPE=ins;VARB=-0.00981288;OID=.;OPOS=4592709;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:47:146:47:141:94:26:21:49:45:99:94:26:21:49:45 chr11 4608542 . C T 291.45 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00994367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.506;QD=16.8959;RBI=0.0136703;REFB=-0.0230673;REVB=-0.00938092;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761845;STB=0.534225;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0211542;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:17:15:14:22:17:15:15:22 chr11 4615234 . A G 107.65 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00958243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.007;QD=12.6648;RBI=0.0217182;REFB=-0.0242305;REVB=0.0194899;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193058;STB=0.596268;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0351227;OID=.;OPOS=4615234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:6:7:7:13:6:7:8:13 chr11 4615390 . C T 601.07 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000363562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.91;QD=58.6407;RBI=0.0234999;REFB=0.0197589;REVB=0.0234971;RO=1;SAF=13;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347063;STB=0.518509;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.000268026;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:27:13:1:0:27:13:1:0 chr11 4615508 . C G 119.6 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00165418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2371;QD=6.64433;RBI=0.0482344;REFB=0.00826817;REVB=-0.0482061;RO=54;SAF=12;SAR=6;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312506;STB=0.690701;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0261603;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:54:18:18:0.25:6:12:22:32:6:12:22:32 chr11 4674575 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00471917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.134;QD=21.6127;RBI=0.00919838;REFB=-0.0159894;REVB=0.00789554;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168371;STB=0.594515;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0157149;OID=.;OPOS=4674575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:13:10:15:9:13:10 chr11 4675056 . G A 140.1 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0772967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.135;QD=12.7361;RBI=0.0774732;REFB=-0.0282596;REVB=-0.00522646;RO=28;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213026;STB=0.625586;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0281608;OID=.;OPOS=4675056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:11:5:14:14:11:5:14:14 chr11 4675158 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.353;QD=45.8068;RBI=0.0978662;REFB=0;REVB=-0.0961774;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140574;OID=.;OPOS=4675158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr11 4703165 . C A 632.01 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8684;QD=61.6599;RBI=0.0684958;REFB=0;REVB=-0.0608067;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135186;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr11 4712547 . G C 224.38 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0203182;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7392;QD=14.9586;RBI=0.0218104;REFB=-0.0137886;REVB=-0.00792863;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039295;STB=0.522329;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0402795;OID=.;OPOS=4712547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:21:13:9:17:21:13 chr11 4730985 . C T 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.54;QD=63.577;RBI=0.0620597;REFB=0;REVB=-0.000489207;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314245;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr11 4731180 . G A 1991.54 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279231;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.242;QD=62.2355;RBI=0.0283654;REFB=0;REVB=0.00498956;RO=0;SAF=62;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40473e-05;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:126:128:1:64:62:0:0:64:64:0:0 chr11 4731468 . G A 905.8 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593338;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7315;QD=58.4384;RBI=0.0599489;REFB=0;REVB=0.00856527;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671198;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr11 4731583 . C T 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.742;QD=61.0482;RBI=0.0694279;REFB=0;REVB=0.0516753;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32406e-05;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr11 4928621 . G A 480.1 PASS AF=0.366667;AO=56;DP=150;FAO=55;FDP=150;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=37;FWDB=-0.0248869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.792;QD=12.8026;RBI=0.0436246;REFB=0.0124588;REVB=-0.0358293;RO=94;SAF=29;SAR=27;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983478;STB=0.564391;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0160255;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:94:95:56:55:0.366667:27:29:57:37:27:28:58:37 chr11 4929061 . C G 248.43 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00377906;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.306;QD=24.2374;RBI=0.0343341;REFB=0.0119123;REVB=-0.0341254;RO=18;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126327;STB=0.507036;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00605588;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:18:23:23:0.560976:8:15:12:6:8:15:12:6 chr11 4945196 . T G 275.69 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0366623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9753;QD=25.6452;RBI=0.0369282;REFB=-0.00573511;REVB=0.0044233;RO=17;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361024;STB=0.710356;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00595093;OID=.;OPOS=4945196;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:18:25:25:0.581395:18:7:13:4:18:7:14:4 chr11 4945229 . G A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0160044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.006;QD=21.7445;RBI=0.0235347;REFB=-0.0243069;REVB=0.0172552;RO=16;SAF=16;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453906;STB=0.758815;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0251736;OID=.;OPOS=4945229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:3:16:6:10:3:16:6:10 chr11 4964753 . A G 1785.81 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00394982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.005;QD=61.0532;RBI=0.0314468;REFB=0;REVB=-0.0311977;RO=0;SAF=49;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4051e-05;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:68:49:0:0:68:49:0:0 chr11 4965301 . G T 1264.76 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.342;QD=61.6956;RBI=0.0940494;REFB=0;REVB=-0.0802096;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254506;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:37:44:0:0:37:45:0:0 chr11 4967468 . G A 1409.44 PASS AF=0.980198;AO=97;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00474511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.769;QD=55.8196;RBI=0.0206363;REFB=-0.171299;REVB=0.0200833;RO=3;SAF=64;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411765;STB=0.513886;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000852107;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:3:2:97:99:0.980198:33:64:0:3:35:64:0:2 chr11 4968198 . C A 323.18 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0305802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8979;QD=47.8786;RBI=0.107451;REFB=0.0759866;REVB=-0.103008;RO=2;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712357;STB=0.538431;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0274667;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:12:13:0:2:12:13:0:2 chr11 4976086 . C T 907.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889998;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.005;QD=58.562;RBI=0.00938091;REFB=0;REVB=-0.00296508;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00539696;OID=.;OPOS=4976086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr11 4976291 . G A 318.62 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0192248;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.558;QD=15.1722;RBI=0.0208459;REFB=-0.0115948;REVB=-0.00805978;RO=51;SAF=14;SAR=20;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165192;STB=0.588466;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0123396;OID=.;OPOS=4976291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:51:49:34:35:0.416667:20:14:29:22:21:14:27:22 chr11 4976554 . A G 101.82 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.903;QD=40.7286;RBI=0.0890666;REFB=0;REVB=0.0757787;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262384;OID=.;OPOS=4976554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:2:8:0:0 chr11 4976811 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3616;QD=48.7368;RBI=0.169241;REFB=0;REVB=-0.157989;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00723258;OID=.;OPOS=4976811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr11 5010905 . A G 407.69 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0164012;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.237;QD=20.1326;RBI=0.019;REFB=-0.00373244;REVB=0.00959173;RO=40;SAF=22;SAR=19;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102558;STB=0.556749;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00350823;OID=.;OPOS=5010905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:40:40:41:41:0.506173:19:22:26:14:19:22:26:14 chr11 5020416 . A G 1635.82 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0986625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.133;QD=59.4845;RBI=0.0989574;REFB=0;REVB=0.00763506;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261821;OID=.;OPOS=5020416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:110:0:0:102:110:1:61:41:0:0:61:49:0:0 chr11 5079946 . C T 157.73 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00160246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.929;QD=11.2661;RBI=0.0100301;REFB=-0.0116288;REVB=0.00990126;RO=36;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170183;STB=0.599529;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0213644;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:13:7:18:18:13:7:18:18 chr11 5080844 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0252487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.948;QD=23.2182;RBI=0.0589316;REFB=-0.00487068;REVB=0.0532488;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000931527;OID=.;OPOS=5080844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr11 5172786 . A G 817.29 PASS AF=1;AO=39;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.56;QD=57.3533;RBI=0.0535635;REFB=0;REVB=0.0534105;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000979069;OID=.;OPOS=5172786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:39:57:1:21:18:0:0:39:18:0:0 chr11 5221645 . C G 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0094535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.238;QD=18.3009;RBI=0.0132572;REFB=-0.00345624;REVB=0.00929431;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676175;STB=0.538423;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00407854;OID=.;OPOS=5221645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:12:11:11:9:12:11 chr11 5248243 . A G 243.16 PASS AF=0.381579;AO=28;DP=75;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0376146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.298;QD=12.7981;RBI=0.037621;REFB=-0.000740027;REVB=0.000692042;RO=47;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020205;STB=0.500917;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000994614;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:47:47:28:29:0.381579:16:12:21:26:16:13:21:26 chr11 5269583 . GTGA AGAG 783.55 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217152;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=4;MLLD=315.209;QD=56.9852;RBI=0.0282734;REFB=0;REVB=0.0181062;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.90399e-05;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:54:55:1:21:33:0:0:22:33:0:0 chr11 5322737 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.991;QD=60.6101;RBI=0.00782768;REFB=0;REVB=0.00689451;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3254e-05;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr11 5323071 . C T 929.19 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016248;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.165;QD=58.0744;RBI=0.0185901;REFB=0;REVB=0.00903296;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14375e-05;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:41:22:0:0:42:22:0:0 chr11 5344772 . T C 1062.51 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184742;FXX=0.0540468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.416;QD=60.7147;RBI=0.0303672;REFB=0;REVB=0.0241012;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000915125;OID=.;OPOS=5344772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr11 5344847 . A G 671.81 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0369579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4802;QD=52.6913;RBI=0.0509952;REFB=-0.136056;REVB=0.0351372;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.515145;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0105907;OID=.;OPOS=5344847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:0:2:49:49:0.960784:32:17:0:0:32:17:0:2 chr11 5344902 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.017;QD=56.7063;RBI=0.0433971;REFB=0;REVB=-0.0319129;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36135e-05;OID=.;OPOS=5344902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr11 5345128 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.588;QD=50.4135;RBI=0.0246125;REFB=0;REVB=0.000751097;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100658;OID=.;OPOS=5345128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr11 5345170 . A G 263.02 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00335127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.146;QD=47.8224;RBI=0.00841379;REFB=-0.156526;REVB=-0.00771757;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0019199;OID=.;OPOS=5345170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:1:0:8:13:1:0 chr11 5345486 . G A 1388.64 PASS AF=0.988764;AO=79;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.706;QD=62.4106;RBI=0.0141173;REFB=0;REVB=0.00470841;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293125;OID=.;OPOS=5345486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:0:79:88:0.988764:40:39:0:0:45:43:0:0 chr11 5373114 . G A 2230.19 PASS AF=0.986111;AO=141;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.014682;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.015;QD=61.9498;RBI=0.0151255;REFB=-0.0336488;REVB=0.00363571;RO=2;SAF=81;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155831;STB=0.508196;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000735332;OID=.;OPOS=5373114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:144:2:2:141:142:0.986111:60:81:0:2:60:82:0:2 chr11 5373646 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.432;QD=42.1826;RBI=0.0750835;REFB=0;REVB=-0.0257894;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367904;OID=.;OPOS=5373646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr11 5410934 . T G 518.66 PASS AF=0.947368;AO=31;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.12705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4768;QD=54.5959;RBI=0.12943;REFB=-0.11523;REVB=0.0247036;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372894;STB=0.502957;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00516921;OID=.;OPOS=5410934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:31:36:0.947368:19:12:1:0:20:16:1:1 chr11 5411031 . C T 382.33 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0401948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6343;QD=52.7344;RBI=0.0474284;REFB=0.0263202;REVB=-0.0251761;RO=1;SAF=20;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227089;STB=0.512187;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00456915;OID=.;OPOS=5411031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:8:20:1:0:8:20:1:0 chr11 5411239 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.326;QD=62.9828;RBI=0.00915635;REFB=0;REVB=0.00800561;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35866e-05;OID=.;OPOS=5411239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr11 5411395 . C A 1273.39 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0354269;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.85;QD=60.6374;RBI=0.0507973;REFB=-0.0897259;REVB=0.0364047;RO=1;SAF=39;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119894;STB=0.506328;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000727571;OID=.;OPOS=5411395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:44:39:1:0:44:39:1:0 chr11 5411579 . GT AC 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533553;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.568;QD=62.0082;RBI=0.00553898;REFB=0;REVB=-0.00148741;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.73847e-06;OID=.;OPOS=5411579;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:36:48:0:0:36:48:0:0 chr11 5423868 . T A 1720.93 PASS AF=1;AO=95;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.411;QD=56.8903;RBI=0.0680887;REFB=0;REVB=-0.000854351;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00911848;OID=.;OPOS=5423868;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:95:121:1:59:36:0:0:59:62:0:0 chr11 5423931 . C T 2063.51 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.863;QD=62.5305;RBI=0.0567485;REFB=0;REVB=0.0284303;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08142e-05;OID=.;OPOS=5423931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:131:132:1:63:68:0:0:63:69:0:0 chr11 5424125 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2126;QD=57.0003;RBI=0.0423395;REFB=0;REVB=-0.00558404;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477513;OID=.;OPOS=5424125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr11 5424170 . C T 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7271;QD=61.3298;RBI=0.0367301;REFB=0;REVB=0.0133471;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262932;OID=.;OPOS=5424170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr11 5424232 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1264;QD=60.9775;RBI=0.0452666;REFB=0;REVB=-0.0357112;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131098;OID=.;OPOS=5424232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr11 5424387 . T TTATC 2023.7 PASS AF=0.900621;AO=143;DP=165;FAO=145;FDP=161;FR=.;FRO=16;FSAF=74;FSAR=71;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00794224;FXX=0.0639498;HRUN=2;LEN=4;MLLD=319.082;QD=50.2782;RBI=0.00794304;REFB=-0.00440292;REVB=-0.000112483;RO=20;SAF=73;SAR=70;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324142;STB=0.505186;STBP=0.667;TYPE=ins;VARB=0.000476133;OID=.;OPOS=5424388;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=TTATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.900621:143:165:145:161:16:74:71:9:7:59:20:73:70:13:7 chr11 5424504 . T C 2208.27 PASS AF=0.967742;AO=151;DP=154;FAO=150;FDP=155;FR=.;FRO=5;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00644475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.977;QD=56.9875;RBI=0.0297858;REFB=-0.0521942;REVB=0.0290803;RO=1;SAF=74;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638473;STB=0.503011;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00209858;OID=.;OPOS=5424504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:154:155:1:5:151:150:0.967742:77:74:1:0:76:74:2:3 chr11 5424507 . A G 2306.15 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126529;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.656;QD=61.0902;RBI=0.0221091;REFB=0;REVB=0.0181305;RO=0;SAF=76;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011864;OID=.;OPOS=5424507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:75:76:0:0:75:76:0:0 chr11 5424532 . A C 1767.58 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.037;QD=60.951;RBI=0.0262341;REFB=0;REVB=0.0195547;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43224e-06;OID=.;OPOS=5424532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:56:60:0:0:56:60:0:0 chr11 5424552 . A G 1380.86 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134794;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.655;QD=62.7666;RBI=0.0148449;REFB=0;REVB=-0.0062191;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51526e-05;OID=.;OPOS=5424552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr11 5451940 . G T 503.36 PASS AF=0.382166;AO=60;DP=157;FAO=60;FDP=157;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=-0.00463066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.649;QD=12.8245;RBI=0.0118574;REFB=-0.0146704;REVB=-0.0109159;RO=97;SAF=34;SAR=26;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178224;STB=0.600724;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0205052;OID=.;OPOS=5451940;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:97:97:60:60:0.382166:26:34:39:58:26:34:39:58 chr11 5461834 . C G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00476584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.774;QD=12.73;RBI=0.0155823;REFB=0.00954517;REVB=-0.0148356;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940419;STB=0.555438;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.0124311;OID=.;OPOS=5461834;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:9:3:3:6:9:3 chr11 5462085 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0139281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.706;QD=15.7844;RBI=0.0198176;REFB=-0.0140964;REVB=-0.0140976;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414199;STB=0.534835;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00876749;OID=.;OPOS=5462085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:10:4:4:12:10:4:4:13 chr11 5462105 . T C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0150323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3498;QD=19.1799;RBI=0.0377134;REFB=-0.00148049;REVB=0.034588;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334588;STB=0.519055;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00174655;OID=.;OPOS=5462105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:3:8:9:4:3:8 chr11 5462255 . C G 358.45 PASS AF=0.590164;AO=35;DP=62;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0262662;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2308;QD=23.5047;RBI=0.0363803;REFB=-0.0135776;REVB=-0.0251716;RO=24;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255202;STB=0.637995;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00346644;OID=.;OPOS=5462255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:24:25:35:36:0.590164:21:14:18:6:21:15:19:6 chr11 5462374 . C T 659.63 PASS AF=0.607843;AO=62;DP=102;FAO=62;FDP=102;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0119674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8744;QD=25.8678;RBI=0.0531047;REFB=-0.00417136;REVB=0.0517386;RO=39;SAF=21;SAR=41;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112821;STB=0.5675;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00275373;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:39:40:62:62:0.607843:41:21:19:20:41:21:20:20 chr11 5462702 . G A 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0450838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.122;QD=16.4263;RBI=0.0569757;REFB=-0.0282966;REVB=0.034838;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822389;STB=0.547738;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0363979;OID=.;OPOS=5462702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:6:5:4:7:6:5 chr11 5475118 . A G 423.8 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00336279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.548;QD=21.19;RBI=0.00519425;REFB=-0.0173588;REVB=-0.00395877;RO=38;SAF=30;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156712;STB=0.587001;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0196575;OID=.;OPOS=5475118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:12:30:21:17:12:30:21:17 chr11 5510284 . A G 265.94 PASS AF=0.378049;AO=29;DP=80;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0155403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.21;QD=12.9724;RBI=0.0250601;REFB=-0.0288513;REVB=-0.0196599;RO=48;SAF=8;SAR=21;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149369;STB=0.57333;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0452772;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:48:51:29:31:0.378049:21:8:19:29:21:10:22:29 chr11 5510341 . C T 331.71 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.000818787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.553;QD=12.6366;RBI=0.00287652;REFB=-0.00796787;REVB=0.00275752;RO=64;SAF=17;SAR=23;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164731;STB=0.59806;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0120531;OID=.;OPOS=5510341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:65:40:40:0.380952:23:17:37:27:23:17:38:27 chr11 5510423 . ATCT A,TTCA 469.48 PASS AF=0.423423,0.045045;AO=45,5;DP=111;FAO=47,5;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=17,2;FSAR=30,3;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.0115987,-0.0469052;FXX=0.059317;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=174.074,120.004;QD=16.9182;RBI=0.0140872,0.0483535;REFB=-0.0088515,-0.0273875;REVB=-0.00799496,0.0117456;RO=54;SAF=17,2;SAR=28,3;SRF=35;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.260999,-0.266801;STB=0.655477,0.713522;STBP=0.005,0.379;TYPE=del,mnp;VARB=0.0111098,0.109071;OID=.,.;OPOS=5510424,5510423;OREF=TCT,ATCT;OALT=-,TTCA;OMAPALT=A,TTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:59:45,5:47,5:0.423423,0.045045:28,3:17,2:35:19:30,3:17,2:38:21 chr11 5510497 . T C 543.24 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0410396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1835;QD=18.415;RBI=0.0579153;REFB=0.0216443;REVB=0.0408649;RO=59;SAF=20;SAR=37;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16606;STB=0.593062;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0112824;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:61:57:57:0.483051:37:20:31:28:37:20:32:29 chr11 5510626 . T C 309.97 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00622686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.029;QD=18.7858;RBI=0.00895426;REFB=-0.0295215;REVB=0.00643467;RO=33;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027316;STB=0.515226;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0247977;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:15:18:17:16:15:18:17:16 chr11 5510928 . G A 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0100352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9491;QD=12.0196;RBI=0.0126242;REFB=0.0255192;REVB=-0.00765937;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152478;STB=0.589619;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0359382;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:9:16:7:7:9:16 chr11 5529865 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.88;QD=56.9566;RBI=0.0203209;REFB=0;REVB=-0.0126158;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89998e-06;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr11 5536309 . G C 597.78 PASS AF=0.530973;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00886679;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.587;QD=21.1605;RBI=0.018817;REFB=-0.0140334;REVB=0.016597;RO=51;SAF=29;SAR=31;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120394;STB=0.556322;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0161814;OID=.;OPOS=5536309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:51:53:60:60:0.530973:31:29:32:19:31:29:32:21 chr11 5536537 . A C 1240.06 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.068158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7593;QD=60.4908;RBI=0.0703242;REFB=0;REVB=-0.0173199;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000598234;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:41:39:0:0:42:40:0:0 chr11 5536848 . G A 1840.9 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.662;QD=61.3635;RBI=0.00728351;REFB=0;REVB=0.00547223;RO=0;SAF=47;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.20685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62879e-05;OID=.;OPOS=5536848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:72:47:0:0:72:48:0:0 chr11 5566030 . A G 569.22 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.851;QD=59.9181;RBI=0.0405924;REFB=0;REVB=0.0212152;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001231;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:38:0:0:34:38:1:19:15:0:0:22:16:0:0 chr11 5566051 . C A 109.57 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0330922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1642;QD=14.6096;RBI=0.0548261;REFB=-0.0326256;REVB=-0.0437128;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861396;STB=0.550186;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.041245;OID=.;OPOS=5566051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:8:9:8:5:8:9 chr11 5566112 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.020738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.515;QD=19.928;RBI=0.0222363;REFB=-0.00785541;REVB=-0.00802432;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211319;STB=0.599828;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00772804;OID=.;OPOS=5566112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:8:4:5:3:8:4:5:4 chr11 5566365 . T C 1250.25 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.782;QD=60.2528;RBI=0.155419;REFB=-0.13765;REVB=0.154972;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.507245;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000704091;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:0:1:81:82:0.987952:34:47:0:0:34:48:0:1 chr11 5566489 . C T 426.08 PASS AF=0.422414;AO=46;DP=113;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.018116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.565;QD=14.6924;RBI=0.0381265;REFB=-0.0117829;REVB=0.0335476;RO=65;SAF=23;SAR=23;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239757;STB=0.507039;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0200503;OID=.;OPOS=5566489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:65:67:46:49:0.422414:23:23:34:31:24:25:35:32 chr11 5602275 . A G 286.13 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0249903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6527;QD=20.4379;RBI=0.0249924;REFB=-0.0455837;REVB=0.000325316;RO=26;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148776;STB=0.582678;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0376596;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:12:18:11:15:12:18:11:15 chr11 5602438 . T A 225.62 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-2.88983e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0511;QD=20.5106;RBI=0.0353647;REFB=-0.0224519;REVB=-0.0353647;RO=22;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249549;STB=0.640894;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0498153;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:7:15:9:13:7:15:9:13 chr11 5602605 . G A 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0108236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.415;QD=18.0733;RBI=0.0110138;REFB=-0.0276264;REVB=-0.0020383;RO=30;SAF=18;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313114;STB=0.524122;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0235056;OID=.;OPOS=5602605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:12:18:19:11:12:18:20:11 chr11 5602615 . A G 220.3 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00269927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.245;QD=16.0214;RBI=0.0480825;REFB=-0.031773;REVB=-0.0480067;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504992;STB=0.528618;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0811726;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:8:17:19:11:8:17:19:11 chr11 5602679 . T C 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0152636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.275;QD=15.2681;RBI=0.0175582;REFB=-0.02499;REVB=0.00867844;RO=32;SAF=18;SAR=8;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107035;STB=0.572197;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0227367;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:8:18:19:13:8:18:19:14 chr11 5602790 . A G 421.3 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0144027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.425;QD=15.8983;RBI=0.0182018;REFB=-0.0143277;REVB=-0.0111297;RO=58;SAF=27;SAR=20;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118803;STB=0.510704;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0186897;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:59:47:47:0.443396:20:27:34:24:20:27:35:24 chr11 5602928 . G C 904.9 PASS AF=0.653226;AO=72;DP=117;FAO=81;FDP=124;FR=.;FRO=43;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0201862;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.083;QD=29.1904;RBI=0.0244347;REFB=-0.0207526;REVB=0.0137684;RO=37;SAF=35;SAR=37;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850539;STB=0.559159;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00770175;OID=.;OPOS=5602928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:124:37:43:72:81:0.653226:37:35:13:24:37:44:16:27 chr11 5602929 . C A 269.13 PASS AF=0.305085;AO=35;DP=119;FAO=36;FDP=118;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.000826275;FXX=0.0559955;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.345;QD=9.12312;RBI=0.00752677;REFB=-0.0188304;REVB=0.00748128;RO=79;SAF=11;SAR=24;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290437;STB=0.643597;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00980901;OID=.;OPOS=5602929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:79:82:35:36:0.305085:24:11:44:35:24:12:44:38 chr11 5602968 . G A 1559.52 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138276;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.148;QD=58.8499;RBI=0.0347026;REFB=-0.0628333;REVB=0.0318287;RO=1;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771683;STB=0.504064;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000145027;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:1:1:105:105:0.990566:61:44:0:1:61:44:0:1 chr11 5625847 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.822;QD=57.8849;RBI=0.0209452;REFB=0;REVB=-0.00878079;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36624e-05;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr11 5629607 . G A 808.83 PASS AF=0.466667;AO=83;DP=179;FAO=84;FDP=180;FR=.;FRO=96;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0158345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.622;QD=17.9741;RBI=0.018947;REFB=-0.00464434;REVB=0.0104048;RO=96;SAF=39;SAR=44;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901846;STB=0.50159;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00495129;OID=.;OPOS=5629607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:96:96:83:84:0.466667:44:39:46:50:44:40:46:50 chr11 5632212 . G A 2877.74 PASS AF=0.965174;AO=194;DP=201;FAO=194;FDP=201;FR=.;FRO=7;FSAF=107;FSAR=87;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0127889;FXX=0.00985173;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.783;QD=57.2684;RBI=0.0275912;REFB=-0.123967;REVB=0.0244484;RO=7;SAF=107;SAR=87;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020512;STB=0.51078;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000410412;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:201:201:7:7:194:194:0.965174:87:107:6:1:87:107:6:1 chr11 5663706 . G C 190.98 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.00753884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8528;QD=13.4018;RBI=0.021018;REFB=-0.0129684;REVB=0.0196194;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424374;STB=0.737821;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0310513;OID=.;OPOS=5663706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:10:13:5:29:10:13:5:29 chr11 5664831 . C A 331.02 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.000619927;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.471;QD=15.7628;RBI=0.00604764;REFB=-0.015419;REVB=0.00601578;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112192;STB=0.563206;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0248484;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:19:17:28:20:19:17:28:20 chr11 5688940 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.633;QD=52.6129;RBI=0.0439455;REFB=0;REVB=-0.000539289;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401584;OID=.;OPOS=5688940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr11 5691191 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.92;QD=52.6132;RBI=0.0425968;REFB=0;REVB=-0.0283695;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76077e-05;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr11 5691214 . A C 400.26 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00373314;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.489;QD=53.3674;RBI=0.0268495;REFB=-0.132899;REVB=0.0265887;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.514276;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000426901;OID=.;OPOS=5691214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:12:17:0:0:12:17:1:0 chr11 5700340 . T C 498.2 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.949;QD=58.6122;RBI=0.0173744;REFB=0;REVB=0.0161911;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111541;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:15:19:0:0 chr11 5719667 . T C 204.01 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00505567;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4409;QD=12.1798;RBI=0.0456507;REFB=-0.00909015;REVB=0.0453699;RO=40;SAF=7;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20103;STB=0.619766;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0164373;OID=.;OPOS=5719667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:42:25:25:0.373134:18:7:18:22:18:7:19:23 chr11 5758062 . T C 509.43 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.0497537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.605;QD=21.0073;RBI=0.0499021;REFB=-0.0231048;REVB=0.00384528;RO=48;SAF=21;SAR=28;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228524;STB=0.626037;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0244677;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:28:21:33:15:28:21:33:15 chr11 5758118 . A C 368.6 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00662988;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.647;QD=16.5661;RBI=0.00694777;REFB=-0.0230841;REVB=-0.00207754;RO=51;SAF=17;SAR=22;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133304;STB=0.580567;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0266383;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:51:50:39:39:0.438202:22:17:29:22:22:17:29:21 chr11 5758646 . T C 315.57 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.020222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.941;QD=17.5317;RBI=0.0468099;REFB=-0.0557928;REVB=-0.0422166;RO=38;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424641;STB=0.523795;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0631359;OID=.;OPOS=5758646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:22:12:15:23:22:12:15:23 chr11 5776287 . C T 1069.77 PASS AF=0.516908;AO=107;DP=206;FAO=107;FDP=207;FR=.;FRO=100;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=-0.00894004;FXX=0.00480746;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.503;QD=20.6718;RBI=0.0141969;REFB=-0.0174865;REVB=0.0110285;RO=99;SAF=56;SAR=51;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462117;STB=0.527485;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0185193;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:99:100:107:107:0.516908:51:56:57:42:51:56:58:42 chr11 5776470 . T G 229.78 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.014058;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5504;QD=11.7838;RBI=0.0162036;REFB=-0.00568199;REVB=0.00805791;RO=50;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129139;STB=0.507457;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00867118;OID=.;OPOS=5776470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:16:12:22:28:16:12:22:28 chr11 5776484 . A T 230.24 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00790601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9605;QD=12.1179;RBI=0.0288387;REFB=-0.0144106;REVB=-0.0277338;RO=48;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997387;STB=0.505743;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0284417;OID=.;OPOS=5776484;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:16:12:21:27:16:12:21:27 chr11 5776623 . A T 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00978585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.52;QD=12.059;RBI=0.0110533;REFB=-0.0082655;REVB=0.00513927;RO=42;SAF=16;SAR=9;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00337229;STB=0.501944;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0142835;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:9:16:27:15:9:16:27:15 chr11 5809308 . A T 71.06 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0347357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1849;QD=4.51168;RBI=0.0518301;REFB=-0.00256279;REVB=0.0384681;RO=51;SAF=2;SAR=10;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379426;STB=0.754241;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00931237;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:51:51:12:12:0.190476:10:2:22:29:10:2:22:29 chr11 5809477 . A G 495.42 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0132407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4036;QD=26.0748;RBI=0.0713836;REFB=-0.0139985;REVB=-0.0701448;RO=30;SAF=21;SAR=25;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413323;STB=0.52256;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00795225;OID=.;OPOS=5809477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:25:21:12:18:25:21:12:18 chr11 5809673 . C T 487.93 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00214381;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5508;QD=18.0716;RBI=0.00855813;REFB=-0.0358606;REVB=0.00828527;RO=55;SAF=20;SAR=32;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167593;STB=0.58871;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0387944;OID=.;OPOS=5809673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:55:56:52:52:0.481481:32:20:31:24:32:20:31:25 chr11 5809746 . C T 323.56 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.000790359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.291;QD=16.8082;RBI=0.0232671;REFB=-0.00824594;REVB=-0.0232537;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369928;STB=0.52076;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0141182;OID=.;OPOS=5809746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:17:18:20:22:17:18:20:22 chr11 5817841 . C T 661.27 PASS AF=0.424419;AO=73;DP=173;FAO=73;FDP=172;FR=.;FRO=99;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.0188042;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.363;QD=15.3783;RBI=0.0188737;REFB=0.00301495;REVB=0.00161888;RO=99;SAF=32;SAR=41;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896849;STB=0.550146;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00309487;OID=.;OPOS=5817841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:99:99:73:73:0.424419:41:32:52:47:41:32:52:47 chr11 5817896 . G A 407.81 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0401874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.627;QD=14.309;RBI=0.0413012;REFB=-0.000621793;REVB=-0.00952686;RO=67;SAF=24;SAR=23;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499617;STB=0.528149;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.000516641;OID=.;OPOS=5817896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:67:47:47:0.412281:23:24:31:36:23:24:31:36 chr11 5841856 . C T 334.31 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.032951;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.065;QD=19.1035;RBI=0.0339588;REFB=-0.00639445;REVB=0.00821201;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243331;STB=0.628498;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00382428;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:35:35:35:0.5:22:13:22:12:22:13:22:13 chr11 5862532 . A C 332.67 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0130913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.239;QD=26.6137;RBI=0.0194478;REFB=-0.0165736;REVB=0.0143817;RO=21;SAF=17;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155908;STB=0.586147;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0167699;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:12:17:8:13:12:17:8:13 chr11 5862653 . T C 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.015133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.074;QD=21.595;RBI=0.0184237;REFB=-0.00182757;REVB=0.0105082;RO=32;SAF=23;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140389;STB=0.577584;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0013707;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:15:23:14:18:15:23:14:18 chr11 5862731 . A G 416.11 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00634198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.841;QD=22.1925;RBI=0.059247;REFB=0.00880593;REVB=-0.0589065;RO=33;SAF=21;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711361;STB=0.545433;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.006192;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:33:34:41:41:0.546667:20:21:14:19:20:21:14:20 chr11 5862780 . T C 354.29 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.10721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7966;QD=21.472;RBI=0.109891;REFB=-0.00854483;REVB=0.0241235;RO=30;SAF=14;SAR=22;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958547;STB=0.505297;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0051778;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:22:14:12:18:22:14:12:18 chr11 5862845 . A G 252.45 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00230207;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.705;QD=26.5742;RBI=0.00472327;REFB=0.00846068;REVB=-0.00412429;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153955;STB=0.599916;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00546088;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:16:15:23:23:0.605263:11:12:5:11:11:12:4:11 chr11 5862937 . C A 270.05 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0244475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.832;QD=22.9828;RBI=0.0254156;REFB=-0.0197784;REVB=0.00694773;RO=22;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122693;STB=0.568716;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0192664;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:8:17:12:10:8:17:12:10 chr11 5862984 . G C 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00555969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.019;QD=14.7405;RBI=0.0127441;REFB=-0.00675217;REVB=0.0114675;RO=41;SAF=22;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271491;STB=0.654922;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00385055;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:8:22:20:21:8:22:20:21 chr11 5863013 . T C 426.72 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0186034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.412;QD=19.1784;RBI=0.0186113;REFB=-0.0179969;REVB=-0.000539286;RO=44;SAF=29;SAR=14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168447;STB=0.595734;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0297927;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:46:43:43:0.483146:14:29:22:22:14:29:23:23 chr11 5863113 . G A 568.53 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0270596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.255;QD=18.7945;RBI=0.0282076;REFB=-0.000260727;REVB=-0.00796533;RO=60;SAF=38;SAR=21;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181549;STB=0.601231;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000193046;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:62:59:59:0.487603:21:38:27:33:21:38:28:34 chr11 5905664 . C T 483.6 PASS AF=0.5;AO=48;DP=95;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0189342;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.253;QD=20.5786;RBI=0.0227882;REFB=-0.0158349;REVB=-0.0126806;RO=47;SAF=27;SAR=21;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657906;STB=0.553508;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0170614;OID=.;OPOS=5905664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:47:47:48:47:0.5:21:27:23:24:20:27:22:25 chr11 5906048 . G A 128.4 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0176115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5619;QD=11.9441;RBI=0.0264865;REFB=-0.0302284;REVB=0.019783;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614915;STB=0.529373;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0464242;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:28:15:15:0.348837:6:9:17:9:6:9:18:10 chr11 5906073 . G T 104.7 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0126031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.09;QD=11.9657;RBI=0.033558;REFB=-0.00586799;REVB=0.0311014;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186327;STB=0.544956;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00781944;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:22:22:12:13:0.371429:4:8:15:7:5:8:15:7 chr11 5906192 . A C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00953513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.875;QD=13.4417;RBI=0.0361519;REFB=-0.00772188;REVB=-0.0348718;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731962;STB=0.542776;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00874734;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:8:2:2:11:8:2:2:11 chr11 5906205 . G A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00493009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3577;QD=20.4559;RBI=0.00611867;REFB=0.00549056;REVB=-0.00362385;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169878;STB=0.606184;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.010121;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:17:17:0.53125:10:7:3:11:10:7:3:12 chr11 5968728 . T C 396.54 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.027003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1752;QD=17.8221;RBI=0.0371055;REFB=-0.0175817;REVB=-0.0254491;RO=48;SAF=25;SAR=16;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369285;STB=0.520618;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0179418;OID=.;OPOS=5968728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:16:25:31:17:16:25:31:17 chr11 5969185 . A G 401.88 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0232768;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4476;QD=16.2375;RBI=0.0315308;REFB=-0.00587111;REVB=-0.0212692;RO=57;SAF=26;SAR=16;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00542319;STB=0.503054;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00418117;OID=.;OPOS=5969185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:57:57:42:42:0.424242:16:26:35:22:16:26:35:22 chr11 5989415 . C A 1640.98 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1095;QD=59.1343;RBI=0.118357;REFB=0;REVB=0.118223;RO=0;SAF=71;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104375;OID=.;OPOS=5989415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:107:111:1:36:71:0:0:40:71:0:0 chr11 6007272 . A G 709.96 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.189;QD=55.6833;RBI=0.0675839;REFB=0;REVB=0.0605472;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017117;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335497;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:27:23:0:1:28:23:0:0 chr11 6007613 . T G 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.936;QD=58.6115;RBI=0.0342352;REFB=0.0526241;REVB=-0.0303091;RO=1;SAF=38;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122856;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-7.43559e-05;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:35:38:1:0:35:38:1:0 chr11 6007680 . A C,G 1031.42 PASS AF=0.0422535,0.957746;AO=3,65;DP=68;FAO=3,68;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=2,35;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560319,-0.0065063;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.241,108.358;QD=58.1082;RBI=0.0368375,0.00939116;REFB=0,0;REVB=0.0364088,0.00677214;RO=0;SAF=2,35;SAR=1,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0799756,0.000956175;OID=.,.;OPOS=6007680,6007680;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:68:71:0:0:3,65:3,68:0.0422535,0.957746:1,30:2,35:0:0:1,33:2,35:0:0 chr11 6007743 . A G 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.376;QD=64.1477;RBI=0.0511773;REFB=0;REVB=-0.00789464;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286482;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr11 6007899 . C T 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5155;QD=56.6967;RBI=0.00331792;REFB=0;REVB=0.00111594;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99353e-05;OID=.;OPOS=6007899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr11 6129837 . C T 724.1 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00888606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7137;QD=52.6617;RBI=0.0407964;REFB=-0.186575;REVB=0.0398169;RO=2;SAF=30;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030369;STB=0.507689;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00587571;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:55:2:1:52:54:0.981818:22:30:2:0:22:32:1:0 chr11 6173364 . T A 873.59 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0365065;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6777;QD=54.5991;RBI=0.0595402;REFB=0.0405184;REVB=-0.0470353;RO=2;SAF=41;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116429;STB=0.505604;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00161394;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:64:2:2:61:62:0.96875:20:41:1:1:21:41:1:1 chr11 6221169 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.09;QD=59.5017;RBI=0.0485087;REFB=0;REVB=0.0010662;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33078e-05;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr11 6221214 . T A 477.19 PASS AF=0.567901;AO=45;DP=80;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0114335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7409;QD=23.5649;RBI=0.0306048;REFB=-0.0250473;REVB=0.0283889;RO=35;SAF=26;SAR=19;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967741;STB=0.556676;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0143179;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:35:35:45:46:0.567901:19:26:16:19:19:27:16:19 chr11 6231731 . C T 225.23 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0179704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.568;QD=27.301;RBI=0.0362643;REFB=-0.0331362;REVB=0.0314987;RO=12;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17222;STB=0.595651;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.020718;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:14:7:7:5:14:7:7:5 chr11 6243804 . A G 1116.74 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.921;QD=60.3643;RBI=0.0385782;REFB=0;REVB=-0.010244;RO=0;SAF=50;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.74353e-05;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:24:50:0:0:24:50:0:0 chr11 6291535 . T C 468.16 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0502611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.42;QD=22.837;RBI=0.0502623;REFB=-0.0124559;REVB=0.000338244;RO=37;SAF=24;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826017;STB=0.545434;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00755367;OID=.;OPOS=6291535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:21:24:16:21:21:24:16:21 chr11 6340525 . A T 421.5 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347595;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.35;QD=58.1383;RBI=0.0371571;REFB=0;REVB=0.013131;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594777;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:28:29:1:21:7:0:0:21:8:0:0 chr11 6340706 . A G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.616;QD=61.0486;RBI=0.0367246;REFB=0;REVB=0.0219609;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115022;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr11 6411935 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.87;QD=60.9782;RBI=0.0289144;REFB=0;REVB=0.0286131;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72823e-05;OID=.;OPOS=6411935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr11 6519642 . G A 253.93 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0281274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.705;QD=15.1601;RBI=0.0286892;REFB=-0.00604601;REVB=-0.00565005;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067867;STB=0.5351;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0107155;OID=.;OPOS=6519642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:37:38:28:29:0.432836:14:14:21:16:14:15:22:16 chr11 6520015 . G T 493.97 PASS AF=0.552941;AO=46;DP=84;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00301559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.202;QD=23.2454;RBI=0.016355;REFB=-0.0215027;REVB=0.0160746;RO=36;SAF=25;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101163;STB=0.537753;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0137161;OID=.;OPOS=6520015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:36:38:46:47:0.552941:21:25:15:21:22:25:17:21 chr11 6520164 . T A 406.87 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.087901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.32;QD=20.0921;RBI=0.0898891;REFB=-0.0330564;REVB=-0.0188006;RO=40;SAF=15;SAR=26;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101349;STB=0.556297;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0263288;OID=.;OPOS=6520164;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:26:15:19:21:26:15:19:21 chr11 6530278 . C T 481.91 PASS AF=0.429688;AO=49;DP=122;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0126863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.982;QD=15.0596;RBI=0.0242626;REFB=-0.00169088;REVB=-0.0206818;RO=72;SAF=25;SAR=24;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107592;STB=0.540425;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00229216;OID=.;OPOS=6530278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:128:72:73:49:55:0.429688:24:25:36:36:24:31:36:37 chr11 6532519 . C T 511.46 PASS AF=0.52;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0119657;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.837;QD=20.4584;RBI=0.0237233;REFB=-0.0283446;REVB=0.0204845;RO=48;SAF=26;SAR=26;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181327;STB=0.509996;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0240953;OID=.;OPOS=6532519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:48:48:52:52:0.52:26:26:23:25:26:26:23:25 chr11 6549779 . A C 398.93 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0188899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.799;QD=26.5956;RBI=0.0190288;REFB=-0.000796593;REVB=0.00229439;RO=22;SAF=21;SAR=17;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057239;STB=0.531234;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000402154;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:17:21:14:8:17:21:14:8 chr11 6549995 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0190645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.991;QD=14.6655;RBI=0.0195916;REFB=-0.0127916;REVB=0.00451419;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507199;STB=0.517218;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0193596;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:9:6:9:11:9:6:9:12 chr11 6550004 . A G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00799984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.306;QD=12.6375;RBI=0.0174316;REFB=0.00536949;REVB=-0.0154876;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348754;STB=0.520516;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.010215;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:9:12:7:6:9:12 chr11 6550309 . G A 238.88 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0445749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.412;QD=11.7968;RBI=0.0446162;REFB=-0.00762316;REVB=-0.0019178;RO=52;SAF=7;SAR=22;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352618;STB=0.704979;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.010018;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:29:29:0.358025:22:7:28:24:22:7:28:24 chr11 6554941 . C A 195.72 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0120263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.373;QD=15.0554;RBI=0.0123213;REFB=-0.00586168;REVB=0.00267994;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130263;STB=0.583256;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00831893;OID=.;OPOS=6554941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:29:20:21:0.403846:10:10:17:10:11:10:18:11 chr11 6555365 . A G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1446;QD=58.1378;RBI=0.0499796;REFB=0;REVB=0.0175491;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748288;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr11 6561270 . A G 530.0 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0246536;FXX=0.0333296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.962;QD=24.3677;RBI=0.0251436;REFB=-0.0418049;REVB=-0.00493948;RO=37;SAF=19;SAR=30;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799128;STB=0.550438;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0383572;OID=.;OPOS=6561270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:37:38:49:49:0.563218:30:19:18:19:30:19:19:19 chr11 6567894 . GC CA,GCTGCCCTACTGCA 593.56 PASS AF=0.0851064,0.829787;AO=4,35;DP=47;FAO=4,39;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=4,25;FSAR=0,14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00999984,-0.00767878;FXX=0.020829;HRUN=2,1;LEN=2,12;MLLD=128.766,264.297;QD=50.5154;RBI=0.0101375,0.0174391;REFB=-0.0169962,-0.0326065;REVB=0.00166496,-0.0156575;RO=5;SAF=4,21;SAR=0,14;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.672226,-0.0490255;STB=0.995562,0.511076;STBP=0.254,0.674;TYPE=mnp,ins;VARB=0.015527,0.00201104;OID=.,.;OPOS=6567894,6567896;OREF=GC,-;OALT=CA,TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CA,GCTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:47:47:5:4:4,35:4,39:0.0851064,0.829787:0,14:4,21:4:1:0,14:4,25:3:1 chr11 6568213 . T C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00389432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.746;QD=19.1085;RBI=0.0363577;REFB=-0.0038297;REVB=-0.0361486;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038662;STB=0.522338;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00242844;OID=.;OPOS=6568213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:3:3:4:5:3:3 chr11 6579106 . C A 191.58 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100096;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.089;QD=47.8951;RBI=0.110901;REFB=0;REVB=-0.0477483;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222081;OID=.;OPOS=6579106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:5:9:0:0:5:11:0:0 chr11 6588228 . G A 1264.44 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.592;QD=61.6799;RBI=0.0281051;REFB=0;REVB=-0.0233216;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141066;OID=.;OPOS=6588228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr11 6622714 . G A 468.86 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00986335;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4652;QD=25.344;RBI=0.0370333;REFB=-0.017484;REVB=0.0356956;RO=29;SAF=26;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129565;STB=0.564487;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0197808;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:29:30:44:44:0.594595:18:26:12:17:18:26:13:17 chr11 6630028 . TCCCCCAT TCCCCAT,TCCCCATC 1112.67 PASS AF=1,0;AO=85,4;DP=100;FAO=99,0;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55,0;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145677,0.0921577;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=15.6415,4.47479;QD=44.9563;RBI=0.0532229,0.104978;REFB=-0.0138003,-0.0893108;REVB=0.0511904,-0.0502732;RO=2;SAF=44,0;SAR=41,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.650794,0;SSSB=-0.0210442,-0.767801;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00329231,0.0242179;OID=.,.;OPOS=6630029,6630033;OREF=C,CAT;OALT=-,ATC;OMAPALT=TCCCCAT,TCCCCATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:85,4:100:99,0:99:0:55,0:44,0:0:0:5:2:44,0:41,4:2:0 chr11 6631016 . C T 346.66 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0710025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9806;QD=12.6058;RBI=0.0736618;REFB=-0.0153715;REVB=-0.019614;RO=58;SAF=20;SAR=22;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599219;STB=0.577914;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.047285;OID=.;OPOS=6631016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:68:42:42:0.381818:22:20:31:27:22:20:41:27 chr11 6632450 . C T 340.47 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00527539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.671;QD=18.1585;RBI=0.0131598;REFB=0.00279325;REVB=-0.0120561;RO=37;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630875;STB=0.535694;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00668593;OID=.;OPOS=6632450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:39:36:36:0.48:20:16:19:18:20:16:20:19 chr11 6634149 . C T 406.86 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0144621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.937;QD=15.9555;RBI=0.0149897;REFB=0.00411704;REVB=0.00394188;RO=57;SAF=20;SAR=25;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236908;STB=0.513268;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00432427;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:25:20:24:33:25:20:24:33 chr11 6634189 . G A 401.37 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0232913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.405;QD=16.3826;RBI=0.026464;REFB=-0.00722163;REVB=-0.0125643;RO=56;SAF=19;SAR=23;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429304;STB=0.524127;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0136982;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:23:19:23:33:23:19:23:33 chr11 6638506 . A T 283.6 PASS AF=0.35;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0067433;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.079;QD=11.344;RBI=0.00674348;REFB=-0.0112134;REVB=-4.87246e-05;RO=58;SAF=12;SAR=23;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300317;STB=0.674845;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.029895;OID=.;OPOS=6638506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:58:65:35:35:0.35:23:12:36:22:23:12:40:25 chr11 6655433 . G A 454.35 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00580621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.271;QD=17.4748;RBI=0.0311638;REFB=-0.0209911;REVB=0.0306182;RO=55;SAF=25;SAR=24;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508771;STB=0.52829;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0107995;OID=.;OPOS=6655433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:24:25:31:24:24:25:31:24 chr11 6789294 . G C 1824.69 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.615;QD=61.3343;RBI=0.014362;REFB=0;REVB=0.00811288;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32247e-06;OID=.;OPOS=6789294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:119:0:0:113:119:1:63:50:0:0:66:53:0:0 chr11 6790028 . C G 1601.2 PASS AF=0.948718;AO=111;DP=117;FAO=111;FDP=117;FR=.;FRO=6;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0159033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6041;QD=54.7418;RBI=0.0545871;REFB=-0.0369779;REVB=-0.0522191;RO=5;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442962;STB=0.519236;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00909474;OID=.;OPOS=6790028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:117:117:5:6:111:111:0.948718:51:60:0:5:51:60:1:5 chr11 6790106 . T C 2121.51 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2556;QD=62.8594;RBI=0.0293785;REFB=0;REVB=0.0269172;RO=0;SAF=67;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163057;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:68:67:0:0:68:67:0:0 chr11 6807243 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=-0.0233767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.833;QD=13.4559;RBI=0.0241778;REFB=-0.00991318;REVB=-0.00617239;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435315;STB=0.741657;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0122651;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:0:15:8:3:0:15 chr11 6816778 . A G 565.23 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.807;QD=59.4973;RBI=0.0334793;REFB=0;REVB=-0.0169091;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382829;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:24:13:0:0:24:14:0:0 chr11 6816875 . G A 792.19 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.588;QD=55.5921;RBI=0.00594414;REFB=-0.0564275;REVB=0.00558229;RO=1;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012575;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390686;OID=.;OPOS=6816875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:1:0:56:57:1:37:19:0:1:38:19:0:0 chr11 6867894 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.93;QD=49.5992;RBI=0.0742257;REFB=0;REVB=0.0359965;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108576;OID=.;OPOS=6867894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:13:5:0:0 chr11 6891704 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.991;QD=57.8845;RBI=0.0295953;REFB=0;REVB=0.00412254;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010977;OID=.;OPOS=6891704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr11 6898663 . G A 301.51 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.362;QD=52.4367;RBI=0.0519895;REFB=0;REVB=0.0301844;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853746;OID=.;OPOS=6898663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:11:12:0:0 chr11 6913244 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.945;QD=61.6828;RBI=0.0414725;REFB=0;REVB=-0.0311834;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06456e-05;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr11 6942476 . C A 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0314833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9191;QD=26.3383;RBI=0.0501143;REFB=-0.00391698;REVB=-0.0389903;RO=15;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559846;STB=0.531008;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0017425;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:12:11:6:9:12:11:6:9 chr11 6942628 . A C 396.11 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00560521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.377;QD=20.3132;RBI=0.006953;REFB=-0.0133765;REVB=-0.00411411;RO=38;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450927;STB=0.524987;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00841841;OID=.;OPOS=6942628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:19:21:18:20:19:21:18:20 chr11 6942726 . G C 437.66 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0712758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.7247;QD=19.6699;RBI=0.0798772;REFB=-0.0149097;REVB=0.0360572;RO=44;SAF=20;SAR=23;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114173;STB=0.573138;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0139352;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:44:45:43:44:0.494382:23:20:26:18:24:20:27:18 chr11 6942952 . T C 517.28 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0194247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.884;QD=25.2331;RBI=0.0236815;REFB=-0.0145957;REVB=0.0135461;RO=34;SAF=24;SAR=24;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668843;STB=0.53657;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0108367;OID=.;OPOS=6942952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:24:24:20:14:24:24:20:14 chr11 6943254 . C T 91.65 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0206465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.465;QD=8.72833;RBI=0.0448441;REFB=-0.0229286;REVB=-0.0398085;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599727;STB=0.52377;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0494596;OID=.;OPOS=6943254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:29:30:12:12:0.285714:6:6:13:16:6:6:14:16 chr11 6976988 . A T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.805;QD=63.8719;RBI=0.00915733;REFB=0;REVB=0.000246402;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08549e-05;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr11 7022038 . A G 334.17 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00738025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4497;QD=12.8529;RBI=0.0074219;REFB=-0.00693252;REVB=0.000785235;RO=63;SAF=24;SAR=16;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836342;STB=0.552914;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0109833;OID=.;OPOS=7022038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:63:64:40:40:0.384615:16:24:33:30:16:24:33:31 chr11 7022160 . A G 1495.52 PASS AF=1;AO=78;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.193;QD=63.6393;RBI=0.0603489;REFB=0;REVB=0.0448527;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172786;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:78:94:1:39:39:0:0:53:41:0:0 chr11 7022531 . A C,T 952.84 PASS AF=0.492537,0.507463;AO=33,34;DP=67;FAO=33,34;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21,14;FSAR=12,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222487,0.0205625;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.241,147.409;QD=56.8858;RBI=0.0223374,0.0232603;REFB=0,0;REVB=0.00198956,0.0108732;RO=0;SAF=21,14;SAR=12,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.48532e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000892987,0.000529826;OID=.,.;OPOS=7022531,7022531;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:67:67:0:0:33,34:33,34:0.492537,0.507463:12,20:21,14:0:0:12,20:21,14:0:0 chr11 7022717 . T C 416.12 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00508748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.133;QD=22.1933;RBI=0.01674;REFB=-0.0168663;REVB=0.0159482;RO=32;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345975;STB=0.518846;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0118075;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:34:41:41:0.546667:20:21:15:17:20:21:16:18 chr11 7059960 . A C 888.47 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122231;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.27;QD=58.26;RBI=0.0188618;REFB=0;REVB=0.0143653;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05037e-05;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr11 7060092 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0147214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.836;QD=16.417;RBI=0.0169079;REFB=-0.0299707;REVB=-0.00831617;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180327;STB=0.603627;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0372322;OID=.;OPOS=7060092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:10:6:8:6:10:6 chr11 7063755 . C T 1911.8 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00849483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.04;QD=61.671;RBI=0.0165611;REFB=0;REVB=0.0142164;RO=0;SAF=54;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01584e-05;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:124:0:0:121:124:1:67:54:0:0:69:55:0:0 chr11 7071031 . G A 1272.2 PASS AF=0.965909;AO=81;DP=84;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.042732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2651;QD=57.8273;RBI=0.0458628;REFB=-0.165349;REVB=-0.0166545;RO=2;SAF=35;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262866;STB=0.518514;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0128052;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:84:88:2:3:81:85:0.965909:46:35:2:0:46:39:3:0 chr11 7079038 . G A 582.47 PASS AF=0.420382;AO=66;DP=158;FAO=66;FDP=157;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=0.0200217;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.515;QD=14.8399;RBI=0.0248693;REFB=-0.000318092;REVB=-0.0147518;RO=90;SAF=28;SAR=38;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957014;STB=0.509059;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.000601717;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:90:91:66:66:0.420382:38:28:39:51:38:28:40:51 chr11 7273437 . C T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0399617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.883;QD=23.0875;RBI=0.0534095;REFB=-0.0244679;REVB=-0.035435;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536082;STB=0.529927;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.017542;OID=.;OPOS=7273437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:12:10:7:11:12:10:7:11 chr11 7324475 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0859547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.194;QD=57.5447;RBI=0.0868279;REFB=0;REVB=0.0122833;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164594;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr11 7439264 . C T 432.04 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0286846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3045;QD=20.3314;RBI=0.0317262;REFB=0.00282508;REVB=0.0135551;RO=42;SAF=19;SAR=24;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120285;STB=0.506664;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.00310895;OID=.;OPOS=7439264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:24:19:18:24:24:19:18:24 chr11 7488872 . C T 1861.04 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7171;QD=61.0176;RBI=0.0326463;REFB=0;REVB=0.0312142;RO=0;SAF=47;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160168;OID=.;OPOS=7488872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:120:122:1:73:47:0:0:74:48:0:0 chr11 7488927 . A C 1998.61 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762649;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.842;QD=62.4567;RBI=0.105791;REFB=0;REVB=0.0733172;RO=0;SAF=47;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428233;OID=.;OPOS=7488927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:81:47:0:0:81:47:0:0 chr11 7489819 . A C 590.4 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.298;QD=59.0399;RBI=0.0668722;REFB=-0.0635957;REVB=0.0507889;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00335767;OID=.;OPOS=7489819;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:1:0:39:40:1:22:17:0:1:23:17:0:0 chr11 7619518 . T C 1861.57 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00633275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.381;QD=60.539;RBI=0.0518072;REFB=-0.154097;REVB=0.0514187;RO=0;SAF=42;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000235442;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:0:1:122:122:0.99187:80:42:0:0:80:42:0:1 chr11 7662732 . C T 112.33 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0233969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8287;QD=7.74682;RBI=0.0409258;REFB=0.00360072;REVB=-0.0335783;RO=42;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283901;STB=0.51722;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0187045;OID=.;OPOS=7662732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:8:8:20:22:8:8:20:22 chr11 7670440 . A G 1421.03 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124667;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.49;QD=63.157;RBI=0.0236464;REFB=0;REVB=0.0200931;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54187e-05;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:54:36:0:0:54:36:0:0 chr11 7673015 . G A 802.77 PASS AF=0.571429;AO=67;DP=124;FAO=76;FDP=133;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00948933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.926;QD=24.1434;RBI=0.0162721;REFB=-0.0241422;REVB=0.0132186;RO=57;SAF=27;SAR=40;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607657;STB=0.505668;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0187812;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:133:57:57:67:76:0.571429:40:27:27:30:41:35:27:30 chr11 7686602 . G GTGTT,T 94.27 PASS AF=0.22449,0.0408163;AO=11,2;DP=49;FAO=11,2;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=7,2;FSAR=4,0;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00501084,0.0391129;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=4,1;MLLD=251.506,66.8798;QD=7.69553;RBI=0.0291663,0.0468263;REFB=-6.64771e-05,0.0307015;REVB=-0.0287326,0.0257465;RO=35;SAF=7,2;SAR=4,0;SRF=24;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0661221,0.365577;STB=0.54927,0.992979;STBP=0.748,0.339;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00252145,-0.0391881;OID=.,.;OPOS=7686603,7686602;OREF=-,G;OALT=TGTT,T;OMAPALT=GTGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:49:49:35:36:11,2:11,2:0.22449,0.0408163:4,0:7,2:24:11:4,0:7,2:25:11 chr11 7686674 . T C 339.67 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0108375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3753;QD=15.4396;RBI=0.0109373;REFB=-0.012627;REVB=-0.00147443;RO=50;SAF=17;SAR=20;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142396;STB=0.58532;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0252083;OID=.;OPOS=7686674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:51:37:37:0.420455:20:17:30:20:20:17:31:20 chr11 7687146 . G A 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0184243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.215;QD=13.4956;RBI=0.0194143;REFB=3.39728e-05;REVB=-0.00612044;RO=44;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539794;STB=0.530785;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-1.3059e-05;OID=.;OPOS=7687146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:15:14:19:25:15:14:19:25 chr11 7687715 . T C 541.94 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.001563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.472;QD=20.8437;RBI=0.0174117;REFB=-0.0289707;REVB=0.0173414;RO=49;SAF=21;SAR=34;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263959;STB=0.644998;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0139459;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:34:21:34:15:34:21:34:15 chr11 7710877 . C T 300.22 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0178712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.16;QD=16.679;RBI=0.0277482;REFB=-0.0209915;REVB=0.0212269;RO=39;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552055;STB=0.537705;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0170051;OID=.;OPOS=7710877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:39:32:33:0.458333:13:19:21:18:13:20:21:18 chr11 7711207 . T C 456.63 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0047872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.314;QD=20.5225;RBI=0.00878044;REFB=-0.0280323;REVB=0.00736062;RO=44;SAF=25;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295491;STB=0.516365;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0336911;OID=.;OPOS=7711207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:20:25:23:21:20:25:23:21 chr11 7712471 . C T 293.58 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00537006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.757;QD=14.8649;RBI=0.00991107;REFB=-0.00439357;REVB=0.00833017;RO=45;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640944;STB=0.529213;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00719818;OID=.;OPOS=7712471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:46:33:33:0.417722:17:16:19:26:17:16:20:26 chr11 7712523 . G A 322.14 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00790548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.969;QD=19.232;RBI=0.00811925;REFB=-0.0064306;REVB=0.00185081;RO=32;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158712;STB=0.595391;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00873761;OID=.;OPOS=7712523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:34:34:0.507463:20:14:19:13:20:14:20:13 chr11 7712561 . T A 238.27 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0327094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6368;QD=16.1539;RBI=0.0415914;REFB=-0.00491397;REVB=0.0256893;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17218;STB=0.596944;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00698574;OID=.;OPOS=7712561;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:20:12:15:12:20:12 chr11 7716855 . T A 2675.55 PASS AF=0.988701;AO=175;DP=177;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0408254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1413;QD=60.4644;RBI=0.0411514;REFB=-0.0412632;REVB=-0.00516944;RO=1;SAF=123;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385469;STB=0.504032;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00231605;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:177:177:1:2:175:175:0.988701:52:123:1:0:52:123:2:0 chr11 7717219 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227962;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=341.838;QD=33.4285;RBI=0.0797501;REFB=0;REVB=0.0797175;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678066;OID=.;OPOS=7717219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 7721870 . G A 2764.66 PASS AF=0.983871;AO=182;DP=186;FAO=183;FDP=186;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=98;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0982867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2796;QD=59.455;RBI=0.116337;REFB=-0.0261715;REVB=0.0622421;RO=3;SAF=85;SAR=97;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00414618;STB=0.503276;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00284292;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:186:186:3:3:182:183:0.983871:97:85:1:2:98:85:2:1 chr11 7727886 . C T 358.37 PASS AF=0.402062;AO=38;DP=98;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0188096;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.656;QD=14.7783;RBI=0.0240868;REFB=-0.00515947;REVB=-0.0150456;RO=59;SAF=27;SAR=11;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266145;STB=0.660217;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0163203;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:59:58:38:39:0.402062:11:27:28:31:11:28:27:31 chr11 7847208 . T C 309.49 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0241752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.001;QD=16.0771;RBI=0.047705;REFB=-0.000961806;REVB=-0.0411258;RO=42;SAF=23;SAR=11;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109462;STB=0.501307;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.000918815;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:11:23:28:14:11:23:29:14 chr11 7847466 . A G 44.65 PASS AF=0.184211;AO=6;DP=37;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0197167;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.721;QD=4.7002;RBI=0.0201202;REFB=-0.00572863;REVB=0.00400902;RO=31;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313816;STB=0.592941;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0285568;OID=.;OPOS=7847466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:37:38:31:31:6:7:0.184211:5:1:12:19:5:2:12:19 chr11 7847472 . C T 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00356598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.814;QD=5.21415;RBI=0.0264557;REFB=-0.00772614;REVB=-0.0262143;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154395;STB=0.510179;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0202133;OID=.;OPOS=7847472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:5:3:12:19:5:3:12:19 chr11 7871011 . A G 306.68 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0158013;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.089;QD=12.6466;RBI=0.0180056;REFB=-0.0103918;REVB=0.00863259;RO=54;SAF=15;SAR=21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069429;STB=0.52713;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0263657;OID=.;OPOS=7871011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:54:61:36:36:0.371134:21:15:26:28:21:15:28:33 chr11 7949350 . A G 670.36 PASS AF=0.462585;AO=67;DP=147;FAO=68;FDP=147;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.00525841;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.643;QD=18.2411;RBI=0.0154477;REFB=-0.00185794;REVB=0.0145251;RO=80;SAF=24;SAR=43;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946059;STB=0.558358;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00215021;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:80:79:67:68:0.462585:43:24:36:44:44:24:36:43 chr11 7950024 . A G 117.38 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0509744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6485;QD=12.0388;RBI=0.0587765;REFB=-0.00267222;REVB=-0.0292623;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164728;STB=0.608543;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0041836;OID=.;OPOS=7950024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:25:14:14:0.358974:6:8:10:14:6:8:10:15 chr11 7961130 . C T 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.000328277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.645;QD=25.2545;RBI=0.0101358;REFB=-0.00453984;REVB=0.0101305;RO=11;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2705;STB=0.650993;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00217614;OID=.;OPOS=7961130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:12:6:8:3:12:6:8:3 chr11 8014479 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.276;QD=51.9166;RBI=0.0186619;REFB=0;REVB=0.0158839;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258991;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr11 8115699 . T C 326.26 PASS AF=0.37069;AO=40;DP=115;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.108371;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.857;QD=11.2504;RBI=0.10956;REFB=-0.0232462;REVB=-0.0160974;RO=70;SAF=18;SAR=22;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105842;STB=0.569537;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0492426;OID=.;OPOS=8115699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:70:73:40:43:0.37069:22:18:25:45:23:20:26:47 chr11 8123499 . G A 1134.86 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.341;QD=60.5259;RBI=0.0246268;REFB=0;REVB=0.0186043;RO=0;SAF=51;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92754e-05;OID=.;OPOS=8123499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:73:75:1:22:51:0:0:24:51:0:0 chr11 8127495 . T C 1490.03 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7702;QD=63.4055;RBI=0.029529;REFB=0;REVB=-0.0291857;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016239;OID=.;OPOS=8127495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr11 8251921 . G C 358.68 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0387247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.078;QD=13.6641;RBI=0.0399247;REFB=-0.0174003;REVB=0.00971491;RO=63;SAF=21;SAR=21;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252203;STB=0.514279;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0286908;OID=.;OPOS=8251921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:21:21:30:33:21:21:30:33 chr11 8486310 . C A 404.58 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.000369459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.486;QD=17.0348;RBI=0.0230622;REFB=-0.0345088;REVB=0.0230592;RO=53;SAF=26;SAR=16;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130507;STB=0.573298;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0305794;OID=.;OPOS=8486310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:16:26:26:27:16:26:26:27 chr11 8662516 . T C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00366247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3835;QD=20.893;RBI=0.0147831;REFB=-0.0793187;REVB=-0.0143223;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0516471;OID=.;OPOS=8662516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:3:3:5:5:3:3 chr11 8669609 . CAAAAC CAAAC,CAAACA 48.92 PASS AF=0.145455,0.0909091;AO=19,6;DP=57;FAO=8,5;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=3,5;FSAR=5,0;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.196351,-0.0466767;FXX=0.0350816;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.5561,124.131;QD=3.55815;RBI=0.197492,0.0510926;REFB=-0.145188,-0.0145106;REVB=-0.0211954,-0.0207784;RO=28;SAF=11,6;SAR=8,0;SRF=11;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.190523,0.720288;STB=0.624688,0.99771;STBP=0.498,0.019;TYPE=del,mnp;VARB=0.13354,0.0355571;OID=.,.;OPOS=8669610,8669613;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=CAAAC,CAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.145455,0.0909091:19,6:57:8,5:55:42:3,5:5,0:22:20:23:28:11,6:8,0:11:17 chr11 8693405 . G A 661.11 PASS AF=0.607843;AO=62;DP=101;FAO=62;FDP=102;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00448467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.82;QD=25.926;RBI=0.0223715;REFB=-0.0213609;REVB=-0.0219174;RO=39;SAF=22;SAR=40;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320477;STB=0.502074;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.015294;OID=.;OPOS=8693405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:39:40:62:62:0.607843:40:22:14:25:40:22:14:26 chr11 8751889 . C G 75.78 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00994462;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.622;QD=9.77757;RBI=0.0667378;REFB=-0.000713501;REVB=0.0659927;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144092;STB=0.595545;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00193653;OID=.;OPOS=8751889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:31:31:19:21:10:10:0.322581:7:3:8:11:7:3:9:12 chr11 8788168 . A T 900.47 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.236;QD=58.0946;RBI=0.0254987;REFB=0;REVB=-0.00977605;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141353;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:32:30:0:0 chr11 8788224 . CA C,CC 885.87 PASS AF=0.016129,0.983871;AO=9,53;DP=62;FAO=1,61;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414198,0.0354951;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.961,230.82;QD=57.1526;RBI=0.0429883,0.0370953;REFB=0,0;REVB=0.0115064,0.0107777;RO=0;SAF=5,24;SAR=4,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0240237,0.00482022;OID=.,.;OPOS=8788225,8788225;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.016129,0.983871:9,53:62:1,61:62:0:0,29:1,32:0:0:7:0:5,24:4,29:0:0 chr11 8942999 . G A 2201.66 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.593;QD=62.9045;RBI=0.0335547;REFB=0;REVB=0.0186489;RO=0;SAF=57;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117086;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:140:0:0:134:140:1:77:57:0:0:79:61:0:0 chr11 8947021 . A G 502.84 PASS AF=1;AO=24;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.228341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7238;QD=59.1575;RBI=0.22872;REFB=0;REVB=-0.013171;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00410425;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:24:34:1:17:7:0:0:17:17:0:0 chr11 8947283 . G C 1198.72 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0244006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0459;QD=58.4739;RBI=0.112295;REFB=-0.155309;REVB=0.109612;RO=1;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119854;STB=0.512497;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00535285;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:82:82:1:2:80:80:0.97561:39:41:0:1:39:41:0:2 chr11 8947586 . C G 83.39 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00694315;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.537;QD=10.424;RBI=0.0192348;REFB=-0.00809579;REVB=-0.0179379;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489507;STB=0.5998;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0133048;OID=.;OPOS=8947586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:30:32:19:21:11:11:0.34375:9:2:4:15:9:2:6:15 chr11 8948680 . A T 923.3 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.271;QD=56.8185;RBI=0.0315623;REFB=0.0315637;REVB=-0.00666889;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129402;STB=0.506847;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000405167;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:36:28:0:1:36:28:0:1 chr11 8959511 . T G 629.31 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0166148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.024;QD=45.768;RBI=0.0167308;REFB=-0.120803;REVB=-0.00196655;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555533;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00248241;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:0:6:49:49:0.890909:24:25:0:0:24:25:0:6 chr11 8959545 . C A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1248;QD=58.419;RBI=0.0747503;REFB=0;REVB=-0.069255;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259035;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr11 8968878 . GAGGACAT G 92.25 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106264;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=7;MLLD=280.99;QD=40.9981;RBI=0.0265607;REFB=0;REVB=0.0243424;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000135791;OID=.;OPOS=8968879;OREF=AGGACAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:10:9:9:0:4:5:0:0:4:0:4:4:0:0 chr11 8969309 . T C 141.7 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0258253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4177;QD=13.824;RBI=0.0268054;REFB=-0.0136305;REVB=0.00718196;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107476;STB=0.550395;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0233167;OID=.;OPOS=8969309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:9:7:13:11:9:7:13:12 chr11 8977830 . A G 217.16 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00647645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.877;QD=16.7047;RBI=0.00655837;REFB=0.0016563;REVB=-0.00103336;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116233;STB=0.506573;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00173147;OID=.;OPOS=8977830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:10:14:16:12:10:14:16:12 chr11 9005036 . T A 1507.58 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.732;QD=63.4772;RBI=0.0161423;REFB=0;REVB=-0.00588428;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51546e-06;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:43:51:0:0:44:51:0:0 chr11 9052423 . A C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.758;QD=58.9625;RBI=0.128316;REFB=0;REVB=0.0328707;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208692;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr11 9225486 . C G 349.87 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.00570383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.814;QD=15.2117;RBI=0.02186;REFB=-0.0163471;REVB=-0.0211027;RO=54;SAF=15;SAR=23;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471593;STB=0.526621;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0264759;OID=.;OPOS=9225486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:23:15:19:35:23:15:19:35 chr11 9228785 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.555;QD=54.5176;RBI=0.0735859;REFB=0;REVB=-0.0211124;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108934;OID=.;OPOS=9228785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr11 9316937 . G A 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000132515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.906;QD=58.2371;RBI=0.0354815;REFB=0;REVB=0.0354812;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165634;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chr11 9406349 . T C 1854.64 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.06;QD=60.808;RBI=0.0471085;REFB=0;REVB=0.0255332;RO=0;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24306e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:68:52:0:0:69:53:0:0 chr11 9450377 . T G 543.37 PASS AF=0.53125;AO=48;DP=95;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00645832;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.508;QD=22.6402;RBI=0.00750037;REFB=-0.0118136;REVB=0.00381388;RO=33;SAF=22;SAR=26;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109777;STB=0.550103;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00855302;OID=.;OPOS=9450377;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:33:45:48:51:0.53125:26:22:20:13:27:24:26:19 chr11 9537904 . G C 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0620611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.845;QD=61.6804;RBI=0.0638158;REFB=0;REVB=0.0148621;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109223;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr11 9602477 . A G 322.24 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0191882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.673;QD=28.0209;RBI=0.0226383;REFB=-0.00952756;REVB=-0.0120127;RO=17;SAF=20;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185874;STB=0.594335;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00496778;OID=.;OPOS=9602477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:28:28:0.608696:8:20:8:9:8:20:9:9 chr11 9607032 . A G 2109.79 PASS AF=0.985507;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0832091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6453;QD=61.1535;RBI=0.0849523;REFB=0.0405038;REVB=-0.017121;RO=1;SAF=59;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798889;STB=0.500976;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00321705;OID=.;OPOS=9607032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:138:1:2:135:136:0.985507:76:59:1:0:77:59:1:1 chr11 9769483 . C T 290.04 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.016932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4115;QD=16.5736;RBI=0.054269;REFB=-0.0121388;REVB=-0.05156;RO=38;SAF=11;SAR=21;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277875;STB=0.656152;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0153674;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:21:11:24:14:21:11:24:14 chr11 9771886 . TCAAAA T 74.91 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0118684;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=217.992;QD=9.666;RBI=0.0224784;REFB=-0.0156601;REVB=0.0190897;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222514;STB=0.619503;STBP=0.436;TYPE=del;VARB=0.0219637;OID=.;OPOS=9771887;OREF=CAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:10:25:10:31:21:6:4:16:5:74:7:6:4:2:5 chr11 9800601 . G A 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0078164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.459;QD=15.8127;RBI=0.0131761;REFB=-0.0105027;REVB=-0.0106072;RO=44;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142783;STB=0.580597;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0159086;OID=.;OPOS=9800601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:13:21:21:23:13:21:21:23 chr11 9800821 . T C 156.1 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=5.60386e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1558;QD=9.46086;RBI=0.0120972;REFB=-0.00911485;REVB=0.0120971;RO=45;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152213;STB=0.589957;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0229698;OID=.;OPOS=9800821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:13:8:23:22:13:8:23:22 chr11 10533952 . T C 715.47 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213027;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.137;QD=57.2378;RBI=0.0753377;REFB=0;REVB=0.0722631;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042398;OID=.;OPOS=10533952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr11 10580793 . G T 357.23 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0349813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.966;QD=16.8108;RBI=0.0368938;REFB=-0.0190191;REVB=-0.0117244;RO=47;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057314;STB=0.532161;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0310909;OID=.;OPOS=10580793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:18:20:22:25:18:20:22:25 chr11 10655609 . C T 1381.41 PASS AF=0.988889;AO=78;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4812;QD=61.3959;RBI=0.0556079;REFB=-0.0445025;REVB=-0.0419781;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000377694;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:78:89:0.988889:38:40:0:0:49:40:0:1 chr11 10655623 . C T 551.28 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0135411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.668;QD=26.8915;RBI=0.0143544;REFB=0.00368782;REVB=-0.00476326;RO=32;SAF=23;SAR=27;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107425;STB=0.558451;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0028296;OID=.;OPOS=10655623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:32:32:50:50:0.609756:27:23:10:22:27:23:10:22 chr11 10673739 . T C,G 3827.26 PASS AF=0.927126,0.0728745;AO=227,20;DP=247;FAO=229,18;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=92,18;FSAR=137,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378078,-0.0164496;FXX=0.0040321;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.065,79.3808;QD=61.9799;RBI=0.007788,0.037366;REFB=-0.167966,-0.102324;REVB=0.00680872,-0.0335503;RO=0;SAF=90,20;SAR=137,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.8751e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000711938,0.0398778;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:247:247:0:0:227,20:229,18:0.927126,0.0728745:137,0:90,20:0:0:137,0:92,18:0:0 chr11 10715124 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.032;QD=58.2396;RBI=0.0492583;REFB=0;REVB=0.0447505;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25209e-05;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr11 10786142 . C T 1514.81 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00970938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2242;QD=62.4663;RBI=0.0100297;REFB=0.000719981;REVB=0.00251453;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=7.70412e-05;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:95:96:0.989691:59:36:0:0:59:37:1:0 chr11 10822350 . C T 3184.59 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.233;QD=61.8366;RBI=0.00992587;REFB=0;REVB=0.00981474;RO=0;SAF=94;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63344e-06;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:206:0:0:206:206:1:112:94:0:0:112:94:0:0 chr11 10823079 . T C 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00352682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.744;QD=18.9486;RBI=0.0241043;REFB=-0.0169898;REVB=0.0238449;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114049;STB=0.563592;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0157544;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:14:14:10:17:14:14:10:17 chr11 10828361 . C A 332.9 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0664573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0311;QD=14.0167;RBI=0.0667497;REFB=-0.00240895;REVB=0.0062413;RO=58;SAF=19;SAR=18;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00400124;STB=0.502277;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00507709;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:18:19:30:28:18:19:30:28 chr11 11292700 . G C 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.266;QD=60.5456;RBI=0.0340051;REFB=0;REVB=0.0313903;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54299e-05;OID=.;OPOS=11292700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:49:63:0:0:49:63:0:0 chr11 11354346 . T C 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0109689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.47;QD=12.7849;RBI=0.0111096;REFB=-0.0128568;REVB=-0.00176235;RO=43;SAF=18;SAR=9;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185229;STB=0.51063;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0242536;OID=.;OPOS=11354346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:9:18:28:15:9:18:28:15 chr11 11373508 . T C,G 638.26 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225795,-0.0125538;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.0554,187.926;QD=60.7866;RBI=0.015293,0.0128305;REFB=0,0;REVB=0.0151254,-0.00265051;RO=0;SAF=21,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.17587e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0029875,0.0472352;OID=.,.;OPOS=11373508,11373508;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:19,2:21,0:0:0:19,2:21,0:0:0 chr11 11373587 . A G 1541.9 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.735;QD=59.3039;RBI=0.0384247;REFB=0;REVB=0.0160081;RO=0;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38611e-05;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:104:0:0:100:104:1:62:38:0:0:64:40:0:0 chr11 11373635 . C T 2046.07 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4233;QD=62.4754;RBI=0.0369106;REFB=0;REVB=-0.0153293;RO=0;SAF=55;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5402e-05;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:76:55:0:0:76:55:0:0 chr11 11373808 . T G 1513.29 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.564;QD=59.9324;RBI=0.0316684;REFB=0;REVB=-0.0246486;RO=0;SAF=37;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83781e-06;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:64:37:0:0:64:37:0:0 chr11 11373925 . A C 1685.2 PASS AF=0.974359;AO=112;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0279844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1389;QD=57.6136;RBI=0.0280612;REFB=-0.0396765;REVB=0.00207534;RO=5;SAF=57;SAR=55;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236059;STB=0.503829;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000317337;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:5:3:112:114:0.974359:55:57:4:1:55:59:2:1 chr11 11373960 . C T 1896.4 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.262;QD=61.6716;RBI=0.00698738;REFB=0;REVB=0.00148085;RO=0;SAF=69;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35103e-05;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:54:69:0:0:54:69:0:0 chr11 11374016 . T A 2046.06 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.885;QD=62.4751;RBI=0.042817;REFB=0;REVB=-0.0239659;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43802e-06;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:64:67:0:0:64:67:0:0 chr11 11374269 . A G 893.57 PASS AF=0.486486;AO=90;DP=185;FAO=90;FDP=185;FR=.;FRO=95;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.0521118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.211;QD=19.3205;RBI=0.0523913;REFB=-0.0100454;REVB=-0.00540423;RO=94;SAF=52;SAR=38;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925737;STB=0.553849;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.01425;OID=.;OPOS=11374269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:94:95:90:90:0.486486:38:52:45:49:38:52:45:50 chr11 11374283 . T G 3062.58 PASS AF=0.989796;AO=192;DP=196;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0258102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.061;QD=62.5017;RBI=0.025832;REFB=-0.0183591;REVB=-0.00106281;RO=1;SAF=95;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488428;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163575;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:196:1:2:192:194:0.989796:97:95:0:1:97:97:1:1 chr11 11913585 . G T 1189.44 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0131031;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=325.767;QD=57.3226;RBI=0.0181916;REFB=0.0265682;REVB=-0.0126192;RO=3;SAF=34;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00641876;STB=0.503392;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.000489002;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:3:3:80:80:0.963855:46:34:1:2:46:34:1:2 chr11 11976628 . G A 2314.93 PASS AF=0.993197;AO=145;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0427336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6065;QD=62.9913;RBI=0.0525835;REFB=0.0235893;REVB=-0.0306408;RO=2;SAF=62;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00191317;STB=0.503999;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.000146073;OID=.;OPOS=11976628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:2:1:145:146:0.993197:83:62:1:1:84:62:1:0 chr11 11977573 . T C 961.81 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0376577;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4945;QD=57.4218;RBI=0.0480488;REFB=-0.0890994;REVB=0.0298426;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145365;STB=0.50769;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00794735;OID=.;OPOS=11977573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:32:34:0:1:32:34:0:1 chr11 11978815 . T TGA 1734.35 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112323;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=2;MLLD=292.433;QD=60.8545;RBI=0.0338688;REFB=0;REVB=0.031952;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.26788e-05;OID=.;OPOS=11978816;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:115:114:114:0:61:53:0:0:9:0:61:53:0:0 chr11 11986061 . T C 1171.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.84;QD=60.8676;RBI=0.0521828;REFB=0;REVB=-0.00912374;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12256e-05;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:35:38:0:0:36:41:0:0 chr11 12225945 . GT G,GG 1704.03 PASS AF=0.182609,0.817391;AO=32,83;DP=116;FAO=21,94;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=0,44;FSAR=21,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392343,0.0404052;FXX=0.0170926;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=283.665,298.666;QD=59.2705;RBI=0.0539106,0.0521952;REFB=0,0;REVB=0.0369732,0.0330418;RO=0;SAF=5,39;SAR=27,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.03564e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000164352,0.00240717;OID=.,.;OPOS=12225946,12225946;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.182609,0.817391:32,83:116:21,94:115:0:0,44:21,50:0:0:52:0:5,39:27,44:0:0 chr11 12229655 . T G 521.6 PASS AF=0.386667;AO=58;DP=150;FAO=58;FDP=150;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=34;FWDB=-0.0192729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.892;QD=13.9092;RBI=0.0200204;REFB=-0.0222498;REVB=0.00541961;RO=92;SAF=23;SAR=35;SRF=58;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250053;STB=0.641065;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0310638;OID=.;OPOS=12229655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:92:92:58:58:0.386667:35:23:58:34:35:23:58:34 chr11 12246233 . G C 1633.5 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0216891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4523;QD=56.8175;RBI=0.0389139;REFB=0.0385431;REVB=-0.032309;RO=3;SAF=71;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196368;STB=0.510343;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00808004;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:3:3:112:112:0.973913:41:71:3:0:41:71:3:0 chr11 12265542 . A G 381.61 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0305139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.094;QD=17.3457;RBI=0.0310323;REFB=-0.0186915;REVB=0.00564858;RO=48;SAF=23;SAR=16;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00650378;STB=0.509429;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0107788;OID=.;OPOS=12265542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:48:39:40:0.454545:16:23:28:20:16:24:28:20 chr11 12281339 . C T 337.91 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.00541202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.132;QD=17.5538;RBI=0.0484132;REFB=-0.0226282;REVB=-0.0481097;RO=41;SAF=20;SAR=16;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149583;STB=0.583289;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0179333;OID=.;OPOS=12281339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:16:20:29:12:16:20:29:12 chr11 12285090 . C T 311.6 PASS AF=0.507692;AO=31;DP=63;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0111215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.493;QD=19.1751;RBI=0.0126133;REFB=-0.0257506;REVB=0.00595043;RO=31;SAF=27;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35329;STB=0.681874;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0238696;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:31:32:31:33:0.507692:4:27:19:12:5:28:19:13 chr11 12315186 . G A 1517.12 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254863;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.678;QD=63.8787;RBI=0.0495616;REFB=0;REVB=-0.0425064;RO=0;SAF=26;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74541e-06;OID=.;OPOS=12315186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:95:95:1:69:26:0:0:69:26:0:0 chr11 12315407 . G C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6929;QD=58.5864;RBI=0.0930632;REFB=0;REVB=0.0906425;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122226;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr11 12315716 . C T 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.086814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.817;QD=40.6363;RBI=0.0868483;REFB=-0.0193996;REVB=-0.0024421;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698108;STB=0.538406;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000923984;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:8:6:1:0:8:6:1:0 chr11 12315848 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2137;QD=45.8068;RBI=0.029775;REFB=0;REVB=0.0215681;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105581;OID=.;OPOS=12315848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr11 12315891 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.479;QD=53.9106;RBI=0.0160906;REFB=0;REVB=-0.00573368;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30679e-05;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr11 12315915 . A G 339.61 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.443;QD=54.3372;RBI=0.0282256;REFB=0;REVB=-0.0195495;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21916e-06;OID=.;OPOS=12315915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:5:19:0:0:5:20:0:0 chr11 12534707 . G A 145.18 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0312526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.148;QD=8.79878;RBI=0.0370133;REFB=-0.0267812;REVB=-0.0198307;RO=45;SAF=14;SAR=6;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102083;STB=0.555115;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0647577;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:45:46:20:20:0.30303:6:14:28:17:6:14:29:17 chr11 12903443 . C T 738.58 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.67;QD=62.8575;RBI=0.0366839;REFB=0;REVB=0.0260504;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179916;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:21:26:0:0 chr11 13398129 . T A 1521.0 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.093;QD=59.6469;RBI=0.0515239;REFB=0;REVB=0.0512624;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64604e-05;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:102:0:0:97:102:1:48:49:0:0:52:50:0:0 chr11 13929046 . T A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00284627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.635;QD=56.0119;RBI=0.0258435;REFB=-0.0423411;REVB=-0.0256862;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000937251;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:17:17:0:1:17:17:0:1 chr11 14101493 . G GC 809.76 PASS AF=1;AO=70;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.1387;QD=44.9869;RBI=0.13209;REFB=0;REVB=0.132062;RO=4;SAF=47;SAR=23;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385549;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00239251;OID=.;OPOS=14101494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:74:72:72:0:49:23:0:0:15:4:47:23:4:0 chr11 14157055 . G A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.047083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.328;QD=15.101;RBI=0.0471256;REFB=-0.00153013;REVB=0.00200352;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13089;STB=0.574406;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00134426;OID=.;OPOS=14157055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:14:10:17:14:14:10:17:14 chr11 14632570 . A C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.912;QD=59.3223;RBI=0.0244526;REFB=0;REVB=0.0233798;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36261e-05;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr11 14810762 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.46;QD=61.3756;RBI=0.004549;REFB=0;REVB=0.00338652;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52164e-07;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr11 14865551 . A G 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0233045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.459;QD=17.1667;RBI=0.0281979;REFB=-0.00320383;REVB=0.0158752;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101351;STB=0.55678;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0056683;OID=.;OPOS=14865551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:15:14:12:20:15:14:12:20 chr11 14913575 . G A 995.7 PASS AF=0.441176;AO=104;DP=238;FAO=105;FDP=238;FR=.;FRO=133;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=73;FSRR=60;FWDB=0.00953369;FXX=0.00833299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.029;QD=16.7345;RBI=0.0194195;REFB=-0.0114041;REVB=0.0169182;RO=133;SAF=50;SAR=54;SRF=73;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686901;STB=0.540544;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0149662;OID=.;OPOS=14913575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:133:133:104:105:0.441176:54:50:73:60:55:50:73:60 chr11 14991539 . T C 2301.0 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0401134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3443;QD=60.1568;RBI=0.0619294;REFB=-0.102649;REVB=-0.0471822;RO=0;SAF=81;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66707e-08;STB=0.503067;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000303;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:0:1:152:152:0.993464:71:81:0:0:71:81:1:0 chr11 15199957 . T C 972.84 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4984;QD=58.0799;RBI=0.113669;REFB=0;REVB=0.0499706;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210531;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:62:67:1:39:23:0:0:39:28:0:0 chr11 15992319 . A C 188.71 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0278778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.242;QD=14.2423;RBI=0.0290045;REFB=-0.00632423;REVB=0.00800555;RO=31;SAF=16;SAR=6;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462254;STB=0.76293;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0104099;OID=.;OPOS=15992319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:6:16:8:23:6:16:8:23 chr11 16133413 . A G 1408.0 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.962;QD=62.5779;RBI=0.0597665;REFB=0;REVB=0.0467599;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99417e-05;OID=.;OPOS=16133413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:87:90:1:48:39:0:0:50:40:0:0 chr11 16838364 . G A 158.99 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0293108;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.708;QD=15.1422;RBI=0.034487;REFB=-0.00834388;REVB=0.0181722;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091655;STB=0.55301;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0143262;OID=.;OPOS=16838364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:14:11:9:8:14:11 chr11 16847973 . C T 409.15 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0148867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.435;QD=23.3802;RBI=0.0186785;REFB=-0.0101643;REVB=0.0112815;RO=30;SAF=19;SAR=21;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00651421;STB=0.50358;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00734472;OID=.;OPOS=16847973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:21:19:14:16:21:19:14:16 chr11 17035678 . G A 105.85 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0294022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.682;QD=21.1702;RBI=0.0333122;REFB=-0.0528832;REVB=0.0156592;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.59984;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0292789;OID=.;OPOS=17035678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:6:2:6:6:6:2 chr11 17035718 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8168;QD=37.4829;RBI=0.0765291;REFB=0;REVB=-0.00553037;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214;OID=.;OPOS=17035718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr11 17172133 . T C 561.29 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0392094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.443;QD=19.3547;RBI=0.0392264;REFB=-0.0154761;REVB=-0.00115332;RO=58;SAF=27;SAR=31;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093433;STB=0.551584;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0144304;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:58:58:58:0.5:31:27:33:25:31:27:33:25 chr11 17190260 . T C 385.16 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0179467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.648;QD=17.9145;RBI=0.0319702;REFB=-0.00296122;REVB=0.0264577;RO=46;SAF=12;SAR=28;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205831;STB=0.615518;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00483371;OID=.;OPOS=17190260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:28:12:23:23:28:12:23:23 chr11 17190412 . TC CT,TT 34.98 PASS AF=0.127273,0;AO=5,2;DP=55;FAO=7,0;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=6,0;FSAR=1,0;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0992591,-0.0115216;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=37.2446,236.654;QD=2.54416;RBI=0.104932,0.013224;REFB=-0.0230369,-0.000270957;REVB=-0.0340335,-0.00649055;RO=44;SAF=4,2;SAR=1,0;SRF=13;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.523216,0.515177;STB=0.892046,0.5;STBP=0.063,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0734408,0;OID=.,.;OPOS=17190412,17190413;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:55:55:44:48:5,2:7,0:0.127273,0:1,0:4,2:13:31:1,0:6,0:17:31 chr11 17191019 . A G 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0142643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8105;QD=16.6614;RBI=0.0257839;REFB=-0.00136279;REVB=-0.0214788;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274193;STB=0.65374;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00138148;OID=.;OPOS=17191019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:17:11:22:10:17:11:22:10 chr11 17333663 . G A 527.25 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0851684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0852;QD=56.9997;RBI=0.0988112;REFB=0.0347747;REVB=0.0500998;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000552587;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:0:1:36:36:0.972973:24:12:0:0:23:13:0:1 chr11 17339127 . T C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0114504;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.436;QD=15.6455;RBI=0.0270777;REFB=-0.01567;REVB=0.0245376;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203877;STB=0.511617;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.01924;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:8:14:19:10:8:14:19:10 chr11 17352477 . TACA T 183.01 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0124821;FXX=0.108672;HRUN=1;LEN=3;MLLD=373.005;QD=17.855;RBI=0.0139468;REFB=-0.00367171;REVB=-0.00622189;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203;STB=0.534847;STBP=0.74;TYPE=del;VARB=0.00417737;OID=.;OPOS=17352478;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:18:41:19:41:22:9:10:9:13:99:22:7:11:9:13 chr11 17393644 . A G 250.34 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.032192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4151;QD=20.4361;RBI=0.0324666;REFB=-0.0406289;REVB=0.00421348;RO=25;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175538;STB=0.605911;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0279514;OID=.;OPOS=17393644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:25:23:24:0.489796:7:16:13:12:7:17:13:12 chr11 17408251 . G A 159.61 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00533209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.709;QD=15.5717;RBI=0.0713908;REFB=0.00249;REVB=0.0711914;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418177;STB=0.519104;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00643459;OID=.;OPOS=17408251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:23:18:18:0.439024:8:10:12:8:8:10:12:11 chr11 17408404 . C T 1485.51 PASS AF=1;AO=77;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.947;QD=63.2134;RBI=0.0301741;REFB=0;REVB=0.00213531;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169685;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:77:94:1:41:36:0:0:55:39:0:0 chr11 17408630 . C T 1062.42 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.723;QD=59.8545;RBI=0.012961;REFB=0;REVB=0.00405875;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81352e-05;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:45:25:0:0:45:26:0:0 chr11 17409069 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00296614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.635;QD=22.7198;RBI=0.0185406;REFB=-0.0243924;REVB=0.0183018;RO=9;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811842;STB=0.504581;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0151833;OID=.;OPOS=17409069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:3:11:7:2:3:11:7:2 chr11 17409572 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.58;QD=57.8849;RBI=0.041522;REFB=0;REVB=0.0369188;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3677e-05;OID=.;OPOS=17409572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr11 17418477 . C A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0051;QD=61.3749;RBI=0.0494925;REFB=0;REVB=0.0246255;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424657;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr11 17419279 . C T 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0173687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.391;QD=15.8864;RBI=0.0174295;REFB=-0.00948034;REVB=0.00145443;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443861;STB=0.524985;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0139936;OID=.;OPOS=17419279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:19:14:16:26:19:14:16:26 chr11 17448704 . G A 244.41 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0275927;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.104;QD=21.725;RBI=0.027819;REFB=-0.021613;REVB=0.00354149;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207035;STB=0.511618;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0291064;OID=.;OPOS=17448704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:11:12:12:10:11:12:12:10 chr11 17537812 . A G 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0528964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.115;QD=20.7547;RBI=0.0551242;REFB=-0.00754688;REVB=-0.0155128;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135688;STB=0.507682;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00529932;OID=.;OPOS=17537812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:5:7:9:6:5:7 chr11 17542439 . T C,G 1013.68 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=64,4;DP=68;FAO=66,4;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33,3;FSAR=33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000709055,-4.04577e-05;FXX=0.0140825;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.263,162.072;QD=57.9245;RBI=0.0227776,0.017747;REFB=0,0;REVB=0.0227666,0.017747;RO=0;SAF=33,3;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00269969,0.0515796;OID=.,.;OPOS=17542439,17542439;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:68:70:0:0:64,4:66,4:0.942857,0.0571429:31,1:33,3:0:0:33,1:33,3:0:0 chr11 17580653 . G A 230.38 PASS AF=0.275;AO=33;DP=120;FAO=33;FDP=120;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0613055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1848;QD=7.6792;RBI=0.0619448;REFB=-0.0103031;REVB=0.008876;RO=87;SAF=19;SAR=14;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168342;STB=0.59994;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.012618;OID=.;OPOS=17580653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:87:87:33:33:0.275:14:19:38:49:14:19:38:49 chr11 17594818 . C T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0246547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.124;QD=24.5163;RBI=0.0331169;REFB=-0.0178977;REVB=-0.0221105;RO=22;SAF=7;SAR=20;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10317;STB=0.557576;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0124956;OID=.;OPOS=17594818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:20:7:8:14:20:7:8:14 chr11 17627613 . G C 337.15 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00410453;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.15;QD=22.4768;RBI=0.00457362;REFB=-0.0333981;REVB=-0.00201764;RO=27;SAF=25;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102478;STB=0.543452;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0279094;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:27:26:34:34:0.566667:9:25:17:10:9:25:17:9 chr11 17948311 . T C 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0114217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.112;QD=16.0637;RBI=0.0173268;REFB=-0.0061374;REVB=-0.0130294;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144906;STB=0.581707;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00761723;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:12:14:12:19:12:14:12:19 chr11 17981047 . C T 295.38 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00974274;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.517;QD=17.6349;RBI=0.0148057;REFB=-0.018697;REVB=-0.0111484;RO=35;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158635;STB=0.508881;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0212295;OID=.;OPOS=17981047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:35:32:32:0.477612:15:17:18:17:15:17:18:17 chr11 18022305 . TCAC T 258.14 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0123215;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=299.353;QD=16.1337;RBI=0.0177747;REFB=-0.0143119;REVB=-0.0128109;RO=35;SAF=8;SAR=20;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367128;STB=0.689524;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=0.012457;OID=.;OPOS=18022306;OREF=CAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453125:28:65:29:64:35:9:20:23:12:99:35:8:20:23:12 chr11 18108492 . T C 527.39 PASS AF=0.524272;AO=52;DP=101;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00483323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8295;QD=20.4811;RBI=0.0767031;REFB=0.0102445;REVB=0.0765506;RO=49;SAF=20;SAR=32;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130863;STB=0.578373;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00791;OID=.;OPOS=18108492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:49:49:52:54:0.524272:32:20:26:23:34:20:26:23 chr11 18127558 . C CCGG 107.55 PASS AF=0.278689;AO=12;DP=72;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.024719;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=3;MLLD=233.279;QD=7.05242;RBI=0.0254363;REFB=-0.0282235;REVB=-0.00599818;RO=55;SAF=4;SAR=8;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241989;STB=0.596041;STBP=0.351;TYPE=ins;VARB=0.0753509;OID=.;OPOS=18127559;OREF=-;OALT=CGG;OMAPALT=CCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.278689:12:72:17:61:44:7:10:24:20:99:55:4:8:29:26 chr11 18127580 . G A 247.26 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0793253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.134;QD=17.9826;RBI=0.0794771;REFB=0.00576383;REVB=0.0049094;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716682;STB=0.528434;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00231274;OID=.;OPOS=18127580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:28:26:27:0.490909:15:11:14:14:15:12:14:14 chr11 18159169 . A G 1500.85 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.229;QD=63.1937;RBI=0.0459618;REFB=0;REVB=-0.0223979;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3309e-05;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:51:42:0:0:53:42:0:0 chr11 18159254 . A G 358.41 PASS AF=0.433333;AO=38;DP=89;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0222377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.364;QD=15.9291;RBI=0.0498226;REFB=-0.0260633;REVB=-0.0445844;RO=50;SAF=9;SAR=29;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279932;STB=0.648481;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0282847;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:50:51:38:39:0.433333:29:9:24:26:29:10:25:26 chr11 18194944 . T A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.046;QD=59.3226;RBI=0.0365656;REFB=0;REVB=0.0324169;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42363e-05;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:24:44:0:0:24:44:0:0 chr11 18195051 . T C 1040.04 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0519519;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.348;QD=56.9887;RBI=0.0582859;REFB=-0.201676;REVB=0.0264243;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519225;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00169901;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:73:0:2:70:71:0.972603:25:45:0:0:25:46:0:2 chr11 18210580 . C T 1201.69 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0745389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.086;QD=58.6193;RBI=0.200375;REFB=-0.219881;REVB=0.185995;RO=1;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166071;STB=0.517237;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00214115;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:1:2:80:80:0.97561:28:52:0:1:28:52:0:2 chr11 18231749 . T G 532.57 PASS AF=1;AO=32;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542952;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2967;QD=59.1744;RBI=0.127953;REFB=0;REVB=0.115862;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00404249;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:32:36:1:19:13:0:0:22:14:0:0 chr11 18231915 . T C 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00715485;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=265.488;QD=57.8246;RBI=0.00727163;REFB=0.0475369;REVB=0.00129801;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000214409;OID=.;OPOS=18231915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:1:0:17:21:1:0 chr11 18253176 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0803112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.273;QD=58.5872;RBI=0.0825548;REFB=0;REVB=0.0191155;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273781;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:19:14:0:0 chr11 18267027 . C T 372.25 PASS AF=0.4;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0376798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9774;QD=14.89;RBI=0.0376942;REFB=-0.00081346;REVB=-0.00104104;RO=59;SAF=16;SAR=24;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062203;STB=0.530849;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00115069;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:59:60:40:40:0.4:24:16:27:32:24:16:27:33 chr11 18267463 . A G 38.15 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0124503;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7401;QD=2.34786;RBI=0.0278285;REFB=-0.00771012;REVB=-0.0248881;RO=57;SAF=5;SAR=3;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311866;STB=0.522765;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0870441;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:66:65:57:57:8:8:0.123077:3:5:37:20:3:5:37:20 chr11 18267471 . A G 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0165661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.653;QD=4.23766;RBI=0.0181148;REFB=0.000821154;REVB=-0.00732889;RO=46;SAF=4;SAR=6;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304155;STB=0.688839;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00634566;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:56:57:46:47:10:10:0.175439:6:4:30:16:6:4:30:17 chr11 18290880 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.702;QD=35.5755;RBI=0.0517941;REFB=0;REVB=0.0509757;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135844;OID=.;OPOS=18290880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr11 18291302 . G A 488.08 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00364996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.134;QD=16.8302;RBI=0.0135408;REFB=-0.0173513;REVB=0.0130396;RO=60;SAF=26;SAR=27;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00900866;STB=0.50943;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0178114;OID=.;OPOS=18291302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:63:53:53:0.456897:27:26:30:30:27:26:32:31 chr11 18327684 . G T 786.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.262;QD=64.198;RBI=0.0313326;REFB=0;REVB=0.0297406;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67087e-05;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:20:29:0:0 chr11 18388128 . G C 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.083;QD=57.2339;RBI=0.0189036;REFB=0;REVB=0.017792;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21738e-05;OID=.;OPOS=18388128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr11 18424451 . C T 2351.12 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00629938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.896;QD=63.9762;RBI=0.00796356;REFB=0;REVB=0.00487197;RO=0;SAF=71;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13969e-06;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:76:71:0:0:76:71:0:0 chr11 18424487 . A G 2143.53 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00411186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.139;QD=62.1312;RBI=0.00654444;REFB=-0.0760276;REVB=0.00509139;RO=1;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646821;STB=0.503401;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000231895;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:73:64:0:1:73:64:0:1 chr11 18467821 . T C 1180.78 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403718;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.077;QD=59.7864;RBI=0.0418988;REFB=-0.0188083;REVB=0.0112083;RO=1;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010637;STB=0.505617;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=4.71089e-05;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:78:78:0.987342:44:34:0:1:44:34:0:1 chr11 18724558 . C T 394.58 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0121534;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.342;QD=22.2298;RBI=0.0220827;REFB=-0.0102183;REVB=0.0184375;RO=29;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163186;STB=0.596492;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0115275;OID=.;OPOS=18724558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:29:32:39:39:0.549296:23:16:18:11:23:16:20:12 chr11 18735396 . GA AC,TA 366.61 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=2,24;DP=27;FAO=2,25;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611653,0.0711156;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=191.585,228.462;QD=54.3131;RBI=0.0611659,0.0720736;REFB=0,0;REVB=0.000271387,0.011712;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.164437,-1.64038e-05;OID=.,.;OPOS=18735396,18735396;OREF=GA,G;OALT=AC,T;OMAPALT=AC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:2,24:2,25:0.0740741,0.925926:0,18:2,6:0:0:0,19:2,6:0:0 chr11 18735947 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.794;QD=64.415;RBI=0.0565349;REFB=0;REVB=0.0367399;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045854;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr11 18737095 . C T 1138.59 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512368;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.407;QD=60.7247;RBI=0.0547094;REFB=0;REVB=0.0191809;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226095;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr11 18738281 . C T 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.992;QD=57.1964;RBI=0.0437083;REFB=0;REVB=-0.0281545;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26529e-05;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr11 18751041 . C T 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00597786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.358;QD=21.6305;RBI=0.0262366;REFB=-0.0267547;REVB=0.0255466;RO=24;SAF=9;SAR=21;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069222;STB=0.538435;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0232074;OID=.;OPOS=18751041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:21:9:9:15:21:9:9:15 chr11 18955744 . C T 364.99 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00858893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.421;QD=33.9524;RBI=0.0133297;REFB=-0.0193658;REVB=-0.0101936;RO=13;SAF=20;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121861;STB=0.566621;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00623296;OID=.;OPOS=18955744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:10:20:6:7:10:20:6:7 chr11 18956194 . T C 406.67 PASS AF=0.335484;AO=52;DP=156;FAO=52;FDP=155;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=-0.0190864;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.999;QD=10.4948;RBI=0.0193158;REFB=-0.0069609;REVB=-0.00296846;RO=102;SAF=16;SAR=36;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253188;STB=0.649425;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0107376;OID=.;OPOS=18956194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:102:103:52:52:0.335484:36:16:53:49:36:16:54:49 chr11 18956196 . C T 359.82 PASS AF=0.309677;AO=48;DP=155;FAO=48;FDP=155;FR=.;FRO=107;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=1.92925e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3318;QD=9.28571;RBI=0.0314858;REFB=-0.00495792;REVB=0.0314858;RO=107;SAF=28;SAR=20;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212929;STB=0.623491;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0112336;OID=.;OPOS=18956196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:107:107:48:48:0.309677:20:28:43:64:20:28:43:64 chr11 19076960 . C T 522.37 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00688269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.795;QD=17.1268;RBI=0.0114557;REFB=-0.0261171;REVB=-0.00915765;RO=66;SAF=29;SAR=27;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263194;STB=0.501465;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0345265;OID=.;OPOS=19076960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:56:56:0.459016:27:29:34:32:27:29:34:32 chr11 19077765 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0364236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.695;QD=14.335;RBI=0.0514351;REFB=-0.015552;REVB=-0.0363166;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125103;STB=0.507034;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0380004;OID=.;OPOS=19077765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:26:17:17:0.395349:7:10:15:10:7:10:15:11 chr11 19167850 . A G 447.27 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=46;FWDB=0.00363879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.482;QD=15.5573;RBI=0.017361;REFB=-0.00647593;REVB=-0.0169754;RO=65;SAF=26;SAR=24;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229036;STB=0.627538;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00818746;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:65:50:50:0.434783:24:26:19:46:24:26:19:46 chr11 19209706 . C T 387.8 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00152667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.564;QD=18.4666;RBI=0.0304937;REFB=-0.00386687;REVB=-0.0304554;RO=43;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378934;STB=0.51575;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00345431;OID=.;OPOS=19209706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:17:23:23:20:17:23:24:20 chr11 19245854 . T C 1415.3 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.678;QD=62.902;RBI=0.0296251;REFB=0;REVB=0.0278136;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87011e-05;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr11 19251826 . G A 304.19 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00575584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0001;QD=17.634;RBI=0.0115672;REFB=-0.0204754;REVB=-0.0100335;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594059;STB=0.523795;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0291314;OID=.;OPOS=19251826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:36:32:33:0.478261:18:14:18:18:18:15:18:18 chr11 19612775 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0626;QD=56.9559;RBI=0.0429758;REFB=0;REVB=0.00439972;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309211;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr11 19735987 . A G 487.64 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00114693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.285;QD=24.3819;RBI=0.0151083;REFB=0.0036264;REVB=-0.0150647;RO=34;SAF=28;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401578;STB=0.522024;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00369587;OID=.;OPOS=19735987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:18:28:19:15:18:28:19:15 chr11 19854088 . G A 562.82 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0244998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5216;QD=18.0101;RBI=0.0245387;REFB=0.0022756;REVB=-0.0013808;RO=66;SAF=25;SAR=34;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058898;STB=0.532699;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00241888;OID=.;OPOS=19854088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:66:59:59:0.472:34:25:32:34:34:25:32:34 chr11 19901632 . G A 332.18 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0391099;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.448;QD=21.4312;RBI=0.0447654;REFB=-0.0227006;REVB=-0.0217799;RO=24;SAF=14;SAR=20;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951357;STB=0.577421;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.016678;OID=.;OPOS=19901632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:24:28:34:34:0.548387:20:14:7:17:20:14:7:21 chr11 19955500 . A G 1553.26 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00588977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.239;QD=62.7579;RBI=0.0202977;REFB=-0.0729969;REVB=0.0194244;RO=1;SAF=63;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747007;STB=0.503936;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=1.05762e-05;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:35:63:1:0:35:63:1:0 chr11 19970501 . T C 277.33 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00262838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.555;QD=26.4119;RBI=0.0205522;REFB=-0.00886877;REVB=0.0203835;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137232;STB=0.575757;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00553228;OID=.;OPOS=19970501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:12:13:12:5:12:13:12:5 chr11 19970558 . T C 773.05 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123789;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.176;QD=64.4211;RBI=0.0205633;REFB=0;REVB=0.0164199;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57413e-05;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:16:31:0:0:16:32:0:0 chr11 19970579 . C T 1408.45 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109946;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2551;QD=62.5977;RBI=0.0115025;REFB=0;REVB=0.00338025;RO=0;SAF=59;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242163;OID=.;OPOS=19970579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:89:90:1:30:59:0:0:31:59:0:0 chr11 20065779 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1709;QD=43.4861;RBI=0.0386104;REFB=0;REVB=-0.0343115;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000840992;OID=.;OPOS=20065779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr11 20067064 . C T 1065.04 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.953;QD=58.3586;RBI=0.0503312;REFB=-0.0883637;REVB=0.025532;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688508;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:73:0:0:71:73:1:36:35:0:0:36:37:0:0 chr11 20089792 . G C 865.16 PASS AF=0.551724;AO=80;DP=145;FAO=80;FDP=145;FR=.;FRO=65;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.019141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.256;QD=23.8665;RBI=0.0192089;REFB=-0.0134799;REVB=0.00161304;RO=65;SAF=48;SAR=32;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176963;STB=0.596661;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0105639;OID=.;OPOS=20089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:65:65:80:80:0.551724:32:48:25:40:32:48:25:40 chr11 20089944 . T C 222.71 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0233494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.94;QD=12.5472;RBI=0.0239324;REFB=0.00108554;REVB=0.00525038;RO=44;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204875;STB=0.6172;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00168124;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:12:15:16:28:12:15:16:28 chr11 20099112 . A T 1048.06 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.788;QD=58.2256;RBI=0.0156121;REFB=0.000668111;REVB=-0.00378637;RO=1;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129528;STB=0.506847;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=2.38355e-05;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:36:34:0:1:36:35:0:1 chr11 20099541 . C T 223.1 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0553;QD=49.5788;RBI=0.105474;REFB=0;REVB=0.0807879;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283578;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr11 20101704 . C T 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.84;QD=59.8657;RBI=0.0555257;REFB=0;REVB=0.0531222;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75051e-05;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:51:53:0:0:51:53:0:0 chr11 20101744 . C A 1361.91 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363224;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.926;QD=62.6165;RBI=0.0258582;REFB=0;REVB=-0.0256018;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116618;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr11 20104669 . G A 238.26 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0320546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.08;QD=20.2771;RBI=0.0337191;REFB=-0.0127099;REVB=-0.0104632;RO=24;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145485;STB=0.50819;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0238557;OID=.;OPOS=20104669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:8:15:16:8:8:15:16:8 chr11 20112417 . A C 267.54 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0129577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.288;QD=21.8396;RBI=0.0180798;REFB=-0.0141839;REVB=0.0126085;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125218;STB=0.570191;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0166253;OID=.;OPOS=20112417;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:10:15:11:13:10:15:11:13 chr11 20112492 . G A 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.012448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.292;QD=21.4746;RBI=0.0269423;REFB=-0.00760631;REVB=0.0238942;RO=25;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230316;STB=0.512753;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00619837;OID=.;OPOS=20112492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:17:14:12:13:17:14:12:13 chr11 20117232 . T C 1996.94 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00733225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.517;QD=60.5135;RBI=0.0337387;REFB=-0.152854;REVB=0.0329323;RO=0;SAF=83;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39275e-08;STB=0.505951;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000552792;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:0:2:130:130:0.984848:47:83:0:0:47:83:2:0 chr11 20124914 . A C 1279.71 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0071603;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.223;QD=59.5215;RBI=0.011626;REFB=-0.139689;REVB=-0.00915935;RO=1;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126298;STB=0.513155;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00223912;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:1:2:84:84:0.976744:37:47:0:1:37:47:0:2 chr11 20140387 . A G 1603.44 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9027;QD=57.2659;RBI=0.0346667;REFB=0;REVB=-0.0178873;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256331;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:112:0:0:102:112:1:57:45:0:0:62:50:0:0 chr11 20140471 . A G 1514.48 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8833;QD=62.453;RBI=0.0397301;REFB=-0.0579987;REVB=0.0243057;RO=1;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010422;STB=0.505493;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00103333;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:45:51:0:1:45:51:0:1 chr11 20404613 . T G 370.4 PASS AF=0.569231;AO=32;DP=61;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0245961;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.565;QD=22.7941;RBI=0.0403055;REFB=-0.0351761;REVB=0.0319307;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113351;STB=0.565483;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0275809;OID=.;OPOS=20404613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:27:28:32:37:0.569231:15:17:18:9:16:21:20:8 chr11 20411307 . A G 206.07 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00570448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3987;QD=16.8224;RBI=0.0230698;REFB=0.00837749;REVB=-0.0223534;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125114;STB=0.585289;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00932274;OID=.;OPOS=20411307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:20:21:0.428571:8:12:20:8:9:12:20:8 chr11 20429454 . T C 898.13 PASS AF=0.942857;AO=59;DP=64;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0132305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.927;QD=51.3214;RBI=0.0452339;REFB=-0.174236;REVB=0.0432557;RO=5;SAF=42;SAR=17;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198532;STB=0.504503;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00140695;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:70:5:4:59:66:0.942857:17:42:3:2:21:45:3:1 chr11 20486026 . G A 294.51 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0121466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.932;QD=28.0482;RBI=0.0369874;REFB=-0.0433688;REVB=0.0349361;RO=15;SAF=13;SAR=13;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200067;STB=0.595167;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0347677;OID=.;OPOS=20486026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:15:16:26:26:0.619048:13:13:3:12:13:13:4:12 chr11 20529886 . G A 1264.52 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.502;QD=61.6839;RBI=0.0343744;REFB=0;REVB=-0.0338035;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1378e-05;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr11 20622975 . G A 695.57 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0588181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1071;QD=60.4841;RBI=0.0590872;REFB=0.0454066;REVB=0.00563266;RO=1;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323812;STB=0.517234;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00864966;OID=.;OPOS=20622975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:14:31:0:1:14:31:0:1 chr11 20623042 . T C 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.189;QD=61.3752;RBI=0.0526798;REFB=0;REVB=0.0250299;RO=0;SAF=60;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65476e-05;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:20:60:0:0:20:60:0:0 chr11 20623156 . C G 1395.53 PASS AF=1;AO=78;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2799;QD=62.7205;RBI=0.207543;REFB=0;REVB=0.196359;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118581;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:78:89:1:34:44:0:0:44:45:0:0 chr11 20639400 . A G 1113.37 PASS AF=0.950617;AO=75;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0395349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5966;QD=54.9812;RBI=0.039795;REFB=-0.139352;REVB=0.00454318;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.523803;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00530891;OID=.;OPOS=20639400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:81:81:0:4:75:77:0.950617:40:35:0:0:40:37:0:4 chr11 20673867 . G A 2189.33 PASS AF=1;AO=140;DP=143;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548845;FXX=0.0457486;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.064;QD=59.9816;RBI=0.0551778;REFB=0;REVB=0.00568085;RO=0;SAF=76;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00349604;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:146:0:0:140:146:1:64:76:0:0:64:82:0:0 chr11 20805286 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.707;QD=58.1421;RBI=0.0257722;REFB=0;REVB=-0.0233759;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.89687e-05;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr11 21305927 . T C 2252.72 PASS AF=0.986842;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0181033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.753;QD=59.2821;RBI=0.0298263;REFB=-0.0480172;REVB=0.023704;RO=2;SAF=67;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128083;STB=0.500619;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00233743;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:152:2:2:149:150:0.986842:82:67:1:1:82:68:1:1 chr11 21392487 . C T 1052.81 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8293;QD=59.3132;RBI=0.014929;REFB=0;REVB=0.00565112;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248613;OID=.;OPOS=21392487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:35:35:0:0:35:36:0:0 chr11 21581805 . C T 1668.0 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9429;QD=58.0174;RBI=0.0612701;REFB=0;REVB=0.0433959;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998383;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:115:0:0:103:115:1:50:53:0:0:57:58:0:0 chr11 22242729 . T C 400.24 PASS AF=0.435644;AO=43;DP=100;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00963941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.594;QD=15.851;RBI=0.0143326;REFB=-0.0117428;REVB=0.0106068;RO=57;SAF=16;SAR=27;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149751;STB=0.500237;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0135004;OID=.;OPOS=22242729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:57:57:43:44:0.435644:27:16:22:35:27:17:22:35 chr11 22646571 . T C 960.78 PASS AF=0.436441;AO=102;DP=237;FAO=103;FDP=236;FR=.;FRO=133;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=62;FSRR=71;FWDB=-0.00969103;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.566;QD=16.2843;RBI=0.0172611;REFB=-0.00780534;REVB=0.0142839;RO=130;SAF=54;SAR=48;SRF=63;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451907;STB=0.538188;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.011743;OID=.;OPOS=22646571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:130:133:102:103:0.436441:48:54:63:67:48:55:62:71 chr11 22696451 . A G 1289.57 PASS AF=1;AO=73;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.857;QD=61.4079;RBI=0.121404;REFB=0;REVB=0.121347;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011179;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:73:84:1:27:46:0:0:38:46:0:0 chr11 22709973 . C A 2204.31 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00143343;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5549;QD=62.5337;RBI=0.0160245;REFB=0.00324566;REVB=-0.0159602;RO=1;SAF=60;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785842;STB=0.504132;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-3.9548e-05;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:80:60:1:0:80:60:1:0 chr11 22834189 . C T 1380.3 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213361;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0652;QD=62.7408;RBI=0.0686111;REFB=0;REVB=-0.0652093;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265929;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:40:47:0:0:40:48:0:0 chr11 24477474 . T C 148.27 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.0558384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.756;QD=7.80356;RBI=0.0559322;REFB=-0.00755373;REVB=0.0032384;RO=53;SAF=16;SAR=5;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149627;STB=0.581276;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0229739;OID=.;OPOS=24477474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:55:21:21:0.276316:5:16:35:18:5:16:37:18 chr11 24759855 . G A 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.872;QD=58.2375;RBI=0.0398038;REFB=0;REVB=0.0129534;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123915;OID=.;OPOS=24759855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr11 25098938 . G C 1694.61 PASS AF=0.991228;AO=105;DP=107;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.166169;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9451;QD=59.4602;RBI=0.166981;REFB=-0.0983213;REVB=-0.016441;RO=1;SAF=25;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00589599;STB=0.503105;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.000765634;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:114:1:1:105:113:0.991228:80:25:0:1:80:33:0:1 chr11 26481611 . G A 529.12 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.44;QD=58.7912;RBI=0.0317698;REFB=0;REVB=0.0262727;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829453;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:22:12:0:0:24:12:0:0 chr11 26558947 . T C 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.00159774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.945;QD=19.6663;RBI=0.0114104;REFB=-0.0223886;REVB=0.011298;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288704;STB=0.659633;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0259502;OID=.;OPOS=26558947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:14:20:8:24:14:20:8:24 chr11 26568966 . A G 2610.74 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9986;QD=61.7926;RBI=0.00714907;REFB=0;REVB=-0.0070754;RO=0;SAF=64;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08353e-06;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:169:0:0:168:169:1:104:64:0:0:105:64:0:0 chr11 26586801 . G A 490.57 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.00254405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.476;QD=17.2131;RBI=0.0263988;REFB=-0.00567616;REVB=0.0262759;RO=61;SAF=14;SAR=39;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566216;STB=0.531586;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00845077;OID=.;OPOS=26586801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:53:53:0.464912:39:14:19:42:39:14:19:42 chr11 26587133 . T C 597.19 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0343916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.786;QD=17.9605;RBI=0.0395675;REFB=-0.0193446;REVB=0.0195654;RO=71;SAF=26;SAR=36;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444599;STB=0.524696;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0185689;OID=.;OPOS=26587133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:71:62:62:0.466165:36:26:33:38:36:26:33:38 chr11 26587302 . A G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00815939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4465;QD=9.10001;RBI=0.00830835;REFB=-0.0035074;REVB=0.00156619;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219477;STB=0.623463;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00477664;OID=.;OPOS=26587302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:7:2:7:11:7:2:7:12 chr11 26656563 . C T 521.6 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0179773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8191;QD=16.9627;RBI=0.0180009;REFB=-0.00785587;REVB=-0.000921585;RO=66;SAF=25;SAR=31;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125278;STB=0.565572;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00848171;OID=.;OPOS=26656563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:66:67:56:56:0.455285:31:25:38:28:31:25:38:29 chr11 26677947 . C T 509.93 PASS AF=0.421053;AO=56;DP=133;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0100865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0194;QD=15.3361;RBI=0.0249339;REFB=0.0035561;REVB=-0.0228027;RO=76;SAF=26;SAR=30;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232284;STB=0.509431;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00389752;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:76:77:56:56:0.421053:30:26:37:39:30:26:37:40 chr11 26694979 . A G 388.3 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0141973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2764;QD=21.2769;RBI=0.0174621;REFB=0.00120567;REVB=-0.0101666;RO=34;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221895;STB=0.622423;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00080397;OID=.;OPOS=26694979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:23:16:23:11:23:16:23:11 chr11 26702664 . C T 1413.61 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5381;QD=62.827;RBI=0.0636221;REFB=0;REVB=-0.0609558;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511741;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:54:36:0:0:54:36:0:0 chr11 26705310 . A G 191.48 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.00513285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.501;QD=9.69522;RBI=0.0224286;REFB=-0.00487548;REVB=-0.0218333;RO=52;SAF=12;SAR=13;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177859;STB=0.613983;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0145775;OID=.;OPOS=26705310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:54:25:25:0.316456:13:12:33:19:13:12:35:19 chr11 26732923 . A G 223.84 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.000635325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.902;QD=19.4646;RBI=0.0080012;REFB=-0.0311837;REVB=0.00797594;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118415;STB=0.566869;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0340555;OID=.;OPOS=26732923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:10:14:10:12:10:14 chr11 26734209 . C T 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.303;QD=64.0212;RBI=0.0271701;REFB=0;REVB=0.00602753;RO=0;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50515e-05;OID=.;OPOS=26734209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:63:35:0:0:63:35:0:0 chr11 27076977 . C T 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0131924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7785;QD=20.2673;RBI=0.0172845;REFB=-0.0251928;REVB=0.0111676;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421918;STB=0.523787;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0103016;OID=.;OPOS=27076977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:10:11:10:11:10:11 chr11 27077118 . C T 1590.78 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00655376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.356;QD=58.9176;RBI=0.00803951;REFB=-0.144906;REVB=0.00465639;RO=1;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072467;STB=0.503816;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000874708;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:65:42:0:1:65:42:0:1 chr11 27389708 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0845728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.526;QD=16.6272;RBI=0.0845989;REFB=0.00350677;REVB=-0.00210233;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162012;STB=0.59308;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00546393;OID=.;OPOS=27389708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:5:9:6:7:5:9 chr11 27390089 . T C 1384.39 PASS AF=0.96875;AO=88;DP=92;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.015366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.788;QD=57.6829;RBI=0.0360357;REFB=0.0156594;REVB=-0.0325954;RO=2;SAF=48;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00192915;STB=0.506061;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=2.38479e-05;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:96:2:3:88:93:0.96875:40:48:1:1:44:49:1:2 chr11 27406844 . G A 433.51 PASS AF=0.530864;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0029444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.73;QD=21.4077;RBI=0.00295285;REFB=-0.0290279;REVB=0.000223132;RO=37;SAF=28;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911404;STB=0.549333;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0161855;OID=.;OPOS=27406844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:37:38:42:43:0.530864:14:28:21:16:15:28:21:17 chr11 27517670 . T C 262.09 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.07;QD=49.9217;RBI=0.0904894;REFB=0;REVB=0.0808461;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275297;OID=.;OPOS=27517670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:14:7:0:0 chr11 27679662 . T C 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.9;QD=62.1616;RBI=0.0657954;REFB=0;REVB=0.0576499;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111856;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr11 27679916 . C T 477.8 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00961098;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.805;QD=18.0301;RBI=0.0101596;REFB=-0.00901653;REVB=-0.0032935;RO=53;SAF=27;SAR=24;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866206;STB=0.546455;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0146088;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:53:55:51:51:0.481132:24:27:33:20:24:27:34:21 chr11 27680744 . A T 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0061317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.3647;QD=17.1585;RBI=0.0138038;REFB=-0.0129158;REVB=-0.0123672;RO=44;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152514;STB=0.508542;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0159521;OID=.;OPOS=27680744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:23:14:16:28:23:14:16:28 chr11 28057957 . T C 1631.66 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231898;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7096;QD=59.3332;RBI=0.117795;REFB=-0.100744;REVB=0.11549;RO=0;SAF=63;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69741e-08;STB=0.503936;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000852975;OID=.;OPOS=28057957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:110:0:1:108:109:0.990909:45:63:0:0:46:63:1:0 chr11 28110151 . T C 686.93 PASS AF=0.535433;AO=61;DP=119;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0252856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3443;QD=21.6355;RBI=0.0273193;REFB=-0.0110917;REVB=-0.0103431;RO=54;SAF=29;SAR=32;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138974;STB=0.560345;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0129538;OID=.;OPOS=28110151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:127:54:59:61:68:0.535433:32:29:17:37:35:33:21:38 chr11 28134974 . C A 832.72 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.58;QD=57.4289;RBI=0.00264882;REFB=0;REVB=-0.00240563;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79601e-06;OID=.;OPOS=28134974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:26:30:0:0:27:31:0:0 chr11 30255185 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.034;QD=59.6794;RBI=0.0225816;REFB=0;REVB=0.0202618;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4998e-05;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr11 30432220 . A T 3075.92 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0677379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8268;QD=63.7496;RBI=0.0711169;REFB=0;REVB=0.0216607;RO=0;SAF=89;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.57119e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136252;OID=.;OPOS=30432220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:193:0:0:193:193:1:104:89:0:0:104:89:0:0 chr11 31458730 . T G 296.37 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3776;QD=49.3957;RBI=0.0634591;REFB=-0.0628489;REVB=0.0568828;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.514273;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00349655;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:17:6:0:0:17:6:0:1 chr11 31838128 . G A 391.33 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0038851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.582;QD=22.047;RBI=0.0130233;REFB=-0.0365215;REVB=0.0124303;RO=32;SAF=20;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869585;STB=0.547921;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0244051;OID=.;OPOS=31838128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:19:20:13:19:19:20:13:19 chr11 32124978 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1732;QD=57.5439;RBI=0.0520881;REFB=0;REVB=0.036055;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68732e-05;OID=.;OPOS=32124978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr11 32125961 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.393;QD=63.8715;RBI=0.0288031;REFB=0;REVB=-0.0160211;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01277e-05;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr11 32417945 . T C 261.53 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.082293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7977;QD=14.7338;RBI=0.0822931;REFB=-0.00471938;REVB=-0.00012184;RO=39;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591038;STB=0.510631;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0048249;OID=.;OPOS=32417945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:39:41:30:30:0.422535:20:10:11:28:20:10:13:28 chr11 32449661 . G A 343.59 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.014683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2773;QD=18.8269;RBI=0.127105;REFB=-0.0318327;REVB=0.126254;RO=36;SAF=23;SAR=13;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0348538;OID=.;OPOS=32449661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:37:36:36:0.493151:13:23:23:13:13:23:23:14 chr11 32722320 . A T 1756.96 PASS AF=0.888889;AO=124;DP=146;FAO=144;FDP=162;FR=.;FRO=18;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0794001;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=41.3969;QD=43.3818;RBI=0.106926;REFB=-0.09403;REVB=0.0716155;RO=21;SAF=61;SAR=63;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217254;STB=0.500772;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0165995;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:146:162:21:18:124:144:0.888889:63:61:12:9:71:73:9:9 chr11 32954344 . G A 1171.65 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.495;QD=60.865;RBI=0.00433163;REFB=0;REVB=0.00112107;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38853e-05;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr11 32956244 . A G 418.28 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00725634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6325;QD=53.9714;RBI=0.00739909;REFB=-0.13548;REVB=-0.00144638;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00365961;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:15:15:0:0:15:15:1:0 chr11 32956620 . A G 952.08 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.297;QD=58.5894;RBI=0.0117579;REFB=0;REVB=0.00602205;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65982e-05;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:35:29:0:0:36:29:0:0 chr11 33049341 . G A 325.61 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0684414;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.929;QD=19.4396;RBI=0.0686629;REFB=0.00399737;REVB=-0.0055109;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272561;STB=0.507458;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00424785;OID=.;OPOS=33049341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:32:33:34:34:0.507463:17:17:17:15:17:17:17:16 chr11 33076191 . T C 240.13 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0150841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.1;QD=16.5609;RBI=0.0305796;REFB=0.00483571;REVB=0.0266004;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938681;STB=0.552827;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00303593;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:13:14:13:18:13:14:13:18 chr11 33564123 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000499358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.546;QD=57.2376;RBI=0.013472;REFB=0;REVB=0.0134627;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93593e-05;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr11 33565593 . C T 245.19 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.00943799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.05;QD=15.5678;RBI=0.0132303;REFB=-0.0145219;REVB=0.00927173;RO=35;SAF=17;SAR=11;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113923;STB=0.564059;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.020109;OID=.;OPOS=33565593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:11:17:25:10:11:17:25:10 chr11 33581306 . G A 268.53 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0239671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4242;QD=13.9494;RBI=0.0239739;REFB=0.00370687;REVB=0.000570272;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157903;STB=0.502957;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00264998;OID=.;OPOS=33581306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:46:31:31:0.402597:14:17:24:21:14:17:25:21 chr11 33604885 . C T 264.02 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00434561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.248;QD=15.3057;RBI=0.00705405;REFB=-0.0365984;REVB=0.00555656;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100356;STB=0.558404;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0409096;OID=.;OPOS=33604885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:39:30:30:0.434783:17:13:12:24:17:13:13:26 chr11 33604960 . C T 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0486644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.248;QD=19.8665;RBI=0.0489774;REFB=-0.0138574;REVB=0.00552823;RO=34;SAF=11;SAR=25;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477306;STB=0.526542;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0110465;OID=.;OPOS=33604960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:25:11:12:22:25:11:12:22 chr11 33631423 . G A 398.08 PASS AF=0.555556;AO=36;DP=68;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0116321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.951;QD=22.1153;RBI=0.0263171;REFB=-0.020451;REVB=0.0236068;RO=32;SAF=20;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100261;STB=0.549975;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.017465;OID=.;OPOS=33631423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:32:32:36:40:0.555556:16:20:14:18:18:22:14:18 chr11 33640104 . A C 997.47 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361623;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.436;QD=59.5506;RBI=0.03743;REFB=0;REVB=-0.0096587;RO=0;SAF=46;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197577;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:21:46:0:0:21:46:0:0 chr11 33667333 . A G 867.58 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000753166;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.34;QD=57.8389;RBI=0.00238647;REFB=0;REVB=-0.00226451;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153512;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr11 33689652 . G A 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0149435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.896;QD=17.9428;RBI=0.0296266;REFB=-0.0103957;REVB=0.0255818;RO=29;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048118;STB=0.526957;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0112024;OID=.;OPOS=33689652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:15:13:15:14:15:13:15:14 chr11 33881016 . T C 203.79 PASS AF=0.478261;AO=16;DP=44;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0450364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.829;QD=17.7206;RBI=0.0475159;REFB=-0.0414162;REVB=0.0151488;RO=21;SAF=4;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376457;STB=0.611664;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0220897;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:21:24:16:22:0.478261:12:4:13:8:13:9:15:9 chr11 33903328 . A G 198.43 PASS AF=0.944444;AO=18;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0173074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7637;QD=44.0964;RBI=0.079849;REFB=-0.0659982;REVB=-0.0779507;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00224614;OID=.;OPOS=33903328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:18:17:0.944444:11:7:0:0:10:7:0:1 chr11 34093349 . AT A 1107.74 PASS AF=1;AO=94;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0917023;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=15.8406;QD=39.2121;RBI=0.208642;REFB=-0.0187232;REVB=0.187409;RO=9;SAF=55;SAR=39;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.368421;SSSB=0.0794095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00202672;OID=.;OPOS=34093350;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:94:113:113:113:0:64:49:0:0:19:9:55:39:1:8 chr11 34122369 . G T 1822.49 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.097;QD=61.2603;RBI=0.00967755;REFB=0;REVB=0.0030406;RO=0;SAF=51;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06727e-05;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:68:51:0:0:68:51:0:0 chr11 34152939 . T C 1030.0 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00656774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.476;QD=58.0281;RBI=0.0846211;REFB=-0.110374;REVB=0.0843659;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015007;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000605156;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:39:31:1:0:39:31:1:0 chr11 34154641 . C T 456.36 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0182163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.8432;QD=50.7066;RBI=0.01956;REFB=-0.127404;REVB=0.00712469;RO=2;SAF=15;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582943;STB=0.517756;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00868648;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:2:3:33:33:0.916667:18:15:2:0:18:15:2:1 chr11 34154645 . C T 121.14 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0435525;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.842;QD=13.4605;RBI=0.0492267;REFB=-0.0588102;REVB=-0.0229445;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275051;STB=0.641318;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0511324;OID=.;OPOS=34154645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:36:18:21:14:15:0.416667:10:4:10:8:10:5:12:9 chr11 34482908 . C T 343.21 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0514421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.049;QD=18.8058;RBI=0.051592;REFB=-0.0030157;REVB=-0.00392919;RO=36;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499017;STB=0.520933;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00327206;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:37:36:36:0.493151:19:17:19:17:19:17:19:18 chr11 34501596 . A G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.789;QD=57.3828;RBI=0.0471613;REFB=0;REVB=0.0272911;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154595;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr11 34643955 . G A 486.43 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0188085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.064;QD=17.0679;RBI=0.0193906;REFB=-0.0179931;REVB=-0.0047153;RO=59;SAF=28;SAR=25;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509302;STB=0.537023;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0231076;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:61:53:53:0.464912:25:28:28:31:25:28:28:33 chr11 34680634 . G A 941.02 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0019294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.877;QD=57.0313;RBI=0.00987973;REFB=-0.051873;REVB=0.0096895;RO=1;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125954;STB=0.506665;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000288605;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:64:65:0.984848:37:27:0:1:37:28:0:1 chr11 34680853 . G T 213.22 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00376505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.709;QD=10.401;RBI=0.00628122;REFB=-0.0119314;REVB=-0.00502773;RO=55;SAF=9;SAR=18;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830603;STB=0.548636;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0279429;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:55:27:27:0.329268:18:9:22:33:18:9:22:33 chr11 34909926 . T G 571.4 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0104403;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.53;QD=20.5909;RBI=0.0104683;REFB=0.000701962;REVB=0.000764937;RO=54;SAF=26;SAR=32;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141837;STB=0.573877;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.000563501;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:54:53:58:58:0.522523:32:26:33:21:32:26:32:21 chr11 34910397 . C T 444.76 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0321692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.1;QD=20.4486;RBI=0.0321776;REFB=-0.0227568;REVB=-0.000734062;RO=41;SAF=27;SAR=16;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25109;STB=0.640473;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0181673;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:41:43:43:44:0.505747:16:27:14:27:17:27:14:29 chr11 34918375 . A G 407.75 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0111955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.408;QD=25.8887;RBI=0.0128457;REFB=-0.00345734;REVB=0.00629864;RO=24;SAF=23;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149946;STB=0.581999;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00193815;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:16:23:9:15:16:23:9:15 chr11 34937813 . G A 460.05 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00778841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.624;QD=18.5881;RBI=0.00798545;REFB=-0.0181746;REVB=0.00176297;RO=53;SAF=18;SAR=28;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333589;STB=0.518579;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0204998;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:28:18:19:34:28:18:19:34 chr11 34937931 . G A 64.88 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0861393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.967;QD=10.3804;RBI=0.0867297;REFB=-0.0408491;REVB=-0.0101026;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18252;STB=0.610858;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0360058;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:8:8:6:3:8:8 chr11 34938265 . C T 570.03 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.00454309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.572;QD=22.801;RBI=0.00545544;REFB=-0.0258977;REVB=-0.00302029;RO=46;SAF=28;SAR=25;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124638;STB=0.572492;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0190469;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:47:53:53:0.53:25:28:31:15:25:28:32:15 chr11 34963416 . T C 704.1 PASS AF=0.530769;AO=65;DP=126;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00561681;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.178;QD=21.6646;RBI=0.00846834;REFB=-0.0130096;REVB=0.00633752;RO=61;SAF=27;SAR=38;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503024;STB=0.511942;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0165128;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:130:61:61:65:69:0.530769:38:27:25:36:39:30:25:36 chr11 34991727 . T C 129.33 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00991357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7786;QD=13.2641;RBI=0.0157456;REFB=-0.0207647;REVB=0.012233;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181622;STB=0.510624;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0435563;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:14:10:6:9:14:10 chr11 34999745 . C G 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0135226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2267;QD=12.3388;RBI=0.019115;REFB=-0.0107343;REVB=-0.0135102;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171271;STB=0.596252;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0109864;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:39:24:24:0.380952:11:13:14:23:11:13:15:24 chr11 35017205 . G T 286.01 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0186574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.859;QD=20.4294;RBI=0.0224868;REFB=-0.00831563;REVB=-0.0125522;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00751818;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:15:15:13:13:15:15:13:13 chr11 35017363 . C A 251.31 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0443087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.712;QD=20.9422;RBI=0.0445594;REFB=-0.0204104;REVB=-0.00472026;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268513;STB=0.523057;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0154283;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:15:8:9:15:16:8:9:15 chr11 35226155 . A G 1250.03 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.301;QD=60.2422;RBI=0.0292501;REFB=-0.121582;REVB=0.0121515;RO=1;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919621;STB=0.504853;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000301408;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:51:31:0:1:51:31:0:1 chr11 35229673 . T C 1048.08 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.181;QD=58.2266;RBI=0.0361101;REFB=-0.0524527;REVB=0.0330544;RO=1;SAF=39;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119714;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00228109;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:32:39:1:0:32:39:1:0 chr11 35274829 . A G 978.02 PASS AF=0.410448;AO=110;DP=268;FAO=110;FDP=268;FR=.;FRO=158;FSAF=43;FSAR=67;FSRF=61;FSRR=97;FWDB=0.00138972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3213;QD=14.5973;RBI=0.0426323;REFB=-0.0229576;REVB=0.0426096;RO=149;SAF=43;SAR=67;SRF=58;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00178658;STB=0.502995;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0548059;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:149:158:110:110:0.410448:67:43:58:91:67:43:61:97 chr11 35282334 . T C 176.96 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0512102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9457;QD=14.4455;RBI=0.0581414;REFB=0.00342885;REVB=0.0275306;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30835;STB=0.677644;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00320805;OID=.;OPOS=35282334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:7:12:10:20:7:12:10:20 chr11 35308369 . T C 635.1 PASS AF=0.503876;AO=63;DP=129;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.00578387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.61;QD=19.6929;RBI=0.00874222;REFB=-0.0131325;REVB=-0.00655539;RO=64;SAF=37;SAR=26;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137208;STB=0.581225;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0104097;OID=.;OPOS=35308369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:64:63:65:0.503876:26:37:28:36:26:39:28:36 chr11 35327748 . C T 483.56 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0132093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.98;QD=19.1508;RBI=0.0216217;REFB=-0.00178864;REVB=0.0171176;RO=50;SAF=33;SAR=17;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969408;STB=0.560009;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00219415;OID=.;OPOS=35327748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:51:50:50:0.49505:17:33:28:22:17:33:28:23 chr11 35463129 . C A 619.1 PASS AF=0.416667;AO=69;DP=169;FAO=70;FDP=168;FR=.;FRO=98;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.000665579;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.933;QD=14.7406;RBI=0.0111436;REFB=-0.00977709;REVB=0.0111237;RO=99;SAF=32;SAR=37;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434132;STB=0.516685;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0123006;OID=.;OPOS=35463129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:99:98:69:70:0.416667:37:32:50:49:37:33:49:49 chr11 36103228 . A G 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00139952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.204;QD=19.5186;RBI=0.00273016;REFB=-0.000675106;REVB=-0.00234416;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103509;STB=0.5576;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.000847815;OID=.;OPOS=36103228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:13:15:17:9:13:15:17:9 chr11 36293048 . G A 196.33 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00233222;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.12;QD=12.6663;RBI=0.0053647;REFB=0.00464293;REVB=0.00483122;RO=38;SAF=14;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00479998;STB=0.50276;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.00670793;OID=.;OPOS=36293048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:38:24:24:0.387097:10:14:22:16:10:14:22:16 chr11 36422792 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.204;QD=51.1846;RBI=0.0228104;REFB=0;REVB=0.0193941;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18728e-05;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr11 36472800 . A G 493.66 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00319404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.931;QD=20.3572;RBI=0.0256979;REFB=-0.0115662;REVB=-0.0254986;RO=48;SAF=19;SAR=29;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581324;STB=0.527729;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0121325;OID=.;OPOS=36472800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:49:48:48:0.494845:29:19:22:26:29:19:22:27 chr11 36484208 . T C 1127.33 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.453;QD=60.1245;RBI=0.0486967;REFB=0;REVB=0.0430243;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139199;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:44:29:0:0:44:31:0:0 chr11 36595600 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1412;QD=45.8067;RBI=0.126729;REFB=0;REVB=0.0125707;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00571132;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr11 36597313 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5301;QD=56.9562;RBI=0.0244468;REFB=0;REVB=0.00722353;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034784;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr11 36601170 . G A 1451.8 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106065;FXX=0.0582468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4301;QD=59.8682;RBI=0.011247;REFB=0;REVB=0.00374124;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00311749;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:50:46:0:0:51:46:0:0 chr11 40137543 . T C 2010.7 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.887;QD=61.3953;RBI=0.0200678;REFB=0;REVB=0.0160268;RO=0;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117575;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:131:131:0:0:129:131:1:64:65:0:0:65:66:0:0 chr11 41144553 . C T 3077.89 PASS AF=0.994872;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0620544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4716;QD=63.1363;RBI=0.067914;REFB=-0.0606279;REVB=0.0275963;RO=1;SAF=100;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503945;STB=0.502645;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000241363;OID=.;OPOS=41144553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:195:1:1:194:194:0.994872:94:100:0:1:94:100:0:1 chr11 43876698 . C T 265.6 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.00257934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0956;QD=13.2799;RBI=0.0103349;REFB=-0.00742628;REVB=-0.0100078;RO=48;SAF=20;SAR=11;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101461;STB=0.562006;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0104389;OID=.;OPOS=43876698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:11:20:35:13:11:20:36:13 chr11 43911365 . T C 885.5 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.444;QD=58.0655;RBI=0.0246272;REFB=0;REVB=0.00812409;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38315e-05;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:27:33:0:0:27:34:0:0 chr11 43940644 . G T 1287.34 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00671389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.506;QD=60.5809;RBI=0.00867769;REFB=-0.0289183;REVB=0.00549781;RO=1;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101856;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000102686;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:83:84:0.988235:46:37:0:1:46:38:0:1 chr11 43946967 . A G 1385.86 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00651101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9554;QD=60.2548;RBI=0.0171497;REFB=-0.127469;REVB=-0.0158657;RO=2;SAF=53;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412399;STB=0.501994;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.000148452;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:92:2:2:89:90:0.978261:36:53:1:1:37:53:1:1 chr11 43947990 . T C 255.81 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3547;QD=51.1626;RBI=0.0351409;REFB=0;REVB=-0.0227166;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161005;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr11 43964842 . G C 109.12 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=339.642;QD=36.3748;RBI=0.00345432;REFB=-0.166803;REVB=0.00345432;RO=1;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736692;OID=.;OPOS=43964842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:11:0:0:1:11:0:0:1 chr11 44080210 . T C 1607.04 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.409;QD=60.0763;RBI=0.0482522;REFB=0;REVB=0.0425;RO=0;SAF=37;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9089e-05;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:70:37:0:0:70:37:0:0 chr11 44096238 . G A 411.0 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.76;QD=56.6902;RBI=0.0235826;REFB=0;REVB=0.0210061;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038145;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr11 44286566 . G A 373.58 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0221911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.503;QD=23.3487;RBI=0.0284584;REFB=-0.0419841;REVB=0.0178168;RO=27;SAF=12;SAR=25;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583378;STB=0.532003;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0351882;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:25:12:7:20:25:12:7:20 chr11 44297054 . T C 1848.34 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190406;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.327;QD=60.6012;RBI=0.0292071;REFB=-0.0629907;REVB=0.0221474;RO=0;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74056e-08;STB=0.504132;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000975123;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:0:1:121:121:0.991803:60:61:0:0:60:61:0:1 chr11 44636833 . G A 587.16 PASS AF=0.350962;AO=71;DP=206;FAO=73;FDP=208;FR=.;FRO=135;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=89;FWDB=0.00204145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.499;QD=11.2915;RBI=0.00664956;REFB=-0.0102593;REVB=-0.00632844;RO=135;SAF=26;SAR=45;SRF=46;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317798;STB=0.529786;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0180094;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:208:135:135:71:73:0.350962:45:26:46:89:45:28:46:89 chr11 44640640 . C G 859.09 PASS AF=0.488764;AO=87;DP=178;FAO=87;FDP=178;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=27;FSRR=64;FWDB=0.0100323;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.34;QD=19.3053;RBI=0.011303;REFB=-0.0129912;REVB=0.00520682;RO=89;SAF=36;SAR=51;SRF=26;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11813;STB=0.563022;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0112113;OID=.;OPOS=44640640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:89:91:87:87:0.488764:51:36:26:63:51:36:27:64 chr11 44924950 . GC G,GA,GG 2081.55 PASS AF=1,0,0;AO=120,5,9;DP=134;FAO=134,0,0;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=60,0,0;FSAR=74,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450247,0.0374979,0.0316879;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=138.157,112.856,117.47;QD=62.1357;RBI=0.0453575,0.0377881,0.0329555;REFB=0,0,0;REVB=-0.00548502,-0.00467425,-0.00905206;RO=0;SAF=54,4,2;SAR=66,1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00020124,0,0.0107383;OID=.,.,.;OPOS=44924951,44924951,44924951;OREF=C,C,C;OALT=-,A,G;OMAPALT=G,GA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:120,5,9:134:134,0,0:134:0:60,0,0:74,0,0:0:0:11:0:54,4,2:66,1,7:0:0 chr11 44925038 . A G 441.07 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0136499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.017;QD=16.0391;RBI=0.0149702;REFB=-0.0190134;REVB=-0.0061472;RO=60;SAF=13;SAR=36;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155299;STB=0.583918;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0234569;OID=.;OPOS=44925038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:61:49:49:0.445455:36:13:24:36:36:13:24:37 chr11 44940828 . G A 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0191752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.209;QD=16.4069;RBI=0.0204436;REFB=-0.0144109;REVB=0.00708889;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880321;STB=0.550249;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0257259;OID=.;OPOS=44940828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:19:10:9:12:19:10 chr11 44940873 . G A 222.79 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0182536;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.807;QD=24.7545;RBI=0.0350485;REFB=0.00662024;REVB=-0.02992;RO=14;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127962;STB=0.559941;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.017276;OID=.;OPOS=44940873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:14:15:21:21:0.583333:7:14:7:7:7:14:8:7 chr11 45670395 . C T 188.68 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0034938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.999;QD=16.7714;RBI=0.00980482;REFB=-0.0310125;REVB=-0.00916121;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398935;STB=0.5111;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0261083;OID=.;OPOS=45670395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:10:10:11:13:10:10:12:13 chr11 45672261 . A G 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00361202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.078;QD=10.2706;RBI=0.0705547;REFB=-0.00850035;REVB=-0.0704621;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115234;STB=0.568543;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0152751;OID=.;OPOS=45672261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:8:8:14:21:8:8:14:21 chr11 45793154 . A C 371.4 PASS AF=0.40404;AO=39;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=45;FWDB=-0.00574358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8967;QD=15.0061;RBI=0.0147791;REFB=0.00469375;REVB=-0.0136174;RO=60;SAF=23;SAR=16;SRF=15;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351812;STB=0.70647;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00677773;OID=.;OPOS=45793154;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:59:39:40:0.40404:16:23:15:45:16:24:14:45 chr11 45793218 . G C 1584.54 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0145208;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.4073;QD=57.1005;RBI=0.0660289;REFB=-0.0822063;REVB=0.0644124;RO=3;SAF=40;SAR=68;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204786;STB=0.510789;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0016523;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:111:3:3:108:108:0.972973:68:40:0:3:68:40:0:3 chr11 45848227 . A G 30.23 PASS AF=0.0757576;AO=9;DP=131;FAO=10;FDP=132;FR=.;FRO=122;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=0.0327588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.21;QD=0.915953;RBI=0.0328919;REFB=-0.0061495;REVB=-0.00295606;RO=121;SAF=4;SAR=5;SRF=58;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373231;STB=0.522682;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0638772;OID=.;OPOS=45848227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:131:132:121:122:9:10:0.0757576:5:4:58:63:5:5:58:64 chr11 45848232 . T C 30.4 PASS AF=0.0740741;AO=10;DP=136;FAO=10;FDP=135;FR=.;FRO=125;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=-0.0250272;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8727;QD=0.900692;RBI=0.0298901;REFB=-0.00212564;REVB=-0.0163418;RO=123;SAF=5;SAR=5;SRF=59;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223095;STB=0.518482;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0078914;OID=.;OPOS=45848232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:136:135:123:125:10:10:0.0740741:5:5:59:64:5:5:60:65 chr11 45848271 . A G 43.89 PASS AF=0.0967742;AO=11;DP=124;FAO=12;FDP=124;FR=.;FRO=112;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=-0.00852056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.893;QD=1.41582;RBI=0.0220693;REFB=-0.00326735;REVB=-0.0203581;RO=111;SAF=6;SAR=5;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369132;STB=0.508051;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0277853;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:124:124:111:112:11:12:0.0967742:5:6:57:54:6:6:57:55 chr11 45848275 . T C 45.5 PASS AF=0.106195;AO=11;DP=112;FAO=12;FDP=113;FR=.;FRO=101;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=0.000784106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.05;QD=1.61076;RBI=0.05482;REFB=-0.00534056;REVB=0.0548143;RO=100;SAF=6;SAR=5;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173031;STB=0.548592;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0477742;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:112:113:100:101:11:12:0.106195:5:6:56:44:6:6:56:45 chr11 45903256 . C G 346.06 PASS AF=0.395833;AO=37;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0606585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.46;QD=14.419;RBI=0.0613887;REFB=-0.0165516;REVB=0.00944075;RO=55;SAF=15;SAR=22;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139134;STB=0.522715;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0244246;OID=.;OPOS=45903256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:58:37:38:0.395833:22:15:23:32:23:15:25:33 chr11 45935384 . A G 556.15 PASS AF=0.758065;AO=47;DP=62;FAO=47;FDP=62;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0287809;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.604;QD=35.8808;RBI=0.0391136;REFB=0.000422528;REVB=-0.0264864;RO=15;SAF=19;SAR=28;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594233;STB=0.532006;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.000393172;OID=.;OPOS=45935384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:62:62:15:15:47:47:0.758065:28:19:8:7:28:19:8:7 chr11 45937267 . C T 273.8 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579206;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9606;QD=52.152;RBI=0.0599257;REFB=0;REVB=0.0153716;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192721;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:8:13:0:0 chr11 45949534 . C T 256.16 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0203448;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8021;QD=17.6659;RBI=0.0218915;REFB=0.0070834;REVB=0.00808256;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941356;STB=0.552788;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00723734;OID=.;OPOS=45949534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:30:28:28:0.482759:15:13:17:13:15:13:17:13 chr11 45975130 . C T 430.9 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=47;FWDB=-0.0232797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.707;QD=15.9591;RBI=0.0251196;REFB=-0.0175844;REVB=0.00943663;RO=59;SAF=14;SAR=34;SRF=13;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890977;STB=0.552611;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0236489;OID=.;OPOS=45975130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:60:48:48:0.444444:34:14:13:46:34:14:13:47 chr11 46342081 . TG T 775.23 PASS AF=1;AO=62;DP=71;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0826408;FXX=0.0563301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.9974;QD=46.2826;RBI=0.0859036;REFB=0;REVB=0.0234503;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00159334;OID=.;OPOS=46342082;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:71:67:67:0:30:37:0:0:14:0:28:34:0:0 chr11 46401517 . A G 231.16 PASS AF=0.25;AO=34;DP=136;FAO=34;FDP=136;FR=.;FRO=102;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.00276203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.144;QD=6.79878;RBI=0.00282346;REFB=-0.00885189;REVB=-0.000585753;RO=102;SAF=18;SAR=16;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060938;STB=0.536711;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0193981;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:102:102:34:34:0.25:16:18:49:53:16:18:49:53 chr11 46702920 . T C 1587.61 PASS AF=0.964602;AO=109;DP=114;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000594876;FXX=0.00877116;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.81;QD=56.1987;RBI=0.00271611;REFB=-0.0900422;REVB=0.00265016;RO=3;SAF=50;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106301;STB=0.501471;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-3.91779e-06;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:114:113:3:4:109:109:0.964602:59:50:2:1:59:50:2:2 chr11 46724716 . CAGTGGTGACAGA C 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053347;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=12;MLLD=444.626;QD=53.3339;RBI=0.054289;REFB=0;REVB=-0.0100695;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000145049;OID=.;OPOS=46724717;OREF=AGTGGTGACAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:23:22:22:0:4:18:0:0:4:0:4:18:0:0 chr11 46745003 . C T 1298.67 PASS AF=0.988764;AO=83;DP=84;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0233745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.839;QD=58.3671;RBI=0.0342824;REFB=-0.113027;REVB=0.0250783;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011412;STB=0.505375;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.002891;OID=.;OPOS=46745003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:89:1:1:83:88:0.988764:41:42:0:1:46:42:0:1 chr11 46801502 . T C 263.52 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242614;FXX=0.0908678;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.04;QD=52.7047;RBI=0.0242843;REFB=0;REVB=0.00105586;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212045;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr11 46832566 . GT G 44.18 PASS AF=0.34;AO=20;DP=52;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.137002;FXX=0.0565931;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.6177;QD=3.53422;RBI=0.18422;REFB=-0.123257;REVB=-0.123155;RO=29;SAF=1;SAR=19;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.717446;STB=0.820889;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.185071;OID=.;OPOS=46832567;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34:20:52:17:50:33:2:15:17:16:44:29:1:19:18:11 chr11 46879990 . T C 642.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.656;QD=61.1529;RBI=0.0567753;REFB=0;REVB=0.0512893;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603208;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:11:30:0:0:12:30:0:0 chr11 46890197 . G A 351.92 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.401;QD=52.1365;RBI=0.288389;REFB=-0.0362799;REVB=0.287314;RO=1;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880706;OID=.;OPOS=46890197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:1:0:21:27:1:6:15:0:1:11:16:0:0 chr11 46897446 . G A 2258.38 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160525;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.449;QD=63.6163;RBI=0.033288;REFB=0;REVB=0.0291617;RO=0;SAF=63;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37201e-05;OID=.;OPOS=46897446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:79:63:0:0:79:63:0:0 chr11 46914583 . T C 834.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0883467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0181;QD=57.5351;RBI=0.111493;REFB=0;REVB=-0.0680106;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016021;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr11 46914598 . A G 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8838;QD=57.7108;RBI=0.00806857;REFB=0;REVB=-0.00626115;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87949e-05;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr11 46969616 . T C 1492.69 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00853903;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.229;QD=58.5369;RBI=0.0457057;REFB=-0.00716565;REVB=0.0449009;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.50495;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=6.61908e-05;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:102:0:1:100:101:0.990196:51:49:0:0:51:50:1:0 chr11 47188314 . T C 994.4 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0678834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.28;QD=57.6466;RBI=0.0678932;REFB=0.0134385;REVB=0.00115248;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000190068;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:69:0:1:66:68:0.985507:31:35:0:0:30:38:0:1 chr11 47196982 . C T 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0230891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.282;QD=11.5637;RBI=0.0233551;REFB=-0.00499405;REVB=0.00351485;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178529;STB=0.604806;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0120942;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:9:20:8:7:9:20 chr11 47202120 . G A 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0127812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.037;QD=24.5993;RBI=0.0297807;REFB=-0.0216704;REVB=0.0268985;RO=16;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591331;STB=0.532964;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.011467;OID=.;OPOS=47202120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:14:8:7:9:14:8:7:9 chr11 47238522 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.347;QD=57.1772;RBI=0.043282;REFB=0;REVB=0.0065447;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210729;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr11 47259668 . T C 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=6;FWDB=-0.0243111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.169;QD=11.9167;RBI=0.0386845;REFB=-0.0150007;REVB=-0.0300909;RO=37;SAF=13;SAR=9;SRF=31;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300476;STB=0.669922;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0380425;OID=.;OPOS=47259668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:9:13:31:6:9:13:31:6 chr11 47266808 . T G 466.5 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0231689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.324;QD=22.4817;RBI=0.0231832;REFB=-0.0179148;REVB=-0.000813976;RO=38;SAF=28;SAR=17;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00829033;STB=0.504564;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0132474;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:17:28:24:14:17:28:24:14 chr11 47269159 . T C 620.33 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0138685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.513;QD=19.538;RBI=0.0156864;REFB=0.00372374;REVB=0.00732995;RO=64;SAF=28;SAR=35;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509898;STB=0.52816;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00490252;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:64:63:63:0.496063:35:28:32:32:35:28:32:32 chr11 47270255 . C T 477.8 PASS AF=0.552941;AO=45;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00243422;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.585;QD=22.4848;RBI=0.0463737;REFB=-0.01423;REVB=-0.0463098;RO=34;SAF=22;SAR=23;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838263;STB=0.575106;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0158828;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:38:45:47:0.552941:23:22:13:21:23:24:13:25 chr11 47282024 . C T 207.89 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00900281;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1917;QD=15.1191;RBI=0.00999519;REFB=-0.0122492;REVB=0.00434203;RO=31;SAF=18;SAR=6;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375;STB=0.7141;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0128407;OID=.;OPOS=47282024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:6:18:12:19:6:18:12:19 chr11 47298360 . G A 269.77 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0669435;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.438;QD=14.0139;RBI=0.0675008;REFB=-0.0149522;REVB=0.00865655;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620871;STB=0.541919;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0187816;OID=.;OPOS=47298360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:46:31:31:0.402597:14:17:22:23:14:17:22:24 chr11 47303275 . T C 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0056472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.031;QD=16.4804;RBI=0.0181992;REFB=-0.0197225;REVB=0.0173009;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628676;STB=0.535943;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0401584;OID=.;OPOS=47303275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:9:16:11:8:9:16 chr11 47306585 . G A 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.012314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0342;QD=14.231;RBI=0.016184;REFB=-0.0209203;REVB=0.0105018;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125926;STB=0.570317;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0241762;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:36:26:26:0.419355:12:14:14:20:12:14:15:21 chr11 47331116 . T C 1062.12 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.022;QD=59.8378;RBI=0.0115714;REFB=0;REVB=0.00244508;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97576e-05;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr11 47346145 . G A 282.87 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00366791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.793;QD=14.8881;RBI=0.00553673;REFB=-0.021372;REVB=0.00414751;RO=43;SAF=9;SAR=23;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22859;STB=0.637655;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0217988;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:23:9:21:22:23:9:22:22 chr11 47354787 . C T 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00226933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.59;QD=19.0235;RBI=0.0056044;REFB=-0.0116045;REVB=0.00512439;RO=35;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178216;STB=0.598975;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00834859;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:19:16:23:12:19:16:23:12 chr11 47364762 . A C,G 853.83 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=4,55;DP=59;FAO=4,56;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=4,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976325,0.00508958;FXX=0.0163908;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.2175,115.833;QD=56.9217;RBI=0.0175762,0.0299486;REFB=0,0;REVB=-0.0146151,0.029513;RO=0;SAF=0,32;SAR=4,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.49259e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0580637,0.00176603;OID=.,.;OPOS=47364762,47364762;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:59:60:0:0:4,55:4,56:0.0666667,0.933333:4,23:0,32:0:0:4,23:0,33:0:0 chr11 47431728 . A G 694.21 PASS AF=0.979592;AO=44;DP=45;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0776502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9038;QD=56.6699;RBI=0.0940824;REFB=0.00111772;REVB=0.053122;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025382;STB=0.512815;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00407471;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:49:1:1:44:48:0.979592:18:26:0:1:19:29:0:1 chr11 47434986 . G A 531.16 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0314915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.917;QD=22.8457;RBI=0.0627606;REFB=-0.0498984;REVB=0.054288;RO=42;SAF=15;SAR=35;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142148;STB=0.511623;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0297765;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:43:50:50:0.537634:35:15:12:30:35:15:12:31 chr11 47460306 . A G 753.27 PASS AF=0.933333;AO=55;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0249697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8043;QD=50.2177;RBI=0.0589464;REFB=-0.0607692;REVB=-0.0533965;RO=4;SAF=13;SAR=42;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086112;STB=0.542537;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00901283;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:55:56:0.933333:42:13:3:1:42:14:3:1 chr11 47469439 . A G 2235.61 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00846935;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.342;QD=62.5345;RBI=0.00852133;REFB=-0.00410361;REVB=-0.000939776;RO=1;SAF=72;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655845;STB=0.503401;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=2.82241e-06;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:141:142:0.993007:69:72:1:0:69:73:1:0 chr11 47579103 . CCG ATA 138.43 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838954;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=311.938;QD=42.5927;RBI=0.00838954;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00119545;OID=.;OPOS=47579103;OREF=CCG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:0:12:0:0:0:13:0:0 chr11 47579119 . A T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.992;QD=61.684;RBI=0.0441946;REFB=0;REVB=0.00249787;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145393;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr11 47593945 . A C 851.76 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.119;QD=57.7465;RBI=0.0583389;REFB=0;REVB=0.0581516;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87561e-05;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:30:29:0:0 chr11 47609867 . G A 1030.72 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324716;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.258;QD=59.7522;RBI=0.0514075;REFB=0;REVB=0.0398538;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0388e-05;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr11 47640429 . G C 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0137104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.776;QD=27.6519;RBI=0.0232558;REFB=-0.0235378;REVB=-0.0187845;RO=9;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108425;STB=0.559936;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00774715;OID=.;OPOS=47640429;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:7:11:7:2:7:11:7:2 chr11 47681370 . T G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0068007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.994;QD=14.0431;RBI=0.0164421;REFB=-0.0213586;REVB=0.0149697;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268008;STB=0.665923;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.022757;OID=.;OPOS=47681370;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:2:2:1:4:2:2 chr11 47701528 . C A 258.46 PASS AF=0.4;AO=29;DP=76;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.0120912;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.287;QD=13.7846;RBI=0.0121803;REFB=-0.0028011;REVB=0.00147076;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314953;STB=0.657246;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00679152;OID=.;OPOS=47701528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:47:45:29:30:0.4:13:16:12:35:14:16:12:33 chr11 47736139 . A G 746.59 PASS AF=0.461988;AO=79;DP=171;FAO=79;FDP=171;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0132267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.526;QD=17.4641;RBI=0.0178218;REFB=-0.0125499;REVB=-0.0119445;RO=91;SAF=36;SAR=43;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482518;STB=0.523917;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0131832;OID=.;OPOS=47736139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:91:92:79:79:0.461988:43:36:46:45:43:36:46:46 chr11 47748509 . T C 1116.78 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.114;QD=60.3667;RBI=0.0412272;REFB=0;REVB=0.0412041;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142884;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr11 47826090 . A C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0275913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.16;QD=16.6272;RBI=0.0282979;REFB=-0.0234345;REVB=0.00628411;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234553;STB=0.513493;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0200502;OID=.;OPOS=47826090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:4:10:9:4:4:10 chr11 47834592 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.382;QD=53.277;RBI=0.0497195;REFB=0;REVB=0.0156116;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365045;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr11 47857253 . T C 269.77 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0603469;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7749;QD=19.6196;RBI=0.0689167;REFB=-0.0186452;REVB=0.033283;RO=21;SAF=6;SAR=22;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287452;STB=0.686425;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0188198;OID=.;OPOS=47857253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:26:28:29:0.527273:22:6:11:10:23:6:14:12 chr11 48118347 . T TA 648.5 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.8599;QD=47.1637;RBI=0.137913;REFB=0;REVB=-0.0671998;RO=1;SAF=15;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303766;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0041891;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:56:55:55:0:15:40:0:0:12:1:15:39:1:0 chr11 48145247 . T C 1826.19 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132945;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.714;QD=61.3845;RBI=0.0409977;REFB=0;REVB=0.0387823;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.388e-05;OID=.;OPOS=48145247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:64:54:0:0:65:54:0:0 chr11 48188872 . G A 291.41 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0682656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8574;QD=16.8935;RBI=0.0685404;REFB=-0.0268288;REVB=-0.00613147;RO=37;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020723;STB=0.511621;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0346786;OID=.;OPOS=48188872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:21:11:12:25:21:11:12:25 chr11 48190383 . A T 1483.0 PASS AF=0.989583;AO=89;DP=90;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.883;QD=61.7918;RBI=0.0197815;REFB=-0.0134303;REVB=0.00975593;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000115788;OID=.;OPOS=48190383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:96:0:1:89:95:0.989583:50:39:0:0:53:42:0:1 chr11 48190527 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6547;QD=57.1771;RBI=0.0399526;REFB=0;REVB=0.0370126;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246108;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr11 48190777 . G T 427.49 PASS AF=0.37594;AO=50;DP=132;FAO=50;FDP=133;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=57;FWDB=0.000895985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2184;QD=12.8567;RBI=0.0479299;REFB=0.0226989;REVB=0.0479215;RO=80;SAF=25;SAR=25;SRF=26;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190902;STB=0.616497;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0479057;OID=.;OPOS=48190777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:80:83:50:50:0.37594:25:25:26:54:25:25:26:57 chr11 48238421 . T G 2116.5 PASS AF=0.978571;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.051536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.476;QD=60.4713;RBI=0.0565155;REFB=-0.0927711;REVB=0.0231956;RO=0;SAF=66;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49328e-08;STB=0.503966;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00172854;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:140:0:3:137:137:0.978571:71:66:0:0:71:66:2:1 chr11 48238549 . G A 1010.7 PASS AF=0.535912;AO=97;DP=181;FAO=97;FDP=181;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0497668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.703;QD=22.3359;RBI=0.0517891;REFB=-0.0323955;REVB=0.014331;RO=81;SAF=42;SAR=55;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970788;STB=0.503534;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0230982;OID=.;OPOS=48238549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:81:84:97:97:0.535912:55:42:36:45:55:42:37:47 chr11 48239071 . C A 342.9 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.032272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5136;QD=16.1365;RBI=0.0755775;REFB=0.0313869;REVB=0.068341;RO=48;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12928;STB=0.572501;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0422706;OID=.;OPOS=48239071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:20:17:16:32:20:17:16:32 chr11 48239182 . C A 186.66 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0233426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.215;QD=27.6527;RBI=0.0234406;REFB=-0.0334138;REVB=-0.0021412;RO=9;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102393;STB=0.556898;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.016007;OID=.;OPOS=48239182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:9:9:18:18:0.666667:11:7:5:4:11:7:5:4 chr11 48267589 . A G 92.42 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237975;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7319;QD=41.0778;RBI=0.0910498;REFB=0;REVB=0.0878849;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425621;OID=.;OPOS=48267589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:10:9:1:3:7:0:0:3:6:0:0 chr11 48285842 . A G 1491.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.094;QD=62.8001;RBI=0.0474901;REFB=0;REVB=0.0462235;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55377e-05;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:95:0:0:88:95:1:43:45:0:0:50:45:0:0 chr11 48328644 . C T 728.82 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6909;QD=57.1627;RBI=0.0345536;REFB=0;REVB=0.02911;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34288e-05;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr11 48346513 . T C 34.93 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.0053887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9862;QD=1.81467;RBI=0.0155861;REFB=-0.00719827;REVB=0.0146249;RO=68;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328608;STB=0.733428;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0647508;OID=.;OPOS=48346513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:68:69:8:8:0.103896:3:5:23:45:3:5:24:45 chr11 48346523 . C T 39.78 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.0408142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3939;QD=1.94054;RBI=0.0423031;REFB=-0.00836984;REVB=0.0111243;RO=72;SAF=6;SAR=3;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381877;STB=0.775597;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0286296;OID=.;OPOS=48346523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:82:72:73:9:9:0.109756:3:6:24:48:3:6:24:49 chr11 48346535 . G C 82.68 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.115427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3516;QD=3.67451;RBI=0.115467;REFB=-0.0107218;REVB=-0.00303915;RO=73;SAF=7;SAR=8;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142789;STB=0.601682;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0296244;OID=.;OPOS=48346535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:88:90:73:75:15:15:0.166667:8:7:26:47:8:7:26:49 chr11 48346541 . A T 90.09 PASS AF=0.172043;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=-0.0132971;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1661;QD=3.8748;RBI=0.061874;REFB=-0.00129238;REVB=-0.0604283;RO=75;SAF=8;SAR=8;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196017;STB=0.634253;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00374492;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:93:93:75:77:16:16:0.172043:8:8:26:49:8:8:26:51 chr11 48346547 . C T 96.64 PASS AF=0.171717;AO=17;DP=96;FAO=17;FDP=99;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=-0.00710358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.694;QD=3.90465;RBI=0.0131454;REFB=-0.00859617;REVB=-0.0110607;RO=79;SAF=8;SAR=9;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167446;STB=0.618975;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0292004;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:96:99:79:82:17:17:0.171717:9:8:27:52:9:8:27:55 chr11 48346551 . C A 95.37 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=101;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=58;FWDB=-0.00635047;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.6;QD=3.73989;RBI=0.0291109;REFB=-0.00888153;REVB=-0.0284098;RO=84;SAF=8;SAR=9;SRF=27;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195388;STB=0.629707;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.033401;OID=.;OPOS=48346551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:101:102:84:85:17:17:0.166667:9:8:27:57:9:8:27:58 chr11 48346579 . C A 133.63 PASS AF=0.1875;AO=22;DP=126;FAO=24;FDP=128;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=67;FWDB=0.00459098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.471;QD=4.17606;RBI=0.00479971;REFB=-0.00944931;REVB=0.00140004;RO=101;SAF=6;SAR=16;SRF=36;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122989;STB=0.520214;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0439284;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:101:104:22:24:0.1875:16:6:36:65:16:8:37:67 chr11 48346588 . A C 154.82 PASS AF=0.183673;AO=27;DP=147;FAO=27;FDP=147;FR=.;FRO=120;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=74;FWDB=-0.00567927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.307;QD=4.2127;RBI=0.00568182;REFB=-0.0128961;REVB=0.000170154;RO=120;SAF=8;SAR=19;SRF=46;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123558;STB=0.5796;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0332435;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:120:120:27:27:0.183673:19:8:46:74:19:8:46:74 chr11 48346604 . T G 239.31 PASS AF=0.238411;AO=35;DP=155;FAO=36;FDP=151;FR=.,HEALED;FRO=115;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=73;FWDB=0.00198555;FXX=0.0258048;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.906;QD=6.33937;RBI=0.0165733;REFB=-0.0108401;REVB=-0.016454;RO=92;SAF=15;SAR=20;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077196;STB=0.540829;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0236197;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:151:92:115:35:36:0.238411:20:15:40:52:21:15:42:73 chr11 48346615 . G A 364.64 PASS AF=0.275676;AO=51;DP=187;FAO=51;FDP=185;FR=.;FRO=134;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=81;FWDB=-0.0312829;FXX=0.0106946;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8052;QD=7.88403;RBI=0.0427228;REFB=-0.00537815;REVB=-0.0290967;RO=132;SAF=28;SAR=23;SRF=52;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188217;STB=0.609801;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0154759;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:132:134:51:51:0.275676:23:28:52:80:23:28:53:81 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 235.2 PASS AF=0.283582;AO=52;DP=211;FAO=57;FDP=201;FR=.;FRO=144;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=65;FSRR=79;FWDB=-0.00347157;FXX=0.0289841;HRUN=5;LEN=9;MLLD=314.639;QD=4.68069;RBI=0.016906;REFB=-0.00412486;REVB=-0.0165457;RO=134;SAF=30;SAR=22;SRF=62;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139495;STB=0.590996;STBP=0.103;TYPE=del;VARB=0.0125974;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283582:52:211:57:201:144:33:24:65:79:99:134:30:22:62:72 chr11 48346681 . G A 483.06 PASS AF=0.290749;AO=66;DP=227;FAO=66;FDP=227;FR=.;FRO=161;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=72;FSRR=89;FWDB=0.016359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.526;QD=8.51207;RBI=0.0234537;REFB=-0.00652087;REVB=-0.0168066;RO=160;SAF=39;SAR=27;SRF=71;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177669;STB=0.601485;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00980271;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:160:161:66:66:0.290749:27:39:71:89:27:39:72:89 chr11 48346729 . G C 225.21 PASS AF=0.212291;AO=36;DP=177;FAO=38;FDP=179;FR=.;FRO=141;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=69;FSRR=72;FWDB=-0.00532972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.728;QD=5.03265;RBI=0.0109539;REFB=-0.00522146;REVB=-0.00956988;RO=141;SAF=8;SAR=28;SRF=69;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363815;STB=0.688564;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0195353;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:141:141:36:38:0.212291:28:8:69:72:28:10:69:72 chr11 48346791 . C T 197.15 PASS AF=0.254237;AO=28;DP=120;FAO=30;FDP=118;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.000406591;FXX=0.0406471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.764;QD=6.68303;RBI=0.00624742;REFB=-0.00963137;REVB=-0.00623418;RO=92;SAF=7;SAR=21;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35291;STB=0.714222;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0247856;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:92:88:28:30:0.254237:21:7:48:44:23:7:44:44 chr11 48346822 . A C 273.4 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00194387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.607;QD=10.5154;RBI=0.00462435;REFB=-0.000769056;REVB=0.00419595;RO=68;SAF=10;SAR=25;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178071;STB=0.60969;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00125717;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:68:69:35:35:0.336538:25:10:29:39:25:10:30:39 chr11 48346843 . C T 359.36 PASS AF=0.414894;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0122616;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.823;QD=15.2921;RBI=0.0139322;REFB=-0.00329285;REVB=-0.00661517;RO=54;SAF=10;SAR=28;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153277;STB=0.587918;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00425917;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:54:55:38:39:0.414894:28:10:21:33:29:10:21:34 chr11 48346916 . G C 488.25 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0114385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8591;QD=15.3781;RBI=0.0119274;REFB=-0.00147716;REVB=0.00337981;RO=73;SAF=21;SAR=33;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381536;STB=0.521414;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00136069;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:73:54:54:0.425197:33:21:31:42:33:21:31:42 chr11 48346924 . T C 465.24 PASS AF=0.389706;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0177964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4984;QD=13.6834;RBI=0.0442637;REFB=0.00250539;REVB=0.0405286;RO=83;SAF=20;SAR=33;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500843;STB=0.528373;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00345453;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:83:83:53:53:0.389706:33:20:35:48:33:20:35:48 chr11 48346932 . G A 476.16 PASS AF=0.388489;AO=54;DP=139;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.0108548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.225;QD=13.7025;RBI=0.0113652;REFB=-0.00644226;REVB=-0.00336766;RO=85;SAF=21;SAR=33;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258105;STB=0.514614;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00655998;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:85:85:54:54:0.388489:33:21:35:50:33:21:35:50 chr11 48346961 . AA TG 424.86 PASS AF=0.346405;AO=53;DP=151;FAO=53;FDP=153;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=-0.0117851;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=203.877;QD=11.1075;RBI=0.0181395;REFB=-0.0125834;REVB=-0.0137895;RO=98;SAF=25;SAR=28;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375566;STB=0.514245;STBP=0.791;TYPE=mnp;VARB=0.0238203;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:98:100:53:53:0.346405:28:25:43:55:28:25:45:55 chr11 48346996 . G A 93.27 PASS AF=0.130435;AO=21;DP=161;FAO=21;FDP=161;FR=.;FRO=140;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=78;FSRR=62;FWDB=-0.000180572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9341;QD=2.3173;RBI=0.038606;REFB=-0.00555459;REVB=0.0386056;RO=136;SAF=7;SAR=14;SRF=74;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262916;STB=0.690879;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0337862;OID=.;OPOS=48346996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:161:161:136:140:21:21:0.130435:14:7:74:62:14:7:78:62 chr11 48346999 . T G 458.0 PASS AF=0.351852;AO=57;DP=162;FAO=57;FDP=162;FR=.;FRO=105;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.0423379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4243;QD=11.3085;RBI=0.046026;REFB=-0.0130152;REVB=-0.0180526;RO=105;SAF=33;SAR=24;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955735;STB=0.554663;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.023991;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:105:105:57:57:0.351852:24:33:52:53:24:33:52:53 chr11 48347014 . G A 406.78 PASS AF=0.325153;AO=53;DP=163;FAO=53;FDP=163;FR=.;FRO=110;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=0.0538551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.965;QD=9.98246;RBI=0.0546114;REFB=-0.00236165;REVB=0.00905727;RO=106;SAF=27;SAR=26;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327544;STB=0.524748;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0209633;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:106:110:53:53:0.325153:26:27:51:55:26:27:52:58 chr11 48347023 . C T 437.22 PASS AF=0.339394;AO=52;DP=160;FAO=56;FDP=165;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=0.00571688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.264;QD=10.5992;RBI=0.00571997;REFB=-0.00749618;REVB=-0.000187835;RO=108;SAF=24;SAR=28;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125401;STB=0.509431;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0160106;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:165:108:109:52:56:0.339394:28:24:51:57:29:27:51:58 chr11 48347067 . C T 315.61 PASS AF=0.283784;AO=42;DP=148;FAO=42;FDP=148;FR=.;FRO=106;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=-0.0160872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.482;QD=8.52993;RBI=0.0164706;REFB=-0.0175594;REVB=-0.00353332;RO=106;SAF=18;SAR=24;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121105;STB=0.571395;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0421065;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:106:106:42:42:0.283784:24:18:56:50:24:18:56:50 chr11 48347100 . C T 342.88 PASS AF=0.323529;AO=43;DP=134;FAO=44;FDP=136;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.0452728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.951;QD=10.0847;RBI=0.0454829;REFB=-0.0172165;REVB=0.0043666;RO=90;SAF=23;SAR=20;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923976;STB=0.552713;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0432217;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:90:92:43:44:0.323529:20:23:41:49:20:24:43:49 chr11 48347110 . G A 389.82 PASS AF=0.358779;AO=47;DP=131;FAO=47;FDP=131;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.00159073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4109;QD=11.9028;RBI=0.00474432;REFB=-0.0035021;REVB=0.00446969;RO=84;SAF=25;SAR=22;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491423;STB=0.5281;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0114281;OID=.;OPOS=48347110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:84:84:47:47:0.358779:22:25:41:43:22:25:41:43 chr11 48347124 . A G 346.4 PASS AF=0.349593;AO=43;DP=122;FAO=43;FDP=123;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0491365;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6452;QD=11.2651;RBI=0.0840209;REFB=0.00233712;REVB=-0.0681551;RO=79;SAF=24;SAR=19;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101297;STB=0.5541;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00665848;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:79:80:43:43:0.349593:19:24:37:42:19:24:38:42 chr11 48347130 . C G 326.83 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0199612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.875;QD=11.0789;RBI=0.0200011;REFB=0.000543038;REVB=0.00126207;RO=76;SAF=24;SAR=17;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155758;STB=0.585324;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0018423;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:76:77:41:41:0.347458:17:24:34:42:17:24:35:42 chr11 48347140 . T C 1713.18 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.68;QD=60.6435;RBI=0.0800465;REFB=0;REVB=0.0254994;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205214;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:57:55:0:0:57:56:0:0 chr11 48347142 . C T 292.42 PASS AF=0.330435;AO=38;DP=115;FAO=38;FDP=115;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0147044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.482;QD=10.171;RBI=0.0147603;REFB=-0.00729276;REVB=-0.00128312;RO=77;SAF=23;SAR=15;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174424;STB=0.601047;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0112713;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:77:77:38:38:0.330435:15:23:35:42:15:23:35:42 chr11 48347144 . T C 293.48 PASS AF=0.333333;AO=38;DP=114;FAO=38;FDP=114;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0217013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.259;QD=10.2976;RBI=0.022705;REFB=-0.0166632;REVB=0.00667598;RO=76;SAF=23;SAR=15;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167225;STB=0.596798;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0196605;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:76:76:38:38:0.333333:15:23:35:41:15:23:35:41 chr11 48347267 . T C 381.57 PASS AF=0.309091;AO=51;DP=166;FAO=51;FDP=165;FR=.;FRO=114;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=-0.00308938;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.754;QD=9.25009;RBI=0.0116138;REFB=0.0029612;REVB=0.0111954;RO=113;SAF=27;SAR=24;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866567;STB=0.502145;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0255724;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:113:114:51:51:0.309091:24:27:59:54:24:27:60:54 chr11 48347306 . G T 310.08 PASS AF=0.266272;AO=46;DP=171;FAO=45;FDP=169;FR=.;FRO=124;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=-0.00582173;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.578;QD=7.33913;RBI=0.00854189;REFB=-0.00632492;REVB=0.0062507;RO=123;SAF=15;SAR=31;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215377;STB=0.609004;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0195231;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:169:123:124:46:45:0.266272:31:15:61:62:30:15:59:65 chr11 48347342 . G A 225.99 PASS AF=0.227848;AO=36;DP=158;FAO=36;FDP=158;FR=.;FRO=122;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=-0.0535748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.768;QD=5.72121;RBI=0.057796;REFB=-0.017337;REVB=-0.0216821;RO=121;SAF=10;SAR=26;SRF=55;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239437;STB=0.644953;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0378579;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:121:122:36:36:0.227848:26:10:55:66:26:10:55:67 chr11 48347346 . A T 222.89 PASS AF=0.227273;AO=35;DP=154;FAO=35;FDP=154;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=-0.0515835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.396;QD=5.7893;RBI=0.0623528;REFB=-0.0136266;REVB=-0.0350289;RO=119;SAF=10;SAR=25;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216824;STB=0.633723;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0534094;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:119:119:35:35:0.227273:25:10:53:66:25:10:53:66 chr11 48347358 . C T 201.68 PASS AF=0.236641;AO=31;DP=131;FAO=31;FDP=131;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.0218318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2135;QD=6.1583;RBI=0.0234101;REFB=0.00848227;REVB=0.00845019;RO=96;SAF=7;SAR=24;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248429;STB=0.664628;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00249958;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:96:100:31:31:0.236641:24:7:38:58:24:7:41:59 chr11 48347363 . C T 184.97 PASS AF=0.226562;AO=29;DP=128;FAO=29;FDP=128;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0409364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.521;QD=5.78035;RBI=0.0417648;REFB=-0.00470899;REVB=-0.00827723;RO=99;SAF=7;SAR=22;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234019;STB=0.645738;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0116246;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:99:99:29:29:0.226562:22:7:40:59:22:7:40:59 chr11 48347392 . T C 184.8 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0178231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.051;QD=8.3056;RBI=0.0242456;REFB=-0.0127092;REVB=0.0164374;RO=62;SAF=6;SAR=19;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26436;STB=0.661746;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0354444;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:62:64:25:25:0.280899:19:6:27:35:19:6:28:36 chr11 48347419 . A G 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0121153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5481;QD=6.95175;RBI=0.0400581;REFB=0.00112081;REVB=0.038182;RO=46;SAF=5;SAR=11;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184241;STB=0.613587;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00134671;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:11:5:21:25:11:5:21:25 chr11 48347492 . G A 86.28 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0397365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0485;QD=12.3262;RBI=0.0421204;REFB=0.0176989;REVB=-0.0139691;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15055;STB=0.588087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0452577;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:4:13:7:4:4:13 chr11 48347498 . A T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0414685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=343.935;QD=10.6346;RBI=0.0415735;REFB=-0.0249911;REVB=0.0029521;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752617;STB=0.545344;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0395925;OID=.;OPOS=48347498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:4:9:5:3:4:9 chr11 48366958 . T G 351.69 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00110327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.106;QD=16.1697;RBI=0.0041968;REFB=-0.00844456;REVB=0.00404919;RO=45;SAF=7;SAR=31;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415258;STB=0.748649;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00261934;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:49:38:38:0.436782:31:7:25:20:31:7:28:21 chr11 48366971 . GG CA 403.5 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00388169;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=2;MLLD=331.743;QD=19.2142;RBI=0.00580288;REFB=-0.00522636;REVB=-0.00431345;RO=42;SAF=10;SAR=31;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286535;STB=0.656003;STBP=0.013;TYPE=mnp;VARB=0.00406396;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:43:41:41:0.488095:31:10:22:20:31:10:22:21 chr11 48367050 . T TAG 150.79 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0201643;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.742;QD=9.8878;RBI=0.0206386;REFB=-0.00839583;REVB=0.00439925;RO=42;SAF=2;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.579304;STB=0.844495;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0107439;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327869:20:63:20:61:41:2:18:21:20:99:42:2:18:22:20 chr11 48367073 . A C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112216;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.122;QD=63.872;RBI=0.0191344;REFB=0;REVB=0.0154984;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17513e-05;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr11 48367190 . A T 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0117486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.607;QD=5.53978;RBI=0.0146976;REFB=-0.00384674;REVB=-0.00883116;RO=29;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561225;STB=0.868026;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00793742;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:1:7:12:17:1:7:12:17 chr11 48367195 . C T 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0049198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.615;QD=5.85757;RBI=0.0233348;REFB=0.00384097;REVB=-0.0228103;RO=29;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.650092;STB=0.89276;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00465691;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:29:32:9:9:0.219512:1:8:9:20:1:8:12:20 chr11 48367249 . C T 237.52 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00904818;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.551;QD=13.5726;RBI=0.0175514;REFB=-0.0121983;REVB=-0.0150393;RO=39;SAF=19;SAR=9;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179474;STB=0.61282;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0128516;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:42:28:28:0.4:9:19:20:19:9:19:21:21 chr11 48367252 . G A 286.34 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.01868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1534;QD=15.6896;RBI=0.0346845;REFB=0.000821131;REVB=0.0292245;RO=41;SAF=23;SAR=9;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27057;STB=0.653428;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00060242;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:9:23:19:22:9:23:19:22 chr11 48367311 . T C 388.44 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00543441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8496;QD=14.2546;RBI=0.0386468;REFB=-0.010543;REVB=-0.0382628;RO=61;SAF=29;SAR=16;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256761;STB=0.631671;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0310591;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:64:45:45:0.412844:16:29:24:37:16:29:27:37 chr11 48367363 . C T 383.62 PASS AF=0.393162;AO=45;DP=115;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.0536376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1931;QD=13.1153;RBI=0.0618212;REFB=-0.032364;REVB=-0.0307387;RO=70;SAF=25;SAR=20;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180794;STB=0.610819;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0510537;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:70:71:45:46:0.393162:20:25:27:43:20:26:27:44 chr11 48367387 . C T 331.75 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.0345159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9227;QD=13.823;RBI=0.0358315;REFB=-0.0244306;REVB=0.00962004;RO=58;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136889;STB=0.57039;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0390978;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:58:59:37:37:0.385417:21:16:18:40:21:16:19:40 chr11 48367419 . G A 312.91 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=-0.00980571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.927;QD=14.3865;RBI=0.012979;REFB=-0.00887104;REVB=-0.00850315;RO=52;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231748;STB=0.630395;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0133442;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:18:17:14:38:18:17:14:38 chr11 48367424 . C G 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.00686569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.728;QD=14.6054;RBI=0.00871366;REFB=-0.00599984;REVB=-0.00536564;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19699;STB=0.61089;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0176134;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:18:16:14:35:18:16:14:35 chr11 48367455 . G A 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0188438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.036;QD=12.059;RBI=0.0204415;REFB=-0.00261635;REVB=-0.00792251;RO=42;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379744;STB=0.715755;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00613835;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:10:15:10:32:10:15:10:32 chr11 48367469 . TG CA 135.75 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.00483018;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.61;QD=9.69641;RBI=0.0189349;REFB=-0.0236282;REVB=-0.0183085;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389608;STB=0.724981;STBP=0.034;TYPE=mnp;VARB=0.032456;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:8:10:8:30:8:10:8:30 chr11 48367474 . A G 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0182036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.982;QD=11.1851;RBI=0.0201857;REFB=-0.00394483;REVB=0.00872316;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407702;STB=0.733126;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0048342;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:8:11:7:28:8:11:7:28 chr11 48367499 . A G 131.97 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.00103631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.563;QD=14.6636;RBI=0.00238974;REFB=-0.0127926;REVB=0.00215335;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396617;STB=0.726052;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0261277;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:4:17:6:9:4:17 chr11 48367510 . CT CG,TC 87.39 PASS AF=0.423077,0;AO=11,2;DP=26;FAO=11,0;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0112219,0.0124585;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=102.867,53.4724;QD=13.4452;RBI=0.0353434,0.0416269;REFB=-0.00179342,0.003708;REVB=-0.0335146,-0.0397188;RO=12;SAF=8,0;SAR=3,2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.359136,-0.505787;STB=0.756308,0.5;STBP=0.041,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00200621,0;OID=.,.;OPOS=48367511,48367510;OREF=T,CT;OALT=G,TC;OMAPALT=CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:12:15:11,2:11,0:0.423077,0:3,2:8,0:4:8:3,0:8,0:4:11 chr11 48373748 . C G 52.36 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.00481206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.514;QD=3.67456;RBI=0.0264786;REFB=-9.58796e-05;REVB=-0.0260377;RO=44;SAF=1;SAR=8;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.670511;STB=0.931297;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000482697;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:44:48:9:9:0.157895:8:1:32:12:8:1:35:13 chr11 48373770 . T A 43.19 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=13;FWDB=0.00862249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=336.411;QD=2.92841;RBI=0.00975824;REFB=-0.00220106;REVB=0.00456902;RO=51;SAF=1;SAR=7;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.656958;STB=0.930962;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0248832;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:51:51:8:8:0.135593:7:1:38:13:7:1:38:13 chr11 48373805 . G A 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=14;FWDB=-0.0191939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7962;QD=2.44627;RBI=0.0208166;REFB=-0.0064717;REVB=-0.00805759;RO=57;SAF=3;SAR=5;SRF=43;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445789;STB=0.800829;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0321321;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:57:57:8:8:0.123077:5:3:43:14:5:3:43:14 chr11 48373815 . A G 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=13;FWDB=0.0245136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0906;QD=2.44585;RBI=0.0368393;REFB=-0.00327005;REVB=0.0274994;RO=56;SAF=3;SAR=5;SRF=43;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463076;STB=0.812585;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0247297;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:56:57:8:8:0.123077:5:3:43:13:5:3:44:13 chr11 48373817 . C T 40.21 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=13;FWDB=-0.00816564;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.941;QD=2.5129;RBI=0.0216818;REFB=-0.0010386;REVB=-0.0200854;RO=55;SAF=3;SAR=5;SRF=43;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48114;STB=0.809295;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0266992;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:55:56:8:8:0.125:5:3:43:12:5:3:43:13 chr11 48373827 . G A 38.32 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=14;FWDB=-0.0186783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.679;QD=2.25391;RBI=0.022364;REFB=-0.0113051;REVB=-0.0122991;RO=60;SAF=4;SAR=4;SRF=46;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341219;STB=0.734836;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0342105;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:60:60:8:8:0.117647:4:4:46:14:4:4:46:14 chr11 48373885 . A G 250.41 PASS AF=0.255319;AO=36;DP=141;FAO=36;FDP=141;FR=.;FRO=105;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.00666664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.22;QD=7.10383;RBI=0.0142836;REFB=-0.00886958;REVB=-0.0126324;RO=105;SAF=6;SAR=30;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471972;STB=0.787228;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0402513;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:105:105:36:36:0.255319:30:6:54:51:30:6:54:51 chr11 48373900 . A G 334.6 PASS AF=0.296053;AO=45;DP=152;FAO=45;FDP=152;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=0.0200484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2453;QD=8.80529;RBI=0.0221639;REFB=0.00152033;REVB=-0.00944994;RO=105;SAF=8;SAR=37;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489338;STB=0.784607;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00306301;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:105:107:45:45:0.296053:37:8:59:46:37:8:59:48 chr11 48373936 . A G 408.02 PASS AF=0.35;AO=49;DP=140;FAO=49;FDP=140;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.0156133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1521;QD=11.6577;RBI=0.0177666;REFB=-0.0014338;REVB=0.00847799;RO=91;SAF=10;SAR=39;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372717;STB=0.716097;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0023927;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:91:91:49:49:0.35:39:10:45:46:39:10:45:46 chr11 48373946 . C A 253.85 PASS AF=0.266667;AO=36;DP=135;FAO=36;FDP=135;FR=.;FRO=99;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=66;FWDB=-0.0181483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.47;QD=7.52154;RBI=0.036199;REFB=-0.00830518;REVB=-0.031321;RO=98;SAF=19;SAR=17;SRF=33;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233904;STB=0.640723;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0141991;OID=.;OPOS=48373946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:98:99:36:36:0.266667:17:19:33:65:17:19:33:66 chr11 48373976 . T G 416.9 PASS AF=0.376923;AO=49;DP=130;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00171881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.524;QD=12.8277;RBI=0.00599245;REFB=-0.0237823;REVB=-0.00574066;RO=81;SAF=11;SAR=38;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281381;STB=0.661655;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0334021;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:81:81:49:49:0.376923:38:11:36:45:38:11:36:45 chr11 48373986 . A G 397.33 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0779103;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.642;QD=12.8171;RBI=0.078412;REFB=-0.0149685;REVB=0.00885588;RO=76;SAF=10;SAR=37;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301435;STB=0.678124;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0136863;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:76:77:47:47:0.379032:37:10:34:42:37:10:35:42 chr11 48387098 . A C 119.65 PASS AF=0.218391;AO=19;DP=86;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00418137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.088;QD=5.5012;RBI=0.0115347;REFB=-0.0069194;REVB=-0.0107501;RO=67;SAF=14;SAR=5;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249769;STB=0.663849;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0161519;OID=.;OPOS=48387098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:67:68:19:19:0.218391:5:14:37:30:5:14:37:31 chr11 48387107 . T C 120.44 PASS AF=0.215909;AO=19;DP=86;FAO=19;FDP=88;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0169578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.312;QD=5.47459;RBI=0.0252829;REFB=-0.00461747;REVB=-0.0187525;RO=67;SAF=14;SAR=5;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266942;STB=0.669928;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0433845;OID=.;OPOS=48387107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:67:69:19:19:0.215909:5:14:36:31:5:14:37:32 chr11 48387115 . G A 102.8 PASS AF=0.2;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0141734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.413;QD=4.83746;RBI=0.0214539;REFB=-0.00964694;REVB=-0.0161054;RO=68;SAF=12;SAR=5;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214708;STB=0.63794;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0383686;OID=.;OPOS=48387115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:68:68:17:17:0.2:5:12:37:31:5:12:37:31 chr11 48387118 . G A 103.24 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0277026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.151;QD=4.91633;RBI=0.0277533;REFB=-0.00415593;REVB=-0.00167668;RO=67;SAF=12;SAR=5;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204932;STB=0.631417;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.036454;OID=.;OPOS=48387118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:67:67:17:17:0.202381:5:12:37:30:5:12:37:30 chr11 48387154 . A G 49.3 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0132214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.737;QD=2.66497;RBI=0.0132397;REFB=-0.0104268;REVB=-0.000696028;RO=64;SAF=7;SAR=3;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158931;STB=0.613797;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0219449;OID=.;OPOS=48387154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:64:64:10:10:0.135135:3:7:37:27:3:7:37:27 chr11 48387164 . G A 43.72 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00856072;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.157;QD=2.46293;RBI=0.0320101;REFB=-0.00242976;REVB=-0.0308441;RO=63;SAF=6;SAR=3;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120332;STB=0.579817;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0149207;OID=.;OPOS=48387164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:71:63:62:9:9:0.126761:3:6:36:27:3:6:36:26 chr11 48387301 . G A 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00518684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5862;QD=5.54348;RBI=0.0060822;REFB=-0.0353123;REVB=-0.00317645;RO=34;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404031;STB=0.526258;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0540572;OID=.;OPOS=48387301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:5:4:14:20:5:4:14:20 chr11 48387335 . C A 106.37 PASS AF=0.266667;AO=15;DP=59;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00158392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.445;QD=7.09135;RBI=0.0217396;REFB=-0.0107612;REVB=0.0216818;RO=44;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114244;STB=0.526283;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.036044;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:44:44:15:16:0.266667:9:6:18:26:10:6:18:26 chr11 48387370 . A G 111.35 PASS AF=0.2125;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00204454;FXX=0.0588166;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.901;QD=5.56731;RBI=0.0114189;REFB=-0.00634893;REVB=-0.0112344;RO=60;SAF=9;SAR=8;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119154;STB=0.591136;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0189898;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:60:63:17:17:0.2125:8:9:26:34:8:9:26:37 chr11 48387424 . G T 206.14 PASS AF=0.242188;AO=31;DP=128;FAO=31;FDP=128;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.00667366;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.961;QD=6.44175;RBI=0.00698321;REFB=-0.010751;REVB=0.00205609;RO=93;SAF=15;SAR=16;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806139;STB=0.530819;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.036112;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:93:97:31:31:0.242188:16:15:39:54:16:15:43:54 chr11 48387490 . G A 230.06 PASS AF=0.246377;AO=34;DP=138;FAO=34;FDP=138;FR=.;FRO=104;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=65;FWDB=-0.0354205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5962;QD=6.66842;RBI=0.0415128;REFB=-0.017244;REVB=-0.0216495;RO=104;SAF=18;SAR=16;SRF=39;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191962;STB=0.615125;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0468401;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:104:104:34:34:0.246377:16:18:39:65:16:18:39:65 chr11 48387506 . A G 221.92 PASS AF=0.255814;AO=32;DP=129;FAO=33;FDP=129;FR=.;FRO=96;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=-0.0215538;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3522;QD=6.88137;RBI=0.0606262;REFB=-0.00708729;REVB=-0.0566654;RO=94;SAF=14;SAR=18;SRF=34;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972372;STB=0.560309;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0389168;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:94:96:32:33:0.255814:18:14:34:60:18:15:36:60 chr11 48387526 . G T 206.24 PASS AF=0.25;AO=31;DP=124;FAO=31;FDP=124;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=-0.00465588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5651;QD=6.65293;RBI=0.0182193;REFB=-0.0194678;REVB=0.0176144;RO=93;SAF=16;SAR=15;SRF=34;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187152;STB=0.612133;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0271896;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:93:93:31:31:0.25:15:16:34:59:15:16:34:59 chr11 48387535 . T C 160.51 PASS AF=0.222222;AO=25;DP=116;FAO=26;FDP=117;FR=.;FRO=91;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=-0.000264825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5416;QD=5.48754;RBI=0.00868962;REFB=0.00971305;REVB=0.00868558;RO=91;SAF=15;SAR=10;SRF=33;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293077;STB=0.662071;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0243714;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:91:91:25:26:0.222222:10:15:33:58:11:15:33:58 chr11 48387540 . G T 163.79 PASS AF=0.230088;AO=26;DP=113;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.0355194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.633;QD=5.79782;RBI=0.0388499;REFB=-0.00800313;REVB=0.0157379;RO=86;SAF=15;SAR=11;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266507;STB=0.65682;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0098179;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:86:87:26:26:0.230088:11:15:31:55:11:15:32:55 chr11 48387580 . G T 50.78 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.158148;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.16;QD=2.86062;RBI=0.159624;REFB=-0.00293153;REVB=0.0216579;RO=62;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102889;STB=0.581664;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00773973;OID=.;OPOS=48387580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:71:62:61:10:10:0.140845:6:4:20:42:6:4:19:42 chr11 48387582 . C T 50.22 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.037966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2108;QD=2.78976;RBI=0.0785647;REFB=-0.0312972;REVB=-0.0687822;RO=60;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881498;STB=0.571293;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.101853;OID=.;OPOS=48387582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:70:72:60:62:10:10:0.138889:6:4:20:40:6:4:20:42 chr11 48387584 . A T 37.41 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0274551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3202;QD=2.13784;RBI=0.0409485;REFB=-0.0192763;REVB=-0.0303808;RO=62;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21687;STB=0.656789;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0704315;OID=.;OPOS=48387584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:62:62:8:8:0.114286:4:4:20:42:4:4:20:42 chr11 48387591 . A G 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.00407333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.188;QD=2.44645;RBI=0.0626909;REFB=-0.0124509;REVB=-0.0625584;RO=56;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268081;STB=0.691898;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0631955;OID=.;OPOS=48387591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:56:57:8:8:0.123077:4:4:16:40:4:4:16:41 chr11 48387757 . A C 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0146169;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.013;QD=2.7074;RBI=0.0173938;REFB=-0.00453241;REVB=-0.00942816;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278615;STB=0.520764;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0183365;OID=.;OPOS=48387757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:3:3:22:20:3:3:22:20 chr11 48387789 . C G 31.81 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00897352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.683;QD=1.87133;RBI=0.0207214;REFB=-0.00401025;REVB=-0.0186776;RO=60;SAF=3;SAR=4;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826562;STB=0.556799;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0238506;OID=.;OPOS=48387789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:67:68:60:61:7:7:0.102941:4:3:30:30:4:3:30:31 chr11 48387825 . T G 41.13 PASS AF=0.10101;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=99;FR=.;FRO=89;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.0435967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.293;QD=1.66186;RBI=0.0667681;REFB=-0.00299434;REVB=-0.0505698;RO=88;SAF=3;SAR=7;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250025;STB=0.686739;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0513405;OID=.;OPOS=48387825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:99:88:89:10:10:0.10101:7:3:45:43:7:3:45:44 chr11 48387833 . T C 46.37 PASS AF=0.105769;AO=11;DP=104;FAO=11;FDP=104;FR=.;FRO=93;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.0106767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.678;QD=1.78354;RBI=0.0315815;REFB=-0.00457733;REVB=-0.029722;RO=93;SAF=4;SAR=7;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156977;STB=0.618158;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0728515;OID=.;OPOS=48387833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:104:104:93:93:11:11:0.105769:7:4:46:47:7:4:46:47 chr11 48387850 . G T 49.71 PASS AF=0.101562;AO=13;DP=128;FAO=13;FDP=128;FR=.;FRO=115;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=-0.0179678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.933;QD=1.55328;RBI=0.0323254;REFB=-0.00762241;REVB=-0.0268717;RO=115;SAF=7;SAR=6;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959338;STB=0.507235;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0409806;OID=.;OPOS=48387850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:128:128:115:115:13:13:0.101562:6:7:61:54:6:7:61:54 chr11 48387890 . T C 50.28 PASS AF=0.0965517;AO=13;DP=145;FAO=14;FDP=145;FR=.;FRO=131;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=59;FWDB=-0.0184196;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.826;QD=1.387;RBI=0.0262721;REFB=-0.00264501;REVB=-0.0187334;RO=132;SAF=5;SAR=8;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185117;STB=0.608035;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0224446;OID=.;OPOS=48387890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:145:145:132:131:13:14:0.0965517:8:5:72:60:8:6:72:59 chr11 48387894 . C T 49.33 PASS AF=0.0921053;AO=14;DP=152;FAO=14;FDP=152;FR=.;FRO=138;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=76;FSRR=62;FWDB=-0.0473267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6277;QD=1.29813;RBI=0.0513864;REFB=-0.0136707;REVB=-0.0200187;RO=138;SAF=6;SAR=8;SRF=76;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142212;STB=0.609512;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0156896;OID=.;OPOS=48387894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:152:152:138:138:14:14:0.0921053:8:6:76:62:8:6:76:62 chr11 48387900 . G A 43.17 PASS AF=0.0855263;AO=14;DP=152;FAO=13;FDP=152;FR=.;FRO=139;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=75;FSRR=64;FWDB=-0.0133835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.019;QD=1.13598;RBI=0.0404685;REFB=-0.00685228;REVB=-0.0381914;RO=137;SAF=5;SAR=9;SRF=74;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212777;STB=0.639788;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0249108;OID=.;OPOS=48387900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:152:152:137:139:14:13:0.0855263:9:5:74:63:8:5:75:64 chr11 48387930 . T C 36.27 PASS AF=0.0764331;AO=12;DP=158;FAO=12;FDP=157;FR=.;FRO=145;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=77;FSRR=68;FWDB=0.0113914;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.516;QD=0.924167;RBI=0.0114541;REFB=0.00125354;REVB=-0.00119672;RO=145;SAF=3;SAR=9;SRF=77;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310454;STB=0.756674;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00400929;OID=.;OPOS=48387930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:158:157:145:145:12:12:0.0764331:9:3:77:68:9:3:77:68 chr11 48387946 . G T 48.07 PASS AF=0.0897436;AO=14;DP=156;FAO=14;FDP=156;FR=.;FRO=142;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=71;FSRR=71;FWDB=-0.00540885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.764;QD=1.23256;RBI=0.00958575;REFB=-0.00160891;REVB=-0.00791398;RO=138;SAF=4;SAR=10;SRF=70;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261174;STB=0.698037;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00888311;OID=.;OPOS=48387946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:156:156:138:142:14:14:0.0897436:10:4:70:68:10:4:71:71 chr11 48387960 . T C 52.14 PASS AF=0.0992908;AO=14;DP=141;FAO=14;FDP=141;FR=.;FRO=127;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=0.00687716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3035;QD=1.47925;RBI=0.0213827;REFB=-0.00263045;REVB=0.0202466;RO=125;SAF=4;SAR=10;SRF=62;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254398;STB=0.6993;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0439682;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:141:141:125:127:14:14:0.0992908:10:4:62:63:10:4:64:63 chr11 48387978 . T A 89.41 PASS AF=0.139706;AO=19;DP=136;FAO=19;FDP=136;FR=.;FRO=117;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=-0.0138479;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.253;QD=2.62977;RBI=0.0139395;REFB=-0.00278694;REVB=-0.00159581;RO=117;SAF=6;SAR=13;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239992;STB=0.664655;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0157757;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:136:136:117:117:19:19:0.139706:13:6:59:58:13:6:59:58 chr11 48387983 . T C 90.14 PASS AF=0.141791;AO=19;DP=134;FAO=19;FDP=134;FR=.;FRO=115;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=-0.0187926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.357;QD=2.69062;RBI=0.037084;REFB=-0.000668057;REVB=0.0319697;RO=115;SAF=6;SAR=13;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240402;STB=0.664361;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00672958;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:134:134:115:115:19:19:0.141791:13:6:58:57:13:6:58:57 chr11 48510654 . A C 384.72 PASS AF=0.43;AO=42;DP=99;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.014402;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.802;QD=15.3888;RBI=0.020356;REFB=-0.00857576;REVB=-0.0143858;RO=56;SAF=19;SAR=23;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121828;STB=0.508231;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0102791;OID=.;OPOS=48510654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:56:57:42:43:0.43:23:19:26:30:24:19:26:31 chr11 48510777 . G A 408.34 PASS AF=0.446602;AO=45;DP=102;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0108861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.349;QD=15.858;RBI=0.0292249;REFB=-0.0300844;REVB=0.0271218;RO=57;SAF=21;SAR=24;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105503;STB=0.500213;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0300571;OID=.;OPOS=48510777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:57:57:45:46:0.446602:24:21:26:31:25:21:26:31 chr11 48511315 . C T 62.7 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0641927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.79;QD=20.8986;RBI=0.0773615;REFB=-0.0114938;REVB=0.0431753;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144485;STB=0.58313;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00133125;OID=.;OPOS=48511315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:3:1:4:4:3:1 chr11 48997107 . G A 448.96 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0293446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4558;QD=21.3791;RBI=0.0684316;REFB=-0.11574;REVB=-0.0618206;RO=28;SAF=15;SAR=28;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166576;STB=0.526686;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0258479;OID=.;OPOS=48997107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:28:40:43:43:0.511905:28:15:16:12:28:15:16:24 chr11 48997334 . T G 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0130746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.137;QD=24.8182;RBI=0.0214975;REFB=-0.0159061;REVB=0.0170645;RO=18;SAF=17;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867009;STB=0.548345;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00983659;OID=.;OPOS=48997334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:7:17:11:7:7:17:11:7 chr11 49000423 . C G 254.97 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0190507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.455;QD=10.9663;RBI=0.0190761;REFB=-0.00100776;REVB=-0.000984926;RO=62;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237061;STB=0.637082;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0022309;OID=.;OPOS=49000423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:62:31:31:0.333333:13:18:23:39:13:18:23:39 chr11 49000522 . C T 272.7 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0229747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7718;QD=16.7813;RBI=0.0267838;REFB=0.00786502;REVB=-0.0137671;RO=33;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170228;STB=0.575708;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0123643;OID=.;OPOS=49000522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:34:30:31:0.476923:11:19:15:18:12:19:16:18 chr11 49000558 . G A 211.76 PASS AF=0.488372;AO=16;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0661984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.225;QD=19.6985;RBI=0.0684302;REFB=-0.02244;REVB=0.0173337;RO=16;SAF=1;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517922;STB=0.676436;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0140815;OID=.;OPOS=49000558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:22:16:21:0.488372:15:1:6:10:16:5:12:10 chr11 49055751 . T C 214.68 PASS AF=0.538462;AO=19;DP=37;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0340321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.347;QD=22.0184;RBI=0.0468628;REFB=-0.0171008;REVB=0.0322171;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688096;STB=0.510992;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0126526;OID=.;OPOS=49055751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:18:18:19:21:0.538462:11:8:9:9:11:10:9:9 chr11 49059362 . C A 684.62 PASS AF=0.5;AO=68;DP=136;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.000664259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.784;QD=20.1358;RBI=0.0286445;REFB=-0.0148467;REVB=-0.0286368;RO=68;SAF=37;SAR=31;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404964;STB=0.522313;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0236776;OID=.;OPOS=49059362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:68:68:68:68:0.5:31:37:40:28:31:37:40:28 chr11 49075605 . G A 796.67 PASS AF=0.582677;AO=74;DP=127;FAO=74;FDP=127;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0234528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.67;QD=25.0921;RBI=0.0245413;REFB=-0.0149876;REVB=0.00722782;RO=53;SAF=31;SAR=43;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155955;STB=0.584887;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00987634;OID=.;OPOS=49075605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:53:53:74:74:0.582677:43:31:33:20:43:31:33:20 chr11 49172981 . G GAC 223.2 PASS AF=0.478261;AO=18;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0202533;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.443;QD=19.4083;RBI=0.050274;REFB=-0.0479701;REVB=0.0460139;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364109;STB=0.504078;STBP=0.969;TYPE=ins;VARB=0.0764356;OID=.;OPOS=49172982;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=GAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:18:47:22:46:24:13:9:14:10:99:26:11:7:15:11 chr11 49196490 . T C 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0449892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.094;QD=9.18976;RBI=0.0451847;REFB=-0.000644056;REVB=-0.00419905;RO=35;SAF=10;SAR=4;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150183;STB=0.591967;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00192509;OID=.;OPOS=49196490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:4:10:21:14:4:10:21:14 chr11 49197416 . A G 129.05 PASS AF=0.263889;AO=18;DP=71;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.0105674;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.295;QD=7.16951;RBI=0.0128542;REFB=-0.0115689;REVB=-0.00731865;RO=53;SAF=8;SAR=10;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328843;STB=0.676093;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0359871;OID=.;OPOS=49197416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:53:53:18:19:0.263889:10:8:38:15:10:9:38:15 chr11 49207315 . A G 177.77 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00553158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.844;QD=8.67181;RBI=0.00553572;REFB=-0.00805266;REVB=0.000214098;RO=57;SAF=12;SAR=12;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312067;STB=0.512185;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0213363;OID=.;OPOS=49207315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:57:58:24:24:0.292683:12:12:27:30:12:12:28:30 chr11 49221885 . T A 386.49 PASS AF=0.348148;AO=47;DP=135;FAO=47;FDP=135;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0220332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.837;QD=11.4515;RBI=0.0225255;REFB=-0.0108169;REVB=0.00468369;RO=88;SAF=24;SAR=23;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249847;STB=0.514334;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0205918;OID=.;OPOS=49221885;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:88:88:47:47:0.348148:23:24:43:45:23:24:43:45 chr11 49227620 . A G 453.61 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0515118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4345;QD=22.4002;RBI=0.052713;REFB=-0.0177956;REVB=0.0111891;RO=37;SAF=20;SAR=24;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266235;STB=0.514666;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0158723;OID=.;OPOS=49227620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:24:20:18:19:24:20:18:19 chr11 49598178 . G A 597.01 PASS AF=0.426752;AO=67;DP=157;FAO=67;FDP=157;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.0279572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8828;QD=15.2105;RBI=0.0314504;REFB=-0.00640694;REVB=0.0144056;RO=90;SAF=36;SAR=31;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128802;STB=0.571948;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00860844;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:90:90:67:67:0.426752:31:36:37:53:31:36:37:53 chr11 49598209 . T C 506.72 PASS AF=0.405797;AO=56;DP=138;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.00368208;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.651;QD=14.6876;RBI=0.0144703;REFB=-0.0162693;REVB=-0.013994;RO=80;SAF=30;SAR=26;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154176;STB=0.578676;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0179154;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:80:82:56:56:0.405797:26:30:31:49:26:30:33:49 chr11 49830142 . G T 911.31 PASS AF=0.494565;AO=90;DP=183;FAO=91;FDP=184;FR=.;FRO=93;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.00989923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.419;QD=19.8111;RBI=0.0161104;REFB=-0.0203878;REVB=-0.0127103;RO=93;SAF=49;SAR=41;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00366837;STB=0.500543;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0185899;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:93:93:90:91:0.494565:41:49:51:42:41:50:51:42 chr11 49974371 . G A 769.85 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.985;QD=57.0262;RBI=0.0295789;REFB=0;REVB=-0.0150916;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26398e-05;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:26:28:0:0 chr11 49974670 . C T 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0154962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.44;QD=14.0471;RBI=0.0201758;REFB=-0.010195;REVB=-0.0129202;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331006;STB=0.51921;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00734026;OID=.;OPOS=49974670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:17:12:8:10:17:12 chr11 49974931 . G A 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.001136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.843;QD=8.64072;RBI=0.00181779;REFB=-0.0195026;REVB=-0.00141911;RO=34;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107347;STB=0.506569;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0295555;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:7:6:16:18:7:6:16:18 chr11 51411460 . G A 633.36 PASS AF=0.4375;AO=70;DP=160;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0245767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.433;QD=15.8339;RBI=0.0251302;REFB=-0.014889;REVB=-0.00524535;RO=90;SAF=37;SAR=33;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735437;STB=0.541001;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0247059;OID=.;OPOS=51411460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:90:90:70:70:0.4375:33:37:41:49:33:37:41:49 chr11 51411510 . C T 963.65 PASS AF=0.5;AO=84;DP=186;FAO=98;FDP=196;FR=.;FRO=98;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=0.0234194;FXX=0.019999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.328;QD=19.6663;RBI=0.0236482;REFB=-0.0218094;REVB=0.00328198;RO=100;SAF=28;SAR=56;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209592;STB=0.598145;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0150119;OID=.;OPOS=51411510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:196:100:98:84:98:0.5:56:28:54:46:61:37:56:42 chr11 51411740 . A T 391.63 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0145261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.177;QD=22.0637;RBI=0.0145556;REFB=-0.0201429;REVB=-0.000926248;RO=32;SAF=22;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052824;STB=0.52914;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0147674;OID=.;OPOS=51411740;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:17:22:16:16:17:22:16:16 chr11 51412327 . T A 211.14 PASS AF=0.474576;AO=20;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00582932;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.383;QD=14.3147;RBI=0.00793289;REFB=-0.0114587;REVB=-0.00538049;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119924;STB=0.514491;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0201424;OID=.;OPOS=51412327;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:24:31:20:28:0.474576:10:10:9:15:17:11:13:18 chr11 51412379 . T C 270.06 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0540549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.368;QD=18.9519;RBI=0.0547201;REFB=-0.0219681;REVB=-0.0085061;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121359;STB=0.547497;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.015285;OID=.;OPOS=51412379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:28:29:0.508772:16:12:8:19:17:12:9:19 chr11 51515460 . C T 485.68 PASS AF=0.514851;AO=48;DP=97;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.030059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0525;QD=19.2349;RBI=0.0665449;REFB=-0.020377;REVB=0.059369;RO=49;SAF=29;SAR=19;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124564;STB=0.552551;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0217072;OID=.;OPOS=51515460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:49:49:48:52:0.514851:19:29:23:26:22:30:23:26 chr11 51515640 . A G 70.29 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0351215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.922;QD=4.3934;RBI=0.0392352;REFB=0.00140124;REVB=0.0174894;RO=52;SAF=4;SAR=8;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297839;STB=0.693562;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00664941;OID=.;OPOS=51515640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:52:52:12:12:0.1875:8:4:30:22:8:4:30:22 chr11 51515912 . C T 500.43 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0155959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.22;QD=21.758;RBI=0.0546519;REFB=-0.0291977;REVB=-0.0523794;RO=44;SAF=32;SAR=16;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13305;STB=0.573612;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0335211;OID=.;OPOS=51515912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:16:32:23:21:16:32:23:21 chr11 55029787 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0468282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=327.349;QD=8.69805;RBI=0.0471847;REFB=-0.00621767;REVB=-0.00578939;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857127;STB=0.561239;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0177438;OID=.;OPOS=55029787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:14:14:6:7:0.333333:5:1:3:11:5:2:3:11 chr11 55322298 . C T 462.5 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0265901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5809;QD=21.7649;RBI=0.0297424;REFB=-0.0328802;REVB=-0.0133257;RO=40;SAF=17;SAR=28;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200334;STB=0.511057;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0458891;OID=.;OPOS=55322298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:28:17:16:24:28:17:16:24 chr11 55322638 . C T 520.09 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0259574;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1192;QD=22.8609;RBI=0.0465394;REFB=-0.00724955;REVB=-0.0386281;RO=41;SAF=28;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698962;STB=0.53332;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00615841;OID=.;OPOS=55322638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:41:42:49:49:0.538462:21:28:20:21:21:28:21:21 chr11 55339829 . A G 1428.33 PASS AF=0.952381;AO=100;DP=108;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0199749;FXX=0.0277752;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.661;QD=54.4127;RBI=0.0327632;REFB=-0.0195588;REVB=0.0259698;RO=4;SAF=49;SAR=51;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189503;STB=0.505238;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.000179934;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:108:105:4:5:100:100:0.952381:51:49:3:1:51:49:3:2 chr11 55340117 . A G 235.93 PASS AF=0.402985;AO=18;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0160576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.711;QD=14.0853;RBI=0.0238278;REFB=-0.0262083;REVB=0.0176044;RO=40;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239173;STB=0.528905;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0385574;OID=.;OPOS=55340117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:39:18:27:0.402985:10:8:10:30:19:8:10:29 chr11 55406022 . C G 731.28 PASS AF=0.483221;AO=72;DP=149;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=25;FWDB=0.0108177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.699;QD=19.6316;RBI=0.0108184;REFB=-0.0228762;REVB=-0.000126501;RO=76;SAF=41;SAR=31;SRF=52;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110965;STB=0.556656;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.02251;OID=.;OPOS=55406022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:76:77:72:72:0.483221:31:41:52:24:31:41:52:25 chr11 55418693 . T C 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0143915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.516;QD=18.9487;RBI=0.0154373;REFB=-0.0192578;REVB=0.00558513;RO=27;SAF=19;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482348;STB=0.526988;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0192596;OID=.;OPOS=55418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:9:19:17:10:9:19:17:10 chr11 55494278 . A G 36.72 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=91;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=-0.0132126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5536;QD=1.61386;RBI=0.0193829;REFB=0.00488796;REVB=0.0141818;RO=81;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349024;STB=0.752922;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0434934;OID=.;OPOS=55494278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:91:81:82:9:9:0.0989011:3:6:29:52:3:6:30:52 chr11 55494281 . G A 36.73 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=-0.000478641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.153;QD=1.61428;RBI=0.00824476;REFB=-0.00260132;REVB=0.00823086;RO=81;SAF=6;SAR=3;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335548;STB=0.752922;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0279712;OID=.;OPOS=55494281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:91:81:82:9:9:0.0989011:3:6:30:51:3:6:30:52 chr11 55494285 . T C 35.67 PASS AF=0.0947368;AO=9;DP=95;FAO=9;FDP=95;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=-0.00918548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.3239;QD=1.50193;RBI=0.068872;REFB=0.00335206;REVB=0.0682567;RO=86;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330488;STB=0.749501;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00464659;OID=.;OPOS=55494285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:95:95:86:86:9:9:0.0947368:3:6:32:54:3:6:32:54 chr11 55494298 . A C 39.72 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.017009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.124;QD=1.52769;RBI=0.0336195;REFB=-0.00170071;REVB=0.0289994;RO=94;SAF=7;SAR=3;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334603;STB=0.753177;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0162652;OID=.;OPOS=55494298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:104:104:94:94:10:10:0.0961538:3:7:38:56:3:7:38:56 chr11 55541098 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.48;QD=58.6004;RBI=0.0330942;REFB=0;REVB=-0.0238496;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232627;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr11 55563336 . A T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00219088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.937;QD=22.5346;RBI=0.0291468;REFB=-0.0265839;REVB=-0.0290644;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264382;STB=0.514836;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0153658;OID=.;OPOS=55563336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:12:7:6:9:12:7:6:9 chr11 55563602 . G A 774.65 PASS AF=0.506329;AO=79;DP=156;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0184591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.797;QD=19.6114;RBI=0.0203166;REFB=-0.042416;REVB=0.00848676;RO=76;SAF=39;SAR=40;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00609203;STB=0.506171;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0389858;OID=.;OPOS=55563602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:76:78:79:80:0.506329:40:39:37:39:41:39:39:39 chr11 55563738 . G A 441.38 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00234347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.767;QD=25.2215;RBI=0.016479;REFB=-0.0116985;REVB=0.0163115;RO=28;SAF=17;SAR=25;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971896;STB=0.553225;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0116268;OID=.;OPOS=55563738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:25:17:15:13:25:17:15:13 chr11 55563776 . T G 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0436213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.653;QD=56.2119;RBI=0.047194;REFB=0.0209875;REVB=0.0180127;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159989;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=1.71164e-05;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:32:29:1:0:32:29:1:0 chr11 55578987 . T C 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0163419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.667;QD=15.6444;RBI=0.0380305;REFB=-0.00309183;REVB=0.0343403;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299244;STB=0.668849;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00220692;OID=.;OPOS=55578987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:10:12:7:22:10:12:7:22 chr11 55578991 . C T 223.03 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0196116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6681;QD=16.5207;RBI=0.0248256;REFB=-0.0122934;REVB=-0.0152215;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264413;STB=0.647984;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0203645;OID=.;OPOS=55578991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:7:22:12:13:7:22 chr11 55579102 . C T 642.46 PASS AF=0.44898;AO=65;DP=146;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=0.0222292;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.069;QD=17.4818;RBI=0.0322221;REFB=-0.00779415;REVB=-0.0233265;RO=81;SAF=30;SAR=35;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670281;STB=0.541472;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00848441;OID=.;OPOS=55579102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:81:81:65:66:0.44898:35:30:32:49:35:31:32:49 chr11 55579145 . C T 32.67 PASS AF=0.0701754;AO=12;DP=173;FAO=12;FDP=171;FR=.;FRO=159;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=76;FSRR=83;FWDB=-0.0151605;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.02;QD=0.764208;RBI=0.0182483;REFB=-0.0021368;REVB=-0.0101567;RO=161;SAF=6;SAR=6;SRF=76;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302196;STB=0.520434;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0332418;OID=.;OPOS=55579145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:173:171:161:159:12:12:0.0701754:6:6:76:85:6:6:76:83 chr11 55579182 . A G 38.29 PASS AF=0.0732984;AO=14;DP=191;FAO=14;FDP=191;FR=.;FRO=177;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=83;FSRR=94;FWDB=-0.0169076;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.025;QD=0.80189;RBI=0.0176051;REFB=-0.00110387;REVB=-0.00490652;RO=177;SAF=8;SAR=6;SRF=83;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112825;STB=0.59422;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0188021;OID=.;OPOS=55579182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:191:191:177:177:14:14:0.0732984:6:8:83:94:6:8:83:94 chr11 55579419 . T C 395.55 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0150856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.753;QD=34.3958;RBI=0.0321273;REFB=-0.0205605;REVB=0.0283653;RO=14;SAF=13;SAR=19;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708791;STB=0.538548;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00797455;OID=.;OPOS=55579419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:19:13:4:10:19:13:4:10 chr11 55579801 . T C 825.8 PASS AF=0.545455;AO=71;DP=138;FAO=78;FDP=143;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00833182;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.489;QD=23.0993;RBI=0.00899357;REFB=-0.0237815;REVB=0.00338603;RO=67;SAF=31;SAR=40;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892044;STB=0.534975;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0201457;OID=.;OPOS=55579801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:143:67:65:71:78:0.545455:40:31:36:31:42:36:35:30 chr11 55587117 . T A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.464;QD=59.8391;RBI=0.0648473;REFB=0;REVB=-0.0487228;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03347e-05;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr11 55587511 . A G 1479.06 PASS AF=0.989474;AO=89;DP=92;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011684;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.153;QD=62.2763;RBI=0.0182204;REFB=-0.0581117;REVB=-0.013981;RO=1;SAF=41;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114189;STB=0.505617;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=6.08331e-05;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:95:1:1:89:94:0.989474:48:41:1:0:50:44:1:0 chr11 55594869 . G A 585.21 PASS AF=0.384181;AO=68;DP=177;FAO=68;FDP=177;FR=.;FRO=109;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=70;FWDB=-0.00526646;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.961;QD=13.2252;RBI=0.0111048;REFB=-0.00245258;REVB=-0.00977653;RO=108;SAF=37;SAR=31;SRF=39;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197138;STB=0.613295;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00706651;OID=.;OPOS=55594869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:108:109:68:68:0.384181:31:37:39:69:31:37:39:70 chr11 55595012 . A T 288.52 PASS AF=0.319328;AO=38;DP=119;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.0314842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.706;QD=9.69824;RBI=0.0343846;REFB=-0.0105238;REVB=-0.013822;RO=80;SAF=10;SAR=28;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152694;STB=0.595382;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0251035;OID=.;OPOS=55595012;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:80:81:38:38:0.319328:28:10:30:50:28:10:31:50 chr11 55595017 . GA TG 207.9 PASS AF=0.277228;AO=28;DP=101;FAO=28;FDP=101;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.0386351;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=247.412;QD=8.23345;RBI=0.0421917;REFB=0.00482323;REVB=-0.0169549;RO=72;SAF=5;SAR=23;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285896;STB=0.670605;STBP=0.065;TYPE=mnp;VARB=-0.0152561;OID=.;OPOS=55595017;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:72:73:28:28:0.277228:23:5:26:46:23:5:26:47 chr11 55595114 . GCG TTC 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=40;FWDB=0.0412093;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=259.669;QD=18.0814;RBI=0.0424749;REFB=-0.0265593;REVB=-0.0102914;RO=46;SAF=6;SAR=35;SRF=7;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109523;STB=0.502761;STBP=0.974;TYPE=mnp;VARB=0.0298369;OID=.;OPOS=55595114;OREF=GCG;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:41:41:0.465909:35:6:7:39:35:6:7:40 chr11 55606302 . G T 516.47 PASS AF=0.474138;AO=54;DP=115;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.000207906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.851;QD=17.8092;RBI=0.0153778;REFB=-0.0241114;REVB=-0.0153764;RO=53;SAF=29;SAR=25;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108994;STB=0.587014;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0225633;OID=.;OPOS=55606302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:53:61:54:55:0.474138:25:29:22:31:26:29:22:39 chr11 55606818 . C T 143.99 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0417784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.34;QD=23.9987;RBI=0.0440269;REFB=0.00598566;REVB=-0.01389;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00275312;OID=.;OPOS=55606818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:10:5:3:6:10:5:3:6 chr11 55652963 . A G 119.69 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00666568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.191;QD=14.9614;RBI=0.0324199;REFB=-0.0278557;REVB=0.0317273;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123178;STB=0.571326;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0352564;OID=.;OPOS=55652963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:10:8:8:6:10:8 chr11 55652971 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.369;QD=58.142;RBI=0.0220162;REFB=0;REVB=0.0219197;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21162e-05;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr11 55653164 . G A 54.84 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0392811;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.709;QD=8.1242;RBI=0.0394286;REFB=-0.00740607;REVB=0.00340635;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252565;STB=0.64185;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00812145;OID=.;OPOS=55653164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:27:20:19:8:8:0.296296:5:3:12:8:5:3:11:8 chr11 55656483 . T A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0386436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.182;QD=21.7452;RBI=0.0435767;REFB=0.00476475;REVB=0.0201396;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295473;STB=0.516599;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00380223;OID=.;OPOS=55656483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:9:7:9:10:9:7 chr11 55681494 . G A 375.73 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.907;QD=55.6634;RBI=0.0635344;REFB=0;REVB=0.0634627;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425303;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:9:17:0:0:10:17:0:0 chr11 55681566 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00821895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.553;QD=11.0196;RBI=0.04188;REFB=-0.0109336;REVB=-0.0410656;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215036;STB=0.599657;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0158762;OID=.;OPOS=55681566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:7:8:6:6:0.428571:2:4:3:4:2:4:4:4 chr11 55702929 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0212308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.933;QD=16.9316;RBI=0.0481235;REFB=-0.0146051;REVB=0.0431871;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0152758;OID=.;OPOS=55702929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:8:4:4:8:8:4 chr11 55703247 . G A 207.75 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0042905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.229;QD=17.6811;RBI=0.0122483;REFB=-0.00219773;REVB=-0.0114722;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139197;STB=0.507929;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00192014;OID=.;OPOS=55703247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:14:7:9:17:14:7:9:17 chr11 55703728 . A G 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0114754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.652;QD=20.8117;RBI=0.0136436;REFB=-0.0168235;REVB=0.00737985;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390575;STB=0.521969;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0150864;OID=.;OPOS=55703728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:10:13:12:11:10:13:12:11 chr11 55746891 . G A 2820.47 PASS AF=0.989071;AO=179;DP=184;FAO=181;FDP=183;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=119;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00170178;FXX=0.0108102;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2547;QD=61.6496;RBI=0.00674451;REFB=-0.132975;REVB=0.00652628;RO=1;SAF=62;SAR=117;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761616;STB=0.501908;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00114703;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:184:183:1:2:179:181:0.989071:117:62:1:0:119:62:1:1 chr11 55761221 . C T 851.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6723;QD=57.705;RBI=0.0119434;REFB=0;REVB=0.0118501;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124792;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr11 55761528 . T C 425.21 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0451333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.386;QD=21.5297;RBI=0.0466631;REFB=-0.0123512;REVB=-0.01185;RO=36;SAF=22;SAR=20;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158679;STB=0.580298;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0172462;OID=.;OPOS=55761528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:37:42:42:0.531646:20:22:12:24:20:22:13:24 chr11 55761738 . T G 1231.39 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0198899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.43;QD=60.0678;RBI=0.0335019;REFB=-0.0192161;REVB=-0.0269587;RO=1;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011691;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000195412;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:40:41:0:1:40:41:0:1 chr11 55798152 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.45;QD=56.9378;RBI=0.0446611;REFB=0;REVB=0.0155067;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12817e-05;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr11 55872657 . A C 264.5 PASS AF=0.272059;AO=37;DP=136;FAO=37;FDP=136;FR=.;FRO=99;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.00312455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.682;QD=7.7794;RBI=0.00370091;REFB=-0.0183533;REVB=-0.00198341;RO=99;SAF=22;SAR=15;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183003;STB=0.608637;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0405633;OID=.;OPOS=55872657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:99:99:37:37:0.272059:15:22:44:55:15:22:44:55 chr11 55872876 . C T 2658.99 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.554;QD=62.1986;RBI=0.0542953;REFB=0;REVB=0.00740094;RO=0;SAF=74;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08332e-05;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:97:74:0:0:97:74:0:0 chr11 55873024 . A G 1903.3 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255496;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.189;QD=61.896;RBI=0.002642;REFB=0;REVB=-0.000672547;RO=0;SAF=65;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19244e-05;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:123:0:0:123:123:1:58:65:0:0:58:65:0:0 chr11 55873368 . G A 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00191305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2813;QD=55.6057;RBI=0.0206739;REFB=-0.0681709;REVB=0.0205852;RO=1;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012925;STB=0.506847;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000978827;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:36:22:0:1:36:22:0:1 chr11 55890257 . C T 2119.54 PASS AF=0.960265;AO=145;DP=151;FAO=145;FDP=151;FR=.;FRO=6;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0265482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.3575;QD=56.1468;RBI=0.0266543;REFB=0.0868531;REVB=0.00237575;RO=5;SAF=71;SAR=74;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699028;STB=0.500411;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.00172428;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:151:151:5:6:145:145:0.960265:74:71:3:2:74:71:3:3 chr11 55927634 . G A 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0260509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.1273;QD=10.8324;RBI=0.0299719;REFB=-0.00371517;REVB=-0.014821;RO=41;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41679;STB=0.740537;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00482742;OID=.;OPOS=55927634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:7:15:12:29:7:15:12:29 chr11 55999678 . G T 606.63 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0369221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5705;QD=24.7602;RBI=0.0520507;REFB=-0.0291388;REVB=-0.0366884;RO=42;SAF=28;SAR=27;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071914;STB=0.501113;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0215428;OID=.;OPOS=55999678;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:43:55:55:0.561224:27:28:21:21:27:28:22:21 chr11 56000403 . C G 1512.53 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204745;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.767;QD=63.6854;RBI=0.0262228;REFB=0;REVB=0.0163838;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254779;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:50:44:0:0:50:45:0:0 chr11 56043604 . A G 610.47 PASS AF=0.459854;AO=62;DP=137;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0110124;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.828;QD=17.8238;RBI=0.0230973;REFB=-0.0176816;REVB=-0.020303;RO=72;SAF=33;SAR=29;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634244;STB=0.529981;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0263248;OID=.;OPOS=56043604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:72:74:62:63:0.459854:29:33:43:29:29:34:44:30 chr11 56043702 . G C 1457.81 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285276;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.626;QD=63.383;RBI=0.0338382;REFB=0;REVB=0.0181988;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02151e-05;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:55:36:0:0:55:37:0:0 chr11 56058197 . G A 653.12 PASS AF=0.577982;AO=63;DP=108;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0103847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.488;QD=23.9675;RBI=0.0320389;REFB=-0.0129542;REVB=0.0303092;RO=43;SAF=35;SAR=28;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084841;STB=0.52597;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0083752;OID=.;OPOS=56058197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:43:46:63:63:0.577982:28:35:19:24:29:34:22:24 chr11 56086147 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0801844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4666;QD=61.6836;RBI=0.0823708;REFB=0;REVB=0.0188523;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133124;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr11 56086683 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0369048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4262;QD=15.2589;RBI=0.0398464;REFB=-0.00150716;REVB=-0.0150258;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183303;STB=0.609426;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00131457;OID=.;OPOS=56086683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:3:3:5:2:3:3 chr11 56113516 . T C 854.84 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00348591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.892;QD=56.0552;RBI=0.0825568;REFB=-0.164031;REVB=0.0824831;RO=1;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219399;STB=0.511624;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00137853;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:21:39:0:1:21:39:0:1 chr11 56113575 . A G 413.71 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0106855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.859;QD=16.3846;RBI=0.0428767;REFB=-0.00347349;REVB=0.0415238;RO=56;SAF=27;SAR=17;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697547;STB=0.546198;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00541139;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:56:56:44:45:0.445545:17:27:38:18:18:27:38:18 chr11 56113593 . C A 499.53 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.00907229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.112;QD=16.9332;RBI=0.0362325;REFB=-0.0147144;REVB=-0.0350783;RO=63;SAF=28;SAR=26;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113491;STB=0.566621;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0197981;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:64:54:54:0.457627:26:28:40:23:26:28:41:23 chr11 56127746 . A G 847.42 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00066759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.017;QD=56.4943;RBI=0.0195732;REFB=0;REVB=0.0195618;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97628e-05;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:31:29:0:0 chr11 56128524 . C T 1135.95 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.791;QD=60.5838;RBI=0.0246471;REFB=0;REVB=-0.016616;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22883e-05;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:42:31:0:0:42:33:0:0 chr11 56128673 . A AT 203.05 PASS AF=0.5;AO=35;DP=80;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.000995333;FXX=0.0263123;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.4087;QD=10.9758;RBI=0.0890326;REFB=0.036877;REVB=-0.0890271;RO=42;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153057;STB=0.514948;STBP=0.832;TYPE=ins;VARB=-0.0479069;OID=.;OPOS=56128674;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:35:80:37:74:37:13:24:12:25:99:42:12:23:15:27 chr11 56143156 . C T 704.67 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.0117719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.704;QD=18.6668;RBI=0.0176222;REFB=-0.0163027;REVB=0.0131135;RO=78;SAF=24;SAR=49;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133112;STB=0.57375;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00814179;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:78:78:73:73:0.483444:49:24:36:42:49:24:36:42 chr11 56143158 . A G 700.97 PASS AF=0.483444;AO=72;DP=150;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00457483;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.346;QD=18.5687;RBI=0.00517438;REFB=-0.0113079;REVB=-0.00241768;RO=76;SAF=23;SAR=49;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129276;STB=0.566955;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0147222;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:76:78:72:73:0.483444:49:23:34:42:49:24:35:43 chr11 56143424 . A G 392.98 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0405595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.061;QD=17.0859;RBI=0.0405838;REFB=-0.0121825;REVB=0.00140332;RO=51;SAF=18;SAR=23;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184638;STB=0.603308;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0164604;OID=.;OPOS=56143424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:23:18:32:19:23:18:32:19 chr11 56143592 . C T 216.99 PASS AF=0.297872;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.00740599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.349;QD=9.23365;RBI=0.0104721;REFB=-0.0138659;REVB=-0.00740386;RO=66;SAF=14;SAR=14;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181334;STB=0.60631;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0339341;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:66:66:28:28:0.297872:14:14:43:23:14:14:43:23 chr11 56143690 . C A 284.45 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0558879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.641;QD=17.7783;RBI=0.0568985;REFB=0.00403815;REVB=-0.010676;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858846;STB=0.536027;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0129546;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:33:30:31:0.484375:19:11:15:18:19:12:15:18 chr11 56143696 . C T 214.22 PASS AF=0.444444;AO=25;DP=60;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.026029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.544;QD=13.6012;RBI=0.0410326;REFB=-0.0512059;REVB=0.0317201;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116676;STB=0.532087;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.126348;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:33:35:25:28:0.444444:15:10:17:16:16:12:17:18 chr11 56143716 . TG CA 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0176975;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.495;QD=6.22522;RBI=0.0182227;REFB=-0.00948574;REVB=0.0043434;RO=43;SAF=1;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.607957;STB=0.892514;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.0403357;OID=.;OPOS=56143716;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:12:1:22:21:12:1:22:21 chr11 56143723 . T C 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.000376405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.627;QD=4.55126;RBI=0.00741999;REFB=-0.00733837;REVB=-0.00741044;RO=45;SAF=1;SAR=9;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534644;STB=0.86529;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0288168;OID=.;OPOS=56143723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:9:1:22:23:9:1:22:23 chr11 56143725 . C G 67.22 PASS AF=0.196429;AO=10;DP=54;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00184063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.187;QD=4.80176;RBI=0.0154493;REFB=-0.00558113;REVB=-0.0153392;RO=44;SAF=1;SAR=9;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558934;STB=0.881582;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0491511;OID=.;OPOS=56143725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:54:56:44:45:10:11:0.196429:9:1:23:21:10:1:23:22 chr11 56143729 . CC TG 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0244561;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=246.703;QD=4.55128;RBI=0.026493;REFB=-0.007323;REVB=-0.010187;RO=45;SAF=1;SAR=9;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550135;STB=0.873674;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=0.0352759;OID=.;OPOS=56143729;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:9:1:23:22:9:1:23:22 chr11 56184888 . G A 517.22 PASS AF=0.404255;AO=57;DP=142;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.013316;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.928;QD=14.6729;RBI=0.0133821;REFB=-0.000336886;REVB=0.00132846;RO=84;SAF=16;SAR=41;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250039;STB=0.64161;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000343369;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:84:84:57:57:0.404255:41:16:42:42:41:16:42:42 chr11 56185224 . A G 101.76 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00562434;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.575;QD=15.6555;RBI=0.0153377;REFB=-0.0045637;REVB=-0.0142693;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224352;STB=0.653614;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00424817;OID=.;OPOS=56185224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:15:14:12:12:0.461538:6:6:4:11:6:6:3:11 chr11 56185345 . A G 153.66 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0113907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.635;QD=21.9517;RBI=0.0234522;REFB=-0.0402575;REVB=-0.0205002;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126749;STB=0.555485;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0403729;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:27:28:11:12:16:16:0.571429:10:6:6:5:10:6:6:6 chr11 56294275 . T C 307.23 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0279378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8715;QD=15.5561;RBI=0.0344001;REFB=-0.000798064;REVB=-0.020071;RO=45;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855544;STB=0.548263;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000420348;OID=.;OPOS=56294275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:16:18:20:25:16:18:20:25 chr11 56294338 . G A 1282.24 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0192091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.936;QD=58.2836;RBI=0.0501021;REFB=-0.124669;REVB=0.0462734;RO=3;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368675;STB=0.519476;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00115984;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:3:3:85:85:0.965909:37:48:0:3:37:48:0:3 chr11 56310222 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1391;QD=51.9136;RBI=0.0511776;REFB=0;REVB=0.0428435;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134415;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr11 56310497 . C T 511.21 PASS AF=0.6;AO=47;DP=79;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00115699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.438;QD=25.5603;RBI=0.0059871;REFB=-0.0102451;REVB=-0.00587425;RO=32;SAF=16;SAR=31;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148855;STB=0.574042;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00958436;OID=.;OPOS=56310497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:32:32:47:48:0.6:31:16:17:15:31:17:17:15 chr11 56344993 . C A 1182.65 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.266;QD=60.6487;RBI=0.0398978;REFB=0;REVB=0.0395109;RO=0;SAF=21;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55485e-05;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:78:0:0:71:78:1:50:21:0:0:57:21:0:0 chr11 56380134 . C G 295.76 PASS AF=0.434211;AO=31;DP=74;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00128571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.173;QD=15.5663;RBI=0.0104789;REFB=-0.0068476;REVB=0.0103997;RO=43;SAF=21;SAR=10;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131831;STB=0.546571;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00847378;OID=.;OPOS=56380134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:43:43:31:33:0.434211:10:21:24:19:12:21:24:19 chr11 56431216 . C T 375.97 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.00273639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.262;QD=14.6006;RBI=0.0190483;REFB=-0.0221807;REVB=0.0188507;RO=60;SAF=20;SAR=23;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172741;STB=0.597091;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.021878;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:23:20:38:22:23:20:38:22 chr11 56431834 . A G 318.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0145565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.69;QD=26.5705;RBI=0.0177929;REFB=-0.0181132;REVB=-0.0102321;RO=20;SAF=7;SAR=21;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518034;STB=0.528552;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0166823;OID=.;OPOS=56431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:21:7:4:16:21:7:4:16 chr11 56467881 . T C 411.62 PASS AF=0.360294;AO=49;DP=136;FAO=49;FDP=136;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=-0.0111511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2412;QD=12.1063;RBI=0.021901;REFB=0.00375177;REVB=0.0188496;RO=86;SAF=22;SAR=27;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185114;STB=0.601385;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00708738;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:86:87:49:49:0.360294:27:22:53:33:27:22:53:34 chr11 56467926 . A G 802.74 PASS AF=0.416667;AO=90;DP=216;FAO=90;FDP=216;FR=.;FRO=126;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=73;FSRR=53;FWDB=-0.00483815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1831;QD=14.8656;RBI=0.0175389;REFB=0.00599898;REVB=-0.0168584;RO=126;SAF=44;SAR=46;SRF=73;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943111;STB=0.552669;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00919765;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:126:126:90:90:0.416667:46:44:73:53:46:44:73:53 chr11 56467945 . G T 247.84 PASS AF=0.2;AO=44;DP=220;FAO=44;FDP=220;FR=.;FRO=176;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=95;FSRR=81;FWDB=-0.0434366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.155;QD=4.50613;RBI=0.0437897;REFB=-0.00668322;REVB=-0.00554939;RO=175;SAF=18;SAR=26;SRF=94;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163865;STB=0.603983;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0258678;OID=.;OPOS=56467945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:175:176:44:44:0.2:26:18:94:81:26:18:95:81 chr11 56468020 . TG CA,CG 1622.73 PASS AF=0.430622,0.267943;AO=87,53;DP=207;FAO=90,56;FDP=209;FR=.;FRO=63;FSAF=40,26;FSAR=50,30;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0225833,-0.0143479;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=164.097,120.381;QD=31.057;RBI=0.0261509,0.0254595;REFB=-0.0238025,-0.039219;REVB=-0.0131857,0.0210315;RO=62;SAF=39,26;SAR=48,27;SRF=29;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0150341,0.0221129;STB=0.513194,0.506327;STBP=0.713,0.906;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00918975,0.0256824;OID=.,.;OPOS=56468020,56468020;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:209:62:63:87,53:90,56:0.430622,0.267943:48,27:39,26:29:33:50,30:40,26:30:33 chr11 56468044 . T G 1661.94 PASS AF=0.699482;AO=135;DP=193;FAO=135;FDP=193;FR=.;FRO=58;FSAF=56;FSAR=79;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0132151;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.369;QD=34.4445;RBI=0.0157967;REFB=-0.0102204;REVB=-0.00865434;RO=53;SAF=56;SAR=79;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408137;STB=0.526126;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00422581;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:53:58:135:135:0.699482:79:56:26:27:79:56:29:29 chr11 56468047 . AC AT,GT 2869.97 PASS AF=0.26455,0.73545;AO=50,139;DP=189;FAO=50,139;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=23,61;FSAR=27,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257232,0.0173303;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=112.787,196.855;QD=60.7401;RBI=0.0257233,0.0175959;REFB=0,0;REVB=-6.22433e-05,-0.00304613;RO=0;SAF=23,61;SAR=27,78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0037786,-0.000759144;OID=.,.;OPOS=56468048,56468047;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:189:189:0:0:50,139:50,139:0.26455,0.73545:27,78:23,61:0:0:27,78:23,61:0:0 chr11 56468111 . C T 567.61 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=133;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0175451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.215;QD=17.0711;RBI=0.0178156;REFB=-0.0146467;REVB=-0.00309276;RO=73;SAF=23;SAR=37;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042537;STB=0.523714;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0172123;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:73:73:60:60:0.451128:37:23:31:42:37:23:31:42 chr11 56468155 . T G 230.22 PASS AF=0.244604;AO=31;DP=136;FAO=34;FDP=139;FR=.;FRO=105;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=66;FWDB=0.00111939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.699;QD=6.62505;RBI=0.00925317;REFB=-0.0117054;REVB=-0.00918522;RO=104;SAF=17;SAR=14;SRF=38;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228403;STB=0.659433;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0394684;OID=.;OPOS=56468155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:104:105:31:34:0.244604:14:17:38:66:14:20:39:66 chr11 56468198 . A G 498.16 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.026505;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.237;QD=15.0958;RBI=0.058777;REFB=-0.015564;REVB=-0.0524616;RO=77;SAF=22;SAR=33;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717656;STB=0.540358;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0219722;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:77:55:55:0.416667:33:22:36:41:33:22:36:41 chr11 56468200 . C T 498.01 PASS AF=0.419847;AO=56;DP=131;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0130455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9436;QD=15.2065;RBI=0.0148399;REFB=-0.00269305;REVB=0.00707376;RO=74;SAF=23;SAR=33;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366955;STB=0.517294;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00441806;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:74:76:56:55:0.419847:33:23:33:41:32:23:34:42 chr11 56468202 . G A 516.78 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=129;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0108333;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.59;QD=16.1495;RBI=0.0198133;REFB=-0.0291558;REVB=0.0165894;RO=72;SAF=24;SAR=32;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303995;STB=0.517001;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0329638;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:72:72:56:56:0.4375:32:24:33:39:32:24:33:39 chr11 56468212 . G A 483.55 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0108762;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.539;QD=16.1182;RBI=0.0167381;REFB=-0.0174479;REVB=0.0127229;RO=67;SAF=23;SAR=30;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118106;STB=0.566013;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0125655;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:67:67:53:53:0.441667:30:23:37:30:30:23:37:30 chr11 56468259 . C T 717.92 PASS AF=0.552;AO=69;DP=125;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00101861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.744;QD=22.9734;RBI=0.0106388;REFB=-0.055363;REVB=0.01059;RO=53;SAF=41;SAR=28;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113794;STB=0.551034;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.027952;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:53:56:69:69:0.552:28:41:24:29:28:41:27:29 chr11 56468368 . C T 448.52 PASS AF=0.333333;AO=57;DP=172;FAO=57;FDP=171;FR=.;FRO=114;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=66;FSRR=48;FWDB=-0.0104572;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.901;QD=10.4917;RBI=0.0772592;REFB=-0.0159782;REVB=-0.0765482;RO=113;SAF=33;SAR=24;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00441391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0294333;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:113:114:57:57:0.333333:24:33:65:48:24:33:66:48 chr11 56468403 . G A 425.15 PASS AF=0.327381;AO=55;DP=169;FAO=55;FDP=168;FR=.;FRO=113;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=-0.0120869;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.498;QD=10.1227;RBI=0.0162795;REFB=-0.00610839;REVB=-0.0109054;RO=113;SAF=32;SAR=23;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601711;STB=0.534728;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0174065;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:113:113:55:55:0.327381:23:32:60:53:23:32:60:53 chr11 56468416 . G A 421.12 PASS AF=0.335404;AO=54;DP=161;FAO=54;FDP=161;FR=.;FRO=107;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.0457352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1724;QD=10.4626;RBI=0.0605118;REFB=-0.0196548;REVB=0.0396228;RO=107;SAF=31;SAR=23;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915003;STB=0.552655;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0442981;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:107:107:54:54:0.335404:23:31:53:54:23:31:53:54 chr11 56468440 . G T 137.41 PASS AF=0.172414;AO=25;DP=146;FAO=25;FDP=145;FR=.;FRO=120;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=-0.0404961;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2415;QD=3.79052;RBI=0.0406332;REFB=-0.00504575;REVB=-0.00333542;RO=120;SAF=12;SAR=13;SRF=63;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574132;STB=0.53716;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0348874;OID=.;OPOS=56468440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:120:120:25:25:0.172414:13:12:63:57:13:12:63:57 chr11 56468448 . AA GT 379.69 PASS AF=0.326389;AO=47;DP=144;FAO=47;FDP=144;FR=.;FRO=97;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.0152925;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=166.299;QD=10.547;RBI=0.0170995;REFB=0.000923148;REVB=-0.00765059;RO=96;SAF=29;SAR=18;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13822;STB=0.583623;STBP=0.158;TYPE=mnp;VARB=-0.00210644;OID=.;OPOS=56468448;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:96:97:47:47:0.326389:18:29:48:48:18:29:48:49 chr11 56468452 . A C 378.98 PASS AF=0.324138;AO=47;DP=145;FAO=47;FDP=145;FR=.;FRO=98;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=-0.00606283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7216;QD=10.4545;RBI=0.00997925;REFB=-0.000893515;REVB=-0.00792638;RO=98;SAF=29;SAR=18;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138884;STB=0.580485;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00132313;OID=.;OPOS=56468452;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:98:98:47:47:0.324138:18:29:49:49:18:29:49:49 chr11 56468493 . A G 544.99 PASS AF=0.407895;AO=59;DP=149;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0395988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2591;QD=14.3418;RBI=0.0395992;REFB=-0.0223049;REVB=-0.000174898;RO=90;SAF=37;SAR=22;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919386;STB=0.562731;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0370069;OID=.;OPOS=56468493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:90:90:59:62:0.407895:22:37:49:41:22:40:49:41 chr11 56468554 . A C 665.74 PASS AF=0.41573;AO=74;DP=178;FAO=74;FDP=178;FR=.;FRO=104;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.0107248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8289;QD=14.9605;RBI=0.011588;REFB=-0.0056692;REVB=0.00438874;RO=104;SAF=49;SAR=25;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166525;STB=0.593535;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00768912;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:104:104:74:74:0.41573:25:49:53:51:25:49:53:51 chr11 56468560 . TA CG 669.14 PASS AF=0.416667;AO=74;DP=180;FAO=75;FDP=180;FR=.;FRO=105;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.0403844;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.673;QD=14.8699;RBI=0.0406389;REFB=-0.0112567;REVB=-0.00454039;RO=103;SAF=50;SAR=24;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196775;STB=0.613658;STBP=0.018;TYPE=mnp;VARB=0.015062;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:103:105:74:75:0.416667:24:50:51:52:24:51:52:53 chr11 56468637 . C T 716.07 PASS AF=0.389671;AO=83;DP=213;FAO=83;FDP=213;FR=.;FRO=130;FSAF=59;FSAR=24;FSRF=68;FSRR=62;FWDB=-0.00596738;FXX=0.0184323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.007;QD=13.4473;RBI=0.00866145;REFB=-0.0223731;REVB=-0.00627783;RO=126;SAF=59;SAR=24;SRF=68;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200799;STB=0.624691;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0347074;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:126:130:83:83:0.389671:24:59:68:58:24:59:68:62 chr11 56468646 . C T 751.4 PASS AF=0.403756;AO=86;DP=213;FAO=86;FDP=213;FR=.;FRO=127;FSAF=61;FSAR=25;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=-0.0158464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.62;QD=14.1108;RBI=0.0177501;REFB=-0.000653569;REVB=0.00799733;RO=125;SAF=61;SAR=25;SRF=64;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224878;STB=0.627496;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00118465;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:125:127:86:86:0.403756:25:61:64:61:25:61:65:62 chr11 56468694 . C T 454.2 PASS AF=0.358974;AO=56;DP=157;FAO=56;FDP=156;FR=.;FRO=100;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=-0.0192529;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8858;QD=11.646;RBI=0.0438651;REFB=-0.0179204;REVB=-0.0394141;RO=99;SAF=35;SAR=21;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12627;STB=0.57563;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0288912;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:99:100:56:56:0.358974:21:35:51:48:21:35:51:49 chr11 56468699 . T A 381.83 PASS AF=0.333333;AO=47;DP=141;FAO=47;FDP=141;FR=.;FRO=94;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.00469976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3448;QD=10.8322;RBI=0.00863815;REFB=-0.00153177;REVB=0.00724775;RO=94;SAF=29;SAR=18;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137527;STB=0.579431;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00354121;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:94:94:47:47:0.333333:18:29:47:47:18:29:47:47 chr11 56468704 . T C 337.37 PASS AF=0.325758;AO=42;DP=131;FAO=43;FDP=132;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.0171907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8337;QD=10.2234;RBI=0.0177085;REFB=-0.0198677;REVB=-0.00425079;RO=89;SAF=27;SAR=15;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177584;STB=0.591764;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0442263;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:89:89:42:43:0.325758:15:27:44:45:16:27:44:45 chr11 56468720 . T C 300.68 PASS AF=0.348624;AO=37;DP=109;FAO=38;FDP=109;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00182844;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.749;QD=11.034;RBI=0.00746683;REFB=-0.0162196;REVB=-0.0072395;RO=71;SAF=22;SAR=15;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163851;STB=0.609581;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0357989;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:71:71:37:38:0.348624:15:22:32:39:15:23:31:40 chr11 56508525 . A G 183.53 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.000614617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.795;QD=11.8409;RBI=0.0103597;REFB=-0.0353757;REVB=-0.0103415;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062367;STB=0.545415;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0352108;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:23:23:0.370968:14:9:17:21:14:9:18:21 chr11 56510672 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.123;QD=53.2772;RBI=0.0518579;REFB=0;REVB=-0.0248871;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57672e-05;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr11 56756398 . G T 311.56 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0341295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.867;QD=19.1726;RBI=0.0377939;REFB=-0.0171271;REVB=-0.0162343;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140362;STB=0.58398;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0243873;OID=.;OPOS=56756398;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:32:33:0.507692:16:16:21:11:17:16:21:11 chr11 56756664 . G A 350.95 PASS AF=0.435294;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0353286;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7413;QD=16.5152;RBI=0.0354998;REFB=-0.00233226;REVB=-0.00348285;RO=47;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667508;STB=0.538441;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0046194;OID=.;OPOS=56756664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:47:48:36:37:0.435294:16:20:23:24:16:21:24:24 chr11 56956516 . G A 1135.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2596;QD=60.5425;RBI=0.0355984;REFB=0;REVB=0.00752415;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152977;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr11 57004344 . G T 731.74 PASS AF=1;AO=45;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.763;QD=57.3914;RBI=0.0633886;REFB=0;REVB=0.0607728;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257923;OID=.;OPOS=57004344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:45:51:1:20:25:0:0:26:25:0:0 chr11 57081197 . G C 199.46 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0321823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3623;QD=15.644;RBI=0.0560871;REFB=-0.0207979;REVB=0.0459353;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030906;STB=0.517609;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0440035;OID=.;OPOS=57081197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:9:13:18:11:9:13:18:11 chr11 57137371 . G A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.857;QD=59.6781;RBI=0.0500458;REFB=0;REVB=0.047194;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118825;OID=.;OPOS=57137371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr11 57137424 . C T 1138.98 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.113255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3648;QD=59.1679;RBI=0.117198;REFB=-0.0704165;REVB=0.0301449;RO=1;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122906;STB=0.506492;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0015003;OID=.;OPOS=57137424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:38:38:0:1:38:38:0:1 chr11 57147016 . A G 1710.93 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000664209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.74;QD=60.5639;RBI=0.00693656;REFB=0;REVB=-0.00690468;RO=0;SAF=46;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09341e-05;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:65:46:0:0:65:48:0:0 chr11 57148175 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.47;QD=60.3766;RBI=0.0330836;REFB=0;REVB=0.0117258;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161184;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr11 57155001 . G A 3037.92 PASS AF=0.979798;AO=194;DP=198;FAO=194;FDP=198;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=118;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0249898;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.339;QD=61.3721;RBI=0.0258078;REFB=-0.0525365;REVB=0.00644595;RO=3;SAF=76;SAR=118;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00834679;STB=0.502292;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.000733504;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:198:198:3:4:194:194:0.979798:118:76:2:1:118:76:2:2 chr11 57155288 . T C 3577.38 PASS AF=1;AO=227;DP=228;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247516;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.765;QD=63.0375;RBI=0.0489927;REFB=0;REVB=0.0422805;RO=0;SAF=115;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29076e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22657e-05;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:227:0:0:227:227:1:112:115:0:0:112:115:0:0 chr11 57157405 . A G 223.94 PASS AF=0.904762;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0181937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7985;QD=42.6555;RBI=0.0233154;REFB=-0.00301048;REVB=0.0145807;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101694;STB=0.549948;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00146284;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:21:2:2:18:19:0.904762:10:8:2:0:10:9:2:0 chr11 57313469 . C G 2414.68 PASS AF=0.891753;AO=169;DP=194;FAO=173;FDP=194;FR=.;FRO=21;FSAF=82;FSAR=91;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0103466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.0846;QD=49.7872;RBI=0.0416637;REFB=-0.179357;REVB=0.0403585;RO=21;SAF=80;SAR=89;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495452;STB=0.52567;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0256666;OID=.;OPOS=57313469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:194:194:21:21:169:173:0.891753:89:80:5:16:91:82:5:16 chr11 57353983 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.423;QD=56.1916;RBI=0.00952676;REFB=0;REVB=0.00214498;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17467e-05;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr11 57381989 . G A 235.44 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0778;QD=49.5661;RBI=0.0740975;REFB=0;REVB=0.0723971;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166538;OID=.;OPOS=57381989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:6:13:0:0 chr11 57391106 . G C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.091;QD=61.6828;RBI=0.00983247;REFB=0;REVB=-0.00210336;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07529e-05;OID=.;OPOS=57391106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr11 57463500 . T C 774.36 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0611509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2517;QD=61.9484;RBI=0.0635365;REFB=-0.132129;REVB=0.0172472;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00535269;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:0:1:49:49:0.98:28:21:0:0:28:21:0:1 chr11 57468129 . T C 1792.28 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705512;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.582;QD=61.2744;RBI=0.0787334;REFB=0;REVB=0.0349497;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190836;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:117:117:1:67:50:0:0:67:50:0:0 chr11 57571232 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.163;QD=58.6003;RBI=0.0382957;REFB=0;REVB=-0.0382452;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010759;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr11 57585662 . C T 327.55 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.05571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7685;QD=43.6736;RBI=0.105048;REFB=0.00916855;REVB=-0.0890583;RO=4;SAF=19;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00603969;STB=0.503266;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0305246;OID=.;OPOS=57585662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:7:19:3:1:7:19:3:1 chr11 57799183 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.08;QD=57.2026;RBI=0.0561048;REFB=0;REVB=-0.00311913;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246588;OID=.;OPOS=57799183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr11 57799371 . G C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.885;QD=63.2847;RBI=0.00832259;REFB=0;REVB=-0.00133027;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63488e-05;OID=.;OPOS=57799371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr11 57886435 . G T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0218231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1364;QD=14.6657;RBI=0.0386944;REFB=0.00910669;REVB=0.0319532;RO=21;SAF=12;SAR=3;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516555;STB=0.7996;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00668543;OID=.;OPOS=57886435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:3:12:6:15:3:12:6:15 chr11 57948952 . G A 148.55 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0024746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.211;QD=11.8842;RBI=0.0175622;REFB=-0.0121881;REVB=-0.017387;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567992;STB=0.510626;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0334816;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:33:17:17:0.34:9:8:13:18:9:8:15:18 chr11 57958775 . C T 471.8 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0362525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.47;QD=20.9689;RBI=0.0380697;REFB=-0.0106851;REVB=-0.0116216;RO=44;SAF=23;SAR=23;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161151;STB=0.588851;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0121375;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:23:23:14:30:23:23:14:30 chr11 57958972 . C A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0077241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2709;QD=18.8287;RBI=0.0556125;REFB=-0.0211754;REVB=-0.0550735;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872089;STB=0.504946;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0213829;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:9:13:12:8:9:13 chr11 57971171 . C T 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0301338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.906;QD=2.21227;RBI=0.0442963;REFB=-0.0110486;REVB=-0.0324672;RO=48;SAF=1;SAR=5;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362174;STB=0.781287;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0354793;OID=.;OPOS=57971171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:48:49:6:6:0.109091:5:1:22:26:5:1:22:27 chr11 57971195 . G A 210.8 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0124203;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4509;QD=20.5659;RBI=0.0128347;REFB=-0.00864712;REVB=-0.00323525;RO=20;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359977;STB=0.710083;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0239072;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:20:21:0.512195:16:4:11:9:17:4:11:9 chr11 57971201 . G A 243.58 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0111759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.276;QD=23.1982;RBI=0.0165596;REFB=-0.00415647;REVB=-0.0122197;RO=19;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281565;STB=0.658168;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0015362;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:17:6:11:8:17:6:11:8 chr11 57982229 . A G 297.43 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.012328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.821;QD=18.3032;RBI=0.0185011;REFB=-0.0151734;REVB=0.0137953;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241494;STB=0.522579;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0200588;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:33:31:32:0.492308:13:18:20:13:14:18:20:13 chr11 57982584 . T C 243.07 PASS AF=0.322917;AO=30;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0113085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2787;QD=10.128;RBI=0.0122603;REFB=-0.0130846;REVB=0.00473642;RO=66;SAF=12;SAR=18;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118604;STB=0.549866;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0434207;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:65:30:31:0.322917:18:12:33:33:18:13:32:33 chr11 57982620 . A G 179.12 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0113544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.308;QD=8.95598;RBI=0.0164988;REFB=-0.00784556;REVB=-0.0119702;RO=56;SAF=8;SAR=16;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182648;STB=0.608603;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0247407;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:56:24:24:0.3:16:8:27:29:16:8:27:29 chr11 57982726 . G T 125.74 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00658369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.831;QD=9.6721;RBI=0.0102028;REFB=-0.0224718;REVB=-0.00779435;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153002;STB=0.581239;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0254527;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:16:16:0.307692:9:7:20:15:9:7:20:16 chr11 57982763 . A G 83.54 PASS AF=0.220339;AO=12;DP=58;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0368485;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3843;QD=5.66366;RBI=0.0384914;REFB=0.000402836;REVB=-0.0111252;RO=45;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410584;STB=0.563539;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00135826;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:58:59:45:46:12:13:0.220339:6:6:21:24:6:7:21:25 chr11 57982832 . T A 116.65 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00766942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2729;QD=6.1396;RBI=0.0306939;REFB=-0.0108969;REVB=0.0297203;RO=58;SAF=13;SAR=5;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341357;STB=0.711301;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.034464;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:58:58:18:18:0.236842:5:13:26:32:5:13:26:32 chr11 57982896 . G T 388.86 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00158497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.725;QD=16.2025;RBI=0.0362118;REFB=-0.0190152;REVB=-0.0361771;RO=54;SAF=28;SAR=13;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213492;STB=0.626135;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0247216;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:55:41:41:0.427083:13:28:26:28:13:28:26:29 chr11 57983194 . A G 211.86 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0345293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.908;QD=16.6166;RBI=0.0362438;REFB=0.00840966;REVB=-0.0110153;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302085;STB=0.682315;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00729614;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:17:6:15:12:17:6:16:12 chr11 57996312 . C G 360.14 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0173287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.803;QD=15.0058;RBI=0.0258753;REFB=-0.00710889;REVB=-0.0192158;RO=57;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264757;STB=0.514976;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0113786;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:23:16:22:35:23:16:22:35 chr11 58034543 . C T 677.66 PASS AF=0.608247;AO=59;DP=97;FAO=59;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.0111081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.089;QD=27.9448;RBI=0.011475;REFB=-0.0178969;REVB=0.00287856;RO=38;SAF=32;SAR=27;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199196;STB=0.608119;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0121497;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:38:38:59:59:0.608247:27:32:10:28:27:32:10:28 chr11 58034597 . C G 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00192806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.288;QD=16.7689;RBI=0.012529;REFB=-0.0261519;REVB=0.0123797;RO=56;SAF=9;SAR=34;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288655;STB=0.663902;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0306666;OID=.;OPOS=58034597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:34:9:25:31:34:9:25:31 chr11 58034651 . C T 347.41 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00777594;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.0425;QD=16.9467;RBI=0.0275191;REFB=0.00504804;REVB=-0.0263977;RO=41;SAF=6;SAR=31;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274275;STB=0.681206;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0060278;OID=.;OPOS=58034651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:45:37:37:0.45122:31:6:15:26:31:6:18:27 chr11 58123152 . T C 1111.82 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00472776;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.187;QD=57.757;RBI=0.0399399;REFB=-0.052855;REVB=0.0396591;RO=2;SAF=34;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027017;STB=0.514282;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00144429;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:77:2:2:75:75:0.974026:41:34:2:0:41:34:2:0 chr11 58125620 . T C 1476.22 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147388;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.212;QD=63.4932;RBI=0.0151882;REFB=0;REVB=0.00366745;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49305e-05;OID=.;OPOS=58125620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:37:56:0:0:37:56:0:0 chr11 58125774 . A G 356.86 PASS AF=0.4;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0232862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.196;QD=13.5945;RBI=0.0233424;REFB=-0.0240327;REVB=-0.00161783;RO=62;SAF=15;SAR=27;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171827;STB=0.593223;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0293899;OID=.;OPOS=58125774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:62:63:42:42:0.4:27:15:32:30:27:15:32:31 chr11 58126305 . A T 756.22 PASS AF=0.933333;AO=55;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0211965;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.8;QD=50.4146;RBI=0.0212153;REFB=-0.0139426;REVB=-0.000893901;RO=4;SAF=29;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607009;STB=0.531239;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000449117;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:55:56:0.933333:26:29:4:0:26:30:4:0 chr11 58190136 . A G 123.15 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00321767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.308;QD=16.4203;RBI=0.0229107;REFB=-0.00800093;REVB=0.0226836;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193277;STB=0.611489;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00891048;OID=.;OPOS=58190136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:9:7:9:5:9:7 chr11 58207204 . A G 1102.59 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0304979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.82;QD=58.8048;RBI=0.0354372;REFB=-0.107498;REVB=0.0180464;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.506848;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000365583;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:36:38:0:0:36:38:0:1 chr11 58378424 . A G 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.063057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.004;QD=24.8032;RBI=0.0639672;REFB=-0.0221389;REVB=0.0107524;RO=4;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125976;STB=0.571288;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00576221;OID=.;OPOS=58378424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:5:5:3:1:5:5:3:1 chr11 58386177 . G A 716.15 PASS AF=0.547619;AO=68;DP=126;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0009987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.719;QD=22.7349;RBI=0.00733046;REFB=-0.0115125;REVB=-0.00726211;RO=57;SAF=29;SAR=39;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398986;STB=0.524583;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00795981;OID=.;OPOS=58386177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:57:57:68:69:0.547619:39:29:27:30:40:29:27:30 chr11 58602309 . C T 734.18 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0350313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5398;QD=61.1817;RBI=0.0351005;REFB=-0.0384958;REVB=0.0022027;RO=1;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024107;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00084982;OID=.;OPOS=58602309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:19:28:0:1:19:28:0:1 chr11 58892558 . C T 199.88 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00636229;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.489;QD=19.5008;RBI=0.00790543;REFB=-0.033086;REVB=-0.00469224;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147987;STB=0.586384;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0349268;OID=.;OPOS=58892558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:21:19:20:0.487805:11:8:6:16:11:9:6:15 chr11 58894067 . A G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0254584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5063;QD=22.9574;RBI=0.0355349;REFB=0.000798464;REVB=0.0247912;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418436;STB=0.735549;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000835994;OID=.;OPOS=58894067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:4:12:2:9:4:12:2:9 chr11 58894253 . T C 1479.14 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336518;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.898;QD=63.6188;RBI=0.0336755;REFB=0;REVB=0.00126317;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113823;OID=.;OPOS=58894253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:92:93:1:50:42:0:0:51:42:0:0 chr11 58894303 . G T 416.41 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0489611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5193;QD=19.5959;RBI=0.0724392;REFB=0.00548353;REVB=0.0533876;RO=43;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116855;STB=0.50649;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.0056945;OID=.;OPOS=58894303;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:23:19:20:23:23:19:20:23 chr11 58894368 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.107133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2231;QD=12.1823;RBI=0.112102;REFB=-0.0147811;REVB=-0.0330044;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115188;STB=0.567444;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00774114;OID=.;OPOS=58894368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:2:13:8:2:2:13 chr11 58919813 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.257;QD=57.0004;RBI=0.0457013;REFB=0;REVB=0.0453526;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234948;OID=.;OPOS=58919813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr11 58940278 . G T 215.15 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0024678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.326;QD=37.4178;RBI=0.0234145;REFB=-0.0371973;REVB=-0.0232841;RO=4;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259443;STB=0.642697;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0129748;OID=.;OPOS=58940278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:14:5:4:0:14:5:4:0 chr11 58973982 . G A 70.17 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0132007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.321;QD=6.68312;RBI=0.015241;REFB=-0.0171426;REVB=-0.00761767;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272346;STB=0.517207;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.025799;OID=.;OPOS=58973982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:42:42:32:32:10:10:0.238095:7:3:9:23:7:3:9:23 chr11 58978940 . C T 426.69 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00173637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.417;QD=19.177;RBI=0.0192134;REFB=-0.0108594;REVB=-0.0191348;RO=46;SAF=17;SAR=26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585544;STB=0.532599;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0242734;OID=.;OPOS=58978940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:26:17:21:25:26:17:21:25 chr11 58979393 . G A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0181755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.754;QD=19.9285;RBI=0.0186371;REFB=0.00264369;REVB=0.00412232;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902331;STB=0.551636;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00194895;OID=.;OPOS=58979393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:5:4:4:8:5:4 chr11 59058590 . C G 1539.7 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.445;QD=59.7943;RBI=0.0389151;REFB=0;REVB=0.0383911;RO=0;SAF=62;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9946e-05;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:103:0:0:99:103:1:37:62:0:0:40:63:0:0 chr11 59132798 . G C 731.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.321;QD=56.231;RBI=0.0562565;REFB=0;REVB=0.0482415;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756776;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:19:31:0:0:21:31:0:0 chr11 59132882 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.097;QD=54.5177;RBI=0.0268556;REFB=0;REVB=-0.00934413;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96773e-05;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr11 59211188 . G A 817.65 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2854;QD=57.3786;RBI=0.072379;REFB=0;REVB=-0.0122538;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502888;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr11 59211265 . T C 446.43 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.955;QD=57.6042;RBI=0.035871;REFB=0;REVB=0.0214091;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5952e-05;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr11 59224720 . A G 1819.68 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559245;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.059;QD=61.1656;RBI=0.0648769;REFB=0;REVB=-0.0328855;RO=0;SAF=62;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41257e-05;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:116:119:1:54:62:0:0:54:65:0:0 chr11 59271637 . T C 394.27 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00258613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.786;QD=17.3307;RBI=0.0273924;REFB=-0.0145793;REVB=0.02727;RO=50;SAF=16;SAR=25;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505712;STB=0.528351;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0266029;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:25:16:22:28:25:16:22:28 chr11 59323951 . G A 2399.38 PASS AF=0.97561;AO=160;DP=164;FAO=160;FDP=164;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0150612;FXX=0.00606024;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.986;QD=58.5214;RBI=0.0181621;REFB=-0.0274402;REVB=0.01015;RO=4;SAF=72;SAR=88;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00234198;STB=0.501231;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-6.96656e-06;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:164:164:4:4:160:160:0.97561:88:72:2:2:88:72:2:2 chr11 59480951 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00119198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.884;QD=60.2307;RBI=0.0152207;REFB=0;REVB=0.015174;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84259e-05;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr11 59611362 . G A 445.24 PASS AF=0.48913;AO=43;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00613765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.579;QD=19.3581;RBI=0.00654098;REFB=-0.0300175;REVB=0.00226135;RO=45;SAF=15;SAR=28;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155315;STB=0.584577;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0310473;OID=.;OPOS=59611362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:47:43:45:0.48913:28:15:23:22:30:15:23:24 chr11 59814173 . G A 249.74 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0285385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3663;QD=18.4992;RBI=0.028581;REFB=-0.0181247;REVB=-0.00155915;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251901;STB=0.628482;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0179372;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:14:13:20:6:14:13:20:7 chr11 59831716 . C A 584.95 PASS AF=0.556701;AO=53;DP=96;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0188376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.315;QD=24.1215;RBI=0.0226996;REFB=-0.0140746;REVB=-0.0126655;RO=43;SAF=23;SAR=30;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111406;STB=0.556947;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0134727;OID=.;OPOS=59831716;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:43:43:53:54:0.556701:30:23:13:30:31:23:13:30 chr11 59837097 . C T 469.95 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0207738;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.585;QD=20.213;RBI=0.039369;REFB=-0.00513326;REVB=-0.033442;RO=47;SAF=19;SAR=27;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511611;STB=0.528389;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00673806;OID=.;OPOS=59837097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:47:47:46:46:0.494624:27:19:22:25:27:19:22:25 chr11 59837721 . T TTATGAAAA 197.39 PASS AF=0.433962;AO=19;DP=56;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.00648591;FXX=0;HRUN=2;LEN=8;MLLD=383.969;QD=14.8977;RBI=0.00854541;REFB=-0.0104789;REVB=-0.0055639;RO=34;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166988;STB=0.574608;STBP=0.407;TYPE=ins;VARB=0.0155617;OID=.;OPOS=59837722;OREF=-;OALT=TATGAAAA;OMAPALT=TTATGAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433962:19:56:23:53:30:8:15:7:23:99:34:7:12:8:26 chr11 59863104 . A G 287.64 PASS AF=0.471429;AO=27;DP=63;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0221971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4998;QD=16.4368;RBI=0.0224583;REFB=-0.0512306;REVB=0.00341578;RO=36;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100212;STB=0.540873;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0615604;OID=.;OPOS=59863104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:70:36:37:27:33:0.471429:17:10:13:23:18:15:14:23 chr11 59945745 . T C 221.15 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0162592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.879;QD=18.4295;RBI=0.0176252;REFB=-0.0122853;REVB=-0.00680345;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511632;STB=0.529043;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0232884;OID=.;OPOS=59945745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:9:13:14:12:9:13:14:12 chr11 59946302 . C T 393.21 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.028;QD=56.1733;RBI=0.0219934;REFB=0;REVB=0.00264758;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91667e-05;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:21:5:0:0:21:7:0:0 chr11 59947252 . C T 643.89 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.00597052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3038;QD=17.8858;RBI=0.0276355;REFB=-0.00284979;REVB=0.0269828;RO=78;SAF=40;SAR=26;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11782;STB=0.565533;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00458358;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:78:78:66:66:0.458333:26:40:38:40:26:40:38:40 chr11 60070176 . A G 808.09 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.749;QD=56.7078;RBI=0.0590127;REFB=0;REVB=0.0436744;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788031;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:24:33:0:0 chr11 60073597 . C T 2011.15 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0330422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6179;QD=61.409;RBI=0.0335861;REFB=-0.143373;REVB=0.00602002;RO=1;SAF=58;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655546;STB=0.503448;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00680798;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:72:58:0:1:72:58:0:1 chr11 60105366 . T C 1606.54 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.356;QD=60.0577;RBI=0.0368335;REFB=0;REVB=0.0284501;RO=0;SAF=64;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96868e-05;OID=.;OPOS=60105366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:42:64:0:0:43:64:0:0 chr11 60152563 . T A 1885.05 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343058;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.299;QD=60.8079;RBI=0.0550769;REFB=-0.125752;REVB=0.043088;RO=0;SAF=69;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000291594;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:123:123:0.991935:54:69:0:0:54:69:1:0 chr11 60152584 . G A 2155.81 PASS AF=0.992857;AO=136;DP=138;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0518979;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8564;QD=61.5945;RBI=0.0577427;REFB=-0.0192362;REVB=-0.0253147;RO=1;SAF=75;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629665;STB=0.503184;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00146593;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:140:1:1:136:139:0.992857:61:75:1:0:61:78:1:0 chr11 60157107 . T G 715.52 PASS AF=1;AO=44;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366719;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.672;QD=57.2415;RBI=0.0467243;REFB=0;REVB=0.028954;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116421;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:44:50:1:27:17:0:0:33:17:0:0 chr11 60157166 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.622;QD=63.2867;RBI=0.0178795;REFB=0;REVB=0.00855605;RO=0;SAF=8;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90922e-05;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:38:8:0:0:38:8:0:0 chr11 60165352 . ATT A 1103.14 PASS AF=1;AO=85;DP=97;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300105;FXX=0.10203;HRUN=2;LEN=2;MLLD=199.218;QD=50.1427;RBI=0.0304928;REFB=0;REVB=-0.00540198;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.29269e-05;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:97:88:88:0:48:40:0:0:19:0:45:40:0:0 chr11 60172087 . C T 407.7 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.077;QD=56.2343;RBI=0.0344512;REFB=0;REVB=0.00185319;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688602;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:11:15:0:0:11:18:0:0 chr11 60173360 . A G 384.37 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.641;QD=54.9095;RBI=0.0262898;REFB=0;REVB=-0.0209553;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441345;OID=.;OPOS=60173360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:28:0:0:24:28:1:12:12:0:0:12:16:0:0 chr11 60182970 . A T 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0220858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.829;QD=22.3224;RBI=0.0222353;REFB=-0.00822152;REVB=-0.00257394;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251641;STB=0.513915;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00553657;OID=.;OPOS=60182970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:16:14:10:13:16:14:10:13 chr11 60184191 . G A 164.57 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00207974;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.181;QD=28.6208;RBI=0.0753799;REFB=-0.0346781;REVB=0.0753512;RO=7;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14158;STB=0.578221;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0188418;OID=.;OPOS=60184191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:7:7:16:16:0.695652:6:10:6:1:6:10:6:1 chr11 60184277 . A C 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.013404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.472;QD=16.4797;RBI=0.0191903;REFB=-0.014535;REVB=0.0137332;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114392;STB=0.565686;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0248242;OID=.;OPOS=60184277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:12:13:12:7:12:13 chr11 60198328 . C T 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0104403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7138;QD=18.1593;RBI=0.0105735;REFB=-0.0250944;REVB=0.00167329;RO=38;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466314;STB=0.531705;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00816676;OID=.;OPOS=60198328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:39:36:36:0.48:16:20:23:15:16:20:24:15 chr11 60264947 . C T 867.93 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.293;QD=57.8618;RBI=0.0628183;REFB=0;REVB=0.0597662;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281855;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr11 60265002 . C T 947.61 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134054;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.765;QD=59.2259;RBI=0.0138106;REFB=0;REVB=-0.00332072;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75965e-05;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr11 60285575 . A G 1878.98 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433489;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.28;QD=61.6059;RBI=0.00434384;REFB=0;REVB=-0.000278792;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246854;OID=.;OPOS=60285575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:122:0:0:119:122:1:57:62:0:0:60:62:0:0 chr11 60291413 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000357597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.852;QD=58.2394;RBI=0.00253014;REFB=0;REVB=-0.00250475;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61782e-05;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr11 60559805 . A G 983.76 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600833;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.887;QD=59.6217;RBI=0.0679088;REFB=0;REVB=0.0316481;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032737;OID=.;OPOS=60559805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr11 60610065 . G A 174.37 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00105999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.176;QD=11.6248;RBI=0.00494255;REFB=0.00184044;REVB=0.00482755;RO=36;SAF=5;SAR=17;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211277;STB=0.629502;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00325283;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:36:38:22:22:0.366667:17:5:14:22:17:5:15:23 chr11 60620585 . A G 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.191;QD=63.5761;RBI=0.0530086;REFB=0;REVB=-0.0453201;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79048e-05;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr11 60620590 . C G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0198;QD=56.9562;RBI=0.0764267;REFB=0;REVB=-0.0518684;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02405e-05;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr11 60635091 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0543;QD=50.4113;RBI=0.0297375;REFB=0;REVB=-0.00274334;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000494578;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr11 60637164 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.014;QD=10.1733;RBI=0.00262556;REFB=-0.00997087;REVB=-0.00262556;RO=9;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015567;OID=.;OPOS=60637164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:6:0:0:9:6:0:0:9 chr11 60638461 . C T 526.62 PASS AF=0.53125;AO=49;DP=94;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00144569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.092;QD=21.9426;RBI=0.00581786;REFB=-0.00912022;REVB=-0.00563537;RO=44;SAF=27;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004823;STB=0.503094;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00775369;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:44:45:49:51:0.53125:22:27:24:20:23:28:25:20 chr11 60638470 . A G 1298.08 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.925;QD=61.8131;RBI=0.0325228;REFB=0;REVB=-0.0122957;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03447e-05;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:40:42:0:0:40:44:0:0 chr11 60666341 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00183192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.297;QD=17.247;RBI=0.00653681;REFB=-0.029688;REVB=-0.00627487;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160802;STB=0.591629;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0354147;OID=.;OPOS=60666341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:11:16:9:12:11:16 chr11 60673868 . T C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0400884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.82;QD=17.2298;RBI=0.0459342;REFB=-0.0349978;REVB=0.0224249;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.519183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0291508;OID=.;OPOS=60673868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:2:4:5:3:2:4 chr11 60689445 . T C 1322.5 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.192786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.068;QD=60.8047;RBI=0.192789;REFB=0;REVB=-0.00108868;RO=0;SAF=4;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126924;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:87:0:0:78:87:1:74:4:0:0:75:12:0:0 chr11 60695301 . C A 1912.59 PASS AF=0.976923;AO=126;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0406738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.93;QD=58.8489;RBI=0.0489694;REFB=-0.0334165;REVB=0.0272698;RO=3;SAF=52;SAR=74;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266205;STB=0.505903;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.000380067;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:130:130:3:3:126:127:0.976923:74:52:3:0:74:53:2:1 chr11 60698054 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0479062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.102;QD=24.293;RBI=0.048613;REFB=-0.00266128;REVB=-0.00825972;RO=13;SAF=3;SAR=16;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122207;STB=0.567503;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00193653;OID=.;OPOS=60698054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:16:3:1:12:16:3:1:12 chr11 60701136 . C G 321.09 PASS AF=0.387097;AO=32;DP=92;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00455778;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=224.287;QD=13.8101;RBI=0.0122824;REFB=-0.0226313;REVB=-0.0114055;RO=40;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00618052;STB=0.559107;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0324319;OID=.;OPOS=60701136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:40:57:32:36:0.387097:17:15:19:21:18:18:23:34 chr11 60703777 . G A 393.27 PASS AF=0.655172;AO=35;DP=55;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0380015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.819;QD=27.1219;RBI=0.0490764;REFB=-0.0254749;REVB=0.0310545;RO=20;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209756;STB=0.609697;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00471475;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:20:20:35:38:0.655172:23:12:13:7:25:13:13:7 chr11 60704213 . C T 844.58 PASS AF=0.531646;AO=84;DP=159;FAO=84;FDP=158;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0227459;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2513;QD=21.3818;RBI=0.0228681;REFB=-0.00656173;REVB=0.00236113;RO=74;SAF=36;SAR=48;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268467;STB=0.514702;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00648069;OID=.;OPOS=60704213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:74:74:84:84:0.531646:48:36:34:40:48:36:34:40 chr11 60705454 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2418;QD=58.2393;RBI=0.0417689;REFB=0;REVB=0.0036;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031138;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr11 60776209 . C T 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0233332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.562;QD=27.2217;RBI=0.0244413;REFB=-0.0280013;REVB=-0.00727609;RO=16;SAF=17;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265757;STB=0.647174;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0190188;OID=.;OPOS=60776209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:8:17:5:11:8:17:5:11 chr11 60776306 . C T 49.58 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0305033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7702;QD=15.2553;RBI=0.0438288;REFB=-0.0606069;REVB=0.0314724;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308536;STB=0.680376;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0346179;OID=.;OPOS=60776306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:1:5:3:4:1:5 chr11 60892606 . A C,G 536.11 PASS AF=0.0789474,0.921053;AO=2,35;DP=38;FAO=3,35;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=3,16;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000778467,0.108713;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.154,52.1118;QD=56.4325;RBI=0.00787552,0.114036;REFB=0,-0.0195696;REVB=-0.00783695,0.0344321;RO=1;SAF=2,16;SAR=0,19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0283378;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.161581,0.00597744;OID=.,.;OPOS=60892606,60892606;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:1:0:2,35:3,35:0.0789474,0.921053:0,19:2,16:1:0:0,19:3,16:0:0 chr11 60893235 . C T 754.86 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.841;QD=56.9706;RBI=0.042502;REFB=0;REVB=0.0136035;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51603e-05;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:24:29:0:0 chr11 60899767 . A G 1047.6 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208508;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7159;QD=59.8628;RBI=0.0216007;REFB=0;REVB=-0.00564242;RO=0;SAF=57;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013922;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:13:57:0:0:13:57:0:0 chr11 61106892 . G C 885.91 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9414;QD=57.1551;RBI=0.0462337;REFB=0;REVB=-0.0135343;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490597;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:1:0:61:62:1:30:31:1:0:30:32:0:0 chr11 61108974 . G A 280.07 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0483781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1005;QD=44.811;RBI=0.126442;REFB=-0.150563;REVB=0.116821;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342405;STB=0.533305;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0208727;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:25:25:1:2:22:23:0.92:13:9:0:1:14:9:0:2 chr11 61112802 . C T 1038.37 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320182;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.368;QD=59.3353;RBI=0.0586644;REFB=0;REVB=0.0491564;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750545;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:34:34:0:0:36:34:0:0 chr11 61165280 . G A 1264.54 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8174;QD=61.685;RBI=0.0173533;REFB=0;REVB=0.00503388;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57714e-05;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:32:49:0:0:32:50:0:0 chr11 61165731 . C CA 318.26 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249049;FXX=0.079968;HRUN=0;LEN=1;MLLD=312.414;QD=55.3495;RBI=0.0249151;REFB=0;REVB=0.000713025;RO=3;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728348;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000230904;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:26:23:23:0:15:8:0:0:4:3:15:8:1:2 chr11 61165741 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.473;QD=52.6132;RBI=0.0470707;REFB=0;REVB=-0.0112345;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120061;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr11 61166306 . G A,T 240.69 PASS AF=0.857143,0.0952381;AO=18,2;DP=21;FAO=18,2;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=3,0;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0136792,-0.04007;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.8166,98.2331;QD=45.8459;RBI=0.0226681,0.0408789;REFB=-0.0913344,-0.0232624;REVB=-0.0180755,-0.00809162;RO=1;SAF=3,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0296514,0;STB=0.516111,0.5;STBP=0.643,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00430163,0.13629;OID=.,.;OPOS=61166306,61166306;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:21:21:1:1:18,2:18,2:0.857143,0.0952381:15,2:3,0:0:1:15,2:3,0:0:1 chr11 61179285 . G A 1339.05 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.223;QD=62.2815;RBI=0.02176;REFB=0;REVB=0.021717;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81094e-05;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr11 61204361 . A C 1452.04 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00530892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2765;QD=63.1323;RBI=0.0524439;REFB=0;REVB=0.0521745;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338597;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr11 61249383 . C A 1124.04 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00469321;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0285;QD=59.1598;RBI=0.0236684;REFB=-0.0924517;REVB=0.0231984;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00118461;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:0:1:75:75:0.986842:26:49:0:0:26:49:0:1 chr11 61277031 . C T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0332921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.962;QD=22.6785;RBI=0.0476661;REFB=-0.00912174;REVB=-0.0341129;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11821;STB=0.567431;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0104062;OID=.;OPOS=61277031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:4:6:2:3:4:6:2:3 chr11 61277698 . A G 374.65 PASS AF=0.5125;AO=36;DP=76;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0042428;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.264;QD=18.7326;RBI=0.00571631;REFB=-0.0329164;REVB=0.00383078;RO=38;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134965;STB=0.536568;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0396642;OID=.;OPOS=61277698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:38:39:36:41:0.5125:19:17:18:20:19:22:18:21 chr11 61277775 . A G 539.83 PASS AF=0.528846;AO=52;DP=101;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00102737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.025;QD=20.7627;RBI=0.00358612;REFB=-0.0118826;REVB=-0.0034358;RO=48;SAF=32;SAR=20;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665461;STB=0.5428;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0115759;OID=.;OPOS=61277775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:48:49:52:55:0.528846:20:32:26:22:21:34:26:23 chr11 61277882 . TGGG TGGA,TGG 644.32 PASS AF=0.628205,0.294872;AO=45,15;DP=78;FAO=49,23;FDP=78;FR=.;FRO=6;FSAF=34,20;FSAR=15,3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0143389,-0.0211469;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=189.869,7.49867;QD=33.0422;RBI=0.0368403,0.211936;REFB=-0.0891197,-0.600162;REVB=-0.0339353,-0.210878;RO=4;SAF=30,15;SAR=15,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0.416667;SSEP=0,0.388489;SSSB=-0.0586537,0;STB=0.51815,0.516115;STBP=0.485,0.863;TYPE=snp,del;VARB=0.0270196,0.000782405;OID=.,.;OPOS=61277885,61277883;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGGA,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.628205,0.294872:45,15:78:49,23:78:6:34,20:15,3:5:1:90:4:30,15:15,0:4:0 chr11 61278246 . T C 296.56 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0272072;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.848;QD=21.967;RBI=0.0273698;REFB=-0.00056959;REVB=-0.00297848;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818959;STB=0.55169;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0122243;OID=.;OPOS=61278246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:24:24:29:30:0.555556:15:14:14:10:16:14:14:10 chr11 61487690 . G A 1426.29 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0446805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3958;QD=60.6931;RBI=0.0446925;REFB=-0.0141221;REVB=-0.00103355;RO=2;SAF=51;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00249885;STB=0.50117;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00091473;OID=.;OPOS=61487690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:94:2:2:91:92:0.978723:40:51:1:1:41:51:1:1 chr11 61505168 . G A 1414.35 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.959;QD=62.8598;RBI=0.056255;REFB=0;REVB=0.0526842;RO=0;SAF=59;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04906e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113537;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:29:59:0:0:30:60:0:0 chr11 61534872 . A C 1150.47 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5207;QD=59.7645;RBI=0.039494;REFB=0;REVB=0.0392405;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202179;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:30:43:0:0:31:46:0:0 chr11 61551356 . T C 771.28 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379228;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.854;QD=57.1315;RBI=0.0105027;REFB=0;REVB=-0.0097941;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23355e-05;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr11 61564299 . G T 211.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131041;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.894;QD=49.6933;RBI=0.0172388;REFB=0;REVB=0.0112008;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32737e-06;OID=.;OPOS=61564299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr11 61578346 . GGC G,GG 242.8 PASS AF=0.00990099,0.70297;AO=23,27;DP=97;FAO=1,71;FDP=101;FR=.;FRO=29;FSAF=1,49;FSAR=0,22;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=-0.258039,-0.234881;FXX=0.0380916;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=11.245,8.14909;QD=9.61593;RBI=0.64219,0.282266;REFB=0.00766677,-0.0922817;REVB=-0.588067,-0.156541;RO=27;SAF=12,26;SAR=11,1;SRF=23;SRR=4;SSEN=0,0.366667;SSEP=0,0;SSSB=-0.325668,0.388436;STB=0.983152,0.560976;STBP=0.555,0.093;TYPE=del,del;VARB=-0.139149,0.050404;OID=.,.;OPOS=61578347,61578348;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00990099,0.70297:23,27:97:1,71:101:29:1,49:0,22:25:4:69:27:12,26:11,1:23:4 chr11 61582708 . T C 536.22 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4115;QD=59.5798;RBI=0.0520438;REFB=0;REVB=-0.0486506;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000424126;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr11 61593816 . C T 1049.72 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0617016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.316;QD=58.3178;RBI=0.0800385;REFB=-0.130721;REVB=0.0509811;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00132485;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:70:71:0.986111:33:37:0:0:33:38:1:0 chr11 61658800 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0830987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5234;QD=19.1337;RBI=0.0990267;REFB=-0.0262941;REVB=-0.0538599;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0380812;OID=.;OPOS=61658800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr11 61719387 . T C 594.06 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1786;QD=60.9288;RBI=0.0321177;REFB=0;REVB=0.0100985;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691296;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr11 61722645 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.078;QD=56.7056;RBI=0.0509693;REFB=0;REVB=0.0500992;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412255;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr11 61724418 . C T 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00174587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.209;QD=19.4206;RBI=0.00392926;REFB=-0.00967209;REVB=0.00352009;RO=26;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263658;STB=0.638758;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00570563;OID=.;OPOS=61724418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:19:10:17:9:19:10:17:10 chr11 61730234 . T C 323.3 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.318;QD=53.8829;RBI=0.0116695;REFB=0;REVB=-0.0105493;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39541e-05;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr11 61734961 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0121553;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.729;QD=16.4552;RBI=0.0121553;REFB=-0.0636243;REVB=0;RO=3;SAF=6;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0365152;OID=.;OPOS=61734961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:3:4:6:6:0.6:0:6:3:0:0:6:4:0 chr11 61914259 . C CA 141.43 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143504;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.21;QD=40.4093;RBI=0.0628467;REFB=0;REVB=0.0611864;RO=14;SAF=1;SAR=1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22986;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00113391;OID=.;OPOS=61914260;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:16:14:14:0:3:11:0:0:4:14:1:1:4:10 chr11 61914260 . G A 118.93 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0265699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.048;QD=33.9797;RBI=0.0454583;REFB=-0.105144;REVB=0.0368849;RO=2;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136871;STB=0.576783;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00775827;OID=.;OPOS=61914260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:10:2:1:1:10:2:1:1 chr11 62236219 . T C 140.97 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0239465;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.469;QD=29.6774;RBI=0.0357797;REFB=0.0295196;REVB=-0.0265849;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255318;STB=0.618149;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00658626;OID=.;OPOS=62236219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:20:19:6:5:14:14:0.736842:9:5:5:1:9:5:4:1 chr11 62288649 . G C 346.28 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0208007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8801;QD=16.8917;RBI=0.0286388;REFB=-0.0130687;REVB=-0.0196854;RO=45;SAF=23;SAR=13;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108906;STB=0.56663;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0252456;OID=.;OPOS=62288649;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:45:36:37:0.45122:13:23:24:21:13:24:24:21 chr11 62292882 . G T 1485.57 PASS AF=0.990196;AO=102;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101758;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.1527;QD=58.2575;RBI=0.0710818;REFB=0.10802;REVB=-0.0703497;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00180259;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:102:0:1:102:101:0.990196:51:51:0:0:51:50:1:0 chr11 62293913 . T G 245.9 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00222109;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9307;QD=15.1325;RBI=0.00701061;REFB=-0.0146735;REVB=0.00664947;RO=33;SAF=19;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166943;STB=0.568812;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0240594;OID=.;OPOS=62293913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:33:37:28:28:0.430769:9:19:17:16:9:19:21:16 chr11 62293948 . G A 301.21 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0322065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.521;QD=24.5887;RBI=0.0358471;REFB=-0.037924;REVB=0.0157403;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277236;STB=0.657623;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0261818;OID=.;OPOS=62293948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:22:26:27:0.55102:10:16:6:16:10:17:6:16 chr11 62381106 . G C 170.05 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1126;QD=45.3475;RBI=0.155872;REFB=0;REVB=0.135505;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0171346;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:6:7:0:0:6:9:0:0 chr11 62383715 . G C 175.08 PASS AF=1;AO=2;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515177;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.4862;QD=43.7689;RBI=0.060553;REFB=0;REVB=-0.0318212;RO=0;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0227794;OID=.;OPOS=62383715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:2:16:1:1:1:0:0:5:11:0:0 chr11 62414027 . T G 440.43 PASS AF=0.408;AO=50;DP=124;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.0365086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8516;QD=14.0938;RBI=0.109967;REFB=-0.0289857;REVB=-0.103729;RO=73;SAF=6;SAR=44;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436641;STB=0.725385;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0633307;OID=.;OPOS=62414027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:73:74:50:51:0.408:44:6:30:43:44:7:30:44 chr11 62430659 . T A 712.11 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285534;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.75;QD=63.2986;RBI=0.0289027;REFB=0;REVB=-0.00447963;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23884e-05;OID=.;OPOS=62430659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr11 62439569 . G A 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.818;QD=63.4764;RBI=0.0583317;REFB=0;REVB=0.0534898;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149339;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:43:51:0:0:43:51:0:0 chr11 62520607 . G C 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00667212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.493;QD=15.773;RBI=0.00667283;REFB=-0.0052176;REVB=-9.74018e-05;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262751;STB=0.51484;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00771873;OID=.;OPOS=62520607;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:14:13:15:18:14:13:15:18 chr11 62563353 . G A 501.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000847245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.369;QD=59.0066;RBI=0.0109857;REFB=0;REVB=-0.010953;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.237e-05;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr11 62564009 . T C 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.152749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8808;QD=16.727;RBI=0.152773;REFB=-0.00585091;REVB=0.00271641;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670294;STB=0.526283;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00119275;OID=.;OPOS=62564009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:10:6:8:10:10:6:8:11 chr11 62598509 . C T 558.12 PASS AF=0.632911;AO=48;DP=76;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0261194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.582;QD=28.2593;RBI=0.0300275;REFB=-0.0487188;REVB=0.014813;RO=27;SAF=22;SAR=26;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161362;STB=0.576583;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0338166;OID=.;OPOS=62598509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:27:29:48:50:0.632911:26:22:19:8:26:24:20:9 chr11 62609112 . A G 1405.95 PASS AF=0.609524;AO=128;DP=210;FAO=128;FDP=210;FR=.;FRO=82;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.00408392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1239;QD=26.7801;RBI=0.0397726;REFB=0.00641452;REVB=-0.0395624;RO=81;SAF=63;SAR=65;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00117638;STB=0.503051;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00469733;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:81:82:128:128:0.609524:65:63:40:41:65:63:41:41 chr11 62609168 . T C 88.85 PASS AF=0.0933333;AO=28;DP=300;FAO=28;FDP=300;FR=.;FRO=272;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=141;FSRR=131;FWDB=-0.00465072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.253;QD=1.18468;RBI=0.0111061;REFB=-0.00250708;REVB=-0.0100855;RO=264;SAF=15;SAR=13;SRF=139;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111047;STB=0.515748;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0236246;OID=.;OPOS=62609168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:300:300:264:272:28:28:0.0933333:13:15:139:125:13:15:141:131 chr11 62609171 . TATT CTGC 2625.1 PASS AF=0.723183;AO=199;DP=299;FAO=209;FDP=289;FR=.;FRO=80;FSAF=112;FSAR=97;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.00277751;FXX=0.0334437;HRUN=1;LEN=4;MLLD=232.526;QD=36.3336;RBI=0.0266088;REFB=-0.043617;REVB=0.0264635;RO=78;SAF=107;SAR=92;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267417;STB=0.516899;STBP=0.32;TYPE=mnp;VARB=0.0122186;OID=.;OPOS=62609171;OREF=TATT;OALT=CTGC;OMAPALT=CTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:289:78:80:199:209:0.723183:92:107:38:40:97:112:38:42 chr11 62609178 . A G 45.92 PASS AF=0.0682594;AO=20;DP=277;FAO=20;FDP=293;FR=.;FRO=273;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=139;FSRR=134;FWDB=-0.0375246;FXX=0.016778;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.6738;QD=0.626926;RBI=0.0378215;REFB=0.000888038;REVB=0.00472969;RO=252;SAF=11;SAR=9;SRF=124;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646732;STB=0.538108;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0229488;OID=.;OPOS=62609178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:277:293:252:273:20:20:0.0682594:9:11:124:128:9:11:139:134 chr11 62609220 . A G 401.56 PASS AF=0.217105;AO=66;DP=305;FAO=66;FDP=304;FR=.;FRO=238;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=126;FSRR=112;FWDB=0.000860915;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.703;QD=5.28365;RBI=0.00309894;REFB=-0.00717218;REVB=0.00297696;RO=236;SAF=43;SAR=23;SRF=124;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166184;STB=0.598917;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.023318;OID=.;OPOS=62609220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:304:236:238:66:66:0.217105:23:43:124:112:23:43:126:112 chr11 62766431 . A T 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0141067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.691;QD=5.85748;RBI=0.054453;REFB=-0.00998511;REVB=-0.052594;RO=32;SAF=8;SAR=1;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478346;STB=0.82108;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0339832;OID=.;OPOS=62766431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:1:8:18:14:1:8:18:14 chr11 62847453 . T C 1267.58 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.95671e-05;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5086;QD=61.8331;RBI=0.0669033;REFB=0;REVB=0.0669033;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286604;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:49:33:0:0:49:33:0:0 chr11 62848487 . A C 1256.83 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182212;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.044;QD=61.3086;RBI=0.0588709;REFB=0;REVB=0.0559801;RO=0;SAF=18;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123328;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:78:82:1:60:18:0:0:63:19:0:0 chr11 62886319 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.022;QD=52.6123;RBI=0.0283371;REFB=0;REVB=0.0275021;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304466;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr11 62886524 . T A 302.33 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00324262;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.633;QD=25.1942;RBI=0.0301934;REFB=-0.0462469;REVB=-0.0300187;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134704;STB=0.572263;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0172056;OID=.;OPOS=62886524;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:21:26:27:0.5625:10:16:10:12:11:16:9:12 chr11 62902172 . A C 765.99 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.659;QD=54.7138;RBI=0.044454;REFB=-0.0656097;REVB=0.0385299;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177809;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000320783;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:26:28:0:1:26:29:0:1 chr11 62910849 . T C 1970.96 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.467;QD=62.0775;RBI=0.0150639;REFB=0;REVB=0.0141469;RO=0;SAF=59;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73811e-06;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:68:59:0:0:68:59:0:0 chr11 62911079 . G C 1212.94 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.28;QD=59.8983;RBI=0.0386551;REFB=-0.130301;REVB=0.00302667;RO=1;SAF=47;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996796;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00101297;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:33:47:1:0:33:47:1:0 chr11 62931484 . T C 1065.76 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701714;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.958;QD=60.0426;RBI=0.0434255;REFB=0;REVB=0.0428548;RO=0;SAF=49;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123106;OID=.;OPOS=62931484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:22:49:0:0:22:49:0:0 chr11 62951221 . C G 1088.07 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.045778;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6811;QD=58.8148;RBI=0.0498834;REFB=-0.0162443;REVB=0.0198176;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.507934;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000419251;OID=.;OPOS=62951221;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:31:42:0:0:31:42:0:1 chr11 62984868 . T C 453.71 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0269269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.262;QD=54.9947;RBI=0.0968227;REFB=-0.00238059;REVB=0.0930031;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00346543;OID=.;OPOS=62984868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:1:0:13:19:1:0 chr11 62985544 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00382276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.242;QD=59.0182;RBI=0.0434297;REFB=0;REVB=-0.0432611;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000827621;OID=.;OPOS=62985544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr11 63129876 . T G 728.64 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.026;QD=57.148;RBI=0.0151368;REFB=0;REVB=-0.0055627;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.66392e-05;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:26:25:0:0 chr11 63256441 . C G 1446.8 PASS AF=0.969072;AO=92;DP=95;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0130774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5023;QD=59.6617;RBI=0.0506033;REFB=-0.0198761;REVB=0.0488843;RO=3;SAF=23;SAR=69;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326337;STB=0.515635;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00403575;OID=.;OPOS=63256441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:97:3:3:92:94:0.969072:69:23:2:1:69:25:2:1 chr11 63258416 . T C 1433.65 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.5891e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.912;QD=63.0177;RBI=0.0145503;REFB=0;REVB=0.0145501;RO=0;SAF=56;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91435e-05;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:34:56:0:0:34:57:0:0 chr11 63313644 . T C 1665.25 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000474979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.58;QD=58.4298;RBI=0.0172423;REFB=-0.0265413;REVB=0.0172357;RO=2;SAF=55;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169488;STB=0.508927;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000197483;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:111:112:0.982456:56:55:2:0:57:55:2:0 chr11 63413962 . AAAAT A 946.3 PASS AF=1;AO=69;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512648;FXX=0;HRUN=4;LEN=4;MLLD=268.94;QD=49.1583;RBI=0.0514025;REFB=0;REVB=-0.00375999;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.9485e-06;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:76:77:77:0:41:36:0:0:17:0:36:33:0:0 chr11 63487386 . T C 1121.0 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232715;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.403;QD=60.5948;RBI=0.0220705;REFB=0;REVB=0.0219474;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71987e-05;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr11 63585804 . C A 403.04 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0745422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.578;QD=48.8536;RBI=0.0746461;REFB=-0.0635197;REVB=0.0039381;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.545424;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000890318;OID=.;OPOS=63585804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:1:3:30:30:0.909091:15:15:1:0:15:15:3:0 chr11 63661820 . C T 738.86 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.423;QD=56.8351;RBI=0.0360376;REFB=0;REVB=0.0141545;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7462e-05;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:20:30:0:0:21:31:0:0 chr11 63681513 . T C 885.47 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0125;QD=58.0637;RBI=0.0696463;REFB=0;REVB=0.0669615;RO=0;SAF=52;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510788;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:8:52:0:0:9:52:0:0 chr11 63883985 . T C 481.72 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0952911;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.694;QD=22.4057;RBI=0.0960604;REFB=-0.00103461;REVB=-0.0121322;RO=37;SAF=24;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152858;STB=0.524862;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00025393;OID=.;OPOS=63883985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:37:40:46:46:0.534884:22:24:20:17:22:24:23:17 chr11 63884027 . C T 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0313131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.258;QD=27.3089;RBI=0.0334193;REFB=0.0103226;REVB=0.0116764;RO=18;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00269498;STB=0.500711;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00774307;OID=.;OPOS=63884027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:20:29:29:0.591837:13:16:10:8:13:16:11:9 chr11 63884453 . C T 733.11 PASS AF=0.493151;AO=72;DP=146;FAO=72;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0110079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1892;QD=20.0853;RBI=0.0222949;REFB=-0.023127;REVB=0.0193879;RO=74;SAF=30;SAR=42;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102254;STB=0.556436;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0245352;OID=.;OPOS=63884453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:74:74:72:72:0.493151:42:30:39:35:42:30:39:35 chr11 63884474 . C T 541.48 PASS AF=0.478992;AO=56;DP=118;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0232056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4923;QD=18.2009;RBI=0.0232737;REFB=-0.0316879;REVB=0.00177925;RO=62;SAF=23;SAR=33;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704635;STB=0.542756;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0443514;OID=.;OPOS=63884474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:62:62:56:57:0.478992:33:23:30:32:34:23:30:32 chr11 63885632 . A G 434.74 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.037965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.251;QD=54.343;RBI=0.0916479;REFB=-0.0109298;REVB=0.0834146;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521725;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00280098;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:31:31:0.96875:11:20:0:0:11:20:0:1 chr11 63885704 . C T 69.64 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.126941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2623;QD=15.4765;RBI=0.12697;REFB=-0.0209868;REVB=-0.0026942;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0487702;OID=.;OPOS=63885704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:4:5:5:4:4:5 chr11 63886539 . C T 710.72 PASS AF=0.561983;AO=68;DP=121;FAO=68;FDP=121;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0605528;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.351;QD=23.495;RBI=0.0605776;REFB=-0.01498;REVB=-0.00173496;RO=53;SAF=24;SAR=44;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212684;STB=0.511624;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.016047;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:53:53:68:68:0.561983:44:24:20:33:44:24:20:33 chr11 63988045 . G A 489.51 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0154616;FXX=0.0198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.346;QD=19.7782;RBI=0.0272838;REFB=-0.0191659;REVB=-0.0224799;RO=41;SAF=27;SAR=23;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057907;STB=0.514801;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0208029;OID=.;OPOS=63988045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:41:49:50:50:0.505051:23:27:25:16:23:27:25:24 chr11 63994692 . T C 1470.49 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.245;QD=62.5739;RBI=0.0447061;REFB=0;REVB=0.0118574;RO=0;SAF=26;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36928e-05;OID=.;OPOS=63994692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:94:0:0:90:94:1:64:26:0:0:66:28:0:0 chr11 63997329 . A G 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.876;QD=62.9072;RBI=0.0257951;REFB=0;REVB=-0.0253455;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.23435e-05;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:49:41:0:0:49:41:0:0 chr11 63997338 . T C 1377.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.993;QD=62.626;RBI=0.0462504;REFB=0;REVB=0.0442724;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20856e-05;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:48:38:0:0:49:39:0:0 chr11 64004643 . C G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0290961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.766;QD=14.3343;RBI=0.0883103;REFB=0.00111054;REVB=-0.0833794;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15627;STB=0.592381;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00123933;OID=.;OPOS=64004643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:5:5:3:6:5:5 chr11 64004692 . C T 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00326237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3279;QD=19.1785;RBI=0.0166105;REFB=0.022997;REVB=0.0162869;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211474;STB=0.620075;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.0127146;OID=.;OPOS=64004692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:8:3:7:6:8:3 chr11 64009966 . A G 301.58 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00534432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0754;QD=25.1319;RBI=0.0160528;REFB=-0.00604432;REVB=-0.0151371;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117731;STB=0.56517;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.004347;OID=.;OPOS=64009966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:14:13:7:14:14:13:7:14 chr11 64011441 . T C 562.99 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.121943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.605;QD=57.7429;RBI=0.124021;REFB=-0.1486;REVB=0.0226129;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00131622;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:15:23:1:0:15:23:1:0 chr11 64012225 . G C 631.89 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.146;QD=61.6475;RBI=0.0831113;REFB=0;REVB=0.0726384;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551899;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:24:17:0:0 chr11 64022459 . A G 1676.42 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.64;QD=60.4117;RBI=0.0370954;REFB=0;REVB=0.0355412;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61397e-05;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:58:52:0:0:59:52:0:0 chr11 64023971 . G A 663.26 PASS AF=0.541667;AO=64;DP=119;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0588812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.678;QD=22.1087;RBI=0.0590925;REFB=-0.0185978;REVB=0.00499239;RO=55;SAF=27;SAR=37;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058979;STB=0.527877;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0171666;OID=.;OPOS=64023971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:55:55:64:65:0.541667:37:27:27:28:37:28:27:28 chr11 64026144 . G A 166.42 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=-0.0665633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5997;QD=14.7926;RBI=0.0817271;REFB=0.0221704;REVB=0.0474199;RO=27;SAF=2;SAR=16;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0246578;OID=.;OPOS=64026144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:16:2:3:24:16:2:3:24 chr11 64026685 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00635274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.088;QD=15.3789;RBI=0.0104368;REFB=-0.0327234;REVB=0.00828061;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128654;STB=0.574206;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.044057;OID=.;OPOS=64026685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:10:4:5:7:10:4 chr11 64034911 . G A 106.94 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00856984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.054;QD=12.2222;RBI=0.0334639;REFB=-0.0050091;REVB=0.032348;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244317;STB=0.651377;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0109185;OID=.;OPOS=64034911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:13:13:0.371429:6:7:16:5:6:7:17:5 chr11 64083318 . G A 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0276218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.21;QD=6.57202;RBI=0.0455059;REFB=-0.00539664;REVB=-0.0361638;RO=37;SAF=10;SAR=1;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521782;STB=0.845016;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0486551;OID=.;OPOS=64083318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:1:10:21:16:1:10:21:16 chr11 64083320 . T C 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0124163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.56;QD=6.73536;RBI=0.0554184;REFB=-0.0154573;REVB=-0.0540096;RO=35;SAF=10;SAR=1;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540519;STB=0.849241;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0167524;OID=.;OPOS=64083320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:35:36:11:11:0.234043:1:10:19:16:1:10:20:16 chr11 64083328 . C T 69.67 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0588218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1799;QD=6.48129;RBI=0.118686;REFB=0.00988343;REVB=0.103085;RO=33;SAF=9;SAR=1;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468864;STB=0.812141;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0278879;OID=.;OPOS=64083328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:1:9:20:13:1:9:20:13 chr11 64083331 . C T 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0395592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.033;QD=7.47078;RBI=0.0400639;REFB=-0.00438247;REVB=-0.0063394;RO=32;SAF=10;SAR=1;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502528;STB=0.827669;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0474248;OID=.;OPOS=64083331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:1:10:19:13:1:10:19:13 chr11 64084113 . A G 1339.61 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.636;QD=62.3072;RBI=0.0149733;REFB=0;REVB=0.00431224;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5219e-05;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr11 64085785 . A G 845.38 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0383034;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.307;QD=54.5407;RBI=0.0383668;REFB=-0.118362;REVB=-0.00220419;RO=2;SAF=27;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336704;STB=0.517851;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00184824;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:2:2:59:60:0.967742:32:27:2:0:33:27:2:0 chr11 64107735 . G A 295.35 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0222122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.522;QD=22.2902;RBI=0.029423;REFB=-0.0283647;REVB=-0.0192959;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310924;STB=0.509428;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0279821;OID=.;OPOS=64107735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:23:29:30:0.566038:15:14:12:11:15:15:12:11 chr11 64109118 . T G 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0085769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.57;QD=21.5453;RBI=0.00871909;REFB=-0.0219267;REVB=0.00156821;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298139;STB=0.666455;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0122811;OID=.;OPOS=64109118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:9:1:7:7:9:1 chr11 64110668 . G A 561.62 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0180033;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.848;QD=17.4145;RBI=0.0185623;REFB=-0.0227194;REVB=-0.00452116;RO=59;SAF=27;SAR=32;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461532;STB=0.515306;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0257911;OID=.;OPOS=64110668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:129:59:70:59:59:0.457364:32:27:30:29:32:27:34:36 chr11 64110683 . G C 614.3 PASS AF=0.512397;AO=61;DP=120;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0218199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.6;QD=20.3073;RBI=0.0492612;REFB=-0.0277955;REVB=0.0441651;RO=59;SAF=28;SAR=33;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317818;STB=0.513757;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0285668;OID=.;OPOS=64110683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:59:59:61:62:0.512397:33:28:25:34:34:28:25:34 chr11 64111928 . T C 128.86 PASS AF=0.314815;AO=14;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0184876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.476;QD=9.54478;RBI=0.0297884;REFB=0.00467692;REVB=0.0233572;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317972;STB=0.605937;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0129742;OID=.;OPOS=64111928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:37:14:17:0.314815:9:5:17:9:10:7:21:16 chr11 64116843 . A C 611.64 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1663;QD=61.1637;RBI=0.13044;REFB=0;REVB=-0.0134225;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194619;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:25:13:0:0:25:15:0:0 chr11 64122853 . G A 429.52 PASS AF=0.360294;AO=49;DP=142;FAO=49;FDP=136;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=0.00655394;FXX=0.0810756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.38;QD=12.633;RBI=0.00656282;REFB=-0.0487333;REVB=-0.000341257;RO=69;SAF=29;SAR=20;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235304;STB=0.633733;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0465751;OID=.;OPOS=64122853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:136:69:87:49:49:0.360294:20:29:25:44:20:29:33:54 chr11 64124515 . T C 270.27 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0148527;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.366;QD=18.6394;RBI=0.0215674;REFB=-0.00926334;REVB=-0.015638;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272216;STB=0.651468;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0132505;OID=.;OPOS=64124515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:29:29:29:0.5:17:12:21:8:17:12:21:8 chr11 64124823 . C T 496.03 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00226941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.153;QD=17.875;RBI=0.0351293;REFB=-0.015123;REVB=-0.0350559;RO=56;SAF=28;SAR=25;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262657;STB=0.523801;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0187289;OID=.;OPOS=64124823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:58:53:53:0.477477:25:28:28:28:25:28:28:30 chr11 64124846 . TC GT,T 48.44 PASS AF=0,0.176991;AO=4,36;DP=109;FAO=0,20;FDP=113;FR=.;FRO=93;FSAF=0,11;FSAR=0,9;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.0472804,-0.0214393;FXX=0.00877116;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=122.598,9.62193;QD=1.71452;RBI=0.0543599,0.177698;REFB=-0.0105698,-0.138324;REVB=-0.0268245,-0.1764;RO=63;SAF=4,16;SAR=0,20;SRF=36;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.465272,-0.140197;STB=0.5,0.501339;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.153053;OID=.,.;OPOS=64124846,64124847;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:109:113:63:93:4,36:0,20:0,0.176991:0,20:4,16:36:27:0,9:0,11:51:42 chr11 64124940 . T G 508.2 PASS AF=0.526316;AO=36;DP=91;FAO=50;FDP=95;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=45;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.0332027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.8753;QD=21.3977;RBI=0.250365;REFB=0.00802907;REVB=0.248153;RO=24;SAF=22;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143662;STB=0.63153;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00265166;OID=.;OPOS=64124940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:24:45:36:50:0.526316:14:22:10:14:25:25:10:35 chr11 64127744 . A G 140.09 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0176468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3778;QD=12.7357;RBI=0.0372827;REFB=-0.00795873;REVB=-0.0328419;RO=27;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442218;STB=0.766341;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.019974;OID=.;OPOS=64127744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:4:12:9:18:4:12:9:19 chr11 64359274 . C T 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.01447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.243;QD=24.7085;RBI=0.0241842;REFB=-0.00922969;REVB=0.0193778;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111355;STB=0.561746;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00516343;OID=.;OPOS=64359274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:13:10:5:12:13:10:5:12 chr11 64367325 . A G 1995.28 PASS AF=1;AO=113;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5439;QD=61.3931;RBI=0.03134;REFB=0;REVB=0.023949;RO=0;SAF=37;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367961;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:113:130:1:76:37:0:0:82:48:0:0 chr11 64367862 . T C 1032.55 PASS AF=1;AO=48;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197252;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.0389;QD=56.578;RBI=0.197816;REFB=0;REVB=0.0149276;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00914652;OID=.;OPOS=64367862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:48:73:1:23:25:0:0:24:49:0:0 chr11 64415767 . G A 415.29 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=0.012112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3675;QD=19.3157;RBI=0.0255188;REFB=-0.0091493;REVB=0.0224612;RO=44;SAF=25;SAR=17;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177029;STB=0.597692;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00824474;OID=.;OPOS=64415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:17:25:34:10:17:25:34:10 chr11 64497599 . GC G 68.63 PASS AF=0.324561;AO=30;DP=116;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0658751;FXX=0.0172399;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.41232;QD=2.40806;RBI=0.0682556;REFB=-0.080258;REVB=0.0178687;RO=61;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124259;STB=0.538884;STBP=0.585;TYPE=del;VARB=0.0538667;OID=.;OPOS=64497600;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324561:30:116:37:114:77:17:20:31:46:68:61:14:16:22:39 chr11 64507680 . A C 410.06 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4513;QD=56.5603;RBI=0.0293501;REFB=0;REVB=0.00114592;RO=0;SAF=25;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523198;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:3:25:0:0:3:26:0:0 chr11 64511050 . G C 1518.12 PASS AF=0.990476;AO=100;DP=102;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0398544;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.202;QD=57.8333;RBI=0.056906;REFB=-0.0202448;REVB=0.0406192;RO=2;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160759;STB=0.504064;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00024956;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:105:2:1:100:104:0.990476:58:42:0:2:61:43:0:1 chr11 64559898 . T C 165.98 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0085718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.601;QD=22.13;RBI=0.0136406;REFB=-0.0656697;REVB=0.0106108;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00372458;STB=0.522062;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0274808;OID=.;OPOS=64559898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:7:10:7:5:7:10:7:6 chr11 64572018 . T C 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0985231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7942;QD=20.4951;RBI=0.108712;REFB=-0.0219589;REVB=0.0459505;RO=28;SAF=13;SAR=21;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00905362;STB=0.508716;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0178256;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:30:34:34:0.53125:21:13:11:17:21:13:12:18 chr11 64572557 . A G 639.15 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.953;QD=60.8713;RBI=0.0547324;REFB=0;REVB=0.0498771;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645953;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:19:21:0:0:20:22:0:0 chr11 64572602 . G A 144.31 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00114999;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.976;QD=10.4949;RBI=0.0147897;REFB=-0.00871027;REVB=0.014745;RO=35;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784333;STB=0.552068;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.018404;OID=.;OPOS=64572602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:35:36:18:19:0.345455:8:10:17:18:8:11:18:18 chr11 64591679 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00349871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.162;QD=15.6511;RBI=0.0100518;REFB=-0.00384001;REVB=-0.00942327;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16468;STB=0.594481;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00746026;OID=.;OPOS=64591679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:7:14:8:8:7:14 chr11 64597201 . G A 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0175125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.403;QD=14.7968;RBI=0.0255119;REFB=-0.0383221;REVB=0.0185519;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218381;STB=0.626645;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0444897;OID=.;OPOS=64597201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:4:9:5:6:4:9 chr11 64597205 . G T 73.7 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00651641;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.348;QD=12.2829;RBI=0.0159454;REFB=-0.026198;REVB=0.0145531;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270169;STB=0.677085;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0317749;OID=.;OPOS=64597205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:25:24:14:14:9:10:0.416667:4:5:4:10:4:6:4:10 chr11 64601933 . T C 168.49 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.100359;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.497;QD=22.4648;RBI=0.10108;REFB=-0.0351102;REVB=-0.0120471;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667668;STB=0.537506;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0300079;OID=.;OPOS=64601933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:9:8:5:8:9:8:5:8 chr11 64606177 . C T 416.03 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.0630266;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.1792;QD=19.578;RBI=0.0636091;REFB=-0.0434756;REVB=0.00858819;RO=42;SAF=26;SAR=16;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142362;STB=0.569294;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0328819;OID=.;OPOS=64606177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:16:26:32:10:16:26:32:11 chr11 64621856 . A G 271.53 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.913;QD=51.7199;RBI=0.066367;REFB=0;REVB=0.0438297;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493226;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:8:13:0:0 chr11 64622869 . G C 321.22 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0363287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.124;QD=16.2644;RBI=0.0373856;REFB=-0.00602084;REVB=0.0088266;RO=43;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471268;STB=0.511266;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00706782;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:34:35:0.443038:15:19:22:21:16:19:23:21 chr11 64645871 . A G 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00367553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.641;QD=16.7139;RBI=0.0266137;REFB=-0.0168035;REVB=-0.0263587;RO=44;SAF=23;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162436;STB=0.591377;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0209506;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:13:23:21:23:13:23:21:23 chr11 64656757 . G A 93.74 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00115852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.251;QD=10.134;RBI=0.00320744;REFB=-0.0138236;REVB=-0.0029909;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926362;STB=0.540473;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0279153;OID=.;OPOS=64656757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:37:24:25:12:12:0.324324:6:6:14:10:6:6:14:11 chr11 64677150 . C CG 43.23 PASS AF=0.206349;AO=9;DP=64;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00599986;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.5659;QD=2.74485;RBI=0.0966413;REFB=-0.00542858;REVB=-0.0964549;RO=55;SAF=7;SAR=2;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303504;STB=0.804368;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.043555;OID=.;OPOS=64677151;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206349:9:64:13:63:50:11:2:25:25:43:55:7:2:30:25 chr11 64677293 . G C 453.19 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00597295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9813;QD=54.9317;RBI=0.0588468;REFB=-0.0992838;REVB=0.0585429;RO=1;SAF=25;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183157;STB=0.509798;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0308081;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:7:25:1:0:7:25:1:0 chr11 64680819 . G A 174.35 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0308321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.404;QD=11.6231;RBI=0.051509;REFB=0.00435674;REVB=0.0412621;RO=37;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247927;STB=0.65862;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00308928;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:21:22:0.366667:10:11:11:26:10:12:11:27 chr11 64695360 . G A 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00435219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.385;QD=18.0813;RBI=0.0352633;REFB=-0.0131227;REVB=-0.0349937;RO=47;SAF=20;SAR=21;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00148922;STB=0.500832;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0155453;OID=.;OPOS=64695360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:21:20:23:24:21:20:23:24 chr11 64789194 . T C 538.91 PASS AF=0.471545;AO=54;DP=119;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.00816195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.031;QD=17.5254;RBI=0.00928;REFB=-0.00481058;REVB=0.00441599;RO=64;SAF=33;SAR=21;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304758;STB=0.504086;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00993346;OID=.;OPOS=64789194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:64:65:54:58:0.471545:21:33:41:23:21:37:41:24 chr11 64799998 . T C 552.06 PASS AF=0.566667;AO=50;DP=89;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00457377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.714;QD=24.536;RBI=0.00490689;REFB=-0.0143652;REVB=0.00177712;RO=39;SAF=24;SAR=26;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107899;STB=0.562476;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0117064;OID=.;OPOS=64799998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:39:39:50:51:0.566667:26:24:24:15:27:24:24:15 chr11 64807294 . G A 210.23 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00302158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.84;QD=11.8441;RBI=0.0122958;REFB=-0.0267688;REVB=0.0119188;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181629;STB=0.610848;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.035427;OID=.;OPOS=64807294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:45:26:26:0.366197:11:15:18:26:11:15:18:27 chr11 64808647 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.162;QD=35.5757;RBI=0.0706008;REFB=0;REVB=0.0454068;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.14167e-05;OID=.;OPOS=64808647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr11 64833935 . G A 713.41 PASS AF=0.480769;AO=75;DP=156;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00427469;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.649;QD=18.2926;RBI=0.00572354;REFB=-0.010315;REVB=0.00380603;RO=80;SAF=26;SAR=49;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172743;STB=0.592857;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00970871;OID=.;OPOS=64833935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:80:81:75:75:0.480769:49:26:42:38:49:26:42:39 chr11 64851453 . CT C 363.26 PASS AF=1;AO=31;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.9403;QD=42.7365;RBI=0.0133518;REFB=0;REVB=-0.0130507;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000187058;OID=.;OPOS=64851454;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:34:34:34:0:12:22:0:0:7:0:9:22:0:0 chr11 64852421 . T C 1234.06 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0857;QD=59.473;RBI=0.0264532;REFB=-0.0388324;REVB=0.0158106;RO=2;SAF=41;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000281591;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291038;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:83:83:2:0:81:83:1:40:41:1:1:41:42:0:0 chr11 64855986 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.039922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.686;QD=15.6264;RBI=0.0402441;REFB=-0.00765498;REVB=0.00508167;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292634;STB=0.660812;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00728947;OID=.;OPOS=64855986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:13:4:11:11:13:4:11:12 chr11 64856500 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.756;QD=45.8067;RBI=0.0511068;REFB=0;REVB=0.03574;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78169e-05;OID=.;OPOS=64856500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr11 64876777 . G A 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0153408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4687;QD=15.8611;RBI=0.0330358;REFB=0.00910863;REVB=0.0292579;RO=51;SAF=21;SAR=17;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083463;STB=0.547044;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.0111728;OID=.;OPOS=64876777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:17:21:24:27:17:21:24:27 chr11 64878661 . T C 663.05 PASS AF=1;AO=37;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8213;QD=61.6792;RBI=0.139297;REFB=0;REVB=0.0370642;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00635756;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:37:43:1:31:6:0:0:35:8:0:0 chr11 64882789 . C T 332.51 PASS AF=0.5;AO=36;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00696406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1012;QD=19.0004;RBI=0.0242142;REFB=-0.0257378;REVB=0.0231912;RO=34;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099488;STB=0.543185;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0347963;OID=.;OPOS=64882789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:36:35:0.5:15:21:16:18:15:20:17:18 chr11 64884052 . G A 1074.77 PASS AF=0.904762;AO=76;DP=84;FAO=76;FDP=84;FR=.;FRO=8;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0241536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.436;QD=51.1795;RBI=0.0275208;REFB=-0.0666579;REVB=0.013191;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.546903;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000549712;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:0:8:76:76:0.904762:30:46:0:0:30:46:1:7 chr11 64892092 . A AC 40.12 PASS AF=0.177419;AO=15;DP=72;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0334586;FXX=0.0461467;HRUN=0;LEN=1;MLLD=66.6951;QD=2.58843;RBI=0.0416333;REFB=-0.0076046;REVB=-0.0247761;RO=57;SAF=10;SAR=5;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340413;STB=0.775158;STBP=0.058;TYPE=ins;VARB=0.17999;OID=.;OPOS=64892093;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177419:15:72:11:62:51:8:3:19:32:40:57:10:5:22:35 chr11 64895202 . A G 1241.71 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.059;QD=60.5712;RBI=0.0191708;REFB=0;REVB=0.0134702;RO=0;SAF=58;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19817e-06;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:82:0:0:76:82:1:18:58:0:0:20:62:0:0 chr11 64900270 . G T 546.33 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0812997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2359;QD=18.839;RBI=0.0979878;REFB=0.0107417;REVB=0.0546988;RO=59;SAF=29;SAR=28;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109212;STB=0.560319;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00934122;OID=.;OPOS=64900270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:28:29:37:22:28:29:37:22 chr11 64948277 . A C 632.69 PASS AF=0.587629;AO=56;DP=96;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0332258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.115;QD=26.0903;RBI=0.0366355;REFB=-0.000381531;REVB=-0.015434;RO=40;SAF=29;SAR=27;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140223;STB=0.572344;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=5.35864e-05;OID=.;OPOS=64948277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:40:40:56:57:0.587629:27:29:28:12:27:30:28:12 chr11 64950970 . C T 155.36 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0154063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.474;QD=15.1566;RBI=0.0165696;REFB=-0.025026;REVB=-0.00609897;RO=24;SAF=15;SAR=2;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300465;STB=0.67814;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0551651;OID=.;OPOS=64950970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:2:15:17:7:2:15:17:7 chr11 64972286 . G C 461.4 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=109;FAO=44;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00125267;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.484;QD=17.0887;RBI=0.0144225;REFB=-0.0386417;REVB=0.014368;RO=58;SAF=10;SAR=22;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308171;STB=0.569861;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0529842;OID=.;OPOS=64972286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:58:57:32:44:0.407407:22:10:34:24:24:20:33:24 chr11 64975745 . CG C 43.78 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0944394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.4662;QD=4.16954;RBI=0.131405;REFB=-0.094033;REVB=-0.0913699;RO=24;SAF=1;SAR=14;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0.302857;SSSB=-0.284947;STB=0.683877;STBP=0.281;TYPE=del;VARB=0.0804013;OID=.;OPOS=64975746;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:15:42:14:42:28:1:13:5:23:43:24:1:14:4:20 chr11 64981472 . G C 196.19 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0594067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7349;QD=12.4566;RBI=0.059425;REFB=-0.00195164;REVB=0.00147311;RO=38;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172066;STB=0.606211;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0028144;OID=.;OPOS=64981472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:38:39:24:24:0.380952:10:14:16:22:10:14:16:23 chr11 64981522 . C A 206.88 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0186598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.017;QD=17.2399;RBI=0.0330414;REFB=-0.00786943;REVB=0.027268;RO=26;SAF=3;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440294;STB=0.766623;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0101427;OID=.;OPOS=64981522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:18:3:13:13:18:3:14:13 chr11 64981587 . G A 146.54 PASS AF=0.339286;AO=17;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0215471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.025;QD=10.4673;RBI=0.0220587;REFB=-0.0192663;REVB=-0.00472352;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756361;STB=0.510627;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0283574;OID=.;OPOS=64981587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:17:19:0.339286:10:7:15:22:11:8:15:22 chr11 64981837 . C T 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0136428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.09;QD=15.6179;RBI=0.0152743;REFB=-0.0052759;REVB=-0.00686878;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605675;STB=0.534845;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0107393;OID=.;OPOS=64981837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:14:11:9:9:14:11 chr11 64981853 . G T 259.11 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00902092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2161;QD=24.1034;RBI=0.0500641;REFB=0.0210351;REVB=0.0492446;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133753;STB=0.548978;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.015288;OID=.;OPOS=64981853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:19:23:24:0.55814:9:14:9:11:10:14:9:10 chr11 64990041 . G C 727.79 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.75;QD=63.2861;RBI=0.0613478;REFB=0;REVB=0.0407686;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270417;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:25:21:0:0 chr11 65000719 . C T 614.35 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0474319;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.033;QD=53.4221;RBI=0.0509816;REFB=-0.215557;REVB=0.0186906;RO=4;SAF=16;SAR=26;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020424;STB=0.510912;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00496486;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:46:46:4:4:42:42:0.913043:26:16:2:2:26:16:2:2 chr11 65004301 . G T 1650.23 PASS AF=0.990991;AO=103;DP=103;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0704516;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6776;QD=59.4679;RBI=0.127702;REFB=-0.128639;REVB=0.10651;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00146385;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:111:0:1:103:110:0.990991:41:62:0:0:46:64:1:0 chr11 65004309 . C T 390.26 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0524547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.253;QD=14.454;RBI=0.0526453;REFB=-0.0214535;REVB=-0.00447556;RO=63;SAF=35;SAR=10;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334197;STB=0.690049;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0445999;OID=.;OPOS=65004309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:45:45:0.416667:10:35:31:32:10:35:31:32 chr11 65089792 . G C 417.79 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0492517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.2236;QD=53.909;RBI=0.0508852;REFB=-0.118608;REVB=-0.0127893;RO=1;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227444;STB=0.512187;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00519797;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:20:10:0:1:20:10:0:1 chr11 65120391 . T C 348.77 PASS AF=0.588235;AO=24;DP=53;FAO=30;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00982527;FXX=0.0377287;HRUN=10;LEN=1;MLLD=220.485;QD=27.3547;RBI=0.0117027;REFB=-0.0113492;REVB=-0.00635746;RO=8;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571911;STB=0.54436;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00274419;OID=.;OPOS=65120391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:51:8:11:24:30:0.588235:12:12:5:3:13:17:8:3 chr11 65144075 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.953;QD=63.8716;RBI=0.00938643;REFB=0;REVB=-0.000499443;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28872e-05;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:36:12:0:0:36:12:0:0 chr11 65144138 . TG T 159.05 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0386987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.205;QD=30.2953;RBI=0.105537;REFB=-0.0583661;REVB=-0.0981858;RO=4;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.508475;SSSB=-0.117877;STB=0.565136;STBP=0.298;TYPE=del;VARB=0.00922407;OID=.;OPOS=65144139;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.809524:17:21:17:21:4:4:13:2:2:16:4:4:13:2:2 chr11 65161129 . C T 792.65 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0462285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.133;QD=53.739;RBI=0.0481385;REFB=-0.173817;REVB=-0.0134253;RO=2;SAF=21;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428118;STB=0.522719;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00296577;OID=.;OPOS=65161129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:2:2:57:57:0.966102:36:21:2:0:36:21:2:0 chr11 65180883 . A G 1374.32 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0457485;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.38;QD=61.7672;RBI=0.0487775;REFB=-0.117238;REVB=0.016921;RO=1;SAF=22;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00734653;STB=0.503759;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000324147;OID=.;OPOS=65180883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:86:88:0.988764:64:22:0:1:66:22:0:1 chr11 65347636 . G C 478.66 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0189778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0292;QD=54.7035;RBI=0.122174;REFB=-0.119071;REVB=0.120691;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00685719;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:33:34:0.971429:17:16:0:0:18:16:0:1 chr11 65349063 . G A 110.76 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.572;QD=40.2754;RBI=0.034098;REFB=0;REVB=0.0140624;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320788;OID=.;OPOS=65349063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chr11 65349756 . T G 115.35 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.29;QD=41.9455;RBI=0.0410058;REFB=0;REVB=0.0178808;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455858;OID=.;OPOS=65349756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:5:6:0:0 chr11 65380916 . G A 1559.78 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0420656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7142;QD=57.7696;RBI=0.107526;REFB=-0.135961;REVB=0.0989559;RO=1;SAF=58;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811295;STB=0.500881;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00141589;OID=.;OPOS=65380916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:108:1:2:106:106:0.981481:48:58:1:0:48:58:1:1 chr11 65383896 . G C 1323.79 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.048842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4711;QD=60.8641;RBI=0.0538503;REFB=-0.128856;REVB=-0.0226784;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00100306;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:42:44:0:0:42:44:1:0 chr11 65385606 . A G 1157.83 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141218;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.703;QD=60.9384;RBI=0.0270619;REFB=0;REVB=-0.023085;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09751e-05;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr11 65387377 . C CA 262.22 PASS AF=1;AO=6;DP=52;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01432;FXX=0.442223;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.8108;QD=36.1684;RBI=0.0432282;REFB=0;REVB=0.0407874;RO=45;SAF=5;SAR=1;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00182608;OID=.;OPOS=65387378;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:52:29:29:0:4:25:0:0:3:45:5:1:22:23 chr11 65387378 . T A,G 710.67 PASS AF=0.882353,0.117647;AO=45,6;DP=51;FAO=45,6;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22,5;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011658,-0.000309037;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.2026,160.155;QD=55.7388;RBI=0.0563296,0.00403142;REFB=0,0;REVB=0.05511,-0.00401956;RO=0;SAF=22,5;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.020672,0.0870342;OID=.,.;OPOS=65387378,65387378;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:51:51:0:0:45,6:45,6:0.882353,0.117647:23,1:22,5:0:0:23,1:22,5:0:0 chr11 65403106 . C T 462.98 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0756843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.88;QD=21.7872;RBI=0.0763001;REFB=-0.0110381;REVB=0.00967421;RO=40;SAF=31;SAR=14;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255859;STB=0.641547;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0146463;OID=.;OPOS=65403106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:14:31:16:24:14:31:16:24 chr11 65412467 . G A 668.15 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0158449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.086;QD=47.7253;RBI=0.0456668;REFB=-0.145567;REVB=0.0428299;RO=5;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133726;STB=0.571399;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00266807;OID=.;OPOS=65412467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:56:56:5:5:51:51:0.910714:15:36:0:5:15:36:0:5 chr11 65417434 . G A 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.022;QD=43.4752;RBI=0.0843992;REFB=0;REVB=-0.0673968;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000724904;OID=.;OPOS=65417434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr11 65421940 . CCCG C,CC,CCCC 101.32 PASS AF=0,0.607143,0;AO=6,4,4;DP=32;FAO=0,17,0;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=0,7,0;FSAR=0,10,0;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.252796,-0.288642,0.322958;FXX=0.0344709;HRUN=4,4,4;LEN=3,2,1;MLLD=17.8956,15.5998,10.2235;QD=14.4736;RBI=0.265002,0.294756,0.38676;REFB=-0.102228,-0.145298,0.06008;REVB=0.0795024,0.0597237,-0.212795;RO=15;SAF=6,1,0;SAR=0,3,4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0.533333,0.533333,0;SSSB=0.803192,0.0806035,-0.59478;STB=0.5,0.596307,0.5;STBP=1,0.242,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.110694,0;OID=.,.,.;OPOS=65421941,65421942,65421943;OREF=CCG,CG,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.607143,0:6,4,4:32:0,17,0:28:11:0,7,0:0,10,0:2:9:73:15:6,1,0:0,3,4:3:12 chr11 65423082 . G A 1587.73 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4878;QD=59.9143;RBI=0.0445087;REFB=0;REVB=-0.00908337;RO=0;SAF=63;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321234;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:41:63:0:0:43:63:0:0 chr11 65618602 . G A 266.27 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00315012;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.616;QD=17.4606;RBI=0.0115001;REFB=-0.0404327;REVB=-0.0110602;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062728;STB=0.562101;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0276003;OID=.;OPOS=65618602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:29:32:29:29:0.47541:12:17:15:14:12:17:15:17 chr11 65623519 . G A 1189.17 PASS AF=0.94186;AO=81;DP=86;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.000673993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.4914;QD=55.3104;RBI=0.000712864;REFB=-0.120625;REVB=-0.000232182;RO=3;SAF=22;SAR=59;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234686;STB=0.505285;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00231998;OID=.;OPOS=65623519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:86:86:3:5:81:81:0.94186:59:22:0:3:59:22:1:4 chr11 65624934 . A C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.22;QD=58.7818;RBI=0.0243761;REFB=0;REVB=0.017459;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53492e-05;OID=.;OPOS=65624934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr11 65628334 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.673;QD=58.2393;RBI=0.094304;REFB=0;REVB=0.0942698;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379292;OID=.;OPOS=65628334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr11 65629932 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.273;QD=59.4356;RBI=0.0201741;REFB=0;REVB=-0.00554631;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24412e-05;OID=.;OPOS=65629932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr11 65629934 . G C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.433;QD=59.4338;RBI=0.043817;REFB=0;REVB=0.034926;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131358;OID=.;OPOS=65629934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr11 65631167 . C T 820.48 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.757;QD=55.6259;RBI=0.021909;REFB=-0.121884;REVB=0.0181857;RO=1;SAF=45;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349001;STB=0.518512;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-7.53314e-05;OID=.;OPOS=65631167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:13:45:0:1:13:45:0:1 chr11 65631973 . G A 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.8;QD=58.8006;RBI=0.0410533;REFB=-0.0187424;REVB=0.032952;RO=1;SAF=45;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010398;STB=0.505493;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000454456;OID=.;OPOS=65631973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:29:45:1:0:29:45:1:0 chr11 65632262 . G T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.75;QD=62.9828;RBI=0.0204832;REFB=0;REVB=0.0200003;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66155e-05;OID=.;OPOS=65632262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr11 65636053 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.913;QD=56.1911;RBI=0.0385112;REFB=0;REVB=0.022617;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026385;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr11 65638719 . G A 243.91 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0322141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8296;QD=17.4219;RBI=0.034891;REFB=-0.0145051;REVB=-0.0134026;RO=29;SAF=23;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344098;STB=0.696799;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0211169;OID=.;OPOS=65638719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:4:23:17:12:4:23:17:12 chr11 65639675 . AC A,CA 173.86 PASS AF=0.41791,0;AO=28,5;DP=67;FAO=28,0;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=6,0;FSAR=22,0;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.146675,-0.0726022;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=14.5262,64.7357;QD=10.3798;RBI=0.14706,0.123166;REFB=-0.109025,-1.26312e-05;REVB=-0.0106352,-0.0994922;RO=32;SAF=12,0;SAR=16,5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0.377643,0;SSSB=-0.068273,-0.640751;STB=0.736541,0.5;STBP=0.005,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0951229,0;OID=.,.;OPOS=65639676,65639675;OREF=C,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:39:28,5:28,0:0.41791,0:16,5:12,0:16:16:22,0:6,0:23:16 chr11 65649774 . A G 712.08 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462499;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4375;QD=63.296;RBI=0.0472054;REFB=0;REVB=0.00944963;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453606;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr11 65649984 . T C,G 671.67 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382228,-0.0252769;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.3,29.9672;QD=61.0612;RBI=0.0425085,0.0489144;REFB=0,0;REVB=0.0186008,-0.0418772;RO=0;SAF=20,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000588865,0.111539;OID=.,.;OPOS=65649984,65649984;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:22,2:20,0:0:0:22,2:20,0:0:0 chr11 65684929 . C T 616.96 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0348119;FXX=0.0227221;HRUN=6;LEN=1;MLLD=357.257;QD=57.3917;RBI=0.0350708;REFB=-0.222793;REVB=-0.00425386;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000620043;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:44:43:0:1:42:42:0.976744:25:17:0:0:25:17:0:1 chr11 65685225 . T C 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.236;QD=60.9736;RBI=0.00770939;REFB=0;REVB=-0.0074606;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92528e-05;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr11 65713207 . T C 990.51 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1567;QD=59.1349;RBI=0.0374734;REFB=0;REVB=0.00467175;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123871;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr11 65727301 . A G 261.93 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0073934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.407;QD=25.5538;RBI=0.0115571;REFB=-0.00613741;REVB=0.00888281;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290245;STB=0.516115;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00743666;OID=.;OPOS=65727301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:9:15:10:7:9:15:10:7 chr11 65732651 . G A 590.79 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0414562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.301;QD=26.8539;RBI=0.0417228;REFB=-0.0406072;REVB=0.00470971;RO=34;SAF=26;SAR=27;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00676695;STB=0.50943;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0173094;OID=.;OPOS=65732651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:35:53:53:0.602273:27:26:17:17:27:26:18:17 chr11 65733393 . C T 371.49 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0265651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.336;QD=15.0097;RBI=0.0270849;REFB=-0.00120137;REVB=-0.00528098;RO=57;SAF=14;SAR=26;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059776;STB=0.546902;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0022147;OID=.;OPOS=65733393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:59:40:40:0.40404:26:14:23:34:26:14:25:34 chr11 65734796 . C T 274.67 PASS AF=0.510204;AO=14;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0245115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.099;QD=22.4222;RBI=0.031262;REFB=-0.037369;REVB=-0.0194035;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221621;STB=0.570191;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0344919;OID=.;OPOS=65734796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:24:14:25:0.510204:5:9:12:2:15:10:13:11 chr11 65735174 . G C 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0110886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.998;QD=14.0976;RBI=0.0111915;REFB=-0.00715726;REVB=0.00151352;RO=14;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616468;STB=0.868794;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0119306;OID=.;OPOS=65735174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:10:1:9:5:10:1:9:5 chr11 65787666 . G A 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00420469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.069;QD=19.8666;RBI=0.00971867;REFB=-0.00594647;REVB=0.00876203;RO=33;SAF=9;SAR=27;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308082;STB=0.679581;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00635841;OID=.;OPOS=65787666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:36:36:0.514286:27:9:19:14:27:9:20:14 chr11 65788072 . C T 397.7 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600856;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.408;QD=56.8149;RBI=0.0711683;REFB=0;REVB=0.0381399;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570969;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr11 65793454 . C T 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.000276155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.765;QD=26.3387;RBI=0.00701724;REFB=-0.000979943;REVB=0.0070118;RO=14;SAF=15;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252323;STB=0.627794;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0004729;OID=.;OPOS=65793454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:8:15:4:10:8:15:5:10 chr11 65793797 . G A 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0462899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.995;QD=14.8588;RBI=0.0821764;REFB=-0.0141289;REVB=0.0678985;RO=45;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154336;STB=0.581897;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0405327;OID=.;OPOS=65793797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:46:33:33:0.417722:21:12:23:22:21:12:23:23 chr11 65803383 . T C 232.19 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00879328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7308;QD=23.8145;RBI=0.032845;REFB=-0.0510392;REVB=0.0316461;RO=17;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218672;STB=0.512184;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0337148;OID=.;OPOS=65803383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:15:7:5:12:15:7:5:12 chr11 65809875 . C A 425.86 PASS AF=0.451923;AO=41;DP=103;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0162955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.079;QD=16.3792;RBI=0.0180123;REFB=-0.0180371;REVB=-0.00767457;RO=43;SAF=23;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457811;STB=0.501023;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0182291;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:43:57:41:47:0.451923:18:23:22:21:23:24:29:28 chr11 65810045 . T G 48.7 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0102015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.262;QD=13.9157;RBI=0.0107514;REFB=-0.067583;REVB=-0.00339444;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0169588;OID=.;OPOS=65810045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:6:7:6:7:0.5:3:3:4:2:4:3:4:3 chr11 65810209 . C T 101.2 PASS AF=0.846154;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.140708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.652;QD=31.1381;RBI=0.140712;REFB=-0.03862;REVB=0.00104363;RO=2;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994744;STB=0.55546;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0166416;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:13:2:2:10:11:0.846154:8:2:0:2:8:3:0:2 chr11 65810749 . T C 418.0 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.494;QD=53.9351;RBI=0.0406494;REFB=-0.0843406;REVB=0.0371689;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000789692;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:15:15:0:0:15:15:0:1 chr11 65820673 . A G 1092.37 PASS AF=0.563536;AO=102;DP=181;FAO=102;FDP=181;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=71;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0432831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.955;QD=24.1407;RBI=0.0488228;REFB=-0.0241558;REVB=0.0225884;RO=79;SAF=31;SAR=71;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113669;STB=0.562038;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0194233;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:79:79:102:102:0.563536:71:31:34:45:71:31:34:45 chr11 65826704 . G A 97.44 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0506238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2379;QD=15.5909;RBI=0.0508161;REFB=-0.0393669;REVB=-0.0044165;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233296;STB=0.602479;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0502336;OID=.;OPOS=65826704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:24:25:13:13:11:12:0.48:4:7:5:8:5:7:5:8 chr11 65868310 . T A 638.66 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00441934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7347;QD=59.4103;RBI=0.070504;REFB=0.000392698;REVB=-0.0703654;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00104683;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:1:0:21:21:1:0 chr11 65985000 . A C 581.2 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0225748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3918;QD=51.6624;RBI=0.027354;REFB=-0.0482002;REVB=-0.0154474;RO=4;SAF=29;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00860475;STB=0.504597;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0100184;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:45:45:4:4:41:41:0.911111:12:29:3:1:12:29:3:1 chr11 66006323 . G C 259.98 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0628948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8949;QD=16.7727;RBI=0.0824241;REFB=-0.0220585;REVB=0.0532727;RO=33;SAF=7;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205986;STB=0.616736;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.026008;OID=.;OPOS=66006323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:22:7:14:19:22:7:14:19 chr11 66010633 . T C 766.27 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.064;QD=63.8562;RBI=0.0287127;REFB=0;REVB=-0.0283758;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145978;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr11 66033430 . C T 137.89 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0377678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.016;QD=19.0195;RBI=0.04488;REFB=0.0184863;REVB=0.0242446;RO=14;SAF=14;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.534231;STB=0.816105;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0232226;OID=.;OPOS=66033430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:1:14:8:6:1:14:8:6 chr11 66035286 . CA C 596.2 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5095;QD=58.1661;RBI=0.136511;REFB=0;REVB=-0.134224;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000692552;OID=.;OPOS=66035287;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:41:41:41:0:21:20:0:0:4:0:21:19:0:0 chr11 66099987 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.17;QD=56.7062;RBI=0.0477413;REFB=0;REVB=0.031725;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267875;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr11 66100152 . T C 1030.02 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217512;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0302;QD=59.7113;RBI=0.129785;REFB=0;REVB=0.12795;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079496;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:34:35:0:0 chr11 66102104 . TG TC,T 84.34 PASS AF=0,0.355556;AO=2,19;DP=45;FAO=0,16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=0,4;FSAR=0,12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0802656,-0.0904731;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=114.195,15.3876;QD=7.49652;RBI=0.101702,0.122879;REFB=-0.0338167,-0.163577;REVB=-0.0624564,-0.0831496;RO=23;SAF=2,2;SAR=0,17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0.491379;SSEP=0,0;SSSB=0.483597,-0.528418;STB=0.5,0.645375;STBP=1,0.195;TYPE=snp,del;VARB=0.0678729,0.152819;OID=.,.;OPOS=66102105,66102105;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.355556:2,19:45:0,16:45:29:0,4:0,12:13:16:83:23:2,2:0,17:12:11 chr11 66105194 . G A 962.65 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0282464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.448;QD=55.8056;RBI=0.0611847;REFB=-0.129573;REVB=0.0542744;RO=2;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269858;STB=0.514281;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00897867;OID=.;OPOS=66105194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:34:33:0:2:34:33:0:2 chr11 66107674 . A G 600.02 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801805;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.244;QD=61.5407;RBI=0.00917385;REFB=0;REVB=-0.00445762;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164006;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr11 66131149 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.531;QD=53.9111;RBI=0.0115236;REFB=0;REVB=0.000208925;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07383e-05;OID=.;OPOS=66131149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr11 66161072 . C T 272.04 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0972922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8033;QD=51.8167;RBI=0.103523;REFB=0;REVB=-0.035374;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000862209;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr11 66294133 . C A 332.04 PASS AF=0.522388;AO=33;DP=65;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0296726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9988;QD=19.8231;RBI=0.0308001;REFB=-0.00774793;REVB=-0.00825731;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432639;STB=0.538045;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00896649;OID=.;OPOS=66294133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:32:32:33:35:0.522388:18:15:13:19:18:17:13:19 chr11 66358126 . C T 1572.5 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.887;QD=62.8999;RBI=0.0158838;REFB=-0.0257094;REVB=0.0119314;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.506172;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=5.8658e-05;OID=.;OPOS=66358126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:59:40:0:0:59:40:1:0 chr11 66472274 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.55573e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.494;QD=49.5992;RBI=0.00633731;REFB=0;REVB=0.00633686;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3514e-05;OID=.;OPOS=66472274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr11 66807561 . A C 277.57 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0127933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.726;QD=20.5607;RBI=0.0200597;REFB=-0.0279596;REVB=-0.0154506;RO=23;SAF=11;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818583;STB=0.529391;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0287295;OID=.;OPOS=66807561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:23:25:29:29:0.537037:18:11:11:12:18:11:11:14 chr11 66834252 . C T 449.09 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00955004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.448;QD=21.3852;RBI=0.0259404;REFB=-0.00491741;REVB=0.0241185;RO=40;SAF=28;SAR=16;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334846;STB=0.51851;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00368767;OID=.;OPOS=66834252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:16:28:24:16:16:28:24:16 chr11 66837965 . T C 446.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.579;QD=57.6697;RBI=0.020107;REFB=0;REVB=0.0186622;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40529e-05;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr11 66995603 . T C 794.49 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0131946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.774;QD=53.8638;RBI=0.0131969;REFB=-0.1228;REVB=0.000241867;RO=2;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362396;STB=0.519224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000358463;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:59:59:2:2:57:57:0.966102:25:32:0:2:25:32:0:2 chr11 67021929 . GC AA 148.07 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00691528;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.768;QD=9.40146;RBI=0.00809394;REFB=-0.00430958;REVB=0.00420604;RO=42;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338346;STB=0.529382;STBP=0.779;TYPE=mnp;VARB=0.00827643;OID=.;OPOS=67021929;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:43:20:20:0.31746:8:12:24:18:8:12:24:19 chr11 67023822 . TAAAAAAAAAAAG TAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAG,TTAAAAAAAAAAG 126.17 PASS AF=0.770492,0.147541,0,0.0163934;AO=19,6,8,7;DP=63;FAO=47,9,0,1;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=14,8,0,1;FSAR=33,1,0,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0822731,0.010619,0.0404403,0.0469049;FXX=0.0468677;HRUN=11,11,11,11;LEN=1,2,2,1;MLLD=4.56365,11.9613,7.72692,14.7521;QD=8.27324;RBI=0.122565,0.0141569,0.0585277,0.079303;REFB=-0.0338928,-0.0949542,-0.0161452,-0.0375311;REVB=0.0908475,-0.0093624,0.0423094,0.0639445;RO=13;SAF=6,5,3,2;SAR=13,1,5,5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0739602,0.602659,0.16722,0.0740731;STB=0.504503,0.779728,0.5,0.992027;STBP=0.891,0.023,1,0.249;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=-0.0189802,0.296047,-0.0447487,0.00764503;OID=.,.,.,.;OPOS=67023823,67023833,67023823,67023823;OREF=A,AG,AA,A;OALT=-,GA,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAG,TTAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.770492,0.147541,0,0.0163934:19,6,8,7:63:47,9,0,1:61:4:14,8,0,1:33,1,0,0:1:3:21:13:6,5,3,2:13,1,5,5:3:10 chr11 67050292 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00245484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.945;QD=20.2097;RBI=0.00405777;REFB=-0.0404788;REVB=0.00323099;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3825;STB=0.719067;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0358007;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:10:3:7:3:10:3:7:3 chr11 67068859 . T C 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.555;QD=61.327;RBI=0.0377662;REFB=0;REVB=0.0245838;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94841e-05;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr11 67071584 . C G 1666.36 PASS AF=0.982609;AO=111;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0773355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7985;QD=57.9602;RBI=0.0776142;REFB=-0.119321;REVB=-0.00657116;RO=2;SAF=33;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278996;STB=0.504101;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00224942;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:115:115:2:2:111:113:0.982609:78:33:2:0:79:34:1:1 chr11 67075131 . C T 130.13 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0484793;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.854;QD=12.6956;RBI=0.048557;REFB=-0.0134453;REVB=0.00274649;RO=26;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165467;STB=0.529371;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0233395;OID=.;OPOS=67075131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:26:26:14:15:0.365854:12:2:6:20:12:3:6:20 chr11 67130122 . A G 118.92 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00291498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.603;QD=13.2138;RBI=0.00670155;REFB=-0.00568782;REVB=-0.00603438;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167364;STB=0.50979;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0122884;OID=.;OPOS=67130122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:4:10:16:6:4:10:16:6 chr11 67160961 . A G 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0235508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.283;QD=10.6981;RBI=0.03639;REFB=-0.0183656;REVB=-0.0277416;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115212;STB=0.568873;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0544737;OID=.;OPOS=67160961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:6:9:16:16:6:9:16:16 chr11 67171736 . C T 322.58 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00972624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7627;QD=19.2583;RBI=0.0398622;REFB=-0.00833005;REVB=-0.0386574;RO=32;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031029;STB=0.50847;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00870501;OID=.;OPOS=67171736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:33:34:34:0.507463:15:19:19:13:15:19:19:14 chr11 67176898 . A G 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0263585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.315;QD=7.71926;RBI=0.0349259;REFB=-0.0100757;REVB=-0.0229139;RO=38;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109263;STB=0.567795;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0288948;OID=.;OPOS=67176898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:5:8:20:18:5:8:20:18 chr11 67177278 . G A 601.19 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.04077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.417;QD=58.6524;RBI=0.0491137;REFB=-0.0985826;REVB=0.0273853;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000904663;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:0:1:23:17:0:1 chr11 67185031 . TC CT,GT,T 40.36 PASS AF=0.0322581,0.0967742,0.16129;AO=3,2,4;DP=31;FAO=1,3,5;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=0,2,1;FSAR=1,1,4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00692095,0.0105136,0.0384546;FXX=0.0312402;HRUN=1,1,5;LEN=2,2,1;MLLD=61.0298,60.6581,9.99494;QD=5.20774;RBI=0.00693717,0.039154,0.0515282;REFB=-0.00727011,-0.00583404,-0.0917162;REVB=0.000474143,-0.0377161,-0.0342987;RO=18;SAF=1,1,1;SAR=2,1,3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.353018,-0.170612,-0.449394;STB=0.992273,0.529213,0.832101;STBP=0.263,0.953,0.165;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0.194591,0.135556,0.0322519;OID=.,.,.;OPOS=67185031,67185031,67185032;OREF=TC,TC,C;OALT=CT,GT,-;OMAPALT=CT,GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:18:31:31:18:22:3,2,4:1,3,5:0.0322581,0.0967742,0.16129:2,1,3:1,1,1:12:6:1,1,4:0,2,1:14:8 chr11 67191449 . T C 623.63 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00678509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.042;QD=25.4542;RBI=0.00859181;REFB=-0.0321199;REVB=0.00527084;RO=42;SAF=31;SAR=25;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907452;STB=0.549536;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0313155;OID=.;OPOS=67191449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:42:56:56:0.571429:25:31:28:14:25:31:28:14 chr11 67192555 . G A 410.31 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00467956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.42;QD=18.236;RBI=0.0385616;REFB=-0.0104789;REVB=0.0382766;RO=47;SAF=19;SAR=23;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532725;STB=0.508018;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00798247;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:48:42:42:0.466667:23:19:21:26:23:19:21:27 chr11 67200819 . C T 227.05 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0454975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.763;QD=21.1207;RBI=0.0570873;REFB=0.0424351;REVB=0.0344809;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143335;STB=0.580711;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0197544;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:10:11:8:14:10:11 chr11 67202156 . C T 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0454814;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.373;QD=20.2087;RBI=0.0458006;REFB=-0.016495;REVB=-0.00539846;RO=10;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266908;STB=0.64689;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00933326;OID=.;OPOS=67202156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:12:1:0:10:12:1:0:10 chr11 67257823 . C A 638.17 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0775665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4534;QD=59.3648;RBI=0.11405;REFB=-0.0870318;REVB=-0.0836111;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184086;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00335392;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:25:17:0:1:25:17:0:1 chr11 67258390 . CA C,CG 735.4 PASS AF=0.145833,0.854167;AO=7,41;DP=48;FAO=7,41;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=7,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302548,-0.00909915;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.9543,95.547;QD=61.2832;RBI=0.0153095,0.0431073;REFB=0,0;REVB=0.0150075,0.042136;RO=0;SAF=0,16;SAR=7,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.1719e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.012321,-0.00303239;OID=.,.;OPOS=67258391,67258391;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.145833,0.854167:7,41:48:7,41:48:0:0,16:7,25:0:0:36:0:0,16:7,25:0:0 chr11 67260959 . G A 581.36 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0278592;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6773;QD=22.7982;RBI=0.089018;REFB=-0.0508143;REVB=0.0845463;RO=35;SAF=34;SAR=23;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131093;STB=0.53255;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0416961;OID=.;OPOS=67260959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:35:45:57:57:0.558824:23:34:27:8:23:34:30:15 chr11 67263767 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.52;QD=48.7346;RBI=0.0594446;REFB=0;REVB=0.0593458;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258488;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr11 67288594 . C T 740.28 PASS AF=0.981481;AO=50;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.325;QD=54.8352;RBI=0.0735693;REFB=-0.132553;REVB=0.0727416;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000601559;OID=.;OPOS=67288594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:50:53:0.981481:25:25:1:0:28:25:1:0 chr11 67351585 . C G 879.24 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913663;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4606;QD=56.7249;RBI=0.0943211;REFB=0;REVB=0.0938775;RO=1;SAF=48;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409638;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308271;OID=.;OPOS=67351585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:1:0:59:62:1:11:48:0:1:14:48:0:0 chr11 67430762 . T C 1306.14 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0049904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.539;QD=60.7505;RBI=0.00811133;REFB=-0.083781;REVB=-0.00639449;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-9.63111e-05;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:39:46:0:0:39:46:0:1 chr11 67431974 . C T 430.94 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0229318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.902;QD=17.5893;RBI=0.0235155;REFB=-0.0204292;REVB=-0.00520666;RO=53;SAF=23;SAR=21;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104895;STB=0.553167;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0255716;OID=.;OPOS=67431974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:54:44:44:0.44898:21:23:22:31:21:23:23:31 chr11 67432804 . T C 632.07 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.75;QD=61.6651;RBI=0.0622595;REFB=0;REVB=0.0428068;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278989;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr11 67432854 . T C,G 739.8 PASS AF=0.927273,0.0545455;AO=50,5;DP=55;FAO=51,3;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=35,1;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252702,-0.0242453;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.226,172.496;QD=53.8035;RBI=0.028275,0.0246828;REFB=-0.00589604,0.048477;REVB=0.0126845,-0.00462674;RO=0;SAF=33,3;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.56458e-08,0;STB=0.515146,0.59939;STBP=0.183,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000240553,0.119058;OID=.,.;OPOS=67432854,67432854;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:55:55:0:1:50,5:51,3:0.927273,0.0545455:17,2:33,3:0:0:16,2:35,1:0:1 chr11 67433869 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.314;QD=45.8068;RBI=0.0322748;REFB=0;REVB=0.031621;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336134;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr11 67434416 . C A 784.57 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.315;QD=57.0596;RBI=0.0508928;REFB=0;REVB=0.0507753;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06359e-05;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:22:30:0:0:25:30:0:0 chr11 67564197 . T C 651.83 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.139;QD=62.0794;RBI=0.0301814;REFB=0;REVB=0.0300226;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199728;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr11 67564238 . C T 505.36 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463711;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.65;QD=59.4541;RBI=0.0541788;REFB=0;REVB=0.028019;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75175e-05;OID=.;OPOS=67564238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr11 67564241 . C T 501.27 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0928232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.638;QD=58.9726;RBI=0.0945417;REFB=0;REVB=0.0179443;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585061;OID=.;OPOS=67564241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr11 67572698 . G T 208.67 PASS AF=0.947368;AO=12;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00363287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.334;QD=43.9302;RBI=0.0403432;REFB=-0.0519212;REVB=0.0401793;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000652676;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:12:18:0.947368:4:8:0:0:10:8:1:0 chr11 67663113 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.384;QD=47.8224;RBI=0.00688238;REFB=0;REVB=0.00293633;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44446e-05;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr11 67663116 . T A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.623;QD=47.8197;RBI=0.0352042;REFB=0;REVB=0.0326729;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525559;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr11 67765163 . A AG,G 732.13 PASS AF=1,0;AO=41,2;DP=51;FAO=49,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0877394,-0.00780515;FXX=0.019996;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.7958,4.41377;QD=59.766;RBI=0.148024,0.0599808;REFB=0,0;REVB=0.119218,-0.0594708;RO=7;SAF=28,0;SAR=13,2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.158588,-0.50628;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00553314,0;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:49:7:0:41,2:49,0:1,0:13,2:28,0:1:6:20,0:29,0:0:0 chr11 67786064 . A AC,C 904.13 PASS AF=1,0;AO=56,6;DP=65;FAO=63,0;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136372,-0.173938;FXX=0.0307645;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=27.5152,3.79673;QD=57.4048;RBI=0.0214389,0.20331;REFB=0,0;REVB=0.0165425,-0.105265;RO=3;SAF=18,4;SAR=38,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0357817,0.365022;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000615931,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:3:0:56,6:63,0:1,0:38,2:18,4:0:3:41,0:22,0:0:0 chr11 67789293 . G GC 904.97 PASS AF=1;AO=74;DP=79;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.4754;QD=48.2649;RBI=0.0587709;REFB=0;REVB=0.0303195;RO=4;SAF=19;SAR=55;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000857885;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000663318;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:79:75:75:0:20:55:0:0:16:4:19:55:1:3 chr11 67795378 . G GC 241.62 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.9582;QD=43.9303;RBI=0.16227;REFB=0;REVB=0.122722;RO=2;SAF=7;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114979;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000990734;OID=.;OPOS=67795379;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:22:22:0:7:15:0:0:4:2:7:15:2:0 chr11 67810471 . G A 892.16 PASS AF=0.557252;AO=55;DP=126;FAO=73;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00403483;FXX=0.0437924;HRUN=6;LEN=1;MLLD=144.063;QD=27.2415;RBI=0.0198493;REFB=-0.0317254;REVB=-0.0194349;RO=24;SAF=33;SAR=22;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814993;STB=0.548066;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00107471;OID=.;OPOS=67810471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:131:24:36:55:73:0.557252:22:33:11:13:36:37:13:23 chr11 67814979 . G C 1366.35 PASS AF=0.989011;AO=87;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0717207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7496;QD=60.0593;RBI=0.0721963;REFB=-0.126514;REVB=0.00827335;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.504273;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00416613;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:0:1:87:90:0.989011:57:30:0:0:58:32:0:1 chr11 67864526 . C T 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00998758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.818;QD=24.7086;RBI=0.02068;REFB=0.00619083;REVB=-0.0181083;RO=17;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00587032;STB=0.503265;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00443887;OID=.;OPOS=67864526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:12:11:8:9:12:11:8:9 chr11 67957518 . A T 972.83 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.889;QD=58.9592;RBI=0.0659724;REFB=0;REVB=0.00527785;RO=0;SAF=16;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173363;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:49:16:0:0:49:17:0:0 chr11 68030173 . C A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00162058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2874;QD=56.9559;RBI=0.00404438;REFB=0;REVB=-0.00370549;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71665e-05;OID=.;OPOS=68030173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr11 68171013 . T C 2132.68 PASS AF=0.960526;AO=146;DP=152;FAO=146;FDP=152;FR=.;FRO=6;FSAF=83;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00080068;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=124.342;QD=56.1231;RBI=0.0082509;REFB=-0.139407;REVB=0.00821196;RO=3;SAF=83;SAR=63;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00916111;STB=0.503953;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.000451221;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:152:152:3:6:146:146:0.960526:63:83:1:2:63:83:4:2 chr11 68177510 . C T 529.92 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.00296222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.011;QD=16.56;RBI=0.0118377;REFB=-0.000296229;REVB=-0.0114611;RO=71;SAF=29;SAR=28;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113635;STB=0.563316;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000309643;OID=.;OPOS=68177510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:71:57:57:0.445312:28:29:28:43:28:29:28:43 chr11 68192690 . G A 392.87 PASS AF=0.525641;AO=39;DP=76;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0213489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.807;QD=20.1469;RBI=0.0229264;REFB=-0.0106446;REVB=0.00835732;RO=37;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00440403;STB=0.516244;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0128036;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:37:37:39:41:0.525641:16:23:22:15:18:23:22:15 chr11 68201295 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.000735635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.819;QD=16.2714;RBI=0.0170336;REFB=-0.0141725;REVB=0.0170177;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211742;STB=0.512179;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.01531;OID=.;OPOS=68201295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:10:8:7:8:10:8 chr11 68358106 . CTTTTATTTTG CTTTT,CTTTTG 95.45 PASS AF=0,0.6875;AO=2,8;DP=16;FAO=0,11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=0,4;FSAR=0,7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00916913,0.0373707;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=6,5;MLLD=128.667,165.502;QD=23.8624;RBI=0.0152293,0.0490604;REFB=0.0155328,-0.0158479;REVB=0.0121598,0.031786;RO=4;SAF=2,1;SAR=0,7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.623114,-0.336275;STB=0.5,0.576329;STBP=1,0.371;TYPE=del,del;VARB=0,0.0158256;OID=.,.;OPOS=68358111,68358107;OREF=ATTTTG,TTTTA;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTT,CTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6875:2,8:16:0,11:16:5:0,4:0,7:3:2:29:4:2,1:0,7:2:2 chr11 68382464 . G A 795.25 PASS AF=0.466292;AO=83;DP=179;FAO=83;FDP=178;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=36;FSRR=59;FWDB=-0.00699031;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2498;QD=17.8708;RBI=0.044762;REFB=-0.0296232;REVB=0.0442128;RO=88;SAF=32;SAR=51;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230325;STB=0.50372;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0358396;OID=.;OPOS=68382464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:88:95:83:83:0.466292:51:32:36:52:51:32:36:59 chr11 68512543 . A G 620.99 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.00316632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.318;QD=17.9998;RBI=0.00331718;REFB=-0.0196487;REVB=0.000988973;RO=74;SAF=25;SAR=39;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419286;STB=0.523298;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0312308;OID=.;OPOS=68512543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:74:64:64:0.463768:39:25:32:42:39:25:32:42 chr11 68549340 . A G 633.45 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0184298;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.281;QD=49.6824;RBI=0.0185549;REFB=-0.089483;REVB=0.0021506;RO=3;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191497;STB=0.5102;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00342347;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:52:51:3:3:46:46:0.901961:23:23:1:2:23:23:1:2 chr11 68560787 . C T 539.92 PASS AF=0.439394;AO=57;DP=131;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0104349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.552;QD=16.3612;RBI=0.0130342;REFB=0.000881449;REVB=0.00781047;RO=73;SAF=28;SAR=29;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294474;STB=0.507573;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00114089;OID=.;OPOS=68560787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:73:74:57:58:0.439394:29:28:38:35:29:29:38:36 chr11 68671419 . C T 220.16 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0458095;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.566;QD=22.5807;RBI=0.0531323;REFB=-0.021078;REVB=0.0269171;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145377;STB=0.581738;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0200971;OID=.;OPOS=68671419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:18:18:21:21:0.538462:7:14:9:9:7:14:9:9 chr11 68671477 . T C 724.5 PASS AF=0.959184;AO=45;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000509507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2101;QD=59.1425;RBI=0.041263;REFB=-0.0991553;REVB=-0.0412599;RO=2;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669533;STB=0.535699;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0118368;OID=.;OPOS=68671477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:45:47:0.959184:13:32:0:2:13:34:0:2 chr11 68678962 . T C 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.689;QD=62.9077;RBI=0.0187856;REFB=0;REVB=0.0123785;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25504e-07;OID=.;OPOS=68678962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr11 68682402 . A G 366.63 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0262297;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0016;QD=21.2536;RBI=0.0425184;REFB=0.00614389;REVB=-0.0334636;RO=32;SAF=17;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783326;STB=0.504332;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00955319;OID=.;OPOS=68682402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:20:17:15:17:20:17:15:17 chr11 68696682 . G T 356.82 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0246401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.07;QD=19.2875;RBI=0.0372926;REFB=-0.0084748;REVB=0.0279928;RO=34;SAF=20;SAR=16;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135861;STB=0.568737;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0114571;OID=.;OPOS=68696682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:34:37:36:37:0.5:16:20:24:10:17:20:25:12 chr11 68701948 . C T 462.57 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.000601738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.549;QD=19.0749;RBI=0.00185952;REFB=-0.000868108;REVB=-0.00175947;RO=50;SAF=18;SAR=28;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141007;STB=0.573738;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000878733;OID=.;OPOS=68701948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:50:51:46:46:0.474227:28:18:27:23:28:18:27:24 chr11 68704028 . C T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0193214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.472;QD=7.95466;RBI=0.0233489;REFB=-0.0118334;REVB=-0.0131093;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890944;STB=0.555418;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0334631;OID=.;OPOS=68704028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:8:11:4:4:8:11 chr11 68705674 . C A 325.34 PASS AF=0.568966;AO=31;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0251504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.388;QD=22.4371;RBI=0.0266994;REFB=-0.0118478;REVB=-0.00896182;RO=24;SAF=23;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112618;STB=0.584361;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00325447;OID=.;OPOS=68705674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:25:31:33:0.568966:8:23:15:9:8:25:15:10 chr11 68748003 . T C 250.89 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00167433;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.1;QD=16.7261;RBI=0.0250883;REFB=-0.0344094;REVB=-0.0250324;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122181;STB=0.568672;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.031262;OID=.;OPOS=68748003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:32:32:28:28:0.466667:15:13:19:13:15:13:19:13 chr11 68773403 . G A 360.77 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0119676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.602;QD=17.5984;RBI=0.0151262;REFB=-0.0359204;REVB=-0.00925094;RO=43;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00238498;STB=0.506593;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0240069;OID=.;OPOS=68773403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:22:16:18:25:22:16:18:26 chr11 68822739 . T C 1005.58 PASS AF=1;AO=60;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.392;QD=59.1515;RBI=0.0710598;REFB=0;REVB=0.0699712;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740125;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:60:68:1:26:34:0:0:29:39:0:0 chr11 68834968 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.813;QD=60.6083;RBI=0.0253443;REFB=0;REVB=0.0211439;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192812;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr11 68840397 . T C 73.36 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.017593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.669;QD=9.46559;RBI=0.0260395;REFB=-0.00624471;REVB=0.0191974;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138367;STB=0.584246;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0270841;OID=.;OPOS=68840397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:11:10:6:4:11:10 chr11 68840399 . G A 73.41 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00368585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4145;QD=9.47223;RBI=0.0309037;REFB=0.00216062;REVB=0.0306831;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164705;STB=0.584246;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00164456;OID=.;OPOS=68840399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:20:21:10:10:0.322581:6:4:11:9:6:4:11:10 chr11 68840412 . C G 86.43 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0249041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.737;QD=10.476;RBI=0.0557824;REFB=-0.0143347;REVB=-0.0499145;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503109;STB=0.530331;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0177407;OID=.;OPOS=68840412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:11:11:6:5:11:11 chr11 68851414 . T C 444.73 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00831489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8047;QD=20.4473;RBI=0.0214103;REFB=-0.0198378;REVB=-0.0197297;RO=43;SAF=21;SAR=23;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00991507;STB=0.505492;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.024857;OID=.;OPOS=68851414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:23:21:21:22:23:21:21:22 chr11 68851466 . G T 433.61 PASS AF=0.5;AO=40;DP=84;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0493724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.669;QD=19.7097;RBI=0.0693655;REFB=-0.0516899;REVB=0.0487231;RO=43;SAF=17;SAR=23;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102668;STB=0.568719;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0438403;OID=.;OPOS=68851466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:43:44:40:44:0.5:23:17:23:20:26:18:24:20 chr11 69462910 . G A 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0108487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.894;QD=16.2726;RBI=0.0250099;REFB=0.0155018;REVB=0.0225344;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928295;STB=0.552206;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0230217;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:15:17:17:22:15:17:17:22 chr11 69934085 . G A 606.82 PASS AF=0.435897;AO=67;DP=153;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=57;FWDB=0.00295697;FXX=0.00636902;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.227;QD=15.5594;RBI=0.0171449;REFB=-0.0168949;REVB=-0.0168879;RO=83;SAF=28;SAR=39;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457785;STB=0.535057;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0177763;OID=.;OPOS=69934085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:83:88:67:68:0.435897:39:28:31:52:40:28:31:57 chr11 70007311 . A G 1136.36 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9206;QD=59.0319;RBI=0.0788162;REFB=-0.04679;REVB=-0.0787799;RO=1;SAF=34;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247461;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:77:1:0:75:77:1:41:34:1:0:41:36:0:0 chr11 70007392 . A G 833.87 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.374;QD=57.5081;RBI=0.0352246;REFB=0;REVB=-0.0135324;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170807;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:40:17:0:0:40:18:0:0 chr11 70016247 . T G,TG 1173.12 PASS AF=0.00961538,0.990385;AO=6,83;DP=110;FAO=1,103;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=1,50;FSAR=0,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579372,0.137278;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=6.00398,16.446;QD=45.1198;RBI=0.062801,0.194759;REFB=0,0;REVB=-0.0242332,0.138151;RO=21;SAF=2,46;SAR=4,37;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0604803,0.0658579;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.012564,0.00355069;OID=.,.;OPOS=70016247,70016248;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:110:104:21:0:6,83:1,103:0.00961538,0.990385:4,37:2,46:8:13:0,53:1,50:0:0 chr11 70034096 . G A 86.64 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00706684;FXX=0.0587889;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.009;QD=21.6608;RBI=0.0120621;REFB=-0.00730742;REVB=0.00977523;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144541;STB=0.583159;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00559996;OID=.;OPOS=70034096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:3:3:7:3:3:3 chr11 70118489 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.013867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.579;QD=16.7279;RBI=0.0154973;REFB=0.00278363;REVB=0.00691891;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159503;STB=0.604112;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00475971;OID=.;OPOS=70118489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:7:9:7:11:7:9:7:12 chr11 70229171 . G A 458.77 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00637093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.436;QD=23.5268;RBI=0.00823504;REFB=-0.0037142;REVB=-0.00521795;RO=34;SAF=12;SAR=32;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271217;STB=0.649674;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00564278;OID=.;OPOS=70229171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:32:12:20:14:32:12:20:14 chr11 70333149 . G A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00803777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.562;QD=20.5465;RBI=0.0159191;REFB=-0.0270378;REVB=0.0137409;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040868;STB=0.522992;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0255721;OID=.;OPOS=70333149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:9:13:12:10:9:13 chr11 70666765 . C T 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00744809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.574;QD=10.3899;RBI=0.0109878;REFB=-0.0325295;REVB=0.00807828;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466707;STB=0.791508;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0412345;OID=.;OPOS=70666765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:6:5:6:1:6:5 chr11 70794485 . C G 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.012927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.972;QD=21.1293;RBI=0.0129347;REFB=-0.00222546;REVB=-0.000447259;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186975;STB=0.60456;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00279188;OID=.;OPOS=70794485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:11:11:15:6:11:11:15:6 chr11 70798902 . G C,T 414.02 PASS AF=0,0.539474;AO=3,3;DP=74;FAO=0,41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=0,18;FSAR=0,23;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0383414,0.019537;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=25.9238,121.863;QD=21.7906;RBI=0.103975,0.0205092;REFB=0.0377642,-0.0116463;REVB=0.0966479,0.00623948;RO=24;SAF=0,2;SAR=3,1;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.558418,0.220637;STB=0.5,0.53183;STBP=1,0.557;TYPE=snp,snp;VARB=0,0.0110834;OID=.,.;OPOS=70798902,70798902;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:74:76:24:35:3,3:0,41:0,0.539474:3,1:0,2:11:13:0,23:0,18:13:22 chr11 71146248 . AAGCAAGGAACAG A 55.38 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.000243753;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=12;MLLD=444.668;QD=4.81565;RBI=0.00669076;REFB=-0.00396998;REVB=-0.00668632;RO=35;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188167;STB=0.605879;STBP=0.43;TYPE=del;VARB=0.0120778;OID=.;OPOS=71146249;OREF=AGCAAGGAACAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:12:48:12:46:34:8:4:18:16:55:35:8:4:18:17 chr11 71146577 . G A 245.9 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0448765;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4981;QD=15.3687;RBI=0.0653794;REFB=-0.0202681;REVB=0.0475454;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828595;STB=0.546842;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0134101;OID=.;OPOS=71146577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:14:14:21:15:14:14:21:15 chr11 71146691 . A G 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.099;QD=62.6138;RBI=0.0123624;REFB=0;REVB=0.000978288;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28132e-05;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr11 71146952 . G A 773.22 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00670541;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.383;QD=55.2302;RBI=0.0376305;REFB=-0.0877442;REVB=0.0370283;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171391;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000124879;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:27:28:0:1:27:28:0:1 chr11 71152461 . A G 1206.51 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261017;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5043;QD=60.3254;RBI=0.0466055;REFB=0;REVB=0.0465323;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168419;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:0:0:78:80:1:48:30:0:0:50:30:0:0 chr11 71155129 . G A 713.42 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=138;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0088951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.066;QD=20.6788;RBI=0.00931242;REFB=-0.00392257;REVB=-0.00275651;RO=68;SAF=33;SAR=37;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671118;STB=0.536911;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00408141;OID=.;OPOS=71155129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:68:68:70:70:0.507246:37:33:27:41:37:33:27:41 chr11 71155153 . A G 1608.22 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.607;QD=59.0172;RBI=0.0177525;REFB=-0.106207;REVB=0.0101813;RO=1;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797772;STB=0.504201;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=3.40583e-05;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:59:49:0:1:59:49:0:1 chr11 71155171 . C T 374.36 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0113542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.039;QD=15.5983;RBI=0.0186568;REFB=-0.0249069;REVB=0.014804;RO=56;SAF=20;SAR=20;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553655;STB=0.531234;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0280117;OID=.;OPOS=71155171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:20:20:25:31:20:20:25:31 chr11 71169547 . G C 459.39 PASS AF=0.396947;AO=51;DP=131;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0330585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4769;QD=14.0271;RBI=0.0486685;REFB=-0.00993451;REVB=-0.0357178;RO=79;SAF=24;SAR=27;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925498;STB=0.557355;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0130035;OID=.;OPOS=71169547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:79:79:51:52:0.396947:27:24:44:35:28:24:44:35 chr11 71174553 . C T 189.26 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0505785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.6656;QD=14.2837;RBI=0.0505963;REFB=0.00175471;REVB=-0.00134088;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207867;STB=0.639302;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00265613;OID=.;OPOS=71174553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:31:22:22:0.415094:7:15:14:15:7:15:14:17 chr11 71183474 . C T 327.19 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00281747;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3447;QD=19.8296;RBI=0.00293171;REFB=-0.015431;REVB=0.000810406;RO=33;SAF=13;SAR=21;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465469;STB=0.519988;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0146829;OID=.;OPOS=71183474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:32:34:34:0.515152:21:13:11:22:21:13:11:21 chr11 71183477 . C T 348.65 PASS AF=0.521739;AO=37;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00523133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0712;QD=20.2116;RBI=0.0243139;REFB=0.0101444;REVB=-0.0237445;RO=30;SAF=14;SAR=23;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185398;STB=0.51277;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0118554;OID=.;OPOS=71183477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:33:37:36:0.521739:23:14:12:18:22:14:12:21 chr11 71184678 . A C 2361.49 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.711;QD=63.8241;RBI=0.0723621;REFB=0;REVB=0.0349567;RO=1;SAF=55;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514191;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27302e-05;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:1:0:147:148:1:92:55:0:1:93:55:0:0 chr11 71185479 . T C 1138.63 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227442;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.094;QD=60.727;RBI=0.0308428;REFB=0;REVB=0.0208322;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48933e-05;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:48:27:0:0:48:27:0:0 chr11 71185518 . T C 1514.82 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.355;QD=62.467;RBI=0.0317641;REFB=-0.0256635;REVB=0.0156051;RO=1;SAF=35;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133556;STB=0.507041;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000143852;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:61:35:1:0:61:35:1:0 chr11 71189436 . T C 1149.38 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.784;QD=60.4934;RBI=0.0137244;REFB=0;REVB=0.0101602;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09873e-05;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:37:37:0:0:39:37:0:0 chr11 71191817 . C T 369.5 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00399487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.315;QD=16.9885;RBI=0.0185722;REFB=-0.0249822;REVB=-0.0181375;RO=47;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119542;STB=0.561612;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0206291;OID=.;OPOS=71191817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:48:39:39:0.448276:16:23:22:25:16:23:23:25 chr11 71192439 . C A 314.82 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00132632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.42;QD=14.815;RBI=0.0021645;REFB=-0.00221599;REVB=-0.00171054;RO=49;SAF=16;SAR=19;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138129;STB=0.583398;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00310254;OID=.;OPOS=71192439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:50:35:35:0.411765:19:16:29:20:19:16:30:20 chr11 71239086 . C A 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.036117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.789;QD=18.4129;RBI=0.0369329;REFB=-0.0126345;REVB=0.00772011;RO=34;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101566;STB=0.556783;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0112468;OID=.;OPOS=71239086;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:21:12:16:18:21:12:16:18 chr11 71249386 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.478;QD=49.5991;RBI=0.046978;REFB=0;REVB=-0.0193833;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000751197;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr11 71260243 . T C 272.63 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0160457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.067;QD=26.5975;RBI=0.0167628;REFB=-0.0209557;REVB=-0.00485028;RO=16;SAF=6;SAR=18;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45098;STB=0.750785;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0172366;OID=.;OPOS=71260243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:24:25:0.609756:18:6:14:2:19:6:14:2 chr11 71260296 . G A 352.12 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.062243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8402;QD=28.7447;RBI=0.0652228;REFB=-0.00206641;REVB=-0.0194888;RO=19;SAF=5;SAR=25;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521977;STB=0.789265;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00329186;OID=.;OPOS=71260296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:25:5:16:3:25:5:16:3 chr11 71276632 . T C 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00541464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.513;QD=10.7538;RBI=0.0114872;REFB=-0.0139827;REVB=-0.010131;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632438;STB=0.552763;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0305463;OID=.;OPOS=71276632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:5:8:14:11:5:8:14:12 chr11 71276681 . T C 52.68 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00106718;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.388;QD=16.2077;RBI=0.00994915;REFB=-0.00248772;REVB=-0.00989175;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389209;STB=0.726606;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00229017;OID=.;OPOS=71276681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:14:13:5:5:5:5:0.384615:3:2:0:5:3:2:0:5 chr11 71277083 . C T 58.82 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0330905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.233;QD=14.7053;RBI=0.0342323;REFB=-0.0643178;REVB=-0.00876743;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490947;STB=0.793435;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0187738;OID=.;OPOS=71277083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:15:16:8:8:7:8:0.5:2:5:1:7:2:6:1:7 chr11 71277598 . A C 649.92 PASS AF=0.457516;AO=70;DP=153;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.0116304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.735;QD=16.9913;RBI=0.0137825;REFB=-0.0117689;REVB=-0.00739545;RO=83;SAF=26;SAR=44;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225908;STB=0.625479;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0104277;OID=.;OPOS=71277598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:83:83:70:70:0.457516:44:26:50:33:44:26:50:33 chr11 71277647 . CCGCT C 301.37 PASS AF=0.541667;AO=36;DP=70;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0141149;FXX=0.0999875;HRUN=2;LEN=4;MLLD=311.109;QD=16.7429;RBI=0.0159463;REFB=-0.0129529;REVB=-0.00741979;RO=31;SAF=6;SAR=30;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262998;STB=0.598401;STBP=0.126;TYPE=del;VARB=0.0100263;OID=.;OPOS=71277648;OREF=CGCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:36:70:39:72:33:8:31:12:21:99:31:6:30:12:19 chr11 71279902 . C T 113.59 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00309023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.468;QD=9.6671;RBI=0.0398251;REFB=-0.039217;REVB=-0.0397051;RO=33;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435611;STB=0.771072;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0628555;OID=.;OPOS=71279902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:33:33:13:14:0.297872:4:9:10:23:4:10:10:23 chr11 71279907 . A G 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00497781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.509;QD=9.65122;RBI=0.0338787;REFB=-0.0216466;REVB=-0.033511;RO=31;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4909;STB=0.771072;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.032497;OID=.;OPOS=71279907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:33:14:14:0.297872:4:10:8:23:4:10:10:23 chr11 71279936 . A C 82.04 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0110215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2935;QD=5.46961;RBI=0.0851195;REFB=-0.0120934;REVB=-0.084403;RO=42;SAF=2;SAR=11;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445433;STB=0.760549;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.045535;OID=.;OPOS=71279936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:55:60:42:47:13:13:0.216667:11:2:20:22:11:2:20:27 chr11 71318195 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0474871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.1848;QD=12.015;RBI=0.060702;REFB=-0.0439185;REVB=-0.0378115;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0743793;OID=.;OPOS=71318195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:5:2:2:4:5:2 chr11 71498591 . C G 54.25 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0303916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9499;QD=8.67938;RBI=0.0651127;REFB=0.00339378;REVB=-0.0575849;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098437;STB=0.560295;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00878182;OID=.;OPOS=71498591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:12:5:3:5:12:5 chr11 71498601 . G T 54.27 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0104826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.23;QD=8.68245;RBI=0.0107548;REFB=-0.0101475;REVB=-0.00240392;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741896;STB=0.560295;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0229143;OID=.;OPOS=71498601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:3:5:11:5:3:5:12:5 chr11 71498648 . A G 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0342535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.742;QD=5.95779;RBI=0.0880174;REFB=-0.0152402;REVB=-0.0810788;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0514374;OID=.;OPOS=71498648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:12:6:2:4:12:6 chr11 71504475 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00184778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3427;QD=26.0272;RBI=0.00184778;REFB=-0.121147;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0302958;OID=.;OPOS=71504475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chr11 71507261 . A G 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0276748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.638;QD=18.8278;RBI=0.0276904;REFB=-0.0085834;REVB=-0.000927195;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326779;STB=0.5185;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0119663;OID=.;OPOS=71507261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:7:15:13:7:7:15 chr11 71544269 . C T 886.14 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6248;QD=58.1076;RBI=0.047381;REFB=0;REVB=0.0161726;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402756;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:34:25:0:0:35:26:0:0 chr11 71548465 . A G 497.77 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.102323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7617;QD=21.1817;RBI=0.10757;REFB=-0.0234697;REVB=-0.0331852;RO=46;SAF=19;SAR=29;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113322;STB=0.562699;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0186481;OID=.;OPOS=71548465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:29:19:24:22:29:19:24:22 chr11 71548492 . C T 447.27 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00403112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4501;QD=18.444;RBI=0.0290018;REFB=-0.000229228;REVB=-0.0287203;RO=52;SAF=19;SAR=26;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112168;STB=0.562587;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000492193;OID=.;OPOS=71548492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:26:19:28:24:26:19:28:24 chr11 71548520 . A T 406.82 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00664793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.082;QD=17.4974;RBI=0.00668993;REFB=-0.00583257;REVB=-0.00074849;RO=51;SAF=18;SAR=24;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991727;STB=0.555529;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00534492;OID=.;OPOS=71548520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:24:18:27:24:24:18:27:24 chr11 71548544 . A G 339.17 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.026635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.221;QD=17.8513;RBI=0.0338352;REFB=-0.00752521;REVB=-0.0208661;RO=40;SAF=13;SAR=23;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880058;STB=0.549279;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0461717;OID=.;OPOS=71548544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:23:13:18:22:23:13:18:22 chr11 71615069 . G A 364.98 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0221263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.072;QD=33.9518;RBI=0.0224245;REFB=0.0143809;REVB=-0.00364517;RO=13;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208596;STB=0.613424;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0032969;OID=.;OPOS=71615069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:16:14:11:2:16:14:11:2 chr11 71615075 . G C 448.83 PASS AF=0.729167;AO=35;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0438104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5622;QD=37.4022;RBI=0.0460013;REFB=0.0246441;REVB=-0.0140275;RO=13;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167151;STB=0.590369;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00606753;OID=.;OPOS=71615075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:13:13:35:35:0.729167:17:18:11:2:17:18:11:2 chr11 71627159 . C A 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0143706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.494;QD=19.5768;RBI=0.0224259;REFB=0.00807905;REVB=-0.0172165;RO=30;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317307;STB=0.528718;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.0109799;OID=.;OPOS=71627159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:11:22:19:11:11:22:19:12 chr11 71701763 . G A 557.8 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0198964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.236;QD=17.2962;RBI=0.0227002;REFB=-0.0103203;REVB=-0.0109286;RO=70;SAF=20;SAR=39;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136611;STB=0.576221;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0107364;OID=.;OPOS=71701763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:70:59:59:0.457364:39:20:33:37:39:20:33:37 chr11 71706544 . A G 732.91 PASS AF=0.434066;AO=79;DP=182;FAO=79;FDP=182;FR=.;FRO=103;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=23;FSRR=80;FWDB=-0.00835898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.495;QD=16.108;RBI=0.0102337;REFB=-0.0026323;REVB=0.00590382;RO=102;SAF=30;SAR=49;SRF=23;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1747;STB=0.5984;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00289916;OID=.;OPOS=71706544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:102:103:79:79:0.434066:49:30:23:79:49:30:23:80 chr11 71707489 . T C 854.29 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229599;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.208;QD=57.9183;RBI=0.0462503;REFB=0;REVB=0.040149;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93779e-05;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr11 71708013 . G A 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.00303721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.519;QD=22.3902;RBI=0.00578802;REFB=-0.00812622;REVB=0.00492713;RO=26;SAF=7;SAR=27;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292599;STB=0.516167;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00658877;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:27:7:6:20:27:7:6:20 chr11 71714526 . G C 1440.47 PASS AF=0.928571;AO=102;DP=111;FAO=104;FDP=112;FR=.;FRO=8;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0150748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.151;QD=51.4452;RBI=0.0566431;REFB=-0.105606;REVB=0.0546003;RO=9;SAF=59;SAR=43;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382803;STB=0.523738;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000644779;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:111:112:9:8:102:104:0.928571:43:59:3:6:44:60:2:6 chr11 71717106 . G A 463.59 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0641353;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.178;QD=16.2665;RBI=0.0641506;REFB=-0.0123031;REVB=0.00139899;RO=62;SAF=26;SAR=25;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254806;STB=0.5098;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0155858;OID=.;OPOS=71717106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:63:51:51:0.447368:25:26:30:32:25:26:31:32 chr11 71726168 . G C 93.58 PASS AF=0.521739;AO=10;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0510646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8065;QD=16.2749;RBI=0.0528812;REFB=-0.188604;REVB=0.0137415;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359634;STB=0.666469;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0429595;OID=.;OPOS=71726168;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:23:12:11:10:12:0.521739:1:9:12:0:1:11:11:0 chr11 71808858 . AC A 30.54 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0470977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.7457;QD=2.84052;RBI=0.132893;REFB=-0.0382776;REVB=-0.124268;RO=31;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561066;STB=0.849809;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0716037;OID=.;OPOS=71808859;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255814:11:42:11:43:32:9:2:10:22:30:31:9:2:10:21 chr11 71821236 . A G 358.03 PASS AF=0.641509;AO=31;DP=50;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00756898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.616;QD=27.0209;RBI=0.00766119;REFB=-0.0559622;REVB=-0.00118505;RO=19;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153798;STB=0.509428;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0263503;OID=.;OPOS=71821236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:19:19:31:34:0.641509:17:14:9:10:17:17:9:10 chr11 72281818 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.647;QD=59.3221;RBI=0.0364808;REFB=0;REVB=0.01026;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47605e-05;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr11 72281884 . C T 1375.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.692;QD=62.5338;RBI=0.0466346;REFB=0;REVB=0.00469249;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100903;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:45:41:0:0:45:43:0:0 chr11 72288599 . G A 424.22 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0139168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.065;QD=18.6468;RBI=0.0191474;REFB=-0.0177131;REVB=0.0131509;RO=46;SAF=15;SAR=28;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105908;STB=0.561184;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0211567;OID=.;OPOS=72288599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:48:43:43:0.472527:28:15:21:25:28:15:22:26 chr11 72291927 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.461;QD=51.1846;RBI=0.0212595;REFB=0;REVB=0.0160931;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00415e-05;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr11 72293602 . A G 1283.33 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.169;QD=61.8475;RBI=0.0283797;REFB=0;REVB=0.0276065;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148485;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr11 72295502 . T C 1160.36 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.628;QD=60.2787;RBI=0.0122952;REFB=0;REVB=0.00342006;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61637e-05;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:49:26:0:0:50:27:0:0 chr11 72295906 . A G 764.22 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.946;QD=61.1375;RBI=0.0508526;REFB=0;REVB=0.0258275;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168158;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:32:15:0:0:32:18:0:0 chr11 72363759 . G A 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.102323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.456;QD=20.2094;RBI=0.103557;REFB=-0.0205014;REVB=-0.0159347;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.01247;OID=.;OPOS=72363759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:5:5:6:7:5:5 chr11 72368986 . T G 259.98 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.020377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5194;QD=31.5122;RBI=0.0245109;REFB=-0.0151085;REVB=-0.0136221;RO=10;SAF=9;SAR=14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114141;STB=0.562448;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00346622;OID=.;OPOS=72368986;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:14:9:2:8:14:9:2:8 chr11 72396990 . G A 75.24 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0436096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.794;QD=15.8409;RBI=0.0436097;REFB=-0.0537449;REVB=0.000125492;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249071;STB=0.627605;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0394608;OID=.;OPOS=72396990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:19:19:7:9:9:10:0.526316:8:1:2:5:9:1:2:7 chr11 72408055 . G C 215.91 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00628644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.734;QD=15.1514;RBI=0.0223818;REFB=-0.0263263;REVB=0.0214808;RO=32;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175007;STB=0.599916;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0202262;OID=.;OPOS=72408055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:7:18:18:14:7:18:18:14 chr11 72408657 . C T 428.52 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0285094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.74;QD=22.2609;RBI=0.0291165;REFB=-0.00665874;REVB=-0.00591475;RO=35;SAF=20;SAR=22;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183608;STB=0.600705;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00675505;OID=.;OPOS=72408657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:22:20:9:26:22:20:9:26 chr11 72532569 . G T 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5815;QD=58.415;RBI=0.0632021;REFB=0;REVB=0.0436364;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966344;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr11 72532621 . T G 1006.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.239;QD=59.1818;RBI=0.0486659;REFB=0;REVB=0.00301115;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49704e-05;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:32:33:0:0:32:36:0:0 chr11 72532708 . C T 629.37 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0275527;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.699;QD=57.2153;RBI=0.0294197;REFB=-0.16003;REVB=0.0103134;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.519222;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000879007;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:0:2:42:42:0.954545:17:25:0:0:17:25:2:0 chr11 72945341 . C T 2067.68 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9247;QD=61.7217;RBI=0.0177694;REFB=0.0968805;REVB=0.000472515;RO=1;SAF=60;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646717;STB=0.503401;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000803459;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:73:60:0:1:73:60:0:1 chr11 72946020 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.181;QD=62.6709;RBI=0.0666966;REFB=0;REVB=0.0293884;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218864;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr11 72946140 . G C 160.22 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2558;QD=45.7776;RBI=0.0745526;REFB=0;REVB=0.0742124;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00340214;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr11 73008914 . G A 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0164059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0071;QD=11.2539;RBI=0.0720239;REFB=-0.0176374;REVB=0.0701306;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272725;STB=0.666222;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0303299;OID=.;OPOS=73008914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:6:6:2:6:6:6 chr11 73009084 . G A 378.04 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.036125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.153;QD=18.902;RBI=0.0395207;REFB=-0.0144729;REVB=-0.0160271;RO=39;SAF=21;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921083;STB=0.563186;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0151331;OID=.;OPOS=73009084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:39:41:39:39:0.4875:18:21:17:22:18:21:17:24 chr11 73009432 . T C 506.26 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0465904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.541;QD=25.6334;RBI=0.0478354;REFB=-0.0338038;REVB=0.0108425;RO=32;SAF=24;SAR=23;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108342;STB=0.559132;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0191685;OID=.;OPOS=73009432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:32:47:47:0.594937:23:24:21:11:23:24:21:11 chr11 73106165 . A C 421.54 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0108458;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8054;QD=15.9072;RBI=0.0109812;REFB=0.0141487;REVB=-0.00171931;RO=60;SAF=20;SAR=27;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784789;STB=0.549979;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0177385;OID=.;OPOS=73106165;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:60:59:47:47:0.443396:27:20:21:39:27:20:20:39 chr11 73387057 . TTAAGTA T 612.34 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=55;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0552074;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=6;MLLD=257.74;QD=47.1033;RBI=0.0559065;REFB=0.109246;REVB=-0.00881415;RO=3;SAF=20;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282582;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=del;VARB=-0.00139291;OID=.;OPOS=73387058;OREF=TAAGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.980769:48:55:51:52:1:21:30:0:1:7:3:20:28:2:1 chr11 73390771 . GGAA G,GG,GGAG 722.66 PASS AF=0,0.934783,0.0652174;AO=7,36,3;DP=47;FAO=0,43,3;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30,3;FSAR=0,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292048,0.0294694,-0.0164407;FXX=0.0212721;HRUN=3,3,3;LEN=3,2,1;MLLD=15.3527,38.9604,181.45;QD=62.8403;RBI=0.121253,0.0482778,0.116788;REFB=0,0,0;REVB=-0.117684,-0.0382401,-0.115625;RO=0;SAF=1,29,3;SAR=6,7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.000229849,0.0421597;OID=.,.,.;OPOS=73390772,73390773,73390774;OREF=GAA,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.934783,0.0652174:7,36,3:47:0,43,3:46:0:0,30,3:0,13,0:0:0:14:0:1,29,3:6,7,0:0:0 chr11 73441772 . A C 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00620675;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.941;QD=55.5196;RBI=0.00800426;REFB=0.0125355;REVB=0.00505414;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-1.59041e-05;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:1:0:12:21:1:0 chr11 73670645 . T C 446.09 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0392658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.775;QD=15.3825;RBI=0.03934;REFB=-0.0185716;REVB=0.00241518;RO=65;SAF=26;SAR=24;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128536;STB=0.566641;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0139858;OID=.;OPOS=73670645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:66:50:50:0.431034:24:26:42:23:24:26:42:24 chr11 73681090 . C T 223.22 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0284955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.292;QD=15.3942;RBI=0.0285876;REFB=-0.0218963;REVB=0.00229276;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382528;STB=0.530363;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0290187;OID=.;OPOS=73681090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:32:25:26:0.448276:15:10:14:18:16:10:14:18 chr11 73681135 . G A 167.13 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0461465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.66;QD=15.1937;RBI=0.047058;REFB=0.000197491;REVB=0.00921731;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747578;STB=0.526852;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.000804083;OID=.;OPOS=73681135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:11:7:8:17:11:7:9:17 chr11 73689104 . G A 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4672;QD=58.2356;RBI=0.0581139;REFB=0;REVB=0.0271516;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542782;OID=.;OPOS=73689104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr11 73715542 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00392629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.625;QD=15.7845;RBI=0.0275519;REFB=-0.0164405;REVB=0.0272707;RO=17;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287626;STB=0.668244;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0157203;OID=.;OPOS=73715542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:3:11:9:8:3:11:9:8 chr11 73717254 . A G 361.87 PASS AF=0.625;AO=34;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0238758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.406;QD=25.848;RBI=0.0238903;REFB=-0.0330454;REVB=0.000831311;RO=21;SAF=12;SAR=22;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909917;STB=0.541153;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0216534;OID=.;OPOS=73717254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:34:35:0.625:22:12:10:11:22:13:10:11 chr11 73718016 . G A 493.48 PASS AF=0.605263;AO=45;DP=75;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0389084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4451;QD=25.9726;RBI=0.0775656;REFB=-0.000390697;REVB=0.067101;RO=30;SAF=26;SAR=19;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224752;STB=0.616203;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00182147;OID=.;OPOS=73718016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:30:30:45:46:0.605263:19:26:8:22:20:26:8:22 chr11 73785326 . T C 359.76 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00168319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.621;QD=13.8368;RBI=0.00712435;REFB=-0.0104673;REVB=-0.00692266;RO=62;SAF=24;SAR=18;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246688;STB=0.51396;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0159424;OID=.;OPOS=73785326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:42:42:0.403846:18:24:34:28:18:24:34:28 chr11 73806443 . C T 571.91 PASS AF=0.569892;AO=52;DP=92;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00931077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.608;QD=24.5985;RBI=0.0291378;REFB=-0.0343011;REVB=-0.0276102;RO=37;SAF=20;SAR=32;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269175;STB=0.509575;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0234926;OID=.;OPOS=73806443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:37:40:52:53:0.569892:32:20:13:24:32:21:15:25 chr11 73825503 . T C 805.27 PASS AF=0.519231;AO=81;DP=156;FAO=81;FDP=156;FR=.;FRO=75;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.00596768;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.291;QD=20.6479;RBI=0.0116969;REFB=-0.00998595;REVB=-0.01006;RO=74;SAF=45;SAR=36;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141823;STB=0.580717;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00813071;OID=.;OPOS=73825503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:74:75:81:81:0.519231:36:45:29:45:36:45:29:46 chr11 73978243 . G A 237.34 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0414311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.994;QD=11.438;RBI=0.0414564;REFB=-0.0121952;REVB=0.00144742;RO=52;SAF=11;SAR=18;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157679;STB=0.591841;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0204144;OID=.;OPOS=73978243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:52:54:29:29:0.349398:18:11:27:25:18:11:28:26 chr11 73988167 . C T 529.92 PASS AF=0.509259;AO=53;DP=106;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0225018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.616;QD=19.6266;RBI=0.0225386;REFB=0.00275461;REVB=-0.00128783;RO=53;SAF=27;SAR=26;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852165;STB=0.537255;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00375365;OID=.;OPOS=73988167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:53:53:53:55:0.509259:26:27:22:31:28:27:22:31 chr11 74043708 . G A 783.03 PASS AF=1;AO=47;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.755;QD=56.9474;RBI=0.0466408;REFB=0;REVB=0.0240767;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066263;OID=.;OPOS=74043708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:55:0:0:47:55:1:23:24:0:0:29:26:0:0 chr11 74046975 . C T 1105.6 PASS AF=0.962025;AO=75;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0122014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.13;QD=55.9796;RBI=0.016838;REFB=0.0414762;REVB=0.0116036;RO=3;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423091;STB=0.521733;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.000166429;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:79:79:3:3:75:76:0.962025:32:43:0:3:33:43:0:3 chr11 74049569 . A G 1933.28 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.546;QD=61.8649;RBI=0.02195;REFB=0;REVB=0.00438084;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31162e-05;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:67:57:0:0:67:58:0:0 chr11 74053547 . C T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.015;QD=62.1621;RBI=0.00621935;REFB=0;REVB=0.00150909;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78862e-06;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr11 74109166 . A G 346.26 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0320779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.072;QD=32.2106;RBI=0.0338769;REFB=-0.0383198;REVB=-0.0108926;RO=14;SAF=19;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394813;STB=0.521568;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0189414;OID=.;OPOS=74109166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:10:19:10:4:10:19:10:4 chr11 74110353 . A G 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00384996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.802;QD=22.1875;RBI=0.00924497;REFB=-0.0181423;REVB=-0.0084052;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238123;STB=0.632971;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00985091;OID=.;OPOS=74110353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:5:13:9:12:5:13 chr11 74203308 . T A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0875;QD=60.3765;RBI=0.0280358;REFB=0;REVB=0.024957;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25427e-05;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr11 74204269 . T G 753.65 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0498251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.491;QD=61.522;RBI=0.0691064;REFB=-0.114458;REVB=0.0478868;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506846;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000836714;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:36:12:0:0:36:12:0:1 chr11 74208029 . C T 1872.14 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.169;QD=61.3815;RBI=0.0391662;REFB=0;REVB=0.00662281;RO=0;SAF=57;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15458e-05;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:65:57:0:0:65:57:0:0 chr11 74208214 . G A 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.197;QD=56.1832;RBI=0.0325051;REFB=0;REVB=0.000649662;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290941;OID=.;OPOS=74208214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr11 74208592 . G T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6265;QD=60.2284;RBI=0.0525484;REFB=0;REVB=0.0341869;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.2909e-05;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr11 74278090 . C T 788.32 PASS AF=0.512821;AO=80;DP=156;FAO=80;FDP=156;FR=.;FRO=76;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00349894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.45;QD=20.2132;RBI=0.021155;REFB=-0.0171167;REVB=-0.0208637;RO=76;SAF=44;SAR=36;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00235771;STB=0.501295;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0141815;OID=.;OPOS=74278090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:76:76:80:80:0.512821:36:44:42:34:36:44:42:34 chr11 74278176 . C T 400.2 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0465401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3351;QD=15.8495;RBI=0.0696426;REFB=-0.0286103;REVB=-0.0518084;RO=56;SAF=20;SAR=24;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045539;STB=0.530672;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0396902;OID=.;OPOS=74278176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:57:44:44:0.435644:24:20:28:28:24:20:29:28 chr11 74329615 . T C 147.66 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0142026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.478;QD=26.8473;RBI=0.027175;REFB=-0.00311205;REVB=0.0231682;RO=7;SAF=11;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349813;STB=0.695931;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00171786;OID=.;OPOS=74329615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:4:11:1:6:4:11:1:6 chr11 74396330 . C T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0134515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.84;QD=18.7767;RBI=0.0217868;REFB=-0.0112595;REVB=0.0171384;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685819;STB=0.538432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00547914;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:14:12:14:12:14:12 chr11 74408740 . C T 239.66 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.026644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.854;QD=18.0878;RBI=0.0594006;REFB=-0.0252492;REVB=-0.0530899;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136531;STB=0.566423;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0214733;OID=.;OPOS=74408740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:14:12:16:10:14:12:16:11 chr11 74419357 . C T 858.35 PASS AF=0.913043;AO=63;DP=69;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0213826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3285;QD=49.7596;RBI=0.0228965;REFB=-0.00794316;REVB=0.0081875;RO=6;SAF=47;SAR=16;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016979;STB=0.509022;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00558564;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:69:69:6:6:63:63:0.913043:16:47:4:2:16:47:4:2 chr11 74419377 . G GT 489.04 PASS AF=1;AO=7;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.28691;FXX=0.0147037;HRUN=0;LEN=1;MLLD=9.55613;QD=29.1965;RBI=0.288678;REFB=0;REVB=0.0319026;RO=62;SAF=7;SAR=0;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560718;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00820145;OID=.;OPOS=74419378;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:69:67:67:0:47:20:0:0:4:62:7:0:41:21 chr11 74419378 . C G,T 965.22 PASS AF=0.0895522,0.910448;AO=7,60;DP=68;FAO=6,61;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=6,41;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330405,0.0342445;FXX=0.0147037;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.479,50.2878;QD=57.6248;RBI=0.039726,0.034732;REFB=0,0;REVB=-0.0220562,-0.00579905;RO=0;SAF=7,40;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.1631,0.00102271;OID=.,.;OPOS=74419378,74419378;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:68:67:0:0:7,60:6,61:0.0895522,0.910448:0,20:7,40:0:0:0,20:6,41:0:0 chr11 74553074 . C T 1511.06 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356127;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.929;QD=59.8441;RBI=0.0404473;REFB=0;REVB=-0.0191762;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57777e-05;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:48:53:0:0:48:53:0:0 chr11 74559446 . G C 726.64 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131501;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0637;QD=56.9914;RBI=0.0553586;REFB=0;REVB=0.055343;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336221;OID=.;OPOS=74559446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr11 74559481 . C T 520.25 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.443;QD=59.4567;RBI=0.0813345;REFB=0;REVB=0.080967;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465007;OID=.;OPOS=74559481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:13:19:0:0:16:19:0:0 chr11 74563077 . G A 1568.28 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.961;QD=64.0116;RBI=0.0529401;REFB=0;REVB=0.0481616;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018808;OID=.;OPOS=74563077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr11 74705696 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.881;QD=62.0203;RBI=0.0476329;REFB=0;REVB=0.0344144;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214876;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr11 74862391 . A G 414.08 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.4902;QD=53.4295;RBI=0.0328837;REFB=0.0888526;REVB=0.00668471;RO=2;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843372;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00180603;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:2:1:28:30:0.967742:10:18:0:2:11:19:0:1 chr11 74883577 . G A 192.86 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0123043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.912;QD=14.8353;RBI=0.0264114;REFB=-0.00657811;REVB=0.0233703;RO=30;SAF=2;SAR=19;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574295;STB=0.784484;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0192913;OID=.;OPOS=74883577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:30:21:22:0.423077:19:2:16:14:19:3:16:14 chr11 74904362 . T C 2192.55 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.732;QD=62.6444;RBI=0.0241643;REFB=0;REVB=0.0179615;RO=0;SAF=70;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355187;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:140:0:0:135:140:1:65:70:0:0:69:71:0:0 chr11 74907582 . C T 1051.36 PASS AF=0.522388;AO=98;DP=191;FAO=105;FDP=201;FR=.;FRO=96;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=0.0119572;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.568;QD=20.9225;RBI=0.0148201;REFB=-0.0152049;REVB=0.00875561;RO=93;SAF=60;SAR=38;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293123;STB=0.512728;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0156796;OID=.;OPOS=74907582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:201:93:96:98:105:0.522388:38:60:54:39:40:65:57:39 chr11 74907721 . C T 1214.37 PASS AF=0.491803;AO=119;DP=242;FAO=120;FDP=244;FR=.;FRO=124;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=0.00666543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.78;QD=19.9077;RBI=0.00994831;REFB=-0.004028;REVB=-0.00738518;RO=122;SAF=69;SAR=50;SRF=67;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288205;STB=0.522311;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00395534;OID=.;OPOS=74907721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:244:122:124:119:120:0.491803:50:69:67:55:50:70:67:57 chr11 74977067 . C T 259.56 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0243194;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.179;QD=23.5962;RBI=0.0266662;REFB=0.00233196;REVB=-0.0109387;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10448;STB=0.568126;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00185106;OID=.;OPOS=74977067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:19:20:24:24:0.545455:12:12:7:12:12:12:7:13 chr11 74977087 . GGCCC GCC,GC,GGCC,GGC,GG 356.19 PASS AF=0,0,0.657895,0.236842,0.105263;AO=10,6,12,5,4;DP=38;FAO=0,0,25,9,4;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,5,3,4;FSAR=0,0,20,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519501,-0.040911,-0.0856971,-0.0469573,-0.031477;FXX=0;HRUN=4,4,5,5,5;LEN=2,3,1,2,3;MLLD=5.53364,15.687,13.6499,16.2465,19.7644;QD=37.4933;RBI=0.34803,0.175894,0.188418,0.0987986,0.0667586;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.344131,-0.17107,-0.167802,-0.0869262,-0.058872;RO=0;SAF=0,0,4,3,4;SAR=10,6,8,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0.30137,0.30137,0.30137;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del,del;VARB=0,0,-0.0118752,-0.00196366,0.0225421;OID=.,.,.,.,.;OPOS=74977088,74977088,74977089,74977089,74977089;OREF=GC,GCC,C,CC,CCC;OALT=-,-,-,-,-;OMAPALT=GCC,GC,GGCC,GGC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.657895,0.236842,0.105263:10,6,12,5,4:38:0,0,25,9,4:38:0:0,0,5,3,4:0,0,20,6,0:0:0:37:0:0,0,4,3,4:10,6,8,2,0:0:0 chr11 74980246 . G C 37.51 PASS AF=0.131579;AO=4;DP=38;FAO=5;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0326868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4416;QD=3.94892;RBI=0.0542603;REFB=-0.0138096;REVB=-0.04331;RO=26;SAF=1;SAR=3;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.585009;STB=0.887738;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.202623;OID=.;OPOS=74980246;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:38:38:26:28:4:5:0.131579:3:1:21:5:4:1:21:7 chr11 75110589 . A G 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0129378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.937;QD=18.1184;RBI=0.0401223;REFB=-0.0478942;REVB=-0.0379791;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107618;STB=0.506128;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0422607;OID=.;OPOS=75110589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:8:12:11:7:8:12 chr11 75133765 . G A 215.02 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0575595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.767;QD=21.5018;RBI=0.05786;REFB=-0.0150526;REVB=-0.005889;RO=19;SAF=6;SAR=15;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812719;STB=0.545413;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0304511;OID=.;OPOS=75133765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:15:6:4:15:15:6:4:15 chr11 75145952 . A G 734.84 PASS AF=0.979167;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.607;QD=61.2366;RBI=0.0449738;REFB=0.0202057;REVB=0.0369104;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164853;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000366449;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:48:1:1:44:47:0.979167:16:28:1:0:17:30:1:0 chr11 75152243 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1016;QD=52.6129;RBI=0.0516082;REFB=0;REVB=-0.031711;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166334;OID=.;OPOS=75152243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr11 75160575 . G A 2008.4 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.441;QD=62.2759;RBI=0.0663792;REFB=0;REVB=0.0662058;RO=0;SAF=69;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62144e-05;OID=.;OPOS=75160575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:60:69:0:0:60:69:0:0 chr11 75167793 . G A 575.3 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0472747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7722;QD=23.9707;RBI=0.0483259;REFB=-0.013568;REVB=0.010025;RO=42;SAF=18;SAR=35;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976377;STB=0.560213;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0131915;OID=.;OPOS=75167793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:42:43:53:53:0.552083:35:18:19:23:35:18:20:23 chr11 75277628 . A G 730.58 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.188;QD=56.1984;RBI=0.0671257;REFB=0;REVB=0.0636146;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150545;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:34:15:0:0:37:15:0:0 chr11 75277992 . C T 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0350911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.234;QD=56.417;RBI=0.0361976;REFB=0.0119287;REVB=-0.00888129;RO=1;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016002;STB=0.508472;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.000292108;OID=.;OPOS=75277992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:29:33:0:1:29:33:0:1 chr11 75298797 . A G 296.38 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00861694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8501;QD=15.5991;RBI=0.0234528;REFB=-0.0329811;REVB=0.0218124;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147841;STB=0.500834;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0273334;OID=.;OPOS=75298797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:20:13:17:26:20:13:17:26 chr11 75428958 . A G 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0777016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.407;QD=17.6713;RBI=0.0781297;REFB=-0.00591022;REVB=-0.00816732;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00390477;STB=0.502187;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00696927;OID=.;OPOS=75428958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:13:17:18:14:13:17:18:14 chr11 76115231 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00497037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.031;QD=14.6579;RBI=0.0216777;REFB=-0.00560801;REVB=0.0211002;RO=17;SAF=10;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00617278;STB=0.503592;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0062857;OID=.;OPOS=76115231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:3:10:13:4:3:10:13:4 chr11 76207633 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.114;QD=62.0219;RBI=0.00589707;REFB=0;REVB=0.00522545;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26951e-05;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr11 76207709 . G A 94.96 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0993156;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.805;QD=10.2654;RBI=0.100276;REFB=-0.0173408;REVB=-0.0138419;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470445;STB=0.543306;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0199982;OID=.;OPOS=76207709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:37:24:25:12:12:0.324324:7:5:11:13:7:5:12:13 chr11 76257215 . T C 476.25 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00393447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.419;QD=21.8963;RBI=0.00398123;REFB=-0.0116647;REVB=-0.00060843;RO=41;SAF=20;SAR=26;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175551;STB=0.50968;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0113395;OID=.;OPOS=76257215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:26:20:17:24:26:20:17:24 chr11 76368553 . A G 886.45 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0215675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6402;QD=53.7242;RBI=0.0391116;REFB=-0.0348739;REVB=0.0326275;RO=1;SAF=17;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269626;STB=0.503648;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00120492;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:66:66:1:3:63:63:0.954545:46:17:1:0:46:17:1:2 chr11 76368639 . A C 313.85 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00458214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.535;QD=14.5975;RBI=0.0253525;REFB=-0.0199626;REVB=-0.0249349;RO=50;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305193;STB=0.526062;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0243463;OID=.;OPOS=76368639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:51:35:35:0.406977:24:11:17:33:24:11:18:33 chr11 76370792 . A G 728.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.804;QD=57.1224;RBI=0.0327862;REFB=0;REVB=0.0201002;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241436;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:27:21:0:0:28:23:0:0 chr11 76372052 . A G 816.82 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106965;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6818;QD=57.3206;RBI=0.0236755;REFB=0;REVB=-0.0211215;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228895;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:21:34:0:0:23:34:0:0 chr11 76372418 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.493;QD=46.8478;RBI=0.0400971;REFB=0;REVB=0.0309483;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8027e-05;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr11 76400254 . T C 597.37 PASS AF=0.530973;AO=59;DP=112;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0161931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4374;QD=21.1459;RBI=0.0207085;REFB=0.00837781;REVB=-0.0129084;RO=53;SAF=24;SAR=35;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942622;STB=0.501844;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00794501;OID=.;OPOS=76400254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:53:53:59:60:0.530973:35:24:21:32:36:24:21:32 chr11 76418737 . A G 162.48 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0248449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1055;QD=19.6939;RBI=0.025744;REFB=-0.0186499;REVB=-0.00674419;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284482;STB=0.51611;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0137279;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:7:9:9:8:7:9 chr11 76507692 . T A 2781.36 PASS AF=0.989011;AO=175;DP=179;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0259315;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0402;QD=61.1289;RBI=0.03568;REFB=0.0239619;REVB=0.0245076;RO=2;SAF=85;SAR=90;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104595;STB=0.505494;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00132502;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:179:182:2:2:175:180:0.989011:90:85:0:2:90:90:0:2 chr11 76637651 . G A 1599.56 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138293;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7852;QD=59.7966;RBI=0.0464013;REFB=0;REVB=0.0442926;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139682;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:48:58:0:0:49:58:0:0 chr11 76637680 . G A 1565.21 PASS AF=1;AO=94;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.081;QD=59.6269;RBI=0.0951941;REFB=0;REVB=-0.0166493;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127748;OID=.;OPOS=76637680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:94:105:1:46:48:0:0:47:58:0:0 chr11 76687399 . A C 1027.95 PASS AF=0.9125;AO=73;DP=80;FAO=73;FDP=80;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00658716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.614;QD=51.3974;RBI=0.0115607;REFB=-0.0417307;REVB=0.00950044;RO=5;SAF=31;SAR=42;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00305423;STB=0.50035;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00078718;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:80:80:5:7:73:73:0.9125:42:31:2:3:42:31:3:4 chr11 76701606 . G A 739.91 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.621;QD=56.9163;RBI=0.0297307;REFB=0;REVB=-0.00715283;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50682e-05;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr11 76709795 . G A 140.25 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.025066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.586;QD=12.7503;RBI=0.0252465;REFB=-0.00801622;REVB=0.00301394;RO=27;SAF=13;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368965;STB=0.712033;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.021476;OID=.;OPOS=76709795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:28:16:16:0.363636:3:13:14:13:3:13:15:13 chr11 76732308 . G A 1410.87 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162724;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.074;QD=62.7055;RBI=0.0193367;REFB=0;REVB=0.010446;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128192;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:53:36:0:0:53:37:0:0 chr11 76732949 . T C 224.21 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0298329;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=117.632;QD=42.7066;RBI=0.0496567;REFB=-0.107695;REVB=0.0396961;RO=2;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834716;STB=0.545407;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00594049;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:10:9:0:2:10:9:0:2 chr11 76733024 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00793865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=338.41;QD=43.4862;RBI=0.010428;REFB=0;REVB=0.0067617;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35802e-06;OID=.;OPOS=76733024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr11 76751541 . CT C 712.02 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.2261;QD=49.1046;RBI=0.0916353;REFB=0;REVB=-0.0730193;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00280318;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:58:58:58:0:33:25:0:0:13:0:33:23:0:0 chr11 76751584 . CT C,CG 1477.74 PASS AF=1,0;AO=93,7;DP=101;FAO=100,0;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53,0;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026187,0.00218536;FXX=0.00990001;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=232.347,210.655;QD=59.1098;RBI=0.0237426,0.109234;REFB=0,0;REVB=-0.0235978,-0.109212;RO=0;SAF=53,0;SAR=40,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.92821e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-4.29838e-06,0;OID=.,.;OPOS=76751585,76751585;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:93,7:101:100,0:100:0:53,0:47,0:0:0:8:0:53,0:40,7:0:0 chr11 76751587 . G A 541.86 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0214781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5773;QD=20.8409;RBI=0.0688518;REFB=-0.028263;REVB=0.0654161;RO=49;SAF=34;SAR=21;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147365;STB=0.581167;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0165873;OID=.;OPOS=76751587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:21:34:22:27:21:34:22:27 chr11 76751603 . CT C 1403.95 PASS AF=1;AO=111;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0742335;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.9108;QD=48.833;RBI=0.110314;REFB=0;REVB=-0.0816001;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00178008;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:111:117:115:115:0:62:53:0:0:25:0:59:52:0:0 chr11 76799004 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.637;QD=60.0308;RBI=0.0344772;REFB=0;REVB=0.0327875;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20874e-05;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:26:46:0:0:26:46:0:0 chr11 76814110 . G A 355.67 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0511322;FXX=0.0249969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.116;QD=18.2397;RBI=0.0527924;REFB=-0.044816;REVB=-0.0131353;RO=39;SAF=16;SAR=21;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944605;STB=0.562781;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.047705;OID=.;OPOS=76814110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:39:41:37:37:0.474359:21:16:13:26:21:16:13:28 chr11 76823673 . A G 684.35 PASS AF=0.615385;AO=64;DP=104;FAO=64;FDP=104;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0075179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.167;QD=26.3213;RBI=0.00785137;REFB=-0.00921674;REVB=0.0022639;RO=40;SAF=34;SAR=30;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197735;STB=0.60711;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0066596;OID=.;OPOS=76823673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:40:40:64:64:0.615385:30:34:10:30:30:34:10:30 chr11 76836864 . G A 1082.58 PASS AF=0.497717;AO=109;DP=215;FAO=109;FDP=219;FR=.;FRO=110;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=-0.00208051;FXX=0.00904936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.479;QD=19.7732;RBI=0.00250123;REFB=-0.0206177;REVB=-0.0013884;RO=105;SAF=58;SAR=51;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268258;STB=0.506735;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0172107;OID=.;OPOS=76836864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:219:105:110:109:109:0.497717:51:58:59:46:51:58:60:50 chr11 76928149 . A G 2968.6 PASS AF=0.9801;AO=197;DP=201;FAO=197;FDP=201;FR=.;FRO=4;FSAF=85;FSAR=112;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00600714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.076;QD=59.0765;RBI=0.0117324;REFB=-0.00194051;REVB=0.0100779;RO=4;SAF=85;SAR=112;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122762;STB=0.506448;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=4.16625e-05;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:201:201:4:4:197:197:0.9801:112:85:3:1:112:85:3:1 chr11 76954788 . T TA 747.93 PASS AF=1;AO=60;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.4073;QD=44.6523;RBI=0.0240775;REFB=0;REVB=-0.0160674;RO=5;SAF=26;SAR=34;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00491695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000150057;OID=.;OPOS=76954789;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:68:67:67:0:28:39:0:0:14:5:26:34:2:3 chr11 76954812 . T C 1080.18 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.702;QD=60.0098;RBI=0.025045;REFB=0;REVB=0.02193;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64431e-05;OID=.;OPOS=76954812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr11 76954833 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.371;QD=59.3229;RBI=0.0369632;REFB=0;REVB=0.0163671;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13452e-05;OID=.;OPOS=76954833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr11 77033699 . A G 1011.97 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403853;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.49;QD=59.5274;RBI=0.0410646;REFB=0;REVB=0.00743823;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120345;OID=.;OPOS=77033699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr11 77614592 . C T 35.62 PASS AF=0.09375;AO=10;DP=98;FAO=9;FDP=96;FR=.;FRO=87;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.00760194;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.679;QD=1.48434;RBI=0.0175884;REFB=-0.00160206;REVB=-0.0158607;RO=87;SAF=4;SAR=6;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203772;STB=0.702268;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00694063;OID=.;OPOS=77614592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:98:96:87:87:10:9:0.09375:6:4:50:37:6:3:49:38 chr11 77629132 . A AT 132.33 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00839665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.5574;QD=16.5413;RBI=0.0446916;REFB=0.0333624;REVB=0.0438958;RO=15;SAF=2;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379235;STB=0.691099;STBP=0.066;TYPE=ins;VARB=-0.0224157;OID=.;OPOS=77629133;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:18:33:18:32:14:2:16:5:9:84:15:2:16:6:9 chr11 77734209 . T C 554.76 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0249083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4182;QD=24.9331;RBI=0.0378928;REFB=-0.0123834;REVB=-0.0285559;RO=38;SAF=31;SAR=20;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195078;STB=0.510674;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00512027;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:51:51:0.573034:20:31:24:14:20:31:24:14 chr11 77790653 . T C 2923.01 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.101;QD=63.2002;RBI=0.0196073;REFB=0;REVB=-0.0177442;RO=0;SAF=94;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98353e-05;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:185:185:1:91:94:0:0:91:94:0:0 chr11 77937828 . G A 346.66 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0115961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.573;QD=14.7514;RBI=0.0339872;REFB=-0.00156401;REVB=0.0319477;RO=55;SAF=6;SAR=32;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457364;STB=0.767841;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00457454;OID=.;OPOS=77937828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:55:56:38:38:0.404255:32:6:29:26:32:6:30:26 chr11 78277277 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.205;QD=56.9568;RBI=0.0343292;REFB=0;REVB=0.0173092;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124614;OID=.;OPOS=78277277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr11 78279790 . T G 994.22 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.526;QD=57.6359;RBI=0.0330157;REFB=0.125797;REVB=-0.0043537;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011966;STB=0.506327;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000176911;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:39:29:0:1:39:29:0:1 chr11 78290350 . G A 1138.45 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135611;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.326;QD=60.7175;RBI=0.0571808;REFB=0;REVB=-0.0555494;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177036;OID=.;OPOS=78290350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr11 78364513 . A G 344.35 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0101094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.334;QD=13.1182;RBI=0.0105004;REFB=0.00506962;REVB=-0.00283887;RO=64;SAF=20;SAR=21;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968112;STB=0.554911;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0053261;OID=.;OPOS=78364513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:64:41:41:0.390476:21:20:37:27:21:20:37:27 chr11 78372536 . G A 545.58 PASS AF=0.421429;AO=58;DP=139;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0252029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.601;QD=15.588;RBI=0.0258352;REFB=-0.0268749;REVB=0.00568088;RO=81;SAF=35;SAR=23;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190391;STB=0.610132;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.037511;OID=.;OPOS=78372536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:81:81:58:59:0.421429:23:35:34:47:23:36:34:47 chr11 79133220 . T C 141.93 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0823555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4415;QD=13.8465;RBI=0.0830123;REFB=-0.0255783;REVB=-0.0104218;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113019;STB=0.565954;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0504248;OID=.;OPOS=79133220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:12:13:10:6:12:13 chr11 81264998 . G T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.31;QD=57.3853;RBI=0.0305886;REFB=0;REVB=0.0300063;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26334e-05;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr11 82443672 . C G 738.31 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0435194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8365;QD=54.6899;RBI=0.0435215;REFB=-0.107681;REVB=0.000423257;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016526;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00122111;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:28:24:0:1:29:24:0:1 chr11 82443817 . G A 668.64 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074318;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8064;QD=62.1986;RBI=0.077191;REFB=0;REVB=-0.0208635;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448816;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr11 82535963 . C T 923.43 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.282;QD=56.8267;RBI=0.0230787;REFB=0.0236019;REVB=-0.00658913;RO=1;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185161;STB=0.509801;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=5.19798e-05;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:25:39:0:1:25:39:0:1 chr11 84865697 . TA T 43.75 PASS AF=0.368421;AO=4;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.19754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.2017;QD=9.21065;RBI=0.209623;REFB=-0.0368223;REVB=0.0701414;RO=12;SAF=0;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.707566;STB=0.812575;STBP=0.059;TYPE=del;VARB=0.0763124;OID=.;OPOS=84865698;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:4:19:7:19:12:1:6:7:5:43:12:0:4:7:5 chr11 85195025 . A C 4409.06 PASS AF=0.964052;AO=293;DP=306;FAO=295;FDP=306;FR=.;FRO=11;FSAF=86;FSAR=209;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00375643;FXX=0.0064933;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.729;QD=57.6348;RBI=0.0289408;REFB=0.0278431;REVB=-0.0286959;RO=11;SAF=85;SAR=208;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136721;STB=0.507051;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0018636;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:306:306:11:11:293:295:0.964052:208:85:5:6:209:86:5:6 chr11 85195075 . T C 5523.54 PASS AF=0.960422;AO=364;DP=379;FAO=364;FDP=379;FR=.;FRO=15;FSAF=108;FSAR=256;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000458816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.981;QD=58.2959;RBI=0.0105171;REFB=-0.0171016;REVB=0.010507;RO=14;SAF=108;SAR=256;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229934;STB=0.514214;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00056362;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:379:379:14:15:364:364:0.960422:256:108:8:6:256:108:9:6 chr11 85195154 . A T 4853.43 PASS AF=0.975385;AO=313;DP=324;FAO=317;FDP=325;FR=.;FRO=8;FSAF=119;FSAR=198;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0318366;FXX=0.00611602;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.443;QD=59.7345;RBI=0.0598282;REFB=-0.0878954;REVB=0.0506542;RO=11;SAF=117;SAR=196;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118205;STB=0.503265;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00217794;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:324:325:11:8:313:317:0.975385:196:117:6:5:198:119:4:4 chr11 85195185 . T C 3006.2 PASS AF=0.974747;AO=192;DP=198;FAO=193;FDP=198;FR=.;FRO=5;FSAF=81;FSAR=112;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0221518;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.179;QD=60.7314;RBI=0.0308667;REFB=0.0033281;REVB=0.0214954;RO=5;SAF=81;SAR=111;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880592;STB=0.504666;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00010922;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:198:198:5:5:192:193:0.974747:111:81:3:2:112:81:3:2 chr11 85195190 . CA GG 2338.94 PASS AF=0.975309;AO=147;DP=151;FAO=158;FDP=162;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=94;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.000847703;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=281.819;QD=57.7517;RBI=0.0507756;REFB=-0.0860989;REVB=0.0507685;RO=4;SAF=64;SAR=83;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160737;STB=0.508805;STBP=0.168;TYPE=mnp;VARB=0.00099026;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:151:162:4:4:147:158:0.975309:83:64:3:1:94:64:3:1 chr11 85195226 . T C 700.8 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00424217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.137;QD=50.9673;RBI=0.0126452;REFB=-0.0285106;REVB=0.0119124;RO=2;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134251;STB=0.508056;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00273824;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:2:3:52:52:0.945455:27:25:1:1:27:25:1:2 chr11 85435730 . C T 1238.48 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.347;QD=59.6858;RBI=0.0719715;REFB=0;REVB=-0.0711523;RO=1;SAF=29;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208802;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:83:1:0:81:83:1:52:29:1:0:52:31:0:0 chr11 85436352 . G A 1502.27 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110039;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.313;QD=60.0906;RBI=0.0137813;REFB=0;REVB=0.00829699;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684068;OID=.;OPOS=85436352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:100:0:0:100:100:1:42:58:0:0:42:58:0:0 chr11 85436394 . T C 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00900268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.121;QD=59.833;RBI=0.0560667;REFB=0;REVB=0.0553392;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30352e-05;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:48:54:0:0:48:54:0:0 chr11 85436500 . T C 834.01 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0096239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.567;QD=57.518;RBI=0.0354528;REFB=0;REVB=0.0341216;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33031e-05;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:31:27:0:0 chr11 85436699 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.007;QD=60.8832;RBI=0.0463618;REFB=0;REVB=0.0408002;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83772e-05;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr11 85436868 . G C 1120.86 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.239;QD=58.9925;RBI=0.0294214;REFB=0;REVB=0.0161095;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00364658;OID=.;OPOS=85436868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:41:32:0:0:41:35:0:0 chr11 85437896 . A G 883.97 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365967;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.617;QD=56.1249;RBI=0.10195;REFB=0;REVB=0.0951555;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131511;OID=.;OPOS=85437896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:59:63:1:27:32:0:0:31:32:0:0 chr11 85437959 . T G 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0142139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.268;QD=19.9668;RBI=0.0412334;REFB=-0.00883318;REVB=0.038706;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155019;STB=0.594935;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00679729;OID=.;OPOS=85437959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:12:17:10:15:12:17:10:16 chr11 85447611 . T C 1084.25 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0362771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.318;QD=58.6079;RBI=0.0493638;REFB=-0.0489402;REVB=0.0334777;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129584;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000922812;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:36:37:0:1:36:37:0:1 chr11 85456703 . T C 1713.16 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5414;QD=60.6428;RBI=0.0558506;REFB=0;REVB=-0.0475283;RO=0;SAF=41;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010198;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:72:41:0:0:72:41:0:0 chr11 85692181 . A C 442.88 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0247766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2778;QD=16.2526;RBI=0.0249844;REFB=-0.00162487;REVB=0.00321554;RO=58;SAF=34;SAR=15;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184968;STB=0.596207;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00286898;OID=.;OPOS=85692181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:58:60:49:49:0.449541:15:34:30:28:15:34:32:28 chr11 85725937 . C T 324.2 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00389024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.029;QD=16.8414;RBI=0.0184276;REFB=-0.0160678;REVB=0.0180123;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415469;STB=0.515733;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.018042;OID=.;OPOS=85725937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:42:34:35:0.454545:18:16:18:24:19:16:18:24 chr11 86098680 . T C 307.35 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0186448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9548;QD=13.2194;RBI=0.0413786;REFB=-0.0126317;REVB=0.03694;RO=58;SAF=22;SAR=13;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19805;STB=0.613318;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0277668;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:13:22:26:32:13:22:26:32 chr11 86103767 . G A 385.71 PASS AF=0.377049;AO=45;DP=122;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.00655927;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.376;QD=12.6464;RBI=0.00983835;REFB=-0.01303;REVB=0.00733274;RO=75;SAF=15;SAR=30;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197235;STB=0.621327;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0194448;OID=.;OPOS=86103767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:75:76:45:46:0.377049:30:15:38:37:31:15:39:37 chr11 86123467 . G A 489.58 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0240167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.484;QD=17.0288;RBI=0.0244527;REFB=-0.00648539;REVB=-0.00459672;RO=61;SAF=26;SAR=27;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327028;STB=0.513774;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00784485;OID=.;OPOS=86123467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:62:53:53:0.46087:27:26:32:29:27:26:32:30 chr11 86161388 . C G 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=1.28513e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.399;QD=12.5627;RBI=0.010429;REFB=0.00114116;REVB=0.010429;RO=35;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16386;STB=0.594684;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00137924;OID=.;OPOS=86161388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:8:14:17:18:8:14:17:18 chr11 86175193 . A G 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.074;QD=63.8871;RBI=0.00497958;REFB=0;REVB=0.001432;RO=0;SAF=34;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.76468e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44396e-06;OID=.;OPOS=86175193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:63:34:0:0:63:34:0:0 chr11 86267633 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.875;QD=62.4653;RBI=0.0248599;REFB=0;REVB=0.0205771;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53792e-05;OID=.;OPOS=86267633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr11 86267714 . C A 1287.36 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00193526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.693;QD=60.5818;RBI=0.0154204;REFB=0.0484678;REVB=-0.0152985;RO=1;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108888;STB=0.505746;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000787059;OID=.;OPOS=86267714;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:43:41:0:1:43:41:0:1 chr11 86660886 . G A 1859.33 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.486;QD=61.4654;RBI=0.0187789;REFB=0;REVB=-0.0167944;RO=0;SAF=52;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26298e-05;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:69:52:0:0:69:52:0:0 chr11 87013438 . G A 1450.15 PASS AF=0.961905;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00681281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.563;QD=55.244;RBI=0.0107202;REFB=-0.0118999;REVB=0.00827695;RO=3;SAF=46;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116314;STB=0.50171;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00021598;OID=.;OPOS=87013438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:105:3:4:101:101:0.961905:55:46:2:1:55:46:2:2 chr11 87032287 . G C 276.08 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00190394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.167;QD=13.305;RBI=0.0144512;REFB=-0.0141565;REVB=-0.0143252;RO=51;SAF=11;SAR=21;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244197;STB=0.639668;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0216335;OID=.;OPOS=87032287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:21:11:29:22:21:11:29:22 chr11 87908411 . G A 569.15 PASS AF=0.554455;AO=55;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.00710802;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.971;QD=22.5407;RBI=0.00835109;REFB=-0.0155677;REVB=0.00438368;RO=45;SAF=28;SAR=27;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180572;STB=0.601371;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0106795;OID=.;OPOS=87908411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:45:55:56:0.554455:27:28:13:32:27:29:13:32 chr11 88045583 . A G 1510.78 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0178;QD=63.6119;RBI=0.0363572;REFB=0;REVB=0.0311898;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260086;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:56:39:0:0:56:39:0:0 chr11 88242024 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.268;QD=40.7629;RBI=0.0188367;REFB=0;REVB=0.0165734;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291729;OID=.;OPOS=88242024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr11 88645129 . T A 742.88 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0238917;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=299.387;QD=53.0625;RBI=0.0282329;REFB=-0.106434;REVB=0.0150426;RO=2;SAF=19;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010884;STB=0.505778;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000357403;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:35:19:1:1:35:19:1:1 chr11 89088168 . G A 454.83 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.012715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.766;QD=19.9926;RBI=0.0127337;REFB=-0.00234921;REVB=0.000689866;RO=45;SAF=12;SAR=33;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204767;STB=0.610032;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00237616;OID=.;OPOS=89088168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:45:46:45:45:0.494505:33:12:21:24:33:12:21:25 chr11 89133449 . C T 1500.41 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251697;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.307;QD=60.0165;RBI=0.0281674;REFB=0;REVB=0.0126446;RO=0;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799084;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:61:39:0:0:61:39:0:0 chr11 89774236 . C G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0501951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.124;QD=34.6654;RBI=0.0530572;REFB=-0.00498388;REVB=0.0171905;RO=1;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290714;STB=0.666259;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00450452;OID=.;OPOS=89774236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:9:1:1:0:9:1:1:0 chr11 89774448 . G A 257.24 PASS AF=1;AO=14;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9481;QD=51.4481;RBI=0.167462;REFB=0;REVB=0.149274;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00726932;OID=.;OPOS=89774448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:14:20:1:5:9:0:0:10:10:0:0 chr11 89868755 . G A 1803.71 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4818;QD=61.1426;RBI=0.0522151;REFB=0;REVB=-0.0400295;RO=0;SAF=37;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25313e-05;OID=.;OPOS=89868755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:81:37:0:0:81:37:0:0 chr11 89883661 . A G 1642.83 PASS AF=0.447028;AO=173;DP=387;FAO=173;FDP=387;FR=.;FRO=214;FSAF=77;FSAR=96;FSRF=116;FSRR=98;FWDB=0.0415357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3625;QD=16.9802;RBI=0.0425763;REFB=-0.0118448;REVB=-0.00935552;RO=211;SAF=77;SAR=96;SRF=116;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103989;STB=0.55363;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0153671;OID=.;OPOS=89883661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:387:211:214:173:173:0.447028:96:77:116:95:96:77:116:98 chr11 89916080 . G C 1641.85 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.029;QD=60.2514;RBI=0.0238441;REFB=0;REVB=0.0110996;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74895e-05;OID=.;OPOS=89916080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:52:57:0:0:52:57:0:0 chr11 89935586 . G T 1400.21 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00938189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4005;QD=61.5478;RBI=0.0147575;REFB=-0.0592737;REVB=-0.0113914;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00010465;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:51:39:0:0:51:39:0:1 chr11 89939448 . G A 505.88 PASS AF=0.923077;AO=34;DP=37;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00902394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6104;QD=51.8847;RBI=0.00949864;REFB=0.0102432;REVB=-0.00296522;RO=3;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00711519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0279489;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:39:3:3:34:36:0.923077:24:10:1:2:24:12:1:2 chr11 89955872 . A G 313.19 PASS AF=0.96;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0303724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5114;QD=50.1109;RBI=0.0319128;REFB=-0.111509;REVB=-0.00979519;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0040233;OID=.;OPOS=89955872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:0:1:24:24:0.96:15:9:0:0:15:9:1:0 chr11 91545212 . C G 452.21 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320124;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5323;QD=56.5257;RBI=0.0614282;REFB=0;REVB=0.0524274;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263452;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:17:13:0:0:19:13:0:0 chr11 92087959 . G A 449.1 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.000752252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.725;QD=21.3855;RBI=0.00334144;REFB=-0.00392427;REVB=0.00325567;RO=40;SAF=27;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143187;STB=0.579171;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0026828;OID=.;OPOS=92087959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:17:27:18:22:17:27:18:22 chr11 92088177 . C T 300.54 PASS AF=0.533333;AO=29;DP=56;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00664982;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.568;QD=20.0362;RBI=0.0107058;REFB=-0.0177556;REVB=0.00839016;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126706;STB=0.535692;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0226888;OID=.;OPOS=92088177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:27:28:29:32:0.533333:15:14:17:10:15:17:17:11 chr11 92531356 . A G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0123241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=367.355;QD=20.4561;RBI=0.0155347;REFB=-0.00875808;REVB=-0.00945751;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100831;STB=0.505697;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00833967;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:6:9:10:7:6:9 chr11 92534442 . A G 161.49 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0185827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.786;QD=18.9992;RBI=0.018583;REFB=-0.00358614;REVB=0.000108071;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843742;STB=0.566855;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00204007;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:5:11:13:4:6:11:13:4 chr11 92590448 . A G 1582.46 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.977;QD=59.7155;RBI=0.035873;REFB=0;REVB=0.0213922;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91882e-05;OID=.;OPOS=92590448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:52:52:0:0:54:52:0:0 chr11 92625457 . G A 464.54 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.368;QD=58.0677;RBI=0.0842527;REFB=0;REVB=-0.0693974;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235408;OID=.;OPOS=92625457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:19:13:0:0 chr11 92627848 . A G 2266.33 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.486;QD=63.3939;RBI=0.0326474;REFB=0;REVB=-0.00294923;RO=0;SAF=70;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08153e-05;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:141:143:1:71:70:0:0:72:71:0:0 chr11 92629305 . C T 1565.2 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0369;QD=59.6268;RBI=0.0317296;REFB=0;REVB=-0.0273705;RO=0;SAF=39;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.67097e-05;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:65:39:0:0:66:39:0:0 chr11 92629599 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9504;QD=40.762;RBI=0.031277;REFB=0;REVB=0.0311983;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642299;OID=.;OPOS=92629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr11 92705604 . A AT 35.68 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=31;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.013248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.7114;QD=4.75675;RBI=0.0458158;REFB=-0.110158;REVB=-0.0438586;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259258;STB=0.574472;STBP=0.635;TYPE=ins;VARB=0.168703;OID=.;OPOS=92705605;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:31:10:30:20:7:3:12:8:35:22:6:2:12:10 chr11 93085537 . T G 536.4 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.000911259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.358;QD=23.8399;RBI=0.0187013;REFB=0.00194195;REVB=0.0186791;RO=40;SAF=24;SAR=26;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162046;STB=0.508893;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00186033;OID=.;OPOS=93085537;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:26:24:20:20:26:24:20:20 chr11 93129483 . GA CG 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0202899;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=92.2295;QD=16.5342;RBI=0.0304296;REFB=-0.0235148;REVB=-0.0226777;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164933;STB=0.518498;STBP=0.88;TYPE=mnp;VARB=0.0393765;OID=.;OPOS=93129483;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:12:6:7:15:12:6:7:16 chr11 93141580 . C A 921.79 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.229;QD=57.6118;RBI=0.0349797;REFB=0;REVB=0.0212024;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58543e-05;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:64:0:0:58:64:1:38:20:0:0:41:23:0:0 chr11 93211764 . A G 1465.57 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325129;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7843;QD=58.6229;RBI=0.0342997;REFB=-0.0422556;REVB=0.0109262;RO=1;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012006;STB=0.506172;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00207639;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:98:99:0.99:39:59:0:1:40:59:0:1 chr11 93212254 . C T 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.551;QD=62.3144;RBI=0.0307064;REFB=0;REVB=0.0233954;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148644;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:47:39:0:0:47:39:0:0 chr11 93402096 . C A 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0522605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.214;QD=40.5905;RBI=0.0524172;REFB=0.0177711;REVB=0.00404979;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482085;STB=0.549942;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00381371;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:1:2:17:17:0.894737:8:9:1:0:8:9:2:0 chr11 93408831 . G A 1143.2 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201949;FXX=0.0384566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.203;QD=60.9709;RBI=0.0206878;REFB=0;REVB=-0.00448918;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012113;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:74:75:1:40:34:0:0:41:34:0:0 chr11 93425159 . C A 2569.76 PASS AF=1;AO=165;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275412;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0411;QD=61.9219;RBI=0.0292626;REFB=0;REVB=0.00988845;RO=0;SAF=80;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282369;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:166:0:0:165:166:1:85:80:0:0:86:80:0:0 chr11 93462607 . A T 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9751;QD=63.6145;RBI=0.0154237;REFB=0;REVB=0.0151773;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98987e-05;OID=.;OPOS=93462607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:53:42:0:0:53:42:0:0 chr11 93464175 . A C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.695;QD=63.5804;RBI=0.0636606;REFB=0;REVB=0.0601003;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410252;OID=.;OPOS=93464175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr11 93474570 . T A,TGCGTGA 1609.91 PASS AF=0.0458015,0.854962;AO=6,106;DP=136;FAO=6,112;FDP=131;FR=.;FRO=13;FSAF=6,75;FSAR=0,37;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.00366188,-0.00136424;FXX=0.00757518;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=81.0225,192.378;QD=49.1575;RBI=0.0149574,0.0159474;REFB=-0.0303151,-0.055774;REVB=0.0145022,0.0158889;RO=18;SAF=6,70;SAR=0,36;SRF=18;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.107684;STB=0.5,0.53987;STBP=1,0.021;TYPE=snp,ins;VARB=0.0369109,0.00613212;OID=.,.;OPOS=93474570,93474571;OREF=T,-;OALT=A,GCGTGA;OMAPALT=A,TGCGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:136:131:18:13:6,106:6,112:0.0458015,0.854962:0,36:6,70:18:0:0,37:6,75:13:0 chr11 93527861 . TGG TG,TGT 744.04 PASS AF=0.878378,0.121622;AO=24,9;DP=73;FAO=65,9;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0;FSAR=26,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.00431,0.0996314;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.5036,271.286;QD=40.2183;RBI=1.02045,0.103802;REFB=0,0;REVB=0.180758,-0.0291272;RO=40;SAF=2,0;SAR=22,9;SRF=37;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.319249,0;SSSB=-0.791286,-0.858677;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0160719,0.0910859;OID=.,.;OPOS=93527862,93527863;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.878378,0.121622:24,9:73:65,9:74:0:39,0:26,9:0:0:40:40:2,0:22,9:37:3 chr11 93797619 . A G 884.1 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0515029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2898;QD=53.5817;RBI=0.0713981;REFB=0.0988959;REVB=0.0494483;RO=2;SAF=27;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00386671;STB=0.504423;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00209479;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:2:3:62:63:0.954545:35:27:1:1:36:27:1:2 chr11 93844989 . C T 362.16 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0411463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4793;QD=18.8136;RBI=0.0519209;REFB=-0.0167275;REVB=-0.0316664;RO=38;SAF=14;SAR=23;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184091;STB=0.598988;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0211771;OID=.;OPOS=93844989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:39:37:38:0.493506:23:14:22:16:23:15:23:16 chr11 93845511 . A G 1510.0 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.33;QD=63.5791;RBI=0.0617996;REFB=0;REVB=0.0424503;RO=0;SAF=28;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145135;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:93:95:1:65:28:0:0:66:29:0:0 chr11 93862493 . A C 1805.67 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0596388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7961;QD=60.189;RBI=0.0730754;REFB=-0.0762463;REVB=-0.0422283;RO=1;SAF=68;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922233;STB=0.504854;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00139866;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:51:68:0:1:51:68:0:1 chr11 94225807 . C T 358.33 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00711348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.676;QD=17.0633;RBI=0.0174547;REFB=-0.00767468;REVB=-0.0159394;RO=46;SAF=21;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776571;STB=0.543456;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00809336;OID=.;OPOS=94225807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:17:21:29:17:17:21:29:17 chr11 94225920 . C T 407.99 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=39;FWDB=-0.0179894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7944;QD=17.7385;RBI=0.021816;REFB=0.00389719;REVB=0.0123417;RO=48;SAF=10;SAR=32;SRF=9;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696283;STB=0.513742;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00352648;OID=.;OPOS=94225920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:50:42:42:0.456522:32:10:9:39:32:10:11:39 chr11 94231257 . C G 220.17 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0087413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.663;QD=14.678;RBI=0.0141314;REFB=-0.016086;REVB=-0.0111034;RO=34;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337206;STB=0.519111;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0229701;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:16:10:12:22:16:10:12:22 chr11 94245740 . A G 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.0113251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.138;QD=18.7845;RBI=0.0115644;REFB=-0.0366366;REVB=0.00234046;RO=33;SAF=9;SAR=24;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712569;STB=0.539545;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0174818;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:24:9:7:26:24:9:7:26 chr11 94261255 . C G 2225.04 PASS AF=0.966443;AO=144;DP=149;FAO=144;FDP=149;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=81;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0250247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.961;QD=59.7325;RBI=0.0326242;REFB=-0.17746;REVB=0.0209309;RO=3;SAF=63;SAR=81;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221022;STB=0.519081;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000842115;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:149:149:3:5:144:144:0.966443:81:63:3:0:81:63:5:0 chr11 94533373 . C T 1025.41 PASS AF=0.386364;AO=118;DP=316;FAO=119;FDP=308;FR=.;FRO=189;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=100;FSRR=89;FWDB=-0.00600797;FXX=0.0314456;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.143;QD=13.3171;RBI=0.00636572;REFB=-0.00633974;REVB=0.00210398;RO=180;SAF=64;SAR=54;SRF=96;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979545;STB=0.510572;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0106203;OID=.;OPOS=94533373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:308:180:189:118:119:0.386364:54:64:96:84:54:65:100:89 chr11 94554837 . G A 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.01154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.396;QD=12.4136;RBI=0.0578011;REFB=-0.0416023;REVB=0.0566374;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985829;STB=0.54872;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0590748;OID=.;OPOS=94554837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:37:23:23:0.383333:13:10:18:16:13:10:19:18 chr11 94699507 . A AT,T 1762.71 PASS AF=1,0;AO=103,8;DP=126;FAO=122,0;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59,0;FSAR=63,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518245,-0.00194284;FXX=0.0317435;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.7512,257.729;QD=57.7938;RBI=0.11955,0.0329225;REFB=0,0;REVB=0.107733,-0.0328652;RO=9;SAF=44,8;SAR=59,0;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0539778,0.748953;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00258744,0;OID=.,.;OPOS=94699508,94699507;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:126:122:9:0:103,8:122,0:1,0:59,0:44,8:7:2:63,0:59,0:0:0 chr11 94731759 . G A 708.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.387;QD=62.9617;RBI=0.0271192;REFB=0;REVB=0.0265884;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210618;OID=.;OPOS=94731759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr11 94758838 . C T 241.21 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0249331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.847;QD=14.6189;RBI=0.0261455;REFB=0.00114864;REVB=-0.00786928;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00779225;STB=0.504422;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00248467;OID=.;OPOS=94758838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:16:12:16:22:16:12:16:22 chr11 94758844 . T C 47.32 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0208273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.448;QD=2.95737;RBI=0.0290573;REFB=-0.00391664;REVB=-0.020262;RO=54;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461554;STB=0.538922;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0172567;OID=.;OPOS=94758844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:54:55:9:9:0.140625:5:4:22:32:5:4:22:33 chr11 94758846 . A G 33.49 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.033086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9609;QD=2.09325;RBI=0.0333439;REFB=-0.00133513;REVB=-0.00413883;RO=57;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168418;STB=0.630676;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00767139;OID=.;OPOS=94758846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:57:57:7:7:0.109375:5:2:24:33:5:2:24:33 chr11 94760310 . GCCCC G,GC,GCCC 196.47 PASS AF=0.206349,0.0793651,0.428571;AO=10,6,19;DP=57;FAO=13,5,27;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=13,5,3;FSAR=0,0,24;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=-0.0464763,-0.0619269,-0.177578;FXX=0.0156226;HRUN=5,5,5;LEN=4,3,1;MLLD=31.7866,31.3141,7.8765;QD=12.4743;RBI=0.0473617,0.0630964,0.181019;REFB=-0.0468305,-0.0619623,-0.174218;REVB=-0.00911485,-0.012092,-0.0351276;RO=16;SAF=10,6,0;SAR=0,0,19;SRF=0;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0.326531,0.326531,0.326531;SSSB=0.869314,0.861835,0;STB=0.999354,0.999128,0.636286;STBP=0,0,0.324;TYPE=del,del,del;VARB=0.0252984,-0.0159623,-0.0331662;OID=.,.,.;OPOS=94760311,94760311,94760311;OREF=CCCC,CCC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=G,GC,GCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.206349,0.0793651,0.428571:10,6,19:57:13,5,27:63:18:13,5,3:0,0,24:0:18:52:16:10,6,0:0,0,19:0:16 chr11 94800902 . G GC 1068.51 PASS AF=1;AO=86;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0912089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.3812;QD=47.4895;RBI=0.0912352;REFB=0;REVB=-0.00218858;RO=1;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00133661;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:86:90:90:90:0:43:47:0:0:19:1:41:45:0:1 chr11 97716872 . A G 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0295989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.409;QD=25.2554;RBI=0.0298257;REFB=-0.0359847;REVB=0.00367155;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471163;STB=0.526285;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0224034;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:9:8:4:6:9:8:4:6 chr11 99690286 . T G 84.15 PASS AF=0.174419;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.00511895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.299;QD=3.91382;RBI=0.00526478;REFB=-0.00396112;REVB=-0.00123053;RO=71;SAF=9;SAR=6;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117653;STB=0.577361;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0234024;OID=.;OPOS=99690286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:86:86:71:71:15:15:0.174419:6:9:36:35:6:9:36:35 chr11 99690376 . C T 40.1 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0218906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.713;QD=2.00486;RBI=0.031317;REFB=-0.00801131;REVB=-0.0223954;RO=71;SAF=6;SAR=3;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160305;STB=0.620415;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0396689;OID=.;OPOS=99690376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:71:71:9:9:0.1125:3:6:38:33:3:6:38:33 chr11 99690428 . T G 40.26 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0091451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.644;QD=2.51654;RBI=0.061442;REFB=-0.00404148;REVB=-0.0607576;RO=56;SAF=5;SAR=3;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211448;STB=0.653469;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0175638;OID=.;OPOS=99690428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:56:56:8:8:0.125:3:5:25:31:3:5:25:31 chr11 100221580 . A C 194.31 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0438366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6967;QD=12.3371;RBI=0.062505;REFB=-0.00455292;REVB=0.0445559;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190557;STB=0.602323;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0091196;OID=.;OPOS=100221580;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:39:24:24:0.380952:15:9:21:17:15:9:21:18 chr11 100226883 . T A 494.95 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0043647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.011;QD=16.6369;RBI=0.0228883;REFB=-0.0391174;REVB=-0.0224682;RO=63;SAF=30;SAR=24;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463461;STB=0.526306;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0379999;OID=.;OPOS=100226883;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:65:54:54:0.453782:24:30:32:31:24:30:33:32 chr11 100512794 . G A 1043.88 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00089191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5638;QD=59.6501;RBI=0.0508315;REFB=0;REVB=0.0508237;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285262;OID=.;OPOS=100512794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr11 100792335 . G A 201.72 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0298364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.413;QD=13.6761;RBI=0.0298367;REFB=-0.0113697;REVB=0.000123542;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101325;STB=0.567628;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0115998;OID=.;OPOS=100792335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:15:9:16:18:15:9:17:18 chr11 100814570 . A G 564.99 PASS AF=0.409396;AO=61;DP=149;FAO=61;FDP=149;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=57;FWDB=-0.00381906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.071;QD=15.1676;RBI=0.00628913;REFB=-0.00597655;REVB=0.00499679;RO=88;SAF=31;SAR=30;SRF=31;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163909;STB=0.591808;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00896058;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:88:88:61:61:0.409396:30:31:31:57:30:31:31:57 chr11 100830579 . G A 292.85 PASS AF=0.350515;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.046588;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0308;QD=12.0761;RBI=0.0468206;REFB=-0.0188197;REVB=0.00466121;RO=63;SAF=18;SAR=16;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116164;STB=0.506695;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0260322;OID=.;OPOS=100830579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:63:63:34:34:0.350515:16:18:34:29:16:18:34:29 chr11 100846936 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.492;QD=56.1913;RBI=0.0323772;REFB=0;REVB=-0.026051;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72873e-05;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr11 100847050 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.078;QD=51.9164;RBI=0.0268583;REFB=0;REVB=0.0222901;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39431e-05;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr11 100847069 . G A 253.94 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.532;QD=50.7884;RBI=0.0386025;REFB=0;REVB=0.0200206;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576846;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:14:6:0:0 chr11 100863096 . A G 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00927642;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.073;QD=16.5331;RBI=0.0191458;REFB=-0.000799752;REVB=0.0167484;RO=43;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171596;STB=0.596309;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00125222;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:20:15:26:17:20:15:26:17 chr11 100863196 . T C 460.49 PASS AF=0.480392;AO=50;DP=103;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00342204;FXX=0.0097078;HRUN=6;LEN=1;MLLD=300.091;QD=18.0584;RBI=0.00448361;REFB=-0.0148161;REVB=-0.00289697;RO=52;SAF=28;SAR=22;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211887;STB=0.608498;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0126449;OID=.;OPOS=100863196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:52:53:50:49:0.480392:22:28:17:35:22:27:18:35 chr11 100863319 . A C 604.67 PASS AF=0.555556;AO=54;DP=98;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.020192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1322;QD=24.4312;RBI=0.0203902;REFB=0.0181024;REVB=0.0028361;RO=44;SAF=34;SAR=20;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218691;STB=0.622177;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.015827;OID=.;OPOS=100863319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:44:44:54:55:0.555556:20:34:16:28:20:35:16:28 chr11 100863354 . C A 418.2 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.000952409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0929;QD=17.4251;RBI=0.00882372;REFB=-0.0135247;REVB=-0.00877217;RO=53;SAF=16;SAR=27;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228335;STB=0.627847;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.014164;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:27:16:32:21:27:16:32:21 chr11 100863611 . G A 410.62 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.000957767;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.728;QD=14.6651;RBI=0.00384884;REFB=-0.0175507;REVB=-0.00372777;RO=64;SAF=22;SAR=25;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640228;STB=0.53986;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.023332;OID=.;OPOS=100863611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:65:47:47:0.419643:25:22:26:38:25:22:26:39 chr11 100863814 . T A 341.67 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0557452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0096;QD=18.4685;RBI=0.0713439;REFB=-0.0118904;REVB=-0.0445244;RO=37;SAF=12;SAR=24;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331918;STB=0.690162;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0104816;OID=.;OPOS=100863814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:24:12:26:11:24:12:27:11 chr11 100864367 . G A 577.2 PASS AF=0.422078;AO=65;DP=155;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=59;FWDB=0.00406314;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.27;QD=14.9922;RBI=0.0267688;REFB=-0.0176111;REVB=-0.0264587;RO=88;SAF=33;SAR=32;SRF=30;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171521;STB=0.598297;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0241233;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:88:89:65:65:0.422078:32:33:30:58:32:33:30:59 chr11 100909991 . T C 230.63 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0146265;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.767;QD=11.9807;RBI=0.0167078;REFB=-0.00275232;REVB=0.00807562;RO=49;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179265;STB=0.60258;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00483822;OID=.;OPOS=100909991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:49:49:28:28:0.363636:15:13:15:34:15:13:15:34 chr11 100921665 . C A 1556.25 PASS AF=0.483483;AO=141;DP=314;FAO=161;FDP=333;FR=.;FRO=172;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=97;FSRR=75;FWDB=0.010591;FXX=0.00299392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.007;QD=18.6937;RBI=0.0237707;REFB=-0.0202167;REVB=0.0212809;RO=170;SAF=62;SAR=79;SRF=97;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129043;STB=0.550558;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0226705;OID=.;OPOS=100921665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:333:170:172:141:161:0.483483:79:62:97:73:86:75:97:75 chr11 101454192 . G A 167.0 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.02106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3458;QD=23.0347;RBI=0.0517784;REFB=0.00508964;REVB=0.047302;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113857;STB=0.564025;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0011672;OID=.;OPOS=101454192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:6:11:6:6:6:11:6:6 chr11 101762079 . G GT 299.33 PASS AF=0.517241;AO=64;DP=171;FAO=90;FDP=174;FR=.;FRO=84;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0699547;FXX=0.00571396;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.63343;QD=6.88117;RBI=0.069984;REFB=-0.0234224;REVB=0.00202421;RO=84;SAF=34;SAR=30;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196921;STB=0.500768;STBP=0.987;TYPE=ins;VARB=0.00435674;OID=.;OPOS=101762080;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:64:171:90:174:84:47:43:44:40:99:84:34:30:43:41 chr11 101771248 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.109;QD=63.2868;RBI=0.00986901;REFB=0;REVB=-0.00489364;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64209e-05;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr11 101826949 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.587;QD=49.5992;RBI=0.0205772;REFB=0;REVB=0.0107267;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150714;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr11 101832478 . G T 125.77 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4762;QD=41.9235;RBI=0.0875338;REFB=0;REVB=-0.0722294;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00650317;OID=.;OPOS=101832478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:6:6:0:0 chr11 101832590 . C A 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0312171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.322;QD=25.4946;RBI=0.0379879;REFB=-0.0161209;REVB=-0.0216465;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127549;STB=0.571328;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00721405;OID=.;OPOS=101832590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:7:7:5:2:7:7:5:2 chr11 101832608 . T C 164.8 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.000542732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.797;QD=28.6616;RBI=0.00305107;REFB=-0.0291576;REVB=0.00300241;RO=4;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697671;STB=0.547428;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0187418;OID=.;OPOS=101832608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:21:23:4:7:16:16:0.695652:7:9:3:1:7:9:5:2 chr11 101832670 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.086564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.856;QD=10.8847;RBI=0.0877771;REFB=-0.00271761;REVB=-0.0145427;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469885;STB=0.52824;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00305676;OID=.;OPOS=101832670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:9:6:4:5:9:6 chr11 101833644 . C T 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00624404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.206;QD=53.3626;RBI=0.0178967;REFB=0.109667;REVB=0.0167722;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000218065;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:11:18:0:0:11:18:1:0 chr11 101857758 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.595;QD=57.6807;RBI=0.0328078;REFB=0;REVB=-0.0275677;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.62494e-05;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr11 102201848 . G A 1259.01 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00530258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.167;QD=61.4152;RBI=0.0154091;REFB=0;REVB=0.0144681;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97915e-06;OID=.;OPOS=102201848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:40:41:0:0:40:42:0:0 chr11 102318937 . T C 275.17 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00321695;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.247;QD=21.582;RBI=0.0326207;REFB=0.00742335;REVB=0.0324616;RO=23;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387028;STB=0.521466;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00976769;OID=.;OPOS=102318937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:11:17:15:8:11:17:15:8 chr11 102477377 . G T 1366.55 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.394;QD=62.1159;RBI=0.121144;REFB=0;REVB=0.10099;RO=0;SAF=29;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000958682;OID=.;OPOS=102477377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:58:29:0:0:59:29:0:0 chr11 102477395 . A G 1190.34 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.971;QD=61.0429;RBI=0.038617;REFB=0;REVB=-0.0176717;RO=0;SAF=22;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.12216e-05;OID=.;OPOS=102477395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:56:22:0:0:56:22:0:0 chr11 102495998 . T G 846.34 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616059;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2117;QD=57.3791;RBI=0.0865865;REFB=0;REVB=-0.0608435;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00536622;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:32:25:0:0:32:27:0:0 chr11 102563739 . C T 1195.13 PASS AF=0.902174;AO=83;DP=92;FAO=83;FDP=92;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0180064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.669;QD=51.9621;RBI=0.0241064;REFB=-0.0327368;REVB=-0.0160278;RO=9;SAF=36;SAR=47;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189139;STB=0.510022;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.000927028;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:92:92:9:9:83:83:0.902174:47:36:3:6:47:36:3:6 chr11 102567207 . T A 860.78 PASS AF=0.939394;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0298821;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.653;QD=52.1686;RBI=0.0557633;REFB=-0.0766191;REVB=0.0470808;RO=2;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255073;STB=0.505008;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00297028;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:67:66:2:4:62:62:0.939394:36:26:0:2:36:26:2:2 chr11 102576358 . T C 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.771;QD=59.6756;RBI=0.00943578;REFB=0;REVB=-0.00750068;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44731e-06;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr11 102576375 . G A 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0264275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0146;QD=16.1649;RBI=0.0682575;REFB=-0.00524215;REVB=-0.0629339;RO=41;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807096;STB=0.545427;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00504394;OID=.;OPOS=102576375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:15:18:19:22:15:18:19:22 chr11 102576382 . G A 297.86 PASS AF=0.44;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0235765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.654;QD=15.8861;RBI=0.0235772;REFB=-0.00775041;REVB=-0.000188252;RO=41;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128182;STB=0.565178;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0108325;OID=.;OPOS=102576382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:41:42:33:33:0.44:15:18:17:24:15:18:18:24 chr11 102587062 . G A 257.85 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00575808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2619;QD=21.0486;RBI=0.0082351;REFB=-0.0324694;REVB=-0.00588739;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174911;STB=0.509796;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0508738;OID=.;OPOS=102587062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:12:13:12:12:12:13:12:12 chr11 102593248 . T C 756.43 PASS AF=0.590164;AO=64;DP=122;FAO=72;FDP=122;FR=.;FRO=50;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0334408;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.3111;QD=24.8009;RBI=0.0573885;REFB=0.0190027;REVB=-0.0466385;RO=41;SAF=42;SAR=22;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213981;STB=0.590819;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0145845;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:41:50:64:72:0.590164:22:42:15:26:25:47:22:28 chr11 102595492 . G A 120.38 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0250934;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.724;QD=7.52373;RBI=0.0374781;REFB=-0.00419865;REVB=-0.0278376;RO=43;SAF=10;SAR=7;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787194;STB=0.555063;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0215569;OID=.;OPOS=102595492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:64:43:47:17:17:0.265625:7:10:28:15:7:10:31:16 chr11 102666316 . T C 903.1 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.352;QD=58.2646;RBI=0.0360185;REFB=0;REVB=0.0102884;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128299;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:36:25:0:0:36:26:0:0 chr11 102709425 . A G 1867.64 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714014;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.222;QD=61.7403;RBI=0.075357;REFB=0;REVB=0.024094;RO=0;SAF=60;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125676;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:60:60:0:0:60:61:0:0 chr11 102713465 . A G 1774.82 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.191;QD=60.6777;RBI=0.0161753;REFB=0;REVB=-0.00238477;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104572;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:115:117:1:57:58:0:0:57:60:0:0 chr11 102713620 . T C 649.11 PASS AF=0.918367;AO=44;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0589509;FXX=0.019996;HRUN=6;LEN=1;MLLD=59.4899;QD=52.9886;RBI=0.0620279;REFB=-0.155693;REVB=0.0192938;RO=2;SAF=23;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391107;STB=0.500907;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00424644;OID=.;OPOS=102713620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:49:49:2:4:44:45:0.918367:21:23:2:0:22:23:2:2 chr11 102738795 . G T 990.57 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1299;QD=59.1385;RBI=0.0580343;REFB=0;REVB=-0.0504425;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000740124;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:41:25:0:0:42:25:0:0 chr11 102962832 . G C 458.65 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0118282;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.847;QD=18.3461;RBI=0.0289482;REFB=-0.020349;REVB=0.0264214;RO=51;SAF=22;SAR=26;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252518;STB=0.5084;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0214325;OID=.;OPOS=102962832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:52:48:48:0.48:26:22:22:29:26:22:23:29 chr11 103229027 . T C 631.7 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.486;QD=61.6294;RBI=0.0288972;REFB=0;REVB=0.0228179;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07468e-05;OID=.;OPOS=103229027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr11 103275034 . G T 1567.14 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.4956;QD=57.5096;RBI=0.0620673;REFB=-0.10052;REVB=0.0506984;RO=3;SAF=44;SAR=52;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312359;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247388;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:99:109:3:0:96:109:1:52:44:3:0:59:50:0:0 chr11 103277984 . G T 867.87 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2324;QD=57.8577;RBI=0.0549852;REFB=0;REVB=0.0530258;RO=0;SAF=18;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420066;OID=.;OPOS=103277984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:42:18:0:0:42:18:0:0 chr11 103278082 . AC A,AG 862.82 PASS AF=0.0983607,0.901639;AO=19,41;DP=62;FAO=6,55;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=5,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321848,0.0325158;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.084,176.351;QD=56.5784;RBI=0.0399087,0.0328195;REFB=0,0;REVB=-0.0235976,-0.00445402;RO=0;SAF=6,15;SAR=13,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.851e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0457474,0.00820602;OID=.,.;OPOS=103278083,103278083;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0983607,0.901639:19,41:62:6,55:61:0:1,20:5,35:0:0:15:0:6,15:13,26:0:0 chr11 103278129 . C CTCTA 543.64 PASS AF=0.869565;AO=37;DP=49;FAO=40;FDP=46;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0121316;FXX=0.061212;HRUN=2;LEN=4;MLLD=326.573;QD=47.2726;RBI=0.0175674;REFB=-0.00899708;REVB=0.0127059;RO=7;SAF=11;SAR=26;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138304;STB=0.549018;STBP=0.102;TYPE=ins;VARB=0.0008214;OID=.;OPOS=103278130;OREF=-;OALT=TCTA;OMAPALT=CTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.869565:37:49:40:46:6:13:27:4:2:34:7:11:26:5:2 chr11 103279098 . C T 1755.53 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046944;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2862;QD=61.0617;RBI=0.0660888;REFB=0;REVB=-0.0465187;RO=0;SAF=46;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394158;OID=.;OPOS=103279098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:115:115:1:69:46:0:0:69:46:0:0 chr11 103908735 . G A 274.22 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00603997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.097;QD=24.9293;RBI=0.00813292;REFB=-0.0421074;REVB=0.00544639;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161318;STB=0.595252;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0242685;OID=.;OPOS=103908735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:24:25:0.568182:16:8:10:9:17:8:10:9 chr11 103908968 . C T 184.23 PASS AF=0.5;AO=17;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0105893;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.76;QD=19.3923;RBI=0.0196183;REFB=-0.0279409;REVB=0.016515;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368113;STB=0.693665;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0239949;OID=.;OPOS=103908968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:19:17:19:0.5:13:4:12:8:14:5:12:7 chr11 103909897 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0463977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.915;QD=16.1192;RBI=0.0492594;REFB=0.00105795;REVB=0.016545;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309193;STB=0.677144;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.000314301;OID=.;OPOS=103909897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:10:3:7:5:10:3 chr11 104758035 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3047;QD=60.2298;RBI=0.0369357;REFB=0;REVB=-0.00289597;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467558;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr11 104761100 . T C 382.56 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00853987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.847;QD=52.7672;RBI=0.0449019;REFB=-0.00647685;REVB=0.0440823;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000326321;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:13:15:0:0:13:15:0:1 chr11 104761206 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1613;QD=56.9381;RBI=0.0370097;REFB=0;REVB=-0.036633;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398028;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr11 104763117 . G A 1324.17 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134236;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.872;QD=62.314;RBI=0.015923;REFB=0;REVB=0.0158664;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33439e-05;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr11 104763716 . A G 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.293;QD=62.3147;RBI=0.0191679;REFB=0;REVB=0.00127625;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25009e-05;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:53:33:0:0:53:33:0:0 chr11 104768000 . G A,T 743.84 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=44,3;DP=47;FAO=45,3;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14,3;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353781,-0.0363053;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.9587,32.3234;QD=61.9867;RBI=0.050176,0.0391285;REFB=0,0;REVB=0.0355811,0.0145933;RO=0;SAF=14,3;SAR=30,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00947613,0.0591527;OID=.,.;OPOS=104768000,104768000;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:47:48:0:0:44,3:45,3:0.9375,0.0625:30,0:14,3:0:0:31,0:14,3:0:0 chr11 104768098 . T C 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.645;QD=57.8828;RBI=0.0664211;REFB=0;REVB=0.064057;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531208;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr11 104819327 . T C 1331.93 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.002;QD=61.9504;RBI=0.0186936;REFB=0;REVB=0.00794933;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89798e-05;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:39:46:0:0:40:46:0:0 chr11 104839221 . AA AG,GG 868.97 PASS AF=0.920635,0.0634921;AO=58,4;DP=63;FAO=58,4;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33,0;FSAR=25,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023632,0.0279232;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=205.502,164.016;QD=55.1729;RBI=0.023738,0.0288082;REFB=-0.0294651,-0.021441;REVB=0.00224024,0.00708564;RO=0;SAF=33,0;SAR=25,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.50746,0.995941;STBP=0.509,0.078;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000993174,-0.0193303;OID=.,.;OPOS=104839222,104839221;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:63:63:0:1:58,4:58,4:0.920635,0.0634921:25,4:33,0:0:0:25,4:33,0:1:0 chr11 104869708 . G C 1581.45 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2516;QD=63.258;RBI=0.0417375;REFB=0;REVB=0.0367144;RO=0;SAF=30;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026578;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:97:100:1:67:30:0:0:69:31:0:0 chr11 104971459 . C T 625.4 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0327622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.509;QD=25.7898;RBI=0.0327939;REFB=-0.0215657;REVB=-0.00144256;RO=41;SAF=25;SAR=31;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442064;STB=0.52414;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0125217;OID=.;OPOS=104971459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:41:56:56:0.57732:31:25:16:25:31:25:16:25 chr11 105223502 . T C 370.02 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0378588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8429;QD=19.7343;RBI=0.0471335;REFB=-0.0117623;REVB=-0.0280763;RO=36;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257519;STB=0.507039;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0103674;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:37:38:38:0.506667:20:18:16:20:20:18:17:20 chr11 105878844 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00273838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.336;QD=18.3451;RBI=0.00375697;REFB=-0.00877107;REVB=-0.00257218;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765705;STB=0.543573;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00671613;OID=.;OPOS=105878844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:10:8:9:8:10:8 chr11 105969250 . GTTTTTTTT GTTTTTTTA,GTTTTTTT 394.65 PASS AF=0.557692,0.442308;AO=24,10;DP=52;FAO=29,23;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=10,13;FSAR=19,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100137,0.13973;FXX=0.0188644;HRUN=12,12;LEN=1,1;MLLD=179.589,3.16055;QD=30.3574;RBI=0.0192837,0.222328;REFB=0,0;REVB=-0.0192577,-0.172931;RO=5;SAF=7,5;SAR=17,5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.241143,-0.295997;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0196205,-0.217358;OID=.,.;OPOS=105969258,105969251;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GTTTTTTTA,GTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.557692,0.442308:24,10:52:29,23:52:0:10,13:19,10:0:0:99:5:7,5:17,5:5:0 chr11 107197640 . T C 521.74 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00259656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.054;QD=18.4686;RBI=0.0353556;REFB=-0.00616822;REVB=0.0352602;RO=58;SAF=30;SAR=25;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741034;STB=0.541048;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00594453;OID=.;OPOS=107197640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:55:55:0.486726:25:30:27:31:25:30:27:31 chr11 107381765 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0255566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.346;QD=12.482;RBI=0.0280673;REFB=-0.0287662;REVB=-0.0116033;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206538;STB=0.512175;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0260086;OID=.;OPOS=107381765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:6:13:8:4:6:13 chr11 107420530 . A G 294.51 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0323671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.502;QD=15.1033;RBI=0.0433314;REFB=-0.0113266;REVB=0.0288094;RO=45;SAF=15;SAR=18;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351645;STB=0.519894;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0142701;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:18:15:22:23:18:15:22:23 chr11 107578721 . C G 746.71 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.476;QD=63.5495;RBI=0.13541;REFB=0;REVB=-0.00732392;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339735;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr11 107729458 . TGGGGC TCGGGC,TGGGC,TGGGCG 38.7 PASS AF=0,0.15625,0.125;AO=2,6,3;DP=32;FAO=0,5,4;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=0,4,4;FSAR=0,1,0;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0246286,-0.0159933,-0.0163684;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=109.857,13.7494,28.0388;QD=4.83793;RBI=0.0383817,0.035334,0.024005;REFB=-0.013069,-0.0844035,-0.0527326;REVB=-0.0294378,-0.0315072,-0.0175588;RO=20;SAF=1,4,3;SAR=1,2,0;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.3,0;SSSB=0.0981437,0.304021,0.633891;STB=0.5,0.820691,0.997599;STBP=1,0.175,0.016;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.102377,0.151652,0.0662877;OID=.,.,.;OPOS=107729459,107729459,107729462;OREF=G,G,GC;OALT=C,-,CG;OMAPALT=TCGGGC,TGGGC,TGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.15625,0.125:2,6,3:32:0,5,4:32:23:0,4,4:0,1,0:9:14:17:20:1,4,3:1,2,0:8:12 chr11 107799426 . C A 588.08 PASS AF=0.641975;AO=52;DP=81;FAO=52;FDP=81;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0395651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.044;QD=29.0409;RBI=0.044707;REFB=-0.0221565;REVB=0.0208165;RO=26;SAF=22;SAR=30;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489037;STB=0.541856;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0142366;OID=.;OPOS=107799426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:26:29:52:52:0.641975:30:22:9:17:30:22:9:20 chr11 107917087 . A G 233.48 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0196578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6029;QD=15.0635;RBI=0.0205616;REFB=-0.0130953;REVB=-0.00602909;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113912;STB=0.558095;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.020264;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:18:9:15:19:18:9:15:20 chr11 108043155 . C G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0205565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.864;QD=16.5273;RBI=0.0207831;REFB=-0.0127186;REVB=0.00306032;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068086;STB=0.538431;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0122689;OID=.;OPOS=108043155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:13:16:12:13:13:16 chr11 108043988 . C T 765.58 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238892;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7994;QD=62.4961;RBI=0.0350151;REFB=0;REVB=0.0256001;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684903;OID=.;OPOS=108043988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:46:49:1:26:20:0:0:28:21:0:0 chr11 108093208 . A T 1511.92 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.715;QD=63.6597;RBI=0.0376336;REFB=0;REVB=0.0209315;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49026e-05;OID=.;OPOS=108093208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:91:95:1:45:46:0:0:46:49:0:0 chr11 108183167 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.137;QD=60.2304;RBI=0.0474583;REFB=0;REVB=0.0365445;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141751;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr11 108345515 . G GA 1071.46 PASS AF=1;AO=86;DP=92;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101337;FXX=0.0224694;HRUN=0;LEN=1;MLLD=215.991;QD=49.2625;RBI=0.0247602;REFB=0;REVB=0.0225915;RO=5;SAF=48;SAR=38;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468331;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000626634;OID=.;OPOS=108345516;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:86:92:87:87:0:49:38:0:0:19:5:48:38:5:0 chr11 108380335 . T C 710.29 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.17;QD=54.6376;RBI=0.0259574;REFB=-0.121109;REVB=0.00490301;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000714024;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:25:26:0:0:25:26:1:0 chr11 108464209 . T C 421.34 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00429204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.162;QD=23.4075;RBI=0.0318995;REFB=-0.0269934;REVB=-0.0316094;RO=30;SAF=9;SAR=32;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2075;STB=0.609994;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0237198;OID=.;OPOS=108464209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:31:41:41:0.569444:32:9:13:17:32:9:13:18 chr11 109296550 . A G 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.013214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1067;QD=26.4131;RBI=0.058508;REFB=-0.0561197;REVB=-0.0569962;RO=17;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065676;STB=0.536369;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0356098;OID=.;OPOS=109296550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:14:11:9:8:14:11:9:8 chr11 109298127 . T G 204.49 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00415038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.77;QD=22.7212;RBI=0.00772033;REFB=-0.0146851;REVB=0.00650982;RO=16;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123949;OID=.;OPOS=109298127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:5:15:12:4:5:15:12:4 chr11 110035262 . A G 401.37 PASS AF=0.540541;AO=38;DP=72;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0221074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.795;QD=21.6955;RBI=0.0250971;REFB=-0.0107518;REVB=0.0118796;RO=34;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451412;STB=0.534866;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.010002;OID=.;OPOS=110035262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:34:34:38:40:0.540541:21:17:17:17:23:17:17:17 chr11 110035301 . A G 286.24 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.000118059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.795;QD=18.1741;RBI=0.00560611;REFB=-0.0205356;REVB=0.00560487;RO=31;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288841;STB=0.508191;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0322907;OID=.;OPOS=110035301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:15:16:15:16:15:16:16:16 chr11 110582400 . C A 282.37 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.030288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.939;QD=28.9609;RBI=0.0484213;REFB=-0.0662908;REVB=0.0377791;RO=14;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192918;STB=0.51063;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0308295;OID=.;OPOS=110582400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:10:15:8:6:10:15:8:6 chr11 111164651 . T C 1693.55 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139833;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.566;QD=60.4839;RBI=0.0264941;REFB=-0.0507969;REVB=0.0225035;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0416e-05;OID=.;OPOS=111164651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:115:112:0:0:112:112:1:60:52:0:0:60:52:0:0 chr11 111167557 . A C 565.26 PASS AF=0.928571;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0036212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.45;QD=53.8345;RBI=0.0225894;REFB=-0.103518;REVB=0.0222972;RO=3;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800838;STB=0.54052;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00101408;OID=.;OPOS=111167557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:42:3:3:38:39:0.928571:16:22:0:3:17:22:0:3 chr11 111167776 . C G 858.07 PASS AF=0.939394;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0051623;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.257;QD=52.004;RBI=0.00689123;REFB=-0.0734565;REVB=0.00456506;RO=4;SAF=26;SAR=36;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672739;STB=0.535703;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000361225;OID=.;OPOS=111167776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:66:66:4:4:62:62:0.939394:36:26:4:0:36:26:4:0 chr11 111167792 . T G 827.9 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0618939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.996;QD=54.2883;RBI=0.068698;REFB=-0.111984;REVB=-0.0298088;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177973;STB=0.508769;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0016547;OID=.;OPOS=111167792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:61:1:1:58:60:0.983607:32:26:1:0:32:28:1:0 chr11 111168767 . C T 1286.88 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234079;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.579;QD=62.0185;RBI=0.0254573;REFB=0;REVB=-0.010007;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50737e-05;OID=.;OPOS=111168767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr11 111179054 . A G 37.7 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.00153678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.32;QD=8.87015;RBI=0.0153394;REFB=-0.0231671;REVB=0.0152623;RO=11;SAF=5;SAR=0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.761425;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0231473;OID=.;OPOS=111179054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:11:11:5:6:0.352941:0:5:11:0:1:5:11:0 chr11 111324303 . G C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.022771;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=157.391;QD=20.4858;RBI=0.0234405;REFB=0.00617721;REVB=0.00556212;RO=11;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888212;STB=0.549934;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0042726;OID=.;OPOS=111324303;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:2:12:10:1:2:12:10:1 chr11 111325007 . C T 243.49 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525471;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9204;QD=51.2613;RBI=0.0416317;REFB=0;REVB=-0.0412988;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000684036;OID=.;OPOS=111325007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:14:4:0:0:15:4:0:0 chr11 111327213 . G A 321.73 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.984;QD=53.6223;RBI=0.0694838;REFB=0;REVB=-0.00212697;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106913;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:14:7:0:0:14:10:0:0 chr11 111368047 . G T 672.02 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00934126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.019;QD=52.7072;RBI=0.0232429;REFB=-0.11467;REVB=-0.0212832;RO=2;SAF=23;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391734;STB=0.520825;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00120511;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:26:23:2:0:26:23:2:0 chr11 111420364 . A G 1523.41 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.724;QD=59.7417;RBI=0.0458811;REFB=0;REVB=0.0366851;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.443e-05;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:62:40:0:0:62:40:0:0 chr11 111431656 . GAAT G 693.32 PASS AF=0.888889;AO=63;DP=73;FAO=64;FDP=72;FR=.;FRO=8;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0188451;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=3;MLLD=285.325;QD=38.518;RBI=0.0189366;REFB=-0.0511114;REVB=0.00185946;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513291;STBP=0.556;TYPE=del;VARB=0.00589319;OID=.;OPOS=111431657;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:63:73:64:72:8:41:23:6:2:17:0:41:22:0:0 chr11 111553893 . T C 664.09 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.075;QD=60.3721;RBI=0.0381113;REFB=-0.0765189;REVB=0.0331562;RO=1;SAF=27;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170778;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125201;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:1:0:43:44:1:16:27:1:0:16:28:0:0 chr11 111724133 . C T 579.49 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100416;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3758;QD=60.9988;RBI=0.0176866;REFB=0;REVB=-0.0145597;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041777;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr11 111747297 . A G 566.18 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00624713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2542;QD=21.3651;RBI=0.0244282;REFB=0.0256915;REVB=-0.0236159;RO=48;SAF=17;SAR=40;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111583;STB=0.567987;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0268582;OID=.;OPOS=111747297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:48:49:57:57:0.537736:40:17:20:28:40:17:21:28 chr11 111749349 . A T 962.48 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.435;QD=58.3322;RBI=0.0203277;REFB=0;REVB=0.0188756;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34501e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:41:24:0:0:42:24:0:0 chr11 111754542 . G T 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00762827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.689;QD=12.0244;RBI=0.00791179;REFB=-0.0107928;REVB=0.00209902;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735466;STB=0.543407;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.013616;OID=.;OPOS=111754542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:13:7:5:7:13:7 chr11 111795085 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.972;QD=37.4885;RBI=0.11751;REFB=0;REVB=0.0568581;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000949299;OID=.;OPOS=111795085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr11 111848531 . C T 976.89 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.071;QD=57.4644;RBI=0.0463768;REFB=-0.143019;REVB=0.0126636;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141028;STB=0.507244;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00185283;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:33:33:1:0:33:34:1:0 chr11 111853106 . G GC 480.76 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.0782;QD=46.9033;RBI=0.195694;REFB=0;REVB=-0.00729463;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00550393;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:41:41:41:0:14:27:0:0:9:0:14:27:0:0 chr11 111896324 . C T 1042.34 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.657;QD=59.5623;RBI=0.0364107;REFB=0;REVB=0.0270909;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48017e-05;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:33:37:0:0 chr11 111908162 . T C 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6365;QD=64.4119;RBI=0.0202929;REFB=0;REVB=0.0191222;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235033;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr11 111916647 . G A 711.33 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0320453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3463;QD=52.691;RBI=0.0495066;REFB=-0.0252917;REVB=-0.0377359;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200378;STB=0.502164;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000362898;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:52:52:0.962963:23:29:0:1:23:29:1:1 chr11 111956989 . C A 1486.76 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.495;QD=58.8815;RBI=0.0527368;REFB=0;REVB=0.0524752;RO=0;SAF=63;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67883e-05;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:101:0:0:96:101:1:33:63:0:0:36:65:0:0 chr11 112065434 . T C 1471.96 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.46;QD=63.3103;RBI=0.01726;REFB=0;REVB=0.0171241;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83013e-05;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:43:49:0:0:43:50:0:0 chr11 112088499 . A C 2274.18 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1816;QD=63.6135;RBI=0.117113;REFB=0;REVB=0.114161;RO=0;SAF=81;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599997;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:62:81:0:0:62:81:0:0 chr11 112123095 . A G 900.36 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7286;QD=57.166;RBI=0.0732206;REFB=0;REVB=-0.0664508;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869749;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:29:31:0:0:31:32:0:0 chr11 112223299 . G A 147.79 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0138431;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.447;QD=8.95679;RBI=0.0241955;REFB=-0.010133;REVB=-0.0198442;RO=44;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136421;STB=0.594502;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0240097;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:46:20:20:0.30303:9:11:19:25:9:11:19:27 chr11 112832339 . GC G 438.75 PASS AF=1;AO=34;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312642;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.6422;QD=48.7495;RBI=0.0382943;REFB=0;REVB=-0.0221134;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0018584;OID=.;OPOS=112832340;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:37:36:36:0:25:11:0:0:8:0:24:10:0:0 chr11 112832353 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.06;QD=59.4356;RBI=0.00513136;REFB=0;REVB=0.000791883;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71315e-05;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr11 112832358 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.084;QD=58.5878;RBI=0.0142918;REFB=0;REVB=-0.0069848;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35185e-05;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr11 113103996 . T G 616.8 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=52;FWDB=-0.0221408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3707;QD=17.7496;RBI=0.0224463;REFB=-0.0191885;REVB=-0.00369045;RO=75;SAF=31;SAR=33;SRF=23;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174504;STB=0.59653;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0402373;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:75:75:64:64:0.460432:33:31:23:52:33:31:23:52 chr11 113113515 . G A 399.05 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0264677;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.676;QD=23.4738;RBI=0.0340087;REFB=-0.037074;REVB=-0.0213554;RO=29;SAF=25;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454837;STB=0.525027;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.023442;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:29:29:39:39:0.573529:14:25:17:12:14:25:17:12 chr11 113194168 . A C 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00849034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.836;QD=19.4671;RBI=0.00973615;REFB=-0.0210342;REVB=0.00476515;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178316;STB=0.60117;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0138543;OID=.;OPOS=113194168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:15:7:12:12:15:7:12:12 chr11 113200709 . G A 826.17 PASS AF=0.5;AO=84;DP=168;FAO=84;FDP=168;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=56;FWDB=0.0108017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.515;QD=19.6707;RBI=0.0129146;REFB=-0.0105385;REVB=-0.00707881;RO=84;SAF=35;SAR=49;SRF=28;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791626;STB=0.543468;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00945472;OID=.;OPOS=113200709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:84:84:84:84:0.5:49:35:28:56:49:35:28:56 chr11 113212553 . T C 297.43 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00394075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.782;QD=13.3676;RBI=0.04239;REFB=-0.00650867;REVB=-0.0422064;RO=55;SAF=20;SAR=14;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131722;STB=0.50752;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00909957;OID=.;OPOS=113212553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:14:20:33:22:14:20:33:22 chr11 113212646 . C T 324.14 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0102936;FXX=0.048539;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.79;QD=13.23;RBI=0.0168019;REFB=-0.0267235;REVB=0.0132795;RO=59;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110789;STB=0.501628;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.037669;OID=.;OPOS=113212646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:98:59:60:38:38:0.387755:21:17:27:32:21:17:27:33 chr11 113264272 . T C 583.54 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0102365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.011;QD=22.23;RBI=0.064529;REFB=-0.00520319;REVB=0.0637119;RO=47;SAF=32;SAR=26;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721356;STB=0.539478;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00427643;OID=.;OPOS=113264272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:47:58:58:0.552381:26:32:30:17:26:32:30:17 chr11 113264467 . C T 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0458262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.953;QD=21.3764;RBI=0.0478045;REFB=0.00606305;REVB=-0.0136099;RO=22;SAF=4;SAR=19;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319261;STB=0.681871;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0468257;OID=.;OPOS=113264467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:19:4:10:12:19:4:10:12 chr11 113264470 . A C 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0109994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.372;QD=21.1302;RBI=0.0110484;REFB=-0.00679461;REVB=-0.00103935;RO=21;SAF=4;SAR=18;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3239;STB=0.684593;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00588225;OID=.;OPOS=113264470;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:18:4:10:11:18:4:10:11 chr11 113266821 . G A 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00551203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.068;QD=10.1483;RBI=0.00554411;REFB=-0.0108014;REVB=-0.00059554;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105783;STB=0.561743;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0250548;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:12:10:16:28:12:10:16:28 chr11 113270015 . G C 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0710878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4449;QD=13.774;RBI=0.0762885;REFB=0.00448481;REVB=0.027685;RO=31;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171497;STB=0.599893;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00775357;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:15:5:12:19:15:5:12:19 chr11 113270374 . C T 2014.82 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.728;QD=61.5212;RBI=0.109347;REFB=-0.0625309;REVB=0.107111;RO=1;SAF=79;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940947;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473838;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:131:131:1:0:129:131:1:50:79:0:1:51:80:0:0 chr11 113270828 . G A 451.43 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=111;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00162761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6741;QD=16.1226;RBI=0.0158245;REFB=-0.00640854;REVB=0.0157406;RO=62;SAF=21;SAR=28;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593182;STB=0.539121;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0097199;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:62:62:49:50:0.446429:28:21:23:39:28:22:23:39 chr11 113283477 . A G 442.94 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0199279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.493;QD=22.715;RBI=0.0227258;REFB=-0.0159429;REVB=0.0109242;RO=35;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908714;STB=0.549977;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0190006;OID=.;OPOS=113283477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:22:21:21:14:22:21:21:14 chr11 113283484 . G C 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0144109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.015;QD=18.9386;RBI=0.0170266;REFB=-0.016626;REVB=-0.00906821;RO=29;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117377;STB=0.565176;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0168701;OID=.;OPOS=113283484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:12:18:21:8:12:18:21:8 chr11 113561054 . A G 2277.57 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226963;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.311;QD=63.7081;RBI=0.0229388;REFB=0;REVB=-0.00332692;RO=0;SAF=76;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60675e-06;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:67:76:0:0:67:76:0:0 chr11 113561057 . A G 2221.21 PASS AF=0.986111;AO=141;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0264753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.217;QD=61.7003;RBI=0.036324;REFB=-0.113322;REVB=0.0248694;RO=3;SAF=74;SAR=67;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563254;STB=0.506666;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00106137;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:144:144:3:2:141:142:0.986111:67:74:2:1:68:74:2:0 chr11 113570405 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.013;QD=51.1842;RBI=0.0920811;REFB=0;REVB=0.0809767;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010323;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr11 113570852 . C T 683.64 PASS AF=0.980769;AO=47;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.403;QD=52.5878;RBI=0.0341951;REFB=-0.0952742;REVB=0.00572969;RO=2;SAF=19;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046957;STB=0.511623;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000581688;OID=.;OPOS=113570852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:52:2:1:47:51:0.980769:28:19:2:0:30:21:1:0 chr11 113576932 . A G 766.27 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.453;QD=63.8555;RBI=0.117358;REFB=0;REVB=0.0777788;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000753692;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr11 113668757 . C CAT 199.37 PASS AF=0.730769;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0282617;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.716;QD=30.6729;RBI=0.0370777;REFB=-0.072171;REVB=0.0240008;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018107;STB=0.550967;STBP=0.401;TYPE=ins;VARB=0.0116845;OID=.;OPOS=113668758;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.730769:18:33:19:26:7:10:9:5:2:46:15:10:8:8:7 chr11 113670052 . T A 582.56 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0044464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.793;QD=58.2563;RBI=0.0282889;REFB=-0.140042;REVB=0.0279373;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.515144;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000676654;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:16:23:0:0:16:23:0:1 chr11 113679119 . C T 555.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.978;QD=60.0529;RBI=0.0394498;REFB=0;REVB=0.0293036;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9761e-05;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:22:15:0:0 chr11 113698002 . C T 737.4 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00823258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.383;QD=56.7229;RBI=0.0297538;REFB=0;REVB=0.0285921;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73849e-05;OID=.;OPOS=113698002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:47:52:1:16:31:0:0:20:32:0:0 chr11 113848273 . A T 272.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8902;QD=51.8956;RBI=0.0514397;REFB=0;REVB=-0.0514136;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000808902;OID=.;OPOS=113848273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr11 114393652 . C T 1440.63 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.372;QD=62.636;RBI=0.0376519;REFB=0;REVB=0.033953;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59327e-05;OID=.;OPOS=114393652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:44:47:0:0:44:48:0:0 chr11 114393801 . ATTTTTTC ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 619.74 PASS AF=0.132075,0.867925,0;AO=12,15,9;DP=109;FAO=14,92,0;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=14,45,0;FSAR=0,47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0959041,-0.232625,-0.343925;FXX=0.0275204;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=138.876,7.14734,12.385;QD=23.3864;RBI=0.139311,0.865294,0.49082;REFB=0.0556585,0.0470771,0.0768003;REVB=0.101044,0.833438,0.350171;RO=40;SAF=12,11,8;SAR=0,4,1;SRF=3;SRR=37;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.407407,0;SSSB=0.868034,0.685906,0.799244;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.14232,-0.0267377,-0.11049;OID=.,.,.;OPOS=114393806,114393802,114393807;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.132075,0.867925,0:12,15,9:109:14,92,0:106:0:14,45,0:0,47,0:0:0:69:40:12,11,8:0,4,1:3:37 chr11 114401577 . T C 1284.0 PASS AF=0.956044;AO=86;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00892433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.394;QD=56.4396;RBI=0.0157354;REFB=-0.118815;REVB=0.0129599;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519995;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00162587;OID=.;OPOS=114401577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:91:91:0:4:86:87:0.956044:47:39:0:0:48:39:0:4 chr11 114421857 . T C 140.65 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.00138539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.594;QD=7.92404;RBI=0.0211266;REFB=-0.00869938;REVB=0.0210811;RO=51;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121869;STB=0.573835;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0275133;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:15:5:17:34:15:5:17:34 chr11 114421861 . G A 141.8 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0473928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6691;QD=8.10297;RBI=0.0512699;REFB=0.00474564;REVB=0.0195584;RO=50;SAF=5;SAR=15;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103362;STB=0.562434;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0128308;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:50:20:20:0.285714:15:5:16:34:15:5:16:34 chr11 114421895 . G A 84.24 PASS AF=0.236364;AO=12;DP=54;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00272874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.63;QD=6.1264;RBI=0.0052064;REFB=0.000576148;REVB=-0.00443403;RO=38;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168279;STB=0.598428;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00231141;OID=.;OPOS=114421895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:54:55:38:42:12:13:0.236364:9:3:14:24:10:3:14:28 chr11 114421909 . T C 68.21 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00129695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.239;QD=5.56803;RBI=0.00653576;REFB=-0.00279069;REVB=0.00640578;RO=38;SAF=1;SAR=9;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444591;STB=0.812796;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00504076;OID=.;OPOS=114421909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:38:39:10:10:0.204082:9:1:14:24:9:1:15:24 chr11 114421912 . A G 60.59 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0130703;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.979;QD=5.77052;RBI=0.0130896;REFB=-0.00429988;REVB=0.000711233;RO=33;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205455;STB=0.636033;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0188999;OID=.;OPOS=114421912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:43:42:33:33:9:9:0.214286:7:2:12:21:7:2:12:21 chr11 114441943 . G A 711.41 PASS AF=0.873016;AO=55;DP=63;FAO=55;FDP=63;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0178969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.3679;QD=45.1691;RBI=0.0279693;REFB=-0.056931;REVB=-0.0214938;RO=7;SAF=13;SAR=42;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164551;STB=0.60039;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00379139;OID=.;OPOS=114441943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:7:8:55:55:0.873016:42:13:6:1:42:13:7:1 chr11 114441944 . C A 30.48 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=-0.00226928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8809;QD=1.8757;RBI=0.0584273;REFB=-0.0299208;REVB=-0.0583832;RO=58;SAF=6;SAR=1;SRF=16;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606057;STB=0.920553;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0283125;OID=.;OPOS=114441944;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:65:65:58:58:7:7:0.107692:1:6:16:42:1:6:16:42 chr11 114442103 . A G 314.1 PASS AF=0.96;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4257;QD=50.2553;RBI=0.0293913;REFB=-0.143574;REVB=-0.0168985;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.526294;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0391745;OID=.;OPOS=114442103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:0:1:22:24:0.96:9:13:0:0:9:15:0:1 chr11 114569054 . A G 1828.12 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560903;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7045;QD=60.9374;RBI=0.0597615;REFB=0;REVB=0.0206231;RO=0;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365623;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:120:0:0:116:120:1:50:66:0:0:52:68:0:0 chr11 114576626 . A T 1045.04 PASS AF=0.892857;AO=75;DP=84;FAO=75;FDP=84;FR=.;FRO=9;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0131009;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.5709;QD=49.7636;RBI=0.0438087;REFB=-0.0759026;REVB=0.0418039;RO=3;SAF=35;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145899;STB=0.533324;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00749458;OID=.;OPOS=114576626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:84:84:3:9:75:75:0.892857:40:35:2:1:40:35:7:2 chr11 116633825 . C T 304.1 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.017145;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.55;QD=16.8942;RBI=0.0261366;REFB=-0.0111792;REVB=-0.0197275;RO=36;SAF=23;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118351;STB=0.579782;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0102866;OID=.;OPOS=116633825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:36:39:33:33:0.458333:10:23:21:15:10:23:22:17 chr11 116661826 . T C 1241.43 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.332;QD=60.5578;RBI=0.0336914;REFB=0;REVB=0.0327149;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88414e-05;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:82:0:0:74:82:1:31:43:0:0:34:48:0:0 chr11 116662579 . C T 820.23 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00183522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.796;QD=55.6089;RBI=0.0259653;REFB=-0.165894;REVB=0.0259004;RO=1;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00110549;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:25:33:0:1:25:33:0:1 chr11 116692334 . C T 537.41 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.265;QD=59.7116;RBI=0.125899;REFB=0;REVB=0.119901;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621125;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:15:18:0:0:17:19:0:0 chr11 116693464 . C T 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.133;QD=58.9598;RBI=0.0438057;REFB=0;REVB=-0.0140147;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50708e-05;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr11 116701535 . T C 179.1 PASS AF=0.383333;AO=15;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.025112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.786;QD=11.9399;RBI=0.0263173;REFB=-0.0318149;REVB=-0.00787305;RO=32;SAF=3;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285397;STB=0.501474;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0535588;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:37:15:23:0.383333:12:3:13:19:13:10:16:21 chr11 116766978 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATG 36.76 PASS AF=0.142857,0.0857143;AO=16,7;DP=78;FAO=10,6;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=7,2;FSAR=3,4;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.214834,-0.053186;FXX=0.078937;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.33138,17.8534;QD=2.1004;RBI=0.2171,0.0645302;REFB=-0.101657,-0.0705475;REVB=-0.0312859,-0.0365431;RO=39;SAF=7,1;SAR=9,6;SRF=19;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0587699,-0.444975;STB=0.737497,0.571184;STBP=0.123,0.799;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00869891,0.098319;OID=.,.;OPOS=116766979,116766984;OREF=A,AT;OALT=-,TG;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857,0.0857143:16,7:78:10,6:70:54:7,2:3,4:22:32:20:39:7,1:9,6:19:20 chr11 117042377 . G A 492.78 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0117173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.396;QD=17.5991;RBI=0.0118638;REFB=-0.0195633;REVB=-0.00185828;RO=59;SAF=33;SAR=20;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791026;STB=0.544003;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0222967;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:59:53:53:0.473214:20:33:32:27:20:33:32:27 chr11 117077034 . A G 315.59 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0306409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.724;QD=25.2475;RBI=0.0312504;REFB=-0.0230513;REVB=-0.00614188;RO=21;SAF=18;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170427;STB=0.585736;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0246317;OID=.;OPOS=117077034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:22:28:28:0.56:10:18:9:12:10:18:10:12 chr11 117156552 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3214;QD=56.1905;RBI=0.071715;REFB=0;REVB=0.067628;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552508;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr11 117160347 . A G 977.49 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.084;QD=58.3578;RBI=0.029459;REFB=0;REVB=-0.00856642;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187537;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:34:33:0:0 chr11 117163824 . C G 441.99 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0292444;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7176;QD=19.6439;RBI=0.0827093;REFB=-0.00296019;REVB=0.0773667;RO=45;SAF=24;SAR=20;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111177;STB=0.51219;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00444905;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:45:46:44:44:0.488889:20:24:24:21:20:24:24:22 chr11 117252489 . T C 1030.99 PASS AF=0.464286;AO=83;DP=225;FAO=104;FDP=224;FR=.,HEALED;FRO=116;FSAF=85;FSAR=19;FSRF=87;FSRR=29;FWDB=0.0129051;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.393;QD=18.4106;RBI=0.0307169;REFB=-0.0185784;REVB=-0.0278745;RO=114;SAF=67;SAR=16;SRF=86;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824543;STB=0.555242;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0217082;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:114:116:83:104:0.464286:16:67:86:28:19:85:87:29 chr11 117282800 . G T 137.64 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0175816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.482;QD=10.0104;RBI=0.027464;REFB=-0.0281541;REVB=0.0210988;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109216;STB=0.564246;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0420275;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:8:10:24:13:8:10:24:13 chr11 117303108 . T C 460.48 PASS AF=0.517241;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.00839478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.501;QD=21.1717;RBI=0.0357334;REFB=-0.0287772;REVB=0.0347333;RO=42;SAF=20;SAR=24;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226681;STB=0.628086;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.018477;OID=.;OPOS=117303108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:42:44:45:0.517241:24:20:30:12:25:20:30:12 chr11 117304196 . C T 217.9 PASS AF=1;AO=13;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.441;QD=48.4228;RBI=0.0680663;REFB=0;REVB=0.00337362;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760465;OID=.;OPOS=117304196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:13:18:1:8:5:0:0:12:6:0:0 chr11 117335722 . T C 1518.39 PASS AF=0.979798;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0697302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3293;QD=61.3489;RBI=0.077449;REFB=-0.0561616;REVB=0.0337053;RO=2;SAF=43;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00186795;STB=0.500733;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00561719;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:99:2:2:95:97:0.979798:52:43:1:1:52:45:1:1 chr11 117693255 . T C 500.31 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0509886;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.938;QD=19.4294;RBI=0.051758;REFB=-0.0269925;REVB=-0.00889081;RO=52;SAF=14;SAR=38;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265557;STB=0.651367;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0299914;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:52:51:52:52:0.504854:38:14:28:24:38:14:28:23 chr11 117774146 . C G 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00422247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=354.218;QD=16.2791;RBI=0.00448648;REFB=-0.00198746;REVB=0.00151633;RO=33;SAF=19;SAR=9;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548961;STB=0.530843;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00223753;OID=.;OPOS=117774146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:9:19:24:9:9:19:24:9 chr11 117774291 . A C 769.36 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2082;QD=56.9898;RBI=0.00800324;REFB=0;REVB=8.39138e-05;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59077e-05;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr11 117781435 . A G 660.81 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.446;QD=61.4708;RBI=0.0525831;REFB=0;REVB=0.0478424;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128214;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:14:26:0:0:14:29:0:0 chr11 117789342 . T C 482.73 PASS AF=0.589744;AO=44;DP=76;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=31;FWDB=0.0771707;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8136;QD=24.7553;RBI=0.0776137;REFB=-0.0580523;REVB=0.0082811;RO=32;SAF=27;SAR=17;SRF=1;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426477;STB=0.724306;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0295995;OID=.;OPOS=117789342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:32:32:44:46:0.589744:17:27:1:31:18:28:1:31 chr11 117789345 . G C 390.87 PASS AF=0.512821;AO=39;DP=77;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=35;FWDB=-0.122975;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5262;QD=20.0445;RBI=0.14204;REFB=-0.0313396;REVB=0.0710818;RO=38;SAF=27;SAR=12;SRF=3;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508744;STB=0.779497;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0281993;OID=.;OPOS=117789345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:38:38:39:40:0.512821:12:27:3:35:12:28:3:35 chr11 117789490 . TC T,TG 51.98 PASS AF=0.314286,0.0285714;AO=6,4;DP=36;FAO=11,1;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=2,0;FSAR=9,1;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0843052,-0.0574907;FXX=0.0789266;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.2585,114.498;QD=5.94004;RBI=0.0846255,0.107126;REFB=-0.120288,0.000891375;REVB=0.00735682,-0.0903925;RO=17;SAF=2,0;SAR=4,4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0.405063,0;SSSB=-0.0247213,-0.620122;STB=0.618081,0.986178;STBP=0.411,0.483;TYPE=del,snp;VARB=0.193687,0.151021;OID=.,.;OPOS=117789491,117789491;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286,0.0285714:6,4:36:11,1:35:23:2,0:9,1:7:16:49:17:2,0:4,4:6:11 chr11 117864047 . A G 312.79 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00654635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.93;QD=21.9501;RBI=0.0245963;REFB=-0.0524674;REVB=0.0237092;RO=25;SAF=17;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166632;STB=0.591892;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0530819;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:15:17:8:17:15:17:8:17 chr11 117864113 . G A 232.11 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0136885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.322;QD=14.7374;RBI=0.013819;REFB=-0.0127231;REVB=0.00189525;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382511;STB=0.521723;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0102885;OID=.;OPOS=117864113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:11:16:20:16:11:16:20:16 chr11 117864846 . A G 249.89 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.000232345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2878;QD=16.6595;RBI=0.0559131;REFB=-0.0149712;REVB=-0.0559126;RO=30;SAF=18;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136706;STB=0.595519;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0207554;OID=.;OPOS=117864846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:32:28:28:0.466667:10:18:15:15:10:18:15:17 chr11 117869670 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.42537e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.681;QD=57.6804;RBI=0.000443968;REFB=0;REVB=0.000443305;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75261e-07;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr11 117896135 . C T 1053.9 PASS AF=0.378462;AO=122;DP=324;FAO=123;FDP=325;FR=.;FRO=202;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=101;FSRR=101;FWDB=0.00420365;FXX=0.00306739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.851;QD=12.9711;RBI=0.00541586;REFB=-0.00575544;REVB=-0.0034148;RO=201;SAF=55;SAR=67;SRF=100;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517519;STB=0.527872;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00997775;OID=.;OPOS=117896135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:325:201:202:122:123:0.378462:67:55:100:101:67:56:101:101 chr11 117965595 . C T 613.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3461;QD=61.3447;RBI=0.0248645;REFB=0;REVB=0.0146602;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263797;OID=.;OPOS=117965595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:27:12:0:0:28:12:0:0 chr11 117982495 . T G 791.96 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.502;QD=56.5688;RBI=0.0265015;REFB=0;REVB=0.0225222;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155641;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:27:29:0:0 chr11 117988082 . T C 1063.78 PASS AF=0.914634;AO=75;DP=82;FAO=75;FDP=82;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00362703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.5;QD=51.8917;RBI=0.00949203;REFB=-0.0321165;REVB=0.00877173;RO=7;SAF=37;SAR=38;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125729;STB=0.506665;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0033299;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:82:82:7:7:75:75:0.914634:38:37:4:3:38:37:4:3 chr11 118074337 . A G 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00395566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0793;QD=16.9925;RBI=0.023643;REFB=-0.00340389;REVB=0.0233097;RO=30;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879328;STB=0.549501;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00610543;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:16:11:15:15:16:11:15:15 chr11 118081345 . A T 460.85 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.000726641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.656;QD=17.2281;RBI=0.0172051;REFB=0.00241495;REVB=0.0171897;RO=57;SAF=20;SAR=30;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203779;STB=0.613338;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00353798;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:57:50:50:0.46729:30:20:35:22:30:20:35:22 chr11 118083664 . A G 614.49 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0136936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0264;QD=21.9459;RBI=0.0155057;REFB=-0.0081719;REVB=0.00727405;RO=51;SAF=40;SAR=21;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00795715;STB=0.504363;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00670413;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:51:61:61:0.544643:21:40:33:18:21:40:33:18 chr11 118107805 . A G 425.82 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0115241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.114;QD=18.9253;RBI=0.0159118;REFB=-0.0195501;REVB=-0.0109718;RO=47;SAF=29;SAR=13;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142255;STB=0.568595;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0231395;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:47:47:42:43:0.477778:13:29:26:21:14:29:26:21 chr11 118110977 . T C 686.88 PASS AF=0.49635;AO=68;DP=138;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=0.033439;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3821;QD=20.0549;RBI=0.038433;REFB=0.0166049;REVB=-0.0189453;RO=68;SAF=33;SAR=35;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159702;STB=0.590912;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0192097;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:68:69:68:68:0.49635:35:33:45:23:35:33:46:23 chr11 118179197 . A G 723.95 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.100587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.183;QD=53.626;RBI=0.100674;REFB=0.0666652;REVB=0.00418691;RO=2;SAF=18;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494921;STB=0.512816;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000100568;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:2:1:52:53:0.981481:34:18:2:0:34:19:1:0 chr11 118182829 . T A 411.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.472;QD=56.6921;RBI=0.0677113;REFB=0;REVB=0.0666795;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378703;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr11 118221350 . G T 1206.58 PASS AF=0.987342;AO=5;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.163;QD=61.0927;RBI=0.119717;REFB=0;REVB=0.100616;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033748;OID=.;OPOS=118221350;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:79:0:0:5:78:0.987342:1:4:0:0:29:49:0:0 chr11 118405068 . A G 223.09 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.908;QD=49.575;RBI=0.025338;REFB=0;REVB=-0.0190214;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.592e-05;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr11 118405305 . G A 583.69 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0191694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.23;QD=54.2965;RBI=0.0452737;REFB=-0.0565716;REVB=0.0410151;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218106;STB=0.533317;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.001492;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:43:1:3:40:40:0.930233:19:21:1:0:19:21:3:0 chr11 118405835 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.182;QD=63.8719;RBI=0.0144528;REFB=0;REVB=0.00912236;RO=0;SAF=7;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58094e-05;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:41:7:0:0:41:7:0:0 chr11 118406328 . CAGTGTGGA C 272.56 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023188;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=321.024;QD=51.9167;RBI=0.0281247;REFB=0;REVB=0.0159158;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000122825;OID=.;OPOS=118406329;OREF=AGTGTGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:21:21:21:0:5:16:0:0:4:0:3:16:0:0 chr11 118430519 . C T 364.64 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0682;QD=52.092;RBI=0.0439013;REFB=-0.147159;REVB=-0.0404664;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00622278;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:17:10:0:0:17:10:1:0 chr11 118471423 . T C 1490.83 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6826;QD=63.4394;RBI=0.0188952;REFB=0;REVB=-0.00599877;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12992e-05;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:51:43:0:0:51:43:0:0 chr11 118472354 . C A 1285.81 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7399;QD=61.2292;RBI=0.0922209;REFB=0;REVB=0.0632518;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125258;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:44:39:0:0:45:39:0:0 chr11 118505676 . GT G 1456.01 PASS AF=1;AO=94;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.568;QD=59.4289;RBI=0.136298;REFB=0;REVB=-0.13378;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000293766;OID=.;OPOS=118505677;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:94:98:98:98:0:43:55:0:0:8:0:40:54:0:0 chr11 118509668 . A G 1434.29 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8933;QD=63.0457;RBI=0.0744538;REFB=0;REVB=-0.0517779;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000567788;OID=.;OPOS=118509668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr11 118529017 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.66;QD=48.7373;RBI=0.0645505;REFB=0;REVB=0.057264;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000997959;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr11 118529044 . C CG,G 299.46 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=19,3;DP=24;FAO=20,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9,3;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149905,0.0114911;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=235.592,218.149;QD=52.0802;RBI=0.0216382,0.0206106;REFB=0,0;REVB=0.0156044,0.0171099;RO=1;SAF=9,3;SAR=10,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0483869,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00364354,0.0219586;OID=.,.;OPOS=118529045,118529044;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:24:23:1:0:19,3:20,3:0.869565,0.130435:10,0:9,3:1:0:11,0:9,3:0:0 chr11 118529069 . G C 400.14 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0526715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8386;QD=53.3523;RBI=0.0801857;REFB=-0.0263905;REVB=0.0604603;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0141941;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:0:1:14:15:0:1 chr11 118529078 . G C 409.82 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0166474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.619;QD=51.227;RBI=0.173645;REFB=-0.180418;REVB=0.172845;RO=2;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00389373;STB=0.502091;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0112198;OID=.;OPOS=118529078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:14:16:1:1:14:16:1:1 chr11 118529703 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.917;QD=60.2301;RBI=0.0107652;REFB=0;REVB=-0.0106963;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41536e-05;OID=.;OPOS=118529703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr11 118620858 . AAAAAT AA,A 401.26 PASS AF=1,0;AO=26,7;DP=34;FAO=33,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178364,0.0131283;FXX=0.0294031;HRUN=5,5;LEN=4,5;MLLD=366.571,353.2;QD=48.6381;RBI=0.0182721,0.0132244;REFB=0,0;REVB=0.00396654,0.00159152;RO=0;SAF=14,6;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000418458,0;OID=.,.;OPOS=118620860,118620859;OREF=AAAT,AAAAT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:26,7:34:33,0:33:0:20,0:13,0:0:0:7:0:14,6:12,1:0:0 chr11 118621825 . G GT,T 1097.92 PASS AF=0.987179,0.0128205;AO=72,3;DP=78;FAO=77,1;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42,1;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253825,-0.0353854;FXX=0.0126566;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=23.3421,55.2214;QD=56.3035;RBI=0.141737,0.0458561;REFB=0,0;REVB=0.139446,0.0291661;RO=3;SAF=39,2;SAR=33,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00952139,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00205443,0.0106675;OID=.,.;OPOS=118621826,118621825;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:3:0:72,3:77,1:0.987179,0.0128205:33,1:39,2:2:1:35,0:42,1:0:0 chr11 118622744 . G A 868.0 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0894;QD=57.8665;RBI=0.0474449;REFB=0;REVB=-0.0137184;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626899;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr11 118757191 . G A 45.05 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=10;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000799228;FXX=0.0999001;HRUN=6;LEN=1;MLLD=281.821;QD=20.0242;RBI=0.00913118;REFB=-0.0075842;REVB=0.00909614;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368547;STB=0.713466;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00305005;OID=.;OPOS=118757191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:10:9:3:3:7:6:0.666667:1:6:1:2:1:5:1:2 chr11 118757201 . C G 75.1 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.783;QD=37.5519;RBI=0.126;REFB=0;REVB=0.125429;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891017;OID=.;OPOS=118757201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:1:6:0:0:2:6:0:0 chr11 118757219 . C G 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0179765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5183;QD=38.204;RBI=0.0195762;REFB=-0.0199784;REVB=-0.00775086;RO=2;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394328;STB=0.52171;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00824893;OID=.;OPOS=118757219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:10:5:1:1:10:5:1:1 chr11 118765267 . G C 388.9 PASS AF=0.5;AO=37;DP=76;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00264202;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.638;QD=19.4447;RBI=0.00404339;REFB=-0.0332825;REVB=0.00306084;RO=37;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243926;STB=0.512494;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0336366;OID=.;OPOS=118765267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:37:40:37:40:0.5:20:17:18:19:20:20:19:21 chr11 118767037 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0389448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.41;QD=14.0965;RBI=0.0451128;REFB=-0.0106254;REVB=0.0227698;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209699;STB=0.619539;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0163717;OID=.;OPOS=118767037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:2:9:13:1:2:9:13:1 chr11 118769442 . A G 548.53 PASS AF=0.430657;AO=59;DP=137;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00333437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.591;QD=16.0155;RBI=0.0129279;REFB=-0.00163438;REVB=-0.0124905;RO=74;SAF=29;SAR=30;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623006;STB=0.526697;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00238476;OID=.;OPOS=118769442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:74:78:59:59:0.430657:30:29:41:33:30:29:42:36 chr11 118771747 . A G 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0182561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.695;QD=17.7905;RBI=0.0266767;REFB=-0.00267537;REVB=0.0194515;RO=31;SAF=24;SAR=7;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40164;STB=0.727118;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00213029;OID=.;OPOS=118771747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:33:31:31:0.484375:7:24:11:20:7:24:12:21 chr11 118772516 . T C 423.98 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.013046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.288;QD=13.7879;RBI=0.0154062;REFB=-0.00184938;REVB=0.00819471;RO=74;SAF=33;SAR=16;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916988;STB=0.551978;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00288218;OID=.;OPOS=118772516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:74:49:49:0.398374:16:33:44:30:16:33:44:30 chr11 118772825 . T C 133.7 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00541341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.093;QD=15.7299;RBI=0.0054446;REFB=-0.0208885;REVB=-0.000581991;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331389;STB=0.676712;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0203771;OID=.;OPOS=118772825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:19:14:15:0.441176:6:8:4:14:7:8:4:15 chr11 118773180 . G A 775.63 PASS AF=0.509677;AO=79;DP=157;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.00233006;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.414;QD=20.0161;RBI=0.0417167;REFB=-0.00182359;REVB=0.0416515;RO=76;SAF=43;SAR=36;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434;STB=0.502385;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0017976;OID=.;OPOS=118773180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:76:76:79:79:0.509677:36:43:41:35:36:43:41:35 chr11 118898435 . AC A 481.89 PASS AF=0.978261;AO=42;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0033128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.5013;QD=41.9034;RBI=0.0933207;REFB=-0.0571007;REVB=0.0932619;RO=3;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551392;STB=0.509087;STBP=0.52;TYPE=del;VARB=0.00899459;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.978261:42:46:45:46:1:18:27:0:1:4:3:18:24:0:3 chr11 118919206 . T C 708.99 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.412;QD=63.0217;RBI=0.0409932;REFB=0;REVB=0.0262123;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286937;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:26:19:0:0 chr11 118925341 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.879;QD=60.6099;RBI=0.0427236;REFB=0;REVB=0.0313852;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28811e-06;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr11 118927013 . T TC 738.74 PASS AF=1;AO=66;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.771;QD=39.9318;RBI=0.141988;REFB=0;REVB=0.0566653;RO=9;SAF=29;SAR=37;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766927;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00396427;OID=.;OPOS=118927014;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:75:74:74:0:35:39:0:0:13:9:29:37:7:2 chr11 118947634 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.444;QD=57.6794;RBI=0.0521965;REFB=0;REVB=-0.0396756;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.67758e-05;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr11 119005088 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.07;QD=63.2859;RBI=0.0804215;REFB=0;REVB=0.0422855;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689052;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr11 119005132 . C T 364.63 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0490241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.305;QD=52.0903;RBI=0.0493445;REFB=-0.0579949;REVB=0.00561428;RO=1;SAF=6;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713041;STB=0.538432;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000345741;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:21:6:1:0:21:6:1:0 chr11 119043656 . C T 1264.22 PASS AF=0.924731;AO=86;DP=93;FAO=86;FDP=93;FR=.;FRO=7;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.019258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.311;QD=54.3753;RBI=0.0205835;REFB=-0.0574668;REVB=0.0072672;RO=7;SAF=45;SAR=41;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337963;STB=0.517884;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000456568;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:93:93:7:7:86:86:0.924731:41:45:2:5:41:45:2:5 chr11 119052826 . C A 5901.55 PASS AF=0.994737;AO=375;DP=380;FAO=378;FDP=380;FR=.;FRO=2;FSAF=162;FSAR=216;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0822496;FXX=0.00523546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2938;QD=62.1216;RBI=0.107094;REFB=-0.139597;REVB=0.0685868;RO=3;SAF=160;SAR=215;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00661134;STB=0.502304;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000818853;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:380:380:3:2:375:378:0.994737:215:160:0:3:216:162:0:2 chr11 119054488 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.863;QD=59.3223;RBI=0.0562049;REFB=0;REVB=0.0455661;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209886;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr11 119059404 . GG AG,CA 547.66 PASS AF=0.972973,0.027027;AO=21,3;DP=37;FAO=36,1;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.085265,-0.107581;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=72.7422,48.5902;QD=59.2059;RBI=0.0897664,0.110987;REFB=0,0;REVB=0.0280694,0.0272847;RO=0;SAF=16,3;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.78933e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000986641,0.0188782;OID=.,.;OPOS=119059404,119059404;OREF=G,GG;OALT=A,CA;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:37:37:0:0:21,3:36,1:0.972973,0.027027:5,0:16,3:0:0:5,0:31,1:0:0 chr11 119060963 . T C 92.17 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0233774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.092;QD=18.4341;RBI=0.0371528;REFB=-0.0168446;REVB=-0.028876;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576918;STB=0.533271;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0257405;OID=.;OPOS=119060963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:6:3:3:8:6:3 chr11 119063908 . C T 84.68 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00647085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.668;QD=10.5846;RBI=0.020267;REFB=-0.0329552;REVB=0.0192062;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175257;STB=0.606739;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0481103;OID=.;OPOS=119063908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:19:21:11:11:0.34375:4:7:9:10:4:7:10:11 chr11 119065709 . G C 613.07 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1294;QD=61.3065;RBI=0.0446975;REFB=0;REVB=-0.0270823;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131306;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr11 119181170 . T C 325.78 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0297882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.884;QD=24.5872;RBI=0.0302179;REFB=-0.000908879;REVB=0.00507746;RO=21;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281916;STB=0.515503;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00235243;OID=.;OPOS=119181170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:18:14:10:11:18:14:10:11 chr11 119206375 . G A 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0222859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.599;QD=21.7456;RBI=0.0249973;REFB=-0.0136309;REVB=0.0113227;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387148;STB=0.521719;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0158817;OID=.;OPOS=119206375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:10:10:10:12:10:10 chr11 119213303 . C T 633.67 PASS AF=0.529412;AO=59;DP=114;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.0144545;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.686;QD=21.2997;RBI=0.019956;REFB=-0.0225317;REVB=0.013759;RO=51;SAF=40;SAR=19;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468612;STB=0.522416;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0190535;OID=.;OPOS=119213303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:51:56:59:63:0.529412:19:40:37:14:23:40:38:18 chr11 119216231 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.008;QD=63.5812;RBI=0.0495232;REFB=0;REVB=0.00610366;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292569;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr11 119216279 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00402862;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=328.791;QD=17.3785;RBI=0.0062018;REFB=-0.0183909;REVB=-0.00471514;RO=8;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787203;STB=0.514259;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0153726;OID=.;OPOS=119216279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:8:10:11:11:0.52381:2:9:6:2:2:9:8:2 chr11 119229964 . G A 1592.57 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490526;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.377;QD=60.0968;RBI=0.021853;REFB=0;REVB=0.0212953;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83296e-05;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:56:50:0:0:56:50:0:0 chr11 119244094 . A AT 641.59 PASS AF=0.985294;AO=8;DP=76;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375287;FXX=0.105249;HRUN=0;LEN=1;MLLD=129.066;QD=37.7403;RBI=0.0452251;REFB=-0.157707;REVB=0.025237;RO=65;SAF=0;SAR=8;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.606148;STB=0.508769;STBP=0.285;TYPE=ins;VARB=0.00228343;OID=.;OPOS=119244095;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.985294:8:76:67:68:1:28:39:1:0:3:65:0:8:27:38 chr11 119244095 . C G,T 1054.63 PASS AF=0.0921053,0.881579;AO=7,66;DP=75;FAO=7,67;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=0,28;FSAR=7,39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0091636,0.0101754;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=27.1953,169.601;QD=55.5067;RBI=0.033691,0.0337301;REFB=-0.13095,-0.188966;REVB=0.0324208,0.0321587;RO=2;SAF=0,28;SAR=7,38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.782089,-0.00430369;STB=0.997414,0.502443;STBP=0.096,0.849;TYPE=snp,snp;VARB=0.152949,0.00158027;OID=.,.;OPOS=119244095,119244095;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:75:76:2:2:7,66:7,67:0.0921053,0.881579:7,38:0,28:1:1:7,39:0,28:1:1 chr11 119252199 . T G 4466.74 PASS AF=1;AO=278;DP=278;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.616;QD=63.358;RBI=0.0797158;REFB=0;REVB=0.0603889;RO=0;SAF=133;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60927e-05;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:278:282:0:0:278:282:1:145:133:0:0:147:135:0:0 chr11 119290034 . G C 251.92 PASS AF=0.84;AO=22;DP=26;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0148935;FXX=0.0384468;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.851;QD=40.3075;RBI=0.0234471;REFB=-0.21412;REVB=-0.0181094;RO=2;SAF=17;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051356;STB=0.555506;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00194407;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:26:25:2:4:22:21:0.84:5:17:2:0:5:16:4:0 chr11 119369297 . G A 258.6 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0381312;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6878;QD=18.4715;RBI=0.0384263;REFB=-0.0106846;REVB=-0.00475274;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127608;STB=0.571378;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.008006;OID=.;OPOS=119369297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:28:28:28:0.5:16:12:16:12:16:12:16:12 chr11 119510644 . A C 3746.24 PASS AF=0.991667;AO=238;DP=240;FAO=238;FDP=240;FR=.;FRO=2;FSAF=124;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0114221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2498;QD=62.4373;RBI=0.0140556;REFB=-0.0764702;REVB=-0.00819122;RO=2;SAF=124;SAR=114;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000334253;STB=0.500175;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00158307;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:240:240:2:2:238:238:0.991667:114:124:1:1:114:124:1:1 chr11 119879425 . T C 285.2 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0208196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.723;QD=16.7766;RBI=0.0266129;REFB=-0.0130028;REVB=0.0165768;RO=35;SAF=10;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19071;STB=0.60108;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0171683;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:35:36:31:32:0.470588:21:10:18:17:21:11:19:17 chr11 119986119 . T C 391.65 PASS AF=0.549296;AO=38;DP=70;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00358874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.08;QD=22.0649;RBI=0.00795824;REFB=-0.0142205;REVB=0.00710314;RO=32;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178506;STB=0.503266;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0113178;OID=.;OPOS=119986119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:32:38:39:0.549296:21:17:15:17:21:18:15:17 chr11 119993897 . CCT C 538.29 PASS AF=0.84375;AO=52;DP=63;FAO=54;FDP=64;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00988597;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=2;MLLD=315.089;QD=33.6434;RBI=0.0140633;REFB=-0.0441172;REVB=0.0100023;RO=0;SAF=9;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.604796;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.00517096;OID=.;OPOS=119993898;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84375:52:63:54:64:10:9:45:6:4:30:0:9:43:0:0 chr11 119999191 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.194;QD=57.3855;RBI=0.0372405;REFB=0;REVB=0.0150332;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246436;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:22:35:0:0 chr11 120040581 . G A 413.15 PASS AF=0.518072;AO=41;DP=81;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0127129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5005;QD=19.9109;RBI=0.0335602;REFB=-0.0389768;REVB=0.0310592;RO=40;SAF=18;SAR=23;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142733;STB=0.587208;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0266171;OID=.;OPOS=120040581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:40:40:41:43:0.518072:23:18:24:16:25:18:24:16 chr11 120040642 . C G 341.85 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00496103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.108;QD=15.9;RBI=0.0050639;REFB=-0.0133742;REVB=-0.00101553;RO=48;SAF=17;SAR=20;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823665;STB=0.540519;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0153907;OID=.;OPOS=120040642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:37:37:0.430233:20:17:26:22:20:17:26:23 chr11 120041408 . G A 334.43 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00506763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.703;QD=19.3873;RBI=0.0155586;REFB=-0.0152596;REVB=0.0147102;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272727;STB=0.507458;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0103596;OID=.;OPOS=120041408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:17:18:18:15:17:18:18:16 chr11 120041423 . G A 297.92 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00206532;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.976;QD=18.0555;RBI=0.00210152;REFB=-0.00662619;REVB=-0.000388376;RO=33;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967191;STB=0.544905;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00592644;OID=.;OPOS=120041423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:34:32:32:0.484848:15:17:21:12:15:17:21:13 chr11 120041444 . C T 402.14 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00137891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9471;QD=21.7375;RBI=0.00436289;REFB=0.00171345;REVB=-0.00413925;RO=34;SAF=21;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777066;STB=0.542836;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0018917;OID=.;OPOS=120041444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:19:21:21:13:19:21:21:13 chr11 120041628 . AG A,GA 47.79 PASS AF=0.405405,0;AO=16,2;DP=37;FAO=15,0;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=2,0;FSAR=13,0;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00721221,-0.00760479;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=13.0304,94.4216;QD=5.16677;RBI=0.0841514,0.116093;REFB=-0.200619,-0.0148769;REVB=-0.0838418,-0.115844;RO=18;SAF=2,0;SAR=14,2;SRF=14;SRR=4;SSEN=0.266055,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.627769,-0.666653;STB=0.831518,0.5;STBP=0.006,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.169942,0;OID=.,.;OPOS=120041629,120041628;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:37:37:18:22:16,2:15,0:0.405405,0:14,2:2,0:14:4:13,0:2,0:14:8 chr11 120041928 . C T 287.26 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0370849;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.733;QD=30.2381;RBI=0.0399082;REFB=-0.00943016;REVB=-0.0147435;RO=13;SAF=17;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284228;STB=0.656525;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00865848;OID=.;OPOS=120041928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:13:13:25:25:0.657895:8:17:3:10:8:17:3:10 chr11 120041945 . G A 377.56 PASS AF=0.666667;AO=31;DP=47;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0153302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.326;QD=31.4631;RBI=0.0360637;REFB=-0.0323578;REVB=0.0326432;RO=16;SAF=21;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235333;STB=0.617572;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0111024;OID=.;OPOS=120041945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:16:16:31:32:0.666667:10:21:5:11:11:21:5:11 chr11 120041956 . T C 326.74 PASS AF=0.6;AO=31;DP=54;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00452549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.741;QD=23.7631;RBI=0.0146535;REFB=-0.0162002;REVB=0.0139372;RO=22;SAF=21;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177868;STB=0.575296;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00803448;OID=.;OPOS=120041956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:22:31:33:0.6:10:21:10:12:12:21:10:12 chr11 120175749 . A G 1689.27 PASS AF=1;AO=94;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035896;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0315;QD=60.3311;RBI=0.0394965;REFB=0;REVB=-0.0164758;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74335e-05;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:94:112:1:44:50:0:0:62:50:0:0 chr11 120292570 . T A 961.1 PASS AF=1;AO=58;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301574;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.984;QD=59.1446;RBI=0.0373948;REFB=0;REVB=0.0221112;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127799;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:58:65:1:32:26:0:0:33:32:0:0 chr11 120355230 . A G 1231.46 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6938;QD=60.0715;RBI=0.028638;REFB=-0.131286;REVB=-0.00317256;RO=1;SAF=41;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114095;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0019533;OID=.;OPOS=120355230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:40:41:1:0:40:41:1:0 chr11 120745874 . C T 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00521387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.839;QD=18.1629;RBI=0.0254434;REFB=-0.00709533;REVB=-0.0249035;RO=42;SAF=22;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723862;STB=0.504041;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0081295;OID=.;OPOS=120745874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:16:22:24:18:16:22:24:18 chr11 120776000 . AG A,AA 1302.05 PASS AF=1,0;AO=28,52;DP=81;FAO=83,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44,0;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236245,-0.0429425;FXX=0.0119033;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=251.03,241.748;QD=62.7496;RBI=0.0546388,0.0501386;REFB=0,0;REVB=0.0492675,0.0258809;RO=0;SAF=6,38;SAR=22,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000526976,0.011552;OID=.,.;OPOS=120776001,120776001;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:28,52:81:83,0:83:0:44,0:39,0:0:0:7:0:6,38:22,14:0:0 chr11 120823608 . G A 1042.01 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370764;FXX=0.0270234;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.108;QD=57.8897;RBI=0.0376177;REFB=-0.10298;REVB=0.0063588;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145434;STB=0.50769;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000301054;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:69:71:0.986111:32:37:0:1:32:39:0:1 chr11 120827609 . A G 827.47 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0482768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8348;QD=53.3849;RBI=0.0483399;REFB=-0.140089;REVB=0.00246949;RO=3;SAF=29;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.006143;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:3:2:59:60:0.967742:30:29:2:1:30:30:1:1 chr11 120996292 . A G 544.85 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0045662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.497;QD=22.9409;RBI=0.0146007;REFB=-0.021618;REVB=-0.0138683;RO=43;SAF=31;SAR=20;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196136;STB=0.612806;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0215039;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:44:51:51:0.536842:20:31:16:27:20:31:16:28 chr11 120998942 . C T 339.68 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.0259363;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.72;QD=13.3207;RBI=0.0269;REFB=0.000860361;REVB=0.00713582;RO=62;SAF=14;SAR=26;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133427;STB=0.507572;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00117126;OID=.;OPOS=120998942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:26:14:21:41:26:14:21:41 chr11 121000784 . T C 222.0 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.016632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7559;QD=14.5572;RBI=0.0227475;REFB=-0.0121306;REVB=-0.0155186;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167473;STB=0.594929;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0156298;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:13:22:12:14:13:22 chr11 121032978 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.72;QD=57.2026;RBI=0.0135919;REFB=0;REVB=0.006154;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90209e-05;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr11 121038810 . C T 373.83 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00686514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.91;QD=14.8052;RBI=0.00865167;REFB=-0.0128851;REVB=0.00526511;RO=59;SAF=20;SAR=22;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369333;STB=0.520823;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0176405;OID=.;OPOS=121038810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:22:20:26:33:22:20:26:33 chr11 121367626 . T C 324.82 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0142991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.669;QD=12.6144;RBI=0.0534878;REFB=-0.00741528;REVB=-0.051541;RO=64;SAF=19;SAR=20;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819661;STB=0.546696;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0151847;OID=.;OPOS=121367626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:20:19:36:28:20:19:36:28 chr11 121403229 . T C 1614.0 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365061;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.868;QD=59.7778;RBI=0.036678;REFB=0;REVB=-0.00354642;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19052e-05;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:48:59:0:0:48:60:0:0 chr11 121437819 . C G,T 874.04 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=58,4;DP=63;FAO=60,2;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468614,-0.0157495;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.395,71.8562;QD=56.3896;RBI=0.0472215,0.0157654;REFB=0,0;REVB=0.00582035,-0.000707879;RO=0;SAF=19,4;SAR=39,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.47594e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00010806,0.204083;OID=.,.;OPOS=121437819,121437819;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:63:62:0:0:58,4:60,2:0.967742,0.0322581:39,0:19,4:0:0:39,0:21,2:0:0 chr11 121448090 . T G 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0109862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.48;QD=16.4146;RBI=0.0265851;REFB=-0.0100441;REVB=-0.0242089;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057851;STB=0.533286;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0133192;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:7:9:7:7:7:9 chr11 121461593 . G C 474.46 PASS AF=0.576923;AO=44;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0878275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2499;QD=24.3313;RBI=0.0996939;REFB=0.00343035;REVB=0.047172;RO=34;SAF=16;SAR=28;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204156;STB=0.597763;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00314895;OID=.;OPOS=121461593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:33:44:45:0.576923:28:16:21:13:28:17:20:13 chr11 121475922 . T A 431.89 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0333757;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.076;QD=22.7308;RBI=0.0335578;REFB=-0.0246186;REVB=0.00349095;RO=34;SAF=12;SAR=30;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306386;STB=0.669208;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0135768;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:34:34:42:42:0.552632:30:12:22:12:30:12:22:12 chr11 121491782 . G A 1595.4 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00403608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5796;QD=63.8161;RBI=0.0227788;REFB=0;REVB=-0.0224184;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31745e-07;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:98:100:1:59:39:0:0:59:41:0:0 chr11 122022927 . C T 407.23 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00288541;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.608;QD=22.6239;RBI=0.0485725;REFB=-0.0337751;REVB=-0.0484867;RO=31;SAF=17;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215142;STB=0.519764;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0272091;OID=.;OPOS=122022927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:31:32:40:40:0.555556:23:17:14:17:23:17:15:17 chr11 122322268 . A C 1306.07 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2322;QD=60.7476;RBI=0.0481015;REFB=-0.0916694;REVB=-0.0322215;RO=1;SAF=23;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758071;STB=0.503999;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00220725;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:1:85:85:0.988372:62:23:0:1:62:23:0:1 chr11 122430682 . C A 482.72 PASS AF=0.441667;AO=52;DP=119;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00257596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.665;QD=16.0905;RBI=0.0103527;REFB=-0.014937;REVB=0.0100271;RO=67;SAF=21;SAR=31;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453774;STB=0.529687;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0179518;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:67:67:52:53:0.441667:31:21:30:37:32:21:30:37 chr11 122665437 . A G 787.54 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046759;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.117;QD=57.2756;RBI=0.0214257;REFB=0;REVB=0.0209092;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215086;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:17:37:0:0:17:38:0:0 chr11 122671963 . T A 1624.24 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.16;QD=60.157;RBI=0.0031452;REFB=0;REVB=0.00149742;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99451e-06;OID=.;OPOS=122671963;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:52:56:0:0:52:56:0:0 chr11 122738261 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.375;QD=59.0176;RBI=0.0201486;REFB=0;REVB=0.0178007;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37136e-05;OID=.;OPOS=122738261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr11 122742428 . T G 200.28 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0159492;FXX=0.0238039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=148.796;QD=19.5399;RBI=0.0159916;REFB=-0.00415417;REVB=-0.00116482;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113857;STB=0.585283;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00292176;OID=.;OPOS=122742428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:19:21:20:20:0.487805:10:10:7:12:10:10:7:14 chr11 122805487 . A G 400.26 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0113015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.997;QD=18.6165;RBI=0.0114849;REFB=-0.0107192;REVB=-0.00204403;RO=45;SAF=19;SAR=22;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127666;STB=0.571072;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00850721;OID=.;OPOS=122805487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:22:19:27:18:22:19:27:18 chr11 122928622 . A G 565.67 PASS AF=1;AO=25;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119577;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.39;QD=61.1539;RBI=0.121608;REFB=0;REVB=0.0221319;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157805;OID=.;OPOS=122928622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:25:37:1:17:8:0:0:18:19:0:0 chr11 122929624 . A G 1268.79 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.255;QD=60.4185;RBI=0.0211737;REFB=-0.0461719;REVB=0.0176339;RO=1;SAF=32;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145681;STB=0.50769;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000127258;OID=.;OPOS=122929624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:82:83:0.988095:50:32:1:0:51:32:1:0 chr11 122930127 . G GCGAGT 80.5 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00382694;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=5;MLLD=295.52;QD=15.3334;RBI=0.0167881;REFB=-0.0180324;REVB=-0.0163461;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131181;STB=0.576768;STBP=0.545;TYPE=ins;VARB=0.0146466;OID=.;OPOS=122930128;OREF=-;OALT=CGAGT;OMAPALT=GCGAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:10:21:10:21:11:6:4:5:6:80:11:6:4:5:6 chr11 122943802 . T C 82.77 PASS AF=0.352941;AO=10;DP=32;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00404108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.556;QD=9.73765;RBI=0.0391159;REFB=-0.00735305;REVB=0.0389066;RO=22;SAF=9;SAR=1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512177;STB=0.649732;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0131753;OID=.;OPOS=122943802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:32:34:22:22:10:12:0.352941:1:9:12:10:3:9:12:10 chr11 122955402 . C T 315.53 PASS AF=0.56;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0179129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.334;QD=25.2423;RBI=0.0348347;REFB=-0.0280448;REVB=-0.0298762;RO=21;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589591;STB=0.524522;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0218694;OID=.;OPOS=122955402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:22:28:28:0.56:18:10:9:12:18:10:9:13 chr11 123301679 . T G 315.24 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0068829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.966;QD=18.5434;RBI=0.0129346;REFB=-0.0339954;REVB=0.0109513;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108508;STB=0.558586;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0197774;OID=.;OPOS=123301679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:33:34:33:34:0.5:16:17:13:20:16:18:14:20 chr11 123485524 . C T 124.88 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0300921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.39;QD=10.4062;RBI=0.0371046;REFB=-0.00147167;REVB=0.0217076;RO=33;SAF=2;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456379;STB=0.780483;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00237831;OID=.;OPOS=123485524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:13:2:15:18:13:2:15:18 chr11 123598941 . T C 454.68 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.000860649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.045;QD=15.156;RBI=0.00193359;REFB=-0.00532211;REVB=-0.00173149;RO=69;SAF=25;SAR=26;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041977;STB=0.523551;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0067665;OID=.;OPOS=123598941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:69:51:51:0.425:26:25:31:38:26:25:31:38 chr11 123600475 . A G 321.76 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0264124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8279;QD=12.3754;RBI=0.0265989;REFB=0.00728733;REVB=-0.00314441;RO=65;SAF=21;SAR=18;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840898;STB=0.547981;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0121734;OID=.;OPOS=123600475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:18:21:30:35:18:21:30:35 chr11 123676231 . G T 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00780709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.869;QD=13.7412;RBI=0.0133573;REFB=-0.0157657;REVB=-0.0108382;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177843;STB=0.510138;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0231444;OID=.;OPOS=123676231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:16:13:20:23:16:13:20:23 chr11 123753937 . A G 1324.16 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000190311;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.916;QD=62.3135;RBI=0.02314;REFB=0;REVB=0.0231392;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98083e-05;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr11 123754844 . T C 737.62 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295318;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.132;QD=61.4686;RBI=0.0448223;REFB=0.0556923;REVB=0.033718;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019193;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000345707;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:47:47:0.979167:23:24:1:0:23:24:1:0 chr11 123900371 . C A 1624.5 PASS AF=0.973684;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0603114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.924;QD=57;RBI=0.0610658;REFB=-0.177457;REVB=0.009569;RO=2;SAF=61;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015309;STB=0.502886;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00112603;OID=.;OPOS=123900371;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:113:114:2:3:110:111:0.973684:49:61:2:0:49:62:2:1 chr11 124015994 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.495;QD=58.4194;RBI=0.0475187;REFB=0;REVB=-0.0123403;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123202;OID=.;OPOS=124015994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr11 124016024 . G A 427.13 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0111815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.214;QD=24.7614;RBI=0.0112414;REFB=-0.0226714;REVB=-0.00115858;RO=28;SAF=23;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189346;STB=0.510374;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0159181;OID=.;OPOS=124016024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:18:23:15:13:18:23:15:13 chr11 124056377 . T C 1167.73 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.327;QD=60.6611;RBI=0.0300346;REFB=0;REVB=-0.0293296;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190643;OID=.;OPOS=124056377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr11 124056566 . G A 176.36 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0974815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3955;QD=12.1626;RBI=0.0994026;REFB=-0.0119121;REVB=0.0194479;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276329;STB=0.639876;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0158602;OID=.;OPOS=124056566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:34:36:22:22:0.37931:9:13:11:23:9:13:13:23 chr11 124056581 . A G 341.29 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0153464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.195;QD=25.758;RBI=0.0153717;REFB=-0.00305937;REVB=0.000881238;RO=19;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408238;STB=0.534524;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00190119;OID=.;OPOS=124056581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:20:33:33:0.622642:21:12:8:11:21:12:9:11 chr11 124056732 . T G 575.2 PASS AF=1;AO=30;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5118;QD=58.9948;RBI=0.0823571;REFB=0;REVB=0.0549152;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0133328;OID=.;OPOS=124056732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:30:39:1:16:14:0:0:17:22:0:0 chr11 124056787 . G A 367.35 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8828;QD=54.4218;RBI=0.0760137;REFB=0;REVB=-0.0718736;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245828;OID=.;OPOS=124056787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:13:14:0:0 chr11 124095414 . C G 691.83 PASS AF=0.403141;AO=75;DP=189;FAO=77;FDP=191;FR=.;FRO=114;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=64;FSRR=50;FWDB=0.00746337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.728;QD=14.4885;RBI=0.0319238;REFB=-0.0117313;REVB=0.0310392;RO=114;SAF=44;SAR=31;SRF=64;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277526;STB=0.514067;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0157225;OID=.;OPOS=124095414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:191:114:114:75:77:0.403141:31:44:64:50:32:45:64:50 chr11 124095525 . T C 670.36 PASS AF=0.470588;AO=71;DP=150;FAO=72;FDP=153;FR=.;FRO=81;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.00647315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3561;QD=17.5258;RBI=0.00721832;REFB=-0.0204497;REVB=-0.00319413;RO=79;SAF=43;SAR=28;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231136;STB=0.516028;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0200291;OID=.;OPOS=124095525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:79:81:71:72:0.470588:28:43:46:33:29:43:46:35 chr11 124095647 . A C 522.92 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0428875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2845;QD=17.145;RBI=0.0450273;REFB=-0.0389838;REVB=0.0137156;RO=65;SAF=19;SAR=37;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110239;STB=0.558118;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0463143;OID=.;OPOS=124095647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:66:56:56:0.459016:37:19:29:36:37:19:29:37 chr11 124096122 . G A 37.84 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0411533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6161;QD=2.19378;RBI=0.0442188;REFB=-0.0023836;REVB=-0.0161774;RO=60;SAF=5;SAR=3;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168126;STB=0.617886;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0228356;OID=.;OPOS=124096122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:60:61:8:8:0.115942:3:5:29:31:3:5:30:31 chr11 124096195 . G A 86.94 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00755955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.184;QD=6.21029;RBI=0.0174974;REFB=-0.000985914;REVB=0.0157801;RO=43;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531239;STB=0.533283;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0102289;OID=.;OPOS=124096195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:56:56:43:43:13:13:0.232143:7:6:18:25:7:6:18:25 chr11 124096247 . G A 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0102868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.037;QD=8.43594;RBI=0.0199098;REFB=-0.00230399;REVB=-0.0170465;RO=41;SAF=6;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163017;STB=0.598208;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00606276;OID=.;OPOS=124096247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:11:6:20:21:11:6:20:21 chr11 124120821 . T C 407.49 PASS AF=0.431193;AO=45;DP=108;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=-0.0563716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4596;QD=14.9536;RBI=0.134534;REFB=-0.0492707;REVB=0.122155;RO=61;SAF=23;SAR=22;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18335;STB=0.604508;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0573574;OID=.;OPOS=124120821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:61:62:45:47:0.431193:22:23:42:19:23:24:43:19 chr11 124180573 . CAGGAGGA C 230.37 PASS AF=0.5;AO=20;DP=46;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0154493;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=7;MLLD=242.171;QD=20.9426;RBI=0.0233855;REFB=-0.028417;REVB=0.0175557;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267355;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.028017;OID=.;OPOS=124180574;OREF=AGGAGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:20:46:22:44:22:12:10:12:10:99:21:12:8:12:9 chr11 124189306 . G A 315.0 PASS AF=0.396226;AO=37;DP=96;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0494575;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.3992;QD=11.8868;RBI=0.0590979;REFB=-0.0392784;REVB=0.0323499;RO=59;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067933;STB=0.52994;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0398002;OID=.;OPOS=124189306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:106:59:64:37:42:0.396226:19:18:25:34:25:17:29:35 chr11 124189729 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00463883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.063;QD=15.2589;RBI=0.0177327;REFB=0.00446098;REVB=0.0171152;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394184;STB=0.749421;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00515381;OID=.;OPOS=124189729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:4:3:5:0:4:3:6:0 chr11 124190137 . A G 126.54 PASS AF=0.326087;AO=13;DP=44;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0166405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.968;QD=11.0031;RBI=0.0171655;REFB=-0.0238158;REVB=-0.00421268;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316582;STB=0.666444;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0416584;OID=.;OPOS=124190137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:31:31:13:15:0.326087:9:4:18:13:10:5:18:13 chr11 124252422 . G A 297.91 PASS AF=0.576923;AO=28;DP=51;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0015847;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.352;QD=22.9164;RBI=0.00499188;REFB=-0.00569888;REVB=-0.00473366;RO=23;SAF=20;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174574;STB=0.612823;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00353063;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:22:28:30:0.576923:8:20:12:11:8:22:11:11 chr11 124252718 . G A 125.86 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0150905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.862;QD=18.6455;RBI=0.0475315;REFB=-0.0123838;REVB=-0.0450724;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338312;STB=0.692044;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0186602;OID=.;OPOS=124252718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:10:3:9:5:10:3 chr11 124252750 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.013421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.529;QD=11.4398;RBI=0.0209116;REFB=-0.0118757;REVB=0.0160365;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377757;STB=0.728627;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0103702;OID=.;OPOS=124252750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:7:2:8:6:7:2:8:6 chr11 124252892 . A G 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0146084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8086;QD=14.1922;RBI=0.0150981;REFB=-0.0423596;REVB=-0.00381403;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892121;STB=0.551657;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0617654;OID=.;OPOS=124252892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:7:15:9:6:7:15 chr11 124253147 . A G 262.02 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.0111009;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0329;QD=12.4774;RBI=0.0447743;REFB=-0.01912;REVB=-0.0433763;RO=49;SAF=9;SAR=22;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708401;STB=0.508782;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0260559;OID=.;OPOS=124253147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:49:53:31:31:0.369048:22:9:17:32:22:9:16:37 chr11 124253161 . G A 220.72 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.0328753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.0424;QD=12.0944;RBI=0.0572107;REFB=-0.016212;REVB=-0.0468217;RO=45;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104035;STB=0.518793;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0251796;OID=.;OPOS=124253161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:45:46:27:27:0.369863:20:7:12:33:20:7:13:33 chr11 124253170 . G A 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0240171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.759;QD=12.8368;RBI=0.0240696;REFB=-0.00274678;REVB=-0.00158951;RO=39;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357048;STB=0.520531;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0048418;OID=.;OPOS=124253170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:18:7:12:27:18:7:12:27 chr11 124253181 . T C 286.1 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0513865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.118;QD=20.4357;RBI=0.0515507;REFB=-0.0111414;REVB=-0.00411126;RO=26;SAF=11;SAR=19;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127522;STB=0.570434;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00886911;OID=.;OPOS=124253181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:19:11:6:20:19:11:6:20 chr11 124266906 . C T 280.55 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=39;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0181659;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.662;QD=29.5314;RBI=0.0200371;REFB=-0.0168735;REVB=0.00845488;RO=13;SAF=8;SAR=16;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135908;STB=0.568477;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0151348;OID=.;OPOS=124266906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:13:13:24:25:0.657895:16:8:2:11:17:8:2:11 chr11 124266912 . A G 529.19 PASS AF=0.923077;AO=35;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0304428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.104;QD=54.2759;RBI=0.0509261;REFB=-0.0871886;REVB=0.0408253;RO=1;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017657;STB=0.517232;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00191842;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:35:36:0.923077:26:9:0:1:27:9:1:1 chr11 124294703 . T C 49.1 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0174734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.274;QD=14.0297;RBI=0.0813534;REFB=-0.0214614;REVB=0.0794548;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392853;STB=0.594352;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0203042;OID=.;OPOS=124294703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:7:7:6:7:0.5:1:5:6:1:2:5:6:1 chr11 124310622 . A G 143.12 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00791483;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.977;QD=13.6309;RBI=0.00827084;REFB=-0.013691;REVB=0.00240047;RO=26;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427778;STB=0.749687;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0206981;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:12:4:17:9:12:4:17:9 chr11 124440617 . C T 1021.01 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.53;QD=59.1888;RBI=0.018695;REFB=0;REVB=-0.00306702;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53243e-05;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:34:32:0:0:35:34:0:0 chr11 124747837 . G A 307.44 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0131171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.962;QD=13.2231;RBI=0.0134397;REFB=0.0102352;REVB=-0.00292682;RO=58;SAF=10;SAR=25;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231691;STB=0.633253;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0130809;OID=.;OPOS=124747837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:25:10:28:30:25:10:28:30 chr11 124789755 . T C 363.81 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00650242;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.633;QD=17.9657;RBI=0.00902366;REFB=-0.00786113;REVB=-0.00625659;RO=42;SAF=13;SAR=23;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268997;STB=0.650553;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0167599;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:42:42:36:36:0.444444:23:13:27:15:23:13:27:15 chr11 124792667 . T C 481.11 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.00585666;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.636;QD=17.1826;RBI=0.00591496;REFB=-0.0246718;REVB=0.000828445;RO=59;SAF=23;SAR=29;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135721;STB=0.569281;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.028212;OID=.;OPOS=124792667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:59:60:52:52:0.464286:29:23:18:41:29:23:19:41 chr11 124793682 . T C 348.64 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0513344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.125;QD=17.4321;RBI=0.0521361;REFB=-0.0226849;REVB=-0.00910797;RO=43;SAF=26;SAR=11;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283208;STB=0.659066;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0411233;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:11:26:18:25:11:26:18:25 chr11 124794712 . C T 377.45 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0247746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6022;QD=16.2343;RBI=0.0474777;REFB=-0.00210749;REVB=-0.0405012;RO=53;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804166;STB=0.545186;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00431476;OID=.;OPOS=124794712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:21:19:21:32:21:19:21:32 chr11 124857708 . G A 310.31 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0108981;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.26;QD=23.4195;RBI=0.0124551;REFB=-0.00561047;REVB=-0.00603006;RO=22;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115982;STB=0.563736;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00911647;OID=.;OPOS=124857708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:22:22:31:31:0.584906:13:18:16:6:13:18:16:6 chr11 124862514 . A G 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0855386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2735;QD=13.9474;RBI=0.0890664;REFB=-0.0040699;REVB=0.0248188;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110385;STB=0.574382;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0102552;OID=.;OPOS=124862514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:8:9:11:15:8:9:11:16 chr11 124863136 . C A 448.08 PASS AF=0.486842;AO=33;DP=78;FAO=37;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0284835;FXX=0.0256377;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.23;QD=23.583;RBI=0.0285366;REFB=-0.0567191;REVB=-0.0017397;RO=22;SAF=13;SAR=20;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456279;STB=0.551971;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0235515;OID=.;OPOS=124863136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:22:26:33:37:0.486842:20:13:10:12:23:14:13:13 chr11 124908352 . T C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00130579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.885;QD=12.0147;RBI=0.00457075;REFB=0.00329171;REVB=0.00438026;RO=34;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00349563;STB=0.50203;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00545223;OID=.;OPOS=124908352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:13:7:12:22:13:7:12:22 chr11 124949044 . C T 413.82 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=86;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00452253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.186;QD=18.8101;RBI=0.00639687;REFB=-0.0218324;REVB=-0.00452401;RO=45;SAF=9;SAR=32;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255796;STB=0.64307;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0225708;OID=.;OPOS=124949044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:45:46:41:42:0.477273:32:9:20:25:33:9:20:26 chr11 124949665 . A G 257.97 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=1.09e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.107;QD=18.4264;RBI=0.000423807;REFB=-0.00416896;REVB=-0.000423667;RO=28;SAF=6;SAR=21;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355618;STB=0.525716;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00302214;OID=.;OPOS=124949665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:28:27:28:0.5:21:6:7:21:22:6:7:21 chr11 124955032 . T C 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0198056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.201;QD=8.81076;RBI=0.0215788;REFB=-0.00740664;REVB=-0.00856652;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206666;STB=0.605858;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0279313;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:5:5:15:7:5:5:15:8 chr11 124972208 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.089;QD=63.8709;RBI=0.0342146;REFB=0;REVB=0.0264103;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.854e-05;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr11 124972518 . A G 1236.94 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00223153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8704;QD=58.9017;RBI=0.092227;REFB=-0.0460903;REVB=0.0922;RO=2;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262866;STB=0.513885;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0041099;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:81:82:0.97619:35:46:0:2:35:47:0:2 chr11 124972522 . T C 1326.49 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000249975;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.153;QD=61.6974;RBI=0.0644677;REFB=0;REVB=0.0644672;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04475e-05;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:36:46:0:0:40:46:0:0 chr11 125002920 . G A 367.14 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0411996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9021;QD=19.0721;RBI=0.0571978;REFB=-0.0111365;REVB=0.039676;RO=39;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342305;STB=0.519031;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0111366;OID=.;OPOS=125002920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:22:16:15:24:22:16:15:24 chr11 125002985 . G A 209.29 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.022273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.776;QD=13.7238;RBI=0.0236567;REFB=-0.0319534;REVB=-0.00797211;RO=36;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624107;STB=0.535531;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0316507;OID=.;OPOS=125002985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:16:9:11:25:16:9:11:25 chr11 125003004 . A G 805.71 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.661;QD=56.5411;RBI=0.0469489;REFB=0;REVB=0.0452251;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9851e-05;OID=.;OPOS=125003004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:57:0:0:52:57:1:37:15:0:0:42:15:0:0 chr11 125301587 . T C 1212.32 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410846;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.946;QD=61.3833;RBI=0.0441115;REFB=0;REVB=-0.0160588;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09047e-05;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr11 125443429 . T C,G 1201.57 PASS AF=0.95,0.05;AO=75,5;DP=80;FAO=76,4;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=44,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713287,-0.00411534;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.815,102.876;QD=60.0787;RBI=0.00921316,0.043037;REFB=0,0;REVB=0.00583134,-0.0428398;RO=0;SAF=31,2;SAR=44,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00107078,0.0767474;OID=.,.;OPOS=125443429,125443429;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:80:80:0:0:75,5:76,4:0.95,0.05:44,3:31,2:0:0:44,3:32,1:0:0 chr11 125443473 . A C 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2346;QD=58.5981;RBI=0.0862971;REFB=0;REVB=0.0266884;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000878252;OID=.;OPOS=125443473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr11 125452300 . A AC 622.71 PASS AF=1;AO=59;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425818;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.8744;QD=39.5368;RBI=0.0697293;REFB=0;REVB=0.0552175;RO=3;SAF=19;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00117914;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00055522;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:64:63:63:0:20:43:0:0:12:3:19:40:1:2 chr11 125452313 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.151;QD=58.9623;RBI=0.0479623;REFB=0;REVB=0.0178233;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61438e-05;OID=.;OPOS=125452313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:45:21:0:0:45:21:0:0 chr11 125479363 . G A 432.55 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0117117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.319;QD=16.9626;RBI=0.0347663;REFB=-0.0108569;REVB=-0.0327342;RO=55;SAF=20;SAR=27;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116202;STB=0.564826;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0226201;OID=.;OPOS=125479363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:27:20:30:25:27:20:30:25 chr11 125479496 . C T 458.27 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0146931;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.563;QD=15.5345;RBI=0.0339775;REFB=-0.0133181;REVB=-0.0306363;RO=68;SAF=20;SAR=31;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156073;STB=0.5833;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0200583;OID=.;OPOS=125479496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:68:67:51:51:0.432203:31:20:37:31:31:20:36:31 chr11 125525195 . A G 1774.14 PASS AF=0.983193;AO=116;DP=122;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00565659;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.499;QD=59.6351;RBI=0.0149329;REFB=-0.0564036;REVB=-0.01382;RO=1;SAF=60;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784965;STB=0.508063;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000939659;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:119:1:2:116:117:0.983193:56:60:1:0:56:61:2:0 chr11 125617610 . A G 386.72 PASS AF=0.527027;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0206287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.655;QD=20.904;RBI=0.0292665;REFB=-0.00234493;REVB=-0.0207601;RO=35;SAF=21;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164771;STB=0.515715;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00241525;OID=.;OPOS=125617610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:35:38:39:0.527027:17:21:20:15:18:21:20:15 chr11 125648503 . G A 1089.72 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00098465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.497;QD=59.7107;RBI=0.0145447;REFB=0;REVB=0.0145113;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455512;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:31:41:0:0:32:41:0:0 chr11 125707761 . A C 222.25 PASS AF=0.415385;AO=25;DP=63;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00303124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.078;QD=13.6768;RBI=0.0032498;REFB=-0.0245241;REVB=0.00117165;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909616;STB=0.54791;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0483974;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:38:38:25:27:0.415385:11:14:18:20:12:15:18:20 chr11 125708198 . C T 619.41 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346663;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.403;QD=61.9407;RBI=0.0376719;REFB=0;REVB=0.0147451;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223815;OID=.;OPOS=125708198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:20:20:0:0 chr11 125763746 . C G 927.14 PASS AF=0.526012;AO=91;DP=173;FAO=91;FDP=173;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.0351411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3202;QD=21.4367;RBI=0.053039;REFB=-0.0220939;REVB=0.039727;RO=81;SAF=40;SAR=51;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788537;STB=0.540397;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0211234;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:81:82:91:91:0.526012:51:40:43:38:51:40:43:39 chr11 125763902 . C T 374.38 PASS AF=0.4;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0166022;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.267;QD=13.6139;RBI=0.0232421;REFB=-0.0183189;REVB=-0.0162654;RO=65;SAF=22;SAR=22;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056805;STB=0.536347;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0227047;OID=.;OPOS=125763902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:65:66:44:44:0.4:22:22:36:29:22:22:37:29 chr11 125766044 . C A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.364;QD=57.7124;RBI=0.0164094;REFB=0;REVB=0.0131081;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52198e-05;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr11 125766173 . A C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.676;QD=63.5811;RBI=0.0521765;REFB=0;REVB=0.00477903;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175593;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr11 125770425 . A C 370.01 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0210153;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.087;QD=12.4374;RBI=0.0216199;REFB=-0.0198049;REVB=0.00507708;RO=71;SAF=26;SAR=19;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10717;STB=0.557117;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0458657;OID=.;OPOS=125770425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:71:74:45:45:0.378151:19:26:34:37:19:26:36:38 chr11 125788678 . T C 3114.38 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.012;QD=63.8848;RBI=0.0315888;REFB=0;REVB=0.0307883;RO=0;SAF=74;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.72594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44392e-05;OID=.;OPOS=125788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:195:195:1:121:74:0:0:121:74:0:0 chr11 125821763 . C T 195.32 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.0294013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.015;QD=10.5579;RBI=0.0721835;REFB=-0.00056039;REVB=0.0659243;RO=49;SAF=14;SAR=11;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158813;STB=0.591859;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00315648;OID=.;OPOS=125821763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:11:14:34:15:11:14:34:15 chr11 125825708 . A G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0164254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.635;QD=11.086;RBI=0.0169818;REFB=-0.00910653;REVB=-0.00431149;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239501;STB=0.514264;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0127646;OID=.;OPOS=125825708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:7:6:11:14:7:6:11:14 chr11 125830970 . A T 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00247968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.98;QD=18.1629;RBI=0.0143992;REFB=-0.00899152;REVB=-0.0141841;RO=40;SAF=16;SAR=22;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252534;STB=0.626878;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0134986;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:42:38:38:0.475:22:16:28:12:22:16:28:14 chr11 125848261 . C T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0106265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.623;QD=9.91669;RBI=0.0107232;REFB=0.000830909;REVB=-0.00143716;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124271;STB=0.555432;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00161089;OID=.;OPOS=125848261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:4:5:7:9:4:5:8:9 chr11 125851055 . A G 470.89 PASS AF=0.49505;AO=49;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0050081;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.462;QD=18.6491;RBI=0.0259581;REFB=-0.00606972;REVB=-0.0254704;RO=50;SAF=21;SAR=28;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155632;STB=0.594365;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00740178;OID=.;OPOS=125851055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:51:49:50:0.49505:28:21:30:20:29:21:31:20 chr11 125851181 . G A 239.65 PASS AF=0.457627;AO=25;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.028885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.623;QD=16.2471;RBI=0.0295989;REFB=-0.0157988;REVB=0.00646177;RO=20;SAF=1;SAR=24;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348764;STB=0.716076;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0159961;OID=.;OPOS=125851181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:20:32:25:27:0.457627:24:1:3:17:23:4:14:18 chr11 125871715 . G A 297.43 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.00794281;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.353;QD=12.7926;RBI=0.0346563;REFB=-0.0178877;REVB=0.0337339;RO=59;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249103;STB=0.642641;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0242706;OID=.;OPOS=125871715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:13:21:23:36:13:21:23:36 chr11 125871735 . C T 1336.4 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.811;QD=62.1583;RBI=0.0256781;REFB=0;REVB=0.00257372;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63695e-05;OID=.;OPOS=125871735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr11 125885001 . C A 231.29 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0245574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7565;QD=10.1668;RBI=0.0707263;REFB=-0.00783336;REVB=-0.0663261;RO=61;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851134;STB=0.554419;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0147156;OID=.;OPOS=125885001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:61:62:29:29:0.318681:15:14:25:36:15:14:25:37 chr11 125889526 . C T 467.27 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=12;FWDB=0.0209443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5723;QD=16.8386;RBI=0.0439925;REFB=-0.00785356;REVB=0.0386868;RO=59;SAF=36;SAR=15;SRF=47;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111254;STB=0.564492;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00975436;OID=.;OPOS=125889526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:59:60:51:51:0.459459:15:36:47:12:15:36:48:12 chr11 125891269 . C T 468.61 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00346577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.243;QD=15.6203;RBI=0.00454977;REFB=-0.000771757;REVB=-0.00294768;RO=68;SAF=23;SAR=29;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138874;STB=0.507779;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00118359;OID=.;OPOS=125891269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:68:52:52:0.433333:29:23:31:37:29:23:31:37 chr11 126045830 . C G 131.19 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00234156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.065;QD=14.1823;RBI=0.00508054;REFB=-0.0118569;REVB=0.00450876;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371428;STB=0.723857;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0290843;OID=.;OPOS=126045830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:10:5:15:6:10:5:16:6 chr11 126074192 . A G 592.87 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.115881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.0714;QD=24.7031;RBI=0.117382;REFB=0.0061694;REVB=0.0187119;RO=42;SAF=22;SAR=32;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219812;STB=0.512034;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00313889;OID=.;OPOS=126074192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:32:22:16:26:32:22:16:26 chr11 126081403 . T C 447.88 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0144609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.417;QD=21.0766;RBI=0.0145797;REFB=-0.0116949;REVB=-0.00185777;RO=38;SAF=26;SAR=18;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155149;STB=0.584912;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0117724;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:41:44:44:0.517647:18:26:29:9:18:26:31:10 chr11 126133632 . T C 35.53 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0328712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9636;QD=6.76682;RBI=0.0328729;REFB=-0.032444;REVB=0.000340747;RO=15;SAF=2;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222219;STB=0.686886;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.124793;OID=.;OPOS=126133632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:20:21:15:15:5:6:0.285714:3:2:9:6:4:2:9:6 chr11 126139100 . T C 1135.18 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.099;QD=60.5429;RBI=0.0489716;REFB=0;REVB=0.0411112;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141451;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr11 126139313 . T A 1096.16 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0505723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5792;QD=57.6927;RBI=0.0506888;REFB=-0.122676;REVB=0.00343507;RO=3;SAF=28;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222002;STB=0.508472;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00221931;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:3:1:73:75:0.986842:45:28:2:1:46:29:1:0 chr11 126161374 . C T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0131477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.542;QD=11.3331;RBI=0.0172094;REFB=-0.000430495;REVB=-0.0111042;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066706;STB=0.539513;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.000500809;OID=.;OPOS=126161374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:6:8:17:10:6:8:17:10 chr11 126174164 . C T 284.17 PASS AF=0.445946;AO=31;DP=72;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00689359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2521;QD=15.3603;RBI=0.0999511;REFB=-0.0308395;REVB=0.0997131;RO=41;SAF=11;SAR=20;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256565;STB=0.636281;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0434129;OID=.;OPOS=126174164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:41:41:31:33:0.445946:20:11:25:16:21:12:25:16 chr11 126176578 . G A 1096.08 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.863;QD=60.0592;RBI=0.0206944;REFB=0;REVB=0.0143194;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225159;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:41:31:0:0:42:31:0:0 chr11 126294817 . G A 538.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.123;QD=59.8289;RBI=0.0528113;REFB=0;REVB=0.0491576;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320266;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr11 126310082 . A T 371.97 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0152476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.953;QD=25.6529;RBI=0.0293113;REFB=-0.0178756;REVB=-0.0250333;RO=22;SAF=24;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15545;STB=0.585317;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0126377;OID=.;OPOS=126310082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:12:24:10:12:12:24:10:12 chr11 126432775 . C T 181.16 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00711624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.913;QD=11.3226;RBI=0.00885086;REFB=-0.0124686;REVB=0.00526278;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144699;STB=0.583712;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0179971;OID=.;OPOS=126432775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:11:12:16:25:11:12:16:25 chr11 126870418 . C T 727.53 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104014;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.242;QD=57.0613;RBI=0.0236544;REFB=0;REVB=0.0212448;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422907;OID=.;OPOS=126870418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr11 127277853 . G A 488.96 PASS AF=0.412214;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.000399202;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3812;QD=14.9302;RBI=0.01702;REFB=-0.0224807;REVB=0.0170153;RO=70;SAF=14;SAR=40;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254492;STB=0.645512;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0315984;OID=.;OPOS=127277853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:131:70:77:54:54:0.412214:40:14:34:36:40:14:37:40 chr11 127277944 . G A 131.27 PASS AF=0.305085;AO=17;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00101814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.733;QD=8.89958;RBI=0.0248622;REFB=-0.00566396;REVB=-0.0248413;RO=40;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750536;STB=0.553132;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0111894;OID=.;OPOS=127277944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:41:17:18:0.305085:10:7:19:21:11:7:19:22 chr11 128328959 . C T 997.26 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00396105;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0213;QD=59.5379;RBI=0.0294762;REFB=0;REVB=-0.0292088;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000719814;OID=.;OPOS=128328959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr11 128333503 . T C 623.69 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0514682;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2213;QD=59.3992;RBI=0.0577487;REFB=-0.079158;REVB=0.0261903;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00286574;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:21:20:1:0:21:20:1:0 chr11 128638216 . TGG T,TG 743.71 PASS AF=0,1;AO=19,72;DP=102;FAO=0,101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=0,56;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576886,-0.110793;FXX=0.0194156;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=8.25341,10.5645;QD=29.4537;RBI=0.109678,0.208869;REFB=-0.00430476,-0.00323032;REVB=-0.0932802,-0.177063;RO=4;SAF=8,45;SAR=11,27;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0563143,0.039319;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0131581,-0.00562304;OID=.,.;OPOS=128638217,128638217;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:19,72:102:0,101:101:0:0,56:0,45:0:0:12:4:8,45:11,27:1:3 chr11 128651893 . A G 483.55 PASS AF=0.49505;AO=49;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00745164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.692;QD=19.1506;RBI=0.0279525;REFB=-0.000285337;REVB=0.026941;RO=50;SAF=20;SAR=29;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267225;STB=0.51449;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.000477892;OID=.;OPOS=128651893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:51:49:50:0.49505:29:20:19:31:29:21:20:31 chr11 128708009 . G A 300.61 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00435646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.582;QD=21.4719;RBI=0.0257714;REFB=-0.0351616;REVB=-0.0254005;RO=25;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873465;STB=0.548356;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0144845;OID=.;OPOS=128708009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:14:17:11:14:14:17:11:14 chr11 128781339 . T C 1623.91 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.452;QD=60.1447;RBI=0.0262067;REFB=0;REVB=0.0127756;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02018e-05;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:59:49:0:0:59:49:0:0 chr11 128781978 . T G 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.807;QD=60.0294;RBI=0.0633222;REFB=0;REVB=0.0455542;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000770959;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr11 128782002 . T C 1157.22 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.733;QD=59.3447;RBI=0.0316505;REFB=-0.111436;REVB=0.0176929;RO=1;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145596;STB=0.50769;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0018611;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:32:45:0:1:32:45:0:1 chr11 128782012 . C G 1377.48 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.707;QD=62.6127;RBI=0.0512381;REFB=0;REVB=-0.042719;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54983e-05;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:33:54:0:0:33:55:0:0 chr11 128787554 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7388;QD=44.6894;RBI=0.105369;REFB=0;REVB=-0.0030112;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00462434;OID=.;OPOS=128787554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr11 128842873 . T C 444.43 PASS AF=0.558442;AO=42;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0084872;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.098;QD=23.0874;RBI=0.0105103;REFB=-0.0145142;REVB=0.00619946;RO=34;SAF=28;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167674;STB=0.59559;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0112414;OID=.;OPOS=128842873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:42:43:0.558442:14:28:16:18:14:29:16:18 chr11 129312660 . C T 513.6 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0368429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2258;QD=24.4572;RBI=0.0439188;REFB=-0.0163786;REVB=-0.0239054;RO=36;SAF=24;SAR=24;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651776;STB=0.535699;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0113604;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:24:24:15:21:24:24:15:21 chr11 129321066 . C T 715.18 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0179934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.629;QD=57.2147;RBI=0.0256634;REFB=-0.0668354;REVB=0.0182988;RO=1;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016502;STB=0.504423;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.000378411;OID=.;OPOS=129321066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:1:3:47:47:0.94:28:19:0:1:28:19:1:2 chr11 129321818 . T G 74.88 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3955;QD=37.4417;RBI=0.0614492;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191953;OID=.;OPOS=129321818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr11 129746707 . G T 865.77 PASS AF=0.56338;AO=79;DP=142;FAO=80;FDP=142;FR=.;FRO=62;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=15;FWDB=0.00582569;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.632;QD=24.388;RBI=0.0249986;REFB=-0.0151714;REVB=0.0243103;RO=56;SAF=44;SAR=35;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13808;STB=0.588644;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0160627;OID=.;OPOS=129746707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:56:62:79:80:0.56338:35:44:41:15:35:45:47:15 chr11 129754644 . A G 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00843856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.021;QD=21.227;RBI=0.0130192;REFB=-0.000758099;REVB=0.00991418;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762923;STB=0.542344;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000653442;OID=.;OPOS=129754644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:16:13:13:11:16:13:13:11 chr11 129775599 . C T 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00793224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1376;QD=14.1961;RBI=0.0084285;REFB=-0.00785655;REVB=0.00284942;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00281182;STB=0.501606;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00487499;OID=.;OPOS=129775599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:13:10:14:18:13:10:14:18 chr11 129784656 . C T 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00599329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.928;QD=25.2443;RBI=0.00745211;REFB=-0.00623107;REVB=0.00442882;RO=22;SAF=1;SAR=27;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494921;STB=0.786113;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0040882;OID=.;OPOS=129784656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:27:1:5:17:27:1:5:17 chr11 129785615 . C T 266.57 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0410163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.146;QD=15.9144;RBI=0.0410579;REFB=-0.026571;REVB=-0.00184674;RO=36;SAF=10;SAR=20;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29582;STB=0.673152;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0162142;OID=.;OPOS=129785615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:20:10:23:13:20:10:24:13 chr11 129794950 . T C 348.57 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0211707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7477;QD=17.4287;RBI=0.0530276;REFB=-0.0145096;REVB=0.0486182;RO=43;SAF=20;SAR=17;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131337;STB=0.573258;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0147399;OID=.;OPOS=129794950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:17:20:29:14:17:20:29:14 chr11 129801043 . C T 2716.58 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385123;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7074;QD=62.0932;RBI=0.0398587;REFB=0.105525;REVB=0.0102725;RO=0;SAF=73;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116649;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:175:0:0:176:175:1:103:73:0:0:103:72:0:0 chr11 129830796 . C T 708.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.932;QD=62.9679;RBI=0.0796711;REFB=0;REVB=-0.00329337;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641416;OID=.;OPOS=129830796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr11 129873028 . C T 2581.25 PASS AF=0.977011;AO=170;DP=174;FAO=170;FDP=174;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0329949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2519;QD=59.3391;RBI=0.032995;REFB=-0.149719;REVB=0.00010547;RO=2;SAF=76;SAR=94;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010018;STB=0.510415;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00281005;OID=.;OPOS=129873028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:174:174:2:4:170:170:0.977011:94:76:0:2:94:76:0:4 chr11 130066334 . A AT 107.25 PASS AF=1;AO=5;DP=23;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545909;FXX=0.347675;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.9487;QD=28.599;RBI=0.0125948;REFB=0;REVB=0.0113503;RO=18;SAF=5;SAR=0;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.679095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00108319;OID=.;OPOS=130066335;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:23:15:15:0:15:0:0:0:3:18:5:0:10:8 chr11 130066335 . C G,T 293.28 PASS AF=0.217391,0.782609;AO=5,18;DP=23;FAO=5,18;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5,10;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157791,0.0219271;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.0012,125.621;QD=51.0059;RBI=0.00632228,0.0238836;REFB=0,0;REVB=0.0061222,0.0094672;RO=0;SAF=5,10;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.143523,0.00500747;OID=.,.;OPOS=130066335,130066335;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:23:23:0:0:5,18:5,18:0.217391,0.782609:0,8:5,10:0:0:0,8:5,10:0:0 chr11 130271678 . T G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.017;QD=56.9996;RBI=0.0545438;REFB=0;REVB=0.0436486;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036516;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr11 130281488 . G A 578.01 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.001359;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.681;QD=60.8426;RBI=0.0538653;REFB=0;REVB=0.0538482;RO=0;SAF=3;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.093e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462947;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:34:3:0:0:34:4:0:0 chr11 130297748 . G C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00512618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.148;QD=17.1002;RBI=0.0201869;REFB=-0.0217158;REVB=-0.0195252;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289336;STB=0.662959;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0251288;OID=.;OPOS=130297748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:2:13:8:6:2:13 chr11 130340962 . A G 848.28 PASS AF=0.638655;AO=76;DP=119;FAO=76;FDP=119;FR=.;FRO=43;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.028675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.464;QD=28.5136;RBI=0.0309351;REFB=-0.0490995;REVB=-0.011607;RO=43;SAF=51;SAR=25;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115209;STB=0.562438;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0255402;OID=.;OPOS=130340962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:43:43:76:76:0.638655:25:51:22:21:25:51:22:21 chr11 130780225 . C A 846.59 PASS AF=1;AO=59;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7704;QD=53.7518;RBI=0.151222;REFB=-0.0482206;REVB=0.0387251;RO=2;SAF=26;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349148;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00757676;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:63:2:0:59:63:1:33:26:2:0:33:30:0:0 chr11 131531000 . T C 2354.64 PASS AF=1;AO=140;DP=157;FAO=156;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=67;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132223;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.108;QD=60.3754;RBI=0.0193313;REFB=0;REVB=0.0141021;RO=0;SAF=60;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037209;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:156:0:0:140:156:1:80:60:0:0:89:67:0:0 chr11 131531015 . T G 2792.4 PASS AF=0.994444;AO=179;DP=180;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.982;QD=62.0534;RBI=0.0225924;REFB=0.0714753;REVB=-0.0173175;RO=1;SAF=75;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455581;STB=0.502392;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000322774;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:180:1:1:179:179:0.994444:104:75:0:1:104:75:0:1 chr11 131531223 . A G 1448.98 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0324396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4738;QD=57.3855;RBI=0.0324396;REFB=-0.0118862;REVB=-6.59106e-05;RO=2;SAF=33;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141569;STB=0.507461;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0019665;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:66:33:0:2:66:33:0:2 chr11 131531564 . A T 2067.69 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.454;QD=61.7221;RBI=0.0456395;REFB=-0.0143693;REVB=-0.0429806;RO=1;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714764;STB=0.503759;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=2.89202e-07;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:66:67:0:1:66:67:0:1 chr11 131531720 . C T 1028.64 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019978;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.107;QD=59.6311;RBI=0.0123036;REFB=0;REVB=-0.0121403;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48091e-05;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr11 131781519 . G T 462.42 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00602581;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.394;QD=15.9454;RBI=0.00630473;REFB=-0.00430788;REVB=0.00185452;RO=64;SAF=16;SAR=35;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226733;STB=0.623613;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00777398;OID=.;OPOS=131781519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:64:65:51:51:0.439655:35:16:34:30:35:16:34:31 chr11 132177633 . A C,G 1620.1 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=106,4;DP=110;FAO=106,4;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=44,4;FSAR=62,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101582,-0.00810507;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=342.81,300.063;QD=58.9129;RBI=0.0139414,0.011061;REFB=0,0;REVB=-0.00954851,-0.00752684;RO=0;SAF=44,4;SAR=62,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0017604,0.0639151;OID=.,.;OPOS=132177633,132177633;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:110:110:0:0:106,4:106,4:0.963636,0.0363636:62,0:44,4:0:0:62,0:44,4:0:0 chr11 133714522 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5285;QD=62.9821;RBI=0.0816295;REFB=0;REVB=0.00924567;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043432;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr11 133815980 . GC G,GG 254.52 PASS AF=0.05,0.95;AO=6,14;DP=20;FAO=1,19;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334016,0.0278064;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=218.275,231.156;QD=50.9047;RBI=0.154295,0.133913;REFB=0,0;REVB=0.150637,0.130994;RO=0;SAF=1,9;SAR=5,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0447635,0.0022954;OID=.,.;OPOS=133815981,133815981;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:6,14:20:1,19:20:0:1,9:0,10:0:0:4:0:1,9:5,5:0:0 chr11 134018656 . T C 589.01 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0184626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.878;QD=26.4725;RBI=0.0248629;REFB=-0.0447152;REVB=0.0166522;RO=36;SAF=30;SAR=23;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494364;STB=0.526982;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0229989;OID=.;OPOS=134018656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:36:53:53:0.595506:23:30:18:18:23:30:18:18 chr11 134019914 . ATTTTTTTA ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA 81.72 PASS AF=0.037037,0.62963,0;AO=7,6,2;DP=30;FAO=1,17,0;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=0,5,0;FSAR=1,12,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.35938,-0.13536,0.210112;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=13.3567,8.94092,10.86;QD=12.1061;RBI=0.366741,0.214777,0.319567;REFB=-0.0296269,-0.0857944,-0.0618275;REVB=-0.0731104,0.166754,0.240782;RO=13;SAF=2,3,1;SAR=5,3,1;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0740731,0.298785,0.300105;STB=0.984323,0.530691,0.5;STBP=0.563,0.719,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0928747,0.0942056,0.00381392;OID=.,.,.;OPOS=134019921,134019915,134019921;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.037037,0.62963,0:7,6,2:30:1,17,0:27:9:0,5,0:1,12,0:2:7:33:13:2,3,1:5,3,1:3:10 chr11 134021477 . G T 231.99 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0170546;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4311;QD=13.8498;RBI=0.0281944;REFB=-0.0201395;REVB=-0.0224514;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0080169;STB=0.503873;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0463902;OID=.;OPOS=134021477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:38:40:27:27:0.402985:13:14:20:18:13:14:21:19 chr11 134047243 . T C 607.17 PASS AF=0.427673;AO=68;DP=159;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.0275037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0608;QD=15.2747;RBI=0.0300471;REFB=0.00659067;REVB=-0.0120985;RO=91;SAF=38;SAR=30;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131084;STB=0.507326;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.0080239;OID=.;OPOS=134047243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:91:91:68:68:0.427673:30:38:52:39:30:38:52:39 chr11 134073019 . A T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0038839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.612;QD=16.8228;RBI=0.0146649;REFB=-0.0112466;REVB=-0.0141413;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237226;STB=0.640603;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0117725;OID=.;OPOS=134073019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:2:3:2:5:2:3 chr11 134151975 . G C 1421.64 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006464;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.055;QD=63.1842;RBI=0.0299228;REFB=0;REVB=0.0292163;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168487;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:86:90:1:38:48:0:0:41:49:0:0 chr11 134158745 . A G 209.92 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0287051;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.665;QD=17.4936;RBI=0.0353084;REFB=-0.0206145;REVB=0.0205597;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180528;STB=0.602317;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0206273;OID=.;OPOS=134158745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:8:19:11:10:8:19 chr11 134182375 . G A 1537.07 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.26;QD=62.7374;RBI=0.0773443;REFB=-0.109729;REVB=0.0754654;RO=0;SAF=59;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517587;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:98:0:0:96:98:1:37:59:0:0:39:59:0:0 chr11 134226278 . C T 294.36 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0191816;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.867;QD=12.5259;RBI=0.0206977;REFB=-0.00703419;REVB=-0.00777557;RO=59;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775113;STB=0.548752;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0131366;OID=.;OPOS=134226278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:59:60:34:34:0.361702:19:15:22:37:19:15:22:38 chr11 134244123 . C G 721.75 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274761;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.039;QD=55.5194;RBI=0.0370291;REFB=0;REVB=0.0248236;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105131;OID=.;OPOS=134244123;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:29:22:1:0:29:23:0:0 chr11 134249321 . T C 1772.73 PASS AF=0.991597;AO=95;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.032;QD=59.5875;RBI=0.065547;REFB=0;REVB=0.0587195;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000931589;OID=.;OPOS=134249321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:0:0:95:118:0.991597:43:52:0:0:65:53:0:0 chr12 87647 . C T 205.79 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.00696171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.355;QD=10.8312;RBI=0.010804;REFB=-0.0177927;REVB=0.00826206;RO=50;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104464;STB=0.560395;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0324431;OID=.;OPOS=87647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:16:10:15:35:16:10:15:35 chr12 90902 . C T 1235.74 PASS AF=0.468864;AO=127;DP=272;FAO=128;FDP=273;FR=.;FRO=145;FSAF=51;FSAR=77;FSRF=65;FSRR=80;FWDB=0.0478857;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.093;QD=18.1061;RBI=0.0484059;REFB=-0.0288246;REVB=0.00707733;RO=143;SAF=50;SAR=77;SRF=63;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465747;STB=0.5273;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0312658;OID=.;OPOS=90902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:143:145:127:128:0.468864:77:50:63:80:77:51:65:80 chr12 90914 . C T 378.47 PASS AF=0.23166;AO=59;DP=258;FAO=60;FDP=259;FR=.;FRO=199;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=88;FSRR=111;FWDB=-0.0158307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.374;QD=5.84514;RBI=0.0160859;REFB=-0.00885481;REVB=-0.00285391;RO=195;SAF=26;SAR=33;SRF=86;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000447566;STB=0.506929;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0330346;OID=.;OPOS=90914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:195:199:59:60:0.23166:33:26:86:109:34:26:88:111 chr12 92934 . G A 358.35 PASS AF=0.316901;AO=44;DP=142;FAO=45;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=-0.120064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0338;QD=10.0944;RBI=0.120133;REFB=-0.0277402;REVB=0.00406438;RO=77;SAF=21;SAR=23;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325339;STB=0.588964;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0587739;OID=.;OPOS=92934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:97:44:45:0.316901:23:21:39:38:24:21:58:39 chr12 92991 . C G 89.71 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00927528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9718;QD=4.84921;RBI=0.0215262;REFB=-0.00105417;REVB=0.0194254;RO=59;SAF=6;SAR=9;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115245;STB=0.573671;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00414152;OID=.;OPOS=92991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:9:6:29:30:9:6:29:30 chr12 235022 . C T 400.24 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000744199;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.05;QD=53.3647;RBI=0.0178006;REFB=0.022379;REVB=0.017785;RO=1;SAF=24;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190217;STB=0.510197;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-8.2771e-08;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:5:24:1:0:5:24:1:0 chr12 248071 . G C 375.65 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0263173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4066;QD=23.8508;RBI=0.0263214;REFB=-0.0048064;REVB=-0.000463326;RO=24;SAF=14;SAR=23;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149879;STB=0.598904;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00316461;OID=.;OPOS=248071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:26:37:37:0.587302:23:14:14:10:23:14:16:10 chr12 274647 . T C 405.69 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0309484;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.161;QD=17.2633;RBI=0.0330737;REFB=-0.00338839;REVB=-0.0116649;RO=52;SAF=24;SAR=18;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00554115;STB=0.503104;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00437092;OID=.;OPOS=274647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:18:24:30:22:18:24:30:22 chr12 284058 . T C 354.16 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8059;QD=54.4863;RBI=0.0543347;REFB=0;REVB=0.004602;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566482;OID=.;OPOS=284058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:23:26:1:20:3:0:0:21:5:0:0 chr12 311949 . A G 808.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0431;QD=56.7203;RBI=0.0726814;REFB=0;REVB=-0.0203775;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774423;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:37:19:0:0:37:20:0:0 chr12 406292 . G A 523.85 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00645552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.485;QD=19.9562;RBI=0.0145565;REFB=-0.00605028;REVB=-0.0130468;RO=51;SAF=23;SAR=31;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917121;STB=0.550603;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00526027;OID=.;OPOS=406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:31:23:27:24:31:23:27:24 chr12 427575 . A G 445.64 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00845607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.034;QD=26.2138;RBI=0.0317087;REFB=0.00401817;REVB=-0.0305604;RO=26;SAF=28;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971463;STB=0.553165;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00221029;OID=.;OPOS=427575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:14:28:14:12:14:28:14:12 chr12 496439 . A T 361.11 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00121552;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=337.227;QD=15.2045;RBI=0.00591983;REFB=-0.00402944;REVB=-0.0057937;RO=56;SAF=13;SAR=26;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106791;STB=0.560574;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00597457;OID=.;OPOS=496439;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:26:13:24:32:26:13:24:32 chr12 520947 . A C 247.53 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0149143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.472;QD=11.513;RBI=0.0189829;REFB=-0.00692627;REVB=0.0117438;RO=56;SAF=15;SAR=15;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141175;STB=0.581342;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.012438;OID=.;OPOS=520947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:15:15:35:21:15:15:35:21 chr12 657404 . G A 283.66 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0099087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.9;QD=19.9059;RBI=0.0185008;REFB=-0.0187646;REVB=0.0156236;RO=27;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10425;STB=0.557992;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0248667;OID=.;OPOS=657404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:17:13:15:12:17:13:15:12 chr12 661656 . A G 182.92 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0115014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1256;QD=13.3034;RBI=0.017825;REFB=-0.0131695;REVB=-0.0136179;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802919;STB=0.546176;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0207751;OID=.;OPOS=661656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:9:13:17:16:9:13:17:16 chr12 662448 . T C 1665.48 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0266639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.781;QD=58.4379;RBI=0.0349311;REFB=-0.128894;REVB=0.0225659;RO=1;SAF=58;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008116;STB=0.500314;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000285867;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:1:2:112:112:0.982456:54:58:1:0:54:58:1:1 chr12 862989 . T C 885.14 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0632455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4853;QD=58.0419;RBI=0.0673664;REFB=0;REVB=-0.0231999;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000908701;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr12 939302 . A G 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0404369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.315;QD=25.4983;RBI=0.0414216;REFB=0.00171115;REVB=0.00897803;RO=16;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102796;STB=0.557325;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.000799302;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:17:6:6:10:17:6:6:10 chr12 974404 . T C 481.41 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.31;QD=58.3522;RBI=0.0900399;REFB=0;REVB=0.0256106;RO=0;SAF=0;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188967;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:31:0:0:0:32:1:0:0 chr12 990912 . A C 837.22 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.096;QD=55.8149;RBI=0.0254155;REFB=-0.133847;REVB=0.013524;RO=1;SAF=18;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254817;STB=0.512816;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000756082;OID=.;OPOS=990912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:40:18:1:0:40:19:1:0 chr12 994487 . G C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.325;QD=57.2377;RBI=0.00540302;REFB=0;REVB=-0.000123102;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16315e-05;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr12 998365 . G T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5841;QD=57.8837;RBI=0.0395412;REFB=0;REVB=0.0342283;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010909;OID=.;OPOS=998365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr12 1017197 . C T 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4395;QD=59.4334;RBI=0.0097997;REFB=0;REVB=-0.00928481;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161596;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr12 1702561 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0285829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.197;QD=9.19978;RBI=0.0314431;REFB=-0.0157381;REVB=-0.0131029;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350874;STB=0.521677;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0337905;OID=.;OPOS=1702561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:7:6:3:4:7:6 chr12 1983782 . C T 498.44 PASS AF=0.516129;AO=47;DP=92;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0183322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3591;QD=21.4384;RBI=0.0573266;REFB=-0.00522872;REVB=-0.0543164;RO=44;SAF=21;SAR=26;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538803;STB=0.528547;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00686367;OID=.;OPOS=1983782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:44:45:47:48:0.516129:26:21:17:27:26:22:18:27 chr12 1988167 . T C 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0192268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.553;QD=18.9039;RBI=0.0307989;REFB=-0.0272785;REVB=-0.0240604;RO=40;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00926668;STB=0.503041;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0285394;OID=.;OPOS=1988167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:41:39:39:0.4875:24:15:15:25:24:15:16:25 chr12 1989018 . T C 137.45 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0262864;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.392;QD=9.99634;RBI=0.0403566;REFB=-0.0227435;REVB=0.0306216;RO=36;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513498;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0564034;OID=.;OPOS=1989018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:36:37:18:18:0.327273:12:6:12:24:12:6:13:24 chr12 1995118 . C T 124.07 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00531472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.818;QD=7.51939;RBI=0.0218771;REFB=-0.0178818;REVB=0.0212217;RO=45;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538933;STB=0.536043;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0426055;OID=.;OPOS=1995118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:48:18:18:0.272727:10:8:18:27:10:8:19:29 chr12 1995403 . T C 2140.62 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.965;QD=62.9594;RBI=0.0530383;REFB=0;REVB=0.0508926;RO=0;SAF=85;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.553e-05;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:51:85:0:0:51:85:0:0 chr12 2024410 . G A 286.78 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00640552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.787;QD=31.0035;RBI=0.0204799;REFB=-0.0185998;REVB=0.0194524;RO=12;SAF=10;SAR=15;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102239;STB=0.505613;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00831317;OID=.;OPOS=2024410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:15:10:5:7:15:10:5:7 chr12 2062323 . T TTGC 176.46 PASS AF=0.343284;AO=21;DP=79;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00647967;FXX=0.042851;HRUN=2;LEN=3;MLLD=149.98;QD=10.5351;RBI=0.0242677;REFB=-0.0722702;REVB=-0.0233867;RO=55;SAF=7;SAR=14;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174594;STB=0.557718;STBP=0.478;TYPE=ins;VARB=0.136168;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.343284:21:79:23:67:44:9:14:21:23:99:55:7:14:26:29 chr12 2694638 . C T 271.76 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0190251;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.498;QD=14.4938;RBI=0.0197663;REFB=-0.00862093;REVB=-0.00536218;RO=44;SAF=12;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142046;STB=0.580733;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0104847;OID=.;OPOS=2694638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:19:12:23:21:19:12:23:21 chr12 2721137 . C T 222.86 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=70;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0186722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.55;QD=12.5553;RBI=0.0189861;REFB=-0.00871664;REVB=0.00343799;RO=44;SAF=19;SAR=7;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121464;STB=0.54804;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0156243;OID=.;OPOS=2721137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:44:26:27:0.380282:7:19:28:16:8:19:28:16 chr12 2750893 . C T 473.48 PASS AF=0.456897;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00138465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.446;QD=16.3268;RBI=0.00970318;REFB=-0.0280011;REVB=0.00960388;RO=63;SAF=31;SAR=21;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179815;STB=0.603734;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0270666;OID=.;OPOS=2750893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:52:53:0.456897:21:31:26:37:21:32:26:37 chr12 2788879 . G A 555.3 PASS AF=0.625;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00911408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.69;QD=27.765;RBI=0.0154538;REFB=-0.0131011;REVB=0.0124802;RO=30;SAF=32;SAR=18;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200625;STB=0.510913;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0100504;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:30:50:50:0.625:18:32:20:10:18:32:20:10 chr12 2791130 . C T 232.73 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0219116;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.124;QD=12.2491;RBI=0.0219184;REFB=-0.00580405;REVB=-0.00054884;RO=47;SAF=18;SAR=10;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237527;STB=0.642755;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00680012;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:47:48:28:28:0.368421:10:18:20:27:10:18:20:28 chr12 2791132 . A G 266.57 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0305176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.684;QD=13.4972;RBI=0.0340542;REFB=-0.00453617;REVB=-0.0151117;RO=48;SAF=19;SAR=12;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187134;STB=0.60681;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0140213;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:12:19:21:27:12:19:21:27 chr12 2791205 . A G 1539.56 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.944;QD=58.6499;RBI=0.0306703;REFB=-0.0307606;REVB=0.0125995;RO=1;SAF=39;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120104;STB=0.506328;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000510074;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:103:104:0.990476:64:39:1:0:65:39:1:0 chr12 2801469 . C CT 121.52 PASS AF=0.54386;AO=25;DP=60;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0132265;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.59834;QD=8.52765;RBI=0.168165;REFB=-0.0207766;REVB=0.167644;RO=30;SAF=19;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151149;STB=0.550528;STBP=0.436;TYPE=ins;VARB=0.0513662;OID=.;OPOS=2801470;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54386:25:60:31:57:26:21:10:15:11:80:30:19:6:19:11 chr12 2937150 . C T 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00357196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.562;QD=12.5922;RBI=0.00990336;REFB=-1.87361e-05;REVB=0.00923676;RO=48;SAF=12;SAR=17;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20477;STB=0.617281;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=6.42156e-05;OID=.;OPOS=2937150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:17:12:29:19:17:12:29:19 chr12 2944024 . G C 434.15 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00513984;FXX=0.0227247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.862;QD=20.193;RBI=0.00847234;REFB=-0.0185811;REVB=0.00673517;RO=40;SAF=25;SAR=17;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255908;STB=0.626616;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0157607;OID=.;OPOS=2944024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:40:43:42:43:0.5:17:25:12:28:17:26:15:28 chr12 2968458 . T C 802.65 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8751;QD=64.2123;RBI=0.0923168;REFB=0;REVB=-0.0652142;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00167707;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr12 2996174 . A G 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00677971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.44;QD=62.1592;RBI=0.019095;REFB=0;REVB=0.017851;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2947e-05;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr12 2997159 . G A 97.57 PASS AF=0.254902;AO=12;DP=48;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.000623745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.841;QD=7.65279;RBI=0.0423736;REFB=-0.010879;REVB=-0.042369;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906472;STB=0.528258;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0301032;OID=.;OPOS=2997159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:48:51:32:38:12:13:0.254902:5:7:21:11:5:8:22:16 chr12 2997397 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3107;QD=56.7065;RBI=0.0158957;REFB=0;REVB=0.01549;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286001;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr12 3310439 . C T 1098.25 PASS AF=0.986301;AO=68;DP=79;FAO=72;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414395;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.205;QD=60.1781;RBI=0.0456218;REFB=0;REVB=0.0190818;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418854;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:73:0:0:68:72:0.986301:39:29:0:0:39:33:0:0 chr12 3393419 . C T 258.22 PASS AF=0.453125;AO=30;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0163563;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.372;QD=16.139;RBI=0.0309347;REFB=-0.0142803;REVB=-0.026257;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609604;STB=0.52406;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0166738;OID=.;OPOS=3393419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:35:30:29:0.453125:17:13:13:22:17:12:13:22 chr12 3409149 . G A 125.15 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0259819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.541;QD=14.3026;RBI=0.0370139;REFB=-0.010085;REVB=0.0263623;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067199;STB=0.54161;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.010252;OID=.;OPOS=3409149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:14:15:0.428571:9:5:8:11:10:5:8:12 chr12 3409211 . G A 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0544546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3945;QD=24.5162;RBI=0.0567728;REFB=-0.0120817;REVB=0.0160576;RO=22;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824948;STB=0.504584;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00837463;OID=.;OPOS=3409211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:12:15:12:10:12:15:12:10 chr12 3409277 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.358;QD=57.1062;RBI=0.0726267;REFB=0;REVB=0.0714495;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105655;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr12 3701464 . G A 229.02 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0162246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5054;QD=14.0934;RBI=0.0187837;REFB=-0.00144751;REVB=0.00946503;RO=37;SAF=19;SAR=8;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310306;STB=0.670458;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00198875;OID=.;OPOS=3701464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:8:19:15:22:8:19:16:22 chr12 3749874 . T C 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.727;QD=56.8273;RBI=0.0360505;REFB=-0.0794179;REVB=0.0246087;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000219184;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:31:33:0:0:31:33:0:1 chr12 3835401 . G A 84.5 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00940187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.344;QD=22.5345;RBI=0.0239376;REFB=-0.0422383;REVB=0.022014;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964512;STB=0.533267;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0352101;OID=.;OPOS=3835401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:15:5:5:9:10:0.666667:5:4:3:2:5:5:3:2 chr12 3920413 . G A 205.79 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0252196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.8345;QD=9.79932;RBI=0.0396186;REFB=-0.0893138;REVB=0.0305549;RO=43;SAF=16;SAR=5;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289498;STB=0.595658;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.112816;OID=.;OPOS=3920413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:56:21:28:0.333333:5:16:23:20:11:17:26:30 chr12 4406979 . C A 264.92 PASS AF=0.461538;AO=26;DP=61;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.502;QD=16.3029;RBI=0.0734888;REFB=-0.0297293;REVB=0.0727203;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149334;STB=0.611555;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0394423;OID=.;OPOS=4406979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:35:35:26:30:0.461538:15:11:20:15:19:11:20:15 chr12 4407061 . T C 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0272178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4313;QD=21.8711;RBI=0.0338711;REFB=-0.0174187;REVB=0.0201604;RO=23;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310483;STB=0.517229;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0142966;OID=.;OPOS=4407061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:16:12:9:14:16:12:9:14 chr12 4410829 . A C 131.42 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0121663;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.746;QD=13.4789;RBI=0.0125076;REFB=-0.0156745;REVB=0.0029017;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482327;STB=0.528264;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0523744;OID=.;OPOS=4410829;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:24:15:15:0.384615:10:5:9:15:10:5:9:15 chr12 4412762 . A G 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00987265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.613;QD=25.3678;RBI=0.00998777;REFB=-0.020837;REVB=0.00151206;RO=14;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741757;STB=0.541138;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0130128;OID=.;OPOS=4412762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:13:8:4:10:13:8:4:10 chr12 4414126 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.8;QD=44.6896;RBI=0.0279336;REFB=0;REVB=0.0279336;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506808;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr12 4459032 . G A 223.55 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0822717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.421;QD=14.9032;RBI=0.0827268;REFB=-0.0138226;REVB=-0.00866541;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481196;STB=0.527323;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0184794;OID=.;OPOS=4459032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:15:11:16:18:15:11:16:18 chr12 4461485 . G A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00229313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.24;QD=15.6538;RBI=0.0206336;REFB=-0.00490315;REVB=-0.0205058;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1807;STB=0.601552;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00810528;OID=.;OPOS=4461485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:14:12:9:23:14:12:9:23 chr12 4462161 . C T 189.34 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00488311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.927;QD=9.23605;RBI=0.0403001;REFB=-0.0068806;REVB=-0.0400032;RO=53;SAF=13;SAR=12;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034068;STB=0.507806;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.027943;OID=.;OPOS=4462161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:57:25:25:0.304878:12:13:26:27:12:13:29:28 chr12 4554548 . G C 1472.88 PASS AF=0.990196;AO=96;DP=98;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229055;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1687;QD=57.7601;RBI=0.063831;REFB=-0.131365;REVB=0.0595796;RO=0;SAF=36;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00309006;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:102:0:1:96:101:0.990196:60:36:0:0:62:39:1:0 chr12 4705317 . C T 729.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4057;QD=57.1838;RBI=0.0779959;REFB=0;REVB=0.0770038;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112655;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:17:33:0:0:18:33:0:0 chr12 4735737 . A G 2048.47 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7066;QD=61.608;RBI=0.0803783;REFB=-0.111236;REVB=-0.0794548;RO=1;SAF=61;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772825;STB=0.504064;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000552072;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:71:61:1:0:71:61:1:0 chr12 4736495 . C T 854.36 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0401934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.568;QD=56.0238;RBI=0.042145;REFB=-0.0825312;REVB=0.0126763;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000208696;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:22:38:0:0:22:38:1:0 chr12 4736631 . A G 1608.19 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00395359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9873;QD=59.0161;RBI=0.0195631;REFB=-0.0174463;REVB=-0.0191595;RO=1;SAF=30;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155568;STB=0.508195;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00012583;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:78:30:1:0:78:30:1:0 chr12 4736677 . G C 1492.46 PASS AF=1;AO=97;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318383;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6371;QD=58.5277;RBI=0.0322345;REFB=0;REVB=0.00503812;RO=0;SAF=36;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028092;OID=.;OPOS=4736677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:97:102:1:61:36:0:0:62:40:0:0 chr12 4736690 . A G 1449.27 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00471107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7761;QD=57.3967;RBI=0.0161313;REFB=-0.157341;REVB=0.015428;RO=1;SAF=40;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117106;STB=0.501971;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00207363;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:1:2:99:99:0.980198:59:40:1:0:59:40:1:1 chr12 4737318 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.103;QD=55.0985;RBI=0.0415918;REFB=0;REVB=-0.00997456;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208784;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr12 4737459 . C T 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.253;QD=62.6678;RBI=0.035623;REFB=0;REVB=-0.00757275;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88328e-05;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr12 4737715 . C T 1138.58 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525247;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.284;QD=60.724;RBI=0.0594851;REFB=0;REVB=0.0279218;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61486e-05;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr12 4794351 . A G 643.44 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00859969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.067;QD=21.0964;RBI=0.0171374;REFB=-0.0116112;REVB=0.0148235;RO=58;SAF=26;SAR=38;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825389;STB=0.545393;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0109434;OID=.;OPOS=4794351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:58:64:64:0.52459:38:26:29:29:38:26:29:29 chr12 4830000 . T G 562.53 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0226731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.327;QD=23.9373;RBI=0.0316939;REFB=-0.0144121;REVB=-0.0221458;RO=42;SAF=24;SAR=28;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314078;STB=0.517235;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0112605;OID=.;OPOS=4830000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:28:24:21:21:28:24:21:21 chr12 4835882 . T G 291.05 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0217079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.848;QD=17.3761;RBI=0.024373;REFB=-0.0193155;REVB=-0.0110819;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146671;STB=0.581786;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.022155;OID=.;OPOS=4835882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:17:15:11:24:17:15:11:24 chr12 4873163 . G T 912.74 PASS AF=0.5;AO=87;DP=180;FAO=92;FDP=184;FR=.;FRO=92;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.0131768;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7708;QD=19.8422;RBI=0.0183183;REFB=-0.00687173;REVB=0.0127253;RO=92;SAF=44;SAR=43;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01491;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00433705;OID=.;OPOS=4873163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:184:92:92:87:92:0.5:43:44:48:44:44:48:48:44 chr12 4881766 . C T 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0331702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8597;QD=21.8817;RBI=0.0384062;REFB=-0.000375237;REVB=0.0193592;RO=27;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014834;STB=0.508192;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00137939;OID=.;OPOS=4881766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:17:17:13:14:17:17:13:14 chr12 4921228 . T C 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0123712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.002;QD=16.3237;RBI=0.0562555;REFB=-0.00528371;REVB=0.0548784;RO=49;SAF=16;SAR=22;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170145;STB=0.595618;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00720281;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:22:16:29:20:22:16:29:20 chr12 4921301 . T C 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0175152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.593;QD=19.6968;RBI=0.0233294;REFB=-0.00313795;REVB=-0.0154103;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850945;STB=0.557981;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00195347;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:10:11:13:8:10:11:14:8 chr12 4922030 . C G 624.34 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0139897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.757;QD=21.7162;RBI=0.014523;REFB=-0.0310731;REVB=0.00389926;RO=53;SAF=31;SAR=31;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119034;STB=0.565197;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0227936;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:53:53:62:62:0.53913:31:31:19:34:31:31:19:34 chr12 4922734 . A G 191.77 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.02085;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.123;QD=15.9809;RBI=0.0249561;REFB=-0.00858903;REVB=-0.0137144;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278261;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01146;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:30:28:19:20:0.416667:10:9:15:15:10:10:14:14 chr12 4923049 . T C 180.48 PASS AF=0.307692;AO=23;DP=77;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00732478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6349;QD=9.25547;RBI=0.0129696;REFB=-0.00239939;REVB=-0.0107032;RO=54;SAF=10;SAR=13;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163495;STB=0.607962;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0028624;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:54:54:23:24:0.307692:13:10:31:23:14:10:31:23 chr12 4959904 . G GA 85.66 PASS AF=0.367089;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0749927;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.1979;QD=4.33733;RBI=0.0892361;REFB=-0.0108822;REVB=-0.0483651;RO=45;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205879;STB=0.604438;STBP=0.169;TYPE=ins;VARB=-0.0530607;OID=.;OPOS=4959905;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367089:28:78:29:79:50:17:12:21:29:85:45:16:12:17:28 chr12 4959987 . C T 405.67 PASS AF=0.456522;AO=41;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.0062428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.025;QD=17.638;RBI=0.00698122;REFB=-0.0314186;REVB=-0.00312488;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249377;STB=0.631089;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0230213;OID=.;OPOS=4959987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:41:42:0.456522:19:22:14:36:20:22:14:36 chr12 4959993 . C A 378.24 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=-0.00239719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8098;QD=16.4451;RBI=0.0191019;REFB=-0.028377;REVB=0.0189509;RO=52;SAF=21;SAR=19;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255952;STB=0.642791;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0380905;OID=.;OPOS=4959993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:19:21:14:38:19:21:14:38 chr12 4960023 . C A 380.02 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=42;FWDB=0.0523915;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.802;QD=16.345;RBI=0.0532068;REFB=-0.00459616;REVB=-0.00927911;RO=53;SAF=22;SAR=18;SRF=11;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341083;STB=0.689571;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00982421;OID=.;OPOS=4960023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:53:53:40:40:0.430108:18:22:11:42:18:22:11:42 chr12 5021228 . T C 1549.2 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.16;QD=63.8847;RBI=0.0583217;REFB=0;REVB=0.0202782;RO=0;SAF=71;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.66521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202456;OID=.;OPOS=5021228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:26:71:0:0:26:71:0:0 chr12 5021348 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.807;QD=55.6561;RBI=0.016363;REFB=0;REVB=0.0111234;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110548;OID=.;OPOS=5021348;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr12 5021984 . T A 396.15 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022715;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.047;QD=56.5928;RBI=0.0619321;REFB=0;REVB=0.0576161;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406421;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr12 5022041 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2646;QD=47.8215;RBI=0.0237433;REFB=0;REVB=-0.023443;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00040854;OID=.;OPOS=5022041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr12 5022438 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.279;QD=60.2301;RBI=0.0199625;REFB=0;REVB=0.0123999;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45804e-06;OID=.;OPOS=5022438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr12 5023713 . T A,C 746.61 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=2,51;DP=53;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,44;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653841,0.0156188;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.405,133.936;QD=56.3479;RBI=0.00900589,0.122293;REFB=0,0;REVB=0.00619317,0.121291;RO=0;SAF=0,44;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.167331,0.00133403;OID=.,.;OPOS=5023713,5023713;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:53:53:0:0:2,51:1,52:0.0188679,0.981132:2,7:0,44:0:0:1,8:0,44:0:0 chr12 5023959 . A T 727.83 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6215;QD=63.2894;RBI=0.0940257;REFB=0;REVB=0.0886902;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065351;OID=.;OPOS=5023959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:12:33:0:0:13:33:0:0 chr12 5025094 . T C 784.32 PASS AF=0.982456;AO=53;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016638;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.921;QD=55.0402;RBI=0.0567814;REFB=-0.170492;REVB=0.0542891;RO=1;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285316;STB=0.512816;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000960255;OID=.;OPOS=5025094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:1:1:53:56:0.982456:16:37:0:1:19:37:0:1 chr12 5154462 . T C 782.9 PASS AF=1;AO=44;DP=58;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133586;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7164;QD=57.9927;RBI=0.0201769;REFB=0;REVB=0.0151214;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00733994;OID=.;OPOS=5154462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:54:0:0:44:54:1:19:25:0:0:23:31:0:0 chr12 5603602 . G C 195.0 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.011062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.902;QD=14.1821;RBI=0.0295679;REFB=-0.0203187;REVB=-0.0274206;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117201;STB=0.554603;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0255133;OID=.;OPOS=5603602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:22:23:0.418182:12:10:11:21:13:10:11:21 chr12 5603607 . G A 245.91 PASS AF=0.423077;AO=20;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0207439;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.531;QD=18.9159;RBI=0.0421912;REFB=-0.0178273;REVB=-0.0367395;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133915;STB=0.522801;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0378562;OID=.;OPOS=5603607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:20:22:20:22:0.423077:12:8:11:9:12:10:11:11 chr12 5603632 . G A 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0396022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.458;QD=26.6157;RBI=0.0452286;REFB=-0.0256995;REVB=0.021847;RO=21;SAF=9;SAR=20;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100176;STB=0.555516;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.007391;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:20:9:9:12:20:9:9:12 chr12 5674754 . G A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0111095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.996;QD=13.3417;RBI=0.0203798;REFB=-0.021367;REVB=-0.0170855;RO=32;SAF=17;SAR=4;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376879;STB=0.720106;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.041665;OID=.;OPOS=5674754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:4:17:16:16:4:17:16:16 chr12 6030302 . T C 209.45 PASS AF=0.525;AO=16;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00583171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.462;QD=20.9446;RBI=0.0137618;REFB=-0.0171923;REVB=-0.0124651;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129841;STB=0.526291;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0198973;OID=.;OPOS=6030302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:19:16:21:0.525:7:9:10:4:10:11:11:8 chr12 6030405 . A G 365.99 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0568173;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4705;QD=18.5312;RBI=0.087627;REFB=-0.0374372;REVB=-0.0667105;RO=40;SAF=16;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372264;STB=0.509532;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0368369;OID=.;OPOS=6030405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:40:41:38:38:0.481013:22:16:17:23:22:16:18:23 chr12 6030437 . A G 434.23 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.00289732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.72;QD=17.0285;RBI=0.0245256;REFB=-0.00841;REVB=-0.0243539;RO=55;SAF=22;SAR=25;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102303;STB=0.556938;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00838815;OID=.;OPOS=6030437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:25:22:20:35:25:22:20:35 chr12 6054395 . A G 851.12 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.637;QD=57.7028;RBI=0.022742;REFB=0;REVB=0.0223186;RO=0;SAF=16;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89468e-05;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:43:16:0:0:43:16:0:0 chr12 6061069 . T G 177.38 PASS AF=0.410714;AO=21;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0161283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.298;QD=12.6702;RBI=0.0239591;REFB=-0.0142059;REVB=-0.0177178;RO=33;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345612;STB=0.65844;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0232883;OID=.;OPOS=6061069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:21:23:0.410714:7:14:11:22:9:14:11:22 chr12 6091000 . A G 1932.91 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.366;QD=61.3623;RBI=0.00391177;REFB=0;REVB=-0.000253692;RO=0;SAF=50;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07052e-05;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:124:126:1:74:50:0:0:76:50:0:0 chr12 6105387 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.576;QD=58.2392;RBI=0.0279134;REFB=0;REVB=0.0264888;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5291e-05;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr12 6127535 . T G 56.68 PASS AF=0.117188;AO=12;DP=127;FAO=15;FDP=128;FR=.;FRO=113;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=46;FWDB=-0.00603105;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.387;QD=1.77111;RBI=0.0248947;REFB=-0.0037573;REVB=-0.0241531;RO=114;SAF=7;SAR=5;SRF=67;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00529302;STB=0.610167;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0343198;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:127:128:114:113:12:15:0.117188:5:7:67:47:8:7:67:46 chr12 6127891 . C A 295.52 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0727545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8403;QD=15.3515;RBI=0.0735738;REFB=-0.0151932;REVB=-0.0109491;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147841;STB=0.509026;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0228781;OID=.;OPOS=6127891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:44:33:33:0.428571:20:13:17:26:20:13:18:26 chr12 6127919 . T G 326.99 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0260224;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.715;QD=17.4396;RBI=0.0270254;REFB=-0.0173761;REVB=0.00729423;RO=41;SAF=11;SAR=23;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460854;STB=0.506593;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0178344;OID=.;OPOS=6127919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:40:34:35:0.466667:23:11:15:26:24:11:13:27 chr12 6127943 . A G 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00944505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.98;QD=14.5578;RBI=0.0132291;REFB=-0.00685456;REVB=-0.00926284;RO=35;SAF=7;SAR=19;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895072;STB=0.551104;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.010045;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:19:7:12:23:19:7:12:23 chr12 6128443 . T C 251.65 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0185699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8302;QD=17.0611;RBI=0.0216762;REFB=-0.0161442;REVB=-0.0111811;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150253;STB=0.602903;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0225316;OID=.;OPOS=6128443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:31:28:28:0.474576:18:10:15:14:18:10:17:14 chr12 6143984 . T C 350.94 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00815366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.961;QD=20.054;RBI=0.0087576;REFB=-0.00939368;REVB=0.00319585;RO=34;SAF=20;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230792;STB=0.502332;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0107581;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:33:36:37:0.528571:16:20:18:16:17:20:18:15 chr12 6161757 . C T 128.81 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00519073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5452;QD=12.5671;RBI=0.0167837;REFB=-0.000860545;REVB=-0.0159609;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05679;STB=0.545394;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000652424;OID=.;OPOS=6161757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:26:15:15:0.365854:7:8:12:13:7:8:12:14 chr12 6172202 . T C 1953.48 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634081;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.139;QD=62.0152;RBI=0.0711324;REFB=0;REVB=0.0322372;RO=0;SAF=48;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163491;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:126:0:0:121:126:1:73:48:0:0:73:53:0:0 chr12 6204902 . CA C 551.77 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0459;QD=59.6508;RBI=0.0137287;REFB=0;REVB=0.012097;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000277718;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:37:37:37:0:13:24:0:0:4:0:13:24:0:0 chr12 6219682 . G A 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00143326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.569;QD=12.5664;RBI=0.0233836;REFB=-0.011448;REVB=0.0233396;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591566;STB=0.533966;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0198503;OID=.;OPOS=6219682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:13:12:17:23:13:12:17:23 chr12 6344600 . C A 448.01 PASS AF=0.462264;AO=47;DP=105;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0185381;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.48;QD=16.9061;RBI=0.0245831;REFB=-0.000354095;REVB=0.0161453;RO=58;SAF=28;SAR=19;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162906;STB=0.580612;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000451844;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:58:57:47:49:0.462264:19:28:25:33:21:28:24:33 chr12 6427052 . C T 485.43 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.0246783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7338;QD=16.596;RBI=0.0843982;REFB=-0.027147;REVB=0.0807096;RO=63;SAF=21;SAR=32;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819395;STB=0.539554;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0333359;OID=.;OPOS=6427052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:64:53:53:0.452991:32:21:20:43:32:21:21:43 chr12 6428116 . T G 265.63 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00728127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.67;QD=13.2813;RBI=0.0186342;REFB=-0.00780959;REVB=-0.0171528;RO=48;SAF=10;SAR=21;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176242;STB=0.608105;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0133797;OID=.;OPOS=6428116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:21:10:23:25:21:10:24:25 chr12 6484709 . T C 1110.46 PASS AF=1;AO=50;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.925;QD=58.4452;RBI=0.103636;REFB=0;REVB=0.00376683;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130102;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:50:76:1:29:21:0:0:29:47:0:0 chr12 6495275 . C A 654.14 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=56;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0608474;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.667;QD=47.5741;RBI=0.0647768;REFB=-0.0579222;REVB=0.0222178;RO=5;SAF=20;SAR=30;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699653;STB=0.537298;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00266383;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:56:55:5:5:50:50:0.909091:30:20:4:1:30:20:4:1 chr12 6500105 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.08;QD=44.6898;RBI=0.089193;REFB=0;REVB=-0.0180708;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767267;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr12 6560473 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.768;QD=58.1416;RBI=0.00659886;REFB=0;REVB=-0.00094725;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60532e-05;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr12 6562753 . A G 408.8 PASS AF=0.56338;AO=39;DP=70;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0381629;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.946;QD=23.031;RBI=0.043984;REFB=-0.00249847;REVB=0.0218675;RO=29;SAF=14;SAR=25;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102616;STB=0.54021;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00264283;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:29:31:39:40:0.56338:25:14:7:22:25:15:9:22 chr12 6562768 . G C 378.43 PASS AF=0.558824;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0252228;FXX=0.0144907;HRUN=5;LEN=1;MLLD=66.848;QD=22.2607;RBI=0.0297983;REFB=-0.028689;REVB=0.0158667;RO=29;SAF=13;SAR=24;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067616;STB=0.520895;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0495882;OID=.;OPOS=6562768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:29:30:37:38:0.558824:24:13:8:21:25:13:9:21 chr12 6562810 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0265732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.118;QD=19.7623;RBI=0.0273021;REFB=-0.00475179;REVB=-0.00626688;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703989;STB=0.539618;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00525419;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:14:9:8:17:14:9:8:17 chr12 6572048 . A G 210.78 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0388736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2321;QD=14.0519;RBI=0.0766573;REFB=-0.00709257;REVB=-0.0660695;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217964;STB=0.624395;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0141413;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:9:16:15:20:9:16:15:20 chr12 6619284 . C G 801.69 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.49;QD=57.2633;RBI=0.0865359;REFB=0;REVB=-0.00191341;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230862;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:31:24:0:0:31:25:0:0 chr12 6631169 . C A 129.0 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0476294;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8712;QD=19.8463;RBI=0.0530045;REFB=0.00236343;REVB=-0.0232577;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799787;STB=0.545391;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.000948636;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:4:8:8:6:4:8 chr12 6637845 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.14;QD=62.0204;RBI=0.0114354;REFB=0;REVB=0.0110377;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30596e-05;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr12 6638116 . C T 425.13 PASS AF=0.585714;AO=40;DP=69;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0109229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.448;QD=24.293;RBI=0.0121425;REFB=-0.0271503;REVB=-0.00530375;RO=29;SAF=27;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183208;STB=0.603665;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.016602;OID=.;OPOS=6638116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:29:29:40:41:0.585714:13:27:13:16:13:28:13:16 chr12 6639088 . A G 1601.25 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0055;QD=59.8599;RBI=0.0522428;REFB=0;REVB=0.0399427;RO=0;SAF=66;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130826;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:107:0:0:101:107:1:35:66:0:0:39:68:0:0 chr12 6646320 . T C 254.48 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00500385;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.922;QD=12.8853;RBI=0.00541425;REFB=-0.00570143;REVB=-0.00206775;RO=47;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113886;STB=0.549456;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00976796;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:47:49:30:30:0.379747:16:14:17:30:16:14:19:30 chr12 6647109 . T C 460.54 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0528862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.097;QD=23.9243;RBI=0.0529522;REFB=-0.0292847;REVB=-0.00264257;RO=33;SAF=22;SAR=22;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354919;STB=0.519472;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0232603;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:22:22:18:15:22:22:18:15 chr12 6711147 . C A 41.39 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0473821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.924;QD=16.5557;RBI=0.0502825;REFB=-0.0397752;REVB=0.0168307;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344363;STB=0.699437;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0167111;OID=.;OPOS=6711147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:0:4:3:3:0:4 chr12 6715527 . G A 41.17 PASS AF=0.6;AO=7;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.027668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7184;QD=16.4664;RBI=0.0788491;REFB=0.0291553;REVB=0.0738354;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288883;STB=0.749247;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0196097;OID=.;OPOS=6715527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:3:4:7:6:0.6:4:3:3:0:4:2:4:0 chr12 6747295 . G A 131.82 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0233809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.299;QD=14.6471;RBI=0.0902183;REFB=0.0040378;REVB=-0.087136;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824005;STB=0.531873;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00798898;OID=.;OPOS=6747295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:14:15:0.416667:5:9:15:6:5:10:15:6 chr12 6804678 . TG T 47.94 PASS AF=0.311475;AO=26;DP=66;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.121103;FXX=0.0895389;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.98332;QD=3.14346;RBI=0.269356;REFB=-0.141672;REVB=-0.240597;RO=30;SAF=2;SAR=24;SRF=18;SRR=12;SSEN=0.411765;SSEP=0;SSSB=-0.63946;STB=0.816534;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.126911;OID=.;OPOS=6804679;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311475:26:66:19:61:42:2:17:19:23:47:30:2:24:18:12 chr12 6835068 . A G 591.27 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0444569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6437;QD=46.3744;RBI=0.0449392;REFB=-0.054864;REVB=-0.00656662;RO=4;SAF=20;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852018;STB=0.555531;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0399522;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:4:5:46:46:0.901961:26:20:4:0:26:20:5:0 chr12 6835081 . G A 575.1 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.962;QD=60.5363;RBI=0.0496998;REFB=0;REVB=0.0337391;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53169e-06;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr12 6836852 . A G 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7584;QD=58.1342;RBI=0.0688461;REFB=0;REVB=0.0569442;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122409;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr12 6836913 . G T 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00289894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.087;QD=58.6486;RBI=0.0089396;REFB=-0.00640351;REVB=0.00845651;RO=1;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170572;STB=0.509086;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000124863;OID=.;OPOS=6836913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:27:13:0:1:27:13:0:1 chr12 6840209 . G A 430.94 PASS AF=1;AO=23;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3404;QD=57.4593;RBI=0.208311;REFB=0;REVB=-0.02737;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00400031;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:23:30:1:13:10:0:0:13:17:0:0 chr12 6887020 . T C 454.89 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0106208;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.843;QD=19.7778;RBI=0.0188197;REFB=-0.028365;REVB=-0.0155365;RO=46;SAF=29;SAR=16;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340938;STB=0.683239;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0142373;OID=.;OPOS=6887020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:16:29:12:34:16:29:13:34 chr12 6925149 . C T 101.42 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0138566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.788;QD=16.9036;RBI=0.0147147;REFB=-0.0265896;REVB=0.00495149;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722214;STB=0.541598;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0327169;OID=.;OPOS=6925149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:5:7:6:6:5:7 chr12 6926363 . T C 1175.31 PASS AF=0.967742;AO=56;DP=94;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.145794;FXX=0.0210504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1945;QD=50.5511;RBI=0.145798;REFB=-0.00961187;REVB=0.00110104;RO=0;SAF=1;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500397;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00733462;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:93:0:3:56:90:0.967742:55:1:0:0:59:31:1:2 chr12 6928075 . T C 763.06 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.71;QD=63.5882;RBI=0.086074;REFB=0;REVB=0.039358;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104784;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:42:48:1:26:16:0:0:31:17:0:0 chr12 6928586 . CA AG 1549.28 PASS AF=0.947368;AO=108;DP=114;FAO=108;FDP=114;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0722276;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=50.1424;QD=54.3608;RBI=0.0738802;REFB=-0.0735511;REVB=0.0155386;RO=4;SAF=51;SAR=57;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00188692;STB=0.501466;STBP=0.925;TYPE=mnp;VARB=0.00392818;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:114:114:4:6:108:108:0.947368:57:51:2:2:57:51:3:3 chr12 6933787 . A G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0200993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.423;QD=9.49169;RBI=0.0343422;REFB=-0.0281877;REVB=-0.027846;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333098;STB=0.705928;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0369157;OID=.;OPOS=6933787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:7:2:9:9:7:2:9:9 chr12 6939850 . A G 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0891279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.081;QD=13.2873;RBI=0.089172;REFB=-0.00125531;REVB=0.00280313;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602745;STB=0.534495;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00151482;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:11:16:22:19:11:16:22:19 chr12 6941021 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0256032;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.497;QD=16.9316;RBI=0.0258612;REFB=-0.0209009;REVB=-0.00364388;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166901;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:6:6:6:6:6:6 chr12 6942823 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.454;QD=62.9826;RBI=0.0607377;REFB=0;REVB=0.012287;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142919;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:12:32:0:0:13:32:0:0 chr12 6946247 . G T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0113818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.966;QD=10.6687;RBI=0.0598266;REFB=-0.0245359;REVB=0.058734;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123941;STB=0.507448;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0394849;OID=.;OPOS=6946247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:11:7:4:6:11:7 chr12 6948468 . T C 159.82 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0135772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.468;QD=26.6367;RBI=0.020196;REFB=-0.0246751;REVB=-0.0149513;RO=8;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168034;STB=0.592916;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0155509;OID=.;OPOS=6948468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:6:10:7:1:6:10:7:1 chr12 6970635 . G A 349.83 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0141904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.168;QD=17.7131;RBI=0.0163648;REFB=-0.0223223;REVB=0.00815115;RO=42;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073153;STB=0.540961;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0263831;OID=.;OPOS=6970635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:23:14:19:23:23:14:19:23 chr12 7047017 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0251389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.803;QD=12.9748;RBI=0.0411333;REFB=-0.00561975;REVB=0.0325575;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503811;STB=0.517017;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0074939;OID=.;OPOS=7047017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:7:5:7:10:7:5:8:10 chr12 7055860 . T C 793.84 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000985727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.035;QD=56.7028;RBI=0.00301839;REFB=0;REVB=-0.0028529;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03381e-06;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:30:26:0:0 chr12 7065635 . T C 820.41 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999066;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.99;QD=57.5728;RBI=0.035603;REFB=0;REVB=0.0341726;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79701e-05;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr12 7079215 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.441;QD=57.6797;RBI=0.0170633;REFB=0;REVB=-0.00382137;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48951e-05;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr12 7080212 . TT CT,GC,GT 742.2 PASS AF=0.910714,0.0357143,0.0357143;AO=48,2,4;DP=55;FAO=51,2,2;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=13,0,1;FSAR=38,2,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0231227,-0.0309221,-0.0496955;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=109.255,83.3337,9.24838;QD=53.0145;RBI=0.0853053,0.055708,0.0633157;REFB=-0.0796371,-0.134586,-0.112417;REVB=0.0821117,0.046338,-0.0392331;RO=1;SAF=13,0,1;SAR=35,2,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0132549,0,0.119989;STB=0.506491,0.5,0.665164;STBP=0.644,1,0.662;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.000276882,0.00475574,-0.00472369;OID=.,.,.;OPOS=7080212,7080212,7080212;OREF=T,TT,T;OALT=C,GC,G;OMAPALT=CT,GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:56:1:1:48,2,4:51,2,2:0.910714,0.0357143,0.0357143:35,2,3:13,0,1:0:1:38,2,1:13,0,1:0:1 chr12 7241055 . A G 512.08 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00517251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.064;QD=19.6953;RBI=0.0167456;REFB=-0.0122238;REVB=-0.0159267;RO=51;SAF=34;SAR=19;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223651;STB=0.623577;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0117513;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:19:34:20:31:19:34:20:31 chr12 7242204 . C T 393.75 PASS AF=0.456522;AO=40;DP=90;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0611049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7836;QD=17.1195;RBI=0.136602;REFB=0.00289719;REVB=0.122173;RO=50;SAF=18;SAR=22;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029887;STB=0.515097;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.000289425;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:50:50:40:42:0.456522:22:18:24:26:23:19:24:26 chr12 7242299 . G A 532.15 PASS AF=0.445312;AO=55;DP=126;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.010277;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.142;QD=16.6296;RBI=0.0111177;REFB=-0.0243286;REVB=-0.00424097;RO=69;SAF=23;SAR=32;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188477;STB=0.599477;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0288453;OID=.;OPOS=7242299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:69:71:55:57:0.445312:32:23:42:27:32:25:44:27 chr12 7281317 . C T 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0558;QD=59.6763;RBI=0.0070823;REFB=0;REVB=-0.00684513;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69942e-05;OID=.;OPOS=7281317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr12 7463241 . A T 1111.25 PASS AF=0.572222;AO=103;DP=180;FAO=103;FDP=180;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=67;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=0.012101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.36;QD=24.6943;RBI=0.0122136;REFB=-0.0136622;REVB=0.00165455;RO=77;SAF=36;SAR=67;SRF=24;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331126;STB=0.517982;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0103013;OID=.;OPOS=7463241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:77:77:103:103:0.572222:67:36:24:53:67:36:24:53 chr12 7469737 . G A 116.15 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00289787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.035;QD=11.3321;RBI=0.0479556;REFB=-0.0126566;REVB=-0.047868;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102754;STB=0.56089;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0249468;OID=.;OPOS=7469737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:7:7:16:11:7:7:16:11 chr12 7476145 . T G 349.25 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0324332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.189;QD=13.5632;RBI=0.0329002;REFB=-0.00704088;REVB=0.00552412;RO=61;SAF=22;SAR=19;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300537;STB=0.512351;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0106851;OID=.;OPOS=7476145;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:62:41:41:0.398058:19:22:31:30:19:22:32:30 chr12 7528471 . G A 443.79 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.00936984;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.629;QD=14.9173;RBI=0.00989266;REFB=-0.0135621;REVB=-0.00317345;RO=68;SAF=23;SAR=27;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963839;STB=0.557506;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0137601;OID=.;OPOS=7528471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:69:50:50:0.420168:27:23:25:43:27:23:25:44 chr12 7551022 . A T 873.43 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.298;QD=56.3502;RBI=0.0375118;REFB=-0.132476;REVB=0.0266569;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159989;STB=0.508472;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.000496212;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:29:32:0:1:29:32:0:1 chr12 7551050 . A C 941.03 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00282712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.873;QD=57.0319;RBI=0.0319683;REFB=-0.0850899;REVB=0.0318431;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000225065;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:29:36:0:0:29:36:0:1 chr12 7585971 . A G 397.0 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0255351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.711;QD=23.3529;RBI=0.0255356;REFB=-0.00939392;REVB=0.000158701;RO=28;SAF=21;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110438;STB=0.55302;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00687003;OID=.;OPOS=7585971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:29:39:39:0.573529:18:21:11:17:18:21:12:17 chr12 7772997 . G A 356.71 PASS AF=0.352;AO=44;DP=125;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.00507329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.506;QD=11.4146;RBI=0.036603;REFB=-0.0172294;REVB=0.0362497;RO=80;SAF=28;SAR=16;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129574;STB=0.570964;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0252495;OID=.;OPOS=7772997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:80:81:44:44:0.352:16:28:42:38:16:28:43:38 chr12 7773058 . C A 337.97 PASS AF=0.344;AO=42;DP=125;FAO=43;FDP=125;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=-0.0184367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.587;QD=10.8151;RBI=0.0202214;REFB=-0.0152964;REVB=-0.00830626;RO=81;SAF=26;SAR=16;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318229;STB=0.675004;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0207817;OID=.;OPOS=7773058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:81:82:42:43:0.344:16:26:27:54:17:26:27:55 chr12 7773096 . T C 304.08 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0706372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7362;QD=12.5393;RBI=0.0756592;REFB=-0.00423906;REVB=0.0271052;RO=62;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213408;STB=0.621714;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00553924;OID=.;OPOS=7773096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:62:62:35:35:0.360825:17:18:20:42:17:18:20:42 chr12 7779227 . A G 241.13 PASS AF=0.430769;AO=26;DP=63;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.107118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3161;QD=14.8388;RBI=0.107301;REFB=-0.0175178;REVB=-0.00625554;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134961;STB=0.59177;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0337947;OID=.;OPOS=7779227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:37:37:26:28:0.430769:10:16:18:19:10:18:18:19 chr12 7805236 . C G 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0262302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3326;QD=17.3791;RBI=0.0693775;REFB=-0.00624889;REVB=-0.0642278;RO=36;SAF=19;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609479;STB=0.524985;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00603801;OID=.;OPOS=7805236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:14:19:23:13:14:19:23:14 chr12 7966823 . CA C 379.54 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0147786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.445;QD=14.884;RBI=0.0189676;REFB=-0.0182664;REVB=-0.0118897;RO=59;SAF=21;SAR=22;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00323922;STB=0.501824;STBP=0.964;TYPE=del;VARB=0.0317584;OID=.;OPOS=7966824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421569:43:102:43:102:59:21:22:29:30:99:59:21:22:29:30 chr12 7966975 . C T 109.51 PASS AF=0.214286;AO=17;DP=83;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0449435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4249;QD=5.21472;RBI=0.0747376;REFB=0.00362199;REVB=0.0597142;RO=66;SAF=10;SAR=7;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735478;STB=0.564792;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0143166;OID=.;OPOS=7966975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:66:66:17:18:0.214286:7:10:35:31:7:11:35:31 chr12 8043688 . G C 1054.06 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0164517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.419;QD=56.9762;RBI=0.0199848;REFB=0.0160805;REVB=0.0113462;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133212;STB=0.500376;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.000160488;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:37:35:1:0:37:35:1:1 chr12 8278181 . A T 708.25 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.391;QD=62.9558;RBI=0.066649;REFB=0;REVB=0.0438121;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325816;OID=.;OPOS=8278181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr12 8329652 . A G 75.81 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0405179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.57;QD=5.22806;RBI=0.0503631;REFB=0.0207991;REVB=0.0299122;RO=46;SAF=9;SAR=3;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225064;STB=0.646796;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0263401;OID=.;OPOS=8329652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:3:9:27:19:3:9:27:19 chr12 8329676 . C T 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0411894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.619;QD=3.43974;RBI=0.0450257;REFB=-0.00346558;REVB=-0.0181865;RO=50;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183319;STB=0.627617;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0245151;OID=.;OPOS=8329676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:50:50:9:9:0.152542:3:6:26:24:3:6:26:24 chr12 8329700 . A C 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00236656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.754;QD=3.51291;RBI=0.00879208;REFB=0.00154817;REVB=-0.00846758;RO=53;SAF=6;SAR=4;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429439;STB=0.529353;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.0074674;OID=.;OPOS=8329700;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:4:6:30:23:4:6:30:23 chr12 8374770 . G A 220.68 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7516;QD=46.4581;RBI=0.157928;REFB=-0.046955;REVB=0.149191;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00581956;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:19:1:0:18:19:1:10:8:0:1:11:8:0:0 chr12 8374781 . C CACG 227.42 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489702;FXX=0.0526039;HRUN=0;LEN=3;MLLD=263.861;QD=50.5379;RBI=0.0517609;REFB=0;REVB=-0.0167663;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000101259;OID=.;OPOS=8374782;OREF=-;OALT=ACG;OMAPALT=CACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:19:18:18:0:8:10:0:0:4:0:8:9:0:0 chr12 8376110 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.018;QD=59.8384;RBI=0.0229691;REFB=0;REVB=0.0194243;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62341e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr12 8543143 . T A 123.08 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00232469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7469;QD=37.8696;RBI=0.00683928;REFB=0.0218869;REVB=-0.00643207;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531285;STB=0.529364;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00178016;OID=.;OPOS=8543143;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:4:8:1:0:4:8:1:0 chr12 8687377 . T C 574.58 PASS AF=0.5;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00575859;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.391;QD=19.4774;RBI=0.013154;REFB=-0.022483;REVB=0.0118265;RO=59;SAF=15;SAR=44;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228636;STB=0.627067;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0314113;OID=.;OPOS=8687377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:59:59:59:59:0.5:44:15:28:31:44:15:28:31 chr12 8693333 . G A 519.79 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3597;QD=59.405;RBI=0.0589441;REFB=0;REVB=-0.00402088;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000905617;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr12 8693416 . TG GT,TT 31.56 PASS AF=0.153846,0.230769;AO=3,3;DP=13;FAO=2,3;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=1,2;FSAR=1,1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0238314,9.60152e-05;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=44.6029,132.815;QD=9.70977;RBI=0.034361,0.047006;REFB=-0.166012,0.00794205;REVB=-0.0247536,-0.0470059;RO=7;SAF=2,2;SAR=1,1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.056032,-0.056032;STB=0.698321,0.570983;STBP=0.742,0.856;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0643833,0.0391798;OID=.,.;OPOS=8693416,8693417;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:13:13:7:8:3,3:2,3:0.153846,0.230769:1,1:2,2:5:2:1,1:1,2:6:2 chr12 8757481 . G A 455.06 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00395982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7001;QD=16.5478;RBI=0.026556;REFB=-0.00761178;REVB=0.0262591;RO=59;SAF=22;SAR=28;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033885;STB=0.523835;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.009821;OID=.;OPOS=8757481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:60:50:50:0.454545:28:22:28:31:28:22:29:31 chr12 8808006 . T C 142.35 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.026903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.833;QD=13.8882;RBI=0.028431;REFB=-0.0088544;REVB=-0.00919514;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630239;STB=0.505294;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0120454;OID=.;OPOS=8808006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:23:25:16:16:0.390244:11:5:6:17:11:5:8:17 chr12 8926011 . T C 2696.96 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.182;QD=62.3575;RBI=0.0537696;REFB=0;REVB=0.053266;RO=0;SAF=78;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60375e-05;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:173:0:0:171:173:1:93:78:0:0:94:79:0:0 chr12 9004512 . G A 1179.99 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00135977;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.096;QD=59.7464;RBI=0.013607;REFB=-0.161866;REVB=0.0135389;RO=1;SAF=34;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137161;STB=0.507245;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00113376;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:77:78:0.987342:43:34:1:0:44:34:1:0 chr12 9004892 . C A 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.611;QD=57.6768;RBI=0.052006;REFB=0;REVB=0.0225118;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436512;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr12 9010671 . G A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00905649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.139;QD=26.6378;RBI=0.00906089;REFB=5.7523e-05;REVB=-0.0002823;RO=8;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249318;STB=0.640648;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.000145084;OID=.;OPOS=9010671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:13:3:4:4:13:3:4:4 chr12 9013755 . C T 266.52 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0164514;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.739;QD=15.6774;RBI=0.0629512;REFB=-0.00620734;REVB=-0.0607635;RO=38;SAF=6;SAR=24;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29981;STB=0.671406;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0147189;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:24:6:17:21:24:6:17:21 chr12 9016573 . A G 1343.69 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0019797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.203;QD=61.0769;RBI=0.0483488;REFB=0.0444946;REVB=-0.0483083;RO=1;SAF=46;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101897;STB=0.505375;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000356663;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:41:46:1:0:41:46:1:0 chr12 9020489 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.795;QD=53.2772;RBI=0.0854882;REFB=0;REVB=0.0813594;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488541;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr12 9020912 . A G 263.7 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0134119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.732;QD=26.3697;RBI=0.0301014;REFB=-0.0258;REVB=0.0269483;RO=16;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301861;STB=0.516722;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0165029;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:11:13:8:8:11:13:8:8 chr12 9070366 . T A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.359;QD=59.5018;RBI=0.0285486;REFB=0;REVB=0.0187092;RO=0;SAF=49;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6424e-05;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:20:49:0:0:20:49:0:0 chr12 9074259 . C T 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0798738;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.771;QD=54.6368;RBI=0.0800847;REFB=-0.0682895;REVB=0.00580812;RO=0;SAF=42;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39e-08;STB=0.50588;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000522204;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:0:1:51:51:0.980769:9:42:0:0:9:42:1:0 chr12 9086898 . A G 548.2 PASS AF=0.395062;AO=64;DP=161;FAO=64;FDP=162;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=0.0049731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.068;QD=13.5359;RBI=0.0454983;REFB=-0.00601178;REVB=0.0452257;RO=96;SAF=23;SAR=41;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989924;STB=0.556957;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0109833;OID=.;OPOS=9086898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:96:98:64:64:0.395062:41:23:43:53:41:23:44:54 chr12 9093001 . G A 257.53 PASS AF=0.508772;AO=21;DP=49;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0112804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.5885;QD=18.0724;RBI=0.0485775;REFB=-0.0680661;REVB=0.0472496;RO=28;SAF=21;SAR=0;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.81742;STB=0.690452;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0672397;OID=.;OPOS=9093001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:57:28:28:21:29:0.508772:0:21:17:11:4:25:17:11 chr12 9098995 . G GAAC 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0152298;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=245.397;QD=9.7602;RBI=0.0225659;REFB=-0.0114736;REVB=-0.0166516;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500083;STB=0.812575;STBP=0.059;TYPE=ins;VARB=0.0163351;OID=.;OPOS=9098996;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=GAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:7:19:7:19:12:1:6:7:5:46:12:1:6:7:5 chr12 9142297 . T C 242.19 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0379679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.487;QD=22.5297;RBI=0.0422375;REFB=-0.0172029;REVB=0.0185052;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0019894;STB=0.501113;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169411;OID=.;OPOS=9142297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:15:8:7:13:15:8:7:13 chr12 9232268 . T C 306.36 PASS AF=0.478261;AO=31;DP=67;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0312099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.902;QD=17.76;RBI=0.0334445;REFB=-0.0198921;REVB=0.0120198;RO=36;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221024;STB=0.633581;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0276386;OID=.;OPOS=9232268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:36:36:31:33:0.478261:20:11:21:15:22:11:21:15 chr12 9248233 . T C 1952.18 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.905;QD=61.974;RBI=0.024374;REFB=0;REVB=0.0240984;RO=0;SAF=66;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43813e-05;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:60:66:0:0:60:66:0:0 chr12 9268473 . A C 310.68 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0173814;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.538;QD=16.1391;RBI=0.030012;REFB=0.00278874;REVB=0.0244664;RO=43;SAF=13;SAR=21;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241493;STB=0.635803;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00377424;OID=.;OPOS=9268473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:43:43:34:34:0.441558:21:13:27:16:21:13:27:16 chr12 9305473 . T C 1847.82 PASS AF=0.983871;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00115847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.098;QD=59.6071;RBI=0.0225064;REFB=-0.0366231;REVB=0.0224766;RO=2;SAF=54;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00167818;STB=0.500801;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000558737;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:124:2:2:121:122:0.983871:67:54:1:1:67:55:1:1 chr12 9307373 . T G 1958.11 PASS AF=0.971429;AO=121;DP=128;FAO=136;FDP=140;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0485944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.4664;QD=55.9459;RBI=0.134228;REFB=-0.0791558;REVB=0.125122;RO=7;SAF=59;SAR=62;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358069;STB=0.505353;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00856949;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:128:140:7:4:121:136:0.971429:62:59:1:6:77:59:1:3 chr12 9312951 . G A 579.71 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0116733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.151;QD=24.6684;RBI=0.0186837;REFB=-0.00976003;REVB=0.0145881;RO=41;SAF=24;SAR=29;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086083;STB=0.547152;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00901198;OID=.;OPOS=9312951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:29:24:23:18:29:24:23:18 chr12 9315209 . A G 485.31 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00254939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.215;QD=16.4512;RBI=0.00255887;REFB=-0.00287125;REVB=0.000220044;RO=65;SAF=22;SAR=31;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077239;STB=0.543137;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00400762;OID=.;OPOS=9315209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:31:22:32:33:31:22:32:33 chr12 9316773 . T C 533.34 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0465715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.4252;QD=16.9314;RBI=0.0469738;REFB=-0.0151839;REVB=-0.00613452;RO=66;SAF=26;SAR=31;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131619;STB=0.520127;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.01819;OID=.;OPOS=9316773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:66:69:57:57:0.452381:31:26:31:35:31:26:34:35 chr12 9317784 . A G 319.74 PASS AF=0.433735;AO=34;DP=81;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0363728;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.036;QD=15.409;RBI=0.0444352;REFB=-0.0356289;REVB=0.0255246;RO=46;SAF=10;SAR=24;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383795;STB=0.542512;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0484715;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:46:47:34:36:0.433735:24:10:15:31:26:10:16:31 chr12 9317885 . G A 370.46 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00661635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.522;QD=29.0555;RBI=0.0112779;REFB=-0.0342367;REVB=0.00913324;RO=17;SAF=11;SAR=23;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107282;STB=0.558267;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0155746;OID=.;OPOS=9317885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:23:11:3:14:23:11:3:14 chr12 9345273 . A G 947.71 PASS AF=1;AO=23;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0311;QD=54.9399;RBI=0.0683822;REFB=0;REVB=0.0573006;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882231;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:23:69:1:5:18:0:0:47:22:0:0 chr12 9345274 . C G 511.6 PASS AF=0.666667;AO=46;DP=69;FAO=46;FDP=69;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0468758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.041;QD=29.6581;RBI=0.0636811;REFB=-0.0664215;REVB=0.0431039;RO=23;SAF=4;SAR=42;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.598309;STB=0.830757;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0059178;OID=.;OPOS=9345274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:23:23:46:46:0.666667:42:4:18:5:42:4:18:5 chr12 9346792 . G C 212.4 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=96;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00870904;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.0414;QD=9.13539;RBI=0.0239977;REFB=-0.0394195;REVB=-0.0223616;RO=59;SAF=24;SAR=5;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510682;STB=0.817958;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0941544;OID=.;OPOS=9346792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:59:64:29:29:0.311828:5:24:24:35:5:24:24:40 chr12 9439294 . T C 1697.33 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.727;QD=59.5554;RBI=0.0273921;REFB=0.0406519;REVB=-0.00377829;RO=1;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797967;STB=0.504201;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-6.4183e-05;OID=.;OPOS=9439294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:112:113:0.991228:59:53:0:1:59:54:0:1 chr12 9447492 . T C 105.36 PASS AF=0.846154;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.024404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.803;QD=32.4193;RBI=0.0744224;REFB=-0.0102992;REVB=0.0703074;RO=2;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125826;STB=0.542293;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00337739;OID=.;OPOS=9447492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:13:2:2:10:11:0.846154:2:8:1:1:3:8:1:1 chr12 9572819 . C T 175.63 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.762;QD=46.8351;RBI=0.0560567;REFB=0;REVB=0.0545569;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687246;OID=.;OPOS=9572819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr12 9573130 . C T 1041.76 PASS AF=0.872093;AO=74;DP=87;FAO=75;FDP=86;FR=.;FRO=11;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0290975;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.12;QD=48.4539;RBI=0.0376906;REFB=-0.0433775;REVB=0.0239566;RO=11;SAF=51;SAR=23;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401444;STB=0.521858;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00412268;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:87:86:11:11:74:75:0.872093:23:51:6:5:23:52:6:5 chr12 9573224 . C T 1226.48 PASS AF=0.818966;AO=95;DP=116;FAO=95;FDP=116;FR=.;FRO=21;FSAF=80;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0424448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.601;QD=42.2926;RBI=0.0489603;REFB=-0.0214893;REVB=0.0244038;RO=21;SAF=80;SAR=15;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280251;STB=0.65037;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00510219;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:21:21:95:95:0.818966:15:80:6:15:15:80:6:15 chr12 9574002 . C T 1260.36 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.253;QD=61.4809;RBI=0.0354717;REFB=0;REVB=0.0286172;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07322e-05;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:82:0:0:75:82:1:38:37:0:0:43:39:0:0 chr12 9574042 . C A 1309.49 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0354793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.575;QD=57.5598;RBI=0.035525;REFB=-0.10015;REVB=0.00180181;RO=3;SAF=43;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108813;STB=0.511238;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00333494;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:3:4:87:87:0.956044:44:43:2:1:44:43:3:1 chr12 9578197 . A T 958.25 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048071;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2756;QD=58.9693;RBI=0.0481971;REFB=0;REVB=0.00348356;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123169;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:45:20:0:0:45:20:0:0 chr12 9583324 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.471;QD=37.4883;RBI=0.0480433;REFB=0;REVB=0.0206741;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131216;OID=.;OPOS=9583324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr12 9597776 . G A 1294.99 PASS AF=0.888889;AO=96;DP=108;FAO=96;FDP=108;FR=.;FRO=12;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00803074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.648;QD=47.9627;RBI=0.0156712;REFB=-0.0457301;REVB=0.0134571;RO=12;SAF=50;SAR=46;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393229;STB=0.520829;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00297593;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:108:108:12:12:96:96:0.888889:46:50:4:8:46:50:4:8 chr12 9750669 . A G 1644.62 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042505;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.802;QD=60.3532;RBI=0.043965;REFB=0;REVB=0.0112359;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25299e-05;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chr12 9833524 . C G 457.56 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00703837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.512;QD=20.5644;RBI=0.0110552;REFB=-0.000770499;REVB=0.00852515;RO=43;SAF=26;SAR=19;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120393;STB=0.561218;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000898649;OID=.;OPOS=9833524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:44:45:45:0.505618:19:26:19:24:19:26:20:24 chr12 9833628 . C T 226.58 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00358121;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.101;QD=19.7027;RBI=0.0348278;REFB=-0.0114422;REVB=-0.0346432;RO=24;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292463;STB=0.516559;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0220685;OID=.;OPOS=9833628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:17:5:6:18:17:5:6:18 chr12 9885556 . A G 118.2 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0142979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9754;QD=12.7785;RBI=0.0281367;REFB=-0.00769397;REVB=-0.0242331;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213991;STB=0.610532;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.010265;OID=.;OPOS=9885556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:8:6:14:8:8:6:14:9 chr12 9885707 . A ATAAGT 476.98 PASS AF=0.460177;AO=51;DP=118;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0135419;FXX=0.0423693;HRUN=1;LEN=5;MLLD=266.95;QD=16.8841;RBI=0.0188174;REFB=-0.00411911;REVB=-0.0130657;RO=64;SAF=25;SAR=26;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563733;STB=0.541269;STBP=0.441;TYPE=ins;VARB=0.00509507;OID=.;OPOS=9885708;OREF=-;OALT=TAAGT;OMAPALT=ATAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460177:51:118:52:113:61:25:27:34:27:99:64:25:26:35:29 chr12 9905690 . A G 673.87 PASS AF=0.59596;AO=59;DP=99;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.015423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.412;QD=27.2272;RBI=0.031963;REFB=-0.0136064;REVB=0.0279957;RO=40;SAF=38;SAR=21;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741708;STB=0.540467;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00694083;OID=.;OPOS=9905690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:40:40:59:59:0.59596:21:38:22:18:21:38:22:18 chr12 9906143 . GTT G,GT,TGT 394.17 PASS AF=0.181818,0.409091,0.363636;AO=6,17,13;DP=43;FAO=8,18,16;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=7,13,0;FSAR=1,5,16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0674968,-0.125616,-0.056922;FXX=0.0222173;HRUN=5,5,1;LEN=2,1,2;MLLD=12.5738,11.2162,15.1716;QD=35.8338;RBI=0.0690412,0.128704,0.0721771;REFB=-0.0205016,-0.0279203,-0.0692401;REVB=0.0145213,0.028024,-0.0443781;RO=3;SAF=5,13,0;SAR=1,4,13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0.461538,0.461538,0;SSSB=0.146968,0.0363634,-0.83484;STB=0.562356,0.535676,0.998878;STBP=0.67,0.521,0.003;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0425157,0.0398706,-0.0286286;OID=.,.,.;OPOS=9906144,9906144,9906143;OREF=TT,T,GT;OALT=-,-,TG;OMAPALT=G,GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:43:44:3:2:6,17,13:8,18,16:0.181818,0.409091,0.363636:1,4,13:5,13,0:2:1:1,5,16:7,13,0:2:0 chr12 9906151 . GAAAAAC AGAAAAC,GAAAAC,GAAAACA,GAAAACAC,GTAAAAC 205.85 PASS AF=0.179487,0.717949,0.025641,0,0;AO=6,15,2,4,2;DP=40;FAO=7,28,1,0,0;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=0,15,1,0,0;FSAR=7,13,0,0,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0818288,0.0542296,-0.00202029,-0.0773693,-0.0648536;FXX=0.0249938;HRUN=1,5,5,0,5;LEN=2,1,2,1,1;MLLD=15.236,9.17121,9.10438,143.399,52.2245;QD=21.1126;RBI=0.0908659,0.11848,0.00371311,0.0799766,0.0712525;REFB=-0.062326,-0.237076,-0.168572,-0.0339789,-0.0296257;REVB=-0.0395052,-0.105341,-0.00311538,-0.0202546,-0.0295116;RO=7;SAF=0,4,2,4,2;SAR=6,11,0,0,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0.461538,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.787422,-0.276867,0.539624,0.668993,0.539624;STB=0.997382,0.519616,0.990053,0.5,0.5;STBP=0.137,0.484,0.474,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,ins,snp;VARB=0.187587,0.141129,-0.124971,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=9906151,9906152,9906156,9906156,9906152;OREF=GA,A,AC,-,A;OALT=AG,-,CA,C,T;OMAPALT=AGAAAAC,GAAAAC,GAAAACA,GAAAACAC,GTAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:40:39:7:3:6,15,2,4,2:7,28,1,0,0:0.179487,0.717949,0.025641,0,0:6,11,0,0,0:0,4,2,4,2:5:2:7,13,0,0,0:0,15,1,0,0:1:2 chr12 9985915 . G T 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.00432489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.206;QD=14.8515;RBI=0.00788298;REFB=-0.0063231;REVB=-0.00659065;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250228;STB=0.642721;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0109871;OID=.;OPOS=9985915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:22:7:9:10:22:7 chr12 9994445 . GTGT G 1065.53 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114571;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=3;MLLD=301.665;QD=60.0301;RBI=0.01916;REFB=0;REVB=0.0153571;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.64472e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:71:71:71:0:37:34:0:0:6:0:37:33:0:0 chr12 10041364 . G A 334.88 PASS AF=0.344262;AO=42;DP=121;FAO=42;FDP=122;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0193431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.141;QD=10.9797;RBI=0.0336525;REFB=-0.00681928;REVB=-0.0275379;RO=79;SAF=16;SAR=26;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116344;STB=0.571508;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0124936;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:79:80:42:42:0.344262:26:16:38:41:26:16:39:41 chr12 10046052 . C A 144.92 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0334539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9765;QD=8.91803;RBI=0.0578223;REFB=0.0104861;REVB=-0.047162;RO=44;SAF=8;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168686;STB=0.5925;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0246091;OID=.;OPOS=10046052;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:44:45:20:20:0.307692:12:8:24:20:12:8:24:21 chr12 10136672 . G A 1062.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.29;QD=59.0326;RBI=0.0295998;REFB=0;REVB=0.0172266;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33243e-05;OID=.;OPOS=10136672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:72:0:0:67:72:1:34:33:0:0:37:35:0:0 chr12 10137557 . A C 313.36 PASS AF=0.923077;AO=26;DP=28;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00638769;FXX=0.0714031;HRUN=7;LEN=1;MLLD=237.465;QD=48.2097;RBI=0.0164707;REFB=-0.015742;REVB=-0.0151816;RO=2;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01607;STB=0.514274;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.000687898;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:28:26:2:2:26:24:0.923077:16:10:1:1:16:8:1:1 chr12 10149406 . T C 940.71 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6548;QD=57.0127;RBI=0.0609582;REFB=0.0334718;REVB=-0.0585309;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.508769;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00660459;OID=.;OPOS=10149406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:28:37:0:0:28:37:0:1 chr12 10149851 . C T 1628.65 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.17277e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.282;QD=59.2236;RBI=0.00604195;REFB=-0.12212;REVB=0.00604195;RO=1;SAF=56;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840163;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260633;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:110:1:0:109:110:1:53:56:1:0:53:57:0:0 chr12 10151642 . T C 2186.62 PASS AF=0.965986;AO=138;DP=144;FAO=142;FDP=147;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0116233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4686;QD=59.4998;RBI=0.0746243;REFB=-0.0599967;REVB=0.0737135;RO=0;SAF=56;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514122;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00117472;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:144:147:0:5:138:142:0.965986:82:56:0:0:86:56:0:5 chr12 10165469 . A G 2144.85 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517318;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.912;QD=63.0837;RBI=0.0438412;REFB=0;REVB=0.0435349;RO=0;SAF=74;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100887;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:62:74:0:0:62:74:0:0 chr12 10167277 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.232;QD=61.3361;RBI=0.0440862;REFB=0;REVB=0.0411774;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015067;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr12 10236797 . A G 220.88 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00245432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.078;QD=18.0306;RBI=0.032828;REFB=-0.0192374;REVB=-0.0327361;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538499;STB=0.530585;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0281603;OID=.;OPOS=10236797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:11:11:15:12:11:11:15:12 chr12 10236824 . C T 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00216403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.277;QD=14.9204;RBI=0.0124889;REFB=-0.0050627;REVB=-0.0123;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597565;STB=0.533827;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00775442;OID=.;OPOS=10236824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:13:15:22:15:13:15:22:15 chr12 10236921 . G T 290.93 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0334744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8474;QD=22.8178;RBI=0.041824;REFB=0.00282874;REVB=0.0250741;RO=21;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192011;STB=0.599665;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00256051;OID=.;OPOS=10236921;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:21:22:28:29:0.568627:15:13:15:6:16:13:15:7 chr12 10236942 . C G 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0112294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.297;QD=23.7585;RBI=0.0176407;REFB=-0.0152696;REVB=-0.0136049;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143066;STB=0.579557;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0126703;OID=.;OPOS=10236942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:14:8:14:12:14:8 chr12 10237014 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0188772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.418;QD=19.3688;RBI=0.0217477;REFB=0.00404468;REVB=-0.0107988;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302492;STB=0.674342;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00222103;OID=.;OPOS=10237014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:5:2:7:3:5:2 chr12 10251445 . C G 371.6 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0192322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7471;QD=25.1935;RBI=0.116539;REFB=-0.114278;REVB=-0.114942;RO=12;SAF=12;SAR=24;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237108;STB=0.543185;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0439462;OID=.;OPOS=10251445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:12:23:36:36:0.610169:24:12:10:2:24:12:10:13 chr12 10271055 . T C 342.8 PASS AF=0.468354;AO=32;DP=74;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0241147;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.386;QD=17.3569;RBI=0.0412183;REFB=-0.0247425;REVB=-0.033428;RO=41;SAF=25;SAR=7;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263541;STB=0.652953;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0310741;OID=.;OPOS=10271055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:41:42:32:37:0.468354:7:25:23:18:8:29:23:19 chr12 10366088 . C T 428.73 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.219;QD=57.1639;RBI=0.0241576;REFB=0;REVB=0.00280749;RO=0;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131133;OID=.;OPOS=10366088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:26:4:0:0:26:4:0:0 chr12 10367240 . CTT CT,CTC 933.61 PASS AF=0.955224,0.0447761;AO=62,3;DP=67;FAO=64,3;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35,2;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227667,0.0240446;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=30.6935,7.26059;QD=55.738;RBI=0.0227806,0.025391;REFB=0,0;REVB=-0.000797379,0.00815822;RO=1;SAF=33,2;SAR=29,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0140928,-0.163246;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00290591,-0.0731543;OID=.,.;OPOS=10367241,10367242;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.955224,0.0447761:62,3:67:64,3:67:0:35,2:29,1:0:0:9:1:33,2:29,1:1:0 chr12 10462052 . T G 1171.3 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.761;QD=60.8467;RBI=0.158128;REFB=0;REVB=0.0313234;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591033;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:35:41:0:0:35:42:0:0 chr12 10467533 . T A 105.33 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0132978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.205;QD=11.0875;RBI=0.0132984;REFB=-0.0184872;REVB=0.000130016;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204309;STB=0.512176;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0309889;OID=.;OPOS=10467533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:7:6:12:13:7:6:12:13 chr12 10525740 . C T 492.42 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.00206414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.452;QD=20.0988;RBI=0.0152287;REFB=-0.0118651;REVB=-0.0150882;RO=50;SAF=28;SAR=20;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256201;STB=0.64161;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00801271;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:20:28:15:35:20:28:15:35 chr12 10532111 . T G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00730302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.071;QD=9.11038;RBI=0.00790132;REFB=-0.00305453;REVB=-0.00301609;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529846;STB=0.832408;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00896178;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:1:7:7:9:1:7:7:9 chr12 10532326 . T C 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00647335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.553;QD=20.563;RBI=0.0203958;REFB=-0.0151968;REVB=0.0193412;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217027;STB=0.620606;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0120588;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:18:11:16:9:18:11:16:9 chr12 10560957 . T C 580.23 PASS AF=0.513043;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0191502;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.117;QD=20.1819;RBI=0.0194695;REFB=0.0065073;REVB=0.00351146;RO=56;SAF=34;SAR=25;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161466;STB=0.588931;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00533429;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:56:56:59:59:0.513043:25:34:22:34:25:34:22:34 chr12 10562025 . C T 709.6 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00387304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.422;QD=21.8337;RBI=0.0250691;REFB=-0.0245091;REVB=-0.0247681;RO=61;SAF=45;SAR=24;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057242;STB=0.531444;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0243335;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:61:69:69:0.530769:24:45:36:25:24:45:36:25 chr12 10562089 . A C 798.83 PASS AF=0.471591;AO=82;DP=179;FAO=83;FDP=176;FR=.;FRO=93;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.00501396;FXX=0.0276228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.271;QD=18.1551;RBI=0.0101098;REFB=-0.0197156;REVB=-0.0087788;RO=86;SAF=44;SAR=38;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770644;STB=0.55903;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0165668;OID=.;OPOS=10562089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:176:86:93:82:83:0.471591:38:44:39:47:38:45:40:53 chr12 10570965 . C G 1867.47 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479781;FXX=0.0551138;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2324;QD=62.249;RBI=0.048799;REFB=0;REVB=-0.00891347;RO=0;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206935;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:120:0:0:120:120:1:68:52:0:0:68:52:0:0 chr12 10571042 . A G 2219.9 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0493064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.164;QD=62.5323;RBI=0.0550319;REFB=-0.0627981;REVB=0.0244416;RO=0;SAF=61;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504065;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000248746;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:142:0:1:141:141:0.992958:80:61:0:0:80:61:1:0 chr12 10571091 . T G 2027.15 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.215;QD=62.3739;RBI=0.0280988;REFB=0;REVB=-0.0188777;RO=0;SAF=60;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83836e-06;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:70:60:0:0:70:60:0:0 chr12 10571106 . G C 1525.95 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098167;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.069;QD=59.841;RBI=0.0112835;REFB=0;REVB=0.0055632;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12454e-05;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr12 10572982 . A G 1757.04 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614648;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7661;QD=61.1143;RBI=0.0632316;REFB=0;REVB=0.0148433;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037123;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:56:59:0:0:56:59:0:0 chr12 10573094 . CA CG,GG 693.29 PASS AF=0.54,0.46;AO=27,24;DP=51;FAO=27,23;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13,14;FSAR=14,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111433,0.00982916;FXX=0.019604;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=312.748,309.952;QD=55.4634;RBI=0.0154559,0.0128825;REFB=0,0;REVB=0.0107103,0.00832749;RO=0;SAF=13,15;SAR=14,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.39874e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00647238,-0.00758955;OID=.,.;OPOS=10573095,10573094;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:51:50:0:0:27,24:27,23:0.54,0.46:14,9:13,15:0:0:14,9:13,14:0:0 chr12 10587111 . A G 10152.4 PASS AF=0.980568;AO=654;DP=669;FAO=656;FDP=669;FR=.;FRO=13;FSAF=373;FSAR=283;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00730977;FXX=0.00149251;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.778;QD=60.702;RBI=0.007399;REFB=0.00461054;REVB=0.0011456;RO=14;SAF=371;SAR=283;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00891207;STB=0.503978;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-5.68628e-06;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:669:669:14:13:654:656:0.980568:283:371:11:3:283:373:10:3 chr12 10587631 . C T 872.35 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158416;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.512;QD=58.1568;RBI=0.0276896;REFB=0;REVB=0.0227103;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699329;OID=.;OPOS=10587631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:44:16:0:0:44:16:0:0 chr12 10588530 . C G 135.17 PASS AF=0.166667;AO=25;DP=150;FAO=25;FDP=150;FR=.;FRO=125;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=63;FWDB=-0.0110287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4104;QD=3.60444;RBI=0.0135955;REFB=0.0117494;REVB=-0.00795012;RO=125;SAF=8;SAR=17;SRF=62;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229161;STB=0.650151;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0625758;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:125:125:25:25:0.166667:17:8:62:63:17:8:62:63 chr12 10588581 . T C 475.12 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.026183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.624;QD=14.9644;RBI=0.0266302;REFB=-0.0290097;REVB=0.00485982;RO=73;SAF=23;SAR=30;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112662;STB=0.56613;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0218123;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:73:74:53:53:0.417323:30:23:24:49:30:23:24:50 chr12 10603669 . G GC 2353.55 PASS AF=1;AO=16;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11432;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=155.099;QD=59.2087;RBI=0.114665;REFB=0;REVB=0.00888033;RO=136;SAF=0;SAR=16;SRF=74;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.668642;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.21668e-05;OID=.;OPOS=10603670;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:159:159:159:0:80:79:0:0:13:136:0:16:74:62 chr12 10603670 . T C 1899.43 PASS AF=0.892405;AO=136;DP=153;FAO=141;FDP=158;FR=.;FRO=17;FSAF=79;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.0147134;FXX=0.0124992;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.316;QD=48.0869;RBI=0.0277806;REFB=-0.110579;REVB=0.0235643;RO=17;SAF=74;SAR=62;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114075;STB=0.560275;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00160769;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:153:158:17:17:136:141:0.892405:62:74:0:17:62:79:0:17 chr12 10659438 . T C 3080.16 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000814408;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.968;QD=63.8376;RBI=0.0245041;REFB=0;REVB=0.0244906;RO=0;SAF=80;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03236e-06;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:193:0:0:193:193:1:113:80:0:0:113:80:0:0 chr12 10659964 . C G 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.246;QD=59.8292;RBI=0.018626;REFB=0;REVB=0.0183612;RO=0;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1142e-05;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:57:46:0:0:57:46:0:0 chr12 10675250 . G C 1016.7 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374786;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1713;QD=59.8058;RBI=0.0409906;REFB=0;REVB=0.0166007;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.15727e-05;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:25:42:0:0:26:42:0:0 chr12 10763205 . T C 278.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.011;QD=50.6194;RBI=0.144105;REFB=0;REVB=-0.00316104;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001113;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:22:0:0:19:22:1:13:6:0:0:13:9:0:0 chr12 10763236 . G C 435.53 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00287164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2279;QD=54.4411;RBI=0.00797199;REFB=0.0341489;REVB=-0.00743682;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00128671;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:18:13:0:1:18:13:0:1 chr12 10782115 . T C 1400.74 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.031196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.942;QD=61.5708;RBI=0.0385996;REFB=-0.00922726;REVB=-0.0227318;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.505746;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-6.67339e-05;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:0:1:89:90:0.989011:42:47:0:0:43:47:0:1 chr12 10854625 . G A 620.36 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00304976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.71;QD=19.539;RBI=0.00469212;REFB=-0.0263878;REVB=0.0035658;RO=63;SAF=22;SAR=41;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121166;STB=0.563702;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0252685;OID=.;OPOS=10854625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:64:63:63:0.496063:41:22:30:33:41:22:30:34 chr12 10856219 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4882;QD=58.5869;RBI=0.0434131;REFB=0;REVB=0.0027379;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489982;OID=.;OPOS=10856219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:15:18:0:0 chr12 10871667 . A G 1504.59 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0469627;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3525;QD=58.4306;RBI=0.114101;REFB=-0.171979;REVB=0.103989;RO=3;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281565;STB=0.504853;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00357627;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:103:3:1:100:102:0.990291:49:51:0:3:51:51:0:1 chr12 10875488 . T C 244.4 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342297;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.835;QD=51.4524;RBI=0.0426796;REFB=0;REVB=0.0254926;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147391;OID=.;OPOS=10875488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr12 10958658 . T C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.376;QD=63.6149;RBI=0.0581305;REFB=0;REVB=0.0575398;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14898e-05;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr12 10978260 . G T 381.79 PASS AF=0.654545;AO=35;DP=54;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0146722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.907;QD=27.7663;RBI=0.0151834;REFB=-0.013107;REVB=-0.00390672;RO=19;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417322;STB=0.517757;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00830112;OID=.;OPOS=10978260;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:19:19:35:36:0.654545:17:18:11:8:17:19:11:8 chr12 10978402 . G A 481.49 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0135274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.608;QD=53.4986;RBI=0.0198948;REFB=-0.10484;REVB=-0.0145881;RO=2;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444824;STB=0.523796;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.003237;OID=.;OPOS=10978402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:20:14:0:2:20:14:0:2 chr12 10999708 . T C 1557.03 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204017;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.84;QD=63.5522;RBI=0.0688043;REFB=0;REVB=0.0687741;RO=1;SAF=67;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166317;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562359;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:1:0:95:98:1:28:67:0:1:31:67:0:0 chr12 11034980 . G A 137.64 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00981179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.476;QD=39.3262;RBI=0.0278521;REFB=-0.134585;REVB=0.0260666;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821523;STB=0.545384;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00196468;OID=.;OPOS=11034980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:1:0:8:5:1:0 chr12 11083356 . A G 1917.63 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0586654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3481;QD=60.8771;RBI=0.064943;REFB=-0.103677;REVB=0.0278561;RO=1;SAF=57;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826253;STB=0.504273;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000712181;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:124:125:0.992063:67:57:1:0:67:58:1:0 chr12 11083631 . A G 199.66 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00226144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.311;QD=19.9663;RBI=0.00552387;REFB=0.0100705;REVB=0.00503974;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167062;STB=0.602996;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0126423;OID=.;OPOS=11083631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:11:9:5:14:11:9:5:15 chr12 11083677 . T C 789.23 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174174;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.778;QD=64.4266;RBI=0.0208272;REFB=0;REVB=0.0114195;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10134e-05;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:28:21:0:0 chr12 11091432 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.098;QD=56.7066;RBI=0.0281543;REFB=0;REVB=0.0205833;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26048e-05;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr12 11091693 . T A 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.491;QD=58.0594;RBI=0.0289318;REFB=0;REVB=-0.0265441;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15895e-05;OID=.;OPOS=11091693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr12 11150240 . T C 471.89 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00408895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.472;QD=55.517;RBI=0.0307644;REFB=0.0235633;REVB=0.0304914;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-4.82014e-05;OID=.;OPOS=11150240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:15:17:1:0:16:17:1:0 chr12 11174276 . G A 1157.29 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.011886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9004;QD=59.3482;RBI=0.0446579;REFB=-0.0416707;REVB=-0.0430471;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012289;STB=0.506327;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000211608;OID=.;OPOS=11174276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:75:77:0.987179:37:38:1:0:38:39:1:0 chr12 11174302 . A G 40.02 PASS AF=0.0970874;AO=10;DP=103;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.00110935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.397;QD=1.55415;RBI=0.00591207;REFB=-0.000825461;REVB=-0.00580705;RO=93;SAF=2;SAR=8;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363045;STB=0.783417;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00907759;OID=.;OPOS=11174302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:103:103:93:93:10:10:0.0970874:8:2:47:46:8:2:47:46 chr12 11174753 . G A 689.63 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.985;QD=62.6937;RBI=0.056726;REFB=0;REVB=0.04947;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42942e-05;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:40:44:1:17:23:0:0:18:26:0:0 chr12 11175087 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.991;QD=44.6898;RBI=0.0208838;REFB=0;REVB=0.0159921;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02949e-05;OID=.;OPOS=11175087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr12 11183035 . C T 108.06 PASS AF=0.113821;AO=28;DP=246;FAO=28;FDP=246;FR=.;FRO=218;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=111;FSRR=107;FWDB=-0.031612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.337;QD=1.757;RBI=0.0319203;REFB=-0.00703742;REVB=-0.0044255;RO=218;SAF=14;SAR=14;SRF=111;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113824;STB=0.508124;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0385409;OID=.;OPOS=11183035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:218:218:28:28:0.113821:14:14:111:107:14:14:111:107 chr12 11183046 . C T 100.43 PASS AF=0.108527;AO=27;DP=259;FAO=28;FDP=258;FR=.;FRO=230;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=120;FSRR=110;FWDB=-0.0202264;FXX=0.00769201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3377;QD=1.55711;RBI=0.0205674;REFB=-0.00634796;REVB=-0.00372969;RO=230;SAF=13;SAR=14;SRF=118;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385982;STB=0.519366;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0468225;OID=.;OPOS=11183046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:230:230:27:28:0.108527:14:13:118:112:14:14:120:110 chr12 11183052 . G A 93.45 PASS AF=0.101887;AO=27;DP=265;FAO=27;FDP=265;FR=.;FRO=238;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=120;FSRR=118;FWDB=-0.00970531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.135;QD=1.41062;RBI=0.0285941;REFB=-0.00214491;REVB=-0.0268966;RO=237;SAF=13;SAR=14;SRF=120;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030244;STB=0.520387;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0211231;OID=.;OPOS=11183052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:265:265:237:238:27:27:0.101887:14:13:120:117:14:13:120:118 chr12 11183066 . A T 68.68 PASS AF=0.0864662;AO=23;DP=266;FAO=23;FDP=266;FR=.;FRO=243;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=122;FSRR=121;FWDB=-0.00574875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=323.035;QD=1.03278;RBI=0.00586231;REFB=-1.60294e-06;REVB=-0.00114827;RO=243;SAF=10;SAR=13;SRF=122;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787736;STB=0.561465;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0107062;OID=.;OPOS=11183066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:266:266:243:243:23:23:0.0864662:13:10:122:121:13:10:122:121 chr12 11183217 . C T 2125.56 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107675;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.728;QD=62.9796;RBI=0.0233886;REFB=0;REVB=0.0207626;RO=0;SAF=61;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.72667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114507;OID=.;OPOS=11183217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:73:61:0:0:74:61:0:0 chr12 11183255 . G A 1560.44 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.372;QD=63.6915;RBI=0.0236498;REFB=0;REVB=0.00693025;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05566e-06;OID=.;OPOS=11183255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:95:98:1:55:40:0:0:56:42:0:0 chr12 11183451 . A T 1434.39 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3783;QD=63.0502;RBI=0.0330534;REFB=0;REVB=-0.0211729;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163214;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr12 11183512 . A G 772.66 PASS AF=0.869565;AO=57;DP=65;FAO=60;FDP=69;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0177383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7184;QD=44.7917;RBI=0.0237828;REFB=-0.0299256;REVB=0.0158423;RO=6;SAF=25;SAR=32;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412092;STB=0.528375;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00265647;OID=.;OPOS=11183512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:65:69:6:9:57:60:0.869565:32:25:4:2:33:27:6:3 chr12 11183541 . T C 32.63 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.00470344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.46;QD=1.9773;RBI=0.0289871;REFB=-0.0015933;REVB=-0.028603;RO=59;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397963;STB=0.792917;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0141415;OID=.;OPOS=11183541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:2:5:21:38:2:5:21:38 chr12 11183576 . T C 41.37 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0133138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9193;QD=2.66903;RBI=0.020311;REFB=-0.004554;REVB=-0.0153388;RO=53;SAF=5;SAR=3;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312938;STB=0.711053;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0373078;OID=.;OPOS=11183576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:53:54:8:8:0.129032:3:5:19:34:3:5:20:34 chr12 11183642 . A G 159.11 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00266266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6952;QD=10.1022;RBI=0.0315898;REFB=-0.0166494;REVB=-0.0314773;RO=42;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818022;STB=0.5479;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0329212;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:11:10:17:25:11:10:17:25 chr12 11183661 . C A 43.66 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0162627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.373;QD=2.45968;RBI=0.0194597;REFB=-0.00115228;REVB=-0.0106867;RO=62;SAF=4;SAR=5;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087378;STB=0.506315;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00556645;OID=.;OPOS=11183661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:62:62:9:9:0.126761:5:4:28:34:5:4:28:34 chr12 11183671 . C G 44.56 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0021852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.989;QD=2.78518;RBI=0.0340731;REFB=-0.00382341;REVB=-0.0340029;RO=47;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128732;STB=0.555419;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0284617;OID=.;OPOS=11183671;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:47:55:8:8:0.125:4:4:23:24:4:4:24:31 chr12 11183676 . C T 135.35 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.064;QD=8.32892;RBI=0.0377925;REFB=-0.00191388;REVB=-0.011183;RO=46;SAF=8;SAR=11;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165789;STB=0.509923;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00453431;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:11:8:20:26:11:8:20:26 chr12 11183697 . C A 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0215531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6735;QD=8.24046;RBI=0.0314116;REFB=-0.0120653;REVB=-0.0228507;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150738;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0271444;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:40:16:16:0.285714:8:8:20:19:8:8:20:20 chr12 11183722 . A C 102.42 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.025535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.3139;QD=7.72945;RBI=0.0398689;REFB=-0.0122509;REVB=0.0306185;RO=37;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481443;STB=0.509421;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0212508;OID=.;OPOS=11183722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:37:39:14:14:0.264151:7:7:17:20:7:7:19:20 chr12 11183752 . T C 67.17 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00477457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.65;QD=5.26797;RBI=0.0223841;REFB=0.000394279;REVB=-0.021869;RO=41;SAF=6;SAR=4;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490847;STB=0.532193;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00152938;OID=.;OPOS=11183752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:4:6:23:18:4:6:23:18 chr12 11183793 . G C 33.0 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0298754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4439;QD=3.07012;RBI=0.0331659;REFB=-0.0105516;REVB=-0.0144028;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260024;STB=0.676339;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0591533;OID=.;OPOS=11183793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:36:37:6:6:0.139535:4:2:20:16:4:2:20:17 chr12 11183797 . C T 34.03 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0121715;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.036;QD=3.16526;RBI=0.0195799;REFB=0.00139315;REVB=-0.0153372;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212266;STB=0.676339;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0154765;OID=.;OPOS=11183797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:45:43:39:37:6:6:0.139535:4:2:20:19:4:2:20:17 chr12 11183832 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.558;QD=61.3363;RBI=0.015464;REFB=0;REVB=-0.00738939;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63252e-05;OID=.;OPOS=11183832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr12 11214145 . C T 2429.59 PASS AF=1;AO=158;DP=161;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185517;FXX=0.0186324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.507;QD=61.5086;RBI=0.0310576;REFB=0;REVB=0.0249079;RO=0;SAF=65;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71514e-06;OID=.;OPOS=11214145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:158:0:0:158:158:1:93:65:0:0:93:65:0:0 chr12 11214212 . A T 2118.87 PASS AF=0.945946;AO=139;DP=148;FAO=140;FDP=148;FR=.;FRO=8;FSAF=66;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.016131;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.83;QD=57.2669;RBI=0.0168598;REFB=-0.074345;REVB=0.00490371;RO=7;SAF=66;SAR=73;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00422084;STB=0.501549;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00138159;OID=.;OPOS=11214212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:148:148:7:8:139:140:0.945946:73:66:3:4:74:66:4:4 chr12 11286088 . A C 3045.14 PASS AF=1;AO=190;DP=192;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498433;FXX=0.0101005;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5911;QD=62.1457;RBI=0.0500642;REFB=-0.0443719;REVB=0.00469736;RO=2;SAF=89;SAR=101;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00933526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458503;OID=.;OPOS=11286088;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:192:196:2:0:190:196:1:101:89:0:2:106:90:0:0 chr12 11286789 . T TC 153.9 PASS AF=0.857143;AO=3;DP=23;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.002565;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=149.916;QD=29.3151;RBI=0.0127678;REFB=-0.018791;REVB=0.0125075;RO=20;SAF=3;SAR=0;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613473;STB=0.523783;STBP=0.717;TYPE=ins;VARB=0.0130973;OID=.;OPOS=11286790;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:3:23:18:21:3:9:9:1:2:15:20:3:0:9:11 chr12 11286790 . A C 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0248943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.544;QD=28.5245;RBI=0.0302895;REFB=-0.0270663;REVB=0.0172547;RO=6;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137956;STB=0.57682;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00932598;OID=.;OPOS=11286790;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:9:6:4:2:9:6:4:2 chr12 11338613 . CA GG 544.62 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191656;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=297.918;QD=58.8783;RBI=0.059768;REFB=0;REVB=0.0566117;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0028661;OID=.;OPOS=11338613;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:21:14:0:0:23:14:0:0 chr12 11338669 . C T 1135.39 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.452;QD=60.5541;RBI=0.0221837;REFB=0;REVB=0.00495374;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47813e-05;OID=.;OPOS=11338669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:72:75:1:44:28:0:0:47:28:0:0 chr12 11338750 . T C 1556.28 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137117;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7354;QD=64.1765;RBI=0.02839;REFB=0;REVB=0.0248592;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279497;OID=.;OPOS=11338750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:56:41:0:0:56:41:0:0 chr12 11338781 . C A 1426.44 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0737533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7567;QD=60.6997;RBI=0.0818162;REFB=-0.0492897;REVB=-0.0354167;RO=2;SAF=37;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024932;STB=0.513155;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=8.93923e-05;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:2:2:92:92:0.978723:55:37:2:0:55:37:2:0 chr12 11338983 . T C 344.88 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557425;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.649;QD=55.1801;RBI=0.0569647;REFB=0;REVB=0.0117368;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104527;OID=.;OPOS=11338983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr12 11418954 . A G 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.652;QD=64.4125;RBI=0.041847;REFB=0;REVB=0.0360763;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163399;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr12 11420375 . G A 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0965321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2581;QD=28.5374;RBI=0.143972;REFB=-0.0732034;REVB=0.106815;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0116712;OID=.;OPOS=11420375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr12 11461292 . C G 142.76 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.153;QD=43.9275;RBI=0.00891405;REFB=0;REVB=0.00867884;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266597;OID=.;OPOS=11461292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:6:7:0:0 chr12 11462275 . A G 753.53 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00341972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.679;QD=61.5124;RBI=0.0213045;REFB=-0.133286;REVB=0.0210282;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209034;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000300569;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:1:0:26:22:1:0 chr12 11506211 . A C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00739255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.295;QD=13.959;RBI=0.00883068;REFB=-0.00631675;REVB=-0.00483021;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351206;STB=0.705362;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00659842;OID=.;OPOS=11506211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:1:6:3:4:1:6 chr12 11506893 . C T 62.21 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7674;QD=35.5494;RBI=0.043156;REFB=0;REVB=-0.0375922;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00464938;OID=.;OPOS=11506893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr12 11547493 . C A 339.76 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0328142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.826;QD=15.4435;RBI=0.0328355;REFB=-0.0170414;REVB=0.00118124;RO=51;SAF=15;SAR=22;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108382;STB=0.561261;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0223573;OID=.;OPOS=11547493;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:22:15:26:25:22:15:26:25 chr12 11548436 . A G 279.03 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0578125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8049;QD=27.2226;RBI=0.0582712;REFB=0.000339526;REVB=-0.00729674;RO=15;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09231;STB=0.539968;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000808591;OID=.;OPOS=11548436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:25:25:0.609756:15:10:8:7:15:10:8:8 chr12 11992168 . G A 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00123514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.208;QD=16.0894;RBI=0.00180409;REFB=0.00384494;REVB=0.00131498;RO=48;SAF=22;SAR=16;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447049;STB=0.512309;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00487452;OID=.;OPOS=11992168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:50:38:38:0.431818:16:22:28:20:16:22:30:20 chr12 12044393 . T TTA 176.24 PASS AF=0.202703;AO=26;DP=171;FAO=30;FDP=148;FR=.;FRO=118;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=81;FSRR=37;FWDB=-0.0170158;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=2;MLLD=260.282;QD=4.76335;RBI=0.0389749;REFB=-0.0135643;REVB=-0.0350644;RO=144;SAF=15;SAR=11;SRF=97;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131396;STB=0.573866;STBP=0.436;TYPE=ins;VARB=0.055843;OID=.;OPOS=12044394;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202703:26:171:30:148:118:18:12:81:37:99:144:15:11:97:47 chr12 12045264 . G T 175.37 PASS AF=0.315068;AO=22;DP=72;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0256098;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.659;QD=9.6093;RBI=0.0256433;REFB=-0.0128819;REVB=-0.00130909;RO=50;SAF=3;SAR=19;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36534;STB=0.728929;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0264105;OID=.;OPOS=12045264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:50:50:22:23:0.315068:19:3:18:32:20:3:18:32 chr12 12230938 . C G 397.36 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319544;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.934;QD=56.7651;RBI=0.0321551;REFB=0;REVB=-0.00358672;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000769026;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr12 12240199 . C T 500.97 PASS AF=0.505155;AO=48;DP=96;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00554143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.693;QD=20.6585;RBI=0.00554767;REFB=-0.00103175;REVB=-0.000263134;RO=47;SAF=19;SAR=29;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275626;STB=0.514959;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00126401;OID=.;OPOS=12240199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:47:48:48:49:0.505155:29:19:20:27:30:19:20:28 chr12 12301898 . C T 1119.79 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275371;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2415;QD=60.5291;RBI=0.0298042;REFB=0;REVB=-0.0114017;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106618;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:45:28:0:0:46:28:0:0 chr12 12483275 . G A 331.08 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00184412;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9051;QD=15.7656;RBI=0.0644592;REFB=0.00622839;REVB=0.0644328;RO=48;SAF=26;SAR=10;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303033;STB=0.671688;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0070966;OID=.;OPOS=12483275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:48:48:36:36:0.428571:10:26:21:27:10:26:21:27 chr12 12483713 . A G 81.35 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0835513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0251;QD=8.79485;RBI=0.0836887;REFB=-0.00250155;REVB=0.00479385;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389423;STB=0.737437;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0130778;OID=.;OPOS=12483713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:37:37:26:26:11:11:0.297297:3:8:10:16:3:8:10:16 chr12 12510097 . C T 1253.63 PASS AF=0.51046;AO=121;DP=237;FAO=122;FDP=239;FR=.;FRO=117;FSAF=46;FSAR=76;FSRF=53;FSRR=64;FWDB=0.0339825;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2685;QD=20.9812;RBI=0.0462701;REFB=-0.0192276;REVB=-0.0314024;RO=115;SAF=46;SAR=75;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745968;STB=0.538808;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0204442;OID=.;OPOS=12510097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:239:115:117:121:122:0.51046:75:46:53:62:76:46:53:64 chr12 12814818 . C T 1129.55 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227456;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.854;QD=60.2428;RBI=0.0228637;REFB=0;REVB=0.0023203;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139634;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:48:26:0:0:48:27:0:0 chr12 12879254 . T G 183.11 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00373458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.378;QD=17.8647;RBI=0.0209018;REFB=-0.0148872;REVB=0.0205654;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277714;STB=0.610575;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.03262;OID=.;OPOS=12879254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:22:19:19:0.463415:9:10:4:15:9:10:7:15 chr12 12941884 . C T 291.94 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0026319;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.995;QD=14.2411;RBI=0.0163335;REFB=0.000894836;REVB=-0.0161201;RO=48;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144001;STB=0.587576;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.000861789;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:49:33:33:0.402439:14:19:21:27:14:19:21:28 chr12 12941956 . A ATCCT 252.97 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00779685;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=4;MLLD=303.256;QD=14.8805;RBI=0.00780335;REFB=-0.0098834;REVB=-0.000318364;RO=43;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151154;STB=0.586147;STBP=0.247;TYPE=ins;VARB=0.0147267;OID=.;OPOS=12941957;OREF=-;OALT=TCCT;OMAPALT=ATCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.426471:29:72:29:68:39:17:12:17:22:99:43:17:12:19:24 chr12 12967127 . C T 428.45 PASS AF=0.422414;AO=48;DP=115;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00316613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8978;QD=14.7742;RBI=0.0385752;REFB=-0.0128747;REVB=-0.0384451;RO=67;SAF=16;SAR=32;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126484;STB=0.561797;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0170167;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:67:67:48:49:0.422414:32:16:30:37:32:17:30:37 chr12 13028653 . A G 437.95 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.912;QD=56.5092;RBI=0.0631494;REFB=0;REVB=-0.0142272;RO=0;SAF=2;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135104;OID=.;OPOS=13028653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:31:0:0:26:31:1:24:2:0:0:24:7:0:0 chr12 13061294 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.187;QD=51.9161;RBI=0.0294245;REFB=0;REVB=0.0139958;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143845;OID=.;OPOS=13061294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr12 13102605 . G A 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.00357968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.663;QD=18.0858;RBI=0.0301676;REFB=-0.0297027;REVB=0.0299545;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172493;STB=0.595858;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0320123;OID=.;OPOS=13102605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:9:17:22:5:9:17:22:5 chr12 13136623 . T C 167.32 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00340412;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3971;QD=11.5393;RBI=0.0313053;REFB=0.00728805;REVB=-0.0311197;RO=34;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101652;STB=0.538971;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.0102731;OID=.;OPOS=13136623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:34:37:21:21:0.362069:13:8:10:24:13:8:12:25 chr12 13208552 . C T 937.5 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5063;QD=58.5938;RBI=0.0400668;REFB=0;REVB=0.0372068;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126401;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr12 13211471 . G A 2148.78 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0107886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.481;QD=61.3937;RBI=0.0343922;REFB=-0.16239;REVB=0.0326562;RO=2;SAF=42;SAR=96;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0062574;STB=0.503291;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000392638;OID=.;OPOS=13211471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:140:140:2:2:138:138:0.985714:96:42:1:1:96:42:1:1 chr12 13221606 . T C 785.77 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.213;QD=64.1445;RBI=0.033652;REFB=0;REVB=-0.0181252;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268578;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:31:18:0:0 chr12 13243647 . A G 997.45 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00287517;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.777;QD=57.8229;RBI=0.0047363;REFB=-0.0598742;REVB=-0.00376376;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000182503;OID=.;OPOS=13243647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:1:1:68:68:0.985507:30:38:0:1:30:38:0:1 chr12 13349823 . C T 410.71 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00785795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.077;QD=21.0618;RBI=0.0191344;REFB=-0.0138496;REVB=0.0174464;RO=36;SAF=16;SAR=25;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141767;STB=0.585031;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0181556;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:25:16:20:16:25:16:21:16 chr12 13527882 . G A 203.4 PASS AF=0.346667;AO=24;DP=73;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.000570102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.518;QD=10.8482;RBI=0.0208071;REFB=-0.0144877;REVB=0.0207992;RO=48;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211388;STB=0.634044;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0272833;OID=.;OPOS=13527882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:48:49:24:26:0.346667:10:14:19:29:10:16:20:29 chr12 13593879 . G A 804.68 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.382;QD=64.3743;RBI=0.0349228;REFB=0;REVB=0.0297073;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28732e-05;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr12 13715975 . A G 334.26 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0219645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.517;QD=16.713;RBI=0.0219721;REFB=-0.00296601;REVB=0.000576419;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906415;STB=0.55536;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00217891;OID=.;OPOS=13715975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:36:36:0.45:22:14:13:30:22:14:13:31 chr12 13717508 . G A 329.86 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00616237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.178;QD=18.3257;RBI=0.0582174;REFB=-0.0116381;REVB=0.0578903;RO=37;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539251;STB=0.530103;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0199245;OID=.;OPOS=13717508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:20:15:18:19:20:15:18:19 chr12 13761741 . G A 546.98 PASS AF=0.42446;AO=59;DP=139;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0267036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2271;QD=15.7404;RBI=0.0296361;REFB=0.000149769;REVB=-0.0128535;RO=79;SAF=30;SAR=29;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219347;STB=0.504876;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.000586933;OID=.;OPOS=13761741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:79:80:59:59:0.42446:29:30:40:39:29:30:40:40 chr12 13836561 . T A 289.82 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00640429;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5404;QD=13.6386;RBI=0.042542;REFB=-0.0284132;REVB=0.0420571;RO=49;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480564;STB=0.532744;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0337401;OID=.;OPOS=13836561;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:52:33:33:0.388235:17:16:26:23:17:16:28:24 chr12 13836650 . G A 291.83 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0372902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.176;QD=19.455;RBI=0.0373925;REFB=-0.00363773;REVB=-0.00276381;RO=29;SAF=9;SAR=22;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557675;STB=0.53111;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00314535;OID=.;OPOS=13836650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:22:9:10:19:22:9:10:19 chr12 14018777 . G C 467.34 PASS AF=0.661538;AO=42;DP=64;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0282983;FXX=0.0298463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.341;QD=28.7595;RBI=0.0304064;REFB=-0.0283728;REVB=0.0111243;RO=22;SAF=14;SAR=28;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213544;STB=0.505492;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0154382;OID=.;OPOS=14018777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:22:22:42:43:0.661538:28:14:8:14:28:15:8:14 chr12 14019128 . C T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0195026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.12;QD=18.1539;RBI=0.02667;REFB=-0.016365;REVB=0.0181917;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117994;STB=0.566947;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0246004;OID=.;OPOS=14019128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:15:10:11:10:15:10 chr12 14577892 . A T 83.91 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0515525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0588;QD=10.1714;RBI=0.0720984;REFB=0.00352413;REVB=0.0504035;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115456;OID=.;OPOS=14577892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:5:6:12:10:5:6:12:10 chr12 14587301 . A G 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0048999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.275;QD=25.04;RBI=0.025489;REFB=-0.0208935;REVB=-0.0250136;RO=20;SAF=21;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219588;STB=0.623183;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0160574;OID=.;OPOS=14587301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:5:21:12:8:5:21:12:8 chr12 14656768 . G C 412.78 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=9;FWDB=-0.0145995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.919;QD=18.7626;RBI=0.0151128;REFB=-0.0105622;REVB=-0.00390535;RO=45;SAF=31;SAR=11;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778052;STB=0.546762;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.013802;OID=.;OPOS=14656768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:46:42:42:0.477273:11:31:36:9:11:31:37:9 chr12 14688644 . C T 1283.32 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.713;QD=61.847;RBI=0.00645793;REFB=0;REVB=-0.00591148;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6137e-05;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:40:42:0:0:40:43:0:0 chr12 14794062 . G A 1364.8 PASS AF=0.957447;AO=91;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.019479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2596;QD=58.0766;RBI=0.021771;REFB=-0.0444493;REVB=-0.00972336;RO=3;SAF=43;SAR=48;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00844454;STB=0.509718;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00967412;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:94:3:4:91:90:0.957447:48:43:1:2:47:43:1:3 chr12 14827463 . AATC A 1212.32 PASS AF=1;AO=97;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133695;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=3;MLLD=356.313;QD=48.4928;RBI=0.0142956;REFB=0;REVB=-0.00506163;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-7.70397e-06;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:100:100:100:0:56:44:0:0:22:0:55:42:0:0 chr12 14829893 . A C 4722.12 PASS AF=1;AO=297;DP=300;FAO=297;FDP=297;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223717;FXX=0.00999967;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8799;QD=63.5975;RBI=0.0426509;REFB=-0.0586174;REVB=0.0363126;RO=2;SAF=138;SAR=159;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596096;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030998;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:300:297:2:0:297:297:1:159:138:0:2:159:138:0:0 chr12 14924028 . A G 322.46 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0371628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9328;QD=28.663;RBI=0.0373116;REFB=-0.0535122;REVB=-0.00332865;RO=17;SAF=3;SAR=25;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312923;STB=0.675524;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0331741;OID=.;OPOS=14924028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:25:3:6:11:25:3:6:11 chr12 14927994 . T C 221.87 PASS AF=0.458333;AO=23;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0562863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1894;QD=18.4893;RBI=0.089094;REFB=-0.00586707;REVB=-0.0690623;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703989;STB=0.510279;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00386819;OID=.;OPOS=14927994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:23:22:0.458333:14:9:8:17:14:8:9:17 chr12 14928195 . T C 362.01 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.105997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1652;QD=23.7386;RBI=0.106097;REFB=-0.0646335;REVB=-0.0046019;RO=21;SAF=20;SAR=16;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180224;STB=0.563601;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0684322;OID=.;OPOS=14928195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:21:25:36:36:0.590164:16:20:6:15:16:20:10:15 chr12 14929642 . A T 114.09 PASS AF=0.424242;AO=12;DP=30;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0346343;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.1965;QD=13.8286;RBI=0.034971;REFB=-0.00597307;REVB=0.00484119;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424241;STB=0.726176;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00836549;OID=.;OPOS=14929642;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:33:18:19:12:14:0.424242:9:3:12:6:10:4:13:6 chr12 14929721 . C T 141.15 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.016046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5142;QD=13.4431;RBI=0.0922617;REFB=-0.00723226;REVB=-0.0908556;RO=26;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289961;STB=0.670825;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0181472;OID=.;OPOS=14929721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:4:12:13:13:4:12:13:13 chr12 14929872 . A G 1120.69 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0662597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.132;QD=58.9839;RBI=0.070031;REFB=0.0598562;REVB=0.0226716;RO=1;SAF=39;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119781;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000111849;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:36:39:1:0:36:39:1:0 chr12 14930055 . G T 353.46 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00751267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.573;QD=21.4216;RBI=0.0372235;REFB=-0.000731183;REVB=-0.0364575;RO=29;SAF=15;SAR=21;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261322;STB=0.507768;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.000226575;OID=.;OPOS=14930055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:30:36:36:0.545455:21:15:13:16:21:15:13:17 chr12 14976553 . G C 253.49 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0107938;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.254;QD=20.6931;RBI=0.0282481;REFB=-0.0184186;REVB=0.0261046;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540851;STB=0.530362;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0211241;OID=.;OPOS=14976553;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:25:24:24:0.489796:9:15:17:8:9:15:17:8 chr12 14977217 . A G 272.79 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0167873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.977;QD=24.2478;RBI=0.0193598;REFB=-0.00265406;REVB=0.00964311;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135327;STB=0.575162;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00208283;OID=.;OPOS=14977217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:13:12:13:7:13:12:13:7 chr12 14977272 . A G 72.72 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.00609218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.099;QD=8.81402;RBI=0.0230455;REFB=-0.000350254;REVB=0.0222256;RO=21;SAF=2;SAR=8;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.64764;STB=0.888312;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0016498;OID=.;OPOS=14977272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:21:23:10:10:0.30303:8:2:18:3:8:2:20:3 chr12 15081897 . A C 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.986;QD=59.8531;RBI=0.0103149;REFB=0;REVB=-0.00784356;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.95635e-06;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr12 15095558 . C G 985.25 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398898;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.055;QD=58.8211;RBI=0.0443906;REFB=0;REVB=0.0194765;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26677e-05;OID=.;OPOS=15095558;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:38:26:0:0:39:28:0:0 chr12 15103605 . A G 2106.46 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061806;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3399;QD=62.8795;RBI=0.0642213;REFB=0;REVB=0.0174467;RO=0;SAF=64;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029721;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:70:64:0:0:70:64:0:0 chr12 15261437 . T A 390.4 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00608116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.906;QD=19.0437;RBI=0.0199307;REFB=-0.0263474;REVB=-0.0189803;RO=42;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378768;STB=0.526596;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0244651;OID=.;OPOS=15261437;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:39:40:0.487805:22:17:20:22:23:17:20:22 chr12 16189694 . T A 479.74 PASS AF=0.388489;AO=54;DP=140;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.0196691;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.902;QD=13.8054;RBI=0.0199445;REFB=0.00085037;REVB=0.00330291;RO=83;SAF=31;SAR=23;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736118;STB=0.534902;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000983786;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:83:85:54:54:0.388489:23:31:42:41:23:31:44:41 chr12 16347308 . G A 2031.19 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201547;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5101;QD=62.4983;RBI=0.0480749;REFB=0;REVB=-0.0436461;RO=0;SAF=56;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131344;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:74:56:0:0:74:56:0:0 chr12 16369828 . A T 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.986;QD=62.6684;RBI=0.0243188;REFB=0;REVB=0.0144901;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97908e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr12 16397677 . G A 2293.27 PASS AF=0.986577;AO=146;DP=150;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0113015;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.578;QD=61.5644;RBI=0.011532;REFB=-0.17762;REVB=0.00229422;RO=3;SAF=69;SAR=77;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00744758;STB=0.50032;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-3.42962e-06;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:150:149:3:2:146:147:0.986577:77:69:2:1:77:70:1:1 chr12 16397734 . C A 1560.5 PASS AF=0.990654;AO=103;DP=105;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6295;QD=58.3366;RBI=0.0182548;REFB=-0.102826;REVB=-0.00670677;RO=1;SAF=49;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958531;STB=0.50495;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00124441;OID=.;OPOS=16397734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:107:1:1:103:106:0.990654:54:49:1:0:56:50:1:0 chr12 16430284 . G A 990.04 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0826734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.243;QD=59.107;RBI=0.0859793;REFB=0;REVB=0.0236121;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142265;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr12 16430592 . C T 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0294065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5962;QD=19.9052;RBI=0.0359473;REFB=0.00795933;REVB=-0.0206753;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019029;STB=0.510581;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0116865;OID=.;OPOS=16430592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:14:16:15:12:14:16:15:12 chr12 18435398 . GCCC G 88.16 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0164161;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=52.0441;QD=10.3717;RBI=0.0488453;REFB=-0.0101082;REVB=-0.0460041;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.472222;SSSB=-0.171008;STB=0.604234;STBP=0.348;TYPE=del;VARB=0.0135055;OID=.;OPOS=18435399;OREF=CCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:14:33:14:34:20:3:11:7:13:88:17:3:11:6:11 chr12 18435452 . C T 99.98 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00839765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.445;QD=15.3809;RBI=0.0120861;REFB=0.00209572;REVB=-0.00869212;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121912;STB=0.571303;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00382092;OID=.;OPOS=18435452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:5:9:9:3:5:9 chr12 18649057 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.831;QD=62.9829;RBI=0.0154513;REFB=0;REVB=0.0154016;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31817e-05;OID=.;OPOS=18649057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:21:24:0:0 chr12 19329493 . T C 316.57 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.049109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.279;QD=38.3717;RBI=0.0496203;REFB=-0.022417;REVB=-0.00710468;RO=7;SAF=11;SAR=15;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00219387;STB=0.501192;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00636591;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:15:11:3:4:15:11:3:4 chr12 19427764 . T C 268.54 PASS AF=0.347826;AO=31;DP=91;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=0.0152214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.731;QD=11.6756;RBI=0.0169724;REFB=-0.00264345;REVB=-0.00750817;RO=60;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144136;STB=0.593165;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00535677;OID=.;OPOS=19427764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:60:60:31:32:0.347826:18:13:18:42:18:14:18:42 chr12 19427766 . A G 243.72 PASS AF=0.32967;AO=32;DP=91;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.00753277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.946;QD=10.7129;RBI=0.00817759;REFB=-0.0129809;REVB=-0.00318281;RO=59;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176226;STB=0.56334;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0283333;OID=.;OPOS=19427766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:61:32:30:0.32967:18:14:17:42:18:12:19:42 chr12 19626205 . T C 239.29 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0203973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.995;QD=20.8081;RBI=0.0220592;REFB=-0.018404;REVB=0.00840005;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155866;STB=0.587709;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0322643;OID=.;OPOS=19626205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:14:9:13:10:14:9:13:10 chr12 20522252 . G A 137.04 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00303658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.126;QD=18.2718;RBI=0.0574448;REFB=-0.0570351;REVB=0.0573644;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617645;STB=0.535165;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0576097;OID=.;OPOS=20522252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:10:5:6:9:10:5 chr12 20704509 . T G 1366.94 PASS AF=0.566372;AO=129;DP=227;FAO=128;FDP=226;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=122;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=-0.0395511;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.021;QD=24.1936;RBI=0.0418206;REFB=-0.0226545;REVB=-0.0135895;RO=98;SAF=6;SAR=123;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.676468;STB=0.877725;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0540992;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:98:98:129:128:0.566372:123:6:53:45:122:6:53:45 chr12 20766559 . C T 1157.35 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.061397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.737;QD=59.3512;RBI=0.0614025;REFB=-0.0443826;REVB=-0.000826524;RO=1;SAF=19;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809152;STB=0.504272;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000786494;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:58:19:0:1:58:19:0:1 chr12 20903757 . T C 1047.59 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177276;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5936;QD=59.862;RBI=0.0222043;REFB=0;REVB=0.0133703;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16653e-05;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr12 20905250 . C T 1552.39 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.638;QD=59.1386;RBI=0.0103023;REFB=0;REVB=-0.00727172;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041864;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:105:0:0:100:105:1:44:56:0:0:47:58:0:0 chr12 21011480 . T G 1843.83 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466096;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.972;QD=61.4609;RBI=0.0174929;REFB=0;REVB=0.0168605;RO=0;SAF=39;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.64996e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09288e-05;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:81:39:0:0:81:39:0:0 chr12 21011792 . A G 260.5 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0142601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.264;QD=14.4724;RBI=0.0239655;REFB=-0.0191061;REVB=-0.0192612;RO=40;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187537;STB=0.607071;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0137221;OID=.;OPOS=21011792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:42:30:30:0.416667:11:19:18:22:11:19:19:23 chr12 21011813 . C T 1305.7 PASS AF=0.988372;AO=82;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00533031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0538;QD=60.7303;RBI=0.0323392;REFB=0.0005226;REVB=-0.0318969;RO=2;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249076;STB=0.506328;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000267034;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:2:1:82:85:0.988372:37:45:0:2:39:46:0:1 chr12 21013948 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5852;QD=57.2024;RBI=0.0667248;REFB=0;REVB=-0.0656186;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153363;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr12 21015760 . G A 2437.67 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00030456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.871;QD=61.3249;RBI=0.00821894;REFB=0;REVB=0.00821329;RO=0;SAF=71;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37756e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13143e-06;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:88:71:0:0:88:71:0:0 chr12 21036411 . A G 1898.94 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.538;QD=60.766;RBI=0.0533039;REFB=-0.114447;REVB=0.0425456;RO=1;SAF=57;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826253;STB=0.504347;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000528948;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:67:57:1:0:67:57:1:0 chr12 21054369 . G A 575.38 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0113899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.136;QD=16.5578;RBI=0.0117797;REFB=-0.0285619;REVB=-0.00300509;RO=78;SAF=26;SAR=35;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113098;STB=0.56316;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0349381;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:78:61:61:0.438849:35:26:42:36:35:26:42:36 chr12 21054918 . T C 451.91 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.0108456;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.057;QD=17.2156;RBI=0.031455;REFB=-0.00429424;REVB=0.0295261;RO=55;SAF=22;SAR=27;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227238;STB=0.620642;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00719621;OID=.;OPOS=21054918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:55:56:49:49:0.466667:27:22:38:17:27:22:38:18 chr12 21176135 . T C 3056.98 PASS AF=1;AO=190;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284604;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2712;QD=63.687;RBI=0.143405;REFB=0;REVB=0.140553;RO=1;SAF=86;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045569;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315421;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:1:0:190:192:1:104:86:0:1:105:87:0:0 chr12 21201663 . G A 1000.76 PASS AF=0.502392;AO=100;DP=205;FAO=105;FDP=209;FR=.;FRO=104;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=31;FSRR=73;FWDB=0.0113616;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0304;QD=19.1532;RBI=0.0581891;REFB=-0.0171133;REVB=0.0570691;RO=103;SAF=46;SAR=54;SRF=30;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15943;STB=0.593931;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0174545;OID=.;OPOS=21201663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:209:103:104:100:105:0.502392:54:46:30:73:54:51:31:73 chr12 21243001 . C T 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0254513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.45;QD=11.617;RBI=0.0255202;REFB=-0.00492264;REVB=-0.00187282;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225486;STB=0.513171;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00896953;OID=.;OPOS=21243001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:11:8:15:19:11:8:15:19 chr12 21329738 . A G 393.06 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.112671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.001;QD=33.4523;RBI=0.124013;REFB=-0.0243771;REVB=0.0518127;RO=15;SAF=13;SAR=19;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114585;STB=0.562545;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0115857;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:19:13:9:6:19:13:9:6 chr12 21331599 . T C 682.16 PASS AF=0.4;AO=76;DP=190;FAO=76;FDP=190;FR=.;FRO=114;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.00132809;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.742;QD=14.3612;RBI=0.0148342;REFB=-0.00469833;REVB=0.0147747;RO=113;SAF=33;SAR=43;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845055;STB=0.544974;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00953554;OID=.;OPOS=21331599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:113:114:76:76:0.4:43:33:58:55:43:33:58:56 chr12 21375289 . C T 1568.65 PASS AF=0.467836;AO=160;DP=342;FAO=160;FDP=342;FR=.;FRO=182;FSAF=46;FSAR=114;FSRF=51;FSRR=131;FWDB=-0.00634836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.953;QD=18.3467;RBI=0.00669264;REFB=-0.0115968;REVB=-0.00211889;RO=182;SAF=46;SAR=114;SRF=51;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00861694;STB=0.504747;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0119716;OID=.;OPOS=21375289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:182:182:160:160:0.467836:114:46:51:131:114:46:51:131 chr12 21428246 . A C 4002.99 PASS AF=0.924092;AO=279;DP=303;FAO=280;FDP=303;FR=.;FRO=23;FSAF=124;FSAR=156;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0617545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3442;QD=52.8447;RBI=0.106127;REFB=-0.102458;REVB=0.0863099;RO=2;SAF=124;SAR=155;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00611259;STB=0.500621;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00334305;OID=.;OPOS=21428246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:303:303:2:23:279:280:0.924092:155:124:0:2:156:124:10:13 chr12 21609773 . A G 757.67 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747451;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4632;QD=57.1823;RBI=0.0959045;REFB=0;REVB=0.0600903;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123561;OID=.;OPOS=21609773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr12 21622051 . A C 1536.69 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285203;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.271;QD=62.7222;RBI=0.0313309;REFB=-0.0249491;REVB=0.0129698;RO=1;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797141;STB=0.504201;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000252362;OID=.;OPOS=21622051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:98:1:1:97:97:0.989796:59:38:0:1:59:38:0:1 chr12 21623179 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8294;QD=60.6084;RBI=0.0290465;REFB=0;REVB=0.00359157;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319747;OID=.;OPOS=21623179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr12 21623969 . A G 966.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.063;QD=57.6779;RBI=0.0644293;REFB=0;REVB=-0.00977523;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460984;OID=.;OPOS=21623969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:32:31:0:0:34:33:0:0 chr12 21654831 . G T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.213;QD=57.7124;RBI=0.0379489;REFB=0;REVB=0.0258622;RO=0;SAF=7;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54021e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99457e-05;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:52:7:0:0:52:7:0:0 chr12 21712574 . C T 906.49 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1443;QD=57.5546;RBI=0.042447;REFB=0;REVB=-0.0386639;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246123;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:60:63:1:29:31:0:0:31:32:0:0 chr12 21713402 . T C 1526.04 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.637;QD=59.8446;RBI=0.0304796;REFB=0;REVB=-0.00616218;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57564e-05;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:58:43:0:0:58:44:0:0 chr12 21797029 . A G 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.745;QD=63.2818;RBI=0.050899;REFB=0;REVB=0.0197682;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238678;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr12 22017422 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.106;QD=56.7066;RBI=0.0172717;REFB=0;REVB=0.000753621;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80886e-05;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr12 22063115 . A G 1338.12 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.913;QD=62.2383;RBI=0.0238882;REFB=0;REVB=0.0225511;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34997e-05;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:83:86:1:36:47:0:0:38:48:0:0 chr12 22213786 . C T 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00345845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.385;QD=18.9417;RBI=0.00345862;REFB=-0.0153179;REVB=-3.41123e-05;RO=38;SAF=21;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105632;STB=0.505879;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0166813;OID=.;OPOS=22213786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:16:21:22:16:16:21:22:16 chr12 22348500 . A G 527.09 PASS AF=0.470588;AO=55;DP=118;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0262709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.816;QD=17.7172;RBI=0.0264172;REFB=-0.0144497;REVB=-0.00277635;RO=63;SAF=27;SAR=28;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293992;STB=0.511575;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0169938;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:63:63:55:56:0.470588:28:27:29:34:29:27:29:34 chr12 22354921 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.823;QD=60.9786;RBI=0.0180063;REFB=0;REVB=0.0143929;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34745e-05;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr12 22478425 . A G 470.42 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00500073;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.793;QD=20.6777;RBI=0.0105402;REFB=-0.0063941;REVB=0.0092784;RO=44;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392919;STB=0.516245;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00852144;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:46:46:0.505495:22:24:21:23:22:24:22:23 chr12 22602796 . A G 217.51 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00490241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9637;QD=22.8961;RBI=0.0469781;REFB=-0.0161239;REVB=0.0467216;RO=17;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257995;STB=0.645017;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.012161;OID=.;OPOS=22602796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:15:6:10:7:15:6:10:7 chr12 22625661 . A G 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00522568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.522;QD=13.0718;RBI=0.00586472;REFB=-0.0084566;REVB=0.00266217;RO=50;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125034;STB=0.571383;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0120205;OID=.;OPOS=22625661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:15:16:20:30:15:16:20:30 chr12 22814036 . A G 408.13 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0203117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.06;QD=18.7647;RBI=0.0564257;REFB=-0.0463569;REVB=-0.0526431;RO=44;SAF=20;SAR=22;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621196;STB=0.52804;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0819022;OID=.;OPOS=22814036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:22:20:18:26:22:20:19:26 chr12 24859899 . G A 1127.64 PASS AF=0.928571;AO=78;DP=84;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0267393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.626;QD=53.6971;RBI=0.0413718;REFB=-0.106234;REVB=0.0315696;RO=4;SAF=28;SAR=50;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109535;STB=0.515046;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0016537;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:84:84:4:6:78:78:0.928571:50:28:1:3:50:28:1:5 chr12 24964383 . T C 453.8 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.196;QD=55.0058;RBI=0.0273328;REFB=-0.0471769;REVB=0.0160789;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301077;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00513275;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:0:1:15:17:0:1 chr12 24964523 . C T 771.06 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00483262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1759;QD=61.6847;RBI=0.0138723;REFB=0.0243997;REVB=-0.0130033;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192048;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0060806;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:25:24:1:0:25:24:1:0 chr12 24968150 . A C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0197699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.983;QD=14.3343;RBI=0.0522378;REFB=-0.0140563;REVB=0.0483522;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196839;STB=0.617362;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0134078;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:4:6:7:2:4:6 chr12 24970708 . G A 394.8 PASS AF=0.445652;AO=32;DP=86;FAO=41;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0180087;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7105;QD=17.1654;RBI=0.0758267;REFB=-0.0379419;REVB=-0.0736572;RO=38;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478052;STB=0.549475;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0418726;OID=.;OPOS=24970708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:92:38:51:32:41:0.445652:17:15:18:20:26:15:23:28 chr12 25054891 . G A 574.76 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0437416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9283;QD=26.4256;RBI=0.0449994;REFB=-0.00608739;REVB=-0.0105653;RO=34;SAF=18;SAR=34;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139564;STB=0.5714;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00503635;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:35:52:52:0.597701:34:18:18:16:34:18:18:17 chr12 25148755 . C G 1619.85 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=114;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000265139;FXX=0.00877116;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.865;QD=57.3397;RBI=0.0430484;REFB=-0.0922003;REVB=0.0430476;RO=1;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939993;STB=0.503246;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.000963811;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:114:113:1:3:110:110:0.973451:50:60:0:1:50:60:2:1 chr12 25242595 . C G 1551.1 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6459;QD=62.6705;RBI=0.0278172;REFB=-0.0606907;REVB=-0.0241084;RO=0;SAF=35;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010872;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:99:99:0:0:97:99:1:62:35:0:0:62:37:0:0 chr12 25243115 . G C 726.33 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3724;QD=63.1592;RBI=0.0288988;REFB=0;REVB=0.0189379;RO=0;SAF=4;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211406;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:41:4:0:0:42:4:0:0 chr12 25261735 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.401;QD=44.6897;RBI=0.0455302;REFB=0;REVB=0.019733;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104338;OID=.;OPOS=25261735;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr12 25343516 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7514;QD=54.5175;RBI=0.0159249;REFB=0;REVB=-0.0153139;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121428;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:12:13:0:0 chr12 25357574 . CAA C,CGA 817.2 PASS AF=0.948276,0.0517241;AO=54,3;DP=57;FAO=55,3;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133876,-0.028305;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=161.133,123.808;QD=56.3585;RBI=0.0252043,0.0283142;REFB=0,0;REVB=0.0213549,0.000722183;RO=0;SAF=32,2;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.64875e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=1.75018e-06,0.0281142;OID=.,.;OPOS=25357575,25357575;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.948276,0.0517241:54,3:57:55,3:58:0:32,2:23,1:0:0:11:0:32,2:22,1:0:0 chr12 25357628 . TA T,TT 333.18 PASS AF=0.96,0.04;AO=23,2;DP=26;FAO=24,1;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559672,-0.043443;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.2298,57.9689;QD=53.3084;RBI=0.0582313,0.0435129;REFB=0,0;REVB=0.0160797,0.00246506;RO=0;SAF=12,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000385896,-0.0467986;OID=.,.;OPOS=25357629,25357629;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.96,0.04:23,2:26:24,1:25:0:13,0:11,1:0:0:6:0:12,1:11,1:0:0 chr12 25361091 . T C 2388.89 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00826241;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.932;QD=60.4783;RBI=0.0537288;REFB=-0.108122;REVB=0.0530897;RO=1;SAF=81;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006219;STB=0.503268;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00017251;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:158:1:1:157:157:0.993671:76:81:0:1:76:81:0:1 chr12 25362217 . A G 1541.51 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0647746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.248;QD=57.6265;RBI=0.0697583;REFB=-0.0676742;REVB=0.0258935;RO=2;SAF=54;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000507071;STB=0.500267;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00032756;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:51:54:1:1:51:54:1:1 chr12 25362465 . G A 225.46 PASS AF=0.9;AO=16;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00579319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.271;QD=45.0921;RBI=0.0330385;REFB=-0.0349693;REVB=0.0325267;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053738;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.003136;OID=.;OPOS=25362465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:16:18:0.9:8:8:1:0:10:8:1:0 chr12 25362552 . A C 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.753;QD=55.0889;RBI=0.0380888;REFB=0;REVB=0.0374559;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8255e-05;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr12 25368462 . C T 1215.78 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245459;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.241;QD=60.0383;RBI=0.0250138;REFB=0.109277;REVB=0.00481563;RO=1;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129683;STB=0.506848;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00046325;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:79:80:0.987654:36:43:0:1:36:44:0:1 chr12 25671759 . T A 419.67 PASS AF=0.413793;AO=47;DP=116;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0276966;FXX=0.0491763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4113;QD=14.4714;RBI=0.0774023;REFB=-0.0189069;REVB=0.0722773;RO=68;SAF=25;SAR=22;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263325;STB=0.505037;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0261014;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:68:68:47:48:0.413793:22:25:36:32:23:25:36:32 chr12 26491838 . G A 694.92 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272787;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.171;QD=63.1747;RBI=0.01561;REFB=0;REVB=0.0153698;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92333e-05;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr12 26784850 . G A 502.65 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0122636;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.748;QD=21.6193;RBI=0.017417;REFB=-0.0303327;REVB=0.0123675;RO=45;SAF=26;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657405;STB=0.536308;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0252778;OID=.;OPOS=26784850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:45:45:48:48:0.516129:22:26:21:24:22:26:21:24 chr12 26809316 . G A 591.23 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0269554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.438;QD=24.3805;RBI=0.0319074;REFB=-0.00404135;REVB=0.0170732;RO=43;SAF=31;SAR=23;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511643;STB=0.528058;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00250368;OID=.;OPOS=26809316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:23:31:22:21:23:31:22:21 chr12 26810777 . T C 1189.19 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.942;QD=60.9842;RBI=0.0900843;REFB=0;REVB=0.0891497;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011771;OID=.;OPOS=26810777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:43:33:0:0:45:33:0:0 chr12 26810816 . T G 341.54 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.015585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9969;QD=15.8856;RBI=0.0349083;REFB=0.0160951;REVB=0.0312362;RO=48;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260125;STB=0.506699;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0296198;OID=.;OPOS=26810816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:37:37:0.430233:23:14:17:31:23:14:18:31 chr12 26834804 . T TACTC 1662.27 PASS AF=0.95;AO=109;DP=124;FAO=114;FDP=120;FR=.;FRO=6;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0215271;FXX=0.0322555;HRUN=1;LEN=4;MLLD=315.059;QD=55.4091;RBI=0.0381146;REFB=-0.0378567;REVB=0.0314532;RO=6;SAF=56;SAR=53;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031652;STB=0.515416;STBP=0.143;TYPE=ins;VARB=0.00167922;OID=.;OPOS=26834805;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=TACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:109:124:114:120:6:60:54:5:1:14:6:56:53:5:1 chr12 26868322 . T C 588.07 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0130063;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.57;QD=22.618;RBI=0.0254133;REFB=0.00578489;REVB=0.0218328;RO=46;SAF=34;SAR=24;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353069;STB=0.519342;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00641972;OID=.;OPOS=26868322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:46:46:58:58:0.557692:24:34:25:21:24:34:25:21 chr12 26943170 . A T 489.32 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00222545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.406;QD=27.5674;RBI=0.00601196;REFB=-0.0108384;REVB=0.0055849;RO=25;SAF=17;SAR=28;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154391;STB=0.502658;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00607657;OID=.;OPOS=26943170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:26:45:45:0.633803:28:17:10:15:28:17:10:16 chr12 27064232 . C T 319.26 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0012998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.029;QD=12.1623;RBI=0.0151132;REFB=-0.00777176;REVB=-0.0150572;RO=66;SAF=24;SAR=15;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624852;STB=0.53575;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0135488;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:66:39:39:0.371429:15:24:37:29:15:24:37:29 chr12 27165684 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.483;QD=46.848;RBI=0.0231998;REFB=0;REVB=0.023088;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128146;OID=.;OPOS=27165684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr12 27175640 . A G 1174.54 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00713753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3479;QD=59.4706;RBI=0.0889253;REFB=0.0884281;REVB=-0.0886384;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116869;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00230615;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:38:40:1:0:38:40:1:0 chr12 27470866 . G A 721.94 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.072;QD=61.4416;RBI=0.0225567;REFB=0;REVB=-0.0167039;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597479;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:19:26:0:0:21:26:0:0 chr12 27627805 . G A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.05;QD=58.7809;RBI=0.0546476;REFB=0;REVB=0.042486;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14643e-05;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:45:20:0:0:45:20:0:0 chr12 27800746 . G T 2222.88 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2156;QD=62.6163;RBI=0.0483961;REFB=-0.0919033;REVB=0.0475316;RO=1;SAF=69;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655845;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277884;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:142:142:1:0:141:142:1:72:69:0:1:73:69:0:0 chr12 27826778 . T G,TG 596.38 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=5,6;DP=44;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553585,0.0449818;FXX=0.0444346;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=17.8622,27.1261;QD=55.4769;RBI=0.0745103,0.11508;REFB=0,0;REVB=0.049872,0.105925;RO=32;SAF=3,3;SAR=2,3;SRF=14;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.186531,0.0744072;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0557454,0.00112595;OID=.,.;OPOS=27826778,27826779;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:44:43:32:0:5,6:1,42:0.0232558,0.976744:2,3:3,3:14:18:0,23:1,19:0:0 chr12 27849795 . CA TG 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239369;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=270.911;QD=63.583;RBI=0.0239834;REFB=0;REVB=0.00149252;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.96526e-05;OID=.;OPOS=27849795;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr12 27867706 . C T 184.81 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0079808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.664;QD=18.4807;RBI=0.00811407;REFB=-0.0198116;REVB=-0.00146456;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560012;STB=0.547896;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0171464;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:11:7:7:14:11:8:7:14 chr12 27867727 . G A 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00141917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.34;QD=14.8343;RBI=0.0132954;REFB=-0.00281226;REVB=-0.0132194;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147839;STB=0.591319;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00413846;OID=.;OPOS=27867727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:12:10:9:20:12:10:9:21 chr12 27878475 . G A 600.23 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00525199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.538;QD=19.3622;RBI=0.00908573;REFB=-0.00290028;REVB=0.00741397;RO=60;SAF=30;SAR=32;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441052;STB=0.524173;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00403958;OID=.;OPOS=27878475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:62:62:62:0.5:32:30:32:28:32:30:33:29 chr12 28102840 . G A 301.55 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0662246;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.689;QD=18.8466;RBI=0.0663662;REFB=-0.0328571;REVB=0.00433342;RO=32;SAF=10;SAR=22;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260453;STB=0.645655;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.018553;OID=.;OPOS=28102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:22:10:19:13:22:10:19:13 chr12 28457618 . A C 2143.79 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032491;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.383;QD=63.0526;RBI=0.0360979;REFB=0;REVB=0.0157288;RO=0;SAF=61;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.72667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34293e-05;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:134:136:1:73:61:0:0:74:62:0:0 chr12 28605426 . G A 297.16 PASS AF=0.390805;AO=32;DP=85;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00219138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.465;QD=13.6623;RBI=0.00368055;REFB=-0.0108397;REVB=-0.00295707;RO=53;SAF=21;SAR=11;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832376;STB=0.520895;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0180977;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:53:53:32:34:0.390805:11:21:31:22:13:21:31:22 chr12 28658350 . C T 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00559086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.503;QD=15.5759;RBI=0.00575978;REFB=0.0073919;REVB=-0.00138466;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125562;STB=0.571368;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00818404;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:15:9:15:15:15:9:15:15 chr12 29423460 . G A 399.07 PASS AF=0.58209;AO=38;DP=66;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00357794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0868;QD=23.8251;RBI=0.0512396;REFB=-0.00143187;REVB=0.0511145;RO=27;SAF=23;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956516;STB=0.553114;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00126247;OID=.;OPOS=29423460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:28:38:39:0.58209:15:23:13:14:16:23:13:15 chr12 29493943 . T C 120.45 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.000137514;FXX=0.0322477;HRUN=7;LEN=1;MLLD=263.524;QD=16.06;RBI=0.000492671;REFB=-0.00950654;REVB=-0.000473091;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190057;STB=0.606972;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0115039;OID=.;OPOS=29493943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:11:16:12:12:0.4:6:6:3:8:6:6:5:11 chr12 29604392 . C G 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00478269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.66;QD=20.5627;RBI=0.027536;REFB=-0.0185255;REVB=-0.0271174;RO=25;SAF=20;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119296;STB=0.566525;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0158944;OID=.;OPOS=29604392;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:9:20:14:11:9:20:14:11 chr12 29628016 . G A 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.060802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.862;QD=16.9232;RBI=0.062807;REFB=-0.014717;REVB=0.0157431;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523968;STB=0.529394;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0155625;OID=.;OPOS=29628016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:18:16:21:19:18:16:21:19 chr12 29630081 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.088;QD=59.4356;RBI=0.0388563;REFB=0;REVB=-0.00333434;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270983;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr12 29639186 . T C 223.23 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.028359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.575;QD=10.5048;RBI=0.0284866;REFB=-0.0194593;REVB=0.00269324;RO=57;SAF=17;SAR=11;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127853;STB=0.507457;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0445563;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:11:17:34:23:11:17:34:23 chr12 29642573 . A C 273.68 PASS AF=0.527273;AO=27;DP=53;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0441382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4484;QD=19.9041;RBI=0.0457955;REFB=-0.0125745;REVB=-0.0122083;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826047;STB=0.526298;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00974747;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:26:26:27:29:0.527273:15:12:14:12:15:14:14:12 chr12 29648275 . G A 2223.89 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0196653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.107;QD=62.2067;RBI=0.0308886;REFB=-0.0692975;REVB=0.0238197;RO=1;SAF=80;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590683;STB=0.503067;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000634789;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:143:1:1:141:142:0.993007:61:80:1:0:61:81:1:0 chr12 29653884 . T TAG 3814.46 PASS AF=0.85061;AO=273;DP=336;FAO=279;FDP=328;FR=.;FRO=49;FSAF=127;FSAR=152;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.00868871;FXX=0.0150146;HRUN=3;LEN=2;MLLD=279.991;QD=46.5178;RBI=0.0213469;REFB=-0.0204874;REVB=0.0194986;RO=54;SAF=124;SAR=149;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206189;STB=0.519443;STBP=0.082;TYPE=ins;VARB=0.00222798;OID=.;OPOS=29653885;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.85061:273:336:279:328:49:127:152:16:33:99:54:124:149:21:33 chr12 31106941 . A C 484.2 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0106748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.768;QD=26.5316;RBI=0.0320888;REFB=-0.0200513;REVB=0.0302612;RO=28;SAF=24;SAR=21;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735574;STB=0.540128;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00928092;OID=.;OPOS=31106941;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:28:45:45:0.616438:21:24:12:16:21:24:12:16 chr12 31107131 . A G 366.83 PASS AF=0.6;AO=35;DP=61;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0144949;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.165;QD=24.4554;RBI=0.0146885;REFB=-0.0241404;REVB=-0.00237745;RO=24;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721513;STB=0.544338;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0106126;OID=.;OPOS=31107131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:24:24:35:36:0.6:18:17:14:10:19:17:14:10 chr12 31107323 . T G 289.59 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.031097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1098;QD=18.9894;RBI=0.076869;REFB=-0.00194189;REVB=0.070298;RO=30;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131553;STB=0.573189;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00351695;OID=.;OPOS=31107323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:16:15:19:11:16:15:19:11 chr12 31107955 . G A 778.65 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.758;QD=63.5633;RBI=0.0219856;REFB=0;REVB=-0.0129954;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22346e-05;OID=.;OPOS=31107955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:30:19:0:0 chr12 31135478 . T C 2358.26 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1359;QD=63.7368;RBI=0.0598978;REFB=0;REVB=-0.0548805;RO=0;SAF=68;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018137;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:148:0:0:147:148:1:79:68:0:0:79:69:0:0 chr12 31135579 . T C 1716.86 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015484;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.375;QD=60.7737;RBI=0.0195046;REFB=0;REVB=0.0118606;RO=0;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139021;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:66:47:0:0:66:47:0:0 chr12 31231138 . G T 421.65 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0344631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3167;QD=18.1354;RBI=0.0721229;REFB=-0.00146564;REVB=0.0633562;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818806;STB=0.540211;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00304229;OID=.;OPOS=31231138;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:50:43:43:0.462366:23:20:27:22:23:20:27:23 chr12 31237700 . G A 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00669533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.312;QD=11.4909;RBI=0.0136282;REFB=-0.000937919;REVB=-0.0118701;RO=32;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238209;STB=0.642666;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00283575;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:12:4:14:18:12:4:14:18 chr12 31240862 . A T 226.97 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0119143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1896;QD=13.7558;RBI=0.0163538;REFB=-0.0372248;REVB=0.0112025;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207083;STB=0.511802;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0492101;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:14:13:18:21:14:13:18:21 chr12 31240925 . A G 448.15 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.000706372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.597;QD=17.5744;RBI=0.00908628;REFB=-0.00337984;REVB=0.00905878;RO=54;SAF=18;SAR=30;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236507;STB=0.513152;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00426134;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:30:18:19:35:30:18:19:35 chr12 31242399 . T C 440.04 PASS AF=0.346667;AO=52;DP=150;FAO=52;FDP=150;FR=.;FRO=98;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.0250994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.087;QD=11.7344;RBI=0.045903;REFB=-0.00888052;REVB=-0.0384332;RO=98;SAF=28;SAR=24;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901746;STB=0.551669;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0175977;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:98:98:52:52:0.346667:24:28:45:53:24:28:45:53 chr12 31244705 . C T 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0483167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6291;QD=27.2322;RBI=0.0523075;REFB=-0.0511572;REVB=-0.0200393;RO=13;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500008;STB=0.535289;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0534673;OID=.;OPOS=31244705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:17:26:26:0.604651:10:16:9:4:10:16:9:8 chr12 31247682 . T C 89.93 PASS AF=0.170213;AO=16;DP=94;FAO=16;FDP=94;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0267079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.659;QD=3.82679;RBI=0.0291653;REFB=-0.00507132;REVB=0.0117175;RO=78;SAF=5;SAR=11;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313219;STB=0.705245;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0254025;OID=.;OPOS=31247682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:94:94:78:78:16:16:0.170213:11:5:44:34:11:5:44:34 chr12 31249861 . C G 444.75 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=11;FWDB=0.0158145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1425;QD=17.9698;RBI=0.0419833;REFB=-0.0102866;REVB=0.0388908;RO=51;SAF=39;SAR=6;SRF=40;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147451;STB=0.57399;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0144064;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:54:45:45:0.454545:6:39:40:11:6:39:43:11 chr12 31253995 . C T 293.45 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0822059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.236;QD=14.8582;RBI=0.08271;REFB=-0.0165305;REVB=-0.00911726;RO=46;SAF=12;SAR=21;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16616;STB=0.594281;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0139879;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:21:12:24:22:21:12:24:22 chr12 31255263 . G A 181.07 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0200417;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.18;QD=12.9336;RBI=0.0263389;REFB=-0.047913;REVB=0.0170899;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474492;STB=0.535682;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0682451;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:34:22:22:0.392857:11:11:18:15:11:11:19:15 chr12 31255405 . C T 541.93 PASS AF=0.53125;AO=50;DP=95;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.0259424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.856;QD=22.5805;RBI=0.0287448;REFB=-0.0357708;REVB=0.0123796;RO=45;SAF=36;SAR=14;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942396;STB=0.508394;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0323574;OID=.;OPOS=31255405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:45:45:50:51:0.53125:14:36:32:13:14:37:32:13 chr12 31256905 . T C 263.33 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0671271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.335;QD=17.5552;RBI=0.0708859;REFB=-0.0363782;REVB=0.0227765;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156619;STB=0.500575;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0292697;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:15:14:15:15:15:14:15:16 chr12 31267744 . A C 167.18 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00710105;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.88;QD=9.98107;RBI=0.00908564;REFB=-0.0074998;REVB=0.00566779;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155013;STB=0.583597;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0153387;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:44:45:22:22:0.328358:13:9:24:20:13:9:24:21 chr12 31283446 . T G 728.2 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630207;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.343;QD=57.1137;RBI=0.118321;REFB=0;REVB=0.100141;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820378;OID=.;OPOS=31283446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:20:29:0:0:22:29:0:0 chr12 31297871 . G C 727.07 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5532;QD=57.0251;RBI=0.05695;REFB=0;REVB=0.0563448;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789522;OID=.;OPOS=31297871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chr12 31300891 . C A 2359.2 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.594;QD=60.8826;RBI=0.0171199;REFB=0;REVB=-0.0155023;RO=0;SAF=84;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0268e-06;OID=.;OPOS=31300891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:155:0:0:154:155:1:70:84:0:0:70:85:0:0 chr12 31648826 . C T 574.96 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.367;QD=60.5224;RBI=0.0509067;REFB=0;REVB=0.0356753;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107053;OID=.;OPOS=31648826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:24:12:0:0:26:12:0:0 chr12 31944567 . T G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00849645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.446;QD=12.0517;RBI=0.00947387;REFB=-0.0154775;REVB=0.00419102;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110103;STB=0.536003;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0160103;OID=.;OPOS=31944567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:4:5:8:4:4:5:8:5 chr12 32134240 . C T 366.01 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0107211;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.866;QD=21.2177;RBI=0.0108348;REFB=0.0225882;REVB=-0.00156529;RO=32;SAF=24;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215771;STB=0.511939;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.0247287;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:13:24:20:12:13:24:20:12 chr12 32134638 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00571117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.184;QD=15.8816;RBI=0.0188964;REFB=-0.00466104;REVB=-0.0180127;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253163;STB=0.646773;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00670867;OID=.;OPOS=32134638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:7:3:6:4:7:3 chr12 32134943 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0232879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.199;QD=18.2486;RBI=0.0236197;REFB=-0.00461518;REVB=-0.00394512;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327611;STB=0.689341;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00433209;OID=.;OPOS=32134943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:10:3:7:5:10:3:7:5 chr12 32135441 . T C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0458333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.049;QD=10.6681;RBI=0.0493568;REFB=-0.0101519;REVB=-0.018314;RO=18;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604871;STB=0.870147;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0220681;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:1:9:7:11:1:9:7:11 chr12 32137447 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00562899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.3;QD=10.3903;RBI=0.00595708;REFB=0.00199733;REVB=-0.00194968;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497435;STB=0.796364;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00202442;OID=.;OPOS=32137447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:9:2:5:2:9:2 chr12 32137512 . C G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0346888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.117;QD=16.6154;RBI=0.0393123;REFB=-0.0233696;REVB=-0.0184972;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114925;STB=0.517664;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0226542;OID=.;OPOS=32137512;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:7:10:12:8:7:10:13:8 chr12 32261173 . TA T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00868998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.932;QD=14.6525;RBI=0.00940745;REFB=-0.0211332;REVB=-0.0036034;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.624573;STBP=0.423;TYPE=del;VARB=0.0178502;OID=.;OPOS=32261174;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:6:11:6:11:5:4:2:2:3:30:5:4:2:2:3 chr12 32261252 . A C 56.34 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0159807;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.297;QD=15.0237;RBI=0.0164294;REFB=-0.00952954;REVB=0.00381348;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775494;STB=0.581152;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00610349;OID=.;OPOS=32261252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:15:15:5:7:7:7:0.466667:5:2:1:4:5:2:3:4 chr12 32261435 . A G 86.1 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0274685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.681;QD=12.3002;RBI=0.0276376;REFB=-0.00184855;REVB=-0.00305243;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444202;STB=0.526268;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00286994;OID=.;OPOS=32261435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:7:10:6:5:7:10 chr12 32481369 . C T 101.57 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=24;FAO=12;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0285081;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.884;QD=15.6256;RBI=0.194719;REFB=-0.0112662;REVB=-0.19262;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392076;STB=0.616261;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0062293;OID=.;OPOS=32481369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:5:14:6:12:0.461538:1:5:2:3:7:5:3:11 chr12 32552769 . C G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0126403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.711;QD=16.1724;RBI=0.0264273;REFB=-0.000156315;REVB=-0.0232083;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482681;STB=0.527743;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=5.53978e-05;OID=.;OPOS=32552769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:11:9:8:8:11:9 chr12 32886672 . A G 838.49 PASS AF=0.553191;AO=77;DP=141;FAO=78;FDP=141;FR=.;FRO=63;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00918923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.594;QD=23.787;RBI=0.0221698;REFB=-0.00735309;REVB=0.0201757;RO=61;SAF=46;SAR=31;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871388;STB=0.557538;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00617922;OID=.;OPOS=32886672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:61:63:77:78:0.553191:31:46:30:31:31:47:30:33 chr12 32943926 . GC G,GT 828.38 PASS AF=0.0338983,0.966102;AO=6,51;DP=59;FAO=2,57;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195632,0.0213736;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=289.727,309.425;QD=56.1614;RBI=0.0244379,0.0262497;REFB=0,0;REVB=0.0146456,0.0152387;RO=0;SAF=4,22;SAR=2,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0162933,0.000713706;OID=.,.;OPOS=32943927,32943927;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0338983,0.966102:6,51:59:2,57:59:0:0,27:2,30:0:0:7:0:4,22:2,29:0:0 chr12 33030995 . C T 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0140479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.17;QD=14.7402;RBI=0.0189547;REFB=-0.00746094;REVB=-0.0127254;RO=41;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154046;STB=0.587244;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0138312;OID=.;OPOS=33030995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:13:17:17:24:13:17:17:24 chr12 33538179 . C T 437.15 PASS AF=0.379562;AO=37;DP=136;FAO=52;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.0180717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.622;QD=12.7635;RBI=0.0209332;REFB=-0.0154572;REVB=0.0105647;RO=84;SAF=19;SAR=18;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114772;STB=0.538082;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0279865;OID=.;OPOS=33538179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:84:85:37:52:0.379562:18:19:35:49:33:19:36:49 chr12 38710819 . C T 931.82 PASS AF=0.535294;AO=91;DP=170;FAO=91;FDP=170;FR=.;FRO=79;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0448986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0948;QD=21.9253;RBI=0.060262;REFB=-0.000806633;REVB=0.0401948;RO=79;SAF=50;SAR=41;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00644995;STB=0.503527;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00130044;OID=.;OPOS=38710819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:79:79:91:91:0.535294:41:50:44:35:41:50:44:35 chr12 38712142 . C G 2884.98 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.945;QD=63.0597;RBI=0.00419244;REFB=0;REVB=0.000384531;RO=0;SAF=93;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29864e-06;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:90:93:0:0:90:93:0:0 chr12 39087609 . G A 349.44 PASS AF=0.417582;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0593788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8125;QD=15.3599;RBI=0.0664084;REFB=-0.00172751;REVB=0.029736;RO=52;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178682;STB=0.507904;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00172187;OID=.;OPOS=39087609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:53:37:38:0.417582:20:17:23:29:21:17:23:30 chr12 39096664 . T A 1492.5 PASS AF=0.493289;AO=145;DP=297;FAO=147;FDP=298;FR=.;FRO=151;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=79;FSRR=72;FWDB=-0.000324442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.619;QD=20.0335;RBI=0.00730572;REFB=-0.00118218;REVB=-0.00729852;RO=150;SAF=70;SAR=75;SRF=79;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406491;STB=0.523806;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00152371;OID=.;OPOS=39096664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:298:150:151:145:147:0.493289:75:70:79:71:77:70:79:72 chr12 39233771 . A G 334.87 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00333435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.944;QD=17.1725;RBI=0.0082573;REFB=-0.00512167;REVB=0.00755414;RO=41;SAF=19;SAR=17;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084267;STB=0.553238;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0115947;OID=.;OPOS=39233771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:17:19:18:23:17:19:18:24 chr12 39698647 . A G 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0115664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.731;QD=19.0767;RBI=0.0119132;REFB=-0.0159764;REVB=-0.00285337;RO=39;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356308;STB=0.519825;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0163596;OID=.;OPOS=39698647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:18:20:19:20:18:20:19:20 chr12 39735348 . C A 223.45 PASS AF=0.666667;AO=19;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.158056;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.969;QD=29.793;RBI=0.171558;REFB=-0.0426944;REVB=0.0667101;RO=3;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110114;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0299046;OID=.;OPOS=39735348;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:30:30:3:9:19:20:0.666667:11:8:0:3:11:9:4:5 chr12 40010863 . C T 504.65 PASS AF=0.5;AO=48;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00384166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.733;QD=20.5979;RBI=0.00397386;REFB=-0.00406191;REVB=-0.00101647;RO=49;SAF=23;SAR=25;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04686;STB=0.520391;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00295115;OID=.;OPOS=40010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:49:49:48:49:0.5:25:23:26:23:25:24:26:23 chr12 40152900 . G A 1337.36 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.604;QD=62.2026;RBI=0.0426857;REFB=0;REVB=0.0425252;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76901e-05;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chr12 40619082 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.674;QD=61.3753;RBI=0.0024576;REFB=0;REVB=0.00149788;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05476e-06;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr12 40713834 . C A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00682901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.949;QD=12.2129;RBI=0.0131561;REFB=-0.0177508;REVB=0.0112449;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10609;STB=0.562406;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0254318;OID=.;OPOS=40713834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:14:8:6:7:14:8 chr12 40713873 . A G 171.92 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0264178;FXX=0.0263089;HRUN=8;LEN=1;MLLD=307.66;QD=18.5857;RBI=0.0267933;REFB=-0.0131756;REVB=0.00447027;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112978;STB=0.559372;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0037047;OID=.;OPOS=40713873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:11:17:17:17:0.459459:8:9:6:5:8:9:11:6 chr12 40713901 . T A 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0317547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.812;QD=15.6248;RBI=0.0318517;REFB=-0.0272721;REVB=0.00248305;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796412;STB=0.504582;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0421788;OID=.;OPOS=40713901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:10:9:13:14:10:9:13:14 chr12 40716260 . T C 606.58 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=36;FWDB=0.0147193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8482;QD=24.7584;RBI=0.0696803;REFB=-0.0292224;REVB=0.0681079;RO=43;SAF=20;SAR=35;SRF=7;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184752;STB=0.60039;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0201699;OID=.;OPOS=40716260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:43:43:55:55:0.561224:35:20:7:36:35:20:7:36 chr12 40742254 . G A 340.5 PASS AF=0.45;AO=33;DP=82;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0158067;FXX=0.0588166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.54;QD=17.025;RBI=0.0159574;REFB=-0.0180355;REVB=0.00218823;RO=49;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112136;STB=0.527762;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0215886;OID=.;OPOS=40742254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:49:44:33:36:0.45:19:14:26:23:19:17:23:21 chr12 40757328 . G A 378.73 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0103595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.541;QD=18.7029;RBI=0.0192369;REFB=-0.0194572;REVB=-0.0162092;RO=41;SAF=21;SAR=18;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157895;STB=0.593174;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0318858;OID=.;OPOS=40757328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:41:42:39:39:0.481481:18:21:15:26:18:21:15:27 chr12 40758652 . T C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00765241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.914;QD=19.3861;RBI=0.0202237;REFB=-0.00787943;REVB=0.01872;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646361;STB=0.536549;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00933632;OID=.;OPOS=40758652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:9:12:10:10:9:12 chr12 40805948 . G C 289.07 PASS AF=0.735294;AO=24;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.036185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.264;QD=34.0083;RBI=0.0399447;REFB=-0.0188741;REVB=-0.0169181;RO=8;SAF=13;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019155;STB=0.530781;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00743413;OID=.;OPOS=40805948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:8:9:24:25:0.735294:11:13:4:4:11:14:4:5 chr12 40820208 . G A 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0180016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.859;QD=19.1097;RBI=0.0200228;REFB=-0.00477838;REVB=-0.00876662;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181821;STB=0.601596;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00585192;OID=.;OPOS=40820208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:11:16:10:16:11:16:10:16 chr12 40821176 . G A 373.65 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.026819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7938;QD=14.7982;RBI=0.0280245;REFB=-0.00160676;REVB=0.0081308;RO=59;SAF=28;SAR=14;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20574;STB=0.616381;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00227313;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:14:28:28:31:14:28:28:31 chr12 40821867 . G A 634.81 PASS AF=0.413793;AO=70;DP=173;FAO=72;FDP=174;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=78;FWDB=0.00392916;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.448;QD=14.5934;RBI=0.0177747;REFB=-0.0153896;REVB=0.017335;RO=100;SAF=31;SAR=39;SRF=22;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246938;STB=0.620595;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0259976;OID=.;OPOS=40821867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:100:102:70:72:0.413793:39:31:22:78:41:31:24:78 chr12 40832126 . C T 219.92 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.00971762;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.531;QD=11.7288;RBI=0.0202396;REFB=-0.00767044;REVB=-0.0177542;RO=46;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270789;STB=0.652068;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0328584;OID=.;OPOS=40832126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:48:27:27:0.36:12:15:14:32:12:15:15:33 chr12 40832161 . T C 132.4 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00854029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.991;QD=9.9927;RBI=0.0143106;REFB=-0.0137032;REVB=-0.0114829;RO=36;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504253;STB=0.79671;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0372344;OID=.;OPOS=40832161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:4:13:11:25:4:13:11:25 chr12 40834376 . C G 253.3 PASS AF=0.439394;AO=27;DP=64;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00224934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.527;QD=15.3515;RBI=0.00348357;REFB=-0.0195212;REVB=0.00266002;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253614;STB=0.634763;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0184445;OID=.;OPOS=40834376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:37:37:27:29:0.439394:17:10:23:14:18:11:23:14 chr12 40834955 . C A 886.82 PASS AF=0.494505;AO=90;DP=182;FAO=90;FDP=182;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.0251081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.827;QD=19.4905;RBI=0.0257663;REFB=-0.0247876;REVB=0.00578635;RO=92;SAF=37;SAR=53;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223395;STB=0.5123;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0240566;OID=.;OPOS=40834955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:92:92:90:90:0.494505:53:37:40:52:53:37:40:52 chr12 40835734 . C G 512.03 PASS AF=0.413043;AO=57;DP=139;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00238863;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9964;QD=14.8415;RBI=0.00932348;REFB=-0.0197618;REVB=-0.00901231;RO=80;SAF=24;SAR=33;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957701;STB=0.557583;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.027375;OID=.;OPOS=40835734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:80:81:57:57:0.413043:33:24:41:39:33:24:42:39 chr12 40835749 . T C 805.43 PASS AF=0.539007;AO=76;DP=141;FAO=76;FDP=141;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.015014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.148;QD=22.8489;RBI=0.018354;REFB=-0.00582922;REVB=0.0105571;RO=65;SAF=39;SAR=37;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822227;STB=0.544985;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0055352;OID=.;OPOS=40835749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:65:65:76:76:0.539007:37:39:27:38:37:39:27:38 chr12 40837264 . T C 239.32 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00808993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.811;QD=20.8105;RBI=0.036381;REFB=-0.0161751;REVB=0.0354701;RO=23;SAF=5;SAR=18;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414229;STB=0.734477;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.013669;OID=.;OPOS=40837264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:18:5:15:8:18:5:15:8 chr12 40838216 . T C 716.26 PASS AF=0.543307;AO=69;DP=129;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0417739;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0348;QD=22.5593;RBI=0.0588717;REFB=-0.0286007;REVB=0.0414828;RO=58;SAF=28;SAR=41;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510486;STB=0.527971;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0200347;OID=.;OPOS=40838216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:58:58:69:69:0.543307:41:28:27:31:41:28:27:31 chr12 40840325 . T C 825.83 PASS AF=0.52349;AO=78;DP=148;FAO=78;FDP=149;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=58;FSRF=13;FSRR=58;FWDB=0.0210532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9659;QD=22.17;RBI=0.0319488;REFB=0.0103915;REVB=0.0240309;RO=70;SAF=20;SAR=58;SRF=12;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101879;STB=0.547934;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00912837;OID=.;OPOS=40840325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:70:71:78:78:0.52349:58:20:12:58:58:20:13:58 chr12 40841938 . G T 678.01 PASS AF=0.503759;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=133;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0110137;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.755;QD=20.3913;RBI=0.0111591;REFB=-0.015843;REVB=-0.00179599;RO=69;SAF=27;SAR=40;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301454;STB=0.526308;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0167935;OID=.;OPOS=40841938;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:133:69:66:67:67:0.503759:40:27:30:39:40:27:30:36 chr12 40843504 . A C 571.35 PASS AF=0.611765;AO=51;DP=86;FAO=52;FDP=85;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00190086;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.443;QD=26.8868;RBI=0.0284803;REFB=-0.0153823;REVB=0.0284168;RO=34;SAF=21;SAR=30;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130083;STB=0.559577;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00970725;OID=.;OPOS=40843504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:34:33:51:52:0.611765:30:21:20:14:30:22:19:14 chr12 40857943 . A C 388.13 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00290107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.556;QD=26.7675;RBI=0.0119445;REFB=-0.00960199;REVB=0.0115868;RO=21;SAF=14;SAR=23;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665378;STB=0.536271;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00540693;OID=.;OPOS=40857943;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:23:14:6:15:23:14:6:15 chr12 40930709 . G C 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00689673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.42;QD=17.5594;RBI=0.0201637;REFB=-0.0233106;REVB=-0.0189475;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750124;STB=0.542809;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0213957;OID=.;OPOS=40930709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:10:11:8:10:10:11 chr12 40931655 . G A 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00712922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.071;QD=15.4095;RBI=0.00747121;REFB=-0.00919753;REVB=-0.00223454;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177537;STB=0.60041;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0203426;OID=.;OPOS=40931655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:11:16:14:20:11:16:14:20 chr12 40932661 . G A 460.53 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0305814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.97;QD=23.9237;RBI=0.0314475;REFB=-0.0154518;REVB=0.00732963;RO=33;SAF=12;SAR=32;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293455;STB=0.516122;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00963239;OID=.;OPOS=40932661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:32:12:10:23:32:12:10:23 chr12 40943970 . G A 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0460096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8959;QD=16.4523;RBI=0.0469088;REFB=-0.0390997;REVB=0.00914068;RO=40;SAF=20;SAR=13;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045371;STB=0.525468;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0344898;OID=.;OPOS=40943970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:13:20:26:14:13:20:26:14 chr12 40951596 . A G 436.36 PASS AF=0.403226;AO=50;DP=124;FAO=50;FDP=124;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0184429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.29;QD=14.0762;RBI=0.0260087;REFB=-0.0116357;REVB=0.0183387;RO=72;SAF=16;SAR=34;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1698;STB=0.605436;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00969182;OID=.;OPOS=40951596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:74:50:50:0.403226:34:16:34:38:34:16:36:38 chr12 40951605 . G A 487.23 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0191793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.361;QD=15.2261;RBI=0.0309224;REFB=-0.0068897;REVB=-0.0242559;RO=74;SAF=20;SAR=34;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109447;STB=0.561538;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0118762;OID=.;OPOS=40951605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:74:54:54:0.421875:34:20:35:39:34:20:35:39 chr12 40951950 . G A 200.91 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0224238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4036;QD=11.8185;RBI=0.0224621;REFB=-0.00704526;REVB=-0.0013119;RO=42;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104921;STB=0.554411;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0108215;OID=.;OPOS=40951950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:43:25:25:0.367647:16:9:19:23:16:9:19:24 chr12 41352977 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0110065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.57;QD=15.626;RBI=0.0184104;REFB=-0.00421233;REVB=-0.014758;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109992;STB=0.56368;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00512663;OID=.;OPOS=41352977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:14:9:5:12:14:9 chr12 41900422 . G A 251.73 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0314049;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.348;QD=12.2796;RBI=0.0316217;REFB=-0.000872463;REVB=-0.00369594;RO=50;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272727;STB=0.644492;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00207799;OID=.;OPOS=41900422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:52:30:30:0.365854:11:19:19:31:11:19:21:31 chr12 41946463 . C T 200.82 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0378976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7651;QD=20.5971;RBI=0.0379795;REFB=-0.013033;REVB=0.00249357;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112613;STB=0.56362;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0179989;OID=.;OPOS=41946463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:13:7:9:10:13:7:9:10 chr12 41967677 . G A 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00595903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.196;QD=19.9055;RBI=0.0522387;REFB=-0.00588986;REVB=-0.0518977;RO=27;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165882;STB=0.592529;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00639125;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:20:10:14:13:20:10:14:13 chr12 42475984 . T A 54.41 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0247782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6855;QD=8.70502;RBI=0.0886885;REFB=0.00708986;REVB=-0.0851569;RO=17;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465499;STB=0.796601;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0175383;OID=.;OPOS=42475984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:1:7:9:8:1:7:9:8 chr12 42476798 . T C 368.17 PASS AF=0.569231;AO=29;DP=66;FAO=37;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0890057;FXX=0.0151492;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.9988;QD=22.6565;RBI=0.104655;REFB=-0.0123783;REVB=-0.0550516;RO=19;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08253;STB=0.540429;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00247994;OID=.;OPOS=42476798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:19:28:29:37:0.569231:15:14:7:12:19:18:11:17 chr12 42491397 . C T 177.85 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00218081;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.662;QD=12.2652;RBI=0.0028148;REFB=-0.00546055;REVB=-0.00177965;RO=36;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232941;STB=0.635053;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00529494;OID=.;OPOS=42491397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:36:22:22:0.37931:7:15:17:19:7:15:17:19 chr12 42503467 . T C 437.21 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.038104;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.009;QD=18.8047;RBI=0.0387978;REFB=0.00406256;REVB=-0.00730488;RO=48;SAF=21;SAR=22;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188043;STB=0.591071;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00515396;OID=.;OPOS=42503467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:49:43:44:0.473118:22:21:14:34:23:21:15:34 chr12 42553219 . T C 125.68 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0138976;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.979;QD=10.2595;RBI=0.0142412;REFB=-0.000176023;REVB=-0.00310956;RO=33;SAF=13;SAR=2;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456379;STB=0.790094;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000426843;OID=.;OPOS=42553219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:33:34:15:15:0.306122:2:13:18:15:2:13:18:16 chr12 42554505 . A G 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0187391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7409;QD=17.7905;RBI=0.0313375;REFB=0.0270538;REVB=-0.0251174;RO=32;SAF=9;SAR=22;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571667;STB=0.526298;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0302995;OID=.;OPOS=42554505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:33:31:31:0.484375:22:9:11:21:22:9:11:22 chr12 42599696 . T A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00303976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.784;QD=12.0148;RBI=0.010531;REFB=-0.00608059;REVB=0.0100827;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141084;STB=0.582007;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00728344;OID=.;OPOS=42599696;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:12:8:18:16:12:8:18:16 chr12 42629550 . T C 1146.14 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0265159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.904;QD=58.0325;RBI=0.0387887;REFB=-0.183122;REVB=0.0283102;RO=1;SAF=34;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137161;STB=0.514282;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.000967585;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:1:2:77:77:0.974684:43:34:1:0:43:34:2:0 chr12 42636124 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.948;QD=62.9829;RBI=0.0224353;REFB=0;REVB=0.0209234;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35583e-05;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr12 42838886 . C T 266.62 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00206268;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9807;QD=20.1224;RBI=0.0239493;REFB=0.0136238;REVB=-0.0238603;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847192;STB=0.547136;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00797354;OID=.;OPOS=42838886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:14:14:10:15:14:14:10:15 chr12 42839836 . A C 1507.53 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00334727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4609;QD=58.5447;RBI=0.0583846;REFB=-0.0346393;REVB=0.0582886;RO=2;SAF=63;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024311;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014534;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:103:103:2:0:101:103:1:38:63:0:2:40:63:0:0 chr12 42853507 . GA G 123.25 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0850276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.823;QD=12.9732;RBI=0.091663;REFB=0.088111;REVB=-0.0342404;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144153;STB=0.559813;STBP=0.451;TYPE=del;VARB=-0.0995701;OID=.;OPOS=42853508;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:17:38:18:38:20:7:11:10:10:99:20:6:11:10:10 chr12 42853520 . A G 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0112295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.591;QD=19.6972;RBI=0.0133103;REFB=0.000911389;REVB=-0.00714577;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196547;STB=0.511101;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.000898852;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:11:10:10:12:11:10:10:12 chr12 42854205 . A G 548.71 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00852678;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.831;QD=21.518;RBI=0.010398;REFB=-0.0113135;REVB=0.00595076;RO=47;SAF=21;SAR=34;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198061;STB=0.618139;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0214487;OID=.;OPOS=42854205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:55:55:0.539216:34:21:29:18:34:21:30:17 chr12 42854208 . A G 541.94 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0112233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.641;QD=20.8439;RBI=0.0113872;REFB=-0.0221667;REVB=-0.00192521;RO=49;SAF=21;SAR=34;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198089;STB=0.609022;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0174981;OID=.;OPOS=42854208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:34:21:30:19:34:21:30:19 chr12 42863266 . C T 247.23 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00819313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.263;QD=21.9758;RBI=0.0357774;REFB=-0.0180945;REVB=0.0348267;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116308;STB=0.57243;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0159136;OID=.;OPOS=42863266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:23:24:0.533333:10:13:9:12:10:14:9:12 chr12 43860526 . A G 1341.57 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.558;QD=61.6816;RBI=0.021905;REFB=0;REVB=0.00785984;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30793e-05;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:87:0:0:77:87:1:43:34:0:0:47:40:0:0 chr12 45269284 . C T 404.11 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0158535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.214;QD=19.4752;RBI=0.0234599;REFB=-0.0198778;REVB=-0.0172926;RO=40;SAF=20;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108588;STB=0.50617;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.021447;OID=.;OPOS=45269284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:42:41:41:0.493976:21:20:20:20:21:20:21:21 chr12 45307633 . T C 550.65 PASS AF=0.410596;AO=62;DP=151;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0032635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.912;QD=14.5867;RBI=0.00612246;REFB=-0.00194713;REVB=-0.00518016;RO=89;SAF=29;SAR=33;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074487;STB=0.504184;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00301281;OID=.;OPOS=45307633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:89:89:62:62:0.410596:33:29:41:48:33:29:41:48 chr12 45410075 . A G 1868.72 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131697;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.373;QD=61.2695;RBI=0.0185985;REFB=0;REVB=0.0131326;RO=0;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146224;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:61:59:0:0:61:61:0:0 chr12 45417666 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.233;QD=56.1909;RBI=0.0341271;REFB=0;REVB=0.0273256;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52498e-05;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr12 45567488 . C A 500.98 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00738423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5931;QD=17.1274;RBI=0.0162898;REFB=-0.0116187;REVB=-0.01452;RO=63;SAF=35;SAR=19;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215869;STB=0.620322;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0134693;OID=.;OPOS=45567488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:19:35:27:36:19:35:27:36 chr12 45610426 . C T 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00847382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.524;QD=17.0592;RBI=0.0108969;REFB=-0.0152348;REVB=-0.00685105;RO=38;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167101;STB=0.594001;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0198467;OID=.;OPOS=45610426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:11:22:19:19:11:22:19:19 chr12 45610529 . C A 665.21 PASS AF=0.41573;AO=74;DP=178;FAO=74;FDP=178;FR=.;FRO=104;FSAF=54;FSAR=20;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=0.0126352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9335;QD=14.9485;RBI=0.0388929;REFB=-0.00240666;REVB=0.0367833;RO=103;SAF=54;SAR=20;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206207;STB=0.614027;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00268513;OID=.;OPOS=45610529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:103:104:74:74:0.41573:20:54:57:46:20:54:58:46 chr12 45824840 . A T 636.97 PASS AF=0.592233;AO=61;DP=104;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.000751432;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6153;QD=24.7368;RBI=0.0447127;REFB=-0.0214365;REVB=-0.0447064;RO=43;SAF=27;SAR=34;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365002;STB=0.515696;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0128365;OID=.;OPOS=45824840;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:43:42:61:61:0.592233:34:27:17:26:34:27:17:25 chr12 45825730 . C G 277.65 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0294061;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.17;QD=25.8281;RBI=0.032119;REFB=0.00412023;REVB=-0.0129194;RO=18;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110428;STB=0.561353;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00308265;OID=.;OPOS=45825730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:18:18:25:25:0.581395:16:9:9:9:16:9:9:9 chr12 46321514 . A T 150.09 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0116474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.331;QD=19.3665;RBI=0.0235288;REFB=-0.0149588;REVB=-0.0204437;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24656;STB=0.639826;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00975175;OID=.;OPOS=46321514;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:5:10:6:10:5:10 chr12 46367939 . G T 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00882286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.864;QD=8.90113;RBI=0.0108236;REFB=-0.0125828;REVB=0.00626958;RO=39;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252809;STB=0.661598;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0115061;OID=.;OPOS=46367939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:41:18:18:0.305085:10:8:26:13:10:8:28:13 chr12 46367944 . A G 470.28 PASS AF=0.711864;AO=42;DP=59;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00499296;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.593;QD=31.8833;RBI=0.015686;REFB=-0.00208276;REVB=0.0148702;RO=17;SAF=28;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11238;STB=0.560946;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000907091;OID=.;OPOS=46367944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:17:42:42:0.711864:14:28:8:9:14:28:8:9 chr12 46385815 . C T 386.5 PASS AF=0.353383;AO=47;DP=133;FAO=47;FDP=133;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.024029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8517;QD=11.6239;RBI=0.0495419;REFB=-0.0247247;REVB=0.0433245;RO=82;SAF=21;SAR=26;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322892;STB=0.534518;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0450616;OID=.;OPOS=46385815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:82:86:47:47:0.353383:26:21:39:43:26:21:43:43 chr12 46758493 . GA G,GG 490.69 PASS AF=1,0;AO=9,24;DP=33;FAO=33,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722072,-0.077069;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=292.832,287.472;QD=59.4775;RBI=0.0911849,0.10447;REFB=0,0;REVB=-0.0556849,-0.0705294;RO=0;SAF=3,16;SAR=6,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=1.7147e-05,0;OID=.,.;OPOS=46758494,46758494;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:9,24:33:33,0:33:0:19,0:14,0:0:0:4:0:3,16:6,8:0:0 chr12 46759017 . T A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.659;QD=62.6711;RBI=0.00669576;REFB=0;REVB=0.00611779;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23091e-06;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr12 46761127 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.19;QD=49.5991;RBI=0.0279062;REFB=0;REVB=0.0264464;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160923;OID=.;OPOS=46761127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr12 47168898 . G A 1897.65 PASS AF=0.969231;AO=126;DP=130;FAO=126;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0167338;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.515;QD=58.3892;RBI=0.0346584;REFB=-0.0545676;REVB=0.030351;RO=4;SAF=52;SAR=74;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525527;STB=0.502768;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.000694861;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:130:130:4:4:126:126:0.969231:74:52:2:2:74:52:2:2 chr12 47470219 . A AACTAT 250.51 PASS AF=0.451613;AO=26;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00864215;FXX=0.0461467;HRUN=2;LEN=5;MLLD=330.76;QD=16.162;RBI=0.0101305;REFB=-0.00537833;REVB=0.00528581;RO=35;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00446271;STB=0.512752;STBP=0.876;TYPE=ins;VARB=0.00829826;OID=.;OPOS=47470220;OREF=-;OALT=ACTAT;OMAPALT=AACTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:26:63:28:62:34:13:15:15:19:99:35:12:14:16:19 chr12 47470223 . T A,TTACTA 846.58 PASS AF=0.516667,0.483333;AO=32,28;DP=65;FAO=31,29;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=15,14;FSAR=16,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487788,-0.00368039;FXX=0.0624902;HRUN=3,3;LEN=1,5;MLLD=205.749,206.935;QD=56.4387;RBI=0.0125555,0.00582615;REFB=0,0;REVB=0.0115692,0.00451649;RO=3;SAF=15,14;SAR=17,14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0217288,0.0299205;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00694201,0.00307449;OID=.,.;OPOS=47470223,47470224;OREF=T,-;OALT=A,TACTA;OMAPALT=A,TTACTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:65:60:3:0:32,28:31,29:0.516667,0.483333:17,14:15,14:1:2:16,15:15,14:0:0 chr12 47470239 . G C 287.43 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0240885;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.894;QD=18.2498;RBI=0.0276682;REFB=0.00982987;REVB=0.0136117;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422491;STB=0.523599;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00997456;OID=.;OPOS=47470239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:32:31:31:0.492063:16:15:14:18:16:15:14:18 chr12 47472809 . C T 400.24 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0100408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.248;QD=15.851;RBI=0.0100454;REFB=-0.00406098;REVB=-0.000301382;RO=50;SAF=32;SAR=12;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161537;STB=0.636117;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00388975;OID=.;OPOS=47472809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:57:44:44:0.435644:12:32:29:21:12:32:29:28 chr12 47581629 . T C 654.94 PASS AF=0.48227;AO=64;DP=137;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0299091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.729;QD=18.5798;RBI=0.0443976;REFB=-0.0237539;REVB=0.0328115;RO=70;SAF=37;SAR=27;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202047;STB=0.514135;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0317927;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:141:70:73:64:68:0.48227:27:37:39:31:28:40:41:32 chr12 47740069 . C A 2194.72 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.855;QD=63.1573;RBI=0.0489297;REFB=0;REVB=0.0487738;RO=0;SAF=92;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63928e-05;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:139:0:0:137:139:1:45:92:0:0:47:92:0:0 chr12 47758032 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.837;QD=33.4285;RBI=0.0286387;REFB=0;REVB=0.0286387;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493018;OID=.;OPOS=47758032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr12 48134695 . T C 186.23 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.000938018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9822;QD=12.4154;RBI=0.0420947;REFB=0.011867;REVB=0.0420842;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923135;STB=0.553019;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0195469;OID=.;OPOS=48134695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:10:13:24:13:10:13:24:13 chr12 48144925 . T C 1607.86 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.392;QD=64.3144;RBI=0.0528333;REFB=0;REVB=0.0265216;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77947e-05;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:38:59:0:0:39:61:0:0 chr12 48176792 . C T 871.26 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3032;QD=56.2103;RBI=0.072579;REFB=-0.153014;REVB=0.0628425;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.003653;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:31:30:0:0:31:30:0:1 chr12 48176900 . T G 405.59 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3942;QD=55.9434;RBI=0.109774;REFB=0;REVB=0.0807726;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00887673;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:23:29:1:11:12:0:0:16:13:0:0 chr12 48177170 . C G 328.96 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00334029;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.189;QD=23.4971;RBI=0.0187864;REFB=-0.0132677;REVB=-0.018487;RO=21;SAF=16;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613661;STB=0.502707;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00796428;OID=.;OPOS=48177170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:23:33:33:0.589286:17:16:10:11:17:16:11:12 chr12 48177238 . A G 1511.04 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.81178e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.076;QD=58.681;RBI=0.00708396;REFB=0;REVB=0.0070838;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178889;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:103:0:0:98:103:1:55:43:0:0:58:45:0:0 chr12 48237735 . CA C,GC 225.11 PASS AF=0.48,0;AO=21,3;DP=51;FAO=24,0;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11,0;FSAR=13,0;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00756705,-0.00898124;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=197.432,198.047;QD=18.0091;RBI=0.0158392,0.0290929;REFB=0.0121499,0.0123244;REVB=-0.0139148,-0.0276719;RO=22;SAF=9,2;SAR=12,1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.106082,0.134471;STB=0.561411,0.5;STBP=0.417,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0147114,0;OID=.,.;OPOS=48237736,48237735;OREF=A,CA;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:22:26:21,3:24,0:0.48,0:12,1:9,2:12:10:13,0:11,0:15:11 chr12 48238757 . A G 195.09 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0103262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.078;QD=14.1882;RBI=0.0329861;REFB=-0.015018;REVB=-0.0313281;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276243;STB=0.656126;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0249177;OID=.;OPOS=48238757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:12:11:24:8:12:11:24:8 chr12 48272895 . A G 394.49 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0132771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.03;QD=19.9742;RBI=0.0161028;REFB=-0.0216436;REVB=-0.00911139;RO=37;SAF=26;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10065;STB=0.558359;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0177547;OID=.;OPOS=48272895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:39:40:40:0.506329:14:26:20:17:14:26:21:18 chr12 48359984 . C T 1529.7 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3468;QD=63.0803;RBI=0.110821;REFB=0;REVB=0.077715;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011322;OID=.;OPOS=48359984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:48:48:0:0:49:48:0:0 chr12 48367976 . C T 1624.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.386;QD=60.1636;RBI=0.0341398;REFB=0;REVB=0.0187557;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32082e-05;OID=.;OPOS=48367976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:56:52:0:0:56:52:0:0 chr12 48413944 . C T 601.56 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0108076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8937;QD=54.6877;RBI=0.0111032;REFB=-0.13866;REVB=-0.00254506;RO=3;SAF=8;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407766;STB=0.521729;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.025553;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:33:8:0:3:33:8:0:3 chr12 48413950 . A C 581.92 PASS AF=0.97619;AO=36;DP=38;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0909408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2579;QD=55.4206;RBI=0.143911;REFB=-0.153397;REVB=0.111536;RO=2;SAF=4;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892146;STB=0.533316;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0258802;OID=.;OPOS=48413950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:42:2:1:36:41:0.97619:32:4:1:1:34:7:1:0 chr12 48438140 . CATATATATATATATATATG CATATATATATATATATG,CATATATATATATATATGTA 514.15 PASS AF=1,0;AO=28,2;DP=38;FAO=34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.242668,0.213428;FXX=0.0810592;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=136.166,65.0323;QD=60.4879;RBI=0.297467,0.216269;REFB=0,0;REVB=0.172044,-0.0349367;RO=0;SAF=22,1;SAR=6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00246851,0;OID=.,.;OPOS=48438141,48438157;OREF=AT,ATG;OALT=-,GTA;OMAPALT=CATATATATATATATATG,CATATATATATATATATGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:28,2:38:34,0:34:0:27,0:7,0:0:0:4:0:22,1:6,1:0:0 chr12 48501161 . A T 1042.84 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000777101;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.46;QD=57.9354;RBI=0.0159372;REFB=-0.122352;REVB=0.0159182;RO=1;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160235;STB=0.508472;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00177903;OID=.;OPOS=48501161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:29:41:0:1:29:42:0:1 chr12 48512285 . C A 1230.66 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000600135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.84;QD=60.7732;RBI=0.0262631;REFB=0;REVB=0.0262562;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387687;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:81:0:0:75:81:1:34:41:0:0:38:43:0:0 chr12 48542882 . G A 509.16 PASS AF=0.486486;AO=53;DP=109;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0186419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8066;QD=18.3482;RBI=0.0216607;REFB=-0.0112959;REVB=-0.0110302;RO=56;SAF=26;SAR=27;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107545;STB=0.567543;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0166401;OID=.;OPOS=48542882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:56:57:53:54:0.486486:27:26:21:35:27:27:21:36 chr12 48542993 . G A 1665.49 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0293651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.689;QD=58.4384;RBI=0.0296788;REFB=-0.133276;REVB=0.00430404;RO=2;SAF=42;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443518;STB=0.502336;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0002493;OID=.;OPOS=48542993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:70:42:1:1:70:42:1:1 chr12 48866585 . A C 644.85 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.00751637;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.723;QD=21.1426;RBI=0.0252522;REFB=-0.000490569;REVB=0.0241076;RO=58;SAF=35;SAR=29;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144172;STB=0.579151;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00053238;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:58:58:64:64:0.52459:29:35:22:36:29:35:22:36 chr12 48866792 . C T 416.12 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0479787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.698;QD=22.1928;RBI=0.0480026;REFB=-0.00937949;REVB=-0.00151267;RO=34;SAF=21;SAR=20;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130756;STB=0.57195;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00841018;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:20:21:12:22:20:21:12:22 chr12 48919556 . A G 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.024037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.308;QD=16.4056;RBI=0.0266598;REFB=-0.0169839;REVB=-0.0115312;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498973;STB=0.52805;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.029497;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:16:15:16:21:16:15:16:21 chr12 48919659 . T C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0358021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.618;QD=9.84391;RBI=0.0364507;REFB=-0.0117008;REVB=0.00684566;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556241;STB=0.838183;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0257193;OID=.;OPOS=48919659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:9:1:10:9:9:1:10:10 chr12 48919796 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.019032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.544;QD=14.3349;RBI=0.0202948;REFB=-0.00501022;REVB=0.00704731;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189509;STB=0.610642;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0117934;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:5:12:14:12:5:12:14:12 chr12 48920006 . G A 345.94 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0254814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9312;QD=19.4896;RBI=0.0254825;REFB=-0.053985;REVB=0.000242965;RO=33;SAF=21;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16293;STB=0.590114;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0467101;OID=.;OPOS=48920006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:35:36:36:0.507042:15:21:13:20:15:21:14:21 chr12 48953682 . G A 207.75 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00837271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4385;QD=17.6808;RBI=0.0287976;REFB=-0.00223635;REVB=0.0275535;RO=26;SAF=4;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420841;STB=0.742276;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0026408;OID=.;OPOS=48953682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:17:4:15:11:17:4:15:11 chr12 48953932 . G A 360.81 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.016768;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.9013;QD=32.8006;RBI=0.0167961;REFB=0.0425111;REVB=0.000970901;RO=14;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223166;STB=0.512187;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.012025;OID=.;OPOS=48953932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:14:16:8:6:14:16:8:6 chr12 48954030 . G A 269.13 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0237308;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.069;QD=21.9697;RBI=0.0243217;REFB=-0.00233341;REVB=-0.00532875;RO=24;SAF=19;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104383;STB=0.558774;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00163565;OID=.;OPOS=48954030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:6:19:16:8:6:19:16:8 chr12 48954040 . A G 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00141364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.812;QD=21.8716;RBI=0.00999499;REFB=-0.0205572;REVB=-0.00989452;RO=23;SAF=21;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995276;STB=0.555514;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0170371;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:7:21:15:8:7:21:15:8 chr12 48954175 . C T 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0122673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.27;QD=18.9665;RBI=0.0125928;REFB=-0.00626326;REVB=-0.00284475;RO=25;SAF=17;SAR=5;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672225;STB=0.538222;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00703307;OID=.;OPOS=48954175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:5:17:18:7:5:17:18:7 chr12 48954225 . G C 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0226558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8393;QD=8.08953;RBI=0.0295922;REFB=-0.0191112;REVB=-0.0190372;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249863;STB=0.657736;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0206228;OID=.;OPOS=48954225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:2:7:13:9:2:7:13:9 chr12 49048738 . G T 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0134557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.604;QD=17.0703;RBI=0.0142882;REFB=-0.0136293;REVB=-0.00480608;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861962;STB=0.548356;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0154497;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:17:14:19:16:17:14:19:16 chr12 49075811 . T G 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0141285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7476;QD=23.0009;RBI=0.0241792;REFB=-0.0129431;REVB=-0.0196219;RO=22;SAF=19;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161163;STB=0.508922;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0180364;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:10:19:14:8:10:19:14:8 chr12 49086963 . G A 433.44 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00931322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.429;QD=17.874;RBI=0.0448929;REFB=-0.042978;REVB=-0.0439163;RO=49;SAF=28;SAR=16;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448113;STB=0.529867;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0450595;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:49:53:44:44:0.453608:16:28:29:20:16:28:31:22 chr12 49221622 . G A 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0137753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.891;QD=16.0718;RBI=0.0183731;REFB=-0.0203028;REVB=-0.0121577;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806954;STB=0.545424;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0289236;OID=.;OPOS=49221622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:15:14:14:21:15:14:14:21 chr12 49222217 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0474505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.227;QD=8.81111;RBI=0.0474539;REFB=-0.000907187;REVB=-0.000560819;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564024;STB=0.822899;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00143368;OID=.;OPOS=49222217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:0:11:3:3:0:11 chr12 49230035 . T G 145.56 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0565764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.637;QD=16.1727;RBI=0.0604561;REFB=-0.0239946;REVB=0.0213086;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0213943;OID=.;OPOS=49230035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:5:15:12:4:5:15 chr12 49255798 . G C 358.37 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.010872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9765;QD=17.065;RBI=0.0108961;REFB=-0.0178394;REVB=0.000723703;RO=46;SAF=17;SAR=21;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516303;STB=0.528952;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0226078;OID=.;OPOS=49255798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:21:17:23:23:21:17:23:23 chr12 49308284 . A G 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00269909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1457;QD=16.3498;RBI=0.0364354;REFB=0.00366843;REVB=-0.0363352;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201979;STB=0.613431;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00620423;OID=.;OPOS=49308284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:20:14:26:16:20:14:26:16 chr12 49312593 . A G 341.31 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.00138138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4121;QD=13.3847;RBI=0.0303866;REFB=0.00821388;REVB=0.0303551;RO=62;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248871;STB=0.640662;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0120176;OID=.;OPOS=49312593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:17:23:21:41:17:23:21:41 chr12 49314862 . C A 499.04 PASS AF=0.426357;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0308378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.947;QD=15.4742;RBI=0.0401328;REFB=-0.0273709;REVB=-0.0256842;RO=71;SAF=28;SAR=27;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304277;STB=0.520703;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0450185;OID=.;OPOS=49314862;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:74:55:55:0.426357:27:28:34:37:27:28:35:39 chr12 49314994 . A G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000343292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.473;QD=8.73789;RBI=0.0328434;REFB=0.00258573;REVB=-0.0328416;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385455;STB=0.739278;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00512078;OID=.;OPOS=49314994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:2:7:9:11:2:7:9:11 chr12 49332092 . G A 195.37 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.021601;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.417;QD=14.2089;RBI=0.0387492;REFB=0.00307853;REVB=0.0321698;RO=32;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337837;STB=0.692146;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00716603;OID=.;OPOS=49332092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:32:32:23:23:0.418182:15:8:22:10:15:8:22:10 chr12 49334762 . G C 905.61 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.386;QD=57.499;RBI=0.0387874;REFB=0;REVB=-0.0351182;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94112e-05;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:63:0:0:57:63:1:28:29:0:0:31:32:0:0 chr12 49359587 . T G 462.27 PASS AF=0.480392;AO=48;DP=101;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0264092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.201;QD=18.1284;RBI=0.026582;REFB=-0.0138736;REVB=0.00302599;RO=53;SAF=22;SAR=26;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114262;STB=0.558078;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0176011;OID=.;OPOS=49359587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:53:53:48:49:0.480392:26:22:18:35:27:22:18:35 chr12 49359989 . G A 295.73 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0124217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.485;QD=20.3952;RBI=0.013118;REFB=-0.0241033;REVB=0.00421679;RO=27;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529193;STB=0.529393;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0196914;OID=.;OPOS=49359989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:18:13:13:14:18:13:13:14 chr12 49500398 . G A 211.76 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0293002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.546;QD=10.0839;RBI=0.0310043;REFB=-0.00602596;REVB=-0.0101371;RO=57;SAF=10;SAR=17;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182662;STB=0.607063;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0143701;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:17:10:30:27:17:10:30:27 chr12 49500509 . C T 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.000858732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.452;QD=15.6431;RBI=0.00773407;REFB=-0.0047745;REVB=-0.00768625;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276866;STB=0.659071;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00951736;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:13:7:18:11:13:7:18:11 chr12 49522578 . T C 109.14 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00183923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.248;QD=8.55966;RBI=0.0306249;REFB=0.0152405;REVB=0.0305696;RO=36;SAF=4;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294498;STB=0.67226;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.023543;OID=.;OPOS=49522578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:37:14:14:0.27451:10:4:19:17:10:4:19:18 chr12 49522605 . C T 218.31 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00518175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8532;QD=13.644;RBI=0.00648301;REFB=-0.00897559;REVB=0.00389601;RO=37;SAF=6;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261673;STB=0.666528;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0374143;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:38:25:26:0.40625:19:6:17:20:20:6:18:20 chr12 49579696 . C G 335.84 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00656691;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.188;QD=19.4687;RBI=0.00938577;REFB=-0.0117171;REVB=0.00670584;RO=35;SAF=14;SAR=21;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541657;STB=0.539855;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.010402;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:34:35:35:0.507246:21:14:12:23:21:14:11:23 chr12 49580180 . T C 636.74 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0503925;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.577;QD=21.7688;RBI=0.0549138;REFB=0.0100902;REVB=0.0218201;RO=54;SAF=34;SAR=29;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134544;STB=0.507379;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00736825;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:54:54:63:63:0.538462:29:34:30:24:29:34:30:24 chr12 49667103 . A T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.138;QD=56.9553;RBI=0.0376923;REFB=0;REVB=0.0256884;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27328e-06;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr12 49949710 . A AC 35.98 PASS AF=0.128571;AO=14;DP=71;FAO=9;FDP=70;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=47;FWDB=-0.0442778;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=105.734;QD=2.05604;RBI=0.0500554;REFB=-0.00448419;REVB=-0.0233457;RO=55;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239185;STB=0.60898;STBP=0.607;TYPE=ins;VARB=0.210142;OID=.;OPOS=49949711;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.128571:14:71:9:70:61:3:6:14:47:35:55:5:9:11:44 chr12 50185334 . A G 501.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.442;QD=58.957;RBI=0.0370336;REFB=0;REVB=0.0152024;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50064e-05;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:19:13:0:0:19:15:0:0 chr12 50189602 . A G 262.5 PASS AF=0.476923;AO=28;DP=63;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0138668;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.473;QD=16.1538;RBI=0.0181882;REFB=-0.0175473;REVB=-0.0117696;RO=35;SAF=5;SAR=23;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368872;STB=0.680563;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0184282;OID=.;OPOS=50189602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:35:34:28:31:0.476923:23:5:17:18:25:6:16:18 chr12 50189807 . C A 471.46 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718472;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5038;QD=58.9323;RBI=0.11265;REFB=0;REVB=0.0867637;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00587448;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:33:32:1:17:16:0:0:16:16:0:0 chr12 50189834 . T G 441.93 PASS AF=1;AO=23;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.486;QD=57.023;RBI=0.0501949;REFB=0;REVB=0.0501502;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607651;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:23:31:1:8:15:0:0:15:16:0:0 chr12 50190653 . C T 126.81 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0135106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.92;QD=19.5096;RBI=0.0388383;REFB=-0.0339388;REVB=0.0364126;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675494;STB=0.538407;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0581483;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:7:5:7:7:7:5 chr12 50190667 . A T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.013346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.092;QD=21.9447;RBI=0.0158597;REFB=-0.0393824;REVB=0.00856819;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0158585;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:6:6:8:8:6:6 chr12 50348078 . T C 340.67 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0067383;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.017;QD=17.9301;RBI=0.0208578;REFB=-0.0234387;REVB=-0.0197394;RO=40;SAF=13;SAR=23;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373082;STB=0.520822;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0281399;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:40:36:36:0.473684:23:13:13:27:23:13:13:27 chr12 50352393 . G C 96.23 PASS AF=0.733333;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.06306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7173;QD=25.6601;RBI=0.0635079;REFB=0.00687206;REVB=-0.00752925;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381322;STB=0.529356;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00520536;OID=.;OPOS=50352393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:10:11:0.733333:8:2:1:3:9:2:1:3 chr12 50357368 . C T 383.63 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0188597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.131;QD=20.1912;RBI=0.0396101;REFB=-0.0244484;REVB=0.0348321;RO=37;SAF=19;SAR=20;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468133;STB=0.525948;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0229599;OID=.;OPOS=50357368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:20:19:20:17:20:19:20:17 chr12 50452708 . C G 1511.14 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272401;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.219;QD=59.8472;RBI=0.0341526;REFB=0;REVB=0.0206004;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29945e-05;OID=.;OPOS=50452708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chr12 50476158 . G T 3343.77 PASS AF=1;AO=215;DP=220;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191426;FXX=0.018181;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.757;QD=61.9216;RBI=0.0232238;REFB=-0.0809809;REVB=-0.0131494;RO=1;SAF=125;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526419;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04529e-05;OID=.;OPOS=50476158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:220:216:1:0:215:216:1:90:125:0:1:90:126:0:0 chr12 50523947 . A G 727.48 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0797207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6275;QD=63.2589;RBI=0.0814971;REFB=0;REVB=-0.016923;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138899;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr12 50523964 . T C 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.142;QD=63.2818;RBI=0.0175954;REFB=0;REVB=0.0172597;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95406e-05;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr12 50526814 . G A 289.71 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.294;QD=52.6737;RBI=0.0528569;REFB=0;REVB=0.0481731;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223083;OID=.;OPOS=50526814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:13:9:0:0 chr12 50537815 . A G 1556.5 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.757;QD=59.8654;RBI=0.0213477;REFB=0;REVB=0.0166439;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96784e-05;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:47:56:0:0:48:56:0:0 chr12 50650041 . A C 73.24 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0202021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2758;QD=9.4507;RBI=0.0543363;REFB=-0.00529848;REVB=0.0504411;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269437;STB=0.645287;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0130006;OID=.;OPOS=50650041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:31:20:21:10:10:0.322581:6:4:13:7:6:4:13:8 chr12 50650057 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2601;QD=59.4356;RBI=0.0505317;REFB=0;REVB=0.0174756;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000516707;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr12 50744119 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.243;QD=62.6697;RBI=0.0213787;REFB=0;REVB=-0.00290222;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010997;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr12 50744171 . T C 1092.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.112;QD=59.8641;RBI=0.0499358;REFB=0;REVB=0.0490428;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141433;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:33:39:0:0:34:39:0:0 chr12 50744753 . T C 648.07 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00340947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.515;QD=57.6058;RBI=0.0160606;REFB=-0.0683965;REVB=0.0156945;RO=2;SAF=30;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302852;STB=0.516122;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0011904;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:13:30:2:0:13:30:2:0 chr12 50746917 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.677;QD=37.4845;RBI=0.0605917;REFB=0;REVB=-0.042681;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38714e-06;OID=.;OPOS=50746917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr12 50747150 . CG CC,C 105.08 PASS AF=0.4,0.466667;AO=5,4;DP=15;FAO=6,7;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=5,7;FSAR=1,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.178852,0.271908;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=19.8048,17.1761;QD=28.02;RBI=0.230825,0.27579;REFB=-0.0313261,-0.0181886;REVB=0.145918,-0.0461113;RO=4;SAF=5,4;SAR=0,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.719385,0.687804;STB=0.624528,0.997414;STBP=0.367,0.103;TYPE=snp,del;VARB=0.00268435,0.0753048;OID=.,.;OPOS=50747151,50747151;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.466667:5,4:15:6,7:15:2:5,7:1,0:1:1:31:4:5,4:0,0:3:1 chr12 50749221 . G C 656.89 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0303843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.949;QD=50.5302;RBI=0.0374176;REFB=-0.0477142;REVB=-0.0218374;RO=2;SAF=33;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276712;STB=0.52173;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0422541;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:52:2:3:49:49:0.942308:16:33:2:0:16:33:3:0 chr12 50749227 . T G 607.19 PASS AF=0.872727;AO=48;DP=55;FAO=48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0102439;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=193.943;QD=44.1595;RBI=0.0102949;REFB=-0.0173611;REVB=0.00102354;RO=4;SAF=35;SAR=13;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837845;STB=0.546353;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000435514;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:4:7:48:48:0.872727:13:35:1:3:13:35:3:4 chr12 50749554 . G T 201.3 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00514239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.653;QD=13.8827;RBI=0.0196765;REFB=-0.0161316;REVB=-0.0189927;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701368;STB=0.532137;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0239504;OID=.;OPOS=50749554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:34:24:24:0.413793:14:10:16:17:14:10:16:18 chr12 50754563 . T G 445.48 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00778194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.983;QD=52.4093;RBI=0.0146224;REFB=-0.093144;REVB=0.0123797;RO=2;SAF=14;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621254;STB=0.533312;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00256087;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:18:14:2:0:18:14:2:0 chr12 50821671 . A G 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0153974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.242;QD=23.2632;RBI=0.0349224;REFB=-0.0247326;REVB=-0.0313447;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153386;STB=0.585699;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.01427;OID=.;OPOS=50821671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:9:14:8:11:9:14:8:11 chr12 50824275 . C G 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00393439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2873;QD=18.4778;RBI=0.032971;REFB=-0.0279;REVB=-0.0327355;RO=38;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128654;STB=0.571825;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0296362;OID=.;OPOS=50824275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:22:14:20:18:22:14:20:18 chr12 50870145 . G A 2518.78 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=167;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018817;FXX=0.0119753;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.633;QD=61.0615;RBI=0.0216693;REFB=-0.16855;REVB=0.010746;RO=1;SAF=72;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514463;STB=0.502702;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000654554;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:165:1:1:164:164:0.993939:92:72:0:1:92:72:0:1 chr12 50882355 . G A 111.75 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.006271;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3142;QD=23.5259;RBI=0.0169503;REFB=-0.0549194;REVB=-0.0157476;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463935;STB=0.526272;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0164047;OID=.;OPOS=50882355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:3:4:6:6:3:4 chr12 51089734 . T A 244.08 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00249699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.521;QD=18.7755;RBI=0.00250319;REFB=-0.00215614;REVB=0.000176082;RO=26;SAF=17;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242636;STB=0.636122;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00208028;OID=.;OPOS=51089734;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:9:17:10:16:9:17:10:16 chr12 51135275 . T C 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00346159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8507;QD=55.605;RBI=0.0881639;REFB=-0.0503417;REVB=0.0880959;RO=1;SAF=23;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200666;STB=0.510635;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00554154;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:35:23:1:0:35:23:1:0 chr12 51137430 . T G 373.16 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.000813028;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.031;QD=17.5607;RBI=0.00902626;REFB=-0.0357243;REVB=-0.00898957;RO=45;SAF=23;SAR=15;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114514;STB=0.575606;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0421404;OID=.;OPOS=51137430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:45:46:38:39:0.458824:15:23:22:23:15:24:22:24 chr12 51141883 . A G 1116.08 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0235534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.402;QD=56.5101;RBI=0.0236588;REFB=-0.0311002;REVB=-0.00223124;RO=3;SAF=31;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191556;STB=0.510131;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00149943;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:45:31:2:1:45:31:2:1 chr12 51203371 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0359187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.749;QD=24.1271;RBI=0.0359944;REFB=0.00525829;REVB=-0.00233335;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320398;STB=0.678807;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00106065;OID=.;OPOS=51203371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:6:11:2:9:6:11:2:9 chr12 51213765 . T C 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0224756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8304;QD=18.6417;RBI=0.054268;REFB=-0.00719757;REVB=-0.049395;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258549;STB=0.64583;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00746285;OID=.;OPOS=51213765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:7:17:9:12:7:17 chr12 51235317 . A G 714.33 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.002384;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.791;QD=57.1461;RBI=0.00877061;REFB=0;REVB=0.00844039;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365217;OID=.;OPOS=51235317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr12 51236802 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0202777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1562;QD=14.0974;RBI=0.0225626;REFB=-0.00827842;REVB=-0.00989379;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304843;STB=0.678114;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0112546;OID=.;OPOS=51236802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:11:7:9:4:11:7 chr12 51236931 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.491;QD=35.5759;RBI=0.117099;REFB=0;REVB=0.111714;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175276;OID=.;OPOS=51236931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr12 51333796 . C CA 121.34 PASS AF=0.454545;AO=18;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.049139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.5171;QD=11.0312;RBI=0.0741949;REFB=0.0130039;REVB=-0.05559;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112775;STB=0.583245;STBP=0.358;TYPE=ins;VARB=-0.0233482;OID=.;OPOS=51333797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:18:44:20:44:24:15:5:15:9:99:24:13:5:15:9 chr12 51354803 . C T 893.87 PASS AF=0.55414;AO=87;DP=157;FAO=87;FDP=157;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.000609434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8919;QD=22.7738;RBI=0.0344057;REFB=-0.0212404;REVB=-0.0344003;RO=70;SAF=43;SAR=44;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888677;STB=0.548442;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0194565;OID=.;OPOS=51354803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:70:70:87:87:0.55414:44:43:27:43:44:43:27:43 chr12 51393116 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0148654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.656;QD=16.728;RBI=0.020846;REFB=0.0129197;REVB=-0.0146141;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113076;STB=0.565133;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0116182;OID=.;OPOS=51393116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:11:5:8:11:11:5:8:11 chr12 51402905 . T G 771.31 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145678;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.433;QD=57.1339;RBI=0.06369;REFB=0;REVB=0.0620016;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279195;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr12 51442944 . G A 2438.89 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.745;QD=61.3557;RBI=0.038398;REFB=0;REVB=0.0348679;RO=0;SAF=69;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49931e-05;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:90:69:0:0:90:69:0:0 chr12 51518787 . C G 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0131492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.907;QD=16.0291;RBI=0.0152168;REFB=-0.00936696;REVB=0.00765829;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119445;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:10:15:18:12:10:15:18:12 chr12 51636259 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.995;QD=59.0187;RBI=0.0402158;REFB=0;REVB=-0.00625173;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18472e-05;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr12 51681903 . T C 2091.39 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0180788;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.972;QD=61.967;RBI=0.0274751;REFB=-0.124026;REVB=0.0206891;RO=1;SAF=65;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725695;STB=0.503816;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000342788;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:136:135:1:1:134:134:0.992593:69:65:1:0:69:65:1:0 chr12 51685831 . T C,G 581.72 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=37,2;DP=39;FAO=38,1;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484552,-0.00451804;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=247.092,179.08;QD=59.6637;RBI=0.0114833,0.00688995;REFB=0,0;REVB=0.0104109,0.0052018;RO=0;SAF=13,0;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000300323,0.0692525;OID=.,.;OPOS=51685831,51685831;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:39:39:0:0:37,2:38,1:0.974359,0.025641:24,2:13,0:0:0:25,1:13,0:0:0 chr12 51696500 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0332869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1008;QD=14.0976;RBI=0.034073;REFB=0.00816562;REVB=0.00727684;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932572;STB=0.554372;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.0121736;OID=.;OPOS=51696500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:10:8:7:6:10:8 chr12 51707626 . C T 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0230529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.894;QD=16.5334;RBI=0.0298679;REFB=-0.00289082;REVB=-0.0189909;RO=43;SAF=11;SAR=24;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127733;STB=0.507181;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00285113;OID=.;OPOS=51707626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:24:11:14:29:24:11:14:29 chr12 51722311 . C T 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.611;QD=61.2124;RBI=0.0277848;REFB=0;REVB=-0.014926;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86177e-05;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr12 51722409 . G GT 217.68 PASS AF=0.465753;AO=32;DP=76;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00784573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.6963;QD=11.9278;RBI=0.0273075;REFB=-0.000661771;REVB=-0.0261562;RO=44;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844705;STB=0.547141;STBP=0.487;TYPE=ins;VARB=-0.00585318;OID=.;OPOS=51722410;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465753:32:76:34:73:39:12:22:17:22:99:44:12:20:20:24 chr12 51723499 . T C 346.82 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00226599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.527;QD=22.3751;RBI=0.00571792;REFB=-0.00290539;REVB=-0.00524976;RO=25;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233588;STB=0.613318;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00233314;OID=.;OPOS=51723499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:25:27:35:35:0.564516:22:13:17:8:22:13:17:10 chr12 51733734 . G A 485.98 PASS AF=0.567901;AO=45;DP=80;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0499407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6547;QD=23.9989;RBI=0.0548583;REFB=-0.0238127;REVB=0.0227015;RO=34;SAF=21;SAR=24;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722068;STB=0.540175;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0129915;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:34:35:45:46:0.567901:24:21:19:15:24:22:20:15 chr12 51737607 . G A 232.23 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0337049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.555;QD=23.8189;RBI=0.0652837;REFB=-0.0350845;REVB=-0.0559101;RO=15;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243011;STB=0.538427;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0285657;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:15:17:22:22:0.564103:11:11:7:8:11:11:7:10 chr12 51739648 . C G 189.02 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0336534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8403;QD=21.0017;RBI=0.0836548;REFB=-0.0246319;REVB=-0.0765871;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172991;STB=0.581311;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0362514;OID=.;OPOS=51739648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:17:19:19:0.527778:10:9:11:5:10:9:11:6 chr12 51740387 . ACTGG A,AATGG 551.36 PASS AF=0.236842,0.763158;AO=9,28;DP=38;FAO=9,29;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=3,16;FSAR=6,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333364,0.00051727;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=193.071,80.6489;QD=58.0378;RBI=0.0339588,0.0141388;REFB=0,0;REVB=-0.00647166,-0.0141294;RO=0;SAF=3,16;SAR=6,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.03051,0.00923801;OID=.,.;OPOS=51740388,51740388;OREF=CTGG,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.236842,0.763158:9,28:38:9,29:38:0:3,16:6,13:0:0:61:0:3,16:6,12:0:0 chr12 51740392 . ACCATATCCACTT AC,ACATATCCACTT 45.92 PASS AF=0.243902,0;AO=10,6;DP=43;FAO=10,0;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=3,0;FSAR=7,0;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0178958,-0.31135;FXX=0.0465008;HRUN=2,2;LEN=11,1;MLLD=493.147,24.0621;QD=4.48016;RBI=0.0194228,0.332384;REFB=-0.00189745,-0.0539486;REVB=-0.00754876,-0.116364;RO=25;SAF=3,6;SAR=7,0;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.174193,0.714139;STB=0.689273,0.5;STBP=0.189,1;TYPE=del,del;VARB=0.00590511,0;OID=.,.;OPOS=51740394,51740393;OREF=CATATCCACTT,C;OALT=-,-;OMAPALT=AC,ACATATCCACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902,0:10,6:43:10,0:41:31:3,0:7,0:17:14:45:25:3,6:7,0:11:14 chr12 51740409 . TA GG 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0194658;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.722;QD=6.31117;RBI=0.0202288;REFB=0.00171642;REVB=0.00550346;RO=34;SAF=3;SAR=7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312654;STB=0.6996;STBP=0.191;TYPE=mnp;VARB=-0.00657459;OID=.;OPOS=51740409;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:7:3:19:15:7:3:19:15 chr12 51901390 . A G 400.12 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0549557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0319;QD=16.1666;RBI=0.0584383;REFB=-0.010584;REVB=-0.0198722;RO=56;SAF=14;SAR=28;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853436;STB=0.554718;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0235344;OID=.;OPOS=51901390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:57:42:42:0.424242:28:14:23:33:28:14:24:33 chr12 52080965 . C T 1143.6 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208305;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.551;QD=60.9919;RBI=0.0208316;REFB=0;REVB=-0.000211443;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208945;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:49:26:0:0:49:26:0:0 chr12 52139761 . C T 134.34 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00532729;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.563;QD=9.42767;RBI=0.0260873;REFB=-0.00299097;REVB=-0.0255376;RO=38;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1533;STB=0.57823;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00567041;OID=.;OPOS=52139761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:10:8:12:26:10:8:13:26 chr12 52182545 . A G 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.013352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.026;QD=17.223;RBI=0.0148657;REFB=0.00065545;REVB=-0.00653571;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955372;STB=0.560402;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00110712;OID=.;OPOS=52182545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:17:15:20:15:17:15:21:15 chr12 52184271 . T C 114.69 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=22;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0244627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.156;QD=19.9466;RBI=0.0250271;REFB=-0.0155617;REVB=-0.00528494;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159197;STB=0.602495;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0214686;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:10:10:12:13:0.565217:6:6:3:7:6:7:3:7 chr12 52200742 . C A 175.58 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0113002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1364;QD=20.6567;RBI=0.0178353;REFB=-0.0442149;REVB=0.0137986;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22279;STB=0.610988;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0418857;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:7:11:5:10:7:11:6:10 chr12 52204246 . T C 803.51 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0134295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.746;QD=55.4146;RBI=0.0200486;REFB=-0.121412;REVB=0.0148861;RO=1;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122514;STB=0.506491;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000591978;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:38:19:0:1:38:19:0:1 chr12 52211942 . G A,C 473.36 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=31,2;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517605,-0.0353777;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.722,169.292;QD=57.3766;RBI=0.0517813,0.03538;REFB=0,0;REVB=0.00146877,-0.000405982;RO=0;SAF=8,0;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.39343e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00174155,-0.0140042;OID=.,.;OPOS=52211942,52211942;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:31,2:31,2:0.939394,0.0606061:23,2:8,0:0:0:23,2:8,0:0:0 chr12 52215102 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.919;QD=51.1846;RBI=0.0262675;REFB=0;REVB=0.0256101;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04855e-05;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr12 52282060 . C T 1556.38 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4597;QD=58.7312;RBI=0.0312466;REFB=0.0212213;REVB=0.0256535;RO=1;SAF=39;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713687;STB=0.503759;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=1.94497e-06;OID=.;OPOS=52282060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:66:39:0:1:66:39:0:1 chr12 52282457 . GCCCGGGC GCCCGGC,GCCCGGCC,GCCCGGGT,GCCGGC,GCCGGGC 51.17 PASS AF=0,0,0.0357143,0,0.25;AO=6,2,2,7,12;DP=53;FAO=0,0,2,0,14;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=0,0,2,0,12;FSAR=0,0,0,0,2;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.221578,-0.152211,0.0743924,-0.236344,-0.244939;FXX=0.0175408;HRUN=3,3,1,3,3;LEN=1,1,1,2,1;MLLD=15.8551,31.2593,78.2152,24.6321,14.0215;QD=3.65498;RBI=0.619813,0.313119,0.0819408,0.433364,0.273451;REFB=0.00145203,0.00109193,-0.00566308,-0.0445165,-0.0892229;REVB=-0.578854,-0.273634,-0.0343521,-0.363243,-0.121576;RO=23;SAF=0,0,2,4,12;SAR=6,2,0,3,0;SRF=18;SRR=5;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0.225806,0,0,0,0;SSSB=-0.790512,-0.651923,0.39596,-0.2761,0.746536;STB=0.5,0.5,0.993409,0.5,0.716054;STBP=1,1,0.318,1,0.097;TYPE=del,snp,snp,del,del;VARB=0,0,0.0144648,0.053402,0.192252;OID=.,.,.,.,.;OPOS=52282461,52282463,52282464,52282460,52282458;OREF=G,G,C,CG,C;OALT=-,C,T,-,-;OMAPALT=GCCCGGC,GCCCGGCC,GCCCGGGT,GCCGGC,GCCGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/5:0,0,0.0357143,0,0.25:6,2,2,7,12:53:0,0,2,0,14:56:40:0,0,2,0,12:0,0,0,0,2:26:14:45:23:0,0,2,4,12:6,2,0,3,0:18:5 chr12 52282748 . G A 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0505245;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.4591;QD=32.8217;RBI=0.0554833;REFB=-0.0123064;REVB=0.0229276;RO=1;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593592;STB=0.533262;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000174194;OID=.;OPOS=52282748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:2:7:1:0:2:7:1:0 chr12 52282873 . AC TC,TT 785.65 PASS AF=0.94,0.06;AO=47,3;DP=50;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=22,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916013,0.00336605;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=170.017,120.962;QD=62.8517;RBI=0.0149581,0.0172248;REFB=0,0;REVB=0.0118253,0.0168928;RO=0;SAF=25,0;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00242733,0.0379597;OID=.,.;OPOS=52282873,52282873;OREF=A,AC;OALT=T,TT;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:50:50:0:0:47,3:47,3:0.94,0.06:22,3:25,0:0:0:22,3:25,0:0:0 chr12 52284233 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.233;QD=61.3339;RBI=0.0341371;REFB=0;REVB=-0.0340365;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.398e-05;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr12 52284500 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.521;QD=55.6531;RBI=0.0521924;REFB=0;REVB=0.0200146;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269615;OID=.;OPOS=52284500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr12 52285086 . G A 137.46 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0141655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.481;QD=39.2755;RBI=0.117211;REFB=-0.0363866;REVB=0.116352;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545384;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00664511;OID=.;OPOS=52285086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:0:1:12:13:0.928571:7:5:0:0:8:5:1:0 chr12 52471159 . C T 351.13 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00577016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9529;QD=18.0065;RBI=0.013002;REFB=-0.0177264;REVB=-0.0116515;RO=41;SAF=5;SAR=32;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304438;STB=0.673201;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0173929;OID=.;OPOS=52471159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:32:5:14:27:32:5:14:27 chr12 52565322 . G T 137.83 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=0.00397821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.896;QD=11.4856;RBI=0.0896349;REFB=-0.00464088;REVB=-0.0895466;RO=29;SAF=14;SAR=2;SRF=26;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570634;STB=0.583217;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00701593;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:29:32:16:16:0.333333:2:14:26:3:2:14:26:6 chr12 52585570 . C T 351.07 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0262633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.211;QD=34.2511;RBI=0.0311314;REFB=-0.00443081;REVB=-0.0167154;RO=12;SAF=14;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00925361;STB=0.505047;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00194652;OID=.;OPOS=52585570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:15:14:6:6:15:14:6:6 chr12 52602013 . C T 1591.22 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179145;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.485;QD=64.2916;RBI=0.0354233;REFB=0;REVB=0.0305595;RO=0;SAF=37;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77848e-05;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:62:37:0:0:62:37:0:0 chr12 52631313 . A G 1427.65 PASS AF=1;AO=91;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5942;QD=60.1114;RBI=0.123935;REFB=-0.0731934;REVB=0.12073;RO=3;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285127;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:95:3:0:91:95:1:34:57:0:3:38:57:0:0 chr12 52635360 . G A 253.18 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00704005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.857;QD=19.1079;RBI=0.0946761;REFB=-0.026664;REVB=0.094414;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495727;STB=0.527757;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0346657;OID=.;OPOS=52635360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:18:9:10:16:18:9:10:16 chr12 52639302 . G C 1089.13 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00433045;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.6447;QD=57.3227;RBI=0.0492729;REFB=-0.103831;REVB=0.0490822;RO=2;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201241;STB=0.510635;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00326616;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:46:28:0:2:46:28:0:2 chr12 52649887 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.448;QD=59.5015;RBI=0.063116;REFB=0;REVB=0.0184458;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.5544e-05;OID=.;OPOS=52649887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr12 52661192 . A G 1510.69 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.488;QD=63.6082;RBI=0.109244;REFB=0;REVB=-0.0960866;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000891312;OID=.;OPOS=52661192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr12 52661209 . T C 1512.56 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607012;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.912;QD=59.9033;RBI=0.0621447;REFB=0;REVB=0.0133165;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17733e-05;OID=.;OPOS=52661209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr12 52661302 . C A 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2739;QD=56.934;RBI=0.0213039;REFB=0;REVB=-0.0160723;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33839e-05;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr12 52681056 . C G,T 738.8 PASS AF=0.0363636,0.945455;AO=2,53;DP=55;FAO=2,52;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=0,22;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00506659,0.014777;FXX=0.017854;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.2212,186.037;QD=53.7309;RBI=0.0188781,0.0224311;REFB=-0.129076,-0.164344;REVB=0.0181855,0.0168758;RO=0;SAF=0,22;SAR=2,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.76368e-08;STB=0.5,0.508194;STBP=1,0.505;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0240088,0.00316319;OID=.,.;OPOS=52681056,52681056;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:55:55:0:1:2,53:2,52:0.0363636,0.945455:2,31:0,22:0:0:2,30:0,22:0:1 chr12 52681080 . G A 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0450862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.519;QD=10.4728;RBI=0.0473024;REFB=-0.00567182;REVB=-0.0143092;RO=35;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525166;STB=0.531141;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0132075;OID=.;OPOS=52681080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:10:7:16:19:10:7:16:19 chr12 52681925 . A C 1456.84 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274379;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.062;QD=63.341;RBI=0.0275498;REFB=0;REVB=-0.00247983;RO=0;SAF=33;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124094;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:59:33:0:0:59:33:0:0 chr12 52685213 . T G 281.37 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0151245;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.551;QD=13.895;RBI=0.0168016;REFB=-0.0178614;REVB=0.00731729;RO=48;SAF=20;SAR=12;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910528;STB=0.559068;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0214396;OID=.;OPOS=52685213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:49:32:32:0.395062:12:20:26:22:12:20:26:23 chr12 52699548 . T C 898.82 PASS AF=0.50838;AO=84;DP=172;FAO=91;FDP=179;FR=.;FRO=88;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.0176779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.804;QD=20.0853;RBI=0.0224426;REFB=-0.0498794;REVB=-0.0138261;RO=88;SAF=49;SAR=35;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151129;STB=0.557828;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0562185;OID=.;OPOS=52699548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:179:88:88:84:91:0.50838:35:49:37:51:42:49:37:51 chr12 52708420 . G A 606.43 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00136366;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.307;QD=20.7327;RBI=0.0281026;REFB=-0.00549938;REVB=0.0280695;RO=56;SAF=27;SAR=34;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657446;STB=0.536175;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00540923;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:56:61:61:0.521368:34:27:29:27:34:27:29:27 chr12 52708565 . A G 168.28 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00377084;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.177;QD=15.2983;RBI=0.0139625;REFB=-0.0335362;REVB=-0.0134437;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162609;STB=0.571354;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.038462;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:26:18:18:0.409091:12:6:5:20:12:6:6:20 chr12 52711516 . G A 300.99 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0110579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.926;QD=16.7217;RBI=0.0730774;REFB=-0.00569332;REVB=0.0722359;RO=35;SAF=24;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136669;STB=0.555856;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00710892;OID=.;OPOS=52711516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:39:33:33:0.458333:9:24:21:14:9:24:25:14 chr12 52712975 . G A 391.46 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=93;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0230703;FXX=0.0430061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.658;QD=17.5935;RBI=0.0312169;REFB=-0.0238673;REVB=-0.0210298;RO=48;SAF=24;SAR=16;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788016;STB=0.549271;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.031852;OID=.;OPOS=52712975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:89:48:48:40:41:0.460674:16:24:25:23:16:25:25:23 chr12 52753861 . C T 343.66 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0372935;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.873;QD=17.4003;RBI=0.038088;REFB=-0.00444505;REVB=0.007739;RO=42;SAF=17;SAR=19;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140508;STB=0.584194;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00633172;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:42:36:37:0.468354:19:17:26:16:20:17:26:16 chr12 52774235 . A G 280.09 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0197148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7273;QD=16.7217;RBI=0.0322094;REFB=-0.0230629;REVB=-0.025471;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077972;STB=0.543831;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0285408;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:18:18:18:13:18:18 chr12 52777502 . A G 555.25 PASS AF=0.513514;AO=56;DP=110;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00774457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.658;QD=20.0089;RBI=0.0181891;REFB=-0.0106299;REVB=-0.016458;RO=53;SAF=25;SAR=31;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022474;STB=0.511996;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00974345;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:53:54:56:57:0.513514:31:25:25:28:32:25:25:29 chr12 52789509 . T C 88.92 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=8.12811e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.676;QD=14.8196;RBI=0.0657152;REFB=-0.00963573;REVB=-0.0657152;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.693888;STB=0.84114;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0268764;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:13:13:10:11:0.458333:9:1:11:2:9:2:11:2 chr12 52789597 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0234933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.158;QD=17.542;RBI=0.0238308;REFB=-0.027842;REVB=-0.00399648;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515793;STB=0.791647;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00922114;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:11:4:14:2:11:4:14:2 chr12 52789605 . T A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0230976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.751;QD=19.8493;RBI=0.0234461;REFB=-0.00128053;REVB=0.00402756;RO=13;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460215;STB=0.760034;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000611216;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:11:4:11:2:11:4:11:2 chr12 52818504 . T G 315.68 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0130027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.183;QD=15.0325;RBI=0.030693;REFB=-0.0197989;REVB=-0.0278027;RO=34;SAF=11;SAR=22;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357579;STB=0.601121;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0216664;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:48:33:34:0.404762:22:11:25:9:22:12:25:23 chr12 52822128 . G A 298.06 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0145782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.161;QD=20.9165;RBI=0.0148504;REFB=-0.0207676;REVB=-0.00283034;RO=26;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221791;STB=0.62269;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0243617;OID=.;OPOS=52822128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:18:13:18:8:18:13:18:8 chr12 52822258 . A G 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0190713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.667;QD=16.9933;RBI=0.0191574;REFB=-0.0253651;REVB=0.00181432;RO=29;SAF=9;SAR=18;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352856;STB=0.689517;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0232291;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:18:9:21:8:18:9:21:9 chr12 52824352 . G A 456.01 PASS AF=0.425;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.00938629;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.409;QD=15.2002;RBI=0.0160571;REFB=-0.0101044;REVB=0.013028;RO=69;SAF=19;SAR=32;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360059;STB=0.520227;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0133497;OID=.;OPOS=52824352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:69:69:51:51:0.425:32:19:28:41:32:19:28:41 chr12 52825363 . G A 468.19 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0229448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.429;QD=25.6544;RBI=0.0327395;REFB=-0.0227283;REVB=-0.023354;RO=29;SAF=17;SAR=27;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147327;STB=0.580608;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0167975;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:44:44:0.60274:27:17:17:12:27:17:17:12 chr12 52827818 . T C 397.45 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00326719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.999;QD=18.0657;RBI=0.010754;REFB=-0.0095938;REVB=-0.0102457;RO=47;SAF=15;SAR=26;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175401;STB=0.509799;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.011515;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:26:15:18:29:26:15:18:29 chr12 52841765 . G A 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00276155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.716;QD=20.9183;RBI=0.0077087;REFB=0.0051297;REVB=-0.00719707;RO=26;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309146;STB=0.517149;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00524707;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:19:12:11:15:19:12:11:15 chr12 52842736 . T C 51.01 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0648274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8383;QD=5.3698;RBI=0.0794053;REFB=4.8448e-05;REVB=0.0458542;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190186;STB=0.624688;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00812942;OID=.;OPOS=52842736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:3:5:14:16:3:5:14:16 chr12 52843779 . T C 96.0 PASS AF=0.126984;AO=21;DP=188;FAO=24;FDP=189;FR=.;FRO=165;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=70;FSRR=95;FWDB=-0.0167143;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.9;QD=2.03183;RBI=0.0167953;REFB=-0.00372452;REVB=0.00164686;RO=163;SAF=7;SAR=14;SRF=68;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109171;STB=0.506782;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.022423;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:188:189:163:165:21:24:0.126984:14:7:68:95:14:10:70:95 chr12 52844243 . A G 32.2 PASS AF=0.0728477;AO=11;DP=150;FAO=11;FDP=151;FR=.;FRO=140;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=77;FWDB=0.0118919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.095;QD=0.853027;RBI=0.0271141;REFB=2.0754e-06;REVB=-0.0243672;RO=139;SAF=7;SAR=4;SRF=63;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198573;STB=0.669122;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000294247;OID=.;OPOS=52844243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:150:151:139:140:11:11:0.0728477:4:7:63:76:4:7:63:77 chr12 52844265 . T C 580.71 PASS AF=0.39881;AO=67;DP=168;FAO=67;FDP=168;FR=.;FRO=101;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=-0.000994866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.789;QD=13.8264;RBI=0.00195043;REFB=-0.012397;REVB=0.00167762;RO=101;SAF=23;SAR=44;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239263;STB=0.63488;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0232084;OID=.;OPOS=52844265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:101:101:67:67:0.39881:44:23:57:44:44:23:57:44 chr12 52845801 . T C 145.51 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00584843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5396;QD=16.1674;RBI=0.0406279;REFB=-0.0303274;REVB=-0.0402047;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108559;STB=0.562422;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0373802;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:9:11:7:9:9:11 chr12 52863038 . G A 197.29 PASS AF=0.292135;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0155024;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.137;QD=8.86703;RBI=0.022979;REFB=-0.0123684;REVB=0.016962;RO=62;SAF=15;SAR=11;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129829;STB=0.582335;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0233621;OID=.;OPOS=52863038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:62:63:26:26:0.292135:11:15:29:33:11:15:29:34 chr12 52863213 . C T 590.06 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0159046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.674;QD=16.98;RBI=0.0236509;REFB=-0.0155205;REVB=-0.0175045;RO=77;SAF=27;SAR=35;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122068;STB=0.568028;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0159806;OID=.;OPOS=52863213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:77:77:62:62:0.446043:35:27:43:34:35:27:43:34 chr12 52863621 . T G 224.46 PASS AF=0.35443;AO=27;DP=78;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0213748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.054;QD=11.3649;RBI=0.0213778;REFB=-0.0145413;REVB=-0.000353766;RO=51;SAF=13;SAR=14;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759603;STB=0.531623;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0262289;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:51:27:28:0.35443:14:13:28:23:14:14:28:23 chr12 52866060 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.465;QD=62.9829;RBI=0.0143713;REFB=0;REVB=0.0113696;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18543e-05;OID=.;OPOS=52866060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr12 52885316 . A G 125.95 PASS AF=0.178295;AO=23;DP=130;FAO=23;FDP=129;FR=.;FRO=106;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=47;FWDB=0.00282993;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9869;QD=3.90547;RBI=0.0448767;REFB=-0.0090703;REVB=-0.0447873;RO=107;SAF=16;SAR=7;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193806;STB=0.62192;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0316582;OID=.;OPOS=52885316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:107:106:23:23:0.178295:7:16:59:48:7:16:59:47 chr12 52885339 . CC TT 72.66 PASS AF=0.120567;AO=17;DP=141;FAO=17;FDP=141;FR=.;FRO=124;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=68;FSRR=56;FWDB=0.0112502;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.769;QD=2.06119;RBI=0.0224549;REFB=-0.00320037;REVB=-0.0194334;RO=124;SAF=11;SAR=6;SRF=68;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125455;STB=0.589857;STBP=0.453;TYPE=mnp;VARB=0.0211048;OID=.;OPOS=52885339;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:141:141:124:124:17:17:0.120567:6:11:68:56:6:11:68:56 chr12 52885344 . G C 71.98 PASS AF=0.120567;AO=17;DP=141;FAO=17;FDP=141;FR=.;FRO=124;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=66;FSRR=58;FWDB=-0.0236161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.05;QD=2.04212;RBI=0.0838622;REFB=-0.000209023;REVB=-0.0804683;RO=124;SAF=11;SAR=6;SRF=66;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14482;STB=0.603649;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000291455;OID=.;OPOS=52885344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:141:141:124:124:17:17:0.120567:6:11:66:58:6:11:66:58 chr12 52885350 . T C 72.05 PASS AF=0.118881;AO=17;DP=143;FAO=17;FDP=143;FR=.;FRO=126;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=67;FSRR=59;FWDB=0.000419653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.932;QD=2.01549;RBI=0.0302169;REFB=-0.00484357;REVB=-0.030214;RO=126;SAF=11;SAR=6;SRF=67;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145142;STB=0.604271;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0173515;OID=.;OPOS=52885350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:143:143:126:126:17:17:0.118881:6:11:67:59:6:11:67:59 chr12 52885374 . G C 53.75 PASS AF=0.10274;AO=12;DP=144;FAO=15;FDP=146;FR=.;FRO=131;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=75;FSRR=56;FWDB=-0.0334893;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7843;QD=1.47254;RBI=0.0337663;REFB=-0.0120018;REVB=0.00431644;RO=131;SAF=6;SAR=6;SRF=75;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830985;STB=0.52539;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0775449;OID=.;OPOS=52885374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:144:146:131:131:12:15:0.10274:6:6:75:56:6:9:75:56 chr12 52885377 . A G 49.62 PASS AF=0.0927152;AO=14;DP=150;FAO=14;FDP=151;FR=.;FRO=137;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=76;FSRR=61;FWDB=-0.0131092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.809;QD=1.31448;RBI=0.0265988;REFB=0.00205976;REVB=-0.023144;RO=136;SAF=9;SAR=5;SRF=75;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110241;STB=0.582804;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0198393;OID=.;OPOS=52885377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:150:151:136:137:14:14:0.0927152:5:9:75:61:5:9:76:61 chr12 52885381 . C T 56.13 PASS AF=0.0993377;AO=15;DP=152;FAO=15;FDP=151;FR=.;FRO=136;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=75;FSRR=61;FWDB=-0.00861764;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.615;QD=1.48699;RBI=0.0398488;REFB=-0.00155733;REVB=-0.0389059;RO=137;SAF=10;SAR=5;SRF=75;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146363;STB=0.608147;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.021312;OID=.;OPOS=52885381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:152:151:137:136:15:15:0.0993377:5:10:75:62:5:10:75:61 chr12 52886478 . T C 298.79 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.00547581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.657;QD=11.8333;RBI=0.0171291;REFB=-0.0224138;REVB=0.0162302;RO=64;SAF=21;SAR=15;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229097;STB=0.635259;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0212377;OID=.;OPOS=52886478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:65:36:36:0.356436:15:21:24:40:15:21:24:41 chr12 52886490 . A G 286.27 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=108;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00897946;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.62;QD=10.6024;RBI=0.025569;REFB=-0.0235236;REVB=-0.0239404;RO=71;SAF=19;SAR=17;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120275;STB=0.573655;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0369158;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:71:72:36:36:0.333333:17:19:30:41:17:19:30:42 chr12 52938364 . T C 1677.74 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.275;QD=60.4591;RBI=0.0297938;REFB=0;REVB=0.0262704;RO=0;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68389e-05;OID=.;OPOS=52938364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:109:111:1:61:48:0:0:62:49:0:0 chr12 52938497 . A C 747.74 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3066;QD=63.6372;RBI=0.11731;REFB=0;REVB=0.00807532;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073553;OID=.;OPOS=52938497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:29:15:0:0:29:18:0:0 chr12 52939407 . AGAGG AG,AGAGA 490.97 PASS AF=0.911765,0.0882353;AO=31,2;DP=35;FAO=31,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028218,0.0462189;FXX=0.0555401;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=243.886,29.6089;QD=57.7616;RBI=0.0430959,0.0472751;REFB=0,0;REVB=0.032573,-0.00993695;RO=0;SAF=18,1;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.33668e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00423843,0.000979369;OID=.,.;OPOS=52939408,52939411;OREF=GAG,G;OALT=-,A;OMAPALT=AG,AGAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.911765,0.0882353:31,2:35:31,3:34:0:18,1:13,2:0:0:14:0:18,1:13,1:0:0 chr12 52943144 . G A 1041.87 PASS AF=0.973684;AO=72;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0553985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8857;QD=54.8353;RBI=0.0869318;REFB=-0.188914;REVB=0.0669937;RO=4;SAF=25;SAR=47;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010696;STB=0.504753;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0107567;OID=.;OPOS=52943144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:76:76:4:2:72:74:0.973684:47:25:1:3:49:25:1:1 chr12 52965761 . C T 1052.09 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.93;QD=59.2725;RBI=0.0847948;REFB=0;REVB=0.0445038;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376608;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:33:36:0:0:33:38:0:0 chr12 52981512 . G A 2322.5 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019125;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.51;QD=64.069;RBI=0.0193348;REFB=0;REVB=-0.00284058;RO=0;SAF=84;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11288e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209876;OID=.;OPOS=52981512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:61:84:0:0:61:84:0:0 chr12 52994990 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0385291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.2696;QD=10.1732;RBI=0.0392116;REFB=-0.00618864;REVB=-0.00728392;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503774;STB=0.812863;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0115323;OID=.;OPOS=52994990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:6:3:5:1:6:3 chr12 53085089 . T C 546.34 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.116;QD=59.0641;RBI=0.0317057;REFB=0;REVB=0.0302278;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166273;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:28:8:0:0:29:8:0:0 chr12 53096913 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.489;QD=42.1826;RBI=0.0342374;REFB=0;REVB=0.0342374;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147034;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chr12 53162638 . G A 1247.39 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277138;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.973;QD=61.5996;RBI=0.0525407;REFB=0;REVB=0.0446371;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124042;OID=.;OPOS=53162638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr12 53162773 . A G 784.9 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8988;QD=57.0837;RBI=0.0989912;REFB=0;REVB=-0.055307;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265604;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr12 53186122 . G A 900.2 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206142;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.282;QD=58.0772;RBI=0.0349378;REFB=0;REVB=0.0282083;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201908;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:18:43:0:0:19:43:0:0 chr12 53204614 . C T 739.96 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632092;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.737;QD=54.812;RBI=0.0637;REFB=0;REVB=0.0078921;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456499;OID=.;OPOS=53204614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:51:54:1:32:19:0:0:35:19:0:0 chr12 53217701 . C A 271.28 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.00482174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.227;QD=19.3771;RBI=0.00484417;REFB=0.00364404;REVB=-0.000465609;RO=27;SAF=7;SAR=21;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079685;STB=0.538436;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00282259;OID=.;OPOS=53217701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:21:7:5:22:22:7:5:22 chr12 53227803 . A G 127.65 PASS AF=0.5;AO=11;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0318275;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2425;QD=18.2361;RBI=0.0599537;REFB=-0.00381048;REVB=-0.0508081;RO=13;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14812;STB=0.565935;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0153885;OID=.;OPOS=53227803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:11:14:0.5:10:1:2:11:12:2:3:11 chr12 53238347 . G A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0151062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.932;QD=22.5808;RBI=0.0277635;REFB=-0.0165382;REVB=-0.023294;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353093;STB=0.519967;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0138751;OID=.;OPOS=53238347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:4:8:5:2:4:8:5:2 chr12 53240584 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0419088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.338;QD=15.7004;RBI=0.0425909;REFB=0.0169468;REVB=-0.00759182;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108301;STB=0.562417;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0242523;OID=.;OPOS=53240584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:8:11:7:8:8:11 chr12 53242440 . A G 381.58 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00294034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6704;QD=19.5682;RBI=0.0194688;REFB=-0.0554801;REVB=-0.0192455;RO=39;SAF=20;SAR=19;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926927;STB=0.551425;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0237651;OID=.;OPOS=53242440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:19:20:24:15:19:20:24:15 chr12 53242579 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00812866;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=312.548;QD=18.4438;RBI=0.0143488;REFB=-0.0136436;REVB=0.0118243;RO=9;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451608;STB=0.768608;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0112012;OID=.;OPOS=53242579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:10:1:4:5:10:1:4:5 chr12 53294381 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0226577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.099;QD=17.8274;RBI=0.023443;REFB=-0.00727278;REVB=-0.00601692;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10822;STB=0.562393;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00414205;OID=.;OPOS=53294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:5:6:8:4:5:6 chr12 53343461 . A AC 121.54 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.084371;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.687;QD=11.8573;RBI=0.0863065;REFB=0.01543;REVB=-0.0181757;RO=25;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176217;STB=0.607984;STBP=0.238;TYPE=ins;VARB=-0.029782;OID=.;OPOS=53343462;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:18:45:19:41:22:15:4:14:8:99:25:14:4:16:9 chr12 53343493 . G A 187.92 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0210572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9974;QD=20.3161;RBI=0.0290217;REFB=-0.0101624;REVB=0.0199713;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328183;STB=0.518499;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00582385;OID=.;OPOS=53343493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:12:6:7:12:12:6 chr12 53433089 . C A 2009.91 PASS AF=0.985075;AO=130;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0120836;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.272;QD=59.9974;RBI=0.047532;REFB=-0.151766;REVB=0.0459704;RO=3;SAF=51;SAR=79;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177033;STB=0.506172;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000748469;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:134:134:3:2:130:132:0.985075:79:51:0:3:80:52:0:2 chr12 53433486 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.269;QD=57.5453;RBI=0.0234411;REFB=0;REVB=0.0152549;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35726e-05;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr12 53434774 . G A 796.28 PASS AF=0.642857;AO=72;DP=112;FAO=72;FDP=112;FR=.;FRO=40;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00373645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.382;QD=28.4387;RBI=0.00900077;REFB=-0.000403162;REVB=0.00818857;RO=40;SAF=46;SAR=26;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096337;STB=0.552177;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000307186;OID=.;OPOS=53434774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:40:40:72:72:0.642857:26:46:20:20:26:46:20:20 chr12 53451849 . G C 230.45 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0234023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.858;QD=16.4606;RBI=0.0236452;REFB=-0.00958227;REVB=0.00338063;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111642;STB=0.620692;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0154368;OID=.;OPOS=53451849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:30:25:26:0.464286:16:9:12:13:17:9:17:13 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 448.81 PASS AF=0.761905;AO=47;DP=53;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00766689;FXX=0.0596926;HRUN=2;LEN=11;MLLD=320.567;QD=28.496;RBI=0.0315188;REFB=-0.0466218;REVB=0.0305721;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525762;STBP=0.544;TYPE=del;VARB=0.0132535;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.761905:47:53:48:63:15:36:12:10:5:62:0:36:11:0:0 chr12 53453456 . C T 926.39 PASS AF=0.477612;AO=96;DP=201;FAO=96;FDP=201;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=66;FWDB=0.000475811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.502;QD=18.4357;RBI=0.00865812;REFB=-0.0167326;REVB=0.00864504;RO=103;SAF=45;SAR=51;SRF=38;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948352;STB=0.551356;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0161749;OID=.;OPOS=53453456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:103:105:96:96:0.477612:51:45:38:65:51:45:39:66 chr12 53456619 . C T 103.55 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00670181;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7737;QD=17.2586;RBI=0.0150684;REFB=0.00566803;REVB=-0.013496;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247797;STB=0.55254;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0216372;OID=.;OPOS=53456619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:24:11:12:12:12:0.5:9:3:3:8:9:3:4:8 chr12 53457618 . C T 505.53 PASS AF=0.509615;AO=51;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=9;FSRR=42;FWDB=0.134429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.645;QD=19.4434;RBI=0.134498;REFB=-0.000884759;REVB=-0.00429119;RO=52;SAF=11;SAR=40;SRF=10;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321961;STB=0.547773;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00121283;OID=.;OPOS=53457618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:51:51:53:0.509615:40:11:10:42:40:13:9:42 chr12 53458391 . G A 366.73 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0164606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.651;QD=15.6056;RBI=0.0171898;REFB=-0.00553394;REVB=0.00495343;RO=54;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632022;STB=0.528328;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00914322;OID=.;OPOS=53458391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:54:39:40:0.425532:20:19:23:31:21:19:23:31 chr12 53458589 . C T 44.38 PASS AF=0.233333;AO=6;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0385911;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.46;QD=5.91773;RBI=0.0406092;REFB=-0.00841806;REVB=-0.0126425;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296846;STB=0.713674;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0226018;OID=.;OPOS=53458589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:30:22:23:6:7:0.233333:2:4:9:13:2:5:10:13 chr12 53459101 . G A 449.84 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00714435;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.975;QD=16.9751;RBI=0.0167311;REFB=-0.024011;REVB=0.0151291;RO=59;SAF=25;SAR=24;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084537;STB=0.538446;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0254991;OID=.;OPOS=53459101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:59:57:49:49:0.462264:24:25:25:34:24:25:25:32 chr12 53607263 . AG A,GA 258.68 PASS AF=0.509434,0.283019;AO=26,9;DP=50;FAO=27,15;FDP=53;FR=.;FRO=11;FSAF=26,0;FSAR=1,15;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0265111,-0.0256037;FXX=0.0185151;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=9.36038,85.7967;QD=19.5232;RBI=0.250396,0.0730011;REFB=-0.197481,-0.0292493;REVB=-0.248989,-0.0683638;RO=10;SAF=25,0;SAR=1,9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.34617,-0.827703;STB=0.690078,0.999127;STBP=0.095,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.169999,0.0546959;OID=.,.;OPOS=53607264,53607263;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:73:50:53:10:11:26,9:27,15:0.509434,0.283019:1,9:25,0:8:2:1,15:26,0:9:2 chr12 53647373 . T C 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00771997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.055;QD=12.6193;RBI=0.0286138;REFB=-0.0105998;REVB=-0.0275527;RO=38;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724084;STB=0.541632;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0155725;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:11:13:18:20:11:13:18:20 chr12 53662624 . C A 1002.36 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163629;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.013;QD=58.1078;RBI=0.0247899;REFB=0.0425031;REVB=-0.0186224;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129488;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000112517;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:1:1:68:68:0.985507:32:36:1:0:32:36:1:0 chr12 53670545 . C A 432.01 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0066764;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.9219;QD=16.9414;RBI=0.0163581;REFB=-0.0168558;REVB=-0.0149336;RO=55;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149604;STB=0.500834;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0175699;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:24:23:27:28:24:23:27:28 chr12 53671005 . G A 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0117205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.782;QD=20.2675;RBI=0.0133668;REFB=0.00216526;REVB=0.00642655;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332938;STB=0.687325;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.000882837;OID=.;OPOS=53671005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:14:7:15:6:14:7:15:6 chr12 53681883 . A T 563.87 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.441;QD=57.833;RBI=0.0212089;REFB=-0.158054;REVB=0.00410488;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302093;STB=0.51612;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00129215;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:1:0:23:15:1:0 chr12 53682326 . G A 1001.29 PASS AF=0.590062;AO=94;DP=161;FAO=95;FDP=161;FR=.;FRO=66;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=47;FWDB=0.0683218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.745;QD=24.8767;RBI=0.120625;REFB=-0.0189605;REVB=0.0994105;RO=59;SAF=53;SAR=41;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171102;STB=0.60933;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0120497;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:59:66:94:95:0.590062:41:53:19:40:42:53:19:47 chr12 53682457 . G A 525.56 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.01797;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.651;QD=18.7699;RBI=0.0325422;REFB=-0.00761089;REVB=0.0271307;RO=57;SAF=34;SAR=21;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00403252;STB=0.502232;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00742945;OID=.;OPOS=53682457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:57:57:55:55:0.491071:21:34:35:22:21:34:35:22 chr12 53682986 . C T 215.53 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0257067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.748;QD=13.0621;RBI=0.0257477;REFB=-0.020973;REVB=-0.00145214;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142992;STB=0.50819;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0322592;OID=.;OPOS=53682986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:14:12:19:21:14:12:19:21 chr12 53686703 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9818;QD=60.61;RBI=0.126831;REFB=0;REVB=0.125431;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142015;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr12 53693532 . AA GC 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269828;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=172.823;QD=42.1826;RBI=0.0278247;REFB=0;REVB=-0.00679291;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000257067;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr12 53700848 . C T 1890.77 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00724679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4949;QD=60.5048;RBI=0.0369469;REFB=-0.0838073;REVB=0.0362292;RO=0;SAF=75;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180462;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:125:125:0:0:124:125:1:49:75:0:0:49:76:0:0 chr12 53700860 . A G 1826.2 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00873052;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.844;QD=61.3848;RBI=0.0281374;REFB=0;REVB=0.0267487;RO=0;SAF=67;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120369;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:52:67:0:0:52:67:0:0 chr12 53703021 . G A 1244.16 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7136;QD=59.2455;RBI=0.0282885;REFB=-0.0232205;REVB=0.0231839;RO=2;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225384;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00187687;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:2:1:82:83:0.988095:41:41:0:2:42:41:0:1 chr12 53722098 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.915;QD=57.0006;RBI=0.0357333;REFB=0;REVB=-0.0303598;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86651e-05;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr12 53722128 . G A 641.55 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0826807;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2656;QD=59.679;RBI=0.0975634;REFB=-0.164747;REVB=0.051793;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00398911;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:1:0:21:21:1:0 chr12 54067544 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.366;QD=42.1824;RBI=0.0610884;REFB=0;REVB=-0.0352311;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807794;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr12 54105074 . T C 361.76 PASS AF=0.335821;AO=45;DP=134;FAO=45;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=-0.0345221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.126;QD=10.7988;RBI=0.0355845;REFB=-0.015127;REVB=0.00863034;RO=89;SAF=19;SAR=26;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479235;STB=0.527585;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.02258;OID=.;OPOS=54105074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:89:89:45:45:0.335821:26:19:34:55:26:19:34:55 chr12 54109659 . C T 475.32 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=0.109952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0019;QD=15.0894;RBI=0.164071;REFB=-0.00961136;REVB=0.121777;RO=73;SAF=37;SAR=16;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799487;STB=0.545032;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.016324;OID=.;OPOS=54109659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:73:73:53:53:0.420635:16:37:46:27:16:37:46:27 chr12 54109733 . A G 2995.12 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0742;QD=63.3888;RBI=0.0578695;REFB=0;REVB=-0.0445404;RO=0;SAF=112;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45073e-05;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:77:112:0:0:77:112:0:0 chr12 54115875 . C T 204.19 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00686681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.674;QD=12.5654;RBI=0.00687895;REFB=-0.0244033;REVB=0.000408437;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299796;STB=0.670533;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0369806;OID=.;OPOS=54115875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:14:11:29:11:14:11:29:11 chr12 54333063 . T C 387.64 PASS AF=0.44;AO=37;DP=95;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00925409;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1242;QD=15.5057;RBI=0.034445;REFB=-0.0372051;REVB=-0.0331786;RO=55;SAF=25;SAR=12;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221575;STB=0.617761;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0685118;OID=.;OPOS=54333063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:55:56:37:44:0.44:12:25:26:29:14:30:27:29 chr12 54340077 . G A 503.95 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00522246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.758;QD=17.5288;RBI=0.0127343;REFB=-0.00168422;REVB=-0.0116142;RO=61;SAF=32;SAR=22;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128404;STB=0.571402;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00191577;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:22:32:28:33:22:32:28:33 chr12 54340204 . CTTTTTTA CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTAA 36.25 PASS AF=0.112245,0.0204082,0;AO=12,16,4;DP=108;FAO=11,2,0;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=6,1,0;FSAR=5,1,0;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.120433,-0.263822,-0.148657;FXX=0.019998;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=20.9765,11.4425,18.9028;QD=1.47962;RBI=0.120728,0.263966,0.14978;REFB=-0.0196918,-0.0346589,-0.014604;REVB=-0.00844109,0.00869425,0.0183101;RO=65;SAF=8,9,4;SAR=4,7,0;SRF=25;SRR=40;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.34032,0.22072,0.546953;STB=0.606553,0.573989,0.5;STBP=0.537,0.852,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.127914,0.0914669,0;OID=.,.,.;OPOS=54340210,54340205,54340210;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.112245,0.0204082,0:12,16,4:108:11,2,0:98:85:6,1,0:5,1,0:36:49:25:65:8,9,4:4,7,0:25:40 chr12 54367061 . T G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.257;QD=57.8849;RBI=0.0330912;REFB=0;REVB=0.017022;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64391e-05;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr12 54369667 . T G,TGCCCCACTACTTTAGGGG 454.61 PASS AF=0.0294118,0.941176;AO=2,21;DP=57;FAO=1,32;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=1,1;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0175515,0.0267614;FXX=0.333268;HRUN=2,1;LEN=1,18;MLLD=27.933,378.494;QD=53.4831;RBI=0.073634,0.0409339;REFB=-0.110444,-0.063118;REVB=0.0715116,0.0309744;RO=10;SAF=1,0;SAR=1,21;SRF=0;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.698489,0;STB=0.989913,0.507931;STBP=0.496,0.647;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0147838,0.0103482;OID=.,.;OPOS=54369667,54369668;OREF=T,-;OALT=G,GCCCCACTACTTTAGGGG;OMAPALT=G,TGCCCCACTACTTTAGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:34:10:1:2,21:1,32:0.0294118,0.941176:1,21:1,0:0:10:0,31:1,1:0:1 chr12 54370108 . G T 414.25 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0227212;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1301;QD=18.8294;RBI=0.0253747;REFB=-0.0207214;REVB=-0.011297;RO=46;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131394;STB=0.507316;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0222791;OID=.;OPOS=54370108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:46:46:42:42:0.477273:25:17:18:28:25:17:18:28 chr12 54496166 . G T 98.56 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0039852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.034;QD=14.0798;RBI=0.0136651;REFB=-0.00325837;REVB=0.0130711;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822464;STB=0.548112;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00625325;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:8:8:7:5:8:8 chr12 54496219 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00693382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.117;QD=12.8689;RBI=0.00699382;REFB=0.00982367;REVB=-0.000914157;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00812004;OID=.;OPOS=54496219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr12 54711574 . A G 177.39 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0501737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5613;QD=39.4189;RBI=0.062235;REFB=-0.0660202;REVB=-0.0368211;RO=2;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761434;STB=0.541616;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0100384;OID=.;OPOS=54711574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:11:5:0:2:11:5:0:2 chr12 54734289 . A G 2014.3 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.168;QD=61.9785;RBI=0.011816;REFB=0;REVB=0.00829089;RO=0;SAF=53;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15489e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68163e-05;OID=.;OPOS=54734289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:77:53:0:0:77:53:0:0 chr12 54740379 . T G 433.26 PASS AF=0.914286;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0665689;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=50.9663;QD=49.5159;RBI=0.0738734;REFB=-0.178244;REVB=-0.032029;RO=3;SAF=14;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090009;STB=0.548357;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00713068;OID=.;OPOS=54740379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:35:3:3:31:32:0.914286:17:14:3:0:18:14:3:0 chr12 54757553 . A AC 36.83 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.125268;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.21174;QD=3.20236;RBI=0.126031;REFB=-0.072499;REVB=0.0138488;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21;STB=0.605915;STBP=0.302;TYPE=ins;VARB=0.0576183;OID=.;OPOS=54757554;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326087:15:48:15:46:31:5:10:15:16:36:29:5:10:15:14 chr12 54767812 . G A 253.07 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0804741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.611;QD=18.0762;RBI=0.0806456;REFB=-0.00726622;REVB=0.00525766;RO=27;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799255;STB=0.536816;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.006394;OID=.;OPOS=54767812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:17:11:13:14:17:11:13:15 chr12 54789967 . C T 407.26 PASS AF=0.56338;AO=39;DP=70;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0171324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.355;QD=22.9443;RBI=0.0190964;REFB=-0.0218386;REVB=0.00843524;RO=31;SAF=12;SAR=27;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180778;STB=0.589119;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0162299;OID=.;OPOS=54789967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:31:31:39:40:0.56338:27:12:16:15:27:13:16:15 chr12 54799450 . A G 453.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.012;QD=56.7454;RBI=0.0170742;REFB=0;REVB=-0.0152286;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377394;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:12:19:0:0:12:20:0:0 chr12 54905815 . C G 1151.21 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0663671;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.096;QD=59.0366;RBI=0.0664972;REFB=-0.0853689;REVB=0.00415725;RO=1;SAF=42;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111346;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000512412;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:78:1:1:76:77:0.987179:34:42:1:0:34:43:1:0 chr12 54970454 . T C 1729.89 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000583059;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.651;QD=60.6979;RBI=0.033237;REFB=0;REVB=0.0332319;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699804;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:59:54:0:0:60:54:0:0 chr12 54972992 . T C 428.64 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5473;QD=57.1517;RBI=0.0239947;REFB=0;REVB=0.0096024;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354933;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr12 54973623 . T C 819.28 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00564154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.434;QD=55.5445;RBI=0.00615056;REFB=-0.141374;REVB=0.00244999;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165496;STB=0.508769;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.000557588;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:0:1:28:30:0:1 chr12 54975837 . T C 1929.71 PASS AF=0.910345;AO=132;DP=143;FAO=132;FDP=145;FR=.;FRO=13;FSAF=34;FSAR=98;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0719953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3292;QD=53.2334;RBI=0.0855152;REFB=-0.171231;REVB=-0.0461468;RO=10;SAF=34;SAR=98;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121204;STB=0.580234;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0177859;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:143:145:10:13:132:132:0.910345:98:34:10:0:98:34:13:0 chr12 55248357 . G T 1325.05 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.088312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.536;QD=60.9217;RBI=0.0901151;REFB=-0.118642;REVB=0.0179369;RO=1;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126324;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000284572;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:37:49:0:1:37:49:0:1 chr12 55250612 . A G 1011.45 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.412;QD=57.7971;RBI=0.0134081;REFB=-0.0903826;REVB=0.00530747;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133132;STB=0.506847;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.003437;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:35:33:0:1:36:33:0:1 chr12 55344024 . G A 442.42 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00578483;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.817;QD=22.4011;RBI=0.0774784;REFB=-0.0124485;REVB=0.0772621;RO=36;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446855;STB=0.524598;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0227634;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:19:24:22:14:19:24:22:14 chr12 55344133 . C G 737.84 PASS AF=0.569106;AO=70;DP=123;FAO=70;FDP=123;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00640767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.164;QD=23.9947;RBI=0.012034;REFB=-0.00298878;REVB=0.0101862;RO=53;SAF=27;SAR=43;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024316;STB=0.513273;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00258726;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:53:53:70:70:0.569106:43:27:22:31:43:27:22:31 chr12 55355033 . C T 874.1 PASS AF=0.473404;AO=89;DP=188;FAO=89;FDP=188;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=36;FSRR=63;FWDB=-0.0195923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6983;QD=18.5978;RBI=0.0213186;REFB=-0.0125568;REVB=0.00840391;RO=99;SAF=34;SAR=55;SRF=36;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186532;STB=0.5103;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0144684;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:99:99:89:89:0.473404:55:34:36:63:55:34:36:63 chr12 55356530 . C T 921.29 PASS AF=0.466667;AO=94;DP=205;FAO=98;FDP=210;FR=.;FRO=112;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=67;FWDB=0.0260788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3153;QD=17.5483;RBI=0.0319557;REFB=-0.0281303;REVB=-0.0184679;RO=109;SAF=45;SAR=49;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642758;STB=0.536344;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0378664;OID=.;OPOS=55356530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:210:109:112:94:98:0.466667:49:45:45:64:52:46:45:67 chr12 55368245 . G A 3085.82 PASS AF=0.985507;AO=203;DP=207;FAO=204;FDP=207;FR=.;FRO=3;FSAF=89;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0255726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.443;QD=59.6295;RBI=0.0301043;REFB=-0.0326382;REVB=0.0158844;RO=2;SAF=89;SAR=114;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828252;STB=0.501517;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00021511;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:207:207:2:3:203:204:0.985507:114:89:0:2:115:89:1:2 chr12 55421250 . C T 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0414629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.587;QD=17.3291;RBI=0.0415534;REFB=-0.00872898;REVB=0.00274219;RO=45;SAF=15;SAR=23;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114514;STB=0.564201;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0122;OID=.;OPOS=55421250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:23:15:23:22:23:15:23:22 chr12 55421299 . C A 266.53 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00511601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6333;QD=15.9124;RBI=0.0193913;REFB=0.00479166;REVB=0.0187043;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789203;STB=0.544515;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00529619;OID=.;OPOS=55421299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:17:13:19:18:17:13:19:18 chr12 55688267 . G A 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.099;QD=59.1406;RBI=0.0146154;REFB=0;REVB=0.0143569;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52605e-05;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr12 55714772 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.262;QD=55.6559;RBI=0.035874;REFB=0;REVB=0.00070619;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030859;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr12 55714876 . C G 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4362;QD=58.5985;RBI=0.0510627;REFB=0;REVB=0.0421045;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127286;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr12 55715119 . G A 940.76 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360201;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.071;QD=58.7975;RBI=0.0360447;REFB=0;REVB=0.00133103;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82111e-05;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr12 55794976 . A G 1245.17 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0245588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.848;QD=57.915;RBI=0.0307026;REFB=-0.0842432;REVB=0.018426;RO=2;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201455;STB=0.503972;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.000264756;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:2:3:83:83:0.965116:46:37:0:2:46:37:1:2 chr12 55806238 . A G 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.818;QD=62.161;RBI=0.0193989;REFB=0;REVB=0.0180573;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7751e-05;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr12 55807293 . A G 86.8 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00908782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.53;QD=24.7986;RBI=0.0129972;REFB=-0.0508879;REVB=0.00929181;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436085;STB=0.749463;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00677814;OID=.;OPOS=55807293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:8:2:4:0:8:2:4:0 chr12 55807356 . G A 542.94 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931714;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.659;QD=60.3272;RBI=0.0806012;REFB=0;REVB=0.0800609;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502421;OID=.;OPOS=55807356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:24:11:0:0:25:11:0:0 chr12 55808469 . C G 2008.37 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.562;QD=62.2752;RBI=0.0734506;REFB=0;REVB=-0.0734111;RO=0;SAF=79;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176229;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:50:79:0:0:50:79:0:0 chr12 55820121 . C T 1471.99 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2676;QD=63.3114;RBI=0.0418967;REFB=0;REVB=-0.0231529;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408959;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:46:46:0:0:46:47:0:0 chr12 55863224 . C G 1332.38 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336525;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.713;QD=62.7001;RBI=0.0404742;REFB=0;REVB=-0.0224871;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118186;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr12 55863381 . A G 295.4 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.112502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.512;QD=47.2642;RBI=0.120052;REFB=0.00259427;REVB=-0.0419037;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440445;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00168424;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:25:1:1:23:24:0.96:10:13:0:1:10:14:0:1 chr12 55886294 . G A 731.42 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025538;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.711;QD=63.6018;RBI=0.0279368;REFB=0;REVB=0.0113259;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107196;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:12:34:0:0:12:34:0:0 chr12 55886489 . T A 1018.7 PASS AF=0.974359;AO=68;DP=74;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.07571;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=50.1837;QD=52.241;RBI=0.0759637;REFB=-0.131532;REVB=0.00620384;RO=6;SAF=35;SAR=33;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232571;STB=0.514702;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00997903;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:78:6:2:68:76:0.974359:33:35:4:2:33:43:0:2 chr12 55945119 . A G 886.97 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.001;QD=56.3155;RBI=0.0577022;REFB=0;REVB=0.00473241;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296384;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:63:0:0:57:63:1:35:22:0:0:35:28:0:0 chr12 56031611 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5888;QD=45.8067;RBI=0.024641;REFB=0;REVB=-0.00712625;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762022;OID=.;OPOS=56031611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr12 56089357 . C T 1854.1 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759925;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.428;QD=61.2927;RBI=0.0773;REFB=0;REVB=0.0141571;RO=0;SAF=37;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210733;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:121:0:0:120:121:1:83:37:0:0:84:37:0:0 chr12 56233518 . G A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.03553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7922;QD=24.1885;RBI=0.102436;REFB=-0.0237991;REVB=-0.0960768;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500226;STB=0.528254;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00615668;OID=.;OPOS=56233518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:5:7:3:3:5:7:3:3 chr12 56236531 . A G 2224.81 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.288;QD=63.115;RBI=0.07514;REFB=0;REVB=0.0686989;RO=0;SAF=93;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26456e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016366;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:141:0:0:136:141:1:43:93:0:0:45:96:0:0 chr12 56295734 . A G 160.57 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.076;QD=45.8783;RBI=0.0535809;REFB=0;REVB=0.0481954;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689656;OID=.;OPOS=56295734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chr12 56297993 . C T 321.09 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0150563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.552;QD=33.799;RBI=0.0378251;REFB=-0.015279;REVB=0.0346994;RO=11;SAF=8;SAR=19;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147265;STB=0.580724;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00675746;OID=.;OPOS=56297993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:19:8:6:5:19:8:6:5 chr12 56330572 . G A 361.5 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=55;FWDB=0.00340152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.713;QD=12.05;RBI=0.0194046;REFB=-0.0112633;REVB=0.0191041;RO=76;SAF=17;SAR=27;SRF=21;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134035;STB=0.576;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.017875;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:76:76:44:44:0.366667:27:17:21:55:27:17:21:55 chr12 56335107 . A G 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00798598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.152;QD=20.1563;RBI=0.00798645;REFB=-0.0236234;REVB=8.7022e-05;RO=24;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161053;STB=0.602333;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0167481;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:20:8:11:13:20:8:12:13 chr12 56347206 . C T 336.31 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0324638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6892;QD=22.4209;RBI=0.0324781;REFB=-0.0155145;REVB=-0.000963717;RO=25;SAF=17;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769211;STB=0.533314;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0125811;OID=.;OPOS=56347206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:26:34:34:0.566667:17:17:10:15:17:17:11:15 chr12 56348028 . G A 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0161657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8944;QD=15.1002;RBI=0.0168696;REFB=0.00814548;REVB=-0.00482233;RO=31;SAF=6;SAR=18;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319737;STB=0.683006;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0192518;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:18:6:17:14:18:6:17:14 chr12 56398454 . G C 1075.94 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0650328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5332;QD=59.7744;RBI=0.0685523;REFB=0;REVB=0.021683;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374081;OID=.;OPOS=56398454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr12 56435929 . C G 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.575;QD=57.6732;RBI=0.11878;REFB=0;REVB=0.0128842;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142955;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr12 56487701 . C CG 37.24 PASS AF=0.35;AO=5;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0415463;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.8878;QD=7.44722;RBI=0.0422435;REFB=-0.00833557;REVB=-0.00764337;RO=13;SAF=4;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502989;STB=0.66611;STBP=0.398;TYPE=ins;VARB=0.0564335;OID=.;OPOS=56487702;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:5:19:7:20:13:6:1:9:4:37:13:4:1:10:3 chr12 56551339 . C A,CAA,CAAA 265.5 PASS AF=0,0.782609,0.217391;AO=3,10,6;DP=25;FAO=0,18,5;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,1;FSAR=0,10,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208873,-0.186504,-0.133182;FXX=0.0416493;HRUN=1,6,6;LEN=1,2,3;MLLD=219.584,18.4682,16.2226;QD=46.1745;RBI=0.0554627,0.187061,0.133512;REFB=0,0,0;REVB=-0.0513792,-0.0144227,-0.0093846;RO=4;SAF=0,6,2;SAR=3,4,4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.683038,0.0516928,-0.119263;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,-0.0248305,-0.0149637;OID=.,.,.;OPOS=56551339,56551340,56551340;OREF=C,-,-;OALT=A,AA,AAA;OMAPALT=A,CAA,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:15:25:23:4:0:3,10,6:0,18,5:0,0.782609,0.217391:3,4,4:0,6,2:2:2:0,10,4:0,8,1:0:0 chr12 56647911 . G C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0491;QD=57.2374;RBI=0.0643263;REFB=0;REVB=0.0397865;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122301;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr12 56649601 . A G 2752.42 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.164;QD=62.5551;RBI=0.0665041;REFB=0;REVB=0.039104;RO=0;SAF=87;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26185e-05;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:176:0:0:173:176:1:86:87:0:0:86:90:0:0 chr12 56711371 . C T 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.816;QD=61.1579;RBI=0.00518902;REFB=0;REVB=-0.00448495;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79371e-06;OID=.;OPOS=56711371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:62:56:0:0:62:56:0:0 chr12 56722060 . T G 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4277;QD=61.3733;RBI=0.0553441;REFB=0;REVB=0.0517385;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398629;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr12 56815922 . C T 1116.9 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.859;QD=60.3732;RBI=0.0287787;REFB=0;REVB=0.0179627;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.97443e-06;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr12 56822378 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.435;QD=50.4134;RBI=0.0748538;REFB=0;REVB=0.0728037;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103618;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr12 56825311 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0008584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.406;QD=50.4134;RBI=0.0300041;REFB=0;REVB=-0.0299918;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313951;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr12 56862886 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00566396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.9;QD=59.4347;RBI=0.0175716;REFB=0;REVB=0.0166337;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72986e-05;OID=.;OPOS=56862886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr12 56956213 . T C 746.12 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00715642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.465;QD=53.2939;RBI=0.0199335;REFB=-0.127913;REVB=0.0186045;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165343;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00323859;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:56:56:1:1:54:55:0.982143:28:26:0:1:29:26:0:1 chr12 56989729 . GTT G,GT 184.0 PASS AF=0,1;AO=11,18;DP=32;FAO=0,32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.138926,-0.26299;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.38798,8.44831;QD=22.9999;RBI=0.141396,0.266961;REFB=-0.034139,-0.0239036;REVB=-0.0263125,-0.0458739;RO=1;SAF=5,9;SAR=6,9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0690901,0.0483018;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0107869;OID=.,.;OPOS=56989730,56989730;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:11,18:32:0,32:32:0:0,14:0,18:0:0:3:1:5,9:6,9:0:1 chr12 57106660 . A T 708.55 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.846;QD=62.9818;RBI=0.0259378;REFB=0;REVB=0.00868598;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184342;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:29:16:0:0 chr12 57108203 . A G 1459.77 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.729;QD=62.7857;RBI=0.0374667;REFB=0;REVB=0.00197002;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93843e-05;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:46:46:0:0:46:47:0:0 chr12 57109792 . A G 739.82 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.317;QD=56.9092;RBI=0.0472798;REFB=0;REVB=0.00625479;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146524;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr12 57109931 . A T 141.55 PASS AF=1;AO=10;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423679;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.463;QD=43.5549;RBI=0.0480983;REFB=0;REVB=0.0227685;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626392;OID=.;OPOS=57109931;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:10:13:1:5:5:0:0:7:6:0:0 chr12 57114100 . A G 382.71 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00629749;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.733;QD=52.7877;RBI=0.00868764;REFB=-0.146414;REVB=0.0059847;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.001003;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:27:28:0.965517:14:13:0:0:15:13:0:1 chr12 57114307 . A T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.005;QD=59.0174;RBI=0.0536756;REFB=0;REVB=0.021864;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443618;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr12 57133140 . T G 432.87 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022999;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7494;QD=57.7157;RBI=0.0287047;REFB=0;REVB=0.0171758;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656493;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr12 57137828 . T A 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0208786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.085;QD=56.8271;RBI=0.0377971;REFB=-0.0322269;REVB=0.0315073;RO=1;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178181;STB=0.509431;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000493219;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:26:38:0:1:26:38:0:1 chr12 57255195 . T C 591.25 PASS AF=0.57;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0306667;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5692;QD=23.6498;RBI=0.0678875;REFB=-0.0294753;REVB=0.0605662;RO=43;SAF=21;SAR=36;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982949;STB=0.553827;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0249522;OID=.;OPOS=57255195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:43:43:57:57:0.57:36:21:21:22:36:21:21:22 chr12 57346751 . AC A 159.73 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0473865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.5997;QD=8.51868;RBI=0.0499402;REFB=0.0133293;REVB=-0.0157654;RO=42;SAF=11;SAR=20;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0.560669;SSSB=-0.222346;STB=0.626549;STBP=0.072;TYPE=del;VARB=-0.00768024;OID=.;OPOS=57346752;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413333:31:75:31:75:44:11:20:25:19:99:42:11:20:24:18 chr12 57458522 . T TA 34.64 PASS AF=0.15873;AO=13;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.037765;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=112.136;QD=2.19928;RBI=0.0526722;REFB=-0.00310999;REVB=-0.0367174;RO=49;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29962;STB=0.587132;STBP=0.534;TYPE=ins;VARB=0.127502;OID=.;OPOS=57458523;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15873:13:63:10:63:53:5:5:21:32:34:49:8:5:18:31 chr12 57489648 . C T 443.07 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0200387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1654;QD=21.0986;RBI=0.0523149;REFB=-0.021972;REVB=-0.048325;RO=40;SAF=23;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196056;STB=0.510829;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0271544;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:21:23:20:20:21:23:20:20 chr12 57567762 . C T 141.3 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0236846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.726;QD=13.4572;RBI=0.028932;REFB=-0.043307;REVB=0.0166164;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154199;STB=0.60228;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0318005;OID=.;OPOS=57567762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:10:6:13:12:10:6:14:12 chr12 57585144 . C T 175.37 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0135186;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.112;QD=20.0427;RBI=0.0137754;REFB=-0.0243402;REVB=0.00264752;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226446;STB=0.512806;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0200837;OID=.;OPOS=57585144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:8:9:10:8:8:9 chr12 57589659 . C T 391.11 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0623576;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6529;QD=18.8484;RBI=0.0623626;REFB=-0.0407592;REVB=0.000792906;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680624;STB=0.532027;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0349717;OID=.;OPOS=57589659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:42:43:40:40:0.481928:22:18:22:20:22:18:22:21 chr12 57589783 . CA C,CC 480.01 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=6,28;DP=34;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374437,0.135964;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.9519,38.6609;QD=56.4716;RBI=0.0475118,0.14746;REFB=0,0;REVB=0.0292461,0.0570811;RO=0;SAF=6,15;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0287258,0.0123381;OID=.,.;OPOS=57589784,57589784;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0294118,0.970588:6,28:34:1,33:34:0:1,20:0,13:0:0:4:0:6,15:0,13:0:0 chr12 57590797 . C T 777.26 PASS AF=0.468571;AO=81;DP=177;FAO=82;FDP=175;FR=.;FRO=93;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.014949;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.079;QD=17.7658;RBI=0.01578;REFB=-0.0288673;REVB=-0.0050534;RO=93;SAF=48;SAR=33;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177212;STB=0.600282;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0332887;OID=.;OPOS=57590797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:93:93:81:82:0.468571:33:48:38:55:33:49:38:55 chr12 57590869 . T C 3184.6 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.671;QD=61.8368;RBI=0.0126309;REFB=0;REVB=-0.00658601;RO=0;SAF=104;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46041e-06;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:206:0:0:206:206:1:102:104:0:0:102:104:0:0 chr12 57593101 . G A 270.7 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0885371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.7238;QD=11.8987;RBI=0.0899322;REFB=-0.0186262;REVB=-0.0157792;RO=54;SAF=21;SAR=11;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2537;STB=0.670866;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0322868;OID=.;OPOS=57593101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:54:59:32:32:0.351648:11:21:23:31:11:21:23:36 chr12 57593720 . CCG C,CGG 95.82 PASS AF=0.705882,0;AO=6,4;DP=27;FAO=12,0;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=6,0;FSAR=6,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.199841,-0.0927874;FXX=0.149925;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.4175,8.96733;QD=22.5465;RBI=0.240927,0.221062;REFB=-0.19862,-0.0119832;REVB=-0.134572,0.200646;RO=10;SAF=1,4;SAR=5,0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.467859,0.671791;STB=0.588093,0.5;STBP=0.262,1;TYPE=del,snp;VARB=0.126746,0;OID=.,.;OPOS=57593721,57593721;OREF=CG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882,0:6,4:27:12,0:17:5:6,0:6,0:4:1:22:10:1,4:5,0:6:4 chr12 57637593 . G A 477.78 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.000621643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.41;QD=22.2222;RBI=0.0157323;REFB=-0.0116985;REVB=0.0157201;RO=39;SAF=16;SAR=30;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133707;STB=0.511779;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0108895;OID=.;OPOS=57637593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:40:46:46:0.534884:30:16:13:26:30:16:13:27 chr12 57649840 . C T 778.68 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.717;QD=56.6312;RBI=0.0528225;REFB=0;REVB=0.0212664;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4678e-05;OID=.;OPOS=57649840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:29:26:0:0 chr12 57850197 . C A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0208787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.883;QD=10.8236;RBI=0.0291764;REFB=-0.015042;REVB=-0.0203799;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118681;STB=0.571306;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0269045;OID=.;OPOS=57850197;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:10:13:8:4:10:13 chr12 57859431 . G A 305.41 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0486676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6953;QD=17.7051;RBI=0.0578777;REFB=-0.00117248;REVB=-0.0313256;RO=36;SAF=22;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11134;STB=0.562461;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00371874;OID=.;OPOS=57859431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:11:22:20:16:11:22:20:16 chr12 57865321 . G A 191.55 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00659859;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=303.799;QD=22.5356;RBI=0.0109987;REFB=-0.0123286;REVB=0.00879946;RO=14;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217477;STB=0.50199;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00952018;OID=.;OPOS=57865321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:14:5:4:10:14:5:4:11 chr12 57865821 . G C 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0355552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.799;QD=18.1743;RBI=0.0358421;REFB=0.00258971;REVB=0.00452561;RO=31;SAF=20;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233053;STB=0.622973;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0036738;OID=.;OPOS=57865821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:11:20:12:19:11:20:13:19 chr12 57869582 . T C 45.54 PASS AF=0.4375;AO=5;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0292125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6298;QD=11.3861;RBI=0.029721;REFB=-0.0496436;REVB=-0.00547403;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.5997;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0427949;OID=.;OPOS=57869582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:16:16:7:9:5:7:0.4375:3:2:4:3:5:2:4:5 chr12 57870155 . A C 402.48 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0132207;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.831;QD=16.4276;RBI=0.0168196;REFB=-0.0198903;REVB=-0.0103976;RO=56;SAF=21;SAR=21;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181353;STB=0.510199;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0270851;OID=.;OPOS=57870155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:56:56:42:42:0.428571:21:21:29:27:21:21:29:27 chr12 57871555 . A G 54.34 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=14;FAO=4;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=0;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0369584;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.984;QD=18.1137;RBI=0.0386305;REFB=-0.0101789;REVB=-0.0112426;RO=4;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0175734;OID=.;OPOS=57871555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:14:12:4:5:4:4:0.333333:4:0:0:4:4:0:0:5 chr12 57873498 . T G 506.73 PASS AF=0.466102;AO=54;DP=112;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0056267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8447;QD=17.1773;RBI=0.0897097;REFB=-0.00614836;REVB=-0.0895331;RO=58;SAF=23;SAR=31;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487227;STB=0.50301;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00695242;OID=.;OPOS=57873498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:118:58:63:54:55:0.466102:31:23:25:33:32:23:26:37 chr12 57911160 . G A 436.86 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00951781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.427;QD=18.7899;RBI=0.0152608;REFB=-0.00457633;REVB=0.0119291;RO=49;SAF=19;SAR=25;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112856;STB=0.562869;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00411265;OID=.;OPOS=57911160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:25:19:27:22:25:19:27:22 chr12 57919584 . TC CT 51.43 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=15.3334;QD=7.91285;RBI=0.0655613;REFB=-0.14279;REVB=0.0655613;RO=17;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.271959;OID=.;OPOS=57919584;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:26:26:17:16:9:10:0.384615:9:0:0:17:10:0:0:16 chr12 57958313 . A G 297.83 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.031154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.993;QD=15.8841;RBI=0.0316217;REFB=-0.0116552;REVB=0.00541882;RO=42;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173115;STB=0.596959;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0209046;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:18:15:12:30:18:15:12:30 chr12 57977003 . C T 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00449597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.386;QD=11.5968;RBI=0.01141;REFB=-0.00551139;REVB=0.0104868;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213959;STB=0.626659;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00758789;OID=.;OPOS=57977003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:13:8:7:5:13:8 chr12 57977040 . C A 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0540796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.811;QD=9.10897;RBI=0.0541448;REFB=-0.0159692;REVB=0.00265603;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252475;STB=0.666296;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0406894;OID=.;OPOS=57977040;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:15:16:8:8:0.333333:4:4:11:4:4:4:12:4 chr12 57994743 . T G 2121.58 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9721;QD=62.8617;RBI=0.0654508;REFB=0;REVB=-0.0569552;RO=0;SAF=63;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410383;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:72:63:0:0:72:63:0:0 chr12 57995089 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.797;QD=60.9786;RBI=0.0292225;REFB=0;REVB=0.0248535;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12222e-05;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr12 58010163 . A G 384.93 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0160142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.295;QD=15.3971;RBI=0.0385074;REFB=-0.00934239;REVB=-0.0350195;RO=59;SAF=22;SAR=19;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239112;STB=0.513507;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0116766;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:19:22:33:26:19:22:33:26 chr12 58015494 . G A 321.65 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00670558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4121;QD=19.203;RBI=0.00704242;REFB=-0.0219563;REVB=0.00215195;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135237;STB=0.566395;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0221531;OID=.;OPOS=58015494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:33:33:34:0.507463:18:15:20:13:18:16:20:13 chr12 58017701 . T G 324.78 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0103107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.991;QD=17.0939;RBI=0.023125;REFB=-0.0376028;REVB=-0.0206991;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137183;STB=0.507688;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0409232;OID=.;OPOS=58017701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:20:15:17:24:20:15:17:24 chr12 58019472 . T G 508.22 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0594904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6003;QD=56.4686;RBI=0.0795654;REFB=0.0486445;REVB=-0.052835;RO=1;SAF=10;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444824;STB=0.523796;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00401547;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:25:10:1:0:25:10:1:0 chr12 58026001 . G A 184.32 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0202935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7537;QD=18.4324;RBI=0.0419511;REFB=-0.0439735;REVB=-0.0367161;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135478;STB=0.576395;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0467806;OID=.;OPOS=58026001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:12:7:5:16:12:7:5:16 chr12 58112189 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00650773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.194;QD=18.3452;RBI=0.00675543;REFB=-0.021379;REVB=-0.00181252;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978135;STB=0.555916;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0215472;OID=.;OPOS=58112189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:7:11:12:5:7:11 chr12 58119364 . A AG 31.47 PASS AF=0.166667;AO=13;DP=68;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.000982663;FXX=0.0149231;HRUN=0;LEN=1;MLLD=101.254;QD=1.90739;RBI=0.0797938;REFB=-0.0017988;REVB=-0.0797878;RO=53;SAF=10;SAR=3;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165219;STB=0.832593;STBP=0.042;TYPE=ins;VARB=0.0885111;OID=.;OPOS=58119365;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:13:68:11:66:55:10:1:34:21:31:53:10:3:35:18 chr12 58152948 . C T 579.73 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00127161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.669;QD=24.6693;RBI=0.0013181;REFB=-0.0169012;REVB=-0.000346985;RO=40;SAF=24;SAR=29;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221141;STB=0.516857;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0142531;OID=.;OPOS=58152948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:41:53:53:0.56383:29:24:17:23:29:24:17:24 chr12 58157485 . TG T 44.58 PASS AF=0.48;AO=7;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0576092;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.79769;QD=7.13233;RBI=0.129255;REFB=-0.107749;REVB=-0.115707;RO=12;SAF=7;SAR=0;SRF=10;SRR=2;SSEN=0.673077;SSEP=0;SSSB=0.707383;STB=0.562401;STBP=0.615;TYPE=del;VARB=0.103971;OID=.;OPOS=58157486;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:7:25:12:25:13:8:4:10:3:44:12:7:0:10:2 chr12 58174306 . T C 161.56 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0252613;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.938;QD=10.258;RBI=0.0319305;REFB=-0.00159489;REVB=0.0195301;RO=41;SAF=5;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310223;STB=0.677784;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00369949;OID=.;OPOS=58174306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:41:42:21:21:0.333333:16:5:20:21:16:5:20:22 chr12 58176614 . T C 373.03 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.108424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.775;QD=37.3025;RBI=0.134905;REFB=0.00692137;REVB=-0.0802718;RO=10;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201849;STB=0.609723;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00639731;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:10:10:30:30:0.75:19:11:8:2:19:11:8:2 chr12 58204283 . T C 950.73 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.5434;QD=58.5066;RBI=0.130586;REFB=0;REVB=-0.0104456;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000460173;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr12 58220809 . G C 37.86 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0528441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.272;QD=1.74068;RBI=0.0536907;REFB=-0.00212097;REVB=-0.00949706;RO=77;SAF=6;SAR=3;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866418;STB=0.561842;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0251978;OID=.;OPOS=58220809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:77:78:9:9:0.103448:3:6:46:31:3:6:47:31 chr12 58220816 . A G 37.85 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0106309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.428;QD=1.74044;RBI=0.0149057;REFB=0.0010532;REVB=0.0104482;RO=78;SAF=6;SAR=3;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803063;STB=0.561842;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00337507;OID=.;OPOS=58220816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:78:78:9:9:0.103448:3:6:47:31:3:6:47:31 chr12 58220823 . C T 43.9 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.00270578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.877;QD=1.97303;RBI=0.00809807;REFB=-0.000642109;REVB=-0.00763266;RO=79;SAF=7;SAR=3;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135352;STB=0.601753;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00774285;OID=.;OPOS=58220823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:79:79:10:10:0.11236:3:7:47:32:3:7:47:32 chr12 58220841 . C T 66.22 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.018725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.892;QD=2.97598;RBI=0.0303935;REFB=-0.00637334;REVB=-0.0239403;RO=72;SAF=10;SAR=3;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241933;STB=0.683289;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0206731;OID=.;OPOS=58220841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:72:76:13:13:0.146067:3:10:43:29:3:10:44:32 chr12 58220844 . C T 68.04 PASS AF=0.151163;AO=13;DP=86;FAO=13;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=0.0508496;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4387;QD=3.16478;RBI=0.0795738;REFB=0.0125906;REVB=0.0612072;RO=73;SAF=10;SAR=3;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235254;STB=0.674556;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0552013;OID=.;OPOS=58220844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:86:86:73:73:13:13:0.151163:3:10:44:29:3:10:43:30 chr12 58240210 . G T 30.36 PASS AF=0.0645161;AO=12;DP=186;FAO=12;FDP=186;FR=.;FRO=174;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=114;FWDB=-0.00472865;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.117;QD=0.653001;RBI=0.00903457;REFB=-0.00070246;REVB=-0.00769827;RO=173;SAF=8;SAR=4;SRF=59;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337886;STB=0.775924;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0172565;OID=.;OPOS=58240210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:186:186:173:174:12:12:0.0645161:4:8:59:114:4:8:60:114 chr12 58335626 . A T 622.53 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00239922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.771;QD=21.4666;RBI=0.00328069;REFB=-0.0235775;REVB=0.00223756;RO=54;SAF=34;SAR=28;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254885;STB=0.513993;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.026459;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:54:62:62:0.534483:28:34:28:26:28:34:28:26 chr12 58350631 . C T 515.25 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0111505;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0882;QD=18.9081;RBI=0.0243677;REFB=-0.0162541;REVB=-0.0216668;RO=54;SAF=26;SAR=28;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135237;STB=0.578343;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.01735;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:54:55:54:54:0.495413:28:26:18:36:28:26:18:37 chr12 59197107 . G A 291.26 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=75;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.000695593;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.237;QD=16.1812;RBI=0.0233962;REFB=0.00787762;REVB=-0.0233859;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287321;STB=0.558787;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00677342;OID=.;OPOS=59197107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:35:40:31:32:0.444444:16:15:18:17:17:15:23:17 chr12 59313248 . G A 378.21 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0112679;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.82;QD=18.6771;RBI=0.0125725;REFB=0.0022579;REVB=0.00557696;RO=43;SAF=17;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497464;STB=0.521116;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00228478;OID=.;OPOS=59313248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:43:42:39:39:0.481481:22:17:21:22:22:17:20:22 chr12 59313936 . T G 79.74 PASS AF=0.75;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0734263;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.86;QD=26.5804;RBI=0.0737107;REFB=-0.0232047;REVB=-0.00646857;RO=3;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198601;STB=0.615086;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00698544;OID=.;OPOS=59313936;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:13:12:3:3:9:9:0.75:8:1:1:2:8:1:1:2 chr12 60127590 . A T 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0125165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.411;QD=22.3968;RBI=0.0127928;REFB=-0.00436622;REVB=0.00264463;RO=23;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678905;STB=0.538022;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00430737;OID=.;OPOS=60127590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:16:9:10:13:16:9:10:13 chr12 60161941 . G GA 177.19 PASS AF=0.566038;AO=26;DP=54;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0712881;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.0219;QD=13.3725;RBI=0.0852095;REFB=0.035137;REVB=0.0466761;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471213;STB=0.518649;STBP=0.786;TYPE=ins;VARB=-0.0273847;OID=.;OPOS=60161942;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566038:26:54:30:53:23:13:17:9:14:99:23:11:15:11:12 chr12 60173356 . A T 246.96 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0829591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.858;QD=24.6963;RBI=0.0837744;REFB=-0.000117024;REVB=0.011659;RO=16;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452342;STB=0.509969;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0010391;OID=.;OPOS=60173356;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:13:10:6:10:13:10:7:10 chr12 60735645 . A G 479.65 PASS AF=0.541176;AO=44;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0165907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.77;QD=22.5716;RBI=0.0189604;REFB=-0.022983;REVB=0.00917838;RO=40;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593076;STB=0.524291;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0192743;OID=.;OPOS=60735645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:40:39:44:46:0.541176:25:19:20:20:26:20:19:20 chr12 62114671 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9835;QD=53.2769;RBI=0.0408686;REFB=0;REVB=-0.0222696;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152803;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr12 62261186 . C T 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0111368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.583;QD=24.9761;RBI=0.011288;REFB=-0.0373373;REVB=0.00184145;RO=20;SAF=11;SAR=22;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191401;STB=0.615313;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0168451;OID=.;OPOS=62261186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:21:33:33:0.611111:22:11:12:8:22:11:13:8 chr12 62810962 . G A 467.03 PASS AF=0.382353;AO=37;DP=120;FAO=52;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0111848;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.738;QD=13.7363;RBI=0.0217328;REFB=-0.00357039;REVB=0.0186337;RO=52;SAF=9;SAR=28;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257726;STB=0.549706;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00698068;OID=.;OPOS=62810962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:136:52:83:37:52:0.382353:28:9:24:28:34:18:35:48 chr12 62894636 . T A 2668.49 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.186;QD=62.0578;RBI=0.0372048;REFB=0;REVB=0.0232296;RO=0;SAF=68;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141193;OID=.;OPOS=62894636;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:172:0:0:171:172:1:103:68:0:0:104:68:0:0 chr12 62986998 . T C 396.6 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0198609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.794;QD=17.8246;RBI=0.0216523;REFB=-0.0205179;REVB=-0.00862359;RO=48;SAF=23;SAR=18;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177953;STB=0.599301;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0215727;OID=.;OPOS=62986998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:18:23:18:30:18:23:18:30 chr12 63359168 . G A 654.55 PASS AF=0.449664;AO=67;DP=149;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.00612596;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.882;QD=17.5717;RBI=0.0086603;REFB=-0.00615696;REVB=-0.00612155;RO=81;SAF=33;SAR=34;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255567;STB=0.517519;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00761469;OID=.;OPOS=63359168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:81:82:67:67:0.449664:34:33:42:39:34:33:43:39 chr12 63359409 . C A 247.5 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00306055;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.552;QD=18.0003;RBI=0.109857;REFB=-0.0235587;REVB=-0.109814;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264073;STB=0.63542;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0343495;OID=.;OPOS=63359409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:28:27:27:0.490909:14:13:21:6:14:13:21:7 chr12 63359549 . ACTGCTG AAGGGTA,A 131.98 PASS AF=0.0789474,0.710526;AO=2,21;DP=25;FAO=3,27;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=2,17;FSAR=1,10;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0144921,-0.0399589;FXX=0.0499875;HRUN=1,1;LEN=6,6;MLLD=216.366,108.503;QD=13.8926;RBI=0.0408704,0.0694403;REFB=-0.00508069,-0.0007065;REVB=0.0382148,0.0567912;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.832302,0.595173;STBP=0.81,0.073;TYPE=mnp,del;VARB=0.0332176,0.0051286;OID=.,.;OPOS=63359550,63359550;OREF=CTGCTG,CTGCTG;OALT=AGGGTA,-;OMAPALT=AAGGGTA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0789474,0.710526:2,21:25:3,27:38:8:2,17:1,10:8:0:82:0:2,12:0,9:0:0 chr12 63954304 . T C 949.85 PASS AF=0.586207;AO=65;DP=145;FAO=85;FDP=145;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00993898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.137;QD=26.2026;RBI=0.021454;REFB=-0.0154681;REVB=-0.0190129;RO=55;SAF=19;SAR=46;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198338;STB=0.522046;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0130821;OID=.;OPOS=63954304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:55:60:65:85:0.586207:46:19:28:27:47:38:30:30 chr12 64062023 . A C 281.53 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0503033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.448;QD=17.3248;RBI=0.0503685;REFB=-0.00713313;REVB=-0.00256186;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277945;STB=0.645481;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0135305;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:14:17:8:25:14:17:9:25 chr12 64062052 . G A 308.4 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.000995829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.269;QD=18.4117;RBI=0.0133766;REFB=-0.00858554;REVB=-0.0133395;RO=32;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177144;STB=0.598851;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0112889;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:34:33:33:0.492537:13:20:13:19:13:20:14:20 chr12 64062065 . T C 332.88 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0119886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.432;QD=19.0216;RBI=0.027437;REFB=-0.0051886;REVB=-0.0246792;RO=35;SAF=22;SAR=13;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254834;STB=0.641735;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00637224;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:13:22:12:23:13:22:12:23 chr12 64472803 . A T 1659.21 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9599;QD=60.3348;RBI=0.0382566;REFB=0;REVB=0.0217774;RO=0;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306053;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:48:61:0:0:49:61:0:0 chr12 64519806 . T C 625.89 PASS AF=0.570093;AO=61;DP=106;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00260189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.905;QD=23.3976;RBI=0.00481127;REFB=-0.00745135;REVB=-0.00404704;RO=45;SAF=40;SAR=21;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836342;STB=0.541956;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00578758;OID=.;OPOS=64519806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:45:46:61:61:0.570093:21:40:25:20:21:40:26:20 chr12 64587633 . C A 834.95 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.37;QD=57.5825;RBI=0.0187082;REFB=0;REVB=0.0128697;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32977e-05;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:23:34:0:0:23:35:0:0 chr12 64609562 . C T 739.26 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.086;QD=54.7597;RBI=0.0293941;REFB=-0.174095;REVB=0.0274518;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000993889;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:27:26:1:0:27:26:1:0 chr12 64669090 . C A 3630.46 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401829;FXX=0.00431016;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8856;QD=62.8651;RBI=0.0957988;REFB=0.0291057;REVB=-0.0869641;RO=1;SAF=144;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544595;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00067904;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:232:231:1:0:231:231:1:87:144:0:1:87:144:0:0 chr12 64712511 . A G 1253.59 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336226;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.16;QD=60.4141;RBI=0.0369639;REFB=-0.117592;REVB=0.0153574;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114108;STB=0.506023;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000267119;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:82:82:0.987952:41:41:1:0:41:41:1:0 chr12 64712546 . A AGTT 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0272069;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=218.189;QD=14.8342;RBI=0.0338442;REFB=-0.0166746;REVB=0.0201299;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269658;STB=0.653841;STBP=0.068;TYPE=ins;VARB=0.0271933;OID=.;OPOS=64712547;OREF=-;OALT=GTT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:22:52:22:52:30:8:14:19:11:99:30:8:14:19:11 chr12 64746833 . C T 202.78 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00469209;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.73;QD=20.7979;RBI=0.0169284;REFB=-0.011608;REVB=-0.0162651;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228507;STB=0.643095;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00781971;OID=.;OPOS=64746833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:19:20:20:0.512821:14:6:10:8:14:6:11:8 chr12 64803798 . A C 308.24 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.01422;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.974;QD=18.1316;RBI=0.0209583;REFB=-0.00776634;REVB=0.0153962;RO=36;SAF=13;SAR=20;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126565;STB=0.57757;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00665509;OID=.;OPOS=64803798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:35:33:33:0.485294:20:13:19:17:20:13:19:16 chr12 65108160 . G C 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.272;QD=64.412;RBI=0.0289827;REFB=0;REVB=0.00561517;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25775e-05;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr12 65146532 . C T 1212.47 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0695678;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.337;QD=61.3908;RBI=0.0701475;REFB=0;REVB=-0.00899953;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026099;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:47:31:0:0:47:32:0:0 chr12 65150485 . C T 814.9 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2378;QD=56.1996;RBI=0.0760876;REFB=0;REVB=0.0759344;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127138;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:29:29:0:0 chr12 65332874 . G A 32.73 PASS AF=0.315789;AO=4;DP=18;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.012848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.475;QD=6.8913;RBI=0.0155164;REFB=0.00785134;REVB=0.00869998;RO=7;SAF=0;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.668993;STB=0.640492;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.047819;OID=.;OPOS=65332874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:18:19:7:13:4:6:0.315789:4:0:2:5:5:1:4:9 chr12 65514266 . T C 1330.51 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5132;QD=61.1727;RBI=0.0779186;REFB=-0.0502092;REVB=0.046365;RO=1;SAF=37;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126324;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106015;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:87:87:1:0:86:87:1:49:37:1:0:49:38:0:0 chr12 65563754 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0350103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.181;QD=14.6525;RBI=0.0357137;REFB=-0.00884434;REVB=0.00705341;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392076;STB=0.739831;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00954152;OID=.;OPOS=65563754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:2:3:1:5:2:3 chr12 65857555 . T A 233.54 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0195403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.122;QD=15.067;RBI=0.0200405;REFB=-0.0364764;REVB=-0.00444962;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00117844;STB=0.546185;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0462679;OID=.;OPOS=65857555;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:62:29:35:27:27:0.435484:14:13:14:15:14:13:14:21 chr12 66358347 . C T 1434.38 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4606;QD=63.0498;RBI=0.0552531;REFB=0;REVB=0.00103904;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231381;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:52:39:0:0:52:39:0:0 chr12 66359752 . C A 1453.66 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.443;QD=63.2024;RBI=0.0351955;REFB=0;REVB=0.0348746;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64721e-05;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:89:92:1:46:43:0:0:47:45:0:0 chr12 66546100 . A G 466.29 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0117582;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.027;QD=53.2907;RBI=0.0595248;REFB=-0.039071;REVB=-0.058352;RO=2;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00161671;STB=0.500866;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000191161;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:17:16:1:1:17:16:1:1 chr12 66605228 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.29;QD=64.4152;RBI=0.038672;REFB=0;REVB=0.00258779;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218262;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr12 66725160 . C T 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.804;QD=63.6144;RBI=0.0174506;REFB=0;REVB=-0.0153733;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86392e-06;OID=.;OPOS=66725160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr12 66725202 . C T 613.72 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00772195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.336;QD=26.1159;RBI=0.0385763;REFB=-0.0354348;REVB=0.0377956;RO=37;SAF=19;SAR=36;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18975;STB=0.614975;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0312766;OID=.;OPOS=66725202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:39:55:55:0.585106:36:19:22:15:36:19:24:15 chr12 66731864 . C A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.628;QD=62.022;RBI=0.0545517;REFB=0;REVB=0.0298197;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145843;OID=.;OPOS=66731864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr12 66739539 . A G 1190.44 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.198;QD=61.048;RBI=0.00673042;REFB=0;REVB=-0.000762913;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37658e-05;OID=.;OPOS=66739539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:29:48:0:0:30:48:0:0 chr12 66786091 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=18;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000533239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.499;QD=56.7065;RBI=0.0376324;REFB=0;REVB=0.0376286;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259499;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:18:29:1:16:2:0:0:16:13:0:0 chr12 66814487 . C A 328.7 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0188979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.949;QD=15.4683;RBI=0.0189132;REFB=-0.00573616;REVB=-0.000761743;RO=49;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387829;STB=0.521898;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00832526;OID=.;OPOS=66814487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:17:19:24:25:17:19:24:25 chr12 68052178 . G T 395.71 PASS AF=0.660714;AO=26;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00747966;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.621;QD=28.2649;RBI=0.0215845;REFB=-0.0266011;REVB=0.0202471;RO=15;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294822;STB=0.551971;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.023841;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:15:19:26:37:0.660714:15:11:7:8:23:14:10:9 chr12 68052685 . GTTTT GTTTA,GTTT 69.33 PASS AF=0.1,0.225;AO=4,6;DP=40;FAO=4,9;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4,7;FSAR=0,2;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.0266518,-0.08675;FXX=0.0243843;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=244.878,12.5661;QD=6.93306;RBI=0.031934,0.193768;REFB=0.00177034,0.00930416;REVB=0.0175915,0.173264;RO=23;SAF=4,5;SAR=0,1;SRF=5;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749845,0.641684;STB=0.998549,0.874375;STBP=0.001,0.048;TYPE=snp,del;VARB=0.0507556,-0.0996605;OID=.,.;OPOS=68052689,68052686;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GTTTA,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.1,0.225:4,6:40:4,9:40:27:4,7:0,2:5:22:43:23:4,5:0,1:5:18 chr12 68595787 . A G 751.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256131;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.881;QD=63.9754;RBI=0.0348575;REFB=0;REVB=0.0236435;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42532e-05;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr12 68708761 . C T 398.8 PASS AF=0.540541;AO=37;DP=72;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.00481134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.682;QD=21.557;RBI=0.00817978;REFB=-0.0275637;REVB=0.00661512;RO=33;SAF=24;SAR=13;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105704;STB=0.559971;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0255451;OID=.;OPOS=68708761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:33:34:37:40:0.540541:13:24:25:8:14:26:26:8 chr12 68720627 . G A 684.96 PASS AF=0.422222;AO=73;DP=179;FAO=76;FDP=180;FR=.;FRO=104;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=-0.0156819;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.24;QD=15.2213;RBI=0.0163027;REFB=-0.0159548;REVB=0.00445609;RO=103;SAF=29;SAR=44;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838073;STB=0.550885;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0258682;OID=.;OPOS=68720627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:103:104:73:76:0.422222:44:29:49:54:46:30:50:54 chr12 68724951 . G T 701.43 PASS AF=0.477419;AO=74;DP=156;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.00249411;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.692;QD=18.1013;RBI=0.0049054;REFB=-0.00975547;REVB=0.00422402;RO=81;SAF=35;SAR=39;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546775;STB=0.530234;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00980503;OID=.;OPOS=68724951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:81:81:74:74:0.477419:39:35:43:38:39:35:43:38 chr12 69042495 . A G 276.2 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0621806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2398;QD=15.7826;RBI=0.0697058;REFB=-0.0159319;REVB=0.0315035;RO=39;SAF=10;SAR=21;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291732;STB=0.664697;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0208529;OID=.;OPOS=69042495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:21:10:24:15:21:10:24:15 chr12 69186904 . G A 370.18 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0112122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.608;QD=30.2185;RBI=0.0165017;REFB=-0.00246903;REVB=-0.0121075;RO=17;SAF=14;SAR=17;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123612;STB=0.517869;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00119386;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:18:31:31:0.632653:17:14:8:9:17:14:9:9 chr12 69187427 . T A,G 629.22 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=37,4;DP=41;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127606,0.0182375;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.496,162.291;QD=59.9254;RBI=0.0134773,0.029406;REFB=0,0;REVB=0.0043362,-0.0230675;RO=0;SAF=18,0;SAR=19,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.68991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000501952,0.237706;OID=.,.;OPOS=69187427,69187427;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:41:42:0:0:37,4:40,2:0.952381,0.047619:19,4:18,0:0:0:22,2:18,0:0:0 chr12 69187585 . G GA 921.06 PASS AF=1;AO=73;DP=78;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207301;FXX=0.0512755;HRUN=0;LEN=1;MLLD=68.8487;QD=49.7871;RBI=0.039342;REFB=0;REVB=-0.0334373;RO=1;SAF=32;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000234863;OID=.;OPOS=69187586;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:78:74:74:0:32:42:0:0:16:1:32:41:1:0 chr12 69265578 . A G 403.67 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.0117763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.601;QD=14.9508;RBI=0.0252415;REFB=-0.0233368;REVB=-0.022326;RO=61;SAF=18;SAR=28;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279783;STB=0.66031;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0214247;OID=.;OPOS=69265578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:61:62:46:46:0.425926:28:18:41:20:28:18:42:20 chr12 69645864 . A G 77.48 PASS AF=0.409091;AO=7;DP=20;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0095586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.652;QD=14.087;RBI=0.0372785;REFB=-0.0132891;REVB=-0.0360322;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518477;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0315778;OID=.;OPOS=69645864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:20:22:7:11:7:9:0.409091:6:1:1:6:6:3:4:7 chr12 69646914 . G A 147.86 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0132792;FXX=0.0512689;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.312;QD=15.9844;RBI=0.0134222;REFB=-0.0144516;REVB=0.00195364;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0062308;STB=0.503593;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.020668;OID=.;OPOS=69646914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:8:13:10:6:8:13 chr12 69746086 . T C 31.36 PASS AF=0.121212;AO=5;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=0.00413071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.578;QD=1.9004;RBI=0.0621214;REFB=-0.00425025;REVB=-0.0619839;RO=52;SAF=5;SAR=0;SRF=41;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477346;STB=0.579645;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0284628;OID=.;OPOS=69746086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:66:66:52:58:5:8:0.121212:0:5:41:11:3:5:41:17 chr12 69794856 . G A 811.24 PASS AF=0.897059;AO=61;DP=68;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0115325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1262;QD=47.7198;RBI=0.0450937;REFB=-0.0733248;REVB=-0.0435941;RO=6;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806806;STB=0.534421;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0538006;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:68:68:6:7:61:61:0.897059:32:29:0:6:32:29:1:6 chr12 69972381 . G A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0388199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.275;QD=7.32277;RBI=0.0409411;REFB=0.0159658;REVB=-0.0130074;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331207;STB=0.709008;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0770774;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:9:5:4:2:9:5 chr12 69986788 . A G 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0279321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.455;QD=19.6662;RBI=0.0285626;REFB=-0.0161959;REVB=0.00596843;RO=32;SAF=12;SAR=22;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880272;STB=0.504889;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0136013;OID=.;OPOS=69986788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:22:12:11:21:22:12:11:21 chr12 70091432 . T C 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.998;QD=63.576;RBI=0.0762654;REFB=0;REVB=0.0737159;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258452;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr12 70209464 . CAAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAACAAA,CAAAAAAAAACAAAC 305.51 PASS AF=0.537037,0,0.407407,0.0555556;AO=7,7,6,2;DP=55;FAO=29,0,22,3;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0,11,2;FSAR=22,0,11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.977238,-0.510532,-0.114993,-0.10584;FXX=0.0357079;HRUN=14,14,14,14;LEN=1,2,1,5;MLLD=2.89963,5.23738,209.059,213.006;QD=22.6303;RBI=0.979655,0.511749,0.116055,0.106929;REFB=0.183005,0.197614,0.00904769,0.0118193;REVB=0.0687706,0.0352762,0.015667,0.0152216;RO=7;SAF=0,1,4,2;SAR=7,6,2,0;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.733671,0,0.439131,0.732272;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=-0.285717,-0.161603,0.0373963,0.0419731;OID=.,.,.,.;OPOS=70209465,70209465,70209475,70209474;OREF=A,AA,A,AAAAA;OALT=-,-,C,CAAAC;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAACAAA,CAAAAAAAAACAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.537037,0,0.407407,0.0555556:7,7,6,2:55:29,0,22,3:54:0:7,0,11,2:22,0,11,1:0:0:99:7:0,1,4,2:7,6,2,0:1:6 chr12 70321450 . C T 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.513;QD=57.8246;RBI=0.0155275;REFB=-0.000424859;REVB=-0.00397926;RO=1;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164445;STB=0.508767;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=2.28481e-05;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:28:10:0:1:28:10:0:1 chr12 70330087 . A G 1061.66 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.642;QD=59.812;RBI=0.0360972;REFB=0;REVB=0.0271726;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88734e-05;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:30:40:0:0:31:40:0:0 chr12 70351684 . C A 235.8 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00471488;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.22;QD=24.1844;RBI=0.00502053;REFB=-0.00944444;REVB=-0.00172502;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167275;STB=0.592515;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00796565;OID=.;OPOS=70351684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:17:22:22:0.564103:14:8:3:14:14:8:3:14 chr12 70352021 . C T 544.36 PASS AF=0.487179;AO=58;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00106199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.749;QD=18.6106;RBI=0.0311445;REFB=-0.0225861;REVB=-0.0311264;RO=59;SAF=34;SAR=24;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118087;STB=0.557951;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0207807;OID=.;OPOS=70352021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:60:58:57:0.487179:24:34:27:32:24:33:28:32 chr12 70912510 . C T 1695.28 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.676;QD=60.5458;RBI=0.0239228;REFB=0;REVB=0.0130092;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1807e-05;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:55:56:0:0:56:56:0:0 chr12 70928616 . G A 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0308615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.752;QD=16.9852;RBI=0.031205;REFB=0.00176054;REVB=0.0046173;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338451;STB=0.518977;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00194753;OID=.;OPOS=70928616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:18:18:23:20:18:18:23:20 chr12 70928724 . A G 936.44 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.326;QD=58.5273;RBI=0.0207012;REFB=0;REVB=0.0185415;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17565e-05;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:36:27:0:0:37:27:0:0 chr12 70953277 . T C 809.54 PASS AF=0.525974;AO=81;DP=155;FAO=81;FDP=154;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0213589;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.151;QD=21.0271;RBI=0.0256384;REFB=-0.0109964;REVB=0.0141819;RO=73;SAF=27;SAR=54;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134767;STB=0.574055;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00777872;OID=.;OPOS=70953277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:73:73:81:81:0.525974:54:27:35:38:54:27:35:38 chr12 70965764 . G A 316.88 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00751565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.015;QD=15.2712;RBI=0.00916091;REFB=0.0113253;REVB=0.00523806;RO=48;SAF=19;SAR=16;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439592;STB=0.524848;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00901097;OID=.;OPOS=70965764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:16:19:24:24:16:19:24:24 chr12 70989977 . T C 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0116098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.736;QD=16.9851;RBI=0.0212607;REFB=-0.0106107;REVB=0.017811;RO=43;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156986;STB=0.508804;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0140739;OID=.;OPOS=70989977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:19:17:21:22:19:17:21:22 chr12 71002865 . T A 500.99 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.0156271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.678;QD=17.1277;RBI=0.0158937;REFB=-0.00839867;REVB=-0.0028986;RO=63;SAF=29;SAR=25;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127776;STB=0.570898;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00676675;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:25:29:42:21:25:29:42:21 chr12 71002893 . C T 728.73 PASS AF=0.546875;AO=70;DP=128;FAO=70;FDP=128;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.0334038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3791;QD=22.7729;RBI=0.0688813;REFB=-0.0127279;REVB=0.0602397;RO=58;SAF=34;SAR=36;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140011;STB=0.576491;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00926331;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:58:58:70:70:0.546875:36:34:38:20:36:34:38:20 chr12 71029733 . C T 1207.68 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0171;QD=61.1483;RBI=0.015865;REFB=0;REVB=-0.0149546;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.46107e-05;OID=.;OPOS=71029733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:43:35:0:0:43:36:0:0 chr12 71054946 . C A 1607.07 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.04;QD=64.2829;RBI=0.0278175;REFB=0;REVB=0.0141487;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116431;OID=.;OPOS=71054946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:55:45:0:0:55:45:0:0 chr12 71139664 . T C 1718.24 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.852;QD=59.7647;RBI=0.0609397;REFB=0;REVB=0.0602481;RO=0;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010054;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:115:0:0:113:115:1:61:52:0:0:63:52:0:0 chr12 71509652 . T A 905.46 PASS AF=0.478947;AO=91;DP=189;FAO=91;FDP=190;FR=.;FRO=99;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=59;FSRR=40;FWDB=0.00286075;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5837;QD=19.0623;RBI=0.0416149;REFB=-0.00931694;REVB=-0.0415165;RO=97;SAF=40;SAR=51;SRF=59;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156956;STB=0.581062;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0118379;OID=.;OPOS=71509652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:97:99:91:91:0.478947:51:40:59:38:51:40:59:40 chr12 71519096 . G C 320.1 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0249893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.607;QD=16.005;RBI=0.0422793;REFB=-0.0264182;REVB=-0.0341038;RO=45;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177465;STB=0.599943;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0405424;OID=.;OPOS=71519096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:14:21:19:26:14:21:19:26 chr12 71523134 . A C 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0230544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.896;QD=12.0838;RBI=0.0239623;REFB=-0.0110533;REVB=-0.00653352;RO=30;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106637;STB=0.563171;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0210445;OID=.;OPOS=71523134;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:11:5:12:18:11:5:12:18 chr12 71532922 . A C 77.36 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=85;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0229829;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.35;QD=3.72839;RBI=0.0232517;REFB=-0.00823199;REVB=0.0035259;RO=71;SAF=6;SAR=8;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115786;STB=0.577209;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0452676;OID=.;OPOS=71532922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:85:83:71:69:14:14:0.168675:8:6:37:34:8:6:36:33 chr12 71533534 . C G 590.07 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.00854698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.815;QD=18.585;RBI=0.0208386;REFB=-0.00820787;REVB=-0.0190052;RO=66;SAF=36;SAR=25;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224235;STB=0.623972;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00733236;OID=.;OPOS=71533534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:66:61:61:0.480315:25:36:23:43:25:36:23:43 chr12 71533622 . C T 240.63 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00992501;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.754;QD=19.2504;RBI=0.0108481;REFB=-0.0134617;REVB=-0.00437903;RO=23;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219162;STB=0.625315;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.01493;OID=.;OPOS=71533622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:23:25:25:25:0.5:17:8:13:10:17:8:14:11 chr12 71960208 . G A 893.27 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124222;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.097;QD=58.5749;RBI=0.0117319;REFB=0;REVB=-0.011666;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294977;OID=.;OPOS=71960208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr12 72018028 . A G 551.45 PASS AF=0.544554;AO=54;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0961664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9634;QD=21.8394;RBI=0.100403;REFB=-0.0224717;REVB=0.0288568;RO=47;SAF=27;SAR=27;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450124;STB=0.533801;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.019401;OID=.;OPOS=72018028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:46:54:55:0.544554:27:27:21:26:27:28:20:26 chr12 72071045 . A G 952.43 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=68;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00974477;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.312;QD=57.7233;RBI=0.00992727;REFB=-0.0695441;REVB=0.00189479;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165689;STB=0.508472;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-2.06792e-05;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:66:1:1:64:65:0.984848:28:36:0:1:29:36:0:1 chr12 72164395 . C T 918.6 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5159;QD=58.3235;RBI=0.0581505;REFB=0;REVB=-0.0375295;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1807e-05;OID=.;OPOS=72164395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:36:26:0:0:36:27:0:0 chr12 72307616 . A G 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1011;QD=57.6746;RBI=0.0166986;REFB=0;REVB=-0.011893;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000464637;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr12 72416235 . A T 601.92 PASS AF=0.512605;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.013389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.339;QD=20.2326;RBI=0.015053;REFB=-0.0150072;REVB=0.00687963;RO=57;SAF=31;SAR=30;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159049;STB=0.512816;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0113036;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:58:61:61:0.512605:30:31:30:27:30:31:31:27 chr12 73058186 . G A 2373.39 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0048506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.198;QD=63.2904;RBI=0.00699121;REFB=-0.0872544;REVB=0.00503475;RO=0;SAF=71;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000153714;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:0:1:149:149:0.993333:78:71:0:0:78:71:1:0 chr12 74932159 . G C 1227.5 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.425;QD=61.3752;RBI=0.0203346;REFB=0;REVB=0.0188428;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02609e-05;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:41:39:0:0 chr12 74932327 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0224721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.492;QD=8.69137;RBI=0.028332;REFB=-0.00637684;REVB=-0.0172542;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429261;STB=0.764058;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0103228;OID=.;OPOS=74932327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:11:6:6:2:11:6 chr12 74932565 . T C 970.56 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.032228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1419;QD=57.0916;RBI=0.033643;REFB=-0.161174;REVB=-0.00965441;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129446;STB=0.506665;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00329372;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:66:67:0.985294:36:30:0:1:37:30:0:1 chr12 74933166 . G A 1287.36 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.476;QD=60.5817;RBI=0.0274596;REFB=-0.0641378;REVB=0.00256863;RO=1;SAF=44;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106442;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00185391;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:40:44:1:0:40:44:1:0 chr12 74934634 . G A 483.79 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.881;QD=58.6414;RBI=0.0192327;REFB=0;REVB=0.0190487;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72614e-05;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:11:21:0:0:12:21:0:0 chr12 74934637 . T C 435.87 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00938365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.668;QD=54.4834;RBI=0.00939024;REFB=-0.0971892;REVB=0.000351932;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000457442;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:1:0:11:20:1:0 chr12 74934743 . G T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0174203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.772;QD=17.4545;RBI=0.0175235;REFB=-0.00329727;REVB=0.00189847;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118576;STB=0.506662;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00340991;OID=.;OPOS=74934743;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:9:18:19:10:9:18:19:10 chr12 74934909 . AGTGTGTGTGTGTGTGTA AGTGTGTGTA,AGTGTGTGTATGTGTGTG 63.29 PASS AF=0.259259,0.0740741;AO=6,4;DP=32;FAO=7,2;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2,0;FSAR=5,2;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0191975,-0.110468;FXX=0.156201;HRUN=1,1;LEN=8,9;MLLD=182.425,145.718;QD=9.37656;RBI=0.0377867,0.120936;REFB=-0.0250788,-0.0311704;REVB=-0.0325467,-0.0492173;RO=16;SAF=2,0;SAR=4,4;SRF=2;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.314748,-0.571394;STB=0.677033,0.991056;STBP=0.443,0.481;TYPE=del,mnp;VARB=0.0478407,0.117949;OID=.,.;OPOS=74934910,74934918;OREF=GTGTGTGT,GTGTGTGTA;OALT=-,ATGTGTGTG;OMAPALT=AGTGTGTGTA,AGTGTGTGTATGTGTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259,0.0740741:6,4:32:7,2:27:18:2,0:5,2:2:16:48:16:2,0:4,4:2:14 chr12 75715330 . C A 533.97 PASS AF=0.527778;AO=45;DP=96;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0275066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.065;QD=19.7766;RBI=0.0323537;REFB=-0.0302836;REVB=-0.0170337;RO=47;SAF=22;SAR=23;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781001;STB=0.569434;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0237036;OID=.;OPOS=75715330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:108:47:51:45:57:0.527778:23:22:19:28:23:34:23:28 chr12 75796803 . T TA 263.17 PASS AF=0.451613;AO=43;DP=95;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0202826;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.6363;QD=11.3189;RBI=0.0353696;REFB=-0.0127245;REVB=-0.0289762;RO=51;SAF=30;SAR=13;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268849;STB=0.672992;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0145653;OID=.;OPOS=75796804;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:43:95:42:93:51:30:12:21:30:99:51:30:13:22:29 chr12 75824460 . T C 461.29 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0218813;FXX=0.0092584;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.892;QD=17.2444;RBI=0.0218824;REFB=-0.0109149;REVB=-0.00021897;RO=57;SAF=23;SAR=27;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371807;STB=0.502069;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0129868;OID=.;OPOS=75824460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:57:57:50:50:0.46729:27:23:26:31:27:23:26:31 chr12 75893381 . CAA C 292.95 PASS AF=0.519481;AO=38;DP=78;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0152386;FXX=0.0253133;HRUN=3;LEN=2;MLLD=41.6789;QD=15.2181;RBI=0.0153389;REFB=-0.0243327;REVB=-0.00175194;RO=36;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243561;STB=0.518509;STBP=0.756;TYPE=del;VARB=0.0223449;OID=.;OPOS=75893382;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.519481:38:78:40:77:37:19:21:19:18:99:36:19:19:19:17 chr12 75893388 . T A 1190.37 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.783;QD=61.0446;RBI=0.0541508;REFB=0;REVB=0.0541073;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156329;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr12 75893399 . T G 415.41 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0145787;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.692;QD=21.5795;RBI=0.021652;REFB=-0.0363034;REVB=-0.0160084;RO=32;SAF=19;SAR=22;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292274;STB=0.530106;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0316378;OID=.;OPOS=75893399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:32:36:41:41:0.532468:22:19:16:16:22:19:19:17 chr12 75893404 . C A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.972;QD=60.8833;RBI=0.0376013;REFB=0;REVB=0.0302852;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2217e-05;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr12 75893478 . CAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAAAG 415.31 PASS AF=0.25,0.75;AO=5,3;DP=43;FAO=10,30;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=8,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.882538,-0.0745519;FXX=0.0697512;HRUN=13,13;LEN=1,1;MLLD=3.01935,221.516;QD=41.5305;RBI=0.890111,0.0759287;REFB=-0.369504,-0.0881198;REVB=-0.115861,0.0143938;RO=0;SAF=0,1;SAR=5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.391847,0.0341632;OID=.,.;OPOS=75893479,75893486;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75:5,3:43:10,30:40:0:2,12:8,18:0:0:42:0:0,1:5,2:0:0 chr12 75900382 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=-0.0468152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.939;QD=13.576;RBI=0.0478546;REFB=0.00639056;REVB=-0.00991975;RO=19;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401401;STB=0.720726;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.030227;OID=.;OPOS=75900382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:12:1:0:19:12:1:0:19 chr12 75900588 . A G 465.0 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0252239;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.687;QD=18.4156;RBI=0.0254715;REFB=0.00239281;REVB=0.00354283;RO=52;SAF=19;SAR=30;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05253;STB=0.529177;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00267417;OID=.;OPOS=75900588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:52:52:49:49:0.485149:30:19:23:29:30:19:23:29 chr12 76351726 . C G 178.77 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0413597;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.004;QD=10.6731;RBI=0.0634302;REFB=-0.00179975;REVB=0.0480913;RO=44;SAF=9;SAR=14;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222781;STB=0.629708;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00517589;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:44:44:23:23:0.343284:14:9:26:18:14:9:26:18 chr12 76424937 . TTGCTGCTGCTGCTGC TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG 378.68 PASS AF=0.892857,0.107143;AO=24,3;DP=29;FAO=25,3;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724673,0.0617676;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=196.985,81.4869;QD=54.097;RBI=0.106025,0.0726946;REFB=0,0;REVB=0.0773941,-0.038331;RO=0;SAF=11,2;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00897404,0.0193342;OID=.,.;OPOS=76424938,76424952;OREF=TGC,C;OALT=-,G;OMAPALT=TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.892857,0.107143:24,3:29:25,3:28:0:11,2:14,1:0:0:14:0:11,2:13,1:0:0 chr12 76425476 . G A 678.45 PASS AF=0.496454;AO=67;DP=136;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0508412;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.9666;QD=19.2467;RBI=0.0906408;REFB=-0.025584;REVB=0.0750395;RO=68;SAF=35;SAR=32;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114083;STB=0.553159;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0252475;OID=.;OPOS=76425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:141:68:71:67:70:0.496454:32:35:27:41:34:36:29:42 chr12 76426110 . GGA G 279.53 PASS AF=0.62963;AO=33;DP=52;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00935698;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=225.8;QD=20.7059;RBI=0.0108805;REFB=-0.0361902;REVB=-0.00555273;RO=18;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15594;STB=0.576961;STBP=0.138;TYPE=del;VARB=0.0213726;OID=.;OPOS=76426111;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62963:33:52:34:54:20:15:19:13:7:99:18:14:19:12:6 chr12 76426877 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=376.652;QD=40.7629;RBI=0.00999576;REFB=0;REVB=-0.00408745;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61399e-05;OID=.;OPOS=76426877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr12 76427103 . GAC G 377.53 PASS AF=0.5;AO=36;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00934442;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.611;QD=19.3607;RBI=0.0149928;REFB=-0.000435568;REVB=-0.0117246;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612417;STB=0.525883;STBP=0.663;TYPE=del;VARB=0.00042628;OID=.;OPOS=76427104;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:36:77:39:78:39:18:21:16:23:99:37:17:19:15:22 chr12 76427547 . C CTTAAT 276.55 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170048;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=5;MLLD=316.294;QD=52.6754;RBI=0.0251417;REFB=0;REVB=0.0185187;RO=2;SAF=9;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.81117e-06;OID=.;OPOS=76427548;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=CTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:23:21:21:0:9:12:0:0:4:2:9:12:2:0 chr12 76449900 . T C 690.87 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0177494;FXX=0.0181785;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.3618;QD=51.1756;RBI=0.0181446;REFB=-0.21575;REVB=-0.0037661;RO=3;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226901;STB=0.520825;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0104028;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:3:2:51:52:0.962963:23:28:1:2:23:29:0:2 chr12 76453966 . G A 1245.85 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.142;QD=61.5236;RBI=0.0159829;REFB=0;REVB=-0.0126147;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09445e-05;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr12 76709606 . T C 222.23 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0054998;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.015;QD=12.0122;RBI=0.0397039;REFB=0.00193547;REVB=0.0393212;RO=39;SAF=17;SAR=10;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713057;STB=0.522783;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00291578;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:47:27:27:0.364865:10:17:27:12:10:17:28:19 chr12 76709610 . T C 230.02 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00488762;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.512;QD=11.6466;RBI=0.017111;REFB=-0.00892174;REVB=-0.0163981;RO=51;SAF=18;SAR=10;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418866;STB=0.524254;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0147238;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:51:51:28:28:0.35443:10:18:31:20:10:18:31:20 chr12 76746923 . G C 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00333696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.263;QD=19.7621;RBI=0.0057222;REFB=-0.00638141;REVB=-0.00464846;RO=23;SAF=18;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474022;STB=0.782363;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00806228;OID=.;OPOS=76746923;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:23:25:23:23:0.479167:5:18:6:17:5:18:6:19 chr12 77256681 . T G 244.29 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0164881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0856;QD=18.7914;RBI=0.0395062;REFB=-0.0167589;REVB=0.0359011;RO=24;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101745;STB=0.559224;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0164426;OID=.;OPOS=77256681;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:26:26:26:0.5:16:10:12:12:16:10:13:13 chr12 77417509 . G T 267.03 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0477995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.886;QD=11.363;RBI=0.0484717;REFB=-0.00112807;REVB=-0.00804438;RO=55;SAF=11;SAR=21;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128452;STB=0.542297;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00202248;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:62:32:32:0.340426:21:11:25:30:21:11:25:37 chr12 77438436 . T C 832.98 PASS AF=0.471429;AO=59;DP=136;FAO=66;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=51;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00013683;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.982;QD=23.7994;RBI=0.133313;REFB=-0.0191523;REVB=0.133312;RO=46;SAF=50;SAR=9;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341705;STB=0.613365;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00507869;OID=.;OPOS=77438436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:140:46:44:59:66:0.471429:9:50:25:21:15:51:24:20 chr12 77449790 . A G 2086.64 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00336149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.734;QD=61.8264;RBI=0.0103872;REFB=0.0538225;REVB=0.00982823;RO=1;SAF=61;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772858;STB=0.504064;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=4.10547e-06;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:135:1:1:133:134:0.992593:72:61:1:0:73:61:1:0 chr12 78225374 . A G 1332.64 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015097;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.93;QD=61.2706;RBI=0.0152037;REFB=-0.0905058;REVB=0.00179788;RO=1;SAF=36;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129782;STB=0.506848;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-6.15392e-06;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:50:36:1:0:50:36:1:0 chr12 78400884 . G A 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00905098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.116;QD=14.7347;RBI=0.0478791;REFB=0.0119371;REVB=-0.0470158;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102296;STB=0.557988;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00835532;OID=.;OPOS=78400884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:13:14:15:21:13:14:15:21 chr12 78530979 . G A 216.35 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00955725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.938;QD=22.1898;RBI=0.00961467;REFB=-0.0202903;REVB=-0.00104916;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748305;STB=0.529384;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0112223;OID=.;OPOS=78530979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:18:21:21:0.538462:14:7:4:12:14:7:5:13 chr12 78542699 . T C 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0108385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.946;QD=18.8279;RBI=0.0110229;REFB=-0.00463882;REVB=0.00200807;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10207;STB=0.558021;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00715764;OID=.;OPOS=78542699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:10:12:13:7:10:12 chr12 78598891 . G A 221.52 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0132638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.684;QD=12.3064;RBI=0.0198575;REFB=-0.0235191;REVB=-0.0147781;RO=45;SAF=18;SAR=9;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152721;STB=0.588168;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0370615;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:9:18:24:21:9:18:24:21 chr12 79611374 . C T 1441.26 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024647;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2996;QD=63.3522;RBI=0.0252729;REFB=0;REVB=-0.00558966;RO=0;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168575;OID=.;OPOS=79611374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:59:32:0:0:59:32:0:0 chr12 80014907 . A C,T 1649.2 PASS AF=0.530973,0.469027;AO=59,53;DP=113;FAO=60,53;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=33,19;FSAR=27,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166279,-0.00940153;FXX=0.0173898;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=162.502,192.403;QD=58.3788;RBI=0.0206092,0.0149994;REFB=0,0;REVB=0.020542,0.0116873;RO=0;SAF=32,19;SAR=27,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.96591e-08,-3.97342e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000731938,0.0127576;OID=.,.;OPOS=80014907,80014907;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:113:113:0:0:59,53:60,53:0.530973,0.469027:27,34:32,19:0:0:27,34:33,19:0:0 chr12 80613608 . G A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00792295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.247;QD=13.0886;RBI=0.00844142;REFB=0.00733982;REVB=-0.00291279;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194495;STB=0.613892;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0165195;OID=.;OPOS=80613608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:10:6:15:12:10:6:15:12 chr12 80712420 . G A 1162.92 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0169015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.25;QD=58.1458;RBI=0.0185703;REFB=-0.0600577;REVB=0.00769398;RO=2;SAF=38;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242587;STB=0.512817;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00146936;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:40:38:2:0:40:38:2:0 chr12 80735771 . T C 542.27 PASS AF=1;AO=30;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122124;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.534;QD=60.252;RBI=0.0137422;REFB=0;REVB=0.00630123;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06781e-05;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:30:36:1:10:20:0:0:12:24:0:0 chr12 80737521 . C T 1202.96 PASS AF=0.97619;AO=80;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0181947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.541;QD=57.284;RBI=0.0190314;REFB=-0.186727;REVB=0.00558085;RO=3;SAF=36;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378284;STB=0.513155;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00168296;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:84:84:3:2:80:82:0.97619:44:36:3:0:45:37:2:0 chr12 80747242 . A G 958.65 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0994087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.349;QD=57.2325;RBI=0.0998125;REFB=-0.144447;REVB=0.00896871;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0018811;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:38:28:0:0:38:28:1:0 chr12 80752660 . A G 985.21 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.118;QD=58.8185;RBI=0.0589207;REFB=0;REVB=-0.0062819;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105719;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:40:26:0:0:40:27:0:0 chr12 80761430 . G A 1061.37 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740686;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.572;QD=58.9647;RBI=0.00919065;REFB=0;REVB=0.00544118;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622213;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:68:72:1:40:28:0:0:44:28:0:0 chr12 80761465 . G A 1193.59 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000224609;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.0138;QD=61.2097;RBI=0.0383643;REFB=0;REVB=-0.0383636;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7158e-05;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:49:29:0:0:49:29:0:0 chr12 80765800 . A G 1134.94 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.682;QD=60.53;RBI=0.0100072;REFB=0;REVB=0.0036903;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90875e-06;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr12 80771813 . G A 1059.13 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.15;QD=59.6694;RBI=0.0426847;REFB=0;REVB=0.04266;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81242e-05;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr12 80816492 . C T 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.851;QD=59.8315;RBI=0.0709001;REFB=0;REVB=-0.0381568;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164445;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr12 80818876 . A G 2380.69 PASS AF=0.981481;AO=159;DP=162;FAO=159;FDP=162;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000770198;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5112;QD=58.7825;RBI=0.00751168;REFB=-0.175104;REVB=-0.00747209;RO=0;SAF=81;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509433;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00195634;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:162:162:0:3:159:159:0.981481:78:81:0:0:78:81:0:3 chr12 80889829 . T A 683.61 PASS AF=0.473684;AO=70;DP=149;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0108191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.662;QD=17.9896;RBI=0.0117435;REFB=-0.0105824;REVB=-0.00456687;RO=79;SAF=31;SAR=39;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124242;STB=0.504419;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0142465;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:79:80:70:72:0.473684:39:31:36:43:39:33:36:44 chr12 80899901 . C A 148.92 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00150376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.17;QD=16.0991;RBI=0.00293076;REFB=-0.022425;REVB=0.00251556;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123511;STB=0.574991;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0262901;OID=.;OPOS=80899901;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:19:20:15:17:0.459459:6:9:9:10:7:10:9:11 chr12 80900397 . C G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0167647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3531;QD=12.4555;RBI=0.0355604;REFB=-0.00814984;REVB=-0.0313606;RO=34;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088128;STB=0.550902;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00824175;OID=.;OPOS=80900397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:10:11:15:19:10:11:15:19 chr12 81191473 . G T 560.97 PASS AF=0.434783;AO=60;DP=138;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.00817421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.589;QD=16.2598;RBI=0.00900669;REFB=-0.0237156;REVB=0.00378191;RO=78;SAF=24;SAR=36;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166342;STB=0.592992;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0225701;OID=.;OPOS=81191473;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:78:78:60:60:0.434783:36:24:44:34:36:24:44:34 chr12 81329536 . A C 1040.9 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0520049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9405;QD=56.2651;RBI=0.0952801;REFB=-0.143442;REVB=0.079836;RO=3;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410635;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00671031;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:3:1:71:73:0.986486:33:38:0:3:35:38:0:1 chr12 81471954 . G C 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0670435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.306;QD=16.7556;RBI=0.0671183;REFB=-0.00460584;REVB=0.00316805;RO=26;SAF=18;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259855;STB=0.652038;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00611034;OID=.;OPOS=81471954;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:28:24:24:0.461538:6:18:13:13:6:18:14:14 chr12 81528625 . C T 438.62 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.00137425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.511;QD=14.3811;RBI=0.0142648;REFB=-0.000572723;REVB=-0.0141985;RO=72;SAF=23;SAR=27;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185951;STB=0.604437;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000874146;OID=.;OPOS=81528625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:72:72:50:50:0.409836:27:23:46:26:27:23:46:26 chr12 81647440 . G A 261.18 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0110593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.781;QD=12.2909;RBI=0.011096;REFB=-0.0275392;REVB=0.000901824;RO=54;SAF=9;SAR=22;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789588;STB=0.545585;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0418019;OID=.;OPOS=81647440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:22:9:19:35:22:9:19:35 chr12 81769581 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4036;QD=57.8847;RBI=0.0288174;REFB=0;REVB=-0.0284029;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203073;OID=.;OPOS=81769581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr12 81833745 . G T 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00219306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.34;QD=55.4105;RBI=0.0158682;REFB=0.019048;REVB=0.0157159;RO=1;SAF=34;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136707;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=2.29713e-05;OID=.;OPOS=81833745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:23:34:1:0:23:34:1:0 chr12 82783668 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.468;QD=56.9568;RBI=0.0124434;REFB=0;REVB=-0.00395718;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44068e-05;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr12 82792787 . C A 475.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.55;QD=57.5796;RBI=0.0273649;REFB=0;REVB=0.0226749;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863466;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:15:16:0:0:15:18:0:0 chr12 83415719 . G C 253.19 PASS AF=0.509434;AO=23;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00968603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8976;QD=19.1085;RBI=0.0177995;REFB=0.00872824;REVB=-0.0149333;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233789;STB=0.637263;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0111707;OID=.;OPOS=83415719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:26:23:27:0.509434:8:15:8:13:11:16:8:18 chr12 85441293 . C T 122.34 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0563954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.53;QD=15.7853;RBI=0.0652484;REFB=-0.00427209;REVB=-0.0328164;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46535;STB=0.775503;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00533802;OID=.;OPOS=85441293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:4:10:3:13:4:10:3:14 chr12 85449394 . G A,GA 30.47 PASS AF=0,0.272727;AO=5,7;DP=39;FAO=0,9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00239175,-0.148512;FXX=0.0294031;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=265.053,8.94257;QD=3.6935;RBI=0.00266417,0.160462;REFB=-0.000612937,-0.0227081;REVB=-0.00117359,0.0607623;RO=26;SAF=3,5;SAR=2,2;SRF=15;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0277626,0.17733;STB=0.5,0.551612;STBP=1,0.767;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0637098;OID=.,.;OPOS=85449394,85449395;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:39:33:26:24:5,7:0,9:0,0.272727:2,2:3,5:15:11:0,4:0,5:15:9 chr12 88440676 . G C 2259.11 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186651;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.145;QD=63.6369;RBI=0.0391016;REFB=0;REVB=0.039057;RO=0;SAF=60;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28203e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93773e-05;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:82:60:0:0:82:60:0:0 chr12 88505078 . T C 619.45 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3066;QD=58.995;RBI=0.0529801;REFB=-0.143998;REVB=0.0465895;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00463437;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:19:22:0:1:19:22:0:1 chr12 88508281 . T C 350.84 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0355108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.502;QD=20.6374;RBI=0.0359132;REFB=-0.0133569;REVB=-0.00536131;RO=32;SAF=25;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151965;STB=0.584484;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0115415;OID=.;OPOS=88508281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:11:25:17:15:11:25:17:15 chr12 88547277 . T C 874.56 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259026;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.637;QD=58.304;RBI=0.0348556;REFB=0;REVB=0.0233231;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91711e-05;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr12 89743223 . G A 1754.77 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166451;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.214;QD=59.992;RBI=0.0264165;REFB=-0.065062;REVB=0.0205127;RO=0;SAF=28;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26012e-08;STB=0.502824;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000303557;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:116:116:0.991453:88:28:0:0:88:28:0:1 chr12 89745477 . C A 680.71 PASS AF=0.585586;AO=65;DP=111;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0542835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7679;QD=24.53;RBI=0.0547717;REFB=-0.0163767;REVB=0.0072964;RO=46;SAF=35;SAR=30;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176737;STB=0.596125;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0111626;OID=.;OPOS=89745477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:46:46:65:65:0.585586:30:35:14:32:30:35:14:32 chr12 89853408 . G A 675.46 PASS AF=0.980769;AO=42;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249576;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5761;QD=51.9582;RBI=0.0287937;REFB=-0.0176185;REVB=0.0143594;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268094;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0022154;OID=.;OPOS=89853408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:42:51:0.980769:25:17:1:0:27:24:1:0 chr12 89866054 . TAGAAAGAAGA T 156.33 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00725576;FXX=0.131544;HRUN=1;LEN=10;MLLD=326.474;QD=18.9492;RBI=0.00868036;REFB=0.0056771;REVB=0.00476471;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192921;STB=0.638925;STBP=0.131;TYPE=del;VARB=-0.00532596;OID=.;OPOS=89866055;OREF=AGAAAGAAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:16:37:16:33:17:10:6:6:11:99:15:10:6:6:9 chr12 89916811 . C T 480.02 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00245399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.875;QD=20.001;RBI=0.0394323;REFB=-0.0138461;REVB=-0.0393558;RO=47;SAF=23;SAR=24;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019219;STB=0.5102;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0248736;OID=.;OPOS=89916811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:47:49:47:47:0.489583:24:23:22:25:24:23:23:26 chr12 89917518 . A G 891.73 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6319;QD=57.5311;RBI=0.0857247;REFB=0;REVB=0.0203112;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182526;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:27:35:0:0 chr12 91348786 . G T 647.98 PASS AF=0.590476;AO=62;DP=105;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00743419;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.531;QD=24.6848;RBI=0.0156577;REFB=-0.0338208;REVB=-0.0137803;RO=42;SAF=36;SAR=26;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00700683;STB=0.500315;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0190921;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:42:43:62:62:0.590476:26:36:24:18:26:36:25:18 chr12 91449990 . C T 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0084043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.045;QD=26.8489;RBI=0.0136957;REFB=-0.0298602;REVB=-0.0108139;RO=7;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137561;STB=0.507682;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.01267;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:11:4:2:5:11:4:2:5 chr12 91502250 . A G 538.54 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.00131821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.334;QD=16.1967;RBI=0.00132039;REFB=0.00292268;REVB=7.57953e-05;RO=75;SAF=21;SAR=37;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012245;STB=0.506847;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00349462;OID=.;OPOS=91502250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:75:75:58:58:0.43609:37:21:28:47:37:21:28:47 chr12 92818482 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7727;QD=49.599;RBI=0.119809;REFB=0;REVB=-0.118426;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00468482;OID=.;OPOS=92818482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr12 92818786 . A G 436.09 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00854381;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.099;QD=54.5113;RBI=0.0221481;REFB=-0.0594508;REVB=0.0204338;RO=1;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443701;STB=0.523794;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000203142;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:10:21:0:1:10:21:0:1 chr12 92818999 . G T 442.41 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.163;QD=55.3014;RBI=0.107132;REFB=-0.0261737;REVB=0.00834859;RO=1;SAF=7;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315727;OID=.;OPOS=92818999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:32:1:0:30:32:1:23:7:1:0:24:8:0:0 chr12 92819139 . A C 320.84 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0933449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.161;QD=53.474;RBI=0.100694;REFB=0;REVB=0.0377617;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00351557;OID=.;OPOS=92819139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:15:9:0:0 chr12 92819699 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.126;QD=44.6883;RBI=0.116496;REFB=0;REVB=-0.000545522;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116618;OID=.;OPOS=92819699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr12 92821860 . CT C,CC 1590.74 PASS AF=0.972477,0.0275229;AO=101,6;DP=108;FAO=106,3;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=48,1;FSAR=58,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224982,0.0179417;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.029,99.6301;QD=58.3759;RBI=0.0235196,0.0216776;REFB=0,0;REVB=0.00685577,-0.0121661;RO=0;SAF=46,2;SAR=55,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.13729e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000870086,-0.0206375;OID=.,.;OPOS=92821861,92821861;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.972477,0.0275229:101,6:108:106,3:109:0:48,1:58,2:0:0:5:0:46,2:55,4:0:0 chr12 92822903 . G C 655.25 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098906;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.553;QD=62.4053;RBI=0.0993656;REFB=0;REVB=0.00954611;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204694;OID=.;OPOS=92822903;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr12 93102295 . G A 1188.5 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7081;QD=60.9486;RBI=0.0569974;REFB=0;REVB=-0.0446895;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456304;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:30:47:0:0:30:48:0:0 chr12 93147907 . A T 1749.42 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.337;QD=60.8493;RBI=0.0673819;REFB=0;REVB=0.0287239;RO=0;SAF=48;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232037;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:67:48:0:0:67:48:0:0 chr12 93150102 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.867;QD=57.7123;RBI=0.00862289;REFB=0;REVB=0.00453157;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86879e-05;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr12 93155535 . G A 1358.47 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.06;QD=62.4582;RBI=0.020828;REFB=0;REVB=0.017197;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61289e-05;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:54:33:0:0:54:33:0:0 chr12 93166538 . A G 1319.63 PASS AF=0.946237;AO=88;DP=93;FAO=88;FDP=93;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00409228;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.42;QD=56.7584;RBI=0.0255;REFB=-0.168856;REVB=0.0251694;RO=2;SAF=39;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236783;STB=0.519345;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000523956;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:93:93:2:5:88:88:0.946237:49:39:2:0:49:39:4:1 chr12 93196422 . T G 524.8 PASS AF=0.947368;AO=38;DP=40;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000869948;FXX=0.0499875;HRUN=9;LEN=1;MLLD=234.514;QD=55.2424;RBI=0.00571008;REFB=-0.0807367;REVB=0.00564342;RO=2;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390161;STB=0.520822;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000316285;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:38:2:2:38:36:0.947368:23:15:0:2:23:13:0:2 chr12 93202801 . C T 1710.57 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.741;QD=60.0201;RBI=0.0433368;REFB=0;REVB=0.042125;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61338e-05;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:114:0:0:104:114:1:52:52:0:0:61:53:0:0 chr12 93692934 . G A 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0154856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.616;QD=14.0472;RBI=0.0310548;REFB=-0.00999164;REVB=-0.0269183;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774132;STB=0.544974;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0213596;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:14:15:8:10:14:15 chr12 93966827 . G C 305.33 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.021656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1944;QD=22.6172;RBI=0.023159;REFB=-0.0287076;REVB=-0.00820693;RO=20;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11816;STB=0.534584;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0181552;OID=.;OPOS=93966827;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:20:23:31:31:0.574074:16:15:13:7:16:15:13:10 chr12 93967035 . A G 2307.99 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.182;QD=63.6686;RBI=0.0450891;REFB=0;REVB=0.0292771;RO=0;SAF=91;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28825e-05;OID=.;OPOS=93967035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:145:0:0:142:145:1:51:91:0:0:52:93:0:0 chr12 93967755 . T C 198.39 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.116;QD=44.0861;RBI=0.0440602;REFB=-0.130965;REVB=0.0338873;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.526285;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00189174;OID=.;OPOS=93967755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:9:8:0:0:9:8:0:1 chr12 93968197 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.793;QD=61.6832;RBI=0.0392102;REFB=0;REVB=0.0186963;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430374;OID=.;OPOS=93968197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr12 93968255 . TG TA,TT 592.66 PASS AF=0.707317,0.146341;AO=28,6;DP=41;FAO=29,6;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16,5;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132892,-0.0134035;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.847,151.182;QD=57.8208;RBI=0.0144106,0.01347;REFB=0,0;REVB=-0.00557327,0.00133694;RO=0;SAF=15,5;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00176983,-0.00744809;OID=.,.;OPOS=93968256,93968256;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=TA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.707317,0.146341:28,6:41:29,6:41:0:16,5:13,1:0:0:30:0:15,5:13,1:0:0 chr12 93968258 . T A 95.97 PASS AF=0.317073;AO=14;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0430611;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.1497;QD=9.36336;RBI=0.068876;REFB=-0.0524588;REVB=-0.0537554;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20909;STB=0.680551;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.11162;OID=.;OPOS=93968258;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:40:41:26:28:14:13:0.317073:4:10:14:12:3:10:15:13 chr12 93968288 . C A 701.7 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0052963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.359;QD=53.9768;RBI=0.00818246;REFB=-0.0469252;REVB=0.00623714;RO=1;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268741;STB=0.513508;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=6.16769e-05;OID=.;OPOS=93968288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:49:50:0.961538:17:32:0:1:18:32:0:1 chr12 93968353 . C CT,T 817.85 PASS AF=1,0;AO=45,11;DP=61;FAO=61,0;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033529,-0.0587107;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=73.6855,59.4042;QD=53.6293;RBI=0.0681333,0.0731872;REFB=-0.0764375,-0.077648;REVB=0.0593123,0.0436968;RO=5;SAF=30,1;SAR=15,10;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0283874,-0.548501;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00126504,-0.0239084;OID=.,.;OPOS=93968354,93968353;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:5:0:45,11:61,0:1,0:15,10:30,1:4:1:26,0:35,0:0:0 chr12 93968378 . CTTTTTTTTTTTTC CCTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTCT 335.83 PASS AF=0,0.0384615,0.788462,0,0.173077;AO=2,9,13,7,6;DP=51;FAO=0,2,41,0,9;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,22,0,4;FSAR=0,1,19,0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.188324,0.130415,0.206809,0.407794,0.180035;FXX=0.0370302;HRUN=12,12,12,12,12;LEN=1,3,2,1,2;MLLD=13.7751,9.13571,9.43847,5.12792,6.81547;QD=25.8333;RBI=0.234989,0.202186,0.316521,0.598582,0.276665;REFB=0.0643629,0.0870036,0.0903449,0.0676122,0.117768;REVB=-0.140548,-0.154504,-0.239615,-0.438183,-0.210074;RO=1;SAF=2,2,5,5,5;SAR=0,7,8,2,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,-0.175672,-0.0821523,-0.0796435,-0.0789211;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,mnp;VARB=0,-0.0117219,0.00545017,0.298242,0.0349677;OID=.,.,.,.,.;OPOS=93968379,93968379,93968379,93968379,93968390;OREF=T,TTT,TT,T,TC;OALT=C,-,-,-,CT;OMAPALT=CCTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/5:0,0.0384615,0.788462,0,0.173077:2,9,13,7,6:51:0,2,41,0,9:52:0:0,1,22,0,4:0,1,19,0,5:0:0:23:1:2,2,5,5,5:0,7,8,2,1:1:0 chr12 94072680 . A C 516.84 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0054441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.866;QD=22.4714;RBI=0.00556281;REFB=-0.0226365;REVB=0.00114307;RO=43;SAF=23;SAR=26;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123782;STB=0.568002;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0147828;OID=.;OPOS=94072680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:26:23:14:29:26:23:14:29 chr12 94132186 . T A 1261.19 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317702;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.4;QD=61.5213;RBI=0.0317749;REFB=0;REVB=0.000547157;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305848;OID=.;OPOS=94132186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr12 94243853 . C T 336.36 PASS AF=0.486486;AO=32;DP=69;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00181197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.329;QD=18.1813;RBI=0.00187475;REFB=-0.0425578;REVB=0.000481107;RO=37;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427779;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0466919;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:74:37:38:32:36:0.486486:17:15:19:18:18:18:19:19 chr12 94671743 . G C 1475.9 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.028916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9105;QD=57.3164;RBI=0.0342791;REFB=0.0152892;REVB=0.0184098;RO=2;SAF=58;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160771;STB=0.508473;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00139403;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:43:58:2:0:43:58:2:0 chr12 94673509 . GC G 307.32 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0836507;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.9871;QD=39.654;RBI=0.209302;REFB=0;REVB=-0.191859;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.365854;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00977139;OID=.;OPOS=94673510;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:31:31:31:0:13:18:0:0:6:0:12:14:0:0 chr12 94769758 . A G 388.83 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=44;FWDB=0.010519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.944;QD=16.2013;RBI=0.010563;REFB=0.00265084;REVB=0.000963451;RO=54;SAF=19;SAR=22;SRF=10;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293518;STB=0.655105;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00498698;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:55:41:41:0.427083:22:19:10:44:22:19:11:44 chr12 94909304 . A G 132.38 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0096451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1322;QD=17.0815;RBI=0.0418954;REFB=-0.0590038;REVB=0.04077;RO=15;SAF=1;SAR=14;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309732;STB=0.728765;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0750955;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:16:15:15:0.483871:14:1:3:12:14:1:4:12 chr12 94909496 . G T 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0108968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.349;QD=9.41512;RBI=0.0194866;REFB=-0.0104287;REVB=0.0161551;RO=32;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168476;STB=0.623316;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0241259;OID=.;OPOS=94909496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:34:14:14:0.291667:9:5:16:16:9:5:18:16 chr12 94955644 . G T 373.0 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0249289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.998;QD=17.7619;RBI=0.0342864;REFB=-0.0221492;REVB=-0.0235395;RO=45;SAF=11;SAR=28;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083089;STB=0.546613;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0246147;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:28:11:16:29:28:11:16:29 chr12 94963611 . C T 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0501509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1681;QD=17.9554;RBI=0.0600039;REFB=0.0110722;REVB=0.0329446;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240905;STB=0.636206;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00881373;OID=.;OPOS=94963611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:13:4:8:8:13:4 chr12 95470600 . A ATCTT 1528.35 PASS AF=1;AO=91;DP=118;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172836;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=4;MLLD=254.279;QD=58.7827;RBI=0.0357149;REFB=0;REVB=0.0312543;RO=12;SAF=35;SAR=56;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00742494;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.33777e-06;OID=.;OPOS=95470601;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:118:104:104:0:40:64:0:0:9:12:35:56:5:7 chr12 95604272 . C T 338.83 PASS AF=0.426966;AO=24;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00947514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.37;QD=15.2284;RBI=0.0108024;REFB=-0.00541784;REVB=-0.00518778;RO=50;SAF=7;SAR=17;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374458;STB=0.669371;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0253004;OID=.;OPOS=95604272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:24:38:0.426966:17:7:31:19:26:12:31:20 chr12 95681554 . C T 1380.77 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042871;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.076;QD=62.7621;RBI=0.0429062;REFB=0;REVB=-0.00173725;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66338e-05;OID=.;OPOS=95681554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr12 95694394 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.012;QD=64.414;RBI=0.0140334;REFB=0;REVB=-0.00130772;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21947e-05;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr12 95876991 . A ATCC 113.38 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0107825;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=197.053;QD=17.4424;RBI=0.0108294;REFB=-0.0301301;REVB=0.00100648;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177348;STB=0.576354;STBP=0.483;TYPE=ins;VARB=0.0199932;OID=.;OPOS=95876992;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=ATCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:12:26:13:26:13:6:7:8:5:99:13:5:7:8:5 chr12 95906603 . C A 383.75 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0147606;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.093;QD=19.9351;RBI=0.0255808;REFB=-0.0171744;REVB=-0.0208926;RO=38;SAF=24;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128482;STB=0.571391;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0123406;OID=.;OPOS=95906603;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:38:39:39:0.506494:15:24:18:20:15:24:18:20 chr12 95927762 . T C 1258.39 PASS AF=0.954545;AO=84;DP=88;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.113581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1453;QD=57.1993;RBI=0.126818;REFB=-0.125888;REVB=0.0564114;RO=4;SAF=27;SAR=57;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651586;STB=0.534474;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0078932;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:88:88:4:4:84:84:0.954545:57:27:4:0:57:27:4:0 chr12 96260947 . A G 282.51 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=79;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0485964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8361;QD=13.951;RBI=0.0691039;REFB=0.00343854;REVB=-0.0491299;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881637;STB=0.551538;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00390207;OID=.;OPOS=96260947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:47:48:32:33:0.407407:17:15:26:21:18:15:26:22 chr12 96284650 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000243305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.956;QD=60.0308;RBI=0.0410325;REFB=0;REVB=-0.0410318;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.6623e-05;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr12 96288860 . T C 909.22 PASS AF=0.491892;AO=91;DP=184;FAO=91;FDP=185;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=64;FSRF=35;FSRR=59;FWDB=0.0293765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.72;QD=19.6588;RBI=0.0346731;REFB=-0.0135258;REVB=0.0184186;RO=93;SAF=27;SAR=64;SRF=35;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840722;STB=0.544372;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0124728;OID=.;OPOS=96288860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:93:94:91:91:0.491892:64:27:35:58:64:27:35:59 chr12 96346594 . T C 321.78 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0248594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8834;QD=23.8356;RBI=0.0261437;REFB=0.0273893;REVB=0.00809361;RO=22;SAF=17;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901714;STB=0.549623;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0188715;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:15:17:9:13:15:17:9:13 chr12 96374563 . T C 1213.98 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=86;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00738511;FXX=0.0232531;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.862;QD=57.8087;RBI=0.0147805;REFB=0.0371273;REVB=0.0128032;RO=3;SAF=44;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841142;STB=0.504445;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=3.08938e-06;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:84:3:3:81:81:0.964286:37:44:2:1:37:44:2:1 chr12 96374614 . C T 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.433;QD=56.9963;RBI=0.0272345;REFB=0;REVB=0.0262445;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98436e-05;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr12 96384249 . T C 182.83 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00780768;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.939;QD=13.0594;RBI=0.0533872;REFB=-0.0158452;REVB=-0.0528132;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133435;STB=0.58091;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0288369;OID=.;OPOS=96384249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:32:34:22:22:0.392857:7:15:18:14:7:15:19:15 chr12 96387621 . A G 543.26 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0047474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4011;QD=25.268;RBI=0.0200165;REFB=0.0140277;REVB=0.0194453;RO=36;SAF=22;SAR=28;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617964;STB=0.533764;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0102997;OID=.;OPOS=96387621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:50:50:0.581395:28:22:13:23:28:22:13:23 chr12 96387765 . T A 481.61 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0114934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2214;QD=18.5234;RBI=0.0130795;REFB=-0.0361874;REVB=0.00624304;RO=53;SAF=31;SAR=20;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014323;STB=0.507933;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0490373;OID=.;OPOS=96387765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:20:31:33:20:20:31:33:20 chr12 96429787 . C T 724.75 PASS AF=0.5;AO=66;DP=142;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00767384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.066;QD=19.0723;RBI=0.0169273;REFB=-0.0144468;REVB=0.015088;RO=73;SAF=37;SAR=29;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901278;STB=0.539463;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0150575;OID=.;OPOS=96429787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:152:73:76:66:76:0.5:29:37:34:39:35:41:35:41 chr12 96641016 . C T 268.67 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0172644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.727;QD=22.3889;RBI=0.0204669;REFB=-0.0281432;REVB=-0.0109926;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330838;STB=0.518504;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0362229;OID=.;OPOS=96641016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:11:12:14:11:11:12 chr12 96661610 . TAAAAG T 80.28 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.000154054;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=5;MLLD=254.517;QD=11.0727;RBI=0.0115781;REFB=0.00329941;REVB=0.0115771;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262873;STB=0.503101;STBP=0.979;TYPE=del;VARB=-0.00446088;OID=.;OPOS=96661611;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:13:30:13:29:16:9:4:11:5:80:14:8:5:9:5 chr12 96821251 . A T 1450.41 PASS AF=0.95;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.070813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5334;QD=58.0164;RBI=0.0896566;REFB=-0.10965;REVB=0.0549893;RO=2;SAF=27;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103146;STB=0.505196;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0122266;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:100:100:2:5:95:95:0.95:68:27:1:1:68:27:1:4 chr12 96900801 . G T 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00920518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.325;QD=15.305;RBI=0.0244149;REFB=-0.0224121;REVB=-0.0226131;RO=39;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01281;STB=0.507242;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0313216;OID=.;OPOS=96900801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:15:15:19:20:15:15:19:20 chr12 96927972 . A G 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.119525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.149;QD=15.2918;RBI=0.121058;REFB=-0.00838887;REVB=-0.0192051;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372859;STB=0.713877;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0139062;OID=.;OPOS=96927972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:1:8:4:5:1:8 chr12 96927986 . A T 38.39 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0507066;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=23.9944;QD=9.5986;RBI=0.0817116;REFB=-0.0352954;REVB=-0.0640752;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.689164;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0497352;OID=.;OPOS=96927986;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:16:8:9:7:7:0.4375:3:4:2:6:3:4:2:7 chr12 96992494 . C T 213.95 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00556454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.679;QD=10.5656;RBI=0.0278824;REFB=-0.0101438;REVB=-0.0273215;RO=53;SAF=13;SAR=14;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960486;STB=0.549234;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.010458;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:54:27:27:0.333333:14:13:30:23:14:13:30:24 chr12 97041699 . A G 304.19 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0033764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.95;QD=15.0218;RBI=0.0102904;REFB=-0.0164489;REVB=-0.00972074;RO=47;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041083;STB=0.523242;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0270589;OID=.;OPOS=97041699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:16:18:23:24:16:18:23:24 chr12 97098549 . T C 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2353;QD=58.0597;RBI=0.039753;REFB=0;REVB=-0.0311822;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000573039;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr12 97102578 . G A 400.01 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0449156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1024;QD=53.3344;RBI=0.05332;REFB=0.0206492;REVB=0.0287334;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00507621;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:1:0:15:14:1:0 chr12 97114231 . G A 262.79 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0590771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.324;QD=15.0168;RBI=0.062453;REFB=0.00975398;REVB=0.0202551;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677333;STB=0.538362;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00581737;OID=.;OPOS=97114231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:17:13:20:20:17:13:20:20 chr12 97133737 . T G 554.17 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=0.0033599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.873;QD=16.7931;RBI=0.00574687;REFB=-0.0111989;REVB=0.00466236;RO=73;SAF=32;SAR=27;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130724;STB=0.572639;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0104299;OID=.;OPOS=97133737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:73:59:59:0.44697:27:32:49:24:27:32:49:24 chr12 97136218 . T C 812.59 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.703;QD=57.0238;RBI=0.122799;REFB=0;REVB=0.121665;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593828;OID=.;OPOS=97136218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:20:35:0:0:22:35:0:0 chr12 97136239 . G A 883.48 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000690129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.585;QD=57.933;RBI=0.012472;REFB=0;REVB=0.0124529;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35297e-05;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr12 97254620 . G A 2337.27 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979167;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.19;QD=61.1051;RBI=0.0267083;REFB=0;REVB=0.0248487;RO=0;SAF=82;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20453e-05;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:152:153:1:70:82:0:0:70:83:0:0 chr12 98115538 . A T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0147655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.269;QD=20.8931;RBI=0.0302719;REFB=0.0367851;REVB=-0.0264266;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109864;STB=0.562382;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0268778;OID=.;OPOS=98115538;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:5:1:3:7:5:1 chr12 98332904 . TCA T 117.88 PASS AF=0.448276;AO=15;DP=32;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0195605;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=2;MLLD=257.067;QD=16.2588;RBI=0.0195637;REFB=-0.0152254;REVB=0.000353679;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124555;STB=0.565116;STBP=0.553;TYPE=del;VARB=0.0206004;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:15:32:13:29:16:5:8:8:8:99:15:5:10:7:8 chr12 98811687 . G C 720.85 PASS AF=0.526316;AO=70;DP=133;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0111693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1722;QD=21.6795;RBI=0.0513288;REFB=0.00118005;REVB=-0.0500988;RO=62;SAF=43;SAR=27;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141562;STB=0.574316;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00145814;OID=.;OPOS=98811687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:63:70:70:0.526316:27:43:28:34:27:43:29:34 chr12 98849314 . A T 680.67 PASS AF=0.585586;AO=65;DP=111;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=52;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0404832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.221;QD=24.5286;RBI=0.0408949;REFB=-0.0165945;REVB=-0.00578849;RO=46;SAF=13;SAR=52;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30299;STB=0.66661;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00680836;OID=.;OPOS=98849314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:46:46:65:65:0.585586:52:13:24:22:52:13:24:22 chr12 98897267 . C T 121.18 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.015609;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4598;QD=8.2153;RBI=0.0230929;REFB=0.00555953;REVB=0.0170187;RO=42;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166067;STB=0.599079;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0175496;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:42:42:17:17:0.288136:9:8:14:28:9:8:14:28 chr12 98940228 . A AT 102.19 PASS AF=0.486486;AO=14;DP=40;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.215321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.0611;QD=11.0472;RBI=0.24724;REFB=-0.0208915;REVB=0.12151;RO=24;SAF=12;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493217;STB=0.727005;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0637869;OID=.;OPOS=98940229;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486:14:40:18:37:19:14:4:7:12:99:24:12:2:11:13 chr12 99007623 . C T 287.36 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0183511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1488;QD=15.9645;RBI=0.0841418;REFB=-0.024742;REVB=-0.0821162;RO=39;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552055;STB=0.538983;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0442275;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:19:13:18:21:19:13:19:21 chr12 99477625 . T C 1491.96 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0201575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3601;QD=58.5084;RBI=0.0304515;REFB=-0.00779725;REVB=-0.0228247;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.50495;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000166882;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:0:1:101:101:0.990196:50:51:0:0:50:51:0:1 chr12 99640428 . T C 1599.08 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540688;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.212;QD=60.3427;RBI=0.0134252;REFB=0;REVB=0.0122883;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00806e-05;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:57:49:0:0:57:49:0:0 chr12 99640557 . T C 1536.76 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.184;QD=59.68;RBI=0.0531405;REFB=0;REVB=0.0379294;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73637e-05;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:53:49:0:0:53:50:0:0 chr12 100720492 . A G 455.11 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0115219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.495;QD=18.024;RBI=0.0115654;REFB=-0.00865053;REVB=0.00100297;RO=53;SAF=29;SAR=19;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000387615;STB=0.500216;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0102583;OID=.;OPOS=100720492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:19:29:32:21:19:29:32:21 chr12 100732307 . C G 537.02 PASS AF=0.555556;AO=49;DP=89;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00642183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9469;QD=23.8677;RBI=0.0111874;REFB=-0.030146;REVB=0.00916068;RO=39;SAF=35;SAR=14;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26227;STB=0.630278;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.030372;OID=.;OPOS=100732307;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:39:40:49:50:0.555556:14:35:16:23:15:35:17:23 chr12 100813976 . A C 423.66 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0156569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8096;QD=16.1395;RBI=0.0355915;REFB=-0.00242352;REVB=-0.0319627;RO=58;SAF=19;SAR=28;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179373;STB=0.600281;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00216727;OID=.;OPOS=100813976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:28:19:34:24:28:19:34:24 chr12 100893636 . C T 1444.28 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00161614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3141;QD=60.8119;RBI=0.0291331;REFB=0.0222663;REVB=-0.0290883;RO=2;SAF=55;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377038;STB=0.501989;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00834496;OID=.;OPOS=100893636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:38:55:1:1:38:55:1:1 chr12 101017445 . T C 1480.18 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0317114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.529;QD=58.6208;RBI=0.0857975;REFB=-0.12133;REVB=0.079722;RO=1;SAF=52;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903581;STB=0.504761;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.000275342;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:48:52:1:0:48:52:1:0 chr12 101018014 . T C 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00228193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.04;QD=20.8116;RBI=0.0192026;REFB=0.00758624;REVB=-0.0190665;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395617;STB=0.522224;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00608182;OID=.;OPOS=101018014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:13:10:9:14:13:10:9:14 chr12 101520689 . A G 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0313493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1186;QD=19.5008;RBI=0.0327853;REFB=-0.0305631;REVB=0.00959676;RO=35;SAF=15;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875155;STB=0.548666;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0224785;OID=.;OPOS=101520689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:21:15:18:17:21:15:18:17 chr12 101522078 . C G 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.0180887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.328;QD=11.8203;RBI=0.0202225;REFB=-0.00609498;REVB=-0.00904147;RO=43;SAF=6;SAR=19;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50665;STB=0.790555;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00884072;OID=.;OPOS=101522078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:19:6:31:12:19:6:31:12 chr12 101552075 . G A 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.681;QD=59.1404;RBI=0.0440839;REFB=0;REVB=0.0325759;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01459e-05;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr12 101680131 . T C 433.22 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.00189326;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.546;QD=14.9386;RBI=0.0312019;REFB=0.000848284;REVB=0.0311444;RO=67;SAF=31;SAR=18;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132629;STB=0.574669;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00110457;OID=.;OPOS=101680131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:67:67:49:49:0.422414:18:31:34:33:18:31:34:33 chr12 101683929 . C T 483.26 PASS AF=1;AO=25;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.788;QD=58.5772;RBI=0.0142318;REFB=0;REVB=0.00365076;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70452e-05;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:25:33:1:10:15:0:0:12:21:0:0 chr12 101685783 . C T 427.99 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0363843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.055;QD=19.454;RBI=0.0364038;REFB=-0.0119362;REVB=0.00119003;RO=45;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627487;STB=0.534867;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0108759;OID=.;OPOS=101685783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:23:20:24:21:23:20:24:21 chr12 101723197 . C T 188.89 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0316707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.976;QD=11.1111;RBI=0.0381346;REFB=-0.00841037;REVB=-0.0212418;RO=39;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766745;STB=0.510042;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0184166;OID=.;OPOS=101723197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:44:24:24:0.352941:10:14:20:19:10:14:25:19 chr12 101732670 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.048462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.178;QD=12.7384;RBI=0.0575492;REFB=-0.0194719;REVB=0.0310377;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258322;STB=0.655832;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00750966;OID=.;OPOS=101732670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:5:5:6:2:5:5 chr12 101734349 . G A 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0236396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.767;QD=11.4395;RBI=0.0247882;REFB=-0.0246484;REVB=0.00745806;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177174;STB=0.604781;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0262338;OID=.;OPOS=101734349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:9:15:6:7:9:15 chr12 101750814 . T A 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.737;QD=61.2126;RBI=0.00216278;REFB=0;REVB=-0.00173296;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98716e-07;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr12 101755809 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.964;QD=60.0309;RBI=0.0358343;REFB=0;REVB=0.035608;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26421e-05;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr12 101757446 . T C 411.31 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0198828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.598;QD=21.0929;RBI=0.0202655;REFB=-0.00315458;REVB=0.00391951;RO=37;SAF=22;SAR=19;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267809;STB=0.514801;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00315402;OID=.;OPOS=101757446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:19:22:21:16:19:22:21:16 chr12 101866174 . C A 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4168;QD=57.2355;RBI=0.0300924;REFB=0;REVB=-0.0210641;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43284e-06;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr12 102036305 . C T 522.76 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00572194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.161;QD=21.1218;RBI=0.00578523;REFB=-0.0445211;REVB=0.00085343;RO=49;SAF=21;SAR=29;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048825;STB=0.526965;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0313545;OID=.;OPOS=102036305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:29:21:18:31:29:21:18:31 chr12 102045163 . C G 329.71 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0188658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5929;QD=20.9342;RBI=0.0421221;REFB=-0.0152052;REVB=-0.037661;RO=29;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101416;STB=0.505615;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0208314;OID=.;OPOS=102045163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:16:18:15:14:16:18:15:14 chr12 102064118 . T C 1191.24 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0244571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3211;QD=58.1091;RBI=0.0290379;REFB=-0.0820338;REVB=-0.0156539;RO=3;SAF=36;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854148;STB=0.511361;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00208188;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:3:2:79:80:0.97561:43:36:1:2:43:37:0:2 chr12 102079418 . G A 1246.22 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325507;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.697;QD=61.5416;RBI=0.0436912;REFB=0;REVB=0.0435697;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132645;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:40:40:0:0:41:40:0:0 chr12 102108301 . T C 441.39 PASS AF=0.466019;AO=46;DP=101;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.016883;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0593;QD=17.1413;RBI=0.022753;REFB=-0.0318841;REVB=-0.0152534;RO=55;SAF=20;SAR=26;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551772;STB=0.51901;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0352958;OID=.;OPOS=102108301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:55:55:46:48:0.466019:26:20:27:28:27:21:26:29 chr12 102117589 . C T 570.9 PASS AF=0.426573;AO=61;DP=143;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.00775742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.275;QD=15.9693;RBI=0.0106216;REFB=-0.00962473;REVB=-0.00725539;RO=79;SAF=18;SAR=43;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240571;STB=0.633239;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0148681;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:79:82:61:61:0.426573:43:18:41:38:43:18:42:40 chr12 102120152 . C T 393.66 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00474883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.278;QD=18.7459;RBI=0.00476392;REFB=0.00216384;REVB=0.000378941;RO=43;SAF=14;SAR=26;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907965;STB=0.540983;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00190189;OID=.;OPOS=102120152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:43:40:41:0.488095:26:14:19:24:26:15:19:24 chr12 102158763 . T C 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0192031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.04;QD=21.3874;RBI=0.0192444;REFB=-0.0216138;REVB=-0.00126101;RO=27;SAF=16;SAR=17;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154746;STB=0.585316;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0132582;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:17:16:8:19:17:16:8:19 chr12 102173654 . T C 282.05 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.00228059;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.201;QD=11.876;RBI=0.00947789;REFB=-0.0179722;REVB=0.00919942;RO=59;SAF=18;SAR=15;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156075;STB=0.523242;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.049294;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:59:62:33:33:0.347368:15:18:33:26:15:18:36:26 chr12 102224436 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000778144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.665;QD=17.3782;RBI=0.00690701;REFB=0.00867735;REVB=-0.00686304;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376028;STB=0.521699;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0079558;OID=.;OPOS=102224436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:5:5:5:6:5:5 chr12 102279193 . G A 293.63 PASS AF=0.5;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0313612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9654;QD=18.352;RBI=0.0350244;REFB=0.0111672;REVB=-0.0155944;RO=29;SAF=22;SAR=9;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153483;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0106359;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:32:31:32:0.5:9:22:21:8:10:22:22:10 chr12 102315358 . TG T,TT 331.17 PASS AF=0.338462,0.2;AO=14,21;DP=65;FAO=22,13;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=3,5;FSAR=19,8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0434474,-0.0416565;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=207.52,208.236;QD=20.38;RBI=0.0440666,0.0424625;REFB=-0.00788867,-0.00663279;REVB=-0.00736119,-0.00823413;RO=27;SAF=0,8;SAR=14,13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.78276,-0.0274036;STB=0.699784,0.513288;STBP=0.059,0.934;TYPE=del,snp;VARB=-0.0131291,0.022663;OID=.,.;OPOS=102315359,102315359;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338462,0.2:14,21:65:22,13:65:30:3,5:19,8:11:19:99:27:0,8:14,13:11:16 chr12 102455729 . G A 223.55 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0479061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.196;QD=14.9031;RBI=0.0483887;REFB=0.00657472;REVB=0.00681683;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200827;STB=0.603983;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00622503;OID=.;OPOS=102455729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:14:12:22:11:14:12:22:12 chr12 102517699 . T C 395.96 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.010211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.559;QD=20.3057;RBI=0.0683369;REFB=-0.00129664;REVB=0.0675697;RO=38;SAF=23;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157865;STB=0.58744;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00103313;OID=.;OPOS=102517699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:17:23:15:23:17:23:15:23 chr12 102517804 . G A 210.7 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0856041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.188;QD=19.1544;RBI=0.0856552;REFB=-0.02535;REVB=0.00295689;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181521;STB=0.603074;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0134;OID=.;OPOS=102517804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:12:11:14:7:12:11 chr12 102545563 . A G 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0118409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.885;QD=17.4901;RBI=0.01202;REFB=-0.017659;REVB=0.00206724;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066429;STB=0.537287;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0172282;OID=.;OPOS=102545563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:15:15:16:12:15:15 chr12 102611196 . AC A 229.79 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=90;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0151809;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.0225;QD=10.4448;RBI=0.121118;REFB=0.0138257;REVB=0.120163;RO=49;SAF=20;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106733;STB=0.507799;STBP=0.916;TYPE=del;VARB=-0.0128092;OID=.;OPOS=102611197;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:37:90:38:88:50:20:18:27:23:99:49:20:17:27:22 chr12 102611371 . T G 203.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0366557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1195;QD=21.9715;RBI=0.037927;REFB=0.00182096;REVB=-0.00973744;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810706;STB=0.54541;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.000627589;OID=.;OPOS=102611371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:11:6:9:11:11:6 chr12 103237468 . G C 891.92 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.008;QD=57.5435;RBI=0.0584862;REFB=0;REVB=-0.0582947;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041496;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:36:25:0:0:37:25:0:0 chr12 103246700 . C T 686.08 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0726464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.233;QD=58.3896;RBI=0.0869896;REFB=-0.00388144;REVB=0.0478508;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177343;STB=0.503387;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000230103;OID=.;OPOS=103246700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:1:2:45:45:0.957447:26:19:0:1:26:19:1:1 chr12 103670917 . A G 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0255666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.977;QD=12.0819;RBI=0.0257141;REFB=0.0120338;REVB=-0.0027498;RO=35;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316408;STB=0.518307;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.0201342;OID=.;OPOS=103670917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:9:12:21:14:9:12:21:14 chr12 104064574 . G A 277.41 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0265596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.833;QD=18.4939;RBI=0.0298726;REFB=-0.0161545;REVB=-0.0136734;RO=30;SAF=10;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157407;STB=0.588175;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0226758;OID=.;OPOS=104064574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:20:10:15:15:20:10:15:15 chr12 104067812 . C T 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0361659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.493;QD=23.0082;RBI=0.0361659;REFB=-0.0196659;REVB=-1.03567e-05;RO=24;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666256;STB=0.536719;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0141134;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:15:18:11:13:15:18:11:13 chr12 104069795 . G A 142.45 PASS AF=0.390244;AO=17;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0542704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3324;QD=13.8978;RBI=0.104362;REFB=-0.0251408;REVB=0.0891418;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119634;STB=0.591731;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0561847;OID=.;OPOS=104069795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:17:16:0.390244:6:11:18:6:6:10:19:6 chr12 104086631 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0542001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.124;QD=16.0425;RBI=0.0550833;REFB=0.00650532;REVB=-0.00982442;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413986;STB=0.523784;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0109306;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:14:12:8:11:14:12 chr12 104100617 . C T 3363.57 PASS AF=0.990909;AO=217;DP=219;FAO=218;FDP=220;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0752869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.834;QD=61.1559;RBI=0.0757911;REFB=-0.0837368;REVB=-0.00872799;RO=2;SAF=97;SAR=120;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00787386;STB=0.504098;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000151582;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:219:220:2:2:217:218:0.990909:120:97:0:2:121:97:0:2 chr12 104152943 . C T 470.9 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0141532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.701;QD=20.9288;RBI=0.0206812;REFB=-0.00685688;REVB=-0.0150798;RO=44;SAF=22;SAR=24;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412135;STB=0.522784;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00671693;OID=.;OPOS=104152943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:24:22:19:25:24:22:19:25 chr12 104153004 . C G 328.65 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=84;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00804652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.501;QD=15.4658;RBI=0.00808665;REFB=-0.0151637;REVB=-0.000804598;RO=49;SAF=14;SAR=21;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094214;STB=0.559538;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0208732;OID=.;OPOS=104153004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:49:35:36:0.423529:21:14:24:25:22:14:24:25 chr12 104153006 . G T 528.85 PASS AF=0.576471;AO=48;DP=83;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00392143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0242;QD=24.887;RBI=0.0549548;REFB=-0.00694629;REVB=0.0548147;RO=35;SAF=24;SAR=24;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990873;STB=0.542812;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0054695;OID=.;OPOS=104153006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:35:36:48:49:0.576471:24:24:13:22:25:24:14:22 chr12 104186946 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.983;QD=53.911;RBI=0.0114164;REFB=0;REVB=-0.00459756;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115493;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr12 104235308 . C G 415.22 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.011209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.321;QD=19.3124;RBI=0.0150238;REFB=-0.0616161;REVB=-0.0100036;RO=44;SAF=24;SAR=18;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128052;STB=0.570902;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0627262;OID=.;OPOS=104235308;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:18:24:31:13:18:24:31:13 chr12 104254932 . G A 902.68 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3188;QD=58.2376;RBI=0.0337677;REFB=0;REVB=-0.0307282;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25007e-05;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:30:31:0:0:31:31:0:0 chr12 104309428 . G C 195.87 PASS AF=0.267327;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00589442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.1545;QD=7.75712;RBI=0.0974506;REFB=-0.0244738;REVB=-0.0972722;RO=56;SAF=7;SAR=20;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436129;STB=0.704823;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0571199;OID=.;OPOS=104309428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:74:27:27:0.267327:20:7:36:20:20:7:39:35 chr12 104309559 . C T 449.73 PASS AF=0.462963;AO=49;DP=107;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0191083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8502;QD=16.6565;RBI=0.0237748;REFB=-0.0345762;REVB=0.0141462;RO=58;SAF=22;SAR=27;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330307;STB=0.52316;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0219029;OID=.;OPOS=104309559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:58:58:49:50:0.462963:27:22:28:30:28:22:28:30 chr12 104325459 . G C 435.78 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=110;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=46;FWDB=0.00936819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2642;QD=15.7036;RBI=0.088521;REFB=0.00210914;REVB=0.0880239;RO=62;SAF=18;SAR=30;SRF=16;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130773;STB=0.578959;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00167556;OID=.;OPOS=104325459;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:62:62:48:49:0.441441:30:18:16:46:30:19:16:46 chr12 104341103 . C T 196.48 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0149947;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.736;QD=17.4648;RBI=0.0161972;REFB=-0.0345376;REVB=-0.0061245;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150189;STB=0.586117;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0337298;OID=.;OPOS=104341103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:25:20:20:0.444444:14:6:11:14:14:6:11:14 chr12 104359779 . C T 81.02 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0287786;FXX=0.059988;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.127;QD=6.89532;RBI=0.0368685;REFB=-0.0211984;REVB=0.0230452;RO=36;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231093;STB=0.64589;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0467059;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:50:47:36:36:11:11:0.234043:4:7:16:20:4:7:16:20 chr12 104408794 . C T 253.78 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0542924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.845;QD=21.5982;RBI=0.0592631;REFB=-0.0267103;REVB=-0.0237581;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671389;STB=0.537542;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0318853;OID=.;OPOS=104408794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:7:16:15:9:7:16 chr12 104512832 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.026231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3748;QD=13.753;RBI=0.0639889;REFB=0.00291441;REVB=-0.0583653;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32576;STB=0.689407;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00662809;OID=.;OPOS=104512832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:5:10:8:15:5:10:8:15 chr12 104512918 . T G 117.22 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0101754;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.291;QD=19.5359;RBI=0.076044;REFB=-0.0229362;REVB=-0.0753602;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796854;STB=0.545386;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.02149;OID=.;OPOS=104512918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:7:4:6:7:7:4 chr12 104512943 . ATTTTTT ATTTTT,ATTTTTA 31.77 PASS AF=0.4,0.05;AO=8,2;DP=20;FAO=8,1;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5,1;FSAR=3,0;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0567594,0.00110959;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.95776,13.4595;QD=6.35474;RBI=0.110629,0.0788745;REFB=-0.120811,-0.0716596;REVB=-0.0949585,0.0788667;RO=7;SAF=4,2;SAR=4,0;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0566609,0.577625;STB=0.547823,0.988542;STBP=0.75,0.53;TYPE=del,snp;VARB=0.144579,-0.0901603;OID=.,.;OPOS=104512944,104512949;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.05:8,2:20:8,1:20:11:5,1:3,0:6:5:25:7:4,2:4,0:4:3 chr12 104645363 . G A 716.19 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.034735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.294;QD=58.4646;RBI=0.0463389;REFB=0.0282539;REVB=0.0306719;RO=2;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551974;STB=0.527766;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00208975;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:49:2:2:46:47:0.959184:16:30:0:2:17:30:0:2 chr12 104645405 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.648;QD=63.8719;RBI=0.0403355;REFB=0;REVB=0.0357983;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148961;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr12 104698582 . A G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0214858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.882;QD=24.1274;RBI=0.025845;REFB=-0.03388;REVB=0.014364;RO=11;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997563;STB=0.555494;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0197383;OID=.;OPOS=104698582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:12:5:2:9:12:5:2:9 chr12 104703836 . A G 300.65 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0230056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3354;QD=21.4747;RBI=0.0234675;REFB=-0.00652372;REVB=-0.00463288;RO=25;SAF=16;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934377;STB=0.551691;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0143491;OID=.;OPOS=104703836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:15:16:10:15:15:16:10:15 chr12 104709559 . C T 375.71 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00268626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.589;QD=23.8547;RBI=0.0189943;REFB=-0.0191112;REVB=-0.0188033;RO=25;SAF=19;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832813;STB=0.553054;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00895731;OID=.;OPOS=104709559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:26:37:37:0.587302:18:19:10:15:18:19:10:16 chr12 105245665 . T C 292.02 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0714362;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.8;QD=21.6311;RBI=0.0726916;REFB=-0.0234822;REVB=0.0134513;RO=24;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142037;STB=0.578893;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0275712;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:24:24:30:30:0.555556:20:10:12:12:20:10:12:12 chr12 105282893 . T C 519.04 PASS AF=0.643836;AO=47;DP=73;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0105881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.112;QD=28.4406;RBI=0.0126161;REFB=-0.0162605;REVB=0.00685984;RO=26;SAF=28;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641708;STB=0.53491;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00898692;OID=.;OPOS=105282893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:26:26:47:47:0.643836:19:28:13:13:19:28:13:13 chr12 105380152 . A C 301.27 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=36;FWDB=0.0021007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0879;QD=16.7373;RBI=0.0516548;REFB=-0.0130125;REVB=-0.051612;RO=37;SAF=3;SAR=30;SRF=2;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117793;STB=0.523796;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.01312;OID=.;OPOS=105380152;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:39:33:33:0.458333:30:3:2:35:30:3:3:36 chr12 105531781 . C T 151.55 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00938391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.217;QD=10.1034;RBI=0.0162861;REFB=-0.00735603;REVB=-0.0133108;RO=40;SAF=14;SAR=6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290102;STB=0.671058;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.020302;OID=.;OPOS=105531781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:6:14:18:22:6:14:18:22 chr12 105546172 . G A 1992.02 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.696;QD=61.293;RBI=0.0182039;REFB=0.00524394;REVB=-0.0123267;RO=1;SAF=54;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629474;STB=0.503311;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=1.92342e-06;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:75:54:0:1:75:54:0:1 chr12 105561664 . C T 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.302;QD=63.579;RBI=0.0219491;REFB=0;REVB=-0.0211456;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.07609e-05;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr12 105562788 . T A,C 2521.17 PASS AF=0.0361446,0.963855;AO=6,158;DP=164;FAO=6,160;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=0,70;FSAR=6,90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00929083,0.00606924;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.154,173.189;QD=60.751;RBI=0.0229306,0.0302685;REFB=0,0;REVB=0.0209641,0.0296538;RO=0;SAF=0,70;SAR=6,88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.42551e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0254258,0.000383048;OID=.,.;OPOS=105562788,105562788;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:164:166:0:0:6,158:6,160:0.0361446,0.963855:6,88:0,70:0:0:6,90:0,70:0:0 chr12 105567068 . T A 1008.34 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.151;QD=59.3142;RBI=0.0264992;REFB=0;REVB=-0.0258635;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.88876e-05;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:39:29:0:0 chr12 105567070 . T A 1026.59 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.636;QD=59.5124;RBI=0.0226019;REFB=0;REVB=0.00894264;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91023e-05;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:39:30:0:0 chr12 105567087 . T TA 697.74 PASS AF=1;AO=7;DP=67;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.150418;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.8813;QD=44.3009;RBI=0.154352;REFB=0;REVB=-0.0346257;RO=60;SAF=3;SAR=4;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101662;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00469889;OID=.;OPOS=105567088;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:67:63:63:0:32:31:0:0:13:60:3:4:31:29 chr12 105567089 . T A 812.81 PASS AF=0.938462;AO=59;DP=64;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.022387;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.3114;QD=50.0191;RBI=0.0358685;REFB=-0.188211;REVB=0.0280244;RO=5;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478371;STB=0.516905;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0153931;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:64:65:5:4:59:61:0.938462:28:31:1:4:29:32:1:3 chr12 105567135 . T C 704.97 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0150012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.482;QD=58.7477;RBI=0.0527841;REFB=-0.133971;REVB=0.0506075;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177403;STB=0.518511;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00398575;OID=.;OPOS=105567135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:46:46:0.958333:20:26:1:0:20:26:2:0 chr12 105568122 . G A 3315.97 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507603;FXX=0.0184323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6646;QD=62.2717;RBI=0.0566999;REFB=0;REVB=0.0252641;RO=1;SAF=88;SAR=124;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382663;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895986;OID=.;OPOS=105568122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:213:1:0:212:213:1:124:88:0:1:125:88:0:0 chr12 105568176 . G A 2335.71 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.172;QD=61.0644;RBI=0.0261706;REFB=0;REVB=-0.0194271;RO=0;SAF=55;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30656e-06;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:152:153:1:97:55:0:0:98:55:0:0 chr12 106460938 . G C 336.03 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0588185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.7728;QD=17.2325;RBI=0.0603946;REFB=-0.0167021;REVB=0.0137072;RO=42;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015972;STB=0.50895;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0204186;OID=.;OPOS=106460938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:14:22:25:17:14:22:25:17 chr12 106734760 . T C 251.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.015265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.935;QD=17.0627;RBI=0.0265269;REFB=-0.018291;REVB=0.0216946;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176076;STB=0.598957;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0167619;OID=.;OPOS=106734760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:17:11:18:13:17:11:18:13 chr12 106838340 . T C 443.45 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0338188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.562;QD=25.7071;RBI=0.0355861;REFB=0.00531007;REVB=0.011075;RO=27;SAF=21;SAR=21;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662765;STB=0.536215;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00233553;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:21:21:16:11:21:21:16:11 chr12 106893863 . G T 351.18 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0128906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.841;QD=18.0091;RBI=0.0199541;REFB=-0.0247671;REVB=-0.0152314;RO=41;SAF=23;SAR=14;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118209;STB=0.506604;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0270482;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:14:23:25:16:14:23:25:16 chr12 106893930 . A T 226.86 PASS AF=0.363636;AO=27;DP=76;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.02757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.22;QD=11.785;RBI=0.029493;REFB=-0.0219007;REVB=-0.0104755;RO=49;SAF=14;SAR=13;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821936;STB=0.5584;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0337635;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:49:49:27:28:0.363636:13:14:29:20:14:14:29:20 chr12 106903321 . T C 228.22 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00236255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.078;QD=21.2293;RBI=0.0208053;REFB=-0.00249383;REVB=0.0206708;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21338;STB=0.60456;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0023779;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:21:22:22:0.511628:11:11:15:5:11:11:15:6 chr12 107395106 . A G,T 675.55 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=41,3;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359302,0.000672399;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.3646,36.2611;QD=61.4135;RBI=0.0468134,0.0205281;REFB=0,0;REVB=0.0300086,0.0205171;RO=0;SAF=19,3;SAR=22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00549656,0.0833938;OID=.,.;OPOS=107395106,107395106;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:44:44:0:0:41,3:42,2:0.954545,0.0454545:22,0:19,3:0:0:22,0:20,2:0:0 chr12 107713696 . G A 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0165108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.597;QD=20.8715;RBI=0.0172407;REFB=-0.0244146;REVB=0.00496356;RO=20;SAF=17;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137663;STB=0.578151;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0286896;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:4:17:14:6:4:17:14:6 chr12 108618630 . C T 757.08 PASS AF=0.481707;AO=79;DP=164;FAO=79;FDP=164;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.0365764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.269;QD=18.4654;RBI=0.0376032;REFB=-0.0147155;REVB=0.00872748;RO=85;SAF=38;SAR=41;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987929;STB=0.554473;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0146389;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:85:85:79:79:0.481707:41:38:32:53:41:38:32:53 chr12 108620883 . G C 261.75 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.010434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.406;QD=17.1639;RBI=0.0123037;REFB=-0.0216358;REVB=-0.00652032;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163772;STB=0.591287;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0136891;OID=.;OPOS=108620883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:8:24:17:12:8:24 chr12 108643418 . A C 267.75 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0359534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.041;QD=21.8571;RBI=0.0372559;REFB=-0.00813582;REVB=0.00976528;RO=24;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163095;STB=0.591522;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00531803;OID=.;OPOS=108643418;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:16:9:13:11:16:9:13:11 chr12 108918146 . C T 2320.3 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0136787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.616;QD=62.29;RBI=0.0138445;REFB=-0.0336692;REVB=0.00213633;RO=1;SAF=74;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638385;STB=0.506666;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000187387;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:1:2:147:147:0.986577:73:74:1:0:73:74:2:0 chr12 108923950 . A G 520.01 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.882;QD=59.4296;RBI=0.0276763;REFB=0;REVB=-0.0189769;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74365e-05;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:10:24:0:0:10:25:0:0 chr12 108941679 . G A 117.81 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0310174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.75;QD=12.401;RBI=0.0345818;REFB=-0.0131671;REVB=-0.0152912;RO=24;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303149;STB=0.681132;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0151204;OID=.;OPOS=108941679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:3:11:13:11:3:11:13:11 chr12 108954823 . C T 851.12 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0013;QD=57.7032;RBI=0.0191068;REFB=0;REVB=0.0155678;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274025;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr12 108954862 . G C 163.26 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0301934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5565;QD=13.605;RBI=0.0307932;REFB=-0.0344355;REVB=0.00604838;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239786;STB=0.637544;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0759305;OID=.;OPOS=108954862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:8:10:23:7:8:10:23:7 chr12 108955106 . C CT 403.64 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.4302;QD=43.6372;RBI=0.0461384;REFB=0;REVB=-0.0229815;RO=6;SAF=12;SAR=20;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888025;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00251294;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:39:37:37:0:14:23:0:0:8:6:12:20:4:2 chr12 108986031 . C T 106.2 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0561597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1233;QD=22.3584;RBI=0.0870438;REFB=-0.0486438;REVB=-0.0665034;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067621;STB=0.538396;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.057998;OID=.;OPOS=108986031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:4:8:4:3:4:8:4:3 chr12 108986112 . G C 243.91 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00488273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.703;QD=23.2293;RBI=0.0240563;REFB=-0.0154617;REVB=0.0235556;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318822;STB=0.517804;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0135889;OID=.;OPOS=108986112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:10:13:10:9:10:13:10:9 chr12 109182049 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.632;QD=56.9564;RBI=0.0284751;REFB=0;REVB=0.00056515;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.10646e-05;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr12 109511256 . T C 1026.6 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.609;QD=59.5131;RBI=0.0449285;REFB=0;REVB=0.0347369;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110885;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:34:35:0:0 chr12 109519189 . C T 258.74 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.000697332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9548;QD=11.7611;RBI=0.0180635;REFB=0.00143761;REVB=-0.01805;RO=57;SAF=20;SAR=11;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305311;STB=0.675662;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00400227;OID=.;OPOS=109519189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:11:20:21:36:11:20:21:36 chr12 109520769 . A G 299.94 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0272403;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0433;QD=18.7461;RBI=0.0442511;REFB=-0.0152859;REVB=-0.034873;RO=32;SAF=20;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170463;STB=0.595178;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0156549;OID=.;OPOS=109520769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:32:32:32:32:0.5:12:20:14:18:12:20:14:18 chr12 109524232 . A G 296.71 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0104964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.372;QD=15.6162;RBI=0.0115208;REFB=0.000453599;REVB=0.00474914;RO=43;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602623;STB=0.53396;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.000564584;OID=.;OPOS=109524232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:18:15:17:26:18:15:17:26 chr12 109617865 . T C 236.33 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0163395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.896;QD=17.5058;RBI=0.0163543;REFB=0.00153135;REVB=-0.000694827;RO=28;SAF=17;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212057;STB=0.61944;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00155538;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:9:17:12:16:9:17:12:16 chr12 109629457 . C T 433.5 PASS AF=0.413223;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0144159;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4852;QD=14.3304;RBI=0.02367;REFB=0.00175316;REVB=-0.0187736;RO=71;SAF=26;SAR=24;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281857;STB=0.515867;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00768362;OID=.;OPOS=109629457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:71:71:50:50:0.413223:24:26:35:36:24:26:35:36 chr12 109675029 . T C 406.87 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00458899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.18;QD=20.0924;RBI=0.0347025;REFB=-0.0345769;REVB=-0.0343978;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344902;STB=0.519116;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0296379;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:22:19:17:23:22:19:17:23 chr12 109693982 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0311413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.517;QD=12.7371;RBI=0.032485;REFB=0.000127055;REVB=-0.00924626;RO=27;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345303;STB=0.694865;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-5.45066e-05;OID=.;OPOS=109693982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:12:4:15:12:12:4:15:13 chr12 109696838 . G A 1919.06 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298098;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.936;QD=61.9052;RBI=0.0347848;REFB=0;REVB=0.0179265;RO=0;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45687e-05;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:62:61:0:0:63:61:0:0 chr12 109717697 . A G 460.01 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00438188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.871;QD=26.6672;RBI=0.0617274;REFB=-0.05052;REVB=0.0615717;RO=26;SAF=23;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506812;STB=0.527652;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0294591;OID=.;OPOS=109717697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:26:43:43:0.623188:20:23:12:14:20:23:12:14 chr12 109723233 . G A 420.46 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.013924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.678;QD=16.4888;RBI=0.0434769;REFB=0.00545816;REVB=0.0411869;RO=56;SAF=23;SAR=23;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175321;STB=0.5098;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00588145;OID=.;OPOS=109723233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:23:23:29:27:23:23:29:27 chr12 109826634 . C A 279.58 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0319943;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0899;QD=16.4461;RBI=0.0333497;REFB=-0.0103667;REVB=0.0094108;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236486;STB=0.513299;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00738008;OID=.;OPOS=109826634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:15:16:20:17:15:16:20:17 chr12 109835590 . A G 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.051335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.856;QD=15.1708;RBI=0.0562584;REFB=-0.00922131;REVB=-0.0230157;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298214;STB=0.517221;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0325597;OID=.;OPOS=109835590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:12:12:8:9:12:12 chr12 109848567 . T C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00708771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.198;QD=20.5427;RBI=0.0077039;REFB=-0.0100775;REVB=0.00301899;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919975;STB=0.55174;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0126351;OID=.;OPOS=109848567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:13:11:14:11:13:11:14:11 chr12 109883374 . T C 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00842499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.514;QD=25.2554;RBI=0.03169;REFB=-0.00642921;REVB=0.0305495;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253176;STB=0.640865;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00339397;OID=.;OPOS=109883374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:10:7:8:2:10:7:8:2 chr12 109889436 . G A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00961207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.016;QD=13.5766;RBI=0.0224782;REFB=0.00321985;REVB=0.0203193;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345886;STB=0.700175;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00206496;OID=.;OPOS=109889436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:14:5:8:5:14:5 chr12 109937534 . G A 291.4 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0158839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.438;QD=16.8926;RBI=0.0179885;REFB=-0.000435258;REVB=0.00844323;RO=37;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174502;STB=0.597785;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000449038;OID=.;OPOS=109937534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:14:18:14:23:14:18:14:23 chr12 109968427 . C T 429.9 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0339092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.706;QD=17.3697;RBI=0.0376353;REFB=-0.00570387;REVB=0.0163275;RO=54;SAF=10;SAR=34;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254206;STB=0.640019;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00569495;OID=.;OPOS=109968427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:44:44:0.444444:34:10:24:30:34:10:24:31 chr12 109994870 . A T 227.18 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00681776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.787;QD=21.133;RBI=0.0305313;REFB=0.00462372;REVB=-0.0297604;RO=20;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306732;STB=0.53441;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00467371;OID=.;OPOS=109994870;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:7:15:13:7:7:15:13:8 chr12 110011229 . GC TT 251.28 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0530553;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=271.311;QD=27.1652;RBI=0.0537853;REFB=-0.0258296;REVB=0.00883119;RO=14;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858043;STB=0.532966;STBP=0.634;TYPE=mnp;VARB=0.0146482;OID=.;OPOS=110011229;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:15:7:6:8:15:8:6:8 chr12 110226796 . A G 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0522323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7411;QD=21.838;RBI=0.0864177;REFB=-0.0135242;REVB=-0.0688463;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228882;STB=0.51281;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00980797;OID=.;OPOS=110226796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:10:15:15:9:10:15:15:9 chr12 110240838 . T G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0098817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.493;QD=47.8143;RBI=0.0276305;REFB=0.0741631;REVB=0.0258031;RO=1;SAF=5;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835989;STB=0.545409;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.000894249;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:16:5:1:0:16:5:1:0 chr12 110290073 . G A 78.59 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0409171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.993;QD=6.41548;RBI=0.0423676;REFB=0.00182164;REVB=0.0109911;RO=35;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818679;STB=0.546788;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0070371;OID=.;OPOS=110290073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:35:38:11:11:0.22449:7:4:15:20:7:4:16:22 chr12 110304290 . A AC 55.0 PASS AF=0.375;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0612446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.9328;QD=9.16683;RBI=0.0717354;REFB=0.0695128;REVB=-0.0373507;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703661;STB=0.588033;STBP=0.493;TYPE=ins;VARB=-0.120697;OID=.;OPOS=110304291;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:8:25:9:24:15:6:3:8:7:55:16:5:3:9:7 chr12 110341933 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0105205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.103;QD=12.9748;RBI=0.0119115;REFB=-0.0199744;REVB=-0.00558602;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061901;STB=0.536523;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0337702;OID=.;OPOS=110341933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:7:11:8:4:7:11 chr12 110342598 . G A 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00274448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8832;QD=20.4037;RBI=0.0178327;REFB=-0.0040304;REVB=0.0176202;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124337;STB=0.561143;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00573372;OID=.;OPOS=110342598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:19:13:15:12:19:13:15:13 chr12 110371897 . G C 220.38 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0639135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6452;QD=16.0273;RBI=0.0773823;REFB=-0.0229226;REVB=0.0436244;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121838;STB=0.568885;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0263109;OID=.;OPOS=110371897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:17:13:14:11:17:13 chr12 110383141 . G A 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0415923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.163;QD=28.022;RBI=0.0417338;REFB=-0.032697;REVB=-0.00343451;RO=19;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439204;STB=0.524212;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0147261;OID=.;OPOS=110383141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:17:12:9:10:17:12:9:10 chr12 110385079 . G T 421.71 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0287695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2859;QD=18.3353;RBI=0.0339574;REFB=-0.0301942;REVB=0.0180394;RO=45;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617521;STB=0.55497;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0403623;OID=.;OPOS=110385079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:49:43:43:0.467391:21:22:20:25:21:22:20:29 chr12 110386611 . G A 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0141418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2875;QD=16.8916;RBI=0.0217747;REFB=-0.0297229;REVB=-0.0165574;RO=44;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130966;STB=0.513506;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0235781;OID=.;OPOS=110386611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:18:19:22:22:18:19:22:23 chr12 110390979 . T C 564.31 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00693476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.211;QD=18.2034;RBI=0.00896534;REFB=0.000347558;REVB=-0.00568212;RO=64;SAF=36;SAR=23;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134787;STB=0.579008;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00049993;OID=.;OPOS=110390979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:64:65:59:59:0.475806:23:36:30:34:23:36:30:35 chr12 110456175 . A G 282.95 PASS AF=0.485294;AO=30;DP=63;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00258979;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.338;QD=16.644;RBI=0.00267891;REFB=-0.0347304;REVB=0.000685221;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147208;STB=0.559076;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0232632;OID=.;OPOS=110456175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:32:35:30:33:0.485294:13:17:13:19:16:17:14:21 chr12 110474070 . T C 190.19 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0159927;FXX=0.0833194;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5006;QD=13.8318;RBI=0.0307512;REFB=0.0273598;REVB=0.0262654;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158109;STB=0.509083;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00191762;OID=.;OPOS=110474070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:11:11:17:16:11:11:17:16 chr12 110922929 . G T 118.31 PASS AF=0.388889;AO=12;DP=34;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000617933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.787;QD=13.1455;RBI=0.0149094;REFB=-0.024201;REVB=-0.0148966;RO=20;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454259;STB=0.640815;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0306549;OID=.;OPOS=110922929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:20:22:12:14:0.388889:2:10:9:11:4:10:11:11 chr12 110960196 . G A 121.87 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0350847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6485;QD=15.7247;RBI=0.0394158;REFB=-0.00367349;REVB=-0.0179631;RO=17;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231906;STB=0.635625;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00243474;OID=.;OPOS=110960196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:3:11:10:7:3:11:10:7 chr12 111353556 . A G 126.44 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00122744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.194;QD=10.5368;RBI=0.0199421;REFB=-0.0160522;REVB=0.0199043;RO=32;SAF=12;SAR=3;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129395;STB=0.571326;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0386653;OID=.;OPOS=111353556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:33:15:15:0.3125:3:12:23:9:3:12:24:9 chr12 111375170 . A G 528.46 PASS AF=0.331683;AO=64;DP=202;FAO=67;FDP=202;FR=.;FRO=135;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=68;FSRR=67;FWDB=0.0185115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4043;QD=10.4645;RBI=0.0251589;REFB=-0.00821953;REVB=-0.0170381;RO=136;SAF=26;SAR=38;SRF=69;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120079;STB=0.547601;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.018597;OID=.;OPOS=111375170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:136:135:64:67:0.331683:38:26:69:67:38:29:68:67 chr12 111375172 . C T 547.43 PASS AF=0.338308;AO=68;DP=201;FAO=68;FDP=201;FR=.;FRO=133;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=66;FSRR=67;FWDB=0.00622865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.876;QD=10.8941;RBI=0.00675366;REFB=-0.0102844;REVB=0.00261071;RO=133;SAF=30;SAR=38;SRF=66;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638747;STB=0.536618;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0209602;OID=.;OPOS=111375172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:133:133:68:68:0.338308:38:30:66:67:38:30:66:67 chr12 111747963 . C T 1136.11 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146345;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.212;QD=60.5926;RBI=0.0155897;REFB=0;REVB=-0.00537321;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20805e-05;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr12 111760251 . G C 902.23 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7496;QD=58.2083;RBI=0.0711998;REFB=0;REVB=-0.0652041;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271302;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr12 111785586 . T C 599.72 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.472;QD=59.9715;RBI=0.106929;REFB=0;REVB=0.106198;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476093;OID=.;OPOS=111785586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:12:27:0:0:13:27:0:0 chr12 111786082 . G C 256.24 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.327;QD=51.2479;RBI=0.0131736;REFB=0;REVB=0.0128507;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67148e-05;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:4:15:0:0:5:15:0:0 chr12 111786892 . T C 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.898;QD=57.1742;RBI=0.0322881;REFB=0;REVB=0.0321356;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99846e-05;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr12 111798553 . A G 1395.25 PASS AF=0.958333;AO=90;DP=94;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0249718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4286;QD=58.1352;RBI=0.0396875;REFB=-0.0354179;REVB=-0.0308464;RO=2;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215322;STB=0.501364;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0025832;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:94:96:2:4:90:92:0.958333:43:47:0:2:43:49:2:2 chr12 111884608 . T C 1033.35 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00392716;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.981;QD=58.217;RBI=0.0118061;REFB=-0.134111;REVB=-0.0111338;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133173;STB=0.50704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000393441;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:1:1:70:70:0.985915:35:35:0:1:35:35:0:1 chr12 111886967 . T A 479.27 PASS AF=0.489583;AO=48;DP=95;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00442862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.266;QD=19.9695;RBI=0.0130546;REFB=-0.013216;REVB=0.0122805;RO=47;SAF=23;SAR=25;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481602;STB=0.54152;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0114286;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:47:49:48:47:0.489583:25:23:20:27:24:23:20:29 chr12 111993712 . C T 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0582983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.717;QD=16.3238;RBI=0.05835;REFB=0.000958861;REVB=-0.00245729;RO=49;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174375;STB=0.597652;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0035573;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:19:19:16:33:19:19:16:33 chr12 112110489 . T C 119.53 PASS AF=0.296296;AO=15;DP=53;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0181509;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.221;QD=8.85392;RBI=0.0299702;REFB=-0.0076454;REVB=0.0238487;RO=37;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105563;STB=0.549939;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0189251;OID=.;OPOS=112110489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:37:38:15:16:0.296296:7:8:23:14:7:9:24:14 chr12 112191641 . G A 86.88 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0328931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.654;QD=12.8711;RBI=0.0718798;REFB=-0.0246818;REVB=0.063912;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231514;STB=0.635527;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0263979;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:5:11:5:6:5:11 chr12 112194727 . C T 118.79 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0445273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.854;QD=22.6258;RBI=0.0446797;REFB=-0.019845;REVB=-0.00368654;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259793;STB=0.514683;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0197753;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:6:7:4:4:6:7:4:4 chr12 112241766 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.014382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.582;QD=15.2622;RBI=0.018358;REFB=0.000468741;REVB=0.0114094;RO=15;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376485;STB=0.711851;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00052735;OID=.;OPOS=112241766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:11:2:7:8:11:2:7:9 chr12 112375990 . A C 359.41 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0263674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4409;QD=19.9671;RBI=0.0508454;REFB=-0.0155299;REVB=0.0434743;RO=35;SAF=23;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122135;STB=0.567864;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0159284;OID=.;OPOS=112375990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:14:23:17:18:14:23:17:18 chr12 112416586 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0344506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2245;QD=15.2589;RBI=0.0689567;REFB=0.0399018;REVB=0.0597343;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183473;STB=0.60839;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0252207;OID=.;OPOS=112416586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:2:4:3:4:2:4 chr12 112460147 . T G 110.2 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00779344;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.336;QD=13.775;RBI=0.0256795;REFB=-0.0151889;REVB=-0.0244683;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142857;STB=0.615207;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0258639;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:17:19:13:13:0.40625:8:5:9:8:8:5:11:8 chr12 112460749 . A G 2370.01 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.578;QD=64.0544;RBI=0.0230792;REFB=0;REVB=-0.00335808;RO=0;SAF=79;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90087e-05;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:69:79:0:0:69:79:0:0 chr12 112464893 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00592095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.857;QD=17.0892;RBI=0.0171101;REFB=-0.0120757;REVB=-0.0160529;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061768;STB=0.534856;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0147027;OID=.;OPOS=112464893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:15:10:13:15:15:10:13:15 chr12 112464967 . T C 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0337656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6684;QD=14.399;RBI=0.0339005;REFB=-0.00872542;REVB=0.00302092;RO=33;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152177;STB=0.521455;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.034797;OID=.;OPOS=112464967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:17:8:11:22:17:8:12:22 chr12 112477055 . T C 154.15 PASS AF=0.377778;AO=18;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00274426;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.796;QD=13.7025;RBI=0.0174627;REFB=-0.0233617;REVB=-0.0172458;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118089;STB=0.583241;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0396393;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:28:18:17:0.377778:11:7:8:20:10:7:8:20 chr12 112577990 . T C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0230886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.197;QD=11.1312;RBI=0.0243722;REFB=-0.0160813;REVB=-0.0078052;RO=17;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512113;STB=0.81741;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0292993;OID=.;OPOS=112577990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:9:1:8:9:9:1:8:9 chr12 112580071 . C T 299.91 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0395243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.751;QD=15.5795;RBI=0.0405885;REFB=-0.000352573;REVB=-0.00923317;RO=44;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153224;STB=0.50649;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.000279988;OID=.;OPOS=112580071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:43:33:34:0.441558:17:16:22:22:17:17:21:22 chr12 112598321 . G A 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0201549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.316;QD=15.2557;RBI=0.0207345;REFB=0.014178;REVB=0.00486793;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147169;STB=0.52064;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0338273;OID=.;OPOS=112598321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:8:12:17:12:8:12:17:13 chr12 112667675 . T G 635.88 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264637;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.487;QD=62.0374;RBI=0.0268382;REFB=0;REVB=-0.00446734;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116454;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr12 112703732 . A C 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0175078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.919;QD=17.7624;RBI=0.0210115;REFB=-0.0131335;REVB=0.0116172;RO=45;SAF=13;SAR=26;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239351;STB=0.634076;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0199849;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:26:13:26:19:26:13:26:19 chr12 112704961 . A G 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0194876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.379;QD=19.9663;RBI=0.0196058;REFB=-0.0249385;REVB=0.00215036;RO=24;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671088;STB=0.521724;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0316915;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:26:29:29:0.527273:11:18:13:11:11:18:15:11 chr12 112705013 . C T 353.56 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0541315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3133;QD=23.9705;RBI=0.0575854;REFB=-0.0123732;REVB=0.0196435;RO=24;SAF=24;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149171;STB=0.58223;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.012061;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:11:24:12:12:11:24:12:12 chr12 112712748 . C T 74.43 PASS AF=0.195652;AO=12;DP=49;FAO=9;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.132058;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.545;QD=6.47254;RBI=0.132428;REFB=-0.0234683;REVB=-0.00989024;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283314;STB=0.646728;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0680033;OID=.;OPOS=112712748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:49:46:22:37:12:9:0.195652:7:5:4:18:6:3:19:18 chr12 113313470 . C T 1012.01 PASS AF=0.412409;AO=113;DP=274;FAO=113;FDP=274;FR=.;FRO=161;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=71;FSRR=90;FWDB=0.0385637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0844;QD=14.7739;RBI=0.0622665;REFB=-0.0221171;REVB=0.0488873;RO=158;SAF=56;SAR=57;SRF=70;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549386;STB=0.532087;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.031905;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:158:161:113:113:0.412409:57:56:70:88:57:56:71:90 chr12 113319600 . C T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00673468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5139;QD=13.9118;RBI=0.018225;REFB=0.00179248;REVB=-0.016935;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207878;STB=0.618767;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00405906;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:21:10:11:10:21:10 chr12 113325629 . T C 370.13 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0288821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.274;QD=14.805;RBI=0.0294066;REFB=-0.00768537;REVB=-0.00552939;RO=60;SAF=20;SAR=20;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352822;STB=0.51999;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0122216;OID=.;OPOS=113325629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:60:40:40:0.4:20:20:28:32:20:20:28:32 chr12 113348870 . G A 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00871075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1369;QD=19.4011;RBI=0.0303635;REFB=-0.00510255;REVB=0.0290872;RO=38;SAF=22;SAR=16;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718366;STB=0.539951;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0048546;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:16:22:19:19:16:22:19:19 chr12 113357193 . G A 289.02 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3638;QD=52.5486;RBI=0.0580343;REFB=0;REVB=-0.0479461;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00242084;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr12 113357209 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.112;QD=55.6561;RBI=0.0231101;REFB=0;REVB=-0.0160714;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360635;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr12 113357237 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4367;QD=61.6838;RBI=0.0340653;REFB=0;REVB=-0.0340319;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410991;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr12 113357442 . G A 710.35 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7482;QD=54.6423;RBI=0.0433935;REFB=-0.0988985;REVB=0.0350216;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00334047;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:25:26:1:0:25:26:1:0 chr12 113369715 . TA T 858.78 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.086;QD=56.3133;RBI=0.0180692;REFB=0;REVB=0.0176036;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.05201e-05;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:61:61:61:0:29:32:0:0:4:1:28:32:1:0 chr12 113369759 . G C 775.2 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9267;QD=56.3781;RBI=0.0274291;REFB=0;REVB=0.000629312;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123246;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:29:26:0:0 chr12 113376388 . G A 1244.44 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2669;QD=60.7045;RBI=0.0881994;REFB=0;REVB=0.0820191;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298753;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:0:0:77:82:1:42:35:0:0:45:37:0:0 chr12 113376452 . C T 400.7 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.327;QD=53.4273;RBI=0.0316415;REFB=0.117867;REVB=0.0269388;RO=1;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190064;STB=0.510197;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0008792;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:24:4:0:1:24:5:0:1 chr12 113386779 . C G 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.016172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.846;QD=24.293;RBI=0.0194781;REFB=-0.0165591;REVB=-0.0108564;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984436;STB=0.568036;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.011297;OID=.;OPOS=113386779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:9:10:8:4:9:10:9:4 chr12 113386950 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.807;QD=58.6005;RBI=0.0170056;REFB=0;REVB=0.0042595;RO=0;SAF=17;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02171e-05;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:47:17:0:0:47:17:0:0 chr12 113398919 . G A 146.5 PASS AF=0.339286;AO=18;DP=55;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0128077;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.124;QD=10.4642;RBI=0.0156368;REFB=-0.00624504;REVB=-0.00897066;RO=37;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26771;STB=0.668392;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0154666;OID=.;OPOS=113398919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:37:37:18:19:0.339286:6:12:16:21:6:13:16:21 chr12 113403684 . C T 363.32 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00641789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.925;QD=21.0617;RBI=0.0080693;REFB=-0.0518867;REVB=-0.00489125;RO=32;SAF=22;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175029;STB=0.600895;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0299982;OID=.;OPOS=113403684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:32:36:37:0.536232:14:22:13:19:14:23:13:19 chr12 113425154 . C G 175.87 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.232;QD=46.898;RBI=0.0118175;REFB=0;REVB=0.00883499;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62565e-05;OID=.;OPOS=113425154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:10:5:0:0 chr12 113435450 . A T 1615.82 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4839;QD=59.8452;RBI=0.0704248;REFB=0;REVB=0.0476568;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.5703e-06;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:105:108:1:59:46:0:0:62:46:0:0 chr12 113448288 . A G 1076.2 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.568;QD=59.7886;RBI=0.0149922;REFB=0;REVB=0.0145898;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42682e-05;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:40:31:0:0:41:31:0:0 chr12 113553481 . C T 740.23 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.006;QD=56.9405;RBI=0.0253544;REFB=0;REVB=0.0161542;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.43293e-06;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr12 113603769 . G A 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0140987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.215;QD=25.4135;RBI=0.0256522;REFB=-0.031402;REVB=0.0214304;RO=24;SAF=20;SAR=18;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702913;STB=0.538441;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0189751;OID=.;OPOS=113603769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:18:20:15:9:18:20:15:9 chr12 113737736 . AG A 325.77 PASS AF=1;AO=25;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.201012;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.4152;QD=35.2178;RBI=0.223605;REFB=-0.0276477;REVB=0.0979466;RO=8;SAF=18;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.226804;SSSB=-0.0894204;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0182712;OID=.;OPOS=113737737;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:36:37:37:0:27:10:0:0:5:8:18:7:7:1 chr12 114261053 . G A 862.56 PASS AF=0.475676;AO=88;DP=185;FAO=88;FDP=185;FR=.;FRO=97;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.0311995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.949;QD=18.6499;RBI=0.0446897;REFB=-0.025595;REVB=0.0319963;RO=97;SAF=47;SAR=41;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00189937;STB=0.501049;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0293872;OID=.;OPOS=114261053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:97:97:88:88:0.475676:41:47:52:45:41:47:52:45 chr12 114362483 . C T 790.45 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00417801;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=342.029;QD=64.5264;RBI=0.0197703;REFB=0;REVB=0.0193238;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72608e-05;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr12 114374887 . T C 292.94 PASS AF=0.44;AO=34;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0682692;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7651;QD=15.6235;RBI=0.0695856;REFB=-0.0329155;REVB=0.0134714;RO=40;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333073;STB=0.51041;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0500941;OID=.;OPOS=114374887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:42:34:33:0.44:21:13:14:26:21:12:16:26 chr12 114377835 . A G 521.7 PASS AF=0.524752;AO=52;DP=100;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00283464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.537;QD=20.6613;RBI=0.0197236;REFB=-0.0184207;REVB=-0.0195188;RO=47;SAF=28;SAR=24;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240601;STB=0.522514;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0115876;OID=.;OPOS=114377835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:47:48:52:53:0.524752:24:28:24:23:24:29:24:24 chr12 114377877 . T C 486.25 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00205304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.764;QD=21.3736;RBI=0.01433;REFB=-0.0164572;REVB=0.0141821;RO=44;SAF=27;SAR=20;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768189;STB=0.542355;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0106584;OID=.;OPOS=114377877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:20:27:29:15:20:27:29:15 chr12 114377885 . G C 418.97 PASS AF=0.506024;AO=39;DP=82;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0126677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.791;QD=20.1913;RBI=0.025168;REFB=-0.0200707;REVB=-0.0217476;RO=33;SAF=27;SAR=12;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455018;STB=0.556494;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0125121;OID=.;OPOS=114377885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:33:41:39:42:0.506024:12:27:23:10:14:28:23:18 chr12 114377899 . G C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.705;QD=60.8833;RBI=0.0580758;REFB=0;REVB=0.057563;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90595e-05;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr12 114383651 . C T 506.54 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0126956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.185;QD=20.675;RBI=0.0127745;REFB=-0.0109906;REVB=-0.00141773;RO=46;SAF=22;SAR=27;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667597;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010169;OID=.;OPOS=114383651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:49:49:49:0.5:27:22:21:25:27:22:22:27 chr12 114386572 . C T 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0133076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.641;QD=16.0287;RBI=0.0243921;REFB=-0.00605398;REVB=-0.0204422;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128786;STB=0.507283;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00704948;OID=.;OPOS=114386572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:16:14:12:13:16:14 chr12 114386639 . A G 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0059699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.422;QD=18.6204;RBI=0.0277122;REFB=-0.00979469;REVB=-0.0270615;RO=39;SAF=19;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11846;STB=0.565922;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00863506;OID=.;OPOS=114386639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:18:19:15:24:18:19:15:24 chr12 114395651 . T C 325.16 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00164258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2838;QD=14.7798;RBI=0.0215727;REFB=-0.0150304;REVB=0.02151;RO=52;SAF=15;SAR=21;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087806;STB=0.549781;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.022344;OID=.;OPOS=114395651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:21:15:26:26:21:15:26:26 chr12 114793240 . C T 120.87 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.000971732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.656;QD=14.6509;RBI=0.00288272;REFB=-0.00928545;REVB=-0.002714;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253949;STB=0.636183;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0116575;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:19:14:14:0.424242:7:7:4:13:7:7:5:14 chr12 114793297 . T C 161.58 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0312363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.182;QD=19.009;RBI=0.0389156;REFB=-0.0528493;REVB=0.0232103;RO=17;SAF=1;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.595481;STB=0.851519;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0432632;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:16:1:8:9:16:1:8:9 chr12 115108136 . T C 148.1 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0247673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.2;QD=21.941;RBI=0.0260951;REFB=-0.0445167;REVB=0.00821797;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110469;STB=0.544131;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0289647;OID=.;OPOS=115108136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:27:11:11:15:16:0.592593:9:6:6:5:9:7:6:5 chr12 116155595 . G A 1556.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4698;QD=59.8633;RBI=0.0562051;REFB=0;REVB=0.0550831;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042441;OID=.;OPOS=116155595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:46:58:0:0:46:58:0:0 chr12 116408538 . A G 630.39 PASS AF=0.553571;AO=61;DP=111;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.000577604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.274;QD=22.5139;RBI=0.000621217;REFB=-0.0095055;REVB=-0.000228657;RO=50;SAF=26;SAR=35;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777626;STB=0.54544;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00727965;OID=.;OPOS=116408538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:50:50:61:62:0.553571:35:26:26:24:36:26:26:24 chr12 116446445 . C T 294.27 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.00402853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.465;QD=17.5685;RBI=0.0150678;REFB=-0.00182905;REVB=-0.0145193;RO=35;SAF=12;SAR=20;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357631;STB=0.698808;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000528417;OID=.;OPOS=116446445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:20:12:27:8:20:12:27:8 chr12 116586414 . CTATA ATATC,C,CTA 566.07 PASS AF=0.0454545,0.431818,0.477273;AO=2,14,15;DP=42;FAO=2,19,21;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=0,2,8;FSAR=2,17,13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0896827,0.0255109,0.0736222;FXX=0.0222173;HRUN=1,1,1;LEN=5,4,2;MLLD=52.4044,72.9699,41.3201;QD=51.4605;RBI=0.131376,0.124225,0.106547;REFB=-0.2249,-0.174433,-0.206115;REVB=0.096004,0.121577,0.0770192;RO=2;SAF=0,0,5;SAR=2,14,10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.0828326;STB=0.5,0.52775,0.535681;STBP=1,0.623,0.317;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.13861,0.0772442,0.166005;OID=.,.,.;OPOS=116586414,116586415,116586415;OREF=CTATA,TATA,TA;OALT=ATATC,-,-;OMAPALT=ATATC,C,CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:42:44:2:2:2,14,15:2,19,21:0.0454545,0.431818,0.477273:2,14,10:0,0,5:0:2:2,17,13:0,2,8:0:2 chr12 117014131 . G GA 102.49 PASS AF=0.44;AO=29;DP=78;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.120613;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.47244;QD=5.46604;RBI=0.135045;REFB=0.0200542;REVB=-0.0607422;RO=42;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108704;STB=0.549601;STBP=0.515;TYPE=ins;VARB=-0.036495;OID=.;OPOS=117014132;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:29:78:33:75:42:10:23:16:26:99:42:9:20:17:25 chr12 117187907 . T C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0165473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.452;QD=24.4131;RBI=0.0679268;REFB=0.0221729;REVB=-0.0658805;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084233;STB=0.547855;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00652615;OID=.;OPOS=117187907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:3:2:3:8:3:2 chr12 117217141 . T C 804.83 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142692;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.191;QD=57.488;RBI=0.0638054;REFB=0;REVB=0.0621894;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186398;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr12 117289613 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.023;QD=57.8848;RBI=0.0346613;REFB=0;REVB=0.0258268;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9733e-05;OID=.;OPOS=117289613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr12 117290182 . T TTTCCCC 367.15 PASS AF=0.964286;AO=23;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0519004;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=6;MLLD=322.82;QD=52.4496;RBI=0.0531844;REFB=0.0172441;REVB=0.0116159;RO=3;SAF=6;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105403;STB=0.512811;STBP=0.624;TYPE=ins;VARB=-0.000546641;OID=.;OPOS=117290183;OREF=-;OALT=TTCCCC;OMAPALT=TTTCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.964286:23:29:27:28:1:8:19:0:1:6:3:6:17:2:1 chr12 117383320 . G A 778.86 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1022;QD=63.5807;RBI=0.0419189;REFB=0;REVB=0.0280926;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64842e-05;OID=.;OPOS=117383320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:28:19:0:0:30:19:0:0 chr12 117465264 . C T 709.57 PASS AF=0.510949;AO=68;DP=135;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.0547371;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.25;QD=20.7175;RBI=0.0555542;REFB=-0.0333375;REVB=0.00949357;RO=66;SAF=26;SAR=42;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109346;STB=0.501519;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0301226;OID=.;OPOS=117465264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:66:67:68:70:0.510949:42:26:26:40:42:28:27:40 chr12 117465857 . T C 1453.49 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.925;QD=63.1954;RBI=0.0126333;REFB=0;REVB=0.0122459;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67429e-05;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:45:46:0:0:45:47:0:0 chr12 117584066 . G A 427.99 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0436345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.722;QD=19.4539;RBI=0.0449251;REFB=-0.00191724;REVB=0.0106907;RO=43;SAF=22;SAR=21;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837429;STB=0.545625;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00196363;OID=.;OPOS=117584066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:45:43:43:0.488636:21:22:18:25:21:22:19:26 chr12 117593387 . G A 960.57 PASS AF=0.445415;AO=102;DP=227;FAO=102;FDP=229;FR=.;FRO=127;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=67;FSRR=60;FWDB=0.00589503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.962;QD=16.7786;RBI=0.0140277;REFB=-0.0207156;REVB=0.0127289;RO=124;SAF=59;SAR=43;SRF=66;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464475;STB=0.528659;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0111654;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:229:124:127:102:102:0.445415:43:59:66:58:43:59:67:60 chr12 117593391 . A G 1039.82 PASS AF=0.459574;AO=107;DP=234;FAO=108;FDP=235;FR=.;FRO=127;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=-0.0445583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.724;QD=17.6991;RBI=0.0476859;REFB=-0.00364405;REVB=-0.0169855;RO=127;SAF=62;SAR=45;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748989;STB=0.538307;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00577118;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:127:127:107:108:0.459574:45:62:64:63:46:62:64:63 chr12 117669914 . G A 282.27 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00368005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.743;QD=22.5816;RBI=0.0573856;REFB=0.000364962;REVB=0.0572675;RO=24;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173876;STB=0.597367;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00020387;OID=.;OPOS=117669914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:17:9:13:11:17:9:13:11 chr12 117685270 . G A 1227.89 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00334902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.888;QD=61.3946;RBI=0.0375964;REFB=0;REVB=0.037447;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11103e-05;OID=.;OPOS=117685270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:35:44:0:0:36:44:0:0 chr12 117693817 . G A 602.14 PASS AF=0.86;AO=43;DP=50;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.185897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.8456;QD=48.1709;RBI=0.190874;REFB=-0.185102;REVB=0.0433036;RO=6;SAF=11;SAR=32;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229946;STB=0.505465;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0240408;OID=.;OPOS=117693817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:50:50:6:7:43:43:0.86:32:11:2:4:32:11:2:5 chr12 117701714 . A G 266.3 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0341685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.987;QD=11.2124;RBI=0.058517;REFB=-0.0134492;REVB=-0.0475054;RO=63;SAF=11;SAR=21;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244225;STB=0.641771;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0398474;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:63:32:32:0.336842:21:11:35:28:21:11:35:28 chr12 117890947 . T C 1472.36 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.389;QD=63.3271;RBI=0.0476982;REFB=0;REVB=0.0466985;RO=0;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111655;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:58:35:0:0:58:35:0:0 chr12 118020115 . G A 727.73 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.442;QD=57.0766;RBI=0.0313292;REFB=0;REVB=0.0271096;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14543e-05;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:22:29:0:0 chr12 118199286 . C G 919.71 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0612558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.658;QD=58.3941;RBI=0.0625539;REFB=0;REVB=0.0126774;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133827;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr12 118467553 . A G,T 748.81 PASS AF=0.591837,0.408163;AO=29,11;DP=40;FAO=29,20;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20,14;FSAR=9,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222317,0.0123291;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.973,68.9807;QD=61.1271;RBI=0.0259617,0.0235164;REFB=0,0;REVB=-0.0134074,0.0200253;RO=0;SAF=20,5;SAR=9,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00470293,0.121828;OID=.,.;OPOS=118467553,118467553;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:40:49:0:0:29,11:29,20:0.591837,0.408163:9,6:20,5:0:0:9,6:20,14:0:0 chr12 118473054 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.828;QD=57.1062;RBI=0.0184491;REFB=0;REVB=0.00808476;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44544e-05;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr12 118509191 . G A 362.15 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698327;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.892;QD=55.7155;RBI=0.0737203;REFB=0;REVB=0.0236236;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00061418;OID=.;OPOS=118509191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr12 118511726 . C T 436.86 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=41;FWDB=0.0128287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.754;QD=18.7895;RBI=0.013601;REFB=-0.00914159;REVB=-0.00451789;RO=48;SAF=4;SAR=40;SRF=7;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134774;STB=0.596964;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.011664;OID=.;OPOS=118511726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:49:44:44:0.473118:40:4:7:41:40:4:8:41 chr12 118520170 . G A 280.79 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00703816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.477;QD=28.0789;RBI=0.0242555;REFB=0.000863293;REVB=0.023212;RO=15;SAF=13;SAR=12;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261774;STB=0.643458;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000576155;OID=.;OPOS=118520170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:12:13:2:13:12:13:2:13 chr12 118682751 . C T 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9134;QD=61.3299;RBI=0.0130604;REFB=0;REVB=-0.0120242;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200278;OID=.;OPOS=118682751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr12 118827781 . G A 271.68 PASS AF=0.376471;AO=31;DP=84;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0715149;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7449;QD=12.785;RBI=0.100041;REFB=-0.0109661;REVB=-0.0699564;RO=52;SAF=23;SAR=8;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324995;STB=0.684092;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0337986;OID=.;OPOS=118827781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:52:53:31:32:0.376471:8:23:24:28:9:23:23:30 chr12 118828755 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0180727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.843;QD=9.47604;RBI=0.0252716;REFB=-0.00919797;REVB=0.0176644;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327763;STB=0.51996;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0157499;OID=.;OPOS=118828755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:12:9:4:6:12:9 chr12 118855405 . A G 319.34 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0121543;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.338;QD=15.3897;RBI=0.0233647;REFB=-0.00089734;REVB=0.0199545;RO=50;SAF=17;SAR=18;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118458;STB=0.556287;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0009936;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:50:48:35:35:0.421687:18:17:30:20:18:17:28:20 chr12 119431750 . G T 1048.12 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.935;QD=58.2287;RBI=0.0345268;REFB=-0.0812255;REVB=0.0238131;RO=1;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126095;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000234177;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:37:34:0:1:37:34:0:1 chr12 119588962 . G A 337.59 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.02386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7451;QD=20.1547;RBI=0.0263836;REFB=0.00151091;REVB=-0.0112603;RO=32;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370165;STB=0.520536;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00225993;OID=.;OPOS=119588962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:19:16:16:16:19:16:16:16 chr12 119594626 . TGGGGGC TGGGC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC 512.48 PASS AF=0.192982,0,0.807018,0;AO=9,7,32,3;DP=58;FAO=11,0,46,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,20,0;FSAR=8,0,26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295608,-0.154368,0.0576713,0.217042;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,2,1,1;MLLD=12.5925,7.49105,12.4621,5.52737;QD=35.9633;RBI=0.10923,0.167956,0.207922,0.257984;REFB=-0.0222557,0.0299959,-0.0144727,-0.054542;REVB=0.105154,0.0661791,0.199763,0.139457;RO=4;SAF=2,6,11,1;SAR=7,1,21,2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0.349206,0.349206,0.349206,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.187655,0.31972,-0.0353201,-0.149914;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0370711,-0.0434568,-0.00242512,0;OID=.,.,.,.;OPOS=119594627,119594631,119594627,119594631;OREF=GG,GC,G,G;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=TGGGC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.192982,0,0.807018,0:9,7,32,3:58:11,0,46,0:57:0:3,0,20,0:8,0,26,0:0:0:30:4:2,6,11,1:7,1,21,2:2:2 chr12 119866533 . A G 243.37 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0332507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.001;QD=23.1776;RBI=0.0366436;REFB=-0.0332787;REVB=0.0153995;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27236;STB=0.652042;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0275755;OID=.;OPOS=119866533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:8:15:6:13:8:15:6:13 chr12 119871387 . A G 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00515286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.249;QD=19.9053;RBI=0.00955249;REFB=-0.0145593;REVB=0.00804351;RO=28;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10005;STB=0.555642;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0113704;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:13:18:13:15:13:18:13:15 chr12 120067561 . T C 1641.78 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.742;QD=60.2487;RBI=0.0352999;REFB=0;REVB=0.00479101;RO=0;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10805e-05;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:56:53:0:0:56:53:0:0 chr12 120171995 . T C 372.76 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0581898;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7856;QD=19.8803;RBI=0.0673251;REFB=0.0202055;REVB=-0.0338616;RO=37;SAF=23;SAR=15;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246506;STB=0.624152;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0207273;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:37:37:38:38:0.506667:15:23:12:25:15:23:13:24 chr12 120189879 . A G 146.41 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.021204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.326;QD=16.7327;RBI=0.0223883;REFB=-0.0330744;REVB=-0.00718506;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024879;STB=0.514268;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0358678;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:10:9:8:8:10:9 chr12 120189888 . T C 160.75 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00778569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.468;QD=18.9122;RBI=0.026887;REFB=-0.0256541;REVB=0.025735;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0294287;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:8:9:9:8:8:9 chr12 120271898 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0310102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.595;QD=18.4834;RBI=0.0376078;REFB=-0.0166831;REVB=0.0212771;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133747;STB=0.575837;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0231857;OID=.;OPOS=120271898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:8:13:9:10:8:13 chr12 120457035 . A G 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00391398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2376;QD=17.7157;RBI=0.0199592;REFB=0.00639177;REVB=-0.0195717;RO=42;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13189;STB=0.573731;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00745437;OID=.;OPOS=120457035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:21:16:24:18:21:16:24:18 chr12 120575549 . A C 1008.43 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.7;QD=59.3192;RBI=0.023254;REFB=0;REVB=0.0127007;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51088e-05;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr12 120589064 . G C 1555.32 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0543787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6339;QD=58.6915;RBI=0.0547423;REFB=-0.0692249;REVB=-0.00629957;RO=1;SAF=32;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654592;STB=0.503401;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.000560344;OID=.;OPOS=120589064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:72:32:0:1:73:32:0:1 chr12 120589160 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.299;QD=62.3502;RBI=0.0359892;REFB=0;REVB=-0.00388619;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39914e-05;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:27:16:0:0 chr12 120591143 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.161;QD=60.7162;RBI=0.0399326;REFB=0;REVB=0.0287792;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6877e-05;OID=.;OPOS=120591143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr12 120608031 . A G 903.08 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.071;QD=58.263;RBI=0.0359333;REFB=0;REVB=-0.0198398;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59607e-05;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:32:30:0:0 chr12 120636549 . C A 1249.9 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0141005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9598;QD=60.2361;RBI=0.10968;REFB=0.06391;REVB=-0.10877;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.507461;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00471269;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:33:49:0:0:33:49:0:1 chr12 120661977 . T C 364.99 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.993;QD=52.1413;RBI=0.0448782;REFB=-0.0579096;REVB=0.0425316;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00100848;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:0:1:27:27:0.964286:17:10:0:0:17:10:1:0 chr12 120662505 . T C 177.33 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0698439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7782;QD=12.2299;RBI=0.0737474;REFB=-0.0278059;REVB=-0.023675;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337589;STB=0.501693;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0400656;OID=.;OPOS=120662505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:36:22:22:0.37931:8:14:20:13:8:14:23:13 chr12 120731003 . A G 473.23 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00593168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.919;QD=23.9612;RBI=0.0224816;REFB=0.00590563;REVB=-0.021685;RO=34;SAF=26;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038592;STB=0.521182;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00449087;OID=.;OPOS=120731003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:19:26:18:16:19:26:18:16 chr12 120741382 . G A 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00203124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.15;QD=10.8225;RBI=0.0373501;REFB=-0.00216922;REVB=-0.0372948;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934791;STB=0.555467;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0049968;OID=.;OPOS=120741382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:6:17:8:4:6:17 chr12 120741669 . G A 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00434337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.677;QD=23.8983;RBI=0.0398698;REFB=-0.0197123;REVB=0.0396325;RO=25;SAF=8;SAR=28;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170443;STB=0.594283;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0227673;OID=.;OPOS=120741669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:28:8:10:15:28:8:10:15 chr12 120750517 . A G 283.89 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0365838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6519;QD=15.141;RBI=0.101984;REFB=-0.0105393;REVB=-0.0951969;RO=43;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209738;STB=0.618655;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0100777;OID=.;OPOS=120750517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:12:20:18:25:12:20:18:25 chr12 120762837 . A G 325.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00254968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.933;QD=14.8062;RBI=0.00445195;REFB=-0.0166367;REVB=-0.00364952;RO=52;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490079;STB=0.527762;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0216313;OID=.;OPOS=120762837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:19:17:27:25:19:17:27:25 chr12 120882217 . G T 708.19 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.52;QD=62.9501;RBI=0.0247456;REFB=0;REVB=-0.0199635;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16883e-06;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:19:26:0:0 chr12 120882264 . AAAG A,AAAA 751.88 PASS AF=1,0;AO=42,4;DP=50;FAO=48,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118555,-0.00875189;FXX=0.020404;HRUN=7,1;LEN=3,1;MLLD=231.454,208.685;QD=62.6564;RBI=0.0145705,0.0121745;REFB=0,0;REVB=-0.00847031,-0.00846297;RO=0;SAF=23,0;SAR=19,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000292038,0;OID=.,.;OPOS=120882265,120882267;OREF=AAG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:42,4:50:48,0:48:0:28,0:20,0:0:0:4:0:23,0:19,4:0:0 chr12 120884328 . C T 618.15 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0451876;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9848;QD=58.8713;RBI=0.133928;REFB=-0.154171;REVB=0.126074;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00226728;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:22:19:0:0:22:19:1:0 chr12 120934407 . C T 1054.08 PASS AF=0.938272;AO=73;DP=79;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0924095;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.5825;QD=52.0534;RBI=0.14411;REFB=-0.183255;REVB=0.110582;RO=6;SAF=39;SAR=34;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492763;STB=0.504562;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0120645;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:79:81:6:5:73:76:0.938272:34:39:3:3:36:40:3:2 chr12 120934624 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0323;QD=56.7061;RBI=0.0349104;REFB=0;REVB=-0.0291839;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000514213;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr12 120966921 . A G 257.29 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.716;QD=51.4587;RBI=0.111325;REFB=0;REVB=0.0786301;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102724;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:16:20:1:9:7:0:0:12:8:0:0 chr12 121017171 . A G 1419.02 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.85;QD=61.6965;RBI=0.0305205;REFB=-0.105123;REVB=0.000116936;RO=1;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101937;STB=0.505375;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00337216;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:46:45:0:1:46:45:0:1 chr12 121131891 . C T 1469.61 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00684739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.966;QD=61.2338;RBI=0.056112;REFB=-0.0845526;REVB=-0.0556926;RO=2;SAF=63;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014814;STB=0.503875;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000242196;OID=.;OPOS=121131891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:2:1:94:95:0.989583:31:63:2:0:31:64:1:0 chr12 121151093 . C T 1171.42 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0332196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.934;QD=57.1422;RBI=0.0334447;REFB=-0.0703511;REVB=0.00387352;RO=1;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108827;STB=0.51685;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00147305;OID=.;OPOS=121151093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:82:1:3:79:79:0.963415:43:36:0:1:43:36:0:3 chr12 121174899 . T C 1770.47 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059582;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.312;QD=61.0508;RBI=0.0606288;REFB=0;REVB=0.011218;RO=0;SAF=48;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181297;OID=.;OPOS=121174899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:68:48:0:0:68:48:0:0 chr12 121175984 . T C 538.3 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.989;QD=59.8108;RBI=0.0382741;REFB=0;REVB=0.038151;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142197;OID=.;OPOS=121175984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr12 121176679 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.071;QD=57.0005;RBI=0.0357498;REFB=0;REVB=0.0357073;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015391;OID=.;OPOS=121176679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr12 121202242 . A G 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0420108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.168;QD=26.0488;RBI=0.0420793;REFB=0.0388504;REVB=-0.00239912;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896755;STB=0.505042;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00916635;OID=.;OPOS=121202242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:5:7:3:2:5:7:3:2 chr12 121221518 . C T 127.1 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0154647;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4671;QD=10.8166;RBI=0.0508088;REFB=0.00291391;REVB=-0.0483981;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31539;STB=0.712058;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0114589;OID=.;OPOS=121221518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:32:15:15:0.319149:5:10:11:18:5:10:11:21 chr12 121416650 . A C 373.82 PASS AF=0.415842;AO=41;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00152248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.325;QD=14.8049;RBI=0.00654578;REFB=-0.0184026;REVB=0.00636626;RO=57;SAF=18;SAR=23;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108071;STB=0.562265;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0309376;OID=.;OPOS=121416650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:59:41:42:0.415842:23:18:31:26:23:19:33:26 chr12 121434358 . GGGCCC GCC,GG,GGGCTC 181.5 PASS AF=0.882353,0.117647,0;AO=5,3,3;DP=20;FAO=15,2,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4,2,0;FSAR=11,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187619,-0.0717987,-0.0536004;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=3,4,1;MLLD=22.6176,15.0218,118.15;QD=42.7049;RBI=0.187761,0.159474,0.0760723;REFB=0,0,0;REVB=0.00729664,0.142397,-0.0539814;RO=4;SAF=0,3,3;SAR=5,0,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0.375,0.375,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.782218,0.782218;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00674859,0.0566702,0;OID=.,.,.;OPOS=121434359,121434360,121434362;OREF=GGC,GCCC,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GCC,GG,GGGCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.882353,0.117647,0:5,3,3:20:15,2,0:17:0:4,2,0:11,0,0:0:0:8:4:0,3,3:5,0,0:0:4 chr12 121434630 . C CTCATTCAT,T 163.26 PASS AF=0.390244,0.0487805;AO=16,2;DP=42;FAO=16,2;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10,2;FSAR=6,0;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00159763,-0.00912965;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=208.306,148.343;QD=15.9281;RBI=0.0051102,0.0121439;REFB=0.00100772,0.00555271;REVB=0.00485404,0.00800774;RO=23;SAF=10,2;SAR=6,0;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.151826,0.502119;STB=0.588123,0.994841;STBP=0.378,0.169;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000512066,0.0542549;OID=.,.;OPOS=121434631,121434630;OREF=-,C;OALT=TCATTCAT,T;OMAPALT=CTCATTCAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:23:16,2:16,2:0.390244,0.0487805:6,0:10,2:11:12:6,0:10,2:11:12 chr12 121435342 . C T 69.29 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0386212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1409;QD=30.7945;RBI=0.0852634;REFB=-0.103809;REVB=0.0760148;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0217146;OID=.;OPOS=121435342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:1:0:7:1:1:0 chr12 121435427 . G A,C 367.86 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=25,2;DP=27;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499363,0.00484458;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.052,159.691;QD=54.4972;RBI=0.0218869,0.0127203;REFB=0,0;REVB=0.0213096,0.0117616;RO=0;SAF=11,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.99383e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000124342,0.0766196;OID=.,.;OPOS=121435427,121435427;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:25,2:25,2:0.925926,0.0740741:14,0:11,2:0:0:14,0:11,2:0:0 chr12 121435475 . G A 678.11 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000495167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.655;QD=60.2763;RBI=0.132796;REFB=-0.0571862;REVB=0.132795;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184086;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00122732;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:42:44:0.977778:17:25:1:0:19:25:1:0 chr12 121435586 . TG T,TT 764.35 PASS AF=0.0612245,0.938776;AO=11,38;DP=49;FAO=3,46;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579192,0.0072088;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.007,136.175;QD=62.3955;RBI=0.0524178,0.0542469;REFB=0,0;REVB=0.0520968,0.0537657;RO=0;SAF=3,22;SAR=8,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0123022,0.00814838;OID=.,.;OPOS=121435587,121435587;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0612245,0.938776:11,38:49:3,46:49:0:1,24:2,22:0:0:11:0:3,22:8,16:0:0 chr12 121437221 . T C 1171.56 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2644;QD=60.8604;RBI=0.0639524;REFB=0;REVB=0.0499309;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01758e-05;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr12 121437382 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0970558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.213;QD=42.1824;RBI=0.0971732;REFB=0;REVB=0.00477524;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689352;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr12 121454257 . T A 1034.43 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7489;QD=58.2777;RBI=0.035496;REFB=-0.0383995;REVB=-0.011828;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00404124;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:71:0:0:69:71:1:34:35:0:0:35:36:0:0 chr12 121471337 . G A 1659.48 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.417;QD=60.3449;RBI=0.0532477;REFB=0;REVB=0.0440183;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175987;OID=.;OPOS=121471337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:58:52:0:0:58:52:0:0 chr12 121600253 . T C 248.32 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00590056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4881;QD=11.6857;RBI=0.0218649;REFB=-0.0108619;REVB=0.0210537;RO=53;SAF=11;SAR=19;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141027;STB=0.582672;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0173412;OID=.;OPOS=121600253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:55:30:30:0.352941:19:11:26:27:19:11:27:28 chr12 121605355 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000151968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.913;QD=57.1773;RBI=0.013767;REFB=0;REVB=0.0137662;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29122e-05;OID=.;OPOS=121605355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr12 121622520 . A T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.676;QD=59.8378;RBI=0.00812897;REFB=0;REVB=0.00742588;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55541e-05;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr12 121691088 . G T 266.2 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0643585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0503;QD=21.2963;RBI=0.0680818;REFB=-0.0307768;REVB=-0.0222061;RO=25;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123784;STB=0.569774;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0165203;OID=.;OPOS=121691088;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:18:7:10:15:18:7:10:15 chr12 121853164 . T C 154.48 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.023252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5979;QD=15.4477;RBI=0.0241459;REFB=0.00191451;REVB=0.0065093;RO=23;SAF=13;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188981;STB=0.609969;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.000882755;OID=.;OPOS=121853164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:4:13:14:9:4:13:14:9 chr12 121870922 . G A 134.39 PASS AF=0.454545;AO=13;DP=31;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0513657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4331;QD=16.2895;RBI=0.155283;REFB=-0.0338919;REVB=0.146541;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254806;STB=0.585251;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0595275;OID=.;OPOS=121870922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:18:18:13:15:0.454545:4:9:8:10:6:9:8:10 chr12 121871006 . A C 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0194339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.879;QD=6.25126;RBI=0.0204419;REFB=-0.000406663;REVB=-0.00633994;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141582;STB=0.565004;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00131433;OID=.;OPOS=121871006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:3:3:6:10:3:3:7:10 chr12 121878659 . C T 399.55 PASS AF=0.385246;AO=46;DP=121;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0129976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.869;QD=13.1;RBI=0.0133685;REFB=-0.0103057;REVB=-0.00312707;RO=74;SAF=15;SAR=31;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124379;STB=0.556861;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0169529;OID=.;OPOS=121878659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:74:75:46:47:0.385246:31:15:32:42:31:16:32:43 chr12 121880520 . G A 509.84 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0312967;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.087;QD=18.2087;RBI=0.03312;REFB=-0.0219098;REVB=0.0108374;RO=56;SAF=32;SAR=22;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200554;STB=0.521731;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0261367;OID=.;OPOS=121880520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:56:58:54:54:0.482143:22:32:32:24:22:32:32:26 chr12 121881848 . G A 229.57 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00814831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.682;QD=22.3974;RBI=0.00835272;REFB=-0.0113762;REVB=0.00183659;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102074;STB=0.505716;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0158312;OID=.;OPOS=121881848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:9:13:11:8:9:13:11:8 chr12 122042844 . A G 304.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7447;QD=53.028;RBI=0.182529;REFB=0;REVB=0.182077;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00448505;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:23:0:0:20:23:1:10:10:0:0:13:10:0:0 chr12 122079441 . T C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.000400032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.178;QD=14.6538;RBI=0.00321162;REFB=-0.0257602;REVB=-0.00318661;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213273;STB=0.624707;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0137351;OID=.;OPOS=122079441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:2:6:4:4:2:6 chr12 122079668 . A G 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0114324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7446;QD=17.3196;RBI=0.0214198;REFB=-0.00662881;REVB=-0.0181138;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102873;STB=0.558751;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0118445;OID=.;OPOS=122079668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:7:11:8:8:7:11 chr12 122150860 . A C 193.09 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0506533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9815;QD=12.0681;RBI=0.0524167;REFB=0.0296562;REVB=-0.0134816;RO=40;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138287;STB=0.579932;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.0475635;OID=.;OPOS=122150860;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:15:9:20:20:15:9:20:20 chr12 122186268 . C T 204.49 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.021106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.534;QD=22.7213;RBI=0.0427114;REFB=-0.000116993;REVB=0.0371322;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684209;STB=0.538422;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000275144;OID=.;OPOS=122186268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:14:6:6:10:14:6:6:10 chr12 122186317 . G A 170.88 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0299632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4547;QD=17.5264;RBI=0.0301116;REFB=0.0154959;REVB=0.00298533;RO=21;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479068;STB=0.527243;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0171277;OID=.;OPOS=122186317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:13:5:5:16:13:5:5:16 chr12 122234089 . T A 1111.72 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0504;QD=59.2917;RBI=0.0364367;REFB=0;REVB=0.0357571;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112577;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:40:34:0:0:40:35:0:0 chr12 122234191 . C A 389.38 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0135436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2994;QD=24.3361;RBI=0.025118;REFB=0.00517521;REVB=0.0211538;RO=26;SAF=25;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028601;STB=0.515674;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00337166;OID=.;OPOS=122234191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:13:25:18:8:13:25:18:8 chr12 122243905 . C T 1099.14 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.038;QD=60.2266;RBI=0.0685156;REFB=0;REVB=0.0153897;RO=0;SAF=16;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55111e-05;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:56:16:0:0:56:17:0:0 chr12 122248582 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.002;QD=59.4356;RBI=0.0867856;REFB=0;REVB=0.0182343;RO=0;SAF=1;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010254;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:34:1:0:0:34:1:0:0 chr12 122261456 . G A 838.59 PASS AF=0.542254;AO=74;DP=143;FAO=77;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00184746;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.154;QD=23.6223;RBI=0.00805532;REFB=-0.0762808;REVB=-0.0078406;RO=45;SAF=35;SAR=39;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114201;STB=0.506492;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0478059;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:45:64:74:77:0.542254:39:35:14:31:42:35:30:34 chr12 122295335 . T C 692.26 PASS AF=1;AO=48;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0547;QD=54.2945;RBI=0.101603;REFB=-0.05071;REVB=0.0850873;RO=2;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0064371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401753;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:51:2:0:48:51:1:20:28:1:1:22:29:0:0 chr12 122326812 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3074;QD=54.5155;RBI=0.069076;REFB=0;REVB=-0.0324577;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00234662;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr12 122332727 . C T 118.33 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.00575675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.138;QD=12.7919;RBI=0.00837966;REFB=-0.0181668;REVB=-0.00608922;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442215;STB=0.735013;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0395968;OID=.;OPOS=122332727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:6:8:3:19:6:8:4:19 chr12 122353796 . A G 173.67 PASS AF=0.396552;AO=18;DP=54;FAO=23;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.189151;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=22.7129;QD=11.9775;RBI=0.206105;REFB=-0.0179802;REVB=-0.0818605;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219509;STB=0.556526;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0274495;OID=.;OPOS=122353796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:22:34:18:23:0.396552:10:8:5:17:10:13:16:18 chr12 122355716 . C T 873.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.68;QD=57.2894;RBI=0.050668;REFB=0;REVB=0.0330202;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107359;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:35:22:0:0:38:23:0:0 chr12 122369762 . C T 164.17 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0510972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1132;QD=11.1302;RBI=0.0510972;REFB=0.0151067;REVB=2.74506e-05;RO=38;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228631;STB=0.643539;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0457446;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:20:21:0.355932:7:13:17:21:7:14:17:21 chr12 122372260 . A G 416.66 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00359115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.184;QD=19.6075;RBI=0.0060176;REFB=-0.0106689;REVB=-0.00482858;RO=41;SAF=10;SAR=32;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214107;STB=0.623592;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0164147;OID=.;OPOS=122372260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:41:43:42:42:0.494118:32:10:18:23:32:10:19:24 chr12 122396395 . C T 280.85 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00352235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.885;QD=12.0796;RBI=0.00374834;REFB=-0.00209542;REVB=-0.00128182;RO=57;SAF=17;SAR=16;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317355;STB=0.522521;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00347694;OID=.;OPOS=122396395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:57:60:33:33:0.354839:16:17:31:26:16:17:33:27 chr12 122405912 . G T 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0701763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0243;QD=20.5417;RBI=0.0839063;REFB=-0.00330137;REVB=-0.045995;RO=25;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136712;STB=0.507686;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.000203068;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:8:16:17:8:8:16:17:8 chr12 122497001 . T C 1287.36 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00730517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.638;QD=60.5818;RBI=0.0155552;REFB=-0.0569597;REVB=0.0137331;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000267323;OID=.;OPOS=122497001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:42:42:0:0:42:42:1:0 chr12 122617989 . A G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00110358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.232;QD=14.8342;RBI=0.00160388;REFB=-0.0253457;REVB=0.00116385;RO=30;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174713;STB=0.509991;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0328339;OID=.;OPOS=122617989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:15:7:10:20:15:7:10:20 chr12 122623000 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.007;QD=58.1421;RBI=0.0224544;REFB=0;REVB=-0.020629;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09922e-05;OID=.;OPOS=122623000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr12 122626842 . G A 1955.52 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980256;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3441;QD=62.0801;RBI=0.0363588;REFB=0;REVB=0.0350125;RO=0;SAF=85;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40817e-05;OID=.;OPOS=122626842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:41:85:0:0:41:85:0:0 chr12 122627371 . G A 1348.86 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.162;QD=62.0164;RBI=0.0106385;REFB=0;REVB=-8.09429e-06;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106607;OID=.;OPOS=122627371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:55:31:0:0:55:32:0:0 chr12 122628219 . T C 1530.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.636;QD=63.7519;RBI=0.0170985;REFB=0;REVB=0.00108989;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97982e-05;OID=.;OPOS=122628219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:58:38:0:0:58:38:0:0 chr12 122628516 . A T 1268.11 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0357835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8095;QD=60.3863;RBI=0.0396231;REFB=0.0465046;REVB=0.0170158;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116936;STB=0.506171;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00277088;OID=.;OPOS=122628516;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:43:40:1:0:43:40:1:0 chr12 122674032 . C T 583.96 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00496563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3712;QD=58.3957;RBI=0.0144219;REFB=-0.177699;REVB=-0.01354;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00314357;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:1:1:39:39:0.975:24:15:1:0:24:15:1:0 chr12 122674758 . G A,C 1217.87 PASS AF=0.951807,0.0361446;AO=78,4;DP=83;FAO=79,3;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=48,3;FSAR=31,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00287074,-0.0742693;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=61.677,14.7545;QD=58.6924;RBI=0.0624606,0.0751271;REFB=-0.147651,-0.00449998;REVB=0.0623946,-0.0113204;RO=1;SAF=48,3;SAR=30,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00976018,-0.119989;STB=0.505153,0.5;STBP=0.521,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000349653,0.217727;OID=.,.;OPOS=122674758,122674758;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:83:83:1:1:78,4:79,3:0.951807,0.0361446:30,1:48,3:1:0:31,0:48,3:1:0 chr12 122676013 . A C 324.88 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00689073;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.384;QD=16.877;RBI=0.0121108;REFB=0.00320656;REVB=-0.00995936;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150317;STB=0.590355;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00331252;OID=.;OPOS=122676013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:41:42:35:35:0.454545:20:15:24:17:20:15:25:17 chr12 122691738 . C A 454.54 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308502;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.477;QD=58.6501;RBI=0.0421141;REFB=0;REVB=0.0286682;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66157e-05;OID=.;OPOS=122691738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr12 122692820 . T C 100.58 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0278909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.967;QD=16.0924;RBI=0.0284843;REFB=-0.0241968;REVB=-0.005784;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309193;STB=0.677144;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.020373;OID=.;OPOS=122692820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:3:10:5:7:3:10 chr12 122734569 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.022702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3206;QD=13.2124;RBI=0.055191;REFB=-0.0143227;REVB=-0.0503057;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156862;STB=0.59079;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0195822;OID=.;OPOS=122734569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:5:9:17:5:5:9:17:5 chr12 122812503 . G C 148.15 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.018314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4118;QD=17.957;RBI=0.0628019;REFB=-0.0411005;REVB=-0.0600723;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373233;STB=0.714007;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0522678;OID=.;OPOS=122812503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:11:6:12:4:11:6 chr12 122989235 . A C 739.2 PASS AF=0.476471;AO=71;DP=162;FAO=81;FDP=170;FR=.;FRO=89;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=0.0113188;FXX=0.0229872;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1578;QD=17.3929;RBI=0.120056;REFB=-0.0311525;REVB=0.119521;RO=90;SAF=47;SAR=24;SRF=57;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316933;STB=0.52619;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0306023;OID=.;OPOS=122989235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:170:90:89:71:81:0.476471:24:47:57:33:33:48:57:32 chr12 123087442 . A G 209.0 PASS AF=0.270833;AO=11;DP=43;FAO=13;FDP=48;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=20;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=20;FWDB=0.0371666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.227;QD=17.4167;RBI=0.0376084;REFB=-0.00438838;REVB=-0.00574735;RO=20;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.73788;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00428256;OID=.;OPOS=123087442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:48:20:20:11:13:0.270833:11:0:0:20:11:2:0:20 chr12 123097699 . G A 295.76 PASS AF=0.534483;AO=32;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0190138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.08;QD=20.397;RBI=0.0235405;REFB=-0.00589691;REVB=-0.0138791;RO=26;SAF=12;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731165;STB=0.52776;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00395156;OID=.;OPOS=123097699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:32:31:0.534483:20:12:12:14:19:12:12:15 chr12 123103014 . TTG T,TTT 55.59 PASS AF=0.277778,0.166667;AO=3,6;DP=19;FAO=5,3;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4,3;FSAR=1,0;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0233563,0.019557;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=2,1;MLLD=178.505,184.069;QD=12.3525;RBI=0.0248091,0.0238102;REFB=-0.0156725,-0.0109668;REVB=-0.00836528,-0.0135811;RO=8;SAF=2,5;SAR=1,1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.294841,-0.074933;STB=0.59219,0.994885;STBP=0.677,0.225;TYPE=del,snp;VARB=-0.00730494,0.0521857;OID=.,.;OPOS=123103015,123103016;OREF=TG,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778,0.166667:3,6:19:5,3:18:10:4,3:1,0:7:3:24:8:2,5:1,1:7:1 chr12 123105143 . C T 193.0 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00181262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.955;QD=10.0259;RBI=0.0063577;REFB=-0.00274723;REVB=0.00609383;RO=51;SAF=21;SAR=4;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553134;STB=0.821471;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00823202;OID=.;OPOS=123105143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:52:25:25:0.324675:4:21:19:32:4:21:20:32 chr12 123185864 . A G 120.51 PASS AF=0.150602;AO=25;DP=167;FAO=25;FDP=166;FR=.;FRO=141;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=73;FSRR=68;FWDB=-0.00443682;FXX=0.0177504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.115;QD=2.90387;RBI=0.0981885;REFB=-0.000385752;REVB=-0.0980882;RO=139;SAF=22;SAR=3;SRF=73;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500355;STB=0.845392;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000945888;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:139:141:25:25:0.150602:3:22:73:66:3:22:73:68 chr12 123200247 . G C 391.62 PASS AF=0.364341;AO=47;DP=129;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.0112085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.054;QD=12.1433;RBI=0.0112085;REFB=-0.0100819;REVB=-8.37805e-07;RO=82;SAF=25;SAR=22;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073881;STB=0.542107;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0180832;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:82:82:47:47:0.364341:22:25:49:33:22:25:49:33 chr12 123200334 . T C 92.16 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0184181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1005;QD=6.24821;RBI=0.0185094;REFB=0.00217448;REVB=-0.00183644;RO=45;SAF=7;SAR=7;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407372;STB=0.525388;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.0091203;OID=.;OPOS=123200334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:7:7:24:21:7:7:24:21 chr12 123200693 . A G 238.85 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00806933;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5536;QD=18.0267;RBI=0.108097;REFB=-0.0362807;REVB=-0.107796;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626577;STB=0.548553;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0367792;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:27:26:26:0.490566:10:16:19:9:10:16:19:8 chr12 123200768 . T G 416.12 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0117852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.077;QD=22.1929;RBI=0.0122875;REFB=-0.00382643;REVB=-0.00347734;RO=34;SAF=27;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113081;STB=0.562469;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00300023;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:14:27:18:16:14:27:18:16 chr12 123200937 . T G 148.83 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0289064;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1898;QD=9.44946;RBI=0.0432565;REFB=-0.00881386;REVB=-0.0321798;RO=43;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203417;STB=0.619603;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0156374;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:9:11:16:27:9:11:16:27 chr12 123253852 . T C 93.82 PASS AF=0.15625;AO=20;DP=128;FAO=20;FDP=128;FR=.;FRO=108;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=65;FSRR=43;FWDB=-0.0264221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6543;QD=2.93184;RBI=0.0652369;REFB=-0.0214608;REVB=0.0596467;RO=107;SAF=9;SAR=11;SRF=65;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198484;STB=0.626033;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0548193;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:128:128:107:108:20:20:0.15625:11:9:65:42:11:9:65:43 chr12 123253856 . C CAT,T 1800.45 PASS AF=0.719697,0.234848;AO=93,32;DP=133;FAO=95,31;FDP=132;FR=.;FRO=6;FSAF=61,13;FSAR=34,18;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0269741,-0.0452055;FXX=0.00751823;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=152.561,54.1778;QD=54.5592;RBI=0.0432834,0.100802;REFB=-0.118269,-0.0819984;REVB=0.0338505,-0.0900968;RO=6;SAF=60,13;SAR=33,19;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0385625,0.0222333;STB=0.519727,0.514379;STBP=0.134,0.711;TYPE=ins,snp;VARB=0.0247837,0.0310424;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:133:132:6:6:93,32:95,31:0.719697,0.234848:33,19:60,13:2:4:34,18:61,13:2:4 chr12 123333065 . C T 803.54 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260131;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6622;QD=57.3955;RBI=0.0354466;REFB=0;REVB=-0.0240786;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212504;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:34:21:0:0:35:21:0:0 chr12 123340453 . G GC 256.19 PASS AF=1;AO=16;DP=35;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0814312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.9079;QD=37.954;RBI=0.108616;REFB=0;REVB=0.071878;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289921;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00150422;OID=.;OPOS=123340454;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:35:27:27:0:14:13:0:0:5:17:7:9:13:4 chr12 123345736 . C G 228.49 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.211;QD=48.1023;RBI=0.0400525;REFB=0;REVB=0.0396877;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069517;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr12 123350154 . CCTTT C 352.78 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119988;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=125.591;QD=47.0373;RBI=0.0133726;REFB=0;REVB=-0.00590379;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.92333e-05;OID=.;OPOS=123350155;OREF=CTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:30:30:30:0:8:22:0:0:6:0:7:22:0:0 chr12 123460405 . G C 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.033892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.43;QD=24.246;RBI=0.0400583;REFB=0.00627774;REVB=-0.0213543;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00600446;OID=.;OPOS=123460405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:15:10:8:12:15:10:8:12 chr12 123460823 . A G 1627.12 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410252;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.105;QD=60.2637;RBI=0.0808105;REFB=0;REVB=0.0696223;RO=0;SAF=79;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67661e-05;OID=.;OPOS=123460823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:29:79:0:0:29:79:0:0 chr12 123468721 . C G 38.31 PASS AF=0.179487;AO=8;DP=38;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.00488731;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=122.169;QD=3.92905;RBI=0.00861715;REFB=-0.00463143;REVB=0.00709715;RO=30;SAF=2;SAR=6;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.566113;STB=0.832593;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.103083;OID=.;OPOS=123468721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:38:39:30:32:8:7:0.179487:6:2:23:7:5:2:24:8 chr12 123469647 . G T 1353.24 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0202349;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.785;QD=60.1442;RBI=0.0330777;REFB=-0.0503917;REVB=0.0261665;RO=2;SAF=21;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430062;STB=0.522722;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=9.35154e-05;OID=.;OPOS=123469647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:90:2:2:88:88:0.977778:67:21:2:0:67:21:2:0 chr12 123645803 . G A 2457.94 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.076;QD=60.69;RBI=0.0149993;REFB=-0.0153478;REVB=0.00379342;RO=0;SAF=67;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502645;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=1.49784e-05;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:0:1:161:161:0.993827:94:67:0:0:94:67:0:1 chr12 123664514 . G A 367.32 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.091;QD=54.4182;RBI=0.0259617;REFB=0;REVB=4.59945e-05;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109006;OID=.;OPOS=123664514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:20:5:0:0:21:6:0:0 chr12 123665695 . A G 622.81 PASS AF=0.877551;AO=40;DP=50;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0226467;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.944;QD=50.8415;RBI=0.0343798;REFB=0.025242;REVB=0.0258669;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55553;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00335793;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:49:0:6:40:43:0.877551:16:24:0:0:19:24:6:0 chr12 123746357 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0726372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3089;QD=53.2764;RBI=0.0754219;REFB=0;REVB=-0.0203053;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00242203;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr12 123799974 . A G 804.9 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525776;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.691;QD=57.4927;RBI=0.0601236;REFB=0;REVB=0.0291623;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335598;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:18:37:0:0:18:38:0:0 chr12 123810873 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.43;QD=51.1838;RBI=0.00694089;REFB=0;REVB=0.00380174;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41245e-05;OID=.;OPOS=123810873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr12 123879666 . A G 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00784663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.404;QD=9.41878;RBI=0.020909;REFB=-0.000294877;REVB=0.0193809;RO=36;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149859;STB=0.59043;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.000831048;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:6:9:17:19:6:9:17:19 chr12 123879668 . G C 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0124022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5029;QD=9.41897;RBI=0.0264898;REFB=0.0194122;REVB=0.0234071;RO=36;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149859;STB=0.59043;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00679086;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:6:9:17:19:6:9:17:19 chr12 123879768 . AA CG 69.4 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0103667;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=134.215;QD=10.282;RBI=0.0195554;REFB=0.00366211;REVB=0.0165814;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502527;STB=0.744218;STBP=0.066;TYPE=mnp;VARB=-0.00692191;OID=.;OPOS=123879768;OREF=AA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:26:27:17:17:9:10:0.37037:2:7:5:12:3:7:5:12 chr12 123889492 . A C 33.75 PASS AF=0.0873786;AO=9;DP=103;FAO=9;FDP=103;FR=.;FRO=94;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.0524012;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.555;QD=1.31085;RBI=0.0527378;REFB=-0.00473439;REVB=-0.00594953;RO=93;SAF=2;SAR=7;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365737;STB=0.793484;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.016799;OID=.;OPOS=123889492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:103:103:93:94:9:9:0.0873786:7:2:51:42:7:2:52:42 chr12 123892095 . T C 132.5 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0307606;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.347;QD=6.16264;RBI=0.0346105;REFB=-0.0062539;REVB=0.0158643;RO=66;SAF=7;SAR=13;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116197;STB=0.572053;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00872185;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:66:66:20:20:0.232558:13:7:29:37:13:7:29:37 chr12 123892186 . T C 179.86 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0045485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.294;QD=11.0681;RBI=0.0196951;REFB=-0.00948539;REVB=-0.0191627;RO=42;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156763;STB=0.571366;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0163708;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:42:22:23:0.353846:8:14:21:21:9:14:21:21 chr12 123892235 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00336572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.561;QD=15.1965;RBI=0.0219479;REFB=-0.00576724;REVB=-0.0216883;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156724;STB=0.509078;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.019659;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:10:8:6:8:10:8 chr12 123892590 . C T 207.04 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0311238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.213;QD=9.10049;RBI=0.0346272;REFB=-0.014837;REVB=-0.0151773;RO=63;SAF=3;SAR=24;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478695;STB=0.797077;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0247958;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:64:27:27:0.296703:24:3:26:37:24:3:27:37 chr12 123892824 . C T 208.27 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0233023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.048;QD=41.6548;RBI=0.0307587;REFB=-0.0931435;REVB=0.0200773;RO=1;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278586;STB=0.52938;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00246781;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:1:2:18:18:0.9:16:2:0:1:16:2:0:2 chr12 123893830 . C T 595.26 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0199774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.852;QD=58.0738;RBI=0.0206816;REFB=-0.109362;REVB=0.00535082;RO=0;SAF=5;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507039;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000489882;OID=.;OPOS=123893830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:39:40:0.97561:34:5:0:0:35:5:0:1 chr12 124008073 . A G 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.9261;QD=60.0295;RBI=0.0248548;REFB=0;REVB=-0.0195989;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001841;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr12 124069213 . TC CT 323.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359884;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=65.6455;QD=53.9002;RBI=0.0648689;REFB=0;REVB=-0.064769;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00161212;OID=.;OPOS=124069213;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr12 124090453 . A G 1403.73 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211891;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.489;QD=61.7023;RBI=0.0257013;REFB=0.10389;REVB=-0.0145457;RO=1;SAF=29;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077077;STB=0.504064;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.000173889;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:1:1:90:90:0.989011:61:29:0:1:61:29:0:1 chr12 124171531 . A AC 43.11 PASS AF=0.166667;AO=20;DP=111;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.00922956;FXX=0.0810738;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.5009;QD=1.69054;RBI=0.0155537;REFB=-0.00043224;REVB=0.0125193;RO=85;SAF=10;SAR=10;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223384;STB=0.509815;STBP=0.953;TYPE=ins;VARB=0.0261439;OID=.;OPOS=124171532;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:20:111:17:102:85:8:9:41:44:43:85:10:10:41:44 chr12 124189109 . C T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00162272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.139;QD=23.3816;RBI=0.00979985;REFB=0.000136474;REVB=0.00966457;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358314;STB=0.699189;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-1.41895e-05;OID=.;OPOS=124189109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:12:7:12:2:12:7:12:2 chr12 124209332 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.019;QD=53.9101;RBI=0.0400012;REFB=0;REVB=-0.00232518;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193374;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr12 124210782 . T C 613.16 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0255415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.419;QD=53.3185;RBI=0.0271109;REFB=-0.177322;REVB=-0.0090903;RO=0;SAF=34;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67012e-08;STB=0.541381;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0040374;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:0:4:42:42:0.913043:8:34:0:0:8:34:2:2 chr12 124229429 . T C 1533.36 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639565;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.347;QD=63.8899;RBI=0.00821145;REFB=0;REVB=0.0051501;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09331e-05;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:56:40:0:0:56:40:0:0 chr12 124243707 . T C 1138.59 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122939;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.821;QD=60.725;RBI=0.0317784;REFB=0;REVB=0.0293041;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66633e-05;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:30:44:0:0:30:45:0:0 chr12 124265687 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.981;QD=57.712;RBI=0.0525244;REFB=0;REVB=0.0414168;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55483e-05;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:30:29:0:0 chr12 124267703 . T C 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.251;QD=61.6943;RBI=0.0329851;REFB=0;REVB=0.010819;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16239e-05;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr12 124274474 . A G 1675.19 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777619;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.835;QD=59.8283;RBI=0.0263048;REFB=0;REVB=0.0251291;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600187;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:109:112:1:59:50:0:0:60:52:0:0 chr12 124325977 . T G 1508.23 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=106;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0235342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.534;QD=56.3823;RBI=0.0309043;REFB=-0.00229836;REVB=-0.0200303;RO=3;SAF=42;SAR=61;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143425;STB=0.507299;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.000120016;OID=.;OPOS=124325977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:107:3:3:103:104:0.971963:61:42:2:1:61:43:2:1 chr12 124387574 . G A 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00631509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.423;QD=58.8007;RBI=0.0439053;REFB=-0.0611212;REVB=0.0434488;RO=1;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171975;STB=0.509088;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000728086;OID=.;OPOS=124387574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:27:47:0:1:27:47:0:1 chr12 124387586 . A G 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.678;QD=61.3736;RBI=0.0347555;REFB=0;REVB=0.0194746;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67239e-05;OID=.;OPOS=124387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr12 124417889 . C T 1229.91 PASS AF=0.515021;AO=120;DP=234;FAO=120;FDP=233;FR=.;FRO=113;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=0.0149633;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2486;QD=21.1143;RBI=0.0342085;REFB=-4.36231e-05;REVB=0.0307624;RO=109;SAF=70;SAR=50;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148511;STB=0.572852;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000505428;OID=.;OPOS=124417889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:109:113:120:120:0.515021:50:70:45:64:50:70:49:64 chr12 124418674 . C T 180.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00923498;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.049;QD=14.7357;RBI=0.0101991;REFB=-0.000398142;REVB=-0.00432859;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596891;STB=0.534485;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00219546;OID=.;OPOS=124418674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:11:19:11:8:11:19 chr12 124419062 . A C 208.04 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0262495;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.778;QD=23.7755;RBI=0.0273607;REFB=0.00207874;REVB=-0.00771825;RO=15;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144798;STB=0.580568;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0021362;OID=.;OPOS=124419062;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:15:20:20:0.571429:11:9:4:11:11:9:4:11 chr12 124427306 . T A 324.59 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00765893;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.23;QD=16.6457;RBI=0.0131069;REFB=0.00493678;REVB=-0.0106363;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041761;STB=0.517282;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00690487;OID=.;OPOS=124427306;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:43:35:35:0.448718:19:16:21:21:19:16:21:22 chr12 124798801 . C T 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00979101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.351;QD=21.3615;RBI=0.0192713;REFB=-0.00870375;REVB=0.0165988;RO=35;SAF=26;SAR=14;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28244;STB=0.655965;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00996082;OID=.;OPOS=124798801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:14:26:11:24:14:26:11:24 chr12 124821696 . C T 49.35 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00662587;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.766;QD=28.1971;RBI=0.00899847;REFB=0.00455746;REVB=-0.00608855;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.000219098;OID=.;OPOS=124821696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:8:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chr12 124824721 . C CGCCGCTGCT,T 92.51 PASS AF=0.368421,0.210526;AO=7,4;DP=19;FAO=7,4;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3,3;FSAR=4,1;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0242295,-0.00245902;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=9,1;MLLD=240.917,126.16;QD=19.476;RBI=0.0385099,0.0322252;REFB=-0.0101793,-0.01126;REVB=-0.0299324,-0.0321313;RO=8;SAF=3,3;SAR=4,1;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.296554,0.575744;STB=0.673053,0.855779;STBP=0.315,0.204;TYPE=ins,snp;VARB=0.0135351,0.0294098;OID=.,.;OPOS=124824722,124824721;OREF=-,C;OALT=GCCGCTGCT,T;OMAPALT=CGCCGCTGCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:19:19:8:8:7,4:7,4:0.368421,0.210526:4,1:3,3:1:7:4,1:3,3:1:7 chr12 124829234 . C T 659.03 PASS AF=0.465278;AO=64;DP=141;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0105689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.611;QD=18.3063;RBI=0.0288844;REFB=-0.0180426;REVB=0.0268814;RO=76;SAF=33;SAR=31;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104509;STB=0.513375;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0156043;OID=.;OPOS=124829234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:76:77:64:67:0.465278:31:33:40:36:33:34:41:36 chr12 124829255 . A G 472.59 PASS AF=0.464912;AO=34;DP=115;FAO=53;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0496207;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.455;QD=16.5819;RBI=0.0496543;REFB=-0.0336882;REVB=-0.00182815;RO=58;SAF=8;SAR=26;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354924;STB=0.516892;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0277746;OID=.;OPOS=124829255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:58:61:34:53:0.464912:26:8:31:27:26:27:33:28 chr12 124856618 . A G 546.47 PASS AF=0.460317;AO=56;DP=124;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=50;FWDB=-0.0481078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.005;QD=17.3482;RBI=0.0481429;REFB=-0.0110687;REVB=-0.00183677;RO=67;SAF=26;SAR=30;SRF=18;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196465;STB=0.602227;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0197207;OID=.;OPOS=124856618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:67:68:56:58:0.460317:30:26:18:49:32:26:18:50 chr12 124968349 . T C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0913416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8608;QD=15.6261;RBI=0.0946072;REFB=0.0115929;REVB=0.0246422;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211591;STB=0.512181;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0130913;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:14:9:7:10:14:9 chr12 125270773 . A G 441.3 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0028546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.307;QD=25.217;RBI=0.0282717;REFB=-0.0461985;REVB=0.0281273;RO=27;SAF=18;SAR=24;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115706;STB=0.5;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0315408;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:28:42:42:0.6:24:18:12:15:24:18:12:16 chr12 125284748 . A G 513.18 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.302;QD=58.6487;RBI=0.00675697;REFB=0;REVB=-0.00506951;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146894;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:23:12:0:0 chr12 125298877 . G A 583.93 PASS AF=0.5;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00113341;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.648;QD=19.4644;RBI=0.0367805;REFB=-0.002192;REVB=0.0367631;RO=57;SAF=29;SAR=31;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396619;STB=0.525061;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0023927;OID=.;OPOS=125298877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:60:60:60:0.5:31:29:25:32:31:29:26:34 chr12 125324570 . C T 156.31 PASS AF=0.882353;AO=14;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00185629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.324;QD=36.7792;RBI=0.133699;REFB=-0.136139;REVB=0.133686;RO=3;SAF=12;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111875;STB=0.538413;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.02949;OID=.;OPOS=125324570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:3:2:14:15:0.882353:2:12:2:1:3:12:2:0 chr12 125386076 . T C 487.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018846;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.938;QD=59.1414;RBI=0.100518;REFB=0;REVB=0.0987358;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106478;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:15:18:0:0 chr12 125396488 . T C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00542294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.053;QD=19.976;RBI=0.00675623;REFB=-0.018791;REVB=0.00402968;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045558;STB=0.525747;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0236458;OID=.;OPOS=125396488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:11:9:8:12:11:9 chr12 125397364 . A G 180.38 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00494705;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.203;QD=15.3517;RBI=0.0155221;REFB=-0.0132232;REVB=-0.0147126;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343803;STB=0.688803;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0139581;OID=.;OPOS=125397364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:29:28:19:19:0.404255:11:8:22:7:11:8:21:7 chr12 125397750 . A G 631.64 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8693;QD=61.6232;RBI=0.0805879;REFB=0;REVB=-0.0783024;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000923229;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr12 125398039 . G C 266.46 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0775916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1253;QD=16.1493;RBI=0.0808908;REFB=-0.0251174;REVB=0.0228662;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158667;STB=0.596129;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0294729;OID=.;OPOS=125398039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:36:29:30:0.454545:13:16:14:22:13:17:14:22 chr12 125398500 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00702868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.56;QD=21.3534;RBI=0.0327558;REFB=-0.0188992;REVB=-0.0319928;RO=9;SAF=12;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386883;STB=0.72682;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00679909;OID=.;OPOS=125398500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:1:12:6:3:1:12:6:3 chr12 125398517 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.00249523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.69;QD=13.4559;RBI=0.00944063;REFB=-0.00928261;REVB=0.0091049;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415476;STB=0.734974;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0173476;OID=.;OPOS=125398517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:14:1:5:6:14:1 chr12 125398733 . C T 194.85 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0311549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4603;QD=17.3199;RBI=0.0672851;REFB=-0.047599;REVB=-0.0596377;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628741;STB=0.5185;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0580713;OID=.;OPOS=125398733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:25:20:20:0.444444:7:13:17:7:7:13:17:8 chr12 125399068 . C T 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.117775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9785;QD=24.707;RBI=0.137257;REFB=-0.00884749;REVB=0.0704887;RO=17;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18562;STB=0.60368;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.012338;OID=.;OPOS=125399068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:7:16:8:9:7:16:8:9 chr12 125399167 . T C 501.16 PASS AF=0.51;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0199925;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.12;QD=20.0464;RBI=0.0413861;REFB=-0.0155012;REVB=-0.0362368;RO=46;SAF=28;SAR=23;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796576;STB=0.558881;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0181874;OID=.;OPOS=125399167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:46:49:51:51:0.51:23:28:21:25:23:28:21:28 chr12 125399286 . C T 376.73 PASS AF=0.391667;AO=39;DP=112;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0232692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1995;QD=12.5575;RBI=0.0351613;REFB=-0.0113685;REVB=0.0263602;RO=67;SAF=18;SAR=21;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343365;STB=0.558065;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00921424;OID=.;OPOS=125399286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:120:67:73:39:47:0.391667:21:18:33:34:27:20:38:35 chr12 125411882 . GT AC 210.34 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00928078;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.339;QD=11.6855;RBI=0.0100803;REFB=0.00527436;REVB=0.00393443;RO=46;SAF=9;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151922;STB=0.5881;STBP=0.274;TYPE=mnp;VARB=-0.0109399;OID=.;OPOS=125411882;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:46:46:26:26:0.361111:17:9:22:24:17:9:22:24 chr12 125424502 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00144134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.654;QD=18.1541;RBI=0.0206671;REFB=-0.00412736;REVB=-0.0206168;RO=25;SAF=17;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260531;STB=0.650113;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00305294;OID=.;OPOS=125424502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:4:17:15:10:4:17:15:10 chr12 125424510 . T A 201.62 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.012038;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.006;QD=17.9214;RBI=0.0168744;REFB=-0.0313285;REVB=-0.0118251;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418569;STB=0.607993;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0133601;OID=.;OPOS=125424510;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:24:19:20:0.444444:5:14:14:6:5:15:14:10 chr12 125432618 . G A 349.23 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00490912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.345;QD=20.2451;RBI=0.00512042;REFB=-0.00422819;REVB=-0.00145576;RO=33;SAF=15;SAR=21;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750722;STB=0.541539;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00609032;OID=.;OPOS=125432618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:21:15:11:22:21:15:11:22 chr12 125434580 . C T 994.68 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304484;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.366;QD=59.3837;RBI=0.0712931;REFB=0;REVB=0.064464;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182857;OID=.;OPOS=125434580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr12 125434716 . G A 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0115074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.094;QD=16.5617;RBI=0.035894;REFB=-0.0260616;REVB=-0.0339994;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193786;STB=0.609057;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0286362;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:12:19:11:16:12:19 chr12 125437019 . T C 1044.28 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000222961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0203;QD=59.6729;RBI=0.00959931;REFB=0;REVB=0.00959672;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97574e-05;OID=.;OPOS=125437019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr12 125438516 . T C 772.25 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121388;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.208;QD=57.2038;RBI=0.0178329;REFB=0;REVB=0.0177915;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465227;OID=.;OPOS=125438516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr12 125438523 . C T 713.8 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.045;QD=55.9845;RBI=0.109924;REFB=0;REVB=0.103306;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416772;OID=.;OPOS=125438523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:1:0:47:51:1:25:22:1:0:25:26:0:0 chr12 125441347 . T C 192.08 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0546823;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9185;QD=21.3427;RBI=0.0682734;REFB=-0.0306827;REVB=-0.0408791;RO=17;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198665;STB=0.612668;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0363981;OID=.;OPOS=125441347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:17:19:19:0.527778:5:14:9:8:5:14:9:8 chr12 125441359 . T C 188.94 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0071411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.329;QD=20.9937;RBI=0.0170339;REFB=-0.00265209;REVB=0.0154647;RO=17;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892727;STB=0.550434;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00475977;OID=.;OPOS=125441359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:6:13:10:7:6:13:10:7 chr12 125448960 . C T 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00138678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.058;QD=18.0551;RBI=0.00678705;REFB=-0.0220751;REVB=0.00664386;RO=35;SAF=20;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218281;STB=0.512188;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0231817;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:13:20:22:13:13:20:22:13 chr12 125451767 . G A 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0343749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.315;QD=16.6185;RBI=0.0345732;REFB=-0.0102333;REVB=0.00369678;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063522;STB=0.536051;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0131393;OID=.;OPOS=125451767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:14:14:10:13:14:14 chr12 125467158 . C T 200.1 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0126184;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.577;QD=11.2732;RBI=0.019079;REFB=-0.00835002;REVB=-0.0143103;RO=46;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591211;STB=0.50343;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0101853;OID=.;OPOS=125467158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:46:46:25:25:0.352113:14:11:20:26:14:11:20:26 chr12 125562809 . G A 1146.03 PASS AF=0.975;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00806591;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.823;QD=57.3014;RBI=0.0108009;REFB=-0.0826623;REVB=-0.00718342;RO=2;SAF=46;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00533581;STB=0.502316;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000633126;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:80:2:2:76:78:0.975:30:46:1:1:32:46:1:1 chr12 125834095 . C A 324.81 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.000871327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.966;QD=17.0951;RBI=0.00111929;REFB=-0.00064868;REVB=-0.000702561;RO=36;SAF=24;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129443;STB=0.587224;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.000503844;OID=.;OPOS=125834095;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:41:35:35:0.460526:11:24:20:16:11:24:22:19 chr12 125834395 . T C 790.4 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0986;QD=56.4574;RBI=0.04505;REFB=0;REVB=-0.00694687;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312848;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:29:27:0:0 chr12 126068417 . T C 2237.7 PASS AF=0.986755;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0230994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.314;QD=59.2768;RBI=0.0238192;REFB=0.00119831;REVB=0.00581144;RO=0;SAF=84;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500765;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-3.1166e-05;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:151:0:2:149:149:0.986755:65:84:0:0:66:83:1:1 chr12 126141880 . CCCG C,CC,CCTG 246.99 PASS AF=0.0526316,0.947368,0;AO=5,7,7;DP=20;FAO=1,18,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,0;FSAR=1,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0902043,-0.111594,-0.111594;FXX=0.0951928;HRUN=3,3,3;LEN=3,2,1;MLLD=69.7607,90.6299,33.5742;QD=51.9975;RBI=0.0912485,0.118374,0.121473;REFB=0,0,0;REVB=0.0137648,0.039487,-0.0479829;RO=0;SAF=1,3,7;SAR=4,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0.560811,0.560811,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0635362,-0.00218094,0;OID=.,.,.;OPOS=126141881,126141882,126141882;OREF=CCG,CG,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=C,CC,CCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368,0:5,7,7:20:1,18,0:19:0:0,11,0:1,7,0:0:0:5:0:1,3,7:4,4,0:0:0 chr12 127067995 . GA G 49.37 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.4565;QD=32.9116;RBI=0.00944718;REFB=0;REVB=-0.00944718;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0011251;OID=.;OPOS=127067996;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:6:6:6:0:0:6:0:0:4:0:0:6:0:0 chr12 127068865 . A G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000512932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.99;QD=49.5942;RBI=0.0300287;REFB=0;REVB=0.0300243;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017359;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr12 127068892 . C T 650.13 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000427927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.015;QD=61.9171;RBI=0.0674964;REFB=0;REVB=-0.067495;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000517354;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr12 127650467 . G C 10387.4 PASS AF=0.972857;AO=675;DP=699;FAO=681;FDP=700;FR=.;FRO=19;FSAF=350;FSAR=331;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0230091;FXX=0.00568174;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3546;QD=59.3567;RBI=0.0230282;REFB=-0.041482;REVB=-0.000938514;RO=15;SAF=345;SAR=330;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119982;STB=0.508918;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00138236;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:699:700:15:19:675:681:0.972857:330:345:12:3:331:350:16:3 chr12 127650471 . AT GG 11482.2 PASS AF=1;AO=619;DP=743;FAO=734;FDP=734;FR=.;FRO=0;FSAF=402;FSAR=332;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579515;FXX=0.0134407;HRUN=1;LEN=2;MLLD=307.129;QD=62.5732;RBI=0.0579529;REFB=-0.0391044;REVB=0.000409772;RO=8;SAF=291;SAR=328;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684063;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00556072;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:743:734:8:0:619:734:1:328:291:6:2:332:402:0:0 chr12 127650538 . A G 21161.7 PASS AF=0.977698;AO=1358;DP=1389;FAO=1359;FDP=1390;FR=.;FRO=31;FSAF=635;FSAR=724;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.000734256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6833;QD=60.8971;RBI=0.0537327;REFB=-0.034771;REVB=-0.0537277;RO=28;SAF=634;SAR=724;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820106;STB=0.504704;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00165169;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:1389:1390:28:31:1358:1359:0.977698:724:634:19:9:724:635:21:10 chr12 127650583 . T G 18436.4 PASS AF=0.980182;AO=1173;DP=1202;FAO=1187;FDP=1211;FR=.;FRO=24;FSAF=557;FSAR=630;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0660647;FXX=0.00329215;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5292;QD=60.8966;RBI=0.067967;REFB=0.0263996;REVB=0.0159675;RO=23;SAF=557;SAR=616;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307726;STB=0.501046;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.0015824;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:1202:1211:23:24:1173:1187:0.980182:616:557:9:14:630:557:10:14 chr12 127650599 . A G 15348.3 PASS AF=0.986974;AO=807;DP=1012;FAO=985;FDP=998;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=460;FSAR=525;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0557919;FXX=0.0109018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.436;QD=61.5161;RBI=0.0594369;REFB=-0.0756648;REVB=0.020494;RO=16;SAF=313;SAR=494;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00193969;STB=0.500072;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00117778;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:1012:998:16:13:807:985:0.986974:494:313:7:9:525:460:6:7 chr12 127650616 . G A 3061.26 PASS AF=0.387528;AO=347;DP=895;FAO=348;FDP=898;FR=.;FRO=550;FSAF=176;FSAR=172;FSRF=200;FSRR=350;FWDB=-0.0162439;FXX=0.00111233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.944;QD=13.6359;RBI=0.0162907;REFB=-0.00979266;REVB=0.00123498;RO=546;SAF=176;SAR=171;SRF=197;SRR=349;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160058;STB=0.586872;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0175664;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:895:898:546:550:347:348:0.387528:171:176:197:349:172:176:200:350 chr12 127650639 . A G 8735.29 PASS AF=0.984;AO=438;DP=614;FAO=615;FDP=625;FR=.;FRO=10;FSAF=221;FSAR=394;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0487064;FXX=0.00159742;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.047;QD=55.9059;RBI=0.0543684;REFB=-0.0477886;REVB=0.0241582;RO=8;SAF=201;SAR=237;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00289195;STB=0.50244;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00293567;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:614:625:8:10:438:615:0.984:237:201:3:5:394:221:5:5 chr12 127650662 . T C 2880.81 PASS AF=0.973958;AO=183;DP=190;FAO=187;FDP=192;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=139;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0284124;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.895;QD=60.0169;RBI=0.0284135;REFB=-0.04908;REVB=-0.00025348;RO=5;SAF=46;SAR=137;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345963;STB=0.501938;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00207296;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:190:192:5:5:183:187:0.973958:137:46:1:4:139:48:1:4 chr12 127650669 . A G 1371.93 PASS AF=0.96;AO=95;DP=100;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00973245;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.191;QD=54.8773;RBI=0.0134238;REFB=-0.0459031;REVB=0.00924537;RO=4;SAF=22;SAR=73;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00197816;STB=0.501178;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.000423539;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:100:100:4:4:95:96:0.96:73:22:1:3:74:22:1:3 chr12 127650675 . G C 450.0 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0195743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.603;QD=48.6482;RBI=0.0234708;REFB=-0.0537289;REVB=0.012951;RO=4;SAF=6;SAR=27;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226681;STB=0.512188;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0110536;OID=.;OPOS=127650675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:37:4:4:33:33:0.891892:27:6:1:3:27:6:1:3 chr12 127650883 . G C,T 218.26 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=2,15;DP=17;FAO=3,15;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3,15;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239149,0.0289016;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.36,122.795;QD=48.5027;RBI=0.00239149,0.0289016;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0749349,0.00130694;OID=.,.;OPOS=127650883,127650883;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:17:18:0:0:2,15:3,15:0.166667,0.833333:0,0:2,15:0:0:0,0:3,15:0:0 chr12 127650890 . GG CA,CG 287.03 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,20;DP=24;FAO=2,20;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162555,-0.0102604;FXX=0.0832986;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=125.893,146.94;QD=52.1867;RBI=0.0162555,0.0102604;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00158876,0.00100031;OID=.,.;OPOS=127650890,127650890;OREF=GG,G;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:24:22:0:0:2,20:2,20:0.0909091,0.909091:0,0:2,20:0:0:0,0:2,20:0:0 chr12 128778703 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.938;QD=61.6816;RBI=0.035192;REFB=0;REVB=0.00455743;RO=0;SAF=32;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000412047;OID=.;OPOS=128778703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:9:32:0:0:9:32:0:0 chr12 128899673 . A G 330.12 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=94;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0246585;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2414;QD=14.1988;RBI=0.0416928;REFB=-0.00895154;REVB=-0.0336192;RO=56;SAF=12;SAR=24;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128897;STB=0.579167;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0187189;OID=.;OPOS=128899673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:56:56:36:37:0.397849:24:12:25:31:25:12:25:31 chr12 128900005 . G A 213.95 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00665816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.197;QD=20.8731;RBI=0.00738826;REFB=-0.0215203;REVB=-0.0032024;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423572;STB=0.511617;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0185138;OID=.;OPOS=128900005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:10:11:9:10:10:11:10:10 chr12 129153986 . G A 492.69 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00615977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.181;QD=17.4405;RBI=0.0109133;REFB=-0.00716707;REVB=0.00900871;RO=59;SAF=23;SAR=30;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00988909;STB=0.509366;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00812523;OID=.;OPOS=129153986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:60:53:53:0.469027:30:23:25:34:30:23:25:35 chr12 129181810 . A G 591.69 PASS AF=0.41875;AO=67;DP=160;FAO=67;FDP=160;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.00602507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.045;QD=14.7922;RBI=0.0151482;REFB=0.0036462;REVB=-0.0138984;RO=92;SAF=25;SAR=42;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145555;STB=0.584977;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00673582;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:92:93:67:67:0.41875:42:25:47:45:42:25:48:45 chr12 129181834 . A G 2738.63 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595126;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7159;QD=62.5974;RBI=0.0236106;REFB=0;REVB=0.0228483;RO=0;SAF=82;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235502;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:93:82:0:0:93:82:0:0 chr12 129189749 . T C,TC 51.93 PASS AF=0.0166667,0.2;AO=3,11;DP=59;FAO=1,12;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=1,5;FSAR=0,7;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0352882,-0.118287;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.3852,14.8106;QD=3.46223;RBI=0.0353167,0.118288;REFB=-0.00592895,-0.0718183;REVB=-0.00141815,-0.000511375;RO=45;SAF=3,4;SAR=0,7;SRF=20;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.512466,-0.103153;STB=0.990585,0.541478;STBP=0.287,0.813;TYPE=snp,ins;VARB=0.0342065,0.171171;OID=.,.;OPOS=129189749,129189750;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:59:60:45:47:3,11:1,12:0.0166667,0.2:0,7:3,4:20:25:0,7:1,5:22:25 chr12 129189941 . G A 178.19 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=28;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00578176;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.615;QD=24.5779;RBI=0.0122098;REFB=-0.00507447;REVB=-0.010754;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035106;STB=0.51011;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00487225;OID=.;OPOS=129189941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:29:11:11:17:18:0.62069:10:7:4:7:11:7:4:7 chr12 129190021 . A G 246.51 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0302478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6648;QD=46.9549;RBI=0.102195;REFB=-0.0303982;REVB=0.097616;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533299;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00407852;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:13:7:0:0:13:7:1:0 chr12 129190266 . G A 439.36 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00781957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.746;QD=19.3127;RBI=0.0195019;REFB=-0.0154538;REVB=-0.0178656;RO=46;SAF=28;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169239;STB=0.599954;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0108892;OID=.;OPOS=129190266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:46:47:44:44:0.483516:16:28:21:25:16:28:21:26 chr12 129190474 . G A 513.79 PASS AF=0.408759;AO=56;DP=142;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00181911;FXX=0.0352088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.999;QD=15.0012;RBI=0.00665352;REFB=-0.0107378;REVB=-0.00640001;RO=78;SAF=39;SAR=17;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177537;STB=0.591382;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0168734;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:137:78:81:56:56:0.408759:17:39:42:36:17:39:45:36 chr12 129293346 . C T 695.84 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.318;QD=60.5082;RBI=0.0328441;REFB=-0.0665991;REVB=0.027018;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240908;STB=0.512815;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00182647;OID=.;OPOS=129293346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:19:26:0:1:19:26:0:1 chr12 129298735 . C G 1309.93 PASS AF=0.90566;AO=95;DP=106;FAO=96;FDP=106;FR=.;FRO=10;FSAF=64;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.130156;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2748;QD=49.4315;RBI=0.133731;REFB=-0.0966859;REVB=0.030714;RO=10;SAF=63;SAR=32;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712393;STB=0.537923;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0173734;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:106:106:10:10:95:96:0.90566:32:63:3:7:32:64:3:7 chr12 129298777 . G A 96.33 PASS AF=0.172414;AO=19;DP=116;FAO=20;FDP=116;FR=.;FRO=96;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=-0.0131171;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0875;QD=3.32181;RBI=0.0131429;REFB=-0.0224155;REVB=0.000821639;RO=94;SAF=6;SAR=13;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334253;STB=0.727967;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.146742;OID=.;OPOS=129298777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:116:116:94:96:19:20:0.172414:13:6:55:39:14:6:56:40 chr12 129298797 . G A 39.36 PASS AF=0.0794702;AO=14;DP=151;FAO=12;FDP=151;FR=.;FRO=139;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=77;FSRR=62;FWDB=-0.0476357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3948;QD=1.04263;RBI=0.0476924;REFB=-0.0139644;REVB=-0.00232544;RO=136;SAF=5;SAR=9;SRF=75;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225601;STB=0.771267;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.110015;OID=.;OPOS=129298797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:151:151:136:139:14:12:0.0794702:9:5:75:61:9:3:77:62 chr12 129298799 . T C 65.43 PASS AF=0.109677;AO=18;DP=155;FAO=17;FDP=155;FR=.;FRO=138;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=76;FSRR=62;FWDB=-0.0323348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6329;QD=1.68859;RBI=0.0829781;REFB=-0.0140617;REVB=-0.0764188;RO=137;SAF=5;SAR=13;SRF=76;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336273;STB=0.724034;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0876406;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:155:155:137:138:18:17:0.109677:13:5:76:61:12:5:76:62 chr12 129298819 . C T 641.33 PASS AF=0.590476;AO=62;DP=106;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=-0.0226959;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4384;QD=24.4317;RBI=0.0497009;REFB=-0.0831955;REVB=0.0442162;RO=40;SAF=25;SAR=37;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982746;STB=0.564259;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0407754;OID=.;OPOS=129298819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:40:43:62:62:0.590476:37:25:11:29:37:25:11:32 chr12 129329081 . AT A,AC,ATC 60.59 PASS AF=0,0.357143,0.357143;AO=2,3,4;DP=15;FAO=0,5,5;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=0,2,5;FSAR=0,3,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0853811,-0.0663976,-0.073962;FXX=0;HRUN=1,1,0;LEN=1,1,1;MLLD=69.5394,91.483,83.4095;QD=17.3125;RBI=0.0993868,0.0941387,0.0748922;REFB=-0.00193644,-0.018532,-0.00925454;REVB=-0.0508705,-0.0667342,-0.011767;RO=6;SAF=2,0,4;SAR=0,3,0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.606693,-0.672276,0.712294;STB=0.5,0.54527,0.996873;STBP=1,0.922,0.072;TYPE=del,snp,ins;VARB=0,0.0630951,0.0850696;OID=.,.,.;OPOS=129329082,129329082,129329083;OREF=T,T,-;OALT=-,C,C;OMAPALT=A,AC,ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.357143,0.357143:2,3,4:15:0,5,5:14:4:0,2,5:0,3,0:2:2:29:6:2,0,4:0,3,0:3:3 chr12 129348666 . C T 52.79 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0186445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.49;QD=7.03854;RBI=0.0386635;REFB=-0.0231437;REVB=-0.0338711;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414198;STB=0.526249;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0532822;OID=.;OPOS=129348666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:9:13:5:3:9:13 chr12 129559557 . C T 185.17 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00808423;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.875;QD=13.7165;RBI=0.00857278;REFB=-0.0131908;REVB=-0.00285267;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194828;STB=0.611015;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0196881;OID=.;OPOS=129559557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:32:22:22:0.407407:11:11:10:22:11:11:10:22 chr12 129566340 . G A 1400.23 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00512048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3203;QD=61.5485;RBI=0.0172491;REFB=-0.021869;REVB=-0.0164716;RO=1;SAF=19;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066301;STB=0.503496;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00233061;OID=.;OPOS=129566340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:71:19:0:1:71:19:0:1 chr12 129566469 . C T 1507.6 PASS AF=0.938053;AO=106;DP=114;FAO=106;FDP=113;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=98;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0749481;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1791;QD=53.3663;RBI=0.0781319;REFB=0.0426547;REVB=0.0220766;RO=7;SAF=8;SAR=98;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284789;STB=0.652139;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00572524;OID=.;OPOS=129566469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:114:113:7:7:106:106:0.938053:98:8:7:0:98:8:7:0 chr12 130647709 . G C 3960.25 PASS AF=1;AO=248;DP=250;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695728;FXX=0.00799968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.171;QD=63.875;RBI=0.0789294;REFB=-0.119583;REVB=0.0372757;RO=1;SAF=139;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435304;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149781;OID=.;OPOS=130647709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:250:248:1:0:248:248:1:109:139:0:1:109:139:0:0 chr12 130649316 . CTTTTTTTTTTT CTTCTTTTTTTT,CTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTT 577.26 PASS AF=0.233766,0.402597,0.116883,0.246753;AO=11,11,4,11;DP=79;FAO=18,31,9,19;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13,5,12;FSAR=17,18,4,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246064,0.0164183,-0.0433873,0.0193119;FXX=0.0493766;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,3,1,2;MLLD=118.908,12.781,137.447,10.5565;QD=29.9873;RBI=0.0766778,0.131111,0.0555546,0.185566;REFB=0.0212249,0.046754,0.0730126,0.0534092;REVB=-0.0726224,-0.130079,-0.0346966,-0.184558;RO=0;SAF=0,2,4,5;SAR=11,9,0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,del;VARB=0.0074638,0.0195427,-0.0418255,0.0133678;OID=.,.,.,.;OPOS=130649319,130649317,130649327,130649317;OREF=T,TTT,T,TT;OALT=C,-,A,-;OMAPALT=CTTCTTTTTTTT,CTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.233766,0.402597,0.116883,0.246753:11,11,4,11:79:18,31,9,19:77:0:1,13,5,12:17,18,4,7:0:0:99:0:0,2,4,5:11,9,0,6:0:0 chr12 130649543 . C G 1213.46 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.724;QD=59.9238;RBI=0.0341691;REFB=-0.180295;REVB=0.018697;RO=1;SAF=34;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137211;STB=0.507245;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00091377;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:46:34:1:0:46:34:1:0 chr12 130650041 . G A 1431.32 PASS AF=0.953271;AO=101;DP=107;FAO=102;FDP=107;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0160337;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=271.657;QD=53.5072;RBI=0.0199434;REFB=-0.161916;REVB=0.0118599;RO=4;SAF=34;SAR=67;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330127;STB=0.523328;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000559231;OID=.;OPOS=130650041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:107:107:4:5:101:102:0.953271:67:34:3:1:67:35:4:1 chr12 130847389 . A G 171.27 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0125677;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.868;QD=10.8744;RBI=0.0125849;REFB=-0.00575944;REVB=0.000657083;RO=41;SAF=17;SAR=5;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457333;STB=0.766858;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0174415;OID=.;OPOS=130847389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:5:17:15:26:5:17:15:26 chr12 130884347 . A G 342.95 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0181286;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.89;QD=26.381;RBI=0.0207023;REFB=-0.0297891;REVB=-0.00999691;RO=17;SAF=15;SAR=18;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467377;STB=0.545427;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0227625;OID=.;OPOS=130884347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:19:33:33:0.634615:18:15:9:8:18:15:11:8 chr12 130897150 . G T 480.97 PASS AF=0.402985;AO=54;DP=134;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.00658787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.712;QD=14.3572;RBI=0.0167369;REFB=-0.00452295;REVB=-0.0153858;RO=80;SAF=16;SAR=38;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191338;STB=0.608417;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00750453;OID=.;OPOS=130897150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:80:80:54:54:0.402985:38:16:37:43:38:16:37:43 chr12 130912757 . C T 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.035947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1392;QD=10.1697;RBI=0.0601596;REFB=-0.00911599;REVB=-0.0482388;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265921;STB=0.656892;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0176068;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:5:17:6:5:5:17 chr12 130941150 . G C 290.95 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00143462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.281;QD=26.4497;RBI=0.00457936;REFB=-0.0102255;REVB=0.00434884;RO=17;SAF=17;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297409;STB=0.653728;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0128727;OID=.;OPOS=130941150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:18:26:26:0.590909:9:17:4:13:9:17:5:13 chr12 131275484 . G A 940.76 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213089;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.04;QD=58.7977;RBI=0.0240334;REFB=0;REVB=0.0111146;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93729e-05;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr12 131276448 . G T 1688.87 PASS AF=0.974359;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00104062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.864;QD=57.7391;RBI=0.0194876;REFB=-0.167482;REVB=0.0194598;RO=3;SAF=47;SAR=67;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293424;STB=0.515461;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0010937;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:3:3:114:114:0.974359:67:47:3:0:67:47:3:0 chr12 131296908 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.737;QD=37.4885;RBI=0.00720484;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24731e-05;OID=.;OPOS=131296908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr12 131299974 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.551;QD=59.8555;RBI=0.0403045;REFB=0;REVB=-0.00128995;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125001;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr12 131306314 . C G 1359.39 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9281;QD=62.5008;RBI=0.0555387;REFB=0;REVB=0.0420915;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433437;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:54:32:0:0:55:32:0:0 chr12 131466562 . T C 1396.36 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.927;QD=62.7578;RBI=0.0450413;REFB=0;REVB=0.0449283;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017268;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:52:37:0:0:52:37:0:0 chr12 131622735 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.853;QD=60.9783;RBI=0.0225744;REFB=0;REVB=0.0178899;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11494e-05;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr12 132237848 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.203;QD=56.7053;RBI=0.0385327;REFB=0;REVB=-0.00564291;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132183;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr12 132271113 . T C 1713.26 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.798;QD=60.6462;RBI=0.0214252;REFB=0;REVB=0.0173811;RO=0;SAF=56;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61624e-05;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:57:56:0:0:57:56:0:0 chr12 132403161 . A G 620.53 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384561;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.972;QD=62.0526;RBI=0.038653;REFB=0;REVB=0.00389585;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88654e-05;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr12 132626668 . T C 661.37 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00773401;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.774;QD=60.1247;RBI=0.0518056;REFB=0.000380569;REVB=0.051225;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=8.41869e-05;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:22:21:0:1:22:21:0:1 chr12 132635521 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.391;QD=46.848;RBI=0.0616858;REFB=0;REVB=0.0616251;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190416;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr12 132688137 . A G 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00950519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.971;QD=19.6661;RBI=0.0501624;REFB=-0.0413032;REVB=-0.0492536;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109176;STB=0.560571;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0277113;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:17:17:12:20:17:17:12:20 chr12 132862976 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.706;QD=60.9774;RBI=0.0565119;REFB=0;REVB=0.0553008;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214419;OID=.;OPOS=132862976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr12 133102403 . C T 811.68 PASS AF=0.52027;AO=76;DP=147;FAO=77;FDP=148;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0726963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9558;QD=21.9373;RBI=0.0761636;REFB=-0.0176998;REVB=0.0227186;RO=70;SAF=42;SAR=34;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108198;STB=0.565079;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0154247;OID=.;OPOS=133102403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:70:71:76:77:0.52027:34:42:30:40:34:43:30:41 chr12 133127964 . G A 521.63 PASS AF=0.652778;AO=47;DP=72;FAO=47;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0109637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.168;QD=28.9795;RBI=0.0272083;REFB=-0.0394125;REVB=0.0249016;RO=25;SAF=18;SAR=29;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064452;STB=0.53504;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0254712;OID=.;OPOS=133127964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:25:25:47:47:0.652778:29:18:12:13:29:18:12:13 chr12 133128069 . G A 304.28 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0043199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.078;QD=26.4595;RBI=0.00727858;REFB=-0.0343559;REVB=-0.005858;RO=19;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506519;STB=0.528032;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0236988;OID=.;OPOS=133128069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:11:16:10:9:11:16:10:9 chr12 133158097 . T C 113.82 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=29;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0132291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.385;QD=14.6864;RBI=0.015428;REFB=-0.00708462;REVB=-0.0079381;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955706;STB=0.575815;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0103974;OID=.;OPOS=133158097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:16:17:12:14:0.451613:8:4:4:12:9:5:4:13 chr12 133158650 . C T 98.18 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0634201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4853;QD=13.5417;RBI=0.120919;REFB=-0.0291252;REVB=0.102953;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165255;STB=0.517213;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.048781;OID=.;OPOS=133158650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:29:17:17:11:12:0.413793:5:6:9:8:6:6:9:8 chr12 133219820 . A G 620.42 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0111716;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.144;QD=21.0313;RBI=0.0920109;REFB=-0.012758;REVB=-0.0913302;RO=53;SAF=28;SAR=34;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797339;STB=0.536953;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00964187;OID=.;OPOS=133219820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:53:56:62:62:0.525424:34:28:19:34:34:28:21:35 chr12 133306589 . C T 1421.2 PASS AF=1;AO=62;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253521;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.927;QD=61.7915;RBI=0.0406029;REFB=0;REVB=-0.0317154;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227408;OID=.;OPOS=133306589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:62:92:1:30:32:0:0:46:46:0:0 chr12 133306590 . G T 282.88 PASS AF=0.350515;AO=26;DP=89;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00304169;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=70.2332;QD=11.665;RBI=0.0146752;REFB=-0.0770241;REVB=0.0143565;RO=63;SAF=11;SAR=15;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101696;STB=0.562998;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0120211;OID=.;OPOS=133306590;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:97:63:63:26:34:0.350515:15:11:32:31:20:14:32:31 chr12 133331537 . G A 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.319;QD=63.4765;RBI=0.0553218;REFB=0;REVB=0.0237116;RO=0;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127464;OID=.;OPOS=133331537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:58:36:0:0:58:36:0:0 chr12 133363376 . G T 902.91 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.356;QD=58.2523;RBI=0.076835;REFB=0;REVB=-0.00702206;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11211e-05;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:32:26:0:0:32:30:0:0 chr12 133378440 . C T 463.43 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.0429128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.741;QD=13.7312;RBI=0.042917;REFB=-0.00417265;REVB=-0.000601156;RO=82;SAF=18;SAR=35;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730296;STB=0.541385;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00798893;OID=.;OPOS=133378440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:82:82:53:53:0.392593:35:18:33:49:35:18:33:49 chr12 133411987 . G C 1364.11 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0191318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.979;QD=59.3091;RBI=0.020105;REFB=-0.0252788;REVB=-0.00617944;RO=3;SAF=42;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00858931;STB=0.510414;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.000694772;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:3:2:89:90:0.978261:47:42:1:2:47:43:0:2 chr12 133417982 . T TA,TAA 161.73 PASS AF=0.0540541,0.513514;AO=6,14;DP=41;FAO=2,19;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=1,13;FSAR=1,6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.243999,0.126091;FXX=0.0263089;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=17.4396,29.7408;QD=17.4844;RBI=0.244729,0.126473;REFB=0.0146776,0.00775577;REVB=0.0188996,0.00981792;RO=17;SAF=4,10;SAR=2,4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.286369,0.297983;STB=0.5,0.59081;STBP=1,0.292;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0589335,0.0128676;OID=.,.;OPOS=133417983,133417983;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0540541,0.513514:6,14:41:2,19:37:16:1,13:1,6:8:8:99:17:4,10:2,4:7:10 chr12 133433173 . T C 410.09 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0124381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2364;QD=51.2607;RBI=0.0841951;REFB=-0.109482;REVB=-0.0832712;RO=1;SAF=21;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216718;STB=0.521725;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00477099;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:29:30:0.9375:8:21:1:0:8:22:2:0 chr12 133433300 . C T 42.68 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0481509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4465;QD=18.968;RBI=0.0481811;REFB=-0.191936;REVB=0.00170637;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145918;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0915163;OID=.;OPOS=133433300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:9:9:2:3:7:6:0.666667:2:5:2:0:2:4:3:0 chr12 133587980 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.153;QD=63.8719;RBI=0.0111775;REFB=0;REVB=-0.00863594;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05149e-06;OID=.;OPOS=133587980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr12 133634450 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.608;QD=52.6127;RBI=0.0196129;REFB=0;REVB=0.00491591;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24814e-05;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr12 133660718 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.014;QD=44.6898;RBI=0.0376963;REFB=0;REVB=0.0227584;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019111;OID=.;OPOS=133660718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr12 133732636 . G A 244.19 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0052108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0559;QD=23.2563;RBI=0.0111292;REFB=-0.0147267;REVB=0.00983391;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191248;STB=0.605975;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0212092;OID=.;OPOS=133732636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:10:13:15:4:10:13:15:4 chr12 133780309 . G T 127.26 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00896414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.502;QD=16.4209;RBI=0.0123827;REFB=-0.0285853;REVB=-0.00854252;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269488;STB=0.645381;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0375213;OID=.;OPOS=133780309;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:16:14:15:0.483871:6:8:4:11:6:9:5:11 chr12 133781163 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0376166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.369;QD=7.95455;RBI=0.120332;REFB=-0.0191744;REVB=0.114301;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469121;STB=0.788797;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.034289;OID=.;OPOS=133781163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:6:13:2:6:6:13 chr12 133781231 . GA G 713.74 PASS AF=1;AO=55;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.2768;QD=48.389;RBI=0.173545;REFB=0;REVB=0.0805754;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184819;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00521053;OID=.;OPOS=133781232;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:59:59:59:0:28:31:0:0:13:1:25:30:1:0 chr12 133781428 . A C 1512.72 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0445036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.234;QD=56.5504;RBI=0.0463884;REFB=-0.189459;REVB=0.0130885;RO=2;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160805;STB=0.503098;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000550221;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:2:3:104:104:0.971963:58:46:0:2:58:46:1:2 chr12 133781605 . A G 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00455718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.795;QD=54.6514;RBI=0.0186381;REFB=-0.0763689;REVB=0.0180724;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00417692;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:1:0:29:23:1:0 chr12 133795885 . G A 3108.14 PASS AF=0.972222;AO=206;DP=216;FAO=210;FDP=216;FR=.;FRO=6;FSAF=84;FSAR=126;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0665635;FXX=0.00917389;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.996;QD=57.5582;RBI=0.0672372;REFB=-0.0160445;REVB=0.00949387;RO=5;SAF=81;SAR=125;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284922;STB=0.51724;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000384919;OID=.;OPOS=133795885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:216:216:5:6:206:210:0.972222:125:81:5:0:126:84:6:0 chr12 133795960 . A G 2192.47 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.773;QD=62.6419;RBI=0.0202255;REFB=0;REVB=0.0178529;RO=0;SAF=56;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78859e-05;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:140:140:0:0:139:140:1:83:56:0:0:84:56:0:0 chr13 19600126 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.378;QD=52.6131;RBI=0.0287213;REFB=0;REVB=-0.0244454;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17082e-05;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr13 19600200 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.027;QD=50.4135;RBI=0.0485289;REFB=0;REVB=-0.0362246;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43652e-05;OID=.;OPOS=19600200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr13 19600475 . C A 1587.74 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7789;QD=64.1511;RBI=0.0278854;REFB=0;REVB=0.0134057;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022878;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:56:43:0:0:56:43:0:0 chr13 19751544 . C T 386.55 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0486631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9859;QD=20.8947;RBI=0.0557767;REFB=-0.0162599;REVB=-0.027257;RO=34;SAF=29;SAR=10;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710637;STB=0.534661;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0153629;OID=.;OPOS=19751544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:35:39:39:0.527027:10:29:23:11:10:29:24:11 chr13 19753585 . GT G,TG 1327.37 PASS AF=0.938931,0.0610687;AO=39,9;DP=125;FAO=123,8;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=63,0;FSAR=60,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.929851,0.121254;FXX=0.00757518;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=13.7186,146.335;QD=40.5304;RBI=0.982785,0.121265;REFB=0,0;REVB=0.318187,0.00158107;RO=72;SAF=2,0;SAR=37,9;SRF=58;SRR=14;SSEN=0.326923,0;SSEP=0.324136,0;SSSB=-0.800752,-0.779224;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0303376,0.0404404;OID=.,.;OPOS=19753586,19753585;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:125:131:72:0:39,9:123,8:0.938931,0.0610687:37,9:2,0:58:14:60,8:63,0:0:0 chr13 19999927 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.52;QD=33.4285;RBI=0.0286491;REFB=0;REVB=0.00127178;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113431;OID=.;OPOS=19999927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr13 20000630 . T C 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.027;QD=60.9751;RBI=0.0253472;REFB=0;REVB=0.00786935;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49915e-05;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr13 20006620 . C T 294.18 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0430854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2086;QD=17.5632;RBI=0.0624759;REFB=-0.0225338;REVB=-0.0452425;RO=35;SAF=19;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18024;STB=0.600867;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0220911;OID=.;OPOS=20006620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:13:19:14:21:13:19:14:21 chr13 20006680 . G C 105.45 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0349818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0133;QD=8.11112;RBI=0.0366595;REFB=-0.00881305;REVB=0.0109633;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307382;STB=0.677173;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0155071;OID=.;OPOS=20006680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:5:9:14:23:5:9:15:23 chr13 20038584 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.678;QD=60.2046;RBI=0.0305828;REFB=0;REVB=0.00568352;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6199e-05;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr13 20277413 . T C 90.05 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0733704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.155;QD=5.90489;RBI=0.073423;REFB=-0.0140515;REVB=0.00278045;RO=47;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144601;STB=0.590039;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0494903;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:47:47:14:14:0.229508:7:7:18:29:7:7:18:29 chr13 20398669 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0346;QD=55.6557;RBI=0.11177;REFB=0;REVB=0.0193754;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299515;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr13 20398742 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3996;QD=53.911;RBI=0.0453257;REFB=0;REVB=-0.0423819;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114455;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr13 20716411 . C T 146.77 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0309205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.36;QD=17.2669;RBI=0.0637266;REFB=-0.0116633;REVB=0.0557225;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790844;STB=0.545396;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0434871;OID=.;OPOS=20716411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:7:11:11:5:7:11 chr13 20716533 . G T 742.46 PASS AF=1;AO=38;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.256;QD=61.8718;RBI=0.187682;REFB=0;REVB=0.14285;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348456;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:1:0:38:48:1:22:16:0:1:30:18:0:0 chr13 20763380 . T C 540.16 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0147786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8442;QD=22.0474;RBI=0.017323;REFB=-0.000584822;REVB=-0.00903772;RO=47;SAF=31;SAR=20;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279741;STB=0.515414;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000485954;OID=.;OPOS=20763380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:20:31:30:17:20:31:30:17 chr13 20763612 . C T 364.33 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00852284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.578;QD=21.1204;RBI=0.0130784;REFB=-0.00412043;REVB=-0.00991995;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104279;STB=0.557506;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00597101;OID=.;OPOS=20763612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:21:16:10:22:21:16:10:22 chr13 20763642 . C T 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0135404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.47;QD=15.3562;RBI=0.0140857;REFB=-0.00967149;REVB=0.00388123;RO=44;SAF=13;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159704;STB=0.509026;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0133326;OID=.;OPOS=20763642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:20:13:18:26:20:13:18:26 chr13 21157164 . TGAAAAAAATT AAATTGAAAAA,TGAAAAAAT,TGAAAAAATT,TGAAAAAT 260.44 PASS AF=0.0588235,0.0588235,0.588235,0.235294;AO=2,7,11,7;DP=36;FAO=2,2,20,8;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=0,2,17,5;FSAR=2,0,3,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0466577,-0.136671,-0.116155,-0.0791819;FXX=0.0810592;HRUN=1,7,7,7;LEN=11,2,1,3;MLLD=81.9018,14.7834,11.1392,21.0732;QD=30.6396;RBI=0.0504219,0.14711,0.116757,0.083024;REFB=0.00030919,-0.0238929,-0.0574594,-0.0291658;REVB=-0.019116,-0.0544277,-0.0118393,-0.0249644;RO=3;SAF=0,7,11,4;SAR=2,0,0,3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.666583,0.771117,0.812344,-0.0505826;STB=0.992443,0.992443,0.557315,0.526249;STBP=0.326,0.312,0.198,0.896;TYPE=mnp,del,del,del;VARB=0.045648,-0.0637318,0.0694275,0.0451886;OID=.,.,.,.;OPOS=21157164,21157172,21157166,21157171;OREF=TGAAAAAAATT,AT,A,AAT;OALT=AAATTGAAAAA,-,-,-;OMAPALT=AAATTGAAAAA,TGAAAAAAT,TGAAAAAATT,TGAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:42:36:34:3:2:2,7,11,7:2,2,20,8:0.0588235,0.0588235,0.588235,0.235294:2,0,0,3:0,7,11,4:2:1:2,0,3,3:0,2,17,5:1:1 chr13 21205192 . G A 840.69 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.015;QD=56.996;RBI=0.0427512;REFB=0;REVB=0.0250518;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306468;OID=.;OPOS=21205192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:28:31:0:0 chr13 21356650 . T A 1059.48 PASS AF=0.411972;AO=117;DP=284;FAO=117;FDP=284;FR=.;FRO=167;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=70;FSRR=97;FWDB=-0.00969492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.586;QD=14.9223;RBI=0.0323072;REFB=-0.00745237;REVB=-0.0308183;RO=167;SAF=62;SAR=55;SRF=70;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116194;STB=0.564842;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00874772;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:167:167:117:117:0.411972:55:62:70:97:55:62:70:97 chr13 21358061 . A G 225.02 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0298901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.704;QD=27.2747;RBI=0.0305656;REFB=-0.0356976;REVB=-0.00639042;RO=12;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224982;STB=0.624878;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0193833;OID=.;OPOS=21358061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:14:7:8:4:14:7:8:4 chr13 21562832 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.096;QD=58.1421;RBI=0.00640959;REFB=0;REVB=0.00339104;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75475e-05;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr13 21620085 . T C 1044.36 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.316;QD=59.6775;RBI=0.022783;REFB=0;REVB=0.0217612;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4587e-05;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:37:32:0:0:38:32:0:0 chr13 21714920 . G A 781.61 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0390558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.152;QD=54.8495;RBI=0.0517964;REFB=-0.129429;REVB=0.0340222;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165422;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000491972;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:28:28:0:1:28:28:0:1 chr13 21720956 . C T 817.67 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3519;QD=57.38;RBI=0.0250386;REFB=0;REVB=-0.0205372;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000378638;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr13 21732094 . C T 1007.95 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174435;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.107;QD=59.2913;RBI=0.00308908;REFB=0;REVB=-0.00254944;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68204e-05;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr13 21752154 . G A 766.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.103;QD=63.8569;RBI=0.0253491;REFB=0;REVB=0.021498;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116533;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr13 22113773 . GCCCCCCA GCCCCCAC 73.42 PASS AF=0.225806;AO=11;DP=63;FAO=14;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.177954;FXX=0.0158705;HRUN=6;LEN=2;MLLD=27.4184;QD=4.7365;RBI=0.201302;REFB=-0.0136126;REVB=-0.0941004;RO=35;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.710304;STB=0.936093;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.0204661;OID=.;OPOS=22113779;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=GCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806:11:63:14:62:48:13:1:16:32:71:35:10:1:9:26 chr13 22275394 . A G 1623.58 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.955;QD=59.5809;RBI=0.0439656;REFB=0;REVB=0.0331318;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27038e-05;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:60:48:0:0:60:49:0:0 chr13 22275583 . G A 1455.55 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114015;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.176;QD=63.2848;RBI=0.0396596;REFB=0;REVB=-0.0379853;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012971;OID=.;OPOS=22275583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:38:53:0:0:38:54:0:0 chr13 23251016 . CT C 300.8 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.1752;QD=42.9711;RBI=0.0617988;REFB=0;REVB=0.0326404;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000681949;OID=.;OPOS=23251017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:28:28:28:0:13:15:0:0:6:0:13:15:0:0 chr13 23253313 . T C 790.07 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035354;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.498;QD=57.4599;RBI=0.0481059;REFB=0;REVB=0.0326232;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100233;OID=.;OPOS=23253313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr13 23824783 . T G 2238.71 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0124685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6593;QD=62.6212;RBI=0.0280811;REFB=-0.0447429;REVB=0.0251612;RO=1;SAF=65;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725932;STB=0.503816;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000197516;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:143:1:1:142:142:0.993007:77:65:1:0:77:65:1:0 chr13 23898509 . T C 745.4 PASS AF=0.489933;AO=73;DP=149;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0332415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.28;QD=20.0107;RBI=0.0340299;REFB=-0.0265636;REVB=0.00728296;RO=76;SAF=28;SAR=45;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859968;STB=0.547515;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0245722;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:76:76:73:73:0.489933:45:28:36:40:45:28:36:40 chr13 23898664 . A G 1015.81 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0283768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.662;QD=56.4341;RBI=0.0317308;REFB=0.0862786;REVB=-0.0141987;RO=1;SAF=34;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137031;STB=0.514282;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00025802;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:36:34:1:0:36:34:2:0 chr13 23905711 . A G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0120064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3499;QD=19.343;RBI=0.0593495;REFB=-0.0197056;REVB=0.0581224;RO=17;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235527;STB=0.623143;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0289042;OID=.;OPOS=23905711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:5:13:8:9:5:13:9:9 chr13 23906983 . G C 416.11 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0210939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.474;QD=22.1925;RBI=0.0265778;REFB=-0.00292564;REVB=0.0161686;RO=34;SAF=19;SAR=22;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116992;STB=0.564326;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00300059;OID=.;OPOS=23906983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:22:19:11:23:22:19:11:23 chr13 23907677 . C T 1232.72 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114957;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.66;QD=61.6361;RBI=0.0161807;REFB=0;REVB=0.011387;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299816;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:33:46:0:0:34:46:0:0 chr13 23907909 . A G 219.03 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0137741;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.292;QD=13.2746;RBI=0.0156416;REFB=-0.00826059;REVB=0.00741176;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122887;STB=0.507037;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00968627;OID=.;OPOS=23907909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:14:12:18:22:14:12:18:22 chr13 23909162 . A G 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00483549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.791;QD=22.7198;RBI=0.0165193;REFB=-0.00351014;REVB=-0.0157957;RO=9;SAF=1;SAR=13;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397727;STB=0.73196;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00189832;OID=.;OPOS=23909162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:13:1:3:6:13:1:3:6 chr13 23911820 . A G 204.49 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0673096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6095;QD=22.7207;RBI=0.0675673;REFB=0.00907664;REVB=-0.0058959;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160953;STB=0.570104;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00529258;OID=.;OPOS=23911820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:16:19:20:0.555556:13:6:8:8:13:7:8:8 chr13 23929095 . T C 236.58 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0483372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8565;QD=15.7721;RBI=0.0642652;REFB=-0.0115149;REVB=0.0423501;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220442;STB=0.6243;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00966262;OID=.;OPOS=23929095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:11:16:12:21:11:16:12:21 chr13 23930055 . A T 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0201273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.156;QD=19.6556;RBI=0.0210872;REFB=-0.0163443;REVB=0.00628955;RO=32;SAF=14;SAR=26;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272239;STB=0.615031;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0146139;OID=.;OPOS=23930055;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:40:40:40:0.5:26:14:22:10:26:14:23:17 chr13 23985391 . T C 1519.61 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.531;QD=59.0138;RBI=0.0430657;REFB=0;REVB=0.0279905;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332919;OID=.;OPOS=23985391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:100:103:1:45:55:0:0:47:56:0:0 chr13 24167505 . T A 698.47 PASS AF=0.518797;AO=66;DP=131;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00534219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.702;QD=21.0065;RBI=0.00562094;REFB=-0.0297286;REVB=-0.00174812;RO=64;SAF=27;SAR=39;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117838;STB=0.515333;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0258528;OID=.;OPOS=24167505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:64:64:66:69:0.518797:39:27:27:37:42:27:27:37 chr13 24234517 . A G 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0572;QD=59.8536;RBI=0.0309955;REFB=0;REVB=-0.0127421;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102745;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr13 24243081 . T C 287.94 PASS AF=0.322034;AO=36;DP=116;FAO=38;FDP=118;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.00489659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.729;QD=9.76063;RBI=0.0226657;REFB=-0.0168492;REVB=-0.0221304;RO=79;SAF=16;SAR=20;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729953;STB=0.535791;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0310731;OID=.;OPOS=24243081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:79:80:36:38:0.322034:20:16:40:39:21:17:40:40 chr13 24243200 . T C 363.17 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291623;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.064;QD=55.8728;RBI=0.0302273;REFB=0;REVB=0.0079529;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304187;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr13 24411772 . T C 1453.43 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.142;QD=63.1927;RBI=0.0564156;REFB=0;REVB=0.0554497;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80777e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr13 24465743 . A G 854.15 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217385;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.811;QD=57.9084;RBI=0.0279228;REFB=0;REVB=0.0175248;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3585e-05;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr13 24468711 . G C 302.45 PASS AF=0.223744;AO=49;DP=219;FAO=49;FDP=219;FR=.;FRO=170;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=70;FSRR=100;FWDB=-0.0124964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.119;QD=5.52417;RBI=0.0318639;REFB=-0.00443074;REVB=-0.0293112;RO=170;SAF=31;SAR=18;SRF=70;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276747;STB=0.667939;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0120021;OID=.;OPOS=24468711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:170:170:49:49:0.223744:18:31:70:100:18:31:70:100 chr13 24468763 . T C 190.59 PASS AF=0.188889;AO=34;DP=180;FAO=34;FDP=180;FR=.;FRO=146;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=90;FWDB=0.00820521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.977;QD=4.23534;RBI=0.00824026;REFB=-0.00982166;REVB=-0.000759237;RO=145;SAF=23;SAR=11;SRF=55;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369092;STB=0.72763;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0295289;OID=.;OPOS=24468763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:145:146:34:34:0.188889:11:23:55:90:11:23:56:90 chr13 24797913 . C T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00969859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.279;QD=17.064;RBI=0.0156373;REFB=-0.0195478;REVB=0.0122663;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183684;STB=0.510321;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0288395;OID=.;OPOS=24797913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:16:15:13:15:16:15 chr13 24798120 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0445565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1478;QD=11.9195;RBI=0.103915;REFB=-0.00344758;REVB=-0.0938774;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263271;STB=0.6599;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00623192;OID=.;OPOS=24798120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:5:4:5:2:5:4 chr13 24876752 . T C 183.39 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00402021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.615;QD=17.8921;RBI=0.0269589;REFB=-0.0660045;REVB=0.0266574;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673869;STB=0.538421;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0378661;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:18:19:0.463415:9:9:9:12:9:10:10:12 chr13 24890157 . C T 520.58 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.00947381;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.479;QD=16.5264;RBI=0.021312;REFB=-0.0138153;REVB=-0.0190905;RO=70;SAF=27;SAR=29;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159504;STB=0.588802;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0195351;OID=.;OPOS=24890157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:70:70:56:56:0.444444:29:27:45:25:29:27:45:25 chr13 24890228 . A C 534.9 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00435181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.565;QD=17.2549;RBI=0.0111899;REFB=0.00404805;REVB=-0.010309;RO=67;SAF=27;SAR=30;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104962;STB=0.558355;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0042625;OID=.;OPOS=24890228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:67:57:57:0.459677:30:27:39:28:30:27:39:28 chr13 24895437 . G A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00972396;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.068;QD=36.3509;RBI=0.0343457;REFB=-0.0239127;REVB=0.0329404;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000688728;OID=.;OPOS=24895437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:0:1:7:4:0:1 chr13 24895559 . A G 68.18 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0233778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.471;QD=5.56576;RBI=0.027696;REFB=-0.00656996;REVB=0.0148509;RO=39;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168717;STB=0.609538;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.038878;OID=.;OPOS=24895559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:6:4:21:18:6:4:21:18 chr13 24895684 . A G 1281.68 PASS AF=0.945055;AO=86;DP=91;FAO=86;FDP=91;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0347374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2505;QD=56.3376;RBI=0.0408071;REFB=-0.0892969;REVB=0.0214134;RO=5;SAF=46;SAR=40;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680312;STB=0.503596;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00411204;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:91:91:5:5:86:86:0.945055:40:46:3:2:40:46:3:2 chr13 25008588 . A G 1665.93 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562431;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.689;QD=60.5791;RBI=0.00680225;REFB=0;REVB=-0.00382592;RO=0;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249202;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:110:110:1:64:46:0:0:64:46:0:0 chr13 25008630 . A G 1878.31 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.273;QD=61.584;RBI=0.0289417;REFB=0;REVB=0.0265225;RO=0;SAF=51;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40546e-05;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:70:51:0:0:71:51:0:0 chr13 25008903 . G T 610.93 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0441249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.293;QD=56.8307;RBI=0.0465931;REFB=-0.155407;REVB=0.0149635;RO=2;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00765436;STB=0.504082;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00709328;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:43:2:2:41:41:0.953488:24:17:1:1:24:17:1:1 chr13 25009099 . A C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.706;QD=58.4191;RBI=0.0289966;REFB=0;REVB=-0.0284954;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52314e-05;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr13 25020863 . G A 728.81 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.25;QD=57.1614;RBI=0.010399;REFB=0;REVB=0.00692124;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39028e-06;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chr13 25021154 . C T 467.4 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3862;QD=56.6541;RBI=0.0459871;REFB=0;REVB=0.0393606;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107599;OID=.;OPOS=25021154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:18:13:0:0:20:13:0:0 chr13 25021200 . A C 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000556178;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.363;QD=62.3668;RBI=0.0179553;REFB=0;REVB=0.0179467;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18274e-05;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr13 25021211 . C T 673.87 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122959;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.241;QD=62.6858;RBI=0.0356322;REFB=0;REVB=0.035611;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31705e-05;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr13 25021245 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3415;QD=63.583;RBI=0.0375693;REFB=0;REVB=-0.0267364;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24724e-06;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr13 25027744 . A G 1030.02 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.123;QD=58.0295;RBI=0.0321116;REFB=-0.130823;REVB=-0.00977895;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00137107;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:37:33:0:0:37:33:0:1 chr13 25029218 . C T 344.33 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0378152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2626;QD=13.1174;RBI=0.0769161;REFB=-0.0252049;REVB=-0.0669783;RO=64;SAF=13;SAR=28;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15682;STB=0.589428;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0390967;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:64:41:41:0.390476:28:13:29:35:28:13:29:35 chr13 25029295 . C T 491.64 PASS AF=0.642857;AO=45;DP=70;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0105945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.178;QD=28.0935;RBI=0.0114688;REFB=0.00425904;REVB=-0.00439199;RO=25;SAF=17;SAR=28;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989687;STB=0.553685;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0012468;OID=.;OPOS=25029295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:25:45:45:0.642857:28:17:6:19:28:17:6:19 chr13 25049676 . G A 681.18 PASS AF=0.544;AO=66;DP=124;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0282356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1023;QD=21.7976;RBI=0.0322932;REFB=-0.00547032;REVB=0.0156717;RO=57;SAF=23;SAR=43;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111899;STB=0.558191;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00807796;OID=.;OPOS=25049676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:57:57:66:68:0.544:43:23:27:30:44:24:27:30 chr13 25052261 . C T 955.05 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.1;QD=58.7725;RBI=0.0406941;REFB=0;REVB=-0.0389043;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27822e-05;OID=.;OPOS=25052261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr13 25075859 . C T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.582;QD=62.1623;RBI=0.0364838;REFB=0;REVB=0.0223652;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27889e-05;OID=.;OPOS=25075859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:52:33:0:0:52:33:0:0 chr13 25265103 . A G 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0451712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.701;QD=15.576;RBI=0.0466768;REFB=-0.0108919;REVB=0.0117593;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097989;STB=0.55551;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00904278;OID=.;OPOS=25265103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:12:12:18:12:12:12:18:12 chr13 25265139 . T C 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0653937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7225;QD=18.6203;RBI=0.0988149;REFB=-0.0272074;REVB=-0.0740813;RO=39;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492065;STB=0.527426;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0270952;OID=.;OPOS=25265139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:20:17:20:19:20:17:20:19 chr13 25266932 . C A 118.57 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0101128;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.093;QD=20.6207;RBI=0.0263643;REFB=-0.0395405;REVB=0.0243477;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123573;STB=0.507031;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0290085;OID=.;OPOS=25266932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:4:6:8:5:4:6 chr13 25272870 . C T 334.33 PASS AF=0.365217;AO=40;DP=113;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0333129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2793;QD=11.6287;RBI=0.0403601;REFB=0.0033539;REVB=-0.0227857;RO=73;SAF=20;SAR=20;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231131;STB=0.513037;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00567352;OID=.;OPOS=25272870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:73:73:40:42:0.365217:20:20:35:38:21:21:35:38 chr13 25277795 . A G 285.11 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0170949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.392;QD=23.759;RBI=0.0223684;REFB=-0.0215716;REVB=0.014426;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163713;STB=0.579557;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0157749;OID=.;OPOS=25277795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:14:12:14:7:14:12:14:8 chr13 25356053 . T C 365.9 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00836589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.3353;QD=18.7641;RBI=0.00925551;REFB=-0.00433953;REVB=0.00395933;RO=39;SAF=13;SAR=25;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915226;STB=0.559131;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00532003;OID=.;OPOS=25356053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:40:38:38:0.487179:25:13:17:22:25:13:18:22 chr13 25367301 . C T 335.74 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0273243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.843;QD=22.3824;RBI=0.0337411;REFB=-0.0133021;REVB=-0.019795;RO=26;SAF=21;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184296;STB=0.601718;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0149931;OID=.;OPOS=25367301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:13:21:10:16:13:21:10:16 chr13 25419176 . A G 867.74 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.995;QD=57.8493;RBI=0.0570001;REFB=0;REVB=0.0528004;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75361e-05;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:36:23:0:0:36:24:0:0 chr13 25460428 . A G 959.93 PASS AF=0.945205;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0237187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.738;QD=52.5987;RBI=0.0253245;REFB=-0.115829;REVB=-0.00887433;RO=1;SAF=46;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209962;STB=0.539988;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0013153;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:72:73:1:4:68:69:0.945205:22:46:0:1:23:46:0:4 chr13 25466955 . T C 472.56 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.00918561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.844;QD=16.1557;RBI=0.0216617;REFB=-0.0161331;REVB=-0.0196176;RO=64;SAF=33;SAR=19;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026646;STB=0.520497;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0205004;OID=.;OPOS=25466955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:65:52:52:0.444444:19:33:39:25:19:33:39:26 chr13 25517089 . TC T 70.04 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.150553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.5429;QD=8.75495;RBI=0.177069;REFB=0.0793663;REVB=-0.0932056;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24777;STB=0.694865;STBP=0.105;TYPE=del;VARB=-0.11365;OID=.;OPOS=25517090;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:12:32:13:32:19:3:10:10:9:70:17:3:9:8:9 chr13 25525544 . T C 591.35 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00154184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.023;QD=18.7729;RBI=0.0105808;REFB=-0.00788558;REVB=-0.0104679;RO=63;SAF=30;SAR=31;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00023923;STB=0.50026;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00624106;OID=.;OPOS=25525544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:63:65:61:61:0.484127:31:30:31:32:31:30:32:33 chr13 25671200 . C T 44.82 PASS AF=0.101852;AO=11;DP=108;FAO=11;FDP=108;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=61;FWDB=0.000194916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.306;QD=1.65985;RBI=0.0392767;REFB=-0.00243989;REVB=-0.0392762;RO=96;SAF=4;SAR=7;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144171;STB=0.507233;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0109909;OID=.;OPOS=25671200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:108:108:96:97:11:11:0.101852:7:4:36:60:7:4:36:61 chr13 25671206 . A G 65.83 PASS AF=0.123967;AO=15;DP=122;FAO=15;FDP=121;FR=.;FRO=106;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=66;FWDB=-0.00482399;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.678;QD=2.17614;RBI=0.00735248;REFB=0.000512257;REVB=-0.0055487;RO=107;SAF=7;SAR=8;SRF=41;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105319;STB=0.579316;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00201221;OID=.;OPOS=25671206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:122:121:107:106:15:15:0.123967:8:7:41:66:8:7:40:66 chr13 25671210 . C T 64.54 PASS AF=0.120968;AO=15;DP=125;FAO=15;FDP=124;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=66;FWDB=-0.0169426;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.826;QD=2.08188;RBI=0.0304485;REFB=-0.00286479;REVB=-0.0252994;RO=109;SAF=7;SAR=8;SRF=43;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905622;STB=0.564187;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0201595;OID=.;OPOS=25671210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:125:124:109:109:15:15:0.120968:8:7:43:66:8:7:43:66 chr13 25671214 . T G 64.4 PASS AF=0.120968;AO=15;DP=124;FAO=15;FDP=124;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=65;FWDB=0.0136028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5781;QD=2.07746;RBI=0.0535124;REFB=-0.00219309;REVB=-0.0517546;RO=109;SAF=7;SAR=8;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788447;STB=0.555966;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0139405;OID=.;OPOS=25671214;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:124:124:109:109:15:15:0.120968:8:7:44:65:8:7:44:65 chr13 25671271 . A G 274.38 PASS AF=0.200855;AO=47;DP=234;FAO=47;FDP=234;FR=.;FRO=187;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=83;FSRR=104;FWDB=-0.00913013;FXX=0.00425514;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.125;QD=4.69028;RBI=0.0151661;REFB=-0.00933933;REVB=-0.01211;RO=187;SAF=21;SAR=26;SRF=83;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00384734;STB=0.502391;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0437973;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:187:187:47:47:0.200855:26:21:83:104:26:21:83:104 chr13 25671274 . C T 284.13 PASS AF=0.204255;AO=46;DP=234;FAO=48;FDP=235;FR=.;FRO=187;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=81;FSRR=106;FWDB=0.00424831;FXX=0.00843846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.832;QD=4.83625;RBI=0.011333;REFB=0.000333014;REVB=-0.0105066;RO=184;SAF=21;SAR=25;SRF=78;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424781;STB=0.536774;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00422921;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:184:187:46:48:0.204255:25:21:78:106:25:23:81:106 chr13 25671292 . C T 356.86 PASS AF=0.216117;AO=58;DP=273;FAO=59;FDP=273;FR=.;FRO=214;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=88;FSRR=126;FWDB=-0.0235848;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2707;QD=5.22873;RBI=0.0968506;REFB=-0.0119997;REVB=-0.0939351;RO=213;SAF=27;SAR=31;SRF=87;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074144;STB=0.536861;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0666128;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:213:214:58:59:0.216117:31:27:87:126:32:27:88:126 chr13 25671310 . TTATGA T 172.67 PASS AF=0.202128;AO=54;DP=285;FAO=57;FDP=282;FR=.;FRO=225;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=96;FSRR=129;FWDB=-0.00834778;FXX=0.017421;HRUN=2;LEN=5;MLLD=341.195;QD=2.44916;RBI=0.0126083;REFB=-0.00811308;REVB=-0.00944904;RO=224;SAF=22;SAR=32;SRF=96;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280583;STB=0.504586;STBP=0.952;TYPE=del;VARB=0.0312948;OID=.;OPOS=25671311;OREF=TATGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202128:54:285:57:282:225:24:33:96:129:99:224:22:32:96:128 chr13 25671320 . A G 30.5 PASS AF=0.0568562;AO=16;DP=298;FAO=17;FDP=299;FR=.;FRO=282;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=125;FSRR=157;FWDB=-0.00981063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9654;QD=0.407972;RBI=0.0835948;REFB=-0.00983579;REVB=-0.0830171;RO=277;SAF=5;SAR=11;SRF=124;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139924;STB=0.588297;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.147982;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:298:299:277:282:16:17:0.0568562:11:5:124:153:11:6:125:157 chr13 25671332 . CA C 149.97 PASS AF=0.194805;AO=59;DP=308;FAO=60;FDP=308;FR=.;FRO=248;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=110;FSRR=138;FWDB=0.043928;FXX=0.00323614;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.6578;QD=1.9477;RBI=0.0776825;REFB=0.0157675;REVB=-0.0640695;RO=240;SAF=26;SAR=33;SRF=106;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129361;STB=0.508353;STBP=0.889;TYPE=del;VARB=-0.0552527;OID=.;OPOS=25671333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194805:59:308:60:308:248:26:34:110:138:99:240:26:33:106:134 chr13 25671369 . G T 283.19 PASS AF=0.172414;AO=55;DP=319;FAO=55;FDP=319;FR=.;FRO=264;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=125;FSRR=139;FWDB=-0.0339346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7993;QD=3.55097;RBI=0.0359376;REFB=-0.00488601;REVB=-0.0118302;RO=261;SAF=24;SAR=31;SRF=125;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554522;STB=0.530969;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0233881;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:261:264:55:55:0.172414:31:24:125:136:31:24:125:139 chr13 25671398 . C T 205.73 PASS AF=0.148148;AO=43;DP=292;FAO=44;FDP=297;FR=.;FRO=253;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=125;FSRR=128;FWDB=-0.0137912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.429;QD=2.77072;RBI=0.0141892;REFB=-0.00102338;REVB=0.00333705;RO=247;SAF=18;SAR=25;SRF=124;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107477;STB=0.553226;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00582095;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:297:247:253:43:44:0.148148:25:18:124:123:25:19:125:128 chr13 25671429 . G T 108.49 PASS AF=0.114286;AO=28;DP=245;FAO=28;FDP=245;FR=.;FRO=217;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=106;FSRR=111;FWDB=-0.00389631;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.843;QD=1.77133;RBI=0.0224488;REFB=-0.000960149;REVB=-0.022108;RO=213;SAF=12;SAR=16;SRF=102;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062989;STB=0.553303;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00648364;OID=.;OPOS=25671429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:213:217:28:28:0.114286:16:12:102:111:16:12:106:111 chr13 25745843 . C T 178.46 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0212772;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2827;QD=20.995;RBI=0.0436409;REFB=0.0155411;REVB=0.0381026;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198161;STB=0.612117;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00765764;OID=.;OPOS=25745843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:9:7:12:6:9:7 chr13 25802676 . A G 125.32 PASS AF=0.306122;AO=14;DP=48;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0151121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.56;QD=10.2299;RBI=0.01553;REFB=-0.00953825;REVB=0.00357873;RO=34;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410522;STB=0.710258;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0413308;OID=.;OPOS=25802676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:34:34:14:15:0.306122:4:10:12:22:5:10:12:22 chr13 25822372 . T C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0018387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.474;QD=17.9407;RBI=0.0128682;REFB=-0.00230045;REVB=-0.0127362;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280577;STB=0.658075;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00367297;OID=.;OPOS=25822372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:5:17:9:10:5:17 chr13 25823441 . C T 472.95 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00683708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.424;QD=17.5165;RBI=0.0572971;REFB=-0.033918;REVB=-0.0568877;RO=57;SAF=26;SAR=25;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117449;STB=0.565192;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0281802;OID=.;OPOS=25823441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:25:26:22:35:25:26:22:35 chr13 25823451 . A G 468.61 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0210291;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.142;QD=15.4911;RBI=0.0252328;REFB=-0.0204004;REVB=0.0139452;RO=69;SAF=27;SAR=25;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085745;STB=0.548031;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0209814;OID=.;OPOS=25823451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:69:69:52:52:0.429752:25:27:30:39:25:27:30:39 chr13 25825889 . T C 464.99 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=123;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0504377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4228;QD=15.1218;RBI=0.0534278;REFB=0.0287368;REVB=0.0176232;RO=71;SAF=27;SAR=25;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991992;STB=0.555638;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.03714;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:71:71:52:52:0.422764:25:27:30:41:25:27:30:41 chr13 25832831 . CTAAAAT C 328.72 PASS AF=0.615385;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00324595;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=6;MLLD=284.099;QD=25.2864;RBI=0.0170111;REFB=-0.00299181;REVB=0.0166985;RO=19;SAF=17;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12403;STB=0.569335;STBP=0.233;TYPE=del;VARB=0.00162116;OID=.;OPOS=25832832;OREF=TAAAAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:31:54:32:52:20:17:15:7:13:99:19:17:14:7:12 chr13 25876011 . G A 461.7 PASS AF=0.439655;AO=50;DP=115;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0101032;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.62;QD=15.9207;RBI=0.0102522;REFB=-0.0109401;REVB=-0.00174168;RO=65;SAF=16;SAR=34;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890988;STB=0.540864;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0112088;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:65:65:50:51:0.439655:34:16:26:39:34:17:26:39 chr13 26273385 . G C 1453.47 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3728;QD=63.1944;RBI=0.008819;REFB=0;REVB=-0.00455731;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00411e-05;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:44:47:0:0:45:47:0:0 chr13 26518714 . A T 199.7 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0240076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.169;QD=19.9697;RBI=0.0243449;REFB=-0.00118543;REVB=0.00403887;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449437;STB=0.525356;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.001388;OID=.;OPOS=26518714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:8:12:11:9:8:12 chr13 26518724 . A G 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0294039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.144;QD=22.3981;RBI=0.0299623;REFB=0.0066818;REVB=0.00575781;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102074;STB=0.505716;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0117777;OID=.;OPOS=26518724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:13:9:8:11:13:9:8:11 chr13 26518853 . G T 166.09 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0256319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.697;QD=22.1454;RBI=0.0256867;REFB=-0.00535759;REVB=0.00167672;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006993;STB=0.503932;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00384052;OID=.;OPOS=26518853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:7:6:8:9:7:6 chr13 26620777 . G A 260.19 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0150788;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.309;QD=11.5639;RBI=0.022255;REFB=-0.0117835;REVB=-0.0163681;RO=58;SAF=13;SAR=18;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528375;STB=0.536703;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.023524;OID=.;OPOS=26620777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:58:59:31:31:0.344444:18:13:27:31:18:13:28:31 chr13 26620924 . G A 649.63 PASS AF=0.542373;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.00877042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.255;QD=22.0213;RBI=0.0332429;REFB=-0.0201531;REVB=0.0320651;RO=54;SAF=34;SAR=30;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164291;STB=0.589878;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0171616;OID=.;OPOS=26620924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:54:64:64:0.542373:30:34:18:36:30:34:18:36 chr13 26620978 . G T 610.28 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0461082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4752;QD=22.8141;RBI=0.0639912;REFB=-0.0207612;REVB=0.0443723;RO=47;SAF=29;SAR=31;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637239;STB=0.534843;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0177955;OID=.;OPOS=26620978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:47:60:60:0.560748:31:29:19:28:31:29:19:28 chr13 26788114 . A G 448.99 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0179346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5615;QD=16.9431;RBI=0.024608;REFB=-0.0128037;REVB=0.0168495;RO=57;SAF=27;SAR=22;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124957;STB=0.569592;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0300357;OID=.;OPOS=26788114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:22:27:24:33:22:27:24:33 chr13 28009031 . G C 425.36 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00663095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.859;QD=18.905;RBI=0.0416425;REFB=-0.00862596;REVB=0.0411112;RO=46;SAF=12;SAR=31;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142998;STB=0.587635;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0100155;OID=.;OPOS=28009031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:31:12:19:27:31:12:20:27 chr13 28009920 . G C 1350.3 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508485;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.44;QD=61.3774;RBI=0.00824239;REFB=0;REVB=0.00648701;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129904;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:44:41:0:0:46:42:0:0 chr13 28143229 . A G 537.84 PASS AF=0.6125;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0345716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4405;QD=26.8922;RBI=0.0698747;REFB=0.00443601;REVB=-0.0607229;RO=31;SAF=23;SAR=26;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101711;STB=0.55542;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00392887;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:31:49:49:0.6125:26:23:19:12:26:23:19:12 chr13 28239940 . G C 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00744619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.1;QD=9.46358;RBI=0.00975445;REFB=-0.0170218;REVB=-0.00630107;RO=45;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368322;STB=0.521719;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0349958;OID=.;OPOS=28239940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:11:10:20:25:11:10:20:25 chr13 28239970 . G A 149.17 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00893441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.339;QD=9.62378;RBI=0.0107557;REFB=-0.0159375;REVB=0.00598834;RO=42;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16934;STB=0.5999;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0218368;OID=.;OPOS=28239970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:8:12:19:23:8:12:19:23 chr13 28537242 . A C 163.18 PASS AF=0.35;AO=22;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0182431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9619;QD=10.8788;RBI=0.0830378;REFB=-0.0243614;REVB=-0.0810091;RO=35;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213293;STB=0.519981;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0518794;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:39:22:21:0.35:9:13:20:15:8:13:23:16 chr13 28537317 . G A 181.07 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0157408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.538;QD=16.4608;RBI=0.0473223;REFB=-0.02584;REVB=0.0446277;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972961;STB=0.542125;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.040182;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:9:10:15:9:9:10:15:10 chr13 28562605 . T G 368.56 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0169591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.755;QD=19.3979;RBI=0.0225333;REFB=-0.00975865;REVB=-0.0148371;RO=38;SAF=21;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238554;STB=0.513261;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00554469;OID=.;OPOS=28562605;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:17:21:20:18:17:21:20:18 chr13 28608459 . T C 331.62 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0222109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3176;QD=21.3946;RBI=0.0383596;REFB=0.00556476;REVB=0.0312752;RO=28;SAF=23;SAR=11;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31897;STB=0.676367;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00421704;OID=.;OPOS=28608459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:11:23:8:20:11:23:8:20 chr13 28610183 . A G 514.51 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0215379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.22;QD=27.4402;RBI=0.0233135;REFB=0.00111723;REVB=-0.00892395;RO=28;SAF=27;SAR=20;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172463;STB=0.593869;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.000224379;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:28:47:47:0.626667:20:27:9:19:20:27:9:19 chr13 28624294 . G A 343.55 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0752862;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.928;QD=13.6059;RBI=0.0759797;REFB=-0.00454218;REVB=-0.010242;RO=61;SAF=17;SAR=23;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891457;STB=0.550598;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00580397;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:61:61:40:40:0.39604:23:17:31:30:23:17:31:30 chr13 28636084 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.653;QD=62.4654;RBI=0.0265336;REFB=0;REVB=0.00625217;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36654e-05;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr13 28835527 . T C,TC 2009.77 PASS AF=0,1;AO=7,123;DP=134;FAO=0,131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=0,80;FSAR=0,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176332,0.0272298;FXX=0.0223864;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=254.865,278.078;QD=61.3669;RBI=0.0210157,0.0294751;REFB=0,0;REVB=-0.0114336,-0.0112837;RO=4;SAF=5,76;SAR=2,47;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.298189,0.0231504;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.03674,-0.000476455;OID=.,.;OPOS=28835527,28835528;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:11:134:131:4:0:7,123:0,131:0,1:2,47:5,76:1:3:0,51:0,80:0:0 chr13 28869147 . G C,GGATATAAAC 129.67 PASS AF=0,0.28125;AO=3,17;DP=67;FAO=0,18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=0,12;FSAR=0,6;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00518019,-0.0246473;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,9;MLLD=171.215,229.524;QD=8.10416;RBI=0.00537382,0.0259251;REFB=-0.00791469,-0.00594163;REVB=0.00142954,-0.00803858;RO=46;SAF=3,12;SAR=0,5;SRF=20;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.513784,0.327424;STB=0.5,0.666481;STBP=1,0.1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0127664;OID=.,.;OPOS=28869147,28869148;OREF=G,-;OALT=C,GATATAAAC;OMAPALT=C,GGATATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:67:64:46:46:3,17:0,18:0,0.28125:0,5:3,12:20:26:0,6:0,12:20:26 chr13 28883061 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.966;QD=57.6807;RBI=0.0293547;REFB=0;REVB=0.0276513;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41795e-05;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr13 28893642 . A G 371.54 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00822427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.403;QD=20.0835;RBI=0.0238388;REFB=-0.0319265;REVB=0.0223752;RO=36;SAF=16;SAR=22;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132373;STB=0.573097;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0328971;OID=.;OPOS=28893642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:22:16:10:26:22:16:10:26 chr13 28970917 . C T 82.0 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00799876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4335;QD=32.802;RBI=0.0917706;REFB=0.0450016;REVB=0.0914214;RO=1;SAF=8;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524171;STB=0.529348;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0357081;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:1:8:1:0:1:8:1:0 chr13 29274977 . T TA 167.67 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.136547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.76;QD=10.1617;RBI=0.145069;REFB=0.028561;REVB=-0.0489902;RO=38;SAF=8;SAR=21;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079346;STB=0.52643;STBP=0.738;TYPE=ins;VARB=-0.0462318;OID=.;OPOS=29274978;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:29:68:30:66:36:8:22:11:25:99:38:8:21:13:25 chr13 29275102 . T C 773.44 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195538;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.529;QD=57.292;RBI=0.0214029;REFB=0;REVB=0.00870247;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260128;OID=.;OPOS=29275102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:34:19:0:0:35:19:0:0 chr13 29275129 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0203723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.82;QD=17.5597;RBI=0.027927;REFB=-0.021173;REVB=0.0191021;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673869;STB=0.538419;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0211856;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:9:12:9:9:9:12 chr13 29598842 . G A 195.17 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0374219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.944;QD=14.1944;RBI=0.0378722;REFB=-0.0181019;REVB=-0.00582296;RO=32;SAF=6;SAR=17;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455725;STB=0.759411;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.015362;OID=.;OPOS=29598842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:17:6:23:9:17:6:23:9 chr13 29898768 . A C 168.03 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00276738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.899;QD=15.6309;RBI=0.00487447;REFB=-0.0117047;REVB=0.00401274;RO=25;SAF=14;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371179;STB=0.715652;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0181212;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:4:14:11:14:4:14:11:14 chr13 30084173 . G A 1513.42 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.758;QD=59.9373;RBI=0.0249278;REFB=0;REVB=-0.0189414;RO=0;SAF=72;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64577e-06;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:28:72:0:0:28:73:0:0 chr13 30087768 . C T 341.25 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0139033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.106;QD=25.7547;RBI=0.0169638;REFB=-0.0323608;REVB=0.00971946;RO=20;SAF=10;SAR=23;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440803;STB=0.524124;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0294816;OID=.;OPOS=30087768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:23:10:5:15:23:10:5:15 chr13 30087778 . T A 709.49 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.472;QD=55.6464;RBI=0.0233372;REFB=0;REVB=0.0205921;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010844;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:35:15:0:0:36:15:0:0 chr13 30091714 . G A 1613.25 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020107;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.798;QD=60.3085;RBI=0.0217498;REFB=0;REVB=0.00829216;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0202e-05;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:56:51:0:0:56:51:0:0 chr13 30091818 . AG A,AC 2628.04 PASS AF=1,0;AO=34,114;DP=152;FAO=174,0;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=60,0;FSAR=114,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0948785,0.0804413;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=224.777,213.515;QD=60.4146;RBI=0.0951708,0.0850997;REFB=0,0;REVB=-0.00745436,-0.0277696;RO=0;SAF=34,3;SAR=0,111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00112595,-0.0504497;OID=.,.;OPOS=30091819,30091819;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:34,114:152:174,0:174:0:60,0:114,0:0:0:14:0:34,3:0,111:0:0 chr13 30107067 . G C 553.27 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0155692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.634;QD=18.2898;RBI=0.0342991;REFB=-0.00695902;REVB=0.0305619;RO=60;SAF=29;SAR=29;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153181;STB=0.512392;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00757412;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:63:58:58:0.479339:29:29:31:29:29:29:33:30 chr13 30438728 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1776;QD=44.6889;RBI=0.0673695;REFB=0;REVB=-0.0591055;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000808938;OID=.;OPOS=30438728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr13 30777855 . T C 910.45 PASS AF=0.471795;AO=92;DP=196;FAO=92;FDP=195;FR=.;FRO=103;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=-0.00101505;FXX=0.00510178;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2774;QD=18.6759;RBI=0.00404908;REFB=-0.00659541;REVB=0.00391979;RO=101;SAF=52;SAR=40;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856526;STB=0.542386;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0068343;OID=.;OPOS=30777855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:101:103:92:92:0.471795:40:52:48:53:40:52:50:53 chr13 30781111 . C A 166.4 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0207686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.55;QD=14.7914;RBI=0.0214833;REFB=-0.0175276;REVB=-0.00549518;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961317;STB=0.555495;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0365087;OID=.;OPOS=30781111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:11:16:9:9:11:16 chr13 31036681 . A G 976.15 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210172;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.949;QD=59.1608;RBI=0.0210703;REFB=0;REVB=-0.00149472;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78694e-06;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr13 31287979 . G GTA 737.72 PASS AF=1;AO=47;DP=68;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639307;FXX=0.187471;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.564;QD=56.7474;RBI=0.117723;REFB=0;REVB=0.0988509;RO=21;SAF=21;SAR=26;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169152;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00132828;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:68:52:52:0:24:28:0:0:4:21:21:26:10:11 chr13 31287981 . G A 102.76 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.000798935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9672;QD=6.04488;RBI=0.0203572;REFB=-0.0124981;REVB=-0.0203415;RO=52;SAF=6;SAR=10;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109318;STB=0.568095;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0182933;OID=.;OPOS=31287981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:10:6:24:28:10:6:24:28 chr13 31480827 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.205;QD=35.5758;RBI=0.0912195;REFB=0;REVB=0.0891247;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147916;OID=.;OPOS=31480827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr13 31495834 . C A 643.43 PASS AF=0.492424;AO=64;DP=131;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0564462;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9402;QD=19.4977;RBI=0.0742846;REFB=-0.00125903;REVB=-0.048291;RO=67;SAF=22;SAR=42;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224946;STB=0.626723;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000504073;OID=.;OPOS=31495834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:67:67:64:65:0.492424:42:22:39:28:43:22:39:28 chr13 31821240 . C T 990.04 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.434;QD=59.1069;RBI=0.049937;REFB=0;REVB=-0.0145948;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226097;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr13 31821992 . T C 1035.3 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0198409;FXX=0.0394685;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.132;QD=56.7287;RBI=0.0376393;REFB=-0.16467;REVB=0.0319853;RO=2;SAF=31;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295251;STB=0.515147;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00105642;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:73:2:2:70:71:0.972603:39:31:2:0:39:32:2:0 chr13 31891746 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0753;QD=57.5443;RBI=0.049675;REFB=0;REVB=0.0455982;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044934;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr13 32360547 . A G 279.91 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00329416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.085;QD=14.1724;RBI=0.00471886;REFB=0.00600788;REVB=0.00337879;RO=47;SAF=18;SAR=14;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585093;STB=0.533205;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0086164;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:14:18:29:18:14:18:29:18 chr13 32360583 . A G 229.68 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0505409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.436;QD=11.9316;RBI=0.0516494;REFB=-0.015418;REVB=-0.0106436;RO=49;SAF=14;SAR=14;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169691;STB=0.597336;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0235425;OID=.;OPOS=32360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:14:14:32:17:14:14:32:17 chr13 32371361 . A G 652.74 PASS AF=0.412429;AO=73;DP=176;FAO=73;FDP=177;FR=.;FRO=104;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=-0.00117648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6598;QD=14.7511;RBI=0.016673;REFB=-0.0140913;REVB=0.0166315;RO=103;SAF=31;SAR=42;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130431;STB=0.510575;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0247467;OID=.;OPOS=32371361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:103:104:73:73:0.412429:42:31:45:58:42:31:46:58 chr13 32376718 . A G 232.05 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0119059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8851;QD=14.7335;RBI=0.0159444;REFB=-0.0103343;REVB=0.0106054;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158033;STB=0.589409;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0164454;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:14:13:23:13:14:13:23:13 chr13 32676114 . A G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00170795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.808;QD=13.4588;RBI=0.0131621;REFB=-0.00032763;REVB=0.0130508;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448387;STB=0.538873;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.000494269;OID=.;OPOS=32676114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:26:16:16:0.380952:7:9:13:12:7:9:13:13 chr13 32776153 . T C 802.32 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9096;QD=57.3082;RBI=0.0491928;REFB=0;REVB=0.043172;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605362;OID=.;OPOS=32776153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:32:22:0:0:34:22:0:0 chr13 32776616 . T A 1399.76 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247642;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.384;QD=62.9106;RBI=0.0328876;REFB=0;REVB=0.021641;RO=0;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56929e-05;OID=.;OPOS=32776616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:56:33:0:0:56:33:0:0 chr13 32832149 . T C 479.34 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00667787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.505;QD=22.5573;RBI=0.0419008;REFB=-0.0123149;REVB=0.0413652;RO=39;SAF=25;SAR=21;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215637;STB=0.618325;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00532016;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:21:25:11:28:21:25:11:28 chr13 32885654 . T C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0128528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2524;QD=8.246;RBI=0.0420368;REFB=-0.0061522;REVB=-0.0400237;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32668;STB=0.699491;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0192239;OID=.;OPOS=32885654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:4:11:3:4:4:11 chr13 32911888 . A G 146.49 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00343089;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.472;QD=15.8365;RBI=0.0160772;REFB=-0.00266155;REVB=0.0157068;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222638;STB=0.627753;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00504937;OID=.;OPOS=32911888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:7:14:7:9:7:14 chr13 32913055 . A G 1592.09 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.64096e-05;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4138;QD=60.079;RBI=0.0197426;REFB=0;REVB=0.0197425;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78541e-05;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:52:54:0:0:52:54:0:0 chr13 32915005 . G C 1305.51 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564852;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5925;QD=62.167;RBI=0.00892874;REFB=0;REVB=-0.00691495;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.06236e-05;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr13 32929232 . A G 283.14 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.133784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7262;QD=17.4237;RBI=0.136164;REFB=-0.00854049;REVB=0.0253432;RO=34;SAF=10;SAR=21;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635366;STB=0.535484;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0126118;OID=.;OPOS=32929232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:21:10:9:25:21:10:9:25 chr13 32929387 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.523;QD=35.5755;RBI=0.0778868;REFB=0;REVB=-0.00505463;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00368307;OID=.;OPOS=32929387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr13 32976608 . A G 565.1 PASS AF=0.403727;AO=64;DP=160;FAO=65;FDP=161;FR=.;FRO=96;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.0529719;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.265;QD=14.0397;RBI=0.0533151;REFB=-0.00370068;REVB=0.00603962;RO=95;SAF=27;SAR=37;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105373;STB=0.513509;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00599305;OID=.;OPOS=32976608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:95:96:64:65:0.403727:37:27:41:54:38:27:42:54 chr13 32976640 . TTTG T 186.89 PASS AF=0.388235;AO=31;DP=84;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0277442;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=3;MLLD=181.849;QD=8.79495;RBI=0.0336605;REFB=-0.00424395;REVB=-0.0190601;RO=52;SAF=6;SAR=25;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30833;STB=0.630167;STBP=0.094;TYPE=del;VARB=0.00360377;OID=.;OPOS=32976641;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388235:31:84:33:85:52:8:25:22:30:99:52:6:25:22:30 chr13 32976645 . T A 289.97 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0169678;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.914;QD=13.808;RBI=0.025031;REFB=-0.00710172;REVB=-0.0184023;RO=50;SAF=8;SAR=25;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17598;STB=0.622238;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0130932;OID=.;OPOS=32976645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:50:51:33:33:0.392857:25:8:19:31:25:8:21:30 chr13 32976648 . G C 291.21 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0202428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0502;QD=13.867;RBI=0.0428166;REFB=0.00236359;REVB=-0.0377292;RO=49;SAF=8;SAR=25;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206269;STB=0.622238;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00597609;OID=.;OPOS=32976648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:51:33:33:0.392857:25:8:20:29:25:8:21:30 chr13 32981142 . C T 116.66 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0126309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.016;QD=11.6655;RBI=0.0597933;REFB=-0.0083343;REVB=0.058444;RO=25;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467181;STB=0.785306;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0368731;OID=.;OPOS=32981142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:3:11:9:16:3:11:9:17 chr13 32981279 . T A 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.000698722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.083;QD=11.2669;RBI=0.0134989;REFB=-0.00825502;REVB=-0.0134808;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190266;STB=0.5111;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0145295;OID=.;OPOS=32981279;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:12:8:15:21:12:8:15:21 chr13 32994533 . T C 1238.77 PASS AF=0.91;AO=90;DP=101;FAO=91;FDP=100;FR=.;FRO=9;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00473377;FXX=0.00990001;HRUN=6;LEN=1;MLLD=290.507;QD=49.5507;RBI=0.00480086;REFB=-0.0305956;REVB=0.000799848;RO=9;SAF=42;SAR=48;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0038334;STB=0.501548;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.000335424;OID=.;OPOS=32994533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:101:100:9:9:90:91:0.91:48:42:4:5:49:42:4:5 chr13 32994534 . T C 32.96 PASS AF=0.0857143;AO=7;DP=103;FAO=9;FDP=105;FR=.;FRO=96;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.0242467;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=66.4529;QD=1.25577;RBI=0.0291594;REFB=-0.0118022;REVB=0.0161977;RO=96;SAF=3;SAR=4;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204817;STB=0.609022;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0102778;OID=.;OPOS=32994534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:103:105:96:96:7:9:0.0857143:4:3:43:53:6:3:43:53 chr13 33017043 . T C 1132.04 PASS AF=0.908046;AO=79;DP=87;FAO=79;FDP=87;FR=.;FRO=8;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.038848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.635;QD=52.0476;RBI=0.0472765;REFB=-0.161793;REVB=0.0269425;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122951;STB=0.532858;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00252699;OID=.;OPOS=33017043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:87:87:1:8:79:79:0.908046:41:38:1:0:41:38:1:7 chr13 33590851 . T C 727.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.174;QD=63.2716;RBI=0.0690208;REFB=0;REVB=-0.068049;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211479;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr13 33635835 . T C 742.79 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020823;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.394;QD=57.1378;RBI=0.0377932;REFB=0;REVB=0.0315393;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031617;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr13 33700374 . T G 120.69 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0408069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.794;QD=10.495;RBI=0.0428849;REFB=-0.0084804;REVB=-0.0131875;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268019;STB=0.51019;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0176517;OID=.;OPOS=33700374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:31:14:15:0.326087:8:6:14:17:8:7:14:17 chr13 33703656 . T C 1495.69 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.087;QD=62.3205;RBI=0.0246734;REFB=0.0209221;REVB=0.0115754;RO=1;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870097;STB=0.504586;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-2.6113e-05;OID=.;OPOS=33703656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:54:41:0:1:54:41:0:1 chr13 33704065 . T C 184.59 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.067324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6675;QD=26.3705;RBI=0.142993;REFB=-0.0392977;REVB=0.126153;RO=10;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735028;STB=0.540937;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0221785;OID=.;OPOS=33704065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:11:7:5:5:11:7:5:5 chr13 33741692 . A G 311.0 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00150941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.27;QD=13.9777;RBI=0.00353758;REFB=-0.00254487;REVB=-0.0031994;RO=54;SAF=20;SAR=15;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371672;STB=0.52116;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00548096;OID=.;OPOS=33741692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:15:20:29:25:15:20:29:25 chr13 34404912 . A G 531.6 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00737002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.502;QD=22.8643;RBI=0.0277452;REFB=-0.0226402;REVB=0.0267484;RO=43;SAF=17;SAR=33;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715818;STB=0.539451;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0242569;OID=.;OPOS=34404912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:33:17:18:25:33:17:18:25 chr13 35733727 . C T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0198177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.388;QD=21.0076;RBI=0.0209173;REFB=-0.0101234;REVB=0.00669286;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204108;STB=0.614131;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00902579;OID=.;OPOS=35733727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:4:13:10:9:4:13 chr13 35745239 . G A 794.63 PASS AF=0.52027;AO=53;DP=148;FAO=77;FDP=148;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.0350763;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.174;QD=21.4764;RBI=0.0379777;REFB=-0.0236665;REVB=0.0145589;RO=70;SAF=19;SAR=34;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00148852;STB=0.579258;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0242422;OID=.;OPOS=35745239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:70:71:53:77:0.52027:34:19:25:45:36:41:26:45 chr13 36385031 . G T 322.89 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00143765;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.47;QD=14.1929;RBI=0.00775776;REFB=-0.00862521;REVB=-0.00762339;RO=55;SAF=14;SAR=22;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14872;STB=0.584625;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0149824;OID=.;OPOS=36385031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:22:14:29:26:22:14:29:26 chr13 36639771 . A C 499.41 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0287998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9066;QD=18.6694;RBI=0.0651246;REFB=-0.0255879;REVB=0.0584105;RO=54;SAF=15;SAR=38;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054897;STB=0.530445;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0558842;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:38:15:18:36:38:15:18:36 chr13 36686138 . T C 577.31 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0287193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.499;QD=19.9071;RBI=0.0303196;REFB=-0.0243912;REVB=0.00972037;RO=50;SAF=27;SAR=32;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148609;STB=0.507934;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0177025;OID=.;OPOS=36686138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:50:57:59:59:0.508621:32:27:22:28:32:27:27:30 chr13 36939688 . C T 1706.44 PASS AF=0.983051;AO=114;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00651266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4976;QD=57.8454;RBI=0.0357338;REFB=-0.0256089;REVB=-0.0351353;RO=3;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276357;STB=0.509432;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.000210753;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:3:2:114:116:0.983051:50:64:0:3:52:64:0:2 chr13 36939758 . A G 2484.19 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00435365;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.941;QD=61.719;RBI=0.00464706;REFB=0;REVB=0.00162509;RO=0;SAF=85;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107971;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:161:161:1:76:85:0:0:76:85:0:0 chr13 37269835 . G A 1510.43 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.382;QD=57.5402;RBI=0.035651;REFB=-0.138947;REVB=0.0233766;RO=2;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172477;STB=0.504504;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00385296;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:105:105:2:1:103:104:0.990476:54:49:0:2:55:49:0:1 chr13 37271163 . C A 351.54 PASS AF=0.603448;AO=34;DP=57;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0195711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.094;QD=24.2439;RBI=0.0258255;REFB=-0.0359125;REVB=-0.0168501;RO=22;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150389;STB=0.582878;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0292561;OID=.;OPOS=37271163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:22:23:34:35:0.603448:18:16:15:7:18:17:16:7 chr13 37271428 . GCACACACACACACACACAT GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA 266.53 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=15,2;DP=23;FAO=19,2;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182512,0.0236953;FXX=0.0869187;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=125.804,103.214;QD=50.7674;RBI=0.0846153,0.112114;REFB=0,0;REVB=0.0826235,0.109582;RO=0;SAF=6,0;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00432819,-0.0082814;OID=.,.;OPOS=37271429,37271445;OREF=CA,CAT;OALT=-,TAA;OMAPALT=GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.904762,0.0952381:15,2:23:19,2:21:0:8,0:11,2:0:0:10:0:6,0:9,2:0:0 chr13 37271707 . A T 739.52 PASS AF=0.503497;AO=72;DP=144;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0141692;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.168;QD=20.6859;RBI=0.0182037;REFB=-0.0242819;REVB=0.0114285;RO=72;SAF=26;SAR=46;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502732;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.024868;OID=.;OPOS=37271707;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:72:71:72:72:0.503497:46:26:26:46:46:26:26:45 chr13 37372429 . T C 689.94 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2104;QD=62.7217;RBI=0.0866078;REFB=0;REVB=0.0861846;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138068;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chr13 37580139 . G A 433.79 PASS AF=0.473684;AO=43;DP=94;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0135996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.022;QD=18.2649;RBI=0.0180951;REFB=-0.0182011;REVB=0.0119366;RO=50;SAF=18;SAR=25;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136309;STB=0.560721;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.023015;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:50:43:45:0.473684:25:18:28:22:25:20:28:22 chr13 37583831 . G A 170.26 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0719097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.334;QD=10.81;RBI=0.0739362;REFB=-0.00176563;REVB=-0.017192;RO=39;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603133;STB=0.503646;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00364274;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:41:22:22:0.349206:16:6:9:30:16:6:11:30 chr13 37625601 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.267;QD=55.0971;RBI=0.0381906;REFB=0;REVB=0.0150785;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.87e-05;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr13 37679268 . G T 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.000685999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8161;QD=18.7764;RBI=0.0299304;REFB=-0.0147818;REVB=0.0299225;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071012;STB=0.539846;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.02506;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:10:16:14:12:10:16:14:12 chr13 37679535 . G C 493.74 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00376648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.374;QD=20.3605;RBI=0.0198604;REFB=-0.0137342;REVB=-0.0195;RO=49;SAF=24;SAR=24;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837532;STB=0.546373;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0127058;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:24:24:20:29:24:24:20:29 chr13 37679729 . C T 213.9 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0222684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.716;QD=20.8683;RBI=0.0223493;REFB=-0.0136296;REVB=0.00190025;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212294;STB=0.512808;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0275198;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:10:11:10:9:10:11:11:9 chr13 37679776 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0173208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.037;QD=18.6448;RBI=0.019091;REFB=-0.0220489;REVB=-0.00802833;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157376;STB=0.590032;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00983832;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:7:6:9:5:7:6 chr13 38429073 . G A 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00908133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.823;QD=12.4663;RBI=0.0149964;REFB=-0.010708;REVB=0.0119341;RO=33;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269105;STB=0.515609;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0201696;OID=.;OPOS=38429073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:8:12:19:14:8:12:19:14 chr13 38924083 . A T 2302.7 PASS AF=0.993151;AO=143;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00629621;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.931;QD=63.0876;RBI=0.0108825;REFB=0.141579;REVB=0.00887623;RO=0;SAF=55;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000550598;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:146:0:1:143:145:0.993151:88:55:0:0:89:56:0:1 chr13 38924263 . T C 2403.88 PASS AF=0.99375;AO=156;DP=158;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0346619;FXX=0.00621079;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8093;QD=60.097;RBI=0.0427647;REFB=-0.0528452;REVB=-0.0250474;RO=0;SAF=81;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47281e-08;STB=0.503225;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=1.60053e-05;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:158:160:0:1:156:159:0.99375:75:81:0:0:77:82:0:1 chr13 38932208 . ATT ATA,AT,TAT,TTA 338.36 PASS AF=0.30303,0.454545,0.0757576,0.0606061;AO=8,13,6,4;DP=74;FAO=20,30,5,4;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=8,26,5,4;FSAR=12,4,0,0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00515675,0.15933,-0.000433578,0.0207283;FXX=0.195098;HRUN=9,9,1,1;LEN=1,1,2,3;MLLD=174.163,5.72721,18.361,30.4354;QD=20.5064;RBI=0.0547539,0.257938,0.237618,0.124094;REFB=-0.00888185,-0.0542421,0.0535636,0.0341929;REVB=-0.0545105,-0.202845,-0.237618,-0.122351;RO=14;SAF=2,11,5,4;SAR=6,2,1,0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.680767,-0.352582,-0.515321,0;STB=0.652027,0.559286,0.5,0.5;STBP=0.011,0.331,1,1;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0.0227428,0.0801117,-0.110499,-0.013649;OID=.,.,.,.;OPOS=38932210,38932209,38932208,38932208;OREF=T,T,AT,ATT;OALT=A,-,TA,TTA;OMAPALT=ATA,AT,TAT,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:74:66:14:7:8,13,6,4:20,30,5,4:0.30303,0.454545,0.0757576,0.0606061:6,2,1,0:2,11,5,4:14:0:12,4,0,0:8,26,5,4:7:0 chr13 39262057 . G A 1477.97 PASS AF=0.989583;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.506;QD=61.5822;RBI=0.0288088;REFB=0.0260547;REVB=0.0107795;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-2.65388e-05;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:96:0:1:92:95:0.989583:53:39:0:0:54:41:1:0 chr13 39263713 . GT G,GC 501.54 PASS AF=0.216216,0.783784;AO=12,22;DP=37;FAO=8,29;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=7,9;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369993,0.0482175;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.7759,68.5139;QD=54.2203;RBI=0.0373125,0.0521611;REFB=0,0;REVB=-0.00482477,-0.0198961;RO=0;SAF=9,6;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.17051e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00225982,0.0587824;OID=.,.;OPOS=39263714,39263714;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.216216,0.783784:12,22:37:8,29:37:0:7,9:1,20:0:0:14:0:9,6:3,16:0:0 chr13 39266484 . G A 440.31 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0289747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.613;QD=16.9349;RBI=0.0292944;REFB=-0.0137336;REVB=-0.00431636;RO=54;SAF=23;SAR=25;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158309;STB=0.585657;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0215427;OID=.;OPOS=39266484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:56:48:48:0.461538:25:23:17:37:25:23:18:38 chr13 39343822 . C T 402.06 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0622579;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2871;QD=21.4431;RBI=0.0799515;REFB=-0.0340055;REVB=0.0501617;RO=34;SAF=23;SAR=17;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207111;STB=0.619928;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0331213;OID=.;OPOS=39343822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:34:35:40:40:0.533333:17:23:11:23:17:23:11:24 chr13 39430313 . A AT 976.73 PASS AF=1;AO=18;DP=107;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605414;FXX=0.0560695;HRUN=0;LEN=1;MLLD=146.553;QD=38.6824;RBI=0.0637133;REFB=0;REVB=0.0198528;RO=88;SAF=0;SAR=18;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.741713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000945507;OID=.;OPOS=39430314;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:107:101:101:0:47:54:0:0:21:88:0:18:47:41 chr13 39430314 . C G,T 1477.67 PASS AF=0.158879,0.82243;AO=17,87;DP=107;FAO=17,88;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=0,47;FSAR=17,41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0135896,0.00316139;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=45.0802,190.854;QD=55.24;RBI=0.0268424,0.00394716;REFB=-0.0670642,-0.0648232;REVB=-0.0231481,0.00236341;RO=2;SAF=0,47;SAR=17,40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0230993;STB=0.5,0.511902;STBP=1,0.16;TYPE=snp,snp;VARB=0.0851375,0.000772076;OID=.,.;OPOS=39430314,39430314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:86:107:107:2:2:17,87:17,88:0.158879,0.82243:17,40:0,47:0:2:17,41:0,47:0:2 chr13 39433606 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.433;QD=61.3754;RBI=0.0573855;REFB=0;REVB=0.00534633;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127951;OID=.;OPOS=39433606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr13 39540589 . TC T 770.04 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.567;QD=57.04;RBI=0.0328245;REFB=0;REVB=0.0288051;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.11014e-05;OID=.;OPOS=39540590;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:55:54:54:0:22:32:0:0:4:0:22:31:0:0 chr13 39586343 . G C 522.92 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.00362681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.357;QD=17.145;RBI=0.0353322;REFB=-0.00305479;REVB=0.0351455;RO=66;SAF=17;SAR=39;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145487;STB=0.581305;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00438651;OID=.;OPOS=39586343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:56:56:0.459016:39:17:29:37:39:17:29:37 chr13 39587677 . A G 104.11 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0157488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.54;QD=19.8307;RBI=0.0249973;REFB=-0.00712629;REVB=0.0194123;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124999;STB=0.555467;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00760106;OID=.;OPOS=39587677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:9:9:11:12:0.571429:7:4:2:7:8:4:2:7 chr13 39587865 . A C 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0300113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.383;QD=12.942;RBI=0.0407355;REFB=-0.0166922;REVB=-0.0275445;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340696;STB=0.70335;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0316822;OID=.;OPOS=39587865;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:7:8:5:19:7:8:5:20 chr13 39587889 . T C 205.08 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00773506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.577;QD=16.4061;RBI=0.0454356;REFB=-0.0202609;REVB=-0.0447723;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207223;STB=0.617656;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0559127;OID=.;OPOS=39587889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:8:21:11:10:8:21 chr13 40229842 . A AG 242.31 PASS AF=1;AO=24;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156845;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.76434;QD=26.1953;RBI=0.157628;REFB=-0.0314405;REVB=-0.015691;RO=10;SAF=16;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0112373;OID=.;OPOS=40229843;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:37:37:37:0:23:14:0:0:3:10:16:8:6:4 chr13 40229891 . G A 752.28 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4501;QD=53.734;RBI=0.232093;REFB=-0.0651662;REVB=0.231675;RO=3;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00803654;OID=.;OPOS=40229891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:3:0:53:56:1:18:35:0:3:21:35:0:0 chr13 40229957 . T A 1036.75 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157422;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.404;QD=60.1016;RBI=0.0248426;REFB=0;REVB=0.0192182;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027808;OID=.;OPOS=40229957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr13 40230229 . C T 1937.78 PASS AF=0.984496;AO=125;DP=127;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0125296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1447;QD=60.0863;RBI=0.0134739;REFB=-0.0879701;REVB=0.00495532;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.506943;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00026865;OID=.;OPOS=40230229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:129:0:2:125:127:0.984496:69:56:0:0:71:56:0:2 chr13 40230294 . T C 3371.17 PASS AF=1;AO=217;DP=219;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200166;FXX=0.009132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.44;QD=62.1414;RBI=0.043923;REFB=-0.141267;REVB=0.0390969;RO=1;SAF=89;SAR=128;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00370788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655363;OID=.;OPOS=40230294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:219:217:1:0:217:217:1:128:89:0:1:128:89:0:0 chr13 40238175 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.494;QD=58.7814;RBI=0.00279816;REFB=0;REVB=-0.00235091;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82598e-06;OID=.;OPOS=40238175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr13 41382711 . A T 207.89 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.000153994;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.278;QD=16.3048;RBI=0.000463742;REFB=-0.00598059;REVB=-0.000437427;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859778;STB=0.570398;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00866879;OID=.;OPOS=41382711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:28:22:23:0.45098:11:11:12:17:11:12:11:17 chr13 41515371 . C T 902.94 PASS AF=0.474227;AO=91;DP=194;FAO=92;FDP=194;FR=.;FRO=102;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.0141487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9038;QD=18.6172;RBI=0.0730632;REFB=-0.0238808;REVB=-0.0716802;RO=102;SAF=53;SAR=38;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107704;STB=0.561723;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.026083;OID=.;OPOS=41515371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:102:102:91:92:0.474227:38:53:48:54:38:54:48:54 chr13 41657340 . C T 63.65 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0262375;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.94;QD=18.185;RBI=0.067931;REFB=-0.00447292;REVB=-0.0626596;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00252989;OID=.;OPOS=41657340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:3:3:4:4:3:3 chr13 41705495 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.318;QD=64.4154;RBI=0.0674852;REFB=0;REVB=0.0581125;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192072;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr13 41706800 . A G 843.55 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00893562;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.876;QD=56.2369;RBI=0.00910725;REFB=-0.0732759;REVB=0.00175978;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.509431;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=2.37699e-05;OID=.;OPOS=41706800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:60:0:1:59:59:0.983333:26:33:0:0:26:33:0:1 chr13 41834744 . C T 1287.29 PASS AF=0.988235;AO=85;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0516823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8218;QD=60.5782;RBI=0.0529983;REFB=-0.0719592;REVB=-0.0117371;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00111866;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:85:84:0.988235:52:33:0:0:52:32:1:0 chr13 41902939 . T C 1126.81 PASS AF=0.974359;AO=61;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0175001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3548;QD=57.7852;RBI=0.0243088;REFB=0.0221129;REVB=0.0168721;RO=0;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.89926e-08;STB=0.502442;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.000367247;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:0:2:61:76:0.974359:44:17:0:0:45:31:1:1 chr13 42032572 . T C 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.317;QD=60.5464;RBI=0.0688493;REFB=0;REVB=0.0113709;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158452;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr13 42442546 . A G 308.24 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0248903;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5081;QD=18.1316;RBI=0.0378267;REFB=-0.00592525;REVB=0.0284839;RO=34;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120767;STB=0.558604;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00429436;OID=.;OPOS=42442546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:35:33:33:0.485294:17:16:12:22:17:16:13:22 chr13 42465713 . C T 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0111009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.359;QD=10.9361;RBI=0.0117323;REFB=-0.00950535;REVB=-0.00379673;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381143;STB=0.522699;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.018218;OID=.;OPOS=42465713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:7:9:18:16:7:9:18:16 chr13 42772717 . G T 1145.61 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.523;QD=60.295;RBI=0.0172466;REFB=0;REVB=0.0167013;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42388e-05;OID=.;OPOS=42772717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:31:44:0:0:31:45:0:0 chr13 42793479 . G A 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4448;QD=58.9611;RBI=0.0745762;REFB=0;REVB=0.0745561;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672488;OID=.;OPOS=42793479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr13 42803341 . T C 3108.22 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979463;FXX=0.00490172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0347;QD=61.2457;RBI=0.0115868;REFB=-0.0582524;REVB=-0.00619031;RO=0;SAF=98;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304752;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:204:203:0:0:203:203:1:105:98:0:0:105:98:0:0 chr13 42876103 . C T 265.11 PASS AF=0.543478;AO=22;DP=43;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0174003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.251;QD=23.0526;RBI=0.0175572;REFB=-0.0263114;REVB=0.00234238;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594698;STB=0.516683;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.025576;OID=.;OPOS=42876103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:21:21:22:25:0.543478:13:9:10:11:14:11:10:11 chr13 43463378 . C T 389.27 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0156552;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.75;QD=15.8886;RBI=0.0174659;REFB=-0.00988482;REVB=-0.00774425;RO=57;SAF=14;SAR=27;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935259;STB=0.505272;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0127321;OID=.;OPOS=43463378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:57:57:41:41:0.418367:27:14:19:38:27:14:19:38 chr13 43469157 . G A 425.42 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0230719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.017;QD=18.9077;RBI=0.0568081;REFB=-0.0337826;REVB=-0.0519119;RO=47;SAF=24;SAR=19;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182629;STB=0.601488;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0318369;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:19:24:17:30:19:24:17:30 chr13 43469211 . G A 450.87 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00779517;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.265;QD=17.8562;RBI=0.0144562;REFB=-0.00337161;REVB=-0.0121745;RO=53;SAF=24;SAR=24;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115885;STB=0.56433;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00310237;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:24:24:20:33:24:24:20:33 chr13 43788158 . G A 1079.79 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000340856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.821;QD=59.9885;RBI=0.0015838;REFB=0;REVB=0.00154669;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90907e-06;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr13 45492138 . G A 316.86 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00273082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.143;QD=15.2705;RBI=0.00917173;REFB=-0.0126258;REVB=0.00875576;RO=48;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247932;STB=0.639732;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0128192;OID=.;OPOS=45492138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:14:21:17:31:14:21:17:31 chr13 45492146 . G A 308.6 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00352648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.627;QD=15.8255;RBI=0.0195489;REFB=-0.0247137;REVB=-0.0192282;RO=42;SAF=21;SAR=13;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253148;STB=0.629609;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00813715;OID=.;OPOS=45492146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:44:34:34:0.435897:13:21:15:27:13:21:17:27 chr13 45563323 . G A 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0143607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.732;QD=23.6165;RBI=0.0297858;REFB=-0.035397;REVB=0.0260953;RO=23;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810245;STB=0.544528;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0138962;OID=.;OPOS=45563323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:15:18:15:8:15:18:15:8 chr13 45563464 . G C 864.52 PASS AF=0.50289;AO=87;DP=172;FAO=87;FDP=173;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.000149755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.996;QD=19.989;RBI=0.0182053;REFB=-0.0230258;REVB=0.0182047;RO=85;SAF=42;SAR=45;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215665;STB=0.508784;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0207819;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:85:86:87:87:0.50289:45:42:39:46:45:42:40:46 chr13 45580345 . GGA G,GG 66.2 PASS AF=0,0.6;AO=4,10;DP=27;FAO=0,15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=0,7;FSAR=0,8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.128668,0.000688852;FXX=0.0740466;HRUN=2,5;LEN=2,1;MLLD=16.0135,10.4097;QD=10.5914;RBI=0.132807,0.178644;REFB=0.0319404,-0.0695134;REVB=0.0328978,0.178643;RO=9;SAF=3,4;SAR=1,6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.314286;SSSB=0.225088,-0.128055;STB=0.5,0.513351;STBP=1,0.949;TYPE=del,del;VARB=0,0.11757;OID=.,.;OPOS=45580346,45580347;OREF=GA,A;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6:4,10:27:0,15:25:10:0,7:0,8:5:5:39:9:3,4:1,6:5:4 chr13 45914701 . AGT AG,TAG 107.81 PASS AF=0.272727,0.212121;AO=12,7;DP=33;FAO=9,7;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5,0;FSAR=4,7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.169912,-0.0382237;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,3;MLLD=11.5899,80.7482;QD=13.0683;RBI=0.171491,0.0438613;REFB=-0.200676,-0.0257324;REVB=-0.023217,-0.021512;RO=13;SAF=7,0;SAR=5,7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0410576,-0.763626;STB=0.517203,0.998216;STBP=0.941,0.002;TYPE=del,mnp;VARB=0.158177,0.136222;OID=.,.;OPOS=45914703,45914701;OREF=T,AGT;OALT=-,TAG;OMAPALT=AG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:33:13:17:12,7:9,7:0.272727,0.212121:5,7:7,0:7:6:4,7:5,0:9:8 chr13 46067593 . G A 755.11 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0211;QD=55.9338;RBI=0.0101177;REFB=0;REVB=0.0098656;RO=1;SAF=11;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118084;OID=.;OPOS=46067593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:53:54:1:42:11:1:0:42:12:0:0 chr13 46077381 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000119818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.125;QD=58.1421;RBI=0.0030548;REFB=0;REVB=0.00305245;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55511e-06;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr13 46103935 . A G 754.31 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0518419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.139;QD=54.8591;RBI=0.0914385;REFB=-0.108081;REVB=0.075322;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.509088;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00110695;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:0:1:27:27:0:1 chr13 46108853 . TG CA 1456.84 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149261;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=2;MLLD=265.347;QD=63.341;RBI=0.0162236;REFB=0;REVB=-0.00635738;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.25738e-05;OID=.;OPOS=46108853;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:55:37:0:0:55:37:0:0 chr13 46115731 . C A 1155.82 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000118513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.196;QD=59.273;RBI=0.046019;REFB=-0.117454;REVB=0.0460188;RO=1;SAF=23;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201268;STB=0.510635;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00161575;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:53:23:1:0:54:23:1:0 chr13 46118953 . A G 678.35 PASS AF=0.51145;AO=66;DP=131;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0260956;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.888;QD=20.713;RBI=0.0280306;REFB=-0.0126288;REVB=-0.0102337;RO=64;SAF=26;SAR=40;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068805;STB=0.532949;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0143202;OID=.;OPOS=46118953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:64:64:66:67:0.51145:40:26:30:34:40:27:30:34 chr13 46137837 . T C 2884.65 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.136;QD=63.0525;RBI=0.0501776;REFB=0;REVB=0.049359;RO=0;SAF=81;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33731e-05;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:102:81:0:0:102:81:0:0 chr13 46170621 . A T 203.33 PASS AF=0.552632;AO=19;DP=36;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0224156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.452;QD=21.4034;RBI=0.0273945;REFB=-0.00620646;REVB=0.015748;RO=15;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14291;STB=0.539532;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0041792;OID=.;OPOS=46170621;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:15:17:19:21:0.552632:5:14:13:2:5:16:14:3 chr13 46288145 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0829254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5661;QD=16.8226;RBI=0.0837366;REFB=0.0296761;REVB=-0.0116271;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335683;STB=0.691862;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0300336;OID=.;OPOS=46288145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:0:5:4:3:0:5 chr13 46355296 . G T 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.546;QD=59.996;RBI=0.0377667;REFB=0;REVB=-0.0301197;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34235e-06;OID=.;OPOS=46355296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:55:51:0:0:55:51:0:0 chr13 46541673 . T A 1003.17 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.107;QD=58.1546;RBI=0.0375487;REFB=0;REVB=0.0152973;RO=1;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84054e-05;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:1:0:68:69:1:27:41:0:1:28:41:0:0 chr13 46562935 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.389;QD=58.2394;RBI=0.0390657;REFB=0;REVB=0.00688416;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82208e-05;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr13 46629944 . A G 765.14 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0459941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.554;QD=51.8738;RBI=0.0484186;REFB=-0.0150569;REVB=0.0151296;RO=3;SAF=33;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251849;STB=0.513374;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.000497037;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:23:33:1:2:23:33:1:2 chr13 46641466 . A G 889.09 PASS AF=0.984127;AO=58;DP=59;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0471566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.733;QD=56.45;RBI=0.0472072;REFB=-0.134313;REVB=-0.00218435;RO=1;SAF=38;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122541;STB=0.506022;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000687151;OID=.;OPOS=46641466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:63:1:1:58:62:0.984127:20:38:1:0:21:41:1:0 chr13 46641481 . T C 934.54 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198171;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.955;QD=58.4085;RBI=0.020105;REFB=0;REVB=0.00339005;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33715e-05;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:22:41:0:0:22:42:0:0 chr13 46648094 . C T 1018.91 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.199;QD=59.0675;RBI=0.0147908;REFB=0;REVB=0.00518143;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69846e-05;OID=.;OPOS=46648094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:35:32:0:0:37:32:0:0 chr13 46656669 . A G 2216.85 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.938;QD=63.3385;RBI=0.0417277;REFB=0;REVB=-0.00426558;RO=0;SAF=47;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75651e-05;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:93:47:0:0:93:47:0:0 chr13 46708291 . T C 1274.79 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-3.49654e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.609;QD=59.2927;RBI=0.0142302;REFB=-0.125359;REVB=0.0142302;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.501117;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000325615;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:0:2:84:84:0.976744:38:46:0:0:38:46:1:1 chr13 46946157 . C T 1097.53 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.607;QD=60.1386;RBI=0.039013;REFB=0;REVB=0.0375676;RO=0;SAF=19;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28256e-05;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:54:19:0:0:54:19:0:0 chr13 46948548 . G A 151.94 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0189242;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.984;QD=19.605;RBI=0.0259288;REFB=-0.00816774;REVB=-0.017725;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679609;STB=0.551804;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00639829;OID=.;OPOS=46948548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:9:7:5:9:9:7:5:10 chr13 46948660 . A G 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0140744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.017;QD=8.89933;RBI=0.0203336;REFB=-0.021936;REVB=-0.0146753;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28415;STB=0.672771;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0178295;OID=.;OPOS=46948660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:4:7:10:16:4:7:10:16 chr13 47127813 . C T 155.46 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00906951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3175;QD=15.5463;RBI=0.0148108;REFB=-0.00689641;REVB=-0.0117092;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169309;STB=0.596906;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0164503;OID=.;OPOS=47127813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:7:16:9:8:7:16 chr13 47260054 . T C 1533.51 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000719533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0296;QD=62.5921;RBI=0.0383542;REFB=-0.103108;REVB=0.0383475;RO=1;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099842;STB=0.505262;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00121484;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:47:50:0:1:47:50:0:1 chr13 47273458 . G C 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00611883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.578;QD=13.0291;RBI=0.00895709;REFB=-0.00055739;REVB=0.00654136;RO=42;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090559;STB=0.553451;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000575972;OID=.;OPOS=47273458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:46:29:29:0.386667:12:17:21:21:12:17:23:23 chr13 47279454 . A G 413.86 PASS AF=0.4;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00162652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.653;QD=13.7952;RBI=0.00163185;REFB=-0.00461829;REVB=0.000131768;RO=71;SAF=24;SAR=24;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743897;STB=0.50833;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00535524;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:72:48:48:0.4:24:24:36:35:24:24:37:35 chr13 47308109 . A G 3224.33 PASS AF=0.981481;AO=211;DP=216;FAO=212;FDP=216;FR=.;FRO=4;FSAF=87;FSAR=125;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0123228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.989;QD=59.7098;RBI=0.0209386;REFB=-0.106346;REVB=0.0169285;RO=1;SAF=87;SAR=124;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382656;STB=0.503072;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-6.36375e-06;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:216:216:1:4:211:212:0.981481:124:87:0:1:125:87:1:3 chr13 47315984 . T C 728.7 PASS AF=1;AO=48;DP=54;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.385;QD=57.1528;RBI=0.0728782;REFB=0;REVB=-0.0121606;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174737;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:51:0:0:48:51:1:28:20:0:0:25:26:0:0 chr13 47354101 . C T 220.13 PASS AF=0.42623;AO=23;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.10503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.65;QD=14.4347;RBI=0.108393;REFB=-0.00361635;REVB=0.026789;RO=37;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455764;STB=0.535687;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0113933;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:35:23:26:0.42623:14:9:16:21:14:12:14:21 chr13 47470824 . C T 374.99 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5848;QD=55.5538;RBI=0.116664;REFB=0;REVB=0.106577;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147041;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:13:12:0:0:15:12:0:0 chr13 48033224 . G A 753.54 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0583;QD=61.5133;RBI=0.0190525;REFB=-0.0820648;REVB=-0.0136542;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177516;STB=0.50943;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000492075;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:0:1:26:22:0:1 chr13 48547467 . A T 1135.29 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0281;QD=60.549;RBI=0.0852341;REFB=0;REVB=-0.00657918;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068916;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:39:34:0:0:39:36:0:0 chr13 48987032 . A G 708.23 PASS AF=0.598214;AO=66;DP=112;FAO=67;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0444603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.17;QD=25.2941;RBI=0.0459207;REFB=-0.00923702;REVB=-0.011489;RO=44;SAF=25;SAR=41;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480001;STB=0.53302;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00679014;OID=.;OPOS=48987032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:44:45:66:67:0.598214:41:25:14:30:41:26:14:31 chr13 49107241 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.015;QD=51.1845;RBI=0.0179518;REFB=0;REVB=0.00608181;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231234;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr13 49283031 . C T 283.17 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0226836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.17;QD=17.4259;RBI=0.0276309;REFB=-0.0223006;REVB=0.0157772;RO=34;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936228;STB=0.552299;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0397088;OID=.;OPOS=49283031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:13:18:23:11:13:18:23:11 chr13 49794650 . C A 637.15 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=128;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.000786206;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.954;QD=20.0678;RBI=0.0105755;REFB=-0.00874435;REVB=0.0105463;RO=63;SAF=38;SAR=26;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786377;STB=0.543388;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0100002;OID=.;OPOS=49794650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:63:63:64:64:0.503937:26:38:32:31:26:38:32:31 chr13 49840024 . A G 1268.48 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00885506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8164;QD=60.4039;RBI=0.00909958;REFB=-0.0450705;REVB=0.00209529;RO=1;SAF=43;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108876;STB=0.505746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.003816;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:40:43:1:0:40:43:1:0 chr13 49866869 . G C 641.24 PASS AF=0.477612;AO=60;DP=135;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.000694465;FXX=0.0629327;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.894;QD=19.1415;RBI=0.0120833;REFB=-0.0112492;REVB=-0.0120633;RO=69;SAF=37;SAR=23;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800783;STB=0.518768;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00776357;OID=.;OPOS=49866869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:69:70:60:64:0.477612:23:37:37:32:27:37:38:32 chr13 50008301 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.464;QD=57.8843;RBI=0.00475193;REFB=0;REVB=0.0026049;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40222e-06;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr13 50050620 . A G 902.38 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4464;QD=58.2178;RBI=0.0486348;REFB=0;REVB=-0.00484763;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473966;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:23:38:0:0:23:39:0:0 chr13 50057097 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2458;QD=55.0982;RBI=0.0746304;REFB=0;REVB=-0.0735762;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00211217;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr13 50057633 . A G 734.78 PASS AF=0.401914;AO=84;DP=213;FAO=84;FDP=209;FR=.;FRO=125;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=0.00501626;FXX=0.0187785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.547;QD=14.0628;RBI=0.00607361;REFB=-0.0254732;REVB=0.00342431;RO=123;SAF=42;SAR=42;SRF=60;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129199;STB=0.507175;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.033967;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:209:123:125:84:84:0.401914:42:42:60:63:42:42:61:64 chr13 50080847 . A G 765.51 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.347;QD=63.7921;RBI=0.0477431;REFB=0;REVB=-0.00926367;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157185;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr13 50106550 . GA G 244.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.1608;QD=44.4228;RBI=0.107861;REFB=0;REVB=-0.00355927;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00548615;OID=.;OPOS=50106551;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:22:22:22:0:9:13:0:0:5:0:9:13:0:0 chr13 50106584 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.2443e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.162;QD=51.9167;RBI=0.00288081;REFB=0;REVB=-0.00288013;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12964e-05;OID=.;OPOS=50106584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr13 50123622 . G C 937.18 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8174;QD=58.5738;RBI=0.081144;REFB=0;REVB=0.0806323;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587411;OID=.;OPOS=50123622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr13 50126382 . G A 343.82 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=29;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0268102;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8497;QD=49.1172;RBI=0.0520299;REFB=-0.00608557;REVB=0.0445906;RO=2;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545422;STB=0.527757;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00686506;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:28:2:2:25:26:0.928571:16:9:0:2:17:9:0:2 chr13 50141345 . G A 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.773;QD=60.8824;RBI=0.0261092;REFB=0;REVB=0.025952;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41122e-05;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:48:29:0:0:48:29:0:0 chr13 50205025 . T C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0271638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.028;QD=11.634;RBI=0.0433321;REFB=-0.000351984;REVB=0.0337609;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545717;STB=0.822914;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000655322;OID=.;OPOS=50205025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:8:2:12:4:8:2:12:4 chr13 50205540 . C CAAT 127.87 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00662977;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=3;MLLD=215.657;QD=18.9432;RBI=0.0112959;REFB=-0.0303121;REVB=-0.00914564;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130632;STB=0.560356;STBP=0.579;TYPE=ins;VARB=0.0489768;OID=.;OPOS=50205541;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=CAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519:14:29:14:27:13:8:6:9:4:99:14:8:6:10:4 chr13 50206001 . A T 420.29 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0242719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3154;QD=18.2733;RBI=0.0248577;REFB=-0.0195261;REVB=-0.00536459;RO=47;SAF=25;SAR=18;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764997;STB=0.551191;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0151657;OID=.;OPOS=50206001;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:47:49:43:43:0.467391:18:25:31:16:18:25:33:16 chr13 50206328 . G C 349.4 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0170736;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.706;QD=17.2543;RBI=0.0297184;REFB=-0.00825154;REVB=0.0243244;RO=44;SAF=23;SAR=14;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541512;STB=0.530382;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00928882;OID=.;OPOS=50206328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:44:44:37:37:0.45679:14:23:25:19:14:23:25:19 chr13 50207133 . A G 268.75 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0491276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.176;QD=22.3957;RBI=0.0511819;REFB=-0.0339205;REVB=0.0143549;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00777152;STB=0.504344;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0272745;OID=.;OPOS=50207133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:15:10:9:14:15:10:9:14 chr13 50273603 . A G 453.72 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.000706857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.42;QD=25.2064;RBI=0.00147863;REFB=-0.00936583;REVB=-0.00129873;RO=28;SAF=24;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422587;STB=0.530545;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0087064;OID=.;OPOS=50273603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:29:43:43:0.597222:19:24:14:14:19:24:14:15 chr13 50275515 . C T 572.44 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=11;FWDB=-0.0102053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.082;QD=22.0168;RBI=0.026275;REFB=-0.0200261;REVB=-0.0242121;RO=46;SAF=21;SAR=36;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329319;STB=0.675163;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0307516;OID=.;OPOS=50275515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:47:57:57:0.548077:36:21:36:10:36:21:36:11 chr13 50296115 . C T 585.41 PASS AF=0.97619;AO=36;DP=37;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0808928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1973;QD=55.7535;RBI=0.084022;REFB=-0.0948765;REVB=0.0227169;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0140238;OID=.;OPOS=50296115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:42:0:1:36:41:0.97619:14:22:0:0:16:25:0:1 chr13 50466615 . G C 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0181937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.209;QD=9.25816;RBI=0.0473502;REFB=-0.00830829;REVB=-0.0437153;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014035;STB=0.508533;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0140703;OID=.;OPOS=50466615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:7:5:12:16:7:5:12:16 chr13 50466911 . G A 374.29 PASS AF=0.659574;AO=30;DP=46;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0248437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.406;QD=31.8546;RBI=0.0298851;REFB=-0.0051271;REVB=-0.0166105;RO=16;SAF=7;SAR=23;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24756;STB=0.638837;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0017847;OID=.;OPOS=50466911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:16:16:30:31:0.659574:23:7:9:7:24:7:9:7 chr13 50466990 . T C 39.75 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0239757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.763;QD=3.11786;RBI=0.0240415;REFB=-0.00185341;REVB=-0.00177667;RO=44;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281264;STB=0.713567;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0208608;OID=.;OPOS=50466990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:6:1:14:30:6:1:14:30 chr13 50587718 . A G 79.22 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909042;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4566;QD=39.6087;RBI=0.0962097;REFB=0;REVB=-0.0315078;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236654;OID=.;OPOS=50587718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr13 50588480 . A T 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0482195;FXX=0;HRUN=32;LEN=1;MLLD=78.1084;QD=28.5379;RBI=0.0482195;REFB=-0.099026;REVB=0;RO=1;SAF=7;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00949487;OID=.;OPOS=50588480;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:0:7:1:0:0:7:1:0 chr13 50588490 . T C 409.89 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.063269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2823;QD=51.2366;RBI=0.202894;REFB=-0.104086;REVB=0.192778;RO=2;SAF=24;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372894;STB=0.519987;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0126085;OID=.;OPOS=50588490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:6:24:2:0:6:24:2:0 chr13 50588492 . T C 427.56 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0422337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0645;QD=51.8256;RBI=0.0571225;REFB=-0.112875;REVB=-0.0384616;RO=2;SAF=25;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358832;STB=0.519219;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0228544;OID=.;OPOS=50588492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:6:25:2:0:6:25:2:0 chr13 50588494 . T C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0483321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8713;QD=55.0093;RBI=0.048565;REFB=-0.117638;REVB=-0.00475089;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509428;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00559904;OID=.;OPOS=50588494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:6:26:0:0:6:26:1:0 chr13 50588496 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2121;QD=59.0178;RBI=0.0699375;REFB=0;REVB=-0.0472762;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98194e-05;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:6:28:0:0:6:28:0:0 chr13 50590423 . G A,C 758.88 PASS AF=0.0357143,0.946429;AO=2,53;DP=56;FAO=2,53;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=2,37;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285105,0.0694085;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.70014,114.08;QD=54.2056;RBI=0.0285925,0.0748051;REFB=-0.119821,-0.0361169;REVB=-0.00216463,0.0278974;RO=1;SAF=2,37;SAR=0,16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0285316;STB=0.993266,0.515146;STBP=0.227,0.201;TYPE=snp,snp;VARB=0.127213,0.000182685;OID=.,.;OPOS=50590423,50590423;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:1:1:2,53:2,53:0.0357143,0.946429:0,16:2,37:0:1:0,16:2,37:0:1 chr13 50591480 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00395293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.701;QD=62.9816;RBI=0.0485103;REFB=0;REVB=0.048349;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123569;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr13 50591616 . A G 322.18 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00179129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.73;QD=28.0159;RBI=0.0181141;REFB=-0.0056151;REVB=0.0180253;RO=18;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054035;STB=0.529759;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00709629;OID=.;OPOS=50591616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:13:15:11:7:13:15:11:7 chr13 50656582 . T A 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.663;QD=60.5459;RBI=0.0242806;REFB=0;REVB=0.0241658;RO=0;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1731e-05;OID=.;OPOS=50656582;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:58:54:0:0:58:54:0:0 chr13 51387124 . A G 1480.39 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=106;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0604444;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.227;QD=56.3959;RBI=0.0666824;REFB=-0.0808392;REVB=0.0281605;RO=2;SAF=58;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00255064;STB=0.502857;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00982794;OID=.;OPOS=51387124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:105:2:3:102:102:0.971429:44:58:1:1:44:58:2:1 chr13 51594741 . T G 1210.74 PASS AF=0.885417;AO=86;DP=96;FAO=85;FDP=96;FR=.;FRO=11;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.027888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1722;QD=50.4476;RBI=0.0377468;REFB=-0.0163909;REVB=-0.0254377;RO=10;SAF=38;SAR=48;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484906;STB=0.530931;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0112032;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:10:11:86:85:0.885417:48:38:2:8:47:38:2:9 chr13 51603768 . T C 771.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212522;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.892;QD=64.2809;RBI=0.0403679;REFB=0;REVB=0.0343207;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400837;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr13 51941943 . T C 272.24 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0451546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9239;QD=17.2851;RBI=0.0614669;REFB=-0.0171755;REVB=0.0417041;RO=32;SAF=6;SAR=24;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213059;STB=0.6153;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0210659;OID=.;OPOS=51941943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:24:6:12:20:24:6:12:21 chr13 51952423 . G A 491.08 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0165545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.506;QD=17.2309;RBI=0.0266434;REFB=-0.00868016;REVB=0.0208763;RO=61;SAF=22;SAR=31;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271011;STB=0.515084;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00942862;OID=.;OPOS=51952423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:53:53:0.464912:31:22:27:34:31:22:27:34 chr13 51956225 . T G 217.89 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0133492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.046;QD=13.6179;RBI=0.0220499;REFB=-0.0129751;REVB=0.0175498;RO=38;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353453;STB=0.520146;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0188578;OID=.;OPOS=51956225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:17:9:12:26:17:9:12:26 chr13 51958756 . C T 195.18 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0631742;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.0366;QD=14.1951;RBI=0.0737242;REFB=-0.0295952;REVB=0.0380038;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17463;STB=0.574068;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0439517;OID=.;OPOS=51958756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:31:32:22:23:0.418182:9:13:13:18:10:13:14:18 chr13 51958840 . G T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0772892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.068;QD=17.4014;RBI=0.0810285;REFB=-0.0254082;REVB=-0.024331;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135944;STB=0.578191;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0224457;OID=.;OPOS=51958840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:6:7:5:8:6:7 chr13 52440130 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.362;QD=61.6833;RBI=0.0142869;REFB=0;REVB=0.0140052;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84761e-05;OID=.;OPOS=52440130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr13 52544805 . C G 589.85 PASS AF=0.541284;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00238395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8113;QD=21.6457;RBI=0.0244072;REFB=0.0148649;REVB=-0.0242905;RO=50;SAF=29;SAR=30;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127217;STB=0.569668;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0131647;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:50:59:59:0.541284:30:29:17:33:30:29:17:33 chr13 52548140 . A C 666.42 PASS AF=0.536;AO=63;DP=122;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0203646;FXX=0.0530263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6452;QD=21.3255;RBI=0.0806067;REFB=-0.0204741;REVB=0.0779918;RO=49;SAF=34;SAR=29;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421635;STB=0.504538;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0237854;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:49:58:63:67:0.536:29:34:29:20:33:34:30:28 chr13 52548141 . G C 41.93 PASS AF=0.0895522;AO=11;DP=125;FAO=12;FDP=134;FR=.;FRO=122;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=64;FSRR=58;FWDB=-0.0178016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.6526;QD=1.25169;RBI=0.0178101;REFB=-0.0223801;REVB=-0.000548641;RO=114;SAF=1;SAR=10;SRF=64;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528969;STB=0.911288;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0616107;OID=.;OPOS=52548141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:125:134:114:122:11:12:0.0895522:10:1:64:50:11:1:64:58 chr13 52603194 . G T 771.03 PASS AF=0.55303;AO=73;DP=131;FAO=73;FDP=132;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.0184298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.501;QD=23.3647;RBI=0.0184617;REFB=-0.00358473;REVB=0.00108419;RO=58;SAF=32;SAR=41;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121824;STB=0.561387;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00359612;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:58:59:73:73:0.55303:41:32:17:41:41:32:18:41 chr13 52603775 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00616641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.91;QD=12.1819;RBI=0.0523006;REFB=-0.029378;REVB=-0.0519358;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245627;STB=0.646754;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0273647;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:7:8:3:7:7:8 chr13 52605675 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00441859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.394;QD=16.4266;RBI=0.061215;REFB=-0.0124624;REVB=-0.0610553;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105136;STB=0.560337;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0167186;OID=.;OPOS=52605675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:9:2:3:8:9:2 chr13 52607169 . T C 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00290484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.883;QD=9.41874;RBI=0.0245138;REFB=-0.000615681;REVB=0.024341;RO=36;SAF=4;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345753;STB=0.709391;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00383929;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:11:4:20:16:11:4:20:16 chr13 52971893 . G A 556.67 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8503;QD=60.1801;RBI=0.00656013;REFB=0;REVB=-0.00162056;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.37131e-05;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr13 53035783 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.415;QD=59.0183;RBI=0.0343593;REFB=0;REVB=-0.0305569;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000868952;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr13 53035925 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.677;QD=53.2767;RBI=0.0229081;REFB=0;REVB=0.000792517;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32156e-05;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr13 53050479 . G A 1090.68 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375065;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.562;QD=60.5932;RBI=0.0375851;REFB=0;REVB=-0.00242904;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262652;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:72:0:0:72:72:1:47:25:0:0:47:25:0:0 chr13 53422553 . A G 741.26 PASS AF=0.96;AO=38;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0512866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4845;QD=59.3012;RBI=0.0955412;REFB=-0.0761422;REVB=-0.080609;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502537;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00497582;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:38:48:0.96:23:15:0:0:27:21:1:1 chr13 53602970 . A G 534.33 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.0820612;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.546;QD=18.5852;RBI=0.0956346;REFB=-0.00195614;REVB=-0.0491113;RO=60;SAF=29;SAR=27;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156096;STB=0.591518;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000533375;OID=.;OPOS=53602970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:60:59:56:56:0.486957:27:29:41:19:27:29:41:18 chr13 53608632 . C T 807.57 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.919;QD=64.6056;RBI=0.0288307;REFB=0;REVB=-0.000428019;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05412e-05;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:47:50:1:33:14:0:0:34:16:0:0 chr13 55748673 . T C 496.26 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=137;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=0.0206535;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2238;QD=14.7039;RBI=0.0498838;REFB=-0.0147701;REVB=0.0454074;RO=78;SAF=27;SAR=28;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124882;STB=0.576304;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0181565;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:78:80:55:55:0.407407:28:27:29:49:28:27:29:51 chr13 60240961 . C T 303.93 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0264026;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.608;QD=12.4051;RBI=0.0301508;REFB=-0.0128404;REVB=-0.0145593;RO=61;SAF=10;SAR=25;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963398;STB=0.559287;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0205825;OID=.;OPOS=60240961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:63:35:35:0.357143:25:10:22:39:25:10:23:40 chr13 60324979 . G A 1726.73 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0838519;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8162;QD=59.5425;RBI=0.166427;REFB=0;REVB=0.14376;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851888;OID=.;OPOS=60324979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:105:116:0:0:104:116:1:43:61:0:0:55:61:0:0 chr13 61986918 . C A 732.01 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.034276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4381;QD=51.3693;RBI=0.0995041;REFB=-0.0435107;REVB=-0.0934143;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200481;STB=0.530601;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0108132;OID=.;OPOS=61986918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:1:3:54:54:0.947368:31:23:1:0:31:23:3:0 chr13 61989235 . C T 560.82 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.012629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.559;QD=16.1387;RBI=0.012645;REFB=-0.00715578;REVB=-0.000635657;RO=76;SAF=26;SAR=34;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119408;STB=0.563109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0106607;OID=.;OPOS=61989235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:79:60:60:0.431655:34:26:42:34:34:26:43:36 chr13 64321028 . A G 83.44 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0684414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.441;QD=9.8165;RBI=0.0882605;REFB=-0.0561351;REVB=0.0557288;RO=22;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41454;STB=0.754129;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0860116;OID=.;OPOS=64321028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:11:11:0.323529:10:1:7:15:10:1:7:16 chr13 64417631 . G T 114.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15084;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.089;QD=41.8142;RBI=0.151308;REFB=0;REVB=0.0118969;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027087;OID=.;OPOS=64417631;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr13 67205520 . A G 352.86 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0441162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.986;QD=21.0661;RBI=0.044306;REFB=-0.0216637;REVB=-0.00409634;RO=31;SAF=11;SAR=24;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566942;STB=0.540208;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0199025;OID=.;OPOS=67205520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:31:35:36:0.537313:24:11:8:23:24:12:8:23 chr13 67800935 . G A 336.25 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.00166278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.516;QD=13.3169;RBI=0.00693435;REFB=-0.00938447;REVB=0.00673204;RO=62;SAF=10;SAR=29;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18469;STB=0.605912;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.01082;OID=.;OPOS=67800935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:62:62:39:39:0.386139:29:10:25:37:29:10:25:37 chr13 67802339 . A T 2011.74 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182144;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.021;QD=62.3797;RBI=0.0193112;REFB=0;REVB=0.00641565;RO=0;SAF=63;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64949e-06;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:66:63:0:0:66:63:0:0 chr13 69267981 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.859;QD=60.2307;RBI=0.0300733;REFB=0;REVB=0.016338;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44763e-05;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr13 71033601 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.938;QD=46.8477;RBI=0.0349521;REFB=0;REVB=0.0327694;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174496;OID=.;OPOS=71033601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr13 73280182 . T C 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0377586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.055;QD=58.6476;RBI=0.0399732;REFB=-0.0254793;REVB=0.0131202;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00145354;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:1:0:20:20:1:0 chr13 73301655 . A C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=374.29;QD=58.0611;RBI=0.0180729;REFB=0;REVB=0.0163627;RO=0;SAF=45;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4286e-05;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:16:45:0:0:16:45:0:0 chr13 73301728 . T C 446.86 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4121;QD=57.6599;RBI=0.0335076;REFB=0;REVB=-0.0130974;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000706083;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr13 73302261 . G A 317.83 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0682295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.243;QD=18.1614;RBI=0.0702402;REFB=-0.0233424;REVB=0.0166856;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11965;STB=0.557755;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0391973;OID=.;OPOS=73302261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:33:34:0.485714:15:18:15:21:16:18:15:21 chr13 73329358 . G A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0385532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.338;QD=20.5428;RBI=0.0394371;REFB=-0.00450123;REVB=-0.0083028;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200654;STB=0.612702;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00435413;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:16:9:14:10:16:9 chr13 73343039 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0139545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.025;QD=10.542;RBI=0.0141071;REFB=-0.0128738;REVB=-0.00206888;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240375;STB=0.645683;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0363455;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:3:8:11:10:3:8:11:10 chr13 73349359 . G C 411.48 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0111919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.176;QD=18.4933;RBI=0.019582;REFB=-0.017708;REVB=-0.0160685;RO=46;SAF=18;SAR=24;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472004;STB=0.521163;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0220507;OID=.;OPOS=73349359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:47:42:42:0.47191:24:18:22:24:24:18:22:25 chr13 73369642 . A G 232.31 PASS AF=0.35443;AO=27;DP=80;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0677101;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1412;QD=11.7625;RBI=0.0785644;REFB=0.00776626;REVB=0.0398462;RO=50;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104145;STB=0.554763;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00472804;OID=.;OPOS=73369642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:50:51:27:28:0.35443:16:11:16:34:17:11:16:35 chr13 73650111 . AC A,AA 410.98 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=4,34;DP=38;FAO=1,28;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124253,0.0111963;FXX=0.0937207;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=283.657,288.624;QD=56.6865;RBI=0.0139172,0.0116434;REFB=0,0;REVB=0.00626894,0.00319544;RO=0;SAF=3,25;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0580268,-0.000259597;OID=.,.;OPOS=73650112,73650112;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0344828,0.965517:4,34:38:1,28:29:0:1,19:0,9:0:0:6:0:3,25:1,9:0:0 chr13 73650117 . G A 606.52 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.795;QD=60.6521;RBI=0.0300831;REFB=0;REVB=0.0285098;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443654;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:38:40:1:9:29:0:0:10:30:0:0 chr13 74339104 . G T 137.61 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0130888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.98;QD=13.4248;RBI=0.0181441;REFB=-0.00673639;REVB=-0.0125655;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181622;STB=0.523336;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00624881;OID=.;OPOS=74339104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:15:16:0.390244:9:6:10:14:9:7:10:15 chr13 74863339 . C A 170.01 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0501938;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.199;QD=15.8144;RBI=0.0565635;REFB=-0.0114593;REVB=-0.026077;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144654;STB=0.629478;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0239171;OID=.;OPOS=74863339;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:25:18:18:0.418605:13:5:9:13:13:5:12:13 chr13 74988714 . C T 5807.27 PASS AF=0.916859;AO=397;DP=433;FAO=397;FDP=433;FR=.;FRO=36;FSAF=244;FSAR=153;FSRF=2;FSRR=34;FWDB=0.0307097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.314;QD=53.6468;RBI=0.0314567;REFB=-0.0834104;REVB=-0.00681454;RO=5;SAF=244;SAR=153;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00536874;STB=0.547976;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00199183;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:433:433:5:36:397:397:0.916859:153:244:2:3:153:244:2:34 chr13 75814018 . C T 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00929241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.014;QD=50.8367;RBI=0.0130247;REFB=0.0034941;REVB=0.00912651;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=4.30989e-05;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:0:1:12:13:0:1 chr13 75814070 . C G 30.23 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.000799418;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.514;QD=7.55786;RBI=0.0216382;REFB=0.0145417;REVB=0.0216234;RO=11;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407987;STB=0.526212;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0289515;OID=.;OPOS=75814070;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:16:11:11:5:5:0.3125:2:3:7:4:2:3:7:4 chr13 75814344 . C A 240.13 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0403839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1197;QD=16.561;RBI=0.0545428;REFB=-0.0126138;REVB=0.0366614;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23673;STB=0.638149;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0155174;OID=.;OPOS=75814344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:31:27:27:0.465517:13:14:23:7:13:14:24:7 chr13 75814384 . C T 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0129005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.333;QD=18.4388;RBI=0.0164574;REFB=0.01048;REVB=0.0102188;RO=29;SAF=21;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206189;STB=0.615915;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00856405;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:8:21:15:14:8:21:15:14 chr13 75860497 . ATTTTTTTC ATTTTTT,ATTTTTTC 69.71 PASS AF=0,0.542857;AO=4,12;DP=38;FAO=0,19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=0,13;FSAR=0,6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.111031,-0.111527;FXX=0.0540395;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=106.115,9.08738;QD=7.96641;RBI=0.111229,0.131715;REFB=-0.0040037,-0.0490689;REVB=-0.00662862,0.0700765;RO=16;SAF=4,8;SAR=0,4;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.774184,0.443658;STB=0.5,0.696224;STBP=1,0.024;TYPE=del,del;VARB=0,0.0503182;OID=.,.;OPOS=75860504,75860498;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.542857:4,12:38:0,19:35:16:0,13:0,6:4:12:54:16:4,8:0,4:3:13 chr13 75884216 . C T 321.65 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0040942;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.635;QD=19.2032;RBI=0.0148227;REFB=-0.0338234;REVB=-0.014246;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127505;STB=0.568408;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0500908;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:32:33:0.492537:19:13:18:15:19:14:19:15 chr13 75884290 . G A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.028612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.294;QD=16.9796;RBI=0.0300373;REFB=-0.0127138;REVB=-0.00914304;RO=29;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254034;STB=0.643951;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0153377;OID=.;OPOS=75884290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:19:7:15:14:19:7:15:14 chr13 75915261 . A C 279.36 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0071382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.114;QD=18.9395;RBI=0.0139278;REFB=-0.00179985;REVB=-0.0119595;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104997;STB=0.55852;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00363701;OID=.;OPOS=75915261;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:16:14:17:12:16:14:17:12 chr13 75936519 . C G 657.85 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0109599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=332.489;QD=59.8046;RBI=0.0139568;REFB=-0.122738;REVB=0.00864138;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-4.67334e-05;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:23:20:1:0:23:20:1:0 chr13 76055602 . G A 609.48 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0203886;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.645;QD=46.883;RBI=0.0213662;REFB=-0.0301774;REVB=0.00638895;RO=5;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452323;STB=0.524116;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00965128;OID=.;OPOS=76055602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:53:52:5:5:47:47:0.903846:26:21:1:4:26:21:1:4 chr13 76143572 . T C 855.89 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00615729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5275;QD=56.1237;RBI=0.0465206;REFB=-0.080827;REVB=0.0461113;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.509801;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00202571;OID=.;OPOS=76143572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:25:35:0:0:25:35:0:1 chr13 76378459 . T C 2143.98 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230291;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.944;QD=63.0583;RBI=0.0345702;REFB=0;REVB=0.025783;RO=0;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5952e-05;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:69:67:0:0:69:67:0:0 chr13 76382100 . C T 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.313;QD=59.4336;RBI=0.0447164;REFB=0;REVB=-0.0426137;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.52328e-05;OID=.;OPOS=76382100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr13 76395342 . C T 476.25 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00765134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.031;QD=21.8964;RBI=0.00833607;REFB=-0.006975;REVB=-0.00330864;RO=41;SAF=25;SAR=21;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191744;STB=0.605492;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00675954;OID=.;OPOS=76395342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:21:25:13:28:21:25:13:28 chr13 76397731 . G A 231.02 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0477053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1389;QD=16.501;RBI=0.0510171;REFB=-0.00524178;REVB=0.0180818;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166243;STB=0.606664;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00477548;OID=.;OPOS=76397731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:30:26:26:0.464286:12:14:20:8:12:14:22:8 chr13 76397790 . C T 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0147211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.093;QD=15.773;RBI=0.0166211;REFB=-0.0137965;REVB=-0.00771689;RO=33;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125926;STB=0.571374;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0135897;OID=.;OPOS=76397790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:9:18:18:15:9:18:18:15 chr13 76423248 . T C 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.684;QD=57.5429;RBI=0.0327129;REFB=0;REVB=0.0326606;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253564;OID=.;OPOS=76423248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr13 76445316 . C T 634.34 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0496317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0887;QD=21.5031;RBI=0.058836;REFB=0.0200765;REVB=0.0315971;RO=55;SAF=33;SAR=30;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650993;STB=0.535703;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0174773;OID=.;OPOS=76445316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:55:63:63:0.533898:30:33:33:22:30:33:33:22 chr13 76457183 . T C 320.78 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0065206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.521;QD=16.4501;RBI=0.00965725;REFB=-0.00815814;REVB=0.0071235;RO=43;SAF=24;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247808;STB=0.639674;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0146212;OID=.;OPOS=76457183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:11:24:19:24:11:24:19:24 chr13 76709108 . G A 817.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.573;QD=57.3544;RBI=0.0551914;REFB=0;REVB=0.05013;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49105e-05;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:29:28:0:0 chr13 76709223 . C A 2095.12 PASS AF=0.978417;AO=74;DP=139;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0124168;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2574;QD=60.2912;RBI=0.0322976;REFB=-0.105436;REVB=0.0298154;RO=0;SAF=71;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511277;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00601625;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:139:139:0:3:74:136:0.978417:3:71:0:0:65:71:0:3 chr13 77738664 . A G 468.83 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0206159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.077;QD=20.6078;RBI=0.0252122;REFB=-0.00736786;REVB=0.0145134;RO=44;SAF=16;SAR=30;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794521;STB=0.550998;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00907213;OID=.;OPOS=77738664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:46:46:0.505495:30:16:19:25:30:16:20:25 chr13 77751892 . C T 339.83 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00739802;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.143;QD=16.1825;RBI=0.0224015;REFB=-0.0207238;REVB=-0.0211446;RO=47;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00914374;STB=0.503935;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0279008;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:47:47:36:37:0.440476:15:21:27:20:16:21:27:20 chr13 77834627 . A C 374.88 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0104233;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.015;QD=14.5584;RBI=0.0156;REFB=-0.00794279;REVB=0.0116068;RO=60;SAF=19;SAR=24;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128558;STB=0.572424;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00939632;OID=.;OPOS=77834627;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:60:60:43:43:0.417476:24:19:34:26:24:19:34:26 chr13 78146301 . C T 1407.79 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0713073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2675;QD=60.5503;RBI=0.0756232;REFB=-0.161684;REVB=-0.0251822;RO=2;SAF=53;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175502;STB=0.509257;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00333214;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:2:2:91:91:0.978495:38:53:2:0:38:53:2:0 chr13 78178550 . G A 249.13 PASS AF=0.5;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0802501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0528;QD=18.4542;RBI=0.0823979;REFB=0.0130834;REVB=-0.0186904;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872687;STB=0.537162;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0291028;OID=.;OPOS=78178550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:26:27:0.5:11:15:13:14:12:15:13:14 chr13 78338016 . A G 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0174939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.34;QD=12.7849;RBI=0.0199127;REFB=-0.00809587;REVB=0.00951207;RO=43;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937352;STB=0.505372;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0134522;OID=.;OPOS=78338016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:18:9:14:29:18:9:14:29 chr13 78477674 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.054;QD=57.5433;RBI=0.0761822;REFB=0;REVB=-0.0364794;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3045e-05;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr13 78521890 . C A 463.79 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.61;QD=56.2167;RBI=0.13478;REFB=0;REVB=-0.000470765;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106395;OID=.;OPOS=78521890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:1:0:32:33:1:20:12:1:0:20:13:0:0 chr13 79188626 . A G 294.73 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0145081;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.308;QD=14.3771;RBI=0.0287625;REFB=-0.024874;REVB=0.0248354;RO=49;SAF=11;SAR=22;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25387;STB=0.644539;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0281059;OID=.;OPOS=79188626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:49:49:33:33:0.402439:22:11:28:21:22:11:28:21 chr13 79979847 . G C 430.01 PASS AF=0.346154;AO=54;DP=156;FAO=54;FDP=156;FR=.;FRO=102;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=65;FSRR=37;FWDB=-0.0397982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.065;QD=11.026;RBI=0.0437493;REFB=-0.00749383;REVB=-0.0181689;RO=101;SAF=23;SAR=31;SRF=64;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233071;STB=0.635553;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0204216;OID=.;OPOS=79979847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:101:102:54:54:0.346154:31:23:64:37:31:23:65:37 chr13 80910786 . C A 676.68 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0558005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6354;QD=60.1493;RBI=0.0844413;REFB=-0.0270326;REVB=-0.0633769;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000824644;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:21:23:0:1:21:23:0:1 chr13 80910792 . T G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.803;QD=62.3497;RBI=0.0229117;REFB=0;REVB=-0.0163119;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05648e-06;OID=.;OPOS=80910792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr13 86367009 . C A 1600.12 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.378;QD=59.8177;RBI=0.107894;REFB=0;REVB=0.10786;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149888;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:107:0:0:97:107:1:50:47:0:0:59:48:0:0 chr13 86367973 . CTTTTTC CTTTTC,CTTTTCT,TCTTTTC 495.09 PASS AF=1,0,0;AO=30,3,3;DP=39;FAO=41,0,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0,0;FSAR=12,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487402,-0.153211,-0.0156459;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=17.2044,6.13962,5.75441;QD=48.3017;RBI=0.1497,0.154166,0.0192078;REFB=-0.0248683,-0.0496835,-0.0248683;REVB=0.141543,-0.0171345,-0.011142;RO=1;SAF=22,3,0;SAR=8,0,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0547301,0.727144,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.00752867,0,0;OID=.,.,.;OPOS=86367974,86367978,86367973;OREF=T,TC,CT;OALT=-,CT,TC;OMAPALT=CTTTTC,CTTTTCT,TCTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:41:1:0:30,3,3:41,0,0:1,0,0:8,0,3:22,3,0:0:1:12,0,0:29,0,0:0:0 chr13 86369120 . C T 732.4 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595495;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.213;QD=63.6867;RBI=0.00734036;REFB=0;REVB=-0.0042918;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73058e-05;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr13 88329472 . T A 105.69 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0156275;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.728;QD=10.5686;RBI=0.0172877;REFB=-0.00884394;REVB=0.00739223;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621806;STB=0.537134;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0206595;OID=.;OPOS=88329472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:9:18:8:5:9:18 chr13 88331241 . T TTGTA 186.71 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147243;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=4;MLLD=313.545;QD=43.9316;RBI=0.0219238;REFB=-0.138269;REVB=-0.0162434;RO=2;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113838;STB=0.533291;STBP=0.318;TYPE=ins;VARB=0.00399332;OID=.;OPOS=88331242;OREF=-;OALT=TGTA;OMAPALT=TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:16:18:16:17:1:7:9:1:0:6:2:7:9:2:0 chr13 95034763 . G A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00357934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.049;QD=14.2411;RBI=0.0158779;REFB=-0.0304682;REVB=-0.0154692;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300867;STB=0.517226;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0514182;OID=.;OPOS=95034763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:16:15:10:12:16:15 chr13 95264604 . C T 236.45 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0158519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.89;QD=11.2597;RBI=0.0205538;REFB=-0.00697238;REVB=-0.0130834;RO=55;SAF=11;SAR=18;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459501;STB=0.52666;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0148983;OID=.;OPOS=95264604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:18:11:23:32:18:11:23:32 chr13 95279494 . CT C 49.57 PASS AF=0.5;AO=11;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0246254;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.57178;QD=5.83148;RBI=0.22349;REFB=-0.106165;REVB=0.222129;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129419;STB=0.561973;STBP=0.5;TYPE=del;VARB=0.165127;OID=.;OPOS=95279495;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:33:17:34:17:7:10:5:12:47:16:4:7:4:12 chr13 95279505 . T A 132.7 PASS AF=0.454545;AO=13;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0353658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.398;QD=16.0842;RBI=0.0358466;REFB=0.00364079;REVB=-0.00585163;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754579;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00378538;OID=.;OPOS=95279505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:18:13:15:0.454545:8:5:6:13:10:5:6:12 chr13 95280923 . A T 940.21 PASS AF=0.550898;AO=89;DP=162;FAO=92;FDP=167;FR=.;FRO=75;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0215764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5188;QD=22.5201;RBI=0.0217769;REFB=-0.0423831;REVB=0.00294843;RO=73;SAF=45;SAR=44;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328962;STB=0.520954;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0354989;OID=.;OPOS=95280923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:167:73:75:89:92:0.550898:44:45:34:39:46:46:34:41 chr13 95364046 . C G 568.01 PASS AF=0.417808;AO=61;DP=146;FAO=61;FDP=146;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.00952865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.561;QD=15.5618;RBI=0.011664;REFB=-0.0227366;REVB=-0.00672706;RO=85;SAF=39;SAR=22;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690814;STB=0.538815;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0384177;OID=.;OPOS=95364046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:85:85:61:61:0.417808:22:39:49:36:22:39:49:36 chr13 95364337 . T G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0347937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5483;QD=12.7388;RBI=0.0428565;REFB=-0.0373845;REVB=-0.0250216;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647644;STB=0.538369;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0430782;OID=.;OPOS=95364337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:2:8:6:2:2:8 chr13 95672950 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.338;QD=59.8391;RBI=0.0423667;REFB=0;REVB=0.00479544;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88791e-05;OID=.;OPOS=95672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr13 95673135 . C T 770.44 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0299271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0547;QD=55.0314;RBI=0.0323127;REFB=-0.000462781;REVB=0.0121852;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000109066;OID=.;OPOS=95673135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:33:22:0:0:33:22:0:1 chr13 95673938 . TA T,TG 1437.06 PASS AF=0.28125,0.71875;AO=26,72;DP=100;FAO=27,69;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=7,22;FSAR=20,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105648,0.00925204;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.244,187.47;QD=59.8775;RBI=0.0281985,0.0284019;REFB=0,0;REVB=0.0261446,0.0268527;RO=0;SAF=7,22;SAR=19,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.63811e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0230879,-0.00287807;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.28125,0.71875:26,72:100:27,69:96:0:7,22:20,47:0:0:99:0:7,22:19,50:0:0 chr13 95714976 . C T 1171.92 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000395492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.492;QD=60.8789;RBI=0.011728;REFB=0;REVB=0.0117213;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38923e-05;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:30:45:0:0:32:45:0:0 chr13 95726541 . A G 1219.83 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0191697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.908;QD=58.787;RBI=0.0531092;REFB=-0.209434;REVB=0.0495289;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.511902;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000935901;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:0:2:81:81:0.975904:40:41:0:0:40:41:2:0 chr13 95727780 . T C 820.42 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182349;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6264;QD=57.5736;RBI=0.0330471;REFB=0;REVB=0.0275608;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347488;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr13 95858978 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.379;QD=61.684;RBI=0.0148544;REFB=0;REVB=0.00803999;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92454e-06;OID=.;OPOS=95858978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr13 95858996 . T C 429.33 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.557;QD=57.2435;RBI=0.00572647;REFB=0;REVB=-0.000902879;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34359e-06;OID=.;OPOS=95858996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:19:11:0:0 chr13 95861804 . A G 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.207;QD=60.8818;RBI=0.038602;REFB=0;REVB=0.00174619;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65651e-05;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr13 95988412 . T C 274.97 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0100066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.296;QD=24.9971;RBI=0.0116877;REFB=0.00595548;REVB=-0.00603905;RO=18;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346317;STB=0.509426;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00472844;OID=.;OPOS=95988412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:19:25:25:0.568182:10:15:10:8:10:15:11:8 chr13 96293631 . G A 388.86 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00952959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.028;QD=16.2023;RBI=0.0194422;REFB=-0.00861326;REVB=0.0169466;RO=54;SAF=23;SAR=18;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024464;STB=0.519498;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00986662;OID=.;OPOS=96293631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:55:41:41:0.427083:18:23:29:25:18:23:29:26 chr13 96506664 . A G 832.01 PASS AF=0.525;AO=68;DP=161;FAO=84;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0551349;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.763;QD=20.8002;RBI=0.0551388;REFB=-0.0204457;REVB=-0.000656839;RO=76;SAF=20;SAR=48;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956017;STB=0.52293;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0203093;OID=.;OPOS=96506664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:76:76:68:84:0.525:48:20:29:47:48:36:29:47 chr13 96540141 . T C 4856.2 PASS AF=0.978328;AO=315;DP=322;FAO=316;FDP=323;FR=.;FRO=7;FSAF=148;FSAR=168;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00422253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5259;QD=60.1387;RBI=0.0247538;REFB=-0.00676177;REVB=0.024391;RO=7;SAF=148;SAR=167;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766276;STB=0.503976;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.000474886;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:322:323:7:7:315:316:0.978328:167:148:2:5:168:148:2:5 chr13 96540143 . T C 5082.32 PASS AF=1;AO=317;DP=317;FAO=322;FDP=322;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665052;FXX=0.00309588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.213;QD=63.1344;RBI=0.050301;REFB=0;REVB=0.0498594;RO=0;SAF=149;SAR=168;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80609e-05;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:317:322:0:0:317:322:1:168:149:0:0:173:149:0:0 chr13 96540204 . T G 1450.35 PASS AF=0.445714;AO=155;DP=351;FAO=156;FDP=350;FR=.;FRO=194;FSAF=66;FSAR=90;FSRF=85;FSRR=109;FWDB=-0.000380892;FXX=0.00568166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.797;QD=16.5754;RBI=0.0261232;REFB=-0.0129907;REVB=0.0261205;RO=196;SAF=66;SAR=89;SRF=85;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809457;STB=0.508531;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0145487;OID=.;OPOS=96540204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:350:196:194:155:156:0.445714:89:66:85:111:90:66:85:109 chr13 96555149 . C T 413.68 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0281211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.107;QD=16.3836;RBI=0.0289055;REFB=-0.010384;REVB=0.00668788;RO=54;SAF=21;SAR=23;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415007;STB=0.508605;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.013702;OID=.;OPOS=96555149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:54:56:44:45:0.445545:23:21:26:28:24:21:27:29 chr13 96600246 . T C 236.09 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00197936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.897;QD=17.4881;RBI=0.0197682;REFB=0.00564284;REVB=0.0196688;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229959;STB=0.501432;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00497218;OID=.;OPOS=96600246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:28:25:26:0.481481:11:14:15:13:12:14:15:13 chr13 96601679 . C T 328.2 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=109;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00287058;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9858;QD=12.2691;RBI=0.0336803;REFB=-0.0164411;REVB=-0.0335577;RO=63;SAF=23;SAR=17;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156908;STB=0.588602;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0319191;OID=.;OPOS=96601679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:63:67:40:40:0.373832:17:23:27:36:17:23:29:38 chr13 96624836 . A G 168.17 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00135419;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.239;QD=15.2884;RBI=0.0210221;REFB=-0.0259528;REVB=-0.0209785;RO=20;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238057;STB=0.663788;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0347639;OID=.;OPOS=96624836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:26:17:18:0.409091:4:13:11:9:5:13:12:14 chr13 96638636 . A C 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.718;QD=61.8754;RBI=0.0500326;REFB=0;REVB=0.00749644;RO=0;SAF=53;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23778e-05;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:72:53:0:0:72:53:0:0 chr13 96821982 . G T 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0105947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.349;QD=14.4201;RBI=0.0109087;REFB=-0.00807864;REVB=-0.00259843;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509316;STB=0.502895;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0112095;OID=.;OPOS=96821982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:14:13:18:19:14:13:18:19 chr13 97489457 . G A 1208.91 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.445;QD=61.2105;RBI=0.0190525;REFB=0;REVB=-0.0181747;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.58712e-05;OID=.;OPOS=97489457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr13 98045158 . A G 564.14 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.0113164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.421;QD=16.5923;RBI=0.0165356;REFB=-0.0174548;REVB=0.0120568;RO=74;SAF=26;SAR=34;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798601;STB=0.544857;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0198711;OID=.;OPOS=98045158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:76:60:60:0.441176:34:26:38:36:34:26:39:37 chr13 98645253 . A G 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00996428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.887;QD=17.7108;RBI=0.011874;REFB=-0.0114425;REVB=0.00645802;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11965;STB=0.566889;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.016473;OID=.;OPOS=98645253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:15:18:15:21:15:18:15:21 chr13 98829176 . T C 735.7 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.867;QD=62.6126;RBI=0.0605922;REFB=0;REVB=0.0116631;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26734e-06;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:45:47:1:27:18:0:0:27:20:0:0 chr13 98896776 . C T 905.58 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722938;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1678;QD=58.4242;RBI=0.0210682;REFB=0;REVB=0.019789;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520392;OID=.;OPOS=98896776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr13 99088006 . G A 395.16 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0340732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2375;QD=22.9075;RBI=0.059245;REFB=-0.0268402;REVB=0.0484663;RO=30;SAF=22;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0020595;STB=0.501133;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0271299;OID=.;OPOS=99088006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:17:22:17:13:17:22:17:13 chr13 99088113 . C T 423.81 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0106216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7417;QD=33.905;RBI=0.0115948;REFB=-0.01857;REVB=0.00464964;RO=16;SAF=19;SAR=15;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774606;STB=0.542144;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00930073;OID=.;OPOS=99088113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:15:19:11:5:15:19:11:5 chr13 99100547 . T C 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.667;QD=62.1609;RBI=0.0176289;REFB=0;REVB=0.0175027;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33791e-05;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr13 99112680 . C T 356.47 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0692;QD=54.8414;RBI=0.0125353;REFB=0;REVB=-0.00727698;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76074e-05;OID=.;OPOS=99112680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr13 99324248 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5205;QD=44.6885;RBI=0.0287122;REFB=0;REVB=0.0172893;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130655;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr13 99324524 . T C 418.01 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00949451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3061;QD=53.9363;RBI=0.0481864;REFB=-0.179806;REVB=0.0472418;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523793;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00486289;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:10:20:0:0:10:20:0:1 chr13 99362178 . T C 416.59 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.000255593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5193;QD=19.6044;RBI=0.0486291;REFB=0.00945413;REVB=0.0486284;RO=43;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116855;STB=0.50649;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.0063465;OID=.;OPOS=99362178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:23:19:20:23:23:19:20:23 chr13 99376181 . C T 189.03 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=64;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.000631072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.279;QD=10.8018;RBI=0.0548473;REFB=-0.0021272;REVB=0.0548437;RO=44;SAF=9;SAR=10;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163373;STB=0.65294;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00458739;OID=.;OPOS=99376181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:70:44:45:19:25:0.357143:10:9:27:17:16:9:27:18 chr13 99447005 . T C 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5334;QD=60.3494;RBI=0.0404258;REFB=0;REVB=0.0144256;RO=0;SAF=36;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.97101e-05;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:74:36:0:0:74:36:0:0 chr13 99448441 . T A 686.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.456;QD=62.3791;RBI=0.0182137;REFB=0;REVB=0.00650624;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51327e-05;OID=.;OPOS=99448441;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chr13 99853443 . T G 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0295;QD=53.9034;RBI=0.0542005;REFB=0;REVB=-0.053983;RO=0;SAF=1;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.66402e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112738;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:23:1:0:0:23:1:0:0 chr13 100188585 . A T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.552;QD=62.6706;RBI=0.0193387;REFB=0;REVB=-0.0139759;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70962e-06;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr13 100436131 . CAT C 1100.75 PASS AF=1;AO=68;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370305;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.105;QD=58.7069;RBI=0.0449563;REFB=0;REVB=0.0254913;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000104073;OID=.;OPOS=100436132;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:74:75:75:0:41:34:0:0:6:0:34:34:0:0 chr13 100436228 . G C 1316.91 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143109;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.541;QD=61.9722;RBI=0.0248812;REFB=0;REVB=0.0203537;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162399;OID=.;OPOS=100436228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:39:45:0:0:39:46:0:0 chr13 100517189 . CTTTTTCTG CTTTTCTG,CTTTTTC 202.82 PASS AF=0.0142857,0.357143;AO=9,16;DP=78;FAO=1,25;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=0,8;FSAR=1,17;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.369207,-0.0523021;FXX=0.0908973;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.2333,173.731;QD=11.5896;RBI=0.392105,0.0589038;REFB=-0.0890287,-0.0474677;REVB=-0.132032,-0.0270952;RO=33;SAF=5,6;SAR=4,10;SRF=11;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266655,0.0512642;STB=0.987416,0.531225;STBP=0.481,0.71;TYPE=del,del;VARB=-0.133636,0.0749237;OID=.,.;OPOS=100517190,100517196;OREF=T,TG;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTTCTG,CTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0142857,0.357143:9,16:78:1,25:70:44:0,8:1,17:16:28:99:33:5,6:4,10:11:22 chr13 100518580 . A G 1539.59 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4612;QD=58.6509;RBI=0.0397912;REFB=-0.103214;REVB=-0.0346785;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000510837;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:48:56:0:0:48:56:1:0 chr13 100537232 . T C 1362.63 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.483;QD=61.2416;RBI=0.0323256;REFB=-0.139167;REVB=0.011772;RO=1;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145771;STB=0.507691;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000366577;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:32:56:0:1:32:56:0:1 chr13 100945533 . G A 1677.39 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.536;QD=60.4465;RBI=0.0288255;REFB=0;REVB=-0.0138983;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28753e-05;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:50:61:0:0:50:61:0:0 chr13 101287340 . C T 823.43 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300677;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.153;QD=57.7845;RBI=0.0312654;REFB=0;REVB=0.00857088;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048893;OID=.;OPOS=101287340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:29:26:0:0:31:26:0:0 chr13 101287365 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.847;QD=58.4195;RBI=0.0429775;REFB=0;REVB=-0.03719;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.95199e-05;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr13 101322622 . G C 675.66 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0109389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.443;QD=51.9741;RBI=0.0250409;REFB=-0.101698;REVB=0.0225253;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015953;STB=0.503153;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00371986;OID=.;OPOS=101322622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:1:2:49:50:0.961538:29:20:0:1:29:21:1:1 chr13 101795317 . A C 997.16 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1137;QD=58.6562;RBI=0.0554142;REFB=0;REVB=0.0325392;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127843;OID=.;OPOS=101795317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:30:38:0:0 chr13 101795422 . A G 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.982;QD=63.7517;RBI=0.0287496;REFB=0;REVB=-0.00533247;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05737e-05;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:57:39:0:0:57:39:0:0 chr13 102366825 . A G 1568.47 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6946;QD=64.0194;RBI=0.0682431;REFB=0;REVB=-0.0247547;RO=0;SAF=66;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000584667;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:32:66:0:0:32:66:0:0 chr13 102431351 . G C 1300.9 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0152045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.927;QD=58.4672;RBI=0.0164829;REFB=-0.045245;REVB=0.00636463;RO=2;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024918;STB=0.508108;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=9.21799e-05;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:2:3:86:86:0.966292:37:49:0:2:37:49:1:2 chr13 103275386 . T C 385.2 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0207303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5415;QD=18.3429;RBI=0.0329567;REFB=-0.0309544;REVB=0.0256203;RO=44;SAF=15;SAR=25;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778235;STB=0.543456;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0370778;OID=.;OPOS=103275386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:25:15:20:24:25:15:20:24 chr13 103339365 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.517;QD=64.4152;RBI=0.0182902;REFB=0;REVB=0.0177383;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31542e-05;OID=.;OPOS=103339365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr13 103346806 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693532;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=320.238;QD=58.5878;RBI=0.0207199;REFB=0;REVB=0.0195248;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19581e-05;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr13 103384824 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.599;QD=60.2302;RBI=0.0132242;REFB=0;REVB=0.0116792;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10092e-05;OID=.;OPOS=103384824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:16:21:0:0 chr13 103385015 . A G 1414.54 PASS AF=0.988889;AO=76;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292041;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.415;QD=62.8686;RBI=0.0616991;REFB=0;REVB=0.0543498;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161469;OID=.;OPOS=103385015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:90:0:0:76:89:0.988889:36:40:0:0:49:40:0:0 chr13 103385299 . A C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.113;QD=58.2394;RBI=0.023898;REFB=0;REVB=0.0182564;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26599e-05;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr13 103385798 . T C 888.55 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0201522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.6819;QD=56.4158;RBI=0.0379692;REFB=-0.0313448;REVB=0.03218;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119536;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00271742;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:39:23:0:1:39:23:0:1 chr13 103386116 . C G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.779;QD=62.6711;RBI=0.0313547;REFB=0;REVB=0.00962608;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118623;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr13 103386283 . A G 2335.7 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.697;QD=61.064;RBI=0.0211967;REFB=0;REVB=0.0203209;RO=0;SAF=78;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82044e-05;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:75:78:0:0:75:78:0:0 chr13 103388220 . A G 1164.29 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170388;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.535;QD=61.2785;RBI=0.0178688;REFB=0;REVB=0.00538275;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34762e-05;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:49:27:0:0 chr13 103388370 . C T 1289.34 PASS AF=0.955556;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00164101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2446;QD=57.3041;RBI=0.0121366;REFB=0.0131934;REVB=0.0120252;RO=2;SAF=39;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236738;STB=0.502084;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00185414;OID=.;OPOS=103388370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:90:90:2:4:86:86:0.955556:47:39:2:0:47:39:2:2 chr13 103395819 . C T 1472.21 PASS AF=0.969388;AO=94;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0161623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.552;QD=60.09;RBI=0.0162169;REFB=-0.196274;REVB=-0.00132972;RO=2;SAF=37;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249363;STB=0.508473;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00109863;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:98:98:2:3:94:95:0.969388:57:37:2:0:57:38:2:1 chr13 103397937 . T G 494.73 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226067;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.489;QD=56.54;RBI=0.0230774;REFB=-0.0122682;REVB=0.00463748;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=6.86015e-05;OID=.;OPOS=103397937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:0:1:34:34:0.971429:23:11:0:0:23:11:0:1 chr13 103420671 . T A,TA 167.74 PASS AF=0,0.875;AO=3,21;DP=43;FAO=0,35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=0,20;FSAR=0,15;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00318011,0.0168274;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=249.854,8.33943;QD=16.774;RBI=0.00519759,0.0852105;REFB=0.00251895,0.0611779;REVB=0.00411119,0.0835324;RO=16;SAF=3,9;SAR=0,12;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.540074,-0.244979;STB=0.5,0.529395;STBP=1,0.381;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0364649;OID=.,.;OPOS=103420671,103420672;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:13:43:40:16:5:3,21:0,35:0,0.875:0,12:3,9:12:4:0,15:0,20:4:1 chr13 103420680 . C A 569.46 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.32;QD=59.9432;RBI=0.0346562;REFB=0;REVB=-0.0152949;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302322;OID=.;OPOS=103420680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:14:21:0:0:16:22:0:0 chr13 103449202 . T C 2290.55 PASS AF=0.980892;AO=153;DP=157;FAO=154;FDP=157;FR=.;FRO=3;FSAF=92;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0278982;FXX=0.0125778;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.197;QD=58.3579;RBI=0.0279314;REFB=-0.0922596;REVB=-0.00136128;RO=1;SAF=91;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761063;STB=0.501376;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.000156051;OID=.;OPOS=103449202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:157:1:3:153:154:0.980892:62:91:0:1:62:92:2:1 chr13 103527849 . G C 1293.04 PASS AF=0.966292;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00800095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.865;QD=58.1143;RBI=0.0428845;REFB=-0.0191073;REVB=0.0421316;RO=3;SAF=29;SAR=56;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465131;STB=0.523804;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0012723;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:89:3:3:85:86:0.966292:56:29:3:0:56:30:3:0 chr13 103527930 . G C 1171.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.523;QD=60.8804;RBI=0.0336499;REFB=0;REVB=0.0335127;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08766e-05;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr13 103528002 . G C 894.15 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0362988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6314;QD=55.0247;RBI=0.0678723;REFB=-0.142965;REVB=0.0573502;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.517236;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00430053;OID=.;OPOS=103528002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:0:2:62:63:0.969231:35:27:0:0:35:28:2:0 chr13 103696617 . A G 37.37 PASS AF=0.0852713;AO=11;DP=129;FAO=11;FDP=129;FR=.;FRO=118;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=-0.0257805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.048;QD=1.15891;RBI=0.0307778;REFB=7.22092e-05;REVB=-0.0168118;RO=118;SAF=6;SAR=5;SRF=53;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109396;STB=0.587256;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00364418;OID=.;OPOS=103696617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:129:129:118:118:11:11:0.0852713:5:6:53:65:5:6:53:65 chr13 103705044 . A C 371.29 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0220973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.508;QD=20.0699;RBI=0.0226855;REFB=-0.02729;REVB=0.00513221;RO=36;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012855;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0255743;OID=.;OPOS=103705044;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:20:18:17:19:20:18:17:19 chr13 106119446 . G A 954.08 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8339;QD=58.7124;RBI=0.0703034;REFB=0;REVB=-0.0524006;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00099644;OID=.;OPOS=106119446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:29:36:0:0 chr13 107142499 . A G 115.5 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0338584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8793;QD=8.88469;RBI=0.0402228;REFB=0.000658165;REVB=0.0217136;RO=37;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060639;STB=0.536538;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000505271;OID=.;OPOS=107142499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:9:6:13:24:9:6:13:24 chr13 107144320 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.624;QD=59.8557;RBI=0.018137;REFB=0;REVB=0.00820638;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67674e-05;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr13 107145463 . G C 2046.51 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.001;QD=62.489;RBI=0.0344055;REFB=0;REVB=0.00372663;RO=0;SAF=58;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84155e-05;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:72:58:0:0:72:59:0:0 chr13 108518715 . CGCTGCTGCTGCT TGCTGCTGCTGCC 74.03 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0230345;FXX=0;HRUN=2;LEN=13;MLLD=122.73;QD=12.8753;RBI=0.0263087;REFB=-0.0236542;REVB=-0.0127105;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199998;STB=0.624625;STBP=0.44;TYPE=mnp;VARB=0.0411715;OID=.;OPOS=108518715;OREF=CGCTGCTGCTGCT;OALT=TGCTGCTGCTGCC;OMAPALT=TGCTGCTGCTGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:13:13:7:7:0.304348:5:2:6:7:5:2:6:7 chr13 109438084 . T A 565.46 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.00927414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.528;QD=16.7545;RBI=0.0102774;REFB=-0.00400217;REVB=0.00442896;RO=71;SAF=25;SAR=35;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511091;STB=0.509551;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00459174;OID=.;OPOS=109438084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:71:75:60:60:0.444444:35:25:26:45:35:25:30:45 chr13 109661359 . C G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.918;QD=57.2371;RBI=0.0339702;REFB=0;REVB=0.0254989;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163478;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr13 109717928 . A G 175.79 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.371;QD=46.8779;RBI=0.0257137;REFB=0;REVB=0.0209415;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88758e-05;OID=.;OPOS=109717928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:9:6:0:0 chr13 109793474 . T C 724.07 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0929171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0018;QD=54.6471;RBI=0.10323;REFB=-0.0648127;REVB=-0.0449762;RO=2;SAF=19;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00965178;STB=0.507689;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-1.63938e-05;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:2:1:51:52:0.981132:32:19:1:1:32:20:0:1 chr13 109793593 . C A 553.07 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.00190129;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=192.432;QD=24.5809;RBI=0.00537499;REFB=-0.0299524;REVB=0.00502749;RO=39;SAF=15;SAR=36;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03655;STB=0.519992;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0193617;OID=.;OPOS=109793593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:36:15:10:29:36:15:10:29 chr13 109793720 . A C 2320.84 PASS AF=1;AO=149;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041357;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.185;QD=60.2815;RBI=0.0445408;REFB=0;REVB=0.0165372;RO=0;SAF=71;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41625e-05;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:149:154:1:78:71:0:0:78:76:0:0 chr13 110408608 . C T 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.58;QD=60.8831;RBI=0.0150549;REFB=0;REVB=-0.0114071;RO=0;SAF=50;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65227e-05;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:27:50:0:0:27:50:0:0 chr13 110435953 . A G 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000776525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.671;QD=58.1295;RBI=0.0880983;REFB=0;REVB=-0.0880949;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000486022;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr13 110436232 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.787;QD=56.7029;RBI=0.0237357;REFB=0;REVB=0.0167338;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013922;OID=.;OPOS=110436232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:24:1:0:0:28:1:0:0 chr13 110822943 . C T 2528.76 PASS AF=0.482955;AO=255;DP=533;FAO=255;FDP=528;FR=.;FRO=273;FSAF=126;FSAR=129;FSRF=167;FSRR=106;FWDB=0.0208291;FXX=0.0112357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2101;QD=19.1573;RBI=0.0218444;REFB=-0.0141339;REVB=-0.00658212;RO=263;SAF=126;SAR=129;SRF=163;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116456;STB=0.560723;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.018012;OID=.;OPOS=110822943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:533:528:263:273:255:255:0.482955:129:126:163:100:129:126:167:106 chr13 110827574 . T A 1481.78 PASS AF=0.980952;AO=101;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00255665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.676;QD=56.4486;RBI=0.0679039;REFB=-0.115572;REVB=0.0678558;RO=1;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978143;STB=0.509998;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00173728;OID=.;OPOS=110827574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:105:105:1:2:101:103:0.980952:48:53:0:1:49:54:0:2 chr13 110827580 . C T 1574.87 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0252278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.777;QD=57.7935;RBI=0.0268392;REFB=-0.0917627;REVB=-0.00915964;RO=2;SAF=54;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172523;STB=0.509089;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000431069;OID=.;OPOS=110827580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:109:2:2:107:107:0.981651:53:54:2:0:53:54:2:0 chr13 110833702 . C T 895.17 PASS AF=1;AO=61;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216851;FXX=0.0307645;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.445;QD=56.8359;RBI=0.0108408;REFB=-0.0688924;REVB=0.0106217;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022713;OID=.;OPOS=110833702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:63:0:0:61:63:1:41:20:0:0:43:20:0:0 chr13 110838814 . A G 291.32 PASS AF=0.279412;AO=17;DP=76;FAO=19;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=0.027567;FXX=0.116868;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.651;QD=17.1364;RBI=0.0423421;REFB=-0.0328718;REVB=-0.032139;RO=37;SAF=11;SAR=6;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186352;STB=0.516112;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0455003;OID=.;OPOS=110838814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:68:37:36:17:19:0.279412:6:11:29:8:4:15:29:7 chr13 110839550 . T G 1245.03 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4657;QD=61.4829;RBI=0.166266;REFB=0;REVB=0.000782082;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011661;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:81:0:0:76:81:1:50:26:0:0:50:31:0:0 chr13 110843985 . T C 726.92 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0302207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.22;QD=52.8666;RBI=0.0302208;REFB=-0.0177829;REVB=-7.66899e-05;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200431;STB=0.520825;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000750113;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:2:53:53:0.963636:30:23:1:0:30:23:2:0 chr13 110857823 . C A,T 1556.22 PASS AF=0.040404,0.959596;AO=4,95;DP=99;FAO=4,95;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=4,41;FSAR=0,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557743,0.00582174;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.3905,145.583;QD=62.8774;RBI=0.0118903,0.0201108;REFB=0,0;REVB=-0.010501,0.0192497;RO=0;SAF=4,41;SAR=0,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.027422,5.80731e-05;OID=.,.;OPOS=110857823,110857823;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:99:99:0:0:4,95:4,95:0.040404,0.959596:0,54:4,41:0:0:0,54:4,41:0:0 chr13 110857895 . A G 1218.61 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433095;FXX=0.0361402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.542;QD=60.9306;RBI=0.0449164;REFB=0;REVB=0.0119067;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100952;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:76:80:1:46:30:0:0:49:31:0:0 chr13 110861785 . C G 1572.96 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.052;QD=59.9224;RBI=0.046524;REFB=0;REVB=0.0415139;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84566e-05;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr13 110864225 . A T 2510.13 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.569;QD=61.5984;RBI=0.0115213;REFB=0;REVB=0.00990395;RO=0;SAF=76;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58153e-06;OID=.;OPOS=110864225;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:87:76:0:0:87:76:0:0 chr13 111077197 . G A 2813.99 PASS AF=0.96875;AO=183;DP=197;FAO=186;FDP=192;FR=.;FRO=6;FSAF=81;FSAR=105;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.025558;FXX=0.0303015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.643;QD=58.6248;RBI=0.0412385;REFB=-0.155791;REVB=0.0323637;RO=5;SAF=80;SAR=103;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00836272;STB=0.503249;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00105311;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:197:192:5:6:183:186:0.96875:103:80:3:2:105:81:2:4 chr13 111098226 . C T 429.05 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.000777443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.167;QD=15.7451;RBI=0.014034;REFB=-0.0174607;REVB=-0.0140125;RO=61;SAF=22;SAR=26;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490607;STB=0.527444;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0211781;OID=.;OPOS=111098226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:48:48:0.440367:26:22:25:36:26:22:25:36 chr13 111102042 . G A 331.31 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00120228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.635;QD=15.9669;RBI=0.003818;REFB=-0.022912;REVB=-0.00362376;RO=46;SAF=17;SAR=19;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178445;STB=0.605119;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0121796;OID=.;OPOS=111102042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:46:47:36:36:0.433735:19:17:30:16:19:17:31:16 chr13 111102126 . C T 161.69 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00265846;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.151;QD=11.9767;RBI=0.00570542;REFB=-0.00219113;REVB=-0.00504821;RO=34;SAF=4;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493715;STB=0.787585;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00289572;OID=.;OPOS=111102126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:34:34:20:20:0.37037:16:4:22:12:16:4:22:12 chr13 111109157 . G A 208.36 PASS AF=0.38806;AO=23;DP=64;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0215101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.831;QD=12.4392;RBI=0.0447154;REFB=-0.0184469;REVB=0.0392018;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181086;STB=0.590098;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0138447;OID=.;OPOS=111109157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:41:41:23:26:0.38806:12:11:13:28:14:12:13:28 chr13 111109618 . G C 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0265757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.85;QD=13.5748;RBI=0.0445969;REFB=-0.0188267;REVB=0.0358136;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385393;STB=0.522578;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.024558;OID=.;OPOS=111109618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:8:11:8:5:8:11 chr13 111109670 . A C 227.13 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00414154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.774;QD=11.3564;RBI=0.0268874;REFB=-0.0169744;REVB=-0.0265665;RO=52;SAF=12;SAR=16;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806618;STB=0.546729;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0275156;OID=.;OPOS=111109670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:16:12:26:26:16:12:26:26 chr13 111109859 . A G 264.52 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0221691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0302;QD=12.9035;RBI=0.0304126;REFB=-0.000920947;REVB=-0.0208196;RO=50;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166129;STB=0.6012;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000190914;OID=.;OPOS=111109859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:51:31:31:0.378049:12:19:23:27:12:19:23:28 chr13 111111173 . G A 534.79 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0151075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.201;QD=23.5071;RBI=0.0252671;REFB=-0.0104056;REVB=0.0202531;RO=41;SAF=17;SAR=33;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168515;STB=0.592776;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00873891;OID=.;OPOS=111111173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:33:17:22:19:33:17:22:19 chr13 111111235 . G A 469.28 PASS AF=0.611111;AO=43;DP=71;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0129796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.288;QD=26.0711;RBI=0.0180245;REFB=-0.0355216;REVB=0.0125066;RO=27;SAF=10;SAR=33;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29265;STB=0.65766;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0130822;OID=.;OPOS=111111235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:27:28:43:44:0.611111:33:10:16:11:34:10:16:12 chr13 111119396 . G C 238.73 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00699092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.856;QD=16.1849;RBI=0.0117734;REFB=-0.0276388;REVB=-0.00947314;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241713;STB=0.521057;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0360428;OID=.;OPOS=111119396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:27:27:0.457627:15:12:13:18:15:12:13:19 chr13 111134858 . T C 398.73 PASS AF=0.428571;AO=41;DP=97;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00989095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.933;QD=16.2746;RBI=0.00996239;REFB=-0.013958;REVB=0.00119095;RO=56;SAF=27;SAR=14;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169095;STB=0.584551;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0188267;OID=.;OPOS=111134858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:56:56:41:42:0.428571:14:27:28:28:15:27:28:28 chr13 111145633 . C T 350.06 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0283693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8367;QD=21.2158;RBI=0.0285865;REFB=-0.029584;REVB=-0.00351705;RO=29;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978004;STB=0.553541;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0194876;OID=.;OPOS=111145633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:30:35:36:0.545455:21:14:15:14:21:15:16:14 chr13 111154058 . T A 704.31 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.408;QD=62.605;RBI=0.0175807;REFB=0;REVB=-0.0143237;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17106e-05;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr13 111154061 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.836;QD=62.9805;RBI=0.0206508;REFB=0;REVB=0.0202044;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51925e-05;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr13 111155773 . T C 824.76 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033834;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.24;QD=57.8775;RBI=0.0223576;REFB=0;REVB=0.0221001;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37125e-05;OID=.;OPOS=111155773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr13 111156499 . C T 1847.67 PASS AF=0.954198;AO=112;DP=118;FAO=125;FDP=131;FR=.;FRO=6;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.105422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2319;QD=56.4173;RBI=0.106461;REFB=0.0024439;REVB=-0.0148425;RO=6;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516917;STB=0.526312;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00213323;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:118:131:6:6:112:125:0.954198:52:60:0:6:54:71:0:6 chr13 111158874 . A G 780.61 PASS AF=1;AO=34;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333749;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5233;QD=56.7717;RBI=0.0337888;REFB=0;REVB=-0.0052729;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017327;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:34:55:1:21:13:0:0:23:32:0:0 chr13 111164614 . T C 351.69 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0109906;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.471;QD=13.0255;RBI=0.0114942;REFB=-0.000565833;REVB=-0.00336494;RO=64;SAF=17;SAR=25;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2159;STB=0.630374;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000910715;OID=.;OPOS=111164614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:64:66:42:42:0.388889:25:17:39:25:25:17:41:25 chr13 111176393 . A G 820.54 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.175;QD=56.5891;RBI=0.0330024;REFB=0;REVB=-0.0196562;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286427;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:27:27:0:0:30:28:0:0 chr13 111279844 . G A 253.48 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00136603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7085;QD=10.6727;RBI=0.0210259;REFB=-0.0125553;REVB=-0.0209815;RO=62;SAF=11;SAR=20;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134558;STB=0.579862;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0362432;OID=.;OPOS=111279844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:64:31:31:0.326316:20:11:29:33:20:11:30:34 chr13 111290630 . T C 158.24 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.00194373;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.494;QD=19.1805;RBI=0.028794;REFB=-0.0304263;REVB=0.0287283;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514168;STB=0.805273;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0195493;OID=.;OPOS=111290630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:11:12:11:11:0.333333:3:8:1:10:3:8:1:11 chr13 111290967 . T C 435.16 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00316402;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.855;QD=20.7218;RBI=0.0130053;REFB=-0.0150454;REVB=-0.0126145;RO=41;SAF=19;SAR=24;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244104;STB=0.513507;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.014884;OID=.;OPOS=111290967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:41:41:43:43:0.511905:24:19:17:24:24:19:17:24 chr13 111291044 . T C 1000.29 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00894745;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.133;QD=56.3546;RBI=0.0271291;REFB=-0.0572123;REVB=0.0256112;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.000191313;OID=.;OPOS=111291044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:0:2:69:69:0.971831:46:23:0:0:46:23:0:2 chr13 111293915 . T G 444.21 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0322126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6689;QD=16.4521;RBI=0.0519899;REFB=-0.0136937;REVB=0.0408081;RO=58;SAF=23;SAR=26;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013027;STB=0.502843;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.018514;OID=.;OPOS=111293915;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:59:49:49:0.453704:26:23:28:30:26:23:28:31 chr13 111298392 . A G 1027.69 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.9183;QD=57.8981;RBI=0.0266425;REFB=-0.0167733;REVB=-0.0123391;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=5.47974e-05;OID=.;OPOS=111298392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:35:35:0:0:35:35:1:0 chr13 111315405 . G A 267.21 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.105935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1723;QD=42.7539;RBI=0.106701;REFB=0.00408233;REVB=-0.0127583;RO=3;SAF=15;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839257;STB=0.545415;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00407537;OID=.;OPOS=111315405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:7:15:3:0:7:15:3:0 chr13 111319754 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107391;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.638;QD=61.2132;RBI=0.0107513;REFB=0;REVB=-0.00051163;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40215e-05;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr13 111358000 . T G 296.95 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00250231;FXX=0.0294074;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.732;QD=17.9971;RBI=0.0523228;REFB=-0.00923401;REVB=-0.0522629;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127246;OID=.;OPOS=111358000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:30:34:32:32:0.484848:16:16:17:13:16:16:17:17 chr13 111365104 . A G 426.75 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0267777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1192;QD=21.8847;RBI=0.0281958;REFB=-0.0417257;REVB=-0.00882954;RO=36;SAF=22;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112535;STB=0.562015;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0322348;OID=.;OPOS=111365104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:20:22:14:22:20:22:14:22 chr13 111367876 . G C 437.53 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=0.00156301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=329.39;QD=16.6677;RBI=0.00328341;REFB=-0.00555386;REVB=-0.00288753;RO=56;SAF=28;SAR=20;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965609;STB=0.557381;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00672532;OID=.;OPOS=111367876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:57:48:48:0.457143:20:28:38:18:20:28:39:18 chr13 111368163 . CT C,CG 113.65 PASS AF=0.363636,0.636364;AO=4,7;DP=11;FAO=4,7;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000427503,-0.00576071;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.2483,91.5814;QD=41.3262;RBI=0.0332897,0.0384308;REFB=0,0;REVB=0.033287,0.0379965;RO=0;SAF=3,2;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00252658,0.00159089;OID=.,.;OPOS=111368164,111368164;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.363636,0.636364:4,7:11:4,7:11:0:3,2:1,5:0:0:21:0:3,2:1,5:0:0 chr13 111371958 . G A 183.01 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00448108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.357;QD=17.4291;RBI=0.0326664;REFB=-0.0261181;REVB=-0.0323576;RO=22;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35732;STB=0.718061;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0249411;OID=.;OPOS=111371958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:23:19:19:0.452381:4:15:10:12:4:15:10:13 chr13 111531885 . C A 957.66 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.71;QD=58.04;RBI=0.0124845;REFB=0;REVB=-0.00527839;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75149e-06;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:66:0:0:60:66:1:19:41:0:0:22:44:0:0 chr13 111532288 . G A 640.26 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00404077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.627;QD=20.6535;RBI=0.00479751;REFB=-0.0124249;REVB=0.00258618;RO=60;SAF=41;SAR=23;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14322;STB=0.57895;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0100591;OID=.;OPOS=111532288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:60:64:64:0.516129:23:41:29:31:23:41:29:31 chr13 111563052 . C T 640.88 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0283337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.179;QD=26.1583;RBI=0.0286288;REFB=-0.0187698;REVB=-0.00410031;RO=41;SAF=21;SAR=36;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570878;STB=0.531203;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0120885;OID=.;OPOS=111563052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:57:57:0.581633:36:21:18:23:36:21:18:23 chr13 111806245 . A G 591.2 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4768;QD=60.6359;RBI=0.0125881;REFB=0;REVB=0.00897775;RO=0;SAF=33;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372939;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:5:33:0:0:5:34:0:0 chr13 111870037 . T C 727.04 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252077;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.719;QD=57.0228;RBI=0.0640528;REFB=0;REVB=0.0588841;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454707;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr13 111980537 . C T 1713.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.613;QD=60.646;RBI=0.0260705;REFB=0;REVB=0.0197055;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88883e-05;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:55:58:0:0:55:58:0:0 chr13 111992247 . C A 257.75 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0621684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9544;QD=16.9014;RBI=0.0648194;REFB=-0.0117352;REVB=0.0183479;RO=32;SAF=21;SAR=8;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140785;STB=0.579443;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0200233;OID=.;OPOS=111992247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:8:21:19:13:8:21:19:13 chr13 112724861 . GA G,GG 178.88 PASS AF=0.785714,0.0892857;AO=25,5;DP=58;FAO=44,5;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=26,2;FSAR=18,3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.139638,0.102224;FXX=0.0508388;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=5.8592,23.0548;QD=12.7774;RBI=0.385639,0.253651;REFB=-0.140874,-0.104742;REVB=0.35947,0.232141;RO=20;SAF=16,2;SAR=9,3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.116599,-0.116554;STB=0.54263,0.571156;STBP=0.144,0.783;TYPE=del,snp;VARB=0.190219,-0.123093;OID=.,.;OPOS=112724862,112724862;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.785714,0.0892857:25,5:58:44,5:56:7:26,2:18,3:2:5:25:20:16,2:9,3:10:10 chr13 112725791 . G A 318.73 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0514861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5332;QD=26.561;RBI=0.0572435;REFB=0.0131318;REVB=-0.02502;RO=20;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645617;STB=0.535689;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.0265545;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:13:15:9:11:13:15:9:11 chr13 113052388 . A G 311.32 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0115897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.237;QD=18.868;RBI=0.0127234;REFB=-0.00718801;REVB=0.00525;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00669653;OID=.;OPOS=113052388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:17:16:16:16:17:16:16:17 chr13 113053470 . T A 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0153799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.943;QD=21.6113;RBI=0.0170464;REFB=-0.0174043;REVB=0.0073511;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150974;STB=0.508467;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0259363;OID=.;OPOS=113053470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:9:15:14:9:9:15:14:9 chr13 113479820 . A G 1365.85 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00547056;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.448;QD=61.3865;RBI=0.00547059;REFB=-0.0742715;REVB=1.85038e-05;RO=1;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116996;STB=0.506171;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000582331;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:88:88:0.988764:40:48:0:1:40:48:0:1 chr13 113496630 . AT AC,CA 53.69 PASS AF=0.115385,0.0384615;AO=9,3;DP=79;FAO=9,3;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=1,1;FSAR=8,2;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.00491417,-0.023274;FXX=0.0126566;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=125.275,83.6613;QD=2.75338;RBI=0.082823,0.0868964;REFB=0.00143008,0.00658681;REVB=-0.0826771,-0.0837216;RO=60;SAF=1,1;SAR=8,2;SRF=44;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.662213,-0.35592;STB=0.922297,0.787891;STBP=0.025,0.473;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.158981,0.0211652;OID=.,.;OPOS=113496631,113496630;OREF=T,AT;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:79:78:60:66:9,3:9,3:0.115385,0.0384615:8,2:1,1:44:16:8,2:1,1:44:22 chr13 113508839 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4417;QD=61.6836;RBI=0.0391106;REFB=0;REVB=0.0339187;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156362;OID=.;OPOS=113508839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr13 113527967 . G A 106.02 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00261545;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8113;QD=10.8738;RBI=0.0512279;REFB=-0.0070288;REVB=0.0511611;RO=26;SAF=1;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.598347;STB=0.869777;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00941394;OID=.;OPOS=113527967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:26:26:13:13:0.333333:12:1:13:13:12:1:13:13 chr13 113536132 . T C 457.74 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.587;QD=55.4842;RBI=0.0193005;REFB=0;REVB=-0.00615886;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235969;OID=.;OPOS=113536132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:23:7:0:0:26:7:0:0 chr13 113622956 . C A 108.6 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0245996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.429;QD=14.013;RBI=0.0310862;REFB=-0.0176526;REVB=0.0190056;RO=17;SAF=1;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.593217;STB=0.867733;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0170318;OID=.;OPOS=113622956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:12:1:9:8:12:1:10:8 chr13 113656216 . C T 567.97 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00326968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.436;QD=24.9657;RBI=0.0162556;REFB=-0.0427878;REVB=-0.0159234;RO=38;SAF=19;SAR=33;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242337;STB=0.520497;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0274326;OID=.;OPOS=113656216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:38:39:52:52:0.571429:33:19:15:23:33:19:16:23 chr13 113720476 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8352;QD=51.1843;RBI=0.0367791;REFB=0;REVB=0.0359118;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835244;OID=.;OPOS=113720476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr13 113728781 . G A 2733.78 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000793809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.037;QD=62.4865;RBI=0.0191393;REFB=0;REVB=0.0191228;RO=0;SAF=70;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70784e-05;OID=.;OPOS=113728781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:105:70:0:0:105:70:0:0 chr13 113747070 . A C 232.01 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0408059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.187;QD=14.7309;RBI=0.0410508;REFB=0.00397482;REVB=-0.00447741;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217077;STB=0.505464;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00644713;OID=.;OPOS=113747070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:36:27:27:0.428571:11:16:20:15:11:16:21:15 chr13 113747124 . A G 972.83 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.182;QD=58.9593;RBI=0.0224936;REFB=0;REVB=0.00883447;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73695e-05;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:28:38:0:0 chr13 113747135 . T C 817.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4916;QD=57.3508;RBI=0.0622666;REFB=0;REVB=0.0434133;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09394e-05;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:24:33:0:0 chr13 113792754 . T C 571.58 PASS AF=0.851852;AO=46;DP=54;FAO=46;FDP=54;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00626301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.518;QD=42.3395;RBI=0.0209241;REFB=-0.168468;REVB=0.0199648;RO=7;SAF=30;SAR=16;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132411;STB=0.563112;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00119388;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:54:54:7:8:46:46:0.851852:16:30:1:6:16:30:2:6 chr13 113801737 . C T 535.43 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00376948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.742;QD=20.0161;RBI=0.00806438;REFB=-0.0118095;REVB=0.00712918;RO=52;SAF=24;SAR=31;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056515;STB=0.531174;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0112116;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:52:55:55:0.514019:31:24:26:26:31:24:26:26 chr13 113812962 . G A 300.23 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00960721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.492;QD=24.5086;RBI=0.100377;REFB=-0.0326232;REVB=0.0999162;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036913;STB=0.52049;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0207561;OID=.;OPOS=113812962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:16:11:8:14:16:11:8:14 chr13 113818900 . A G 1539.28 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2592;QD=58.6392;RBI=0.016833;REFB=-0.0815067;REVB=0.0119597;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000955906;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:103:104:0.990476:55:48:0:0:55:49:0:1 chr13 113897320 . C T 551.71 PASS AF=0.423841;AO=61;DP=152;FAO=64;FDP=151;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.0160131;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.878;QD=14.6149;RBI=0.0216875;REFB=-0.0171501;REVB=0.0146262;RO=82;SAF=30;SAR=31;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208799;STB=0.507562;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0238936;OID=.;OPOS=113897320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:82:87:61:64:0.423841:31:30:42:40:31:33:46:41 chr13 113909339 . A G 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00615295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.144;QD=20.7505;RBI=0.00910232;REFB=-0.0233888;REVB=-0.00670771;RO=38;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980251;STB=0.55428;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0196651;OID=.;OPOS=113909339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:24:17:20:18:24:17:20:18 chr13 113965176 . C A 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00534287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.847;QD=49.3981;RBI=0.0302792;REFB=0.0631382;REVB=0.0298041;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370176;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000605453;OID=.;OPOS=113965176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:12:11:0:1:12:11:0:1 chr13 114083316 . C T 270.44 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0152389;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.947;QD=16.6426;RBI=0.0215255;REFB=-0.0154182;REVB=0.0152027;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326598;STB=0.518351;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0252239;OID=.;OPOS=114083316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:35:30:30:0.461538:13:17:21:14:13:17:21:14 chr13 114112371 . G T 254.14 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00538203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.731;QD=22.0991;RBI=0.0122583;REFB=-0.0147004;REVB=0.0110136;RO=22;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186198;STB=0.604308;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0109623;OID=.;OPOS=114112371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:15:9:13:9:15:9:13:9 chr13 114288353 . C T 30.49 PASS AF=0.0789474;AO=9;DP=114;FAO=9;FDP=114;FR=.;FRO=105;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=-0.0186729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.568;QD=1.06988;RBI=0.0239547;REFB=-0.00130084;REVB=-0.0150049;RO=105;SAF=4;SAR=5;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141659;STB=0.511785;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.023093;OID=.;OPOS=114288353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:114:114:105:105:9:9:0.0789474:5:4:48:57:5:4:48:57 chr13 114309226 . G A 707.24 PASS AF=0.61;AO=61;DP=100;FAO=61;FDP=100;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0345445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.492;QD=28.2896;RBI=0.0392779;REFB=-0.0372773;REVB=-0.0186931;RO=38;SAF=33;SAR=28;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122122;STB=0.570261;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0205137;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:38:39:61:61:0.61:28:33:27:11:28:33:28:11 chr13 114312354 . T G 707.05 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.3;QD=62.849;RBI=0.0272235;REFB=0;REVB=0.00542354;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07203e-05;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:20:25:0:0 chr13 114322288 . TA GG,GT,TG 809.92 PASS AF=0.0172414,0,0.982759;AO=3,2,48;DP=57;FAO=1,0,57;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,40;FSAR=0,0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101413,0.00517996,0.00384556;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=135.584,93.8903,142.245;QD=55.8563;RBI=0.0125327,0.0697817,0.0932662;REFB=0,0,0;REVB=0.00736352,0.0695891,0.0931868;RO=0;SAF=2,0,35;SAR=1,2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,5.61818e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=-0.00587868,0,0.00136327;OID=.,.,.;OPOS=114322288,114322288,114322289;OREF=TA,TA,A;OALT=GG,GT,G;OMAPALT=GG,GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:4:57:58:0:0:3,2,48:1,0,57:0.0172414,0,0.982759:1,2,13:2,0,35:0:0:0,0,17:1,0,40:0:0 chr13 114507965 . C T 621.15 PASS AF=0.611111;AO=55;DP=90;FAO=55;FDP=90;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.00507399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.941;QD=27.6065;RBI=0.0103184;REFB=-0.0260097;REVB=-0.0089846;RO=35;SAF=22;SAR=33;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154515;STB=0.583703;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0187445;OID=.;OPOS=114507965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:35:35:55:55:0.611111:33:22:7:28:33:22:7:28 chr13 114514771 . C A 530.07 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.000298289;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.587;QD=22.5562;RBI=0.00280508;REFB=-0.0213441;REVB=-0.00278917;RO=42;SAF=16;SAR=34;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140243;STB=0.568745;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.015818;OID=.;OPOS=114514771;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:44:50:50:0.531915:34:16:20:22:34:16:20:24 chr13 114524944 . A G 2263.5 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333708;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.506;QD=62.8749;RBI=0.039407;REFB=-0.0365399;REVB=0.0209595;RO=0;SAF=72;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=6.24583e-05;OID=.;OPOS=114524944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:144:0:1:142:143:0.993056:70:72:0:0:71:72:0:1 chr13 114530114 . G A 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0223849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.026;QD=14.7404;RBI=0.024661;REFB=-0.00822442;REVB=-0.0103482;RO=41;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120416;STB=0.568179;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0166872;OID=.;OPOS=114530114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:14:16:17:24:14:16:17:24 chr13 114531565 . C G 253.62 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0492668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6724;QD=17.4911;RBI=0.0568105;REFB=0.00334134;REVB=-0.0282882;RO=30;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166925;STB=0.59384;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00197584;OID=.;OPOS=114531565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:10:18:14:16:10:18:14:16 chr13 114623880 . G A 276.76 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0489061;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.142;QD=18.1483;RBI=0.048934;REFB=0.00434197;REVB=0.00165375;RO=31;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110197;STB=0.561322;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00325687;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:31:30:30:0.491803:19:11:8:23:19:11:8:23 chr13 114747187 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.429;QD=58.1409;RBI=0.0436638;REFB=0;REVB=-0.00224121;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000659043;OID=.;OPOS=114747187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr13 114780764 . A G 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00327509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.285;QD=14.8587;RBI=0.0210599;REFB=-0.0150723;REVB=-0.0208037;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113398;STB=0.564181;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0213743;OID=.;OPOS=114780764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:18:15:26:20:18:15:26:20 chr14 19378030 . T A 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.021882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.118;QD=28.2257;RBI=0.0225172;REFB=-0.0239244;REVB=-0.00531024;RO=4;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139102;STB=0.57681;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00917643;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:1:11:4:0:1:11:4:0 chr14 19562052 . T A 770.62 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00820402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.15;QD=55.0446;RBI=0.00822012;REFB=0.0352057;REVB=-0.000514298;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184775;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000488967;OID=.;OPOS=19562052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:29:25:1:0:30:25:1:0 chr14 19687360 . T A 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0523681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4016;QD=16.896;RBI=0.0604173;REFB=-0.0390381;REVB=0.0301304;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415892;STB=0.743659;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0349667;OID=.;OPOS=19687360;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:8:2:6:3:8:2:6:3 chr14 20002286 . A G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=0.00134391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.934;QD=14.6982;RBI=0.0045765;REFB=-0.00519727;REVB=0.00437473;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418618;STB=0.73262;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00966515;OID=.;OPOS=20002286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:10:6:1:22:10:6:1:22 chr14 20216298 . T C 3917.15 PASS AF=0.992248;AO=255;DP=258;FAO=256;FDP=258;FR=.;FRO=2;FSAF=121;FSAR=135;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00171183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8178;QD=60.7311;RBI=0.0312223;REFB=-0.0606396;REVB=0.0311753;RO=3;SAF=120;SAR=135;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117664;STB=0.504098;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000809534;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:258:258:3:2:255:256:0.992248:135:120:3:0:135:121:2:0 chr14 20248828 . C T 414.79 PASS AF=0.242424;AO=64;DP=264;FAO=64;FDP=264;FR=.;FRO=200;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=97;FSRR=103;FWDB=0.00161454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.104;QD=6.28462;RBI=0.00202938;REFB=-0.00811164;REVB=-0.0012295;RO=200;SAF=35;SAR=29;SRF=97;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781039;STB=0.54686;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0271353;OID=.;OPOS=20248828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:200:200:64:64:0.242424:29:35:97:103:29:35:97:103 chr14 20249176 . G A 247.02 PASS AF=0.188841;AO=44;DP=233;FAO=44;FDP=233;FR=.;FRO=189;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=105;FSRR=84;FWDB=-0.0213641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.663;QD=4.24062;RBI=0.0213658;REFB=0.000295847;REVB=0.000268362;RO=189;SAF=16;SAR=28;SRF=105;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245259;STB=0.653985;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00133017;OID=.;OPOS=20249176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:189:189:44:44:0.188841:28:16:105:84:28:16:105:84 chr14 20295834 . T C 2510.11 PASS AF=0.694915;AO=202;DP=294;FAO=205;FDP=295;FR=.;FRO=90;FSAF=80;FSAR=125;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.00245652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.111;QD=34.0354;RBI=0.017607;REFB=-0.00834129;REVB=0.0174348;RO=90;SAF=79;SAR=123;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778293;STB=0.541528;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00326666;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:295:90:90:202:205:0.694915:123:79:47:43:125:80:47:43 chr14 20403909 . T C 2432.6 PASS AF=0.86;AO=172;DP=200;FAO=172;FDP=200;FR=.;FRO=28;FSAF=75;FSAR=97;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0286466;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=185.044;QD=48.652;RBI=0.0328347;REFB=-0.175583;REVB=0.0160466;RO=10;SAF=75;SAR=97;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382698;STB=0.526657;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00180578;OID=.;OPOS=20403909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:10:28:172:172:0.86:97:75:4:6:97:75:7:21 chr14 20404736 . G A 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.735;QD=60.0291;RBI=0.0261483;REFB=0;REVB=-0.0046324;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05013e-05;OID=.;OPOS=20404736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr14 20404767 . A G 868.11 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.425;QD=57.8739;RBI=0.0279962;REFB=0;REVB=0.00167348;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93668e-05;OID=.;OPOS=20404767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:30:30:0:0 chr14 20444490 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.455;QD=60.0309;RBI=0.030752;REFB=0;REVB=0.0187806;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88154e-05;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr14 20470737 . G A 1953.63 PASS AF=0.969925;AO=129;DP=133;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0139365;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.103;QD=58.7559;RBI=0.0415124;REFB=-0.171062;REVB=0.0391031;RO=4;SAF=53;SAR=76;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525316;STB=0.502766;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.000626223;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:133:133:4:4:129:129:0.969925:76:53:2:2:76:53:2:2 chr14 20470903 . T C 1573.52 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.857;QD=58.8233;RBI=0.0112899;REFB=-0.0893147;REVB=0.00519589;RO=0;SAF=42;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79622e-08;STB=0.505881;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=3.45701e-06;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:106:106:0.990654:64:42:0:0:64:42:1:0 chr14 20482471 . C T 191.35 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.557;QD=47.8378;RBI=0.0309148;REFB=0;REVB=0.0276503;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210568;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:9:7:0:0 chr14 20502120 . C T 177.29 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0496284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.962;QD=12.227;RBI=0.0498566;REFB=-0.00895717;REVB=0.00476462;RO=36;SAF=5;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299436;STB=0.674918;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.017761;OID=.;OPOS=20502120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:17:5:17:19:17:5:17:19 chr14 20528207 . G A 686.4 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9957;QD=62.3999;RBI=0.137988;REFB=0;REVB=0.0289919;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254408;OID=.;OPOS=20528207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:38:44:1:18:20:1:0:18:26:0:0 chr14 20528321 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.664;QD=56.7045;RBI=0.0158078;REFB=0;REVB=0.0156049;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126274;OID=.;OPOS=20528321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr14 20528359 . G T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5169;QD=49.599;RBI=0.0450002;REFB=0;REVB=0.013063;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015471;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr14 20528362 . A G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.531;QD=41.8678;RBI=0.0190911;REFB=0.0281169;REVB=0.0022491;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.000454176;OID=.;OPOS=20528362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:0:1:6:9:0:1 chr14 20528448 . TCATAGATTTGCTCACTGAC T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005538;FXX=0;HRUN=1;LEN=19;MLLD=725.859;QD=45.8068;RBI=0.00859995;REFB=0;REVB=-0.00657949;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.67844e-05;OID=.;OPOS=20528449;OREF=CATAGATTTGCTCACTGAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:14:14:14:0:9:5:0:0:4:0:9:5:0:0 chr14 20528505 . T A 575.85 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.946;QD=60.616;RBI=0.0324004;REFB=0;REVB=0.0319829;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201981;OID=.;OPOS=20528505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr14 20528528 . G A 601.56 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0506773;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.722;QD=58.6891;RBI=0.0509129;REFB=-0.164789;REVB=-0.00489222;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000363836;OID=.;OPOS=20528528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:24:16:0:0:24:16:1:0 chr14 20529019 . C T 1609.01 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.361;QD=59.5928;RBI=0.0230766;REFB=0;REVB=0.00125834;RO=1;SAF=43;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109096;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17748e-05;OID=.;OPOS=20529019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:1:0:107:108:1:64:43:1:0:64:44:0:0 chr14 20529043 . C G 1250.28 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924564;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6731;QD=61.7424;RBI=0.0947416;REFB=0;REVB=0.020683;RO=0;SAF=29;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643024;OID=.;OPOS=20529043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:52:29:0:0:52:29:0:0 chr14 20586432 . C T 357.33 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00131969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.078;QD=16.8154;RBI=0.00162228;REFB=-0.0104104;REVB=0.000943514;RO=47;SAF=23;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741676;STB=0.541671;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0145933;OID=.;OPOS=20586432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:15:23:25:22:15:23:25:22 chr14 20612158 . G A 514.02 PASS AF=0.490909;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.00782751;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.597;QD=18.6918;RBI=0.0127266;REFB=-0.0238117;REVB=0.0100348;RO=58;SAF=22;SAR=31;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863852;STB=0.564889;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0205;OID=.;OPOS=20612158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:58:56:53:54:0.490909:31:22:19:39:31:23:17:39 chr14 20612267 . G A 417.47 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.00236737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2603;QD=15.4618;RBI=0.0041154;REFB=-0.0085234;REVB=-0.00336632;RO=60;SAF=26;SAR=21;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233788;STB=0.634092;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00613934;OID=.;OPOS=20612267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:61:47:47:0.435185:21:26:19:41:21:26:19:42 chr14 20612290 . T C 490.18 PASS AF=0.464912;AO=52;DP=113;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00328726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.109;QD=17.1994;RBI=0.0174648;REFB=-0.00407028;REVB=-0.0171527;RO=61;SAF=32;SAR=20;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244589;STB=0.628636;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00657257;OID=.;OPOS=20612290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:61:61:52:53:0.464912:20:32:22:39:21:32:22:39 chr14 20612465 . A G 349.25 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0141941;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.595;QD=17.2468;RBI=0.0150267;REFB=-0.00942663;REVB=0.00493244;RO=44;SAF=17;SAR=19;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20414;STB=0.619174;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.013133;OID=.;OPOS=20612465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:44:36:37:0.45679:19:17:30:14:20:17:30:14 chr14 20612595 . G C 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0144271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.135;QD=17.9427;RBI=0.014567;REFB=-0.0129833;REVB=-0.00201426;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645329;STB=0.543695;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0133896;OID=.;OPOS=20612595;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:13:15:17:11:13:15:18:11 chr14 20612605 . T C 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00966651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.414;QD=19.4206;RBI=0.0133642;REFB=-0.0191434;REVB=-0.00922819;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358835;STB=0.519986;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0163614;OID=.;OPOS=20612605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:13:16:16:11:13:16:16:11 chr14 20612672 . T C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0260686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9721;QD=20.4856;RBI=0.0267877;REFB=-0.0213899;REVB=0.00616503;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518451;STB=0.52937;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0298203;OID=.;OPOS=20612672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:7:4:6:8:7:4 chr14 20665790 . T A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00918853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.612;QD=11.9535;RBI=0.00940962;REFB=-0.0129667;REVB=0.00202774;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224141;STB=0.635998;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0148469;OID=.;OPOS=20665790;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:6:5:2:6:6:5 chr14 20665840 . G A 227.12 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00648758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5586;QD=45.4245;RBI=0.00649262;REFB=-0.0121756;REVB=-0.000255764;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340316;STB=0.517223;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00498426;OID=.;OPOS=20665840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:5:13:1:0:5:14:1:0 chr14 20665887 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.52;QD=58.1419;RBI=0.013693;REFB=0;REVB=-0.0112916;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08148e-05;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr14 20692188 . T C 106.92 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0291894;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.041;QD=10.9664;RBI=0.0374636;REFB=-0.0211429;REVB=0.0234841;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151147;STB=0.563016;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0449562;OID=.;OPOS=20692188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:9:4:5:20:9:4:6:20 chr14 20692291 . C T 663.78 PASS AF=0.655172;AO=57;DP=87;FAO=57;FDP=87;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0200558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.078;QD=30.5186;RBI=0.0231064;REFB=-0.0247229;REVB=-0.0114747;RO=30;SAF=31;SAR=26;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914767;STB=0.549539;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0139918;OID=.;OPOS=20692291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:30:30:57:57:0.655172:26:31:12:18:26:31:12:18 chr14 20692453 . G T 439.81 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.0644926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8188;QD=17.418;RBI=0.0684957;REFB=0.0095735;REVB=-0.0230731;RO=54;SAF=24;SAR=23;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223551;STB=0.62385;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0117342;OID=.;OPOS=20692453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:23:24:15:39:23:24:15:39 chr14 20692574 . T C 441.38 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0263503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.891;QD=25.2217;RBI=0.0264154;REFB=-0.0276403;REVB=-0.00185434;RO=28;SAF=25;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071078;STB=0.538924;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0191462;OID=.;OPOS=20692574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:17:25:14:14:17:25:14:14 chr14 20692643 . T C 272.32 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00721409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.563;QD=17.2902;RBI=0.00844666;REFB=-0.0106538;REVB=0.00439351;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966765;STB=0.554019;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0232108;OID=.;OPOS=20692643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:18:12:10:23:18:12:10:23 chr14 20697600 . T G 341.44 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0130149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4737;QD=13.3898;RBI=0.0296471;REFB=-0.0137041;REVB=-0.0266376;RO=62;SAF=25;SAR=15;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119786;STB=0.568147;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0271101;OID=.;OPOS=20697600;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:15:25:32:30:15:25:32:30 chr14 20698068 . G T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0523351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5144;QD=10.0751;RBI=0.115792;REFB=-0.00810295;REVB=-0.10329;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212868;STB=0.631226;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00193469;OID=.;OPOS=20698068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:6:8:6:2:6:8 chr14 20698239 . T C 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00483039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.041;QD=20.156;RBI=0.0312205;REFB=0.00918164;REVB=-0.0308446;RO=25;SAF=7;SAR=21;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331701;STB=0.518505;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0119053;OID=.;OPOS=20698239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:21:7:7:18:21:7:7:18 chr14 20698298 . T G 350.09 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0632004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4308;QD=28.0074;RBI=0.0683725;REFB=-0.0310284;REVB=-0.0260865;RO=19;SAF=5;SAR=25;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257655;STB=0.637151;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0347565;OID=.;OPOS=20698298;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:20:30:30:0.6:25:5:8:11:25:5:8:12 chr14 20764585 . A C 434.45 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=0.00221549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8902;QD=18.2927;RBI=0.00238764;REFB=-0.0334701;REVB=-0.000890181;RO=51;SAF=14;SAR=30;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958902;STB=0.553242;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0265981;OID=.;OPOS=20764585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:30:14:12:39:30:14:12:39 chr14 20770036 . T C 461.2 PASS AF=0.517241;AO=44;DP=89;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00512595;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.773;QD=21.2046;RBI=0.0135115;REFB=-0.0161856;REVB=0.0125014;RO=42;SAF=18;SAR=26;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177033;STB=0.503137;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0119951;OID=.;OPOS=20770036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:42:42:44:45:0.517241:26:18:18:24:26:19:18:24 chr14 20784718 . G T 173.0 PASS AF=0.68;AO=16;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00678758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.776;QD=27.6795;RBI=0.0473678;REFB=-0.0823063;REVB=0.0468789;RO=8;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381514;STB=0.53077;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0194746;OID=.;OPOS=20784718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:16:17:0.68:7:9:5:3:8:9:5:3 chr14 20811332 . C T 1452.45 PASS AF=0.563025;AO=134;DP=239;FAO=134;FDP=238;FR=.;FRO=104;FSAF=46;FSAR=88;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=0.0203448;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.937;QD=24.4109;RBI=0.0210455;REFB=-0.0122697;REVB=-0.00538528;RO=104;SAF=46;SAR=88;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125308;STB=0.568223;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00908012;OID=.;OPOS=20811332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:104:104:134:134:0.563025:88:46:51:53:88:46:51:53 chr14 20815013 . C T 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.016853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.795;QD=25.2873;RBI=0.0175021;REFB=-0.0183246;REVB=0.00472192;RO=9;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146799;STB=0.581988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0121086;OID=.;OPOS=20815013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:7:9:3:6:7:9:3:6 chr14 20824181 . T C 209.71 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0277535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.557;QD=18.6412;RBI=0.0279358;REFB=-0.0137767;REVB=-0.00318591;RO=24;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273527;STB=0.657291;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0248266;OID=.;OPOS=20824181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:17:4:10:14:17:4:10:14 chr14 20825321 . T TTTCAC 228.7 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0285896;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=5;MLLD=268.773;QD=13.8605;RBI=0.0287435;REFB=-0.0134888;REVB=0.00297101;RO=40;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108572;STB=0.559493;STBP=0.488;TYPE=ins;VARB=0.0165456;OID=.;OPOS=20825322;OREF=-;OALT=TTCAC;OMAPALT=TTTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:26:68:27:66:39:8:19:15:24:99:40:8:18:16:24 chr14 20825323 . T G 227.14 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0161645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.721;QD=13.5608;RBI=0.0206494;REFB=-0.00463774;REVB=0.0128494;RO=37;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648762;STB=0.569946;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00505878;OID=.;OPOS=20825323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:40:27:27:0.402985:19:8:13:24:19:8:16:24 chr14 20852029 . A G 95.68 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0260809;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.703;QD=10.0718;RBI=0.0276361;REFB=-0.0130639;REVB=-0.0091401;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197424;STB=0.592434;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0223689;OID=.;OPOS=20852029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:40:38:28:26:12:12:0.315789:8:4:14:14:8:4:12:14 chr14 20852817 . G A 435.88 PASS AF=0.66129;AO=40;DP=63;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0275974;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.639;QD=28.1211;RBI=0.0284488;REFB=-0.0363116;REVB=0.00690801;RO=21;SAF=32;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293199;STB=0.662562;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.014139;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:21:21:40:41:0.66129:8:32:9:12:8:33:9:12 chr14 20854734 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.433;QD=59.8557;RBI=0.0153158;REFB=0;REVB=0.00889569;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43661e-06;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr14 20859800 . A T 330.4 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00907793;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9669;QD=17.8596;RBI=0.00993863;REFB=-0.0337227;REVB=0.00404569;RO=38;SAF=10;SAR=24;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185365;STB=0.616951;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0323947;OID=.;OPOS=20859800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:34:35:0.472973:24:10:18:20:25:10:19:20 chr14 20872881 . G T 231.68 PASS AF=0.45;AO=25;DP=58;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00475961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.548;QD=15.4455;RBI=0.0176135;REFB=-0.00651283;REVB=0.0169582;RO=33;SAF=5;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337107;STB=0.669428;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.009895;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:33:33:25:27:0.45:20:5:16:17:21:6:16:17 chr14 20897064 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.222;QD=53.9106;RBI=0.0382275;REFB=0;REVB=-0.0121157;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231477;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr14 20897676 . T C 708.53 PASS AF=0.548387;AO=64;DP=120;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.000119362;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.83;QD=22.8559;RBI=0.0276347;REFB=-0.0327886;REVB=0.0276345;RO=56;SAF=28;SAR=36;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232128;STB=0.520627;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0274951;OID=.;OPOS=20897676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:124:56:56:64:68:0.548387:36:28:23:33:37:31:23:33 chr14 20898058 . G C 166.77 PASS AF=0.392157;AO=17;DP=48;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0383796;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.9985;QD=13.0799;RBI=0.0483697;REFB=-0.0736424;REVB=0.0294387;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157825;STB=0.579401;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0680967;OID=.;OPOS=20898058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:25:31:17:20:0.392157:9:8:8:17:11:9:10:21 chr14 20898308 . C T 288.7 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0174775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.086;QD=32.0772;RBI=0.0174932;REFB=-0.0162567;REVB=-0.000740409;RO=9;SAF=10;SAR=15;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917045;STB=0.511619;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0086718;OID=.;OPOS=20898308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:9:11:25:25:0.694444:15:10:2:7:15:10:4:7 chr14 20916249 . T C 243.36 PASS AF=0.625;AO=20;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0346607;FXX=0.0243843;HRUN=6;LEN=1;MLLD=99.5074;QD=24.3361;RBI=0.0346727;REFB=-0.0688147;REVB=-0.000910609;RO=9;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106858;STB=0.555288;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0412439;OID=.;OPOS=20916249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:9:15:20:25:0.625:8:12:7:2:12:13:10:5 chr14 20916958 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.171;QD=60.6093;RBI=0.0266807;REFB=0;REVB=0.0241997;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177464;OID=.;OPOS=20916958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr14 20920250 . T C 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0151393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.948;QD=54.9955;RBI=0.0164906;REFB=-0.0480469;REVB=-0.00653779;RO=2;SAF=15;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584216;STB=0.531233;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00889572;OID=.;OPOS=20920250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:22:15:2:0:22:15:2:0 chr14 20925851 . TTAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TTAAAAAAAA,TTAAAAAAAAT 82.43 PASS AF=0.22,0.24,0.1;AO=10,10,3;DP=54;FAO=11,12,5;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=4,4,5;FSAR=7,8,0;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.262346,-0.27484,-0.295753;FXX=0.0908926;HRUN=6,9,9;LEN=2,1,1;MLLD=12.0392,5.92644,15.0517;QD=6.59445;RBI=0.262685,0.346058,0.316333;REFB=0.00229203,-0.103901,-0.0489064;REVB=0.0133271,0.210284,0.112236;RO=16;SAF=5,3,3;SAR=5,7,0;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0.368071,0,0;SSSB=0.329711,0.14995,0.745916;STB=0.532104,0.553101,0.99793;STBP=0.833,0.675,0.014;TYPE=del,del,snp;VARB=0.013746,0.169802,-0.129041;OID=.,.,.;OPOS=20925852,20925853,20925861;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAA,TTAAAAAAAA,TTAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22,0.24,0.1:10,10,3:54:11,12,5:50:22:4,4,5:7,8,0:9:13:33:16:5,3,3:5,7,0:3:13 chr14 20940515 . C T 357.14 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00431866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.873;QD=26.9542;RBI=0.00432306;REFB=-0.0131615;REVB=0.000195004;RO=18;SAF=21;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411622;STB=0.534084;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0109161;OID=.;OPOS=20940515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:19:34:34:0.641509:13:21:10:8:13:21:10:9 chr14 20940606 . G A 601.04 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00277704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.771;QD=21.6592;RBI=0.0465964;REFB=0.00120565;REVB=-0.0465135;RO=51;SAF=34;SAR=26;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315968;STB=0.51734;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.000818395;OID=.;OPOS=20940606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:51:51:60:60:0.540541:26:34:27:24:26:34:27:24 chr14 20940626 . C T 651.19 PASS AF=0.511811;AO=65;DP=127;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00176493;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.476;QD=20.51;RBI=0.00512875;REFB=-0.00879184;REVB=-0.0048155;RO=61;SAF=34;SAR=31;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158006;STB=0.504492;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00775933;OID=.;OPOS=20940626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:62:65:65:0.511811:31:34:33:28:31:34:33:29 chr14 20942744 . A G 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0130612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.462;QD=19.7363;RBI=0.0188689;REFB=-0.00716364;REVB=-0.0136176;RO=36;SAF=18;SAR=20;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120106;STB=0.559409;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00794914;OID=.;OPOS=20942744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:37:38:38:0.506667:20:18:22:14:20:18:22:15 chr14 21024619 . A G 669.92 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0235249;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7091;QD=19.418;RBI=0.0523496;REFB=-0.00269051;REVB=-0.046766;RO=70;SAF=34;SAR=33;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597141;STB=0.536406;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00202018;OID=.;OPOS=21024619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:70:71:67:67:0.485507:33:34:31:39:33:34:31:40 chr14 21024786 . A G 781.37 PASS AF=0.503145;AO=80;DP=159;FAO=80;FDP=159;FR=.;FRO=79;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.00404969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.069;QD=19.6572;RBI=0.00449814;REFB=-0.0127908;REVB=0.00195787;RO=79;SAF=40;SAR=40;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857898;STB=0.547158;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0135587;OID=.;OPOS=21024786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:79:79:80:80:0.503145:40:40:32:47:40:40:32:47 chr14 21058902 . G A 493.73 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0414445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.171;QD=20.36;RBI=0.0432164;REFB=-0.0293304;REVB=-0.0122476;RO=47;SAF=22;SAR=26;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178574;STB=0.597407;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0311884;OID=.;OPOS=21058902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:49:48:48:0.494845:26:22:31:16:26:22:32:17 chr14 21081584 . G A 670.02 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0109651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.875;QD=23.1042;RBI=0.0134249;REFB=-9.73028e-05;REVB=0.00774552;RO=50;SAF=36;SAR=29;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906569;STB=0.55383;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=9.00169e-05;OID=.;OPOS=21081584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:50:51:65:65:0.560345:29:36:22:28:29:36:22:29 chr14 21081996 . C T 2405.84 PASS AF=0.981707;AO=160;DP=164;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0196504;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.283;QD=58.6791;RBI=0.0442249;REFB=-0.166057;REVB=0.0396195;RO=4;SAF=74;SAR=86;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216124;STB=0.508474;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000903322;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:164:164:4:3:160:161:0.981707:86:74:0:4:87:74:0:3 chr14 21099400 . G A 277.0 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0145869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.042;QD=13.5124;RBI=0.0191929;REFB=-0.0201531;REVB=-0.0124735;RO=50;SAF=12;SAR=20;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178195;STB=0.601788;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0276789;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:20:12:27:23:20:12:27:23 chr14 21101155 . C T 490.49 PASS AF=0.48;AO=47;DP=99;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0129041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.633;QD=19.6197;RBI=0.0129049;REFB=-0.0197695;REVB=0.000145674;RO=52;SAF=26;SAR=21;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865903;STB=0.55261;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0200318;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:52:47:48:0.48:21:26:24:28:21:27:24:28 chr14 21109141 . C T 769.34 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.452;QD=56.988;RBI=0.0440912;REFB=0;REVB=0.043774;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185148;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr14 21109170 . T A 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.254;QD=58.0604;RBI=0.0151736;REFB=0;REVB=-0.00940941;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45214e-05;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr14 21149930 . T C 1492.78 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00484301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.63;QD=58.5405;RBI=0.0181418;REFB=-0.0984262;REVB=0.0174835;RO=1;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083971;STB=0.504424;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000302271;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:101:101:0.990196:56:45:0:1:56:45:0:1 chr14 21151483 . T G 4951.57 PASS AF=1;AO=314;DP=317;FAO=318;FDP=318;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694356;FXX=0.0093455;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6653;QD=62.2839;RBI=0.0784271;REFB=-0.116392;REVB=0.0364624;RO=2;SAF=162;SAR=152;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00585201;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037786;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:317:318:2:0:314:318:1:152:162:2:0:155:163:0:0 chr14 21152167 . G C 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.911;QD=58.599;RBI=0.0530672;REFB=0;REVB=0.051121;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182536;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr14 21167576 . A T 215.96 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0409289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7634;QD=15.1552;RBI=0.0979883;REFB=-0.0379016;REVB=-0.089031;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565471;STB=0.501423;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0449017;OID=.;OPOS=21167576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:32:25:25:0.438596:11:14:14:14:11:14:18:14 chr14 21168055 . T C 429.59 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.00380577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.056;QD=14.5622;RBI=0.0040871;REFB=-0.00592224;REVB=0.00149013;RO=67;SAF=15;SAR=34;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158688;STB=0.600033;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0111357;OID=.;OPOS=21168055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:69:49:49:0.415254:34:15:30:37:34:15:32:37 chr14 21168084 . C T 310.89 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0557742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9096;QD=14.1311;RBI=0.0692665;REFB=-0.00278468;REVB=-0.0410742;RO=52;SAF=9;SAR=26;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280221;STB=0.666566;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00187901;OID=.;OPOS=21168084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:53:35:35:0.397727:26:9:26:26:26:9:27:26 chr14 21215997 . C T 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00137004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.365;QD=27.3083;RBI=0.00933007;REFB=-0.0250064;REVB=-0.00922894;RO=20;SAF=22;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102692;STB=0.556921;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0152397;OID=.;OPOS=21215997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:7:22:13:7:7:22:13:7 chr14 21216499 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=55;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.608;QD=59.3227;RBI=0.0155049;REFB=0;REVB=0.0141891;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76979e-05;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:55:68:1:30:25:0:0:42:26:0:0 chr14 21238318 . G A 240.39 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0191904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9606;QD=28.2815;RBI=0.0202812;REFB=-0.0370033;REVB=0.00656157;RO=12;SAF=5;SAR=17;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906623;STB=0.550312;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0146762;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:17:5:4:8:17:5:4:8 chr14 21238322 . C G 85.2 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0185255;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7403;QD=10.0237;RBI=0.0596761;REFB=-0.00612841;REVB=0.0567278;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168692;STB=0.510186;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00560317;OID=.;OPOS=21238322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:35:34:23:23:11:11:0.323529:8:3:6:17:8:3:6:17 chr14 21238767 . A G 236.24 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0048031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.831;QD=17.4994;RBI=0.0131501;REFB=-0.0113909;REVB=0.0122415;RO=28;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759229;STB=0.54274;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0120699;OID=.;OPOS=21238767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:16:10:13:15:16:10:13:15 chr14 21238862 . A G 247.6 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0358935;FXX=0.0447694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.378;QD=15.4749;RBI=0.0397307;REFB=-0.010227;REVB=0.0170347;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827955;STB=0.535604;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0148842;OID=.;OPOS=21238862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:64:35:36:28:28:0.4375:17:11:11:24:17:11:12:24 chr14 21239007 . A T 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.000878053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.967;QD=14.9201;RBI=0.00313103;REFB=-0.0110082;REVB=-0.00300539;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322349;STB=0.518259;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0186676;OID=.;OPOS=21239007;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:13:15:21:16:13:15:21:16 chr14 21239104 . G C 48.44 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0133059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.612;QD=12.9161;RBI=0.0386474;REFB=-0.0202674;REVB=0.0362847;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172968;STB=0.603481;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0199067;OID=.;OPOS=21239104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:5:3:4:3:5:3 chr14 21250124 . G A 150.39 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0208222;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.87;QD=27.3438;RBI=0.0256095;REFB=-0.0307002;REVB=0.0149091;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15898;STB=0.588125;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00898071;OID=.;OPOS=21250124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:22:7:7:15:15:0.681818:9:6:1:6:9:6:1:6 chr14 21250366 . T C 1532.57 PASS AF=0.981481;AO=102;DP=105;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0285269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7569;QD=56.7617;RBI=0.053855;REFB=-0.112114;REVB=0.0456791;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.507574;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00160334;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:108:0:2:102:106:0.981481:61:41:0:0:65:41:0:2 chr14 21360215 . AC A,AG 659.43 PASS AF=0.23913,0.76087;AO=10,36;DP=47;FAO=11,35;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=11,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339816,0.0324066;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.066,176.745;QD=57.3419;RBI=0.0617648,0.0791117;REFB=-0.0619526,-0.0356234;REVB=0.0515766,0.0721698;RO=1;SAF=0,24;SAR=10,12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0374036;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000791669,0.00111371;OID=.,.;OPOS=21360216,21360216;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.23913,0.76087:10,36:47:11,35:46:0:0,24:11,11:0:0:62:1:0,24:10,12:0:1 chr14 21387994 . A G 2182.97 PASS AF=0.972414;AO=141;DP=145;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00327707;FXX=0.0136045;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.653;QD=60.2198;RBI=0.0179623;REFB=-0.10435;REVB=-0.0176608;RO=4;SAF=60;SAR=81;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173447;STB=0.509128;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000290288;OID=.;OPOS=21387994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:145:145:4:4:141:141:0.972414:81:60:3:1:81:60:3:1 chr14 21388266 . G C 905.8 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042725;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.185;QD=58.4386;RBI=0.00635034;REFB=0;REVB=-0.00469814;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81991e-05;OID=.;OPOS=21388266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr14 21467913 . T G 270.29 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0283145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.244;QD=12.286;RBI=0.03324;REFB=-0.00143416;REVB=0.0174123;RO=55;SAF=17;SAR=15;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157144;STB=0.514277;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00314365;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:56:32:32:0.363636:15:17:30:25:15:17:31:25 chr14 21486137 . G C 1499.4 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3873;QD=63.1326;RBI=0.0759626;REFB=0;REVB=-0.0752613;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000342636;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:57:35:0:0:57:38:0:0 chr14 21486387 . G A 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0308804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6945;QD=25.2548;RBI=0.0344304;REFB=0.019346;REVB=0.0152269;RO=10;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152038;STB=0.585261;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0318597;OID=.;OPOS=21486387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:12:5:5:5:12:5:5:5 chr14 21486590 . C T 329.62 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.010994;FXX=0.0416623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.375;QD=14.3314;RBI=0.0110329;REFB=-0.00803237;REVB=-0.000926555;RO=49;SAF=8;SAR=28;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313315;STB=0.682341;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00989727;OID=.;OPOS=21486590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:49:56:36:36:0.391304:28:8:24:25:28:8:27:29 chr14 21500121 . G T 337.7 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0181944;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.467;QD=22.5132;RBI=0.0194217;REFB=-0.00556496;REVB=0.00679457;RO=26;SAF=24;SAR=9;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431686;STB=0.51922;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00387514;OID=.;OPOS=21500121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:33:34:0.566667:9:24:20:6:9:25:20:6 chr14 21500455 . T A 226.94 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00699881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.342;QD=21.1103;RBI=0.00719282;REFB=-0.0211648;REVB=-0.0016593;RO=21;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688806;STB=0.538868;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0194819;OID=.;OPOS=21500455;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:17:5:6:15:17:5:6:15 chr14 21511458 . G C 564.64 PASS AF=0.97619;AO=34;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.123599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.7849;QD=53.7756;RBI=0.124233;REFB=-0.120139;REVB=-0.0125331;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00961558;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:34:41:0.97619:14:20:0:0:18:23:1:0 chr14 21511497 . C T 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.37;QD=61.8522;RBI=0.0191921;REFB=0;REVB=-0.00591033;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86341e-05;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr14 21511789 . G A 226.39 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0543736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5609;QD=17.0861;RBI=0.0897813;REFB=-0.00857187;REVB=0.0714436;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05214;STB=0.529388;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0105278;OID=.;OPOS=21511789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:15:13:13:12:15:13 chr14 21526079 . C T 97.35 PASS AF=0.44;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00297219;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.094;QD=15.5763;RBI=0.0280951;REFB=-0.0415294;REVB=-0.0279374;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136379;STB=0.624791;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.025608;OID=.;OPOS=21526079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:25:9:13:10:11:0.44:5:5:3:6:6:5:3:10 chr14 21542753 . G A 994.92 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116383;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.634;QD=56.0518;RBI=0.0202784;REFB=-0.158834;REVB=0.0166061;RO=1;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219749;STB=0.506473;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00101092;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:71:1:2:69:69:0.971831:21:48:0:1:21:48:1:1 chr14 21546354 . C T 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0155951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.719;QD=16.1154;RBI=0.0194206;REFB=-0.0145257;REVB=0.0115739;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267217;STB=0.651039;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0152384;OID=.;OPOS=21546354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:10:19:9:15:10:19 chr14 21549814 . G A 100.16 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00132051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.125;QD=15.4087;RBI=0.00419119;REFB=-0.0277505;REVB=0.00397773;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426146;STB=0.731348;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.045708;OID=.;OPOS=21549814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:13:14:11:12:0.461538:7:4:11:2:8:4:11:3 chr14 21549893 . G C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0103905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.079;QD=15.5714;RBI=0.0317295;REFB=0.0298015;REVB=0.02998;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454428;STB=0.743751;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00750904;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:8:3:9:2:8:3:9:3 chr14 21550473 . G GC 33.99 PASS AF=0.0893855;AO=21;DP=186;FAO=16;FDP=179;FR=.;FRO=163;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=60;FSRR=103;FWDB=-0.00846108;FXX=0.0324307;HRUN=0;LEN=1;MLLD=83.0403;QD=0.759511;RBI=0.040538;REFB=-0.00328365;REVB=-0.0396452;RO=157;SAF=7;SAR=14;SRF=55;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023334;STB=0.701518;STBP=0.118;TYPE=ins;VARB=0.152247;OID=.;OPOS=21550474;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0893855:21:186:16:179:163:3:13:60:103:33:157:7:14:55:102 chr14 21550499 . G T 810.9 PASS AF=0.488235;AO=83;DP=171;FAO=83;FDP=170;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=0.0354438;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8958;QD=19.08;RBI=0.0354753;REFB=-0.0073383;REVB=-0.00149535;RO=86;SAF=27;SAR=56;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943114;STB=0.55599;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00835122;OID=.;OPOS=21550499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:86:87:83:83:0.488235:56:27:36:50:56:27:37:50 chr14 21551058 . G A 166.42 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0202088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.512;QD=12.1032;RBI=0.0284125;REFB=-0.0191135;REVB=0.0199718;RO=34;SAF=7;SAR=14;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411575;STB=0.735425;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0467703;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:14:7:25:9:14:7:25:9 chr14 21551069 . T C 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.411;QD=54.6367;RBI=0.0276468;REFB=-0.0293393;REVB=-0.0186063;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165215;STB=0.508768;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00153825;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:23:28:1:0:23:28:1:0 chr14 21553004 . C T 238.13 PASS AF=0.408451;AO=27;DP=69;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0663238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8736;QD=13.4156;RBI=0.0668143;REFB=-0.0144655;REVB=-0.00808152;RO=42;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173839;STB=0.613956;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0263641;OID=.;OPOS=21553004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:42:42:27:29:0.408451:11:16:18:24:11:18:18:24 chr14 21553057 . T C 159.55 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0459124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4404;QD=12.0414;RBI=0.0601657;REFB=-0.00107435;REVB=0.038884;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308795;STB=0.686072;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.000832626;OID=.;OPOS=21553057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:19:20:0.377358:9:10:8:25:9:11:8:25 chr14 21556963 . A AT,T 158.67 PASS AF=0.432432,0.0810811;AO=15,4;DP=38;FAO=16,3;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7,3;FSAR=9,0;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0210922,-0.0144665;FXX=0.0263089;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=22.43,27.0127;QD=17.1536;RBI=0.0418571,0.0478648;REFB=-0.00783365,-0.00158344;REVB=0.0361543,-0.0456263;RO=19;SAF=7,3;SAR=8,1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.209193,0.0915049;STB=0.61942,0.995265;STBP=0.216,0.156;TYPE=ins,snp;VARB=0.0125751,-0.0180041;OID=.,.;OPOS=21556964,21556963;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:18:15,4:16,3:0.432432,0.0810811:8,1:7,3:13:6:9,0:7,3:12:6 chr14 21557021 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.01717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.422;QD=14.6657;RBI=0.021139;REFB=-0.0256312;REVB=0.0123309;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507199;STB=0.517218;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0229734;OID=.;OPOS=21557021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:6:9:11:9:6:9:12:9 chr14 21560706 . C G 213.77 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0423914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.083;QD=45.0051;RBI=0.0424948;REFB=-0.113072;REVB=0.00296221;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0519231;OID=.;OPOS=21560706;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:12:6:0:1:12:6:0:1 chr14 21570273 . T C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0260791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.977;QD=21.377;RBI=0.0261572;REFB=-0.00822606;REVB=-0.00201977;RO=22;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295977;STB=0.666518;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00394285;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:16:7:14:8:16:7:14:8 chr14 21570614 . A C 485.08 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00152536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.803;QD=26.5799;RBI=0.00757099;REFB=-0.0178024;REVB=-0.00741574;RO=27;SAF=17;SAR=28;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742592;STB=0.534676;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0109442;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:28:45:45:0.616438:28:17:13:14:28:17:13:15 chr14 21623290 . T C 1333.73 PASS AF=0.988506;AO=82;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00285842;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1308;QD=61.321;RBI=0.0701926;REFB=-0.0385536;REVB=0.0701343;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00104279;OID=.;OPOS=21623290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:0:1:82:86:0.988506:39:43:0:0:43:43:1:0 chr14 21623836 . G A 1319.51 PASS AF=0.966667;AO=88;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00982435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1295;QD=58.645;RBI=0.0547325;REFB=-0.110168;REVB=0.0538436;RO=2;SAF=50;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185764;STB=0.503137;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00402205;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:2:3:88:87:0.966667:38:50:2:0:37:50:2:1 chr14 21770681 . A G 501.44 PASS AF=0.510638;AO=47;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0186154;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.582;QD=21.3377;RBI=0.0193358;REFB=0.00589341;REVB=-0.0052287;RO=45;SAF=21;SAR=26;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12352;STB=0.556142;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00465542;OID=.;OPOS=21770681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:46:47:48:0.510638:26:21:14:31:27:21:15:31 chr14 21778792 . T C 106.37 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00928271;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.957;QD=11.1965;RBI=0.0130838;REFB=-0.0134542;REVB=0.00922043;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160562;STB=0.594902;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0332379;OID=.;OPOS=21778792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:25:25:13:13:0.342105:7:6:8:17:7:6:8:17 chr14 21785790 . G A 310.15 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0422538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0428;QD=28.8515;RBI=0.0502806;REFB=-0.0230386;REVB=-0.0272536;RO=15;SAF=8;SAR=19;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284363;STB=0.507181;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00782929;OID=.;OPOS=21785790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:16:27:27:0.627907:19:8:5:10:19:8:5:11 chr14 21829129 . C G 277.21 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.0140344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.258;QD=10.2668;RBI=0.0274594;REFB=0.008754;REVB=-0.023602;RO=71;SAF=21;SAR=15;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603339;STB=0.52883;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0103051;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:71:72:36:36:0.333333:15:21:45:26:15:21:45:27 chr14 21831052 . T C 334.16 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0215017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.219;QD=16.7081;RBI=0.0433946;REFB=-0.0297804;REVB=0.0376931;RO=42;SAF=23;SAR=13;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160576;STB=0.603488;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0325266;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:44:36:36:0.45:13:23:20:22:13:23:20:24 chr14 21871653 . C T 265.34 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0162212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9668;QD=15.6085;RBI=0.0279699;REFB=-0.0311158;REVB=-0.0227857;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118009;STB=0.566622;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0350354;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:13:17:17:21:13:17:17:21 chr14 21960816 . T C 401.11 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0340829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.687;QD=24.3097;RBI=0.0370631;REFB=-0.012209;REVB=-0.0145611;RO=27;SAF=19;SAR=20;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19969;STB=0.609017;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00848644;OID=.;OPOS=21960816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:20:19:6:21:20:19:6:21 chr14 21960969 . G A 81.22 PASS AF=0.213115;AO=12;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0118312;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.458;QD=5.32589;RBI=0.0138239;REFB=-0.00588041;REVB=-0.00715003;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220188;STB=0.546528;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0150623;OID=.;OPOS=21960969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:26:48:12:13:0.213115:6:6:8:18:6:7:23:25 chr14 21967916 . A G 228.45 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0026926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.649;QD=23.4305;RBI=0.00469514;REFB=-0.0161637;REVB=0.00384633;RO=16;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489017;STB=0.505046;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0219668;OID=.;OPOS=21967916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:16:17:21:22:0.564103:8:13:10:6:8:14:11:6 chr14 21990858 . CT C,GC 48.29 PASS AF=0.392857,0;AO=6,2;DP=29;FAO=11,0;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5,0;FSAR=6,0;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.0739319,0.00567702;FXX=0.0344709;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=12.9447,190.223;QD=6.89833;RBI=0.0743906,0.137885;REFB=-0.0747477,-0.00611297;REVB=-0.0082489,-0.137768;RO=15;SAF=5,0;SAR=1,2;SRF=14;SRR=1;SSEN=0.340909,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.255623,-0.788553;STB=0.782239,0.5;STBP=0.057,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.106344,0;OID=.,.;OPOS=21990859,21990858;OREF=T,CT;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:29:28:15:17:6,2:11,0:0.392857,0:1,2:5,0:14:1:6,0:5,0:16:1 chr14 21993498 . G A 684.79 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0395955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8337;QD=58.2798;RBI=0.073658;REFB=-0.13572;REVB=0.0621104;RO=2;SAF=27;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00830737;STB=0.509087;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0083796;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:47:47:2:1:45:46:0.978723:18:27:1:1:19:27:1:0 chr14 22038450 . G A 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00686118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2609;QD=21.6304;RBI=0.00743396;REFB=-0.00723641;REVB=-0.00286146;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138753;STB=0.507687;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00624193;OID=.;OPOS=22038450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:18:12:10:14:18:12:10:14 chr14 22038525 . G T 742.8 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0192844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.87;QD=53.0569;RBI=0.0227995;REFB=-0.0663757;REVB=0.0121626;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516123;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00032591;OID=.;OPOS=22038525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:0:2:54:54:0.964286:30:24:0:0:30:24:0:2 chr14 22038659 . T C 399.64 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248676;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.953;QD=57.092;RBI=0.107532;REFB=0;REVB=0.104617;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000991275;OID=.;OPOS=22038659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:23:28:1:7:16:0:0:11:17:0:0 chr14 22102592 . T C 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00381298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.277;QD=3.45936;RBI=0.00925354;REFB=-0.00341342;REVB=-0.00843145;RO=40;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391954;STB=0.770717;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0275775;OID=.;OPOS=22102592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:2:5:15:25:2:5:15:25 chr14 22102612 . T C 78.12 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0737436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4778;QD=6.24974;RBI=0.0858398;REFB=0.00101073;REVB=0.0439357;RO=39;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153511;STB=0.596848;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00197021;OID=.;OPOS=22102612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:6:5:13:26:6:5:13:26 chr14 22102745 . C A 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0151473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.898;QD=17.7107;RBI=0.0151936;REFB=-0.0372386;REVB=0.00118479;RO=36;SAF=10;SAR=23;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329027;STB=0.518431;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0374123;OID=.;OPOS=22102745;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:23:10:12:24:23:10:12:24 chr14 22236756 . G C 559.34 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0261101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5336;QD=23.3057;RBI=0.0431409;REFB=-0.0389609;REVB=0.0343424;RO=44;SAF=32;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798462;STB=0.54393;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0434611;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:20:32:23:21:20:32:23:21 chr14 22237070 . C T 448.29 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00758426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.914;QD=17.58;RBI=0.00785102;REFB=-0.0225853;REVB=-0.00202917;RO=54;SAF=19;SAR=29;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833953;STB=0.546463;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0226974;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:29:19:26:28:29:19:26:28 chr14 22237127 . C T 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.214;QD=62.3119;RBI=0.0156265;REFB=0;REVB=0.0150722;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95624e-05;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr14 22314985 . T C 612.23 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.0147737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.142;QD=18.4129;RBI=0.0158434;REFB=-0.0105516;REVB=-0.00572278;RO=70;SAF=28;SAR=35;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569031;STB=0.531506;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0115025;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:70:70:63:63:0.473684:35:28:27:43:35:28:27:43 chr14 22315212 . A G 749.15 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0266374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.714;QD=19.845;RBI=0.0267114;REFB=-0.0257346;REVB=0.00198778;RO=75;SAF=42;SAR=34;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657433;STB=0.536192;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0250326;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:75:76:76:0.503311:34:42:36:39:34:42:36:39 chr14 22315296 . C T 772.86 PASS AF=0.524823;AO=74;DP=141;FAO=74;FDP=141;FR=.;FRO=67;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00188438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5018;QD=21.925;RBI=0.00312407;REFB=-0.00701801;REVB=-0.00249177;RO=67;SAF=43;SAR=31;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038633;STB=0.521206;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00549613;OID=.;OPOS=22315296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:67:67:74:74:0.524823:31:43:36:31:31:43:36:31 chr14 22320728 . T C 330.42 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00483907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.841;QD=13.4865;RBI=0.0075236;REFB=-0.000883038;REVB=-0.0057609;RO=61;SAF=19;SAR=18;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950171;STB=0.554181;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.000864343;OID=.;OPOS=22320728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:37:37:0.377551:18:19:26:35:18:19:26:35 chr14 22321124 . T C 426.38 PASS AF=0.44;AO=43;DP=99;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.000600698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.361;QD=17.055;RBI=0.00499351;REFB=-0.0140487;REVB=0.00495725;RO=54;SAF=19;SAR=24;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130864;STB=0.555329;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0156989;OID=.;OPOS=22321124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:56:43:44:0.44:24:19:31:23:24:20:31:25 chr14 22322690 . G A 407.8 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0391592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5825;QD=17.7305;RBI=0.0420962;REFB=-0.00716307;REVB=-0.0154481;RO=50;SAF=12;SAR=30;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226034;STB=0.627055;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00859046;OID=.;OPOS=22322690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:30:12:25:25:30:12:25:25 chr14 22337393 . G A 1394.61 PASS AF=1;AO=75;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3028;QD=61.9828;RBI=0.145169;REFB=0;REVB=-0.00789871;RO=1;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141163;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:75:90:1:48:27:0:1:49:41:0:0 chr14 22356551 . T C 653.48 PASS AF=0.547009;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0111409;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7464;QD=22.3413;RBI=0.0513298;REFB=-0.0212328;REVB=0.0501062;RO=54;SAF=26;SAR=38;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797105;STB=0.547565;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0181354;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:54:53:64:64:0.547009:38:26:27:27:38:26:27:26 chr14 22362971 . A G 538.48 PASS AF=0.405229;AO=62;DP=153;FAO=62;FDP=153;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=57;FWDB=0.0208788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3702;QD=14.0778;RBI=0.0435752;REFB=-0.0217853;REVB=-0.0382476;RO=90;SAF=33;SAR=29;SRF=33;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173391;STB=0.59357;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0438145;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:90:91:62:62:0.405229:29:33:33:57:29:33:34:57 chr14 22363080 . T A 492.37 PASS AF=0.378205;AO=59;DP=156;FAO=59;FDP=156;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.0130589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.362;QD=12.6248;RBI=0.0151832;REFB=-0.0111137;REVB=0.00774567;RO=97;SAF=36;SAR=23;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106101;STB=0.560228;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00735698;OID=.;OPOS=22363080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:97:97:59:59:0.378205:23:36:50:47:23:36:50:47 chr14 22363084 . C G 472.36 PASS AF=0.373333;AO=51;DP=143;FAO=56;FDP=150;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=-0.0150682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.996;QD=12.5963;RBI=0.0153223;REFB=-0.0100719;REVB=0.00277889;RO=92;SAF=35;SAR=16;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17204;STB=0.560323;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0182708;OID=.;OPOS=22363084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:150:92:94:51:56:0.373333:16:35:50:42:21:35:50:44 chr14 22363178 . C G 687.57 PASS AF=0.730769;AO=46;DP=79;FAO=57;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0573478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.603;QD=35.2598;RBI=0.058872;REFB=-0.0512838;REVB=0.0133094;RO=21;SAF=26;SAR=20;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051987;STB=0.525319;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0179191;OID=.;OPOS=22363178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:21:21:46:57:0.730769:20:26:10:11:22:35:11:10 chr14 22386449 . C T 3250.88 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.997;QD=61.9216;RBI=0.0182831;REFB=0;REVB=-0.00583785;RO=0;SAF=81;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0491e-05;OID=.;OPOS=22386449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:210:0:0:208:210:1:127:81:0:0:128:82:0:0 chr14 22392304 . G A 858.61 PASS AF=0.913043;AO=62;DP=69;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00355489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0852;QD=49.7745;RBI=0.0140996;REFB=0.0147534;REVB=0.0136441;RO=7;SAF=45;SAR=17;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160029;STB=0.571405;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0259886;OID=.;OPOS=22392304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:69:69:7:6:62:63:0.913043:17:45:0:7:18:45:0:6 chr14 22392366 . C T 1366.04 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.997;QD=61.3949;RBI=0.0136557;REFB=-0.0854064;REVB=0.0123401;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221679;OID=.;OPOS=22392366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:89:0:0:88:89:1:36:52:0:0:36:53:0:0 chr14 22392626 . A C 1747.43 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5373;QD=60.7801;RBI=0.0293227;REFB=0;REVB=-0.024974;RO=0;SAF=65;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77444e-05;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:49:65:0:0:50:65:0:0 chr14 22392703 . G C 1396.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.091;QD=62.7608;RBI=0.0327238;REFB=0;REVB=0.03016;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99265e-05;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr14 22476137 . AAGGT A,AA 188.4 PASS AF=0.15534,0.203883;AO=16,20;DP=104;FAO=16,21;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=7,19;FSAR=9,2;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0203938,0.0240276;FXX=0.00961446;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=219.703,226.323;QD=7.31634;RBI=0.0219322,0.0255655;REFB=-0.0266989,-0.0274799;REVB=0.00806938,0.00873315;RO=62;SAF=7,18;SAR=9,2;SRF=26;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0231436,0.622797;STB=0.510856,0.889535;STBP=0.935,0;TYPE=del,del;VARB=0.0439187,0.0594989;OID=.,.;OPOS=22476138,22476139;OREF=AGGT,GGT;OALT=-,-;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.15534,0.203883:16,20:104:16,21:103:66:7,19:9,2:28:38:74:62:7,18:9,2:26:36 chr14 22476143 . A T 97.2 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=107;FAO=18;FDP=108;FR=.;FRO=90;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=0.000364227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.36;QD=3.60007;RBI=0.00124533;REFB=-0.0014759;REVB=0.00119087;RO=89;SAF=17;SAR=0;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.747682;STB=0.941969;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0114357;OID=.;OPOS=22476143;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:107:108:89:90:17:18:0.166667:0:17:37:52:1:17:38:52 chr14 22509188 . T C 825.41 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0288639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2963;QD=54.1252;RBI=0.0532409;REFB=-0.0422181;REVB=-0.0447378;RO=1;SAF=13;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01037;STB=0.510866;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00244154;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:1:2:58:59:0.967213:45:13:0:1:45:14:0:2 chr14 22521051 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.994;QD=63.872;RBI=0.00786527;REFB=0;REVB=0.00615332;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89524e-05;OID=.;OPOS=22521051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr14 22580762 . G A 251.87 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00680153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5262;QD=14.8157;RBI=0.0193787;REFB=-0.0103051;REVB=0.0181459;RO=39;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17715;STB=0.600335;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.014581;OID=.;OPOS=22580762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:12:17:16:23:12:17:16:23 chr14 22591988 . C A 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0127627;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.325;QD=15.8864;RBI=0.0135972;REFB=-0.00782481;REVB=-0.0046902;RO=42;SAF=10;SAR=23;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208979;STB=0.618312;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00918762;OID=.;OPOS=22591988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:23:10:21:21:23:10:21:21 chr14 22600863 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=389.813;QD=57.8849;RBI=0.0179447;REFB=0;REVB=-0.0163839;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30785e-06;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:20:40:0:0:20:40:0:0 chr14 22690209 . A C 156.95 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0372525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1653;QD=11.2107;RBI=0.0375333;REFB=-0.0221752;REVB=-0.00458235;RO=36;SAF=13;SAR=7;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550077;STB=0.531969;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0389588;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:7:13:25:11:7:13:25:11 chr14 22694926 . C T 71.93 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000897538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.522;QD=14.3856;RBI=0.00133997;REFB=-0.0205863;REVB=-0.000994956;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202897;STB=0.550917;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0251645;OID=.;OPOS=22694926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:20:20:11:10:9:10:0.5:3:6:5:6:4:6:5:5 chr14 22695084 . C T 201.91 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0598944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1302;QD=21.2536;RBI=0.0628733;REFB=0.0206685;REVB=0.0191237;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178195;STB=0.600441;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0154808;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:13:7:10:8:13:7:10:8 chr14 22695128 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0248574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.413;QD=19.5228;RBI=0.0259773;REFB=-0.0184337;REVB=-0.0075451;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121546;STB=0.569516;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0118783;OID=.;OPOS=22695128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:5:7:10:4:5:7 chr14 22739862 . A T 1206.12 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.162;QD=61.0693;RBI=0.0314499;REFB=0;REVB=-0.0296694;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144625;OID=.;OPOS=22739862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:45:33:0:0:45:34:0:0 chr14 22740245 . A G 1072.75 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.040788;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.273;QD=58.7807;RBI=0.0436349;REFB=0.0445427;REVB=0.015503;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000123247;OID=.;OPOS=22740245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:73:0:1:72:72:0.986301:37:35:0:0:37:35:1:0 chr14 22740270 . G A 1083.23 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224063;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.683;QD=60.1792;RBI=0.0232979;REFB=0;REVB=-0.00638346;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5614e-05;OID=.;OPOS=22740270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:36:35:0:0:36:36:0:0 chr14 22887459 . CG C 940.28 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.6792;QD=47.609;RBI=0.0986682;REFB=0;REVB=0.0417136;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00199567;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:79:79:79:0:30:49:0:0:17:0:29:48:0:0 chr14 22891794 . G A 229.57 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.039256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.224;QD=22.3973;RBI=0.0577681;REFB=-0.00395338;REVB=0.0423807;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14563;STB=0.581425;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00200388;OID=.;OPOS=22891794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:12:7:12:10:12:7 chr14 22891883 . G C 754.23 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.025;QD=56.9232;RBI=0.0337408;REFB=0;REVB=-0.00313907;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230656;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr14 22942890 . G T 2049.01 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000917273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.713;QD=61.6243;RBI=0.0273556;REFB=-0.0778962;REVB=0.0273402;RO=1;SAF=45;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543245;STB=0.502857;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000156433;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:87:45:0:1:87:45:0:1 chr14 22947903 . C T 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00133539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.627;QD=16.5331;RBI=0.0324159;REFB=-0.0179083;REVB=-0.0323884;RO=43;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954798;STB=0.553744;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0363593;OID=.;OPOS=22947903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:13:22:23:20:13:22:23:20 chr14 22961854 . A G 885.86 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0595835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0309;QD=55.3664;RBI=0.0602764;REFB=-0.0487621;REVB=0.00911334;RO=2;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349353;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00324679;OID=.;OPOS=22961854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:2:1:62:63:0.984375:26:36:0:2:27:36:0:1 chr14 22972742 . G A 1507.26 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.020464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.541;QD=58.5345;RBI=0.0227954;REFB=-0.08814;REVB=0.0100427;RO=1;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839763;STB=0.504424;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000353193;OID=.;OPOS=22972742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:56:46:0:1:56:46:0:1 chr14 22972783 . ACC AC,ACA 1290.76 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=80,3;DP=85;FAO=84,2;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42,1;FSAR=42,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381639,0.00557936;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.1836,6.16343;QD=60.0353;RBI=0.171523,0.0968746;REFB=0,0;REVB=-0.167224,-0.0967138;RO=0;SAF=41,1;SAR=39,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0030638,-0.035645;OID=.,.;OPOS=22972784,22972785;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=AC,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.976744,0.0232558:80,3:85:84,2:86:0:42,1:42,1:0:0:4:0:41,1:39,2:0:0 chr14 22972815 . C T 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000719806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.459;QD=59.3215;RBI=0.0096541;REFB=0;REVB=0.00962723;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1866e-05;OID=.;OPOS=22972815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr14 22975700 . T G 405.05 PASS AF=0.34507;AO=49;DP=142;FAO=49;FDP=142;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.00123394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.294;QD=11.4099;RBI=0.00975778;REFB=-0.0042884;REVB=-0.00967944;RO=93;SAF=18;SAR=31;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100005;STB=0.55753;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00796789;OID=.;OPOS=22975700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:93:93:49:49:0.34507:31:18:42:51:31:18:42:51 chr14 22978335 . C T 1869.48 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223162;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1195;QD=61.2944;RBI=0.0281506;REFB=0;REVB=0.0171594;RO=0;SAF=66;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127358;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:55:66:0:0:55:67:0:0 chr14 22984586 . A C 504.85 PASS AF=0.4375;AO=46;DP=160;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=-0.0162187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.942;QD=12.6212;RBI=0.018578;REFB=-0.0208128;REVB=0.00906057;RO=84;SAF=29;SAR=17;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240188;STB=0.514789;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0139561;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:84:90:46:70:0.4375:17:29:35:49:41:29:35:55 chr14 22988972 . G C 321.77 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.000502649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.965;QD=12.3756;RBI=0.0016716;REFB=-0.000326595;REVB=0.00159424;RO=65;SAF=14;SAR=25;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246972;STB=0.640953;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000518493;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:25:14:38:27:25:14:38:27 chr14 22993278 . A AG 780.08 PASS AF=1;AO=72;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.5562;QD=39.4975;RBI=0.0814682;REFB=0;REVB=0.0806443;RO=6;SAF=32;SAR=40;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325118;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00168706;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:79:79:79:0:37:42:0:0:16:6:32:40:4:2 chr14 22997524 . A G 2343.43 PASS AF=0.993289;AO=145;DP=146;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0479248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9576;QD=62.911;RBI=0.0577986;REFB=0.0645749;REVB=-0.0323093;RO=1;SAF=55;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525515;STB=0.502762;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00853397;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:149:1:1:145:148:0.993289:90:55:0:1:90:58:0:1 chr14 22998590 . AG A 768.67 PASS AF=1;AO=63;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130285;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.338;QD=45.891;RBI=0.0317319;REFB=0;REVB=-0.0289339;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000888482;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:68:67:67:0:35:32:0:0:14:0:34:29:0:0 chr14 22998619 . AC A 738.28 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.2637;QD=49.2186;RBI=0.0372623;REFB=0;REVB=0.00268499;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000719353;OID=.;OPOS=22998620;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:60:60:60:0:33:27:0:0:13:0:32:26:0:0 chr14 23000062 . T C 1171.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.673;QD=60.8804;RBI=0.0604716;REFB=0;REVB=0.027737;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278355;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr14 23025932 . A T 3032.17 PASS AF=0.994792;AO=187;DP=193;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.050832;FXX=0.0153838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.942;QD=63.1702;RBI=0.0577609;REFB=-0.057445;REVB=0.0274305;RO=1;SAF=82;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577146;STB=0.502994;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=7.98856e-05;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:193:192:1:1:187:191:0.994792:105:82:1:0:108:83:1:0 chr14 23044002 . G T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.000943901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.498;QD=17.8005;RBI=0.0108387;REFB=-0.0205768;REVB=0.0107975;RO=24;SAF=14;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587138;STB=0.533301;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0225604;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:6:14:18:6:6:14:18:6 chr14 23081223 . T C 669.62 PASS AF=0.961538;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0498749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5689;QD=51.5091;RBI=0.100463;REFB=-0.0245565;REVB=0.0872086;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506823;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00731899;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:52:0:2:48:50:0.961538:33:15:0:0:33:17:1:1 chr14 23102969 . G A 166.04 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0107888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6351;QD=21.425;RBI=0.0134062;REFB=-0.0347536;REVB=0.00795786;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15749;STB=0.602725;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0445946;OID=.;OPOS=23102969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:11:13:17:18:0.580645:7:10:4:7:8:10:4:9 chr14 23248112 . A G 270.03 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0521391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.754;QD=22.9815;RBI=0.0772235;REFB=0.00548138;REVB=0.0569647;RO=22;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855201;STB=0.547787;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00183205;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:15:10:11:11:15:10:11:11 chr14 23282110 . A G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.239;QD=51.5087;RBI=0.0357544;REFB=0.0455502;REVB=0.0309078;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000587727;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:0:1:13:13:0:1 chr14 23282449 . C T 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.639;QD=60.5099;RBI=0.0235688;REFB=-0.0170481;REVB=0.0173498;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000541861;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:0:1:22:23:0:1 chr14 23299135 . G T 825.85 PASS AF=0.52349;AO=78;DP=149;FAO=78;FDP=149;FR=.;FRO=71;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.00954128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.438;QD=22.1706;RBI=0.0188569;REFB=0.00218174;REVB=0.0162648;RO=71;SAF=44;SAR=34;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500134;STB=0.527443;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0018765;OID=.;OPOS=23299135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:71:71:78:78:0.52349:34:44:36:35:34:44:36:35 chr14 23299286 . T C 1222.91 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703508;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.944;QD=61.1453;RBI=0.0152694;REFB=0;REVB=0.0135523;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145935;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr14 23303641 . A C 812.4 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0263047;FXX=0.0476115;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.236;QD=54.16;RBI=0.0297029;REFB=0.0476368;REVB=0.0137959;RO=2;SAF=28;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325048;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000235515;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:30:28:2:0:30:28:2:0 chr14 23306048 . C T 383.32 PASS AF=0.882353;AO=29;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00319543;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=265.945;QD=45.096;RBI=0.0152674;REFB=0.00479719;REVB=0.0149293;RO=5;SAF=7;SAR=22;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569534;STB=0.541856;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-3.06925e-05;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:34:34:5:4:29:30:0.882353:22:7:2:3:23:7:2:2 chr14 23306588 . G A 244.49 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.085725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8618;QD=30.5616;RBI=0.0925468;REFB=-0.0398707;REVB=0.0348732;RO=10;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299762;STB=0.664658;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0159761;OID=.;OPOS=23306588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:14:8:9:1:14:8:9:1 chr14 23312554 . C G 194.34 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00650859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.111;QD=12.3391;RBI=0.0553113;REFB=-0.00160525;REVB=-0.054927;RO=38;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19538;STB=0.630414;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00148478;OID=.;OPOS=23312554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:39:23:24:0.380952:7:16:20:18:7:17:20:19 chr14 23321900 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.205;QD=56.7064;RBI=0.0360032;REFB=0;REVB=0.0320282;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95601e-05;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr14 23371255 . G GGGC 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00911802;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=173.609;QD=27.592;RBI=0.0532145;REFB=-0.077043;REVB=0.0524276;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11111;STB=0.573803;STBP=0.318;TYPE=ins;VARB=0.0356934;OID=.;OPOS=23371256;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:13:20:13:18:5:6:7:1:4:28:7:6:7:2:5 chr14 23374435 . G A 1545.47 PASS AF=1;AO=82;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.297;QD=60.0182;RBI=0.0596938;REFB=0;REVB=0.0558936;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393549;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:82:103:1:43:39:0:0:63:40:0:0 chr14 23374862 . C T 602.29 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.237;QD=60.2289;RBI=0.0385828;REFB=0;REVB=0.00933414;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152258;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:22:18:0:0 chr14 23398902 . C T 818.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.543;QD=57.4249;RBI=0.0891773;REFB=0;REVB=0.0528341;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306571;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:28:29:0:0 chr14 23398990 . T G 919.66 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000258852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.376;QD=58.3912;RBI=0.0145484;REFB=0;REVB=0.0145461;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04319e-05;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr14 23426182 . C A 462.51 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.189;QD=57.8132;RBI=0.104429;REFB=0;REVB=0.044599;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315705;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:19:11:0:0:19:13:0:0 chr14 23512040 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0329362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.751;QD=11.0866;RBI=0.0330876;REFB=-0.00650891;REVB=-0.00316146;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150854;STB=0.590024;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0100256;OID=.;OPOS=23512040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:5:8:12:13:5:8:12:13 chr14 23512751 . C CT 36.11 PASS AF=0.32;AO=6;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.000785134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.267;QD=5.77718;RBI=0.050977;REFB=0.00457232;REVB=-0.0509709;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329408;STB=0.730647;STBP=0.165;TYPE=ins;VARB=-0.0289118;OID=.;OPOS=23512752;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:6:26:8:25:17:1:7:6:11:36:20:1:5:8:12 chr14 23512922 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0171149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7193;QD=18.2504;RBI=0.0253655;REFB=-0.0137982;REVB=0.0187214;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589223;STB=0.533588;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0143351;OID=.;OPOS=23512922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:9:6:7:8:9:6 chr14 23519131 . C T 128.22 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0550223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.265;QD=12.2113;RBI=0.0552076;REFB=-0.00534359;REVB=0.00452033;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191085;STB=0.611511;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0111134;OID=.;OPOS=23519131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:8:19:8:7:8:19 chr14 23549379 . C G 1328.91 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.471;QD=61.8096;RBI=0.0292186;REFB=0;REVB=0.0289231;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54877e-05;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:86:0:0:78:86:1:47:31:0:0:53:33:0:0 chr14 23567369 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0105913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.989;QD=8.25461;RBI=0.0107826;REFB=-0.0125911;REVB=-0.00202213;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177981;STB=0.610759;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.027496;OID=.;OPOS=23567369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:4:8:3:3:4:8 chr14 23567774 . T A 220.42 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00750787;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.536;QD=16.0305;RBI=0.0226728;REFB=-0.0179616;REVB=-0.0213937;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964419;STB=0.562177;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0152728;OID=.;OPOS=23567774;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:13:12:11:18:13:12:11:19 chr14 23569106 . A G 856.4 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0389752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.686;QD=54.3745;RBI=0.0439515;REFB=0.00901948;REVB=-0.0203142;RO=2;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00348075;STB=0.501844;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.000507871;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:27:34:1:1:27:34:1:1 chr14 23571671 . A T 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.906;QD=60.7131;RBI=0.00602762;REFB=0;REVB=0.00103751;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53101e-06;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:50:26:0:0:50:26:0:0 chr14 23572899 . G A 531.6 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00481606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.63;QD=22.8645;RBI=0.016338;REFB=-0.0119464;REVB=0.0156121;RO=43;SAF=23;SAR=27;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239349;STB=0.51317;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0108172;OID=.;OPOS=23572899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:27:23:21:22:27:23:21:22 chr14 23595721 . A G 230.65 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0185538;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.309;QD=16.1862;RBI=0.021524;REFB=-0.00151923;REVB=-0.0109105;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592558;STB=0.53349;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00229535;OID=.;OPOS=23595721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:16:15:11:15:16:15 chr14 23598952 . A G 478.51 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0197606;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.588;QD=18.7649;RBI=0.0203705;REFB=-0.0202619;REVB=-0.00494735;RO=51;SAF=25;SAR=25;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152324;STB=0.578401;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0187855;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:51:52:50:50:0.490196:25:25:17:34:25:25:18:34 chr14 23744826 . TTCC ATCT 107.5 PASS AF=0.611111;AO=2;DP=15;FAO=11;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0557112;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=186.744;QD=23.8883;RBI=0.0563828;REFB=-0.0148393;REVB=-0.00867618;RO=0;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.681408;STBP=0.159;TYPE=mnp;VARB=0.0323254;OID=.;OPOS=23744826;OREF=TTCC;OALT=ATCT;OMAPALT=ATCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:18:0:6:2:11:0.611111:1:1:0:0:10:1:2:4 chr14 23745533 . C T 266.55 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0027249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9811;QD=15.9136;RBI=0.00878694;REFB=-0.00640996;REVB=-0.00835376;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132281;STB=0.507458;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0185852;OID=.;OPOS=23745533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:15:15:18:19:15:15:18:19 chr14 23746269 . C G 282.68 PASS AF=0.402439;AO=31;DP=80;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0124858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.447;QD=13.7892;RBI=0.0151121;REFB=-0.028331;REVB=-0.00851341;RO=49;SAF=19;SAR=12;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940366;STB=0.537875;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0392415;OID=.;OPOS=23746269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:49:49:31:33:0.402439:12:19:34:15:12:21:34:15 chr14 23777374 . A G 1590.79 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0412928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.574;QD=58.918;RBI=0.0413495;REFB=-0.0500786;REVB=0.00216619;RO=1;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797715;STB=0.504201;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000531754;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:59:48:0:1:59:48:0:1 chr14 23779877 . C A 302.32 PASS AF=0.658537;AO=21;DP=39;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.015749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.423;QD=29.4948;RBI=0.0543938;REFB=-0.022899;REVB=0.0520639;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945353;STB=0.580702;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0117747;OID=.;OPOS=23779877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:12:14:21:27:0.658537:10:11:8:4:16:11:9:5 chr14 23826822 . C T 350.85 PASS AF=0.364407;AO=43;DP=118;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.000454849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.306;QD=11.893;RBI=0.000686783;REFB=0.0121135;REVB=0.000514571;RO=74;SAF=21;SAR=22;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117512;STB=0.562299;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0213132;OID=.;OPOS=23826822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:74:75:43:43:0.364407:22:21:44:30:22:21:44:31 chr14 23834256 . C G 1263.55 PASS AF=0.506173;AO=123;DP=244;FAO=123;FDP=243;FR=.;FRO=120;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=47;FSRR=73;FWDB=0.005907;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.885;QD=20.7991;RBI=0.00934763;REFB=-0.0291738;REVB=0.00724468;RO=117;SAF=59;SAR=64;SRF=47;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697832;STB=0.54368;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0260696;OID=.;OPOS=23834256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:117:120:123:123:0.506173:64:59:47:70:64:59:47:73 chr14 23844979 . C A 759.79 PASS AF=0.52518;AO=73;DP=139;FAO=73;FDP=139;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0195515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.672;QD=21.8645;RBI=0.0195882;REFB=-0.0299127;REVB=0.00119955;RO=66;SAF=31;SAR=42;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169223;STB=0.5928;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0248824;OID=.;OPOS=23844979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:66:66:73:73:0.52518:42:31:41:25:42:31:41:25 chr14 23845244 . G A 320.66 PASS AF=0.418605;AO=35;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.0294992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.149;QD=14.9144;RBI=0.0323951;REFB=3.02959e-05;REVB=0.0133881;RO=49;SAF=11;SAR=24;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347148;STB=0.517737;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.000491106;OID=.;OPOS=23845244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:50:35:36:0.418605:24:11:14:35:25:11:14:36 chr14 23848311 . C T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0338436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.997;QD=18.7769;RBI=0.0381402;REFB=-3.82034e-05;REVB=0.0175865;RO=26;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775618;STB=0.54359;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.000120377;OID=.;OPOS=23848311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:18:8:10:16:18:8:10:16 chr14 23855569 . A G 394.28 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0193471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0819;QD=17.331;RBI=0.0341544;REFB=-0.00747531;REVB=-0.0281462;RO=50;SAF=26;SAR=15;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230211;STB=0.628969;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00759393;OID=.;OPOS=23855569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:15:26:20:30:15:26:20:30 chr14 23902753 . G A 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0131146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.334;QD=18.902;RBI=0.0162421;REFB=-0.00882974;REVB=0.00958196;RO=34;SAF=21;SAR=13;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145911;STB=0.580754;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0101731;OID=.;OPOS=23902753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:13:21:26:8:13:21:26:8 chr14 23944505 . G A 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0188781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.203;QD=16.7503;RBI=0.0552668;REFB=-0.0229408;REVB=0.0519427;RO=39;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17505;STB=0.597932;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0248685;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:16:17:13:26:16:17:13:26 chr14 23944514 . C A 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00806801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.524;QD=15.7907;RBI=0.0361711;REFB=-0.00738507;REVB=-0.0352598;RO=39;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150168;STB=0.584363;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00909314;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:16:15:13:26:16:15:13:26 chr14 23947374 . G A 383.43 PASS AF=0.5;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=0.00306179;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.291;QD=19.6628;RBI=0.0042116;REFB=0.00328634;REVB=0.00289189;RO=37;SAF=15;SAR=24;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191676;STB=0.613982;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00401141;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:37:39:39:39:0.5:24:15:7:30:24:15:7:32 chr14 23991866 . C T 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0101257;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=345.621;QD=14.8962;RBI=0.0105233;REFB=-0.0125251;REVB=-0.00286543;RO=44;SAF=12;SAR=20;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176277;STB=0.599937;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0164106;OID=.;OPOS=23991866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:20:12:24:20:20:12:24:20 chr14 23996099 . G T 266.8 PASS AF=0.4;AO=26;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0683092;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.4672;QD=14.2291;RBI=0.0873651;REFB=-0.0181337;REVB=-0.0544657;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448534;STB=0.539153;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0069104;OID=.;OPOS=23996099;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:42:26:30:0.4:13:13:15:18:13:17:21:21 chr14 23999627 . TA T 124.84 PASS AF=0.452381;AO=20;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.011872;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.4821;QD=11.8898;RBI=0.055679;REFB=-0.0148502;REVB=-0.0543986;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839961;STB=0.57349;STBP=0.403;TYPE=del;VARB=0.0153542;OID=.;OPOS=23999628;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:20:43:19:42:23:10:9:9:14:99:22:10:10:9:13 chr14 24002887 . G T 557.57 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.10586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1883;QD=22.0819;RBI=0.105882;REFB=0.0177928;REVB=-0.0021907;RO=45;SAF=23;SAR=32;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342801;STB=0.522914;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.014463;OID=.;OPOS=24002887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:46:55:55:0.544554:32:23:17:28:32:23:17:29 chr14 24026493 . A G 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.021318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0092;QD=26.8491;RBI=0.0363847;REFB=0.0650308;REVB=-0.0294854;RO=7;SAF=2;SAR=13;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116092;STB=0.506485;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0258891;OID=.;OPOS=24026493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:13:2:1:6:13:2:1:6 chr14 24028906 . GGC G,GG,GGG 732.46 PASS AF=0,1,0;AO=15,46,8;DP=89;FAO=0,88,0;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=0,54,0;FSAR=0,34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110941,-0.00901529,-0.121143;FXX=0;HRUN=4,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=7.03696,10.7166,5.84992;QD=33.2934;RBI=0.180581,0.194414,0.369241;REFB=0,0,0;REVB=-0.142483,0.194205,0.348802;RO=9;SAF=0,33,7;SAR=15,13,1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0.466667,0,0;SSEP=0,0.30137,0;SSSB=-0.843224,0.0189209,0.298237;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0844035,0.00299032,0;OID=.,.,.;OPOS=24028907,24028908,24028908;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:15,46,8:89:0,88,0:88:0:0,54,0:0,34,0:0:0:4:9:0,33,7:15,13,1:6:3 chr14 24261219 . T C 379.06 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0162754;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.504;QD=14.1704;RBI=0.0243206;REFB=-0.0369679;REVB=-0.0180722;RO=64;SAF=23;SAR=21;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254178;STB=0.519394;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0538938;OID=.;OPOS=24261219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:64:63:44:44:0.411215:21:23:35:29:21:23:35:28 chr14 24261273 . G C 350.05 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0191037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.948;QD=13.5942;RBI=0.0312476;REFB=-0.0017218;REVB=0.0247278;RO=61;SAF=17;SAR=24;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150705;STB=0.580606;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00245516;OID=.;OPOS=24261273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:62:41:41:0.398058:24:17:34:27:24:17:34:28 chr14 24261275 . C T 370.13 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0170853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.357;QD=14.1002;RBI=0.0394877;REFB=-0.00445358;REVB=-0.0356002;RO=61;SAF=17;SAR=26;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185416;STB=0.609145;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00969531;OID=.;OPOS=24261275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:62:43:43:0.409524:26:17:35:26:26:17:36:26 chr14 24261340 . A G 226.63 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0717975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8456;QD=13.53;RBI=0.0718265;REFB=0.00323748;REVB=-0.002042;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010774;STB=0.52017;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00322508;OID=.;OPOS=24261340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:40:26:27:0.402985:16:10:15:25:16:11:15:25 chr14 24458162 . G C 1438.31 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00638253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2997;QD=61.8626;RBI=0.0729144;REFB=-0.003589;REVB=-0.0726345;RO=1;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119999;STB=0.506328;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.000372068;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:39:53:0:1:39:53:0:1 chr14 24459493 . G A 348.67 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0693212;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.8711;QD=48.0929;RBI=0.0925579;REFB=-0.179527;REVB=0.0613313;RO=2;SAF=14;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061895;STB=0.533309;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0173625;OID=.;OPOS=24459493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:29:29:2:2:27:27:0.931034:13:14:2:0:13:14:2:0 chr14 24459520 . T C 340.38 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.071;QD=54.46;RBI=0.0199799;REFB=0;REVB=0.0155114;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42231e-05;OID=.;OPOS=24459520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr14 24464310 . C A 947.87 PASS AF=0.492147;AO=94;DP=191;FAO=94;FDP=191;FR=.;FRO=97;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.00543137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.457;QD=19.8507;RBI=0.0138826;REFB=-0.00336003;REVB=0.012776;RO=96;SAF=45;SAR=49;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577481;STB=0.53432;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00293784;OID=.;OPOS=24464310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:96:97:94:94:0.492147:49:45:52:44:49:45:53:44 chr14 24470138 . C T 711.43 PASS AF=0.534884;AO=68;DP=129;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.00425263;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.056;QD=22.0599;RBI=0.0139538;REFB=-0.0188725;REVB=0.01329;RO=60;SAF=37;SAR=31;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164698;STB=0.585967;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0216735;OID=.;OPOS=24470138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:60:60:68:69:0.534884:31:37:21:39:32:37:21:39 chr14 24505722 . C G 1758.17 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.341;QD=60.6267;RBI=0.0241234;REFB=0;REVB=0.00402078;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60425e-05;OID=.;OPOS=24505722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:116:0:0:113:116:1:48:65:0:0:48:68:0:0 chr14 24507003 . A C 352.57 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00678311;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6202;QD=20.7395;RBI=0.0187308;REFB=-0.0221266;REVB=-0.0174595;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660158;STB=0.542391;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.014609;OID=.;OPOS=24507003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:35:36:0.529412:17:18:14:18:17:19:14:18 chr14 24507010 . C A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0168976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5894;QD=16.4058;RBI=0.0184087;REFB=-0.0227674;REVB=-0.00730409;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859701;STB=0.548356;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0192931;OID=.;OPOS=24507010;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:17:14:20:17:17:14:20:17 chr14 24526159 . C A 133.8 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00577562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.758;QD=25.4857;RBI=0.0105603;REFB=-0.0151251;REVB=0.00884098;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424322;STB=0.523776;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0086869;OID=.;OPOS=24526159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:7:7:4:3:7:7:4:3 chr14 24526206 . TG CG,T 129.17 PASS AF=0.55,0.25;AO=8,4;DP=18;FAO=11,5;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=7,5;FSAR=4,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00874438,-0.0347888;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=149.989,12.9898;QD=25.8333;RBI=0.0595704,0.133194;REFB=-0.0652836,-0.0927865;REVB=0.0589252,-0.12857;RO=3;SAF=4,4;SAR=4,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0.252469;SSEP=0,0.208773;SSSB=-0.0790568,0.705357;STB=0.53839,0.996873;STBP=0.694,0.072;TYPE=snp,del;VARB=0.0468205,0.0643377;OID=.,.;OPOS=24526206,24526207;OREF=T,G;OALT=C,-;OMAPALT=CG,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:18:20:3:4:8,4:11,5:0.55,0.25:4,0:4,4:2:1:4,0:7,5:2:2 chr14 24527220 . C T 178.81 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0111984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.04;QD=15.2176;RBI=0.0171171;REFB=-0.0195138;REVB=0.0129458;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639693;STB=0.536874;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0267796;OID=.;OPOS=24527220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:10:9:15:13:10:9:15:13 chr14 24529209 . C T 197.75 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0217626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.034;QD=14.6484;RBI=0.0256814;REFB=-0.00160332;REVB=0.0136354;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615189;STB=0.522165;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00240397;OID=.;OPOS=24529209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:14:9:10:20:14:9:11:20 chr14 24529260 . C T 337.61 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0174035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.859;QD=20.1555;RBI=0.0185439;REFB=-0.0100328;REVB=0.00640283;RO=32;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874217;STB=0.548595;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0108155;OID=.;OPOS=24529260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:23:12:14:18:23:12:14:18 chr14 24529890 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.636;QD=55.0984;RBI=0.101181;REFB=0;REVB=0.0148182;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043232;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:22:4:0:0:22:4:0:0 chr14 24543808 . G C 685.45 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105523;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.092;QD=54.8358;RBI=0.0353177;REFB=-0.120281;REVB=0.0337044;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229468;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000184566;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:20:29:0:1:20:29:0:1 chr14 24545366 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.106179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6417;QD=16.9321;RBI=0.107231;REFB=-0.0593678;REVB=0.0149787;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192184;STB=0.624765;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0257095;OID=.;OPOS=24545366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:12:12:11:12:0.5:9:2:4:8:10:2:4:8 chr14 24545375 . C T 86.22 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0196865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.904;QD=12.3175;RBI=0.026026;REFB=-0.0244462;REVB=0.0170233;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15055;STB=0.588087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.038;OID=.;OPOS=24545375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:4:13:7:4:4:13 chr14 24545835 . C T 287.89 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0460828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.267;QD=18.5732;RBI=0.0571696;REFB=0.00108555;REVB=0.033834;RO=31;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029835;STB=0.516638;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.000103403;OID=.;OPOS=24545835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:13:18:19:12:13:18:19:12 chr14 24551796 . A C 59.24 PASS AF=0.0787402;AO=10;DP=129;FAO=10;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=107;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=66;FWDB=-0.0423886;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6379;QD=1.86567;RBI=0.0477757;REFB=-0.00340298;REVB=-0.0220391;RO=95;SAF=5;SAR=5;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104869;STB=0.606634;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.146415;OID=.;OPOS=24551796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:129:127:95:107:10:10:0.0787402:5:5:39:56:5:5:41:66 chr14 24567498 . A C 1936.45 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109833;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.629;QD=61.9663;RBI=0.0592471;REFB=0;REVB=-0.0582202;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240389;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:69:56:0:0:69:56:0:0 chr14 24567508 . T C 610.32 PASS AF=0.5;AO=61;DP=125;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0111736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.598;QD=19.3751;RBI=0.0115812;REFB=-0.000629067;REVB=-0.00304516;RO=63;SAF=24;SAR=37;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092759;STB=0.548721;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000873936;OID=.;OPOS=24567508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:63:63:61:63:0.5:37:24:31:32:38:25:31:32 chr14 24569418 . A G 475.26 PASS AF=0.452174;AO=51;DP=114;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=46;FWDB=-0.0341996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.37;QD=16.5308;RBI=0.0389964;REFB=-0.0187849;REVB=-0.0187377;RO=50;SAF=28;SAR=23;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255354;STB=0.644685;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0235936;OID=.;OPOS=24569418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:50:63:51:52:0.452174:23:28:13:37:24:28:17:46 chr14 24614361 . T G 1242.6 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.832;QD=61.3627;RBI=0.0445107;REFB=0;REVB=0.0363863;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015251;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:48:30:0:0:50:31:0:0 chr14 24615435 . T C 530.04 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00851422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.606;QD=18.121;RBI=0.00941647;REFB=-0.0208823;REVB=0.00402218;RO=61;SAF=26;SAR=30;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413395;STB=0.522928;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0175613;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:61:56:56:0.478632:30:26:31:30:30:26:31:30 chr14 24617238 . C T 327.73 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00358041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.881;QD=15.243;RBI=0.0234783;REFB=-0.0171876;REVB=0.0232037;RO=50;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00801626;STB=0.504531;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0337551;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:17:19:26:24:17:19:26:24 chr14 24620467 . C T 280.08 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0210371;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6849;QD=16.4752;RBI=0.0227347;REFB=-0.000450626;REVB=0.00862009;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129215;STB=0.557637;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.000769334;OID=.;OPOS=24620467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:16:15:13:24:16:15:14:23 chr14 24629744 . G A 443.72 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.015195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.799;QD=17.2317;RBI=0.0156668;REFB=-0.00560425;REVB=0.00381571;RO=55;SAF=18;SAR=30;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165952;STB=0.592553;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00786232;OID=.;OPOS=24629744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:30:18:30:25:30:18:30:25 chr14 24641838 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0357853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.93;QD=10.3792;RBI=0.0434778;REFB=-0.005162;REVB=-0.0246926;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189101;STB=0.613789;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0358226;OID=.;OPOS=24641838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:6:10:4:5:6:10 chr14 24642348 . C T 412.98 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0204308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.361;QD=24.2932;RBI=0.0395466;REFB=-0.0106753;REVB=0.0338602;RO=28;SAF=20;SAR=20;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268034;STB=0.514699;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00671411;OID=.;OPOS=24642348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:20:20:15:13:20:20:15:13 chr14 24646406 . G A,GGAA 606.23 PASS AF=0.0416667,0.875;AO=4,37;DP=49;FAO=2,42;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=2,21;FSAR=0,21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0538805,-0.0246274;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=54.5227,228.704;QD=50.5193;RBI=0.0568258,0.0248886;REFB=0.0481346,-0.0550474;REVB=0.0180571,0.00359624;RO=8;SAF=3,17;SAR=1,20;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.32623e-08,-0.0957828;STB=0.991616,0.521729;STBP=0.422,0.37;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0365517,0.00259801;OID=.,.;OPOS=24646406,24646407;OREF=G,-;OALT=A,GAA;OMAPALT=A,GGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:49:48:8:4:4,37:2,42:0.0416667,0.875:1,20:3,17:6:2:0,21:2,21:3:1 chr14 24647814 . T C 754.95 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.642;QD=56.9777;RBI=0.11513;REFB=0;REVB=0.0178122;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480836;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:28:22:0:0:28:25:0:0 chr14 24652882 . A G 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0207423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.96;QD=21.8931;RBI=0.0279136;REFB=-0.0176243;REVB=-0.0186795;RO=36;SAF=23;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632048;STB=0.534867;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0139665;OID=.;OPOS=24652882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:19:23:17:19:19:23:17:19 chr14 24653523 . G C 192.79 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0100161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.098;QD=40.5871;RBI=0.0197247;REFB=-0.0148658;REVB=0.0169924;RO=2;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831816;STB=0.545402;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00187459;OID=.;OPOS=24653523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:7:10:2:0:7:10:2:0 chr14 24653954 . G A 173.96 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0168802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.657;QD=19.3288;RBI=0.0397033;REFB=-0.0257277;REVB=0.0359362;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507894;STB=0.528814;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0227506;OID=.;OPOS=24653954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:8:10:11:7:8:10 chr14 24653965 . C T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.039322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.309;QD=18.7119;RBI=0.039363;REFB=-0.0113311;REVB=0.00179668;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702603;STB=0.539834;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0114473;OID=.;OPOS=24653965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:7:12:10:8:7:12 chr14 24654489 . T A,C 1143.81 PASS AF=0.0649351,0.935065;AO=5,71;DP=76;FAO=5,72;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=5,29;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265789,0.0180013;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=12.7209,156.486;QD=59.4188;RBI=0.0275805,0.0275467;REFB=0,0;REVB=-0.00736526,-0.0208512;RO=0;SAF=5,28;SAR=0,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.30751e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.10701,0.000932038;OID=.,.;OPOS=24654489,24654489;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:76:77:0:0:5,71:5,72:0.0649351,0.935065:0,43:5,28:0:0:0,43:5,29:0:0 chr14 24657407 . T G 1089.76 PASS AF=1;AO=43;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.387;QD=60.542;RBI=0.123653;REFB=0;REVB=0.115627;RO=0;SAF=35;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465388;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:43:72:1:8:35:0:0:36:36:0:0 chr14 24682767 . C T 307.21 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0114183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4711;QD=15.5547;RBI=0.0236837;REFB=-0.0140448;REVB=0.0207495;RO=45;SAF=11;SAR=23;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219788;STB=0.62444;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0146552;OID=.;OPOS=24682767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:23:11:24:21:23:11:24:21 chr14 24683266 . CA C 128.25 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0179834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.834;QD=11.9304;RBI=0.0676989;REFB=0.0278891;REVB=-0.0652667;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136701;STB=0.605286;STBP=0.194;TYPE=del;VARB=-0.0391477;OID=.;OPOS=24683267;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:20:43:21:43:22:11:10:16:6:99:20:11:9:14:6 chr14 24702789 . C T 698.45 PASS AF=0.567797;AO=67;DP=118;FAO=67;FDP=118;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00865601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.617;QD=23.6763;RBI=0.00869121;REFB=-0.0191309;REVB=-0.000781349;RO=51;SAF=35;SAR=32;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997433;STB=0.505446;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0146592;OID=.;OPOS=24702789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:51:51:67:67:0.567797:32:35:26:25:32:35:26:25 chr14 24728294 . G T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00580796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.724;QD=24.5166;RBI=0.0272098;REFB=-0.012584;REVB=0.0265827;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148691;STB=0.58264;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0128922;OID=.;OPOS=24728294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:16:11:13:9:16:11:13:9 chr14 24731043 . C T 306.92 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0223443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.834;QD=18.0543;RBI=0.0223524;REFB=-0.013657;REVB=-0.000603059;RO=35;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533718;STB=0.529813;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0123636;OID=.;OPOS=24731043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:17:16:19:16:17:16:19:16 chr14 24771256 . T C 2276.23 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.281;QD=62.7926;RBI=0.0594031;REFB=0.0195258;REVB=0.0531038;RO=1;SAF=48;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00497969;STB=0.502617;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-4.69795e-06;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:145:1:1:143:144:0.993103:95:48:0:1:95:49:0:1 chr14 24785092 . G T 156.33 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0725448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.982;QD=13.3046;RBI=0.0733213;REFB=-0.0229378;REVB=-0.0106422;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610216;STB=0.563039;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0344727;OID=.;OPOS=24785092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:29:17:18:0.382979:10:7:10:18:10:8:10:19 chr14 24786060 . G A 544.84 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.00570568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.7;QD=22.9407;RBI=0.00824835;REFB=-0.0584059;REVB=0.00595655;RO=44;SAF=15;SAR=36;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00135401;STB=0.500745;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0606002;OID=.;OPOS=24786060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:44:51:51:0.536842:36:15:13:31:36:15:13:31 chr14 24786293 . T G 310.21 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0138972;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.249;QD=34.4672;RBI=0.0153219;REFB=-0.00694205;REVB=0.00645205;RO=0;SAF=2;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21284e-08;STB=0.773918;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00518013;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:36:0:10:26:26:0.722222:24:2:0:0:24:2:6:4 chr14 24786976 . T C 754.23 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.65;QD=56.9232;RBI=0.0270743;REFB=0;REVB=0.0251788;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136465;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr14 24793600 . G A 619.22 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259971;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.387;QD=61.9215;RBI=0.00930675;REFB=0;REVB=0.00893628;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107659;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr14 24795495 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.862;QD=58.1418;RBI=0.0664024;REFB=0;REVB=0.0343921;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570514;OID=.;OPOS=24795495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr14 24801960 . G C 388.02 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00150467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2556;QD=14.371;RBI=0.0209086;REFB=-0.00814325;REVB=0.0208544;RO=62;SAF=22;SAR=23;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114364;STB=0.501852;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0114436;OID=.;OPOS=24801960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:62:63:45:45:0.416667:23:22:31:31:23:22:31:32 chr14 24805463 . G T 468.75 PASS AF=0.528736;AO=44;DP=80;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0632114;FXX=0.0113623;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.6507;QD=21.5515;RBI=0.0635115;REFB=-0.0647621;REVB=0.00616744;RO=35;SAF=27;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825517;STB=0.557957;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0594556;OID=.;OPOS=24805463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:87:35:41:44:46:0.528736:17:27:18:17:17:29:21:20 chr14 24821299 . C T 367.2 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0190106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1382;QD=19.0751;RBI=0.0724145;REFB=0.00728768;REVB=-0.0698746;RO=39;SAF=17;SAR=21;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106082;STB=0.559013;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00957793;OID=.;OPOS=24821299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:21:17:22:17:21:17:22:17 chr14 24836815 . C G 466.09 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00338855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.273;QD=25.1942;RBI=0.00341567;REFB=-0.0255332;REVB=0.000429574;RO=29;SAF=27;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147327;STB=0.587646;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0155849;OID=.;OPOS=24836815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:30:44:44:0.594595:17:27:12:17:17:27:12:18 chr14 24838937 . C T 409.72 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.000238245;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2333;QD=17.8137;RBI=0.00544458;REFB=-0.00110759;REVB=0.00543936;RO=46;SAF=28;SAR=14;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103753;STB=0.559295;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00135811;OID=.;OPOS=24838937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:50:42:42:0.456522:14:28:35:11:14:28:38:12 chr14 24839165 . C T 412.43 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0437401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2267;QD=18.7466;RBI=0.0651089;REFB=-0.00681892;REVB=-0.0482283;RO=46;SAF=18;SAR=24;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128178;STB=0.571395;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00740507;OID=.;OPOS=24839165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:24:18:26:20:24:18:26:20 chr14 24846757 . A G 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00916974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.091;QD=13.7268;RBI=0.00935068;REFB=-0.0293568;REVB=0.00183063;RO=36;SAF=7;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323723;STB=0.685561;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0208379;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:18:7:21:15:18:7:21:15 chr14 24846961 . G T 109.0 PASS AF=0.5;AO=11;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00956493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.208;QD=15.5709;RBI=0.0245952;REFB=-0.0219712;REVB=0.0226591;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0225617;OID=.;OPOS=24846961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:11:14:0.5:8:3:5:9:9:5:5:9 chr14 24877889 . A C 419.47 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00983595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.248;QD=25.8135;RBI=0.0333445;REFB=-0.0187512;REVB=-0.0318608;RO=25;SAF=30;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221001;STB=0.621556;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0122843;OID=.;OPOS=24877889;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:10:30:12:13:10:30:12:13 chr14 24878370 . C T 500.93 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00309649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.123;QD=21.7797;RBI=0.0120101;REFB=-0.00604646;REVB=-0.0116041;RO=42;SAF=22;SAR=26;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107889;STB=0.568238;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00578251;OID=.;OPOS=24878370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:44:48:48:0.521739:26:22:14:28:26:22:14:30 chr14 24888335 . T C 324.72 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=46;FWDB=0.0226704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3473;QD=14.5942;RBI=0.0420191;REFB=-0.000204194;REVB=-0.0353788;RO=52;SAF=8;SAR=28;SRF=7;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145947;STB=0.584938;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.000201045;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:53:36:36:0.404494:28:8:7:45:28:8:7:46 chr14 24898558 . C T 1307.93 PASS AF=0.956044;AO=86;DP=90;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0543893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.829;QD=57.4914;RBI=0.0553359;REFB=-0.0133572;REVB=-0.0101913;RO=1;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090249;STB=0.516457;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000371633;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:90:91:1:4:86:87:0.956044:52:34:0:1:53:34:3:1 chr14 24901248 . A AC 151.71 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108045;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.194;QD=40.4549;RBI=0.108231;REFB=0;REVB=-0.00633415;RO=12;SAF=2;SAR=0;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.593836;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00235826;OID=.;OPOS=24901249;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:16:15:15:0:7:8:0:0:4:12:2:0:5:7 chr14 24901249 . A C 121.63 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0408656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.644;QD=30.4071;RBI=0.0612582;REFB=-0.00203967;REVB=0.0456352;RO=2;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149612;STB=0.538402;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00132521;OID=.;OPOS=24901249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:16:16:2:3:12:13:0.8125:7:5:2:0:7:6:2:1 chr14 24901276 . G T 62.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0902276;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.3619;QD=22.728;RBI=0.156025;REFB=-0.12402;REVB=-0.12729;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.635921;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0686814;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:11:11:3:3:5:5:0.454545:1:4:3:0:1:4:3:0 chr14 24906534 . G A 460.12 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0202453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8431;QD=21.1549;RBI=0.0210823;REFB=-0.0334859;REVB=0.00588138;RO=42;SAF=28;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191342;STB=0.605826;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0275771;OID=.;OPOS=24906534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:17:28:17:25:17:28:17:25 chr14 24907508 . C CA 413.84 PASS AF=0.442529;AO=74;DP=187;FAO=77;FDP=174;FR=.;FRO=97;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.0338811;FXX=0.0169482;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.458;QD=9.51364;RBI=0.0343767;REFB=-0.0342914;REVB=0.00581595;RO=110;SAF=35;SAR=39;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391659;STB=0.526585;STBP=0.572;TYPE=ins;VARB=0.0384852;OID=.;OPOS=24907509;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442529:74:187:77:174:97:37:40:42:55:99:110:35:39:48:62 chr14 24907552 . C T 498.02 PASS AF=0.419847;AO=55;DP=131;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.00264123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.918;QD=15.2068;RBI=0.0104139;REFB=-0.0124956;REVB=-0.0100734;RO=76;SAF=25;SAR=30;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748307;STB=0.5042;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0157987;OID=.;OPOS=24907552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:76:76:55:55:0.419847:30:25:34:42:30:25:34:42 chr14 24907580 . G A 290.08 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0280414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.884;QD=11.8402;RBI=0.0280961;REFB=-0.00645178;REVB=0.00175372;RO=64;SAF=15;SAR=19;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00421904;STB=0.502435;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0102716;OID=.;OPOS=24907580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:64:34:34:0.346939:19:15:28:36:19:15:28:36 chr14 24909362 . T C 637.04 PASS AF=0.615385;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=91;FR=.;FRO=35;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0152802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.82;QD=28.0016;RBI=0.020679;REFB=-0.00424831;REVB=-0.0139332;RO=35;SAF=36;SAR=20;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234282;STB=0.627529;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00240845;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:35:35:56:56:0.615385:20:36:11:24:20:36:11:24 chr14 24909475 . C G 213.96 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0111728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.005;QD=20.8743;RBI=0.0398439;REFB=-0.0233275;REVB=-0.0382453;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126672;STB=0.586122;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.018494;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:7:14:10:9:7:14:10:10 chr14 24909629 . C A 937.01 PASS AF=0.819149;AO=43;DP=96;FAO=77;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.00280116;FXX=0.0873702;HRUN=6;LEN=1;MLLD=77.6712;QD=39.8726;RBI=0.0183135;REFB=-0.0351913;REVB=-0.018098;RO=3;SAF=35;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907532;STB=0.563688;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0184362;OID=.;OPOS=24909629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:96:94:3:13:43:77:0.819149:8:35:1:2:37:40:1:12 chr14 24909731 . C T 238.45 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0505893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1673;QD=14.0266;RBI=0.0509441;REFB=-0.0290048;REVB=-0.0060018;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111111;STB=0.506325;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0500494;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:15:13:19:21:15:13:19:21 chr14 24910210 . C A 596.06 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=-0.00601356;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.06;QD=17.6611;RBI=0.00816182;REFB=-0.0114589;REVB=-0.00551838;RO=73;SAF=37;SAR=25;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256562;STB=0.642226;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.018247;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:73:73:62:62:0.459259:25:37:24:49:25:37:24:49 chr14 24910973 . TT GA 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0126535;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=108.676;QD=18.9419;RBI=0.0422665;REFB=-0.0198878;REVB=0.040328;RO=37;SAF=22;SAR=15;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103304;STB=0.54792;STBP=0.463;TYPE=mnp;VARB=0.0174052;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:37:37:0.493333:15:22:26:11:15:22:26:12 chr14 24911452 . T C 192.87 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0626196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.502;QD=23.3779;RBI=0.0666525;REFB=-0.0211871;REVB=0.0228329;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195537;STB=0.593553;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0122105;OID=.;OPOS=24911452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:14:19:19:0.575758:8:11:4:9:8:11:5:9 chr14 24970942 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2891;QD=62.0208;RBI=0.0163587;REFB=0;REVB=-0.0096021;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41546e-05;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr14 24975435 . G T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00271988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.404;QD=57.6807;RBI=0.00584142;REFB=0;REVB=0.00516957;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22127e-06;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr14 25043671 . T C 221.1 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00819517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0864;QD=32.7562;RBI=0.0131657;REFB=-0.017282;REVB=0.0103041;RO=7;SAF=2;SAR=18;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197506;STB=0.610042;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00681777;OID=.;OPOS=25043671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:18:2:2:5:18:2:2:5 chr14 25076836 . G A 151.62 PASS AF=0.171598;AO=29;DP=169;FAO=29;FDP=169;FR=.;FRO=140;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=72;FWDB=-0.00574641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6526;QD=3.58851;RBI=0.058904;REFB=-0.00889945;REVB=-0.058623;RO=138;SAF=20;SAR=9;SRF=66;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273302;STB=0.671522;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0418868;OID=.;OPOS=25076836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:138:140:29:29:0.171598:9:20:66:72:9:20:68:72 chr14 25076877 . G C 73.65 PASS AF=0.104396;AO=19;DP=184;FAO=19;FDP=182;FR=.,HEALED;FRO=161;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=77;FSRR=84;FWDB=0.00177418;FXX=0.010869;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.6;QD=1.61873;RBI=0.069399;REFB=-0.00460781;REVB=-0.0693763;RO=136;SAF=15;SAR=4;SRF=74;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326482;STB=0.78169;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0401645;OID=.;OPOS=25076877;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:184:182:136:161:19:19:0.104396:4:15:74:62:4:15:77:84 chr14 25100282 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00457856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.554;QD=15.262;RBI=0.0105513;REFB=0.00861564;REVB=0.00950614;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366376;STB=0.521244;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0153428;OID=.;OPOS=25100282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:8:8:7:6:8:8 chr14 25101589 . G C 117.11 PASS AF=0.184211;AO=21;DP=116;FAO=21;FDP=114;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.00356632;FXX=0.0172399;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.02;QD=4.10898;RBI=0.0345841;REFB=-0.00555353;REVB=-0.0343998;RO=93;SAF=16;SAR=5;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374804;STB=0.742032;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0206943;OID=.;OPOS=25101589;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:93:93:21:21:0.184211:5:16:44:49:5:16:44:49 chr14 25101629 . T C 218.26 PASS AF=0.235714;AO=33;DP=140;FAO=33;FDP=140;FR=.;FRO=107;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=0.0165164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4572;QD=6.23593;RBI=0.0437962;REFB=-6.42199e-05;REVB=0.0405626;RO=107;SAF=20;SAR=13;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252403;STB=0.652729;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.001285;OID=.;OPOS=25101629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:107:107:33:33:0.235714:13:20:43:64:13:20:43:64 chr14 25101878 . C CT 449.01 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0123132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.3662;QD=13.5042;RBI=0.0384706;REFB=-0.0130066;REVB=0.0364468;RO=68;SAF=22;SAR=44;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120706;STB=0.562143;STBP=0.169;TYPE=ins;VARB=0.0124234;OID=.;OPOS=25101879;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.496241:66:134:66:133:67:22:44:30:37:99:68:22:44:31:37 chr14 25102160 . C T 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0136743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2943;QD=16.1556;RBI=0.0137767;REFB=-0.00998964;REVB=0.00167668;RO=32;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676627;STB=0.53823;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0164354;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:17:10:14:18:17:10:14:18 chr14 25103409 . T C 383.38 PASS AF=0.424528;AO=42;DP=103;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=-0.00849192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.308;QD=14.4671;RBI=0.00889645;REFB=-0.0158089;REVB=0.00265219;RO=61;SAF=8;SAR=34;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156399;STB=0.537899;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0216914;OID=.;OPOS=25103409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:61:61:42:45:0.424528:34:8:18:43:34:11:18:43 chr14 25103414 . G A 414.24 PASS AF=0.447619;AO=46;DP=104;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=0.000910659;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.251;QD=15.7804;RBI=0.00129202;REFB=-0.00808882;REVB=0.000916521;RO=58;SAF=11;SAR=35;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917121;STB=0.555294;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00686086;OID=.;OPOS=25103414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:58:58:46:47:0.447619:35:11:18:40:36:11:18:40 chr14 27065164 . GA TT 58.47 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00343843;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=106.368;QD=12.3099;RBI=0.0121306;REFB=-0.00766631;REVB=0.011633;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286032;STB=0.517197;STBP=0.962;TYPE=mnp;VARB=0.0105803;OID=.;OPOS=27065164;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:3:8:6:2:3:8 chr14 29238428 . CCTTTT C 231.19 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0103004;FXX=0.0652032;HRUN=2;LEN=5;MLLD=295.785;QD=21.5057;RBI=0.0158763;REFB=-0.00544554;REVB=0.0120813;RO=17;SAF=17;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095855;STB=0.526659;STBP=0.655;TYPE=del;VARB=0.00196188;OID=.;OPOS=29238429;OREF=CTTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.651163:28:47:28:43:15:17:11:8:7:80:17:17:11:8:9 chr14 29261304 . TAAAAAAAAC TAAAAAAAC,TAAAAAAACAAAC,TAAAAAACAA,TAAAAAACAAAC 237.08 PASS AF=0.130435,0.782609,0,0.0434783;AO=4,12,2,3;DP=28;FAO=3,18,0,1;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=3,11,0,0;FSAR=0,7,0,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.216555,-0.0341489,-0.0486686,-0.0476377;FXX=0.0416493;HRUN=8,0,8,0;LEN=1,3,3,2;MLLD=7.37963,172.204,29.5665,167.889;QD=41.232;RBI=0.366202,0.0722773,0.0636696,0.0846732;REFB=-0.090413,-0.0761996,-0.117529,-0.0728093;REVB=0.29531,0.0637014,0.041051,0.0700014;RO=1;SAF=4,9,0,2;SAR=0,3,2,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-0.0475628,-0.697199,-0.163246;STB=0.5,0.521715,0.5,0.989913;STBP=1,0.522,1,0.496;TYPE=del,ins,mnp,ins;VARB=0.128716,0.00288159,0,0.0178736;OID=.,.,.,.;OPOS=29261305,29261310,29261311,29261310;OREF=A,-,AAC,-;OALT=-,AAC,CAA,AC;OMAPALT=TAAAAAAAC,TAAAAAAACAAAC,TAAAAAACAA,TAAAAAACAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.130435,0.782609,0,0.0434783:4,12,2,3:28:3,18,0,1:23:1:3,11,0,0:0,7,0,1:1:0:13:1:4,9,0,2:0,3,2,1:1:0 chr14 30045978 . C T 433.76 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0198869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.443;QD=23.4465;RBI=0.0210792;REFB=-0.0133747;REVB=0.00698884;RO=30;SAF=22;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686447;STB=0.550682;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00857979;OID=.;OPOS=30045978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:30:32:42:42:0.567568:20:22:13:17:20:22:13:19 chr14 31059969 . G A 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0256387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2789;QD=17.0702;RBI=0.0352272;REFB=-0.0116864;REVB=-0.0241582;RO=35;SAF=10;SAR=21;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00900053;STB=0.505047;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00940913;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:21:10:11:24:21:10:11:24 chr14 31099738 . A G 356.76 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00697131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5598;QD=16.7885;RBI=0.00869734;REFB=-0.0307709;REVB=0.00520044;RO=46;SAF=15;SAR=23;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125754;STB=0.576762;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0362423;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:47:38:38:0.447059:23:15:24:22:23:15:25:22 chr14 31108977 . T C 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00831626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.703;QD=21.7158;RBI=0.0107465;REFB=-0.0151394;REVB=-0.00680642;RO=39;SAF=22;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109121;STB=0.506021;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0120578;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:22:22:20:19:22:22:20:19 chr14 31191772 . T C 432.9 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.00332292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.026;QD=16.1831;RBI=0.00822357;REFB=-0.00579574;REVB=0.00752232;RO=58;SAF=12;SAR=36;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134487;STB=0.582821;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0080926;OID=.;OPOS=31191772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:59:48:48:0.448598:36:12:21:37:36:12:22:37 chr14 31355096 . C G 979.41 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567085;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.189;QD=59.3583;RBI=0.00580563;REFB=0;REVB=-0.0012437;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4209e-05;OID=.;OPOS=31355096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr14 31359847 . T A 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000198275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7878;QD=60.7152;RBI=0.0386901;REFB=0;REVB=0.0386896;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233678;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr14 31381351 . T C 324.81 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0277555;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.37;QD=22.4006;RBI=0.0277759;REFB=-0.0208834;REVB=0.00106249;RO=25;SAF=16;SAR=17;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258166;STB=0.641272;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0266685;OID=.;OPOS=31381351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:17:16:4:21:17:16:4:21 chr14 31569385 . C T 81.57 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0142517;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5285;QD=7.76821;RBI=0.0436662;REFB=-0.0108337;REVB=-0.0412751;RO=31;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224394;STB=0.63806;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0152401;OID=.;OPOS=31569385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:43:42:31:31:11:11:0.261905:5:6:11:20:5:6:11:20 chr14 31582380 . A G 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.094;QD=56.9974;RBI=0.101018;REFB=0;REVB=0.095604;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136348;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr14 31647241 . G A 257.95 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0164336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3732;QD=11.5933;RBI=0.0372205;REFB=-0.00802352;REVB=-0.0333961;RO=57;SAF=16;SAR=15;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475732;STB=0.532926;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0128535;OID=.;OPOS=31647241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:58:31:31:0.348315:15:16:27:30:15:16:27:31 chr14 31819047 . C T 965.51 PASS AF=0.985507;AO=65;DP=66;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0408475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.745;QD=55.9718;RBI=0.0408996;REFB=-0.15122;REVB=0.0020641;RO=1;SAF=47;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255165;STB=0.51351;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000964314;OID=.;OPOS=31819047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:69:1:1:65:68:0.985507:18:47:0:1:18:50:0:1 chr14 31819913 . A G 418.13 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0398428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2258;QD=53.9528;RBI=0.0581753;REFB=-0.111121;REVB=0.0423901;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00230387;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:16:14:0:0:16:14:0:1 chr14 31864485 . G C 1629.56 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0201146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.683;QD=58.1986;RBI=0.0315518;REFB=-0.142932;REVB=0.0243088;RO=1;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904204;STB=0.509432;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00106785;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:1:2:110:110:0.982143:52:58:0:1:52:58:0:2 chr14 32047217 . T C 1157.91 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7917;QD=59.38;RBI=0.0730698;REFB=-0.114375;REVB=0.0711218;RO=1;SAF=8;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00690989;STB=0.503596;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00153026;OID=.;OPOS=32047217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:68:8:0:1:69:8:0:1 chr14 32123347 . A C 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6375;QD=51.911;RBI=0.149105;REFB=0;REVB=0.00736609;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457567;OID=.;OPOS=32123347;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr14 32131273 . G A 871.99 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383978;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1282;QD=58.1325;RBI=0.0463035;REFB=0;REVB=0.025877;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60512e-05;OID=.;OPOS=32131273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr14 32414145 . C A,G 895.33 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=57,6;DP=63;FAO=57,6;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33,6;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256195,0.0668664;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=138.937,13.5824;QD=56.8463;RBI=0.0406516,0.0702572;REFB=0,0;REVB=0.0315626,-0.0215631;RO=0;SAF=33,6;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.25003e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000197206,0.0732251;OID=.,.;OPOS=32414145,32414145;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:63:63:0:0:57,6:57,6:0.904762,0.0952381:24,0:33,6:0:0:24,0:33,6:0:0 chr14 32419331 . C T 393.31 PASS AF=0.469388;AO=39;DP=91;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00382536;FXX=0.0392118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.184;QD=16.0535;RBI=0.00578714;REFB=-0.013513;REVB=0.00434254;RO=52;SAF=23;SAR=16;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149796;STB=0.614144;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0245011;OID=.;OPOS=32419331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:98:52:52:39:46:0.469388:16:23:23:29:16:30:23:29 chr14 32960254 . G A 1834.13 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0246763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1678;QD=60.1353;RBI=0.0322298;REFB=-0.143898;REVB=0.0207327;RO=0;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00177661;OID=.;OPOS=32960254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:0:1:121:121:0.991803:65:56:0:0:65:56:1:0 chr14 33015014 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.951;QD=51.1846;RBI=0.0223171;REFB=0;REVB=-0.0218685;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000556857;OID=.;OPOS=33015014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr14 33046388 . A G 748.76 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00495757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.999;QD=51.6386;RBI=0.0355925;REFB=-0.0671446;REVB=0.0352455;RO=3;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387074;STB=0.520541;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000561749;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:35:20:0:3:35:20:0:3 chr14 33291494 . C T 837.17 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.64615e-05;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170;QD=57.7356;RBI=0.00810236;REFB=0;REVB=-0.00810232;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56369e-05;OID=.;OPOS=33291494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr14 33292743 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=371.042;QD=52.6132;RBI=0.0389621;REFB=0;REVB=0.0182874;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66888e-05;OID=.;OPOS=33292743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr14 33292914 . A C 379.81 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.15382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0186;QD=52.3877;RBI=0.161126;REFB=-0.0178937;REVB=0.0479686;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00575005;OID=.;OPOS=33292914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:13:14:1:0:14:14:1:0 chr14 33293122 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.299;QD=60.9785;RBI=0.0167928;REFB=0;REVB=-0.00426193;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85018e-05;OID=.;OPOS=33293122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr14 34047414 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.151086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2437;QD=15.2588;RBI=0.152526;REFB=-0.0314923;REVB=-0.0209126;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183473;STB=0.60839;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0117389;OID=.;OPOS=34047414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:4:2:4:3:4:2 chr14 34393602 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8563;QD=49.5985;RBI=0.0543861;REFB=0;REVB=0.0489162;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219487;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr14 34394733 . C T 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0128856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.696;QD=9.88577;RBI=0.0149901;REFB=-0.0132525;REVB=0.00765919;RO=39;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16713;STB=0.598785;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0186128;OID=.;OPOS=34394733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:7:12:19:20:7:12:19:20 chr14 34419792 . AGGGC ACGGC,AGGCC,AGGC,AGGG 231.96 PASS AF=0.025641,0,0.615385,0;AO=2,2,20,5;DP=40;FAO=1,0,24,0;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=0,0,1,0;FSAR=1,0,23,0;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0612628,0.209506,-0.0540596,-0.444303;FXX=0.0249938;HRUN=3,3,3,4;LEN=1,1,1,1;MLLD=95.5303,14.9307,17.6896,18.1642;QD=23.791;RBI=0.0838857,0.265788,0.17343,0.469093;REFB=-0.0102698,-0.0551334,-0.118786,-0.00958488;REVB=-0.0573034,-0.163555,-0.164789,0.150477;RO=6;SAF=0,0,1,5;SAR=2,2,19,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0.403226;SSSB=-0.658493,-0.658493,-0.56152,0.716421;STB=0.992093,0.5,0.891025,0.5;STBP=0.266,1,0,1;TYPE=snp,snp,del,del;VARB=0.00680771,0,0.0712635,0.0990812;OID=.,.,.,.;OPOS=34419793,34419795,34419793,34419796;OREF=G,G,G,C;OALT=C,C,-,-;OMAPALT=ACGGC,AGGCC,AGGC,AGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.025641,0,0.615385,0:2,2,20,5:40:1,0,24,0:39:14:0,0,1,0:1,0,23,0:9:5:70:6:0,0,1,5:2,2,19,0:4:2 chr14 35062312 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.786;QD=61.3363;RBI=0.0231624;REFB=0;REVB=0.0208256;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27872e-05;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr14 35181786 . T C 486.23 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0262377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9424;QD=21.3726;RBI=0.0284873;REFB=-0.0008335;REVB=0.0110954;RO=44;SAF=21;SAR=26;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743553;STB=0.541013;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00131482;OID=.;OPOS=35181786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:26:21:16:28:26:21:16:28 chr14 35242828 . G A 210.02 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00320506;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.298;QD=15.5573;RBI=0.030739;REFB=-0.0412326;REVB=-0.0305714;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234201;STB=0.509486;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.049012;OID=.;OPOS=35242828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:30:24:24:0.444444:10:14:17:11:10:14:17:13 chr14 35477846 . A T 533.57 PASS AF=0.423358;AO=55;DP=135;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.00842894;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.948;QD=15.5788;RBI=0.0440963;REFB=-0.0148506;REVB=0.0432832;RO=79;SAF=22;SAR=33;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598954;STB=0.545724;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0336546;OID=.;OPOS=35477846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:79:79:55:58:0.423358:33:22:36:43:36:22:36:43 chr14 35591174 . T C 636.29 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0317236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9316;QD=21.7534;RBI=0.0531656;REFB=-0.0201526;REVB=-0.0426637;RO=53;SAF=35;SAR=28;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387194;STB=0.517236;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0160188;OID=.;OPOS=35591174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:53:54:63:63:0.538462:28:35:27:26:28:35:28:26 chr14 35592538 . C G 330.01 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0083613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1157;QD=18.3341;RBI=0.0230143;REFB=-0.021636;REVB=0.0214417;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767679;STB=0.542833;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0236591;OID=.;OPOS=35592538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:19:16:20:17:19:16:20:17 chr14 35761675 . C G 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0148602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.107;QD=15.9137;RBI=0.028073;REFB=-0.0379137;REVB=0.0238174;RO=37;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502478;STB=0.528283;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0196682;OID=.;OPOS=35761675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:18:12:13:24:18:12:13:24 chr14 35778191 . C T 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00649402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.803;QD=18.8071;RBI=0.0116439;REFB=-0.000223276;REVB=0.00966483;RO=37;SAF=12;SAR=24;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00925291;STB=0.505152;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.000264047;OID=.;OPOS=35778191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:24:12:12:25:24:12:12:25 chr14 36003547 . GGC G,GG 382.62 PASS AF=0.973684,0;AO=13,4;DP=39;FAO=37,0;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=7,0;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.200904,-0.387727;FXX=0.0499875;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=22.8181,12.7656;QD=40.2759;RBI=0.231449,0.390215;REFB=-0.086741,0.00856023;REVB=0.114918,0.0439888;RO=1;SAF=0,1;SAR=13,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.5,0;SSEP=0,0.533333;SSSB=0,0.119989;STB=0.508192,0.5;STBP=0.629,1;TYPE=del,del;VARB=0.0180097,0.050502;OID=.,.;OPOS=36003548,36003549;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.973684,0:13,4:39:37,0:38:1:7,0:30,0:0:1:3:1:0,1:13,3:0:1 chr14 36004075 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.958;QD=43.486;RBI=0.0140578;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363992;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr14 36004247 . C CG 56.45 PASS AF=0.159763;AO=34;DP=174;FAO=27;FDP=169;FR=.;FRO=142;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=84;FWDB=-0.0742598;FXX=0.0116952;HRUN=0;LEN=1;MLLD=34.6755;QD=1.3362;RBI=0.118202;REFB=-0.0119158;REVB=-0.0919631;RO=138;SAF=24;SAR=10;SRF=58;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36011;STB=0.830129;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.043387;OID=.;OPOS=36004248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.159763:34:174:27:169:142:22:5:58:84:56:138:24:10:58:80 chr14 36334905 . CTTTTTTTTTTTTTTT CTTCTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTA 372.34 PASS AF=0.0648148,0.87963,0,0.0555556;AO=5,27,13,5;DP=111;FAO=7,95,0,6;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=0,63,0,6;FSAR=7,32,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136932,0.209071,0.412363,0.230826;FXX=0.052627;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,2,1,1;MLLD=204.143,5.46701,3.24954,14.9406;QD=13.7903;RBI=0.209826,0.491174,0.895359,0.545795;REFB=-0.00966154,-0.256664,-0.163237,-0.223337;REVB=-0.209379,-0.444456,-0.794748,-0.494582;RO=15;SAF=0,22,13,3;SAR=5,5,0,2;SRF=13;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.810802,-0.0582499,0.773565,-0.365848;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.152836,0.00903193,0.161848,-0.516159;OID=.,.,.,.;OPOS=36334908,36334906,36334906,36334920;OREF=T,TT,T,T;OALT=C,-,-,A;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0648148,0.87963,0,0.0555556:5,27,13,5:111:7,95,0,6:108:0:0,63,0,6:7,32,0,0:0:0:18:15:0,22,13,3:5,5,0,2:13:2 chr14 36400983 . T G 324.52 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0423708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.555;QD=19.6676;RBI=0.0486958;REFB=-0.0125771;REVB=-0.0239999;RO=32;SAF=13;SAR=21;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219244;STB=0.512188;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0127499;OID=.;OPOS=36400983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:21:13:13:19:21:13:13:19 chr14 36789729 . T G 1193.98 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.407;QD=60.4549;RBI=0.0577606;REFB=0;REVB=0.00600596;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9409e-05;OID=.;OPOS=36789729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr14 36789775 . A T 698.97 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00519964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.655;QD=54.8211;RBI=0.0125961;REFB=0.0491184;REVB=-0.0114728;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000711965;OID=.;OPOS=36789775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:24:26:1:0:24:26:1:0 chr14 36789795 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.123;QD=56.1917;RBI=0.0474611;REFB=0;REVB=0.0377007;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638417;OID=.;OPOS=36789795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:19:7:0:0:20:8:0:0 chr14 36840650 . A T 1629.49 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0039758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.25;QD=58.1962;RBI=0.0157026;REFB=-0.0636499;REVB=0.015191;RO=1;SAF=50;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939993;STB=0.509802;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00185164;OID=.;OPOS=36840650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:1:2:110:110:0.982143:60:50:1:0:60:50:2:0 chr14 36947081 . C T 517.17 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0340752;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2609;QD=24.627;RBI=0.0355684;REFB=-0.0221388;REVB=-0.0101976;RO=36;SAF=19;SAR=29;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169073;STB=0.592683;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0183349;OID=.;OPOS=36947081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:36:36:48:48:0.571429:29:19:22:14:29:19:22:14 chr14 37049807 . TTA T,TTT 68.34 PASS AF=0.5,0;AO=6,2;DP=24;FAO=12,0;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9,0;FSAR=3,0;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0861315,-0.00590624;FXX=0;HRUN=6,7;LEN=2,1;MLLD=21.2859,16.11;QD=11.3892;RBI=0.228695,0.0219492;REFB=-0.0728733,0.0430524;REVB=0.211856,0.0211397;RO=14;SAF=5,0;SAR=1,2;SRF=13;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.431373,0;SSSB=-0.235288,-0.78398;STB=0.624826,0.5;STBP=0.411,1;TYPE=del,snp;VARB=0.110918,0;OID=.,.;OPOS=37049808,37049809;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:6,2:24:12,0:24:12:9,0:3,0:11:1:68:14:5,0:1,2:13:1 chr14 37051510 . C G 234.62 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00917865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.096;QD=15.3851;RBI=0.020328;REFB=-0.0331989;REVB=-0.0181378;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327553;STB=0.526679;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0381739;OID=.;OPOS=37051510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:14:13:17:16:14:13:18:16 chr14 37063123 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.427;QD=61.3363;RBI=0.00769633;REFB=0;REVB=0.00463782;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26037e-05;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr14 37063294 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00487103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.826;QD=57.5449;RBI=0.0228079;REFB=0;REVB=0.0222817;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73326e-05;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr14 37135752 . C T 636.99 PASS AF=0.615385;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=91;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0125109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.543;QD=27.9996;RBI=0.0173979;REFB=-0.0139913;REVB=0.0120898;RO=34;SAF=17;SAR=39;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171338;STB=0.600219;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.03839;OID=.;OPOS=37135752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:34:35:56:56:0.615385:39:17:18:16:39:17:19:16 chr14 37135753 . G C 295.71 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.0239609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.464;QD=12.9981;RBI=0.0244957;REFB=-0.0181115;REVB=0.0050906;RO=57;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23242;STB=0.63211;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.010985;OID=.;OPOS=37135753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:16:18:18:39:16:18:18:39 chr14 37180685 . T C 486.4 PASS AF=0.5;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0359616;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.774;QD=19.4559;RBI=0.0359984;REFB=-0.033918;REVB=0.00162814;RO=50;SAF=16;SAR=34;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191058;STB=0.606068;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0274843;OID=.;OPOS=37180685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:50:50:50:50:0.5:34:16:26:24:34:16:26:24 chr14 37203697 . G A 462.26 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.00364791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0402;QD=18.1277;RBI=0.00626719;REFB=-0.0140247;REVB=0.00509611;RO=52;SAF=25;SAR=24;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187829;STB=0.60777;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0169011;OID=.;OPOS=37203697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:53:49:49:0.480392:24:25:16:36:24:25:16:37 chr14 37641880 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.2431;QD=56.7061;RBI=0.0909429;REFB=0;REVB=-0.0312788;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00085177;OID=.;OPOS=37641880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr14 38014889 . A T 184.54 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0714645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9309;QD=12.101;RBI=0.0714744;REFB=-0.0112161;REVB=0.00118959;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151006;STB=0.508713;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0159336;OID=.;OPOS=38014889;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:10:13:22:16:10:13:22:16 chr14 38060427 . T A 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0436592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.629;QD=14.8512;RBI=0.0468644;REFB=-0.00752025;REVB=-0.0170336;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188861;STB=0.608585;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0148726;OID=.;OPOS=38060427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:19:10:10:9:19:10 chr14 38061742 . C T 562.52 PASS AF=1;AO=25;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586766;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.382;QD=60.8129;RBI=0.0850331;REFB=0;REVB=0.0615442;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138498;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:25:37:1:9:16:0:0:19:18:0:0 chr14 38266074 . C T 1396.41 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2042;QD=62.7598;RBI=0.0569045;REFB=0;REVB=-0.0567482;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161633;OID=.;OPOS=38266074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:47:42:0:0:47:42:0:0 chr14 38680648 . A G 217.74 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00183114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7687;QD=13.6088;RBI=0.0108065;REFB=-0.00687629;REVB=0.0106502;RO=38;SAF=22;SAR=4;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284098;STB=0.665333;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0100204;OID=.;OPOS=38680648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:4:22:25:13:4:22:25:13 chr14 38680750 . AGGGC AGGC,AGGCG 114.89 PASS AF=0.298701,0.0519481;AO=26,7;DP=79;FAO=23,4;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=10,4;FSAR=13,0;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.135702,-0.141566;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=14.2284,147.685;QD=5.96838;RBI=0.135901,0.148291;REFB=-0.1409,-0.016738;REVB=0.00735486,-0.0441497;RO=44;SAF=14,7;SAR=12,0;SRF=11;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0.227976,0;SSSB=0.311861,0.760896;STB=0.567145,0.998061;STBP=0.466,0.003;TYPE=del,mnp;VARB=0.151724,0.175787;OID=.,.;OPOS=38680751,38680753;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=AGGC,AGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298701,0.0519481:26,7:79:23,4:77:50:10,4:13,0:17:33:99:44:14,7:12,0:11:33 chr14 38681113 . G A 429.9 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0115672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.797;QD=17.3697;RBI=0.0143404;REFB=-0.0101785;REVB=0.00847631;RO=54;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623057;STB=0.528511;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0120402;OID=.;OPOS=38681113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:44:44:0.444444:25:19:20:34:25:19:21:34 chr14 38681269 . C T 386.58 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0679488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.278;QD=20.8964;RBI=0.0693116;REFB=-0.0113078;REVB=-0.0136768;RO=34;SAF=10;SAR=29;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406576;STB=0.534661;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00760897;OID=.;OPOS=38681269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:35:39:39:0.527027:29:10:10:24:29:10:11:24 chr14 38725285 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00841419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.654;QD=16.9315;RBI=0.0314912;REFB=-0.0217568;REVB=0.0303463;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183634;STB=0.628352;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0171359;OID=.;OPOS=38725285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:4:8:5:6:4:8:5:7 chr14 39556185 . G C 550.87 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.086263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0748;QD=17.9143;RBI=0.0867653;REFB=-0.0082982;REVB=0.00932308;RO=65;SAF=21;SAR=37;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113962;STB=0.563375;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00878113;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:65:58:58:0.471545:37:21:31:34:37:21:31:34 chr14 39639273 . A C 414.04 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0344304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8315;QD=19.0364;RBI=0.0506677;REFB=-0.0202205;REVB=-0.0371721;RO=44;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126046;STB=0.563765;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0160057;OID=.;OPOS=39639273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:45:42:42:0.482759:20:22:17:27:20:22:18:27 chr14 39644498 . G A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0208298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.963;QD=12.2166;RBI=0.0279236;REFB=-0.0112356;REVB=-0.018597;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838765;STB=0.504944;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.020748;OID=.;OPOS=39644498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:9:6:11:16:9:6:11:16 chr14 39645363 . C T 484.19 PASS AF=0.37931;AO=55;DP=144;FAO=55;FDP=145;FR=.;FRO=90;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=-0.050443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1733;QD=13.357;RBI=0.0505235;REFB=0.011402;REVB=0.00285094;RO=89;SAF=18;SAR=37;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658616;STB=0.534729;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0402379;OID=.;OPOS=39645363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:89:90:55:55:0.37931:37:18:34:55:37:18:34:56 chr14 39650234 . A T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.755;QD=42.1825;RBI=0.007308;REFB=0;REVB=0.00558925;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39694e-06;OID=.;OPOS=39650234;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr14 39650924 . A G 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.046417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.687;QD=23.0939;RBI=0.0491797;REFB=-0.00903846;REVB=-0.0162512;RO=12;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192382;STB=0.609608;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00527872;OID=.;OPOS=39650924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:15:2:3:9:15:2:3:9 chr14 39651193 . A G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0124334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.036;QD=18.6419;RBI=0.0153514;REFB=-0.00812056;REVB=-0.00900413;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145822;STB=0.50819;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0100667;OID=.;OPOS=39651193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:15:10:10:16:15:10:10:16 chr14 39703324 . A G 1925.44 PASS AF=0.976923;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0258998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.041;QD=59.2443;RBI=0.0292979;REFB=-0.0982542;REVB=-0.0136956;RO=3;SAF=73;SAR=54;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191251;STB=0.510066;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00081349;OID=.;OPOS=39703324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:130:3:3:127:127:0.976923:54:73:3:0:54:73:3:0 chr14 39716201 . A G 410.31 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00903329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.138;QD=18.2359;RBI=0.0112344;REFB=-0.0019189;REVB=-0.00667923;RO=47;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257311;STB=0.519283;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00202926;OID=.;OPOS=39716201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:48:42:42:0.466667:23:19:20:27:23:19:20:28 chr14 39722023 . G C 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00303079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1683;QD=13.3414;RBI=0.0085768;REFB=-0.0321545;REVB=-0.00802346;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171895;STB=0.598837;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0334436;OID=.;OPOS=39722023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:13:19:9:12:13:19 chr14 39736680 . T C 727.06 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487137;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.883;QD=57.024;RBI=0.0511732;REFB=0;REVB=0.0156739;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02597e-05;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr14 39777676 . G C 1731.47 PASS AF=0.482289;AO=176;DP=363;FAO=177;FDP=367;FR=.;FRO=190;FSAF=94;FSAR=83;FSRF=87;FSRR=103;FWDB=-0.0444663;FXX=0.00541991;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8504;QD=18.8716;RBI=0.0475558;REFB=-0.0276372;REVB=0.0168611;RO=182;SAF=93;SAR=83;SRF=80;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822055;STB=0.537849;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0295313;OID=.;OPOS=39777676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:367:182:190:176:177:0.482289:83:93:80:102:83:94:87:103 chr14 39777762 . A G 793.09 PASS AF=0.41784;AO=89;DP=213;FAO=89;FDP=213;FR=.;FRO=124;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=0.0523588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.88;QD=14.8938;RBI=0.0524144;REFB=-0.0103844;REVB=0.0024145;RO=123;SAF=37;SAR=52;SRF=56;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419142;STB=0.526095;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0152116;OID=.;OPOS=39777762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:123:124:89:89:0.41784:52:37:56:67:52:37:57:67 chr14 39784012 . A G 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0656452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.332;QD=16.1708;RBI=0.0664397;REFB=-0.00489424;REVB=-0.0102445;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140766;STB=0.57991;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00668887;OID=.;OPOS=39784012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:3:17:12:4:3:17 chr14 39784014 . A G 264.95 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00614864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0378;QD=36.5443;RBI=0.0574152;REFB=-0.0359722;REVB=0.057085;RO=6;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145702;STB=0.578884;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00939261;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:29:29:6:6:23:23:0.793103:16:7:0:6:16:7:0:6 chr14 39818028 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.177;QD=63.0523;RBI=0.0190495;REFB=0;REVB=0.0137246;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54784e-05;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr14 39819734 . T G 786.84 PASS AF=0.593496;AO=73;DP=124;FAO=73;FDP=123;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00241128;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.341;QD=25.5884;RBI=0.0186852;REFB=-0.0394444;REVB=0.018529;RO=49;SAF=33;SAR=40;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103139;STB=0.559984;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0225536;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:49:50:73:73:0.593496:40:33:29:20:40:33:30:20 chr14 39868646 . C A 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00328858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.502;QD=27.4988;RBI=0.00372905;REFB=-0.0168652;REVB=0.00175814;RO=9;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170336;STB=0.525521;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0124608;OID=.;OPOS=39868646;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:9:10:19:19:0.655172:10:9:4:5:10:9:4:6 chr14 42360633 . T C 1791.55 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.389;QD=60.7307;RBI=0.0692412;REFB=0;REVB=0.0690374;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53953e-05;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:118:0:0:112:118:1:62:50:0:0:68:50:0:0 chr14 42997963 . A G 319.83 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0292948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.425;QD=18.5411;RBI=0.0296223;REFB=-0.00555213;REVB=-0.00439263;RO=35;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733162;STB=0.540959;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00358559;OID=.;OPOS=42997963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:22:12:15:20:22:12:15:20 chr14 42998026 . T C 999.78 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0139114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.745;QD=56.3257;RBI=0.0240767;REFB=-0.0788374;REVB=0.019651;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503687;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.000100611;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:0:2:68:69:0.971831:42:26:0:0:43:26:1:1 chr14 44974922 . A T 515.7 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0102947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.283;QD=20.027;RBI=0.0109157;REFB=-0.00455562;REVB=-0.00362941;RO=50;SAF=28;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042512;STB=0.523452;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00370645;OID=.;OPOS=44974922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:25:28:24:26:25:28:24:26 chr14 44974966 . G A 454.36 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00316388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.347;QD=17.4753;RBI=0.00370445;REFB=-0.0072461;REVB=-0.00192686;RO=55;SAF=25;SAR=24;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052861;STB=0.5294;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00706344;OID=.;OPOS=44974966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:24:25:25:30:24:25:25:30 chr14 44975052 . A G 304.12 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0178577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.072;QD=17.6299;RBI=0.051597;REFB=-0.0279622;REVB=0.0484082;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836012;STB=0.554344;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0454678;OID=.;OPOS=44975052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:19:14:18:17:19:14:19:17 chr14 44975510 . C T 216.84 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00951021;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.952;QD=27.9792;RBI=0.0126769;REFB=-0.0234266;REVB=0.00838203;RO=11;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152088;STB=0.584331;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0113094;OID=.;OPOS=44975510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:31:11:11:20:20:0.645161:12:8:7:4:12:8:7:4 chr14 44975606 . G T 277.53 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0400913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8996;QD=16.0884;RBI=0.0539345;REFB=-0.0240206;REVB=0.036078;RO=38;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616365;STB=0.534687;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0301878;OID=.;OPOS=44975606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:15:16:22:16:15:16:22:16 chr14 47309496 . G T 435.56 PASS AF=0.478723;AO=36;DP=86;FAO=45;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0167974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.272;QD=18.5345;RBI=0.0170748;REFB=-0.0237049;REVB=0.00306513;RO=27;SAF=15;SAR=21;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221284;STB=0.604412;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0247035;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:94:27:49:36:45:0.478723:21:15:12:15:29:16:27:22 chr14 47341131 . C G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.373;QD=58.1408;RBI=0.0295155;REFB=0;REVB=0.00246168;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187191;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr14 47426637 . C A 688.3 PASS AF=0.472973;AO=68;DP=147;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.0130091;FXX=0.00671096;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0667;QD=18.6028;RBI=0.0287357;REFB=-0.00446881;REVB=0.0256223;RO=78;SAF=31;SAR=37;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044503;STB=0.524993;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00510342;OID=.;OPOS=47426637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:78:78:68:70:0.472973:37:31:32:46:38:32:32:46 chr14 47429644 . T TG 136.58 PASS AF=0.415584;AO=27;DP=79;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0957992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.7951;QD=7.095;RBI=0.111023;REFB=-0.00439263;REVB=0.0561117;RO=50;SAF=8;SAR=19;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197933;STB=0.584016;STBP=0.229;TYPE=ins;VARB=0.00244075;OID=.;OPOS=47429645;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415584:27:79:32:77:45:10:22:20:25:99:50:8:19:23:27 chr14 47528470 . T C 1134.54 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00183192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.99;QD=56.7268;RBI=0.0450096;REFB=-0.148495;REVB=0.0449723;RO=2;SAF=40;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230741;STB=0.505529;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00384635;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:80:80:2:3:77:77:0.9625:37:40:2:0:37:40:2:1 chr14 47528540 . T C 208.99 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.0221593;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.594;QD=9.49973;RBI=0.0273449;REFB=-0.0106811;REVB=0.0160221;RO=61;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224495;STB=0.63096;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0210732;OID=.;OPOS=47528540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:61:27:27:0.306818:13:14:20:41:13:14:20:41 chr14 48810512 . T C 837.13 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0193951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.834;QD=55.8087;RBI=0.0347548;REFB=-0.163876;REVB=-0.0288397;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00168194;OID=.;OPOS=48810512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:36:23:0:0:36:23:0:1 chr14 50159994 . TGGGGGGGC GTGGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCG 41.18 PASS AF=0.0555556,0.5,0.0555556;AO=2,6,3;DP=19;FAO=1,9,1;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=0,7,1;FSAR=1,2,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0811744,-0.0294222,-0.155605;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=16.9831,8.97181,116.525;QD=9.15184;RBI=0.104368,0.0419027,0.1557;REFB=-0.0358796,-0.0390796,0.012307;REVB=-0.0656002,0.0298357,-0.00543479;RO=7;SAF=1,4,3;SAR=1,2,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.224092,-0.0484388,0.618996;STB=0.990125,0.613759,0.987707;STBP=0.485,0.385,0.502;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0845964,0.0298039,0.172645;OID=.,.,.;OPOS=50159994,50159995,50160001;OREF=TG,G,GC;OALT=GT,-,CG;OMAPALT=GTGGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:19:18:7:7:2,6,3:1,9,1:0.0555556,0.5,0.0555556:1,2,0:1,4,3:5:2:1,2,0:0,7,1:4:3 chr14 50195679 . A G 1980.71 PASS AF=1;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494148;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.772;QD=62.3846;RBI=0.017483;REFB=0;REVB=0.0167702;RO=0;SAF=58;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2861e-05;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:127:0:0:127:127:1:69:58:0:0:69:58:0:0 chr14 50251369 . A G,T 898.07 PASS AF=0.920635,0.0793651;AO=58,5;DP=63;FAO=58,5;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20,4;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760537,-0.0370896;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.976,180.664;QD=57.0202;RBI=0.00760659,0.0371122;REFB=0,0;REVB=-0.000136198,-0.00129496;RO=0;SAF=20,4;SAR=38,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.38905e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=2.38474e-05,0.12719;OID=.,.;OPOS=50251369,50251369;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:63:63:0:0:58,5:58,5:0.920635,0.0793651:38,1:20,4:0:0:38,1:20,4:0:0 chr14 50298962 . T A 772.51 PASS AF=0.98;AO=47;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.311;QD=61.8011;RBI=0.0229593;REFB=-0.0743545;REVB=0.00762765;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184413;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=7.42942e-05;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:47:49:0.98:22:25:1:0:23:26:1:0 chr14 50320391 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.138;QD=42.1826;RBI=0.0110514;REFB=0;REVB=-0.00323256;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45727e-05;OID=.;OPOS=50320391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr14 50477643 . G C 764.61 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4507;QD=63.7173;RBI=0.0423172;REFB=0;REVB=-0.0400118;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185023;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr14 50575408 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0331285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.798;QD=17.956;RBI=0.041017;REFB=-0.0154872;REVB=-0.0241847;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831558;STB=0.547469;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0220299;OID=.;OPOS=50575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:9:8:9:7:9:8 chr14 50575411 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.415;QD=58.142;RBI=0.0304345;REFB=0;REVB=0.00597298;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44315e-05;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr14 50583083 . G T 159.51 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0210481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5832;QD=26.5847;RBI=0.0657489;REFB=-0.0803978;REVB=0.0622888;RO=7;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226531;STB=0.602966;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0388554;OID=.;OPOS=50583083;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:7:8:16:16:0.666667:7:9:1:6:7:9:2:6 chr14 50585248 . C T 667.49 PASS AF=0.458599;AO=72;DP=157;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.00971599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.263;QD=17.0061;RBI=0.0161742;REFB=-0.0186371;REVB=-0.0129308;RO=85;SAF=30;SAR=42;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302972;STB=0.516825;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0183258;OID=.;OPOS=50585248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:85:85:72:72:0.458599:42:30:38:47:42:30:38:47 chr14 50616878 . G A 481.5 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00740617;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.226;QD=19.0695;RBI=0.0193165;REFB=-0.0164545;REVB=0.0178402;RO=50;SAF=23;SAR=27;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364964;STB=0.5246;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0167972;OID=.;OPOS=50616878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:50:51:50:50:0.49505:27:23:21:29:27:23:21:30 chr14 50623657 . G A 1757.99 PASS AF=0.862745;AO=130;DP=153;FAO=132;FDP=153;FR=.;FRO=21;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00364233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3219;QD=45.9605;RBI=0.0223741;REFB=-0.038869;REVB=-0.0220756;RO=21;SAF=64;SAR=66;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543312;STB=0.528399;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00319301;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:153:153:21:21:130:132:0.862745:66:64:6:15:67:65:6:15 chr14 50623669 . G A 147.8 PASS AF=0.184397;AO=26;DP=142;FAO=26;FDP=141;FR=.;FRO=115;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=53;FWDB=-0.080545;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.304;QD=4.19298;RBI=0.0950082;REFB=-0.00977557;REVB=-0.0503891;RO=115;SAF=11;SAR=15;SRF=62;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147551;STB=0.594068;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0807065;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:115:115:26:26:0.184397:15:11:62:53:15:11:62:53 chr14 50623679 . G A 1039.01 PASS AF=0.689922;AO=88;DP=129;FAO=89;FDP=129;FR=.;FRO=40;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00704591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0737;QD=32.2175;RBI=0.0232115;REFB=-0.0993831;REVB=0.0221162;RO=40;SAF=48;SAR=40;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556282;STB=0.527742;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0457945;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:40:40:88:89:0.689922:40:48:18:22:41:48:18:22 chr14 50623683 . A G 921.42 PASS AF=0.691667;AO=78;DP=119;FAO=83;FDP=120;FR=.;FRO=37;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0725034;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2934;QD=30.7138;RBI=0.0913116;REFB=-0.12801;REVB=0.0555073;RO=41;SAF=48;SAR=30;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146099;STB=0.545444;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0579297;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:41:37:78:83:0.691667:30:48:16:25:35:48:16:21 chr14 50704331 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.763;QD=53.2768;RBI=0.0167577;REFB=0;REVB=0.00463011;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128426;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr14 50713679 . T A,G 489.52 PASS AF=0.0882353,0.911765;AO=3,30;DP=34;FAO=3,31;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=3,17;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113518,0.0286917;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.356,219.017;QD=57.5904;RBI=0.109158,0.083257;REFB=0,0;REVB=0.108566,0.078157;RO=0;SAF=3,17;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.63861e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0803095,-0.0101905;OID=.,.;OPOS=50713679,50713679;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:34:34:0:0:3,30:3,31:0.0882353,0.911765:0,13:3,17:0:0:0,14:3,17:0:0 chr14 50769717 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0216814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.725;QD=12.7822;RBI=0.0272547;REFB=-0.00618999;REVB=-0.0165148;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646038;STB=0.538383;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00885602;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:9:5:3:7:9:5 chr14 50778816 . A C 335.04 PASS AF=0.596491;AO=33;DP=54;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0483031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.287;QD=23.5112;RBI=0.0488659;REFB=-0.0340634;REVB=0.00739566;RO=21;SAF=23;SAR=10;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987976;STB=0.516363;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0383797;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:21:23:33:34:0.596491:10:23:17:4:10:24:17:6 chr14 50786004 . A G 52.53 PASS AF=0.296296;AO=5;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0567498;FXX=0.0357015;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.0513;QD=7.78153;RBI=0.167477;REFB=0.0226845;REVB=-0.157569;RO=16;SAF=0;SAR=5;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616978;STB=0.533254;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0498413;OID=.;OPOS=50786004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:28:27:16:19:5:8:0.296296:5:0:2:14:7:1:2:17 chr14 50788213 . C T 295.44 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00269477;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.12;QD=17.6383;RBI=0.0467014;REFB=-0.0017672;REVB=-0.0466236;RO=32;SAF=21;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606415;STB=0.563018;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00155924;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:32:35:32:32:0.477612:11:21:19:13:11:21:19:16 chr14 50798742 . T TA 140.04 PASS AF=0.590909;AO=5;DP=47;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0382416;FXX=0.0638162;HRUN=0;LEN=1;MLLD=142.064;QD=12.7307;RBI=0.0537657;REFB=-0.0309678;REVB=-0.0377933;RO=41;SAF=1;SAR=4;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380422;STB=0.515777;STBP=0.845;TYPE=ins;VARB=0.0303082;OID=.;OPOS=50798743;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909:5:47:26:44:18:14:12:9:9:99:41:1:4:22:19 chr14 50798743 . G A 266.94 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0159383;FXX=0.0850883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.314;QD=24.8315;RBI=0.0474591;REFB=-0.0201497;REVB=-0.0447027;RO=19;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122424;STB=0.506817;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0202471;OID=.;OPOS=50798743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:43:19:19:24:24:0.55814:11:13:10:9:11:13:10:9 chr14 50799126 . G C 419.37 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00652744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8033;QD=25.8072;RBI=0.0149629;REFB=-0.0125774;REVB=-0.0134641;RO=25;SAF=16;SAR=24;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114169;STB=0.562468;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00626371;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:24:16:14:11:24:16:14:11 chr14 50802727 . A C 221.38 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00192234;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.0112;QD=14.2824;RBI=0.0238807;REFB=-0.0160034;REVB=-0.0238032;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459492;STB=0.502616;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0275838;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:10:16:22:14:10:16:22:14 chr14 50802840 . A G 167.35 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00228045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7961;QD=15.9385;RBI=0.00331836;REFB=-0.00956909;REVB=0.00241061;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145804;STB=0.508371;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0156532;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:9:15:11:7:9:15 chr14 50824839 . G A 211.76 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0134159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2815;QD=14.3563;RBI=0.0148424;REFB=-0.0346594;REVB=0.00634922;RO=33;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15022;STB=0.558161;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0603921;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:24:25:0.423729:17:7:14:19:17:8:14:20 chr14 50844367 . G GA 171.69 PASS AF=0.37037;AO=25;DP=113;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.104937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.317;QD=6.35899;RBI=0.154397;REFB=-0.073398;REVB=0.113255;RO=88;SAF=25;SAR=0;SRF=29;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.814691;STB=0.659013;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.132557;OID=.;OPOS=50844368;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:25:113:40:108:68:25:15:25:43:99:88:25:0:29:59 chr14 50935150 . A G 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00206767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.886;QD=57.2342;RBI=0.0182905;REFB=-0.00997887;REVB=0.0181732;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=5.95995e-05;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:37:29:0:0:37:29:1:0 chr14 51057727 . G A 1502.04 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010782;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.685;QD=63.9164;RBI=0.029397;REFB=0;REVB=0.0273484;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597572;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:42:51:0:0:43:51:0:0 chr14 51187291 . G A 189.21 PASS AF=0.373134;AO=22;DP=65;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00213808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.073;QD=11.2961;RBI=0.00404203;REFB=-0.0115819;REVB=-0.00343025;RO=38;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314247;STB=0.639238;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0128236;OID=.;OPOS=51187291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:38:42:22:25:0.373134:8:14:13:25:11:14:14:28 chr14 51192659 . G A 2937.17 PASS AF=0.970443;AO=197;DP=203;FAO=197;FDP=203;FR=.;FRO=6;FSAF=78;FSAR=119;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.01416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.819;QD=57.8754;RBI=0.0141617;REFB=-0.109846;REVB=0.000219714;RO=6;SAF=78;SAR=119;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368379;STB=0.501936;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00116166;OID=.;OPOS=51192659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:203:203:6:6:197:197:0.970443:119:78:2:4:119:78:2:4 chr14 51204996 . C T 1339.72 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5288;QD=62.3128;RBI=0.0458178;REFB=0;REVB=0.0184427;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14476e-05;OID=.;OPOS=51204996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr14 51237701 . A G 847.89 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814979;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.888;QD=56.5261;RBI=0.090136;REFB=0;REVB=0.0385043;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113482;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:58:60:1:26:32:0:0:28:32:0:0 chr14 51239067 . C G 1080.37 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1216;QD=60.0205;RBI=0.0135242;REFB=0;REVB=-0.00559861;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93855e-05;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr14 51370852 . C G 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0111145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.685;QD=17.4901;RBI=0.0136607;REFB=-0.0157682;REVB=0.00794247;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157278;STB=0.588173;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0105806;OID=.;OPOS=51370852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:18:12:16:12:18:12 chr14 51376774 . G A 320.18 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0047107;FXX=0.0519413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.96;QD=17.544;RBI=0.00806769;REFB=-0.03071;REVB=-0.00654958;RO=39;SAF=10;SAR=23;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242295;STB=0.507808;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0307571;OID=.;OPOS=51376774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:73:39:39:33:34:0.465753:23:10:11:28:24:10:11:28 chr14 51378590 . CTTT CTT,CTTG 366.26 PASS AF=0.393939,0.00757576;AO=37,6;DP=124;FAO=52,1;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=30,1;FSAR=22,0;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.0174282,-0.0411431;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.3875,23.4792;QD=11.0987;RBI=0.0323247,0.109795;REFB=0.0103621,-0.0011468;REVB=0.0272239,-0.101794;RO=67;SAF=30,1;SAR=7,5;SRF=38;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.332455,-0.424981;STB=0.550602,0.990187;STBP=0.392,0.491;TYPE=del,snp;VARB=-0.0183208,-0.0575023;OID=.,.;OPOS=51378591,51378593;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTT,CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939,0.00757576:37,6:124:52,1:132:79:30,1:22,0:39:40:99:67:30,1:7,5:38:29 chr14 51446216 . T G 2166.91 PASS AF=0.955128;AO=149;DP=156;FAO=149;FDP=156;FR=.;FRO=7;FSAF=67;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00450093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.183;QD=55.5618;RBI=0.0124793;REFB=-0.127563;REVB=-0.0116394;RO=6;SAF=67;SAR=82;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373798;STB=0.500956;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00116957;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:156:156:6:7:149:149:0.955128:82:67:3:3:82:67:3:4 chr14 51710861 . A G 542.48 PASS AF=0.523364;AO=55;DP=108;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=-0.110971;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.32;QD=20.2795;RBI=0.111896;REFB=-0.0151676;REVB=0.0143646;RO=50;SAF=22;SAR=33;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111102;STB=0.56868;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0147828;OID=.;OPOS=51710861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:50:51:55:56:0.523364:33:22:14:36:33:23:14:37 chr14 51716188 . T G 285.97 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0386978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.215;QD=21.9973;RBI=0.0389906;REFB=0.00814855;REVB=0.00476924;RO=23;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00132143;STB=0.510281;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00692872;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:28:29:0.557692:17:11:9:14:17:12:9:14 chr14 51716467 . G A 245.91 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0839624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.674;QD=14.6812;RBI=0.0841641;REFB=-0.0236744;REVB=-0.0058242;RO=36;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593498;STB=0.515647;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0235729;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:36:38:29:29:0.432836:16:13:14:22:16:13:16:22 chr14 51722690 . T C 310.32 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0346745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6067;QD=16.3326;RBI=0.0529219;REFB=0.00230479;REVB=0.0399802;RO=40;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131172;STB=0.503998;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00337954;OID=.;OPOS=51722690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:42:34:34:0.447368:20:14:17:23:20:14:17:25 chr14 52182081 . T A 1230.83 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046673;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.231;QD=61.5414;RBI=0.00598831;REFB=0;REVB=0.00375181;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88748e-05;OID=.;OPOS=52182081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr14 52186972 . A G 1223.26 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.204;QD=60.408;RBI=0.0189336;REFB=0;REVB=-0.00397108;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132373;OID=.;OPOS=52186972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:38:41:0:0:39:42:0:0 chr14 52195290 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.978;QD=59.4354;RBI=0.0146519;REFB=0;REVB=0.0113622;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85926e-05;OID=.;OPOS=52195290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr14 52195320 . A AG,G 582.06 PASS AF=0.05,0.95;AO=4,35;DP=39;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141261,0.0722352;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.8991,152.122;QD=58.2063;RBI=0.1567,0.0797244;REFB=0,0;REVB=0.0678261,0.0337353;RO=0;SAF=0,11;SAR=4,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0369836,0.00228071;OID=.,.;OPOS=52195321,52195320;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:39:40:0:0:4,35:2,38:0.05,0.95:4,24:0,11:0:0:2,26:0,12:0:0 chr14 52418587 . T C 306.86 PASS AF=0.425;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.010398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8468;QD=15.3431;RBI=0.0299878;REFB=-0.00809324;REVB=0.0281273;RO=46;SAF=13;SAR=20;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204443;STB=0.518508;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00851511;OID=.;OPOS=52418587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:46:33:34:0.425:20:13:19:27:21:13:19:27 chr14 52418617 . C T 328.59 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0128785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.317;QD=18.0049;RBI=0.0171081;REFB=-0.012279;REVB=-0.011262;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898898;STB=0.53224;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0229759;OID=.;OPOS=52418617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:36:38:35:35:0.479452:20:15:12:24:20:15:14:24 chr14 52418636 . G T 308.36 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0490889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0998;QD=18.4095;RBI=0.0491776;REFB=0.0124344;REVB=-0.00295306;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671979;STB=0.537431;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.0150636;OID=.;OPOS=52418636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:19:14:12:22:19:14:12:22 chr14 52496387 . C A 1362.61 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0238612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.519;QD=61.241;RBI=0.0336856;REFB=-0.0459662;REVB=0.0237774;RO=1;SAF=35;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133461;STB=0.507041;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=5.2223e-05;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:53:35:1:0:53:35:1:0 chr14 52496407 . C T 1120.75 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0094455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1266;QD=58.9868;RBI=0.0103581;REFB=-0.0391053;REVB=-0.00425115;RO=1;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116825;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000537642;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:40:35:0:1:40:35:0:1 chr14 52507429 . A G 3180.42 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.364;QD=61.7556;RBI=0.0236229;REFB=0;REVB=0.0129365;RO=0;SAF=108;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21822e-05;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:204:206:0:0:204:206:1:96:108:0:0:97:109:0:0 chr14 52520368 . C T 1115.36 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0394709;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.724;QD=57.9408;RBI=0.0966588;REFB=-0.169763;REVB=0.0882325;RO=2;SAF=39;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236412;STB=0.512192;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000994741;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:77:2:2:74:75:0.974026:35:39:2:0:35:40:2:0 chr14 52520853 . A G 1573.76 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0428421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.46;QD=58.8322;RBI=0.0479387;REFB=-0.0748008;REVB=0.0215098;RO=1;SAF=43;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109082;STB=0.505617;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000431727;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:1:1:105:106:0.990654:62:43:1:0:62:44:1:0 chr14 52535648 . G T 905.94 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.015894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.66;QD=56.6215;RBI=0.0296415;REFB=-0.030621;REVB=0.02502;RO=1;SAF=24;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192676;STB=0.510201;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=2.29982e-05;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:39:24:1:0:39:24:1:0 chr14 52536512 . T C 1453.36 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4312;QD=63.1895;RBI=0.0358709;REFB=0;REVB=0.0047862;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214239;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr14 52781341 . A T 1184.51 PASS AF=0.485597;AO=118;DP=242;FAO=118;FDP=243;FR=.;FRO=125;FSAF=45;FSAR=73;FSRF=45;FSRR=80;FWDB=0.0239732;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.66;QD=19.498;RBI=0.0246832;REFB=-0.0258975;REVB=-0.00587769;RO=123;SAF=45;SAR=73;SRF=44;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233987;STB=0.511704;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0215818;OID=.;OPOS=52781341;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:123:125:118:118:0.485597:73:45:44:79:73:45:45:80 chr14 53098902 . G A 1533.35 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323542;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.881;QD=63.8895;RBI=0.00848423;REFB=0;REVB=0.0078431;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1604e-05;OID=.;OPOS=53098902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:97:96:1:52:45:0:0:51:45:0:0 chr14 53130507 . T C 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.025;QD=57.2337;RBI=0.0988472;REFB=0;REVB=0.0986867;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328625;OID=.;OPOS=53130507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr14 53244637 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0123822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.462;QD=16.2717;RBI=0.0146763;REFB=0.0135495;REVB=0.00787865;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043351;STB=0.524966;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0145961;OID=.;OPOS=53244637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:8:10:9:6:8:10 chr14 53345342 . A T 134.1 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0242258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.086;QD=9.41055;RBI=0.0381236;REFB=-0.0157297;REVB=-0.0294367;RO=39;SAF=4;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337527;STB=0.702813;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0419804;OID=.;OPOS=53345342;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:14:4:19:20:14:4:19:20 chr14 53345378 . G A 139.45 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0253367;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.063;QD=10.3297;RBI=0.0328988;REFB=-0.0111732;REVB=-0.0209853;RO=36;SAF=4;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271243;STB=0.672867;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.010013;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:17:18:0.333333:13:4:16:20:14:4:16:20 chr14 53529669 . A T 1241.65 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.962;QD=59.8387;RBI=0.018264;REFB=0.0519701;REVB=-0.000769723;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00154948;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:83:0:1:80:82:0.987952:41:39:0:0:42:40:0:1 chr14 53619463 . G A 427.64 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.026089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.7892;QD=51.8351;RBI=0.0688443;REFB=-0.0349562;REVB=0.0637095;RO=2;SAF=21;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227043;STB=0.512187;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00223919;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:10:21:1:1:10:21:1:1 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 470.06 PASS AF=0.234043,0.553191;AO=11,22;DP=47;FAO=11,26;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=11,14;FSAR=0,12;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0184899,-0.0596352;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=90.2165,177.873;QD=40.0048;RBI=0.0618173,0.0811551;REFB=-0.0785753,-0.028104;REVB=0.0589873,0.0550436;RO=10;SAF=11,14;SAR=0,8;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.241809;STB=0.5,0.631487;STBP=1,0.029;TYPE=snp,ins;VARB=0.059289,-0.00264715;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:89:47:47:10:10:11,22:11,26:0.234043,0.553191:0,8:11,14:10:0:0,12:11,14:10:0 chr14 53619544 . G A 903.61 PASS AF=0.955882;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0838476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.838;QD=53.1534;RBI=0.0875803;REFB=-0.120728;REVB=0.0252961;RO=2;SAF=35;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262242;STB=0.520542;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00170403;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:68:2:3:64:65:0.955882:29:35:2:0:30:35:3:0 chr14 54875276 . C A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.253;QD=62.6703;RBI=0.0478284;REFB=0;REVB=-0.0471216;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239787;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr14 54875514 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.515;QD=59.4348;RBI=0.0527827;REFB=0;REVB=0.0276287;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811271;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr14 55255673 . C T 714.15 PASS AF=0.463415;AO=72;DP=151;FAO=76;FDP=164;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0160068;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.309;QD=17.4182;RBI=0.0202799;REFB=-0.0446563;REVB=-0.0124521;RO=77;SAF=33;SAR=39;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934632;STB=0.52948;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0510925;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:164:77:88:72:76:0.463415:39:33:43:34:43:33:43:45 chr14 55308770 . C A 2254.92 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0615983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.297;QD=63.5188;RBI=0.0662247;REFB=0;REVB=-0.024318;RO=0;SAF=68;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386496;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:74:68:0:0:74:68:0:0 chr14 55344901 . C T 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00722117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.365;QD=22.3968;RBI=0.0136311;REFB=-0.0357995;REVB=-0.0115613;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388652;STB=0.521722;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0326242;OID=.;OPOS=55344901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:13:12:10:13:13:12:10:13 chr14 55429858 . A G 236.78 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.017004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.257;QD=26.3088;RBI=0.0182909;REFB=0.0119329;REVB=0.00673954;RO=13;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00245987;OID=.;OPOS=55429858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:11:11:7:6:11:11:7:7 chr14 55511365 . T TTTTC 393.4 PASS AF=0.429907;AO=31;DP=125;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.00854951;FXX=0.0932124;HRUN=5;LEN=4;MLLD=240.676;QD=14.7065;RBI=0.0130951;REFB=-0.0106714;REVB=-0.00991902;RO=82;SAF=11;SAR=20;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145616;STB=0.572937;STBP=0.208;TYPE=ins;VARB=0.0129812;OID=.;OPOS=55511366;OREF=-;OALT=TTTC;OMAPALT=TTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.429907:31:125:46:107:61:13:33:24:37:99:82:11:20:30:52 chr14 55511368 . C T 31.06 PASS AF=0.0806452;AO=11;DP=124;FAO=10;FDP=124;FR=.;FRO=114;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=75;FWDB=-0.00335937;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5132;QD=1.00189;RBI=0.00965165;REFB=-0.00155063;REVB=0.00904815;RO=113;SAF=2;SAR=9;SRF=39;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228328;STB=0.810053;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0264633;OID=.;OPOS=55511368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:124:124:113:114:11:10:0.0806452:9:2:39:74:9:1:39:75 chr14 55512273 . C A 91.8 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0124085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5174;QD=8.74315;RBI=0.0626328;REFB=0.000847572;REVB=0.0613913;RO=30;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778683;STB=0.54754;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.000457021;OID=.;OPOS=55512273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:6:6:17:13:6:6:17:13 chr14 55513848 . G C 182.08 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0276718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.672;QD=16.9377;RBI=0.0382073;REFB=-0.0167583;REVB=0.0263452;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827652;STB=0.547122;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.024492;OID=.;OPOS=55513848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:7:17:12:7:7:17 chr14 55604935 . C A 542.15 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.00805903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.47;QD=16.6815;RBI=0.00806971;REFB=-0.0192036;REVB=-0.000414993;RO=70;SAF=34;SAR=24;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15472;STB=0.578696;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0321296;OID=.;OPOS=55604935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:70:72:58:58:0.446154:24:34:30:40:24:34:32:40 chr14 55605036 . A C 1619.12 PASS AF=1;AO=94;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.517;QD=59.9674;RBI=0.0598457;REFB=0;REVB=-0.00431694;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271874;OID=.;OPOS=55605036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:94:108:1:57:37:0:0:58:50:0:0 chr14 55619311 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0761922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5312;QD=13.6306;RBI=0.076249;REFB=-0.0427609;REVB=-0.00294416;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355666;STB=0.705454;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0528583;OID=.;OPOS=55619311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:8:1:4:4:8:1 chr14 55643908 . A G 335.56 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0308749;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.8968;QD=14.279;RBI=0.0311641;REFB=0.00251411;REVB=-0.00423577;RO=57;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09006;STB=0.551042;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00174702;OID=.;OPOS=55643908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:21:16:20:37:21:16:20:37 chr14 55655692 . C T 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.0119589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.675;QD=13.4057;RBI=0.0303722;REFB=-0.0126046;REVB=-0.0279188;RO=34;SAF=18;SAR=5;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178123;STB=0.510195;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0195235;OID=.;OPOS=55655692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:5:18:27:7:5:18:27:7 chr14 55817708 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00456781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.97;QD=16.6268;RBI=0.0219758;REFB=-0.0171112;REVB=-0.0214958;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170764;STB=0.597346;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0251352;OID=.;OPOS=55817708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:3:11:8:5:3:11 chr14 55818517 . T A 469.29 PASS AF=0.554217;AO=44;DP=81;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0351332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5109;QD=22.6165;RBI=0.0741697;REFB=0.00379002;REVB=0.0653207;RO=37;SAF=22;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336117;STB=0.527737;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.000102379;OID=.;OPOS=55818517;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:37:37:44:46:0.554217:22:22:20:17:24:22:20:17 chr14 55818706 . T C 395.96 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00661423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.026;QD=20.3055;RBI=0.00954505;REFB=-0.00329588;REVB=-0.00688186;RO=38;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273435;STB=0.515144;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00253396;OID=.;OPOS=55818706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:17:23:23:15:17:23:23:15 chr14 55819791 . G A 512.54 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00148023;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8537;QD=25.9514;RBI=0.0173628;REFB=-0.00775318;REVB=-0.0172996;RO=32;SAF=20;SAR=27;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626686;STB=0.534209;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0015609;OID=.;OPOS=55819791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:32:32:47:47:0.594937:27:20:11:21:27:20:11:21 chr14 55834828 . T A,TAAA 346.07 PASS AF=0,0.571429;AO=4,25;DP=74;FAO=0,36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=0,20;FSAR=0,16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.014187,-0.0373962;FXX=0.0156226;HRUN=1,3;LEN=1,3;MLLD=185.083,45.8188;QD=21.9727;RBI=0.0142201,0.037535;REFB=-0.000890779,-0.00825179;REVB=0.000968772,-0.00322528;RO=39;SAF=3,14;SAR=1,11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.284644,0.077537;STB=0.5,0.563345;STBP=1,0.285;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00539685;OID=.,.;OPOS=55834828,55834829;OREF=T,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,TAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:74:63:39:27:4,25:0,36:0,0.571429:1,11:3,14:19:20:0,16:0,20:11:16 chr14 55835773 . A AAAT 499.15 PASS AF=0.573171;AO=44;DP=84;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0185922;FXX=0.0238067;HRUN=4;LEN=3;MLLD=267.833;QD=24.3486;RBI=0.0186036;REFB=-0.00696421;REVB=0.000651037;RO=37;SAF=15;SAR=29;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215836;STB=0.59196;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=0.00501215;OID=.;OPOS=55835774;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.573171:44:84:47:82:35:17:30:20:15:99:37:15:29:22:15 chr14 55864130 . A G 406.88 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00487929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.184;QD=20.0927;RBI=0.00765349;REFB=-0.00796716;REVB=0.00589649;RO=39;SAF=13;SAR=28;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160883;STB=0.59685;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00724867;OID=.;OPOS=55864130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:40:41:41:0.506173:28:13:19:20:28:13:20:20 chr14 55907172 . C G 723.19 PASS AF=0.381166;AO=83;DP=223;FAO=85;FDP=223;FR=.;FRO=138;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=65;FSRR=73;FWDB=-0.0322853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4256;QD=12.972;RBI=0.073258;REFB=-0.00733701;REVB=-0.0657601;RO=137;SAF=54;SAR=29;SRF=65;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198568;STB=0.619427;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0186109;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:137:138:83:85:0.381166:29:54:65:72:29:56:65:73 chr14 56958247 . C T 1376.05 PASS AF=0.967742;AO=89;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0443362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.034;QD=59.1849;RBI=0.0500363;REFB=-0.00123491;REVB=0.0231934;RO=4;SAF=51;SAR=38;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014757;STB=0.514283;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000480093;OID=.;OPOS=56958247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:4:3:89:90:0.967742:38:51:3:1:39:51:3:0 chr14 57052511 . G T 682.79 PASS AF=0.402116;AO=76;DP=189;FAO=76;FDP=189;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=72;FWDB=-0.0335313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0411;QD=14.4506;RBI=0.0790853;REFB=-0.0111659;REVB=-0.071625;RO=111;SAF=36;SAR=40;SRF=40;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12137;STB=0.566912;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0168351;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:111:113:76:76:0.402116:40:36:40:71:40:36:41:72 chr14 57099859 . G A 1149.83 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0935;QD=60.5173;RBI=0.0330601;REFB=0;REVB=-0.00159874;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48554e-05;OID=.;OPOS=57099859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:35:37:0:0:35:41:0:0 chr14 57101682 . A G 855.2 PASS AF=0.560284;AO=78;DP=141;FAO=79;FDP=141;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00949615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.949;QD=24.2609;RBI=0.0169726;REFB=0.00479569;REVB=-0.0140674;RO=62;SAF=30;SAR=48;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212452;STB=0.503424;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00413395;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:62:62:78:79:0.560284:48:30:24:38:49:30:24:38 chr14 57866623 . A G 1189.61 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0369452;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2208;QD=58.746;RBI=0.0415793;REFB=-0.0264069;REVB=0.0190759;RO=0;SAF=24;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508926;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00303036;OID=.;OPOS=57866623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:81:0:2:79:79:0.975309:55:24:0:0:55:24:0:2 chr14 57876265 . G A 2677.6 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6057;QD=62.2698;RBI=0.0467447;REFB=0;REVB=-0.0370426;RO=0;SAF=88;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253664;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:84:88:0:0:84:88:0:0 chr14 57876575 . TTA CTA,TAA,T 1433.98 PASS AF=0.956989,0.0430108,0;AO=39,4,23;DP=85;FAO=89,4,0;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45,4,0;FSAR=44,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140875,0.0252817,-0.0687409;FXX=0.0106372;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=35.8104,10.7192,9.48437;QD=61.6764;RBI=0.292896,0.353936,0.44975;REFB=0,0,0;REVB=0.256793,0.353032,-0.444466;RO=0;SAF=32,4,4;SAR=7,0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-5.64961e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.00659913,0.0373007,-0.0711108;OID=.,.,.;OPOS=57876575,57876576,57876576;OREF=T,T,TA;OALT=C,A,-;OMAPALT=CTA,TAA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:85:93:0:0:39,4,23:89,4,0:0.956989,0.0430108,0:7,0,19:32,4,4:0:0:44,0,0:45,4,0:0:0 chr14 57938124 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1875;QD=60.9764;RBI=0.0293804;REFB=0;REVB=0.0289534;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392193;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr14 57938260 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3271;QD=64.1524;RBI=0.0192697;REFB=0;REVB=0.0185345;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143395;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr14 57945689 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0777587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.551;QD=59.3223;RBI=0.0782942;REFB=0;REVB=0.00914123;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015309;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr14 57948380 . T C 1201.53 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485555;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.704;QD=60.8369;RBI=0.0826623;REFB=0;REVB=0.0668985;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298581;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:73:79:1:35:38:0:0:39:40:0:0 chr14 57957664 . T A 2307.84 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00619016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=377.524;QD=61.135;RBI=0.00688585;REFB=0;REVB=0.00301609;RO=0;SAF=68;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.81786e-07;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:83:68:0:0:83:68:0:0 chr14 58563694 . G C 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0952882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8775;QD=19.7009;RBI=0.0983577;REFB=0.00184297;REVB=-0.0243805;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191794;STB=0.60924;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00454045;OID=.;OPOS=58563694;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:12:5:8:8:12:5:8:8 chr14 58605790 . G A 538.85 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00743129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.201;QD=21.7718;RBI=0.00843406;REFB=-0.00716378;REVB=-0.00398865;RO=47;SAF=18;SAR=33;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283033;STB=0.522456;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00648893;OID=.;OPOS=58605790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:48:51:51:0.515152:33:18:18:29:33:18:19:29 chr14 58706609 . C T 2370.42 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.221;QD=64.0654;RBI=0.0121969;REFB=0;REVB=0.0119737;RO=0;SAF=88;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61158e-06;OID=.;OPOS=58706609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:60:88:0:0:60:88:0:0 chr14 58766617 . A G 976.01 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.089071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6364;QD=57.4121;RBI=0.109427;REFB=-0.0251787;REVB=-0.063565;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000764373;OID=.;OPOS=58766617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:1:0:35:32:1:0 chr14 58838668 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.077;QD=59.0186;RBI=0.10848;REFB=0;REVB=-0.00657761;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101053;OID=.;OPOS=58838668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr14 58838701 . C T 463.97 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.834;QD=57.9959;RBI=0.0114181;REFB=0;REVB=0.00900323;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107375;OID=.;OPOS=58838701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr14 58839339 . A C 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.146;QD=59.7968;RBI=0.0352254;REFB=0.013647;REVB=0.0112603;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=2.86644e-05;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:1:0:20:23:1:0 chr14 58917454 . G A 1549.18 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.06;QD=63.8839;RBI=0.0365728;REFB=0;REVB=0.021293;RO=0;SAF=30;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014086;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:66:30:0:0:66:31:0:0 chr14 58937416 . T C 1245.92 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6283;QD=61.5269;RBI=0.0361291;REFB=0;REVB=-0.0241042;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00040288;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:32:49:0:0:32:49:0:0 chr14 58953746 . C G 817.57 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4275;QD=57.3733;RBI=0.0245296;REFB=0;REVB=-0.0243745;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247947;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr14 59010649 . T C 169.97 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00354373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.552;QD=16.9968;RBI=0.0053004;REFB=-0.0248408;REVB=0.0039416;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0227033;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:11:11:9:9:11:11 chr14 59112475 . C T 356.43 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.00416593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.998;QD=14.2573;RBI=0.00826231;REFB=-0.0157388;REVB=-0.00713518;RO=61;SAF=18;SAR=21;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137334;STB=0.577942;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0221865;OID=.;OPOS=59112475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:61:39:39:0.39:21:18:36:25:21:18:36:25 chr14 59112732 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0141368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.565;QD=20.4858;RBI=0.0205102;REFB=0.00142593;REVB=-0.0148599;RO=11;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266895;STB=0.654289;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.000879076;OID=.;OPOS=59112732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:2:12:7:4:2:12:7:4 chr14 59113430 . G A 264.71 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0262384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.323;QD=13.072;RBI=0.02636;REFB=-0.0275531;REVB=0.00252943;RO=49;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718647;STB=0.534584;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0454979;OID=.;OPOS=59113430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:49:50:31:31:0.382716:16:15:27:22:16:15:27:23 chr14 59114770 . C G 682.24 PASS AF=0.426136;AO=75;DP=176;FAO=75;FDP=176;FR=.;FRO=101;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.00845634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.882;QD=15.5054;RBI=0.0211665;REFB=-0.0188452;REVB=-0.0194039;RO=100;SAF=33;SAR=42;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719438;STB=0.537467;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0278182;OID=.;OPOS=59114770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:100:101:75:75:0.426136:42:33:51:49:42:33:51:50 chr14 59789727 . G A 1108.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3256;QD=59.9108;RBI=0.0893721;REFB=0;REVB=-0.0588638;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000872892;OID=.;OPOS=59789727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:70:74:1:33:37:0:0:36:38:0:0 chr14 59797235 . A G 711.68 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0389554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.342;QD=52.7172;RBI=0.039001;REFB=-0.146317;REVB=0.00188498;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144938;STB=0.504503;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00124353;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:1:2:52:52:0.962963:32:20:0:1:32:20:1:1 chr14 59835551 . A C 267.77 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0226675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7434;QD=11.5168;RBI=0.0231566;REFB=-0.0212781;REVB=0.00473443;RO=60;SAF=13;SAR=19;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505495;STB=0.535373;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0502338;OID=.;OPOS=59835551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:61:32:32:0.344086:19:13:27:33:19:13:28:33 chr14 59835971 . A AC 234.58 PASS AF=1;AO=4;DP=22;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782557;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=229.406;QD=49.3857;RBI=0.123588;REFB=0;REVB=-0.0956557;RO=17;SAF=3;SAR=1;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137231;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-6.10797e-05;OID=.;OPOS=59835972;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:22:19:19:0:14:5:0:0:4:17:3:1:11:6 chr14 59835972 . A AC,C 138.71 PASS AF=0.736842,0;AO=3,14;DP=22;FAO=14,0;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=10,0;FSAR=4,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0537445,-0.0591627;FXX=0;HRUN=0,7;LEN=1,1;MLLD=247.62,189.859;QD=29.2015;RBI=0.0713983,0.0612057;REFB=-0.0299722,-0.159923;REVB=0.0470027,0.0156813;RO=5;SAF=3,8;SAR=0,6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.622974,-0.112433;STB=0.528262,0.5;STBP=0.751,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00830103,0.0329877;OID=.,.;OPOS=59835973,59835972;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:22:19:5:5:3,14:14,0:0.736842,0:0,6:3,8:4:1:4,0:10,0:4:1 chr14 59931420 . G A 286.82 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0115482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.821;QD=31.0073;RBI=0.0606365;REFB=-0.0165589;REVB=-0.0595267;RO=12;SAF=21;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165095;STB=0.591468;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0037507;OID=.;OPOS=59931420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:4:21:8:4:4:21:8:4 chr14 60004844 . C T 728.84 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0620132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3837;QD=57.1635;RBI=0.0645388;REFB=0;REVB=0.017878;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000595139;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:29:22:0:0 chr14 60031996 . G A 2031.52 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.014;QD=62.031;RBI=0.0143769;REFB=0;REVB=0.0135635;RO=0;SAF=55;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40457e-06;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:75:55:0:0:76:55:0:0 chr14 60043422 . A G 1513.37 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.536;QD=59.9355;RBI=0.0358757;REFB=0;REVB=-0.00220556;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7793e-05;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:50:51:0:0:50:51:0:0 chr14 60063472 . A G 1731.26 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.936;QD=60.7461;RBI=0.0655562;REFB=0;REVB=0.0192548;RO=0;SAF=37;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6832e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395607;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:77:37:0:0:77:37:0:0 chr14 60574539 . A G 976.14 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00211923;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3528;QD=59.16;RBI=0.0199979;REFB=0;REVB=-0.0198853;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116473;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr14 60574887 . C G 353.78 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0418203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.177;QD=18.62;RBI=0.0423637;REFB=-0.0207918;REVB=0.00676408;RO=39;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218769;STB=0.512189;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.020189;OID=.;OPOS=60574887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:20:17:17:22:20:17:17:22 chr14 60575240 . T C 840.2 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00411714;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0849;QD=56.0134;RBI=0.0602579;REFB=-0.038295;REVB=0.0601171;RO=1;SAF=12;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037694;STB=0.519993;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.000413574;OID=.;OPOS=60575240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:59:59:0.983333:47:12:1:0:47:12:1:0 chr14 60575512 . G A 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071304;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.8;QD=59.8618;RBI=0.0713288;REFB=0;REVB=0.00188229;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282279;OID=.;OPOS=60575512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:27:8:0:0:27:8:0:0 chr14 60575869 . A G 1731.29 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.794;QD=60.7471;RBI=0.0269332;REFB=0;REVB=-0.0131653;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.05665e-05;OID=.;OPOS=60575869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:56:58:0:0:56:58:0:0 chr14 60576241 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.666;QD=37.4884;RBI=0.0288893;REFB=0;REVB=0.0275716;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345631;OID=.;OPOS=60576241;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr14 60576637 . A T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.975;QD=62.9081;RBI=0.040263;REFB=0;REVB=0.0236869;RO=0;SAF=29;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53637e-05;OID=.;OPOS=60576637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:61:29:0:0:61:29:0:0 chr14 60576951 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000925634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.528;QD=63.8716;RBI=0.0224877;REFB=0;REVB=0.0224687;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39631e-05;OID=.;OPOS=60576951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr14 60581863 . G A 843.25 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00194631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.737;QD=54.4035;RBI=0.00259874;REFB=-0.145316;REVB=-0.00172202;RO=1;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113736;STB=0.506796;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.000408407;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:1:2:60:60:0.967742:41:19:0:1:41:19:1:1 chr14 60581935 . C T 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.365;QD=62.0067;RBI=0.0280468;REFB=0;REVB=0.0177711;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34736e-05;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr14 60582053 . GT AC,AT 729.46 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,49;DP=53;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186296,0.0082178;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=87.2121,143.201;QD=56.1122;RBI=0.052369,0.0365039;REFB=0,0;REVB=0.0489434,0.0355669;RO=0;SAF=2,21;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0237657,0.000598712;OID=.,.;OPOS=60582053,60582053;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:52:0:0:2,49:2,50:0.0384615,0.961538:0,28:2,21:0:0:0,29:2,21:0:0 chr14 60864583 . G T 2299.55 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138625;FXX=0.0136977;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.6;QD=63.8763;RBI=0.0330305;REFB=0;REVB=0.0299807;RO=0;SAF=49;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3376e-06;OID=.;OPOS=60864583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:144:0:0:144:144:1:95:49:0:0:95:49:0:0 chr14 60900113 . C T 1767.61 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.165;QD=60.9522;RBI=0.0181866;REFB=0;REVB=0.0115727;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02236e-05;OID=.;OPOS=60900113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:114:116:1:53:61:0:0:55:61:0:0 chr14 60903757 . G A 746.88 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.972;QD=63.5644;RBI=0.0590829;REFB=0;REVB=0.0180222;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456139;OID=.;OPOS=60903757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:25:22:0:0 chr14 60923783 . C T 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3564;QD=61.0483;RBI=0.010873;REFB=0;REVB=0.00271525;RO=0;SAF=17;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91764e-05;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:61:17:0:0:61:17:0:0 chr14 60932752 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9242;QD=60.2304;RBI=0.0626848;REFB=0;REVB=-0.0316339;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154836;OID=.;OPOS=60932752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr14 61124940 . A G 1091.52 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000320978;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.249;QD=59.8094;RBI=0.00301516;REFB=0;REVB=0.00299803;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162852;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:72:73:1:39:33:0:0:39:34:0:0 chr14 61176485 . T C 536.84 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000931792;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.202;QD=59.6484;RBI=0.0239731;REFB=0;REVB=0.023955;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336289;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr14 61180657 . T G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.884;QD=64.0213;RBI=0.0268303;REFB=0;REVB=0.0197206;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63476e-05;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr14 61445967 . A G 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.303;QD=56.9347;RBI=0.0107412;REFB=0;REVB=0.00747829;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68136e-05;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr14 61448049 . C G 520.99 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.00856317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.922;QD=15.3233;RBI=0.0460371;REFB=-0.0133902;REVB=-0.0452337;RO=79;SAF=26;SAR=31;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669877;STB=0.537543;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0208464;OID=.;OPOS=61448049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:79:57:57:0.419118:31:26:31:48:31:26:31:48 chr14 61449328 . T A 1702.05 PASS AF=0.870504;AO=121;DP=140;FAO=121;FDP=139;FR=.;FRO=18;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0178215;FXX=0.00714235;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.446;QD=48.9798;RBI=0.0211073;REFB=-0.155186;REVB=0.0113098;RO=11;SAF=56;SAR=65;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274743;STB=0.540759;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00378704;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:140:139:11:18:121:121:0.870504:65:56:7:4:65:56:14:4 chr14 61509924 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.264;QD=57.5452;RBI=0.0326682;REFB=0;REVB=0.0286335;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59168e-05;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:30:28:0:0 chr14 61747644 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.672;QD=33.4285;RBI=0.0161775;REFB=0;REVB=0.00171428;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000790622;OID=.;OPOS=61747644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr14 61748487 . C G 1287.29 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519534;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7599;QD=62.0379;RBI=0.0108915;REFB=0;REVB=0.00957248;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206714;OID=.;OPOS=61748487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:30:53:0:0:30:53:0:0 chr14 61857969 . A G 199.93 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00309627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.474;QD=11.5899;RBI=0.0165657;REFB=-0.00698636;REVB=0.0162737;RO=43;SAF=16;SAR=9;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413436;STB=0.533306;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0262235;OID=.;OPOS=61857969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:44:25:25:0.362319:9:16:26:17:9:16:26:18 chr14 61997226 . C T 386.57 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=103;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00392447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.604;QD=14.8681;RBI=0.0207554;REFB=0.00587335;REVB=-0.020381;RO=60;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115213;STB=0.570464;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00971945;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:60:60:43:44:0.423077:21:22:24:36:21:23:24:36 chr14 62037421 . C T 267.84 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0136706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.328;QD=16.2327;RBI=0.0200771;REFB=-0.0169018;REVB=0.014704;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00540016;STB=0.503041;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0151068;OID=.;OPOS=62037421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:14:16:19:17:14:16:19:17 chr14 62213848 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.543;QD=58.6006;RBI=0.0145079;REFB=0;REVB=0.01402;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02235e-05;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chr14 62229285 . T G 2124.55 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0238172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.504;QD=62.0308;RBI=0.0254857;REFB=0.0298288;REVB=-0.00906982;RO=0;SAF=69;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55397e-08;STB=0.503703;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-2.71737e-05;OID=.;OPOS=62229285;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:137:0:1:136:136:0.992701:67:69:0:0:67:69:0:1 chr14 62244837 . A G 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9786;QD=59.4263;RBI=0.0291224;REFB=0;REVB=-0.0210732;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5152e-05;OID=.;OPOS=62244837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr14 62462766 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.584;QD=57.7123;RBI=0.0471346;REFB=0;REVB=-0.0377093;RO=0;SAF=14;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70814e-05;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:45:14:0:0:45:14:0:0 chr14 62463129 . G T 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.845;QD=55.6047;RBI=0.0173332;REFB=0.124974;REVB=0.00831241;RO=1;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122541;STB=0.506491;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=5.79123e-05;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:38:20:0:1:38:20:0:1 chr14 62463214 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.626;QD=57.2004;RBI=0.00935645;REFB=0;REVB=0.00436783;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06336e-05;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr14 63174616 . T C 2080.54 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00578536;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.3243;QD=61.1924;RBI=0.0510327;REFB=-0.0683173;REVB=-0.0507037;RO=2;SAF=59;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158382;STB=0.504132;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000280635;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:2:1:134:135:0.992647:75:59:2:0:75:60:1:0 chr14 63174960 . C T 260.67 PASS AF=0.483333;AO=27;DP=58;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.000575859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.109;QD=17.378;RBI=0.00420923;REFB=-0.00552486;REVB=-0.00416965;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901007;STB=0.532142;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0063829;OID=.;OPOS=63174960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:31:31:27:29:0.483333:14:13:12:19:16:13:12:19 chr14 63784407 . A AG,G 1158.15 PASS AF=1,0;AO=50,28;DP=90;FAO=90,0;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=54,0;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355068,-0.0239139;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.9451,4.23951;QD=51.4731;RBI=0.110804,0.450009;REFB=0,0;REVB=-0.104961,-0.449373;RO=12;SAF=43,0;SAR=7,28;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0440151,-0.880983;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000575264,0;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:12:0:50,28:90,0:1,0:7,28:43,0:11:1:36,0:54,0:0:0 chr14 64423187 . C A 391.13 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000408332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.56;QD=27.4474;RBI=0.0101719;REFB=-0.00505424;REVB=-0.0101637;RO=20;SAF=13;SAR=24;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679298;STB=0.537111;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00179961;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:24:13:9:11:24:13:9:11 chr14 64491695 . T C 604.46 PASS AF=0.567308;AO=57;DP=102;FAO=59;FDP=104;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00354318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.253;QD=23.2483;RBI=0.0210028;REFB=-0.00593801;REVB=0.0207018;RO=45;SAF=28;SAR=29;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556751;STB=0.522757;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00478825;OID=.;OPOS=64491695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:45:45:57:59:0.567308:29:28:19:26:31:28:19:26 chr14 64494278 . C T 1845.91 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.542;QD=61.0217;RBI=0.0424745;REFB=0;REVB=-0.041012;RO=0;SAF=65;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68122e-05;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:55:65:0:0:56:65:0:0 chr14 64496749 . C T 616.1 PASS AF=0.688312;AO=52;DP=77;FAO=53;FDP=77;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00763262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.739;QD=32.0053;RBI=0.0138067;REFB=-0.0274784;REVB=0.0115051;RO=24;SAF=27;SAR=25;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840534;STB=0.541835;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0148556;OID=.;OPOS=64496749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:24:24:52:53:0.688312:25:27:9:15:26:27:9:15 chr14 64496763 . T C 179.05 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0161511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.926;QD=10.8512;RBI=0.0356676;REFB=-0.00596998;REVB=-0.0318013;RO=43;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136143;STB=0.579369;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0116595;OID=.;OPOS=64496763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:14:9:22:21:14:9:22:21 chr14 64497930 . G A 144.41 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.01187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.975;QD=17.5043;RBI=0.0234994;REFB=-0.0146805;REVB=-0.0202812;RO=17;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189379;STB=0.565951;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0158497;OID=.;OPOS=64497930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:12:3:6:11:12:4:6:11 chr14 64498037 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.112;QD=51.9167;RBI=0.024756;REFB=0;REVB=0.000992117;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119503;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr14 64518321 . A G 257.84 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00878405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.362;QD=18.4171;RBI=0.00895189;REFB=-0.00522089;REVB=0.00172533;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154442;STB=0.577291;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0128307;OID=.;OPOS=64518321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:28:27:28:0.5:18:9:13:13:19:9:13:15 chr14 64519035 . A G 501.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.385;QD=58.9775;RBI=0.0589716;REFB=0;REVB=-0.00219047;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251971;OID=.;OPOS=64519035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:16:18:0:0 chr14 64519455 . A G 110.49 PASS AF=0.75;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0154747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.887;QD=27.6214;RBI=0.0374522;REFB=0.000182318;REVB=0.0341057;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223563;STB=0.624804;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000397491;OID=.;OPOS=64519455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:11:12:0.75:5:6:4:0:6:6:4:0 chr14 64519709 . A T 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0141387;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=293.507;QD=9.85817;RBI=0.0198478;REFB=-0.00393443;REVB=-0.0139295;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141903;STB=0.585325;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0109505;OID=.;OPOS=64519709;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:7:6:17:12:7:6:17:12 chr14 64522674 . G C 156.37 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00798847;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0812;QD=21.5687;RBI=0.0133506;REFB=0.0158519;REVB=0.0106969;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1969;STB=0.612095;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0154351;OID=.;OPOS=64522674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:13:13:16:16:0.551724:4:12:7:6:4:12:7:6 chr14 64522843 . A G 315.36 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0326025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4035;QD=17.5198;RBI=0.0378255;REFB=-0.0126378;REVB=-0.0191792;RO=38;SAF=21;SAR=13;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186391;STB=0.604379;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.017589;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:13:21:16:22:13:21:16:22 chr14 64537498 . A C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0073831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1254;QD=19.1091;RBI=0.0197028;REFB=-0.0473088;REVB=-0.0182672;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193891;STB=0.6138;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0476249;OID=.;OPOS=64537498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:26:27:27:0.509434:11:16:20:5:11:16:21:5 chr14 64540790 . A G 447.21 PASS AF=0.470588;AO=49;DP=103;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0217429;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.713;QD=17.5377;RBI=0.0217912;REFB=-0.0194119;REVB=0.00145014;RO=54;SAF=17;SAR=32;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115661;STB=0.560698;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0280921;OID=.;OPOS=64540790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:54:54:49:48:0.470588:32:17:25:29:31:17:25:29 chr14 64554517 . A G 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0637396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.283;QD=19.9732;RBI=0.0642556;REFB=-0.00626429;REVB=0.00812747;RO=35;SAF=12;SAR=25;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151199;STB=0.584159;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00424826;OID=.;OPOS=64554517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:25:12:17:18:25:12:17:18 chr14 64557725 . C G 345.45 PASS AF=0.45122;AO=35;DP=84;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0166532;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.698;QD=16.8512;RBI=0.0170409;REFB=-0.0121675;REVB=-0.00361451;RO=42;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133541;STB=0.562097;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0334845;OID=.;OPOS=64557725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:42:45:35:37:0.45122:16:19:17:25:18:19:18:27 chr14 64557734 . A C 350.03 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00589551;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.535;QD=17.5017;RBI=0.00825238;REFB=-0.0137639;REVB=-0.00577449;RO=43;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090976;STB=0.550883;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0161622;OID=.;OPOS=64557734;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:43:43:37:37:0.4625:18:19:18:25:18:19:18:25 chr14 64565582 . T C 249.9 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0113261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.796;QD=16.6602;RBI=0.0113302;REFB=-0.0103537;REVB=0.000302928;RO=32;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110749;STB=0.562454;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0105775;OID=.;OPOS=64565582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:18:10:15:17:18:10:15:17 chr14 64612845 . C T 303.84 PASS AF=0.485294;AO=31;DP=66;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00543335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.642;QD=17.8728;RBI=0.0111859;REFB=-0.0168378;REVB=0.00977774;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00174305;STB=0.515142;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0169286;OID=.;OPOS=64612845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:35:35:31:33:0.485294:16:15:17:18:16:17:17:18 chr14 64612858 . C A 297.39 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0241013;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.243;QD=17.4935;RBI=0.0415885;REFB=-0.035095;REVB=-0.033893;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557167;STB=0.53123;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.022078;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:36:32:32:0.470588:15:17:17:19:15:17:17:19 chr14 64637147 . C A 301.47 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00884916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4381;QD=16.7482;RBI=0.0242374;REFB=-0.0220448;REVB=0.0225642;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100986;STB=0.556641;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0211492;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:17:16:23:16:17:16:23:16 chr14 64640665 . C G 1249.15 PASS AF=0.444079;AO=135;DP=304;FAO=135;FDP=304;FR=.;FRO=169;FSAF=77;FSAR=58;FSRF=94;FSRR=75;FWDB=-0.078259;FXX=0.00327858;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7146;QD=16.4362;RBI=0.0784242;REFB=0.00388026;REVB=-0.00508797;RO=149;SAF=77;SAR=58;SRF=78;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045214;STB=0.50801;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.0103268;OID=.;OPOS=64640665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:149:169:135:135:0.444079:58:77:78:71:58:77:94:75 chr14 64656855 . T C 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00662053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.079;QD=25.3157;RBI=0.0125;REFB=-0.00176384;REVB=-0.0106027;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448418;STB=0.524975;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00132048;OID=.;OPOS=64656855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:8:12:7:6:8:12:7:6 chr14 64657684 . C A 447.82 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=17;FWDB=-0.0145135;FXX=0.0249979;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.461;QD=15.3101;RBI=0.023485;REFB=-0.00676888;REVB=-0.0184636;RO=67;SAF=37;SAR=13;SRF=50;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00835132;STB=0.504684;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00899097;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:117:67:67:50:50:0.42735:13:37:50:17:13:37:50:17 chr14 64724051 . C T 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0295467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.479;QD=20.0719;RBI=0.0297235;REFB=-0.0252716;REVB=-0.0032377;RO=31;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138535;STB=0.507688;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0147776;OID=.;OPOS=64724051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:17:17:16:15:17:17:16:15 chr14 64726854 . A T 173.85 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0120614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.164;QD=21.7315;RBI=0.0229525;REFB=-0.0514699;REVB=-0.0195279;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150576;STB=0.593649;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.041622;OID=.;OPOS=64726854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:17:18:0.5625:9:8:4:10:9:9:4:10 chr14 64805001 . A G 224.28 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00065841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.418;QD=17.5905;RBI=0.0120256;REFB=-0.0131367;REVB=-0.0120075;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210583;STB=0.502616;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0162751;OID=.;OPOS=64805001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:27:23:24:0.470588:9:14:17:10:9:15:17:10 chr14 64855041 . T C 898.8 PASS AF=0.477612;AO=83;DP=192;FAO=96;FDP=201;FR=.;FRO=105;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.0186675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.563;QD=17.8866;RBI=0.0250796;REFB=-0.0118182;REVB=0.0167484;RO=105;SAF=40;SAR=43;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324802;STB=0.529283;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0160173;OID=.;OPOS=64855041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:201:105:105:83:96:0.477612:43:40:54:51:52:44:54:51 chr14 64882380 . A G 315.57 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00810106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.785;QD=25.2455;RBI=0.00916931;REFB=-0.0304798;REVB=0.00429524;RO=22;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148691;STB=0.587833;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0240576;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:27:28:0.56:11:16:9:13:11:17:9:13 chr14 64908845 . G A 911.79 PASS AF=0.594203;AO=82;DP=138;FAO=82;FDP=138;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00542839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.167;QD=26.4288;RBI=0.010944;REFB=-0.0218294;REVB=0.00950283;RO=56;SAF=40;SAR=42;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08904;STB=0.54833;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0134289;OID=.;OPOS=64908845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:56:56:82:82:0.594203:42:40:34:22:42:40:34:22 chr14 64935720 . C T 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.522;QD=49.5918;RBI=0.0382557;REFB=0;REVB=0.0373537;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218825;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr14 64988279 . A G 346.43 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0119264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.298;QD=26.6485;RBI=0.0216319;REFB=-0.0273998;REVB=-0.0180471;RO=19;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00745395;STB=0.504082;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0289969;OID=.;OPOS=64988279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:16:17:10:9:16:17:10:9 chr14 64988924 . T C 467.16 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0135732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.315;QD=18.6865;RBI=0.01706;REFB=-0.0154156;REVB=0.0103351;RO=53;SAF=13;SAR=34;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27589;STB=0.654376;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0104754;OID=.;OPOS=64988924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:34:13:29:24:34:13:29:24 chr14 65008251 . C T 530.43 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9109;QD=57.3437;RBI=0.0711699;REFB=-0.0704838;REVB=0.0453132;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277077;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:37:1:0:36:37:1:18:18:0:1:19:18:0:0 chr14 65009741 . G A 575.49 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0277347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.722;QD=26.4593;RBI=0.0277378;REFB=-0.00865625;REVB=-0.000419719;RO=34;SAF=13;SAR=39;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334885;STB=0.679172;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00357815;OID=.;OPOS=65009741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:35:52:52:0.597701:39:13:23:11:39:13:23:12 chr14 65016702 . T G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=7.01207e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.683;QD=51.5087;RBI=0.00954309;REFB=-0.102878;REVB=-0.00954283;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526295;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.004513;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:9:17:0:0:9:17:0:1 chr14 65031534 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0100905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.072;QD=14.6656;RBI=0.0396825;REFB=-0.0138695;REVB=-0.0383781;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525853;STB=0.530571;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0245121;OID=.;OPOS=65031534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:13:8:5:10:13:8 chr14 65219006 . C CCTCCT 90.9 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=-0.0765185;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=5;MLLD=162.87;QD=4.91362;RBI=0.0789269;REFB=-0.0338332;REVB=-0.0193486;RO=63;SAF=8;SAR=7;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215795;STB=0.617501;STBP=0.364;TYPE=ins;VARB=0.0911425;OID=.;OPOS=65219007;OREF=-;OALT=CTCCT;OMAPALT=CCTCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202703:15:78:15:74:59:8:7:40:19:90:63:8:7:44:19 chr14 65241228 . A G 760.24 PASS AF=0.591667;AO=71;DP=120;FAO=71;FDP=120;FR=.;FRO=49;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0251775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5521;QD=25.3414;RBI=0.039775;REFB=-0.031651;REVB=-0.0307919;RO=49;SAF=37;SAR=34;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084622;STB=0.546017;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0373254;OID=.;OPOS=65241228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:49:49:71:71:0.591667:34:37:20:29:34:37:20:29 chr14 65242044 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0414099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.644;QD=20.0176;RBI=0.0490097;REFB=-0.0207256;REVB=0.0262138;RO=17;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840405;STB=0.54777;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0116187;OID=.;OPOS=65242044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:14:4:5:12:14:4:5:12 chr14 65245956 . C T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0165408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.989;QD=22.6785;RBI=0.0165458;REFB=-0.0358983;REVB=-0.000404772;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176021;STB=0.599808;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0174387;OID=.;OPOS=65245956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:1:4:5:5:1:4 chr14 65245962 . A G 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00830152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.945;QD=22.6785;RBI=0.00837698;REFB=-0.0304943;REVB=-0.00112189;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176021;STB=0.599808;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0136375;OID=.;OPOS=65245962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:1:4:5:5:1:4 chr14 65246623 . T C 134.52 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.120206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.532;QD=8.15292;RBI=0.187765;REFB=-0.0138955;REVB=-0.144243;RO=40;SAF=14;SAR=5;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142674;STB=0.507239;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0152681;OID=.;OPOS=65246623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:47:19:19:0.287879:5:14:33:7:5:14:35:12 chr14 65249052 . C G 428.56 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0144238;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.616;QD=21.9776;RBI=0.0437525;REFB=-0.0282701;REVB=-0.0413066;RO=36;SAF=24;SAR=18;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152179;STB=0.583902;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0266814;OID=.;OPOS=65249052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:36:36:42:42:0.538462:18:24:14:22:18:24:14:22 chr14 65253232 . T C 370.0 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0707966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6742;QD=19.7335;RBI=0.0727688;REFB=-0.0128303;REVB=-0.0168266;RO=36;SAF=27;SAR=11;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456548;STB=0.535961;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00816585;OID=.;OPOS=65253232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:37:38:38:0.506667:11:27:24:12:11:27:24:13 chr14 65263300 . C T 376.76 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.001463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.015;QD=18.6053;RBI=0.0199367;REFB=-0.0107126;REVB=0.019883;RO=42;SAF=17;SAR=22;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155476;STB=0.508666;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0125524;OID=.;OPOS=65263300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:22:17:19:23:22:17:19:23 chr14 65263347 . C T 580.64 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0189527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.476;QD=18.8827;RBI=0.0247472;REFB=-0.00699286;REVB=0.0159128;RO=63;SAF=28;SAR=32;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206958;STB=0.511447;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00769142;OID=.;OPOS=65263347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:63:60:60:0.487805:32:28:28:35:32:28:28:35 chr14 65271780 . G A 419.28 PASS AF=0.411765;AO=46;DP=118;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0305642;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.07;QD=14.0933;RBI=0.0431837;REFB=-0.0223162;REVB=0.0305067;RO=70;SAF=23;SAR=23;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152272;STB=0.502401;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.03458;OID=.;OPOS=65271780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:70:70:46:49:0.411765:23:23:36:34:24:25:36:34 chr14 65412748 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.094;QD=62.022;RBI=0.0114461;REFB=0;REVB=0.00652081;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72994e-05;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr14 65417070 . C A 1184.69 PASS AF=0.975309;AO=76;DP=78;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.18364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5516;QD=58.5033;RBI=0.186094;REFB=-0.0652219;REVB=0.0301183;RO=2;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219995;STB=0.511108;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00181655;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:81:2:2:76:79:0.975309:42:34:0:2:44:35:0:2 chr14 65419293 . A G 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6894;QD=54.5121;RBI=0.0392451;REFB=0;REVB=-0.0290551;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73016e-05;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr14 65511429 . G A 576.44 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00680373;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.719;QD=23.7707;RBI=0.0361284;REFB=-0.0139587;REVB=0.035482;RO=44;SAF=23;SAR=30;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989391;STB=0.554197;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00899133;OID=.;OPOS=65511429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:30:23:14:30:30:23:14:30 chr14 65568304 . GAAAAAAAAAAAT GAAAAAAAAAAT,GAAAAAAAAAATA,GAAGAAAAAAAAT 314.01 PASS AF=0.84466,0.00970874,0.145631;AO=38,5,10;DP=109;FAO=87,1,15;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=55,1,0;FSAR=32,0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.20837,0.0602191,-0.00295256;FXX=0.134442;HRUN=11,11,11;LEN=1,2,1;MLLD=3.93121,12.0382,174.021;QD=12.1944;RBI=0.468662,0.230161,0.1054;REFB=0,0,0;REVB=-0.419793,-0.222143,-0.105359;RO=19;SAF=25,5,0;SAR=13,0,10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0180108,0.641941,-0.812166;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.0533231,-0.0213637,0.0594283;OID=.,.,.;OPOS=65568305,65568315,65568307;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,G;OMAPALT=GAAAAAAAAAAT,GAAAAAAAAAATA,GAAGAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.84466,0.00970874,0.145631:38,5,10:109:87,1,15:103:0:55,1,0:32,0,15:0:0:78:19:25,5,0:13,0,10:13:6 chr14 65878909 . C T 650.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.37;QD=61.9199;RBI=0.0313706;REFB=0;REVB=0.0261902;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71768e-05;OID=.;OPOS=65878909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr14 66028446 . A G 1189.21 PASS AF=1;AO=68;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.229131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.826;QD=60.9853;RBI=0.229351;REFB=0;REVB=0.01004;RO=1;SAF=12;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377568;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176813;OID=.;OPOS=66028446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:1:0:68:78:1:56:12:1:0:56:22:0:0 chr14 67666829 . GCCCCCCCGA GCCCCCCCG,GCCCCCCGA 124.02 PASS AF=0,0.92;AO=4,5;DP=26;FAO=0,23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=0,7;FSAR=0,16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0142981,-0.0838142;FXX=0.0384468;HRUN=2,7;LEN=1,1;MLLD=7.50785,9.3272;QD=19.8432;RBI=0.792132,0.144389;REFB=-0.0521999,-0.0265239;REVB=-0.792003,0.117573;RO=1;SAF=0,4;SAR=4,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.59901,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.749895,-0.0951258;STB=0.5,0.518202;STBP=1,0.572;TYPE=del,del;VARB=0.0228766,0.0198541;OID=.,.;OPOS=67666838,67666830;OREF=A,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCCCCCG,GCCCCCCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.92:4,5:26:0,23:25:2:0,7:0,16:1:1:7:1:0,4:4,1:1:0 chr14 67938788 . GTGTGGCAGGGTTAATAC G 117.99 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00195663;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=17;MLLD=383.159;QD=11.7992;RBI=0.0180068;REFB=-0.00898566;REVB=-0.0179002;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943528;STB=0.545388;STBP=0.709;TYPE=del;VARB=0.0198721;OID=.;OPOS=67938789;OREF=TGTGGCAGGGTTAATAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:14:41:14:40:26:9:5:15:11:99:25:9:5:14:11 chr14 68042255 . A G 593.12 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0017;QD=60.8332;RBI=0.0398206;REFB=0;REVB=0.0395763;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734552;OID=.;OPOS=68042255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr14 68042574 . A G 1480.03 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00190129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6477;QD=61.6678;RBI=0.0757201;REFB=-0.0633919;REVB=0.0756963;RO=1;SAF=60;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137401;STB=0.504131;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000776783;OID=.;OPOS=68042574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:94:95:0.989583:34:60:0:1:35:60:1:0 chr14 68045935 . G A 949.94 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.062559;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.163;QD=55.8785;RBI=0.0645372;REFB=-0.131031;REVB=0.015856;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.512191;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00178904;OID=.;OPOS=68045935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:0:2:65:66:0.970588:26:39:0:0:26:40:2:0 chr14 68053149 . A G 1286.97 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152294;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.945;QD=62.0228;RBI=0.0191836;REFB=0;REVB=-0.0116652;RO=0;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.16993e-05;OID=.;OPOS=68053149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:55:28:0:0:55:28:0:0 chr14 68053977 . A C 2039.88 PASS AF=0.977941;AO=131;DP=135;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0404857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6248;QD=59.9964;RBI=0.0405448;REFB=0.00985761;REVB=0.00218805;RO=3;SAF=44;SAR=87;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156792;STB=0.508318;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000647589;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:136:3:3:131:133:0.977941:87:44:2:1:89:44:2:1 chr14 68055613 . C G 715.99 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011202;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.792;QD=57.2793;RBI=0.0114656;REFB=0;REVB=-0.00244429;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61107e-05;OID=.;OPOS=68055613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:24:26:0:0 chr14 68172894 . C T 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00560145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2681;QD=18.9981;RBI=0.0061931;REFB=0.00605842;REVB=-0.00264164;RO=30;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300623;STB=0.667256;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00541976;OID=.;OPOS=68172894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:20:11:21:9:20:11:21:9 chr14 68213744 . G A 876.26 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00927047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9491;QD=54.7661;RBI=0.0100191;REFB=-0.0971928;REVB=0.00380022;RO=1;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200789;STB=0.520827;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00196611;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:64:1:2:61:62:0.96875:23:38:0:1:23:39:0:2 chr14 68213792 . A G 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00983186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.479;QD=19.4077;RBI=0.043968;REFB=-0.0310356;REVB=0.0428546;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160019;STB=0.588728;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0336888;OID=.;OPOS=68213792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:14:16:20:8:14:16:20:8 chr14 68214788 . T C 282.27 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.000473093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.984;QD=22.5819;RBI=0.0170954;REFB=-0.0104778;REVB=-0.0170889;RO=24;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102386;STB=0.557332;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00800992;OID=.;OPOS=68214788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:17:9:11:13:17:9:11:13 chr14 68220499 . A AATC 170.19 PASS AF=0.37931;AO=19;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00112962;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=3;MLLD=266.518;QD=11.7373;RBI=0.0271416;REFB=-0.0140322;REVB=-0.0271181;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267534;STB=0.63624;STBP=0.102;TYPE=ins;VARB=0.0221924;OID=.;OPOS=68220500;OREF=-;OALT=ATC;OMAPALT=AATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:19:58:22:58:36:8:14:21:15:99:36:7:12:22:14 chr14 68234539 . T C 1381.42 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279366;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.055;QD=62.0861;RBI=0.0460829;REFB=0;REVB=0.0366495;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:87:89:1:39:48:0:0:40:49:0:0 chr14 68238831 . CTGGCAGGGGGT CTGGGCAGGGGGT,CTGGGCAGGGGT,TGGCAGGGGGTG 39.55 PASS AF=0.142857,0.047619,0;AO=6,2,2;DP=42;FAO=6,2,0;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=1,0,0;FSAR=5,2,0;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00821775,-0.111879,-0.066681;FXX=0;HRUN=2,1,2;LEN=1,3,12;MLLD=14.0493,22.5337,62.6942;QD=3.76636;RBI=0.0882561,0.169359,0.20527;REFB=-0.0401215,-0.0188577,-0.000287718;REVB=0.0878726,0.127144,-0.194137;RO=12;SAF=1,0,2;SAR=5,2,0;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.403885,-0.561268,0.561268;STB=0.870114,0.996134,0.5;STBP=0.108,0.054,1;TYPE=ins,mnp,mnp;VARB=-0.0287935,0.115786,0.0428972;OID=.,.,.;OPOS=68238833,68238835,68238831;OREF=-,CAG,CTGGCAGGGGGT;OALT=G,GCA,TGGCAGGGGGTG;OMAPALT=CTGGGCAGGGGGT,CTGGGCAGGGGT,TGGCAGGGGGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:12:34:6,2,2:6,2,0:0.142857,0.047619,0:5,2,0:1,0,2:6:6:5,2,0:1,0,0:22:12 chr14 68249499 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0207186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.391;QD=24.0668;RBI=0.0226854;REFB=-0.00445387;REVB=0.00923949;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432421;STB=0.524241;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00459511;OID=.;OPOS=68249499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:9:7:5:5:9:7:5:5 chr14 68616597 . G A 88.69 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.04381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7402;QD=14.7818;RBI=0.0658452;REFB=0.00203592;REVB=0.0491557;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00201353;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:6:7:5:6:6:7 chr14 68703076 . C T 442.87 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00293959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.367;QD=16.252;RBI=0.0263951;REFB=-0.00466786;REVB=0.0262309;RO=60;SAF=17;SAR=32;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12426;STB=0.569591;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00597056;OID=.;OPOS=68703076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:49:49:0.449541:32:17:28:32:32:17:28:32 chr14 68935789 . T C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4536;QD=59.8553;RBI=0.00530173;REFB=0;REVB=-0.00154483;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6529e-05;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr14 69012355 . C G 1135.06 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.692;QD=60.5368;RBI=0.0178537;REFB=0;REVB=0.0172993;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31698e-05;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr14 69117512 . T C 300.46 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0104159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.769;QD=19.077;RBI=0.0123913;REFB=-0.00425354;REVB=0.00671217;RO=31;SAF=19;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126543;STB=0.570526;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00609109;OID=.;OPOS=69117512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:13:19:14:17:13:19:14:17 chr14 69257858 . C T 359.81 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.00265749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.316;QD=17.5518;RBI=0.00706522;REFB=-0.00958519;REVB=-0.00654638;RO=44;SAF=19;SAR=19;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219285;STB=0.621891;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0125064;OID=.;OPOS=69257858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:19:19:12:32:19:19:12:32 chr14 69262441 . A G 1028.46 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0120008;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.942;QD=55.5924;RBI=0.0171065;REFB=-0.0194028;REVB=-0.0121906;RO=2;SAF=29;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00463189;STB=0.503154;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00209014;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:74:2:3:70:71:0.959459:41:29:1:1:42:29:1:2 chr14 69263074 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.782;QD=51.9151;RBI=0.0541091;REFB=0;REVB=-0.00611654;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135433;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr14 69345647 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0397532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.019;QD=16.9311;RBI=0.0461808;REFB=-0.00975817;REVB=0.0235022;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252049;STB=0.628352;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00700513;OID=.;OPOS=69345647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:9:12:10:12:0.5:8:2:4:5:8:4:7:5 chr14 69352230 . G A 447.73 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0352988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8805;QD=18.4631;RBI=0.063368;REFB=0.00826418;REVB=0.052626;RO=50;SAF=20;SAR=25;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00425466;STB=0.509255;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0103834;OID=.;OPOS=69352230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:50:52:45:45:0.463918:25:20:22:28:25:20:24:28 chr14 69522179 . C G 286.88 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0242072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6741;QD=11.3614;RBI=0.0565054;REFB=0.00540094;REVB=-0.0510575;RO=65;SAF=17;SAR=18;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743772;STB=0.500566;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0120643;OID=.;OPOS=69522179;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:65:66:35:35:0.346535:18:17:32:33:18:17:32:34 chr14 69695792 . G A 689.19 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8703;QD=62.6539;RBI=0.0392098;REFB=0;REVB=0.0318059;RO=0;SAF=6;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105344;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:38:6:0:0:38:6:0:0 chr14 69703158 . A G 2560.49 PASS AF=0.988304;AO=168;DP=172;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=105;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0057261;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.268;QD=59.8945;RBI=0.0139178;REFB=-0.115344;REVB=-0.0126853;RO=3;SAF=63;SAR=105;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221188;STB=0.507691;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.000637008;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:171:3:2:168:169:0.988304:105:63:3:0:105:64:2:0 chr14 69704553 . G T 1449.94 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254978;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.707;QD=62.363;RBI=0.0462603;REFB=-0.0537925;REVB=0.038599;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335128;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:93:0:0:92:93:1:40:52:0:0:41:52:0:0 chr14 69799806 . C T 109.88 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.026686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0086;QD=14.651;RBI=0.027225;REFB=-0.019931;REVB=-0.00539079;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201473;STB=0.646244;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.017108;OID=.;OPOS=69799806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:12:13:0.433333:7:5:10:6:8:5:11:6 chr14 69799892 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0177225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.676;QD=15.6262;RBI=0.018021;REFB=-0.00877706;REVB=-0.00326634;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228457;STB=0.63144;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0136903;OID=.;OPOS=69799892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:16:11:12:7:16:11 chr14 69820946 . C A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.000563699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.424;QD=12.737;RBI=0.0185145;REFB=-0.00587428;REVB=-0.0185059;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252144;STB=0.624844;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0218821;OID=.;OPOS=69820946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:28:16:16:0.363636:6:10:10:16:6:10:12:16 chr14 70037611 . A T 876.99 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000305944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.987;QD=54.812;RBI=0.0254874;REFB=-0.0763821;REVB=0.0254856;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132996;STB=0.513884;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000289545;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:62:62:0.96875:27:35:1:0:27:35:2:0 chr14 70038786 . A G 489.27 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0850608;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2229;QD=55.9162;RBI=0.0851944;REFB=-0.104374;REVB=0.00476822;RO=1;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183273;STB=0.509798;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00405522;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:25:8:0:1:25:9:0:1 chr14 70171418 . T C 604.82 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.082947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.8184;QD=25.2007;RBI=0.0831967;REFB=-0.0234317;REVB=0.00644105;RO=41;SAF=37;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952791;STB=0.552219;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.022959;OID=.;OPOS=70171418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:41:55:55:0.572917:18:37:23:18:18:37:23:18 chr14 70180778 . C G 1283.4 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.026;QD=61.8507;RBI=0.0136942;REFB=0;REVB=0.0133532;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90194e-05;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr14 70634087 . A G 2423.98 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189567;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.961;QD=60.5995;RBI=0.0705205;REFB=-0.0782676;REVB=-0.0679248;RO=1;SAF=82;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576724;STB=0.50303;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000487753;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:1:1:159:159:0.99375:77:82:1:0:77:82:1:0 chr14 70712880 . A C 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0213414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.588;QD=5.68927;RBI=0.0340799;REFB=-0.00639673;REVB=-0.0265704;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444608;STB=0.529312;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.022611;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:12:7:2:4:12:7 chr14 70713858 . T C 338.27 PASS AF=0.355372;AO=35;DP=112;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.0216155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.421;QD=11.1825;RBI=0.0234023;REFB=-0.021932;REVB=0.00896876;RO=77;SAF=10;SAR=25;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138364;STB=0.522663;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0440042;OID=.;OPOS=70713858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:121:77:78:35:43:0.355372:25:10:30:47:25:18:30:48 chr14 70827773 . T C 1556.26 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6936;QD=59.8561;RBI=0.0324583;REFB=0;REVB=0.00360064;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220547;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:49:55:0:0:49:55:0:0 chr14 70839389 . A C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=15;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00173174;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.978;QD=52.7696;RBI=0.010329;REFB=-0.0173189;REVB=-0.0101828;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514276;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000475347;OID=.;OPOS=70839389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:15:28:0.965517:5:10:0:0:17:11:0:1 chr14 70924237 . C A 30.45 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0142621;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.419;QD=2.21439;RBI=0.0623158;REFB=-0.00366581;REVB=-0.0606618;RO=48;SAF=5;SAR=1;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362174;STB=0.781287;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0525945;OID=.;OPOS=70924237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:48:49:6:6:0.109091:1:5:26:22:1:5:27:22 chr14 70924249 . A G 760.48 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.483;QD=56.332;RBI=0.0274883;REFB=0;REVB=0.0274283;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115906;OID=.;OPOS=70924249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:20:31:0:0:22:32:0:0 chr14 70924450 . C T 37.41 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00227392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.375;QD=2.13782;RBI=0.0211328;REFB=0.000100108;REVB=-0.0210101;RO=62;SAF=3;SAR=5;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130088;STB=0.597579;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00183122;OID=.;OPOS=70924450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:62:62:8:8:0.114286:5:3:30:32:5:3:30:32 chr14 70924462 . A G 164.58 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.03141;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.362;QD=11.1582;RBI=0.0314552;REFB=0.00683163;REVB=0.00168456;RO=38;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504182;STB=0.529384;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00799466;OID=.;OPOS=70924462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:38:21:21:0.355932:12:9:18:20:12:9:18:20 chr14 70924501 . C G 557.42 PASS AF=0.849057;AO=44;DP=52;FAO=45;FDP=53;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00683661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.914;QD=42.0694;RBI=0.0201352;REFB=0.00903844;REVB=-0.018939;RO=8;SAF=19;SAR=25;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536383;STB=0.529901;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00269613;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:53:8:8:44:45:0.849057:25:19:2:6:25:20:2:6 chr14 70924566 . CA GT 441.6 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008141;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.789;QD=58.8801;RBI=0.00844241;REFB=0;REVB=-0.0022357;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00183318;OID=.;OPOS=70924566;OREF=CA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr14 70924693 . T C 46.72 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0205267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.951;QD=2.8749;RBI=0.0365621;REFB=-0.00146707;REVB=-0.0302562;RO=56;SAF=4;SAR=5;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110606;STB=0.578059;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00961002;OID=.;OPOS=70924693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:56:56:9:9:0.138462:5:4:30:26:5:4:30:26 chr14 70924852 . A C 85.64 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00992497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3187;QD=6.58788;RBI=0.0183833;REFB=-0.00315969;REVB=-0.0154738;RO=40;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291387;STB=0.683243;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0114536;OID=.;OPOS=70924852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:4:8:17:23:4:8:17:23 chr14 70924955 . A C 349.9 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00883884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7298;QD=17.7163;RBI=0.0344216;REFB=-0.018597;REVB=0.0332674;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115791;STB=0.557648;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0196688;OID=.;OPOS=70924955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:19:18:25:16:19:18:25:17 chr14 70925257 . A G 221.65 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7648;QD=49.2564;RBI=0.0315393;REFB=0;REVB=0.0314443;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091475;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:10:8:0:0 chr14 70925665 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0342673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.894;QD=17.3255;RBI=0.0397453;REFB=-0.00567718;REVB=-0.0201356;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040977;STB=0.523341;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00328034;OID=.;OPOS=70925665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:9:16:12:8:9:16 chr14 70925818 . T C 53.04 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00778727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.232;QD=21.2167;RBI=0.0124134;REFB=-0.0150621;REVB=0.00966706;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368547;STB=0.719257;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00419874;OID=.;OPOS=70925818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:6:1:2:1:6:1:2:1 chr14 71109153 . C G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.59;QD=57.6787;RBI=0.0379026;REFB=0;REVB=0.027001;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20626e-05;OID=.;OPOS=71109153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr14 71232147 . C T 586.58 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-6.34366e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.755;QD=23.4633;RBI=0.0110657;REFB=-0.0281843;REVB=0.0110655;RO=46;SAF=33;SAR=21;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399835;STB=0.521983;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0218516;OID=.;OPOS=71232147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:21:33:26:20:21:33:26:20 chr14 71374702 . G A 987.44 PASS AF=0.59375;AO=89;DP=159;FAO=95;FDP=160;FR=.;FRO=65;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0201786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3849;QD=24.6861;RBI=0.0451799;REFB=-0.0194762;REVB=0.0404234;RO=60;SAF=44;SAR=45;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165361;STB=0.502963;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0153833;OID=.;OPOS=71374702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:60:65:89:95:0.59375:45:44:31:29:46:49:34:31 chr14 71444788 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0168649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.088;QD=15.5715;RBI=0.0171667;REFB=-0.00879259;REVB=-0.00320444;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504152;STB=0.529358;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00920881;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:7:5:4:7:7:5 chr14 71577480 . G A 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0416329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.716;QD=15.8864;RBI=0.0416332;REFB=-0.000451302;REVB=-0.000153748;RO=42;SAF=11;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102011;STB=0.557656;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00044449;OID=.;OPOS=71577480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:22:11:18:24:22:11:18:24 chr14 71581398 . C CT 94.16 PASS AF=0.469697;AO=26;DP=70;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.210603;FXX=0.0149231;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.2003;QD=5.70665;RBI=0.28176;REFB=-0.109051;REVB=-0.187177;RO=35;SAF=8;SAR=18;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3506;STB=0.631078;STBP=0.057;TYPE=ins;VARB=0.119749;OID=.;OPOS=71581399;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469697:26:70:31:66:35:11:20:21:14:71:35:8:18:23:12 chr14 71582062 . G C 131.15 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00813896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.711;QD=14.1789;RBI=0.0135173;REFB=-0.0042599;REVB=-0.0107923;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177503;STB=0.603631;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00842532;OID=.;OPOS=71582062;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:11:11:10:5:11:11 chr14 71915415 . T G,TGTG 88.96 PASS AF=0.0882353,0.264706;AO=3,8;DP=34;FAO=3,9;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=0,5;FSAR=3,4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.114437,-0.0247476;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=46.1018,210.946;QD=10.4658;RBI=0.139444,0.0578829;REFB=-0.0293519,-0.00930916;REVB=-0.0796789,-0.0523258;RO=22;SAF=0,5;SAR=3,3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.584149,0.146666;STB=0.996285,0.53948;STBP=0.076,0.805;TYPE=snp,ins;VARB=0.0833374,0.024022;OID=.,.;OPOS=71915415,71915416;OREF=T,-;OALT=G,GTG;OMAPALT=G,TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:34:34:22:22:3,8:3,9:0.0882353,0.264706:3,3:0,5:11:11:3,4:0,5:11:11 chr14 72055468 . A C 636.46 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155311;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.244;QD=62.0939;RBI=0.0407308;REFB=0;REVB=0.0376534;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276633;OID=.;OPOS=72055468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:20:21:0:0 chr14 72117156 . T C 836.75 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0550358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7038;QD=55.7834;RBI=0.0556926;REFB=-0.0320326;REVB=-0.00852739;RO=1;SAF=33;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140845;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000117027;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:26:33:1:0:26:33:1:0 chr14 72457682 . A C 571.08 PASS AF=0.62963;AO=50;DP=80;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00930068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2918;QD=28.2014;RBI=0.0293451;REFB=0.00351039;REVB=0.0278322;RO=30;SAF=21;SAR=29;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619999;STB=0.530291;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00205527;OID=.;OPOS=72457682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:30:30:50:51:0.62963:29:21:10:20:30:21:10:20 chr14 73008178 . A T 276.33 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00932638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.72;QD=15.7904;RBI=0.00977071;REFB=-0.00648381;REVB=-0.00291297;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077972;STB=0.538293;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00753005;OID=.;OPOS=73008178;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:39:31:31:0.442857:13:18:18:18:13:18:20:19 chr14 73079291 . G GA,GAA 294.88 PASS AF=0,1;AO=6,20;DP=27;FAO=0,26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.202527,0.107975;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=26.7384,40.096;QD=45.3656;RBI=0.335427,0.173558;REFB=0,0;REVB=0.267385,0.135882;RO=1;SAF=3,8;SAR=3,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.123249,-0.0541413;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0293347,0.0155002;OID=.,.;OPOS=73079292,73079292;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,20:27:0,26:26:0:0,11:0,15:0:0:5:1:3,8:3,12:1:0 chr14 73220020 . A G 647.64 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.113021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2828;QD=57.5676;RBI=0.116973;REFB=-0.103321;REVB=-0.0301499;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.502617;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00306184;OID=.;OPOS=73220020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:45:1:2:43:43:0.955556:24:19:0:1:24:19:1:1 chr14 73240509 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6922;QD=46.8453;RBI=0.0563496;REFB=0;REVB=-0.0325705;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556365;OID=.;OPOS=73240509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr14 73358945 . A C 2507.03 PASS AF=0.994012;AO=163;DP=166;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0480705;FXX=0.0233904;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.721;QD=60.0485;RBI=0.048172;REFB=-0.0261645;REVB=0.00312506;RO=1;SAF=69;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503566;STB=0.502617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000219266;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:166:167:1:1:163:166:0.994012:94:69:0:1:95:71:0:1 chr14 73360819 . T TTGTC 820.42 PASS AF=0.873239;AO=61;DP=71;FAO=62;FDP=71;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0116014;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=299.86;QD=46.2206;RBI=0.0267969;REFB=-0.0706812;REVB=0.0241553;RO=9;SAF=11;SAR=50;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10007;STB=0.553928;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=0.00817629;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.873239:61:71:62:71:9:11:51:4:5:43:9:11:50:4:5 chr14 73413830 . G A 398.02 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.000588272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.476;QD=28.9468;RBI=0.0106524;REFB=-0.0408455;REVB=-0.0106361;RO=18;SAF=22;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242013;STB=0.513177;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0217244;OID=.;OPOS=73413830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:15:22:10:8:15:22:10:8 chr14 73507393 . C A 83.1 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0393017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0796;QD=9.49665;RBI=0.0715499;REFB=-0.00545505;REVB=0.0597893;RO=24;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354125;STB=0.715392;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0177508;OID=.;OPOS=73507393;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:8:3:14:10:8:3:14:10 chr14 73528645 . G A 303.47 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00646278;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.451;QD=19.5789;RBI=0.0108743;REFB=-0.00293799;REVB=0.00874544;RO=30;SAF=24;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328981;STB=0.684089;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0052722;OID=.;OPOS=73528645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:30:30:32:32:0.516129:8:24:12:18:8:24:12:18 chr14 73711394 . A G 293.73 PASS AF=0.4125;AO=32;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0275088;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.568;QD=14.6864;RBI=0.0275351;REFB=-0.00878968;REVB=-0.00120233;RO=46;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761502;STB=0.526138;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0136606;OID=.;OPOS=73711394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:47:32:33:0.4125:19:13:22:24:19:14:22:25 chr14 73719455 . A C 186.95 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0269717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.874;QD=10.6829;RBI=0.0497074;REFB=0.0025309;REVB=-0.0417535;RO=46;SAF=13;SAR=11;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517218;STB=0.530096;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00670496;OID=.;OPOS=73719455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:11:13:27:19:11:13:27:19 chr14 73727509 . T G 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.402;QD=50.4069;RBI=0.0194228;REFB=0;REVB=-0.0160776;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93072e-05;OID=.;OPOS=73727509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr14 73957772 . A G 241.06 PASS AF=1;AO=14;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6143;QD=50.7488;RBI=0.229114;REFB=0;REVB=0.195776;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104972;OID=.;OPOS=73957772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:14:19:1:1:13:0:0:5:14:0:0 chr14 73958375 . T C 490.35 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00304168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.517;QD=56.0402;RBI=0.00305295;REFB=-0.190671;REVB=0.000262018;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000838322;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:0:1:33:34:0.971429:14:19:0:0:15:19:0:1 chr14 73958812 . T C 430.3 PASS AF=0.518072;AO=41;DP=81;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0099623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.62;QD=20.7375;RBI=0.0116206;REFB=-0.0220903;REVB=-0.00598261;RO=40;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337111;STB=0.51851;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0192571;OID=.;OPOS=73958812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:40:40:41:43:0.518072:20:21:22:18:21:22:22:18 chr14 73963383 . T C 1343.71 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.286;QD=61.0777;RBI=0.0558379;REFB=-0.0159561;REVB=0.054574;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=9.16627e-05;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:0:1:87:87:0.988636:47:40:0:0:47:40:0:1 chr14 73989859 . C T 1175.78 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146002;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.954;QD=61.0794;RBI=0.019462;REFB=0;REVB=0.0128686;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133775;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr14 74036370 . G T 137.86 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0011831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1591;QD=11.4883;RBI=0.102884;REFB=-0.0155238;REVB=0.102877;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327958;STB=0.681601;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0588729;OID=.;OPOS=74036370;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:6:10:10:21:6:10:11:21 chr14 74058832 . C T 265.05 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00318436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.169;QD=34.1996;RBI=0.0535251;REFB=-0.0220263;REVB=0.0534303;RO=8;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127673;STB=0.569772;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0119512;OID=.;OPOS=74058832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:12:11:6:2:12:11:6:2 chr14 74061968 . T C 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.078;QD=64.4115;RBI=0.0376875;REFB=0;REVB=0.0306943;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90262e-05;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr14 74083846 . C T 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.036174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.784;QD=19.9923;RBI=0.0367332;REFB=-0.0398257;REVB=-0.00638504;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590749;STB=0.533303;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0418931;OID=.;OPOS=74083846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:13:10:11:11:13:10 chr14 74168625 . G A 1161.1 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000434497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.974;QD=59.5438;RBI=0.0170087;REFB=-0.12231;REVB=0.0170031;RO=1;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101772;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22211e-05;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:78:1:0:76:78:1:46:30:0:1:48:30:0:0 chr14 74196686 . T C 1264.5 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.564;QD=61.6827;RBI=0.0703456;REFB=0;REVB=0.0662631;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123589;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr14 74196791 . CT C,CC 680.53 PASS AF=0.173913,0.826087;AO=9,37;DP=47;FAO=8,38;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134931,0.128337;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.9883,64.1758;QD=59.1761;RBI=0.134932,0.128561;REFB=0,0;REVB=-0.000436844,0.00759318;RO=0;SAF=8,0;SAR=1,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000832238,0.00724728;OID=.,.;OPOS=74196792,74196792;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.173913,0.826087:9,37:47:8,38:46:0:8,0:0,38:0:0:32:0:8,0:1,37:0:0 chr14 74196844 . T C 600.85 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0171812;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.518;QD=58.6196;RBI=0.0180917;REFB=-0.0177009;REVB=0.00566684;RO=1;SAF=4;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103653;STB=0.555525;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=3.17964e-05;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:36:4:1:0:36:4:1:0 chr14 74206481 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3732;QD=60.6081;RBI=0.0101454;REFB=0;REVB=-0.00962824;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011816;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr14 74340797 . A T 1362.39 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0458668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2063;QD=61.2309;RBI=0.0534175;REFB=-0.132778;REVB=0.0273801;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.505153;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00197158;OID=.;OPOS=74340797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:40:48:0:0:40:48:1:0 chr14 74363043 . C G 476.53 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00360622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.265;QD=18.6876;RBI=0.0389352;REFB=0.000174891;REVB=0.0387678;RO=52;SAF=32;SAR=18;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980242;STB=0.554433;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-6.78762e-05;OID=.;OPOS=74363043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:18:32:28:24:18:32:28:24 chr14 74404756 . T C 573.22 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0529985;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.045;QD=55.9235;RBI=0.0541226;REFB=-0.137109;REVB=0.0109735;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.524987;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00104366;OID=.;OPOS=74404756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:0:2:39:39:0.95122:19:20:0:0:19:20:0:2 chr14 74428000 . A T 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.555;QD=64.1529;RBI=0.0471945;REFB=0;REVB=0.0438054;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90336e-05;OID=.;OPOS=74428000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr14 74489735 . G A 1539.78 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.455;QD=59.7972;RBI=0.0579875;REFB=0;REVB=0.0212277;RO=0;SAF=37;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86238e-05;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:65:37:0:0:65:38:0:0 chr14 74514674 . A T 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.317;QD=58.776;RBI=0.0208118;REFB=0;REVB=-0.0200002;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59236e-05;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr14 74539323 . AAC A,AA,AAA 428.51 PASS AF=0,0.78125,0.21875;AO=4,13,20;DP=38;FAO=0,25,7;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,4;FSAR=0,12,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017662,-0.0243724,-0.0278264;FXX=0.0588062;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=193.181,197.288,196.996;QD=53.5633;RBI=0.0254854,0.0304016,0.0328814;REFB=0,0,0;REVB=0.0183728,0.0181726,0.0175178;RO=1;SAF=1,8,12;SAR=3,5,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.119989,0.0821523,0.0541413;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00228691,-0.00840575,0.0177773;OID=.,.,.;OPOS=74539324,74539325,74539325;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.78125,0.21875:4,13,20:38:0,25,7:32:0:0,13,4:0,12,3:0:0:17:1:1,8,12:3,5,8:0:1 chr14 74544966 . A G 253.16 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0212633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6626;QD=19.1065;RBI=0.051452;REFB=-0.0127332;REVB=0.0468528;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994623;STB=0.564806;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00980734;OID=.;OPOS=74544966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:15:12:14:11:15:12:15:11 chr14 74759006 . C T 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0791967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.481;QD=17.2246;RBI=0.0795849;REFB=-0.00932429;REVB=-0.00785075;RO=38;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594784;STB=0.540959;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00792405;OID=.;OPOS=74759006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:20:14:18:20:20:14:19:20 chr14 74759301 . G T 112.88 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0683772;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6388;QD=15.051;RBI=0.125462;REFB=-0.032051;REVB=0.105192;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162153;STB=0.624792;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0422176;OID=.;OPOS=74759301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:11:13:0.433333:8:3:7:10:10:3:7:10 chr14 74759477 . C T 470.87 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0122236;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4571;QD=17.1227;RBI=0.0300442;REFB=0.00552677;REVB=0.0274452;RO=57;SAF=26;SAR=25;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657867;STB=0.54482;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00717469;OID=.;OPOS=74759477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:57:59:51:51:0.463636:25:26:33:24:25:26:35:24 chr14 74766352 . A G 376.55 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00809155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.699;QD=18.595;RBI=0.0216243;REFB=-0.025567;REVB=0.0200534;RO=41;SAF=19;SAR=20;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112283;STB=0.567671;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0439165;OID=.;OPOS=74766352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:41:42:39:39:0.481481:20:19:15:26:20:19:15:27 chr14 74876355 . G C 325.4 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0166835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.958;QD=17.5892;RBI=0.0262101;REFB=-0.0107057;REVB=0.0202146;RO=39;SAF=20;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00148394;STB=0.509876;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0136577;OID=.;OPOS=74876355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:39:34:35:0.472973:14:20:23:16:15:20:23:16 chr14 74991855 . A G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00587179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8997;QD=11.6672;RBI=0.0174681;REFB=-0.0169713;REVB=-0.0164516;RO=26;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311512;STB=0.687207;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0362922;OID=.;OPOS=74991855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:11:3:12:14:11:3:12:14 chr14 75137514 . T C 471.01 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00644883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.872;QD=17.2847;RBI=0.00888516;REFB=-0.00492941;REVB=-0.00611218;RO=58;SAF=35;SAR=16;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252836;STB=0.641065;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00451279;OID=.;OPOS=75137514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:51:51:0.46789:16:35:25:33:16:35:25:33 chr14 75265405 . AC A 39.64 PASS AF=0.5;AO=8;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.208854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.93;QD=7.20796;RBI=0.231379;REFB=-0.105254;REVB=-0.0995809;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.464968;SSSB=-0.0117224;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0497442;OID=.;OPOS=75265406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:22:11:22:11:7:4:7:4:39:11:5:3:7:4 chr14 75279395 . T A 401.5 PASS AF=0.494118;AO=26;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00327795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.131;QD=18.8942;RBI=0.0158181;REFB=-0.0257648;REVB=-0.0154748;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650482;STB=0.620999;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0264125;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:43:26:42:0.494118:13:13:18:23:13:29:20:23 chr14 75359670 . G A 379.6 PASS AF=0.464286;AO=40;DP=89;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0118814;FXX=0.0561735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.584;QD=18.0763;RBI=0.0119193;REFB=-0.0207944;REVB=-0.000949209;RO=45;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508666;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0237266;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:84:45:45:40:39:0.464286:24:16:18:27:24:15:18:27 chr14 75367807 . C T 648.97 PASS AF=0.397849;AO=72;DP=184;FAO=74;FDP=186;FR=.;FRO=112;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=-0.0343831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0613;QD=13.9563;RBI=0.0513957;REFB=-0.0197304;REVB=-0.038201;RO=111;SAF=35;SAR=37;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028745;STB=0.513384;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0271786;OID=.;OPOS=75367807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:111:112:72:74:0.397849:37:35:51:60:38:36:52:60 chr14 75386576 . G A 606.65 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=-0.0079046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5044;QD=24.761;RBI=0.0145609;REFB=-0.0575758;REVB=0.0122286;RO=43;SAF=36;SAR=19;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126342;STB=0.568839;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0462246;OID=.;OPOS=75386576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:43:43:55:55:0.561224:19:36:34:9:19:36:34:9 chr14 75388183 . C T 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0388883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.053;QD=24.204;RBI=0.0451329;REFB=-0.0289141;REVB=0.0229059;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817516;STB=0.54575;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0172163;OID=.;OPOS=75388183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:7:11:6:6:7:11:6:6 chr14 75412908 . A C,G 1621.62 PASS AF=0.0535714,0.9375;AO=8,104;DP=112;FAO=6,105;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=4,44;FSAR=2,61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00872822,0.00345884;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.911,87.334;QD=57.9149;RBI=0.0441364,0.0144613;REFB=-0.0622178,-0.0721326;REVB=-0.0432647,-0.0140416;RO=0;SAF=6,43;SAR=2,61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,-3.99311e-08;STB=0.555378,0.505617;STBP=0.618,0.286;TYPE=snp,snp;VARB=0.17733,0.000256008;OID=.,.;OPOS=75412908,75412908;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:112:112:0:1:8,104:6,105:0.0535714,0.9375:2,61:6,43:0:0:2,61:4,44:1:0 chr14 75483812 . T C 459.71 PASS AF=0.439655;AO=50;DP=115;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0288958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.682;QD=15.8522;RBI=0.0294733;REFB=-0.0226016;REVB=-0.00580588;RO=65;SAF=23;SAR=27;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032693;STB=0.523266;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0326076;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:65:65:50:51:0.439655:27:23:32:33:28:23:32:33 chr14 75513828 . G A 272.69 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00475593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7685;QD=14.9419;RBI=0.0619094;REFB=0.00242371;REVB=-0.0617265;RO=42;SAF=20;SAR=11;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19939;STB=0.613091;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00465272;OID=.;OPOS=75513828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:11:20:19:23:11:20:19:23 chr14 75513883 . T C 926.29 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.44;QD=57.0024;RBI=0.0897326;REFB=-0.108174;REVB=0.087291;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160078;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142455;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:1:0:64:65:1:29:35:0:1:30:35:0:0 chr14 75537381 . C T 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00787252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.524;QD=17.0703;RBI=0.0090129;REFB=-0.0122499;REVB=0.00438814;RO=35;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458302;STB=0.525746;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0141251;OID=.;OPOS=75537381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:20:11:14:21:20:11:14:21 chr14 75538217 . G T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0233406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6679;QD=10.8846;RBI=0.0648396;REFB=0.0171894;REVB=-0.0604929;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276263;STB=0.666296;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0345892;OID=.;OPOS=75538217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:9:6:6:3:9:6 chr14 75544470 . T A 192.05 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0133114;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.596;QD=21.9487;RBI=0.0152085;REFB=-0.00888049;REVB=0.00735554;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160953;STB=0.59081;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00833592;OID=.;OPOS=75544470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:16:19:19:0.542857:13:6:8:8:13:6:8:8 chr14 75555305 . G T 307.25 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00314384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.016;QD=15.5572;RBI=0.0112296;REFB=-0.0329793;REVB=-0.0107805;RO=44;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052147;STB=0.535693;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0437121;OID=.;OPOS=75555305;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:45:34:34:0.43038:18:16:23:21:18:16:24:21 chr14 75574087 . C T 159.14 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00595792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.345;QD=10.4351;RBI=0.00614572;REFB=-0.00678548;REVB=-0.00150768;RO=39;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122489;STB=0.500782;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00869114;OID=.;OPOS=75574087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:40:21:21:0.344262:10:11:20:19:10:11:21:19 chr14 75590822 . G A 323.06 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0384753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.978;QD=20.5114;RBI=0.0398052;REFB=-0.029149;REVB=-0.0102031;RO=29;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181033;STB=0.599943;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0162788;OID=.;OPOS=75590822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:18:16:20:9:18:16:20:9 chr14 75590846 . A T 218.03 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00141138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.843;QD=15.5736;RBI=0.00430419;REFB=-0.0349732;REVB=-0.0040662;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114912;STB=0.565165;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0467168;OID=.;OPOS=75590846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:10:15:15:16:10:15:15:16 chr14 75600697 . C T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0280339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.417;QD=7.12516;RBI=0.0285645;REFB=-0.00574861;REVB=-0.00547974;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143116;STB=0.590651;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.018457;OID=.;OPOS=75600697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:4:3:10:8:4:3:10:8 chr14 75705656 . G A 324.37 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0379508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.476;QD=19.659;RBI=0.0402125;REFB=-0.003692;REVB=0.0132957;RO=31;SAF=23;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228936;STB=0.62097;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00803772;OID=.;OPOS=75705656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:32:34:34:0.515152:11:23:13:18:11:23:14:18 chr14 75705863 . C T 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0160751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.565;QD=16.7549;RBI=0.0181654;REFB=-0.00602962;REVB=-0.00845998;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15568;STB=0.588161;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00789359;OID=.;OPOS=75705863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:15:13:15:9:15:13 chr14 75746690 . C T 784.81 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1259;QD=55.0744;RBI=0.0348338;REFB=-0.0725295;REVB=0.00488566;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165422;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00777217;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:28:28:0:1:28:28:0:1 chr14 75758885 . A G 289.42 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0276911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1755;QD=25.7265;RBI=0.0489532;REFB=-0.0199911;REVB=-0.0403686;RO=19;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892493;STB=0.54945;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0246255;OID=.;OPOS=75758885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:12:14:8:11:12:14:8:11 chr14 75759060 . C T 294.01 PASS AF=0.551724;AO=28;DP=54;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0372207;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.5;QD=20.2763;RBI=0.0372573;REFB=-0.0117684;REVB=-0.00165173;RO=24;SAF=9;SAR=19;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123351;STB=0.506575;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00895331;OID=.;OPOS=75759060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:24:26:28:32:0.551724:19:9:11:13:18:14:11:15 chr14 75904660 . A G 1074.25 PASS AF=0.444444;AO=116;DP=261;FAO=116;FDP=261;FR=.;FRO=145;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=90;FSRR=55;FWDB=0.000282505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.711;QD=16.4637;RBI=0.105609;REFB=-0.0257843;REVB=-0.105608;RO=144;SAF=53;SAR=63;SRF=90;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166779;STB=0.590236;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.043249;OID=.;OPOS=75904660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:144:145:116:116:0.444444:63:53:90:54:63:53:90:55 chr14 75937022 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.055792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.852;QD=16.0427;RBI=0.0560641;REFB=0.00669402;REVB=-0.00551713;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120026;STB=0.568558;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00609718;OID=.;OPOS=75937022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:18:8:8:11:18:8 chr14 76045362 . T C 321.56 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00118634;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.174;QD=38.9763;RBI=0.0105008;REFB=-0.0215005;REVB=0.0104336;RO=6;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922617;STB=0.530098;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00558785;OID=.;OPOS=76045362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:34:33:6:7:26:26:0.787879:15:11:1:5:15:11:2:5 chr14 76045858 . G A 81.21 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00504021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.91;QD=18.0468;RBI=0.0191445;REFB=-0.0200159;REVB=0.0184691;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32827;STB=0.633909;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0172993;OID=.;OPOS=76045858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:7:8:10:10:0.555556:6:4:0:7:6:4:1:7 chr14 76045963 . C G 208.51 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0175497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7988;QD=25.2735;RBI=0.0320483;REFB=0.00175947;REVB=-0.0268161;RO=13;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127709;STB=0.571354;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00253394;OID=.;OPOS=76045963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:14:6:6:7:14:6:6:7 chr14 76619189 . G T 71.9 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0354591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.872;QD=11.9826;RBI=0.0368498;REFB=-0.016312;REVB=0.0100277;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868934;STB=0.50998;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0378656;OID=.;OPOS=76619189;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:24:24:14:14:9:10:0.416667:2:7:10:4:3:7:10:4 chr14 76662446 . C T 455.23 PASS AF=0.65625;AO=37;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0395949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9802;QD=28.4519;RBI=0.0434602;REFB=-0.0147529;REVB=-0.0179173;RO=18;SAF=11;SAR=26;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204477;STB=0.608642;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00293579;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:18:22:37:42:0.65625:26:11:11:7:28:14:14:8 chr14 76720660 . C T 557.1 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.0127834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.637;QD=20.2581;RBI=0.0176254;REFB=-0.0291334;REVB=-0.0121342;RO=52;SAF=20;SAR=37;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229705;STB=0.516078;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0203841;OID=.;OPOS=76720660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:53:57:57:0.518182:37:20:17:35:37:20:17:36 chr14 76777257 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.100261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0098;QD=9.76018;RBI=0.102959;REFB=0.00573823;REVB=0.0234151;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500083;STB=0.812575;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000364798;OID=.;OPOS=76777257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:6:1:7:5:6:1:7:5 chr14 76905777 . C A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.141;QD=57.8848;RBI=0.0282399;REFB=0;REVB=0.0268463;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135574;OID=.;OPOS=76905777;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr14 76957887 . T C 1080.06 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7022;QD=60.0035;RBI=0.00604939;REFB=0;REVB=-0.00121038;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.497e-05;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr14 77236380 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.419;QD=59.3229;RBI=0.0274855;REFB=0;REVB=-0.00639881;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51501e-05;OID=.;OPOS=77236380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:46:22:0:0:46:22:0:0 chr14 77245286 . C T 3080.19 PASS AF=0.995122;AO=201;DP=203;FAO=204;FDP=205;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0910488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4321;QD=60.1012;RBI=0.0918141;REFB=-0.166333;REVB=0.0118297;RO=1;SAF=104;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488514;STB=0.502512;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00203847;OID=.;OPOS=77245286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:203:205:1:1:201:204:0.995122:97:104:0:1:99:105:0:1 chr14 77269788 . A C 592.74 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015916;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.405;QD=57.8285;RBI=0.0280333;REFB=-0.171181;REVB=0.023077;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208334;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00217923;OID=.;OPOS=77269788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:41:1:1:39:40:0.97561:17:22:1:0:17:23:1:0 chr14 77293072 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.44619e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.438;QD=43.4862;RBI=0.0186114;REFB=0;REVB=0.0186114;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115704;OID=.;OPOS=77293072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr14 77294876 . T C 801.17 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.569;QD=57.2267;RBI=0.0739792;REFB=0;REVB=0.0734138;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188123;OID=.;OPOS=77294876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr14 77332367 . C T 454.34 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00592758;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.116;QD=17.4747;RBI=0.020233;REFB=-0.0147174;REVB=0.0193453;RO=53;SAF=19;SAR=30;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267301;STB=0.506796;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0122319;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:53:55:49:49:0.471154:30:19:22:31:30:19:22:33 chr14 77492891 . G A 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00821895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.982;QD=14.8961;RBI=0.00824251;REFB=-0.0142494;REVB=0.000622759;RO=44;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456322;STB=0.525802;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0195186;OID=.;OPOS=77492891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:19:13:16:28:19:13:16:28 chr14 77494682 . G A 264.96 PASS AF=0.434783;AO=27;DP=66;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.108674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4332;QD=15.3598;RBI=0.12152;REFB=-0.0393527;REVB=0.0543777;RO=39;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227241;STB=0.646959;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0570766;OID=.;OPOS=77494682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:39:39:27:30:0.434783:10:17:16:23:10:20:16:23 chr14 77697967 . A G 997.52 PASS AF=0.985507;AO=69;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193836;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.305;QD=57.8274;RBI=0.0199538;REFB=-0.124751;REVB=-0.00473615;RO=1;SAF=28;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165827;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=1.05938e-05;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:1:1:69:68:0.985507:41:28:1:0:40:28:1:0 chr14 77703057 . A G 282.01 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.735;QD=51.2753;RBI=0.0396289;REFB=0;REVB=0.0241321;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257928;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:7:14:0:0:7:15:0:0 chr14 77708724 . G GC 41.84 PASS AF=0.347826;AO=5;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0101648;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.5142;QD=7.27641;RBI=0.114158;REFB=-0.00862858;REVB=-0.113705;RO=15;SAF=0;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.714275;STB=0.787884;STBP=0.088;TYPE=ins;VARB=0.00209488;OID=.;OPOS=77708725;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:5:22:8:23:15:1:7:7:8:41:15:0:5:8:7 chr14 77723259 . G C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428282;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.612;QD=62.3489;RBI=0.0448506;REFB=0;REVB=0.0133162;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010516;OID=.;OPOS=77723259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr14 77745193 . A C 1268.54 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.306;QD=60.4065;RBI=0.0106034;REFB=-0.0242394;REVB=-0.00294464;RO=1;SAF=38;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123005;STB=0.506492;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-4.27966e-05;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:45:38:1:0:45:38:1:0 chr14 77746812 . T C 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0169899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.848;QD=19.44;RBI=0.0225075;REFB=-0.00613986;REVB=0.0147625;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242511;STB=0.513505;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00763011;OID=.;OPOS=77746812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:19:12:12:17:19:12:12:17 chr14 77751925 . C T 1496.45 PASS AF=0.980952;AO=100;DP=102;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0236409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6877;QD=57.0077;RBI=0.0363052;REFB=-0.12627;REVB=-0.0275532;RO=2;SAF=51;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182378;STB=0.509089;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00646498;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:105:2:2:100:103:0.980952:49:51:2:0:49:54:2:0 chr14 77786863 . C A 235.23 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0376883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.821;QD=25.4299;RBI=0.0383818;REFB=-0.0172163;REVB=0.00726344;RO=15;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160483;STB=0.589818;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.011124;OID=.;OPOS=77786863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:17:5:6:9:17:5:6:9 chr14 77794283 . T C 1627.43 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151158;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9893;QD=60.2753;RBI=0.0187175;REFB=0;REVB=-0.0110389;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5137e-05;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:52:56:0:0:52:56:0:0 chr14 77926011 . C T 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0499119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4718;QD=55.6047;RBI=0.0688824;REFB=0.00859326;REVB=-0.047472;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0017278;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:32:26:1:0:32:26:1:0 chr14 77928525 . A G 601.13 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00718993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8176;QD=58.647;RBI=0.0101336;REFB=-0.00983768;REVB=0.00714102;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000918654;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:22:18:1:0:22:18:1:0 chr14 77935520 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.709;QD=60.3762;RBI=0.0415995;REFB=0;REVB=-0.00928993;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101657;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr14 77951124 . C T 1529.99 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.283;QD=63.7497;RBI=0.0207654;REFB=0;REVB=0.0206017;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27392e-05;OID=.;OPOS=77951124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:54:42:0:0:54:42:0:0 chr14 77976325 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.995;QD=56.1915;RBI=0.00853746;REFB=0;REVB=-0.00806441;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10544e-05;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr14 77987958 . C A 371.71 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.515;QD=55.0676;RBI=0.0361749;REFB=0;REVB=-0.0176843;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151816;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr14 78014103 . G A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0377641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.322;QD=14.8518;RBI=0.0378217;REFB=-0.0124242;REVB=-0.00208689;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118707;STB=0.578864;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0217081;OID=.;OPOS=78014103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:11:8:15:13:11:8:16:13 chr14 78028803 . A G 397.51 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213183;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.88;QD=56.7872;RBI=0.0303125;REFB=0;REVB=-0.0215494;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162818;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr14 78174473 . A C,G 1063.0 PASS AF=0.959459,0.027027;AO=70,3;DP=73;FAO=71,2;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=22,2;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00260203,-0.0191525;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.8065,178.451;QD=57.4595;RBI=0.00504204,0.0312109;REFB=-0.0163769,-0.0415592;REVB=0.00431876,-0.0246435;RO=0;SAF=22,2;SAR=48,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.505049,0.993266;STBP=0.606,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=0.0113928,0.154815;OID=.,.;OPOS=78174473,78174473;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:73:74:0:1:70,3:71,2:0.959459,0.027027:48,1:22,2:0:0:49,0:22,2:0:1 chr14 78184566 . C A 1216.88 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.677;QD=60.844;RBI=0.0052834;REFB=0;REVB=-0.00437374;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314406;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:33:46:0:0:33:47:0:0 chr14 78197365 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.694;QD=55.6561;RBI=0.0571;REFB=0;REVB=0.0293578;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151911;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr14 78287414 . T C 429.19 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0103218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.188;QD=25.2466;RBI=0.0315966;REFB=-0.0268355;REVB=0.0298631;RO=27;SAF=11;SAR=30;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178113;STB=0.597956;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0149715;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:30:11:13:14:30:11:13:14 chr14 78390880 . T C 208.77 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00175548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.885;QD=18.1541;RBI=0.0111309;REFB=-0.00302377;REVB=0.0109916;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895806;STB=0.563615;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0037477;OID=.;OPOS=78390880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:20:21:0.456522:11:9:9:16:11:10:9:16 chr14 79081400 . T C 855.25 PASS AF=0.486034;AO=86;DP=178;FAO=87;FDP=179;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.0727815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9925;QD=19.1118;RBI=0.0731593;REFB=-0.0169467;REVB=0.00742599;RO=92;SAF=45;SAR=41;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827296;STB=0.542298;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0168498;OID=.;OPOS=79081400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:92:92:86:87:0.486034:41:45:40:52:42:45:40:52 chr14 80963383 . A AGC 277.58 PASS AF=0.37931;AO=30;DP=96;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.000454046;FXX=0.0333296;HRUN=0;LEN=2;MLLD=315.21;QD=12.7623;RBI=0.000507184;REFB=-0.00322869;REVB=0.000226002;RO=61;SAF=20;SAR=10;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152423;STB=0.573725;STBP=0.311;TYPE=ins;VARB=0.00468443;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:30:96:33:87:54:22:11:30:24:99:61:20:10:33:28 chr14 81558908 . C T 232.47 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.028344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1739;QD=12.566;RBI=0.104377;REFB=-0.00221442;REVB=0.100455;RO=46;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470648;STB=0.527008;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00485867;OID=.;OPOS=81558908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:14:14:21:25:14:14:21:25 chr14 81574959 . A G 230.63 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00428346;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.15;QD=11.9806;RBI=0.017876;REFB=-0.00288679;REVB=-0.0173552;RO=48;SAF=11;SAR=17;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20782;STB=0.61324;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.006056;OID=.;OPOS=81574959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:48:49:28:28:0.363636:17:11:28:20:17:11:28:21 chr14 81575005 . C A 140.96 PASS AF=0.316667;AO=18;DP=61;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0188122;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.58;QD=9.39761;RBI=0.0251742;REFB=-0.0104962;REVB=-0.0167285;RO=42;SAF=5;SAR=13;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324112;STB=0.695918;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0167836;OID=.;OPOS=81575005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:42:41:18:19:0.316667:13:5:23:19:14:5:22:19 chr14 81610583 . G C 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.027382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1301;QD=59.4237;RBI=0.0386574;REFB=-0.0699813;REVB=-0.0272878;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0013642;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:25:17:1:0:25:17:1:0 chr14 81744736 . A G 448.49 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0731242;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1969;QD=18.4946;RBI=0.0774958;REFB=-0.0147346;REVB=-0.0256605;RO=52;SAF=19;SAR=26;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148412;STB=0.582763;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0152918;OID=.;OPOS=81744736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:26:19:30:22:26:19:30:22 chr14 81955577 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0271208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.219;QD=15.3789;RBI=0.0273278;REFB=-0.0117192;REVB=-0.00335739;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574537;STB=0.533279;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0128209;OID=.;OPOS=81955577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:9:5:5:7:9:5 chr14 86088056 . T C 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.385;QD=60.882;RBI=0.0379046;REFB=0;REVB=-0.00948323;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8945e-05;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr14 86091415 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.053;QD=58.0608;RBI=0.016703;REFB=0;REVB=-0.0160525;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79342e-05;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr14 86092246 . A G 510.93 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00128613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2446;QD=21.2889;RBI=0.00145913;REFB=-0.0189969;REVB=0.00068917;RO=47;SAF=23;SAR=26;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365768;STB=0.520213;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.015339;OID=.;OPOS=86092246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:26:23:24:23:26:23:24:23 chr14 86093344 . C T 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0118766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.384;QD=19.6659;RBI=0.024318;REFB=-0.0125711;REVB=-0.0212205;RO=31;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149262;STB=0.574425;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0129557;OID=.;OPOS=86093344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:18:16:20:11:18:16:20:12 chr14 88400449 . T C 526.75 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.5;QD=56.9463;RBI=0.0782849;REFB=-0.0786796;REVB=0.0759451;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0151758;OID=.;OPOS=88400449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:15:21:0:0:15:21:1:0 chr14 88400486 . A G 596.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235153;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.248;QD=61.1612;RBI=0.0362683;REFB=0;REVB=0.0276119;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233329;OID=.;OPOS=88400486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:11:28:0:0:11:28:0:0 chr14 88401213 . T C 650.62 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6146;QD=61.9633;RBI=0.158287;REFB=0;REVB=0.152806;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164099;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr14 88407875 . T A 1053.59 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.782;QD=59.3574;RBI=0.0286902;REFB=0;REVB=0.00192658;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586444;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:68:71:1:34:34:0:0:35:36:0:0 chr14 88411947 . T C 2273.88 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.461;QD=63.6049;RBI=0.0204354;REFB=0;REVB=0.0197942;RO=0;SAF=66;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81113e-05;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:77:66:0:0:77:66:0:0 chr14 88431898 . C T 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000518832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0963;QD=60.598;RBI=0.0204988;REFB=0;REVB=-0.0204923;RO=0;SAF=5;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258865;OID=.;OPOS=88431898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:33:5:0:0:33:5:0:0 chr14 88453422 . AGGA ACGA,AG,AGA,AGAA 245.59 PASS AF=0,0,1,0;AO=2,3,10,14;DP=30;FAO=0,0,23,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7,0;FSAR=0,0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738931,0.140032,0.0568539,-0.109819;FXX=0.079968;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,2,1,1;MLLD=51.8046,12.6424,15.5771,11.7448;QD=42.711;RBI=0.0224693,0.140036,0.151721,0.183939;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0212196,-0.00107417,-0.140666,-0.147557;RO=0;SAF=2,1,2,5;SAR=0,2,8,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0,-0.109891,0.00166153,-0.000905684;OID=.,.,.,.;OPOS=88453423,88453424,88453423,88453424;OREF=G,GA,G,G;OALT=C,-,-,A;OMAPALT=ACGA,AG,AGA,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:2,3,10,14:30:0,0,23,0:23:0:0,0,7,0:0,0,16,0:0:0:3:0:2,1,2,5:0,2,8,9:0:0 chr14 88477413 . C T 1362.4 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0590409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4823;QD=61.2315;RBI=0.0623284;REFB=0.0895069;REVB=-0.0199752;RO=1;SAF=29;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160582;STB=0.508473;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00189235;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:59:29:1:0:59:29:1:0 chr14 88651822 . TAAAAAC TAAAAC,TAAAACA,TAAAACAAC 696.37 PASS AF=0.0235294,0.376471,0.388235;AO=14,6,12;DP=105;FAO=2,32,33;FDP=85;FR=.;FRO=18;FSAF=0,19,10;FSAR=2,13,23;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.788508,0.872931,0.146714;FXX=0.0659268;HRUN=5,5,0;LEN=1,2,2;MLLD=8.90529,15.4965,134.757;QD=32.7704;RBI=0.817058,0.888681,0.153256;REFB=-0.205786,-0.278654,-0.0369116;REVB=-0.214098,-0.166568,-0.0442994;RO=34;SAF=4,0,0;SAR=10,6,12;SRF=25;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.492664,-0.754095,-0.819951;STB=0.990455,0.686639,0.612498;STBP=0.536,0.001,0.087;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0844051,0.15396,0.0443968;OID=.,.,.;OPOS=88651823,88651827,88651826;OREF=A,AC,-;OALT=-,CA,AC;OMAPALT=TAAAAC,TAAAACA,TAAAACAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0235294,0.376471,0.388235:14,6,12:105:2,32,33:85:18:0,19,10:2,13,23:1:17:99:34:4,0,0:10,6,12:25:9 chr14 88652389 . C T 1200.36 PASS AF=0.679739;AO=104;DP=152;FAO=104;FDP=153;FR=.;FRO=49;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.00747712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.874;QD=31.3819;RBI=0.0140464;REFB=-0.0309687;REVB=-0.0118909;RO=48;SAF=62;SAR=42;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434663;STB=0.51906;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0140075;OID=.;OPOS=88652389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:48:49:104:104:0.679739:42:62:32:16:42:62:32:17 chr14 88693725 . G C 298.98 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0128224;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0086;QD=20.9809;RBI=0.0140577;REFB=-0.0149975;REVB=-0.0057623;RO=26;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107951;STB=0.559781;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0105341;OID=.;OPOS=88693725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:26:26:31:31:0.54386:16:15:16:10:16:15:16:10 chr14 88792816 . T G 267.37 PASS AF=0.327103;AO=35;DP=107;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00205987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.367;QD=9.99522;RBI=0.0150978;REFB=-0.00281287;REVB=0.0149566;RO=71;SAF=18;SAR=17;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040508;STB=0.518449;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0057085;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:71:72:35:35:0.327103:17:18:39:32:17:18:39:33 chr14 88852279 . TG T,TT 1103.87 PASS AF=0.886076,0.113924;AO=67,9;DP=79;FAO=70,9;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31,5;FSAR=39,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372687,0.00506403;FXX=0.0246883;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=24.6929,9.67448;QD=55.8922;RBI=0.0414059,0.0465776;REFB=0,0;REVB=0.0180414,0.0463015;RO=0;SAF=31,5;SAR=36,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.289157,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00630295,0.0159499;OID=.,.;OPOS=88852280,88852280;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.886076,0.113924:67,9:79:70,9:79:0:31,5:39,4:0:0:20:0:31,5:36,4:0:0 chr14 89088266 . C T 72.68 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0147243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.135;QD=8.80966;RBI=0.0203768;REFB=-0.00793164;REVB=-0.0140858;RO=23;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160116;STB=0.599782;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0294781;OID=.;OPOS=89088266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:8:2:7:16:8:2:7:16 chr14 89094243 . G C 314.1 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0103403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5384;QD=30.6435;RBI=0.0192277;REFB=0.000694168;REVB=-0.0162106;RO=14;SAF=25;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493411;STB=0.778275;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00100857;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:2:25:7:7:2:25:7:7 chr14 89154624 . T C 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0183775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.548;QD=29.9656;RBI=0.0218267;REFB=-0.0115102;REVB=-0.011776;RO=13;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089875;STB=0.549258;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00502364;OID=.;OPOS=89154624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:9:16:10:3:9:16:10:3 chr14 89205265 . T C 570.4 PASS AF=0.569892;AO=52;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0272411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6825;QD=24.5335;RBI=0.0277674;REFB=0.0166383;REVB=0.00538042;RO=40;SAF=20;SAR=32;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153211;STB=0.57773;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00552016;OID=.;OPOS=89205265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:40:52:53:0.569892:32:20:23:17:32:21:23:17 chr14 89306550 . T C 1410.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.372;QD=62.6856;RBI=0.0239581;REFB=0;REVB=-0.0195339;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39469e-06;OID=.;OPOS=89306550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:43:46:0:0:43:47:0:0 chr14 89306572 . T G 923.22 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0616883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.297;QD=56.8136;RBI=0.0619186;REFB=-0.0751244;REVB=0.00533443;RO=1;SAF=25;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185094;STB=0.509431;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00452725;OID=.;OPOS=89306572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:62:64:0.984615:37:25:1:0:38:26:1:0 chr14 89313011 . GA AG,G 31.25 PASS AF=0.0238095,0.357143;AO=2,13;DP=41;FAO=1,15;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=0,7;FSAR=1,8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00638215,0.0360588;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=60.0792,7.05871;QD=2.97647;RBI=0.0410921,0.0826694;REFB=-0.0436506,-0.153394;REVB=-0.0405934,-0.0743908;RO=23;SAF=0,8;SAR=2,5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.592955,-0.0942026;STB=0.993404,0.640849;STBP=0.252,0.206;TYPE=mnp,del;VARB=0.0490868,0.14063;OID=.,.;OPOS=89313011,89313012;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:41:42:23:26:2,13:1,15:0.0238095,0.357143:2,5:0,8:16:7:1,8:0,7:18:8 chr14 89343992 . G A 849.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.92;QD=57.5809;RBI=0.0170111;REFB=0;REVB=0.0169795;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40251e-05;OID=.;OPOS=89343992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:17:39:0:0:20:39:0:0 chr14 89445481 . C T 540.3 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0030668;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5591;QD=24.2833;RBI=0.0404603;REFB=-0.0340682;REVB=-0.0403439;RO=39;SAF=15;SAR=35;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999452;STB=0.554964;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0281437;OID=.;OPOS=89445481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:39:39:50:50:0.561798:35:15:16:23:35:15:16:23 chr14 89445503 . C T 300.16 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.00650947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.932;QD=13.9611;RBI=0.0257589;REFB=-0.036302;REVB=-0.0249229;RO=52;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155454;STB=0.588022;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.042596;OID=.;OPOS=89445503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:18:16:17:35:18:16:17:35 chr14 89697215 . T A 73.57 PASS AF=0.148515;AO=15;DP=101;FAO=15;FDP=101;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0204891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.366;QD=2.91375;RBI=0.0284682;REFB=-0.00150189;REVB=0.0197645;RO=86;SAF=13;SAR=2;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489343;STB=0.838826;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0985617;OID=.;OPOS=89697215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:101:101:86:86:15:15:0.148515:2:13:43:43:2:13:43:43 chr14 89867978 . T C 1138.23 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108106;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2251;QD=60.7055;RBI=0.0112874;REFB=0;REVB=0.00324584;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.56326e-05;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:39:35:0:0:40:35:0:0 chr14 90178913 . T C 490.01 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0100528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.425;QD=56.0011;RBI=0.0148664;REFB=0.0380002;REVB=-0.0109522;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000333177;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:0:1:16:18:0:1 chr14 90178992 . G A 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00774044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.336;QD=19.1559;RBI=0.0272589;REFB=-0.0237207;REVB=-0.0261368;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141864;STB=0.580566;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0209475;OID=.;OPOS=90178992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:7:14:12:11:7:14:12:11 chr14 90303383 . A G 904.37 PASS AF=1;AO=52;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.204;QD=58.3463;RBI=0.0732534;REFB=0;REVB=0.0719156;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165306;OID=.;OPOS=90303383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:52:62:1:19:33:0:0:27:35:0:0 chr14 90303435 . T A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013552;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=332.73;QD=59.3229;RBI=0.0150152;REFB=0;REVB=0.00646518;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55809e-06;OID=.;OPOS=90303435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr14 90303445 . T C 888.93 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910341;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.589;QD=58.2903;RBI=0.032203;REFB=0;REVB=0.0308895;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.99524e-05;OID=.;OPOS=90303445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr14 90341494 . G A 1008.35 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4281;QD=59.3149;RBI=0.0492614;REFB=0;REVB=-0.0447746;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189473;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr14 90730071 . C T 2403.14 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.621;QD=61.2264;RBI=0.0365869;REFB=0;REVB=-0.00186659;RO=0;SAF=80;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015909;OID=.;OPOS=90730071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:77:80:0:0:77:80:0:0 chr14 90767607 . C T 321.24 PASS AF=0.36036;AO=38;DP=109;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.029305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8368;QD=11.5763;RBI=0.0385189;REFB=-0.00290822;REVB=0.0249985;RO=71;SAF=19;SAR=19;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238985;STB=0.529476;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00646703;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:71:71:38:40:0.36036:19:19:34:37:19:21:34:37 chr14 90865462 . C G 402.84 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0197885;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.761;QD=21.2021;RBI=0.0201609;REFB=-0.0104494;REVB=0.00385756;RO=35;SAF=17;SAR=23;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170981;STB=0.587768;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0100439;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:35:36:40:40:0.526316:23:17:22:13:23:17:22:14 chr14 91123575 . T C,G 579.62 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=36,3;DP=39;FAO=36,3;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14,3;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000511724,0.0016784;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.544,85.1645;QD=59.4479;RBI=0.0316416,0.073143;REFB=0,0;REVB=-0.0316374,-0.0731238;RO=0;SAF=14,3;SAR=22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00819052,0.054747;OID=.,.;OPOS=91123575,91123575;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:39:39:0:0:36,3:36,3:0.923077,0.0769231:22,0:14,3:0:0:22,0:14,3:0:0 chr14 91165572 . G A 1571.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.477;QD=59.8646;RBI=0.0239298;REFB=0;REVB=0.00611054;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45907e-05;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:56:48:0:0:56:49:0:0 chr14 91671124 . G A 1235.64 PASS AF=0.933333;AO=84;DP=90;FAO=84;FDP=90;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0612424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5586;QD=54.9174;RBI=0.0797319;REFB=-0.215507;REVB=0.0510543;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.507461;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0136587;OID=.;OPOS=91671124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:90:90:0:6:84:84:0.933333:51:33:0:0:51:33:3:3 chr14 91717214 . C T 605.26 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0190594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.499;QD=20.6927;RBI=0.0216004;REFB=-0.00850918;REVB=0.0101644;RO=55;SAF=33;SAR=28;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136596;STB=0.570529;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00800351;OID=.;OPOS=91717214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:56:61:61:0.521368:28:33:21:34:28:33:22:34 chr14 91739081 . A G 1389.76 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.736;QD=62.461;RBI=0.113864;REFB=0;REVB=0.113794;RO=0;SAF=71;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52913e-05;OID=.;OPOS=91739081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:89:0:0:82:89:1:11:71:0:0:18:71:0:0 chr14 91751788 . TC T 116.85 PASS AF=0.512821;AO=16;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0396449;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.1936;QD=11.9842;RBI=0.156317;REFB=-0.00476557;REVB=-0.151206;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00651334;STB=0.510628;STBP=0.925;TYPE=del;VARB=-0.0124506;OID=.;OPOS=91751789;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512821:16:39:20:39:19:12:8:11:8:99:18:9:7:10:8 chr14 91773494 . G A 511.29 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00943932;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.092;QD=21.3037;RBI=0.0158607;REFB=-0.0247668;REVB=0.012746;RO=47;SAF=30;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129958;STB=0.571894;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0332899;OID=.;OPOS=91773494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:47:47:49:49:0.510417:19:30:22:25:19:30:22:25 chr14 91773568 . T C 416.67 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0236033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.216;QD=19.6082;RBI=0.0251258;REFB=-0.0119909;REVB=0.00861321;RO=43;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117203;STB=0.564942;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0108878;OID=.;OPOS=91773568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:20:22:28:15:20:22:28:15 chr14 91883499 . G A 707.83 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.398;QD=62.918;RBI=0.0540169;REFB=0;REVB=0.0269988;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227132;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr14 91942087 . AG A,AA 443.31 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=26,4;DP=31;FAO=31,1;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000995492,-0.00288684;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.605,68.5767;QD=55.4142;RBI=0.0113279,0.0699833;REFB=0,0;REVB=0.0112841,-0.0699238;RO=0;SAF=15,1;SAR=11,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000263523,0.0371593;OID=.,.;OPOS=91942088,91942088;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.96875,0.03125:26,4:31:31,1:32:0:16,1:15,0:0:0:4:0:15,1:11,3:0:0 chr14 92040793 . C G 2064.86 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3104;QD=62.5716;RBI=0.0153997;REFB=0;REVB=0.00881687;RO=0;SAF=71;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30859e-05;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:61:71:0:0:61:71:0:0 chr14 92084004 . C G 759.17 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331337;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3122;QD=56.2347;RBI=0.0472434;REFB=0;REVB=0.0336764;RO=1;SAF=32;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683206;OID=.;OPOS=92084004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:1:0:52:54:1:20:32:1:0:21:33:0:0 chr14 92088016 . G A 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.453;QD=59.4998;RBI=0.0404624;REFB=0;REVB=-0.0398218;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30863e-05;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr14 92159558 . A G 165.73 PASS AF=0.38;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00830386;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.233;QD=13.2581;RBI=0.0166428;REFB=-0.0134887;REVB=0.0144232;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202815;STB=0.624875;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0164399;OID=.;OPOS=92159558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:31:18:19:0.38:9:9:20:9:10:9:21:10 chr14 92181337 . G A 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0389864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.149;QD=23.598;RBI=0.0574918;REFB=-0.0084082;REVB=-0.0422536;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494126;STB=0.527509;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00684905;OID=.;OPOS=92181337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:14:11:8:13:14:11:8:13 chr14 92181405 . G A 808.6 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0220382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.775;QD=53.9067;RBI=0.0345664;REFB=-0.0407839;REVB=-0.0266299;RO=2;SAF=19;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470914;STB=0.524991;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000864459;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:39:19:2:0:39:19:2:0 chr14 92249126 . G A 2167.95 PASS AF=1;AO=121;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.455;QD=62.3872;RBI=0.0473487;REFB=0;REVB=0.0457086;RO=0;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425339;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:121:139:1:65:56:0:0:77:62:0:0 chr14 92268615 . T G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.022;QD=60.3765;RBI=0.0512794;REFB=0;REVB=0.0337936;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182869;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:27:47:0:0:27:47:0:0 chr14 92270252 . C A 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-9.99338e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.15;QD=21.0079;RBI=0.00959941;REFB=0.0174121;REVB=0.00959889;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00799136;STB=0.5045;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.0140521;OID=.;OPOS=92270252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:10:7:8:11:10:7 chr14 92280037 . T C 108.09 PASS AF=0.28;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0108575;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.847;QD=8.64728;RBI=0.0803949;REFB=-0.00105144;REVB=0.0796584;RO=32;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063959;STB=0.52937;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00290561;OID=.;OPOS=92280037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:32:36:14:14:0.28:6:8:20:12:6:8:22:14 chr14 92344300 . A G 37.72 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0110155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.123;QD=9.43106;RBI=0.0948966;REFB=-0.00875719;REVB=0.0942551;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0278405;OID=.;OPOS=92344300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:6:4:3:3:6:4 chr14 92347680 . A G 908.99 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00646652;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6266;QD=56.812;RBI=0.0103654;REFB=-0.0219648;REVB=-0.00810103;RO=1;SAF=38;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122662;STB=0.506491;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000732296;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:25:38:1:0:25:38:1:0 chr14 92505923 . T A 419.79 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=104;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0101853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.296;QD=15.5478;RBI=0.0120399;REFB=-0.0110548;REVB=-0.00642027;RO=60;SAF=17;SAR=27;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118888;STB=0.53495;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0155923;OID=.;OPOS=92505923;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:60:60:44:48:0.444444:27:17:30:30:27:21:30:30 chr14 92588002 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.372;QD=57.6802;RBI=0.0723403;REFB=0;REVB=-0.0227426;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356426;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr14 92792255 . G A 871.2 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0715464;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.996;QD=58.0801;RBI=0.0726126;REFB=0;REVB=0.0123979;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000525089;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr14 92909073 . T C,G 1291.27 PASS AF=0.943182,0.0568182;AO=76,5;DP=84;FAO=83,5;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=47,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816527,-0.00239063;FXX=0.0112347;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.262,111.062;QD=58.6943;RBI=0.0975502,0.0170484;REFB=0,0;REVB=0.0972079,-0.01688;RO=0;SAF=33,0;SAR=43,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.66218e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000345212,0.109344;OID=.,.;OPOS=92909073,92909073;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:84:88:0:0:76,5:83,5:0.943182,0.0568182:43,5:33,0:0:0:47,5:36,0:0:0 chr14 92920371 . C T 699.1 PASS AF=0.50365;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.00148457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.718;QD=20.4117;RBI=0.0148451;REFB=-0.0137831;REVB=0.0147707;RO=67;SAF=29;SAR=40;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655144;STB=0.540065;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0178815;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:67:68:69:69:0.50365:40:29:33:34:40:29:34:34 chr14 92958522 . A C 301.5 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0111117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.155;QD=16.7498;RBI=0.0227962;REFB=-0.0189968;REVB=-0.0199047;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395393;STB=0.515142;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0237555;OID=.;OPOS=92958522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:39:33:33:0.458333:16:17:18:20:16:17:19:20 chr14 93118669 . G A 483.8 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.582;QD=56.918;RBI=0.106269;REFB=0;REVB=0.105884;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265542;OID=.;OPOS=93118669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:16:16:0:0:17:17:0:0 chr14 93178191 . A G 1792.51 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0260859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.359;QD=59.2565;RBI=0.0272351;REFB=-0.0830738;REVB=-0.00782785;RO=2;SAF=41;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022602;STB=0.511903;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=3.27559e-05;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:2:2:119:119:0.983471:78:41:2:0:78:41:2:0 chr14 93185129 . C T 388.98 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0119875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.296;QD=18.7458;RBI=0.0261301;REFB=-0.0234995;REVB=0.0232182;RO=43;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00608923;STB=0.503391;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0268619;OID=.;OPOS=93185129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:23:17:18:25:23:17:18:25 chr14 93276654 . T C 563.71 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00690412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.843;QD=57.8165;RBI=0.0102338;REFB=-0.0737814;REVB=-0.00755402;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000315186;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:1:0:17:21:1:0 chr14 93399050 . G A 193.19 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0112709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.823;QD=16.4416;RBI=0.0646703;REFB=-0.00683758;REVB=0.0636805;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311812;STB=0.517839;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00808533;OID=.;OPOS=93399050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:8:12:17:10:8:12:17:10 chr14 93399101 . C T 479.34 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00629429;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.169;QD=22.2947;RBI=0.0502031;REFB=-0.0157807;REVB=-0.049807;RO=34;SAF=34;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257348;STB=0.681391;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0101979;OID=.;OPOS=93399101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:34:40:46:46:0.534884:12:34:15:19:12:34:15:25 chr14 93401178 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0639;QD=55.0982;RBI=0.030711;REFB=0;REVB=0.00228279;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044143;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000586666;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:25:26:1:10:15:0:1:11:15:0:0 chr14 93407062 . A G 321.3 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00620275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.612;QD=18.9;RBI=0.0145529;REFB=-0.0185302;REVB=0.0131649;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132235;STB=0.573487;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0195244;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:17:17:12:22:17:17:12:22 chr14 93407301 . C A 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0152888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.043;QD=20.892;RBI=0.0156767;REFB=-0.0235426;REVB=0.00346603;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124337;STB=0.568941;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0181341;OID=.;OPOS=93407301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:19:13:15:12:19:13:15:12 chr14 93703854 . G A 125.81 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.078932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1049;QD=18.6379;RBI=0.118741;REFB=-0.0596922;REVB=-0.0887086;RO=13;SAF=13;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538867;STB=0.819221;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0603789;OID=.;OPOS=93703854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:1:13:7:6:1:13:7:6 chr14 93705687 . C T 682.22 PASS AF=0.559322;AO=66;DP=118;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.0200532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3924;QD=23.1261;RBI=0.0286313;REFB=-0.0202725;REVB=-0.0204357;RO=52;SAF=35;SAR=31;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178347;STB=0.597271;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0163854;OID=.;OPOS=93705687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:52:52:66:66:0.559322:31:35:16:36:31:35:16:36 chr14 93708759 . A C 230.93 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.020056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.656;QD=23.0928;RBI=0.0596437;REFB=-0.0307809;REVB=-0.0561706;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292275;STB=0.51634;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0151473;OID=.;OPOS=93708759;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:9:13:10:8:9:13:10:8 chr14 93994954 . G A 677.48 PASS AF=0.478873;AO=69;DP=141;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0536817;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4067;QD=19.0839;RBI=0.0537047;REFB=-0.00782291;REVB=-0.00157109;RO=71;SAF=27;SAR=42;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134158;STB=0.575627;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00785198;OID=.;OPOS=93994954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:71:74:69:68:0.478873:42:27:38:33:41:27:40:34 chr14 94007075 . C T 601.04 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0150232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.258;QD=21.6592;RBI=0.0162646;REFB=-0.0249913;REVB=0.00623217;RO=51;SAF=29;SAR=31;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932801;STB=0.551114;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0180036;OID=.;OPOS=94007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:51:51:60:60:0.540541:31:29:19:32:31:29:19:32 chr14 94053138 . T A 569.88 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.00471913;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.085;QD=17.4009;RBI=0.0155325;REFB=-0.012508;REVB=0.0147983;RO=71;SAF=23;SAR=37;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136725;STB=0.576149;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0148907;OID=.;OPOS=94053138;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:71:60:60:0.458015:37:23:37:34:37:23:37:34 chr14 94245649 . A G 38.56 PASS AF=0.428571;AO=7;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00907235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.287;QD=11.0158;RBI=0.0217592;REFB=-0.0195636;REVB=-0.0197776;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571195;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0400209;OID=.;OPOS=94245649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:7:6:0.428571:4:3:3:4:3:3:3:5 chr14 94245652 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0222926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.851;QD=11.0198;RBI=0.0267783;REFB=-0.017456;REVB=0.0148363;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116777;STB=0.571195;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0148376;OID=.;OPOS=94245652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:3:5:3:3:3:5 chr14 94391699 . G A 109.27 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.019507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.5078;QD=14.0987;RBI=0.0225756;REFB=-0.0191834;REVB=0.0113637;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117074;STB=0.568421;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0230106;OID=.;OPOS=94391699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:9:9:5:8:9:9 chr14 94405871 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513818;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.93;QD=33.4285;RBI=0.063884;REFB=0;REVB=0.0379615;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987077;OID=.;OPOS=94405871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr14 94410275 . CA C 330.93 PASS AF=0.524272;AO=53;DP=104;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.019244;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.2605;QD=12.8515;RBI=0.0342467;REFB=0.0358739;REVB=0.0283285;RO=50;SAF=19;SAR=34;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759713;STB=0.549159;STBP=0.318;TYPE=del;VARB=-0.0108208;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.524272:53:104:54:103:49:19:35:22:27:99:50:19:34:22:28 chr14 94417421 . G A 2502.56 PASS AF=1;AO=163;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148408;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.846;QD=61.0382;RBI=0.0571239;REFB=0;REVB=0.0551624;RO=0;SAF=87;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47861e-05;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:165:164:0:0:163:164:1:76:87:0:0:77:87:0:0 chr14 94417541 . A G 753.87 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.615;QD=55.8423;RBI=0.0266293;REFB=0;REVB=0.0143471;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305851;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:39:13:0:0:41:13:0:0 chr14 94417586 . G A 490.33 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7656;QD=56.0381;RBI=0.112133;REFB=-0.0902023;REVB=0.107613;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.508767;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00473726;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:28:6:0:0:28:6:0:1 chr14 94467549 . C T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.000355235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.145;QD=18.6423;RBI=0.0438697;REFB=-0.00991007;REVB=-0.0438683;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789497;STB=0.55432;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.01149;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:10:11:14:9:10:11:15:9 chr14 94510964 . T C 258.86 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00920093;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3687;QD=23.0096;RBI=0.0542965;REFB=-0.00934427;REVB=0.0535113;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139454;STB=0.577715;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0147171;OID=.;OPOS=94510964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:12:12:14:7:12:12:14:7 chr14 94524216 . T C 213.88 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0083886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.723;QD=20.8663;RBI=0.0304749;REFB=-0.012858;REVB=0.0292976;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760701;STB=0.542674;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0117697;OID=.;OPOS=94524216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:8:13:14:6:8:13:14:6 chr14 94564035 . A G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7893;QD=64.4138;RBI=0.0537781;REFB=0;REVB=0.0197678;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244997;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr14 94578112 . GC CG,G 40.06 PASS AF=0,0.333333;AO=2,17;DP=44;FAO=0,16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=0,14;FSAR=0,2;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.138686,-0.224371;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=101.214,8.88279;QD=3.33811;RBI=0.141012,0.224446;REFB=-0.0121153,-0.167778;REVB=-0.0255066,-0.00580357;RO=20;SAF=2,17;SAR=0,0;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.531429,0.830451;STB=0.5,0.721888;STBP=1,0.077;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.143921;OID=.,.;OPOS=94578112,94578113;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:44:48:20:32:2,17:0,16:0,0.333333:0,0:2,17:9:11:0,2:0,14:21:11 chr14 94582130 . T TGGCCATGGC 186.0 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0169923;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=9;MLLD=354.368;QD=10.1916;RBI=0.0277062;REFB=-0.0177621;REVB=-0.0218837;RO=49;SAF=17;SAR=7;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218443;STB=0.628741;STBP=0.128;TYPE=ins;VARB=0.0394951;OID=.;OPOS=94582131;OREF=-;OALT=GGCCATGGC;OMAPALT=TGGCCATGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328767:24:75:24:73:49:17:7:26:23:99:49:17:7:26:23 chr14 94582926 . C G 500.4 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.016992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.146;QD=21.7565;RBI=0.0237717;REFB=-0.0227703;REVB=0.0166243;RO=42;SAF=19;SAR=29;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494532;STB=0.528987;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0144316;OID=.;OPOS=94582926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:44:48:48:0.521739:29:19:19:23:29:19:20:24 chr14 94756450 . T A 190.9 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.0309309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5695;QD=9.66586;RBI=0.0362955;REFB=-0.0125299;REVB=0.0189907;RO=52;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273198;STB=0.639898;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0277471;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:54:25:25:0.316456:13:12:13:39:13:12:15:39 chr14 94756542 . A C 530.27 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0442386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6214;QD=19.6395;RBI=0.0463355;REFB=-0.0075363;REVB=-0.0137813;RO=52;SAF=12;SAR=43;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400334;STB=0.718978;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00697088;OID=.;OPOS=94756542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:52:53:55:55:0.509259:43:12:33:19:43:12:33:20 chr14 94756750 . T C 461.63 PASS AF=0.480769;AO=51;DP=103;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00296525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.847;QD=17.7549;RBI=0.00297366;REFB=-0.0355825;REVB=0.000223521;RO=52;SAF=23;SAR=28;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436157;STB=0.503153;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0353235;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:52:54:51:50:0.480769:28:23:21:31:29:21:23:31 chr14 94756794 . T C 380.75 PASS AF=0.43299;AO=39;DP=94;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0159769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0137;QD=15.7009;RBI=0.0178143;REFB=-0.0211615;REVB=-0.00787956;RO=55;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385329;STB=0.501968;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0301266;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:55:55:39:42:0.43299:22:17:26:29:22:20:26:29 chr14 94776221 . A C 2014.85 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.93;QD=61.9954;RBI=0.0131841;REFB=0;REVB=0.0130087;RO=0;SAF=74;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309355;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:55:74:0:0:55:75:0:0 chr14 94844843 . T G 577.73 PASS AF=0.552381;AO=57;DP=103;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0678328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8288;QD=22.0087;RBI=0.0678606;REFB=-0.004321;REVB=-0.00194265;RO=45;SAF=23;SAR=34;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522138;STB=0.532983;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00419466;OID=.;OPOS=94844843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:45:47:57:58:0.552381:34:23:21:24:35:23:22:25 chr14 94929541 . G A 444.65 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0116797;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.777;QD=20.2115;RBI=0.031286;REFB=-0.0208046;REVB=0.0290241;RO=44;SAF=25;SAR=19;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633162;STB=0.535053;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0147717;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:44:44:44:44:0.5:19:25:28:16:19:25:28:16 chr14 94931105 . A G 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0103765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.924;QD=19.6921;RBI=0.0113738;REFB=-0.0018258;REVB=0.00465764;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222689;STB=0.624529;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00203122;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:16:10:16:9:16:10:16:9 chr14 94933473 . C A 450.28 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00669776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.743;QD=19.1606;RBI=0.0140435;REFB=0.00185723;REVB=0.0123434;RO=49;SAF=31;SAR=14;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217077;STB=0.621187;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00212599;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:14:31:23:26:14:31:23:26 chr14 94933640 . A T 219.84 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0155498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.553;QD=11.8834;RBI=0.0196793;REFB=0.00531907;REVB=-0.0120614;RO=47;SAF=9;SAR=18;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846524;STB=0.548982;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00710633;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:18:9:19:28:18:9:19:28 chr14 94933695 . G A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0168565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3298;QD=13.7476;RBI=0.064903;REFB=-0.0105234;REVB=0.0626758;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278526;STB=0.526857;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0122222;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:21:22:0.407407:13:8:13:19:14:8:13:19 chr14 95053890 . G A 274.72 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0119357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.024;QD=15.698;RBI=0.0130824;REFB=-0.0109758;REVB=-0.00535602;RO=39;SAF=7;SAR=23;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289267;STB=0.643425;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0100689;OID=.;OPOS=95053890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:39:30:31:0.442857:23:7:19:20:23:8:19:20 chr14 95054176 . T C 310.32 PASS AF=0.5;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0511778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.735;QD=18.8074;RBI=0.0513189;REFB=-0.0161738;REVB=0.00380259;RO=31;SAF=9;SAR=23;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254078;STB=0.648554;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0177174;OID=.;OPOS=95054176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:33:32:33:0.5:23:9:17:14:24:9:18:15 chr14 95058462 . A C 519.32 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00670816;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2517;QD=20.3655;RBI=0.0104317;REFB=-0.00136444;REVB=-0.00798884;RO=48;SAF=13;SAR=39;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133609;STB=0.57121;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00244608;OID=.;OPOS=95058462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:49:52:53:0.519608:39:13:18:30:39:14:19:30 chr14 95080803 . G A 167.63 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4894;QD=41.9077;RBI=0.0459064;REFB=-0.167111;REVB=-0.0394488;RO=1;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100822;STB=0.555478;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00685612;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:4:11:0:1:4:11:0:1 chr14 95107973 . C T 234.95 PASS AF=0.442623;AO=25;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0600781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.731;QD=15.4062;RBI=0.0791785;REFB=-0.0269687;REVB=0.0515738;RO=34;SAF=6;SAR=19;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421694;STB=0.707805;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.036581;OID=.;OPOS=95107973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:25:27:0.442623:19:6:22:12:20:7:21:13 chr14 95555205 . C T 1339.71 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0309;QD=62.3122;RBI=0.0195701;REFB=0;REVB=0.0154198;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017179;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:54:31:0:0:54:32:0:0 chr14 95786115 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.698;QD=57.7109;RBI=0.0757015;REFB=0;REVB=0.0141771;RO=0;SAF=16;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227453;OID=.;OPOS=95786115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:43:16:0:0:43:16:0:0 chr14 95884323 . G A 179.57 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0439861;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.759;QD=14.964;RBI=0.0505062;REFB=-0.0158663;REVB=0.0248215;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226;STB=0.638569;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0326606;OID=.;OPOS=95884323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:11:8:18:10:11:8:19:10 chr14 95903211 . G C 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0130827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.93;QD=12.3034;RBI=0.0573016;REFB=-0.00564472;REVB=0.0557882;RO=42;SAF=18;SAR=8;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604978;STB=0.545419;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00948568;OID=.;OPOS=95903211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:8:18:27:15:8:18:27:16 chr14 95903307 . TAGA T 132.51 PASS AF=0.32;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.010893;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=3;MLLD=204.067;QD=10.6004;RBI=0.0298613;REFB=-0.0214242;REVB=-0.0278036;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716344;STB=0.54266;STBP=0.694;TYPE=del;VARB=0.0467049;OID=.;OPOS=95903308;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:16:51:16:50:34:9:7:17:17:99:34:9:7:17:17 chr14 95906023 . G A 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0395746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.453;QD=57.8247;RBI=0.0658828;REFB=0.0138782;REVB=0.0526726;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302093;STB=0.51612;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000223711;OID=.;OPOS=95906023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:1:0:23:15:1:0 chr14 95999820 . T C 489.45 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0203007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.824;QD=18.2974;RBI=0.0247358;REFB=-0.0033274;REVB=-0.0141331;RO=55;SAF=24;SAR=28;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273169;STB=0.515146;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00296429;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:28:24:27:28:28:24:27:28 chr14 96129955 . A C 36.95 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0993005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3831;QD=11.3679;RBI=0.123361;REFB=-0.00200504;REVB=-0.0731938;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.703663;STB=0.599629;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0145725;OID=.;OPOS=96129955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:13:7:7:5:6:0.461538:5:0:2:5:5:1:2:5 chr14 96131432 . A G 285.86 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.03958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5947;QD=24.3286;RBI=0.0616938;REFB=-0.0391061;REVB=-0.0473239;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205336;STB=0.611567;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0229937;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:21:25:26:0.553191:14:11:14:6:14:12:15:6 chr14 96178688 . C T 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=0.00927798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.218;QD=19.1892;RBI=0.0121191;REFB=0.00924133;REVB=-0.00779685;RO=49;SAF=10;SAR=35;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056159;STB=0.531339;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0105275;OID=.;OPOS=96178688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:35:10:13:36:35:10:13:36 chr14 96556914 . T C 1512.77 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.81;QD=59.9116;RBI=0.0491393;REFB=0;REVB=0.0489414;RO=0;SAF=65;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107593;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:35:65:0:0:36:65:0:0 chr14 96557121 . T C 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000664326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2467;QD=61.3274;RBI=0.00929491;REFB=0;REVB=0.00927114;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44868e-05;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr14 96557873 . G T 713.91 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331794;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.159;QD=54.9163;RBI=0.0370795;REFB=-0.110782;REVB=0.0165536;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161085;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:24:28:0:0 chr14 96558235 . T C 1007.12 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7496;QD=59.2426;RBI=0.0206167;REFB=0;REVB=-0.0123792;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7204e-05;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:23:45:0:0:23:45:0:0 chr14 96558881 . C G 1135.78 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00835166;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.594;QD=56.7892;RBI=0.00990271;REFB=-0.116723;REVB=0.00532103;RO=3;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350194;STB=0.518514;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000690061;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:80:3:3:77:77:0.9625:39:38:0:3:39:38:0:3 chr14 96559723 . G A 1245.36 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0112798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.201;QD=57.9236;RBI=0.0200321;REFB=-0.0868498;REVB=0.0165545;RO=2;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193241;STB=0.515148;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00202141;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:2:3:83:83:0.965116:48:35:0:2:48:35:0:3 chr14 96559791 . C T 727.63 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.49;QD=63.2718;RBI=0.0207412;REFB=0;REVB=0.0125635;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66944e-05;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:26:19:0:0:27:19:0:0 chr14 96560092 . G A 1447.61 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0076135;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0083;QD=60.952;RBI=0.0220077;REFB=-0.0279144;REVB=-0.0206489;RO=2;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206026;STB=0.510867;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.000164988;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:45:48:0:2:45:48:0:2 chr14 96671207 . GGGTGGGGAC G 515.8 PASS AF=0.694118;AO=53;DP=71;FAO=59;FDP=85;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0242577;FXX=0.034087;HRUN=4;LEN=9;MLLD=278.167;QD=24.273;RBI=0.040841;REFB=-0.0370122;REVB=0.0328566;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505466;STBP=0.894;TYPE=del;VARB=0.0162976;OID=.;OPOS=96671208;OREF=GGTGGGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.694118:53:71:59:85:26:26:33:11:15:99:0:26:27:0:0 chr14 96707457 . A G 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.677;QD=57.8813;RBI=0.0199591;REFB=0;REVB=-0.0185445;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154774;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr14 96708667 . T C 797.11 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.589;QD=63.7689;RBI=0.00446136;REFB=0;REVB=-0.000363992;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56096e-05;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:28:22:0:0 chr14 96708782 . A T 1283.62 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.228;QD=60.4057;RBI=0.0394309;REFB=-0.157237;REVB=0.0339117;RO=1;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119894;STB=0.506171;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000476431;OID=.;OPOS=96708782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:39:44:0:1:40:44:0:1 chr14 96709359 . A AC 437.82 PASS AF=1;AO=36;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.2636;QD=42.7143;RBI=0.10902;REFB=0;REVB=0.0768789;RO=5;SAF=16;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0045124;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:43:41:41:0:16:25:0:0:8:5:16:20:2:3 chr14 96730142 . A G 2406.76 PASS AF=0.987578;AO=158;DP=160;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0128861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.704;QD=59.7953;RBI=0.0300558;REFB=-0.0755393;REVB=-0.0271533;RO=2;SAF=76;SAR=82;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123543;STB=0.506409;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000371339;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:161:2:2:158:159:0.987578:82:76:2:0:82:77:2:0 chr14 96775903 . C T 476.61 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0986743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.972;QD=17.8174;RBI=0.0987282;REFB=-0.0225072;REVB=-0.00326256;RO=54;SAF=19;SAR=32;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188933;STB=0.614204;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0155976;OID=.;OPOS=96775903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:56:51:51:0.476636:32:19:31:23:32:19:33:23 chr14 96922752 . C G 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.373;QD=62.1621;RBI=0.0360086;REFB=0;REVB=0.0251579;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15062e-05;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:36:49:0:0:36:49:0:0 chr14 96944878 . G A 513.03 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.00103718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.19;QD=17.2447;RBI=0.00766322;REFB=-0.0131088;REVB=0.0075927;RO=63;SAF=26;SAR=29;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793902;STB=0.539809;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0139394;OID=.;OPOS=96944878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:63:64:55:55:0.462185:29:26:35:28:29:26:35:29 chr14 96987303 . A T 216.63 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0421505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9925;QD=13.3313;RBI=0.0487634;REFB=-0.0169814;REVB=-0.0245196;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403354;STB=0.523059;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0324944;OID=.;OPOS=96987303;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:13:13:21:18:13:13:21:18 chr14 97299853 . A G 724.17 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.0886;QD=54.6545;RBI=0.0213832;REFB=-0.15063;REVB=-0.0112774;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.507933;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00193839;OID=.;OPOS=97299853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:21:31:0:0:21:31:1:0 chr14 98112541 . T G 859.06 PASS AF=0.491525;AO=86;DP=176;FAO=87;FDP=177;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.0373603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.16;QD=19.4138;RBI=0.0374774;REFB=-0.0119727;REVB=0.00295957;RO=90;SAF=42;SAR=44;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00983558;STB=0.508378;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0134729;OID=.;OPOS=98112541;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:90:90:86:87:0.491525:44:42:43:47:44:43:43:47 chr14 98435696 . T C 3099.98 PASS AF=0.990244;AO=203;DP=205;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0143714;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.313;QD=60.4874;RBI=0.0552474;REFB=-0.138128;REVB=0.0533454;RO=0;SAF=86;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20744e-08;STB=0.504237;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00022672;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:205:205:0:2:203:203:0.990244:117:86:0:0:117:86:0:2 chr14 98444369 . T C 1121.99 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100032;FXX=0.0256377;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.095;QD=59.0523;RBI=0.0295672;REFB=0;REVB=0.0278236;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027833;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:72:76:1:27:45:0:0:31:45:0:0 chr14 98817896 . T C 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00688099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8202;QD=14.766;RBI=0.0305846;REFB=0.0251549;REVB=0.0298005;RO=33;SAF=18;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224011;STB=0.628117;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0326994;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:7:18:17:16:7:18:17:16 chr14 99182535 . C T 319.87 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-2.73244e-05;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.178;QD=18.2785;RBI=0.00554817;REFB=-0.0102348;REVB=-0.0055481;RO=36;SAF=24;SAR=10;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125986;STB=0.507038;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0151456;OID=.;OPOS=99182535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:36:34:34:0.485714:10:24:25:11:10:24:25:11 chr14 99983483 . G A 95.43 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=16;FAO=10;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.023816;FXX=0.062461;HRUN=6;LEN=1;MLLD=209.57;QD=25.4492;RBI=0.0240043;REFB=-0.0264091;REVB=0.00300045;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226465;STB=0.61513;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0134248;OID=.;OPOS=99983483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:15:3:4:8:10:0.666667:2:6:1:2:2:8:2:2 chr14 100049433 . C G 150.91 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0694014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.099;QD=13.7194;RBI=0.0731669;REFB=-0.0279264;REVB=0.0231698;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147442;STB=0.585269;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0461861;OID=.;OPOS=100049433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:9:18:9:8:9:18 chr14 100070030 . G A 393.41 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.062;QD=56.2015;RBI=0.0676757;REFB=0;REVB=0.0231666;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953489;OID=.;OPOS=100070030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr14 100141689 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.62;QD=56.1872;RBI=0.0260684;REFB=0;REVB=0.0257949;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240707;OID=.;OPOS=100141689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr14 100189287 . C T 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0182575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.135;QD=16.2726;RBI=0.0182641;REFB=-0.0163717;REVB=0.000491604;RO=39;SAF=18;SAR=14;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131609;STB=0.573726;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0175476;OID=.;OPOS=100189287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:14:18:27:12:14:18:27:12 chr14 100331876 . T C 489.89 PASS AF=0.566265;AO=46;DP=81;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0122636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0807;QD=23.6092;RBI=0.0228464;REFB=-0.0187009;REVB=0.0192759;RO=35;SAF=16;SAR=30;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181854;STB=0.586643;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0180253;OID=.;OPOS=100331876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:35:36:46:47:0.566265:30:16:20:15:30:17:20:16 chr14 100375707 . C T 891.77 PASS AF=0.53012;AO=88;DP=166;FAO=88;FDP=166;FR=.;FRO=78;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.0214844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9547;QD=21.4883;RBI=0.03495;REFB=-0.00330896;REVB=-0.0275667;RO=78;SAF=53;SAR=35;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111916;STB=0.506127;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00257043;OID=.;OPOS=100375707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:78:78:88:88:0.53012:35:53:46:32:35:53:46:32 chr14 100380948 . T C 1194.43 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580996;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.623;QD=61.2526;RBI=0.0581954;REFB=0;REVB=-0.00333909;RO=0;SAF=24;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32535e-05;OID=.;OPOS=100380948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:53:24:0:0:53:25:0:0 chr14 100411737 . C A 210.41 PASS AF=0.466667;AO=19;DP=43;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0593915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4453;QD=18.7032;RBI=0.0639855;REFB=0.00200567;REVB=0.0238074;RO=24;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397374;STB=0.704931;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.000112872;OID=.;OPOS=100411737;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:24:24:19:21:0.466667:5:14:8:16:6:15:8:16 chr14 100411767 . C T 146.36 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0177645;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.115;QD=15.8222;RBI=0.0223834;REFB=-0.010575;REVB=-0.0136175;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282106;STB=0.686053;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0246822;OID=.;OPOS=100411767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:7:14:6:10:6:15 chr14 100411771 . T G 119.43 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0260656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.145;QD=13.6494;RBI=0.0262319;REFB=0.00284483;REVB=-0.00294898;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35504;STB=0.705605;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00393052;OID=.;OPOS=100411771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:6:15:5:9:6:15 chr14 100411774 . G A 511.06 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.865;QD=58.4064;RBI=0.0383653;REFB=0;REVB=0.0234145;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030795;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:20:15:0:0 chr14 100615665 . T C 1577.16 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.09007e-05;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.145;QD=60.0822;RBI=0.0341057;REFB=0;REVB=0.0341057;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9707e-05;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:105:105:1:54:51:0:0:54:51:0:0 chr14 100625902 . C T 769.31 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5689;QD=56.986;RBI=0.055312;REFB=0;REVB=0.0419726;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18301e-05;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr14 100758502 . G A 1364.94 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207737;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.504;QD=62.7561;RBI=0.0210734;REFB=0;REVB=-0.00354149;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66071e-06;OID=.;OPOS=100758502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:47:39:0:0:48:39:0:0 chr14 100759046 . C A 413.42 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.709;QD=57.0238;RBI=0.0942852;REFB=0;REVB=0.0209885;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671197;OID=.;OPOS=100759046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:24:29:1:14:10:0:0:14:15:0:0 chr14 100759277 . C T 738.42 PASS AF=0.701149;AO=61;DP=87;FAO=61;FDP=87;FR=.;FRO=26;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0320271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.088;QD=33.9505;RBI=0.0347243;REFB=-0.0297389;REVB=0.0134181;RO=26;SAF=36;SAR=25;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939418;STB=0.550652;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0126771;OID=.;OPOS=100759277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:26:26:61:61:0.701149:25:36:11:15:25:36:11:15 chr14 100785692 . C T 116.08 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0302565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.081;QD=20.1884;RBI=0.0302607;REFB=-0.00580007;REVB=0.000502509;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309496;STB=0.675067;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00750826;OID=.;OPOS=100785692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:2:8:5:8:2:8 chr14 100792482 . C A 1172.42 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.408;QD=60.1242;RBI=0.0430856;REFB=0;REVB=0.0269077;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241329;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:39:37:0:0:41:37:0:0 chr14 100792549 . C T 215.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0236371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.12;QD=15.1559;RBI=0.0236593;REFB=-0.00559417;REVB=0.00102373;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211437;STB=0.619547;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00438776;OID=.;OPOS=100792549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:21:11:14:11:21:11 chr14 100808845 . G A 1113.03 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0654605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.78;QD=57.8196;RBI=0.0816285;REFB=-0.0704404;REVB=0.0487661;RO=1;SAF=19;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00852545;STB=0.504424;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00120153;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:74:76:0.987013:55:19:0:1:56:20:0:1 chr14 100832391 . T C 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.467;QD=58.0592;RBI=0.0520118;REFB=0;REVB=0.0258543;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223094;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr14 100847523 . T C 463.41 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0149065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3299;QD=52.9606;RBI=0.0215452;REFB=-0.0089193;REVB=-0.0155561;RO=2;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621641;STB=0.533313;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00255354;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:14:19:0:2:14:19:0:2 chr14 100996312 . T C 190.69 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.008996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.214;QD=15.2552;RBI=0.0246705;REFB=-0.032782;REVB=-0.0229718;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340185;STB=0.70251;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0311444;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:7:12:9:21:7:13:9:21 chr14 101005215 . T C 174.46 PASS AF=0.396226;AO=16;DP=55;FAO=21;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.010941;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.857;QD=13.167;RBI=0.0195446;REFB=-0.0467179;REVB=-0.0161952;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306086;STB=0.628689;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0797349;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:25:31:16:21:0.396226:12:4:13:12:16:5:13:18 chr14 101005236 . A G 126.18 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0292067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.338;QD=10.9725;RBI=0.0312704;REFB=-0.00233453;REVB=-0.0111719;RO=30;SAF=3;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34475;STB=0.700735;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0055357;OID=.;OPOS=101005236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:12:3:14:16:12:3:14:17 chr14 101138230 . A C 1055.66 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00536957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6327;QD=54.8393;RBI=0.0373335;REFB=-0.0362155;REVB=0.0369453;RO=4;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251948;STB=0.513337;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0110664;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:77:77:4:4:73:73:0.948052:36:37:1:3:36:37:1:3 chr14 101138334 . C G 278.93 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0202667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8117;QD=27.2129;RBI=0.0220348;REFB=-0.029434;REVB=0.0086482;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102088;STB=0.556375;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0209945;OID=.;OPOS=101138334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:12:13:6:10:12:13:6:10 chr14 101198417 . A G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.908;QD=64.0214;RBI=0.0205788;REFB=0;REVB=0.0192077;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06541e-05;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:56:42:0:0:56:42:0:0 chr14 101198426 . G A 540.38 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.000768111;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8907;QD=21.8336;RBI=0.0429788;REFB=-0.0137596;REVB=0.0429719;RO=48;SAF=26;SAR=25;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817319;STB=0.545077;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0119968;OID=.;OPOS=101198426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:51:51:0.515152:25:26:20:28:25:26:20:28 chr14 101200645 . T C 167.64 PASS AF=0.761905;AO=15;DP=22;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0117388;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.64;QD=31.9312;RBI=0.038546;REFB=-0.104444;REVB=0.036715;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555485;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00921955;OID=.;OPOS=101200645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:22:21:0:5:15:16:0.761905:9:6:0:0:10:6:3:2 chr14 101200780 . T C 77.97 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0537143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.005;QD=14.1758;RBI=0.0688407;REFB=-0.0192757;REVB=0.043056;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773769;STB=0.545364;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0243462;OID=.;OPOS=101200780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:5:7:5:5:5:7 chr14 101302211 . G C,T 775.04 PASS AF=0.0181818,0.981818;AO=2,53;DP=55;FAO=1,54;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167548,0.02523;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.545,228.903;QD=56.3662;RBI=0.0251698,0.0373094;REFB=0,0;REVB=0.0187829,0.0274852;RO=0;SAF=1,10;SAR=1,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-2.98469e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.10281,-0.00163554;OID=.,.;OPOS=101302211,101302211;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:55:55:0:0:2,53:1,54:0.0181818,0.981818:1,43:1,10:0:0:1,43:0,11:0:0 chr14 101350610 . C T 773.81 PASS AF=0.622807;AO=71;DP=114;FAO=71;FDP=114;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0373491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.698;QD=27.1512;RBI=0.0407562;REFB=-0.0176203;REVB=-0.016313;RO=43;SAF=36;SAR=35;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614924;STB=0.533324;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00892698;OID=.;OPOS=101350610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:43:43:71:71:0.622807:35:36:18:25:35:36:18:25 chr14 101507727 . C T 322.98 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0338296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.689;QD=21.8967;RBI=0.0349201;REFB=-0.00320517;REVB=0.00865859;RO=26;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506676;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00209691;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:26:32:33:0.559322:16:16:13:13:17:16:13:13 chr14 101522556 . T C 611.04 PASS AF=0.492063;AO=61;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=-0.00788379;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.908;QD=19.398;RBI=0.00797243;REFB=0.000713167;REVB=0.00118552;RO=63;SAF=33;SAR=28;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132957;STB=0.579975;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.000556831;OID=.;OPOS=101522556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:64:61:62:0.492063:28:33:43:20:29:33:44:20 chr14 101533093 . C T 480.75 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00610409;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.147;QD=17.8056;RBI=0.0101824;REFB=-0.00849745;REVB=-0.00814989;RO=56;SAF=23;SAR=29;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130302;STB=0.502164;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00892697;OID=.;OPOS=101533093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:56:56:52:52:0.481481:29:23:24:32:29:23:25:31 chr14 102197694 . G A 463.38 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00098126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.223;QD=21.8061;RBI=0.0135364;REFB=-0.0180478;REVB=0.0135008;RO=40;SAF=25;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689378;STB=0.538041;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0156917;OID=.;OPOS=102197694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:20:25:19:21:20:25:19:21 chr14 102198596 . C T 367.87 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00155383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.482;QD=13.8817;RBI=0.00528038;REFB=-0.00130524;REVB=-0.00504659;RO=63;SAF=18;SAR=25;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277423;STB=0.515688;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00216961;OID=.;OPOS=102198596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:25:18:28:35:25:18:28:35 chr14 102198689 . C T 647.05 PASS AF=0.456954;AO=69;DP=151;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0139146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8458;QD=17.1403;RBI=0.0288282;REFB=-0.00981325;REVB=-0.0252477;RO=82;SAF=32;SAR=37;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235677;STB=0.513093;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0120362;OID=.;OPOS=102198689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:82:82:69:69:0.456954:37:32:40:42:37:32:40:42 chr14 102360916 . G A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00410233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.526;QD=21.1302;RBI=0.0122851;REFB=-0.00786426;REVB=0.0115799;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202833;STB=0.624106;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00563083;OID=.;OPOS=102360916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:9:13:7:13:9:13:7:14 chr14 102446161 . G A 1477.21 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8508;QD=61.5503;RBI=0.0373019;REFB=0;REVB=-0.0334396;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265048;OID=.;OPOS=102446161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:96:0:0:90:96:1:45:45:0:0:45:51:0:0 chr14 102550803 . G A 560.87 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183916;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7898;QD=60.635;RBI=0.00827984;REFB=0;REVB=0.008073;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61553e-05;OID=.;OPOS=102550803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr14 102568296 . G A 1480.19 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0213274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9031;QD=58.6213;RBI=0.0731589;REFB=-0.124328;REVB=-0.0699812;RO=1;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104252;STB=0.505493;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00068919;OID=.;OPOS=102568296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:45:55:0:1:45:55:0:1 chr14 102568367 . T A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.925;QD=61.049;RBI=0.0382192;REFB=0;REVB=0.0366525;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42638e-05;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr14 102783508 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.478;QD=35.5759;RBI=0.101309;REFB=0;REVB=0.101094;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167162;OID=.;OPOS=102783508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr14 102792386 . T C 1773.6 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.472;QD=60.6357;RBI=0.0372884;REFB=0;REVB=0.0263752;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13706e-05;OID=.;OPOS=102792386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:117:0:0:113:117:1:55:58:0:0:56:61:0:0 chr14 102792631 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.984;QD=55.0986;RBI=0.0511999;REFB=0;REVB=-0.0182606;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109617;OID=.;OPOS=102792631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr14 102798055 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2834;QD=58.4195;RBI=0.0209677;REFB=0;REVB=0.0136536;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00905e-05;OID=.;OPOS=102798055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr14 102965367 . TCACCACACCACACCACACCA TCACCACACCACACCA,TCACCACACCACACCACACCT 426.47 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=25,2;DP=31;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792874,0.102593;FXX=0.0624805;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=187.388,75.9138;QD=56.863;RBI=0.129128,0.10285;REFB=0,0;REVB=0.101919,0.00725771;RO=0;SAF=13,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00083292,0.129159;OID=.,.;OPOS=102965368,102965387;OREF=CACCA,A;OALT=-,T;OMAPALT=TCACCACACCACACCA,TCACCACACCACACCACACCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.933333,0.0666667:25,2:31:28,2:30:0:13,2:15,0:0:0:10:0:13,2:12,0:0:0 chr14 102965435 . A G 813.76 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0034251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.077;QD=55.1702;RBI=0.137581;REFB=-0.145835;REVB=0.137539;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.509801;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00245314;OID=.;OPOS=102965435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:57:58:0.983051:24:33:0:0:25:33:0:1 chr14 102965437 . A T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.248;QD=58.06;RBI=0.0551948;REFB=0;REVB=-0.0494981;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104204;OID=.;OPOS=102965437;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr14 103161736 . A AG,G 1116.49 PASS AF=1,0;AO=68,11;DP=84;FAO=81,0;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526617,0.0277512;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.6926,5.29271;QD=55.1353;RBI=0.086082,0.186544;REFB=0,0;REVB=-0.0680944,-0.184468;RO=5;SAF=33,0;SAR=35,11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0110296,-0.810501;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000193356,0;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:81:5:0:68,11:81,0:1,0:35,11:33,0:2:3:48,0:33,0:0:0 chr14 103193028 . G A 501.5 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0283711;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1092;QD=27.1082;RBI=0.0283919;REFB=-0.0346643;REVB=0.0010882;RO=27;SAF=27;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474526;STB=0.533518;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0203594;OID=.;OPOS=103193028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:27:28:46:46:0.621622:19:27:14:13:19:27:14:14 chr14 103195365 . G C 570.03 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.00411477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.773;QD=17.4056;RBI=0.0187138;REFB=-0.0286395;REVB=-0.0182559;RO=71;SAF=22;SAR=38;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271485;STB=0.650832;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0240861;OID=.;OPOS=103195365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:71:60:60:0.458015:38:22:46:25:38:22:46:25 chr14 103338324 . T A 1177.58 PASS AF=1;AO=68;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134459;FXX=0.0243873;HRUN=8;LEN=1;MLLD=28.0259;QD=58.8791;RBI=0.204028;REFB=0;REVB=0.203584;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.005751;OID=.;OPOS=103338324;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:80:1:0:68:80:1:34:34:0:1:42:38:0:0 chr14 103342049 . T C,G 1086.28 PASS AF=0.905405,0.0945946;AO=67,7;DP=74;FAO=67,7;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29,7;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000570049,-0.0159827;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.371,90.1915;QD=58.7179;RBI=0.0129443,0.0162575;REFB=0,0;REVB=0.0129318,0.00297694;RO=0;SAF=29,7;SAR=38,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00767454,0.118296;OID=.,.;OPOS=103342049,103342049;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:74:74:0:0:67,7:67,7:0.905405,0.0945946:38,0:29,7:0:0:38,0:29,7:0:0 chr14 103370119 . C T 837.19 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541503;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.118;QD=57.7375;RBI=0.0638784;REFB=0;REVB=0.0338849;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09455e-05;OID=.;OPOS=103370119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr14 103370163 . C T 815.6 PASS AF=0.923077;AO=59;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0151645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.745;QD=50.1907;RBI=0.0603821;REFB=-0.211447;REVB=0.0584468;RO=3;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175426;STB=0.524338;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00476855;OID=.;OPOS=103370163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:65:65:3:5:59:60:0.923077:28:31:1:2:29:31:1:4 chr14 103440473 . G C 246.41 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00796136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.816;QD=17.9208;RBI=0.0177559;REFB=-0.0252742;REVB=0.0158711;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200658;STB=0.61858;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.033618;OID=.;OPOS=103440473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:28:26:27:0.490909:15:11:18:10:16:11:18:10 chr14 103566785 . C T 582.52 PASS AF=0.455224;AO=60;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00535778;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.308;QD=17.3886;RBI=0.00776377;REFB=-0.0139565;REVB=0.00561875;RO=73;SAF=34;SAR=26;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729005;STB=0.535158;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0155221;OID=.;OPOS=103566785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:73:60:61:0.455224:26:34:36:37:27:34:36:37 chr14 103566835 . C G 521.35 PASS AF=0.470588;AO=51;DP=114;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0229213;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.708;QD=17.5245;RBI=0.022953;REFB=-0.0232692;REVB=0.00120573;RO=62;SAF=31;SAR=20;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108118;STB=0.582784;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0221472;OID=.;OPOS=103566835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:62:63:51:56:0.470588:20:31:31:31:20:36:31:32 chr14 103566904 . G A 602.41 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.000714033;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.782;QD=21.7085;RBI=0.0233717;REFB=-0.00730471;REVB=0.0233608;RO=50;SAF=29;SAR=31;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129551;STB=0.574908;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00477397;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:50:51:60:60:0.540541:31:29:32:18:31:29:33:18 chr14 103568614 . T A 615.77 PASS AF=0.438356;AO=63;DP=147;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=0.00110818;FXX=0.0266649;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.453;QD=16.8703;RBI=0.00711613;REFB=-0.0236379;REVB=0.00702932;RO=79;SAF=31;SAR=32;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125256;STB=0.573804;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0264537;OID=.;OPOS=103568614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:79:82:63:64:0.438356:32:31:29:50:33:31:29:53 chr14 103568981 . A C 55.5 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0206794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.068;QD=12.3344;RBI=0.0234744;REFB=0.0118466;REVB=-0.0111091;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391993;STB=0.749062;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00452696;OID=.;OPOS=103568981;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:18:18:10:10:6:6:0.333333:5:1:5:5:5:1:5:5 chr14 103576395 . G A 542.18 PASS AF=0.412587;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0193363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1946;QD=15.166;RBI=0.0612039;REFB=-0.0152755;REVB=0.0580691;RO=84;SAF=25;SAR=34;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117389;STB=0.56597;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.023715;OID=.;OPOS=103576395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:84:84:59:59:0.412587:34:25:45:39:34:25:45:39 chr14 103576415 . A G 905.63 PASS AF=0.585714;AO=79;DP=136;FAO=82;FDP=140;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0550184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1059;QD=25.8751;RBI=0.0565707;REFB=-0.026686;REVB=-0.0131612;RO=57;SAF=39;SAR=40;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559908;STB=0.525729;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0387535;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:140:57:58:79:82:0.585714:40:39:24:33:43:39:24:34 chr14 103576443 . TC CG 403.8 PASS AF=0.369231;AO=48;DP=130;FAO=48;FDP=130;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00345254;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.837;QD=12.4246;RBI=0.0222537;REFB=-0.0113088;REVB=-0.0219843;RO=80;SAF=19;SAR=29;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612103;STB=0.535958;STBP=0.551;TYPE=mnp;VARB=0.0196969;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:80:82:48:48:0.369231:29:19:36:44:29:19:37:45 chr14 103593950 . C G 160.53 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.034618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.076;QD=18.3457;RBI=0.0353626;REFB=-0.0301219;REVB=-0.00721862;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126365;STB=0.571823;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0260409;OID=.;OPOS=103593950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:11:7:9:8:11:7 chr14 103602278 . A G 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0125573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.071;QD=16.0426;RBI=0.0224305;REFB=-0.00459294;REVB=-0.0185861;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180399;STB=0.603143;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00580884;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:9:17:9:10:9:17 chr14 103808153 . A G 356.88 PASS AF=0.349206;AO=44;DP=127;FAO=44;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.0135421;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.117;QD=11.3296;RBI=0.0203974;REFB=-0.0119766;REVB=0.0152533;RO=80;SAF=25;SAR=19;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782899;STB=0.50477;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0335228;OID=.;OPOS=103808153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:80:82:44:44:0.349206:19:25:46:34:19:25:46:36 chr14 103808199 . T TAAAC 154.71 PASS AF=0.234694;AO=22;DP=106;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0123986;FXX=0.048539;HRUN=2;LEN=4;MLLD=253.495;QD=6.31462;RBI=0.023601;REFB=-0.00293684;REVB=-0.0200819;RO=80;SAF=10;SAR=12;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166191;STB=0.582454;STBP=0.389;TYPE=ins;VARB=0.00886796;OID=.;OPOS=103808200;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234694:22:106:23:98:75:11:12:44:31:99:80:10:12:47:33 chr14 103808472 . C T 94.37 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00308198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3525;QD=11.1022;RBI=0.00346346;REFB=0.0032191;REVB=-0.00158018;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195799;STB=0.511093;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0248644;OID=.;OPOS=103808472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:20:22:12:12:0.352941:4:8:13:7:4:8:15:7 chr14 103809114 . G A 247.29 PASS AF=0.45;AO=18;DP=66;FAO=27;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00520114;FXX=0.0908953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2188;QD=16.486;RBI=0.0569972;REFB=-0.00419848;REVB=-0.0567594;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731248;STB=0.513609;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00616565;OID=.;OPOS=103809114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:60:17:31:18:27:0.45:10:8:9:8:15:12:13:18 chr14 103852725 . C T 1376.07 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.247;QD=62.5485;RBI=0.0288837;REFB=0;REVB=-0.00405183;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64731e-05;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:44:43:0:0:45:43:0:0 chr14 103934488 . T C 1492.49 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010722;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=292.891;QD=58.529;RBI=0.0129704;REFB=0.160519;REVB=-0.00729864;RO=1;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998727;STB=0.505262;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000151036;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:47:54:0:1:47:54:0:1 chr14 103986255 . C T 954.6 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.024;QD=58.7448;RBI=0.0612719;REFB=0;REVB=0.0464162;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168302;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:26:37:0:0:26:39:0:0 chr14 103996396 . G A 1249.84 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0642658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.05;QD=60.2332;RBI=0.0668552;REFB=-0.107981;REVB=0.018426;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114108;STB=0.506023;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000589457;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:41:41:1:0:41:41:1:0 chr14 104001517 . G A 556.02 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.01646;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=166.713;QD=55.6021;RBI=0.0216992;REFB=-0.173731;REVB=0.0141394;RO=2;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667634;STB=0.535695;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000999773;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:40:40:2:2:38:38:0.95:13:25:0:2:13:25:0:2 chr14 104026320 . GT G 65.92 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.150618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.6353;QD=11.9854;RBI=0.176777;REFB=-0.0122154;REVB=0.0925431;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623631;STB=0.881535;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0452549;OID=.;OPOS=104026321;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:10:22:10:22:12:1:9:9:3:65:11:1:9:8:3 chr14 104029442 . G A 89.25 PASS AF=0.769231;AO=8;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.158245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3647;QD=27.4627;RBI=0.188067;REFB=-0.0611538;REVB=0.101625;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141139;STB=0.538385;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0387031;OID=.;OPOS=104029442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:8:10:0.769231:3:5:1:2:5:5:1:2 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 634.31 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000639018;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=12;MLLD=504.22;QD=61.8834;RBI=0.00539646;REFB=0;REVB=0.00535849;RO=4;SAF=22;SAR=18;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779703;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.056e-06;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:45:41:41:0:22:19:0:0:4:4:22:18:4:0 chr14 104194196 . C G 2807.32 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00994779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.156;QD=62.7333;RBI=0.026629;REFB=0;REVB=0.0247011;RO=0;SAF=106;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85946e-05;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:179:0:0:178:179:1:72:106:0:0:73:106:0:0 chr14 104245143 . T C 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0115938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.384;QD=22.398;RBI=0.0141177;REFB=-0.0144256;REVB=0.00805573;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447114;STB=0.536552;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0163746;OID=.;OPOS=104245143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:11:11:10:8:11:11:11:8 chr14 104394850 . C T 515.12 PASS AF=0.486726;AO=54;DP=112;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00114752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.482;QD=18.2343;RBI=0.021221;REFB=0.000831553;REVB=-0.02119;RO=58;SAF=19;SAR=35;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111806;STB=0.565356;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.000829745;OID=.;OPOS=104394850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:58:58:54:55:0.486726:35:19:27:31:36:19:27:31 chr14 104429453 . A G 1553.15 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.33;QD=62.7536;RBI=0.0797989;REFB=-0.00530539;REVB=0.0738747;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000146467;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:56:42:0:0:56:42:0:1 chr14 104436931 . C T 261.81 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0150836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.751;QD=17.1675;RBI=0.0154949;REFB=0.00115401;REVB=-0.0035466;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160881;STB=0.589918;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00117798;OID=.;OPOS=104436931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:15:14:10:22:15:14:10:22 chr14 104452640 . G A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00811755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.239;QD=17.423;RBI=0.0191968;REFB=-0.0055379;REVB=0.0173961;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124125;STB=0.506954;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00647092;OID=.;OPOS=104452640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:16:15:16:18:16:15:16:18 chr14 104465037 . T C 1462.36 PASS AF=0.971154;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00590182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5351;QD=56.2445;RBI=0.0990664;REFB=0.0458703;REVB=0.0988904;RO=3;SAF=35;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190935;STB=0.51013;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0108354;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:104:3:3:100:101:0.971154:65:35:2:1:66:35:2:1 chr14 104480048 . G A 163.4 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00724829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.346;QD=13.0717;RBI=0.0517063;REFB=-0.012984;REVB=0.0511958;RO=31;SAF=3;SAR=15;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199534;STB=0.612105;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0091514;OID=.;OPOS=104480048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:15:3:9:22:15:3:9:23 chr14 104480201 . C A 1556.41 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.428;QD=59.8617;RBI=0.0387644;REFB=0;REVB=-0.00591686;RO=0;SAF=39;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87811e-05;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:101:104:1:62:39:0:0:65:39:0:0 chr14 104481083 . T C 305.43 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0229889;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.274;QD=17.4529;RBI=0.0612006;REFB=-0.016977;REVB=0.0567188;RO=37;SAF=10;SAR=23;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236405;STB=0.632944;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0165165;OID=.;OPOS=104481083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:23:10:20:17:23:10:20:17 chr14 104497543 . C T 220.59 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.000856557;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5655;QD=9.8041;RBI=0.0196282;REFB=-0.0182851;REVB=-0.0196095;RO=61;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839737;STB=0.542506;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0358191;OID=.;OPOS=104497543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:61:62:28:28:0.311111:15:13:24:37:15:13:25:37 chr14 104559571 . C A 394.74 PASS AF=0.506329;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00647135;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.522;QD=19.9866;RBI=0.0150358;REFB=-0.0144418;REVB=0.0135719;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120078;STB=0.518978;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0135712;OID=.;OPOS=104559571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:39:40:0.506329:19:20:20:18:20:20:21:18 chr14 104559623 . T C 1786.7 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.386;QD=61.0838;RBI=0.0802683;REFB=0;REVB=0.0800217;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122095;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:51:64:0:0:52:65:0:0 chr14 104641612 . T C 368.65 PASS AF=0.493506;AO=32;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.020071;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.354;QD=19.1505;RBI=0.0396873;REFB=-0.0249221;REVB=-0.0342379;RO=25;SAF=9;SAR=23;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0302397;OID=.;OPOS=104641612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:25:38:32:38:0.493506:23:9:8:17:27:11:11:27 chr14 104641792 . C T 138.18 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00572672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.685;QD=8.91456;RBI=0.024279;REFB=-0.00944687;REVB=0.0235939;RO=43;SAF=12;SAR=7;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00458872;STB=0.502729;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0241797;OID=.;OPOS=104641792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:7:12:27:16:7:12:27:16 chr14 104642341 . A G 1672.74 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.412;QD=60.2791;RBI=0.0157258;REFB=0;REVB=0.014394;RO=0;SAF=17;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29776e-05;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:109:111:1:92:17:0:0:92:19:0:0 chr14 104642422 . A G 182.07 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00616795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.613;QD=16.9365;RBI=0.00616798;REFB=-0.0176848;REVB=1.71438e-05;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163389;STB=0.575759;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0273413;OID=.;OPOS=104642422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:11:8:6:17:11:8:7:17 chr14 104643409 . A G 102.07 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.67;QD=40.8285;RBI=0.0617472;REFB=0;REVB=0.0616803;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089591;OID=.;OPOS=104643409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:6:4:0:0 chr14 104643721 . C A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00548388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.467;QD=19.343;RBI=0.00630337;REFB=-0.0189798;REVB=0.00310798;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100257;STB=0.556898;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0139809;OID=.;OPOS=104643721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:9:9:11:7:9:9 chr14 104643859 . A G 216.86 PASS AF=0.511628;AO=19;DP=40;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0146181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.569;QD=20.1727;RBI=0.0192687;REFB=-0.0362976;REVB=0.0125536;RO=21;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159169;STB=0.533447;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0384148;OID=.;OPOS=104643859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:21:21:19:22:0.511628:6:13:11:10:9:13:11:10 chr14 104644147 . C T 61.23 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.114112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7774;QD=18.8406;RBI=0.115369;REFB=-0.0330041;REVB=0.0169853;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199671;STB=0.615111;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0546425;OID=.;OPOS=104644147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:1:4:4:4:1:4 chr14 104646326 . A C 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00490311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.933;QD=25.4984;RBI=0.00613465;REFB=-0.0305614;REVB=0.00368692;RO=16;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217594;STB=0.620738;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0214049;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:9:14:5:11:9:14:5:11 chr14 104646771 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4757;QD=56.938;RBI=0.0701087;REFB=0;REVB=-0.0678517;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103196;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chr14 104647224 . C T 595.34 PASS AF=0.666667;AO=52;DP=78;FAO=52;FDP=78;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0385205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4082;QD=30.5302;RBI=0.0397952;REFB=-0.0408069;REVB=-0.00999124;RO=26;SAF=19;SAR=33;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127039;STB=0.506883;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0179013;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:26:26:52:52:0.666667:33:19:10:16:33:19:10:16 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 471.83 PASS AF=0.651515;AO=41;DP=56;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0160099;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=9;MLLD=297.528;QD=28.5958;RBI=0.0563367;REFB=-0.0465479;REVB=0.0540139;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.589241;STBP=0.087;TYPE=del;VARB=0.025916;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.651515:41:56:43:66:23:33:10:13:10:99:0:31:10:0:0 chr14 105071055 . G A 323.75 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=43;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0242054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8139;QD=29.4317;RBI=0.0425139;REFB=-0.0121556;REVB=0.0349504;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914218;STB=0.543594;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00689498;OID=.;OPOS=105071055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:16:16:27:28:0.636364:12:15:11:5:12:16:11:5 chr14 105150467 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0145022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.849;QD=18.8282;RBI=0.0218309;REFB=-0.01287;REVB=0.0163179;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372633;STB=0.712279;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0102873;OID=.;OPOS=105150467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:15:5:14:8:15:5:14:8 chr14 105167807 . C T 952.98 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.359;QD=58.6449;RBI=0.0126088;REFB=0;REVB=0.0102134;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.101e-05;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr14 105170222 . G A 121.54 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00804693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.364;QD=15.1928;RBI=0.0497073;REFB=-0.00833272;REVB=0.0490516;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395996;STB=0.522903;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00566293;OID=.;OPOS=105170222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:7:11:8:6:7:11 chr14 105177351 . CA C,CG 1696.38 PASS AF=0.947826,0.0521739;AO=101,12;DP=115;FAO=109,6;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=50,1;FSAR=59,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709863,0.0156682;FXX=0.00861995;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.1869,72.5237;QD=59.0047;RBI=0.0321917,0.0190862;REFB=0,0;REVB=-0.0313992,-0.0108991;RO=0;SAF=49,1;SAR=52,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.10807e-08,-3.23983e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00168773,0.0207149;OID=.,.;OPOS=105177352,105177352;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.947826,0.0521739:101,12:115:109,6:115:0:50,1:59,5:0:0:17:0:49,1:52,11:0:0 chr14 105179194 . T C 1525.57 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.93968e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.153;QD=59.8265;RBI=0.025175;REFB=0;REVB=0.025175;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85337e-05;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:47:54:0:0:48:54:0:0 chr14 105180565 . T C 983.28 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5175;QD=58.7034;RBI=0.0154764;REFB=0;REVB=-0.0107498;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22387e-06;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:37:28:0:0:38:29:0:0 chr14 105180706 . A C 901.09 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.708;QD=58.1348;RBI=0.00962326;REFB=0;REVB=0.00154812;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58489e-06;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:32:28:0:0:34:28:0:0 chr14 105196235 . G A 44.53 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0067507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.904;QD=6.85076;RBI=0.0462752;REFB=-0.00595321;REVB=-0.0457801;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265764;STB=0.680377;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0466154;OID=.;OPOS=105196235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:18:19:7:7:0.269231:4:3:12:6:4:3:13:6 chr14 105196365 . T C 682.56 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0129667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4566;QD=21.498;RBI=0.0202111;REFB=-0.00674168;REVB=-0.0155033;RO=60;SAF=27;SAR=40;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121962;STB=0.506697;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00822346;OID=.;OPOS=105196365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:60:67:67:0.527559:40:27:25:35:40:27:25:35 chr14 105211221 . C T 223.56 PASS AF=0.433333;AO=24;DP=58;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0189388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.192;QD=14.904;RBI=0.0198292;REFB=-0.00517119;REVB=0.00587541;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728923;STB=0.516654;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00630936;OID=.;OPOS=105211221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:34:34:24:26:0.433333:13:11:18:16:13:13:18:16 chr14 105213343 . A G 257.81 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0434224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7361;QD=13.5691;RBI=0.0460905;REFB=-0.0125924;REVB=0.015454;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206663;STB=0.617571;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0198609;OID=.;OPOS=105213343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:17:13:29:17:17:13:29:17 chr14 105220209 . G GA 330.58 PASS AF=0.373913;AO=16;DP=129;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.028851;FXX=0.101555;HRUN=0;LEN=1;MLLD=223.233;QD=11.4984;RBI=0.0480999;REFB=0.012059;REVB=-0.0384867;RO=113;SAF=11;SAR=5;SRF=43;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366493;STB=0.649417;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=-0.0242577;OID=.;OPOS=105220210;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373913:16:129:43:115:72:26:17:26:46:99:113:11:5:43:70 chr14 105220210 . G A 292.14 PASS AF=0.302326;AO=39;DP=129;FAO=39;FDP=129;FR=.;FRO=90;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.0213774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.573;QD=9.05845;RBI=0.0213927;REFB=-0.0222988;REVB=-0.000808025;RO=88;SAF=17;SAR=22;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324988;STB=0.517652;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0394879;OID=.;OPOS=105220210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:88:90:39:39:0.302326:22:17:36:52:22:17:37:53 chr14 105222037 . C T 1281.6 PASS AF=0.54955;AO=122;DP=223;FAO=122;FDP=222;FR=.;FRO=100;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=0.0185729;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.023;QD=23.0918;RBI=0.0337227;REFB=-0.0287532;REVB=0.0281473;RO=98;SAF=53;SAR=69;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874552;STB=0.552237;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0213848;OID=.;OPOS=105222037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:98:100:122:122:0.54955:69:53:53:45:69:53:55:45 chr14 105223668 . G A 657.56 PASS AF=0.556522;AO=64;DP=115;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00826746;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.996;QD=22.8718;RBI=0.0102851;REFB=-0.011707;REVB=-0.0061182;RO=51;SAF=24;SAR=40;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644529;STB=0.535296;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0171095;OID=.;OPOS=105223668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:51:64:64:0.556522:40:24:23:28:40:24:23:28 chr14 105239894 . C T 150.95 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00695632;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.767;QD=18.2973;RBI=0.0250094;REFB=-0.0240767;REVB=0.0240225;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114835;STB=0.565951;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0253252;OID=.;OPOS=105239894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:6:11:12:4:6:11 chr14 105268228 . G A 116.18 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00635176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8039;QD=20.2051;RBI=0.0259247;REFB=-0.0145911;REVB=-0.0251345;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309496;STB=0.675067;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0126846;OID=.;OPOS=105268228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:8:2:8:5:8:2 chr14 105268740 . C T 64.47 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.000184092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.089;QD=9.91819;RBI=0.0107283;REFB=-0.0121172;REVB=0.0107267;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153571;STB=0.593016;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0129395;OID=.;OPOS=105268740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:7:10:4:5:7:10 chr14 105269779 . T C 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0100665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.695;QD=14.196;RBI=0.0158479;REFB=-0.015938;REVB=-0.0122401;RO=32;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402526;STB=0.522949;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0222073;OID=.;OPOS=105269779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:15:8:10:22:15:8:10:22 chr14 105349388 . A C 177.24 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0301315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.778;QD=21.4834;RBI=0.0301447;REFB=-0.0129764;REVB=-0.000888934;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589725;STB=0.545404;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0091162;OID=.;OPOS=105349388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:17:18:0.545455:9:8:6:9:9:9:6:9 chr14 105350355 . A G 183.62 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00833792;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.995;QD=11.2999;RBI=0.0109441;REFB=-0.00496675;REVB=-0.00708891;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164253;STB=0.516764;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00650986;OID=.;OPOS=105350355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:12:11:19:22:12:11:19:23 chr14 105354293 . A G 150.3 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0428809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.87;QD=9.85595;RBI=0.0554341;REFB=-0.0132235;REVB=0.0351306;RO=41;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126652;STB=0.507455;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0207217;OID=.;OPOS=105354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:9:11:23:18:9:11:23:18 chr14 105361934 . T C 744.64 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.785;QD=56.1989;RBI=0.0696573;REFB=0;REVB=0.0285763;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159873;OID=.;OPOS=105361934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:49:53:1:28:21:0:0:31:22:0:0 chr14 105393508 . GC G 38.14 PASS AF=0.229885;AO=27;DP=87;FAO=20;FDP=87;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.13473;FXX=0.0113623;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.94427;QD=1.75352;RBI=0.143159;REFB=-0.0470477;REVB=-0.0483987;RO=53;SAF=19;SAR=8;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349823;STB=0.521366;STBP=0.879;TYPE=del;VARB=-0.0149485;OID=.;OPOS=105393509;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229885:27:87:20:87:67:9:11:32:35:38:53:19:8:21:32 chr14 105393556 . G C 241.1 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0690212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9998;QD=14.612;RBI=0.0704391;REFB=-0.0228051;REVB=-0.014062;RO=38;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730011;STB=0.541455;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.024681;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:12:16:19:19:12:16:19:19 chr14 105405599 . G C 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0120581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.162;QD=18.6756;RBI=0.0122589;REFB=-0.00370749;REVB=0.0022097;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564203;STB=0.531476;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00443666;OID=.;OPOS=105405599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:18:14:16:16:18:14:16:16 chr14 105405942 . G A 461.12 PASS AF=0.528736;AO=42;DP=83;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.047212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.767;QD=21.2008;RBI=0.0474993;REFB=-0.0363953;REVB=-0.00521634;RO=41;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754178;STB=0.549155;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0314993;OID=.;OPOS=105405942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:41:41:42:46:0.528736:20:22:18:23:21:25:18:23 chr14 105406238 . A C 184.86 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00725439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.875;QD=18.4864;RBI=0.0120791;REFB=-0.0198135;REVB=0.00965807;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611687;STB=0.549021;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0184125;OID=.;OPOS=105406238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:10:8:8:13:10:9:8:13 chr14 105406372 . C T 176.25 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00182137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.3;QD=29.3742;RBI=0.0161331;REFB=0.0168988;REVB=-0.01603;RO=7;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120543;STB=0.56693;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00858836;OID=.;OPOS=105406372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:11:6:4:3:11:6:4:3 chr14 105407031 . A G 177.47 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.017992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.699;QD=21.5109;RBI=0.0623502;REFB=-0.026521;REVB=0.0596979;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369476;STB=0.70253;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.010932;OID=.;OPOS=105407031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:7:11:15:0:7:11:15:0 chr14 105407208 . T C 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00711415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2706;QD=15.1663;RBI=0.0303786;REFB=-0.0172449;REVB=0.0295338;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171974;STB=0.599863;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0164313;OID=.;OPOS=105407208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:10:10:10:5:10:10 chr14 105407798 . T C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0158491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.729;QD=22.9576;RBI=0.0172829;REFB=-0.00584335;REVB=0.0068924;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143451;STB=0.580545;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00322773;OID=.;OPOS=105407798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:4:7:7:9:4:7 chr14 105408030 . A G 237.15 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00333884;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.972;QD=17.5665;RBI=0.0248893;REFB=-0.00581314;REVB=-0.0246644;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759229;STB=0.54274;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00470202;OID=.;OPOS=105408030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:10:16:15:13:10:16:15:13 chr14 105408182 . T G 450.94 PASS AF=0.683333;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00686358;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.877;QD=30.0625;RBI=0.0158025;REFB=-0.0134875;REVB=0.0142342;RO=20;SAF=17;SAR=24;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722826;STB=0.532584;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00533473;OID=.;OPOS=105408182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:20:19:41:41:0.683333:24:17:6:14:24:17:6:13 chr14 105408315 . T C 644.2 PASS AF=0.59375;AO=57;DP=96;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0695351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.0995;QD=26.8417;RBI=0.0728499;REFB=-0.0138075;REVB=0.0217249;RO=39;SAF=32;SAR=25;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747486;STB=0.540764;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00512622;OID=.;OPOS=105408315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:39:39:57:57:0.59375:25:32:18:21:25:32:18:21 chr14 105408811 . A G 359.51 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0181696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1275;QD=19.9729;RBI=0.0408171;REFB=-0.0221166;REVB=-0.03655;RO=35;SAF=21;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097033;STB=0.553852;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0172433;OID=.;OPOS=105408811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:16:21:16:19:16:21:16:19 chr14 105408827 . A C 389.57 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0342121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3877;QD=19.2382;RBI=0.0349771;REFB=-0.025032;REVB=-0.00727522;RO=41;SAF=21;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116758;STB=0.50649;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0371481;OID=.;OPOS=105408827;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:19:21:21:20:19:21:21:20 chr14 105408955 . A G 270.75 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00435077;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.617;QD=16.6616;RBI=0.00551125;REFB=-0.0177447;REVB=-0.00338299;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286903;STB=0.516118;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0187224;OID=.;OPOS=105408955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:35:30:30:0.461538:12:18:22:13:12:18:22:13 chr14 105408987 . G A 215.5 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00591913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.486;QD=17.5915;RBI=0.00623598;REFB=-0.0136631;REVB=-0.00196248;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274036;STB=0.525668;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0364247;OID=.;OPOS=105408987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:8:13:16:11:8:14:16:11 chr14 105409907 . T C 360.44 PASS AF=0.363636;AO=44;DP=121;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.00258288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.545;QD=11.9153;RBI=0.00895086;REFB=-0.0133501;REVB=0.0085701;RO=77;SAF=25;SAR=19;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482911;STB=0.527562;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0275593;OID=.;OPOS=105409907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:77:77:44:44:0.363636:19:25:47:30:19:25:47:30 chr14 105409959 . G T 356.64 PASS AF=0.348837;AO=43;DP=127;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=0.0972636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2302;QD=11.0587;RBI=0.108597;REFB=-0.0313454;REVB=0.0483013;RO=84;SAF=19;SAR=24;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174589;STB=0.583126;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0606189;OID=.;OPOS=105409959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:84:84:43:45:0.348837:24:19:50:34:24:21:50:34 chr14 105410183 . T C 318.42 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0225353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.402;QD=23.1579;RBI=0.0227932;REFB=-0.0230762;REVB=0.00341905;RO=23;SAF=9;SAR=23;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20236;STB=0.612093;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0246983;OID=.;OPOS=105410183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:23:9:12:11:23:9:12:11 chr14 105410411 . C T 201.48 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0111349;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.886;QD=11.6799;RBI=0.0119553;REFB=-0.00292917;REVB=-0.00435241;RO=42;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13081;STB=0.591811;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00500754;OID=.;OPOS=105410411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:42:44:25:25:0.362319:9:16:22:20:9:16:22:22 chr14 105410775 . A G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00317222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.882;QD=14.1316;RBI=0.0261605;REFB=-0.00335011;REVB=-0.0259674;RO=31;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320825;STB=0.687294;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00743832;OID=.;OPOS=105410775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:14:5:17:14:14:5:17:14 chr14 105410827 . C T 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00461373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.839;QD=16.115;RBI=0.0189909;REFB=0.00305418;REVB=0.018422;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221286;STB=0.624707;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00395908;OID=.;OPOS=105410827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:20:9:13:11:20:9 chr14 105411153 . G A 220.78 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00336751;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.6565;QD=17.3164;RBI=0.0355267;REFB=-0.020708;REVB=0.0353667;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607167;STB=0.515038;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0179551;OID=.;OPOS=105411153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:10:14:15:11:10:14:15:12 chr14 105411700 . A G 454.46 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00430247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1681;QD=23.0106;RBI=0.0139753;REFB=-0.0573396;REVB=-0.0132965;RO=35;SAF=27;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825517;STB=0.545434;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0289006;OID=.;OPOS=105411700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:17:27:18:17:17:27:18:17 chr14 105411781 . G A 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00398006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.443;QD=22.404;RBI=0.0258016;REFB=-0.0208182;REVB=0.0254928;RO=29;SAF=24;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110468;STB=0.561005;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0126052;OID=.;OPOS=105411781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:13:24:15:14:13:24:15:14 chr14 105411957 . G A 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0344132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.924;QD=9.41553;RBI=0.0352082;REFB=-0.00840853;REVB=-0.00743989;RO=39;SAF=16;SAR=2;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418197;STB=0.757046;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0340472;OID=.;OPOS=105411957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:2:16:25:14:2:16:25:14 chr14 105411971 . T C 95.53 PASS AF=0.25;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0216141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.106;QD=7.34839;RBI=0.066714;REFB=-0.0165783;REVB=-0.0631157;RO=35;SAF=12;SAR=1;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432793;STB=0.828845;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0303534;OID=.;OPOS=105411971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:51:52:35:39:13:13:0.25:1:12:25:10:1:12:25:14 chr14 105412703 . C G 483.94 PASS AF=0.51087;AO=46;DP=91;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0112606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.856;QD=21.0407;RBI=0.0309668;REFB=-0.0273672;REVB=-0.0288468;RO=44;SAF=23;SAR=23;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100532;STB=0.554708;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0277505;OID=.;OPOS=105412703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:44:45:46:47:0.51087:23:23:27:17:23:24:28:17 chr14 105413204 . G T 440.7 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0182792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.994;QD=19.5866;RBI=0.0432379;REFB=-0.00658198;REVB=0.039184;RO=45;SAF=23;SAR=21;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030013;STB=0.510633;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00603805;OID=.;OPOS=105413204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:46:44:44:0.488889:21:23:25:20:21:23:25:21 chr14 105413223 . A G 400.24 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.014029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.893;QD=18.6156;RBI=0.0210493;REFB=-0.0131614;REVB=-0.0156927;RO=43;SAF=19;SAR=22;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870141;STB=0.536568;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0130776;OID=.;OPOS=105413223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:45:41:41:0.476744:22:19:24:19:22:19:24:21 chr14 105413790 . G A 527.19 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0172615;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.151;QD=21.5179;RBI=0.0176026;REFB=0.00245342;REVB=-0.00344879;RO=48;SAF=37;SAR=13;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257504;STB=0.643123;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00480585;OID=.;OPOS=105413790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:48:48:50:50:0.510204:13:37:23:25:13:37:23:25 chr14 105414280 . T G 270.6 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.052333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1286;QD=14.4321;RBI=0.0642239;REFB=-0.0222449;REVB=-0.0372285;RO=44;SAF=19;SAR=12;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767202;STB=0.543411;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0440843;OID=.;OPOS=105414280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:12:19:30:14:12:19:30:14 chr14 105414629 . G A 359.5 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00842487;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.673;QD=19.6987;RBI=0.0261542;REFB=-0.00491066;REVB=0.0247601;RO=36;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111921;STB=0.562049;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00585005;OID=.;OPOS=105414629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:36:37:37:0.506849:19:18:13:23:19:18:13:23 chr14 105414790 . A G 463.63 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00651738;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1003;QD=19.3178;RBI=0.0558853;REFB=-0.00228578;REVB=-0.0555039;RO=47;SAF=25;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00892456;STB=0.519222;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00632458;OID=.;OPOS=105414790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:47:50:46:46:0.479167:21:25:26:21:21:25:29:21 chr14 105414810 . C G 544.1 PASS AF=0.513761;AO=55;DP=108;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0449712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.844;QD=19.9668;RBI=0.0458132;REFB=-0.0191001;REVB=0.008743;RO=53;SAF=33;SAR=22;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483638;STB=0.520987;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0151483;OID=.;OPOS=105414810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:53:53:55:56:0.513761:22:33:29:24:23:33:29:24 chr14 105415200 . G C 143.31 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.023179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8532;QD=9.8834;RBI=0.0344715;REFB=0.00506737;REVB=0.0255151;RO=38;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206226;STB=0.612092;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00920048;OID=.;OPOS=105415200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:39:19:19:0.327586:8:11:15:23:8:11:16:23 chr14 105415229 . T C 112.46 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00674575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.106;QD=6.61502;RBI=0.00784028;REFB=-0.00318228;REVB=-0.0039956;RO=51;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212965;STB=0.630174;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0118636;OID=.;OPOS=105415229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:7:10:21:30:7:10:21:30 chr14 105415352 . G C 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.396;QD=57.6367;RBI=0.0433553;REFB=-0.0739804;REVB=0.0257821;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145412;STB=0.50769;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000509078;OID=.;OPOS=105415352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:36:32:1:0:36:32:1:0 chr14 105415745 . C G 104.25 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0299495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.999;QD=10.4246;RBI=0.0346873;REFB=-0.00336345;REVB=0.0174996;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146659;STB=0.587654;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0181197;OID=.;OPOS=105415745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:7:6:16:11:7:6:16:11 chr14 105415748 . G A 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0546152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.693;QD=10.4386;RBI=0.0554381;REFB=-0.00857844;REVB=-0.00951665;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146659;STB=0.587654;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.014927;OID=.;OPOS=105415748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:7:6:16:11:7:6:16:11 chr14 105416010 . T C 236.35 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00307995;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.478;QD=17.507;RBI=0.0116184;REFB=-0.0128682;REVB=-0.0112027;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10519;STB=0.576864;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0117115;OID=.;OPOS=105416010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:30:28:26:26:0.481481:11:15:14:16:11:15:12:16 chr14 105416220 . T A 511.89 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0109102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.991;QD=24.0891;RBI=0.0170463;REFB=-0.0168899;REVB=0.0130974;RO=37;SAF=23;SAR=25;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913992;STB=0.550101;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0132853;OID=.;OPOS=105416220;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:25:23:22:15:25:23:22:15 chr14 105416649 . G A 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0131776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.069;QD=15.4097;RBI=0.0407444;REFB=-0.0119526;REVB=0.0385546;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471589;STB=0.526679;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0210304;OID=.;OPOS=105416649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:14:13:18:16:14:13:18:16 chr14 105416685 . C G 216.69 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0227379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8636;QD=13.3345;RBI=0.0716035;REFB=0.00803737;REVB=-0.0678973;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126804;STB=0.515428;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0108007;OID=.;OPOS=105416685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:12:14:20:18:12:14:20:19 chr14 105416784 . A G 237.96 PASS AF=0.32967;AO=29;DP=90;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00465111;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.7857;QD=10.4598;RBI=0.0368554;REFB=-0.0190722;REVB=-0.0365607;RO=61;SAF=18;SAR=11;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114261;STB=0.575271;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0530007;OID=.;OPOS=105416784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:61:61:29:30:0.32967:11:18:32:29:11:19:32:29 chr14 105416959 . A G 300.53 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0469677;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3069;QD=16.2451;RBI=0.0720493;REFB=0.000892506;REVB=-0.0546364;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987449;STB=0.555522;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0023338;OID=.;OPOS=105416959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:41:41:33:33:0.445946:16:17:17:24:16:17:17:24 chr14 105417102 . TG CA 343.3 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0122119;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.184;QD=18.811;RBI=0.0129174;REFB=-0.0200087;REVB=0.0042105;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103024;STB=0.547919;STBP=0.442;TYPE=mnp;VARB=0.01498;OID=.;OPOS=105417102;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:37:36:36:0.493151:18:18:13:21:18:18:15:22 chr14 105417147 . A G 194.89 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00245523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.27;QD=12.5738;RBI=0.027129;REFB=-0.00501629;REVB=-0.0270177;RO=38;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737826;STB=0.555965;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00719624;OID=.;OPOS=105417147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:38:38:23:24:0.387097:13:10:14:24:13:11:14:24 chr14 105417222 . C T 49.06 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0460593;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7977;QD=3.21724;RBI=0.0462205;REFB=-0.00230694;REVB=0.0038565;RO=50;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922069;STB=0.531066;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0189703;OID=.;OPOS=105417222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:62:61:50:52:9:9:0.147541:4:5:24:26:4:5:27:25 chr14 105417225 . C G 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00373714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.057;QD=3.51293;RBI=0.00661958;REFB=-0.0153326;REVB=0.00546375;RO=52;SAF=6;SAR=4;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123769;STB=0.576768;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0289106;OID=.;OPOS=105417225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:52:53:10:10:0.15873:4:6:26:26:4:6:27:26 chr14 105417228 . C T 48.59 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.049787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.178;QD=3.13453;RBI=0.050584;REFB=-0.00499543;REVB=-0.0089439;RO=53;SAF=6;SAR=3;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194913;STB=0.637052;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0403654;OID=.;OPOS=105417228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:3:6:27:26:3:6:27:26 chr14 105417243 . T C 40.86 PASS AF=0.131148;AO=6;DP=59;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0487128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.98;QD=2.6793;RBI=0.0541614;REFB=-0.00714779;REVB=-0.0236754;RO=53;SAF=3;SAR=3;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322003;STB=0.632323;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0224661;OID=.;OPOS=105417243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:59:61:53:53:6:8:0.131148:3:3:25:28:3:5:25:28 chr14 105417270 . A C 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0562339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.692;QD=2.64345;RBI=0.0593273;REFB=0.00140243;REVB=-0.0189071;RO=41;SAF=5;SAR=1;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331289;STB=0.774186;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0165153;OID=.;OPOS=105417270;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:49:41:43:6:6:0.122449:1:5:24:17:1:5:24:19 chr14 105418194 . A G 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00699881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.594;QD=7.34922;RBI=0.0182027;REFB=-0.00489433;REVB=-0.0168034;RO=38;SAF=2;SAR=11;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365441;STB=0.727221;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0119358;OID=.;OPOS=105418194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:38:39:13:13:0.25:11:2:15:23:11:2:15:24 chr14 105418260 . T C 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.011016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.808;QD=13.0607;RBI=0.0211742;REFB=0.00147696;REVB=-0.018083;RO=40;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108572;STB=0.56245;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0102242;OID=.;OPOS=105418260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:18:8:16:24:18:8:16:24 chr14 105418264 . G A 191.53 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00525492;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.194;QD=11.6079;RBI=0.00525494;REFB=-0.00543549;REVB=1.40554e-05;RO=41;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678133;STB=0.533305;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0564041;OID=.;OPOS=105418264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:41:42:24:24:0.363636:16:8:16:25:16:8:16:26 chr14 105418272 . C G 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0136365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.324;QD=13.6201;RBI=0.0162909;REFB=-0.0141388;REVB=0.00891283;RO=38;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101009;STB=0.557905;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00967912;OID=.;OPOS=105418272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:18:8:15:23:18:8:15:23 chr14 105418275 . T G 242.44 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00522083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.321;QD=14.9193;RBI=0.0169178;REFB=-0.00587707;REVB=0.0160921;RO=34;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502649;STB=0.513055;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00424915;OID=.;OPOS=105418275;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:34:37:27:28:0.430769:17:10:11:23:18:10:14:23 chr14 105418303 . C T 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0484805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7901;QD=19.8558;RBI=0.0522005;REFB=0.00473479;REVB=-0.0193529;RO=38;SAF=14;SAR=25;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163823;STB=0.509086;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00407443;OID=.;OPOS=105418303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:25:14:13:25:25:14:13:25 chr14 105418344 . T G 310.99 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0137497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7492;QD=19.1376;RBI=0.0251543;REFB=-0.00383948;REVB=-0.0210638;RO=30;SAF=12;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333037;STB=0.50602;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00394325;OID=.;OPOS=105418344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:32:33:33:0.507692:21:12:12:18:21:12:12:20 chr14 105418391 . C T 272.49 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0057232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.056;QD=17.3012;RBI=0.0238186;REFB=-0.0192778;REVB=0.0231208;RO=30;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029828;STB=0.523794;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0282717;OID=.;OPOS=105418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:33:30:30:0.47619:15:15:14:16:15:15:15:18 chr14 105419724 . T A 482.65 PASS AF=0.547619;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0023646;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.264;QD=22.9835;RBI=0.00305795;REFB=-0.00315949;REVB=-0.00193901;RO=38;SAF=27;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149715;STB=0.575331;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00221857;OID=.;OPOS=105419724;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:45:46:0.547619:18:27:16:22:19:27:16:22 chr14 105420927 . A G 656.05 PASS AF=0.477124;AO=59;DP=138;FAO=73;FDP=153;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0034517;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4721;QD=17.1516;RBI=0.0123543;REFB=-0.0277224;REVB=0.0118623;RO=74;SAF=26;SAR=33;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594858;STB=0.557196;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0349036;OID=.;OPOS=105420927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:153:74:80:59:73:0.477124:33:26:37:37:46:27:38:42 chr14 105421050 . T G 282.56 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0281405;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6568;QD=17.1247;RBI=0.0599443;REFB=-0.00325876;REVB=0.0529285;RO=32;SAF=5;SAR=26;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210138;STB=0.660898;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00784197;OID=.;OPOS=105421050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:35:31:31:0.469697:26:5:10:22:26:5:13:22 chr14 105461067 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.528;QD=59.3229;RBI=0.018533;REFB=0;REVB=0.012292;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51853e-05;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr14 105478102 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.93;QD=63.2867;RBI=0.0453971;REFB=0;REVB=0.0386318;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013605;OID=.;OPOS=105478102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr14 105609335 . A G 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00531658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.19;QD=9.0923;RBI=0.0191363;REFB=7.71306e-06;REVB=-0.0183829;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812633;STB=0.549412;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00017682;OID=.;OPOS=105609335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:6:7:15:17:6:7:15:17 chr14 105611282 . A G 175.58 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00497793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.342;QD=16.3332;RBI=0.015793;REFB=-0.0136683;REVB=-0.014988;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687748;STB=0.503933;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0238218;OID=.;OPOS=105611282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:15:9:7:12:15:9 chr14 105617042 . C T 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00784451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.078;QD=24.7085;RBI=0.0153835;REFB=0.000874027;REVB=0.0132331;RO=17;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140112;STB=0.578242;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00042646;OID=.;OPOS=105617042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:16:7:8:9:16:7:8:9 chr14 105716034 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000823269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.253;QD=8.69789;RBI=0.0863482;REFB=-0.0189553;REVB=-0.0863443;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0392972;OID=.;OPOS=105716034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:6:8:4:3:6:8 chr14 105722726 . T C 200.14 PASS AF=0.588235;AO=15;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0253818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.353;QD=23.5453;RBI=0.027155;REFB=-0.0161864;REVB=0.00965174;RO=14;SAF=13;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298867;STB=0.503223;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.01872;OID=.;OPOS=105722726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:15:20:0.588235:2:13:9:5:7:13:9:5 chr14 105916420 . C T 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.473;QD=58.2357;RBI=0.0465243;REFB=0;REVB=0.0184993;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199605;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr14 105930406 . G A 295.76 PASS AF=0.52459;AO=30;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0167809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.243;QD=19.3943;RBI=0.0244445;REFB=-0.0192149;REVB=0.0177746;RO=29;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759857;STB=0.540958;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0227479;OID=.;OPOS=105930406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:30:32:0.52459:15:15:17:12:16:16:17:12 chr14 105935824 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.373;QD=61.6837;RBI=0.0556833;REFB=0;REVB=0.0543317;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407886;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr14 105953595 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0900069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.15;QD=42.1826;RBI=0.120573;REFB=0;REVB=-0.0802291;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00390369;OID=.;OPOS=105953595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr14 105962234 . T C 1011.9 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.67;QD=57.8226;RBI=0.0102746;REFB=-0.0241736;REVB=-0.000774668;RO=1;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165827;STB=0.508769;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=5.8268e-05;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:28:41:0:1:28:41:0:1 chr14 105962369 . A G 1287.97 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.798;QD=61.3318;RBI=0.0467719;REFB=0;REVB=-0.0454864;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73626e-05;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:46:37:0:0:47:37:0:0 chr14 105995534 . G A 125.38 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.031657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1855;QD=31.3454;RBI=0.211452;REFB=-0.117203;REVB=0.209069;RO=2;SAF=9;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902947;STB=0.571326;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0166915;OID=.;OPOS=105995534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:16:16:2:3:12:13:0.8125:3:9:2:0:4:9:3:0 chr14 106053491 . C T 1026.25 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000534459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.942;QD=59.4925;RBI=0.0231487;REFB=0;REVB=0.0231426;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94434e-05;OID=.;OPOS=106053491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr14 106053559 . A G 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000994724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.279;QD=42.1788;RBI=0.0013441;REFB=0;REVB=-0.000903946;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44372e-06;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr14 106053577 . A G 47.83 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8702;QD=31.8855;RBI=0.061759;REFB=0;REVB=0.0579925;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00819751;OID=.;OPOS=106053577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr14 106053975 . G A 1281.53 PASS AF=0.925532;AO=87;DP=94;FAO=87;FDP=94;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0101494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5692;QD=54.5333;RBI=0.0496837;REFB=-0.185163;REVB=0.048636;RO=5;SAF=28;SAR=59;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384776;STB=0.515431;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.016002;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:94:94:5:7:87:87:0.925532:59:28:0:5:59:28:1:6 chr14 106054568 . A G 2140.88 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.308;QD=62.9672;RBI=0.0191794;REFB=0;REVB=0.0179875;RO=0;SAF=56;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32677e-05;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:79:56:0:0:79:57:0:0 chr14 106066454 . T C 1591.31 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115263;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.856;QD=64.2952;RBI=0.0294052;REFB=0;REVB=0.0293826;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42946e-05;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr14 106066690 . A C 358.58 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000848494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.142;QD=55.1654;RBI=0.0258072;REFB=0;REVB=0.0257932;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07942e-05;OID=.;OPOS=106066690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:17:8:0:0:17:9:0:0 chr14 106067298 . T C 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.642;QD=59.6768;RBI=0.00915906;REFB=0;REVB=0.00317227;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24919e-05;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr14 106067958 . C T 4034.91 PASS AF=0.985019;AO=260;DP=274;FAO=263;FDP=267;FR=.;FRO=4;FSAF=95;FSAR=168;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0177066;FXX=0.0255465;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.875;QD=60.448;RBI=0.0194694;REFB=-0.101982;REVB=0.00809538;RO=1;SAF=93;SAR=167;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00284632;STB=0.501807;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=8.8863e-05;OID=.;OPOS=106067958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:274:267:1:4:260:263:0.985019:167:93:0:1:168:95:1:3 chr14 106090846 . T C 3088.78 PASS AF=1;AO=200;DP=203;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293285;FXX=0.0147776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.278;QD=61.7756;RBI=0.0383485;REFB=0;REVB=0.0247071;RO=0;SAF=93;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25367e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09871e-05;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:200:0:0:200:200:1:107:93:0:0:107:93:0:0 chr14 106090927 . G T 5534.28 PASS AF=1;AO=350;DP=352;FAO=354;FDP=354;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067499;FXX=0.00840313;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.066;QD=62.5343;RBI=0.00683613;REFB=0.0295865;REVB=0.00108239;RO=0;SAF=174;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9703e-05;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:352:354:0:0:350:354:1:176:174:0:0:180:174:0:0 chr14 106091329 . G C 4261.44 PASS AF=1;AO=272;DP=273;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109702;FXX=0.00366287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0082;QD=62.6682;RBI=0.0147999;REFB=-0.0900134;REVB=0.00993427;RO=0;SAF=127;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769344;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:273:272:0:0:272:272:1:145:127:0:0:145:127:0:0 chr14 106091504 . A G 1348.37 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00174264;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.372;QD=61.2895;RBI=0.00249082;REFB=-0.00136267;REVB=-0.00177972;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000252187;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:0:1:87:87:0.988636:38:49:0:0:38:49:0:1 chr14 106091555 . C T 1026.54 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.231;QD=59.5095;RBI=0.0601848;REFB=0;REVB=0.0428732;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123179;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:29:37:0:0:31:38:0:0 chr14 106091697 . T C,G 863.55 PASS AF=0.918033,0.0819672;AO=55,5;DP=60;FAO=56,5;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37,2;FSAR=19,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043377,0.0101699;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.163,156.721;QD=56.6263;RBI=0.0589389,0.0228696;REFB=0,0;REVB=0.0399028,-0.020484;RO=0;SAF=37,2;SAR=18,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.85968e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0065639,0.0164475;OID=.,.;OPOS=106091697,106091697;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:60:61:0:0:55,5:56,5:0.918033,0.0819672:18,3:37,2:0:0:19,3:37,2:0:0 chr14 106091743 . CA C,GC 797.97 PASS AF=1,0;AO=41,8;DP=49;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111241,-0.0733225;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=148.718,20.1578;QD=63.8377;RBI=0.0118073,0.0750598;REFB=0,0;REVB=0.00395831,-0.0160555;RO=0;SAF=25,8;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.1719e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00031198,0.0315025;OID=.,.;OPOS=106091744,106091743;OREF=A,CA;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:41,8:50,0:1,0:16,0:25,8:0:0:17,0:33,0:0:0 chr14 106092152 . G A 3276.17 PASS AF=0.986111;AO=212;DP=219;FAO=213;FDP=216;FR=.;FRO=3;FSAF=104;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00016928;FXX=0.018181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.278;QD=60.6699;RBI=0.0408474;REFB=-0.170395;REVB=0.040847;RO=2;SAF=104;SAR=108;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000168048;STB=0.502153;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00206364;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:219:216:2:3:212:213:0.986111:108:104:1:1:109:104:1:2 chr14 106109752 . A C 3630.41 PASS AF=1;AO=229;DP=234;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0635396;FXX=0.0213666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.604;QD=63.4132;RBI=0.0637024;REFB=0;REVB=0.00455094;RO=0;SAF=93;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324315;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:229:0:0:229:229:1:136:93:0:0:136:93:0:0 chr14 106110137 . C T 3706.33 PASS AF=1;AO=235;DP=236;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173053;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.466;QD=63.0864;RBI=0.037834;REFB=-0.0552646;REVB=0.0336443;RO=1;SAF=123;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121673;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:236:235:1:0:235:235:1:112:123:1:0:112:123:0:0 chr14 106110914 . G T 3852.55 PASS AF=0.976923;AO=254;DP=260;FAO=254;FDP=260;FR=.;FRO=6;FSAF=110;FSAR=144;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00885632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.348;QD=59.2699;RBI=0.0413577;REFB=-0.130661;REVB=0.0403983;RO=0;SAF=110;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502345;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000492835;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:260:260:0:6:254:254:0.976923:144:110:0:0:144:110:2:4 chr14 106173790 . A G 1115.62 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.768;QD=60.3039;RBI=0.0406055;REFB=0;REVB=-0.0351965;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380333;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr14 106188230 . C T 709.13 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.497;QD=63.0333;RBI=0.107456;REFB=0;REVB=-0.00195427;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270385;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:27:18:0:0 chr14 106204113 . C T 1492.08 PASS AF=0.954128;AO=104;DP=110;FAO=104;FDP=109;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0334044;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.078;QD=54.7553;RBI=0.0348404;REFB=-0.0224402;REVB=0.00989942;RO=0;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518793;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=8.39537e-05;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:110:109:0:5:104:104:0.954128:64:40:0:0:64:40:0:5 chr14 106207843 . T C 1207.27 PASS AF=0.942529;AO=82;DP=87;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.036241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.124;QD=55.5065;RBI=0.042834;REFB=-0.0230188;REVB=0.0228328;RO=5;SAF=49;SAR=33;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444673;STB=0.523529;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00146728;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:87:87:5:5:82:82:0.942529:33:49:1:4:33:49:1:4 chr14 106209119 . T C 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0282223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.11;QD=62.0197;RBI=0.0424275;REFB=0.049137;REVB=0.0316796;RO=1;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111544;STB=0.505881;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000270146;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:42:51:0:1:42:51:0:1 chr14 106209340 . T C,G 1278.26 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=79,3;DP=82;FAO=81,3;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=40,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196984,0.00305154;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.753,102.233;QD=60.8694;RBI=0.0403375,0.0264681;REFB=0,0;REVB=0.0352007,0.0262916;RO=0;SAF=40,0;SAR=39,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33478e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000234706,0.0616718;OID=.,.;OPOS=106209340,106209340;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:82:84:0:0:79,3:81,3:0.964286,0.0357143:39,3:40,0:0:0:40,3:41,0:0:0 chr14 106209362 . T C 69.34 PASS AF=0.131579;AO=15;DP=113;FAO=15;FDP=114;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.0242215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5669;QD=2.43312;RBI=0.0269811;REFB=-0.000708312;REVB=0.011887;RO=96;SAF=8;SAR=7;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106033;STB=0.559362;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00514879;OID=.;OPOS=106209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:113:114:96:99:15:15:0.131579:7:8:43:53:7:8:46:53 chr14 106209368 . G C 72.25 PASS AF=0.131148;AO=16;DP=122;FAO=16;FDP=122;FR=.;FRO=106;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=-0.0110128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.092;QD=2.36897;RBI=0.0283668;REFB=-0.00221256;REVB=-0.0261418;RO=104;SAF=10;SAR=6;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21378;STB=0.647591;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.025178;OID=.;OPOS=106209368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:122:122:104:106:16:16:0.131148:6:10:47:57:6:10:48:58 chr14 106209373 . T C 111.34 PASS AF=0.170732;AO=21;DP=123;FAO=21;FDP=123;FR=.;FRO=102;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0234479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.734;QD=3.62087;RBI=0.0252883;REFB=-0.0106487;REVB=-0.0094707;RO=102;SAF=11;SAR=10;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799927;STB=0.552074;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0550205;OID=.;OPOS=106209373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:102:102:21:21:0.170732:10:11:47:55:10:11:47:55 chr14 106237527 . AG AC,A 33.51 PASS AF=0,0.142857;AO=7,29;DP=98;FAO=0,14;FDP=98;FR=.;FRO=84;FSAF=0,1;FSAR=0,13;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.0855676,-0.18738;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=95.1095,12.5021;QD=1.36791;RBI=0.0974776,0.211093;REFB=-0.0127903,-0.156459;REVB=-0.0466911,-0.0972062;RO=57;SAF=7,8;SAR=0,21;SRF=20;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0.335196;SSSB=0.690838,-0.100796;STB=0.5,0.886796;STBP=1,0.007;TYPE=snp,del;VARB=0,0.196856;OID=.,.;OPOS=106237528,106237528;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.142857:7,29:98:0,14:98:84:0,1:0,13:36:48:35:57:7,8:0,21:20:37 chr14 106237624 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.029;QD=62.022;RBI=0.0302377;REFB=0;REVB=0.0208819;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121588;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:29:13:0:0 chr14 106237642 . T G 386.35 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0402331;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.681;QD=53.2897;RBI=0.0411246;REFB=0.0101833;REVB=-0.00851644;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000310392;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:0:1:15:13:0:1 chr14 106303846 . C T 771.43 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021774;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.45;QD=57.1428;RBI=0.0274839;REFB=0;REVB=0.0167707;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54123e-05;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr14 106307418 . G A 657.68 PASS AF=0.385;AO=77;DP=204;FAO=77;FDP=200;FR=.;FRO=123;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=67;FSRR=56;FWDB=0.00453499;FXX=0.0196069;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.955;QD=13.1535;RBI=0.0161177;REFB=-0.00997433;REVB=0.0154665;RO=121;SAF=32;SAR=45;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132226;STB=0.579529;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0121568;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:200:121:123:77:77:0.385:45:32:65:56:45:32:67:56 chr14 106321330 . G A 219.6 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=27;FWDB=0.0231781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6395;QD=17.568;RBI=0.0262807;REFB=-0.0228291;REVB=0.0123876;RO=28;SAF=6;SAR=16;SRF=1;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358753;STB=0.697169;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0391371;OID=.;OPOS=106321330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:16:6:1:27:16:6:1:27 chr14 106321590 . C A 1667.75 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0145088;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.898;QD=58.5175;RBI=0.0667545;REFB=-0.0132745;REVB=0.0651588;RO=1;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784784;STB=0.508195;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000166846;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:114:1:2:112:112:0.982456:60:52:0:1:60:52:0:2 chr14 106321663 . T C 616.25 PASS AF=0.571429;AO=59;DP=104;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0132551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.408;QD=23.476;RBI=0.0184707;REFB=-0.0300734;REVB=-0.0128635;RO=45;SAF=25;SAR=34;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699142;STB=0.541049;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.021856;OID=.;OPOS=106321663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:45:45:59:60:0.571429:34:25:23:22:35:25:23:22 chr14 106321913 . G A 582.87 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0539477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.12;QD=58.2872;RBI=0.0889376;REFB=-0.148511;REVB=0.0707074;RO=1;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176923;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0014955;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:1:1:39:39:0.975:26:13:0:1:26:13:0:1 chr14 106324349 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.120015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.012;QD=39.3176;RBI=0.131198;REFB=0.0120314;REVB=0.0530038;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100229;STB=0.555467;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00199637;OID=.;OPOS=106324349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:9:4:1:0:9:4:1:0 chr14 106329435 . T G 711.36 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0135332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0661;QD=52.6935;RBI=0.0137186;REFB=-0.0346397;REVB=-0.00224792;RO=2;SAF=25;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361964;STB=0.519223;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0019027;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:27:25:2:0:27:25:2:0 chr14 106329451 . GTA ACC,GCC 717.02 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=44,2;DP=47;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425057,-0.0444277;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=176.137,75.88;QD=62.3492;RBI=0.0265493,0.0473882;REFB=0,0;REVB=0.0262069,0.016487;RO=0;SAF=20,2;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.30465e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00302176,0.00317566;OID=.,.;OPOS=106329451,106329452;OREF=GTA,TA;OALT=ACC,CC;OMAPALT=ACC,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:46:0:0:44,2:44,2:0.956522,0.0434783:24,0:20,2:0:0:24,0:20,2:0:0 chr14 106346915 . C A 2379.52 PASS AF=0.447602;AO=252;DP=573;FAO=252;FDP=563;FR=.;FRO=311;FSAF=143;FSAR=109;FSRF=165;FSRR=146;FWDB=-0.0112486;FXX=0.0174517;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0206;QD=16.906;RBI=0.0147706;REFB=0.00762343;REVB=0.00957297;RO=302;SAF=143;SAR=109;SRF=165;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211696;STB=0.520652;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0056024;OID=.;OPOS=106346915;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:573:563:302:311:252:252:0.447602:109:143:165:137:109:143:165:146 chr14 106350696 . A G 2595.58 PASS AF=0.496169;AO=259;DP=522;FAO=259;FDP=522;FR=.;FRO=263;FSAF=104;FSAR=155;FSRF=127;FSRR=136;FWDB=0.00587847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.807;QD=19.8895;RBI=0.0184419;REFB=4.94023e-05;REVB=-0.0174799;RO=263;SAF=104;SAR=155;SRF=127;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765415;STB=0.54193;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-5.51763e-05;OID=.;OPOS=106350696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:522:522:263:263:259:259:0.496169:155:104:127:136:155:104:127:136 chr14 106370603 . G C 1231.17 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0883825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8715;QD=60.0571;RBI=0.0889095;REFB=-0.0645431;REVB=-0.00966553;RO=1;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014132;STB=0.507461;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00817617;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:33:48:0:1:33:48:0:1 chr14 106385332 . G C 865.45 PASS AF=0.544218;AO=80;DP=147;FAO=80;FDP=147;FR=.;FRO=67;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.00951735;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2802;QD=23.5496;RBI=0.0146463;REFB=-0.0159046;REVB=-0.0111326;RO=66;SAF=43;SAR=37;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446077;STB=0.527385;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.01315;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:66:67:80:80:0.544218:37:43:39:27:37:43:40:27 chr14 106436780 . A G,T 748.96 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=46,2;DP=48;FAO=45,3;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671877,0.00500033;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.491,111.869;QD=62.413;RBI=0.0172593,0.00623316;REFB=0,0;REVB=0.0158978,0.00372143;RO=0;SAF=29,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00409379,0.0312493;OID=.,.;OPOS=106436780,106436780;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:48:0:0:46,2:45,3:0.9375,0.0625:17,2:29,0:0:0:16,3:29,0:0:0 chr14 106437036 . TCATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690071;FXX=0;HRUN=1;LEN=38;MLLD=1302.59;QD=33.4285;RBI=0.00908775;REFB=0;REVB=0.00591333;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.59581e-05;OID=.;OPOS=106437037;OREF=CATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:6:6:6:0:1:5:0:0:4:0:1:5:0:0 chr14 106452690 . G A,C 533.51 PASS AF=0.921053,0.0526316;AO=35,2;DP=38;FAO=35,2;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265729,0.0345099;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=100.613,22.5365;QD=56.1594;RBI=0.0318792,0.0656028;REFB=0.165732,0.123148;REVB=0.0176114,0.0557924;RO=1;SAF=23,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0373832,0.697199;STB=0.519988,0.993266;STBP=0.259,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0107082,0.0456797;OID=.,.;OPOS=106452690,106452690;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:1:1:35,2:35,2:0.921053,0.0526316:12,0:23,2:0:1:12,0:23,2:0:1 chr14 106452817 . A G 1011.74 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460564;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9925;QD=59.5141;RBI=0.0487243;REFB=0;REVB=-0.0159017;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153673;OID=.;OPOS=106452817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr14 106471268 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7723;QD=62.0214;RBI=0.0328644;REFB=0;REVB=-0.0104852;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197565;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr14 106471273 . C T 676.12 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.056308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5606;QD=60.0994;RBI=0.0664643;REFB=0.0307297;REVB=0.0353116;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.51219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000682739;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:1:0:24:20:1:0 chr14 106471353 . C T 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6483;QD=59.1416;RBI=0.050642;REFB=0;REVB=-0.0435047;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000602125;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr14 106471388 . C A 976.29 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184376;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.673;QD=59.1688;RBI=0.0306991;REFB=0;REVB=0.0245456;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37288e-06;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr14 106471410 . T C 48.14 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0237695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3638;QD=2.53374;RBI=0.027971;REFB=-0.00165651;REVB=-0.0147441;RO=64;SAF=4;SAR=6;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660839;STB=0.561373;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0118265;OID=.;OPOS=106471410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:74:76:64:66:10:10:0.131579:6:4:29:35:6:4:31:35 chr14 106471417 . G A 42.46 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0122522;FXX=0.0133316;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.853;QD=2.29501;RBI=0.0181405;REFB=-0.00356963;REVB=0.0133777;RO=59;SAF=3;SAR=6;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155431;STB=0.603537;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0288762;OID=.;OPOS=106471417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:68:74:59:65:9:9:0.121622:6:3:27:32:6:3:29:36 chr14 106471426 . G T 48.87 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00489243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.212;QD=2.60635;RBI=0.016594;REFB=-0.0011625;REVB=0.0158564;RO=65;SAF=4;SAR=6;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038558;STB=0.527417;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0092009;OID=.;OPOS=106471426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:65:65:10:10:0.133333:6:4:28:37:6:4:28:37 chr14 106471437 . G T 63.61 PASS AF=0.162162;AO=11;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0118684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.634;QD=3.43814;RBI=0.0121901;REFB=-0.00530009;REVB=-0.00278205;RO=62;SAF=5;SAR=6;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163982;STB=0.543306;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0395423;OID=.;OPOS=106471437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:74:74:62:62:11:12:0.162162:6:5:29:33:7:5:29:33 chr14 106471509 . C A 40.51 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0462397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.044;QD=3.44731;RBI=0.0469253;REFB=0.0126698;REVB=0.00799235;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20393;STB=0.642467;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0611504;OID=.;OPOS=106471509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:4:3:24:16:4:3:24:16 chr14 106471515 . C A 33.45 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0222925;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.534;QD=3.04097;RBI=0.0224939;REFB=-0.00928402;REVB=0.00300363;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369956;STB=0.74212;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0554569;OID=.;OPOS=106471515;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:44:35:38:6:6:0.136364:4:2:23:12:4:2:24:14 chr14 106471528 . C A 517.82 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0747542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0455;QD=54.5077;RBI=0.115051;REFB=-0.0985982;REVB=-0.0874562;RO=2;SAF=24;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374231;STB=0.519989;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00672701;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:12:24:2:0:12:24:2:0 chr14 106471534 . A C,G 520.09 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,33;DP=36;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501564,0.0106042;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=223.627,59.7726;QD=56.2261;RBI=0.019884,0.0898516;REFB=-0.106545,0.00296204;REVB=0.0192411,0.0892237;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0426939,-0.00170587;OID=.,.;OPOS=106471534,106471534;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:37:0:0:2,33:2,35:0.0540541,0.945946:0,10:2,23:0:0:0,12:2,23:0:0 chr14 106471547 . A G 464.45 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00841392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2059;QD=58.056;RBI=0.132764;REFB=0;REVB=0.132497;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122163;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:10:21:0:0:11:21:0:0 chr14 106471685 . G A 1044.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.535;QD=59.6801;RBI=0.0481239;REFB=0;REVB=0.0370431;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04074e-05;OID=.;OPOS=106471685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:46:23:0:0:47:23:0:0 chr14 106478113 . C G 81.75 PASS AF=0.323529;AO=9;DP=32;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.169398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6624;QD=9.61722;RBI=0.176232;REFB=-0.00892686;REVB=-0.0486014;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35632;STB=0.749559;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0412298;OID=.;OPOS=106478113;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:32:34:23:23:9:11:0.323529:3:6:8:15:3:8:8:15 chr14 106478120 . T C 35.55 PASS AF=0.2;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0176029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9035;QD=4.73938;RBI=0.0185938;REFB=-0.0265193;REVB=-0.00598887;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270373;STB=0.695018;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0396846;OID=.;OPOS=106478120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:29:30:23:24:6:6:0.2:4:2:13:10:4:2:14:10 chr14 106478137 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0377929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.731;QD=7.4643;RBI=0.0406589;REFB=-0.00411277;REVB=0.0149948;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602758;STB=0.875397;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0241478;OID=.;OPOS=106478137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:6:1:12:5:6:1:12:5 chr14 106478401 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.852;QD=58.5878;RBI=0.0162238;REFB=0;REVB=-0.00767765;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16482e-05;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr14 106478513 . C G 1048.06 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0602839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.748;QD=58.2257;RBI=0.0604076;REFB=-0.073292;REVB=0.00386473;RO=1;SAF=16;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00852186;STB=0.504503;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00151125;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:55:16:0:1:55:16:0:1 chr14 106478556 . T C 812.49 PASS AF=1;AO=54;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0471;QD=56.0338;RBI=0.108982;REFB=0;REVB=0.0946834;RO=1;SAF=8;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00638884;OID=.;OPOS=106478556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:58:1:0:54:58:1:46:8:0:1:49:9:0:0 chr14 106518418 . A G 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0100515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.374;QD=26.372;RBI=0.0231447;REFB=-0.00290616;REVB=0.0208482;RO=15;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143044;STB=0.55259;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00125901;OID=.;OPOS=106518418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:16:24:24:0.6:7:17:13:2:7:17:13:3 chr14 106518848 . T C 159.52 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.104325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9216;QD=17.7241;RBI=0.104499;REFB=0.00136211;REVB=0.006026;RO=19;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206349;STB=0.618896;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00449487;OID=.;OPOS=106518848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:4:13:11:8:4:13:11:8 chr14 106573311 . C T 130.52 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00268401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.626;QD=7.35304;RBI=0.0107104;REFB=-0.0143528;REVB=-0.0103686;RO=52;SAF=8;SAR=11;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261886;STB=0.515868;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0326762;OID=.;OPOS=106573311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:11:8:23:29:11:8:23:29 chr14 106573352 . A T 161.18 PASS AF=0.328947;AO=22;DP=73;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0407956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.471;QD=8.4831;RBI=0.0601266;REFB=-0.0425253;REVB=0.0441693;RO=51;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208757;STB=0.57227;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.10666;OID=.;OPOS=106573352;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:51:51:22:25:0.328947:9:13:21:30:12:13:21:30 chr14 106573354 . A G 193.75 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0242908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0234;QD=10.1974;RBI=0.0283579;REFB=0.0103351;REVB=0.0146331;RO=51;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123861;STB=0.57227;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0188754;OID=.;OPOS=106573354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:12:13:21:30:12:13:21:30 chr14 106573357 . GT TA 193.87 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0371446;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=59.6048;QD=10.2037;RBI=0.0379928;REFB=-0.0169343;REVB=0.0079828;RO=51;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123861;STB=0.57227;STBP=0.386;TYPE=mnp;VARB=0.0323965;OID=.;OPOS=106573357;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:12:13:21:30:12:13:21:30 chr14 106573364 . C T 192.99 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.000520555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.418;QD=10.0255;RBI=0.0143789;REFB=-0.004673;REVB=-0.0143695;RO=52;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133561;STB=0.578015;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00930663;OID=.;OPOS=106573364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:12:13:21:31:12:13:21:31 chr14 106586259 . T G 184.1 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.000538613;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.02;QD=11.5062;RBI=0.0172037;REFB=-0.0220674;REVB=0.0171953;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198452;STB=0.61446;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0432948;OID=.;OPOS=106586259;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:11:12:14:27:11:12:14:27 chr14 106641761 . A G 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0130465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.895;QD=18.1942;RBI=0.0152817;REFB=-0.00818467;REVB=-0.00795731;RO=36;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103518;STB=0.557755;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0068919;OID=.;OPOS=106641761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:18:16:21:15:18:16:21:15 chr14 106780541 . A G 55.61 PASS AF=0.0946746;AO=16;DP=169;FAO=16;FDP=169;FR=.;FRO=153;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=82;FSRR=71;FWDB=-0.0444101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.054;QD=1.31631;RBI=0.0540743;REFB=-0.00113587;REVB=-0.0308507;RO=153;SAF=7;SAR=9;SRF=82;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116023;STB=0.588428;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0247511;OID=.;OPOS=106780541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:169:169:153:153:16:16:0.0946746:9:7:82:71:9:7:82:71 chr14 106780586 . G C 101.97 PASS AF=0.116592;AO=26;DP=222;FAO=26;FDP=223;FR=.;FRO=197;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=94;FSRR=103;FWDB=-0.0383454;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.694;QD=1.82911;RBI=0.0436658;REFB=-0.00347328;REVB=-0.0208885;RO=195;SAF=12;SAR=14;SRF=92;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128191;STB=0.51384;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0614123;OID=.;OPOS=106780586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:195:197:26:26:0.116592:14:12:92:103:14:12:94:103 chr14 106780597 . C T 142.82 PASS AF=0.137339;AO=32;DP=227;FAO=32;FDP=233;FR=.;FRO=201;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=100;FSRR=101;FWDB=0.0069402;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.34;QD=2.45188;RBI=0.0699688;REFB=-0.011248;REVB=-0.0696237;RO=193;SAF=16;SAR=16;SRF=98;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00991207;STB=0.502145;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0660408;OID=.;OPOS=106780597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:233:193:201:32:32:0.137339:16:16:98:95:16:16:100:101 chr14 106780647 . A G 123.96 PASS AF=0.130631;AO=29;DP=218;FAO=29;FDP=222;FR=.;FRO=193;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=88;FSRR=105;FWDB=-0.0210904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.325;QD=2.23359;RBI=0.0309159;REFB=-0.00306209;REVB=-0.022605;RO=189;SAF=15;SAR=14;SRF=87;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072012;STB=0.553109;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0207913;OID=.;OPOS=106780647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:222:189:193:29:29:0.130631:14:15:87:102:14:15:88:105 chr14 106780672 . T G 34.91 PASS AF=0.0740741;AO=12;DP=163;FAO=12;FDP=162;FR=.;FRO=150;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=92;FWDB=-0.000723702;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.022;QD=0.862068;RBI=0.0106197;REFB=0.000413753;REVB=0.010595;RO=150;SAF=2;SAR=10;SRF=59;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284468;STB=0.745807;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00767782;OID=.;OPOS=106780672;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:163:162:150:150:12:12:0.0740741:10:2:59:91:10:2:58:92 chr14 106780786 . C G 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0243971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2075;QD=3.67711;RBI=0.0767589;REFB=-0.00160409;REVB=-0.0727785;RO=44;SAF=6;SAR=2;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403049;STB=0.777114;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00255647;OID=.;OPOS=106780786;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:2:6:18:26:2:6:18:26 chr14 106780803 . C G 141.73 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0273318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4903;QD=8.09879;RBI=0.0295028;REFB=-0.031792;REVB=-0.0111083;RO=50;SAF=12;SAR=8;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120322;STB=0.572181;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0875811;OID=.;OPOS=106780803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:50:20:20:0.285714:8:12:25:25:8:12:25:25 chr14 106780816 . CA C,CC 967.29 PASS AF=0.0151515,0.984848;AO=19,46;DP=65;FAO=1,65;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=1,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113063,0.117549;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.45,217.168;QD=58.6235;RBI=0.113169,0.117909;REFB=0,0;REVB=0.00488323,0.00920635;RO=0;SAF=15,20;SAR=4,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.00629e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00989908,0.00281995;OID=.,.;OPOS=106780817,106780817;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0151515,0.984848:19,46:65:1,65:66:0:0,35:1,30:0:0:3:0:15,20:4,26:0:0 chr14 106791006 . C T 1380.26 PASS AF=0.529412;AO=131;DP=252;FAO=135;FDP=255;FR=.;FRO=120;FSAF=80;FSAR=55;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=0.00847424;FXX=0.0116275;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.077;QD=21.6511;RBI=0.0194218;REFB=-0.0219398;REVB=-0.0174755;RO=121;SAF=76;SAR=55;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530873;STB=0.532536;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0218632;OID=.;OPOS=106791006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:255:121:120:131:135:0.529412:55:76:63:58:55:80:63:57 chr14 106791119 . A G 1751.52 PASS AF=0.474801;AO=178;DP=376;FAO=179;FDP=377;FR=.;FRO=198;FSAF=107;FSAR=72;FSRF=85;FSRR=113;FWDB=0.0293976;FXX=0.00264543;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.498;QD=18.5838;RBI=0.0300061;REFB=-0.0182145;REVB=-0.00601226;RO=195;SAF=106;SAR=72;SRF=84;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157121;STB=0.588794;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0168022;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:377:195:198:178:179:0.474801:72:106:84:111:72:107:85:113 chr14 106791131 . A G 1027.53 PASS AF=0.345109;AO=127;DP=369;FAO=127;FDP=368;FR=.;FRO=241;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=109;FSRR=132;FWDB=0.0334216;FXX=0.00270995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.247;QD=11.1688;RBI=0.0334216;REFB=-0.0129606;REVB=-2.7255e-05;RO=241;SAF=71;SAR=56;SRF=109;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122601;STB=0.569735;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0255153;OID=.;OPOS=106791131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:368:241:241:127:127:0.345109:56:71:109:132:56:71:109:132 chr14 106791200 . GC AG 1044.13 PASS AF=0.512195;AO=105;DP=205;FAO=105;FDP=205;FR=.;FRO=100;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=65;FWDB=-0.00786696;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=271.256;QD=20.3732;RBI=0.0122016;REFB=-0.0206878;REVB=-0.00932684;RO=100;SAF=57;SAR=48;SRF=35;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17038;STB=0.59324;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=0.017895;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:100:100:105:105:0.512195:48:57:35:65:48:57:35:65 chr14 106805212 . C G 1329.76 PASS AF=0.584906;AO=115;DP=206;FAO=124;FDP=212;FR=.;FRO=88;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.0860276;FXX=0.0139528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4558;QD=25.0898;RBI=0.0872514;REFB=-0.0524385;REVB=0.0145626;RO=90;SAF=61;SAR=54;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00234797;STB=0.504618;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0212756;OID=.;OPOS=106805212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:212:90:88:115:124:0.584906:54:61:48:42:55:69:48:40 chr14 106805236 . C T 1808.92 PASS AF=0.560656;AO=171;DP=305;FAO=171;FDP=305;FR=.;FRO=134;FSAF=90;FSAR=81;FSRF=74;FSRR=60;FWDB=0.00593275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.59;QD=23.7235;RBI=0.00827436;REFB=-0.0372489;REVB=0.0057678;RO=125;SAF=90;SAR=81;SRF=70;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263746;STB=0.511433;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0232469;OID=.;OPOS=106805236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:125:134:171:171:0.560656:81:90:70:55:81:90:74:60 chr14 106805278 . A G 2728.44 PASS AF=0.543158;AO=258;DP=474;FAO=258;FDP=475;FR=.;FRO=217;FSAF=125;FSAR=133;FSRF=97;FSRR=120;FWDB=0.00451995;FXX=0.00419278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.679;QD=22.9763;RBI=0.0178179;REFB=-0.0125768;REVB=-0.0172351;RO=214;SAF=125;SAR=133;SRF=94;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378586;STB=0.517161;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00621687;OID=.;OPOS=106805278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:474:475:214:217:258:258:0.543158:133:125:94:120:133:125:97:120 chr14 106805299 . A G 65.87 PASS AF=0.0629371;AO=36;DP=570;FAO=36;FDP=572;FR=.;FRO=536;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=247;FSRR=289;FWDB=0.000128726;FXX=0.00348426;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.039;QD=0.460659;RBI=0.000877516;REFB=-0.00173201;REVB=-0.000868023;RO=534;SAF=10;SAR=26;SRF=245;SRR=289;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200988;STB=0.679514;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0238983;OID=.;OPOS=106805299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:570:572:534:536:36:36:0.0629371:26:10:245:289:26:10:247:289 chr14 106805341 . G A 211.37 PASS AF=0.103339;AO=65;DP=629;FAO=65;FDP=629;FR=.;FRO=564;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=275;FSRR=289;FWDB=-0.0448621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.226;QD=1.34417;RBI=0.0453415;REFB=-0.00174343;REVB=0.00657566;RO=560;SAF=25;SAR=40;SRF=272;SRR=288;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126058;STB=0.593296;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0189718;OID=.;OPOS=106805341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:629:629:560:564:65:65:0.103339:40:25:272:288:40:25:275:289 chr14 106805343 . A G 206.76 PASS AF=0.102564;AO=64;DP=622;FAO=64;FDP=624;FR=.;FRO=560;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=273;FSRR=287;FWDB=-0.00481798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5795;QD=1.32537;RBI=0.0198976;REFB=0.00021761;REVB=-0.0193054;RO=558;SAF=25;SAR=39;SRF=272;SRR=286;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120325;STB=0.587773;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00238396;OID=.;OPOS=106805343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:622:624:558:560:64:64:0.102564:39:25:272:286:39:25:273:287 chr14 106805380 . GT GG,TG 3322.54 PASS AF=0.488798,0.142566;AO=220,70;DP=490;FAO=240,70;FDP=491;FR=.;FRO=181;FSAF=85,30;FSAR=155,40;FSRF=83;FSRR=98;FWDB=0.0344553,-0.0854872;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=281.133,36.3948;QD=27.0676;RBI=0.0344917,0.0858554;REFB=-0.016253,-0.0190307;REVB=-0.001583,-0.00794253;RO=179;SAF=71,30;SAR=149,40;SRF=82;SRR=97;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.121602,-0.0366844;STB=0.547688,0.521934;STBP=0.029,0.625;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0155204,0.0411221;OID=.,.;OPOS=106805381,106805380;OREF=T,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:490:491:179:181:220,70:240,70:0.488798,0.142566:149,40:71,30:82:97:155,40:85,30:83:98 chr14 106805386 . G C 334.28 PASS AF=0.148374;AO=73;DP=491;FAO=73;FDP=492;FR=.;FRO=419;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=167;FSRR=252;FWDB=-0.0457234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9318;QD=2.71769;RBI=0.0678706;REFB=0.000547628;REVB=0.0501576;RO=416;SAF=30;SAR=43;SRF=165;SRR=251;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192394;STB=0.510938;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00261386;OID=.;OPOS=106805386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:491:492:416:419:73:73:0.148374:43:30:165:251:43:30:167:252 chr14 106805395 . G A 1074.19 PASS AF=0.301255;AO=143;DP=477;FAO=144;FDP=478;FR=.;FRO=334;FSAF=47;FSAR=97;FSRF=148;FSRR=186;FWDB=-0.0321968;FXX=0.00208764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.381;QD=8.98908;RBI=0.0324907;REFB=-0.00460443;REVB=0.00435991;RO=332;SAF=47;SAR=96;SRF=147;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146501;STB=0.587118;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0167422;OID=.;OPOS=106805395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:477:478:332:334:143:144:0.301255:96:47:147:185:97:47:148:186 chr14 106805402 . T G 426.98 PASS AF=0.173278;AO=83;DP=477;FAO=83;FDP=479;FR=.;FRO=396;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=163;FSRR=233;FWDB=-0.0390092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.363;QD=3.56558;RBI=0.0405813;REFB=0.00442953;REVB=-0.0111858;RO=394;SAF=35;SAR=48;SRF=162;SRR=232;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140632;STB=0.508556;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.0155867;OID=.;OPOS=106805402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:477:479:394:396:83:83:0.173278:48:35:162:232:48:35:163:233 chr14 106805408 . C T 1017.58 PASS AF=0.294872;AO=138;DP=465;FAO=138;FDP=468;FR=.;FRO=330;FSAF=50;FSAR=88;FSRF=146;FSRR=184;FWDB=0.0130919;FXX=0.00425523;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.138;QD=8.69728;RBI=0.0166922;REFB=-0.00277764;REVB=0.0103553;RO=327;SAF=50;SAR=88;SRF=144;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098967;STB=0.55912;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00488456;OID=.;OPOS=106805408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:465:468:327:330:138:138:0.294872:88:50:144:183:88:50:146:184 chr14 106805439 . TA CG,TG 5869.15 PASS AF=0.217617,0.782383;AO=84,298;DP=386;FAO=84,302;FDP=386;FR=.;FRO=0;FSAF=38,124;FSAR=46,178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402972,0.0143525;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=70.9856,136.318;QD=60.8202;RBI=0.00425949,0.0163692;REFB=0,0;REVB=-0.00138008,0.00787131;RO=0;SAF=38,124;SAR=46,174;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-2.981e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00669999,0.000481267;OID=.,.;OPOS=106805439,106805440;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:386:386:0:0:84,298:84,302:0.217617,0.782383:46,174:38,124:0:0:46,178:38,124:0:0 chr14 106805481 . G A 150.17 PASS AF=0.151961;AO=30;DP=205;FAO=31;FDP=204;FR=.;FRO=173;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=89;FSRR=84;FWDB=0.010418;FXX=0.00487781;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.113;QD=2.94451;RBI=0.02511;REFB=-0.00534286;REVB=-0.0228468;RO=173;SAF=10;SAR=20;SRF=89;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232726;STB=0.636044;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0371721;OID=.;OPOS=106805481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:173:173:30:31:0.151961:20:10:89:84:20:11:89:84 chr14 106805485 . C G 101.79 PASS AF=0.125;AO=24;DP=192;FAO=24;FDP=192;FR=.;FRO=168;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=87;FSRR=81;FWDB=0.0290269;FXX=0.00518108;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6886;QD=2.12071;RBI=0.042897;REFB=0.00509304;REVB=-0.0315847;RO=168;SAF=10;SAR=14;SRF=87;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126539;STB=0.588315;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0298705;OID=.;OPOS=106805485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:168:168:24:24:0.125:14:10:87:81:14:10:87:81 chr14 106805508 . G A 2353.24 PASS AF=0.95858;AO=160;DP=169;FAO=162;FDP=169;FR=.;FRO=7;FSAF=75;FSAR=87;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00132113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.7818;QD=55.6981;RBI=0.0169545;REFB=-0.105686;REVB=0.016903;RO=6;SAF=75;SAR=85;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00934543;STB=0.504514;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00248287;OID=.;OPOS=106805508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:169:169:6:7:160:162:0.95858:85:75:2:4:87:75:4:3 chr14 106845487 . C G 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0358366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.816;QD=15.7907;RBI=0.0364114;REFB=0.00179842;REVB=-0.00644401;RO=38;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118418;STB=0.558786;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00229483;OID=.;OPOS=106845487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:15:16:15:23:15:16:16:23 chr14 106866427 . G A 95.21 PASS AF=0.140845;AO=20;DP=142;FAO=20;FDP=142;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=69;FWDB=-0.0173413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.799;QD=2.68192;RBI=0.0173607;REFB=-0.00441973;REVB=-0.00082079;RO=122;SAF=7;SAR=13;SRF=53;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110883;STB=0.575993;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0422273;OID=.;OPOS=106866427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:142:142:122:122:20:20:0.140845:13:7:53:69:13:7:53:69 chr14 106866434 . C T 127.73 PASS AF=0.159236;AO=25;DP=153;FAO=25;FDP=157;FR=.;FRO=132;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=79;FWDB=-0.0382533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.2038;QD=3.25428;RBI=0.119507;REFB=-0.0122116;REVB=-0.113219;RO=128;SAF=11;SAR=14;SRF=52;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441178;STB=0.533064;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0586775;OID=.;OPOS=106866434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:157:128:132:25:25:0.159236:14:11:52:76:14:11:53:79 chr14 106866449 . T C 210.97 PASS AF=0.20339;AO=36;DP=177;FAO=36;FDP=177;FR=.;FRO=141;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=89;FWDB=0.0110831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4385;QD=4.76761;RBI=0.0121544;REFB=-0.0135919;REVB=-0.00498955;RO=141;SAF=20;SAR=16;SRF=52;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236459;STB=0.64568;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0332537;OID=.;OPOS=106866449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:141:141:36:36:0.20339:16:20:52:89:16:20:52:89 chr14 106866465 . A G 317.03 PASS AF=0.242268;AO=47;DP=196;FAO=47;FDP=194;FR=.;FRO=147;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=96;FWDB=0.00943347;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.927;QD=6.53668;RBI=0.0257888;REFB=-0.00698424;REVB=-0.0240015;RO=146;SAF=30;SAR=17;SRF=50;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359386;STB=0.711056;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0312111;OID=.;OPOS=106866465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:146:147:47:47:0.242268:17:30:50:96:17:30:51:96 chr14 106866565 . C A 468.22 PASS AF=0.304348;AO=63;DP=201;FAO=63;FDP=207;FR=.;FRO=144;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=94;FWDB=-0.0311863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.039;QD=9.04773;RBI=0.0395219;REFB=-0.0217276;REVB=0.0242775;RO=138;SAF=40;SAR=23;SRF=45;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354609;STB=0.693275;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0277333;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:207:138:144:63:63:0.304348:23:40:45:93:23:40:50:94 chr14 106866588 . T C 546.56 PASS AF=0.362637;AO=66;DP=182;FAO=66;FDP=182;FR=.;FRO=116;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=74;FWDB=0.016457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.599;QD=12.0123;RBI=0.0214389;REFB=-0.0191592;REVB=-0.0137402;RO=114;SAF=44;SAR=22;SRF=42;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328243;STB=0.690591;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0288094;OID=.;OPOS=106866588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:114:116:66:66:0.362637:22:44:42:72:22:44:42:74 chr14 106866654 . T C 265.32 PASS AF=0.336735;AO=29;DP=94;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00751768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.276;QD=10.8293;RBI=0.00775776;REFB=-0.00255506;REVB=0.00191501;RO=64;SAF=18;SAR=11;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143872;STB=0.609861;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00844753;OID=.;OPOS=106866654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:64:65:29:33:0.336735:11:18:32:32:11:22:33:32 chr14 106866668 . C A 297.43 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00149651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.455;QD=13.3676;RBI=0.00265239;REFB=-0.0101383;REVB=-0.00218989;RO=55;SAF=23;SAR=11;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151311;STB=0.586765;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0163081;OID=.;OPOS=106866668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:11:23:30:25:11:23:30:25 chr14 106866675 . C G 221.59 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0357642;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.1424;QD=10.1879;RBI=0.0365147;REFB=-0.000804642;REVB=0.00736512;RO=56;SAF=19;SAR=9;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132136;STB=0.575189;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00115308;OID=.;OPOS=106866675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:59:28:28:0.321839:9:19:32:24:9:19:34:25 chr14 106866810 . C T 115.42 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=0.0017408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.048;QD=5.84422;RBI=0.0320753;REFB=-0.00202352;REVB=-0.032028;RO=61;SAF=13;SAR=5;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965026;STB=0.560461;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0120147;OID=.;OPOS=106866810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:61:61:18:18:0.227848:5:13:40:21:5:13:40:21 chr14 106866822 . C G 104.21 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.0012173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.17;QD=5.08317;RBI=0.0103316;REFB=-0.0097795;REVB=0.0102597;RO=65;SAF=11;SAR=6;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200182;STB=0.512643;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0198991;OID=.;OPOS=106866822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:65:65:17:17:0.207317:6:11:43:22:6:11:43:22 chr14 106866865 . G C 30.3 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0533819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7696;QD=1.68352;RBI=0.053439;REFB=-0.003244;REVB=0.00246868;RO=64;SAF=5;SAR=2;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166043;STB=0.640605;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0167177;OID=.;OPOS=106866865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:64:65:7:7:0.0972222:2:5:37:27:2:5:37:28 chr14 106877390 . C G 1685.28 PASS AF=0.556738;AO=157;DP=284;FAO=157;FDP=282;FR=.;FRO=125;FSAF=93;FSAR=64;FSRF=73;FSRR=52;FWDB=-0.00114873;FXX=0.00704201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.747;QD=23.9047;RBI=0.0182889;REFB=-0.0230794;REVB=0.0182528;RO=124;SAF=93;SAR=64;SRF=73;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306482;STB=0.503829;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0139258;OID=.;OPOS=106877390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:282:124:125:157:157:0.556738:64:93:73:51:64:93:73:52 chr14 106877445 . C T 1964.71 PASS AF=0.564815;AO=183;DP=323;FAO=183;FDP=324;FR=.;FRO=141;FSAF=109;FSAR=74;FSRF=76;FSRR=65;FWDB=0.0111981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6563;QD=24.2557;RBI=0.0340924;REFB=-0.0279833;REVB=-0.0322008;RO=139;SAF=109;SAR=74;SRF=75;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045858;STB=0.525326;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0313903;OID=.;OPOS=106877445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:324:139:141:183:183:0.564815:74:109:75:64:74:109:76:65 chr14 106877447 . A ATGATCT 1861.33 PASS AF=0.555556;AO=173;DP=317;FAO=175;FDP=315;FR=.;FRO=140;FSAF=104;FSAR=71;FSRF=75;FSRR=65;FWDB=0.0169444;FXX=0.0277769;HRUN=0;LEN=6;MLLD=287.88;QD=23.6359;RBI=0.0407885;REFB=-0.0154133;REVB=0.0371024;RO=133;SAF=102;SAR=71;SRF=68;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639734;STB=0.526716;STBP=0.291;TYPE=ins;VARB=0.0126899;OID=.;OPOS=106877448;OREF=-;OALT=TGATCT;OMAPALT=ATGATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:173:317:175:315:140:104:71:75:65:99:133:102:71:68:65 chr14 106877519 . A G 1595.75 PASS AF=0.673469;AO=132;DP=196;FAO=132;FDP=196;FR=.;FRO=64;FSAF=82;FSAR=50;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0242818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.028;QD=32.5664;RBI=0.0247385;REFB=-0.0166368;REVB=0.00473137;RO=63;SAF=82;SAR=50;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10012;STB=0.551562;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00960958;OID=.;OPOS=106877519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:63:64:132:132:0.673469:50:82:29:34:50:82:30:34 chr14 106877535 . C G 353.61 PASS AF=0.306122;AO=45;DP=148;FAO=45;FDP=147;FR=.;FRO=102;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=0.0158467;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.432;QD=9.6221;RBI=0.0381618;REFB=-0.0377793;REVB=-0.0347161;RO=101;SAF=36;SAR=9;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307945;STB=0.679911;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0874745;OID=.;OPOS=106877535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:101:102:45:45:0.306122:9:36:59:42:9:36:60:42 chr14 106877551 . A C 421.02 PASS AF=0.5;AO=42;DP=94;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0336572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.6603;QD=15.8874;RBI=0.0344526;REFB=-0.108636;REVB=0.00736031;RO=50;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353175;STB=0.538785;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0970046;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:106:50:53:42:53:0.5:20:22:28:22:21:32:28:25 chr14 106877555 . CC CG,GT 509.65 PASS AF=0.474359,0.141026;AO=37,9;DP=92;FAO=37,11;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=18,9;FSAR=19,2;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00377269,-0.0037944;FXX=0.195856;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=127.447,90.435;QD=26.1359;RBI=0.0109817,0.0288874;REFB=-0.038665,-0.0310691;REVB=-0.0103133,-0.0286371;RO=26;SAF=18,9;SAR=19,0;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0101525,0.750768;STB=0.520956,0.741781;STBP=0.715,0.111;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0328805,0.0244691;OID=.,.;OPOS=106877556,106877555;OREF=C,CC;OALT=G,GT;OMAPALT=CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:78:26:30:37,9:37,11:0.474359,0.141026:19,0:18,9:13:13:19,2:18,9:16:14 chr14 106877583 . T G 64.05 PASS AF=0.184615;AO=8;DP=62;FAO=12;FDP=65;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=53;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0795609;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.458;QD=3.9413;RBI=0.0865345;REFB=-0.00391943;REVB=-0.0340336;RO=28;SAF=7;SAR=1;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498798;STB=0.845214;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0228008;OID=.;OPOS=106877583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:62:65:28:53:8:12:0.184615:1:7:14:14:2:10:21:32 chr14 106877618 . G C 323.62 PASS AF=0.4;AO=34;DP=88;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0175327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6324;QD=14.3832;RBI=0.026878;REFB=-0.0182418;REVB=-0.0203723;RO=53;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126049;STB=0.517036;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0243595;OID=.;OPOS=106877618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:53:54:34:36:0.4:19:15:24:29:21:15:24:30 chr14 106877637 . A G 561.22 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00184187;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.569;QD=18.8644;RBI=0.0396249;REFB=-0.0282341;REVB=0.039582;RO=61;SAF=25;SAR=33;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719938;STB=0.539863;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0161515;OID=.;OPOS=106877637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:33:25:31:30:33:25:31:30 chr14 106877646 . T C 165.19 PASS AF=0.193103;AO=28;DP=145;FAO=28;FDP=145;FR=.;FRO=117;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=65;FWDB=-0.00943481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.5;QD=4.55683;RBI=0.0368697;REFB=-0.0118197;REVB=-0.0356421;RO=116;SAF=13;SAR=15;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205776;STB=0.516118;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0407182;OID=.;OPOS=106877646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:116:117:28:28:0.193103:15:13:52:64:15:13:52:65 chr14 106877700 . G T 1694.18 PASS AF=0.621849;AO=148;DP=238;FAO=148;FDP=238;FR=.;FRO=90;FSAF=56;FSAR=92;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.0118178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.934;QD=28.4736;RBI=0.0125379;REFB=-0.0247204;REVB=-0.00418787;RO=89;SAF=56;SAR=92;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123208;STB=0.568819;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0158876;OID=.;OPOS=106877700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:89:90:148:148:0.621849:92:56:49:40:92:56:50:40 chr14 106877753 . A G 775.14 PASS AF=0.362934;AO=94;DP=257;FAO=94;FDP=259;FR=.;FRO=165;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=80;FSRR=85;FWDB=-0.0148211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6649;QD=11.9712;RBI=0.0579964;REFB=-0.00492307;REVB=-0.0560707;RO=163;SAF=31;SAR=63;SRF=79;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181696;STB=0.603811;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00865063;OID=.;OPOS=106877753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:259:163:165:94:94:0.362934:63:31:79:84:63:31:80:85 chr14 106877796 . G C 622.89 PASS AF=0.394444;AO=71;DP=181;FAO=71;FDP=180;FR=.;FRO=109;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=67;FWDB=-0.046835;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.623;QD=13.8419;RBI=0.0500182;REFB=0.00871933;REVB=0.0175586;RO=108;SAF=25;SAR=46;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212721;STB=0.521748;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00668355;OID=.;OPOS=106877796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:108:109:71:71:0.394444:46:25:40:68:46:25:42:67 chr14 106877836 . CC TA 404.66 PASS AF=0.372093;AO=47;DP=128;FAO=48;FDP=129;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=0.00898896;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=224.702;QD=12.5476;RBI=0.0101656;REFB=-0.00217172;REVB=0.00474739;RO=81;SAF=19;SAR=28;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106125;STB=0.514013;STBP=0.807;TYPE=mnp;VARB=0.00463655;OID=.;OPOS=106877836;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:81:81:47:48:0.372093:28:19:32:49:28:20:32:49 chr14 106877912 . G C 84.52 PASS AF=0.244898;AO=11;DP=48;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0348417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.332;QD=6.89976;RBI=0.0594082;REFB=-0.0208477;REVB=-0.0481184;RO=36;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231093;STB=0.65727;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0815909;OID=.;OPOS=106877912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:48:49:36:37:11:12:0.244898:4:7:16:20:4:8:17:20 chr14 106878056 . T G 587.34 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.000954737;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.011;QD=45.1802;RBI=0.0159355;REFB=-0.0277716;REVB=0.0159069;RO=6;SAF=17;SAR=29;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674799;STB=0.536076;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00346994;OID=.;OPOS=106878056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:6:6:46:46:0.884615:29:17:4:2:29:17:4:2 chr14 106878067 . T G 578.55 PASS AF=0.867925;AO=46;DP=53;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.000732997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.941;QD=43.6641;RBI=0.00318062;REFB=-0.00575175;REVB=0.00309501;RO=7;SAF=17;SAR=29;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526591;STB=0.528175;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.000350473;OID=.;OPOS=106878067;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:7:7:46:46:0.867925:29:17:4:3:29:17:4:3 chr14 106878071 . A G 581.75 PASS AF=0.867925;AO=39;DP=53;FAO=46;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0109368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.584;QD=43.9055;RBI=0.0382629;REFB=-0.0673145;REVB=0.0366665;RO=7;SAF=17;SAR=22;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388299;STB=0.528175;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0052953;OID=.;OPOS=106878071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:7:7:39:46:0.867925:22:17:4:3:29:17:4:3 chr14 106926223 . T C 395.11 PASS AF=0.301136;AO=53;DP=176;FAO=53;FDP=176;FR=.;FRO=123;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=72;FWDB=-0.0103741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.666;QD=8.97966;RBI=0.0149667;REFB=-0.0137062;REVB=0.010788;RO=123;SAF=24;SAR=29;SRF=51;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464721;STB=0.527061;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0380435;OID=.;OPOS=106926223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:123:123:53:53:0.301136:29:24:51:72:29:24:51:72 chr14 106926287 . G A 214.02 PASS AF=0.209302;AO=36;DP=172;FAO=36;FDP=172;FR=.;FRO=136;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=74;FWDB=-0.0152325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.374;QD=4.97712;RBI=0.038676;REFB=-0.00194625;REVB=0.03555;RO=125;SAF=19;SAR=17;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100819;STB=0.556633;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00640766;OID=.;OPOS=106926287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:125:136:36:36:0.209302:17:19:56:69:17:19:62:74 chr14 106926311 . T G 256.29 PASS AF=0.238095;AO=39;DP=167;FAO=40;FDP=168;FR=.;FRO=128;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=72;FWDB=-0.0162152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.469;QD=6.10202;RBI=0.0169285;REFB=-0.018055;REVB=0.00486231;RO=128;SAF=23;SAR=16;SRF=56;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190569;STB=0.622581;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0540114;OID=.;OPOS=106926311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:128:128:39:40:0.238095:16:23:56:72:16:24:56:72 chr14 106926388 . T C 203.84 PASS AF=0.273585;AO=29;DP=106;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.00820448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.154;QD=7.69198;RBI=0.0163902;REFB=-0.0219989;REVB=-0.0141889;RO=73;SAF=12;SAR=17;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134501;STB=0.5084;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0359429;OID=.;OPOS=106926388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:73:77:29:29:0.273585:17:12:31:42:17:12:31:46 chr14 106926649 . C A 159.52 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0493203;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.947;QD=9.96976;RBI=0.0493208;REFB=-0.000747177;REVB=0.000220707;RO=43;SAF=16;SAR=5;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359755;STB=0.713162;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00597052;OID=.;OPOS=106926649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:5:16:20:23:5:16:20:23 chr14 106926651 . TTC T 97.15 PASS AF=0.311475;AO=18;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.000909445;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=2;MLLD=266.587;QD=6.37032;RBI=0.0346511;REFB=-0.0187115;REVB=-0.0346392;RO=40;SAF=14;SAR=4;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375993;STB=0.735584;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.043091;OID=.;OPOS=106926652;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311475:18:61:19:61:42:15:4:20:22:97:40:14:4:19:21 chr14 106993845 . T G 238.61 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0539568;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2216;QD=19.8842;RBI=0.0546183;REFB=-0.0182517;REVB=-0.0084747;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789875;STB=0.544588;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0224821;OID=.;OPOS=106993845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:13:12:13:10:13:12 chr14 106993886 . A G 231.1 PASS AF=0.45;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0116534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.329;QD=15.4065;RBI=0.0132473;REFB=-0.0160307;REVB=-0.00629984;RO=33;SAF=7;SAR=19;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235137;STB=0.639667;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0238268;OID=.;OPOS=106993886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:33:26:27:0.45:19:7:16:17:20:7:16:17 chr14 107013201 . G T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0193751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.102;QD=21.0076;RBI=0.0196395;REFB=-0.00829866;REVB=0.00321163;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11164;STB=0.562627;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00641318;OID=.;OPOS=107013201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:5:12:11:8:5:12 chr14 107034920 . C T 42.1 PASS AF=0.0902256;AO=12;DP=134;FAO=12;FDP=133;FR=.;FRO=121;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=0.00598932;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.465;QD=1.26603;RBI=0.0143093;REFB=7.90274e-05;REVB=-0.0129955;RO=120;SAF=5;SAR=7;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872804;STB=0.572206;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00145979;OID=.;OPOS=107034920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:134:133:120:121:12:12:0.0902256:7:5:59:61:7:5:60:61 chr14 107034967 . T C 75.72 PASS AF=0.142857;AO=15;DP=105;FAO=15;FDP=105;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.071016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9438;QD=2.88464;RBI=0.0716594;REFB=-0.00390781;REVB=-0.00958058;RO=90;SAF=5;SAR=10;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171428;STB=0.618259;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0224915;OID=.;OPOS=107034967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:105:105:90:90:15:15:0.142857:10:5:42:48:10:5:42:48 chr14 107035002 . A G 97.92 PASS AF=0.175258;AO=17;DP=97;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.016132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.911;QD=4.03776;RBI=0.03948;REFB=-0.0108902;REVB=-0.0360337;RO=73;SAF=6;SAR=11;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21215;STB=0.623006;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0421104;OID=.;OPOS=107035002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:97:97:73:80:17:17:0.175258:11:6:38:35:11:6:40:40 chr14 107035020 . C T 123.34 PASS AF=0.196262;AO=21;DP=107;FAO=21;FDP=107;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.069226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5666;QD=4.61077;RBI=0.0725164;REFB=0.00346178;REVB=0.0215963;RO=85;SAF=9;SAR=12;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536585;STB=0.529701;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00971618;OID=.;OPOS=107035020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:85:86:21:21:0.196262:12:9:40:45:12:9:40:46 chr14 107048702 . G A 280.6 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.005718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.659;QD=12.0688;RBI=0.0517614;REFB=-0.0147449;REVB=-0.0514446;RO=60;SAF=21;SAR=12;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00366008;STB=0.502108;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0254109;OID=.;OPOS=107048702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:60:33:33:0.354839:12:21:38:22:12:21:38:22 chr14 107048749 . C G 301.26 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.0415293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.05;QD=11.1578;RBI=0.0477248;REFB=-0.0130121;REVB=-0.0235154;RO=70;SAF=22;SAR=16;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244501;STB=0.514049;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.018189;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:70:38:38:0.351852:16:22:42:28:16:22:42:28 chr14 107078567 . T C 1208.33 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.094;QD=61.1812;RBI=0.00653587;REFB=0;REVB=-0.00172175;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16893e-05;OID=.;OPOS=107078567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr14 107078790 . C T 1105.34 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456902;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.648;QD=58.9515;RBI=0.0526617;REFB=0.0272486;REVB=0.026185;RO=1;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108759;STB=0.505746;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000197555;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:43:31:0:1:43:31:0:1 chr14 107095326 . C T 3392.73 PASS AF=0.961373;AO=223;DP=232;FAO=224;FDP=233;FR=.;FRO=9;FSAF=98;FSAR=126;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.063971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.923;QD=58.2443;RBI=0.0641308;REFB=-0.015428;REVB=-0.00452489;RO=8;SAF=97;SAR=126;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124253;STB=0.504091;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000605381;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:232:233:8:9:223:224:0.961373:126:97:2:6:126:98:3:6 chr14 107113742 . C T 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0207549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.141;QD=2.84591;RBI=0.0428871;REFB=-0.0112979;REVB=-0.0375305;RO=47;SAF=2;SAR=5;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445274;STB=0.808782;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0629595;OID=.;OPOS=107113742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:5:2:32:15:5:2:32:15 chr14 107113745 . G A 44.33 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0387331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.75;QD=3.11104;RBI=0.0409914;REFB=-0.00209843;REVB=0.0134178;RO=49;SAF=3;SAR=5;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35138;STB=0.740216;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0556375;OID=.;OPOS=107113745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:49:49:8:8:0.140351:5:3:33:16:5:3:33:16 chr14 107113763 . A G 52.24 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0106723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.47;QD=3.07291;RBI=0.0311698;REFB=0.00344841;REVB=0.0292858;RO=58;SAF=4;SAR=6;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246041;STB=0.668251;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.039608;OID=.;OPOS=107113763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:6:4:35:23:6:4:35:23 chr14 107113770 . C G 261.59 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0166015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.725;QD=14.7377;RBI=0.0397645;REFB=-0.00947201;REVB=0.0361332;RO=41;SAF=22;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271491;STB=0.654922;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0165277;OID=.;OPOS=107113770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:8:22:20:21:8:22:20:21 chr14 107113780 . G A 87.46 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00773516;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.351;QD=4.37315;RBI=0.0364824;REFB=-0.00271334;REVB=0.0356529;RO=64;SAF=10;SAR=5;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978054;STB=0.571331;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0191355;OID=.;OPOS=107113780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:81:80:64:65:15:15:0.1875:5:10:38:26:5:10:38:27 chr14 107113785 . C T 111.46 PASS AF=0.206897;AO=18;DP=87;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0302577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.543;QD=5.12462;RBI=0.041294;REFB=-0.00848255;REVB=-0.028101;RO=69;SAF=10;SAR=8;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683707;STB=0.543034;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0484477;OID=.;OPOS=107113785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:69:69:18:18:0.206897:8:10:42:27:8:10:42:27 chr14 107113846 . A G 257.03 PASS AF=0.274809;AO=36;DP=132;FAO=36;FDP=131;FR=.;FRO=95;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=-0.00866692;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.777;QD=7.84837;RBI=0.0359914;REFB=-0.0159924;REVB=-0.0349323;RO=95;SAF=21;SAR=15;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186466;STB=0.511076;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0619399;OID=.;OPOS=107113846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:95:95:36:36:0.274809:15:21:54:41:15:21:54:41 chr14 107113855 . A G 268.42 PASS AF=0.284615;AO=37;DP=129;FAO=37;FDP=130;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.0234679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.44;QD=8.25905;RBI=0.0234718;REFB=-0.0118123;REVB=-0.000429853;RO=91;SAF=21;SAR=16;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221621;STB=0.506128;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00854496;OID=.;OPOS=107113855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:91:93:37:37:0.284615:16:21:50:41:16:21:52:41 chr14 107113858 . A G 268.2 PASS AF=0.284615;AO=37;DP=130;FAO=37;FDP=130;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.0185206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.921;QD=8.25233;RBI=0.0185308;REFB=-0.00592071;REVB=-0.000614113;RO=88;SAF=21;SAR=16;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405524;STB=0.506128;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0164864;OID=.;OPOS=107113858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:88:93:37:37:0.284615:16:21:47:41:16:21:52:41 chr14 107113968 . C A 119.79 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0303423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.669;QD=7.98594;RBI=0.0310279;REFB=-0.0148317;REVB=-0.00648668;RO=43;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243553;STB=0.646886;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0317839;OID=.;OPOS=107113968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:6:11:19:24:6:11:19:24 chr14 107170005 . T C 1560.71 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.383;QD=63.7023;RBI=0.0171002;REFB=0;REVB=0.0145336;RO=1;SAF=57;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824859;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1243e-05;OID=.;OPOS=107170005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:1:0:97:98:1:40:57:1:0:40:58:0:0 chr14 107178832 . A G 2383.43 PASS AF=1;AO=155;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8823;QD=60.3399;RBI=0.0953075;REFB=-0.0934641;REVB=-0.0868088;RO=1;SAF=64;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737517;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710152;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:158:158:1:0:155:158:1:91:64:1:0:93:65:0:0 chr15 20170150 . C T 1378.33 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.578;QD=62.6513;RBI=0.0443838;REFB=0;REVB=0.032404;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132266;OID=.;OPOS=20170150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:39:48:0:0:39:49:0:0 chr15 20462585 . A G 646.78 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00475351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.225;QD=19.901;RBI=0.00538889;REFB=-0.0170372;REVB=0.00253854;RO=65;SAF=29;SAR=36;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111374;STB=0.561418;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.015487;OID=.;OPOS=20462585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:65:65:65:0.5:36:29:37:28:36:29:37:28 chr15 20462603 . G T 148.55 PASS AF=0.185714;AO=26;DP=141;FAO=26;FDP=140;FR=.;FRO=114;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=0.00512081;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.025;QD=4.24436;RBI=0.0249857;REFB=-0.00129714;REVB=0.0244553;RO=114;SAF=15;SAR=11;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985241;STB=0.562865;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0100848;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:114:114:26:26:0.185714:11:15:57:57:11:15:57:57 chr15 20476906 . T C 107.81 PASS AF=0.110687;AO=29;DP=261;FAO=29;FDP=262;FR=.;FRO=233;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=123;FSRR=110;FWDB=-0.00503298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.166;QD=1.6459;RBI=0.0201022;REFB=-0.00281211;REVB=0.0194619;RO=229;SAF=23;SAR=6;SRF=119;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354532;STB=0.752637;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0207826;OID=.;OPOS=20476906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:229:233:29:29:0.110687:6:23:119:110:6:23:123:110 chr15 20476942 . C T 756.37 PASS AF=0.360784;AO=92;DP=256;FAO=92;FDP=255;FR=.;FRO=163;FSAF=61;FSAR=31;FSRF=92;FSRR=71;FWDB=-0.0232837;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.054;QD=11.8647;RBI=0.0563937;REFB=-0.00856524;REVB=-0.0513626;RO=163;SAF=61;SAR=31;SRF=92;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11847;STB=0.567427;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0142915;OID=.;OPOS=20476942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:255:163:163:92:92:0.360784:31:61:92:71:31:61:92:71 chr15 20588685 . A G 200.63 PASS AF=0.214765;AO=25;DP=153;FAO=32;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=117;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=-0.043658;FXX=0.0261421;HRUN=5;LEN=1;MLLD=75.5006;QD=5.38603;RBI=0.0459388;REFB=0.00548264;REVB=-0.0142952;RO=97;SAF=18;SAR=7;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305793;STB=0.67867;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0289545;OID=.;OPOS=20588685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:149:97:117:25:32:0.214765:7:18:47:50:10:22:54:63 chr15 20588705 . C A 119.59 PASS AF=0.159722;AO=23;DP=144;FAO=23;FDP=144;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=-0.00592775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0621;QD=3.322;RBI=0.0522005;REFB=-0.00638854;REVB=-0.0518628;RO=118;SAF=11;SAR=12;SRF=64;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815642;STB=0.542459;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0350626;OID=.;OPOS=20588705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:118:121:23:23:0.159722:12:11:64:54:12:11:64:57 chr15 20613928 . G A 78.34 PASS AF=0.0987124;AO=23;DP=233;FAO=23;FDP=233;FR=.;FRO=210;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=85;FSRR=125;FWDB=-0.0545373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2165;QD=1.34483;RBI=0.0549198;REFB=-0.000245762;REVB=0.00647042;RO=208;SAF=12;SAR=11;SRF=84;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142923;STB=0.604581;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00150148;OID=.;OPOS=20613928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:233:233:208:210:23:23:0.0987124:11:12:84:124:11:12:85:125 chr15 20645827 . A G 187.36 PASS AF=0.262136;AO=26;DP=102;FAO=27;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=60;FWDB=0.0172831;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.556;QD=7.27613;RBI=0.017439;REFB=-0.00499438;REVB=0.00232595;RO=72;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206292;STB=0.580828;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.013489;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:72:76:26:27:0.262136:19:7:11:61:19:8:16:60 chr15 20874846 . G A 337.62 PASS AF=0.144487;AO=76;DP=526;FAO=76;FDP=526;FR=.;FRO=450;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=223;FSRR=227;FWDB=-0.0196376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7351;QD=2.56743;RBI=0.0275104;REFB=-0.0040107;REVB=-0.0192662;RO=445;SAF=37;SAR=39;SRF=220;SRR=225;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974272;STB=0.507455;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0160081;OID=.;OPOS=20874846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:526:526:445:450:76:76:0.144487:39:37:220:225:39:37:223:227 chr15 20874897 . A G 4969.79 PASS AF=0.676423;AO=416;DP=614;FAO=416;FDP=615;FR=.;FRO=199;FSAF=223;FSAR=193;FSRF=80;FSRR=119;FWDB=0.0339884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.424;QD=32.3238;RBI=0.0375208;REFB=-0.0286171;REVB=-0.0158933;RO=194;SAF=223;SAR=193;SRF=78;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796866;STB=0.543327;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0117393;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:614:615:194:199:416:416:0.676423:193:223:78:116:193:223:80:119 chr15 20874927 . T A 319.42 PASS AF=0.134251;AO=72;DP=581;FAO=78;FDP=581;FR=.;FRO=503;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=239;FSRR=264;FWDB=-0.00501171;FXX=0.0102213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.83;QD=2.19911;RBI=0.00502524;REFB=-0.00238827;REVB=0.000368583;RO=488;SAF=39;SAR=33;SRF=230;SRR=258;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896543;STB=0.543621;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0165011;OID=.;OPOS=20874927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:581:581:488:503:72:78:0.134251:33:39:230:258:37:41:239:264 chr15 20876515 . A G 3375.17 PASS AF=0.728495;AO=271;DP=373;FAO=271;FDP=372;FR=.;FRO=101;FSAF=163;FSAR=108;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.023152;FXX=0.00268089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.392;QD=36.2922;RBI=0.0332616;REFB=-0.0337308;REVB=0.0238813;RO=101;SAF=163;SAR=108;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660997;STB=0.53523;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0145239;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:372:101:101:271:271:0.728495:108:163:48:53:108:163:48:53 chr15 22016194 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00856115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.424;QD=23.3998;RBI=0.0128172;REFB=0.0237603;REVB=0.00953877;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141139;STB=0.581188;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.0143306;OID=.;OPOS=22016194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:2:1:5:3:2:1 chr15 22368862 . G A 321.07 PASS AF=0.173184;AO=62;DP=358;FAO=62;FDP=358;FR=.;FRO=296;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=142;FSRR=154;FWDB=0.00257123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0107;QD=3.58738;RBI=0.0149818;REFB=-0.00216743;REVB=-0.0147595;RO=296;SAF=27;SAR=35;SRF=142;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577178;STB=0.536837;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00932548;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:358:296:296:62:62:0.173184:35:27:142:154:35:27:142:154 chr15 22368905 . G A 286.12 PASS AF=0.193916;AO=51;DP=263;FAO=51;FDP=263;FR=.;FRO=212;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=101;FSRR=111;FWDB=-0.0118451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.503;QD=4.35156;RBI=0.0121576;REFB=-0.00689418;REVB=-0.00273866;RO=211;SAF=30;SAR=21;SRF=101;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141221;STB=0.590041;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.031091;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:211:212:51:51:0.193916:21:30:101:110:21:30:101:111 chr15 22369175 . CT GG 173.66 PASS AF=0.195946;AO=28;DP=148;FAO=29;FDP=148;FR=.;FRO=119;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=-0.00749691;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.025;QD=4.69353;RBI=0.0114753;REFB=-0.00731811;REVB=0.00868788;RO=118;SAF=11;SAR=17;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158795;STB=0.607805;STBP=0.207;TYPE=mnp;VARB=0.0318112;OID=.;OPOS=22369175;OREF=CT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:118:119:28:29:0.195946:17:11:61:57:18:11:61:58 chr15 22369248 . T C 1357.1 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0118294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.439;QD=59.0044;RBI=0.022602;REFB=-0.168116;REVB=0.0192592;RO=3;SAF=34;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018524;STB=0.509782;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00149644;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:3:3:89:89:0.967391:55:34:2:1:55:34:2:1 chr15 22369279 . C G 179.53 PASS AF=0.197368;AO=30;DP=152;FAO=30;FDP=152;FR=.;FRO=122;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=68;FWDB=-0.00680947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.602;QD=4.72454;RBI=0.0153901;REFB=-0.0046908;REVB=0.0138017;RO=122;SAF=13;SAR=17;SRF=54;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120443;STB=0.507571;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.023024;OID=.;OPOS=22369279;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:122:122:30:30:0.197368:17:13:54:68:17:13:54:68 chr15 22369343 . C T 387.51 PASS AF=0.216495;AO=63;DP=291;FAO=63;FDP=291;FR=.;FRO=228;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=88;FSRR=140;FWDB=-0.00257775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4975;QD=5.32657;RBI=0.0212908;REFB=-0.00349236;REVB=-0.0211341;RO=228;SAF=39;SAR=24;SRF=88;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292273;STB=0.677202;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0158744;OID=.;OPOS=22369343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:228:228:63:63:0.216495:24:39:88:140:24:39:88:140 chr15 22369373 . G A 182.97 PASS AF=0.133127;AO=43;DP=321;FAO=43;FDP=323;FR=.;FRO=280;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=135;FSRR=145;FWDB=-0.00489114;FXX=0.0241685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.236;QD=2.26593;RBI=0.00558526;REFB=-0.00213962;REVB=-0.00269665;RO=253;SAF=12;SAR=31;SRF=130;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305525;STB=0.683223;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.015023;OID=.;OPOS=22369373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:323:253:280:43:43:0.133127:31:12:130:123:31:12:135:145 chr15 22382655 . A C 582.91 PASS AF=0.354369;AO=70;DP=204;FAO=73;FDP=206;FR=.;FRO=133;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=82;FWDB=0.0170647;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7139;QD=11.3186;RBI=0.0175108;REFB=-0.0334804;REVB=0.00392747;RO=131;SAF=30;SAR=40;SRF=49;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643109;STB=0.545073;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0304218;OID=.;OPOS=22382655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:131:133:70:73:0.354369:40:30:49:82:40:33:51:82 chr15 22382704 . G C 130.52 PASS AF=0.151685;AO=27;DP=179;FAO=27;FDP=178;FR=.;FRO=151;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=64;FSRR=87;FWDB=0.0107412;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4666;QD=2.93312;RBI=0.0449619;REFB=-0.00428482;REVB=-0.04366;RO=152;SAF=11;SAR=16;SRF=64;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179235;STB=0.514349;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0245533;OID=.;OPOS=22382704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:152:151:27:27:0.151685:16:11:64:88:16:11:64:87 chr15 22382728 . C T 514.69 PASS AF=0.348066;AO=63;DP=181;FAO=63;FDP=181;FR=.;FRO=118;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=0.0182326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2094;QD=11.3744;RBI=0.0209127;REFB=-0.0136769;REVB=-0.0102428;RO=117;SAF=34;SAR=29;SRF=52;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108027;STB=0.55882;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0278614;OID=.;OPOS=22382728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:117:118:63:63:0.348066:29:34:52:65:29:34:53:65 chr15 22382739 . A G 2403.22 PASS AF=0.96988;AO=161;DP=166;FAO=161;FDP=166;FR=.;FRO=5;FSAF=84;FSAR=77;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00885752;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.705;QD=57.909;RBI=0.0166078;REFB=-0.0580602;REVB=0.0140487;RO=5;SAF=84;SAR=77;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159776;STB=0.508402;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=3.80927e-06;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:166:166:5:5:161:161:0.96988:77:84:4:1:77:84:4:1 chr15 22382821 . G C 916.34 PASS AF=0.386861;AO=106;DP=274;FAO=106;FDP=274;FR=.;FRO=168;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=75;FSRR=93;FWDB=-0.00478401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.318;QD=13.3772;RBI=0.00538318;REFB=-0.00637807;REVB=-0.00246818;RO=167;SAF=61;SAR=45;SRF=74;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143754;STB=0.579019;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00691522;OID=.;OPOS=22382821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:167:168:106:106:0.386861:45:61:74:93:45:61:75:93 chr15 22382828 . C A 435.98 PASS AF=0.227425;AO=68;DP=297;FAO=68;FDP=299;FR=.;FRO=231;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=110;FSRR=121;FWDB=0.0262735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.692;QD=5.83252;RBI=0.0325189;REFB=0.00438918;REVB=0.019162;RO=229;SAF=36;SAR=32;SRF=110;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624483;STB=0.541049;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0172575;OID=.;OPOS=22382828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:299:229:231:68:68:0.227425:32:36:110:119:32:36:110:121 chr15 22382897 . A G 196.59 PASS AF=0.125;AO=49;DP=392;FAO=49;FDP=392;FR=.;FRO=343;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=149;FSRR=194;FWDB=-0.0112479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3686;QD=2.00605;RBI=0.117867;REFB=-0.0021875;REVB=-0.117329;RO=342;SAF=22;SAR=27;SRF=149;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171074;STB=0.512918;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0142052;OID=.;OPOS=22382897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:392:342:343:49:49:0.125:27:22:149:193:27:22:149:194 chr15 22383064 . C A 808.96 PASS AF=0.376471;AO=95;DP=255;FAO=96;FDP=255;FR=.;FRO=159;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=76;FSRR=83;FWDB=0.0035074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.984;QD=12.6896;RBI=0.0179987;REFB=-0.00194469;REVB=0.0176536;RO=159;SAF=42;SAR=53;SRF=76;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400633;STB=0.518877;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00452111;OID=.;OPOS=22383064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:159:159:95:96:0.376471:53:42:76:83:53:43:76:83 chr15 22383066 . A G 1499.27 PASS AF=0.55642;AO=142;DP=256;FAO=143;FDP=257;FR=.;FRO=114;FSAF=68;FSAR=75;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=0.0152661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0295;QD=23.335;RBI=0.0165803;REFB=0.00491432;REVB=-0.00646935;RO=114;SAF=67;SAR=75;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00152211;STB=0.500818;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00232675;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:257:114:114:142:143:0.55642:75:67:54:60:75:68:54:60 chr15 22383482 . GA G 483.83 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00382719;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.064;QD=15.7342;RBI=0.0057878;REFB=-0.00606655;REVB=0.0043418;RO=71;SAF=21;SAR=32;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572861;STB=0.527406;STBP=0.622;TYPE=del;VARB=0.00733896;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430894:53:126:53:123:70:21:32:31:39:99:71:21:32:32:39 chr15 22413700 . A G 3119.67 PASS AF=0.98995;AO=197;DP=199;FAO=197;FDP=199;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0123768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6185;QD=62.7069;RBI=0.0123846;REFB=0.0215923;REVB=-0.00044059;RO=2;SAF=87;SAR=110;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00113275;STB=0.500595;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.000129551;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:199:199:2:2:197:197:0.98995:110:87:1:1:110:87:1:1 chr15 22413844 . T G 301.76 PASS AF=0.145652;AO=67;DP=460;FAO=67;FDP=460;FR=.;FRO=393;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=194;FSRR=199;FWDB=-0.00419885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.097;QD=2.624;RBI=0.0156948;REFB=-0.00615722;REVB=0.0151227;RO=391;SAF=37;SAR=30;SRF=193;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756957;STB=0.550073;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0316639;OID=.;OPOS=22413844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:460:460:391:393:67:67:0.145652:30:37:193:198:30:37:194:199 chr15 22413954 . C T 1520.81 PASS AF=0.392694;AO=172;DP=438;FAO=172;FDP=438;FR=.;FRO=266;FSAF=93;FSAR=79;FSRF=126;FSRR=140;FWDB=0.000157149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.665;QD=13.8887;RBI=0.0112538;REFB=-0.0161666;REVB=0.0112527;RO=266;SAF=93;SAR=79;SRF=126;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726397;STB=0.540693;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0217846;OID=.;OPOS=22413954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:438:266:266:172:172:0.392694:79:93:126:140:79:93:126:140 chr15 22414005 . C T 1274.55 PASS AF=0.36;AO=153;DP=424;FAO=153;FDP=425;FR=.;FRO=272;FSAF=83;FSAR=70;FSRF=131;FSRR=141;FWDB=-0.00624418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.322;QD=11.9957;RBI=0.00900702;REFB=-0.013669;REVB=0.00649127;RO=271;SAF=83;SAR=70;SRF=130;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070959;STB=0.538972;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0303644;OID=.;OPOS=22414005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:424:425:271:272:153:153:0.36:70:83:130:141:70:83:131:141 chr15 22414190 . T C 1409.7 PASS AF=0.58296;AO=130;DP=223;FAO=130;FDP=223;FR=.;FRO=93;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.00746543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8327;QD=25.2862;RBI=0.0365197;REFB=-0.00651513;REVB=0.0357485;RO=91;SAF=69;SAR=61;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251455;STB=0.506123;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00620496;OID=.;OPOS=22414190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:91:93:130:130:0.58296:61:69:48:43:61:69:48:45 chr15 22414353 . A G 81.13 PASS AF=0.159574;AO=14;DP=93;FAO=15;FDP=94;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0101522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.404;QD=3.45233;RBI=0.0215207;REFB=-0.00512987;REVB=-0.0189757;RO=79;SAF=5;SAR=9;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126746;STB=0.60726;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.029514;OID=.;OPOS=22414353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:93:94:79:79:14:15:0.159574:9:5:36:43:10:5:36:43 chr15 22440296 . CA C,CG 1120.49 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=8,68;DP=76;FAO=8,68;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=8,43;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030144,0.0274659;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.074,129.519;QD=58.9734;RBI=0.0366048,0.0356776;REFB=0,0;REVB=0.0207666,0.0227709;RO=0;SAF=8,43;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0309658,0.00269939;OID=.,.;OPOS=22440297,22440297;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737:8,68:76:8,68:76:0:8,43:0,25:0:0:31:0:8,43:0,25:0:0 chr15 22440322 . A G 1212.17 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263396;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.381;QD=61.3755;RBI=0.0362223;REFB=0;REVB=-0.0248653;RO=0;SAF=52;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48988e-05;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:27:52:0:0:27:52:0:0 chr15 22440611 . A G 85.4 PASS AF=0.123457;AO=20;DP=162;FAO=20;FDP=162;FR=.;FRO=142;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=78;FSRR=64;FWDB=-0.0159286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.799;QD=2.10865;RBI=0.0205326;REFB=0.00154192;REVB=-0.0129563;RO=142;SAF=5;SAR=15;SRF=78;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369204;STB=0.758891;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0100828;OID=.;OPOS=22440611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:162:162:142:142:20:20:0.123457:15:5:78:64:15:5:78:64 chr15 22440816 . A G 2498.72 PASS AF=0.826667;AO=185;DP=227;FAO=186;FDP=225;FR=.;FRO=39;FSAF=72;FSAR=114;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0206834;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.586;QD=44.4216;RBI=0.0274156;REFB=-0.04766;REVB=-0.0179948;RO=39;SAF=72;SAR=113;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373781;STB=0.519352;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00850166;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:225:39:39:185:186:0.826667:113:72:11:28:114:72:11:28 chr15 22448405 . C T 120.49 PASS AF=0.180328;AO=22;DP=122;FAO=22;FDP=122;FR=.;FRO=100;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=63;FWDB=-0.00331123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.814;QD=3.95051;RBI=0.0059744;REFB=-0.00568706;REVB=-0.00497284;RO=100;SAF=11;SAR=11;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167024;STB=0.606465;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0293409;OID=.;OPOS=22448405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:100:100:22:22:0.180328:11:11:37:63:11:11:37:63 chr15 22448436 . G A 177.09 PASS AF=0.173684;AO=33;DP=189;FAO=33;FDP=190;FR=.;FRO=157;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=66;FSRR=91;FWDB=0.0172199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.387;QD=3.72818;RBI=0.0258885;REFB=-0.00477935;REVB=0.0193311;RO=156;SAF=17;SAR=16;SRF=65;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126603;STB=0.577964;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0211033;OID=.;OPOS=22448436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:156:157:33:33:0.173684:16:17:65:91:16:17:66:91 chr15 22448456 . C T 422.42 PASS AF=0.286408;AO=59;DP=207;FAO=59;FDP=206;FR=.;FRO=147;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=67;FSRR=80;FWDB=-0.0183435;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1958;QD=8.20223;RBI=0.0302397;REFB=-0.00427978;REVB=-0.0240407;RO=146;SAF=17;SAR=42;SRF=67;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223209;STB=0.629729;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0191019;OID=.;OPOS=22448456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:146:147:59:59:0.286408:42:17:67:79:42:17:67:80 chr15 22840279 . G T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0163825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.69;QD=15.2296;RBI=0.0359015;REFB=-0.0131189;REVB=-0.0319457;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129062;STB=0.573698;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0199597;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:13:6:6:22:13:6:6:22 chr15 22873784 . C T 226.31 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00441862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.572;QD=11.1756;RBI=0.0220665;REFB=-0.00796411;REVB=-0.0216196;RO=53;SAF=14;SAR=14;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745535;STB=0.543179;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.024538;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:14:14:30:23:14:14:30:23 chr15 22926229 . G A 1381.35 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120515;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.469;QD=62.7888;RBI=0.0258098;REFB=0;REVB=-0.0228234;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37531e-05;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:35:53:0:0:35:53:0:0 chr15 22960868 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.195;QD=55.0987;RBI=0.00741607;REFB=0;REVB=-0.0010295;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08994e-05;OID=.;OPOS=22960868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr15 23006707 . C A 155.94 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00206957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2347;QD=10.9432;RBI=0.0140829;REFB=0.0253878;REVB=0.01393;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00618611;STB=0.506189;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0461939;OID=.;OPOS=23006707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:11:9:16:20:11:9:17:20 chr15 23021238 . C T 227.91 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0211618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2294;QD=13.4062;RBI=0.0811912;REFB=-0.0676986;REVB=-0.0783849;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010536;STB=0.526296;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00547484;OID=.;OPOS=23021238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:30:41:27:27:0.397059:15:12:13:17:15:12:20:21 chr15 23052632 . T C 206.06 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00541929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.2;QD=16.8215;RBI=0.00720874;REFB=-0.00484478;REVB=0.00475366;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839644;STB=0.5479;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00523356;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:17:11:10:11:17:11 chr15 23059394 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.714;QD=60.9768;RBI=0.00937155;REFB=0;REVB=0.000605556;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20798e-05;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr15 23098401 . C T 829.23 PASS AF=0.641026;AO=69;DP=111;FAO=75;FDP=117;FR=.;FRO=42;FSAF=54;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0302641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.538;QD=28.3498;RBI=0.0355709;REFB=-0.0298819;REVB=0.0186916;RO=42;SAF=48;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150361;STB=0.590139;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.018708;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:117:42:42:69:75:0.641026:21:48:21:21:21:54:21:21 chr15 23098449 . C T 1176.0 PASS AF=0.654088;AO=104;DP=160;FAO=104;FDP=159;FR=.;FRO=55;FSAF=77;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0164737;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.631;QD=29.5849;RBI=0.0178958;REFB=-0.0308935;REVB=-0.00699117;RO=55;SAF=77;SAR=27;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136615;STB=0.573856;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0182442;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:55:55:104:104:0.654088:27:77:31:24:27:77:31:24 chr15 23098503 . G T 94.3 PASS AF=0.114833;AO=24;DP=198;FAO=24;FDP=209;FR=.;FRO=185;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=108;FSRR=77;FWDB=-0.0110418;FXX=0.0542962;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.71;QD=1.80471;RBI=0.0410951;REFB=-0.00519411;REVB=0.0395839;RO=166;SAF=20;SAR=4;SRF=93;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380689;STB=0.759608;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0292301;OID=.;OPOS=23098503;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:198:209:166:185:24:24:0.114833:4:20:93:73:4:20:108:77 chr15 23098518 . G A 173.4 PASS AF=0.16055;AO=35;DP=218;FAO=35;FDP=218;FR=.;FRO=183;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=108;FSRR=75;FWDB=0.00981388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4679;QD=3.18165;RBI=0.0243858;REFB=-0.0074202;REVB=0.0223238;RO=183;SAF=26;SAR=9;SRF=108;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217434;STB=0.64416;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.032535;OID=.;OPOS=23098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:183:183:35:35:0.16055:9:26:108:75:9:26:108:75 chr15 23099355 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8092;QD=54.5174;RBI=0.0217458;REFB=0;REVB=0.0177433;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118127;OID=.;OPOS=23099355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr15 23158339 . G C 1176.87 PASS AF=0.911111;AO=82;DP=89;FAO=82;FDP=90;FR=.;FRO=8;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0085974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.382;QD=52.3054;RBI=0.0573101;REFB=-0.0794344;REVB=-0.0566616;RO=7;SAF=39;SAR=43;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777613;STB=0.535454;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00562764;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:89:90:7:8:82:82:0.911111:43:39:7:0:43:39:7:1 chr15 23259835 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.7;QD=52.6125;RBI=0.0214875;REFB=0;REVB=0.00460979;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160216;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr15 23261950 . A G 432.82 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120304;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8871;QD=57.7095;RBI=0.0124149;REFB=0;REVB=-0.00306557;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168698;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr15 23326356 . G C 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00780846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.37;QD=10.4292;RBI=0.00788036;REFB=-0.00219183;REVB=-0.00106206;RO=30;SAF=4;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388987;STB=0.732159;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00447586;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:10:4:19:11:10:4:19:11 chr15 23686598 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4533;QD=40.7593;RBI=0.067094;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0036723;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr15 23686673 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.548;QD=43.4862;RBI=0.00936669;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204183;OID=.;OPOS=23686673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr15 23687214 . C G 1701.53 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2306;QD=60.2312;RBI=0.0521976;REFB=0;REVB=-0.0499519;RO=0;SAF=37;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303663;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:75:37:0:0:76:37:0:0 chr15 23688944 . A G 1227.45 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1413;QD=61.3726;RBI=0.0165839;REFB=0;REVB=0.00763783;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49934e-05;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr15 23690543 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.633;QD=37.4885;RBI=0.0280217;REFB=0;REVB=0.0274336;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278936;OID=.;OPOS=23690543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr15 23812622 . TA TAA,T 40.3 PASS AF=0.232955,0;AO=54,18;DP=178;FAO=41,0;FDP=176;FR=.;FRO=135;FSAF=15,0;FSAR=26,0;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=0.0931559,-0.090359;FXX=0.0112353;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.12773,8.98005;QD=0.915881;RBI=0.107207,0.105608;REFB=-0.0523137,0.0519496;REVB=0.0530589,-0.0546656;RO=98;SAF=21,8;SAR=33,10;SRF=42;SRR=56;SSEN=0,0.301887;SSEP=0,0;SSSB=-0.0464809,0.0203741;STB=0.562739,0.5;STBP=0.369,1;TYPE=ins,del;VARB=0.0744214,-0.00350525;OID=.,.;OPOS=23812623,23812623;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=TAA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232955,0:54,18:178:41,0:176:135:15,0:26,0:60:75:42:98:21,8:33,10:42:56 chr15 23889033 . G T 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.028657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.394;QD=11.4389;RBI=0.0289745;REFB=-0.000746074;REVB=0.00427743;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244315;STB=0.646728;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00268098;OID=.;OPOS=23889033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:8:6:6:3:8:6 chr15 23931507 . G A 125.65 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00871302;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.135;QD=10.6939;RBI=0.00988606;REFB=0.00453463;REVB=-0.00467091;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200789;STB=0.627289;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0116564;OID=.;OPOS=23931507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:8:7:20:11:8:7:21:11 chr15 24921771 . G C 129.48 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0190389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.79;QD=9.59085;RBI=0.0256264;REFB=0.00209546;REVB=0.0171531;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577413;STB=0.504499;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0045793;OID=.;OPOS=24921771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:37:17:17:0.314815:10:7:15:21:10:7:15:22 chr15 24922208 . C G 317.28 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0103759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.135;QD=25.9;RBI=0.010881;REFB=-0.0363584;REVB=0.00327668;RO=21;SAF=7;SAR=21;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278204;STB=0.655054;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0188521;OID=.;OPOS=24922208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:21:7:12:9:21:7:12:9 chr15 24922230 . C G 162.0 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0769007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1278;QD=20.9034;RBI=0.0795522;REFB=-0.0357772;REVB=-0.0203677;RO=14;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272761;STB=0.656042;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0211703;OID=.;OPOS=24922230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:14:3:6:8:14:3:6:8 chr15 24923390 . C T 196.43 PASS AF=0.347222;AO=23;DP=70;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0291641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9187;QD=10.9128;RBI=0.118657;REFB=-0.0239169;REVB=0.115017;RO=47;SAF=9;SAR=14;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114159;STB=0.559274;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0472447;OID=.;OPOS=24923390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:47:47:23:25:0.347222:14:9:23:24:15:10:23:24 chr15 24924663 . T C 238.73 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00539382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.189;QD=14.043;RBI=0.0090741;REFB=-0.0253743;REVB=-0.00729698;RO=40;SAF=11;SAR=16;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274284;STB=0.641878;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0230044;OID=.;OPOS=24924663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:40:27:28:0.411765:16:11:27:13:16:12:27:13 chr15 24924729 . T C 180.88 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0189632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0501;QD=12.9198;RBI=0.0215153;REFB=-0.0191962;REVB=0.010164;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474492;STB=0.535682;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0247577;OID=.;OPOS=24924729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:11:11:18:15:11:11:19:15 chr15 24925753 . GTTTGTGTG GTTGTGTG,GTT 65.58 PASS AF=0,0.4;AO=5,8;DP=24;FAO=0,10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=0,3;FSAR=0,7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.323751,0.0454522;FXX=0.0740466;HRUN=3,3;LEN=1,6;MLLD=15.4984,199.927;QD=10.4935;RBI=0.364978,0.0455999;REFB=-0.233778,-0.0662491;REVB=-0.168506,-0.00366706;RO=4;SAF=0,3;SAR=5,5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.719385,0.0788369;STB=0.5,0.524224;STBP=1,0.873;TYPE=del,del;VARB=0,0.0672391;OID=.,.;OPOS=24925754,24925756;OREF=T,TGTGTG;OALT=-,-;OMAPALT=GTTGTGTG,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.4:5,8:24:0,10:25:15:0,3:0,7:4:11:65:4:0,3:5,5:1:3 chr15 24926402 . A G 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.020355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6776;QD=13.3358;RBI=0.0410237;REFB=-0.0055531;REVB=0.0356176;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880615;STB=0.505148;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0177332;OID=.;OPOS=24926402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:13:11:7:8:13:11 chr15 24926526 . TGATA T 32.76 PASS AF=0.2;AO=5;DP=31;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0684922;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=4;MLLD=192.797;QD=4.36842;RBI=0.0840478;REFB=-0.0361523;REVB=-0.048712;RO=20;SAF=3;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172816;STB=0.566449;STBP=0.754;TYPE=del;VARB=0.14241;OID=.;OPOS=24926527;OREF=GATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:5:31:6:30:24:3:3:10:14:32:20:3:2:9:11 chr15 24926963 . T TGATAGATAGATA 84.34 PASS AF=0.234043;AO=7;DP=57;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0988831;FXX=0.175408;HRUN=1;LEN=12;MLLD=157.087;QD=7.17758;RBI=0.119323;REFB=-0.0405844;REVB=-0.0667835;RO=40;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561257;STB=0.585499;STBP=0.556;TYPE=ins;VARB=0.124674;OID=.;OPOS=24926964;OREF=-;OALT=GATAGATAGATA;OMAPALT=TGATAGATAGATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234043:7:57:11:47:36:4:7:17:19:84:40:4:3:21:19 chr15 25307562 . A G 839.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264405;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.41;QD=57.8906;RBI=0.0309339;REFB=0;REVB=0.0160564;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64097e-05;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr15 25324230 . C T 543.33 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0346314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.378;QD=22.6386;RBI=0.0834892;REFB=-0.0370755;REVB=-0.0759678;RO=45;SAF=29;SAR=22;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495001;STB=0.527262;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.025069;OID=.;OPOS=25324230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:22:29:23:22:22:29:23:22 chr15 25330550 . T A 464.25 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0220223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.222;QD=24.7599;RBI=0.02724;REFB=-0.0252475;REVB=0.0160324;RO=31;SAF=19;SAR=25;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345736;STB=0.518924;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0179022;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:25:19:12:19:25:19:12:19 chr15 25423956 . C T 596.76 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0194274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.834;QD=23.4025;RBI=0.0195789;REFB=-0.0239737;REVB=-0.00243101;RO=44;SAF=28;SAR=30;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945088;STB=0.551613;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0265321;OID=.;OPOS=25423956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:30:28:16:28:30:28:16:28 chr15 25425643 . C T 558.27 PASS AF=0.619048;AO=47;DP=83;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00179046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.675;QD=26.5844;RBI=0.0223618;REFB=-0.023871;REVB=0.02229;RO=32;SAF=30;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835717;STB=0.53332;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.015502;OID=.;OPOS=25425643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:32:32:47:52:0.619048:17:30:17:15:20:32:17:15 chr15 25429458 . A G 178.47 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0543152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2944;QD=10.8164;RBI=0.0547446;REFB=0.00763608;REVB=-0.00684302;RO=43;SAF=9;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110535;STB=0.564459;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.0194436;OID=.;OPOS=25429458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:14:9:21:22:14:9:21:22 chr15 25434642 . C T 465.75 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.00393027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.486;QD=16.634;RBI=0.0321853;REFB=-0.0107007;REVB=-0.0319444;RO=61;SAF=28;SAR=23;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213672;STB=0.618739;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.015946;OID=.;OPOS=25434642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:51:51:0.455357:23:28:20:41:23:28:20:41 chr15 25438493 . A G 2825.41 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0939;QD=62.787;RBI=0.0160436;REFB=0;REVB=-0.00333815;RO=0;SAF=84;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2973e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93419e-05;OID=.;OPOS=25438493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:180:0:0:179:180:1:95:84:0:0:96:84:0:0 chr15 25926186 . G A 398.61 PASS AF=0.352941;AO=48;DP=136;FAO=48;FDP=136;FR=.;FRO=88;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0101016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.63;QD=11.7237;RBI=0.0103547;REFB=-0.011017;REVB=0.00227548;RO=88;SAF=23;SAR=25;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107083;STB=0.506132;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.017269;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:88:88:48:48:0.352941:25:23:43:45:25:23:43:45 chr15 25926198 . C G 358.55 PASS AF=0.357724;AO=44;DP=123;FAO=44;FDP=123;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0168145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.327;QD=11.6601;RBI=0.018404;REFB=-0.0131207;REVB=-0.00748187;RO=79;SAF=19;SAR=25;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698585;STB=0.540019;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0225525;OID=.;OPOS=25926198;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:79:79:44:44:0.357724:25:19:39:40:25:19:39:40 chr15 25926204 . C G 318.91 PASS AF=0.353982;AO=40;DP=113;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0177199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3632;QD=11.2887;RBI=0.0375234;REFB=-0.0051293;REVB=-0.0330758;RO=73;SAF=18;SAR=22;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07941;STB=0.545593;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0149532;OID=.;OPOS=25926204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:73:73:40:40:0.353982:22:18:38:35:22:18:38:35 chr15 25961964 . A G 1057.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.871;QD=59.567;RBI=0.0459816;REFB=0;REVB=0.0452375;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102186;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:31:39:0:0:32:39:0:0 chr15 27017536 . G A 767.15 PASS AF=0.636364;AO=70;DP=110;FAO=70;FDP=110;FR=.;FRO=40;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00274003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.802;QD=27.8963;RBI=0.0054405;REFB=-0.0256126;REVB=0.00470013;RO=40;SAF=43;SAR=27;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760681;STB=0.504117;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0144148;OID=.;OPOS=27017536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:40:40:70:70:0.636364:27:43:25:15:27:43:25:15 chr15 27018797 . G A 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.00983579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.049;QD=15.7907;RBI=0.0192828;REFB=-0.023249;REVB=0.0165857;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146424;STB=0.58218;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0312447;OID=.;OPOS=27018797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:14:17:27:12:14:17:27:12 chr15 27128254 . A G 242.84 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0054096;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.994;QD=28.5698;RBI=0.0160058;REFB=-0.0348472;REVB=-0.0150639;RO=13;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105714;STB=0.538886;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0180117;OID=.;OPOS=27128254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:34:13:12:22:22:0.647059:7:15:7:6:7:15:7:5 chr15 27182357 . T C 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0127981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.849;QD=21.7159;RBI=0.0176537;REFB=-0.00314433;REVB=0.0121599;RO=39;SAF=13;SAR=31;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157028;STB=0.587008;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00245543;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:31:13:18:21:31:13:18:21 chr15 27184435 . C T 282.3 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0396261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4265;QD=13.9409;RBI=0.0420235;REFB=-0.00208972;REVB=0.0139908;RO=46;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00729765;STB=0.526707;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00537897;OID=.;OPOS=27184435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:46:48:32:33:0.407407:19:13:19:27:20:13:21:27 chr15 27184482 . C T 334.62 PASS AF=0.45;AO=34;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00664054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.274;QD=16.7309;RBI=0.0223447;REFB=-0.00962859;REVB=-0.0213352;RO=44;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973772;STB=0.537479;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0122121;OID=.;OPOS=27184482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:34:36:0.45:16:18:19:25:18:18:19:25 chr15 27184517 . G A 314.27 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00813979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.304;QD=17.7056;RBI=0.00889663;REFB=-0.0147366;REVB=-0.0035908;RO=36;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231504;STB=0.624205;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00822708;OID=.;OPOS=27184517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:33:34:0.478873:12:21:14:22:13:21:14:23 chr15 27188459 . C T 233.39 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0292294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.847;QD=16.9736;RBI=0.0455621;REFB=-0.00768004;REVB=0.0349506;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199382;STB=0.511227;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00942909;OID=.;OPOS=27188459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:14:15:14:12:14:15 chr15 27216746 . C T 174.05 PASS AF=0.708333;AO=16;DP=23;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.103919;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0243;QD=29.008;RBI=0.111086;REFB=-0.0761791;REVB=0.0392552;RO=6;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642547;STB=0.523781;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0521395;OID=.;OPOS=27216746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:24:6:7:16:17:0.708333:10:6:3:3:11:6:3:4 chr15 27516740 . GAGTC G 206.72 PASS AF=0.384615;AO=23;DP=67;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00347452;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=4;MLLD=339.831;QD=12.7215;RBI=0.0131091;REFB=-0.0152984;REVB=0.0126403;RO=38;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442758;STB=0.525106;STBP=0.767;TYPE=del;VARB=0.0206612;OID=.;OPOS=27516741;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:23:67:25:65:40:11:14:16:24:99:38:10:13:15:23 chr15 28090173 . C T 345.03 PASS AF=0.346774;AO=43;DP=124;FAO=43;FDP=124;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.0175454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.972;QD=11.13;RBI=0.0178999;REFB=-0.0118869;REVB=-0.00354468;RO=81;SAF=16;SAR=27;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712735;STB=0.541041;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0231523;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:81:81:43:43:0.346774:27:16:35:46:27:16:35:46 chr15 28096538 . A G 414.42 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0220085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0087;QD=13.93;RBI=0.0338754;REFB=-0.0348842;REVB=-0.0257521;RO=71;SAF=25;SAR=23;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887997;STB=0.550101;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.050334;OID=.;OPOS=28096538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:71:71:48:48:0.403361:23:25:31:40:23:25:31:40 chr15 28197037 . T C 226.29 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00399731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.979;QD=21.0498;RBI=0.0144685;REFB=-0.0287108;REVB=0.0139053;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126575;STB=0.579545;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0221593;OID=.;OPOS=28197037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:21:22:0.511628:12:9:12:9:13:9:12:9 chr15 28231793 . T C,G 1025.19 PASS AF=0.957143,0.0428571;AO=67,3;DP=70;FAO=67,3;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34,3;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955469,0.00639523;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.115,190.899;QD=58.5822;RBI=0.0610051,0.0177104;REFB=0,0;REVB=0.0602522,-0.0165154;RO=0;SAF=34,3;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.61397e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00162847,0.0252871;OID=.,.;OPOS=28231793,28231793;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:70:70:0:0:67,3:67,3:0.957143,0.0428571:33,0:34,3:0:0:33,0:34,3:0:0 chr15 28362459 . G A 747.89 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.264;QD=63.6506;RBI=0.0404663;REFB=0;REVB=0.0283096;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263601;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr15 28412872 . G A 200.62 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=0.000482255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.354;QD=9.78627;RBI=0.0298984;REFB=-0.00175761;REVB=-0.0298945;RO=56;SAF=15;SAR=11;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193646;STB=0.612247;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00591488;OID=.;OPOS=28412872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:56:26:26:0.317073:11:15:41:15:11:15:41:15 chr15 28414665 . T C 1662.4 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0338595;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.063;QD=59.3716;RBI=0.0790822;REFB=-0.0657735;REVB=0.071467;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.504853;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000781071;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:112:0:1:111:111:0.991071:51:60:0:0:51:60:0:1 chr15 28419746 . G A 108.45 PASS AF=0.191489;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.0261271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.863;QD=4.61473;RBI=0.0325972;REFB=-0.00683627;REVB=-0.0194924;RO=74;SAF=10;SAR=8;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20444;STB=0.62777;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0435271;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:74:76:18:18:0.191489:8:10:29:45:8:10:30:46 chr15 28475625 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.013944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.162;QD=24.3281;RBI=0.0154688;REFB=-0.0884449;REVB=0.00669689;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0184946;OID=.;OPOS=28475625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:1:1:3:4:1:1 chr15 28502279 . A G 400.69 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0210291;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.831;QD=21.089;RBI=0.0231789;REFB=-0.0252686;REVB=-0.00974859;RO=36;SAF=20;SAR=20;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119109;STB=0.565757;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0221304;OID=.;OPOS=28502279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:36:36:40:40:0.526316:20:20:13:23:20:20:13:23 chr15 28517436 . T C 355.61 PASS AF=0.306122;AO=45;DP=149;FAO=45;FDP=147;FR=.;FRO=102;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.00225042;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.26;QD=9.67634;RBI=0.00897831;REFB=0.00142278;REVB=-0.0086917;RO=99;SAF=29;SAR=16;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248274;STB=0.64749;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00553046;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:99:102:45:45:0.306122:16:29:43:56:16:29:44:58 chr15 29034198 . C T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00205617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.424;QD=20.8717;RBI=0.0020862;REFB=-0.0206688;REVB=-0.000352705;RO=20;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152558;STB=0.586122;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.015941;OID=.;OPOS=29034198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:7:14:10:10:7:14:10:10 chr15 29090572 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00771468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.952;QD=16.884;RBI=0.0845063;REFB=0.000931405;REVB=0.0841534;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121036;STB=0.569527;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.000170793;OID=.;OPOS=29090572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:9:8:9:6:9:8 chr15 29394009 . C T 401.04 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0137827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.991;QD=21.6779;RBI=0.0139877;REFB=-0.0128015;REVB=-0.00238603;RO=34;SAF=13;SAR=27;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130686;STB=0.572331;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0105685;OID=.;OPOS=29394009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:27:13:16:18:27:13:16:18 chr15 29415560 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00816829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.473;QD=14.1955;RBI=0.0220478;REFB=-0.00822893;REVB=0.0204789;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286975;STB=0.654338;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0117317;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:5:10:8:13:5:10:9:13 chr15 29415698 . A G 1607.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.931;QD=60.0752;RBI=0.0252504;REFB=0;REVB=0.00208338;RO=0;SAF=41;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6457e-05;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:66:41:0:0:66:41:0:0 chr15 29418520 . C T 235.65 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0377965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5668;QD=11.0895;RBI=0.0458769;REFB=-0.0149247;REVB=-0.0260022;RO=54;SAF=13;SAR=16;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181508;STB=0.614815;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0267673;OID=.;OPOS=29418520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:56:29:29:0.341176:16:13:33:21:16:13:35:21 chr15 29418573 . AT GC 166.19 PASS AF=0.302632;AO=22;DP=77;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.000664218;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.04;QD=8.74679;RBI=0.0196119;REFB=-0.0128506;REVB=-0.0196006;RO=52;SAF=12;SAR=10;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180129;STB=0.624465;STBP=0.162;TYPE=mnp;VARB=0.0357466;OID=.;OPOS=29418573;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:52:53:22:23:0.302632:10:12:36:16:11:12:37:16 chr15 29544656 . T C 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00828122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.869;QD=15.1962;RBI=0.0328376;REFB=-0.0199422;REVB=-0.0317762;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897838;STB=0.551575;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0267898;OID=.;OPOS=29544656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:18:8:7:11:18:8 chr15 30008856 . C A 1498.84 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195956;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.54;QD=59.9537;RBI=0.0406846;REFB=0;REVB=0.0356546;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20052e-05;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr15 30008889 . G A 1379.21 PASS AF=0.942308;AO=98;DP=104;FAO=98;FDP=104;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00968347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.57;QD=53.0466;RBI=0.0100275;REFB=-0.11886;REVB=0.00260414;RO=6;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556831;STB=0.529406;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00534203;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:104:104:6:6:98:98:0.942308:48:50:0:6:48:50:0:6 chr15 30018627 . T C 184.39 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.00702774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.631;QD=10.1034;RBI=0.0085472;REFB=-0.00628435;REVB=0.00486472;RO=49;SAF=11;SAR=13;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221305;STB=0.628694;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0164733;OID=.;OPOS=30018627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:13:11:32:17:13:11:32:17 chr15 30664453 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2256;QD=58.5858;RBI=0.0379848;REFB=0;REVB=0.0349905;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292386;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr15 30665280 . TCA T 62.19 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212879;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=308.663;QD=35.537;RBI=0.0289081;REFB=0;REVB=0.0195577;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000236194;OID=.;OPOS=30665281;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:7:7:0:4:3:0:0:4:0:4:2:0:0 chr15 31197564 . G A 783.49 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2597;QD=63.958;RBI=0.0547499;REFB=0;REVB=0.0318051;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155785;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr15 31229420 . T C 2315.9 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183727;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1481;QD=63.8868;RBI=0.0332787;REFB=0;REVB=0.0277473;RO=0;SAF=76;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138602;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:69:76:0:0:69:76:0:0 chr15 31231190 . T C 598.2 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156275;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3783;QD=61.3536;RBI=0.0159258;REFB=0;REVB=0.00306798;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148532;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr15 31267120 . G A 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0297303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.965;QD=8.88604;RBI=0.0309758;REFB=-0.00219913;REVB=-0.00869541;RO=37;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233498;STB=0.51412;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00442704;OID=.;OPOS=31267120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:7:8:19:18:7:8:19:18 chr15 31267147 . C T 757.64 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173046;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.778;QD=57.1801;RBI=0.0179189;REFB=0;REVB=0.00465184;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.038e-05;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr15 31330280 . A G 2051.2 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572402;FXX=0.0441144;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.866;QD=63.1139;RBI=0.0119816;REFB=0;REVB=0.0105258;RO=0;SAF=58;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1079e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029706;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:129:130:1:71:58:0:0:72:58:0:0 chr15 31342744 . C T 1065.79 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268149;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.83;QD=60.0447;RBI=0.0564496;REFB=0;REVB=-0.0496742;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130081;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr15 31362351 . GC G,GT 669.98 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=14,28;DP=42;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629969,0.0590332;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=251.273,268.04;QD=62.3234;RBI=0.0675955,0.0701069;REFB=0,0;REVB=0.0245058,0.0378161;RO=0;SAF=10,19;SAR=4,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.63386e-08,-3.62669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0205543,0.00102937;OID=.,.;OPOS=31362352,31362352;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0232558,0.976744:14,28:42:1,42:43:0:1,28:0,14:0:0:4:0:10,19:4,9:0:0 chr15 31369123 . A G 1763.27 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667302;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.45;QD=60.2826;RBI=0.087611;REFB=0;REVB=0.0567693;RO=0;SAF=48;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794308;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:118:117:0:0:116:117:1:68:48:0:0:69:48:0:0 chr15 31793930 . A G 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0173597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.111;QD=11.628;RBI=0.0222229;REFB=-0.0169691;REVB=-0.0138743;RO=46;SAF=19;SAR=7;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338491;STB=0.69651;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0232589;OID=.;OPOS=31793930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:7:19:20:26:7:19:20:26 chr15 32460309 . A T 98.04 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0120973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.406;QD=6.32499;RBI=0.0138923;REFB=-0.0156373;REVB=-0.00683017;RO=47;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315276;STB=0.694484;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0509808;OID=.;OPOS=32460309;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:5:10:19:28:5:10:19:28 chr15 33010412 . G A 390.4 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.016206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.1926;QD=32.5332;RBI=0.0735928;REFB=-0.0586309;REVB=0.0717863;RO=16;SAF=19;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198419;STB=0.510833;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0174111;OID=.;OPOS=33010412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:13:19:10:6:13:19:10:6 chr15 33023670 . C T 326.02 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00622188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5397;QD=20.0627;RBI=0.0399169;REFB=0.00116955;REVB=0.039429;RO=31;SAF=9;SAR=25;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318352;STB=0.677528;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000449059;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:25:9:19:12:25:9:19:12 chr15 33023685 . A C 431.54 PASS AF=0.552632;AO=41;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0338957;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.116;QD=22.7124;RBI=0.0345951;REFB=-0.00782803;REVB=0.00692097;RO=34;SAF=7;SAR=34;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455426;STB=0.734747;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00480871;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:41:42:0.552632:34:7:22:12:34:8:22:12 chr15 33023951 . T C 254.07 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0323192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.788;QD=21.6229;RBI=0.0418365;REFB=-0.033083;REVB=0.0265661;RO=23;SAF=16;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244915;STB=0.637564;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0277752;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:8:16:9:14:8:16:9:14 chr15 33023985 . A G 98.58 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0139209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7738;QD=14.0829;RBI=0.121607;REFB=-0.0188029;REVB=0.120807;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113119;STB=0.524651;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0152502;OID=.;OPOS=33023985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:14:16:12:12:0.428571:7:5:6:8:7:5:6:10 chr15 33024455 . T G 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=0.00570435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.207;QD=20.3419;RBI=0.0095681;REFB=-0.00619637;REVB=-0.00768173;RO=33;SAF=21;SAR=16;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321005;STB=0.681326;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0091801;OID=.;OPOS=33024455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:16:21:6:27:16:21:6:28 chr15 33025627 . C T 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0167125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.591;QD=11.6171;RBI=0.0167215;REFB=0.000756229;REVB=0.000549176;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199405;STB=0.606189;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00129157;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:11:8:20:13:11:8:20:14 chr15 33025979 . C T 194.19 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0773635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9724;QD=24.2734;RBI=0.0776926;REFB=0.00881406;REVB=-0.00714277;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885881;STB=0.504945;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00880932;OID=.;OPOS=33025979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:10:9:6:7:10:9:6:7 chr15 33026387 . A AT,T 70.88 PASS AF=0.323529,0;AO=18,4;DP=75;FAO=22,0;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=8,0;FSAR=14,0;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0902458,-0.0037305;FXX=0.0422476;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=7.84828,297.259;QD=4.16942;RBI=0.0962999,0.00532228;REFB=-0.0681477,-0.00435797;REVB=-0.0336061,-0.00379606;RO=46;SAF=6,0;SAR=12,4;SRF=20;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.128317,-0.520545;STB=0.535378,0.5;STBP=0.73,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0410749,0;OID=.,.;OPOS=33026388,33026387;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:75:68:46:46:18,4:22,0:0.323529,0:12,4:6,0:20:26:14,0:8,0:19:27 chr15 33091079 . A G 859.66 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0402497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.2839;QD=54.5816;RBI=0.0426834;REFB=-0.0661866;REVB=-0.0142066;RO=2;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362693;STB=0.519224;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00142721;OID=.;OPOS=33091079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:25:36:0:2:25:36:0:2 chr15 33261232 . G A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.050208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.523;QD=37.8926;RBI=0.0502091;REFB=-0.0801559;REVB=-0.000326594;RO=1;SAF=11;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393232;STB=0.521703;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00210193;OID=.;OPOS=33261232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:1:11:1:0:1:11:1:0 chr15 33359574 . C A 954.35 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.104309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.835;QD=56.9763;RBI=0.104357;REFB=-0.0224158;REVB=-0.00316249;RO=1;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160106;STB=0.508472;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00513504;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:29:36:0:1:29:37:0:1 chr15 33445938 . TCCCC TCCC,TCCCT 90.92 PASS AF=0.352941,0.0588235;AO=11,2;DP=34;FAO=12,2;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8,1;FSAR=4,1;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0912899,0.178493;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.804,20.3986;QD=10.6963;RBI=0.288107,0.238122;REFB=-0.0875698,-0.0695484;REVB=0.273261,0.157614;RO=20;SAF=8,1;SAR=3,1;SRF=2;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0.403226,0;SSSB=0.606145,0.513837;STB=0.814414,0.861918;STBP=0.022,0.737;TYPE=del,snp;VARB=0.109078,0.0854748;OID=.,.;OPOS=33445939,33445942;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TCCC,TCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941,0.0588235:11,2:34:12,2:34:20:8,1:4,1:2:18:78:20:8,1:3,1:2:18 chr15 33445983 . G A 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0264099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.988;QD=8.40202;RBI=0.0265339;REFB=-0.00721799;REVB=-0.00256219;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0291365;OID=.;OPOS=33445983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:7:14:6:3:7:14 chr15 33446258 . G A 509.58 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00492452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.717;QD=21.0135;RBI=0.00739445;REFB=-0.0182235;REVB=0.00551606;RO=48;SAF=12;SAR=37;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164411;STB=0.591502;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0250717;OID=.;OPOS=33446258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:37:12:19:29:37:12:19:29 chr15 33446311 . G C 439.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00415101;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.573;QD=21.9743;RBI=0.0168825;REFB=-0.0124634;REVB=0.0163642;RO=37;SAF=11;SAR=32;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244533;STB=0.635694;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0122821;OID=.;OPOS=33446311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:32:11:19:18:32:11:19:18 chr15 33840414 . A G 1492.21 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.060604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0104;QD=58.5179;RBI=0.060706;REFB=-0.0206865;REVB=-0.00351834;RO=1;SAF=59;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797385;STB=0.504201;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00120688;OID=.;OPOS=33840414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:42:59:1:0:42:59:1:0 chr15 33872177 . C T 157.7 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00524346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3647;QD=11.2642;RBI=0.00732232;REFB=0.0120399;REVB=0.00511102;RO=35;SAF=6;SAR=14;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383153;STB=0.728945;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0208411;OID=.;OPOS=33872177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:14:6:23:12:14:6:24:12 chr15 33905410 . A G 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0227034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.83;QD=12.4668;RBI=0.0332247;REFB=0.00155489;REVB=-0.0242577;RO=33;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111835;STB=0.564454;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00352962;OID=.;OPOS=33905410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:12:8:10:23:12:8:10:23 chr15 33954652 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.706;QD=57.2377;RBI=0.0471736;REFB=0;REVB=0.03707;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333295;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr15 34014753 . T C 906.01 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.011444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7804;QD=56.6258;RBI=0.0218347;REFB=-0.153483;REVB=0.0185954;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00227369;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:31:32:0:0:31:32:1:0 chr15 34014913 . C T 229.44 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00509587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.883;QD=14.1192;RBI=0.0144189;REFB=-0.00765972;REVB=0.0134884;RO=38;SAF=18;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178719;STB=0.602073;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00950528;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:9:18:19:19:9:18:19:19 chr15 34015013 . G A 223.92 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0144634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.055;QD=17.5624;RBI=0.0310408;REFB=-0.0514605;REVB=-0.0274653;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385395;STB=0.512305;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0352676;OID=.;OPOS=34015013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:13:11:13:13:13:11:13:14 chr15 34016274 . G A 859.72 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000697447;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.352;QD=54.5855;RBI=0.0215139;REFB=-0.0888145;REVB=0.0215026;RO=2;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230178;STB=0.512191;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00040459;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:40:21:0:2:40:21:0:2 chr15 34113010 . C T 294.47 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0186395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2464;QD=28.0448;RBI=0.0207745;REFB=0.0046146;REVB=-0.00917323;RO=16;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19788;STB=0.609348;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00434673;OID=.;OPOS=34113010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:17:9:10:6:17:9:10:6 chr15 34113536 . A G 393.4 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0018736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.481;QD=22.4801;RBI=0.0413761;REFB=-0.026169;REVB=-0.0413337;RO=30;SAF=23;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175763;STB=0.589698;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0189179;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:31:39:39:0.557143:16:23:11:19:16:23:12:19 chr15 34158266 . A G 1572.82 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4887;QD=59.9171;RBI=0.0746888;REFB=0;REVB=0.0624797;RO=0;SAF=66;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245448;OID=.;OPOS=34158266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:38:66:0:0:38:67:0:0 chr15 34356988 . G A 1244.24 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.147;QD=61.4439;RBI=0.0383806;REFB=0;REVB=0.0368427;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8751e-05;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:31:48:0:0:33:48:0:0 chr15 34357259 . T A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.405;QD=57.2377;RBI=0.023315;REFB=0;REVB=0.00151619;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03808e-05;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr15 34522985 . C G 1498.14 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234926;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.191;QD=63.7508;RBI=0.051031;REFB=0;REVB=0.0453019;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102107;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:56:38:0:0:56:38:0:0 chr15 34524995 . G T 1533.1 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.318;QD=63.2205;RBI=0.0173031;REFB=0;REVB=-0.00781006;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304117;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:52:42:0:0:52:45:0:0 chr15 34525035 . T C 1153.51 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2049;QD=60.7112;RBI=0.0273299;REFB=0;REVB=-0.0245067;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.26784e-05;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr15 34528948 . G A 741.72 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0100519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0579;QD=52.9798;RBI=0.059575;REFB=-0.102961;REVB=0.0587208;RO=2;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348761;STB=0.518512;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0162666;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:26:28:0:2:26:28:0:2 chr15 34640218 . C T 1398.44 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0655357;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.0066;QD=60.8019;RBI=0.0733923;REFB=-0.0604439;REVB=0.0330379;RO=2;SAF=55;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00480906;STB=0.507041;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000459913;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:92:2:1:90:91:0.98913:35:55:1:1:35:56:0:1 chr15 34640378 . T C 408.53 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870553;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.399;QD=56.3496;RBI=0.00996096;REFB=0;REVB=-0.0048409;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149336;OID=.;OPOS=34640378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:21:7:0:0:22:7:0:0 chr15 34649631 . G A 430.33 PASS AF=0.384615;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.00820392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.749;QD=13.2409;RBI=0.0296029;REFB=-0.00917527;REVB=0.0284435;RO=80;SAF=23;SAR=27;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434942;STB=0.524666;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0195193;OID=.;OPOS=34649631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:80:80:50:50:0.384615:27:23:40:40:27:23:40:40 chr15 34673722 . C T 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00693175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.292;QD=23.5981;RBI=0.00938269;REFB=0.00692179;REVB=-0.00632342;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242181;STB=0.513503;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00533018;OID=.;OPOS=34673722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:15:10:9:12:15:10:9:12 chr15 35045276 . G A 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.867;QD=56.7024;RBI=0.0196693;REFB=0;REVB=0.0179583;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22202e-05;OID=.;OPOS=35045276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr15 35045312 . T A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.545;QD=57.6802;RBI=0.0371896;REFB=0;REVB=0.0160083;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.96056e-05;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr15 35082141 . A G 342.02 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00231297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.822;QD=20.1189;RBI=0.00390064;REFB=-0.0303939;REVB=-0.00314089;RO=30;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396786;STB=0.527762;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0235609;OID=.;OPOS=35082141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:30:32:35:36:0.529412:17:18:14:16:17:19:15:17 chr15 35082225 . C T 240.44 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0392939;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.162;QD=19.235;RBI=0.0439732;REFB=-0.0104471;REVB=-0.0197391;RO=25;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143548;STB=0.58058;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0240986;OID=.;OPOS=35082225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:25:25:25:0.5:10:15:11:14:10:15:11:14 chr15 35149008 . C T 1608.78 PASS AF=0.948718;AO=111;DP=119;FAO=111;FDP=117;FR=.;FRO=6;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0013814;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.031;QD=55.0009;RBI=0.00511996;REFB=0.00143733;REVB=-0.00493008;RO=6;SAF=52;SAR=59;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029513;STB=0.515567;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-5.99255e-05;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:119:117:6:6:111:111:0.948718:59:52:1:5:59:52:1:5 chr15 35230927 . A G 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0177942;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.701;QD=2.35117;RBI=0.0228086;REFB=-0.000277109;REVB=-0.0142689;RO=45;SAF=5;SAR=1;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312965;STB=0.735543;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00269438;OID=.;OPOS=35230927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:45:47:6:6:0.113208:1:5:27:18:1:5:29:18 chr15 35230931 . A AT 45.93 PASS AF=0.150943;AO=7;DP=54;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00633272;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=286.925;QD=3.46659;RBI=0.00793881;REFB=-0.00395404;REVB=-0.00478762;RO=46;SAF=6;SAR=1;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353659;STB=0.795543;STBP=0.115;TYPE=ins;VARB=0.0260536;OID=.;OPOS=35230932;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.150943:7:54:8:53:45:7:1:27:18:45:46:6:1:28:18 chr15 35230934 . A ATAGT,T 678.17 PASS AF=0.823529,0.156863;AO=42,8;DP=53;FAO=42,8;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25,7;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191381,0.0160802;FXX=0.0377287;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=191.14,109.703;QD=53.1898;RBI=0.019203,0.016081;REFB=-0.0657166,-0.0181285;REVB=-0.00157704,-0.000157181;RO=3;SAF=25,7;SAR=17,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0092751,0.185472;STB=0.514279,0.666169;STBP=0.286,0.095;TYPE=ins,snp;VARB=0.00371093,-0.0123678;OID=.,.;OPOS=35230935,35230934;OREF=-,A;OALT=TAGT,T;OMAPALT=ATAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:53:51:3:1:42,8:42,8:0.823529,0.156863:17,1:25,7:2:1:17,1:25,7:0:1 chr15 35256624 . C G 1381.15 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.712;QD=62.0742;RBI=0.0259249;REFB=0;REVB=-0.016302;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.03817e-05;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr15 35272234 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.074;QD=40.7629;RBI=0.0664488;REFB=0;REVB=0.0117838;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531827;OID=.;OPOS=35272234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr15 36937408 . GT G,TT 54.95 PASS AF=0.173913,0.0869565;AO=18,5;DP=70;FAO=12,6;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=10,1;FSAR=2,5;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.142609,-0.0086582;FXX=0.0142837;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=8.76249,212.962;QD=3.18554;RBI=0.258465,0.0223347;REFB=-0.0117705,-0.00231522;REVB=0.215562,-0.0205882;RO=36;SAF=16,2;SAR=2,3;SRF=25;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.355692,-0.335536;STB=0.683103,0.887261;STBP=0.221,0.119;TYPE=del,snp;VARB=0.0440057,-0.00160515;OID=.,.;OPOS=36937409,36937408;OREF=T,G;OALT=-,T;OMAPALT=G,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:70:69:36:51:18,5:12,6:0.173913,0.0869565:2,3:16,2:25:11:2,5:10,1:34:17 chr15 36946303 . C G 2292.81 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482221;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.464;QD=61.1415;RBI=0.0400328;REFB=0;REVB=0.0397413;RO=0;SAF=53;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15634e-05;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:150:150:1:97:53:0:0:97:53:0:0 chr15 36983962 . T C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00901555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.257;QD=17.379;RBI=0.00927539;REFB=-0.0154779;REVB=-0.00218008;RO=36;SAF=12;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131528;STB=0.567526;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0190886;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:21:12:18:18:21:12:18:19 chr15 37184076 . C T 314.7 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00736309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.923;QD=17.483;RBI=0.0133828;REFB=-0.00814508;REVB=0.0111751;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470234;STB=0.5263;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00871719;OID=.;OPOS=37184076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:18:16:16:22:18:16:16:22 chr15 37343040 . C G 217.28 PASS AF=0.430769;AO=25;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0316354;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.092;QD=13.3711;RBI=0.0860826;REFB=-0.0383798;REVB=-0.0800588;RO=37;SAF=3;SAR=22;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235495;STB=0.59992;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0490983;OID=.;OPOS=37343040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:37:25:28:0.430769:22:3:9:28:24:4:9:28 chr15 38233869 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.656;QD=59.8558;RBI=0.00928536;REFB=0;REVB=0.00899034;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53476e-06;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr15 38235521 . T A 192.74 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00807543;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2261;QD=15.7342;RBI=0.0427762;REFB=-0.00885332;REVB=0.042007;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725981;STB=0.530582;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0135978;OID=.;OPOS=38235521;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:29:20:20:0.408163:10:10:16:12:10:10:16:13 chr15 38614525 . G A 414.49 PASS AF=0.439252;AO=45;DP=106;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00191699;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.059;QD=15.4949;RBI=0.00460768;REFB=0.00782987;REVB=0.00418998;RO=58;SAF=25;SAR=20;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387352;STB=0.520616;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00977001;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:58:60:45:47:0.439252:20:25:30:28:21:26:31:29 chr15 38643574 . T C 371.74 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0195345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.949;QD=17.4935;RBI=0.0203079;REFB=-0.0157959;REVB=-0.00555118;RO=46;SAF=12;SAR=27;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908312;STB=0.550993;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0272717;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:27:12:18:28:27:12:18:28 chr15 38644498 . A G 495.48 PASS AF=0.311321;AO=64;DP=211;FAO=66;FDP=212;FR=.;FRO=146;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=63;FSRR=83;FWDB=-0.0101924;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.617;QD=9.34864;RBI=0.0123;REFB=-0.0212257;REVB=0.00688516;RO=137;SAF=31;SAR=33;SRF=56;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897466;STB=0.547156;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0547768;OID=.;OPOS=38644498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:137:146:64:66:0.311321:33:31:56:81:33:33:63:83 chr15 38645589 . A C 240.58 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0156293;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4098;QD=11.5943;RBI=0.022744;REFB=0.00283787;REVB=0.0165231;RO=53;SAF=10;SAR=19;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168776;STB=0.604397;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00424214;OID=.;OPOS=38645589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:54:29:29:0.349398:19:10:26:27:19:10:27:27 chr15 38857631 . C G 1513.21 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3115;QD=59.9289;RBI=0.054134;REFB=0;REVB=-0.0541009;RO=0;SAF=39;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175678;OID=.;OPOS=38857631;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:62:39:0:0:62:39:0:0 chr15 38988815 . C G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.888;QD=61.8521;RBI=0.022891;REFB=0;REVB=-0.00901756;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45604e-05;OID=.;OPOS=38988815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr15 39544512 . C T 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0126973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.085;QD=18.6733;RBI=0.0162393;REFB=-0.0229452;REVB=-0.0101239;RO=34;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899657;STB=0.563717;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0258824;OID=.;OPOS=39544512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:36:35:35:0.492958:19:16:19:15:19:16:21:15 chr15 39545032 . T G 1665.81 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.01875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.806;QD=58.4496;RBI=0.0325267;REFB=-0.157067;REVB=0.0265786;RO=2;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172567;STB=0.508927;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000424976;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:114:2:2:111:112:0.982456:54:57:0:2:55:57:0:2 chr15 39545268 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.196;QD=57.5447;RBI=0.0429962;REFB=0;REVB=0.036089;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174684;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr15 39545282 . G A 239.54 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0450217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8585;QD=18.0785;RBI=0.056315;REFB=0.0117079;REVB=-0.0338293;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872687;STB=0.54901;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0131727;OID=.;OPOS=39545282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:11:15:13:14:11:15:13:14 chr15 39545457 . C T 431.83 PASS AF=0.723404;AO=34;DP=47;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0226606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.854;QD=36.7519;RBI=0.0226625;REFB=-0.0232404;REVB=-0.000295249;RO=13;SAF=17;SAR=17;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195882;STB=0.510632;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00710069;OID=.;OPOS=39545457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:13:34:34:0.723404:17:17:6:7:17:17:6:7 chr15 39545481 . A G 412.68 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000733505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.664;QD=31.7446;RBI=0.0235209;REFB=-0.0112128;REVB=-0.0235094;RO=15;SAF=20;SAR=17;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319111;STB=0.517304;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00351245;OID=.;OPOS=39545481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:37:37:0.711538:17:20:9:6:17:20:9:6 chr15 39546114 . A G 311.04 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0168768;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0127;QD=18.5698;RBI=0.0349096;REFB=0.000541881;REVB=0.030559;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121093;STB=0.567527;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000619318;OID=.;OPOS=39546114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:15:18:14:20:15:18:14:20 chr15 39546830 . T C 206.36 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00666114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.048;QD=13.3136;RBI=0.0069785;REFB=-0.0148499;REVB=0.00208055;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583321;STB=0.544006;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0190839;OID=.;OPOS=39546830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:37:24:25:0.403226:11:13:18:19:11:14:18:19 chr15 39879717 . G A 445.82 PASS AF=0.505747;AO=40;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00802749;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.094;QD=20.4973;RBI=0.0184553;REFB=-0.0100107;REVB=0.016618;RO=46;SAF=25;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383771;STB=0.516641;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0110814;OID=.;OPOS=39879717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:46:43:40:44:0.505747:15:25:27:19:18:26:24:19 chr15 39880358 . C T 558.5 PASS AF=0.55914;AO=51;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00429871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.281;QD=24.0214;RBI=0.00540689;REFB=-0.0135064;REVB=-0.00327955;RO=41;SAF=17;SAR=34;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153739;STB=0.576993;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00625804;OID=.;OPOS=39880358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:51:52:0.55914:34:17:21:20:34:18:21:20 chr15 39880822 . A G 897.96 PASS AF=0.497238;AO=90;DP=182;FAO=90;FDP=181;FR=.;FRO=91;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.0199124;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3154;QD=19.8445;RBI=0.0199145;REFB=-0.0079896;REVB=-0.000290496;RO=90;SAF=45;SAR=45;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606305;STB=0.53038;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0118706;OID=.;OPOS=39880822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:90:91:90:90:0.497238:45:45:51:39:45:45:51:40 chr15 39910052 . C G 647.62 PASS AF=0.567568;AO=62;DP=111;FAO=63;FDP=111;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.119372;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7397;QD=23.3378;RBI=0.120726;REFB=0.0218633;REVB=-0.0180264;RO=49;SAF=20;SAR=42;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111307;STB=0.549004;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0145866;OID=.;OPOS=39910052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:48:62:63:0.567568:42:20:22:27:42:21:21:27 chr15 39910404 . G A 224.25 PASS AF=0.478261;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00394176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.048;QD=19.5004;RBI=0.0218357;REFB=-0.0278998;REVB=0.021477;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160183;STB=0.58688;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0326581;OID=.;OPOS=39910404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:24:24:20:22:0.478261:10:10:8:16:11:11:8:16 chr15 39910431 . A G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00868051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.795;QD=20.456;RBI=0.00998981;REFB=0.00248343;REVB=0.0049442;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519842;STB=0.529377;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00523163;OID=.;OPOS=39910431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:8:9:7:8:8:9:7:8 chr15 40226495 . T C 1405.82 PASS AF=0.951923;AO=99;DP=104;FAO=99;FDP=104;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0072932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.905;QD=54.0701;RBI=0.00867303;REFB=0.00386316;REVB=0.00469369;RO=5;SAF=64;SAR=35;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356251;STB=0.518793;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-2.52093e-06;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:104:104:5:5:99:99:0.951923:35:64:5:0:35:64:5:0 chr15 40259848 . A C 247.38 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.000605963;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.166;QD=13.5548;RBI=0.000655843;REFB=-0.00331975;REVB=-0.000250875;RO=44;SAF=8;SAR=21;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232539;STB=0.633618;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00512836;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:44:29:29:0.39726:21:8:21:23:21:8:21:23 chr15 40265799 . A G 1125.51 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0519736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9988;QD=57.7184;RBI=0.0959987;REFB=-0.057314;REVB=-0.0807124;RO=2;SAF=21;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017202;STB=0.509089;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00143123;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:75:76:0.974359:54:21:0:2:54:22:0:2 chr15 40268998 . G C,GGACGAC 234.98 PASS AF=0.0808081,0.252525;AO=8,24;DP=103;FAO=8,25;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=4,10;FSAR=4,15;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0602856,-0.0249684;FXX=0.0388312;HRUN=2,2;LEN=1,6;MLLD=100.506,213.91;QD=9.49403;RBI=0.0618066,0.0361666;REFB=-0.0105495,-0.0180521;REVB=-0.0136272,-0.0261649;RO=68;SAF=4,9;SAR=4,15;SRF=29;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0863668,-0.0656918;STB=0.553921,0.529388;STBP=0.767,0.762;TYPE=snp,ins;VARB=0.06001,0.0408402;OID=.,.;OPOS=40268998,40268999;OREF=G,-;OALT=C,GACGAC;OMAPALT=C,GGACGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:103:99:68:66:8,24:8,25:0.0808081,0.252525:4,15:4,9:29:39:4,15:4,10:29:37 chr15 40309363 . T G 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0430497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.833;QD=16.1153;RBI=0.0436598;REFB=0.00188222;REVB=0.00727367;RO=29;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152367;STB=0.586592;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00251103;OID=.;OPOS=40309363;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:8:16:15:14:8:16:15:14 chr15 40327207 . ATCTTT A 723.59 PASS AF=0.396226;AO=77;DP=217;FAO=84;FDP=212;FR=.;FRO=128;FSAF=61;FSAR=23;FSRF=95;FSRR=33;FWDB=0.012903;FXX=0.0275217;HRUN=1;LEN=5;MLLD=199.355;QD=13.6526;RBI=0.0285963;REFB=-0.010509;REVB=0.0255198;RO=104;SAF=59;SAR=18;SRF=77;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362224;STB=0.512276;STBP=0.806;TYPE=del;VARB=0.015532;OID=.;OPOS=40327208;OREF=TCTTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396226:77:217:84:212:128:61:23:95:33:99:104:59:18:77:27 chr15 40327290 . A G 1647.29 PASS AF=0.519231;AO=161;DP=309;FAO=162;FDP=312;FR=.;FRO=150;FSAF=102;FSAR=60;FSRF=87;FSRR=63;FWDB=0.00963834;FXX=0.00636922;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.738;QD=21.1191;RBI=0.0110658;REFB=-0.0134575;REVB=-0.00543641;RO=147;SAF=102;SAR=59;SRF=86;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450138;STB=0.525242;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0133059;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:312:147:150:161:162:0.519231:59:102:86:61:60:102:87:63 chr15 40327301 . G A 1590.39 PASS AF=0.503165;AO=159;DP=314;FAO=159;FDP=316;FR=.;FRO=157;FSAF=98;FSAR=61;FSRF=90;FSRR=67;FWDB=-0.0307381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2216;QD=20.1315;RBI=0.0601721;REFB=0.00046794;REVB=-0.0517287;RO=154;SAF=98;SAR=61;SRF=88;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422047;STB=0.522403;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.000961409;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:316:154:157:159:159:0.503165:61:98:88:66:61:98:90:67 chr15 40327793 . CCTG C 344.67 PASS AF=0.28223;AO=87;DP=287;FAO=81;FDP=287;FR=.;FRO=206;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=75;FSRR=131;FWDB=0.00265269;FXX=0.0137452;HRUN=2;LEN=3;MLLD=319.521;QD=4.80369;RBI=0.0196788;REFB=-0.00983307;REVB=-0.0194992;RO=160;SAF=39;SAR=48;SRF=65;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486697;STB=0.541556;STBP=0.393;TYPE=del;VARB=0.0242067;OID=.;OPOS=40327794;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28223:87:287:81:287:206:34:47:75:131:99:160:39:48:65:95 chr15 40328575 . G C 1175.84 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0366916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.443;QD=59.5364;RBI=0.0859121;REFB=-0.164618;REVB=0.0776828;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133317;STB=0.50704;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00101186;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:43:35:1:0:43:35:1:0 chr15 40328665 . G A 111.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0116902;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.156;QD=8.10397;RBI=0.0260791;REFB=-0.0134091;REVB=-0.0233122;RO=35;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210822;STB=0.515703;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0260786;OID=.;OPOS=40328665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:35:40:15:15:0.272727:11:4:5:30:11:4:10:30 chr15 40330564 . C T 606.61 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3476;QD=60.661;RBI=0.0643029;REFB=0;REVB=-0.0394391;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216252;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr15 40380297 . T C 673.5 PASS AF=0.40107;AO=75;DP=188;FAO=75;FDP=187;FR=.;FRO=112;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=68;FWDB=0.0277651;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6316;QD=14.4063;RBI=0.02799;REFB=-0.00391113;REVB=0.00354107;RO=111;SAF=24;SAR=51;SRF=43;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079372;STB=0.548374;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00455644;OID=.;OPOS=40380297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:111:112:75:75:0.40107:51:24:43:68:51:24:44:68 chr15 40383347 . T C 883.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.663;QD=57.9144;RBI=0.0437956;REFB=0;REVB=0.041014;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91316e-05;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:22:37:0:0:24:37:0:0 chr15 40383779 . A C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00872112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.181;QD=12.73;RBI=0.0164074;REFB=-0.00512382;REVB=0.0138976;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535863;STB=0.531844;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00804782;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:6:6:5:4:6:6 chr15 40398210 . G A 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.000638179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.799;QD=13.0312;RBI=0.00396117;REFB=-0.0128603;REVB=-0.00390943;RO=40;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019362;STB=0.503223;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0250878;OID=.;OPOS=40398210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:40:42:27:27:0.391304:14:13:20:20:14:13:20:22 chr15 40426913 . C A 362.35 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.00615862;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.68;QD=15.257;RBI=0.0230271;REFB=-0.0123767;REVB=-0.0221882;RO=54;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134709;STB=0.573275;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0272462;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:54:56:39:39:0.410526:21:18:18:36:21:18:19:37 chr15 40477831 . G A 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9105;QD=61.5357;RBI=0.00922671;REFB=0;REVB=-0.00916314;RO=0;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.51164e-05;OID=.;OPOS=40477831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:29:52:0:0:29:52:0:0 chr15 40544493 . A G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0116758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.302;QD=14.6975;RBI=0.024463;REFB=-0.00911557;REVB=-0.0214968;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215344;STB=0.611009;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0139802;OID=.;OPOS=40544493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:11:10:20:9:11:10:20:10 chr15 40544520 . G C 72.04 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0158329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1145;QD=8.23277;RBI=0.0205994;REFB=0.0111003;REVB=0.0131779;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483401;STB=0.777284;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0341171;OID=.;OPOS=40544520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:35:24:25:10:10:0.285714:7:3:18:6:7:3:18:7 chr15 40544617 . G A 72.06 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0413511;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0109;QD=7.58487;RBI=0.0517021;REFB=0.000181234;REVB=0.0310354;RO=28;SAF=7;SAR=3;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732683;STB=0.579853;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00381371;OID=.;OPOS=40544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:39:38:28:28:10:10:0.263158:3:7:21:7:3:7:22:6 chr15 40558087 . G A 227.71 PASS AF=0.397059;AO=24;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0244715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.343;QD=13.3947;RBI=0.0316143;REFB=-0.0311595;REVB=-0.0200153;RO=31;SAF=6;SAR=18;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904703;STB=0.548659;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0413134;OID=.;OPOS=40558087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:40:24:27:0.397059:18:6:10:21:20:7:13:27 chr15 40573675 . G T 312.8 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0378261;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.033;QD=21.9505;RBI=0.0385749;REFB=-0.0416091;REVB=-0.00756366;RO=25;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820336;STB=0.545426;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0312856;OID=.;OPOS=40573675;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:21:11:11:14:21:11:11:14 chr15 40573716 . A G 1062.37 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.727;QD=59.8521;RBI=0.051595;REFB=0;REVB=-0.0467276;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144873;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr15 40581543 . T C 497.86 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0128247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.323;QD=21.1856;RBI=0.0138944;REFB=-0.0154731;REVB=-0.00534614;RO=45;SAF=14;SAR=34;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432052;STB=0.520034;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0148856;OID=.;OPOS=40581543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:46:48:48:0.510638:34:14:15:30:34:14:15:31 chr15 40583876 . T G 393.43 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0399;QD=56.2049;RBI=0.0934028;REFB=0;REVB=0.0862097;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089402;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:18:10:0:0 chr15 40589002 . A G 452.16 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.000223975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.996;QD=22.0563;RBI=0.00613325;REFB=0.00947882;REVB=-0.00612916;RO=38;SAF=18;SAR=26;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1433;STB=0.579028;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00752955;OID=.;OPOS=40589002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:26:18:22:16:26:18:22:16 chr15 40590134 . G A 270.75 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0159594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.873;QD=16.9217;RBI=0.0161681;REFB=-0.00387037;REVB=-0.00258946;RO=34;SAF=22;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270535;STB=0.65286;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00313664;OID=.;OPOS=40590134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:8:22:16:18:8:22:16:18 chr15 40595565 . C T 576.31 PASS AF=0.56;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0754031;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.122;QD=23.0523;RBI=0.0755349;REFB=-0.0163404;REVB=-0.0044592;RO=41;SAF=26;SAR=30;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182524;STB=0.504309;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0138527;OID=.;OPOS=40595565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:41:44:56:56:0.56:30:26:20:21:30:26:20:24 chr15 40633138 . A T 1549.15 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.934;QD=63.8827;RBI=0.0117561;REFB=0;REVB=0.0112572;RO=0;SAF=30;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7981e-05;OID=.;OPOS=40633138;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:66:30:0:0:67:30:0:0 chr15 40655845 . C G 50.08 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.3045;QD=33.3837;RBI=0.00928748;REFB=0;REVB=-0.00928748;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000918704;OID=.;OPOS=40655845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr15 40655873 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4026;QD=33.4284;RBI=0.105269;REFB=0;REVB=-0.105269;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0106162;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr15 40656141 . T A,C 527.49 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,34;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171986,0.00291755;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.704,141.45;QD=58.6096;RBI=0.0181256,0.0124461;REFB=0,0;REVB=0.00572224,0.0120994;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.75716e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0512698,0.00313728;OID=.,.;OPOS=40656141,40656141;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:2,34:2,34:0.0555556,0.944444:2,22:0,12:0:0:2,22:0,12:0:0 chr15 40662501 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.704;QD=58.7816;RBI=0.0785773;REFB=0;REVB=0.0711738;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232854;OID=.;OPOS=40662501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr15 40710723 . G A 1548.59 PASS AF=0.972973;AO=103;DP=107;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0552521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0984;QD=55.8049;RBI=0.0667404;REFB=-0.0482184;REVB=0.0374366;RO=4;SAF=60;SAR=43;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305833;STB=0.511626;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0128316;OID=.;OPOS=40710723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:111:4:3:103:108:0.972973:43:60:4:0:45:63:3:0 chr15 40751555 . C A 508.48 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0631321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3953;QD=56.4974;RBI=0.0697627;REFB=-0.0860068;REVB=0.0296846;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00240414;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:36:0:1:33:35:0.972222:12:21:0:0:14:21:0:1 chr15 40845952 . A G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0277853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.601;QD=10.4723;RBI=0.0301574;REFB=-0.00283724;REVB=0.0117239;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234146;STB=0.638675;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00603282;OID=.;OPOS=40845952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:17:7:6:6:17:7 chr15 40849408 . C T 365.37 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.048917;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0899;QD=18.2687;RBI=0.0724543;REFB=-0.0180623;REVB=-0.0534486;RO=42;SAF=23;SAR=15;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231128;STB=0.628839;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0191308;OID=.;OPOS=40849408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:15:23:15:27:15:23:15:27 chr15 40855210 . T A 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00978906;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=353.761;QD=26.339;RBI=0.0107124;REFB=0.00245736;REVB=-0.00435092;RO=14;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833594;STB=0.531008;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00132433;OID=.;OPOS=40855210;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:12:11:5:9:12:11:6:9 chr15 40856989 . C T 491.61 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0211442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.65;QD=51.7485;RBI=0.049913;REFB=-0.050964;REVB=0.0452132;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283378;STB=0.542833;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000488741;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:1:3:35:35:0.921053:19:16:1:0:19:16:3:0 chr15 40862064 . C T 448.63 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0340878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3409;QD=19.0907;RBI=0.0398071;REFB=-0.0112076;REVB=-0.0205579;RO=48;SAF=17;SAR=28;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777421;STB=0.53871;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0178769;OID=.;OPOS=40862064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:49:45:45:0.478723:28:17:22:26:28:17:22:27 chr15 40898643 . G C 291.71 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0207275;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.757;QD=14.2298;RBI=0.0211454;REFB=-0.00624812;REVB=0.00418346;RO=48;SAF=13;SAR=20;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238412;STB=0.629038;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00787505;OID=.;OPOS=40898643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:48:49:33:33:0.402439:20:13:30:18:20:13:30:19 chr15 40903684 . A G 855.76 PASS AF=0.486034;AO=86;DP=178;FAO=87;FDP=179;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.00739399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.488;QD=19.123;RBI=0.0132667;REFB=-0.00688634;REVB=-0.0110152;RO=92;SAF=28;SAR=58;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202911;STB=0.613975;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00809707;OID=.;OPOS=40903684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:92:92:86:87:0.486034:58:28:49:43:59:28:49:43 chr15 40913840 . G T 612.53 PASS AF=0.525424;AO=61;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=-0.011569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.058;QD=20.7639;RBI=0.0174356;REFB=-0.0034361;REVB=-0.0130445;RO=56;SAF=33;SAR=28;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235121;STB=0.630944;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00223496;OID=.;OPOS=40913840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:56:61:62:0.525424:28:33:15:41:28:34:15:41 chr15 40915190 . A G 108.83 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0216089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.781;QD=24.1848;RBI=0.0216774;REFB=-0.0531684;REVB=-0.00172234;RO=6;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175522;STB=0.599822;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0212825;OID=.;OPOS=40915190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:3:9:3:3:3:9:3:3 chr15 40916237 . A G 207.53 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0630219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4456;QD=17.6625;RBI=0.0639349;REFB=-0.00930762;REVB=-0.0107661;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451959;STB=0.755584;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00869149;OID=.;OPOS=40916237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:6:20:6:15:6:20 chr15 41105926 . T G 453.9 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.409;QD=55.0177;RBI=0.0183801;REFB=-0.121537;REVB=0.000396796;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00100912;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:1:0:15:17:1:0 chr15 41148199 . C T 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.803;QD=62.0169;RBI=0.0136445;REFB=0;REVB=0.00945673;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49089e-05;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr15 41149161 . G C 272.65 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.532;QD=51.9326;RBI=0.126157;REFB=0;REVB=0.00645808;RO=0;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506804;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:20:0:0:0:20:1:0:0 chr15 41271718 . C T 2392.99 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.977;QD=60.5821;RBI=0.0256574;REFB=0;REVB=0.0156321;RO=2;SAF=72;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000795172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112607;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:158:2:0:154:158:1:82:72:1:1:83:75:0:0 chr15 41313210 . GGC G,GG 283.77 PASS AF=0.0405405,0.702703;AO=16,28;DP=75;FAO=3,52;FDP=74;FR=.;FRO=19;FSAF=0,26;FSAR=3,26;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.161352,-0.165769;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=13.558,10.7712;QD=15.339;RBI=0.195292,0.16792;REFB=-0.0372672,-0.147699;REVB=-0.11002,0.0267912;RO=22;SAF=4,15;SAR=12,13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0.475325,0;SSEP=0.309218,0.445161;SSSB=-0.187268,0.100176;STB=0.99608,0.50704;STBP=0.079,0.867;TYPE=del,del;VARB=0.0479519,0.113513;OID=.,.;OPOS=41313211,41313212;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0405405,0.702703:16,28:75:3,52:74:19:0,26:3,26:9:10:46:22:4,15:12,13:9:13 chr15 41476209 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.506;QD=58.9623;RBI=0.00726284;REFB=0;REVB=-0.00451194;RO=0;SAF=18;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23194e-05;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:48:18:0:0:48:18:0:0 chr15 41574051 . C T 366.93 PASS AF=0.413462;AO=42;DP=103;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0161233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9735;QD=14.1127;RBI=0.0347303;REFB=-0.00680473;REVB=-0.0307609;RO=61;SAF=14;SAR=28;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223456;STB=0.61533;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.011713;OID=.;OPOS=41574051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:61:61:42:43:0.413462:28:14:33:28:28:15:33:28 chr15 41634587 . AC GA 215.63 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0159135;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=2;MLLD=230.262;QD=21.037;RBI=0.0173632;REFB=0.00392221;REVB=-0.00694554;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268169;STB=0.636673;STBP=0.115;TYPE=mnp;VARB=-0.00551147;OID=.;OPOS=41634587;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:20:20:20:21:0.512195:10:10:4:16:11:10:4:16 chr15 41679717 . C T 298.31 PASS AF=0.345455;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.0278661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.833;QD=10.8475;RBI=0.0388209;REFB=-0.00605549;REVB=-0.0270285;RO=72;SAF=21;SAR=17;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199791;STB=0.614672;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0129639;OID=.;OPOS=41679717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:72:72:38:38:0.345455:17:21:27:45:17:21:27:45 chr15 41773514 . AT ATT,TA 50.44 PASS AF=0.244898,0.0612245;AO=9,3;DP=50;FAO=12,3;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=2,3;FSAR=10,0;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.199787,0.00236272;FXX=0.019996;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=11.2505,268.727;QD=4.11772;RBI=0.205093,0.00714825;REFB=-0.0202373,0.00011864;REVB=-0.0463493,-0.00674648;RO=30;SAF=0,3;SAR=9,0;SRF=11;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.709815,0.607609;STB=0.707151,0.997129;STBP=0.13,0.045;TYPE=ins,mnp;VARB=0.124396,0.128839;OID=.,.;OPOS=41773515,41773514;OREF=-,AT;OALT=T,TA;OMAPALT=ATT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:50:49:30:34:9,3:12,3:0.244898,0.0612245:9,0:0,3:11:19:10,0:2,3:13:21 chr15 41815516 . G C 1044.94 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.799;QD=59.7107;RBI=0.0401437;REFB=0;REVB=0.0207565;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104654;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:39:31:0:0 chr15 41819716 . C T 1772.96 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6162;QD=60.6141;RBI=0.0294049;REFB=0;REVB=0.0139094;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740579;OID=.;OPOS=41819716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:65:51:0:0:65:52:0:0 chr15 41821752 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.655;QD=56.9563;RBI=0.028184;REFB=0;REVB=-0.00874576;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198493;OID=.;OPOS=41821752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr15 41829230 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.398;QD=59.8394;RBI=0.0729368;REFB=0;REVB=0.031915;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277124;OID=.;OPOS=41829230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr15 41857303 . T C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0491191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.694;QD=12.5695;RBI=0.0557386;REFB=-0.0130558;REVB=-0.0263458;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474041;STB=0.527832;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0274522;OID=.;OPOS=41857303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:11:15:8:7:11:15 chr15 42032393 . G A 511.22 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.00239751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.764;QD=17.0405;RBI=0.0124789;REFB=-0.010992;REVB=0.0122464;RO=63;SAF=28;SAR=27;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153463;STB=0.583832;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0129947;OID=.;OPOS=42032393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:65:55:55:0.458333:27:28:22:41:27:28:23:42 chr15 42109223 . T C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00173926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.28;QD=55.0446;RBI=0.0190669;REFB=0.0446266;REVB=-0.0189875;RO=1;SAF=37;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125721;STB=0.506664;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00350074;OID=.;OPOS=42109223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:18:37:1:0:18:37:1:0 chr15 42111745 . C A,CA,CAG 314.17 PASS AF=0.0833333,0.708333,0.208333;AO=2,8,4;DP=31;FAO=2,17,5;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17,5;FSAR=0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730945,0.0356433,0.0354537;FXX=0.11107;HRUN=1,0,0;LEN=1,1,2;MLLD=34.4887,65.1255,64.0503;QD=52.362;RBI=0.0730945,0.0356433,0.0354537;REFB=0,0,0;REVB=0,0,0;RO=13;SAF=2,8,4;SAR=0,0,0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.00185745,-0.0143747,-0.0128989;OID=.,.,.;OPOS=42111745,42111746,42111746;OREF=C,-,-;OALT=A,A,AG;OMAPALT=A,CA,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:12:31:24:13:0:2,8,4:2,17,5:0.0833333,0.708333,0.208333:0,0,0:2,8,4:13:0:0,0,0:2,17,5:0:0 chr15 42111746 . G A 83.89 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.0116367;FXX=0.0333222;HRUN=10;LEN=1;MLLD=58.6929;QD=11.5708;RBI=0.0116367;REFB=0.0210476;REVB=0;RO=18;SAF=11;SAR=0;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00284156;OID=.;OPOS=42111746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:29:29:18:18:11:11:0.37931:0:11:18:0:0:11:18:0 chr15 42117783 . G C 249.44 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147641;FXX=0.0475964;HRUN=6;LEN=1;MLLD=127.415;QD=49.8874;RBI=0.047462;REFB=0;REVB=0.0451072;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846644;OID=.;OPOS=42117783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:15:20:1:8:7:0:0:10:10:0:0 chr15 42119900 . T C 741.95 PASS AF=0.96;AO=36;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0278926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7698;QD=59.3557;RBI=0.0384024;REFB=-0.0720313;REVB=-0.0263959;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505317;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00510421;OID=.;OPOS=42119900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:36:48:0.96:27:9:0:0:30:18:1:1 chr15 42143533 . T G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.08623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3109;QD=61.6819;RBI=0.0929028;REFB=0;REVB=-0.0345734;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183415;OID=.;OPOS=42143533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr15 42145167 . C T 81.2 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.03425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.099;QD=18.0442;RBI=0.034272;REFB=-0.0229717;REVB=-0.00122767;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096204;STB=0.555446;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0250912;OID=.;OPOS=42145167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:3:5:5:5:3:5 chr15 42149472 . T C 471.81 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0210376;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.144;QD=23.2993;RBI=0.0269865;REFB=-0.0242552;REVB=0.0169024;RO=36;SAF=17;SAR=28;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07935;STB=0.54367;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0184871;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:36:36:45:45:0.555556:28:17:17:19:28:17:17:19 chr15 42149506 . G C 366.62 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0320136;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.972;QD=21.253;RBI=0.0342597;REFB=-0.0208493;REVB=0.0122006;RO=30;SAF=11;SAR=25;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200752;STB=0.617406;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0153882;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:30:32:36:37:0.536232:25:11:16:14:26:11:17:15 chr15 42149596 . C G 432.14 PASS AF=0.422414;AO=48;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0180767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.2137;QD=14.9014;RBI=0.0247088;REFB=-0.0178521;REVB=-0.016845;RO=66;SAF=23;SAR=25;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12011;STB=0.567569;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0281158;OID=.;OPOS=42149596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:67:48:49:0.422414:25:23:24:42:25:24:25:42 chr15 42150888 . G A 227.14 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00847996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.404;QD=13.7661;RBI=0.0394735;REFB=-0.0139521;REVB=0.0385518;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839576;STB=0.547909;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0153852;OID=.;OPOS=42150888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:11:16:20:19:11:16:20:19 chr15 42159290 . C T 260.58 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0159959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.901;QD=24.8166;RBI=0.0160576;REFB=-0.00485557;REVB=0.00140659;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159567;STB=0.588166;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00405233;OID=.;OPOS=42159290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:14:10:4:14:14:10:4:14 chr15 42168400 . C T 189.87 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.065562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.851;QD=11.3356;RBI=0.0655689;REFB=-0.00716804;REVB=-0.000947902;RO=43;SAF=6;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188844;STB=0.610521;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0118785;OID=.;OPOS=42168400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:18:6:17:26:18:6:17:26 chr15 42170578 . G A 212.17 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00146022;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.342;QD=9.86846;RBI=0.0295695;REFB=-0.00756675;REVB=-0.0295334;RO=54;SAF=18;SAR=9;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197143;STB=0.612817;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0119823;OID=.;OPOS=42170578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:54:59:27:27:0.313953:9:18:27:27:9:18:30:29 chr15 42171462 . C T 884.7 PASS AF=0.601504;AO=80;DP=133;FAO=80;FDP=133;FR=.;FRO=53;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0161309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.034;QD=26.6074;RBI=0.0382063;REFB=-0.0184825;REVB=0.034634;RO=53;SAF=39;SAR=41;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672005;STB=0.536452;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0112622;OID=.;OPOS=42171462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:53:53:80:80:0.601504:41:39:21:32:41:39:21:32 chr15 42171483 . G A 480.33 PASS AF=0.369128;AO=54;DP=147;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0162202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.638;QD=12.8948;RBI=0.035019;REFB=-0.014639;REVB=0.031036;RO=93;SAF=20;SAR=34;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164864;STB=0.594965;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0368667;OID=.;OPOS=42171483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:93:94:54:55:0.369128:34:20:48:45:35:20:48:46 chr15 42171537 . A G 2419.55 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.079;QD=61.2544;RBI=0.0699264;REFB=0;REVB=0.0606257;RO=0;SAF=80;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106862;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:158:0:0:156:158:1:76:80:0:0:77:81:0:0 chr15 42178122 . T C 363.19 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0118089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.145;QD=18.1595;RBI=0.0402549;REFB=-0.0307776;REVB=-0.0384838;RO=42;SAF=18;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694253;STB=0.538744;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0262818;OID=.;OPOS=42178122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:20:18:23:19:20:18:23:19 chr15 42178155 . T C 1301.71 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.007;QD=61.9862;RBI=0.0284582;REFB=0;REVB=0.0280012;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102304;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr15 42187492 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.708;QD=62.0214;RBI=0.111012;REFB=0;REVB=0.00849223;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249294;OID=.;OPOS=42187492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr15 42211486 . A G 375.82 PASS AF=0.396396;AO=40;DP=113;FAO=44;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00700177;FXX=0.0176975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.931;QD=13.5432;RBI=0.215021;REFB=-0.00930705;REVB=-0.214907;RO=51;SAF=17;SAR=23;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143063;STB=0.538379;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0153362;OID=.;OPOS=42211486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:51:67:40:44:0.396396:23:17:29:22:27:17:30:37 chr15 42287578 . G A 214.36 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0251765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.994;QD=12.7976;RBI=0.0268198;REFB=-0.00590937;REVB=0.00924376;RO=41;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207299;STB=0.619178;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0187228;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:9:17:19:22:9:17:19:22 chr15 42287606 . T C 508.96 PASS AF=0.657143;AO=46;DP=69;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00943528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.181;QD=29.0833;RBI=0.0188784;REFB=0.00333707;REVB=-0.0163515;RO=23;SAF=20;SAR=26;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106979;STB=0.565189;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00146328;OID=.;OPOS=42287606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:23:24:46:46:0.657143:26:20:14:9:26:20:15:9 chr15 42297112 . GCCCC GCCC,GCCCG,GGCCC 1348.7 PASS AF=0.97,0.03,0;AO=84,5,9;DP=101;FAO=97,3,0;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=56,2,0;FSAR=41,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283153,-0.00192062,0.0139001;FXX=0.00990001;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=22.3985,6.54818,4.56494;QD=53.9479;RBI=0.0550033,0.101758,0.0568866;REFB=0,0,0;REVB=-0.0471551,-0.10174,-0.0551623;RO=1;SAF=49,2,5;SAR=35,3,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00956961,-0.169284,-0.080744;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00135704,-0.060329,0;OID=.,.,.;OPOS=42297113,42297116,42297113;OREF=C,C,C;OALT=-,G,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG,GGCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.97,0.03,0:84,5,9:101:97,3,0:100:0:56,2,0:41,1,0:0:0:5:1:49,2,5:35,3,4:1:0 chr15 42302433 . A G 83.2 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0040432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2803;QD=9.50827;RBI=0.0041996;REFB=-0.0511543;REVB=0.00113541;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352213;STB=0.706221;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0313763;OID=.;OPOS=42302433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:4:20:6:5:4:20 chr15 42302437 . G C 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0523349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.624;QD=9.4952;RBI=0.0523469;REFB=-0.0146059;REVB=0.00112288;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352213;STB=0.706221;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0231187;OID=.;OPOS=42302437;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:4:20:6:5:4:20 chr15 42371752 . A T 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0328418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.445;QD=13.336;RBI=0.0427927;REFB=-0.00134132;REVB=0.0274342;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224101;STB=0.6314;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00173186;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:11:13:5:10:11:13 chr15 42373810 . G C 1593.49 PASS AF=0.51;AO=149;DP=300;FAO=153;FDP=300;FR=.,HEALED;FRO=146;FSAF=77;FSAR=76;FSRF=73;FSRR=73;FWDB=-0.0194801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.025;QD=21.2466;RBI=0.025398;REFB=-0.0612421;REVB=0.0162968;RO=112;SAF=75;SAR=74;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944678;STB=0.501596;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0411767;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:112:146:149:153:0.51:74:75:43:69:76:77:73:73 chr15 42377744 . C G 170.24 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00997529;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.281;QD=16.2133;RBI=0.0119594;REFB=-0.0117054;REVB=0.00659707;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155842;STB=0.576184;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0125471;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:25:24:18:18:0.428571:12:6:12:13:12:6:11:13 chr15 42433802 . A G 689.55 PASS AF=0.6;AO=60;DP=100;FAO=60;FDP=100;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.00196819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.938;QD=27.5821;RBI=0.0302337;REFB=-0.0251394;REVB=-0.0301696;RO=40;SAF=17;SAR=43;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756428;STB=0.504117;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0165059;OID=.;OPOS=42433802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:40:40:60:60:0.6:43:17:11:29:43:17:11:29 chr15 42434254 . G A 263.52 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00426655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.417;QD=17.5683;RBI=0.0182563;REFB=-0.00183409;REVB=0.0177507;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254873;STB=0.514276;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00208806;OID=.;OPOS=42434254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:17:12:12:19:17:12:12:19 chr15 42434336 . G C 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0121257;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.182;QD=15.7908;RBI=0.017956;REFB=-0.0172887;REVB=0.0132434;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00988037;STB=0.505573;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0216937;OID=.;OPOS=42434336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:17:14:18:21:17:14:18:21 chr15 42434837 . T C 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0580885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.006;QD=16.5616;RBI=0.063464;REFB=-0.00276115;REVB=0.0255617;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124346;STB=0.569923;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00410444;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:13:14:12:19:13:14:12:19 chr15 42553217 . AAT A,AA,AAA 589.35 PASS AF=0,1,0;AO=11,23,10;DP=45;FAO=0,40,0;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,0;FSAR=0,22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295891,0.0476754,0.0537936;FXX=0.0476077;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=296.703,303.154,297.447;QD=58.9353;RBI=0.0318063,0.0488545,0.0546518;REFB=0,0,0;REVB=0.0116673,0.0106685,0.00964713;RO=1;SAF=9,8,3;SAR=2,15,7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.177567,0.0298695,0.0596689;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0900194,0.000182391,0.00601152;OID=.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:11,23,10:45:0,40,0:40:0:0,18,0:0,22,0:0:0:3:1:9,8,3:2,15,7:0:1 chr15 42565588 . C A 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0376453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.466;QD=21.2267;RBI=0.0382829;REFB=-0.0170213;REVB=-0.00695789;RO=24;SAF=18;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265125;STB=0.646884;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0218288;OID=.;OPOS=42565588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:11:18:7:17:11:18:7:17 chr15 42568547 . C A,G 915.42 PASS AF=0.078125,0.921875;AO=6,58;DP=64;FAO=5,59;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=5,23;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622473,0.021921;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.1307,119.199;QD=57.2137;RBI=0.028847,0.0269776;REFB=0,0;REVB=-0.0281674,0.0157245;RO=0;SAF=6,22;SAR=0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.124644,0.00108695;OID=.,.;OPOS=42568547,42568547;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:64:64:0:0:6,58:5,59:0.078125,0.921875:0,36:6,22:0:0:0,36:5,23:0:0 chr15 42570718 . A G 522.11 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.859;QD=59.6693;RBI=0.0730362;REFB=0;REVB=0.0156784;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482116;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:31:35:1:21:10:0:0:22:13:0:0 chr15 42575963 . A G 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0233575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.905;QD=61.5098;RBI=0.0602868;REFB=-0.176923;REVB=0.0555782;RO=1;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140455;STB=0.50746;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00228172;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:33:15:0:1:33:15:0:1 chr15 42579948 . T C 1230.71 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024858;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.364;QD=61.5356;RBI=0.0318779;REFB=0;REVB=0.0199569;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41434e-05;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:31:49:0:0:31:49:0:0 chr15 42652249 . G A 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0280162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.389;QD=23.598;RBI=0.0290282;REFB=0.00267908;REVB=-0.0075978;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422618;STB=0.523541;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00233491;OID=.;OPOS=42652249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:12:13:12:9:12:13:12:9 chr15 42678416 . T A 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00295524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.882;QD=18.4947;RBI=0.0079455;REFB=-0.0126793;REVB=-0.00737547;RO=30;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169694;OID=.;OPOS=42678416;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:17:13:13:17:17:13:13:17 chr15 42731353 . TGGGC TGGCG,TGGTC 74.89 PASS AF=0.12844,0;AO=9,4;DP=113;FAO=14,0;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=87;FSAF=12,0;FSAR=2,0;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0605261,-0.124074;FXX=0.0353951;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=57.7407,53.6472;QD=2.74843;RBI=0.103554,0.156675;REFB=-0.0154503,-0.0323264;REVB=-0.0840239,-0.0956693;RO=54;SAF=8,4;SAR=1,0;SRF=27;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.506591,0.521186;STB=0.827719,0.5;STBP=0.011,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.192923,0.0497585;OID=.,.;OPOS=42731356,42731356;OREF=GC,G;OALT=CG,T;OMAPALT=TGGCG,TGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12844,0:9,4:113:14,0:109:87:12,0:2,0:44:43:41:54:8,4:1,0:27:27 chr15 42823948 . C T 108.59 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0152853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.958;QD=13.5742;RBI=0.0218494;REFB=-0.00840161;REVB=0.0156127;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202481;STB=0.630141;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0169522;OID=.;OPOS=42823948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:7:6:12:6:7:6:13:6 chr15 42977676 . G A 140.0 PASS AF=0.5;AO=14;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.013996;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.692;QD=17.4993;RBI=0.0158238;REFB=-0.0287491;REVB=-0.00738272;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220441;STB=0.562422;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0261041;OID=.;OPOS=42977676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:14:16:0.5:5:9:6:9:7:9:7:9 chr15 42981377 . C T 430.21 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0231202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.173;QD=22.6426;RBI=0.0254905;REFB=-0.0361633;REVB=-0.0107343;RO=34;SAF=24;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176321;STB=0.596969;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0257811;OID=.;OPOS=42981377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:18:24:12:22:18:24:12:22 chr15 42981806 . G A 188.62 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0557512;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.287;QD=12.7875;RBI=0.0558045;REFB=-0.000639832;REVB=0.00243876;RO=36;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223232;STB=0.628629;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-6.6685e-05;OID=.;OPOS=42981806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:8:15:16:20:8:15:16:20 chr15 42982340 . C T 206.94 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.015732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0593;QD=17.2446;RBI=0.0161373;REFB=-9.54029e-05;REVB=0.00359387;RO=27;SAF=5;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273263;STB=0.657372;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-7.56264e-05;OID=.;OPOS=42982340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:16:5:13:14:16:5:13:14 chr15 42986787 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0136786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.446;QD=21.6127;RBI=0.0207945;REFB=-0.0188572;REVB=0.0156623;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553909;STB=0.531058;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0221884;OID=.;OPOS=42986787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:11:12:11:13:11:12 chr15 43017426 . T G 287.68 PASS AF=0.5;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00518338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.841;QD=18.56;RBI=0.0114709;REFB=-0.0168933;REVB=-0.010233;RO=30;SAF=9;SAR=22;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142158;STB=0.590371;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0112734;OID=.;OPOS=43017426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:31:31:31:0.5:22:9:13:17:22:9:14:17 chr15 43023482 . T C 408.81 PASS AF=0.525;AO=40;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00747926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.889;QD=20.4404;RBI=0.0120153;REFB=0.00764527;REVB=0.00940362;RO=37;SAF=24;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196349;STB=0.506915;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00685677;OID=.;OPOS=43023482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:38:40:42:0.525:16:24:23:14:16:26:23:15 chr15 43027835 . G T 432.4 PASS AF=0.709091;AO=38;DP=55;FAO=39;FDP=55;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0155721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.49;QD=31.4474;RBI=0.0159044;REFB=-0.00728059;REVB=0.00323409;RO=10;SAF=16;SAR=22;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00835522;STB=0.508161;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00208996;OID=.;OPOS=43027835;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:10:16:38:39:0.709091:22:16:4:6:23:16:7:9 chr15 43028145 . C T 408.36 PASS AF=0.554054;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0298373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.914;QD=22.0734;RBI=0.0315097;REFB=-0.0227255;REVB=0.0101291;RO=32;SAF=23;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155163;STB=0.506699;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0207782;OID=.;OPOS=43028145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:32:33:40:41:0.554054:17:23:19:13:18:23:19:14 chr15 43044193 . G A 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00267592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.239;QD=18.0815;RBI=0.0216661;REFB=-0.00829422;REVB=-0.0215002;RO=47;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448737;STB=0.502506;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00787234;OID=.;OPOS=43044193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:19:22:25:22:19:22:25:22 chr15 43075652 . C T 400.27 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0457657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7769;QD=14.5553;RBI=0.075065;REFB=-0.0199557;REVB=-0.0595001;RO=63;SAF=19;SAR=27;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984946;STB=0.560229;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.033756;OID=.;OPOS=43075652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:64:46:46:0.418182:27:19:32:31:27:19:33:31 chr15 43170793 . A G 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.374;QD=54.5115;RBI=0.0382972;REFB=0;REVB=0.037156;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222873;OID=.;OPOS=43170793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr15 43170823 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0233168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1842;QD=12.8686;RBI=0.054576;REFB=-0.0210175;REVB=-0.0493444;RO=16;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319104;STB=0.691913;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0396001;OID=.;OPOS=43170823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:2:9:9:7:2:9:9:7 chr15 43545728 . G A 351.98 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0159387;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.481;QD=26.0724;RBI=0.0402287;REFB=-0.0136772;REVB=0.0369365;RO=20;SAF=21;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214741;STB=0.617578;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0105191;OID=.;OPOS=43545728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:20:20:34:34:0.62963:13:21:6:14:13:21:6:14 chr15 43552360 . G A 300.16 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0179723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.776;QD=16.4473;RBI=0.0204166;REFB=-0.0363318;REVB=0.00968685;RO=39;SAF=12;SAR=21;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242726;STB=0.629921;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0400475;OID=.;OPOS=43552360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:21:12:24:15:21:12:24:16 chr15 43571390 . C G 515.39 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.067884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0932;QD=20.0151;RBI=0.0701486;REFB=0.0088441;REVB=0.0176801;RO=49;SAF=18;SAR=35;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00708554;STB=0.510945;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00715583;OID=.;OPOS=43571390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:50:53:53:0.514563:35:18:17:32:35:18:18:32 chr15 43579566 . A G 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0258636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.406;QD=7.52629;RBI=0.0363292;REFB=0.00354672;REVB=-0.0255125;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287784;STB=0.679605;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.022291;OID=.;OPOS=43579566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:6:3:14:10:6:3:14:10 chr15 43621947 . A G 732.23 PASS AF=0.522059;AO=64;DP=134;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.00565473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.249;QD=21.5362;RBI=0.0182711;REFB=-0.0141906;REVB=0.0173741;RO=53;SAF=27;SAR=37;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00575251;STB=0.510989;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.012933;OID=.;OPOS=43621947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:53:65:64:71:0.522059:37:27:22:31:42:29:28:37 chr15 43632549 . T C 237.66 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0401536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.407;QD=18.6398;RBI=0.0460631;REFB=-0.0041868;REVB=-0.0225721;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357519;STB=0.529111;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00324095;OID=.;OPOS=43632549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:12:13:14:11:12:13:15:11 chr15 43650384 . G A 51.82 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0232059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.83;QD=9.42238;RBI=0.0240542;REFB=-0.0295828;REVB=0.00633184;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65795e-08;STB=0.545342;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0245119;OID=.;OPOS=43650384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:21:22:14:14:7:8:0.363636:3:4:8:6:4:4:8:6 chr15 43661802 . T C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00883558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.54;QD=20.3164;RBI=0.0170715;REFB=-0.0343735;REVB=-0.0146071;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213005;STB=0.619598;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0299514;OID=.;OPOS=43661802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:9:10:5:13:9:10:5:13 chr15 43690300 . T C 391.55 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00690332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.029;QD=24.8604;RBI=0.0197564;REFB=-0.00781165;REVB=-0.0185111;RO=24;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782961;STB=0.502957;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00361958;OID=.;OPOS=43690300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:25:38:38:0.603175:17:21:13:11:17:21:14:11 chr15 43724646 . T G 921.66 PASS AF=0.58042;AO=83;DP=144;FAO=83;FDP=143;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00272247;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.828;QD=25.7807;RBI=0.0134542;REFB=-0.0347887;REVB=0.0131758;RO=59;SAF=43;SAR=40;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707045;STB=0.534498;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0204865;OID=.;OPOS=43724646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:59:60:83:83:0.58042:40:43:36:23:40:43:36:24 chr15 43748304 . A G 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00746453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.473;QD=15.2375;RBI=0.0144729;REFB=-0.0175839;REVB=0.0123994;RO=35;SAF=20;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157818;STB=0.583694;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0268011;OID=.;OPOS=43748304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:8:20:20:15:8:20:21:15 chr15 43762196 . C T 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00357104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.899;QD=26.5139;RBI=0.0335498;REFB=-0.00743952;REVB=0.0333592;RO=18;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177108;STB=0.588072;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00682727;OID=.;OPOS=43762196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:27:27:0.586957:17:10:11:7:17:10:11:8 chr15 43767774 . G C 295.58 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00531671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7415;QD=20.3847;RBI=0.0540678;REFB=-0.0235113;REVB=0.0538058;RO=27;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09098;STB=0.550467;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0167044;OID=.;OPOS=43767774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:15:16:11:16:15:16:11:16 chr15 43816917 . G A 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0070954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.209;QD=23.675;RBI=0.0130474;REFB=-0.00595711;REVB=0.0109494;RO=16;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489017;STB=0.50273;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00573986;OID=.;OPOS=43816917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:8:13:10:6:8:13:10:6 chr15 43817406 . T C 206.92 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0255458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.88;QD=17.243;RBI=0.0418172;REFB=-0.00909361;REVB=-0.0331072;RO=27;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119188;STB=0.568459;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0156554;OID=.;OPOS=43817406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:5:16:18:9:5:16:18:9 chr15 43818052 . G A 39.03 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00392583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.966;QD=12.01;RBI=0.0140638;REFB=-0.0172223;REVB=0.0135047;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32405;STB=0.69176;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0221025;OID=.;OPOS=43818052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:1:6:3:3:1:6 chr15 43818469 . T A 44.35 PASS AF=0.35;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00707145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.492;QD=8.87021;RBI=0.00707319;REFB=-0.00671337;REVB=-0.000156766;RO=13;SAF=0;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.745917;STB=0.79904;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00829291;OID=.;OPOS=43818469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:19:20:13:13:6:7:0.35:6:0:7:6:6:1:7:6 chr15 43891426 . C G 647.62 PASS AF=0.446541;AO=69;DP=157;FAO=71;FDP=159;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0601228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.573;QD=16.2923;RBI=0.0672058;REFB=-0.00176265;REVB=0.030031;RO=88;SAF=34;SAR=35;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038447;STB=0.5135;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00312695;OID=.;OPOS=43891426;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:88:88:69:71:0.446541:35:34:40:48:37:34:40:48 chr15 43893072 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0153646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.449;QD=7.83704;RBI=0.0246614;REFB=0.00877471;REVB=0.0192903;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546603;STB=0.845135;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00587111;OID=.;OPOS=43893072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:1:6:6:10:1:6:6:10 chr15 44038899 . C T 1464.6 PASS AF=0.96;AO=95;DP=100;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0192805;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.78;QD=58.5841;RBI=0.0235293;REFB=-0.0713869;REVB=0.0134866;RO=4;SAF=50;SAR=45;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211792;STB=0.511276;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00160502;OID=.;OPOS=44038899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:100:100:4:4:95:96:0.96:45:50:1:3:45:51:1:3 chr15 44061802 . C T 331.42 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0344468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5489;QD=18.6714;RBI=0.038728;REFB=-0.0114572;REVB=0.0176997;RO=36;SAF=20;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140475;STB=0.578269;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00798527;OID=.;OPOS=44061802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:15:20:15:21:15:20:15:21 chr15 44120559 . T G 1331.82 PASS AF=1;AO=65;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.969;QD=60.5371;RBI=0.0651984;REFB=0;REVB=0.0208538;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017649;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:65:88:1:30:35:0:0:50:38:0:0 chr15 44120560 . C G 162.36 PASS AF=0.261364;AO=23;DP=88;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0108987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2893;QD=7.37992;RBI=0.0198769;REFB=-0.0821237;REVB=0.0166226;RO=65;SAF=3;SAR=20;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545767;STB=0.834847;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0703916;OID=.;OPOS=44120560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:65:65:23:23:0.261364:20:3:35:30:20:3:35:30 chr15 44198049 . A G 331.29 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0026121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.925;QD=13.6613;RBI=0.0132493;REFB=-0.0121506;REVB=-0.0129893;RO=60;SAF=17;SAR=20;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286005;STB=0.516302;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0194237;OID=.;OPOS=44198049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:20:17:26:34:20:17:26:34 chr15 44912607 . TGA ATG,TG 39.55 PASS AF=0,0.34;AO=2,18;DP=53;FAO=0,17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=0,7;FSAR=0,10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0180603,0.0746224;FXX=0.0565931;HRUN=1,8;LEN=3,1;MLLD=20.9185,8.81213;QD=3.16388;RBI=0.0909857,0.121561;REFB=-0.025564,-0.0666689;REVB=-0.0891752,-0.0959616;RO=22;SAF=0,5;SAR=2,13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.417635,0.00606777;STB=0.5,0.575975;STBP=1,0.458;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0923169;OID=.,.;OPOS=44912607,44912609;OREF=TGA,A;OALT=ATG,-;OMAPALT=ATG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:53:50:22:33:2,18:0,17:0,0.34:2,13:0,5:6:16:0,10:0,7:10:23 chr15 44943757 . A G 1152.79 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00758029;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.205;QD=56.9281;RBI=0.0142518;REFB=-0.0693754;REVB=0.0120687;RO=3;SAF=54;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00210587;STB=0.501113;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.000112653;OID=.;OPOS=44943757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:78:78:0.962963:24:54:2:1:24:54:2:1 chr15 44961985 . G C 321.97 PASS AF=0.391304;AO=35;DP=91;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0182295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.204;QD=13.9988;RBI=0.0277453;REFB=-0.0135176;REVB=-0.0209162;RO=54;SAF=19;SAR=16;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654614;STB=0.533962;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.024215;OID=.;OPOS=44961985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:56:35:36:0.391304:16:19:26:28:16:20:28:28 chr15 44966389 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4147;QD=51.9166;RBI=0.0764419;REFB=0;REVB=-0.0692941;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00305927;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr15 45047134 . G A 142.19 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00191132;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.045;QD=9.64018;RBI=0.050644;REFB=-0.0118129;REVB=-0.0506079;RO=41;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300076;STB=0.669983;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0200306;OID=.;OPOS=45047134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:41:40:19:19:0.322034:7:12:15:26:7:12:15:25 chr15 45047573 . C T 303.68 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0833247;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.501;QD=18.1303;RBI=0.0844414;REFB=-0.00435628;REVB=-0.0136878;RO=29;SAF=11;SAR=22;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126257;STB=0.505615;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0057411;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:29:34:33:33:0.492537:22:11:6:23:22:11:11:23 chr15 45361180 . A T 64.56 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0262264;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.632;QD=4.23351;RBI=0.0284014;REFB=-0.00558124;REVB=-0.0109004;RO=50;SAF=5;SAR=6;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179102;STB=0.617441;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0265567;OID=.;OPOS=45361180;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:62:61:50:50:11:11:0.180328:6:5:30:20:6:5:30:20 chr15 45365724 . C T 194.06 PASS AF=0.27957;AO=26;DP=93;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00776839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.231;QD=8.34673;RBI=0.00803929;REFB=-0.00712936;REVB=0.00206939;RO=67;SAF=13;SAR=13;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045058;STB=0.526861;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0193692;OID=.;OPOS=45365724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:67:67:26:26:0.27957:13:13:31:36:13:13:31:36 chr15 45365905 . G C 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0318245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.896;QD=6.3952;RBI=0.0345794;REFB=-0.010257;REVB=-0.0135255;RO=29;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462376;STB=0.502952;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0329543;OID=.;OPOS=45365905;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:5:4:13:16:5:4:13:16 chr15 45392075 . G A 1227.53 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7855;QD=61.3766;RBI=0.0842514;REFB=0;REVB=0.0569189;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791119;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:36:43:0:0:36:44:0:0 chr15 45400358 . C G 1018.14 PASS AF=0.972222;AO=48;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0242744;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.638;QD=56.5631;RBI=0.0351707;REFB=0.0199805;REVB=0.0254506;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511625;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-1.59656e-05;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:0:2:48:70:0.972222:27:21:0:0:28:42:2:0 chr15 45404066 . G A 1562.45 PASS AF=0.909836;AO=111;DP=122;FAO=111;FDP=122;FR=.;FRO=11;FSAF=43;FSAR=68;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0344264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.917;QD=51.228;RBI=0.0353842;REFB=-0.0867208;REVB=0.00817727;RO=9;SAF=43;SAR=68;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413426;STB=0.523395;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000970265;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:122:122:9:11:111:111:0.909836:68:43:6:3:68:43:7:4 chr15 45407980 . G A 147.25 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00732251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.055;QD=17.3232;RBI=0.00789455;REFB=-0.0233876;REVB=0.00295039;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327623;STB=0.702859;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0334383;OID=.;OPOS=45407980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:12:4:10:7:12:4:11:7 chr15 45408414 . C G 528.85 PASS AF=1;AO=21;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6772;QD=60.4403;RBI=0.228631;REFB=0;REVB=0.22532;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345464;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:21:35:1:4:17:0:0:17:18:0:0 chr15 45408933 . T C 1339.74 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.672;QD=62.3136;RBI=0.0488972;REFB=0;REVB=0.0257189;RO=0;SAF=25;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66205e-05;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:60:25:0:0:61:25:0:0 chr15 45444133 . T C 270.76 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0100135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.632;QD=16.9228;RBI=0.0215171;REFB=-0.0314074;REVB=-0.0190451;RO=34;SAF=11;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157531;STB=0.588615;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0356627;OID=.;OPOS=45444133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:19:11:18:16:19:11:18:16 chr15 45444518 . A G 209.8 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0331228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.595;QD=15.8337;RBI=0.0336922;REFB=-0.0396915;REVB=0.00616804;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812293;STB=0.532257;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0305896;OID=.;OPOS=45444518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:29:23:24:0.45283:13:10:15:14:13:11:15:14 chr15 45446156 . C T 234.38 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00914869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.969;QD=14.205;RBI=0.00970677;REFB=0.00229723;REVB=-0.00324388;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459943;STB=0.535689;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00492931;OID=.;OPOS=45446156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:38:27:28:0.424242:13:14:18:20:13:15:18:20 chr15 45453032 . T C 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00754824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.501;QD=22.911;RBI=0.00835126;REFB=-0.0192798;REVB=0.00357318;RO=30;SAF=20;SAR=19;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115261;STB=0.563348;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0101194;OID=.;OPOS=45453032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:19:20:11:19:19:20:11:19 chr15 45457458 . G T 821.14 PASS AF=0.546099;AO=76;DP=141;FAO=77;FDP=141;FR=.;FRO=64;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0250889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7625;QD=23.2948;RBI=0.0451908;REFB=-0.0408044;REVB=0.0375866;RO=64;SAF=46;SAR=30;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100386;STB=0.50791;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0319056;OID=.;OPOS=45457458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:64:64:76:77:0.546099:30:46:38:26:30:47:38:26 chr15 45457519 . T G 524.05 PASS AF=0.435115;AO=56;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0115681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3317;QD=16.0014;RBI=0.0239786;REFB=-0.036787;REVB=0.0210036;RO=67;SAF=24;SAR=32;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106647;STB=0.565136;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0508347;OID=.;OPOS=45457519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:67:74:56:57:0.435115:32:24:36:31:32:25:41:33 chr15 45467540 . C G 700.8 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.953;QD=60.9394;RBI=0.0839053;REFB=-0.0200858;REVB=0.0349772;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137958;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:46:0:0:44:46:1:21:23:0:0:21:25:0:0 chr15 45545478 . C T 193.91 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0163472;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.44;QD=16.1595;RBI=0.0164488;REFB=0.00577354;REVB=-0.00182566;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120199;STB=0.555265;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0104285;OID=.;OPOS=45545478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:9:11:18:9:9:11:18:10 chr15 45554267 . C A 732.03 PASS AF=0.518248;AO=70;DP=136;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0125857;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.447;QD=21.3733;RBI=0.0141641;REFB=0.00117646;REVB=0.0064978;RO=65;SAF=20;SAR=50;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186247;STB=0.601914;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.000577107;OID=.;OPOS=45554267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:65:66:70:71:0.518248:50:20:31:34:51:20:31:35 chr15 45653707 . T C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00923462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.247;QD=10.2403;RBI=0.00954206;REFB=-0.0161213;REVB=-0.00240265;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340715;STB=0.709216;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.022082;OID=.;OPOS=45653707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:8:2:9:10:8:2:9:10 chr15 45654327 . A G 680.29 PASS AF=0.523438;AO=68;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0353468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4076;QD=21.259;RBI=0.0365249;REFB=-0.000414262;REVB=0.00920192;RO=60;SAF=38;SAR=30;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220115;STB=0.520542;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.000686151;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:60:61:68:67:0.523438:30:38:32:28:29:38:32:29 chr15 45661678 . T A 708.93 PASS AF=0.59292;AO=67;DP=113;FAO=67;FDP=113;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.00228861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.183;QD=25.0947;RBI=0.017515;REFB=-0.0185111;REVB=0.0173648;RO=46;SAF=32;SAR=35;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178522;STB=0.596928;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00949854;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:46:46:67:67:0.59292:35:32:33:13:35:32:33:13 chr15 45695695 . G A 638.34 PASS AF=0.453947;AO=69;DP=153;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0216505;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.495;QD=16.7984;RBI=0.0433291;REFB=-0.0207814;REVB=0.0375323;RO=78;SAF=42;SAR=27;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106279;STB=0.576878;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0243894;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:78:83:69:69:0.453947:27:42:39:39:27:42:39:44 chr15 45777344 . T C 183.32 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0129035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3892;QD=11.4576;RBI=0.0174633;REFB=-0.0248696;REVB=0.0117672;RO=38;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226014;STB=0.628101;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0294471;OID=.;OPOS=45777344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:40:24:24:0.375:10:14:14:24:10:14:15:25 chr15 45779810 . G A 1054.1 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0298085;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.612;QD=56.9784;RBI=0.0305813;REFB=-0.0812183;REVB=0.00683158;RO=2;SAF=38;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00142359;STB=0.500753;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000322161;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:34:38:1:1:34:38:1:1 chr15 45968435 . T C 291.14 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00621973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.453;QD=16.4021;RBI=0.0100084;REFB=-0.0149946;REVB=-0.00784115;RO=38;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176091;STB=0.509209;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0137056;OID=.;OPOS=45968435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:21:11:13:25:21:11:14:25 chr15 48052595 . A C 444.66 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00554693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.531;QD=15.2021;RBI=0.0107779;REFB=0.00361039;REVB=-0.00924088;RO=67;SAF=19;SAR=31;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117765;STB=0.566183;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.0041308;OID=.;OPOS=48052595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:31:19:33:34:31:19:33:34 chr15 48053229 . C A 254.92 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0110412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0189;QD=22.1673;RBI=0.0492601;REFB=-0.0478642;REVB=-0.0480068;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129597;STB=0.583264;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0304807;OID=.;OPOS=48053229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:10:14:9:12:10:14:9:13 chr15 48056219 . A G 519.62 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0172918;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4676;QD=18.0738;RBI=0.028818;REFB=0.0035336;REVB=0.0230536;RO=60;SAF=19;SAR=36;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12049;STB=0.566999;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00264347;OID=.;OPOS=48056219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:60:60:55:55:0.478261:36:19:28:32:36:19:28:32 chr15 48058071 . G A 259.32 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00457505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.1;QD=14.2094;RBI=0.0465397;REFB=-0.0318327;REVB=-0.0463143;RO=43;SAF=20;SAR=10;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28214;STB=0.660443;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0623033;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:10:20:17:26:10:20:17:26 chr15 48063076 . T C 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.337;QD=60.952;RBI=0.0244464;REFB=0;REVB=0.00823661;RO=0;SAF=64;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55878e-05;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:52:64:0:0:52:64:0:0 chr15 48426484 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.619;QD=62.0212;RBI=0.0166862;REFB=0;REVB=0.0161719;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11873e-05;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr15 48443699 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000551162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6664;QD=57.3854;RBI=0.0454958;REFB=0;REVB=-0.0454925;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000490754;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr15 48460927 . C T 1626.05 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0297831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.375;QD=59.1292;RBI=0.0375097;REFB=-0.146763;REVB=-0.0228023;RO=1;SAF=44;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106653;STB=0.505617;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00034795;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:1:1:108:109:0.990909:64:44:1:0:65:44:1:0 chr15 48495508 . C T 833.01 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.499;QD=57.4489;RBI=0.056196;REFB=0;REVB=0.010628;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135377;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:28:28:0:0:28:30:0:0 chr15 48539587 . T C 384.73 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00706664;FXX=0.0581328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3665;QD=18.9991;RBI=0.0251697;REFB=-0.00675569;REVB=0.0241574;RO=39;SAF=16;SAR=22;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108143;STB=0.568331;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00626129;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:81:39:42:38:39:0.481481:22:16:12:27:23:16:12:30 chr15 48580713 . TG AG,CG,GT 649.63 PASS AF=0.0232558,0.930233,0.0465116;AO=4,39,2;DP=45;FAO=1,40,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,0;FSAR=1,27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428505,0.000889263,0.000194931;FXX=0.0444346;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=60.8134,128.101,89.7108;QD=60.4307;RBI=0.043942,0.00733799,0.00202798;REFB=0,0,0;REVB=-0.00973328,0.00728391,0.00201859;RO=0;SAF=0,13,0;SAR=4,26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=0.0332257,0.000378167,0.231833;OID=.,.,.;OPOS=48580713,48580713,48580713;OREF=T,T,TG;OALT=A,C,GT;OMAPALT=AG,CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:7:45:43:0:0:4,39,2:1,40,2:0.0232558,0.930233,0.0465116:4,26,2:0,13,0:0:0:1,27,2:0,13,0:0:0 chr15 48595192 . G T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4383;QD=57.6799;RBI=0.0216135;REFB=0;REVB=-0.0043684;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248586;OID=.;OPOS=48595192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr15 48701029 . C T 176.3 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00991472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.905;QD=20.7407;RBI=0.010072;REFB=-0.0214764;REVB=-0.00177325;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521025;STB=0.529379;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0156143;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:7:9:9:9:7:9 chr15 48702457 . C A 477.75 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0104178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.597;QD=15.4114;RBI=0.018424;REFB=-0.00908596;REVB=0.0151959;RO=71;SAF=18;SAR=35;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608151;STB=0.534161;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0140442;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:71:71:53:53:0.427419:35:18:28:43:35:18:28:43 chr15 48797307 . A G 410.3 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00365588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.658;QD=18.2354;RBI=0.00846233;REFB=-0.00119702;REVB=-0.00763188;RO=47;SAF=13;SAR=29;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296911;STB=0.671069;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00106444;OID=.;OPOS=48797307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:48:42:42:0.466667:29:13:29:18:29:13:30:18 chr15 48807637 . C T 1556.24 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8975;QD=59.8554;RBI=0.024107;REFB=0;REVB=-0.0109788;RO=0;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44025e-05;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:61:43:0:0:61:43:0:0 chr15 49118087 . C T 358.13 PASS AF=0.475;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00756435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.07;QD=17.9063;RBI=0.0519844;REFB=-0.0049687;REVB=-0.0514311;RO=39;SAF=12;SAR=25;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183053;STB=0.58697;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00717039;OID=.;OPOS=49118087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:42:37:38:0.475:25:12:20:19:25:13:21:21 chr15 49168841 . G A 1613.41 PASS AF=0.501558;AO=160;DP=319;FAO=161;FDP=321;FR=.;FRO=160;FSAF=92;FSAR=69;FSRF=98;FSRR=62;FWDB=0.0248059;FXX=0.0123073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.464;QD=20.1048;RBI=0.0248122;REFB=-0.0163437;REVB=0.000559588;RO=157;SAF=91;SAR=69;SRF=97;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455966;STB=0.521021;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0157668;OID=.;OPOS=49168841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:321:157:160:160:161:0.501558:69:91:97:60:69:92:98:62 chr15 49288160 . A G 859.46 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0112783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9861;QD=54.5687;RBI=0.0357796;REFB=-0.0304721;REVB=0.0339556;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145233;STB=0.500782;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00114129;OID=.;OPOS=49288160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:32:29:0:1:32:29:1:1 chr15 49325289 . A C 496.87 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0104386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.185;QD=16.5623;RBI=0.0104976;REFB=-0.0120399;REVB=0.00111083;RO=66;SAF=26;SAR=28;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416261;STB=0.523211;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0134376;OID=.;OPOS=49325289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:66:54:54:0.45:28:26:29:37:28:26:29:37 chr15 49491143 . G A 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.205;QD=59.4994;RBI=0.0559201;REFB=0;REVB=0.0524478;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231329;OID=.;OPOS=49491143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr15 49716845 . T C 784.92 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.902;QD=64.0751;RBI=0.109727;REFB=0;REVB=0.109235;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475951;OID=.;OPOS=49716845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr15 49717496 . T C 127.17 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00129171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.319;QD=11.5608;RBI=0.0156011;REFB=-0.00231784;REVB=-0.0155475;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245901;STB=0.645956;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00359588;OID=.;OPOS=49717496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:5:10:13:16:5:10:13:16 chr15 49777053 . C T 88.19 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1489;QD=39.1977;RBI=0.0547928;REFB=0;REVB=-0.0139523;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00503737;OID=.;OPOS=49777053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr15 50152583 . G T 1483.05 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177289;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.102;QD=59.921;RBI=0.0188791;REFB=0;REVB=-0.00648908;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92737e-05;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr15 50226313 . G T 134.32 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.105913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1236;QD=9.42607;RBI=0.106727;REFB=0.00843896;REVB=0.0131561;RO=39;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036651;STB=0.521715;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0229032;OID=.;OPOS=50226313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:11:7:14:25:11:7:14:25 chr15 50279662 . T C 1178.01 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0387637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3976;QD=59.646;RBI=0.0783521;REFB=-0.122746;REVB=-0.0680913;RO=1;SAF=37;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126212;STB=0.506665;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00101356;OID=.;OPOS=50279662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:79:79:1:1:78:78:0.987342:41:37:1:0:41:37:1:0 chr15 50311135 . C A 686.61 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3254;QD=62.4187;RBI=0.0385989;REFB=0;REVB=-0.0209698;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110459;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr15 50311148 . A G 688.67 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00629762;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.296;QD=58.6098;RBI=0.0067943;REFB=-0.025672;REVB=0.00255002;RO=2;SAF=18;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493883;STB=0.526304;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=2.79971e-05;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:47:2:2:45:45:0.957447:27:18:2:0:27:18:2:0 chr15 50474766 . A C 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00415192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.144;QD=55.5195;RBI=0.0193963;REFB=-0.0428433;REVB=0.0189467;RO=1;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621254;STB=0.533312;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.000703537;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:7:26:0:1:7:26:0:1 chr15 50773755 . G A 1138.56 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327582;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.976;QD=60.7234;RBI=0.038601;REFB=0;REVB=0.020419;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94317e-05;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr15 50853015 . G A 1188.84 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3411;QD=60.9662;RBI=0.0438199;REFB=0;REVB=0.0435946;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168236;OID=.;OPOS=50853015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr15 50867082 . G A 755.75 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.086249;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7633;QD=57.0377;RBI=0.0897087;REFB=0;REVB=-0.0246729;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000720233;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr15 50981098 . T C 708.35 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.618;QD=62.9641;RBI=0.0220841;REFB=0;REVB=0.0144058;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130138;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr15 51217361 . T C 1472.86 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.428;QD=63.3488;RBI=0.00103428;REFB=0;REVB=-0.000243069;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39206e-07;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:44:47:0:0:45:48:0:0 chr15 51294832 . G A 902.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5962;QD=57.2727;RBI=0.0158106;REFB=0;REVB=-0.00979861;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115669;OID=.;OPOS=51294832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr15 51397262 . C T 2102.55 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.498;QD=62.7628;RBI=0.0138822;REFB=0;REVB=0.00675179;RO=0;SAF=49;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92719e-05;OID=.;OPOS=51397262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:85:49:0:0:85:49:0:0 chr15 51502844 . A C 762.49 PASS AF=0.479042;AO=80;DP=168;FAO=80;FDP=167;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.0316663;FXX=0.00595203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5365;QD=18.2632;RBI=0.0651951;REFB=-0.0330649;REVB=0.0569881;RO=88;SAF=35;SAR=45;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380683;STB=0.517785;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0373252;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:88:87:80:80:0.479042:45:35:42:46:45:35:41:46 chr15 51502986 . G A 904.02 PASS AF=0.529762;AO=89;DP=168;FAO=89;FDP=168;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0161102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.533;QD=21.5243;RBI=0.0248887;REFB=-0.00977719;REVB=0.0189713;RO=79;SAF=43;SAR=46;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454646;STB=0.524877;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00819062;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:79:79:89:89:0.529762:46:43:34:45:46:43:34:45 chr15 51503881 . T A 489.63 PASS AF=0.567164;AO=36;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0105904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.096;QD=29.2316;RBI=0.0143199;REFB=-0.0188217;REVB=-0.00963864;RO=21;SAF=21;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409013;STB=0.510346;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0217993;OID=.;OPOS=51503881;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:21:21:36:38:0.567164:15:21:11:10:17:21:11:10 chr15 51503897 . G A 401.68 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0204499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.638;QD=27.2324;RBI=0.0241346;REFB=-0.0111614;REVB=-0.0128172;RO=21;SAF=16;SAR=22;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678793;STB=0.537051;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00476304;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:21:38:38:0.644068:22:16:11:10:22:16:11:10 chr15 51675625 . C T 1806.45 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00936011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.288;QD=60.215;RBI=0.00981145;REFB=-0.0195891;REVB=-0.00294157;RO=0;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05954e-08;STB=0.504672;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=7.35987e-06;OID=.;OPOS=51675625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:0:1:118:119:0.991667:66:52:0:0:66:53:1:0 chr15 51676020 . T G 796.85 PASS AF=0.582677;AO=73;DP=121;FAO=74;FDP=127;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00149762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.372;QD=25.0975;RBI=0.0311797;REFB=-0.0285607;REVB=-0.0311437;RO=46;SAF=33;SAR=40;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806751;STB=0.526647;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.019069;OID=.;OPOS=51676020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:127:46:53:73:74:0.582677:40:33:26:20:41:33:27:26 chr15 51689772 . G A 3574.77 PASS AF=1;AO=225;DP=228;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331744;FXX=0.0129865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.79;QD=62.7152;RBI=0.0369473;REFB=-0.00532762;REVB=0.0162654;RO=1;SAF=75;SAR=150;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03812e-05;OID=.;OPOS=51689772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:228:228:1:0:225:228:1:150:75:0:1:153:75:0:0 chr15 51698922 . C T 966.67 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0094723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.805;QD=56.8632;RBI=0.0279135;REFB=-0.0503091;REVB=0.0262572;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165747;STB=0.508769;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00206104;OID=.;OPOS=51698922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:66:67:0.985294:38:28:1:0:39:28:1:0 chr15 51783820 . T C 1759.91 PASS AF=1;AO=102;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0935672;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.48;QD=60.6865;RBI=0.0937292;REFB=0;REVB=0.00550846;RO=0;SAF=19;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742448;OID=.;OPOS=51783820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:102:116:1:83:19:0:0:85:31:0:0 chr15 51791561 . C A 624.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.183127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9634;QD=53.1874;RBI=0.271998;REFB=0;REVB=0.201116;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194547;OID=.;OPOS=51791561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr15 51795172 . G A 1384.5 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624938;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.188;QD=62.9319;RBI=0.0273559;REFB=0;REVB=0.0266325;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.9089e-05;OID=.;OPOS=51795172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:53:35:0:0:53:35:0:0 chr15 51868373 . A G 246.92 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0592609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.309;QD=47.0319;RBI=0.0600245;REFB=-0.0866368;REVB=0.00954439;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00182433;OID=.;OPOS=51868373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:1:0:11:9:1:0 chr15 51914662 . G A 5112.67 PASS AF=0.980716;AO=323;DP=339;FAO=356;FDP=363;FR=.;FRO=7;FSAF=180;FSAR=176;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0456898;FXX=0.0054793;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.7336;QD=56.338;RBI=0.139741;REFB=-0.219748;REVB=0.132061;RO=16;SAF=173;SAR=150;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031371;STB=0.50424;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0108346;OID=.;OPOS=51914662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:339:363:16:7:323:356:0.980716:150:173:3:13:176:180:2:5 chr15 51914716 . T C 4974.54 PASS AF=1;AO=293;DP=293;FAO=317;FDP=317;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.248;QD=62.7702;RBI=0.0677371;REFB=0;REVB=0.00940367;RO=0;SAF=117;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44297e-05;OID=.;OPOS=51914716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:293:317:0:0:293:317:1:176:117:0:0:178:139:0:0 chr15 52017273 . T C 259.12 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0434589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1793;QD=24.1039;RBI=0.0449273;REFB=0.00664118;REVB=0.0113924;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00357459;STB=0.50199;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00440312;OID=.;OPOS=52017273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:10:14:11:8:10:14:11:8 chr15 52201111 . AAT AA,A,ATT 59.85 PASS AF=0.0217391,0.23913,0.0217391;AO=5,7,3;DP=47;FAO=1,11,1;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=1,1,1;FSAR=0,10,0;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.173589,0.0187632,-0.177997;FXX=0.0212721;HRUN=7,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=12.4933,24.0292,19.3991;QD=5.20415;RBI=0.210912,0.0187633,0.210719;REFB=0.00314675,-0.0129199,-0.00881673;REVB=0.119794,-5.40869e-05,-0.112782;RO=27;SAF=2,0,2;SAR=3,7,1;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00896638,-0.689494,0.26727;STB=0.991883,0.822803,0.991883;STBP=0.258,0.05,0.258;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0094167,0.0445229,0.0854197;OID=.,.,.;OPOS=52201113,52201112,52201112;OREF=T,AT,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=AA,A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0217391,0.23913,0.0217391:5,7,3:47:1,11,1:46:33:1,1,1:0,10,0:13:20:48:27:2,0,2:3,7,1:11:16 chr15 52350879 . T C 400.36 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00613427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.625;QD=16.1761;RBI=0.00757387;REFB=0.00676274;REVB=0.00444233;RO=56;SAF=21;SAR=21;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725918;STB=0.535337;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00844855;OID=.;OPOS=52350879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:57:42:42:0.424242:21:21:32:24:21:21:32:25 chr15 52432040 . GCCCCGGGG CGCCCGGGC,GCCCGGG,GGCCCCGGG 498.2 PASS AF=0,0.903846,0;AO=2,19,2;DP=52;FAO=0,47,0;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=0,34,0;FSAR=0,13,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0231486,0.108366,0.255003;FXX=0.0370302;HRUN=1,4,4;LEN=9,2,5;MLLD=50.203,22.1747,9.69059;QD=38.3232;RBI=0.0249628,0.296555,0.257096;REFB=-0.0163108,-0.161858,-0.0301755;REVB=0.00934249,0.276047,-0.0327404;RO=8;SAF=2,18,0;SAR=0,1,2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.684179,0.635652,-0.519945;STB=0.5,0.514625,0.5;STBP=1,0.543,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.0654123,0;OID=.,.,.;OPOS=52432040,52432044,52432041;OREF=GCCCCGGGG,CG,CCCCG;OALT=CGCCCGGGC,-,GCCCC;OMAPALT=CGCCCGGGC,GCCCGGG,GGCCCCGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:52:52:8:5:2,19,2:0,47,0:0,0.903846,0:0,1,2:2,18,0:2:6:0,13,0:0,34,0:3:2 chr15 52521383 . C T 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0163905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.55;QD=18.9137;RBI=0.017765;REFB=-0.015507;REVB=0.00685179;RO=26;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414135;STB=0.507457;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0118639;OID=.;OPOS=52521383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:28:29:29:0.508772:12:17:14:12:12:17:16:12 chr15 52536592 . AGGGC AGGC,AGGGT 442.94 PASS AF=0.298246,0.508772;AO=15,26;DP=57;FAO=17,29;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=17,17;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.254385,-0.0197657;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=17.3103,111.354;QD=31.0832;RBI=0.254385,0.0210681;REFB=-0.0562274,-0.019535;REVB=0.000167287,-0.0072928;RO=11;SAF=15,14;SAR=0,12;SRF=0;SRR=11;SSEN=0.469521,0;SSEP=0.435071,0;SSSB=0.869314,0.288939;STB=0.999285,0.65704;STBP=0,0.001;TYPE=del,snp;VARB=0.0637185,0.0206009;OID=.,.;OPOS=52536593,52536596;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=AGGC,AGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.298246,0.508772:15,26:57:17,29:57:11:17,17:0,12:0:11:99:11:15,14:0,12:0:11 chr15 52539673 . C T 474.01 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0318541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6573;QD=18.9603;RBI=0.0643182;REFB=-0.00776411;REVB=0.0558761;RO=53;SAF=19;SAR=28;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648475;STB=0.536035;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00953351;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:28:19:18:35:28:19:18:35 chr15 52556429 . A G,T 923.36 PASS AF=0.984375,0.015625;AO=61,3;DP=64;FAO=63,1;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163264,-0.0153056;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.3191,123.946;QD=57.71;RBI=0.0287162,0.0304191;REFB=0,0;REVB=-0.0236235,0.026288;RO=0;SAF=41,2;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.14674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000923613,0.116563;OID=.,.;OPOS=52556429,52556429;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:64:64:0:0:61,3:63,1:0.984375,0.015625:20,1:41,2:0:0:20,1:43,0:0:0 chr15 52570093 . G A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.00874718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.552;QD=18.1538;RBI=0.00895268;REFB=-0.0156857;REVB=0.00190718;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2782;STB=0.655501;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0227927;OID=.;OPOS=52570093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:21:4:9:12:21:4 chr15 52604136 . A ATTTGTCATT 387.26 PASS AF=1;AO=22;DP=34;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183554;FXX=0.0999667;HRUN=3;LEN=9;MLLD=291.641;QD=57.3721;RBI=0.0472971;REFB=0;REVB=0.0435901;RO=7;SAF=14;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375629;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000143555;OID=.;OPOS=52604137;OREF=-;OALT=TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:34:27:27:0:18:9:0:0:3:7:14:8:5:2 chr15 52611451 . A G 3436.4 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369828;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.634;QD=62.1973;RBI=0.0408838;REFB=-0.0821;REVB=0.0174288;RO=1;SAF=124;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382724;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120918;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:222:221:1:0:221:221:1:97:124:1:0:97:124:0:0 chr15 52667552 . G A 1569.81 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.93;QD=59.8023;RBI=0.0339316;REFB=0;REVB=0.0240013;RO=0;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22095e-05;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:60:44:0:0:61:44:0:0 chr15 52689526 . T C 1529.97 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3561;QD=63.7486;RBI=0.0654146;REFB=0;REVB=0.000397981;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185431;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chr15 52689631 . T G 967.65 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5255;QD=57.7701;RBI=0.0833615;REFB=0;REVB=-0.0730858;RO=1;SAF=26;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360084;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:66:67:1:40:26:1:0:40:27:0:0 chr15 52901283 . TT CC 748.12 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187967;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=2;MLLD=83.5476;QD=56.4617;RBI=0.0693412;REFB=0;REVB=0.066745;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000417079;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:51:53:1:28:23:0:0:30:23:0:0 chr15 53081357 . A G 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0958354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0756;QD=27.154;RBI=0.101627;REFB=-0.0497324;REVB=-0.033817;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526313;STB=0.52937;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0170006;OID=.;OPOS=53081357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:8:6:2:4:8:6:2:4 chr15 53907948 . G A 109.53 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0219836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1484;QD=8.11312;RBI=0.0508196;REFB=-0.000321609;REVB=-0.0458187;RO=39;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225253;STB=0.633989;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00190555;OID=.;OPOS=53907948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:9:6:9:30:9:6:9:30 chr15 53994493 . A G 1566.97 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.44;QD=63.9578;RBI=0.0601531;REFB=0;REVB=0.0521092;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132622;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:95:98:1:54:41:0:0:56:42:0:0 chr15 54008795 . T C 371.54 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0259914;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3132;QD=19.8156;RBI=0.0511345;REFB=-0.00748535;REVB=0.0440362;RO=37;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131209;STB=0.572915;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00816093;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:37:38:38:0.506667:23:15:20:17:23:15:20:17 chr15 54008845 . T C 1190.19 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.625;QD=61.0356;RBI=0.0262931;REFB=0;REVB=-0.00903546;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16622e-05;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr15 54306925 . G A 1519.08 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0888;QD=63.2949;RBI=0.0704458;REFB=0;REVB=-0.000744225;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463205;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:96:0:0:92:96:1:38:54:0:0:40:56:0:0 chr15 54307378 . T A 122.48 PASS AF=0.4;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0042057;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.731;QD=13.9972;RBI=0.0235242;REFB=-0.0251538;REVB=-0.0231452;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107662;STB=0.515396;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0364372;OID=.;OPOS=54307378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:23:21:14:14:0.4:9:5:8:15:9:5:8:13 chr15 54528602 . T C 363.29 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0150411;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.452;QD=15.4593;RBI=0.0161663;REFB=-0.00800109;REVB=0.0059256;RO=54;SAF=16;SAR=23;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553344;STB=0.526508;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0111696;OID=.;OPOS=54528602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:55:39:39:0.414894:23:16:25:29:23:16:25:30 chr15 54919047 . A G 426.42 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0199422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5797;QD=19.1648;RBI=0.0248704;REFB=-0.00111752;REVB=0.0148608;RO=46;SAF=24;SAR=19;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272407;STB=0.515144;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00252165;OID=.;OPOS=54919047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:19:24:27:19:19:24:27:19 chr15 55619796 . T C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.132;QD=58.962;RBI=0.00711935;REFB=0;REVB=0.00448334;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42891e-05;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr15 55632859 . G T 1217.45 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0214808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3253;QD=56.6256;RBI=0.0405516;REFB=-0.201305;REVB=-0.0343949;RO=4;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429887;STB=0.522722;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0105632;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:86:86:4:4:82:82:0.953488:42:40:0:4:42:40:0:4 chr15 55759193 . T C 373.13 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0440194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1059;QD=45.2282;RBI=0.0465968;REFB=-0.0518151;REVB=-0.0152825;RO=2;SAF=12;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071485;STB=0.541372;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00946251;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:2:4:29:29:0.878788:17:12:2:0:17:12:3:1 chr15 55970041 . A G 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0165313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4376;QD=13.8489;RBI=0.0213895;REFB=-0.000441266;REVB=0.013573;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344181;STB=0.690052;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00131449;OID=.;OPOS=55970041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:25:16:16:0.390244:9:7:18:5:9:7:19:6 chr15 55972797 . T C 727.1 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0140118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.522;QD=19.1341;RBI=0.0142373;REFB=0.000130168;REVB=0.00252381;RO=77;SAF=26;SAR=49;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176715;STB=0.597643;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.000110288;OID=.;OPOS=55972797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:77:77:75:75:0.493421:49:26:41:36:49:26:41:36 chr15 56121060 . A C 90.28 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00847366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.8155;QD=16.4145;RBI=0.029587;REFB=-0.0175468;REVB=0.0283476;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822389;STB=0.547738;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0212872;OID=.;OPOS=56121060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:6:5:4:7:6:5 chr15 56122741 . A C 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00110978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.352;QD=18.5414;RBI=0.0167978;REFB=-0.0118635;REVB=-0.0167611;RO=35;SAF=21;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22316;STB=0.624396;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0154072;OID=.;OPOS=56122741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:13:21:13:22:13:21:13:22 chr15 56139153 . T C 827.88 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295822;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.84;QD=56.1271;RBI=0.175025;REFB=0;REVB=0.172507;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132081;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:55:59:1:27:28:0:0:30:29:0:0 chr15 56152729 . T C 1607.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.215;QD=64.2843;RBI=0.0323242;REFB=0;REVB=0.0297804;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11428e-05;OID=.;OPOS=56152729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:58:42:0:0:58:42:0:0 chr15 56152872 . C T 1362.81 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202789;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.393;QD=62.6581;RBI=0.0304436;REFB=0;REVB=-0.0227064;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47199e-06;OID=.;OPOS=56152872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chr15 56207983 . C T 327.78 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.01539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.722;QD=15.2457;RBI=0.0185497;REFB=-0.0025345;REVB=0.0103555;RO=50;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696036;STB=0.539333;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00318968;OID=.;OPOS=56207983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:19:17:27:23:19:17:27:23 chr15 56285721 . G A 399.55 PASS AF=0.476744;AO=35;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0174487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.741;QD=18.5835;RBI=0.0178394;REFB=-0.0120194;REVB=0.00371293;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00370402;STB=0.585324;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0254158;OID=.;OPOS=56285721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:45:35:41:0.476744:18:17:23:24:24:17:26:19 chr15 56322148 . C T 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0756888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6054;QD=15.3775;RBI=0.0804281;REFB=-0.0134551;REVB=-0.0272007;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458206;STB=0.761521;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00532224;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:2:12:4:8:2:12 chr15 56322156 . T C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0306588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1216;QD=11.4391;RBI=0.0507474;REFB=0.013103;REVB=0.0404393;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.588898;STB=0.844176;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0246003;OID=.;OPOS=56322156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:2:12:2:7:2:12 chr15 56386577 . T G 1698.34 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000567691;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.776;QD=60.6552;RBI=0.00467964;REFB=0;REVB=0.00464508;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31654e-05;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:62:50:0:0:62:50:0:0 chr15 56387859 . T C 339.87 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=0.0172965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.002;QD=15.4488;RBI=0.0200893;REFB=-0.0142973;REVB=-0.0102182;RO=51;SAF=6;SAR=31;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930927;STB=0.55296;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.018824;OID=.;OPOS=56387859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:31:6:11:40:31:6:11:40 chr15 56387931 . C T 976.38 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9645;QD=57.4343;RBI=0.014668;REFB=0.0154726;REVB=-0.0106861;RO=1;SAF=17;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935944;STB=0.504949;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-4.29391e-06;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:50:17:0:1:50:17:0:1 chr15 56388033 . T C 294.15 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0130976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.52;QD=17.5614;RBI=0.019648;REFB=-0.00699673;REVB=0.0146458;RO=35;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128386;STB=0.571921;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0081349;OID=.;OPOS=56388033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:19:13:19:16:19:13:19:16 chr15 56471449 . T G 190.27 PASS AF=0.285714;AO=27;DP=88;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.036578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2301;QD=8.36328;RBI=0.094923;REFB=-0.0179508;REVB=0.0875924;RO=60;SAF=19;SAR=8;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387632;STB=0.759808;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0480443;OID=.;OPOS=56471449;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:60:65:27:26:0.285714:8:19:22:38:7:19:23:42 chr15 56721264 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.965;QD=62.9827;RBI=0.0500623;REFB=0;REVB=-0.0132823;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000562146;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr15 56923714 . G A 1065.76 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008489;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.419;QD=60.0429;RBI=0.0153014;REFB=0;REVB=0.0127306;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8031e-06;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:30:40:0:0:30:41:0:0 chr15 56946980 . T G 1473.33 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00650608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8783;QD=60.136;RBI=0.0849356;REFB=-0.0235767;REVB=0.084686;RO=3;SAF=55;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145749;STB=0.501519;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00436817;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:98:98:3:2:95:96:0.979592:40:55:1:2:41:55:1:1 chr15 56968865 . C T 779.84 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.837;QD=55.7027;RBI=0.120657;REFB=0;REVB=-0.0121852;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132109;OID=.;OPOS=56968865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:56:0:0:50:56:1:27:23:0:0:27:29:0:0 chr15 57213283 . A G 334.71 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0318903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.789;QD=33.4714;RBI=0.037559;REFB=-0.00629897;REVB=0.0198416;RO=12;SAF=17;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239465;STB=0.63065;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00348804;OID=.;OPOS=57213283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:11:17:2:10:11:17:2:10 chr15 57730404 . T C 641.3 PASS AF=0.629213;AO=56;DP=89;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.00168969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.972;QD=28.8224;RBI=0.00694243;REFB=-0.0136498;REVB=0.00673367;RO=32;SAF=34;SAR=22;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126263;STB=0.572395;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0100239;OID=.;OPOS=57730404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:32:33:56:56:0.629213:22:34:25:7:22:34:26:7 chr15 57731335 . A C 427.98 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5485;QD=57.0638;RBI=0.0585003;REFB=0;REVB=0.0443119;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132369;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:16:12:0:0:17:13:0:0 chr15 57731728 . A G 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.953;QD=58.7775;RBI=0.0235618;REFB=0;REVB=0.0195398;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72081e-05;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr15 57918069 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.501;QD=60.2043;RBI=0.0480212;REFB=0;REVB=-0.0290075;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17577e-05;OID=.;OPOS=57918069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:48:25:0:0:48:25:0:0 chr15 57918090 . A G 905.93 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0553688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3611;QD=56.6207;RBI=0.05601;REFB=0.0210794;REVB=0.00845099;RO=1;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116608;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00114253;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:40:23:0:1:40:23:0:1 chr15 57967219 . T C 1482.15 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.394;QD=63.0702;RBI=0.0116395;REFB=0;REVB=0.00786502;RO=0;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45652e-05;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:58:35:0:0:59:35:0:0 chr15 58000981 . C T 249.09 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00728079;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.847;QD=15.5684;RBI=0.0460675;REFB=0.00181337;REVB=-0.0454885;RO=36;SAF=19;SAR=9;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213783;STB=0.596344;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00231302;OID=.;OPOS=58000981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:35:28:29:0.453125:9:19:17:19:10:19:17:18 chr15 58006854 . G A 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00758582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.926;QD=20.1584;RBI=0.0152007;REFB=-0.0119714;REVB=-0.0131725;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220472;STB=0.624844;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00560337;OID=.;OPOS=58006854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:6:10:5:9:6:10:5:9 chr15 58256127 . C T 830.83 PASS AF=0.630252;AO=75;DP=119;FAO=75;FDP=119;FR=.;FRO=44;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00883728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.067;QD=27.9271;RBI=0.0202057;REFB=-0.0096199;REVB=-0.0181706;RO=44;SAF=47;SAR=28;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10571;STB=0.557297;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00618573;OID=.;OPOS=58256127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:44:44:75:75:0.630252:28:47:21:23:28:47:21:23 chr15 58444720 . A T 548.41 PASS AF=0.523364;AO=54;DP=106;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0030735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.336;QD=20.5012;RBI=0.00763407;REFB=-0.00984306;REVB=-0.00698803;RO=52;SAF=27;SAR=27;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341772;STB=0.514014;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00935828;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:52:51:54:56:0.523364:27:27:24:28:28:28:24:27 chr15 58471368 . C T 1503.35 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.624;QD=63.2989;RBI=0.0302408;REFB=0;REVB=0.0300158;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05906e-05;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:95:0:0:90:95:1:41:49:0:0:43:52:0:0 chr15 58476281 . A G 1190.3 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.342;QD=61.041;RBI=0.0181222;REFB=0;REVB=0.0129379;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43805e-07;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr15 58834741 . G T 484.76 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0728371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.502;QD=21.0766;RBI=0.0755544;REFB=-0.0124475;REVB=0.0200804;RO=44;SAF=21;SAR=26;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164724;STB=0.585173;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.007851;OID=.;OPOS=58834741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:45:47:47:0.51087:26:21:28:16:26:21:28:17 chr15 58837957 . A G 700.01 PASS AF=0.503597;AO=67;DP=138;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0107288;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2345;QD=20.1442;RBI=0.0109545;REFB=-0.0225362;REVB=0.00221231;RO=69;SAF=36;SAR=31;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143707;STB=0.51773;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0115359;OID=.;OPOS=58837957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:69:69:67:70:0.503597:31:36:36:33:31:39:36:33 chr15 58838010 . A G 535.14 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0306305;FXX=0.0275843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.449;QD=15.1813;RBI=0.0308005;REFB=-0.00708193;REVB=-0.00323187;RO=70;SAF=28;SAR=30;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016931;STB=0.507592;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00979045;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:141:70:83:58:58:0.411348:30:28:35:35:30:28:39:44 chr15 58853079 . C A 699.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.152;QD=62.1549;RBI=0.0585076;REFB=0;REVB=0.0550427;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212174;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:13:28:0:0:16:29:0:0 chr15 58853109 . A G 771.34 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304941;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.445;QD=57.1361;RBI=0.0853406;REFB=0;REVB=0.0797065;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231843;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:53:54:1:33:20:0:0:34:20:0:0 chr15 58983318 . G C 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00885521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.852;QD=61.8133;RBI=0.0155899;REFB=-0.00384015;REVB=0.0128309;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171119;STB=0.509087;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=1.90345e-05;OID=.;OPOS=58983318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:22:27:1:0:22:27:1:0 chr15 58983425 . G C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.504;QD=57.7124;RBI=0.0362247;REFB=0;REVB=-0.0093067;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61578e-05;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr15 58983588 . T A 1438.18 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316687;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.587;QD=63.2167;RBI=0.0369154;REFB=0;REVB=-0.0189694;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127142;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr15 58985163 . GTT GGT,GT,GTG 759.35 PASS AF=0,1,0;AO=24,26,2;DP=54;FAO=0,57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25,0;FSAR=0,32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.465252,-0.0801348,-0.0696401;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=11.1735,24.1511,10.4846;QD=53.2877;RBI=0.4653,0.0838386,0.0699124;REFB=0,0,0;REVB=0.00664442,0.024644,0.00616527;RO=0;SAF=23,0,0;SAR=1,26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-6.66402e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0186773,-0.00121403,0;OID=.,.,.;OPOS=58985164,58985164,58985165;OREF=T,T,T;OALT=G,-,G;OMAPALT=GGT,GT,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:24,26,2:54:0,57,0:57:0:0,25,0:0,32,0:0:0:4:0:23,0,0:1,26,2:0:0 chr15 59147037 . A T 617.25 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918788;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.491;QD=61.7248;RBI=0.0117402;REFB=0;REVB=0.00730858;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72123e-05;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr15 59147413 . T A 638.79 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00257207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.911;QD=59.4225;RBI=0.0199969;REFB=-0.0210275;REVB=0.0198308;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=4.13478e-05;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:1:0:16:26:1:0 chr15 59417040 . C G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0327647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3636;QD=17.1001;RBI=0.0382664;REFB=-0.00305576;REVB=-0.0197685;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150546;STB=0.586087;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00375644;OID=.;OPOS=59417040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:10:5:7:7:10:5 chr15 59499179 . G A 1414.1 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666815;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.351;QD=62.849;RBI=0.0793695;REFB=0;REVB=0.0430476;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59188e-05;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:42:46:0:0:42:48:0:0 chr15 59499228 . C T 1406.66 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233822;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.338;QD=61.8314;RBI=0.0263415;REFB=-0.117224;REVB=0.0121305;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=6.01896e-05;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:91:0:1:90:90:0.989011:41:49:0:0:41:49:1:0 chr15 59499274 . C A 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047304;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.77;QD=63.8873;RBI=0.0272427;REFB=0;REVB=0.0268289;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71901e-05;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:42:55:0:0:42:55:0:0 chr15 59500116 . T C 871.27 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00480774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.965;QD=56.2112;RBI=0.0486405;REFB=-0.0199968;REVB=0.0484023;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185059;STB=0.509801;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00012865;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:25:36:0:1:25:36:0:1 chr15 59510189 . G A 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.316;QD=59.9376;RBI=0.0211243;REFB=0;REVB=0.020131;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4641e-05;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chr15 59682428 . G A 972.79 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.602;QD=58.9567;RBI=0.0177871;REFB=0;REVB=0.0020384;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26615e-05;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:40:25:0:0:41:25:0:0 chr15 59682486 . G GT 576.25 PASS AF=1;AO=56;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.4554;QD=38.4168;RBI=0.0679899;REFB=0;REVB=-0.0668942;RO=3;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000682307;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:61:60:60:0:23:37:0:0:12:3:23:33:0:3 chr15 59784493 . C T 1323.42 PASS AF=0.927083;AO=89;DP=97;FAO=89;FDP=96;FR=.;FRO=7;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0264843;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.005;QD=55.1425;RBI=0.0264848;REFB=-0.0219636;REVB=0.00015882;RO=7;SAF=45;SAR=44;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499783;STB=0.526433;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00116908;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:97:96:7:7:89:89:0.927083:44:45:1:6:44:45:1:6 chr15 59911892 . G T 1797.23 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00230025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.826;QD=59.4127;RBI=0.0504045;REFB=-0.0483494;REVB=0.050352;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.503999;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00162628;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:121:121:0:1:119:120:0.991736:61:58:0:0:62:58:0:1 chr15 59912253 . A C 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.91;QD=62.6665;RBI=0.0502701;REFB=0;REVB=0.0468787;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529848;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr15 59912625 . G A 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.641;QD=63.2793;RBI=0.0295843;REFB=0;REVB=0.0225504;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123631;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr15 60298221 . C A 518.14 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413415;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.4567;QD=59.2159;RBI=0.0486336;REFB=0;REVB=0.0256145;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115818;OID=.;OPOS=60298221;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr15 60678298 . T A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.705;QD=57.6807;RBI=0.0425479;REFB=0;REVB=-0.0020453;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52609e-05;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr15 60690089 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6464;QD=37.4831;RBI=0.036719;REFB=0;REVB=-0.0344563;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149959;OID=.;OPOS=60690089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr15 60715800 . T G 521.97 PASS AF=0.886364;AO=35;DP=40;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0691209;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=60.0207;QD=47.4519;RBI=0.141094;REFB=-0.060428;REVB=0.123003;RO=4;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050482;STB=0.512814;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00542158;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:44:4:5:35:39:0.886364:17:18:1:3:19:20:2:3 chr15 60724118 . C G 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112553;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.703;QD=59.8617;RBI=0.0155067;REFB=0;REVB=-0.0106666;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95322e-07;OID=.;OPOS=60724118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr15 60734697 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.374;QD=57.6791;RBI=0.0362197;REFB=0;REVB=-0.00946534;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80118e-05;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr15 60789798 . G T 1190.23 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3842;QD=61.0376;RBI=0.0362249;REFB=0;REVB=-0.0187724;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211178;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr15 62202482 . C T 6924.22 PASS AF=1;AO=431;DP=431;FAO=435;FDP=435;FR=.;FRO=0;FSAF=222;FSAR=213;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.053;QD=63.671;RBI=0.0128272;REFB=0;REVB=-0.00544462;RO=0;SAF=220;SAR=211;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66962e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.95142e-06;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:431:435:0:0:431:435:1:211:220:0:0:213:222:0:0 chr15 62212781 . T C 621.27 PASS AF=0.516667;AO=60;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00173168;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.594;QD=20.7088;RBI=0.00340725;REFB=-0.0479403;REVB=-0.00293439;RO=43;SAF=40;SAR=20;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180296;STB=0.551954;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0356828;OID=.;OPOS=62212781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:43:57:60:62:0.516667:20:40:19:24:20:42:33:24 chr15 62254989 . T C 620.45 PASS AF=0.454545;AO=64;DP=143;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0190952;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4013;QD=17.3553;RBI=0.0663905;REFB=-0.00834875;REVB=0.0635852;RO=79;SAF=30;SAR=34;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121955;STB=0.514035;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0103909;OID=.;OPOS=62254989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:79:78:64:65:0.454545:34:30:38:41:35:30:38:40 chr15 62259637 . C T 162.0 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0210525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3813;QD=9.00009;RBI=0.0233216;REFB=0.00341621;REVB=0.0100344;RO=48;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528958;STB=0.531617;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0118675;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:50:22:22:0.305556:10:12:24:24:10:12:25:25 chr15 62299603 . T G 402.17 PASS AF=0.5;AO=39;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0996411;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=52.2817;QD=19.6179;RBI=0.101308;REFB=-0.0219607;REVB=0.0183047;RO=27;SAF=17;SAR=22;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197686;STB=0.631886;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0193983;OID=.;OPOS=62299603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:27:41:39:41:0.5:22:17:19:8:24:17:28:13 chr15 62316035 . C T 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00998236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.871;QD=13.7732;RBI=0.0100817;REFB=-0.00175842;REVB=-0.0014121;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260076;STB=0.658711;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00368083;OID=.;OPOS=62316035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:31:20:20:0.392157:7:13:12:18:7:13:12:19 chr15 62539781 . A G 237.61 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00912327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.525;QD=18.6362;RBI=0.0267507;REFB=-0.0236293;REVB=-0.0251468;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145822;STB=0.50819;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0246801;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:16:10:10:15:16:10 chr15 62990971 . C T 885.7 PASS AF=0.941176;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0693728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2759;QD=52.0999;RBI=0.0822993;REFB=-0.165371;REVB=-0.0442785;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140981;STB=0.51562;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0107804;OID=.;OPOS=62990971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:68:1:4:64:64:0.941176:33:31:0:1:33:31:3:1 chr15 63009804 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.087;QD=57.2026;RBI=0.0723109;REFB=0;REVB=0.0290621;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573271;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr15 63047778 . C T 624.0 PASS AF=0.553571;AO=61;DP=112;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0595604;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.88;QD=22.2858;RBI=0.0683959;REFB=-0.0382024;REVB=0.0336239;RO=49;SAF=19;SAR=42;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190731;STB=0.611967;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0187434;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:49:50:61:62:0.553571:42:19:26:23:43:19:27:23 chr15 63047793 . C T 413.61 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.0539951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.193;QD=15.0403;RBI=0.0547981;REFB=-0.00964507;REVB=-0.00934688;RO=63;SAF=25;SAR=22;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201152;STB=0.612511;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0154054;OID=.;OPOS=63047793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:63:47:47:0.427273:22:25:21:42:22:25:21:42 chr15 63131117 . T A 261.67 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0131697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.672;QD=14.7422;RBI=0.022494;REFB=-0.00672586;REVB=-0.0182356;RO=39;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071675;STB=0.554271;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00879052;OID=.;OPOS=63131117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:39:41:30:30:0.422535:14:16:18:21:14:16:18:23 chr15 63133002 . T C 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0137083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.047;QD=19.6966;RBI=0.0137197;REFB=-0.00292385;REVB=-0.000559755;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106082;STB=0.559943;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00137926;OID=.;OPOS=63133002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:12:10:12:9:12:10 chr15 63133434 . G C 399.47 PASS AF=0.44;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00192187;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6568;QD=15.9787;RBI=0.0157385;REFB=-0.0427111;REVB=-0.0156207;RO=54;SAF=16;SAR=28;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120442;STB=0.558908;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0383749;OID=.;OPOS=63133434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:54:56:44:44:0.44:28:16:26:28:28:16:26:30 chr15 63351840 . C A 289.29 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8326;QD=52.5979;RBI=0.0531808;REFB=0;REVB=-0.0531366;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013783;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr15 63363421 . T TGTTTT 50.0 PASS AO=58;DP=117;LEN=5;RO=59;SAF=32;SAR=27;SRF=25;SRR=33;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=63363421;OREF=-;OALT=TGTTT;OMAPALT=TGTTTT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:117:59:58:27:32:25:33 chr15 63433766 . G A 752.59 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00317812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4234;QD=61.4363;RBI=0.00468232;REFB=-0.113452;REVB=-0.00343856;RO=1;SAF=30;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154257;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0178087;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:18:30:1:0:18:30:1:0 chr15 63446199 . CAAAATT C 135.98 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0103245;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=6;MLLD=317.386;QD=10.0724;RBI=0.0166683;REFB=0.0056391;REVB=0.0130858;RO=25;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187494;STB=0.700179;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=-0.00546179;OID=.;OPOS=63446200;OREF=AAAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:21:55:22:54:32:5:17:17:15:99:25:5:16:10:15 chr15 63548787 . G A 205.14 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00707712;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.213;QD=15.7802;RBI=0.00760017;REFB=-0.0305147;REVB=-0.00277072;RO=29;SAF=5;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259387;STB=0.655722;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0276289;OID=.;OPOS=63548787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:29:22:23:0.442308:17:5:13:16:18:5:13:16 chr15 64215375 . G C 1171.9 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8364;QD=60.878;RBI=0.0567776;REFB=0;REVB=0.00602256;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471236;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:37:39:0:0:37:40:0:0 chr15 64367745 . T C 89.51 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0633354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.664;QD=15.5667;RBI=0.0660755;REFB=-0.00532947;REVB=0.0188306;RO=12;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168205;STB=0.59979;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00885075;OID=.;OPOS=64367745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:10:1:2:10:10:1:2:10 chr15 64385851 . T C 801.1 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.897;QD=57.2215;RBI=0.0343003;REFB=0;REVB=-0.0239599;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000454991;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr15 64418397 . G A 199.19 PASS AF=0.456522;AO=15;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0158825;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8941;QD=17.3209;RBI=0.0227416;REFB=-0.00226949;REVB=-0.0162765;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225933;STB=0.659082;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00227539;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:15:21:0.456522:7:8:8:17:8:13:8:17 chr15 64418398 . C A 32.61 PASS AF=0.125;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0193733;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.084;QD=2.71755;RBI=0.0222839;REFB=-0.00840908;REVB=-0.0110112;RO=39;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483841;STB=0.854151;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0128347;OID=.;OPOS=64418398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:48:39:42:6:6:0.125:1:5:16:23:1:5:17:25 chr15 64463365 . TTA T,TTT 55.38 PASS AF=0.409091,0.0454545;AO=5,6;DP=33;FAO=9,1;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4,0;FSAR=5,1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.245651,0.160198;FXX=0.241296;HRUN=8,7;LEN=2,1;MLLD=14.9256,10.9523;QD=10.0696;RBI=0.292221,0.163447;REFB=-0.0878978,-0.0574756;REVB=-0.158269,0.0324256;RO=16;SAF=1,0;SAR=4,6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.241343,-0.700523;STB=0.565077,0.98645;STBP=0.619,0.516;TYPE=del,snp;VARB=0.0319221,0.142845;OID=.,.;OPOS=64463366,64463367;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091,0.0454545:5,6:33:9,1:22:12:4,0:5,1:4:8:51:16:1,0:4,6:6:10 chr15 64634884 . C A 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.476;QD=60.9719;RBI=0.0541122;REFB=0;REVB=-0.0521179;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471901;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr15 64673152 . C A 301.85 PASS AF=0.5;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0113018;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2215;QD=18.8657;RBI=0.0582613;REFB=0.0121479;REVB=0.0571546;RO=31;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698145;STB=0.547029;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.0109741;OID=.;OPOS=64673152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:32:32:32:0.5:18:14:16:15:18:14:17:15 chr15 64737225 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.705;QD=63.5808;RBI=0.0188896;REFB=0;REVB=-0.00646139;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35017e-05;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr15 64792896 . G A 1304.52 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00562344;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.059;QD=60.6752;RBI=0.00738752;REFB=0.0984199;REVB=-0.00479086;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.505493;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000173514;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:0:1:84:85:0.988372:38:46:0:0:40:45:1:0 chr15 64793617 . A G 874.22 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0245745;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.723;QD=56.4011;RBI=0.0290382;REFB=-0.0680028;REVB=0.0154696;RO=1;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113758;STB=0.506022;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00024007;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:41:20:0:1:41:20:0:1 chr15 64915106 . C T 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.256;QD=58.7787;RBI=0.0169654;REFB=0;REVB=0.00676005;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211633;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr15 65041622 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.53;QD=37.4883;RBI=0.0892526;REFB=0;REVB=0.0875979;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256236;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr15 65108479 . T C 231.47 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0309419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1857;QD=16.5335;RBI=0.054101;REFB=-0.0235747;REVB=0.0443792;RO=30;SAF=17;SAR=9;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862036;STB=0.548402;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0128979;OID=.;OPOS=65108479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:9:17:22:8:9:17:22:8 chr15 65153690 . G A 615.39 PASS AF=0.591398;AO=49;DP=87;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00998098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.047;QD=26.4685;RBI=0.0201928;REFB=-0.0210939;REVB=0.0175537;RO=38;SAF=29;SAR=20;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551035;STB=0.553827;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.012337;OID=.;OPOS=65153690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:93:38:38:49:55:0.591398:20:29:25:13:26:29:25:13 chr15 65157482 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.019115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.679;QD=15.1663;RBI=0.0244678;REFB=-0.0142359;REVB=-0.0152738;RO=20;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387559;STB=0.726942;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0135076;OID=.;OPOS=65157482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:3:12:9:11:3:12:9:11 chr15 65236875 . T C 755.09 PASS AF=0.545455;AO=70;DP=130;FAO=72;FDP=132;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0107528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.444;QD=22.8815;RBI=0.0263604;REFB=-0.0191001;REVB=0.0240675;RO=60;SAF=29;SAR=41;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450409;STB=0.529823;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0174424;OID=.;OPOS=65236875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:60:60:70:72:0.545455:41:29:28:32:43:29:28:32 chr15 65347405 . G A 817.06 PASS AF=0.951613;AO=60;DP=63;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0622344;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.193;QD=52.7137;RBI=0.0702468;REFB=-0.0748788;REVB=0.0325806;RO=3;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435048;STB=0.523801;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00108106;OID=.;OPOS=65347405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:62:3:3:60:59:0.951613:31:29:0:3:30:29:0:3 chr15 65370352 . GT AC,GC 1495.23 PASS AF=0.0490196,0.95098;AO=5,97;DP=102;FAO=5,97;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=0,55;FSAR=5,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119212,0.0253031;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=124.085,78.1478;QD=58.6364;RBI=0.0208366,0.027973;REFB=0,0;REVB=0.0170894,0.0119264;RO=0;SAF=0,55;SAR=5,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00591992,-0.00278732;OID=.,.;OPOS=65370352,65370353;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:102:102:0:0:5,97:5,97:0.0490196,0.95098:5,42:0,55:0:0:5,42:0,55:0:0 chr15 65449169 . C T 1152.67 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.673;QD=60.6669;RBI=0.0545476;REFB=0;REVB=0.0539301;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156516;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr15 65489128 . C T 854.13 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0537316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.908;QD=56.0086;RBI=0.0718799;REFB=-0.108654;REVB=0.0477455;RO=1;SAF=32;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145205;STB=0.50769;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000568395;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:28:32:1:0:28:32:1:0 chr15 65489688 . T C 1069.04 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.661;QD=58.5774;RBI=0.0329358;REFB=0;REVB=-0.0326698;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57438e-06;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:38:33:0:0:40:33:0:0 chr15 65490901 . T C 1274.74 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0111274;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.445;QD=59.2902;RBI=0.029486;REFB=0.0450797;REVB=-0.0273058;RO=2;SAF=42;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220196;STB=0.511625;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.000832368;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:42:42:2:0:42:42:2:0 chr15 65619427 . T A 81.43 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242777;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.729;QD=40.7141;RBI=0.0406345;REFB=0;REVB=0.0325846;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117047;OID=.;OPOS=65619427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:8:0:0:6:8:1:6:0:0:0:8:0:0:0 chr15 65620156 . C T 763.15 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0879115;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.584;QD=63.5956;RBI=0.122369;REFB=0;REVB=0.0851219;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936676;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:36:11:0:0:37:11:0:0 chr15 65621441 . C A 557.45 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.182;QD=60.2643;RBI=0.101203;REFB=0;REVB=0.100556;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425856;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr15 65621857 . T C 740.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0658137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9967;QD=56.9482;RBI=0.0835327;REFB=0;REVB=0.0514419;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.30658e-05;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr15 65667724 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.801;QD=57.1062;RBI=0.0458412;REFB=0;REVB=0.0161133;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126805;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr15 65676617 . T C 495.61 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423154;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.235;QD=58.3067;RBI=0.033389;REFB=0;REVB=0.0331197;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717395;OID=.;OPOS=65676617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:11:21:0:0:13:21:0:0 chr15 65676726 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.767;QD=58.5878;RBI=0.0255635;REFB=0;REVB=0.0135007;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56443e-05;OID=.;OPOS=65676726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr15 65916527 . A T 528.77 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.010537;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.092;QD=19.0547;RBI=0.0162111;REFB=0.00156907;REVB=-0.0123195;RO=56;SAF=30;SAR=25;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202393;STB=0.611611;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00162404;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:56:56:55:55:0.495495:25:30:18:38:25:30:18:38 chr15 65994733 . C T 735.2 PASS AF=0.5;AO=71;DP=146;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0124119;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.501;QD=19.6053;RBI=0.0170964;REFB=-0.00791933;REVB=-0.0117572;RO=74;SAF=34;SAR=37;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694032;STB=0.533289;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00918598;OID=.;OPOS=65994733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:74:75:71:75:0.5:37:34:41:33:39:36:41:34 chr15 66011630 . A G 564.47 PASS AF=0.6;AO=50;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0125526;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.625;QD=26.5633;RBI=0.0127631;REFB=-0.0222787;REVB=0.00230867;RO=34;SAF=31;SAR=19;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219671;STB=0.613393;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0173959;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:50:51:0.6:19:31:11:23:20:31:11:23 chr15 66257408 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1542;QD=58.4188;RBI=0.0803198;REFB=0;REVB=0.0345966;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264918;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr15 66274690 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4373;QD=52.6121;RBI=0.00687102;REFB=0;REVB=-0.00629318;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8206e-05;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr15 66411441 . C T 420.8 PASS AF=0.494118;AO=40;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0221393;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.994;QD=19.8025;RBI=0.0282024;REFB=-0.0131463;REVB=0.0174708;RO=43;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757257;STB=0.553047;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0129293;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:40:42:0.494118:20:20:18:25:20:22:18:25 chr15 66640619 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000777506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.078;QD=52.613;RBI=0.01307;REFB=0;REVB=0.0130468;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89924e-05;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr15 66641732 . G C 728.49 PASS AF=1;AO=34;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.984;QD=63.3467;RBI=0.0386266;REFB=0;REVB=0.00470011;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829883;OID=.;OPOS=66641732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:34:46:1:19:15:0:0:19:27:0:0 chr15 66644521 . C G 407.14 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.805;QD=52.5339;RBI=0.0172441;REFB=-0.0919686;REVB=-0.00401991;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00106143;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:29:30:0.967742:16:13:0:0:16:14:0:1 chr15 66729228 . A AC,C 72.18 PASS AF=0.234043,0.0212766;AO=7,4;DP=49;FAO=11,1;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=1,0;FSAR=10,1;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00415933,0.00782257;FXX=0.040808;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=87.4588,167.683;QD=6.14286;RBI=0.07979,0.0311347;REFB=0.00949468,-0.00306192;REVB=-0.0796815,-0.030136;RO=35;SAF=1,0;SAR=6,4;SRF=26;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.641651,-0.700737;STB=0.933586,0.994492;STBP=0.004,0.138;TYPE=ins,snp;VARB=-0.211144,0.186879;OID=.,.;OPOS=66729229,66729228;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:49:47:35:35:7,4:11,1:0.234043,0.0212766:6,4:1,0:26:9:10,1:1,0:26:9 chr15 66850204 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0485411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.717;QD=17.4013;RBI=0.0510234;REFB=-0.00687648;REVB=0.015721;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302232;STB=0.675383;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00728122;OID=.;OPOS=66850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:10:3:7:6:10:3:7:6 chr15 66850362 . C T 76.39 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0498472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6163;QD=12.7314;RBI=0.112628;REFB=-0.00816918;REVB=-0.100997;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133539;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0187154;OID=.;OPOS=66850362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:6:4:7:6:6:4:8:6 chr15 67234251 . A G 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.815;QD=63.6149;RBI=0.0409022;REFB=0;REVB=0.0183554;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20864e-05;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:56:39:0:0:56:39:0:0 chr15 67484297 . C T 486.57 PASS AF=0.575;AO=44;DP=78;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=3.22817e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.085;QD=24.3284;RBI=0.00189093;REFB=-0.0211259;REVB=0.00189066;RO=33;SAF=17;SAR=27;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149934;STB=0.572344;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0160111;OID=.;OPOS=67484297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:33:34:44:46:0.575:27:17:19:14:28:18:19:15 chr15 67486775 . T C 192.84 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0178959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.516;QD=23.3746;RBI=0.056569;REFB=-0.0025146;REVB=0.0536636;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583414;STB=0.503265;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00333697;OID=.;OPOS=67486775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:11:8:6:8:11:8:6:8 chr15 67486847 . T C 171.24 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0115196;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.977;QD=24.4624;RBI=0.0137762;REFB=-0.0169223;REVB=0.00755529;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140571;STB=0.578852;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0354042;OID=.;OPOS=67486847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:6:5:11:6:6:5 chr15 67494304 . T G 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0095418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.526;QD=13.9955;RBI=0.0105099;REFB=-0.000657118;REVB=0.00440603;RO=42;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683225;STB=0.503888;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00107559;OID=.;OPOS=67494304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:15:14:20:22:15:14:20:22 chr15 67528374 . T G 258.81 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00272531;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8014;QD=13.8033;RBI=0.0262585;REFB=0.00175997;REVB=0.0261167;RO=45;SAF=11;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10925;STB=0.5624;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00208472;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:19:11:21:24:19:11:21:24 chr15 67547301 . C A 389.41 PASS AF=0.403509;AO=45;DP=111;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0125276;FXX=0.0086949;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.262;QD=13.6634;RBI=0.0142358;REFB=-0.0135839;REVB=-0.00676143;RO=64;SAF=29;SAR=16;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219086;STB=0.522378;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0300515;OID=.;OPOS=67547301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:64:68:45:46:0.403509:16:29:40:24:16:30:42:26 chr15 67574440 . C G 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00899919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.948;QD=15.1012;RBI=0.00955643;REFB=-0.0213475;REVB=0.00321557;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509083;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0209121;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:12:12:15:15:12:12:16:15 chr15 67692502 . T C 1989.36 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.496;QD=62.1676;RBI=0.0146938;REFB=0;REVB=-0.000114067;RO=0;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00944e-05;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:63:65:0:0:63:65:0:0 chr15 67768151 . G C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.426;QD=60.0309;RBI=0.0408535;REFB=0;REVB=0.0388365;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92687e-05;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr15 67951150 . G T 673.86 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563308;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.487;QD=62.6846;RBI=0.00833778;REFB=0;REVB=-0.00614712;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28758e-06;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr15 68117300 . T A 1492.35 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303406;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.545;QD=63.5043;RBI=0.0318245;REFB=0;REVB=0.00960474;RO=0;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07746e-05;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:59:35:0:0:59:35:0:0 chr15 68132327 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0061658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.015;QD=21.9446;RBI=0.0282752;REFB=-0.00450132;REVB=-0.0275947;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280661;STB=0.657702;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0023807;OID=.;OPOS=68132327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:9:3:10:6:9:3 chr15 68583175 . T C 1608.25 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.972;QD=59.0185;RBI=0.055723;REFB=-0.0291844;REVB=0.0508647;RO=1;SAF=53;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088714;STB=0.504672;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000586424;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:1:1:107:108:0.990826:54:53:1:0:55:53:1:0 chr15 68603625 . C T 1444.42 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0507047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.804;QD=60.8177;RBI=0.0614192;REFB=-0.0621695;REVB=0.0346604;RO=2;SAF=42;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194873;STB=0.501028;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00122615;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:51:42:1:1:51:42:1:1 chr15 68605169 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.374;QD=60.1583;RBI=0.0263216;REFB=0.113246;REVB=0.00630166;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000464141;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:0:1:24:20:0:1 chr15 68609647 . G T 209.68 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0036892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.588;QD=18.6378;RBI=0.0151839;REFB=-0.0132722;REVB=0.0147289;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930091;STB=0.552583;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.014273;OID=.;OPOS=68609647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:8:16:12:9:8:16 chr15 68612556 . T C 636.82 PASS AF=0.467626;AO=64;DP=138;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.0456269;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.049;QD=18.3257;RBI=0.0458155;REFB=-0.0179808;REVB=-0.00415273;RO=74;SAF=40;SAR=24;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581228;STB=0.535437;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0223123;OID=.;OPOS=68612556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:74:74:64:65:0.467626:24:40:42:32:24:41:42:32 chr15 68613778 . G T 334.93 PASS AF=0.5;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00302716;FXX=0.0277739;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.335;QD=19.1387;RBI=0.017381;REFB=-0.00943;REVB=-0.0171154;RO=31;SAF=12;SAR=23;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112164;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0152182;OID=.;OPOS=68613778;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:31:35:35:35:0.5:23:12:11:20:23:12:12:23 chr15 68613787 . A G 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0186281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.74;QD=17.8518;RBI=0.0210319;REFB=-0.0232264;REVB=-0.00976395;RO=40;SAF=11;SAR=25;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481568;STB=0.526966;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0290277;OID=.;OPOS=68613787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:25:11:14:26:25:11:14:26 chr15 68624290 . G A 364.16 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0512333;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.4;QD=17.3408;RBI=0.0525894;REFB=-0.0166043;REVB=0.0118655;RO=44;SAF=8;SAR=30;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166143;STB=0.585433;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0159988;OID=.;OPOS=68624290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:44:45:38:39:0.464286:30:8:15:29:30:9:16:29 chr15 68624396 . A C 188.47 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00970725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.861;QD=14.4978;RBI=0.0120385;REFB=-0.00528918;REVB=0.00712003;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126135;STB=0.572117;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00822785;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:14:16:9:13:14:16 chr15 68628143 . C T 417.4 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0159758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.882;QD=14.2702;RBI=0.0161915;REFB=-0.00876512;REVB=-0.00263415;RO=68;SAF=18;SAR=30;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561438;STB=0.536897;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0109478;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:69:48:48:0.410256:30:18:29:39:30:18:30:39 chr15 68628163 . C T 439.42 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00326591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0686;QD=19.3153;RBI=0.039014;REFB=-0.0327405;REVB=-0.0388771;RO=46;SAF=16;SAR=28;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069107;STB=0.533883;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0344226;OID=.;OPOS=68628163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:46:47:44:44:0.483516:28:16:20:26:28:16:20:27 chr15 68649587 . G A 791.85 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0317027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.236;QD=53.6845;RBI=0.044299;REFB=0.0383307;REVB=0.0309409;RO=2;SAF=27;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336561;STB=0.517851;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00171448;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:30:27:2:0:30:27:2:0 chr15 69019582 . G C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0271779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.098;QD=24.0275;RBI=0.0358797;REFB=-0.0211767;REVB=-0.0234246;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120515;STB=0.567474;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00882428;OID=.;OPOS=69019582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:8:6:2:6:8:6:2:6 chr15 69238272 . G T 878.95 PASS AF=1;AO=45;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.833;QD=57.6358;RBI=0.0333354;REFB=0;REVB=0.0284893;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217302;OID=.;OPOS=69238272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:45:61:1:17:28:0:0:26:35:0:0 chr15 69238445 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.993;QD=56.1916;RBI=0.0457992;REFB=0;REVB=0.0292613;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241968;OID=.;OPOS=69238445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr15 69542968 . G A 140.12 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0141447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9143;QD=10.3789;RBI=0.0178936;REFB=-0.0151453;REVB=0.0109594;RO=36;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0369909;OID=.;OPOS=69542968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:10:8:16:20:10:8:16:20 chr15 69561518 . G A 164.83 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0395264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.063;QD=21.2688;RBI=0.0403856;REFB=-0.0188998;REVB=-0.00828631;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338267;STB=0.519062;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0208726;OID=.;OPOS=69561518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:6:8:9:8:6:8 chr15 69564343 . C T 459.74 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0544221;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7345;QD=18.9582;RBI=0.114067;REFB=-0.0458707;REVB=-0.100247;RO=47;SAF=18;SAR=28;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797762;STB=0.521892;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0507723;OID=.;OPOS=69564343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:47:51:46:46:0.474227:28:18:18:29:28:18:22:29 chr15 69672272 . T TC 39.31 PASS AF=0.117647;AO=15;DP=103;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=29;FWDB=-0.0265071;FXX=0.0097078;HRUN=0;LEN=1;MLLD=82.3335;QD=1.54137;RBI=0.123792;REFB=-0.00275618;REVB=-0.12092;RO=86;SAF=1;SAR=14;SRF=61;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.711167;STB=0.944;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=-0.0740305;OID=.;OPOS=69672273;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.117647:15:103:12:102:90:1:11:61:29:39:86:1:14:61:25 chr15 69683945 . C G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.03;QD=58.7816;RBI=0.0310264;REFB=0;REVB=-0.0301819;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236164;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr15 69697756 . G A 858.24 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.229;QD=57.2162;RBI=0.0278815;REFB=0;REVB=0.0264749;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79122e-05;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:27:33:0:0 chr15 69728949 . A G 2640.33 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.161;QD=62.1255;RBI=0.00555476;REFB=0;REVB=-0.00434071;RO=0;SAF=77;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30668e-06;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:93:77:0:0:93:77:0:0 chr15 69732736 . C T 839.41 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5309;QD=55.9604;RBI=0.015667;REFB=-0.0977069;REVB=0.00563066;RO=1;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209618;STB=0.511107;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0012248;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:22:37:0:1:22:37:0:1 chr15 69740350 . A G 917.46 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456635;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0393;QD=58.2511;RBI=0.0544922;REFB=0;REVB=0.0297362;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080819;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chr15 70345626 . C T 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.479;QD=60.3487;RBI=0.018657;REFB=0;REVB=0.00170583;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29738e-05;OID=.;OPOS=70345626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:53:57:0:0:53:57:0:0 chr15 70346923 . C G,T 742.7 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=2,51;DP=53;FAO=2,51;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279723,0.0693243;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.186,54.6923;QD=56.0526;RBI=0.036551,0.0695578;REFB=0,0;REVB=-0.0235272,0.00569393;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0929978,-0.00216907;OID=.,.;OPOS=70346923,70346923;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:2,51:2,51:0.0377358,0.962264:0,37:2,14:0:0:0,37:2,14:0:0 chr15 70347362 . C A 108.98 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.95;QD=39.6285;RBI=0.0621708;REFB=0;REVB=0.00136973;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00469571;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:5:6:0:0 chr15 70347816 . A AG 206.99 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279964;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=233.498;QD=48.7037;RBI=0.0300179;REFB=0;REVB=0.0108294;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00033895;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:17:17:17:0:9:8:0:0:4:0:9:8:0:0 chr15 70347920 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.581;QD=61.3361;RBI=0.136987;REFB=0;REVB=-0.135416;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001854;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr15 70351788 . T C 1044.33 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.506;QD=59.6763;RBI=0.0264303;REFB=0;REVB=-0.00584668;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.672e-05;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:66:70:1:34:32:0:0:36:34:0:0 chr15 70366863 . T A 406.24 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0159644;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9833;QD=17.1046;RBI=0.0253162;REFB=-0.0209343;REVB=0.0196482;RO=52;SAF=23;SAR=19;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849554;STB=0.542378;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0222533;OID=.;OPOS=70366863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:53:42:42:0.442105:19:23:24:28:19:23:25:28 chr15 70960068 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.036608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.929;QD=12.73;RBI=0.0368309;REFB=0.00559473;REVB=0.00404621;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940419;STB=0.555438;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00586234;OID=.;OPOS=70960068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:3:9:6:3:3:9 chr15 70964274 . T G 168.67 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0200404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.982;QD=16.0641;RBI=0.044184;REFB=-0.00901248;REVB=0.0393778;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137426;STB=0.57886;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0126951;OID=.;OPOS=70964274;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:10:14:8:10:10:14 chr15 70991925 . G C 2312.67 PASS AF=0.993333;AO=144;DP=149;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.597;QD=61.6712;RBI=0.0231757;REFB=-0.124863;REVB=0.0175054;RO=0;SAF=77;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000391647;OID=.;OPOS=70991925;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:149:150:0:1:144:149:0.993333:67:77:0:0:68:81:1:0 chr15 70994283 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0258334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.535;QD=16.5352;RBI=0.0258846;REFB=-0.011399;REVB=0.00162752;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134362;STB=0.555495;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0184151;OID=.;OPOS=70994283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:23:17:18:0.439024:8:9:14:7:8:10:15:8 chr15 71046514 . C T 323.59 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0131522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.538;QD=16.81;RBI=0.0250949;REFB=-0.00510877;REVB=0.0213723;RO=42;SAF=10;SAR=25;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311758;STB=0.675572;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00471105;OID=.;OPOS=71046514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:25:10:25:17:25:10:25:17 chr15 71125093 . G A 379.43 PASS AF=0.596774;AO=38;DP=63;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00893424;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.834;QD=24.4793;RBI=0.0836439;REFB=-0.0233502;REVB=0.0831654;RO=25;SAF=24;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243712;STB=0.521235;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00963609;OID=.;OPOS=71125093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:25:25:38:37:0.596774:14:24:15:10:13:24:15:10 chr15 71125204 . A G 301.24 PASS AF=0.507937;AO=30;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00570905;FXX=0.0454477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.2906;QD=19.1263;RBI=0.0150642;REFB=0.0149868;REVB=0.0139405;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617893;STB=0.52446;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00079439;OID=.;OPOS=71125204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:25:31:30:32:0.507937:17:13:9:16:17:15:13:18 chr15 71184278 . G T 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0191768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0885;QD=14.1187;RBI=0.0251643;REFB=-0.022061;REVB=0.0162939;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109752;STB=0.5626;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0296072;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:17:10:18:20:17:10:18:20 chr15 71184495 . A G 304.44 PASS AF=0.33913;AO=38;DP=115;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0213937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.527;QD=10.5892;RBI=0.0435445;REFB=-0.023917;REVB=-0.0379266;RO=59;SAF=11;SAR=27;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00174121;STB=0.585071;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0484786;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:76:38:39:0.33913:27:11:17:42:28:11:30:46 chr15 71276480 . GCAA G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141474;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=270.264;QD=59.4356;RBI=0.0364626;REFB=0;REVB=0.0336061;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000108062;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:35:35:35:0:14:21:0:0:4:0:14:21:0:0 chr15 71433917 . AAAAAAAC AAAAAACA,TTAAAAAC 47.25 PASS AF=0.681818,0;AO=2,4;DP=22;FAO=15,0;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5,0;FSAR=10,0;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0599187,0.0214264;FXX=0.0832986;HRUN=7,7;LEN=2,2;MLLD=9.35699,13.9831;QD=8.59002;RBI=0.119624,0.125083;REFB=-0.440472,-0.133342;REVB=0.103536,-0.123234;RO=3;SAF=2,0;SAR=0,4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.74993,0;STB=0.571339,0.5;STBP=0.397,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0379087,0;OID=.,.;OPOS=71433923,71433917;OREF=AC,AA;OALT=CA,TT;OMAPALT=AAAAAACA,TTAAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:22:22:3:7:2,4:15,0:0.681818,0:0,4:2,0:0:3:10,0:5,0:1:6 chr15 71953045 . G A 1349.75 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0246082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.227;QD=59.9891;RBI=0.043607;REFB=0.0227439;REVB=0.0360001;RO=2;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189476;STB=0.509998;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00026847;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:49:39:0:2:49:39:0:2 chr15 72070067 . A G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0204607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.297;QD=20.4561;RBI=0.0474992;REFB=0.00587272;REVB=-0.0428665;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310255;STB=0.674889;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00692692;OID=.;OPOS=72070067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:6:11:4:11:6:11:4:11 chr15 72073003 . C T 358.38 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.000508452;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.214;QD=17.0658;RBI=0.00409621;REFB=-0.0115099;REVB=-0.00406453;RO=41;SAF=10;SAR=28;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623407;STB=0.583287;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0163501;OID=.;OPOS=72073003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:46:38:38:0.452381:28:10:13:28:28:10:18:28 chr15 72104364 . A G 570.12 PASS AF=0.46875;AO=59;DP=127;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=60;FWDB=0.00855404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.468;QD=17.8161;RBI=0.0160064;REFB=-0.0235507;REVB=-0.0135289;RO=68;SAF=30;SAR=29;SRF=8;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380319;STB=0.709196;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0207687;OID=.;OPOS=72104364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:68:68:59:60:0.46875:29:30:8:60:29:31:8:60 chr15 72104433 . T C 182.32 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=-0.095365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1095;QD=11.5759;RBI=0.0995133;REFB=-0.0199861;REVB=-0.0284326;RO=40;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193308;STB=0.610304;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0225309;OID=.;OPOS=72104433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:15:8:8:32:15:8:8:32 chr15 72105928 . AC A 937.67 PASS AF=0.988506;AO=79;DP=84;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0648386;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=20.2089;QD=43.1114;RBI=0.0650609;REFB=0.0111689;REVB=-0.00537402;RO=1;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010181;STB=0.505049;STBP=0.523;TYPE=del;VARB=0.00116304;OID=.;OPOS=72105929;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988506:79:84:86:87:1:37:49:0:1:13:1:33:46:0:1 chr15 72120240 . T C 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0161429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1201;QD=17.6718;RBI=0.022489;REFB=-0.013903;REVB=-0.0156577;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0019272;STB=0.501079;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0173495;OID=.;OPOS=72120240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:16:14:15:17:16:14:15:17 chr15 72172883 . G C 345.11 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0159211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.895;QD=16.632;RBI=0.0163977;REFB=-0.00317384;REVB=0.00392448;RO=45;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147999;STB=0.51379;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00497508;OID=.;OPOS=72172883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:20:17:20:25:20:17:20:26 chr15 72191073 . T C 371.6 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00320682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.508;QD=22.8674;RBI=0.00791897;REFB=-0.0293388;REVB=-0.00724061;RO=28;SAF=18;SAR=19;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038487;STB=0.521186;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0203122;OID=.;OPOS=72191073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:19:18:15:13:19:18:15:13 chr15 72191266 . C T 249.48 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0342521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1903;QD=12.0232;RBI=0.0525309;REFB=-0.0188591;REVB=0.0398282;RO=53;SAF=9;SAR=21;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37374;STB=0.714823;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0320035;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:21:9:34:19:21:9:34:19 chr15 72432583 . A G 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.905;QD=60.6049;RBI=0.058628;REFB=0;REVB=0.000796463;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261938;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr15 72433144 . A G 405.4 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0175631;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.704;QD=22.2138;RBI=0.0198553;REFB=-0.0228916;REVB=-0.00926117;RO=33;SAF=14;SAR=26;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390218;STB=0.521534;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0200682;OID=.;OPOS=72433144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:33:33:40:40:0.547945:26:14:13:20:26:14:13:20 chr15 72545857 . T C 170.57 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0199514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.828;QD=10.8298;RBI=0.0276399;REFB=-0.00369113;REVB=-0.0191287;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504962;STB=0.521719;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0117895;OID=.;OPOS=72545857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:41:22:22:0.349206:10:12:20:20:10:12:21:20 chr15 72637795 . T C 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.296;QD=58.2376;RBI=0.00333955;REFB=0;REVB=0.00172333;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23958e-05;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr15 72638892 . T C 817.27 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762546;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.687;QD=57.3525;RBI=0.043189;REFB=0;REVB=0.0425105;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57345e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:34:23:0:0 chr15 72668305 . G A 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.039667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.836;QD=14.834;RBI=0.0396745;REFB=-0.0185974;REVB=-0.000773386;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460055;STB=0.526292;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0385815;OID=.;OPOS=72668305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:15:15:12:10:15:15 chr15 72879653 . A ATTG 673.04 PASS AF=0.943396;AO=49;DP=55;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00946206;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=3;MLLD=293.055;QD=50.7951;RBI=0.0143112;REFB=-0.0904083;REVB=-0.0107369;RO=3;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214323;STB=0.51057;STBP=0.465;TYPE=ins;VARB=0.00222253;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.943396:49:55:50:53:3:26:24:1:2:12:3:26:23:1:2 chr15 72987588 . G T 800.7 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0931062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4962;QD=57.1931;RBI=0.103775;REFB=0;REVB=-0.0458313;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159543;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr15 73002035 . G A 789.42 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321861;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.125;QD=64.4424;RBI=0.010706;REFB=0;REVB=0.0102108;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379654;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr15 73023937 . T C 1741.19 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0231214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.4168;QD=58.0398;RBI=0.0298535;REFB=-0.142062;REVB=0.0188847;RO=2;SAF=34;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00807454;STB=0.501294;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00189267;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:120:120:2:3:117:117:0.975:83:34:1:1:83:34:1:2 chr15 73052840 . T C 213.49 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00497989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4943;QD=16.1121;RBI=0.0400785;REFB=-0.0111297;REVB=0.0397679;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833033;STB=0.547131;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0144698;OID=.;OPOS=73052840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:17:12:12:12:17:12 chr15 73052845 . A G 217.75 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0229373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.373;QD=16.7497;RBI=0.0255082;REFB=-0.0058693;REVB=0.0111602;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482873;STB=0.53843;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00517742;OID=.;OPOS=73052845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:28:23:24:0.461538:11:12:16:12:12:12:16:12 chr15 73067234 . T C 692.97 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192786;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.719;QD=62.9973;RBI=0.031144;REFB=0;REVB=0.0310843;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67411e-05;OID=.;OPOS=73067234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr15 73541513 . A G 420.29 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00196153;FXX=0.0183469;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.9561;QD=15.7117;RBI=0.0264445;REFB=-0.00257614;REVB=0.0263717;RO=57;SAF=20;SAR=27;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651285;STB=0.523415;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00485177;OID=.;OPOS=73541513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:57:60:47:47:0.439252:27:20:28:29:27:20:28:32 chr15 73545731 . GT GC,TC 286.99 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=20,2;DP=23;FAO=20,2;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149462,-0.000564347;FXX=0.0434594;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=186.502,144.068;QD=52.1805;RBI=0.0220155,0.0105841;REFB=0,0;REVB=0.0219647,-0.010569;RO=0;SAF=10,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000911074,0.0351345;OID=.,.;OPOS=73545732,73545731;OREF=T,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:22:0:0:20,2:20,2:0.909091,0.0909091:10,0:10,2:0:0:10,0:10,2:0:0 chr15 73564881 . C T 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0123141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.596;QD=12.5477;RBI=0.0162733;REFB=-0.00841932;REVB=0.0106388;RO=42;SAF=8;SAR=19;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460459;STB=0.54804;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.011941;OID=.;OPOS=73564881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:44:27:27:0.380282:19:8:14:28:19:8:16:28 chr15 73614114 . T C 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9637;QD=63.578;RBI=0.0267446;REFB=0;REVB=0.0123089;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.79481e-05;OID=.;OPOS=73614114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr15 73614834 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000253896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.909;QD=42.1826;RBI=0.0145504;REFB=0;REVB=-0.0145482;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142405;OID=.;OPOS=73614834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr15 74032783 . A G 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0230598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9616;QD=27.2216;RBI=0.0261898;REFB=-0.0181939;REVB=0.0124157;RO=16;SAF=16;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147644;STB=0.581751;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00731748;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:9:16:7:9:9:16:7:9 chr15 74244278 . C G 767.35 PASS AF=1;AO=40;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.876;QD=56.841;RBI=0.0925846;REFB=0;REVB=0.0814602;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132485;OID=.;OPOS=74244278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:40:54:1:23:17:0:0:35:19:0:0 chr15 74244344 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.45;QD=57.2019;RBI=0.024593;REFB=0;REVB=0.0236814;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80842e-05;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr15 74275676 . A G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0308129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.253;QD=18.0506;RBI=0.0317571;REFB=-0.0106851;REVB=0.00768619;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662608;STB=0.538383;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00857963;OID=.;OPOS=74275676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:3:5:7:3:3:5 chr15 74277795 . T C 2960.94 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.881;QD=63.3357;RBI=0.0262171;REFB=0;REVB=-0.0080314;RO=0;SAF=92;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42111e-05;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:187:0:0:187:187:1:95:92:0:0:95:92:0:0 chr15 74328116 . A G 278.29 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0208216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6558;QD=48.3988;RBI=0.0743781;REFB=-0.0830717;REVB=-0.0714042;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486023;STB=0.526292;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00221296;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:9:13:0:1:9:13:0:1 chr15 74328141 . G T 89.41 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0166964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7563;QD=15.5497;RBI=0.0965101;REFB=0.0130849;REVB=0.0950549;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126336;STB=0.573634;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0100397;OID=.;OPOS=74328141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:6:6:4:7:6:6 chr15 74328206 . G C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0545928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.119;QD=20.8978;RBI=0.0572537;REFB=0.000811267;REVB=0.0172514;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348619;STB=0.699532;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000815064;OID=.;OPOS=74328206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:0:4:3:5:0:4 chr15 74368293 . A G 433.57 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0197316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2138;QD=15.0806;RBI=0.0599542;REFB=0.010591;REVB=-0.0566143;RO=63;SAF=19;SAR=30;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956462;STB=0.505431;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0146443;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:63:66:49:49:0.426087:30:19:25:38:30:19:25:41 chr15 74368297 . C G 471.15 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.00294146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1557;QD=15.9712;RBI=0.00355056;REFB=0.00726342;REVB=0.00198855;RO=66;SAF=21;SAR=31;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261813;STB=0.51463;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0106361;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:31:21:25:41:31:21:25:41 chr15 74467856 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.974;QD=61.3343;RBI=0.0166696;REFB=0;REVB=0.0022647;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115016;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr15 74749015 . A G 928.11 PASS AF=0.971014;AO=62;DP=65;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0250274;FXX=0.028165;HRUN=7;LEN=1;MLLD=155.406;QD=53.8033;RBI=0.0277433;REFB=-0.0734492;REVB=0.0119717;RO=2;SAF=23;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813267;STB=0.502443;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.000702102;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:69:2:2:62:67:0.971014:39:23:1:1:39:28:1:1 chr15 74836316 . A G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0904742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.675;QD=34.6656;RBI=0.0904743;REFB=0.0405744;REVB=0.000152293;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000250564;OID=.;OPOS=74836316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:1:0:6:4:1:0 chr15 74888196 . A G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00548158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5767;QD=41.8677;RBI=0.01999;REFB=0.0333613;REVB=0.0192238;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53841;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00102985;OID=.;OPOS=74888196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:16:0:1:15:15:0.9375:9:6:0:0:9:6:1:0 chr15 74889163 . C A,T 1520.38 PASS AF=0.0510204,0.94898;AO=6,90;DP=98;FAO=5,93;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=0,51;FSAR=5,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628906,-0.0359927;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.3819,52.0703;QD=62.0562;RBI=0.0634874,0.0372464;REFB=0,0;REVB=-0.0086844,0.00958256;RO=0;SAF=0,49;SAR=6,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0942299,3.33809e-05;OID=.,.;OPOS=74889163,74889163;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:98:98:0:0:6,90:5,93:0.0510204,0.94898:6,41:0,49:0:0:5,42:0,51:0:0 chr15 75012985 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.943;QD=57.0005;RBI=0.00750834;REFB=0;REVB=-0.00457639;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73371e-06;OID=.;OPOS=75012985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr15 75129594 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00945966;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.504;QD=21.1695;RBI=0.0324139;REFB=-0.0504536;REVB=0.0310028;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145918;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00936164;OID=.;OPOS=75129594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:2:3:7:7:0.7:2:5:2:0:2:5:2:1 chr15 75130093 . T C 51.44 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.110058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7957;QD=5.71502;RBI=0.125661;REFB=-0.0123637;REVB=-0.0606467;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33089;STB=0.727986;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0266728;OID=.;OPOS=75130093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:36:27:28:8:8:0.222222:6:2:14:13:6:2:15:13 chr15 75131661 . A G 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0220076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.432;QD=9.53619;RBI=0.0235699;REFB=-0.00755359;REVB=-0.00843827;RO=27;SAF=1;SAR=11;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419505;STB=0.766867;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0213366;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:11:1:8:19:11:1:8:19 chr15 75131959 . A G 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00066146;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=294.139;QD=14.0543;RBI=0.00309877;REFB=-0.00815617;REVB=0.00302735;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133438;STB=0.575699;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0101484;OID=.;OPOS=75131959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:11:14:24:11:11:14:24:11 chr15 75189930 . A G 250.41 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00982616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.1;QD=14.5165;RBI=0.0107025;REFB=0.00312938;REVB=-0.00424156;RO=39;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185706;STB=0.508259;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0041089;OID=.;OPOS=75189930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:39:40:28:29:0.42029:17:11:16:23:17:12:16:24 chr15 75305040 . A G 395.53 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0168512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.363;QD=20.8175;RBI=0.0169693;REFB=-0.0106302;REVB=0.00199826;RO=36;SAF=25;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174604;STB=0.600492;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00903235;OID=.;OPOS=75305040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:39:40:0.526316:14:25:16:20:14:26:16:20 chr15 75312715 . C G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0207804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.393;QD=15.9168;RBI=0.0647455;REFB=-0.0370204;REVB=-0.0613201;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122387;STB=0.571312;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0387332;OID=.;OPOS=75312715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:10:3:5:10:10:3:5:10 chr15 75336729 . A G 1452.21 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338565;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.734;QD=63.1395;RBI=0.03719;REFB=0;REVB=-0.0153895;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00419e-05;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:51:40:0:0:52:40:0:0 chr15 75498548 . A G 1116.87 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.001;QD=60.3716;RBI=0.0307135;REFB=0;REVB=0.0264909;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50044e-05;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr15 75499602 . C A 274.6 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0257228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.886;QD=19.971;RBI=0.0272106;REFB=-0.031915;REVB=-0.00887441;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199591;STB=0.528282;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0296151;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:26:29:29:0.527273:14:15:13:11:14:15:15:11 chr15 75499619 . T C 239.62 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0178382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.205;QD=18.0845;RBI=0.0294895;REFB=-0.024542;REVB=-0.0234825;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019775;STB=0.511103;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0188076;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:11:15:15:12:11:15:15:12 chr15 75499861 . G A 341.29 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00102133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.8561;QD=25.7575;RBI=0.0186663;REFB=-0.0280621;REVB=0.0186383;RO=19;SAF=24;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116927;STB=0.578263;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.015459;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:20:33:33:0.622642:9:24:11:8:9:24:11:9 chr15 75499995 . T G 765.46 PASS AF=0.503401;AO=74;DP=148;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0209085;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.492;QD=20.8288;RBI=0.0229503;REFB=-0.0238727;REVB=0.00946326;RO=73;SAF=39;SAR=35;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675463;STB=0.53718;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0211209;OID=.;OPOS=75499995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:73:73:74:74:0.503401:35:39:33:40:35:39:33:40 chr15 75503147 . G A 327.29 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00140597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.771;QD=17.6913;RBI=0.0142812;REFB=-0.0129536;REVB=-0.0142118;RO=39;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15532;STB=0.586907;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0203796;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:21:14:22:17:21:14:22:17 chr15 75630635 . A T 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0279773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.818;QD=25.2545;RBI=0.0294045;REFB=-0.0440715;REVB=-0.0090497;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280798;STB=0.655016;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00429921;OID=.;OPOS=75630635;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:9:9:1:10:9:9:1:10 chr15 75631681 . A G 316.97 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0254744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.586;QD=17.8577;RBI=0.030122;REFB=-0.0232714;REVB=-0.0160745;RO=36;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799732;STB=0.537863;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0250056;OID=.;OPOS=75631681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:34:34:0.478873:15:19:17:19:15:19:18:19 chr15 75650836 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.015367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.156;QD=14.3999;RBI=0.0187806;REFB=0.00157994;REVB=0.0107964;RO=33;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233484;STB=0.625958;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00211748;OID=.;OPOS=75650836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:8:17:15:18:8:17:16:18 chr15 75759565 . T C 353.53 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0360219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.32;QD=23.968;RBI=0.0465835;REFB=-0.0182415;REVB=-0.0295371;RO=24;SAF=23;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214087;STB=0.617842;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00954154;OID=.;OPOS=75759565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:12:23:9:15:12:23:9:15 chr15 75932129 . G T 661.12 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0177794;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.774;QD=60.1022;RBI=0.048574;REFB=-0.0810915;REVB=0.0452032;RO=1;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159212;STB=0.508471;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00347614;OID=.;OPOS=75932129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:29:14:0:1:29:14:0:1 chr15 75950602 . T C 237.53 PASS AF=0.37037;AO=25;DP=76;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0262013;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.912;QD=11.7298;RBI=0.0294512;REFB=-0.013283;REVB=-0.0134486;RO=51;SAF=11;SAR=14;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353923;STB=0.539447;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0256817;OID=.;OPOS=75950602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:51:51:25:30:0.37037:14:11:24:27:14:16:24:27 chr15 75970070 . C T 144.81 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0351865;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.561;QD=23.1703;RBI=0.0409645;REFB=-0.00395238;REVB=0.0209762;RO=10;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102466;STB=0.558057;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0037241;OID=.;OPOS=75970070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:25:25:10:10:15:15:0.6:3:12:7:3:3:12:7:3 chr15 75971505 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0094154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.656;QD=17.8402;RBI=0.0124895;REFB=-0.0329424;REVB=0.0082059;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224043;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0382953;OID=.;OPOS=75971505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:4:10:9:4:4:10:10:4 chr15 75971676 . G T 386.64 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0952723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.872;QD=15.3123;RBI=0.0970955;REFB=-0.0179804;REVB=-0.0187275;RO=58;SAF=8;SAR=35;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279678;STB=0.659491;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0252902;OID=.;OPOS=75971676;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:35:8:23:35:35:8:23:35 chr15 75977920 . A G 462.13 PASS AF=0.381295;AO=53;DP=137;FAO=53;FDP=139;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.00917636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.26;QD=13.2986;RBI=0.0402253;REFB=-0.0133184;REVB=-0.0391646;RO=80;SAF=26;SAR=27;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968526;STB=0.559042;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.018397;OID=.;OPOS=75977920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:80:86:53:53:0.381295:27:26:32:48:27:26:34:52 chr15 75979782 . G T 523.86 PASS AF=0.448;AO=55;DP=126;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0551587;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.81;QD=16.7634;RBI=0.0562115;REFB=-0.0246275;REVB=0.010828;RO=65;SAF=39;SAR=16;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197948;STB=0.596592;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0399008;OID=.;OPOS=75979782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:65:69:55:56:0.448:16:39:34:31:17:39:37:32 chr15 75980112 . A G 263.09 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00642345;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.186;QD=12.5283;RBI=0.0175514;REFB=-0.00796856;REVB=-0.0163337;RO=54;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147368;STB=0.579548;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0109195;OID=.;OPOS=75980112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:54:53:31:31:0.369048:16:15:19:35:16:15:19:34 chr15 75981507 . A G 237.94 PASS AF=0.5;AO=17;DP=39;FAO=21;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0568159;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.103;QD=22.6606;RBI=0.0569858;REFB=-0.0298423;REVB=0.00439652;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169878;STB=0.540502;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0321146;OID=.;OPOS=75981507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:14:18:17:21:0.5:10:7:3:11:11:10:7:11 chr15 75982428 . C T 40.6 PASS AF=0.5;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.120083;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=61.0378;QD=13.5329;RBI=0.12196;REFB=-0.0619948;REVB=-0.0213163;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229845;STB=0.666171;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0344338;OID=.;OPOS=75982428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:11:12:5:6:6:6:0.5:3:3:1:4:3:3:1:5 chr15 76030477 . GA G,GG 40.46 PASS AF=0.222222,0.111111;AO=6,3;DP=27;FAO=6,3;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2,0;FSAR=4,3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.110865,-0.0566354;FXX=0.0689417;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.5249,28.2072;QD=5.99425;RBI=0.145871,0.0589767;REFB=-0.108419,-0.0564898;REVB=-0.0948001,-0.0164524;RO=18;SAF=2,0;SAR=4,3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.074592,-0.534405;STB=0.548232,0.994949;STBP=0.885,0.242;TYPE=del,snp;VARB=0.162573,0.168993;OID=.,.;OPOS=76030478,76030478;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0.111111:6,3:27:6,3:27:18:2,0:4,3:5:13:25:18:2,0:4,3:5:13 chr15 76030482 . AAGG AAGA,AAG,AG 57.35 PASS AF=0.08,0.28,0.04;AO=2,6,3;DP=26;FAO=2,7,1;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=0,1,0;FSAR=2,6,1;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0122115,0.0898374,0.0665478;FXX=0.0384468;HRUN=5,5,2;LEN=1,1,2;MLLD=199.411,16.088,24.772;QD=9.1765;RBI=0.0549973,0.0998304,0.0859607;REFB=-0.00972164,-0.0729442,-0.0417483;REVB=-0.0536244,0.0435356,-0.0544118;RO=13;SAF=0,1,0;SAR=2,5,3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0.423077,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.490041,-0.216016,-0.576447;STB=0.992425,0.637842,0.985354;STBP=0.343,0.455,0.507;TYPE=snp,del,del;VARB=0.177459,0.0337723,0.108808;OID=.,.,.;OPOS=76030485,76030484,76030483;OREF=G,G,AG;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAGA,AAG,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.08,0.28,0.04:2,6,3:26:2,7,1:25:15:0,1,0:2,6,1:4:11:37:13:0,1,0:2,5,3:4:9 chr15 76030993 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.012017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.197;QD=18.8868;RBI=0.0162318;REFB=-0.0284378;REVB=0.0109116;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101851;STB=0.559836;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0158658;OID=.;OPOS=76030993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:7:1:1:4:7:1:1:4 chr15 76031008 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5711;QD=14.043;RBI=0.0991106;REFB=0.0376576;REVB=0.0991106;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0184013;OID=.;OPOS=76031008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:5:0:0:4:5:0:0:4 chr15 76067987 . A G 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0748171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9669;QD=16.4149;RBI=0.0780887;REFB=-0.0146715;REVB=-0.022366;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177214;STB=0.599879;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0192755;OID=.;OPOS=76067987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:12:2:1:15:12:2:1:15 chr15 76073218 . C A 805.85 PASS AF=0.482558;AO=83;DP=173;FAO=83;FDP=172;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.0020381;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.699;QD=18.7406;RBI=0.0192138;REFB=-0.0253329;REVB=-0.0191054;RO=89;SAF=30;SAR=53;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118841;STB=0.56571;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.023739;OID=.;OPOS=76073218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:89:89:83:83:0.482558:53:30:43:46:53:30:43:46 chr15 76074518 . T G 105.58 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0448106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.448;QD=7.5411;RBI=0.04595;REFB=-0.0131328;REVB=-0.0101695;RO=41;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112576;STB=0.56863;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0292043;OID=.;OPOS=76074518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:7:8:18:23:7:8:18:23 chr15 76078918 . C T 105.15 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0375954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.973;QD=32.355;RBI=0.0494032;REFB=-0.112602;REVB=-0.032051;RO=2;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13189;STB=0.574321;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0292249;OID=.;OPOS=76078918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:9:2:1:1:9:2:1:1 chr15 76191802 . G A 1472.92 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044643;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.205;QD=63.3512;RBI=0.0464566;REFB=0;REVB=0.0128536;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09827e-05;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr15 76496232 . G A,C 730.72 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=53;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030182,-8.21051e-05;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.5597,180.447;QD=56.2091;RBI=0.0302056,0.0257142;REFB=0,0;REVB=0.00119205,-0.0257141;RO=0;SAF=20,2;SAR=30,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00112033,0.120843;OID=.,.;OPOS=76496232,76496232;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:53:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:30,0:20,2:0:0:30,0:20,2:0:0 chr15 76496340 . C T 145.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278116;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.635;QD=44.6773;RBI=0.113708;REFB=0;REVB=0.110254;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111358;OID=.;OPOS=76496340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr15 76496977 . G C 1806.48 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200941;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.339;QD=61.2365;RBI=0.0265852;REFB=0;REVB=-0.0174069;RO=0;SAF=49;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30193e-05;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:68:49:0:0:68:50:0:0 chr15 76603679 . G C 166.47 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0507851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1034;QD=12.5635;RBI=0.0667432;REFB=-0.0129598;REVB=-0.0433074;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319358;STB=0.691558;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0210712;OID=.;OPOS=76603679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:7:13:11:21:7:13:11:22 chr15 76630303 . T C 2331.11 PASS AF=1;AO=151;DP=155;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553156;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.063;QD=60.9439;RBI=0.0589261;REFB=0;REVB=0.0203092;RO=0;SAF=46;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147569;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:153:0:0:151:153:1:105:46:0:0:106:47:0:0 chr15 76634680 . T C 803.34 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.005451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=334.208;QD=55.403;RBI=0.0226958;REFB=0.0895356;REVB=0.0220315;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184904;STB=0.5098;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000127025;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:25:32:0:1:25:32:0:1 chr15 76673716 . T C 1715.93 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160685;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.243;QD=60.7407;RBI=0.0405281;REFB=0;REVB=0.0372065;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31237e-05;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:63:50:0:0:63:50:0:0 chr15 76726465 . G T 1977.71 PASS AF=0.984848;AO=129;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0104583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0393;QD=59.9305;RBI=0.0150885;REFB=-0.0810434;REVB=-0.010876;RO=3;SAF=70;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539685;STB=0.500705;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000806781;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:3:2:129:130:0.984848:59:70:2:1:59:71:1:1 chr15 77176158 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.669;QD=44.6893;RBI=0.043749;REFB=0;REVB=0.0356706;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730531;OID=.;OPOS=77176158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr15 77176200 . A T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.873;QD=42.1826;RBI=0.028048;REFB=0;REVB=0.0270866;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567147;OID=.;OPOS=77176200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr15 77324880 . A G 404.35 PASS AF=0.451613;AO=34;DP=87;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.022429;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.825;QD=17.3913;RBI=0.0271236;REFB=-0.0191141;REVB=0.0152523;RO=51;SAF=20;SAR=14;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124821;STB=0.516121;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0209505;OID=.;OPOS=77324880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:93:51:51:34:42:0.451613:14:20:24:27:21:21:24:27 chr15 77344793 . T A 327.69 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00643714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.064;QD=15.2413;RBI=0.00771902;REFB=-0.0159257;REVB=0.00425986;RO=49;SAF=16;SAR=20;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129155;STB=0.566973;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0234315;OID=.;OPOS=77344793;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:50:36:36:0.418605:20:16:28:21:20:16:28:22 chr15 77404160 . G C 99.95 PASS AF=0.461538;AO=9;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00946585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3858;QD=15.3773;RBI=0.0538264;REFB=-0.0134949;REVB=-0.0529876;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128252;STB=0.523771;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0118828;OID=.;OPOS=77404160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:9:12:0.461538:2:7:12:2:2:10:12:2 chr15 77450964 . C T 739.4 PASS AF=0.472727;AO=78;DP=165;FAO=78;FDP=165;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.00281673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.5264;QD=17.9249;RBI=0.00706366;REFB=-0.00308594;REVB=0.00647775;RO=87;SAF=37;SAR=41;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249615;STB=0.513805;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00379942;OID=.;OPOS=77450964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:87:87:78:78:0.472727:41:37:39:48:41:37:39:48 chr15 77907145 . G A 270.01 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0164661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.182;QD=22.9796;RBI=0.0242424;REFB=-0.00486719;REVB=0.0177921;RO=22;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082682;STB=0.546276;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00373206;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:17:8:9:13:17:8:9:13 chr15 77907535 . C G 327.33 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00587212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.982;QD=17.6934;RBI=0.0137552;REFB=-0.0149267;REVB=-0.0124388;RO=38;SAF=9;SAR=25;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597098;STB=0.54997;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0148544;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:34:35:0.472973:25:9:12:26:26:9:13:26 chr15 77907775 . T C 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00084401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.753;QD=19.577;RBI=0.0247486;REFB=-0.00426224;REVB=0.0247342;RO=31;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083309;STB=0.546286;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00346912;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:17:16:18:13:17:16:18:13 chr15 77907784 . G A 334.34 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00994745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.647;QD=19.3822;RBI=0.0169288;REFB=-0.0258996;REVB=0.0136979;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545273;STB=0.521979;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0237407;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:32:34:34:35:0.507246:17:17:18:14:17:18:19:15 chr15 78207625 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0969816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5289;QD=46.8445;RBI=0.0970389;REFB=0;REVB=-0.00333181;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00441532;OID=.;OPOS=78207625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr15 78208880 . G A 1320.76 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0257;QD=60.7245;RBI=0.109065;REFB=0;REVB=0.104451;RO=1;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938119;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103272;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:1:0:85:87:1:50:35:0:1:52:35:0:0 chr15 78209131 . T C 263.03 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7209;QD=47.8234;RBI=0.0349856;REFB=-0.0643846;REVB=0.0269984;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519981;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00522955;OID=.;OPOS=78209131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:0:1:21:21:0.954545:9:12:0:0:9:12:1:0 chr15 78209436 . C T 803.61 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.037;QD=56.3937;RBI=0.019071;REFB=0;REVB=0.00779899;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146621;OID=.;OPOS=78209436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:25:32:0:0 chr15 78211345 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.207;QD=59.8394;RBI=0.0168966;REFB=0;REVB=-0.01154;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55458e-06;OID=.;OPOS=78211345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr15 78276594 . AC CA 289.88 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00413391;FXX=0.0302984;HRUN=4;LEN=2;MLLD=185.05;QD=18.1174;RBI=0.010003;REFB=-0.00774362;REVB=0.00910881;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746196;STB=0.547253;STBP=0.502;TYPE=mnp;VARB=0.00837357;OID=.;OPOS=78276594;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:28:33:31:31:0.484375:15:16:12:16:15:16:14:19 chr15 78276660 . A G 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.27689e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.205;QD=57.2337;RBI=0.010242;REFB=0;REVB=0.0102416;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32737e-05;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr15 78317837 . C G 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0696316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.963;QD=23.3695;RBI=0.0702002;REFB=-0.0227595;REVB=-0.00891663;RO=26;SAF=17;SAR=19;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187586;STB=0.602673;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0137317;OID=.;OPOS=78317837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:19:17:6:20:19:17:6:20 chr15 78369815 . G A 283.07 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00666329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.07;QD=18.2628;RBI=0.0224394;REFB=-0.0169024;REVB=0.0214273;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741451;STB=0.548356;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0195721;OID=.;OPOS=78369815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:31:30:31:0.5:16:14:17:14:17:14:17:14 chr15 78403004 . A G 689.13 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.74;QD=62.6482;RBI=0.0743122;REFB=0;REVB=0.0575309;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388553;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr15 78565478 . C T 264.49 PASS AF=0.413333;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0137397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.334;QD=14.1059;RBI=0.0218593;REFB=-0.0269613;REVB=-0.0170015;RO=44;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463523;STB=0.534475;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0380328;OID=.;OPOS=78565478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:44:44:30:31:0.413333:17:13:21:23:18:13:21:23 chr15 78587910 . A G 1807.48 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0371042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.862;QD=60.2495;RBI=0.0407369;REFB=-0.133155;REVB=0.0168159;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000217124;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:0:1:118:119:0.991667:63:55:0:0:64:55:1:0 chr15 78632830 . C G 434.9 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00250975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7436;QD=20.9592;RBI=0.0142526;REFB=-0.00761806;REVB=-0.0140299;RO=40;SAF=23;SAR=20;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304587;STB=0.516846;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00691693;OID=.;OPOS=78632830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:20:23:20:20:20:23:20:20 chr15 78633595 . T G 1126.49 PASS AF=1;AO=59;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242181;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.796;QD=60.8914;RBI=0.0641215;REFB=0;REVB=0.0593722;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028772;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:59:74:1:37:22:0:0:52:22:0:0 chr15 78758677 . G C 731.36 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193881;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.965;QD=63.5961;RBI=0.020102;REFB=0;REVB=-0.0053096;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.70446e-05;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr15 78780104 . T C 993.88 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163158;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.71;QD=59.3363;RBI=0.0220368;REFB=0;REVB=0.0148127;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47161e-05;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr15 78789488 . C T 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00655781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.666;QD=7.74643;RBI=0.0196706;REFB=-0.00774585;REVB=-0.0185453;RO=42;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232568;STB=0.640851;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0396272;OID=.;OPOS=78789488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:6:10:18:24:6:10:18:24 chr15 78789676 . T C 230.72 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0545939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.019;QD=23.0723;RBI=0.0547766;REFB=-0.0196095;REVB=0.00447054;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118842;STB=0.566453;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0131773;OID=.;OPOS=78789676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:9:13:8:10:9:13:8:10 chr15 78841220 . T C 453.63 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0260754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.941;QD=54.9852;RBI=0.0513234;REFB=-0.0689613;REVB=0.0442059;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00102362;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:1:0:18:14:1:0 chr15 78873119 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0493907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3501;QD=14.4905;RBI=0.0996507;REFB=0.00621759;REVB=-0.0865496;RO=30;SAF=5;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271852;STB=0.658647;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0168916;OID=.;OPOS=78873119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:14:5:15:15:14:5:15:15 chr15 78885574 . T A 607.3 PASS AF=0.57732;AO=54;DP=95;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00460362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.136;QD=25.0434;RBI=0.00768845;REFB=-0.0209675;REVB=0.00615784;RO=41;SAF=29;SAR=25;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115332;STB=0.56124;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0126063;OID=.;OPOS=78885574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:41:41:54:56:0.57732:25:29:16:25:26:30:16:25 chr15 78887709 . G C,GTCTC 386.23 PASS AF=0.0352941,0.447059;AO=3,38;DP=85;FAO=3,38;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=0,19;FSAR=3,19;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.037607,0.00756346;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=58.6532,262.723;QD=18.1757;RBI=0.0376453,0.00759808;REFB=-0.0261623,-0.0144997;REVB=0.00169841,-0.00072448;RO=43;SAF=0,19;SAR=3,19;SRF=14;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.427638,0.166218;STB=0.995355,0.597512;STBP=0.166,0.102;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0282525,0.0234146;OID=.,.;OPOS=78887709,78887710;OREF=G,-;OALT=C,TCTC;OMAPALT=C,GTCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:85:85:43:44:3,38:3,38:0.0352941,0.447059:3,19:0,19:14:29:3,19:0,19:14:30 chr15 78909452 . T C 41.12 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0351536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.715;QD=16.4493;RBI=0.0372736;REFB=-0.082409;REVB=-0.0123914;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119263;STB=0.571183;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0112679;OID=.;OPOS=78909452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:2:2:2:4:2:2 chr15 78911181 . T C 183.82 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0027569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.42;QD=17.9334;RBI=0.0180585;REFB=-0.012729;REVB=-0.0178468;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159409;STB=0.590698;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0126031;OID=.;OPOS=78911181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:8:11:9:13:8:11:9:13 chr15 78917399 . A G 321.05 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00374981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.506;QD=13.8085;RBI=0.00704864;REFB=-0.0161801;REVB=0.00596844;RO=57;SAF=21;SAR=15;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811269;STB=0.546254;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0282493;OID=.;OPOS=78917399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:15:21:29:28:15:21:29:28 chr15 79058013 . C T 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0825086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159;QD=6.01582;RBI=0.082509;REFB=-0.00574241;REVB=-0.000251686;RO=21;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552557;STB=0.864368;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0425405;OID=.;OPOS=79058013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:6:1:13:8:6:1:14:8 chr15 79058375 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00220598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5671;QD=14.0437;RBI=0.0785292;REFB=-0.021834;REVB=-0.0784982;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554117;STB=0.832095;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00809967;OID=.;OPOS=79058375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:4:0:4:1:4:0 chr15 79058572 . T G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.285;QD=57.6772;RBI=0.0381841;REFB=0;REVB=0.0372075;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207667;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr15 79058923 . G A 765.71 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.3693;QD=63.8093;RBI=0.0588731;REFB=0;REVB=0.0391065;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338566;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:19:28:0:0:20:28:0:0 chr15 79066581 . G A 433.64 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0228545;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.593;QD=17.8822;RBI=0.0228564;REFB=-0.0191154;REVB=-0.000297975;RO=53;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123224;STB=0.568798;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0259796;OID=.;OPOS=79066581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:53:53:44:44:0.453608:21:23:21:32:21:23:21:32 chr15 79067055 . C T 44.51 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0242556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.879;QD=3.12328;RBI=0.0378841;REFB=-0.00096615;REVB=-0.0291011;RO=47;SAF=6;SAR=2;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231481;STB=0.685223;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0062919;OID=.;OPOS=79067055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:47:49:8:8:0.140351:2:6:27:20:2:6:27:22 chr15 79069107 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.013995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.675;QD=16.1724;RBI=0.0284576;REFB=-0.0277886;REVB=0.0247785;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304499;STB=0.687266;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0148591;OID=.;OPOS=79069107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:5:11:7:12:5:11:7:13 chr15 79082108 . C T 326.09 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0224692;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.05;QD=20.7039;RBI=0.0326259;REFB=-0.0411937;REVB=0.0236556;RO=28;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899404;STB=0.549213;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0423512;OID=.;OPOS=79082108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:29:33:34:0.539683:13:20:14:14:14:20:14:15 chr15 79083120 . G A 35.77 PASS AF=0.26087;AO=7;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.120652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1412;QD=6.22078;RBI=0.120824;REFB=-0.0332231;REVB=-0.00644173;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793713;STB=0.521667;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0624815;OID=.;OPOS=79083120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:7:6:0.26087:3:4:8:8:3:3:9:8 chr15 79089007 . T C 903.83 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00981306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6507;QD=56.4894;RBI=0.06933;REFB=-0.0343636;REVB=0.068632;RO=1;SAF=49;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377095;STB=0.518512;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000621527;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:61:63:0.984375:12:49:0:1:13:50:0:1 chr15 79152896 . C T 455.89 PASS AF=0.378571;AO=51;DP=138;FAO=53;FDP=140;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.00358161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.082;QD=13.0254;RBI=0.00995805;REFB=-0.0118838;REVB=-0.00929166;RO=86;SAF=28;SAR=23;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670327;STB=0.528291;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0164788;OID=.;OPOS=79152896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:86:87:51:53:0.378571:23:28:42:44:25:28:42:45 chr15 79165420 . A G 159.67 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0189213;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.661;QD=15.5771;RBI=0.025395;REFB=-0.016583;REVB=-0.0169378;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214953;STB=0.606631;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0236904;OID=.;OPOS=79165420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:9:8:6:17:10:8:6:17 chr15 79185877 . A G 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00559091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.866;QD=22.5829;RBI=0.0106007;REFB=0.00199958;REVB=-0.00900651;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068799;STB=0.538432;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00152736;OID=.;OPOS=79185877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:14:12:13:11:14:12:13:11 chr15 79185898 . C A 249.57 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0598712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8699;QD=18.4869;RBI=0.084953;REFB=-0.0392213;REVB=-0.0602699;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514262;STB=0.518556;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0430083;OID=.;OPOS=79185898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:14:13:11:15:14:13:12:15 chr15 79189580 . C CTT,T 460.61 PASS AF=0.870968,0.129032;AO=15,11;DP=44;FAO=27,4;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16,4;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100338,-0.00183902;FXX=0.295387;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=27.9575,236.541;QD=59.434;RBI=0.12248,0.00563095;REFB=0,0;REVB=-0.0702395,-0.00532218;RO=14;SAF=8,10;SAR=7,1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0940743,0.425352;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0163055,0.0366721;OID=.,.;OPOS=79189581,79189580;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:44:31:14:0:15,11:27,4:0.870968,0.129032:7,1:8,10:9:5:11,0:16,4:0:0 chr15 79189583 . C T 37.13 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=42;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0112124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.944;QD=3.30007;RBI=0.0185964;REFB=-0.0038205;REVB=0.014836;RO=33;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160465;STB=0.621992;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0244688;OID=.;OPOS=79189583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:42:45:33:35:8:10:0.222222:2:6:21:12:5:5:23:12 chr15 79191209 . C T 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00951054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.288;QD=21.4068;RBI=0.0121668;REFB=-0.0223829;REVB=-0.00758813;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015863;STB=0.517231;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0148401;OID=.;OPOS=79191209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:32:32:0.551724:16:16:13:12:16:16:14:12 chr15 79217690 . G C 466.93 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0322103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9311;QD=54.9326;RBI=0.0349616;REFB=-0.224693;REVB=0.0135946;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0133359;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:15:17:1:0:15:18:1:0 chr15 79224747 . C T 378.1 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0411863;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.382;QD=16.0893;RBI=0.0421613;REFB=-0.0132086;REVB=-0.00901437;RO=53;SAF=26;SAR=14;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329396;STB=0.510583;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0204364;OID=.;OPOS=79224747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:53:54:40:40:0.425532:14:26:36:17:14:26:36:18 chr15 79231518 . A G 285.03 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00251317;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.494;QD=17.8145;RBI=0.0260596;REFB=-0.00651443;REVB=-0.0259381;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137584;STB=0.515142;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00968155;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:33:31:31:0.484375:16:15:15:17:16:15:15:18 chr15 79231526 . A AG 194.63 PASS AF=0.428571;AO=19;DP=62;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0103245;FXX=0.0175408;HRUN=0;LEN=1;MLLD=267.566;QD=13.9019;RBI=0.0119361;REFB=-0.00981986;REVB=0.00598955;RO=41;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495626;STB=0.535685;STBP=0.688;TYPE=ins;VARB=0.0143199;OID=.;OPOS=79231527;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:19:62:24:56:32:12:12:14:18:99:41:8:11:19:22 chr15 79277247 . A C 1817.37 PASS AF=0.98374;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0211361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.099;QD=59.1015;RBI=0.0226047;REFB=-0.0810535;REVB=0.00801498;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000227896;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:123:0:2:120:121:0.98374:59:61:0:0:59:62:2:0 chr15 79277298 . T C 417.53 PASS AF=0.465347;AO=38;DP=91;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0477826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.747;QD=16.5359;RBI=0.0477993;REFB=-0.0114976;REVB=-0.00126379;RO=52;SAF=14;SAR=24;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589608;STB=0.533966;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0113486;OID=.;OPOS=79277298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:101:52:54:38:47:0.465347:24:14:22:30:24:23:23:31 chr15 79277511 . A G 268.73 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00481598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.195;QD=22.3939;RBI=0.00891098;REFB=-0.0157441;REVB=0.00749747;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00777152;STB=0.504344;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0108092;OID=.;OPOS=79277511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:15:10:9:14:15:10:9:14 chr15 79586361 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.586;QD=46.848;RBI=0.0129349;REFB=0;REVB=0.00474;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33372e-05;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr15 79588710 . C T 441.07 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0180103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.783;QD=28.0045;RBI=0.0622155;REFB=-0.0372996;REVB=-0.0595516;RO=16;SAF=21;SAR=20;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00632592;STB=0.535945;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0218351;OID=.;OPOS=79588710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:63:16:22:41:41:0.650794:20:21:8:8:20:21:9:13 chr15 79589174 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.872;QD=59.8393;RBI=0.0550392;REFB=0;REVB=0.0427076;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244107;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr15 79590208 . A G 300.26 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.764;QD=52.2189;RBI=0.015987;REFB=0;REVB=-0.00992356;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717871;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:10:13:0:0 chr15 79606137 . G A 1091.05 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.501;QD=57.4238;RBI=0.0248224;REFB=-0.127001;REVB=0.0219388;RO=2;SAF=33;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00272103;STB=0.501438;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000309299;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:76:2:2:74:74:0.973684:41:33:1:1:41:33:1:1 chr15 79614418 . A G 1594.42 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458051;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.899;QD=60.1667;RBI=0.00673222;REFB=0;REVB=0.00493373;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35253e-07;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:57:49:0:0:57:49:0:0 chr15 79749155 . C T 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0102063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.145;QD=15.4189;RBI=0.010637;REFB=-0.00224844;REVB=-0.0029963;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504649;STB=0.535692;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00296176;OID=.;OPOS=79749155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:14:18:21:20:14:18:21:21 chr15 79750127 . A G 612.43 PASS AF=1;AO=31;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.982;QD=61.243;RBI=0.112627;REFB=0;REVB=0.112188;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273248;OID=.;OPOS=79750127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:31:40:1:8:23:0:0:17:23:0:0 chr15 79750256 . A G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0389308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6027;QD=11.0861;RBI=0.0410993;REFB=0.00300884;REVB=-0.0131736;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107536;STB=0.564215;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00447521;OID=.;OPOS=79750256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:5:8:13:12:5:8:13:12 chr15 79750307 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.644;QD=52.6124;RBI=0.010771;REFB=0;REVB=0.00915292;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71447e-05;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr15 79761231 . T C 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00519296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.967;QD=18.6206;RBI=0.00701338;REFB=-0.0234428;REVB=0.00471387;RO=39;SAF=17;SAR=20;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256165;STB=0.514278;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0227193;OID=.;OPOS=79761231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:20:17:19:20:20:17:19:20 chr15 79762525 . A C 566.18 PASS AF=0.55914;AO=39;DP=95;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0152089;FXX=0.0210504;HRUN=7;LEN=1;MLLD=122.654;QD=24.3516;RBI=0.0157726;REFB=-0.0244248;REVB=0.00417902;RO=30;SAF=21;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829424;STB=0.561074;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0186982;OID=.;OPOS=79762525;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:30:41:39:52:0.55914:18:21:13:17:22:30:18:23 chr15 79764044 . TTTGTTGTTGTTG TTTGTTGTTG,TTTGTTGTTGT,TTTGTTGTTGTT,TTTGTTGTTGTTT 862.37 PASS AF=0,1,0,0;AO=9,9,8,5;DP=63;FAO=0,63,0,0;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32,0,0;FSAR=0,31,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325041,-0.0328852,-0.0329891,-0.0327643;FXX=0.0454477;HRUN=2,2,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=131.877,134.3,132.992,130.489;QD=54.7538;RBI=0.116172,0.155474,0.162416,0.152372;REFB=0,0,0,0;REVB=0.111532,0.151957,0.159031,0.148808;RO=0;SAF=2,3,8,1;SAR=7,6,0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0589119,-0.00197926,0.0031885,-0.00599689;OID=.,.,.,.;OPOS=79764045,79764055,79764056,79764056;OREF=TTG,TG,G,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TTTGTTGTTG,TTTGTTGTTGT,TTTGTTGTTGTT,TTTGTTGTTGTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0,0:9,9,8,5:63:0,63,0,0:63:0:0,32,0,0:0,31,0,0:0:0:4:0:2,3,8,1:7,6,0,4:0:0 chr15 79764365 . AGT AGA,A 537.62 PASS AF=0,0.53125;AO=8,43;DP=101;FAO=0,51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=0,30;FSAR=0,21;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0122106,-0.00586677;FXX=0.039996;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=59.7908,264.189;QD=22.4008;RBI=0.0180518,0.007572;REFB=0.0019952,-0.0175078;REVB=0.0132955,-0.00478709;RO=45;SAF=4,22;SAR=4,21;SRF=17;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.149989,0.122988;STB=0.5,0.598252;STBP=1,0.046;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0169624;OID=.,.;OPOS=79764367,79764366;OREF=T,GT;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.53125:8,43:101:0,51:96:45:0,30:0,21:17:28:99:45:4,22:4,21:17:28 chr15 80215300 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.776;QD=59.4353;RBI=0.0380673;REFB=0;REVB=0.0225494;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020236;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr15 80216532 . A T 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.033;QD=62.7622;RBI=0.0214831;REFB=0;REVB=0.0214546;RO=0;SAF=16;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.4678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93139e-05;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:73:16:0:0:73:16:0:0 chr15 80217100 . A G 2331.78 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7008;QD=63.8845;RBI=0.0310716;REFB=0;REVB=0.0231099;RO=0;SAF=61;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168531;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:85:61:0:0:85:61:0:0 chr15 80263217 . C T 263.17 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0348595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.184;QD=15.9497;RBI=0.0414936;REFB=-0.00839963;REVB=0.0225062;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664937;STB=0.544556;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0149428;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:36:29:30:0.454545:11:18:20:16:11:19:20:16 chr15 80263345 . A C 371.13 PASS AF=0.535211;AO=36;DP=72;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0153447;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.261;QD=20.9089;RBI=0.0168671;REFB=0.0189731;REVB=0.00700273;RO=28;SAF=18;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566776;STB=0.537294;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0164534;OID=.;OPOS=80263345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:28:33:36:38:0.535211:18:18:16:12:18:20:20:13 chr15 80263406 . C T 278.82 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0726007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1938;QD=21.8681;RBI=0.0771684;REFB=-0.0248019;REVB=-0.0261553;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123743;STB=0.568579;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0182045;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:14:14:15:8:14:14:15:8 chr15 80454707 . G A 272.29 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0529155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9283;QD=17.2881;RBI=0.0530762;REFB=-0.00735994;REVB=0.00412715;RO=32;SAF=7;SAR=23;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225139;STB=0.637983;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0072576;OID=.;OPOS=80454707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:23:7:14:18:23:7:15:18 chr15 81047404 . T C 626.38 PASS AF=0.583333;AO=56;DP=95;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.060523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5286;QD=26.0992;RBI=0.0623916;REFB=-0.0084835;REVB=0.0151552;RO=39;SAF=29;SAR=27;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737186;STB=0.544827;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00560418;OID=.;OPOS=81047404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:39:40:56:56:0.583333:27:29:24:15:27:29:25:15 chr15 81047829 . C A 519.05 PASS AF=0.643836;AO=47;DP=73;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0132099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.331;QD=28.4409;RBI=0.0132802;REFB=0.00125625;REVB=-0.00136519;RO=25;SAF=14;SAR=33;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752576;STB=0.55108;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.000627026;OID=.;OPOS=81047829;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:25:26:47:47:0.643836:33:14:10:15:33:14:11:15 chr15 81212608 . G A 702.92 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00816574;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.498;QD=54.0704;RBI=0.0113781;REFB=-0.0902527;REVB=-0.00792348;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218744;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000462922;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:52:1:1:48:51:0.980769:27:21:1:0:27:24:1:0 chr15 81440818 . C T 553.18 PASS AF=0.617284;AO=50;DP=81;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.0149828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.82;QD=27.3173;RBI=0.0149835;REFB=-0.0187918;REVB=-0.000143178;RO=31;SAF=20;SAR=30;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156975;STB=0.585074;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0172247;OID=.;OPOS=81440818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:31:50:50:0.617284:30:20:6:25:30:20:6:25 chr15 81578139 . C T 1500.66 PASS AF=0.962963;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0393715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.73;QD=55.5799;RBI=0.0400081;REFB=-0.0435044;REVB=0.00710867;RO=2;SAF=51;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00034436;STB=0.509614;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.000508757;OID=.;OPOS=81578139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:108:108:2:4:104:104:0.962963:53:51:1:1:53:51:3:1 chr15 81582868 . G A 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.63;QD=63.8867;RBI=0.0395088;REFB=0;REVB=0.0346412;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44255e-05;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:41:56:0:0:41:56:0:0 chr15 81584925 . C T 1014.93 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474595;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.397;QD=59.7016;RBI=0.0516051;REFB=0;REVB=0.0513864;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40698e-05;OID=.;OPOS=81584925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr15 81592420 . G C 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0613502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.423;QD=17.8385;RBI=0.061492;REFB=-0.00205734;REVB=0.00417386;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069643;STB=0.539717;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00274955;OID=.;OPOS=81592420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:4:10:9:5:4:10 chr15 81600995 . A G 679.77 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.853;QD=61.7973;RBI=0.00825355;REFB=0;REVB=-0.00812978;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05353e-05;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:30:13:0:0:30:14:0:0 chr15 81624768 . C T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00280658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.243;QD=16.874;RBI=0.00361007;REFB=-0.0215634;REVB=-0.00227062;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171522;STB=0.58251;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0346788;OID=.;OPOS=81624768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:9:11:18:7:9:11:18:8 chr15 81625385 . C T 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00436326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.711;QD=21.2265;RBI=0.0276258;REFB=-0.0196286;REVB=-0.0272791;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192422;STB=0.60623;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0169328;OID=.;OPOS=81625385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:15:14:6:18:15:14:6:18 chr15 81636267 . C T 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00810231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.237;QD=13.0149;RBI=0.0107352;REFB=-0.0121936;REVB=-0.00704258;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690635;STB=0.503996;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0198691;OID=.;OPOS=81636267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:12:8:13:19:12:8:13:19 chr15 81637284 . G A 1246.02 PASS AF=0.586387;AO=112;DP=192;FAO=112;FDP=191;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=69;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.00104603;FXX=0.00520806;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.269;QD=26.0946;RBI=0.00359916;REFB=-0.0162675;REVB=0.0034438;RO=80;SAF=43;SAR=69;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177119;STB=0.593518;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00953554;OID=.;OPOS=81637284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:80:79:112:112:0.586387:69:43:49:31:69:43:48:31 chr15 82444437 . A G 1229.92 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0343965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.061;QD=59.9961;RBI=0.0344439;REFB=-0.0635998;REVB=0.00180774;RO=1;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150285;STB=0.507935;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00204885;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:31:50:0:1:31:50:0:1 chr15 82512429 . C G 376.45 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0158065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9876;QD=18.5902;RBI=0.0629788;REFB=-0.0183737;REVB=-0.060963;RO=41;SAF=14;SAR=25;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189579;STB=0.600207;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0336004;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:25:14:23:18:25:14:23:19 chr15 82637061 . C T 302.97 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.144719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.1256;QD=44.8848;RBI=0.148361;REFB=-0.077496;REVB=0.0326704;RO=3;SAF=9;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091406;STB=0.504946;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00679774;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:27:27:3:3:24:24:0.888889:15:9:1:2:15:9:1:2 chr15 82637079 . C T 291.29 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0675491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.421;QD=46.6067;RBI=0.0675492;REFB=-0.231439;REVB=9.14734e-05;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615783;STB=0.518202;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00377589;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:25:25:1:2:23:23:0.92:16:7:1:0:16:7:1:1 chr15 83224696 . C T 1534.48 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.839;QD=62.6318;RBI=0.0275036;REFB=-0.14621;REVB=0.0243213;RO=1;SAF=35;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783844;STB=0.503999;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000512524;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:98:1:1:95:97:0.989796:60:35:0:1:62:35:0:1 chr15 83332381 . GAAAAA AGAAAA,GAAAAG,GAAAA,GGAAAA 70.35 PASS AF=0.0151515,0.0454545,0.257576,0.0151515;AO=4,4,17,4;DP=66;FAO=1,3,17,1;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=0,0,5,0;FSAR=1,3,12,1;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0473022,-0.0268141,-0.161017,-0.0650151;FXX=0;HRUN=1,5,5,5;LEN=2,1,1,1;MLLD=44.3142,161.797,12.8304,23.0782;QD=4.26372;RBI=0.0558645,0.0274887,0.161123,0.069028;REFB=-0.0141049,-0.00720436,-0.116626,-0.0610039;REVB=0.0297211,-0.0060526,-0.00583588,-0.0231925;RO=34;SAF=0,0,10,0;SAR=4,4,7,4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.653727,-0.653727,-0.0696293,-0.653727;STB=0.992978,0.997456,0.751103,0.992978;STBP=0.264,0.025,0.019,0.264;TYPE=mnp,snp,del,snp;VARB=0.0705389,0.057494,0.113909,0.150432;OID=.,.,.,.;OPOS=83332381,83332386,83332382,83332382;OREF=GA,A,A,A;OALT=AG,G,-,G;OMAPALT=AGAAAA,GAAAAG,GAAAA,GGAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:42:66:66:34:44:4,4,17,4:1,3,17,1:0.0151515,0.0454545,0.257576,0.0151515:4,4,7,4:0,0,10,0:22:12:1,3,12,1:0,0,5,0:29:15 chr15 83395340 . T C 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.052008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6968;QD=25.3673;RBI=0.0811084;REFB=-0.0415773;REVB=0.0622393;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683667;STB=0.538007;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0278784;OID=.;OPOS=83395340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:11:10:8:6:11:10:8:6 chr15 83447631 . T G 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00181106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.203;QD=15.0112;RBI=0.00996935;REFB=-0.0047897;REVB=0.00980347;RO=53;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868123;STB=0.549029;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0074978;OID=.;OPOS=83447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:20:17:20:33:20:17:20:33 chr15 83499766 . G A 506.27 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00116247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.431;QD=25.6338;RBI=0.00972771;REFB=0.0030224;REVB=0.00965801;RO=32;SAF=26;SAR=21;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396618;STB=0.521683;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.0020626;OID=.;OPOS=83499766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:32:47:47:0.594937:21:26:16:16:21:26:16:16 chr15 83680287 . A G 542.4 PASS AF=0.380952;AO=64;DP=164;FAO=64;FDP=168;FR=.;FRO=104;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=0.00393321;FXX=0.011764;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.629;QD=12.9143;RBI=0.0270734;REFB=-0.017271;REVB=-0.0267861;RO=100;SAF=27;SAR=37;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117171;STB=0.560587;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.032235;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:168:100:104:64:64:0.380952:37:27:53:47:37:27:54:50 chr15 84539619 . C G 641.21 PASS AF=0.629213;AO=55;DP=88;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0062146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3435;QD=28.8185;RBI=0.0221946;REFB=-0.0123298;REVB=0.0213068;RO=31;SAF=24;SAR=31;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748007;STB=0.543674;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00554785;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:31:33:55:56:0.629213:31:24:17:14:32:24:18:15 chr15 84581889 . G A 199.8 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.040385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.364;QD=13.5459;RBI=0.0417228;REFB=-0.0248571;REVB=-0.0104805;RO=35;SAF=18;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299517;STB=0.672744;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0370758;OID=.;OPOS=84581889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:6:18:17:18:6:18:17:18 chr15 84581904 . T C 228.33 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00104817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7415;QD=14.7307;RBI=0.0738607;REFB=-0.00728111;REVB=0.0738533;RO=35;SAF=20;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251017;STB=0.643318;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0107178;OID=.;OPOS=84581904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:7:20:18:17:7:20:18:17 chr15 84581995 . C T 333.72 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0168985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.604;QD=24.2704;RBI=0.0185782;REFB=-0.0368368;REVB=0.00771952;RO=20;SAF=11;SAR=22;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260635;STB=0.506845;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0142839;OID=.;OPOS=84581995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:22:33:33:0.6:22:11:6:14:22:11:7:15 chr15 84582124 . G T 264.59 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.0258044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.766;QD=17.6391;RBI=0.0258068;REFB=-0.0274644;REVB=0.000348612;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220259;STB=0.622146;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0272082;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:17:12:6:25:17:12:6:25 chr15 84651290 . T C 133.54 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0127368;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.294;QD=14.838;RBI=0.0243231;REFB=-0.0314948;REVB=0.0207217;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197969;STB=0.615227;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.018962;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:11:10:10:5:11:10 chr15 84911311 . G C 32.59 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00296248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8713;QD=2.77327;RBI=0.0223735;REFB=0.000865363;REVB=0.0221765;RO=41;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156768;STB=0.617246;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00617205;OID=.;OPOS=84911311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:2:4:22:19:2:4:22:19 chr15 84958359 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0103355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.217;QD=9.56962;RBI=0.0344157;REFB=-0.0145583;REVB=-0.0328271;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252475;STB=0.651828;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0490328;OID=.;OPOS=84958359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:11:4:4:4:11:4 chr15 84958367 . C T 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00801824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.114;QD=6.57393;RBI=0.0136608;REFB=0.00182764;REVB=0.0110601;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368595;STB=0.726671;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00619923;OID=.;OPOS=84958367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:13:3:3:3:13:3 chr15 85149771 . G T 446.7 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=95;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0401952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4424;QD=18.6125;RBI=0.0418824;REFB=0.0104928;REVB=0.0117679;RO=50;SAF=32;SAR=12;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256826;STB=0.652896;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0167503;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:50:51:44:45:0.46875:12:32:24:26:12:33:24:27 chr15 85163998 . G C 638.0 PASS AF=0.976744;AO=38;DP=40;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00088504;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.491;QD=59.3487;RBI=0.0754602;REFB=-0.155867;REVB=0.075455;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000679222;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:43:0:1:38:42:0.976744:22:16:0:0:26:16:0:1 chr15 85186876 . ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 1064.08 PASS AF=0.822917;AO=76;DP=99;FAO=79;FDP=96;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.012812;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=18;MLLD=540.123;QD=44.3366;RBI=0.0248925;REFB=0.000861826;REVB=0.0213422;RO=17;SAF=21;SAR=55;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210233;STB=0.623623;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.000230813;OID=.;OPOS=85186877;OREF=CTTGGCTCCGTGTTCCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.822917:76:99:79:96:17:21:58:15:2:96:17:21:55:14:3 chr15 85188994 . T C 709.18 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000511746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.193;QD=63.0378;RBI=0.0290631;REFB=0;REVB=0.0290586;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001713;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:22:23:0:0 chr15 85198362 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.958;QD=56.1916;RBI=0.0363328;REFB=0;REVB=0.0087123;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109156;OID=.;OPOS=85198362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr15 85327228 . GCCCCCA GCCCC,GCCCCA 75.51 PASS AF=0,0.484848;AO=16,16;DP=68;FAO=0,32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=0,22;FSAR=0,10;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0564615,-0.212018;FXX=0.0294074;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=120.836,7.01856;QD=4.57622;RBI=0.0575684,0.217932;REFB=-0.0153411,-0.200033;REVB=-0.0112346,-0.0504285;RO=30;SAF=8,13;SAR=8,3;SRF=6;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.339452,0.622394;STB=0.5,0.712833;STBP=1,0.002;TYPE=del,del;VARB=0,0.162177;OID=.,.;OPOS=85327233,85327229;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.484848:16,16:68:0,32:66:34:0,22:0,10:9:25:76:30:8,13:8,3:6:24 chr15 85333953 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.828;QD=62.9081;RBI=0.014681;REFB=0;REVB=0.013129;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83492e-05;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:54:36:0:0:54:36:0:0 chr15 85341859 . G A 257.05 PASS AF=0.467742;AO=27;DP=60;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00848657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.504;QD=16.5838;RBI=0.0106938;REFB=-0.0110872;REVB=0.00650661;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857142;STB=0.529392;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0138243;OID=.;OPOS=85341859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:33:33:27:29:0.467742:13:14:20:13:13:16:20:13 chr15 85360101 . T C 1434.41 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.664;QD=63.051;RBI=0.0401337;REFB=0;REVB=0.0282123;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131426;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:35:55:0:0:36:55:0:0 chr15 85383839 . G A 1553.32 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.588;QD=62.7606;RBI=0.0346201;REFB=-0.0341982;REVB=0.0249878;RO=1;SAF=31;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713265;STB=0.503703;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=4.87176e-05;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:1:1:97:98:0.989899:66:31:0:1:67:31:0:1 chr15 85401259 . C T 1422.42 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0634481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5646;QD=55.781;RBI=0.0915427;REFB=-0.148129;REVB=0.0659878;RO=3;SAF=51;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270834;STB=0.509432;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00580471;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:102:3:2:99:100:0.980392:48:51:3:0:48:52:2:0 chr15 85401419 . T C 1320.04 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.496;QD=62.1193;RBI=0.0448035;REFB=0;REVB=0.0128814;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51997e-05;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:85:0:0:80:85:1:51:29:0:0:56:29:0:0 chr15 85402610 . G A 174.41 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0211298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9719;QD=9.82573;RBI=0.0392934;REFB=-0.0055885;REVB=0.0331285;RO=47;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139675;STB=0.501866;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0114919;OID=.;OPOS=85402610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:47:48:23:23:0.323944:13:10:21:26:13:10:21:27 chr15 85411687 . GCCTC GCTCT 638.24 PASS AF=1;AO=3;DP=71;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126095;FXX=0.246341;HRUN=2;LEN=3;MLLD=130.279;QD=49.0951;RBI=0.126604;REFB=0;REVB=-0.0113409;RO=35;SAF=3;SAR=0;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518953;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000259092;OID=.;OPOS=85411689;OREF=CTC;OALT=TCT;OMAPALT=GCTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:71:52:52:0:52:0:0:0:4:35:3:0:18:17 chr15 85411941 . A G 866.84 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0624452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3315;QD=55.9252;RBI=0.0721476;REFB=-0.171067;REVB=-0.0361369;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178082;STB=0.509431;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00329001;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:35:26:1:0:35:26:1:0 chr15 85476441 . G A 724.1 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.006;QD=62.9648;RBI=0.0762025;REFB=0;REVB=0.0464891;RO=0;SAF=6;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410049;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:37:6:0:0:39:7:0:0 chr15 85478410 . A G 758.19 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0235152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6484;QD=53.2062;RBI=0.0579969;REFB=-0.00520237;REVB=-0.0530158;RO=2;SAF=26;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348843;STB=0.518512;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00239941;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:29:26:2:0:29:26:2:0 chr15 86087309 . T C 468.02 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00024368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.462;QD=22.8304;RBI=0.00447277;REFB=-0.0141322;REVB=-0.00446613;RO=37;SAF=20;SAR=25;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325491;STB=0.517898;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0130184;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:25:20:15:22:25:20:15:22 chr15 86122654 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0212147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.181;QD=9.44487;RBI=0.101427;REFB=-0.0249942;REVB=-0.099184;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0466024;OID=.;OPOS=86122654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:7:3:2:4:7:3 chr15 86122779 . T C 159.25 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00521999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.857;QD=8.38175;RBI=0.0319439;REFB=-0.0134503;REVB=-0.0315145;RO=53;SAF=13;SAR=9;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119773;STB=0.578054;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0396162;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:53:54:22:22:0.289474:9:13:26:27:9:13:26:28 chr15 86122916 . T C 234.92 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00562807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.995;QD=10.9263;RBI=0.0103386;REFB=-0.012225;REVB=-0.0086725;RO=57;SAF=10;SAR=19;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285169;STB=0.665492;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0349186;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:19:10:34:23:19:10:34:23 chr15 86123019 . C T 99.79 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00725064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.114;QD=11.7397;RBI=0.013288;REFB=-0.0242984;REVB=0.0111355;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058873;STB=0.516105;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0375903;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:12:13:0.382353:8:4:6:15:9:4:6:15 chr15 86123833 . T C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0399903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.78;QD=23.2632;RBI=0.0405582;REFB=-0.00753015;REVB=-0.00676343;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371334;STB=0.502073;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00584377;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:9:10:12:11:9:10 chr15 86123924 . C T 210.73 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00504894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.911;QD=14.0486;RBI=0.0471066;REFB=-0.0136682;REVB=0.0468353;RO=33;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1941;STB=0.631468;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0125473;OID=.;OPOS=86123924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:35:25:25:0.416667:7:18:18:15:7:18:18:17 chr15 86123988 . G A 285.24 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0222626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4297;QD=15.4186;RBI=0.0244098;REFB=0.00711735;REVB=-0.0100106;RO=42;SAF=22;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199645;STB=0.613236;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0100745;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:10:22:21:21:10:22:21:21 chr15 86124419 . C T 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0303415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.588;QD=14.6685;RBI=0.0363632;REFB=-0.0147714;REVB=0.0200418;RO=31;SAF=17;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206611;STB=0.628505;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0253823;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:7:17:16:15:7:17:16:16 chr15 86124483 . C G 261.2 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00476716;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4944;QD=16.8516;RBI=0.0162275;REFB=0.0239695;REVB=-0.0155115;RO=33;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159513;STB=0.589768;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0292436;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:33:29:29:0.467742:11:18:15:18:11:18:15:18 chr15 86124555 . G A 411.6 PASS AF=0.47191;AO=40;DP=87;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0166335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.58;QD=18.4988;RBI=0.0173009;REFB=-0.0152126;REVB=0.00475903;RO=47;SAF=23;SAR=17;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632859;STB=0.548751;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0200008;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:47:47:40:42:0.47191:17:23:30:17:19:23:30:17 chr15 86124616 . A G 629.51 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0135825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.647;QD=20.8103;RBI=0.0140297;REFB=-0.0175354;REVB=-0.00351397;RO=58;SAF=36;SAR=27;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131753;STB=0.507244;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0168948;OID=.;OPOS=86124616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:58:63:63:0.520661:27:36:34:24:27:36:34:24 chr15 86124946 . T C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00719605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.589;QD=14.7015;RBI=0.0077806;REFB=-0.0167401;REVB=0.00295884;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224352;STB=0.629428;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0165318;OID=.;OPOS=86124946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:11:4:6:6:11:4 chr15 86124968 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.00907175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.948;QD=13.7531;RBI=0.0155754;REFB=-0.0181817;REVB=0.0126608;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269326;STB=0.654493;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0288902;OID=.;OPOS=86124968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:18:5:7:8:18:5 chr15 86125031 . G A 355.1 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.00884949;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.471;QD=16.3263;RBI=0.0119505;REFB=-0.0177087;REVB=-0.0080313;RO=47;SAF=23;SAR=15;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795796;STB=0.528493;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.019685;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:49:38:38:0.436782:15:23:32:15:15:23:32:17 chr15 86287910 . C T 217.6 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0115656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.777;QD=22.9053;RBI=0.0256508;REFB=-0.042626;REVB=-0.0228955;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340697;STB=0.519066;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0374031;OID=.;OPOS=86287910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:9:12:9:8:9:12:9:8 chr15 86288518 . G C 296.22 PASS AF=0.458333;AO=29;DP=68;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0279503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6344;QD=16.4565;RBI=0.0410956;REFB=-0.0338002;REVB=-0.0301268;RO=39;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193155;STB=0.632201;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0330487;OID=.;OPOS=86288518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:39:39:29:33:0.458333:13:16:14:25:13:20:14:25 chr15 86292324 . G C 902.7 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.13;QD=58.2389;RBI=0.0173998;REFB=0;REVB=0.0164555;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86823e-05;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:36:25:0:0:36:26:0:0 chr15 86313048 . T C 378.97 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00879169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.38;QD=33.6863;RBI=0.00906862;REFB=-0.000575858;REVB=-0.00222396;RO=14;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169352;STB=0.592532;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000492693;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:20:11:9:5:20:11:9:5 chr15 86368898 . G A 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0189039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.703;QD=55.6051;RBI=0.0194065;REFB=0.0279897;REVB=0.00438818;RO=1;SAF=38;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122541;STB=0.506491;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000297302;OID=.;OPOS=86368898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:20:38:1:0:20:38:1:0 chr15 86368959 . A T 1556.88 PASS AF=0.95614;AO=108;DP=114;FAO=109;FDP=114;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0417792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4027;QD=54.6272;RBI=0.0417794;REFB=-0.0450218;REVB=0.000118056;RO=5;SAF=60;SAR=48;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00377614;STB=0.501796;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0373319;OID=.;OPOS=86368959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:114:114:5:5:108:109:0.95614:48:60:3:2:48:61:3:2 chr15 86940622 . T C 2033.87 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.009;QD=62.1028;RBI=0.0508928;REFB=0;REVB=0.0448094;RO=0;SAF=69;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102734;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:61:69:0:0:61:70:0:0 chr15 87217613 . A G 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00115882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.555;QD=57.4357;RBI=0.00550919;REFB=-0.062215;REVB=0.00538594;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00203084;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:32:35:1:0:32:35:1:0 chr15 87531281 . A C 488.02 PASS AF=0.456897;AO=52;DP=115;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0114694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4725;QD=16.8284;RBI=0.0610248;REFB=0.0146356;REVB=0.0599373;RO=63;SAF=27;SAR=25;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026676;STB=0.528291;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.0238021;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:63:63:52:53:0.456897:25:27:31:32:25:28:30:33 chr15 88576185 . G C 3477.87 PASS AF=0.987395;AO=213;DP=225;FAO=235;FDP=238;FR=.;FRO=3;FSAF=100;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0779541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.426;QD=58.4516;RBI=0.133421;REFB=-0.142621;REVB=0.108279;RO=8;SAF=91;SAR=122;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124977;STB=0.505494;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00477477;OID=.;OPOS=88576185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:225:238:8:3:213:235:0.987395:122:91:2:6:135:100:0:3 chr15 88679785 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.25;QD=61.6951;RBI=0.0373013;REFB=0;REVB=0.0365251;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43327e-05;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr15 88680684 . G A 428.51 PASS AF=0.483146;AO=32;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0227726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.735;QD=19.2589;RBI=0.108408;REFB=-0.0556172;REVB=0.105989;RO=44;SAF=21;SAR=11;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143085;STB=0.528446;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0624654;OID=.;OPOS=88680684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:46:32:43:0.483146:11:21:23:21:22:21:25:21 chr15 89169858 . A G 537.12 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.044;QD=59.6804;RBI=0.0232423;REFB=0;REVB=0.0172173;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146788;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chr15 89172558 . G C 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.645;QD=57.3838;RBI=0.0200823;REFB=0;REVB=0.00984475;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70869e-05;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr15 89173657 . A T 620.6 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.619;QD=60.5461;RBI=0.036391;REFB=0;REVB=0.0362498;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297433;OID=.;OPOS=89173657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:22:19:0:0 chr15 89173732 . T C 1398.16 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0455473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5275;QD=61.4577;RBI=0.0455574;REFB=-0.0405159;REVB=-0.000958655;RO=1;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869721;STB=0.504586;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00248075;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:54:36:0:1:54:36:0:1 chr15 89174748 . G C 990.57 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.383;QD=59.1384;RBI=0.0594257;REFB=0;REVB=0.0273244;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734355;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr15 89392745 . T C 2200.49 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00501631;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.27;QD=62.4253;RBI=0.00605066;REFB=-0.13776;REVB=-0.00338337;RO=0;SAF=59;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46196e-08;STB=0.504132;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00100254;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:141:0:1:139:140:0.992908:80:59:0:0:80:60:1:0 chr15 89739259 . G C 976.09 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282047;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.92;QD=59.1572;RBI=0.0313663;REFB=0;REVB=0.0137235;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111444;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr15 89740616 . G A 1353.7 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333634;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9204;QD=62.2392;RBI=0.00360991;REFB=0;REVB=0.00137852;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150631;OID=.;OPOS=89740616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:84:87:1:37:47:0:0:38:49:0:0 chr15 89744476 . G T 2018.73 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.084;QD=62.1148;RBI=0.0522636;REFB=0;REVB=0.00219798;RO=0;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8487e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:130:0:0:124:130:1:68:56:0:0:68:62:0:0 chr15 89760442 . C T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0274422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.277;QD=19.7634;RBI=0.0345415;REFB=-0.0356462;REVB=0.0209772;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184244;STB=0.60195;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.034292;OID=.;OPOS=89760442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:17:18:10:23:17:18:10:23 chr15 89804043 . C T 212.74 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0507778;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2943;QD=16.0558;RBI=0.0678522;REFB=0.00679101;REVB=-0.0450059;RO=29;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217062;STB=0.623271;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0134284;OID=.;OPOS=89804043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:24:24:0.45283:8:16:13:16:8:16:13:16 chr15 89806710 . C T 140.04 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0575844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7921;QD=10.3734;RBI=0.0575852;REFB=-0.0379712;REVB=-0.000307712;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156898;STB=0.593257;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0171831;OID=.;OPOS=89806710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:36:18:18:0.333333:11:7:17:15:11:7:19:17 chr15 89836228 . G C 182.97 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0214829;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4228;QD=13.3072;RBI=0.0242009;REFB=-0.00982311;REVB=-0.0111432;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079195;STB=0.536391;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00475708;OID=.;OPOS=89836228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:33:22:22:0.4:12:10:17:15:12:10:17:16 chr15 89838236 . G A 1533.86 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6925;QD=59.5675;RBI=0.0439071;REFB=0;REVB=0.00564863;RO=1;SAF=53;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198643;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:1:0:101:103:1:48:53:1:0:49:54:0:0 chr15 89858602 . T C 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00253601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.265;QD=13.6996;RBI=0.0039515;REFB=-0.00725294;REVB=-0.00303034;RO=29;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206088;STB=0.613898;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0144172;OID=.;OPOS=89858602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:14:4:11:18:14:4:11:19 chr15 89878377 . A T 2463.69 PASS AF=0.987805;AO=162;DP=165;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0202712;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.653;QD=60.09;RBI=0.0351124;REFB=-0.0144471;REVB=-0.0286698;RO=2;SAF=68;SAR=94;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100158;STB=0.505262;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000105955;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:164:2:2:162:162:0.987805:94:68:0:2:94:68:0:2 chr15 90126121 . C T 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0109425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.54;QD=8.28248;RBI=0.0110717;REFB=-0.00540638;REVB=-0.00168655;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172566;STB=0.604677;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0186659;OID=.;OPOS=90126121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:5:7:23:9:5:7:23:9 chr15 90128966 . C T 635.7 PASS AF=0.440252;AO=70;DP=159;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.00839987;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.19;QD=15.9924;RBI=0.0358944;REFB=-0.00958967;REVB=-0.0348977;RO=83;SAF=34;SAR=36;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433448;STB=0.536242;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0147827;OID=.;OPOS=90128966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:83:89:70:70:0.440252:36:34:44:39:36:34:49:40 chr15 90138670 . C T 318.98 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0366187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.29;QD=15.7521;RBI=0.0368168;REFB=-0.00147874;REVB=-0.00381353;RO=46;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130124;STB=0.573292;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00213439;OID=.;OPOS=90138670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:16:19:19:27:16:19:19:27 chr15 90168108 . C T 166.37 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0497769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.9938;QD=9.93271;RBI=0.0497935;REFB=-0.0170283;REVB=-0.00128446;RO=40;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042865;STB=0.571764;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0516277;OID=.;OPOS=90168108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:45:22:22:0.328358:14:8:16:24:14:8:21:24 chr15 90168693 . T A 225.46 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0265647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.215;QD=20.4962;RBI=0.0303943;REFB=-0.00809546;REVB=-0.0147692;RO=22;SAF=16;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403328;STB=0.727066;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0158623;OID=.;OPOS=90168693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:6:16:6:16:6:16:6:16 chr15 90176432 . T G 423.25 PASS AF=0.415254;AO=48;DP=117;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0130419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.942;QD=14.3475;RBI=0.0210084;REFB=-0.0140503;REVB=-0.01647;RO=69;SAF=28;SAR=20;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140387;STB=0.583588;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0200508;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:69:69:48:49:0.415254:20:28:31:38:20:29:31:38 chr15 90191827 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.635;QD=56.1915;RBI=0.0485401;REFB=0;REVB=-0.047621;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291558;OID=.;OPOS=90191827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr15 90195967 . C G 1766.6 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0273408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.8305;QD=59.8849;RBI=0.0594133;REFB=-0.0772801;REVB=-0.0527486;RO=1;SAF=47;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999736;STB=0.505262;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000142269;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:70:47:1:0:70:47:1:0 chr15 90210263 . A G 1189.33 PASS AF=0.542056;AO=105;DP=203;FAO=116;FDP=214;FR=.;FRO=98;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=0.00255684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.159;QD=22.2305;RBI=0.004765;REFB=-0.0296996;REVB=0.00402092;RO=88;SAF=58;SAR=47;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535135;STB=0.535881;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.026019;OID=.;OPOS=90210263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:214:88:98:105:116:0.542056:47:58:43:45:56:60:43:55 chr15 90210919 . C T 359.52 PASS AF=0.521127;AO=35;DP=69;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.118329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0663;QD=20.2547;RBI=0.146058;REFB=-0.0581323;REVB=0.0856228;RO=34;SAF=24;SAR=11;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390202;STB=0.515455;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0589187;OID=.;OPOS=90210919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:34:34:35:37:0.521127:11:24:22:12:12:25:22:12 chr15 90213229 . G C 818.92 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.604;QD=55.5202;RBI=0.0371093;REFB=-0.151729;REVB=-0.0222911;RO=1;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219308;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00118459;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:21:37:0:1:21:37:0:1 chr15 90226947 . C A 837.04 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2884;QD=55.8025;RBI=0.0326645;REFB=0.00325429;REVB=-0.0255487;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017801;STB=0.509431;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000443762;OID=.;OPOS=90226947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:33:26:1:0:33:26:1:0 chr15 90245174 . T A 1062.3 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4542;QD=59.8481;RBI=0.0320963;REFB=0;REVB=-0.00822553;RO=0;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157117;OID=.;OPOS=90245174;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:23:48:0:0:23:48:0:0 chr15 90245252 . C CT 141.53 PASS AF=1;AO=4;DP=24;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909419;FXX=0.285578;HRUN=0;LEN=1;MLLD=107.614;QD=37.742;RBI=0.107305;REFB=0;REVB=-0.0569555;RO=20;SAF=4;SAR=0;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.648393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0427056;OID=.;OPOS=90245253;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:24:15:15:0:12:3:0:0:3:20:4:0:10:10 chr15 90245253 . C T 199.81 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0961778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.662;QD=36.3298;RBI=0.0972126;REFB=-0.0961973;REVB=0.0141465;RO=4;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182451;STB=0.599891;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00386412;OID=.;OPOS=90245253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:10:8:4:0:10:8:4:0 chr15 90246336 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.092;QD=57.0004;RBI=0.0305095;REFB=0;REVB=0.0280496;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53919e-05;OID=.;OPOS=90246336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:39:15:0:0:39:15:0:0 chr15 90248819 . A T 816.54 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.779;QD=57.3009;RBI=0.0230213;REFB=0;REVB=0.0159638;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104482;OID=.;OPOS=90248819;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:34:22:0:0:34:23:0:0 chr15 90260145 . T A 708.45 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0467;QD=62.9732;RBI=0.0394265;REFB=0;REVB=0.0133619;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715075;OID=.;OPOS=90260145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr15 90334240 . A G 575.07 PASS AF=0.418919;AO=62;DP=148;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.0390759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.64;QD=15.5424;RBI=0.0394479;REFB=-0.00830126;REVB=-0.0054047;RO=86;SAF=35;SAR=27;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10315;STB=0.557842;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0138252;OID=.;OPOS=90334240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:86:86:62:62:0.418919:27:35:40:46:27:35:40:46 chr15 90335534 . G A 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0597934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8111;QD=15.9154;RBI=0.0698405;REFB=-0.0159451;REVB=0.0360895;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25507;STB=0.649101;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0266613;OID=.;OPOS=90335534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:3:10:8:7:3:10:8:7 chr15 90335788 . C T 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00187208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.793;QD=28.0212;RBI=0.0283265;REFB=-0.0267496;REVB=0.0282646;RO=19;SAF=11;SAR=18;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083217;STB=0.504584;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0177298;OID=.;OPOS=90335788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:18:11:7:12:18:11:7:12 chr15 90344352 . T C 157.84 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.011199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9768;QD=16.615;RBI=0.057658;REFB=0.00334443;REVB=-0.05656;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213306;STB=0.622495;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00260811;OID=.;OPOS=90344352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:6:11:9:12:6:11:9:12 chr15 90346861 . C T 815.05 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0673916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.884;QD=54.3364;RBI=0.0674271;REFB=-0.0229911;REVB=-0.00218776;RO=2;SAF=24;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376858;STB=0.509431;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000260723;OID=.;OPOS=90346861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:2:1:57:59:0.983333:33:24:2:0:33:26:1:0 chr15 90349558 . C T 1501.79 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00164544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.268;QD=61.2977;RBI=0.0128822;REFB=-0.168827;REVB=-0.0127767;RO=1;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958021;STB=0.500213;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.000153575;OID=.;OPOS=90349558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:1:2:96:96:0.979592:49:47:0:1:49:47:1:1 chr15 90623052 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.608;QD=62.3508;RBI=0.0312733;REFB=0;REVB=0.0189246;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12477e-05;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr15 90628537 . G A 141.34 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0578416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6172;QD=13.4607;RBI=0.0630611;REFB=0.00335507;REVB=0.0251207;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407541;STB=0.52378;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00256526;OID=.;OPOS=90628537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:14:12:8:8:14:12 chr15 90673809 . G C 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0137511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.871;QD=22.3411;RBI=0.0182502;REFB=-0.00652687;REVB=-0.0119991;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111377;STB=0.562432;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00380281;OID=.;OPOS=90673809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:9:9:5:9:9:9:5:9 chr15 90709545 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8074;QD=64.1538;RBI=0.0155684;REFB=0;REVB=0.0149953;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122205;OID=.;OPOS=90709545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr15 90764219 . G A 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0136179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.272;QD=13.9454;RBI=0.0145487;REFB=-0.0117526;REVB=0.00512054;RO=48;SAF=20;SAR=12;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15634;STB=0.589116;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0159265;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:12:20:23:25:12:20:23:25 chr15 90768320 . C T 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00311004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.45;QD=14.734;RBI=0.0173579;REFB=-0.0132798;REVB=0.017077;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786801;STB=0.544522;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0125575;OID=.;OPOS=90768320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:16:11:12:24:16:11:12:24 chr15 90771749 . GT G,GG 186.63 PASS AF=0.234375,0.171875;AO=7,11;DP=65;FAO=15,11;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=7,6;FSAR=8,5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0485508,-0.0423853;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.3903,86.5173;QD=11.6642;RBI=0.0487602,0.0432766;REFB=0.00448247,0.00567417;REVB=0.00451389,0.00873776;RO=34;SAF=0,6;SAR=7,5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.692498,0.0546862;STB=0.513906,0.57551;STBP=0.923,0.566;TYPE=del,snp;VARB=-0.104936,0.0323929;OID=.,.;OPOS=90771750,90771750;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234375,0.171875:7,11:65:15,11:64:38:7,6:8,5:17:21:65:34:0,6:7,5:17:17 chr15 90772200 . G A 193.41 PASS AF=0.410714;AO=21;DP=54;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0209838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.958;QD=13.8148;RBI=0.0300315;REFB=-0.0175147;REVB=0.0214842;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902382;STB=0.514006;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0258284;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:32:33:21:23:0.410714:10:11:14:18:12:11:15:18 chr15 90772831 . C T 323.95 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00956259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6382;QD=19.6334;RBI=0.00956438;REFB=-0.0216029;REVB=0.00018538;RO=31;SAF=13;SAR=20;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244037;STB=0.645786;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.022069;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:32:33:34:0.515152:20:13:21:10:21:13:22:10 chr15 90774259 . G C 134.27 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.014681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.436;QD=12.788;RBI=0.0303563;REFB=-0.00886703;REVB=0.0265701;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676393;STB=0.570792;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0323751;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:26:14:14:0.333333:9:5:10:14:9:5:12:14 chr15 90774447 . TAGAG T 173.95 PASS AF=0.62963;AO=15;DP=25;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00944972;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=4;MLLD=259.904;QD=25.7699;RBI=0.0104023;REFB=-0.0267806;REVB=0.00434857;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164712;STB=0.563803;STBP=0.376;TYPE=del;VARB=0.0124258;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62963:15:25:17:27:10:9:8:7:3:76:10:7:8:7:3 chr15 90784207 . A G 1614.16 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233218;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.515;QD=59.7836;RBI=0.0598305;REFB=0;REVB=0.055098;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4444e-05;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:108:0:0:98:108:1:46:52:0:0:56:52:0:0 chr15 90784250 . T C 607.31 PASS AF=0.550459;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0021632;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.334;QD=22.2865;RBI=0.00592085;REFB=-0.0129799;REVB=0.00551153;RO=49;SAF=33;SAR=27;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132549;STB=0.572579;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00910004;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:49:49:60:60:0.550459:27:33:19:30:27:33:19:30 chr15 90794102 . G A 56.32 PASS AF=0.363636;AO=4;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00548619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.193;QD=10.2391;RBI=0.0059298;REFB=-0.0218501;REVB=0.0022504;RO=13;SAF=1;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396905;STB=0.624687;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0416978;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:22:22:13:14:4:8:0.363636:3:1:8:5:5:3:8:6 chr15 90794757 . T G 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00296525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.027;QD=18.7118;RBI=0.0123677;REFB=-0.0152987;REVB=0.012007;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590125;STB=0.523783;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0180855;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:13:5:6:12:13:5:6:13 chr15 90794845 . G A 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0138329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.947;QD=24.5986;RBI=0.0214414;REFB=-0.0331311;REVB=0.0163825;RO=16;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143913;STB=0.580667;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0196977;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:17:5:6:10:17:5:6:10 chr15 90796558 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0170504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5047;QD=19.9928;RBI=0.0438313;REFB=0.000715707;REVB=0.0403791;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239256;STB=0.513501;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.000450162;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:13:10:9:13:13:10 chr15 90800408 . C G 255.16 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.00277209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6276;QD=22.1877;RBI=0.0460482;REFB=-0.00824426;REVB=0.0459647;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274407;STB=0.652059;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0125458;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:12:12:18:4:12:12:18:4 chr15 90800449 . C T 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=-0.0377805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.227;QD=19.3861;RBI=0.0655448;REFB=0.000239801;REVB=-0.0535608;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373568;STB=0.707145;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00222962;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:19:2:10:10:19:2 chr15 90808974 . CG C 44.97 PASS AF=0.22973;AO=19;DP=72;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.222501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.7615;QD=2.43056;RBI=0.27886;REFB=-0.0122967;REVB=-0.168097;RO=51;SAF=4;SAR=15;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46128;STB=0.876171;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=-0.0156216;OID=.;OPOS=90808975;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22973:19:72:17:74:57:2:15:34:23:44:51:4:15:30:21 chr15 90809633 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8851;QD=58.1414;RBI=0.0624823;REFB=0;REVB=0.0287109;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000972035;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr15 90818400 . A T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0405654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.786;QD=21.0135;RBI=0.0656097;REFB=-0.0547872;REVB=0.0515663;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178658;STB=0.510186;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0185422;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:3:4:6:5:3:4 chr15 90819132 . C T 92.98 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0095188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.278;QD=10.9383;RBI=0.0145603;REFB=-0.0193667;REVB=-0.0110179;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156354;STB=0.58319;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0491324;OID=.;OPOS=90819132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:33:34:20:22:11:12:0.352941:8:3:8:12:8:4:10:12 chr15 90819641 . A C 608.36 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0257566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3258;QD=25.0871;RBI=0.0257576;REFB=0.000866189;REVB=0.000224864;RO=42;SAF=27;SAR=28;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101266;STB=0.555369;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.000621767;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:42:55:55:0.56701:28:27:26:16:28:27:26:16 chr15 90819876 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0215222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2638;QD=19.3687;RBI=0.0768765;REFB=-0.00536842;REVB=0.0738023;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211612;STB=0.512171;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00951969;OID=.;OPOS=90819876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:3:4:6:4:3:4 chr15 90820063 . T C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00872981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.173;QD=10.6683;RBI=0.0442375;REFB=-0.0181749;REVB=-0.0433676;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118978;STB=0.571289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0220742;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:11:7:5:5:11:7 chr15 90820721 . C T 108.25 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0260529;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.359;QD=12.3719;RBI=0.0266709;REFB=-0.0108285;REVB=0.00570842;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564458;STB=0.533283;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0163499;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:9:13:7:6:9:13 chr15 90892293 . C T 639.28 PASS AF=0.445946;AO=67;DP=148;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0285522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5483;QD=17.2779;RBI=0.0344795;REFB=-0.000954966;REVB=0.0193289;RO=79;SAF=29;SAR=38;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225893;STB=0.528865;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00156367;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:79:82:67:66:0.445946:38:29:36:43:38:28:39:43 chr15 90903311 . A G 192.38 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0137193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.971;QD=16.0317;RBI=0.0169024;REFB=-0.0176973;REVB=0.00987277;RO=28;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316554;STB=0.682018;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0191233;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:6:14:11:17:6:14:11:17 chr15 91083353 . G A 230.54 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0327496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.076;QD=18.8195;RBI=0.0337318;REFB=-0.0193574;REVB=0.00808088;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520241;STB=0.529386;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0263271;OID=.;OPOS=91083353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:11:15:12:11:11:15 chr15 91185994 . C T 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00153739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.099;QD=17.6719;RBI=0.0135407;REFB=-0.00811411;REVB=-0.0134531;RO=32;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08582;STB=0.547914;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00573149;OID=.;OPOS=91185994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:18:12:10:22:18:12:10:22 chr15 91303325 . CTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTC 185.21 PASS AF=0,0.868852,0.131148;AO=14,23,3;DP=60;FAO=0,53,8;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36,8;FSAR=0,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0564,-0.102192,4.39357e-05;FXX=0;HRUN=12,12,12;LEN=2,1,1;MLLD=7.19525,4.07819,18.5863;QD=12.145;RBI=0.0999929,0.187809,0.0891645;REFB=0.156448,0.0991394,0.0935989;REVB=0.0825689,0.157572,0.0891645;RO=9;SAF=9,17,3;SAR=5,6,0;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.018083,0.0468843,0.612869;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0598752,0.0704487,-0.273287;OID=.,.,.;OPOS=91303326,91303326,91303337;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.868852,0.131148:14,23,3:60:0,53,8:61:0:0,36,8:0,17,0:0:0:28:9:9,17,3:5,6,0:6:3 chr15 91428290 . C T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.09;QD=55.0097;RBI=0.0441756;REFB=-0.0721335;REVB=0.0360708;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345573;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000982694;OID=.;OPOS=91428290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:0:1:13:19:0:1 chr15 91428589 . T G 1281.94 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.457;QD=61.7802;RBI=0.0311818;REFB=0;REVB=0.0308411;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3788e-05;OID=.;OPOS=91428589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:42:41:0:0 chr15 91428636 . G A 1229.65 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826771;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.886;QD=61.4826;RBI=0.0771801;REFB=0;REVB=0.076736;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272966;OID=.;OPOS=91428636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr15 91430436 . T C 1020.13 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127392;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.77;QD=60.0075;RBI=0.0367121;REFB=0;REVB=0.034431;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0724e-05;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:38:30:0:0 chr15 91449654 . T C 489.81 PASS AF=0.395683;AO=55;DP=139;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.0213872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.29;QD=14.0952;RBI=0.0496749;REFB=-0.0166927;REVB=0.0448351;RO=84;SAF=31;SAR=24;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848542;STB=0.504791;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.025917;OID=.;OPOS=91449654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:84:84:55:55:0.395683:24:31:48:36:24:31:48:36 chr15 91449702 . A T 521.79 PASS AF=0.455285;AO=55;DP=122;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00213473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2549;QD=16.9686;RBI=0.0225073;REFB=-0.0324655;REVB=-0.0224058;RO=66;SAF=31;SAR=24;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774782;STB=0.54147;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0323819;OID=.;OPOS=91449702;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:66:67:55:56:0.455285:24:31:32:34:25:31:32:35 chr15 91452595 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.73;QD=61.2132;RBI=0.00708835;REFB=0;REVB=-0.00633621;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40429e-06;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr15 91454424 . C T 501.63 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0161076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.854;QD=19.4806;RBI=0.0202328;REFB=-0.0138959;REVB=-0.0122438;RO=49;SAF=22;SAR=30;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00494207;STB=0.514084;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0101099;OID=.;OPOS=91454424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:51:52:52:0.504854:30:22:21:28:30:22:23:28 chr15 91474236 . T C 183.66 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0132696;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.758;QD=14.4046;RBI=0.0283353;REFB=-0.0113345;REVB=-0.0250361;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192667;STB=0.618674;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0134551;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:12:9:18:11:12:9:19:11 chr15 91474738 . G C 682.6 PASS AF=0.464968;AO=73;DP=158;FAO=73;FDP=157;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.000966569;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.123;QD=17.3912;RBI=0.00524432;REFB=-0.026897;REVB=0.00515448;RO=83;SAF=39;SAR=34;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848047;STB=0.550047;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0300547;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:83:84:73:73:0.464968:34:39:37:46:34:39:37:47 chr15 91478544 . A C 140.06 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00731655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4586;QD=20.749;RBI=0.0183357;REFB=-0.0315937;REVB=-0.0168127;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202987;STB=0.615227;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0244945;OID=.;OPOS=91478544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:5:10:5:7:5:10:5:7 chr15 91492877 . C T 244.93 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00132763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.468;QD=15.5508;RBI=0.0180885;REFB=-0.0221274;REVB=0.0180397;RO=35;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549326;STB=0.531108;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0307055;OID=.;OPOS=91492877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:19:9:13:22:19:9:13:22 chr15 91499986 . G T 130.55 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0238243;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.42;QD=22.7051;RBI=0.0299682;REFB=-0.0383274;REVB=0.0181796;RO=8;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230493;STB=0.615819;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.014946;OID=.;OPOS=91499986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:8:9:14:14:0.608696:3:11:4:4:3:11:5:4 chr15 91509592 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0486;QD=58.4191;RBI=0.100138;REFB=0;REVB=-0.00333142;RO=0;SAF=15;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000920711;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:48:15:0:0:48:15:0:0 chr15 91517479 . G A 216.01 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0583278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7939;QD=15.1584;RBI=0.0674473;REFB=-0.0244936;REVB=0.0338675;RO=32;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23622;STB=0.634856;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.023698;OID=.;OPOS=91517479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:18:7:16:16:18:7:16:16 chr15 91524841 . G T 1227.68 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.995;QD=61.3838;RBI=0.00839221;REFB=0;REVB=0.00626659;RO=0;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08149e-06;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:51:27:0:0:53:27:0:0 chr15 91525197 . C T 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0283498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.492;QD=14.6582;RBI=0.0288024;REFB=-0.00246308;REVB=-0.0050857;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142857;STB=0.583204;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00195722;OID=.;OPOS=91525197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:9:8:8:5:9:8 chr15 91543761 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.142;QD=50.4134;RBI=0.0254175;REFB=0;REVB=0.00373459;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252675;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr15 91548601 . G A 288.16 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.020167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.36;QD=18.8957;RBI=0.0340641;REFB=-0.00782443;REVB=0.0274528;RO=30;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424692;STB=0.523689;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00577968;OID=.;OPOS=91548601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:19:12:13:17:19:12:13:17 chr15 91795203 . C G 493.9 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00275951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8356;QD=22.9722;RBI=0.0573509;REFB=-0.0039356;REVB=0.0572845;RO=38;SAF=30;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180528;STB=0.594169;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00429372;OID=.;OPOS=91795203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:39:47:47:0.546512:17:30:16:22:17:30:17:22 chr15 91825009 . C T 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0303369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.541;QD=18.0862;RBI=0.0351843;REFB=-0.00211978;REVB=-0.0178216;RO=26;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281946;STB=0.650483;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00211016;OID=.;OPOS=91825009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:27:26:26:0.490566:18:8:16:10:18:8:16:11 chr15 91836683 . T C 1264.82 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.516;QD=61.6985;RBI=0.0557051;REFB=0;REVB=0.0551626;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137448;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:48:33:0:0:48:34:0:0 chr15 92638193 . G A 344.21 PASS AF=0.387755;AO=37;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0013853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.803;QD=14.0494;RBI=0.00708513;REFB=-0.0135944;REVB=0.00694838;RO=60;SAF=15;SAR=22;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139424;STB=0.568929;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0217005;OID=.;OPOS=92638193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:37:38:0.387755:22:15:32:28:22:16:32:28 chr15 92647645 . G C 670.06 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.154;QD=62.3312;RBI=0.0205976;REFB=0;REVB=0.00227267;RO=0;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48183e-05;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:35:7:0:0:36:7:0:0 chr15 92694207 . C T 367.75 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0143017;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.193;QD=16.3443;RBI=0.0576496;REFB=-0.029658;REVB=-0.0558474;RO=51;SAF=12;SAR=27;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00710448;STB=0.503998;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0337234;OID=.;OPOS=92694207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:51:51:39:39:0.433333:27:12:16:35:27:12:16:35 chr15 92987938 . C G 1106.92 PASS AF=0.449057;AO=91;DP=264;FAO=119;FDP=265;FR=.;FRO=146;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=66;FSRR=80;FWDB=-0.0303971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.7594;QD=16.7082;RBI=0.03458;REFB=-0.00752905;REVB=0.0164862;RO=136;SAF=33;SAR=58;SRF=60;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088052;STB=0.528713;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0157312;OID=.;OPOS=92987938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:265:136:146:91:119:0.449057:58:33:60:76:59:60:66:80 chr15 93015427 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.288;QD=60.0306;RBI=0.0333686;REFB=0;REVB=-0.0295821;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.28101e-05;OID=.;OPOS=93015427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr15 93198671 . A G 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2128;QD=58.961;RBI=0.0592402;REFB=0;REVB=-0.0144092;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000680022;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 672.62 PASS AF=0.816327,0.183673;AO=32,8;DP=48;FAO=40,9;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24,4;FSAR=16,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521643,-0.0566619;FXX=0.039208;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=227.392,90.1666;QD=54.9073;RBI=0.0285903,0.0583722;REFB=0,0;REVB=0.0281104,-0.0140265;RO=0;SAF=16,4;SAR=16,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00937953,0.014486;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.816327,0.183673:32,8:48:40,9:49:0:24,4:16,5:0:0:61:0:16,4:16,4:0:0 chr15 93447631 . T G 455.72 PASS AF=0.56962;AO=38;DP=73;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0224283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.602;QD=23.0744;RBI=0.023932;REFB=-0.0198609;REVB=-0.00834924;RO=26;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104607;STB=0.53006;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0154834;OID=.;OPOS=93447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:79:26:34:38:45:0.56962:20:18:16:10:23:22:19:15 chr15 93510603 . A G 1030.0 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.308;QD=58.0282;RBI=0.0299481;REFB=0.0420032;REVB=0.0169418;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000775501;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:40:30:0:0:40:30:0:1 chr15 93521604 . A G 1517.18 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0200629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.938;QD=55.6763;RBI=0.0269749;REFB=-0.0525086;REVB=-0.0180312;RO=4;SAF=57;SAR=48;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204863;STB=0.510804;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000473361;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:4:4:105:105:0.963303:48:57:1:3:48:57:1:3 chr15 93568466 . A AGG,AGGG,G 251.13 PASS AF=0.0909091,0.5,0.363636;AO=5,8,7;DP=24;FAO=2,11,8;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=2,10,3;FSAR=0,1,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0607006,0.0422241,0.0146413;FXX=0;HRUN=4,4,2;LEN=2,3,1;MLLD=26.9221,29.393,65.7121;QD=45.6599;RBI=0.0610387,0.0424939,0.0206059;REFB=0.0721091,0.0558949,-0.0596574;REVB=-0.00641575,-0.00478045,-0.0144995;RO=4;SAF=4,8,2;SAR=1,0,5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.425125,0.808488,0.0275654;STB=0.993266,0.666293,0.545344;STBP=0.227,0.087,0.621;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0569392,0.0427282,0.00581603;OID=.,.,.;OPOS=93568467,93568467,93568466;OREF=-,-,A;OALT=GG,GGG,G;OMAPALT=AGG,AGGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:59:24:22:4:1:5,8,7:2,11,8:0.0909091,0.5,0.363636:1,0,5:4,8,2:1:3:0,1,5:2,10,3:0:1 chr15 93570241 . T C 2804.18 PASS AF=0.983784;AO=180;DP=187;FAO=182;FDP=185;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.02332;FXX=0.0106946;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.097;QD=60.6309;RBI=0.026916;REFB=-0.0534672;REVB=0.0134406;RO=1;SAF=82;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577057;STB=0.508875;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=1.97831e-06;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:187:185:1:3:180:182:0.983784:98:82:1:0:99:83:3:0 chr15 93588264 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.163;QD=44.6887;RBI=0.0283809;REFB=0;REVB=0.0233132;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522006;OID=.;OPOS=93588264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr15 93588336 . A C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.538;QD=58.5999;RBI=0.0204814;REFB=0;REVB=-0.0154315;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03441e-05;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr15 93609460 . A T 1740.35 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112148;FXX=0.0172399;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.182;QD=61.0648;RBI=0.0811342;REFB=0;REVB=-0.0811264;RO=0;SAF=67;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86097e-05;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:114:0:0:114:114:1:47:67:0:0:47:67:0:0 chr15 93616933 . C G 2292.77 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416752;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.45;QD=61.1406;RBI=0.0517295;REFB=0;REVB=0.030645;RO=0;SAF=86;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23269e-05;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:150:150:1:64:86:0:0:64:86:0:0 chr15 93616975 . A G 1440.09 PASS AF=1;AO=86;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.231;QD=62.6127;RBI=0.0346438;REFB=0;REVB=0.0066337;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87803e-05;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:86:92:1:53:33:0:0:53:39:0:0 chr15 93632123 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8638;QD=43.4859;RBI=0.0175073;REFB=0;REVB=-0.00853202;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407571;OID=.;OPOS=93632123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr15 93750256 . G T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.075;QD=56.9563;RBI=0.0273279;REFB=0;REVB=-0.0142443;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64422e-05;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr15 94841691 . G A 235.67 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=54;FWDB=0.00128141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6269;QD=11.0903;RBI=0.00794836;REFB=-0.00391767;REVB=0.00784439;RO=56;SAF=7;SAR=22;SRF=2;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414801;STB=0.728666;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0101025;OID=.;OPOS=94841691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:22:7:2:54:22:7:2:54 chr15 94884108 . G C 629.78 PASS AF=0.432099;AO=70;DP=164;FAO=70;FDP=162;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.0128445;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.336;QD=15.55;RBI=0.0185807;REFB=0.00537935;REVB=0.0134261;RO=90;SAF=37;SAR=33;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846878;STB=0.546977;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00506399;OID=.;OPOS=94884108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:90:92:70:70:0.432099:33:37:40:50:33:37:41:51 chr15 94945704 . A G 710.2 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0615017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7226;QD=54.6308;RBI=0.0699012;REFB=-0.136533;REVB=0.0332221;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184631;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0120889;OID=.;OPOS=94945704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:25:26:0:1:25:26:0:1 chr15 94945719 . G T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.514;QD=56.9381;RBI=0.014162;REFB=0;REVB=-0.013791;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14719e-05;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr15 96289064 . T A 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0123349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3496;QD=16.0053;RBI=0.0172964;REFB=-0.00899058;REVB=-0.0121249;RO=45;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608281;STB=0.534276;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0106194;OID=.;OPOS=96289064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:15:20:23:22:15:20:23:22 chr15 98015489 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.007;QD=57.5433;RBI=0.0526314;REFB=0;REVB=0.022246;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552348;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr15 98301844 . GC G,GG,GT 525.86 PASS AF=0.189189,0.0540541,0.756757;AO=8,3,24;DP=37;FAO=7,2,28;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2,25;FSAR=6,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791679,-0.00836805,-0.0101232;FXX=0.0263089;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=91.6379,77.2179,97.613;QD=56.8492;RBI=0.0386261,0.0510647,0.0668104;REFB=0,0,0;REVB=0.0378061,0.0503744,0.066039;RO=0;SAF=0,3,24;SAR=8,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.047315,-0.00890985,0.00930602;OID=.,.,.;OPOS=98301845,98301845,98301845;OREF=C,C,C;OALT=-,G,T;OMAPALT=G,GG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.189189,0.0540541,0.756757:8,3,24:37:7,2,28:37:0:1,2,25:6,0,3:0:0:23:0:0,3,24:8,0,0:0:0 chr15 98513845 . T C 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.008173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.172;QD=14.7411;RBI=0.00835086;REFB=-0.0125948;REVB=-0.00171432;RO=41;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154589;STB=0.508766;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0178232;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:18:12:17:24:18:12:17:24 chr15 98995081 . A G 1766.71 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.674;QD=60.921;RBI=0.0553774;REFB=0;REVB=0.0449812;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126501;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:114:116:1:54:60:0:0:55:61:0:0 chr15 99465473 . C T 462.74 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0105633;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.354;QD=18.8872;RBI=0.0185789;REFB=-0.0412723;REVB=0.0152837;RO=51;SAF=20;SAR=26;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712979;STB=0.534868;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0334693;OID=.;OPOS=99465473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:51:52:46:46:0.469388:26:20:26:25:26:20:26:26 chr15 99478225 . G A 596.77 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00233052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.652;QD=23.4028;RBI=0.0120379;REFB=-0.0224185;REVB=0.0118101;RO=44;SAF=29;SAR=29;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0144785;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:29:29:22:22:29:29:22:22 chr15 99500605 . C T 173.1 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0250977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.725;QD=18.7132;RBI=0.0569611;REFB=-0.0104564;REVB=0.0511338;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702603;STB=0.539834;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00877398;OID=.;OPOS=99500605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:7:12:10:8:7:12 chr15 99502271 . A G 369.29 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0100154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.785;QD=25.0366;RBI=0.0114542;REFB=-0.00866358;REVB=0.00555787;RO=23;SAF=17;SAR=19;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120849;STB=0.566092;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00517358;OID=.;OPOS=99502271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:19:17:7:16:19:17:7:16 chr15 99503199 . GGT G 61.03 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00523875;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=2;MLLD=135.072;QD=14.361;RBI=0.0121624;REFB=-0.0504664;REVB=0.0109764;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168179;STB=0.55541;STBP=0.693;TYPE=del;VARB=0.0596289;OID=.;OPOS=99503200;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:8:17:8:17:9:6:2:6:3:60:7:6:2:4:3 chr15 99503273 . TTC T,TCC 36.74 PASS AF=0.259259,0;AO=5,2;DP=29;FAO=7,0;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4,0;FSAR=3,0;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.129697,-0.205686;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=17.7939,13.4699;QD=5.44231;RBI=0.248933,0.205801;REFB=-0.0325597,0.0178231;REVB=0.212476,-0.00685897;RO=20;SAF=2,1;SAR=3,1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.116554,0;STB=0.624653,0.5;STBP=0.453,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0993261,0;OID=.,.;OPOS=99503274,99503274;OREF=TC,T;OALT=-,C;OMAPALT=T,TCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259,0:5,2:29:7,0:27:20:4,0:3,0:8:12:37:20:2,1:3,1:10:10 chr15 99504437 . C T 658.19 PASS AF=0.424419;AO=73;DP=171;FAO=73;FDP=172;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=0.0156097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.717;QD=15.3067;RBI=0.0189088;REFB=-0.00385965;REVB=0.0106713;RO=98;SAF=33;SAR=40;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563879;STB=0.533971;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00521705;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:98:99:73:73:0.424419:40:33:39:59:40:33:39:60 chr15 99504671 . C T 390.24 PASS AF=0.441176;AO=42;DP=99;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0305291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8858;QD=15.3034;RBI=0.0570844;REFB=-0.00628779;REVB=0.0482348;RO=57;SAF=22;SAR=20;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020569;STB=0.518317;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00543364;OID=.;OPOS=99504671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:57:57:42:45:0.441176:20:22:31:26:22:23:31:26 chr15 99511873 . G A 286.48 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0022592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.714;QD=24.3812;RBI=0.00981527;REFB=0.00277984;REVB=0.00955173;RO=21;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189396;STB=0.605917;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00118246;OID=.;OPOS=99511873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:19:7:10:11:19:7:10:11 chr15 99653800 . T C 1313.86 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0331;QD=59.0499;RBI=0.178906;REFB=-0.141655;REVB=0.178404;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00667822;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:0:86:89:1:41:45:0:0:44:45:0:0 chr15 99669628 . A T 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00194409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.636;QD=19.6964;RBI=0.0207434;REFB=-0.00265571;REVB=-0.0206521;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238914;STB=0.513501;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00137366;OID=.;OPOS=99669628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:10:12:12:9:10:12 chr15 99670161 . C T 163.22 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00479913;FXX=0.0535619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.54;QD=12.3182;RBI=0.00750167;REFB=-0.018504;REVB=-0.00576571;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847231;STB=0.549245;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0235807;OID=.;OPOS=99670161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:33:33:20:20:0.377358:13:7:14:19:13:7:14:19 chr15 99670278 . C T 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0427426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.512;QD=20.8111;RBI=0.042854;REFB=-0.0554875;REVB=0.00308779;RO=23;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13818;STB=0.57816;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0481428;OID=.;OPOS=99670278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:17:6:9:14:17:6:9:14 chr15 99670989 . T C 634.06 PASS AF=1;AO=35;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.041;QD=61.8591;RBI=0.0613039;REFB=0;REVB=0.0319133;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419528;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:35:41:1:18:17:0:0:24:17:0:0 chr15 99671760 . T C 1530.8 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.038;QD=59.4485;RBI=0.075555;REFB=0;REVB=-0.0755183;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154123;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:55:48:0:0:55:48:0:0 chr15 99672722 . A G 794.28 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.471;QD=56.734;RBI=0.0579983;REFB=0;REVB=0.0563016;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111474;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:19:35:0:0:20:36:0:0 chr15 99677707 . G A 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00449697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.171;QD=19.8488;RBI=0.00579478;REFB=-0.0283977;REVB=-0.00365469;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00420983;STB=0.502389;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0201054;OID=.;OPOS=99677707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:7:8:7:6:7:8:7:6 chr15 99715352 . A G 1343.76 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0137832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.906;QD=61.0801;RBI=0.037777;REFB=-0.122864;REVB=-0.0351729;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507245;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000590186;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:87:87:0.988636:53:34:0:0:53:34:1:0 chr15 100246936 . T C 204.06 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.00142604;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.177;QD=12.367;RBI=0.00402704;REFB=-0.0115033;REVB=0.0037661;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233581;STB=0.633031;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0153495;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:13:12:11:30:13:12:11:30 chr15 100246942 . G A 980.0 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.521;QD=58.5072;RBI=0.0171574;REFB=0;REVB=0.014457;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486336;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:41:24:0:0:42:25:0:0 chr15 100256618 . A C 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.018454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.7;QD=28.8517;RBI=0.0329076;REFB=-0.0230964;REVB=-0.0272463;RO=16;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799324;STB=0.544009;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0122242;OID=.;OPOS=100256618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:15:12:9:7:15:12:9:7 chr15 100257173 . T C 237.39 PASS AF=0.45;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0177785;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.051;QD=15.8258;RBI=0.0299501;REFB=-0.0125954;REVB=0.0241026;RO=33;SAF=6;SAR=21;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592334;STB=0.53331;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0106921;OID=.;OPOS=100257173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:33:27:27:0.45:21:6:6:27:21:6:6:27 chr15 100257795 . CC CCCAGCTGTTG,TG 108.0 PASS AF=0.164384,0.0547945;AO=20,4;DP=73;FAO=12,4;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=6,4;FSAR=6,0;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00208779,-0.0117704;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=9,2;MLLD=210.388,239.453;QD=5.91803;RBI=0.0256079,0.0381744;REFB=-0.00605698,-0.0067714;REVB=-0.0255226,-0.0363145;RO=49;SAF=14,4;SAR=6,0;SRF=23;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.280651,0.550305;STB=0.536172,0.997145;STBP=0.773,0.054;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0272527,0.0423461;OID=.,.;OPOS=100257797,100257795;OREF=-,CC;OALT=CAGCTGTTG,TG;OMAPALT=CCCAGCTGTTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:73:73:49:57:20,4:12,4:0.164384,0.0547945:6,0:14,4:23:26:6,0:6,4:31:26 chr15 100269635 . G C 327.73 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00397933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.703;QD=15.2434;RBI=0.0424542;REFB=-0.0153128;REVB=0.0422673;RO=50;SAF=13;SAR=23;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226335;STB=0.628017;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.028388;OID=.;OPOS=100269635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:23:13:29:21:23:13:29:21 chr15 100269680 . G C 357.19 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00442992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.846;QD=16.809;RBI=0.00783543;REFB=-0.021882;REVB=-0.00646295;RO=47;SAF=24;SAR=13;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264251;STB=0.652499;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0284328;OID=.;OPOS=100269680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:47:37:38:0.447059:13:24:18:29:13:25:18:29 chr15 100269737 . G A 359.95 PASS AF=0.625;AO=28;DP=47;FAO=30;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.12802;FXX=0.039992;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3361;QD=29.9958;RBI=0.140698;REFB=-0.0946446;REVB=-0.0583676;RO=11;SAF=9;SAR=19;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306295;STB=0.68481;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0453239;OID=.;OPOS=100269737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:11:18:28:30:0.625:19:9:10:1:20:10:15:3 chr15 100269749 . G A 338.52 PASS AF=0.595745;AO=17;DP=48;FAO=28;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0156649;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0735;QD=28.8098;RBI=0.0525628;REFB=-0.0438638;REVB=0.0501743;RO=12;SAF=3;SAR=14;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515254;STB=0.667559;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00492149;OID=.;OPOS=100269749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:12:18:17:28:0.595745:14:3:10:2:17:11:15:3 chr15 100269796 . A G 746.85 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.994;QD=62.2375;RBI=0.0479388;REFB=0;REVB=-0.0203358;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128537;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:26:19:0:0:27:21:0:0 chr15 100332648 . C T 172.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0286572;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4101;QD=12.5281;RBI=0.0346001;REFB=-0.0285066;REVB=-0.0193889;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454545;STB=0.526291;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0404049;OID=.;OPOS=100332648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:18:16:9:12:18:16 chr15 100332877 . T C 406.39 PASS AF=1;AO=19;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.226329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.538;QD=56.0535;RBI=0.226447;REFB=0;REVB=0.00730853;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354555;OID=.;OPOS=100332877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:19:29:1:17:2:0:0:18:11:0:0 chr15 100332919 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.982;QD=50.4126;RBI=0.0441752;REFB=0;REVB=0.0383612;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406965;OID=.;OPOS=100332919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr15 100348476 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.139;QD=64.1539;RBI=0.0242857;REFB=0;REVB=0.0201731;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72407e-05;OID=.;OPOS=100348476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr15 100512047 . A G 171.58 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0751065;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.544;QD=16.7391;RBI=0.0754848;REFB=0.000664144;REVB=-0.00754693;RO=23;SAF=2;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548888;STB=0.821498;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000289923;OID=.;OPOS=100512047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:16:2:13:10:16:2:13:10 chr15 100513117 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.967;QD=61.6839;RBI=0.0274954;REFB=0;REVB=0.0264052;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74109e-05;OID=.;OPOS=100513117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr15 100514417 . CC TG 1496.11 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00742789;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=2;MLLD=196.156;QD=59.8444;RBI=0.00803074;REFB=0;REVB=-0.00305276;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.59274e-05;OID=.;OPOS=100514417;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:99:100:1:57:42:0:0:57:43:0:0 chr15 100514614 . T C 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.326;QD=64.1508;RBI=0.0464038;REFB=0;REVB=0.0352445;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148523;OID=.;OPOS=100514614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr15 100636586 . G A 156.88 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0336225;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.21;QD=9.22805;RBI=0.03837;REFB=-0.0146828;REVB=0.0184874;RO=44;SAF=8;SAR=13;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214342;STB=0.646272;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0313615;OID=.;OPOS=100636586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:44:47:21:21:0.308824:13:8:25:19:13:8:28:19 chr15 100672237 . T G 604.18 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.468;QD=60.4179;RBI=0.0270654;REFB=0;REVB=-0.00664885;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100314;OID=.;OPOS=100672237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:21:19:0:0 chr15 100794363 . C T 518.76 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.793;QD=59.2869;RBI=0.0746871;REFB=0;REVB=-0.00145557;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128838;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr15 100801698 . G A 941.18 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00263541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.198;QD=57.041;RBI=0.0213156;REFB=-0.127711;REVB=0.0211521;RO=1;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178214;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000514843;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:26:39:0:1:26:39:0:1 chr15 100821467 . G A 623.12 PASS AF=0.391061;AO=70;DP=172;FAO=70;FDP=179;FR=.;FRO=109;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=-0.0342239;FXX=0.0164826;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.76;QD=13.9245;RBI=0.0684152;REFB=-0.0480074;REVB=0.0592398;RO=99;SAF=37;SAR=33;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351593;STB=0.507771;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0584672;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:179:99:109:70:70:0.391061:33:37:49:50:33:37:59:50 chr15 100821576 . G A 458.54 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.020921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.25;QD=19.3071;RBI=0.0624768;REFB=-0.0153706;REVB=0.0588699;RO=37;SAF=26;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199248;STB=0.548171;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0189366;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:37:48:44:44:0.463158:18:26:21:16:18:26:24:24 chr15 100942962 . T C 611.37 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.335;QD=59.6454;RBI=0.117813;REFB=0;REVB=0.00733662;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756749;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:36:41:1:22:14:0:0:23:18:0:0 chr15 101041896 . T C 803.67 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.149;QD=55.4255;RBI=0.0410502;REFB=-0.0392687;REVB=0.0393034;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.509431;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000262758;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:0:1:55:57:0.982759:29:26:0:0:31:26:1:0 chr15 101109818 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.398;QD=61.3358;RBI=0.0407232;REFB=0;REVB=0.0406901;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296407;OID=.;OPOS=101109818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr15 101110096 . T C 1360.45 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00439841;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.376;QD=60.4646;RBI=0.0374572;REFB=-0.145746;REVB=0.0371981;RO=2;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193338;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00066179;OID=.;OPOS=101110096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:90:2:1:88:89:0.988889:48:40:0:2:49:40:0:1 chr15 101113862 . C T 2332.7 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.903;QD=60.9857;RBI=0.0219782;REFB=0;REVB=0.0207217;RO=0;SAF=81;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22633e-05;OID=.;OPOS=101113862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:153:0:0:151:153:1:70:81:0:0:71:82:0:0 chr15 101324497 . A T 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00460333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7208;QD=19.3439;RBI=0.0293219;REFB=-0.0254401;REVB=-0.0289583;RO=17;SAF=14;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591671;STB=0.542012;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0176878;OID=.;OPOS=101324497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:4:14:14:3:4:14:15:3 chr15 101421673 . G A 192.97 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0234591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.386;QD=13.7837;RBI=0.0497951;REFB=-0.0285874;REVB=-0.0439229;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178031;STB=0.510195;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0550874;OID=.;OPOS=101421673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:15:8:12:21:15:8:12:21 chr15 101562793 . G A 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3601;QD=61.3301;RBI=0.0109864;REFB=0;REVB=0.00180531;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157273;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr15 101591923 . A G 415.02 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0241351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.489;QD=16.7683;RBI=0.0254276;REFB=-0.00866346;REVB=0.00800372;RO=56;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165309;STB=0.592688;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0091351;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:19:24:22:34:19:24:22:34 chr15 101598200 . G A 249.4 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00111549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.932;QD=14.2515;RBI=0.0757431;REFB=-0.0124467;REVB=0.0757349;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849804;STB=0.554418;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0263477;OID=.;OPOS=101598200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:14:15:24:16:14:15:25:16 chr15 101598314 . C T 586.72 PASS AF=0.463235;AO=59;DP=138;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0114139;FXX=0.0144917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.029;QD=17.2563;RBI=0.0192258;REFB=-0.00735433;REVB=0.015471;RO=70;SAF=33;SAR=26;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119925;STB=0.520387;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0118426;OID=.;OPOS=101598314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:70:73:59:63:0.463235:26:33:40:30:30:33:41:32 chr15 101606889 . GC AA 673.88 PASS AF=0.59596;AO=59;DP=99;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0038995;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=303.269;QD=27.2273;RBI=0.0110035;REFB=-0.0104083;REVB=0.0102893;RO=40;SAF=32;SAR=27;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569844;STB=0.503105;STBP=0.947;TYPE=mnp;VARB=0.00684283;OID=.;OPOS=101606889;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:40:40:59:59:0.59596:27:32:22:18:27:32:22:18 chr15 101607513 . T C 1030.02 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00482853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.146;QD=58.0295;RBI=0.0513462;REFB=-0.122805;REVB=0.0511187;RO=1;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106256;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00220499;OID=.;OPOS=101607513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:44:26:0:1:44:26:0:1 chr15 101717680 . G T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.035;QD=60.2046;RBI=0.0196997;REFB=0;REVB=0.0180895;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41983e-05;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr15 101827855 . C T 653.08 PASS AF=0.577982;AO=62;DP=109;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0130453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.097;QD=23.9663;RBI=0.0135611;REFB=-0.00487925;REVB=-0.00370431;RO=46;SAF=31;SAR=31;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678469;STB=0.533381;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00386964;OID=.;OPOS=101827855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:46:46:62:63:0.577982:31:31:27:19:31:32:27:19 chr15 101910550 . G A 1225.76 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.842;QD=61.2882;RBI=0.0199477;REFB=0;REVB=-0.00428751;RO=0;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14977e-05;OID=.;OPOS=101910550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:30:49:0:0:30:50:0:0 chr15 101922323 . A G 94.23 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0280975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2521;QD=10.4703;RBI=0.0309262;REFB=-0.0151005;REVB=-0.0129214;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.043629;OID=.;OPOS=101922323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:14:10:5:7:14:10 chr15 102192548 . A C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.384;QD=49.5985;RBI=0.0613204;REFB=0;REVB=0.00170422;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495812;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr15 102223771 . G A 1392.22 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056773;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.621;QD=62.5717;RBI=0.0684717;REFB=0;REVB=0.0382779;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78779e-05;OID=.;OPOS=102223771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:50:38:0:0:50:39:0:0 chr15 102224341 . G A 1734.0 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967429;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.023;QD=60.8421;RBI=0.0169569;REFB=0;REVB=0.0139265;RO=0;SAF=52;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69562e-06;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:62:52:0:0:62:52:0:0 chr15 102358448 . C T 573.44 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0200087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.52;QD=26.0653;RBI=0.0400564;REFB=6.68737e-05;REVB=0.0347011;RO=36;SAF=28;SAR=24;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173229;STB=0.594419;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=2.10042e-05;OID=.;OPOS=102358448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:24:28:11:25:24:28:11:25 chr15 102516350 . G A 43.01 PASS AF=0.135593;AO=6;DP=57;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0807654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2796;QD=2.91572;RBI=0.109928;REFB=-0.00446011;REVB=0.0745726;RO=51;SAF=3;SAR=3;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112092;STB=0.508453;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0414299;OID=.;OPOS=102516350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:57:59:51:51:6:8:0.135593:3:3:26:25:4:4:26:25 chr15 102516411 . C G 40.4 PASS AF=0.092437;AO=11;DP=119;FAO=11;FDP=119;FR=.;FRO=108;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=-0.024868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.565;QD=1.35784;RBI=0.0510861;REFB=0.000380076;REVB=0.0446247;RO=108;SAF=4;SAR=7;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1174;STB=0.592306;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00357193;OID=.;OPOS=102516411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:119:119:108:108:11:11:0.092437:7:4:50:58:7:4:50:58 chr16 103517 . A C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.514;QD=62.0216;RBI=0.0305576;REFB=0;REVB=-0.0134324;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86684e-05;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr16 108585 . T C 228.68 PASS AF=0.55;AO=20;DP=38;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0283248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.431;QD=22.8677;RBI=0.02924;REFB=-0.0146977;REVB=0.00725819;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110265;STB=0.562445;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0140931;OID=.;OPOS=108585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:18:18:20:22:0.55:12:8:5:13:13:9:5:13 chr16 113883 . G GCC 587.98 PASS AF=1;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164813;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=42.5244;QD=47.9984;RBI=0.0744096;REFB=0;REVB=0.0725614;RO=5;SAF=33;SAR=16;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252276;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000360422;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:54:49:49:0:33:16:0:0:10:5:33:16:4:1 chr16 113886 . GC G 513.41 PASS AF=1;AO=46;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135562;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.3223;QD=42.7839;RBI=0.135863;REFB=0;REVB=0.00904495;RO=1;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323923;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00398417;OID=.;OPOS=113887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:49:48:48:0:33:15:0:0:10:1:32:14:0:1 chr16 129266 . G GT 293.79 PASS AF=0.666667;AO=35;DP=55;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.043065;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.2474;QD=21.7619;RBI=0.0591008;REFB=0.0302533;REVB=-0.040476;RO=19;SAF=25;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10134;STB=0.531897;STBP=0.533;TYPE=ins;VARB=-0.0228007;OID=.;OPOS=129267;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:35:55:36:54:18:25:11:11:7:89:19:25:10:11:8 chr16 129277 . A G 397.99 PASS AF=0.672727;AO=36;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.026104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.742;QD=28.9446;RBI=0.0261114;REFB=-0.0231731;REVB=-0.000621596;RO=18;SAF=25;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584353;STB=0.523692;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0110274;OID=.;OPOS=129277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:36:37:0.672727:11:25:11:7:12:25:11:7 chr16 129654 . C T 184.65 PASS AF=0.463415;AO=12;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0286958;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.872;QD=18.015;RBI=0.0348304;REFB=-0.014514;REVB=0.019741;RO=23;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271811;STB=0.50276;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0309059;OID=.;OPOS=129654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:22:12:19:0.463415:10:2:8:15:12:7:8:14 chr16 133376 . G C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=9.44125e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.065;QD=14.0961;RBI=0.0550942;REFB=-0.0153245;REVB=0.0550942;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.599808;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0148563;OID=.;OPOS=133376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:3:8:8:6:3:8:8:6 chr16 304514 . C T 425.18 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0182533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.039;QD=21.5281;RBI=0.020201;REFB=-0.00804348;REVB=-0.00865437;RO=37;SAF=31;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28333;STB=0.65731;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00674374;OID=.;OPOS=304514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:11:31:16:21:11:31:16:21 chr16 319511 . A G 150.94 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0176619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.928;QD=12.5787;RBI=0.0465149;REFB=-0.0153798;REVB=-0.0430313;RO=30;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904899;STB=0.545399;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.033381;OID=.;OPOS=319511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:12:5:11:19:12:5:11:20 chr16 320759 . C T 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00338555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.536;QD=16.6253;RBI=0.0034076;REFB=-0.00672208;REVB=0.000387072;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412168;STB=0.523773;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00852085;OID=.;OPOS=320759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:6:8:8:5:6:8 chr16 322437 . G C 468.54 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00226757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.641;QD=18.0208;RBI=0.0442206;REFB=-0.0233428;REVB=0.0441624;RO=54;SAF=25;SAR=25;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692917;STB=0.538446;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0277942;OID=.;OPOS=322437;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:25:25:23:31:25:25:23:31 chr16 322934 . C T 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0806253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5789;QD=61.6739;RBI=0.0846784;REFB=0;REVB=0.0258841;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499845;OID=.;OPOS=322934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr16 324052 . A G 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.028585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.212;QD=58.243;RBI=0.0335079;REFB=-0.0239429;REVB=0.0174837;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000182366;OID=.;OPOS=324052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:14:25:0:0:14:25:1:0 chr16 324837 . A G 542.36 PASS AF=0.513761;AO=55;DP=108;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0374449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.67;QD=19.903;RBI=0.0378542;REFB=-0.0283297;REVB=-0.00555194;RO=53;SAF=32;SAR=23;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143741;STB=0.502673;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0394894;OID=.;OPOS=324837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:53:53:55:56:0.513761:23:32:30:23:24:32:30:23 chr16 334580 . G C 905.76 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0672;QD=57.5088;RBI=0.0613047;REFB=0;REVB=0.0586696;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463267;OID=.;OPOS=334580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:32:31:0:0 chr16 335531 . C T 96.72 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0101116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8337;QD=12.4806;RBI=0.024821;REFB=-0.0268767;REVB=-0.022668;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256991;STB=0.651918;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0392314;OID=.;OPOS=335531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:8:11:4:8:8:11 chr16 335619 . G A 73.31 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0382658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.171;QD=10.473;RBI=0.0569249;REFB=-0.00573949;REVB=0.0421447;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457998;STB=0.782397;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0116044;OID=.;OPOS=335619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:27:28:18:18:9:10:0.357143:3:6:4:14:3:7:4:14 chr16 336377 . C G 400.59 PASS AF=0.445545;AO=38;DP=102;FAO=45;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0251511;FXX=0.00980296;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.7578;QD=15.8649;RBI=0.0379263;REFB=-0.0168071;REVB=-0.0283872;RO=39;SAF=26;SAR=12;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643569;STB=0.601337;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00707664;OID=.;OPOS=336377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:39:55:38:45:0.445545:12:26:29:10:13:32:30:25 chr16 336916 . C T 291.65 PASS AF=0.590909;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0397798;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.5434;QD=26.5139;RBI=0.0507608;REFB=-0.0310684;REVB=-0.0315313;RO=16;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300812;STB=0.52271;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0297647;OID=.;OPOS=336916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:16:18:25:26:0.590909:13:12:7:9:13:13:8:10 chr16 337547 . G GC 401.59 PASS AF=0.492188;AO=60;DP=129;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.0172789;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.3751;QD=12.5498;RBI=0.127898;REFB=0.0201557;REVB=0.126725;RO=64;SAF=31;SAR=29;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175322;STB=0.59359;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=-0.0185584;OID=.;OPOS=337548;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492188:60:129:63:128:65:32:31:21:44:99:64:31:29:21:43 chr16 337613 . G A 444.69 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=-0.0385108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.348;QD=15.2032;RBI=0.0389112;REFB=-0.0145543;REVB=0.00556729;RO=66;SAF=24;SAR=26;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166393;STB=0.596236;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0179739;OID=.;OPOS=337613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:67:50:50:0.42735:26:24:21:45:26:24:21:46 chr16 337678 . T G 260.68 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0390797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.004;QD=14.4823;RBI=0.0393288;REFB=-0.00513256;REVB=-0.00441982;RO=42;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714052;STB=0.531348;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00739057;OID=.;OPOS=337678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:42:29:30:0.416667:16:13:16:26:17:13:16:26 chr16 337691 . C T 358.65 PASS AF=0.6;AO=35;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00778017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.664;QD=23.91;RBI=0.0144995;REFB=-0.0210663;REVB=0.0122354;RO=24;SAF=11;SAR=24;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117348;STB=0.568143;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0123458;OID=.;OPOS=337691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:35:36:0.6:24:11:11:13:25:11:11:13 chr16 337871 . T C 292.41 PASS AF=0.392857;AO=20;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0352708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.034;QD=20.8866;RBI=0.0353681;REFB=-0.0426975;REVB=-0.00262148;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194604;STB=0.534852;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0533413;OID=.;OPOS=337871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:20:22:0.392857:10:10:12:13:10:12:12:13 chr16 347184 . A G 250.54 PASS AF=0.55814;AO=22;DP=41;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0222356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.639;QD=23.3065;RBI=0.0271956;REFB=-0.0269906;REVB=-0.0156582;RO=18;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159072;STB=0.589943;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0160446;OID=.;OPOS=347184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:18:19:22:24:0.55814:16:6:8:10:17:7:9:10 chr16 396264 . A G 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00722437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.885;QD=21.12;RBI=0.0114031;REFB=-0.0207081;REVB=-0.00882264;RO=32;SAF=24;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10403;STB=0.557644;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0133954;OID=.;OPOS=396264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:13:24:17:15:13:24:17:15 chr16 419092 . A G 153.91 PASS AF=0.33871;AO=20;DP=61;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0185628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.757;QD=9.92956;RBI=0.0262776;REFB=-0.00552537;REVB=-0.0185993;RO=41;SAF=14;SAR=6;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172181;STB=0.574639;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00884453;OID=.;OPOS=419092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:41:41:20:21:0.33871:6:14:23:18:7:14:23:18 chr16 426432 . T C 434.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.798;QD=56.1252;RBI=0.0127887;REFB=0;REVB=0.0123902;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85841e-05;OID=.;OPOS=426432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:13:18:0:0 chr16 427479 . T C 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0358418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.541;QD=15.6986;RBI=0.039442;REFB=-0.0263952;REVB=-0.0164633;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577205;STB=0.52171;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.030906;OID=.;OPOS=427479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:10:5:7:11:10:5:7:12 chr16 427516 . T C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.020961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.665;QD=14.6498;RBI=0.0223579;REFB=-0.0224445;REVB=-0.00777873;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395996;STB=0.504418;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.027798;OID=.;OPOS=427516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:8:6:7:11:8:6:8:11 chr16 427784 . G A 255.73 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.016081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.037;QD=15.7373;RBI=0.0177747;REFB=-0.013167;REVB=-0.00757236;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206372;STB=0.608347;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0222833;OID=.;OPOS=427784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:36:29:29:0.446154:12:17:13:22:12:17:14:22 chr16 427820 . C T 284.56 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00187216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4687;QD=17.7847;RBI=0.0199587;REFB=-0.0171032;REVB=0.0198707;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114035;STB=0.563778;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0199204;OID=.;OPOS=427820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:14:17:14:19:14:17:14:19 chr16 449345 . G C 972.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8344;QD=58.9593;RBI=0.0279747;REFB=0;REVB=0.021085;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17187e-05;OID=.;OPOS=449345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chr16 449659 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.72;QD=47.8222;RBI=0.094511;REFB=0;REVB=-0.0944981;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433762;OID=.;OPOS=449659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr16 450140 . C CAG 70.76 PASS AF=0.5;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0260582;FXX=0.0526039;HRUN=0;LEN=2;MLLD=125.567;QD=15.7253;RBI=0.0265479;REFB=-0.00247603;REVB=-0.00507558;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645053;STB=0.559863;STBP=0.649;TYPE=ins;VARB=0.00150031;OID=.;OPOS=450141;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:19:9:18:9:3:6:4:5:67:9:3:5:4:5 chr16 450165 . T C 305.88 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3838;QD=53.1958;RBI=0.0555173;REFB=0;REVB=0.0551294;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000763049;OID=.;OPOS=450165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:15:8:0:0 chr16 450309 . C T 160.19 PASS AF=1;AO=10;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.046;QD=45.7691;RBI=0.0460258;REFB=0;REVB=0.00237483;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002035;OID=.;OPOS=450309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:10:14:1:5:5:0:0:7:7:0:0 chr16 455646 . A G 319.39 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0200218;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.458;QD=25.0501;RBI=0.0359275;REFB=-0.0361493;REVB=-0.0298314;RO=21;SAF=18;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112106;STB=0.57102;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.019755;OID=.;OPOS=455646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:21:20:31:31:0.607843:13:18:9:12:13:18:8:12 chr16 460358 . G T 181.2 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0540839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5919;QD=16.4729;RBI=0.0542542;REFB=-0.0304041;REVB=0.00429451;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00899099;STB=0.505149;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0418683;OID=.;OPOS=460358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:16:9:7:12:16:9 chr16 547297 . T C 257.69 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00406564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.947;QD=19.8223;RBI=0.0140969;REFB=-0.0125902;REVB=-0.0134979;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101816;STB=0.556776;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0288718;OID=.;OPOS=547297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:13:14:10:15:13:14:10:15 chr16 570557 . T C 741.29 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188222;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.454;QD=57.0224;RBI=0.00273557;REFB=0;REVB=0.0019851;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015076;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr16 601566 . C T 542.01 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.00255848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.581;QD=16.6771;RBI=0.0162227;REFB=-0.0176045;REVB=0.0160196;RO=72;SAF=28;SAR=30;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113395;STB=0.563173;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.017807;OID=.;OPOS=601566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:72:58:58:0.446154:30:28:43:29:30:28:43:29 chr16 602313 . C A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0061065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.318;QD=17.9564;RBI=0.00719299;REFB=-0.0086635;REVB=0.00380129;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25653;STB=0.64687;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00835431;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:10:7:11:5:10:7 chr16 603471 . A G 348.4 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0188148;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.441;QD=23.6201;RBI=0.0191164;REFB=-0.0492601;REVB=0.00338252;RO=23;SAF=12;SAR=22;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642803;STB=0.53711;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0115368;OID=.;OPOS=603471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:24:34:35:0.59322:22:12:10:13:22:13:11:13 chr16 622565 . A G 177.93 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0460813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.371;QD=13.4288;RBI=0.0568356;REFB=-0.00926656;REVB=-0.0332687;RO=29;SAF=15;SAR=6;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122977;STB=0.503308;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0253773;OID=.;OPOS=622565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:29:32:21:21:0.396226:6:15:21:8:6:15:23:9 chr16 624713 . C T 463.81 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.00888701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.044;QD=19.3253;RBI=0.0134081;REFB=-0.0179536;REVB=0.0100399;RO=50;SAF=7;SAR=39;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265635;STB=0.649925;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0151159;OID=.;OPOS=624713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:39:7:17:33:39:7:17:33 chr16 632073 . C T 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.0138359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.837;QD=15.6423;RBI=0.0217546;REFB=-0.0122307;REVB=-0.0167877;RO=29;SAF=14;SAR=6;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170666;STB=0.596772;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00827489;OID=.;OPOS=632073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:6:14:24:5:6:14:24:5 chr16 632115 . G A 116.17 PASS AF=0.265625;AO=15;DP=62;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0289761;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.194;QD=7.26056;RBI=0.0311224;REFB=-0.0182894;REVB=0.0113575;RO=43;SAF=6;SAR=9;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322742;STB=0.667091;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0329366;OID=.;OPOS=632115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:43:47:15:17:0.265625:9:6:29:14:9:8:33:14 chr16 632138 . C T 177.08 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0347639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.477;QD=10.4166;RBI=0.037106;REFB=-0.0216083;REVB=-0.0129743;RO=45;SAF=11;SAR=12;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162558;STB=0.594583;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0291752;OID=.;OPOS=632138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:12:11:28:17:12:11:28:17 chr16 632180 . G C 174.47 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0181953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.247;QD=9.69298;RBI=0.019635;REFB=-0.00243747;REVB=0.00738004;RO=49;SAF=5;SAR=18;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328861;STB=0.695947;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00395866;OID=.;OPOS=632180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:18:5:23:26:18:5:23:26 chr16 632198 . T A 128.52 PASS AF=0.283582;AO=18;DP=68;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0039639;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.802;QD=7.67269;RBI=0.00518697;REFB=-0.00798152;REVB=0.00334547;RO=46;SAF=1;SAR=17;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.608928;STB=0.805645;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0226467;OID=.;OPOS=632198;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:46:48:18:19:0.283582:17:1:19:27:17:2:20:28 chr16 632225 . T C 121.7 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00777622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7284;QD=7.05514;RBI=0.0168083;REFB=-0.0104516;REVB=-0.0149013;RO=51;SAF=2;SAR=16;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524033;STB=0.828261;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0276145;OID=.;OPOS=632225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:16:2:24:27:16:2:24:27 chr16 632230 . CG C 123.28 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0116382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.299;QD=7.35972;RBI=0.0116494;REFB=-0.0174129;REVB=0.000510684;RO=48;SAF=2;SAR=16;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513519;STB=0.826024;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.026251;OID=.;OPOS=632231;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268657:18:67:18:67:49:2:16:23:26:99:48:2:16:22:26 chr16 632233 . T C 123.2 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0690357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5506;QD=7.35531;RBI=0.0743193;REFB=-0.0113577;REVB=-0.0275214;RO=49;SAF=2;SAR=16;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522595;STB=0.826024;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0261154;OID=.;OPOS=632233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:16:2:23:26:16:2:23:26 chr16 633125 . T C 682.63 PASS AF=0.402116;AO=76;DP=189;FAO=76;FDP=189;FR=.;FRO=113;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=-0.0291068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.153;QD=14.4472;RBI=0.0403626;REFB=-0.0105359;REVB=0.0279632;RO=111;SAF=31;SAR=45;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112824;STB=0.558439;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.017355;OID=.;OPOS=633125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:111:113:76:76:0.402116:45:31:57:54:45:31:57:56 chr16 633353 . TG CA 530.66 PASS AF=0.357542;AO=63;DP=178;FAO=64;FDP=179;FR=.;FRO=115;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=72;FWDB=-0.0308831;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.609;QD=11.8584;RBI=0.034356;REFB=-0.0148538;REVB=-0.0150522;RO=110;SAF=20;SAR=43;SRF=38;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355088;STB=0.544369;STBP=0.425;TYPE=mnp;VARB=0.0302169;OID=.;OPOS=633353;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:110:115:63:64:0.357542:43:20:38:72:44:20:43:72 chr16 633764 . G A 546.92 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=52;FWDB=-0.00742411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.26;QD=17.3626;RBI=0.0165894;REFB=-0.00786316;REVB=0.0148355;RO=68;SAF=20;SAR=38;SRF=16;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123272;STB=0.56816;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00644522;OID=.;OPOS=633764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:58:58:0.460317:38:20:16:52:38:20:16:52 chr16 678843 . C T 2400.48 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.576;QD=60.7716;RBI=0.139339;REFB=0;REVB=0.0277602;RO=1;SAF=55;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00857118;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263625;OID=.;OPOS=678843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:1:0:157:158:1:102:55:1:0:102:56:0:0 chr16 679814 . T C 2165.14 PASS AF=0.979167;AO=137;DP=141;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=84;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0119763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8699;QD=60.1428;RBI=0.0210814;REFB=-0.0769928;REVB=0.0173491;RO=1;SAF=53;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888519;STB=0.512819;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0058696;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:141:144:1:3:137:141:0.979167:84:53:1:0:84:57:3:0 chr16 681280 . G T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.449;QD=59.0186;RBI=0.0416371;REFB=0;REVB=-0.00536457;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161109;OID=.;OPOS=681280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:6:28:0:0:6:28:0:0 chr16 682937 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0132355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.808;QD=24.3281;RBI=0.113378;REFB=-0.0241527;REVB=0.112603;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00243021;OID=.;OPOS=682937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:1:1:4:3:1:1 chr16 701656 . C T 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.77;QD=59.796;RBI=0.0231573;REFB=0.180789;REVB=0.0140075;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240734;STB=0.512815;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=8.52172e-05;OID=.;OPOS=701656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:1:0:24:19:1:0 chr16 705360 . T C 227.24 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218977;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.868;QD=50.4968;RBI=0.0267352;REFB=0;REVB=-0.0153382;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12714e-05;OID=.;OPOS=705360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr16 705844 . T C 545.02 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00308289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0275;QD=57.3701;RBI=0.0835762;REFB=-0.0746797;REVB=-0.0835194;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0210795;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:19:17:1:0:19:18:1:0 chr16 705919 . CG CC,GC 489.85 PASS AF=0.459459,0.513514;AO=16,19;DP=37;FAO=17,19;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=4,11;FSAR=13,8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235844,-0.00854516;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=1,2;MLLD=25.0756,242.102;QD=52.9566;RBI=0.0503621,0.00908674;REFB=-0.127996,-0.0576003;REVB=-0.0444985,0.00309016;RO=1;SAF=3,11;SAR=13,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.129617,-0.0399998;STB=0.555487,0.521716;STBP=0.165,0.513;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00804218,0.0195422;OID=.,.;OPOS=705920,705919;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:37:37:1:1:16,19:17,19:0.459459,0.513514:13,8:3,11:1:0:13,8:4,11:1:0 chr16 706372 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0166252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.649;QD=13.4559;RBI=0.0166736;REFB=-0.0199025;REVB=-0.0012702;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271351;STB=0.655501;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0176394;OID=.;OPOS=706372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:2:13:7:4:2:13 chr16 708275 . C A 1396.39 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.885;QD=62.7591;RBI=0.0618164;REFB=0;REVB=0.0207807;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567704;OID=.;OPOS=708275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:52:37:0:0:52:37:0:0 chr16 709001 . C A 558.69 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0590338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.244;QD=51.9711;RBI=0.060746;REFB=-0.218114;REVB=0.0143208;RO=3;SAF=21;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623867;STB=0.543456;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00343425;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:43:3:4:39:39:0.906977:18:21:3:0:18:21:4:0 chr16 711712 . C T 1915.26 PASS AF=0.984496;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.132413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.408;QD=59.3879;RBI=0.161871;REFB=-0.038003;REVB=0.0931067;RO=3;SAF=56;SAR=70;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199258;STB=0.506943;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000599189;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:129:129:3:2:126:127:0.984496:70:56:0:3:71:56:0:2 chr16 711905 . A G 435.81 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.391;QD=54.4768;RBI=0.132399;REFB=0.00777506;REVB=-0.130666;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00111203;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:12:19:1:0:12:19:1:0 chr16 712867 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.159;QD=64.4152;RBI=0.0239843;REFB=0;REVB=0.000805312;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49635e-05;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr16 715990 . G A,C 999.96 PASS AF=0.927536,0.0724638;AO=63,4;DP=67;FAO=64,5;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=20,5;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297662,0.0234811;FXX=0.028165;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.4635,225.419;QD=57.9684;RBI=0.121612,0.0253583;REFB=0,0;REVB=0.117913,-0.00957505;RO=0;SAF=20,4;SAR=43,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.00371e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00291783,0.0762749;OID=.,.;OPOS=715990,715990;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:67:69:0:0:63,4:64,5:0.927536,0.0724638:43,0:20,4:0:0:44,0:20,5:0:0 chr16 717523 . G T 1153.87 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.617;QD=60.7299;RBI=0.0399464;REFB=0;REVB=0.0316001;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4226e-05;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:45:31:0:0 chr16 720986 . G A 454.62 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0538316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.785;QD=55.1056;RBI=0.0982003;REFB=-0.126592;REVB=0.0821308;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00177386;OID=.;OPOS=720986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:0:1:31:32:0.969697:11:20:0:0:12:20:1:0 chr16 722331 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.72;QD=60.6101;RBI=0.0556136;REFB=0;REVB=0.0154495;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123117;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr16 722548 . A G 348.22 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.768;QD=53.5726;RBI=0.0299148;REFB=0;REVB=0.0229865;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951027;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:13:11:0:0:14:12:0:0 chr16 733017 . C T 713.86 PASS AF=0.616162;AO=61;DP=100;FAO=61;FDP=99;FR=.;FRO=38;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0138092;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.18;QD=28.8427;RBI=0.0157371;REFB=-0.0111431;REVB=0.00754745;RO=38;SAF=37;SAR=24;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773473;STB=0.542064;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0068562;OID=.;OPOS=733017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:38:38:61:61:0.616162:24:37:19:19:24:37:19:19 chr16 735921 . T C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.555;QD=55.0935;RBI=0.0798135;REFB=0;REVB=0.0650503;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157558;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr16 740404 . C G 674.08 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224916;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1459;QD=53.9265;RBI=0.036834;REFB=-0.0768467;REVB=0.0291697;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00160167;OID=.;OPOS=740404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:50:0:1:48:49:0.98:25:23:0:0:26:23:0:1 chr16 746884 . A C 3098.96 PASS AF=0.990244;AO=193;DP=196;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=108;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239239;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9426;QD=60.4674;RBI=0.0716137;REFB=0.00718889;REVB=0.0674994;RO=3;SAF=105;SAR=88;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00360296;STB=0.500314;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000116343;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:205:3:2:193:203:0.990244:88:105:2:1:95:108:1:1 chr16 746914 . G A 3207.49 PASS AF=0.985915;AO=210;DP=213;FAO=210;FDP=213;FR=.;FRO=3;FSAF=111;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00384779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.597;QD=60.2345;RBI=0.00389522;REFB=-0.0161291;REVB=-0.000605992;RO=3;SAF=111;SAR=99;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126989;STB=0.506666;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000196295;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:213:213:3:3:210:210:0.985915:99:111:3:0:99:111:3:0 chr16 772061 . C T 1601.0 PASS AF=0.91129;AO=113;DP=125;FAO=113;FDP=124;FR=.;FRO=11;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0188312;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.078;QD=51.6451;RBI=0.0203804;REFB=0.0117612;REVB=0.0077942;RO=10;SAF=60;SAR=53;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106706;STB=0.509394;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000629637;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:125:124:10:11:113:113:0.91129:53:60:6:4:53:60:7:4 chr16 772141 . G C 1556.34 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00783991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.704;QD=58.7298;RBI=0.0535297;REFB=-0.110379;REVB=0.0529525;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.504504;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000357609;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:55:50:0:0:55:50:0:1 chr16 773341 . G A 450.81 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583966;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2372;QD=58.1687;RBI=0.0463203;REFB=0;REVB=0.0459507;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613896;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr16 774520 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.565;QD=39.2063;RBI=0.12092;REFB=0;REVB=0.0366155;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235415;OID=.;OPOS=774520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr16 774692 . A G 1676.55 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2606;QD=60.4162;RBI=0.071008;REFB=0;REVB=-0.0458908;RO=0;SAF=70;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65433e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23656e-05;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:41:70:0:0:41:70:0:0 chr16 778024 . T C 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0678781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.42;QD=63.5783;RBI=0.0696245;REFB=0;REVB=0.0154965;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221926;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr16 778820 . G A 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9346;QD=59.854;RBI=0.0105929;REFB=0;REVB=0.00622474;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77567e-05;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr16 781633 . G A,C 658.04 PASS AF=0.888889,0.0888889;AO=40,4;DP=44;FAO=40,4;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=3,0;FSAR=37,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.136646,0.168574;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.2278,142.221;QD=58.492;RBI=0.150114,0.170701;REFB=-0.1449,-0.189075;REVB=0.0621472,-0.0268623;RO=0;SAF=3,0;SAR=37,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.506663,0.5;STBP=0.639,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00419466,0.151373;OID=.,.;OPOS=781633,781633;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:44:45:0:1:40,4:40,4:0.888889,0.0888889:37,4:3,0:0:0:37,4:3,0:0:1 chr16 783401 . G A 485.27 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0487443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2857;QD=16.45;RBI=0.0525018;REFB=0.0195717;REVB=-0.0195045;RO=65;SAF=16;SAR=37;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201982;STB=0.613215;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0290411;OID=.;OPOS=783401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:37:16:32:33:37:16:32:33 chr16 784765 . C T 115.88 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2901;QD=42.1388;RBI=0.147401;REFB=0;REVB=0.0392142;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0096417;OID=.;OPOS=784765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr16 823275 . G A 644.83 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.027886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7507;QD=21.3168;RBI=0.029575;REFB=-0.0190533;REVB=0.00985131;RO=56;SAF=38;SAR=26;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18543;STB=0.5977;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.045329;OID=.;OPOS=823275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:57:64:64:0.528926:26:38:21:35:26:38:22:35 chr16 823279 . C T 480.84 PASS AF=0.456897;AO=52;DP=117;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0808034;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.939;QD=16.5805;RBI=0.0810127;REFB=-0.00632101;REVB=0.00581833;RO=59;SAF=17;SAR=35;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229337;STB=0.628693;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00601431;OID=.;OPOS=823279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:59:63:52:53:0.456897:35:17:33:26:35:18:36:27 chr16 839184 . T C 553.62 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.0161661;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.972;QD=16.4036;RBI=0.0173456;REFB=-0.021059;REVB=0.0062872;RO=76;SAF=39;SAR=20;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061159;STB=0.534235;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.024506;OID=.;OPOS=839184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:76:76:59:59:0.437037:20:39:46:30:20:39:46:30 chr16 839262 . A G 1922.43 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.317;QD=61.5178;RBI=0.0713731;REFB=0;REVB=-0.00667574;RO=0;SAF=56;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254892;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:125:0:0:122:125:1:66:56:0:0:66:59:0:0 chr16 839269 . G A 462.57 PASS AF=0.416;AO=51;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00319889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5026;QD=14.8023;RBI=0.074472;REFB=0.00124488;REVB=0.0744032;RO=74;SAF=22;SAR=29;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584283;STB=0.541365;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.000954435;OID=.;OPOS=839269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:73:51:52:0.416:29:22:36:38:30:22:36:37 chr16 839996 . T C 70.19 PASS AF=0.243902;AO=11;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.041453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8744;QD=6.84789;RBI=0.0940038;REFB=0.00202862;REVB=-0.0843705;RO=30;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349458;STB=0.83771;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00284766;OID=.;OPOS=839996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:30:31:11:10:0.243902:9:2:13:17:9:1:14:17 chr16 840378 . A G 174.07 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00115251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8743;QD=19.3406;RBI=0.0212513;REFB=-0.0289997;REVB=0.0212201;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350505;STB=0.699141;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.028049;OID=.;OPOS=840378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:13:5:12:6:13:5:12:6 chr16 840597 . C T 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=45;FWDB=-0.00188078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.12;QD=11.7339;RBI=0.00627225;REFB=0.00160679;REVB=-0.00598363;RO=50;SAF=6;SAR=22;SRF=5;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220306;STB=0.624151;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00205698;OID=.;OPOS=840597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:22:6:5:45:22:6:5:45 chr16 845742 . G A 144.0 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0857886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4753;QD=15.1583;RBI=0.0858097;REFB=-0.0155529;REVB=0.00190517;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153522;STB=0.58917;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0249732;OID=.;OPOS=845742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:11:5:10:12:11:5:10:12 chr16 845819 . A G 200.32 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00936868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2862;QD=15.7114;RBI=0.0748715;REFB=-0.017861;REVB=-0.074283;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183646;STB=0.593556;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0468871;OID=.;OPOS=845819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:12:10:18:10:12:10:18:11 chr16 846804 . C T 288.17 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0399181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2591;QD=18.5919;RBI=0.0519662;REFB=-0.0276994;REVB=0.033272;RO=31;SAF=9;SAR=21;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241229;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0303428;OID=.;OPOS=846804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:31:30:31:0.5:21:9:10:21:21:10:10:21 chr16 848755 . G A 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00474297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.499;QD=19.8489;RBI=0.00739917;REFB=-0.0116305;REVB=-0.00567908;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197984;STB=0.611511;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00997987;OID=.;OPOS=848755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:3:10:8:7:3:10 chr16 855517 . GGCAGCT G 305.83 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0301554;FXX=0.0545355;HRUN=4;LEN=6;MLLD=329.069;QD=23.5252;RBI=0.0325255;REFB=-0.0253921;REVB=0.0121886;RO=17;SAF=21;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733619;STB=0.51612;STBP=0.772;TYPE=del;VARB=0.011291;OID=.;OPOS=855518;OREF=GCAGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.673077:35:56:35:52:17:21:14:11:6:90:17:21:14:10:7 chr16 855676 . A G 494.52 PASS AF=0.546512;AO=30;DP=87;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0146839;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.107;QD=23.0011;RBI=0.0183497;REFB=-0.0216635;REVB=-0.0110043;RO=33;SAF=4;SAR=26;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41443;STB=0.530072;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0200664;OID=.;OPOS=855676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:33:39:30:47:0.546512:26:4:15:18:26:21:20:19 chr16 855717 . C G 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0382346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.617;QD=17.672;RBI=0.044155;REFB=-0.00235302;REVB=0.0220857;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093823;STB=0.552596;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0025712;OID=.;OPOS=855717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:12:18:16:16:12:18:16:16 chr16 904551 . G C 380.56 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0253424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.798;QD=20.0296;RBI=0.0263579;REFB=-0.025653;REVB=0.00724601;RO=36;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103827;STB=0.56407;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0189497;OID=.;OPOS=904551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:36:37:39:39:0.513158:22:17:20:16:22:17:21:16 chr16 929711 . C T 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.033022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.107;QD=16.5617;RBI=0.0353838;REFB=-0.00839193;REVB=-0.0127107;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200371;STB=0.51128;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0118782;OID=.;OPOS=929711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:19:12:11:16:19:12 chr16 943317 . C CT 268.24 PASS AF=0.515464;AO=46;DP=98;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0341907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.859;QD=11.0613;RBI=0.038725;REFB=0.0396449;REVB=-0.0181831;RO=49;SAF=8;SAR=38;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292915;STB=0.589913;STBP=0.108;TYPE=ins;VARB=-0.0492536;OID=.;OPOS=943318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515464:46:98:50:97:47:11:39:17:30:99:49:8:38:20:29 chr16 943361 . T C 584.79 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=130;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0156302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.094;QD=17.8562;RBI=0.017915;REFB=-0.0251167;REVB=-0.00875483;RO=68;SAF=18;SAR=43;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210574;STB=0.611225;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0320142;OID=.;OPOS=943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:68:70:61:61:0.465649:43:18:34:34:43:18:34:36 chr16 952432 . G A 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0106216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.092;QD=18.807;RBI=0.0293847;REFB=-0.00793132;REVB=0.0273979;RO=36;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125285;STB=0.576616;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00739573;OID=.;OPOS=952432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:37:36:36:0.493151:21:15:20:16:21:15:21:16 chr16 952552 . G A 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00824005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.847;QD=29.5801;RBI=0.00908474;REFB=-0.0224555;REVB=-0.00382545;RO=10;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777624;STB=0.542817;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0112523;OID=.;OPOS=952552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:12:9:3:7:12:9:3:7 chr16 952559 . GT TC,TT 175.47 PASS AF=0,0.62963;AO=2,17;DP=29;FAO=0,17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=0,6;FSAR=0,11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.000532199,-0.0296758;FXX=0.0689417;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=40.7925,76.504;QD=25.9957;RBI=0.0390237,0.043123;REFB=-0.0301313,-0.016934;REVB=-0.0390201,-0.031288;RO=10;SAF=2,6;SAR=0,11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.655147,0.0389577;STB=0.5,0.521714;STBP=1,0.815;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00824984;OID=.,.;OPOS=952559,952559;OREF=GT,G;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:77:29:27:10:10:2,17:0,17:0,0.62963:0,11:2,6:3:7:0,11:0,6:3:7 chr16 961051 . C T 101.97 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.036802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.1953;QD=5.91133;RBI=0.0369582;REFB=-0.0031309;REVB=-0.00339413;RO=51;SAF=8;SAR=8;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361054;STB=0.521712;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0145692;OID=.;OPOS=961051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:51:53:16:16:0.231884:8:8:27:24:8:8:28:25 chr16 984113 . C A 244.25 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00835626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.163;QD=23.2622;RBI=0.0128991;REFB=-0.0419118;REVB=0.00982648;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191345;STB=0.592514;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.018317;OID=.;OPOS=984113;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:12:11:13:5:12:11:13:6 chr16 1004266 . G A 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00951776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.93;QD=21.8824;RBI=0.0373792;REFB=0.00602822;REVB=0.0361472;RO=27;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198771;STB=0.609809;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0061625;OID=.;OPOS=1004266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:21:13:17:10:21:13:17:10 chr16 1004554 . C T 257.14 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0148728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.14;QD=13.7141;RBI=0.0155662;REFB=-0.0218657;REVB=-0.00459397;RO=45;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15254;STB=0.586611;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0385886;OID=.;OPOS=1004554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:15:15:16:29:15:15:16:29 chr16 1034834 . T C 1099.18 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0849;QD=60.2291;RBI=0.0135637;REFB=0;REVB=0.0124122;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74417e-05;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:35:37:0:0:36:37:0:0 chr16 1116169 . A G 241.51 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0200012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5615;QD=16.9482;RBI=0.0208943;REFB=-0.0232417;REVB=-0.00604348;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110193;STB=0.561601;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0211393;OID=.;OPOS=1116169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:18:9:7:23:18:9:7:23 chr16 1116213 . G A 149.72 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.000249936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.8394;QD=28.5179;RBI=0.0359519;REFB=-0.0115631;REVB=0.0359511;RO=6;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140931;STB=0.578836;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0199944;OID=.;OPOS=1116213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:11:4:3:3:11:4:3:3 chr16 1116220 . T TG,TGG 96.24 PASS AF=1,0;AO=7,3;DP=17;FAO=15,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.250882,-0.144906;FXX=0.062461;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.86276,9.27149;QD=25.6653;RBI=0.271094,0.152764;REFB=0,0;REVB=0.102714,0.0483638;RO=6;SAF=1,3;SAR=6,0;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0364235,0.754726;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0102713,0;OID=.,.;OPOS=1116221,1116221;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:7,3:17:15,0:15:0:5,0:10,0:0:0:3:6:1,3:6,0:1:5 chr16 1116445 . A G 239.75 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.457;QD=50.4729;RBI=0.110139;REFB=0;REVB=0.106697;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497939;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:3:15:0:0:4:15:0:0 chr16 1129872 . C T 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.381;QD=40.638;RBI=0.0585212;REFB=-0.0428111;REVB=0.0528557;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698108;STB=0.538406;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00202587;OID=.;OPOS=1129872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:6:8:0:1:6:8:0:1 chr16 1129912 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.775;QD=45.8068;RBI=0.0356963;REFB=0;REVB=0.0122812;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406613;OID=.;OPOS=1129912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr16 1131175 . C A 855.81 PASS AF=0.53125;AO=85;DP=159;FAO=85;FDP=160;FR=.;FRO=75;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0268717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.578;QD=21.3951;RBI=0.098533;REFB=-0.00769462;REVB=0.094798;RO=74;SAF=51;SAR=34;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109719;STB=0.557238;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00762183;OID=.;OPOS=1131175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:74:75:85:85:0.53125:34:51:35:39:34:51:36:39 chr16 1131181 . C T 677.66 PASS AF=0.459119;AO=72;DP=158;FAO=73;FDP=159;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=0.0474183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.972;QD=17.048;RBI=0.0476042;REFB=-0.00470249;REVB=-0.00420328;RO=86;SAF=34;SAR=38;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117976;STB=0.561206;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00707984;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:86:86:72:73:0.459119:38:34:51:35:38:35:51:35 chr16 1131393 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0510743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3687;QD=12.8687;RBI=0.0543255;REFB=-0.00384216;REVB=0.0185116;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813502;STB=0.54786;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00552788;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:10:6:5:6:10:6 chr16 1252369 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.384;QD=62.9827;RBI=0.0739484;REFB=0;REVB=0.0711523;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134748;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr16 1260481 . T C 575.15 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.841;QD=60.5425;RBI=0.0236727;REFB=0;REVB=0.0162123;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06819e-05;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:19:19:0:0 chr16 1261219 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.735;QD=62.4652;RBI=0.0744273;REFB=0;REVB=-0.0400637;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13771e-05;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr16 1261222 . A G 1377.4 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0376;QD=62.6091;RBI=0.0401632;REFB=0;REVB=-0.0394733;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000228805;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr16 1261282 . T C 1145.36 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00230514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.602;QD=57.9927;RBI=0.00842523;REFB=-0.116252;REVB=0.00810375;RO=1;SAF=38;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122921;STB=0.500164;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-3.12736e-05;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:39:38:1:0:39:38:1:1 chr16 1265600 . G A 111.58 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00358002;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.872;QD=14.8775;RBI=0.0203138;REFB=-0.0235499;REVB=0.0199958;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252173;STB=0.646244;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0150873;OID=.;OPOS=1265600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:6:11:5:8:6:11 chr16 1268494 . C T 643.11 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0267288;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.718;QD=55.9225;RBI=0.0299379;REFB=-0.115584;REVB=0.0134851;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229007;STB=0.534868;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00117429;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:1:3:43:43:0.934783:23:20:1:0:23:20:3:0 chr16 1269029 . T C 490.4 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00644458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.719;QD=56.0462;RBI=0.00677612;REFB=-0.188797;REVB=0.00209358;RO=1;SAF=23;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198968;STB=0.510632;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00170452;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:11:23:1:0:11:23:1:0 chr16 1270084 . AGGGGGGC AGGGGCCG,AGGGGGC,AGGGGGCG 991.26 PASS AF=0.00617284,0.888889,0.104938;AO=7,64,17;DP=163;FAO=1,144,17;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=1,53,16;FSAR=0,91,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120094,0.0117125,-0.143469;FXX=0.0240949;HRUN=6,6,6;LEN=3,1,2;MLLD=49.9835,8.09254,27.939;QD=24.4757;RBI=0.136643,0.225705,0.149613;REFB=0.0926716,0.104154,0.111183;REVB=0.0651829,0.225401,0.0424364;RO=27;SAF=7,9,16;SAR=0,55,1;SRF=3;SRR=24;SSEN=0,0.555556,0;SSEP=0,0.625,0;SSSB=0.836261,0.0345982,0.794879;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0680034,0.0229056,-0.0730803;OID=.,.,.;OPOS=1270089,1270085,1270090;OREF=GGC,G,GC;OALT=CCG,-,CG;OMAPALT=AGGGGCCG,AGGGGGC,AGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.00617284,0.888889,0.104938:7,64,17:163:1,144,17:162:0:1,53,16:0,91,1:0:0:56:27:7,9,16:0,55,1:3:24 chr16 1270162 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8095;QD=60.2042;RBI=0.0954852;REFB=0;REVB=0.0792021;RO=0;SAF=24;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217821;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:49:24:0:0:49:24:0:0 chr16 1270349 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.513;QD=43.4862;RBI=0.0539737;REFB=0;REVB=0.0219758;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142969;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr16 1271890 . G T 648.16 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0423941;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.94;QD=57.6142;RBI=0.101456;REFB=-0.0882795;REVB=0.0921739;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.501557;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00419912;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:45:1:2:43:43:0.955556:20:23:1:0:20:23:1:1 chr16 1272038 . G A,C 397.64 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=24,4;DP=28;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112632,-0.0473189;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.1782,28.1384;QD=54.8463;RBI=0.115275,0.0494937;REFB=0,0;REVB=0.024541,0.0145105;RO=0;SAF=9,4;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00942717,0.140892;OID=.,.;OPOS=1272038,1272038;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:28:29:0:0:24,4:27,2:0.931034,0.0689655:15,0:9,4:0:0:15,0:12,2:0:0 chr16 1272865 . G A 3292.96 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.261;QD=62.1312;RBI=0.020262;REFB=0;REVB=0.019611;RO=0;SAF=90;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37929e-06;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:212:0:0:211:212:1:121:90:0:0:121:91:0:0 chr16 1291188 . C T 187.94 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0175457;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4805;QD=25.9222;RBI=0.0183105;REFB=-0.00225417;REVB=-0.00523655;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132849;STB=0.572439;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000599185;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:31:29:9:11:18:18:0.62069:8:10:3:6:8:10:4:7 chr16 1291597 . C G 177.31 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0127468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.439;QD=12.2282;RBI=0.0210342;REFB=-0.0102399;REVB=0.0167319;RO=36;SAF=4;SAR=18;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256956;STB=0.650909;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0149729;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:18:4:13:23:18:4:13:23 chr16 1291622 . A G 160.58 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00547545;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.897;QD=10.3601;RBI=0.0538062;REFB=-0.0103805;REVB=-0.0535268;RO=40;SAF=4;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265164;STB=0.669111;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0376366;OID=.;OPOS=1291622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:40:41:21:21:0.33871:17:4:15:25:17:4:16:25 chr16 1306355 . T C 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.151619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1665;QD=33.4225;RBI=0.155607;REFB=0;REVB=0.0350016;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0103654;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr16 1306559 . AG A,CG,GA 110.67 PASS AF=0.282609,0.0652174,0.0217391;AO=11,2,2;DP=46;FAO=13,3,1;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8,0,0;FSAR=5,3,1;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0566778,-0.0240087,-0.00518759;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=22.3482,95.3414,140.851;QD=9.6238;RBI=0.0856876,0.0348684,0.0291007;REFB=-0.0177783,-0.00155211,-0.00638463;REVB=-0.064265,-0.0252862,0.0286346;RO=28;SAF=8,0,0;SAR=3,2,2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.240466,-0.482752,-0.482752;STB=0.56918,0.996477,0.990177;STBP=0.575,0.071,0.452;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0231588,-0.0200955,0.0707242;OID=.,.,.;OPOS=1306560,1306559,1306559;OREF=G,A,AG;OALT=-,C,GA;OMAPALT=A,CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:28:29:11,2,2:13,3,1:0.282609,0.0652174,0.0217391:3,2,2:8,0,0:15:13:5,3,1:8,0,0:15:14 chr16 1306671 . G A 389.65 PASS AF=0.59375;AO=37;DP=63;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0244937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.881;QD=24.3531;RBI=0.0398737;REFB=-0.0156091;REVB=0.0314638;RO=26;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00716477;STB=0.509995;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00891733;OID=.;OPOS=1306671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:26:37:38:0.59375:21:16:11:15:21:17:11:15 chr16 1306680 . C T 189.55 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.018458;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.471;QD=13.0727;RBI=0.0206818;REFB=0.00347959;REVB=-0.00932957;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115032;STB=0.558231;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00479532;OID=.;OPOS=1306680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:35:23:23:0.396552:14:9:17:17:14:9:17:18 chr16 1306681 . G A 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0149209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.041;QD=22.9241;RBI=0.0291605;REFB=-0.0139304;REVB=0.025054;RO=25;SAF=16;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858938;STB=0.547256;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0146979;OID=.;OPOS=1306681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:18:16:9:16:18:16:9:16 chr16 1306981 . G A 310.03 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0095207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.674;QD=13.7791;RBI=0.0118155;REFB=-0.0127729;REVB=0.00699729;RO=55;SAF=23;SAR=12;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275682;STB=0.657053;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0357314;OID=.;OPOS=1306981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:12:23:22:33:12:23:22:33 chr16 1311333 . A G 422.94 PASS AF=0.320388;AO=29;DP=104;FAO=33;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.0360281;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.659;QD=16.4249;RBI=0.0391465;REFB=-0.0294796;REVB=0.0153111;RO=56;SAF=27;SAR=2;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536458;STB=0.677294;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.063075;OID=.;OPOS=1311333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:56:55:29:33:0.320388:2:27:36:20:5:28:36:19 chr16 1312546 . T A 253.79 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00203141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.06;QD=17.5031;RBI=0.00594455;REFB=-0.0156866;REVB=-0.00558668;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163202;STB=0.568702;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0122144;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:30:28:28:0.482759:13:15:20:8:13:15:20:10 chr16 1312826 . A G 322.82 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=-0.0176718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.404;QD=11.739;RBI=0.0319414;REFB=-0.0218194;REVB=-0.0266076;RO=69;SAF=18;SAR=22;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252707;STB=0.638327;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.026905;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:70:40:40:0.363636:22:18:47:22:22:18:47:23 chr16 1370597 . G C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.42;QD=57.7119;RBI=0.0402242;REFB=0;REVB=0.0346361;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93216e-05;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr16 1370614 . C G 727.34 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.538;QD=63.2473;RBI=0.0406758;REFB=0;REVB=0.0329809;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171375;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr16 1370630 . A G 428.52 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.681;QD=57.1364;RBI=0.0317048;REFB=0;REVB=-0.00536319;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322014;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr16 1374818 . A G 468.9 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276895;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.648;QD=58.6121;RBI=0.00489717;REFB=0;REVB=-0.0040392;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17903e-06;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr16 1389153 . C A 1197.29 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0174404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.6715;QD=56.3428;RBI=0.0395393;REFB=-0.077779;REVB=0.0354851;RO=4;SAF=50;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125384;STB=0.506628;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00342057;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:85:4:4:81:81:0.952941:31:50:3:1:31:50:3:1 chr16 1391871 . C G 335.32 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0134729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.609;QD=19.7246;RBI=0.017091;REFB=0.00207787;REVB=0.0105158;RO=32;SAF=12;SAR=23;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194995;STB=0.616181;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00205511;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:23:12:18:14:23:12:19:14 chr16 1392236 . C T 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0307417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.756;QD=25.2443;RBI=0.0316537;REFB=-0.0166636;REVB=-0.0075433;RO=22;SAF=17;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261334;STB=0.644562;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0214262;OID=.;OPOS=1392236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:11:17:6:16:11:17:6:16 chr16 1393020 . G A 245.62 PASS AF=0.709677;AO=21;DP=30;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00283631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.849;QD=31.6932;RBI=0.0687544;REFB=-0.0359228;REVB=0.0686959;RO=9;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078358;STB=0.548343;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0163299;OID=.;OPOS=1393020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:31:9:9:21:22:0.709677:11:10:3:6:11:11:3:6 chr16 1394507 . A C 1218.97 PASS AF=0.987805;AO=74;DP=75;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0453939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.713;QD=59.4618;RBI=0.0501742;REFB=-0.134703;REVB=0.0213737;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000943008;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:82:0:1:74:81:0.987805:32:42:0:0:39:42:0:1 chr16 1397815 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00597538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.3;QD=18.8864;RBI=0.0101907;REFB=-0.0157797;REVB=0.00825496;RO=5;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260045;STB=0.646763;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.021099;OID=.;OPOS=1397815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:2:6:5:0:2:6:5:0 chr16 1413427 . G A 114.51 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00194732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.078;QD=13.88;RBI=0.00894002;REFB=-0.0112368;REVB=0.00872536;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754579;STB=0.526279;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0188369;OID=.;OPOS=1413427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:5:8:13:6:5:9:13:6 chr16 1419947 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.18;QD=55.0986;RBI=0.0226015;REFB=0;REVB=-0.00290422;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80843e-05;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:10:16:0:0 chr16 1433766 . T C 1631.56 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164309;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.2;QD=60.4282;RBI=0.0320217;REFB=0;REVB=0.0274849;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2494e-05;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:108:0:0:108:108:1:53:55:0:0:53:55:0:0 chr16 1447278 . A G 773.19 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736228;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.871;QD=57.2734;RBI=0.0245117;REFB=0;REVB=0.0233799;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316512;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:38:16:0:0:38:16:0:0 chr16 1479250 . C T 607.0 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0109416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.097;QD=20.9308;RBI=0.0116046;REFB=-0.0182644;REVB=-0.00386652;RO=54;SAF=20;SAR=41;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124443;STB=0.573925;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0153378;OID=.;OPOS=1479250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:55:61:61:0.525862:41:20:25:29:41:20:26:29 chr16 1484392 . G C 960.94 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585282;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2957;QD=57.3693;RBI=0.116762;REFB=-0.0379064;REVB=0.116615;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121653;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:67:1:0:66:67:1:32:34:0:1:33:34:0:0 chr16 1484473 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0083454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.447;QD=59.6795;RBI=0.0202785;REFB=0;REVB=-0.0184816;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73344e-05;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr16 1503879 . T A 677.96 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=24;FWDB=-0.0227943;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.499;QD=18.5743;RBI=0.0404544;REFB=-0.00869649;REVB=-0.0334213;RO=77;SAF=45;SAR=24;SRF=53;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384597;STB=0.521271;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0125967;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:77:77:69:69:0.472603:24:45:53:24:24:45:53:24 chr16 1536306 . G A 123.94 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0313546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.549;QD=17.0952;RBI=0.031701;REFB=-0.0218373;REVB=0.00467375;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191832;STB=0.62245;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0230729;OID=.;OPOS=1536306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:13:14:0.482759:10:3:6:9:11:3:6:9 chr16 1536372 . G A 111.39 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0152053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.941;QD=15.9125;RBI=0.0448986;REFB=-0.00107455;REVB=0.0422455;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453036;STB=0.526274;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00182697;OID=.;OPOS=1536372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:10:3:4:11:10:3:4:11 chr16 1536535 . C T 185.74 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00574749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7262;QD=19.0499;RBI=0.0369954;REFB=0.0187619;REVB=-0.0365462;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119816;STB=0.5675;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0214032;OID=.;OPOS=1536535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:5:15:12:7:5:15 chr16 1537839 . G A 478.9 PASS AF=0.394161;AO=53;DP=136;FAO=54;FDP=137;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0220072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.405;QD=13.9824;RBI=0.0390456;REFB=-0.0110697;REVB=0.0322528;RO=82;SAF=26;SAR=27;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00296666;STB=0.500271;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176074;OID=.;OPOS=1537839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:82:83:53:54:0.394161:27:26:40:42:28:26:40:43 chr16 1538363 . C A 445.98 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.013372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.346;QD=15.3787;RBI=0.0165125;REFB=-0.0227499;REVB=0.00968777;RO=66;SAF=29;SAR=21;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512302;STB=0.52874;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.033014;OID=.;OPOS=1538363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:66:50:50:0.431034:21:29:35:31:21:29:35:31 chr16 1538433 . A G 263.38 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0312127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7423;QD=12.8476;RBI=0.0342997;REFB=-0.0212881;REVB=0.0142209;RO=51;SAF=13;SAR=18;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133522;STB=0.50765;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0345944;OID=.;OPOS=1538433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:18:13:22:29:18:13:22:29 chr16 1538464 . C T 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00390182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.998;QD=9.9929;RBI=0.00562396;REFB=-0.014363;REVB=0.00405028;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271658;STB=0.51611;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0264212;OID=.;OPOS=1538464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:10:7:14:22:10:7:14:22 chr16 1544301 . GA CG 271.54 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0134715;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.733;QD=22.628;RBI=0.0159432;REFB=-0.0162371;REVB=0.00852672;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17961;STB=0.600601;STBP=0.155;TYPE=mnp;VARB=0.0162059;OID=.;OPOS=1544301;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:23:25:25:0.520833:9:16:10:13:9:16:10:13 chr16 1545511 . TG T 924.69 PASS AF=0.818182;AO=118;DP=176;FAO=144;FDP=176;FR=.;FRO=32;FSAF=81;FSAR=63;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=0.124063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.6512;QD=21.0156;RBI=0.143838;REFB=-0.0606148;REVB=-0.0727847;RO=39;SAF=67;SAR=51;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.372913;SSSB=-0.0970004;STB=0.546709;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.0638672;OID=.;OPOS=1545512;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:118:176:144:176:32:81:63:26:6:55:39:67:51:30:9 chr16 1559838 . T C 693.94 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=143;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.00114638;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.894;QD=19.5476;RBI=0.0201515;REFB=-0.0214435;REVB=-0.0201189;RO=73;SAF=41;SAR=28;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145673;STB=0.580522;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0141455;OID=.;OPOS=1559838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:73:73:69:69:0.485915:28:41:32:41:28:41:32:41 chr16 1573890 . G A 485.62 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00323419;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6104;QD=20.8868;RBI=0.0504314;REFB=-0.0285903;REVB=0.0503276;RO=44;SAF=24;SAR=23;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689103;STB=0.526738;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0325396;OID=.;OPOS=1573890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:46:47:47:0.505376:23:24:19:25:23:24:21:25 chr16 1574863 . G A 455.28 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0370124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.029;QD=28.4547;RBI=0.0375855;REFB=-0.0160873;REVB=-0.00653825;RO=22;SAF=16;SAR=26;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245808;STB=0.633615;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00618339;OID=.;OPOS=1574863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:22:42:42:0.65625:26:16:17:5:26:16:17:5 chr16 1814440 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.000164457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.429;QD=15.2625;RBI=0.00256861;REFB=-0.0293063;REVB=-0.00256334;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955707;STB=0.578821;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0346901;OID=.;OPOS=1814440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:4:9:9:6:4:9:9:7 chr16 1818503 . G C 487.11 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283667;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.767;QD=59.0441;RBI=0.0303129;REFB=0;REVB=0.0106866;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209649;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr16 1820992 . T A 289.75 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.676;QD=52.6818;RBI=0.033902;REFB=0;REVB=0.0330957;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37168e-05;OID=.;OPOS=1820992;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:4:16:0:0:6:16:0:0 chr16 1827836 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0217469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.514;QD=13.9482;RBI=0.0218876;REFB=-0.0171757;REVB=0.0024777;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089381;STB=0.551939;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0287089;OID=.;OPOS=1827836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:8:9:12:15:8:9:12:15 chr16 1836796 . C A 189.46 PASS AF=0.395833;AO=16;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0269335;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.978;QD=15.7883;RBI=0.0270273;REFB=-0.0105462;REVB=-0.00225085;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125006;STB=0.533298;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0138291;OID=.;OPOS=1836796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:26:16:19:0.395833:5:11:12:9:7:12:15:11 chr16 1838640 . T C 590.71 PASS AF=0.412121;AO=67;DP=165;FAO=68;FDP=165;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=35;FWDB=-0.00654221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.419;QD=14.3203;RBI=0.00758419;REFB=-0.0127944;REVB=0.00383658;RO=96;SAF=31;SAR=36;SRF=61;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179997;STB=0.598275;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0188136;OID=.;OPOS=1838640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:96:97:67:68:0.412121:36:31:61:35:36:32:62:35 chr16 1840977 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC 46.72 PASS AF=0,0.526316;AO=4,4;DP=19;FAO=0,10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=0,2;FSAR=0,8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0463941,0.00961854;FXX=0.049975;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.9517,12.6558;QD=9.83514;RBI=0.172321,0.0308209;REFB=-0.0214635,-0.140561;REVB=-0.165958,0.0292816;RO=10;SAF=0,2;SAR=4,2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.671791,0.107009;STB=0.5,0.648318;STBP=1,0.234;TYPE=del,del;VARB=0.0302721,0.138747;OID=.,.;OPOS=1840982,1840978;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.526316:4,4:19:0,10:19:9:0,2:0,8:4:5:43:10:0,2:4,2:4:6 chr16 1842209 . A G 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00136184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.206;QD=13.7531;RBI=0.011162;REFB=-0.0298998;REVB=-0.0110786;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167764;STB=0.509791;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0277392;OID=.;OPOS=1842209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:5:10:15:8:5:10:15:8 chr16 1842386 . C T 64.32 PASS AF=0.411765;AO=5;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.108792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.93;QD=15.135;RBI=0.118139;REFB=-0.0329873;REVB=0.0460577;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378245;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0383615;OID=.;OPOS=1842386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:7:8:5:7:0.411765:4:1:4:3:5:2:4:4 chr16 1843672 . T C 595.3 PASS AF=0.407186;AO=65;DP=165;FAO=68;FDP=167;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.00691989;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.868;QD=14.2587;RBI=0.0131805;REFB=-0.0374859;REVB=0.0112179;RO=98;SAF=33;SAR=32;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517569;STB=0.529641;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0437901;OID=.;OPOS=1843672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:98:99:65:68:0.407186:32:33:45:53:33:35:46:53 chr16 1859432 . G C 118.42 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0165827;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7625;QD=20.5954;RBI=0.102678;REFB=0.0190844;REVB=0.10133;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0121065;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:5:5:6:7:5:5 chr16 1877494 . T C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0158778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.321;QD=20.8914;RBI=0.0193191;REFB=-0.0322682;REVB=0.0110057;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109203;STB=0.562377;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0278304;OID=.;OPOS=1877494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:4:2:5:5:4:2 chr16 1877558 . G A 183.0 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0350592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8865;QD=25.241;RBI=0.0470119;REFB=0.0022807;REVB=0.0313204;RO=11;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463479;STB=0.525867;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00153756;OID=.;OPOS=1877558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:11:7:5:6:11:7:5:6 chr16 1878031 . GC AT 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0368715;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.054;QD=17.1002;RBI=0.0442695;REFB=-0.0214041;REVB=-0.0245007;RO=15;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272544;STB=0.658433;STBP=0.12;TYPE=mnp;VARB=0.0224752;OID=.;OPOS=1878031;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:11:3:7:8:11:3:7:8 chr16 1878067 . C G 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0199938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.724;QD=9.4422;RBI=0.024825;REFB=-0.0293962;REVB=0.0147149;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0296304;OID=.;OPOS=1878067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:5:5:4:2:5:5 chr16 1878492 . G A 278.51 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0124558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.435;QD=11.6045;RBI=0.012719;REFB=-0.00699804;REVB=-0.0025744;RO=63;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04817;STB=0.527814;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0136715;OID=.;OPOS=1878492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:63:33:33:0.34375:18:15:26:37:18:15:26:37 chr16 1878521 . C G 160.27 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.000536674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.145;QD=10.3397;RBI=0.00551219;REFB=-0.0091797;REVB=-0.005486;RO=41;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123126;STB=0.572257;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0233203;OID=.;OPOS=1878521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:13:8:20:21:13:8:20:21 chr16 1878597 . T C 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0480811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8126;QD=12.5792;RBI=0.0548995;REFB=-0.0222083;REVB=0.0264984;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209653;STB=0.512301;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.037368;OID=.;OPOS=1878597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:8:9:17:14:8:9:17:14 chr16 1878641 . A C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0456561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.496;QD=12.7822;RBI=0.0867859;REFB=0.0260501;REVB=0.0738059;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341696;STB=0.705428;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.028541;OID=.;OPOS=1878641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:7:7:2:8:7:7 chr16 1894912 . C T 94.78 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0292545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4461;QD=10.8324;RBI=0.0524308;REFB=0.0103766;REVB=-0.0435105;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168049;STB=0.59984;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0486256;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:8:15:6:6:8:15 chr16 1894961 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0090858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.517;QD=15.6999;RBI=0.0130156;REFB=-0.0115938;REVB=-0.00931951;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14909;STB=0.585548;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0122803;OID=.;OPOS=1894961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:6:13:8:7:6:13 chr16 1918125 . T G 383.4 PASS AF=0.335714;AO=46;DP=138;FAO=47;FDP=140;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=0.00387758;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.892;QD=10.9542;RBI=0.0039146;REFB=0.00230177;REVB=-0.000537089;RO=91;SAF=20;SAR=26;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106875;STB=0.553169;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0039879;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:91:93:46:47:0.335714:26:20:48:43:26:21:49:44 chr16 1961674 . G C 368.05 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0508002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.744;QD=29.4442;RBI=0.0539893;REFB=-0.000625207;REVB=0.0182808;RO=19;SAF=12;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988369;STB=0.554341;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.000368953;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:19:12:10:9:19:12:10:9 chr16 2014283 . A G 507.19 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.607;QD=56.3545;RBI=0.0548725;REFB=-0.138856;REVB=0.051982;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345796;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0014917;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:36:1:1:33:35:0.972222:13:20:0:1:14:21:0:1 chr16 2017804 . T G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0240108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9665;QD=11.086;RBI=0.0351974;REFB=0.014351;REVB=0.025736;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602297;STB=0.517215;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0306441;OID=.;OPOS=2017804;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:8:5:8:16:8:5:9:16 chr16 2024131 . T C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0768259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6622;QD=6.25131;RBI=0.10547;REFB=-0.0119865;REVB=-0.0722606;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463636;STB=0.788679;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0170687;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:13:4:4:2:13:4 chr16 2028402 . A C 1206.42 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.989;QD=61.0845;RBI=0.0539341;REFB=0;REVB=0.0423465;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358905;OID=.;OPOS=2028402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr16 2035868 . C T 402.83 PASS AF=0.436893;AO=44;DP=102;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.020501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.813;QD=15.6439;RBI=0.0254932;REFB=-0.0128098;REVB=-0.0151531;RO=57;SAF=31;SAR=13;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159334;STB=0.584315;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0194144;OID=.;OPOS=2035868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:57:58:44:45:0.436893:13:31:32:25:14:31:32:26 chr16 2048826 . C G 484.98 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.783;QD=55.4264;RBI=0.199044;REFB=-0.0426464;REVB=0.037895;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891585;OID=.;OPOS=2048826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:1:0:32:35:1:19:13:1:0:20:15:0:0 chr16 2049640 . A G 868.2 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8024;QD=57.8801;RBI=0.113073;REFB=0;REVB=-0.113062;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000768152;OID=.;OPOS=2049640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:29:30:0:0:30:30:0:0 chr16 2070164 . C T 173.04 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.527;QD=46.1434;RBI=0.0607764;REFB=0;REVB=0.0458584;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00357669;OID=.;OPOS=2070164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:6:9:0:0 chr16 2070568 . A C 1345.82 PASS AF=1;AO=75;DP=92;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.21883;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.6508;QD=60.4863;RBI=0.21885;REFB=0;REVB=0.00296107;RO=0;SAF=19;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00390203;OID=.;OPOS=2070568;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:89:0:0:75:89:1:56:19:0:0:55:34:0:0 chr16 2160494 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00325301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.106;QD=17.1564;RBI=0.00568677;REFB=-0.00783514;REVB=0.00466447;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502864;STB=0.758753;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0283869;OID=.;OPOS=2160494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:20:17:17:0.459459:5:12:2:16:5:12:4:16 chr16 2257105 . C G 591.19 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0138469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.609;QD=24.3788;RBI=0.0521856;REFB=-0.0132361;REVB=-0.050315;RO=42;SAF=28;SAR=26;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337982;STB=0.523655;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00815428;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:43:54:54:0.556701:26:28:20:22:26:28:20:23 chr16 2260567 . C T 600.47 PASS AF=0.555556;AO=52;DP=90;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0378008;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=93.3081;QD=24.2612;RBI=0.0389193;REFB=-0.0399858;REVB=0.00926357;RO=37;SAF=24;SAR=28;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190523;STB=0.512137;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0354334;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:99:37:44:52:55:0.555556:28:24:18:19:29:26:22:22 chr16 2260612 . T C 251.26 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0175817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.708;QD=19.7067;RBI=0.0232478;REFB=-0.028869;REVB=-0.0152101;RO=25;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401997;STB=0.507457;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0335931;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:25:25:26:0.509804:17:8:9:16:17:9:9:16 chr16 2263146 . A G 168.43 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=50;FAO=17;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0479493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0188;QD=13.2105;RBI=0.106316;REFB=-0.038915;REVB=0.0948888;RO=30;SAF=10;SAR=0;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.739546;STB=0.526285;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.126985;OID=.;OPOS=2263146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:31:10:17:0.333333:0:10:17:13:7:10:17:14 chr16 2278509 . G A 102.49 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00660293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.024;QD=17.8251;RBI=0.0423773;REFB=-0.000996011;REVB=0.0418597;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297241;STB=0.645157;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00193608;OID=.;OPOS=2278509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:5:7:2:8:5:7:3:8 chr16 2282256 . G A 514.69 PASS AF=1;AO=19;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.613;QD=58.8215;RBI=0.223989;REFB=0;REVB=0.220464;RO=1;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279067;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331471;OID=.;OPOS=2282256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:1:0:19:35:1:16:3:0:1:24:11:0:0 chr16 2301520 . G C 47.65 PASS AF=0.411765;AO=5;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0260465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.943;QD=11.2121;RBI=0.0642174;REFB=-0.0416801;REVB=-0.058698;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192903;STB=0.555409;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.055429;OID=.;OPOS=2301520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:5:7:0.411765:1:4:9:1:1:6:9:1 chr16 2331430 . A G 845.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.085;QD=57.3107;RBI=0.0185216;REFB=0;REVB=0.0181452;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46374e-05;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:37:21:0:0:38:21:0:0 chr16 2348528 . G C 69.77 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0167832;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.9916;QD=16.416;RBI=0.143298;REFB=-0.0230217;REVB=-0.142312;RO=7;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249071;STB=0.710535;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00663491;OID=.;OPOS=2348528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:16:17:7:8:9:9:0.529412:1:8:5:2:1:8:5:3 chr16 2367336 . G A 66.81 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.020576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9732;QD=12.725;RBI=0.0331996;REFB=-0.0254962;REVB=-0.0260546;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166393;STB=0.565077;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0613807;OID=.;OPOS=2367336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:5:4:3:8:5:4:4:8 chr16 2812647 . C T 145.76 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.016049;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.717;QD=17.1486;RBI=0.0514259;REFB=-0.00659909;REVB=-0.0488575;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930297;STB=0.538406;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0279068;OID=.;OPOS=2812647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:13:16:14:14:0.411765:8:6:7:6:8:6:8:8 chr16 2815237 . A C 283.49 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.00515867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.116;QD=19.8939;RBI=0.0244761;REFB=-0.0052102;REVB=0.0239263;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293758;STB=0.66197;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00719605;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:16:14:22:5:16:14:22:5 chr16 2820882 . G T 430.53 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00610132;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.087;QD=20.2601;RBI=0.00816332;REFB=0.00750255;REVB=0.00542344;RO=40;SAF=28;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481938;STB=0.52985;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00934774;OID=.;OPOS=2820882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:42:43:43:0.505882:15:28:24:16:15:28:25:17 chr16 2821525 . G A 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0106694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.502;QD=16.6612;RBI=0.0148392;REFB=-0.029328;REVB=0.0103133;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240068;STB=0.627312;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0204348;OID=.;OPOS=2821525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:18:10:19:12:18:10:19:13 chr16 2871555 . G A 211.42 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00465234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.043;QD=14.3334;RBI=0.0109184;REFB=-0.00686219;REVB=-0.00987762;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730532;STB=0.541633;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0095993;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:10:15:18:16:10:15:18:16 chr16 2902974 . CAGAGGT C 87.62 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816804;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=332.784;QD=38.9443;RBI=0.0817543;REFB=0;REVB=-0.00347519;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000310198;OID=.;OPOS=2902975;OREF=AGAGGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:9:9:0:2:7:0:0:4:0:1:7:0:0 chr16 3065596 . T C 123.82 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0464815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.038;QD=17.0783;RBI=0.0489778;REFB=-0.0251215;REVB=-0.0154367;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199351;STB=0.626683;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0345918;OID=.;OPOS=3065596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:13:14:0.482759:5:8:6:9:5:9:6:9 chr16 3065924 . G A 442.75 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0112002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2839;QD=22.7052;RBI=0.012437;REFB=-0.0209502;REVB=0.00540676;RO=35;SAF=21;SAR=22;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211179;STB=0.511622;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0162052;OID=.;OPOS=3065924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:22:21:18:17:22:21:18:17 chr16 3075999 . C G 450.02 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.016915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5631;QD=15.9298;RBI=0.0227831;REFB=-0.0170045;REVB=-0.0152627;RO=63;SAF=24;SAR=26;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355552;STB=0.519878;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0291028;OID=.;OPOS=3075999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:63:50:50:0.442478:26:24:28:35:26:24:28:35 chr16 3079390 . TG T 30.37 PASS AF=0.35;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00296369;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.559;QD=6.07304;RBI=0.0641498;REFB=-0.0850408;REVB=-0.0640813;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567703;STB=0.788742;STBP=0.085;TYPE=del;VARB=0.127753;OID=.;OPOS=3079391;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:7:19:7:20:13:5:2:3:10:30:11:5:2:1:10 chr16 3079685 . T C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.069093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.796;QD=16.6156;RBI=0.0697497;REFB=-0.0146696;REVB=-0.00954881;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124079;STB=0.571343;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0239462;OID=.;OPOS=3079685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:6:11:11:10:6:11:11:10 chr16 3085335 . G C 386.18 PASS AF=0.416667;AO=44;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.000900855;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.516;QD=14.303;RBI=0.0424835;REFB=-0.0317773;REVB=0.0424739;RO=64;SAF=24;SAR=20;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136134;STB=0.576239;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0484615;OID=.;OPOS=3085335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:63:44:45:0.416667:20:24:43:21:20:25:43:20 chr16 3085375 . G A 400.64 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=127;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=0.0250913;FXX=0.0314936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.735;QD=13.029;RBI=0.0260642;REFB=-0.0229519;REVB=-0.00705472;RO=68;SAF=16;SAR=31;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289796;STB=0.684599;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.023629;OID=.;OPOS=3085375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:123:68:76:47:47:0.382114:31:16:42:26:31:16:49:27 chr16 3086447 . C G 197.56 PASS AF=0.433962;AO=17;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=28;FWDB=-0.0925868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.351;QD=14.9101;RBI=0.0927826;REFB=-0.0128149;REVB=-0.00602467;RO=30;SAF=1;SAR=16;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163474;STB=0.568898;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0245462;OID=.;OPOS=3086447;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:30:17:23:0.433962:16:1:3:27:22:1:2:28 chr16 3119167 . T C 126.68 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.0366568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0011;QD=11.2605;RBI=0.0595528;REFB=-0.00758194;REVB=-0.0469341;RO=30;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31537;STB=0.68272;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0102856;OID=.;OPOS=3119167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:8:7:6:24:8:7:6:24 chr16 3119304 . A G 42.4 PASS AF=0.156863;AO=2;DP=52;FAO=8;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00164798;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1973;QD=3.32545;RBI=0.00770184;REFB=0.0103132;REVB=-0.00752346;RO=32;SAF=0;SAR=2;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378113;STB=0.620367;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0459319;OID=.;OPOS=3119304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:52:51:32:43:2:8:0.156863:2:0:10:22:6:2:16:27 chr16 3132197 . A G 331.97 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0285005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1453;QD=16.1936;RBI=0.0428482;REFB=-0.00801773;REVB=-0.0319952;RO=44;SAF=8;SAR=28;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333152;STB=0.702006;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00966667;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:46:36:36:0.439024:28:8:23:21:28:8:25:21 chr16 3140616 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0424391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.954;QD=11.3691;RBI=0.0426529;REFB=-0.0305871;REVB=0.00426485;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284072;STB=0.670643;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0488208;OID=.;OPOS=3140616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:10:9:8:3:10:9 chr16 3202980 . G T 409.83 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0079018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.677;QD=20.7507;RBI=0.0111283;REFB=0.00674741;REVB=0.0078359;RO=38;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304331;STB=0.516846;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0064003;OID=.;OPOS=3202980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:23:18:18:20:23:18:18:20 chr16 3207446 . G A 1385.14 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.165;QD=61.5618;RBI=0.0355457;REFB=-0.0981998;REVB=0.0111382;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251313;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:90:90:0:0:89:90:1:39:50:0:0:39:51:0:0 chr16 3208911 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00333993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.634;QD=9.10043;RBI=0.0214955;REFB=-0.0128731;REVB=0.0212345;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124219;STB=0.590353;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0171046;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:28:18:19:8:9:0.321429:4:4:7:11:4:5:8:11 chr16 3208914 . T C 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00269365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.242;QD=8.4008;RBI=0.0385746;REFB=-0.0100274;REVB=-0.0384805;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897431;STB=0.555432;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0318418;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:10:11:4:5:10:11 chr16 3230588 . G A 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.000679201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.401;QD=8.64048;RBI=0.0208931;REFB=-0.00371072;REVB=-0.020882;RO=34;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183328;STB=0.611484;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00950012;OID=.;OPOS=3230588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:7:6:21:13:7:6:21:13 chr16 3234217 . C T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00399292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.901;QD=17.8006;RBI=0.00532576;REFB=-0.0300822;REVB=-0.00352424;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514453;STB=0.529382;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0379508;OID=.;OPOS=3234217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:15:5:7:17:15:5:7:17 chr16 3241975 . G T 439.29 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00869378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.319;QD=19.5241;RBI=0.0230581;REFB=-0.00285713;REVB=-0.0213564;RO=46;SAF=14;SAR=29;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675319;STB=0.541741;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00370895;OID=.;OPOS=3241975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:46:43:44:0.488889:29:14:18:28:30:14:18:28 chr16 3243904 . G A 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0102116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.31;QD=18.6057;RBI=0.0252177;REFB=-0.0202479;REVB=-0.0230576;RO=42;SAF=24;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653646;STB=0.53647;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0203151;OID=.;OPOS=3243904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:15:24:23:19:15:24:23:19 chr16 3243922 . C A 412.64 PASS AF=0.494118;AO=24;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00703095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.0057;QD=19.4181;RBI=0.0176667;REFB=-0.0177291;REVB=0.0162074;RO=37;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169434;STB=0.543147;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0168411;OID=.;OPOS=3243922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:43:24:42:0.494118:16:8:18:19:17:25:22:21 chr16 3243942 . T C 398.99 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00684961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.256;QD=18.3444;RBI=0.0233742;REFB=-0.0124904;REVB=0.0223481;RO=45;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021873;STB=0.506447;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0131982;OID=.;OPOS=3243942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:46:41:41:0.471264:20:21:22:23:20:21:23:23 chr16 3243951 . C T 407.27 PASS AF=0.461538;AO=41;DP=90;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00540769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9196;QD=17.9018;RBI=0.0105918;REFB=-0.00210255;REVB=0.00910731;RO=49;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021786;STB=0.518316;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00279885;OID=.;OPOS=3243951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:49:49:41:42:0.461538:20:21:24:25:20:22:24:25 chr16 3254470 . T C 199.85 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0344499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7402;QD=13.5494;RBI=0.0603512;REFB=0.000203166;REVB=-0.0495527;RO=33;SAF=18;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205949;STB=0.640651;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.000797155;OID=.;OPOS=3254470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:35:24:24:0.40678:6:18:19:14:6:18:19:16 chr16 3254972 . T C 304.65 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0286018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.491;QD=15.0446;RBI=0.0289563;REFB=-0.01432;REVB=0.00451742;RO=46;SAF=10;SAR=24;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135733;STB=0.572324;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0271014;OID=.;OPOS=3254972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:46:47:34:34:0.419753:24:10:19:27:24:10:19:28 chr16 3266071 . A G 232.24 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0601606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6528;QD=23.819;RBI=0.0612532;REFB=-0.0240738;REVB=-0.0115174;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147497;STB=0.571366;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0152615;OID=.;OPOS=3266071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:11:10:5:12:12:10:5:12 chr16 3283542 . T C 429.89 PASS AF=0.567568;AO=41;DP=73;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0221556;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.333;QD=23.2371;RBI=0.0811501;REFB=-0.0256281;REVB=0.0780671;RO=30;SAF=19;SAR=22;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753766;STB=0.530387;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0186865;OID=.;OPOS=3283542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:30:32:41:42:0.567568:22:19:11:19:22:20:13:19 chr16 3293888 . C T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00166442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.836;QD=18.1186;RBI=0.0263376;REFB=-0.024034;REVB=0.026285;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188164;STB=0.60682;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0210487;OID=.;OPOS=3293888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:7:13:8:10:7:13 chr16 3294246 . G A 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0467945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.038;QD=5.71708;RBI=0.0797722;REFB=0.000130427;REVB=-0.0646056;RO=28;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348809;STB=0.727986;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00437517;OID=.;OPOS=3294246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:2:6:13:15:2:6:13:15 chr16 3297073 . A G 212.97 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0112456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.436;QD=20.283;RBI=0.0112494;REFB=-0.0292467;REVB=0.000292354;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168145;STB=0.594507;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0203506;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:7:14:10:11:7:14 chr16 3297100 . G A 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.000235047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.137;QD=16.5038;RBI=0.0350556;REFB=-0.00181677;REVB=0.0350548;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120714;STB=0.56826;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00441034;OID=.;OPOS=3297100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:17:9:14:16:17:9:14:16 chr16 3297175 . T C 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0545949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0056;QD=20.4042;RBI=0.0555278;REFB=0.0351473;REVB=0.0101359;RO=28;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901558;STB=0.549969;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0316058;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:16:16:11:17:16:16:11:17 chr16 3297181 . C T 278.97 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00722043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7164;QD=18.9131;RBI=0.0275243;REFB=-0.00807014;REVB=0.0265604;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165103;STB=0.591868;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.011273;OID=.;OPOS=3297181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:14:16:10:19:14:16:10:19 chr16 3299468 . C T 361.84 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00748108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3725;QD=25.8457;RBI=0.0151407;REFB=-0.0112601;REVB=-0.0131634;RO=20;SAF=17;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094992;STB=0.503573;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00667552;OID=.;OPOS=3299468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:21:35:35:0.625:18:17:10:10:18:17:10:11 chr16 3299586 . G A 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0229422;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.864;QD=27.2217;RBI=0.0244952;REFB=-0.00638361;REVB=0.00858324;RO=16;SAF=20;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312529;STB=0.674543;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00640433;OID=.;OPOS=3299586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:5:20:7:9:5:20:7:9 chr16 3299749 . G A 853.56 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839137;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.122;QD=57.8685;RBI=0.0635845;REFB=0;REVB=0.0630283;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128788;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:22:36:0:0:23:36:0:0 chr16 3304573 . G T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00886053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.901;QD=16.3858;RBI=0.0132745;REFB=-0.0200953;REVB=-0.00988445;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44639;STB=0.768498;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0160891;OID=.;OPOS=3304573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:1:8:4:4:1:8:4:4 chr16 3304626 . C G 244.09 PASS AF=0.48;AO=21;DP=47;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0405194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8678;QD=19.5275;RBI=0.0914854;REFB=0.00597179;REVB=0.0820229;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32719;STB=0.643446;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0021412;OID=.;OPOS=3304626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:25:26:21:24:0.48:14:7:17:8:15:9:17:9 chr16 3304654 . T C 265.27 PASS AF=0.407895;AO=28;DP=74;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0169882;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.406;QD=13.9617;RBI=0.0502063;REFB=-0.0243678;REVB=-0.0472448;RO=45;SAF=19;SAR=9;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189386;STB=0.627329;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0286291;OID=.;OPOS=3304654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:45:45:28:31:0.407895:9:19:23:22:9:22:23:22 chr16 3304762 . A G 575.37 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.00278437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.698;QD=16.5575;RBI=0.00285538;REFB=-0.00859251;REVB=-0.000632859;RO=78;SAF=23;SAR=38;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749577;STB=0.541909;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.010447;OID=.;OPOS=3304762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:78:61:61:0.438849:38:23:35:43:38:23:35:43 chr16 3339435 . G C 234.39 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0201705;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.17;QD=12.8433;RBI=0.0246907;REFB=-0.0238121;REVB=0.0142401;RO=46;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015179;STB=0.501474;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0400304;OID=.;OPOS=3339435;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:46:45:28:28:0.383562:13:15:24:22:13:15:24:21 chr16 3340845 . C T 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0361537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4161;QD=17.9426;RBI=0.0383921;REFB=0.00101313;REVB=-0.0129176;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019812;STB=0.511103;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00125154;OID=.;OPOS=3340845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:11:17:17:12:11:17:17:12 chr16 3405986 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0150113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.131;QD=14.904;RBI=0.0152163;REFB=0.000874683;REVB=-0.00248962;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115883;STB=0.506574;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00129096;OID=.;OPOS=3405986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:11:15:20:14:11:15:20:14 chr16 3405994 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.6;QD=57.5453;RBI=0.0240439;REFB=0;REVB=0.00103591;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.24229e-05;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr16 3406387 . C G 654.28 PASS AF=1;AO=32;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452356;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8377;QD=60.8636;RBI=0.0599372;REFB=0;REVB=0.0393219;RO=0;SAF=30;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00789653;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:43:0:0:32:43:1:2:30:0:0:12:31:0:0 chr16 3406516 . A G 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.011188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.235;QD=16.6609;RBI=0.0334729;REFB=-0.0146803;REVB=-0.0315478;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339068;STB=0.519079;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0147515;OID=.;OPOS=3406516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:15:13:16:16:15:13:16:16 chr16 3406626 . G A 99.82 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0156043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.327;QD=16.6359;RBI=0.015945;REFB=-0.0121519;REVB=-0.00327859;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198673;STB=0.642602;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0106147;OID=.;OPOS=3406626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:24:24:11:12:12:12:0.5:9:3:5:6:9:3:6:6 chr16 3419934 . G T 235.27 PASS AF=0.534884;AO=20;DP=41;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.00270329;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.437;QD=21.886;RBI=0.0084794;REFB=-0.0115114;REVB=0.00803695;RO=21;SAF=17;SAR=3;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675073;STB=0.564455;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0107215;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:21:20:20:23:0.534884:3:17:17:4:3:20:16:4 chr16 3452193 . T C,G 1028.23 PASS AF=0.0416667,0.944444;AO=3,68;DP=72;FAO=3,68;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=0,30;FSAR=3,38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00479076,0.00971387;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.363,70.2295;QD=57.1238;RBI=0.00949414,0.0193272;REFB=-0.0990903,-0.112819;REVB=-0.00819678,-0.0167088;RO=0;SAF=0,30;SAR=3,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.506492;STBP=1,0.519;TYPE=snp,snp;VARB=0.152751,0.00140383;OID=.,.;OPOS=3452193,3452193;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:72:72:0:1:3,68:3,68:0.0416667,0.944444:3,38:0,30:0:0:3,38:0,30:0:1 chr16 3486285 . C A 1579.6 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666148;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.415;QD=60.1754;RBI=0.0259659;REFB=0;REVB=0.0250969;RO=0;SAF=40;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29452e-05;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:105:105:1:65:40:0:0:65:40:0:0 chr16 3490922 . G C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0629797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2958;QD=60.229;RBI=0.0635267;REFB=0;REVB=-0.00831858;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128991;OID=.;OPOS=3490922;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr16 3533576 . GC G,GG 933.63 PASS AF=0.986301,0.0136986;AO=25,44;DP=73;FAO=72,1;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=41,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348684,-0.305223;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.5895,5.14273;QD=51.158;RBI=0.0478182,0.36795;REFB=0,0;REVB=0.0327227,-0.205489;RO=0;SAF=7,21;SAR=18,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.2717e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00100144,0.0377762;OID=.,.;OPOS=3533577,3533577;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.986301,0.0136986:25,44:73:72,1:73:0:31,0:41,1:0:0:3:0:7,21:18,23:0:0 chr16 3534892 . G A 265.92 PASS AF=0.6;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0102266;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.889;QD=26.5919;RBI=0.0209812;REFB=-0.0149107;REVB=0.0183202;RO=16;SAF=7;SAR=17;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954355;STB=0.55259;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00780555;OID=.;OPOS=3534892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:16:16:24:24:0.6:17:7:3:13:17:7:3:13 chr16 3535116 . T C 1936.79 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404703;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7575;QD=61.9774;RBI=0.0405916;REFB=0;REVB=-0.00313634;RO=0;SAF=74;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282222;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:51:74:0:0:51:74:0:0 chr16 3535540 . G A 284.32 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0272173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.67;QD=17.7701;RBI=0.040401;REFB=-0.0331961;REVB=0.0298573;RO=33;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152849;STB=0.585717;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0311965;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:20:11:17:16:20:11:17:16 chr16 3536872 . G A 313.76 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.596;QD=50.2013;RBI=0.0511175;REFB=-0.139003;REVB=0.0484002;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512185;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00168991;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:0:1:23:24:0.96:19:4:0:0:20:4:0:1 chr16 3583173 . C T 288.87 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0145499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.696;QD=16.2741;RBI=0.019971;REFB=-0.0221998;REVB=-0.01368;RO=38;SAF=11;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132167;STB=0.582741;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0171979;OID=.;OPOS=3583173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:39:32:32:0.450704:21:11:18:20:21:11:19:20 chr16 3602227 . AG AA,A 699.85 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,45;DP=51;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528366,-0.1226;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=5.87819,26.7929;QD=54.8902;RBI=0.0693276,0.190741;REFB=0,0;REVB=-0.0448844,-0.146121;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0364009,-0.00855871;OID=.,.;OPOS=3602228,3602228;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0392157,0.960784:2,45:51:2,49:51:0:0,19:2,30:0:0:6:0:0,18:2,27:0:0 chr16 3613126 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.403;QD=40.7629;RBI=0.0548286;REFB=0;REVB=0.0374459;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218921;OID=.;OPOS=3613126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr16 3613150 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.116;QD=48.7365;RBI=0.0218767;REFB=0;REVB=-0.0158337;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307861;OID=.;OPOS=3613150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr16 3613510 . G A 405.24 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0139083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8707;QD=19.7676;RBI=0.044675;REFB=-0.0148986;REVB=0.0424549;RO=41;SAF=21;SAR=19;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14431;STB=0.572919;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0240005;OID=.;OPOS=3613510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:41:40:41:0.5:19:21:15:26:20:21:15:26 chr16 3639139 . A G 787.64 PASS AF=0.584;AO=73;DP=125;FAO=73;FDP=125;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00344825;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.771;QD=25.2045;RBI=0.0189472;REFB=-0.0320145;REVB=-0.0186308;RO=52;SAF=26;SAR=47;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700802;STB=0.538199;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0173422;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:52:52:73:73:0.584:47:26:23:29:47:26:23:29 chr16 3639827 . G A 163.85 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00453027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.6994;QD=21.1419;RBI=0.116413;REFB=-0.0679622;REVB=0.116325;RO=14;SAF=1;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.628953;STB=0.866904;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0540641;OID=.;OPOS=3639827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:16:1:8:6:16:1:8:6 chr16 3656482 . C T 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0159761;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.222;QD=22.072;RBI=0.0164588;REFB=-0.0235624;REVB=0.00395677;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379454;STB=0.529393;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0210632;OID=.;OPOS=3656482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:31:31:0.563636:16:15:10:13:16:15:10:14 chr16 3707747 . G A 679.98 PASS AF=0.596491;AO=62;DP=109;FAO=68;FDP=114;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0311182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0003;QD=23.8589;RBI=0.0726909;REFB=-0.00900304;REVB=0.0656934;RO=46;SAF=23;SAR=39;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699865;STB=0.551517;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0140276;OID=.;OPOS=3707747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:114:46:46:62:68:0.596491:39:23:21:25:45:23:21:25 chr16 3721773 . G C 1416.43 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0184846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.765;QD=59.6392;RBI=0.0332329;REFB=-0.200003;REVB=0.0276178;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51456;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00115833;OID=.;OPOS=3721773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:95:95:0:3:92:92:0.968421:50:42:0:0:50:42:0:3 chr16 3781313 . G A 629.5 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0312189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.081;QD=20.8099;RBI=0.0320449;REFB=-0.0185635;REVB=-0.00722887;RO=58;SAF=39;SAR=24;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136568;STB=0.575197;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0136373;OID=.;OPOS=3781313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:58:63:63:0.520661:24:39:27:31:24:39:27:31 chr16 4013467 . C T 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.000292353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.982;QD=15.7383;RBI=0.00993416;REFB=-0.0257619;REVB=0.00992985;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120305;STB=0.567724;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0260777;OID=.;OPOS=4013467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:15:14:13:23:15:14:13:23 chr16 4015313 . A G 509.01 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.586;QD=56.5569;RBI=0.0382266;REFB=-0.145954;REVB=0.0339512;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0017958;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:36:0:1:33:35:0.972222:18:15:0:0:19:16:0:1 chr16 4015316 . A G 519.12 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.767;QD=59.328;RBI=0.0695611;REFB=0;REVB=-0.0452016;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00197994;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr16 4016676 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.534;QD=58.7814;RBI=0.0237533;REFB=0;REVB=-0.0184485;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.70473e-05;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr16 4027605 . C T 710.37 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0509296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.115;QD=54.6439;RBI=0.0773824;REFB=-0.150913;REVB=0.0582598;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00254382;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:27:24:0:0:27:24:0:1 chr16 4033436 . T C 191.2 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.987;QD=47.8002;RBI=0.0131789;REFB=0;REVB=-0.00102405;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31126e-05;OID=.;OPOS=4033436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr16 4164364 . C T 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00551004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.436;QD=11.0153;RBI=0.0643747;REFB=-0.0388272;REVB=-0.0641384;RO=28;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289759;STB=0.673502;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0777513;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:10:4:15:13:10:4:15:13 chr16 4165432 . T C,G 235.33 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=16,3;DP=19;FAO=17,2;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125679,0.00272964;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.805,187.686;QD=49.5439;RBI=0.0719046,0.0167471;REFB=0,0;REVB=0.0707977,-0.0165232;RO=0;SAF=6,2;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00753567,0.0203977;OID=.,.;OPOS=4165432,4165432;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:19:19:0:0:16,3:17,2:0.894737,0.105263:10,1:6,2:0:0:11,0:6,2:0:0 chr16 4245693 . A G 374.75 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0210694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.405;QD=15.6144;RBI=0.0260236;REFB=-0.0208478;REVB=0.0152744;RO=56;SAF=22;SAR=18;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601084;STB=0.533882;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0326213;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:18:22:34:22:18:22:34:22 chr16 4256755 . TCCCCCTG TCCCCTG,TCCCCTGC,TCCCTG 200.81 PASS AF=0.174603,0.126984,0.174603;AO=15,8,11;DP=62;FAO=11,8,11;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=3,0,11;FSAR=8,8,0;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.161269,-0.06722,-0.0823741;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,2;MLLD=13.5434,102.431,21.9039;QD=12.7497;RBI=0.162346,0.067347,0.0829902;REFB=-0.0661182,-0.00747217,-0.0336905;REVB=0.0186644,-0.00413316,0.0100932;RO=25;SAF=7,0,10;SAR=8,8,1;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0991377,-0.752636,0.52525;STB=0.72686,0.99866,0.998761;STBP=0.106,0.002,0.001;TYPE=del,mnp,del;VARB=-0.0654058,0.122536,0.0531344;OID=.,.,.;OPOS=4256756,4256760,4256756;OREF=C,CTG,CC;OALT=-,TGC,-;OMAPALT=TCCCCTG,TCCCCTGC,TCCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.174603,0.126984,0.174603:15,8,11:62:11,8,11:63:33:3,0,11:8,8,0:19:14:55:25:7,0,10:8,8,1:14:11 chr16 4257060 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0910945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4387;QD=11.0924;RBI=0.0915458;REFB=0.0110712;REVB=-0.00907878;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317065;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00494235;OID=.;OPOS=4257060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:2:3:1:4:2:3:2:4 chr16 4257281 . A C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0238196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.775;QD=19.3688;RBI=0.0262772;REFB=0.0091611;REVB=0.0110958;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318367;STB=0.681477;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00277068;OID=.;OPOS=4257281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:6:1:6:4:6:1 chr16 4257286 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0122275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.288;QD=19.3688;RBI=0.0325407;REFB=-0.0431761;REVB=0.030156;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318367;STB=0.681477;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0181984;OID=.;OPOS=4257286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:6:1:6:4:6:1 chr16 4307646 . A G 1497.52 PASS AF=0.9;AO=107;DP=120;FAO=108;FDP=120;FR=.;FRO=12;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0210063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7977;QD=49.9174;RBI=0.0297784;REFB=-0.0350258;REVB=0.0211067;RO=13;SAF=58;SAR=49;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165718;STB=0.513041;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0437624;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:120:120:13:12:107:108:0.9:49:58:6:7:49:59:5:7 chr16 4310468 . C G 1675.12 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.113;QD=60.3648;RBI=0.0601116;REFB=0;REVB=0.0206272;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151844;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:107:111:1:62:45:0:0:63:48:0:0 chr16 4386814 . T C 905.44 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575894;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.547;QD=58.4152;RBI=0.0113016;REFB=0;REVB=0.00972425;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2075e-05;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr16 4431202 . A G 942.69 PASS AF=0.525714;AO=92;DP=175;FAO=92;FDP=175;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.0731639;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.729;QD=21.5472;RBI=0.0750966;REFB=-0.0141407;REVB=-0.0169278;RO=83;SAF=37;SAR=55;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150291;STB=0.508227;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0139857;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:83:83:92:92:0.525714:55:37:32:51:55:37:32:51 chr16 4432029 . A C 187.35 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0284749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.505;QD=14.6943;RBI=0.038008;REFB=-0.0130808;REVB=-0.0251751;RO=29;SAF=4;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250286;STB=0.63895;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0170612;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:17:4:11:18:17:4:11:19 chr16 4445327 . C T 285.99 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00242509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.222;QD=21.9988;RBI=0.00350479;REFB=-0.00345886;REVB=0.00253031;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100271;STB=0.555518;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00239971;OID=.;OPOS=4445327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:15:14:14:9:15:14:14:9 chr16 4476089 . T C 490.69 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00647194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.425;QD=22.3039;RBI=0.00647581;REFB=-0.0221809;REVB=0.000223771;RO=40;SAF=17;SAR=30;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221775;STB=0.616992;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0209373;OID=.;OPOS=4476089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:41:47:47:0.534091:30:17:25:15:30:17:25:16 chr16 4484396 . A T 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0261736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1711;QD=15.9136;RBI=0.0779884;REFB=0.011232;REVB=-0.0734652;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057665;STB=0.533283;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0173381;OID=.;OPOS=4484396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:9:6:6:7:9:6 chr16 4496973 . T A 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00421827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.22;QD=15.219;RBI=0.00847656;REFB=0.00363919;REVB=-0.00735244;RO=41;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011973;STB=0.506771;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00618462;OID=.;OPOS=4496973;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:17:14:19:22:17:14:19:22 chr16 4511926 . G A 379.08 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0115857;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.903;QD=21.6617;RBI=0.0122075;REFB=-0.0184461;REVB=0.00384611;RO=31;SAF=7;SAR=31;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197082;STB=0.62255;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.015388;OID=.;OPOS=4511926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:32:38:38:0.542857:31:7:11:20:31:7:12:20 chr16 4708959 . G C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.425;QD=43.4844;RBI=0.0335985;REFB=0;REVB=0.032446;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482411;OID=.;OPOS=4708959;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr16 4709131 . C A 230.28 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0142199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1767;QD=46.0551;RBI=0.060655;REFB=-0.0198136;REVB=-0.0589646;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.533298;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00331833;OID=.;OPOS=4709131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:1:0:12:7:1:0 chr16 4721468 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.333;QD=64.1535;RBI=0.030505;REFB=0;REVB=0.00944091;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105854;OID=.;OPOS=4721468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr16 4736316 . C T 1139.2 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0493982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0697;QD=59.1794;RBI=0.0568646;REFB=-0.112714;REVB=0.0281673;RO=1;SAF=35;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133266;STB=0.506848;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0022732;OID=.;OPOS=4736316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:40:35:1:0:40:36:1:0 chr16 4743793 . G A 515.86 PASS AF=0.470588;AO=55;DP=116;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00674373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.804;QD=17.3397;RBI=0.00787137;REFB=-0.0254668;REVB=-0.00405963;RO=61;SAF=21;SAR=34;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599556;STB=0.529791;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.033949;OID=.;OPOS=4743793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:61:63:55:56:0.470588:34:21:27:34:35:21:27:36 chr16 4748825 . C T 321.95 PASS AF=0.771429;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0379368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0288;QD=36.7946;RBI=0.0711932;REFB=-0.0502438;REVB=-0.0602434;RO=8;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164811;STB=0.589409;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0756015;OID=.;OPOS=4748825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:35:35:8:8:27:27:0.771429:13:14:1:7:13:14:1:7 chr16 4751045 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.849;QD=51.1846;RBI=0.108574;REFB=0;REVB=0.00166536;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981586;OID=.;OPOS=4751045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr16 4752134 . A G 1339.75 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.214;QD=62.3137;RBI=0.0220363;REFB=0;REVB=-0.0134908;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43885e-06;OID=.;OPOS=4752134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:37:48:0:0:37:49:0:0 chr16 4787935 . G C 557.01 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6083;QD=60.217;RBI=0.0340848;REFB=0;REVB=0.0323266;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071886;OID=.;OPOS=4787935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr16 4790273 . G A 775.24 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0412434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8003;QD=53.4646;RBI=0.133952;REFB=-0.00232152;REVB=0.127444;RO=2;SAF=34;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269297;STB=0.514281;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00176585;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:22:34:2:0:22:34:2:0 chr16 4794873 . C T 1529.44 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.492;QD=63.7266;RBI=0.0271841;REFB=0;REVB=-0.00293127;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34527e-05;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:45:51:0:0:45:51:0:0 chr16 4796393 . A G 1316.84 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.947;QD=61.9687;RBI=0.0559766;REFB=0;REVB=0.0470756;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012649;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:85:0:0:81:85:1:31:50:0:0:34:51:0:0 chr16 4797457 . C T 1966.32 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0109069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0103;QD=59.1373;RBI=0.032539;REFB=-0.208474;REVB=-0.0306565;RO=2;SAF=50;SAR=80;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117325;STB=0.501047;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00436539;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:133:2:3:130:130:0.977444:80:50:0:2:81:49:1:2 chr16 4802386 . G T 1534.08 PASS AF=0.99;AO=92;DP=93;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0331167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5876;QD=61.3633;RBI=0.0559928;REFB=0.0822041;REVB=0.0451495;RO=1;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104184;STB=0.504853;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000398019;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:100:1:1:92:99:0.99:45:47:0:1:51:48:0:1 chr16 4815602 . T C 90.96 PASS AF=0.3;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0174433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5639;QD=9.09572;RBI=0.0266522;REFB=-0.00823066;REVB=-0.0201512;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161743;STB=0.558725;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0183046;OID=.;OPOS=4815602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:39:40:28:28:11:12:0.3:7:4:14:14:7:5:14:14 chr16 4815608 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.106;QD=61.3357;RBI=0.0629241;REFB=0;REVB=-0.0540395;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196947;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr16 4833970 . C T 476.96 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00101731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.11;QD=27.6496;RBI=0.0274615;REFB=-0.023926;REVB=0.0274427;RO=25;SAF=28;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212749;STB=0.615947;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00333421;OID=.;OPOS=4833970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:44:44:0.637681:16:28:8:17:16:28:8:17 chr16 4837545 . A G 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0216913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.018;QD=29.9649;RBI=0.0327619;REFB=-0.0213279;REVB=0.0245526;RO=13;SAF=12;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115015;STB=0.506324;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0116989;OID=.;OPOS=4837545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:13:12:6:7:13:12:6:7 chr16 4846068 . T C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00388209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.903;QD=19.3863;RBI=0.0190165;REFB=-0.00412799;REVB=0.018616;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164384;STB=0.58939;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00219535;OID=.;OPOS=4846068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:19:20:0.487805:8:11:15:5:8:12:16:5 chr16 4847524 . T C 409.04 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0446935;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.466;QD=33.3906;RBI=0.0543959;REFB=-0.030474;REVB=0.0310065;RO=14;SAF=14;SAR=19;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162523;STB=0.559244;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0278462;OID=.;OPOS=4847524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:14:16:33:33:0.673469:19:14:2:12:19:14:4:12 chr16 4855279 . A G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00334644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.265;QD=19.3862;RBI=0.0238545;REFB=-0.0155514;REVB=-0.0236186;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113503;STB=0.564291;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0128107;OID=.;OPOS=4855279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:10:11:8:12:10:11 chr16 4861709 . G C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.505;QD=56.9569;RBI=0.0369325;REFB=0;REVB=0.0275385;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25165e-05;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr16 4930100 . C T 354.17 PASS AF=0.453488;AO=37;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0147959;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9672;QD=16.4731;RBI=0.018421;REFB=-0.00474968;REVB=0.0109733;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115791;STB=0.561466;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0105849;OID=.;OPOS=4930100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:41:47:37:39:0.453488:19:18:25:16:21:18:27:20 chr16 4933939 . G C 498.94 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.319;QD=58.6989;RBI=0.0690484;REFB=0;REVB=0.0333617;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127624;OID=.;OPOS=4933939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:19:15:0:0 chr16 4934549 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.404;QD=44.6896;RBI=0.129084;REFB=0;REVB=0.0676471;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171718;OID=.;OPOS=4934549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr16 4934564 . C G 272.45 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0382;QD=51.8952;RBI=0.0849104;REFB=0;REVB=0.0268814;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142875;OID=.;OPOS=4934564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:3:17:0:0:3:18:0:0 chr16 4938160 . T G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.349;QD=58.2396;RBI=0.0193887;REFB=0;REVB=0.00162803;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53402e-05;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr16 4940809 . A G 2225.32 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024455;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3628;QD=63.1296;RBI=0.0870556;REFB=0;REVB=-0.0835501;RO=0;SAF=70;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72246e-05;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:141:0:0:137:141:1:67:70:0:0:67:74:0:0 chr16 4942099 . C T 1208.4 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00791974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.92;QD=57.5429;RBI=0.0181565;REFB=-0.0262316;REVB=0.0163382;RO=2;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182065;STB=0.501419;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=3.93008e-05;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:2:3:81:81:0.964286:51:30:0:2:51:30:1:2 chr16 4944518 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.147;QD=58.1421;RBI=0.0443145;REFB=0;REVB=-0.0114938;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97068e-05;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr16 4952487 . T G 409.82 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.000102011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.417;QD=20.7505;RBI=0.0159809;REFB=-0.0139257;REVB=0.0159806;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112551;STB=0.566779;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0129184;OID=.;OPOS=4952487;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:40:41:0.518987:23:17:21:17:24:17:21:17 chr16 5064917 . C T 355.01 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0913334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5001;QD=16.3224;RBI=0.0976031;REFB=-0.0121591;REVB=0.0344176;RO=47;SAF=12;SAR=26;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382121;STB=0.519989;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0125831;OID=.;OPOS=5064917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:49:38:38:0.436782:26:12:15:32:26:12:17:32 chr16 5074952 . C T 548.87 PASS AF=0.973684;AO=38;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150273;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.062;QD=57.7753;RBI=0.0314693;REFB=0.00709956;REVB=0.0276495;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=3.75847e-05;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:0:1:38:37:0.973684:16:22:0:0:15:22:1:0 chr16 5075542 . G A 574.01 PASS AF=0.540816;AO=52;DP=97;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.000703606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.282;QD=23.4291;RBI=0.00384937;REFB=-0.0013611;REVB=0.00378452;RO=45;SAF=25;SAR=27;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00685438;STB=0.507909;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00100848;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:45:45:52:53:0.540816:27:25:22:23:28:25:22:23 chr16 5075633 . G A 269.63 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0291222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1709;QD=18.9214;RBI=0.0292261;REFB=-0.0167119;REVB=-0.00246186;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271562;STB=0.525322;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0159422;OID=.;OPOS=5075633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:17:12:12:15:17:12:13:15 chr16 5077985 . C T 269.97 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0196109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.615;QD=22.9765;RBI=0.0400449;REFB=-0.0128638;REVB=0.0349142;RO=22;SAF=2;SAR=23;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352243;STB=0.702085;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0111962;OID=.;OPOS=5077985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:23:2:6:16:23:2:6:16 chr16 5097947 . A G 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.018035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.537;QD=16.0425;RBI=0.0306864;REFB=-0.0146979;REVB=0.0248273;RO=26;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221206;STB=0.628594;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0280163;OID=.;OPOS=5097947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:15:4:10:16:15:4:10:16 chr16 5106184 . C T 1438.91 PASS AF=0.938053;AO=96;DP=104;FAO=106;FDP=113;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0225924;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=107.743;QD=50.9349;RBI=0.0454289;REFB=-0.0927848;REVB=0.0394128;RO=7;SAF=51;SAR=45;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421908;STB=0.52212;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00411298;OID=.;OPOS=5106184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:104:113:7:7:96:106:0.938053:45:51:6:1:53:53:6:1 chr16 5106185 . C T 36.38 PASS AF=0.0884956;AO=10;DP=112;FAO=10;FDP=113;FR=.;FRO=103;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=0.0347332;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.2085;QD=1.2877;RBI=0.0382739;REFB=-0.0111051;REVB=-0.016078;RO=102;SAF=2;SAR=8;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394586;STB=0.813184;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0632639;OID=.;OPOS=5106185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:112:113:102:103:10:10:0.0884956:8:2:56:46:8:2:57:46 chr16 5132636 . C T 861.52 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.274;QD=56.4933;RBI=0.0280848;REFB=0;REVB=0.0280507;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386483;OID=.;OPOS=5132636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:35:24:0:0:35:26:0:0 chr16 5139186 . G C 397.25 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269636;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.428;QD=56.7495;RBI=0.034411;REFB=0;REVB=0.0213794;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108967;OID=.;OPOS=5139186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:17:11:0:0 chr16 5139217 . C G 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00925773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.058;QD=45.4844;RBI=0.00938848;REFB=-0.0928553;REVB=-0.00156139;RO=2;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768812;STB=0.541629;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00785642;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:11:11:0:2:11:11:0:2 chr16 5649140 . T TTAGGAAA 653.15 PASS AF=1;AO=39;DP=51;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338816;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=7;MLLD=334.221;QD=62.2049;RBI=0.036286;REFB=0;REVB=0.0129888;RO=9;SAF=23;SAR=16;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110248;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000392916;OID=.;OPOS=5649141;OREF=-;OALT=TAGGAAA;OMAPALT=TTAGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:51:42:42:0:26:16:0:0:4:9:23:16:8:1 chr16 6533549 . C A 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.573;QD=64.4136;RBI=0.0760933;REFB=0;REVB=-0.00244044;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317032;OID=.;OPOS=6533549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr16 6923966 . A G 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2847;QD=57.1743;RBI=0.0573409;REFB=0;REVB=0.0570162;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395258;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr16 7102036 . CTTCA CCTCA,CTCA,CTCAT 996.66 PASS AF=0.047619,0.952381,0;AO=6,62,5;DP=83;FAO=4,80,0;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=4,47,0;FSAR=0,33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085958,0.00800006,0.0117369;FXX=0.0117633;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,3;MLLD=7.32701,18.2305,5.35073;QD=47.46;RBI=0.152193,0.286584,0.0527111;REFB=-0.117118,-0.0435835,-0.00455217;REVB=0.15195,0.286473,0.0513878;RO=5;SAF=5,42,1;SAR=1,20,4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.505365,0.0744989,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0123163,0.0134978,0;OID=.,.,.;OPOS=7102037,7102037,7102038;OREF=T,T,TCA;OALT=C,-,CAT;OMAPALT=CCTCA,CTCA,CTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.047619,0.952381,0:6,62,5:83:4,80,0:84:0:4,47,0:0,33,0:0:0:10:5:5,42,1:1,20,4:1:4 chr16 7760884 . T G 350.46 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0219387;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9509;QD=20.0262;RBI=0.0271926;REFB=-0.0263778;REVB=0.0160665;RO=33;SAF=21;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21332;STB=0.624345;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00799297;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:33:34:36:36:0.514286:15:21:11:22:15:21:11:23 chr16 7761529 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.962;QD=58.1411;RBI=0.0444649;REFB=0;REVB=0.0400724;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146044;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr16 8728953 . C T 2330.46 PASS AF=0.993289;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.94;QD=62.5626;RBI=0.039795;REFB=-0.0208974;REVB=0.0151363;RO=0;SAF=57;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502762;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000189494;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:0:1:147:148:0.993289:90:57:0:0:90:58:0:1 chr16 8729124 . G A 310.23 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7335;QD=28.8589;RBI=0.0746591;REFB=0.00748776;REVB=0.0048704;RO=16;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546842;STB=0.530098;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00438216;OID=.;OPOS=8729124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:14:13:9:7:14:13:9:7 chr16 8736028 . T C 1608.22 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0287215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6282;QD=59.0173;RBI=0.060386;REFB=-0.00310832;REVB=-0.0531182;RO=1;SAF=38;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123264;STB=0.506492;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.000292037;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:70:38:1:0:70:38:1:0 chr16 8738427 . T C 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.548;QD=58.0589;RBI=0.0335019;REFB=0;REVB=0.0299414;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91231e-05;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr16 8738499 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.955;QD=57.8841;RBI=0.0760562;REFB=0;REVB=0.0122323;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341347;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr16 8738579 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.609;QD=60.2286;RBI=0.0500521;REFB=0;REVB=0.045115;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265759;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr16 8739954 . G A 1341.98 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000894989;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1884;QD=61.7003;RBI=0.0332673;REFB=0;REVB=0.0332553;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00915074;OID=.;OPOS=8739954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:85:87:1:36:49:0:0:36:51:0:0 chr16 8740015 . A C 1184.94 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6327;QD=58.5154;RBI=0.0241002;REFB=-0.134386;REVB=-0.0112187;RO=2;SAF=44;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210306;STB=0.505493;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00237547;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:2:1:79:80:0.987654:35:44:2:0:35:45:1:0 chr16 8740418 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7782;QD=58.9623;RBI=0.0235263;REFB=0;REVB=-0.0145304;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242765;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr16 8740503 . G A 903.55 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.897;QD=58.2932;RBI=0.0427504;REFB=0;REVB=0.0260222;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82746e-05;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:23:36:0:0:25:37:0:0 chr16 8777142 . A C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0166308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5275;QD=10.7149;RBI=0.0437132;REFB=0.00106303;REVB=0.040426;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100268;STB=0.559914;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.000967552;OID=.;OPOS=8777142;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:6:8:14:15:6:8:14:15 chr16 8839954 . A G 148.11 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0297019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.688;QD=17.9522;RBI=0.0297624;REFB=-0.0111402;REVB=-0.00189612;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304714;STB=0.674109;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0172798;OID=.;OPOS=8839954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:11:6:11:5:11:6 chr16 8841960 . T C 422.28 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00722227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.906;QD=20.8534;RBI=0.0230994;REFB=-0.0166255;REVB=0.0219413;RO=38;SAF=27;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258373;STB=0.637103;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0170401;OID=.;OPOS=8841960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:38:39:42:42:0.518519:15:27:13:25:15:27:14:25 chr16 8844389 . C T 293.49 PASS AF=0.353535;AO=34;DP=96;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0369767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7964;QD=11.8583;RBI=0.0375259;REFB=-0.0213056;REVB=-0.00639653;RO=62;SAF=18;SAR=16;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213828;STB=0.502616;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0385743;OID=.;OPOS=8844389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:62:64:34:35:0.353535:16:18:34:28:16:19:35:29 chr16 8875763 . T C 155.3 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0268333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.424;QD=23.0067;RBI=0.0268333;REFB=-0.0146179;REVB=1.01223e-05;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477344;STB=0.507033;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0100926;OID=.;OPOS=8875763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:27:10:11:15:16:0.592593:7:8:6:4:7:9:6:5 chr16 8877854 . C G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0102602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.79;QD=16.5275;RBI=0.0308917;REFB=-0.0156927;REVB=-0.0291381;RO=29;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110075;STB=0.562448;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0202334;OID=.;OPOS=8877854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:7:18:18:11:7:18:18:11 chr16 8952248 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.272;QD=57.7124;RBI=0.0270374;REFB=0;REVB=0.0228814;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18371e-05;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr16 8953081 . C G 567.87 PASS AF=0.405229;AO=62;DP=153;FAO=62;FDP=153;FR=.,HEALED;FRO=87;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.0138529;FXX=0.00649309;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.729;QD=14.8462;RBI=0.0210244;REFB=-0.0306236;REVB=-0.0158153;RO=68;SAF=25;SAR=37;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650712;STB=0.53384;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0394198;OID=.;OPOS=8953081;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:68:87:62:62:0.405229:37:25:32:36:37:25:40:47 chr16 8979046 . A G 1208.91 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.555;QD=61.2107;RBI=0.0498878;REFB=0;REVB=-0.0383196;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40967e-05;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr16 9030444 . C G 871.34 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0109282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7487;QD=56.2158;RBI=0.0912633;REFB=-0.0854412;REVB=0.0906067;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000932567;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:32:29:0:0:32:29:0:1 chr16 9693953 . C G 62.7 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0144003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.998;QD=8.09013;RBI=0.0171074;REFB=-0.0157799;REVB=0.00923551;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244737;STB=0.621944;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0362494;OID=.;OPOS=9693953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:20:22:9:9:0.290323:3:6:9:11:3:6:11:11 chr16 9693997 . C G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0343434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.781;QD=13.5053;RBI=0.0409206;REFB=-0.0221093;REVB=0.0222491;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113103;STB=0.566363;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0332379;OID=.;OPOS=9693997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:8:9:5:7:8:9 chr16 10524656 . GGACG GGA,GG 451.02 PASS AF=0.193548,0.806452;AO=6,25;DP=35;FAO=6,25;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=6,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407689,-0.00792942;FXX=0.13885;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=201.819,214.489;QD=58.1964;RBI=0.0611338,0.0546884;REFB=0,0;REVB=0.0609977,0.0541105;RO=0;SAF=0,18;SAR=6,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0184127,-0.00226044;OID=.,.;OPOS=10524659,10524657;OREF=CG,GAC;OALT=-,-;OMAPALT=GGA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.193548,0.806452:6,25:35:6,25:31:0:0,18:6,7:0:0:28:0:0,18:6,7:0:0 chr16 10575824 . C A 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7076;QD=59.8341;RBI=0.0180529;REFB=0;REVB=0.00349072;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268339;OID=.;OPOS=10575824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr16 10590175 . T C 317.24 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0123521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.476;QD=25.8972;RBI=0.0307198;REFB=-0.00567349;REVB=-0.0281271;RO=21;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139848;STB=0.577492;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00398995;OID=.;OPOS=10590175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:17:11:12:9:17:11:12:9 chr16 10631912 . C T 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0120111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.618;QD=13.7845;RBI=0.0188115;REFB=-0.0188283;REVB=0.0144778;RO=33;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346055;STB=0.519838;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0221019;OID=.;OPOS=10631912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:16:7:11:22:16:7:11:22 chr16 10769958 . T C,G 791.16 PASS AF=0.982143,0.0178571;AO=54,2;DP=56;FAO=55,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00724774,-0.00389576;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.924,135.884;QD=56.5117;RBI=0.00995303,0.0215325;REFB=0,0;REVB=-0.00682152,-0.0211771;RO=0;SAF=32,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.64875e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000429776,0.0695451;OID=.,.;OPOS=10769958,10769958;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:56:56:0:0:54,2:55,1:0.982143,0.0178571:22,1:32,1:0:0:22,1:33,0:0:0 chr16 10775855 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0277055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.806;QD=6.5736;RBI=0.0469764;REFB=-3.43483e-05;REVB=0.0379367;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370512;STB=0.545304;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00019131;OID=.;OPOS=10775855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:15:16:6:6:0.272727:3:3:8:7:3:3:9:7 chr16 10783113 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00101634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.223;QD=10.3792;RBI=0.0182003;REFB=-0.0115777;REVB=-0.0181719;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117295;STB=0.571265;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0223663;OID=.;OPOS=10783113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:9:7:3:6:9:7 chr16 10788406 . G T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.000993422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.299;QD=18.7768;RBI=0.00222494;REFB=-0.0201943;REVB=0.00199085;RO=26;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242636;STB=0.636122;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0249988;OID=.;OPOS=10788406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:17:9:16:10:17:9:16:10 chr16 10813648 . C T 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00187845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.274;QD=20.8917;RBI=0.00231338;REFB=-0.0142313;REVB=0.00135026;RO=27;SAF=7;SAR=25;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230838;STB=0.629051;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0202413;OID=.;OPOS=10813648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:25:7:12:15:25:7:12:15 chr16 10995933 . A G 744.66 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.593;QD=63.3755;RBI=0.0445222;REFB=0;REVB=0.0305959;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166543;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:30:15:0:0:32:15:0:0 chr16 11001743 . G A 157.95 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00871651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.4003;QD=25.2726;RBI=0.038533;REFB=-0.0164412;REVB=-0.0375342;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216343;STB=0.620543;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0241102;OID=.;OPOS=11001743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:9:7:7:2:9:7:7:2 chr16 11002133 . CT GC,GT 582.47 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=2,37;DP=39;FAO=2,37;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394153,0.000685913;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=79.8109,78.3953;QD=59.7402;RBI=0.0394209,0.0186261;REFB=0,0;REVB=0.000662765,0.0186134;RO=0;SAF=0,19;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.68991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00149923,-7.54982e-05;OID=.,.;OPOS=11002133,11002133;OREF=CT,C;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:0:0:2,37:2,37:0.0512821,0.948718:2,18:0,19:0:0:2,18:0,19:0:0 chr16 11002904 . G A 1311.94 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0264757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.918;QD=59.6335;RBI=0.0461115;REFB=-0.123008;REVB=0.0377532;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501899;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00149712;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:0:2:86:86:0.977273:50:36:0:0:50:36:1:1 chr16 11002927 . A G 1453.82 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.361;QD=63.2096;RBI=0.0324979;REFB=0;REVB=0.0324534;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23713e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:55:36:0:0:55:37:0:0 chr16 11023208 . T C 1212.68 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.308;QD=60.634;RBI=0.00337309;REFB=0;REVB=0.00255764;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115356;OID=.;OPOS=11023208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:37:41:0:0:38:42:0:0 chr16 11154770 . G A 296.27 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00869652;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.13;QD=12.8812;RBI=0.00907128;REFB=-0.0160156;REVB=-0.00258047;RO=57;SAF=19;SAR=15;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0028624;STB=0.50649;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0221616;OID=.;OPOS=11154770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:57:58:34:34:0.369565:15:19:32:25:15:19:33:25 chr16 11367143 . G A 699.02 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0450278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=343.323;QD=54.8252;RBI=0.0528595;REFB=-0.132411;REVB=0.027688;RO=1;SAF=21;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218873;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0003994;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:29:21:1:0:29:21:1:0 chr16 11367154 . C T 257.74 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00797924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0764;QD=19.8258;RBI=0.0147021;REFB=-0.0293216;REVB=0.0123484;RO=24;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148059;STB=0.5741;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0246068;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:17:10:13:11:17:10:13:12 chr16 11387117 . A G 2046.06 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.623;QD=62.4752;RBI=0.014574;REFB=0;REVB=-0.0055155;RO=0;SAF=47;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8604e-06;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:84:47:0:0:84:47:0:0 chr16 11387164 . T C 1401.16 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00161015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.954;QD=61.5893;RBI=0.0425967;REFB=-0.0702068;REVB=0.0425662;RO=0;SAF=20;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83598e-08;STB=0.503545;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000142306;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:0:1:88:90:0.989011:68:20:0:0:70:20:0:1 chr16 11410685 . C T 224.57 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00131881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.685;QD=17.613;RBI=0.0037832;REFB=-0.011769;REVB=-0.00354589;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253671;STB=0.502956;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0121263;OID=.;OPOS=11410685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:17:7:7:19:17:7:8:19 chr16 11540712 . T C 828.41 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110913;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.943;QD=57.1314;RBI=0.111882;REFB=0;REVB=0.0146892;RO=0;SAF=6;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55111e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593656;OID=.;OPOS=11540712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:53:58:1:47:6:0:0:47:11:0:0 chr16 11540760 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.037;QD=63.8715;RBI=0.011881;REFB=0;REVB=0.00376764;RO=0;SAF=8;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.98835e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42522e-05;OID=.;OPOS=11540760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:40:8:0:0:40:8:0:0 chr16 11541896 . G A 784.17 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5991;QD=56.0118;RBI=0.044129;REFB=0;REVB=0.0334998;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000796962;OID=.;OPOS=11541896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:29:27:0:0 chr16 11542894 . C T 1339.19 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.71;QD=62.2879;RBI=0.0517605;REFB=0;REVB=0.0181178;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140438;OID=.;OPOS=11542894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:52:34:0:0:52:34:0:0 chr16 11553883 . C G 1348.08 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0493388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.908;QD=60.5878;RBI=0.0494525;REFB=-0.118743;REVB=0.00335161;RO=1;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104136;STB=0.505375;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000277952;OID=.;OPOS=11553883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:87:88:0.988764:45:42:0:1:46:42:0:1 chr16 11556121 . A G 1067.65 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157822;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.099;QD=60.1491;RBI=0.0343429;REFB=0;REVB=0.0305017;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153766;OID=.;OPOS=11556121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:29:41:0:0:30:41:0:0 chr16 11650325 . G A 224.19 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0114717;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3785;QD=15.1994;RBI=0.0426708;REFB=-0.0295475;REVB=0.0410999;RO=34;SAF=18;SAR=8;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516717;STB=0.535686;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0381535;OID=.;OPOS=11650325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:33:26:26:0.440678:8:18:22:12:8:18:21:12 chr16 11658459 . A AT 198.31 PASS AF=0.5;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00572352;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=143.673;QD=18.8867;RBI=0.0135847;REFB=-0.00722487;REVB=-0.0123201;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216171;STB=0.6295;STBP=0.12;TYPE=ins;VARB=0.012274;OID=.;OPOS=11658460;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:20:42:21:42:21:6:15:11:10:99:21:6:14:11:10 chr16 11769948 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0698858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8579;QD=9.49135;RBI=0.0712397;REFB=-0.00405477;REVB=0.0138228;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010985;OID=.;OPOS=11769948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:10:8:4:5:10:8 chr16 11769963 . C T 63.38 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00482078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.362;QD=8.74271;RBI=0.00587989;REFB=-0.0302223;REVB=0.00336649;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542234;STB=0.531181;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0559014;OID=.;OPOS=11769963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:19:20:8:9:0.310345:3:5:11:8:4:5:12:8 chr16 11770777 . A G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00650854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.134;QD=15.1604;RBI=0.022117;REFB=-0.0080948;REVB=-0.0211377;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760933;STB=0.543865;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00841337;OID=.;OPOS=11770777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:8:14:9:7:8:14 chr16 11771094 . C G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0952788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.953;QD=13.7525;RBI=0.107747;REFB=-0.011403;REVB=-0.0503123;RO=22;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173152;STB=0.594629;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.012577;OID=.;OPOS=11771094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:13:2:5:17:13:2:5:18 chr16 11771353 . C A 95.6 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00228573;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.979;QD=11.5875;RBI=0.0580129;REFB=-0.0110722;REVB=0.0579678;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764774;STB=0.545379;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0262966;OID=.;OPOS=11771353;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:12:9:6:6:12:9 chr16 11772600 . T TTCTGA 192.42 PASS AF=0.425532;AO=16;DP=49;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.012738;FXX=0.020829;HRUN=6;LEN=5;MLLD=294.483;QD=16.376;RBI=0.0253705;REFB=-0.00882696;REVB=-0.021941;RO=33;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11611;STB=0.534211;STBP=0.728;TYPE=ins;VARB=0.0147598;OID=.;OPOS=11772601;OREF=-;OALT=TCTGA;OMAPALT=TTCTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532:16:49:20:47:27:5:15:8:19:99:33:4:12:11:22 chr16 11773662 . C G 131.34 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0192609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.816;QD=14.1991;RBI=0.019453;REFB=-0.00188869;REVB=-0.00272657;RO=22;SAF=2;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430811;STB=0.756876;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00299245;OID=.;OPOS=11773662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:13:2:10:12:13:2:10:12 chr16 11852354 . A C 161.45 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=1.49847e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2136;QD=18.9942;RBI=0.0159782;REFB=0.0391498;REVB=-0.0159782;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205826;STB=0.616307;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0400993;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:5:12:8:9:5:12 chr16 11935770 . C A 218.98 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00789843;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.64;QD=20.8551;RBI=0.0174229;REFB=-0.0115554;REVB=-0.0155297;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434181;STB=0.524452;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0163671;OID=.;OPOS=11935770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:21:21:21:21:0.5:12:9:8:13:12:9:8:13 chr16 11940390 . T C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00198412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.316;QD=14.2415;RBI=0.00781277;REFB=-0.0134705;REVB=0.00755663;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442495;STB=0.513357;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0145867;OID=.;OPOS=11940390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:21:22:0.415094:9:12:19:12:9:13:19:12 chr16 11969724 . G C 429.81 PASS AF=0.444444;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00918882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.17;QD=17.366;RBI=0.0200243;REFB=0.00167692;REVB=0.0177915;RO=55;SAF=27;SAR=16;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10426;STB=0.549433;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.001458;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:55:55:43:44:0.444444:16:27:29:26:17:27:29:26 chr16 12027474 . CAT C 247.3 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348639;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.022;QD=52.063;RBI=0.0390855;REFB=0;REVB=0.0176688;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000163278;OID=.;OPOS=12027475;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:21:19:19:0:3:16:0:0:4:0:3:16:0:0 chr16 12060163 . A G 1284.64 PASS AF=0.977778;AO=84;DP=92;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0468627;FXX=0.0217368;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.98;QD=57.095;RBI=0.0567883;REFB=-0.180345;REVB=0.032075;RO=2;SAF=37;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024913;STB=0.511902;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00262022;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:90:2:2:84:88:0.977778:47:37:2:0:47:41:2:0 chr16 12621176 . C G 1030.27 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424665;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.089;QD=59.7257;RBI=0.0426791;REFB=0;REVB=0.00425444;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432466;OID=.;OPOS=12621176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:46:23:0:0:46:23:0:0 chr16 12662417 . CTTC CTC,CTT,CTTT 772.42 PASS AF=0.432836,0.567164,0;AO=16,19,16;DP=67;FAO=29,38,0;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=7,13,0;FSAR=22,25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.690809,0.0932619,-0.304562;FXX=0;HRUN=2,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=19.0703,21.4548,21.1102;QD=46.1145;RBI=0.805929,0.139093,0.338778;REFB=0.0179101,-0.0104858,-0.0269468;REVB=0.415097,0.103194,-0.148366;RO=9;SAF=0,2,8;SAR=16,17,8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.83985,-0.421888,-0.0357466;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0243874,-0.0112234,0;OID=.,.,.;OPOS=12662418,12662420,12662420;OREF=T,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=CTC,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.432836,0.567164,0:16,19,16:67:29,38,0:67:0:7,13,0:22,25,0:0:0:99:9:0,2,8:16,17,8:5:4 chr16 12666984 . T A 526.72 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0880408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.49;QD=56.9423;RBI=0.0888294;REFB=-0.0869079;REVB=-0.01181;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301788;STB=0.51612;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00176392;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:21:15:1:0:21:15:1:0 chr16 12667393 . G A 454.91 PASS AF=0.358108;AO=53;DP=148;FAO=53;FDP=148;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=57;FSRR=38;FWDB=-0.027855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.411;QD=12.2948;RBI=0.0297436;REFB=-0.0126777;REVB=-0.0104299;RO=95;SAF=28;SAR=25;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813998;STB=0.546396;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0221279;OID=.;OPOS=12667393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:95:95:53:53:0.358108:25:28:57:38:25:28:57:38 chr16 12667409 . C G 460.96 PASS AF=0.373239;AO=53;DP=142;FAO=53;FDP=142;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.00906545;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.761;QD=12.9846;RBI=0.0162855;REFB=-0.0155392;REVB=-0.013529;RO=88;SAF=31;SAR=22;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006055;STB=0.507639;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0206723;OID=.;OPOS=12667409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:88:89:53:53:0.373239:22:31:51:37:22:31:51:38 chr16 12667945 . C T 1130.05 PASS AF=0.535354;AO=106;DP=198;FAO=106;FDP=198;FR=.;FRO=92;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.00777753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4421;QD=22.8293;RBI=0.0176897;REFB=-0.00198217;REVB=0.0158882;RO=92;SAF=52;SAR=54;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00802513;STB=0.504383;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00182365;OID=.;OPOS=12667945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:92:92:106:106:0.535354:54:52:46:46:54:52:46:46 chr16 12758966 . T C 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.000724582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.531;QD=24.9761;RBI=0.00356337;REFB=-0.0240296;REVB=-0.00348892;RO=21;SAF=18;SAR=15;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182412;STB=0.599941;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0157367;OID=.;OPOS=12758966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:15:18:6:15:15:18:6:15 chr16 12897578 . G T 3839.32 PASS AF=0.987903;AO=243;DP=250;FAO=245;FDP=248;FR=.;FRO=3;FSAF=129;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0115171;FXX=0.00799968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.023;QD=61.9246;RBI=0.050342;REFB=0.0251512;REVB=0.0490068;RO=3;SAF=129;SAR=114;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123753;STB=0.506382;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00043598;OID=.;OPOS=12897578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:250:248:3:3:243:245:0.987903:114:129:0:3:116:129:0:3 chr16 13002359 . T C 1287.92 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267394;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.075;QD=62.0685;RBI=0.0268313;REFB=0;REVB=-0.00221917;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35306e-05;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:54:28:0:0:54:29:0:0 chr16 14304175 . A C 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0062304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.545;QD=22.8307;RBI=0.0063836;REFB=-0.0238856;REVB=-0.00139012;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269943;STB=0.650094;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0335706;OID=.;OPOS=14304175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:1:9:8:7:1:9 chr16 14311035 . T C 323.47 PASS AF=0.466667;AO=31;DP=72;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0133716;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.237;QD=17.2517;RBI=0.0148554;REFB=-0.0169352;REVB=0.00647157;RO=41;SAF=9;SAR=22;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140882;STB=0.530103;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0192853;OID=.;OPOS=14311035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:41:40:31:35:0.466667:22:9:17:24:22:13:17:23 chr16 14356373 . T C 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00440449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.57;QD=14.4734;RBI=0.0200049;REFB=-0.00499396;REVB=-0.019514;RO=42;SAF=11;SAR=19;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280106;STB=0.658655;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00715151;OID=.;OPOS=14356373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:19:11:27:15:19:11:27:15 chr16 14356920 . A C 253.03 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00272526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.851;QD=15.1062;RBI=0.00995539;REFB=-0.0114106;REVB=0.00957511;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104361;STB=0.559055;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0152592;OID=.;OPOS=14356920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:13:16:17:21:13:16:17:21 chr16 14359205 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.010429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.123;QD=8.73785;RBI=0.0422941;REFB=-0.00466232;REVB=-0.0409881;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117753;STB=0.572359;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0108625;OID=.;OPOS=14359205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:11:9:5:4:11:9 chr16 14359233 . T A 106.83 PASS AF=0.371429;AO=14;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0890128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4446;QD=12.209;RBI=0.109177;REFB=0.00380665;REVB=-0.0632162;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146058;STB=0.628624;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0140594;OID=.;OPOS=14359233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:14:13:0.371429:8:6:12:9:8:5:13:9 chr16 14369420 . T TC 58.15 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0267245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.5746;QD=11.6308;RBI=0.0300397;REFB=-0.00851638;REVB=0.0137181;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0154623;OID=.;OPOS=14369421;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:20:8:20:12:6:2:9:3:58:12:6:2:9:3 chr16 15082865 . C T 716.95 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0686639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5087;QD=54.1096;RBI=0.0889794;REFB=0.0473227;REVB=0.0565915;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017117;STB=0.508769;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00048063;OID=.;OPOS=15082865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:53:1:1:50:52:0.981132:27:23:0:1:28:24:0:1 chr16 15083131 . A T 450.82 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302885;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.823;QD=58.1709;RBI=0.0338179;REFB=0;REVB=0.015042;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09443e-05;OID=.;OPOS=15083131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr16 15091601 . G C 245.14 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108939;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.213;QD=51.6076;RBI=0.0135186;REFB=0;REVB=0.0080046;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38393e-05;OID=.;OPOS=15091601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr16 15095675 . C A 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8797;QD=60.2269;RBI=0.0236128;REFB=0;REVB=0.0148734;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441758;OID=.;OPOS=15095675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr16 15098047 . C G 731.43 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.142;QD=62.2497;RBI=0.0380628;REFB=0;REVB=0.0317922;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76083e-05;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:29:17:0:0:29:18:0:0 chr16 15111218 . C T 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.223;QD=61.3322;RBI=0.0971335;REFB=0;REVB=-0.0964405;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000721334;OID=.;OPOS=15111218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr16 15116625 . G T 428.91 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.813;QD=57.1879;RBI=0.0630993;REFB=0;REVB=0.0593214;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507494;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr16 15129970 . A G 1084.76 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189444;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.438;QD=60.2645;RBI=0.0190036;REFB=0;REVB=-0.00149872;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807065;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr16 15131962 . A G 1468.17 PASS AF=0.990291;AO=87;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0895691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6542;QD=57.0162;RBI=0.111403;REFB=0.0706821;REVB=-0.0662425;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000822927;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:87:102:0.990291:57:30:0:0:58:44:1:0 chr16 15131974 . G T 1456.52 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153326;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6411;QD=63.3269;RBI=0.0154359;REFB=0;REVB=0.00178332;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015719;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr16 15133889 . T G 1952.79 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.237;QD=61.9932;RBI=0.0279386;REFB=0;REVB=0.020419;RO=0;SAF=53;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09277e-05;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:72:53:0:0:72:54:0:0 chr16 15178499 . G A 45.82 PASS AF=0.120482;AO=10;DP=83;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.0215522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.217;QD=2.20842;RBI=0.0468703;REFB=-0.00328063;REVB=-0.0416213;RO=72;SAF=8;SAR=2;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263269;STB=0.693213;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0206189;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:83:72:73:10:10:0.120482:2:8:44:28:2:8:45:28 chr16 15221957 . T C 239.39 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.064;QD=50.3988;RBI=0.0276957;REFB=0;REVB=-0.0251898;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00051059;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chr16 15248720 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.024;QD=33.4285;RBI=0.00851734;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452035;OID=.;OPOS=15248720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr16 15689721 . A G 210.84 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0465048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.424;QD=19.167;RBI=0.0475374;REFB=-0.0116263;REVB=-0.00985434;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14499;STB=0.567623;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0191436;OID=.;OPOS=15689721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:11:10:7:15:11:10:8:15 chr16 15781054 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.597;QD=63.2868;RBI=0.0435031;REFB=0;REVB=0.0402588;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07464e-05;OID=.;OPOS=15781054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr16 15842023 . G A 505.02 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236158;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.046;QD=59.4135;RBI=0.0249689;REFB=0;REVB=0.0081078;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5646e-05;OID=.;OPOS=15842023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr16 15843899 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=393.63;QD=56.7066;RBI=0.0101822;REFB=0;REVB=-0.00834317;RO=0;SAF=25;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.51922e-06;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:4:25:0:0:4:25:0:0 chr16 15850204 . A G 786.35 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.268;QD=64.1921;RBI=0.0218083;REFB=0;REVB=0.0210875;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79688e-05;OID=.;OPOS=15850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr16 15917197 . G A 344.78 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0196587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.709;QD=16.6157;RBI=0.0231942;REFB=-0.0051896;REVB=0.0123088;RO=44;SAF=12;SAR=25;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680946;STB=0.501113;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00441682;OID=.;OPOS=15917197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:46:37:37:0.445783:25:12:14:30:25:12:15:31 chr16 15959756 . G A 52.28 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0758602;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.577;QD=5.80855;RBI=0.0794978;REFB=-6.88628e-06;REVB=-0.0237722;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00588784;STB=0.514888;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00657236;OID=.;OPOS=15959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:36:36:27:28:8:8:0.222222:3:5:17:10:3:5:18:10 chr16 15959776 . G T 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0125479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.942;QD=8.28249;RBI=0.0146859;REFB=-0.00570656;REVB=-0.00763046;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989688;STB=0.560966;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0151779;OID=.;OPOS=15959776;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:5:7:16:16:5:7:16:16 chr16 15961351 . T C 347.97 PASS AF=0.381818;AO=41;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00177658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.763;QD=12.6534;RBI=0.00652301;REFB=-0.00919324;REVB=-0.00627642;RO=68;SAF=23;SAR=18;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509875;STB=0.520443;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0190631;OID=.;OPOS=15961351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:68:68:41:42:0.381818:18:23:35:33:19:23:35:33 chr16 15961356 . C T 250.01 PASS AF=0.303571;AO=39;DP=112;FAO=34;FDP=112;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0145619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3725;QD=8.929;RBI=0.0201117;REFB=0.0113783;REVB=0.013872;RO=73;SAF=23;SAR=16;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125589;STB=0.511572;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0426636;OID=.;OPOS=15961356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:73:78:39:34:0.303571:16:23:35:38:16:18:40:38 chr16 15961369 . G A 301.32 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.00951126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.523;QD=11.16;RBI=0.0101433;REFB=-0.0166166;REVB=-0.00352461;RO=70;SAF=20;SAR=18;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457437;STB=0.526302;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0337485;OID=.;OPOS=15961369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:70:38:38:0.351852:18:20:34:36:18:20:34:36 chr16 15967361 . T A,TCTA 126.81 PASS AF=0.06,0.26;AO=3,13;DP=50;FAO=3,13;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=1,7;FSAR=2,6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0204467,-0.00444584;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=121.098,259.252;QD=10.1446;RBI=0.0240737,0.0293745;REFB=-0.0122531,-0.0146037;REVB=-0.0127074,-0.0290361;RO=34;SAF=1,7;SAR=2,6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112413,0.114477;STB=0.603066,0.569926;STBP=0.7,0.538;TYPE=snp,ins;VARB=0.006175,0.0294164;OID=.,.;OPOS=15967361,15967362;OREF=T,-;OALT=A,CTA;OMAPALT=A,TCTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:50:50:34:34:3,13:3,13:0.06,0.26:2,6:1,7:15:19:2,6:1,7:15:19 chr16 15971028 . C G 985.72 PASS AF=0.985714;AO=66;DP=68;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0354404;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5683;QD=56.3267;RBI=0.0480168;REFB=-0.100531;REVB=0.0323974;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00551784;OID=.;OPOS=15971028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:70:0:1:66:69:0.985714:37:29:0:0:37:32:1:0 chr16 15973653 . TG AT 95.55 PASS AF=0.361111;AO=11;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0047498;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.277;QD=10.6169;RBI=0.114603;REFB=-0.0332522;REVB=0.114504;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453271;STB=0.737358;STBP=0.043;TYPE=mnp;VARB=0.0789018;OID=.;OPOS=15973653;OREF=TG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:36:23:23:11:13:0.361111:8:3:16:7:9:4:16:7 chr16 16138322 . T C 505.54 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0174957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.07;QD=20.2215;RBI=0.0279313;REFB=-0.035072;REVB=0.021773;RO=51;SAF=18;SAR=31;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205095;STB=0.613814;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0267697;OID=.;OPOS=16138322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:31:18:30:21:31:18:30:21 chr16 16139714 . T C 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0314605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6813;QD=12.7982;RBI=0.032335;REFB=-0.00116331;REVB=0.00746913;RO=39;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875026;STB=0.544521;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00225858;OID=.;OPOS=16139714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:41:26:26:0.38806:16:10:12:27:16:10:13:28 chr16 16162019 . T C 1134.7 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9962;QD=59.7212;RBI=0.147248;REFB=0;REVB=0.0840525;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00252012;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:76:0:0:69:76:1:34:35:0:0:34:42:0:0 chr16 16218703 . G A 342.8 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0140037;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1819;QD=15.9442;RBI=0.0453178;REFB=0.00380529;REVB=0.0430999;RO=48;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702801;STB=0.544743;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00320385;OID=.;OPOS=16218703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:48:49:37:37:0.430233:19:18:20:28:19:18:20:29 chr16 16228242 . G A 118.92 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00250198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.243;QD=13.2136;RBI=0.00804519;REFB=-0.0109654;REVB=0.00764625;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775117;STB=0.562409;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0185522;OID=.;OPOS=16228242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:9:5:9:12:9:5:10:12 chr16 16251599 . C T 418.83 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00232129;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=336.112;QD=22.6394;RBI=0.00476204;REFB=-0.00579531;REVB=0.00415796;RO=32;SAF=11;SAR=30;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208741;STB=0.610342;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00359421;OID=.;OPOS=16251599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:32:33:41:41:0.554054:30:11:16:16:30:11:16:17 chr16 16271357 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.293;QD=62.0081;RBI=0.0174611;REFB=0;REVB=-0.00226942;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55288e-05;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr16 16272669 . GT G,GC 1217.47 PASS AF=0.580247,0.419753;AO=29,51;DP=80;FAO=47,34;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=15,20;FSAR=32,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488772,-0.0731461;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.9116,92.3989;QD=60.1218;RBI=0.0491767,0.0747652;REFB=0,0;REVB=0.00541895,-0.0154754;RO=0;SAF=0,34;SAR=29,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00155694,0.0965105;OID=.,.;OPOS=16272670,16272670;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.580247,0.419753:29,51:80:47,34:81:0:15,20:32,14:0:0:99:0:0,34:29,17:0:0 chr16 16278863 . G T 930.09 PASS AF=0.575342;AO=83;DP=145;FAO=84;FDP=146;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0189596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.71;QD=25.4818;RBI=0.0201846;REFB=-0.0103611;REVB=-0.00692474;RO=62;SAF=37;SAR=46;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555064;STB=0.53233;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00789305;OID=.;OPOS=16278863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:62:62:83:84:0.575342:46:37:32:30:47:37:32:30 chr16 16278869 . G C 904.24 PASS AF=0.577465;AO=81;DP=141;FAO=82;FDP=142;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00497209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.701;QD=25.4716;RBI=0.0207998;REFB=0.00888934;REVB=0.0201967;RO=60;SAF=37;SAR=44;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469224;STB=0.527761;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00360465;OID=.;OPOS=16278869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:60:60:81:82:0.577465:44:37:31:29:45:37:31:29 chr16 16281007 . A G 109.05 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00127942;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4314;QD=20.7714;RBI=0.0234406;REFB=-0.0481091;REVB=0.0234056;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152892;STB=0.586078;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0178022;OID=.;OPOS=16281007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:22:21:9:9:12:12:0.571429:9:3:1:8:9:3:1:8 chr16 16291971 . C T 726.88 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0452862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.607;QD=19.1284;RBI=0.0512282;REFB=-0.0185512;REVB=0.0239477;RO=77;SAF=26;SAR=49;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170971;STB=0.509431;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0109001;OID=.;OPOS=16291971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:77:77:75:75:0.493421:49:26:28:49:49:26:28:49 chr16 16291983 . A G 752.34 PASS AF=0.503268;AO=77;DP=153;FAO=77;FDP=153;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=-0.00561754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.473;QD=19.6689;RBI=0.0126954;REFB=-0.00450533;REVB=-0.011385;RO=74;SAF=29;SAR=48;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111962;STB=0.511359;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00418636;OID=.;OPOS=16291983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:74:76:77:77:0.503268:48:29:27:47:48:29:27:49 chr16 17196433 . G C 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00390581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4155;QD=23.7574;RBI=0.0197876;REFB=-0.00868796;REVB=-0.0193982;RO=22;SAF=23;SAR=3;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244861;STB=0.638763;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0207841;OID=.;OPOS=17196433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:3:23:16:6:3:23:16:6 chr16 17196622 . T TTC 79.6 PASS AF=0.588235;AO=6;DP=21;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0101436;FXX=0;HRUN=8;LEN=2;MLLD=299.863;QD=18.7291;RBI=0.0377198;REFB=-0.0268599;REVB=0.0363303;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35867;STB=0.588064;STBP=0.401;TYPE=ins;VARB=0.0255881;OID=.;OPOS=17196623;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:6:21:10:17:7:5:5:5:2:46:15:2:4:10:5 chr16 18823379 . T C 1505.95 PASS AF=0.922414;AO=107;DP=116;FAO=107;FDP=116;FR=.;FRO=9;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0116613;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=214.525;QD=51.9295;RBI=0.0133937;REFB=-0.0356847;REVB=0.00658826;RO=4;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031092;STB=0.508371;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00053579;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:116:116:4:9:107:107:0.922414:59:48:0:4:59:48:5:4 chr16 18844389 . C T 500.97 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0114783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.941;QD=19.4551;RBI=0.0393215;REFB=0.00593287;REVB=-0.0376089;RO=51;SAF=30;SAR=22;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060901;STB=0.533674;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00601196;OID=.;OPOS=18844389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:22:30:26:25:22:30:26:25 chr16 19041595 . G A 929.44 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0155141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.345;QD=55.4888;RBI=0.0203529;REFB=-0.134956;REVB=0.0131739;RO=2;SAF=32;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286092;STB=0.515147;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00042294;OID=.;OPOS=19041595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:33:32:2:0:33:32:2:0 chr16 19067933 . G A 1495.91 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187157;FXX=0.0291234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.703;QD=59.8363;RBI=0.0387573;REFB=0;REVB=0.033939;RO=0;SAF=61;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02411e-05;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:100:0:0:100:100:1:39:61:0:0:39:61:0:0 chr16 19080184 . C T 1068.81 PASS AF=0.948718;AO=72;DP=76;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0076143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6367;QD=54.8108;RBI=0.0326875;REFB=-0.0334668;REVB=0.0317883;RO=4;SAF=30;SAR=42;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00850491;STB=0.50502;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00419038;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:78:4:4:72:74:0.948718:42:30:2:2:44:30:2:2 chr16 19080227 . C CTG,CTGA,G 706.82 PASS AF=0.901961,0.0196078,0.0784314;AO=40,6,2;DP=54;FAO=46,1,4;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0,0;FSAR=29,1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166257,-0.0144505,-0.0362164;FXX=0;HRUN=0,0,1;LEN=2,3,1;MLLD=289.854,275.992,65.4659;QD=55.437;RBI=0.0166587,0.0144903,0.0367195;REFB=0,0,0;REVB=0.00104843,0.00107325,-0.00605804;RO=4;SAF=16,0,0;SAR=24,6,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0611142,-0.787851,-0.687939;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.000838038,0.0128682,0.0436774;OID=.,.,.;OPOS=19080228,19080228,19080227;OREF=-,-,C;OALT=TG,TGA,G;OMAPALT=CTG,CTGA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:18:54:51:4:0:40,6,2:46,1,4:0.901961,0.0196078,0.0784314:24,6,2:16,0,0:3:1:29,1,4:17,0,0:0:0 chr16 19085298 . C T 2124.46 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000821288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.283;QD=62.0279;RBI=0.016772;REFB=-0.0511538;REVB=-0.0167519;RO=1;SAF=65;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674279;STB=0.503496;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-1.47919e-05;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:135:136:0.992701:70:65:0:1:71:65:0:1 chr16 19128048 . G A 388.82 PASS AF=0.47619;AO=38;DP=82;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-3.54435e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.503;QD=18.5154;RBI=0.0122954;REFB=-0.0196332;REVB=-0.0122954;RO=43;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800649;STB=0.561727;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.017128;OID=.;OPOS=19128048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:43:44:38:40:0.47619:18:20:19:24:18:22:19:25 chr16 19128436 . G A 391.21 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.02039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1736;QD=20.3224;RBI=0.0257153;REFB=-0.000784671;REVB=0.0156692;RO=35;SAF=10;SAR=29;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916903;STB=0.545431;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00158245;OID=.;OPOS=19128436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:35:37:39:40:0.519481:29:10:12:23:30:10:12:25 chr16 19128835 . C G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0477161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2933;QD=15.8818;RBI=0.0552306;REFB=-0.00340205;REVB=0.0278136;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452485;STB=0.765397;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0077647;OID=.;OPOS=19128835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:2:8:3:7:2:8:3:7 chr16 19128995 . C A 450.69 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.000208731;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.092;QD=21.4613;RBI=0.100873;REFB=-0.0199289;REVB=-0.100873;RO=40;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0019628;STB=0.501084;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0155668;OID=.;OPOS=19128995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:40:40:44:44:0.52381:21:23:21:19:21:23:21:19 chr16 19129513 . GT AC 210.6 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0158007;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.54;QD=13.5872;RBI=0.0158192;REFB=-0.0148229;REVB=0.000763794;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911354;STB=0.552082;STBP=0.492;TYPE=mnp;VARB=0.0162371;OID=.;OPOS=19129513;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:37:37:25:25:0.403226:12:13:16:21:12:13:16:21 chr16 19129614 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0197321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.849;QD=18.6449;RBI=0.0207144;REFB=-0.0342407;REVB=-0.00630326;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279836;STB=0.65946;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.017811;OID=.;OPOS=19129614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:9:4:9:5:9:4 chr16 19130011 . T G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00566645;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.289;QD=10.8844;RBI=0.00575618;REFB=-0.0186103;REVB=0.00101242;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270169;STB=0.636074;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0268864;OID=.;OPOS=19130011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:14:15:9:9:0.375:4:5:4:10:4:5:5:10 chr16 19131435 . A G 87.48 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0394234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.263;QD=13.459;RBI=0.0394741;REFB=-0.0216326;REVB=-0.00200161;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106918;STB=0.562392;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0232651;OID=.;OPOS=19131435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:4:11:7:4:4:11 chr16 19132780 . T C 586.48 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.026033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.471;QD=23.459;RBI=0.0329914;REFB=0.00394588;REVB=0.0202661;RO=44;SAF=24;SAR=30;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675741;STB=0.524878;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00371715;OID=.;OPOS=19132780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:44:46:54:54:0.54:30:24:16:28:30:24:18:28 chr16 19195433 . C T 217.18 PASS AF=0.470588;AO=22;DP=49;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00286256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5109;QD=17.0337;RBI=0.0346854;REFB=-0.0445418;REVB=-0.0345671;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221846;STB=0.607956;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0575181;OID=.;OPOS=19195433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:27:22:24:0.470588:11:11:7:19:13:11:7:20 chr16 19297219 . T G 317.05 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0622362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.552;QD=18.6499;RBI=0.0625707;REFB=-0.0111845;REVB=-0.00646122;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12257;STB=0.573869;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0116213;OID=.;OPOS=19297219;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:34:33:34:0.5:19:14:19:15:20:14:19:15 chr16 19310092 . T C 929.49 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.477;QD=58.0931;RBI=0.0263687;REFB=0;REVB=0.0174178;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593109;OID=.;OPOS=19310092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:35:26:0:0:37:27:0:0 chr16 19475099 . C A 272.85 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0217139;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.856;QD=19.4895;RBI=0.0311171;REFB=-0.0168063;REVB=-0.0222886;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113636;STB=0.516118;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0164616;OID=.;OPOS=19475099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:13:16:14:12:13:16:14:13 chr16 19509938 . G GCA 1097.95 PASS AF=0.864583;AO=83;DP=98;FAO=83;FDP=96;FR=.;FRO=13;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0220838;FXX=0.0495;HRUN=1;LEN=2;MLLD=280.003;QD=45.7478;RBI=0.024144;REFB=-0.0494086;REVB=0.00975914;RO=13;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1263;STB=0.566994;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.00145876;OID=.;OPOS=19509939;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.864583:83:98:83:96:13:41:42:0:13:65:13:41:42:0:13 chr16 19547357 . A G 1500.33 PASS AF=0.980952;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0199112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.723;QD=57.1556;RBI=0.0725531;REFB=-0.118796;REVB=0.0697675;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508332;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000394109;OID=.;OPOS=19547357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:105:0:2:102:103:0.980952:59:43:0:0:59:44:0:2 chr16 19547503 . C T 1324.74 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.198;QD=60.9076;RBI=0.0207544;REFB=0.0136463;REVB=0.0141038;RO=1;SAF=36;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129769;STB=0.506848;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=4.09303e-05;OID=.;OPOS=19547503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:85:86:0.988506:49:36:1:0:50:36:1:0 chr16 19547747 . C G 197.91 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.519;QD=46.5661;RBI=0.0267754;REFB=0;REVB=-0.0249351;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00515956;OID=.;OPOS=19547747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:10:7:0:0 chr16 19567051 . G A 130.37 PASS AF=0.583333;AO=11;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0124996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.268;QD=21.7291;RBI=0.0159886;REFB=-0.0184778;REVB=0.00996969;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320029;STB=0.555473;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0150253;OID=.;OPOS=19567051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:11:14:0.583333:4:7:6:4:4:10:6:4 chr16 19680546 . T C 363.55 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0175743;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.713;QD=17.9531;RBI=0.0183906;REFB=-0.00767841;REVB=-0.00541826;RO=43;SAF=21;SAR=17;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958995;STB=0.553461;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0132499;OID=.;OPOS=19680546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:43:43:38:38:0.469136:17:21:28:15:17:21:28:15 chr16 19725561 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00698441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.021;QD=17.0892;RBI=0.01032;REFB=0.00630169;REVB=-0.00759734;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304178;STB=0.671594;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00570322;OID=.;OPOS=19725561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:17:8:18:10:17:8:18:10 chr16 19800213 . T C 240.31 PASS AF=0.522727;AO=21;DP=42;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0171497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.528;QD=21.8461;RBI=0.0171704;REFB=-0.0068476;REVB=-0.000843677;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441483;STB=0.518502;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00648729;OID=.;OPOS=19800213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:21:21:21:23:0.522727:13:8:9:12:14:9:9:12 chr16 19868687 . G C 1489.86 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0245662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.614;QD=60.1964;RBI=0.0253953;REFB=-0.0274522;REVB=-0.00643588;RO=3;SAF=41;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140261;STB=0.5074;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00109607;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:3:3:96:96:0.969697:55:41:2:1:55:41:2:1 chr16 20043330 . T C 1083.87 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257139;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.092;QD=60.2151;RBI=0.0385093;REFB=0;REVB=0.0286663;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201822;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr16 20334679 . C T 1942.53 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0163462;FXX=0.0375912;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.458;QD=60.704;RBI=0.0217052;REFB=-0.0628773;REVB=0.01428;RO=2;SAF=55;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169624;STB=0.509089;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000322868;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:128:2:2:126:126:0.984375:71:55:2:0:72:54:2:0 chr16 20335471 . G A 639.41 PASS AF=0.481481;AO=65;DP=135;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0144043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8134;QD=18.9456;RBI=0.0208804;REFB=0.00630498;REVB=0.0151164;RO=70;SAF=29;SAR=36;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104017;STB=0.505756;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00650941;OID=.;OPOS=20335471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:70:70:65:65:0.481481:36:29:32:38:36:29:32:38 chr16 20439199 . G A 211.21 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0407202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.83;QD=12.0689;RBI=0.0411663;REFB=-0.00603361;REVB=-0.00604413;RO=44;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992617;STB=0.557099;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0119543;OID=.;OPOS=20439199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:13:13:26:18:13:13:26:18 chr16 20441053 . C G 532.63 PASS AF=0.741935;AO=46;DP=62;FAO=46;FDP=62;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.00532928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.151;QD=34.3632;RBI=0.005429;REFB=-0.0290996;REVB=-0.00103574;RO=16;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20201;STB=0.608466;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0171678;OID=.;OPOS=20441053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:16:16:46:46:0.741935:24:22:1:15:24:22:1:15 chr16 20441077 . A G 115.32 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0451484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.481;QD=8.23684;RBI=0.0861408;REFB=-0.00564976;REVB=-0.0733611;RO=40;SAF=4;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204239;STB=0.624833;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0411811;OID=.;OPOS=20441077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:12:4:16:24:12:4:16:24 chr16 20441084 . T C 824.19 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.922;QD=56.841;RBI=0.0299103;REFB=0;REVB=0.0239436;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0919e-05;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:38:19:0:0:38:20:0:0 chr16 20476852 . T C 1502.5 PASS AF=0.930435;AO=102;DP=110;FAO=107;FDP=115;FR=.;FRO=8;FSAF=66;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00776086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.801;QD=52.261;RBI=0.0131542;REFB=-0.01995;REVB=0.0106208;RO=8;SAF=62;SAR=40;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247763;STB=0.500602;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00172542;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:110:115:8:8:102:107:0.930435:40:62:5:3:41:66:5:3 chr16 20477004 . C T 429.09 PASS AF=0.483146;AO=24;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.037783;FXX=0.0111099;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.4;QD=19.2849;RBI=0.0415022;REFB=-0.0227862;REVB=-0.0171721;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203805;STB=0.510562;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0292751;OID=.;OPOS=20477004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:46:24:43:0.483146:9:15:17:22:27:16:18:28 chr16 20488696 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3891;QD=35.5689;RBI=0.0895113;REFB=0;REVB=-0.0745501;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000821544;OID=.;OPOS=20488696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr16 20570661 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.373;QD=46.848;RBI=0.0162653;REFB=0;REVB=0.00311043;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.01042e-05;OID=.;OPOS=20570661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr16 20576048 . C A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.717;QD=59.8393;RBI=0.025944;REFB=0;REVB=0.000536796;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43602e-05;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr16 20635418 . C T 1614.93 PASS AF=0.990909;AO=90;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3471;QD=58.7247;RBI=0.209909;REFB=0;REVB=0.200443;RO=1;SAF=47;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099782;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188292;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:0:90:109:0.990909:43:47:1:0:55:54:0:0 chr16 20636814 . G A 1463.27 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134244;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.13;QD=62.9362;RBI=0.0649778;REFB=0;REVB=0.063576;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175811;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:39:53:0:0:40:53:0:0 chr16 20638576 . A T 1339.88 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8061;QD=62.3198;RBI=0.0703844;REFB=0;REVB=0.0359322;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500095;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:42:41:0:0:45:41:0:0 chr16 20753123 . T C 1624.39 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.829;QD=60.1625;RBI=0.0313142;REFB=0;REVB=0.0212665;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75686e-06;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:53:54:0:0:54:54:0:0 chr16 20811681 . C T 214.76 PASS AF=0.380282;AO=25;DP=68;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.00129413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.408;QD=12.0991;RBI=0.00433054;REFB=-0.0191426;REVB=0.00413265;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117199;STB=0.602033;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0308776;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:39:44:25:27:0.380282:11:14:26:13:13:14:30:14 chr16 20855309 . A G 1385.66 PASS AF=0.933962;AO=99;DP=107;FAO=99;FDP=106;FR=.;FRO=7;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00280835;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3195;QD=52.289;RBI=0.0210583;REFB=-0.0657521;REVB=-0.0208702;RO=7;SAF=42;SAR=57;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000553627;STB=0.500293;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0159712;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:107:106:7:7:99:99:0.933962:57:42:3:4:57:42:3:4 chr16 20870760 . GA AG,G 471.63 PASS AF=0.0895522,0.910448;AO=6,16;DP=66;FAO=6,61;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,47;FSAR=6,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134147,0.926107;FXX=0.0147037;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=216.61,8.72576;QD=28.1569;RBI=0.147984,0.932067;REFB=0.0123109,0.0704255;REVB=-0.0624797,-0.105238;RO=39;SAF=0,5;SAR=6,11;SRF=39;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.887928,-0.718496;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0215577,0.0203792;OID=.,.;OPOS=20870760,20870761;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:66:67:39:0:6,16:6,61:0.0895522,0.910448:6,11:0,5:39:0:6,14:0,47:0:0 chr16 20966145 . G A 242.43 PASS AF=0.5;AO=11;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00576851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.287;QD=18.6482;RBI=0.00635859;REFB=-0.00901506;REVB=0.00267505;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481452;STB=0.598116;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0104866;OID=.;OPOS=20966145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:11:26:11:26:0.5:10:1:5:6:12:14:19:7 chr16 20966291 . G T 415.88 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.0506306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3943;QD=22.18;RBI=0.0514188;REFB=-0.00691404;REVB=0.00896888;RO=30;SAF=23;SAR=18;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192642;STB=0.61012;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00697014;OID=.;OPOS=20966291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:34:41:41:0.546667:18:23:24:6:18:23:27:7 chr16 20975505 . T C 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0401473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.375;QD=16.9416;RBI=0.0446806;REFB=-0.0103436;REVB=-0.01961;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15049;STB=0.598399;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0209361;OID=.;OPOS=20975505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:7:12:11:12:7:12:11:13 chr16 20981162 . T C 539.46 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00555055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.072;QD=17.8335;RBI=0.0268922;REFB=-0.00936396;REVB=0.0263132;RO=64;SAF=32;SAR=25;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117893;STB=0.565446;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00950872;OID=.;OPOS=20981162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:25:32:28:36:25:32:28:36 chr16 20998712 . C T 359.52 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0474574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8674;QD=17.3261;RBI=0.0484182;REFB=-0.0186684;REVB=-0.00959786;RO=43;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10867;STB=0.561192;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0279833;OID=.;OPOS=20998712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:43:45:38:38:0.457831:22:16:23:20:22:16:24:21 chr16 21078693 . T G 333.65 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.023202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.568;QD=21.8789;RBI=0.0241804;REFB=-0.0168498;REVB=-0.00680886;RO=27;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867016;STB=0.547917;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.016748;OID=.;OPOS=21078693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:20:14:14:13:20:14:14:13 chr16 21132298 . T C 444.64 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0188527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.63;QD=15.2014;RBI=0.0253356;REFB=0.0165327;REVB=-0.0169255;RO=67;SAF=23;SAR=27;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180515;STB=0.51013;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0147024;OID=.;OPOS=21132298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:27:23:32:35:27:23:32:35 chr16 21132749 . A C 264.78 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00542797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.124;QD=20.7669;RBI=0.0151488;REFB=-0.0220491;REVB=-0.014143;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471705;STB=0.526296;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0297953;OID=.;OPOS=21132749;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:12:12:15:12:12:12 chr16 21145648 . C T 290.08 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0345979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2832;QD=16.5759;RBI=0.0474194;REFB=-0.00498544;REVB=0.0324282;RO=38;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11115;STB=0.562461;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00508871;OID=.;OPOS=21145648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:18:14:21:17:18:14:21:17 chr16 21151913 . G T 401.0 PASS AF=0.482353;AO=38;DP=83;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00652702;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.006;QD=18.8705;RBI=0.00840998;REFB=-0.0187193;REVB=-0.00530337;RO=44;SAF=22;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119688;STB=0.569808;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0192937;OID=.;OPOS=21151913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:44:44:38:41:0.482353:16:22:20:24:16:25:21:23 chr16 21190853 . A C 871.23 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.945;QD=56.2081;RBI=0.0250786;REFB=-0.0272231;REVB=0.00159022;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00156148;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:33:28:1:0:33:28:1:0 chr16 21217061 . G A 311.28 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0207972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.098;QD=23.4927;RBI=0.0208306;REFB=-0.0322441;REVB=-0.00117916;RO=21;SAF=9;SAR=22;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375307;STB=0.51386;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0130273;OID=.;OPOS=21217061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:22:31:31:0.584906:22:9:7:14:22:9:7:15 chr16 21222672 . C A 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00509495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.27;QD=17.1668;RBI=0.0109547;REFB=-0.0177084;REVB=-0.00969778;RO=32;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864879;STB=0.548618;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0221981;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:18:11:15:17:18:11:15:17 chr16 21222941 . C A 253.36 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0236679;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.15;QD=15.3551;RBI=0.0237406;REFB=-0.0201194;REVB=0.00185691;RO=38;SAF=20;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17576;STB=0.590844;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0181326;OID=.;OPOS=21222941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:38:37:29:29:0.439394:9:20:20:18:9:20:20:17 chr16 21272591 . G C 489.21 PASS AF=0.432;AO=53;DP=124;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.00102968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5445;QD=15.6547;RBI=0.098806;REFB=0.0304133;REVB=0.0988006;RO=71;SAF=38;SAR=15;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145758;STB=0.571879;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0304852;OID=.;OPOS=21272591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:71:71:53:54:0.432:15:38:42:29:16:38:42:29 chr16 21531133 . C G 76.52 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.000317317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3383;QD=3.73283;RBI=0.00347449;REFB=-0.00597976;REVB=-0.00345997;RO=68;SAF=11;SAR=3;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485954;STB=0.816407;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0308662;OID=.;OPOS=21531133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:82:82:68:68:14:14:0.170732:3:11:26:42:3:11:26:42 chr16 21531154 . G C 136.63 PASS AF=0.214286;AO=21;DP=98;FAO=21;FDP=98;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0438604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.663;QD=5.5766;RBI=0.048318;REFB=-0.0105724;REVB=-0.0202705;RO=76;SAF=13;SAR=8;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245367;STB=0.647372;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.04804;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:76:77:21:21:0.214286:8:13:32:44:8:13:33:44 chr16 21531457 . T C 71.25 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.109341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0297;QD=7.50007;RBI=0.114121;REFB=-0.0105178;REVB=-0.0326821;RO=25;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434185;STB=0.7994;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0170836;OID=.;OPOS=21531457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:38:25:28:10:10:0.263158:8:2:14:11:8:2:17:11 chr16 21531473 . G A 91.77 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0166539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.568;QD=8.74032;RBI=0.0169645;REFB=-0.00613771;REVB=-0.0032311;RO=30;SAF=3;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438654;STB=0.767008;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0171984;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:9:3:19:11:9:3:19:11 chr16 21531494 . T C 445.07 PASS AF=0.740741;AO=39;DP=53;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00531269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.45;QD=32.9684;RBI=0.0178818;REFB=-0.0371626;REVB=0.0170744;RO=14;SAF=19;SAR=20;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759103;STB=0.537019;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0144385;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:14:14:39:40:0.740741:20:19:9:5:20:20:9:5 chr16 21599056 . G T 246.44 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0190403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.867;QD=22.404;RBI=0.034581;REFB=-0.0357288;REVB=0.0288672;RO=20;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427499;STB=0.504562;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0314237;OID=.;OPOS=21599056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:20:23:24:0.545455:7:16:14:6:7:17:14:6 chr16 21658389 . G A 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00278112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9501;QD=16.8829;RBI=0.0233427;REFB=-0.0197165;REVB=-0.0231764;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188518;STB=0.608547;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0227095;OID=.;OPOS=21658389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:5:10:8:9:5:10:8:9 chr16 21689879 . T A 446.17 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0228866;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=312.736;QD=20.7521;RBI=0.0234946;REFB=-0.0128176;REVB=0.00531039;RO=42;SAF=18;SAR=26;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123168;STB=0.568199;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0113324;OID=.;OPOS=21689879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:26:18:23:19:26:18:23:19 chr16 21690559 . G A 138.41 PASS AF=0.350877;AO=19;DP=56;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0386246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8677;QD=9.71295;RBI=0.0799536;REFB=-0.127386;REVB=0.0700051;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158614;STB=0.538567;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0688916;OID=.;OPOS=21690559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:37:19:20:0.350877:12:7:15:14:13:7:15:22 chr16 21730449 . C T 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0071178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.206;QD=15.4185;RBI=0.008394;REFB=-0.00745539;REVB=0.00444929;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125617;STB=0.577471;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00816575;OID=.;OPOS=21730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:15:14:22:14:15:14:23:14 chr16 21742188 . G A 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0126677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.238;QD=6.39525;RBI=0.0644501;REFB=-0.0079241;REVB=0.0631929;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868355;STB=0.555432;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0259438;OID=.;OPOS=21742188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:14:15:4:5:14:15 chr16 21747633 . A C 57.78 PASS AF=0.144578;AO=11;DP=82;FAO=12;FDP=83;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.00727207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.773;QD=2.78456;RBI=0.00998599;REFB=-0.00410352;REVB=-0.00684376;RO=71;SAF=4;SAR=7;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258035;STB=0.702798;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0344376;OID=.;OPOS=21747633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:82:83:71:71:11:12:0.144578:7:4:41:30:8:4:41:30 chr16 21747639 . G T 67.66 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0341019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9589;QD=3.18415;RBI=0.0376438;REFB=-0.0122701;REVB=-0.0159411;RO=71;SAF=4;SAR=9;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314709;STB=0.716489;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0302088;OID=.;OPOS=21747639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:71:72:13:13:0.152941:9:4:40:31:9:4:41:31 chr16 21747662 . G A 107.77 PASS AF=0.193548;AO=17;DP=92;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0540615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.494;QD=4.63505;RBI=0.0545377;REFB=-0.0126276;REVB=-0.00719198;RO=72;SAF=5;SAR=12;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312682;STB=0.717644;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0312891;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:72:75:17:18:0.193548:12:5:39:33:13:5:41:34 chr16 21809167 . G A 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0337793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6087;QD=5.54317;RBI=0.0427379;REFB=-0.00493749;REVB=-0.0261818;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319;STB=0.520787;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0203258;OID=.;OPOS=21809167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:4:5:18:16:4:5:18:16 chr16 22111704 . G A 255.9 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0703867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.648;QD=51.1798;RBI=0.0707028;REFB=0;REVB=-0.006678;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210159;OID=.;OPOS=22111704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:9:11:0:0 chr16 22144318 . C T 694.24 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.180338;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0066;QD=61.7099;RBI=0.191319;REFB=0;REVB=0.0638838;RO=2;SAF=26;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034762;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00357471;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:2:0:43:45:1:17:26:2:0:17:28:0:0 chr16 22155629 . A G 225.16 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0643153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.717;QD=15.265;RBI=0.0643249;REFB=-0.0162145;REVB=0.0011085;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18585;STB=0.614368;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0133064;OID=.;OPOS=22155629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:17:9:17:15:17:9:18:15 chr16 22161136 . T C 517.01 PASS AF=1;AO=24;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.577;QD=59.0865;RBI=0.166335;REFB=0;REVB=-0.00442466;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021265;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:24:35:1:21:3:0:0:21:14:0:0 chr16 22178256 . G A 1052.47 PASS AF=0.961538;AO=69;DP=75;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00415134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1302;QD=53.9726;RBI=0.20332;REFB=-0.140256;REVB=0.203278;RO=5;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100139;STB=0.529404;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00886226;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:78:5:3:69:75:0.961538:21:48:0:5:24:51:0:3 chr16 22262514 . C A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.137;QD=62.3508;RBI=0.0730831;REFB=0;REVB=-0.00766548;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297003;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr16 22269867 . A G 964.59 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0183944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.864;QD=55.9183;RBI=0.0187237;REFB=-0.045928;REVB=0.00349633;RO=2;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028614;STB=0.514701;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000208063;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:69:2:2:66:67:0.971014:32:34:0:2:33:34:0:2 chr16 22357850 . C CAG 1267.91 PASS AF=1;AO=78;DP=88;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187521;FXX=0.0795364;HRUN=0;LEN=2;MLLD=250.308;QD=62.6127;RBI=0.0283411;REFB=0;REVB=0.0212503;RO=5;SAF=31;SAR=47;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.31353e-06;OID=.;OPOS=22357851;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:88:81:81:0:32:49:0:0:7:5:31:47:1:4 chr16 23072833 . C T 290.09 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0228292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.497;QD=16.5765;RBI=0.023193;REFB=-0.00783837;REVB=-0.00409209;RO=38;SAF=8;SAR=24;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31739;STB=0.679568;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00833712;OID=.;OPOS=23072833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:24:8:21:17:24:8:21:17 chr16 23073531 . C G 266.14 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0293468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3063;QD=21.2909;RBI=0.0439698;REFB=-0.0181662;REVB=0.032743;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249375;STB=0.639888;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0203138;OID=.;OPOS=23073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:9:16:9:16:9:16:9:16 chr16 23073703 . A T 41.63 PASS AF=0.571429;AO=2;DP=10;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0285604;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=119.24;QD=11.8933;RBI=0.0303506;REFB=-0.0266119;REVB=0.0102694;RO=1;SAF=0;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.697199;STB=0.519183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0202833;OID=.;OPOS=23073703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:14:1:6:2:8:0.571429:2:0:1:0:5:3:2:4 chr16 23098422 . A G 788.92 PASS AF=0.490909;AO=81;DP=167;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=0.0231998;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7842;QD=19.1254;RBI=0.0232028;REFB=-0.00737514;REVB=0.000375228;RO=82;SAF=40;SAR=41;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948528;STB=0.551464;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00760387;OID=.;OPOS=23098422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:82:84:81:81:0.490909:41:40:32:50:41:40:33:51 chr16 23200761 . T C 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0216989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.675;QD=11.8413;RBI=0.022627;REFB=-0.00740216;REVB=-0.0064138;RO=39;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182307;STB=0.510539;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0200204;OID=.;OPOS=23200761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:11:12:21:18:11:12:21:18 chr16 23200848 . T C 376.27 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0144444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6224;QD=13.936;RBI=0.0726048;REFB=-0.0158127;REVB=-0.0711534;RO=61;SAF=30;SAR=14;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172836;STB=0.613826;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0241064;OID=.;OPOS=23200848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:64:44:44:0.407407:14:30:32:29:14:30:32:32 chr16 23360199 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.431;QD=54.5162;RBI=0.0642975;REFB=0;REVB=0.00905111;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352313;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr16 23489711 . C G 538.26 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.545;QD=59.8061;RBI=0.0131284;REFB=0;REVB=0.0117505;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9284e-05;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr16 23490353 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.475;QD=40.7629;RBI=0.0195447;REFB=0;REVB=-0.00993369;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42963e-05;OID=.;OPOS=23490353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr16 23536684 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.672;QD=60.6103;RBI=0.037858;REFB=0;REVB=0.0361632;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154904;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr16 23546561 . G C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9425;QD=59.0172;RBI=0.0511055;REFB=0;REVB=-0.0376997;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74907e-05;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr16 23563501 . C T 2926.3 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311261;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.037;QD=63.2714;RBI=0.0316628;REFB=0;REVB=0.00580531;RO=0;SAF=43;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46296e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47232e-05;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:185:0:0:185:185:1:142:43:0:0:142:43:0:0 chr16 23585061 . T C 785.05 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6836;QD=57.0947;RBI=0.0198919;REFB=0;REVB=0.0141156;RO=0;SAF=9;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26426e-07;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:46:9:0:0:46:9:0:0 chr16 23677006 . A G 617.43 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=101;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0220311;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.303;QD=24.4526;RBI=0.0242991;REFB=-0.000350396;REVB=-0.0102507;RO=42;SAF=30;SAR=29;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151514;STB=0.582497;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000225175;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:42:59:59:0.584158:29:30:13:29:29:30:13:29 chr16 23701538 . A G 167.05 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0231826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.899;QD=15.186;RBI=0.039437;REFB=-0.00539304;REVB=-0.0319036;RO=26;SAF=15;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471247;STB=0.775525;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0118904;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:3:15:11:15:3:15:11:15 chr16 23711925 . C G 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0254708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.717;QD=17.7908;RBI=0.0529241;REFB=-0.0123796;REVB=-0.0463919;RO=33;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728245;STB=0.540846;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0193691;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:21:10:13:20:21:10:13:20 chr16 24226934 . G A 70.81 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0245811;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.044;QD=6.74365;RBI=0.024952;REFB=-0.00499003;REVB=-0.00428629;RO=30;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353845;STB=0.710647;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0139873;OID=.;OPOS=24226934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:43:42:30:32:10:10:0.238095:8:2:14:16:8:2:14:18 chr16 24834233 . C T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.000759021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.181;QD=23.0883;RBI=0.0255616;REFB=0.000997836;REVB=0.0255503;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161648;STB=0.589729;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.000782955;OID=.;OPOS=24834233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:13:9:4:14:13:9:4:14 chr16 24902194 . T C 2173.63 PASS AF=0.979866;AO=146;DP=152;FAO=146;FDP=149;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0453519;FXX=0.0197355;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.298;QD=58.3526;RBI=0.0466294;REFB=-0.132636;REVB=0.0108399;RO=1;SAF=63;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056957;STB=0.508875;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000429105;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:152:149:1:3:146:146:0.979866:83:63:0:1:83:63:0:3 chr16 25137289 . G C 557.15 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.178;QD=60.2322;RBI=0.044495;REFB=0;REVB=0.0105955;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137133;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:21:16:0:0 chr16 25137385 . G A 224.69 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00353505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.786;QD=10.8286;RBI=0.0379299;REFB=-0.00577163;REVB=-0.0377648;RO=55;SAF=18;SAR=10;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13642;STB=0.579548;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0126446;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:10:18:29:26:10:18:29:26 chr16 25137449 . A T 367.25 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00319531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.717;QD=19.078;RBI=0.0186122;REFB=-0.00761345;REVB=-0.0183359;RO=38;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475745;STB=0.53327;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0084592;OID=.;OPOS=25137449;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:39:38:38:0.493506:21:17:19:19:21:17:20:19 chr16 25239805 . G C 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0218;QD=56.9545;RBI=0.0715911;REFB=0;REVB=0.0688975;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585111;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr16 25255242 . T A 702.38 PASS AF=0.477419;AO=72;DP=155;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.00325503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.079;QD=18.126;RBI=0.00381434;REFB=-0.0133545;REVB=0.00198846;RO=81;SAF=36;SAR=36;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767438;STB=0.534956;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0192041;OID=.;OPOS=25255242;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:81:81:72:74:0.477419:36:36:34:47:38:36:34:47 chr16 25255506 . C T 182.55 PASS AF=0.415094;AO=20;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0036946;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.914;QD=13.7774;RBI=0.00372241;REFB=-0.00495931;REVB=-0.000454169;RO=32;SAF=17;SAR=3;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39454;STB=0.655019;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00572503;OID=.;OPOS=25255506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:31:20:22:0.415094:3:17:18:14:5:17:17:14 chr16 25258035 . A G 145.82 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0106765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.684;QD=25.3596;RBI=0.0522378;REFB=-0.0178646;REVB=-0.0511351;RO=8;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218199;STB=0.621152;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0135925;OID=.;OPOS=25258035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:7:8:7:1:7:8:7:1 chr16 25263278 . G A 249.34 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00205081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9936;QD=14.2481;RBI=0.0739714;REFB=-0.0152963;REVB=-0.073943;RO=40;SAF=13;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128865;STB=0.56577;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0106419;OID=.;OPOS=25263278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:41:29:29:0.414286:16:13:23:17:16:13:23:18 chr16 25268368 . A G 223.27 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.358;QD=49.6149;RBI=0.0145335;REFB=0;REVB=-0.00165481;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62916e-05;OID=.;OPOS=25268368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:11:7:0:0 chr16 27238110 . C T 887.78 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.199;QD=57.2762;RBI=0.0177334;REFB=0;REVB=0.0151933;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966858;OID=.;OPOS=27238110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:59:62:1:23:36:0:0:23:39:0:0 chr16 27356203 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.25;QD=59.8381;RBI=0.0544408;REFB=0;REVB=0.0521112;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498662;OID=.;OPOS=27356203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr16 27371158 . C T 727.08 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5867;QD=63.2245;RBI=0.0617122;REFB=0;REVB=0.00596386;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298418;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr16 27475945 . GC CG,GCG 54.65 PASS AF=0.0378788,0.121212;AO=10,22;DP=132;FAO=5,16;FDP=132;FR=.;FRO=111;FSAF=5,12;FSAR=0,4;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.0208259,-0.0139983;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=114.713,112.841;QD=1.65601;RBI=0.0214753,0.0151142;REFB=-0.00401304,-0.00323836;REVB=-0.0052412,-0.00569964;RO=95;SAF=10,11;SAR=0,11;SRF=42;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.643835,0.0736659;STB=0.998109,0.758436;STBP=0.011,0.04;TYPE=mnp,ins;VARB=0.155325,0.193305;OID=.,.;OPOS=27475945,27475947;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:132:132:95:111:10,22:5,16:0.0378788,0.121212:0,11:10,11:42:53:0,4:5,12:50:61 chr16 27772901 . G A 812.33 PASS AF=0.884058;AO=61;DP=69;FAO=61;FDP=69;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0320703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.28;QD=47.0916;RBI=0.0335054;REFB=-0.0624742;REVB=0.00970083;RO=6;SAF=25;SAR=36;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100734;STB=0.568943;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000864382;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:69:69:6:8:61:61:0.884058:36:25:6:0:36:25:8:0 chr16 27974487 . T C 108.62 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0849919;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3426;QD=11.4338;RBI=0.0886028;REFB=-0.0118715;REVB=-0.0250367;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300492;STB=0.663788;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0162345;OID=.;OPOS=27974487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:25:13:13:0.342105:8:5:16:8:8:5:16:9 chr16 28145165 . T A 135.92 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.037508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.068;QD=17.5377;RBI=0.0375742;REFB=-0.016815;REVB=0.00222971;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.58109;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0261804;OID=.;OPOS=28145165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:6:10:7:8:6:10 chr16 28222690 . G A 137.79 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0980474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.583;QD=19.0052;RBI=0.100186;REFB=-0.0191891;REVB=0.0205878;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282995;STB=0.516107;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0157657;OID=.;OPOS=28222690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:7:7:8:7:7:7 chr16 28354223 . G A 31.91 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=5;FWDB=-0.0645552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3756;QD=2.96806;RBI=0.080468;REFB=-0.0308018;REVB=-0.0480388;RO=30;SAF=5;SAR=1;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780576;STB=0.552078;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.13151;OID=.;OPOS=28354223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:43:43:30:37:6:6:0.139535:1:5:26:4:1:5:32:5 chr16 28506872 . A G 238.54 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0320378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9891;QD=27.2621;RBI=0.0645095;REFB=-0.0472596;REVB=-0.0559916;RO=13;SAF=8;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410802;STB=0.522707;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0299417;OID=.;OPOS=28506872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:14:8:4:9:14:8:4:9 chr16 28508447 . A G 209.0 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0491981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.221;QD=19.4419;RBI=0.058675;REFB=-0.0387417;REVB=-0.0319735;RO=22;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340016;STB=0.696787;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0451359;OID=.;OPOS=28508447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:7:13:6:16:7:14:6:16 chr16 28508716 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.394;QD=47.8206;RBI=0.0566445;REFB=0;REVB=0.0336121;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347274;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr16 28513403 . A G 333.28 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00674702;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.664;QD=15.8705;RBI=0.00890575;REFB=-0.018013;REVB=0.00581292;RO=46;SAF=14;SAR=21;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10232;STB=0.53627;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0225751;OID=.;OPOS=28513403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:46:48:35:36:0.428571:21:14:23:23:21:15:23:25 chr16 28603393 . T C 409.87 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0177718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9107;QD=51.234;RBI=0.0430081;REFB=0.0308215;REVB=-0.0391646;RO=3;SAF=14;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898838;STB=0.531229;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00777083;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:3:2:29:30:0.9375:15:14:3:0:15:15:2:0 chr16 28603655 . T G 660.95 PASS AF=0.427746;AO=63;DP=163;FAO=74;FDP=173;FR=.;FRO=99;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=0.0934188;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4111;QD=15.2822;RBI=0.104606;REFB=-0.0258054;REVB=0.0470668;RO=99;SAF=20;SAR=43;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103091;STB=0.515487;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.037416;OID=.;OPOS=28603655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:173:99:99:63:74:0.427746:43:20:40:59:46:28:40:59 chr16 28617485 . C T 837.34 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00995378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.998;QD=55.8225;RBI=0.0662125;REFB=-0.115511;REVB=0.0654601;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140845;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000503392;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:33:26:0:1:33:26:0:1 chr16 28617514 . C T 297.49 PASS AF=0.44;AO=31;DP=74;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00389473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.836;QD=15.8659;RBI=0.0149194;REFB=-0.0251392;REVB=-0.014402;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056375;STB=0.514697;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0275539;OID=.;OPOS=28617514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:42:42:31:33:0.44:16:15:18:24:18:15:18:24 chr16 28617552 . C G 355.72 PASS AF=0.447059;AO=35;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00120274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.314;QD=16.7398;RBI=0.0058028;REFB=-0.0120395;REVB=0.00567678;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125038;STB=0.521728;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0102226;OID=.;OPOS=28617552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:47:35:38:0.447059:19:16:12:25:22:16:18:29 chr16 28619911 . T C 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0187007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.375;QD=11.6231;RBI=0.0190234;REFB=0.000564298;REVB=-0.00348865;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193939;STB=0.620684;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00102799;OID=.;OPOS=28619911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:8:14:17:20:8:14:17:21 chr16 28619920 . A G 201.53 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0111764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.523;QD=13.8984;RBI=0.0140199;REFB=-0.00816674;REVB=0.00846443;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131337;STB=0.575158;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0103202;OID=.;OPOS=28619920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:9:15:17:17:9:15:17:17 chr16 28621311 . T C 835.6 PASS AF=0.952381;AO=58;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0201435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.524;QD=53.054;RBI=0.0569775;REFB=0.060273;REVB=0.053298;RO=2;SAF=27;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336634;STB=0.517236;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.000842646;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:58:60:0.952381:31:27:2:0:32:28:2:0 chr16 28649787 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00608665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.255;QD=16.6272;RBI=0.0350338;REFB=-0.0122459;REVB=-0.034501;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246548;STB=0.64263;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0094559;OID=.;OPOS=28649787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:6:8:4:9:6:8 chr16 28734477 . G T 77.79 PASS AF=0.22449;AO=10;DP=48;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00506097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.431;QD=6.34994;RBI=0.0483932;REFB=-0.000682933;REVB=0.0481278;RO=38;SAF=10;SAR=0;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.697198;STB=0.799315;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00367278;OID=.;OPOS=28734477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:48:49:38:38:10:11:0.22449:0:10:25:13:1:10:25:13 chr16 28842311 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.293;QD=55.6561;RBI=0.0368495;REFB=0;REVB=0.0277512;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05178e-05;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr16 28846866 . G A 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0103857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.056;QD=27.5909;RBI=0.107411;REFB=-0.0416761;REVB=0.106907;RO=5;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132375;STB=0.573803;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0190569;OID=.;OPOS=28846866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:6:7:4:1:6:7:4:1 chr16 28848508 . A G 944.09 PASS AF=0.522472;AO=90;DP=177;FAO=93;FDP=178;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0143615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.832;QD=21.2155;RBI=0.0252459;REFB=-0.0113907;REVB=0.020763;RO=83;SAF=43;SAR=47;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280988;STB=0.518146;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.005308;OID=.;OPOS=28848508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:83:85:90:93:0.522472:47:43:37:46:49:44:37:48 chr16 28883241 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0123441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.093;QD=14.17;RBI=0.0128126;REFB=-0.0284268;REVB=-0.00343307;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160599;STB=0.592856;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0308516;OID=.;OPOS=28883241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:2:10:7:3:2:10 chr16 28898793 . T C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0168505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.214;QD=17.1002;RBI=0.0287996;REFB=-0.0260734;REVB=0.0233555;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946828;STB=0.554377;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0292588;OID=.;OPOS=28898793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:8:7:8:6:8:7 chr16 28913710 . G T 211.64 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0321338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.97;QD=35.2739;RBI=0.0333956;REFB=-0.0294503;REVB=0.00909303;RO=5;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124212;STB=0.567503;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00455276;OID=.;OPOS=28913710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:16:3:0:5:16:3:0:5 chr16 28915527 . G A 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0123147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.197;QD=6.90645;RBI=0.0157449;REFB=-0.0143037;REVB=-0.00981071;RO=35;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251814;STB=0.662823;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0394089;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:9:2:12:23:9:2:12:23 chr16 28944396 . C G 259.08 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0133643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1176;QD=24.1002;RBI=0.0720846;REFB=-0.0172288;REVB=0.0708349;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159514;STB=0.598768;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0215777;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:13:11:12:6:13:11:13:6 chr16 28993369 . C T 179.0 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0359158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7552;QD=12.5611;RBI=0.0361074;REFB=-0.00212119;REVB=0.00371464;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157816;STB=0.582325;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00462675;OID=.;OPOS=28993369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:9:13:15:19:9:13:16:19 chr16 28995757 . C A 218.3 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0314276;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.265;QD=22.3897;RBI=0.0325922;REFB=-0.00897231;REVB=0.00863484;RO=18;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194568;STB=0.609646;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0115813;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:6:15:9:9:6:15:9:9 chr16 28997721 . TG T,TT 61.94 PASS AF=0.2,0.1;AO=7,5;DP=46;FAO=10,5;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=5,4;FSAR=5,1;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0127782,0.111731;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.276,30.415;QD=4.95546;RBI=0.134429,0.150335;REFB=-0.061645,-0.0358061;REVB=0.133821,0.100583;RO=30;SAF=2,4;SAR=5,1;SRF=10;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0666455,0.507515;STB=0.621992,0.855921;STBP=0.399,0.17;TYPE=del,snp;VARB=0.107455,0.0374098;OID=.,.;OPOS=28997722,28997722;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0.1:7,5:46:10,5:50:35:5,4:5,1:12:23:32:30:2,4:5,1:10:20 chr16 29057392 . A G 62.23 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.596;QD=35.5611;RBI=0.0450585;REFB=0;REVB=0.0275491;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230244;OID=.;OPOS=29057392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr16 29097556 . C CAT 34.45 PASS AF=0.181818;AO=5;DP=34;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0672403;FXX=0.0294031;HRUN=0;LEN=2;MLLD=85.3498;QD=4.17529;RBI=0.0673803;REFB=0.00035307;REVB=-0.00434125;RO=27;SAF=0;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.630075;STB=0.739834;STBP=0.244;TYPE=ins;VARB=-0.0104528;OID=.;OPOS=29097557;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:5:34:6:33:27:1:5:11:16:34:27:0:5:11:16 chr16 29124421 . T C 622.28 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0166406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6892;QD=21.2744;RBI=0.0265996;REFB=0.00983776;REVB=0.0207516;RO=55;SAF=32;SAR=30;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145688;STB=0.579876;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0033524;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:55:62:62:0.529915:30:32:19:36:30:32:19:36 chr16 29580611 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0754508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8825;QD=55.656;RBI=0.0802743;REFB=0;REVB=-0.0274068;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00220806;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr16 29624931 . G A 76.51 PASS AF=0.75;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.034253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.613;QD=25.5034;RBI=0.0494997;REFB=-0.0272605;REVB=0.0357344;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212058;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107316;OID=.;OPOS=29624931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:12:3:3:8:9:0.75:5:3:1:2:6:3:1:2 chr16 29675928 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0320396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.693;QD=21.7444;RBI=0.0532172;REFB=-0.0299747;REVB=0.0424916;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420945;STB=0.523778;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0231368;OID=.;OPOS=29675928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:5:6:9:6:5:6 chr16 29679989 . A G 591.33 PASS AF=0.954545;AO=36;DP=39;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6426;QD=53.7577;RBI=0.0624389;REFB=-0.113608;REVB=0.0579671;RO=3;SAF=27;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158142;STB=0.508471;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00837812;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:39:44:3:2:36:42:0.954545:9:27:2:1:14:28:1:1 chr16 29680036 . T A,TGGATTATAGGTGTGAGCCA,TGGGATTATAGGTGTGAGCCA 269.62 PASS AF=0.046875,0,0.625;AO=3,16,8;DP=66;FAO=3,0,40;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=3,0,22;FSAR=0,0,18;FSRF=21;FSRR=0;FWDB=-0.0193587,-0.0393547,-0.0486744;FXX=0.0302984;HRUN=1,3,3;LEN=1,19,20;MLLD=171.358,279.666,275.603;QD=16.8515;RBI=0.0284417,0.0407794,0.0526681;REFB=-0.00601005,-0.018912,-0.0224097;REVB=0.0208367,0.0106849,0.0201179;RO=33;SAF=3,0,6;SAR=0,16,2;SRF=33;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.890126,-0.659322;STB=0.5,0.5,0.661468;STBP=1,1,0.005;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.00604608,0,0.00320422;OID=.,.,.;OPOS=29680036,29680037,29680037;OREF=T,-,-;OALT=A,GGATTATAGGTGTGAGCCA,GGGATTATAGGTGTGAGCCA;OMAPALT=A,TGGATTATAGGTGTGAGCCA,TGGGATTATAGGTGTGAGCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:66:64:33:21:3,16,8:3,0,40:0.046875,0,0.625:0,16,2:3,0,6:33:0:0,0,18:3,0,22:21:0 chr16 29680256 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.838;QD=46.8478;RBI=0.12537;REFB=0;REVB=0.0100785;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157379;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chr16 29680389 . A C 1546.73 PASS AF=0.972477;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00424927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.852;QD=56.7609;RBI=0.0328168;REFB=0.00456836;REVB=0.0325405;RO=2;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189733;STB=0.505652;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.000105977;OID=.;OPOS=29680389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:109:2:3:105:106:0.972477:49:56:0:2:49:57:1:2 chr16 29708350 . A G 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6915;QD=61.6776;RBI=0.101191;REFB=0;REVB=-0.100635;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143574;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr16 29790864 . G A 867.0 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5262;QD=57.7997;RBI=0.111698;REFB=0;REVB=0.105554;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016751;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr16 29791561 . T G 1171.85 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0097431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6645;QD=60.8752;RBI=0.0177697;REFB=0;REVB=-0.0148605;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207419;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr16 29791721 . G C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4455;QD=55.0973;RBI=0.0237987;REFB=0;REVB=-0.0211029;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00079607;OID=.;OPOS=29791721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr16 29808334 . C G 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0167413;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.07;QD=18.1597;RBI=0.0167854;REFB=-0.00452088;REVB=0.00121549;RO=39;SAF=22;SAR=14;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210307;STB=0.617365;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00598303;OID=.;OPOS=29808334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:14:22:15:24:14:22:15:24 chr16 29811319 . C T 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.251;QD=43.4797;RBI=0.143098;REFB=0;REVB=0.130837;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00954008;OID=.;OPOS=29811319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr16 29814234 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.317;QD=62.1623;RBI=0.0309771;REFB=0;REVB=0.0269483;RO=0;SAF=30;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16831e-05;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:55:30:0:0:55:30:0:0 chr16 29818053 . GCCCCCCCCT GCCCCCCC,GCCCCCCCT,GGCCCCCCCT 136.08 PASS AF=0,0.723404,0;AO=6,15,3;DP=49;FAO=0,34,0;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=0,18,0;FSAR=0,16,0;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.160666,0.0346758,0.0725387;FXX=0.040808;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=20.1988,7.99987,17.1608;QD=11.5816;RBI=0.16125,0.147095,0.207246;REFB=-0.0405314,-0.105118,-0.0826178;REVB=-0.0137112,0.142949,0.194137;RO=19;SAF=5,7,0;SAR=1,8,3;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.564634,0.14909,-0.539081;STB=0.5,0.582042,0.5;STBP=1,0.084,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.10676,0;OID=.,.,.;OPOS=29818061,29818054,29818054;OREF=CT,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCCCCC,GCCCCCCCT,GGCCCCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.723404,0:6,15,3:49:0,34,0:47:13:0,18,0:0,16,0:3:10:38:19:5,7,0:1,8,3:6:13 chr16 29821744 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.754;QD=58.7817;RBI=0.00449882;REFB=0;REVB=0.00435242;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47341e-05;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr16 29824787 . C G 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.177541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0277;QD=28.5373;RBI=0.185039;REFB=0.0215742;REVB=-0.0521413;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00596794;OID=.;OPOS=29824787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:0:1:4:3:0:1 chr16 29825126 . T C 821.3 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243548;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0235;QD=57.6349;RBI=0.0297612;REFB=0;REVB=0.0171047;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725516;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr16 29826538 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.036;QD=37.4885;RBI=0.025214;REFB=0;REVB=-0.0241487;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175377;OID=.;OPOS=29826538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr16 29828058 . TC T 232.44 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.230709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.039;QD=38.7402;RBI=0.292907;REFB=0;REVB=0.180466;RO=3;SAF=16;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0.5;SSEP=0;SSSB=0.0295955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0219807;OID=.;OPOS=29828059;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:24:24:24:0:18:6:0:0:5:3:16:5:2:1 chr16 29859237 . AGGGGAT AGGGAGT,AGGGAT,AGGGATG 103.22 PASS AF=0,0.430233,0;AO=5,22,7;DP=92;FAO=0,37,0;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=0,31,0;FSAR=0,6,0;FSRF=10;FSRR=39;FWDB=-0.17622,0.0349867,-0.0711986;FXX=0.0652103;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,3;MLLD=39.8006,10.438,72.5572;QD=4.80096;RBI=0.176895,0.0803901,0.0715234;REFB=-0.0354094,-0.223541,-0.0247196;REVB=0.0154296,0.0723775,-0.00680811;RO=36;SAF=5,18,7;SAR=0,4,0;SRF=3;SRR=33;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.828347,0.691123,0.845623;STB=0.5,0.849908,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.190002,0;OID=.,.,.;OPOS=29859241,29859238,29859241;OREF=GA,G,GAT;OALT=AG,-,ATG;OMAPALT=AGGGAGT,AGGGAT,AGGGATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.430233,0:5,22,7:92:0,37,0:86:49:0,31,0:0,6,0:10:39:99:36:5,18,7:0,4,0:3:33 chr16 29899123 . G T 239.3 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0765834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1218;QD=20.8085;RBI=0.0892401;REFB=-0.0189449;REVB=0.0458124;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771486;STB=0.543359;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0226884;OID=.;OPOS=29899123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:10:13:11:12:10:13 chr16 29908433 . C G 172.42 PASS AF=0.311688;AO=23;DP=76;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=-0.0933971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4072;QD=8.95665;RBI=0.0947624;REFB=-0.00951699;REVB=0.016028;RO=50;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390325;STB=0.733772;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0125834;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:50:53:23:24:0.311688:9:14:13:37:9:15:14:39 chr16 29994922 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0227591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.547;QD=16.1724;RBI=0.0293313;REFB=-0.0232762;REVB=0.0185027;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0284388;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:5:15:12:4:5:15 chr16 29998200 . A G 418.03 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00546304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.015;QD=19.906;RBI=0.0337548;REFB=-0.00372238;REVB=-0.0333097;RO=42;SAF=9;SAR=33;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324805;STB=0.681905;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00463413;OID=.;OPOS=29998200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:33:9:22:20:33:9:22:20 chr16 30018500 . C T 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00157376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5656;QD=12.8689;RBI=0.0395941;REFB=-0.0114933;REVB=0.0395628;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16979;STB=0.599822;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0195216;OID=.;OPOS=30018500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:10:6:6:5:10:6 chr16 30021402 . C T 378.86 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0100885;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=305.894;QD=29.1432;RBI=0.0198128;REFB=-0.0178917;REVB=0.017052;RO=17;SAF=23;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450917;STB=0.524596;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00829047;OID=.;OPOS=30021402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:17:35:35:0.673077:12:23:10:7:12:23:10:7 chr16 30037128 . A C 194.37 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.013412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.698;QD=20.4597;RBI=0.0298581;REFB=-0.0301333;REVB=-0.0266762;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282995;STB=0.558751;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0642838;OID=.;OPOS=30037128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:18:15:16:0.421053:8:7:7:7:8:8:7:11 chr16 30081367 . G T 596.81 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0150175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.365;QD=23.4041;RBI=0.0465865;REFB=-0.021513;REVB=0.0440996;RO=44;SAF=35;SAR=23;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850971;STB=0.546421;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0153718;OID=.;OPOS=30081367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:23:35:31:13:23:35:31:13 chr16 30097630 . C T 30.78 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00352063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.76;QD=8.7953;RBI=0.0302855;REFB=-0.00555959;REVB=0.0300802;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260267;STB=0.748928;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00594518;OID=.;OPOS=30097630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:14:14:7:9:5:5:0.357143:1:4:4:3:1:4:4:5 chr16 30119525 . C A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.782;QD=62.022;RBI=0.0167705;REFB=0;REVB=0.0119755;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02518e-05;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr16 30198151 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.444;QD=56.1916;RBI=0.0247766;REFB=0;REVB=-0.00222735;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99429e-05;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr16 30199584 . G A 199.5 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.000964431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5431;QD=16.286;RBI=0.0511932;REFB=-0.04966;REVB=0.0511841;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658443;STB=0.5479;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0556061;OID=.;OPOS=30199584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:26:28:20:21:0.428571:11:9:10:16:11:10:11:17 chr16 30206118 . GA AG,G 2874.06 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=15,124;DP=208;FAO=6,210;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43;FSAR=6,167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545998,0.723702;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=158.272,19.5912;QD=53.2234;RBI=0.0801837,0.794255;REFB=0,0;REVB=-0.0799976,0.327254;RO=60;SAF=0,4;SAR=15,120;SRF=37;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.778323,-0.715467;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.101091,0.0115238;OID=.,.;OPOS=30206118,30206119;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:208:216:60:0:15,124:6,210:0.0277778,0.972222:15,120:0,4:37:23:6,167:0,43:0:0 chr16 30393660 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=345.089;QD=55.0987;RBI=0.00954326;REFB=0;REVB=-0.0069883;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26376e-05;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr16 30408765 . C T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.816;QD=63.5812;RBI=0.0414446;REFB=0;REVB=0.0170946;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239651;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr16 30455945 . A C 195.47 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0107924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.253;QD=12.6107;RBI=0.0428566;REFB=-0.0196696;REVB=0.0414755;RO=38;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124208;STB=0.571803;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0339866;OID=.;OPOS=30455945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:17:7:15:23:17:7:15:23 chr16 30671670 . C G 92.99 PASS AF=0.0989761;AO=29;DP=293;FAO=29;FDP=293;FR=.;FRO=264;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=137;FSRR=127;FWDB=-0.00482187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.982;QD=1.26952;RBI=0.0301339;REFB=-0.001231;REVB=-0.0297457;RO=244;SAF=2;SAR=27;SRF=129;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578417;STB=0.923851;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0726494;OID=.;OPOS=30671670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:293:293:244:264:29:29:0.0989761:27:2:129:115:27:2:137:127 chr16 30724070 . G T 1343.67 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0562942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1891;QD=61.0761;RBI=0.0578463;REFB=-0.111356;REVB=-0.01331;RO=1;SAF=28;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166196;STB=0.50877;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00119344;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:59:28:1:0:59:28:1:0 chr16 30734963 . C A 410.02 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0357904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.696;QD=51.252;RBI=0.0364485;REFB=-0.170404;REVB=0.00689481;RO=2;SAF=22;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405228;STB=0.521725;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000926865;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:8:22:2:0:8:22:2:0 chr16 30748518 . A G 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00301975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=341.434;QD=19.519;RBI=0.00337511;REFB=0.000107099;REVB=0.00150746;RO=26;SAF=19;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136648;STB=0.507617;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.000101446;OID=.;OPOS=30748518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:9:19:18:8:9:19:18:8 chr16 30762640 . C T 629.24 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261717;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=168.969;QD=55.9326;RBI=0.0261984;REFB=-0.138584;REVB=0.00118369;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323448;STB=0.515145;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00184729;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:45:45:1:1:42:44:0.977778:28:14:1:0:28:16:1:0 chr16 30779716 . A G 2283.71 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.912;QD=63.4365;RBI=0.0558502;REFB=0;REVB=0.0340328;RO=0;SAF=51;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73433e-05;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:144:0:0:140:144:1:89:51:0:0:90:54:0:0 chr16 30780828 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.192;QD=53.9108;RBI=0.0128156;REFB=0;REVB=0.00568091;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22512e-05;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr16 30886643 . T C 507.51 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4775;QD=56.3904;RBI=0.0388744;REFB=-0.0157346;REVB=0.0267653;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207798;STB=0.510632;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00073532;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:22:12:0:1:23:12:0:1 chr16 30900235 . G A 119.52 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0235823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.712;QD=11.6608;RBI=0.0257129;REFB=-0.00110108;REVB=-0.0102484;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240837;STB=0.611502;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00312872;OID=.;OPOS=30900235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:14:15:0.365854:5:9:11:15:6:9:11:15 chr16 30964940 . A G 711.24 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.08315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1378;QD=52.6846;RBI=0.086978;REFB=-0.0647909;REVB=-0.0255195;RO=2;SAF=23;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391953;STB=0.519992;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0104921;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:51:52:0.962963:28:23:2:0:28:24:2:0 chr16 30999142 . A G 204.51 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0.0434076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3289;QD=22.7232;RBI=0.0520384;REFB=-0.0268615;REVB=-0.0287014;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.833024;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0249725;OID=.;OPOS=30999142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:0:16:19:20:0.555556:3:16:0:0:4:16:0:16 chr16 30999462 . T C 1290.65 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9661;QD=60.7366;RBI=0.0468768;REFB=-0.116212;REVB=-0.0410941;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354764;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:85:85:0:0:83:85:1:40:43:0:0:42:43:0:0 chr16 31075175 . G A 769.4 PASS AF=1;AO=48;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9871;QD=56.9927;RBI=0.131594;REFB=0;REVB=0.130851;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000931308;OID=.;OPOS=31075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:48:54:1:29:19:0:0:35:19:0:0 chr16 31075708 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.454;QD=52.6119;RBI=0.017772;REFB=0;REVB=0.0156096;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200897;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr16 31088347 . G A 1387.5 PASS AF=0.989011;AO=85;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0745564;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3569;QD=60.9891;RBI=0.0852528;REFB=-0.0696655;REVB=0.0413446;RO=1;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108899;STB=0.505617;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00294792;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:1:1:85:90:0.989011:43:42:0:1:44:46:0:1 chr16 31088625 . A G 471.61 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.026;QD=57.1643;RBI=0.057409;REFB=0;REVB=0.0491475;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257944;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:18:12:0:0:20:13:0:0 chr16 31093892 . A G 830.9 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.961;QD=56.3322;RBI=0.115819;REFB=0;REVB=0.11457;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171629;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:20:37:0:0:22:37:0:0 chr16 31099011 . T C 405.8 PASS AF=0.609375;AO=37;DP=62;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0305001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.35;QD=25.3627;RBI=0.0316569;REFB=-0.0179314;REVB=-0.00847965;RO=25;SAF=25;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153774;STB=0.565766;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00692205;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:25:25:37:39:0.609375:12:25:12:13:14:25:12:13 chr16 31121793 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.468;QD=44.689;RBI=0.102623;REFB=0;REVB=0.102522;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110143;OID=.;OPOS=31121793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr16 31141826 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.133;QD=56.7064;RBI=0.0929246;REFB=0;REVB=0.0928532;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000991311;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr16 31141880 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.166;QD=55.6557;RBI=0.0212439;REFB=0;REVB=0.000169452;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129335;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr16 31153105 . A G 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6544;QD=58.5982;RBI=0.033292;REFB=0;REVB=-0.0135901;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11413e-05;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr16 31193942 . C A 287.0 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0137176;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.413;QD=20.5;RBI=0.0137587;REFB=-0.0159613;REVB=-0.00106353;RO=26;SAF=12;SAR=18;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227359;STB=0.624926;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0165731;OID=.;OPOS=31193942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:26:26:30:30:0.535714:18:12:4:22:18:12:4:22 chr16 31195279 . C T 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00881418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.102;QD=20.769;RBI=0.010096;REFB=-0.0401034;REVB=0.00492327;RO=24;SAF=19;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287955;STB=0.660996;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0300223;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:8:19:9:15:8:19:9:15 chr16 31230463 . C T 181.07 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00607866;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.826;QD=15.41;RBI=0.00611143;REFB=-0.0316372;REVB=-0.000632007;RO=28;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139408;STB=0.580559;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0448673;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:12:7:14:14:12:7:14:14 chr16 31336719 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.00059753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.659;QD=21.0648;RBI=0.000736651;REFB=-0.00894442;REVB=-0.000430828;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179908;STB=0.599925;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00585216;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:16:8:4:20:16:8:4:20 chr16 31366629 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00791658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.739;QD=10.6683;RBI=0.0477038;REFB=-0.0285766;REVB=0.0470423;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487512;STB=0.529352;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0304454;OID=.;OPOS=31366629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:8:10:6:4:8:10 chr16 31374535 . C G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0179328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.346;QD=18.4438;RBI=0.0229861;REFB=0.0016373;REVB=-0.0143798;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3166;STB=0.681098;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00113238;OID=.;OPOS=31374535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:2:7:4:7:2:7 chr16 31422429 . T C 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0105966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.872;QD=17.9526;RBI=0.0519039;REFB=0.0163261;REVB=0.0508107;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131749;STB=0.564468;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0120367;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:12:15:11:16:12:15:12:16 chr16 31580530 . A C 857.72 PASS AF=0.43318;AO=94;DP=217;FAO=94;FDP=217;FR=.;FRO=123;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=64;FSRR=59;FWDB=-0.00139078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2671;QD=15.8106;RBI=0.0297474;REFB=-0.0092418;REVB=0.0297148;RO=123;SAF=42;SAR=52;SRF=64;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750054;STB=0.541764;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0120175;OID=.;OPOS=31580530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:123:123:94:94:0.43318:52:42:64:59:52:42:64:59 chr16 31724836 . T C 103.47 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0439925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8547;QD=9.85418;RBI=0.0843198;REFB=-0.00855991;REVB=-0.0719339;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105416;STB=0.561949;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0185564;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:29:13:13:0.309524:6:7:12:15:6:7:13:16 chr16 31770723 . T A 355.91 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.00360704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.683;QD=16.5539;RBI=0.00580291;REFB=-0.00854109;REVB=-0.00454566;RO=47;SAF=24;SAR=14;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765735;STB=0.547146;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0115231;OID=.;OPOS=31770723;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:47:48:38:38:0.44186:14:24:33:14:14:24:34:14 chr16 32077537 . G T 1130.67 PASS AF=0.502222;AO=113;DP=225;FAO=113;FDP=225;FR=.;FRO=112;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=-0.00607223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.18;QD=20.1009;RBI=0.00921148;REFB=-0.0152053;REVB=0.00692672;RO=110;SAF=66;SAR=47;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766593;STB=0.54688;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0125258;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:110:112:113:113:0.502222:47:66:55:55:47:66:55:57 chr16 32077580 . A G 1047.41 PASS AF=0.459916;AO=109;DP=237;FAO=109;FDP=237;FR=.;FRO=128;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=52;FSRR=76;FWDB=0.0314563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8877;QD=17.6778;RBI=0.0314956;REFB=-0.0153019;REVB=-0.0015727;RO=125;SAF=56;SAR=53;SRF=52;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943846;STB=0.557913;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0175793;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:125:128:109:109:0.459916:53:56:52:73:53:56:52:76 chr16 32191941 . C T 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=10;FWDB=0.0074298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.877;QD=3.02364;RBI=0.00883976;REFB=-0.000645926;REVB=-0.00478951;RO=50;SAF=4;SAR=4;SRF=40;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393414;STB=0.758147;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0045449;OID=.;OPOS=32191941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:4:4:40:10:4:4:40:10 chr16 33629700 . G A 786.24 PASS AF=0.490909;AO=81;DP=163;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.00200609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.983;QD=19.0603;RBI=0.00313822;REFB=-0.0111341;REVB=-0.0024133;RO=82;SAF=40;SAR=41;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501772;STB=0.521311;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0113895;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:82:84:81:81:0.490909:41:40:45:37:41:40:45:39 chr16 33629846 . T A 532.26 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0113891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.275;QD=16.8971;RBI=0.0195936;REFB=-0.0145194;REVB=0.0159435;RO=67;SAF=27;SAR=30;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761511;STB=0.534212;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0310657;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:69:57:57:0.452381:30:27:37:30:30:27:37:32 chr16 33629950 . G T 802.48 PASS AF=0.531469;AO=76;DP=143;FAO=76;FDP=143;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=15;FWDB=-0.00742368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.04;QD=22.4471;RBI=0.00760248;REFB=-0.00141662;REVB=-0.0016391;RO=67;SAF=37;SAR=39;SRF=52;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247116;STB=0.634635;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00170416;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:67:67:76:76:0.531469:39:37:52:15:39:37:52:15 chr16 33629973 . G A 907.29 PASS AF=0.553333;AO=83;DP=150;FAO=83;FDP=150;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.0428606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.998;QD=24.1944;RBI=0.0429641;REFB=-0.0427031;REVB=-0.00298076;RO=67;SAF=40;SAR=43;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15475;STB=0.584313;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0290561;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:67:67:83:83:0.553333:43:40:45:22:43:40:45:22 chr16 33630022 . A T 929.67 PASS AF=0.477833;AO=97;DP=203;FAO=97;FDP=203;FR=.;FRO=106;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.00139046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.526;QD=18.3185;RBI=0.0128452;REFB=-0.0123913;REVB=-0.0127697;RO=106;SAF=49;SAR=48;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076285;STB=0.54206;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0144309;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:106:106:97:97:0.477833:48:49:45:61:48:49:45:61 chr16 33961249 . CC TG 125.1 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0103555;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=169.552;QD=5.38057;RBI=0.0108835;REFB=-0.00128557;REVB=-0.0033489;RO=71;SAF=3;SAR=8;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307031;STB=0.722061;STBP=0.142;TYPE=mnp;VARB=0.0132555;OID=.;OPOS=33961249;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:93:93:71:72:11:11:0.11828:8:3:37:34:8:3:38:34 chr16 33961265 . A G 31.75 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=88;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.0178903;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.089;QD=1.45969;RBI=0.0359509;REFB=0.00108244;REVB=-0.0311833;RO=78;SAF=1;SAR=7;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374013;STB=0.816966;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0399829;OID=.;OPOS=33961265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:87:78:79:8:8:0.091954:7:1:32:46:7:1:33:46 chr16 33961317 . G A 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0187767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.3859;QD=6.57185;RBI=0.0196229;REFB=-0.0040836;REVB=-0.00570014;RO=37;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200292;STB=0.624792;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00939728;OID=.;OPOS=33961317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:6:5:11:26:6:5:11:26 chr16 33961327 . G T 85.42 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.000267924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.179;QD=11.3895;RBI=0.0202684;REFB=-0.0124123;REVB=-0.0202667;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21426;STB=0.660123;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0123782;OID=.;OPOS=33961327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:30:16:19:11:11:0.366667:6:5:4:12:6:5:4:15 chr16 33961352 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0326315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.344;QD=10.6343;RBI=0.0568414;REFB=-0.0157793;REVB=0.0465417;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364734;STB=0.713848;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0202238;OID=.;OPOS=33961352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:2:11:4:4:2:11 chr16 33961370 . A C 69.46 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0398674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.029;QD=16.3432;RBI=0.043917;REFB=-0.0161997;REVB=-0.01842;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.583142;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0185142;OID=.;OPOS=33961370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:6:8:8:9:0.529412:5:3:2:4:6:3:4:4 chr16 33961386 . G A 51.53 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0906564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2608;QD=18.7399;RBI=0.1143;REFB=-0.0589687;REVB=0.0696126;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197383;STB=0.615061;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0507901;OID=.;OPOS=33961386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:1:3:3:4:1:3 chr16 33961400 . G C 31.35 PASS AF=0.5;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.01707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.054;QD=12.5394;RBI=0.0181517;REFB=-0.0373127;REVB=0.00617244;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0314458;OID=.;OPOS=33961400;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:9:10:4:5:5:5:0.5:2:3:2:2:2:3:2:3 chr16 33961539 . A C 37.65 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0372614;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.741;QD=6.5483;RBI=0.0467282;REFB=-0.0222225;REVB=-0.0281978;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506424;STB=0.819712;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.049559;OID=.;OPOS=33961539;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:23:16:17:6:6:0.26087:4:2:13:3:4:2:14:3 chr16 33961541 . T G 35.79 PASS AF=0.25;AO=5;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0172828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.77;QD=5.96558;RBI=0.0308717;REFB=-0.0165252;REVB=0.0255806;RO=18;SAF=2;SAR=3;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493254;STB=0.828471;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0498654;OID=.;OPOS=33961541;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:18:18:5:6:0.25:3:2:15:3:4:2:15:3 chr16 33961563 . C G 53.7 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00337396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.857;QD=7.95564;RBI=0.00580282;REFB=-0.017288;REVB=0.00472113;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372986;STB=0.738607;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0294474;OID=.;OPOS=33961563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:5:3:13:5:5:3:14:5 chr16 33961705 . A G 35.22 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.086371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2906;QD=5.21754;RBI=0.0952481;REFB=-0.00765692;REVB=-0.0401527;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310274;STB=0.71347;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0180524;OID=.;OPOS=33961705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:5:1:8:13:5:1:8:13 chr16 33961768 . T G 30.7 PASS AF=0.277778;AO=5;DP=20;FAO=5;FDP=18;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0215208;FXX=0.09995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.879;QD=6.82328;RBI=0.070719;REFB=-0.0100621;REVB=-0.067365;RO=13;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393238;STB=0.760797;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0230475;OID=.;OPOS=33961768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:20:18:13:13:5:5:0.277778:1:4:6:7:1:4:6:7 chr16 33961855 . T G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00090878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.089;QD=12.7293;RBI=0.0236349;REFB=-0.01327;REVB=-0.0236174;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820699;STB=0.548286;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0512358;OID=.;OPOS=33961855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:2:10:7:2:2:10 chr16 33961902 . C G 52.89 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0667228;FXX=0.076864;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.426;QD=17.6294;RBI=0.0675425;REFB=-0.0168008;REVB=-0.010491;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120202;STB=0.54533;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0303649;OID=.;OPOS=33961902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:12:5:5:6:7:0.583333:4:2:1:4:5:2:1:4 chr16 33962412 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.83;QD=43.4855;RBI=0.0269629;REFB=0;REVB=-0.0181987;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49014e-05;OID=.;OPOS=33962412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr16 33962416 . G A,C 142.41 PASS AF=0.769231,0.230769;AO=10,3;DP=13;FAO=10,3;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=3,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291014,0.0339242;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=216.745,20.7081;QD=43.8187;RBI=0.0553901,0.12631;REFB=0,0;REVB=0.0553136,-0.121669;RO=0;SAF=7,2;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0171273,0.0346807;OID=.,.;OPOS=33962416,33962416;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:13:13:0:0:10,3:10,3:0.769231,0.230769:3,1:7,2:0:0:3,1:7,2:0:0 chr16 33962422 . C A 99.62 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0165476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.4589;QD=26.565;RBI=0.0556713;REFB=-0.07893;REVB=0.0531551;RO=4;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136379;STB=0.507678;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0105472;OID=.;OPOS=33962422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:3:8:3:1:3:8:3:1 chr16 33962433 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0172527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.506;QD=6.57315;RBI=0.019543;REFB=-0.0131529;REVB=0.00918005;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267262;STB=0.517185;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0381787;OID=.;OPOS=33962433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:11:5:2:4:11:5 chr16 33962434 . CG C,CA 161.3 PASS AF=0.25,0.625;AO=4,16;DP=22;FAO=4,10;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=3,6;FSAR=1,4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0176191,-0.00160615;FXX=0.272603;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.774,58.0837;QD=40.3252;RBI=0.0499409,0.0146101;REFB=0.000231579,-0.0469108;REVB=-0.0467296,-0.0145215;RO=2;SAF=3,10;SAR=1,6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.210252,-0.0830155;STB=0.624469,0.571292;STBP=0.679,0.391;TYPE=del,snp;VARB=0.0557557,-0.0216692;OID=.,.;OPOS=33962435,33962435;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.625:4,16:22:4,10:16:2:3,6:1,4:2:0:29:2:3,10:1,6:2:0 chr16 33962500 . T G 65.36 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0057123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.311;QD=3.63134;RBI=0.00963978;REFB=-0.000415866;REVB=0.00776499;RO=59;SAF=8;SAR=4;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118876;STB=0.588084;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00220892;OID=.;OPOS=33962500;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:72:59:60:12:12:0.166667:4:8:34:25:4:8:34:26 chr16 33962542 . T A 100.88 PASS AF=0.191011;AO=17;DP=89;FAO=17;FDP=89;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.00413635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.336;QD=4.53379;RBI=0.0258445;REFB=-0.00798083;REVB=-0.0255113;RO=72;SAF=10;SAR=7;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419831;STB=0.526995;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0295542;OID=.;OPOS=33962542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:72:72:17:17:0.191011:7:10:40:32:7:10:40:32 chr16 33962560 . AGG ACA,ACG 764.76 PASS AF=0.675,0.0375;AO=53,3;DP=79;FAO=54,3;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=29,1;FSAR=25,2;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00149199,0.0231123;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=169.59,85.5739;QD=38.238;RBI=0.0165103,0.0373662;REFB=-0.0505603,-0.0743693;REVB=0.0164428,0.0293608;RO=12;SAF=28,1;SAR=25,2;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.124228,0.241822;STB=0.559207,0.5994;STBP=0.058,0.82;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0123441,0.0275691;OID=.,.;OPOS=33962561,33962561;OREF=GG,G;OALT=CA,C;OMAPALT=ACA,ACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.675,0.0375:53,3:79:54,3:80:13:29,1:25,2:3:10:75:12:28,1:25,2:2:10 chr16 33962570 . G A 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0201403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.379;QD=19.0768;RBI=0.0218654;REFB=0.00400629;REVB=-0.00851259;RO=39;SAF=21;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105684;STB=0.505879;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00302783;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:17:21:22:17:17:21:22:17 chr16 33962582 . C T 56.63 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0140732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0603;QD=3.06109;RBI=0.0173667;REFB=-0.00369088;REVB=-0.0101757;RO=62;SAF=5;SAR=6;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135339;STB=0.598365;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0140808;OID=.;OPOS=33962582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:73:74:62:63:11:11:0.148649:6:5:35:27:6:5:36:27 chr16 33962608 . T G 44.61 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00274943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.986;QD=2.58588;RBI=0.0104676;REFB=-0.00907476;REVB=-0.0101;RO=60;SAF=4;SAR=5;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672709;STB=0.54828;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0368667;OID=.;OPOS=33962608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:5:4:30:30:5:4:30:30 chr16 33962617 . TGG CAT,TGA 141.91 PASS AF=0.0483871,0.274194;AO=3,17;DP=63;FAO=3,17;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=1,9;FSAR=2,8;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0245384,-0.0355082;FXX=0.0158705;HRUN=4,2;LEN=3,1;MLLD=218.473,213.319;QD=9.15563;RBI=0.0257133,0.0363326;REFB=-0.00924239,-0.0119452;REVB=0.00768388,0.00769569;RO=42;SAF=1,9;SAR=2,8;SRF=21;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.160471,0.0347834;STB=0.65567,0.520933;STBP=0.681,0.844;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0188273,0.0277609;OID=.,.;OPOS=33962617,33962619;OREF=TGG,G;OALT=CAT,A;OMAPALT=CAT,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:63:62:42:42:3,17:3,17:0.0483871,0.274194:2,8:1,9:21:21:2,8:1,9:21:21 chr16 33962622 . G A 41.91 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.13013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1922;QD=2.74841;RBI=0.130339;REFB=-0.00602686;REVB=0.00737781;RO=53;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161924;STB=0.61699;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0670278;OID=.;OPOS=33962622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:53:53:8:8:0.131148:5:3:27:26:5:3:27:26 chr16 33962626 . G T 41.96 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0439116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.351;QD=2.75133;RBI=0.0524961;REFB=-0.00249782;REVB=-0.0287681;RO=52;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173469;STB=0.632323;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0497096;OID=.;OPOS=33962626;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:52:53:8:8:0.131148:5:3:27:25:5:3:28:25 chr16 33962641 . G T 194.28 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00631416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5022;QD=12.3353;RBI=0.00742945;REFB=-0.00266194;REVB=0.00391513;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177443;STB=0.602323;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00694935;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:9:15:18:21:9:15:18:21 chr16 33962682 . T C 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0707796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.672;QD=16.2685;RBI=0.0708063;REFB=-0.00489191;REVB=0.00194547;RO=15;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255473;STB=0.610954;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00900765;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:18:15:15:0.454545:4:11:7:8:4:11:10:8 chr16 33962697 . C T 61.2 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0641633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0422;QD=8.44107;RBI=0.0642819;REFB=-0.010173;REVB=-0.00390281;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476868;STB=0.765024;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.03252;OID=.;OPOS=33962697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:29:29:18:20:9:9:0.310345:2:7:6:12:2:7:8:12 chr16 33962709 . C G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00951456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.359;QD=9.49161;RBI=0.00968612;REFB=-0.00635804;REVB=-0.00181496;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608169;STB=0.537107;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0129322;OID=.;OPOS=33962709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:9:9:4:5:9:9 chr16 33962891 . A T 84.52 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00568496;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.571;QD=8.66842;RBI=0.0058028;REFB=0.00187439;REVB=-0.00116352;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342859;STB=0.705559;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00153052;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:40:39:28:28:11:11:0.282051:6:5:21:7:6:5:21:7 chr16 33962907 . AGGA TGGG 133.12 PASS AF=0.244898;AO=11;DP=50;FAO=12;FDP=49;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=32;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.000771184;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=4;MLLD=195.992;QD=10.8667;RBI=0.00952727;REFB=-0.0149277;REVB=-0.00949601;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186484;STB=0.647911;STBP=0.267;TYPE=mnp;VARB=0.0285756;OID=.;OPOS=33962907;OREF=AGGA;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:50:49:31:32:11:12:0.244898:6:5:19:12:7:5:20:12 chr16 33962918 . G A 33.05 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0043929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.601;QD=2.034;RBI=0.0171986;REFB=-0.00360433;REVB=-0.0166281;RO=58;SAF=3;SAR=4;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122545;STB=0.593621;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.026494;OID=.;OPOS=33962918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:4:3:31:27:4:3:31:27 chr16 33962923 . G A 91.25 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0118398;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.184;QD=5.06937;RBI=0.0324537;REFB=0.0013906;REVB=0.030217;RO=58;SAF=6;SAR=9;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187956;STB=0.626208;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00482509;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:73:72:58:57:15:15:0.208333:9:6:32:26:9:6:32:25 chr16 33962930 . G T 104.2 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00321677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.89;QD=5.08271;RBI=0.00766172;REFB=-3.03928e-05;REVB=0.00695373;RO=65;SAF=7;SAR=10;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195292;STB=0.623087;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000393211;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:65:65:17:17:0.207317:10:7:37:28:10:7:37:28 chr16 33962996 . TG CG,CT 490.48 PASS AF=0.556962,0;AO=49,13;DP=97;FAO=44,0;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=16,0;FSAR=28,0;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00509579,-0.00710275;FXX=0.185548;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=313.139,183.482;QD=24.8343;RBI=0.0130907,0.0241756;REFB=-0.00763036,0.00595427;REVB=0.0120581,0.0231087;RO=35;SAF=17,8;SAR=32,5;SRF=23;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.239435,-0.0533116;STB=0.630425,0.5;STBP=0.011,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00559248,0.106864;OID=.,.;OPOS=33962996,33962996;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:79:35:35:49,13:44,0:0.556962,0:32,5:17,8:23:12:28,0:16,0:23:12 chr16 33963000 . T C 542.44 PASS AF=0.520408;AO=50;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0123817;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.652;QD=22.1404;RBI=0.0330786;REFB=-0.000151419;REVB=0.0306739;RO=47;SAF=19;SAR=31;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243699;STB=0.636889;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000227142;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:50:51:0.520408:31:19:31:16:32:19:31:16 chr16 33963002 . G A 406.91 PASS AF=0.32;AO=24;DP=100;FAO=24;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00592796;FXX=0.249975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3375;QD=21.7021;RBI=0.0129388;REFB=0.00338833;REVB=0.0115009;RO=48;SAF=11;SAR=13;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165188;STB=0.625962;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0268879;OID=.;OPOS=33963002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:75:48:34:24:24:0.32:13:11:29:19:13:11:23:11 chr16 33963004 . G A 54.07 PASS AF=0.104478;AO=14;DP=134;FAO=14;FDP=134;FR=.;FRO=120;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=74;FWDB=-0.00882122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.944;QD=1.61415;RBI=0.0162783;REFB=-0.00119251;REVB=-0.0136809;RO=120;SAF=6;SAR=8;SRF=46;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563995;STB=0.541792;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0456886;OID=.;OPOS=33963004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:134:134:120:120:14:14:0.104478:8:6:46:74:8:6:46:74 chr16 33963015 . T C 1963.82 PASS AF=0.701299;AO=161;DP=230;FAO=162;FDP=231;FR=.;FRO=69;FSAF=47;FSAR=115;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.00167643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.234;QD=34.0055;RBI=0.0445805;REFB=-0.0285943;REVB=0.044549;RO=65;SAF=47;SAR=114;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183537;STB=0.605285;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0103068;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:65:69:161:162:0.701299:114:47:39:26:115:47:42:27 chr16 33963020 . C A 3848.5 PASS AF=0.839763;AO=259;DP=314;FAO=283;FDP=337;FR=.;FRO=54;FSAF=102;FSAR=181;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0463847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.956;QD=45.6795;RBI=0.0471616;REFB=-0.0212229;REVB=0.00852492;RO=54;SAF=85;SAR=174;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942811;STB=0.539454;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00353446;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:337:54:54:259:283:0.839763:174:85:32:22:181:102:32:22 chr16 33963024 . A C 37.35 PASS AF=0.0551559;AO=23;DP=429;FAO=23;FDP=417;FR=.;FRO=394;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=154;FSRR=240;FWDB=-0.00363162;FXX=0.0279714;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5039;QD=0.358248;RBI=0.0571195;REFB=0.000346823;REVB=0.0570039;RO=405;SAF=10;SAR=13;SRF=153;SRR=252;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599193;STB=0.542649;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00432495;OID=.;OPOS=33963024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:429:417:405:394:23:23:0.0551559:13:10:153:252:13:10:154:240 chr16 33963046 . T C 12346.2 PASS AF=0.931844;AO=771;DP=840;FAO=834;FDP=895;FR=.;FRO=61;FSAF=375;FSAR=459;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00465943;FXX=0.00555549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.783;QD=55.1786;RBI=0.0827598;REFB=-0.0293076;REVB=0.0826285;RO=62;SAF=372;SAR=399;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209322;STB=0.501774;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00519987;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:840:895:62:61:771:834:0.931844:399:372:29:33:459:375:29:32 chr16 33963086 . A G 15029.5 PASS AF=0.956438;AO=991;DP=1032;FAO=988;FDP=1033;FR=.;FRO=45;FSAF=432;FSAR=556;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0264894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3486;QD=58.1975;RBI=0.0265968;REFB=0.00525771;REVB=-0.00238738;RO=37;SAF=435;SAR=556;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00142981;STB=0.504248;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00111266;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:1032:1033:37:45:991:988:0.956438:556:435:17:20:556:432:24:21 chr16 33963106 . T C 15338.0 PASS AF=0.97168;AO=990;DP=1021;FAO=995;FDP=1024;FR=.;FRO=29;FSAF=425;FSAR=570;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.015317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.591;QD=59.9141;RBI=0.0211351;REFB=-0.0821856;REVB=0.014563;RO=24;SAF=422;SAR=568;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168361;STB=0.510556;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00145563;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:1021:1024:24:29:990:995:0.97168:568:422:19:5:570:425:23:6 chr16 33963108 . A G 15217.0 PASS AF=0.970559;AO=971;DP=1002;FAO=989;FDP=1019;FR=.;FRO=30;FSAF=431;FSAR=558;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00747521;FXX=0.000980383;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.124;QD=59.733;RBI=0.00782764;REFB=-0.0152718;REVB=-0.00232233;RO=30;SAF=418;SAR=553;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0040529;STB=0.501921;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000776224;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:1002:1019:30:30:971:989:0.970559:553:418:15:15:558:431:15:15 chr16 33963175 . C G 14827.0 PASS AF=1;AO=942;DP=958;FAO=947;FDP=947;FR=.;FRO=0;FSAF=427;FSAR=520;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189283;FXX=0.0155924;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.477;QD=62.627;RBI=0.0351171;REFB=0.0160118;REVB=-0.0295793;RO=12;SAF=424;SAR=518;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31998e-06;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:958:947:12:0:942:947:1:518:424:0:12:520:427:0:0 chr16 33963202 . A G 11094.6 PASS AF=0.987465;AO=708;DP=717;FAO=709;FDP=718;FR=.;FRO=9;FSAF=300;FSAR=409;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0127408;FXX=0.0013908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.954;QD=61.8086;RBI=0.0163076;REFB=0.0140388;REVB=0.0101788;RO=9;SAF=299;SAR=409;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00218682;STB=0.501153;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.000110294;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:717:718:9:9:708:709:0.987465:409:299:3:6:409:300:3:6 chr16 33963210 . AT GC 9261.46 PASS AF=1;AO=593;DP=613;FAO=594;FDP=594;FR=.;FRO=0;FSAF=239;FSAR=355;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734965;FXX=0.0309946;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.212;QD=62.3667;RBI=0.00742665;REFB=-0.0288349;REVB=-0.00106666;RO=8;SAF=238;SAR=355;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000696905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.04861e-05;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:613:594:8:0:593:594:1:355:238:3:5:355:239:0:0 chr16 33963224 . T C 6902.37 PASS AF=0.972043;AO=449;DP=462;FAO=452;FDP=465;FR=.;FRO=13;FSAF=194;FSAR=258;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0132879;FXX=0.00214588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7052;QD=59.3752;RBI=0.0181469;REFB=-0.0347043;REVB=0.0123588;RO=11;SAF=193;SAR=256;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00308233;STB=0.50347;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-1.04367e-05;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:462:465:11:13:449:452:0.972043:256:193:4:7:258:194:4:9 chr16 33963248 . T C 4546.33 PASS AF=0.941538;AO=306;DP=328;FAO=306;FDP=325;FR=.;FRO=19;FSAF=121;FSAR=185;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00495006;FXX=0.00914606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.557;QD=55.9548;RBI=0.0283837;REFB=-0.0425135;REVB=0.0279487;RO=18;SAF=121;SAR=185;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115328;STB=0.504775;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00300477;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:328:325:18:19:306:306:0.941538:185:121:9:9:185:121:9:10 chr16 33963279 . T C 4443.56 PASS AF=0.926829;AO=310;DP=328;FAO=304;FDP=328;FR=.;FRO=24;FSAF=124;FSAR=180;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0104438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7683;QD=54.1898;RBI=0.0419275;REFB=-0.0155464;REVB=0.0406059;RO=16;SAF=128;SAR=182;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00837999;STB=0.510094;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00310179;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:328:328:16:24:310:304:0.926829:182:128:8:8:180:124:13:11 chr16 33963283 . C CGG,G 4748.91 PASS AF=0.978328,0;AO=254,13;DP=337;FAO=316,0;FDP=323;FR=.;FRO=7;FSAF=134,0;FSAR=182,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0641356,-0.0165724;FXX=0.0182365;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=38.1232,165.871;QD=58.8101;RBI=0.0666067,0.0166343;REFB=-0.0293553,-0.00497963;REVB=0.0179742,-0.00143279;RO=37;SAF=98,8;SAR=156,5;SRF=22;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0523768,0.026063;STB=0.5001,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000718031,0.033559;OID=.,.;OPOS=33963284,33963283;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:337:323:37:7:254,13:316,0:0.978328,0:156,5:98,8:22:15:182,0:134,0:3:4 chr16 33963289 . A G 4895.75 PASS AF=0.958457;AO=313;DP=328;FAO=323;FDP=337;FR=.;FRO=14;FSAF=144;FSAR=179;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00258321;FXX=0.00295849;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.932;QD=58.1098;RBI=0.0183183;REFB=-0.023978;REVB=0.0181353;RO=13;SAF=135;SAR=178;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958441;STB=0.50373;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000584405;OID=.;OPOS=33963289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:328:337:13:14:313:323:0.958457:178:135:4:9:179:144:5:9 chr16 33963329 . T C 4621.52 PASS AF=0.93994;AO=303;DP=325;FAO=313;FDP=333;FR=.;FRO=20;FSAF=145;FSAR=168;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00123294;FXX=0.00299392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0721;QD=55.5138;RBI=0.0260597;REFB=-0.0208757;REVB=0.0260305;RO=20;SAF=137;SAR=166;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00568655;STB=0.502218;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00342225;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:325:333:20:20:303:313:0.93994:166:137:10:10:168:145:10:10 chr16 33963332 . A G 4837.97 PASS AF=0.955224;AO=318;DP=336;FAO=320;FDP=335;FR=.;FRO=15;FSAF=153;FSAR=167;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0130122;FXX=0.0029761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0265;QD=57.7668;RBI=0.017541;REFB=-0.01969;REVB=0.0117631;RO=15;SAF=151;SAR=167;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121785;STB=0.506499;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000654879;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:336:335:15:15:318:320:0.955224:167:151:5:10:167:153:5:10 chr16 33963395 . AT TC 3023.38 PASS AF=0.892562;AO=188;DP=251;FAO=216;FDP=242;FR=.;FRO=26;FSAF=97;FSAR=119;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0153593;FXX=0.039681;HRUN=1;LEN=2;MLLD=300.26;QD=49.9732;RBI=0.0435056;REFB=-0.0301164;REVB=0.0407041;RO=26;SAF=92;SAR=96;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418637;STB=0.515396;STBP=0.166;TYPE=mnp;VARB=0.00362633;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:251:242:26:26:188:216:0.892562:96:92:8:18:119:97:8:18 chr16 33963424 . A G 1665.2 PASS AF=0.775148;AO=124;DP=161;FAO=131;FDP=169;FR=.;FRO=38;FSAF=58;FSAR=73;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00638142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.001;QD=39.4131;RBI=0.0167117;REFB=-0.023809;REVB=-0.0154453;RO=37;SAF=52;SAR=72;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302836;STB=0.523048;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00253589;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:169:37:38:124:131:0.775148:72:52:13:24:73:58:13:25 chr16 33963427 . T C 1472.3 PASS AF=0.769697;AO=106;DP=150;FAO=127;FDP=165;FR=.;FRO=38;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00321623;FXX=0.0236672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.789;QD=35.6922;RBI=0.0248759;REFB=-0.0272831;REVB=0.0246671;RO=34;SAF=46;SAR=60;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515328;STB=0.528456;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00514201;OID=.;OPOS=33963427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:165:34:38:106:127:0.769697:60:46:11:23:68:59:13:25 chr16 33963437 . T C 1834.2 PASS AF=0.809249;AO=140;DP=173;FAO=140;FDP=173;FR=.;FRO=33;FSAF=60;FSAR=80;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0141145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.263;QD=42.4093;RBI=0.0146386;REFB=-0.00517145;REVB=0.00388195;RO=32;SAF=60;SAR=80;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418107;STB=0.524615;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00544724;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:32:33:140:140:0.809249:80:60:10:22:80:60:10:23 chr16 33963445 . A G 1966.52 PASS AF=0.81768;AO=147;DP=180;FAO=148;FDP=181;FR=.;FRO=33;FSAF=60;FSAR=88;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.013951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1308;QD=43.4589;RBI=0.0192258;REFB=0.0155491;REVB=-0.0132289;RO=33;SAF=59;SAR=88;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245902;STB=0.513697;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00264742;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:33:33:147:148:0.81768:88:59:11:22:88:60:11:22 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 1360.0 PASS AF=0.647887,0.119718;AO=89,16;DP=146;FAO=92,17;FDP=142;FR=.;FRO=33;FSAF=23,4;FSAR=69,13;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00910995,-0.0170665;FXX=0.0273954;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=223.342,128.904;QD=38.3099;RBI=0.0201505,0.0291734;REFB=-0.00723433,-0.015542;REVB=0.0179736,0.0236605;RO=33;SAF=22,4;SAR=67,12;SRF=10;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0370683,-0.075987;STB=0.518321,0.55821;STBP=0.565,0.628;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00342729,0.0110305;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:142:33:33:89,16:92,17:0.647887,0.119718:67,12:22,4:10:23:69,13:23,4:10:23 chr16 33963490 . T C 990.47 PASS AF=0.641791;AO=86;DP=134;FAO=86;FDP=134;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=63;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.044525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8212;QD=29.5661;RBI=0.0779546;REFB=-0.0083335;REVB=0.0639878;RO=47;SAF=23;SAR=63;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250741;STB=0.520204;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00464323;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:47:48:86:86:0.641791:63:23:14:33:63:23:15:33 chr16 33963528 . T C 837.04 PASS AF=0.695238;AO=73;DP=105;FAO=73;FDP=105;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00193059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.797;QD=31.8873;RBI=0.0384499;REFB=-0.0256892;REVB=0.0384014;RO=32;SAF=26;SAR=47;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862979;STB=0.546499;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0133277;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:32:32:73:73:0.695238:47:26:16:16:47:26:16:16 chr16 33963560 . C A 67.93 PASS AF=0.152941;AO=12;DP=85;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0151605;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.37;QD=3.19692;RBI=0.0186273;REFB=-0.00915023;REVB=-0.0108229;RO=72;SAF=4;SAR=8;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159861;STB=0.634072;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0493615;OID=.;OPOS=33963560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:72:72:12:13:0.152941:8:4:33:39:9:4:33:39 chr16 33963563 . G C 436.39 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0142697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.72;QD=21.2873;RBI=0.0142804;REFB=-0.0122851;REVB=-0.000552286;RO=39;SAF=12;SAR=31;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324391;STB=0.679819;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0113121;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:31:12:25:14:31:12:25:14 chr16 33963571 . T C 475.04 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.000314362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.679;QD=24.3609;RBI=0.0106314;REFB=-0.0069622;REVB=0.0106267;RO=32;SAF=15;SAR=30;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271915;STB=0.655103;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00580469;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:33:45:45:0.576923:30:15:22:10:30:15:23:10 chr16 33963588 . G A 57.21 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.0112111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.361;QD=3.31648;RBI=0.0118322;REFB=-0.00104351;REVB=-0.00378311;RO=57;SAF=4;SAR=7;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403809;STB=0.754504;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0100429;OID=.;OPOS=33963588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:69:69:57:58:11:11:0.15942:7:4:40:17:7:4:40:18 chr16 33963591 . T C 80.3 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0130464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.528;QD=5.18089;RBI=0.0132003;REFB=-0.00470625;REVB=-0.00200991;RO=49;SAF=5;SAR=8;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346822;STB=0.71668;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0317752;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:8:5:33:16:8:5:33:16 chr16 33963594 . CA CG,TG 147.04 PASS AF=0.293103,0.0517241;AO=17,3;DP=58;FAO=17,3;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=6,2;FSAR=11,1;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0028831,0.00638499;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=103.906,167.013;QD=10.1406;RBI=0.0389345,0.0307148;REFB=-0.00125675,-0.00799521;REVB=-0.0388276,-0.0300439;RO=38;SAF=6,2;SAR=11,1;SRF=29;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.449914,-0.120681;STB=0.762112,0.607206;STBP=0.021,0.808;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000246387,0.0909488;OID=.,.;OPOS=33963595,33963594;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:17,3:17,3:0.293103,0.0517241:11,1:6,2:29:9:11,1:6,2:29:9 chr16 33963597 . C T 154.25 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.00375116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.999;QD=10.638;RBI=0.0174628;REFB=-0.0183622;REVB=-0.0170552;RO=38;SAF=8;SAR=11;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37706;STB=0.725293;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0183428;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:38:19:20:0.344828:11:8:29:9:12:8:29:9 chr16 33963605 . T C 165.44 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=0.0294079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.441;QD=11.4094;RBI=0.0300422;REFB=-0.00228172;REVB=0.0061405;RO=37;SAF=8;SAR=13;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422341;STB=0.740941;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00285792;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:13:8:29:8:13:8:29:8 chr16 33963624 . T C 87.16 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0149423;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.359;QD=5.36377;RBI=0.0280889;REFB=-0.00269048;REVB=0.0237847;RO=51;SAF=6;SAR=8;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314102;STB=0.680614;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0054388;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:66:65:51:51:14:14:0.215385:8:6:35:16:8:6:34:17 chr16 33963636 . AA GG 119.32 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.00663138;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=2;MLLD=244.566;QD=6.44983;RBI=0.00798993;REFB=-0.00478073;REVB=-0.00445689;RO=58;SAF=10;SAR=8;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105024;STB=0.581956;STBP=0.433;TYPE=mnp;VARB=0.0108947;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:58:56:18:18:0.243243:8:10:37:21:8:10:37:19 chr16 33963653 . GGGTTTTTA G 50.79 PASS AF=0.197183;AO=13;DP=70;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00365744;FXX=0.0533262;HRUN=3;LEN=8;MLLD=307.173;QD=2.86121;RBI=0.0268415;REFB=-0.00540274;REVB=-0.0265912;RO=46;SAF=8;SAR=5;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782808;STB=0.53522;STBP=0.778;TYPE=del;VARB=0.0218867;OID=.;OPOS=33963654;OREF=GGTTTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197183:13:70:14:71:57:8:6:35:22:50:46:8:5:31:15 chr16 33963678 . C T 602.61 PASS AF=0.6;AO=53;DP=89;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00390887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.362;QD=26.7827;RBI=0.0113765;REFB=-0.00973897;REVB=-0.0106839;RO=35;SAF=23;SAR=30;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100531;STB=0.563147;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00427995;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:35:36:53:54:0.6:30:23:20:15:31:23:21:15 chr16 33963708 . GT AC 64.86 PASS AF=0.139785;AO=13;DP=93;FAO=13;FDP=93;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.00616056;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=207.402;QD=2.78977;RBI=0.00620364;REFB=0.00134142;REVB=-0.00072983;RO=77;SAF=8;SAR=5;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229222;STB=0.650181;STBP=0.248;TYPE=mnp;VARB=-0.0125599;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:93:93:77:80:13:13:0.139785:5:8:33:44:5:8:35:45 chr16 33963722 . C G 257.97 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.000121187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.631;QD=11.5941;RBI=0.0210077;REFB=-0.0126885;REVB=-0.0210074;RO=58;SAF=12;SAR=19;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148347;STB=0.585847;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0275962;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:19:12:30:28:19:12:30:28 chr16 33963732 . A C 261.2 PASS AF=0.364706;AO=29;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0191604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.38;QD=12.2915;RBI=0.0196186;REFB=-0.0106595;REVB=0.00421522;RO=53;SAF=11;SAR=18;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208732;STB=0.597673;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0173656;OID=.;OPOS=33963732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:54:29:31:0.364706:18:11:30:23:18:13:31:23 chr16 33963737 . GC AT 371.09 PASS AF=0.35;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0214624;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=2;MLLD=149.042;QD=18.5543;RBI=0.0242848;REFB=-0.0077034;REVB=-0.011363;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127887;STB=0.579276;STBP=0.303;TYPE=mnp;VARB=0.0183212;OID=.;OPOS=33963737;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:39:40:28:28:0.35:15:13:23:16:15:13:24:16 chr16 33963758 . T C 45.15 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.00497819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.405;QD=2.12486;RBI=0.006169;REFB=-0.00025561;REVB=0.00364337;RO=75;SAF=8;SAR=2;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34056;STB=0.754559;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00225861;OID=.;OPOS=33963758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:75:75:10:10:0.117647:2:8:40:35:2:8:40:35 chr16 33963769 . C A 491.91 PASS AF=0.642857;AO=45;DP=70;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0052026;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.53;QD=28.1093;RBI=0.00606762;REFB=-0.0123408;REVB=-0.00312233;RO=25;SAF=24;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612403;STB=0.533319;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00602021;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:25:45:45:0.642857:21:24:11:14:21:24:11:14 chr16 33963775 . G C 497.74 PASS AF=0.50495;AO=50;DP=95;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00812524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.567;QD=19.7123;RBI=0.0202106;REFB=-0.003001;REVB=0.0185054;RO=16;SAF=18;SAR=32;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00731615;STB=0.56615;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0167853;OID=.;OPOS=33963775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:101:16:50:50:51:0.50495:32:18:6:10:33:18:24:26 chr16 33963783 . G C,T 2048.24 PASS AF=0.584795,0.309942;AO=100,53;DP=171;FAO=100,53;FDP=171;FR=.;FRO=18;FSAF=28,28;FSAR=72,25;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000390147,0.0070022;FXX=0.00581362;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=132.099,138.105;QD=47.9121;RBI=0.0121701,0.00928577;REFB=-0.00246035,0.00104229;REVB=0.0121638,-0.00609875;RO=18;SAF=28,28;SAR=72,25;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0380718,0.0656418;STB=0.520227,0.535303;STBP=0.338,0.294;TYPE=snp,snp;VARB=0.00367465,0.00233805;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:171:171:18:18:100,53:100,53:0.584795,0.309942:72,25:28,28:7:11:72,25:28,28:7:11 chr16 33963809 . G C 3694.61 PASS AF=0.885906;AO=264;DP=300;FAO=264;FDP=298;FR=.;FRO=34;FSAF=70;FSAR=194;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00413485;FXX=0.0165011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.588;QD=49.5921;RBI=0.0922299;REFB=-0.0627947;REVB=0.0921372;RO=34;SAF=70;SAR=194;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554053;STB=0.529245;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00967589;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:298:34:34:264:264:0.885906:194:70:16:18:194:70:16:18 chr16 33963816 . TG GA 3650.99 PASS AF=0.787709;AO=281;DP=357;FAO=282;FDP=358;FR=.;FRO=76;FSAF=89;FSAR=193;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00410008;FXX=0.00831002;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.052;QD=40.7932;RBI=0.00690856;REFB=-0.0322412;REVB=0.00556035;RO=75;SAF=89;SAR=192;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727217;STB=0.540806;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.0144396;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:358:75:76:281:282:0.787709:192:89:36:39:193:89:37:39 chr16 33963822 . A G 5188.49 PASS AF=0.84141;AO=380;DP=453;FAO=382;FDP=454;FR=.;FRO=72;FSAF=123;FSAR=259;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=9.06342e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.199;QD=45.7136;RBI=0.0269611;REFB=-0.0241641;REVB=-0.026961;RO=72;SAF=121;SAR=259;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523157;STB=0.526762;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0053414;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:453:454:72:72:380:382:0.84141:259:121:34:38:259:123:34:38 chr16 33963840 . C CCGTT 7457.21 PASS AF=0.884228;AO=508;DP=615;FAO=527;FDP=596;FR=.;FRO=69;FSAF=197;FSAR=330;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.00474253;FXX=0.043338;HRUN=2;LEN=4;MLLD=237.204;QD=50.0484;RBI=0.0101704;REFB=-0.0200014;REVB=-0.00899695;RO=78;SAF=190;SAR=318;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630488;STB=0.509286;STBP=0.208;TYPE=ins;VARB=0.00300655;OID=.;OPOS=33963841;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.884228:508:615:527:596:69:197:330:31:38:99:78:190:318:31:47 chr16 33963855 . T C 13184.8 PASS AF=0.92284;AO=896;DP=975;FAO=897;FDP=972;FR=.;FRO=75;FSAF=330;FSAR=567;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0188922;FXX=0.00307689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4583;QD=54.2585;RBI=0.0525235;REFB=0.0144137;REVB=0.0490082;RO=75;SAF=330;SAR=566;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112956;STB=0.505962;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.000698749;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:975:972:75:75:896:897:0.92284:566:330:33:42:567:330:33:42 chr16 33963875 . A G 20172.8 PASS AF=0.985474;AO=1282;DP=1302;FAO=1289;FDP=1308;FR=.;FRO=19;FSAF=538;FSAR=751;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00521882;FXX=0.00304876;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.378;QD=61.6905;RBI=0.0984298;REFB=0.056997;REVB=-0.0982914;RO=19;SAF=535;SAR=747;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000107159;STB=0.500055;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.000710552;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:1302:1308:19:19:1282:1289:0.985474:747:535:8:11:751:538:8:11 chr16 33963881 . C G 20081.1 PASS AF=0.94914;AO=1323;DP=1397;FAO=1325;FDP=1396;FR=.;FRO=71;FSAF=559;FSAR=766;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00221567;FXX=0.00214437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.35;QD=57.5389;RBI=0.0513326;REFB=-0.00480933;REVB=-0.0512847;RO=70;SAF=559;SAR=764;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00199624;STB=0.501502;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000142833;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:1397:1396:70:71:1323:1325:0.94914:764:559:31:39:766:559:32:39 chr16 33963912 . T C 25231.9 PASS AF=0.980665;AO=1619;DP=1654;FAO=1623;FDP=1655;FR=.;FRO=32;FSAF=720;FSAR=903;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0124785;FXX=0.00120699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7718;QD=60.9834;RBI=0.0245737;REFB=-0.0748564;REVB=0.0211696;RO=33;SAF=719;SAR=900;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193901;STB=0.500732;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00150525;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:1654:1655:33:32:1619:1623:0.980665:900:719:13:20:903:720:13:19 chr16 33963961 . C G 28289.8 PASS AF=0.968915;AO=1838;DP=1905;FAO=1839;FDP=1898;FR=.;FRO=59;FSAF=796;FSAR=1043;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0489404;FXX=0.00367452;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.759;QD=59.6201;RBI=0.0493226;REFB=-0.0452416;REVB=-0.00612793;RO=51;SAF=796;SAR=1042;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111935;STB=0.500784;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.000717998;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:1905:1898:51:59:1838:1839:0.968915:1042:796:21:30:1043:796:27:32 chr16 33963975 . A G 25496.7 PASS AF=0.936369;AO=1707;DP=1825;FAO=1707;FDP=1823;FR=.;FRO=116;FSAF=762;FSAR=945;FSRF=48;FSRR=68;FWDB=-0.0076319;FXX=0.00109588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=350.338;QD=55.9445;RBI=0.012538;REFB=-0.0105977;REVB=0.00994764;RO=115;SAF=762;SAR=945;SRF=47;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459216;STB=0.5021;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000496953;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1825:1823:115:116:1707:1707:0.936369:945:762:47:68:945:762:48:68 chr16 33963991 . A G 25160.5 PASS AF=0.966292;AO=1628;DP=1689;FAO=1634;FDP=1691;FR=.;FRO=57;FSAF=752;FSAR=882;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0352802;FXX=0.0029481;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.299;QD=59.5162;RBI=0.035332;REFB=-0.00860081;REVB=-0.00191289;RO=56;SAF=749;SAR=879;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543866;STB=0.503116;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0002597;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:1689:1691:56:57:1628:1634:0.966292:879:749:21:35:882:752:21:36 chr16 33964017 . A G 21060.7 PASS AF=0.961433;AO=1338;DP=1402;FAO=1396;FDP=1452;FR=.;FRO=56;FSAF=652;FSAR=744;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.00675969;FXX=0.00343169;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7718;QD=58.0184;RBI=0.0152191;REFB=-0.022905;REVB=0.0136356;RO=53;SAF=636;SAR=702;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00852205;STB=0.50426;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00108708;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:1402:1452:53:56:1338:1396:0.961433:702:636:19:34:744:652:20:36 chr16 33964062 . C T 107.86 PASS AF=0.071831;AO=51;DP=710;FAO=51;FDP=710;FR=.;FRO=659;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=193;FSRR=466;FWDB=-0.0787917;FXX=0.00140645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.249;QD=0.60765;RBI=0.0801218;REFB=-0.00958261;REVB=0.0145383;RO=658;SAF=21;SAR=30;SRF=193;SRR=465;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148925;STB=0.618632;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0677035;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:710:710:658:659:51:51:0.071831:30:21:193:465:30:21:193:466 chr16 33964064 . T C 7623.96 PASS AF=0.833085;AO=544;DP=672;FAO=559;FDP=671;FR=.;FRO=112;FSAF=150;FSAR=409;FSRF=47;FSRR=65;FWDB=0.0607457;FXX=0.00592584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8036;QD=45.4483;RBI=0.0611622;REFB=-0.0671732;REVB=0.0071256;RO=110;SAF=146;SAR=398;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623751;STB=0.531227;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00875586;OID=.;OPOS=33964064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:672:671:110:112:544:559:0.833085:398:146:47:63:409:150:47:65 chr16 33964070 . AG GC 7010.97 PASS AF=0.817035;AO=515;DP=636;FAO=518;FDP=634;FR=.;FRO=116;FSAF=151;FSAR=367;FSRF=48;FSRR=68;FWDB=0.00885626;FXX=0.0078246;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.352;QD=44.2332;RBI=0.0223303;REFB=-0.0777296;REVB=0.020499;RO=111;SAF=150;SAR=365;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454113;STB=0.526484;STBP=0.01;TYPE=mnp;VARB=0.0167983;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:636:634:111:116:515:518:0.817035:365:150:45:66:367:151:48:68 chr16 33964082 . T C 5866.88 PASS AF=0.79115;AO=445;DP=569;FAO=447;FDP=565;FR=.;FRO=118;FSAF=151;FSAR=296;FSRF=45;FSRR=73;FWDB=0.0141767;FXX=0.00702975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.056;QD=41.5354;RBI=0.0149243;REFB=-0.00933731;REVB=0.00466409;RO=117;SAF=149;SAR=296;SRF=44;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180736;STB=0.510098;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00329105;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:569:565:117:118:445:447:0.79115:296:149:44:73:296:151:45:73 chr16 33964091 . T C 7338.34 PASS AF=0.941176;AO=356;DP=492;FAO=480;FDP=510;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=162;FSAR=318;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.109761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.047;QD=57.5556;RBI=0.109973;REFB=-0.0468308;REVB=0.00682601;RO=21;SAF=39;SAR=317;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918066;STB=0.506472;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00561926;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:492:510:21:21:356:480:0.941176:317:39:10:11:318:162:10:11 chr16 33964108 . G C 3965.48 PASS AF=0.748804;AO=312;DP=415;FAO=313;FDP=418;FR=.;FRO=105;FSAF=128;FSAR=185;FSRF=34;FSRR=71;FWDB=0.0225441;FXX=0.0118201;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.28;QD=37.9472;RBI=0.0346671;REFB=-0.0315233;REVB=0.0263358;RO=103;SAF=127;SAR=185;SRF=32;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470749;STB=0.522298;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00785331;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:418:103:105:312:313:0.748804:185:127:32:71:185:128:34:71 chr16 33964119 . A G 46.43 PASS AF=0.0650888;AO=22;DP=338;FAO=22;FDP=338;FR=.;FRO=316;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=128;FSRR=188;FWDB=-7.37567e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.278;QD=0.549412;RBI=0.0112122;REFB=-0.000916978;REVB=-0.0112119;RO=311;SAF=9;SAR=13;SRF=125;SRR=186;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804751;STB=0.503896;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0142924;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:338:338:311:316:22:22:0.0650888:13:9:125:186:13:9:128:188 chr16 33964134 . G C 1329.61 PASS AF=0.603093;AO=117;DP=194;FAO=117;FDP=194;FR=.;FRO=77;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=22;FSRR=55;FWDB=-0.0430914;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.218;QD=27.4146;RBI=0.0451823;REFB=-0.0036145;REVB=0.0135859;RO=77;SAF=61;SAR=56;SRF=22;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172121;STB=0.592944;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0100316;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:77:77:117:117:0.603093:56:61:22:55:56:61:22:55 chr16 33964143 . T C 959.59 PASS AF=0.564417;AO=92;DP=164;FAO=92;FDP=163;FR=.;FRO=71;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.0364544;FXX=0.00609719;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0705;QD=23.5482;RBI=0.0551519;REFB=-0.0150773;REVB=-0.041386;RO=72;SAF=54;SAR=38;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2135;STB=0.61345;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0103341;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:72:71:92:92:0.564417:38:54:23:49:38:54:23:48 chr16 33964153 . G T 120.67 PASS AF=0.153846;AO=24;DP=156;FAO=24;FDP=156;FR=.;FRO=132;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=69;FSRR=63;FWDB=0.00572838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.232;QD=3.09411;RBI=0.012906;REFB=-0.00667652;REVB=-0.011565;RO=130;SAF=6;SAR=18;SRF=67;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344961;STB=0.735095;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0277541;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:130:132:24:24:0.153846:18:6:67:63:18:6:69:63 chr16 33964154 . C T 144.4 PASS AF=0.173077;AO=27;DP=156;FAO=27;FDP=156;FR=.;FRO=129;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=66;FSRR=63;FWDB=0.0385385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.407;QD=3.70264;RBI=0.0410648;REFB=-0.0082208;REVB=-0.0141811;RO=126;SAF=9;SAR=18;SRF=65;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235507;STB=0.649239;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0299194;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:126:129:27:27:0.173077:18:9:65:61:18:9:66:63 chr16 33964168 . G A 131.14 PASS AF=0.193277;AO=23;DP=119;FAO=23;FDP=119;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.039078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.31;QD=4.40818;RBI=0.0394798;REFB=-0.0164311;REVB=0.00561813;RO=94;SAF=8;SAR=15;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271343;STB=0.663383;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0387855;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:94:96:23:23:0.193277:15:8:53:41:15:8:53:43 chr16 33964196 . T C 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0148278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.758;QD=9.19062;RBI=0.014837;REFB=-0.00168737;REVB=0.000519909;RO=42;SAF=5;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177255;STB=0.610992;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00273747;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:44:20:20:0.3125:15:5:16:26:15:5:17:27 chr16 33964202 . C T 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0161756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.42;QD=22.8809;RBI=0.0464677;REFB=-0.0241061;REVB=-0.0435614;RO=26;SAF=14;SAR=21;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757729;STB=0.541643;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0340945;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:21:14:8:18:21:14:8:18 chr16 33964204 . T G 119.74 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0361167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.231;QD=7.98236;RBI=0.0392141;REFB=-0.00855945;REVB=0.0152751;RO=43;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176563;STB=0.60546;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.05296;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:9:8:14:29:9:8:14:29 chr16 33964233 . C T 100.79 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0180403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.162;QD=8.22807;RBI=0.019592;REFB=-0.00356689;REVB=0.00764165;RO=36;SAF=4;SAR=9;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206113;STB=0.627703;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00763266;OID=.;OPOS=33964233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:9:4:17:19:9:4:17:19 chr16 33964237 . CT CG,TG 145.26 PASS AF=0.309524,0.0952381;AO=12,4;DP=42;FAO=13,4;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6,1;FSAR=7,3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0122297,-0.0193254;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=206.812,228.014;QD=13.8344;RBI=0.0173282,0.0223345;REFB=-0.0176413,-0.0139825;REVB=-0.012276,-0.0111963;RO=24;SAF=6,1;SAR=6,3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.290777;STB=0.512176,0.708004;STBP=0.948,0.515;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0236845,0.0264781;OID=.,.;OPOS=33964238,33964237;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:12,4:13,4:0.309524,0.0952381:6,3:6,1:12:12:7,3:6,1:12:13 chr16 33964242 . CA CG,GG 110.12 PASS AF=0.263158,0.105263;AO=10,4;DP=38;FAO=10,4;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4,1;FSAR=6,3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0242855,-0.0227072;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=137.973,202.235;QD=11.5918;RBI=0.0358138,0.0257977;REFB=0.000201244,-0.00693147;REVB=-0.0263219,-0.0122436;RO=24;SAF=4,1;SAR=6,3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0682721,-0.249693;STB=0.542084,0.691296;STBP=0.808,0.509;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0101096,0.0530853;OID=.,.;OPOS=33964243,33964242;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:38:38:24:24:10,4:10,4:0.263158,0.105263:6,3:4,1:11:13:6,3:4,1:11:13 chr16 33964276 . A G 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0208408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.332;QD=6.10493;RBI=0.0229481;REFB=-0.0137838;REVB=-0.009606;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184526;STB=0.617369;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0207059;OID=.;OPOS=33964276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:4:4:9:17:4:4:9:17 chr16 33965449 . G C 139.3 PASS AF=0.233333;AO=21;DP=90;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0349212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7895;QD=6.19112;RBI=0.051722;REFB=-0.0138073;REVB=0.0381533;RO=69;SAF=9;SAR=12;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290858;STB=0.517898;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.044801;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:69:69:21:21:0.233333:12:9:28:41:12:9:28:41 chr16 33965456 . T C 206.37 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00902829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9975;QD=8.97262;RBI=0.0107742;REFB=-0.0156198;REVB=-0.00587997;RO=65;SAF=11;SAR=16;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00982662;STB=0.505819;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.030775;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:65:65:27:27:0.293478:16:11:27:38:16:11:27:38 chr16 33965459 . C T 137.51 PASS AF=0.21875;AO=21;DP=96;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0113547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5783;QD=5.72945;RBI=0.0365454;REFB=5.89069e-05;REVB=-0.0347367;RO=73;SAF=9;SAR=12;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500158;STB=0.501518;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.001633;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:73:75:21:21:0.21875:12:9:31:42:12:9:32:43 chr16 33965481 . T C 56.11 PASS AF=0.123711;AO=12;DP=98;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0193843;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.22;QD=2.3139;RBI=0.0228764;REFB=-0.00464285;REVB=-0.0121481;RO=84;SAF=10;SAR=2;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42496;STB=0.811731;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.049868;OID=.;OPOS=33965481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:98:97:84:85:12:12:0.123711:2:10:42:42:2:10:42:43 chr16 33965487 . C T 104.41 PASS AF=0.176471;AO=18;DP=102;FAO=18;FDP=102;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0207347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.328;QD=4.09434;RBI=0.0353664;REFB=-0.0109798;REVB=0.0286506;RO=84;SAF=13;SAR=5;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275756;STB=0.680885;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0344377;OID=.;OPOS=33965487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:84:84:18:18:0.176471:5:13:43:41:5:13:43:41 chr16 33965505 . C T 44.4 PASS AF=0.100917;AO=11;DP=109;FAO=11;FDP=109;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=37;FWDB=-0.0119384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.032;QD=1.62934;RBI=0.0123508;REFB=-0.00536902;REVB=-0.00316488;RO=97;SAF=4;SAR=7;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306556;STB=0.72071;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.042807;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:109:97:98:11:11:0.100917:7:4:61:36:7:4:61:37 chr16 33965507 . G C 490.06 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00333845;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.987;QD=18.3199;RBI=0.0138454;REFB=-0.0230755;REVB=-0.0134368;RO=54;SAF=32;SAR=20;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571852;STB=0.527725;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0296152;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:54:55:52:52:0.485981:20:32:30:24:20:32:31:24 chr16 33965533 . A C 523.86 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0185912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7168;QD=19.9567;RBI=0.0297575;REFB=0.0149862;REVB=-0.0232352;RO=50;SAF=41;SAR=13;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225887;STB=0.631767;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00628665;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:51:54:54:0.514286:13:41:27:23:13:41:27:24 chr16 33965537 . CA CG,TG 499.76 PASS AF=0.435644,0.0891089;AO=43,10;DP=95;FAO=44,9;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=33,7;FSAR=11,2;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0199234,0.0209773;FXX=0.00980296;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=127.407,126.914;QD=19.7926;RBI=0.0503102,0.0515832;REFB=-0.0134735,-0.0133743;REVB=-0.0461971,-0.0471252;RO=40;SAF=32,8;SAR=11,2;SRF=25;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.12634,0.258402;STB=0.637433,0.731673;STBP=0.015,0.164;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00599713,0.0140945;OID=.,.;OPOS=33965538,33965537;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:101:40:48:43,10:44,9:0.435644,0.0891089:11,2:32,8:25:15:11,2:33,7:25:23 chr16 33965539 . G GC 188.22 PASS AF=0.433333;AO=36;DP=101;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0643052;FXX=0.0721575;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.8961;QD=8.36534;RBI=0.0805348;REFB=-0.0629729;REVB=0.048484;RO=64;SAF=28;SAR=8;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263799;STB=0.613045;STBP=0.094;TYPE=ins;VARB=0.072481;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:36:101:39:90:51:30:9:31:20:99:64:28:8:37:27 chr16 33965553 . CAG CA,CCA,CG,CGG 1234.46 PASS AF=0.545455,0,0.444444,0.010101;AO=23,4,25,19;DP=100;FAO=54,0,44,1;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0,29,1;FSAR=26,0,15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187218,-0.0578411,-0.0203704,-0.021628;FXX=0.009999;HRUN=3,1,1,1;LEN=1,2,1,1;MLLD=15.4121,13.5514,149.883,150.966;QD=49.877;RBI=0.997741,0.443196,0.0221116,0.0861226;REFB=0,0,0,0;REVB=0.997566,0.439406,-0.00860065,-0.0833626;RO=25;SAF=23,4,25,4;SAR=0,0,0,15;SRF=1;SRR=24;SSEN=0.396318,0,0,0;SSEP=0.346804,0,0,0;SSSB=0.88536,0.846964,0.886744,0.3167;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=0.0351043,0.0337644,-0.0197605,0.05776;OID=.,.,.,.;OPOS=33965555,33965554,33965554,33965554;OREF=G,AG,A,A;OALT=-,CA,-,G;OMAPALT=CA,CCA,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.545455,0,0.444444,0.010101:23,4,25,19:100:54,0,44,1:99:0:28,0,29,1:26,0,15,0:0:0:99:25:23,4,25,4:0,0,0,15:1:24 chr16 33965560 . TT AC,AT 622.09 PASS AF=0.44898,0.142857;AO=45,14;DP=100;FAO=44,14;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=29,7;FSAR=15,7;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0144046,0.000339467;FXX=0.019998;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=240.529,262.044;QD=25.3915;RBI=0.0145692,0.00379341;REFB=-0.0116019,-0.012607;REVB=0.00218353,0.00377819;RO=39;SAF=30,7;SAR=15,7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.115955,-0.0460785;STB=0.555723,0.536984;STBP=0.326,0.748;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00672258,0.0103847;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:39:40:45,14:44,14:0.44898,0.142857:15,7:30,7:21:18:15,7:29,7:22:18 chr16 34682251 . G T 524.08 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00348733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.708;QD=17.3249;RBI=0.047507;REFB=-0.00939952;REVB=-0.0473788;RO=65;SAF=25;SAR=31;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741868;STB=0.54127;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0111862;OID=.;OPOS=34682251;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:31:25:34:31:31:25:34:31 chr16 46565019 . T G 1313.11 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0107745;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.018;QD=59.6868;RBI=0.0161672;REFB=0.0853392;REVB=0.0120536;RO=2;SAF=41;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225456;STB=0.511625;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-3.51836e-05;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:85:86:0.977273:44:41:2:0:44:42:2:0 chr16 46590024 . T C 696.65 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0413866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8977;QD=52.5771;RBI=0.0511518;REFB=0.0477085;REVB=-0.0300609;RO=2;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351305;STB=0.501866;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00199092;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:23:28:1:1:23:28:1:1 chr16 46642286 . G A 191.06 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.149045;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7044;QD=20.6556;RBI=0.163576;REFB=-0.0372596;REVB=-0.0673984;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337553;STB=0.702512;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0503178;OID=.;OPOS=46642286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:15:15:15:0.405405:4:11:13:0:4:11:15:0 chr16 46655210 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.4;QD=57.1754;RBI=0.0367018;REFB=0;REVB=0.0167098;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138791;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr16 46696284 . G A 816.82 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.181;QD=57.3204;RBI=0.0205697;REFB=0;REVB=0.0150534;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86586e-05;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:29:26:0:0:29:28:0:0 chr16 46773999 . C A 360.73 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0104453;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2149;QD=20.6128;RBI=0.0292107;REFB=0.00520038;REVB=0.0272793;RO=32;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142082;STB=0.584571;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.000987707;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:32:33:37:37:0.528571:19:18:21:11:19:18:22:11 chr16 48122582 . G A 645.38 PASS AF=0.439024;AO=72;DP=162;FAO=72;FDP=164;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=64;FWDB=0.00714149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3419;QD=15.7409;RBI=0.0208796;REFB=-0.00524727;REVB=-0.0196203;RO=90;SAF=32;SAR=40;SRF=26;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161094;STB=0.580984;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0100793;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:90:92:72:72:0.439024:40:32:26:64:40:32:28:64 chr16 48212531 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0216569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.517;QD=17.1565;RBI=0.0232422;REFB=-0.0173452;REVB=0.00843682;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748639;STB=0.542807;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0218831;OID=.;OPOS=48212531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:11:9:9:8:11:9 chr16 48234327 . C T 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0224955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.517;QD=18.577;RBI=0.0236438;REFB=-0.0212277;REVB=0.007279;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118487;STB=0.565916;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0165717;OID=.;OPOS=48234327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:17:14:10:21:17:14:10:21 chr16 48258198 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.731;QD=55.656;RBI=0.0308232;REFB=0;REVB=0.0273729;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119602;OID=.;OPOS=48258198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr16 48575159 . T C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00491773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.139;QD=21.3766;RBI=0.0117661;REFB=-0.0075691;REVB=-0.0106891;RO=21;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736841;STB=0.532331;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0114657;OID=.;OPOS=48575159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:15:8:9:12:15:8:9:13 chr16 49670738 . GCCCA GCC,GCCA 93.23 PASS AF=0,0.464286;AO=6,27;DP=59;FAO=0,26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=0,21;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=30;FWDB=-0.10882,0.109014;FXX=0.0508388;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=69.2988,11.5774;QD=6.65917;RBI=0.125829,0.230415;REFB=-0.0250523,-0.21531;REVB=-0.0631756,-0.202994;RO=21;SAF=6,14;SAR=0,13;SRF=0;SRR=21;SSEN=0.372913,0.372913;SSEP=0,0;SSSB=0.870874,0.410004;STB=0.5,0.874766;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.12293;OID=.,.;OPOS=49670741,49670739;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCC,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.464286:6,27:59:0,26:56:30:0,21:0,5:0:30:94:21:6,14:0,13:0:21 chr16 49672520 . A G 240.47 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0551199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1675;QD=21.3755;RBI=0.116334;REFB=-0.0267573;REVB=-0.102446;RO=22;SAF=6;SAR=17;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622978;STB=0.535078;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0230142;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:17:6:7:15:17:6:7:15 chr16 50059279 . C A 167.62 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00993339;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.33;QD=41.9051;RBI=0.0235862;REFB=-0.0752039;REVB=0.0213925;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518494;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.000484648;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:13:2:0:0:13:2:0:1 chr16 50069312 . C G 154.04 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=58;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0144728;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.51;QD=11.0026;RBI=0.0228559;REFB=-0.00357305;REVB=-0.0176898;RO=35;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40442;STB=0.736123;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.004678;OID=.;OPOS=50069312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:35:36:19:20:0.357143:5:14:13:22:5:15:14:22 chr16 50069772 . A G 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.036;QD=59.8657;RBI=0.0322224;REFB=0;REVB=-0.0319627;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82372e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:52:52:0:0:52:52:0:0 chr16 50071011 . C CTTTAG,G 226.72 PASS AF=0.517241,0.206897;AO=15,5;DP=29;FAO=15,6;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=7,1;FSAR=8,5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.000836865,-0.00351886;FXX=0.0333222;HRUN=3,1;LEN=5,1;MLLD=245.271,111.552;QD=31.2715;RBI=0.0221724,0.0148949;REFB=0.00396791,-0.0161464;REVB=-0.0221566,-0.0144732;RO=8;SAF=7,0;SAR=8,5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0207478,-0.732891;STB=0.511612,0.734403;STBP=0.934,0.203;TYPE=ins,snp;VARB=0.00852433,0.0267679;OID=.,.;OPOS=50071012,50071011;OREF=-,C;OALT=TTTAG,G;OMAPALT=CTTTAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:29:29:8:8:15,5:15,6:0.517241,0.206897:8,5:7,0:4:4:8,5:7,1:4:4 chr16 50106594 . T C 546.51 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.0242653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3492;QD=19.3456;RBI=0.0355957;REFB=0.00947469;REVB=-0.0260432;RO=56;SAF=18;SAR=39;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127598;STB=0.50704;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.00871465;OID=.;OPOS=50106594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:39:18:17:39:39:18:17:39 chr16 50186867 . C T 178.58 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0771885;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5909;QD=20.4089;RBI=0.0776287;REFB=-0.0246513;REVB=0.00825546;RO=17;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125776;STB=0.571347;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0232367;OID=.;OPOS=50186867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:6:12:9:8:6:12:9:8 chr16 50263762 . G A 375.9 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.23;QD=55.6894;RBI=0.052101;REFB=0;REVB=0.0268205;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028361;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:6:20:0:0:6:21:0:0 chr16 50265818 . C T 648.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0993;QD=61.7403;RBI=0.070892;REFB=0;REVB=-0.0137155;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000850523;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:25:15:0:0:26:16:0:0 chr16 50326661 . A G 1225.5 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385955;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.601;QD=61.2751;RBI=0.0458929;REFB=0;REVB=0.0248304;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.174e-05;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:79:80:1:49:30:0:0:49:31:0:0 chr16 50368663 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.541;QD=47.8146;RBI=0.0280285;REFB=-0.0409867;REVB=0.0128122;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318424;STB=0.517225;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000787847;OID=.;OPOS=50368663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:7:14:1:0:7:14:1:0 chr16 50642201 . G C 1395.54 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9723;QD=62.7211;RBI=0.0532664;REFB=0;REVB=0.0113206;RO=0;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324696;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:55:34:0:0:55:34:0:0 chr16 50733859 . C G 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0106248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.135;QD=9.09233;RBI=0.0148479;REFB=-0.0169297;REVB=-0.0103718;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654617;STB=0.539732;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0414675;OID=.;OPOS=50733859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:7:6:13:19:7:6:13:19 chr16 50745583 . T G 223.05 PASS AF=0.48;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0112343;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.927;QD=17.8441;RBI=0.0120896;REFB=-0.0203809;REVB=0.0044664;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132046;STB=0.559393;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0209161;OID=.;OPOS=50745583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:28:26:24:24:0.48:14:10:8:20:14:10:8:18 chr16 51171175 . C T 1914.9 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4952;QD=61.771;RBI=0.0572679;REFB=0;REVB=-0.0493008;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.09721e-05;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:57:67:0:0:57:67:0:0 chr16 51173559 . G A 776.87 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0726344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.721;QD=55.4907;RBI=0.129106;REFB=0;REVB=0.106736;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143774;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:51:56:1:24:27:0:0:29:27:0:0 chr16 51705448 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.741;QD=62.9829;RBI=0.0293161;REFB=0;REVB=0.00448413;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188706;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr16 52472421 . A ATTTCT 332.68 PASS AF=0.444444;AO=34;DP=83;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00453385;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=5;MLLD=279.899;QD=16.4287;RBI=0.015023;REFB=-0.0105932;REVB=-0.0143225;RO=44;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113866;STB=0.582777;STBP=0.196;TYPE=ins;VARB=0.0121318;OID=.;OPOS=52472422;OREF=-;OALT=TTTCT;OMAPALT=ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:34:83:36:81:45:19:17:17:28:99:44:17:17:17:27 chr16 53340192 . G A 721.61 PASS AF=0.556452;AO=69;DP=125;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0105402;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.91;QD=23.2776;RBI=0.0226687;REFB=-0.0212244;REVB=-0.0200692;RO=52;SAF=42;SAR=27;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133054;STB=0.561586;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0184706;OID=.;OPOS=53340192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:52:55:69:69:0.556452:27:42:23:29:27:42:26:29 chr16 53396356 . T C 1104.23 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8139;QD=59.6882;RBI=0.0617761;REFB=0;REVB=0.0615613;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134299;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:1:0:71:74:1:34:37:1:0:36:38:0:0 chr16 53404203 . C A 940.64 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0571522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6296;QD=57.0084;RBI=0.0774867;REFB=-0.135595;REVB=-0.052324;RO=2;SAF=19;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138293;STB=0.512817;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00167127;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:2:1:64:65:0.984848:45:19:1:1:46:19:1:0 chr16 53639438 . C T 615.4 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0877383;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0618;QD=20.3437;RBI=0.0879714;REFB=0.00787909;REVB=-0.00639878;RO=59;SAF=34;SAR=28;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952615;STB=0.55246;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00684951;OID=.;OPOS=53639438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:59:62:62:0.512397:28:34:26:33:28:34:26:33 chr16 53671754 . C T 221.93 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0714281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8558;QD=25.3634;RBI=0.0824167;REFB=-0.0172845;REVB=-0.0411161;RO=14;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391222;STB=0.521719;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0125022;OID=.;OPOS=53671754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:14:7:4:10:14:7:4:10 chr16 53682949 . C T 638.86 PASS AF=0.456954;AO=68;DP=147;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0503865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8235;QD=16.9233;RBI=0.0808691;REFB=-0.00274751;REVB=-0.0632535;RO=79;SAF=33;SAR=35;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448496;STB=0.523784;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00349849;OID=.;OPOS=53682949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:151:79:82:68:69:0.456954:35:33:42:37:35:34:44:38 chr16 54967096 . C A 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0863352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.167;QD=25.4297;RBI=0.0871337;REFB=0.0137403;REVB=0.0117688;RO=14;SAF=8;SAR=14;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117641;STB=0.54344;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00914587;OID=.;OPOS=54967096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:14:8:3:11:14:8:4:11 chr16 55325460 . T C 411.52 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=39;FWDB=-0.0146166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.159;QD=18.4953;RBI=0.0161936;REFB=-0.00377868;REVB=-0.00697043;RO=47;SAF=13;SAR=29;SRF=8;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166787;STB=0.592057;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00449882;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:29:13:8:39:29:13:8:39 chr16 55523705 . T C 766.21 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.767;QD=63.8504;RBI=0.0602275;REFB=0;REVB=0.0602166;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386997;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr16 55539876 . GTTTTTTTC GTTTTTTC,GTTTTTTTCT 31.79 PASS AF=0.269231,0.153846;AO=7,3;DP=29;FAO=7,4;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6,3;FSAR=1,1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.213951,-0.0884874;FXX=0.0370233;HRUN=7,3;LEN=1,1;MLLD=8.52934,16.6647;QD=4.89097;RBI=0.216416,0.0960085;REFB=-0.168503,-0.0669518;REVB=0.0325723,-0.0372508;RO=16;SAF=6,1;SAR=1,2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.192998,-0.44165;STB=0.637842,0.517154;STBP=0.455,0.991;TYPE=del,ins;VARB=0.185537,0.0828538;OID=.,.;OPOS=55539877,55539885;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=GTTTTTTC,GTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231,0.153846:7,3:29:7,4:26:15:6,3:1,1:11:4:21:16:6,1:1,2:12:4 chr16 55562466 . G A 924.85 PASS AF=0.469697;AO=93;DP=196;FAO=93;FDP=198;FR=.;FRO=105;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=-0.0293443;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.702;QD=18.6839;RBI=0.0312914;REFB=-0.0226818;REVB=-0.0108659;RO=102;SAF=49;SAR=44;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162116;STB=0.501633;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0218228;OID=.;OPOS=55562466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:102:105:93:93:0.469697:44:49:52:50:44:49:55:50 chr16 55601388 . A G 311.83 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0105391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.577;QD=16.6309;RBI=0.0245733;REFB=-0.0220826;REVB=-0.0221985;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877531;STB=0.549267;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0347016;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:16:18:18:23:16:18:18:23 chr16 55844924 . TAAA TAAAA,TAA,TAACA,TAAC 122.5 PASS AF=0,0.541667,0,0.458333;AO=5,3,3,2;DP=25;FAO=0,13,0,11;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,0,2;FSAR=0,9,0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.579004,-0.579004,-0.0310319,-0.0339415;FXX=0.039984;HRUN=14,14,0,14;LEN=1,1,1,1;MLLD=2.62851,3.78437,140.302,142.57;QD=20.416;RBI=0.640717,0.640717,0.0428328,0.0500726;REFB=-0.237779,0.237779,-0.00295935,0.01285;REVB=-0.274359,0.274359,0.029524,0.0368136;RO=1;SAF=0,1,0,0;SAR=5,2,3,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.163246,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=ins,del,ins,snp;VARB=0.0408321,0.309181,-0.0235339,0.0531795;OID=.,.,.,.;OPOS=55844925,55844925,55844927,55844927;OREF=-,A,-,A;OALT=A,-,C,C;OMAPALT=TAAAA,TAA,TAACA,TAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.541667,0,0.458333:5,3,3,2:25:0,13,0,11:24:0:0,4,0,2:0,9,0,9:0:0:56:1:0,1,0,0:5,2,3,2:0:1 chr16 55853446 . C A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0148002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5879;QD=9.49519;RBI=0.0378641;REFB=-0.00654271;REVB=0.0348518;RO=24;SAF=9;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229949;STB=0.642565;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0196248;OID=.;OPOS=55853446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:2:9:16:8:2:9:16:8 chr16 55883618 . T C 997.99 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111693;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7415;QD=59.5815;RBI=0.0343974;REFB=0;REVB=0.0325335;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289034;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:65:67:1:34:31:0:0:36:31:0:0 chr16 55905636 . A G 1171.78 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4357;QD=60.8716;RBI=0.0252831;REFB=0;REVB=0.00754112;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169065;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr16 55907811 . C T 342.24 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0297248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.41;QD=18.4995;RBI=0.0324601;REFB=-0.0177821;REVB=0.0130419;RO=37;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149897;STB=0.581263;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0126155;OID=.;OPOS=55907811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:37:38:35:36:0.486486:18:17:12:25:19:17:12:26 chr16 56228066 . A G 1461.46 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398004;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.448;QD=63.5419;RBI=0.0400989;REFB=0;REVB=-0.00488367;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.11949e-05;OID=.;OPOS=56228066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr16 56368689 . C T 1036.12 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0286522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.68;QD=56.7736;RBI=0.0348489;REFB=-0.047165;REVB=0.0198367;RO=2;SAF=41;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00463189;STB=0.502592;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000933468;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:70:71:0.972603:29:41:1:1:29:42:1:1 chr16 56377748 . A G 285.22 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00664974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6135;QD=15.4173;RBI=0.02764;REFB=0.0154696;REVB=-0.0268282;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15386;STB=0.591712;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0195905;OID=.;OPOS=56377748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:17:15:13:28:17:15:13:29 chr16 56379451 . G C 55.8 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.025669;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.448;QD=6.37659;RBI=0.0384895;REFB=-0.0356463;REVB=0.02868;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315419;STB=0.691953;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0495048;OID=.;OPOS=56379451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:36:35:25:25:10:10:0.285714:4:6:8:17:4:6:8:17 chr16 56379496 . G A 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0540587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.504;QD=8.51171;RBI=0.0541907;REFB=-0.00494952;REVB=-0.00378017;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479496;STB=0.782175;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0240856;OID=.;OPOS=56379496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:4:20:4:6:4:20 chr16 56395610 . G A 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00339732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.362;QD=9.62324;RBI=0.00683725;REFB=-0.00437291;REVB=0.00593348;RO=42;SAF=7;SAR=13;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30385;STB=0.678623;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0114367;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:13:7:26:16:13:7:26:16 chr16 56401352 . T C 155.12 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0262619;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.182;QD=22.9809;RBI=0.0378909;REFB=-0.0516851;REVB=0.0273136;RO=6;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271203;STB=0.592481;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0262677;OID=.;OPOS=56401352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:27:6:11:15:16:0.592593:8:7:6:0:8:8:8:3 chr16 56500132 . C T 869.46 PASS AF=0.508772;AO=86;DP=169;FAO=87;FDP=171;FR=.;FRO=84;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0275337;FXX=0.00581362;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7537;QD=20.3383;RBI=0.0284418;REFB=-0.0267541;REVB=-0.00712959;RO=83;SAF=41;SAR=45;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464243;STB=0.503025;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0254534;OID=.;OPOS=56500132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:83:84:86:87:0.508772:45:41:40:43:44:43:41:43 chr16 56500176 . T A 823.15 PASS AF=0.515528;AO=83;DP=161;FAO=83;FDP=161;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0048016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6883;QD=20.4509;RBI=0.0197344;REFB=-0.0281163;REVB=-0.0191413;RO=77;SAF=39;SAR=44;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00206621;STB=0.502177;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0228764;OID=.;OPOS=56500176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:77:78:83:83:0.515528:44:39:36:41:44:39:37:41 chr16 56510299 . A C 131.0 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.020851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.9465;QD=14.5559;RBI=0.0294758;REFB=-0.0113812;REVB=0.020834;RO=21;SAF=13;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444865;STB=0.76429;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0193689;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:2:13:11:10:2:13:11:10 chr16 56545175 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0136499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.841;QD=14.0974;RBI=0.0136954;REFB=0.00672752;REVB=0.00111596;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202649;STB=0.618857;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00895316;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:9:9:9:4:9:9 chr16 56548501 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.388;QD=62.9821;RBI=0.0279022;REFB=0;REVB=0.0231535;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010259;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr16 56601720 . A G 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0193428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.569;QD=18.1915;RBI=0.0198408;REFB=-0.00928062;REVB=0.00441764;RO=44;SAF=20;SAR=20;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106861;STB=0.564674;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00658238;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:20:20:17:27:20:20:17:28 chr16 56601722 . T C 375.19 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.000295274;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.518;QD=17.8663;RBI=0.00365733;REFB=0.000312728;REVB=0.00364539;RO=45;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596562;STB=0.533316;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=5.80528e-05;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:45:45:39:39:0.464286:21:18:18:27:21:18:18:27 chr16 56602798 . G A 292.8 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0433541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.3546;QD=22.9648;RBI=0.0436634;REFB=0.00660076;REVB=0.00518775;RO=21;SAF=12;SAR=17;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141929;STB=0.58531;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00542739;OID=.;OPOS=56602798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:17:12:5:16:17:12:5:17 chr16 56667282 . C A 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.000377004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.756;QD=21.839;RBI=0.0138813;REFB=-0.0151912;REVB=-0.0138761;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924322;STB=0.551683;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0170644;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:9:15:13:12:9:15 chr16 56670827 . C T 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.021738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.951;QD=12.0714;RBI=0.0260332;REFB=-0.0156953;REVB=-0.0143243;RO=40;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144338;STB=0.583264;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0319272;OID=.;OPOS=56670827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:10:14:18:22:10:14:18:22 chr16 56673227 . C A 55.64 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.066668;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5305;QD=8.9021;RBI=0.0677988;REFB=-0.0232563;REVB=-0.0123311;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378979;STB=0.730647;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0222643;OID=.;OPOS=56673227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:25:16:17:8:8:0.32:7:1:6:10:7:1:6:11 chr16 56673249 . T C 55.4 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0310845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.227;QD=10.0728;RBI=0.0645791;REFB=-0.00238769;REVB=0.0566057;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319996;STB=0.723463;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00557136;OID=.;OPOS=56673249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:12:14:8:8:0.363636:7:1:4:8:7:1:5:9 chr16 56686470 . C T 221.82 PASS AF=0.442623;AO=22;DP=57;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0042565;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1692;QD=14.5454;RBI=0.0634366;REFB=-0.0441045;REVB=0.0632936;RO=35;SAF=16;SAR=6;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186924;STB=0.564657;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0640062;OID=.;OPOS=56686470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:35:34:22:27:0.442623:6:16:20:15:9:18:19:15 chr16 56693004 . C T 295.65 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0320369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.6866;QD=22.3133;RBI=0.0806912;REFB=-0.0166828;REVB=-0.0740588;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129427;STB=0.571382;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0169158;OID=.;OPOS=56693004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:16:14:7:16:16:14:7:16 chr16 56701294 . T A 116.11 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00403932;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.984;QD=25.8015;RBI=0.058154;REFB=-0.039985;REVB=0.0580136;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385364;STB=0.529366;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0537119;OID=.;OPOS=56701294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:18:18:5:5:12:13:0.722222:8:4:2:3:9:4:2:3 chr16 56709728 . GA CG 86.0 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179669;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=115.311;QD=38.2241;RBI=0.0960099;REFB=0;REVB=0.0943138;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00251549;OID=.;OPOS=56709728;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:1:7:0:0:2:7:0:0 chr16 56855496 . C G 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.57;QD=56.9369;RBI=0.062368;REFB=0;REVB=0.0574512;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034163;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr16 56868700 . A G 1066.33 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.06027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.017;QD=58.429;RBI=0.0620628;REFB=-0.1548;REVB=0.0148093;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.50769;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000460908;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:40:32:0:0:40:32:1:0 chr16 56873495 . C T 662.0 PASS AF=0.45283;AO=72;DP=158;FAO=72;FDP=159;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.000185271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.427;QD=16.6542;RBI=0.0098026;REFB=-0.013513;REVB=-0.00980085;RO=85;SAF=34;SAR=38;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131173;STB=0.500526;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0181609;OID=.;OPOS=56873495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:85:87:72:72:0.45283:38:34:39:46:38:34:41:46 chr16 56904587 . C G 801.2 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7694;QD=57.2283;RBI=0.046651;REFB=0;REVB=0.0163572;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644474;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr16 56920969 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.785;QD=53.2772;RBI=0.0591028;REFB=0;REVB=0.0558635;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438746;OID=.;OPOS=56920969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr16 56928519 . C T 990.36 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9045;QD=59.126;RBI=0.0728761;REFB=0;REVB=0.063951;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797674;OID=.;OPOS=56928519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr16 56966011 . G A 1476.22 PASS AF=0.971429;AO=101;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.015523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.893;QD=56.237;RBI=0.0435902;REFB=0.0224283;REVB=0.0407325;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51648;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-7.27284e-05;OID=.;OPOS=56966011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:105:105:0:3:101:102:0.971429:43:58:0:0:44:58:0:3 chr16 57005301 . C T 274.0 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0277465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7194;QD=24.9091;RBI=0.0305172;REFB=-0.0598991;REVB=-0.0127055;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459805;STB=0.525527;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0430864;OID=.;OPOS=57005301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:13:12:8:11:13:12:8:11 chr16 57060340 . T C 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1253;QD=53.2694;RBI=0.0587906;REFB=0;REVB=-0.0224248;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196578;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr16 57060353 . T C 256.04 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.155;QD=51.2074;RBI=0.0262726;REFB=0;REVB=0.00855707;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416921;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:10:10:0:0 chr16 57068106 . AC GT 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187614;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.227;QD=64.1539;RBI=0.0226658;REFB=0;REVB=0.022588;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000101363;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr16 57071114 . A G 853.3 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0135234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.098;QD=55.9543;RBI=0.0180622;REFB=-0.0366117;REVB=-0.0119734;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171544;STB=0.509088;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-5.67122e-05;OID=.;OPOS=57071114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:32:27:1:0:33:27:1:0 chr16 57073683 . G C 1159.55 PASS AF=1;AO=56;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251564;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7168;QD=61.0289;RBI=0.0343382;REFB=0;REVB=-0.0233723;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559654;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:56:76:1:40:16:0:0:47:29:0:0 chr16 57085465 . C T 1146.2 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0491279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7655;QD=58.7796;RBI=0.052172;REFB=-0.0870936;REVB=-0.0175604;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011684;STB=0.506023;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00122465;OID=.;OPOS=57085465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:36:40:1:0:36:41:1:0 chr16 57392733 . A C,G 336.52 PASS AF=0.92,0.08;AO=22,3;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422939,-0.00451129;FXX=0.0384468;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.1374,71.5102;QD=53.8433;RBI=0.0596139,0.0665886;REFB=0,0;REVB=0.0420124,-0.0664356;RO=0;SAF=6,2;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.17051e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00422518,0.0826157;OID=.,.;OPOS=57392733,57392733;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:25:25:0:0:22,3:23,2:0.92,0.08:16,1:6,2:0:0:17,0:6,2:0:0 chr16 57499902 . T C 251.82 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00559537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.728;QD=14.8132;RBI=0.0287433;REFB=-0.0342703;REVB=0.0281934;RO=39;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981097;STB=0.555757;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0388646;OID=.;OPOS=57499902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:19:10:17:22:19:10:17:22 chr16 57503213 . C T 510.84 PASS AF=0.41791;AO=56;DP=134;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=54;FWDB=-0.0322322;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.669;QD=15.249;RBI=0.0322331;REFB=-0.0136076;REVB=-0.00023136;RO=78;SAF=34;SAR=22;SRF=24;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303173;STB=0.669372;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0165335;OID=.;OPOS=57503213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:78:78:56:56:0.41791:22:34:24:54:22:34:24:54 chr16 57507061 . CATT C 233.57 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0051983;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=3;MLLD=201.084;QD=16.9868;RBI=0.00591659;REFB=-0.0207388;REVB=0.00282553;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127725;STB=0.581136;STBP=0.279;TYPE=del;VARB=0.0226754;OID=.;OPOS=57507062;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472727:25:55:26:55:29:14:12:20:9:99:29:14:11:20:9 chr16 57595999 . A G 310.32 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00209567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.645;QD=21.4011;RBI=0.0269786;REFB=-0.0186568;REVB=-0.026897;RO=26;SAF=12;SAR=20;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410077;STB=0.522713;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0152043;OID=.;OPOS=57595999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:20:12:11:15:20:12:11:15 chr16 57601792 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0256508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.986;QD=16.6272;RBI=0.027582;REFB=-0.0138534;REVB=-0.0101391;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412168;STB=0.523773;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0111212;OID=.;OPOS=57601792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:6:8:8:5:6:8 chr16 57609000 . C G 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00627154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.895;QD=16.5331;RBI=0.00715192;REFB=-0.0075042;REVB=-0.00343769;RO=43;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189151;STB=0.510632;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0105219;OID=.;OPOS=57609000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:21:14:18:25:21:14:18:25 chr16 57624549 . G A 229.56 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.000912961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.995;QD=14.3475;RBI=0.0376133;REFB=-0.0173647;REVB=0.0376022;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668972;STB=0.528946;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0258772;OID=.;OPOS=57624549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:37:26:27:0.421875:10:16:25:12:10:17:25:12 chr16 57689384 . GC G,GG 792.85 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=12,44;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144037,0.0123269;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=272.618,281.29;QD=56.632;RBI=0.0479815,0.0503883;REFB=0,0;REVB=0.0457685,0.0488573;RO=0;SAF=2,25;SAR=10,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0405026,0.00107874;OID=.,.;OPOS=57689385,57689385;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0178571,0.982143:12,44:56:1,55:56:0:1,26:0,29:0:0:5:0:2,25:10,19:0:0 chr16 57689883 . T C 721.12 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0469299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4131;QD=60.0933;RBI=0.0490585;REFB=-0.0908185;REVB=-0.014294;RO=1;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159381;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00328841;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:29:17:0:1:29:18:0:1 chr16 57698931 . A G 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00658942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4027;QD=13.0888;RBI=0.016109;REFB=0.00662618;REVB=0.0146996;RO=26;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16909;STB=0.612857;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00999419;OID=.;OPOS=57698931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:5:11:14:12:5:11:14:13 chr16 57702274 . G T 259.31 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0123365;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.409;QD=23.574;RBI=0.0156188;REFB=-0.0332879;REVB=0.00957903;RO=19;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081447;STB=0.535684;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0225961;OID=.;OPOS=57702274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:19:20:24:24:0.545455:9:15:10:9:9:15:11:9 chr16 57786517 . C T 222.13 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0401286;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.985;QD=12.1713;RBI=0.0401343;REFB=-0.0125224;REVB=-0.000673613;RO=46;SAF=13;SAR=14;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914012;STB=0.552593;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0151543;OID=.;OPOS=57786517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:46:46:27:27:0.369863:14:13:26:20:14:13:26:20 chr16 57786711 . C T 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0304847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.225;QD=28.9128;RBI=0.0370164;REFB=-0.0445442;REVB=0.0209976;RO=15;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21734;STB=0.619868;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0158225;OID=.;OPOS=57786711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:17:9:10:5:17:9:10:5 chr16 57795394 . G A 103.93 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00309454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.125;QD=10.1395;RBI=0.0148849;REFB=-0.010227;REVB=-0.0145596;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132854;STB=0.580028;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0401004;OID=.;OPOS=57795394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:5:8:14:14:5:8:14:14 chr16 57805176 . A G 437.88 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0383958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.31;QD=15.6385;RBI=0.043184;REFB=-0.0170706;REVB=0.0197641;RO=63;SAF=33;SAR=16;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127475;STB=0.571623;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0278753;OID=.;OPOS=57805176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:16:33:35:28:16:33:35:28 chr16 57937856 . G C 1294.87 PASS AF=0.945652;AO=85;DP=90;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0484144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9819;QD=56.2987;RBI=0.0688206;REFB=-0.0747648;REVB=0.0489114;RO=5;SAF=46;SAR=39;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274463;STB=0.514813;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0175621;OID=.;OPOS=57937856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:90:92:5:5:85:87:0.945652:39:46:4:1:41:46:4:1 chr16 57950057 . G A 545.44 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.009031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4785;QD=18.6475;RBI=0.0149255;REFB=-0.0154512;REVB=0.0118832;RO=57;SAF=33;SAR=24;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959923;STB=0.540969;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.015468;OID=.;OPOS=57950057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:60:57:57:0.487179:24:33:27:30:24:33:30:30 chr16 57996960 . C T 442.89 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.221;QD=57.1468;RBI=0.0685543;REFB=0;REVB=0.00151294;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103989;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:13:18:0:0 chr16 58073845 . C T 633.77 PASS AF=0.5;AO=64;DP=128;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0370906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.644;QD=19.8053;RBI=0.0416317;REFB=0.00196208;REVB=0.0189072;RO=64;SAF=39;SAR=25;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157228;STB=0.5868;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00157848;OID=.;OPOS=58073845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:64:64:64:64:0.5:25:39:28:36:25:39:28:36 chr16 58079165 . G A 216.16 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247959;FXX=0.0526039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.776;QD=48.0355;RBI=0.0410634;REFB=0;REVB=0.0327318;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583388;OID=.;OPOS=58079165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:17:18:1:4:13:0:0:5:13:0:0 chr16 58191966 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8025;QD=62.9828;RBI=0.0590524;REFB=0;REVB=0.0590153;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000841934;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr16 58314433 . T C 215.46 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.012559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.069;QD=10.9094;RBI=0.0396679;REFB=-0.00469175;REVB=0.0376273;RO=52;SAF=20;SAR=7;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418945;STB=0.524415;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0171882;OID=.;OPOS=58314433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:7:20:37:15:7:20:37:15 chr16 58314598 . C T 471.9 PASS AF=0.616438;AO=42;DP=71;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0293709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.873;QD=25.8576;RBI=0.0324574;REFB=-0.0437997;REVB=0.0138143;RO=28;SAF=26;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634117;STB=0.525412;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0218554;OID=.;OPOS=58314598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:28:28:42:45:0.616438:16:26:15:13:18:27:15:13 chr16 58318604 . T C 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0309526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.861;QD=18.6205;RBI=0.0337918;REFB=-0.0211329;REVB=-0.0135582;RO=39;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466771;STB=0.526002;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0189968;OID=.;OPOS=58318604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:18:19:22:17:18:19:22:17 chr16 58327646 . A G 843.21 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00620523;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1082;QD=56.214;RBI=0.0213378;REFB=-0.0997026;REVB=-0.0204156;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154685;STB=0.508194;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00130389;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:60:1:1:59:59:0.983333:29:30:1:0:29:30:1:0 chr16 58545426 . A G 2109.85 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.937;QD=62.514;RBI=0.0301922;REFB=0;REVB=-0.00323989;RO=0;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186524;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:133:135:1:66:67:0:0:66:69:0:0 chr16 58549932 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0637113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0619;QD=10.0339;RBI=0.0638817;REFB=-0.00959918;REVB=-0.00466284;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0228675;OID=.;OPOS=58549932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr16 58550484 . G A 248.86 PASS AF=0.5625;AO=23;DP=51;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0269165;FXX=0.0769083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.134;QD=20.7384;RBI=0.0275996;REFB=-0.0227924;REVB=-0.00610256;RO=14;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288596;STB=0.572263;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.014626;OID=.;OPOS=58550484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:48:14:21:23:27:0.5625:16:7:10:4:16:11:12:9 chr16 58552921 . G A 267.61 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0117562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.552;QD=13.902;RBI=0.0124741;REFB=-0.00935642;REVB=0.00417073;RO=46;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962664;STB=0.554776;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0158761;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:14:17:21:25:14:17:21:25 chr16 58562228 . T C 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0130812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.234;QD=17.7623;RBI=0.0204704;REFB=-0.0113646;REVB=-0.0157455;RO=45;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196732;STB=0.510997;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0127378;OID=.;OPOS=58562228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:20:19:21:24:20:19:21:24 chr16 58562289 . T C 595.01 PASS AF=0.525862;AO=60;DP=115;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0112505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.53;QD=20.5175;RBI=0.033749;REFB=-0.0173303;REVB=0.0318186;RO=55;SAF=28;SAR=32;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211266;STB=0.515181;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.035528;OID=.;OPOS=58562289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:55:55:60:61:0.525862:32:28:27:28:33:28:27:28 chr16 58577421 . C T 491.93 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.925;QD=57.8742;RBI=0.0331432;REFB=0;REVB=0.029333;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239556;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:10:23:0:0:11:23:0:0 chr16 58579274 . C T 905.17 PASS AF=0.472081;AO=87;DP=192;FAO=93;FDP=197;FR=.;FRO=104;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=62;FSRR=42;FWDB=0.0110913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.882;QD=18.379;RBI=0.015353;REFB=-0.035698;REVB=0.0106159;RO=101;SAF=35;SAR=52;SRF=62;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204099;STB=0.592935;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0347882;OID=.;OPOS=58579274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:197:101:104:87:93:0.472081:52:35:62:39:54:39:62:42 chr16 58588617 . A T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.000744578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.55;QD=20.1601;RBI=0.0229381;REFB=-0.0086511;REVB=0.022926;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19337;STB=0.60857;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00845211;OID=.;OPOS=58588617;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:11:3:7:9:11:3 chr16 58714002 . T C 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0289789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.461;QD=18.3007;RBI=0.0302788;REFB=-0.0143005;REVB=0.00877661;RO=23;SAF=2;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436507;STB=0.755405;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0189174;OID=.;OPOS=58714002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:18:2:9:14:18:2:9:14 chr16 58741044 . C G 330.04 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0163863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9519;QD=18.3353;RBI=0.0188785;REFB=-0.0160254;REVB=-0.00937465;RO=35;SAF=13;SAR=21;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668102;STB=0.556182;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0168696;OID=.;OPOS=58741044;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:37:34:35:0.486111:21:13:11:24:21:14:11:26 chr16 58743454 . A C 207.91 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0257723;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.574;QD=13.8607;RBI=0.0321634;REFB=-0.00810804;REVB=0.0192425;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00879658;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:35:24:25:0.416667:14:10:14:21:15:10:14:21 chr16 58750604 . G A 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0231271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.217;QD=9.49098;RBI=0.0606559;REFB=-0.00668163;REVB=-0.0560738;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944287;STB=0.556844;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0158513;OID=.;OPOS=58750604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:2:7:15:3:2:7:15:3 chr16 64980818 . C T 1140.77 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161386;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.994;QD=60.8411;RBI=0.00604961;REFB=0;REVB=0.00583038;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.648e-05;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:32:43:0:0:32:43:0:0 chr16 65016087 . A C 2020.84 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6871;QD=61.7049;RBI=0.0512421;REFB=0;REVB=0.042069;RO=1;SAF=46;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102179;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013996;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:1:0:128:131:1:82:46:1:0:83:48:0:0 chr16 66420885 . C T 1418.67 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200406;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1614;QD=63.0521;RBI=0.0289348;REFB=0;REVB=-0.020871;RO=0;SAF=26;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17492e-05;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:64:26:0:0:64:26:0:0 chr16 66432423 . TC CT 667.19 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134755;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.78;QD=62.0643;RBI=0.0474733;REFB=0;REVB=0.0455206;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000307551;OID=.;OPOS=66432423;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:17:24:0:0:17:26:0:0 chr16 66436882 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 182.75 PASS AF=0.178723,0.13617;AO=49,32;DP=238;FAO=42,32;FDP=235;FR=.;FRO=161;FSAF=32,0;FSAR=10,32;FSRF=95;FSRR=66;FWDB=0.0242172,-0.0999324;FXX=0.00843846;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.76663,62.5485;QD=3.11059;RBI=0.0542171,0.108917;REFB=-0.145295,-0.030808;REVB=-0.048508,-0.0433179;RO=116;SAF=30,1;SAR=19,31;SRF=79;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0895477,-0.777421;STB=0.656862,0.999683;STBP=0.028,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.10196,0.106994;OID=.,.;OPOS=66436883,66436889;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.178723,0.13617:49,32:238:42,32:235:161:32,0:10,32:95:66:69:116:30,1:19,31:79:37 chr16 66584002 . T C 338.17 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.02364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4395;QD=19.8924;RBI=0.0367479;REFB=-0.00157576;REVB=-0.0281347;RO=32;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591827;STB=0.527024;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00105105;OID=.;OPOS=66584002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:23:12:13:19:23:12:13:20 chr16 66600479 . G A 190.18 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0888303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.871;QD=21.7347;RBI=0.0888666;REFB=-0.0445458;REVB=-0.00254136;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268946;STB=0.540498;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0225651;OID=.;OPOS=66600479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:15:16:18:19:0.542857:9:9:8:7:10:9:9:7 chr16 66613525 . G A 391.67 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0116789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.873;QD=19.3418;RBI=0.0242604;REFB=-0.0102353;REVB=-0.0212643;RO=41;SAF=23;SAR=17;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145721;STB=0.580982;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0110364;OID=.;OPOS=66613525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:17:23:17:24:17:23:17:24 chr16 66614008 . T C 278.78 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0380254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7942;QD=27.1984;RBI=0.0572544;REFB=-0.0230389;REVB=0.0428035;RO=16;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468602;STB=0.525876;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00711583;OID=.;OPOS=66614008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:11:14:10:6:11:14:10:6 chr16 66654739 . TAAAAAA AAAAAAT,TAAAAA,TTAAAAA 43.49 PASS AF=0,0.458333,0.0833333;AO=2,6,3;DP=23;FAO=0,11,2;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=0,7,0;FSAR=0,4,2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.162405,0.0249904,0.0822479;FXX=0.039984;HRUN=6,7,7;LEN=7,1,1;MLLD=185.637,8.24488,11.6125;QD=7.24823;RBI=0.163135,0.0252743,0.10122;REFB=0.00103768,-0.0856162,-0.0850632;REVB=-0.0154131,0.00377733,0.0589981;RO=8;SAF=2,4,0;SAR=0,2,3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.634114,0.271446,-0.630366;STB=0.5,0.547738,0.994648;STBP=1,0.682,0.167;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0640271,0.0485941,0.13418;OID=.,.,.;OPOS=66654739,66654740,66654740;OREF=TAAAAAA,A,A;OALT=AAAAAAT,-,T;OMAPALT=AAAAAAT,TAAAAA,TTAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:23:24:8:11:2,6,3:0,11,2:0,0.458333,0.0833333:0,2,3:2,4,0:3:5:0,4,2:0,7,0:6:5 chr16 66656102 . C T 278.91 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.000297386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.6;QD=16.4064;RBI=0.0294365;REFB=-0.0220101;REVB=-0.029435;RO=37;SAF=10;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115477;STB=0.565174;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.02774;OID=.;OPOS=66656102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:21:10:16:21:21:10:16:21 chr16 66765067 . G A 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.57;QD=60.2416;RBI=0.0370049;REFB=-0.00609334;REVB=0.0327084;RO=1;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137242;STB=0.507245;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000125812;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:34:48:0:1:34:48:0:1 chr16 66792714 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7927;QD=51.1846;RBI=0.0634128;REFB=0;REVB=0.0624643;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218035;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr16 66812797 . C T 1135.4 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.812;QD=60.5549;RBI=0.0641821;REFB=0;REVB=0.0067721;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121738;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:35:38:0:0:35:40:0:0 chr16 66885450 . GT G 280.09 PASS AF=1;AO=38;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182343;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.75765;QD=17.2361;RBI=0.299199;REFB=0.00980035;REVB=0.237214;RO=19;SAF=13;SAR=25;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00971754;OID=.;OPOS=66885451;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:65:65:65:0:21:44:0:0:4:19:13:25:6:13 chr16 66919929 . G C 166.04 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00241425;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.824;QD=17.478;RBI=0.0237254;REFB=-0.00287108;REVB=-0.0236022;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844149;STB=0.562426;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00436023;OID=.;OPOS=66919929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:10:7:10:10:10:7:11:10 chr16 66920452 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00227656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.696;QD=14.3998;RBI=0.0187737;REFB=0.00508058;REVB=0.0186351;RO=34;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212104;STB=0.621519;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00672668;OID=.;OPOS=66920452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:18:7:16:18:18:7:16:18 chr16 66920510 . A G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00780116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.242;QD=20.601;RBI=0.0144397;REFB=-0.0197682;REVB=0.012151;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851447;STB=0.54778;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0143242;OID=.;OPOS=66920510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:13:7:5:14:13:7:5:14 chr16 66920949 . G A 279.89 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0248224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4;QD=14.1715;RBI=0.0271056;REFB=-0.020221;REVB=-0.0108884;RO=46;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355117;STB=0.52588;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0146275;OID=.;OPOS=66920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:17:15:20:26:17:15:20:27 chr16 66921256 . A G 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00871126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.485;QD=16.3238;RBI=0.00910733;REFB=-0.00822081;REVB=-0.00265658;RO=49;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899947;STB=0.550645;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0105766;OID=.;OPOS=66921256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:22:16:25:24:22:16:25:24 chr16 66945947 . C T 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00566273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.954;QD=15.9138;RBI=0.0123233;REFB=-0.0177222;REVB=0.0109452;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059164;STB=0.525879;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0207742;OID=.;OPOS=66945947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:16:14:19:17:16:14:19:18 chr16 66948130 . G A 413.94 PASS AF=0.539474;AO=40;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0164144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.31;QD=21.7862;RBI=0.0327405;REFB=-0.00962248;REVB=-0.0283285;RO=35;SAF=26;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168558;STB=0.596737;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0100895;OID=.;OPOS=66948130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:40:41:0.539474:14:26:16:19:14:27:16:19 chr16 67006838 . G A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00689698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.964;QD=13.336;RBI=0.0144173;REFB=-0.00732628;REVB=-0.0126606;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084933;STB=0.549931;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0103216;OID=.;OPOS=67006838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:11:4:8:16:11:4:8:16 chr16 67037054 . A C 362.22 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0119179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.343;QD=23.3691;RBI=0.0227237;REFB=-0.0270394;REVB=-0.0193476;RO=26;SAF=23;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110607;STB=0.560941;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0196208;OID=.;OPOS=67037054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:13:23:13:13:13:23:13:13 chr16 67116169 . C T 760.33 PASS AF=0.591667;AO=71;DP=120;FAO=71;FDP=120;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00442909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4689;QD=25.3443;RBI=0.0205732;REFB=-0.0182852;REVB=-0.0200908;RO=49;SAF=32;SAR=39;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295238;STB=0.516064;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0125362;OID=.;OPOS=67116169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:49:49:71:71:0.591667:39:32:24:25:39:32:24:25 chr16 67180171 . T C 507.13 PASS AF=0.477876;AO=53;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00368952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.028;QD=17.9515;RBI=0.0167815;REFB=-0.0233101;REVB=0.0163709;RO=59;SAF=23;SAR=30;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150353;STB=0.577271;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0256344;OID=.;OPOS=67180171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:59:53:54:0.477876:30:23:35:24:30:24:35:24 chr16 67181999 . A G 330.89 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.013983;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.387;QD=25.4529;RBI=0.0241574;REFB=-0.0219742;REVB=0.0196992;RO=19;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039131;STB=0.512041;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0113412;OID=.;OPOS=67181999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:20:32:32:0.615385:17:15:10:9:17:15:10:10 chr16 67233266 . A C 371.29 PASS AF=0.527778;AO=36;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0277084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8793;QD=20.6273;RBI=0.132695;REFB=-0.0385807;REVB=-0.12977;RO=24;SAF=14;SAR=22;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143662;STB=0.522715;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0320941;OID=.;OPOS=67233266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:24:34:36:38:0.527778:22:14:14:10:23:15:15:19 chr16 67691194 . C T 88.68 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0557753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2901;QD=14.7805;RBI=0.0589672;REFB=-0.00931339;REVB=-0.0191375;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190449;STB=0.608529;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0162942;OID=.;OPOS=67691194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:1:12:9:2:1:12 chr16 67691668 . A G 739.23 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.486;QD=56.8639;RBI=0.133439;REFB=0;REVB=-0.0077177;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555207;OID=.;OPOS=67691668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:28:22:0:0:28:24:0:0 chr16 67759871 . ATTT ATTA,ATT,TATT 66.88 PASS AF=0.115385,0.461538,0;AO=3,8,2;DP=28;FAO=3,12,0;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=3,8,0;FSAR=0,4,0;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.115073,-0.201168,-0.152013;FXX=0.0714031;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=149.559,9.8353,17.4633;QD=10.2898;RBI=0.115439,0.204768,0.193292;REFB=-0.00549462,-0.147364,-0.0561704;REVB=-0.00918546,-0.0382275,-0.119388;RO=11;SAF=3,5,1;SAR=0,3,1;SRF=1;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.793296,0.488136,0.515617;STB=0.998091,0.756376,0.5;STBP=0.005,0.018,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.156356,0.00769285,0;OID=.,.,.;OPOS=67759874,67759872,67759871;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=ATTA,ATT,TATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:28:26:11:11:3,8,2:3,12,0:0.115385,0.461538,0:0,3,1:3,5,1:1:10:0,4,0:3,8,0:1:10 chr16 67964836 . G A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0251058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.1154;QD=24.413;RBI=0.046024;REFB=-0.0665793;REVB=-0.0385734;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084233;STB=0.547855;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0431344;OID=.;OPOS=67964836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:3:2:3:8:3:2 chr16 68025801 . G C 787.38 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272451;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2192;QD=57.2643;RBI=0.0393428;REFB=0;REVB=0.0283824;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483464;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr16 68026992 . C CG 108.76 PASS AF=0.578947;AO=14;DP=42;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00980132;FXX=0.0256345;HRUN=0;LEN=1;MLLD=29.1385;QD=11.4481;RBI=0.0460516;REFB=0.000583005;REVB=0.0449965;RO=24;SAF=12;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493217;STB=0.689003;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.0189041;OID=.;OPOS=68026993;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:14:42:22:38:16:17:5:6:10:85:24:12:2:11:13 chr16 68057096 . T C 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2864;QD=56.9518;RBI=0.0501095;REFB=0;REVB=0.0185869;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325767;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr16 68331389 . A G 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0030029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.518;QD=20.2674;RBI=0.0172;REFB=-0.0301437;REVB=-0.0169358;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842361;STB=0.547466;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.019781;OID=.;OPOS=68331389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:11:10:12:9:11:10:12:9 chr16 68344363 . A C 864.24 PASS AF=0.548387;AO=85;DP=155;FAO=85;FDP=155;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.0247352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.37;QD=22.303;RBI=0.0250775;REFB=-0.017011;REVB=0.00412936;RO=70;SAF=30;SAR=55;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208326;STB=0.613926;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00812178;OID=.;OPOS=68344363;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:70:70:85:85:0.548387:55:30:42:28:55:30:42:28 chr16 68344696 . C T 410.16 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00708075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.424;QD=18.2293;RBI=0.0110667;REFB=-0.0167505;REVB=-0.00850505;RO=48;SAF=21;SAR=21;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059728;STB=0.533318;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0112013;OID=.;OPOS=68344696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:21:21:27:21:21:21:27:21 chr16 68381516 . G A 215.14 PASS AF=0.46;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0223247;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.119;QD=17.2108;RBI=0.0277078;REFB=-0.000213134;REVB=-0.0164113;RO=26;SAF=5;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263057;STB=0.649539;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000159684;OID=.;OPOS=68381516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:22:23:0.46:17:5:12:14:18:5:12:15 chr16 68387457 . C T 289.73 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00873748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8693;QD=18.9983;RBI=0.0109291;REFB=-0.0123532;REVB=0.00656521;RO=30;SAF=10;SAR=21;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137001;STB=0.576608;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00825338;OID=.;OPOS=68387457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:21:10:14:16:21:10:14:16 chr16 68389772 . C T 163.56 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0430373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.839;QD=20.4447;RBI=0.0430845;REFB=-0.0446474;REVB=-0.00201434;RO=13;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925106;STB=0.519976;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0296509;OID=.;OPOS=68389772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:15:17:17:0.53125:13:4:2:11:13:4:4:11 chr16 68398924 . C T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00297586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.972;QD=11.261;RBI=0.0414641;REFB=-0.0352515;REVB=-0.0413572;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324758;STB=0.545393;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0455796;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:30:15:15:0.333333:6:9:16:12:6:9:16:14 chr16 68569440 . T G 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.652;QD=54.7458;RBI=0.0164028;REFB=0.0214454;REVB=-0.00570339;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154473;STB=0.508194;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=1.76587e-05;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:23:30:1:0:23:30:1:0 chr16 68569459 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.829;QD=57.5453;RBI=0.0203784;REFB=0;REVB=0.0131791;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91423e-06;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr16 68598007 . A G 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0239795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4267;QD=60.5094;RBI=0.032706;REFB=-0.0768621;REVB=0.0222411;RO=1;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014922;STB=0.507933;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00685702;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:31:14:0:1:31:14:0:1 chr16 68713730 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.019;QD=60.2045;RBI=0.0304303;REFB=0;REVB=0.0303522;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60286e-05;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:26:47:0:0:26:47:0:0 chr16 68713823 . C A 1181.75 PASS AF=0.882979;AO=83;DP=94;FAO=83;FDP=94;FR=.;FRO=11;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0478792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1924;QD=50.2872;RBI=0.0496937;REFB=-0.0186967;REVB=0.0133058;RO=9;SAF=46;SAR=37;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062993;STB=0.542398;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0174244;OID=.;OPOS=68713823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:94:94:9:11:83:83:0.882979:37:46:8:1:37:46:10:1 chr16 68721470 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.254;QD=56.1899;RBI=0.0326596;REFB=0;REVB=0.0301082;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216566;OID=.;OPOS=68721470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr16 68721533 . G C 428.92 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.55;QD=57.1888;RBI=0.0359782;REFB=0;REVB=0.00862533;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223652;OID=.;OPOS=68721533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr16 68725783 . G A 294.58 PASS AF=0.651163;AO=24;DP=37;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0511239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.6539;QD=27.4026;RBI=0.0894022;REFB=-0.0664928;REVB=0.0733424;RO=13;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047535;STB=0.546186;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0756114;OID=.;OPOS=68725783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:43:13:15:24:28:0.651163:11:13:8:5:13:15:10:5 chr16 68729785 . C A 284.66 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0112241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.819;QD=17.791;RBI=0.0253077;REFB=-0.00339695;REVB=-0.0226826;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101576;STB=0.547253;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00297509;OID=.;OPOS=68729785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:33:30:31:0.484375:16:14:19:14:16:15:19:14 chr16 68732000 . G A 173.52 PASS AF=0.5;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0174016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1343;QD=19.2795;RBI=0.0473512;REFB=-0.025943;REVB=0.0440377;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252415;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0278554;OID=.;OPOS=68732000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:18:18:18:0.5:9:9:9:8:9:9:9:9 chr16 68732049 . A C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0106191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.5;QD=19.9759;RBI=0.0137118;REFB=-0.0467019;REVB=-0.00867458;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132146;STB=0.574553;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0309902;OID=.;OPOS=68732049;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:8:12:9:11:8:12 chr16 68771372 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.582;QD=42.1826;RBI=0.023227;REFB=0;REVB=0.0136439;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100085;OID=.;OPOS=68771372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr16 68869449 . A G 570.76 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0318743;FXX=0.0487686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.084;QD=58.5393;RBI=0.0321227;REFB=-0.063361;REVB=-0.00398731;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000269334;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:0:1:20:18:0:1 chr16 68919559 . T C 1212.24 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281966;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.599;QD=61.3794;RBI=0.0442604;REFB=0;REVB=0.0341165;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185588;OID=.;OPOS=68919559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr16 69143577 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5796;QD=56.9379;RBI=0.0630798;REFB=0;REVB=-0.0194975;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284945;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr16 69493016 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0235299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.444;QD=18.8849;RBI=0.023806;REFB=-0.00909473;REVB=0.00361511;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258785;STB=0.651766;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0316031;OID=.;OPOS=69493016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:3:2:6:2:3:2 chr16 69499731 . T C 156.17 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0385467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.67;QD=15.6169;RBI=0.047669;REFB=-0.0214524;REVB=-0.0280444;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674181;STB=0.538876;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0284542;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:11:12:10:7:11:12 chr16 69704122 . C CTG 99.27 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0196259;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=248.257;QD=14.7066;RBI=0.0350214;REFB=-0.0108353;REVB=0.0290055;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414557;STB=0.745806;STBP=0.053;TYPE=ins;VARB=0.0186633;OID=.;OPOS=69704123;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:12:29:12:27:15:2:10:8:7:99:15:2:10:8:7 chr16 69733460 . G A 326.69 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00154665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2258;QD=15.0202;RBI=0.00458953;REFB=-0.0260814;REVB=0.00432107;RO=49;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108635;STB=0.549844;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0300008;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:51:36:36:0.413793:16:20:22:27:16:20:24:27 chr16 69735271 . T A 481.11 PASS AF=0.409091;AO=52;DP=132;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0114397;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.704;QD=14.5791;RBI=0.0165084;REFB=-0.0251825;REVB=-0.0119021;RO=78;SAF=28;SAR=24;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273387;STB=0.525414;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0305805;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:78:78:52:54:0.409091:24:28:40:38:24:30:40:38 chr16 69737468 . C G 259.73 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0109557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.716;QD=16.7569;RBI=0.0173876;REFB=-0.0186199;REVB=0.013502;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145377;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0250199;OID=.;OPOS=69737468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:33:28:29:0.467742:14:14:16:17:14:15:16:17 chr16 69782855 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.391;QD=57.2025;RBI=0.123068;REFB=0;REVB=0.122659;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108597;OID=.;OPOS=69782855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr16 69963355 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.909;QD=52.6131;RBI=0.0220728;REFB=0;REVB=-0.00415416;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31622e-05;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr16 69967897 . T C 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.622;QD=58.7803;RBI=0.0281807;REFB=0;REVB=-0.00619054;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64096e-05;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr16 69970329 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.941;QD=60.6099;RBI=0.0478201;REFB=0;REVB=0.0467581;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214438;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr16 69973825 . G A 195.06 PASS AF=0.255319;AO=10;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.200529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.4573;QD=16.6011;RBI=0.201422;REFB=-0.0485144;REVB=0.0189384;RO=16;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638345;STB=0.738186;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0417354;OID=.;OPOS=69973825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:47:47:16:24:10:12:0.255319:1:9:5:11:2:10:13:11 chr16 69975631 . A T 627.9 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00921532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.663;QD=20.587;RBI=0.0126156;REFB=-0.0188559;REVB=0.00861582;RO=59;SAF=29;SAR=34;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116372;STB=0.564003;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0205072;OID=.;OPOS=69975631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:59:59:63:63:0.516393:34:29:35:24:34:29:35:24 chr16 69985383 . G A 76.84 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.023213;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.319;QD=11.383;RBI=0.0239161;REFB=0.00497126;REVB=0.00575647;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266185;STB=0.655473;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0223954;OID=.;OPOS=69985383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:3:14:6:4:3:14 chr16 69988373 . T C 524.65 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0395266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8567;QD=56.7193;RBI=0.039782;REFB=-0.0359316;REVB=-0.00449981;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.509799;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000474024;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:25:11:0:0:25:11:0:1 chr16 69988472 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00270793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.969;QD=40.6387;RBI=0.0182086;REFB=-0.0368597;REVB=0.0180062;RO=1;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364168;STB=0.519972;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00113047;OID=.;OPOS=69988472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:12:2:0:1:12:2:0:1 chr16 70010458 . G A 876.74 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.6773;QD=55.6658;RBI=0.10367;REFB=0;REVB=0.0861852;RO=0;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231371;OID=.;OPOS=70010458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:63:0:0:56:63:1:42:14:0:0:49:14:0:0 chr16 70010589 . T C 392.25 PASS AF=0.493827;AO=39;DP=80;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.0144413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.318;QD=19.3704;RBI=0.0433707;REFB=-0.0169412;REVB=0.0408958;RO=37;SAF=13;SAR=26;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639175;STB=0.54834;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0149744;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:37:41:39:40:0.493827:26:13:10:27:27:13:10:31 chr16 70010610 . C T 182.79 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0442895;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.882;QD=9.62073;RBI=0.0456362;REFB=-0.00722182;REVB=-0.0110044;RO=52;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181052;STB=0.605535;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0164727;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:52:52:24:24:0.315789:13:11:16:36:13:11:16:36 chr16 70016416 . T A 931.57 PASS AF=0.5;AO=92;DP=185;FAO=93;FDP=186;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.0135765;FXX=0.0158722;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.478;QD=20.0337;RBI=0.013871;REFB=-0.00608934;REVB=-0.00284313;RO=93;SAF=42;SAR=50;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543445;STB=0.521796;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00598828;OID=.;OPOS=70016416;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:93:93:92:93:0.5:50:42:37:56:51:42:38:55 chr16 70016573 . G A 613.14 PASS AF=0.39548;AO=70;DP=178;FAO=70;FDP=177;FR=.;FRO=107;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.00392645;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.161;QD=13.8562;RBI=0.0237383;REFB=-0.0087542;REVB=0.0234114;RO=107;SAF=38;SAR=32;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081061;STB=0.545647;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0146008;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:107:107:70:70:0.39548:32:38:50:57:32:38:50:57 chr16 70161263 . T C 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00450494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.858;QD=4.85454;RBI=0.0296301;REFB=-0.000980088;REVB=-0.0292856;RO=28;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49269;STB=0.833772;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00510233;OID=.;OPOS=70161263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:1:6:13:15:1:6:13:15 chr16 70180088 . A T 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00735652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.018;QD=15.8613;RBI=0.0118324;REFB=-0.00862619;REVB=0.00926758;RO=50;SAF=20;SAR=18;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638574;STB=0.509474;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.010381;OID=.;OPOS=70180088;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:18:20:26:24:18:20:26:25 chr16 70191333 . T C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0147746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.599;QD=15.6193;RBI=0.0158891;REFB=-0.0153243;REVB=0.00584583;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101062;STB=0.558076;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0209381;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:15:10:9:9:15:10 chr16 70191556 . G A 240.88 PASS AF=0.371795;AO=30;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00529104;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1726;QD=12.353;RBI=0.0241305;REFB=-0.0417308;REVB=0.0235433;RO=44;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070072;STB=0.561064;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0277512;OID=.;OPOS=70191556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:49:30:29:0.371795:17:13:22:22:17:12:25:24 chr16 70191566 . A G 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0774557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6752;QD=14.7404;RBI=0.0815314;REFB=-0.000854263;REVB=0.0254556;RO=41;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115727;STB=0.56567;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00257222;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:18:12:21:20:18:12:21:20 chr16 70287177 . A G 587.71 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9992;QD=60.2783;RBI=0.0299451;REFB=0;REVB=0.0136094;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413947;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:19:17:0:0:20:19:0:0 chr16 70303580 . G A 253.76 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.039651;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.539;QD=19.1518;RBI=0.0416388;REFB=-0.0398856;REVB=-0.0127117;RO=25;SAF=19;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241672;STB=0.52862;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0299168;OID=.;OPOS=70303580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:8:19:17:8:8:19:17:9 chr16 70328792 . G C 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0466994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7944;QD=15.4181;RBI=0.0524899;REFB=0.00747075;REVB=0.0239658;RO=37;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104219;STB=0.558784;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0101504;OID=.;OPOS=70328792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:15:14:14:23:15:14:14:23 chr16 70395387 . C T 441.39 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0505354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.114;QD=25.2222;RBI=0.0505371;REFB=-0.0161822;REVB=-0.000415868;RO=28;SAF=19;SAR=23;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441164;STB=0.524126;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0114605;OID=.;OPOS=70395387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:23:19:11:17:23:19:11:17 chr16 70501314 . C T 236.07 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00435531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.027;QD=19.2709;RBI=0.0113036;REFB=-0.0136234;REVB=0.0104308;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885263;STB=0.549957;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0167591;OID=.;OPOS=70501314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:16:10:11:12:16:10 chr16 70506907 . T C 233.62 PASS AF=0.4;AO=26;DP=68;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0170373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.401;QD=13.3498;RBI=0.0170374;REFB=-0.0216259;REVB=7.34477e-05;RO=41;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799242;STB=0.557336;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0174583;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:41:42:26:28:0.4:12:14:19:22:12:16:20:22 chr16 70515355 . C T 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00529484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.444;QD=16.4077;RBI=0.0143848;REFB=0.00947414;REVB=0.0133749;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077632;STB=0.544289;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0126051;OID=.;OPOS=70515355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:13:8:9:20:13:8:9:20 chr16 70546234 . G A 235.49 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0209138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.296;QD=20.477;RBI=0.022759;REFB=-0.0158997;REVB=0.00897692;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404908;STB=0.543688;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0191796;OID=.;OPOS=70546234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:22:23:0.5:10:12:11:11:10:13:11:12 chr16 70548296 . AG A,AA 1017.88 PASS AF=1,0;AO=21,51;DP=72;FAO=72,0;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212821,-0.389917;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.3828,51.8328;QD=56.5491;RBI=0.0412839,0.408373;REFB=0,0;REVB=-0.0353756,-0.121382;RO=0;SAF=0,31;SAR=21,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.13361e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-9.43896e-05,0.0329019;OID=.,.;OPOS=70548297,70548297;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:21,51:72:72,0:72:0:31,0:41,0:0:0:6:0:0,31:21,20:0:0 chr16 70569215 . A T 494.28 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00273135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.964;QD=16.2057;RBI=0.0332511;REFB=-0.0127904;REVB=-0.0331388;RO=68;SAF=23;SAR=31;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451767;STB=0.525252;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0193263;OID=.;OPOS=70569215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:31:23:32:36:31:23:32:36 chr16 70602221 . C T 461.72 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=47;FWDB=0.0116751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.256;QD=16.2006;RBI=0.0686016;REFB=-0.012256;REVB=-0.0676009;RO=61;SAF=27;SAR=24;SRF=15;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27494;STB=0.649996;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0154921;OID=.;OPOS=70602221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:63:51:51:0.447368:24:27:15:46:24:27:16:47 chr16 70680853 . GCCCCG GCCC,GCCCG 91.61 PASS AF=0.6,0;AO=5,4;DP=20;FAO=12,0;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=11,0;FSAR=1,0;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0810017,-0.199954;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=24.6606,13.269;QD=18.3223;RBI=0.271127,0.20597;REFB=-0.118918,-0.0972761;REVB=-0.258745,-0.0494202;RO=6;SAF=4,4;SAR=1,0;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.429493,0.742829;STB=0.7851,0.5;STBP=0.029,1;TYPE=del,del;VARB=0.0587442,0.00808338;OID=.,.;OPOS=70680857,70680854;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6,0:5,4:20:12,0:20:8:11,0:1,0:4:4:38:6:4,4:1,0:2:4 chr16 70690989 . G C 281.62 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00524208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.381;QD=12.2442;RBI=0.0152384;REFB=-0.0193893;REVB=-0.0143084;RO=58;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178326;STB=0.5968;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0317694;OID=.;OPOS=70690989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:59:33:33:0.358696:14:19:24:34:14:19:25:34 chr16 70726795 . C A 1028.95 PASS AF=0.563953;AO=97;DP=173;FAO=97;FDP=172;FR=.;FRO=75;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=-0.020434;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.005;QD=23.9291;RBI=0.0231477;REFB=-0.0208798;REVB=0.0108752;RO=72;SAF=54;SAR=43;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883632;STB=0.555135;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0167451;OID=.;OPOS=70726795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:72:75:97:97:0.563953:43:54:48:24:43:54:51:24 chr16 70796515 . G A 2046.08 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.836;QD=62.4756;RBI=0.0309204;REFB=0;REVB=0.0145658;RO=0;SAF=65;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72333e-05;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:66:65:0:0:66:65:0:0 chr16 70816992 . G T 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0377102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.715;QD=15.6935;RBI=0.0377108;REFB=-0.00591932;REVB=-0.000212007;RO=41;SAF=7;SAR=25;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100109;STB=0.556821;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00890927;OID=.;OPOS=70816992;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:25:7:12:29:25:7:12:29 chr16 70818759 . A G 775.49 PASS AF=0.515924;AO=73;DP=151;FAO=81;FDP=157;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=52;FWDB=0.00542265;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.794;QD=19.7577;RBI=0.00600558;REFB=-0.0318626;REVB=0.00258104;RO=62;SAF=36;SAR=37;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089162;STB=0.580779;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0234578;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:157:62:76:73:81:0.515924:37:36:24:38:42:39:24:52 chr16 70884524 . C G 457.12 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.012199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.155;QD=15.4955;RBI=0.0249221;REFB=-0.0107233;REVB=-0.0217323;RO=67;SAF=26;SAR=25;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628049;STB=0.535179;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0110322;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:25:26:30:37:25:26:30:37 chr16 70884534 . T A 353.13 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00105008;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.227;QD=13.2011;RBI=0.013559;REFB=-0.00772456;REVB=-0.0135182;RO=64;SAF=19;SAR=23;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175527;STB=0.505605;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.015623;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:65:42:42:0.392523:23:19:30:34:23:19:30:35 chr16 70886630 . C T 359.66 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.04398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4875;QD=19.9812;RBI=0.0442758;REFB=-0.0111455;REVB=0.00510992;RO=35;SAF=23;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214095;STB=0.608407;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0189722;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:35:36:37:0.513889:13:23:14:21:14:23:14:21 chr16 70889147 . A G 882.57 PASS AF=0.462687;AO=93;DP=201;FAO=93;FDP=201;FR=.;FRO=108;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=64;FWDB=0.0134807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.519;QD=17.5636;RBI=0.0136541;REFB=-0.015278;REVB=0.00216914;RO=108;SAF=50;SAR=43;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12591;STB=0.569619;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0160415;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:108:108:93:93:0.462687:43:50:44:64:43:50:44:64 chr16 70891640 . T C 234.12 PASS AF=0.239726;AO=34;DP=145;FAO=35;FDP=146;FR=.;FRO=111;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=0.0445627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9043;QD=6.41424;RBI=0.0448022;REFB=-0.00793074;REVB=0.00462597;RO=111;SAF=15;SAR=19;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459431;STB=0.537528;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0209538;OID=.;OPOS=70891640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:111:111:34:35:0.239726:19:15:53:58:20:15:53:58 chr16 70894024 . C T 408.68 PASS AF=0.219672;AO=67;DP=308;FAO=67;FDP=305;FR=.;FRO=238;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=87;FSRR=151;FWDB=0.00250065;FXX=0.00973994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.769;QD=5.35975;RBI=0.0188057;REFB=0.00096651;REVB=-0.0186387;RO=239;SAF=32;SAR=35;SRF=86;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15356;STB=0.588291;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00362366;OID=.;OPOS=70894024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:305:239:238:67:67:0.219672:35:32:86:153:35:32:87:151 chr16 70894087 . T C 380.96 PASS AF=0.234818;AO=57;DP=246;FAO=58;FDP=247;FR=.;FRO=189;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=79;FSRR=110;FWDB=0.00370047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.906;QD=6.16943;RBI=0.0306392;REFB=-0.00269893;REVB=0.0304149;RO=189;SAF=19;SAR=38;SRF=79;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114698;STB=0.574451;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0131659;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:189:189:57:58:0.234818:38:19:79:110:39:19:79:110 chr16 70896015 . GA G 510.18 PASS AF=0.458564;AO=80;DP=181;FAO=83;FDP=181;FR=.;FRO=98;FSAF=56;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.134284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.8973;QD=11.2748;RBI=0.134595;REFB=-0.0157854;REVB=-0.00914615;RO=95;SAF=53;SAR=27;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221357;STB=0.621588;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0160464;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458564:80:181:83:181:98:56:27:45:53:99:95:53:27:42:53 chr16 70896033 . C T 160.5 PASS AF=0.165775;AO=31;DP=187;FAO=31;FDP=187;FR=.;FRO=156;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=82;FSRR=74;FWDB=-0.0189512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.401;QD=3.43324;RBI=0.0238031;REFB=-0.00294343;REVB=-0.0144028;RO=155;SAF=18;SAR=13;SRF=81;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751657;STB=0.546376;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0175547;OID=.;OPOS=70896033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:155:156:31:31:0.165775:13:18:81:74:13:18:82:74 chr16 70896118 . A G 798.68 PASS AF=0.493976;AO=82;DP=166;FAO=82;FDP=166;FR=.;FRO=84;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=6.78596e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6329;QD=19.2453;RBI=0.00915082;REFB=-0.0107733;REVB=0.00915057;RO=84;SAF=47;SAR=35;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154179;STB=0.584899;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00993686;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:84:84:82:82:0.493976:35:47:34:50:35:47:34:50 chr16 70896122 . A C 321.99 PASS AF=0.278788;AO=45;DP=164;FAO=46;FDP=165;FR=.;FRO=119;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=-0.0169323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3371;QD=7.80583;RBI=0.016956;REFB=-0.0184897;REVB=0.000896739;RO=119;SAF=26;SAR=19;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161563;STB=0.601529;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0717788;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:119:119:45:46:0.278788:19:26:53:66:19:27:53:66 chr16 70897039 . C G 715.47 PASS AF=0.493056;AO=70;DP=142;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=22;FWDB=0.00848495;FXX=0.0136977;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.121;QD=19.8742;RBI=0.0135541;REFB=-0.0109772;REVB=0.0105697;RO=72;SAF=44;SAR=26;SRF=50;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661613;STB=0.536073;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0123709;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:72:73:70:71:0.493056:26:44:50:22:26:45:51:22 chr16 70902559 . C T 1235.51 PASS AF=0.439189;AO=130;DP=295;FAO=130;FDP=296;FR=.;FRO=166;FSAF=51;FSAR=79;FSRF=77;FSRR=89;FWDB=-0.00144369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.243;QD=16.6961;RBI=0.00218452;REFB=-0.0226503;REVB=-0.00163948;RO=165;SAF=51;SAR=79;SRF=76;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709119;STB=0.541321;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0296009;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:296:165:166:130:130:0.439189:79:51:76:89:79:51:77:89 chr16 70902568 . C T 1152.24 PASS AF=0.439286;AO=123;DP=281;FAO=123;FDP=280;FR=.;FRO=157;FSAF=48;FSAR=75;FSRF=72;FSRR=85;FWDB=0.00551703;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.182;QD=16.4606;RBI=0.00947561;REFB=-0.000648611;REVB=-0.00770386;RO=156;SAF=48;SAR=75;SRF=72;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740306;STB=0.539562;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00104956;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:280:156:157:123:123:0.439286:75:48:72:84:75:48:72:85 chr16 70902683 . G A 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0209301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.713;QD=18.4897;RBI=0.0210475;REFB=0.000353046;REVB=-0.00222024;RO=26;SAF=3;SAR=19;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477778;STB=0.77615;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000328829;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:19:3:14:12:19:3:14:12 chr16 70908239 . G A 142.89 PASS AF=0.216981;AO=23;DP=107;FAO=23;FDP=106;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.01413;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.576;QD=5.3919;RBI=0.0146927;REFB=7.73942e-05;REVB=0.00402727;RO=84;SAF=13;SAR=10;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170815;STB=0.601862;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.000476581;OID=.;OPOS=70908239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:84:83:23:23:0.216981:10:13:36:48:10:13:36:47 chr16 70908736 . A G 228.74 PASS AF=0.283186;AO=32;DP=113;FAO=32;FDP=113;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.00322333;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.35;QD=8.09686;RBI=0.00986652;REFB=-0.0047921;REVB=-0.00932515;RO=76;SAF=18;SAR=14;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592877;STB=0.540575;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0158509;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:76:81:32:32:0.283186:14:18:39:37:14:18:41:40 chr16 70913386 . G A 633.97 PASS AF=0.370558;AO=73;DP=197;FAO=73;FDP=197;FR=.;FRO=124;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=0.000310178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.627;QD=12.8724;RBI=0.00934123;REFB=-0.0180051;REVB=-0.00933607;RO=124;SAF=41;SAR=32;SRF=56;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121962;STB=0.569109;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.032242;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:124:124:73:73:0.370558:32:41:56:68:32:41:56:68 chr16 70916617 . G A 288.57 PASS AF=0.213333;AO=48;DP=225;FAO=48;FDP=225;FR=.;FRO=177;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=80;FSRR=97;FWDB=-0.0317348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.337;QD=5.1301;RBI=0.0320877;REFB=-0.00276813;REVB=0.00474556;RO=175;SAF=28;SAR=20;SRF=80;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160596;STB=0.602607;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0117759;OID=.;OPOS=70916617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:175:177:48:48:0.213333:20:28:80:95:20:28:80:97 chr16 70917855 . A G 1013.84 PASS AF=0.46087;AO=106;DP=230;FAO=106;FDP=230;FR=.;FRO=124;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=0.00244884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1984;QD=17.632;RBI=0.00719555;REFB=-0.0207066;REVB=-0.00676602;RO=122;SAF=46;SAR=60;SRF=57;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325929;STB=0.518441;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0252427;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:122:124:106:106:0.46087:60:46:57:65:60:46:58:66 chr16 70917931 . C G 1000.75 PASS AF=0.497487;AO=89;DP=190;FAO=99;FDP=199;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=0.0364311;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.007;QD=20.1156;RBI=0.0406349;REFB=-0.0149287;REVB=0.0179992;RO=101;SAF=38;SAR=51;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04703;STB=0.523363;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.01556;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:199:101:100:89:99:0.497487:51:38:48:53:57:42:47:53 chr16 70926334 . G C 927.64 PASS AF=0.431034;AO=99;DP=233;FAO=100;FDP=232;FR=.;FRO=132;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=-0.00474556;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.179;QD=15.9938;RBI=0.0290012;REFB=-0.00514221;REVB=0.0286103;RO=130;SAF=50;SAR=49;SRF=67;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105404;STB=0.501379;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00624048;OID=.;OPOS=70926334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:130:132:99:100:0.431034:49:50:67:63:49:51:67:65 chr16 70934994 . C T 638.51 PASS AF=0.512;AO=63;DP=124;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0452646;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4892;QD=20.4324;RBI=0.0991039;REFB=-0.0426764;REVB=0.0881629;RO=61;SAF=28;SAR=35;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717691;STB=0.5427;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0411232;OID=.;OPOS=70934994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:61:61:63:64:0.512:35:28:32:29:36:28:32:29 chr16 70942688 . A C 914.37 PASS AF=0.449541;AO=97;DP=217;FAO=98;FDP=218;FR=.;FRO=120;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=-0.0317441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.937;QD=16.7775;RBI=0.0325166;REFB=-0.00810335;REVB=-0.00704536;RO=119;SAF=42;SAR=55;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960726;STB=0.553349;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0102006;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:119:120:97:98:0.449541:55:42:63:56:56:42:63:57 chr16 70954513 . T C 370.12 PASS AF=0.4;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00931824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0505;QD=14.8047;RBI=0.04896;REFB=-0.035618;REVB=-0.0480651;RO=59;SAF=20;SAR=20;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267537;STB=0.509995;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0404932;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:59:60:40:40:0.4:20:20:31:28:20:20:31:29 chr16 70954571 . CT TA 250.94 PASS AF=0.317308;AO=33;DP=106;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.00844022;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.638;QD=9.65152;RBI=0.00874936;REFB=-0.0172254;REVB=0.00230522;RO=71;SAF=21;SAR=12;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725017;STB=0.542409;STBP=0.552;TYPE=mnp;VARB=0.0320593;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:71:71:33:33:0.317308:12:21:41:30:12:21:41:30 chr16 70954606 . C T 234.02 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0160563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.274;QD=10.7595;RBI=0.0160608;REFB=-0.0264073;REVB=-0.000379372;RO=58;SAF=16;SAR=13;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0499514;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:58:29:29:0.333333:13:16:32:26:13:16:32:26 chr16 70954691 . T C 49.18 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.107688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4207;QD=4.09797;RBI=0.130533;REFB=-0.0157264;REVB=-0.0737699;RO=40;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260703;STB=0.681337;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0704734;OID=.;OPOS=70954691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:6:2:18:22:6:2:18:22 chr16 70954703 . GGCGCTCCTTCTCCGT G,GGCGCTCCTTCTCCAG 53.32 PASS AF=0.214286,0.0714286;AO=6,2;DP=31;FAO=6,2;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1,0;FSAR=5,2;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0209208,-0.0368664;FXX=0.0344709;HRUN=2,1;LEN=15,2;MLLD=291.883,183.37;QD=7.61761;RBI=0.035466,0.053293;REFB=-0.0129541,-0.0132249;REVB=-0.0286383,-0.0384839;RO=19;SAF=1,0;SAR=5,2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.235388,-0.449404;STB=0.647587,0.992804;STBP=0.506,0.322;TYPE=del,mnp;VARB=0.0516903,-0.00171092;OID=.,.;OPOS=70954704,70954717;OREF=GCGCTCCTTCTCCGT,GT;OALT=-,AG;OMAPALT=G,GGCGCTCCTTCTCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286,0.0714286:6,2:31:6,2:28:20:1,0:5,2:6:14:38:19:1,0:5,2:6:13 chr16 70954774 . A G 151.39 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0151042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.76;QD=12.8844;RBI=0.0801402;REFB=-0.0194648;REVB=-0.078704;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502867;STB=0.518775;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0269501;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:30:17:17:0.361702:9:8:15:14:9:8:15:15 chr16 70954809 . C A 125.69 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0137134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.618;QD=10.6967;RBI=0.013758;REFB=-0.00463571;REVB=0.00110657;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171201;STB=0.501423;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00921142;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:8:7:14:17:8:7:15:17 chr16 70954853 . G A 45.1 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0250879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.374;QD=2.65307;RBI=0.0383569;REFB=-0.00341836;REVB=0.0290146;RO=59;SAF=3;SAR=6;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135522;STB=0.597714;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0219965;OID=.;OPOS=70954853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:59:59:9:9:0.132353:6:3:26:33:6:3:26:33 chr16 70954915 . G T 1181.95 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0164515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.707;QD=58.3681;RBI=0.0166699;REFB=-0.0299909;REVB=0.00268897;RO=2;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210306;STB=0.511108;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=6.29853e-05;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:44:35:0:2:44:35:0:2 chr16 70954945 . T A 206.64 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0255896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.968;QD=11.0206;RBI=0.0265697;REFB=-0.0131173;REVB=-0.00714983;RO=49;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107935;STB=0.562453;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.013798;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:14:12:18:31:14:12:18:31 chr16 70972595 . T C 792.41 PASS AF=0.573643;AO=74;DP=129;FAO=74;FDP=129;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.000878648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1447;QD=24.5709;RBI=0.0124576;REFB=0.00506299;REVB=-0.0124266;RO=55;SAF=28;SAR=46;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178825;STB=0.509749;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0052489;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:55:55:74:74:0.573643:46:28:22:33:46:28:22:33 chr16 70972620 . G C 409.56 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.00702899;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.157;QD=14.2455;RBI=0.0189709;REFB=-0.0253546;REVB=-0.0176207;RO=68;SAF=15;SAR=32;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737025;STB=0.541683;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0286537;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:68:47:47:0.408696:32:15:26:42:32:15:26:42 chr16 70975565 . T C 322.78 PASS AF=0.255319;AO=47;DP=188;FAO=48;FDP=188;FR=.;FRO=140;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=66;FSRR=74;FWDB=-0.00156597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.757;QD=6.86774;RBI=0.00172224;REFB=-0.0116951;REVB=-0.000716837;RO=139;SAF=24;SAR=23;SRF=65;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053669;STB=0.521268;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0370181;OID=.;OPOS=70975565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:139:140:47:48:0.255319:23:24:65:74:24:24:66:74 chr16 70975667 . T C 801.75 PASS AF=0.52381;AO=75;DP=146;FAO=77;FDP=147;FR=.;FRO=70;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00861868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.001;QD=21.8164;RBI=0.00903042;REFB=-0.0159148;REVB=0.0026957;RO=70;SAF=51;SAR=24;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143723;STB=0.575442;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0150847;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:70:70:75:77:0.52381:24:51:37:33:25:52:37:33 chr16 70986480 . G A 899.51 PASS AF=0.426087;AO=98;DP=230;FAO=98;FDP=230;FR=.;FRO=132;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=60;FSRR=72;FWDB=0.0216812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2566;QD=15.6436;RBI=0.0389216;REFB=0.0173088;REVB=-0.0323236;RO=132;SAF=36;SAR=62;SRF=60;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937097;STB=0.552328;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0203176;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:132:132:98:98:0.426087:62:36:60:72:62:36:60:72 chr16 70989299 . C T 609.83 PASS AF=0.43038;AO=68;DP=157;FAO=68;FDP=158;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.00236809;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.516;QD=15.4388;RBI=0.027367;REFB=-0.0100289;REVB=0.0272643;RO=86;SAF=26;SAR=42;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973933;STB=0.556008;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.013387;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:86:90:68:68:0.43038:42:26:41:45:42:26:43:47 chr16 70989335 . G A 630.9 PASS AF=0.408046;AO=71;DP=173;FAO=71;FDP=174;FR=.;FRO=103;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.0150521;FXX=0.011363;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.835;QD=14.5034;RBI=0.0167535;REFB=-0.0108788;REVB=0.00735623;RO=102;SAF=28;SAR=43;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612922;STB=0.537758;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0135397;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:102:103:71:71:0.408046:43:28:46:56:43:28:47:56 chr16 70993566 . A G 1149.92 PASS AF=0.453532;AO=122;DP=269;FAO=122;FDP=269;FR=.;FRO=147;FSAF=73;FSAR=49;FSRF=73;FSRR=74;FWDB=-0.0118003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3426;QD=17.0993;RBI=0.0126021;REFB=0.0030061;REVB=0.0044233;RO=147;SAF=73;SAR=49;SRF=73;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102097;STB=0.556552;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00341723;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:147:147:122:122:0.453532:49:73:73:74:49:73:73:74 chr16 71007809 . C T 251.0 PASS AF=0.257143;AO=36;DP=140;FAO=36;FDP=140;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=0.00801713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.475;QD=7.17155;RBI=0.0198912;REFB=-0.00369623;REVB=-0.018204;RO=104;SAF=19;SAR=17;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937626;STB=0.55614;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0133532;OID=.;OPOS=71007809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:104:104:36:36:0.257143:17:19:47:57:17:19:47:57 chr16 71008169 . T C 701.31 PASS AF=0.477419;AO=74;DP=155;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.000585637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.623;QD=18.0983;RBI=0.014836;REFB=-0.0143533;REVB=0.0148244;RO=80;SAF=46;SAR=28;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700973;STB=0.542638;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0161704;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:80:81:74:74:0.477419:28:46:44:36:28:46:44:37 chr16 71012855 . T C 161.8 PASS AF=0.206107;AO=27;DP=131;FAO=27;FDP=131;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=-0.0178448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.402;QD=4.94036;RBI=0.0413159;REFB=-0.00569245;REVB=0.0372635;RO=104;SAF=17;SAR=10;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945655;STB=0.559297;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0184237;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:104:104:27:27:0.206107:10:17:58:46:10:17:58:46 chr16 71015329 . G T 422.2 PASS AF=0.222591;AO=67;DP=301;FAO=67;FDP=301;FR=.;FRO=234;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=115;FSRR=119;FWDB=-0.00089734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.274;QD=5.61057;RBI=0.00113851;REFB=5.60829e-05;REVB=0.000700696;RO=230;SAF=31;SAR=36;SRF=114;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421313;STB=0.522407;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.000224641;OID=.;OPOS=71015329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:230:234:67:67:0.222591:36:31:114:116:36:31:115:119 chr16 71019225 . G A 353.05 PASS AF=0.227273;AO=55;DP=242;FAO=55;FDP=242;FR=.;FRO=187;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=102;FSRR=85;FWDB=-0.00840062;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.725;QD=5.83557;RBI=0.0104758;REFB=-0.00995784;REVB=0.00625879;RO=186;SAF=26;SAR=29;SRF=102;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959896;STB=0.556001;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0337651;OID=.;OPOS=71019225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:186:187:55:55:0.227273:29:26:102:84:29:26:102:85 chr16 71025245 . C T 139.71 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00397974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.28;QD=7.65527;RBI=0.00862718;REFB=-0.00186301;REVB=-0.00765441;RO=52;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139089;STB=0.575269;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00473971;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:53:20:20:0.273973:10:10:20:32:10:10:21:32 chr16 71026076 . C G 278.87 PASS AF=0.346154;AO=34;DP=103;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0193741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.088;QD=10.7257;RBI=0.049228;REFB=-0.0243325;REVB=-0.0452552;RO=67;SAF=19;SAR=15;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930672;STB=0.56448;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0476376;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:67:68:34:36:0.346154:15:19:32:35:15:21:33:35 chr16 71026098 . C T 134.64 PASS AF=0.277778;AO=19;DP=74;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0047944;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9544;QD=7.48024;RBI=0.00667051;REFB=-0.00205831;REVB=0.00463782;RO=46;SAF=7;SAR=12;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818453;STB=0.597601;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00501498;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:46:52:19:20:0.277778:12:7:20:26:13:7:25:27 chr16 71054178 . T C 758.71 PASS AF=0.41206;AO=81;DP=198;FAO=82;FDP=199;FR=.;FRO=117;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=-0.0138598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.582;QD=15.2505;RBI=0.0163215;REFB=-0.00655208;REVB=0.00861972;RO=116;SAF=30;SAR=51;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121895;STB=0.573802;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00668825;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:116:117:81:82:0.41206:51:30:56:60:52:30:57:60 chr16 71061495 . A G 729.04 PASS AF=0.367521;AO=86;DP=234;FAO=86;FDP=234;FR=.;FRO=148;FSAF=61;FSAR=25;FSRF=77;FSRR=71;FWDB=0.000389782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.034;QD=12.4621;RBI=0.0310019;REFB=-0.0164846;REVB=-0.0309995;RO=146;SAF=61;SAR=25;SRF=75;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233123;STB=0.62924;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0302522;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:146:148:86:86:0.367521:25:61:75:71:25:61:77:71 chr16 71094434 . G A 1862.19 PASS AF=0.422917;AO=204;DP=480;FAO=203;FDP=480;FR=.;FRO=277;FSAF=83;FSAR=120;FSRF=119;FSRR=158;FWDB=0.0135463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4697;QD=15.5182;RBI=0.0281382;REFB=-0.00378037;REVB=0.0246629;RO=260;SAF=83;SAR=121;SRF=107;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489641;STB=0.512321;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00438277;OID=.;OPOS=71094434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:480:480:260:277:204:203:0.422917:121:83:107:153:120:83:119:158 chr16 71098649 . T C 776.11 PASS AF=0.42132;AO=83;DP=198;FAO=83;FDP=197;FR=.;FRO=114;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=0.00656134;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9218;QD=15.7585;RBI=0.00966801;REFB=-0.00827429;REVB=0.00710066;RO=113;SAF=31;SAR=52;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743537;STB=0.539437;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0104918;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:113:114:83:83:0.42132:52:31:50:63:52:31:50:64 chr16 71100830 . T C 542.42 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00589237;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.574;QD=21.9159;RBI=0.00626952;REFB=-0.0130088;REVB=-0.00214169;RO=47;SAF=12;SAR=39;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160527;STB=0.596996;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.009465;OID=.;OPOS=71100830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:47:48:51:51:0.515152:39:12:18:29:39:12:19:29 chr16 71100838 . T C 108.46 PASS AF=0.191489;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=54;FWDB=-0.0234925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.202;QD=4.61542;RBI=0.0251077;REFB=-0.00652478;REVB=0.00885999;RO=75;SAF=6;SAR=12;SRF=22;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584934;STB=0.54094;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.027462;OID=.;OPOS=71100838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:75:76:18:18:0.191489:12:6:22:53:12:6:22:54 chr16 71101200 . T C 422.96 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00461696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.377;QD=18.3894;RBI=0.00786837;REFB=-0.00262762;REVB=0.00637142;RO=49;SAF=17;SAR=26;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206178;STB=0.614944;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00493234;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:26:17:30:19:26:17:30:19 chr16 71101270 . C T 341.84 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.0152531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.332;QD=15.8994;RBI=0.0467293;REFB=0.00411454;REVB=-0.0441698;RO=49;SAF=17;SAR=20;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234694;STB=0.631511;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00706276;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:20:17:34:15:20:17:34:15 chr16 71103269 . T C 1331.52 PASS AF=0.403226;AO=148;DP=372;FAO=150;FDP=372;FR=.;FRO=222;FSAF=63;FSAR=87;FSRF=88;FSRR=134;FWDB=0.0125456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.163;QD=14.3174;RBI=0.0143231;REFB=-0.0090138;REVB=-0.00691075;RO=218;SAF=63;SAR=85;SRF=88;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240864;STB=0.514521;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0145386;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:372:218:222:148:150:0.403226:85:63:88:130:87:63:88:134 chr16 71109904 . C A 730.14 PASS AF=0.521739;AO=70;DP=139;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=48;FWDB=0.0335243;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.725;QD=21.1634;RBI=0.0354436;REFB=-0.0202787;REVB=0.0115053;RO=66;SAF=28;SAR=42;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120541;STB=0.5725;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0193373;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:66:66:70:72:0.521739:42:28:18:48:42:30:18:48 chr16 71113780 . C T 300.67 PASS AF=0.492537;AO=29;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0285216;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.243;QD=17.9506;RBI=0.0288375;REFB=-0.010126;REVB=0.00425688;RO=23;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588168;STB=0.509428;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00845046;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:34:29:33:0.492537:16:13:12:11:20:13:14:20 chr16 71122408 . C T 164.69 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00179131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6246;QD=9.54711;RBI=0.0525049;REFB=0.0104547;REVB=-0.0524743;RO=47;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157432;STB=0.509275;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0268136;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:12:10:22:25:12:10:22:25 chr16 71163579 . C T 642.65 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0183943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.671;QD=17.7282;RBI=0.0446877;REFB=-0.00688016;REVB=0.0407264;RO=77;SAF=31;SAR=35;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105226;STB=0.500734;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00766603;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:77:79:66:66:0.455172:35:31:37:40:35:31:37:42 chr16 71220702 . T C 433.28 PASS AF=0.393701;AO=50;DP=127;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.00291417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.734;QD=13.6467;RBI=0.00830586;REFB=-0.00718027;REVB=-0.00777784;RO=77;SAF=21;SAR=29;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517398;STB=0.529287;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0110493;OID=.;OPOS=71220702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:77:77:50:50:0.393701:29:21:36:41:29:21:36:41 chr16 71220794 . G T 389.58 PASS AF=0.43;AO=39;DP=97;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.011492;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.5;QD=15.5833;RBI=0.0172628;REFB=-0.0130856;REVB=0.0128817;RO=58;SAF=13;SAR=26;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183398;STB=0.58471;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0179399;OID=.;OPOS=71220794;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:58:57:39:43:0.43:26:13:29:29:28:15:28:29 chr16 71316812 . A G 328.12 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0242773;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.851;QD=15.0858;RBI=0.0243717;REFB=-0.0204648;REVB=0.00214338;RO=51;SAF=12;SAR=24;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666357;STB=0.537794;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0271286;OID=.;OPOS=71316812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:51:51:36:36:0.413793:24:12:20:31:24:12:20:31 chr16 71319646 . G A 400.76 PASS AF=0.428571;AO=41;DP=97;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00261678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1409;QD=16.3577;RBI=0.0190847;REFB=0.0109018;REVB=-0.0189045;RO=53;SAF=30;SAR=11;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227385;STB=0.622942;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00673319;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:53:56:41:42:0.428571:11:30:28:25:12:30:29:27 chr16 71660310 . G A 116.08 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.122143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.719;QD=11.325;RBI=0.123392;REFB=-0.037704;REVB=-0.0175156;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290364;STB=0.517217;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0705888;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:5:9:18:9:5:9:18:9 chr16 71668634 . T G 227.74 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00519088;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.635;QD=27.6049;RBI=0.0125993;REFB=-0.0167879;REVB=-0.0114803;RO=13;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340669;STB=0.70156;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00319701;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:13:12:21:21:0.636364:15:6:10:3:15:6:10:2 chr16 71674882 . C G 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00601958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3202;QD=16.9304;RBI=0.0692071;REFB=0.0231519;REVB=-0.0689448;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245037;STB=0.642602;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0256765;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:6:6:9:3:6:6 chr16 71678932 . T C 198.88 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0012506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.418;QD=13.4836;RBI=0.025127;REFB=-0.0177141;REVB=0.0250958;RO=35;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165723;STB=0.595156;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0134497;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:8:16:18:17:8:16:18:17 chr16 71679057 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.582;QD=59.4355;RBI=0.0507106;REFB=0;REVB=-0.0504984;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321958;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr16 71682796 . T C 220.2 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0575449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8303;QD=17.9757;RBI=0.059985;REFB=-0.0352123;REVB=-0.0169348;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27974;STB=0.65809;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0517111;OID=.;OPOS=71682796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:13:9:19:8:13:9:19:8 chr16 71712786 . A G 497.72 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0265498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.589;QD=21.1796;RBI=0.0275239;REFB=0.00658016;REVB=0.00725768;RO=46;SAF=21;SAR=27;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364491;STB=0.520153;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00421152;OID=.;OPOS=71712786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:27:21:22:24:27:21:22:24 chr16 71724461 . T G 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00396947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.523;QD=23.3696;RBI=0.0158216;REFB=-0.0120074;REVB=0.0153156;RO=26;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718873;STB=0.539546;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00702376;OID=.;OPOS=71724461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:20:16:14:12:20:16:14:12 chr16 71773190 . G T 160.84 PASS AF=0.592593;AO=13;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0122438;FXX=0.0357015;HRUN=6;LEN=1;MLLD=232.641;QD=23.8278;RBI=0.0149486;REFB=-0.0179673;REVB=-0.00857624;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206184;STB=0.562422;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00428072;OID=.;OPOS=71773190;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:28:27:7:10:13:16:0.592593:6:7:4:3:7:9:4:6 chr16 71800384 . T A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00373944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.801;QD=23.2632;RBI=0.00688936;REFB=-0.0132964;REVB=0.00578618;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111486;STB=0.562313;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00956537;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:14:9:10:9:14:9:10:9 chr16 71885928 . G A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0196376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.765;QD=10.824;RBI=0.0435208;REFB=-0.00628942;REVB=-0.0388385;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279135;STB=0.67895;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0137783;OID=.;OPOS=71885928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:8:4:13:9:8:4:14:9 chr16 71886530 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.679;QD=51.9167;RBI=0.0469953;REFB=0;REVB=-0.0331406;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31711e-06;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr16 71887103 . GT G 104.11 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.2766;QD=11.255;RBI=0.0893778;REFB=0.0178606;REVB=0.0795732;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851303;STB=0.549091;STBP=0.602;TYPE=del;VARB=-0.0202116;OID=.;OPOS=71887104;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:16:37:16:37:21:7:9:11:10:99:21:7:9:11:10 chr16 71887381 . A G 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00536128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.02;QD=21.13;RBI=0.0586222;REFB=-0.0139148;REVB=-0.0583765;RO=21;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228841;STB=0.629018;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0164671;OID=.;OPOS=71887381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:15:7:12:9:15:7:12:9 chr16 71889173 . C T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.382;QD=59.9242;RBI=0.0117969;REFB=0;REVB=0.0115582;RO=0;SAF=42;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97793e-06;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:63:42:0:0:63:42:0:0 chr16 71889429 . C T 474.7 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0343318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2212;QD=21.5772;RBI=0.044653;REFB=-0.0202986;REVB=-0.028552;RO=42;SAF=21;SAR=25;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582563;STB=0.532164;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0104092;OID=.;OPOS=71889429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:25:21:22:20:25:21:22:20 chr16 71890489 . C G 655.05 PASS AF=0.524194;AO=64;DP=123;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00937286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.638;QD=21.1306;RBI=0.00943988;REFB=-0.0127902;REVB=-0.00112282;RO=57;SAF=39;SAR=25;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427298;STB=0.52823;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0116336;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:57:59:64:65:0.524194:25:39:32:25:26:39:32:27 chr16 71950450 . C T 700.32 PASS AF=0.469799;AO=69;DP=149;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0136666;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.524;QD=18.8004;RBI=0.0219625;REFB=-0.00876158;REVB=-0.0171923;RO=78;SAF=29;SAR=40;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649023;STB=0.542717;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0131318;OID=.;OPOS=71950450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:78:79:69:70:0.469799:40:29:38:40:41:29:39:40 chr16 71956511 . AATGCCCATGCCCATGCCC AATGCCCATGCCC,AATGCCCATGCCCATGCCT 163.56 PASS AF=0.365854,0.0731707;AO=14,2;DP=43;FAO=15,3;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8,1;FSAR=7,2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0133663,0.0141491;FXX=0.0465008;HRUN=1,3;LEN=6,1;MLLD=184.197,105.29;QD=15.9565;RBI=0.01964,0.0156973;REFB=-0.0336136,-0.0279556;REVB=-0.01439,-0.00679774;RO=19;SAF=7,0;SAR=7,2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.078252,-0.550427;STB=0.507033,0.66556;STBP=0.947,0.651;TYPE=del,snp;VARB=0.049568,-0.000232306;OID=.,.;OPOS=71956512,71956529;OREF=ATGCCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=AATGCCCATGCCC,AATGCCCATGCCCATGCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365854,0.0731707:14,2:43:15,3:41:23:8,1:7,2:12:11:99:19:7,0:7,2:11:8 chr16 71981414 . C CTTTG 1472.15 PASS AF=0.898305;AO=104;DP=121;FAO=106;FDP=118;FR=.;FRO=12;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00546558;FXX=0.0247913;HRUN=3;LEN=4;MLLD=309.099;QD=49.9036;RBI=0.00597631;REFB=-0.0426118;REVB=-0.00241736;RO=12;SAF=48;SAR=56;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238991;STB=0.513354;STBP=0.407;TYPE=ins;VARB=0.00373642;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.898305:104:121:106:118:12:48:58:7:5:47:12:48:56:7:5 chr16 71983772 . G C 478.87 PASS AF=0.584416;AO=44;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.059;QD=24.8761;RBI=0.0191682;REFB=-0.0265482;REVB=0.0185906;RO=16;SAF=22;SAR=22;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123595;STB=0.534398;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0143558;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:16:32:44:45:0.584416:22:22:4:12:22:23:19:13 chr16 71986946 . A G 906.01 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275454;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2431;QD=58.4521;RBI=0.0281676;REFB=0;REVB=-0.00588782;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00085184;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr16 71986995 . G A 575.81 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.547;QD=60.6119;RBI=0.0383259;REFB=0;REVB=0.0356748;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.99797e-05;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:18:18:0:0:19:19:0:0 chr16 71988106 . C T 941.53 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00213855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.045;QD=56.2107;RBI=0.0370206;REFB=-0.0985874;REVB=0.0369588;RO=2;SAF=36;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00363026;STB=0.506665;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000677709;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:2:1:64:66:0.985075:28:36:1:1:29:37:1:0 chr16 72001110 . G A 239.94 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00340911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.556;QD=14.3246;RBI=0.0116253;REFB=-0.0301145;REVB=0.0111142;RO=39;SAF=8;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262698;STB=0.631133;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.041361;OID=.;OPOS=72001110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:39:27:28:0.41791:19:8:21:18:19:9:21:18 chr16 72001136 . G A 386.92 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00680412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.026;QD=22.1096;RBI=0.00707613;REFB=7.72085e-05;REVB=-0.00194308;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144784;STB=0.5839;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=8.05905e-06;OID=.;OPOS=72001136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:31:38:39:0.557143:19:19:10:21:19:20:10:21 chr16 72003952 . G C 447.28 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00703497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=350.159;QD=18.4446;RBI=0.00861591;REFB=-0.000937224;REVB=0.00497425;RO=51;SAF=13;SAR=32;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297314;STB=0.671357;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00100393;OID=.;OPOS=72003952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:32:13:30:21:32:13:31:21 chr16 72007399 . C T 230.79 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.026054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.342;QD=22.5163;RBI=0.0311715;REFB=-0.0200947;REVB=0.0171129;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263574;STB=0.647444;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00816385;OID=.;OPOS=72007399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:14:8:13:6:14:8:13:6 chr16 72011181 . G T 941.01 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0339369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4217;QD=57.0306;RBI=0.0365263;REFB=-0.0477534;REVB=0.0135075;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000364476;OID=.;OPOS=72011181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:44:21:0:0:44:21:0:1 chr16 72011193 . A C 1175.37 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5046;QD=59.5126;RBI=0.0531154;REFB=0;REVB=0.0309809;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00433116;OID=.;OPOS=72011193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:79:0:0:74:79:1:48:26:0:0:53:26:0:0 chr16 72011261 . A G 1791.82 PASS AF=0.960317;AO=120;DP=125;FAO=121;FDP=126;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=87;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0168659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4525;QD=56.8831;RBI=0.0232428;REFB=-0.0147555;REVB=-0.0159927;RO=5;SAF=33;SAR=87;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667113;STB=0.534241;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00513619;OID=.;OPOS=72011261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:125:126:5:5:120:121:0.960317:87:33:5:0:87:34:5:0 chr16 72012202 . G A 542.52 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0107601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.913;QD=21.4859;RBI=0.0139442;REFB=-0.0109875;REVB=-0.00886907;RO=47;SAF=19;SAR=35;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227429;STB=0.625186;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0174206;OID=.;OPOS=72012202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:47:54:54:0.534653:35:19:29:18:35:19:29:18 chr16 72013797 . G C 728.65 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.928;QD=57.1494;RBI=0.00451534;REFB=0;REVB=-0.00139782;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1949e-05;OID=.;OPOS=72013797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:31:20:0:0 chr16 72020134 . T C 327.91 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0234587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5093;QD=20.4946;RBI=0.0237368;REFB=0.0152875;REVB=-0.00362301;RO=30;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092654;STB=0.558967;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0114976;OID=.;OPOS=72020134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:30:30:33:34:0.53125:21:12:8:22:21:13:8:22 chr16 72020294 . G A 743.06 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0138747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.939;QD=53.0756;RBI=0.0159826;REFB=-0.00875831;REVB=-0.00793312;RO=2;SAF=15;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587544;STB=0.531238;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000207402;OID=.;OPOS=72020294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:38:15:2:0:39:15:2:0 chr16 72020323 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.85;QD=57.1775;RBI=0.0163742;REFB=0;REVB=0.00265978;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99883e-05;OID=.;OPOS=72020323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr16 72027191 . T A 365.8 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00240822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.071;QD=15.566;RBI=0.0103706;REFB=-0.00423436;REVB=-0.0100871;RO=54;SAF=18;SAR=21;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147355;STB=0.517619;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00608818;OID=.;OPOS=72027191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:39:40:0.425532:21:18:25:29:21:19:24:30 chr16 72033801 . G T 294.62 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0526511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4419;QD=12.9504;RBI=0.198931;REFB=-0.0490289;REVB=-0.191837;RO=35;SAF=22;SAR=13;SRF=32;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303706;STB=0.525533;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.066498;OID=.;OPOS=72033801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:35:56:35:35:0.384615:13:22:32:3:13:22:33:23 chr16 72042682 . A C 577.84 PASS AF=0.604651;AO=52;DP=82;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0131281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.007;QD=26.8764;RBI=0.0184011;REFB=-0.0355853;REVB=0.012894;RO=30;SAF=16;SAR=36;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950516;STB=0.533729;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0225556;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:30:34:52:52:0.604651:36:16:13:17:36:16:13:21 chr16 72110948 . C G 375.68 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0835661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.436;QD=23.8526;RBI=0.0869479;REFB=-0.0381342;REVB=0.0240133;RO=25;SAF=23;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776004;STB=0.535823;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.031483;OID=.;OPOS=72110948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:25:26:37:37:0.587302:14:23:13:12:14:23:14:12 chr16 72130203 . C G 485.8 PASS AF=0.495238;AO=51;DP=103;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0177083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5819;QD=18.5065;RBI=0.0300207;REFB=-0.00288178;REVB=-0.0242417;RO=51;SAF=28;SAR=23;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709872;STB=0.543533;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00342196;OID=.;OPOS=72130203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:51:53:51:52:0.495238:23:28:24:27:23:29:25:28 chr16 72130815 . C A 258.75 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0080376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.834;QD=11.7615;RBI=0.0291937;REFB=-0.010663;REVB=-0.0280655;RO=57;SAF=10;SAR=21;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357091;STB=0.520648;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0190049;OID=.;OPOS=72130815;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:21:10:20:37:21:10:20:37 chr16 72135014 . T C 316.96 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0134261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.803;QD=17.8567;RBI=0.0278622;REFB=-0.0104392;REVB=-0.024414;RO=37;SAF=23;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840184;STB=0.54709;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0138762;OID=.;OPOS=72135014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:11:23:22:15:11:23:22:15 chr16 72137561 . G A 165.0 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0054942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.961;QD=14.0429;RBI=0.0227112;REFB=-0.000488503;REVB=0.0220367;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00411419;STB=0.50239;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00108702;OID=.;OPOS=72137561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:13:16:10:8:13:16 chr16 72139184 . C A 479.95 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.01308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.785;QD=18.2839;RBI=0.0140354;REFB=-0.0262513;REVB=-0.00508981;RO=53;SAF=17;SAR=34;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135537;STB=0.581048;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0251904;OID=.;OPOS=72139184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:54:51:51:0.485714:34:17:25:28:34:17:26:28 chr16 72156842 . T G 141.42 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00925231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.632;QD=13.4681;RBI=0.0249921;REFB=-0.00281952;REVB=-0.0232164;RO=26;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289961;STB=0.670825;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00383274;OID=.;OPOS=72156842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:4:12:13:13:4:12:13:13 chr16 72817194 . C G 68.04 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0636807;FXX=0.0434594;HRUN=6;LEN=1;MLLD=232.839;QD=12.3702;RBI=0.0637503;REFB=-0.00917443;REVB=-0.00297776;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383782;STB=0.723836;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0112504;OID=.;OPOS=72817194;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:23:22:12:13:9:9:0.409091:8:1:0:12:8:1:0:13 chr16 72827758 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.808;QD=64.4154;RBI=0.0178106;REFB=0;REVB=0.00591536;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36275e-05;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr16 72832135 . T A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.891;QD=58.7817;RBI=0.0232059;REFB=0;REVB=0.0158572;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07806e-05;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr16 72991660 . C G 224.86 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0716809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.412;QD=19.9873;RBI=0.0719312;REFB=-0.0281532;REVB=0.00599605;RO=21;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150575;STB=0.541722;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0243969;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:21:23:22:22:0.488889:15:7:7:14:15:7:9:14 chr16 72993831 . A C 102.71 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0182291;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3994;QD=13.6952;RBI=0.0659401;REFB=-0.0135906;REVB=-0.0633703;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146265;STB=0.509077;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0232474;OID=.;OPOS=72993831;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:17:11:13:0.433333:2:9:10:4:4:9:12:5 chr16 73143402 . C CAGA 141.77 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.000528396;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=3;MLLD=236.365;QD=10.6994;RBI=0.0217737;REFB=0.0027018;REVB=-0.0217673;RO=35;SAF=13;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188156;STB=0.611634;STBP=0.277;TYPE=ins;VARB=-0.00478632;OID=.;OPOS=73143403;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.339623:18:54:18:53:35:13:5:20:15:99:35:13:5:20:15 chr16 74425358 . G A 867.43 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000820385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.378;QD=57.8285;RBI=0.110536;REFB=0;REVB=-0.110533;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.42215e-05;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:22:37:0:0:23:37:0:0 chr16 74425548 . A G 1431.87 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0610234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1105;QD=59.6612;RBI=0.0773606;REFB=-0.0830643;REVB=0.047548;RO=3;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028141;STB=0.514848;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00366496;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:3:3:93:93:0.96875:49:44:0:3:49:44:0:3 chr16 74425569 . C T 562.16 PASS AF=0.649351;AO=50;DP=77;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0466207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.434;QD=29.2032;RBI=0.0471364;REFB=-0.0587627;REVB=0.00695364;RO=27;SAF=18;SAR=32;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997687;STB=0.553986;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0309688;OID=.;OPOS=74425569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:27:27:50:50:0.649351:32:18:6:21:32:18:6:21 chr16 74425702 . GG AA 155.7 PASS AF=0.2;AO=19;DP=132;FAO=28;FDP=140;FR=.;FRO=112;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=66;FWDB=-0.00524709;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=2;MLLD=149.659;QD=4.44854;RBI=0.00621224;REFB=-0.00845178;REVB=-0.00332564;RO=111;SAF=13;SAR=6;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332681;STB=0.599021;STBP=0.247;TYPE=mnp;VARB=0.0263159;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:140:111:112:19:28:0.2:6:13:46:65:13:15:46:66 chr16 74425732 . G T 220.94 PASS AF=0.246154;AO=32;DP=129;FAO=32;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=-0.000240409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.226;QD=6.79803;RBI=0.056926;REFB=-0.0295076;REVB=-0.0569255;RO=76;SAF=17;SAR=15;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216476;STB=0.58869;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0790334;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:76:97:32:32:0.246154:15:17:39:37:15:17:40:57 chr16 74425769 . C T 201.79 PASS AF=0.273585;AO=29;DP=106;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0213997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1037;QD=7.61486;RBI=0.0273571;REFB=-0.0274032;REVB=-0.017043;RO=75;SAF=15;SAR=14;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289523;STB=0.517229;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0677117;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:75:77:29:29:0.273585:14:15:37:38:14:15:38:39 chr16 74425787 . G T 166.54 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.019258;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.694;QD=8.02578;RBI=0.0194473;REFB=-0.0155613;REVB=0.00270703;RO=60;SAF=11;SAR=12;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046284;STB=0.527725;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0224211;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:60:60:23:23:0.277108:12:11:31:29:12:11:31:29 chr16 74425793 . T C 167.91 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00823604;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.731;QD=8.29206;RBI=0.00879441;REFB=-0.03138;REVB=-0.00308371;RO=56;SAF=11;SAR=12;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471034;STB=0.527873;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0417806;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:58:23:23:0.283951:12:11:29:27:12:11:30:28 chr16 74425795 . G A 178.55 PASS AF=0.311688;AO=23;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0408844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2276;QD=9.27516;RBI=0.0531512;REFB=-0.0738542;REVB=-0.0339634;RO=53;SAF=11;SAR=12;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809641;STB=0.532441;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0219654;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:23:24:0.311688:12:11:29:24:12:12:29:24 chr16 74425826 . G A 104.84 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00579441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.843;QD=10.7525;RBI=0.0200449;REFB=-0.00529205;REVB=-0.0191892;RO=25;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221741;STB=0.624792;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0146053;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:3:10:15:10:3:10:16:10 chr16 74537591 . C T 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.133;QD=54.8231;RBI=0.0158294;REFB=0.024371;REVB=-0.00472519;RO=1;SAF=30;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154349;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=2.12718e-05;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:20:30:1:0:20:30:1:0 chr16 74664810 . A T 1267.08 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6496;QD=61.064;RBI=0.136648;REFB=0;REVB=0.0115824;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119801;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:41:42:0:0 chr16 74670458 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.268;QD=62.0217;RBI=0.0665179;REFB=0;REVB=-0.062502;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313031;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr16 74695079 . G T 1513.28 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0037889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.47;QD=59.9318;RBI=0.00790947;REFB=0;REVB=-0.00694291;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07369e-05;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:55:44:0:0:56:45:0:0 chr16 74750405 . G A 777.16 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280166;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.296;QD=63.4418;RBI=0.0359349;REFB=0;REVB=0.0225031;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445482;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:25:24:0:0 chr16 75203269 . A C 131.02 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00602125;FXX=0.0454442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.805;QD=12.4785;RBI=0.00987802;REFB=-0.0207633;REVB=0.0078307;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244146;STB=0.622783;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0338016;OID=.;OPOS=75203269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:27:15:15:0.357143:5:10:10:13:5:10:13:14 chr16 75238103 . C T 1403.16 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586779;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2465;QD=63.0633;RBI=0.0599146;REFB=0;REVB=0.0121103;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258354;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:53:36:0:0:53:36:0:0 chr16 75269267 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.7;QD=59.8386;RBI=0.0384341;REFB=0;REVB=-0.0197637;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43508e-05;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr16 75269534 . C G,T 527.54 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,34;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=2,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390459,0.0335065;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.4362,140.652;QD=58.616;RBI=0.0101271,0.0401612;REFB=0,0;REVB=0.00934407,0.0221413;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0542304,6.23683e-05;OID=.,.;OPOS=75269534,75269534;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:2,34:2,34:0.0555556,0.944444:2,16:0,18:0:0:2,16:0,18:0:0 chr16 75563732 . C T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0194204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.035;QD=19.7626;RBI=0.0565454;REFB=-0.0184726;REVB=0.0531058;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22758;STB=0.628256;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0217492;OID=.;OPOS=75563732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:14:9:16:9:14:9:16:9 chr16 75565284 . G A 115.98 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.787;QD=42.175;RBI=0.0782857;REFB=0;REVB=0.0781865;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105472;OID=.;OPOS=75565284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:3:8:0:0 chr16 75565420 . A G 481.46 PASS AF=0.944444;AO=27;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0335208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.55;QD=53.4953;RBI=0.0659902;REFB=-0.0580542;REVB=-0.0568425;RO=1;SAF=21;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216358;STB=0.521726;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00698406;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:27:34:0.944444:6:21:1:0:12:22:2:0 chr16 75574030 . C T 1191.9 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.481;QD=61.1232;RBI=0.0260252;REFB=0;REVB=0.00751495;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27621e-05;OID=.;OPOS=75574030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:37:39:0:0:37:41:0:0 chr16 75590092 . G C 449.37 PASS AF=0.495238;AO=47;DP=96;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00741142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.2721;QD=17.119;RBI=0.0218478;REFB=-0.0728201;REVB=0.0205523;RO=48;SAF=21;SAR=26;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676555;STB=0.554169;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.104018;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:105:48:53:47:52:0.495238:26:21:25:23:31:21:27:26 chr16 75590113 . C G 472.0 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0217815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.178;QD=18.33;RBI=0.0226791;REFB=-0.0136745;REVB=-0.0063175;RO=53;SAF=24;SAR=26;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781572;STB=0.543308;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0143803;OID=.;OPOS=75590113;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:26:24:21:32:26:24:21:32 chr16 75646576 . G T 2314.77 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240139;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.019;QD=63.8558;RBI=0.0256895;REFB=0;REVB=0.025577;RO=0;SAF=60;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24778e-05;OID=.;OPOS=75646576;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:85:60:0:0:85:60:0:0 chr16 75646685 . G T 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0613575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.5433;QD=57.8824;RBI=0.0765616;REFB=0;REVB=-0.0457922;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00094986;OID=.;OPOS=75646685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr16 75728368 . A G 1190.35 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8635;QD=61.0437;RBI=0.0266957;REFB=0;REVB=0.00301432;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240564;OID=.;OPOS=75728368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr16 76311602 . G GT 508.7 PASS AF=1;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.5562;QD=46.2457;RBI=0.0703026;REFB=0;REVB=0.0694728;RO=3;SAF=24;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00173592;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:46:44:44:0:24:20:0:0:9:3:24:19:2:1 chr16 76495929 . C T 544.25 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00759034;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.795;QD=22.4433;RBI=0.0350053;REFB=-0.0378622;REVB=-0.0341724;RO=45;SAF=20;SAR=31;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461275;STB=0.521;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0332815;OID=.;OPOS=76495929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:45:46:51:51:0.525773:31:20:20:25:31:20:20:26 chr16 76532583 . A G 1567.06 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.923;QD=63.9614;RBI=0.0133372;REFB=0;REVB=-0.00761722;RO=0;SAF=35;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01544e-06;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:62:35:0:0:63:35:0:0 chr16 76902847 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.708;QD=62.3508;RBI=0.0638931;REFB=0;REVB=0.03814;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303077;OID=.;OPOS=76902847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr16 76902850 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.021;QD=62.3503;RBI=0.0236578;REFB=0;REVB=0.00402199;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163159;OID=.;OPOS=76902850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr16 77228629 . A G 375.7 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6313;QD=51.8208;RBI=0.0488747;REFB=-0.0590464;REVB=-0.0439167;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442286;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00210405;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:17:10:1:0:17:11:1:0 chr16 77228866 . T C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.134597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.184;QD=58.9617;RBI=0.135954;REFB=0;REVB=0.0191633;RO=0;SAF=20;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180254;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:46:20:0:0:46:20:0:0 chr16 77228971 . C T 305.08 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.342;QD=50.8474;RBI=0.12569;REFB=0;REVB=0.0385319;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130883;OID=.;OPOS=77228971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:1:0:22:24:1:12:10:1:0:12:12:0:0 chr16 77233394 . A G 5492.34 PASS AF=1;AO=340;DP=340;FAO=344;FDP=344;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.138;QD=63.8645;RBI=0.0522783;REFB=0;REVB=0.0386972;RO=0;SAF=146;SAR=194;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29922e-06;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:340:344:0:0:340:344:1:194:146:0:0:195:149:0:0 chr16 77246795 . C G 769.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0758151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7064;QD=54.9726;RBI=0.0761815;REFB=-0.118691;REVB=-0.00746314;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00156233;OID=.;OPOS=77246795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:24:31:0:1:24:31:0:1 chr16 77316150 . G T 1208.77 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.911;QD=61.2037;RBI=0.0393969;REFB=0;REVB=0.0307079;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190509;OID=.;OPOS=77316150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr16 77327018 . G A 1342.87 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280068;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4904;QD=62.4592;RBI=0.145986;REFB=0;REVB=0.143274;RO=1;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015035;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000929201;OID=.;OPOS=77327018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:1:0:85:86:1:31:54:0:1:32:54:0:0 chr16 77328895 . C T 1414.86 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.421;QD=62.8825;RBI=0.0572232;REFB=0;REVB=0.0568998;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146102;OID=.;OPOS=77328895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:51:38:0:0:52:38:0:0 chr16 77328990 . C A 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3066;QD=59.3217;RBI=0.0150461;REFB=0;REVB=0.0119169;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105717;OID=.;OPOS=77328990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr16 77353973 . G T 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7763;QD=58.7799;RBI=0.0376338;REFB=0;REVB=0.0313;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281556;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr16 77359919 . A T 894.35 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00693384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.474;QD=55.0368;RBI=0.0192767;REFB=-0.162616;REVB=0.0179865;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012593;STB=0.502767;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00170583;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:37:26:0:1:37:26:1:1 chr16 77389956 . A G 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552995;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.581;QD=57.1421;RBI=0.0553295;REFB=0;REVB=-0.00182065;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119178;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr16 77401545 . A G 908.22 PASS AF=0.514286;AO=90;DP=175;FAO=90;FDP=175;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.020901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.695;QD=20.7593;RBI=0.0210024;REFB=-0.0058948;REVB=-0.00206137;RO=81;SAF=40;SAR=50;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749656;STB=0.530006;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00531875;OID=.;OPOS=77401545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:81:85:90:90:0.514286:50:40:43:38:50:40:43:42 chr16 77769369 . C T 2941.6 PASS AF=1;AO=185;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.827;QD=62.922;RBI=0.0611686;REFB=0;REVB=0.0176766;RO=0;SAF=95;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25955e-05;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:187:0:0:185:187:1:90:95:0:0:91:96:0:0 chr16 77769834 . G A 700.11 PASS AF=0.539683;AO=68;DP=126;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00530128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.816;QD=22.2256;RBI=0.00531848;REFB=-0.0117287;REVB=-0.00042739;RO=58;SAF=32;SAR=36;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188294;STB=0.510316;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0082908;OID=.;OPOS=77769834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:58:58:68:68:0.539683:36:32:26:32:36:32:26:32 chr16 78013123 . C T 1135.1 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.675;QD=60.5388;RBI=0.0374041;REFB=0;REVB=-0.00458055;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.88383e-05;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr16 78013882 . A T 618.42 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00613858;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.024;QD=22.2853;RBI=0.0337367;REFB=-0.0226959;REVB=-0.0331735;RO=49;SAF=31;SAR=30;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979039;STB=0.548657;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0176856;OID=.;OPOS=78013882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:50:61:61:0.54955:30:31:19:30:30:31:20:30 chr16 78064733 . C A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0163443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.552;QD=12.7388;RBI=0.0344832;REFB=-0.0111174;REVB=-0.0303637;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187303;STB=0.610847;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0155114;OID=.;OPOS=78064733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:3:7:4:4:3:7 chr16 78065139 . A G 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00686676;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.945;QD=15.1533;RBI=0.00702444;REFB=-0.00375971;REVB=0.00147998;RO=43;SAF=17;SAR=15;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512317;STB=0.528949;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00501025;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:15:17:25:18:15:17:25:18 chr16 78065972 . A G 614.17 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=163;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=63;FWDB=0.01751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7982;QD=15.0717;RBI=0.0350262;REFB=0.00378946;REVB=0.0303353;RO=93;SAF=28;SAR=41;SRF=31;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785902;STB=0.546226;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00356763;OID=.;OPOS=78065972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:93:94:69:69:0.423313:41:28:31:62:41:28:31:63 chr16 78312497 . C A 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.00947502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.359;QD=13.2874;RBI=0.0131133;REFB=-0.00330111;REVB=0.0090655;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129381;STB=0.573529;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00559495;OID=.;OPOS=78312497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:11:16:29:12:11:16:29:12 chr16 78586531 . T C 1930.59 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7133;QD=61.7788;RBI=0.0373861;REFB=0;REVB=0.0116265;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148878;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:63:62:0:0:63:62:0:0 chr16 79245786 . A G 385.24 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=65;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00293217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.354;QD=23.3478;RBI=0.0176276;REFB=-0.0404063;REVB=0.017382;RO=28;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177468;STB=0.601106;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0161592;OID=.;OPOS=79245786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:28:37:38:0.575758:24:13:16:12:25:13:16:12 chr16 79245820 . G T 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.000790397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.746;QD=12.9132;RBI=0.020333;REFB=-0.00836852;REVB=0.0203177;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162279;STB=0.601574;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.013046;OID=.;OPOS=79245820;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:37:24:24:0.393443:9:15:17:19:9:15:17:20 chr16 79245930 . G C 295.62 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0120306;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.995;QD=15.1599;RBI=0.0145699;REFB=-0.00493981;REVB=0.0082187;RO=45;SAF=20;SAR=13;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414361;STB=0.523404;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00615618;OID=.;OPOS=79245930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:45:33:33:0.423077:13:20:29:16:13:20:29:16 chr16 79245956 . C G,T 1211.96 PASS AF=0.975,0.025;AO=76,3;DP=80;FAO=78,2;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45,1;FSAR=33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253842,-0.00100789;FXX=0.0123442;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.829,157.946;QD=60.5982;RBI=0.0838174,0.0185796;REFB=0,0;REVB=0.0837789,-0.0185522;RO=0;SAF=45,1;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000317467,0.0645954;OID=.,.;OPOS=79245956,79245956;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:80:80:0:0:76,3:78,2:0.975,0.025:31,2:45,1:0:0:33,1:45,1:0:0 chr16 79245961 . T C 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.932;QD=61.694;RBI=0.0126398;REFB=0;REVB=0.0110261;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69477e-05;OID=.;OPOS=79245961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr16 79633805 . TGCC T 125.79 PASS AF=0.636364;AO=8;DP=24;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.01655;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=3;MLLD=178.922;QD=22.8702;RBI=0.0540414;REFB=-0.0715705;REVB=0.0514448;RO=6;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651668;STB=0.578826;STBP=0.389;TYPE=del;VARB=0.0367019;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:8:24:14:22:8:3:11:3:5:57:6:1:7:1:5 chr16 81010073 . C T 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0129033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.347;QD=12.0842;RBI=0.0213883;REFB=-0.00507595;REVB=-0.0170577;RO=30;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127616;OID=.;OPOS=81010073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:8:8:15:15:8:8:15:15 chr16 81050965 . A T 1175.8 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00639759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.902;QD=59.5341;RBI=0.0156168;REFB=0.0391006;REVB=0.0142462;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116869;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=1.57958e-05;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:38:40:1:0:38:40:1:0 chr16 81056441 . T G 358.86 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0285227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.557;QD=25.183;RBI=0.0290789;REFB=-0.0138385;REVB=0.00566014;RO=22;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540826;STB=0.529631;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00658754;OID=.;OPOS=81056441;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:17:18:13:9:17:18:13:9 chr16 81061827 . G A 470.99 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.044549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9766;QD=17.2842;RBI=0.0556936;REFB=0.00643667;REVB=0.0334239;RO=57;SAF=20;SAR=31;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00617341;STB=0.502449;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00599962;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:58:51:51:0.46789:31:20:22:35:31:20:23:35 chr16 81062167 . A AT,T 67.9 PASS AF=0.380952,0;AO=6,7;DP=55;FAO=16,0;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=14,0;FSAR=2,0;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.107004,-0.0522557;FXX=0.249955;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=14.7268,25.8256;QD=6.46642;RBI=0.149467,0.0594412;REFB=-0.0102556,0.00140005;REVB=-0.104358,-0.0283301;RO=42;SAF=0,1;SAR=6,6;SRF=22;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.650314,-0.470955;STB=0.863726,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0191948,0;OID=.,.;OPOS=81062168,81062167;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:55:42:42:26:6,7:16,0:0.380952,0:6,6:0,1:22:20:2,0:14,0:8:18 chr16 81062171 . C T 265.09 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0253552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.272;QD=18.2819;RBI=0.031742;REFB=-0.0166065;REVB=0.0190964;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221544;STB=0.635425;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0292902;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:28:29:0.5:13:15:8:20:13:16:8:21 chr16 81076821 . T C 106.35 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0315187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.555;QD=16.3614;RBI=0.0323861;REFB=-2.5607e-05;REVB=-0.00744517;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341381;STB=0.638067;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00414372;OID=.;OPOS=81076821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:12:13:0.5:2:10:7:6:3:10:7:6 chr16 81077915 . T C 183.7 PASS AF=0.62069;AO=16;DP=27;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0649085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.073;QD=25.3384;RBI=0.0714881;REFB=-0.00734498;REVB=-0.0299573;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125162;STB=0.517222;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00380678;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:29:11:11:16:18:0.62069:9:7:5:6:9:9:5:6 chr16 81094951 . A G 702.53 PASS AF=0.479452;AO=70;DP=146;FAO=70;FDP=146;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.00528783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.076;QD=19.2474;RBI=0.0228356;REFB=-0.0149249;REVB=-0.0222149;RO=75;SAF=26;SAR=44;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142563;STB=0.575894;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0140724;OID=.;OPOS=81094951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:75:76:70:70:0.479452:44:26:39:36:44:26:39:37 chr16 81095099 . C G 95.28 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0232985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4206;QD=11.2091;RBI=0.0309746;REFB=-0.00407912;REVB=-0.0204109;RO=21;SAF=11;SAR=1;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.618153;STB=0.884328;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0163309;OID=.;OPOS=81095099;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:21:22:12:12:0.352941:1:11:9:12:1:11:9:13 chr16 81095363 . C T 78.91 PASS AF=0.454545;AO=7;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0110498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.914;QD=14.3466;RBI=0.0368896;REFB=-0.0164264;REVB=-0.0351958;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125019;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.017887;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:22:22:12:12:7:10:0.454545:4:3:5:7:4:6:5:7 chr16 81145807 . C G 609.81 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=150;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=-0.0141654;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9007;QD=16.3708;RBI=0.0236759;REFB=0.00301143;REVB=0.0189707;RO=85;SAF=28;SAR=36;SRF=28;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114163;STB=0.563617;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00346112;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:85:85:64:64:0.42953:36:28:28:57:36:28:28:57 chr16 81151122 . A C 1457.41 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0251825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.266;QD=62.0175;RBI=0.0252256;REFB=-0.111421;REVB=-0.00147326;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.505049;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000566252;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:44:49:0:0:44:49:1:0 chr16 81157324 . G A 696.3 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00163236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2195;QD=60.5481;RBI=0.00857592;REFB=-0.0501446;REVB=-0.00841914;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177343;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00190527;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:45:45:0.978261:26:19:0:1:26:19:0:1 chr16 81157385 . G T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.039224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9572;QD=17.9406;RBI=0.06235;REFB=-0.0126769;REVB=0.0484665;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210695;STB=0.620028;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0149137;OID=.;OPOS=81157385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:9:13:7:12:9:13 chr16 81161552 . C T 106.81 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0144645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.992;QD=6.78133;RBI=0.0165726;REFB=-0.00021687;REVB=-0.00808882;RO=45;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121075;STB=0.571341;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000487228;OID=.;OPOS=81161552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:47:16:16:0.253968:8:8:18:27:8:8:19:28 chr16 81161569 . T G 127.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00961998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.873;QD=8.24526;RBI=0.0109618;REFB=-0.0034154;REVB=-0.00525514;RO=44;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134865;STB=0.580558;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00930879;OID=.;OPOS=81161569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:9:9:17:27:9:9:17:27 chr16 81161571 . T C 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0262703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.577;QD=7.52727;RBI=0.0262832;REFB=-0.00369043;REVB=-0.000823426;RO=43;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225328;STB=0.636011;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0240929;OID=.;OPOS=81161571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:7:9:16:27:7:9:16:27 chr16 81161578 . G A 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00784165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.619;QD=9.93221;RBI=0.0122624;REFB=-0.0128903;REVB=-0.0094274;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553397;STB=0.533289;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0360748;OID=.;OPOS=81161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:7:8:17:18:7:8:17:18 chr16 81161608 . T C 86.36 PASS AF=0.27907;AO=11;DP=42;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00237314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.452;QD=8.03342;RBI=0.00567779;REFB=-0.0136643;REVB=-0.00515805;RO=30;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131609;STB=0.534826;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0352739;OID=.;OPOS=81161608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:42:43:30:31:11:12:0.27907:5:6:13:17:6:6:14:17 chr16 81173136 . T C 1227.19 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4799;QD=61.3593;RBI=0.0161237;REFB=0;REVB=0.0122174;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9615e-06;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr16 81173193 . C T 286.68 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00299149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.44;QD=13.334;RBI=0.015273;REFB=-0.0137276;REVB=0.0149771;RO=53;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346126;STB=0.519762;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0197683;OID=.;OPOS=81173193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:17:16:24:29:17:16:24:29 chr16 81175103 . G A 694.49 PASS AF=0.480263;AO=73;DP=154;FAO=73;FDP=152;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=-0.0191276;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0203;QD=18.2761;RBI=0.033308;REFB=-0.0264563;REVB=0.0272683;RO=79;SAF=30;SAR=43;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936856;STB=0.551645;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0284587;OID=.;OPOS=81175103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:79:79:73:73:0.480263:43:30:25:54:43:30:25:54 chr16 81180995 . T C 406.13 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00106822;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.834;QD=16.9221;RBI=0.00107322;REFB=-0.01181;REVB=0.000103429;RO=51;SAF=24;SAR=18;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801258;STB=0.550874;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00981254;OID=.;OPOS=81180995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:54:42:42:0.4375:18:24:25:26:18:24:26:28 chr16 81181066 . G A 241.46 PASS AF=0.315217;AO=28;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=-0.0355303;FXX=0.0416623;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.228;QD=10.4981;RBI=0.0786414;REFB=-0.0227323;REVB=-0.0701575;RO=45;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239589;STB=0.656917;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0606426;OID=.;OPOS=81181066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:63:28:29:0.315217:13:15:14:31:14:15:18:45 chr16 81181783 . T C 221.13 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0173051;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7922;QD=14.0398;RBI=0.027599;REFB=-0.00460248;REVB=0.0214998;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675194;STB=0.546306;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00681725;OID=.;OPOS=81181783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:36:37:26:26:0.412698:14:12:19:17:14:12:20:17 chr16 81181869 . T C 404.85 PASS AF=0.438095;AO=44;DP=103;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00190127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.354;QD=15.423;RBI=0.0188728;REFB=-0.0164316;REVB=-0.0187768;RO=59;SAF=17;SAR=27;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143674;STB=0.563646;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0195112;OID=.;OPOS=81181869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:59:59:44:46:0.438095:27:17:31:28:27:19:31:28 chr16 81185412 . C T 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0169214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.651;QD=21.4068;RBI=0.0171771;REFB=-0.00344856;REVB=0.00295281;RO=26;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693361;STB=0.538437;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00237598;OID=.;OPOS=81185412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:21:11:11:15:21:11:11:15 chr16 81185416 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.108;QD=57.5431;RBI=0.0687166;REFB=0;REVB=0.0183635;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300057;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr16 81185419 . G C 308.14 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0266793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.439;QD=20.8907;RBI=0.0268341;REFB=-0.0200766;REVB=-0.00287864;RO=27;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569875;STB=0.531625;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0108613;OID=.;OPOS=81185419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:21:11:11:16:21:11:11:16 chr16 81190598 . T C 376.49 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00823775;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.31;QD=18.3653;RBI=0.0205856;REFB=-0.0187005;REVB=-0.0188655;RO=43;SAF=22;SAR=16;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216031;STB=0.611433;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0246215;OID=.;OPOS=81190598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:43:38:39:0.47561:16:22:15:28:17:22:15:28 chr16 81190601 . T C 1324.6 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106684;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.862;QD=62.334;RBI=0.0525788;REFB=0;REVB=0.0514851;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87056e-05;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr16 81190613 . A G 440.01 PASS AF=0.488889;AO=41;DP=89;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0110826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4502;QD=19.5561;RBI=0.0132011;REFB=-0.0218008;REVB=-0.00717258;RO=46;SAF=16;SAR=25;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106262;STB=0.559558;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0218654;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:46:41:44:0.488889:25:16:23:23:27:17:23:23 chr16 81198306 . C A 1416.47 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.675;QD=62.9541;RBI=0.0572217;REFB=0;REVB=0.00804899;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62007e-05;OID=.;OPOS=81198306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:87:90:1:38:49:0:0:39:51:0:0 chr16 81199520 . T C 787.92 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2136;QD=56.2799;RBI=0.0342673;REFB=0;REVB=0.0116779;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167678;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:38:17:0:0:39:17:0:0 chr16 81199538 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8311;QD=56.9562;RBI=0.0425926;REFB=0;REVB=0.0425217;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531597;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr16 81199544 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.592;QD=64.1532;RBI=0.0264443;REFB=0;REVB=0.000588209;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117184;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:36:13:0:0:36:13:0:0 chr16 81199554 . CA TG 636.67 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112718;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.301;QD=62.1142;RBI=0.112856;REFB=0;REVB=0.0055729;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000421753;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:31:8:0:0:31:10:0:0 chr16 81211496 . C A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0491672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.134;QD=22.9085;RBI=0.0505886;REFB=-0.0275381;REVB=-0.0119078;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137421;STB=0.507685;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0290691;OID=.;OPOS=81211496;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:12:9:7:10:12:9:7:10 chr16 81211548 . G A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00487172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.704;QD=17.0333;RBI=0.00809729;REFB=-0.0118062;REVB=0.0064678;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258194;STB=0.657439;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0166355;OID=.;OPOS=81211548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:11:7:14:7:11:7:15:7 chr16 81213378 . A G 732.51 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223789;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.522;QD=57.4516;RBI=0.0527909;REFB=0;REVB=0.0478128;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72514e-05;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr16 81219213 . C T 353.58 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.127037;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.343;QD=23.5722;RBI=0.127336;REFB=-0.00898947;REVB=0.0087278;RO=25;SAF=5;SAR=30;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259067;STB=0.514277;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00827808;OID=.;OPOS=81219213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:30:5:4:21:30:5:4:21 chr16 81232275 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.708;QD=53.9112;RBI=0.0363556;REFB=0;REVB=0.0114162;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175601;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr16 81232564 . T G 2216.78 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.6564;QD=63.3367;RBI=0.0369391;REFB=0;REVB=-0.0347108;RO=0;SAF=68;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.95236e-05;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:72:68:0:0:72:68:0:0 chr16 81241098 . C T 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.498;QD=58.5956;RBI=0.0341465;REFB=0;REVB=0.0137259;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40376e-05;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr16 81241100 . G C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.589;QD=58.6006;RBI=0.0230523;REFB=0;REVB=0.0194299;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1521e-05;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr16 81242102 . G A 810.35 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679366;FXX=0.0508388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.552;QD=57.8818;RBI=0.0423637;REFB=0;REVB=-0.0418154;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276582;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr16 81242149 . TTT GCC 342.08 PASS AF=1;AO=3;DP=72;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500498;FXX=0.45827;HRUN=3;LEN=3;MLLD=239.016;QD=35.0851;RBI=0.095787;REFB=0;REVB=0.0816711;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0570788;OID=.;OPOS=81242149;OREF=TTT;OALT=GCC;OMAPALT=GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:39:0:0:3:39:1:3:0:0:0:30:9:0:0 chr16 81242194 . T C 1026.17 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.29;QD=59.4881;RBI=0.065105;REFB=0;REVB=0.0386271;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010949;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:34:32:0:0:35:34:0:0 chr16 81248716 . C T 1276.38 PASS AF=0.518987;AO=123;DP=239;FAO=123;FDP=237;FR=.;FRO=114;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=-0.0151178;FXX=0.00836785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4865;QD=21.5423;RBI=0.0197258;REFB=-0.00301796;REVB=-0.0126713;RO=112;SAF=50;SAR=73;SRF=65;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152103;STB=0.587359;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00367266;OID=.;OPOS=81248716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:237:112:114:123:123:0.518987:73:50:65:47:73:50:67:47 chr16 81248745 . A G 1019.34 PASS AF=0.477273;AO=103;DP=218;FAO=105;FDP=220;FR=.;FRO=115;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=-0.0328716;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.735;QD=18.5334;RBI=0.033204;REFB=-0.019034;REVB=-0.00468654;RO=107;SAF=60;SAR=43;SRF=39;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200221;STB=0.594848;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0304084;OID=.;OPOS=81248745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:220:107:115:103:105:0.477273:43:60:39:68:43:62:47:68 chr16 81249954 . T A 394.49 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0104739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.31;QD=19.9741;RBI=0.0152722;REFB=-0.0298932;REVB=-0.0111148;RO=38;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694137;STB=0.53163;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0412945;OID=.;OPOS=81249954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:39:40:40:0.506329:20:20:16:22:20:20:17:22 chr16 81253745 . C G 465.54 PASS AF=0.47;AO=46;DP=99;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0156009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.173;QD=18.6216;RBI=0.0167758;REFB=-0.0272136;REVB=0.00616771;RO=52;SAF=18;SAR=28;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195061;STB=0.595704;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0285831;OID=.;OPOS=81253745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:53:46:47:0.47:28:18:31:21:28:19:31:22 chr16 81253759 . A G 478.07 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0135332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5207;QD=19.7142;RBI=0.0202909;REFB=-0.0116313;REVB=-0.0151187;RO=50;SAF=20;SAR=27;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106664;STB=0.559252;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0115446;OID=.;OPOS=81253759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:27:20:27:23:27:20:27:23 chr16 81253917 . A G 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00684447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.732;QD=22.8673;RBI=0.00729651;REFB=-0.0156858;REVB=-0.00252828;RO=28;SAF=23;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233989;STB=0.628762;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0159732;OID=.;OPOS=81253917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:14:23:9:19:14:23:9:19 chr16 81301694 . A T 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0123216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.926;QD=16.5266;RBI=0.0158687;REFB=-0.0128843;REVB=-0.00999965;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068086;STB=0.538431;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0200763;OID=.;OPOS=81301694;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:13:16:12:13:13:16 chr16 81314496 . C T 411.4 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0345875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.589;QD=18.4897;RBI=0.0581701;REFB=-0.0131331;REVB=-0.0467703;RO=47;SAF=23;SAR=19;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135123;STB=0.57527;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0139598;OID=.;OPOS=81314496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:19:23:19:28:19:23:19:28 chr16 81412168 . G A 1216.49 PASS AF=0.51073;AO=119;DP=234;FAO=119;FDP=233;FR=.;FRO=114;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=63;FSRR=51;FWDB=-0.0116333;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.994;QD=20.8839;RBI=0.036578;REFB=-0.0239826;REVB=-0.0346788;RO=114;SAF=61;SAR=58;SRF=63;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358064;STB=0.519612;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0199056;OID=.;OPOS=81412168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:114:114:119:119:0.51073:58:61:63:51:58:61:63:51 chr16 81497952 . A G 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0184202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.857;QD=15.0641;RBI=0.0191052;REFB=-0.0124655;REVB=0.00507011;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160362;STB=0.509084;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0137245;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:12:15:20:15:12:15:20:15 chr16 81679151 . A G 380.68 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0183332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.407;QD=19.5221;RBI=0.028944;REFB=-0.00461568;REVB=-0.0223976;RO=39;SAF=11;SAR=28;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226799;STB=0.626646;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0033876;OID=.;OPOS=81679151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:28:11:20:19:28:11:20:19 chr16 81744978 . TTA T,TAA 54.66 PASS AF=0.34375,0;AO=9,3;DP=35;FAO=11,0;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7,0;FSAR=4,0;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0394042,-0.0796022;FXX=0.0302939;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=16.8516,14.6703;QD=6.83309;RBI=0.0709678,0.169474;REFB=-0.0991379,-0.0186144;REVB=0.0590232,-0.149615;RO=20;SAF=7,3;SAR=2,0;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.385455,0.613473;STB=0.544827,0.5;STBP=0.754,1;TYPE=del,snp;VARB=0.192175,0;OID=.,.;OPOS=81744979,81744979;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375,0:9,3:35:11,0:32:21:7,0:4,0:12:9:55:20:7,3:2,0:9:11 chr16 81819768 . T C 473.27 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0118851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.207;QD=21.2707;RBI=0.0131483;REFB=-0.0195312;REVB=-0.0056235;RO=43;SAF=18;SAR=28;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393694;STB=0.52173;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0151762;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:28:18:15:28:28:18:15:28 chr16 81892708 . T A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00488291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.391;QD=12.6377;RBI=0.00624271;REFB=-0.00732615;REVB=0.00388956;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369152;STB=0.716489;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00899746;OID=.;OPOS=81892708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:7:14:4:9:7:14 chr16 81902079 . T C 1135.37 PASS AF=0.974684;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0256864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1214;QD=57.4869;RBI=0.0716131;REFB=0.018147;REVB=0.0668479;RO=2;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225198;STB=0.511361;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.000910489;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:79:2:2:75:77:0.974684:41:34:0:2:43:34:0:2 chr16 81902139 . G C 257.14 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0706784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5678;QD=13.7144;RBI=0.0706803;REFB=-0.0172143;REVB=-0.000524847;RO=44;SAF=10;SAR=20;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110442;STB=0.557653;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0272763;OID=.;OPOS=81902139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:20:10:19:25:20:10:19:26 chr16 81902283 . A G 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0178631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.778;QD=32.2576;RBI=0.0179033;REFB=-0.00212432;REVB=-0.00119847;RO=8;SAF=9;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929886;STB=0.550973;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00122014;OID=.;OPOS=81902283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:12:9:2:6:12:9:2:6 chr16 81914583 . C T 410.17 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.00130802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.31;QD=26.4625;RBI=0.00271745;REFB=-0.0319906;REVB=-0.00238194;RO=23;SAF=8;SAR=31;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332508;STB=0.518126;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0225285;OID=.;OPOS=81914583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:31:8:4:19:31:8:4:19 chr16 81929488 . C T 1992.21 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.053689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.928;QD=61.2989;RBI=0.0537194;REFB=-0.0353002;REVB=-0.0018098;RO=1;SAF=60;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078548;STB=0.504132;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000117844;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:69:60:1:0:69:60:1:0 chr16 81941319 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.936;QD=61.3364;RBI=0.0406053;REFB=0;REVB=0.0333071;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142946;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr16 81971403 . T C 393.18 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.394;QD=56.1683;RBI=0.0678774;REFB=0;REVB=0.047172;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681901;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr16 81995543 . G T 72.97 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0230968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.411;QD=9.12089;RBI=0.0234381;REFB=-0.0432534;REVB=0.00398482;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106085;STB=0.50648;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0662254;OID=.;OPOS=81995543;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:13:9:4:6:13:9 chr16 82182354 . G A 304.14 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0113857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.087;QD=12.5418;RBI=0.0126965;REFB=-0.00217961;REVB=-0.00561845;RO=62;SAF=14;SAR=21;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147942;STB=0.585013;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00349073;OID=.;OPOS=82182354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:62:62:35:35:0.360825:21:14:33:29:21:14:33:29 chr16 82203705 . A C 98.57 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0364347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.141;QD=14.0813;RBI=0.0669337;REFB=-0.02957;REVB=-0.0561482;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122388;STB=0.571312;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.047166;OID=.;OPOS=82203705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:6:10:6:6:6:10 chr16 82203711 . G T 98.33 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0113033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9094;QD=14.0477;RBI=0.0246832;REFB=-0.0151972;REVB=0.021943;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422461;STB=0.524651;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0566669;OID=.;OPOS=82203711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:6:10:7:5:6:10 chr16 82203742 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0240753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.279;QD=14.0791;RBI=0.0481497;REFB=0.00134132;REVB=0.0416986;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107329;STB=0.562399;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.000877709;OID=.;OPOS=82203742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:5:11:7:5:5:11 chr16 82203758 . C T 306.21 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1128;QD=53.2545;RBI=0.0720061;REFB=0;REVB=0.0382834;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000627801;OID=.;OPOS=82203758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr16 82203768 . G T 68.05 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0534774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.19;QD=14.3269;RBI=0.0537765;REFB=-0.00889057;REVB=-0.00566353;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312786;STB=0.681452;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0203919;OID=.;OPOS=82203768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:2:8:4:5:2:8 chr16 82673047 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000258563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=349.37;QD=57.8849;RBI=0.0237508;REFB=0;REVB=0.0237494;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90196e-05;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr16 83065664 . G A 901.22 PASS AF=0.47644;AO=91;DP=191;FAO=91;FDP=191;FR=.;FRO=100;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.00117915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.119;QD=18.8737;RBI=0.0167826;REFB=-0.0210989;REVB=0.0167412;RO=99;SAF=45;SAR=46;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480848;STB=0.523804;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0184017;OID=.;OPOS=83065664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:99:100:91:91:0.47644:46:45:54:45:46:45:54:46 chr16 83214480 . C A 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=7.9342e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.543;QD=23.6756;RBI=0.000389973;REFB=-0.016365;REVB=0.000381816;RO=15;SAF=5;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205263;STB=0.60557;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0135818;OID=.;OPOS=83214480;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:16:5:7:8:16:5:7:9 chr16 83817019 . A G 580.91 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.671;QD=59.5803;RBI=0.038993;REFB=0;REVB=0.00293704;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148319;OID=.;OPOS=83817019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:39:0:0:33:39:1:24:9:0:0:25:14:0:0 chr16 83983071 . C T 183.77 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.035498;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.185;QD=17.0952;RBI=0.0358314;REFB=-0.0400183;REVB=-0.00487656;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147036;STB=0.583855;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0572626;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:9:15:9:10:9:15 chr16 83984776 . A C 521.7 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=38;FWDB=-0.0243072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6175;QD=21.9663;RBI=0.0418697;REFB=-0.127744;REVB=-0.0340915;RO=36;SAF=13;SAR=33;SRF=3;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219586;STB=0.636064;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0146528;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:36:41:46:46:0.484211:33:13:3:33:33:13:3:38 chr16 83984844 . A C 1711.91 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277024;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.086;QD=60.5985;RBI=0.0163996;REFB=0;REVB=0.0161639;RO=0;SAF=34;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00609e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27057e-05;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:111:113:1:77:34:0:0:78:35:0:0 chr16 83984850 . C G 1731.22 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.478;QD=60.7447;RBI=0.0125826;REFB=0;REVB=0.00671051;RO=0;SAF=34;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63761e-05;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:80:34:0:0:80:34:0:0 chr16 83999033 . A G 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0120321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.215;QD=19.9928;RBI=0.0288305;REFB=-0.00529777;REVB=-0.0261997;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29229;STB=0.663906;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00613395;OID=.;OPOS=83999033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:6:17:9:13:6:17 chr16 84005801 . G A 412.79 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0341034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7835;QD=18.7634;RBI=0.0379559;REFB=-0.00684625;REVB=0.0166615;RO=45;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373926;STB=0.532402;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00847265;OID=.;OPOS=84005801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:45:46:41:42:0.477273:23:18:18:27:23:19:18:28 chr16 84012104 . T C 558.28 PASS AF=0.593023;AO=50;DP=85;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0235266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.388;QD=25.9663;RBI=0.0311331;REFB=-0.0164532;REVB=0.0203905;RO=35;SAF=22;SAR=28;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528074;STB=0.525025;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0103108;OID=.;OPOS=84012104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:35:35:50:51:0.593023:28:22:13:22:29:22:13:22 chr16 84014482 . C G 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0222134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.738;QD=13.9454;RBI=0.029948;REFB=-0.0134212;REVB=-0.0200859;RO=48;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662373;STB=0.537712;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0207044;OID=.;OPOS=84014482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:14:18:24:24:14:18:24:24 chr16 84035446 . C G 2390.27 PASS AF=0.964072;AO=161;DP=167;FAO=161;FDP=167;FR=.;FRO=6;FSAF=92;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.000531389;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.363;QD=57.252;RBI=0.0192953;REFB=-0.0723562;REVB=0.019288;RO=2;SAF=92;SAR=69;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01359;STB=0.514781;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000201875;OID=.;OPOS=84035446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:167:167:2:6:161:161:0.964072:69:92:0:2:69:92:1:5 chr16 84035919 . T C 482.89 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0132802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.549;QD=18.5727;RBI=0.0201846;REFB=-0.0188001;REVB=0.0152004;RO=53;SAF=23;SAR=28;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539317;STB=0.52989;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0209269;OID=.;OPOS=84035919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:28:23:27:26:28:23:27:26 chr16 84067004 . C T 227.67 PASS AF=0.464286;AO=24;DP=58;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0300877;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.732;QD=16.2619;RBI=0.0309371;REFB=-0.0115699;REVB=0.00719971;RO=30;SAF=4;SAR=20;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106902;STB=0.533871;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0190283;OID=.;OPOS=84067004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:30:30:24:26:0.464286:20:4:7:23:21:5:7:23 chr16 84070500 . C G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.656;QD=64.1527;RBI=0.0471704;REFB=0;REVB=0.0181696;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181133;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr16 84088052 . G A 252.84 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00995904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.17;QD=24.6671;RBI=0.0250602;REFB=-0.0197642;REVB=0.0229963;RO=17;SAF=16;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208077;STB=0.511617;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0253458;OID=.;OPOS=84088052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:22:22:0.536585:6:16:12:5:6:16:12:5 chr16 84100173 . C T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00571994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.787;QD=13.9116;RBI=0.0156413;REFB=-0.00431391;REVB=-0.0145579;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150897;STB=0.586129;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00680014;OID=.;OPOS=84100173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:9:12:22:9:9:12:22:9 chr16 84115393 . G A 489.49 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0167657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.468;QD=15.5394;RBI=0.0176991;REFB=-0.0285137;REVB=0.0056717;RO=72;SAF=27;SAR=27;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0371984;OID=.;OPOS=84115393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:72:54:54:0.428571:27:27:36:36:27:27:36:36 chr16 84115483 . G A 566.47 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0257245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.306;QD=20.0521;RBI=0.0260631;REFB=-0.00403033;REVB=0.00418716;RO=55;SAF=28;SAR=30;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249662;STB=0.513757;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00397393;OID=.;OPOS=84115483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:55:58:58:0.513274:30:28:25:30:30:28:25:30 chr16 84157193 . A T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0029408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.964;QD=12.7823;RBI=0.00442467;REFB=-0.00769087;REVB=0.00330596;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00953351;OID=.;OPOS=84157193;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:7:7:5:5:7:7 chr16 84158248 . G C 357.5 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0153803;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.472;QD=16.6279;RBI=0.0158056;REFB=-0.00135322;REVB=-0.00364164;RO=47;SAF=15;SAR=23;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116015;STB=0.559893;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00175178;OID=.;OPOS=84158248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:47:48:38:38:0.44186:23:15:24:23:23:15:24:24 chr16 84217062 . C T 746.16 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.246;QD=63.5028;RBI=0.0144273;REFB=0;REVB=0.0132274;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87031e-05;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:36:11:0:0:36:11:0:0 chr16 84228199 . G T 170.96 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0293455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.321;QD=12.4336;RBI=0.0362056;REFB=-0.0134344;REVB=0.0212057;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00917798;STB=0.514717;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.025316;OID=.;OPOS=84228199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:10:11:17:16:10:11:17:17 chr16 84228237 . A C 120.05 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0242536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.126;QD=14.1239;RBI=0.0256848;REFB=-0.0208848;REVB=-0.0084539;RO=20;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174753;STB=0.510189;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0649773;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:10:4:6:14:10:4:6:14 chr16 84228770 . G C 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0124074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.254;QD=14.8342;RBI=0.0142559;REFB=-0.0136077;REVB=0.00702032;RO=30;SAF=4;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213354;STB=0.623637;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0160927;OID=.;OPOS=84228770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:18:4:10:20:18:4:10:20 chr16 84229559 . T C 112.0 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0466988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.512;QD=8.96034;RBI=0.0483962;REFB=-0.00228218;REVB=-0.0127046;RO=36;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244922;STB=0.647843;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00465911;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:6:8:13:23:6:8:13:23 chr16 84230376 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0468637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.216;QD=18.0506;RBI=0.0477786;REFB=-0.0010318;REVB=-0.00930533;RO=8;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240747;STB=0.642515;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.000721445;OID=.;OPOS=84230376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:9:1:2:6:9:1:2:6 chr16 84230500 . A C 746.11 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=137;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0199574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.751;QD=21.7841;RBI=0.0221007;REFB=-0.00886215;REVB=-0.00949438;RO=63;SAF=46;SAR=26;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182894;STB=0.607983;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00853027;OID=.;OPOS=84230500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:63:65:72:72:0.525547:26:46:27:36:26:46:27:38 chr16 84256619 . C T 294.55 PASS AF=0.428571;AO=32;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00865492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.511;QD=15.3014;RBI=0.0102805;REFB=-0.00396145;REVB=0.00554815;RO=44;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269077;STB=0.504422;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00611294;OID=.;OPOS=84256619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:32:33:0.428571:19:13:19:25:19:14:19:25 chr16 84270381 . G A 3065.99 PASS AF=0.994845;AO=193;DP=196;FAO=193;FDP=194;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.036157;FXX=0.0152277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2957;QD=63.2163;RBI=0.0632467;REFB=0.00361628;REVB=0.0518923;RO=0;SAF=86;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502325;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000110726;OID=.;OPOS=84270381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:196:194:0:1:193:193:0.994845:107:86:0:0:107:86:0:1 chr16 84270743 . G A 365.15 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0032005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.559;QD=16.0504;RBI=0.00416996;REFB=-0.00699999;REVB=0.00267308;RO=52;SAF=22;SAR=17;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274799;STB=0.653751;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0112004;OID=.;OPOS=84270743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:17:22:15:37:17:22:15:37 chr16 84360533 . A G 136.86 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0700649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4955;QD=18.2481;RBI=0.0716551;REFB=-0.0648429;REVB=-0.0150121;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0652818;OID=.;OPOS=84360533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:9:6:5:9:9:6:6:9 chr16 84402275 . G C 474.39 PASS AF=0.417323;AO=35;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=23;FWDB=-0.0150712;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.288;QD=14.9414;RBI=0.0348004;REFB=-0.0117712;REVB=-0.0313676;RO=55;SAF=21;SAR=14;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204122;STB=0.519604;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0167544;OID=.;OPOS=84402275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:55:74:35:53:0.417323:14:21:34:21:15:38:51:23 chr16 84438512 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.125;QD=63.8717;RBI=0.0308538;REFB=0;REVB=-0.0294303;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49616e-05;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr16 84444349 . A C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.604;QD=61.5363;RBI=0.022853;REFB=0;REVB=0.0182143;RO=0;SAF=23;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58021e-06;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:58:23:0:0:58:23:0:0 chr16 84476200 . A T 505.54 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565561;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.768;QD=59.475;RBI=0.0344476;REFB=0;REVB=0.0339802;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35942e-05;OID=.;OPOS=84476200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr16 84485573 . C A 1066.39 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.238;QD=58.4323;RBI=0.0845648;REFB=-0.0680709;REVB=0.0834458;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122839;STB=0.506492;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000734106;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:34:38:1:0:34:38:1:0 chr16 84493144 . C G 784.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.521;QD=64.0305;RBI=0.0541341;REFB=0;REVB=0.0513118;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158905;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:22:27:0:0 chr16 84494020 . G T 711.44 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-9.2149e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.841;QD=52.6995;RBI=0.00568182;REFB=-0.0380059;REVB=0.00568107;RO=2;SAF=29;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313793;STB=0.51666;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000264199;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:23:29:2:0:23:29:2:0 chr16 84494275 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.171;QD=60.3761;RBI=0.0179511;REFB=0;REVB=0.0144519;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94211e-05;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr16 84516309 . G A 541.4 PASS AF=0.547368;AO=45;DP=88;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0426896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.989;QD=22.7956;RBI=0.0546503;REFB=-0.00121619;REVB=0.0341211;RO=43;SAF=14;SAR=31;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22918;STB=0.570525;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00113464;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:95:43:43:45:52:0.547368:31:14:24:19:31:21:24:19 chr16 84520325 . T C 130.43 PASS AF=0.565217;AO=9;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00568755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.6042;QD=22.6839;RBI=0.02129;REFB=-0.0940754;REVB=-0.0205162;RO=3;SAF=9;SAR=0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.795291;STB=0.660109;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.104664;OID=.;OPOS=84520325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:23:23:3:6:9:13:0.565217:0:9:2:1:3:10:2:4 chr16 84520396 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.235;QD=57.1773;RBI=0.055708;REFB=0;REVB=-0.0507652;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139918;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:37:14:0:0:37:14:0:0 chr16 84520537 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.593;QD=58.9622;RBI=0.0530253;REFB=0;REVB=-0.0139486;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222996;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr16 84522897 . G C 163.7 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0021187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6975;QD=13.3637;RBI=0.0189473;REFB=-0.0257871;REVB=-0.0188285;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957846;STB=0.555497;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.048398;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:6:12:23:8:6:12:23:8 chr16 84778690 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0226008;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.086;QD=15.626;RBI=0.0254057;REFB=-0.00452879;REVB=0.0116042;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359294;STB=0.520686;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00739651;OID=.;OPOS=84778690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:13:10:8:9:13:10 chr16 84778694 . T C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00293037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.585;QD=15.6262;RBI=0.015408;REFB=-0.00494358;REVB=-0.0151268;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359294;STB=0.520686;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00954073;OID=.;OPOS=84778694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:13:10:8:9:13:10 chr16 84778697 . G C 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0352707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4608;QD=16.106;RBI=0.0352743;REFB=0.00797312;REVB=0.000508156;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608231;STB=0.534914;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00798524;OID=.;OPOS=84778697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:13:9:8:9:13:9 chr16 84779248 . T G 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00613175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.132;QD=18.6423;RBI=0.0207904;REFB=-0.00433197;REVB=-0.0198656;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352015;STB=0.519981;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0052822;OID=.;OPOS=84779248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:10:14:13:8:10:14 chr16 84796603 . A G 79.97 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0445642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9544;QD=7.27033;RBI=0.050343;REFB=-0.0137346;REVB=0.0234191;RO=33;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331843;STB=0.708474;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0373753;OID=.;OPOS=84796603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:33:33:11:11:0.25:3:8:15:18:3:8:15:18 chr16 84808824 . C G 359.51 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0163212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4342;QD=17.3258;RBI=0.0372456;REFB=-0.0145833;REVB=-0.0334792;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790651;STB=0.542147;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0265575;OID=.;OPOS=84808824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:45:37:38:0.457831:19:18:25:19:19:19:26:19 chr16 84879464 . A G 767.57 PASS AF=0.540741;AO=73;DP=136;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0227915;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.357;QD=22.7429;RBI=0.0246634;REFB=-0.0127628;REVB=-0.00942497;RO=63;SAF=33;SAR=40;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748923;STB=0.537848;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0126266;OID=.;OPOS=84879464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:63:62:73:73:0.540741:40:33:23:40:40:33:23:39 chr16 84883102 . C T 788.47 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151812;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.803;QD=64.3653;RBI=0.0151928;REFB=0;REVB=0.000595631;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07501e-05;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr16 84942638 . T G 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0147069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.011;QD=16.0425;RBI=0.0195939;REFB=-0.015057;REVB=0.0129472;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184768;STB=0.606926;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.021773;OID=.;OPOS=84942638;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:14:5:11:15:14:5:11:15 chr16 85009463 . T C 542.38 PASS AF=0.628205;AO=49;DP=78;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0115475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.911;QD=27.8143;RBI=0.0123961;REFB=-0.0321672;REVB=0.00450779;RO=27;SAF=28;SAR=21;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141564;STB=0.518789;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0177429;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:27:29:49:49:0.628205:21:28:16:11:21:28:18:11 chr16 85009970 . A G 223.29 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00631373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.032;QD=10.5079;RBI=0.0136493;REFB=0.00726796;REVB=-0.0121012;RO=56;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412497;STB=0.529241;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0149749;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:57:28:28:0.329412:15:13:24:32:15:13:24:33 chr16 85112002 . T G 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0536;QD=58.0576;RBI=0.0798954;REFB=0;REVB=-0.0493152;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141003;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr16 85706047 . A C 1460.65 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=97;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0023261;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.755;QD=60.8605;RBI=0.00233167;REFB=-0.0191199;REVB=-0.000161072;RO=2;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185847;STB=0.509613;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.000180029;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:96:2:2:93:94:0.979167:50:43:0:2:51:43:0:2 chr16 85707949 . C G 517.46 PASS AF=0.42;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00974687;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5277;QD=20.6985;RBI=0.0109685;REFB=-0.0757374;REVB=-0.00503067;RO=30;SAF=14;SAR=28;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119502;STB=0.530598;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0153408;OID=.;OPOS=85707949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:30:33:42:42:0.42:28:14:6:24:28:14:9:24 chr16 85711860 . C T 2154.6 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.038;QD=62.908;RBI=0.0639673;REFB=0;REVB=0.0238496;RO=0;SAF=41;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78172e-05;OID=.;OPOS=85711860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:131:137:0:0:131:137:1:90:41:0:0:92:45:0:0 chr16 85813231 . A C 233.25 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0239301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2933;QD=16.9636;RBI=0.0870559;REFB=0.000510219;REVB=0.0837023;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153358;STB=0.60325;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000931958;OID=.;OPOS=85813231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:29:25:26:0.472727:14:11:18:12:15:11:18:11 chr16 85814899 . T TAGTC 672.01 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=57;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00901429;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=4;MLLD=280.58;QD=48.0008;RBI=0.0109311;REFB=-0.0180715;REVB=-0.00618315;RO=5;SAF=35;SAR=16;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544367;STB=0.529026;STBP=0.206;TYPE=ins;VARB=0.00176447;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.910714:51:57:51:56:5:35:16:2:3:23:5:35:16:2:3 chr16 85838653 . T C 1457.45 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.896;QD=62.0192;RBI=0.0372424;REFB=-0.0967323;REVB=0.0344126;RO=1;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998082;STB=0.505262;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0005221;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:47:46:0:1:47:46:0:1 chr16 86069710 . C T 128.14 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.107086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.195;QD=12.2041;RBI=0.108059;REFB=0.00465902;REVB=0.0144683;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234359;STB=0.636198;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00559507;OID=.;OPOS=86069710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:7:20:8:7:7:20 chr16 86069722 . A G 598.65 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712486;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9208;QD=61.4003;RBI=0.0865897;REFB=0;REVB=-0.0492078;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323506;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr16 86069738 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0754379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.354;QD=60.9785;RBI=0.0773992;REFB=0;REVB=-0.0173136;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000506154;OID=.;OPOS=86069738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr16 86069788 . GT TG 540.28 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502313;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.972;QD=58.4083;RBI=0.068867;REFB=0;REVB=0.0471114;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00137691;OID=.;OPOS=86069788;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:37:0:0:35:37:1:16:19:0:0:17:20:0:0 chr16 86069827 . A G 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.32;QD=58.2429;RBI=0.029106;REFB=-0.0512723;REVB=0.0187958;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000594107;OID=.;OPOS=86069827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:15:24:1:0:15:24:1:0 chr16 86547496 . C T 373.79 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0138985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5307;QD=14.8034;RBI=0.0213007;REFB=0.0119012;REVB=-0.0161417;RO=58;SAF=21;SAR=21;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532343;STB=0.524741;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0175563;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:58:59:42:42:0.415842:21:21:26:32:21:21:27:32 chr16 86564671 . G T 140.71 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0228786;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8234;QD=12.2354;RBI=0.0278447;REFB=0.00143793;REVB=-0.0158712;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28791;STB=0.673722;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00171001;OID=.;OPOS=86564671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:29:30:16:16:0.347826:8:8:22:7:8:8:23:7 chr16 86565826 . C G 549.83 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0666223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.1293;QD=22.6733;RBI=0.0759399;REFB=-0.0118053;REVB=-0.0364464;RO=42;SAF=25;SAR=27;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170157;STB=0.587596;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00876196;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:42:45:52:52:0.536082:27:25:29:13:26:26:31:14 chr16 86565882 . G C 896.52 PASS AF=0.663866;AO=79;DP=119;FAO=79;FDP=119;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=7;FWDB=0.00701339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.877;QD=30.1351;RBI=0.00798319;REFB=-0.0080398;REVB=0.00381363;RO=40;SAF=30;SAR=49;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273949;STB=0.64754;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00324124;OID=.;OPOS=86565882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:40:40:79:79:0.663866:49:30:33:7:49:30:33:7 chr16 86588993 . T C 550.4 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0202788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4369;QD=21.5841;RBI=0.0289029;REFB=-0.0250612;REVB=-0.0205948;RO=46;SAF=32;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068824;STB=0.543141;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0138002;OID=.;OPOS=86588993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:47:55:55:0.539216:23:32:23:23:23:32:23:24 chr16 87417621 . G A 516.47 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0107451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.413;QD=19.1286;RBI=0.0196367;REFB=0.00150572;REVB=0.016436;RO=51;SAF=26;SAR=28;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249425;STB=0.518512;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0013462;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:54:54:54:0.5:28:26:26:25:28:26:28:26 chr16 87436720 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.787;QD=60.9783;RBI=0.0197179;REFB=0;REVB=0.00116033;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123831;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr16 87436764 . A G 723.94 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.372;QD=62.951;RBI=0.0388938;REFB=0;REVB=-0.0111078;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28845e-05;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr16 87445839 . C T 220.9 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0120732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.037;QD=18.0326;RBI=0.015305;REFB=0.0006188;REVB=0.00940647;RO=27;SAF=6;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323503;STB=0.684651;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.000598847;OID=.;OPOS=87445839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:16:6:16:11:16:6:16:11 chr16 87446053 . G A 393.09 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0251851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.884;QD=33.4542;RBI=0.0285675;REFB=-0.00682098;REVB=0.0134839;RO=15;SAF=12;SAR=20;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261906;STB=0.514277;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00276908;OID=.;OPOS=87446053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:20:12:5:10:20:12:5:10 chr16 87446368 . C T 210.93 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0106714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.923;QD=14.0617;RBI=0.022162;REFB=-0.0218413;REVB=-0.0194236;RO=35;SAF=18;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200487;STB=0.615059;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.02984;OID=.;OPOS=87446368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:7:18:19:16:7:18:19:16 chr16 87729334 . C CA 66.91 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0125365;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=269.413;QD=12.1655;RBI=0.0176185;REFB=-0.00959391;REVB=0.0123794;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568639;STB=0.84619;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.0218695;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:9:22:9:22:13:1:8:8:5:66:13:1:8:8:5 chr16 87736160 . G A 726.86 PASS AF=0.626263;AO=62;DP=99;FAO=62;FDP=99;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00949237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.147;QD=29.3682;RBI=0.0155008;REFB=-0.0137422;REVB=0.0122544;RO=35;SAF=28;SAR=34;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798241;STB=0.543365;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0104207;OID=.;OPOS=87736160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:35:37:62:62:0.626263:34:28:20:15:34:28:21:16 chr16 87736778 . T C 509.84 PASS AF=0.564706;AO=43;DP=84;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0644141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.4425;QD=23.9923;RBI=0.0930284;REFB=0.0160265;REVB=-0.0671201;RO=30;SAF=21;SAR=22;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162952;STB=0.51764;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.0148246;OID=.;OPOS=87736778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:30:37:43:48:0.564706:22:21:14:16:24:24:17:20 chr16 87737619 . G A 130.48 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00655077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0063;QD=15.3505;RBI=0.0376318;REFB=-0.0309694;REVB=0.0370572;RO=18;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723732;STB=0.583683;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0231964;OID=.;OPOS=87737619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:19:14:15:0.441176:3:11:15:3:4:11:16:3 chr16 87737756 . C T 206.91 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.111419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.228;QD=17.2421;RBI=0.112211;REFB=-0.013726;REVB=-0.0133065;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257357;STB=0.645036;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0259848;OID=.;OPOS=87737756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:6:21:11:10:6:21 chr16 87738694 . G A 602.41 PASS AF=0.55;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0141858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9041;QD=24.0965;RBI=0.0365975;REFB=-0.0249749;REVB=0.0337364;RO=45;SAF=21;SAR=34;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127111;STB=0.569807;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0314188;OID=.;OPOS=87738694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:45:45:55:55:0.55:34:21:24:21:34:21:24:21 chr16 87738813 . G C 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0592377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8332;QD=10.1487;RBI=0.0872913;REFB=-0.0157861;REVB=-0.0641145;RO=44;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148646;STB=0.587775;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0266616;OID=.;OPOS=87738813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:16:6:17:27:16:6:17:27 chr16 87738853 . T C 764.76 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.836;QD=63.7301;RBI=0.0408047;REFB=0;REVB=-0.0119403;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029625;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:27:21:0:0 chr16 87738858 . A G 102.3 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.016097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.145;QD=9.09296;RBI=0.0205348;REFB=0.00121298;REVB=-0.0127502;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206782;STB=0.625658;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00551154;OID=.;OPOS=87738858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:5:8:14:18:5:8:14:18 chr16 87738888 . G T 127.99 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00517919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.403;QD=11.9058;RBI=0.0231127;REFB=-0.0123849;REVB=-0.022525;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14584;STB=0.59004;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0167703;OID=.;OPOS=87738888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:28:15:15:0.348837:5:10:14:12:5:10:15:13 chr16 87739087 . A C 240.61 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0151556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.889;QD=12.1829;RBI=0.0155797;REFB=-0.0113644;REVB=-0.00361031;RO=50;SAF=13;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100702;STB=0.557937;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0188909;OID=.;OPOS=87739087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:16:13:27:23:16:13:27:23 chr16 87739125 . G A 266.58 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0508538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5276;QD=13.4978;RBI=0.0508706;REFB=-0.0108849;REVB=0.0013078;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153568;STB=0.591844;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0153969;OID=.;OPOS=87739125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:48:31:31:0.392405:14:17:18:27:14:17:19:29 chr16 87866138 . G C 220.68 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0457605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7105;QD=19.616;RBI=0.0553182;REFB=-0.0424444;REVB=-0.0310818;RO=23;SAF=4;SAR=17;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973722;STB=0.562439;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0444783;OID=.;OPOS=87866138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:23:21:22:0.488889:17:4:6:17:18:4:6:17 chr16 87921846 . T A 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00776758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.217;QD=23.8242;RBI=0.00805772;REFB=-0.0250997;REVB=0.00214279;RO=28;SAF=18;SAR=21;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252885;STB=0.513882;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0201403;OID=.;OPOS=87921846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:21:18:12:16:21:18:12:16 chr16 87938398 . G A 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0158028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.446;QD=23.4331;RBI=0.0184719;REFB=-0.0037386;REVB=-0.00956464;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431018;OID=.;OPOS=87938398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:12:12:10:10:12:12:10:10 chr16 88017809 . C T 177.87 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0179254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6976;QD=15.1382;RBI=0.0453364;REFB=-0.00914812;REVB=0.0416421;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393585;STB=0.515679;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0219159;OID=.;OPOS=88017809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:26:28:18:19:0.404255:9:9:12:14:10:9:14:14 chr16 88052161 . C A 442.01 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0192407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.538;QD=14.8574;RBI=0.0251825;REFB=0.00371845;REVB=0.0162466;RO=69;SAF=19;SAR=31;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104327;STB=0.558728;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00549022;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:69:50:50:0.420168:31:19:33:36:31:19:33:36 chr16 88061150 . C T 248.52 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0759024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5329;QD=25.4898;RBI=0.0852137;REFB=-0.0782101;REVB=0.0387325;RO=16;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486154;STB=0.527003;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.055199;OID=.;OPOS=88061150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:13:10:8:8:13:10:8:8 chr16 88105053 . T A 417.6 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.015151;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.092;QD=17.0449;RBI=0.0168019;REFB=-0.0186567;REVB=-0.00726299;RO=55;SAF=22;SAR=21;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18433;STB=0.602978;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.020402;OID=.;OPOS=88105053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:55:43:43:0.438776:21:22:18:37:21:22:18:37 chr16 88123598 . C G 956.24 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0461716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1384;QD=57.0888;RBI=0.0500968;REFB=-0.0148184;REVB=-0.019439;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000409637;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:31:35:0:0:31:35:0:1 chr16 88123697 . C A 689.07 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1688;QD=62.6426;RBI=0.0228775;REFB=0;REVB=0.0177852;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54525e-05;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr16 88134285 . A G 767.47 PASS AF=0.982456;AO=53;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.178916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6238;QD=53.8579;RBI=0.179181;REFB=0.164593;REVB=-0.00974486;RO=2;SAF=25;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362056;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00545815;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:2:1:53:56:0.982456:28:25:2:0:30:26:1:0 chr16 88494947 . T C 1142.78 PASS AF=1;AO=58;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.224;QD=60.1463;RBI=0.199866;REFB=0;REVB=-0.193929;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000824033;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:58:76:1:30:28:0:0:39:37:0:0 chr16 88494976 . A C 1423.0 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.853;QD=61.2041;RBI=0.0244755;REFB=-0.0488677;REVB=0.00764638;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376657;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:89:93:0:0:88:93:1:47:41:0:0:48:45:0:0 chr16 88495367 . G A 182.93 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0141428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.912;QD=25.2317;RBI=0.0303345;REFB=-0.0363121;REVB=0.0268358;RO=9;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728138;STB=0.512806;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0179036;OID=.;OPOS=88495367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:9:11:18:18:0.62069:6:12:5:4:6:12:7:4 chr16 88495654 . A G 276.54 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698749;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0555;QD=52.6744;RBI=0.0729956;REFB=0;REVB=-0.0211155;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00267916;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr16 88496008 . T C 240.34 PASS AF=0.37037;AO=25;DP=78;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0142827;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.845;QD=11.8687;RBI=0.0210366;REFB=-0.0268368;REVB=-0.0154449;RO=51;SAF=4;SAR=21;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368123;STB=0.552077;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0682376;OID=.;OPOS=88496008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:51:51:25:30:0.37037:21:4:21:30:21:9:19:32 chr16 88496544 . CG C 47.55 PASS AF=0.223404;AO=19;DP=95;FAO=21;FDP=94;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.08707;FXX=0.0105252;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.326;QD=2.02351;RBI=0.135658;REFB=-0.00775396;REVB=0.104028;RO=64;SAF=15;SAR=4;SRF=27;SRR=37;SSEN=0.384615;SSEP=0;SSSB=0.459355;STB=0.795757;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=-0.0278483;OID=.;OPOS=88496545;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.223404:19:95:21:94:73:17:4:32:41:47:64:15:4:27:37 chr16 88497446 . A G 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00013027;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.363;QD=42.446;RBI=0.10219;REFB=0;REVB=-0.10219;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00259724;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr16 88498221 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.429;QD=55.0987;RBI=0.0350582;REFB=0;REVB=-0.00991604;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269884;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr16 88498297 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.644;QD=51.1846;RBI=0.070537;REFB=0;REVB=-0.024576;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530646;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr16 88499539 . C G 2240.18 PASS AF=0.974194;AO=151;DP=156;FAO=151;FDP=155;FR=.;FRO=4;FSAF=87;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00620968;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.632;QD=57.8112;RBI=0.0144448;REFB=-0.0606513;REVB=0.013042;RO=0;SAF=87;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51515;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000174112;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:156:155:0:4:151:151:0.974194:64:87:0:0:64:87:0:4 chr16 88501034 . G C 89.16 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0634373;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.9678;QD=14.8605;RBI=0.109771;REFB=-0.0805345;REVB=-0.0895848;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208455;STB=0.512173;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.096465;OID=.;OPOS=88501034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:8:5:4:7:8:5 chr16 88501971 . T A 270.04 PASS AF=0.557692;AO=27;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.025237;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.723;QD=20.7723;RBI=0.0363367;REFB=-0.0372132;REVB=-0.0261428;RO=17;SAF=16;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167821;STB=0.608053;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0405864;OID=.;OPOS=88501971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:17:23:27:29:0.557692:11:16:6:11:13:16:7:16 chr16 88502482 . C T 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0203668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.603;QD=18.118;RBI=0.0245848;REFB=-0.0170668;REVB=-0.0137699;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713554;STB=0.526287;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0193262;OID=.;OPOS=88502482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:9:9:11:8:9:9:11:9 chr16 88502505 . A G 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0121;QD=58.1306;RBI=0.027248;REFB=0;REVB=0.0268493;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385642;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr16 88504850 . G C 379.2 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0274347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.712;QD=12.8541;RBI=0.033982;REFB=-0.0179369;REVB=-0.0200528;RO=66;SAF=28;SAR=17;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067562;STB=0.573161;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0259632;OID=.;OPOS=88504850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:118:66:73:45:45:0.381356:17:28:37:29:17:28:37:36 chr16 88504868 . A G 1906.06 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.492;QD=60.9938;RBI=0.0605856;REFB=0;REVB=-0.0453706;RO=0;SAF=43;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102337;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:80:43:0:0:80:45:0:0 chr16 88505635 . A G 153.93 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0259494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3637;QD=14.3188;RBI=0.0558409;REFB=-0.0317694;REVB=-0.0494453;RO=25;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165108;STB=0.610642;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0333081;OID=.;OPOS=88505635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:5:12:14:11:5:12:14:12 chr16 88505734 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.583;QD=51.9162;RBI=0.0628488;REFB=0;REVB=0.0226863;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417795;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr16 88535341 . G A 289.98 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.00109852;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.815;QD=11.3718;RBI=0.00112194;REFB=-0.00477661;REVB=-0.00022807;RO=65;SAF=22;SAR=14;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184971;STB=0.611049;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0122968;OID=.;OPOS=88535341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:65:66:36:36:0.352941:14:22:29:36:14:22:29:37 chr16 88535407 . C G 406.65 PASS AF=0.506173;AO=39;DP=79;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0354217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9205;QD=20.0817;RBI=0.0354218;REFB=-0.0377913;REVB=-8.50889e-05;RO=39;SAF=19;SAR=20;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139427;STB=0.569386;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0381538;OID=.;OPOS=88535407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:39:40:39:41:0.506173:20:19:13:26:22:19:13:27 chr16 88552370 . A G 2003.54 PASS AF=0.992366;AO=127;DP=128;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.446;QD=61.1767;RBI=0.0364879;REFB=-0.0935053;REVB=0.0227996;RO=1;SAF=55;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856138;STB=0.504273;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000609002;OID=.;OPOS=88552370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:131:1:1:127:130:0.992366:72:55:1:0:72:58:1:0 chr16 88644005 . A G 800.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0404;QD=64.0708;RBI=0.0303817;REFB=0;REVB=-0.0230019;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14717e-05;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:36:13:0:0:36:14:0:0 chr16 88713236 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.08343e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.173;QD=63.8719;RBI=0.000792723;REFB=0;REVB=-0.000792649;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18939e-06;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr16 88713501 . A G 192.93 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00784239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.827;QD=13.7806;RBI=0.00959228;REFB=-0.0169908;REVB=-0.00552348;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496479;STB=0.517227;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0196622;OID=.;OPOS=88713501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:33:22:23:0.410714:9:13:21:12:9:14:21:12 chr16 88717386 . T C 1313.2 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140468;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.448;QD=61.7977;RBI=0.0226903;REFB=0;REVB=0.0178197;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158378;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:47:37:0:0:47:38:0:0 chr16 88724347 . G T 218.21 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0121912;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.144;QD=16.7853;RBI=0.0250079;REFB=-0.0409283;REVB=-0.0218351;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147263;STB=0.583264;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0442269;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:28:24:24:0.461538:10:14:12:16:10:14:12:16 chr16 88778615 . G A 452.17 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0196783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.119;QD=22.0569;RBI=0.0353693;REFB=-0.0226938;REVB=-0.0293896;RO=37;SAF=31;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151478;STB=0.591705;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0227742;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:38:44:44:0.536585:13:31:20:17:13:31:20:18 chr16 88779739 . A G 622.38 PASS AF=0.5;AO=62;DP=125;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0248837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.953;QD=19.7581;RBI=0.0255503;REFB=-0.0117027;REVB=-0.00579826;RO=60;SAF=26;SAR=36;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429809;STB=0.508081;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.009613;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:60:63:62:63:0.5:36:26:28:32:36:27:28:35 chr16 88780634 . AGGTGTGGGTGT AGGTGTGTGTGG 125.29 PASS AF=0.304348;AO=4;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00473993;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=5;MLLD=52.0124;QD=21.7891;RBI=0.124032;REFB=-0.106577;REVB=0.123942;RO=8;SAF=4;SAR=0;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.730747;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=mnp;VARB=0.281181;OID=.;OPOS=88780641;OREF=GGTGT;OALT=TGTGG;OMAPALT=AGGTGTGTGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:4:24:7:23:9:4:3:4:5:57:8:4:0:3:5 chr16 88781040 . A G 326.72 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0228222;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.837;QD=17.196;RBI=0.0242162;REFB=-0.0102979;REVB=-0.00809763;RO=41;SAF=22;SAR=13;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438855;STB=0.524628;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0129021;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:13:22:24:17:13:22:24:17 chr16 88781125 . T C 230.68 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.133414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9541;QD=17.7447;RBI=0.134851;REFB=-0.0449724;REVB=-0.0196323;RO=27;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115444;STB=0.564468;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.037895;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:18:7:5:22:18:7:5:22 chr16 88782676 . A G 324.31 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=109;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.0143912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.11;QD=11.9013;RBI=0.0157671;REFB=-0.0125641;REVB=-0.00644171;RO=63;SAF=19;SAR=21;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137219;STB=0.600045;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0167606;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:69:40:40:0.366972:21:19:22:41:21:19:22:47 chr16 88783449 . C G 343.2 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00188213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4676;QD=18.8053;RBI=0.0276317;REFB=-0.00959485;REVB=0.0275676;RO=37;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397141;STB=0.522132;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0102728;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:21:15:17:20:21:15:17:20 chr16 88783521 . T C 277.41 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.051853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1205;QD=18.4939;RBI=0.0673327;REFB=-0.000596607;REVB=0.042953;RO=30;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119298;STB=0.566622;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000373602;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:17:13:17:13:17:13:17:13 chr16 88786904 . G A 175.6 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0530283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7137;QD=11.9053;RBI=0.0669972;REFB=-0.0109064;REVB=0.0409466;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265868;STB=0.652439;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0299078;OID=.;OPOS=88786904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:12:10:26:11:12:10:26:11 chr16 88787704 . G C 548.24 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0116283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.323;QD=17.5436;RBI=0.0121889;REFB=-0.0209629;REVB=0.00365417;RO=67;SAF=29;SAR=29;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647816;STB=0.535988;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0242531;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:67:58:58:0.464:29:29:38:29:29:29:38:29 chr16 88792047 . A G 325.81 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0309817;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7862;QD=17.6115;RBI=0.0764723;REFB=-0.0317939;REVB=-0.0699153;RO=36;SAF=25;SAR=9;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379307;STB=0.714163;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0274751;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:36:39:34:35:0.472973:9:25:12:24:10:25:12:27 chr16 88792097 . A G 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0119063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.68;QD=19.9676;RBI=0.0123495;REFB=-0.0191608;REVB=0.00327883;RO=26;SAF=19;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263658;STB=0.646809;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00925198;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:10:19:9:17:10:19:9:17 chr16 88799116 . G A 448.04 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0441256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.747;QD=23.8955;RBI=0.0444632;REFB=-0.0258482;REVB=0.00546843;RO=31;SAF=10;SAR=33;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907903;STB=0.562013;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0146581;OID=.;OPOS=88799116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:31:32:43:43:0.573333:33:10:10:21:33:10:11:21 chr16 88803124 . T C 570.2 PASS AF=0.504274;AO=58;DP=116;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0135225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0937;QD=19.4942;RBI=0.0454096;REFB=-0.0108945;REVB=-0.0433495;RO=57;SAF=26;SAR=32;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122271;STB=0.565632;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0158027;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:57:58:58:59:0.504274:32:26:18:39:32:27:19:39 chr16 88803982 . C G 575.48 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2772;QD=60.577;RBI=0.0826799;REFB=0;REVB=0.0215821;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146164;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr16 88804734 . A G 212.29 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0137666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.238;QD=20.7112;RBI=0.0361288;REFB=-0.032616;REVB=-0.0334032;RO=20;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159903;STB=0.590461;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0307453;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:15:6:9:11:15:6:9:11 chr16 88804924 . TC T 112.57 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.146092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.6845;QD=11.546;RBI=0.148447;REFB=-0.000655511;REVB=0.0263357;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130549;STB=0.592725;STBP=0.34;TYPE=del;VARB=0.0169569;OID=.;OPOS=88804925;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:18:39:18:39:21:5:13:9:12:99:20:5:13:8:12 chr16 88805183 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0246285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1957;QD=11.0197;RBI=0.0406763;REFB=-0.0449813;REVB=-0.0323728;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46433;STB=0.788428;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0562126;OID=.;OPOS=88805183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:3:5:1:5:3:5 chr16 88808743 . A G 340.05 PASS AF=0.928571;AO=23;DP=27;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0426372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.068;QD=48.5786;RBI=0.0568462;REFB=0.0103466;REVB=0.0375973;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.505614;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0003853;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:28:1:2:23:26:0.928571:14:9:0:1:15:11:1:1 chr16 88809368 . G T 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0334614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.348;QD=12.4135;RBI=0.0336654;REFB=0.00641998;REVB=-0.00370044;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321361;STB=0.518503;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.0105026;OID=.;OPOS=88809368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:10:13:22:15:10:13:22:15 chr16 88809434 . A G 238.0 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.017108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.231;QD=11.6097;RBI=0.0928728;REFB=-0.0218576;REVB=-0.0912834;RO=53;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514253;STB=0.502972;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0647899;OID=.;OPOS=88809434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:16:13:24:29:16:13:24:29 chr16 88809480 . A G 190.11 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0164773;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0927;QD=11.1828;RBI=0.0473621;REFB=-0.0323036;REVB=-0.0444035;RO=43;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734947;STB=0.537324;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0397175;OID=.;OPOS=88809480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:43:44:24:24:0.352941:17:7:15:28:17:7:15:29 chr16 88809686 . T C 410.21 PASS AF=0.466667;AO=41;DP=89;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00181328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0284;QD=18.2314;RBI=0.103826;REFB=-0.0187812;REVB=-0.103811;RO=48;SAF=17;SAR=24;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632831;STB=0.527318;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.01897;OID=.;OPOS=88809686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:48:48:41:42:0.466667:24:17:23:25:24:18:23:25 chr16 88809773 . G C 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.605;QD=64.2849;RBI=0.0557324;REFB=0;REVB=0.0326293;RO=0;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15596e-05;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:61:39:0:0:61:39:0:0 chr16 88809893 . GG AC 303.51 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00240867;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=2;MLLD=289.692;QD=19.5813;RBI=0.00410391;REFB=-0.0119781;REVB=-0.00332271;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897984;STB=0.549867;STBP=0.453;TYPE=mnp;VARB=0.0114066;OID=.;OPOS=88809893;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:30:30:32:32:0.516129:15:17:19:11:15:17:19:11 chr16 88872145 . T C 1098.18 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1665;QD=60.1743;RBI=0.0242559;REFB=0;REVB=0.0236576;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193924;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:34:37:0:0:34:39:0:0 chr16 88872229 . A G 334.87 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0289709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.802;QD=14.4029;RBI=0.031507;REFB=-0.00245691;REVB=-0.0123846;RO=56;SAF=22;SAR=15;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582803;STB=0.503309;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00284552;OID=.;OPOS=88872229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:15:22:33:23:15:22:33:23 chr16 88872511 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.926;QD=57.1772;RBI=0.0348255;REFB=0;REVB=0.0287664;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309984;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr16 88874632 . C G 914.71 PASS AF=0.470588;AO=96;DP=205;FAO=96;FDP=204;FR=.;FRO=108;FSAF=30;FSAR=66;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=0.053509;FXX=0.0239223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1313;QD=17.9356;RBI=0.0535311;REFB=-0.00260411;REVB=0.00154011;RO=108;SAF=30;SAR=66;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129012;STB=0.57151;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0025887;OID=.;OPOS=88874632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:108:108:96:96:0.470588:66:30:47:61:66:30:47:61 chr16 88884466 . C T 150.06 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.11367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6971;QD=13.9589;RBI=0.11566;REFB=-0.021213;REVB=-0.0213625;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306575;STB=0.517787;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0563527;OID=.;OPOS=88884466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:13:13:8:9:13:13 chr16 88902183 . G A 425.34 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0402035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.031;QD=21.5362;RBI=0.0404179;REFB=-0.0284266;REVB=0.00415723;RO=37;SAF=22;SAR=20;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122934;STB=0.567795;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0230262;OID=.;OPOS=88902183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:20:22:14:23:20:22:14:23 chr16 88921634 . C G 182.31 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.00711514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.198;QD=11.5753;RBI=0.0164231;REFB=-0.0116867;REVB=-0.0148018;RO=40;SAF=9;SAR=14;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353854;STB=0.702613;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0213513;OID=.;OPOS=88921634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:14:9:29:11:14:9:29:11 chr16 89114235 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0549572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.803;QD=9.56964;RBI=0.0612851;REFB=-0.00542469;REVB=-0.0271212;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489546;STB=0.795235;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00905795;OID=.;OPOS=89114235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:4:11:2:6:4:11 chr16 89167094 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.698;QD=51.1839;RBI=0.0560349;REFB=0;REVB=-0.0410023;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74192e-05;OID=.;OPOS=89167094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr16 89167140 . G C 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8074;QD=57.6751;RBI=0.226592;REFB=0;REVB=0.21016;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437247;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chr16 89167395 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2461;QD=57.7119;RBI=0.113774;REFB=0;REVB=0.0362814;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116624;OID=.;OPOS=89167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr16 89167404 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000606287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.114;QD=57.2377;RBI=0.0131338;REFB=0;REVB=0.0131198;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74375e-05;OID=.;OPOS=89167404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr16 89167431 . G C 1028.52 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.329;QD=59.6242;RBI=0.0771904;REFB=0;REVB=0.0731751;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139544;OID=.;OPOS=89167431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:69:0:0:64:69:1:33:31:0:0:38:31:0:0 chr16 89167443 . T C 1145.11 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.467;QD=60.2692;RBI=0.07666;REFB=0;REVB=0.0731217;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22982e-05;OID=.;OPOS=89167443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:0:73:75:0.986842:38:35:0:0:40:35:0:0 chr16 89167458 . C A 1184.02 PASS AF=0.952381;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00631518;FXX=0.0454494;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.462;QD=56.382;RBI=0.00817126;REFB=-0.137992;REVB=-0.00518537;RO=2;SAF=38;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242644;STB=0.513108;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.000121934;OID=.;OPOS=89167458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:84:84:2:4:80:80:0.952381:42:38:2:0:42:38:3:1 chr16 89180883 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.864;QD=61.684;RBI=0.0324291;REFB=0;REVB=0.00521391;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129923;OID=.;OPOS=89180883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr16 89259993 . A G 440.53 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=-0.00297255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1165;QD=14.6843;RBI=0.0277831;REFB=0.00280841;REVB=-0.0276236;RO=69;SAF=29;SAR=21;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264555;STB=0.643548;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00540431;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:70:50:50:0.416667:21:29:22:47:21:29:23:47 chr16 89262431 . G A 272.66 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0150449;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.381;QD=17.3116;RBI=0.0195466;REFB=-0.0165016;REVB=-0.0124789;RO=33;SAF=3;SAR=27;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412442;STB=0.737507;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00803029;OID=.;OPOS=89262431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:33:30:30:0.47619:27:3:12:21:27:3:12:21 chr16 89264532 . T G 57.19 PASS AF=0.261905;AO=4;DP=32;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0117774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.849;QD=5.44711;RBI=0.0294241;REFB=-0.0271892;REVB=0.0269643;RO=26;SAF=4;SAR=0;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571421;STB=0.533274;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.085783;OID=.;OPOS=89264532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:32:42:26:31:4:11:0.261905:0:4:17:9:4:7:21:10 chr16 89265466 . A G 179.5 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00885584;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7006;QD=18.8949;RBI=0.054202;REFB=-0.0743251;REVB=-0.0534736;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11014;STB=0.529376;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0536859;OID=.;OPOS=89265466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:19:16:16:0.421053:12:4:3:15:12:4:4:15 chr16 89291210 . G GGTGA 771.55 PASS AF=0.920635;AO=55;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0293979;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=325.039;QD=48.9874;RBI=0.0298531;REFB=-0.0573983;REVB=0.00519363;RO=5;SAF=23;SAR=32;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06077;STB=0.531239;STBP=0.096;TYPE=ins;VARB=0.00289144;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.920635:55:63:58:63:5:24:34:4:1:21:5:23:32:4:1 chr16 89291951 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.618;QD=59.0187;RBI=0.00835403;REFB=0;REVB=-0.00710862;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2006e-06;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr16 89293271 . A C 354.22 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00675861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.124;QD=13.8912;RBI=0.00679143;REFB=-0.0141995;REVB=0.000666919;RO=61;SAF=21;SAR=20;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090673;STB=0.551288;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0226845;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:20:21:26:35:20:21:26:35 chr16 89293614 . A G 742.79 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.017454;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.984;QD=53.0566;RBI=0.0176759;REFB=-0.119853;REVB=0.00279218;RO=2;SAF=17;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143499;STB=0.507619;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=6.7272e-06;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:37:17:1:1:37:17:1:1 chr16 89294184 . G A 766.25 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.317;QD=63.854;RBI=0.0462481;REFB=0;REVB=0.00543471;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191399;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr16 89294381 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000510359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.129;QD=49.599;RBI=0.0245359;REFB=0;REVB=0.0245306;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820313;OID=.;OPOS=89294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr16 89294511 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.919;QD=47.8224;RBI=0.0220151;REFB=0;REVB=0.00304247;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160898;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr16 89294595 . C T 195.88 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0169909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.09;QD=25.2745;RBI=0.0465825;REFB=-0.0142366;REVB=0.0433733;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157791;STB=0.58754;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00563579;OID=.;OPOS=89294595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:9:10:9:3:9:10:9:3 chr16 89294697 . C T 604.98 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0644947;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0829;QD=59.0226;RBI=0.0834566;REFB=-0.00560268;REVB=0.0529664;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00108201;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:0:1:40:40:0.97561:15:25:0:0:15:25:0:1 chr16 89299200 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.371;QD=49.5992;RBI=0.0253347;REFB=0;REVB=0.0186435;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381124;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr16 89299227 . C T 289.17 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1672;QD=52.5769;RBI=0.0586136;REFB=0;REVB=0.0318246;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114475;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr16 89299280 . T A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.233;QD=52.6106;RBI=0.101367;REFB=0;REVB=0.0570841;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191648;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr16 89299383 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6956;QD=33.4285;RBI=0.127161;REFB=0;REVB=-0.0300388;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00844931;OID=.;OPOS=89299383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr16 89300015 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0676215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0498;QD=30.7902;RBI=0.0755667;REFB=0.0871493;REVB=-0.0337292;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00775688;OID=.;OPOS=89300015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chr16 89300147 . A G 95.31 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.069549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5041;QD=34.6583;RBI=0.12212;REFB=0.150681;REVB=0.100381;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526894;STB=0.529355;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00721697;OID=.;OPOS=89300147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:2:8:1:0:2:8:1:0 chr16 89345122 . G A 56.82 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0203155;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.577;QD=11.9614;RBI=0.0287301;REFB=-0.0194999;REVB=0.020315;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795566;STB=0.547823;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0213472;OID=.;OPOS=89345122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:5:6:5:3:5:6 chr16 89345408 . G A 437.1 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0549876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2884;QD=26.8985;RBI=0.0643795;REFB=-0.0201521;REVB=0.0334827;RO=22;SAF=13;SAR=28;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661881;STB=0.557647;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0166674;OID=.;OPOS=89345408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:24:41:41:0.630769:28:13:9:13:28:13:11:13 chr16 89346774 . G T 52.93 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.02231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.631;QD=21.173;RBI=0.0431443;REFB=-0.0614166;REVB=0.0369282;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0270963;OID=.;OPOS=89346774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:2:3:7:7:0.7:4:3:2:0:4:3:2:1 chr16 89348038 . G C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0102838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.57;QD=11.8306;RBI=0.010655;REFB=-0.0087732;REVB=-0.00278792;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219335;STB=0.629404;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0135704;OID=.;OPOS=89348038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:12:6:6:5:12:6 chr16 89350038 . G A 243.58 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0294437;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.947;QD=22.1434;RBI=0.0789252;REFB=-0.0519265;REVB=0.0732274;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116308;STB=0.565161;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0175346;OID=.;OPOS=89350038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:9:12:10:13:9:12 chr16 89350178 . G A 153.6 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0124104;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.316;QD=10.4133;RBI=0.0127867;REFB=-0.0105239;REVB=-0.00307935;RO=38;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00297343;STB=0.507685;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0171338;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:39:20:20:0.338983:11:9:17:21:11:9:18:21 chr16 89390650 . G A 145.44 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0189883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.782;QD=16.6211;RBI=0.0351895;REFB=0.000650899;REVB=-0.0296268;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211742;STB=0.514268;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00209485;OID=.;OPOS=89390650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:18:19:15:16:0.457143:8:7:8:10:8:8:9:10 chr16 89590168 . T C,TATCTC 1212.89 PASS AF=0.0674157,0.876404;AO=6,78;DP=90;FAO=6,78;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=2,32;FSAR=4,46;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00737802,-0.0152176;FXX=0.0111099;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=90.8915,273.584;QD=54.5119;RBI=0.0174243,0.0167556;REFB=-0.00216589,-0.0254146;REVB=-0.0157852,-0.00701249;RO=5;SAF=2,32;SAR=4,46;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0553146,0.00120632;STB=0.53322,0.500638;STBP=0.914,0.991;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0013034,0.00526917;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:90:89:5:5:6,78:6,78:0.0674157,0.876404:4,46:2,32:2:3:4,46:2,32:2:3 chr16 89590243 . G A 1337.21 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00979106;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.955;QD=60.7822;RBI=0.0107243;REFB=-0.0678654;REVB=-0.00437553;RO=0;SAF=28;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000208697;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:88:0:1:86:87:0.988636:58:28:0:0:58:29:0:1 chr16 89652181 . T C 39.64 PASS AF=0.118421;AO=7;DP=75;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0121503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.915;QD=2.08618;RBI=0.0249085;REFB=-0.0143278;REVB=0.021744;RO=65;SAF=5;SAR=2;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207778;STB=0.617913;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0775157;OID=.;OPOS=89652181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:75:76:65:67:7:9:0.118421:2:5:35:30:3:6:36:31 chr16 89652183 . A G 38.11 PASS AF=0.12;AO=8;DP=74;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0224079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.642;QD=2.03228;RBI=0.0235103;REFB=-0.00848837;REVB=-0.00711471;RO=66;SAF=5;SAR=3;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112794;STB=0.623572;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0834502;OID=.;OPOS=89652183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:74:75:66:66:8:9:0.12:3:5:35:31:3:6:35:31 chr16 89652191 . C T 45.59 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0129478;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.292;QD=2.72198;RBI=0.0204711;REFB=-0.00929806;REVB=0.0158562;RO=57;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357074;STB=0.533259;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.056636;OID=.;OPOS=89652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:67:57:58:9:9:0.134328:4:5:30:27:4:5:30:28 chr16 89662990 . T C 740.24 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4304;QD=56.9412;RBI=0.0681057;REFB=0;REVB=-0.0646029;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000836488;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr16 89704365 . G C 167.78 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00909401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.864;QD=15.6075;RBI=0.0135291;REFB=-0.0171278;REVB=0.0100168;RO=25;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976554;STB=0.55651;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0291666;OID=.;OPOS=89704365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:5:13:16:9:5:13:16:9 chr16 89712374 . A C 36.63 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0715707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.922;QD=7.32523;RBI=0.0801813;REFB=-0.0450663;REVB=-0.0361481;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414775;STB=0.549835;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.101111;OID=.;OPOS=89712374;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:13:14:6:6:0.3:3:3:6:7:3:3:6:8 chr16 89712380 . G A 32.64 PASS AF=0.294118;AO=5;DP=19;FAO=5;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0164426;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.233;QD=7.68027;RBI=0.0172691;REFB=-0.0151694;REVB=0.00527877;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369772;STB=0.512146;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0377509;OID=.;OPOS=89712380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:19:17:6:12:5:5:0.294118:3:2:5:1:3:2:5:7 chr16 89713563 . C G 231.62 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0492897;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.549;QD=12.1904;RBI=0.0591943;REFB=-0.0305734;REVB=-0.0327795;RO=48;SAF=11;SAR=17;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272403;STB=0.656142;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0325497;OID=.;OPOS=89713563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:48:48:28:28:0.368421:17:11:31:17:17:11:31:17 chr16 89760652 . C T 500.69 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0151704;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.619;QD=24.1297;RBI=0.0165575;REFB=-0.0239639;REVB=-0.00663406;RO=36;SAF=25;SAR=22;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187901;STB=0.510305;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0203379;OID=.;OPOS=89760652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:36:36:47:47:0.566265:22:25:20:16:22:25:20:16 chr16 89760712 . G A 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0416483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.508;QD=18.7767;RBI=0.0457022;REFB=-0.0103604;REVB=0.018818;RO=26;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143593;STB=0.580682;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0112114;OID=.;OPOS=89760712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:9:17:13:13:9:17:13:13 chr16 89763214 . T C 209.14 PASS AF=0.317073;AO=25;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0110029;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.551;QD=10.2021;RBI=0.0138404;REFB=-0.011731;REVB=0.00839597;RO=54;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242061;STB=0.660431;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0155224;OID=.;OPOS=89763214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:56:25:26:0.317073:10:15:21:33:10:16:21:35 chr16 89764549 . G A 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0158948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.294;QD=5.53996;RBI=0.0205595;REFB=-0.00958266;REVB=-0.0130403;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232212;STB=0.661857;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0263567;OID=.;OPOS=89764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:37:28:29:8:8:0.216216:5:3:16:12:5:3:17:12 chr16 89777761 . C T 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00912497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.27;QD=23.4119;RBI=0.0142196;REFB=-0.0356982;REVB=0.0109055;RO=25;SAF=10;SAR=25;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283364;STB=0.656472;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0205206;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:25:10:16:9:25:10:16:9 chr16 89782989 . A G 741.58 PASS AF=0.979592;AO=44;DP=47;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0249585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9836;QD=60.537;RBI=0.0999699;REFB=-0.00369338;REVB=0.0968042;RO=1;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164853;STB=0.507689;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0021047;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:49:1:1:44:48:0.979592:28:16:0:1:32:16:0:1 chr16 89783187 . C T 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0570899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1754;QD=62.3463;RBI=0.0610762;REFB=0;REVB=0.0217035;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359912;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr16 89784365 . C G 33.42 PASS AF=0.714286;AO=3;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.282;QD=19.096;RBI=0.0995167;REFB=-0.180269;REVB=0.0995167;RO=2;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0276077;OID=.;OPOS=89784365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:7:2:2:3:5:0.714286:3:0:0:2:5:0:0:2 chr16 89789898 . T C,G 1797.03 PASS AF=0.92562,0.0743802;AO=110,8;DP=120;FAO=112,9;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57,8;FSAR=55,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250429,0.00621731;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.288,152.665;QD=59.4058;RBI=0.0328795,0.0236088;REFB=0,0;REVB=0.0213053,0.0227754;RO=0;SAF=57,8;SAR=53,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00172104,0.133918;OID=.,.;OPOS=89789898,89789898;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:120:121:0:0:110,8:112,9:0.92562,0.0743802:53,0:57,8:0:0:55,1:57,8:0:0 chr16 89806347 . A T 1062.47 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.494;QD=59.8576;RBI=0.0409701;REFB=0;REVB=0.024972;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58408e-05;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:31:39:0:0:31:40:0:0 chr16 89836323 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.694;QD=59.8393;RBI=0.0555194;REFB=0;REVB=0.0526613;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278859;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr16 89845194 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.969;QD=57.3857;RBI=0.0419051;REFB=0;REVB=-0.0115965;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09025e-05;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr16 89849480 . C T 532.93 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00443996;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2082;QD=53.293;RBI=0.0114176;REFB=-0.0339896;REVB=0.010519;RO=2;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718399;STB=0.555525;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000978955;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:2:3:37:37:0.925:12:25:0:2:12:25:0:3 chr16 89866043 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.827;QD=62.0205;RBI=0.0492981;REFB=0;REVB=0.0426726;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263271;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr16 89950982 . A G 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0339113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.877;QD=17.6622;RBI=0.0340358;REFB=-0.00206011;REVB=-0.00290889;RO=47;SAF=18;SAR=22;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140042;STB=0.578247;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00172655;OID=.;OPOS=89950982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:22:18:28:19:22:18:28:19 chr16 89986154 . G A 438.15 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8036;QD=54.7688;RBI=0.144995;REFB=0;REVB=0.118696;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00387935;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:15:14:0:0:15:17:0:0 chr16 90032296 . T G 151.14 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0215823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.833;QD=20.1521;RBI=0.0685498;REFB=-0.00779394;REVB=0.0650637;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117832;STB=0.566585;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0074693;OID=.;OPOS=90032296;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:9:5:8:8:9:5 chr16 90032555 . C T 172.51 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0795313;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.299;QD=20.9102;RBI=0.0838545;REFB=-0.0319122;REVB=-0.0265773;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192046;STB=0.593102;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0372022;OID=.;OPOS=90032555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:13:14:16:16:0.484848:10:6:8:5:10:6:8:6 chr16 90032557 . G T 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0262197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.041;QD=18.9984;RBI=0.041028;REFB=-0.0193809;REVB=0.0315567;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104463;STB=0.55937;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00457644;OID=.;OPOS=90032557;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:9:8:10:7:9:8 chr16 90037828 . G A 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.010175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.501;QD=28.8521;RBI=0.0116577;REFB=0.0124112;REVB=-0.00568962;RO=16;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209506;STB=0.511537;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00913429;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:11:16:9:7:11:16:9:7 chr16 90038786 . C A 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00012154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.536;QD=63.4765;RBI=0.0121354;REFB=0;REVB=0.0121348;RO=0;SAF=27;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61512e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:67:27:0:0:67:27:0:0 chr16 90095561 . C T 152.25 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0168089;FXX=0.121921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.48;QD=16.9171;RBI=0.0340204;REFB=-0.0162026;REVB=0.0295778;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192059;STB=0.610967;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00942932;OID=.;OPOS=90095561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:36:20:20:16:16:0.444444:11:5:10:10:11:5:10:10 chr16 90096003 . C G 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=36;FWDB=-0.0244177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4721;QD=14.8957;RBI=0.0258171;REFB=-0.00949887;REVB=-0.00838454;RO=43;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272636;STB=0.656165;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0161318;OID=.;OPOS=90096003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:18:14:8:35:18:14:8:36 chr16 90096067 . G A 483.55 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=43;FWDB=0.013878;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.092;QD=20.5765;RBI=0.0379791;REFB=-0.0158159;REVB=0.0353527;RO=47;SAF=15;SAR=32;SRF=4;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273961;STB=0.649111;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00912166;OID=.;OPOS=90096067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:32:15:4:43:32:15:4:43 chr16 90102835 . A G 544.9 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0140726;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.596;QD=21.1611;RBI=0.0148046;REFB=-0.0141698;REVB=-0.00459782;RO=47;SAF=28;SAR=27;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141346;STB=0.572007;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0126719;OID=.;OPOS=90102835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:47:48:55:55:0.533981:27:28:16:31:27:28:17:31 chr16 90103087 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0168538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.033;QD=17.1565;RBI=0.0199587;REFB=-0.0211467;REVB=-0.0106911;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283926;STB=0.664025;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0294023;OID=.;OPOS=90103087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:13:4:10:10:13:4:10:10 chr16 90103117 . G A 222.95 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0195816;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.729;QD=17.4859;RBI=0.0273167;REFB=-0.0238179;REVB=-0.0190464;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132254;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157078;OID=.;OPOS=90103117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:27:24:24:0.470588:16:8:9:17:16:8:9:18 chr16 90109711 . A G 392.94 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5604;QD=56.1336;RBI=0.12553;REFB=0;REVB=-0.122783;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0034794;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr16 90110027 . G A 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0108076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.522;QD=15.6993;RBI=0.0169681;REFB=-0.0296358;REVB=-0.013081;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271683;STB=0.657897;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0345069;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:11:4:10:9:11:4:10:9 chr16 90110284 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00988583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.208;QD=18.8208;RBI=0.0124002;REFB=-0.0196128;REVB=-0.00748565;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670073;STB=0.538397;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00973188;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:5:5:7:5:5:5 chr16 90110289 . C A 103.64 PASS AF=0.6;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00504115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.105;QD=20.7283;RBI=0.00817385;REFB=-0.0322082;REVB=0.00643418;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188919;STB=0.533841;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0334285;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:19:20:5:8:11:12:0.6:6:5:4:1:7:5:4:4 chr16 90130136 . C T 429.2 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00618034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.62;QD=25.2472;RBI=0.0249253;REFB=-0.00551662;REVB=-0.0241469;RO=27;SAF=27;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135703;STB=0.574431;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0035028;OID=.;OPOS=90130136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:14:27:13:14:14:27:13:14 chr16 90160238 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00353095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.682;QD=12.1823;RBI=0.0667636;REFB=-0.00144968;REVB=0.0666701;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967205;STB=0.558016;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00241264;OID=.;OPOS=90160238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:2:8:11:4:2:8:11:4 chr16 90160246 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0068945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.204;QD=9.91657;RBI=0.0832728;REFB=-0.016007;REVB=-0.0829869;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34364;STB=0.705323;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.018502;OID=.;OPOS=90160246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:1:8:11:5:1:8:12:5 chr16 90160793 . G C 101.53 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0668398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2924;QD=16.9223;RBI=0.0768913;REFB=0.0159317;REVB=0.0380095;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181486;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.016991;OID=.;OPOS=90160793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:5:7:4:7:5:7:5:7 chr16 90160953 . T C 52.42 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0271878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.434;QD=8.73686;RBI=0.0363453;REFB=-0.00864891;REVB=0.0241206;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275858;STB=0.761037;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0169258;OID=.;OPOS=90160953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:24:14:16:6:7:0.291667:5:1:5:9:6:1:7:9 chr16 90161034 . C A 166.24 PASS AF=0.381818;AO=18;DP=52;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00717202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.466;QD=12.0899;RBI=0.0305271;REFB=-0.0136908;REVB=0.0296727;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151123;STB=0.604715;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.029354;OID=.;OPOS=90161034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:33:34:18:21:0.381818:9:9:21:12:11:10:22:12 chr16 90161065 . A T 283.01 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0292866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.853;QD=14.8955;RBI=0.0548639;REFB=-0.0265233;REVB=-0.0463934;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150306;STB=0.557592;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0296277;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:41:44:32:32:0.421053:14:18:29:12:14:18:29:15 chr16 90161231 . T C 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0787331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2255;QD=6.02672;RBI=0.0871231;REFB=-0.0061708;REVB=-0.0373032;RO=31;SAF=1;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602994;STB=0.888025;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.012053;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:8:1:19:12:8:1:19:12 chr16 90232893 . C A 206.91 PASS AF=0.45098;AO=20;DP=48;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.176006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.6948;QD=16.2279;RBI=0.206232;REFB=-0.0415323;REVB=0.107488;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850414;STB=0.540949;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0594977;OID=.;OPOS=90232893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:28:28:20:23:0.45098:8:12:19:9:9:14:19:9 chr17 6115 . G C 414.35 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0157118;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.602;QD=19.0507;RBI=0.0169654;REFB=-0.0141434;REVB=0.0064004;RO=45;SAF=23;SAR=19;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197279;STB=0.609468;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0177757;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:45:45:42:42:0.482759:19:23:15:30:19:23:15:30 chr17 6157 . A G 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0145021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.108;QD=18.0094;RBI=0.0168324;REFB=-0.0222757;REVB=-0.00854503;RO=38;SAF=19;SAR=16;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233578;STB=0.629844;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0254258;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:16:19:11:27:16:19:11:27 chr17 181474 . T C 1989.66 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.262;QD=62.1768;RBI=0.0379198;REFB=0;REVB=0.0182827;RO=0;SAF=73;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81548e-05;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:55:73:0:0:55:73:0:0 chr17 181619 . G A 882.74 PASS AF=0.604651;AO=78;DP=137;FAO=78;FDP=129;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0271103;FXX=0.0652127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.218;QD=27.3717;RBI=0.0272478;REFB=-0.0155504;REVB=0.00273389;RO=49;SAF=37;SAR=41;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083447;STB=0.552613;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0097113;OID=.;OPOS=181619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:129:49:51:78:78:0.604651:41:37:29:20:41:37:31:20 chr17 424920 . G A 684.65 PASS AF=0.674419;AO=57;DP=86;FAO=58;FDP=86;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.000722611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6341;QD=31.844;RBI=0.0421692;REFB=-0.0247985;REVB=0.042163;RO=28;SAF=24;SAR=33;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629535;STB=0.531318;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0143404;OID=.;OPOS=424920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:28:28:57:58:0.674419:33:24:9:19:34:24:9:19 chr17 526907 . G T 232.03 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0139082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.845;QD=14.7322;RBI=0.0216824;REFB=-0.00261597;REVB=-0.016634;RO=36;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716174;STB=0.540511;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00359572;OID=.;OPOS=526907;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:17:10:11:25:17:10:11:25 chr17 636320 . T TCTC 126.61 PASS AF=0.365854;AO=13;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0274205;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=211.122;QD=12.352;RBI=0.0350947;REFB=-0.0292578;REVB=0.0219032;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371796;STB=0.634439;STBP=0.211;TYPE=ins;VARB=0.0611725;OID=.;OPOS=636321;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365854:13:42:15:41:26:6:9:16:10:99:28:4:9:18:10 chr17 644986 . A C 295.81 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0125457;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.17;QD=15.1696;RBI=0.0177564;REFB=-0.00859072;REVB=0.0125656;RO=43;SAF=10;SAR=23;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264035;STB=0.505491;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0144482;OID=.;OPOS=644986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:43:45:33:33:0.423077:23:10:14:29:23:10:14:31 chr17 648157 . G A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00362067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.868;QD=15.166;RBI=0.114719;REFB=-0.00447821;REVB=0.114661;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507199;STB=0.529372;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00704072;OID=.;OPOS=648157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:9:11:9:6:9:11 chr17 648186 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0161305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.34;QD=21.0646;RBI=0.050889;REFB=-0.0167913;REVB=0.0482648;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117379;STB=0.565641;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.010545;OID=.;OPOS=648186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:7:17:14:10:7:17 chr17 648498 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.542;QD=59.4344;RBI=0.0387431;REFB=0;REVB=-0.0341441;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124164;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr17 649505 . T A 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00398932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.038;QD=23.1632;RBI=0.0120878;REFB=-0.00136885;REVB=-0.0114105;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165116;STB=0.591768;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.000753335;OID=.;OPOS=649505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:13:13:7:16:13:13:7:16 chr17 649547 . G C 131.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0589547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.8507;QD=13.4394;RBI=0.101777;REFB=-0.0486217;REVB=0.0829638;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418577;STB=0.741641;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0714989;OID=.;OPOS=649547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:6:18:5:10:6:18 chr17 649935 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.001;QD=53.2761;RBI=0.0178484;REFB=0;REVB=-0.0147892;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.15043e-05;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr17 663489 . G T 287.87 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00912557;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.805;QD=20.2011;RBI=0.0156126;REFB=-0.00650293;REVB=0.012668;RO=26;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178803;STB=0.608468;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00515263;OID=.;OPOS=663489;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:26:27:30:30:0.526316:19:11:15:11:19:11:16:11 chr17 685752 . G A 230.74 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0235484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4772;QD=17.7489;RBI=0.0926067;REFB=0.0145292;REVB=0.0895627;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768025;STB=0.543272;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0127844;OID=.;OPOS=685752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:14:13:10:15:14:13 chr17 704017 . A G 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4812;QD=59.8332;RBI=0.0425095;REFB=0;REVB=-0.0161167;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000928027;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr17 800106 . C T 57.33 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0531311;FXX=0.0454339;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.794;QD=10.9194;RBI=0.0536321;REFB=-0.000167413;REVB=-0.00731363;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411416;STB=0.740393;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00131795;OID=.;OPOS=800106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:12:13:8:8:0.380952:7:1:0:12:7:1:0:13 chr17 908529 . A G 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0266502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.228;QD=16.8823;RBI=0.032373;REFB=-0.0446726;REVB=0.0183787;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202191;STB=0.511612;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0467972;OID=.;OPOS=908529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:6:11:10:5:6:11 chr17 915333 . G C 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0493228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6868;QD=16.8214;RBI=0.0522713;REFB=-0.015637;REVB=-0.0173078;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31972;STB=0.666109;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00617631;OID=.;OPOS=915333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:4:5:7:7:0.583333:6:1:2:2:6:1:2:3 chr17 925764 . A G 1734.5 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00573651;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.704;QD=60.8595;RBI=0.0133205;REFB=0;REVB=-0.0120219;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.83995e-05;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:64:50:0:0:64:50:0:0 chr17 970413 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.149;QD=47.821;RBI=0.0601789;REFB=0;REVB=0.0583652;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319706;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr17 1183354 . T C 501.47 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5843;QD=58.9961;RBI=0.0233844;REFB=0;REVB=-0.0206875;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000512769;OID=.;OPOS=1183354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr17 1183464 . A G 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.411;QD=59.6783;RBI=0.0287772;REFB=0;REVB=-0.0264359;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34157e-05;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr17 1201721 . C T 257.24 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292863;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.535;QD=48.9989;RBI=0.0631947;REFB=0;REVB=0.0559989;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300988;OID=.;OPOS=1201721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:1:0:20:21:1:9:11:0:1:10:11:0:0 chr17 1209700 . A G 66.53 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153484;FXX=0.124844;HRUN=13;LEN=1;MLLD=209.749;QD=38.0149;RBI=0.0369436;REFB=0;REVB=-0.0336044;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146337;OID=.;OPOS=1209700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:8:7:1:2:6:0:0:1:6:0:0 chr17 1209747 . A G 135.07 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679972;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.97;QD=45.0228;RBI=0.0139827;REFB=0;REVB=0.012218;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116223;OID=.;OPOS=1209747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr17 1371123 . T C 85.21 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00734644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4192;QD=11.361;RBI=0.0241849;REFB=-0.00171783;REVB=0.0230421;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118643;STB=0.571292;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00634835;OID=.;OPOS=1371123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:3:8:12:7:3:8:12:7 chr17 1384066 . A G 800.55 PASS AF=1;AO=44;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.235;QD=56.179;RBI=0.0533318;REFB=0;REVB=-0.0458533;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656001;OID=.;OPOS=1384066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:44:57:1:17:27:0:0:27:30:0:0 chr17 1384067 . C G 43.86 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0353232;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=87.3187;QD=3.0245;RBI=0.0500657;REFB=-0.0178838;REVB=-0.0354802;RO=50;SAF=2;SAR=6;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389128;STB=0.774339;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0184999;OID=.;OPOS=1384067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:6:2:29:21:6:2:29:21 chr17 1387484 . G A 530.2 PASS AF=0.590361;AO=48;DP=82;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0261895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.319;QD=25.5516;RBI=0.027718;REFB=-0.018308;REVB=-0.00907718;RO=30;SAF=21;SAR=27;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208335;STB=0.507039;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.015874;OID=.;OPOS=1387484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:30:34:48:49:0.590361:27:21:14:16:28:21:14:20 chr17 1388272 . A AC,ACG 61.17 PASS AF=0.202899,0;AO=11,9;DP=82;FAO=14,0;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=10,0;FSAR=4,0;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0420967,-0.0352087;FXX=0.11537;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=112.666,118.856;QD=3.54631;RBI=0.0460411,0.0402923;REFB=-0.00389318,-0.00547795;REVB=-0.0186453,-0.0195911;RO=60;SAF=8,9;SAR=3,0;SRF=40;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0882176,0.616512;STB=0.522355,0.5;STBP=0.876,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.158374,0;OID=.,.;OPOS=1388273,1388273;OREF=-,-;OALT=C,CG;OMAPALT=AC,ACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202899,0:11,9:82:14,0:69:55:10,0:4,0:38:17:62:60:8,9:3,0:40:20 chr17 1424948 . A G 251.69 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00664374;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=260.521;QD=12.4291;RBI=0.0101689;REFB=-0.00380275;REVB=-0.00769857;RO=51;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686428;STB=0.539348;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00622029;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:17:13:19:32:17:13:19:32 chr17 1489088 . C G 1062.34 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.417;QD=59.85;RBI=0.02892;REFB=0;REVB=-0.0138263;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07033e-05;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr17 1489215 . G A 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0311237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.123;QD=21.3986;RBI=0.0418923;REFB=-0.0178088;REVB=0.0280408;RO=28;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732215;STB=0.540516;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0135417;OID=.;OPOS=1489215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:20:14:14:14:20:14:14:14 chr17 1516480 . T C 1194.77 PASS AF=0.97561;AO=76;DP=78;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0954028;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.443;QD=58.2815;RBI=0.0954711;REFB=-0.03375;REVB=0.00360895;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510636;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000564725;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:82:0:2:76:80:0.97561:45:31:0:0:46:34:0:2 chr17 1538546 . C T 2205.59 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0216522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.809;QD=61.6948;RBI=0.0405692;REFB=-0.0862846;REVB=0.034308;RO=1;SAF=60;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785879;STB=0.508196;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00206698;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:143:143:1:2:141:141:0.986014:81:60:1:0:81:60:2:0 chr17 1538628 . C G 1608.13 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0347633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.997;QD=59.0141;RBI=0.0418982;REFB=0.0129426;REVB=-0.0233875;RO=1;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797772;STB=0.504201;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000403519;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:59:49:0:1:59:49:0:1 chr17 1542153 . G A 573.04 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0309578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.253;QD=55.906;RBI=0.0485755;REFB=-0.0311872;REVB=0.0374325;RO=2;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353302;STB=0.501886;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00577604;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:18:21:1:1:18:21:1:1 chr17 1542190 . G A 684.07 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.573;QD=62.1885;RBI=0.0275185;REFB=0;REVB=0.0226067;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235509;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:41:44:1:21:20:0:0:21:23:0:0 chr17 1630208 . C T 319.83 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0170208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.139;QD=18.541;RBI=0.0175773;REFB=-0.00729815;REVB=-0.00438779;RO=34;SAF=23;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16827;STB=0.602467;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0115474;OID=.;OPOS=1630208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:34:34:0.492754:11:23:17:17:11:23:17:18 chr17 1630395 . T C 289.74 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.014135;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1214;QD=22.725;RBI=0.0174997;REFB=-0.0277891;REVB=-0.0103171;RO=22;SAF=10;SAR=19;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542831;STB=0.530082;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0348872;OID=.;OPOS=1630395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:22:22:29:29:0.568627:19:10:9:13:19:10:9:13 chr17 1630584 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.000929281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.783;QD=20.3166;RBI=0.0068741;REFB=-0.0249245;REVB=-0.006811;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117232;STB=0.566301;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0199008;OID=.;OPOS=1630584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:9:9:12:7:9:9 chr17 1636934 . A G 277.42 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=108;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0383592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.493;QD=10.2748;RBI=0.0456419;REFB=-0.0165433;REVB=-0.0247337;RO=72;SAF=21;SAR=15;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159371;STB=0.592257;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0519455;OID=.;OPOS=1636934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:72:72:36:36:0.333333:15:21:32:40:15:21:32:40 chr17 1637074 . A G 1177.6 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381207;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9226;QD=61.1741;RBI=0.0760606;REFB=0;REVB=-0.0658182;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000392921;OID=.;OPOS=1637074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr17 1637302 . A G 1556.95 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5101;QD=62.9071;RBI=0.0265345;REFB=-0.0928718;REVB=-0.0060884;RO=1;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093921;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771688;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:99:99:1:0:98:99:1:50:48:0:1:51:48:0:0 chr17 1639458 . A G 496.47 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0054268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.558;QD=26.4786;RBI=0.0107933;REFB=-0.00246112;REVB=-0.00932982;RO=29;SAF=13;SAR=33;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108323;STB=0.559295;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00239499;OID=.;OPOS=1639458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:29:46:46:0.613333:33:13:12:17:33:13:12:17 chr17 1655924 . T G 430.1 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0302673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8571;QD=15.9297;RBI=0.0324511;REFB=0.00757125;REVB=0.0117033;RO=60;SAF=22;SAR=26;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908817;STB=0.550826;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00915535;OID=.;OPOS=1655924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:26:22:33:27:26:22:33:27 chr17 1673276 . C T 1199.76 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0170932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.225;QD=58.5249;RBI=0.0856813;REFB=-0.121169;REVB=0.0839589;RO=2;SAF=18;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015269;STB=0.507935;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00347845;OID=.;OPOS=1673276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:82:2:2:79:80:0.97561:61:18:0:2:62:18:0:2 chr17 1680002 . T C 463.41 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0222749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.036;QD=52.9615;RBI=0.037526;REFB=0.028112;REVB=-0.0301998;RO=2;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424416;STB=0.522714;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00097486;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:21:12:0:2:21:12:0:2 chr17 1686410 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.02;QD=62.6695;RBI=0.0386994;REFB=0;REVB=0.0147627;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.48336e-05;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr17 1704296 . C A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0214881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2377;QD=13.5762;RBI=0.0214966;REFB=-0.0194181;REVB=-0.000605982;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385393;STB=0.522578;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0258745;OID=.;OPOS=1704296;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:8:11:8:5:8:11 chr17 1731268 . T C 562.08 PASS AF=0.649351;AO=50;DP=77;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00557594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.904;QD=29.1991;RBI=0.00943284;REFB=-0.031141;REVB=0.00760838;RO=27;SAF=17;SAR=33;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593904;STB=0.532179;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.018892;OID=.;OPOS=1731268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:27:27:50:50:0.649351:33:17:7:20:33:17:7:20 chr17 1782957 . C T 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0180001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.395;QD=7.52765;RBI=0.0211351;REFB=-0.00656051;REVB=-0.0110766;RO=42;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200758;STB=0.62697;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0180579;OID=.;OPOS=1782957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:43:16:16:0.271186:8:8:14:28:8:8:14:29 chr17 1795180 . T C 429.36 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0345918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.805;QD=19.7409;RBI=0.0442847;REFB=-0.0213744;REVB=0.0276504;RO=44;SAF=18;SAR=24;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835948;STB=0.540883;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0218232;OID=.;OPOS=1795180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:42:43:0.494253:24:18:15:29:25:18:15:29 chr17 1801065 . G C 471.48 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0166591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.028;QD=23.5738;RBI=0.0248407;REFB=-0.0248218;REVB=-0.0184264;RO=35;SAF=22;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202247;STB=0.511106;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0183114;OID=.;OPOS=1801065;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:23:22:18:17:23:22:18:17 chr17 1838107 . G A 140.52 PASS AF=0.306452;AO=18;DP=63;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00140386;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.929;QD=9.066;RBI=0.0171702;REFB=-0.0202903;REVB=-0.0171127;RO=39;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320181;STB=0.669922;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0355669;OID=.;OPOS=1838107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:39:43:18:19:0.306452:6:12:15:24:6:13:19:24 chr17 1839674 . G C 554.8 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0235722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.582;QD=24.9347;RBI=0.0245622;REFB=0.0257802;REVB=-0.00690326;RO=38;SAF=15;SAR=36;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201473;STB=0.511037;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0196256;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:51:51:0.573034:36:15:12:26:36:15:12:26 chr17 1840357 . G A 194.04 PASS AF=0.375;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.00128482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.221;QD=12.1278;RBI=0.021249;REFB=-0.0100048;REVB=-0.0212101;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237834;STB=0.640517;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0256504;OID=.;OPOS=1840357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:40:23:24:0.375:12:11:10:28:12:12:11:29 chr17 1840468 . C T 630.15 PASS AF=0.408046;AO=71;DP=175;FAO=71;FDP=174;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.00919101;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.25;QD=14.4862;RBI=0.00981447;REFB=-0.0183087;REVB=0.00344226;RO=102;SAF=37;SAR=34;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736048;STB=0.544017;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0238219;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:102:103:71:71:0.408046:34:37:46:56:34:37:46:57 chr17 1943888 . T C 502.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.613;QD=59.0923;RBI=0.0595619;REFB=0;REVB=0.0528903;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10998e-05;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:26:7:0:0:27:7:0:0 chr17 1962394 . C T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0224056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.7709;QD=15.7815;RBI=0.03277;REFB=-0.00998227;REVB=-0.0239136;RO=29;SAF=19;SAR=4;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195841;STB=0.612794;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00920524;OID=.;OPOS=1962394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:4:19:20:9:4:19:20:9 chr17 1962576 . AGGGGA AGGG,AGGGA,AGGGG 66.1 PASS AF=0,0.611111,0;AO=2,5,2;DP=16;FAO=0,11,0;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=0,8,0;FSAR=0,3,0;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00640686,-0.0049692,-0.00653867;FXX=0;HRUN=4,4,1;LEN=2,1,1;MLLD=66.553,14.4106,68.4318;QD=14.6878;RBI=0.0767052,0.00639874,0.0772965;REFB=-0.0108696,-0.132858,0.0143963;REVB=-0.0764372,-0.00403124,-0.0770195;RO=6;SAF=0,5,0;SAR=2,0,2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.562437,0.764618,-0.562437;STB=0.5,0.680509,0.5;STBP=1,0.082,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.110952,0;OID=.,.,.;OPOS=1962580,1962577,1962581;OREF=GA,G,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGGG,AGGGA,AGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.611111,0:2,5,2:16:0,11,0:18:7:0,8,0:0,3,0:2:5:36:6:0,5,0:2,0,2:2:4 chr17 2091765 . C T 403.75 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0277629;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.023;QD=16.6494;RBI=0.0286296;REFB=-0.009534;REVB=0.00699117;RO=54;SAF=17;SAR=25;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274769;STB=0.507868;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.011504;OID=.;OPOS=2091765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:54:55:42:42:0.43299:25:17:22:32:25:17:23:32 chr17 2186100 . C T 276.76 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=40;FWDB=0.00116112;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.263;QD=13.0242;RBI=0.00175038;REFB=-0.017421;REVB=-0.00130982;RO=53;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190954;STB=0.608185;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0239292;OID=.;OPOS=2186100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:19:13:13:40:19:13:13:40 chr17 2202943 . T C 352.81 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00928634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8959;QD=23.9195;RBI=0.01249;REFB=-0.0283795;REVB=0.00835244;RO=23;SAF=9;SAR=25;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147299;STB=0.580063;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0219385;OID=.;OPOS=2202943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:24:34:35:0.59322:25:9:10:13:25:10:11:13 chr17 2203167 . T G 263.51 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0739686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8408;QD=17.5674;RBI=0.0740118;REFB=-0.0242456;REVB=-0.0025273;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166835;STB=0.584417;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0244651;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:16:13:19:11:16:13:19:12 chr17 2203348 . T C 142.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.577;QD=43.8297;RBI=0.0527322;REFB=0;REVB=0.0525232;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405461;OID=.;OPOS=2203348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:6:7:0:0 chr17 2203453 . A G 78.18 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.040195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.123;QD=14.2147;RBI=0.0501635;REFB=-0.00962743;REVB=-0.0300123;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315875;STB=0.6996;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0124555;OID=.;OPOS=2203453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:22:12:12:9:10:0.454545:3:6:4:8:3:7:4:8 chr17 2236404 . T C 103.47 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.0335605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3299;QD=10.0949;RBI=0.0379721;REFB=-0.00265967;REVB=-0.0177644;RO=28;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02451;STB=0.514684;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00900718;OID=.;OPOS=2236404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:11:2:4:24:11:2:4:24 chr17 2290086 . TG T 83.3 PASS AF=0.7;AO=12;DP=21;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0748819;FXX=0.0475964;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.9333;QD=16.6609;RBI=0.201758;REFB=-0.126966;REVB=-0.187348;RO=8;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258061;STB=0.599879;STBP=0.461;TYPE=del;VARB=0.0543716;OID=.;OPOS=2290087;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:12:21:14:20:6:12:2:6:0:20:8:10:2:8:0 chr17 2297571 . G A,GCA 220.56 PASS AF=0.257143,0.342857;AO=12,10;DP=44;FAO=9,12;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=0,4;FSAR=9,8;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0575963,-0.0506611;FXX=0.186003;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=71.0278,68.3646;QD=25.207;RBI=0.0775275,0.117163;REFB=-0.0251409,-0.0442126;REVB=0.0518959,0.105644;RO=18;SAF=2,4;SAR=10,6;SRF=17;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.694622,-0.558363;STB=0.99913,0.817781;STBP=0,0.009;TYPE=snp,ins;VARB=0.0118157,0.17072;OID=.,.;OPOS=2297571,2297572;OREF=G,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:44:35:18:14:12,10:9,12:0.257143,0.342857:10,6:2,4:17:1:9,8:0,4:14:0 chr17 2318550 . G C 273.6 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0314082;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.989;QD=13.8531;RBI=0.0393006;REFB=0.00274824;REVB=-0.0236234;RO=47;SAF=24;SAR=7;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294754;STB=0.674299;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00541569;OID=.;OPOS=2318550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:31:32:0.405063:7:24:25:22:7:25:25:22 chr17 2559056 . C T 262.15 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0289852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.137;QD=25.5756;RBI=0.032283;REFB=-0.0117409;REVB=-0.0142143;RO=17;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239639;STB=0.63322;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00447516;OID=.;OPOS=2559056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:16:8:11:6:16:8:11:6 chr17 2595964 . G A 490.3 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.471;QD=57.6825;RBI=0.098199;REFB=0;REVB=0.0931532;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556907;OID=.;OPOS=2595964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:14:19:0:1:15:19:0:0 chr17 2606715 . G A 775.13 PASS AF=0.509677;AO=79;DP=155;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0375107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.336;QD=20.0034;RBI=0.0504932;REFB=-0.0229747;REVB=0.033801;RO=76;SAF=42;SAR=37;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282793;STB=0.515544;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0316208;OID=.;OPOS=2606715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:76:76:79:79:0.509677:37:42:38:38:37:42:38:38 chr17 2626208 . TAAG TA,TAG 180.48 PASS AF=0,0.869565;AO=9,9;DP=23;FAO=0,20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=0,19;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0483718,0.152793;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=69.6339,22.8822;QD=31.3886;RBI=0.0538438,0.152818;REFB=0.00440674,-0.000364854;REVB=0.02365,-0.00276942;RO=4;SAF=9,9;SAR=0,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.831617,0.831617;STB=0.5,0.799581;STBP=1,0.002;TYPE=del,del;VARB=0,0.0583918;OID=.,.;OPOS=2626210,2626209;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=TA,TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.869565:9,9:23:0,20:23:3:0,19:0,1:0:3:7:4:9,9:0,0:0:4 chr17 2868935 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.821;QD=61.684;RBI=0.0213187;REFB=0;REVB=-0.00860974;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15668e-05;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr17 2884545 . A G 375.46 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00246394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.934;QD=18.3151;RBI=0.00367107;REFB=0.008016;REVB=-0.00272134;RO=43;SAF=23;SAR=16;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223826;STB=0.624629;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00661585;OID=.;OPOS=2884545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:16:23:15:28:16:23:15:28 chr17 2908742 . ACT A 189.44 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0432068;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.356;QD=28.0646;RBI=0.0438555;REFB=-0.0181799;REVB=0.00751544;RO=7;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529375;STB=0.542811;STBP=0.585;TYPE=del;VARB=0.0102781;OID=.;OPOS=2908743;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:16:27:18:27:9:6:12:2:7:60:7:6:10:2:5 chr17 2929392 . G A 239.82 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0145434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.325;QD=16.539;RBI=0.0342601;REFB=-0.00905915;REVB=0.0310201;RO=31;SAF=19;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133254;STB=0.555513;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00844635;OID=.;OPOS=2929392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:26:27:0.465517:7:19:19:12:8:19:19:12 chr17 2929674 . T C 332.9 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0230089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.301;QD=19.0231;RBI=0.0242132;REFB=-0.000135916;REVB=-0.00754114;RO=35;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153347;STB=0.585317;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=7.52693e-06;OID=.;OPOS=2929674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:20:15:21:14:20:15:21:14 chr17 2930339 . G A 165.94 PASS AF=0.4;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.01546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.946;QD=14.7505;RBI=0.031462;REFB=-0.0352702;REVB=0.0274015;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115119;STB=0.511099;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0369125;OID=.;OPOS=2930339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:27:17:18:0.4:9:8:13:14:9:9:13:14 chr17 2940759 . A G 1264.74 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.967;QD=61.6947;RBI=0.0107644;REFB=0;REVB=-0.00632687;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59869e-06;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:46:35:0:0:46:36:0:0 chr17 3100827 . TC AT,CC 239.43 PASS AF=0,0.5;AO=2,24;DP=50;FAO=0,25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=0,8;FSAR=0,17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00144027,-0.0117065;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=143.067,194.76;QD=19.154;RBI=0.0092138,0.0128175;REFB=-0.0143715,-0.0115465;REVB=-0.00910054,0.00521965;RO=21;SAF=0,8;SAR=2,16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.442452,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00717016;OID=.,.;OPOS=3100827,3100827;OREF=TC,T;OALT=AT,C;OMAPALT=AT,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:50:50:21:25:2,24:0,25:0,0.5:2,16:0,8:7:14:0,17:0,8:8:17 chr17 3101076 . G C 1641.48 PASS AF=0.965517;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.000118805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.272;QD=56.6027;RBI=0.0296235;REFB=-0.0843991;REVB=0.0296233;RO=4;SAF=68;SAR=44;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412214;STB=0.521735;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000235118;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:116:116:4:4:112:112:0.965517:44:68:0:4:44:68:0:4 chr17 3101578 . G T 411.55 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0158743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.743;QD=18.4968;RBI=0.020401;REFB=-0.0251886;REVB=-0.0128144;RO=47;SAF=15;SAR=27;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688348;STB=0.538443;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0275261;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:27:15:20:27:27:15:20:27 chr17 3101691 . G T 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00932085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.139;QD=11.0159;RBI=0.00938302;REFB=-0.00624694;REVB=-0.00107838;RO=28;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312663;STB=0.685175;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0113375;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:9:5:18:10:9:5:18:10 chr17 3119008 . T C 195.04 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.000535881;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3134;QD=12.3835;RBI=0.001213;REFB=0.00561828;REVB=0.00108821;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111505;STB=0.571368;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00904448;OID=.;OPOS=3119008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:40:39:24:24:0.380952:9:15:21:19:9:15:20:19 chr17 3119767 . C T 465.71 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0195123;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1986;QD=19.6087;RBI=0.0261369;REFB=0.027482;REVB=-0.0173899;RO=50;SAF=19;SAR=27;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00670725;STB=0.502597;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0295516;OID=.;OPOS=3119767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:50:49:46:46:0.484211:27:19:21:29:27:19:20:29 chr17 3181384 . C T 385.33 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0194371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.856;QD=26.1241;RBI=0.0216638;REFB=-0.0134382;REVB=0.00956659;RO=22;SAF=19;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921476;STB=0.505038;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00805588;OID=.;OPOS=3181384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:18:19:11:11:18:19:11:11 chr17 3181555 . A G 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00162456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.067;QD=10.2123;RBI=0.0212873;REFB=-0.0169411;REVB=-0.0212252;RO=46;SAF=12;SAR=11;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747827;STB=0.543689;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0461928;OID=.;OPOS=3181555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:11:12:27:19:11:12:27:19 chr17 3181662 . G C 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00730185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.898;QD=18.4129;RBI=0.0119342;REFB=-0.0251358;REVB=-0.00943974;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671674;STB=0.537466;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0304831;OID=.;OPOS=3181662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:16:17:15:19:16:17:15:19 chr17 3195503 . C T 460.53 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.021877;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.729;QD=20.9332;RBI=0.0242501;REFB=-0.0192266;REVB=-0.0104625;RO=41;SAF=16;SAR=29;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981809;STB=0.556478;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0128648;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:43:45:45:0.511364:29:16:19:22:29:16:20:23 chr17 3214181 . T G 601.17 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.132;QD=58.6506;RBI=0.0421986;REFB=-0.0731345;REVB=0.0351349;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00093582;OID=.;OPOS=3214181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:1:0:23:17:1:0 chr17 3301549 . G A 587.41 PASS AF=0.952381;AO=41;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0259634;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.417;QD=55.9438;RBI=0.0503802;REFB=-0.144575;REVB=0.0431749;RO=2;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585266;STB=0.531234;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000928241;OID=.;OPOS=3301549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:43:42:2:2:41:40:0.952381:15:26:0:2:15:25:0:2 chr17 3324810 . A G 128.5 PASS AF=0.375;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0584317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.9924;QD=12.8495;RBI=0.0687594;REFB=-0.0552524;REVB=-0.0362434;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130458;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0768723;OID=.;OPOS=3324810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:24:25:14:15:0.375:8:6:10:14:9:6:10:15 chr17 3337057 . A G 994.98 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000543302;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.226;QD=57.6799;RBI=0.00224546;REFB=-0.053804;REVB=0.00217874;RO=1;SAF=40;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003451;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:69:1:0:68:69:1:28:40:1:0:28:41:0:0 chr17 3422032 . G A 610.65 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0163959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.548;QD=21.4264;RBI=0.0164172;REFB=-0.0283591;REVB=0.000836766;RO=53;SAF=23;SAR=38;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994041;STB=0.554644;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0247954;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:53:53:61:61:0.535088:38:23:26:27:38:23:26:27 chr17 3436080 . C T 260.53 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00411367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0332;QD=18.9476;RBI=0.01643;REFB=-0.00764578;REVB=-0.0159067;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06955;STB=0.528158;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00697939;OID=.;OPOS=3436080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:13:15:16:10:13:15:16:11 chr17 3445901 . T G 409.15 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00574876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.047;QD=23.3798;RBI=0.0151551;REFB=-0.0107614;REVB=0.0140224;RO=29;SAF=14;SAR=26;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16031;STB=0.596105;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0113795;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:30:40:40:0.571429:26:14:16:13:26:14:17:13 chr17 3446885 . T C 113.13 PASS AF=0.35;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0056292;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.186;QD=11.3131;RBI=0.0125153;REFB=-0.00866613;REVB=-0.0111779;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233392;STB=0.594139;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0164759;OID=.;OPOS=3446885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:13:14:0.35:5:8:20:5:5:9:20:6 chr17 3447914 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.005965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0993;QD=17.2298;RBI=0.0529121;REFB=-0.0152747;REVB=-0.0525748;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326506;STB=0.689206;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00759011;OID=.;OPOS=3447914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:1:5:3:5:1:5 chr17 3458072 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.939;QD=57.5452;RBI=0.0183551;REFB=0;REVB=-0.00606345;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19494e-05;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr17 3486702 . G A 124.51 PASS AF=0.388889;AO=12;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0107558;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.66;QD=13.8344;RBI=0.0113308;REFB=-0.00649842;REVB=-0.00356386;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270626;STB=0.674255;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.013919;OID=.;OPOS=3486702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:22:12:14:0.388889:9:3:8:8:11:3:10:12 chr17 3493200 . C G 1041.9 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.050999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.875;QD=57.8835;RBI=0.0511228;REFB=-0.142187;REVB=-0.00355594;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00134913;OID=.;OPOS=3493200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:0:1:70:71:0.986111:35:35:0:0:36:35:0:1 chr17 3494361 . G A 295.01 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0153627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.641;QD=15.3249;RBI=0.0235747;REFB=-0.0271277;REVB=0.0178816;RO=44;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107059;STB=0.560403;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0309204;OID=.;OPOS=3494361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:16:17:18:26:16:17:18:26 chr17 3514028 . G C 505.39 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344027;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.958;QD=59.4573;RBI=0.0346486;REFB=0;REVB=0.00412077;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171525;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr17 3526637 . C T 303.84 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.015502;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.117;QD=17.3623;RBI=0.0226968;REFB=-0.0224912;REVB=-0.0165781;RO=38;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148986;STB=0.570095;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0221864;OID=.;OPOS=3526637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:37:32:33:0.471429:18:14:11:27:19:14:11:26 chr17 3553526 . A G 545.13 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9408;QD=57.3817;RBI=0.012451;REFB=0.00657875;REVB=0.00663732;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.515143;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00102592;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:21:16:1:0:21:16:1:0 chr17 3561396 . C T 1539.98 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00181937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.896;QD=61.5992;RBI=0.0303688;REFB=0.0384978;REVB=0.0303143;RO=2;SAF=46;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201729;STB=0.510636;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.000128615;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:52:46:2:0:52:46:2:0 chr17 3563963 . C G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00529201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.346;QD=17.321;RBI=0.0240186;REFB=-0.0294067;REVB=-0.0234284;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380381;STB=0.521712;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0431101;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:5:13:11:5:5:13 chr17 3564400 . TT AG,TG 744.67 PASS AF=0.407407,0.592593;AO=21,32;DP=53;FAO=22,32;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13,20;FSAR=9,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470164,-0.00325061;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=87.8954,114.523;QD=55.161;RBI=0.0585736,0.0463088;REFB=0,0;REVB=0.0583846,0.0461946;RO=0;SAF=12,20;SAR=9,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00701967,0.0158274;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:53:54:0:0:21,32:22,32:0.407407,0.592593:9,12:12,20:0:0:9,12:13,20:0:0 chr17 3568012 . A G 762.65 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307456;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.702;QD=56.4924;RBI=0.0380786;REFB=0;REVB=0.0224653;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146235;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:37:14:0:0:40:14:0:0 chr17 3594276 . TG T 111.89 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0834153;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.3202;QD=7.99229;RBI=0.0838306;REFB=0.0440177;REVB=-0.0083339;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09777;STB=0.526294;STBP=0.742;TYPE=del;VARB=-0.0537846;OID=.;OPOS=3594277;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:23:56:24:56:32:8:16:12:20:99:27:8:15:12:15 chr17 3627473 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0392013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.311;QD=14.9788;RBI=0.0476013;REFB=-0.0220642;REVB=0.0270027;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20973;STB=0.622399;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0296083;OID=.;OPOS=3627473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:7:4:6:4:7:4 chr17 3628362 . T C 120.3 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00962455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.834;QD=24.0602;RBI=0.0165718;REFB=-0.0129471;REVB=-0.0134905;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203985;STB=0.614009;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0139025;OID=.;OPOS=3628362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:7:7:13:13:0.65:7:6:1:6:7:6:1:6 chr17 3629698 . A G 388.52 PASS AF=0.409091;AO=44;DP=109;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00965968;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.12;QD=14.128;RBI=0.0230688;REFB=0.000619094;REVB=0.020949;RO=64;SAF=24;SAR=20;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180643;STB=0.501022;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.000688221;OID=.;OPOS=3629698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:64:65:44:45:0.409091:20:24:36:28:20:25:36:29 chr17 3629848 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00421078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.566;QD=21.2675;RBI=0.0510331;REFB=-0.0171769;REVB=-0.0508591;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123214;STB=0.569637;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0118224;OID=.;OPOS=3629848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:6:11:7:7:6:11:7:7 chr17 3629859 . C T 124.89 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0708261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3744;QD=17.8409;RBI=0.100187;REFB=0.00816526;REVB=-0.0708601;RO=14;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351112;STB=0.703172;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0131205;OID=.;OPOS=3629859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:3:11:6:8:3:11:6:8 chr17 3631241 . A G 593.94 PASS AF=0.555556;AO=59;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0667482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.296;QD=21.9977;RBI=0.0694494;REFB=-0.0265052;REVB=-0.0191806;RO=49;SAF=32;SAR=27;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436211;STB=0.531588;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0223073;OID=.;OPOS=3631241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:48:59:60:0.555556:27:32:24:25:27:33:23:25 chr17 3631473 . C G 115.18 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0124467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.702;QD=10.714;RBI=0.0168686;REFB=-0.0072786;REVB=-0.0113855;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138489;STB=0.582664;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0228725;OID=.;OPOS=3631473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:6:8:13:16:6:8:13:16 chr17 3649214 . G A 599.23 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249107;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3277;QD=61.459;RBI=0.0109476;REFB=0;REVB=-0.0106604;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168776;OID=.;OPOS=3649214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr17 3657159 . C T 937.5 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.085;QD=58.5936;RBI=0.00799559;REFB=0;REVB=-0.00102898;RO=0;SAF=17;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41813e-05;OID=.;OPOS=3657159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:47:17:0:0:47:17:0:0 chr17 3657175 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.161;QD=59.323;RBI=0.0132934;REFB=0;REVB=0.00284832;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17781e-05;OID=.;OPOS=3657175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:45:23:0:0:45:23:0:0 chr17 3775848 . T C 453.19 PASS AF=0.469388;AO=43;DP=95;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00681358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.295;QD=18.4975;RBI=0.00687591;REFB=-0.0245272;REVB=-0.000923703;RO=52;SAF=23;SAR=20;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041476;STB=0.517929;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0301745;OID=.;OPOS=3775848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:52:52:43:46:0.469388:20:23:30:22:21:25:30:22 chr17 3775916 . T C 350.28 PASS AF=0.4;AO=35;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0189399;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4685;QD=14.7486;RBI=0.0368965;REFB=-0.00853481;REVB=-0.0316644;RO=28;SAF=20;SAR=15;SRF=26;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312212;STB=0.521053;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0184249;OID=.;OPOS=3775916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:28:57:35:38:0.4:15:20:26:2:18:20:28:29 chr17 3787726 . G A 130.0 PASS AF=0.5;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00916733;FXX=0.0666445;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.186;QD=18.5717;RBI=0.0295794;REFB=-0.0107324;REVB=0.0281229;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281696;STB=0.673038;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0140075;OID=.;OPOS=3787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:14:14:14:0.5:8:6:10:3:8:6:11:3 chr17 3818788 . G A 913.63 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.037782;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.62;QD=52.9639;RBI=0.0389517;REFB=-0.111267;REVB=0.00947383;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141005;STB=0.514052;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00427076;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:70:69:1:4:65:65:0.942029:32:33:1:0:32:33:3:1 chr17 3818830 . A G 955.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.003133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.18;QD=58.777;RBI=0.00417693;REFB=0;REVB=0.00276244;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49585e-06;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr17 3819002 . T C 224.91 PASS AF=0.488889;AO=18;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.017324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.47;QD=19.9923;RBI=0.032378;REFB=-0.02047;REVB=0.0273535;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20849;STB=0.561991;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0150741;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:23:18:22:0.488889:6:12:17:3:7:15:18:5 chr17 3828086 . C G 443.25 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0878591;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3999;QD=16.2662;RBI=0.0878788;REFB=-0.0313059;REVB=-0.00186028;RO=60;SAF=18;SAR=31;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118346;STB=0.566238;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0390493;OID=.;OPOS=3828086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:60:60:49:49:0.449541:31:18:29:31:31:18:29:31 chr17 3828702 . T C 994.59 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.24;QD=58.5053;RBI=0.035259;REFB=0;REVB=0.00571296;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113032;OID=.;OPOS=3828702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:30:36:0:0:30:38:0:0 chr17 3844787 . C G 369.82 PASS AF=0.458824;AO=30;DP=88;FAO=39;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0141798;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.608;QD=17.4034;RBI=0.0150941;REFB=-0.015623;REVB=0.00517346;RO=48;SAF=14;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10273;STB=0.511309;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0198264;OID=.;OPOS=3844787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:48:46:30:39:0.458824:16:14:27:21:17:22:25:21 chr17 3845927 . A G 65.64 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00426871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.492;QD=11.4156;RBI=0.0526185;REFB=-0.00848612;REVB=-0.0524451;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268092;STB=0.516093;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0200997;OID=.;OPOS=3845927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:9:5:3:6:9:5 chr17 3846802 . A G 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0177435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.784;QD=17.3202;RBI=0.0297927;REFB=-0.0348099;REVB=0.0239326;RO=18;SAF=13;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188477;STB=0.609224;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.023911;OID=.;OPOS=3846802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:3:13:12:6:3:13:12:6 chr17 3848013 . A C 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0248134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.633;QD=11.5972;RBI=0.02534;REFB=-0.00812383;REVB=-0.00513906;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206665;STB=0.615169;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0131149;OID=.;OPOS=3848013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:10:2:6:14:10:2:6:15 chr17 3909383 . G C 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0111203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.29;QD=21.0496;RBI=0.0146384;REFB=-0.0269228;REVB=0.00951954;RO=31;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166634;STB=0.592055;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.025498;OID=.;OPOS=3909383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:20:16:20:11:20:16:20:11 chr17 3909404 . C A 362.06 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0294032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.368;QD=23.3585;RBI=0.0474813;REFB=-0.0318711;REVB=0.0372817;RO=26;SAF=14;SAR=22;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201913;STB=0.611049;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0138962;OID=.;OPOS=3909404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:22:14:17:9:22:14:17:9 chr17 3909564 . G A 407.37 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0129376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.93;QD=20.3683;RBI=0.106597;REFB=-0.0145264;REVB=0.105809;RO=39;SAF=26;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415259;STB=0.523026;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.01359;OID=.;OPOS=3909564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:15:26:23:16:15:26:23:16 chr17 3916823 . G A 228.9 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.033455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.505;QD=16.0634;RBI=0.0352352;REFB=-0.0097331;REVB=-0.0110581;RO=30;SAF=6;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262094;STB=0.660244;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0124063;OID=.;OPOS=3916823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:20:6:14:16:20:6:15:16 chr17 3947533 . G A 460.62 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.00740082;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.404;QD=14.3943;RBI=0.0100154;REFB=-0.0107396;REVB=-0.00674803;RO=75;SAF=28;SAR=24;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102958;STB=0.561653;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0113345;OID=.;OPOS=3947533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:75:76:52:52:0.40625:24:28:33:42:24:28:33:43 chr17 3947644 . T C 247.13 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0531948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.173;QD=12.0552;RBI=0.0568118;REFB=0.00306388;REVB=-0.0199472;RO=52;SAF=21;SAR=9;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291521;STB=0.668227;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00705542;OID=.;OPOS=3947644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:9:21:23:29:9:21:23:29 chr17 3953083 . T C 362.8 PASS AF=0.475;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0119242;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.118;QD=18.1399;RBI=0.0134321;REFB=-0.00456457;REVB=-0.00618343;RO=42;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612098;STB=0.540216;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00538025;OID=.;OPOS=3953083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:37:38:0.475:20:17:22:20:21:17:22:20 chr17 3953102 . A G 347.43 PASS AF=0.4625;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00647128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.52;QD=17.3716;RBI=0.0156278;REFB=-0.0303682;REVB=0.014225;RO=42;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307541;STB=0.530359;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0369413;OID=.;OPOS=3953102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:42:43:36:37:0.4625:20:16:20:22:21:16:21:22 chr17 3966064 . A G 496.94 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0162896;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.096;QD=22.5884;RBI=0.0167854;REFB=-0.0112157;REVB=0.00404954;RO=41;SAF=26;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555264;STB=0.530599;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0133475;OID=.;OPOS=3966064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:41:41:47:47:0.534091:21:26:20:21:21:26:20:21 chr17 3979907 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0107989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.76;QD=15.9166;RBI=0.0151856;REFB=-0.010406;REVB=-0.0106764;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121144;STB=0.569728;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0218935;OID=.;OPOS=3979907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:10:5:6:7:10:5 chr17 3979982 . G A 167.82 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0299068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.619;QD=15.6112;RBI=0.0349931;REFB=-0.0140949;REVB=0.0181688;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324969;STB=0.685592;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0164555;OID=.;OPOS=3979982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:18:7:11:7:18:7 chr17 4008021 . T C 221.66 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0126143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6041;QD=12.3143;RBI=0.0309655;REFB=0.00536107;REVB=0.0282797;RO=44;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236343;STB=0.519299;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0104298;OID=.;OPOS=4008021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:45:27:27:0.375:16:11:17:27:16:11:17:28 chr17 4058041 . C T 295.34 PASS AF=0.484848;AO=30;DP=64;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.113213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.101;QD=17.8993;RBI=0.129449;REFB=-0.0349633;REVB=0.0627676;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315782;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0210712;OID=.;OPOS=4058041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:34:34:30:32:0.484848:16:14:17:17:16:16:17:17 chr17 4088291 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.625;QD=63.5819;RBI=0.0371549;REFB=0;REVB=0.0187639;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023568;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr17 4350182 . T C 88.01 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.025557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.583;QD=14.0821;RBI=0.0550665;REFB=-0.0170153;REVB=-0.0487767;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146265;STB=0.586784;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0258921;OID=.;OPOS=4350182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:2:9:10:4:2:9:10:4 chr17 4351560 . G A 172.97 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0857478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3895;QD=11.3421;RBI=0.104802;REFB=0.0213857;REVB=0.0602566;RO=38;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955055;STB=0.548544;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0333887;OID=.;OPOS=4351560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:14:8:17:21:14:8:17:22 chr17 4352539 . C T 356.55 PASS AF=0.41;AO=38;DP=99;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.000265144;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.982;QD=14.262;RBI=0.00330646;REFB=-0.014245;REVB=0.00329581;RO=58;SAF=20;SAR=18;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646007;STB=0.532148;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0196973;OID=.;OPOS=4352539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:58:59:38:41:0.41:18:20:27:31:20:21:27:32 chr17 4356375 . G T 566.94 PASS AF=0.472441;AO=57;DP=125;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0272161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.638;QD=17.8564;RBI=0.0273276;REFB=-0.0268915;REVB=-0.00246651;RO=67;SAF=35;SAR=22;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19103;STB=0.605401;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0285986;OID=.;OPOS=4356375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:67:67:57:60:0.472441:22:35:28:39:23:37:28:39 chr17 4391132 . C T 144.01 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-3.15473e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.12;QD=15.1588;RBI=0.000170191;REFB=-0.0159659;REVB=-0.000167241;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167026;STB=0.595478;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0192749;OID=.;OPOS=4391132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:5:17:10:6:5:17 chr17 4391153 . A G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0106891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.592;QD=12.7913;RBI=0.0281153;REFB=-0.021536;REVB=-0.0260041;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121779;STB=0.59987;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0287424;OID=.;OPOS=4391153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:13:14:0.378378:9:4:5:18:9:5:5:18 chr17 4446457 . G A 400.28 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.907;QD=53.3708;RBI=0.0224066;REFB=-0.152132;REVB=0.00708309;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00111821;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:17:12:0:0:17:12:1:0 chr17 4448133 . G A 1122.41 PASS AF=0.536585;AO=109;DP=205;FAO=110;FDP=205;FR=.;FRO=95;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=63;FSRR=32;FWDB=-0.0155955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.238;QD=21.9008;RBI=0.0480081;REFB=-0.0146865;REVB=0.0454044;RO=95;SAF=57;SAR=52;SRF=63;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120745;STB=0.567592;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0108879;OID=.;OPOS=4448133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:95:95:109:110:0.536585:52:57:63:32:53:57:63:32 chr17 4451453 . C T 342.76 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=107;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.045298;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.539;QD=12.9342;RBI=0.0484075;REFB=-0.0415905;REVB=0.01707;RO=65;SAF=18;SAR=23;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107225;STB=0.560946;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0497307;OID=.;OPOS=4451453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:65:65:41:41:0.386792:23:18:35:30:23:18:35:30 chr17 4455500 . T C 1268.82 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255328;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.99;QD=61.8937;RBI=0.0291236;REFB=0;REVB=0.0140093;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120484;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr17 4461748 . G A 47.64 PASS AF=0.615385;AO=5;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00273098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.737;QD=14.6592;RBI=0.00831871;REFB=-0.0431487;REVB=0.00785766;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20967;STB=0.538366;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0538562;OID=.;OPOS=4461748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:13:5:5:5:8:0.615385:4:1:2:3:4:4:2:3 chr17 4463023 . G A 1666.41 PASS AF=0.845638;AO=125;DP=150;FAO=126;FDP=149;FR=.;FRO=23;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=0.0326008;FXX=0.0132442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.206;QD=44.7358;RBI=0.064405;REFB=-0.0624208;REVB=0.0555445;RO=0;SAF=52;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.577495;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00144092;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:0:23:125:126:0.845638:73:52:0:0:74:52:21:2 chr17 4463796 . G A 258.39 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=38;FWDB=0.00238333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.922;QD=13.967;RBI=0.00506542;REFB=-0.0196941;REVB=-0.0044697;RO=43;SAF=3;SAR=27;SRF=6;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101982;STB=0.554755;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0281038;OID=.;OPOS=4463796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:43:44:30:30:0.405405:27:3:6:37:27:3:6:38 chr17 4495682 . G A 166.39 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00518605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.537;QD=14.7904;RBI=0.017357;REFB=-0.0138894;REVB=0.0165641;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134803;STB=0.577693;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0143682;OID=.;OPOS=4495682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:17:10:9:9:17:10 chr17 4495740 . G A 206.47 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.000144829;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.112;QD=22.9407;RBI=0.0379456;REFB=-0.0157429;REVB=0.0379453;RO=16;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276654;STB=0.656083;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00899067;OID=.;OPOS=4495740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:16:20:20:0.555556:5:15:7:9:5:15:7:9 chr17 4497160 . T C 169.97 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0018195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.641;QD=16.5827;RBI=0.0265943;REFB=-0.0101491;REVB=0.026532;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198035;STB=0.622506;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0199912;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:23:17:18:0.439024:10:7:13:8:11:7:14:9 chr17 4498611 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0174491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.823;QD=12.2129;RBI=0.0175263;REFB=-0.00562525;REVB=-0.00164278;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348754;STB=0.533283;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00750663;OID=.;OPOS=4498611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:6:7:12:9:6:7:13:9 chr17 4545581 . C T 428.2 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.194222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.404;QD=51.9033;RBI=0.194643;REFB=-0.0966863;REVB=0.0128022;RO=2;SAF=14;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620412;STB=0.53123;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00228079;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:33:2:2:30:31:0.939394:16:14:2:0:16:15:2:0 chr17 4575283 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.717;QD=60.5788;RBI=0.00790299;REFB=0;REVB=-0.00737924;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9143e-05;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:23:18:0:0:24:19:0:0 chr17 4620497 . C T 676.47 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0780368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5915;QD=60.1309;RBI=0.127131;REFB=-0.0231849;REVB=0.100362;RO=1;SAF=30;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154053;STB=0.508193;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00549815;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:14:30:1:0:14:30:1:0 chr17 4622638 . C T 146.31 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0288368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2115;QD=16.7212;RBI=0.0416413;REFB=-0.0418691;REVB=0.0300406;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165557;STB=0.583835;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.050554;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:15:16:0.457143:10:5:9:9:10:6:10:9 chr17 4637886 . G A 932.07 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.523;QD=58.2541;RBI=0.0323957;REFB=0;REVB=0.0169242;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102289;OID=.;OPOS=4637886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:34:30:0:0 chr17 4638484 . T C 792.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522709;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.395;QD=56.6052;RBI=0.0775647;REFB=0;REVB=0.0773884;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138583;OID=.;OPOS=4638484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:16:38:0:0:18:38:0:0 chr17 4638563 . G A 1280.03 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.447;QD=61.6883;RBI=0.0135808;REFB=0;REVB=-0.0135108;RO=0;SAF=55;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49553e-05;OID=.;OPOS=4638563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:28:55:0:0:28:55:0:0 chr17 4638737 . A G 907.96 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.3569;QD=57.6485;RBI=0.0160017;REFB=0;REVB=0.0143015;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283838;OID=.;OPOS=4638737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:37:24:0:0:39:24:0:0 chr17 4641755 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507581;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=331.233;QD=59.1433;RBI=0.0194018;REFB=0;REVB=0.0187261;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14234e-05;OID=.;OPOS=4641755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr17 4693054 . G A 620.09 PASS AF=0.833333;AO=48;DP=60;FAO=50;FDP=60;FR=.;FRO=10;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0291208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.893;QD=41.3391;RBI=0.0293444;REFB=-0.0332947;REVB=0.00361505;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.608652;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0132237;OID=.;OPOS=4693054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:0:10:48:50:0.833333:17:31:0:0:18:32:0:10 chr17 4693170 . T C 250.08 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.022;QD=50.0158;RBI=0.0691991;REFB=0;REVB=0.044021;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109152;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:16:20:1:11:5:0:0:12:8:0:0 chr17 4701019 . C T 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.000434973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.357;QD=13.0607;RBI=0.00915792;REFB=-0.000240846;REVB=-0.00914758;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930336;STB=0.553151;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000346066;OID=.;OPOS=4701019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:12:14:25:15:12:14:25:15 chr17 4701402 . C T 213.51 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0110311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.125;QD=16.1141;RBI=0.0122396;REFB=-0.0141286;REVB=0.00530315;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266285;STB=0.53671;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0169922;OID=.;OPOS=4701402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:27:29:24:24:0.45283:14:10:12:15:14:10:14:15 chr17 4712395 . A T 286.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.407;QD=52.157;RBI=0.0643892;REFB=0;REVB=0.0077082;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211586;OID=.;OPOS=4712395;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:12:8:0:0:12:10:0:0 chr17 4722133 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.074;QD=42.1826;RBI=0.000189826;REFB=0;REVB=0.000189826;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00239e-06;OID=.;OPOS=4722133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chr17 4794848 . T C,TC 186.9 PASS AF=0,0.460526;AO=3,32;DP=76;FAO=0,35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=0,4;FSAR=0,31;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.0539804,0.0739375;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=28.6738,13.9767;QD=9.83694;RBI=0.0699452,0.0748006;REFB=-0.0386655,-0.114728;REVB=-0.0444798,0.0113305;RO=41;SAF=0,3;SAR=3,29;SRF=10;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.409973,-0.305359;STB=0.5,0.615191;STBP=1,0.201;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.128118;OID=.,.;OPOS=4794848,4794849;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:76:76:41:41:3,32:0,35:0,0.460526:3,29:0,3:10:31:0,31:0,4:9:32 chr17 4796274 . T C 378.13 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0364953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.33;QD=16.0904;RBI=0.0534326;REFB=-0.0273502;REVB=-0.0390273;RO=51;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387197;STB=0.514002;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.032967;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:51:54:40:40:0.425532:22:18:21:30:22:18:23:31 chr17 4796286 . C T 319.31 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0329825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.975;QD=13.4447;RBI=0.0336223;REFB=-0.016618;REVB=-0.00652774;RO=58;SAF=16;SAR=20;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337264;STB=0.523796;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0266914;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:59:36:36:0.378947:20:16:24:34:20:16:24:35 chr17 4797305 . G A 283.3 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0167753;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.342;QD=27.6386;RBI=0.0188852;REFB=-0.0231582;REVB=0.00867425;RO=16;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209862;STB=0.615298;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.026176;OID=.;OPOS=4797305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:13:12:3:13:13:12:3:13 chr17 4801163 . C A 67.54 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=177.49;QD=15.8929;RBI=0.000614553;REFB=-0.0122706;REVB=0.000614553;RO=9;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0221079;OID=.;OPOS=4801163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:18:17:9:8:5:6:0.352941:5:0:0:9:6:0:0:8 chr17 4801286 . C T 438.49 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00235159;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=284.127;QD=50.1132;RBI=0.00470895;REFB=-0.0765162;REVB=0.00407974;RO=2;SAF=4;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.525408;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000212949;OID=.;OPOS=4801286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:2:3:32:32:0.914286:28:4:0:2:28:4:0:3 chr17 4801288 . A C 77.6 PASS AF=0.342857;AO=10;DP=33;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=0.057785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.862;QD=8.86908;RBI=0.0616723;REFB=-0.0283107;REVB=0.0215494;RO=22;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231533;STB=0.607693;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0668169;OID=.;OPOS=4801288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:33:35:22:23:10:12:0.342857:8:2:2:20:10:2:2:21 chr17 4845707 . T C 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0114729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.434;QD=24.1907;RBI=0.0234592;REFB=-0.0216404;REVB=-0.0204623;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175522;STB=0.599822;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00797178;OID=.;OPOS=4845707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:9:3:3:3:9:3:3:3 chr17 4856376 . A G 205.2 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0375754;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.299;QD=10.5231;RBI=0.0388448;REFB=-0.0331522;REVB=-0.00984955;RO=52;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112008;STB=0.565081;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0325926;OID=.;OPOS=4856376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:52:52:26:26:0.333333:14:12:19:33:14:12:19:33 chr17 4856580 . T C 154.08 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0193111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.043;QD=14.3326;RBI=0.0314099;REFB=0.00538963;REVB=0.0247722;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091655;STB=0.540935;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00679085;OID=.;OPOS=4856580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:8:9:11:14:8:9:12:14 chr17 4863410 . A G 208.78 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0392013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.871;QD=18.1549;RBI=0.0477173;REFB=-0.0084897;REVB=-0.0272066;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108188;STB=0.561234;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00982776;OID=.;OPOS=4863410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:8:17:12:9:8:17 chr17 4875566 . T C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.0168485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.912;QD=14.7015;RBI=0.0570518;REFB=-0.0145203;REVB=0.0545072;RO=15;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202986;STB=0.615226;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0161171;OID=.;OPOS=4875566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:2:10:14:1:2:10:14:1 chr17 4926882 . A G 2142.65 PASS AF=1;AO=133;DP=138;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868124;FXX=0.0357117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.772;QD=63.486;RBI=0.00953201;REFB=0;REVB=0.00393639;RO=0;SAF=63;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.77216e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43431e-05;OID=.;OPOS=4926882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:135:0:0:133:135:1:70:63:0:0:72:63:0:0 chr17 4936898 . C T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0105669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.798;QD=6.92906;RBI=0.0290889;REFB=-0.00953895;REVB=-0.0271017;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385775;STB=0.753765;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0248281;OID=.;OPOS=4936898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:1:5:8:7:1:5:8:7 chr17 4936972 . G A 236.82 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0057421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.201;QD=26.313;RBI=0.00589866;REFB=-0.0173082;REVB=0.00135002;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693794;STB=0.538427;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00810122;OID=.;OPOS=4936972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:9:5:10:12:9:5 chr17 4937575 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.823;QD=53.9091;RBI=0.0580935;REFB=0;REVB=-0.052071;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110179;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr17 4996915 . AC A 288.76 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.841;QD=52.5017;RBI=0.0575463;REFB=0;REVB=-0.00448785;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000352824;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:22:22:22:0:7:15:0:0:4:0:7:15:0:0 chr17 4997787 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.595;QD=61.3755;RBI=0.0448029;REFB=0;REVB=0.00483653;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12782e-05;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:34:44:0:0:36:44:0:0 chr17 4998030 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1601;QD=48.737;RBI=0.0407416;REFB=0;REVB=-0.0406756;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105092;OID=.;OPOS=4998030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr17 4998586 . G A 323.42 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.898;QD=53.9036;RBI=0.0205274;REFB=0;REVB=0.0198668;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157216;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr17 4998852 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.063;QD=59.4354;RBI=0.0653648;REFB=0;REVB=-0.0161108;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114752;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr17 5036205 . A C 60.9 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.00933912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.034;QD=2.97054;RBI=0.0163895;REFB=-0.00305709;REVB=-0.0134683;RO=70;SAF=8;SAR=4;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369902;STB=0.747718;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0154603;OID=.;OPOS=5036205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:82:70:70:12:12:0.146341:4:8:25:45:4:8:25:45 chr17 5036210 . TC GT 61.09 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.0016625;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=120.06;QD=2.97982;RBI=0.0230142;REFB=-0.00281373;REVB=-0.0229541;RO=69;SAF=8;SAR=4;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364365;STB=0.747718;STBP=0.08;TYPE=mnp;VARB=0.0139555;OID=.;OPOS=5036210;OREF=TC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:82:82:69:70:12:12:0.146341:4:8:25:44:4:8:25:45 chr17 5036214 . C T 61.11 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.019395;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.174;QD=2.98102;RBI=0.024826;REFB=-0.000515256;REVB=-0.0154972;RO=70;SAF=8;SAR=4;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354009;STB=0.738097;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0421003;OID=.;OPOS=5036214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:82:82:70:70:12:12:0.146341:4:8:26:44:4:8:26:44 chr17 5036224 . C G 92.66 PASS AF=0.183908;AO=16;DP=87;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0117577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.9;QD=4.26037;RBI=0.0437204;REFB=-0.000480904;REVB=-0.0421097;RO=69;SAF=10;SAR=6;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321362;STB=0.702244;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00209386;OID=.;OPOS=5036224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:87:87:69:71:16:16:0.183908:6:10:25:44:6:10:26:45 chr17 5036274 . C A 147.96 PASS AF=0.276316;AO=20;DP=75;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00972051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.871;QD=7.78726;RBI=0.0120856;REFB=-0.00601046;REVB=-0.00718142;RO=54;SAF=13;SAR=7;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309453;STB=0.655452;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0195929;OID=.;OPOS=5036274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:54:55:20:21:0.276316:7:13:21:33:8:13:22:33 chr17 5036281 . G C 168.2 PASS AF=0.315068;AO=21;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0235457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.03;QD=9.21659;RBI=0.0249989;REFB=-0.00715663;REVB=0.00839902;RO=50;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311485;STB=0.670442;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0156911;OID=.;OPOS=5036281;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:21:23:0.315068:7:14:20:30:8:15:20:30 chr17 5037281 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0293483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.188;QD=16.5357;RBI=0.0365056;REFB=-0.00517327;REVB=-0.0217102;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2233;STB=0.60964;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00426536;OID=.;OPOS=5037281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:17:18:0.439024:8:9:7:16:9:9:7:16 chr17 5042894 . T C 611.89 PASS AF=0.418182;AO=69;DP=165;FAO=69;FDP=165;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.00563084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.105;QD=14.8337;RBI=0.00582179;REFB=-0.00476641;REVB=-0.00147878;RO=95;SAF=38;SAR=31;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472515;STB=0.523576;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00601773;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:95:96:69:69:0.418182:31:38:48:47:31:38:49:47 chr17 5044794 . G A 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00817933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.9;QD=24.3828;RBI=0.00925107;REFB=-0.0160843;REVB=-0.00432213;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152097;STB=0.584652;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0100464;OID=.;OPOS=5044794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:16:10:12:9:16:10:12:9 chr17 5058808 . G A 845.27 PASS AF=0.531646;AO=84;DP=157;FAO=84;FDP=158;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=56;FWDB=0.00418501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.861;QD=21.3993;RBI=0.00854001;REFB=-0.010707;REVB=-0.00744429;RO=73;SAF=45;SAR=39;SRF=18;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24331;STB=0.634996;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00856252;OID=.;OPOS=5058808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:73:74:84:84:0.531646:39:45:18:55:39:45:18:56 chr17 5072316 . C T 272.1 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0499373;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2274;QD=23.1575;RBI=0.0669319;REFB=-0.0112817;REVB=0.0445662;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126157;STB=0.570005;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0125483;OID=.;OPOS=5072316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:22:25:25:0.531915:16:9:5:17:16:9:5:17 chr17 5074195 . T C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0286731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.409;QD=20.4564;RBI=0.0290961;REFB=-0.000471808;REVB=0.00494308;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589725;STB=0.533294;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000500753;OID=.;OPOS=5074195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:6:9:9:8:6:9 chr17 5084763 . G A 713.77 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939149;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7673;QD=57.1013;RBI=0.0100665;REFB=0;REVB=0.00362415;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000961769;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr17 5085893 . C T 130.21 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.000303278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6938;QD=7.33562;RBI=0.0157432;REFB=-0.00712096;REVB=0.0157403;RO=52;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927881;STB=0.556354;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0302147;OID=.;OPOS=5085893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:12:7:23:29:12:7:23:29 chr17 5087040 . A G 167.76 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0220467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3292;QD=15.6051;RBI=0.0572295;REFB=-0.0409575;REVB=0.0528125;RO=25;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298632;STB=0.672825;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0634873;OID=.;OPOS=5087040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:5:13:11:14:5:13:11:14 chr17 5126674 . A G 576.64 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105936;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.416;QD=60.6984;RBI=0.0208403;REFB=0;REVB=0.0179469;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258494;OID=.;OPOS=5126674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:13:25:0:0 chr17 5126689 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0333208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.705;QD=15.6503;RBI=0.0383225;REFB=-0.0175458;REVB=0.0189299;RO=21;SAF=13;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29884;STB=0.675078;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0279017;OID=.;OPOS=5126689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:3:13:12:9:3:13:12:9 chr17 5280440 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6296;QD=60.9783;RBI=0.046257;REFB=0;REVB=0.0405906;RO=0;SAF=31;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102443;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:8:31:0:0:8:31:0:0 chr17 5284698 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.164;QD=60.6103;RBI=0.0253927;REFB=0;REVB=0.0221307;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67538e-05;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr17 5284719 . T C 601.9 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233963;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.554;QD=61.7334;RBI=0.159391;REFB=0;REVB=0.159374;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704018;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr17 5284770 . G A 774.17 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.044;QD=63.1973;RBI=0.0320282;REFB=0;REVB=0.00258832;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.447e-05;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:47:49:1:19:28:0:0:19:30:0:0 chr17 5287297 . AG A 755.31 PASS AF=1;AO=60;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.143348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.108;QD=46.4807;RBI=0.21813;REFB=0;REVB=-0.164415;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00604821;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:65:65:65:0:35:30:0:0:14:0:33:27:0:0 chr17 5288760 . A G 582.16 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0625452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.239;QD=58.2156;RBI=0.067325;REFB=-0.200494;REVB=-0.0249149;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0184192;OID=.;OPOS=5288760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:20:19:1:0:20:19:1:0 chr17 5288769 . CA C 642.5 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.999;QD=61.1903;RBI=0.0045454;REFB=0;REVB=-0.000643614;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.00824e-05;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:42:42:42:0:21:21:0:0:4:0:21:20:0:0 chr17 5288794 . G C 692.83 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385862;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9299;QD=62.9847;RBI=0.0547566;REFB=0;REVB=-0.0546205;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000630571;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:23:21:0:0 chr17 5289580 . A G 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.106;QD=59.6783;RBI=0.0542522;REFB=0;REVB=-0.000928149;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75169e-05;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr17 5290033 . T C 1245.81 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0919863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.671;QD=61.5217;RBI=0.0926595;REFB=0;REVB=0.0111493;RO=0;SAF=54;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000601836;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:27:54:0:0:27:54:0:0 chr17 5290703 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.33424e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.655;QD=61.2132;RBI=0.00317635;REFB=0;REVB=0.00317571;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20583e-06;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:36:42:0:0:36:43:0:0 chr17 5294976 . T A 774.56 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.654;QD=61.9649;RBI=0.0286513;REFB=0;REVB=0.0277648;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172127;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:26:20:0:0:30:20:0:0 chr17 5308377 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.135;QD=57.5452;RBI=0.0205997;REFB=0;REVB=0.0205626;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06102e-05;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr17 5326089 . C T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.395;QD=63.8703;RBI=0.0144491;REFB=0;REVB=0.0136122;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80867e-05;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr17 5326145 . C G 733.82 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179488;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.034;QD=62.4531;RBI=0.0166372;REFB=0;REVB=0.0165401;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204187;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:18:27:0:0:20:27:0:0 chr17 5326162 . G A 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9917;QD=63.5807;RBI=0.019561;REFB=0;REVB=-0.0121119;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208197;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr17 5328633 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.161;QD=48.7373;RBI=0.0174829;REFB=0;REVB=0.0174467;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145613;OID=.;OPOS=5328633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr17 5334850 . G A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00328679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.703;QD=19.668;RBI=0.00808487;REFB=-0.0085338;REVB=0.00738662;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14155;STB=0.579751;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0136748;OID=.;OPOS=5334850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:6:13:10:9:6:13 chr17 5334873 . GAAA GAA,GAAG,GGAA 689.94 PASS AF=0.978723,0,0.0212766;AO=38,3,4;DP=49;FAO=46,0,1;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0,1;FSAR=24,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415225,-0.00395824,-0.021354;FXX=0.040808;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=25.722,6.14483,5.72388;QD=58.7183;RBI=0.0415651,0.0283653,0.0308937;REFB=0,0,0;REVB=-0.00188167,-0.0280878,0.0223255;RO=1;SAF=19,0,3;SAR=19,3,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0240222,0,0.272709;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00192877,0,0.00313884;OID=.,.,.;OPOS=5334874,5334876,5334874;OREF=A,A,A;OALT=-,G,G;OMAPALT=GAA,GAAG,GGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.978723,0,0.0212766:38,3,4:49:46,0,1:47:0:22,0,1:24,0,0:0:0:5:1:19,0,3:19,3,1:0:1 chr17 5347576 . G A 1476.47 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182532;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.944;QD=63.5039;RBI=0.0434329;REFB=0;REVB=0.0394112;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252879;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr17 5424983 . A G 38.62 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.00345311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7447;QD=1.48545;RBI=0.0648909;REFB=-0.00143545;REVB=-0.064799;RO=94;SAF=2;SAR=8;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395602;STB=0.805479;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.043843;OID=.;OPOS=5424983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:104:104:94:94:10:10:0.0961538:8:2:51:43:8:2:51:43 chr17 5487164 . C G 2697.98 PASS AF=0.994286;AO=174;DP=175;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0206069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5931;QD=61.668;RBI=0.0393585;REFB=0.0634909;REVB=0.0335328;RO=1;SAF=82;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514603;STB=0.502702;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00037322;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:175:1:1:174:174:0.994286:92:82:0:1:92:82:0:1 chr17 5991344 . C T 885.4 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.515;QD=58.059;RBI=0.0518639;REFB=0;REVB=0.0494547;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180999;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:30:29:0:0:32:29:0:0 chr17 6014176 . A G 1008.41 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.071;QD=59.3184;RBI=0.0686376;REFB=0;REVB=0.0421544;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261416;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:36:32:0:0 chr17 6110583 . C A 127.67 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.000349048;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.084;QD=14.5908;RBI=0.0210166;REFB=-0.000449086;REVB=0.0210137;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191115;STB=0.540905;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00142719;OID=.;OPOS=6110583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:36:35:21:20:10:10:0.285714:3:7:15:6:3:7:15:5 chr17 6330068 . T C 119.54 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00021961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.011;QD=13.6612;RBI=0.00772765;REFB=-0.0229344;REVB=-0.00772453;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514116;STB=0.52068;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0294816;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:11:3:5:15:11:3:5:16 chr17 6353679 . A C 696.33 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0397883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.416;QD=56.8429;RBI=0.0431257;REFB=0.009772;REVB=0.0166348;RO=3;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552153;STB=0.529399;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.000450054;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:24:22:0:3:24:22:0:3 chr17 6364753 . A G 1563.08 PASS AF=1;AO=59;DP=108;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683937;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.877;QD=59.5458;RBI=0.0766475;REFB=0;REVB=-0.0345996;RO=0;SAF=7;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54021e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187789;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:105:0:0:59:105:1:52:7:0:0:55:50:0:0 chr17 6381939 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0282769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.737;QD=14.9039;RBI=0.0389388;REFB=-0.0200681;REVB=-0.0267703;RO=34;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232227;STB=0.632327;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0239322;OID=.;OPOS=6381939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:8:18:16:18:8:18:16:18 chr17 6406883 . C T 449.21 PASS AF=0.475248;AO=47;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0032492;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.7;QD=17.7904;RBI=0.00667791;REFB=-0.00773616;REVB=-0.00583414;RO=54;SAF=19;SAR=28;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396452;STB=0.509302;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0122952;OID=.;OPOS=6406883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:53:47:48:0.475248:28:19:24:30:28:20:23:30 chr17 6483046 . T C 457.76 PASS AF=0.475728;AO=47;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.00162861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.149;QD=17.777;RBI=0.0167825;REFB=-0.00725658;REVB=-0.0167033;RO=53;SAF=19;SAR=28;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648475;STB=0.519992;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00790908;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:54:47:49:0.475728:28:19:18:35:30:19:19:35 chr17 6493198 . T C 1198.32 PASS AF=0.527027;AO=117;DP=221;FAO=117;FDP=222;FR=.;FRO=105;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=0.0260113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3509;QD=21.5914;RBI=0.0260426;REFB=-0.00468516;REVB=0.00127841;RO=104;SAF=54;SAR=63;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334256;STB=0.520276;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00378953;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:104:105:117:117:0.527027:63:54:44:60:63:54:44:61 chr17 6511781 . A G 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00836129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.361;QD=19.5835;RBI=0.0269326;REFB=-0.00726784;REVB=0.0256018;RO=49;SAF=24;SAR=22;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10384;STB=0.557579;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00764924;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:22:24:31:18:22:24:31:18 chr17 6513329 . G A 538.87 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.00158046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.542;QD=21.7725;RBI=0.00806637;REFB=-0.00867741;REVB=-0.00791003;RO=48;SAF=31;SAR=20;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748456;STB=0.54121;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00941758;OID=.;OPOS=6513329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:51:51:0.515152:20:31:33:15:20:31:33:15 chr17 6515387 . A G 552.27 PASS AF=0.56044;AO=50;DP=90;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0193809;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.651;QD=24.2755;RBI=0.0203853;REFB=-0.0220194;REVB=0.00631992;RO=40;SAF=20;SAR=30;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162573;STB=0.582869;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0158022;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:40:40:50:51:0.56044:30:20:24:16:30:21:24:16 chr17 6515454 . C T 257.06 PASS AF=0.482759;AO=12;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00287923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.682;QD=17.7282;RBI=0.00385674;REFB=-0.0164774;REVB=0.00256601;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902602;STB=0.590506;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0206122;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:30:12:28:0.482759:3:9:17:4:17:11:17:13 chr17 6524298 . T A 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0197208;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.575;QD=17.4903;RBI=0.0218739;REFB=-0.00996375;REVB=-0.00946348;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270048;STB=0.515141;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0113505;OID=.;OPOS=6524298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:12:18:16:12:12:18 chr17 6531648 . A G 1096.43 PASS AF=0.521531;AO=109;DP=210;FAO=109;FDP=209;FR=.;FRO=100;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.0441453;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.241;QD=20.9844;RBI=0.0443131;REFB=-0.0122925;REVB=0.0038521;RO=100;SAF=57;SAR=52;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046266;STB=0.520544;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0121861;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:100:100:109:109:0.521531:52:57:47:53:52:57:48:52 chr17 6538355 . G A 563.0 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0150555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0242;QD=16.4381;RBI=0.0358897;REFB=-0.00351494;REVB=0.0325792;RO=76;SAF=35;SAR=25;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843835;STB=0.543758;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00584041;OID=.;OPOS=6538355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:76:77:60:60:0.437956:25:35:38:38:25:35:39:38 chr17 6546259 . T C 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00354109;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=334.264;QD=16.923;RBI=0.00419147;REFB=-0.00104983;REVB=0.00224256;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11865;STB=0.566622;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00125026;OID=.;OPOS=6546259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:13:17:15:19:13:17:15:19 chr17 6556022 . A G 444.6 PASS AF=0.462264;AO=46;DP=103;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0155265;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.974;QD=16.7773;RBI=0.0157018;REFB=-0.00944166;REVB=0.00233924;RO=57;SAF=19;SAR=27;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213915;STB=0.597215;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00940143;OID=.;OPOS=6556022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:57:57:46:49:0.462264:27:19:36:21:27:22:36:21 chr17 6556194 . T TAGAAG 376.44 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.017112;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=319.759;QD=16.0185;RBI=0.0219576;REFB=-0.000377428;REVB=0.0137593;RO=55;SAF=10;SAR=30;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343442;STB=0.698759;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.000365099;OID=.;OPOS=6556195;OREF=-;OALT=AGAAG;OMAPALT=TAGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532:40:95:40:94:54:10:30:31:23:99:55:10:30:31:24 chr17 6556326 . G A 213.21 PASS AF=0.341772;AO=25;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00191225;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.402;QD=10.7952;RBI=0.00669639;REFB=-0.0132752;REVB=-0.00641755;RO=50;SAF=11;SAR=14;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225489;STB=0.64636;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0221126;OID=.;OPOS=6556326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:50:52:25:27:0.341772:14:11:32:18:16:11:33:19 chr17 6556538 . G C 423.56 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00182906;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.591;QD=16.1357;RBI=0.00289948;REFB=-0.0251005;REVB=-0.00224979;RO=58;SAF=28;SAR=19;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129678;STB=0.572566;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0402458;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:19:28:27:31:19:28:27:31 chr17 6556541 . A T 419.16 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0152987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.771;QD=15.6695;RBI=0.0161297;REFB=-0.0106075;REVB=0.00511066;RO=59;SAF=29;SAR=18;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143965;STB=0.585585;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0191212;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:60:47:47:0.439252:18:29:28:31:18:29:28:32 chr17 6558768 . C T 35.74 PASS AF=0.25;AO=7;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0449131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3481;QD=5.95672;RBI=0.0506728;REFB=-0.0150205;REVB=0.0234636;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322841;STB=0.672417;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0417565;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:7:6:0.25:1:6:11:6:1:5:12:6 chr17 6607435 . G A 254.67 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0206607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.32;QD=16.6996;RBI=0.0220451;REFB=-0.0344135;REVB=0.00768898;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941356;STB=0.525406;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0183493;OID=.;OPOS=6607435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:30:32:28:29:0.47541:13:15:13:17:14:15:15:17 chr17 6663895 . C G 315.74 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00350983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.835;QD=21.4063;RBI=0.00911391;REFB=-0.0265565;REVB=0.00841097;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179919;STB=0.590948;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0192976;OID=.;OPOS=6663895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:32:33:0.559322:17:15:18:8:17:16:18:8 chr17 6683215 . C T 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.749;QD=57.1927;RBI=0.0475286;REFB=0;REVB=0.0284365;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380325;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr17 6690161 . C T 322.22 PASS AF=0.387097;AO=37;DP=94;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0190577;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9368;QD=13.8588;RBI=0.0219107;REFB=0.00701622;REVB=0.0108113;RO=57;SAF=17;SAR=20;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526631;STB=0.522402;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0113973;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:57:57:37:36:0.387097:20:17:29:28:19:17:29:28 chr17 6899559 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.6202;QD=33.4257;RBI=0.0238074;REFB=0;REVB=0.00265513;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935223;OID=.;OPOS=6899559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 6902743 . G A 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.000404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.874;QD=14.7942;RBI=0.00691205;REFB=-0.0216925;REVB=-0.00690023;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134803;STB=0.577693;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.031553;OID=.;OPOS=6902743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:10:17:9:9:10:17 chr17 6902760 . A G 132.89 PASS AF=0.5;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0152622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.23;QD=17.7187;RBI=0.0396678;REFB=-0.0187193;REVB=0.0366142;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103377;STB=0.571331;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0245261;OID=.;OPOS=6902760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:14:15:0.5:9:5:7:8:10:5:7:8 chr17 6904934 . A G 331.73 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0249143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.065;QD=25.5176;RBI=0.0260638;REFB=-0.0375338;REVB=0.00765498;RO=17;SAF=19;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795421;STB=0.517316;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0148419;OID=.;OPOS=6904934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:17:20:32:32:0.615385:13:19:8:9:13:19:11:9 chr17 6905061 . T G 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0138466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.542;QD=24.293;RBI=0.0147675;REFB=-0.0207558;REVB=0.00513324;RO=12;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360846;STB=0.692086;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0152698;OID=.;OPOS=6905061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:15:4:8:4:15:4:8:5 chr17 6909838 . A G 425.36 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.00268522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.504;QD=21.5372;RBI=0.0149967;REFB=-0.0226722;REVB=0.0147544;RO=36;SAF=23;SAR=19;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15029;STB=0.587468;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0196058;OID=.;OPOS=6909838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:37:42:42:0.531646:19:23:26:10:19:23:27:10 chr17 6919093 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.366;QD=58.1421;RBI=0.0696471;REFB=0;REVB=0.0498412;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80638e-06;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr17 6928018 . TC AG,GC,TCCAG 111.95 PASS AF=0,0.0588235,0.823529;AO=3,2,5;DP=11;FAO=0,1,14;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,9;FSAR=0,1,5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0801589,-0.0753346,0.0193934;FXX=0;HRUN=1,1,2;LEN=2,1,3;MLLD=273.91,227.064,91.0408;QD=26.3414;RBI=0.135455,0.0945278,0.171605;REFB=-0.00496711,-0.0180533,-0.102866;REVB=0.10919,0.0570982,0.170506;RO=0;SAF=0,0,4;SAR=3,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.993266,0.549931;STBP=1,0.231,0.419;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0,0.198621,0.0287781;OID=.,.,.;OPOS=6928018,6928018,6928020;OREF=TC,T,-;OALT=AG,G,CAG;OMAPALT=AG,GC,TCCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:13:11:17:0:2:3,2,5:0,1,14:0,0.0588235,0.823529:3,2,1:0,0,4:0:0:0,1,5:0,0,9:2:0 chr17 6929924 . T C 1202.41 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.355;QD=60.8815;RBI=0.0610828;REFB=0;REVB=-0.01311;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113274;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:45:32:0:0:47:32:0:0 chr17 6942108 . C T 189.6 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00945507;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.866;QD=15.1683;RBI=0.00947045;REFB=-0.0127555;REVB=-0.000539412;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240673;STB=0.637606;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0239531;OID=.;OPOS=6942108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:29:21:21:0.42:8:13:11:18:8:13:11:18 chr17 6943266 . G A 754.25 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0869093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.3;QD=56.9243;RBI=0.0869404;REFB=0;REVB=-0.00232417;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126148;OID=.;OPOS=6943266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr17 6979179 . A G 482.12 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.595;QD=58.4382;RBI=0.0323053;REFB=0;REVB=0.0127996;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77315e-05;OID=.;OPOS=6979179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:14:17:0:0:14:19:0:0 chr17 6981353 . G C 269.23 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0294407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8911;QD=16.5679;RBI=0.0455507;REFB=-0.0455294;REVB=-0.0347578;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182833;STB=0.510281;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0469305;OID=.;OPOS=6981353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:14:16:18:17:14:16:18:17 chr17 6981397 . A G 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.827;QD=58.4178;RBI=0.0327969;REFB=0;REVB=0.00455505;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108834;OID=.;OPOS=6981397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr17 7011129 . C T 157.66 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0458344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8626;QD=16.596;RBI=0.0461038;REFB=-0.0452264;REVB=0.00497653;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079434;STB=0.545402;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0646285;OID=.;OPOS=7011129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:7:10:14:7:7:10:14:7 chr17 7011225 . T G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0015135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.339;QD=21.9718;RBI=0.00165974;REFB=-0.0120301;REVB=-0.000681201;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193846;STB=0.608601;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.01628;OID=.;OPOS=7011225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:14:9:13:8:14:9:13:8 chr17 7120419 . C T 253.38 PASS AF=0.5;AO=17;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0971435;FXX=0.0188644;HRUN=7;LEN=1;MLLD=27.4773;QD=19.4906;RBI=0.146209;REFB=-0.0248368;REVB=0.109271;RO=13;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324502;STB=0.714111;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0129708;OID=.;OPOS=7120419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:13:23:17:26:0.5:13:4:8:5:20:6:15:8 chr17 7123240 . T C 61.61 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.00412895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.335;QD=3.79109;RBI=0.0319598;REFB=-0.00645257;REVB=-0.031692;RO=44;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158913;STB=0.632543;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0239734;OID=.;OPOS=7123240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:44:54:11:11:0.169231:9:2:12:32:9:2:16:38 chr17 7127718 . T C 523.26 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00630513;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.996;QD=25.8402;RBI=0.00643366;REFB=-0.0150976;REVB=-0.00127956;RO=32;SAF=18;SAR=30;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100629;STB=0.545436;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0123146;OID=.;OPOS=7127718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:33:48:48:0.592593:30:18:8:24:30:18:9:24 chr17 7128727 . C T 261.02 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00332835;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.751;QD=20.472;RBI=0.00592383;REFB=-0.00235128;REVB=-0.0049004;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118468;STB=0.506603;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00216282;OID=.;OPOS=7128727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:11:13:15:12:11:13 chr17 7129840 . T C 55.56 PASS AF=0.32;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0198745;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.388;QD=8.89;RBI=0.0199075;REFB=-0.0282667;REVB=0.00114658;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424152;STB=0.526249;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0425649;OID=.;OPOS=7129840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:26:25:17:17:8:8:0.32:5:3:7:10:5:3:7:10 chr17 7132556 . C T 875.82 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.119;QD=57.4306;RBI=0.042383;REFB=0;REVB=0.0178706;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42521e-05;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:39:20:0:0:40:21:0:0 chr17 7133162 . G A 1221.0 PASS AF=0.484;AO=121;DP=250;FAO=121;FDP=250;FR=.;FRO=129;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=-0.0216452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.738;QD=19.5361;RBI=0.0231762;REFB=-0.0102176;REVB=0.00828392;RO=128;SAF=62;SAR=59;SRF=62;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261805;STB=0.516391;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.011948;OID=.;OPOS=7133162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:128:129:121:121:0.484:59:62:62:66:59:62:62:67 chr17 7133609 . G A 210.96 PASS AF=0.416667;AO=21;DP=56;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0168288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6407;QD=14.0637;RBI=0.138894;REFB=-0.00806494;REVB=0.137871;RO=35;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453046;STB=0.562448;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0185051;OID=.;OPOS=7133609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:35:35:21:25:0.416667:14:7:13:22:18:7:13:22 chr17 7134129 . A G 592.0 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.030511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6034;QD=56.3807;RBI=0.052738;REFB=-0.0300332;REVB=0.0430161;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520237;STB=0.527764;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0025667;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:17:23:0:2:17:23:0:2 chr17 7154534 . G A 1265.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.798;QD=61.7125;RBI=0.0155948;REFB=0;REVB=0.0143769;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35649e-05;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:35:46:0:0:36:46:0:0 chr17 7155861 . G A 227.19 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00775451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.412;QD=21.1335;RBI=0.0936943;REFB=0.00193048;REVB=0.0933728;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256829;STB=0.650619;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0016764;OID=.;OPOS=7155861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:21:21:22:0.511628:14:7:13:8:15:7:13:8 chr17 7163723 . A C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00207129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.316;QD=12.0148;RBI=0.00300841;REFB=0.00850555;REVB=-0.00218182;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813988;STB=0.555501;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.018651;OID=.;OPOS=7163723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:10:10:19:14:10:10:20:14 chr17 7163739 . A G 716.74 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204323;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.4;QD=57.3394;RBI=0.0220778;REFB=0;REVB=0.00836371;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154181;OID=.;OPOS=7163739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:21:29:0:0 chr17 7185788 . T C 745.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.639;QD=63.4351;RBI=0.0599812;REFB=0;REVB=0.00915713;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30244e-05;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:30:14:0:0:32:15:0:0 chr17 7187123 . T C 601.9 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0794656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.487;QD=58.7222;RBI=0.0914095;REFB=-0.194543;REVB=0.0451765;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00183165;OID=.;OPOS=7187123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:0:1:23:17:0:1 chr17 7192091 . C T 739.2 PASS AF=0.605263;AO=68;DP=113;FAO=69;FDP=114;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0282165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.788;QD=25.9369;RBI=0.0295809;REFB=-0.0218136;REVB=0.00888006;RO=45;SAF=33;SAR=35;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954961;STB=0.554238;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0134877;OID=.;OPOS=7192091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:45:45:68:69:0.605263:35:33:16:29:35:34:16:29 chr17 7213560 . C G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0309953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.371;QD=15.7839;RBI=0.0478324;REFB=0.00533013;REVB=-0.0364312;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743153;STB=0.542797;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00448715;OID=.;OPOS=7213560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:11:6:6:8:11:6 chr17 7213694 . C A 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0123862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.497;QD=19.3858;RBI=0.0130512;REFB=-0.0195796;REVB=0.00411295;RO=33;SAF=14;SAR=21;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615912;STB=0.524376;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0239529;OID=.;OPOS=7213694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:21:14:11:22:21:14:12:22 chr17 7217463 . T C 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00577054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.669;QD=21.13;RBI=0.0135341;REFB=-0.0108716;REVB=-0.0122423;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597035;STB=0.533601;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00849656;OID=.;OPOS=7217463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:12:9:8:14:12:9 chr17 7219230 . A G 190.23 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0077521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9671;QD=21.7406;RBI=0.0537414;REFB=-0.0126459;REVB=-0.0531793;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365105;STB=0.507684;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0108205;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:16:19:19:0.542857:8:11:8:7:8:11:9:7 chr17 7221385 . G A 409.14 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0114591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.467;QD=23.3793;RBI=0.0409665;REFB=-0.0166088;REVB=0.0393312;RO=30;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391875;STB=0.521541;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0155327;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:22:18:15:15:22:18:15:15 chr17 7246851 . C T 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.000511183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.41;QD=18.1595;RBI=0.0156986;REFB=-0.0494109;REVB=-0.0156903;RO=39;SAF=12;SAR=24;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151542;STB=0.584857;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0523067;OID=.;OPOS=7246851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:24:12:19:20:24:12:19:20 chr17 7253458 . G C 236.03 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0223037;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.406;QD=22.4794;RBI=0.0224715;REFB=-0.0170145;REVB=0.00274104;RO=18;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205052;STB=0.621242;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0223327;OID=.;OPOS=7253458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:20:22:22:0.52381:16:6:9:9:16:6:10:10 chr17 7257185 . C T 232.43 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0196925;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.413;QD=16.6024;RBI=0.0207194;REFB=-0.0156292;REVB=-0.00644211;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287168;STB=0.520645;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0188796;OID=.;OPOS=7257185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:30:25:26:0.464286:14:11:15:17:14:12:15:15 chr17 7257669 . C A 355.63 PASS AF=0.538462;AO=25;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.066011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.728;QD=27.3561;RBI=0.0660173;REFB=-0.025346;REVB=-0.000912125;RO=12;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240619;STB=0.609871;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0080898;OID=.;OPOS=7257669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:12:13:25:28:0.538462:17:8:0:12:17:11:1:12 chr17 7258689 . T C 288.91 PASS AF=0.465753;AO=19;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-6.36441e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.0138;QD=15.8308;RBI=0.0795533;REFB=-0.0942575;REVB=0.0795532;RO=38;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264952;STB=0.518314;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.139451;OID=.;OPOS=7258689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:19:34:0.465753:7:12:15:23:22:12:15:24 chr17 7286266 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00426583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.928;QD=16.4266;RBI=0.00778522;REFB=-0.0342542;REVB=0.00651248;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783488;STB=0.545372;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0400476;OID=.;OPOS=7286266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:5:6:5:6:5:6 chr17 7286326 . T A 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00152916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.976;QD=18.4812;RBI=0.00778879;REFB=-0.00461235;REVB=0.00763721;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00710901;STB=0.504039;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00993721;OID=.;OPOS=7286326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:9:12:11:8:9:12 chr17 7292107 . G A 364.3 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00349414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.788;QD=21.1188;RBI=0.0362373;REFB=-0.0267388;REVB=0.0360685;RO=31;SAF=19;SAR=18;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130688;STB=0.564028;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0216768;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:32:37:37:0.536232:18:19:11:20:18:19:12:20 chr17 7293715 . C T 293.41 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0193797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.949;QD=14.8563;RBI=0.0234185;REFB=-0.00834448;REVB=-0.0131473;RO=45;SAF=12;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176376;STB=0.606492;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0133113;OID=.;OPOS=7293715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:46:33:33:0.417722:21:12:24:21:21:12:25:21 chr17 7297452 . A G 120.98 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0371335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.159;QD=6.91316;RBI=0.049843;REFB=-0.00551704;REVB=-0.033248;RO=49;SAF=16;SAR=2;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38985;STB=0.734374;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0234381;OID=.;OPOS=7297452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:52:18:18:0.257143:2:16:33:16:2:16:36:16 chr17 7318121 . AG A 48.29 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0359122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=8.93086;QD=5.85332;RBI=0.149404;REFB=-0.113762;REVB=-0.145024;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852268;STB=0.653107;STBP=0.172;TYPE=del;VARB=0.0795401;OID=.;OPOS=7318122;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:15:32:16:33:17:2:14:5:12:48:15:3:12:4:11 chr17 7318396 . C T 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0369924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.741;QD=54.8825;RBI=0.0400895;REFB=-0.0994976;REVB=0.0154507;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241545;STB=0.512816;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000340959;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:19:35:0:1:19:35:0:1 chr17 7318935 . C T 1434.16 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.044;QD=63.0399;RBI=0.0188211;REFB=0;REVB=0.0144028;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31815e-05;OID=.;OPOS=7318935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr17 7366651 . C G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.000137124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.055;QD=18.2488;RBI=0.0500765;REFB=-0.0056698;REVB=-0.0500763;RO=12;SAF=11;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438003;STB=0.755275;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00513539;OID=.;OPOS=7366651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:2:11:5:7:2:11:5:7 chr17 7386055 . C T 2407.49 PASS AF=0.942529;AO=163;DP=174;FAO=164;FDP=174;FR=.;FRO=10;FSAF=60;FSAR=104;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0122729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.779;QD=55.3445;RBI=0.022292;REFB=-0.165268;REVB=0.0186094;RO=2;SAF=60;SAR=103;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155945;STB=0.532498;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00120204;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:174:174:2:10:163:164:0.942529:103:60:2:0:104:60:9:1 chr17 7386279 . TG CA 1190.34 PASS AF=0.9875;AO=76;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0165874;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.883;QD=59.5172;RBI=0.0308509;REFB=-0.0457498;REVB=0.0260122;RO=1;SAF=49;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956081;STB=0.504949;STBP=0.518;TYPE=mnp;VARB=0.000308652;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:76:79:0.9875:27:49:1:0:29:50:1:0 chr17 7400137 . T C 563.54 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00487298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0828;QD=57.7992;RBI=0.0553637;REFB=0.07306;REVB=0.0551489;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00101703;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:22:16:0:0:22:16:1:0 chr17 7402600 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.287;QD=64.4146;RBI=0.0528519;REFB=0;REVB=0.0503797;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319432;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr17 7404107 . T C 2318.85 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199954;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2781;QD=63.0979;RBI=0.0397563;REFB=0.0356405;REVB=0.034362;RO=1;SAF=73;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064704;STB=0.503401;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-2.10107e-05;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:147:1:1:146:146:0.993197:73:73:1:0:73:73:1:0 chr17 7404991 . T C 1098.56 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1944;QD=60.1948;RBI=0.0194198;REFB=0;REVB=-0.00287604;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81977e-05;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr17 7412403 . T C 341.49 PASS AF=0.323529;AO=44;DP=136;FAO=44;FDP=136;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.0110092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9549;QD=10.0439;RBI=0.064017;REFB=0.01148;REVB=-0.0630632;RO=92;SAF=21;SAR=23;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115668;STB=0.506699;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0251198;OID=.;OPOS=7412403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:92:92:44:44:0.323529:23:21:43:49:23:21:43:49 chr17 7416683 . A G 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.44;QD=39.1978;RBI=0.207852;REFB=0;REVB=0.202065;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439954;OID=.;OPOS=7416683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr17 7460517 . G C 727.67 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7816;QD=63.2759;RBI=0.077455;REFB=0;REVB=-0.0529957;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81315e-05;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr17 7460559 . T G 610.33 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.548;QD=61.0331;RBI=0.0783686;REFB=0;REVB=0.0410101;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426452;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:20:17:0:0:21:19:0:0 chr17 7462555 . G A 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0108343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.266;QD=21.7158;RBI=0.0110905;REFB=-0.0220257;REVB=0.00237016;RO=39;SAF=14;SAR=30;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014765;STB=0.508152;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0209553;OID=.;OPOS=7462555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:30:14:13:26:30:14:13:26 chr17 7462969 . A G 819.04 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00101647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.931;QD=55.5284;RBI=0.0280429;REFB=-0.120822;REVB=0.0280244;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209573;STB=0.511107;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0066878;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:22:36:0:1:22:36:0:1 chr17 7470285 . CA C 1086.27 PASS AF=1;AO=87;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232114;FXX=0.0206164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.5129;QD=45.7379;RBI=0.031284;REFB=0;REVB=-0.0209742;RO=1;SAF=35;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000216931;OID=.;OPOS=7470286;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:95:95:95:0:36:59:0:0:20:1:35:52:1:0 chr17 7475152 . CT C 82.1 PASS AF=0.309859;AO=19;DP=80;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0484002;FXX=0.112486;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.2257;QD=4.6251;RBI=0.109413;REFB=0.0257551;REVB=0.0981255;RO=48;SAF=2;SAR=17;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433359;STB=0.712716;STBP=0.052;TYPE=del;VARB=-0.0405112;OID=.;OPOS=7475153;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309859:19:80:22:71:49:3:19:17:32:82:48:2:17:17:31 chr17 7475159 . A T 426.7 PASS AF=0.583333;AO=38;DP=67;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.068429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.631;QD=23.7053;RBI=0.0687126;REFB=-0.017538;REVB=-0.00623699;RO=29;SAF=11;SAR=27;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156566;STB=0.591848;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0143705;OID=.;OPOS=7475159;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:29:30:38:42:0.583333:27:11:4:25:29:13:4:26 chr17 7475161 . A T 42.81 PASS AF=0.138462;AO=8;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=-0.00283852;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.761;QD=2.63422;RBI=0.00969663;REFB=-0.00927661;REVB=-0.00927186;RO=57;SAF=0;SAR=8;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.585363;STB=0.722556;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0350615;OID=.;OPOS=7475161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:65:65:57:56:8:9:0.138462:8:0:16:41:8:1:15:41 chr17 7477938 . G C 874.82 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.499;QD=57.3649;RBI=0.0503147;REFB=0;REVB=0.0502776;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028559;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:37:21:0:0:38:23:0:0 chr17 7484101 . C A 628.58 PASS AF=0.503937;AO=61;DP=126;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00993534;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.843;QD=19.7978;RBI=0.0100846;REFB=-0.0132741;REVB=-0.0017289;RO=60;SAF=39;SAR=22;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130086;STB=0.575734;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.01592;OID=.;OPOS=7484101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:60:63:61:64:0.503937:22:39:30:30:24:40:30:33 chr17 7490379 . G C 91.12 PASS AF=1;AO=4;DP=7;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0947245;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=129.3;QD=36.4472;RBI=0.120755;REFB=0;REVB=0.0748929;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179282;OID=.;OPOS=7490379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:10:0:0:4:10:1:0:4:0:0:6:4:0:0 chr17 7490810 . G A 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00621918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.936;QD=15.1663;RBI=0.0370063;REFB=-0.00237289;REVB=0.0364799;RO=20;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387559;STB=0.726942;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00278564;OID=.;OPOS=7490810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:3:12:9:11:3:12:9:11 chr17 7530271 . C T 202.1 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0237455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.883;QD=21.8486;RBI=0.024377;REFB=-0.00248347;REVB=-0.00551273;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138638;STB=0.560378;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00194063;OID=.;OPOS=7530271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:19:20:0.540541:12:7:9:8:12:8:9:8 chr17 7536527 . G A 157.63 PASS AF=0.472222;AO=15;DP=34;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0203914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.213;QD=17.5142;RBI=0.0398824;REFB=-0.0259456;REVB=-0.0342753;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378213;STB=0.695982;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0348491;OID=.;OPOS=7536527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:19:19:15:17:0.472222:5:10:5:14:6:11:5:14 chr17 7557419 . A G 308.08 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0510307;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.508;QD=14.847;RBI=0.0510313;REFB=-0.0143336;REVB=-0.000251124;RO=48;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518998;STB=0.52339;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0298578;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:49:34:34:0.409639:16:18:23:25:16:18:24:25 chr17 7560835 . T G 85.41 PASS AF=0.324324;AO=10;DP=35;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0468988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.232;QD=9.23382;RBI=0.0471391;REFB=-0.0174312;REVB=-0.00475356;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139175;STB=0.570018;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0546102;OID=.;OPOS=7560835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:35:37:25:25:10:12:0.324324:6:4:13:12:7:5:13:12 chr17 7577407 . A C 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00907389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.7;QD=25.4947;RBI=0.0298312;REFB=-0.0485054;REVB=-0.0284177;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213429;STB=0.618887;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0177271;OID=.;OPOS=7577407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:7:7:1:6:7:7:1:6 chr17 7577427 . G A 172.88 PASS AF=0.8;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0129547;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.412;QD=34.5763;RBI=0.0692211;REFB=0.0104086;REVB=0.0679981;RO=4;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229225;STB=0.512642;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.00292959;OID=.;OPOS=7577427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:21:20:4:4:16:16:0.8:9:7:2:2:9:7:2:2 chr17 7578115 . T C,G 455.41 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=30,2;DP=32;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170805,-0.0170556;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.25,62.9985;QD=56.9266;RBI=0.0237214,0.0174283;REFB=0,0;REVB=-0.0164608,-0.00358532;RO=0;SAF=17,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000910784,0.0614706;OID=.,.;OPOS=7578115,7578115;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:30,2:30,2:0.9375,0.0625:13,2:17,0:0:0:13,2:17,0:0:0 chr17 7592168 . C G 147.31 PASS AF=0.482759;AO=8;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0994461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1258;QD=20.3179;RBI=0.228479;REFB=0.0142215;REVB=0.205702;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370397;STB=0.658341;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0218692;OID=.;OPOS=7592168;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:3:11:8:14:0.482759:2:6:0:3:8:6:1:10 chr17 7592560 . C T 314.89 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.0144918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.836;QD=14.9947;RBI=0.0172158;REFB=-0.0103447;REVB=0.00929361;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19699;STB=0.602455;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0144022;OID=.;OPOS=7592560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:49:34:35:0.416667:18:16:14:35:19:16:14:35 chr17 7606722 . C G 604.55 PASS AF=1;AO=34;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.583;QD=60.4547;RBI=0.0767718;REFB=0;REVB=0.0258719;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291794;OID=.;OPOS=7606722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:34:40:1:20:14:0:0:25:15:0:0 chr17 7637789 . C T 175.77 PASS AF=0.384615;AO=17;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0430691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0177;QD=10.8166;RBI=0.0704103;REFB=-0.0692733;REVB=-0.0557015;RO=30;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132633;STB=0.545418;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.11098;OID=.;OPOS=7637789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:38:17:25:0.384615:7:10:18:12:15:10:18:20 chr17 7673928 . C G 1464.63 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0190475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.022;QD=61.0263;RBI=0.0230678;REFB=-0.15149;REVB=0.0130123;RO=2;SAF=35;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538496;STB=0.50284;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00148066;OID=.;OPOS=7673928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:59:35:1:1:59:35:1:1 chr17 7681412 . C G 1171.89 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7204;QD=60.8774;RBI=0.0203072;REFB=0;REVB=-0.00821246;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88024e-05;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr17 7722365 . C T 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0170192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.553;QD=15.1533;RBI=0.0170204;REFB=-0.00537761;REVB=-0.000200984;RO=43;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00369714;STB=0.502091;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.006139;OID=.;OPOS=7722365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:17:15:20:23:17:15:20:23 chr17 7751388 . C A 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.00766402;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.017;QD=25.2766;RBI=0.00875865;REFB=-0.0178141;REVB=-0.0042399;RO=12;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25023;STB=0.636251;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0127382;OID=.;OPOS=7751388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:16:3:0:12:16:3:0:12 chr17 7751751 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0214563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.178;QD=18.8199;RBI=0.0948755;REFB=-0.00363295;REVB=0.0924174;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34873;STB=0.705552;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0100189;OID=.;OPOS=7751751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:11:12:0.545455:7:4:8:2:8:4:8:2 chr17 7760704 . A G 554.7 PASS AF=0.44697;AO=58;DP=133;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.00827688;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.998;QD=16.809;RBI=0.00973762;REFB=-0.00534478;REVB=0.00512977;RO=73;SAF=19;SAR=39;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764097;STB=0.535132;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.008578;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:73:73:58:59:0.44697:39:19:29:44:39:20:29:44 chr17 7761926 . C T 215.31 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0346237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9085;QD=21.5314;RBI=0.0501322;REFB=-0.00914009;REVB=0.0362552;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660691;STB=0.523787;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0104918;OID=.;OPOS=7761926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:9:11:9:10:10:11:9:10 chr17 7837863 . A G 265.24 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00139186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.831;QD=15.6021;RBI=0.00884554;REFB=-0.0222263;REVB=-0.00873535;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110727;STB=0.562459;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.041698;OID=.;OPOS=7837863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:14:16:16:22:14:16:16:22 chr17 7843053 . C T 115.89 PASS AF=0.590909;AO=11;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0449634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.465;QD=21.0708;RBI=0.0811058;REFB=-0.0347358;REVB=0.0675015;RO=9;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.629625;STB=0.872036;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00846855;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:11:13:0.590909:10:1:7:2:12:1:7:2 chr17 7847814 . G A 249.31 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.037732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.254;QD=14.8844;RBI=0.063168;REFB=-0.0157681;REVB=-0.0506605;RO=38;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362794;STB=0.509777;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0164103;OID=.;OPOS=7847814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:38:28:29:0.432836:15:13:19:19:15:14:19:19 chr17 7847955 . C A 183.01 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5269;QD=25.2433;RBI=0.0421529;REFB=-0.00568902;REVB=0.0421529;RO=11;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00495578;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:18:0:0:11:18:0:0:11 chr17 7849087 . C G 380.3 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0168577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0382;QD=16.902;RBI=0.0744755;REFB=-0.00831594;REVB=-0.0725425;RO=50;SAF=20;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594187;STB=0.533317;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0089262;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:20:20:28:22:20:20:28:22 chr17 7948175 . C T 128.73 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00432314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.434;QD=12.5594;RBI=0.00484367;REFB=-0.0129913;REVB=0.00218439;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678697;STB=0.539946;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0255425;OID=.;OPOS=7948175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:6:9:14:12:6:9:14:12 chr17 7950377 . C T 569.31 PASS AF=0.527273;AO=56;DP=108;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0080784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.714;QD=20.7022;RBI=0.00852275;REFB=-0.010345;REVB=-0.00271602;RO=52;SAF=32;SAR=24;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798059;STB=0.533657;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00854461;OID=.;OPOS=7950377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:52:52:56:58:0.527273:24:32:25:27:26:32:25:27 chr17 7950952 . C A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0550417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.646;QD=21.2673;RBI=0.0562488;REFB=0.00444505;REVB=0.0115906;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036754;STB=0.502072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00214995;OID=.;OPOS=7950952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:11:6:5:9:11:6:5:9 chr17 7951819 . A G 474.15 PASS AF=0.474747;AO=46;DP=98;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00013482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.16;QD=19.1574;RBI=0.00124955;REFB=-0.00660293;REVB=-0.00124225;RO=52;SAF=17;SAR=29;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251196;STB=0.631187;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00895892;OID=.;OPOS=7951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:52:46:47:0.474747:29:17:33:19:29:18:33:19 chr17 7960625 . C T 393.8 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0206577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.558;QD=25.4062;RBI=0.0215482;REFB=-0.0155572;REVB=-0.00613071;RO=24;SAF=19;SAR=19;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884267;STB=0.548362;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0104672;OID=.;OPOS=7960625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:19:19:9:15:19:19:9:15 chr17 7979986 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 367.34 PASS AF=1,0;AO=38,6;DP=62;FAO=62,0;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0922771,-0.0805672;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.05711,11.0315;QD=23.6993;RBI=0.118314,0.101324;REFB=-0.00177911,0.018528;REVB=0.0740486,0.0614458;RO=6;SAF=18,6;SAR=20,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0490272,0.740222;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00470461,0.0567896;OID=.,.;OPOS=7979987,7979993;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:38,6:62:62,0:62:0:34,0:28,0:0:0:4:6:18,6:20,0:4:2 chr17 7999957 . G A 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00884457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8526;QD=18.4264;RBI=0.0159324;REFB=0.00105182;REVB=0.0132519;RO=28;SAF=22;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238049;STB=0.63451;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00115454;OID=.;OPOS=7999957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:6:22:16:12:6:22:16:12 chr17 8023057 . A C 545.54 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121909;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.325;QD=57.4253;RBI=0.185074;REFB=0;REVB=0.13925;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344863;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:15:23:0:0 chr17 8023059 . A C 600.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.1361e-05;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.521;QD=61.5608;RBI=0.00846796;REFB=0;REVB=0.00846794;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121327;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:39:0:0:41:39:1:16:25:0:0:16:23:0:0 chr17 8023061 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.395;QD=61.6835;RBI=0.0312303;REFB=0;REVB=0.012316;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107973;OID=.;OPOS=8023061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr17 8023143 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.524;QD=56.937;RBI=0.0262772;REFB=0;REVB=0.00376193;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.09902e-05;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr17 8024237 . T C 733.58 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000506359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8301;QD=56.4289;RBI=0.0475517;REFB=0;REVB=-0.047549;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015731;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:31:20:0:0:31:21:0:0 chr17 8135061 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.227;QD=54.5176;RBI=0.0102432;REFB=0;REVB=0.0100939;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73817e-05;OID=.;OPOS=8135061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr17 8141707 . T C 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00678196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3911;QD=56.9548;RBI=0.0131015;REFB=0;REVB=-0.0112096;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139165;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr17 8192922 . C T 37.76 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.0300376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.345;QD=9.43989;RBI=0.0346202;REFB=-0.0143641;REVB=-0.0172134;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415714;STB=0.749521;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0773487;OID=.;OPOS=8192922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:5:1:0:9:5:1:0:10 chr17 8215534 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226432;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.783;QD=26.0269;RBI=0.0354812;REFB=-0.0818451;REVB=0.0273167;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00334887;OID=.;OPOS=8215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr17 8216346 . G A 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00922226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.386;QD=18.7769;RBI=0.0113431;REFB=-0.00930851;REVB=-0.00660431;RO=25;SAF=4;SAR=22;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308106;STB=0.669414;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0115942;OID=.;OPOS=8216346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:22:4:10:15:22:4:10:16 chr17 8216468 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.148;QD=57.3859;RBI=0.0344629;REFB=0;REVB=0.0241517;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3788e-05;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr17 8221917 . G C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0669804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.9552;QD=22.7191;RBI=0.088;REFB=-0.00730592;REVB=0.0570756;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238512;STB=0.633961;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00423596;OID=.;OPOS=8221917;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:2:7:6:8:2:7 chr17 8249116 . C T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00321869;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.21;QD=19.7637;RBI=0.0193115;REFB=-0.0147955;REVB=0.0190414;RO=33;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766018;STB=0.542625;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0138359;OID=.;OPOS=8249116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:23:12:14:19:23:12:14:19 chr17 8272765 . CGG CG,CGA 228.78 PASS AF=0.3,0.275;AO=12,11;DP=40;FAO=12,11;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=1,11;FSAR=11,0;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0730352,-0.0530218;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.2344,40.0698;QD=22.878;RBI=0.0732331,0.108991;REFB=0.030216,-0.00957233;REVB=0.00538008,0.0952244;RO=17;SAF=1,11;SAR=11,0;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.224771,0;SSSB=-0.321757,0.833637;STB=0.69579,0.999026;STBP=0.197,0;TYPE=del,snp;VARB=-0.0389117,0.00146471;OID=.,.;OPOS=8272766,8272767;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3,0.275:12,11:40:12,11:40:17:1,11:11,0:4:13:99:17:1,11:11,0:4:13 chr17 8339283 . C T 279.39 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0101285;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.034;QD=18.6261;RBI=0.018064;REFB=-0.0412004;REVB=-0.0149573;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175734;STB=0.517034;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0499014;OID=.;OPOS=8339283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:30:30:30:0.5:13:17:17:12:13:17:18:12 chr17 8339307 . G A 759.23 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0641757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0573;QD=53.2794;RBI=0.104164;REFB=-0.103285;REVB=0.0820461;RO=2;SAF=29;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031395;STB=0.516661;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00209554;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:57:2:2:54:55:0.964912:25:29:2:0:26:29:2:0 chr17 8378932 . A G 359.45 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=0.00885318;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4931;QD=14.6714;RBI=0.0220248;REFB=-0.0105815;REVB=-0.0201671;RO=59;SAF=21;SAR=18;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15159;STB=0.585558;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0120312;OID=.;OPOS=8378932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:59:59:39:39:0.397959:18:21:40:19:18:21:40:19 chr17 8383894 . A G 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3958;QD=60.2259;RBI=0.0461797;REFB=0;REVB=0.0314699;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39208e-05;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr17 8402669 . C T 195.57 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.109462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8451;QD=12.6176;RBI=0.109463;REFB=-0.00930094;REVB=0.00044515;RO=38;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117758;STB=0.506769;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0200246;OID=.;OPOS=8402669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:11:13:21:17:11:13:21:17 chr17 8416901 . C T 359.29 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0824125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7398;QD=19.9607;RBI=0.0966109;REFB=-0.0135328;REVB=0.0504167;RO=34;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624177;STB=0.527367;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0247221;OID=.;OPOS=8416901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:19:18:19:15:19:18:19:16 chr17 8424270 . G A 856.09 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557629;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.271;QD=58.0401;RBI=0.019996;REFB=0;REVB=0.0192027;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258497;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:18:41:0:0:18:41:0:0 chr17 8450357 . C A 352.21 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.000725928;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.757;QD=21.0272;RBI=0.00199027;REFB=-0.0406927;REVB=0.00185316;RO=30;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958547;STB=0.514723;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0294976;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:31:36:36:0.537313:14:22:18:12:14:22:18:13 chr17 8647931 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.162716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.196;QD=10.0346;RBI=0.166485;REFB=0.0154389;REVB=0.0352199;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.665925;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0233482;OID=.;OPOS=8647931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:3:4:4:1:3:4 chr17 8701799 . G T 387.01 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00313461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.987;QD=23.8159;RBI=0.020924;REFB=-0.0311296;REVB=0.0206879;RO=26;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765327;STB=0.532547;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0170188;OID=.;OPOS=8701799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:27:38:38:0.584615:17:21:17:9:17:21:17:10 chr17 8725214 . A AG 393.22 PASS AF=1;AO=35;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.171;QD=39.3221;RBI=0.0356035;REFB=0;REVB=0.0143563;RO=5;SAF=8;SAR=27;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113913;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000438641;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:41:40:40:0:10:30:0:0:8:5:8:27:3:2 chr17 9066254 . T C 526.34 PASS AF=0.529412;AO=53;DP=100;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0824388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.933;QD=20.6406;RBI=0.0830447;REFB=-0.0276586;REVB=-0.0100136;RO=47;SAF=23;SAR=30;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733341;STB=0.50331;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0256047;OID=.;OPOS=9066254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:47:48:53:54:0.529412:30:23:20:27:30:24:21:27 chr17 9086712 . C T 91.68 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0223442;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.377;QD=15.9442;RBI=0.0230393;REFB=-0.0361884;REVB=-0.0056167;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481452;STB=0.813242;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0153399;OID=.;OPOS=9086712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:11:12:11:11:0.478261:10:1:5:6:10:1:6:6 chr17 9395231 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.423;QD=55.0985;RBI=0.0279543;REFB=0;REVB=-0.0114275;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46684e-05;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr17 9471711 . T G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.183;QD=58.1387;RBI=0.00485091;REFB=0;REVB=-0.00292777;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21597e-06;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr17 9479098 . C A 676.91 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0085889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.683;QD=60.1694;RBI=0.059875;REFB=-0.153387;REVB=0.0592557;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.508471;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000674677;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:43:44:0.977778:29:14:0:0:29:15:0:1 chr17 9515777 . G A 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00838917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4023;QD=25.0389;RBI=0.0119728;REFB=-0.0129696;REVB=-0.00854222;RO=20;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123362;STB=0.568718;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0100489;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:18:8:9:11:18:8:9:11 chr17 9549441 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0291257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.194;QD=20.4858;RBI=0.0300281;REFB=-0.035878;REVB=0.00730596;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124053;STB=0.507032;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0304102;OID=.;OPOS=9549441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:4:10:8:3:4:10:8:3 chr17 9586165 . C T 610.87 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00810526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.83;QD=56.8247;RBI=0.0353073;REFB=-0.13053;REVB=0.0343643;RO=2;SAF=21;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426083;STB=0.522716;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000841104;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:43:2:2:41:41:0.953488:20:21:2:0:20:21:2:0 chr17 9674922 . A G 494.15 PASS AF=0.477477;AO=52;DP=110;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00677214;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.594;QD=17.8072;RBI=0.0104381;REFB=-0.00425633;REVB=-0.00794305;RO=58;SAF=27;SAR=25;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345943;STB=0.523801;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0044796;OID=.;OPOS=9674922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:58:58:52:53:0.477477:25:27:28:30:25:28:28:30 chr17 9674976 . T C 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00746629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.752;QD=16.0641;RBI=0.0111469;REFB=-0.0184233;REVB=-0.008277;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167158;STB=0.585399;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.034876;OID=.;OPOS=9674976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:11:15:12:18:11:15:13:18 chr17 9725101 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00771081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.769;QD=57.8849;RBI=0.0436165;REFB=0;REVB=0.0429295;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111469;OID=.;OPOS=9725101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr17 9725175 . C A 663.11 PASS AF=0.465278;AO=64;DP=143;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=48;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.0314302;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.113;QD=18.4196;RBI=0.0331689;REFB=-0.0102671;REVB=0.0105979;RO=79;SAF=45;SAR=19;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326553;STB=0.681235;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0111635;OID=.;OPOS=9725175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:79:77:64:67:0.465278:19:45:30:49:19:48:30:47 chr17 9725338 . G A 1659.5 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000625987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.231;QD=60.3453;RBI=0.0438685;REFB=0;REVB=0.043864;RO=0;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57158e-05;OID=.;OPOS=9725338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:55:55:0:0:55:55:0:0 chr17 9725347 . A G 1486.72 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.479;QD=58.8801;RBI=0.0205607;REFB=0;REVB=0.0195986;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335899;OID=.;OPOS=9725347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:101:0:0:97:101:1:49:48:0:0:53:48:0:0 chr17 9814202 . C G 173.39 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.033627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0149;QD=12.8434;RBI=0.0622563;REFB=-0.0268753;REVB=-0.0523935;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242671;STB=0.5027;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0221377;OID=.;OPOS=9814202;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:33:21:21:0.388889:12:9:14:17:12:9:14:19 chr17 10216510 . G A 2793.54 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469533;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.022;QD=62.7763;RBI=0.071117;REFB=0;REVB=0.0534136;RO=0;SAF=97;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25483e-05;OID=.;OPOS=10216510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:177:178:1:80:97:0:0:81:97:0:0 chr17 10223697 . G T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0239017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.278;QD=21.0076;RBI=0.0246185;REFB=-0.0141415;REVB=-0.00589724;RO=17;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244459;STB=0.639832;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.013078;OID=.;OPOS=10223697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:16:3:6:11:16:3:6:11 chr17 10223714 . T C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0170531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.999;QD=20.3166;RBI=0.0719764;REFB=-0.0250487;REVB=0.069927;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245669;STB=0.644607;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00613623;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:12:7:2:15:12:7:2:16 chr17 10243717 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9883;QD=57.5439;RBI=0.0386087;REFB=0;REVB=-0.0163831;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197092;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr17 10247429 . G A 1212.82 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00931368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.098;QD=59.8925;RBI=0.0183461;REFB=-0.0231529;REVB=0.0158062;RO=1;SAF=30;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155191;STB=0.508195;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00115776;OID=.;OPOS=10247429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:50:30:1:0:50:30:1:0 chr17 10318635 . CA C,CG 2178.63 PASS AF=0.111888,0.888112;AO=16,124;DP=140;FAO=16,127;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=16,46;FSAR=0,81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446548,0.0595206;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.43,149.066;QD=60.9407;RBI=0.0566424,0.067241;REFB=0,0;REVB=0.034847,0.0312834;RO=0;SAF=16,46;SAR=0,78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0263221,-0.000320239;OID=.,.;OPOS=10318636,10318636;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111888,0.888112:16,124:140:16,127:143:0:16,46:0,81:0:0:49:0:16,46:0,78:0:0 chr17 10346781 . T C 1624.33 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.645;QD=60.1604;RBI=0.0592823;REFB=0;REVB=0.00955271;RO=0;SAF=36;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68595e-05;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:72:36:0:0:72:36:0:0 chr17 10348354 . T C 1096.34 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.412;QD=60.0734;RBI=0.0226142;REFB=0;REVB=0.0198542;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90411e-05;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:46:25:0:0:46:27:0:0 chr17 10355371 . C T 866.68 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4702;QD=57.7783;RBI=0.153743;REFB=0;REVB=0.141977;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207998;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:28:30:0:0:30:30:0:0 chr17 10355763 . T C 1784.59 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.293;QD=61.0117;RBI=0.038274;REFB=0;REVB=0.0372591;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14194e-05;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:59:58:0:0:59:58:0:0 chr17 10363410 . A G 4218.2 PASS AF=1;AO=268;DP=269;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363075;FXX=0.0110697;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.149;QD=62.9581;RBI=0.0363993;REFB=0;REVB=-0.00258366;RO=0;SAF=119;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92362e-05;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:269:268:0:0:268:268:1:149:119:0:0:149:119:0:0 chr17 10415840 . A G 654.05 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0476781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.454;QD=59.4596;RBI=0.04775;REFB=-0.0709623;REVB=-0.00261973;RO=1;SAF=13;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034749;STB=0.51851;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.000567234;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:30:13:1:0:30:13:1:0 chr17 10427924 . G A 1120.07 PASS AF=0.9625;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0285774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.807;QD=56.0033;RBI=0.0334346;REFB=-0.0667467;REVB=0.0173552;RO=3;SAF=40;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101104;STB=0.505056;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00209674;OID=.;OPOS=10427924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:76:77:0.9625:36:40:2:1:36:41:2:1 chr17 10448769 . A T 1789.03 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149849;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.334;QD=61.1636;RBI=0.0233622;REFB=0;REVB=-0.0179233;RO=0;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297467;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:58:59:0:0:58:59:0:0 chr17 10450816 . T C 2753.96 PASS AF=0.994382;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.145;QD=61.8868;RBI=0.0119799;REFB=0.0172423;REVB=0.00437329;RO=1;SAF=67;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430829;STB=0.502262;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-9.44572e-06;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:178:1:1:177:177:0.994382:110:67:0:1:110:67:0:1 chr17 10536018 . G A 428.46 PASS AF=0.460784;AO=44;DP=101;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0165278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.19;QD=16.8023;RBI=0.0441373;REFB=-0.0423508;REVB=0.040926;RO=55;SAF=25;SAR=19;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771054;STB=0.557366;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0437601;OID=.;OPOS=10536018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:55:55:44:47:0.460784:19:25:27:28:19:28:27:28 chr17 10541515 . C T 341.48 PASS AF=0.48;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0768024;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9024;QD=18.2124;RBI=0.0777584;REFB=-0.025023;REVB=0.0121555;RO=38;SAF=16;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271502;STB=0.508977;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0242177;OID=.;OPOS=10541515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:39:36:36:0.48:20:16:18:20:20:16:18:21 chr17 10542471 . T G 495.42 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0218623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.428;QD=26.0749;RBI=0.055409;REFB=-0.0139875;REVB=0.0509136;RO=29;SAF=33;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21056;STB=0.610281;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00731357;OID=.;OPOS=10542471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:30:46:46:0.605263:13:33:13:16:13:33:14:16 chr17 10542765 . A G 407.7 PASS AF=0.433962;AO=45;DP=105;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00549268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.52;QD=15.3848;RBI=0.00791125;REFB=-0.0157892;REVB=0.00569371;RO=60;SAF=21;SAR=24;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506576;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0192765;OID=.;OPOS=10542765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:60:60:45:46:0.433962:24:21:28:32:24:22:28:32 chr17 10542886 . T C 316.0 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00915432;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.776;QD=14.8706;RBI=0.0301455;REFB=-0.0276945;REVB=0.028722;RO=51;SAF=21;SAR=14;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547552;STB=0.536211;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0410191;OID=.;OPOS=10542886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:51:50:35:35:0.411765:14:21:28:23:14:21:27:23 chr17 10543463 . T C 512.72 PASS AF=0.383648;AO=61;DP=159;FAO=61;FDP=159;FR=.;FRO=98;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=0.0409239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.441;QD=12.8987;RBI=0.0410589;REFB=-0.0132149;REVB=-0.00332686;RO=96;SAF=27;SAR=34;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00579868;STB=0.502404;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0223424;OID=.;OPOS=10543463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:96:98:61:61:0.383648:34:27:43:53:34:27:43:55 chr17 10544416 . G T 169.49 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0195796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.834;QD=10.5933;RBI=0.0383059;REFB=0.00135734;REVB=0.0329239;RO=42;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029522;STB=0.517226;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00332341;OID=.;OPOS=10544416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:12:10:18:24:12:10:18:24 chr17 11166782 . G A 525.59 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0207859;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5312;QD=21.4526;RBI=0.0342515;REFB=0.0193712;REVB=-0.0272234;RO=47;SAF=33;SAR=17;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138494;STB=0.582653;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0163117;OID=.;OPOS=11166782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:47:48:50:50:0.510204:17:33:24:23:17:33:24:24 chr17 11511457 . C T 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00407989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.325;QD=28.0796;RBI=0.00686488;REFB=-0.0358936;REVB=0.00552097;RO=15;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197832;STB=0.510908;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0179548;OID=.;OPOS=11511457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:16:9:5:10:16:9:5:10 chr17 11523082 . A G 854.09 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00976516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.696;QD=56.0059;RBI=0.0302692;REFB=0.112747;REVB=-0.0286508;RO=1;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165565;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00154889;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:28:32:0:1:28:32:0:1 chr17 11583089 . T C 1540.56 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.419;QD=59.8275;RBI=0.0643831;REFB=0;REVB=0.0563904;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69236e-05;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:53:50:0:0:53:50:0:0 chr17 11648332 . C T 1232.27 PASS AF=0.988235;AO=80;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.041833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0754;QD=57.989;RBI=0.0430763;REFB=-0.160717;REVB=-0.0102747;RO=2;SAF=26;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350277;STB=0.50877;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00525834;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:85:2:1:80:84:0.988235:54:26:2:0:56:28:1:0 chr17 11651057 . A G 112.56 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=-0.0102878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.012;QD=9.18827;RBI=0.0223722;REFB=-0.0116989;REVB=-0.0198664;RO=34;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173823;STB=0.609239;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0290073;OID=.;OPOS=11651057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:34:35:14:14:0.285714:10:4:6:28:10:4:6:29 chr17 11672607 . G T 120.4 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0298358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.016;QD=14.5943;RBI=0.0301105;REFB=0.00154311;REVB=-0.00405752;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150708;STB=0.588103;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00269992;OID=.;OPOS=11672607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:4:10:11:8:4:10:11:8 chr17 11757556 . C G 355.17 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0219186;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5452;QD=16.1442;RBI=0.0720038;REFB=0.0170582;REVB=0.0685865;RO=50;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545193;STB=0.53067;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0170552;OID=.;OPOS=11757556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:50:50:38:38:0.431818:18:20:29:21:18:20:29:21 chr17 11786951 . T C 1098.67 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.51;QD=60.201;RBI=0.0683003;REFB=0;REVB=-0.0681365;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188654;OID=.;OPOS=11786951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:31:41:0:0:32:41:0:0 chr17 11787936 . A G 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.536;QD=62.6669;RBI=0.0200526;REFB=0;REVB=0.00487283;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114251;OID=.;OPOS=11787936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr17 11865462 . G A 300.76 PASS AF=0.37234;AO=32;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0120785;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.66;QD=12.7983;RBI=0.0195788;REFB=-0.00358583;REVB=-0.015409;RO=59;SAF=18;SAR=14;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00362365;STB=0.507735;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00526271;OID=.;OPOS=11865462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:32:35:0.37234:14:18:33:26:15:20:33:26 chr17 12656111 . T C 274.01 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00958797;FXX=0.065563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.651;QD=19.2287;RBI=0.00991363;REFB=0.00812782;REVB=0.0025201;RO=24;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063299;STB=0.54424;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00793656;OID=.;OPOS=12656111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:24:28:29:29:0.508772:19:10:10:14:19:10:12:16 chr17 12820632 . A C 317.13 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0417532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.2;QD=17.8666;RBI=0.0444571;REFB=-0.0132652;REVB=0.0152678;RO=37;SAF=21;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419661;STB=0.512634;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0131732;OID=.;OPOS=12820632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:37:33:34:0.478873:12:21:22:15:13:21:22:15 chr17 12820646 . G C 321.34 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0351733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3639;QD=18.9025;RBI=0.0377166;REFB=-0.0115845;REVB=-0.0136154;RO=34;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268649;STB=0.514956;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0142624;OID=.;OPOS=12820646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:15:19:20:14:15:19:20:14 chr17 12921091 . C T 30.58 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0265316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3312;QD=11.1197;RBI=0.0435558;REFB=-0.0109683;REVB=-0.0345425;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0105093;OID=.;OPOS=12921091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:2:4:2:3:2:4 chr17 13399616 . A T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.000235749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.885;QD=11.8143;RBI=0.0262388;REFB=-0.0223622;REVB=-0.0262377;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303876;STB=0.667859;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0242807;OID=.;OPOS=13399616;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:4:9:9:13:4:9:10:13 chr17 14005439 . G A 527.05 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.00414651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1448;QD=17.7159;RBI=0.0405158;REFB=0.000804294;REVB=0.0403031;RO=63;SAF=27;SAR=29;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112417;STB=0.562308;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.000386498;OID=.;OPOS=14005439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:63:56:56:0.470588:29:27:23:40:29:27:23:40 chr17 14095309 . A G 1424.0 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623032;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.482;QD=63.2887;RBI=0.0626379;REFB=0;REVB=-0.00646759;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015481;OID=.;OPOS=14095309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:53:37:0:0:53:37:0:0 chr17 14139891 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.782;QD=35.5759;RBI=0.0551928;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138795;OID=.;OPOS=14139891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr17 14140103 . A G 1143.7 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.371;QD=60.1946;RBI=0.0291015;REFB=0;REVB=0.00785164;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151981;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:40:35:0:0:40:36:0:0 chr17 14248423 . T C 424.6 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.667;QD=56.6131;RBI=0.0661823;REFB=0;REVB=0.0467003;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657793;OID=.;OPOS=14248423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:27:30:1:17:10:0:0:17:13:0:0 chr17 14249167 . C T 769.82 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.403;QD=57.0237;RBI=0.0280149;REFB=0;REVB=0.0189562;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36264e-05;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:23:30:0:0:24:30:0:0 chr17 14673567 . C CA,CAA 275.83 PASS AF=0.886364,0;AO=33,5;DP=48;FAO=39,0;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=4,0;FSAR=35,0;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.124061,0.0733955;FXX=0.0434688;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=11.5504,9.65507;QD=25.0757;RBI=0.219233,0.117499;REFB=-0.0610941,-0.037228;REVB=-0.180754,-0.0917562;RO=10;SAF=3,0;SAR=30,5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.354534,-0.725473;STB=0.580064,0.5;STBP=0.068,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.01114,0;OID=.,.;OPOS=14673568,14673568;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=CA,CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.886364,0:33,5:48:39,0:44:5:4,0:35,0:2:3:8:10:3,0:30,5:5:5 chr17 15207364 . T G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.1;QD=58.2396;RBI=0.0298682;REFB=0;REVB=0.0264821;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00917e-05;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr17 15217437 . C G 738.95 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3676;QD=54.7374;RBI=0.0348405;REFB=-0.0011669;REVB=-0.0242674;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171308;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=4.53975e-05;OID=.;OPOS=15217437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:1:0:26:27:1:0 chr17 15311975 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6976;QD=47.8222;RBI=0.0295725;REFB=0;REVB=0.0292546;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115052;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr17 15341183 . A C 631.36 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0146018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8735;QD=19.4266;RBI=0.0264239;REFB=-0.00962006;REVB=0.0220229;RO=66;SAF=32;SAR=32;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557077;STB=0.53076;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0134123;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:66:66:64:64:0.492308:32:32:29:37:32:32:29:37 chr17 15343524 . C CCTT 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481194;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=212.451;QD=52.6132;RBI=0.049317;REFB=0;REVB=0.010802;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000336265;OID=.;OPOS=15343525;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:22:22:22:0:2:20:0:0:4:0:2:20:0:0 chr17 15443733 . CA C,CG 315.09 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=4,20;DP=24;FAO=4,20;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3,8;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176672,0.0212533;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=242.958,263;QD=52.5146;RBI=0.0177333,0.0230617;REFB=0,0;REVB=0.0015304,0.00895197;RO=0;SAF=3,8;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0260693,0.00551676;OID=.,.;OPOS=15443734,15443734;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:4,20:24:4,20:24:0:3,8:1,12:0:0:18:0:3,8:1,12:0:0 chr17 15443742 . C G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.94;QD=57.2024;RBI=0.0380943;REFB=0;REVB=0.035115;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184397;OID=.;OPOS=15443742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr17 15477417 . A G 410.7 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.464;QD=56.6488;RBI=0.147276;REFB=0;REVB=0.145839;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123176;OID=.;OPOS=15477417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:23:29:1:11:12:0:0:17:12:0:0 chr17 15492426 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.016922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.203;QD=30.7903;RBI=0.0994751;REFB=0.00635737;REVB=-0.0980252;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00837128;OID=.;OPOS=15492426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chr17 15611495 . T C 1624.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.4;QD=60.1636;RBI=0.0460346;REFB=0;REVB=0.045153;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09619e-05;OID=.;OPOS=15611495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:62:46:0:0:62:46:0:0 chr17 15620647 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0488;QD=58.1416;RBI=0.0352047;REFB=0;REVB=-0.0325802;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000372602;OID=.;OPOS=15620647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr17 15690281 . C T 492.38 PASS AF=0.566265;AO=46;DP=82;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.029582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0442;QD=23.7289;RBI=0.0523626;REFB=-0.0414749;REVB=0.0432059;RO=36;SAF=15;SAR=31;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148692;STB=0.58468;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0293176;OID=.;OPOS=15690281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:36:36:46:47:0.566265:31:15:18:18:32:15:18:18 chr17 15690793 . T C 2090.41 PASS AF=1;AO=131;DP=135;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257645;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.792;QD=62.8695;RBI=0.0283926;REFB=0;REVB=-0.0119303;RO=0;SAF=42;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.62864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82566e-05;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:133:0:0:131:133:1:89:42:0:0:91:42:0:0 chr17 15690863 . T A 615.78 PASS AF=0.57;AO=49;DP=92;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00219922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.401;QD=24.6311;RBI=0.0393701;REFB=-0.0468839;REVB=0.0393086;RO=42;SAF=22;SAR=27;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629386;STB=0.555536;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0352761;OID=.;OPOS=15690863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:100:42:43:49:57:0.57:27:22:22:20:35:22:22:21 chr17 16068287 . A T 69.88 PASS AF=0.132743;AO=14;DP=114;FAO=15;FDP=113;FR=.;FRO=98;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.0130344;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.18;QD=2.47374;RBI=0.0158527;REFB=0.00127177;REVB=-0.00902294;RO=93;SAF=9;SAR=5;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670681;STB=0.58738;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00882067;OID=.;OPOS=16068287;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:114:113:93:98:14:15:0.132743:5:9:55:38:5:10:56:42 chr17 16068340 . C T 432.36 PASS AF=0.286385;AO=58;DP=209;FAO=61;FDP=213;FR=.;FRO=152;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=86;FSRR=66;FWDB=-0.000873526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.51;QD=8.11946;RBI=0.0217565;REFB=-0.0122576;REVB=-0.021739;RO=145;SAF=38;SAR=20;SRF=85;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895897;STB=0.530076;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0269738;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:213:145:152:58:61:0.286385:20:38:85:60:24:37:86:66 chr17 16068343 . G A 463.29 PASS AF=0.286996;AO=64;DP=222;FAO=64;FDP=223;FR=.;FRO=159;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=91;FSRR=68;FWDB=-0.007154;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6042;QD=8.3102;RBI=0.0453733;REFB=-0.0198026;REVB=-0.0448057;RO=158;SAF=40;SAR=24;SRF=90;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702142;STB=0.539261;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0304318;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:158:159:64:64:0.286996:24:40:90:68:24:40:91:68 chr17 16068362 . C T 625.76 PASS AF=0.330508;AO=78;DP=239;FAO=78;FDP=236;FR=.;FRO=158;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=87;FSRR=71;FWDB=-0.00686314;FXX=0.0125518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.082;QD=10.6061;RBI=0.0206492;REFB=-0.00767492;REVB=-0.0194753;RO=160;SAF=49;SAR=29;SRF=89;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875956;STB=0.554034;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0131962;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:236:160:158:78:78:0.330508:29:49:89:71:29:49:87:71 chr17 16068377 . C G 640.57 PASS AF=0.33617;AO=79;DP=239;FAO=79;FDP=235;FR=.;FRO=156;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=84;FSRR=72;FWDB=0.00225021;FXX=0.0167357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.262;QD=10.9033;RBI=0.00396294;REFB=0.00371368;REVB=-0.00326213;RO=150;SAF=50;SAR=29;SRF=81;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110564;STB=0.565113;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00540185;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:235:150:156:79:79:0.33617:29:50:81:69:29:50:84:72 chr17 16068383 . G A 717.49 PASS AF=0.358333;AO=84;DP=238;FAO=86;FDP=240;FR=.;FRO=154;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=85;FSRR=69;FWDB=-0.0138931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.244;QD=11.9581;RBI=0.0140185;REFB=-0.00579031;REVB=0.00187066;RO=154;SAF=55;SAR=29;SRF=85;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123241;STB=0.558929;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0102286;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:240:154:154:84:86:0.358333:29:55:85:69:31:55:85:69 chr17 16068396 . G A 855.88 PASS AF=0.390244;AO=96;DP=246;FAO=96;FDP=246;FR=.;FRO=150;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=83;FSRR=67;FWDB=-0.018409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.527;QD=13.9167;RBI=0.0305543;REFB=-0.0054068;REVB=0.024386;RO=144;SAF=59;SAR=37;SRF=82;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502318;STB=0.53871;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0175522;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:144:150:96:96:0.390244:37:59:82:62:37:59:83:67 chr17 16068463 . C T 146.33 PASS AF=0.143498;AO=32;DP=223;FAO=32;FDP=223;FR=.;FRO=191;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=106;FSRR=85;FWDB=-0.0280378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.498;QD=2.62473;RBI=0.0302561;REFB=-0.00720088;REVB=-0.0113715;RO=191;SAF=14;SAR=18;SRF=106;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149071;STB=0.599606;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0406346;OID=.;OPOS=16068463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:191:191:32:32:0.143498:18:14:106:85:18:14:106:85 chr17 16097870 . C A 31.86 PASS AF=0.0723684;AO=11;DP=154;FAO=11;FDP=152;FR=.;FRO=141;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=89;FWDB=0.0176459;FXX=0.0129862;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0707;QD=0.838518;RBI=0.0250119;REFB=0.00459627;REVB=-0.0177262;RO=143;SAF=2;SAR=9;SRF=54;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245003;STB=0.712177;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0546666;OID=.;OPOS=16097870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:154:152:143:141:11:11:0.0723684:9:2:54:89:9:2:52:89 chr17 16537207 . C T 329.71 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0425755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.384;QD=15.7005;RBI=0.0484906;REFB=-0.0216158;REVB=-0.0232091;RO=48;SAF=15;SAR=21;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218012;STB=0.512288;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0426229;OID=.;OPOS=16537207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:21:15:19:29:21:15:19:29 chr17 16640908 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.033407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.793;QD=9.7606;RBI=0.0447875;REFB=-0.0180477;REVB=-0.029831;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0258411;OID=.;OPOS=16640908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:7:5:3:4:7:5 chr17 16735618 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0158953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.63;QD=14.6539;RBI=0.0247828;REFB=-0.0149204;REVB=0.0190139;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246848;STB=0.64255;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00951737;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:7:1:3:5:7:1 chr17 16746358 . G A,C 374.68 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=25,2;DP=27;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124672,-0.0101799;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.6502,200.696;QD=53.5253;RBI=0.0561914,0.0187974;REFB=0,0;REVB=0.0547909,-0.0158023;RO=0;SAF=15,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00731722,0.231305;OID=.,.;OPOS=16746358,16746358;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:28:0:0:25,2:26,2:0.928571,0.0714286:10,2:15,0:0:0:10,2:16,0:0:0 chr17 16828713 . A T 330.82 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0219259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4754;QD=15.9432;RBI=0.0266238;REFB=-0.00635026;REVB=0.0151024;RO=47;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952985;STB=0.553722;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00681976;OID=.;OPOS=16828713;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:21:15:24:23:21:15:24:23 chr17 16828790 . TG CA 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0404145;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.363;QD=15.6262;RBI=0.0451925;REFB=-0.0206661;REVB=0.0202245;RO=27;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129917;STB=0.575259;STBP=0.44;TYPE=mnp;VARB=0.0375491;OID=.;OPOS=16828790;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:14:5:10:17:14:5:10:17 chr17 16836425 . G A 426.73 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00910388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.935;QD=16.4126;RBI=0.0245442;REFB=-0.012745;REVB=0.0227933;RO=56;SAF=23;SAR=24;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05933;STB=0.527857;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0138518;OID=.;OPOS=16836425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:57:47:47:0.451923:24:23:24:32:24:23:25:32 chr17 16842912 . A G 447.77 PASS AF=0.556962;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0128265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.698;QD=22.6721;RBI=0.0594411;REFB=-0.0181836;REVB=-0.0580407;RO=35;SAF=19;SAR=24;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825343;STB=0.549428;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0287754;OID=.;OPOS=16842912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:43:44:0.556962:24:19:19:16:25:19:19:16 chr17 16842991 . G A 521.76 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.00703455;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.969;QD=18.4694;RBI=0.0224425;REFB=-0.0101176;REVB=-0.0213115;RO=58;SAF=20;SAR=35;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189425;STB=0.510486;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00931122;OID=.;OPOS=16842991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:55:55:0.486726:35:20:20:38:35:20:20:38 chr17 16855878 . C T 741.4 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0435214;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.7865;QD=59.3123;RBI=0.0470356;REFB=-0.0927325;REVB=0.0178391;RO=1;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025416;STB=0.505317;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00187532;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:48:48:0.96:18:30:0:1:18:30:1:1 chr17 16892265 . G A 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0410827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2292;QD=10.851;RBI=0.0412488;REFB=0.0112202;REVB=0.0036985;RO=43;SAF=17;SAR=6;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251904;STB=0.647957;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0214049;OID=.;OPOS=16892265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:6:17:23:20:6:17:23:20 chr17 16892273 . A G 149.62 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00179458;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2342;QD=9.65258;RBI=0.0361681;REFB=0.00527195;REVB=0.0361236;RO=41;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226247;STB=0.627453;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0128352;OID=.;OPOS=16892273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:41:42:20:20:0.322581:6:14:21:20:6:14:22:20 chr17 17046024 . C A 176.76 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0910564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9043;QD=13.3406;RBI=0.0950911;REFB=-0.00641021;REVB=-0.0274052;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00662365;STB=0.503813;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0157454;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:8:13:20:12:8:13:20:12 chr17 17061759 . GA G,GG 188.63 PASS AF=0.441176,0.0441176;AO=58,6;DP=144;FAO=60,6;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=44,3;FSAR=16,3;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.0571057,-0.0383795;FXX=0.0555517;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.90455,22.6413;QD=5.54793;RBI=0.0782757,0.0498726;REFB=-0.158077,-0.0899863;REVB=0.0535353,0.0318479;RO=63;SAF=46,3;SAR=12,3;SRF=34;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.290435,-0.0438248;STB=0.584511,0.591809;STBP=0.1,0.676;TYPE=del,snp;VARB=0.162867,-0.000685994;OID=.,.;OPOS=17061760,17061760;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176,0.0441176:58,6:144:60,6:136:70:44,3:16,3:42:28:99:63:46,3:12,3:34:29 chr17 17062241 . C G 1460.16 PASS AF=0.482315;AO=149;DP=310;FAO=150;FDP=311;FR=.;FRO=161;FSAF=55;FSAR=95;FSRF=91;FSRR=70;FWDB=-0.0143438;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.03;QD=18.7802;RBI=0.0154276;REFB=-0.0148891;REVB=-0.00568044;RO=160;SAF=54;SAR=95;SRF=91;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197397;STB=0.604475;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0162358;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:311:160:161:149:150:0.482315:95:54:91:69:95:55:91:70 chr17 17069052 . A G 404.57 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00888507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9378;QD=17.0345;RBI=0.0260611;REFB=-0.0196627;REVB=0.0244997;RO=53;SAF=21;SAR=21;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657038;STB=0.536825;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.01491;OID=.;OPOS=17069052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:21:21:30:23:21:21:30:23 chr17 17069105 . G A 324.35 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0132606;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.495;QD=19.0797;RBI=0.0132652;REFB=-0.0149873;REVB=0.000349695;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118234;STB=0.558789;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0158945;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:34:34:34:0.5:15:19:15:20:15:19:15:19 chr17 17168164 . G A 276.52 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00160503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.852;QD=18.4344;RBI=0.00627519;REFB=-0.021771;REVB=0.00606646;RO=30;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793627;STB=0.53361;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0202022;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:12:17:15:15:13:17:15:15 chr17 17179481 . G A 263.32 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.11373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.515;QD=17.5546;RBI=0.114835;REFB=-0.00167867;REVB=-0.0158966;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027027;STB=0.515141;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00409494;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:13:16:18:13:13:16:18:13 chr17 17183974 . A C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.01264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.726;QD=13.314;RBI=0.0176459;REFB=-0.0214855;REVB=-0.0123129;RO=33;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330132;STB=0.689484;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0315606;OID=.;OPOS=17183974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:7:15:12:21:7:15:12:21 chr17 17397982 . T C 2050.14 PASS AF=0.923567;AO=145;DP=157;FAO=145;FDP=157;FR=.;FRO=12;FSAF=74;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0821113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.637;QD=52.2329;RBI=0.0822358;REFB=-0.0473515;REVB=-0.00452273;RO=11;SAF=74;SAR=71;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681902;STB=0.532603;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000838777;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:157:157:11:12:145:145:0.923567:71:74:0:11:71:74:1:11 chr17 17682484 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.869;QD=59.0175;RBI=0.0532373;REFB=0;REVB=0.00279798;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123308;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr17 17696531 . G C 714.07 PASS AF=0.94;AO=48;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0226897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6182;QD=57.1254;RBI=0.0247853;REFB=-0.024199;REVB=-0.00997427;RO=2;SAF=25;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036156;STB=0.508123;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00114945;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:2:3:48:47:0.94:23:25:2:0:22:25:2:1 chr17 17696755 . C A 1493.82 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268835;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.4406;QD=62.2426;RBI=0.04026;REFB=-0.0993195;REVB=-0.029969;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000536362;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:96:0:1:95:95:0.989583:56:39:0:0:56:39:0:1 chr17 17697099 . G A 492.1 PASS AF=0.972973;AO=2;DP=29;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.188614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.169;QD=53.2004;RBI=0.278528;REFB=-0.244727;REVB=0.204945;RO=0;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0112694;OID=.;OPOS=17697099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:37:0:1:2:36:0.972973:0:2:0:0:22:14:0:1 chr17 17715101 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.149;QD=57.1774;RBI=0.0424725;REFB=0;REVB=0.0302204;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017576;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr17 17896089 . TC T,TT 667.04 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=36,7;DP=52;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=46,3;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.151948,0.0737697;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.2289,7.23668;QD=50.3429;RBI=0.153521,0.422236;REFB=0,0;REVB=-0.0219227,-0.415742;RO=0;SAF=36,3;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00723349,-0.00115073;OID=.,.;OPOS=17896090,17896090;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.943396,0.0566038:36,7:52:50,3:53:0:46,3:4,0:0:0:10:0:36,3:0,4:0:0 chr17 17896205 . C T 1407.43 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0409848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.547;QD=60.5345;RBI=0.0496956;REFB=-0.12668;REVB=0.028105;RO=1;SAF=31;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150437;STB=0.515622;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00143948;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:1:2:91:91:0.978495:60:31:1:0:60:31:2:0 chr17 18003671 . T G 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00521854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.658;QD=12.8732;RBI=0.0092442;REFB=-0.0220686;REVB=-0.00763033;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00533629;STB=0.503102;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0420182;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:9:10:17:15:9:10:17:15 chr17 18023897 . G A 93.99 PASS AF=0.5;AO=7;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0588589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3738;QD=18.7974;RBI=0.0770055;REFB=-0.00938395;REVB=0.0496536;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496025;STB=0.775174;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.135161;OID=.;OPOS=18023897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:20:20:10:8:7:10:0.5:6:1:6:4:9:1:4:4 chr17 18027845 . G A 204.94 PASS AF=0.545455;AO=16;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00478916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.4212;QD=18.6306;RBI=0.0492519;REFB=-0.0236671;REVB=0.0490185;RO=18;SAF=14;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.568562;STB=0.626762;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0259295;OID=.;OPOS=18027845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:20:16:24:0.545455:2:14:6:12:10:14:6:14 chr17 18041507 . C T 263.79 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0452772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7229;QD=12.8676;RBI=0.0487145;REFB=0.00131511;REVB=0.0179743;RO=51;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140703;STB=0.580593;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00429291;OID=.;OPOS=18041507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:13:18:23:28:13:18:23:28 chr17 18046898 . T C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0193313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7895;QD=14.6538;RBI=0.0240173;REFB=-0.0329805;REVB=-0.0142524;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323155;STB=0.681501;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0304656;OID=.;OPOS=18046898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:8:0:1:7:8:0 chr17 18047189 . G A 308.45 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0044178;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.426;QD=17.8814;RBI=0.0211685;REFB=-0.0290642;REVB=0.0207024;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10001;STB=0.5562;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0264986;OID=.;OPOS=18047189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:35:35:30:30:0.434783:14:16:15:20:14:16:15:20 chr17 18052867 . T C 981.19 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.060909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.3104;QD=56.0679;RBI=0.063993;REFB=-0.134777;REVB=0.0196264;RO=2;SAF=55;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292482;STB=0.515576;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00220371;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:67:68:0.971429:12:55:1:1:12:56:1:1 chr17 18077175 . T C 463.45 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0267742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.886;QD=19.1114;RBI=0.0278933;REFB=-0.00871095;REVB=0.00782185;RO=49;SAF=23;SAR=23;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473649;STB=0.515457;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0093948;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:49:51:46:46:0.474227:23:23:22:27:23:23:24:27 chr17 18137141 . A G 938.21 PASS AF=0.6;AO=83;DP=140;FAO=84;FDP=140;FR=.;FRO=56;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0211546;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.067;QD=26.806;RBI=0.0238503;REFB=-0.0252681;REVB=0.0110146;RO=55;SAF=44;SAR=39;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160931;OID=.;OPOS=18137141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:55:56:83:84:0.6:39:44:30:25:39:45:30:26 chr17 18167505 . T C 244.32 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0497089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4483;QD=17.4513;RBI=0.0500771;REFB=-0.0312741;REVB=-0.00606095;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857505;STB=0.533886;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0318907;OID=.;OPOS=18167505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:25:29:27:27:0.482143:10:17:18:7:10:17:20:9 chr17 18219835 . T C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0169404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1142;QD=11.4398;RBI=0.0180318;REFB=-0.0354808;REVB=-0.00617818;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163296;STB=0.509782;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.040447;OID=.;OPOS=18219835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:8:6:4:5:8:6 chr17 18220770 . G A 295.92 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0213135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5758;QD=28.8699;RBI=0.0430776;REFB=0.0239719;REVB=-0.0374355;RO=15;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066424;STB=0.536557;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0153462;OID=.;OPOS=18220770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:13:13:9:6:13:13:9:6 chr17 18221010 . A G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00288278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3681;QD=19.1085;RBI=0.0217044;REFB=-0.0351031;REVB=0.0215121;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787225;STB=0.545355;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0103069;OID=.;OPOS=18221010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:2:4:5:4:2:4 chr17 18230380 . T G 483.82 PASS AF=0.543478;AO=45;DP=87;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=40;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0100927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.683;QD=21.0358;RBI=0.011007;REFB=-0.0189185;REVB=-0.00439224;RO=37;SAF=35;SAR=10;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345018;STB=0.719904;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0318567;OID=.;OPOS=18230380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:37:42:45:50:0.543478:10:35:15:22:10:40:16:26 chr17 18236339 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00299638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.516;QD=15.2624;RBI=0.0725944;REFB=-0.00324479;REVB=-0.0725325;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366376;STB=0.521244;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00320625;OID=.;OPOS=18236339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:8:8:6:7:8:8 chr17 18390993 . C T 87.83 PASS AF=0.157407;AO=17;DP=108;FAO=17;FDP=108;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=65;FWDB=0.00655661;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2217;QD=3.25289;RBI=0.00666063;REFB=-0.00662731;REVB=-0.00117252;RO=83;SAF=9;SAR=8;SRF=26;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275084;STB=0.700971;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0502138;OID=.;OPOS=18390993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:108:108:83:91:17:17:0.157407:8:9:26:57:8:9:26:65 chr17 18391003 . G A 79.86 PASS AF=0.139344;AO=17;DP=121;FAO=17;FDP=122;FR=.;FRO=105;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=73;FWDB=-0.0246422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8293;QD=2.61827;RBI=0.0317612;REFB=-0.0016952;REVB=-0.0200384;RO=104;SAF=9;SAR=8;SRF=32;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281948;STB=0.689492;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0127291;OID=.;OPOS=18391003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:121:122:104:105:17:17:0.139344:8:9:32:72:8:9:32:73 chr17 18528623 . A G 1598.78 PASS AF=0.973214;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0605143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0396;QD=57.0993;RBI=0.0880507;REFB=0.0157283;REVB=-0.0639605;RO=3;SAF=62;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224126;STB=0.511809;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0012499;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:112:3:3:109:109:0.973214:47:62:3:0:47:62:3:0 chr17 18542519 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.586;QD=53.2771;RBI=0.0426956;REFB=0;REVB=0.0422734;RO=0;SAF=20;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353296;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:3:20:0:0:3:20:0:0 chr17 18684642 . G T 95.41 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0929122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.5423;QD=11.5648;RBI=0.095752;REFB=-0.01768;REVB=-0.0231467;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886344;STB=0.568413;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.035955;OID=.;OPOS=18684642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:7:5:10:10:7:5:11:10 chr17 18694277 . G A 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0191415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.283;QD=12.998;RBI=0.0196161;REFB=-0.0179251;REVB=-0.00428879;RO=57;SAF=10;SAR=24;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28356;STB=0.662974;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0301281;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:24:10:31:26:24:10:31:26 chr17 18702220 . T C 871.43 PASS AF=0.491713;AO=88;DP=180;FAO=89;FDP=181;FR=.;FRO=92;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=-0.0152976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8778;QD=19.2582;RBI=0.0355396;REFB=-0.0167173;REVB=0.0320788;RO=92;SAF=46;SAR=42;SRF=32;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161577;STB=0.590956;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0188441;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:92:92:88:89:0.491713:42:46:32:60:42:47:32:60 chr17 18775900 . A G 1126.44 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2584;QD=58.5161;RBI=0.032946;REFB=-0.120499;REVB=0.0237322;RO=2;SAF=40;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230683;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00135494;OID=.;OPOS=18775900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:2:1:75:76:0.987013:35:40:2:0:35:41:1:0 chr17 18855611 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.785;QD=53.9109;RBI=0.0172484;REFB=0;REVB=-0.013451;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38684e-05;OID=.;OPOS=18855611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr17 18874685 . C CGGT,T 427.93 PASS AF=0.789474,0.0789474;AO=28,3;DP=39;FAO=30,3;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=18,2;FSAR=12,1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.000792711,0.00860361;FXX=0.0256345;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=238.429,106.538;QD=45.0452;RBI=0.000897577,0.00882778;REFB=0.0510486,0.0441043;REVB=-0.000421016,-0.00197675;RO=5;SAF=17,2;SAR=11,1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.118922,-0.462295;STB=0.560936,0.776677;STBP=0.101,0.8;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00253891,0.00335318;OID=.,.;OPOS=18874686,18874685;OREF=-,C;OALT=GGT,T;OMAPALT=CGGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:39:38:5:5:28,3:30,3:0.789474,0.0789474:11,1:17,2:5:0:12,1:18,2:5:0 chr17 18874720 . C G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6094;QD=56.9542;RBI=0.0522843;REFB=0;REVB=0.0306129;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142415;OID=.;OPOS=18874720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr17 18880268 . C A 461.67 PASS AF=0.529412;AO=44;DP=84;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.01255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.177;QD=21.7255;RBI=0.0394592;REFB=-0.0368252;REVB=0.0374102;RO=40;SAF=10;SAR=34;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254714;STB=0.644374;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0329311;OID=.;OPOS=18880268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:40:40:44:45:0.529412:34:10:19:21:35:10:19:21 chr17 19216917 . T C 176.12 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0407;QD=46.9663;RBI=0.129504;REFB=0;REVB=-0.0500008;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00351785;OID=.;OPOS=19216917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:9:3:0:0:9:6:0:0 chr17 19232078 . T C 1511.09 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954874;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.269;QD=59.8453;RBI=0.0434758;REFB=0;REVB=-0.0424142;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016147;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:100:101:1:45:55:0:0:45:56:0:0 chr17 19454725 . G C 186.79 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0106601;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.058;QD=12.4527;RBI=0.0259766;REFB=-0.0127496;REVB=-0.0236885;RO=37;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297297;STB=0.670281;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0194654;OID=.;OPOS=19454725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:37:23:23:0.383333:9:14:12:25:9:14:12:25 chr17 19454733 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.454;QD=58.4195;RBI=0.0401395;REFB=0;REVB=0.0334581;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21318e-05;OID=.;OPOS=19454733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr17 19458972 . C T 429.25 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0407805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3032;QD=19.7356;RBI=0.0412197;REFB=-0.00850554;REVB=-0.00600119;RO=43;SAF=12;SAR=30;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340574;STB=0.687272;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00805968;OID=.;OPOS=19458972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:44:42:43:0.494253:30:12:28:15:31:12:28:16 chr17 19461020 . C T 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00436947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.39;QD=9.47546;RBI=0.0250025;REFB=-0.0140399;REVB=-0.0246178;RO=21;SAF=9;SAR=1;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589079;STB=0.865847;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0288538;OID=.;OPOS=19461020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:1:9:9:12:1:9:9:12 chr17 19578873 . A T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000328434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.544;QD=60.3764;RBI=0.0106203;REFB=0;REVB=-0.0106152;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01549e-05;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr17 19608773 . G A 1437.78 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046985;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.218;QD=63.199;RBI=0.0709189;REFB=0;REVB=0.0531215;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157268;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr17 19617236 . G T 152.2 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00418243;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.866;QD=12.6835;RBI=0.0148168;REFB=-0.0210713;REVB=-0.0142142;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872883;STB=0.570649;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0298222;OID=.;OPOS=19617236;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:31:17:17:0.354167:8:9:13:16:8:9:13:18 chr17 19642952 . G C 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.011576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=334.182;QD=24.293;RBI=0.0132517;REFB=-0.0139814;REVB=-0.00645021;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235442;STB=0.63144;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00769335;OID=.;OPOS=19642952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:7:12:4:9:7:12:4:9 chr17 19644472 . A T 304.77 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=0.00388017;FXX=0.0617208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.021;QD=16.0407;RBI=0.026547;REFB=-0.00256226;REVB=-0.0262619;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162788;STB=0.629276;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00139327;OID=.;OPOS=19644472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:43:33:33:0.434211:19:14:9:26:19:14:9:34 chr17 19645938 . A C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.997;QD=59.1429;RBI=0.0402235;REFB=0;REVB=-0.0235763;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14208e-05;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr17 19646312 . G A 988.29 PASS AF=0.556213;AO=94;DP=174;FAO=94;FDP=169;FR=.;FRO=75;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=0.00635292;FXX=0.028734;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.623;QD=23.3914;RBI=0.00780402;REFB=-0.0146983;REVB=-0.00453246;RO=75;SAF=57;SAR=37;SRF=49;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404413;STB=0.522024;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0115508;OID=.;OPOS=19646312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:169:75:75:94:94:0.556213:37:57:49:26:37:57:49:26 chr17 19678475 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0514853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.845;QD=20.7547;RBI=0.0535256;REFB=0.00704098;REVB=-0.0146377;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27002;STB=0.653837;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00689424;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:11:4:7:5:11:4:7:5 chr17 19713740 . C T 660.34 PASS AF=0.528455;AO=65;DP=123;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0414033;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.06;QD=21.4744;RBI=0.0414854;REFB=0.00078782;REVB=0.00260852;RO=58;SAF=35;SAR=30;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479048;STB=0.526308;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.000365204;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:58:58:65:65:0.528455:30:35:28:30:30:35:28:30 chr17 19729495 . T C 541.36 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00681628;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.334;QD=24.6071;RBI=0.00759112;REFB=-0.0125418;REVB=0.00334117;RO=38;SAF=23;SAR=27;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114088;STB=0.562475;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00726051;OID=.;OPOS=19729495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:38:38:50:50:0.568182:27:23:23:15:27:23:23:15 chr17 19768092 . TTA T,TAA 39.86 PASS AF=0.106667,0;AO=28,11;DP=169;FAO=16,0;FDP=150;FR=.;FRO=134;FSAF=8,0;FSAR=8,0;FSRF=76;FSRR=58;FWDB=-0.188552,-0.0155468;FXX=0.00662208;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.9075,19.2073;QD=1.06294;RBI=0.201848,0.13844;REFB=-0.0414215,-0.0104561;REVB=-0.0720452,-0.137564;RO=117;SAF=12,9;SAR=16,2;SRF=69;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.203575,0.291031;STB=0.559926,0.5;STBP=0.618,1;TYPE=del,snp;VARB=0.160825,0;OID=.,.;OPOS=19768093,19768093;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.106667,0:28,11:169:16,0:150:134:8,0:8,0:76:58:40:117:12,9:16,2:69:48 chr17 19880980 . C T 130.75 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00124966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.726;QD=23.772;RBI=0.0384204;REFB=-0.0219758;REVB=0.0384001;RO=8;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125311;STB=0.538405;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0104679;OID=.;OPOS=19880980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:13:14:0.636364:3:10:5:3:4:10:5:3 chr17 20107773 . T C 310.56 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0376838;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4913;QD=23.4384;RBI=0.0712543;REFB=-0.00701174;REVB=-0.060474;RO=24;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452488;STB=0.510303;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00564243;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:24:22:31:31:0.584906:12:19:16:8:12:19:14:8 chr17 20108049 . TGAG T 272.27 PASS AF=0.43662;AO=29;DP=73;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.00764063;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=3;MLLD=174.283;QD=15.339;RBI=0.0100552;REFB=-0.013847;REVB=-0.00653661;RO=40;SAF=8;SAR=21;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675059;STB=0.524893;STBP=0.761;TYPE=del;VARB=0.015937;OID=.;OPOS=20108050;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43662:29:73:31:71:40:8:23:9:31:99:40:8:21:9:31 chr17 20108239 . A T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.15;QD=57.0007;RBI=0.0214007;REFB=0;REVB=0.0168898;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7917e-05;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr17 20109189 . C T 259.38 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00358585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4718;QD=14.2128;RBI=0.0140124;REFB=-0.0115218;REVB=-0.0135458;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120432;STB=0.506845;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0311922;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:15:15:21:22:15:15:21:22 chr17 20163529 . A G 570.84 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.194836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.979;QD=58.5478;RBI=0.195697;REFB=0;REVB=0.0183445;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677844;OID=.;OPOS=20163529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:39:0:0:32:39:1:24:8:0:0:24:15:0:0 chr17 20244264 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.157;QD=53.9111;RBI=0.058065;REFB=0;REVB=0.0574179;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295034;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr17 20269062 . T TA 87.64 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=-0.096559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.8905;QD=7.6207;RBI=0.0992017;REFB=0.00169509;REVB=-0.0227447;RO=29;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122911;STB=0.599896;STBP=0.403;TYPE=ins;VARB=-0.00620805;OID=.;OPOS=20269063;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565:16:46:17:46:29:5:12:5:24:87:29:4:12:5:24 chr17 20370735 . T C 235.3 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.000465509;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.771;QD=17.7585;RBI=0.037497;REFB=-0.00455128;REVB=-0.0374941;RO=27;SAF=6;SAR=19;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07257;STB=0.55724;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0046137;OID=.;OPOS=20370735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:27:27:25:26:0.490566:19:6:5:22:19:7:5:22 chr17 20483255 . G A 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0270297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.965;QD=9.62221;RBI=0.0365694;REFB=-0.00935838;REVB=0.0246317;RO=40;SAF=5;SAR=14;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411839;STB=0.743109;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0238908;OID=.;OPOS=20483255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:14:5:25:15:14:5:25:15 chr17 20769862 . T A 90.98 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0105039;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.912;QD=7.74285;RBI=0.0502386;REFB=-0.00412481;REVB=-0.0491282;RO=35;SAF=10;SAR=2;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454298;STB=0.786882;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0264432;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:48:47:35:35:12:12:0.255319:2:10:17:18:2:10:17:18 chr17 20769866 . G A 89.45 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0067355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.639;QD=7.3017;RBI=0.0072886;REFB=0.0143441;REVB=0.0027851;RO=37;SAF=10;SAR=2;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430834;STB=0.774689;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0424918;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:2:10:19:18:2:10:19:18 chr17 20769896 . G T 119.77 PASS AF=0.283333;AO=16;DP=57;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00762525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.511;QD=7.98491;RBI=0.00763402;REFB=-0.0225381;REVB=0.000365758;RO=39;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285714;STB=0.505045;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0400481;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:39:43:16:17:0.283333:7:9:21:18:7:10:25:18 chr17 20769899 . G T 140.64 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0168799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.539;QD=9.37566;RBI=0.0253341;REFB=-0.0102807;REVB=-0.0188914;RO=41;SAF=12;SAR=7;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848841;STB=0.550405;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0187418;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:7:12:23:18:7:12:23:18 chr17 20769904 . G A 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00461755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5934;QD=10.1072;RBI=0.00840921;REFB=-0.0131356;REVB=-0.00702802;RO=42;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027448;STB=0.516114;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.024723;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:9:12:23:19:9:12:23:19 chr17 20769954 . T G 184.39 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.029091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.455;QD=10.1034;RBI=0.0297226;REFB=-0.0210388;REVB=-0.00609464;RO=49;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116901;STB=0.506844;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0362014;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:12:12:24:25:12:12:24:25 chr17 20769964 . C A 158.1 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0499639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3142;QD=9.88153;RBI=0.0559308;REFB=0.00599485;REVB=-0.025137;RO=43;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125199;STB=0.573749;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0112524;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:13:8:21:22:13:8:21:22 chr17 20769968 . G A 148.07 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.034497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.452;QD=9.40149;RBI=0.0346699;REFB=0.000342512;REVB=-0.00345742;RO=43;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103432;STB=0.561228;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00123144;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:12:8:21:22:12:8:21:22 chr17 20769995 . C T 149.32 PASS AF=0.34;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.155166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4803;QD=11.9455;RBI=0.155233;REFB=-0.0173601;REVB=-0.00455669;RO=32;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186267;STB=0.570286;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0477574;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:32:33:16:17:0.34:11:5:15:17:11:6:15:18 chr17 20770002 . CC AG 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00980352;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=220.674;QD=11.4912;RBI=0.0158214;REFB=-0.0223681;REVB=-0.0124181;RO=32;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186267;STB=0.610967;STBP=0.342;TYPE=mnp;VARB=0.0510294;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:11:5:15:17:11:5:15:17 chr17 20796694 . A G 825.99 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132217;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.372;QD=56.9646;RBI=0.0172339;REFB=0;REVB=0.0110541;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919318;OID=.;OPOS=20796694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:32:24:0:0:34:24:0:0 chr17 20798992 . C T 924.43 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.59;QD=56.8882;RBI=0.0253135;REFB=-0.0884144;REVB=0.00596333;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000175593;OID=.;OPOS=20798992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:0:1:64:64:0.984615:32:32:0:0:32:32:1:0 chr17 20799119 . A G 1346.53 PASS AF=0.977778;AO=73;DP=91;FAO=88;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0614383;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.178;QD=59.8456;RBI=0.0871379;REFB=-0.207745;REVB=0.0617928;RO=3;SAF=28;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480179;STB=0.514702;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0041387;OID=.;OPOS=20799119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:90:3:2:73:88:0.977778:45:28:3:0:55:33:2:0 chr17 20799160 . G GAA 241.78 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0726084;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=2;MLLD=41.8561;QD=9.48171;RBI=0.0798192;REFB=0.00128032;REVB=0.033153;RO=61;SAF=12;SAR=29;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242135;STB=0.637782;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=-0.00116292;OID=.;OPOS=20799161;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401961:41:103:41:102:61:12:29:31:30:99:61:12:29:31:30 chr17 21117589 . C A 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5441;QD=57.1965;RBI=0.126873;REFB=0;REVB=0.00241893;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198031;OID=.;OPOS=21117589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr17 21132915 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.572;QD=48.7373;RBI=0.0503562;REFB=0;REVB=-0.0435314;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256315;OID=.;OPOS=21132915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr17 21144074 . G A 1283.3 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.321;QD=61.8456;RBI=0.019072;REFB=0;REVB=0.0117138;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02126e-05;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:35:47:0:0:35:48:0:0 chr17 21144155 . C G 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000241892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.7;QD=49.589;RBI=0.0222125;REFB=0;REVB=0.0222112;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181045;OID=.;OPOS=21144155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr17 21144352 . G A 591.52 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00779483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.694;QD=57.709;RBI=0.00932481;REFB=0.0671594;REVB=-0.00511787;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267753;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-1.29715e-05;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:17:22:0:1:18:22:0:1 chr17 21194769 . C T 132.7 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0120121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0271;QD=9.15193;RBI=0.0412082;REFB=-0.0115587;REVB=-0.0394186;RO=38;SAF=4;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374253;STB=0.739558;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0250558;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:40:18:18:0.310345:14:4:20:18:14:4:22:18 chr17 21194771 . A T 73.68 PASS AF=0.2;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00534068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6341;QD=4.91209;RBI=0.036719;REFB=-0.0062734;REVB=-0.0363286;RO=47;SAF=2;SAR=10;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472447;STB=0.803035;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0278891;OID=.;OPOS=21194771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:59:60:47:48:12:12:0.2:10:2:25:22:10:2:25:23 chr17 21194785 . T C 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00837751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.545;QD=8.90106;RBI=0.009694;REFB=-0.00282361;REVB=-0.0048776;RO=41;SAF=4;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364954;STB=0.719904;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0116832;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:14:4:21:20:14:4:21:20 chr17 21194820 . G A 182.3 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0222858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.862;QD=11.5745;RBI=0.0225852;REFB=-0.0163821;REVB=0.00366566;RO=39;SAF=6;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268857;STB=0.66551;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0397912;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:40:23:23:0.365079:17:6:19:20:17:6:20:20 chr17 21194843 . T C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0237234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.567;QD=13.4055;RBI=0.0272427;REFB=-0.0222564;REVB=-0.0133928;RO=34;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155379;STB=0.589534;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0388617;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:16:7:15:19:16:7:15:19 chr17 21194852 . G A 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00770066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.769;QD=16.5724;RBI=0.00998614;REFB=-0.0120068;REVB=-0.0063579;RO=35;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697352;STB=0.539299;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.011689;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:20:10:14:21:20:10:14:21 chr17 21194859 . G A 314.26 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0355422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1028;QD=17.2198;RBI=0.0457135;REFB=0.019515;REVB=0.0287485;RO=39;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164026;STB=0.515655;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.0205266;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:39:33:34:0.465753:20:13:16:23:21:13:16:23 chr17 21199037 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0207381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6059;QD=12.9746;RBI=0.0404817;REFB=0.00296378;REVB=-0.0347663;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.59984;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0147036;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:12:6:6:6:12:6 chr17 21199083 . T A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0426981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.797;QD=10.8848;RBI=0.0503675;REFB=-0.0307166;REVB=0.0267162;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519322;STB=0.829854;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0199462;OID=.;OPOS=21199083;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:13:15:9:9:0.375:7:2:10:3:7:2:12:3 chr17 21199390 . C T 160.21 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=93;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0320693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9232;QD=6.89076;RBI=0.0393948;REFB=0.00720787;REVB=-0.0228804;RO=70;SAF=15;SAR=8;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290023;STB=0.676023;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0258406;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:70:70:23:23:0.247312:8:15:29:41:8:15:29:41 chr17 21199403 . C T 191.96 PASS AF=0.265306;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=98;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00756496;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.209;QD=7.8351;RBI=0.0570849;REFB=-0.0181154;REVB=-0.0565814;RO=73;SAF=17;SAR=9;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308891;STB=0.680912;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0330602;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:73:72:26:26:0.265306:9:17:29:44:9:17:29:43 chr17 21201719 . T C 467.13 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0911392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9313;QD=15.4422;RBI=0.0911398;REFB=-0.0194751;REVB=0.000312548;RO=69;SAF=28;SAR=24;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075921;STB=0.54255;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0255871;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:69:52:52:0.429752:24:28:32:37:24:28:32:37 chr17 21202191 . C A 328.48 PASS AF=0.388889;AO=40;DP=102;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.00388624;FXX=0.00917347;HRUN=7;LEN=1;MLLD=38.7477;QD=12.1658;RBI=0.0475449;REFB=-0.0603798;REVB=0.0473858;RO=61;SAF=17;SAR=23;SRF=16;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184216;STB=0.584049;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0574514;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:108:61:66:40:42:0.388889:23:17:16:45:23:19:21:45 chr17 21202237 . G C 457.67 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=-0.00888179;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.152;QD=20.3407;RBI=0.010107;REFB=-0.0175071;REVB=-0.00482348;RO=45;SAF=21;SAR=24;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226835;STB=0.62476;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0171202;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:24:21:10:35:24:21:10:35 chr17 21203893 . T C 551.21 PASS AF=0.586207;AO=48;DP=83;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0119606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.56;QD=25.3428;RBI=0.0173454;REFB=-0.0118647;REVB=0.0125621;RO=35;SAF=15;SAR=33;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122668;STB=0.552346;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00977318;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:35:36:48:51:0.586207:33:15:16:19:33:18:17:19 chr17 21203907 . T C 112.88 PASS AF=0.214286;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0022647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8074;QD=5.37499;RBI=0.00859768;REFB=-0.0255661;REVB=0.00829405;RO=66;SAF=6;SAR=12;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101418;STB=0.564029;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0412033;OID=.;OPOS=21203907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:66:66:18:18:0.214286:12:6:27:39:12:6:27:39 chr17 21203934 . G A 445.97 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0177915;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.209;QD=25.8531;RBI=0.0239815;REFB=-0.0321417;REVB=0.0160802;RO=27;SAF=15;SAR=27;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102692;STB=0.505615;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0185267;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:27:15:10:17:27:15:10:17 chr17 21203941 . G A 87.56 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0155699;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8106;QD=5.47227;RBI=0.0219025;REFB=0.00232878;REVB=0.0154045;RO=46;SAF=5;SAR=9;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994151;STB=0.535662;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00605089;OID=.;OPOS=21203941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:65:64:46:50:14:14:0.21875:9:5:20:26:9:5:20:30 chr17 21203949 . C T 413.22 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0300068;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6009;QD=28.9982;RBI=0.0301683;REFB=-0.0130721;REVB=-0.00311662;RO=18;SAF=13;SAR=25;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303594;STB=0.528686;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0112471;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:19:38:38:0.666667:25:13:7:11:25:13:8:11 chr17 21204187 . G T 278.49 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.00741094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.163;QD=11.6036;RBI=0.0147251;REFB=-0.00780183;REVB=0.0127243;RO=63;SAF=19;SAR=14;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108051;STB=0.562176;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0151021;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:63:33:33:0.34375:14:19:42:21:14:19:42:21 chr17 21204192 . C T 239.66 PASS AF=0.309278;AO=30;DP=97;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.0105745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.53;QD=9.88299;RBI=0.0179966;REFB=0.00349002;REVB=-0.0145622;RO=65;SAF=17;SAR=13;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963719;STB=0.553549;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00965845;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:65:67:30:30:0.309278:13:17:42:23:13:17:43:24 chr17 21204210 . C T 248.24 PASS AF=0.314286;AO=33;DP=105;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.039175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6278;QD=9.45665;RBI=0.0417733;REFB=0.00625133;REVB=0.0145027;RO=72;SAF=17;SAR=16;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13007;STB=0.575695;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0139869;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:72:72:33:33:0.314286:16:17:45:27:16:17:45:27 chr17 21204257 . G A 223.93 PASS AF=0.278261;AO=32;DP=115;FAO=32;FDP=115;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=0.00651642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.846;QD=7.78879;RBI=0.0104792;REFB=-0.0130323;REVB=0.00820673;RO=83;SAF=15;SAR=17;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176169;STB=0.604137;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0264835;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:83:83:32:32:0.278261:17:15:51:32:17:15:51:32 chr17 21204266 . T C 207.67 PASS AF=0.27027;AO=30;DP=109;FAO=30;FDP=111;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.00743442;FXX=0.0263135;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.238;QD=7.48364;RBI=0.00955051;REFB=-0.0058945;REVB=-0.00599513;RO=77;SAF=13;SAR=17;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257601;STB=0.640287;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0204991;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:77:81:30:30:0.27027:17:13:50:27:17:13:51:30 chr17 21204290 . G C 86.52 PASS AF=0.153153;AO=17;DP=111;FAO=17;FDP=111;FR=.;FRO=94;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=-0.0420056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.582;QD=3.1178;RBI=0.0492592;REFB=-0.00547011;REVB=-0.0257293;RO=94;SAF=5;SAR=12;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369644;STB=0.745143;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0289331;OID=.;OPOS=21204290;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:111:111:94:94:17:17:0.153153:12:5:56:38:12:5:56:38 chr17 21204308 . G T 228.0 PASS AF=0.302083;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=96;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.0257469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.795;QD=9.50018;RBI=0.0279208;REFB=0.00109544;REVB=0.0108012;RO=66;SAF=12;SAR=17;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224192;STB=0.625977;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00141288;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:66:67:29:29:0.302083:17:12:40:26:17:12:40:27 chr17 21205460 . C T 456.01 PASS AF=0.706897;AO=41;DP=58;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.02221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.791;QD=31.4488;RBI=0.0311153;REFB=-0.0397994;REVB=0.0217918;RO=15;SAF=29;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991652;STB=0.540706;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0204444;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:15:17:41:41:0.706897:12:29:8:7:12:29:10:7 chr17 21206556 . C T 363.36 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0191933;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.001;QD=17.9438;RBI=0.0266655;REFB=-0.00220164;REVB=0.0185113;RO=42;SAF=12;SAR=26;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116379;STB=0.560312;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00253075;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:42:43:38:38:0.469136:26:12:18:24:26:12:18:25 chr17 21207813 . T G 100.78 PASS AF=0.14;AO=21;DP=150;FAO=21;FDP=150;FR=.;FRO=129;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=75;FSRR=54;FWDB=-0.0268387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0261;QD=2.6875;RBI=0.0371517;REFB=-0.000792563;REVB=-0.0256892;RO=129;SAF=5;SAR=16;SRF=75;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422716;STB=0.785015;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00262638;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:129:129:21:21:0.14:16:5:75:54:16:5:75:54 chr17 21207834 . C T 284.41 PASS AF=0.264901;AO=40;DP=150;FAO=40;FDP=151;FR=.;FRO=111;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=-0.00486945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.34;QD=7.53395;RBI=0.00981008;REFB=-0.0109235;REVB=-0.00851623;RO=110;SAF=25;SAR=15;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156247;STB=0.59659;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0338092;OID=.;OPOS=21207834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:110:111:40:40:0.264901:15:25:55:55:15:25:55:56 chr17 21207835 . G A 125.71 PASS AF=0.15894;AO=24;DP=151;FAO=24;FDP=151;FR=.;FRO=127;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=72;FSRR=55;FWDB=0.0268146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.51;QD=3.32997;RBI=0.037136;REFB=0.0031721;REVB=-0.0256915;RO=127;SAF=8;SAR=16;SRF=72;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293511;STB=0.692484;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0158309;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:127:127:24:24:0.15894:16:8:72:55:16:8:72:55 chr17 21207844 . C T 147.38 PASS AF=0.183099;AO=26;DP=142;FAO=26;FDP=142;FR=.;FRO=116;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=-0.0162615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.048;QD=4.15154;RBI=0.0382289;REFB=-0.010517;REVB=-0.0345978;RO=116;SAF=17;SAR=9;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199264;STB=0.627795;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0436954;OID=.;OPOS=21207844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:116:116:26:26:0.183099:9:17:58:58:9:17:58:58 chr17 21208413 . C T 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0172679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.651;QD=12.785;RBI=0.0184064;REFB=-0.0164699;REVB=-0.00637316;RO=42;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171156;STB=0.501607;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0218685;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:12:15:24:18:12:15:24:19 chr17 21208449 . G T 200.93 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00580876;FXX=0.0185151;HRUN=6;LEN=1;MLLD=232.633;QD=15.1643;RBI=0.03002;REFB=-0.00173404;REVB=-0.0294527;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.537158;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00123152;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:23:30:23:23:0.433962:10:13:13:10:10:13:15:15 chr17 21215483 . C T 835.24 PASS AF=0.545455;AO=78;DP=143;FAO=78;FDP=143;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.00692104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.415;QD=23.3635;RBI=0.00908227;REFB=-0.0136596;REVB=-0.00588106;RO=65;SAF=38;SAR=40;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144684;STB=0.578965;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0135287;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:65:65:78:78:0.545455:40:38:43:22:40:38:43:22 chr17 21215537 . C A 827.49 PASS AF=0.52349;AO=79;DP=150;FAO=78;FDP=149;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.000862106;FXX=0.00666622;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.711;QD=22.2145;RBI=0.0181427;REFB=-0.019879;REVB=0.0181222;RO=70;SAF=34;SAR=45;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968431;STB=0.560441;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0196756;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:70:71:79:78:0.52349:45:34:38:32:45:33:39:32 chr17 21215552 . C T 633.18 PASS AF=0.467626;AO=64;DP=139;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0168583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.992;QD=18.221;RBI=0.0187399;REFB=-0.0116597;REVB=0.00818444;RO=69;SAF=20;SAR=44;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194456;STB=0.62097;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0103676;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:69:74:64:65:0.467626:44:20:35:34:44:21:40:34 chr17 21215557 . G A 671.37 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00351127;FXX=0.0370343;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.247;QD=20.6576;RBI=0.0115198;REFB=-0.0077752;REVB=-0.0109716;RO=63;SAF=27;SAR=39;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607585;STB=0.530034;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0089871;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:63:64:66:66:0.507692:39:27:30:33:39:27:30:34 chr17 21216788 . C T 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00693407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.751;QD=10.6983;RBI=0.0129004;REFB=-0.00119985;REVB=0.0108784;RO=32;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184453;STB=0.610023;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00347881;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:9:6:18:14:9:6:18:14 chr17 21216846 . G C 142.98 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0456429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6128;QD=14.6644;RBI=0.0661141;REFB=-0.0124352;REVB=0.047831;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155401;STB=0.589635;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0234044;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:15:8:8:8:15:8 chr17 21217513 . G A 284.28 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0104444;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4002;QD=12.6346;RBI=0.0151155;REFB=0.0090771;REVB=-0.0109267;RO=57;SAF=12;SAR=21;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106278;STB=0.561144;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0162482;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:21:12:26:31:21:12:26:31 chr17 21217547 . T C 225.55 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=82;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0151148;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.303;QD=10.7404;RBI=0.0158538;REFB=-0.000641179;REVB=-0.0047839;RO=54;SAF=7;SAR=20;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256734;STB=0.629532;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00289169;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:54:56:27:28:0.333333:20:7:25:29:20:8:26:30 chr17 21217586 . G T 323.3 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0025467;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.446;QD=13.7576;RBI=0.0111732;REFB=-0.00680332;REVB=-0.0108791;RO=54;SAF=16;SAR=20;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502391;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00891982;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:54:58:36:36:0.382979:20:16:24:30:20:16:26:32 chr17 21217595 . GCG GC,GG,GGG 339.45 PASS AF=0.0217391,0.228261,0.173913;AO=11,10,24;DP=93;FAO=2,21,16;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=1,12,3;FSAR=1,9,13;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.100818,-0.0142198,-0.0118724;FXX=0.0416623;HRUN=5,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=11.2328,165.235,169.819;QD=14.7588;RBI=0.188312,0.0411249,0.0459967;REFB=-0.167881,-0.0379271,-0.0310815;REVB=0.15905,-0.0385883,-0.0444381;RO=34;SAF=10,8,4;SAR=1,2,20;SRF=12;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.658509,0.518854,-0.267766;STB=0.527003,0.571361,0.747095;STBP=0.858,0.467,0.028;TYPE=del,del,snp;VARB=0.111351,0.0212732,0.0629875;OID=.,.,.;OPOS=21217597,21217596,21217596;OREF=G,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GC,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0217391,0.228261,0.173913:11,10,24:93:2,21,16:92:53:1,12,3:1,9,13:25:28:78:34:10,8,4:1,2,20:12:22 chr17 21217660 . C T 392.43 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00732108;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.387;QD=16.6994;RBI=0.0201451;REFB=-0.00892993;REVB=0.0187678;RO=52;SAF=17;SAR=24;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669176;STB=0.543423;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0126526;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:52:53:41:41:0.43617:24:17:25:27:24:17:26:27 chr17 21217690 . C T 353.96 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.043071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6801;QD=16.0892;RBI=0.043152;REFB=-0.00793822;REVB=0.00264198;RO=50;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467184;STB=0.526302;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0113564;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:20:18:26:24:20:18:26:24 chr17 21217727 . T C 121.71 PASS AF=0.26087;AO=16;DP=66;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0847786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.862;QD=7.0554;RBI=0.0848827;REFB=-0.00818839;REVB=0.00420352;RO=29;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126902;STB=0.728897;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0157304;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:29:51:16:18:0.26087:12:4:7:22:14:4:26:25 chr17 21217749 . G C 155.12 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0366494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8888;QD=12.4092;RBI=0.0369199;REFB=-0.0185731;REVB=-0.00446066;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10273;STB=0.559934;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0303833;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:9:9:13:19:9:9:13:19 chr17 21318663 . G A 138.41 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0124668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.345;QD=11.7794;RBI=0.0130783;REFB=-0.0235264;REVB=-0.0039522;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392979;STB=0.728388;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0362447;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:10:6:23:8:10:6:23:8 chr17 21318671 . G A 48.69 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00957608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.6634;QD=3.89483;RBI=0.0421151;REFB=-0.0181036;REVB=0.0410119;RO=42;SAF=6;SAR=2;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209395;STB=0.647332;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0377076;OID=.;OPOS=21318671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:2:6:25:17:2:6:25:17 chr17 21318698 . C T 156.81 PASS AF=0.323077;AO=20;DP=64;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.029677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5813;QD=9.65007;RBI=0.045212;REFB=-0.0104765;REVB=0.0341087;RO=44;SAF=12;SAR=8;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109494;STB=0.513501;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0275591;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:44:44:20:21:0.323077:8:12:26:18:9:12:26:18 chr17 21318770 . G A 69.57 PASS AF=0.1625;AO=12;DP=77;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0316694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.256;QD=3.47827;RBI=0.0702509;REFB=-0.0103917;REVB=-0.0627075;RO=65;SAF=8;SAR=4;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182868;STB=0.591298;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0540156;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:77:80:65:67:12:13:0.1625:4:8:34:31:5:8:34:33 chr17 21318773 . G A 61.28 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00969721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.143;QD=3.02617;RBI=0.0274153;REFB=-0.0112653;REVB=-0.025643;RO=69;SAF=8;SAR=4;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234297;STB=0.660888;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0276113;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:69:69:12:12:0.148148:4:8:33:36:4:8:33:36 chr17 21318782 . G A 289.4 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00510574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.886;QD=13.9468;RBI=0.0174464;REFB=-0.0270805;REVB=0.0166825;RO=49;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266412;STB=0.509125;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0338614;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:50:33:33:0.39759:16:17:24:25:16:17:25:25 chr17 21318821 . A C 167.43 PASS AF=0.22314;AO=27;DP=121;FAO=27;FDP=121;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=-0.0235571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.416;QD=5.53471;RBI=0.0289871;REFB=-0.00731554;REVB=-0.0168912;RO=94;SAF=10;SAR=17;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291257;STB=0.678253;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0464284;OID=.;OPOS=21318821;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:94:94:27:27:0.22314:17:10:57:37:17:10:57:37 chr17 21318867 . G A 280.69 PASS AF=0.261745;AO=39;DP=150;FAO=39;FDP=149;FR=.;FRO=110;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=48;FWDB=0.0179622;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7632;QD=7.53522;RBI=0.021236;REFB=0.00987984;REVB=-0.011328;RO=109;SAF=26;SAR=13;SRF=62;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128306;STB=0.58091;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0360025;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:109:110:39:39:0.261745:13:26:62:47:13:26:62:48 chr17 21318897 . G C 472.75 PASS AF=0.3625;AO=58;DP=160;FAO=58;FDP=160;FR=.;FRO=102;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=-0.0247885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.274;QD=11.8187;RBI=0.0603949;REFB=-0.0284027;REVB=-0.0550734;RO=102;SAF=29;SAR=29;SRF=61;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109909;STB=0.562479;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0549937;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:102:102:58:58:0.3625:29:29:61:41:29:29:61:41 chr17 21318912 . C A 121.11 PASS AF=0.151515;AO=25;DP=165;FAO=25;FDP=165;FR=.;FRO=140;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=76;FSRR=64;FWDB=0.0138575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3654;QD=2.93607;RBI=0.0400754;REFB=-0.00492202;REVB=0.0376033;RO=139;SAF=18;SAR=7;SRF=76;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233173;STB=0.65999;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0198329;OID=.;OPOS=21318912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:139:140:25:25:0.151515:7:18:76:63:7:18:76:64 chr17 21318918 . G A 359.26 PASS AF=0.29878;AO=49;DP=165;FAO=49;FDP=164;FR=.;FRO=115;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=0.0378673;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2802;QD=8.76252;RBI=0.055431;REFB=-0.013588;REVB=0.0404805;RO=115;SAF=31;SAR=18;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126421;STB=0.574043;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.034391;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:115:115:49:49:0.29878:18:31:61:54:18:31:61:54 chr17 21318948 . C T 339.34 PASS AF=0.29375;AO=46;DP=159;FAO=47;FDP=160;FR=.;FRO=113;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.0642373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.976;QD=8.48344;RBI=0.0690155;REFB=-0.00874399;REVB=-0.025233;RO=111;SAF=28;SAR=18;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116657;STB=0.580907;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0369456;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:111:113:46:47:0.29375:18:28:57:54:18:29:57:56 chr17 21318951 . CA CG,TG 1160.06 PASS AF=0.375,0.29375;AO=60,47;DP=160;FAO=60,47;FDP=160;FR=.;FRO=53;FSAF=27,29;FSAR=33,18;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0176487,-0.0298215;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=88.1087,190.951;QD=29.0014;RBI=0.0202601,0.0300463;REFB=-0.013378,-0.0171892;REVB=-0.00994963,-0.00366824;RO=52;SAF=27,29;SAR=33,18;SRF=30;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.107128,0.0395921;STB=0.554359,0.528198;STBP=0.254,0.623;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0117075,0.0170127;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:52:53:60,47:60,47:0.375,0.29375:33,18:27,29:30:22:33,18:27,29:30:23 chr17 21318969 . C T 301.67 PASS AF=0.275641;AO=43;DP=156;FAO=43;FDP=156;FR=.;FRO=113;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=-0.0116925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.295;QD=7.73501;RBI=0.0402856;REFB=-0.00589672;REVB=-0.0385514;RO=111;SAF=27;SAR=16;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878852;STB=0.559514;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0349752;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:111:113:43:43:0.275641:16:27:62:49:16:27:62:51 chr17 21318981 . C T 282.99 PASS AF=0.259259;AO=42;DP=162;FAO=42;FDP=162;FR=.;FRO=120;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=0.00784502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6512;QD=6.9875;RBI=0.0215008;REFB=-0.0148283;REVB=-0.0200185;RO=119;SAF=26;SAR=16;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123887;STB=0.577394;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.045691;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:119:120:42:42:0.259259:16:26:62:57:16:26:62:58 chr17 21319007 . GG AC,GC 1105.56 PASS AF=0.405797,0.289855;AO=56,40;DP=141;FAO=56,40;FDP=138;FR=.;FRO=42;FSAF=28,20;FSAR=28,20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0192057,-0.0264399;FXX=0.0212751;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=212.899,199.506;QD=32.0452;RBI=0.0330045,0.0354536;REFB=-0.0134006,-0.0198368;REVB=0.026841,0.0236197;RO=42;SAF=28,20;SAR=28,20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0373134,-0.043823;STB=0.520401,0.524378;STBP=0.659,0.699;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0251008,-0.0219432;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:138:42:42:56,40:56,40:0.405797,0.289855:28,20:28,20:23:19:28,20:28,20:23:19 chr17 21319069 . G A 327.53 PASS AF=0.290541;AO=43;DP=148;FAO=43;FDP=148;FR=.;FRO=105;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=0.0318609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9817;QD=8.85206;RBI=0.0322387;REFB=-0.012931;REVB=0.00492141;RO=105;SAF=20;SAR=23;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822249;STB=0.548284;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0435581;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:105:105:43:43:0.290541:23:20:56:49:23:20:56:49 chr17 21319079 . C A 318.99 PASS AF=0.295775;AO=42;DP=142;FAO=42;FDP=142;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=0.0339746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5568;QD=8.9856;RBI=0.0400986;REFB=-0.00189689;REVB=0.0212985;RO=100;SAF=18;SAR=24;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121777;STB=0.571395;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00540766;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:100:100:42:42:0.295775:24:18:53:47:24:18:53:47 chr17 21319087 . G A 332.69 PASS AF=0.307143;AO=43;DP=140;FAO=43;FDP=140;FR=.;FRO=97;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.0155079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.963;QD=9.50542;RBI=0.0221799;REFB=0.00298415;REVB=0.0158573;RO=97;SAF=17;SAR=26;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155689;STB=0.590867;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00593266;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:97:97:43:43:0.307143:26:17:51:46:26:17:51:46 chr17 21319110 . G A 345.65 PASS AF=0.316547;AO=44;DP=139;FAO=44;FDP=139;FR=.;FRO=95;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0301959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0375;QD=9.9468;RBI=0.0340417;REFB=-0.00413221;REVB=0.0157176;RO=95;SAF=16;SAR=28;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169885;STB=0.598885;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00648583;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:95:95:44:44:0.316547:28:16:48:47:28:16:48:47 chr17 21319121 . C T 262.72 PASS AF=0.266187;AO=37;DP=139;FAO=37;FDP=139;FR=.;FRO=102;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.0220885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.64;QD=7.56025;RBI=0.0296931;REFB=-0.000835019;REVB=-0.0198438;RO=100;SAF=19;SAR=18;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778311;STB=0.545783;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00349704;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:100:102:37:37:0.266187:18:19:45:55:18:19:46:56 chr17 21319171 . G A 329.93 PASS AF=0.330709;AO=42;DP=125;FAO=42;FDP=127;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.0118633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9645;QD=10.3914;RBI=0.0212818;REFB=-0.0117751;REVB=0.0176686;RO=82;SAF=16;SAR=26;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179652;STB=0.607792;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0271388;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:82:85:42:42:0.330709:26:16:44:38:26:16:46:39 chr17 21319208 . C T 237.79 PASS AF=0.313725;AO=31;DP=103;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0393222;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.136;QD=9.32497;RBI=0.0452799;REFB=-0.0220509;REVB=0.0224506;RO=69;SAF=9;SAR=22;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235501;STB=0.641341;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0234315;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:69:70:31:32:0.313725:22:9:33:36:23:9:33:37 chr17 21319230 . G C 216.66 PASS AF=0.291262;AO=30;DP=103;FAO=30;FDP=103;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0635521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.601;QD=8.41377;RBI=0.0687328;REFB=-0.0165717;REVB=-0.0261787;RO=73;SAF=13;SAR=17;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274321;STB=0.516204;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0510828;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:73:73:30:30:0.291262:17:13:30:43:17:13:30:43 chr17 21319251 . C T 149.93 PASS AF=0.227723;AO=24;DP=104;FAO=23;FDP=101;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0195022;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.583;QD=5.9377;RBI=0.0210134;REFB=-0.00371373;REVB=0.00782496;RO=77;SAF=9;SAR=15;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226969;STB=0.631914;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0149908;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:101:77:78:24:23:0.227723:15:9:43:34:14:9:44:34 chr17 21319272 . C T 144.99 PASS AF=0.219048;AO=23;DP=105;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.0191004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.137;QD=5.52332;RBI=0.0234544;REFB=-0.00880496;REVB=-0.013612;RO=80;SAF=9;SAR=14;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183004;STB=0.622117;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.052936;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:80:82:23:23:0.219048:14:9:43:37:14:9:45:37 chr17 21319285 . C T 141.66 PASS AF=0.216981;AO=23;DP=107;FAO=23;FDP=106;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.0722225;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5341;QD=5.34555;RBI=0.072526;REFB=-0.0120066;REVB=-0.00662837;RO=84;SAF=9;SAR=14;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181563;STB=0.617545;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0472658;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:84:83:23:23:0.216981:14:9:45:39:14:9:45:38 chr17 21319302 . T C 547.59 PASS AF=0.533981;AO=40;DP=106;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0026501;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8218;QD=21.2657;RBI=0.00643443;REFB=-0.0343382;REVB=-0.00586335;RO=45;SAF=24;SAR=16;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434323;STB=0.549238;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0294382;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:103:45:48:40:55:0.533981:16:24:25:20:31:24:26:22 chr17 21319311 . C T 240.76 PASS AF=0.280992;AO=34;DP=121;FAO=34;FDP=121;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.121;QD=7.95886;RBI=0.0195416;REFB=-0.00259408;REVB=-0.00363802;RO=86;SAF=13;SAR=21;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088683;STB=0.54899;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00994726;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:86:87:34:34:0.280992:21:13:39:47:21:13:39:48 chr17 21319369 . G A 227.07 PASS AF=0.234483;AO=34;DP=146;FAO=34;FDP=145;FR=.;FRO=111;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=62;FWDB=-0.00409853;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.091;QD=6.2639;RBI=0.00444998;REFB=-0.00923834;REVB=0.00173332;RO=112;SAF=16;SAR=18;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419509;STB=0.522436;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0322114;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:112:111:34:34:0.234483:18:16:49:63:18:16:49:62 chr17 21319392 . G A 193.3 PASS AF=0.208054;AO=31;DP=149;FAO=31;FDP=149;FR=.;FRO=118;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=-0.0322138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.683;QD=5.18926;RBI=0.0336526;REFB=-0.00816979;REVB=0.00973505;RO=118;SAF=16;SAR=15;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959302;STB=0.559547;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0682773;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:118:118:31:31:0.208054:15:16:52:66:15:16:52:66 chr17 21319399 . A G 126.42 PASS AF=0.161074;AO=24;DP=149;FAO=24;FDP=149;FR=.;FRO=125;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=66;FWDB=-0.0180333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.499;QD=3.39382;RBI=0.0221119;REFB=-0.00497536;REVB=-0.012796;RO=125;SAF=9;SAR=15;SRF=59;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125969;STB=0.58312;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.024812;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:125:125:24:24:0.161074:15:9:59:66:15:9:59:66 chr17 21319407 . C T 189.09 PASS AF=0.203947;AO=31;DP=152;FAO=31;FDP=152;FR=.;FRO=121;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=0.0366747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1163;QD=4.97615;RBI=0.047961;REFB=0.00257818;REVB=-0.0309066;RO=121;SAF=16;SAR=15;SRF=55;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784216;STB=0.548889;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00405884;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:121:121:31:31:0.203947:15:16:55:66:15:16:55:66 chr17 21319436 . G A 108.41 PASS AF=0.162791;AO=21;DP=129;FAO=21;FDP=129;FR=.;FRO=108;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=-0.0166095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.706;QD=3.36167;RBI=0.0184431;REFB=-0.00174948;REVB=-0.008017;RO=106;SAF=11;SAR=10;SRF=44;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138064;STB=0.581422;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00936618;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:106:108:21:21:0.162791:10:11:44:62:10:11:46:62 chr17 21319439 . T G 109.35 PASS AF=0.165354;AO=21;DP=127;FAO=21;FDP=127;FR=.;FRO=106;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.00879307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.678;QD=3.444;RBI=0.0116638;REFB=-0.00431656;REVB=0.00766327;RO=105;SAF=11;SAR=10;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133026;STB=0.582324;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0126014;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:105:106:21:21:0.165354:10:11:44:61:10:11:45:61 chr17 21319452 . G A 64.03 PASS AF=0.126126;AO=14;DP=111;FAO=14;FDP=111;FR=.;FRO=97;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.0415549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6955;QD=2.30736;RBI=0.043387;REFB=-0.000464434;REVB=-0.0124749;RO=95;SAF=7;SAR=7;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111248;STB=0.567473;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000753874;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:111:111:95:97:14:14:0.126126:7:7:39:56:7:7:41:56 chr17 21319465 . T C 47.17 PASS AF=0.114286;AO=11;DP=102;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0809628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9194;QD=1.7968;RBI=0.106217;REFB=-0.0103957;REVB=-0.0687545;RO=91;SAF=6;SAR=5;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998924;STB=0.606124;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0850642;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:102:105:91:93:11:12:0.114286:5:6:42:49:5:7:43:50 chr17 21319470 . T C 51.59 PASS AF=0.111111;AO=12;DP=108;FAO=12;FDP=108;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.0188636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0132;QD=1.91082;RBI=0.0199434;REFB=0.00112638;REVB=-0.00647334;RO=96;SAF=7;SAR=5;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149684;STB=0.609911;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00567625;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:108:108:96:96:12:12:0.111111:5:7:44:52:5:7:44:52 chr17 21319473 . G A 372.5 PASS AF=0.396396;AO=43;DP=110;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00054352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.128;QD=13.4235;RBI=0.00227665;REFB=-0.0121875;REVB=-0.00221082;RO=67;SAF=18;SAR=25;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111973;STB=0.554846;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0181477;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:67:67:43:44:0.396396:25:18:35:32:25:19:35:32 chr17 21319488 . C T 119.59 PASS AF=0.173228;AO=22;DP=125;FAO=22;FDP=127;FR=.;FRO=105;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.00952529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.746;QD=3.76651;RBI=0.0101249;REFB=-0.00180076;REVB=-0.00343271;RO=103;SAF=20;SAR=2;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578828;STB=0.883859;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0162342;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:103:105:22:22:0.173228:2:20:51:52:2:20:52:53 chr17 21319519 . G C 246.74 PASS AF=0.243243;AO=36;DP=148;FAO=36;FDP=148;FR=.;FRO=112;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.0152391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.758;QD=6.66857;RBI=0.0166801;REFB=-0.0110856;REVB=0.00678201;RO=111;SAF=23;SAR=13;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203375;STB=0.619902;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0410783;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:111:112:36:36:0.243243:13:23:53:58:13:23:54:58 chr17 21319523 . C T 269.1 PASS AF=0.256757;AO=38;DP=148;FAO=38;FDP=148;FR=.;FRO=110;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.00186898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.704;QD=7.27292;RBI=0.027652;REFB=-0.00220641;REVB=-0.0275888;RO=110;SAF=24;SAR=14;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165778;STB=0.599512;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00817138;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:110:110:38:38:0.256757:14:24:55:55:14:24:55:55 chr17 21319527 . C T 292.15 PASS AF=0.268456;AO=40;DP=149;FAO=40;FDP=149;FR=.;FRO=109;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=0.00109317;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.878;QD=7.84291;RBI=0.0379239;REFB=-0.00036679;REVB=-0.0379082;RO=108;SAF=26;SAR=14;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209883;STB=0.621948;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000698496;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:108:109:40:40:0.268456:14:26:52:56:14:26:53:56 chr17 21319543 . G A 333.2 PASS AF=0.292994;AO=46;DP=157;FAO=46;FDP=157;FR=.;FRO=111;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=-0.00127568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.107;QD=8.48915;RBI=0.00809178;REFB=-0.0146317;REVB=-0.00799059;RO=111;SAF=28;SAR=18;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180128;STB=0.605611;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0460237;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:111:111:46:46:0.292994:18:28:51:60:18:28:51:60 chr17 21319560 . G T 374.87 PASS AF=0.3125;AO=50;DP=160;FAO=50;FDP=160;FR=.;FRO=110;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=-0.0185397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1025;QD=9.37184;RBI=0.0328347;REFB=0.00748866;REVB=0.0270998;RO=110;SAF=30;SAR=20;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182517;STB=0.605943;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0169823;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:110:110:50:50:0.3125:20:30:49:61:20:30:49:61 chr17 21319650 . CGAG C 421.84 PASS AF=0.3125;AO=51;DP=175;FAO=55;FDP=176;FR=.;FRO=121;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=-0.0076657;FXX=0.0276228;HRUN=1;LEN=3;MLLD=215.276;QD=9.58732;RBI=0.00767815;REFB=-0.0135919;REVB=0.000437207;RO=118;SAF=27;SAR=24;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756767;STB=0.563613;STBP=0.263;TYPE=del;VARB=0.0276806;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:51:175:55:176:121:31:24:57:64:99:118:27:24:55:63 chr17 21319682 . C T 398.58 PASS AF=0.287234;AO=53;DP=188;FAO=54;FDP=188;FR=.;FRO=134;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=73;FWDB=-0.00291546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.783;QD=8.48051;RBI=0.0126639;REFB=-0.00786432;REVB=-0.0123238;RO=134;SAF=24;SAR=29;SRF=61;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00294267;STB=0.505549;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0192638;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:134:134:53:54:0.287234:29:24:61:73:29:25:61:73 chr17 21319716 . G A 252.39 PASS AF=0.253521;AO=36;DP=145;FAO=36;FDP=142;FR=.;FRO=106;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=-0.00889406;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.367;QD=7.10961;RBI=0.0217359;REFB=0.000311299;REVB=0.019833;RO=99;SAF=13;SAR=23;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179863;STB=0.612417;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.000270088;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:142:99:106:36:36:0.253521:23:13:50:49:23:13:54:52 chr17 21319728 . T C 240.06 PASS AF=0.251799;AO=35;DP=139;FAO=35;FDP=139;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=-0.0612065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.948;QD=6.90827;RBI=0.0633053;REFB=-0.0233924;REVB=-0.0161657;RO=102;SAF=17;SAR=18;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187814;STB=0.503702;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0594656;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:102:104:35:35:0.251799:18:17:48:54:18:17:50:54 chr17 21319743 . A G 271.12 PASS AF=0.293651;AO=37;DP=125;FAO=37;FDP=126;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.014669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.379;QD=8.60712;RBI=0.0365576;REFB=-0.0103821;REVB=-0.0334856;RO=87;SAF=19;SAR=18;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182155;STB=0.510304;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0169511;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:87:89:37:37:0.293651:18:19:46:41:18:19:47:42 chr17 21319767 . C T 492.52 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00398751;FXX=0.245742;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.683;QD=22.1358;RBI=0.00637971;REFB=-0.0318291;REVB=0.00498001;RO=40;SAF=28;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281728;STB=0.521979;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0243649;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:89:40:41:48:48:0.539326:20:28:22:18:20:28:22:19 chr17 21319785 . C T 439.7 PASS AF=0.413223;AO=50;DP=121;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00288197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.926;QD=14.5356;RBI=0.0118707;REFB=-0.0106092;REVB=-0.0115156;RO=70;SAF=30;SAR=20;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10531;STB=0.563733;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0169986;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:70:71:50:50:0.413223:20:30:35:35:20:30:35:36 chr17 21319786 . G A 158.49 PASS AF=0.216667;AO=25;DP=119;FAO=26;FDP=120;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=0.0354915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8034;QD=5.28306;RBI=0.035558;REFB=0.00671451;REVB=-0.0021728;RO=94;SAF=13;SAR=12;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421824;STB=0.541635;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0303938;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:94:94:25:26:0.216667:12:13:52:42:13:13:52:42 chr17 21319845 . C T 143.94 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0132541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.044;QD=6.93673;RBI=0.0183467;REFB=-0.00803378;REVB=0.0126858;RO=62;SAF=8;SAR=13;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204867;STB=0.624596;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0159408;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:62:62:21:21:0.253012:13:8:34:28:13:8:34:28 chr17 21319860 . C T 246.94 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.087164;FXX=0.272686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.846;QD=20.578;RBI=0.124342;REFB=-0.0158742;REVB=0.0886758;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215248;STB=0.620476;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0185266;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:48:23:23:25:25:0.520833:9:16:9:14:9:16:9:14 chr17 21319868 . G T 124.13 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00377128;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.592;QD=7.41051;RBI=0.00666056;REFB=-0.01058;REVB=-0.00549004;RO=46;SAF=7;SAR=11;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108542;STB=0.560204;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0380883;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:49:18:18:0.268657:11:7:22:24:11:7:23:26 chr17 21319908 . C T 195.31 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0205341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.774;QD=12.8069;RBI=0.0208338;REFB=-0.0112386;REVB=0.00352105;RO=37;SAF=7;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164592;STB=0.595046;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0234414;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:17:7:16:21:17:7:16:21 chr17 21319943 . A G 78.03 PASS AF=0.25;AO=10;DP=43;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00938298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.911;QD=7.09397;RBI=0.016171;REFB=-0.00186617;REVB=-0.0131704;RO=33;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348499;STB=0.677128;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00850852;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:43:44:33:33:10:11:0.25:4:6:10:23:5:6:10:23 chr17 21319955 . G A 143.77 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0467504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.612;QD=15.134;RBI=0.048172;REFB=-0.02201;REVB=0.0116165;RO=22;SAF=3;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368517;STB=0.716234;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0310791;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:13:3:11:11:13:3:11:11 chr17 21319989 . C A 127.92 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.000766251;FXX=0.11108;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.623;QD=15.9902;RBI=0.00139098;REFB=-0.00887717;REVB=0.00116089;RO=15;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665616;STB=0.549925;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00596833;OID=.;OPOS=21319989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:32:15:18:14:14:0.4375:11:3:4:11:11:3:5:13 chr17 21319993 . T C 150.3 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0253883;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.85;QD=18.7874;RBI=0.0256224;REFB=-0.0144444;REVB=-0.00345557;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122735;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:16:15:16:0.5:10:5:5:7:11:5:5:11 chr17 21320008 . C T 177.21 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0253404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.172;QD=16.1101;RBI=0.0364616;REFB=-0.00437693;REVB=-0.0262166;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212335;STB=0.512182;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0700863;OID=.;OPOS=21320008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:14:5:7:18:14:5:7:18 chr17 21320012 . C T 180.75 PASS AF=0.431818;AO=17;DP=42;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00191829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.202;QD=16.4317;RBI=0.0112493;REFB=-0.0254478;REVB=0.0110846;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848166;STB=0.523919;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0215177;OID=.;OPOS=21320012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:25:25:17:19:0.431818:11:6:7:18:13:6:7:18 chr17 21320041 . G A 137.76 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.006635;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.653;QD=10.8049;RBI=0.00757046;REFB=-0.00552079;REVB=0.00364536;RO=33;SAF=3;SAR=14;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159763;STB=0.614714;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0131013;OID=.;OPOS=21320041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:33:34:17:17:0.333333:14:3:9:24:14:3:10:24 chr17 21320102 . C A 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00233671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.075;QD=2.51698;RBI=0.00933215;REFB=-0.00413239;REVB=-0.00903486;RO=53;SAF=4;SAR=4;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10266;STB=0.577935;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0316999;OID=.;OPOS=21320102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:53:56:8:8:0.125:4:4:22:31:4:4:23:33 chr17 21320197 . G C 146.17 PASS AF=0.22;AO=22;DP=100;FAO=22;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.00234422;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=268.061;QD=5.84683;RBI=0.0237259;REFB=-0.00663405;REVB=-0.0236098;RO=78;SAF=11;SAR=11;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129317;STB=0.579929;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0183745;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:78:78:22:22:0.22:11:11:31:47:11:11:31:47 chr17 21320210 . C T 191.74 PASS AF=0.264151;AO=28;DP=108;FAO=28;FDP=106;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0120924;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.58;QD=7.23561;RBI=0.0183568;REFB=0.00280728;REVB=-0.0138111;RO=74;SAF=12;SAR=16;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544973;STB=0.534035;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00375151;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:74:78:28:28:0.264151:16:12:35:39:16:12:37:41 chr17 21320212 . A G 609.4 PASS AF=0.560748;AO=59;DP=106;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00268606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.993;QD=22.7813;RBI=0.00514875;REFB=-0.00843271;REVB=-0.00439257;RO=44;SAF=26;SAR=33;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467285;STB=0.526752;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00611455;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:44:47:59:60:0.560748:33:26:22:22:33:27:24:23 chr17 21320252 . G T 219.85 PASS AF=0.266667;AO=32;DP=118;FAO=32;FDP=120;FR=.;FRO=88;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.000483663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.371;QD=7.32837;RBI=0.0018216;REFB=-0.00992338;REVB=0.00175622;RO=86;SAF=16;SAR=16;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142073;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.026218;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:86:88:32:32:0.266667:16:16:44:42:16:16:44:44 chr17 21320263 . T C 207.96 PASS AF=0.252033;AO=30;DP=123;FAO=31;FDP=123;FR=.;FRO=92;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.00312391;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.571;QD=6.76287;RBI=0.0461259;REFB=-0.0195137;REVB=-0.04602;RO=93;SAF=19;SAR=11;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162212;STB=0.603056;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0538684;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:93:92:30:31:0.252033:11:19:47:46:11:20:47:45 chr17 21320279 . C T 260.55 PASS AF=0.288;AO=36;DP=124;FAO=36;FDP=125;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.0504514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9031;QD=8.3376;RBI=0.0656434;REFB=-0.0012355;REVB=-0.0419966;RO=88;SAF=16;SAR=20;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134695;STB=0.57518;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00276785;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:88:89:36:36:0.288:20:16:49:39:20:16:49:40 chr17 21320350 . G A 205.38 PASS AF=0.267857;AO=30;DP=112;FAO=30;FDP=112;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.00665644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.803;QD=7.33491;RBI=0.0101477;REFB=-0.00295937;REVB=-0.00765953;RO=82;SAF=11;SAR=19;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151423;STB=0.590792;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00765678;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:82:82:30:30:0.267857:19:11:40:42:19:11:40:42 chr17 21320365 . T C 220.92 PASS AF=0.287037;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=52;FWDB=-0.0301625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1887;QD=8.18221;RBI=0.0319627;REFB=-0.00341217;REVB=-0.0105753;RO=75;SAF=21;SAR=10;SRF=25;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397373;STB=0.73879;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00714875;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:75:77:31:31:0.287037:10:21:25:50:10:21:25:52 chr17 21320711 . C G 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=0.0137184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3798;QD=8.56763;RBI=0.091012;REFB=0.00897598;REVB=-0.0899722;RO=36;SAF=11;SAR=3;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137606;STB=0.502072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0236638;OID=.;OPOS=21320711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:37:14:14:0.27451:3:11:28:8:3:11:29:8 chr17 21320787 . G A 620.4 PASS AF=0.358491;AO=76;DP=212;FAO=76;FDP=212;FR=.;FRO=136;FSAF=20;FSAR=56;FSRF=18;FSRR=118;FWDB=-0.0131099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.134;QD=11.7056;RBI=0.0264786;REFB=-0.0172045;REVB=-0.0230053;RO=136;SAF=20;SAR=56;SRF=18;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215967;STB=0.620515;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0286169;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:136:136:76:76:0.358491:56:20:18:118:56:20:18:118 chr17 21320796 . C T 1333.09 PASS AF=0.60396;AO=122;DP=202;FAO=122;FDP=202;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=100;FSRF=12;FSRR=68;FWDB=-0.00882182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.284;QD=26.3979;RBI=0.0127999;REFB=-0.0123051;REVB=-0.00927426;RO=80;SAF=22;SAR=100;SRF=12;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386343;STB=0.520854;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00832853;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:80:80:122:122:0.60396:100:22:12:68:100:22:12:68 chr17 21320980 . C G 975.71 PASS AF=0.58;AO=87;DP=150;FAO=87;FDP=150;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0100582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.048;QD=26.0188;RBI=0.0112442;REFB=-0.0325778;REVB=-0.00502633;RO=62;SAF=35;SAR=52;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000737598;STB=0.504532;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0267886;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:62:63:87:87:0.58:52:35:25:37:52:35:26:37 chr17 21320991 . C T 180.48 PASS AF=0.218045;AO=29;DP=133;FAO=29;FDP=133;FR=.;FRO=104;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=64;FWDB=-0.00478549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.408;QD=5.42796;RBI=0.0168714;REFB=-0.00925453;REVB=-0.0161785;RO=102;SAF=7;SAR=22;SRF=39;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207348;STB=0.631931;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0386441;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:102:104:29:29:0.218045:22:7:39:63:22:7:40:64 chr17 21320993 . G T 854.55 PASS AF=0.590909;AO=78;DP=132;FAO=78;FDP=132;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0218509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.403;QD=25.8956;RBI=0.023802;REFB=-0.0329106;REVB=0.00943802;RO=54;SAF=26;SAR=52;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309739;STB=0.51685;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0219852;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:54:54:78:78:0.590909:52:26:20:34:52:26:20:34 chr17 21321005 . C A 110.93 PASS AF=0.18018;AO=20;DP=111;FAO=20;FDP=111;FR=.;FRO=91;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=57;FWDB=0.0466913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4493;QD=3.99728;RBI=0.0519202;REFB=-0.00984786;REVB=0.0227075;RO=88;SAF=4;SAR=16;SRF=31;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238704;STB=0.675361;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0492305;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:88:91:20:20:0.18018:16:4:31:57:16:4:34:57 chr17 21321016 . T C 461.88 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0473751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.718;QD=21.4828;RBI=0.0476539;REFB=-0.0298715;REVB=0.00514742;RO=41;SAF=10;SAR=35;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109787;STB=0.560947;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0218806;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:35:10:13:28:35:10:13:28 chr17 21321028 . CC TG 237.78 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=25;FWDB=-0.0540481;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=260.441;QD=17.6135;RBI=0.0543707;REFB=-0.00211147;REVB=0.00591349;RO=27;SAF=1;SAR=15;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498328;STB=0.529373;STBP=0.852;TYPE=mnp;VARB=0.0109531;OID=.;OPOS=21321028;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:16:16:0.296296:15:1:2:25:15:1:2:25 chr17 21322933 . C T 44.56 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00172176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9078;QD=7.12995;RBI=0.0208972;REFB=-0.0081561;REVB=-0.0208262;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812293;STB=0.551576;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0486798;OID=.;OPOS=21322933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:9:9:3:4:9:9 chr17 21322972 . GT CC 194.42 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0140124;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.597;QD=23.5657;RBI=0.0257838;REFB=-0.00521488;REVB=0.0216439;RO=14;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150779;STB=0.584683;STBP=0.272;TYPE=mnp;VARB=0.00419187;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:14:14:19:19:0.575758:6:13:7:7:6:13:7:7 chr17 21322975 . G A 94.51 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0125613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.673;QD=10.8007;RBI=0.0135394;REFB=-0.00360376;REVB=-0.00505275;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24837;STB=0.66637;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00361537;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:3:9:12:10:3:9:12:11 chr17 21323001 . C T 302.02 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0231563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.872;QD=25.1684;RBI=0.0273729;REFB=-0.00666849;REVB=-0.0145967;RO=19;SAF=21;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308673;STB=0.677276;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0233652;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:21:27:27:0.5625:6:21:8:11:6:21:9:12 chr17 21323049 . C T 197.07 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0219587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.492;QD=10.9482;RBI=0.0236612;REFB=-0.00492275;REVB=-0.00881277;RO=47;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378282;STB=0.719824;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0350471;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:7:18:18:29:7:18:18:29 chr17 21323056 . G T 50.21 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00916448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.36;QD=2.78944;RBI=0.0290148;REFB=-0.010433;REVB=-0.0275295;RO=62;SAF=7;SAR=3;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284114;STB=0.6996;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0405781;OID=.;OPOS=21323056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:72:62:62:10:10:0.138889:3:7:29:33:3:7:29:33 chr17 21323074 . T C 41.41 PASS AF=0.12;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0274962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.429;QD=2.20849;RBI=0.0275158;REFB=-0.00502433;REVB=-0.00103808;RO=65;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210662;STB=0.648315;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0594426;OID=.;OPOS=21323074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:74:75:65:66:9:9:0.12:3:6:32:33:3:6:33:33 chr17 21323096 . G A 323.07 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0212758;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.882;QD=15.9541;RBI=0.021368;REFB=-0.0204773;REVB=0.00198326;RO=39;SAF=22;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136734;STB=0.622718;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0122947;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:46:35:35:0.432099:13:22:19:20:13:22:19:27 chr17 21323107 . A G 239.88 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0208676;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.485;QD=11.9941;RBI=0.021827;REFB=-0.00338265;REVB=0.00640031;RO=45;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904424;STB=0.576277;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00913402;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:45:51:29:29:0.3625:13:16:21:24:13:16:22:29 chr17 21730703 . G A 173.69 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00136502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.666;QD=12.8661;RBI=0.00175687;REFB=-0.00599515;REVB=-0.00110604;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576337;STB=0.542213;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00829195;OID=.;OPOS=21730703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:10:11:15:17:10:11:15:18 chr17 21731041 . G A 178.63 PASS AF=0.395833;AO=10;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.010494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0813;QD=14.8855;RBI=0.0113332;REFB=-0.0176246;REVB=0.00427965;RO=21;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626297;STB=0.515423;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0274914;OID=.;OPOS=21731041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:21:29:10:19:0.395833:8:2:5:16:12:7:10:19 chr17 21825565 . G T 1135.59 PASS AF=0.48927;AO=113;DP=231;FAO=114;FDP=233;FR=.;FRO=119;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=55;FSRR=64;FWDB=-0.0121081;FXX=0.00851028;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.84;QD=19.4952;RBI=0.0121138;REFB=-0.0157103;REVB=0.000373193;RO=117;SAF=54;SAR=59;SRF=54;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015156;STB=0.510372;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0152759;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:233:117:119:113:114:0.48927:59:54:54:63:59:55:55:64 chr17 21826256 . A G 260.37 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.00466174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.5;QD=12.1101;RBI=0.015404;REFB=-0.0137315;REVB=-0.0146817;RO=55;SAF=8;SAR=23;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117526;STB=0.568115;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0224208;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:55:31:31:0.360465:23:8:19:36:23:8:19:36 chr17 25909850 . G T 238.43 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0608674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.358;QD=27.2492;RBI=0.0653612;REFB=-0.0459805;REVB=0.0238169;RO=12;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212656;STB=0.618096;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0248153;OID=.;OPOS=25909850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:12:13:21:22:0.628571:20:1:0:12:21:1:0:13 chr17 25958304 . G A 454.0 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0250267;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1088;QD=18.9164;RBI=0.0287261;REFB=-0.0143946;REVB=-0.0141016;RO=50;SAF=32;SAR=13;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120023;STB=0.581913;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0231959;OID=.;OPOS=25958304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:50:50:45:46:0.479167:13:32:30:20:13:33:29:21 chr17 25970633 . G A 281.95 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00969356;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.906;QD=14.6466;RBI=0.012483;REFB=-0.0179888;REVB=-0.0078651;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126555;STB=0.563421;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0258255;OID=.;OPOS=25970633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:45:32:32:0.415584:15:17:17:25:15:17:19:26 chr17 26089867 . T C 695.21 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.00988899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.522;QD=21.5568;RBI=0.0119302;REFB=-0.0276623;REVB=-0.00667368;RO=61;SAF=32;SAR=36;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110152;STB=0.560351;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0210916;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:61:61:68:68:0.527132:36:32:21:40:36:32:21:40 chr17 26092631 . A G 329.47 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.00521446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.261;QD=12.4328;RBI=0.0101797;REFB=-0.0115702;REVB=-0.00874271;RO=66;SAF=25;SAR=15;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203461;STB=0.616055;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.022463;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:66:40:40:0.377358:15:25:29:37:15:25:29:37 chr17 26672360 . G GC 230.15 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662318;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.4119;QD=48.4529;RBI=0.066238;REFB=0;REVB=0.000908149;RO=5;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787256;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00436499;OID=.;OPOS=26672361;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:22:19:19:0:8:11:0:0:4:5:7:10:3:2 chr17 26676135 . C T 1228.97 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032279;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8477;QD=61.4486;RBI=0.0579949;REFB=0;REVB=-0.0481817;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72813e-05;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr17 26691321 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.091;QD=35.5759;RBI=0.0431223;REFB=0;REVB=0.0334406;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171607;OID=.;OPOS=26691321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr17 26694861 . G A 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000742593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6426;QD=58.9602;RBI=0.0615783;REFB=0;REVB=0.0615738;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332428;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr17 26708300 . T C 1712.15 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.757;QD=60.607;RBI=0.0191692;REFB=0;REVB=0.0191196;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90221e-05;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:59:54:0:0:59:54:0:0 chr17 26708302 . G T 1679.52 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0467365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.999;QD=59.4521;RBI=0.0496631;REFB=-0.0845365;REVB=0.0167964;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.504672;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000144911;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:112:112:0.99115:59:53:0:0:59:53:1:0 chr17 26708547 . CTTTC CTTCG 1041.77 PASS AF=1;AO=43;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222349;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=49.3396;QD=60.3926;RBI=0.256614;REFB=0;REVB=-0.128108;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000931539;OID=.;OPOS=26708550;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:69:69:69:0:40:29:0:0:6:0:15:28:0:0 chr17 26727721 . GA G 1236.88 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437258;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.7712;QD=47.5724;RBI=0.0554352;REFB=0;REVB=-0.0340751;RO=1;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771525;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000402915;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:102:105:104:104:0:41:63:0:0:20:1:41:61:0:1 chr17 26879141 . GAGAAGA GAGA,GAGAAGG 116.47 PASS AF=0.375,0.0625;AO=11,2;DP=31;FAO=12,2;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3,2;FSAR=9,0;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0180175,-0.0154076;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=182.989,43.9132;QD=14.5583;RBI=0.0353995,0.0978188;REFB=-0.0297396,-0.0139157;REVB=-0.0304712,-0.0965977;RO=16;SAF=2,2;SAR=9,0;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.185847,0.621068;STB=0.521702,0.996512;STBP=0.906,0.045;TYPE=del,snp;VARB=0.049085,0.0431152;OID=.,.;OPOS=26879142,26879147;OREF=AGA,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAGA,GAGAAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0.0625:11,2:31:12,2:32:18:3,2:9,0:5:13:99:16:2,2:9,0:5:11 chr17 26955330 . A C 171.09 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0642002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5405;QD=11.2189;RBI=0.0721023;REFB=-0.000794574;REVB=-0.0328188;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224246;STB=0.62984;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.000785461;OID=.;OPOS=26955330;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:13:9:24:15:13:9:24:15 chr17 27009749 . C T 285.81 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00739567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.636;QD=15.449;RBI=0.019502;REFB=-0.00052254;REVB=0.0180452;RO=42;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959134;STB=0.505151;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.000860876;OID=.;OPOS=27009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:42:31:32:0.432432:18:13:18:24:18:14:18:24 chr17 27014396 . C T 365.12 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0133488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3767;QD=16.049;RBI=0.0173578;REFB=-0.00987849;REVB=-0.0110951;RO=52;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116627;STB=0.565623;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0130734;OID=.;OPOS=27014396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:18:21:22:30:18:21:22:30 chr17 27014483 . C A 335.25 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0467307;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.78;QD=20.6309;RBI=0.0467597;REFB=-0.0153356;REVB=0.00164668;RO=30;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102306;STB=0.547143;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0134536;OID=.;OPOS=27014483;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:30:34:35:0.538462:21:13:15:15:21:14:15:15 chr17 27018096 . A G 200.49 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00238667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.76;QD=15.1312;RBI=0.00675019;REFB=-0.0145556;REVB=-0.00631418;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336342;STB=0.506573;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0201533;OID=.;OPOS=27018096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:30:22:23:0.433962:11:11:16:14:11:12:16:14 chr17 27052358 . C T 187.84 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.00349338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0462;QD=10.8893;RBI=0.0303213;REFB=0.00396258;REVB=-0.0301194;RO=45;SAF=15;SAR=9;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506534;STB=0.529388;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0078951;OID=.;OPOS=27052358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:9:15:30:15:9:15:30:15 chr17 27065211 . T C 414.18 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0237048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.96;QD=19.0425;RBI=0.0269233;REFB=-0.0364215;REVB=-0.0127651;RO=44;SAF=29;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248163;STB=0.644374;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0291979;OID=.;OPOS=27065211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:13:29:19:25:13:29:19:26 chr17 27075423 . C T 372.95 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00656249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.949;QD=20.4357;RBI=0.00735986;REFB=-0.0181081;REVB=-0.00333185;RO=34;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165923;STB=0.585409;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00963764;OID=.;OPOS=27075423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:23:15:20:14:23:15:20:15 chr17 27084364 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00330542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.572;QD=11.1977;RBI=0.0286961;REFB=0.0105195;REVB=0.0285051;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148529;STB=0.588093;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0248057;OID=.;OPOS=27084364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:8:14:6:6:8:14 chr17 27085564 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00674377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5338;QD=14.3344;RBI=0.0693153;REFB=-0.00449672;REVB=-0.0689865;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15627;STB=0.592381;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000374371;OID=.;OPOS=27085564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:5:5:6:3:5:5 chr17 27185827 . C T 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.05842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.969;QD=10.168;RBI=0.0595923;REFB=-0.00898117;REVB=-0.0117621;RO=38;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0191572;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:13:6:12:26:13:6:12:26 chr17 27207453 . G A 229.26 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00147211;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.416;QD=17.6356;RBI=0.027253;REFB=0.00359994;REVB=0.0272132;RO=27;SAF=4;SAR=21;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278048;STB=0.659047;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00670335;OID=.;OPOS=27207453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:25:25:0.480769:21:4:10:17:21:4:10:17 chr17 27290968 . CTG CT,CTGG,TGG 131.35 PASS AF=0,0.328767,0;AO=10,16,3;DP=73;FAO=0,24,0;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=0,14,0;FSAR=0,10,0;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.260201,0.250212,0.0762126;FXX=0.0135117;HRUN=3,3,4;LEN=1,1,2;MLLD=14.018,15.3184,21.5751;QD=7.19709;RBI=0.267175,0.257267,0.129993;REFB=-0.0281029,0.0236114,0.0170605;REVB=-0.0606495,0.0598342,0.105308;RO=36;SAF=9,7,3;SAR=1,9,0;SRF=17;SRR=19;SSEN=0.393258,0,0;SSEP=0.286624,0,0;SSSB=0.567746,-0.0405079,0.533039;STB=0.5,0.50819,0.5;STBP=1,0.932,1;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0,-0.0277195,0;OID=.,.,.;OPOS=27290970,27290970,27290968;OREF=G,-,CT;OALT=-,G,TG;OMAPALT=CT,CTGG,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:73:73:36:49:10,16,3:0,24,0:0,0.328767,0:1,9,0:9,7,3:17:19:0,10,0:0,14,0:28:21 chr17 27422053 . C T 206.66 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.127995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.155;QD=17.97;RBI=0.130825;REFB=-0.0168776;REVB=-0.0270626;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200045;STB=0.613391;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0389231;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:9:16:9:12:9:16 chr17 27438469 . G A 157.98 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00847927;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=103.228;QD=16.6293;RBI=0.0156086;REFB=-0.0308764;REVB=0.0131046;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00883899;STB=0.509543;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0235823;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:21:17:17:0.447368:7:10:11:8:7:10:12:9 chr17 27441077 . C G 278.67 PASS AF=0.541667;AO=22;DP=44;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0411468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.072;QD=23.2222;RBI=0.0415422;REFB=-0.0214577;REVB=0.00571747;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256653;STB=0.666553;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0330139;OID=.;OPOS=27441077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:19:22:22:26:0.541667:12:10:3:16:13:13:3:19 chr17 27580756 . C T 206.63 PASS AF=0.396825;AO=19;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.000702593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.837;QD=13.1195;RBI=0.00783596;REFB=-0.0149332;REVB=-0.0078044;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214592;STB=0.661527;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0213113;OID=.;OPOS=27580756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:38:19:25:0.396825:10:9:24:12:16:9:24:14 chr17 27835138 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0154387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.752;QD=13.631;RBI=0.0264957;REFB=-0.00901405;REVB=-0.021533;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926992;STB=0.55541;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0137021;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:3:6:6:2:3:6 chr17 27889578 . T C 2281.68 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0132214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.215;QD=62.0866;RBI=0.0393835;REFB=-0.0798744;REVB=0.0370979;RO=1;SAF=88;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826983;STB=0.501523;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.000508895;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:147:1:2:145:145:0.986395:57:88:0:1:57:88:1:1 chr17 27889986 . T C 937.27 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.941;QD=58.5796;RBI=0.0315276;REFB=0;REVB=0.0308207;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34914e-05;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr17 27901975 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.13205e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.746;QD=59.4351;RBI=0.12001;REFB=0;REVB=-0.12001;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000735251;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr17 28268800 . A C 301.34 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00914326;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.629;QD=21.5243;RBI=0.0356022;REFB=-0.00854634;REVB=0.0344081;RO=26;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672235;STB=0.527532;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00800103;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:26:25:31:31:0.553571:13:18:13:13:13:18:13:12 chr17 28296327 . T G 257.7 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0830703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4675;QD=23.4275;RBI=0.0832074;REFB=-0.00590668;REVB=-0.00477385;RO=20;SAF=17;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338319;STB=0.689029;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00748599;OID=.;OPOS=28296327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:7:17:6:14:7:17:6:14 chr17 28320248 . T A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.168;QD=58.0611;RBI=0.0251208;REFB=0;REVB=0.00248555;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27617e-05;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr17 28380824 . C T 94.53 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0324576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.62;QD=21.0077;RBI=0.0364487;REFB=-0.0187189;REVB=0.0165835;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224559;STB=0.628965;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0238047;OID=.;OPOS=28380824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:4:3:8:3:4:3 chr17 28381141 . C G 208.55 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00126335;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.905;QD=17.3789;RBI=0.00292961;REFB=0.00220579;REVB=-0.00264321;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242956;STB=0.638376;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00562999;OID=.;OPOS=28381141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:27:27:21:21:0.4375:13:8:17:10:13:8:17:10 chr17 28407876 . T G 655.4 PASS AF=0.460526;AO=68;DP=148;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.00744613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5644;QD=17.2473;RBI=0.0891844;REFB=-0.0112152;REVB=0.088873;RO=80;SAF=39;SAR=29;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600735;STB=0.531005;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.013921;OID=.;OPOS=28407876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:152:80:82:68:70:0.460526:29:39:41:39:31:39:41:41 chr17 28444183 . A C 575.17 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4768;QD=60.5446;RBI=0.0489622;REFB=0;REVB=-0.0470884;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000611721;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr17 28511978 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.913;QD=46.848;RBI=0.0803312;REFB=0;REVB=0.077824;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896646;OID=.;OPOS=28511978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr17 28706114 . C T 429.05 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.034657;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2052;QD=14.4219;RBI=0.0988567;REFB=-0.0233679;REVB=0.0925827;RO=69;SAF=17;SAR=32;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22994;STB=0.625865;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0393073;OID=.;OPOS=28706114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:69:70:49:49:0.411765:32:17:39:30:32:17:39:31 chr17 28791619 . G A 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00827925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.643;QD=15.773;RBI=0.0145446;REFB=-0.00350766;REVB=-0.0119582;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120938;STB=0.568216;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00430323;OID=.;OPOS=28791619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:14:13:20:13:14:13:20:13 chr17 28794020 . A G 1680.94 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395772;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2927;QD=60.5745;RBI=0.0542393;REFB=0;REVB=0.0370884;RO=0;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388555;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:44:67:0:0:44:67:0:0 chr17 28853530 . A C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.025;QD=60.6103;RBI=0.0414368;REFB=0;REVB=0.0121881;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117329;OID=.;OPOS=28853530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr17 28900708 . G T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016941;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=288.934;QD=59.0187;RBI=0.0251651;REFB=0;REVB=0.0186088;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15958e-05;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr17 29161906 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA 51.51 PASS AF=0.16129,0.258065,0;AO=5,8,2;DP=33;FAO=5,8,0;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=2,4,0;FSAR=3,4,0;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0901954,-0.227829,-0.150314;FXX=0.0312402;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=21.7458,12.6431,15.86;QD=6.64657;RBI=0.10191,0.240402,0.154112;REFB=-0.0255061,-0.0930369,-0.072281;REVB=0.0474384,0.0767289,0.0340017;RO=15;SAF=1,6,2;SAR=4,2,0;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.503591,0.10912,0.482498;STB=0.736892,0.653498,0.5;STBP=0.278,0.335,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.159175,0.0515733,0;OID=.,.,.;OPOS=29161911,29161907,29161911;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.16129,0.258065,0:5,8,2:33:5,8,0:31:18:2,4,0:3,4,0:13:5:27:15:1,6,2:4,2,0:10:5 chr17 29253883 . G T 316.6 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00138224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.019;QD=15.2577;RBI=0.0116018;REFB=-0.00172142;REVB=0.0115192;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067037;STB=0.503788;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00241868;OID=.;OPOS=29253883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:18:17:23:25:18:17:23:25 chr17 29486152 . G A 316.56 PASS AF=0.372549;AO=37;DP=101;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00715247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.19;QD=12.4139;RBI=0.0139552;REFB=-0.0149881;REVB=-0.0119829;RO=64;SAF=15;SAR=22;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351788;STB=0.513022;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0221002;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:64:64:37:38:0.372549:22:15:24:40:23:15:24:40 chr17 29496819 . C T 75.48 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00566358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7134;QD=11.6123;RBI=0.0456477;REFB=-0.0163855;REVB=-0.0452949;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104401;STB=0.562374;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0562155;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:8:8:6:4:8:8 chr17 29508775 . G A 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0310477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.444;QD=14.7405;RBI=0.0326058;REFB=-0.00329172;REVB=-0.00995878;RO=41;SAF=20;SAR=10;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21335;STB=0.621276;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00831826;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:10:20:19:22:10:20:19:22 chr17 29553485 . G A 248.75 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=64;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0134038;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7677;QD=15.7935;RBI=0.0405666;REFB=-0.00848776;REVB=-0.0382882;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524023;STB=0.519112;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0158255;OID=.;OPOS=29553485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:25:35:20:28:0.444444:13:7:10:15:20:8:11:24 chr17 29646032 . G A 498.04 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0265214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.721;QD=16.7407;RBI=0.026978;REFB=-0.0132324;REVB=-0.00494225;RO=65;SAF=21;SAR=33;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00440889;STB=0.502457;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0095845;OID=.;OPOS=29646032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:54:54:0.453782:33:21:25:40:33:21:25:40 chr17 29705947 . T C 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0813347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.908;QD=12.3943;RBI=0.0814582;REFB=-0.0118507;REVB=-0.00448465;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113102;STB=0.566831;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0146764;OID=.;OPOS=29705947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:11:13:9:5:11:13 chr17 29859506 . G T 58.9 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.036689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6625;QD=5.12146;RBI=0.0668827;REFB=-0.0209559;REVB=0.0559215;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829437;STB=0.554337;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.053545;OID=.;OPOS=29859506;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:4:5:23:14:4:5:23:14 chr17 29890870 . C G 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0352929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.275;QD=9.18987;RBI=0.0404311;REFB=0.00194462;REVB=-0.0197252;RO=34;SAF=12;SAR=2;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526094;STB=0.817686;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00657647;OID=.;OPOS=29890870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:34:35:14:14:0.285714:2:12:15:19:2:12:16:19 chr17 30040819 . T G 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00642705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.293;QD=15.1954;RBI=0.0134477;REFB=-0.0190249;REVB=0.0118124;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0340841;OID=.;OPOS=30040819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:13:13:9:9:13:13 chr17 30183857 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.03;QD=61.684;RBI=0.0185664;REFB=0;REVB=0.0177741;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79863e-05;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr17 30222002 . T C 488.53 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546816;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.974;QD=59.2152;RBI=0.0549985;REFB=0;REVB=0.00589526;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332714;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr17 30327490 . A T 32.19 PASS AF=0.059322;AO=7;DP=120;FAO=7;FDP=118;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=102;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=0.145092;FXX=0.0247913;HRUN=9;LEN=1;MLLD=23.5979;QD=1.09134;RBI=0.207566;REFB=-0.0277552;REVB=-0.148431;RO=61;SAF=3;SAR=4;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166387;STB=0.5757;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0750455;OID=.;OPOS=30327490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:120:118:61:102:7:7:0.059322:4:3:35:26:4:3:52:50 chr17 31340682 . C T 1653.35 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443663;FXX=0.0350846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1719;QD=60.1217;RBI=0.0460182;REFB=0;REVB=-0.0122191;RO=0;SAF=34;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.33239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114486;OID=.;OPOS=31340682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:108:110:1:74:34:0:0:76:34:0:0 chr17 31438950 . TGGGC TCGCA,TCGGC,TGC,TGGC 574.04 PASS AF=0,0.181818,0,0.818182;AO=2,3,12,11;DP=56;FAO=0,10,0,45;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,26;FSAR=0,10,0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.236335,0.281109,0.418589,0.807249;FXX=0.017854;HRUN=3,3,3,3;LEN=4,1,2,1;MLLD=62.5113,47.5767,8.34363,13.4301;QD=41.7482;RBI=0.252563,0.294855,0.460124,0.887709;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0890704,-0.0889783,-0.191041,-0.369291;RO=20;SAF=0,0,0,2;SAR=2,3,12,9;SRF=20;SRR=0;SSEN=0,0,0.741071,0.741071;SSEP=0,0,0.282609,0.282609;SSSB=-0.861826,-0.863913,-0.877356,-0.737786;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,del,del;VARB=0,-0.0932964,0,-0.0457383;OID=.,.,.,.;OPOS=31438951,31438951,31438951,31438951;OREF=GGGC,G,GG,G;OALT=CGCA,C,-,-;OMAPALT=TCGCA,TCGGC,TGC,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.181818,0,0.818182:2,3,12,11:56:0,10,0,45:55:0:0,0,0,26:0,10,0,19:0:0:49:20:0,0,0,2:2,3,12,9:20:0 chr17 31618732 . A G 191.17 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.693;QD=47.7932;RBI=0.0890241;REFB=0;REVB=-0.0875448;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000939296;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr17 32483237 . A G 326.33 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.0159794;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.687;QD=16.9524;RBI=0.0159818;REFB=-0.0160612;REVB=-0.000277029;RO=42;SAF=12;SAR=23;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118336;STB=0.566002;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0184329;OID=.;OPOS=32483237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:23:12:10:32:23:12:10:32 chr17 32483270 . C G 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0578855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5507;QD=14.4059;RBI=0.0601413;REFB=-0.00829831;REVB=0.0163173;RO=46;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163123;STB=0.591871;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0111901;OID=.;OPOS=32483270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:19:13:12:34:19:13:12:34 chr17 32583269 . T C 257.15 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0146037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.636;QD=16.0718;RBI=0.0165001;REFB=-0.019325;REVB=0.00768023;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491731;STB=0.517229;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0220406;OID=.;OPOS=32583269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:35:28:29:0.453125:15:13:18:17:15:14:18:17 chr17 32583911 . C T 565.19 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0446252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0736;QD=24.5737;RBI=0.0579696;REFB=-0.00607143;REVB=-0.0370009;RO=39;SAF=27;SAR=25;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651547;STB=0.530064;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00275887;OID=.;OPOS=32583911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:40:52:52:0.565217:25:27:17:22:25:27:18:22 chr17 32612894 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0406592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5374;QD=15.1965;RBI=0.0411011;REFB=0.0173471;REVB=-0.00601069;RO=18;SAF=1;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556422;STB=0.835093;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0233957;OID=.;OPOS=32612894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:13:1:8:10:13:1:8:10 chr17 32647831 . A C 287.28 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0240785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0039;QD=20.5201;RBI=0.0464994;REFB=-0.0420267;REVB=-0.0397797;RO=26;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187279;STB=0.603706;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0358719;OID=.;OPOS=32647831;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:14:16:8:18:14:16:8:18 chr17 32904586 . C T 291.4 PASS AF=0.407407;AO=34;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0443843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2992;QD=14.3902;RBI=0.054992;REFB=-0.00918553;REVB=-0.0324677;RO=46;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161812;STB=0.582663;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0166035;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:48:34:33:0.407407:16:18:17:29:16:17:18:30 chr17 32953258 . G A 184.78 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0277885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.4836;QD=13.9457;RBI=0.151374;REFB=-0.0484815;REVB=0.148801;RO=31;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34405;STB=0.673416;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0710173;OID=.;OPOS=32953258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:31:21:22:0.415094:6:15:12:19:7:15:12:19 chr17 33269648 . C G 154.69 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0289058;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.354;QD=12.3749;RBI=0.0305832;REFB=-0.0194414;REVB=-0.0099895;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524461;STB=0.539956;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0321172;OID=.;OPOS=33269648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:9:9:17:14:9:9:18:14 chr17 33286664 . A G 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0299335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.035;QD=21.377;RBI=0.0302449;REFB=-0.0191854;REVB=-0.00432908;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076196;STB=0.554216;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0164166;OID=.;OPOS=33286664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:10:13:10:11:10:13:10:12 chr17 33288363 . C T 3882.4 PASS AF=0.952555;AO=259;DP=275;FAO=261;FDP=274;FR=.;FRO=13;FSAF=57;FSAR=204;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0287292;FXX=0.00724611;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.396;QD=56.6774;RBI=0.030077;REFB=-0.0117582;REVB=-0.00890297;RO=13;SAF=56;SAR=203;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803028;STB=0.541575;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000119145;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:275:274:13:13:259:261:0.952555:203:56:11:2:204:57:11:2 chr17 33288882 . T G 1511.66 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.212;QD=58.1407;RBI=0.00976191;REFB=0;REVB=0.00649484;RO=0;SAF=26;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239142;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:104:0:0:98:104:1:72:26:0:0:72:32:0:0 chr17 33289937 . A T 1059.93 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.566;QD=59.7143;RBI=0.0306127;REFB=0;REVB=0.00465024;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54425e-05;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:30:39:0:0:30:41:0:0 chr17 33325685 . G A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=23;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00552731;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.585;QD=16.5274;RBI=0.00569333;REFB=-0.00776317;REVB=0.00136484;RO=23;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466693;STB=0.515139;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00873756;OID=.;OPOS=33325685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:29:23:25:0.462963:16:7:6:17:17:8:10:19 chr17 33445549 . G A 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.000494986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.331;QD=17.5367;RBI=0.0185806;REFB=-0.0246386;REVB=-0.018574;RO=38;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0059127;STB=0.503309;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0319795;OID=.;OPOS=33445549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:15:19:21:17:15:19:21:17 chr17 33448818 . T C 646.85 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.013;QD=61.6047;RBI=0.0674855;REFB=0;REVB=-0.0451974;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74097e-05;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr17 33454415 . C A 390.8 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0445602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.202;QD=32.5665;RBI=0.0450182;REFB=-0.0146784;REVB=0.00640536;RO=14;SAF=19;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936857;STB=0.53198;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00758781;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:16:32:32:0.666667:13:19:6:8:13:19:8:8 chr17 33457562 . T C 98.03 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0580136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.812;QD=14.0045;RBI=0.0613952;REFB=-0.0357826;REVB=0.0200947;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443658;STB=0.755176;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0361941;OID=.;OPOS=33457562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:13:3:8:4:13:3 chr17 33457697 . T C 124.18 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00596856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.752;QD=17.7403;RBI=0.006531;REFB=-0.0319031;REVB=-0.00265145;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396177;STB=0.670464;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0357007;OID=.;OPOS=33457697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:11:2:7:7:11:3:7:7 chr17 33459096 . C T 149.38 PASS AF=0.346939;AO=15;DP=47;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0421797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0805;QD=12.1939;RBI=0.0435267;REFB=-0.00566667;REVB=-0.0107445;RO=31;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104373;STB=0.558305;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0107979;OID=.;OPOS=33459096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:31:32:15:17:0.346939:5:10:18:13:6:11:18:14 chr17 33459419 . G A 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.029872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7808;QD=18.4978;RBI=0.0341814;REFB=-0.0322254;REVB=0.0166143;RO=27;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358495;STB=0.520045;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0370668;OID=.;OPOS=33459419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:17:10:9:18:17:10:9:18 chr17 33460175 . T C 104.96 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0367219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2405;QD=9.9963;RBI=0.0941597;REFB=-0.00553853;REVB=-0.0867038;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17041;STB=0.631576;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0334423;OID=.;OPOS=33460175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:29:13:13:0.309524:7:6:16:10:7:6:19:10 chr17 33460367 . G A 168.44 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0238429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.633;QD=15.3129;RBI=0.0595281;REFB=-0.0163866;REVB=0.0545446;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119839;STB=0.551575;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0355612;OID=.;OPOS=33460367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:7:11:18:7:7:11:18:8 chr17 33460431 . C T 219.19 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0511568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2804;QD=13.9167;RBI=0.0560374;REFB=-0.0152543;REVB=0.022873;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113489;STB=0.571375;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0247424;OID=.;OPOS=33460431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:13:13:22:14:13:13:23:14 chr17 33460516 . A G 116.26 PASS AF=0.405405;AO=12;DP=34;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0380043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0118;QD=12.5685;RBI=0.0418138;REFB=-0.031651;REVB=-0.0174375;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106735;STB=0.574376;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0708281;OID=.;OPOS=33460516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:22:22:12:15:0.405405:10:2:5:17:10:5:5:17 chr17 33464864 . C T 739.03 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00722428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3242;QD=54.7432;RBI=0.0102492;REFB=-0.14274;REVB=-0.00727024;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184728;STB=0.5098;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0212333;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:25:28:0:1:25:28:0:1 chr17 33469279 . G C 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8594;QD=47.8158;RBI=0.0521216;REFB=0;REVB=-0.0516192;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00221441;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr17 33520939 . C T 354.13 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0116423;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.918;QD=13.2384;RBI=0.0313051;REFB=-0.0459666;REVB=0.0290597;RO=65;SAF=24;SAR=18;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523491;STB=0.529715;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0692126;OID=.;OPOS=33520939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:65:65:42:42:0.392523:18:24:34:31:18:24:34:31 chr17 33592591 . C T 265.25 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0116979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.091;QD=15.6032;RBI=0.0152354;REFB=-0.0182877;REVB=0.009761;RO=38;SAF=10;SAR=20;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318322;STB=0.679493;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.025227;OID=.;OPOS=33592591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:20:10:25:13:20:10:25:13 chr17 33680507 . G T 137.81 PASS AF=0.736842;AO=13;DP=18;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0886176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.5;QD=29.0121;RBI=0.0906628;REFB=0.00628469;REVB=0.0191486;RO=5;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217954;STB=0.528262;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-6.26133e-05;OID=.;OPOS=33680507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:19:5:5:13:14:0.736842:10:3:1:4:10:4:1:4 chr17 33680807 . G A 139.03 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00145008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.674;QD=42.7772;RBI=0.150315;REFB=0;REVB=0.150308;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00397378;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:3:9:0:0:4:9:0:0 chr17 33680840 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6153;QD=57.2016;RBI=0.0235541;REFB=0;REVB=0.0112603;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070569;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr17 33689926 . T C 2751.57 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0694605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8683;QD=62.5358;RBI=0.0772143;REFB=0;REVB=-0.0337238;RO=1;SAF=115;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00786704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308889;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:1:0:175:176:1:60:115:0:1:61:115:0:0 chr17 33690466 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.121;QD=55.0987;RBI=0.0308173;REFB=0;REVB=0.024626;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77895e-05;OID=.;OPOS=33690466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:23:3:0:0:23:3:0:0 chr17 33768199 . G A 684.85 PASS AF=0.5;AO=68;DP=136;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0184706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.502;QD=20.1427;RBI=0.0197267;REFB=-0.00725227;REVB=-0.0069269;RO=68;SAF=29;SAR=39;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093906;STB=0.551791;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00842858;OID=.;OPOS=33768199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:68:68:68:68:0.5:39:29:36:32:39:29:36:32 chr17 33768354 . C T 354.54 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0423312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2471;QD=18.9086;RBI=0.0757892;REFB=-0.029254;REVB=0.0628655;RO=37;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144976;STB=0.599947;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0260954;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:38:37:37:0.493333:20:17:23:14:21:16:24:14 chr17 33769034 . G A 658.04 PASS AF=0.682927;AO=56;DP=82;FAO=56;FDP=82;FR=.;FRO=26;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0151994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.377;QD=32.0997;RBI=0.0160673;REFB=0.0100178;REVB=-0.00520952;RO=26;SAF=34;SAR=22;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053069;STB=0.528641;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00317593;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:26:26:56:56:0.682927:22:34:18:8:22:34:18:8 chr17 33875688 . T A 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00358695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.113;QD=18.7515;RBI=0.00792886;REFB=-0.0205183;REVB=-0.00707112;RO=43;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124534;STB=0.506937;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0220822;OID=.;OPOS=33875688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:21:19:21:22:21:19:21:22 chr17 33875823 . C T 201.93 PASS AF=0.45098;AO=18;DP=47;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0216242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.342;QD=15.838;RBI=0.0237622;REFB=-0.0118218;REVB=-0.0098507;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00437406;STB=0.500894;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0293449;OID=.;OPOS=33875823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:28:28:18:23:0.45098:11:7:11:17:14:9:11:17 chr17 33880003 . C G 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00471057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.998;QD=18.6371;RBI=0.0088499;REFB=0.00595852;REVB=0.00749209;RO=16;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335724;STB=0.693902;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00648531;OID=.;OPOS=33880003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:3:13:8:8:3:13:8:8 chr17 33881631 . T C 2080.83 PASS AF=1;AO=114;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040677;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.078;QD=62.5812;RBI=0.0413092;REFB=0;REVB=0.00719958;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41519e-05;OID=.;OPOS=33881631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:114:133:1:69:45:0:0:69:64:0:0 chr17 33881718 . G A 1459.65 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4299;QD=62.1126;RBI=0.0435202;REFB=-0.131263;REVB=0.00611868;RO=1;SAF=46;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026394;OID=.;OPOS=33881718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:94:1:0:93:94:1:47:46:1:0:47:47:0:0 chr17 33884804 . T C 201.58 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00737157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.293;QD=13.9018;RBI=0.00748016;REFB=-0.0110185;REVB=0.00126992;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00517647;STB=0.502956;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0130586;OID=.;OPOS=33884804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:14:10:14:20:14:10:14:20 chr17 33901917 . TTAAG T 75.38 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00525026;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=363.595;QD=8.14963;RBI=0.00667651;REFB=-0.00566763;REVB=-0.00412439;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420088;STB=0.524961;STBP=0.811;TYPE=del;VARB=0.0107932;OID=.;OPOS=33901918;OREF=TAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:13:37:13:37:24:7:6:12:12:75:24:7:6:12:12 chr17 33901965 . C G 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00819605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.516;QD=24.3901;RBI=0.00923423;REFB=0.00792091;REVB=-0.0042539;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116645;STB=0.54995;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0039226;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:9:11:5:8:9:11:6:8 chr17 33998802 . G C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0128877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.998;QD=11.4396;RBI=0.0461477;REFB=-0.0116272;REVB=-0.0443116;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103291;STB=0.576152;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.02762;OID=.;OPOS=33998802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:5:8:12:11:5:8:12:12 chr17 34069578 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0684912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.643;QD=18.8284;RBI=0.0705049;REFB=-0.0285964;REVB=0.0167302;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119952;STB=0.582006;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0207804;OID=.;OPOS=34069578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:13:7:10:11:13:7:11:11 chr17 34072898 . C T 545.18 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00393155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.976;QD=21.1718;RBI=0.0124474;REFB=-0.0225618;REVB=-0.0118102;RO=46;SAF=28;SAR=27;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466257;STB=0.534641;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.024433;OID=.;OPOS=34072898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:46:48:55:55:0.533981:27:28:26:20:27:28:28:20 chr17 34073301 . C T 654.06 PASS AF=0.391534;AO=72;DP=188;FAO=74;FDP=189;FR=.;FRO=115;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=0.0064294;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.895;QD=13.8426;RBI=0.0114528;REFB=-0.0126424;REVB=-0.00947782;RO=102;SAF=40;SAR=32;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583721;STB=0.501519;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0184917;OID=.;OPOS=34073301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:102:115:72:74:0.391534:32:40:51:51:33:41:64:51 chr17 34100350 . G C,GC 1073.18 PASS AF=0,1;AO=5,65;DP=78;FAO=0,72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=0,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424337,0.0239535;FXX=0.0136968;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=197.873,224.727;QD=59.6212;RBI=0.0491678,0.0471671;REFB=0,0;REVB=0.0248365,0.0406321;RO=6;SAF=1,22;SAR=4,43;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.533759,-0.0852486;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0308533,0.00010934;OID=.,.;OPOS=34100350,34100351;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:78:72:6:0:5,65:0,72:0,1:4,43:1,22:5:1:0,48:0,24:0:0 chr17 34106076 . C T 169.51 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00518792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.498;QD=13.0395;RBI=0.0191611;REFB=-0.0142994;REVB=0.0184454;RO=31;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365384;STB=0.513875;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00801505;OID=.;OPOS=34106076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:31:32:19:20:0.384615:14:5:9:22:14:6:9:23 chr17 34313612 . G A 205.87 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0538573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0183;QD=8.95081;RBI=0.0815449;REFB=-0.0180357;REVB=-0.0612287;RO=64;SAF=6;SAR=21;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293678;STB=0.672177;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0531315;OID=.;OPOS=34313612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:64:65:27:27:0.293478:21:6:28:36:21:6:28:37 chr17 34313674 . G A 302.56 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0070434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.474;QD=12.2246;RBI=0.00876735;REFB=-0.0239684;REVB=0.00522083;RO=64;SAF=7;SAR=28;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318876;STB=0.686156;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0383472;OID=.;OPOS=34313674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:28:7:28:36:28:7:28:36 chr17 34341398 . A G 293.31 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0509492;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.481;QD=26.6642;RBI=0.0510748;REFB=-0.0198051;REVB=0.00357884;RO=18;SAF=14;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150718;STB=0.58327;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0100123;OID=.;OPOS=34341398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:18:18:26:26:0.590909:12:14:6:12:12:14:6:12 chr17 34431287 . G T 1663.53 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.734;QD=59.9469;RBI=0.0260175;REFB=0;REVB=0.0233531;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161141;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:106:111:1:53:53:0:0:56:55:0:0 chr17 34431961 . T C 323.13 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0527771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.279;QD=47.8705;RBI=0.0533632;REFB=0.00371922;REVB=0.00788718;RO=2;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142411;STB=0.507686;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.000119505;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:15:10:1:1:15:10:1:1 chr17 34854280 . G A 1276.47 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0336934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3919;QD=59.3707;RBI=0.0404619;REFB=-0.0444343;REVB=0.0224037;RO=2;SAF=37;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00265808;STB=0.501403;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00322725;OID=.;OPOS=34854280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:86:86:2:2:84:84:0.976744:47:37:1:1:47:37:1:1 chr17 34942595 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.99;QD=40.7629;RBI=0.0402818;REFB=0;REVB=0.0384555;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258774;OID=.;OPOS=34942595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr17 34956585 . CCA C 451.5 PASS AF=0.575758;AO=56;DP=97;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-7.80362e-05;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=2;MLLD=230.23;QD=18.2425;RBI=0.00261043;REFB=-0.0166713;REVB=-0.00260926;RO=38;SAF=22;SAR=34;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0.303681;SSSB=-0.0419075;STB=0.541818;STBP=0.366;TYPE=del;VARB=0.0126153;OID=.;OPOS=34956586;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575758:56:97:57:99:42:23:34:21:21:99:38:22:34:17:21 chr17 35445977 . C T 392.05 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0272706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.679;QD=16.8623;RBI=0.0280413;REFB=-0.00301939;REVB=-0.00652885;RO=52;SAF=18;SAR=23;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226836;STB=0.512733;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00373384;OID=.;OPOS=35445977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:23:18:24:28:23:18:24:28 chr17 35478362 . T C 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.133;QD=60.5463;RBI=0.0162089;REFB=0;REVB=0.0159162;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04696e-05;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr17 35609866 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.828;QD=63.583;RBI=0.0258815;REFB=0;REVB=0.00764484;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93175e-05;OID=.;OPOS=35609866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr17 35696804 . G A 473.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.179;QD=57.3479;RBI=0.0278949;REFB=0;REVB=0.0278304;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77998e-05;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:9:23:0:0:9:24:0:0 chr17 35696820 . AAAAG A,AAGAG 367.81 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=21,6;DP=28;FAO=21,6;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15,4;FSAR=6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016678,-0.0195029;FXX=0.0357015;HRUN=5,5;LEN=4,1;MLLD=215.921,88.7155;QD=54.4907;RBI=0.0244013,0.0239831;REFB=0,0;REVB=0.017812,0.013958;RO=0;SAF=15,4;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00144218,0.0371651;OID=.,.;OPOS=35696821,35696822;OREF=AAAG,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.777778,0.222222:21,6:28:21,6:27:0:15,4:6,2:0:0:36:0:15,4:6,2:0:0 chr17 35696826 . G A 36.22 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0116296;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.739;QD=5.36634;RBI=0.0168518;REFB=-0.00395545;REVB=-0.0121957;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648388;STB=0.542719;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0563848;OID=.;OPOS=35696826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:15:6:2:4:15:6 chr17 35743010 . C G 349.88 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0205411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6799;QD=17.7155;RBI=0.0245705;REFB=-0.00485228;REVB=0.0134823;RO=42;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324744;STB=0.518153;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00538866;OID=.;OPOS=35743010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:18:19:23:19:18:19:23:19 chr17 35771468 . C T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7669;QD=48.7333;RBI=0.0307622;REFB=0;REVB=0.0282836;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147832;OID=.;OPOS=35771468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr17 35873399 . TA T 1343.31 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257204;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.2485;QD=48.4076;RBI=0.0257915;REFB=0;REVB=-0.00191333;RO=1;SAF=31;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061254;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000255026;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:108:111:111:111:0:31:80:0:0:23:1:31:77:0:1 chr17 35896123 . T C 662.28 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00163175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.167;QD=20.3778;RBI=0.00667384;REFB=-0.00512641;REVB=0.00647128;RO=63;SAF=34;SAR=32;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204833;STB=0.50746;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00540956;OID=.;OPOS=35896123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:63:64:66:66:0.507692:32:34:31:32:32:34:32:32 chr17 35899274 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00150093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.612;QD=13.4855;RBI=0.058851;REFB=-0.014052;REVB=-0.0588319;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281248;STB=0.666296;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0249488;OID=.;OPOS=35899274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:7:4:6:3:7:4 chr17 35902225 . C G 451.05 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.10013;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.197;QD=19.1934;RBI=0.104574;REFB=-0.00536175;REVB=-0.030161;RO=47;SAF=21;SAR=24;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158419;STB=0.595684;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00683674;OID=.;OPOS=35902225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:49:45:45:0.478723:24:21:14:33:23:22:15:34 chr17 35956391 . G C 235.25 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0118728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.713;QD=21.8837;RBI=0.0202839;REFB=-0.00841209;REVB=0.0164461;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183616;STB=0.602324;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0108333;OID=.;OPOS=35956391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:14:6:12:11:14:6 chr17 35984410 . T C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=-0.0095235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.193;QD=12.5628;RBI=0.0226206;REFB=-0.00373119;REVB=0.0205182;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320554;STB=0.680925;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00402895;OID=.;OPOS=35984410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:12:10:6:29:12:10:6:29 chr17 35988672 . C T 341.83 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0132762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7473;QD=18.4776;RBI=0.0238882;REFB=0.00309975;REVB=0.0198592;RO=38;SAF=14;SAR=22;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222194;STB=0.623812;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00301175;OID=.;OPOS=35988672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:22:14:24:14:22:14:24:14 chr17 35995638 . T A 664.43 PASS AF=0.546218;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.000372131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.681;QD=22.3337;RBI=0.00466575;REFB=-0.0122544;REVB=-0.00465088;RO=53;SAF=37;SAR=28;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610833;STB=0.536873;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0114833;OID=.;OPOS=35995638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:53:54:65:65:0.546218:28:37:34:19:28:37:35:19 chr17 36003359 . A G 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0143446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.124;QD=12.5666;RBI=0.0145638;REFB=-0.0227349;REVB=-0.00251754;RO=40;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655765;STB=0.537796;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0392247;OID=.;OPOS=36003359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:17:8:15:25:17:8:15:25 chr17 36357218 . C A 145.17 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0116867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.188;QD=7.16885;RBI=0.0178718;REFB=-0.0121153;REVB=-0.0135211;RO=60;SAF=10;SAR=11;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032117;STB=0.519462;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0371108;OID=.;OPOS=36357218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:60:60:21:21:0.259259:11:10:27:33:11:10:27:33 chr17 36358847 . T A 1212.17 PASS AF=0.666667;AO=98;DP=148;FAO=100;FDP=150;FR=.;FRO=50;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.0131105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5096;QD=32.3245;RBI=0.0536857;REFB=-0.0316749;REVB=0.0520603;RO=50;SAF=53;SAR=45;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758486;STB=0.543709;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0119307;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:50:50:98:100:0.666667:45:53:33:17:47:53:33:17 chr17 36486065 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0979888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.382;QD=18.8282;RBI=0.0981953;REFB=-0.0240378;REVB=0.00636535;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126165;STB=0.571359;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0290531;OID=.;OPOS=36486065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:14:8:10:10:14:8 chr17 36617210 . A G 1013.84 PASS AF=0.529101;AO=97;DP=187;FAO=100;FDP=189;FR=.;FRO=89;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.0330098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.702;QD=21.4568;RBI=0.0344026;REFB=-0.0282553;REVB=-0.00968979;RO=90;SAF=50;SAR=47;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745583;STB=0.545648;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.025448;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:90:89:97:100:0.529101:47:50:54:36:49:51:54:35 chr17 36622482 . G C 170.17 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00537381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.284;QD=10.9788;RBI=0.00545332;REFB=-0.0153775;REVB=-0.00092784;RO=36;SAF=6;SAR=16;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368347;STB=0.700719;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0245664;OID=.;OPOS=36622482;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:40:22:22:0.354839:16:6:22:14:16:6:23:17 chr17 36635721 . C T 919.13 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8918;QD=58.3573;RBI=0.0651294;REFB=0;REVB=0.0644644;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034037;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:25:36:0:0:27:36:0:0 chr17 36636059 . C CG 33.22 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00979426;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.5026;QD=18.9837;RBI=0.00979426;REFB=-0.0131726;REVB=0;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.010352;OID=.;OPOS=36636060;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:5:7:5:7:2:5:0:2:0:10:2:5:0:2:0 chr17 36646386 . A G 2383.22 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00924156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.47;QD=60.3346;RBI=0.0297611;REFB=-0.0503621;REVB=0.0282898;RO=1;SAF=81;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583757;STB=0.503067;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=3.22345e-05;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:1:1:157:157:0.993671:76:81:1:0:76:81:1:0 chr17 36830459 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0202538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.659;QD=28.5377;RBI=0.0238765;REFB=-0.0608478;REVB=-0.0126441;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00269063;OID=.;OPOS=36830459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:1:0:6:1:1:0 chr17 36861983 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0980085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7134;QD=59.4329;RBI=0.0980356;REFB=0;REVB=0.00230566;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141664;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr17 36868139 . G A 241.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0188564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5968;QD=14.8588;RBI=0.0466904;REFB=-0.0370839;REVB=0.0427133;RO=36;SAF=19;SAR=9;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508553;STB=0.515912;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0331133;OID=.;OPOS=36868139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:9:19:26:10:9:19:26:11 chr17 36876017 . GC G 39.51 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0746409;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.6884;QD=3.76255;RBI=0.14122;REFB=-0.00843457;REVB=-0.119883;RO=32;SAF=2;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0.368336;SSEP=0;SSSB=-0.445129;STB=0.78373;STBP=0.064;TYPE=del;VARB=-0.000265774;OID=.;OPOS=36876018;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:10:43:10:42:32:2:8:18:14:39:32:2:8:18:14 chr17 36882595 . T A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.175;QD=35.5759;RBI=0.0527552;REFB=0;REVB=0.0314017;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150121;OID=.;OPOS=36882595;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr17 36889559 . C T 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.000145576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.809;QD=11.3683;RBI=0.0230079;REFB=-0.0227426;REVB=-0.0230074;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054687;STB=0.503262;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0483027;OID=.;OPOS=36889559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:12:7:4:7:12:7 chr17 36890949 . T C 244.89 PASS AF=0.55;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0156583;FXX=0.130406;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.171;QD=24.4889;RBI=0.0228195;REFB=-0.0351994;REVB=0.0165995;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128135;STB=0.589729;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0266123;OID=.;OPOS=36890949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:40:16:18:22:22:0.55:13:9:4:12:13:9:4:14 chr17 36894839 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0229757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.146;QD=20.017;RBI=0.0261504;REFB=-0.00284568;REVB=-0.0124885;RO=17;SAF=3;SAR=15;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973943;STB=0.55549;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00183945;OID=.;OPOS=36894839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:15:3:4:13:15:3:4:13 chr17 36895514 . A G 216.09 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0073352;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.435;QD=15.1643;RBI=0.0135718;REFB=-0.0119495;REVB=-0.0114188;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421876;STB=0.523925;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0151756;OID=.;OPOS=36895514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:32:25:25:0.438596:12:13:18:14:12:13:18:14 chr17 36906627 . A G 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00824178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.18;QD=12.7285;RBI=0.0326652;REFB=-0.00648055;REVB=-0.0316083;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372698;STB=0.723608;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0206631;OID=.;OPOS=36906627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:7:5:7:2:7:5 chr17 36909061 . A G 598.44 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.111;QD=59.8438;RBI=0.0541839;REFB=0;REVB=0.00590657;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202001;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:18:22:0:0 chr17 36909499 . A T 509.58 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.00979533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.465;QD=21.0135;RBI=0.013599;REFB=-0.00293821;REVB=-0.00943309;RO=46;SAF=21;SAR=28;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154479;STB=0.581507;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00325532;OID=.;OPOS=36909499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:48:49:49:0.505155:28:21:12:34:28:21:13:35 chr17 36922839 . C G 425.17 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00328368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.623;QD=24.2954;RBI=0.0369873;REFB=-0.0206615;REVB=-0.0368413;RO=28;SAF=23;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189346;STB=0.518301;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0217219;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:29:41:41:0.585714:18:23:15:13:18:23:15:14 chr17 36926731 . T G 288.92 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.000767404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7576;QD=16.5096;RBI=0.0324513;REFB=-0.00949318;REVB=0.0324422;RO=38;SAF=9;SAR=23;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153407;STB=0.586678;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00817143;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:23:9:16:22:23:9:16:22 chr17 36926767 . G A 256.9 PASS AF=0.454545;AO=28;DP=64;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00166362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.256;QD=15.5694;RBI=0.00959019;REFB=-0.00417666;REVB=-0.0094448;RO=35;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213145;STB=0.624915;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00414427;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:35:36:28:30:0.454545:18:10:20:15:20:10:20:16 chr17 36963226 . G T 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00126996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=345.61;QD=16.8095;RBI=0.0139813;REFB=-0.00228654;REVB=-0.0139235;RO=42;SAF=22;SAR=13;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282711;STB=0.658305;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00285261;OID=.;OPOS=36963226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:13:22:14:28:13:22:14:28 chr17 36990036 . GC G 173.59 PASS AF=0.44;AO=30;DP=73;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.246247;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.7883;QD=9.25799;RBI=0.247868;REFB=0.0213194;REVB=0.0283064;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0.411168;SSSB=0.0552976;STB=0.561607;STBP=0.389;TYPE=del;VARB=-0.0353802;OID=.;OPOS=36990037;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:30:73:33:75:42:17:16:17:25:99:37:13:17:14:23 chr17 36997461 . G A 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00288198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.17;QD=19.2764;RBI=0.0142858;REFB=-0.00305091;REVB=0.0139921;RO=33;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926325;STB=0.551571;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0032226;OID=.;OPOS=36997461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:14:20:16:17:14:20:16:17 chr17 37004299 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00313278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1105;QD=16.3864;RBI=0.00328047;REFB=-0.0147973;REVB=0.000973207;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371297;STB=0.52169;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0171578;OID=.;OPOS=37004299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:5:3:3:6:5:3 chr17 37017938 . G A 173.93 PASS AF=0.465116;AO=16;DP=38;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0709527;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.7856;QD=16.1799;RBI=0.0804001;REFB=-0.0288879;REVB=0.0378139;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216029;STB=0.584212;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0360751;OID=.;OPOS=37017938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:43:22:23:16:20:0.465116:6:10:9:13:9:11:9:14 chr17 37017969 . T G 285.08 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00553532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.238;QD=23.7568;RBI=0.00646847;REFB=0.00946433;REVB=0.00334684;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899539;STB=0.549962;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00647125;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:15:11:7:15:15:11:7:15 chr17 37070658 . A G 180.92 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00899917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2403;QD=12.9225;RBI=0.0257363;REFB=-0.0420999;REVB=-0.0241117;RO=34;SAF=17;SAR=5;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450136;STB=0.759693;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.032772;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:5:17:12:22:5:17:12:22 chr17 37074932 . C T 72.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0072729;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.141;QD=7.82459;RBI=0.0120815;REFB=0.00972304;REVB=-0.00964715;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197382;STB=0.621393;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0195467;OID=.;OPOS=37074932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:38:37:27:27:10:10:0.27027:5:5:18:9:5:5:18:9 chr17 37076331 . G A 210.68 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0164353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.452;QD=19.1526;RBI=0.0202915;REFB=-0.0246445;REVB=0.0119007;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121916;STB=0.568901;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0367578;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:14:9:11:10:14:9 chr17 37101380 . T C 1390.5 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190392;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.817;QD=60.4565;RBI=0.0416009;REFB=-0.152468;REVB=0.0369884;RO=1;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119978;STB=0.504853;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00037298;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:92:1:1:90:91:0.98913:39:51:0:1:40:51:1:0 chr17 37224211 . C T 181.6 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00637377;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.03;QD=12.9711;RBI=0.00750773;REFB=-0.0178237;REVB=-0.00396749;RO=32;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332953;STB=0.711838;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0306026;OID=.;OPOS=37224211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:34:21:22:0.392857:7:14:11:21:7:15:11:23 chr17 37228765 . A G 253.16 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00319151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4557;QD=19.1064;RBI=0.00336796;REFB=0.00326473;REVB=0.00107586;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18887;STB=0.605004;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00297761;OID=.;OPOS=37228765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:7:19:14:13:7:19 chr17 37349710 . C G 733.41 PASS AF=0.447514;AO=73;DP=173;FAO=81;FDP=181;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=62;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=0.00320501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.517;QD=16.208;RBI=0.029043;REFB=-0.0436504;REVB=0.0288656;RO=96;SAF=16;SAR=57;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256372;STB=0.629613;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0632402;OID=.;OPOS=37349710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:181:96:100:73:81:0.447514:57:16:41:55:62:19:43:57 chr17 37356566 . A G 663.08 PASS AF=0.507692;AO=64;DP=128;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.010937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.932;QD=20.4025;RBI=0.0298601;REFB=-0.0287023;REVB=0.027785;RO=64;SAF=28;SAR=36;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992816;STB=0.560637;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0286418;OID=.;OPOS=37356566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:64:64:64:66:0.507692:36:28:35:29:38:28:35:29 chr17 37410892 . C G 305.19 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.050845;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.318;QD=22.1957;RBI=0.0508876;REFB=-0.0111247;REVB=-0.00208134;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972762;STB=0.553811;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0051787;OID=.;OPOS=37410892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:24:24:31:31:0.563636:18:13:13:11:18:13:13:11 chr17 37618722 . G T 71.8 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0303728;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.023;QD=16.8934;RBI=0.0348373;REFB=-0.0265337;REVB=-0.0170627;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238988;STB=0.639683;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0343103;OID=.;OPOS=37618722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:3:5:3:6:3:5 chr17 37898543 . T C 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.06083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.73;QD=62.3464;RBI=0.0824316;REFB=0;REVB=0.0556299;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06754e-05;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr17 38068621 . T C 428.88 PASS AF=0.494253;AO=41;DP=85;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00330249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.957;QD=19.7185;RBI=0.00353862;REFB=-0.0139947;REVB=0.00127099;RO=44;SAF=23;SAR=18;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939655;STB=0.540883;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.013894;OID=.;OPOS=38068621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:44:44:41:43:0.494253:18:23:29:15:18:25:29:15 chr17 38121993 . G A 714.83 PASS AF=0.591304;AO=67;DP=115;FAO=68;FDP=115;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0271239;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3959;QD=24.8636;RBI=0.0504868;REFB=0.00109866;REVB=0.0425819;RO=48;SAF=35;SAR=32;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490322;STB=0.525069;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000326935;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:48:47:67:68:0.591304:32:35:22:26:32:36:22:25 chr17 38122680 . G T 609.85 PASS AF=0.97619;AO=38;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0494569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.859;QD=58.0805;RBI=0.0596614;REFB=-0.0453084;REVB=0.0333692;RO=1;SAF=10;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445524;STB=0.523798;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000472863;OID=.;OPOS=38122680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:42:1:1:38:41:0.97619:28:10:1:0:31:10:1:0 chr17 38122686 . G A 294.47 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0752179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2931;QD=28.0447;RBI=0.116166;REFB=0.00305352;REVB=0.0885254;RO=16;SAF=6;SAR=20;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184688;STB=0.510196;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00204143;OID=.;OPOS=38122686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:20:6:4:12:20:6:4:12 chr17 38137364 . G A 355.88 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0407069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9481;QD=16.3625;RBI=0.0530615;REFB=-0.0247603;REVB=0.0340364;RO=46;SAF=22;SAR=16;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00803242;STB=0.519341;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.039388;OID=.;OPOS=38137364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:49:38:38:0.436782:16:22:27:19:16:22:30:19 chr17 38173143 . G A 195.1 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0230627;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.991;QD=15.302;RBI=0.0365597;REFB=-0.0118257;REVB=0.0283677;RO=29;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01677;STB=0.50957;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0195274;OID=.;OPOS=38173143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:29:29:22:22:0.431373:14:8:11:18:14:8:11:18 chr17 38176256 . A T 107.07 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0202157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.835;QD=22.5413;RBI=0.0202221;REFB=-0.0657343;REVB=-0.000507716;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892086;STB=0.550377;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0392133;OID=.;OPOS=38176256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:2:5:7:5:2:5 chr17 38179492 . A G 365.87 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00413029;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.184;QD=18.7627;RBI=0.00899913;REFB=0.00461697;REVB=0.00799532;RO=40;SAF=9;SAR=29;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27766;STB=0.655918;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00430348;OID=.;OPOS=38179492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:29:9:20:20:29:9:20:20 chr17 38239012 . T C 111.69 PASS AF=0.454545;AO=13;DP=29;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00602303;FXX=0;HRUN=26;LEN=1;MLLD=32.827;QD=13.5381;RBI=0.0119115;REFB=-0.103413;REVB=-0.0102765;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199351;STB=0.555481;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0131221;OID=.;OPOS=38239012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:33:15:18:13:15:0.454545:5:8:6:9:6:9:9:9 chr17 38600092 . G A 51.45 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.000623;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1793;QD=15.8315;RBI=0.012442;REFB=0.0290127;REVB=0.0124264;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372308;STB=0.726508;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.010788;OID=.;OPOS=38600092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:3:3:1:6:3:3 chr17 38784927 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=9.5397e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.668;QD=10.3903;RBI=0.00541026;REFB=-0.0101014;REVB=-0.00540942;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184599;STB=0.613693;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0331071;OID=.;OPOS=38784927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:6:5:2:5:6:5 chr17 38855772 . T C 1309.13 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0058762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.713;QD=57.544;RBI=0.0682186;REFB=-0.0961942;REVB=0.0679651;RO=3;SAF=38;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664106;STB=0.508359;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00492124;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:3:4:87:87:0.956044:49:38:1:2:49:38:1:3 chr17 38857446 . C A 1572.9 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.44;QD=59.92;RBI=0.0424782;REFB=0;REVB=0.0376364;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94527e-05;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:52:52:0:0:53:52:0:0 chr17 38858134 . CA C,CT 873.32 PASS AF=0.983607,0.0163934;AO=57,3;DP=61;FAO=60,1;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=59,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914636,-0.0347886;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=289.775,267.032;QD=57.2671;RBI=0.0105447,0.0351772;REFB=0,0;REVB=-0.00524736,-0.00521453;RO=0;SAF=1,0;SAR=56,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.74555e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000313467,-0.0281648;OID=.,.;OPOS=38858135,38858135;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.983607,0.0163934:57,3:61:60,1:61:0:1,0:59,1:0:0:5:0:1,0:56,3:0:0 chr17 38911212 . G A 906.47 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115916;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.483;QD=58.4817;RBI=0.0390534;REFB=0;REVB=-0.0390362;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215505;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr17 38911363 . G A 728.37 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5043;QD=57.1271;RBI=0.0525738;REFB=0;REVB=0.0525263;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397448;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr17 38935812 . A G 746.97 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6041;QD=63.5719;RBI=0.0177248;REFB=0;REVB=-0.0156378;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32688e-05;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:36:11:0:0:36:11:0:0 chr17 38936659 . C T 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.26;QD=64.2849;RBI=0.037217;REFB=0;REVB=-4.72453e-05;RO=0;SAF=37;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95765e-05;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:63:37:0:0:63:37:0:0 chr17 38955961 . G A 75.12 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0480066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.553;QD=11.1289;RBI=0.048414;REFB=-0.0101617;REVB=0.0062671;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13532;STB=0.617414;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0246708;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:15:17:10:10:0.37037:4:6:7:8:4:6:7:10 chr17 38978536 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.063;QD=35.5759;RBI=0.0134756;REFB=0;REVB=0.0134756;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35732e-05;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr17 38990834 . GC CC,G 819.31 PASS AF=0.571429,0.241758;AO=48,23;DP=88;FAO=52,22;FDP=91;FR=.;FRO=17;FSAF=26,22;FSAR=26,0;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.00561708,-0.0449163;FXX=0.0108684;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=254.037,17.451;QD=36.0134;RBI=0.0224806,0.183426;REFB=-0.042202,-0.0345811;REVB=0.0217676,-0.177841;RO=16;SAF=24,23;SAR=24,0;SRF=0;SRR=16;SSEN=0,0.290445;SSEP=0,0.54902;SSSB=0.233097,0.883856;STB=0.608656,0.999464;STBP=0.005,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0220783,0.0645961;OID=.,.;OPOS=38990834,38990835;OREF=G,C;OALT=C,-;OMAPALT=CC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:88:91:16:17:48,23:52,22:0.571429,0.241758:24,0:24,23:0:16:26,0:26,22:1:16 chr17 38991003 . T C 674.68 PASS AF=0.432749;AO=73;DP=170;FAO=74;FDP=171;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.000927295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.577;QD=15.782;RBI=0.0124801;REFB=-0.0117524;REVB=0.0124456;RO=96;SAF=20;SAR=53;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20947;STB=0.61755;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0182876;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:96:97:73:74:0.432749:53:20:44:52:54:20:44:53 chr17 38991032 . T A 707.81 PASS AF=0.40625;AO=78;DP=192;FAO=78;FDP=192;FR=.;FRO=114;FSAF=18;FSAR=60;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=0.0119741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3896;QD=14.746;RBI=0.0400219;REFB=-0.0172643;REVB=0.0381886;RO=114;SAF=18;SAR=60;SRF=51;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267577;STB=0.651516;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0268272;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:114:114:78:78:0.40625:60:18:51:63:60:18:51:63 chr17 39033672 . GTTTTTTTTTTT GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTA 151.74 PASS AF=0.0175439,0.842105,0.105263;AO=14,23,4;DP=59;FAO=1,48,6;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=0,18,6;FSAR=1,30,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0180199,-0.0286074,-0.0251875;FXX=0.0338926;HRUN=11,11,11;LEN=2,1,1;MLLD=8.20415,4.65234,17.1679;QD=10.6481;RBI=0.0571603,0.118338,0.0277239;REFB=0.105272,0.200292,0.127205;REVB=0.0542456,0.114828,-0.0115847;RO=9;SAF=8,8,4;SAR=6,15,0;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.238512,0.0728794,0.767041;STB=0.993266,0.526305,0.5;STBP=0.231,0.141,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0399995,-0.0456626,0.130705;OID=.,.,.;OPOS=39033673,39033673,39033683;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0175439,0.842105,0.105263:14,23,4:59:1,48,6:57:2:0,18,6:1,30,0:2:0:19:9:8,8,4:6,15,0:2:7 chr17 39081713 . A G 637.1 PASS AF=0.44;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.010376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.139;QD=16.9892;RBI=0.0123745;REFB=-0.0109232;REVB=0.00674301;RO=83;SAF=30;SAR=36;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275061;STB=0.512191;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.012521;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:83:84:66:66:0.44:36:30:40:43:36:30:40:44 chr17 39084504 . T C 297.21 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0116861;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.624;QD=18.0129;RBI=0.0333579;REFB=-0.0307511;REVB=0.0312439;RO=35;SAF=9;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146742;STB=0.572869;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0327697;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:34:31:32:0.484848:22:9:15:20:22:10:15:19 chr17 39134455 . G A 215.08 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.020686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.725;QD=21.5078;RBI=0.0269173;REFB=-0.0306542;REVB=0.017223;RO=19;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306258;STB=0.517225;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0277436;OID=.;OPOS=39134455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:6:15:13:6:6:15:13:6 chr17 39135205 . A G 403.18 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00727894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.054;QD=19.4302;RBI=0.0142802;REFB=-0.0146331;REVB=-0.0122858;RO=42;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646623;STB=0.542475;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0103501;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:42:40:41:0.493976:23:17:15:27:23:18:15:27 chr17 39137297 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0157182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.141;QD=12.8688;RBI=0.0184929;REFB=0.0124041;REVB=0.00974284;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272488;STB=0.680509;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0157589;OID=.;OPOS=39137297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:8:3:8:7:8:3:9:7 chr17 39139348 . A G 596.73 PASS AF=0.409639;AO=68;DP=165;FAO=68;FDP=166;FR=.;FRO=98;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=62;FWDB=0.0180711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.179;QD=14.3791;RBI=0.0448574;REFB=-0.0185602;REVB=-0.0410564;RO=97;SAF=36;SAR=32;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165005;STB=0.594909;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0206305;OID=.;OPOS=39139348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:97:98:68:68:0.409639:32:36:36:61:32:36:36:62 chr17 39140272 . A G 505.32 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0409905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.667;QD=19.8165;RBI=0.0486259;REFB=-0.0139436;REVB=-0.0261584;RO=50;SAF=22;SAR=30;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121844;STB=0.567296;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0121149;OID=.;OPOS=39140272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:30:22:28:22:30:22:28:22 chr17 39150284 . A G 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00880046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.27;QD=13.3342;RBI=0.0823218;REFB=-0.0360011;REVB=-0.0818501;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175627;STB=0.599926;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0442147;OID=.;OPOS=39150284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:13:13:13:26:13:13:13:26 chr17 39150357 . A G 237.6 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0386036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.264;QD=13.7739;RBI=0.0438509;REFB=-0.0236729;REVB=0.0208006;RO=41;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462369;STB=0.526297;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.027678;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:18:10:13:28:18:10:13:28 chr17 39155881 . C T 119.41 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0300204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.428;QD=8.84519;RBI=0.0305622;REFB=-0.0169873;REVB=-0.00572908;RO=38;SAF=5;SAR=11;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365088;STB=0.718204;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.032934;OID=.;OPOS=39155881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:11:5:24:14:11:5:24:14 chr17 39155969 . A G 63.73 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=-0.00080361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.394;QD=4.11173;RBI=0.00775257;REFB=-0.0078237;REVB=-0.00771081;RO=50;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409909;STB=0.760201;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0331174;OID=.;OPOS=39155969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:50:51:11:11:0.177419:5:6:11:39:5:6:11:40 chr17 39156067 . A G 405.58 PASS AF=0.429907;AO=38;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0135745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.192;QD=15.1619;RBI=0.013585;REFB=-0.0184334;REVB=-0.000532408;RO=49;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660915;STB=0.540994;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0204793;OID=.;OPOS=39156067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:61:38:46:0.429907:20:18:20:29:27:19:21:40 chr17 39156084 . T C 426.98 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.00965794;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1283;QD=15.3866;RBI=0.012912;REFB=-0.0215088;REVB=0.00856996;RO=61;SAF=19;SAR=29;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723662;STB=0.527976;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0335345;OID=.;OPOS=39156084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:63:48:48:0.432432:29:19:20:41:29:19:22:41 chr17 39183254 . T C 186.83 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0289586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9713;QD=27.6787;RBI=0.0547615;REFB=-0.0685768;REVB=-0.0464782;RO=7;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00533511;STB=0.523535;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0364925;OID=.;OPOS=39183254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:7:9:17:18:0.666667:5:12:5:2:5:13:7:2 chr17 39183304 . C T 175.52 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0174433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.16;QD=21.94;RBI=0.0513646;REFB=-0.0918635;REVB=-0.048312;RO=13;SAF=14;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383196;STB=0.70518;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.037245;OID=.;OPOS=39183304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:4:14:4:9:4:14:5:9 chr17 39186052 . G A 487.71 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00932295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.916;QD=21.676;RBI=0.0132206;REFB=-0.00714943;REVB=0.0093738;RO=43;SAF=14;SAR=33;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074036;STB=0.540966;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00593864;OID=.;OPOS=39186052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:33:14:16:27:33:14:16:27 chr17 39186168 . A C 233.66 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0148857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.961;QD=24.5959;RBI=0.0170713;REFB=-0.02588;REVB=-0.00835731;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11484;STB=0.571364;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0148752;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:21:22:0.578947:10:11:6:10:10:12:6:10 chr17 39186195 . CA TG 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0079183;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.342;QD=18.0872;RBI=0.0198542;REFB=-0.0162339;REVB=0.0182069;RO=27;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153459;STB=0.585736;STBP=0.268;TYPE=mnp;VARB=0.012001;OID=.;OPOS=39186195;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:14:12:8:19:14:12:8:19 chr17 39190830 . C T 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0099648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.965;QD=19.8495;RBI=0.0119767;REFB=-0.00365258;REVB=-0.00664414;RO=13;SAF=2;SAR=13;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.573813;STB=0.829306;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00193952;OID=.;OPOS=39190830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:13:2:10:3:13:2:10:3 chr17 39190973 . C G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0573471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.817;QD=15.293;RBI=0.0581122;REFB=-0.0278967;REVB=-0.009399;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283852;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0177297;OID=.;OPOS=39190973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:6:3:6:3:6:3 chr17 39203553 . G T 120.43 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0298633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9369;QD=14.5976;RBI=0.053087;REFB=-0.0290419;REVB=-0.043891;RO=18;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668579;STB=0.517216;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0382266;OID=.;OPOS=39203553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:12:2:2:16:12:2:3:16 chr17 39240504 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0028735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.53;QD=13.5053;RBI=0.0549332;REFB=0.00164411;REVB=-0.054858;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547084;STB=0.53211;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00258753;OID=.;OPOS=39240504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:8:9:7:5:8:9 chr17 39240511 . A T 88.09 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00814592;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7972;QD=12.5848;RBI=0.0244894;REFB=-0.0321728;REVB=-0.0230949;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165255;STB=0.509786;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0447238;OID=.;OPOS=39240511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:29:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:8:9:6:5:8:9 chr17 39253815 . G A 153.31 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0741355;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.7553;QD=21.1455;RBI=0.10577;REFB=-0.0545501;REVB=-0.07544;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322451;STB=0.640851;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0655949;OID=.;OPOS=39253815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:9:13:16:16:0.551724:10:6:8:1:10:6:9:4 chr17 39253835 . C T 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00179809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.284;QD=17.8389;RBI=0.0309127;REFB=-0.0187619;REVB=-0.0308604;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1854;STB=0.605911;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0355915;OID=.;OPOS=39253835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:9:5:8:6:9:5 chr17 39254335 . A AT 636.66 PASS AF=0.505376;AO=91;DP=190;FAO=94;FDP=186;FR=.;FRO=92;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.0391805;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.0064;QD=13.6917;RBI=0.0859802;REFB=-0.00496125;REVB=0.0765342;RO=97;SAF=46;SAR=45;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292502;STB=0.537346;STBP=0.293;TYPE=ins;VARB=0.00544993;OID=.;OPOS=39254336;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.505376:91:190:94:186:92:49:45:41:51:99:97:46:45:46:51 chr17 39258027 . G A 77.51 PASS AF=0.454545;AO=6;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0362409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.132;QD=14.0921;RBI=0.0379925;REFB=-0.000610119;REVB=-0.0114031;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203317;STB=0.642579;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0013833;OID=.;OPOS=39258027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:10:12:6:10:0.454545:3:3:7:3:6:4:8:4 chr17 39274069 . G C 164.19 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.144144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8932;QD=21.186;RBI=0.149821;REFB=-0.0764637;REVB=0.0408523;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157568;STB=0.502072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0730544;OID=.;OPOS=39274069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:6:10:9:5:6:11:9:5 chr17 39274518 . C T 610.92 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.0222565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.077;QD=18.2363;RBI=0.0256484;REFB=-0.00913556;REVB=0.012747;RO=71;SAF=22;SAR=41;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268037;STB=0.514852;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0124547;OID=.;OPOS=39274518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:71:71:63:63:0.470149:41:22:23:48:41:22:23:48 chr17 39305956 . G A 288.77 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00670966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7854;QD=21.0011;RBI=0.0812995;REFB=-0.0355827;REVB=0.0810222;RO=25;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173671;STB=0.596091;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0170342;OID=.;OPOS=39305956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:14:16:8:17:14:16:8:17 chr17 39334133 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.995;QD=40.7629;RBI=0.0101439;REFB=0;REVB=0.00936631;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107139;OID=.;OPOS=39334133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr17 39334456 . G A 980.9 PASS AF=0.945205;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.111665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8533;QD=53.748;RBI=0.128;REFB=0.076552;REVB=0.0625703;RO=4;SAF=35;SAR=33;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277474;STB=0.514894;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00287704;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:73:4:4:68:69:0.945205:33:35:1:3:33:36:1:3 chr17 39340707 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0800795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.168;QD=58.5872;RBI=0.0838432;REFB=0;REVB=-0.0248388;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356301;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr17 39340812 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.393;QD=35.5759;RBI=0.0145226;REFB=0;REVB=0.0145226;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109534;OID=.;OPOS=39340812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr17 39341158 . G A 769.44 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4193;QD=56.9957;RBI=0.0440098;REFB=0;REVB=-0.0368678;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022996;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:22:32:0:0 chr17 39341266 . A G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.138;QD=53.9072;RBI=0.0166424;REFB=0;REVB=-0.00935124;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2517e-05;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr17 39341293 . AT A,AA 286.99 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=5,17;DP=22;FAO=1,21;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04064,0.058516;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=324.619,338.219;QD=52.1801;RBI=0.0415457,0.0591509;REFB=0,0;REVB=0.00862756,0.00864311;RO=0;SAF=4,6;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0111802,0.000155193;OID=.,.;OPOS=39341294,39341294;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.954545:5,17:22:1,21:22:0:0,10:1,11:0:0:4:0:4,6:1,11:0:0 chr17 39341473 . G C 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0106459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4364;QD=26.3715;RBI=0.0458256;REFB=0.0104146;REVB=-0.0445719;RO=16;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164285;STB=0.590835;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00739692;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:11:13:5:11:11:13:5:11 chr17 39346518 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.031;QD=35.5759;RBI=0.0634575;REFB=0;REVB=0.0362615;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131269;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr17 39382942 . C A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5857;QD=9.19903;RBI=0.0177699;REFB=0.0203473;REVB=-0.0177699;RO=13;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0364227;OID=.;OPOS=39382942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:7:0:0:13:7:0:0:13 chr17 39383335 . C G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.099663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.4931;QD=60.1581;RBI=0.100617;REFB=-0.137385;REVB=0.0138237;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00294989;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:16:28:0:0:16:28:1:0 chr17 39389422 . C G 1049.55 PASS AF=0.526316;AO=100;DP=191;FAO=100;FDP=190;FR=.;FRO=90;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=0.0227932;FXX=0.0155432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1304;QD=22.0959;RBI=0.0251083;REFB=-0.00630714;REVB=-0.0105306;RO=87;SAF=54;SAR=46;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974547;STB=0.555638;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00984331;OID=.;OPOS=39389422;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:87:90:100:100:0.526316:46:54:37:50:46:54:38:52 chr17 39394674 . A G 63.93 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00580813;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.003;QD=7.99076;RBI=0.00836086;REFB=0.00318592;REVB=-0.00601412;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115241;STB=0.571276;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00375244;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:32:32:23:23:9:9:0.28125:4:5:15:8:4:5:15:8 chr17 39406244 . AC GT 31.42 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0216463;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.811;QD=1.82122;RBI=0.0803172;REFB=-0.00165635;REVB=-0.0773452;RO=59;SAF=3;SAR=4;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189594;STB=0.620073;STBP=0.527;TYPE=mnp;VARB=0.00658763;OID=.;OPOS=39406244;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:59:62:7:7:0.101449:4:3:35:24:4:3:35:27 chr17 39406291 . T C 164.46 PASS AF=0.214286;AO=27;DP=126;FAO=27;FDP=126;FR=.;FRO=99;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.0195313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.096;QD=5.22079;RBI=0.0280065;REFB=-0.00479547;REVB=-0.0200723;RO=98;SAF=11;SAR=16;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142994;STB=0.592524;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0218714;OID=.;OPOS=39406291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:98:99:27:27:0.214286:16:11:51:47:16:11:52:47 chr17 39406299 . A G 191.64 PASS AF=0.229008;AO=30;DP=130;FAO=30;FDP=131;FR=.;FRO=101;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=-0.0211944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.563;QD=5.85162;RBI=0.0345037;REFB=-0.00670754;REVB=0.0272269;RO=100;SAF=12;SAR=18;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175514;STB=0.610869;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0315896;OID=.;OPOS=39406299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:100:101:30:30:0.229008:18:12:54:46:18:12:55:46 chr17 39406343 . A G 315.89 PASS AF=0.281879;AO=42;DP=150;FAO=42;FDP=149;FR=.;FRO=107;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=66;FSRR=41;FWDB=0.00405754;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.839;QD=8.48038;RBI=0.00495888;REFB=-0.0109273;REVB=-0.00285077;RO=106;SAF=17;SAR=25;SRF=66;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260055;STB=0.648978;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0248945;OID=.;OPOS=39406343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:106:107:42:42:0.281879:25:17:66:40:25:17:66:41 chr17 39406409 . C A 1373.6 PASS AF=0.612745;AO=125;DP=204;FAO=125;FDP=204;FR=.;FRO=79;FSAF=50;FSAR=75;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=0.00721301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1203;QD=26.9334;RBI=0.0617497;REFB=-0.0156419;REVB=0.061327;RO=79;SAF=50;SAR=75;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176309;STB=0.59527;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00918284;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:79:79:125:125:0.612745:75:50:51:28:75:50:51:28 chr17 39406419 . T C 323.64 PASS AF=0.241546;AO=50;DP=209;FAO=50;FDP=207;FR=.;FRO=157;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=86;FSRR=71;FWDB=-0.0349875;FXX=0.014285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.673;QD=6.25392;RBI=0.0356608;REFB=-0.0041895;REVB=0.0068969;RO=159;SAF=17;SAR=33;SRF=86;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254334;STB=0.657765;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0305825;OID=.;OPOS=39406419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:207:159:157:50:50:0.241546:33:17:86:73:33:17:86:71 chr17 39406427 . T C 303.96 PASS AF=0.225806;AO=49;DP=217;FAO=49;FDP=217;FR=.;FRO=168;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=92;FSRR=76;FWDB=0.0152025;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.841;QD=5.60286;RBI=0.0152088;REFB=-0.00553997;REVB=-0.000440543;RO=167;SAF=16;SAR=33;SRF=91;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278185;STB=0.671369;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0207982;OID=.;OPOS=39406427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:167:168:49:49:0.225806:33:16:91:76:33:16:92:76 chr17 39406447 . A G 712.4 PASS AF=0.391509;AO=82;DP=209;FAO=83;FDP=212;FR=.;FRO=129;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=65;FSRR=64;FWDB=0.016477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.383;QD=13.4415;RBI=0.0168387;REFB=-0.00599655;REVB=-0.00347136;RO=127;SAF=44;SAR=38;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353241;STB=0.515993;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00954628;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:212:127:129:82:83:0.391509:38:44:64:63:39:44:65:64 chr17 39406461 . C A 220.67 PASS AF=0.190244;AO=39;DP=205;FAO=39;FDP=205;FR=.;FRO=166;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=95;FSRR=71;FWDB=-0.0310995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.851;QD=4.30577;RBI=0.0311077;REFB=-0.00235398;REVB=0.000711853;RO=166;SAF=11;SAR=28;SRF=95;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368802;STB=0.731458;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0141268;OID=.;OPOS=39406461;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:166:166:39:39:0.190244:28:11:95:71:28:11:95:71 chr17 39406474 . C A 212.69 PASS AF=0.189744;AO=37;DP=196;FAO=37;FDP=195;FR=.;FRO=158;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=94;FSRR=64;FWDB=0.0248288;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.262;QD=4.36277;RBI=0.0271157;REFB=0.000545917;REVB=-0.0108991;RO=156;SAF=9;SAR=28;SRF=94;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449367;STB=0.776795;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00227518;OID=.;OPOS=39406474;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:156:158:37:37:0.189744:28:9:94:62:28:9:94:64 chr17 39406492 . T C 119.38 PASS AF=0.131707;AO=27;DP=205;FAO=27;FDP=205;FR=.;FRO=178;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=105;FSRR=73;FWDB=-0.0102875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.162;QD=2.32931;RBI=0.0102892;REFB=-0.00133593;REVB=0.000185538;RO=178;SAF=7;SAR=20;SRF=105;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405238;STB=0.774625;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0182464;OID=.;OPOS=39406492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:178:178:27:27:0.131707:20:7:105:73:20:7:105:73 chr17 39406567 . C A 1013.93 PASS AF=0.475113;AO=104;DP=220;FAO=105;FDP=221;FR=.;FRO=116;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=51;FSRR=65;FWDB=-0.0192077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.986;QD=18.3516;RBI=0.0199832;REFB=-0.0157054;REVB=0.00551272;RO=116;SAF=51;SAR=53;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485411;STB=0.524224;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0222215;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:116:116:104:105:0.475113:53:51:51:65:54:51:51:65 chr17 39406589 . A G 3329.13 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.296;QD=62.2267;RBI=0.0131284;REFB=0;REVB=0.008983;RO=0;SAF=93;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26807e-06;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:214:0:0:214:214:1:121:93:0:0:121:93:0:0 chr17 39406673 . T G 1023.08 PASS AF=0.475336;AO=106;DP=222;FAO=106;FDP=223;FR=.;FRO=117;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=52;FSRR=65;FWDB=0.0105677;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.8867;QD=18.3513;RBI=0.0196907;REFB=-0.0182804;REVB=-0.0166147;RO=114;SAF=40;SAR=66;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602075;STB=0.536768;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0251967;OID=.;OPOS=39406673;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:114:117:106:106:0.475336:66:40:50:64:66:40:52:65 chr17 39412372 . G C 355.14 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0282897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9956;QD=18.9406;RBI=0.0334537;REFB=-0.0262734;REVB=0.0178563;RO=38;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155715;STB=0.586458;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0178972;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:19:18:25:13:19:18:25:13 chr17 39421781 . A G 32.37 PASS AF=0.625;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0123779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.685;QD=16.1874;RBI=0.0141337;REFB=-0.0118769;REVB=-0.00682267;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00252139;OID=.;OPOS=39421781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:7:8:2:3:5:5:0.625:4:1:1:1:4:1:2:1 chr17 39422677 . C T 969.83 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.021;QD=58.7778;RBI=0.0774047;REFB=0;REVB=0.00550193;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177677;OID=.;OPOS=39422677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:35:29:0:0:36:30:0:0 chr17 39432562 . A T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0229732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.794;QD=14.9783;RBI=0.0308802;REFB=-0.0206699;REVB=-0.0206354;RO=10;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548441;STB=0.846249;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0241513;OID=.;OPOS=39432562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:1:9:4:6:1:9:4:7 chr17 39458476 . A T 560.12 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.00449686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.273;QD=17.6417;RBI=0.0228597;REFB=-0.00708862;REVB=-0.0224131;RO=67;SAF=28;SAR=31;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980737;STB=0.549741;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0110659;OID=.;OPOS=39458476;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:68:59:59:0.464567:31:28:25:42:31:28:26:42 chr17 39458573 . TGTACAGATGGTTG T 366.77 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.00217241;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=13;MLLD=361.261;QD=13.7109;RBI=0.0116085;REFB=-0.00486121;REVB=-0.0114034;RO=64;SAF=12;SAR=31;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622093;STB=0.535305;STBP=0.556;TYPE=del;VARB=0.00678089;OID=.;OPOS=39458574;OREF=GTACAGATGGTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401869:43:109:43:107:64:12:31:21:43:99:64:12:31:21:43 chr17 39458765 . A G 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00997859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.142;QD=23.8208;RBI=0.0100639;REFB=-0.00784538;REVB=-0.00130757;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176727;STB=0.598002;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0044284;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:12:10:4:13:12:10:4:13 chr17 39458893 . G A 416.69 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0236674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.111;QD=19.6088;RBI=0.0290404;REFB=-0.0268804;REVB=-0.0168285;RO=43;SAF=11;SAR=31;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718785;STB=0.54005;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0195006;OID=.;OPOS=39458893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:31:11:14:29:31:11:14:29 chr17 39464487 . G C 210.79 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00276915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.166;QD=14.0528;RBI=0.0581648;REFB=-0.00684653;REVB=0.0580989;RO=35;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120693;STB=0.569084;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00947222;OID=.;OPOS=39464487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:17:8:15:20:17:8:15:20 chr17 39464736 . C G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0789224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1144;QD=6.26137;RBI=0.0832812;REFB=-0.0207081;REVB=-0.0265899;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382737;STB=0.7373;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0469184;OID=.;OPOS=39464736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:16:5:4:3:16:5 chr17 39465389 . T A 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00895744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.383;QD=11.952;RBI=0.00953003;REFB=-0.00767295;REVB=-0.00325356;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109376;STB=0.565062;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00992796;OID=.;OPOS=39465389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:3:8:5:3:3:8 chr17 39471929 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0212919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.057;QD=21.5459;RBI=0.0294332;REFB=-0.00938567;REVB=-0.0203216;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976611;STB=0.555473;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00557259;OID=.;OPOS=39471929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:4:10:6:4:4:10:6:4 chr17 39503163 . G A 254.8 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.044305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.911;QD=22.1562;RBI=0.0443736;REFB=-0.0280957;REVB=-0.00246787;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110704;STB=0.561992;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0212609;OID=.;OPOS=39503163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:14:10:12:10:14:10:12:10 chr17 39578424 . G T 226.65 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0292073;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.077;QD=20.147;RBI=0.0393323;REFB=-0.0139002;REVB=0.0263432;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180079;STB=0.601518;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0149005;OID=.;OPOS=39578424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:9:14:9:13:9:14 chr17 39579059 . G A 109.26 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0218793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.804;QD=8.09299;RBI=0.0355036;REFB=-0.00807134;REVB=0.0279607;RO=39;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164347;STB=0.599867;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0186488;OID=.;OPOS=39579059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:9:6:21:18:9:6:21:18 chr17 39579112 . G A 183.8 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0473896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8233;QD=13.615;RBI=0.0618154;REFB=-0.0335932;REVB=0.0396909;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110315;STB=0.554557;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0761353;OID=.;OPOS=39579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:13:9:16:15:13:9:16:16 chr17 39580559 . T A 408.24 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00489607;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.826;QD=19.914;RBI=0.0055955;REFB=0.000575519;REVB=0.0027089;RO=41;SAF=18;SAR=23;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222198;STB=0.512336;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.000122525;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:41:41:41:0.5:23:18:19:22:23:18:19:22 chr17 39580562 . T C 313.6 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00318823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.53;QD=15.2974;RBI=0.011548;REFB=-0.00432921;REVB=0.0110992;RO=46;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663726;STB=0.522334;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00884514;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:46:47:34:35:0.426829:17:17:20:26:18:17:21:26 chr17 39580660 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.018236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.899;QD=17.3209;RBI=0.0185372;REFB=-0.000494119;REVB=0.00332838;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109111;STB=0.562422;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000865511;OID=.;OPOS=39580660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:9:7:10:8:9:7:10:8 chr17 39593768 . A G 1412.99 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.111;QD=62.7998;RBI=0.0224707;REFB=0;REVB=0.0129683;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106331;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:50:39:0:0:50:40:0:0 chr17 39594809 . C T 541.81 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.015998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.502;QD=22.3425;RBI=0.0418674;REFB=-0.030937;REVB=0.0386903;RO=45;SAF=19;SAR=32;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158931;STB=0.58299;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0270115;OID=.;OPOS=39594809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:46:51:51:0.525773:32:19:25:20:32:19:25:21 chr17 39595484 . G A 88.62 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0191388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.69;QD=4.66413;RBI=0.0483227;REFB=-0.00360124;REVB=0.044371;RO=61;SAF=9;SAR=6;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955765;STB=0.561415;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0217328;OID=.;OPOS=39595484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:61:61:15:15:0.197368:6:9:32:29:6:9:32:29 chr17 39616430 . G T 726.2 PASS AF=0.918033;AO=54;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0331875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.8682;QD=47.6194;RBI=0.124391;REFB=-0.0786993;REVB=0.119882;RO=3;SAF=33;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287344;STB=0.515929;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00656366;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:61:61:3:5:54:56:0.918033:21:33:1:2:23:33:2:3 chr17 39619093 . GT AC,CC 563.39 PASS AF=0.972973,0.027027;AO=37,3;DP=41;FAO=36,1;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306194,0.00812078;FXX=0.0975372;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=225.065,38.5757;QD=60.9067;RBI=0.0410133,0.0203526;REFB=0,0;REVB=0.0272864,-0.0186623;RO=0;SAF=19,2;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.68991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.000143823,0.735046;OID=.,.;OPOS=39619093,39619093;OREF=GT,GT;OALT=AC,CC;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:41:37:0:0:37,3:36,1:0.972973,0.027027:18,1:19,2:0:0:17,0:19,1:0:0 chr17 39619115 . G A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0026328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.863;QD=13.9118;RBI=0.0223086;REFB=-0.0163258;REVB=0.0221527;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747104;STB=0.542921;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0251853;OID=.;OPOS=39619115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:17:14:11:10:17:14 chr17 39619219 . G A 1659.58 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.162;QD=60.3483;RBI=0.0247119;REFB=0;REVB=0.0240443;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76989e-05;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:52:58:0:0:52:58:0:0 chr17 39620399 . C T 250.59 PASS AF=0.317308;AO=33;DP=104;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.00707241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.895;QD=9.63788;RBI=0.0219934;REFB=-0.0157575;REVB=0.0208253;RO=71;SAF=16;SAR=17;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917087;STB=0.553456;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0338796;OID=.;OPOS=39620399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:71:71:33:33:0.317308:17:16:40:31:17:16:40:31 chr17 39622068 . G T 506.76 PASS AF=0.411765;AO=56;DP=136;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0527382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.8248;QD=14.9047;RBI=0.0548191;REFB=-0.00924206;REVB=-0.0149605;RO=78;SAF=23;SAR=33;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804624;STB=0.545875;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0112873;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:78:80:56:56:0.411765:33:23:38:40:33:23:39:41 chr17 39633317 . A G 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00501901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1195;QD=14.0973;RBI=0.0779091;REFB=-0.00459083;REVB=-0.0777473;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412168;STB=0.531867;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00417247;OID=.;OPOS=39633317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:18:13:13:0.419355:5:8:8:6:5:8:12:6 chr17 39633354 . C T 133.65 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00738224;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.856;QD=14.4487;RBI=0.0318175;REFB=0.00547085;REVB=-0.0309492;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123809;STB=0.551657;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.0133299;OID=.;OPOS=39633354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:22:15:15:0.405405:6:9:15:6:6:9:15:7 chr17 39646021 . A G 283.62 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00730085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.686;QD=19.9034;RBI=0.0143536;REFB=-0.0455609;REVB=-0.0123581;RO=27;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164353;STB=0.591555;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0511705;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:19:11:15:12:19:11:15:12 chr17 39659194 . T C,G 1001.64 PASS AF=0.927536,0.0724638;AO=64,5;DP=69;FAO=64,5;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36,4;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784872,-0.0209171;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.712,145.772;QD=58.0659;RBI=0.0107972,0.0209176;REFB=0,0;REVB=0.00741471,-0.000148836;RO=0;SAF=36,4;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00187892,0.104787;OID=.,.;OPOS=39659194,39659194;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:69:69:0:0:64,5:64,5:0.927536,0.0724638:28,1:36,4:0:0:28,1:36,4:0:0 chr17 39659913 . G A,C 1024.54 PASS AF=0.957143,0.0428571;AO=67,3;DP=70;FAO=67,3;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29,3;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144258,0.0174077;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.5046,194.26;QD=58.545;RBI=0.0492804,0.0185371;REFB=0,0;REVB=0.0471217,0.00637138;RO=0;SAF=29,3;SAR=38,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0143947,0.0851771;OID=.,.;OPOS=39659913,39659913;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:70:70:0:0:67,3:67,3:0.957143,0.0428571:38,0:29,3:0:0:38,0:29,3:0:0 chr17 39661689 . G A 123.16 PASS AF=0.923077;AO=7;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00622177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.176;QD=37.8943;RBI=0.0545586;REFB=-0.0244338;REVB=0.0542026;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.523771;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.000480674;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:7:12:0.923077:2:5:0:0:2:10:1:0 chr17 39670912 . G C 770.58 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.064654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2437;QD=55.0417;RBI=0.0657457;REFB=-0.0259369;REVB=-0.0119311;RO=1;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119331;STB=0.506171;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00295511;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:39:15:0:1:40:15:0:1 chr17 39674641 . T C 1643.58 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00545272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.188;QD=59.228;RBI=0.024411;REFB=-0.0250148;REVB=0.0237942;RO=1;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811506;STB=0.504273;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000223095;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:58:52:0:1:58:52:0:1 chr17 39681475 . A G 951.9 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059627;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.2;QD=58.5784;RBI=0.0604316;REFB=0;REVB=0.00982868;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236437;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:44:20:0:0:44:21:0:0 chr17 39684321 . G C 267.12 PASS AF=1;AO=16;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.2061;QD=50.8791;RBI=0.12028;REFB=0;REVB=0.102166;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00768736;OID=.;OPOS=39684321;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:16:21:1:10:6:0:0:13:8:0:0 chr17 39684410 . G A 130.42 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8281;QD=43.472;RBI=0.0739994;REFB=0;REVB=0.00841068;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00455037;OID=.;OPOS=39684410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr17 39723990 . T A 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.62376e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3268;QD=46.8462;RBI=0.0483859;REFB=0;REVB=0.0483859;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078723;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr17 39727816 . T G 410.35 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6175;QD=56.6002;RBI=0.0572285;REFB=0;REVB=0.0137397;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129873;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr17 39742718 . A G 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.166;QD=58.5989;RBI=0.00596128;REFB=0;REVB=0.000124158;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88288e-05;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr17 39742894 . G A 173.1 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.745;QD=46.161;RBI=0.104473;REFB=0;REVB=0.0118278;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296641;OID=.;OPOS=39742894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:12:2:0:0:12:3:0:0 chr17 39742898 . GC AT 191.59 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473983;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.262;QD=47.8977;RBI=0.0399653;REFB=0;REVB=0.0396833;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000171325;OID=.;OPOS=39742898;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:12:4:0:0 chr17 39743081 . G A 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269135;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.127;QD=57.1423;RBI=0.0452325;REFB=0;REVB=0.0363544;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144388;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr17 39766504 . A G 242.8 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129937;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.8213;QD=46.2477;RBI=0.0810039;REFB=-0.0349294;REVB=-0.0799549;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175638;OID=.;OPOS=39766504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:21:1:0:20:21:1:9:11:0:1:10:11:0:0 chr17 39767744 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.776;QD=54.5172;RBI=0.00870435;REFB=0;REVB=-0.00588214;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0708e-06;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr17 39786864 . CG C,CA,CC 921.32 PASS AF=1,0,0;AO=39,21,3;DP=63;FAO=63,0,0;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0,0;FSAR=21,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292246,0.0148426,0.013948;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=164.185,141.244,141.008;QD=58.4965;RBI=0.0294172,0.485633,0.0389002;REFB=0,0,0;REVB=-0.00336131,-0.485407,0.0363136;RO=0;SAF=39,0,3;SAR=0,21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.000412007,0,0;OID=.,.,.;OPOS=39786865,39786865,39786865;OREF=G,G,G;OALT=-,A,C;OMAPALT=C,CA,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:39,21,3:63:63,0,0:63:0:42,0,0:21,0,0:0:0:5:0:39,0,3:0,21,0:0:0 chr17 39925925 . A G 193.1 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0272968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.297;QD=12.0691;RBI=0.0316024;REFB=-0.0116986;REVB=-0.0159246;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264808;STB=0.640517;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0345923;OID=.;OPOS=39925925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:12:12:10:29:12:12:11:29 chr17 39959189 . C G 744.12 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.805;QD=63.3295;RBI=0.0266476;REFB=0;REVB=0.0266025;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33421e-05;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr17 39967442 . T C 177.16 PASS AF=0.38;AO=17;DP=48;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00415316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.104;QD=14.1727;RBI=0.00873525;REFB=-0.00279903;REVB=0.00768478;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184513;STB=0.565969;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00357452;OID=.;OPOS=39967442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:31:31:17:19:0.38:10:7:18:13:10:9:18:13 chr17 39983808 . G C 854.12 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140349;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2852;QD=57.9062;RBI=0.0404119;REFB=0;REVB=0.0378965;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220722;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr17 39983820 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.558;QD=57.5452;RBI=0.0129479;REFB=0;REVB=0.00477624;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26131e-05;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr17 39983849 . G C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2443;QD=64.4141;RBI=0.0307742;REFB=0;REVB=0.00094472;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392902;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr17 39987130 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.927;QD=63.5809;RBI=0.0203621;REFB=0;REVB=0.0154368;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331429;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:34:13:0:0:34:13:0:0 chr17 39988681 . G A 591.62 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00114293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.588;QD=20.4006;RBI=0.00925849;REFB=-0.00549035;REVB=-0.00918768;RO=56;SAF=22;SAR=38;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735392;STB=0.540543;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00611285;OID=.;OPOS=39988681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:38:22:25:31:38:22:25:31 chr17 39991867 . A ATATC 1148.6 PASS AF=1;AO=71;DP=84;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142963;FXX=0.0499937;HRUN=0;LEN=4;MLLD=322.337;QD=60.4524;RBI=0.0147041;REFB=0;REVB=0.00343871;RO=4;SAF=30;SAR=41;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00041219;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:84:76:76:0:33:43:0:0:6:4:30:41:4:0 chr17 39998141 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.234;QD=58.4195;RBI=0.0551407;REFB=0;REVB=0.012998;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119245;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr17 40010979 . G A 788.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128549;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.983;QD=57.3352;RBI=0.0343961;REFB=0;REVB=0.0319037;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73027e-05;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:26:26:0:0:28:27:0:0 chr17 40048613 . A G 998.46 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.198;QD=58.7332;RBI=0.0212669;REFB=0;REVB=0.0210909;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157127;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:65:68:1:44:21:0:0:47:21:0:0 chr17 40070012 . C T 596.19 PASS AF=0.466165;AO=60;DP=131;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=-0.00649117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.534;QD=17.9304;RBI=0.0152332;REFB=-0.00959458;REVB=0.0137809;RO=71;SAF=31;SAR=29;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142881;STB=0.586439;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00957699;OID=.;OPOS=40070012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:71:71:60:62:0.466165:29:31:47:24:31:31:47:24 chr17 40146969 . C CA 211.22 PASS AF=0.961538;AO=3;DP=28;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018688;FXX=0.0714031;HRUN=0;LEN=1;MLLD=83.8745;QD=32.4956;RBI=0.0241599;REFB=-0.078979;REVB=-0.0153121;RO=24;SAF=0;SAR=3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529206;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=ins;VARB=0.0083915;OID=.;OPOS=40146970;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538:3:28:25:26:1:10:15:0:1:5:24:0:3:9:15 chr17 40146970 . G A 351.44 PASS AF=1;AO=23;DP=28;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616193;FXX=0.107105;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.711;QD=56.2307;RBI=0.0155757;REFB=0;REVB=-0.014305;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263833;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:25:0:0:23:25:1:15:8:0:0:16:9:0:0 chr17 40173851 . A C 693.27 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.241;QD=61.6236;RBI=0.0442306;REFB=0;REVB=0.028563;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028121;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:29:16:0:0 chr17 40255812 . C T 92.24 PASS AF=0.4;AO=10;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0119867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.584;QD=12.2984;RBI=0.0187142;REFB=-0.0230482;REVB=-0.0143715;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20973;STB=0.533278;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0374265;OID=.;OPOS=40255812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:30:30:11:18:10:12:0.4:4:6:4:7:6:6:10:8 chr17 40257163 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00815136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.038;QD=16.6272;RBI=0.0115831;REFB=0.000920798;REVB=-0.0082294;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19147;STB=0.608548;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00108136;OID=.;OPOS=40257163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:2:12:9:4:2:12 chr17 40274873 . A C 132.48 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=21;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0327754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.39;QD=24.0874;RBI=0.0607627;REFB=-0.0503724;REVB=0.0511652;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163432;STB=0.599854;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0230774;OID=.;OPOS=40274873;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:8:8:13:14:0.636364:8:5:5:3:9:5:5:3 chr17 40280291 . G A 318.39 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0360245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.034;QD=18.1938;RBI=0.0443778;REFB=-0.0252847;REVB=-0.0259157;RO=36;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331237;STB=0.518508;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0229829;OID=.;OPOS=40280291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:13:21:21:15:13:21:21:15 chr17 40344455 . C T 166.06 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0818692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9734;QD=22.1412;RBI=0.0826097;REFB=-0.0438861;REVB=-0.0110361;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216718;STB=0.512181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0350907;OID=.;OPOS=40344455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:8:5:7:10:8:5 chr17 40344484 . CAG AGC,CAGC 57.52 PASS AF=0,0.28125;AO=2,7;DP=33;FAO=0,9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0701794,0.0505814;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=3,1;MLLD=37.8806,26.4924;QD=7.18984;RBI=0.0749011,0.0506445;REFB=0.0085705,-0.02146;REVB=0.026173,0.00252876;RO=24;SAF=2,6;SAR=0,1;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.453997,0.39289;STB=0.5,0.806526;STBP=1,0.073;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0712441;OID=.,.;OPOS=40344484,40344487;OREF=CAG,-;OALT=AGC,C;OMAPALT=AGC,CAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:33:32:24:23:2,7:0,9:0,0.28125:0,1:2,6:14:10:0,1:0,8:13:10 chr17 40459562 . A G 1320.62 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000135908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.788;QD=62.147;RBI=0.0338527;REFB=0;REVB=0.0338524;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9182e-05;OID=.;OPOS=40459562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:45:39:0:0:46:39:0:0 chr17 40459737 . C T 502.03 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.361;QD=59.0619;RBI=0.0528423;REFB=0;REVB=0.025552;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363858;OID=.;OPOS=40459737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:18:14:0:0:19:15:0:0 chr17 40475650 . G GA 302.72 PASS AF=1;AO=26;DP=36;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805046;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.1242;QD=36.6938;RBI=0.105948;REFB=0;REVB=0.0688772;RO=10;SAF=14;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00488126;OID=.;OPOS=40475651;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:36:33:33:0:17:16:0:0:5:10:14:12:4:6 chr17 40672538 . T A 275.0 PASS AF=0.355556;AO=33;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0108777;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.083;QD=12.2221;RBI=0.0309586;REFB=-0.00759849;REVB=0.0289847;RO=50;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794138;STB=0.533313;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0157081;OID=.;OPOS=40672538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:58:33:32:0.355556:16:17:22:28:16:16:26:32 chr17 40689455 . T C 1361.63 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0955043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5608;QD=61.1967;RBI=0.11127;REFB=0.0145835;REVB=0.0570958;RO=1;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696589;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:89:1:0:87:89:1:40:47:0:1:42:47:0:0 chr17 40699291 . G A 737.17 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.601;QD=62.7375;RBI=0.098278;REFB=0;REVB=0.0981343;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447664;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:13:31:0:0:16:31:0:0 chr17 40699332 . T C,G 873.62 PASS AF=0.951613,0.0483871;AO=55,5;DP=60;FAO=59,3;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36,1;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336665,0.000300374;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.504,141.086;QD=56.3623;RBI=0.0486429,0.0260494;REFB=0,0;REVB=0.0485263,-0.0260476;RO=0;SAF=35,1;SAR=20,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.67221e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0008474,0.0991977;OID=.,.;OPOS=40699332,40699332;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:60:62:0:0:55,5:59,3:0.951613,0.0483871:20,4:35,1:0:0:23,2:36,1:0:0 chr17 40705100 . C T 369.3 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0170417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.983;QD=25.0371;RBI=0.0197383;REFB=-0.0333205;REVB=0.00995903;RO=23;SAF=21;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16699;STB=0.591499;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0275107;OID=.;OPOS=40705100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:15:21:8:15:15:21:8:15 chr17 40706906 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0347337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.103;QD=15.259;RBI=0.0347337;REFB=-0.0576605;REVB=-6.15042e-06;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0278121;OID=.;OPOS=40706906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:4:2:3:4:4:2 chr17 40714804 . C A 122.06 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0171864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7368;QD=25.696;RBI=0.0330972;REFB=-0.0525694;REVB=0.0282851;RO=6;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119706;STB=0.56746;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.026101;OID=.;OPOS=40714804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:9:4:3:3:9:4:3:3 chr17 40716520 . A G 520.19 PASS AF=0.544444;AO=48;DP=89;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.015347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.218;QD=23.1194;RBI=0.0227177;REFB=-0.0230637;REVB=-0.01675;RO=41;SAF=15;SAR=33;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507706;STB=0.520073;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.016926;OID=.;OPOS=40716520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:41:41:48:49:0.544444:33:15:15:26:33:16:15:26 chr17 40722029 . A G 366.04 PASS AF=0.544118;AO=38;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00413143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.82;QD=21.5315;RBI=0.00557806;REFB=-0.00528687;REVB=-0.00374781;RO=30;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954748;STB=0.540519;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00535222;OID=.;OPOS=40722029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:38:37:0.544118:17:21:13:17:17:20:14:17 chr17 40731597 . T A 548.5 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00643375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.677;QD=20.5047;RBI=0.0464278;REFB=-0.0142886;REVB=-0.0459799;RO=51;SAF=22;SAR=34;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000635383;STB=0.50035;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012251;OID=.;OPOS=40731597;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:56:56:0.523364:34:22:20:31:34:22:20:31 chr17 40766546 . C G 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00685554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.462;QD=5.95779;RBI=0.00849789;REFB=-0.0137992;REVB=-0.00502152;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0408727;OID=.;OPOS=40766546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:9:9:3:3:9:9 chr17 40811919 . A G 251.63 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0696036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1884;QD=20.5411;RBI=0.116367;REFB=0.00390451;REVB=-0.093256;RO=22;SAF=19;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335938;STB=0.687956;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.007848;OID=.;OPOS=40811919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:25:24:24:0.489796:5:19:10:12:5:19:12:13 chr17 40818451 . G A 199.89 PASS AF=0.655172;AO=18;DP=28;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0400318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.328;QD=27.5714;RBI=0.0578218;REFB=-0.0122165;REVB=0.041723;RO=10;SAF=2;SAR=16;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238045;STB=0.638924;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00499174;OID=.;OPOS=40818451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:10:10:18:19:0.655172:16:2:3:7:17:2:3:7 chr17 40818699 . A G 417.88 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00467631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.402;QD=17.4116;RBI=0.0133175;REFB=-0.0156089;REVB=-0.0124695;RO=53;SAF=23;SAR=20;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00651488;STB=0.503648;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0215792;OID=.;OPOS=40818699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:20:23:28:25:20:23:28:25 chr17 40822678 . C T 540.11 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00125015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.484;QD=19.4636;RBI=0.0220157;REFB=0.000985727;REVB=0.0219802;RO=55;SAF=27;SAR=29;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730184;STB=0.5403;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.000873017;OID=.;OPOS=40822678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:29:27:31:24:29:27:31:24 chr17 40835922 . A C 771.65 PASS AF=0.415;AO=83;DP=200;FAO=83;FDP=200;FR=.;FRO=117;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=-0.0359813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9375;QD=15.4329;RBI=0.0597576;REFB=-0.0231654;REVB=-0.0477108;RO=116;SAF=38;SAR=45;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373207;STB=0.518009;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0293569;OID=.;OPOS=40835922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:116:117:83:83:0.415:45:38:49:67:45:38:50:67 chr17 40854534 . G GT 347.93 PASS AF=0.580247;AO=35;DP=83;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.077654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.5454;QD=17.1815;RBI=0.0994772;REFB=-0.0204995;REVB=0.0621738;RO=48;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085506;STB=0.552907;STBP=0.275;TYPE=ins;VARB=0.0210101;OID=.;OPOS=40854535;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580247:35:83:47:81:34:21:26:11:23:99:48:16:19:18:30 chr17 40947916 . GCCCCCA GCCCC,GCCCCA 156.09 PASS AF=0,1;AO=2,12;DP=16;FAO=0,16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0893324,0.0550337;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=7.72263,17.7529;QD=39.0217;RBI=0.161592,0.0622615;REFB=-0.0146846,-0.0252532;REVB=-0.134654,-0.0291166;RO=1;SAF=1,1;SAR=1,11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.293687;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00531106;OID=.,.;OPOS=40947921,40947917;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,12:16:0,16:16:0:0,4:0,12:0:0:3:1:1,1:1,11:1:0 chr17 41116234 . G A 594.41 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9625;QD=60.9646;RBI=0.0221377;REFB=0;REVB=0.0197206;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121698;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr17 41121207 . GGGGC G,GG,GGG,GGGG,GGGGG 511.64 PASS AF=0.297297,0.324324,0.027027,0.351351,0;AO=8,4,6,6,8;DP=34;FAO=11,12,1,13,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,1,7,0;FSAR=11,7,0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013808,-0.00593518,-0.00992465,-0.0131604,-0.0156524;FXX=0;HRUN=5,5,5,1,1;LEN=4,3,2,1,1;MLLD=201.038,205.737,204.941,202.537,198.199;QD=55.3127;RBI=0.0457503,0.0409799,0.0364799,0.0329198,0.0296592;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.0457295,0.0405478,0.0351039,0.0301748,0.0251927;RO=0;SAF=0,1,2,4,4;SAR=8,3,4,2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,-4.86674e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del,snp;VARB=-0.000760742,-0.00837992,-0.0276299,-0.00673777,-0.0449278;OID=.,.,.,.,.;OPOS=41121208,41121209,41121210,41121211,41121211;OREF=GGGC,GGC,GC,C,C;OALT=-,-,-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG,GGGG,GGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.297297,0.324324,0.027027,0.351351,0:8,4,6,6,8:34:11,12,1,13,0:37:0:0,5,1,7,0:11,7,0,6,0:0:0:29:0:0,1,2,4,4:8,3,4,2,4:0:0 chr17 41121216 . GGGA AAAA,GAAA,GAGA,GGAA,GGAG 269.0 PASS AF=0,0,0.515152,0.454545,0;AO=2,7,15,5,2;DP=34;FAO=0,0,17,15,0;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,6,6,0;FSAR=0,0,11,9,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.134855,0.200498,0.0362691,0.389667,0.0279114;FXX=0.0294031;HRUN=7,7,7,7,7;LEN=3,2,1,1,2;MLLD=13.8288,7.911,198.133,6.26384,188.364;QD=32.6062;RBI=0.13506,0.200884,0.0414781,0.390467,0.0356971;REFB=0.0248974,0.0338955,-0.0257382,0.0516977,-0.0156838;REVB=-0.00744071,-0.0124446,0.0201242,-0.0249901,0.0222539;RO=1;SAF=0,2,5,3,1;SAR=2,5,10,2,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0.0796435,0.0434393,0.169284,0.25849;STB=0.5,0.5,0.521714,0.526281,0.5;STBP=1,1,0.631,0.537,1;TYPE=mnp,mnp,snp,snp,mnp;VARB=0,0,-0.00318482,-0.0638432,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=41121216,41121217,41121217,41121218,41121218;OREF=GGG,GG,G,G,GA;OALT=AAA,AA,A,A,AG;OMAPALT=AAAA,GAAA,GAGA,GGAA,GGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:84:34:33:1:1:2,7,15,5,2:0,0,17,15,0:0,0,0.515152,0.454545,0:2,5,10,2,1:0,2,5,3,1:0:1:0,0,11,9,0:0,0,6,6,0:0:1 chr17 41133071 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.96;QD=55.0982;RBI=0.00838172;REFB=0;REVB=0.00583398;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71738e-05;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr17 41165493 . A G 947.24 PASS AF=1;AO=63;DP=67;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439097;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.054;QD=59.2025;RBI=0.0472391;REFB=0;REVB=0.0174203;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367749;OID=.;OPOS=41165493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:64:0:0:63:64:1:25:38:0:0:26:38:0:0 chr17 41165878 . C G,T 519.57 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,33;DP=35;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043359,-0.0155876;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.3546,55.7901;QD=57.7298;RBI=0.0198519,0.0473239;REFB=0,0;REVB=-0.0193726,0.044683;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.71297e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.048541,-0.00142623;OID=.,.;OPOS=41165878,41165878;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:36:0:0:2,33:2,34:0.0555556,0.944444:0,14:2,19:0:0:0,14:2,20:0:0 chr17 41332804 . T C 232.7 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.136074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1913;QD=38.7826;RBI=0.136312;REFB=0.0134986;REVB=0.00804873;RO=3;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398736;STB=0.590819;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00783541;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:24:24:3:4:20:20:0.833333:10:10:2:1:11:9:4:0 chr17 41477710 . A G 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0612465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8958;QD=8.40141;RBI=0.0612986;REFB=-6.62737e-05;REVB=0.00252731;RO=21;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259257;STB=0.666222;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00306734;OID=.;OPOS=41477710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:8:1:5:16:8:1:5:16 chr17 41478455 . C T 90.71 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.000602225;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.953;QD=15.1183;RBI=0.0230629;REFB=-0.0202705;REVB=-0.0230551;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305339;STB=0.631371;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0169374;OID=.;OPOS=41478455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:24:12:13:11:11:0.458333:7:4:1:11:7:4:2:11 chr17 41489846 . T C 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0121549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.709;QD=17.5392;RBI=0.0131671;REFB=-0.0225221;REVB=-0.00506271;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141648;STB=0.580682;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0338651;OID=.;OPOS=41489846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:5:11:8:7:5:11 chr17 41522213 . T A 198.03 PASS AF=0.413793;AO=22;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00945371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5058;QD=13.6572;RBI=0.0372169;REFB=0.00367076;REVB=0.0359962;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456179;STB=0.534454;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.003321;OID=.;OPOS=41522213;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:34:22:24:0.413793:11:11:19:16:12:12:19:15 chr17 41603882 . T C 398.68 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00840365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.705;QD=16.9651;RBI=0.00885353;REFB=-0.0164734;REVB=-0.00278635;RO=52;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839594;STB=0.540246;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0206677;OID=.;OPOS=41603882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:52:52:41:42:0.446809:21:20:21:31:22:20:21:31 chr17 41843979 . C G 268.01 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0554605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1718;QD=23.8228;RBI=0.0989863;REFB=0.0353142;REVB=-0.0819903;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104611;STB=0.558094;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0302354;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:12:13:13:7:12:13:13:7 chr17 41846508 . A G 431.57 PASS AF=0.6;AO=40;DP=68;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.00837158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189;QD=24.6609;RBI=0.0741734;REFB=-0.0332053;REVB=0.0736994;RO=27;SAF=32;SAR=8;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622324;STB=0.521729;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0198281;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:27:28:40:42:0.6:8:32:23:4:9:33:23:5 chr17 41907079 . C T 288.85 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0224513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9587;QD=21.0073;RBI=0.0230584;REFB=-0.0137091;REVB=0.00525625;RO=25;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763591;STB=0.542345;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0145806;OID=.;OPOS=41907079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:14:16:11:14:14:16:11:14 chr17 41959808 . T C 5141.79 PASS AF=1;AO=325;DP=327;FAO=326;FDP=326;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000865109;FXX=0.00609737;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.749;QD=63.0895;RBI=0.0182549;REFB=-0.148728;REVB=-0.0182344;RO=1;SAF=127;SAR=198;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00374133;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356202;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:327:326:1:0:325:326:1:198:127:1:0:199:127:0:0 chr17 41960343 . T C 465.95 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00614755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.157;QD=54.8177;RBI=0.0188698;REFB=0.0398626;REVB=0.0178404;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301077;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00017663;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:17:15:1:0:17:16:1:0 chr17 41960633 . CG GC 1612.41 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220065;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.131;QD=60.277;RBI=0.0232142;REFB=0;REVB=0.00738997;RO=0;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.77625e-05;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:106:107:1:46:60:0:0:46:61:0:0 chr17 41961451 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.5;QD=57.679;RBI=0.0085308;REFB=0;REVB=0.00215651;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30139e-05;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr17 41994794 . C T 740.28 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.061;QD=56.9443;RBI=0.0233975;REFB=0;REVB=0.0169758;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19659e-05;OID=.;OPOS=41994794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr17 42030743 . G C 1067.04 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378289;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.9117;QD=60.1149;RBI=0.0607739;REFB=0;REVB=0.0475651;RO=0;SAF=54;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93202e-05;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:16:54:0:0:17:54:0:0 chr17 42152103 . G A 862.91 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.019185;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.26;QD=54.7879;RBI=0.0193334;REFB=-0.0659556;REVB=0.00239078;RO=2;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00348075;STB=0.501844;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-5.7915e-05;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:2:2:61:61:0.968254:34:27:1:1:34:27:1:1 chr17 42155408 . G A 163.75 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0333171;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.098;QD=18.7145;RBI=0.0395248;REFB=-0.00477446;REVB=-0.0212645;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238684;STB=0.677144;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0408114;OID=.;OPOS=42155408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:7:13:11:12:0.342857:7:4:5:2:7:5:10:3 chr17 42164885 . G C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.025355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5324;QD=11.4398;RBI=0.0664022;REFB=-0.0185623;REVB=-0.0613708;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382401;STB=0.73781;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.056306;OID=.;OPOS=42164885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:8:1:5:9:8:1:5:9 chr17 42213347 . G A 1513.4 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.302;QD=59.9366;RBI=0.0230171;REFB=0;REVB=0.0222381;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54132e-05;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:44:56:0:0:44:57:0:0 chr17 42225547 . A C 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.006;QD=57.1943;RBI=0.0699854;REFB=0;REVB=0.0351718;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938867;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr17 42248346 . A T 557.09 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1949;QD=60.2259;RBI=0.0410851;REFB=0;REVB=-0.0234577;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000754872;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:35:37:1:22:13:0:0:24:13:0:0 chr17 42254527 . T G 739.97 PASS AF=1;AO=40;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.352;QD=55.8468;RBI=0.0041398;REFB=0;REVB=0.00401051;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54219e-05;OID=.;OPOS=42254527;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:40:53:1:12:28:0:0:17:36:0:0 chr17 42254528 . C G 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.00553901;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=93.9518;QD=3.22773;RBI=0.0151216;REFB=-0.0117425;REVB=0.0140707;RO=47;SAF=3;SAR=5;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462437;STB=0.79212;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0202998;OID=.;OPOS=42254528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:47:48:8:8:0.142857:5:3:36:11:5:3:36:12 chr17 42255097 . T C 666.94 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.015429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.44;QD=57.9949;RBI=0.0183407;REFB=-0.0546103;REVB=0.0099161;RO=2;SAF=20;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446823;STB=0.523799;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00422401;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:24:20:2:0:24:20:2:0 chr17 42267949 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0139508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.771;QD=8.2546;RBI=0.0197964;REFB=0.00398467;REVB=0.0140454;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0126842;OID=.;OPOS=42267949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:6:6:3:3:6:6 chr17 42270291 . A G 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173214;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.891;QD=62.3665;RBI=0.0101906;REFB=0;REVB=0.0100423;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09423e-05;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr17 42284038 . C T 437.9 PASS AF=0.482759;AO=35;DP=88;FAO=42;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0489877;FXX=0.0113623;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.7196;QD=20.1331;RBI=0.0650172;REFB=-0.069025;REVB=-0.0427487;RO=27;SAF=13;SAR=22;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325264;STB=0.517437;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0422058;OID=.;OPOS=42284038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:27:41:35:42:0.482759:22:13:9:18:25:17:18:23 chr17 42287519 . C T 484.2 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0178292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3224;QD=18.8039;RBI=0.0289765;REFB=-0.0374652;REVB=-0.022842;RO=52;SAF=18;SAR=33;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305471;STB=0.668854;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0491638;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:33:18:36:16:33:18:36:16 chr17 42338998 . T G 727.82 PASS AF=0.510791;AO=71;DP=139;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.04007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.152;QD=20.9445;RBI=0.040547;REFB=-0.0135387;REVB=-0.00620146;RO=67;SAF=31;SAR=40;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998207;STB=0.502264;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0122344;OID=.;OPOS=42338998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:67:68:71:71:0.510791:40:31:30:37:40:31:30:38 chr17 42392622 . T C 2257.39 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556625;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.179;QD=63.5884;RBI=0.0293762;REFB=0;REVB=0.028844;RO=0;SAF=66;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22659e-05;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:76:66:0:0:76:66:0:0 chr17 42398052 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.935;QD=45.8068;RBI=0.0543292;REFB=0;REVB=0.00565249;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322303;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr17 42398757 . C A,G 451.96 PASS AF=0.875,0.125;AO=30,2;DP=32;FAO=28,4;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8,4;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116895,-0.101217;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=185.481,12.8043;QD=56.4948;RBI=0.0384577,0.106238;REFB=0,0;REVB=0.0366381,-0.0322744;RO=0;SAF=10,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00128482,0.0238108;OID=.,.;OPOS=42398757,42398757;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:32:32:0:0:30,2:28,4:0.875,0.125:20,0:10,2:0:0:20,0:8,4:0:0 chr17 42449789 . G A 208.58 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00347286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.726;QD=25.2819;RBI=0.0224216;REFB=0.00512421;REVB=0.022151;RO=13;SAF=6;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00645519;STB=0.503594;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00318866;OID=.;OPOS=42449789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:14:6:4:9:14:6:4:9 chr17 42453065 . A C 294.39 PASS AF=0.5;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.000339852;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.712;QD=18.3992;RBI=0.0042272;REFB=-0.012933;REVB=-0.00421351;RO=32;SAF=23;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300203;STB=0.672299;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0215712;OID=.;OPOS=42453065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:32:32:31:32:0.5:8:23:14:18:8:24:14:18 chr17 42454463 . G C 73.11 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0485791;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5879;QD=8.35575;RBI=0.0893438;REFB=-0.0169173;REVB=0.0749825;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258845;STB=0.65686;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0408031;OID=.;OPOS=42454463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:36:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:18:7:5:5:18:7 chr17 42475983 . G C 449.69 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00687701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.307;QD=18.9344;RBI=0.0101104;REFB=-0.0182584;REVB=-0.00741121;RO=50;SAF=21;SAR=24;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126424;STB=0.507039;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.021112;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:24:21:24:26:24:21:24:26 chr17 42744238 . A C 676.7 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.048446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3193;QD=60.1511;RBI=0.0679161;REFB=-0.0677116;REVB=0.0475981;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.51219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00125477;OID=.;OPOS=42744238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:24:20:0:0:24:20:1:0 chr17 42826579 . GGC G,GG 35.88 PASS AF=0.25,0;AO=7,5;DP=32;FAO=8,0;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4,0;FSAR=4,0;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0117463,-0.0220442;FXX=0;HRUN=3,6;LEN=2,1;MLLD=22.5359,10.6447;QD=4.48484;RBI=0.164932,0.161848;REFB=-0.0493115,-0.0242766;REVB=-0.164514,-0.160339;RO=19;SAF=4,0;SAR=3,5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0.3349,0.494118;SSEP=0,0.764706;SSSB=0.347455,-0.629419;STB=0.718307,0.5;STBP=0.223,1;TYPE=del,del;VARB=0.117251,0.0455185;OID=.,.;OPOS=42826580,42826581;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0:7,5:32:8,0:32:24:4,0:4,0:5:19:34:19:4,0:3,5:5:14 chr17 42852061 . C T 684.43 PASS AF=0.92;AO=44;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0707524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2454;QD=54.7547;RBI=0.085446;REFB=-0.163161;REVB=0.0479073;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191734;STB=0.515091;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0166396;OID=.;OPOS=42852061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:50:50:1:4:44:46:0.92:20:24:1:0:20:26:3:1 chr17 42852610 . T C 1249.46 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299696;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.132;QD=61.7019;RBI=0.0180472;REFB=0;REVB=-0.0177966;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.32719e-05;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr17 42925559 . C T 636.06 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113243;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.477;QD=62.0546;RBI=0.0262097;REFB=0;REVB=0.023637;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101069;OID=.;OPOS=42925559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr17 42927721 . G A 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0138864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.101;QD=22.5829;RBI=0.0680867;REFB=-0.00733793;REVB=-0.0666556;RO=24;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102386;STB=0.557332;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00835719;OID=.;OPOS=42927721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:9:17:13:11:9:17:13:11 chr17 42961009 . C T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00960803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.309;QD=17.8005;RBI=0.0162357;REFB=-0.00824159;REVB=0.0130876;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188157;STB=0.607367;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00839202;OID=.;OPOS=42961009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:11:13:7:13:11:13 chr17 42983095 . G A 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0737488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7471;QD=20.8713;RBI=0.0855211;REFB=-0.00651423;REVB=0.043301;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206443;STB=0.511617;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00975161;OID=.;OPOS=42983095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:10:10:11:10:10:10 chr17 43003484 . T C 398.61 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0452299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.433;QD=20.9796;RBI=0.0458201;REFB=-0.0242607;REVB=0.00733062;RO=35;SAF=25;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724022;STB=0.547921;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0325945;OID=.;OPOS=43003484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:15:25:19:16:15:25:19:17 chr17 43111688 . G A 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.010565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.963;QD=16.504;RBI=0.0109113;REFB=-0.0104339;REVB=-0.00272714;RO=29;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208355;STB=0.610531;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00717915;OID=.;OPOS=43111688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:18:8:15:14:18:8:15:15 chr17 43176804 . C T 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0309104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.495;QD=13.3679;RBI=0.0351679;REFB=-0.00286013;REVB=0.0167729;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11239;STB=0.565538;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00705755;OID=.;OPOS=43176804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:8:10:14:17:8:10:14:17 chr17 43181287 . A G 801.75 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.764;QD=57.2682;RBI=0.0178606;REFB=0;REVB=0.0164935;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2055e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:19:36:0:0:19:37:0:0 chr17 43183028 . G A 2067.54 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=1.60701e-07;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.844;QD=61.7176;RBI=0.00236727;REFB=0.0299872;REVB=0.00236727;RO=1;SAF=57;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621366;STB=0.503267;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000222123;OID=.;OPOS=43183028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:76:57:0:1:76:57:0:1 chr17 43183108 . G A 2274.25 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.926;QD=63.6155;RBI=0.0318842;REFB=0;REVB=0.0140797;RO=0;SAF=73;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.62057e-06;OID=.;OPOS=43183108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:70:73:0:0:70:73:0:0 chr17 43192548 . GT GTC,TC 212.38 PASS AF=1,0;AO=13,4;DP=18;FAO=18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850891,0.0303346;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=29.9865,9.70044;QD=47.1958;RBI=0.0412613,0.182752;REFB=0,0;REVB=0.0403744,-0.180217;RO=1;SAF=4,0;SAR=9,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.100229,-0.749895;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00358211,0;OID=.,.;OPOS=43192550,43192548;OREF=-,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:1:0:13,4:18,0:1,0:9,4:4,0:1:0:13,0:5,0:0:0 chr17 43192821 . A G 276.95 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843363;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9085;QD=52.753;RBI=0.0527185;REFB=0;REVB=-0.0520395;RO=0;SAF=19;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112531;OID=.;OPOS=43192821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:2:19:0:0:2:19:0:0 chr17 43226887 . A G 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00653636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.02;QD=18.7961;RBI=0.01923;REFB=-0.029556;REVB=-0.018085;RO=26;SAF=6;SAR=17;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101057;STB=0.524208;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0284111;OID=.;OPOS=43226887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:17:6:7:19:17:6:8:19 chr17 43227214 . T C 463.12 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00997574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.298;QD=17.4764;RBI=0.0198433;REFB=-0.0112513;REVB=-0.0171535;RO=53;SAF=31;SAR=19;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522983;STB=0.546183;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0126737;OID=.;OPOS=43227214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:56:50:50:0.471698:19:31:30:23:19:31:30:26 chr17 43227766 . T TTTGG 740.08 PASS AF=0.981481;AO=48;DP=56;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114916;FXX=0.0526223;HRUN=3;LEN=4;MLLD=267.432;QD=54.8209;RBI=0.0279274;REFB=-0.048533;REVB=-0.0254536;RO=1;SAF=9;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494209;STB=0.5238;STBP=0.109;TYPE=ins;VARB=0.00092169;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.981481:48:56:53:54:1:10:43:1:0:4:1:9:39:1:0 chr17 43229063 . C CG,G 44.83 PASS AF=0.111111,0.0444444;AO=9,6;DP=90;FAO=10,4;FDP=90;FR=.;FRO=76;FSAF=3,1;FSAR=7,3;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=0.013262,-0.0686758;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=24.4744,43.3051;QD=1.99233;RBI=0.0292345,0.083742;REFB=-0.0198884,-0.00892963;REVB=-0.0260533,-0.0479203;RO=75;SAF=2,2;SAR=7,4;SRF=46;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.441196,-0.290581;STB=0.755032,0.808966;STBP=0.132,0.288;TYPE=ins,snp;VARB=0.11747,0.113158;OID=.,.;OPOS=43229064,43229063;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:90:90:75:76:9,6:10,4:0.111111,0.0444444:7,4:2,2:46:29:7,3:3,1:46:30 chr17 43229299 . A C 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.007896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.714;QD=17.8255;RBI=0.00943097;REFB=-0.00827985;REVB=-0.00515716;RO=10;SAF=1;SAR=11;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.657711;STB=0.875376;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0138212;OID=.;OPOS=43229299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:10:11:12:12:0.521739:11:1:8:2:11:1:8:3 chr17 43316360 . G A 135.34 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=40;FWDB=0.0290575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.947;QD=8.32882;RBI=0.0313706;REFB=0.0077719;REVB=-0.0118225;RO=46;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39406;STB=0.725802;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0121495;OID=.;OPOS=43316360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:11:8:6:40:11:8:6:40 chr17 43318778 . GC CG 380.84 PASS AF=0.882353;AO=29;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00183492;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=198.605;QD=44.8041;RBI=0.0264557;REFB=-0.120391;REVB=0.026392;RO=3;SAF=23;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112727;STB=0.577834;STBP=0.041;TYPE=mnp;VARB=0.0027337;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:34:34:3:4:29:30:0.882353:6:23:1:2:7:23:1:3 chr17 43342141 . G C 371.55 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00228481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.481;QD=20.0836;RBI=0.0176181;REFB=-0.0112808;REVB=-0.0174693;RO=36;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394674;STB=0.502189;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0103269;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:22:16:15:21:22:16:15:21 chr17 43351039 . C G 224.14 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00592745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.769;QD=19.4907;RBI=0.009812;REFB=-0.0166612;REVB=-0.00781925;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114428;STB=0.504078;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0195763;OID=.;OPOS=43351039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:12:9:10:14:13:9:10:14 chr17 43364293 . C CG 460.96 PASS AF=1;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628153;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.1376;QD=49.834;RBI=0.0629329;REFB=0;REVB=-0.00384442;RO=2;SAF=13;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00209314;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:39:37:37:0:13:24:0:0:8:2:13:23:2:0 chr17 43472825 . G C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0151028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8695;QD=14.7986;RBI=0.0387141;REFB=-0.0111441;REVB=-0.0356467;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208455;STB=0.512173;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0168667;OID=.;OPOS=43472825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:5:8:7:4:5:8 chr17 43922919 . G A 184.81 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0250502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6351;QD=18.4809;RBI=0.0367383;REFB=-0.00719362;REVB=0.0268736;RO=20;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417034;STB=0.695918;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0166114;OID=.;OPOS=43922919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:21:18:19:0.475:14:4:13:7:14:5:13:8 chr17 43923180 . G A 771.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493364;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.652;QD=57.1388;RBI=0.0507703;REFB=0;REVB=0.0119808;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr17 43923898 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2806;QD=49.5986;RBI=0.0785742;REFB=0;REVB=0.0509218;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173723;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr17 43924412 . T C 1511.17 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016433;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.928;QD=59.8485;RBI=0.0164854;REFB=0;REVB=0.00131357;RO=0;SAF=31;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82367e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89121e-06;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:70:31:0:0:70:31:0:0 chr17 44067382 . T C 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0918904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8215;QD=53.2718;RBI=0.0927495;REFB=0;REVB=-0.0125947;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00277867;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr17 44077044 . T C 173.33 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0762021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7667;QD=46.2201;RBI=0.0968128;REFB=0;REVB=0.0597157;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237357;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:8:4:0:0:10:5:0:0 chr17 44117135 . C T 425.87 PASS AF=0.432432;AO=45;DP=108;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00383651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.274;QD=15.3465;RBI=0.0529686;REFB=-0.0158374;REVB=-0.0528295;RO=41;SAF=37;SAR=8;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203985;STB=0.722328;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0157311;OID=.;OPOS=44117135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:41:63:45:48:0.432432:8:37:27:14:8:40:33:30 chr17 44144993 . C G 574.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.58;QD=60.4649;RBI=0.079963;REFB=0;REVB=0.0762634;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024262;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:14:22:0:0:16:22:0:0 chr17 44248499 . G C 472.4 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0270337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.182;QD=26.614;RBI=0.0299994;REFB=0.0183608;REVB=-0.0130056;RO=27;SAF=13;SAR=31;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608579;STB=0.533268;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00965924;OID=.;OPOS=44248499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:27:44:44:0.619718:31:13:10:17:31:13:10:17 chr17 44950122 . T C 72.69 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0220852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.473;QD=11.63;RBI=0.0232242;REFB=-0.0121441;REVB=-0.00718367;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479673;STB=0.56739;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0217867;OID=.;OPOS=44950122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:25:25:14:15:8:8:0.32:6:2:4:10:6:2:5:10 chr17 44998563 . G A 656.64 PASS AF=0.458904;AO=67;DP=146;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.000515829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6307;QD=17.99;RBI=0.060327;REFB=-0.00982559;REVB=-0.0603248;RO=76;SAF=37;SAR=30;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754309;STB=0.552223;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0102501;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:76:79:67:67:0.458904:30:37:36:40:30:37:36:43 chr17 45000529 . G C 569.13 PASS AF=0.522523;AO=57;DP=110;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0215723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.214;QD=20.5093;RBI=0.05063;REFB=-0.0325115;REVB=0.0458042;RO=53;SAF=27;SAR=30;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515597;STB=0.524264;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0236872;OID=.;OPOS=45000529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:53:53:57:58:0.522523:30:27:22:31:31:27:22:31 chr17 45000547 . G C 1512.47 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.5014;QD=59.8996;RBI=0.0323004;REFB=0;REVB=-0.00766516;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199308;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:57:44:0:0:57:44:0:0 chr17 45008570 . G A 241.7 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0102577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.832;QD=21.9722;RBI=0.0103085;REFB=-0.00805218;REVB=-0.0010222;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156778;STB=0.587086;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00713119;OID=.;OPOS=45008570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:8:15:17:4:8:15:17:4 chr17 45214682 . A G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.01256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.279;QD=6.8134;RBI=0.0125929;REFB=0.00297566;REVB=0.000908639;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288006;STB=0.680377;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0019451;OID=.;OPOS=45214682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:13:6:4:3:13:6 chr17 45234298 . G C 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0538505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.66;QD=11.9516;RBI=0.054669;REFB=-0.00455178;REVB=0.00942497;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305926;STB=0.685222;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.01348;OID=.;OPOS=45234298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:6:5:6:2:6:5 chr17 45234343 . T G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00315155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=347.858;QD=14.1389;RBI=0.00506431;REFB=-0.00984782;REVB=-0.00396422;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726024;STB=0.542312;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0151527;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:10:10:8:6:10:10 chr17 45234360 . A C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00533764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.158;QD=12.6376;RBI=0.00571401;REFB=-0.0510911;REVB=-0.00203949;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348754;STB=0.520516;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0480242;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:9:12:7:6:9:12 chr17 45234403 . TT GG 45.76 PASS AF=0.25;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0197444;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=2;MLLD=144.349;QD=6.53724;RBI=0.0218169;REFB=-0.0036077;REVB=0.00928108;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139361;STB=0.605762;STBP=0.589;TYPE=mnp;VARB=0.00925996;OID=.;OPOS=45234403;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:29:28:20:21:7:7:0.25:3:4:9:11:3:4:9:12 chr17 45234416 . A G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0346705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.534;QD=5.78787;RBI=0.0366514;REFB=-0.0026165;REVB=0.011886;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109374;STB=0.571225;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0211695;OID=.;OPOS=45234416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:3:4:11:12:3:4:11:12 chr17 45234420 . T G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00407926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1572;QD=10.2401;RBI=0.00475828;REFB=-0.00337565;REVB=-0.00244966;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136659;STB=0.583166;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00806187;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:17:19:10:10:0.344828:6:4:9:8:6:4:10:9 chr17 45234430 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00253719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.012;QD=7.95464;RBI=0.0131173;REFB=0.00275322;REVB=0.0128696;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542234;STB=0.533895;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00571524;OID=.;OPOS=45234430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:8:11:5:3:8:11 chr17 45234434 . A G 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00531837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8133;QD=5.21556;RBI=0.0539306;REFB=-0.00736551;REVB=-0.0536677;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140062;STB=0.592295;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0235615;OID=.;OPOS=45234434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:8:13:3:3:8:13 chr17 45249306 . T C 33.46 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00366459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.608;QD=3.43181;RBI=0.0192076;REFB=-0.0153611;REVB=0.0188548;RO=33;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380829;STB=0.761138;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0281956;OID=.;OPOS=45249306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:4:2:22:11:4:2:22:11 chr17 45249316 . T C 33.21 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0239654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.944;QD=3.24004;RBI=0.0276192;REFB=-0.0107897;REVB=0.0137287;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369956;STB=0.756815;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0649617;OID=.;OPOS=45249316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:4:2:23:12:4:2:23:12 chr17 45249330 . T G 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00380095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.419;QD=2.84379;RBI=0.00709139;REFB=-0.0011189;REVB=-0.0059867;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322975;STB=0.738995;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00537808;OID=.;OPOS=45249330;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:39:40:6:6:0.130435:4:2:24:15:4:2:25:15 chr17 45266522 . T C 218.37 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0095148;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7672;QD=17.1272;RBI=0.0494323;REFB=-0.0489668;REVB=-0.0485079;RO=27;SAF=4;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373193;STB=0.731488;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0530139;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:27:24:24:0.470588:20:4:13:14:20:4:14:13 chr17 45266535 . T C 272.5 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00810073;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.877;QD=19.4644;RBI=0.0230298;REFB=-0.0029385;REVB=-0.021558;RO=28;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179264;STB=0.607585;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00599469;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:27:29:29:0.517857:20:9:14:14:20:9:14:13 chr17 45266571 . T A 325.02 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00485274;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5313;QD=22.4151;RBI=0.0619788;REFB=-0.010016;REVB=0.0617885;RO=23;SAF=14;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357773;STB=0.506933;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0154817;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:25:32:33:0.568966:18:14:9:14:19:14:11:14 chr17 45368337 . A C 1853.93 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389541;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.381;QD=61.2868;RBI=0.0395734;REFB=0;REVB=0.00697365;RO=0;SAF=50;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365558;OID=.;OPOS=45368337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:70:50:0:0:70:51:0:0 chr17 45369777 . A G 727.19 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.224;QD=63.2336;RBI=0.0406436;REFB=0;REVB=0.0284137;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08497e-06;OID=.;OPOS=45369777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr17 45369789 . G A 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0442937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.105;QD=57.8249;RBI=0.0455878;REFB=-0.039421;REVB=0.0107852;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.518509;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000116141;OID=.;OPOS=45369789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:25:13:1:0:25:13:1:0 chr17 45388586 . T A 1787.51 PASS AF=0.96063;AO=121;DP=128;FAO=122;FDP=127;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0266283;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6001;QD=56.2996;RBI=0.0908808;REFB=-0.176284;REVB=0.0868922;RO=6;SAF=71;SAR=50;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536627;STB=0.523361;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00424067;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:128:127:6:5:121:122:0.96063:50:71:0:6:51:71:0:5 chr17 45425287 . C T 2011.3 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934977;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0664;QD=62.3658;RBI=0.029425;REFB=0;REVB=-0.0279;RO=0;SAF=52;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8363e-06;OID=.;OPOS=45425287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:77:52:0:0:77:52:0:0 chr17 45700384 . C CCTA 592.71 PASS AF=0.793651;AO=47;DP=66;FAO=50;FDP=63;FR=.;FRO=13;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0303666;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=217.311;QD=37.632;RBI=0.0304721;REFB=-0.043045;REVB=-0.00253316;RO=17;SAF=23;SAR=24;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135389;STB=0.555534;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.012035;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.793651:47:66:50:63:13:25:25:10:3:79:17:23:24:13:4 chr17 45760349 . T C 751.56 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250396;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.749;QD=61.3516;RBI=0.0266995;REFB=-0.150637;REVB=0.0092674;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51428;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000426406;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:0:1:48:48:0.979592:31:17:0:0:31:17:1:0 chr17 45760429 . T C 380.36 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.287;QD=54.3376;RBI=0.0495282;REFB=0;REVB=0.0183774;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326477;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:15:13:0:0 chr17 45760433 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.519;QD=56.1916;RBI=0.0276658;REFB=0;REVB=0.027597;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30196e-05;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr17 45885687 . A G 1572.99 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.935;QD=59.9233;RBI=0.0223713;REFB=0;REVB=0.000131698;RO=0;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45997e-05;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:58:46:0:0:58:47:0:0 chr17 45915788 . T C 1025.65 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1406;QD=58.6086;RBI=0.020897;REFB=0;REVB=0.0161922;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9509e-05;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:70:0:0:63:70:1:33:30:0:0:38:32:0:0 chr17 45917676 . A G 184.76 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0111352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6728;QD=26.394;RBI=0.012861;REFB=0.0200896;REVB=-0.00643524;RO=10;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289752;STB=0.516111;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0126434;OID=.;OPOS=45917676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:8:10:6:4:8:10:6:4 chr17 45994044 . C G,T 991.91 PASS AF=0.0147059,0.985294;AO=3,65;DP=68;FAO=1,67;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,39;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400303,0.0308649;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=13.2211,69.4098;QD=58.3476;RBI=0.0874574,0.0671114;REFB=0,0;REVB=-0.0873658,0.0595928;RO=0;SAF=0,39;SAR=3,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.10038e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.017264,0.000501716;OID=.,.;OPOS=45994044,45994044;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:68:68:0:0:3,65:1,67:0.0147059,0.985294:3,26:0,39:0:0:1,28:0,39:0:0 chr17 45994094 . T C 1586.57 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0804961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.377;QD=59.8706;RBI=0.0819237;REFB=0;REVB=0.0152277;RO=0;SAF=70;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134456;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:35:70:0:0:36:70:0:0 chr17 45994154 . G A 1041.53 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1292;QD=58.6775;RBI=0.0876291;REFB=0;REVB=-0.0346994;RO=0;SAF=16;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481743;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:66:71:1:50:16:0:0:53:18:0:0 chr17 46002744 . G T 866.5 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.141;QD=57.7668;RBI=0.0191465;REFB=0;REVB=0.0157312;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66755e-05;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:32:28:0:0 chr17 46005792 . A ACT 812.27 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00213293;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.981;QD=51.5725;RBI=0.00301789;REFB=-0.0448407;REVB=-0.00213501;RO=5;SAF=28;SAR=31;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109981;STB=0.514312;STBP=0.385;TYPE=ins;VARB=0.00419062;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.936508:59:64:59:63:4:28:31:1:3:15:5:28:31:2:3 chr17 46026156 . A G 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00103034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.424;QD=55.0097;RBI=0.0255319;REFB=-0.0552645;REVB=-0.0255111;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000363372;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:1:0:16:16:1:0 chr17 46029962 . ACTCT A 940.78 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328818;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=4;MLLD=336.194;QD=58.7985;RBI=0.0332915;REFB=0;REVB=0.00520645;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.06226e-05;OID=.;OPOS=46029963;OREF=CTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:65:64:64:0:33:31:0:0:5:0:33:31:0:0 chr17 46059071 . T C 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.889;QD=56.9359;RBI=0.0340016;REFB=0;REVB=0.0317178;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8445e-05;OID=.;OPOS=46059071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr17 46262171 . C T 1539.62 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0075267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.927;QD=58.6523;RBI=0.0153841;REFB=-0.109824;REVB=0.0134171;RO=1;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825285;STB=0.504347;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000246826;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:57:47:0:1:57:47:0:1 chr17 46607021 . T C 2333.59 PASS AF=0.986667;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0335539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8438;QD=62.2291;RBI=0.0360973;REFB=-0.0317422;REVB=0.0133098;RO=1;SAF=71;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613699;STB=0.506409;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00183143;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:150:1:2:148:148:0.986667:77:71:0:1:77:71:0:2 chr17 46626810 . GG CA,GGGACA 282.18 PASS AF=0,0.827586;AO=2,22;DP=32;FAO=0,24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=0,8;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0180611,0.00208566;FXX=0.0333222;HRUN=3,3;LEN=2,4;MLLD=187.204,317.7;QD=38.9208;RBI=0.0217822,0.0138485;REFB=-0.0633046,-0.0212053;REVB=-0.0121763,-0.0136906;RO=6;SAF=2,7;SAR=0,15;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.719959,0.0705677;STB=0.5,0.567515;STBP=1,0.169;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.00321322;OID=.,.;OPOS=46626810,46626812;OREF=GG,-;OALT=CA,GACA;OMAPALT=CA,GGGACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:32:29:6:5:2,22:0,24:0,0.827586:0,15:2,7:1:5:0,16:0,8:0:5 chr17 46629593 . G T 785.71 PASS AF=0.907692;AO=59;DP=65;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0832327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.984;QD=48.3511;RBI=0.0972135;REFB=-0.214432;REVB=0.0502274;RO=1;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122567;STB=0.502277;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00373629;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:65:65:1:6:59:59:0.907692:38:21:0:1:38:21:2:4 chr17 46670520 . T C 808.59 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00384927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.267;QD=53.906;RBI=0.00436711;REFB=0.0146485;REVB=0.00206271;RO=2;SAF=42;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219355;STB=0.511624;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00049457;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:16:42:2:0:16:42:2:0 chr17 46688256 . T C 739.32 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3974;QD=56.871;RBI=0.087257;REFB=0;REVB=0.0820744;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868671;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:33:18:0:0:34:18:0:0 chr17 46842983 . T C 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0219245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.355;QD=15.1651;RBI=0.0387531;REFB=-0.00118202;REVB=0.0319549;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196363;STB=0.613486;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00230897;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:12:8:9:6:12:8 chr17 46877063 . G A 1140.57 PASS AF=0.549223;AO=106;DP=193;FAO=106;FDP=193;FR=.;FRO=87;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=0.00171687;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.614;QD=23.6387;RBI=0.00490596;REFB=-0.00553492;REVB=-0.00459574;RO=86;SAF=62;SAR=44;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165072;STB=0.592416;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0058911;OID=.;OPOS=46877063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:86:87:106:106:0.549223:44:62:33:53:44:62:33:54 chr17 46881748 . T C 243.92 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00668018;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.817;QD=22.1745;RBI=0.00689591;REFB=-0.00317667;REVB=0.00171138;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330015;STB=0.518502;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00308723;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:21:23:23:0.522727:9:14:12:9:9:14:12:9 chr17 46923384 . G A 1571.67 PASS AF=1;AO=95;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464571;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.181;QD=64.1499;RBI=0.0120123;REFB=0;REVB=-0.0110776;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26487e-05;OID=.;OPOS=46923384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:95:98:1:47:48:0:0:48:50:0:0 chr17 46926615 . G A 547.39 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00527725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8123;QD=57.62;RBI=0.103003;REFB=-0.152429;REVB=0.102868;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346573;STB=0.518508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0106673;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:0:1:13:24:0:1 chr17 46934007 . A C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.209;QD=59.4339;RBI=0.0524755;REFB=0;REVB=0.019836;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388215;OID=.;OPOS=46934007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr17 46970836 . A G 867.99 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.592;QD=57.8659;RBI=0.0323438;REFB=0;REVB=0.0323211;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28042e-05;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:28:32:0:0 chr17 46971140 . G A 279.33 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0261467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7806;QD=48.5786;RBI=0.0270207;REFB=-9.08028e-06;REVB=0.00681676;RO=1;SAF=4;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10217;STB=0.555502;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.000536158;OID=.;OPOS=46971140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:18:4:1:0:18:4:1:0 chr17 46972141 . ATTTTTTTT ATTTTTTT,ATTTTTTTA 60.31 PASS AF=0.485714,0;AO=15,2;DP=35;FAO=17,0;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6,0;FSAR=11,0;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0132327,-0.104931;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=10.1339,17.4528;QD=6.89293;RBI=0.0405339,0.105732;REFB=-0.0483943,-0.0322425;REVB=-0.0383131,-0.012988;RO=14;SAF=4,2;SAR=11,0;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.384686,0.475704;STB=0.659813,0.5;STBP=0.085,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0430185,0.0173486;OID=.,.;OPOS=46972142,46972149;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714,0:15,2:35:17,0:35:18:6,0:11,0:12:6:59:14:4,2:11,0:10:4 chr17 46972479 . ATCTC A 630.99 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369942;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=4;MLLD=263.741;QD=61.5597;RBI=0.0371321;REFB=0;REVB=-0.00319696;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.7469e-05;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:42:41:41:0:17:24:0:0:4:0:17:23:0:0 chr17 47000251 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.131;QD=62.908;RBI=0.0299276;REFB=0;REVB=0.00616256;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91962e-05;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:52:38:0:0:52:38:0:0 chr17 47014675 . C T 725.94 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.727;QD=63.1248;RBI=0.0209431;REFB=0;REVB=0.018003;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151412;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:29:17:0:0 chr17 47026836 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.184;QD=56.7063;RBI=0.00767098;REFB=0;REVB=0.00626202;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17759e-05;OID=.;OPOS=47026836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr17 47039132 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.911;QD=60.6095;RBI=0.00274673;REFB=0;REVB=0.00251898;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14129e-05;OID=.;OPOS=47039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:19:19:0:0 chr17 47076549 . TC CT 109.98 PASS AF=0.208333;AO=13;DP=45;FAO=10;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0811684;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=2;MLLD=45.7638;QD=9.16459;RBI=0.0970779;REFB=8.93456e-05;REVB=-0.0532523;RO=23;SAF=12;SAR=1;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48297;STB=0.703842;STBP=0.274;TYPE=mnp;VARB=0.00314695;OID=.;OPOS=47076549;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:45:48:23:33:13:10:0.208333:1:12:15:8:1:9:25:8 chr17 47210429 . A G 1227.46 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0783817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8575;QD=61.3729;RBI=0.111273;REFB=0;REVB=-0.0789808;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115281;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr17 47210506 . C A 304.35 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0186405;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.324;QD=16.6769;RBI=0.0254659;REFB=-0.0298788;REVB=0.0173506;RO=40;SAF=7;SAR=26;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44905;STB=0.753793;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0522122;OID=.;OPOS=47210506;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:40:40:33:33:0.452055:26:7:26:14:26:7:26:14 chr17 47241604 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.214;QD=60.547;RBI=0.0161872;REFB=0;REVB=0.0104035;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52037e-05;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr17 47297297 . T C 1824.12 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0429562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.228;QD=60.3015;RBI=0.0429568;REFB=-0.0816408;REVB=-0.000237197;RO=1;SAF=66;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887767;STB=0.504586;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000114054;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:119:120:0.991736:53:66:0:1:54:66:0:1 chr17 47373417 . T C 144.74 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00937715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.639;QD=15.6479;RBI=0.108188;REFB=-0.0139062;REVB=0.107781;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570481;STB=0.532831;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0342079;OID=.;OPOS=47373417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:8:13:9:7:8:13 chr17 47888852 . A G 587.88 PASS AF=0.97561;AO=36;DP=37;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0512035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6184;QD=57.354;RBI=0.122545;REFB=-0.120595;REVB=0.111335;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00888119;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:41:1:1:36:40:0.97561:18:18:0:1:22:18:0:1 chr17 47903381 . C T 301.52 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0173882;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.287;QD=16.0812;RBI=0.0174369;REFB=-0.00448902;REVB=-0.00130163;RO=42;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184622;STB=0.51041;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00452458;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:21:12:16:26:21:12:16:26 chr17 48067439 . G A 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0287249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.868;QD=15.6992;RBI=0.0357287;REFB=-0.0359039;REVB=0.0212466;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320951;STB=0.518494;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0286479;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:7:12:9:6:7:12 chr17 48067953 . T C 447.57 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00715048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.615;QD=18.8449;RBI=0.0710703;REFB=-0.00954855;REVB=0.0707096;RO=48;SAF=34;SAR=11;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211623;STB=0.621893;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00626351;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:50:45:45:0.473684:11:34:27:21:11:34:28:22 chr17 48070878 . C T 491.85 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.00522758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.066;QD=15.866;RBI=0.00994822;REFB=0.00525775;REVB=-0.00846402;RO=70;SAF=24;SAR=30;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162124;STB=0.500907;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00785234;OID=.;OPOS=48070878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:70:54:54:0.435484:30:24:31:39:30:24:31:39 chr17 48072225 . G A 321.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0137005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.804;QD=16.2652;RBI=0.0161439;REFB=-0.0109447;REVB=-0.0085395;RO=44;SAF=10;SAR=25;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162282;STB=0.591782;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0122296;OID=.;OPOS=48072225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:25:10:19:25:25:10:19:25 chr17 48153093 . C G 294.17 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0032827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.469;QD=34.6082;RBI=0.00399496;REFB=-0.0185692;REVB=0.00227674;RO=9;SAF=10;SAR=15;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223027;STB=0.512185;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00366246;OID=.;OPOS=48153093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:15:10:4:5:15:10:4:5 chr17 48165699 . AG AC,A 88.47 PASS AF=0,0.338235;AO=4,25;DP=71;FAO=0,23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=0,19;FSAR=0,4;FSRF=6;FSRR=39;FWDB=-0.0774844,-0.221814;FXX=0.0422476;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=111.879,10.7296;QD=5.20408;RBI=0.0849881,0.222801;REFB=-0.020749,-0.123097;REVB=-0.0349162,-0.0209525;RO=35;SAF=4,16;SAR=0,9;SRF=2;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0.376812;SSSB=0.835344,0.552581;STB=0.5,0.890679;STBP=1,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0692282,0.136894;OID=.,.;OPOS=48165700,48165700;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.338235:4,25:71:0,23:68:45:0,19:0,4:6:39:86:35:4,16:0,9:2:33 chr17 48193184 . C A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0406489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.671;QD=21.3533;RBI=0.0464669;REFB=-0.0383953;REVB=0.0225132;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125599;STB=0.571317;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0218284;OID=.;OPOS=48193184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:5:4:8:5:5:4 chr17 48258140 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.109;QD=57.3858;RBI=0.0613735;REFB=0;REVB=0.0480328;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011306;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr17 48258321 . C T 542.42 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067695;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.861;QD=60.2683;RBI=0.00776344;REFB=0;REVB=0.00380066;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45623e-06;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr17 48265495 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.086;QD=53.9112;RBI=0.0556724;REFB=0;REVB=0.0529732;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499166;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr17 48268223 . A G 787.03 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281004;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.943;QD=57.2384;RBI=0.0390578;REFB=0;REVB=0.0271271;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145255;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr17 48269903 . A G 1533.99 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0592572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.648;QD=62.6117;RBI=0.0639047;REFB=-0.125629;REVB=0.0239248;RO=1;SAF=47;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099842;STB=0.505262;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000404542;OID=.;OPOS=48269903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:50:47:1:0:50:47:1:0 chr17 48276971 . G C 283.14 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00242915;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.218;QD=14.7083;RBI=0.0139028;REFB=-0.0172966;REVB=-0.0136889;RO=46;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648823;STB=0.528992;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0255124;OID=.;OPOS=48276971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:46:45:32:32:0.415584:20:12:20:26:20:12:19:26 chr17 48356260 . G C 306.13 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.0130731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.741;QD=15.9028;RBI=0.0222514;REFB=-0.0209808;REVB=0.0180061;RO=37;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220676;STB=0.607566;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0302579;OID=.;OPOS=48356260;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:43:34:34:0.441558:15:19:29:8:15:19:32:11 chr17 48539035 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3958;QD=52.6116;RBI=0.00702111;REFB=0;REVB=0.00679836;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015779;OID=.;OPOS=48539035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr17 48557326 . G A 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0674879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3941;QD=44.0909;RBI=0.0771845;REFB=-0.0845591;REVB=0.0374543;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521714;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0070231;OID=.;OPOS=48557326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:11:6:0:0:11:6:0:1 chr17 48557348 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.231;QD=50.4135;RBI=0.0512026;REFB=0;REVB=0.00653256;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313834;OID=.;OPOS=48557348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr17 48559559 . A G 628.78 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694776;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.421;QD=61.3446;RBI=0.00897604;REFB=0;REVB=0.00568312;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003722;OID=.;OPOS=48559559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:17:24:0:0 chr17 48585913 . GC G 169.38 PASS AF=1;AO=16;DP=21;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177208;FXX=0.0951928;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.1663;QD=35.6592;RBI=0.284274;REFB=-0.0265914;REVB=0.222281;RO=3;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127953;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0291498;OID=.;OPOS=48585914;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:21:19:19:0:7:12:0:0:3:3:6:10:1:2 chr17 48595013 . G T 406.76 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0219141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.432;QD=20.0868;RBI=0.0247523;REFB=0.000487079;REVB=-0.0115086;RO=39;SAF=16;SAR=25;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875706;STB=0.555528;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.000444887;OID=.;OPOS=48595013;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:40:41:41:0.506173:25:16:19:20:25:16:20:20 chr17 48598785 . G A 1268.66 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0409888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.173;QD=60.4122;RBI=0.0423832;REFB=0.00708995;REVB=0.0107821;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000119866;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:0:1:83:83:0.988095:42:41:0:0:42:41:0:1 chr17 48599450 . A T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.468;QD=53.911;RBI=0.0181231;REFB=0;REVB=0.0180843;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120284;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr17 48603503 . C T 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.129;QD=59.0089;RBI=0.0529253;REFB=0;REVB=0.0128258;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359192;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr17 48606537 . C G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2574;QD=60.2283;RBI=0.0399345;REFB=0;REVB=-0.0156498;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000863952;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr17 48607614 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.322;QD=50.4135;RBI=0.0475292;REFB=0;REVB=0.0278914;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166821;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr17 48608717 . T C 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.84;QD=62.7621;RBI=0.00930351;REFB=0;REVB=0.00360785;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01563e-05;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr17 48610272 . G C 1392.16 PASS AF=1;AO=82;DP=99;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0710285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.246;QD=61.8737;RBI=0.102188;REFB=0;REVB=0.0734672;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00332148;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:99:90:0:0:82:90:1:30:52:0:0:38:52:0:0 chr17 48613837 . A G 1645.77 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363886;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.639;QD=60.3951;RBI=0.0368851;REFB=0;REVB=0.00603155;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17389e-05;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:58:51:0:0:58:51:0:0 chr17 48625463 . AC AA,CA 51.04 PASS AF=0.190476,0;AO=4,6;DP=45;FAO=8,0;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5,0;FSAR=3,0;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0543116,0.018753;FXX=0.0666519;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=57.1242,59.4188;QD=4.86104;RBI=0.0995217,0.119678;REFB=-0.0326203,-0.0592786;REVB=-0.0833956,-0.118199;RO=32;SAF=0,5;SAR=4,1;SRF=24;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.712324,0.147381;STB=0.572198,0.5;STBP=0.764,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00588178,0;OID=.,.;OPOS=48625464,48625463;OREF=C,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:42:32:34:4,6:8,0:0.190476,0:4,1:0,5:24:8:3,0:5,0:24:10 chr17 48625469 . CA C,CC 351.46 PASS AF=0.731707,0.268293;AO=10,15;DP=39;FAO=30,11;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15,6;FSAR=15,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.301186,0.221962;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=11.133,11.8892;QD=34.2889;RBI=0.524748,0.259332;REFB=-0.0426492,-0.0402185;REVB=0.429706,0.134112;RO=12;SAF=8,5;SAR=2,10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0.377953,0;SSEP=0,0;SSSB=0.393982,-0.0713586;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0579694,-0.00431698;OID=.,.;OPOS=48625470,48625470;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.731707,0.268293:10,15:39:30,11:41:0:15,6:15,5:0:0:46:12:8,5:2,10:5:7 chr17 48629458 . A G 1606.47 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.496;QD=64.2588;RBI=0.0605668;REFB=0;REVB=-0.0585957;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402591;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:46:54:0:0:46:54:0:0 chr17 48653354 . C A 428.87 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.987;QD=57.1826;RBI=0.0576821;REFB=0;REVB=0.038005;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475173;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr17 48701800 . C T 159.62 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0264547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3419;QD=17.7357;RBI=0.0667791;REFB=0.00210114;REVB=0.0613156;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160346;STB=0.594481;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000901149;OID=.;OPOS=48701800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:17:19:17:17:0.472222:11:6:9:8:11:6:10:9 chr17 48703752 . T C 473.21 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0380014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.412;QD=14.7878;RBI=0.0426218;REFB=-0.0166566;REVB=-0.0193007;RO=75;SAF=31;SAR=22;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265621;STB=0.514944;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0253413;OID=.;OPOS=48703752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:75:53:53:0.414062:22:31:42:33:22:31:42:33 chr17 48712711 . C G 612.53 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6695;QD=61.2532;RBI=0.0500739;REFB=0;REVB=0.0496493;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278091;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr17 48753423 . C T 242.33 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0156247;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9903;QD=14.4677;RBI=0.0215228;REFB=-0.0100618;REVB=0.014802;RO=38;SAF=11;SAR=17;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214131;STB=0.614159;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0122364;OID=.;OPOS=48753423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:39:28:28:0.41791:17:11:23:15:17:11:23:16 chr17 48755388 . C T 432.43 PASS AF=0.484536;AO=40;DP=90;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0857947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.6194;QD=17.832;RBI=0.136477;REFB=-0.0428996;REVB=0.106137;RO=50;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547857;STB=0.535809;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0458664;OID=.;OPOS=48755388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:97:50:50:40:47:0.484536:19:21:29:21:23:24:29:21 chr17 48761105 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0460338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.187;QD=15.3791;RBI=0.0482022;REFB=-0.0457678;REVB=0.0142948;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145413;STB=0.583208;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0443858;OID=.;OPOS=48761105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:2:12:9:3:2:12 chr17 48774319 . G A 315.84 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00533231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.777;QD=15.04;RBI=0.0226493;REFB=-0.00844338;REVB=-0.0220127;RO=49;SAF=19;SAR=16;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297586;STB=0.516829;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0130855;OID=.;OPOS=48774319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:16:19:28:21:16:19:28:21 chr17 48777220 . G GTCA 245.13 PASS AF=0.560976;AO=18;DP=50;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00593786;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.29;QD=23.9152;RBI=0.024849;REFB=-0.0315025;REVB=0.0241291;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012088;STB=0.553145;STBP=0.513;TYPE=ins;VARB=0.0178536;OID=.;OPOS=48777221;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=GTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.560976:18:50:23:41:18:10:13:10:8:99:30:8:10:13:17 chr17 49713300 . G A 719.65 PASS AF=0.489655;AO=71;DP=141;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0406592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.518;QD=19.8523;RBI=0.040915;REFB=-0.0155802;REVB=0.00456746;RO=68;SAF=32;SAR=39;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121898;STB=0.573065;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0211353;OID=.;OPOS=49713300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:145:68:74:71:71:0.489655:39:32:40:28:39:32:44:30 chr17 51900729 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0189694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.087;QD=21.1726;RBI=0.0236711;REFB=-0.0178244;REVB=0.0141593;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12387;STB=0.570063;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0106438;OID=.;OPOS=51900729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:2:6:7:5:2:6 chr17 51901084 . A G 205.62 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-3.9785e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.64;QD=16.4493;RBI=0.0165344;REFB=0.00107049;REVB=-0.0165343;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182208;STB=0.60499;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000934897;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:15:6:13:16:15:6:13:16 chr17 51901643 . C T 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0108272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.151;QD=20.7687;RBI=0.0129375;REFB=-0.000100473;REVB=0.00708159;RO=24;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183682;STB=0.602661;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000208209;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:18:9:13:11:18:9:13:11 chr17 51901703 . C G 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00269295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.596;QD=17.0998;RBI=0.00340877;REFB=0.00889098;REVB=-0.00208991;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150546;STB=0.586087;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0106866;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:10:5:7:7:10:5 chr17 51902252 . C T 378.41 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.000857628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.704;QD=16.4526;RBI=0.00595018;REFB=-0.00996539;REVB=0.00588804;RO=47;SAF=16;SAR=24;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880033;STB=0.524651;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0125278;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:52:40:40:0.434783:24:16:23:24:24:16:23:29 chr17 53076799 . G A 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.391;QD=54.6358;RBI=0.0301887;REFB=-0.0394465;REVB=0.00297736;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00118341;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:27:24:1:0:27:24:1:0 chr17 53076986 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.354;QD=58.5877;RBI=0.0181719;REFB=0;REVB=0.0123862;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389378;OID=.;OPOS=53076986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr17 53400110 . T C 626.59 PASS AF=0.442177;AO=65;DP=148;FAO=65;FDP=147;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.0094651;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.026;QD=17.0501;RBI=0.0192506;REFB=-0.0148293;REVB=0.016763;RO=82;SAF=33;SAR=32;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289264;STB=0.516124;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0168569;OID=.;OPOS=53400110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:82:82:65:65:0.442177:32:33:44:38:32:33:44:38 chr17 53400918 . GT G 334.01 PASS AF=0.632184;AO=51;DP=85;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0464013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.0154;QD=15.3567;RBI=0.106641;REFB=-0.109566;REVB=-0.0960165;RO=32;SAF=22;SAR=29;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13679;STB=0.576187;STBP=0.071;TYPE=del;VARB=0.0880098;OID=.;OPOS=53400919;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.632184:51:85:55:87:32:23:32:20:12:99:32:22:29:20:12 chr17 53485186 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00740451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8846;QD=9.44482;RBI=0.0565434;REFB=-0.0371757;REVB=-0.0560565;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267756;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0493737;OID=.;OPOS=53485186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:6:4:4:2:6:4 chr17 53491597 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAAC 103.25 PASS AF=0.015625,0,0.390625;AO=3,9,24;DP=64;FAO=1,0,25;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=0,0,4;FSAR=1,0,21;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0115262,-0.289747,0.0594291;FXX=0.0153822;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=50.063,11.9759,11.8477;QD=6.45334;RBI=0.0729289,0.29403,0.0636361;REFB=-0.0218664,-0.0837047,-0.129008;REVB=-0.0720123,-0.0500006,-0.022754;RO=26;SAF=0,9,4;SAR=3,0,20;SRF=19;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.674844,0.702982,-0.54636;STB=0.99441,0.5,0.843949;STBP=0.155,1,0;TYPE=mnp,ins,del;VARB=0.0917039,0.0619282,0.139847;OID=.,.,.;OPOS=53491597,53491604,53491598;OREF=TA,-,A;OALT=AT,A,-;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:64:64:26:38:3,9,24:1,0,25:0.015625,0,0.390625:3,0,20:0,9,4:19:7:1,0,21:0,0,4:28:10 chr17 53851228 . C T 1189.72 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5229;QD=61.0111;RBI=0.045423;REFB=0;REVB=0.0396095;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323019;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:36:40:0:0:38:40:0:0 chr17 54450038 . C A 371.67 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.561;QD=55.0629;RBI=0.0503382;REFB=0;REVB=0.0502408;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176137;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:15:11:0:0:16:11:0:0 chr17 54450134 . G A 443.91 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.698;QD=57.2784;RBI=0.0785712;REFB=0;REVB=0.0322867;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003226;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr17 54534634 . G A 461.54 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.664;QD=57.6923;RBI=0.0309108;REFB=0;REVB=-0.030444;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498837;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:12:19:0:0:13:19:0:0 chr17 54921494 . A C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.139;QD=60.0306;RBI=0.0179371;REFB=0;REVB=0.00774118;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93217e-05;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr17 54972890 . C G 288.77 PASS AF=0.308943;AO=37;DP=126;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.0297335;FXX=0.0238076;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0466;QD=9.39078;RBI=0.0299509;REFB=-0.00544134;REVB=-0.00360234;RO=83;SAF=17;SAR=20;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154002;STB=0.588489;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.016967;OID=.;OPOS=54972890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:83:85:37:38:0.308943:20:17:49:34:21:17:49:36 chr17 55027850 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.533;QD=60.6101;RBI=0.0378171;REFB=0;REVB=-0.00412208;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304245;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr17 55182811 . CT C 408.38 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732202;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.387;QD=48.0443;RBI=0.0916695;REFB=0;REVB=0.0551552;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00495454;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:35:34:34:0:15:19:0:0:7:0:14:19:0:0 chr17 55183203 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.225;QD=56.1912;RBI=0.0498876;REFB=0;REVB=0.0141304;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450499;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr17 55183716 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.81;QD=58.4193;RBI=0.0212848;REFB=0;REVB=0.0150872;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04096e-05;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr17 56080862 . T A 38.45 PASS AF=0.0728155;AO=16;DP=199;FAO=15;FDP=206;FR=.;FRO=191;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=79;FSRR=112;FWDB=-0.00563797;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.8668;QD=0.74656;RBI=0.0252314;REFB=-0.00212671;REVB=-0.0245934;RO=160;SAF=12;SAR=4;SRF=65;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389405;STB=0.834435;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0639142;OID=.;OPOS=56080862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:199:206:160:191:16:15:0.0728155:4:12:65:95:3:12:79:112 chr17 56233034 . C A 520.51 PASS AF=0.470588;AO=55;DP=120;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0157536;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.715;QD=17.4963;RBI=0.0161907;REFB=-0.00908675;REVB=-0.00373695;RO=62;SAF=28;SAR=27;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375199;STB=0.521001;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00997659;OID=.;OPOS=56233034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:62:63:55:56:0.470588:27:28:34:28:28:28:34:29 chr17 56233499 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0145522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.444;QD=15.8403;RBI=0.0183764;REFB=-0.013887;REVB=0.0112216;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0120919;OID=.;OPOS=56233499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:3:4:5:3:3:4 chr17 56272390 . A G 452.56 PASS AF=0.235294;AO=33;DP=139;FAO=32;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.00736504;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.662;QD=13.3105;RBI=0.0141881;REFB=-0.0184418;REVB=0.0121268;RO=82;SAF=26;SAR=7;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470644;STB=0.759665;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0333899;OID=.;OPOS=56272390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:136:82:81:33:32:0.235294:7:26:33:49:8:24:31:50 chr17 56280447 . A T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0162437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.187;QD=19.0582;RBI=0.0180082;REFB=-0.0269935;REVB=-0.00777413;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252995;STB=0.643282;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0255327;OID=.;OPOS=56280447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:13:7:12:7:13:7 chr17 56283026 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=0;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.769;QD=21.5109;RBI=0.00872312;REFB=-0.015105;REVB=0.00872312;RO=19;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134469;OID=.;OPOS=56283026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:21:0:0:19:21:0:0:19 chr17 56289717 . TGCA T 183.47 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00788025;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.445;QD=17.4731;RBI=0.0381531;REFB=-0.0162328;REVB=-0.0373304;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612775;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=del;VARB=0.0192239;OID=.;OPOS=56289718;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:19:43:19:42:23:9:10:13:10:99:22:10:9:13:9 chr17 56327999 . A G 195.9 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0591673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.214;QD=25.2776;RBI=0.059343;REFB=-0.046265;REVB=-0.00456295;RO=12;SAF=13;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355522;STB=0.697781;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0188682;OID=.;OPOS=56327999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:6:13:2:10:6:13:2:10 chr17 56332327 . G A 178.61 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00335423;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.859;QD=12.3178;RBI=0.00548573;REFB=-0.0150173;REVB=0.00434078;RO=36;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207771;STB=0.620143;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0333568;OID=.;OPOS=56332327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:14:8:20:16:14:8:20:16 chr17 56349236 . G A 206.7 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.144508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6933;QD=17.2252;RBI=0.145393;REFB=-0.020943;REVB=-0.0160257;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191144;STB=0.581088;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0237293;OID=.;OPOS=56349236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:27:21:21:0.4375:11:10:7:18:11:10:9:18 chr17 56389631 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0356955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.113;QD=14.9783;RBI=0.0394236;REFB=-0.0345069;REVB=-0.0167348;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286528;STB=0.666349;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0251252;OID=.;OPOS=56389631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:3:8:4:6:3:8 chr17 56389732 . T C 358.81 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0342675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.525;QD=25.1795;RBI=0.0348412;REFB=-0.00659841;REVB=0.00629674;RO=22;SAF=25;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29321;STB=0.66128;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00737358;OID=.;OPOS=56389732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:10:25:7:15:10:25:7:15 chr17 56396587 . T C 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0123059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.624;QD=18.4977;RBI=0.0264489;REFB=-0.0121964;REVB=-0.0234117;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835679;STB=0.555363;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0119412;OID=.;OPOS=56396587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:27:27:0.5:13:14:11:15:13:14:11:16 chr17 56397505 . G C 162.79 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.010152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.447;QD=10.853;RBI=0.0196364;REFB=-0.0214994;REVB=-0.0168085;RO=38;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384509;STB=0.529384;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0463678;OID=.;OPOS=56397505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:21:21:0.35:9:12:23:15:9:12:24:15 chr17 56432362 . C G 221.96 PASS AF=0.511628;AO=20;DP=41;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.000485867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.084;QD=20.6476;RBI=0.0128649;REFB=-0.0188709;REVB=0.0128557;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23625;STB=0.645834;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0208149;OID=.;OPOS=56432362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:21:21:20:22:0.511628:11:9:15:6:13:9:15:6 chr17 56439930 . C T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0320794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.441;QD=16.4201;RBI=0.0376963;REFB=-0.0169494;REVB=0.0197971;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123005;STB=0.568977;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0157777;OID=.;OPOS=56439930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:16:13:11:23:16:13:11:23 chr17 56448297 . C T 370.04 PASS AF=0.45679;AO=20;DP=79;FAO=37;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0445185;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7329;QD=18.2736;RBI=0.053715;REFB=-0.0366652;REVB=-0.0300568;RO=39;SAF=16;SAR=4;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41485;STB=0.507019;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0503457;OID=.;OPOS=56448297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:39:40:20:37:0.45679:4:16:18:21:18:19:20:20 chr17 56492800 . T C 412.77 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.013923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0335;QD=18.7623;RBI=0.0545882;REFB=0.00551054;REVB=0.0527827;RO=46;SAF=18;SAR=24;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570921;STB=0.531758;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00513084;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:24:18:17:29:24:18:17:29 chr17 56544280 . T G 704.44 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0100861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9911;QD=58.7035;RBI=0.0100862;REFB=0.00296888;REVB=4.46545e-05;RO=2;SAF=27;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335578;STB=0.517849;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00105766;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:19:27:2:0:19:27:2:0 chr17 56565611 . TG T 56.21 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.215784;FXX=0.049975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.5179;QD=11.8342;RBI=0.232968;REFB=-0.0433072;REVB=0.0878153;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.603567;STB=0.877174;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0889399;OID=.;OPOS=56565612;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:8:19:9:19:10:1:8:8:2:42:9:1:7:7:2 chr17 56584205 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.261;QD=60.2307;RBI=0.0319871;REFB=0;REVB=0.0188772;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109682;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr17 56584508 . T C 383.94 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0219793;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.429;QD=17.2556;RBI=0.0224231;REFB=0.00554353;REVB=-0.00443889;RO=46;SAF=26;SAR=14;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268346;STB=0.655018;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00527806;OID=.;OPOS=56584508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:49:40:40:0.449438:14:26:17:29:14:26:18:31 chr17 56585872 . G C 515.44 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0146969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.39;QD=24.8405;RBI=0.0147106;REFB=-0.0153344;REVB=-0.000635025;RO=35;SAF=29;SAR=19;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200722;STB=0.609869;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00709356;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:19:29:12:23:19:29:12:23 chr17 56598439 . T C 453.3 PASS AF=0.478723;AO=44;DP=95;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0234083;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7872;QD=19.2893;RBI=0.0260543;REFB=-0.0285158;REVB=0.01144;RO=49;SAF=15;SAR=29;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688858;STB=0.542616;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0364823;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:49:49:44:45:0.478723:29:15:20:29:30:15:20:29 chr17 56618030 . C T 201.7 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.111575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4746;QD=21.2312;RBI=0.117053;REFB=-0.0554026;REVB=0.035388;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936166;STB=0.552579;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0558052;OID=.;OPOS=56618030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:11:7:10:10:11:7 chr17 56621286 . G T 567.01 PASS AF=0.865385;AO=45;DP=52;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0447404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4502;QD=43.6159;RBI=0.0451961;REFB=-0.127432;REVB=0.00640155;RO=5;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852017;STB=0.52173;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0176328;OID=.;OPOS=56621286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:52:52:5:7:45:45:0.865385:25:20:0:5:25:20:2:5 chr17 56621359 . T C,G 1054.03 PASS AF=0.985915,0.0140845;AO=63,3;DP=66;FAO=70,1;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867601,-0.0125854;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.317,123.118;QD=59.3821;RBI=0.114624,0.118669;REFB=0,0;REVB=0.114296,0.118;RO=0;SAF=31,1;SAR=32,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000265719,0.118563;OID=.,.;OPOS=56621359,56621359;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:66:71:0:0:63,3:70,1:0.985915,0.0140845:32,2:31,1:0:0:39,0:31,1:0:0 chr17 56636854 . T C 418.11 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.388;QD=53.9496;RBI=0.0264478;REFB=-0.138897;REVB=0.0150152;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000877405;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:16:14:0:0:16:14:1:0 chr17 56636908 . T C 53.1 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0475411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2033;QD=7.32414;RBI=0.0551476;REFB=-0.0034562;REVB=-0.0279482;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305347;STB=0.702009;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0184965;OID=.;OPOS=56636908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:29:20:21:8:8:0.275862:3:5:7:13:3:5:7:14 chr17 56659018 . C T 583.58 PASS AF=0.626506;AO=52;DP=83;FAO=52;FDP=83;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00419199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.215;QD=28.1244;RBI=0.0193475;REFB=0.00154052;REVB=-0.0188879;RO=31;SAF=22;SAR=30;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646892;STB=0.535198;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00111287;OID=.;OPOS=56659018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:31:31:52:52:0.626506:30:22:16:15:30:22:16:15 chr17 56690848 . T C 340.88 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0172676;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.167;QD=20.6596;RBI=0.0172855;REFB=-0.0195054;REVB=0.000786392;RO=31;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056404;STB=0.531232;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0156828;OID=.;OPOS=56690848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:31:35:35:0.530303:18:17:13:18:18:17:13:18 chr17 56709077 . A G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0188573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.422;QD=12.7918;RBI=0.0231922;REFB=-0.0123036;REVB=0.0135011;RO=23;SAF=12;SAR=2;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139508;STB=0.583202;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0192576;OID=.;OPOS=56709077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:2:12:18:5:2:12:18:5 chr17 56709117 . T C 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00427575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.65;QD=14.7942;RBI=0.0177235;REFB=-0.0105533;REVB=-0.0172;RO=26;SAF=15;SAR=3;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25865;STB=0.644978;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0209082;OID=.;OPOS=56709117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:3:15:17:9:3:15:18:9 chr17 56709169 . A G 105.27 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0276305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.093;QD=11.0809;RBI=0.0327255;REFB=-0.014469;REVB=0.0175362;RO=22;SAF=10;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17443;STB=0.575792;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0804372;OID=.;OPOS=56709169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:25:13:13:0.342105:3:10:14:8:3:10:17:8 chr17 56709172 . G A 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-3.65472e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.271;QD=13.7531;RBI=0.0101744;REFB=-0.00913422;REVB=-0.0101743;RO=23;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202117;STB=0.619542;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0141108;OID=.;OPOS=56709172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:3:12:15:8:3:12:15:8 chr17 56738919 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0838259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5378;QD=9.10945;RBI=0.0860862;REFB=0.00345286;REVB=0.0195972;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160269;STB=0.599733;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000421604;OID=.;OPOS=56738919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:6:10:6:2:6:10 chr17 56743948 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00226872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2906;QD=11.3693;RBI=0.0702444;REFB=0.0125266;REVB=-0.0702077;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020408;STB=0.512173;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0235653;OID=.;OPOS=56743948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:9:10:6:5:9:10 chr17 56743963 . G A 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0256073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=332.395;QD=9.2582;RBI=0.0263324;REFB=-0.00443322;REVB=0.00613663;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822896;STB=0.549917;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00864473;OID=.;OPOS=56743963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:6:6:12:16:6:6:12:16 chr17 56755092 . TA T 137.88 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.117895;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.208;QD=9.67576;RBI=0.131857;REFB=-0.0096319;REVB=-0.0590508;RO=33;SAF=18;SAR=5;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447126;STB=0.760943;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.00734278;OID=.;OPOS=56755093;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:23:58:24:57:33:19:5:12:21:99:33:18:5:12:21 chr17 56756977 . A G 205.64 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0461718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2993;QD=14.6889;RBI=0.059174;REFB=-0.00262839;REVB=0.0370098;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234835;STB=0.624896;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00484687;OID=.;OPOS=56756977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:9:15:12:19:9:15:13:19 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 1101.9 PASS AF=1,0;AO=57,17;DP=77;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239511,-0.0413103;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=26.9416,14.2527;QD=57.2414;RBI=0.0762565,0.24441;REFB=0,0;REVB=-0.0723975,-0.240893;RO=0;SAF=38,2;SAR=19,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.95117e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00150622,0;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:57,17:77:77,0:77:0:41,0:36,0:0:0:6:0:38,2:19,15:0:0 chr17 57287454 . A G 589.56 PASS AF=0.512821;AO=58;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00431593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.84;QD=20.156;RBI=0.0170483;REFB=-0.0125211;REVB=-0.0164929;RO=57;SAF=25;SAR=33;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117173;STB=0.570792;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0121367;OID=.;OPOS=57287454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:58:60:0.512821:33:25:32:25:35:25:32:25 chr17 57290383 . G A 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00468314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.959;QD=13.2644;RBI=0.0146408;REFB=-0.0207166;REVB=-0.0138716;RO=42;SAF=20;SAR=8;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141677;STB=0.590841;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0424746;OID=.;OPOS=57290383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:8:20:25:17:8:20:25:18 chr17 57477235 . T G 106.64 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0266819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5919;QD=12.1871;RBI=0.0280413;REFB=-0.00442701;REVB=0.00862511;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171974;STB=0.599863;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0191509;OID=.;OPOS=57477235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:18:4:4:9:18:4 chr17 57477616 . G A 306.77 PASS AF=0.37234;AO=34;DP=93;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.000263388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.16;QD=13.054;RBI=0.0088221;REFB=-0.0079208;REVB=-0.00881816;RO=56;SAF=17;SAR=17;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194237;STB=0.506995;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0113233;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:56:59:34:35:0.37234:17:17:27:29:18:17:28:31 chr17 57478253 . A C 620.31 PASS AF=0.387978;AO=70;DP=184;FAO=71;FDP=183;FR=.;FRO=112;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=0.00389975;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.784;QD=13.5586;RBI=0.0166101;REFB=-0.0117543;REVB=-0.0161458;RO=112;SAF=35;SAR=35;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778763;STB=0.547957;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0190005;OID=.;OPOS=57478253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:112:112:70:71:0.387978:35:35:48:64:35:36:48:64 chr17 57951973 . G A 268.34 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.0214952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.692;QD=22.3613;RBI=0.0222411;REFB=-0.0194427;REVB=-0.00571156;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333565;STB=0.684081;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0226859;OID=.;OPOS=57951973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:3:20:12:13:3:20 chr17 57963537 . A G,T 778.48 PASS AF=0.981818,0.0181818;AO=51,2;DP=53;FAO=54,1;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496649,-0.0415039;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.2939,65.2861;QD=56.6168;RBI=0.0707755,0.0438918;REFB=0,0;REVB=0.0504239,0.0142798;RO=0;SAF=19,2;SAR=32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.2152e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=9.94796e-06,0.0239513;OID=.,.;OPOS=57963537,57963537;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:53:55:0:0:51,2:54,1:0.981818,0.0181818:32,0:19,2:0:0:32,1:22,0:0:0 chr17 58024275 . A G 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.014501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.287;QD=8.81183;RBI=0.0314194;REFB=-0.00188919;REVB=-0.0278729;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106085;STB=0.506316;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00412609;OID=.;OPOS=58024275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:4:6:13:9:4:6:14:9 chr17 58024324 . A G 166.85 PASS AF=0.37037;AO=14;DP=58;FAO=20;FDP=54;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=34;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00933843;FXX=0.0689536;HRUN=9;LEN=1;MLLD=283.406;QD=12.3589;RBI=0.0359097;REFB=-0.00457356;REVB=0.0346742;RO=19;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194471;STB=0.535677;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00625596;OID=.;OPOS=58024324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:54:19:34:14:20:0.37037:3:11:12:7:5:15:24:10 chr17 58031412 . A G 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.45;QD=53.3624;RBI=0.0303166;REFB=0.131335;REVB=0.0148027;RO=1;SAF=7;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619467;STB=0.53331;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000640379;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:22:7:1:0:22:7:1:0 chr17 58121453 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0339202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.291;QD=10.0752;RBI=0.0341237;REFB=-0.00984004;REVB=-0.00372044;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020009;STB=0.512165;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0141175;OID=.;OPOS=58121453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:9:5:3:5:9:5 chr17 58156064 . G A 198.74 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.00883029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.2448;QD=13.2494;RBI=0.0735654;REFB=-0.0231043;REVB=0.0730335;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155015;STB=0.588166;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0342162;OID=.;OPOS=58156064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:10:14:26:10:10:14:26:10 chr17 58508618 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0232749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.063;QD=13.5766;RBI=0.0233768;REFB=-0.022216;REVB=0.00218099;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414547;STB=0.524235;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0420151;OID=.;OPOS=58508618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:11:8:6:7:11:8 chr17 58786625 . A G 2110.07 PASS AF=0.985507;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00923221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2719;QD=61.1613;RBI=0.0484319;REFB=-0.0992771;REVB=0.0475438;RO=2;SAF=80;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117354;STB=0.506172;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00172111;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:138:2:2:136:136:0.985507:56:80:2:0:56:80:2:0 chr17 58824567 . T C 941.08 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230033;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6328;QD=58.8175;RBI=0.0706454;REFB=0;REVB=0.0667954;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106358;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:62:64:1:30:32:0:0:30:34:0:0 chr17 59482169 . C G 385.6 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.309;QD=55.0854;RBI=0.134994;REFB=0;REVB=0.129955;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306564;OID=.;OPOS=59482169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:5:23:0:0:5:23:0:0 chr17 59482173 . G A 303.24 PASS AF=0.78125;AO=26;DP=33;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0308147;FXX=0.0302939;HRUN=6;LEN=1;MLLD=241.167;QD=37.9046;RBI=0.030893;REFB=-0.0108543;REVB=-0.0021972;RO=4;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261681;STB=0.636239;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00137542;OID=.;OPOS=59482173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:32:4:7:26:25:0.78125:5:21:0:4:4:21:3:4 chr17 59485555 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.46;QD=59.8375;RBI=0.0483709;REFB=0;REVB=0.0245458;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120641;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr17 59490235 . C T 207.44 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.924;QD=48.8102;RBI=0.0983594;REFB=0;REVB=0.059239;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736045;OID=.;OPOS=59490235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:6:9:0:0:6:11:0:0 chr17 59534987 . T G 199.46 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0010541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.051;QD=15.644;RBI=0.0107676;REFB=-0.0196477;REVB=0.0107159;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132659;STB=0.580195;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0205063;OID=.;OPOS=59534987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:29:22:22:0.431373:7:15:15:12:7:15:16:13 chr17 59560685 . C T 146.63 PASS AF=0.5;AO=13;DP=29;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0706129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2609;QD=18.3285;RBI=0.111507;REFB=-0.0207716;REVB=0.0862993;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112115;STB=0.531457;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0317302;OID=.;OPOS=59560685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:32:16:16:13:16:0.5:8:5:8:8:9:7:8:8 chr17 59760174 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.553;QD=63.8719;RBI=0.0248853;REFB=0;REVB=0.0144757;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7487e-05;OID=.;OPOS=59760174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr17 59760996 . A G 795.88 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.33;QD=63.6707;RBI=0.0641295;REFB=0;REVB=0.051313;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408448;OID=.;OPOS=59760996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:23:25:0:0:24:26:0:0 chr17 59763114 . A T 868.49 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6546;QD=57.8993;RBI=0.0566186;REFB=0;REVB=0.031489;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000888109;OID=.;OPOS=59763114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:31:29:0:0 chr17 59763347 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.022;QD=57.5453;RBI=0.0178607;REFB=0;REVB=-0.00528799;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35039e-05;OID=.;OPOS=59763347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr17 59763465 . T C 888.6 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0037531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.522;QD=56.4191;RBI=0.0463396;REFB=-0.0905009;REVB=0.0461873;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016002;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000511413;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:33:29:1:0:33:29:1:0 chr17 59955426 . T G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.333;QD=59.6793;RBI=0.00986463;REFB=0;REVB=0.00977558;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69947e-06;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:42:28:0:0:42:28:0:0 chr17 60040329 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00882542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.595;QD=14.7423;RBI=0.00883371;REFB=-0.00944278;REVB=0.000382654;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253895;STB=0.633456;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0115102;OID=.;OPOS=60040329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:7:10:8:16:7:10:9:16 chr17 60043884 . G A 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.005633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.954;QD=59.1729;RBI=0.0116227;REFB=-0.0293032;REVB=-0.0101665;RO=1;SAF=36;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129635;STB=0.506848;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=7.59725e-05;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:40:36:1:0:40:36:1:0 chr17 60043929 . T C 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00825997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.022;QD=15.3562;RBI=0.0198197;REFB=-0.00321162;REVB=0.0180165;RO=44;SAF=13;SAR=20;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631073;STB=0.535692;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00481551;OID=.;OPOS=60043929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:20:13:20:24:20:13:20:24 chr17 60083208 . G T 330.72 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0881702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5236;QD=25.4398;RBI=0.0907115;REFB=-0.0195987;REVB=-0.0213215;RO=20;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170638;STB=0.593691;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0144622;OID=.;OPOS=60083208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:19:13:13:7:19:13:13:7 chr17 60345508 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.298;QD=43.4861;RBI=0.00950003;REFB=0;REVB=0.00634621;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16437e-05;OID=.;OPOS=60345508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr17 60348325 . G A 1363.55 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000433386;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9394;QD=62.6921;RBI=0.00593712;REFB=0;REVB=0.00592128;RO=0;SAF=27;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090798;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:60:27:0:0:60:27:0:0 chr17 60351457 . G A 3043.67 PASS AF=0.994872;AO=189;DP=197;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=119;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222186;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.222;QD=62.4342;RBI=0.0447384;REFB=-0.169118;REVB=-0.0388311;RO=1;SAF=75;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630659;STB=0.503311;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00409985;OID=.;OPOS=60351457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:195:1:1:189:194:0.994872:114:75:1:0:119:75:1:0 chr17 60503892 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.738;QD=43.4856;RBI=0.0550917;REFB=0;REVB=0.0310875;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142983;OID=.;OPOS=60503892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr17 60525047 . C T 1556.38 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000247418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.829;QD=59.8606;RBI=0.106175;REFB=0;REVB=-0.106175;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258078;OID=.;OPOS=60525047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:49:53:0:0:50:54:0:0 chr17 60683503 . A G 1481.9 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216054;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.169;QD=62.3959;RBI=0.0425248;REFB=0.0379593;REVB=0.0366274;RO=1;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011424;STB=0.505881;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-1.62986e-05;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:41:53:0:1:42:52:0:1 chr17 60749112 . A G 331.66 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0357892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.922;QD=21.3976;RBI=0.036561;REFB=0.0182666;REVB=-0.007473;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140027;STB=0.577314;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.019785;OID=.;OPOS=60749112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:18:16:18:10:18:16:18:10 chr17 60758273 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00906238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2464;QD=57.8847;RBI=0.0371655;REFB=0;REVB=-0.0360437;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000459394;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr17 60766224 . A G 1540.55 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.061;QD=59.8273;RBI=0.0280045;REFB=0;REVB=-0.00816094;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.40665e-05;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:54:48:0:0:55:48:0:0 chr17 60767015 . G A 837.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244893;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.959;QD=57.7364;RBI=0.110705;REFB=0;REVB=0.107962;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258017;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:59:58:1:23:36:0:0:22:36:0:0 chr17 61559923 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0276742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.241;QD=18.0868;RBI=0.027818;REFB=-0.0245739;REVB=0.00282515;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496386;STB=0.527838;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0242341;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:16:11:12:14:16:11 chr17 61562309 . C T 167.4 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0157808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.26;QD=23.09;RBI=0.0174934;REFB=0.00500867;REVB=0.00754906;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758887;STB=0.52835;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00306539;OID=.;OPOS=61562309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:6:11:6:5:6:11:7:5 chr17 61562774 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.000784724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.267;QD=12.1824;RBI=0.00958488;REFB=-0.0271962;REVB=-0.0095527;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527018;STB=0.81189;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0325251;OID=.;OPOS=61562774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:11:4:8:2:11:4 chr17 61564052 . A G 286.09 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00241945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.827;QD=20.4352;RBI=0.0206967;REFB=-0.0181669;REVB=-0.0205548;RO=25;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763591;STB=0.551035;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0137685;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:14:16:11:14:14:16:11:15 chr17 61566031 . G A 369.51 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.00377106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.84;QD=16.9889;RBI=0.00389802;REFB=-0.00828495;REVB=0.000986714;RO=47;SAF=24;SAR=15;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138775;STB=0.568367;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0042934;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:48:39:39:0.448276:15:24:35:12:15:24:35:13 chr17 61573761 . T C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0683228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1299;QD=24.0273;RBI=0.0850926;REFB=0.0328536;REVB=0.0507222;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808139;STB=0.54539;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0208914;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:5:3:7:7:5:3 chr17 61650706 . C A 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0119312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.513;QD=29.5625;RBI=0.0205137;REFB=-0.02164;REVB=0.0166871;RO=17;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940853;STB=0.551688;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0149016;OID=.;OPOS=61650706;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:16:13:10:7:16:13:10:7 chr17 61772967 . C T 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0811195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.987;QD=12.0592;RBI=0.0862389;REFB=-0.0297208;REVB=-0.0292709;RO=41;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482197;STB=0.539967;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0463618;OID=.;OPOS=61772967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:42:25:25:0.373134:18:7:13:28:18:7:14:28 chr17 61805747 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.517;QD=50.4134;RBI=0.0292508;REFB=0;REVB=0.0169522;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.23658e-05;OID=.;OPOS=61805747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr17 61838259 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.584;QD=57.2021;RBI=0.0645117;REFB=0;REVB=-0.0522054;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00194334;OID=.;OPOS=61838259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr17 61901197 . T A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.113;QD=62.9829;RBI=0.0360891;REFB=0;REVB=0.0283988;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81313e-05;OID=.;OPOS=61901197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr17 61903445 . G C 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0036637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.109;QD=64.0213;RBI=0.0127855;REFB=0;REVB=0.0122494;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3293e-05;OID=.;OPOS=61903445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr17 61906846 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.393;QD=57.2373;RBI=0.0333987;REFB=0;REVB=0.031896;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24006e-05;OID=.;OPOS=61906846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr17 61908271 . C T 1738.47 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.958;QD=60.4686;RBI=0.0119788;REFB=0;REVB=0.0114943;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657513;OID=.;OPOS=61908271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:54:60:0:0:54:61:0:0 chr17 61908556 . C T 1132.07 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222268;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.311;QD=61.1927;RBI=0.0263965;REFB=0;REVB=0.0142388;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987103;OID=.;OPOS=61908556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:36:37:0:0:37:37:0:0 chr17 61910167 . G A 1262.21 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.195;QD=61.5711;RBI=0.0273988;REFB=0;REVB=0.0186631;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12573e-05;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:79:82:1:36:43:0:0:36:46:0:0 chr17 61988274 . C T 301.23 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00219584;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.88;QD=14.6943;RBI=0.00345373;REFB=-0.0315822;REVB=-0.00266581;RO=46;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660064;STB=0.510154;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0523051;OID=.;OPOS=61988274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:48:34:34:0.414634:19:15:20:26:19:15:22:26 chr17 62041068 . T C 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.747;QD=59.8653;RBI=0.0617623;REFB=0;REVB=0.0603989;RO=0;SAF=41;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201949;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:63:41:0:0:63:41:0:0 chr17 62079334 . A G 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.072596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.492;QD=18.4263;RBI=0.0726642;REFB=0.00146555;REVB=-0.00314915;RO=28;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343208;STB=0.519217;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00267183;OID=.;OPOS=62079334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:18:10:11:17:18:10:11:17 chr17 62125272 . A G 1465.87 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.113;QD=63.0483;RBI=0.023657;REFB=0;REVB=0.0172839;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57356e-05;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:43:49:0:0:43:50:0:0 chr17 62141455 . A G 1663.77 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180737;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.303;QD=60.5009;RBI=0.0210511;REFB=0;REVB=0.0107931;RO=0;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155404;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:108:110:1:64:44:0:0:65:45:0:0 chr17 62782689 . T C 1328.35 PASS AF=0.956522;AO=86;DP=90;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00365183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0454;QD=57.7543;RBI=0.0419793;REFB=-0.0545002;REVB=0.0418201;RO=4;SAF=36;SAR=50;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146038;STB=0.50717;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00630705;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:90:92:4:4:86:88:0.956522:50:36:1:3:52:36:1:3 chr17 63189687 . C T 239.63 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.031831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8015;QD=18.0851;RBI=0.0490358;REFB=0.0235585;REVB=0.0373001;RO=27;SAF=10;SAR=16;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252956;STB=0.641726;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0173475;OID=.;OPOS=63189687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:16:10:18:9:16:10:18:9 chr17 63532517 . G A 70.51 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0465294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0074;QD=17.6274;RBI=0.0770397;REFB=0.0158795;REVB=0.0614013;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121106;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00619849;OID=.;OPOS=63532517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:3:4:5:4:3:4 chr17 63533789 . T C,G 530.36 PASS AF=0.972222,0.0277778;AO=34,2;DP=36;FAO=35,1;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00827927,0.00283439;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.547,148.954;QD=58.929;RBI=0.0465471,0.0326427;REFB=0,0;REVB=0.0458048,0.0325194;RO=0;SAF=13,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00179292,0.0717258;OID=.,.;OPOS=63533789,63533789;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:36:36:0:0:34,2:35,1:0.972222,0.0277778:21,2:13,0:0:0:22,1:13,0:0:0 chr17 63534250 . T C 813.98 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.308;QD=57.121;RBI=0.0694058;REFB=0;REVB=0.0683228;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215907;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:20:36:0:0:21:36:0:0 chr17 63554307 . A G 1033.42 PASS AF=0.573964;AO=97;DP=169;FAO=97;FDP=169;FR=.;FRO=72;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0362907;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4328;QD=24.4596;RBI=0.0384099;REFB=-0.00112997;REVB=0.012582;RO=72;SAF=49;SAR=48;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475497;STB=0.525848;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.000882986;OID=.;OPOS=63554307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:72:72:97:97:0.573964:48:49:32:40:48:49:32:40 chr17 63554591 . G A 256.42 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00073288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7892;QD=22.7929;RBI=0.0395502;REFB=-0.00214792;REVB=0.0395435;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480836;STB=0.514007;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00373606;OID=.;OPOS=63554591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:13:11:8:12:13:11:9:12 chr17 63822357 . T C 158.35 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0123027;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.437;QD=13.4764;RBI=0.0219902;REFB=-0.0338495;REVB=-0.0182267;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165687;STB=0.586759;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0469053;OID=.;OPOS=63822357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:29:18:18:0.382979:8:10:12:18:8:10:12:17 chr17 64023642 . A G,T 1676.65 PASS AF=0.93913,0.0521739;AO=108,4;DP=113;FAO=108,6;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=47,4;FSAR=61,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0414702,0.0288331;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=251.794,198.099;QD=58.3183;RBI=0.0417332,0.0288725;REFB=-0.122663,-0.112471;REVB=0.00467793,0.00150677;RO=0;SAF=47,2;SAR=61,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.505262,0.555378;STBP=0.293,0.618;TYPE=snp,snp;VARB=0.00031505,0.138186;OID=.,.;OPOS=64023642,64023642;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:113:115:0:1:108,4:108,6:0.93913,0.0521739:61,2:47,2:0:0:61,2:47,4:1:0 chr17 64208230 . G A 341.05 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00324081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.823;QD=20.9875;RBI=0.00676863;REFB=-0.00589381;REVB=-0.00594235;RO=30;SAF=27;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238686;STB=0.633179;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00919006;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:8:27:16:14:8:27:16:14 chr17 64210757 . C A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0107615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8947;QD=15.6508;RBI=0.0224271;REFB=0.00296098;REVB=-0.0196765;RO=20;SAF=14;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540037;STB=0.826313;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00634346;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:2:14:8:12:2:14:8:13 chr17 64783081 . G A 1695.13 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2412;QD=60.5404;RBI=0.0262598;REFB=0;REVB=0.0115152;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76322e-05;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:53:59:0:0:53:59:0:0 chr17 64785022 . G A 196.24 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00793289;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.524;QD=12.4594;RBI=0.00934451;REFB=-0.0165363;REVB=-0.00493853;RO=38;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896452;STB=0.544199;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0370379;OID=.;OPOS=64785022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:39:24:24:0.380952:10:14:19:19:10:14:20:19 chr17 64800898 . G A 361.58 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0155935;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0205;QD=13.1483;RBI=0.0527973;REFB=-0.0179886;REVB=-0.050442;RO=67;SAF=15;SAR=28;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283868;STB=0.516121;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0173612;OID=.;OPOS=64800898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:67:43:43:0.390909:28:15:25:42:28:15:25:42 chr17 64801021 . A G 519.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6414;QD=59.4183;RBI=0.071859;REFB=0;REVB=-0.0121165;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000852794;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr17 65027740 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.599;QD=55.0987;RBI=0.0329759;REFB=0;REVB=0.0319854;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12919e-05;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:11:15:0:0 chr17 65066879 . A G 889.91 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00765384;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.138;QD=58.3549;RBI=0.0128479;REFB=0;REVB=0.0103192;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96096e-05;OID=.;OPOS=65066879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr17 65104666 . T G 1695.23 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.875;QD=60.5439;RBI=0.0368819;REFB=0;REVB=0.0233446;RO=0;SAF=37;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26359e-05;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:74:37:0:0:74:38:0:0 chr17 65104743 . G A 1472.22 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.366;QD=63.3211;RBI=0.0639419;REFB=0;REVB=0.0478665;RO=0;SAF=26;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139512;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:65:26:0:0:66:27:0:0 chr17 65404916 . AAG A 136.94 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0115103;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=35.4072;QD=18.8882;RBI=0.0115799;REFB=-0.0409364;REVB=0.00126698;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661604;STB=0.560716;STBP=0.412;TYPE=del;VARB=0.0306117;OID=.;OPOS=65404917;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62069:17:29:18:29:11:7:11:6:5:60:12:7:10:6:6 chr17 65574283 . A G 434.08 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.025703;FXX=0.0333296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.81;QD=19.9579;RBI=0.0294564;REFB=-0.015298;REVB=0.0143888;RO=42;SAF=18;SAR=25;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307419;STB=0.530165;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0125393;OID=.;OPOS=65574283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:42:44:43:43:0.494253:25:18:19:23:25:18:21:23 chr17 65717525 . T C 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00813359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.948;QD=13.224;RBI=0.0159114;REFB=-0.022605;REVB=0.0136754;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441176;STB=0.52526;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0292514;OID=.;OPOS=65717525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:11:13:21:15:11:13:21:15 chr17 65822410 . G A 568.09 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0367127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6093;QD=24.9712;RBI=0.0414405;REFB=-0.0151376;REVB=0.0192221;RO=39;SAF=22;SAR=30;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729434;STB=0.539862;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0120327;OID=.;OPOS=65822410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:39:52:52:0.571429:30:22:13:26:30:22:13:26 chr17 65905795 . TGA GTC,TGAA 68.11 PASS AF=0,0.203125;AO=3,14;DP=70;FAO=0,13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=0,10;FSAR=0,3;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00745351,-0.00688245;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=230.232,18.9304;QD=4.25664;RBI=0.0194744,0.0101647;REFB=-0.00243756,-0.0483707;REVB=-0.0179916,0.00748024;RO=51;SAF=0,10;SAR=3,4;SRF=22;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.437527,0.348202;STB=0.5,0.779719;STBP=1,0.033;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.135366;OID=.,.;OPOS=65905795,65905797;OREF=TGA,-;OALT=GTC,A;OMAPALT=GTC,TGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:70:64:51:51:3,14:0,13:0,0.203125:3,4:0,10:22:29:0,3:0,10:21:30 chr17 65978808 . CAAAAAAG CAAAAAG,CAAAAAGT 58.69 PASS AF=0.339623,0;AO=20,2;DP=54;FAO=18,0;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=12,0;FSAR=6,0;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0639261,-0.044948;FXX=0.036357;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.83042,149.421;QD=4.42977;RBI=0.101062,0.0456856;REFB=-0.130516,-0.00510845;REVB=0.0782753,0.00817619;RO=29;SAF=14,2;SAR=6,0;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0.461538,0;SSSB=0.332106,0.521293;STB=0.658051,0.5;STBP=0.113,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.142271,0.1092;OID=.,.;OPOS=65978809,65978814;OREF=A,AG;OALT=-,GT;OMAPALT=CAAAAAG,CAAAAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.339623,0:20,2:54:18,0:53:35:12,0:6,0:15:20:59:29:14,2:6,0:11:18 chr17 65978851 . T G 884.4 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.102349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5822;QD=53.5997;RBI=0.126942;REFB=-0.152914;REVB=0.0750917;RO=3;SAF=33;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016353;STB=0.508668;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00721079;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:66:3:3:63:63:0.954545:30:33:1:2:30:33:1:2 chr17 65988049 . T C 493.15 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0150496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8511;QD=23.766;RBI=0.0235463;REFB=-0.00934117;REVB=0.018109;RO=36;SAF=29;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138996;STB=0.576327;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00711715;OID=.;OPOS=65988049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:18:29:16:20:18:29:16:20 chr17 65989048 . T C 403.68 PASS AF=0.837838;AO=32;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0398741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8895;QD=43.6415;RBI=0.0513928;REFB=-0.138754;REVB=-0.0324234;RO=4;SAF=23;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543668;STB=0.548774;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0184342;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:37:37:4:6:32:31:0.837838:9:23:2:2:8:23:3:3 chr17 66016006 . T C 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=-0.0137863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.296;QD=14.0542;RBI=0.0472876;REFB=-0.0185954;REVB=-0.0452333;RO=35;SAF=15;SAR=10;SRF=30;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298245;STB=0.666556;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0235326;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:10:15:30:5:10:15:30:5 chr17 66016096 . C T 196.45 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0701055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7245;QD=18.2744;RBI=0.0701116;REFB=-0.0194061;REVB=-0.000923644;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348318;STB=0.695087;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.023338;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:19:4:11:9:19:4 chr17 66039350 . A G 269.45 PASS AF=0.333333;AO=35;DP=105;FAO=35;FDP=105;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.0250785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4459;QD=10.2649;RBI=0.0306613;REFB=-0.00904338;REVB=0.0176403;RO=69;SAF=19;SAR=16;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188809;STB=0.603604;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0130222;OID=.;OPOS=66039350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:69:70:35:35:0.333333:16:19:26:43:16:19:27:43 chr17 66195838 . A T 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0041955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.953;QD=25.1494;RBI=0.0139343;REFB=-0.0143805;REVB=-0.0132877;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117731;STB=0.56517;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0123697;OID=.;OPOS=66195838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:14:13:7:14:14:13:7:14 chr17 66246416 . A G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.974;QD=59.5018;RBI=0.00980101;REFB=0;REVB=0.00719611;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03029e-07;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr17 66253095 . T A 201.98 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0125597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.562;QD=21.2615;RBI=0.0213915;REFB=-0.0110009;REVB=0.0173162;RO=18;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142322;STB=0.58056;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0106281;OID=.;OPOS=66253095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:15:5:7:11:15:5:7:11 chr17 66264567 . TTA TAT,T 756.7 PASS AF=0.00507614,0.406091;AO=4,74;DP=97;FAO=1,80;FDP=197;FR=.;FRO=116;FSAF=0,28;FSAR=1,52;FSRF=64;FSRR=52;FWDB=-0.0141906,-0.0748416;FXX=0.0100497;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=36.6215,108.947;QD=15.3645;RBI=0.0519707,0.0764353;REFB=-0.0622409,-0.0601342;REVB=0.0499958,0.0155273;RO=1;SAF=0,28;SAR=4,46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0101746;STB=0.991094,0.621591;STBP=0.262,0.004;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0683114,0.132925;OID=.,.;OPOS=66264568,66264568;OREF=TA,TA;OALT=AT,-;OMAPALT=TAT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00507614,0.406091:4,74:97:1,80:197:116:0,28:1,52:64:52:99:1:0,28:4,46:0:1 chr17 66265162 . G A 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0223799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.005;QD=4.55573;RBI=0.0532905;REFB=-0.00567572;REVB=-0.0483634;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187049;STB=0.635989;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0285264;OID=.;OPOS=66265162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:29:30:7:7:0.189189:3:4:12:17:3:4:12:18 chr17 66267650 . T G 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.000556124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.591;QD=17.2246;RBI=0.00761522;REFB=-0.0126156;REVB=0.00759488;RO=39;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158468;STB=0.50888;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0155921;OID=.;OPOS=66267650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:16:18:20:19:16:18:20:19 chr17 66267691 . A T 417.82 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00947544;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.913;QD=22.2837;RBI=0.0154693;REFB=-0.00908757;REVB=-0.0122277;RO=34;SAF=25;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164105;STB=0.590507;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00615096;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:34:34:41:41:0.546667:16:25:14:20:16:25:14:20 chr17 66270082 . A G 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00926594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.306;QD=23.9648;RBI=0.00940164;REFB=-0.00377801;REVB=0.00159157;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115198;STB=0.564048;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00237388;OID=.;OPOS=66270082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:12:11:6:12:12:11:6:12 chr17 66416357 . C T 226.92 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0151923;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8301;QD=13.3484;RBI=0.0243838;REFB=-0.00406091;REVB=0.0190726;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146908;STB=0.579068;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00671444;OID=.;OPOS=66416357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:39:41:27:27:0.397059:12:15:27:12:12:15:28:13 chr17 66449122 . G A 1767.06 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.645;QD=60.9331;RBI=0.00781799;REFB=0;REVB=0.00617362;RO=0;SAF=50;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21866e-06;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:65:50:0:0:66:50:0:0 chr17 66533655 . A G 820.81 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274471;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.073;QD=57.601;RBI=0.0484353;REFB=0;REVB=-0.0399078;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93217e-05;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr17 66538239 . G T 156.27 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0814274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3125;QD=9.61677;RBI=0.0838608;REFB=-0.0152212;REVB=-0.0200553;RO=44;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184859;STB=0.608594;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0358948;OID=.;OPOS=66538239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:9:12:18:26:9:12:18:26 chr17 66596463 . C T 818.48 PASS AF=0.485549;AO=84;DP=173;FAO=84;FDP=173;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=0.00104898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.816;QD=18.9245;RBI=0.0432911;REFB=-0.00792706;REVB=0.0432784;RO=89;SAF=38;SAR=46;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132904;STB=0.57325;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00956931;OID=.;OPOS=66596463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:89:89:84:84:0.485549:46:38:53:36:46:38:53:36 chr17 66872802 . G C 1891.07 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283078;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4003;QD=61.0023;RBI=0.0339533;REFB=0;REVB=0.0187482;RO=1;SAF=79;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101972;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:125:124:1:0:123:124:1:44:79:1:0:44:80:0:0 chr17 66880538 . C A,CA 40.73 PASS AF=0.01,0.12;AO=6,14;DP=106;FAO=1,12;FDP=100;FR=.;FRO=87;FSAF=0,7;FSAR=1,5;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.0704131,-0.074676;FXX=0.00990001;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=98.5223,88.974;QD=1.62933;RBI=0.074349,0.0763859;REFB=-0.00233859,-0.00413835;REVB=-0.0238698,-0.0160714;RO=85;SAF=2,9;SAR=4,5;SRF=51;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.268268,0.0565353;STB=0.991723,0.502595;STBP=0.259,0.993;TYPE=snp,ins;VARB=0.0824469,0.13028;OID=.,.;OPOS=66880538,66880539;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:106:100:85:87:6,14:1,12:0.01,0.12:4,5:2,9:51:34:1,5:0,7:51:36 chr17 66928460 . T C 334.14 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0209698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3139;QD=19.3703;RBI=0.0539117;REFB=-0.0192654;REVB=-0.0496663;RO=34;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119825;STB=0.506663;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0220538;OID=.;OPOS=66928460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:19:16:16:18:19:16:16:18 chr17 66982447 . C T 249.96 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00827277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.786;QD=18.5154;RBI=0.00828903;REFB=-0.0172216;REVB=0.000518925;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122768;OID=.;OPOS=66982447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:16:11:11:15:16:11:11:16 chr17 67031457 . C T 1012.09 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144701;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.093;QD=59.5347;RBI=0.0146421;REFB=0;REVB=-0.00223804;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000564073;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr17 67039645 . C T 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00171087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5411;QD=19.5221;RBI=0.00203622;REFB=-0.0118844;REVB=-0.00110413;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799787;STB=0.545391;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0109035;OID=.;OPOS=67039645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:4:8:8:6:4:8 chr17 67081830 . T C 288.47 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00295571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.396;QD=13.7364;RBI=0.0336939;REFB=-0.00477059;REVB=0.0335641;RO=51;SAF=10;SAR=23;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106498;STB=0.560937;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0147434;OID=.;OPOS=67081830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:23:10:20:31:23:10:20:31 chr17 67101718 . C T 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.953;QD=62.3143;RBI=0.0415016;REFB=0;REVB=0.0231552;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234982;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr17 67101750 . C T 161.51 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0463403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4206;QD=10.5911;RBI=0.0832062;REFB=-0.00271156;REVB=-0.0691076;RO=40;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805604;STB=0.547125;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00204407;OID=.;OPOS=67101750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:9:12:20:20:9:12:20:20 chr17 67125840 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.034;QD=49.5992;RBI=0.0510552;REFB=0;REVB=0.0491496;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341623;OID=.;OPOS=67125840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr17 67178316 . A G 1127.47 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193695;FXX=0.0512755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.16;QD=60.9445;RBI=0.0330352;REFB=0;REVB=0.026761;RO=0;SAF=20;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786808;OID=.;OPOS=67178316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:53:20:0:0:53:21:0:0 chr17 67210992 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.024;QD=59.0187;RBI=0.0664603;REFB=0;REVB=0.026077;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389396;OID=.;OPOS=67210992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr17 67212031 . A G 741.79 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438378;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.981;QD=57.0604;RBI=0.052628;REFB=0;REVB=0.0291197;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031023;OID=.;OPOS=67212031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr17 67212423 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.58;QD=57.7124;RBI=0.0150748;REFB=0;REVB=0.0132302;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35343e-05;OID=.;OPOS=67212423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr17 67215712 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.52;QD=60.3767;RBI=0.0158383;REFB=0;REVB=0.0127744;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08586e-05;OID=.;OPOS=67215712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr17 67260926 . A G 562.8 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.0183843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5055;QD=18.0096;RBI=0.090109;REFB=-0.0183353;REVB=0.0882137;RO=65;SAF=27;SAR=32;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176865;STB=0.593517;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.022025;OID=.;OPOS=67260926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:66:59:59:0.472:32:27:42:23:32:27:42:24 chr17 67267317 . T C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.000711712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.191;QD=13.753;RBI=0.00414766;REFB=-0.0144804;REVB=0.00408614;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484479;STB=0.528346;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.040462;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:4:11:16:7:4:11:16:7 chr17 67273882 . C A 1773.91 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199744;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.473;QD=60.6463;RBI=0.0215112;REFB=-0.111086;REVB=0.00798447;RO=0;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674295;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:117:117:0:0:117:117:1:69:48:0:0:69:48:0:0 chr17 67513003 . C A 1154.73 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168639;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.739;QD=60.7753;RBI=0.0330131;REFB=0;REVB=0.0283808;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139831;OID=.;OPOS=67513003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:74:76:1:43:31:0:0:44:32:0:0 chr17 67513055 . A G 942.79 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0511384;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.716;QD=53.1148;RBI=0.0521367;REFB=-0.0111125;REVB=0.0101541;RO=1;SAF=27;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171796;STB=0.508985;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=6.65074e-05;OID=.;OPOS=67513055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:1:4:67:67:0.943662:40:27:1:0:40:27:1:3 chr17 67982157 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.049;QD=57.1062;RBI=0.0263528;REFB=0;REVB=0.00936896;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16455e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr17 68131048 . T G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00276094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0659;QD=16.8984;RBI=0.00666242;REFB=0.00767072;REVB=-0.00606343;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34303;STB=0.705371;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00443342;OID=.;OPOS=68131048;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:9:1:3:6:9:1:3:6 chr17 68131526 . C T 194.08 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0478198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9166;QD=16.8769;RBI=0.0788055;REFB=-0.0131799;REVB=-0.0626384;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109514;STB=0.554399;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0112018;OID=.;OPOS=68131526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:14:6:10:15:14:6:10:16 chr17 68172326 . C T 179.51 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0420128;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.848;QD=21.7591;RBI=0.0446271;REFB=0.0285548;REVB=0.01505;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149652;STB=0.599891;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00628893;OID=.;OPOS=68172326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:15:18:18:0.545455:8:10:6:10:8:10:5:10 chr17 68173731 . A G 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.000831778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.679;QD=16.1049;RBI=0.0437011;REFB=-0.0226804;REVB=0.0436932;RO=22;SAF=3;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251371;STB=0.646863;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0393272;OID=.;OPOS=68173731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:14:3:8:14:14:3:8:14 chr17 70943990 . T C 769.95 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042367;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4414;QD=64.1627;RBI=0.0326016;REFB=0;REVB=0.0323251;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83021e-05;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr17 71166701 . A G 435.06 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00826039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6616;QD=16.4172;RBI=0.0216671;REFB=0.00252223;REVB=-0.0200307;RO=56;SAF=26;SAR=22;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465313;STB=0.534222;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0046458;OID=.;OPOS=71166701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:58:48:48:0.45283:22:26:33:23:22:26:35:23 chr17 71167102 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0238661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5932;QD=15.7002;RBI=0.0248609;REFB=0.0202346;REVB=0.00696207;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375681;STB=0.52171;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0224328;OID=.;OPOS=71167102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:5:10:12:7:5:10:12:7 chr17 71167541 . G A 92.35 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0417472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4027;QD=18.4702;RBI=0.0589466;REFB=0.00158058;REVB=0.0416158;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576918;STB=0.533271;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00191861;OID=.;OPOS=71167541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:6:3:3:8:6:3 chr17 71232687 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00802131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.939;QD=11.9196;RBI=0.0326329;REFB=-0.0202748;REVB=0.0316317;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0232418;OID=.;OPOS=71232687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:6:7:0.4375:4:2:3:6:5:2:3:6 chr17 71232804 . C A 893.98 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0350369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.41;QD=55.0144;RBI=0.0511189;REFB=-0.0299128;REVB=-0.0372231;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51562;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00279933;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:0:2:62:63:0.969231:32:30:0:0:32:31:2:0 chr17 71232807 . T C 297.26 PASS AF=0.492308;AO=33;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0223168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.012;QD=18.2931;RBI=0.07852;REFB=0.0116863;REVB=-0.0752818;RO=31;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817155;STB=0.554879;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00584653;OID=.;OPOS=71232807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:33:33:32:0.492308:15:18:14:17:14:18:15:18 chr17 71232881 . G C 357.31 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0308174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9496;QD=16.8145;RBI=0.0390802;REFB=-0.0109159;REVB=0.0240323;RO=47;SAF=22;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068109;STB=0.538248;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0129164;OID=.;OPOS=71232881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:16:22:24:23:16:22:24:23 chr17 71233130 . A G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0447915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.741;QD=19.6682;RBI=0.044845;REFB=-0.0203488;REVB=-0.00219096;RO=19;SAF=2;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474442;STB=0.775575;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0586015;OID=.;OPOS=71233130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:17:2:9:10:17:2:9:10 chr17 71238433 . G A 663.36 PASS AF=0.464052;AO=70;DP=153;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0155048;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.221;QD=17.3426;RBI=0.015512;REFB=-0.00648468;REVB=-0.000475381;RO=81;SAF=34;SAR=36;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197823;STB=0.517859;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00826929;OID=.;OPOS=71238433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:81:82:70:71:0.464052:36:34:41:40:37:34:42:40 chr17 71239087 . G T 561.3 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=0.00313191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.211;QD=19.3552;RBI=0.00458517;REFB=-0.0115965;REVB=-0.00334887;RO=58;SAF=28;SAR=30;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186769;STB=0.602803;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0112216;OID=.;OPOS=71239087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:58:58:58:0.5:30:28:40:18:30:28:40:18 chr17 71239215 . AA TT 282.08 PASS AF=0.625;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0028376;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=2;MLLD=236.266;QD=28.2077;RBI=0.00744601;REFB=0.00170663;REVB=-0.00688412;RO=13;SAF=20;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973405;STB=0.60265;STBP=0.135;TYPE=mnp;VARB=-0.00181591;OID=.;OPOS=71239215;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:13:15:25:25:0.625:5:20:9:4:5:20:9:6 chr17 71244630 . C T 882.04 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158449;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.534;QD=57.8388;RBI=0.0270987;REFB=0;REVB=0.0219836;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010532;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:33:27:0:0:33:28:0:0 chr17 71365314 . A G 1415.38 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.643;QD=62.9056;RBI=0.0263907;REFB=0;REVB=0.00516825;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61066e-05;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:57:33:0:0:57:33:0:0 chr17 71410891 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00492842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.445;QD=15.6261;RBI=0.00505701;REFB=-0.00153565;REVB=-0.00113315;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119036;STB=0.568647;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0032382;OID=.;OPOS=71410891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:13:14:12:7:13:14 chr17 71468267 . G A 150.47 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00186194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.648;QD=12.2829;RBI=0.0418003;REFB=-0.00362419;REVB=0.0417588;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517221;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00864508;OID=.;OPOS=71468267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:32:32:16:17:0.346939:9:7:14:18:10:7:14:18 chr17 71503636 . T C 399.37 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0114772;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.516;QD=18.1531;RBI=0.0177852;REFB=0.000277803;REVB=0.0135863;RO=45;SAF=26;SAR=15;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120112;STB=0.509799;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000741816;OID=.;OPOS=71503636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:47:41:41:0.465909:15:26:28:17:15:26:29:18 chr17 71746427 . G A 169.24 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0122459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2061;QD=10.7455;RBI=0.0312281;REFB=-0.00532502;REVB=0.0287268;RO=39;SAF=13;SAR=8;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057239;STB=0.501556;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0036205;OID=.;OPOS=71746427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:41:21:22:0.349206:8:13:26:13:8:14:26:15 chr17 71746435 . C T 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0310312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.051;QD=12.0972;RBI=0.0372823;REFB=-0.00710692;REVB=-0.0206648;RO=46;SAF=17;SAR=10;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243358;STB=0.514028;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00843926;OID=.;OPOS=71746435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:10:17:28:18:10:17:28:18 chr17 71746479 . C G 437.42 PASS AF=0.457143;AO=47;DP=104;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0141263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1469;QD=16.6636;RBI=0.0204199;REFB=-0.0175925;REVB=-0.0147452;RO=57;SAF=21;SAR=26;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609929;STB=0.527435;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0160931;OID=.;OPOS=71746479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:57:57:47:48:0.457143:26:21:29:28:26:22:29:28 chr17 71746508 . T C 539.1 PASS AF=0.464;AO=56;DP=123;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0193568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.619;QD=17.2512;RBI=0.0195406;REFB=-0.0101032;REVB=-0.00267348;RO=67;SAF=29;SAR=27;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101704;STB=0.505244;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0117733;OID=.;OPOS=71746508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:67:67:56:58:0.464:27:29:34:33:28:30:34:33 chr17 71746796 . A G 181.13 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0129974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9099;QD=11.3208;RBI=0.0294551;REFB=0.0111899;REVB=-0.0264323;RO=41;SAF=13;SAR=10;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319615;STB=0.518553;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0149582;OID=.;OPOS=71746796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:10:13:22:19:10:13:22:19 chr17 71747278 . G C 2236.45 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.933;QD=62.9987;RBI=0.0194492;REFB=0;REVB=-0.00264115;RO=0;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344289;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:140:142:1:69:71:0:0:69:73:0:0 chr17 71747323 . T C 1341.12 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.674;QD=61.6607;RBI=0.0374105;REFB=0;REVB=0.0281541;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36107e-05;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:87:0:0:80:87:1:40:40:0:0:44:43:0:0 chr17 71747336 . G A 1306.51 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343051;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5062;QD=62.2146;RBI=0.0738347;REFB=0;REVB=0.0653813;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616542;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:82:84:1:40:42:0:0:41:43:0:0 chr17 71747394 . C T 1205.23 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0235772;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.9184;QD=58.7919;RBI=0.0237423;REFB=-0.19135;REVB=0.00279471;RO=2;SAF=35;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00292981;STB=0.501548;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00169722;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:45:35:1:1:45:35:1:1 chr17 71747397 . G A 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9762;QD=61.8503;RBI=0.0218263;REFB=0;REVB=0.0045794;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45925e-05;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr17 71747473 . A G 366.27 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0682219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.244;QD=17.2362;RBI=0.0684617;REFB=-0.00972704;REVB=-0.00572499;RO=46;SAF=17;SAR=21;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198054;STB=0.602099;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0264849;OID=.;OPOS=71747473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:46:46:38:39:0.458824:21:17:30:16:21:18:30:16 chr17 71752500 . C CT 1565.19 PASS AF=1;AO=101;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294205;FXX=0.0186898;HRUN=0;LEN=1;MLLD=197.267;QD=59.6265;RBI=0.0333948;REFB=0;REVB=0.0158002;RO=4;SAF=50;SAR=51;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.55727e-05;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:101:107:105:105:0:50:55:0:0:9:4:50:51:1:3 chr17 72209858 . A G 1320.7 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0678646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.863;QD=62.1507;RBI=0.0681607;REFB=0;REVB=-0.00634627;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211207;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:54:31:0:0:54:31:0:0 chr17 72301432 . A G 214.35 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0299996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.097;QD=12.7971;RBI=0.0345899;REFB=-0.00929206;REVB=-0.0172188;RO=41;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112524;STB=0.564655;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0138565;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:10:16:21:20:10:16:21:20 chr17 72303394 . C T 1219.77 PASS AF=0.614525;AO=108;DP=176;FAO=110;FDP=179;FR=.;FRO=69;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00717761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5972;QD=27.2575;RBI=0.0073781;REFB=-0.0137531;REVB=-0.0017083;RO=67;SAF=44;SAR=64;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072266;STB=0.536691;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0173883;OID=.;OPOS=72303394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:179:67:69:108:110:0.614525:64:44:34:33:66:44:34:35 chr17 72303449 . G A 1162.2 PASS AF=0.563158;AO=107;DP=191;FAO=107;FDP=190;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=71;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.0032774;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.28;QD=24.4674;RBI=0.0181557;REFB=-0.0253216;REVB=0.0178574;RO=80;SAF=36;SAR=71;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964553;STB=0.557147;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0168576;OID=.;OPOS=72303449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:80:83:107:107:0.563158:71:36:36:44:71:36:38:45 chr17 72305534 . C T 737.9 PASS AF=0.533835;AO=71;DP=134;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.00430092;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.59;QD=22.1924;RBI=0.0096888;REFB=-0.0191246;REVB=-0.00868187;RO=61;SAF=30;SAR=41;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685185;STB=0.540529;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0185293;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:61:62:71:71:0.533835:41:30:21:40:41:30:21:41 chr17 72305688 . T C 303.61 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0413321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.3113;QD=26.401;RBI=0.041471;REFB=-0.0142622;REVB=0.00339146;RO=19;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124749;STB=0.568832;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0117863;OID=.;OPOS=72305688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:14:13:6:13:14:13:6:13 chr17 72308319 . G A 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5641;QD=58.5956;RBI=0.0490332;REFB=0;REVB=0.0334436;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398926;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr17 72346855 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.763;QD=56.1915;RBI=0.015217;REFB=0;REVB=0.0138096;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09729e-05;OID=.;OPOS=72346855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr17 72349067 . C T 888.12 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0587966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.153;QD=56.3885;RBI=0.104057;REFB=-0.0522689;REVB=0.085854;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132969;STB=0.50704;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00061444;OID=.;OPOS=72349067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:35:26:0:1:35:27:0:1 chr17 72350412 . G A 393.85 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00280115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3345;QD=25.4098;RBI=0.0422615;REFB=-0.0521469;REVB=0.0421686;RO=24;SAF=14;SAR=24;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036228;STB=0.519845;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0325364;OID=.;OPOS=72350412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:24:14:10:14:24:14:10:14 chr17 72351761 . A G 1469.12 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.983;QD=63.1881;RBI=0.0161847;REFB=0;REVB=0.0158446;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21596e-06;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:54:38:0:0:55:38:0:0 chr17 72366695 . C A 777.45 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8619;QD=53.6172;RBI=0.0204045;REFB=-0.183624;REVB=-0.00861251;RO=2;SAF=37;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115972;STB=0.506664;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00983113;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:58:58:2:1:56:57:0.982759:19:37:1:1:20:37:1:0 chr17 72368550 . T C 749.58 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00196939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4294;QD=54.5147;RBI=0.0142507;REFB=-0.0799097;REVB=0.014114;RO=1;SAF=5;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853014;STB=0.538446;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0015559;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:55:1:1:53:54:0.981818:48:5:1:0:48:6:1:0 chr17 72439700 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.65;QD=44.6898;RBI=0.0358189;REFB=0;REVB=0.0148779;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8378e-05;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr17 72439773 . AGG A,AG 490.04 PASS AF=1,0;AO=30,10;DP=58;FAO=60,0;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172739,0.343543;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=11.7868,6.42582;QD=32.669;RBI=0.173634,0.345266;REFB=0,0;REVB=-0.0176026,-0.0344469;RO=2;SAF=16,8;SAR=14,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.414179,0.414179;SSEP=0,0;SSSB=-0.0547702,-0.0994744;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0176739,-0.0128425;OID=.,.;OPOS=72439774,72439774;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:30,10:58:60,0:60:0:38,0:22,0:0:0:10:2:16,8:14,2:2:0 chr17 72439808 . TGG TG,TGT 1853.42 PASS AF=0.984375,0.015625;AO=117,7;DP=129;FAO=126,2;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=47,2;FSAR=79,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.191257,-0.0884036;FXX=0.00775134;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.2858,9.99155;QD=57.9195;RBI=0.195831,0.0889122;REFB=0,0;REVB=-0.0420782,-0.00949631;RO=0;SAF=38,7;SAR=79,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.49722e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00288622,0.119098;OID=.,.;OPOS=72439809,72439810;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.984375,0.015625:117,7:129:126,2:128:0:47,2:79,0:0:0:3:0:38,7:79,0:0:0 chr17 72537878 . G A 93.38 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.073434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.852;QD=9.82984;RBI=0.0754421;REFB=-0.00559165;REVB=0.0172905;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950042;STB=0.557426;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00743005;OID=.;OPOS=72537878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:7:5:13:13:7:5:13:13 chr17 72584704 . T C 272.59 PASS AF=0.430556;AO=29;DP=70;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00208233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.175;QD=15.1437;RBI=0.0262605;REFB=-0.0240024;REVB=0.0261778;RO=40;SAF=10;SAR=19;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307899;STB=0.63885;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0467843;OID=.;OPOS=72584704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:40:41:29:31:0.430556:19:10:26:14:19:12:26:15 chr17 72588326 . A C 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00779766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.666;QD=19.9055;RBI=0.0216573;REFB=-0.0174539;REVB=0.0202049;RO=28;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109016;STB=0.50606;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0159745;OID=.;OPOS=72588326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:17:14:13:15:17:14:13:15 chr17 72589196 . T C 84.32 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0337727;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.231;QD=10.5398;RBI=0.0393746;REFB=0.00242155;REVB=0.0202426;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126689;STB=0.576329;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00326827;OID=.;OPOS=72589196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:10:11:7:4:10:11 chr17 72589264 . G T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00788945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.166;QD=9.11039;RBI=0.00797238;REFB=-0.0186658;REVB=-0.00114687;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469885;STB=0.583131;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0401092;OID=.;OPOS=72589264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:9:8:0.333333:4:5:9:6:4:4:10:6 chr17 72590267 . T C 303.51 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0154334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.919;QD=22.0731;RBI=0.016266;REFB=-0.0213333;REVB=0.0051374;RO=24;SAF=8;SAR=23;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149382;STB=0.583042;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00777204;OID=.;OPOS=72590267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:23:8:10:14:23:8:10:14 chr17 72608834 . G A 313.22 PASS AF=0.465753;AO=31;DP=70;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0104854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.611;QD=17.1626;RBI=0.0147226;REFB=-0.0126409;REVB=0.010335;RO=38;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170282;STB=0.50286;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0140781;OID=.;OPOS=72608834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:38:39:31:34:0.465753:13:18:22:16:15:19:22:17 chr17 72610089 . C T 374.39 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.00789399;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.664;QD=17.828;RBI=0.0200364;REFB=-0.00918015;REVB=0.0184159;RO=43;SAF=14;SAR=25;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344982;STB=0.528288;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0122523;OID=.;OPOS=72610089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:43:45:39:39:0.464286:25:14:14:29:25:14:14:31 chr17 72613589 . T G 98.98 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0325655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.554;QD=14.1399;RBI=0.050039;REFB=-0.00164255;REVB=-0.037992;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415342;STB=0.715593;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00125766;OID=.;OPOS=72613589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:15:16:12:12:0.428571:5:7:2:13:5:7:3:13 chr17 72615293 . C T 73.79 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0659273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8365;QD=9.83811;RBI=0.0663088;REFB=-0.016021;REVB=-0.00710275;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.032396;OID=.;OPOS=72615293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:10:10:5:5:10:10 chr17 72700943 . A G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00787592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.925;QD=19.3686;RBI=0.0251739;REFB=-0.0630811;REVB=-0.0239102;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207621;STB=0.620002;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0488567;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:3:4:3:7:3:4 chr17 72733462 . G GC 30.13 PASS AF=0.1625;AO=16;DP=80;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0812969;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.3011;QD=1.50633;RBI=0.0846348;REFB=-0.0454498;REVB=-0.0235344;RO=64;SAF=6;SAR=10;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611984;STB=0.549632;STBP=0.739;TYPE=ins;VARB=0.178201;OID=.;OPOS=72733463;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1625:16:80:13:80:67:6:7:27:40:30:64:6:10:27:37 chr17 72740598 . G A 149.35 PASS AF=0.350877;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.181548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6423;QD=10.4808;RBI=0.183259;REFB=-0.0418441;REVB=-0.0249826;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740487;STB=0.629079;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.070482;OID=.;OPOS=72740598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:37:19:20:0.350877:14:5:9:19:14:6:18:19 chr17 72784932 . G A 266.27 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00425717;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.916;QD=20.0957;RBI=0.0871811;REFB=-0.0165;REVB=0.0870771;RO=24;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296995;STB=0.507437;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0249492;OID=.;OPOS=72784932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:25:28:28:0.528302:15:13:12:12:15:13:12:13 chr17 72851239 . G A 56.8 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0559404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3331;QD=11.9579;RBI=0.0676118;REFB=-0.0434474;REVB=0.037974;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270467;STB=0.650717;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0235022;OID=.;OPOS=72851239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:7:1:3:7:7:1:3:8 chr17 72860654 . G A 472.86 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00592363;FXX=0.0192289;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.503;QD=18.5435;RBI=0.0290943;REFB=-0.0241286;REVB=-0.0284848;RO=51;SAF=25;SAR=25;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044688;STB=0.5196;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0227921;OID=.;OPOS=72860654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:52:50:50:0.490196:25:25:28:23:25:25:28:24 chr17 72877212 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00927496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.253;QD=15.1663;RBI=0.0174109;REFB=-0.0151429;REVB=-0.0147348;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168441;STB=0.596776;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0206808;OID=.;OPOS=72877212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:14:6:7:8:14:6 chr17 72889685 . G A 634.35 PASS AF=0.533898;AO=36;DP=123;FAO=63;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=53;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=55;FWDB=0.080101;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.476;QD=21.5035;RBI=0.083683;REFB=-0.00686452;REVB=-0.0242216;RO=68;SAF=26;SAR=10;SRF=14;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54093;STB=0.866559;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0125635;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:118:68:55:36:63:0.533898:10:26:14:54:10:53:0:55 chr17 72889696 . A G 446.27 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=53;FWDB=-0.0655438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8854;QD=18.2149;RBI=0.0711711;REFB=-0.00206584;REVB=-0.0277369;RO=49;SAF=40;SAR=5;SRF=0;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.755699;STB=0.920477;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00548555;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:49:53:45:45:0.459184:5:40:0:49:5:40:0:53 chr17 72927123 . G T 344.68 PASS AF=0.5;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0424417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.115;QD=19.1487;RBI=0.0449535;REFB=-0.00493379;REVB=0.014816;RO=35;SAF=2;SAR=34;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.643738;STB=0.867076;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.004396;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:36:36:36:0.5:34:2:18:17:34:2:18:18 chr17 72937605 . G A 360.49 PASS AF=0.571429;AO=34;DP=62;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0166807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.597;QD=22.8883;RBI=0.0234049;REFB=-0.0182983;REVB=-0.0164178;RO=27;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509841;STB=0.527935;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0162302;OID=.;OPOS=72937605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:27:27:34:36:0.571429:16:18:16:11:17:19:16:11 chr17 72937851 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5648;QD=63.582;RBI=0.0454361;REFB=0;REVB=0.0419069;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540233;OID=.;OPOS=72937851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr17 72938100 . T C 785.71 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.764;QD=64.1393;RBI=0.0221085;REFB=0;REVB=0.0189247;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80844e-05;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:27:22:0:0 chr17 72939446 . C T 77.92 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.016637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.578;QD=14.1677;RBI=0.0166438;REFB=-0.0072058;REVB=0.000478153;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277947;STB=0.658282;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00589472;OID=.;OPOS=72939446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:1:11:7:3:1:11 chr17 72948369 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2531;QD=63.8715;RBI=0.0479266;REFB=0;REVB=0.0468461;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425736;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr17 72949146 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0138005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.25;QD=15.9167;RBI=0.0163112;REFB=-0.0135182;REVB=-0.00869489;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121144;STB=0.569728;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0154729;OID=.;OPOS=72949146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:5:10:7:6:5:10 chr17 72949167 . T C 110.91 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00950089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.562;QD=19.2878;RBI=0.00950966;REFB=-0.0310304;REVB=-0.000408143;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090647;STB=0.551643;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0415606;OID=.;OPOS=72949167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:5:5:8:5:5:5 chr17 72949649 . C T 486.82 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00897029;FXX=0.0404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.419;QD=20.4976;RBI=0.0241588;REFB=-0.0284199;REVB=0.0224317;RO=45;SAF=24;SAR=23;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192337;STB=0.505374;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0319823;OID=.;OPOS=72949649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:95:45:48:47:47:0.494737:23:24:22:23:23:24:24:24 chr17 72952017 . A G 723.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.18;QD=56.7127;RBI=0.0189046;REFB=0;REVB=-0.00708712;RO=0;SAF=9;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78702e-05;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:41:9:0:0:42:9:0:0 chr17 72999895 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0110433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.019;QD=20.0171;RBI=0.0258785;REFB=-0.0261217;REVB=0.0234039;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327536;STB=0.518498;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0200397;OID=.;OPOS=72999895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:11:6:7:11:11:6 chr17 73008804 . G C 78.84 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0001123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.889;QD=15.0181;RBI=0.0291816;REFB=-0.032885;REVB=0.0291814;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259257;STB=0.666349;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0507917;OID=.;OPOS=73008804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:11:11:9:10:0.47619:5:4:8:3:6:4:8:3 chr17 73037868 . C G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0185292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.584;QD=18.645;RBI=0.0259721;REFB=-0.00645725;REVB=0.0181994;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120721;STB=0.552995;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00347633;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:5:9:6:6:5:9:7:6 chr17 73038746 . T C 478.72 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.00424724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.47;QD=19.9465;RBI=0.00601265;REFB=0.00102231;REVB=-0.00425593;RO=49;SAF=19;SAR=28;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116411;STB=0.56433;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000832881;OID=.;OPOS=73038746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:28:19:14:35:28:19:14:35 chr17 73059820 . C G 640.12 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0202648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.313;QD=22.265;RBI=0.0411463;REFB=-0.0228272;REVB=0.03581;RO=52;SAF=25;SAR=38;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225027;STB=0.512331;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0202856;OID=.;OPOS=73059820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:52:52:63:63:0.547826:38:25:22:30:38:25:22:30 chr17 73060073 . T C 219.18 PASS AF=0.40625;AO=24;DP=62;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.00605446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.611;QD=13.6989;RBI=0.0346919;REFB=-0.00852859;REVB=0.0341595;RO=37;SAF=3;SAR=21;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224394;STB=0.638763;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0114699;OID=.;OPOS=73060073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:37:38:24:26:0.40625:21:3:9:28:23:3:9:29 chr17 73060111 . G A 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0132984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5327;QD=18.6422;RBI=0.0315864;REFB=0.0130609;REVB=0.0286506;RO=24;SAF=1;SAR=20;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27523;STB=0.660962;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0326602;OID=.;OPOS=73060111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:20:1:3:21:20:1:3:21 chr17 73085975 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.023948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.62;QD=19.5232;RBI=0.0317704;REFB=-0.0195032;REVB=0.0208771;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121546;STB=0.569516;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00797168;OID=.;OPOS=73085975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:5:7:10:4:5:7 chr17 73086024 . G C 110.25 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00127932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.092;QD=15.2067;RBI=0.0100629;REFB=-0.0112471;REVB=0.00998127;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245241;STB=0.621135;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0117961;OID=.;OPOS=73086024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:7:5:3:13:8:5:3:13 chr17 73110279 . C T 347.69 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.00981445;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.825;QD=16.9606;RBI=0.013779;REFB=-0.00889758;REVB=0.00967151;RO=44;SAF=13;SAR=24;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357227;STB=0.524565;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0102495;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:45:37:37:0.45122:24:13:14:30:24:13:14:31 chr17 73124773 . A C 135.34 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0425194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9135;QD=8.32864;RBI=0.0736798;REFB=-0.00576125;REVB=-0.0601732;RO=44;SAF=9;SAR=10;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270271;STB=0.654802;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0105697;OID=.;OPOS=73124773;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:46:19:19:0.292308:10:9:31:13:10:9:32:14 chr17 73127217 . G C 109.34 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.026214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3607;QD=14.1082;RBI=0.0983477;REFB=0.0140679;REVB=0.0947897;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105263;STB=0.576797;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.013018;OID=.;OPOS=73127217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:18:18:12:13:0.419355:9:3:6:12:10:3:6:12 chr17 73221439 . C T 1102.05 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142741;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.483;QD=60.3865;RBI=0.0200988;REFB=0;REVB=0.0141496;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39733e-05;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr17 73222847 . C T 725.76 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.736;QD=63.1092;RBI=0.0257398;REFB=0;REVB=0.0181202;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96852e-07;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:25:21:0:0 chr17 73222865 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.165;QD=60.9786;RBI=0.032655;REFB=0;REVB=0.0198262;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64833e-05;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr17 73230856 . C T 1972.71 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246298;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.912;QD=62.1326;RBI=0.0279395;REFB=0;REVB=0.0131905;RO=0;SAF=58;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374838;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:69:58:0:0:69:58:0:0 chr17 73257986 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.563;QD=43.486;RBI=0.0384814;REFB=0;REVB=0.0303976;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365246;OID=.;OPOS=73257986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr17 73258479 . C T 740.79 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175835;FXX=0.0188644;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.974;QD=56.9839;RBI=0.0567858;REFB=0;REVB=0.0567586;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36465e-05;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:53:52:1:28:25:0:0:28:24:0:0 chr17 73269530 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7489;QD=57.177;RBI=0.0315276;REFB=0;REVB=-0.0233278;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00049966;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr17 73269676 . C T 885.27 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.896;QD=58.0501;RBI=0.0728557;REFB=0;REVB=0.00288498;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300574;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr17 73279624 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.11;QD=62.3508;RBI=0.0312925;REFB=0;REVB=-0.00262606;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53566e-05;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr17 73315368 . C T 963.25 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00102175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.281;QD=55.8405;RBI=0.0283736;REFB=0.0444922;REVB=0.0283552;RO=2;SAF=47;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142712;STB=0.507666;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00192599;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:69:2:2:66:67:0.971014:19:47:1:1:19:48:1:1 chr17 73389665 . G A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0308645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.699;QD=13.8996;RBI=0.0321607;REFB=-0.0146917;REVB=0.00903833;RO=34;SAF=5;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287839;STB=0.666513;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0277125;OID=.;OPOS=73389665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:19:5:15:19:19:5:15:19 chr17 73402246 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.38;QD=40.7629;RBI=0.0544798;REFB=0;REVB=-0.0463445;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010479;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr17 73488794 . C T 813.45 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.428;QD=55.1494;RBI=0.0322331;REFB=-0.114603;REVB=0.00644445;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154619;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000891473;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:27:30:1:0:28:30:1:0 chr17 73488812 . C T 330.61 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0657427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.273;QD=23.615;RBI=0.0695371;REFB=-0.0301752;REVB=0.0226564;RO=23;SAF=19;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169182;STB=0.593055;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0182863;OID=.;OPOS=73488812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:14:19:8:15:14:19:8:15 chr17 73491673 . A AC 33.55 PASS AF=0.172414;AO=14;DP=88;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.00536446;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.8216;QD=1.54271;RBI=0.074464;REFB=-0.0120025;REVB=-0.0742705;RO=72;SAF=1;SAR=13;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592639;STB=0.911355;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.147015;OID=.;OPOS=73491674;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.172414:14:88:15:87:72:1:14:36:36:33:72:1:13:36:36 chr17 73495692 . C G 1285.54 PASS AF=1;AO=58;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.265129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.6531;QD=59.1053;RBI=0.266045;REFB=0;REVB=0.0220514;RO=0;SAF=9;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84053e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00468014;OID=.;OPOS=73495692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:58:87:1:49:9:0:0:52:35:0:0 chr17 73498483 . T C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0420062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.281;QD=9.19978;RBI=0.0570048;REFB=-0.0193379;REVB=-0.0385361;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428566;STB=0.749498;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0373624;OID=.;OPOS=73498483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:1:12:4:3:1:12 chr17 73498623 . A G 731.32 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185308;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.981;QD=63.593;RBI=0.139106;REFB=0;REVB=-0.137866;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477499;OID=.;OPOS=73498623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr17 73518203 . G C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.979;QD=57.0008;RBI=0.0155086;REFB=0;REVB=0.0130571;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15846e-05;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr17 73518284 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.995;QD=58.142;RBI=0.0464517;REFB=0;REVB=0.0440258;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735676;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr17 73519413 . C T 774.75 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.086084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.4458;QD=55.3389;RBI=0.11015;REFB=-0.102018;REVB=0.0687207;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209328;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367769;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:56:1:0:53:56:1:31:22:1:0:31:25:0:0 chr17 73552185 . G A 227.35 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554791;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2433;QD=50.5213;RBI=0.0769594;REFB=0;REVB=0.0533368;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188964;OID=.;OPOS=73552185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr17 73586233 . C G 586.48 PASS AF=0.425806;AO=66;DP=156;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=-0.0323267;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3564;QD=15.135;RBI=0.032566;REFB=-0.0216566;REVB=0.00394053;RO=89;SAF=36;SAR=30;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05211;STB=0.529123;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0344029;OID=.;OPOS=73586233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:89:89:66:66:0.425806:30:36:53:36:30:36:53:36 chr17 73587268 . C T 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0332893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4875;QD=18.2481;RBI=0.0339025;REFB=-0.0159814;REVB=0.00641915;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564475;STB=0.51849;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.03602;OID=.;OPOS=73587268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:7:6:5:6:7:6:6:6 chr17 73587784 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.592;QD=60.5473;RBI=0.0160249;REFB=0;REVB=0.0119896;RO=0;SAF=25;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.354e-07;OID=.;OPOS=73587784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:50:25:0:0:50:25:0:0 chr17 73588058 . G T 492.95 PASS AF=0.698413;AO=43;DP=63;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0477571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5296;QD=31.2987;RBI=0.0812377;REFB=-0.000153628;REVB=-0.0657177;RO=20;SAF=20;SAR=23;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204744;STB=0.501084;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00148764;OID=.;OPOS=73588058;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:20:19:43:44:0.698413:23:20:10:10:23:21:9:10 chr17 73588067 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1297;QD=58.9623;RBI=0.0410082;REFB=0;REVB=-0.00548411;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352195;OID=.;OPOS=73588067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr17 73590817 . C T 185.86 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0227351;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0933;QD=12.1875;RBI=0.024153;REFB=-0.00627896;REVB=-0.00815374;RO=38;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308184;STB=0.67665;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00440783;OID=.;OPOS=73590817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:38:23:23:0.377049:9:14:12:26:9:14:12:26 chr17 73590830 . T G 190.91 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0245668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.343;QD=11.5705;RBI=0.0400481;REFB=-0.0084754;REVB=-0.0316279;RO=42;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311208;STB=0.679852;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0205381;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:8:16:16:26:8:16:16:26 chr17 73590855 . G A 186.15 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0266574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.254;QD=10.4872;RBI=0.0284244;REFB=-0.0117098;REVB=-0.0098654;RO=46;SAF=17;SAR=7;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357304;STB=0.713942;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0522689;OID=.;OPOS=73590855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:46:47:24:24:0.338028:7:17:18:28:7:17:18:29 chr17 73597544 . A G 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.051219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7309;QD=12.2754;RBI=0.0540362;REFB=-0.000612888;REVB=-0.01722;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425208;STB=0.524971;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0023793;OID=.;OPOS=73597544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:7:10:20:12:7:10:20:12 chr17 73602081 . G A 166.73 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.000439681;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6602;QD=21.5141;RBI=0.0712946;REFB=-0.0135884;REVB=0.0712933;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174678;STB=0.632027;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0134002;OID=.;OPOS=73602081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:12:14:17:17:0.548387:11:6:7:5:11:6:9:5 chr17 73609112 . G A 150.42 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00390797;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8315;QD=18.2332;RBI=0.100409;REFB=-0.0335905;REVB=0.100332;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596367;STB=0.545399;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0376261;OID=.;OPOS=73609112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:17:16:16:0.484848:10:6:5:11:10:6:5:12 chr17 73609139 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0187345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.982;QD=17.1565;RBI=0.0194942;REFB=-0.0232003;REVB=0.00538907;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278045;STB=0.515905;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0356842;OID=.;OPOS=73609139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:10:10:9:8:10:10 chr17 73612642 . A AT 271.76 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603785;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.9615;QD=43.4815;RBI=0.211816;REFB=0;REVB=0.203028;RO=3;SAF=19;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0129966;OID=.;OPOS=73612643;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:26:25:25:0:20:5:0:0:5:3:19:3:2:1 chr17 73625430 . G A 806.08 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0376305;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2;QD=55.5914;RBI=0.0570777;REFB=-0.142756;REVB=0.0429164;RO=1;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129222;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00265389;OID=.;OPOS=73625430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:36:21:0:1:36:21:0:1 chr17 73625478 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.359;QD=59.8557;RBI=0.0276551;REFB=0;REVB=0.0064798;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50611e-05;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:40:30:0:0:40:31:0:0 chr17 73627539 . T C 388.43 PASS AF=0.6;AO=33;DP=59;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0154251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5188;QD=23.9034;RBI=0.0550996;REFB=-0.0142642;REVB=0.0528964;RO=25;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106507;STB=0.551973;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.013165;OID=.;OPOS=73627539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:65:25:26:33:39:0.6:19:14:14:11:23:16:14:12 chr17 73627565 . A G 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7011;QD=57.7092;RBI=0.0734949;REFB=0;REVB=-0.042989;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000636617;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr17 73698557 . C T 920.08 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.915;QD=58.4179;RBI=0.0233845;REFB=0;REVB=0.00936676;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117768;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:30:32:0:0:30:33:0:0 chr17 73732428 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.000783471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.948;QD=12.7298;RBI=0.00613443;REFB=-0.0250514;REVB=-0.00608419;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453824;STB=0.764191;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0310244;OID=.;OPOS=73732428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:10:2:6:3:10:2 chr17 73760820 . G A 126.68 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00442803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.7933;QD=15.3554;RBI=0.0334158;REFB=-0.0427719;REVB=0.0331211;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331196;STB=0.506321;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0737076;OID=.;OPOS=73760820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:9:5:7:11:9:6:7:11 chr17 73812909 . A G 4452.1 PASS AF=0.990164;AO=265;DP=309;FAO=302;FDP=305;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=160;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314185;FXX=0.0129446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5682;QD=58.3881;RBI=0.107662;REFB=-0.0465067;REVB=0.102976;RO=1;SAF=158;SAR=107;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344721;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:309:305:1:0:265:302:0.990164:107:158:0:1:142:160:0:0 chr17 73816026 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.153;QD=33.4284;RBI=0.0333911;REFB=0;REVB=0.0136631;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134218;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 73819525 . C T 495.07 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0220179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.156;QD=20.628;RBI=0.0226065;REFB=-0.00964203;REVB=0.00512468;RO=48;SAF=20;SAR=28;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168732;STB=0.593387;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0076849;OID=.;OPOS=73819525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:28:20:29:19:28:20:29:19 chr17 73820439 . G A 180.02 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0221031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.333;QD=23.2279;RBI=0.0225562;REFB=-0.0411788;REVB=-0.00449844;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261222;STB=0.645013;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0411255;OID=.;OPOS=73820439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:2:11:9:9:2:11 chr17 73824121 . T C 938.19 PASS AF=0.566038;AO=90;DP=159;FAO=90;FDP=159;FR=.;FRO=69;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.0687168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6356;QD=23.6024;RBI=0.0817709;REFB=-0.0253833;REVB=-0.0443224;RO=69;SAF=43;SAR=47;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104416;STB=0.556779;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0162102;OID=.;OPOS=73824121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:69:69:90:90:0.566038:47:43:24:45:47:43:24:45 chr17 73827205 . T C 1014.86 PASS AF=0.477273;AO=105;DP=220;FAO=105;FDP=220;FR=.;FRO=115;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=51;FSRR=64;FWDB=-0.0400626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.889;QD=18.452;RBI=0.0401086;REFB=-0.0204619;REVB=0.00191983;RO=110;SAF=41;SAR=64;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615649;STB=0.52873;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0219688;OID=.;OPOS=73827205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:110:115:105:105:0.477273:64:41:50:60:64:41:51:64 chr17 73886888 . A G 222.98 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0079178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.023;QD=21.754;RBI=0.0171714;REFB=-0.0190591;REVB=0.015237;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806612;STB=0.552776;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0167702;OID=.;OPOS=73886888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:7:14:11:8:7:15:11:8 chr17 73888354 . G A 208.83 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0158266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0618;QD=25.3127;RBI=0.0194411;REFB=0.0117222;REVB=0.0112904;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691896;STB=0.538424;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.0135281;OID=.;OPOS=73888354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:8:12:9:4:8:12:9:4 chr17 73888423 . A G 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0495562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.903;QD=21.7438;RBI=0.0522933;REFB=0.00645861;REVB=-0.0166965;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809189;STB=0.545407;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00496599;OID=.;OPOS=73888423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:6:10:10:9:6:10 chr17 73888427 . A C 205.63 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0544182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1438;QD=23.5001;RBI=0.0731013;REFB=-0.019517;REVB=-0.0488104;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158572;STB=0.571359;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0115777;OID=.;OPOS=73888427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:10:10:4:10:10:10:5:10 chr17 73897046 . A G 426.04 PASS AF=0.411765;AO=47;DP=118;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0299706;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.395;QD=14.3208;RBI=0.0306321;REFB=-0.0136383;REVB=-0.00633122;RO=67;SAF=20;SAR=27;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564762;STB=0.520702;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0241996;OID=.;OPOS=73897046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:67:70:47:49:0.411765:27:20:25:42:27:22:29:41 chr17 73900688 . T C 557.5 PASS AF=0.376404;AO=59;DP=171;FAO=67;FDP=178;FR=.;FRO=111;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=0.00408639;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.969;QD=12.5281;RBI=0.0301316;REFB=-0.0279531;REVB=0.0298532;RO=112;SAF=15;SAR=44;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256798;STB=0.598019;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0534241;OID=.;OPOS=73900688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:178:112:111:59:67:0.376404:44:15:51:61:46:21:51:60 chr17 73922941 . T C 140.65 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00607821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.356;QD=15.2049;RBI=0.0164057;REFB=-0.00717829;REVB=-0.0152382;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122839;STB=0.559365;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0117597;OID=.;OPOS=73922941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:15:16:0.432432:10:5:9:11:10:6:10:11 chr17 73926121 . C A 64.1 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0578338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7545;QD=23.3079;RBI=0.0742777;REFB=-0.0532205;REVB=-0.0466093;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176687;STB=0.59978;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0123456;OID=.;OPOS=73926121;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:11:11:3:3:8:8:0.727273:6:2:0:3:6:2:0:3 chr17 73949540 . G C 223.15 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0189055;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8784;QD=14.6324;RBI=0.0656698;REFB=-0.0140175;REVB=-0.0628896;RO=34;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00238629;STB=0.509277;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.016808;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:34:35:26:26:0.42623:16:10:13:21:16:10:14:21 chr17 73969835 . C T 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00302226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.697;QD=20.7238;RBI=0.0134192;REFB=-0.00706542;REVB=0.0130744;RO=33;SAF=21;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709219;STB=0.539278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00610489;OID=.;OPOS=73969835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:16:21:16:17:16:21:16:17 chr17 73997474 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.798;QD=48.7354;RBI=0.0289471;REFB=0;REVB=0.026686;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97409e-05;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr17 74014228 . G A 195.65 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0235797;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.669;QD=12.4223;RBI=0.0349839;REFB=-0.0185428;REVB=0.0258431;RO=37;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170592;STB=0.528278;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0340631;OID=.;OPOS=74014228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:37:39:24:24:0.380952:14:10:16:21:14:10:18:21 chr17 74014628 . G A 298.02 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0174185;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6571;QD=15.6855;RBI=0.0240756;REFB=-0.00551462;REVB=-0.0166202;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119805;STB=0.567679;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00573438;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:43:33:33:0.434211:20:13:22:21:20:13:22:21 chr17 74014634 . G T 416.14 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0801394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0456;QD=22.1939;RBI=0.0822555;REFB=-0.0222424;REVB=0.0185379;RO=34;SAF=21;SAR=20;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824792;STB=0.545433;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0191725;OID=.;OPOS=74014634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:20:21:14:20:20:21:14:20 chr17 74014668 . T C 190.57 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00348511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.788;QD=12.2948;RBI=0.0393669;REFB=-0.0247899;REVB=-0.0392124;RO=38;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117758;STB=0.506769;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0552384;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:13:11:17:21:13:11:17:21 chr17 74017554 . G T 80.51 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0157952;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.79;QD=4.23752;RBI=0.0296874;REFB=-0.0043276;REVB=0.0251366;RO=62;SAF=7;SAR=7;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163083;STB=0.605119;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.011693;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:78:76:62:62:14:14:0.184211:7:7:39:23:7:7:39:23 chr17 74017573 . C G 79.26 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0316336;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.403;QD=4.06473;RBI=0.0326153;REFB=-0.00796531;REVB=0.00794176;RO=65;SAF=6;SAR=8;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231278;STB=0.644963;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0287416;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:79:78:65:64:14:14:0.179487:8:6:40:25:8:6:39:25 chr17 74017594 . A G 65.35 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00316458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4592;QD=3.63065;RBI=0.0480402;REFB=-0.00980109;REVB=-0.0479359;RO=58;SAF=5;SAR=7;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166932;STB=0.609911;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0240641;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:58:60:12:12:0.166667:7:5:32:26:7:5:33:27 chr17 74019680 . C T 296.91 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.051527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3481;QD=18.2716;RBI=0.0537469;REFB=-0.0233236;REVB=-0.0152872;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728239;STB=0.5407;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0245653;OID=.;OPOS=74019680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:19:13:16:17:19:13:16:17 chr17 74036573 . A T 406.74 PASS AF=0.438776;AO=41;DP=96;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0101498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.041;QD=16.6017;RBI=0.0155946;REFB=-0.0105578;REVB=0.0118395;RO=54;SAF=23;SAR=18;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110411;STB=0.55553;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0140377;OID=.;OPOS=74036573;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:54:55:41:43:0.438776:18:23:36:18:19:24:36:19 chr17 74056413 . C T 271.19 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0233187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7657;QD=23.5819;RBI=0.0311358;REFB=-0.0124245;REVB=-0.020632;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166505;STB=0.58125;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0109948;OID=.;OPOS=74056413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:14:11:13:7:14:11:13:8 chr17 74066447 . T A 183.47 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00574491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.049;QD=11.8368;RBI=0.0171795;REFB=-0.0192674;REVB=0.0161905;RO=39;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167471;STB=0.606842;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.031818;OID=.;OPOS=74066447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:39:22:23:0.370968:8:14:19:20:8:15:19:20 chr17 74076415 . G A 246.75 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0256056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8305;QD=31.839;RBI=0.0529683;REFB=-0.0191633;REVB=0.046368;RO=9;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147036;STB=0.580574;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00902495;OID=.;OPOS=74076415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:11:11:7:2:11:11:7:2 chr17 74076642 . G A 63.21 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00156372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1075;QD=8.71903;RBI=0.0458755;REFB=-0.0125248;REVB=0.0458488;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00628668;STB=0.503867;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166647;OID=.;OPOS=74076642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:11:9:4:5:11:9 chr17 74275160 . C T 240.13 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0486199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.44;QD=21.3445;RBI=0.0491429;REFB=-0.0193445;REVB=-0.00715021;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791788;STB=0.53279;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0127465;OID=.;OPOS=74275160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:11:12:9:12:11:12:10:12 chr17 74286082 . C T 430.08 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.913;QD=57.3441;RBI=0.0675083;REFB=0;REVB=0.0469117;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044433;OID=.;OPOS=74286082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:27:30:1:11:16:0:0:13:17:0:0 chr17 74286106 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1517;QD=61.683;RBI=0.0195492;REFB=0;REVB=-0.00156456;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235457;OID=.;OPOS=74286106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr17 74287204 . C G 631.53 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2292;QD=61.613;RBI=0.0688655;REFB=0;REVB=0.0219461;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144423;OID=.;OPOS=74287204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr17 74287389 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.238;QD=55.0986;RBI=0.0392629;REFB=0;REVB=0.0186288;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293718;OID=.;OPOS=74287389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr17 74287594 . G A 714.89 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0340822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.925;QD=60.8421;RBI=0.0501544;REFB=-0.106614;REVB=0.036795;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240991;STB=0.512815;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00907001;OID=.;OPOS=74287594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:27:19:1:0:27:19:1:0 chr17 74288564 . CTGA C 73.16 PASS AF=0.888889;AO=9;DP=10;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.046724;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.072;QD=32.515;RBI=0.0468397;REFB=-0.0101528;REVB=0.0032902;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=del;VARB=0.000458535;OID=.;OPOS=74288565;OREF=TGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:9:10:8:9:1:3:5:1:0:7:0:4:5:0:0 chr17 74289500 . G A 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.399;QD=58.1363;RBI=0.0425521;REFB=0;REVB=-0.0424773;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147803;OID=.;OPOS=74289500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr17 74289705 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000547669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.97;QD=44.6889;RBI=0.0331575;REFB=0;REVB=-0.033153;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000330677;OID=.;OPOS=74289705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr17 74289839 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.873;QD=64.1538;RBI=0.0181562;REFB=0;REVB=0.00203472;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09621e-05;OID=.;OPOS=74289839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr17 74289875 . C T 903.31 PASS AF=0.984375;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.109451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3227;QD=56.457;RBI=0.134692;REFB=-0.0640964;REVB=0.0785005;RO=1;SAF=33;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140874;STB=0.507244;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00307035;OID=.;OPOS=74289875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:64:1:1:60:63:0.984375:27:33:1:0:29:34:1:0 chr17 74289908 . A G 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.545;QD=60.2027;RBI=0.0192498;REFB=0;REVB=-0.0188501;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78007e-05;OID=.;OPOS=74289908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr17 74289915 . ACCCCAT ACCCAT,ACCCATG 101.75 PASS AF=0.422535,0.0422535;AO=21,3;DP=64;FAO=30,3;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=27,3;FSAR=3,0;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.279327,-0.0323783;FXX=0.013887;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=8.71954,117.071;QD=5.73209;RBI=0.293556,0.037535;REFB=-0.133758,-0.0157356;REVB=0.0902853,0.0189875;RO=32;SAF=20,3;SAR=1,0;SRF=5;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.798813,0.734133;STB=0.882639,0.997891;STBP=0,0.007;TYPE=del,mnp;VARB=0.0914006,0.0755387;OID=.,.;OPOS=74289916,74289919;OREF=C,CAT;OALT=-,ATG;OMAPALT=ACCCAT,ACCCATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422535,0.0422535:21,3:64:30,3:71:38:27,3:3,0:10:28:86:32:20,3:1,0:5:27 chr17 74290097 . T A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.8;QD=62.9829;RBI=0.0115179;REFB=0;REVB=0.00694841;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46024e-05;OID=.;OPOS=74290097;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:34:11:0:0:34:11:0:0 chr17 74307737 . T C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.01388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.608;QD=9.18858;RBI=0.0336451;REFB=-0.008583;REVB=0.0306486;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110421;STB=0.566892;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0220118;OID=.;OPOS=74307737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:9:16:6:5:9:16 chr17 74387284 . C T 542.53 PASS AF=0.534653;AO=53;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00713754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.488;QD=21.4863;RBI=0.011353;REFB=-0.0257674;REVB=0.00882875;RO=47;SAF=22;SAR=31;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826348;STB=0.548826;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0231189;OID=.;OPOS=74387284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:47:53:54:0.534653:31:22:24:23:32:22:24:23 chr17 74394934 . G A 452.46 PASS AF=0.404762;AO=50;DP=126;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0119365;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.728;QD=14.3638;RBI=0.0412109;REFB=-0.0204104;REVB=0.0394444;RO=75;SAF=19;SAR=31;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178552;STB=0.592568;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0349135;OID=.;OPOS=74394934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:75:50:51:0.404762:31:19:41:34:31:20:41:34 chr17 74467017 . G C 149.71 PASS AF=0.327869;AO=18;DP=60;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0257488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.01;QD=9.81687;RBI=0.0260284;REFB=-0.0233371;REVB=-0.003805;RO=41;SAF=10;SAR=8;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216758;STB=0.655597;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0254339;OID=.;OPOS=74467017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:41:41:18:20:0.327869:8:10:30:11:10:10:30:11 chr17 74475024 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.187;QD=51.9151;RBI=0.11408;REFB=0;REVB=0.113797;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798763;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr17 74475975 . C A 205.14 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00699644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.416;QD=15.7802;RBI=0.0390089;REFB=-0.0304316;REVB=0.0383763;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210389;STB=0.52172;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0433022;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:11:12:14:14:11:12:14:15 chr17 74524651 . TT GG 160.93 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138037;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=151.179;QD=45.9801;RBI=0.284079;REFB=0;REVB=0.283743;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00194636;OID=.;OPOS=74524651;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:3:10:0:0:4:10:0:0 chr17 74541129 . A G 468.91 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218006;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1249;QD=58.6137;RBI=0.0218006;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=32;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301553;OID=.;OPOS=74541129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:0:32:0:0:0:32:0:0 chr17 74541425 . A G 852.16 PASS AF=0.502924;AO=86;DP=171;FAO=86;FDP=171;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.00786334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.936;QD=19.9336;RBI=0.0111174;REFB=-0.00582027;REVB=0.00785898;RO=84;SAF=29;SAR=57;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175387;STB=0.594151;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00610499;OID=.;OPOS=74541425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:84:85:86:86:0.502924:57:29:44:40:57:29:44:41 chr17 74652491 . T C 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00932652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.542;QD=17.4227;RBI=0.018275;REFB=-0.00202156;REVB=0.015716;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698564;STB=0.539122;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00155285;OID=.;OPOS=74652491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:15:16:15:19:15:16:15:19 chr17 74652501 . AT TA 229.5 PASS AF=0.460317;AO=27;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0416446;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.176;QD=14.5715;RBI=0.0577445;REFB=-0.0499491;REVB=0.0400019;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777346;STB=0.506574;STBP=0.956;TYPE=mnp;VARB=0.0588453;OID=.;OPOS=74652501;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:34:27:29:0.460317:13:14:14:18:15:14:16:18 chr17 74732507 . A G 759.76 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445729;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7584;QD=63.3136;RBI=0.0152793;REFB=0;REVB=-0.0146147;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000397509;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr17 74733099 . G A 1440.46 PASS AF=0.507143;AO=142;DP=280;FAO=142;FDP=280;FR=.;FRO=138;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=51;FSRR=87;FWDB=0.000240599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.488;QD=20.578;RBI=0.032411;REFB=-0.0346815;REVB=0.0324101;RO=137;SAF=60;SAR=82;SRF=50;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534366;STB=0.526968;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0285096;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:137:138:142:142:0.507143:82:60:50:87:82:60:51:87 chr17 74846672 . C G 173.06 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0224335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.692;QD=18.7088;RBI=0.0225338;REFB=-0.00603604;REVB=-0.00212349;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713554;STB=0.540496;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0137232;OID=.;OPOS=74846672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:8:11:9:9:8:11 chr17 74857676 . A G 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0347569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.41;QD=20.1558;RBI=0.0351006;REFB=-0.00224075;REVB=-0.0049;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111517;STB=0.562118;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00122188;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:12:16:11:14:12:16:11:14 chr17 74878259 . G A 623.0 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.00748278;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.624;QD=19.6222;RBI=0.0357975;REFB=-0.0174237;REVB=0.0350067;RO=62;SAF=30;SAR=33;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807327;STB=0.543383;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0199159;OID=.;OPOS=74878259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:62:64:63:63:0.496063:33:30:24:38:33:30:25:39 chr17 74922706 . C T 715.31 PASS AF=0.579439;AO=59;DP=107;FAO=62;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0553314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0669;QD=26.7406;RBI=0.0584654;REFB=0.0378199;REVB=0.0188847;RO=29;SAF=32;SAR=27;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202562;STB=0.589664;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00373414;OID=.;OPOS=74922706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:29:35:59:62:0.579439:27:32:6:23:27:35:11:24 chr17 74928758 . C T 179.71 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0155018;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.402;QD=13.8241;RBI=0.0168308;REFB=-0.0227847;REVB=-0.00655502;RO=30;SAF=6;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329348;STB=0.698132;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0224097;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:15:6:18:12:15:6:19:12 chr17 74942478 . C T 721.49 PASS AF=0.560976;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0022338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.549;QD=23.463;RBI=0.00261739;REFB=-0.0183941;REVB=-0.00136412;RO=53;SAF=41;SAR=28;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143309;STB=0.574426;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0223438;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:53:54:69:69:0.560976:28:41:22:31:28:41:23:31 chr17 74946408 . CT C,CTT,TC 175.28 PASS AF=0.883117,0.012987,0.103896;AO=28,8,6;DP=76;FAO=68,1,8;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1,6;FSAR=51,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.270842,0.259855,-0.0154886;FXX=0.0253133;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=4.47413,6.56085,19.3126;QD=9.10554;RBI=0.570626,0.536632,0.183522;REFB=0.155673,-0.135787,0.105008;REVB=0.502254,-0.46952,0.182867;RO=18;SAF=9,1,4;SAR=19,7,2;SRF=2;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.185215,0.0367827,0.595632;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0.0214606,-0.112903,-0.113893;OID=.,.,.;OPOS=74946409,74946409,74946408;OREF=T,-,CT;OALT=-,T,TC;OMAPALT=C,CTT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:27:76:77:18:0:28,8,6:68,1,8:0.883117,0.012987,0.103896:19,7,2:9,1,4:2:16:51,0,2:17,1,6:0:0 chr17 75085434 . G A 586.25 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=128;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.000545667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.034;QD=18.0385;RBI=0.0282116;REFB=-0.024021;REVB=-0.0282063;RO=66;SAF=45;SAR=16;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289004;STB=0.659331;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0198057;OID=.;OPOS=75085434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:66:69:61:61:0.469231:16:45:30:36:16:45:32:37 chr17 75190846 . A C 851.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.93;QD=57.7051;RBI=0.0710857;REFB=0;REVB=0.0694552;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021998;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr17 75190962 . C T 536.3 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.116389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.535;QD=55.0047;RBI=0.118098;REFB=-0.170548;REVB=0.0200171;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019929;STB=0.506604;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00192969;OID=.;OPOS=75190962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:23:14:0:1:23:14:1:1 chr17 75303298 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.29;QD=60.5473;RBI=0.0301117;REFB=0;REVB=0.0144458;RO=0;SAF=25;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51543e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:50:25:0:0:50:25:0:0 chr17 75478481 . C T 267.8 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00138231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.134;QD=16.2302;RBI=0.0046311;REFB=-0.0124892;REVB=0.00441999;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216508;STB=0.512187;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00990865;OID=.;OPOS=75478481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:16:14:16:20:16:14:16:20 chr17 75494705 . A G 982.0 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5416;QD=58.6269;RBI=0.0672067;REFB=0;REVB=0.0542691;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378776;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:33:32:0:0:34:33:0:0 chr17 75495065 . T C 433.22 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324446;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.646;QD=57.7629;RBI=0.0391707;REFB=0;REVB=0.0219476;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206742;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr17 75495397 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4958;QD=46.8479;RBI=0.0411308;REFB=0;REVB=0.00848851;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196184;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr17 75496342 . T C 252.25 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.002141;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.926;QD=50.4493;RBI=0.055119;REFB=0;REVB=0.0550774;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222311;OID=.;OPOS=75496342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:14:6:0:0 chr17 75496361 . A G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.398;QD=46.0581;RBI=0.0147011;REFB=-0.0494199;REVB=0.0106949;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368096;STB=0.519979;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000900634;OID=.;OPOS=75496361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:0:1:12:7:0:1 chr17 75548687 . G A 294.18 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.032391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8772;QD=17.5627;RBI=0.0807816;REFB=0.0192189;REVB=-0.0740033;RO=35;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755152;STB=0.542314;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.0343778;OID=.;OPOS=75548687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:19:13:17:18:19:13:17:18 chr17 75558676 . A T 39.76 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.177002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.73;QD=13.2519;RBI=0.199433;REFB=-0.0722586;REVB=0.0918899;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370384;STB=0.687061;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0634383;OID=.;OPOS=75558676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:11:12:6:6:5:6:0.5:4:1:0:6:5:1:0:6 chr17 75559019 . C T 199.43 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00563356;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.413;QD=18.9934;RBI=0.0151259;REFB=-0.0175109;REVB=-0.0140377;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517722;STB=0.529382;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0190621;OID=.;OPOS=75559019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:10:12:12:8:10:12 chr17 75878090 . A G 150.64 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.000666081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0163;QD=12.5534;RBI=0.0609117;REFB=0.00333395;REVB=-0.0609081;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184513;STB=0.608146;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00459889;OID=.;OPOS=75878090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:7:10:13:18:7:10:13:18 chr17 76093866 . T C 238.31 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00824005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4789;QD=16.1566;RBI=0.021601;REFB=0.0102157;REVB=-0.0199676;RO=32;SAF=7;SAR=20;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16599;STB=0.594279;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0165948;OID=.;OPOS=76093866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:20:7:13:19:20:7:13:19 chr17 76106308 . C T 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0140057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.035;QD=20.7536;RBI=0.0142574;REFB=-0.0226059;REVB=0.0026669;RO=11;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232261;STB=0.653837;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0328517;OID=.;OPOS=76106308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:4:11:5:6:4:11:5:7 chr17 76113954 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0408528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.74;QD=10.8848;RBI=0.0422874;REFB=-0.0217264;REVB=-0.0109213;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807627;STB=0.548284;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0347518;OID=.;OPOS=76113954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:4:11:6:3:4:11 chr17 76122849 . A AC,C 39.18 PASS AF=0.204545,0;AO=7,3;DP=44;FAO=9,0;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0826932,-0.133287;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=50.5442,30.0251;QD=3.56143;RBI=0.0827257,0.194826;REFB=-0.0109294,-0.0436655;REVB=-0.00231799,-0.142098;RO=34;SAF=3,0;SAR=4,3;SRF=9;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.216581,-0.445249;STB=0.749319,0.5;STBP=0.181,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.170799,0;OID=.,.;OPOS=76122850,76122849;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:44:44:34:35:7,3:9,0:0.204545,0:4,3:3,0:9:25:8,0:1,0:11:24 chr17 76130575 . A T 311.5 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.019404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.782;QD=19.1692;RBI=0.0254037;REFB=-0.0279982;REVB=-0.0163961;RO=32;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177144;STB=0.59863;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0205887;OID=.;OPOS=76130575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:13:20:13:19:13:20:13:19 chr17 76131070 . G A 303.93 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0197613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8536;QD=14.8259;RBI=0.0359721;REFB=-0.0219766;REVB=0.030058;RO=46;SAF=12;SAR=22;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882352;STB=0.55248;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0415383;OID=.;OPOS=76131070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:46:48:34:34:0.414634:22:12:20:26:22:12:21:27 chr17 76134828 . C A 315.38 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.015995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.495;QD=25.2304;RBI=0.0213485;REFB=-0.0338184;REVB=-0.0141393;RO=20;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140803;STB=0.562867;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0408339;OID=.;OPOS=76134828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:22:28:28:0.56:20:8:9:11:20:8:9:13 chr17 76143009 . G A 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0108003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.658;QD=28.0163;RBI=0.0451428;REFB=0.0156861;REVB=0.0438317;RO=20;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242532;STB=0.51336;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0067837;OID=.;OPOS=76143009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:16:14:10:10:16:14:10:10 chr17 76157266 . T C 667.88 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.145;QD=62.1279;RBI=0.0218966;REFB=0;REVB=-0.0100992;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68342e-05;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr17 76178748 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0979143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.484;QD=58.6002;RBI=0.104596;REFB=0;REVB=0.0367852;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177443;OID=.;OPOS=76178748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr17 76183043 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.423;QD=56.7056;RBI=0.00218971;REFB=0;REVB=-0.00181908;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00777e-06;OID=.;OPOS=76183043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr17 76210367 . G C 1491.89 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0522149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3788;QD=58.5055;RBI=0.0536611;REFB=-0.0187046;REVB=-0.0123738;RO=2;SAF=65;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143721;STB=0.503759;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000310179;OID=.;OPOS=76210367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:2:1:100:101:0.990196:35:65:2:0:35:66:1:0 chr17 76219591 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2355;QD=64.1532;RBI=0.0800492;REFB=0;REVB=0.0800152;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101578;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr17 76367106 . G A 360.93 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0499407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6717;QD=20.3342;RBI=0.0578312;REFB=-0.00557114;REVB=0.0291612;RO=33;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937471;STB=0.545861;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00614581;OID=.;OPOS=76367106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:23:14:16:17:23:14:16:18 chr17 76395430 . C T 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000389685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3625;QD=62.3137;RBI=0.00906246;REFB=0;REVB=0.00905408;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21934e-05;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr17 76423097 . G A 1589.71 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.901;QD=59.989;RBI=0.0390781;REFB=0;REVB=0.0386721;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60078e-05;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:47:58:0:0:48:58:0:0 chr17 76433898 . T C 745.66 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.727;QD=63.4608;RBI=0.0779301;REFB=0;REVB=0.0501878;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484571;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:27:20:0:0 chr17 76449505 . G C 1065.74 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607124;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.078;QD=60.042;RBI=0.00607134;REFB=0;REVB=3.53515e-05;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65208e-06;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr17 76451921 . A G 1250.03 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0354488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.581;QD=60.2422;RBI=0.0365717;REFB=-0.0854662;REVB=0.00899255;RO=1;SAF=37;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126271;STB=0.506665;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000325407;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:45:37:1:0:45:37:1:0 chr17 76462770 . G A 1575.92 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.637;QD=63.6735;RBI=0.0326851;REFB=0;REVB=0.0150185;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58093e-05;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:47:52:0:0:47:52:0:0 chr17 76491127 . TG CC 1249.46 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252889;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.637;QD=61.7018;RBI=0.0263267;REFB=0;REVB=-0.00731926;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.56526e-05;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr17 76496492 . A G 2591.08 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.903;QD=61.3273;RBI=0.0553237;REFB=0;REVB=0.0506227;RO=0;SAF=44;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35813e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22504e-05;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:154:169:0:0:154:169:1:110:44:0:0:123:46:0:0 chr17 76497920 . C A 999.46 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000241002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9774;QD=56.3077;RBI=0.00549897;REFB=-0.139347;REVB=0.00549369;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160211;STB=0.516662;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00378788;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:1:2:69:69:0.971831:40:29:1:0:40:29:2:0 chr17 76498406 . A G 449.48 PASS AF=0.466667;AO=48;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0164193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9907;QD=17.1231;RBI=0.0255317;REFB=-0.0119802;REVB=-0.0195518;RO=54;SAF=7;SAR=41;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351996;STB=0.695906;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0149659;OID=.;OPOS=76498406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:56:48:49:0.466667:41:7:22:32:42:7:22:34 chr17 76498691 . TC T,TT 792.43 PASS AF=0.02,0.98;AO=8,42;DP=50;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499295,0.0448269;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.834,201.783;QD=63.3942;RBI=0.049964,0.04525;REFB=0,0;REVB=0.00185704,0.00617354;RO=0;SAF=8,20;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0611646,0.00588676;OID=.,.;OPOS=76498692,76498692;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.98:8,42:50:1,49:50:0:1,27:0,22:0:0:5:0:8,20:0,22:0:0 chr17 76503593 . T C 1812.77 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936965;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9907;QD=61.45;RBI=0.0148993;REFB=0;REVB=0.0115844;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140058;OID=.;OPOS=76503593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:118:0:0:118:118:1:64:54:0:0:64:54:0:0 chr17 76525565 . A G 747.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.12;QD=63.5743;RBI=0.0520063;REFB=0;REVB=-0.0440939;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000941349;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr17 76528591 . C T 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.863;QD=55.0954;RBI=0.029911;REFB=0;REVB=0.0289504;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106733;OID=.;OPOS=76528591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr17 76528790 . A G 1605.53 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.431;QD=64.221;RBI=0.0139485;REFB=0;REVB=0.00786165;RO=0;SAF=36;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95776e-05;OID=.;OPOS=76528790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:64:36:0:0:64:36:0:0 chr17 76535948 . T C 770.54 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.657;QD=55.0383;RBI=0.0212165;REFB=-0.03893;REVB=0.0146603;RO=1;SAF=38;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122458;STB=0.506491;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0022471;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:17:38:1:0:17:38:1:0 chr17 76557862 . T C 1539.63 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00575813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.4249;QD=58.6524;RBI=0.00913204;REFB=-0.109923;REVB=-0.00708788;RO=1;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870688;STB=0.504586;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.000100531;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:54:50:0:1:54:50:0:1 chr17 76557943 . G A 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.268;QD=61.5694;RBI=0.0388601;REFB=0;REVB=0.0142713;RO=0;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108133;OID=.;OPOS=76557943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:62:60:0:0:62:60:0:0 chr17 76567707 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7492;QD=61.6831;RBI=0.0309322;REFB=0;REVB=-0.0182072;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000381575;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr17 76672002 . T C 184.61 PASS AF=0.452381;AO=20;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00866123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.55;QD=17.5819;RBI=0.0131051;REFB=-0.0206375;REVB=-0.009835;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116316;STB=0.565394;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0153124;OID=.;OPOS=76672002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:23:20:19:0.452381:13:7:5:16:12:7:6:17 chr17 76798548 . TTTTTTC T 56.16 PASS AF=0.344828;AO=8;DP=23;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0024659;FXX=0.0644953;HRUN=7;LEN=6;MLLD=205.58;QD=7.74599;RBI=0.0195511;REFB=-0.0212942;REVB=-0.0193949;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276405;STB=0.551075;STBP=0.741;TYPE=del;VARB=0.0422759;OID=.;OPOS=76798549;OREF=TTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:8:23:10:29:19:3:7:7:12:56:5:3:5:4:1 chr17 76799795 . G A 583.33 PASS AF=0.452555;AO=61;DP=136;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=0.0107523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.164;QD=17.0316;RBI=0.0139045;REFB=-0.040186;REVB=0.00881613;RO=73;SAF=25;SAR=36;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549762;STB=0.541388;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0410547;OID=.;OPOS=76799795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:73:75:61:62:0.452555:36:25:26:47:36:26:26:49 chr17 76799860 . T C 516.68 PASS AF=0.458647;AO=45;DP=122;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.00391596;FXX=0.029195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.528;QD=15.5392;RBI=0.0128409;REFB=-0.0126539;REVB=0.0122292;RO=56;SAF=15;SAR=30;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101751;STB=0.516414;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0167399;OID=.;OPOS=76799860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:133:56:72:45:61:0.458647:30:15:24:32:39:22:28:44 chr17 76799861 . G C 34.81 PASS AF=0.0833333;AO=12;DP=120;FAO=11;FDP=132;FR=.;FRO=121;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=74;FWDB=-0.0225737;FXX=0.0364937;HRUN=7;LEN=1;MLLD=95.2706;QD=1.05489;RBI=0.0523364;REFB=-0.00312612;REVB=-0.0472179;RO=108;SAF=5;SAR=7;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011305;STB=0.561688;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.191619;OID=.;OPOS=76799861;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:132:108:121:12:11:0.0833333:7:5:44:64:6:5:47:74 chr17 76799898 . A G 441.31 PASS AF=0.416667;AO=49;DP=119;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.00629668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.918;QD=14.7102;RBI=0.00920595;REFB=-0.0127105;REVB=-0.00671575;RO=70;SAF=19;SAR=30;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289307;STB=0.508647;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0173035;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:70:70:49:50:0.416667:30:19:29:41:30:20:29:41 chr17 76817090 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.413;QD=60.2307;RBI=0.00562359;REFB=0;REVB=0.0052387;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85764e-05;OID=.;OPOS=76817090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr17 76887359 . TG TC,T 596.25 PASS AF=0.46,0.54;AO=24,22;DP=50;FAO=23,27;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=12,6;FSAR=11,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662562,0.142229;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=44.0248,17.1817;QD=47.6999;RBI=0.098862,0.157053;REFB=-0.0536903,-0.0335115;REVB=-0.0733745,-0.0666072;RO=3;SAF=12,3;SAR=12,19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0.25018;SSEP=0,0.243017;SSSB=-0.102655,-0.302563;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0169154,0.125869;OID=.,.;OPOS=76887360,76887360;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.46,0.54:24,22:50:23,27:50:0:12,6:11,21:0:0:99:3:12,3:12,19:3:0 chr17 76887658 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0108395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.739;QD=14.9042;RBI=0.0238692;REFB=-0.0148528;REVB=0.021266;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408068;STB=0.533307;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0187176;OID=.;OPOS=76887658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:10:16:19:14:10:16:19:15 chr17 76887854 . C A 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0027419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.953;QD=9.58964;RBI=0.00404469;REFB=-0.0144328;REVB=0.00297347;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925852;STB=0.564108;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0294032;OID=.;OPOS=76887854;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:5:8:20:9:5:8:21:9 chr17 76970879 . A G 624.6 PASS AF=0.504;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=-0.0219203;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.233;QD=19.987;RBI=0.022084;REFB=-0.0140813;REVB=0.00268391;RO=62;SAF=24;SAR=39;SRF=18;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886697;STB=0.548745;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0125543;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:62:62:63:63:0.504:39:24:18:44:39:24:18:44 chr17 76988785 . G A 285.97 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0253835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.58;QD=21.9976;RBI=0.0256025;REFB=-0.00704055;REVB=-0.00334152;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588168;STB=0.532601;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00747257;OID=.;OPOS=76988785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:13:16:11:12:13:16:11:12 chr17 76989782 . G A 474.62 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0541997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.014;QD=27.1209;RBI=0.055773;REFB=-0.0298041;REVB=-0.0131537;RO=26;SAF=27;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012561;STB=0.500685;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01732;OID=.;OPOS=76989782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:26:26:44:44:0.628571:17:27:16:10:17:27:16:10 chr17 76993546 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0122143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.613;QD=13.486;RBI=0.0122779;REFB=-0.0295951;REVB=0.00124875;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119999;STB=0.571265;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0129264;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:6:5:3:6:6:5 chr17 77039835 . G A 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8156;QD=63.8688;RBI=0.104105;REFB=0;REVB=0.0993664;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010976;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr17 77039852 . G A 1031.7 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.53;QD=58.9545;RBI=0.0704306;REFB=0;REVB=0.0684461;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018226;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:1:0:69:70:1:39:30:1:0:39:31:0:0 chr17 77040128 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.207;QD=47.8217;RBI=0.046072;REFB=0;REVB=0.0257002;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001788;OID=.;OPOS=77040128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr17 77040185 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.842;QD=33.4285;RBI=0.05689;REFB=0;REVB=0.0299529;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108199;OID=.;OPOS=77040185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 77042718 . C T 740.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.152;QD=56.9481;RBI=0.0112755;REFB=0;REVB=0.00838099;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41641e-05;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr17 77073566 . G A 518.52 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.00830371;FXX=0.0327842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.962;QD=17.5771;RBI=0.0101314;REFB=-0.0100334;REVB=0.00580466;RO=62;SAF=26;SAR=29;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512345;STB=0.532246;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0145401;OID=.;OPOS=77073566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:118:62:63:55:55:0.466102:29:26:26:36:29:26:26:37 chr17 77075670 . C T 334.89 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.012223;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.361;QD=14.4039;RBI=0.012242;REFB=0.00203152;REVB=0.000681121;RO=55;SAF=26;SAR=11;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254661;STB=0.64071;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00191372;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:56:37:37:0.397849:11:26:26:29:11:26:27:29 chr17 77075673 . A G 363.09 PASS AF=0.419355;AO=38;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00443006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.043;QD=15.6168;RBI=0.00567273;REFB=-0.00316086;REVB=-0.00354322;RO=53;SAF=27;SAR=11;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278615;STB=0.667353;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0179679;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:38:39:0.419355:11:27:24:29:11:28:24:30 chr17 77076440 . G T 264.51 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.000796999;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.197;QD=17.6337;RBI=0.00417979;REFB=-0.0212461;REVB=0.0041031;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387243;STB=0.521724;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0199519;OID=.;OPOS=77076440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:31:29:29:0.483333:18:11:13:18:18:11:13:18 chr17 77078109 . A G 541.58 PASS AF=0.443609;AO=57;DP=131;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0100174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.055;QD=16.2881;RBI=0.0114026;REFB=-0.0245278;REVB=0.00544718;RO=70;SAF=32;SAR=25;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751308;STB=0.538625;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0287478;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:70:74:57:59:0.443609:25:32:34:36:27:32:35:39 chr17 77087005 . C CA 485.45 PASS AF=0.564706;AO=42;DP=86;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0229455;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=223.4;QD=22.8445;RBI=0.0278636;REFB=-0.0123619;REVB=-0.0158078;RO=41;SAF=22;SAR=20;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118631;STB=0.57342;STBP=0.153;TYPE=ins;VARB=0.00847797;OID=.;OPOS=77087006;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564706:42:86:48:85:37:25:23:13:24:99:41:22:20:16:25 chr17 77093768 . T C 150.0 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=59;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=32;FWDB=0.0146088;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.9774;QD=10.3448;RBI=0.126589;REFB=-0.0678038;REVB=-0.125743;RO=34;SAF=1;SAR=18;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379178;STB=0.722527;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.093226;OID=.;OPOS=77093768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:38:19:20:0.344828:18:1:6:28:19:1:6:32 chr17 77757807 . G A 246.83 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0104395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.208;QD=17.9511;RBI=0.0292702;REFB=-0.0139604;REVB=0.0273452;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153564;STB=0.585552;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0166762;OID=.;OPOS=77757807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:11:16:21:7:11:16:21:7 chr17 78013724 . G C 784.18 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.178;QD=62.7347;RBI=0.0443942;REFB=0;REVB=0.0374315;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332388;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:26:24:0:0 chr17 78022378 . C G 418.06 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184712;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=265.419;QD=53.9428;RBI=0.0242241;REFB=-0.108794;REVB=-0.0156723;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000278386;OID=.;OPOS=78022378;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:18:12:0:0:18:12:1:0 chr17 78024067 . G A 589.64 PASS AF=0.55102;AO=53;DP=97;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0353944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2369;QD=24.067;RBI=0.0359781;REFB=-0.0195754;REVB=-0.00645468;RO=44;SAF=24;SAR=29;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153041;STB=0.586959;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0172805;OID=.;OPOS=78024067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:44:44:53:54:0.55102:29:24:12:32:29:25:12:32 chr17 78071052 . T C 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0120057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.941;QD=16.4436;RBI=0.0342909;REFB=-0.0175577;REVB=-0.0321205;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130263;STB=0.574395;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0295907;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:10:17:10:10:10:17 chr17 78078709 . T C 533.13 PASS AF=0.42029;AO=56;DP=137;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0090089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.957;QD=15.453;RBI=0.0440066;REFB=-0.0277058;REVB=-0.0430746;RO=79;SAF=25;SAR=31;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230232;STB=0.525788;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0339965;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:79:80:56:58:0.42029:31:25:37:42:33:25:38:42 chr17 78079597 . A G 148.6 PASS AF=0.338983;AO=19;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00199198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.189;QD=10.0742;RBI=0.00200304;REFB=-0.00600557;REVB=-0.000210236;RO=37;SAF=13;SAR=6;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171857;STB=0.577186;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0206447;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:39:19:20:0.338983:6:13:20:17:7:13:21:18 chr17 78079669 . G A 163.69 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0110474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.674;QD=13.3626;RBI=0.0466742;REFB=-0.0217379;REVB=0.045348;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773817;STB=0.544963;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.034076;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:11:7:10:21:11:7:10:21 chr17 78082504 . G A 569.88 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00425693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.737;QD=25.3278;RBI=0.014003;REFB=-0.0137516;REVB=-0.0133403;RO=37;SAF=19;SAR=33;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115483;STB=0.501381;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0172384;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:37:38:52:52:0.577778:33:19:13:24:33:19:14:24 chr17 78084769 . G A 463.42 PASS AF=0.5;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00737333;FXX=0.0238067;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.214;QD=22.6059;RBI=0.0412246;REFB=-0.0721268;REVB=-0.0405598;RO=27;SAF=21;SAR=20;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112604;STB=0.56335;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0201114;OID=.;OPOS=78084769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:27:32:41:41:0.5:20:21:18:9:20:21:21:11 chr17 78091405 . G A 499.76 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0197454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.183;QD=18.34;RBI=0.0200618;REFB=-0.0226611;REVB=0.00354894;RO=55;SAF=26;SAR=27;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000315469;STB=0.504328;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0251324;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:56:53:53:0.486239:27:26:27:28:27:26:27:29 chr17 78092063 . G A 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0113219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.791;QD=28.0163;RBI=0.0185322;REFB=-0.0224612;REVB=0.0146716;RO=20;SAF=20;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135337;STB=0.507458;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0162938;OID=.;OPOS=78092063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:10:20:13:7:10:20:13:7 chr17 78113832 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0323281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.157;QD=20.7535;RBI=0.0355457;REFB=-0.0217319;REVB=0.014778;RO=11;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578055;STB=0.536535;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0209337;OID=.;OPOS=78113832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:4:11:8:3:4:11:8:4 chr17 78157995 . G A 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0130316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.894;QD=11.9168;RBI=0.0156642;REFB=0.00113034;REVB=-0.00869172;RO=37;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346848;STB=0.520046;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00195816;OID=.;OPOS=78157995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:13:9:14:23:13:9:14:23 chr17 78162170 . G A 367.08 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.000657768;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1898;QD=19.0689;RBI=0.00948141;REFB=-0.0390503;REVB=0.00945857;RO=38;SAF=17;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238554;STB=0.520292;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0377647;OID=.;OPOS=78162170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:38:39:38:38:0.493506:21:17:18:20:21:17:19:20 chr17 78166385 . C T 1279.07 PASS AF=0.490566;AO=130;DP=265;FAO=130;FDP=265;FR=.;FRO=135;FSAF=79;FSAR=51;FSRF=57;FSRR=78;FWDB=0.0837768;FXX=0.00749036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.932;QD=19.3067;RBI=0.0842072;REFB=-0.0115559;REVB=0.00850334;RO=133;SAF=79;SAR=51;SRF=57;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166086;STB=0.595011;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0171725;OID=.;OPOS=78166385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:133:135:130:130:0.490566:51:79:57:76:51:79:57:78 chr17 78171944 . G C 264.97 PASS AF=0.518519;AO=19;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0719129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.4698;QD=19.6277;RBI=0.12198;REFB=-0.0808524;REVB=0.0985278;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838051;STB=0.519466;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0768057;OID=.;OPOS=78171944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:19:28:0.518519:14:5:8:16:20:8:8:17 chr17 78178893 . C T 144.01 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0472905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9076;QD=15.1592;RBI=0.0575515;REFB=0.00801863;REVB=0.0327991;RO=22;SAF=2;SAR=14;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115323;STB=0.567475;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0215272;OID=.;OPOS=78178893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:14:2:4:18:14:2:4:18 chr17 78184393 . C T 1006.08 PASS AF=0.458515;AO=105;DP=232;FAO=105;FDP=229;FR=.;FRO=124;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=64;FSRR=60;FWDB=0.0239468;FXX=0.0129305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1855;QD=17.5734;RBI=0.0259417;REFB=6.32335e-05;REVB=0.00997609;RO=124;SAF=44;SAR=61;SRF=64;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958042;STB=0.553046;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000380594;OID=.;OPOS=78184393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:229:124:124:105:105:0.458515:61:44:64:60:61:44:64:60 chr17 78187954 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00897045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.71;QD=15.626;RBI=0.00948617;REFB=-0.0188303;REVB=-0.0030852;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509977;STB=0.529377;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0164767;OID=.;OPOS=78187954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:12:11:9:8:12:11 chr17 78219065 . C A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.77;QD=60.2298;RBI=0.0607321;REFB=0;REVB=0.0471943;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451588;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr17 78219965 . C T 842.23 PASS AF=0.448454;AO=87;DP=197;FAO=87;FDP=194;FR=.;FRO=107;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=0.0251412;FXX=0.0152277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.252;QD=17.3655;RBI=0.0359605;REFB=-0.0167969;REVB=-0.0257114;RO=106;SAF=30;SAR=57;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122815;STB=0.566186;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.023477;OID=.;OPOS=78219965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:194:106:107:87:87:0.448454:57:30:49:57:57:30:49:58 chr17 78226506 . C G 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0114678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9037;QD=30.5651;RBI=0.0687575;REFB=0.00338895;REVB=0.0677944;RO=10;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113629;STB=0.562444;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00014094;OID=.;OPOS=78226506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:11:11:7:3:11:11:7:3 chr17 78293189 . A T 1758.58 PASS AF=0.991453;AO=113;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00165232;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.085;QD=60.1224;RBI=0.0249949;REFB=-0.0642994;REVB=0.0249402;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=8.69909e-05;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:113:116:0.991453:48:65:0:0:48:68:0:1 chr17 78298938 . A G 1084.25 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0264899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6624;QD=58.608;RBI=0.048159;REFB=0.046841;REVB=-0.0402191;RO=1;SAF=22;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918607;STB=0.504853;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00160563;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:51:22:0:1:51:22:0:1 chr17 78305871 . G A 88.95 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0833945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.9;QD=27.369;RBI=0.0869255;REFB=-0.0471623;REVB=0.0245233;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178335;STB=0.599815;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0133147;OID=.;OPOS=78305871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:6:4:0:3:6:4:0:3 chr17 78306102 . G C 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.00903874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1337;QD=17.7158;RBI=0.0128412;REFB=-0.00979919;REVB=-0.00912129;RO=42;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217673;STB=0.620726;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0105631;OID=.;OPOS=78306102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:20:17:10:32:20:17:10:32 chr17 78306280 . A G 64.53 PASS AF=0.470588;AO=6;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0415146;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.961;QD=15.1839;RBI=0.0415169;REFB=-0.0407326;REVB=0.000441337;RO=4;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.642474;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0135066;OID=.;OPOS=78306280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:4:8:6:8:0.470588:6:0:0:4:6:2:4:4 chr17 78311508 . G A 180.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0271235;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.811;QD=15.0178;RBI=0.0360739;REFB=-0.0148037;REVB=-0.0237831;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119036;STB=0.571352;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0304745;OID=.;OPOS=78311508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:19:19:0.395833:12:7:13:14:12:7:14:15 chr17 78319136 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00944913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.133;QD=8.30757;RBI=0.04088;REFB=-0.0208644;REVB=-0.039773;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251967;STB=0.653498;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0388469;OID=.;OPOS=78319136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:13:5:4:4:13:5 chr17 78319380 . G C 598.07 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0106686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4342;QD=19.7709;RBI=0.0133315;REFB=0.0157137;REVB=0.00799445;RO=60;SAF=28;SAR=33;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369516;STB=0.520385;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.0147083;OID=.;OPOS=78319380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:33:28:30:30:33:28:30:30 chr17 78327358 . G A 493.96 PASS AF=0.473214;AO=52;DP=111;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00428525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.9;QD=17.6413;RBI=0.0205102;REFB=-0.0397558;REVB=-0.0200575;RO=59;SAF=35;SAR=17;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488665;STB=0.530801;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0400722;OID=.;OPOS=78327358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:59:59:52:53:0.473214:17:35:37:22:17:36:37:22 chr17 78341776 . G A 408.34 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0148549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.853;QD=20.4168;RBI=0.056869;REFB=-0.0191745;REVB=0.0548946;RO=39;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457608;STB=0.525339;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0185265;OID=.;OPOS=78341776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:20:21:22:17:20:21:22:17 chr17 78354661 . C T 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0194203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.681;QD=11.3235;RBI=0.0359266;REFB=-0.0240572;REVB=-0.0302254;RO=41;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212867;STB=0.623375;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0391742;OID=.;OPOS=78354661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:9:14:17:24:9:14:17:24 chr17 78401588 . G T 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0596446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5632;QD=12.897;RBI=0.0600805;REFB=-0.0284375;REVB=-0.00722353;RO=30;SAF=13;SAR=4;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459238;STB=0.526994;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0666374;OID=.;OPOS=78401588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:4:13:22:8:4:13:22:8 chr17 78444658 . T G 659.96 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256591;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7557;QD=62.8529;RBI=0.0298413;REFB=0;REVB=-0.0152351;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39513e-05;OID=.;OPOS=78444658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr17 78444679 . T C 756.4 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.044297;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.9;QD=55.0107;RBI=0.0544411;REFB=-0.154025;REVB=0.0316482;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000947854;OID=.;OPOS=78444679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:25:29:1:0:25:29:1:0 chr17 78445702 . A G 1272.1 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101837;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.587;QD=60.5761;RBI=0.010306;REFB=-0.0395703;REVB=0.00158338;RO=1;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885353;STB=0.504672;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000956371;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:53:30:0:1:53:30:0:1 chr17 78447144 . G A 455.37 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0199532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.63;QD=22.7687;RBI=0.0369028;REFB=0.000727177;REVB=0.0310433;RO=36;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109122;STB=0.559996;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.000567058;OID=.;OPOS=78447144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:23:21:22:14:23:21:22:14 chr17 78820329 . C T 558.78 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0153896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.232;QD=20.5056;RBI=0.0154905;REFB=-0.00641418;REVB=-0.00176527;RO=52;SAF=32;SAR=25;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868013;STB=0.547787;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00773527;OID=.;OPOS=78820329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:52:57:57:0.522936:25:32:24:28:25:32:24:28 chr17 78854223 . A G 179.66 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00418786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8782;QD=15.6229;RBI=0.0263713;REFB=0.0127472;REVB=-0.0260367;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228457;STB=0.63144;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0192586;OID=.;OPOS=78854223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:11:16:7:12:11:16 chr17 78865546 . T C 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00997196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.459;QD=15.773;RBI=0.00999161;REFB=-0.00227224;REVB=0.000626286;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016893;STB=0.509547;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00319909;OID=.;OPOS=78865546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:16:11:14:19:16:11:14:19 chr17 78865630 . A G 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0036129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6478;QD=20.2731;RBI=0.0417213;REFB=-0.017611;REVB=-0.0415646;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155675;STB=0.508764;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00735455;OID=.;OPOS=78865630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:9:15:14:9:9:15 chr17 78919558 . C T 433.28 PASS AF=0.393701;AO=49;DP=127;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00716589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.71;QD=13.6466;RBI=0.0141928;REFB=0.0100261;REVB=0.012251;RO=77;SAF=20;SAR=29;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226553;STB=0.517908;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0177189;OID=.;OPOS=78919558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:77:77:49:50:0.393701:29:20:33:44:30:20:33:44 chr17 78935197 . C T 500.75 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.068437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.976;QD=18.5463;RBI=0.0763404;REFB=-0.0136803;REVB=-0.0338265;RO=55;SAF=28;SAR=25;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183803;STB=0.601487;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0163279;OID=.;OPOS=78935197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:25:28:18:37:25:28:18:37 chr17 78978654 . A G 367.32 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0208164;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.609;QD=18.837;RBI=0.0217439;REFB=-0.0102662;REVB=-0.00628287;RO=39;SAF=15;SAR=23;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200269;STB=0.605208;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00737393;OID=.;OPOS=78978654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:40:38:38:0.487179:23:15:24:15:23:15:24:16 chr17 79006850 . T C 407.61 PASS AF=0.451613;AO=40;DP=91;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00423089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.273;QD=17.5317;RBI=0.0304923;REFB=-0.0214532;REVB=0.0301974;RO=51;SAF=24;SAR=16;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224763;STB=0.620825;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0239691;OID=.;OPOS=79006850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:51:51:40:42:0.451613:16:24:19:32:17:25:19:32 chr17 79059230 . C T 901.05 PASS AF=0.473958;AO=92;DP=193;FAO=91;FDP=192;FR=.;FRO=101;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.0387352;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.322;QD=18.7719;RBI=0.0455023;REFB=-0.0289912;REVB=-0.0238756;RO=99;SAF=38;SAR=54;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125155;STB=0.572233;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0246468;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:99:101:92:91:0.473958:54:38:54:45:53:38:56:45 chr17 79082862 . G A 188.77 PASS AF=0.513514;AO=15;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.015081;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7024;QD=20.4079;RBI=0.0364645;REFB=-0.0209676;REVB=0.0331997;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230948;STB=0.573298;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.039064;OID=.;OPOS=79082862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:18:15:19:0.513514:12:3:7:11:14:5:7:11 chr17 79091103 . G T 338.75 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.811;QD=54.1996;RBI=0.0678372;REFB=0;REVB=-0.00712629;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276805;OID=.;OPOS=79091103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:21:25:1:13:8:0:0:13:12:0:0 chr17 79093822 . A G 104.66 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0683044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5936;QD=10.7347;RBI=0.0683166;REFB=-0.00429714;REVB=-0.0012927;RO=26;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095591;STB=0.557431;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00453116;OID=.;OPOS=79093822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:4:9:16:10:4:9:16:10 chr17 79095144 . G A 683.22 PASS AF=0.912281;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0328442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.079;QD=47.9449;RBI=0.0619592;REFB=-0.0382301;REVB=0.0525376;RO=5;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141799;STB=0.575727;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00871179;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:57:57:5:5:52:52:0.912281:14:38:0:5:14:38:0:5 chr17 79139473 . C G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0167051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.555;QD=16.417;RBI=0.023929;REFB=-0.0188412;REVB=0.0171329;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047337;STB=0.527357;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0172451;OID=.;OPOS=79139473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:4:12:11:3:4:12 chr17 79140505 . C G 114.12 PASS AF=0.311111;AO=10;DP=43;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00862767;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=97.6788;QD=10.1438;RBI=0.0271494;REFB=-0.0134494;REVB=0.0257421;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104401;STB=0.624826;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0325996;OID=.;OPOS=79140505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:16:31:10:14:0.311111:4:6:8:8:8:6:19:12 chr17 79163649 . G A 604.89 PASS AF=0.476923;AO=61;DP=132;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0209833;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.321;QD=18.6121;RBI=0.0221668;REFB=-0.0305281;REVB=0.00714633;RO=63;SAF=38;SAR=23;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943413;STB=0.569685;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.030549;OID=.;OPOS=79163649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:63:68:61:62:0.476923:23:38:33:30:23:39:34:34 chr17 79163758 . G A 585.17 PASS AF=0.491935;AO=60;DP=123;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0198412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.499;QD=18.8764;RBI=0.0277987;REFB=-0.0287163;REVB=0.0194703;RO=63;SAF=34;SAR=26;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1421;STB=0.581614;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0260048;OID=.;OPOS=79163758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:63:63:60:61:0.491935:26:34:26:37:26:35:26:37 chr17 79164707 . C T 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.020081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.336;QD=21.2774;RBI=0.0364461;REFB=-0.0408526;REVB=0.030415;RO=34;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496435;STB=0.527458;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0374874;OID=.;OPOS=79164707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:24:15:15:19:24:15:15:19 chr17 79171967 . A G 746.8 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.908;QD=63.5573;RBI=0.0814381;REFB=0;REVB=-0.072455;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015678;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr17 79173184 . T C 526.73 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0094;QD=56.9434;RBI=0.0376837;REFB=0.0977694;REVB=-0.000190353;RO=1;SAF=26;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176666;STB=0.509429;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00210659;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:10:26:1:0:10:26:1:0 chr17 79173224 . T C 125.77 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.057003;FXX=0.139502;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8407;QD=13.5966;RBI=0.0614546;REFB=-0.0206953;REVB=0.0229635;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442552;STB=0.72947;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0240456;OID=.;OPOS=79173224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:37:22:23:14:14:0.378378:7:7:20:2:7:7:20:3 chr17 79174182 . G A 1232.03 PASS AF=0.607735;AO=110;DP=183;FAO=110;FDP=181;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=71;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=0.0301375;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3764;QD=27.2272;RBI=0.0580158;REFB=-0.0490507;REVB=0.0495738;RO=71;SAF=39;SAR=71;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358219;STB=0.519362;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0222561;OID=.;OPOS=79174182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:71:71:110:110:0.607735:71:39:22:49:71:39:22:49 chr17 79174221 . T C 2700.56 PASS AF=1;AO=173;DP=175;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353203;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.164;QD=62.4407;RBI=0.0474092;REFB=0;REVB=0.0316246;RO=0;SAF=60;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11609e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53348e-05;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:175:173:0:0:173:173:1:113:60:0:0:113:60:0:0 chr17 79181034 . G A 354.35 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00129685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.145;QD=22.4983;RBI=0.00144246;REFB=-0.0304764;REVB=0.000631573;RO=28;SAF=26;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163635;STB=0.56518;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0226403;OID=.;OPOS=79181034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:27:35:36:0.571429:9:26:16:12:10:26:16:11 chr17 79182778 . T C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0467225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9897;QD=17.9404;RBI=0.046981;REFB=0.00453467;REVB=-0.00492106;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127723;STB=0.572866;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00775698;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:11:11:7:12:11:11 chr17 79193702 . C T 718.32 PASS AF=0.440678;AO=77;DP=176;FAO=78;FDP=177;FR=.;FRO=99;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.0230648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.126;QD=16.2331;RBI=0.0322056;REFB=-0.0172614;REVB=0.0224769;RO=99;SAF=47;SAR=30;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108648;STB=0.555623;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0206852;OID=.;OPOS=79193702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:99:99:77:78:0.440678:30:47:50:49:31:47:50:49 chr17 79202956 . T C 247.27 PASS AF=0.519231;AO=22;DP=49;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=24;FWDB=0.0548188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.369;QD=19.0205;RBI=0.0548338;REFB=-0.00667355;REVB=-0.00128438;RO=25;SAF=1;SAR=21;SRF=1;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305406;STB=0.56643;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00510547;OID=.;OPOS=79202956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:25:25:22:27:0.519231:21:1:1:24:25:2:1:24 chr17 79219500 . AATG A 336.02 PASS AF=0.378882;AO=59;DP=154;FAO=61;FDP=161;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.011408;FXX=0.0122692;HRUN=2;LEN=3;MLLD=292.411;QD=8.34832;RBI=0.0158027;REFB=-0.00390174;REVB=-0.0109353;RO=73;SAF=34;SAR=25;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09662;STB=0.531825;STBP=0.56;TYPE=del;VARB=0.00627054;OID=.;OPOS=79219501;OREF=ATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378882:59:154:61:161:100:36:25:54:46:99:73:34:25:35:38 chr17 79220224 . G C 157.79 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0164647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3518;QD=12.1373;RBI=0.122235;REFB=0.0121988;REVB=0.121121;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273115;STB=0.666496;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0333933;OID=.;OPOS=79220224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:7:12:12:20:7:12:12:21 chr17 79409309 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0081859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.621;QD=39.2068;RBI=0.111729;REFB=0;REVB=-0.111429;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00237748;OID=.;OPOS=79409309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr17 79412088 . CGGGGC CCGGGC,CGGGC,CGGG,CGGGG 1155.81 PASS AF=0,0,0.966667,0.0222222;AO=13,16,23,16;DP=90;FAO=0,0,87,2;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,30,0;FSAR=0,0,57,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.353805,0.582172,0.156056,-0.314632;FXX=0.0109878;HRUN=4,4,4,4;LEN=1,1,2,1;MLLD=6.47609,12.2625,23.0869,12.1203;QD=51.3691;RBI=0.366403,0.594773,0.270264,0.623357;REFB=0.0349917,-0.0868358,-0.135856,-0.10929;REVB=-0.0952539,-0.121779,0.220656,0.538127;RO=5;SAF=0,0,5,15;SAR=13,16,18,1;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0.395939,0.395939,0;SSEP=0,0,0,0.594203;SSSB=0,0,0.112699,0.626556;STB=0.5,0.5,0.504347,0.5;STBP=1,1,0.518,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0,0,0.0124142,0.108777;OID=.,.,.,.;OPOS=79412089,79412089,79412092,79412093;OREF=G,G,GC,C;OALT=C,-,-,-;OMAPALT=CCGGGC,CGGGC,CGGG,CGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.966667,0.0222222:13,16,23,16:90:0,0,87,2:90:1:0,0,30,0:0,0,57,2:0:1:5:5:0,0,5,15:13,16,18,1:0:5 chr17 79429852 . C T 371.3 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00470533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.765;QD=20.0702;RBI=0.00967935;REFB=-0.0498162;REVB=-0.00845871;RO=36;SAF=31;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18685;STB=0.604662;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0464464;OID=.;OPOS=79429852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:7:31:24:12:7:31:24:12 chr17 79478019 . G A 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.414;QD=58.5957;RBI=0.0265584;REFB=0;REVB=0.00173628;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76735e-05;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr17 79507106 . CCGGG CCCGG,CCGG,CCGGC,CGG 310.35 PASS AF=0,0.84,0,0.16;AO=15,8,2,4;DP=31;FAO=0,21,0,4;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,0,1;FSAR=0,10,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.540449,0.00798052,-0.0861041,-0.529303;FXX=0.107105;HRUN=3,3,3,9;LEN=1,1,1,2;MLLD=17.2077,20.7005,5.07496,19.5035;QD=49.6564;RBI=0.542982,0.0525704,0.0877746,0.529306;REFB=0,0,0,0;REVB=0.05239,0.0519611,-0.0170427,0.00186429;RO=0;SAF=8,1,2,4;SAR=7,7,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-4.78849e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,del;VARB=0.0732637,0.014416,0.0327753,0.0350741;OID=.,.,.,.;OPOS=79507108,79507108,79507110,79507107;OREF=G,G,G,CG;OALT=C,-,C,-;OMAPALT=CCCGG,CCGG,CCGGC,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.84,0,0.16:15,8,2,4:31:0,21,0,4:25:0:0,11,0,1:0,10,0,3:0:0:14:0:8,1,2,4:7,7,0,0:0:0 chr17 79507170 . T C 557.46 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.793;QD=60.2661;RBI=0.0827783;REFB=0;REVB=0.0813833;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217706;OID=.;OPOS=79507170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:34:37:1:13:21:0:0:16:21:0:0 chr17 79508400 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.221;QD=63.2868;RBI=0.0234803;REFB=0;REVB=0.013326;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.132e-05;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr17 79511135 . A G 805.36 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106588;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.136;QD=57.5256;RBI=0.0433081;REFB=0;REVB=-0.041976;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719901;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr17 79514129 . G A 178.0 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0335338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.995;QD=41.8818;RBI=0.11453;REFB=-0.0798893;REVB=0.109511;RO=1;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100822;STB=0.545396;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00208613;OID=.;OPOS=79514129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:17:1:1:15:16:0.941176:4:11:0:1:5:11:0:1 chr17 79514832 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.803;QD=57.6801;RBI=0.0372607;REFB=0;REVB=0.0366854;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197537;OID=.;OPOS=79514832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr17 79525118 . T G 538.53 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.974;QD=59.8366;RBI=0.011657;REFB=0;REVB=0.00653378;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72408e-05;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:24:11:0:0:24:12:0:0 chr17 79589242 . G A 1457.59 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153881;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.42;QD=63.3737;RBI=0.0280121;REFB=0;REVB=0.023407;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102161;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:52:39:0:0:52:40:0:0 chr17 79596811 . C T 723.45 PASS AF=0.931034;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00866186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.689;QD=49.893;RBI=0.0249399;REFB=-0.0372813;REVB=0.0233874;RO=4;SAF=20;SAR=34;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168164;STB=0.508938;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00171751;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:58:4:4:54:54:0.931034:34:20:1:3:34:20:1:3 chr17 79609410 . G T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.254;QD=60.6099;RBI=0.0398838;REFB=0;REVB=0.028601;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100384;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr17 79612161 . C T 1651.79 PASS AF=0.957627;AO=112;DP=119;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00376374;FXX=0.00840265;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.721;QD=55.9928;RBI=0.0214724;REFB=-0.0972779;REVB=0.02114;RO=5;SAF=71;SAR=41;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322651;STB=0.517004;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000255937;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:119:118:5:5:112:113:0.957627:41:71:5:0:42:71:5:0 chr17 79612333 . G A 440.49 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00692597;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.551;QD=55.0608;RBI=0.0264586;REFB=-0.193231;REVB=0.025536;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00113535;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:32:0:1:31:31:0.96875:15:16:0:0:15:16:1:0 chr17 79612382 . T C 287.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1635;QD=52.2496;RBI=0.0613245;REFB=0;REVB=0.0150746;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129156;OID=.;OPOS=79612382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr17 79612397 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.783;QD=58.5877;RBI=0.0323972;REFB=0;REVB=-0.0202937;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43746e-05;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr17 79612413 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.844;QD=61.3362;RBI=0.0281674;REFB=0;REVB=0.0168905;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51924e-05;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr17 79612443 . T C 767.52 PASS AF=0.982456;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.858;QD=53.8612;RBI=0.0578766;REFB=-0.0816534;REVB=0.0570049;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5098;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000532538;OID=.;OPOS=79612443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:57:0:1:53:56:0.982456:22:31:0:0:25:31:0:1 chr17 79614481 . A G 289.38 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.915;QD=52.614;RBI=0.0677669;REFB=0;REVB=0.0479559;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038881;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:8:14:0:0 chr17 79614932 . TTAAC T 442.61 PASS AF=0.948718;AO=35;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000891518;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=4;MLLD=291.89;QD=45.3955;RBI=0.0251039;REFB=0.0681667;REVB=-0.0250881;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519989;STBP=0.436;TYPE=del;VARB=-0.00232202;OID=.;OPOS=79614933;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.948718:35:39:37:39:2:13:24:0:2:4:0:12:23:0:0 chr17 79637349 . T C 1865.87 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.448;QD=61.1761;RBI=0.020282;REFB=0;REVB=0.0119581;RO=0;SAF=41;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.48571e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00143e-05;OID=.;OPOS=79637349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:120:122:1:79:41:0:0:79:43:0:0 chr17 79825897 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.092;QD=56.7066;RBI=0.03367;REFB=0;REVB=0.0275344;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123988;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr17 79870343 . GC CG 55.1 PASS AF=0.140845;AO=7;DP=69;FAO=10;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0468521;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=76.3501;QD=3.10396;RBI=0.0910966;REFB=-0.00411421;REVB=-0.0781248;RO=49;SAF=0;SAR=7;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.726974;STB=0.921085;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.057199;OID=.;OPOS=79870343;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:69:71:49:57:7:10:0.140845:7:0:34:15:9:1:37:20 chr17 79872241 . A G 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.039;QD=59.4253;RBI=0.0306956;REFB=-0.078784;REVB=0.00924674;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00031594;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:20:22:1:0:20:22:1:0 chr17 79891147 . T C 972.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.239;QD=58.9582;RBI=0.0150991;REFB=0;REVB=-0.00353996;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56972e-05;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr17 79899272 . A G 771.34 PASS AF=1;AO=28;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.2077;QD=56.0976;RBI=0.249432;REFB=0;REVB=0.216474;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00728007;OID=.;OPOS=79899272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:28:55:1:8:20:0:0:22:33:0:0 chr17 79899495 . G A 1499.15 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03336;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.359;QD=62.4645;RBI=0.0397984;REFB=-0.133107;REVB=0.0217032;RO=0;SAF=33;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10899e-08;STB=0.507461;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000178032;OID=.;OPOS=79899495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:0:1:95:95:0.989583:62:33:0:0:62:33:1:0 chr17 79899698 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.024;QD=60.6103;RBI=0.0327556;REFB=0;REVB=0.0299513;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91065e-05;OID=.;OPOS=79899698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr17 79954544 . T A 373.33 PASS AF=0.443299;AO=41;DP=99;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.000204633;FXX=0.0761832;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.22;QD=15.3952;RBI=0.0158335;REFB=-0.0137013;REVB=0.0158322;RO=48;SAF=15;SAR=26;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565086;STB=0.559069;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.013413;OID=.;OPOS=79954544;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:48:54:41:43:0.443299:26:15:15:33:26:17:16:38 chr17 79974731 . T C 178.75 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0451546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.251;QD=22.3432;RBI=0.0453547;REFB=-0.0183676;REVB=-0.00425543;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435261;STB=0.524448;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0143703;OID=.;OPOS=79974731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:7:7:8:10:7:7 chr17 79980756 . C A 100.96 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0769198;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7526;QD=14.9563;RBI=0.0931834;REFB=-0.0655714;REVB=0.0525975;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152525;STB=0.588097;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0582523;OID=.;OPOS=79980756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:4:11:7:5:4:11 chr17 80012347 . C T 156.15 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0394251;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.414;QD=15.6153;RBI=0.0396878;REFB=-0.0170563;REVB=-0.00455861;RO=21;SAF=2;SAR=15;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219684;STB=0.651962;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0199985;OID=.;OPOS=80012347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:23:17:17:0.425:15:2:5:16:15:2:6:17 chr17 80013235 . A G 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.129;QD=63.6142;RBI=0.0341249;REFB=0;REVB=0.00572055;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1622e-05;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:45:50:0:0:45:50:0:0 chr17 80039481 . G A 291.42 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0296698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8569;QD=16.8941;RBI=0.0298035;REFB=0.00695849;REVB=0.00282036;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984195;STB=0.540958;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00869583;OID=.;OPOS=80039481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:37:32:32:0.463768:18:14:19:16:18:14:19:18 chr17 80051183 . A G 2216.83 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.731;QD=63.338;RBI=0.0718765;REFB=0;REVB=-0.0715113;RO=0;SAF=66;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.0608e-05;OID=.;OPOS=80051183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:73:66:0:0:73:67:0:0 chr17 80059596 . T C 236.13 PASS AF=0.55;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0198184;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.722;QD=23.6128;RBI=0.0219322;REFB=-0.0273045;REVB=0.00939425;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925453;STB=0.542676;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0338505;OID=.;OPOS=80059596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:21:22:0.55:8:13:13:5:8:14:13:5 chr17 80071244 . T C 251.66 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0146912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2993;QD=17.0616;RBI=0.0195804;REFB=0.00771386;REVB=-0.0129446;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730345;STB=0.540975;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0147317;OID=.;OPOS=80071244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:19:12:13:15:19:12 chr17 80085633 . A G 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0139772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.656;QD=25.2541;RBI=0.0204169;REFB=0.0143199;REVB=-0.0148825;RO=11;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00428658;STB=0.50239;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00660484;OID=.;OPOS=80085633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:5:13:8:3:5:13:8:3 chr17 80085701 . CTG CTT,GCT 212.55 PASS AF=0.488889,0;AO=17,2;DP=45;FAO=22,0;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=21,0;FSAR=1,0;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0494656,0.0858292;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,3;MLLD=37.2181,23.3788;QD=18.8929;RBI=0.12251,0.116512;REFB=-0.00882846,-0.029337;REVB=-0.112079,-0.0787939;RO=18;SAF=17,0;SAR=0,2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.806672,-0.631566;STB=0.856689,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0103036,0.0162961;OID=.,.;OPOS=80085703,80085701;OREF=G,CTG;OALT=T,GCT;OMAPALT=CTT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:23:17,2:22,0:0.488889,0:0,2:17,0:13:5:1,0:21,0:14:9 chr17 80086386 . C T 377.48 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00944991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.218;QD=16.2355;RBI=0.00967197;REFB=-0.0247397;REVB=-0.00206064;RO=53;SAF=14;SAR=26;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903331;STB=0.550948;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0295361;OID=.;OPOS=80086386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:26:14:23:30:26:14:23:30 chr17 80086389 . C T 365.5 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00964838;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.286;QD=15.7205;RBI=0.0102228;REFB=-0.00101426;REVB=0.00337857;RO=53;SAF=14;SAR=25;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809039;STB=0.552298;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0032253;OID=.;OPOS=80086389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:39:39:0.419355:25:14:23:30:25:14:24:30 chr17 80086395 . T C 375.36 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0233155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.743;QD=15.8048;RBI=0.0258602;REFB=-0.020305;REVB=-0.0111866;RO=54;SAF=14;SAR=26;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824904;STB=0.553164;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0413142;OID=.;OPOS=80086395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:55:40:40:0.421053:26:14:23:31:26:14:24:31 chr17 80099639 . C A 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0137693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2267;QD=21.6114;RBI=0.0244024;REFB=0.0246032;REVB=-0.0201465;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131254;STB=0.573708;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0245945;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:9:15:11:12:9:15:11:12 chr17 80103737 . T C 463.02 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0180294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.307;QD=21.5356;RBI=0.0318375;REFB=-0.0127439;REVB=0.0262406;RO=40;SAF=11;SAR=34;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879873;STB=0.558815;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00928545;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:34:11:13:27:34:11:14:27 chr17 80136418 . C T 238.1 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0281275;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6482;QD=11.3383;RBI=0.031044;REFB=-0.00231197;REVB=-0.0131366;RO=53;SAF=18;SAR=11;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249108;STB=0.501741;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00420296;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:53:55:29:29:0.345238:11:18:34:19:11:18:34:21 chr17 80151881 . G A 733.71 PASS AF=0.493506;AO=76;DP=154;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=-0.00379836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.433;QD=19.0573;RBI=0.0153791;REFB=-0.0256272;REVB=0.0149026;RO=78;SAF=36;SAR=40;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16472;STB=0.590608;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0222994;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:78:78:76:76:0.493506:40:36:51:27:40:36:51:27 chr17 80159566 . T C 257.17 PASS AF=0.519231;AO=30;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0285378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6988;QD=19.7821;RBI=0.0834171;REFB=0.0118111;REVB=-0.0783837;RO=22;SAF=19;SAR=11;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305333;STB=0.664685;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0295569;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:25:30:27:0.519231:11:19:5:17:10:17:7:18 chr17 80195582 . T C 815.39 PASS AF=0.923077;AO=60;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0262197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.441;QD=50.1776;RBI=0.0284687;REFB=-0.0672266;REVB=0.0110902;RO=4;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607638;STB=0.524338;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00184101;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:65:65:4:5:60:60:0.923077:29:31:0:4:29:31:1:4 chr17 80218800 . G A 35.93 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0439045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7404;QD=23.9523;RBI=0.0992014;REFB=-0.155616;REVB=0.0889568;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0319668;OID=.;OPOS=80218800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr17 80280865 . G A 239.38 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00105304;FXX=0.0405351;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.457;QD=13.4862;RBI=0.023835;REFB=-0.0149736;REVB=-0.0238117;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442437;STB=0.500505;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0260621;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:38:43:28:28:0.394366:13:15:22:16:13:15:23:20 chr17 80320561 . G A 787.54 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290623;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.984;QD=57.2756;RBI=0.0297808;REFB=0;REVB=-0.00650228;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32883e-05;OID=.;OPOS=80320561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr17 80350331 . G A 2809.25 PASS AF=0.994475;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0402025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.01;QD=62.083;RBI=0.0563129;REFB=-0.12864;REVB=0.0394322;RO=0;SAF=87;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502674;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000297883;OID=.;OPOS=80350331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:180:181:0:1:180:180:0.994475:93:87:0:0:93:87:0:1 chr17 80373377 . G T 159.43 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.122208;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.757;QD=17.7146;RBI=0.122387;REFB=-0.0159248;REVB=-0.00661808;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102873;STB=0.556937;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0352804;OID=.;OPOS=80373377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:19:16:17:0.472222:8:8:7:11:8:9:8:11 chr17 80373478 . C G 310.44 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00934511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.602;QD=21.4096;RBI=0.0177672;REFB=-0.0159912;REVB=0.015111;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065842;STB=0.545426;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0151487;OID=.;OPOS=80373478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:26:32:32:0.551724:18:14:13:12:18:14:14:12 chr17 80377690 . T G 95.65 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0242108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.954;QD=11.5945;RBI=0.0242112;REFB=0.0065181;REVB=-0.000141305;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764774;STB=0.545379;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00734386;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:12:9:6:6:12:9 chr17 80382271 . T C 35.14 PASS AF=0.119403;AO=9;DP=69;FAO=8;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0422081;FXX=0.0289813;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.3612;QD=2.09778;RBI=0.0528587;REFB=-0.00447572;REVB=-0.0318201;RO=45;SAF=7;SAR=2;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343101;STB=0.849264;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0195249;OID=.;OPOS=80382271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:69:67:45:59:9:8:0.119403:2:7:23:22:1:7:30:29 chr17 80391684 . A G 1342.94 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418856;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7135;QD=62.4624;RBI=0.0464222;REFB=0;REVB=-0.0200154;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270658;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chr17 80394530 . G T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6397;QD=55.654;RBI=0.0784612;REFB=0;REVB=0.0661657;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002209;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr17 80401946 . A G 417.94 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.144336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0424;QD=53.928;RBI=0.144458;REFB=-0.00353316;REVB=-0.00593647;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00122839;OID=.;OPOS=80401946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:18:12:0:1:18:12:0:1 chr17 80439733 . C T 711.28 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00886819;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.488;QD=21.3919;RBI=0.0122111;REFB=-0.00809631;REVB=-0.00839443;RO=61;SAF=30;SAR=39;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210136;STB=0.516551;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00840907;OID=.;OPOS=80439733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:61:64:69:69:0.518797:39:30:28:33:39:30:30:34 chr17 80452592 . G C 147.63 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.124887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.633;QD=36.9085;RBI=0.125307;REFB=-0.170198;REVB=-0.0102413;RO=2;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100822;STB=0.555478;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00633118;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:16:16:2:2:14:14:0.875:6:8:2:0:6:8:2:0 chr17 80481088 . T C 683.15 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00299744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.574;QD=52.5499;RBI=0.00504539;REFB=-0.159668;REVB=0.00405848;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503998;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00231794;OID=.;OPOS=80481088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:0:2:50:50:0.961538:20:30:0:0:20:30:1:1 chr17 80573681 . A G 138.62 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0273913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6682;QD=19.8024;RBI=0.0476439;REFB=0.00749157;REVB=-0.0389828;RO=12;SAF=13;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507384;STB=0.807444;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0329848;OID=.;OPOS=80573681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:2:13:4:8:2:13:4:9 chr17 80615040 . A C 1169.9 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.442;QD=60.7741;RBI=0.0311336;REFB=0;REVB=-0.00192371;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30483e-05;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:35:41:0:0:36:41:0:0 chr17 80674643 . C G 710.24 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.089;QD=54.6338;RBI=0.0673839;REFB=-0.0324338;REVB=-0.0657827;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000440154;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:22:29:0:0:22:29:1:0 chr17 80696410 . A C,G 789.56 PASS AF=0.96,0.04;AO=43,5;DP=48;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238035,-0.00462283;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.494,134.704;QD=63.1644;RBI=0.0757278,0.062958;REFB=0,0;REVB=0.0718894,0.0627881;RO=0;SAF=18,1;SAR=25,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.65211e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00213953,0.0737217;OID=.,.;OPOS=80696410,80696410;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:50:0:0:43,5:48,2:0.96,0.04:25,4:18,1:0:0:30,1:18,1:0:0 chr17 80700592 . T C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.849;QD=61.8526;RBI=0.0361441;REFB=0;REVB=0.00895799;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27189e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr17 80706928 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00174235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8009;QD=8.69784;RBI=0.0167399;REFB=-0.00315725;REVB=-0.016649;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550754;STB=0.844052;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00449454;OID=.;OPOS=80706928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:9:5:6:1:9:5 chr17 80708601 . C G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00675971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.474;QD=16.3859;RBI=0.0131891;REFB=-0.00921341;REVB=0.0113251;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417055;STB=0.74025;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0064526;OID=.;OPOS=80708601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:1:7:3:6:1:7 chr17 80887451 . A G 958.35 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261406;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.697;QD=58.9752;RBI=0.0366085;REFB=0;REVB=0.0256291;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207293;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr17 80895745 . T C 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.304;QD=61.536;RBI=0.0381738;REFB=0;REVB=0.0344894;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117223;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr17 80895769 . A G 1098.6 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1408;QD=60.1972;RBI=0.0121409;REFB=0;REVB=-0.0013726;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47812e-05;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:40:32:0:0:40:33:0:0 chr17 80895932 . GA G,GG 351.52 PASS AF=0.384615,0.615385;AO=9,17;DP=27;FAO=10,16;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=9,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252447,0.014207;FXX=0.0370233;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=224.297,232.16;QD=54.0804;RBI=0.0703374,0.0612692;REFB=0,0;REVB=0.0656511,0.0595993;RO=0;SAF=0,13;SAR=9,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0124409,0.0103599;OID=.,.;OPOS=80895933,80895933;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.384615,0.615385:9,17:27:10,16:26:0:1,12:9,4:0:0:59:0:0,13:9,4:0:0 chr17 80899281 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.026;QD=49.5992;RBI=0.0354889;REFB=0;REVB=0.033262;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260473;OID=.;OPOS=80899281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr17 80923536 . C T 221.75 PASS AF=0.428571;AO=19;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.123596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.297;QD=18.1019;RBI=0.143289;REFB=-0.0352567;REVB=0.0724966;RO=21;SAF=16;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242105;STB=0.702475;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0620731;OID=.;OPOS=80923536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:25:19:21:0.428571:3:16:14:7:3:18:15:10 chr17 80992932 . A C 317.82 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0407817;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.953;QD=20.5043;RBI=0.04314;REFB=0.000502955;REVB=-0.014068;RO=28;SAF=22;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169757;STB=0.590852;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000128537;OID=.;OPOS=80992932;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:32:33:0.532258:10:22:14:14:11:22:14:15 chr17 81006387 . G A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00740971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6553;QD=16.4058;RBI=0.0631747;REFB=-0.00808295;REVB=-0.0627386;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657879;STB=0.537031;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00489326;OID=.;OPOS=81006387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:18:13:18:19:18:13:18:19 chr17 81006629 . C T 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0202715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.67;QD=15.8611;RBI=0.0209661;REFB=0.00069686;REVB=-0.00535202;RO=50;SAF=18;SAR=20;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265743;STB=0.509474;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00128568;OID=.;OPOS=81006629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:50:51:38:38:0.426966:20:18:25:25:20:18:25:26 chr17 81043039 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.551;QD=56.1916;RBI=0.0381569;REFB=0;REVB=0.0372847;RO=0;SAF=3;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109172;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:25:3:0:0:25:3:0:0 chr17 81050982 . G C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.01;QD=64.1538;RBI=0.0222786;REFB=0;REVB=0.0217986;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03162e-05;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr18 48104 . T C 330.51 PASS AF=0.359649;AO=41;DP=114;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.00438504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5238;QD=11.5969;RBI=0.0596291;REFB=-0.00907528;REVB=0.0594677;RO=72;SAF=22;SAR=19;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00568819;STB=0.501505;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0175894;OID=.;OPOS=48104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:72:73:41:41:0.359649:19:22:39:33:19:22:39:34 chr18 49546 . G A 113.62 PASS AF=0.705882;AO=13;DP=18;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0284305;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.139;QD=26.7352;RBI=0.0538479;REFB=-0.00788921;REVB=-0.0457307;RO=4;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345498;STB=0.67534;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00670127;OID=.;OPOS=49546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:18:17:4:5:13:12:0.705882:11:2:3:1:10:2:3:2 chr18 49548 . TT GC 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0112695;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=250.178;QD=31.2417;RBI=0.0112769;REFB=-5.00588e-06;REVB=0.000408914;RO=4;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442187;STB=0.749582;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=7.37538e-05;OID=.;OPOS=49548;OREF=TT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:12:2:4:0:12:2:4:0 chr18 252559 . G A 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.588;QD=64.1497;RBI=0.0222068;REFB=0;REVB=0.021718;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99775e-05;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr18 319446 . C A 750.28 PASS AF=0.430851;AO=74;DP=181;FAO=81;FDP=188;FR=.;FRO=107;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=0.0499693;FXX=0.00529073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9112;QD=15.9633;RBI=0.0545532;REFB=-0.00197941;REVB=0.0218889;RO=107;SAF=44;SAR=30;SRF=45;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182846;STB=0.619622;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00339387;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:188:107:107:74:81:0.430851:30:44:45:62:30:51:45:62 chr18 320009 . G A 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00873296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.969;QD=21.6258;RBI=0.0114601;REFB=-0.0175238;REVB=-0.00742089;RO=38;SAF=16;SAR=27;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898674;STB=0.549677;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0142273;OID=.;OPOS=320009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:27:16:18:20:27:16:18:20 chr18 334742 . C T 718.2 PASS AF=0.486301;AO=71;DP=146;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.0258237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.387;QD=19.6768;RBI=0.0302083;REFB=0.00102516;REVB=0.015674;RO=75;SAF=38;SAR=33;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137485;STB=0.575847;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00142451;OID=.;OPOS=334742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:75:75:71:71:0.486301:33:38:29:46:33:38:29:46 chr18 334758 . T C 2276.63 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00667735;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.876;QD=62.3735;RBI=0.0639402;REFB=0;REVB=0.0635905;RO=0;SAF=64;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159512;OID=.;OPOS=334758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:146:0:0:140:146:1:76:64:0:0:79:67:0:0 chr18 334994 . A G 1104.85 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.41;QD=59.7215;RBI=0.0172148;REFB=0;REVB=0.016399;RO=0;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22117e-05;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:24:49:0:0:25:49:0:0 chr18 580623 . T C 297.01 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00752425;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.747;QD=18.0008;RBI=0.00841838;REFB=-0.0233288;REVB=-0.00377554;RO=34;SAF=11;SAR=21;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279296;STB=0.656152;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0187302;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:34:32:32:0.484848:21:11:22:12:21:11:22:12 chr18 581201 . T A 889.18 PASS AF=0.444444;AO=96;DP=216;FAO=96;FDP=216;FR=.;FRO=120;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=57;FSRR=63;FWDB=0.0582209;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2063;QD=16.4662;RBI=0.0668997;REFB=0.00384434;REVB=0.032953;RO=119;SAF=36;SAR=60;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107124;STB=0.557542;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00463935;OID=.;OPOS=581201;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:119:120:96:96:0.444444:60:36:57:62:60:36:57:63 chr18 581203 . TT GA 888.21 PASS AF=0.444444;AO=96;DP=216;FAO=96;FDP=216;FR=.;FRO=120;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=57;FSRR=63;FWDB=0.00946614;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.585;QD=16.4483;RBI=0.0102356;REFB=-0.000699444;REVB=0.00389367;RO=120;SAF=36;SAR=60;SRF=57;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10346;STB=0.557542;STBP=0.148;TYPE=mnp;VARB=0.000744567;OID=.;OPOS=581203;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:120:120:96:96:0.444444:60:36:57:63:60:36:57:63 chr18 586736 . C T 323.78 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00728631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.118;QD=14.3901;RBI=0.0190928;REFB=0.00412221;REVB=-0.0176477;RO=54;SAF=19;SAR=17;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690553;STB=0.539158;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00702373;OID=.;OPOS=586736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:17:19:32:22:17:19:32:22 chr18 658035 . A G 315.41 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00126362;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.136;QD=16.1749;RBI=0.0625714;REFB=-0.0130458;REVB=-0.0625587;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569861;STB=0.517282;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.01809;OID=.;OPOS=658035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:43:34:35:0.448718:19:15:20:20:19:16:21:22 chr18 706558 . C T 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0291178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.84;QD=17.5684;RBI=0.02936;REFB=-0.00981068;REVB=0.00376307;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00310612;STB=0.501741;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0110236;OID=.;OPOS=706558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:13:16:17:14:13:16:17:14 chr18 712568 . G A 68.77 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0260149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9862;QD=15.2819;RBI=0.108489;REFB=-0.0144741;REVB=0.105324;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112036;STB=0.565081;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0239948;OID=.;OPOS=712568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:2:7:6:3:2:7 chr18 724612 . A G 404.97 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236362;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5516;QD=53.9953;RBI=0.0631542;REFB=-0.13073;REVB=0.0585644;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227272;STB=0.512187;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00719184;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:1:1:29:29:0.966667:9:20:1:0:9:20:1:0 chr18 904766 . G C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00332185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.031;QD=9.56965;RBI=0.0433907;REFB=-0.0272408;REVB=-0.0432634;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303091;STB=0.683772;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0510898;OID=.;OPOS=904766;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:10:5:5:3:10:5 chr18 907675 . G A 1269.76 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.052161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1217;QD=60.4646;RBI=0.0733886;REFB=-0.134571;REVB=0.0516248;RO=1;SAF=25;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185652;STB=0.509802;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0024286;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:1:1:83:83:0.988095:58:25:1:0:58:25:1:0 chr18 909561 . A G 682.35 PASS AF=0.426136;AO=75;DP=176;FAO=75;FDP=176;FR=.;FRO=101;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=0.00599047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.301;QD=15.508;RBI=0.0156496;REFB=-0.0110487;REVB=-0.0144577;RO=101;SAF=41;SAR=34;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226455;STB=0.512653;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0146049;OID=.;OPOS=909561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:101:101:75:75:0.426136:34:41:53:48:34:41:53:48 chr18 2539016 . C G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8161;QD=57.3857;RBI=0.0505871;REFB=0;REVB=0.0500434;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480215;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr18 2547500 . G T 1172.17 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.986;QD=60.8921;RBI=0.0288979;REFB=0;REVB=0.0277222;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01141e-05;OID=.;OPOS=2547500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:37:39:0:0:37:40:0:0 chr18 2554807 . T G 388.82 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00775791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4953;QD=15.0998;RBI=0.0278081;REFB=-0.00765684;REVB=0.026704;RO=59;SAF=24;SAR=20;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893798;STB=0.550242;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00972203;OID=.;OPOS=2554807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:44:44:0.427184:20:24:27:32:20:24:27:32 chr18 2554836 . A G 435.04 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00463063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.736;QD=16.4166;RBI=0.00654841;REFB=-0.011101;REVB=-0.00463021;RO=57;SAF=26;SAR=22;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100036;STB=0.550999;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0119473;OID=.;OPOS=2554836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:58:48:48:0.45283:22:26:25:32:22:26:26:32 chr18 2555002 . C T 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0202295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.141;QD=8.86108;RBI=0.0206336;REFB=-0.0106329;REVB=-0.00406379;RO=33;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188954;STB=0.613226;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0335798;OID=.;OPOS=2555002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:8:5:8:25:8:5:8:25 chr18 2555005 . C T 102.28 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0121928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0643;QD=9.09145;RBI=0.0264382;REFB=-0.00997149;REVB=-0.0234588;RO=32;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176932;STB=0.605912;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0105572;OID=.;OPOS=2555005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:8:5:8:24:8:5:8:24 chr18 2555008 . T G 83.08 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0491769;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.819;QD=7.72836;RBI=0.0499844;REFB=-0.00732396;REVB=0.00894837;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259143;STB=0.657643;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0214445;OID=.;OPOS=2555008;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:43:43:32:32:11:11:0.255814:6:5:8:24:6:5:8:24 chr18 2616457 . G C 1006.08 PASS AF=0.429719;AO=104;DP=247;FAO=107;FDP=249;FR=.;FRO=142;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=64;FSRR=78;FWDB=0.00299343;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.249;QD=16.1619;RBI=0.0131745;REFB=-0.015544;REVB=0.01283;RO=143;SAF=43;SAR=61;SRF=64;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361928;STB=0.523058;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0208053;OID=.;OPOS=2616457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:249:143:142:104:107:0.429719:61:43:64:79:63:44:64:78 chr18 2656248 . G C 36.17 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0269316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.324;QD=7.2337;RBI=0.0278399;REFB=-0.0270649;REVB=-0.00705328;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125021;STB=0.59968;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0499104;OID=.;OPOS=2656248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:13:14:6:6:0.3:3:3:8:5:3:3:9:5 chr18 2705700 . A G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0247347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.031;QD=13.0914;RBI=0.0642882;REFB=-0.00334104;REVB=0.0593394;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220785;STB=0.629432;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00372074;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:5:8:8:12:5:8:8:12 chr18 2707619 . G A 632.48 PASS AF=0.538462;AO=62;DP=118;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0127887;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.507;QD=21.6231;RBI=0.0147296;REFB=-0.00841839;REVB=-0.00730828;RO=53;SAF=24;SAR=38;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12108;STB=0.565736;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0065094;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:53:54:62:63:0.538462:38:24:28:25:38:25:29:25 chr18 2740714 . A G 486.24 PASS AF=0.567901;AO=45;DP=80;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0211306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.164;QD=24.0117;RBI=0.0244377;REFB=-0.0284478;REVB=0.012276;RO=35;SAF=28;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659514;STB=0.539746;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0200367;OID=.;OPOS=2740714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:35:35:45:46:0.567901:17:28:19:16:17:29:19:16 chr18 2750477 . A G 250.54 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0795326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.754;QD=14.524;RBI=0.0803184;REFB=-0.00880736;REVB=0.0112076;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203891;STB=0.615307;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0128778;OID=.;OPOS=2750477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:13:16:14:26:13:16:14:26 chr18 2778979 . G T 1452.5 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0877746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4024;QD=63.1524;RBI=0.0998237;REFB=0;REVB=0.0475437;RO=0;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267411;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:59:32:0:0:60:32:0:0 chr18 2891245 . A T 80.2 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.051406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.057;QD=16.8833;RBI=0.0535473;REFB=-0.03308;REVB=0.0149912;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215579;STB=0.624753;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0190834;OID=.;OPOS=2891245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:6:3:6:4:6:3 chr18 2946291 . C T 3132.89 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2801;QD=63.9365;RBI=0.0332506;REFB=0;REVB=-0.0299071;RO=0;SAF=89;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.44382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014926;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:107:89:0:0:107:89:0:0 chr18 3025464 . A G 1603.48 PASS AF=0.974359;AO=108;DP=120;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.237535;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.132;QD=54.8199;RBI=0.237543;REFB=-0.143795;REVB=0.00188585;RO=9;SAF=47;SAR=61;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151142;STB=0.511448;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00126256;OID=.;OPOS=3025464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:120:117:9:3:108:114:0.974359:61:47:3:6:64:50:0:3 chr18 3067278 . A C,G 656.93 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=2,41;DP=43;FAO=2,41;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382536,0.0203807;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.107,153.816;QD=61.1099;RBI=0.0080866,0.0765939;REFB=0,0;REVB=-0.00712459,-0.0738326;RO=0;SAF=0,27;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00451119,0.000876915;OID=.,.;OPOS=3067278,3067278;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:2,41:2,41:0.0465116,0.953488:2,14:0,27:0:0:2,14:0,27:0:0 chr18 3075503 . C A,CAAA 1151.16 PASS AF=0.0519481,0.948052;AO=4,70;DP=80;FAO=4,73;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=4,42;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047466,0.0037843;FXX=0.0374953;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=59.868,214.262;QD=59.8004;RBI=0.0476363,0.0102026;REFB=0,0;REVB=0.00402469,0.00947482;RO=4;SAF=4,39;SAR=0,31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0460583;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0914029,0.000245577;OID=.,.;OPOS=3075503,3075504;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:80:77:4:0:4,70:4,73:0.0519481,0.948052:0,31:4,39:4:0:0,31:4,42:0:0 chr18 3075712 . C A 1514.7 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0247357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3278;QD=62.4619;RBI=0.026952;REFB=0.0701475;REVB=-0.010703;RO=1;SAF=40;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117078;STB=0.506172;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00632353;OID=.;OPOS=3075712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:56:40:1:0:56:40:1:0 chr18 3126811 . A G 552.2 PASS AF=0.47541;AO=56;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00920947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.702;QD=18.1051;RBI=0.00929325;REFB=-0.0177313;REVB=0.00124505;RO=64;SAF=20;SAR=36;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1716;STB=0.601371;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0245673;OID=.;OPOS=3126811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:64:56:58:0.47541:36:20:34:30:38:20:34:30 chr18 3126888 . T C 259.25 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0187188;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5873;QD=13.6446;RBI=0.0316709;REFB=-0.014833;REVB=0.0255471;RO=46;SAF=4;SAR=26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447346;STB=0.760919;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0238072;OID=.;OPOS=3126888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:46:46:30:30:0.394737:26:4:21:25:26:4:21:25 chr18 3168816 . G A 1072.2 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208238;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.425;QD=60.4059;RBI=0.0276206;REFB=0;REVB=-0.0181457;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356687;OID=.;OPOS=3168816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr18 3173964 . G A 1234.27 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3395;QD=60.9517;RBI=0.0165174;REFB=0;REVB=-0.0107508;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580932;OID=.;OPOS=3173964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:38:42:0:0:39:42:0:0 chr18 3176040 . C G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.235;QD=57.2377;RBI=0.024156;REFB=0;REVB=0.0207536;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67355e-05;OID=.;OPOS=3176040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr18 3176063 . C T 1012.34 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3548;QD=57.848;RBI=0.0835325;REFB=-0.137886;REVB=0.0827281;RO=1;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165801;STB=0.508472;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00352181;OID=.;OPOS=3176063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:28:40:0:1:29:40:0:1 chr18 3188976 . A G 2178.52 PASS AF=0.985915;AO=137;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0465542;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.156;QD=61.3667;RBI=0.0474209;REFB=-0.02624;REVB=0.00902493;RO=0;SAF=28;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44946e-08;STB=0.516127;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000227951;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:142:0:2:137:140:0.985915:109:28:0:0:110:30:2:0 chr18 3215156 . C G 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0304566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.165;QD=24.5164;RBI=0.034024;REFB=-0.0105456;REVB=-0.0151666;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390745;STB=0.521723;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0156416;OID=.;OPOS=3215156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:16:11:10:12:16:11:10:12 chr18 3215158 . C G 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00504023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.464;QD=24.5166;RBI=0.0294136;REFB=0.00944833;REVB=0.0289786;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390745;STB=0.521723;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00875508;OID=.;OPOS=3215158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:16:11:10:12:16:11:10:12 chr18 3450455 . C A 883.06 PASS AF=0.442396;AO=95;DP=218;FAO=96;FDP=217;FR=.;FRO=121;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=54;FSRR=67;FWDB=-0.00938495;FXX=0.009132;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.6757;QD=16.2776;RBI=0.0164922;REFB=-0.00832498;REVB=0.0135616;RO=116;SAF=45;SAR=50;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338925;STB=0.518393;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0140213;OID=.;OPOS=3450455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:116:121:95:96:0.442396:50:45:51:65:50:46:54:67 chr18 3457539 . A G 536.18 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0163039;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9392;QD=20.2334;RBI=0.0455285;REFB=-0.0177336;REVB=-0.0425092;RO=49;SAF=39;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151862;STB=0.596294;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0216764;OID=.;OPOS=3457539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:51:55:55:0.518868:16:39:27:22:16:39:27:24 chr18 3457607 . C T 359.15 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0120754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.965;QD=14.8104;RBI=0.0258068;REFB=-0.00916876;REVB=-0.0228074;RO=50;SAF=29;SAR=10;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230997;STB=0.620729;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0149383;OID=.;OPOS=3457607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:50:58:39:39:0.402062:10:29:27:23:10:29:33:25 chr18 3571217 . T C 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9469;QD=56.9981;RBI=0.112912;REFB=0;REVB=0.106961;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125004;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr18 3598067 . G A 121.01 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0132029;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.064;QD=13.8297;RBI=0.0151416;REFB=-0.0158552;REVB=-0.00741289;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159853;STB=0.594448;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0227882;OID=.;OPOS=3598067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:21:14:14:0.4:11:3:7:14:11:3:7:14 chr18 3729175 . C T 689.04 PASS AF=0.573913;AO=66;DP=116;FAO=66;FDP=115;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00894671;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.051;QD=23.9667;RBI=0.0454913;REFB=-0.0356639;REVB=0.0446028;RO=49;SAF=32;SAR=34;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675237;STB=0.536831;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0248799;OID=.;OPOS=3729175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:49:49:66:66:0.573913:34:32:28:21:34:32:28:21 chr18 5292030 . A G 661.75 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.015214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8922;QD=27.5729;RBI=0.0181669;REFB=-0.0015142;REVB=0.00992825;RO=38;SAF=33;SAR=25;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666302;STB=0.53623;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00176348;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:38:58:58:0.604167:25:33:25:13:25:33:25:13 chr18 5410574 . A G 1325.46 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0230263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.456;QD=60.9407;RBI=0.0261976;REFB=-0.0247519;REVB=-0.0124942;RO=1;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997334;STB=0.505262;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000152489;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:85:86:0.988506:47:38:0:1:47:39:0:1 chr18 5419826 . A G 562.24 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00533996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0022;QD=19.5562;RBI=0.0352411;REFB=0.00493552;REVB=-0.0348341;RO=56;SAF=20;SAR=38;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965876;STB=0.549822;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00692164;OID=.;OPOS=5419826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:56:57:58:58:0.504348:38:20:25:31:38:20:25:32 chr18 5630531 . G A 1974.95 PASS AF=0.93007;AO=133;DP=144;FAO=133;FDP=143;FR=.;FRO=10;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0272549;FXX=0.00694396;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.869;QD=55.2434;RBI=0.0411099;REFB=-0.110682;REVB=0.0307765;RO=9;SAF=61;SAR=72;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422252;STB=0.525355;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00178855;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:144:143:9:10:133:133:0.93007:72:61:1:8:72:61:1:9 chr18 5960076 . AT AA,A,TA 88.15 PASS AF=0.0925926,0.277778,0.0555556;AO=3,13,3;DP=48;FAO=5,15,3;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=4,7,0;FSAR=1,8,3;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0824303,-0.0352987,-0.0382914;FXX=0;HRUN=5,5,2;LEN=1,1,2;MLLD=17.2108,9.65693,115.298;QD=6.52962;RBI=0.0884582,0.132769,0.185813;REFB=-0.0808483,-0.093493,-0.000109422;REVB=0.032095,-0.127991,-0.181824;RO=26;SAF=3,9,0;SAR=0,4,3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.535537,0.140134,-0.597175;STB=0.716995,0.576268,0.996877;STBP=0.376,0.469,0.037;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.147615,0.0381887,-0.0836934;OID=.,.,.;OPOS=5960077,5960077,5960076;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=AA,A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:48:54:26:31:3,13,3:5,15,3:0.0925926,0.277778,0.0555556:0,4,3:3,9,0:15:11:1,8,3:4,7,0:18:13 chr18 5960165 . G A 2584.2 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.262;QD=61.897;RBI=0.0200351;REFB=0;REVB=-0.0028175;RO=0;SAF=68;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61133e-06;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:167:0:0:165:167:1:97:68:0:0:97:70:0:0 chr18 6046717 . T C 637.79 PASS AF=0.410405;AO=71;DP=179;FAO=71;FDP=173;FR=.;FRO=102;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.00886081;FXX=0.0335177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1541;QD=14.7465;RBI=0.0296995;REFB=-0.00713144;REVB=0.0283468;RO=102;SAF=47;SAR=24;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22675;STB=0.627467;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00856294;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:173:102:102:71:71:0.410405:24:47:46:56:24:47:46:56 chr18 6455000 . C T 1589.61 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333817;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9487;QD=59.9852;RBI=0.0422866;REFB=0;REVB=0.0259579;RO=0;SAF=35;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236646;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:69:35:0:0:71:35:0:0 chr18 6455037 . T C 551.54 PASS AF=0.528302;AO=55;DP=105;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.0133019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.407;QD=20.813;RBI=0.0355613;REFB=-0.0246611;REVB=-0.0329798;RO=50;SAF=22;SAR=33;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921378;STB=0.546814;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0210728;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:50:50:55:56:0.528302:33:22:15:35:34:22:15:35 chr18 6851058 . C G 500.17 PASS AF=0.426357;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.00674026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3358;QD=15.509;RBI=0.0110337;REFB=-0.0127184;REVB=0.00873567;RO=74;SAF=22;SAR=33;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144806;STB=0.58122;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0222015;OID=.;OPOS=6851058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:74:74:55:55:0.426357:33:22:40:34:33:22:40:34 chr18 6889973 . A G 1311.68 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0169553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.611;QD=59.6217;RBI=0.0226025;REFB=-0.0525865;REVB=0.0149463;RO=2;SAF=38;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242799;STB=0.512818;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000288789;OID=.;OPOS=6889973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:48:38:2:0:48:38:2:0 chr18 6890434 . A G 923.17 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215722;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.012;QD=58.6141;RBI=0.0284177;REFB=0;REVB=0.0184987;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68233e-05;OID=.;OPOS=6890434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr18 6912143 . A C 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5698;QD=57.1955;RBI=0.0252216;REFB=0;REVB=0.0053264;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000397185;OID=.;OPOS=6912143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr18 6928138 . A G 212.27 PASS AF=0.645161;AO=19;DP=30;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00223125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.195;QD=27.3904;RBI=0.0204155;REFB=0.00986689;REVB=-0.0202932;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141891;STB=0.584331;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0033424;OID=.;OPOS=6928138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:11:11:19:20:0.645161:11:8:7:4:12:8:7:4 chr18 6928180 . G T 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0365923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.095;QD=28.7635;RBI=0.0408732;REFB=-0.0336683;REVB=0.0182103;RO=9;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176143;STB=0.597597;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0225548;OID=.;OPOS=6928180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:12:7:6:3:12:7:6:3 chr18 6943264 . G A 620.19 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=-0.0365832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.668;QD=19.5337;RBI=0.0367887;REFB=-0.019052;REVB=-0.00388349;RO=64;SAF=41;SAR=22;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373515;STB=0.520595;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0184353;OID=.;OPOS=6943264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:64:63:63:0.496063:22:41:44:20:22:41:44:20 chr18 6971872 . G A 291.15 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0256689;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.494;QD=25.3176;RBI=0.0318912;REFB=-0.0329571;REVB=-0.0189252;RO=17;SAF=8;SAR=18;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116237;STB=0.503934;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0193471;OID=.;OPOS=6971872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:17:20:26:26:0.565217:18:8:3:14:18:8:6:14 chr18 6971905 . G A 256.32 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00821226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8234;QD=22.7837;RBI=0.0439073;REFB=-0.00767873;REVB=-0.0431324;RO=21;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556722;STB=0.531009;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00536233;OID=.;OPOS=6971905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:17:7:5:16:17:7:5:16 chr18 6980523 . T C 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.985;QD=61.0489;RBI=0.00734306;REFB=0;REVB=-0.00615289;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26553e-06;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr18 6983194 . G T 264.39 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.139395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3073;QD=21.583;RBI=0.166564;REFB=-0.0120084;REVB=0.0911748;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864761;STB=0.540509;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00944807;OID=.;OPOS=6983194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:24:25:0.510204:16:8:6:18:17:8:6:18 chr18 6985270 . C T 466.58 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0272645;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.379;QD=22.2181;RBI=0.0406277;REFB=0.0115643;REVB=-0.0301207;RO=39;SAF=30;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201835;STB=0.611519;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00609984;OID=.;OPOS=6985270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:39:39:45:45:0.535714:15:30:17:22:15:30:17:22 chr18 6985631 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0045162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.653;QD=21.0153;RBI=0.0189488;REFB=-0.0225269;REVB=0.0184027;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19995;STB=0.612628;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.025982;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:4:9:7:9:4:9 chr18 6986259 . G A 773.05 PASS AF=0.521127;AO=73;DP=142;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0168381;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.255;QD=21.776;RBI=0.0173725;REFB=-0.00988151;REVB=0.00427565;RO=67;SAF=28;SAR=45;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977756;STB=0.560078;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0141465;OID=.;OPOS=6986259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:67:68:73:74:0.521127:45:28:33:34:46:28:34:34 chr18 8387195 . G A 1453.38 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.823;QD=63.1906;RBI=0.0382365;REFB=0;REVB=0.0280762;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106723;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:41:50:0:0:41:51:0:0 chr18 8387219 . G C 1044.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1387;QD=59.6749;RBI=0.0516475;REFB=0;REVB=0.0279103;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138042;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr18 8471976 . A G 740.75 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5192;QD=55.9056;RBI=0.0307642;REFB=0;REVB=-0.0277682;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662648;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:26:27:0:0 chr18 8472047 . C T 358.03 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00834339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5412;QD=31.1335;RBI=0.0391088;REFB=-0.0117938;REVB=-0.0382085;RO=16;SAF=18;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143952;STB=0.578894;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0121717;OID=.;OPOS=8472047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:12:18:6:10:12:18:6:10 chr18 8545736 . A G 410.28 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0218538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.797;QD=21.0398;RBI=0.0407877;REFB=-0.0485473;REVB=-0.034439;RO=36;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748791;STB=0.51098;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.042816;OID=.;OPOS=8545736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:36:37:41:41:0.525641:19:22:19:17:19:22:19:18 chr18 8545785 . A G 405.4 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0478286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0881;QD=25.3377;RBI=0.0545655;REFB=-0.00745949;REVB=-0.0262644;RO=24;SAF=18;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315296;STB=0.524259;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00651276;OID=.;OPOS=8545785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:24:25:39:39:0.609375:21:18:10:14:21:18:10:15 chr18 8545823 . T C 344.82 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0176629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0041;QD=21.8936;RBI=0.0178306;REFB=-0.03719;REVB=-0.00243938;RO=28;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104241;STB=0.557677;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0266537;OID=.;OPOS=8545823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:23:12:13:15:23:12:13:15 chr18 8545859 . A G 346.69 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.026302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9578;QD=22.367;RBI=0.0334047;REFB=0.00941125;REVB=0.0205931;RO=27;SAF=11;SAR=24;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143567;STB=0.57943;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00703783;OID=.;OPOS=8545859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:24:11:13:14:24:11:13:14 chr18 8783835 . T C 579.38 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028062;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.211;QD=60.9873;RBI=0.0373099;REFB=0;REVB=-0.0245877;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349134;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr18 8784370 . A G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.606;QD=63.3368;RBI=0.0192938;REFB=0;REVB=-0.0190619;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55202e-05;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr18 8785973 . GCC GC,GCG 207.68 PASS AF=0.9,0.1;AO=12,2;DP=21;FAO=18,2;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.268348,0.0142274;FXX=0.0908678;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.8725,149.237;QD=41.5355;RBI=0.268958,0.0835912;REFB=0,0;REVB=-0.0181008,-0.0823716;RO=1;SAF=1,0;SAR=11,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.276576,0;SSSB=-0.293687,-0.697199;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0168647,0.171915;OID=.,.;OPOS=8785974,8785975;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9,0.1:12,2:21:18,2:20:0:2,0:16,2:0:0:11:1:1,0:11,2:1:0 chr18 8786354 . G A 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0151697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.466;QD=24.204;RBI=0.0167353;REFB=-0.0351298;REVB=0.00706765;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154912;STB=0.599893;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0210781;OID=.;OPOS=8786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:11:12:18:18:0.6:9:9:3:8:9:9:3:9 chr18 8809445 . G C 474.98 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.00771126;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.956;QD=16.3787;RBI=0.0179638;REFB=-0.0224029;REVB=0.0162244;RO=64;SAF=19;SAR=33;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026646;STB=0.514888;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0421906;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:64:64:52:52:0.448276:33:19:25:39:33:19:25:39 chr18 8826083 . G C 837.47 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.217;QD=55.8316;RBI=0.0254957;REFB=-0.150538;REVB=0.0219692;RO=1;SAF=37;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125832;STB=0.506664;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00035551;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:22:37:1:0:22:37:1:0 chr18 9117867 . T C 1505.06 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0253723;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.262;QD=61.4312;RBI=0.0389518;REFB=-0.00897308;REVB=0.0295549;RO=2;SAF=42;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220437;STB=0.511625;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00018424;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:54:42:2:0:54:42:2:0 chr18 9122591 . T C 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0224872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.098;QD=2.58569;RBI=0.0225631;REFB=-0.00240325;REVB=-0.00184993;RO=59;SAF=1;SAR=8;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530898;STB=0.879129;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.024633;OID=.;OPOS=9122591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:59:60:9:9:0.130435:8:1:32:27:8:1:32:28 chr18 9255982 . A G 462.86 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1559;QD=57.8573;RBI=0.012638;REFB=0;REVB=0.0115921;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355318;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr18 9283697 . T C 661.96 PASS AF=0.597938;AO=58;DP=98;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.041597;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.864;QD=27.2973;RBI=0.0422062;REFB=-0.0368418;REVB=0.0071451;RO=39;SAF=24;SAR=34;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360404;STB=0.530084;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0235009;OID=.;OPOS=9283697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:39:39:58:58:0.597938:34:24:18:21:34:24:19:20 chr18 9402174 . A G 250.52 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.020527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.439;QD=12.2206;RBI=0.02178;REFB=-0.0169055;REVB=-0.00728086;RO=49;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415585;STB=0.515538;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0302545;OID=.;OPOS=9402174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:52:30:30:0.365854:16:14:21:28:16:14:23:29 chr18 9518126 . G A 518.33 PASS AF=0.397351;AO=60;DP=151;FAO=60;FDP=151;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.000628514;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6467;QD=13.7306;RBI=0.0178147;REFB=-0.00147705;REVB=0.0178036;RO=91;SAF=28;SAR=32;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649474;STB=0.536616;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00252488;OID=.;OPOS=9518126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:91:91:60:60:0.397351:32:28:48:43:32:28:48:43 chr18 9562042 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0151733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.949;QD=20.2743;RBI=0.0191082;REFB=0.00616529;REVB=-0.0116143;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167399;STB=0.509426;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00834353;OID=.;OPOS=9562042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:14:10:10:13:14:10 chr18 9618005 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3079;QD=53.2767;RBI=0.0440561;REFB=0;REVB=0.0440433;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112779;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr18 9618049 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.759;QD=51.9166;RBI=0.00433714;REFB=0;REVB=-0.00366305;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67883e-05;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr18 9887497 . G A 57.06 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.135366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3682;QD=28.5302;RBI=0.139751;REFB=-0.11276;REVB=0.0347337;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0347152;OID=.;OPOS=9887497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:4:3:0:0:4:3:1:0 chr18 9887546 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00316947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.013;QD=24.3277;RBI=0.0121137;REFB=-0.0173875;REVB=0.0116917;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223089;STB=0.631145;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0194809;OID=.;OPOS=9887546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:1:6:1:1:1:6:1:1 chr18 9888069 . A G 1120.73 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0231739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2097;QD=58.9858;RBI=0.0348644;REFB=0.114173;REVB=-0.026048;RO=2;SAF=30;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030493;STB=0.507934;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0146888;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:2:1:74:75:0.986842:44:30:2:0:44:31:1:0 chr18 9955960 . A G 1679.38 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0661069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.893;QD=59.4471;RBI=0.0661071;REFB=-0.0408857;REVB=0.000145532;RO=1;SAF=44;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693169;STB=0.503649;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000126717;OID=.;OPOS=9955960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:68:44:0:1:68:44:0:1 chr18 10454960 . C G 414.22 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400933;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2794;QD=57.1333;RBI=0.0402572;REFB=0;REVB=-0.00362864;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000808609;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr18 10487918 . C T 1877.83 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.18;QD=61.5683;RBI=0.0347555;REFB=0;REVB=0.0337814;RO=0;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116314;OID=.;OPOS=10487918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:62:60:0:0:62:60:0:0 chr18 10681711 . C T 553.76 PASS AF=0.443609;AO=57;DP=132;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.00100003;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.963;QD=16.6544;RBI=0.00974749;REFB=-0.00771435;REVB=0.00969606;RO=72;SAF=29;SAR=28;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161457;STB=0.579684;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0082328;OID=.;OPOS=10681711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:72:74:57:59:0.443609:28:29:25:47:29:30:27:47 chr18 10699129 . G T 358.42 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00497721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.595;QD=17.0678;RBI=0.0506151;REFB=-0.0300991;REVB=-0.0503698;RO=44;SAF=18;SAR=20;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252604;STB=0.514422;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0341379;OID=.;OPOS=10699129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:44:46:38:38:0.452381:20:18:22:22:20:18:23:23 chr18 10704619 . C G 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0507819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8152;QD=8.99371;RBI=0.0508876;REFB=-0.000714396;REVB=-0.00327894;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264446;STB=0.658299;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00420645;OID=.;OPOS=10704619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:6:6:8:21:6:6:8:21 chr18 10705744 . G A 195.39 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0996424;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.065;QD=48.8464;RBI=0.101866;REFB=0;REVB=0.0211686;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202186;OID=.;OPOS=10705744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr18 10741011 . G A 1755.91 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00113531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.587;QD=59.0223;RBI=0.0119755;REFB=-0.000455949;REVB=0.0119216;RO=2;SAF=65;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179135;STB=0.509432;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=6.67283e-06;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:52:65:0:2:52:65:0:2 chr18 10758023 . G A 1472.32 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00731298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.785;QD=63.3255;RBI=0.00930188;REFB=0;REVB=0.0057485;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40538e-06;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr18 10762962 . G A 1084.17 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5504;QD=58.6038;RBI=0.0277572;REFB=-0.0783384;REVB=0.0169075;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00133518;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:44:29:0:0:44:29:0:1 chr18 10763007 . T C 940.92 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00152005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3865;QD=57.0252;RBI=0.012474;REFB=0.0387429;REVB=0.012381;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.511624;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.000352915;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:66:0:1:64:65:0.984848:43:21:0:0:44:21:1:0 chr18 10787047 . G A 872.65 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027427;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.603;QD=58.1768;RBI=0.0290643;REFB=0;REVB=0.00961746;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101917;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr18 10787126 . A G 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00612952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.286;QD=21.8982;RBI=0.0153193;REFB=-0.0149548;REVB=0.0140396;RO=26;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974264;STB=0.553814;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0112095;OID=.;OPOS=10787126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:18:15:15:11:18:15:15:11 chr18 10801445 . G C 145.5 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00828276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.953;QD=16.1664;RBI=0.0127462;REFB=-0.0302763;REVB=-0.00968822;RO=19;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287743;STB=0.656041;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0220847;OID=.;OPOS=10801445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:4:12:9:10:4:12:10:10 chr18 10807167 . C T 377.91 PASS AF=0.542857;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00169783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.253;QD=21.595;RBI=0.00575095;REFB=-0.00804642;REVB=-0.00549462;RO=32;SAF=11;SAR=26;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103832;STB=0.561491;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00676061;OID=.;OPOS=10807167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:37:38:0.542857:26:11:13:19:27:11:13:19 chr18 11609754 . G A 401.39 PASS AF=0.461538;AO=41;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.000708027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.251;QD=17.6437;RBI=0.002556;REFB=-0.00842269;REVB=-0.00245597;RO=47;SAF=14;SAR=27;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227268;STB=0.627514;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0106789;OID=.;OPOS=11609754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:49:41:42:0.461538:27:14:27:20:27:15:29:20 chr18 11609863 . G A 594.19 PASS AF=0.442857;AO=62;DP=144;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.00164931;FXX=0.0277759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.729;QD=16.9768;RBI=0.00202146;REFB=-0.0249082;REVB=-0.00116879;RO=77;SAF=32;SAR=30;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811648;STB=0.541152;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.025863;OID=.;OPOS=11609863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:140:77:78:62:62:0.442857:30:32:46:31:30:32:46:32 chr18 11609903 . CA GG 2161.02 PASS AF=1;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345124;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=2;MLLD=352.785;QD=63.0956;RBI=0.0349716;REFB=0;REVB=-0.00564861;RO=0;SAF=71;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000241276;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:137:0:0:137:137:1:66:71:0:0:66:71:0:0 chr18 11610052 . T C 446.27 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.021318;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.571;QD=18.0311;RBI=0.0296185;REFB=-0.0233174;REVB=-0.0205621;RO=53;SAF=21;SAR=24;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143978;STB=0.584095;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0319505;OID=.;OPOS=11610052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:24:21:17:36:24:21:17:37 chr18 11610073 . G A 415.17 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.00381244;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.461;QD=16.1233;RBI=0.00687933;REFB=-0.00210173;REVB=-0.0057263;RO=57;SAF=18;SAR=28;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611791;STB=0.534158;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00304215;OID=.;OPOS=11610073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:57:57:46:46:0.446602:28:18:19:38:28:18:19:38 chr18 11610163 . G C 1206.49 PASS AF=0.943182;AO=82;DP=88;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0436303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5694;QD=54.8406;RBI=0.0626575;REFB=-0.0178893;REVB=0.0449706;RO=2;SAF=27;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337867;STB=0.517556;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00581953;OID=.;OPOS=11610163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:88:88:2:5:82:83:0.943182:55:27:2:0:56:27:3:2 chr18 11610332 . G T 474.49 PASS AF=0.495146;AO=46;DP=99;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00502869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.314;QD=18.4269;RBI=0.0270872;REFB=-0.0344264;REVB=0.0266164;RO=49;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161515;STB=0.563486;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0351294;OID=.;OPOS=11610332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:49:52:46:51:0.495146:23:23:16:33:27:24:18:34 chr18 11610349 . G A 474.76 PASS AF=0.485149;AO=36;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0422219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9414;QD=18.8023;RBI=0.154666;REFB=-0.0493403;REVB=0.148791;RO=52;SAF=13;SAR=23;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109285;STB=0.587729;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0518112;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:36:49:0.485149:23:13:24:28:34:15:24:28 chr18 11610382 . C A 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00748285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.719;QD=16.0717;RBI=0.008592;REFB=-0.0119628;REVB=0.00422249;RO=35;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969725;STB=0.554846;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00279661;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:20:9:14:21:20:9:14:21 chr18 11619552 . C T 115.33 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.385;QD=41.9365;RBI=0.0723122;REFB=0;REVB=0.06024;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00422958;OID=.;OPOS=11619552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:5:3:0:0:8:3:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512519;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=3;MLLD=192.445;QD=59.4596;RBI=0.0752364;REFB=0;REVB=0.0550796;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000412832;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:35:34:34:0:8:26:0:0:4:0:8:26:0:0 chr18 11625886 . T C 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2392;QD=63.8696;RBI=0.0715834;REFB=0;REVB=-0.0709214;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000853272;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr18 11853053 . A G 1375.04 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.71;QD=62.502;RBI=0.032765;REFB=0;REVB=0.0195733;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15575e-05;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:88:0:0:83:88:1:40:43:0:0:45:43:0:0 chr18 11853731 . A G 1327.2 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.23;QD=61.73;RBI=0.00686523;REFB=0;REVB=-0.00628035;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.48247e-06;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:41:44:0:0:42:44:0:0 chr18 11886563 . C G 1781.7 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.131;QD=60.9129;RBI=0.0316482;REFB=0;REVB=-0.00993892;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96992e-05;OID=.;OPOS=11886563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:117:0:0:114:117:1:54:60:0:0:54:63:0:0 chr18 12094031 . G T 639.88 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0461324;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.5031;QD=59.5237;RBI=0.0463528;REFB=-0.142277;REVB=0.00451504;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00840425;OID=.;OPOS=12094031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:43:0:1:42:42:0.976744:25:17:0:0:25:17:0:1 chr18 12254956 . G A 396.66 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00558915;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1029;QD=15.1109;RBI=0.039667;REFB=-0.00868185;REVB=0.0392712;RO=59;SAF=28;SAR=17;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217651;STB=0.626633;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0186591;OID=.;OPOS=12254956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:59:60:45:45:0.428571:17:28:24:35:17:28:24:36 chr18 12274104 . G T 210.65 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=0.000256079;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.108;QD=13.3749;RBI=0.0667069;REFB=-0.0172759;REVB=0.0667064;RO=35;SAF=10;SAR=15;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367182;STB=0.70326;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0417074;OID=.;OPOS=12274104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:35:37:25:26:0.412698:15:10:27:8:15:11:29:8 chr18 12325352 . G A 558.12 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0182793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.173;QD=18.9194;RBI=0.0187117;REFB=0.00102734;REVB=-0.00399938;RO=60;SAF=33;SAR=25;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00215296;STB=0.501191;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.000906939;OID=.;OPOS=12325352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:60:58:58:0.491525:25:33:34:26:25:33:34:26 chr18 12348285 . T C 832.14 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.327;QD=57.389;RBI=0.0116982;REFB=0;REVB=-0.00862757;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40111e-05;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr18 12351342 . C T 1647.05 PASS AF=0.982456;AO=110;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.028978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.267;QD=57.7911;RBI=0.0315932;REFB=-0.0167344;REVB=0.0125857;RO=4;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351216;STB=0.509089;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000828818;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:4:2:110:112:0.982456:52:58:0:4:54:58:0:2 chr18 12703146 . G A 662.24 PASS AF=0.5;AO=66;DP=133;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00311623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.316;QD=19.7684;RBI=0.0199147;REFB=-0.0167089;REVB=0.0196694;RO=67;SAF=35;SAR=31;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476147;STB=0.522583;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0184144;OID=.;OPOS=12703146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:67:67:66:67:0.5:31:35:39:28:31:36:39:28 chr18 12760740 . T A 1171.83 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000254307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1742;QD=60.8744;RBI=0.0228806;REFB=0;REVB=-0.0228792;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191548;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr18 12984144 . C A 805.38 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.76;QD=64.4301;RBI=0.0580141;REFB=0;REVB=-0.00335902;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215801;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:28:22:0:0 chr18 13001512 . G C 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00114232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.838;QD=17.672;RBI=0.00915029;REFB=-0.00724026;REVB=0.00907871;RO=32;SAF=10;SAR=20;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733154;STB=0.541148;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0115153;OID=.;OPOS=13001512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:20:10:13:19:20:10:13:19 chr18 13001523 . G A 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.000437044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.788;QD=18.1751;RBI=0.00934563;REFB=0.00369421;REVB=0.00933541;RO=32;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838301;STB=0.546968;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00590634;OID=.;OPOS=13001523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:21:10:13:19:21:10:13:19 chr18 13056333 . C T 371.97 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.063085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.32;QD=25.6532;RBI=0.0632978;REFB=-0.0322517;REVB=-0.00518628;RO=22;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06298;STB=0.534464;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0171849;OID=.;OPOS=13056333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:18:18:13:9:18:18:13:9 chr18 13068132 . T C 1225.24 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690507;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.471;QD=61.2618;RBI=0.0711934;REFB=0;REVB=0.0173349;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24971e-05;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:80:0:0:75:80:1:41:34:0:0:41:39:0:0 chr18 13069782 . C T 839.6 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216698;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.854;QD=57.9037;RBI=0.0545015;REFB=0;REVB=0.0500084;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243242;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:29:29:0:0 chr18 13095609 . T C 2206.79 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304007;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.054;QD=63.5048;RBI=0.0529384;REFB=0;REVB=0.043339;RO=0;SAF=77;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45617e-05;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:62:77:0:0:62:77:0:0 chr18 13116432 . G T 3340.85 PASS AF=1;AO=216;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780689;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.483;QD=61.5825;RBI=0.0100468;REFB=0.0394286;REVB=0.00632374;RO=2;SAF=107;SAR=109;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.09136e-05;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38668e-05;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:218:217:2:0:216:217:1:109:107:1:1:109:108:0:0 chr18 13650907 . T TATG 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00542486;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=322.127;QD=15.219;RBI=0.0130236;REFB=-0.00494358;REVB=-0.0118399;RO=41;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530179;STB=0.529972;STBP=0.695;TYPE=ins;VARB=0.00688651;OID=.;OPOS=13650908;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430556:31:72:31:72:41:16:15:19:22:99:41:16:15:19:22 chr18 13666602 . C A 363.49 PASS AF=0.520548;AO=35;DP=70;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0279083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.331;QD=19.9172;RBI=0.0303508;REFB=-0.034047;REVB=0.0119288;RO=35;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519785;STB=0.523065;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0314703;OID=.;OPOS=13666602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:35:35:35:38:0.520548:16:19:21:14:17:21:21:14 chr18 13681750 . C T 198.89 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0130295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1339;QD=9.47103;RBI=0.0434956;REFB=-0.00449057;REVB=-0.0414982;RO=49;SAF=15;SAR=11;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296543;STB=0.576864;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0119868;OID=.;OPOS=13681750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:58:26:26:0.309524:11:15:27:22:11:15:27:31 chr18 13760290 . T C 598.41 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.017756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2116;QD=25.7379;RBI=0.0565221;REFB=-0.0196752;REVB=-0.0536608;RO=39;SAF=25;SAR=29;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135971;STB=0.57423;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0131235;OID=.;OPOS=13760290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:39:54:54:0.580645:29:25:25:14:29:25:25:14 chr18 14105016 . C A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0113206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.487;QD=21.3524;RBI=0.0426221;REFB=-0.0316748;REVB=-0.0410912;RO=9;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345162;STB=0.697348;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0293527;OID=.;OPOS=14105016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:10:3:6:3:10:3:6:3 chr18 14105853 . C A 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0207118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.992;QD=16.2726;RBI=0.0223442;REFB=-0.00619659;REVB=0.00838351;RO=37;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00891216;STB=0.503976;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00564701;OID=.;OPOS=14105853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:39:32:32:0.450704:17:15:17:20:17:15:18:21 chr18 14105923 . T C 767.54 PASS AF=0.892308;AO=58;DP=65;FAO=58;FDP=65;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0121838;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=269.311;QD=47.2334;RBI=0.0134426;REFB=-0.166313;REVB=-0.00567961;RO=3;SAF=23;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576394;STB=0.519509;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00100142;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:65:65:3:7:58:58:0.892308:35:23:3:0:35:23:4:3 chr18 14106039 . T C 174.05 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00831545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.527;QD=19.3386;RBI=0.0160834;REFB=-0.0479904;REVB=-0.0137669;RO=18;SAF=1;SAR=17;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556257;STB=0.828768;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0532664;OID=.;OPOS=14106039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:17:1:7:11:17:1:7:11 chr18 14183720 . C T 624.02 PASS AF=0.53913;AO=61;DP=114;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0116662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.525;QD=21.7052;RBI=0.0211931;REFB=-0.0129461;REVB=-0.0176932;RO=53;SAF=27;SAR=34;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728121;STB=0.535422;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0136859;OID=.;OPOS=14183720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:53:53:61:62:0.53913:34:27:28:25:34:28:28:25 chr18 14183954 . TG CA 34.18 PASS AF=0.136364;AO=3;DP=22;FAO=3;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=2;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.020642;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.5;QD=6.21398;RBI=0.0284066;REFB=-0.00335591;REVB=0.0195152;RO=16;SAF=2;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311196;STB=0.731897;STBP=0.473;TYPE=mnp;VARB=0.0251098;OID=.;OPOS=14183954;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:22:22:16:16:3:3:0.136364:1:2:6:10:1:2:6:10 chr18 14183978 . TG CA 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0367486;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.362;QD=5.01789;RBI=0.0719141;REFB=-0.00901218;REVB=-0.0618157;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283007;STB=0.689102;STBP=0.331;TYPE=mnp;VARB=0.0709218;OID=.;OPOS=14183978;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:5:2:14:13:5:2:14:13 chr18 14184006 . G C 44.48 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0106822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6923;QD=3.12154;RBI=0.0153725;REFB=0.0143637;REVB=0.0110546;RO=49;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163763;STB=0.616447;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0805168;OID=.;OPOS=14184006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:49:49:8:8:0.140351:5:3:25:24:5:3:25:24 chr18 14184079 . A C 31.89 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00915546;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.499;QD=1.8759;RBI=0.0205751;REFB=-9.75237e-05;REVB=-0.0184259;RO=58;SAF=2;SAR=5;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234309;STB=0.689102;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00435572;OID=.;OPOS=14184079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:67:68:58:61:7:7:0.102941:5:2:28:30:5:2:30:31 chr18 14186497 . G C 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0214312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.138;QD=14.686;RBI=0.0271443;REFB=-0.0103329;REVB=0.0166588;RO=43;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753705;STB=0.542623;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0127493;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:18:13:15:28:18:13:15:28 chr18 14187273 . C G 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0160508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.69;QD=6.48199;RBI=0.0260923;REFB=-0.00582367;REVB=-0.0205713;RO=33;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265139;STB=0.669509;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0282197;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:7:3:17:16:7:3:17:16 chr18 14187304 . G A 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0170587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.392;QD=5.42448;RBI=0.0209576;REFB=-0.00379202;REVB=-0.0121746;RO=40;SAF=3;SAR=7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251364;STB=0.66495;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0163372;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:7:3:20:20:7:3:20:20 chr18 14187327 . T G 31.5 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0190548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.243;QD=2.42284;RBI=0.0191986;REFB=-0.00178862;REVB=0.00234562;RO=46;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759101;STB=0.557503;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.014195;OID=.;OPOS=14187327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:3:3:20:26:3:3:20:26 chr18 14187346 . A G 535.77 PASS AF=0.8125;AO=39;DP=48;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0776611;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4887;QD=44.6477;RBI=0.0836963;REFB=-0.0233838;REVB=0.0312059;RO=9;SAF=18;SAR=21;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451192;STB=0.524259;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00832145;OID=.;OPOS=14187346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:48:48:9:9:39:39:0.8125:21:18:3:6:21:18:3:6 chr18 14542979 . A G 65.02 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=8;FWDB=-0.0130898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.74;QD=4.90719;RBI=0.0616958;REFB=-0.00840784;REVB=-0.0602912;RO=41;SAF=2;SAR=8;SRF=33;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.651886;STB=0.901891;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0562198;OID=.;OPOS=14542979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:52:53:41:43:10:10:0.188679:8:2:33:8:8:2:35:8 chr18 14752957 . G A 608.66 PASS AF=0.550459;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0241948;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.484;QD=22.3361;RBI=0.0241998;REFB=-0.00085003;REVB=-0.000492323;RO=49;SAF=25;SAR=35;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944186;STB=0.55176;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00131812;OID=.;OPOS=14752957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:49:49:60:60:0.550459:35:25:26:23:35:25:26:23 chr18 14759244 . G C 407.7 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00334383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.211;QD=15.3848;RBI=0.00619579;REFB=-0.000549211;REVB=0.005216;RO=60;SAF=25;SAR=21;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607542;STB=0.534085;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.000620871;OID=.;OPOS=14759244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:21:25:29:31:21:25:29:31 chr18 14779969 . C G 570.03 PASS AF=0.53;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.000468061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.667;QD=22.8011;RBI=0.00446521;REFB=-0.0215993;REVB=0.00444061;RO=46;SAF=31;SAR=22;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00178432;STB=0.505041;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0172042;OID=.;OPOS=14779969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:46:47:53:53:0.53:22:31:27:19:22:31:27:20 chr18 14796214 . G T 232.19 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00313584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.126;QD=14.7421;RBI=0.00425677;REFB=-0.00762302;REVB=-0.00287864;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373917;STB=0.521211;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00679487;OID=.;OPOS=14796214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:14:13:16:20:14:13:16:20 chr18 14848820 . C T 874.81 PASS AF=0.726316;AO=69;DP=97;FAO=69;FDP=95;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00251438;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.77;QD=36.834;RBI=0.0208515;REFB=-0.00468137;REVB=0.0206993;RO=18;SAF=29;SAR=40;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117482;STB=0.564225;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0026627;OID=.;OPOS=14848820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:18:26:69:69:0.726316:40:29:13:5:40:29:17:9 chr18 14848821 . G A 211.98 PASS AF=0.28;AO=25;DP=97;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.00644717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.042;QD=8.47907;RBI=0.0116594;REFB=-0.00934511;REVB=-0.00971469;RO=65;SAF=16;SAR=9;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199082;STB=0.61656;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0126984;OID=.;OPOS=14848821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:65:72:25:28:0.28:9:16:31:34:11:17:32:40 chr18 14850375 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.00662758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.318;QD=20.1601;RBI=0.0198673;REFB=-0.0170673;REVB=-0.0187293;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359549;STB=0.69979;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0167656;OID=.;OPOS=14850375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:1:13:8:8:1:13 chr18 18529872 . A G 149.18 PASS AF=0.322581;AO=17;DP=59;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0287322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.423;QD=9.62464;RBI=0.0287436;REFB=-0.0150095;REVB=0.000808584;RO=41;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217844;STB=0.5999;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0440339;OID=.;OPOS=18529872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:41:42:17:20:0.322581:6:11:19:22:8:12:19:23 chr18 18529880 . G A 188.87 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0212844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.397;QD=11.1101;RBI=0.0379922;REFB=-0.0173146;REVB=-0.0314703;RO=43;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203237;STB=0.624896;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0252533;OID=.;OPOS=18529880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:44:24:24:0.352941:9:15:19:24:9:15:19:25 chr18 19034556 . T C 793.28 PASS AF=0.527778;AO=75;DP=143;FAO=76;FDP=144;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0129256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.957;QD=22.0354;RBI=0.02294;REFB=-0.0296204;REVB=-0.0189518;RO=68;SAF=36;SAR=39;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106289;STB=0.55469;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0234655;OID=.;OPOS=19034556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:68:68:75:76:0.527778:39:36:41:27:39:37:41:27 chr18 19079853 . A G 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.473;QD=59.9955;RBI=0.0261878;REFB=0;REVB=0.014779;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10292e-05;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:54:52:0:0:54:52:0:0 chr18 19100758 . A ATCT 377.57 PASS AF=0.584615;AO=35;DP=68;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00676412;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=3;MLLD=187.774;QD=23.2349;RBI=0.00952029;REFB=-0.0445764;REVB=0.00669944;RO=28;SAF=11;SAR=24;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34872;STB=0.691062;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0254773;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.584615:35:68:38:65:27:11:27:20:7:99:28:11:24:21:7 chr18 19119974 . GATATATATATATATATAT GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC 750.48 PASS AF=0.824561,0.157895;AO=32,11;DP=60;FAO=47,9;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21,7;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.272959,-0.0161907;FXX=0.095223;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=63.5003,59.0839;QD=52.6654;RBI=0.286099,0.0163018;REFB=-0.100497,-0.00186911;REVB=0.0857066,0.00190062;RO=2;SAF=14,9;SAR=18,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00695581,0.13189;STB=0.50943,0.599759;STBP=0.517,0.175;TYPE=del,snp;VARB=0.030768,0.102281;OID=.,.;OPOS=19119975,19119992;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.824561,0.157895:32,11:60:47,9:57:1:21,7:26,2:0:1:53:2:14,9:18,2:1:1 chr18 19153494 . C T 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1103;QD=64.1535;RBI=0.0307716;REFB=0;REVB=0.0036984;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.78103e-05;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr18 19154143 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.019385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.403;QD=15.2624;RBI=0.0262732;REFB=0.00333513;REVB=-0.0177342;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191832;STB=0.636714;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00333886;OID=.;OPOS=19154143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:10:3:6:9:10:3:7:9 chr18 19373962 . T TATG 185.61 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0137551;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=225.557;QD=13.7491;RBI=0.0224486;REFB=-0.00758677;REVB=0.0177408;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130703;STB=0.564852;STBP=0.455;TYPE=ins;VARB=0.00878178;OID=.;OPOS=19373963;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:22:56:22:54:32:8:14:15:17:99:33:8:14:16:17 chr18 19450303 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.912;QD=55.0986;RBI=0.0533455;REFB=0;REVB=0.0498022;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342379;OID=.;OPOS=19450303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr18 19508949 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.981;QD=61.684;RBI=0.0357856;REFB=0;REVB=-0.00807618;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158381;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:32:9:0:0:32:9:0:0 chr18 19751148 . G C 256.3 PASS AF=0.519231;AO=25;DP=50;FAO=27;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0538345;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8344;QD=19.7155;RBI=0.131041;REFB=-0.0250996;REVB=-0.119472;RO=17;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745561;STB=0.509459;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0197663;OID=.;OPOS=19751148;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:17:25:25:27:0.519231:17:8:7:10:19:8:7:18 chr18 19840623 . A G 871.91 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4751;QD=56.2525;RBI=0.105977;REFB=-0.09405;REVB=0.0274699;RO=1;SAF=24;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192603;STB=0.510201;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0018837;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:37:24:1:0:37:24:1:0 chr18 19995753 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.921;QD=58.9626;RBI=0.017782;REFB=0;REVB=-0.017298;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86111e-05;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr18 19996011 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00311029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1446;QD=15.1969;RBI=0.0261168;REFB=0.00541856;REVB=0.025931;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139967;STB=0.562412;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00578274;OID=.;OPOS=19996011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:7:7:6:11:7:7:7:11 chr18 20838286 . G T 265.25 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.140108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7506;QD=15.6028;RBI=0.144145;REFB=-0.0247351;REVB=-0.0338757;RO=37;SAF=7;SAR=23;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355875;STB=0.709426;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0232026;OID=.;OPOS=20838286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:23:7:21:16:23:7:22:16 chr18 20953720 . G A 217.78 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0709001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9307;QD=16.7526;RBI=0.0801096;REFB=-0.0186179;REVB=0.0372924;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241175;STB=0.63554;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0407683;OID=.;OPOS=20953720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:8:20:11:13:8:20 chr18 21017836 . T C 781.3 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.497;QD=63.7798;RBI=0.0278399;REFB=0;REVB=0.0035028;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4648e-05;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:27:22:0:0 chr18 21061863 . A G 47.96 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.135508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5186;QD=13.7026;RBI=0.136129;REFB=-0.0101924;REVB=-0.0129894;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119504;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0352142;OID=.;OPOS=21061863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:3:4:3:4:3:4 chr18 21100240 . C T 2267.1 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.143;QD=60.0556;RBI=0.0461088;REFB=-0.113462;REVB=0.0286579;RO=0;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503448;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.000356729;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:0:1:150:150:0.993377:78:72:0:0:78:72:1:0 chr18 21109250 . T C 766.35 PASS AF=1;AO=19;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.869;QD=63.8623;RBI=0.060649;REFB=0;REVB=0.0234987;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159538;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:19:48:1:12:7:0:0:25:23:0:0 chr18 21111680 . GTTTTTT GTTTTTA,GTTTTT 176.05 PASS AF=0.0362319,0.318841;AO=6,45;DP=140;FAO=5,44;FDP=138;FR=.;FRO=89;FSAF=4,28;FSAR=1,16;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0214661,-0.0581766;FXX=0.0142847;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=243.157,9.29764;QD=5.10289;RBI=0.0215837,0.154261;REFB=-0.00762917,-0.138717;REVB=0.00224995,0.14287;RO=78;SAF=5,33;SAR=1,12;SRF=38;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.366325,0.29263;STB=0.770169,0.575036;STBP=0.271,0.235;TYPE=snp,del;VARB=0.0469421,0.107655;OID=.,.;OPOS=21111686,21111681;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GTTTTTA,GTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0362319,0.318841:6,45:140:5,44:138:89:4,28:1,16:47:42:99:78:5,33:1,12:38:40 chr18 21119777 . G A 1344.29 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012252;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.591;QD=62.5249;RBI=0.0339457;REFB=0;REVB=0.0316575;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01162e-05;OID=.;OPOS=21119777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr18 21120444 . T C 350.25 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0756;QD=53.8847;RBI=0.0299853;REFB=0;REVB=0.0248733;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403795;OID=.;OPOS=21120444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr18 21124945 . C G 385.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205266;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6423;QD=57.1374;RBI=0.0296953;REFB=0;REVB=-0.0214585;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233428;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr18 21140432 . T C 194.32 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00245744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.353;QD=24.2897;RBI=0.0104964;REFB=-0.0208143;REVB=-0.0102047;RO=13;SAF=3;SAR=16;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36611;STB=0.707711;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0201101;OID=.;OPOS=21140432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:16:3:7:6:16:3:7:6 chr18 21413869 . T C 2455.43 PASS AF=1;AO=136;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=78;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.89;QD=61.7718;RBI=0.0836254;REFB=0;REVB=0.0827624;RO=0;SAF=78;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119988;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:136:159:1:58:78:0:0:81:78:0:0 chr18 21437931 . G C 633.62 PASS AF=0.464286;AO=64;DP=139;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.00438856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.241;QD=18.1035;RBI=0.011021;REFB=-0.0167062;REVB=-0.0101096;RO=75;SAF=33;SAR=31;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862499;STB=0.551497;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0200057;OID=.;OPOS=21437931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:75:75:64:65:0.464286:31:33:32:43:31:34:32:43 chr18 21441717 . C T 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0567813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.045;QD=12.2157;RBI=0.0664819;REFB=-0.01005;REVB=0.0345792;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168743;STB=0.599863;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0219056;OID=.;OPOS=21441717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:10:5:13:14:10:5:13:14 chr18 21511089 . A G 1713.22 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.735;QD=60.6451;RBI=0.11227;REFB=0;REVB=0.00847469;RO=0;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228544;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:49:64:0:0:49:64:0:0 chr18 21710321 . C T 2349.25 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.22;QD=63.9251;RBI=0.0243801;REFB=0;REVB=-0.0212361;RO=0;SAF=63;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.07379e-05;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:146:147:1:83:63:0:0:83:64:0:0 chr18 21736933 . T G 1770.02 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0032391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.167;QD=60.0005;RBI=0.00990002;REFB=-0.105825;REVB=0.00935514;RO=1;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007982;STB=0.504201;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000117014;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:59:58:0:1:59:58:0:1 chr18 21739725 . T C 180.81 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00478511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.262;QD=12.2582;RBI=0.00599236;REFB=0.00843783;REVB=-0.0036071;RO=36;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145895;STB=0.593464;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0126795;OID=.;OPOS=21739725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:36:22:23:0.389831:15:7:16:20:16:7:16:20 chr18 21759055 . G C 319.58 PASS AF=0.413793;AO=34;DP=85;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0353946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.606;QD=14.6935;RBI=0.0360029;REFB=-0.0145651;REVB=0.00659023;RO=51;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168895;STB=0.609138;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.023928;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:51:51:34:36:0.413793:18:16:16:35:18:18:16:35 chr18 21759190 . G C 78.58 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0772232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1043;QD=14.9679;RBI=0.0827842;REFB=-0.00246291;REVB=-0.0298296;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215579;STB=0.622399;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00442075;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:11:10:10:0.47619:4:6:3:6:4:6:4:7 chr18 22020543 . C G 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.0398257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.594;QD=15.2375;RBI=0.0398518;REFB=-0.000878923;REVB=0.00144389;RO=36;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154534;STB=0.586677;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00128376;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:18:10:8:28:18:10:8:28 chr18 22805518 . G A 500.32 PASS AF=0.419847;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.00851716;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.962;QD=15.2769;RBI=0.015023;REFB=-0.00450699;REVB=-0.0123753;RO=76;SAF=22;SAR=33;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342805;STB=0.519224;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00705775;OID=.;OPOS=22805518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:76:76:55:55:0.419847:33:22:28:48:33:22:28:48 chr18 23597811 . T C 786.96 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.241;QD=55.2256;RBI=0.0393918;REFB=-0.129434;REVB=0.0371779;RO=1;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229889;STB=0.512191;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00086135;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:20:36:0:1:20:36:0:1 chr18 23865851 . C T 246.67 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0217416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2662;QD=15.9143;RBI=0.0229918;REFB=-0.0089611;REVB=-0.0074783;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232782;STB=0.630593;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0056229;OID=.;OPOS=23865851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:13:15:10:24:13:15:10:24 chr18 23872235 . A G 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0187847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.897;QD=21.0076;RBI=0.0311687;REFB=-0.0173648;REVB=-0.0248721;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163806;STB=0.509085;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.014087;OID=.;OPOS=23872235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:15:15:13:12:15:15:13:12 chr18 23873463 . T C 1044.47 PASS AF=0.55;AO=99;DP=180;FAO=99;FDP=180;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.00774239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.902;QD=23.2105;RBI=0.0433027;REFB=-0.0147879;REVB=0.0426049;RO=79;SAF=37;SAR=62;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270305;STB=0.510195;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0108953;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:79:81:99:99:0.55:62:37:32:47:62:37:32:49 chr18 23879134 . T C 141.79 PASS AF=0.517241;AO=17;DP=31;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0118679;FXX=0.0644953;HRUN=10;LEN=1;MLLD=296.098;QD=19.5573;RBI=0.0240699;REFB=-0.00489209;REVB=-0.0209407;RO=13;SAF=3;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450846;STB=0.738117;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00225041;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:13:14:17:15:0.517241:14:3:9:4:12:3:9:5 chr18 23879142 . T A 213.05 PASS AF=0.529412;AO=15;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00208547;FXX=0.0285633;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.2657;QD=25.065;RBI=0.115087;REFB=-0.00952932;REVB=0.115068;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293275;STB=0.665162;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0385671;OID=.;OPOS=23879142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:13:12:15:18:0.529412:10:5:9:4:13:5:8:4 chr18 23946303 . G T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00782625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.77;QD=19.6682;RBI=0.0124356;REFB=-0.0217783;REVB=-0.00966408;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193596;STB=0.578431;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0208174;OID=.;OPOS=23946303;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:19:19:19:0.5:9:10:5:12:9:10:7:12 chr18 24035399 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8499;QD=53.9099;RBI=0.0205643;REFB=0;REVB=0.018961;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704898;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr18 24127313 . C T 490.81 PASS AF=0.46087;AO=51;DP=114;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0370262;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.826;QD=17.0717;RBI=0.038143;REFB=-0.0106823;REVB=0.0091625;RO=63;SAF=22;SAR=29;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448444;STB=0.508096;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0106796;OID=.;OPOS=24127313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:63:62:51:53:0.46087:29:22:30:33:29:24:29:33 chr18 24269386 . G A 383.96 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=56;FWDB=0.00353753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.389;QD=13.7128;RBI=0.0143194;REFB=-0.0196827;REVB=-0.0138756;RO=67;SAF=18;SAR=27;SRF=11;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280942;STB=0.656067;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0207367;OID=.;OPOS=24269386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:67:45:45:0.401786:27:18:11:56:27:18:11:56 chr18 24497104 . A G 442.73 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00623075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.202;QD=22.7042;RBI=0.0390348;REFB=-0.0274116;REVB=0.0385343;RO=35;SAF=17;SAR=26;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989505;STB=0.554514;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0241363;OID=.;OPOS=24497104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:26:17:18:17:26:17:18:17 chr18 25543387 . G A 790.08 PASS AF=0.564885;AO=73;DP=130;FAO=74;FDP=131;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0162593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.436;QD=24.1245;RBI=0.0174554;REFB=-0.0147589;REVB=0.00635024;RO=56;SAF=35;SAR=38;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214381;STB=0.507957;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0125633;OID=.;OPOS=25543387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:56:57:73:74:0.564885:38:35:27:29:39:35:28:29 chr18 25565082 . A G 2197.63 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.103;QD=63.241;RBI=0.0306249;REFB=0;REVB=0.0207769;RO=0;SAF=61;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7414e-05;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:78:61:0:0:78:61:0:0 chr18 25570228 . G C 2255.38 PASS AF=0.974359;AO=152;DP=156;FAO=152;FDP=156;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00342599;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=269.164;QD=57.8304;RBI=0.0189508;REFB=-0.0807534;REVB=0.0186385;RO=3;SAF=71;SAR=81;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00494682;STB=0.505594;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.000168198;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:156:156:3:4:152:152:0.974359:81:71:1:2:81:71:1:3 chr18 28570025 . G T 1417.56 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000900096;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4056;QD=63.0024;RBI=0.0139506;REFB=0;REVB=-0.0139215;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151229;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:39:50:0:0:40:50:0:0 chr18 28574472 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00870641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.915;QD=15.1969;RBI=0.0154812;REFB=-0.00356367;REVB=-0.012801;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270067;STB=0.660139;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00674533;OID=.;OPOS=28574472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:18:14:14:0.4375:10:4:9:7:10:4:10:8 chr18 28586964 . A G 755.61 PASS AF=0.549618;AO=71;DP=130;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00737885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.683;QD=23.0721;RBI=0.011451;REFB=-0.0202031;REVB=0.00875653;RO=58;SAF=39;SAR=32;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125121;STB=0.568062;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0165421;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:58:59:71:72:0.549618:32:39:23:35:33:39:23:36 chr18 28610988 . C T 320.16 PASS AF=0.375;AO=40;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00981883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9901;QD=12.3138;RBI=0.0389142;REFB=-0.00406187;REVB=-0.0376551;RO=60;SAF=13;SAR=27;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260687;STB=0.622452;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00838888;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:65:40:39:0.375:27:13:34:26:26:13:34:31 chr18 28611061 . A T 492.8 PASS AF=0.395683;AO=55;DP=140;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.0053552;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3525;QD=14.1813;RBI=0.00612416;REFB=-0.0226659;REVB=0.00297105;RO=76;SAF=17;SAR=38;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235236;STB=0.608386;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0314519;OID=.;OPOS=28611061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:76:84:55:55:0.395683:38:17:40:36:38:17:40:44 chr18 28611139 . A C 1117.63 PASS AF=0.906977;AO=78;DP=87;FAO=78;FDP=86;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=62;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0202412;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.932;QD=51.9826;RBI=0.030391;REFB=-0.175339;REVB=0.0226696;RO=4;SAF=16;SAR=62;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104678;STB=0.55592;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00611933;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:87:86:4:8:78:78:0.906977:62:16:4:0:62:16:5:3 chr18 28720147 . C T 1486.66 PASS AF=0.57384;AO=136;DP=237;FAO=136;FDP=237;FR=.;FRO=101;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=65;FSRR=36;FWDB=0.0041096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.104;QD=25.0913;RBI=0.00751207;REFB=-0.0116422;REVB=-0.00628827;RO=96;SAF=72;SAR=64;SRF=61;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081748;STB=0.549091;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0078094;OID=.;OPOS=28720147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:96:101:136:136:0.57384:64:72:61:35:64:72:65:36 chr18 28722039 . G A 1105.8 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0792717;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5638;QD=58.976;RBI=0.0809194;REFB=0.00924015;REVB=0.0162464;RO=2;SAF=32;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342327;STB=0.50769;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000728349;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:2:1:74:74:0.986667:42:32:1:1:42:32:1:0 chr18 28722103 . T C 1331.03 PASS AF=1;AO=74;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.201;QD=61.9085;RBI=0.0588715;REFB=0;REVB=0.053296;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127271;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:74:86:1:45:29:0:0:48:38:0:0 chr18 28722104 . A C 38.16 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.0355611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.3295;QD=1.77494;RBI=0.0441007;REFB=-0.0238925;REVB=0.0260823;RO=77;SAF=8;SAR=1;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556136;STB=0.909129;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0201504;OID=.;OPOS=28722104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:86:77:77:9:9:0.104651:1:8:30:47:1:8:30:47 chr18 28734749 . A G 1678.03 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382625;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.035;QD=60.4695;RBI=0.0456017;REFB=0;REVB=0.0248092;RO=0;SAF=66;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02556e-05;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:44:66:0:0:45:66:0:0 chr18 28968371 . G A 2383.21 PASS AF=0.975155;AO=139;DP=162;FAO=157;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=82;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0369386;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.825;QD=59.2102;RBI=0.158425;REFB=-0.0496382;REVB=0.154058;RO=0;SAF=81;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50303;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000529741;OID=.;OPOS=28968371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:162:161:0:1:139:157:0.975155:58:81:0:0:75:82:1:0 chr18 28968959 . C T 1114.57 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7343;QD=60.2468;RBI=0.029019;REFB=0;REVB=0.0195828;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.12344e-06;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr18 28986333 . A C 959.24 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418132;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.254;QD=59.0303;RBI=0.0418724;REFB=0;REVB=-0.00222695;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45221e-05;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr18 28993183 . A G 577.95 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00882247;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2724;QD=56.385;RBI=0.0175449;REFB=-0.163382;REVB=0.0151654;RO=2;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353302;STB=0.501886;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00528853;OID=.;OPOS=28993183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:41:2:2:39:39:0.95122:18:21:1:1:18:21:1:1 chr18 28993501 . C A 109.03 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0450215;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.5233;QD=36.3431;RBI=0.0451755;REFB=0.00779307;REVB=0.00372793;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.599799;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00154042;OID=.;OPOS=28993501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:2:9:0:1:2:9:0:1 chr18 29055957 . A G 1680.18 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127868;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7572;QD=60.547;RBI=0.0600095;REFB=0;REVB=0.0586313;RO=0;SAF=64;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215326;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:47:64:0:0:47:64:0:0 chr18 29104698 . C T 715.04 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0701082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.444;QD=60.8546;RBI=0.0741938;REFB=-0.127716;REVB=0.0242809;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170959;STB=0.509087;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000733;OID=.;OPOS=29104698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:19:27:1:0:19:27:1:0 chr18 29122799 . G A 121.37 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0318325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.545;QD=17.3383;RBI=0.0452674;REFB=-0.00686575;REVB=0.0321844;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910242;STB=0.514262;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0142237;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:28:28:14:14:9:12:0.428571:5:4:5:9:8:4:5:9 chr18 29125854 . A G 142.9 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00553857;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.193;QD=13.9412;RBI=0.0242378;REFB=-0.0222194;REVB=0.0235965;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227198;STB=0.633623;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0339737;OID=.;OPOS=29125854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:25:16:16:0.390244:12:4:11:14:12:4:11:14 chr18 29125992 . C T 77.7 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0209352;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9328;QD=12.4325;RBI=0.0543977;REFB=0.000998384;REVB=-0.0502078;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261436;STB=0.639742;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00338276;OID=.;OPOS=29125992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:16:15:10:10:0.4:5:5:4:12:5:5:4:11 chr18 29126670 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.812;QD=62.9828;RBI=0.0571944;REFB=0;REVB=0.0411574;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185254;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr18 29178513 . G C 643.95 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0166996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.925;QD=19.5137;RBI=0.0203593;REFB=-0.0135998;REVB=0.0116458;RO=67;SAF=39;SAR=26;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170718;STB=0.509431;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0155149;OID=.;OPOS=29178513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:26:39:39:28:26:39:39:28 chr18 29204762 . A G 264.35 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0210251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7335;QD=20.733;RBI=0.0411429;REFB=-0.020576;REVB=0.035365;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155851;STB=0.586643;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0186391;OID=.;OPOS=29204762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:13:14:8:16:13:14:8:16 chr18 29339910 . G T 319.49 PASS AF=0.96;AO=25;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0594215;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.339;QD=51.1187;RBI=0.0621749;REFB=-0.0604899;REVB=0.0182977;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487725;STB=0.529387;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00187408;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:1:1:25:24:0.96:16:9:1:0:16:8:1:0 chr18 29432624 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0357231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7743;QD=15.2586;RBI=0.0417713;REFB=-0.0192733;REVB=0.0216495;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206743;STB=0.533237;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0310365;OID=.;OPOS=29432624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:4:3:2:3:4:3:3:3 chr18 29497573 . A G 1134.11 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.569;QD=60.4858;RBI=0.0356801;REFB=0;REVB=0.0312481;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76408e-05;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:28:46:0:0:29:46:0:0 chr18 29710880 . A AAG 320.95 PASS AF=0.395604;AO=34;DP=92;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0192454;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=2;MLLD=371.818;QD=14.1077;RBI=0.0194319;REFB=-0.00620039;REVB=0.00268571;RO=55;SAF=24;SAR=10;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317707;STB=0.670521;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.0107088;OID=.;OPOS=29710881;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395604:34:92:36:91:55:25:11:23:32:99:55:24:10:23:32 chr18 29795076 . T C 2220.13 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427056;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.234;QD=63.4323;RBI=0.0333864;REFB=0;REVB=0.0331121;RO=0;SAF=70;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28746e-06;OID=.;OPOS=29795076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:140:140:1:70:70:0:0:70:70:0:0 chr18 29795101 . T C 2182.65 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.987;QD=63.2653;RBI=0.0597092;REFB=0;REVB=0.0594407;RO=0;SAF=70;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17983e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:131:138:0:0:131:138:1:61:70:0:0:68:70:0:0 chr18 30050356 . C T 1108.84 PASS AF=0.917647;AO=78;DP=85;FAO=78;FDP=85;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.06664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6147;QD=52.1806;RBI=0.0669364;REFB=-0.0277954;REVB=0.00629245;RO=6;SAF=27;SAR=51;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942868;STB=0.557362;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0142152;OID=.;OPOS=30050356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:85:85:6:7:78:78:0.917647:51:27:6:0:51:27:7:0 chr18 30253010 . TA CA,T,TCA 284.6 PASS AF=0.0384615,0.269231,0.403846;AO=4,9,18;DP=50;FAO=2,14,21;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=2,0,9;FSAR=0,14,12;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0193625,0.140764,0.0315644;FXX=0;HRUN=4,2,0;LEN=1,1,1;MLLD=87.9057,17.0608,87.5197;QD=21.8924;RBI=0.0520757,0.146943,0.0492446;REFB=0.0157952,-0.025496,0.015524;REVB=-0.0483423,0.0421624,-0.0377984;RO=14;SAF=2,0,8;SAR=2,9,10;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.338044,-0.826432,-0.261774;STB=0.991836,0.999162,0.651026;STBP=0.396,0,0.043;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.0552295,0.0881517,0.038892;OID=.,.,.;OPOS=30253010,30253011,30253011;OREF=T,A,-;OALT=C,-,C;OMAPALT=CA,T,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:50:52:14:15:4,9,18:2,14,21:0.0384615,0.269231,0.403846:2,9,10:2,0,8:11:3:0,14,12:2,0,9:12:3 chr18 30349691 . C T 545.17 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00430098;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.469;QD=19.8243;RBI=0.0199669;REFB=-0.0199323;REVB=-0.0194981;RO=52;SAF=27;SAR=29;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324034;STB=0.508769;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0187799;OID=.;OPOS=30349691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:52:54:56:56:0.509091:29:27:27:25:29:27:27:27 chr18 30563247 . GAAAA GAAA,GAAAT 85.24 PASS AF=0.327869,0;AO=18,5;DP=61;FAO=20,0;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=4,0;FSAR=16,0;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0778948,-0.118125;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.318,16.726;QD=5.5895;RBI=0.167833,0.128761;REFB=-0.0866252,-0.068419;REVB=-0.148662,-0.0512421;RO=34;SAF=2,5;SAR=16,0;SRF=17;SRR=17;SSEN=0.36,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.533324,0.63364;STB=0.747935,0.5;STBP=0.016,1;TYPE=del,snp;VARB=0.079025,0;OID=.,.;OPOS=30563248,30563251;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327869,0:18,5:61:20,0:61:41:4,0:16,0:22:19:86:34:2,5:16,0:17:17 chr18 30804756 . C T 1011.95 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.033143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0326;QD=57.8258;RBI=0.034785;REFB=-0.093946;REVB=-0.0105613;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0056746;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:0:1:69:69:0.985714:35:34:0:0:35:34:1:0 chr18 30804758 . A C 370.05 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0158508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.797;QD=19.7363;RBI=0.0216183;REFB=-0.00843476;REVB=-0.0147003;RO=37;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733714;STB=0.546075;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00979332;OID=.;OPOS=30804758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:37:37:38:0.506667:16:21:18:19:16:22:18:19 chr18 30846895 . A T 1537.6 PASS AF=0.990566;AO=97;DP=98;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.525;QD=58.0226;RBI=0.027189;REFB=-0.102563;REVB=0.00327406;RO=1;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099842;STB=0.505262;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000260364;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:106:1:1:97:105:0.990566:47:50:0:1:47:58:0:1 chr18 30847180 . C T 291.12 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0158297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0686;QD=14.3762;RBI=0.0282877;REFB=0.0193206;REVB=0.0234439;RO=48;SAF=21;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146381;STB=0.583282;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0187932;OID=.;OPOS=30847180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:12:21:24:24:12:21:24:24 chr18 30908046 . GATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT G,GTT,GTTT 113.13 PASS AF=0,1,0;AO=4,3,2;DP=11;FAO=0,11,0;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,0;FSAR=0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00772262,-0.00840632,-0.00871449;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=24,22,21;MLLD=114.517,115.985,114.641;QD=41.1374;RBI=0.153391,0.167924,0.176268;REFB=0,0,0;REVB=-0.153197,-0.167714,-0.176052;RO=0;SAF=0,2,2;SAR=4,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0221001,-0.00115226,0.00967365;OID=.,.,.;OPOS=30908047,30908047,30908047;OREF=ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;OALT=-,-,-;OMAPALT=G,GTT,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:4,3,2:11:0,11,0:11:0:0,5,0:0,6,0:0:0:3:0:0,2,2:4,1,0:0:0 chr18 30969588 . C T 1710.45 PASS AF=0.449631;AO=182;DP=410;FAO=183;FDP=407;FR=.;FRO=224;FSAF=77;FSAR=106;FSRF=93;FSRR=131;FWDB=-0.0251126;FXX=0.00731689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2491;QD=16.8103;RBI=0.0370057;REFB=-0.00627977;REVB=-0.0271804;RO=220;SAF=76;SAR=106;SRF=92;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0006103;STB=0.503157;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00742583;OID=.;OPOS=30969588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:407:220:224:182:183:0.449631:106:76:92:128:106:77:93:131 chr18 31320229 . A G 1135.4 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.605;QD=58.2257;RBI=0.0556059;REFB=-0.124085;REVB=0.0501914;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00159391;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:76:77:0.987179:44:32:0:0:44:33:0:1 chr18 31324934 . A G 435.74 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0503646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.532;QD=54.4675;RBI=0.0506235;REFB=-0.120173;REVB=0.0051141;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00202714;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:19:12:0:0:19:12:1:0 chr18 31523144 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAG 241.95 PASS AF=0.845238,0.0714286;AO=44,4;DP=85;FAO=71,6;FDP=84;FR=.;FRO=7;FSAF=11,2;FSAR=60,4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0315568,-0.0272242;FXX=0.0117633;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=5.39077,246.225;QD=11.5215;RBI=0.0727868,0.0272243;REFB=-0.0303159,-0.00164692;REVB=0.0655903,3.50633e-05;RO=24;SAF=8,2;SAR=36,2;SRF=3;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0649461,0.494301;STB=0.521733,0.529316;STBP=0.396,0.897;TYPE=del,snp;VARB=0.152842,-0.00675037;OID=.,.;OPOS=31523145,31523154;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.845238,0.0714286:44,4:85:71,6:84:7:11,2:60,4:2:5:22:24:8,2:36,2:3:21 chr18 32721078 . C T 188.34 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0128846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2671;QD=11.0789;RBI=0.0142368;REFB=-0.018374;REVB=0.00605592;RO=42;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134924;STB=0.510042;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0432615;OID=.;OPOS=32721078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:42:44:24:24:0.352941:14:10:17:25:14:10:19:25 chr18 33290678 . C CTGAT,T 392.68 PASS AF=0.388889,0.0777778;AO=34,8;DP=90;FAO=35,7;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=15,6;FSAR=20,1;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00289147,-0.0028912;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=205.357,147.687;QD=17.4524;RBI=0.0207422,0.0160927;REFB=-0.00817588,0.00215843;REVB=0.0205396,0.0158309;RO=48;SAF=15,6;SAR=19,2;SRF=25;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0824947,0.288893;STB=0.553602,0.821861;STBP=0.409,0.097;TYPE=ins,snp;VARB=0.0130399,0.0144579;OID=.,.;OPOS=33290679,33290678;OREF=-,C;OALT=TGAT,T;OMAPALT=CTGAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:34,8:35,7:0.388889,0.0777778:19,2:15,6:25:23:20,1:15,6:25:23 chr18 33647254 . A C 885.26 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.756;QD=58.0497;RBI=0.03378;REFB=0;REVB=0.0135237;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012208;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr18 33702162 . G A 191.04 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=65;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0214091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.84;QD=11.5784;RBI=0.0313172;REFB=-0.00722348;REVB=-0.0228564;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140428;STB=0.575696;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00945291;OID=.;OPOS=33702162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:42:23:24:0.363636:11:12:14:22:12:12:16:26 chr18 33706614 . C G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00586091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.613;QD=63.3367;RBI=0.0475254;REFB=0;REVB=0.0471626;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52699e-05;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr18 33754507 . A G 249.45 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0244671;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9854;QD=17.5053;RBI=0.0280387;REFB=0.0128513;REVB=0.0136941;RO=29;SAF=7;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222782;STB=0.626271;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0161611;OID=.;OPOS=33754507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:26:26:0.45614:19:7:14:15:19:7:14:15 chr18 33779705 . G A 726.06 PASS AF=0.626168;AO=65;DP=106;FAO=67;FDP=107;FR=.;FRO=40;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.023453;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4321;QD=27.1423;RBI=0.0382391;REFB=-0.010299;REVB=0.0302024;RO=41;SAF=37;SAR=28;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110328;STB=0.562551;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0030161;OID=.;OPOS=33779705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:41:40:65:67:0.626168:28:37:17:24:29:38:16:24 chr18 33779821 . C A 1509.6 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970741;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.445;QD=59.7862;RBI=0.0124101;REFB=0;REVB=0.00773146;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211771;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:100:101:1:49:51:0:0:49:52:0:0 chr18 33779855 . C T 391.87 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00373973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.542;QD=16.8548;RBI=0.0348603;REFB=-0.00451696;REVB=0.0346591;RO=52;SAF=22;SAR=19;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795391;STB=0.544565;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00600439;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:19:22:32:20:19:22:32:20 chr18 33779896 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.547;QD=59.5017;RBI=0.0286858;REFB=0;REVB=-0.0134289;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46456e-05;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:24:45:0:0:24:45:0:0 chr18 33780020 . A G 747.63 PASS AF=1;AO=31;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495779;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9873;QD=54.3731;RBI=0.0518671;REFB=0;REVB=-0.0152388;RO=1;SAF=8;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547702;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00197e-05;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:1:0:31:55:1:23:8:1:0:26:29:0:0 chr18 33780021 . C G 197.0 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00134765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.378;QD=12.9178;RBI=0.00383052;REFB=-0.0395165;REVB=0.00358563;RO=37;SAF=21;SAR=3;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614852;STB=0.855581;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0108113;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:3:21:12:25:3:21:12:25 chr18 33785093 . G A 503.76 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.000859784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.57;QD=22.3892;RBI=0.00421668;REFB=-0.0218516;REVB=0.00412809;RO=42;SAF=24;SAR=24;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807129;STB=0.544426;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0172834;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:24:24:17:25:24:24:17:25 chr18 33785185 . A G 804.83 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.294;QD=64.3861;RBI=0.00796249;REFB=0;REVB=0.000163177;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66004e-05;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr18 33848581 . T C 472.66 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.0169899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.278;QD=17.5059;RBI=0.0170104;REFB=-0.0196675;REVB=0.00083344;RO=57;SAF=18;SAR=33;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205231;STB=0.5114;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0283541;OID=.;OPOS=33848581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:33:18:19:38:33:18:19:38 chr18 33952645 . G A 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00817054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.693;QD=17.5591;RBI=0.0120419;REFB=-0.0218319;REVB=0.0088459;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461927;STB=0.512806;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0195844;OID=.;OPOS=33952645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:21:18:18:0.461538:9:9:11:9:9:9:11:10 chr18 34156497 . A G 356.64 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0167886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.155;QD=12.6243;RBI=0.0327162;REFB=-0.00273596;REVB=0.0280801;RO=70;SAF=14;SAR=29;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121013;STB=0.569102;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00573103;OID=.;OPOS=34156497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:43:43:0.380531:29:14:30:40:29:14:30:40 chr18 34310668 . C T 556.6 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0104713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.254;QD=25.2998;RBI=0.0322808;REFB=0.0067512;REVB=-0.0305352;RO=37;SAF=22;SAR=29;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206295;STB=0.612633;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00644204;OID=.;OPOS=34310668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:37:51:51:0.579545:29:22:26:11:29:22:26:11 chr18 34324091 . G A 236.5 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00476143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.809;QD=13.5144;RBI=0.0171775;REFB=-0.0162955;REVB=-0.0165044;RO=42;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14954;STB=0.585305;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0193633;OID=.;OPOS=34324091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:12:16:18:24:12:16:18:24 chr18 34398883 . G A 130.87 PASS AF=0.375;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0197751;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.201;QD=13.087;RBI=0.0208093;REFB=-0.011335;REVB=0.00647858;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12221;STB=0.582673;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0163821;OID=.;OPOS=34398883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:25:15:15:0.375:8:7:14:10:8:7:15:10 chr18 34824124 . TA T,TT 70.63 PASS AF=0.363636,0.0454545;AO=4,3;DP=25;FAO=8,1;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7,0;FSAR=1,1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0244138,0.0231925;FXX=0.153787;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=293.991,293.126;QD=12.8421;RBI=0.0277862,0.0267991;REFB=-0.00253664,-0.00249756;REVB=0.013268,0.0134277;RO=16;SAF=3,2;SAR=1,1;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.162709,0.0496198;STB=0.736129,0.991536;STBP=0.145,0.277;TYPE=del,snp;VARB=0.00464974,0.0111111;OID=.,.;OPOS=34824125,34824125;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0.0454545:4,3:25:8,1:22:13:7,0:1,1:8:5:40:16:3,2:1,1:10:6 chr18 35237143 . T G 444.37 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0212123;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.333;QD=16.4582;RBI=0.0223187;REFB=-0.0149595;REVB=-0.00694021;RO=59;SAF=28;SAR=21;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12792;STB=0.571399;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0210979;OID=.;OPOS=35237143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:59:59:49:49:0.453704:21:28:26:33:21:28:26:33 chr18 39761310 . A G 1067.17 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3948;QD=57.6846;RBI=0.063778;REFB=-0.0739994;REVB=0.0514563;RO=2;SAF=23;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393563;STB=0.510201;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00122741;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:2:1:72:73:0.986486:49:23:2:0:49:24:1:0 chr18 39850623 . A G 972.23 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8623;QD=58.9232;RBI=0.0829098;REFB=0;REVB=-0.0377038;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239509;OID=.;OPOS=39850623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr18 40323497 . G T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0163319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.784;QD=7.76205;RBI=0.0249713;REFB=-0.0292804;REVB=0.0188901;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213472;STB=0.629283;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0402372;OID=.;OPOS=40323497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:12:1:1:5:12:1 chr18 40613840 . A G 70.18 PASS AF=0.4;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0470735;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=52.9279;QD=11.2281;RBI=0.0530834;REFB=-0.0362774;REVB=0.0245343;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244315;STB=0.646754;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0413631;OID=.;OPOS=40613840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:23:25:14:15:9:10:0.4:6:3:8:6:7:3:8:7 chr18 42456653 . G A 1084.0 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887726;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.019;QD=60.2224;RBI=0.0887914;REFB=0;REVB=-0.00182498;RO=0;SAF=5;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.74392e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342457;OID=.;OPOS=42456653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:67:5:0:0:67:5:0:0 chr18 42456670 . C CTCTT,T 973.31 PASS AF=0.835821,0.164179;AO=54,12;DP=68;FAO=56,11;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=51,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411845,0.00057831;FXX=0.0821805;HRUN=0,1;LEN=4,1;MLLD=264.841,55.3533;QD=58.108;RBI=0.0440308,0.0112349;REFB=0,0;REVB=0.015574,0.01122;RO=1;SAF=5,2;SAR=49,10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00952386,0.0430526;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00686173,0.0123842;OID=.,.;OPOS=42456671,42456670;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:62:68:67:1:0:54,12:56,11:0.835821,0.164179:49,10:5,2:0:1:51,9:5,2:0:0 chr18 42532606 . G A 1381.47 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0158649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.655;QD=61.3985;RBI=0.0168077;REFB=-0.0424846;REVB=-0.00555004;RO=0;SAF=27;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=6.68696e-05;OID=.;OPOS=42532606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:62:27:0:0:62:27:0:1 chr18 42533130 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.148;QD=62.9827;RBI=0.00687934;REFB=0;REVB=0.00575871;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72182e-06;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:33:12:0:0:33:12:0:0 chr18 43206985 . A G 3223.26 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907848;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.793;QD=61.9858;RBI=0.0151953;REFB=0;REVB=-0.0121851;RO=0;SAF=89;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84181e-05;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:208:208:1:119:89:0:0:119:89:0:0 chr18 43246156 . G A 645.05 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00241775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.319;QD=21.3239;RBI=0.00691424;REFB=-0.00870913;REVB=0.00647774;RO=55;SAF=28;SAR=36;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322514;STB=0.516328;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00959111;OID=.;OPOS=43246156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:55:57:64:64:0.528926:36:28:22:33:36:28:23:34 chr18 43247001 . C G 430.19 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0226477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.174;QD=22.6417;RBI=0.0369072;REFB=-0.0529591;REVB=0.0291414;RO=34;SAF=26;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120565;STB=0.500664;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0282508;OID=.;OPOS=43247001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:16:26:21:13:16:26:21:13 chr18 43262359 . G A 579.33 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854457;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5609;QD=60.9818;RBI=0.0858336;REFB=0;REVB=-0.00815102;RO=0;SAF=5;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750385;OID=.;OPOS=43262359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:33:5:0:0:33:5:0:0 chr18 43310415 . G A 135.58 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0365472;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.734;QD=10.6334;RBI=0.0490321;REFB=-0.0362477;REVB=-0.0326872;RO=20;SAF=10;SAR=0;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.736833;STB=0.727214;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0719424;OID=.;OPOS=43310415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:20:34:10:17:0.333333:0:10:15:5:4:13:15:19 chr18 43316538 . A G 417.57 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0218859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.551;QD=22.5715;RBI=0.0229776;REFB=-0.0197766;REVB=-0.00699841;RO=32;SAF=17;SAR=24;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690862;STB=0.531885;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0184566;OID=.;OPOS=43316538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:33:41:41:0.554054:24:17:16:16:24:17:16:17 chr18 43422095 . T C 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0263152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5446;QD=18.9659;RBI=0.0447596;REFB=0.012326;REVB=-0.0362068;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223548;STB=0.639886;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0448917;OID=.;OPOS=43422095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:25:22:22:0.468085:12:10:5:18:12:10:5:20 chr18 43435577 . C A 566.36 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00317113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.47;QD=21.3721;RBI=0.00601189;REFB=-0.00252191;REVB=0.00510752;RO=49;SAF=23;SAR=34;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158993;STB=0.587345;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00295176;OID=.;OPOS=43435577;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:34:23:29:20:34:23:29:20 chr18 43497710 . A G 205.39 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00439202;FXX=0.114253;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.514;QD=26.5019;RBI=0.0261314;REFB=-0.0342892;REVB=0.0257597;RO=8;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809901;STB=0.605953;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00511753;OID=.;OPOS=43497710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:31:8:12:19:19:0.612903:10:9:5:3:10:9:9:3 chr18 43563677 . T C 232.26 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.000408667;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.404;QD=14.5164;RBI=0.0117815;REFB=-0.0258935;REVB=0.0117744;RO=36;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192223;STB=0.618955;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0213388;OID=.;OPOS=43563677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:37:27:27:0.421875:19:8:17:19:19:8:18:19 chr18 43565380 . A G 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00678412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.882;QD=10.9518;RBI=0.0131734;REFB=-0.00705049;REVB=-0.0112922;RO=46;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430333;STB=0.518504;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0203931;OID=.;OPOS=43565380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:11:14:24:22:11:14:25:22 chr18 43565399 . C A 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00101372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.944;QD=14.0439;RBI=0.0194781;REFB=0.00623165;REVB=-0.0194517;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497209;STB=0.535689;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00646219;OID=.;OPOS=43565399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:40:28:28:0.411765:13:15:19:20:13:15:19:21 chr18 43568717 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0134074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.974;QD=15.3789;RBI=0.0283201;REFB=-0.00161107;REVB=0.0249453;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122788;STB=0.594432;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00183438;OID=.;OPOS=43568717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:8:4:6:7:8:4:7:7 chr18 43701587 . G A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00639928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.102;QD=22.9084;RBI=0.016391;REFB=-0.000650061;REVB=-0.0150902;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127573;STB=0.57136;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00045587;OID=.;OPOS=43701587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:9:12:7:10:9:12:7:10 chr18 43833701 . T TCTG 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0283393;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=276.49;QD=17.067;RBI=0.0308362;REFB=-0.00270864;REVB=0.0121555;RO=47;SAF=13;SAR=25;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043948;STB=0.51652;STBP=0.792;TYPE=ins;VARB=0.00367735;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:38:85:38:84:46:13:25:17:29:99:47:13:25:18:29 chr18 43843736 . T G 556.46 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7705;QD=60.1577;RBI=0.0694287;REFB=0;REVB=0.0509363;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178832;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:13:22:0:0:13:24:0:0 chr18 44040660 . T C 1044.23 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000572353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9297;QD=59.6701;RBI=0.0388897;REFB=0;REVB=0.0388854;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214319;OID=.;OPOS=44040660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr18 44560300 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9291;QD=59.0186;RBI=0.0500837;REFB=0;REVB=0.00130239;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716181;OID=.;OPOS=44560300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr18 44560429 . C A 704.91 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00590586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.136;QD=58.7428;RBI=0.0951124;REFB=-0.0279511;REVB=0.0949288;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.518511;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00160518;OID=.;OPOS=44560429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:48:0:2:45:46:0.958333:19:26:0:0:20:26:2:0 chr18 44560875 . C A 1609.0 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.756;QD=59.0459;RBI=0.0247233;REFB=-0.0707806;REVB=0.0216131;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134577;OID=.;OPOS=44560875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:107:109:0:0:105:109:1:55:50:0:0:59:50:0:0 chr18 44561100 . C G 417.83 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9126;QD=53.9135;RBI=0.0137453;REFB=0.00689401;REVB=0.00756215;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00169579;OID=.;OPOS=44561100;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:1:0:13:17:1:0 chr18 44561795 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.557;QD=55.6557;RBI=0.0879027;REFB=0;REVB=-0.0730602;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252152;OID=.;OPOS=44561795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr18 44585955 . G A 250.16 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00556805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.571;QD=26.3322;RBI=0.0121224;REFB=0.0105966;REVB=-0.010768;RO=15;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252838;STB=0.514007;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00716186;OID=.;OPOS=44585955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:10:13:9:6:10:13:9:6 chr18 44610718 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169478;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=325.691;QD=58.0611;RBI=0.0170788;REFB=0;REVB=-0.00211158;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03414e-05;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr18 44626630 . T G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.971;QD=59.5018;RBI=0.0376724;REFB=0;REVB=0.0128473;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67255e-05;OID=.;OPOS=44626630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr18 44760901 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5564;QD=58.1415;RBI=0.0554207;REFB=0;REVB=0.0161341;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000648639;OID=.;OPOS=44760901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr18 45555829 . T C 302.69 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0685562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1455;QD=17.053;RBI=0.105922;REFB=0.00291219;REVB=-0.0807436;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159217;STB=0.593853;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00663864;OID=.;OPOS=45555829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:38:33:33:0.464789:15:18:13:22:15:18:14:24 chr18 45566517 . G C 30.08 PASS AF=0.101695;AO=7;DP=59;FAO=6;FDP=59;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0303193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.059;QD=2.03921;RBI=0.0384749;REFB=-0.00396176;REVB=-0.0236867;RO=52;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218513;STB=0.743941;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.236669;OID=.;OPOS=45566517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:59:59:52:53:7:6:0.101695:3:4:20:32:2:4:20:33 chr18 45566519 . C G 30.02 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0715711;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.4395;QD=2.07011;RBI=0.166684;REFB=-0.0161612;REVB=-0.150536;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974917;STB=0.603201;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.097203;OID=.;OPOS=45566519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:58:58:31:50:8:8:0.137931:4:4:13:18:4:4:19:31 chr18 45696158 . G A 441.63 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.088854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.047;QD=56.9842;RBI=0.0901614;REFB=0;REVB=0.0152983;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103375;OID=.;OPOS=45696158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:17:12:0:0:18:13:0:0 chr18 45696204 . T C 392.92 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.57;QD=56.131;RBI=0.0600826;REFB=0;REVB=0.0473439;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787812;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr18 45696256 . A G 289.6 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0288278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.786;QD=46.3359;RBI=0.0291003;REFB=-0.0712542;REVB=0.00397312;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280632;STB=0.529387;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0034218;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:16:7:0:1:16:7:0:2 chr18 45711740 . T C 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0117961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.776;QD=17.9915;RBI=0.0201492;REFB=-0.0120759;REVB=0.0163354;RO=30;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217582;STB=0.512187;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0133692;OID=.;OPOS=45711740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:19:10:11:19:19:10:11:19 chr18 46001932 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.716;QD=57.8849;RBI=0.0155286;REFB=0;REVB=0.0152496;RO=0;SAF=51;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8812e-05;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:9:51:0:0:9:51:0:0 chr18 46284587 . T C 990.48 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9642;QD=57.4189;RBI=0.0146464;REFB=-0.0658952;REVB=0.00655381;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00395819;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:69:0:1:66:68:0.985507:23:43:0:0:25:43:0:1 chr18 46545924 . A G 210.35 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=0.0262171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.394;QD=15.5812;RBI=0.029946;REFB=-0.0202018;REVB=-0.0144714;RO=28;SAF=3;SAR=20;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520841;STB=0.533307;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0267627;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:28:30:23:24:0.444444:20:3:3:25:21:3:3:27 chr18 46576058 . T C 395.4 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00349147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.996;QD=30.415;RBI=0.0690693;REFB=-0.0276011;REVB=0.068981;RO=15;SAF=27;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581168;STB=0.524986;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.008416;OID=.;OPOS=46576058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:16:36:36:0.692308:9:27:10:5:9:27:11:5 chr18 47013723 . A T 754.58 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=63;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0221846;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.665;QD=49.4804;RBI=0.058947;REFB=-0.0101173;REVB=0.0546131;RO=5;SAF=30;SAR=26;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072356;STB=0.538448;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.000267153;OID=.;OPOS=47013723;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:63:61:5:5:56:56:0.918033:26:30:5:0:26:30:5:0 chr18 47014953 . G GTAGT,GTGT 225.42 PASS AF=0.1,0.85;AO=2,17;DP=20;FAO=2,17;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=0,5;FSAR=2,12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.029179,-0.0263556;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=109.504,129.732;QD=45.0844;RBI=0.0338871,0.0291105;REFB=-0.0375926,-0.038662;REVB=0.0172315,0.0123613;RO=1;SAF=0,5;SAR=2,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0830155;STB=0.993266,0.545399;STBP=0.232,0.275;TYPE=ins,ins;VARB=0.0821595,0.0001635;OID=.,.;OPOS=47014954,47014954;OREF=-,-;OALT=TAGT,TGT;OMAPALT=GTAGT,GTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.85:2,17:20:2,17:20:1:0,5:2,12:1:0:9:1:0,5:2,12:1:0 chr18 47017820 . A G 2218.15 PASS AF=0.97973;AO=141;DP=144;FAO=145;FDP=148;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0076019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.4201;QD=59.9499;RBI=0.0182665;REFB=0.0126717;REVB=-0.0166095;RO=3;SAF=66;SAR=75;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186364;STB=0.509803;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00044367;OID=.;OPOS=47017820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:144:148:3:3:141:145:0.97973:75:66:0:3:75:70:0:3 chr18 47093864 . C T 536.55 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0241415;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0614;QD=18.6628;RBI=0.0400671;REFB=-0.0327392;REVB=-0.0319775;RO=59;SAF=30;SAR=26;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253044;STB=0.514014;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0347756;OID=.;OPOS=47093864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:59:59:56:56:0.486957:26:30:30:29:26:30:30:29 chr18 47352639 . A C 34.69 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=-0.00174287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.25;QD=1.40162;RBI=0.00741431;REFB=-0.0026781;REVB=0.00720655;RO=90;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522316;STB=0.541194;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.02443;OID=.;OPOS=47352639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:90:90:9:9:0.0909091:5:4:36:54:5:4:36:54 chr18 47352677 . A C 30.07 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.015505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.388;QD=1.29332;RBI=0.0205208;REFB=0.000285708;REVB=-0.0134423;RO=83;SAF=4;SAR=4;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102924;STB=0.591177;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0148822;OID=.;OPOS=47352677;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:93:83:85:8:8:0.0860215:4:4:34:49:4:4:34:51 chr18 47369758 . C T 1503.53 PASS AF=1;AO=89;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233241;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.38;QD=60.141;RBI=0.0237522;REFB=0;REVB=0.00448916;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27319e-05;OID=.;OPOS=47369758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:89:100:1:49:40:0:0:49:51:0:0 chr18 47383243 . C T 1042.56 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7821;QD=59.5747;RBI=0.065366;REFB=0;REVB=0.0474203;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822877;OID=.;OPOS=47383243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:37:32:0:0:37:33:0:0 chr18 47500836 . G A 712.61 PASS AF=0.417112;AO=78;DP=187;FAO=78;FDP=187;FR=.;FRO=109;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=-0.00233746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.8;QD=15.243;RBI=0.0312455;REFB=-0.0126303;REVB=0.0311579;RO=108;SAF=33;SAR=45;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032362;STB=0.515719;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0205857;OID=.;OPOS=47500836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:108:109:78:78:0.417112:45:33:49:59:45:33:49:60 chr18 47563299 . T C 902.61 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2161;QD=58.2328;RBI=0.0335484;REFB=0;REVB=0.0319196;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315878;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr18 47777937 . G A 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0316859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.915;QD=15.237;RBI=0.0321563;REFB=-0.00275864;REVB=-0.00548001;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275947;STB=0.515614;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00302849;OID=.;OPOS=47777937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:14:14:17:19:14:14:17:19 chr18 47795629 . C A 1714.97 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1699;QD=59.6511;RBI=0.0473478;REFB=-0.0914282;REVB=-0.0381383;RO=1;SAF=64;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736218;STB=0.503875;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00410505;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:50:64:1:0:50:64:1:0 chr18 47803354 . C T 1384.65 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100953;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.366;QD=62.9388;RBI=0.00105293;REFB=0;REVB=-0.000299189;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33571e-05;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr18 47810251 . C G 1324.94 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00560483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.019;QD=60.9166;RBI=0.0459969;REFB=-0.0742674;REVB=0.0456541;RO=1;SAF=38;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123045;STB=0.506492;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000213932;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:48:38:1:0:48:38:1:0 chr18 47810351 . A G 886.09 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.245;QD=58.1041;RBI=0.074002;REFB=0;REVB=0.0709295;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240188;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:30:28:0:0:32:29:0:0 chr18 47908556 . G A 871.6 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159864;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.609;QD=58.1065;RBI=0.0163913;REFB=0;REVB=0.00362081;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90608e-05;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr18 48190412 . C T 983.12 PASS AF=0.474654;AO=102;DP=217;FAO=103;FDP=217;FR=.;FRO=114;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=0.0302794;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.237;QD=18.122;RBI=0.0311259;REFB=-0.0161822;REVB=0.00720957;RO=109;SAF=50;SAR=52;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220906;STB=0.507652;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0158435;OID=.;OPOS=48190412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:109:114:102:103:0.474654:52:50:56:53:53:50:57:57 chr18 48190440 . G A 1159.26 PASS AF=0.54067;AO=113;DP=209;FAO=113;FDP=209;FR=.;FRO=96;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.0245353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9179;QD=22.1869;RBI=0.0759659;REFB=-0.0226388;REVB=0.0718947;RO=96;SAF=60;SAR=53;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523932;STB=0.528585;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0196116;OID=.;OPOS=48190440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:96:96:113:113:0.54067:53:60:45:51:53:60:45:51 chr18 48331524 . G A 126.96 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0241773;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4644;QD=7.93483;RBI=0.0245195;REFB=-0.0111214;REVB=-0.00408202;RO=45;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172671;STB=0.609259;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0243267;OID=.;OPOS=48331524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:46:18:18:0.28125:9:9:16:29:9:9:16:30 chr18 48331553 . T C 151.12 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0374001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5371;QD=8.39558;RBI=0.0459898;REFB=-0.0129318;REVB=0.0267638;RO=50;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115116;STB=0.559944;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0255883;OID=.;OPOS=48331553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:51:21:21:0.291667:11:10:19:31:11:10:20:31 chr18 48333203 . C G 206.2 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0189254;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.831;QD=14.7288;RBI=0.0213365;REFB=-0.0222337;REVB=0.00985271;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129705;STB=0.583264;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0298939;OID=.;OPOS=48333203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:32:23:24:0.428571:13:10:18:14:14:10:18:14 chr18 48346024 . G T 1189.41 PASS AF=0.567708;AO=109;DP=192;FAO=109;FDP=192;FR=.;FRO=83;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.0555385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2976;QD=24.7793;RBI=0.0707124;REFB=-0.0180743;REVB=0.0437689;RO=80;SAF=51;SAR=58;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336506;STB=0.520104;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0143436;OID=.;OPOS=48346024;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:80:83:109:109:0.567708:58:51:34:46:58:51:35:48 chr18 48458717 . T A 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00274167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.817;QD=17.2891;RBI=0.00307918;REFB=-0.00681261;REVB=-0.00140165;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141446;STB=0.507931;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00695366;OID=.;OPOS=48458717;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:15:15:16:17:15:15:16:17 chr18 48577782 . G C 728.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.635;QD=63.3147;RBI=0.0505211;REFB=0;REVB=0.0503571;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104537;OID=.;OPOS=48577782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:24:19:0:0:27:19:0:0 chr18 48610367 . T C 54.28 PASS AF=0.4;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0642844;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6066;QD=10.8565;RBI=0.064731;REFB=-0.0213999;REVB=0.00759018;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263346;STB=0.549876;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0115696;OID=.;OPOS=48610367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:19:20:11:12:7:8:0.4:3:4:6:5:4:4:7:5 chr18 48633216 . G T 637.26 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.020663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.136;QD=47.2045;RBI=0.0294793;REFB=-0.00583841;REVB=-0.0210254;RO=5;SAF=29;SAR=20;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745181;STB=0.539667;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.000510954;OID=.;OPOS=48633216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:5:5:49:49:0.907407:20:29:5:0:20:29:5:0 chr18 48723217 . C T 300.51 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0320841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.886;QD=44.52;RBI=0.0509551;REFB=-0.106172;REVB=0.0395858;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.551682;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00194131;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:1:3:24:24:0.888889:11:13:1:0:11:13:3:0 chr18 49867224 . T C 3081.66 PASS AF=0.994872;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332993;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.105;QD=63.2136;RBI=0.0334335;REFB=0.0508889;REVB=0.00299197;RO=1;SAF=86;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550542;STB=0.50289;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-4.17764e-05;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:195:1:1:194:194:0.994872:108:86:1:0:108:86:1:0 chr18 50432602 . C G 291.08 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0276825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.496;QD=14.1989;RBI=0.0307308;REFB=-0.00896628;REVB=0.0133439;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179688;STB=0.503354;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0127911;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:49:33:33:0.402439:18:15:21:27:18:15:22:27 chr18 51795957 . GCGACGAC GCGAC,GCGA,GCGGCGAC 1143.84 PASS AF=0.92,0,0.08;AO=38,25,6;DP=77;FAO=69,0,6;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0,3;FSAR=40,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567287,-0.0175933,0.0294319;FXX=0.0740649;HRUN=1,1,1;LEN=3,4,1;MLLD=180.842,187.406,65.7913;QD=61.0048;RBI=0.0812229,0.0301104,0.0379859;REFB=0,0,0;REVB=0.0581293,0.0244359,0.0240145;RO=0;SAF=24,0,3;SAR=14,25,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.76123e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00386964,0,0.0302331;OID=.,.,.;OPOS=51795958,51795961,51795960;OREF=CGA,CGAC,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCGAC,GCGA,GCGGCGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.92,0,0.08:38,25,6:77:69,0,6:75:0:29,0,3:40,0,3:0:0:23:0:24,0,3:14,25,3:0:0 chr18 51820805 . G A 365.05 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.047;QD=52.1503;RBI=0.0499136;REFB=-0.0107976;REVB=0.00478162;RO=1;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545937;STB=0.52939;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00163461;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:8:19:0:1:8:19:0:1 chr18 52265308 . A C 954.87 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2881;QD=58.7615;RBI=0.0442314;REFB=0;REVB=-0.029928;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000531892;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr18 52570281 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.054;QD=59.0187;RBI=0.0348407;REFB=0;REVB=0.0331806;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.973e-05;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr18 52570345 . C A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0185771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.614;QD=13.8496;RBI=0.0185785;REFB=-0.00654336;REVB=-0.000227932;RO=25;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186193;STB=0.608979;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0092548;OID=.;OPOS=52570345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:5:11:13:12:5:11:13:12 chr18 53177774 . G C 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0052136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8125;QD=8.73707;RBI=0.0207845;REFB=-0.0197846;REVB=0.02012;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623617;STB=0.538376;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0421901;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:10:10:4:5:10:10 chr18 53303101 . C G 1687.61 PASS AF=1;AO=50;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336375;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.133;QD=61.9306;RBI=0.164296;REFB=0;REVB=0.164262;RO=0;SAF=48;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021433;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:109:0:0:50:109:1:2:48:0:0:61:48:0:0 chr18 54293658 . T C 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00784845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.194;QD=7.54482;RBI=0.00846691;REFB=-0.0141488;REVB=-0.00317654;RO=41;SAF=7;SAR=8;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170617;STB=0.603639;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.059809;OID=.;OPOS=54293658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:8:7:25:16:8:7:25:16 chr18 54339818 . C G 1940.43 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0115453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6581;QD=60.1682;RBI=0.0134848;REFB=-0.0160543;REVB=0.00696749;RO=1;SAF=54;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871838;STB=0.509089;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00209395;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:1:2:127:127:0.984496:73:54:1:0:73:54:2:0 chr18 54448778 . G A 442.76 PASS AF=0.466667;AO=48;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0208571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.476;QD=16.8669;RBI=0.0426773;REFB=-0.0172202;REVB=0.0372335;RO=53;SAF=36;SAR=12;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203555;STB=0.610939;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0151132;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:56:48:49:0.466667:12:36:30:23:13:36:31:25 chr18 54694313 . C G 264.64 PASS AF=0.405063;AO=30;DP=72;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0162935;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.0089;QD=13.3996;RBI=0.0212716;REFB=-0.0351446;REVB=-0.0136749;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190714;STB=0.603318;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0473814;OID=.;OPOS=54694313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:79:42:47:30:32:0.405063:16:14:12:30:17:15:14:33 chr18 54814841 . G A 786.95 PASS AF=0.509554;AO=80;DP=159;FAO=80;FDP=157;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.000982219;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.879;QD=20.0496;RBI=0.0135625;REFB=-0.0174983;REVB=0.0135269;RO=79;SAF=41;SAR=39;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170036;STB=0.502947;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0167092;OID=.;OPOS=54814841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:79:77:80:80:0.509554:39:41:39:40:39:41:39:38 chr18 54815025 . G T 324.22 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0017988;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4263;QD=19.3563;RBI=0.0349641;REFB=0.00768368;REVB=0.0349178;RO=33;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101615;STB=0.556345;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0059978;OID=.;OPOS=54815025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:33:34:34:0.507463:20:14:10:23:20:14:10:23 chr18 55021725 . A C 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0149983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.826;QD=14.9479;RBI=0.016315;REFB=-0.00435809;REVB=0.00642101;RO=42;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438392;STB=0.524846;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00630941;OID=.;OPOS=55021725;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:19:12:18:24:19:12:18:24 chr18 55027334 . G T 254.21 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0389127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6735;QD=15.4067;RBI=0.0544958;REFB=-0.00261549;REVB=0.0381523;RO=36;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307748;STB=0.510722;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00620982;OID=.;OPOS=55027334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:12:17:20:16:12:17:21:16 chr18 55143766 . C T 218.03 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0296688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.261;QD=11.4753;RBI=0.030578;REFB=-0.00188431;REVB=0.00740101;RO=49;SAF=9;SAR=18;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368203;STB=0.711714;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00406275;OID=.;OPOS=55143766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:18:9:33:16:18:9:33:16 chr18 55144035 . C T 603.55 PASS AF=0.646341;AO=53;DP=82;FAO=53;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00358468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.207;QD=29.4416;RBI=0.0313652;REFB=-0.00233702;REVB=-0.0311597;RO=29;SAF=22;SAR=31;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475979;STB=0.525803;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00126307;OID=.;OPOS=55144035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:29:29:53:53:0.646341:31:22:10:19:31:22:10:19 chr18 55144045 . G A 661.45 PASS AF=0.647727;AO=57;DP=88;FAO=57;FDP=88;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0122372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7904;QD=30.0661;RBI=0.0730509;REFB=0.0066611;REVB=-0.0720187;RO=31;SAF=25;SAR=32;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774235;STB=0.541908;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00706662;OID=.;OPOS=55144045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:31:31:57:57:0.647727:32:25:10:21:32:25:10:21 chr18 55144748 . G A 735.52 PASS AF=0.503497;AO=71;DP=143;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.00134193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.83;QD=20.5739;RBI=0.00216583;REFB=-0.00514018;REVB=-0.00170002;RO=70;SAF=28;SAR=43;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714137;STB=0.546024;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00421632;OID=.;OPOS=55144748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:70:71:71:72:0.503497:43:28:33:37:44:28:34:37 chr18 55145575 . C G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3786;QD=59.6794;RBI=0.0423425;REFB=0;REVB=0.0365977;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133718;OID=.;OPOS=55145575;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr18 55145765 . G C 53.98 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0260394;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.57;QD=8.99726;RBI=0.032674;REFB=-0.0254809;REVB=0.0197367;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237275;STB=0.662868;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0460852;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:24:24:15:16:8:8:0.333333:3:5:6:9:3:5:6:10 chr18 55145906 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.213;QD=62.0218;RBI=0.0289324;REFB=0;REVB=-0.0121387;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361746;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr18 55146453 . T C 551.68 PASS AF=0.662162;AO=49;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0174731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.208;QD=29.8203;RBI=0.0191562;REFB=0.00227241;REVB=0.00785179;RO=25;SAF=20;SAR=29;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458457;STB=0.524877;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00136313;OID=.;OPOS=55146453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:25:25:49:49:0.662162:29:20:12:13:29:20:12:13 chr18 55150271 . A C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0501757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.154;QD=20.546;RBI=0.0502304;REFB=-0.0179493;REVB=0.00234323;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404908;STB=0.522801;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0188718;OID=.;OPOS=55150271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:11:11:12:10:11:11 chr18 55150557 . G T 288.03 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0648857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2778;QD=10.5699;RBI=0.0831579;REFB=0.0284246;REVB=0.0520104;RO=67;SAF=15;SAR=22;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00281504;STB=0.511358;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0512744;OID=.;OPOS=55150557;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:72:37:37:0.33945:22:15:27:40:22:15:28:44 chr18 55154066 . A G 569.36 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00537988;FXX=0.038165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.629;QD=18.075;RBI=0.00553659;REFB=-0.00264665;REVB=-0.00130793;RO=66;SAF=31;SAR=28;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529915;STB=0.525415;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00360533;OID=.;OPOS=55154066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:126:66:67:59:59:0.468254:28:31:31:35:28:31:32:35 chr18 55155489 . A G 1418.79 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179645;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.606;QD=63.0575;RBI=0.0195775;REFB=0;REVB=0.00778172;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61265e-06;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr18 55155711 . C G 270.85 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00327595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.194;QD=16.6676;RBI=0.00466001;REFB=-0.0019102;REVB=0.00331419;RO=35;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182833;STB=0.510281;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00186745;OID=.;OPOS=55155711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:16:14:17:18:16:14:17:18 chr18 55155870 . G A 383.23 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.010478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.54;QD=14.5993;RBI=0.0173065;REFB=-0.0101682;REVB=-0.0137742;RO=61;SAF=27;SAR=17;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773124;STB=0.543604;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0143287;OID=.;OPOS=55155870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:17:27:33:28:17:27:33:28 chr18 55158489 . A AATTCTGC 142.79 PASS AF=0.354167;AO=14;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0238411;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=255.299;QD=11.899;RBI=0.024566;REFB=-0.0104512;REVB=0.0059238;RO=31;SAF=3;SAR=11;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514576;STB=0.739066;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.0198105;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354167:14:48:17:48:31:5:12:21:10:99:31:3:11:21:10 chr18 55221648 . T C 555.37 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.00303881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.093;QD=16.9578;RBI=0.00460766;REFB=-0.00211389;REVB=-0.00346355;RO=72;SAF=30;SAR=29;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145308;STB=0.580768;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00210603;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:72:72:59:59:0.450382:29:30:26:46:29:30:26:46 chr18 55226383 . G C 173.04 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.0586611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.6366;QD=11.3472;RBI=0.0662896;REFB=-0.00768724;REVB=0.0308739;RO=38;SAF=16;SAR=6;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508981;STB=0.534853;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0128487;OID=.;OPOS=55226383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:39:22:22:0.360656:6:16:29:9:6:16:30:9 chr18 55247336 . C A 813.54 PASS AF=0.590551;AO=75;DP=127;FAO=75;FDP=127;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.022987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.297;QD=25.6233;RBI=0.0229878;REFB=-0.0262381;REVB=-0.000193941;RO=52;SAF=42;SAR=33;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103163;STB=0.556101;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0207116;OID=.;OPOS=55247336;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:52:52:75:75:0.590551:33:42:22:30:33:42:22:30 chr18 55313704 . AT A 149.63 PASS AF=0.660377;AO=31;DP=54;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.23404;FXX=0.0185151;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.1115;QD=11.2926;RBI=0.23843;REFB=-0.0584755;REVB=0.0455433;RO=14;SAF=16;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904785;STB=0.533458;STBP=0.519;TYPE=del;VARB=0.0584145;OID=.;OPOS=55313705;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.660377:31:54:35:53:18:19:16:8:10:44:14:16:15:5:9 chr18 55314820 . C A 1043.59 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.142;QD=59.634;RBI=0.0318183;REFB=0;REVB=0.0175996;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99177e-05;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chr18 55317676 . C T 1139.26 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264819;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6331;QD=60.7606;RBI=0.0672308;REFB=0;REVB=-0.0617955;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243293;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:30:44:0:0:30:45:0:0 chr18 55346232 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4975;QD=44.6896;RBI=0.0316596;REFB=0;REVB=0.023955;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208752;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr18 55362532 . T G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.45;QD=62.0082;RBI=0.0577204;REFB=0;REVB=0.0388273;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05835e-05;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr18 55364852 . A G 1182.42 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.521;QD=59.1208;RBI=0.0138311;REFB=-0.0771818;REVB=0.00335025;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133317;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000197311;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:43:35:1:0:44:35:1:0 chr18 55816791 . G A 607.88 PASS AF=0.410714;AO=69;DP=168;FAO=69;FDP=168;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.00195841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2513;QD=14.4734;RBI=0.0246379;REFB=0.0139572;REVB=0.02456;RO=98;SAF=34;SAR=35;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182547;STB=0.513193;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.0209522;OID=.;OPOS=55816791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:98:99:69:69:0.410714:35:34:50:48:35:34:51:48 chr18 56148796 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.038;QD=60.6102;RBI=0.0303852;REFB=0;REVB=-0.00672645;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38731e-05;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr18 56149099 . T C 2077.47 PASS AF=0.964539;AO=135;DP=140;FAO=136;FDP=141;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=72;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0390048;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.356;QD=58.9354;RBI=0.0394938;REFB=-0.126547;REVB=0.00619567;RO=4;SAF=63;SAR=72;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292232;STB=0.518794;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00279702;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:140:141:4:5:135:136:0.964539:72:63:4:0:72:64:5:0 chr18 56202418 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.2206;QD=56.1865;RBI=0.0271783;REFB=0;REVB=0.026858;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194958;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr18 56202982 . A T 1131.65 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.049;QD=60.3548;RBI=0.0128589;REFB=0;REVB=0.00364498;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65559e-05;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr18 56203411 . G C 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0054702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.5;QD=59.4242;RBI=0.0310383;REFB=0.0180776;REVB=0.0305525;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170712;STB=0.509087;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000155075;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:27:15:0:1:27:15:0:1 chr18 56203447 . A G 620.13 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0449175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.32;QD=59.0603;RBI=0.0570004;REFB=-0.120067;REVB=0.0350921;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518509;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00209617;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:28:13:0:0:28:13:1:0 chr18 56203891 . G T 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.235;QD=62.0217;RBI=0.0282592;REFB=0;REVB=0.0282309;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8169e-05;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:20:22:0:0 chr18 56203898 . T G 615.67 PASS AF=1;AO=33;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.894;QD=61.5672;RBI=0.0404956;REFB=0;REVB=0.00823681;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409398;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:33:40:1:18:15:0:0:18:22:0:0 chr18 56204250 . A C 1139.01 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00607783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0084;QD=59.1695;RBI=0.00900938;REFB=-0.00507664;REVB=-0.00665048;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-4.95635e-06;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:32:44:0:0:32:44:1:0 chr18 56204644 . T G 1132.04 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.653;QD=59.5813;RBI=0.0593573;REFB=0;REVB=0.0544556;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219418;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:41:32:0:0:44:32:0:0 chr18 56204747 . G A 1556.38 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00888741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.332;QD=58.7315;RBI=0.00925368;REFB=-0.0519846;REVB=0.00257769;RO=1;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082534;STB=0.504347;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=5.53351e-06;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:57:48:0:1:57:48:0:1 chr18 56279025 . T G 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.898;QD=60.5101;RBI=0.0378212;REFB=-0.131567;REVB=0.00822503;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00208069;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:0:1:23:22:0:1 chr18 56470255 . G C 87.8 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.815;QD=39.023;RBI=0.0581962;REFB=0;REVB=0.0246276;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00552423;OID=.;OPOS=56470255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr18 56587720 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00147764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.493;QD=18.6448;RBI=0.0381653;REFB=-0.00625797;REVB=0.0381367;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219641;STB=0.625487;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00427101;OID=.;OPOS=56587720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:8:5:9:5:8:5 chr18 56587802 . A C 135.97 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0315649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.561;QD=17.5441;RBI=0.0466301;REFB=-0.0527681;REVB=-0.0343223;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300857;STB=0.517218;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0308306;OID=.;OPOS=56587802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:8:8:8:7:8:8 chr18 56593521 . T G 660.79 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0809685;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4765;QD=60.0719;RBI=0.102059;REFB=-0.0321085;REVB=0.0621298;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00161752;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:27:16:0:0:27:16:1:0 chr18 56718843 . C T 399.56 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0466891;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2328;QD=14.2698;RBI=0.0510024;REFB=-0.0219879;REVB=-0.0205275;RO=66;SAF=15;SAR=31;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127433;STB=0.572115;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0297493;OID=.;OPOS=56718843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:66:66:46:46:0.410714:31:15:29:37:31:15:29:37 chr18 56887507 . C A 77.23 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0126715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.715;QD=13.4313;RBI=0.0126998;REFB=-0.00930112;REVB=0.000847279;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140406;STB=0.555448;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0210071;OID=.;OPOS=56887507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:13:13:9:10:0.434783:5:4:4:9:6:4:4:9 chr18 57570528 . G A 415.07 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0204475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.48;QD=24.7803;RBI=0.0216952;REFB=-0.00383596;REVB=0.0072515;RO=27;SAF=23;SAR=17;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202931;STB=0.611015;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0030315;OID=.;OPOS=57570528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:17:23:8:19:17:23:8:19 chr18 57640352 . C CAA,CAAA 643.03 PASS AF=1,0;AO=42,8;DP=59;FAO=53,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603677,-0.0410602;FXX=0.0185151;HRUN=4,4;LEN=2,3;MLLD=30.4815,20.8167;QD=48.5308;RBI=0.125418,0.0845734;REFB=0,0;REVB=-0.109934,-0.0739372;RO=6;SAF=19,2;SAR=23,6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0281331,-0.0771948;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00191678,0;OID=.,.;OPOS=57640353,57640353;OREF=-,-;OALT=AA,AAA;OMAPALT=CAA,CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:42,8:59:53,0:53:0:23,0:30,0:0:0:11:6:19,2:23,6:2:4 chr18 59170304 . C G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.588;QD=62.908;RBI=0.022946;REFB=0;REVB=0.00956708;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.972e-05;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:55:35:0:0:55:35:0:0 chr18 59482283 . A G 142.65 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00201952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8199;QD=10.7661;RBI=0.138409;REFB=-0.0436701;REVB=0.138394;RO=34;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370184;STB=0.529882;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0482763;OID=.;OPOS=59482283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:10:8:14:20:10:8:14:21 chr18 59483514 . A G 75.85 PASS AF=0.215686;AO=9;DP=50;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0103155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.233;QD=5.94914;RBI=0.0251735;REFB=-0.0117397;REVB=-0.022963;RO=40;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249697;STB=0.650094;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0534974;OID=.;OPOS=59483514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:50:51:40:40:9:11:0.215686:4:5:14:26:5:6:14:26 chr18 59805532 . T C 1268.32 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1554;QD=60.396;RBI=0.0389505;REFB=-0.135384;REVB=0.0366159;RO=1;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902207;STB=0.504761;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0111944;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:52:31:0:1:52:31:0:1 chr18 59810563 . A G 448.15 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0316862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.295;QD=17.5746;RBI=0.0433691;REFB=-0.0215316;REVB=0.0296118;RO=52;SAF=29;SAR=19;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632568;STB=0.53657;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0184676;OID=.;OPOS=59810563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:54:48:48:0.470588:19:29:28:24:19:29:29:25 chr18 59814268 . G A 1223.46 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.528;QD=61.1731;RBI=0.0544876;REFB=0;REVB=0.0516534;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77798e-05;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:40:40:0:0 chr18 59814324 . G C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.73;QD=59.5018;RBI=0.0239778;REFB=0;REVB=0.00730642;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71816e-05;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr18 59821843 . T C 206.46 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0430616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.449;QD=13.1084;RBI=0.0455919;REFB=-0.0176965;REVB=0.0149773;RO=36;SAF=17;SAR=8;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109097;STB=0.549889;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0214467;OID=.;OPOS=59821843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:38:25:25:0.396825:8:17:21:15:8:17:23:15 chr18 59888437 . GTTTTTTT GTTTTTT,GTTTTTTC 187.44 PASS AF=0.627451,0.0392157;AO=30,2;DP=51;FAO=32,2;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=18,1;FSAR=14,1;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.150988,0.136439;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.29285,27.4969;QD=14.7013;RBI=0.151954,0.142759;REFB=-0.127447,-0.0817199;REVB=0.0171042,0.0420054;RO=18;SAF=15,1;SAR=15,1;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0379098,0.0547932;STB=0.592348,0.682626;STBP=0.079,0.717;TYPE=del,snp;VARB=0.105246,0.0452621;OID=.,.;OPOS=59888438,59888444;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTTTTTT,GTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.627451,0.0392157:30,2:51:32,2:51:17:18,1:14,1:5:12:48:18:15,1:15,1:8:10 chr18 59942691 . T C 370.58 PASS AF=0.535211;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00673951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.503;QD=20.8777;RBI=0.0407902;REFB=-0.0178731;REVB=0.0402296;RO=33;SAF=20;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987864;STB=0.559554;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0118059;OID=.;OPOS=59942691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:37:38:0.535211:17:20:14:19:17:21:14:19 chr18 60027241 . C T 321.03 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00501104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.349;QD=13.8077;RBI=0.0102098;REFB=-0.00519359;REVB=-0.00889546;RO=57;SAF=15;SAR=21;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432696;STB=0.524666;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00500379;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:21:15:26:31:21:15:26:31 chr18 60036083 . A G 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6804;QD=63.8667;RBI=0.0439607;REFB=0;REVB=0.0215534;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140423;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr18 60191428 . G A 130.41 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3153;QD=43.4689;RBI=0.0882084;REFB=0;REVB=0.0840472;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00586216;OID=.;OPOS=60191428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr18 60237388 . A G 783.14 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3472;QD=56.9554;RBI=0.0166951;REFB=0;REVB=-0.00942304;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27695e-05;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:32:23:0:0 chr18 60241732 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.567;QD=58.243;RBI=0.0393699;REFB=-0.0648136;REVB=0.0305846;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.513507;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000658288;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:21:18:0:0:21:18:1:0 chr18 60244856 . A G 3121.71 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319289;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.519;QD=64.0351;RBI=0.0410528;REFB=0;REVB=0.0258045;RO=0;SAF=87;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24177e-05;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:195:0:0:191:195:1:104:87:0:0:107:88:0:0 chr18 60317598 . C G 188.78 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0363664;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7378;QD=11.9858;RBI=0.0561385;REFB=-0.00401862;REVB=0.042767;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164888;STB=0.596252;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00392315;OID=.;OPOS=60317598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:38:39:23:24:0.380952:12:11:24:14:13:11:24:15 chr18 60985775 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG 179.25 PASS AF=1,0,0;AO=9,4,5;DP=20;FAO=17,0,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160367,-0.113824,-0.282946;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=25.0694,13.2594,8.56843;QD=42.1758;RBI=0.16884,0.11388,0.2863;REFB=0,0,0;REVB=0.0528155,0.00355252,-0.0436974;RO=0;SAF=2,3,5;SAR=7,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0103052,0,0;OID=.,.,.;OPOS=60985780,60985776,60985780;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:9,4,5:20:17,0,0:17:0:9,0,0:8,0,0:0:0:4:0:2,3,5:7,1,0:0:0 chr18 60995261 . G C 130.22 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0107841;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.159;QD=12.7042;RBI=0.0109272;REFB=0.00132934;REVB=-0.00176253;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189876;STB=0.611502;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00406793;OID=.;OPOS=60995261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:26:26:15:15:0.365854:9:6:15:11:9:6:15:11 chr18 61022791 . C T 119.54 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0107019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.834;QD=13.6612;RBI=0.0213232;REFB=0.00288534;REVB=-0.0184431;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221956;STB=0.6284;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00465527;OID=.;OPOS=61022791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:15:6:7:7:15:6 chr18 61156606 . G C 472.65 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.017085;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.085;QD=23.3409;RBI=0.0194744;REFB=-0.0219595;REVB=0.00934654;RO=35;SAF=21;SAR=24;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606741;STB=0.539456;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0149248;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:36:45:45:0.555556:24:21:19:16:24:21:20:16 chr18 61160287 . T C 399.04 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0309571;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0085;QD=15.3477;RBI=0.0316749;REFB=0.020998;REVB=0.006705;RO=59;SAF=21;SAR=24;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113627;STB=0.563609;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0271782;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:24:21:21:38:24:21:21:38 chr18 61160385 . T C 213.07 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00542061;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8854;QD=14.4451;RBI=0.0139239;REFB=-0.0103336;REVB=0.0128255;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694345;STB=0.539478;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0283296;OID=.;OPOS=61160385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:14:20:13:12:14:20 chr18 61170721 . T C 155.2 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0161932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8206;QD=9.26583;RBI=0.037165;REFB=-0.0111577;REVB=0.0334517;RO=46;SAF=8;SAR=13;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330414;STB=0.693398;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0233586;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:13:8:31:15:13:8:31:15 chr18 61170782 . A G 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00967836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.393;QD=14.3999;RBI=0.011074;REFB=-0.0046398;REVB=0.00538168;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122053;STB=0.569177;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00445472;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:11:14:23:11:11:14:23:11 chr18 61170925 . T C 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.227;QD=61.5346;RBI=0.0187737;REFB=0;REVB=0.0167495;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82457e-05;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr18 61262367 . C T 434.9 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00823999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.248;QD=20.9588;RBI=0.0102241;REFB=-0.00322869;REVB=0.00605263;RO=40;SAF=27;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136773;STB=0.575757;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00431769;OID=.;OPOS=61262367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:16:27:19:21:16:27:19:21 chr18 61264298 . G A 708.49 PASS AF=0.474684;AO=75;DP=158;FAO=75;FDP=158;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00958791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.541;QD=17.9365;RBI=0.0165664;REFB=-0.00394223;REVB=0.0135099;RO=83;SAF=41;SAR=34;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387603;STB=0.521446;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00409127;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:83:83:75:75:0.474684:34:41:42:41:34:41:42:41 chr18 61264468 . C T 545.23 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0225383;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.366;QD=22.4835;RBI=0.0242525;REFB=-0.0279188;REVB=-0.00895598;RO=46;SAF=35;SAR=16;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313201;STB=0.672733;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0341712;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:46:46:51:51:0.525773:16:35:15:31:16:35:15:31 chr18 61310374 . C T 638.21 PASS AF=0.442953;AO=66;DP=149;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.00913747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.703;QD=17.1331;RBI=0.00917346;REFB=-0.00631069;REVB=-0.000811803;RO=83;SAF=39;SAR=27;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980915;STB=0.554714;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00659977;OID=.;OPOS=61310374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:83:83:66:66:0.442953:27:39:41:42:27:39:41:42 chr18 61310778 . T C 608.53 PASS AF=0.459854;AO=63;DP=138;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.00218469;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5755;QD=17.7673;RBI=0.0392847;REFB=-0.0121961;REVB=0.0392239;RO=74;SAF=23;SAR=40;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554106;STB=0.530833;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0170732;OID=.;OPOS=61310778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:74:74:63:63:0.459854:40:23:31:43:40:23:31:43 chr18 61323012 . C G 539.65 PASS AF=0.439394;AO=57;DP=131;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.00902713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.415;QD=16.3531;RBI=0.0343601;REFB=-0.00732295;REVB=-0.0331531;RO=74;SAF=29;SAR=28;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086944;STB=0.543532;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00691832;OID=.;OPOS=61323012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:74:74:57:58:0.439394:28:29:44:30:28:30:44:30 chr18 61326597 . A C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.268;QD=57.8848;RBI=0.0428773;REFB=0;REVB=0.0246865;RO=0;SAF=57;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187629;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:3:57:0:0:3:57:0:0 chr18 61326602 . A G 894.45 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0125708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.218;QD=55.0431;RBI=0.0438473;REFB=-0.113558;REVB=0.0420067;RO=1;SAF=61;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00768079;STB=0.596055;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00058248;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:2:61:1:0:2:61:1:1 chr18 61326609 . T G 977.05 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.163;QD=57.4736;RBI=0.178685;REFB=-0.137352;REVB=0.178333;RO=0;SAF=64;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00158016;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:66:67:0.985294:2:64:0:0:3:64:1:0 chr18 61377579 . A C 1420.7 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.081;QD=61.7697;RBI=0.0315614;REFB=-0.0285889;REVB=0.0118683;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=9.696e-05;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:49:42:0:0:49:42:0:1 chr18 61379838 . T G 505.41 PASS AF=0.545455;AO=47;DP=89;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0204299;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8469;QD=22.9733;RBI=0.0205304;REFB=0.00205786;REVB=-0.00202817;RO=40;SAF=24;SAR=23;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297486;STB=0.520825;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.000811835;OID=.;OPOS=61379838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:40:40:47:48:0.545455:23:24:19:21:23:25:19:21 chr18 61383354 . C T 281.95 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00233645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.465;QD=14.6468;RBI=0.00778098;REFB=-0.00611011;REVB=-0.00742191;RO=43;SAF=13;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154235;STB=0.574769;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00858319;OID=.;OPOS=61383354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:43:45:32:32:0.415584:19:13:24:19:19:13:24:21 chr18 61387312 . G A 617.47 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0264822;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.362;QD=20.0803;RBI=0.0318662;REFB=-0.0146842;REVB=-0.0177243;RO=58;SAF=37;SAR=25;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175776;STB=0.608423;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0153274;OID=.;OPOS=61387312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:58:61:62:62:0.504065:25:37:23:35:25:37:23:38 chr18 61387333 . T A 604.84 PASS AF=0.504065;AO=61;DP=122;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00412987;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.418;QD=19.6695;RBI=0.0135825;REFB=-0.0111626;REVB=0.0129394;RO=61;SAF=33;SAR=28;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147652;STB=0.576508;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00822041;OID=.;OPOS=61387333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:61:61:61:62:0.504065:28:33:23:38:29:33:23:38 chr18 61387389 . G A 416.48 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.00563538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0139;QD=18.3068;RBI=0.00566366;REFB=-0.0264135;REVB=-0.000565279;RO=48;SAF=17;SAR=26;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14974;STB=0.582928;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0299792;OID=.;OPOS=61387389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:26:17:12:36:26:17:12:36 chr18 61390316 . C A 877.19 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0101571;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.387;QD=54.8242;RBI=0.015151;REFB=-0.168725;REVB=0.0112422;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.517851;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000358156;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:0:2:62:62:0.96875:35:27:0:0:35:27:2:0 chr18 61390332 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.975;QD=58.4189;RBI=0.0167059;REFB=0;REVB=0.00433442;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89974e-05;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr18 61390361 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.226;QD=57.7124;RBI=0.021863;REFB=0;REVB=0.0112949;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61886e-05;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr18 61390570 . T G 648.03 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0304782;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.421;QD=57.603;RBI=0.0385751;REFB=0.0386329;REVB=0.0236455;RO=2;SAF=19;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468927;STB=0.524988;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.000468842;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:24:19:2:0:24:19:2:0 chr18 61564394 . A G 738.93 PASS AF=1;AO=38;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.968;QD=53.7405;RBI=0.261019;REFB=0;REVB=0.259568;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322882;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00347005;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:38:55:1:14:24:0:1:31:24:0:0 chr18 61569760 . G A 502.16 PASS AF=0.394366;AO=56;DP=143;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=-0.0442759;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.435;QD=14.1455;RBI=0.0487803;REFB=-0.00832006;REVB=-0.0204735;RO=85;SAF=24;SAR=32;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218104;STB=0.625699;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00970057;OID=.;OPOS=61569760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:85:86:56:56:0.394366:32:24:54:31:32:24:55:31 chr18 61570470 . T G 442.76 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0225255;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.057;QD=15.9551;RBI=0.0245228;REFB=-0.00815352;REVB=0.00969398;RO=60;SAF=15;SAR=34;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203952;STB=0.624654;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00624544;OID=.;OPOS=61570470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:60:62:49:49:0.441441:34:15:30:30:34:15:32:30 chr18 61570503 . C G 1405.78 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425645;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5867;QD=63.1812;RBI=0.0508147;REFB=0;REVB=-0.0277559;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94435e-05;OID=.;OPOS=61570503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:89:0:0:89:89:1:52:37:0:0:52:37:0:0 chr18 61570529 . C G,T 1087.61 PASS AF=0.972973,0.027027;AO=70,3;DP=73;FAO=72,2;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034926,-0.0606481;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=111.791,11.2847;QD=58.7899;RBI=0.0396486,0.063635;REFB=0,0;REVB=-0.0187665,-0.019267;RO=0;SAF=26,3;SAR=44,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00228497,-0.0391528;OID=.,.;OPOS=61570529,61570529;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:73:74:0:0:70,3:72,2:0.972973,0.027027:44,0:26,3:0:0:45,0:27,2:0:0 chr18 61575213 . T G 619.5 PASS AF=0.43125;AO=69;DP=160;FAO=69;FDP=160;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.014482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.572;QD=15.4875;RBI=0.0150282;REFB=-0.00783898;REVB=0.00401475;RO=88;SAF=32;SAR=37;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933467;STB=0.542431;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00972848;OID=.;OPOS=61575213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:88:91:69:69:0.43125:37:32:49:39:37:32:49:42 chr18 61575232 . A G 2824.63 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.031;QD=62.7695;RBI=0.0273657;REFB=0;REVB=0.0137268;RO=0;SAF=84;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24249e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91677e-05;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:96:84:0:0:96:84:0:0 chr18 61582751 . T G 375.68 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0199006;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.369;QD=18.1051;RBI=0.0339344;REFB=-0.0194146;REVB=0.0274865;RO=44;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162941;STB=0.590724;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0173572;OID=.;OPOS=61582751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:44:44:39:39:0.46988:19:20:15:29:19:20:15:29 chr18 61582867 . A G 1495.52 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00308442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.185;QD=62.3131;RBI=0.0117533;REFB=0.0158418;REVB=0.0113414;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=2.28562e-05;OID=.;OPOS=61582867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:0:1:95:95:0.989583:57:38:0:0:57:38:0:1 chr18 61585260 . T C 201.73 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0283285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.792;QD=21.2352;RBI=0.0283974;REFB=-0.0167366;REVB=0.00197636;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574418;STB=0.5185;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0145053;OID=.;OPOS=61585260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:18:20:20:0.526316:14:6:5:12:14:6:6:12 chr18 61587053 . G A 370.66 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0386539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.524;QD=17.2398;RBI=0.0386807;REFB=0.00326079;REVB=-0.00143839;RO=47;SAF=9;SAR=30;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269836;STB=0.652547;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00456595;OID=.;OPOS=61587053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:30:9:22:25:30:9:22:25 chr18 61587067 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.055;QD=63.1954;RBI=0.00665747;REFB=0;REVB=-0.0064065;RO=0;SAF=31;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39453e-05;OID=.;OPOS=61587067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:61:31:0:0:61:31:0:0 chr18 61600384 . C T 766.3 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.365;QD=63.858;RBI=0.0288003;REFB=0;REVB=0.0204209;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183444;OID=.;OPOS=61600384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr18 61620766 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0851991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.896;QD=17.3207;RBI=0.0856574;REFB=-0.0054404;REVB=-0.00884883;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416401;STB=0.52378;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00706357;OID=.;OPOS=61620766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:6:12:10:6:6:12 chr18 61650865 . G A 504.98 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0159436;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.451;QD=22.1971;RBI=0.0246493;REFB=-0.0177275;REVB=-0.0187986;RO=43;SAF=22;SAR=26;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854402;STB=0.547098;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0183648;OID=.;OPOS=61650865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:43:43:48:48:0.527473:26:22:24:19:26:22:24:19 chr18 61654297 . A G 401.61 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00287926;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.817;QD=18.6796;RBI=0.00386235;REFB=-0.0264298;REVB=-0.00257442;RO=45;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612926;STB=0.539462;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0365732;OID=.;OPOS=61654297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:40:41:0.476744:17:23:23:22:17:24:23:22 chr18 61654329 . C T 454.84 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0204286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.734;QD=19.9931;RBI=0.0304972;REFB=-0.0230732;REVB=0.022644;RO=46;SAF=22;SAR=23;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694691;STB=0.53852;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0217288;OID=.;OPOS=61654329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:23:22:26:20:23:22:26:20 chr18 61654463 . A G 740.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0991129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9348;QD=62.9876;RBI=0.116132;REFB=0;REVB=0.0605257;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253996;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171068;OID=.;OPOS=61654463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:28:18:1:0:28:19:0:0 chr18 62036875 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.457;QD=61.5363;RBI=0.0275457;REFB=0;REVB=-0.0119096;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13149e-05;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr18 63489378 . C T 1571.07 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142956;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1318;QD=64.1253;RBI=0.0208573;REFB=0;REVB=-0.0151876;RO=0;SAF=23;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85141e-06;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:75:23:0:0:75:23:0:0 chr18 63511176 . T C 413.9 PASS AF=0.321429;AO=53;DP=167;FAO=54;FDP=168;FR=.;FRO=114;FSAF=10;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=70;FWDB=0.0117364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.386;QD=9.85472;RBI=0.0135562;REFB=-0.0086018;REVB=0.00678448;RO=114;SAF=9;SAR=44;SRF=44;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329263;STB=0.675695;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0151917;OID=.;OPOS=63511176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:114:114:53:54:0.321429:44:9:44:70:44:10:44:70 chr18 63530016 . A G 363.54 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0124789;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.382;QD=15.4696;RBI=0.0124902;REFB=-0.00674023;REVB=-0.000531904;RO=55;SAF=19;SAR=20;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052754;STB=0.529782;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00997871;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:55:55:39:39:0.414894:20:19:24:31:20:19:24:31 chr18 64176365 . G T 361.5 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.00413022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.217;QD=12.05;RBI=0.00416139;REFB=-0.00744917;REVB=-0.000508417;RO=76;SAF=16;SAR=28;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821876;STB=0.547028;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0129556;OID=.;OPOS=64176365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:76:76:44:44:0.366667:28:16:33:43:28:16:33:43 chr18 65182392 . T C 620.0 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126475;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.404;QD=59.0474;RBI=0.0165179;REFB=-0.149868;REVB=0.0106245;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000670477;OID=.;OPOS=65182392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:19:22:0:0:19:22:0:1 chr18 66358514 . TAA T 388.17 PASS AF=0.482759;AO=53;DP=117;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00970193;FXX=0.025208;HRUN=3;LEN=2;MLLD=43.7031;QD=13.3851;RBI=0.0194014;REFB=0.0129199;REVB=0.0168014;RO=56;SAF=24;SAR=29;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106979;STB=0.528668;STBP=0.547;TYPE=del;VARB=-0.013188;OID=.;OPOS=66358515;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:53:117:56:116:60:24:32:29:31:99:56:24:29:26:30 chr18 66504093 . A C 2031.16 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.993;QD=62.0203;RBI=0.0430153;REFB=0;REVB=0.0371546;RO=0;SAF=80;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79437e-05;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:131:0:0:122:131:1:42:80:0:0:45:86:0:0 chr18 66504459 . A T 756.29 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00585026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.75;QD=50.4196;RBI=0.0359969;REFB=-0.255681;REVB=0.0355183;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165422;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277405;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:60:60:1:4:56:56:0.933333:28:28:0:1:28:28:2:2 chr18 66513615 . A G 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00808206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6638;QD=15.9163;RBI=0.0295353;REFB=-0.00118201;REVB=-0.028408;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170764;STB=0.568761;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00126419;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:8:5:3:11:8:5:4:11 chr18 66513642 . CA C,CC 62.28 PASS AF=0.392857,0.142857;AO=8,4;DP=26;FAO=11,4;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=2,0;FSAR=9,4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.143896,0.135066;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.43121,21.3051;QD=8.89661;RBI=0.151388,0.17166;REFB=-0.0852006,-0.0803306;REVB=-0.0470348,0.105945;RO=11;SAF=1,0;SAR=7,4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.344702,-0.657755;STB=0.649179,0.996479;STBP=0.24,0.103;TYPE=del,snp;VARB=0.0889879,0.0456217;OID=.,.;OPOS=66513643,66513643;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857,0.142857:8,4:26:11,4:28:13:2,0:9,4:5:8:38:11:1,0:7,4:4:7 chr18 66513662 . T C 75.6 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00120109;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.151;QD=10.4278;RBI=0.00717436;REFB=-0.000990321;REVB=-0.00707311;RO=17;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352255;STB=0.740573;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00578096;OID=.;OPOS=66513662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:17:19:10:10:0.344828:9:1:5:12:9:1:6:13 chr18 66526176 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.951;QD=51.9166;RBI=0.040491;REFB=0;REVB=0.0311725;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17511e-05;OID=.;OPOS=66526176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr18 66542006 . G T 313.97 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=68;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0154535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.564;QD=16.745;RBI=0.0155025;REFB=-0.0196749;REVB=-0.00123237;RO=40;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869051;STB=0.54096;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0322664;OID=.;OPOS=66542006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:75:40:40:28:35:0.466667:11:17:21:19:14:21:21:19 chr18 67345034 . T C 1577.34 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0196106;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.105;QD=58.9659;RBI=0.0489439;REFB=-0.0627535;REVB=0.0448434;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000844655;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:0:1:105:106:0.990654:57:48:0:0:58:48:0:1 chr18 67365668 . A G 1098.15 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351197;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.549;QD=60.1728;RBI=0.0383648;REFB=0;REVB=0.0154423;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162003;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:35:38:0:0 chr18 67365815 . G A 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0152184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.543;QD=18.9135;RBI=0.0201594;REFB=0.0035651;REVB=0.0132212;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180489;STB=0.526681;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00145164;OID=.;OPOS=67365815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:28:29:29:0.508772:14:15:14:12:14:15:16:12 chr18 67718688 . A G 1843.15 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.732;QD=60.4312;RBI=0.0191864;REFB=0.0364891;REVB=0.0155041;RO=1;SAF=54;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871534;STB=0.504504;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000108701;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:120:121:0.991803:66:54:1:0:66:55:1:0 chr18 67863773 . A G 292.67 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0351214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0412;QD=27.2249;RBI=0.106278;REFB=0.0350204;REVB=-0.100307;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00829872;STB=0.504584;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0270839;OID=.;OPOS=67863773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:11:15:10:7:11:15:10:7 chr18 67863850 . T TCTC 379.99 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.020677;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=235.442;QD=46.0591;RBI=0.0262417;REFB=-0.038872;REVB=0.0161582;RO=4;SAF=12;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767167;STB=0.541372;STBP=0.239;TYPE=ins;VARB=0.0050562;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.878788:29:33:29:33:4:12:17:3:1:19:4:12:17:3:1 chr18 67871343 . A C 1007.84 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.191;QD=59.285;RBI=0.050212;REFB=0;REVB=0.0333249;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439106;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr18 68180082 . G A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0406468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.973;QD=19.4209;RBI=0.0410156;REFB=-0.00465955;REVB=-0.00548766;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595766;STB=0.533227;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00359527;OID=.;OPOS=68180082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:17:12:13:14:17:12:13:14 chr18 70209177 . C T 383.28 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.036935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.632;QD=14.601;RBI=0.0391719;REFB=-0.0468945;REVB=-0.0130477;RO=61;SAF=17;SAR=27;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834283;STB=0.546833;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0582329;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:27:17:19:42:27:17:19:42 chr18 70209321 . C A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0403977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.495;QD=23.2183;RBI=0.0415627;REFB=-0.0320721;REVB=-0.00977178;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0319309;OID=.;OPOS=70209321;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr18 70417396 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.747;QD=63.5826;RBI=0.0318271;REFB=0;REVB=0.0194153;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1682e-05;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:13:34:0:0:13:34:0:0 chr18 70532840 . T G 2004.6 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.367;QD=61.6799;RBI=0.00370408;REFB=0;REVB=0.00315099;RO=0;SAF=51;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57775e-06;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:128:130:1:77:51:0:0:78:52:0:0 chr18 71412284 . A G 702.88 PASS AF=0.47619;AO=70;DP=148;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.00207972;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.925;QD=19.1259;RBI=0.0120633;REFB=-0.0126338;REVB=-0.0118827;RO=77;SAF=38;SAR=32;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107872;STB=0.559673;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0157483;OID=.;OPOS=71412284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:77:77:70:70:0.47619:32:38:33:44:32:38:33:44 chr18 71928150 . C T 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0109337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.992;QD=14.7347;RBI=0.0125313;REFB=-0.00659422;REVB=0.00612263;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373917;STB=0.521211;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00902395;OID=.;OPOS=71928150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:13:14:20:16:13:14:20:16 chr18 71959075 . G A 338.73 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0551837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8247;QD=15.2237;RBI=0.0563915;REFB=-1.59552e-05;REVB=-0.0116085;RO=52;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933112;STB=0.552699;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000571882;OID=.;OPOS=71959075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:18:19:22:30:18:19:22:30 chr18 72020811 . C G 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00356866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.855;QD=11.3457;RBI=0.00361316;REFB=-0.00159153;REVB=0.000565318;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17566;STB=0.60168;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00323857;OID=.;OPOS=72020811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:12:10:24:15:12:10:24:15 chr18 72021145 . T A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0101371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.379;QD=12.7823;RBI=0.0444767;REFB=0.000976898;REVB=-0.0433061;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646038;STB=0.538383;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.0018679;OID=.;OPOS=72021145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:9:5:3:7:9:5 chr18 72021717 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8836;QD=55.0982;RBI=0.0353981;REFB=0;REVB=0.00834361;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102264;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr18 72114455 . C T 912.44 PASS AF=1;AO=44;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.288;QD=58.8673;RBI=0.136988;REFB=0;REVB=0.116363;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419031;OID=.;OPOS=72114455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:44:62:1:15:29:0:0:30:32:0:0 chr18 72114490 . G A 250.98 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0431789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1184;QD=19.685;RBI=0.043251;REFB=-0.0103645;REVB=0.00249671;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15535;STB=0.586761;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0188173;OID=.;OPOS=72114490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:12:14:9:16:12:14:9:16 chr18 72223591 . G GTGC 730.88 PASS AF=0.875;AO=54;DP=66;FAO=56;FDP=64;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0532916;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=3;MLLD=228.21;QD=45.6797;RBI=0.101053;REFB=-0.149409;REVB=0.0858589;RO=11;SAF=29;SAR=25;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119701;STB=0.560585;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.0207522;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:54:66:56:64:8:29:27:8:0:40:11:29:25:10:1 chr18 72228124 . A G 1772.03 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372268;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.935;QD=61.1045;RBI=0.0388313;REFB=0;REVB=-0.0110468;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159918;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:66:50:0:0:66:50:0:0 chr18 72343008 . T C 726.9 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.793;QD=63.2086;RBI=0.0401888;REFB=0;REVB=0.0325137;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209425;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr18 72343181 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0490801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.928;QD=18.8204;RBI=0.0495667;REFB=-0.0106015;REVB=0.00692879;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00606184;OID=.;OPOS=72343181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:5:5:6:6:5:5 chr18 72344223 . T C 528.79 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.00521508;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.215;QD=14.6887;RBI=0.00632045;REFB=-0.0104287;REVB=-0.00357086;RO=85;SAF=35;SAR=23;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924722;STB=0.555943;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0163831;OID=.;OPOS=72344223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:85:86:58:58:0.402778:23:35:44:41:23:35:44:42 chr18 72345890 . A C 526.21 PASS AF=0.671429;AO=47;DP=70;FAO=47;FDP=70;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00126517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.946;QD=30.0692;RBI=0.0170269;REFB=0.00921138;REVB=0.0169798;RO=22;SAF=22;SAR=25;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455592;STB=0.517654;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00395075;OID=.;OPOS=72345890;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:22:23:47:47:0.671429:25:22:12:10:25:22:12:11 chr18 72347482 . T C 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00302219;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.51;QD=19.0768;RBI=0.0140261;REFB=-0.00538571;REVB=0.0136967;RO=39;SAF=14;SAR=24;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180895;STB=0.600781;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00382954;OID=.;OPOS=72347482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:24:14:22:17:24:14:22:17 chr18 72775956 . G A 365.62 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0232255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3697;QD=18.9931;RBI=0.0285391;REFB=-0.0438634;REVB=-0.0165849;RO=38;SAF=14;SAR=23;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157429;STB=0.508767;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0427624;OID=.;OPOS=72775956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:39:37:38:0.493506:23:14:15:23:24:14:15:24 chr18 72776121 . G A 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.944;QD=61.2126;RBI=0.083299;REFB=0;REVB=0.0743003;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464754;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr18 72914280 . G A 79.78 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0529403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.863;QD=18.7722;RBI=0.0530779;REFB=-0.0138855;REVB=-0.00381996;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092312;STB=0.581939;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00718756;OID=.;OPOS=72914280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:9:10:0.588235:7:2:1:6:7:3:1:6 chr18 74072838 . T G 331.38 PASS AF=0.377049;AO=36;DP=86;FAO=23;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00980586;FXX=0.0757461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.3655;QD=21.7299;RBI=0.0513421;REFB=-0.0547152;REVB=-0.050397;RO=34;SAF=23;SAR=13;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360566;STB=0.848991;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0650198;OID=.;OPOS=74072838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:61:34:26:36:23:0.377049:13:23:23:11:1:22:17:9 chr18 74090957 . CGGGGGGGC CGGGGGGC,CGGGGGGCG 599.33 PASS AF=1,0;AO=55,4;DP=83;FAO=82,0;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.263723,0.0242083;FXX=0.0120467;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.31812,13.0832;QD=29.2355;RBI=0.264498,0.0242668;REFB=0.00388052,-0.0239893;REVB=-0.0202419,-0.0016837;RO=14;SAF=26,4;SAR=29,0;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0643748,0.638343;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00747952,0;OID=.,.;OPOS=74090958,74090964;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGGGGC,CGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:55,4:83:82,0:82:0:41,0:41,0:0:0:3:14:26,4:29,0:9:5 chr18 74091718 . G A 1704.55 PASS AF=0.517028;AO=167;DP=323;FAO=167;FDP=323;FR=.;FRO=156;FSAF=67;FSAR=100;FSRF=70;FSRR=86;FWDB=-0.0025711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1712;QD=21.109;RBI=0.0276896;REFB=-0.00100043;REVB=0.02757;RO=156;SAF=67;SAR=100;SRF=70;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432743;STB=0.523657;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.000946088;OID=.;OPOS=74091718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:156:156:167:167:0.517028:100:67:70:86:100:67:70:86 chr18 74208573 . G A 74.92 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1893;QD=37.4583;RBI=0.156431;REFB=0;REVB=0.156347;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119648;OID=.;OPOS=74208573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:4:4:0:0 chr18 74611127 . A G 1362.68 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0774595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.034;QD=61.2438;RBI=0.07982;REFB=-0.121128;REVB=0.019268;RO=1;SAF=46;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101908;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000877182;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:42:46:1:0:42:46:1:0 chr18 74671768 . T C 374.16 PASS AF=0.434783;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0109634;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.339;QD=16.2676;RBI=0.0161025;REFB=-0.00406468;REVB=0.0117938;RO=51;SAF=23;SAR=16;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12085;STB=0.553584;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00359212;OID=.;OPOS=74671768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:51:52:39:40:0.434783:16:23:24:27:17:23:25:27 chr18 74680259 . C T 766.38 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.814;QD=63.8652;RBI=0.0418225;REFB=0;REVB=0.0182595;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311594;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:33:14:0:0:33:15:0:0 chr18 74692336 . A G 443.75 PASS AF=0.47;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00807199;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.114;QD=17.7501;RBI=0.0081393;REFB=-0.0192829;REVB=-0.00104462;RO=53;SAF=21;SAR=26;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00579108;STB=0.503224;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0197024;OID=.;OPOS=74692336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:53:53:47:47:0.47:26:21:24:29:26:21:24:29 chr18 74701984 . G A 828.49 PASS AF=0.455026;AO=85;DP=188;FAO=86;FDP=189;FR=.;FRO=103;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.0259419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.123;QD=17.5341;RBI=0.0273798;REFB=-0.0160195;REVB=0.00875606;RO=103;SAF=35;SAR=50;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035226;STB=0.51559;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0254534;OID=.;OPOS=74701984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:103:103:85:86:0.455026:50:35:46:57:50:36:46:57 chr18 74702864 . G A 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00821401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.254;QD=15.2557;RBI=0.0350824;REFB=-0.0188604;REVB=0.0341073;RO=30;SAF=19;SAR=1;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632049;STB=0.880286;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0278674;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:1:19:17:13:1:19:17:13 chr18 74980809 . G A 768.51 PASS AF=1;AO=50;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7411;QD=56.9264;RBI=0.0627147;REFB=0;REVB=0.0578994;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00819637;OID=.;OPOS=74980809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:50:54:1:27:23:0:0:29:25:0:0 chr18 76753588 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4313;QD=33.4285;RBI=0.0105039;REFB=0;REVB=-0.0103225;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000845501;OID=.;OPOS=76753588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr18 76753768 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.431;QD=33.4285;RBI=0.0360193;REFB=0;REVB=-0.00573274;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338987;OID=.;OPOS=76753768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:2:3:0:0:3:3:0:0 chr18 76754466 . C T 908.31 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.643;QD=56.7692;RBI=0.0496118;REFB=-0.0855973;REVB=0.0364362;RO=1;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536169;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:64:1:0:62:64:1:44:18:0:1:45:19:0:0 chr18 76829525 . A G 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.139813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.508;QD=26.0249;RBI=0.140618;REFB=-0.00727948;REVB=0.0150263;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00541298;OID=.;OPOS=76829525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:0:1:4:2:0:1 chr18 77067000 . T G 400.47 PASS AF=0.590909;AO=38;DP=65;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0138167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.126;QD=24.2711;RBI=0.0258807;REFB=-0.012641;REVB=-0.0218839;RO=27;SAF=19;SAR=19;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420078;STB=0.517501;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00509069;OID=.;OPOS=77067000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:27:27:38:39:0.590909:19:19:15:12:19:20:15:12 chr18 77170960 . A G 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0484305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.73;QD=16.4539;RBI=0.0484305;REFB=-0.0116027;REVB=0;RO=4;SAF=6;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0522131;OID=.;OPOS=77170960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:0:6:4:0:0:6:4:0 chr18 77171061 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.377;QD=44.6897;RBI=0.0407422;REFB=0;REVB=-0.00229345;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000406221;OID=.;OPOS=77171061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr18 77211764 . T C 801.17 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.723;QD=57.2261;RBI=0.0620723;REFB=0;REVB=-0.0616475;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108957;OID=.;OPOS=77211764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr18 77420703 . C G 272.68 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00718557;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7246;QD=14.3514;RBI=0.102219;REFB=-0.0510238;REVB=-0.101966;RO=45;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988675;STB=0.562461;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0331974;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:45:44:32:32:0.421053:18:14:24:21:18:14:24:20 chr18 77439532 . T C 227.39 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0206159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.056;QD=21.6564;RBI=0.0207827;REFB=-0.0225993;REVB=0.00262736;RO=20;SAF=3;SAR=18;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162342;STB=0.598325;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.022493;OID=.;OPOS=77439532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:21:22:0.52381:18:3:5:15:19:3:5:15 chr18 77513721 . T C 1859.37 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.38;QD=61.4669;RBI=0.0193785;REFB=0;REVB=-0.00298313;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84951e-05;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:66:55:0:0:66:55:0:0 chr18 77728135 . G T 636.88 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811338;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.383;QD=62.1349;RBI=0.00849242;REFB=0;REVB=-0.00250883;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370234;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr18 77736735 . T C 508.25 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0455613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.934;QD=56.4717;RBI=0.053732;REFB=-0.0685246;REVB=-0.0284833;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00139547;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:1:0:20:15:1:0 chr18 77772861 . G T 81.63 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00934703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.508;QD=8.59281;RBI=0.0129359;REFB=-0.000587422;REVB=0.0089426;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03129;STB=0.519196;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00121323;OID=.;OPOS=77772861;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:5:6:14:13:5:6:14:13 chr18 77772974 . C A 39.39 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=50;FWDB=0.0111849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.572;QD=1.92131;RBI=0.0114904;REFB=-0.00110173;REVB=0.00263205;RO=73;SAF=7;SAR=2;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509569;STB=0.857848;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.013743;OID=.;OPOS=77772974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:73:73:9:9:0.109756:2:7:23:50:2:7:23:50 chr18 77773006 . A G 104.2 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.00370407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.044;QD=5.08281;RBI=0.0262402;REFB=-0.00154089;REVB=-0.0259775;RO=65;SAF=9;SAR=8;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219704;STB=0.637242;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.010337;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:65:65:17:17:0.207317:8:9:23:42:8:9:23:42 chr18 77773035 . G A 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00375515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.996;QD=8.43576;RBI=0.0384993;REFB=-0.00303487;REVB=-0.0383157;RO=41;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489291;STB=0.529377;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00856566;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:8:9:20:21:8:9:20:21 chr18 77805856 . A C 685.52 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0101278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7348;QD=58.3424;RBI=0.0430215;REFB=-0.14178;REVB=0.0418125;RO=2;SAF=26;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347865;STB=0.51851;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00657853;OID=.;OPOS=77805856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:19:26:2:0:19:26:2:0 chr18 77894844 . G A 115.09 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0958428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.434;QD=35.4108;RBI=0.0958988;REFB=0.00962905;REVB=0.00327732;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994753;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00145348;OID=.;OPOS=77894844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:11:12:0.923077:7:4:1:0:7:5:1:0 chr18 77896242 . C T 967.47 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0946;QD=56.9098;RBI=0.0901287;REFB=0;REVB=0.052878;RO=2;SAF=23;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393201;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201769;OID=.;OPOS=77896242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:2:0:66:68:1:43:23:2:0:43:25:0:0 chr18 77918221 . C T 1104.93 PASS AF=0.986667;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0419862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.837;QD=58.9297;RBI=0.0515418;REFB=-0.133237;REVB=0.029895;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.506492;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000270478;OID=.;OPOS=77918221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:75:0:1:71:74:0.986667:34:37:0:0:36:38:1:0 chr19 372661 . C A 472.52 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0165724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9874;QD=55.5909;RBI=0.0643376;REFB=-0.193257;REVB=0.0621666;RO=1;SAF=6;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716363;STB=0.538437;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00771016;OID=.;OPOS=372661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:1:1:33:33:0.970588:27:6:1:0:27:6:1:0 chr19 407900 . A G 892.45 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.721;QD=57.5772;RBI=0.0302633;REFB=0;REVB=0.0195072;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159635;OID=.;OPOS=407900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:21:40:0:0:22:40:0:0 chr19 417067 . G A 83.1 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-4.32655e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.009;QD=10.7229;RBI=0.0238541;REFB=-0.0106063;REVB=-0.0238541;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416209;STB=0.524954;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0163361;OID=.;OPOS=417067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:12:8:4:7:12:8 chr19 422238 . G T 693.07 PASS AF=0.477124;AO=72;DP=153;FAO=73;FDP=153;FR=.;FRO=80;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0411984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.108;QD=18.1196;RBI=0.04422;REFB=-0.0319505;REVB=-0.0160654;RO=76;SAF=48;SAR=24;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163337;STB=0.588311;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0445533;OID=.;OPOS=422238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:76:80:72:73:0.477124:24:48:38:38:24:49:41:39 chr19 453160 . A G 1195.21 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026383;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.611;QD=61.2926;RBI=0.0264061;REFB=0;REVB=0.00110273;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42553e-05;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:48:30:0:0:48:30:0:0 chr19 463528 . G A 691.32 PASS AF=0.415301;AO=75;DP=181;FAO=76;FDP=183;FR=.;FRO=107;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=0.0342864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2003;QD=15.1108;RBI=0.0571509;REFB=-0.00783566;REVB=0.0457238;RO=106;SAF=32;SAR=43;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575951;STB=0.538451;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.010977;OID=.;OPOS=463528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:183:106:107:75:76:0.415301:43:32:51:55:44:32:52:55 chr19 498524 . A G 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.347;QD=59.1406;RBI=0.0251681;REFB=0;REVB=-0.0239289;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95377e-05;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr19 532066 . C T 453.75 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.000794537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.556;QD=22.4071;RBI=0.0025277;REFB=-0.00248009;REVB=-0.00239958;RO=37;SAF=25;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045841;STB=0.525258;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00196677;OID=.;OPOS=532066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:19:25:19:18:19:25:19:18 chr19 542009 . A T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0157375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.501;QD=12.4026;RBI=0.0251739;REFB=-0.018675;REVB=-0.0196482;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308528;STB=0.679041;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0436404;OID=.;OPOS=542009;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:7:9:8:21:7:9:8:21 chr19 549678 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.797;QD=54.5175;RBI=0.0207506;REFB=0;REVB=-0.0185438;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21006e-05;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr19 579010 . G A 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00217163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.809;QD=45.7982;RBI=0.0452677;REFB=0;REVB=0.0452156;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118743;OID=.;OPOS=579010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr19 579035 . C T 325.57 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.034;QD=54.2613;RBI=0.131393;REFB=0;REVB=0.129047;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145799;OID=.;OPOS=579035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:18:24:1:5:13:0:0:11:13:0:0 chr19 580665 . T C 1043.62 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411428;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.046;QD=59.6355;RBI=0.0621585;REFB=0;REVB=0.0465934;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234966;OID=.;OPOS=580665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:36:32:0:0:38:32:0:0 chr19 582504 . C CA 312.49 PASS AF=1;AO=6;DP=38;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222644;FXX=0.0789266;HRUN=0;LEN=1;MLLD=18.764;QD=35.713;RBI=0.22926;REFB=0.000785922;REVB=-0.05468;RO=31;SAF=6;SAR=0;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.642583;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00740921;OID=.;OPOS=582505;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:38:35:35:0:24:11:0:0:3:31:6:0:19:12 chr19 582505 . G A,C 552.15 PASS AF=0.815789,0.184211;AO=31,7;DP=38;FAO=31,7;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19,7;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152447,-0.00197554;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.9249,165.392;QD=58.1209;RBI=0.0184349,0.032984;REFB=0,0;REVB=-0.0103655,-0.0329248;RO=0;SAF=19,7;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.47712e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00285865,0.17081;OID=.,.;OPOS=582505,582505;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:38:38:0:0:31,7:31,7:0.815789,0.184211:12,0:19,7:0:0:12,0:19,7:0:0 chr19 582775 . A G 697.21 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3182;QD=54.683;RBI=0.0232804;REFB=-0.107232;REVB=-0.00260003;RO=1;SAF=37;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125559;STB=0.506664;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00114039;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:13:37:1:0:13:37:1:0 chr19 582927 . T A 871.07 PASS AF=0.953846;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000405236;FXX=0.0441112;HRUN=7;LEN=1;MLLD=254.895;QD=53.6044;RBI=0.0113262;REFB=-0.0459576;REVB=0.0113189;RO=3;SAF=30;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448909;STB=0.523802;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000320908;OID=.;OPOS=582927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:65:3:3:61:62:0.953846:31:30:3:0:32:30:3:0 chr19 603625 . T C 159.23 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0242895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.112;QD=8.38055;RBI=0.0257779;REFB=-0.00132598;REVB=-0.00863247;RO=53;SAF=13;SAR=9;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754349;STB=0.538989;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00505009;OID=.;OPOS=603625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:54:22:22:0.289474:9:13:28:25:9:13:29:25 chr19 603634 . T C 214.76 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0158762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.19;QD=10.7378;RBI=0.0193246;REFB=0.0013718;REVB=-0.0110176;RO=52;SAF=17;SAR=10;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106811;STB=0.556797;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00491928;OID=.;OPOS=603634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:53:27:27:0.3375:10:17:28:24:10:17:29:24 chr19 603769 . T C 577.65 PASS AF=0.445255;AO=61;DP=137;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0208415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.234;QD=16.8656;RBI=0.0208415;REFB=-0.020399;REVB=1.17785e-05;RO=75;SAF=39;SAR=22;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149066;STB=0.587233;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0219256;OID=.;OPOS=603769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:75:76:61:61:0.445255:22:39:37:38:22:39:37:39 chr19 603826 . C T 467.81 PASS AF=0.438017;AO=51;DP=120;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0284081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.726;QD=15.4648;RBI=0.0422341;REFB=0.00531631;REVB=0.0312522;RO=69;SAF=25;SAR=26;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262011;STB=0.513559;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00579896;OID=.;OPOS=603826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:69:68:51:53:0.438017:26:25:34:35:26:27:33:35 chr19 603874 . C T 304.06 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0762663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.951;QD=14.832;RBI=0.0774272;REFB=-0.0164753;REVB=0.0133578;RO=48;SAF=13;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592672;STB=0.533612;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0154123;OID=.;OPOS=603874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:21:13:21:27:21:13:21:27 chr19 605171 . T C 750.32 PASS AF=0.503268;AO=77;DP=153;FAO=77;FDP=153;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0577546;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.776;QD=19.6163;RBI=0.0579818;REFB=-0.0174603;REVB=-0.00512714;RO=76;SAF=23;SAR=54;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161144;STB=0.58903;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0184356;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:76:76:77:77:0.503268:54:23:35:41:54:23:35:41 chr19 613307 . C T 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00847945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.243;QD=17.5365;RBI=0.014099;REFB=-0.0122061;REVB=-0.0112642;RO=37;SAF=10;SAR=24;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335611;STB=0.694099;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0105022;OID=.;OPOS=613307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:24:10:24:13:24:10:25:13 chr19 613898 . T C 739.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6607;QD=56.9193;RBI=0.0665403;REFB=0;REVB=0.0546773;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554089;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:19:32:0:0:19:33:0:0 chr19 619021 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.074;QD=55.0986;RBI=0.0799527;REFB=0;REVB=0.0795984;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261995;OID=.;OPOS=619021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr19 621063 . A G 371.04 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.0262083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5047;QD=17.8813;RBI=0.0592313;REFB=-0.00612053;REVB=-0.0531175;RO=42;SAF=24;SAR=15;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176285;STB=0.578056;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00952868;OID=.;OPOS=621063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:44:39:39:0.46988:15:24:33:9:15:24:33:11 chr19 621070 . G A 427.38 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.0152915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.232;QD=19.4261;RBI=0.015705;REFB=-0.0274181;REVB=0.00357997;RO=44;SAF=25;SAR=18;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140581;STB=0.569652;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.014493;OID=.;OPOS=621070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:45:43:43:0.488636:18:25:32:12:18:25:32:13 chr19 621712 . A G 514.34 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6245;QD=58.7822;RBI=0.135813;REFB=0;REVB=-0.131824;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016887;OID=.;OPOS=621712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr19 622336 . T G 78.44 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.271;QD=34.8629;RBI=0.0605778;REFB=0;REVB=0.0586439;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00765029;OID=.;OPOS=622336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:9:0:0:8:9:1:3:5:0:0:4:5:0:0 chr19 625198 . A G 996.41 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.296;QD=58.6123;RBI=0.0150597;REFB=0;REVB=0.0143373;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97125e-05;OID=.;OPOS=625198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:28:37:0:0:30:38:0:0 chr19 632915 . G A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0261679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.779;QD=23.5284;RBI=0.0263341;REFB=-0.0197487;REVB=0.00295313;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948697;STB=0.553137;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0156585;OID=.;OPOS=632915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:7:13:8:7:7:13:8:7 chr19 641215 . T C 587.94 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.505;QD=60.301;RBI=0.0260783;REFB=0;REVB=-0.0187101;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51868e-05;OID=.;OPOS=641215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:22:14:0:0:22:17:0:0 chr19 687142 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.857;QD=40.7629;RBI=0.0590526;REFB=0;REVB=-0.005528;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013746;OID=.;OPOS=687142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr19 691909 . T C 413.68 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0167825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.272;QD=16.3835;RBI=0.0168377;REFB=-0.0243755;REVB=-0.00136205;RO=56;SAF=18;SAR=27;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259506;STB=0.514516;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0367295;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:27:18:21:35:27:18:21:35 chr19 731144 . A G 2045.79 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8252;QD=62.4668;RBI=0.0144605;REFB=0;REVB=0.0132039;RO=0;SAF=55;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20345e-05;OID=.;OPOS=731144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:76:55:0:0:76:55:0:0 chr19 746409 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0259691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.684;QD=9.49448;RBI=0.0284586;REFB=-0.00737286;REVB=0.0116404;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137716;STB=0.508365;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0511214;OID=.;OPOS=746409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:9:15:7:4:9:15 chr19 746498 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.038959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4896;QD=14.1696;RBI=0.0701965;REFB=-0.0125354;REVB=-0.058393;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557933;STB=0.83641;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0251568;OID=.;OPOS=746498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:1:9:5:7:1:9:5:7 chr19 746712 . C T 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0148933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.531;QD=11.3456;RBI=0.0557461;REFB=-0.013354;REVB=-0.0537198;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141023;STB=0.508189;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0258913;OID=.;OPOS=746712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:11:11:19:20:11:11:19:20 chr19 756985 . T G 375.25 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0278666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3539;QD=18.305;RBI=0.0391326;REFB=-0.0216593;REVB=-0.0274739;RO=42;SAF=14;SAR=25;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00185163;STB=0.505791;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0345694;OID=.;OPOS=756985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:25:14:15:27:25:14:15:28 chr19 757399 . A C 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0193252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.259;QD=20.5429;RBI=0.0201859;REFB=-0.00941958;REVB=0.00583165;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131253;STB=0.572561;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00565661;OID=.;OPOS=757399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:20:19:23:13:20:19:23:13 chr19 757412 . A G 407.85 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00435098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.193;QD=20.3926;RBI=0.0153014;REFB=-0.0451063;REVB=0.0146698;RO=39;SAF=22;SAR=19;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116418;STB=0.564326;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0322883;OID=.;OPOS=757412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:19:22:26:13:19:22:26:13 chr19 757606 . T C 216.18 PASS AF=0.385714;AO=23;DP=66;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.000186792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.155;QD=12.3532;RBI=0.0133979;REFB=-0.0270178;REVB=0.0133966;RO=43;SAF=18;SAR=5;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186766;STB=0.566958;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0336417;OID=.;OPOS=757606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:43:43:23:27:0.385714:5:18:28:15:7:20:28:15 chr19 829568 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0161037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.776;QD=9.49162;RBI=0.0224906;REFB=-0.00817993;REVB=-0.0157002;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210452;STB=0.636106;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0186089;OID=.;OPOS=829568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:9:9:0.333333:6:3:3:14:6:3:3:15 chr19 830854 . T C 607.03 PASS AF=0.443709;AO=66;DP=152;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.0542121;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.307;QD=16.0802;RBI=0.0553314;REFB=-0.0161181;REVB=-0.0110728;RO=82;SAF=28;SAR=38;SRF=28;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856727;STB=0.543368;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.022273;OID=.;OPOS=830854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:82:84:66:67:0.443709:38:28:28:54:38:29:30:54 chr19 880066 . G A 1003.29 PASS AF=0.958904;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00487129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.449;QD=54.9747;RBI=0.0138409;REFB=-0.164516;REVB=0.0129554;RO=3;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367953;STB=0.518982;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00100889;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:73:3:3:69:70:0.958904:37:32:0:3:38:32:0:3 chr19 885818 . A G 757.18 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0803851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1588;QD=56.087;RBI=0.0969544;REFB=0;REVB=-0.054207;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012947;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:19:33:0:0:19:35:0:0 chr19 900951 . A G 276.34 PASS AF=0.372093;AO=33;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0437209;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.364;QD=12.8532;RBI=0.0437615;REFB=-0.022112;REVB=0.00188367;RO=50;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107266;STB=0.573486;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.036358;OID=.;OPOS=900951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:54:33:32:0.372093:20:13:15:35:19:13:16:38 chr19 901507 . A G 309.22 PASS AF=0.455696;AO=29;DP=74;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0113739;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.874;QD=15.6567;RBI=0.0209579;REFB=-0.0225067;REVB=0.0176031;RO=42;SAF=17;SAR=12;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169348;STB=0.592974;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0366614;OID=.;OPOS=901507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:42:43:29:36:0.455696:12:17:31:11:16:20:31:12 chr19 965043 . T C 566.25 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.027;QD=59.6048;RBI=0.0386;REFB=0;REVB=0.00796517;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723055;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:24:13:0:0:24:14:0:0 chr19 972279 . CAG AAC,C 117.06 PASS AF=0.08,0.48;AO=2,11;DP=24;FAO=2,12;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=2,10;FSAR=0,2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0129341,-0.00547851;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=145.901,147.682;QD=18.7291;RBI=0.028573,0.0307237;REFB=-0.0126764,-0.0121102;REVB=-0.0254779,-0.0302313;RO=11;SAF=2,9;SAR=0,2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.496917,0.118756;STB=0.992367,0.581247;STBP=0.371,0.508;TYPE=mnp,del;VARB=0.0777325,0.0176403;OID=.,.;OPOS=972279,972280;OREF=CAG,AG;OALT=AAC,-;OMAPALT=AAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:92:24:25:11:11:2,11:2,12:0.08,0.48:0,2:2,9:8:3:0,2:2,10:8:3 chr19 972791 . GA AA,AG,GAA 55.37 PASS AF=0,0.0833333,0.527778;AO=7,3,10;DP=39;FAO=0,3,19;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=0,0,15;FSAR=0,3,4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0133951,0.159512,-0.230426;FXX=0.0769034;HRUN=1,1,8;LEN=1,2,1;MLLD=222.822,22.9884,6.76633;QD=6.15243;RBI=0.0198187,0.169075,0.23378;REFB=-0.000763334,0.0731226,-0.147511;REVB=-0.0146065,0.0560558,-0.0394604;RO=12;SAF=6,0,9;SAR=1,3,1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.286112,-0.693733,0.370239;STB=0.5,0.99726,0.545404;STBP=1,0.018,0.647;TYPE=snp,mnp,ins;VARB=0,0.132577,0.111191;OID=.,.,.;OPOS=972791,972791,972792;OREF=G,GA,-;OALT=A,AG,A;OMAPALT=AA,AG,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:43:39:36:12:14:7,3,10:0,3,19:0,0.0833333,0.527778:1,3,1:6,0,9:8:4:0,3,4:0,0,15:10:4 chr19 1003172 . C T 2279.36 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329374;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.568;QD=63.7583;RBI=0.0393449;REFB=0;REVB=-0.021521;RO=0;SAF=61;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70412e-05;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:141:143:1:80:61:0:0:81:62:0:0 chr19 1005025 . C T 613.66 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0417777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0649;QD=26.1132;RBI=0.0420688;REFB=-0.0184515;REVB=-0.00494076;RO=39;SAF=29;SAR=26;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110027;STB=0.506008;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0118819;OID=.;OPOS=1005025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:39:55:55:0.585106:26:29:20:19:26:29:20:19 chr19 1036552 . T C 1659.49 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.531;QD=60.3452;RBI=0.044546;REFB=0;REVB=0.0075499;RO=0;SAF=76;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.28266e-05;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:34:76:0:0:34:76:0:0 chr19 1038995 . A C 3133.67 PASS AF=1;AO=169;DP=199;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.287;QD=61.7472;RBI=0.0241908;REFB=0;REVB=-0.0076902;RO=0;SAF=46;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.46574e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42734e-06;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:203:0:0:169:203:1:123:46:0:0:151:52:0:0 chr19 1042809 . A G 780.23 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.857;QD=63.6925;RBI=0.0291531;REFB=0;REVB=0.0204923;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95021e-05;OID=.;OPOS=1042809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:31:16:0:0:33:16:0:0 chr19 1047002 . A G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7817;QD=57.1047;RBI=0.0529387;REFB=0;REVB=-0.0507806;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301479;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr19 1047161 . A G 1482.56 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.503;QD=62.4234;RBI=0.0263115;REFB=0;REVB=-0.0132723;RO=1;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39019e-05;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:95:1:0:86:95:1:45:41:0:1:49:46:0:0 chr19 1049305 . C A 3449.78 PASS AF=0.986784;AO=223;DP=226;FAO=224;FDP=227;FR=.;FRO=3;FSAF=110;FSAR=114;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0509342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6611;QD=60.789;RBI=0.0892074;REFB=-0.0557824;REVB=0.0732371;RO=3;SAF=109;SAR=114;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00450041;STB=0.502321;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00128692;OID=.;OPOS=1049305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:226:227:3:3:223:224:0.986784:114:109:2:1:114:110:2:1 chr19 1052005 . C T 1253.04 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141894;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.001;QD=61.8784;RBI=0.0366675;REFB=0;REVB=0.0338108;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40346e-05;OID=.;OPOS=1052005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr19 1054060 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.459;QD=57.8844;RBI=0.0381732;REFB=0;REVB=0.0170895;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17155e-05;OID=.;OPOS=1054060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr19 1055191 . G A 471.9 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0679156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.436;QD=55.5182;RBI=0.077387;REFB=-0.019674;REVB=0.0370975;RO=1;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190743;STB=0.510198;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00139397;OID=.;OPOS=1055191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:24:9:0:1:24:9:0:1 chr19 1056065 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.054;QD=53.9111;RBI=0.0623669;REFB=0;REVB=0.0418283;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028901;OID=.;OPOS=1056065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr19 1056492 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.249;QD=43.4861;RBI=0.0358667;REFB=0;REVB=-0.0126189;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000907519;OID=.;OPOS=1056492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr19 1059004 . A G 542.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0622757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8867;QD=57.0769;RBI=0.0642252;REFB=-0.130506;REVB=-0.0157039;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00187826;OID=.;OPOS=1059004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:17:20:0:1:17:20:0:1 chr19 1064193 . G A 2224.8 PASS AF=0.986755;AO=148;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00920374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.605;QD=58.9351;RBI=0.0422824;REFB=-0.0457572;REVB=0.0412686;RO=3;SAF=84;SAR=64;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00381527;STB=0.505882;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000235773;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:3:2:148:149:0.986755:64:84:2:1:65:84:2:0 chr19 1068734 . T C 1572.43 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217766;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.649;QD=59.9019;RBI=0.0234578;REFB=0;REVB=0.00872043;RO=0;SAF=42;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3896e-05;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:63:42:0:0:63:42:0:0 chr19 1068738 . G A 1507.68 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.048619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.884;QD=58.5506;RBI=0.0653021;REFB=-0.149227;REVB=0.0435955;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506172;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000640496;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:62:40:0:0:62:40:1:0 chr19 1074000 . A T 1609.69 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130202;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.692;QD=60.1754;RBI=0.018668;REFB=0;REVB=0.0133779;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46651e-05;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:53:54:0:0:53:54:0:0 chr19 1077985 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.317;QD=56.1915;RBI=0.100962;REFB=0;REVB=0.029655;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633237;OID=.;OPOS=1077985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr19 1080311 . G C 163.97 PASS AF=0.73913;AO=16;DP=22;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0236858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8024;QD=28.516;RBI=0.0780827;REFB=-0.132484;REVB=0.0744036;RO=6;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227232;STB=0.615261;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.139414;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:22:23:6:6:16:17:0.73913:7:9:6:0:7:10:6:0 chr19 1081617 . A G 176.22 PASS AF=1;AO=10;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8719;QD=46.9915;RBI=0.196557;REFB=0;REVB=0.169509;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112316;OID=.;OPOS=1081617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:10:15:1:3:7:0:0:7:8:0:0 chr19 1094004 . G A 1900.27 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.713;QD=61.2989;RBI=0.0278781;REFB=0;REVB=-0.000195356;RO=0;SAF=67;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206946;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:122:124:1:55:67:0:0:55:69:0:0 chr19 1106615 . T C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.001592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.439;QD=21.1726;RBI=0.0217943;REFB=-0.0153538;REVB=0.0217361;RO=8;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484843;STB=0.7851;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0123286;OID=.;OPOS=1106615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:11:1:4:4:11:1:4:4 chr19 1109213 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0132726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.783;QD=10.8844;RBI=0.0151852;REFB=-0.00521958;REVB=-0.00737765;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.608985;STB=0.870411;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0293188;OID=.;OPOS=1109213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:8:1:10:5:8:1:10:5 chr19 1110829 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00948968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.691;QD=19.1086;RBI=0.0177072;REFB=-0.0257059;REVB=-0.0149496;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122922;STB=0.571265;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0201678;OID=.;OPOS=1110829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:3:3:3:6:3:3 chr19 1112943 . G C 236.25 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0276374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1407;QD=17.4997;RBI=0.0277062;REFB=-0.0446284;REVB=-0.00195154;RO=28;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266906;STB=0.650968;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0465672;OID=.;OPOS=1112943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:19:7:15:13:19:7:15:13 chr19 1127615 . G C 454.53 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.00334414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.776;QD=33.669;RBI=0.0674766;REFB=-0.00155705;REVB=0.0673937;RO=14;SAF=18;SAR=22;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226747;STB=0.622204;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00106753;OID=.;OPOS=1127615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:14:14:40:40:0.740741:22:18:13:1:22:18:13:1 chr19 1127720 . G A 543.19 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00988952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0261;QD=22.6329;RBI=0.0671376;REFB=-0.0350622;REVB=0.0664052;RO=45;SAF=11;SAR=40;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221551;STB=0.623;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0503661;OID=.;OPOS=1127720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:40:11:19:26:40:11:19:26 chr19 1207048 . A C 287.96 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0236321;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.317;QD=13.2397;RBI=0.0264812;REFB=-0.0117053;REVB=-0.0119491;RO=55;SAF=13;SAR=20;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185138;STB=0.600498;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0177569;OID=.;OPOS=1207048;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:55:54:33:33:0.37931:20:13:31:24:20:13:30:24 chr19 1231142 . T C 578.53 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266408;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.728;QD=60.8973;RBI=0.0553624;REFB=0;REVB=0.048531;RO=0;SAF=30;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857755;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:38:0:0:36:38:1:6:30:0:0:7:31:0:0 chr19 1256998 . C T 1540.18 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.723;QD=63.5126;RBI=0.0268051;REFB=0;REVB=0.0102629;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31588e-05;OID=.;OPOS=1256998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:50:45:0:0:52:45:0:0 chr19 1272040 . T C 3954.14 PASS AF=1;AO=247;DP=247;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.638;QD=64.0346;RBI=0.00684833;REFB=0;REVB=0.000149876;RO=0;SAF=117;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8324e-06;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:247:0:0:247:247:1:130:117:0:0:130:117:0:0 chr19 1277275 . G C 501.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8023;QD=59.0016;RBI=0.0434816;REFB=0;REVB=0.0430995;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422379;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr19 1357082 . T C 481.37 PASS AF=0.381944;AO=53;DP=143;FAO=55;FDP=144;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.0102075;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.987;QD=13.3714;RBI=0.0112126;REFB=-0.0147688;REVB=0.00464002;RO=89;SAF=22;SAR=31;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883816;STB=0.54762;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0237362;OID=.;OPOS=1357082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:89:89:53:55:0.381944:31:22:44:45:32:23:44:45 chr19 1358726 . C T 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0154684;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.67;QD=9.70528;RBI=0.0157782;REFB=0.00130071;REVB=0.00311171;RO=38;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936946;STB=0.555494;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00254412;OID=.;OPOS=1358726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:10:8:20:18:10:8:20:18 chr19 1360575 . G A 512.7 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00538966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2188;QD=20.3048;RBI=0.0448106;REFB=-0.0182147;REVB=0.0444853;RO=49;SAF=29;SAR=23;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778655;STB=0.542972;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0242405;OID=.;OPOS=1360575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:23:29:23:26:23:29:23:26 chr19 1370675 . C G 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0155683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.011;QD=20.2743;RBI=0.0340452;REFB=-0.00522988;REVB=-0.0302771;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280475;STB=0.656911;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00690838;OID=.;OPOS=1370675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:18:6:13:10:18:6 chr19 1389043 . CAT C 127.1 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0129265;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.608;QD=28.2446;RBI=0.0258783;REFB=-0.0486493;REVB=0.0224185;RO=5;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109421;STB=0.561308;STBP=0.35;TYPE=del;VARB=0.0206267;OID=.;OPOS=1389044;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:13:19:13:18:5:5:8:3:2:29:5:5:8:3:2 chr19 1394466 . G GTGC 35.96 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0408821;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=230.861;QD=6.25403;RBI=0.043009;REFB=-0.00919309;REVB=-0.0133575;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463636;STB=0.788679;STBP=0.108;TYPE=ins;VARB=0.0438617;OID=.;OPOS=1394467;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:6:23:6:23:17:2:4:13:4:35:17:2:4:13:4 chr19 1399511 . CT CTC,TC 35.97 PASS AF=0.204545,0;AO=6,5;DP=44;FAO=9,0;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=8,0;FSAR=1,0;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.188157,-0.141122;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=14.3003,23.4476;QD=3.27041;RBI=0.191304,0.141754;REFB=-0.0764852,-0.0199149;REVB=-0.0345591,0.013373;RO=33;SAF=5,5;SAR=1,0;SRF=19;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.348584,0.611386;STB=0.804559,0.5;STBP=0.088,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.133937,0.119494;OID=.,.;OPOS=1399513,1399511;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:44:44:33:35:6,5:9,0:0.204545,0:1,0:5,5:19:14:1,0:8,0:21:14 chr19 1399566 . C T 97.05 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0136929;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.653;QD=11.7633;RBI=0.0496432;REFB=-0.00671835;REVB=-0.0477174;RO=21;SAF=11;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590825;STB=0.862021;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0061867;OID=.;OPOS=1399566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:21:21:12:12:0.363636:1:11:10:11:1:11:10:11 chr19 1495634 . G A 233.78 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0026244;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.451;QD=15.0828;RBI=0.00436192;REFB=-0.0342637;REVB=-0.00348409;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191546;STB=0.614391;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0226011;OID=.;OPOS=1495634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:14:13:23:11:14:13:24:11 chr19 1497543 . A G 116.95 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0157463;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.371;QD=12.6432;RBI=0.0158098;REFB=-0.00648105;REVB=-0.00141581;RO=23;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263104;STB=0.658273;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0141552;OID=.;OPOS=1497543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:12:2:7:16:12:2:7:16 chr19 1506043 . G A 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0556468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.439;QD=10.4741;RBI=0.0929885;REFB=-0.0066798;REVB=0.0745003;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135434;STB=0.579357;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0120339;OID=.;OPOS=1506043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:9:10:15:22:9:10:15:22 chr19 1510661 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.067;QD=46.8474;RBI=0.0316763;REFB=0;REVB=0.0314819;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617874;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr19 1533972 . C G 1466.44 PASS AF=0.962264;AO=102;DP=106;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0232366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.636;QD=55.3373;RBI=0.0332551;REFB=-0.085497;REVB=0.02379;RO=3;SAF=40;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155398;STB=0.504259;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00909515;OID=.;OPOS=1533972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:106:3:4:102:102:0.962264:62:40:2:1:62:40:2:2 chr19 1534042 . T C,G 886.31 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=59,3;DP=63;FAO=58,4;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=39,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599058,-0.0203968;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.3136,158.392;QD=57.1812;RBI=0.0334465,0.020975;REFB=0,0;REVB=-0.0329057,0.00489082;RO=0;SAF=19,1;SAR=40,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.7823e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=7.23312e-05,0.119542;OID=.,.;OPOS=1534042,1534042;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:63:62:0:0:59,3:58,4:0.935484,0.0645161:40,2:19,1:0:0:39,3:19,1:0:0 chr19 1535084 . G A 1385.49 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234266;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.76;QD=62.9767;RBI=0.0348215;REFB=0;REVB=0.025763;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77394e-05;OID=.;OPOS=1535084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr19 1535193 . GCCC G,GCCA 1003.03 PASS AF=0.927536,0.0724638;AO=60,9;DP=70;FAO=64,5;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37,3;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129438,-0.0210311;FXX=0.0142837;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=38.6121,202.817;QD=58.1467;RBI=0.0338384,0.0258342;REFB=0,0;REVB=0.0312649,0.0150032;RO=0;SAF=33,7;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.7886e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00061005,0.0374753;OID=.,.;OPOS=1535194,1535196;OREF=CCC,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.927536,0.0724638:60,9:70:64,5:69:0:37,3:27,2:0:0:20:0:33,7:27,2:0:0 chr19 1535205 . G C 1067.05 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0521;QD=59.2806;RBI=0.0117294;REFB=0;REVB=-0.00357908;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46627e-06;OID=.;OPOS=1535205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:1:0:71:72:1:33:38:1:0:33:39:0:0 chr19 1609267 . A G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122982;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.284;QD=55.4105;RBI=0.0260862;REFB=0.033595;REVB=0.0230053;RO=1;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136707;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.000123992;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:34:23:0:1:34:23:0:1 chr19 1624007 . A G 3527.84 PASS AF=0.978632;AO=227;DP=232;FAO=229;FDP=234;FR=.;FRO=5;FSAF=111;FSAR=118;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0167385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7994;QD=60.305;RBI=0.0284879;REFB=0.00724052;REVB=-0.0230517;RO=5;SAF=111;SAR=116;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455859;STB=0.50674;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00146976;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:232:234:5:5:227:229:0.978632:116:111:3:2:118:111:4:1 chr19 1782798 . A G 167.24 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0314537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9843;QD=15.204;RBI=0.0323609;REFB=0.00466822;REVB=0.00760888;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765217;STB=0.544221;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.014727;OID=.;OPOS=1782798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:11:7:12:14:11:7:12:14 chr19 1783103 . A G 339.49 PASS AF=0.468354;AO=34;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=-0.0156874;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.59;QD=17.1895;RBI=0.0230686;REFB=-0.0262345;REVB=-0.0169135;RO=35;SAF=25;SAR=9;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432597;STB=0.521356;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.028165;OID=.;OPOS=1783103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:35:42:34:37:0.468354:9:25:27:8:9:28:33:9 chr19 1783261 . C T 229.16 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.063238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1345;QD=14.1021;RBI=0.0633483;REFB=-0.0184773;REVB=-0.00373576;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137465;STB=0.578174;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0439554;OID=.;OPOS=1783261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:15:12:22:16:15:12:22:16 chr19 1784890 . A G 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0185809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.431;QD=16.2719;RBI=0.0219546;REFB=-0.0130191;REVB=-0.0116942;RO=39;SAF=11;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12155;STB=0.568583;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0131048;OID=.;OPOS=1784890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:21:11:18:21:21:11:18:21 chr19 1784944 . A G 257.31 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0110949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5831;QD=23.392;RBI=0.0158122;REFB=-0.0104523;REVB=0.0112663;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02356;STB=0.503814;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0134308;OID=.;OPOS=1784944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:23:24:0.545455:12:11:9:11:13:11:9:11 chr19 1789556 . C T 232.04 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0377302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3713;QD=14.7326;RBI=0.0377573;REFB=-0.00596224;REVB=-0.00143018;RO=36;SAF=18;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00980097;OID=.;OPOS=1789556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:9:18:24:12:9:18:24:12 chr19 1796166 . C T 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0035693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.073;QD=14.6212;RBI=0.0037582;REFB=-0.00493601;REVB=0.0011765;RO=47;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070698;STB=0.540067;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00779069;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:17:16:26:21:17:16:26:21 chr19 1806083 . A C 77.74 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0633185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3717;QD=14.1351;RBI=0.0794109;REFB=-0.0364149;REVB=-0.0479255;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327406;STB=0.695219;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0365441;OID=.;OPOS=1806083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:2:8:6:6:2:8:6:6 chr19 1810605 . T C 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00490177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.506;QD=19.6678;RBI=0.0291515;REFB=-0.0336371;REVB=-0.0287365;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0442723;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:10:9:9:10:10:9 chr19 1827647 . T G 52.24 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0122654;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.4319;QD=6.74082;RBI=0.0596375;REFB=-0.086418;REVB=-0.0583626;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34828;STB=0.756616;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.10248;OID=.;OPOS=1827647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:30:31:14:20:6:6:0.193548:1:5:8:6:1:5:11:9 chr19 1925970 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.838;QD=54.5176;RBI=0.028295;REFB=0;REVB=0.0162815;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07273e-05;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr19 1979386 . C T 128.61 PASS AF=0.5;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0189393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.712;QD=17.1482;RBI=0.0232769;REFB=-0.0278668;REVB=0.0135322;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359682;STB=0.646851;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0312067;OID=.;OPOS=1979386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:15:14:15:0.5:11:3:9:7:11:4:8:7 chr19 1997363 . A G 277.55 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=2.11329e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2007;QD=16.0901;RBI=0.00173255;REFB=-0.013713;REVB=-0.00173242;RO=38;SAF=19;SAR=12;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750409;STB=0.542142;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0168975;OID=.;OPOS=1997363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:12:19:26:12:12:19:26:12 chr19 2038453 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG 184.0 PASS AF=0,1;AO=3,14;DP=18;FAO=0,18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055719,0.107;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=8.66647,15.1116;QD=40.8893;RBI=0.136322,0.289334;REFB=0,0;REVB=0.124415,0.268822;RO=1;SAF=1,5;SAR=2,9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163246,0.0478651;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00554117,0.0440514;OID=.,.;OPOS=2038458,2038454;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,14:18:0,18:18:0:0,6:0,12:0:0:3:1:1,5:2,9:0:1 chr19 2039711 . G A 526.51 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0280663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.658;QD=16.0767;RBI=0.0507677;REFB=-0.0227451;REVB=0.0423042;RO=73;SAF=25;SAR=32;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689297;STB=0.542504;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0305028;OID=.;OPOS=2039711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:74:57:57:0.435115:32:25:37:36:32:25:38:36 chr19 2114174 . GT G 37.35 PASS AF=0.416667;AO=13;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.100323;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.07205;QD=6.22513;RBI=0.200031;REFB=-0.135196;REVB=0.173054;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.368421;SSSB=0.109623;STB=0.526264;STBP=0.86;TYPE=del;VARB=0.161876;OID=.;OPOS=2114175;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:13:24:10:24:14:6:4:9:5:37:9:9:4:5:4 chr19 2138654 . T G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00577887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.829;QD=12.5693;RBI=0.0370385;REFB=-0.00423736;REVB=0.0365849;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806267;STB=0.547109;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00969097;OID=.;OPOS=2138654;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:5:10:19:7:5:10:19:7 chr19 2234229 . C G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0455872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.508;QD=17.2296;RBI=0.0464467;REFB=0.00585228;REVB=-0.00889401;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326506;STB=0.689206;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00748952;OID=.;OPOS=2234229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:1:5:3:5:1:5 chr19 2249477 . G T 1824.45 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172084;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.736;QD=60.3125;RBI=0.0626194;REFB=0.0337454;REVB=0.0602084;RO=0;SAF=56;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=4.93323e-05;OID=.;OPOS=2249477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:64:56:0:0:64:56:1:0 chr19 2251817 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7135;QD=59.0165;RBI=0.0288544;REFB=0;REVB=-0.011017;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48685e-05;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr19 2271386 . C T 118.64 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.022685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.362;QD=12.8264;RBI=0.0766843;REFB=-0.0261351;REVB=0.0732521;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04243;STB=0.50632;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0454944;OID=.;OPOS=2271386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:23:13:14:0.378378:8:5:8:15:9:5:8:15 chr19 2278755 . C T 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.184;QD=48.7303;RBI=0.0148512;REFB=0;REVB=0.00339256;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06161e-05;OID=.;OPOS=2278755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr19 2290870 . G C 65.52 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0569984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5015;QD=13.7944;RBI=0.099971;REFB=-0.0212423;REVB=0.0821302;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295637;STB=0.689242;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0507136;OID=.;OPOS=2290870;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:19:10:10:8:9:0.473684:5:3:7:3:6:3:7:3 chr19 2337468 . G A 495.98 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0286465;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.152;QD=17.8733;RBI=0.02978;REFB=-0.0193652;REVB=-0.00813813;RO=57;SAF=31;SAR=22;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391595;STB=0.526872;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0150228;OID=.;OPOS=2337468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:58:53:53:0.477477:22:31:31:26:22:31:31:27 chr19 2339958 . T C 770.17 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00730861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.466;QD=55.0118;RBI=0.0320734;REFB=0.0221391;REVB=0.0312296;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000139559;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:56:0:1:53:55:0.982143:32:21:0:0:34:21:1:0 chr19 2341059 . GT AC,GC 397.27 PASS AF=0.689655,0.310345;AO=20,9;DP=29;FAO=20,9;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11,5;FSAR=9,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284331,0.0411427;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=147.719,102.582;QD=54.7957;RBI=0.0296886,0.053003;REFB=0,0;REVB=0.00854247,-0.0334156;RO=0;SAF=11,5;SAR=9,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.0487e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00641786,0.0273686;OID=.,.;OPOS=2341059,2341060;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:63:29:29:0:0:20,9:20,9:0.689655,0.310345:9,4:11,5:0:0:9,4:11,5:0:0 chr19 2341254 . T C 904.75 PASS AF=0.489362;AO=87;DP=182;FAO=92;FDP=188;FR=.;FRO=96;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.00319473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.213;QD=19.25;RBI=0.031315;REFB=-0.0128583;REVB=-0.0311516;RO=94;SAF=47;SAR=40;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00786816;STB=0.506542;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0155847;OID=.;OPOS=2341254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:188:94:96:87:92:0.489362:40:47:50:44:41:51:52:44 chr19 2341577 . G A 234.94 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00501046;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.329;QD=16.7817;RBI=0.0164155;REFB=-0.0156203;REVB=0.0156321;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204739;STB=0.616017;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0249993;OID=.;OPOS=2341577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:29:24:24:0.428571:15:9:17:12:15:9:17:12 chr19 2344022 . G A 56.39 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0600242;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9337;QD=9.80744;RBI=0.060262;REFB=-0.0127108;REVB=-0.00534831;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274278;STB=0.659903;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0373135;OID=.;OPOS=2344022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:23:14:15:8:8:0.347826:1:7:10:4:1:7:11:4 chr19 2353150 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.89;QD=56.7066;RBI=0.0486724;REFB=0;REVB=0.0350339;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174857;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr19 2389872 . G C 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0121503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.404;QD=25.7315;RBI=0.0207771;REFB=-0.00767336;REVB=0.016854;RO=19;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061556;STB=0.534169;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00576325;OID=.;OPOS=2389872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:17:9:8:11:17:9:8:11 chr19 2396552 . AGGGC AGGC,AGGGT 82.17 PASS AF=0.35,0.35;AO=7,5;DP=21;FAO=7,7;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=4,3;FSAR=3,4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0296088,0.0282931;FXX=0.0475964;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=11.3796,128.694;QD=16.4344;RBI=0.131316,0.0643973;REFB=-0.21592,-0.0362212;REVB=-0.127935,0.0578491;RO=5;SAF=3,3;SAR=4,2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0.475322,0;SSEP=0.244604,0;SSSB=0.0206743,0.162496;STB=0.60839,0.545327;STBP=0.483,0.819;TYPE=del,snp;VARB=0.234368,0.0414092;OID=.,.;OPOS=2396553,2396556;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=AGGC,AGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.35,0.35:7,5:21:7,7:20:6:4,3:3,4:2:4:36:5:3,3:4,2:2:3 chr19 2396611 . C T 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0434227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8006;QD=12.86;RBI=0.0434244;REFB=-0.0287187;REVB=-0.000378605;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308464;STB=0.685728;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0298353;OID=.;OPOS=2396611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:5:3:5:2:5:3 chr19 2398849 . A G 505.5 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.0134937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.683;QD=20.2199;RBI=0.01447;REFB=-0.0179058;REVB=0.00522491;RO=50;SAF=12;SAR=37;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065167;STB=0.532786;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0203501;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:51:49:49:0.49:37:12:15:35:37:12:15:36 chr19 2714720 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.636;QD=59.8366;RBI=0.0232281;REFB=0;REVB=0.0229972;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72548e-05;OID=.;OPOS=2714720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr19 2714771 . T C 482.6 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100958;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2212;QD=58.4968;RBI=0.132936;REFB=0;REVB=0.0864846;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367828;OID=.;OPOS=2714771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:28:33:1:10:18:0:0:13:20:0:0 chr19 2717256 . C G 148.74 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0198643;FXX=0.0540395;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.174;QD=16.9987;RBI=0.0223665;REFB=-0.0130714;REVB=-0.0102796;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1459;STB=0.583835;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0196462;OID=.;OPOS=2717256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:19:16:16:0.457143:6:10:9:10:6:10:9:10 chr19 2732986 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.101178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.885;QD=14.6525;RBI=0.101486;REFB=0.00639873;REVB=0.0079106;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435573;STB=0.526224;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0078193;OID=.;OPOS=2732986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:1:4:5:1:1:4 chr19 2761512 . G A 376.23 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00293361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.611;QD=21.1963;RBI=0.0173167;REFB=-0.0204393;REVB=0.0170664;RO=32;SAF=21;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952668;STB=0.545633;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0188421;OID=.;OPOS=2761512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:33:38:38:0.535211:17:21:14:18:17:21:15:18 chr19 2762585 . A C 863.74 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.572;QD=57.5824;RBI=0.0537261;REFB=0;REVB=0.0384618;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325775;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr19 2853566 . A G 393.22 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4251;QD=56.1743;RBI=0.070416;REFB=0;REVB=-0.0346762;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401994;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr19 2896818 . C T 237.22 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00223161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5099;QD=11.4321;RBI=0.00922921;REFB=0.00382015;REVB=-0.00895535;RO=54;SAF=14;SAR=15;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816946;STB=0.547231;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00901989;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:15:14:30:24:15:14:30:24 chr19 2896948 . T C 552.45 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0519899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.629;QD=19.7303;RBI=0.0533104;REFB=-0.0034187;REVB=0.0117918;RO=54;SAF=26;SAR=31;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551579;STB=0.526075;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00522928;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:55:57:57:0.508929:31:26:28:26:31:26:28:27 chr19 2896953 . A G 526.42 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00165846;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.089;QD=18.97;RBI=0.0122772;REFB=-0.0110169;REVB=-0.0121647;RO=56;SAF=24;SAR=31;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908844;STB=0.550278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0100473;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:56:55:55:0.495495:31:24:30:26:31:24:30:26 chr19 2934282 . T C 253.88 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0113145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1431;QD=21.6071;RBI=0.0597051;REFB=-0.00623687;REVB=0.0586232;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137512;STB=0.576792;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0081517;OID=.;OPOS=2934282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:16:7:11:13:16:7 chr19 2936623 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0037313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.85;QD=13.2126;RBI=0.0285084;REFB=-0.015219;REVB=-0.0282631;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153269;STB=0.590033;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0280571;OID=.;OPOS=2936623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:5:9:11:11:5:9:11:11 chr19 2939289 . A C 81.52 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0153094;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9263;QD=14.821;RBI=0.0663599;REFB=-0.0267899;REVB=0.0645698;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773769;STB=0.545364;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0458459;OID=.;OPOS=2939289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:23:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:7:5:5:5:7:5 chr19 2939396 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.000690229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.653;QD=14.17;RBI=0.00859001;REFB=-0.0172927;REVB=-0.00856224;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234457;STB=0.636111;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0142397;OID=.;OPOS=2939396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:9:3:5:5:9:3 chr19 2939401 . C G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00290484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.399;QD=15.8821;RBI=0.00300179;REFB=-0.0149373;REVB=-0.000756727;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26049;STB=0.649727;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0151387;OID=.;OPOS=2939401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:8:2:5:5:8:2 chr19 2993427 . T C 708.01 PASS AF=0.526718;AO=68;DP=131;FAO=69;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0145742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.906;QD=21.6185;RBI=0.0201582;REFB=-0.0255202;REVB=0.0139264;RO=61;SAF=36;SAR=32;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384423;STB=0.520314;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.018611;OID=.;OPOS=2993427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:61:62:68:69:0.526718:32:36:35:26:33:36:35:27 chr19 3062857 . T C 2051.77 PASS AF=0.944444;AO=136;DP=145;FAO=136;FDP=144;FR=.;FRO=8;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.00577948;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.187;QD=56.9935;RBI=0.0667908;REFB=-0.104604;REVB=0.0665403;RO=8;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051991;STB=0.527393;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00355602;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:145:144:8:8:136:136:0.944444:69:67:0:8:69:67:0:8 chr19 3119239 . C T 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00335172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.122;QD=23.6751;RBI=0.00663789;REFB=0.00643555;REVB=0.00572954;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933049;STB=0.551952;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0040272;OID=.;OPOS=3119239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:11:5:9:12:11:5 chr19 3150238 . A G 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.778;QD=63.2783;RBI=0.0395098;REFB=0;REVB=-0.00369155;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140268;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr19 3186085 . G T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.313;QD=59.3224;RBI=0.0353426;REFB=0;REVB=0.0112141;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153668;OID=.;OPOS=3186085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr19 3208890 . T C 642.79 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=0.000607491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2239;QD=19.6272;RBI=0.00527979;REFB=-0.0223603;REVB=0.00524472;RO=65;SAF=19;SAR=46;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0231738;OID=.;OPOS=3208890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:65:66:65:65:0.496183:46:19:19:46:46:19:20:46 chr19 3453857 . C T 226.09 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.024559;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=276.354;QD=20.554;RBI=0.0247792;REFB=-0.0115087;REVB=0.00329616;RO=22;SAF=3;SAR=19;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09292;STB=0.551843;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0113815;OID=.;OPOS=3453857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:19:3:2:20:19:3:2:20 chr19 3534842 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00452777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.277;QD=45.8068;RBI=0.00820525;REFB=0;REVB=0.00684291;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69788e-06;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 3543397 . C T 382.61 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.189;QD=52.7744;RBI=0.0271388;REFB=-0.109149;REVB=0.0164429;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000716178;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:14:14:0:0:14:14:0:1 chr19 3543603 . GCCC GCC,GCCT 42.09 PASS AF=0.307692,0.0769231;AO=10,2;DP=27;FAO=8,2;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7,2;FSAR=1,0;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0735,-0.00936492;FXX=0.0370233;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=11.4047,190.307;QD=6.47607;RBI=0.183796,0.0144795;REFB=-0.13474,-0.00786673;REVB=0.168459,0.0110433;RO=12;SAF=10,2;SAR=0,0;SRF=3;SRR=9;SSEN=0.306818,0;SSEP=0,0;SSSB=0.827536,0.671794;STB=0.854614,0.99558;STBP=0.026,0.094;TYPE=del,snp;VARB=0.182056,0.00157258;OID=.,.;OPOS=3543604,3543606;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GCC,GCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692,0.0769231:10,2:27:8,2:26:16:7,2:1,0:6:10:31:12:10,2:0,0:3:9 chr19 3548231 . A G 830.0 PASS AF=0.541667;AO=77;DP=143;FAO=78;FDP=144;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0331294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3804;QD=23.0556;RBI=0.060412;REFB=-0.0171062;REVB=-0.0505179;RO=66;SAF=36;SAR=41;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783648;STB=0.545346;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0163384;OID=.;OPOS=3548231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:66:66:77:78:0.541667:41:36:37:29:42:36:37:29 chr19 3573720 . TG T 41.14 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0267881;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.5053;QD=7.83556;RBI=0.230184;REFB=-0.0446762;REVB=0.22862;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.478673;SSSB=0;STB=0.523762;STBP=0.851;TYPE=del;VARB=0.0916753;OID=.;OPOS=3573721;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:9:21:10:21:11:5:5:6:5:41:9:5:4:5:4 chr19 3576314 . CCTT C 629.31 PASS AF=0.934426;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00811679;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=3;MLLD=286.175;QD=41.266;RBI=0.0098336;REFB=-0.0599599;REVB=-0.00555134;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.506553;STBP=0.735;TYPE=del;VARB=0.00325198;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.934426:56:59:57:61:4:23:34:2:2:5:0:22:34:0:0 chr19 3595923 . G A 482.96 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5051;QD=58.54;RBI=0.0393245;REFB=0;REVB=0.0220847;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045099;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr19 3611765 . A G 185.25 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00784879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.481;QD=21.7942;RBI=0.0088568;REFB=0.00114676;REVB=0.0041036;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198362;STB=0.622477;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00011477;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:15:16:0.470588:11:4:7:8:12:4:7:8 chr19 3611972 . G A 592.17 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00122609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7829;QD=21.9321;RBI=0.0124557;REFB=0.0194686;REVB=0.0123952;RO=49;SAF=23;SAR=36;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135415;STB=0.57432;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0153013;OID=.;OPOS=3611972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:49:59:59:0.546296:36:23:27:22:36:23:27:22 chr19 3614403 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.63;QD=57.0001;RBI=0.0479977;REFB=0;REVB=0.0475656;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010661;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr19 3653525 . C T 710.28 PASS AF=0.980769;AO=43;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157166;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.219;QD=54.6366;RBI=0.0200222;REFB=-0.043803;REVB=0.0124047;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=8.19453e-05;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:43:51:0.980769:24:19:0:0:32:19:1:0 chr19 3728609 . G A 184.87 PASS AF=0.367347;AO=12;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.006192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.812;QD=15.091;RBI=0.045923;REFB=-0.01528;REVB=0.0455036;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233862;STB=0.652015;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0237647;OID=.;OPOS=3728609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:27:12:18:0.367347:7:5:4:15:8:10:8:19 chr19 3730041 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3841;QD=59.4349;RBI=0.0344625;REFB=0;REVB=0.019304;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127891;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr19 3730505 . C T 381.18 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0068818;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.042;QD=24.9952;RBI=0.0183707;REFB=-0.0289488;REVB=0.017033;RO=24;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263835;STB=0.644406;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0154238;OID=.;OPOS=3730505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:24:24:37:37:0.606557:23:14:18:6:23:14:18:6 chr19 3738649 . A C 742.95 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700338;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1722;QD=57.15;RBI=0.0144982;REFB=0;REVB=-0.0126945;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955759;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr19 3738971 . A G 771.53 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000149715;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7447;QD=57.1502;RBI=0.0269262;REFB=0;REVB=-0.0269258;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417473;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr19 3740658 . T G 618.64 PASS AF=0.554545;AO=60;DP=109;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00724113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.166;QD=22.4958;RBI=0.00725984;REFB=-0.0325345;REVB=0.000520849;RO=49;SAF=42;SAR=18;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252474;STB=0.640523;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0258001;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:49:49:60:61:0.554545:18:42:20:29:18:43:20:29 chr19 3746087 . G A 1018.12 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00519651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.486;QD=56.5624;RBI=0.0135012;REFB=0.0084787;REVB=0.0124611;RO=2;SAF=32;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286319;STB=0.515147;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-1.3622e-05;OID=.;OPOS=3746087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:38:32:2:0:38:32:2:0 chr19 3750205 . T TGG 470.64 PASS AF=1;AO=31;DP=52;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595022;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=2;MLLD=25.5336;QD=43.7809;RBI=0.0596101;REFB=0;REVB=-0.00358456;RO=8;SAF=9;SAR=22;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00050753;OID=.;OPOS=3750206;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:52:43:43:0:14:29:0:0:9:8:9:22:5:3 chr19 3750614 . AT AC,GC 689.92 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=45,2;DP=51;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161254,0.00163562;FXX=0.039208;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=198.448,152.501;QD=56.3197;RBI=0.0225386,0.0179097;REFB=0,0;REVB=0.0157467,0.0178349;RO=0;SAF=20,2;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.09779e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000295225,0.00388235;OID=.,.;OPOS=3750615,3750614;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:51:49:0:0:45,2:47,2:0.959184,0.0408163:25,0:20,2:0:0:25,0:22,2:0:0 chr19 3750622 . A C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.339;QD=56.999;RBI=0.0423056;REFB=0;REVB=-0.0193701;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010959;OID=.;OPOS=3750622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr19 3752563 . G A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00062702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7578;QD=20.8991;RBI=0.0200655;REFB=-0.00423411;REVB=0.0200557;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319717;STB=0.677296;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00596611;OID=.;OPOS=3752563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:18:10:18:6:18:10:18:6 chr19 3752874 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.604;QD=63.2863;RBI=0.0572632;REFB=0;REVB=0.0572394;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179267;OID=.;OPOS=3752874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr19 3753769 . C T 1518.37 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.112;QD=63.2654;RBI=0.0440246;REFB=0;REVB=0.0321299;RO=0;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98496e-05;OID=.;OPOS=3753769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:61:34:0:0:62:34:0:0 chr19 3767265 . C T 283.64 PASS AF=0.577778;AO=25;DP=44;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0269634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.769;QD=25.2122;RBI=0.0326912;REFB=-0.030541;REVB=0.0184848;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149671;STB=0.500875;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0199976;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:19:19:25:26:0.577778:11:14:11:8:11:15:11:8 chr19 3771880 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0830776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8062;QD=23.2183;RBI=0.0920436;REFB=-0.061906;REVB=0.0396249;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0297121;OID=.;OPOS=3771880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr19 3778241 . TGGGGC TGGGC,TGGGCG 267.15 PASS AF=0.666667,0.0416667;AO=21,4;DP=48;FAO=32,2;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=8,2;FSAR=24,0;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.0776313,-0.0436006;FXX=0.020404;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.492,71.7308;QD=22.2627;RBI=0.266673,0.236441;REFB=-0.173578,-0.0149642;REVB=-0.255123,-0.232387;RO=16;SAF=3,2;SAR=18,2;SRF=16;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.410714,0;SSSB=-0.652094,-0.695639;STB=0.733184,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.14892,0.0446097;OID=.,.;OPOS=3778242,3778245;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGC,TGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0.0416667:21,4:48:32,2:48:14:8,2:24,0:14:0:38:16:3,2:18,2:16:0 chr19 3807182 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0151072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.807;QD=21.5113;RBI=0.0387554;REFB=-0.0205729;REVB=0.0356897;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468431;STB=0.526291;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0194724;OID=.;OPOS=3807182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:11:8:10:11:11:8 chr19 3820191 . C T 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0592676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8142;QD=6.57337;RBI=0.0606636;REFB=-0.000722233;REVB=0.012939;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225087;STB=0.624574;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0105334;OID=.;OPOS=3820191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:15:16:6:6:0.272727:4:2:8:7:4:2:8:8 chr19 3831449 . G A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0231325;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.651;QD=22.9155;RBI=0.024735;REFB=-0.057671;REVB=0.00875838;RO=4;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321495;STB=0.685824;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0080511;OID=.;OPOS=3831449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:2:7:1:3:2:7:1:3 chr19 3831525 . C A 221.2 PASS AF=0.6;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0356752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9408;QD=25.2805;RBI=0.0706385;REFB=-0.0456652;REVB=0.0609678;RO=14;SAF=15;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158894;STB=0.565972;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0314651;OID=.;OPOS=3831525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:14:14:20:21:0.6:5:15:8:6:6:15:8:6 chr19 3831765 . G A 308.11 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0215519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.088;QD=28.0103;RBI=0.0262389;REFB=-0.0150056;REVB=0.0149664;RO=17;SAF=14;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335641;STB=0.518505;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.01187;OID=.;OPOS=3831765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:13:14:8:9:13:14:8:9 chr19 3977486 . A G 411.09 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.642;QD=56.7017;RBI=0.0478594;REFB=0;REVB=0.0472146;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023872;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:16:13:0:0 chr19 3979408 . A G 446.91 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000218022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.331;QD=57.6658;RBI=0.0388936;REFB=0;REVB=0.038893;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332102;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr19 4028783 . C T 614.23 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0500545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.7;QD=53.4112;RBI=0.0504168;REFB=-0.187978;REVB=-0.00603347;RO=2;SAF=13;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188382;STB=0.543304;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00477349;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:46:46:2:4:42:42:0.913043:29:13:1:1:29:13:3:1 chr19 4033462 . T C 2624.49 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0758983;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.914;QD=62.1181;RBI=0.0759297;REFB=0;REVB=-0.00218338;RO=0;SAF=90;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9216e-05;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:79:90:0:0:79:90:0:0 chr19 4042858 . G A 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0246365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.458;QD=57.6362;RBI=0.0550447;REFB=-0.0562244;REVB=0.0492236;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129488;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000570358;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:32:36:1:0:32:36:1:0 chr19 4042923 . A G 1139.05 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0320436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5541;QD=59.1714;RBI=0.0521264;REFB=-0.00907031;REVB=-0.0411141;RO=1;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150195;STB=0.507934;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000265211;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:31:45:0:1:31:45:0:1 chr19 4043024 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.041;QD=59.5016;RBI=0.0551725;REFB=0;REVB=0.0145694;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153583;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr19 4046430 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTG CTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGTC,CTTTTTTTTTTTTTTTTG 192.93 PASS AF=0.153846,0.538462,0.179487,0.102564;AO=4,6,2,4;DP=39;FAO=6,21,7,4;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=0,8,7,3;FSAR=6,13,0,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0549622,-0.107742,-0.0184039,-0.305673;FXX=0.113611;HRUN=17,17,17,17;LEN=6,3,3,1;MLLD=9.81982,7.18685,196.953,2.39639;QD=19.7873;RBI=0.138806,0.280574,0.0361011,0.787877;REFB=-0.0727337,-0.136704,-0.0393987,-0.249676;REVB=-0.127461,-0.259062,-0.0310578,-0.726164;RO=1;SAF=0,6,2,4;SAR=4,0,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.749895,0,0,0;STB=0.997093,0.529383,0.5,0.571096;STBP=0.043,0.317,1,0.672;TYPE=del,del,mnp,del;VARB=0.151361,0.000603114,-0.0337496,-0.0237594;OID=.,.,.,.;OPOS=4046431,4046431,4046446,4046431;OREF=TTTTTT,TTT,TTG,T;OALT=-,-,GTC,-;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGTC,CTTTTTTTTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.153846,0.538462,0.179487,0.102564:4,6,2,4:39:6,21,7,4:39:1:0,8,7,3:6,13,0,1:1:0:43:1:0,6,2,4:4,0,0,0:1:0 chr19 4046450 . C CT,T 55.75 PASS AF=0.24,0.02;AO=7,2;DP=46;FAO=12,1;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=9,1;FSAR=3,0;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0802589,0.0182297;FXX=0.019604;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=9.57364,219.685;QD=4.45997;RBI=0.161943,0.0184255;REFB=-0.0349513,-4.31186e-05;REVB=0.140656,-0.00267916;RO=34;SAF=5,2;SAR=2,0;SRF=9;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.504821,0.57458;STB=0.812622,0.993751;STBP=0.021,0.166;TYPE=ins,snp;VARB=0.0507159,0.0776638;OID=.,.;OPOS=4046451,4046450;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:46:50:34:37:7,2:12,1:0.24,0.02:2,0:5,2:9:25:3,0:9,1:11:26 chr19 4101062 . G T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0894461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.553;QD=59.1429;RBI=0.0906205;REFB=0;REVB=0.0145422;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229765;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr19 4154910 . C T 307.79 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0302223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9409;QD=24.14;RBI=0.0391267;REFB=-0.0292785;REVB=0.0248498;RO=20;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381517;STB=0.528907;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0270034;OID=.;OPOS=4154910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:21:30:30:0.588235:12:18:13:7:12:18:14:7 chr19 4180836 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.744;QD=60.9785;RBI=0.037221;REFB=0;REVB=-0.0314819;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02471e-05;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr19 4186395 . T G 372.67 PASS AF=0.645833;AO=29;DP=46;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00659871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.525;QD=31.0558;RBI=0.0164823;REFB=-0.0216871;REVB=0.0151037;RO=17;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151333;STB=0.504708;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0101068;OID=.;OPOS=4186395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:17:17:29:31:0.645833:13:16:9:8:15:16:9:8 chr19 4207940 . G A 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00612675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.678;QD=18.5769;RBI=0.00758771;REFB=-0.0217108;REVB=-0.00447619;RO=30;SAF=8;SAR=23;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149301;STB=0.595496;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0221105;OID=.;OPOS=4207940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:23:8:12:18:23:8:13:18 chr19 4210356 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0520402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.568;QD=12.3289;RBI=0.0547583;REFB=-0.008184;REVB=0.0170378;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170124;STB=0.599828;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00855338;OID=.;OPOS=4210356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:12:5:5:6:12:5 chr19 4217207 . T G 729.76 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.378;QD=57.2362;RBI=0.0253907;REFB=0;REVB=0.022303;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61468e-05;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:49:51:1:20:29:0:0:21:30:0:0 chr19 4219622 . G A 349.62 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0447301;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.613;QD=17.4811;RBI=0.0448959;REFB=-0.0548701;REVB=0.00385411;RO=42;SAF=23;SAR=14;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291223;STB=0.667459;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0374231;OID=.;OPOS=4219622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:42:43:37:37:0.4625:14:23:13:29:14:23:13:30 chr19 4236996 . G A 385.52 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0440849;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.165;QD=14.8278;RBI=0.0473542;REFB=0.0039323;REVB=0.01729;RO=60;SAF=30;SAR=14;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245449;STB=0.638522;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00269261;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:60:60:44:44:0.423077:14:30:27:33:14:30:27:33 chr19 4237067 . A G 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00107113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.286;QD=15.773;RBI=0.00488434;REFB=-0.0426858;REVB=0.00476545;RO=33;SAF=19;SAR=8;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334893;STB=0.68947;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0308644;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:8:19:12:21:8:19:12:21 chr19 4251069 . T C 175.15 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0138802;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3017;QD=9.86766;RBI=0.0169361;REFB=0.00245594;REVB=-0.00970433;RO=44;SAF=14;SAR=9;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124117;STB=0.574561;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00555269;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:48:23:23:0.323944:9:14:22:22:9:14:24:24 chr19 4254375 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00842764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.451;QD=16.6272;RBI=0.0220951;REFB=-0.0126252;REVB=0.0204247;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162012;STB=0.59308;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0121464;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:9:5:7:6:9:5 chr19 4280186 . C T 422.6 PASS AF=0.518519;AO=39;DP=78;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0759519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1562;QD=20.8691;RBI=0.097447;REFB=-0.0143363;REVB=0.061051;RO=39;SAF=16;SAR=23;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481859;STB=0.511273;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0158921;OID=.;OPOS=4280186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:39:39:39:42:0.518519:23:16:14:25:26:16:14:25 chr19 4283059 . G A 257.85 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00435363;FXX=0.0499917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.156;QD=18.0946;RBI=0.00776105;REFB=-0.00120085;REVB=-0.00642494;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14128;STB=0.579023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00117385;OID=.;OPOS=4283059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:11:18:13:15:11:18 chr19 4288267 . GGAT G,GGCA 236.61 PASS AF=0.583333,0.0555556;AO=19,2;DP=38;FAO=21,2;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=7,2;FSAR=14,0;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0163695,-0.0159566;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,2;MLLD=177.165,110.77;QD=26.2901;RBI=0.0252923,0.0269446;REFB=-0.0167234,0.000189944;REVB=0.0192805,-0.0217117;RO=15;SAF=7,2;SAR=12,0;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0299237,0.61514;STB=0.545413,0.996673;STBP=0.557,0.041;TYPE=del,mnp;VARB=0.0120568,0.0255727;OID=.,.;OPOS=4288268,4288269;OREF=GAT,AT;OALT=-,CA;OMAPALT=G,GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333,0.0555556:19,2:38:21,2:36:13:7,2:14,0:3:10:99:15:7,2:12,0:5:10 chr19 4288332 . A G 94.73 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00706801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.586;QD=10.8267;RBI=0.0124836;REFB=0.00160584;REVB=-0.0102899;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363333;STB=0.51062;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00165665;OID=.;OPOS=4288332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:8:4:8:14:8:4:8:15 chr19 4306311 . T C 214.19 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0531581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8719;QD=28.5592;RBI=0.0567046;REFB=0.000460819;REVB=0.019739;RO=10;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155348;STB=0.585535;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.000879266;OID=.;OPOS=4306311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:9:11:8:2:9:11:8:2 chr19 4325433 . G A 83.75 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.000164514;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.456;QD=9.30575;RBI=0.0233069;REFB=0.000324684;REVB=0.0233063;RO=23;SAF=2;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55681;STB=0.833561;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000800093;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:36:23:25:11:11:0.305556:9:2:16:7:9:2:17:8 chr19 4333711 . C T 364.65 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.00266013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6509;QD=12.4667;RBI=0.0564272;REFB=-0.00492232;REVB=0.0563644;RO=72;SAF=22;SAR=22;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909957;STB=0.555531;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00939857;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:72:73:44:44:0.376068:22:22:30:42:22:22:30:43 chr19 4357555 . A G 1533.0 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0289253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0948;QD=57.3085;RBI=0.0304357;REFB=-0.0406331;REVB=-0.00946881;RO=2;SAF=53;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017568;STB=0.509089;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00135614;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:104:105:0.981308:51:53:2:0:51:54:2:0 chr19 4400314 . C T 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.261405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4498;QD=30.786;RBI=0.27822;REFB=-0.0544672;REVB=0.0952562;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0351395;OID=.;OPOS=4400314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:6:2:0:1:6:2:0:1 chr19 4442336 . C T 436.4 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0291644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.555;QD=21.2878;RBI=0.0316951;REFB=-0.040813;REVB=0.0124103;RO=39;SAF=13;SAR=30;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128104;STB=0.571032;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0361601;OID=.;OPOS=4442336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:30:13:17:22:30:13:17:22 chr19 4442999 . T G 1103.22 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.379;QD=59.6336;RBI=0.0118689;REFB=0;REVB=-0.00640091;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41281e-05;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:39:34:0:0:40:34:0:0 chr19 4454000 . G A 141.32 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00961363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.867;QD=21.7419;RBI=0.0097722;REFB=-0.0329185;REVB=0.0017533;RO=10;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259226;STB=0.631997;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0300401;OID=.;OPOS=4454000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:10:11:15:15:0.576923:4:11:4:6:4:11:5:6 chr19 4454083 . C T 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0170187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1112;QD=14.6982;RBI=0.0184279;REFB=-0.00105612;REVB=0.00706769;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300881;STB=0.675822;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00146101;OID=.;OPOS=4454083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:12:4:12:11:12:4:12:11 chr19 4493708 . A G 556.56 PASS AF=0.389222;AO=65;DP=167;FAO=65;FDP=167;FR=.;FRO=102;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=-0.0311478;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.703;QD=13.3308;RBI=0.0317723;REFB=-0.0113548;REVB=-0.0062687;RO=98;SAF=45;SAR=20;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152625;STB=0.59516;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0243073;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:98:102:65:65:0.389222:20:45:55:43:20:45:56:46 chr19 4508945 . A G 926.66 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.187;QD=57.916;RBI=0.0619127;REFB=0;REVB=0.0617548;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14519e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:29:32:0:0:32:32:0:0 chr19 4510560 . C T 624.82 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0122161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.777;QD=25.7657;RBI=0.0266647;REFB=-0.00726469;REVB=0.0237017;RO=40;SAF=24;SAR=32;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027825;STB=0.506022;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00485403;OID=.;OPOS=4510560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:41:56:56:0.57732:32:24:17:23:32:24:17:24 chr19 4511140 . C G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.000403868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.082;QD=19.3685;RBI=0.0262554;REFB=-0.010719;REVB=-0.0262523;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297838;STB=0.666404;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0082065;OID=.;OPOS=4511140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:7:0:3:7:7:0 chr19 4511278 . C T 81.48 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00475858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.158;QD=6.03572;RBI=0.0153504;REFB=-0.00425003;REVB=-0.0145942;RO=42;SAF=10;SAR=2;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614908;STB=0.878578;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0110004;OID=.;OPOS=4511278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:2:10:12:30:2:10:12:30 chr19 4511281 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00523497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.89;QD=17.0892;RBI=0.0420199;REFB=-0.0247459;REVB=0.0416925;RO=28;SAF=1;SAR=24;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.774669;STB=0.944134;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00941157;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:24:1:21:7:24:1:21:7 chr19 4511283 . CA TG 73.54 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.00162098;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.233;QD=5.55031;RBI=0.0133348;REFB=-0.00518565;REVB=-0.0132359;RO=42;SAF=9;SAR=2;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.598025;STB=0.872155;STBP=0.019;TYPE=mnp;VARB=0.0313442;OID=.;OPOS=4511283;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:54:53:42:42:11:11:0.207547:2:9:12:30:2:9:12:30 chr19 4511350 . T A 626.82 PASS AF=0.924528;AO=47;DP=51;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0343711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.23;QD=47.3073;RBI=0.0344827;REFB=-0.0164673;REVB=0.00277216;RO=4;SAF=13;SAR=34;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00490046;STB=0.505002;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00141281;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:53:4:4:47:49:0.924528:34:13:1:3:34:15:1:3 chr19 4511453 . G A 746.8 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9386;QD=63.5578;RBI=0.136033;REFB=0;REVB=0.132832;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202475;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr19 4511479 . A T 35.69 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0243144;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.963;QD=3.96513;RBI=0.025054;REFB=-0.00987236;REVB=0.00604269;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257529;STB=0.690287;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0152472;OID=.;OPOS=4511479;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:36:36:29:30:6:6:0.166667:4:2:16:13:4:2:17:13 chr19 4511491 . A G 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00658779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.955;QD=7.04962;RBI=0.0324189;REFB=-0.0198195;REVB=-0.0317425;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272373;STB=0.669581;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.030477;OID=.;OPOS=4511491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:6:4:19:11:6:4:19:11 chr19 4511525 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3562;QD=62.3497;RBI=0.0265571;REFB=0;REVB=-0.00385354;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195047;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr19 4511647 . C G 797.52 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6853;QD=56.9655;RBI=0.0948708;REFB=0;REVB=0.0845739;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147227;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chr19 4511674 . C T 78.36 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00313794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.214;QD=5.59747;RBI=0.0236269;REFB=-0.00652643;REVB=-0.0234176;RO=44;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182424;STB=0.617084;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0174067;OID=.;OPOS=4511674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:4:8:23:21:4:8:23:21 chr19 4511677 . A G 213.02 PASS AF=0.423729;AO=26;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00748504;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9948;QD=14.4422;RBI=0.0136334;REFB=-0.0124464;REVB=0.0113949;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883721;STB=0.541633;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0135931;OID=.;OPOS=4511677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:34:26:25:0.423729:10:16:18:16:10:15:18:16 chr19 4511679 . CA TG 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0148848;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.113;QD=6.68537;RBI=0.0209944;REFB=-0.00549167;REVB=-0.0148057;RO=45;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285171;STB=0.677477;STBP=0.136;TYPE=mnp;VARB=0.0219147;OID=.;OPOS=4511679;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:4:11:23:22:4:11:23:22 chr19 4511718 . GGCCCCCT CACCCGTC,GGCCCCCC 732.84 PASS AF=0.0535714,0.946429;AO=3,41;DP=58;FAO=3,53;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=3,23;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305041,-0.189798;FXX=0.0344768;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=270.004,39.4305;QD=52.3455;RBI=0.0357931,0.190465;REFB=0,0;REVB=-0.0187256,0.0159227;RO=0;SAF=3,14;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0125863,-0.00607977;OID=.,.;OPOS=4511718,4511725;OREF=GGCCCCCT,T;OALT=CACCCGTC,C;OMAPALT=CACCCGTC,GGCCCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:58:56:0:0:3,41:3,53:0.0535714,0.946429:0,27:3,14:0:0:0,30:3,23:0:0 chr19 4511730 . T C 971.67 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.211;QD=58.8888;RBI=0.0147551;REFB=0;REVB=-0.00567163;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3868e-06;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr19 4511737 . T C 331.03 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0198984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9826;QD=18.6496;RBI=0.0203442;REFB=0.00129554;REVB=0.00423588;RO=37;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165085;STB=0.605037;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00303337;OID=.;OPOS=4511737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:36:34:35:0.492958:16:18:13:24:16:19:12:24 chr19 4511746 . A T 156.8 PASS AF=0.285714;AO=21;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0335578;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.487;QD=8.14521;RBI=0.0363964;REFB=-0.00724572;REVB=0.0140915;RO=54;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032408;STB=0.506693;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.02806;OID=.;OPOS=4511746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:55:21:22:0.285714:12:9:23:31:13:9:23:32 chr19 4511791 . A C 170.57 PASS AF=0.242991;AO=27;DP=107;FAO=26;FDP=107;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.0257463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.326;QD=6.37635;RBI=0.0360795;REFB=-0.00592672;REVB=-0.0252756;RO=79;SAF=10;SAR=17;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451337;STB=0.508314;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0188924;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:79:81:27:26:0.242991:17:10:32:47:16:10:32:49 chr19 4511830 . A G 467.67 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00497206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.266;QD=20.1148;RBI=0.0220274;REFB=-0.00390856;REVB=-0.0214589;RO=47;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285351;STB=0.515817;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00682368;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:25:21:20:27:25:21:20:27 chr19 4511908 . C T 308.32 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0295537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.839;QD=13.4051;RBI=0.0320305;REFB=-0.0187244;REVB=-0.0123504;RO=57;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12824;STB=0.572993;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0319517;OID=.;OPOS=4511908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:18:17:21:36:18:17:21:36 chr19 4511920 . T C 56.49 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.0148689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.339;QD=2.37863;RBI=0.0177968;REFB=-0.00285089;REVB=-0.00977977;RO=83;SAF=4;SAR=8;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114014;STB=0.581949;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0259949;OID=.;OPOS=4511920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:83:83:12:12:0.126316:8:4:35:48:8:4:35:48 chr19 4511927 . G A 477.53 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00869338;FXX=0.0219756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.137;QD=21.4621;RBI=0.0127065;REFB=-0.0589727;REVB=0.00926721;RO=43;SAF=19;SAR=27;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372034;STB=0.520539;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0450701;OID=.;OPOS=4511927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:43:43:46:46:0.516854:27:19:16:27:27:19:16:27 chr19 4511929 . A G 420.42 PASS AF=0.488636;AO=44;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0223402;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.164;QD=19.1099;RBI=0.0247136;REFB=-0.0236543;REVB=-0.0105677;RO=44;SAF=19;SAR=25;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633162;STB=0.533462;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.016152;OID=.;OPOS=4511929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:45:44:43:0.488636:25:19:16:28:24:19:17:28 chr19 4511955 . T C 1499.98 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145308;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6022;QD=58.2518;RBI=0.0206087;REFB=-0.121319;REVB=-0.0146141;RO=1;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886767;STB=0.504586;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000262277;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:103:1:1:101:102:0.990291:53:48:0:1:54:48:0:1 chr19 4512669 . T C 1566.45 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2539;QD=59.6744;RBI=0.0322688;REFB=0;REVB=0.0176927;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86043e-05;OID=.;OPOS=4512669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:47:58:0:0:47:58:0:0 chr19 4513143 . CA TG 111.53 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0451666;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=2;MLLD=133.079;QD=24.7832;RBI=0.119603;REFB=-0.0935372;REVB=-0.110747;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522328;STB=0.555464;STBP=0.523;TYPE=mnp;VARB=0.0498268;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:18:5:6:12:12:0.666667:6:6:2:3:6:6:2:4 chr19 4513559 . A G 719.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0544;QD=56.4041;RBI=0.0428035;REFB=0;REVB=0.0401839;RO=0;SAF=8;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81061e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467065;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:42:8:0:0:43:8:0:0 chr19 4538599 . G A 627.97 PASS AF=0.445205;AO=66;DP=147;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.0158931;FXX=0.00680226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=311.777;QD=17.2048;RBI=0.0161568;REFB=-0.00775282;REVB=0.00290725;RO=81;SAF=33;SAR=33;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10399;STB=0.562363;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00843935;OID=.;OPOS=4538599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:81:81:66:65:0.445205:33:33:49:32:33:32:49:32 chr19 4558107 . G A 487.72 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0397228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.924;QD=24.3859;RBI=0.0419693;REFB=-0.0043291;REVB=-0.0135473;RO=34;SAF=22;SAR=24;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517928;STB=0.528372;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00506919;OID=.;OPOS=4558107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:24:22:14:20:24:22:14:20 chr19 4558431 . C G 478.04 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.701;QD=54.6331;RBI=0.130078;REFB=-0.0773548;REVB=0.0267747;RO=2;SAF=20;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202458;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:2:0:33:35:1:13:20:2:0:13:22:0:0 chr19 4655166 . A G 45.97 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0036911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.198;QD=9.1937;RBI=0.0416038;REFB=-0.0568698;REVB=0.0414397;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473679;STB=0.79904;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0674324;OID=.;OPOS=4655166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:6:7:1:6:6:7 chr19 4769740 . C A 1093.35 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.665;QD=58.3119;RBI=0.033398;REFB=-0.118065;REVB=0.0143557;RO=1;SAF=29;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160305;STB=0.508194;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000573929;OID=.;OPOS=4769740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:44:29:1:0:44:30:1:0 chr19 4794257 . T G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.901;QD=57.1775;RBI=0.0311337;REFB=0;REVB=-0.0237585;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.6918e-06;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr19 4794948 . A AAACCTCAC 195.17 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029646;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=8;MLLD=332.515;QD=48.7926;RBI=0.0127292;REFB=0;REVB=0.0123791;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.58423e-05;OID=.;OPOS=4794949;OREF=-;OALT=AACCTCAC;OMAPALT=AAACCTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:17:16:16:0:7:9:0:0:4:0:6:9:0:0 chr19 4816719 . G A 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0542128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.224;QD=28.8519;RBI=0.059036;REFB=-0.0100912;REVB=0.0233715;RO=16;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378081;STB=0.520818;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00493413;OID=.;OPOS=4816719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:15:12:8:8:15:12:8:8 chr19 4818378 . T C 311.95 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00160008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.431;QD=20.4557;RBI=0.0225276;REFB=-0.0276771;REVB=-0.0224707;RO=28;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226468;STB=0.615241;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0263775;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:28:28:32:33:0.540984:19:13:19:9:19:14:19:9 chr19 4847713 . A G 900.63 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072372;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.85;QD=58.1052;RBI=0.00759046;REFB=0;REVB=0.00228869;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73838e-05;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:59:62:1:28:31:0:0:29:33:0:0 chr19 4847874 . A G 826.46 PASS AF=0.983333;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0553433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.5991;QD=55.0974;RBI=0.0554792;REFB=-0.0949914;REVB=0.00388076;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177894;STB=0.509088;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000791493;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:60:1:1:56:59:0.983333:26:30:0:1:27:32:0:1 chr19 4852106 . A G 823.59 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105109;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.615;QD=57.7954;RBI=0.0139463;REFB=0;REVB=-0.00916621;RO=0;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.04971e-05;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:16:41:0:0:16:41:0:0 chr19 4852137 . C T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0220186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.567;QD=15.2681;RBI=0.0299628;REFB=-0.0128526;REVB=0.0203212;RO=32;SAF=20;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175093;STB=0.593982;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0143741;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:6:20:20:12:6:20:21:12 chr19 4859937 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0335094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.996;QD=11.8305;RBI=0.0350869;REFB=-0.0185869;REVB=-0.0104025;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066101;STB=0.50393;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0285348;OID=.;OPOS=4859937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:5:13:8:3:5:13 chr19 4910889 . G T 171.27 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0144739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.691;QD=9.13413;RBI=0.0312392;REFB=-0.00157299;REVB=0.0276838;RO=51;SAF=12;SAR=11;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00897443;STB=0.501741;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00503133;OID=.;OPOS=4910889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:52:23:23:0.306667:11:12:27:24:11:12:27:25 chr19 4910924 . C T 220.12 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00598855;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.317;QD=9.67562;RBI=0.0181568;REFB=-0.00337529;REVB=0.0171408;RO=60;SAF=16;SAR=12;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253361;STB=0.522277;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00995368;OID=.;OPOS=4910924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:63:28:28:0.307692:12:16:33:27:12:16:34:29 chr19 4929413 . T C 69.66 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0687941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7042;QD=16.3915;RBI=0.0881213;REFB=-0.053883;REVB=-0.0550703;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121106;STB=0.53326;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0429695;OID=.;OPOS=4929413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:5:4:3:4:5:4:3:5 chr19 4929473 . A G 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00483633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.475;QD=22.5806;RBI=0.0377143;REFB=-0.0334477;REVB=0.037403;RO=6;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322321;STB=0.745235;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0162356;OID=.;OPOS=4929473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:6:7:12:12:0.631579:11:1:2:4:11:1:3:4 chr19 4945914 . A C 183.05 PASS AF=0.4;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0204545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.254;QD=13.3127;RBI=0.0557114;REFB=-0.00702189;REVB=-0.0518206;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645749;STB=0.527248;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0130523;OID=.;OPOS=4945914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:33:22:22:0.4:11:11:18:14:11:11:18:15 chr19 4945917 . C T 154.58 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00590885;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.648;QD=11.8909;RBI=0.00624252;REFB=-0.00783491;REVB=-0.00201357;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209157;STB=0.512182;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0635852;OID=.;OPOS=4945917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:33:33:19:19:0.365385:9:10:18:15:9:10:18:15 chr19 4945974 . T C 502.03 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219348;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7769;QD=59.0617;RBI=0.0860243;REFB=0;REVB=0.0831808;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059679;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:31:34:1:15:16:0:0:18:16:0:0 chr19 4950770 . C T 1141.91 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181519;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.229;QD=60.9017;RBI=0.0271283;REFB=0;REVB=0.0201607;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81454e-05;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr19 4954454 . C T 253.71 PASS AF=0.510638;AO=22;DP=45;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00401645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.225;QD=21.5925;RBI=0.0163731;REFB=-0.0130468;REVB=-0.0158728;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609466;STB=0.551928;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0172161;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:23:23:22:24:0.510638:10:12:11:12:10:14:11:12 chr19 4954679 . G GC 489.49 PASS AF=1;AO=28;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.6445;QD=36.9427;RBI=0.043014;REFB=0;REVB=0.00806413;RO=26;SAF=27;SAR=1;SRF=1;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.824223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00191506;OID=.;OPOS=4954680;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:54:53:53:0:28:25:0:0:10:26:27:1:1:25 chr19 4960959 . TA AT 122.23 PASS AF=0.5;AO=14;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.029464;FXX=0;HRUN=11;LEN=2;MLLD=30.0551;QD=15.279;RBI=0.0622954;REFB=-0.0986209;REVB=0.0548871;RO=15;SAF=0;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.828846;STB=0.876595;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.040078;OID=.;OPOS=4960959;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:14:16:0.5:14:0:9:6:15:1:9:6 chr19 5041178 . T C 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.744;QD=61.5352;RBI=0.0659305;REFB=0;REVB=0.0492763;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16737e-05;OID=.;OPOS=5041178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr19 5110794 . A G 796.69 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.762;QD=63.7356;RBI=0.0302222;REFB=0;REVB=0.0223018;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171564;OID=.;OPOS=5110794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:32:18:0:0 chr19 5114116 . T G 1695.29 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.856;QD=60.5459;RBI=0.00569087;REFB=0;REVB=-0.000296932;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43136e-06;OID=.;OPOS=5114116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:57:55:0:0:57:55:0:0 chr19 5135392 . A G 1384.56 PASS AF=0.957895;AO=91;DP=95;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0267029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.972;QD=58.2973;RBI=0.0269208;REFB=-0.0448523;REVB=0.00341775;RO=4;SAF=56;SAR=35;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011368;STB=0.506002;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0018506;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:95:95:4:4:91:91:0.957895:35:56:3:1:35:56:3:1 chr19 5206774 . GAA GA,GAG,GGA 597.52 PASS AF=0,0.05,0.95;AO=11,2,27;DP=41;FAO=0,2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,21;FSAR=0,0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101435,-0.029185,0.0713825;FXX=0.0243843;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=28.6211,194.254,36.8063;QD=59.752;RBI=0.109386,0.0551292,0.128124;REFB=0,0,0;REVB=-0.0409428,-0.0467704,0.106397;RO=0;SAF=5,2,16;SAR=6,0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.5146e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00372077,0.0749258,0.0103621;OID=.,.,.;OPOS=5206775,5206776,5206775;OREF=A,A,A;OALT=-,G,G;OMAPALT=GA,GAG,GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.05,0.95:11,2,27:41:0,2,38:40:0:0,2,21:0,0,17:0:0:9:0:5,2,16:6,0,11:0:0 chr19 5214697 . A G 970.36 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011302;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.907;QD=58.8098;RBI=0.018683;REFB=0;REVB=-0.0148768;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60476e-05;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:34:31:0:0:35:31:0:0 chr19 5455611 . C T 433.26 PASS AF=0.567568;AO=40;DP=72;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0510496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6769;QD=23.4195;RBI=0.118998;REFB=-0.0133816;REVB=0.107492;RO=32;SAF=27;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151016;STB=0.576885;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0140848;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:32:32:40:42:0.567568:13:27:16:16:14:28:16:16 chr19 5455735 . G A 405.37 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0678637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.211;QD=25.3354;RBI=0.0701392;REFB=-0.00903978;REVB=-0.0177205;RO=25;SAF=18;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015478;STB=0.50847;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0141435;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:21:18:11:14:21:18:11:14 chr19 5455796 . A G 249.46 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0145092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.69;QD=21.6919;RBI=0.0269056;REFB=-0.0361441;REVB=-0.0226582;RO=23;SAF=5;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348987;STB=0.658395;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0455063;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:22:23:24:0.521739:18:5:13:10:18:6:12:10 chr19 5455800 . G A 243.01 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0347377;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.649;QD=21.6006;RBI=0.0361014;REFB=-0.0205266;REVB=0.00982886;RO=22;SAF=5;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328012;STB=0.685922;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0131305;OID=.;OPOS=5455800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:18:5:12:10:18:5:12:10 chr19 5455971 . G T 271.13 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0227697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.944;QD=14.6555;RBI=0.0283258;REFB=-0.0145118;REVB=-0.0168492;RO=43;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047675;STB=0.527045;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0655246;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:18:13:20:23:18:13:20:23 chr19 5455978 . T C 268.57 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.074172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.404;QD=13.9517;RBI=0.0742474;REFB=-0.020956;REVB=0.00334695;RO=46;SAF=12;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107566;STB=0.568817;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0166335;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:30:31:0.402597:18:12:23:23:19:12:23:23 chr19 5456450 . T C 357.1 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0326678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.594;QD=21.9752;RBI=0.0326738;REFB=-0.0117652;REVB=0.000626728;RO=27;SAF=16;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292885;STB=0.513881;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0116725;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:29:36:36:0.553846:20:16:11:16:20:16:12:17 chr19 5587983 . C T 222.03 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0249802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9018;QD=14.5592;RBI=0.0276148;REFB=0.00689596;REVB=-0.0117714;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907633;STB=0.513913;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00851064;OID=.;OPOS=5587983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:35:26:26:0.42623:12:14:18:16:12:14:18:17 chr19 5680418 . CAAAAA CAAAA,CAAAAT,GAAAAT 50.71 PASS AF=0.150943,0.0566038,0.0566038;AO=7,3,3;DP=54;FAO=8,3,3;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=3,0,0;FSAR=5,3,3;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0083554,0.0377802,-0.00236846;FXX=0.0185151;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,6;MLLD=11.3804,25.488,88.8878;QD=3.82684;RBI=0.0495718,0.0505583,0.0499365;REFB=-0.101814,-0.0651761,-0.0206498;REVB=-0.0488626,-0.0335975,-0.0498803;RO=32;SAF=5,0,0;SAR=2,3,3;SRF=17;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.230149,-0.551015,-0.551015;STB=0.614685,0.996527,0.996527;STBP=0.502,0.076,0.076;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.173111,0.0528774,0.163446;OID=.,.,.;OPOS=5680419,5680423,5680418;OREF=A,A,CAAAAA;OALT=-,T,GAAAAT;OMAPALT=CAAAA,CAAAAT,GAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:54:53:32:39:7,3,3:8,3,3:0.150943,0.0566038,0.0566038:2,3,3:5,0,0:17:15:5,3,3:3,0,0:20:19 chr19 5696146 . G A 67.32 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0193902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4707;QD=13.4642;RBI=0.0442361;REFB=-0.00180382;REVB=0.0397599;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176743;STB=0.604168;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0075239;OID=.;OPOS=5696146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:4:7:4:5:4:7 chr19 5766090 . T C 463.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7515;QD=57.9942;RBI=0.0996145;REFB=0;REVB=-0.0926844;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000560973;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:15:17:0:0 chr19 5772950 . G A 335.01 PASS AF=0.48;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00788237;FXX=0.0131562;HRUN=6;LEN=1;MLLD=176.182;QD=17.867;RBI=0.0132555;REFB=-0.00682288;REVB=-0.0106573;RO=36;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695718;STB=0.541153;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00513384;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:36:39:35:36:0.48:22:13:16:20:23:13:17:22 chr19 5778517 . A T 194.59 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0020274;FXX=0.065563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5883;QD=13.6553;RBI=0.0264099;REFB=0.000413575;REVB=-0.026332;RO=32;SAF=20;SAR=2;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638535;STB=0.876213;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00155565;OID=.;OPOS=5778517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:34:22:23:0.403509:2:20:12:20:2:21:13:21 chr19 5783634 . T C 40.57 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0321026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.101;QD=13.5232;RBI=0.0393663;REFB=-0.0221079;REVB=0.0227845;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28673;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00981893;OID=.;OPOS=5783634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:12:4:5:5:5:0.416667:4:1:0:4:4:1:1:4 chr19 5783905 . G A 157.34 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0696978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8152;QD=16.1372;RBI=0.125303;REFB=-0.0259546;REVB=0.10413;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128177;STB=0.550399;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0389273;OID=.;OPOS=5783905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:22:16:17:0.435897:6:10:11:11:7:10:11:11 chr19 5784370 . C T 220.3 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0175643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.698;QD=24.4775;RBI=0.0256145;REFB=-0.00105997;REVB=0.018644;RO=15;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914013;STB=0.540945;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.000958795;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:15:20:21:0.583333:11:9:5:10:12:9:5:10 chr19 5786815 . G A 77.3 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.000441295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.914;QD=13.4426;RBI=0.0111024;REFB=-0.0328437;REVB=-0.0110937;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945612;STB=0.555448;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0465715;OID=.;OPOS=5786815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:9:4:4:6:9:4 chr19 5789565 . T C 248.57 PASS AF=0.520833;AO=23;DP=46;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00902657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.452;QD=20.7139;RBI=0.0197131;REFB=-0.0409427;REVB=0.017525;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523791;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0457249;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:23:23:23:25:0.520833:9:14:14:9:11:14:14:9 chr19 5831672 . G C 225.12 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0284976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0016;QD=28.1401;RBI=0.0297585;REFB=0.000614603;REVB=0.00857059;RO=11;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554345;STB=0.523787;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00100275;OID=.;OPOS=5831672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:11:11:20:21:0.65625:7:13:8:3:7:14:8:3 chr19 5831724 . T C 160.19 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.928;QD=45.7681;RBI=0.0344615;REFB=0;REVB=-0.018863;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170963;OID=.;OPOS=5831724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 5831840 . C T 316.36 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00348778;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.816;QD=20.0862;RBI=0.00686413;REFB=-0.00749825;REVB=0.00591199;RO=30;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150327;STB=0.583443;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00747815;OID=.;OPOS=5831840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:30:30:33:33:0.52381:19:14:18:12:19:14:18:12 chr19 5832209 . G A 1650.63 PASS AF=0.99115;AO=110;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.076;QD=58.4294;RBI=0.0198858;REFB=-0.185796;REVB=0.0125064;RO=1;SAF=52;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904204;STB=0.504273;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000132056;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:113:113:1:1:110:112:0.99115:58:52:1:0:58:54:0:1 chr19 5843784 . A T 670.53 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.155;QD=62.3745;RBI=0.0321279;REFB=0;REVB=0.0194571;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75947e-05;OID=.;OPOS=5843784;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:28:15:0:0 chr19 5844537 . A G 710.03 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00368773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.66;QD=54.6176;RBI=0.00440212;REFB=-0.161443;REVB=0.00240401;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00194727;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:24:27:0:1:24:27:0:1 chr19 5844649 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000190686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.053;QD=42.1813;RBI=0.0385447;REFB=0;REVB=0.0385442;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744911;OID=.;OPOS=5844649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr19 5844792 . A C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00369754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.836;QD=53.9112;RBI=0.0108883;REFB=0;REVB=-0.0102413;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105743;OID=.;OPOS=5844792;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr19 5866654 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.474;QD=55.6559;RBI=0.0236195;REFB=0;REVB=-0.00399998;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91237e-05;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr19 5866736 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0961707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7273;QD=40.7628;RBI=0.102849;REFB=0;REVB=0.0364576;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00384846;OID=.;OPOS=5866736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr19 5867247 . C T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00532284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.427;QD=17.3255;RBI=0.0209808;REFB=-0.0171017;REVB=0.0202944;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169932;STB=0.596065;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0226315;OID=.;OPOS=5867247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:19:6:8:12:19:6 chr19 5867748 . G T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.443;QD=55.6551;RBI=0.135463;REFB=0;REVB=0.0989706;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171054;OID=.;OPOS=5867748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr19 5892954 . T C 147.18 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0279899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.049;QD=17.3153;RBI=0.0366966;REFB=-0.0175485;REVB=-0.0237321;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327332;STB=0.687265;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.017115;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:6:12:5:11:6:12 chr19 6042059 . C T 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00165993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.581;QD=19.0783;RBI=0.0119313;REFB=-0.00832565;REVB=0.0118153;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133899;STB=0.507458;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00832732;OID=.;OPOS=6042059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:15:17:16:15:15:17:16:15 chr19 6156483 . T C 289.66 PASS AF=0.428571;AO=31;DP=73;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00331999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.219;QD=15.0474;RBI=0.0177973;REFB=-0.0242596;REVB=0.0174849;RO=42;SAF=17;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000787326;STB=0.51734;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0286877;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:42:44:31:33:0.428571:14:17:23:19:16:17:24:20 chr19 6375831 . G A 460.79 PASS AF=0.677419;AO=42;DP=62;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00187289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.554;QD=29.7287;RBI=0.0108388;REFB=-0.0340265;REVB=0.0106758;RO=20;SAF=17;SAR=25;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975395;STB=0.552821;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0135425;OID=.;OPOS=6375831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:20:20:42:42:0.677419:25:17:5:15:25:17:5:15 chr19 6376722 . A G 350.84 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0214667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7673;QD=15.4216;RBI=0.0397234;REFB=-0.0105202;REVB=-0.0334234;RO=53;SAF=23;SAR=15;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188366;STB=0.510633;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.010399;OID=.;OPOS=6376722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:15:23:33:20:15:23:33:20 chr19 6411830 . C G 402.79 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.0304688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.517;QD=13.6541;RBI=0.0331163;REFB=-0.0120106;REVB=-0.0129747;RO=70;SAF=29;SAR=18;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29887;STB=0.671509;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0323181;OID=.;OPOS=6411830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:70:71:47:47:0.398305:18:29:23:47:18:29:23:48 chr19 6415443 . T C 787.59 PASS AF=1;AO=40;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230494;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5072;QD=57.2795;RBI=0.0251576;REFB=0;REVB=0.0100811;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18799e-05;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:40:55:1:20:20:0:0:32:23:0:0 chr19 6417855 . G A 51.53 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0121663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.094;QD=18.7375;RBI=0.084217;REFB=-0.0479217;REVB=-0.0833336;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0237782;OID=.;OPOS=6417855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:3:1:2:5:3:1 chr19 6419275 . A G 298.89 PASS AF=0.5;AO=31;DP=60;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.0155847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6565;QD=18.6804;RBI=0.0544181;REFB=-0.0148948;REVB=-0.0521387;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276102;STB=0.656162;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0122262;OID=.;OPOS=6419275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:29:32:31:32:0.5:15:16:24:5:16:16:26:6 chr19 6427408 . G A 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0075738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.506;QD=16.2364;RBI=0.0730827;REFB=-0.0131771;REVB=0.0726892;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651148;STB=0.536562;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0162856;OID=.;OPOS=6427408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:11:19:25:11:11:19:25:11 chr19 6535080 . T C 1392.44 PASS AF=0.498208;AO=138;DP=277;FAO=139;FDP=279;FR=.;FRO=140;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=74;FSRR=66;FWDB=-0.0060201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.074;QD=19.9633;RBI=0.0502451;REFB=-0.00569568;REVB=-0.0498832;RO=138;SAF=61;SAR=77;SRF=73;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795273;STB=0.545194;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00556859;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:279:138:140:138:139:0.498208:77:61:73:65:78:61:74:66 chr19 6586268 . G A 650.49 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.086;QD=61.9509;RBI=0.0499844;REFB=0;REVB=0.0478753;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148826;OID=.;OPOS=6586268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:29:11:0:0:31:11:0:0 chr19 6665020 . T C 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0917999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4625;QD=57.1709;RBI=0.0922918;REFB=0;REVB=0.00951581;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102586;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr19 6677989 . G A 240.26 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00365441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.096;QD=14.344;RBI=0.0117684;REFB=-0.0139451;REVB=0.0111867;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229388;STB=0.63589;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0220361;OID=.;OPOS=6677989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:39:28:28:0.41791:16:12:25:13:16:12:26:13 chr19 6678470 . TGGGG GTGGG,TGGGA 129.5 PASS AF=0,0.333333;AO=3,10;DP=45;FAO=0,14;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=0,7;FSAR=0,7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00116731,-0.00872101;FXX=0.0666519;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=15.859,135.378;QD=12.3331;RBI=0.0767883,0.0260684;REFB=-0.133311,-0.0640174;REVB=-0.0767794,-0.0245664;RO=16;SAF=0,7;SAR=3,3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.615578,0.217976;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0562104,0.113358;OID=.,.;OPOS=6678470,6678474;OREF=TG,G;OALT=GT,A;OMAPALT=GTGGG,TGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:42:16:20:3,10:0,14:0,0.333333:3,3:0,7:8:8:0,7:0,7:10:10 chr19 6679511 . C T 449.48 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=86;FAO=45;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.120941;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3033;QD=21.1521;RBI=0.123675;REFB=-0.0233443;REVB=-0.0258591;RO=40;SAF=15;SAR=21;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193825;STB=0.559608;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0359828;OID=.;OPOS=6679511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:40:40:36:45:0.529412:21:15:9:31:30:15:9:31 chr19 6696597 . G A 159.84 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.237;QD=45.6672;RBI=0.0867584;REFB=0;REVB=0.0588097;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116981;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr19 6697406 . A G 1749.37 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.342;QD=60.8477;RBI=0.0207571;REFB=0;REVB=-0.00695651;RO=0;SAF=43;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60595e-05;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:72:43:0:0:72:43:0:0 chr19 6702157 . C G 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000380729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.05;QD=58.0553;RBI=0.13516;REFB=0;REVB=0.135159;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641545;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr19 6709704 . C T 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00697978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.467;QD=27.4995;RBI=0.0223077;REFB=-0.0236791;REVB=-0.0211877;RO=10;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783325;STB=0.543351;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0158955;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:11:8:3:7:11:8:3:7 chr19 6709848 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00878745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3118;QD=17.3209;RBI=0.0126752;REFB=0.00288476;REVB=-0.00913465;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259537;STB=0.649799;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0109306;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:9:9:12:4:9:9 chr19 6731057 . T C 214.41 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0481133;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5601;QD=20.4203;RBI=0.0488511;REFB=-0.0257636;REVB=0.00845844;RO=22;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155251;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0244903;OID=.;OPOS=6731057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:21:21:21:0.5:14:7:7:15:14:7:7:14 chr19 6737481 . T C 235.26 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.093;QD=49.5292;RBI=0.0513966;REFB=0;REVB=0.0501656;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938991;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:5:13:0:0:6:13:0:0 chr19 6737509 . G A 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.437;QD=51.9109;RBI=0.0769404;REFB=0;REVB=0.0521188;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577469;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr19 6751279 . A G 222.09 PASS AF=0.35;AO=22;DP=76;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00612213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.527;QD=11.1045;RBI=0.00756562;REFB=-0.0116882;REVB=-0.00444502;RO=52;SAF=14;SAR=8;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186222;STB=0.633236;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0273939;OID=.;OPOS=6751279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:52:52:22:28:0.35:8:14:25:27:9:19:25:27 chr19 6751281 . C T 180.43 PASS AF=0.307692;AO=23;DP=75;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0218047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.4707;QD=9.25257;RBI=0.0221252;REFB=-0.0221079;REVB=0.00375223;RO=52;SAF=16;SAR=7;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218043;STB=0.594513;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0273788;OID=.;OPOS=6751281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:52:54:23:24:0.307692:7:16:27:25:8:16:29:25 chr19 6751293 . T G 217.07 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0252752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.554;QD=11.2765;RBI=0.0274723;REFB=-0.0102861;REVB=0.0107652;RO=50;SAF=19;SAR=8;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240922;STB=0.640341;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0257221;OID=.;OPOS=6751293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:8:19:25:25:8:19:25:25 chr19 6754188 . T C 306.9 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0506008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.309;QD=18.0527;RBI=0.0509567;REFB=-0.0181457;REVB=0.00601176;RO=34;SAF=12;SAR=21;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231717;STB=0.636281;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00986253;OID=.;OPOS=6754188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:35:33:33:0.485294:21:12:21:13:21:12:22:13 chr19 6755007 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0051548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.087;QD=14.0974;RBI=0.00627056;REFB=-0.0103094;REVB=-0.00357043;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489627;STB=0.780444;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0143332;OID=.;OPOS=6755007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:3:15:4:9:3:15 chr19 6833777 . A G 1598.11 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144273;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.218;QD=59.7425;RBI=0.0275871;REFB=0;REVB=0.0235138;RO=0;SAF=38;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2038e-05;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:106:107:1:68:38:0:0:69:38:0:0 chr19 6833989 . G T 457.45 PASS AF=0.970588;AO=25;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243542;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.9997;QD=53.8178;RBI=0.162799;REFB=-0.0714858;REVB=0.160967;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.511104;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0114414;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:34:0:1:25:33:0.970588:14:11:0:0:22:11:0:1 chr19 6897464 . C G 294.58 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0327811;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.613;QD=17.3281;RBI=0.0369963;REFB=-0.0357117;REVB=0.0171502;RO=37;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14223;STB=0.591574;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0371748;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:36:31:32:0.470588:10:21:20:17:10:22:19:17 chr19 6901891 . G A 389.08 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0439585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7427;QD=18.751;RBI=0.0583685;REFB=-0.0111107;REVB=-0.0383996;RO=43;SAF=12;SAR=28;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146111;STB=0.581727;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0121057;OID=.;OPOS=6901891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:28:12:19:24:28:12:19:24 chr19 6903920 . A G 414.64 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0302045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5479;QD=24.7545;RBI=0.0328138;REFB=-0.0694871;REVB=-0.0128232;RO=27;SAF=15;SAR=25;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109028;STB=0.559815;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0435917;OID=.;OPOS=6903920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:25:15:14:13:25:15:14:13 chr19 6904137 . C T 299.97 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00767275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.002;QD=22.2198;RBI=0.0077527;REFB=-0.00195572;REVB=0.00111052;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170458;STB=0.516119;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00314549;OID=.;OPOS=6904137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:23:30:31:0.574074:15:15:12:11:16:15:12:11 chr19 6913811 . A G 308.23 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0603025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.47;QD=15.8067;RBI=0.0650336;REFB=-0.0012138;REVB=-0.0243511;RO=43;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376275;STB=0.529117;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000932615;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:21:13:18:25:21:13:19:25 chr19 6919624 . A C 216.49 PASS AF=0.355263;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0475465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2254;QD=11.3941;RBI=0.0555795;REFB=-0.0174608;REVB=-0.0287822;RO=49;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775965;STB=0.555514;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0305928;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:49:49:26:27:0.355263:12:14:23:26:12:15:23:26 chr19 6919753 . A G 165.71 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0576649;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.208;QD=15.7822;RBI=0.058747;REFB=-0.00945479;REVB=-0.0112234;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262598;STB=0.622811;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00964167;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:17:18:0.428571:12:5:13:11:12:6:13:11 chr19 6921868 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.00460529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.458;QD=16.7279;RBI=0.0264935;REFB=0.00758344;REVB=0.0260902;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34263;STB=0.69182;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0139431;OID=.;OPOS=6921868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:17:2:7:9:17:2 chr19 6972357 . C T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.117789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.275;QD=13.552;RBI=0.118944;REFB=-0.0127143;REVB=-0.0165373;RO=33;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524146;STB=0.550618;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0175566;OID=.;OPOS=6972357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:35:24:24:0.40678:15:9:14:19:15:9:16:19 chr19 6974564 . C T 1009.71 PASS AF=0.985714;AO=65;DP=65;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00151456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.411;QD=57.6975;RBI=0.025535;REFB=-0.0924993;REVB=0.02549;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.507934;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000501472;OID=.;OPOS=6974564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:70:0:1:65:69:0.985714:34:31:0:0:38:31:1:0 chr19 7005905 . T A 337.12 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7139;QD=53.9384;RBI=0.0127582;REFB=0;REVB=-0.00315085;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000826401;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:21:25:1:14:7:0:0:15:10:0:0 chr19 7012449 . T A 286.4 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0128201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1698;QD=15.6934;RBI=0.0135105;REFB=0.000842259;REVB=0.00426364;RO=40;SAF=25;SAR=7;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341586;STB=0.689526;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000596182;OID=.;OPOS=7012449;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:7:25:19:21:7:25:20:21 chr19 7012575 . CT C 315.31 PASS AF=0.472222;AO=32;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00446731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.497;QD=17.5171;RBI=0.0103699;REFB=-0.0133408;REVB=0.00935834;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.014493;OID=.;OPOS=7012576;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222:32:71:34:72:38:17:17:19:19:99:38:16:16:19:19 chr19 7013179 . A C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0024475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5276;QD=16.4545;RBI=0.0173459;REFB=0.0462817;REVB=0.0171724;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119263;STB=0.571183;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0405676;OID=.;OPOS=7013179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:2:2:4:2:2:2 chr19 7051588 . G A 1236.52 PASS AF=0.877358;AO=90;DP=103;FAO=93;FDP=106;FR=.;FRO=13;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0360198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9178;QD=46.6613;RBI=0.102407;REFB=-0.0592822;REVB=0.0958638;RO=13;SAF=45;SAR=45;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00915023;STB=0.506698;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00912354;OID=.;OPOS=7051588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:103:106:13:13:90:93:0.877358:45:45:7:6:48:45:7:6 chr19 7076418 . C A 418.85 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00316359;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0147;QD=16.4256;RBI=0.0439028;REFB=-0.00629432;REVB=-0.0437886;RO=55;SAF=18;SAR=28;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116924;STB=0.560949;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00890083;OID=.;OPOS=7076418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:55:56:46:46:0.45098:28:18:28:27:28:18:28:28 chr19 7112265 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0245963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4757;QD=12.0157;RBI=0.0416253;REFB=-0.0705899;REVB=-0.033581;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0677943;OID=.;OPOS=7112265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr19 7125297 . G A 189.57 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0181268;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4449;QD=15.1655;RBI=0.029914;REFB=-0.00806612;REVB=0.0237963;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707152;STB=0.540555;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0122862;OID=.;OPOS=7125297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:13:8:13:16:13:8:13:16 chr19 7166376 . C T 313.2 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0146978;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.316;QD=19.2736;RBI=0.0146979;REFB=-0.0069094;REVB=-4.52301e-05;RO=32;SAF=9;SAR=24;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301384;STB=0.66855;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00487243;OID=.;OPOS=7166376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:32:33:33:0.507692:24:9:19:13:24:9:19:13 chr19 7504982 . C T 293.07 PASS AF=0.568627;AO=21;DP=48;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0431702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.274;QD=22.9857;RBI=0.0519559;REFB=-0.039563;REVB=0.0289093;RO=16;SAF=15;SAR=6;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319117;STB=0.59122;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0077266;OID=.;OPOS=7504982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:16:22:21:29:0.568627:6:15:16:0:14:15:16:6 chr19 7528734 . A G 194.74 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0275804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0974;QD=17.3099;RBI=0.0334753;REFB=-0.017178;REVB=-0.0189715;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243098;STB=0.64692;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0201968;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:19:20:0.444444:9:10:7:18:9:11:7:18 chr19 7533767 . T G 166.22 PASS AF=0.323529;AO=21;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0463632;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.828;QD=9.77775;RBI=0.0465967;REFB=-0.0139726;REVB=-0.00465858;RO=47;SAF=5;SAR=16;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31945;STB=0.703943;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0301312;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:46:21:22:0.323529:16:5:23:24:17:5:23:23 chr19 7533850 . A G 187.48 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0605907;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.62;QD=8.71998;RBI=0.0623878;REFB=-0.00442289;REVB=-0.0148662;RO=59;SAF=7;SAR=18;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284008;STB=0.670446;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0112798;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:59:61:25:25:0.290698:18:7:30:29:18:7:31:30 chr19 7538039 . A G 869.33 PASS AF=0.624;AO=78;DP=125;FAO=78;FDP=125;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.012023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.614;QD=27.8185;RBI=0.0173726;REFB=-0.018558;REVB=0.0125402;RO=47;SAF=29;SAR=49;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394625;STB=0.521384;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0121142;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:47:47:78:78:0.624:49:29:20:27:49:29:20:27 chr19 7538117 . A G 628.83 PASS AF=0.589474;AO=56;DP=95;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0300836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5617;QD=26.4769;RBI=0.0361313;REFB=-0.0237473;REVB=0.0200113;RO=39;SAF=20;SAR=36;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042878;STB=0.523416;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0157943;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:39:56:56:0.589474:36:20:16:23:36:20:16:23 chr19 7570978 . T C 719.33 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3859;QD=62.5503;RBI=0.0611764;REFB=0;REVB=0.0408613;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11701e-06;OID=.;OPOS=7570978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:29:16:0:0:30:16:0:0 chr19 7584223 . A G 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.222;QD=61.5696;RBI=0.00843129;REFB=0;REVB=-0.0081151;RO=0;SAF=69;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87485e-06;OID=.;OPOS=7584223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:53:69:0:0:53:69:0:0 chr19 7592533 . AG A 35.44 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.184993;FXX=0.0832986;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.61645;QD=6.44309;RBI=0.185156;REFB=-0.16574;REVB=0.00778279;RO=11;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.533333;SSSB=0.296373;STB=0.725242;STBP=0.151;TYPE=del;VARB=0.145696;OID=.;OPOS=7592534;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:10:23:10:22:12:9:1:8:4:35:11:9:1:8:3 chr19 7593589 . C T 701.17 PASS AF=0.544;AO=67;DP=125;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0142278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.595;QD=22.4374;RBI=0.0149127;REFB=-0.0084938;REVB=0.00446778;RO=56;SAF=31;SAR=36;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134825;STB=0.571408;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0112471;OID=.;OPOS=7593589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:56:57:67:68:0.544:36:31:17:39:36:32:18:39 chr19 7600847 . T C 240.39 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0348421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.881;QD=28.281;RBI=0.0364298;REFB=-0.0311389;REVB=0.0106377;RO=12;SAF=7;SAR=15;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117358;STB=0.564461;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0133183;OID=.;OPOS=7600847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:15:7:2:10:15:7:2:10 chr19 7626361 . C T 185.86 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0069337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.919;QD=13.7674;RBI=0.0184707;REFB=-0.0350257;REVB=-0.0171199;RO=29;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086922;STB=0.517226;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0426673;OID=.;OPOS=7626361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:32:22:22:0.407407:16:6:6:23:16:6:8:24 chr19 7684456 . ATGG A,AGGG 143.6 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=3,6;DP=10;FAO=2,10;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934277,0.0181864;FXX=0.499792;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=110.671,109.489;QD=47.8658;RBI=0.0650027,0.0677914;REFB=0,0;REVB=0.0643278,0.0653064;RO=0;SAF=3,4;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0154305,0.0185283;OID=.,.;OPOS=7684457,7684457;OREF=TGG,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:3,6:10:2,10:12:0:2,8:0,2:0:0:16:0:3,4:0,2:0:0 chr19 7694393 . G A 532.63 PASS AF=0.405229;AO=56;DP=148;FAO=62;FDP=153;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.00254862;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.684;QD=13.925;RBI=0.00311866;REFB=-0.0243866;REVB=0.00179738;RO=91;SAF=35;SAR=21;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488445;STB=0.501082;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0372474;OID=.;OPOS=7694393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:153:91:91:56:62:0.405229:21:35:53:38:26:36:53:38 chr19 7698320 . C T 327.49 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00752206;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.806;QD=17.4662;RBI=0.0484777;REFB=-0.0101874;REVB=0.0478906;RO=40;SAF=21;SAR=14;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502169;STB=0.528074;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0121419;OID=.;OPOS=7698320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:40:35:35:0.466667:14:21:26:14:14:21:26:14 chr19 7703605 . C T 1061.79 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0302148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.826;QD=55.8838;RBI=0.0336707;REFB=-0.188853;REVB=0.0148587;RO=2;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000345377;STB=0.506309;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.000976478;OID=.;OPOS=7703605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:2:3:73:73:0.960526:36:37:1:1:36:37:2:1 chr19 7705440 . C CTG 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0127616;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.94;QD=10.0339;RBI=0.0255562;REFB=-0.0671167;REVB=-0.0221418;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=ins;VARB=0.0770352;OID=.;OPOS=7705441;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:5:12:5:12:7:2:3:3:4:30:7:2:3:3:4 chr19 7706918 . AG AC,A 33.05 PASS AF=0,0.289474;AO=2,8;DP=38;FAO=0,11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=0,1;FSAR=0,10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0573867,-0.204122;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=132.403,10.0875;QD=3.47857;RBI=0.0608084,0.240868;REFB=-0.0139832,-0.166371;REVB=-0.0201104,0.127874;RO=22;SAF=0,2;SAR=2,6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.46253,-0.209177;STB=0.5,0.821194;STBP=1,0.039;TYPE=snp,del;VARB=0.0440432,0.194381;OID=.,.;OPOS=7706919,7706919;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.289474:2,8:38:0,11:38:27:0,1:0,10:11:16:33:22:0,2:2,6:9:13 chr19 7711221 . T C 1495.67 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00289221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.719;QD=62.3198;RBI=0.0119257;REFB=-0.126467;REVB=0.0115697;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000258262;OID=.;OPOS=7711221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:0:1:94:95:0.989583:43:51:0:0:43:52:1:0 chr19 7712277 . A G 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.854;QD=62.2775;RBI=0.0304241;REFB=0;REVB=-0.00376021;RO=0;SAF=68;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48638e-05;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:61:68:0:0:61:68:0:0 chr19 7809071 . C T 285.99 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0241301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5032;QD=21.9988;RBI=0.0419843;REFB=-0.0162835;REVB=-0.0343572;RO=23;SAF=20;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729302;STB=0.540512;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0138906;OID=.;OPOS=7809071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:9:20:14:9:9:20:14:9 chr19 7913974 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.558;QD=59.5014;RBI=0.0122939;REFB=0;REVB=-0.00595674;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28902e-05;OID=.;OPOS=7913974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr19 7916620 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.645;QD=54.5177;RBI=0.0318661;REFB=0;REVB=-0.019284;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1753e-05;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 7928462 . T C 1068.33 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.232;QD=59.3517;RBI=0.0444016;REFB=0;REVB=0.0442354;RO=0;SAF=19;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107225;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:52:19:0:0:52:20:0:0 chr19 7928788 . A C 450.8 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243126;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.318;QD=58.1679;RBI=0.0447674;REFB=0;REVB=-0.0375901;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000658587;OID=.;OPOS=7928788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr19 7936208 . A G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5847;QD=47.8164;RBI=0.0590454;REFB=0;REVB=-0.0539573;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000611806;OID=.;OPOS=7936208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr19 7938306 . A AG 439.84 PASS AF=0.978261;AO=40;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0543898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.1844;QD=38.2466;RBI=0.261142;REFB=-0.057513;REVB=0.255415;RO=6;SAF=32;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105834;STB=0.507459;STBP=0.594;TYPE=ins;VARB=0.0121012;OID=.;OPOS=7938307;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.978261:40:46:45:46:1:33:12:1:0:5:6:32:8:3:3 chr19 7944348 . TC T 456.67 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.5303;QD=49.3695;RBI=0.0538068;REFB=0;REVB=-0.00175307;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00182063;OID=.;OPOS=7944349;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:37:37:37:0:20:17:0:0:8:0:20:17:0:0 chr19 7944700 . A G 639.56 PASS AF=0.592233;AO=61;DP=103;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0112163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8139;QD=24.8372;RBI=0.0112242;REFB=-0.0230464;REVB=-0.000420651;RO=42;SAF=22;SAR=39;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541242;STB=0.529522;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00815874;OID=.;OPOS=7944700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:42:61:61:0.592233:39:22:18:24:39:22:18:24 chr19 7963914 . A C 785.01 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2813;QD=57.0913;RBI=0.0748772;REFB=0;REVB=0.0351581;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240068;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr19 7963949 . A G 106.83 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0599485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4569;QD=12.2086;RBI=0.0651482;REFB=-0.0237672;REVB=-0.0255044;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235942;STB=0.627703;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0454905;OID=.;OPOS=7963949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:13:13:0.371429:9:4:11:10:9:4:11:11 chr19 7963976 . T C 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0829146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.217;QD=7.62809;RBI=0.083334;REFB=-0.0109415;REVB=0.00834997;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542234;STB=0.51882;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0229677;OID=.;OPOS=7963976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:19:20:8:8:0.285714:5:3:8:11:5:3:8:12 chr19 7964727 . G A 68.17 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0352016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.625;QD=14.3525;RBI=0.0403516;REFB=-0.0276093;REVB=-0.0197255;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214881;STB=0.603575;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0366748;OID=.;OPOS=7964727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:10:10:8:9:0.473684:6:2:1:9:7:2:1:9 chr19 7965339 . C T 552.91 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0105213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.313;QD=16.6287;RBI=0.0152527;REFB=-0.0100371;REVB=0.0110429;RO=73;SAF=32;SAR=27;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624611;STB=0.531144;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0118521;OID=.;OPOS=7965339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:73:74:59:59:0.443609:27:32:35:38:27:32:36:38 chr19 7975586 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0661281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4905;QD=11.9534;RBI=0.0724527;REFB=0.0177216;REVB=0.0296054;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136846;STB=0.567382;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0169013;OID=.;OPOS=7975586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:7:1:2:8:7:1:2:9 chr19 7986638 . C G 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-5.62288e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.84;QD=22.7945;RBI=0.000114906;REFB=-0.0229845;REVB=0.000100208;RO=21;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0214171;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:16:8:7:14:16:8:7:14 chr19 8122737 . G A 272.54 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00301117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5346;QD=20.9642;RBI=0.0956996;REFB=-0.0766619;REVB=-0.0956522;RO=24;SAF=21;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431684;STB=0.743933;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0379803;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:27:28:0.538462:6:21:7:17:6:22:7:17 chr19 8122767 . T C 753.56 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.536;QD=61.5152;RBI=0.0282909;REFB=-0.178407;REVB=-0.017275;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00120241;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:23:25:0:0:23:25:1:0 chr19 8138054 . C A 428.3 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0523811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8686;QD=30.5931;RBI=0.055638;REFB=-0.0476319;REVB=0.0187567;RO=16;SAF=14;SAR=25;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450914;STB=0.536044;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0183298;OID=.;OPOS=8138054;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:16:17:39:39:0.696429:25:14:7:9:25:14:8:9 chr19 8145921 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0043283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0701;QD=47.8223;RBI=0.0354794;REFB=0;REVB=0.0352144;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604756;OID=.;OPOS=8145921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr19 8152725 . A G 930.48 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466496;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1899;QD=58.1547;RBI=0.046858;REFB=0;REVB=0.00441376;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206864;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:28:34:0:0:29:35:0:0 chr19 8154990 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0605004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6818;QD=15.1962;RBI=0.0655361;REFB=-0.01151;REVB=-0.025193;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250308;STB=0.643413;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0150755;OID=.;OPOS=8154990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:8:18:8:10:8:18 chr19 8159362 . G T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00421659;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.409;QD=11.6671;RBI=0.00421728;REFB=-0.00161604;REVB=-7.66814e-05;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221229;STB=0.619392;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00259772;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:26:14:14:0.35:5:9:11:14:5:9:12:14 chr19 8159409 . G T 257.04 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0346618;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.543;QD=27.0564;RBI=0.0424583;REFB=0.00609742;REVB=-0.0245207;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25229;STB=0.615258;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00176619;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:39:38:9:11:16:17:0.447368:8:8:8:1:8:9:9:2 chr19 8160897 . G C 336.11 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=57;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00869163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2406;QD=23.1802;RBI=0.00971724;REFB=-0.0176258;REVB=-0.00434516;RO=22;SAF=20;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456279;STB=0.519739;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.020671;OID=.;OPOS=8160897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:22:24:33:34:0.586207:13:20:12:10:14:20:13:11 chr19 8165868 . G A 471.85 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0323312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.044;QD=20.9712;RBI=0.0352896;REFB=-0.0244169;REVB=-0.0141438;RO=43;SAF=19;SAR=27;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245118;STB=0.639751;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0163386;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:44:46:46:0.511111:27:19:30:13:27:19:31:13 chr19 8176569 . G A 144.75 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0159949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.704;QD=15.6487;RBI=0.0390347;REFB=-0.0307323;REVB=0.0356071;RO=20;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266646;STB=0.646853;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0386369;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:13:3:8:12:13:3:8:13 chr19 8176640 . C T 189.04 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00468978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.229;QD=21.0049;RBI=0.00744943;REFB=-0.0049851;REVB=-0.00578792;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189871;STB=0.607359;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00293973;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:13:6:9:8:13:6:9:8 chr19 8176919 . C T 314.52 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0199807;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.794;QD=22.0719;RBI=0.0204039;REFB=-0.00947463;REVB=0.00413395;RO=24;SAF=11;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612805;STB=0.526865;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0075763;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:24:25:32:32:0.561404:21:11:10:14:21:11:10:15 chr19 8183871 . G A 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0161631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.576;QD=27.2211;RBI=0.0168467;REFB=-0.0198779;REVB=0.00475036;RO=16;SAF=5;SAR=20;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113881;STB=0.563326;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00580657;OID=.;OPOS=8183871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:20:5:5:11:20:5:5:11 chr19 8188812 . C T 268.7 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0283804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.344;QD=22.3919;RBI=0.0313843;REFB=-0.00193616;REVB=0.0133988;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142568;STB=0.579768;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00196324;OID=.;OPOS=8188812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:10:15:10:13:10:15:10:13 chr19 8191238 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5698;QD=60.61;RBI=0.0316208;REFB=0;REVB=-0.026753;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000521132;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr19 8191248 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.629;QD=59.8394;RBI=0.0172232;REFB=0;REVB=0.0125178;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02153e-05;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr19 8191401 . G A 76.16 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00241378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2101;QD=12.185;RBI=0.114562;REFB=-0.00853363;REVB=0.114537;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703453;STB=0.559882;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0206618;OID=.;OPOS=8191401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:5:5:6:8:5:5:6:9 chr19 8196444 . C T 835.75 PASS AF=1;AO=40;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.273;QD=57.6376;RBI=0.0686961;REFB=0;REVB=0.066899;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028902;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:40:58:1:20:20:0:0:31:27:0:0 chr19 8196499 . G A 329.56 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.00880868;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.425;QD=12.4362;RBI=0.0305183;REFB=-0.0280285;REVB=-0.0292194;RO=66;SAF=19;SAR=21;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557728;STB=0.54129;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0413811;OID=.;OPOS=8196499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:66:66:40:40:0.377358:21:19:28:38:21:19:27:39 chr19 8203328 . G A 1201.82 PASS AF=0.987805;AO=78;DP=80;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019156;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.568;QD=58.6254;RBI=0.019156;REFB=-0.104827;REVB=-2.85727e-05;RO=2;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236531;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000436905;OID=.;OPOS=8203328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:80:82:2:1:78:81:0.987805:39:39:0:2:40:41:0:1 chr19 8319455 . C T 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0235552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.022;QD=20.246;RBI=0.0243206;REFB=-0.0133613;REVB=-0.00605331;RO=33;SAF=15;SAR=21;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202375;STB=0.511216;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0160192;OID=.;OPOS=8319455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:21:15:13:20:21:15:13:20 chr19 8320555 . G A 286.79 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0174254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.233;QD=31.0045;RBI=0.0344049;REFB=-0.0260085;REVB=0.0296657;RO=12;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848705;STB=0.5466;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00744639;OID=.;OPOS=8320555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:14:11:7:5:14:11:7:5 chr19 8321182 . A T 469.21 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0152266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7645;QD=20.6245;RBI=0.0172636;REFB=-0.00695476;REVB=-0.00813528;RO=45;SAF=10;SAR=36;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228022;STB=0.627343;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00921039;OID=.;OPOS=8321182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:36:10:19:26:36:10:19:26 chr19 8321937 . C T 232.22 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00679978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0462;QD=23.8177;RBI=0.0598133;REFB=-0.0208265;REVB=-0.0594255;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109725;STB=0.544983;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0157809;OID=.;OPOS=8321937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:22:22:0.564103:12:10:5:11:12:10:6:11 chr19 8321946 . T C 105.75 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.000900134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.713;QD=11.7494;RBI=0.0381081;REFB=-0.00141524;REVB=-0.0380975;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272451;STB=0.533282;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00177829;OID=.;OPOS=8321946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:8:5:9:13:8:5:10:13 chr19 8326904 . G A 964.22 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000461569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.853;QD=55.8966;RBI=0.0735534;REFB=-0.163883;REVB=0.0735519;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501087;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00317996;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:0:2:67:67:0.971014:36:31:0:0:36:31:1:1 chr19 8367033 . T C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5706;QD=58.5838;RBI=0.00702493;REFB=0;REVB=-0.0056928;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58869e-05;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr19 8367158 . C T 336.23 PASS AF=0.604167;AO=28;DP=47;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.112185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2366;QD=28.0191;RBI=0.113125;REFB=0.0228187;REVB=0.0145475;RO=19;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454625;STB=0.531003;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0124594;OID=.;OPOS=8367158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:19:28:29:0.604167:13:15:9:10:13:16:9:10 chr19 8367359 . G C 220.77 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0383662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3664;QD=18.0224;RBI=0.0496361;REFB=0.00692394;REVB=0.0314925;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070314;STB=0.503996;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.0041562;OID=.;OPOS=8367359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:14:8:10:17:14:8:10:17 chr19 8367709 . C T 158.64 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0109944;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.866;QD=16.2709;RBI=0.0483507;REFB=-0.00134793;REVB=0.0470841;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294619;STB=0.666496;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00145951;OID=.;OPOS=8367709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:18:4:8:9:18:4 chr19 8368758 . G A 341.01 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0398753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9749;QD=20.9853;RBI=0.0425945;REFB=-0.00742351;REVB=0.0149749;RO=30;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140124;STB=0.577595;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00399815;OID=.;OPOS=8368758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:14:21:13:17:14:21:13:17 chr19 8368794 . C A 413.34 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0246802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.59;QD=21.4724;RBI=0.0246823;REFB=-0.0408484;REVB=-0.000317658;RO=36;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807497;STB=0.54457;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0304032;OID=.;OPOS=8368794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:20:21:15:21:20:21:15:21 chr19 8387207 . G A 931.5 PASS AF=0.971429;AO=64;DP=68;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0253597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1983;QD=53.2287;RBI=0.0790513;REFB=-0.0889136;REVB=0.0748732;RO=4;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784634;STB=0.518513;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00742959;OID=.;OPOS=8387207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:70:4:2:64:68:0.971429:22:42:0:4:26:42:0:2 chr19 8389520 . C T 135.08 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00389158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.21;QD=16.8846;RBI=0.015323;REFB=-0.0204025;REVB=-0.0148205;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512395;STB=0.529373;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0120963;OID=.;OPOS=8389520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:10:7:7:8:10:7 chr19 8398714 . A G 580.04 PASS AF=0.975;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00648087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.785;QD=58.0038;RBI=0.0639683;REFB=-0.118716;REVB=0.0636391;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.517232;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00549106;OID=.;OPOS=8398714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:40:0:1:36:39:0.975:11:25:0:0:14:25:0:1 chr19 8398949 . CTCGCTGTCGCCA C 55.56 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0137997;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=12;MLLD=301.438;QD=7.93746;RBI=0.0353284;REFB=-0.0195667;REVB=-0.0325218;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252565;STB=0.657509;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=0.058765;OID=.;OPOS=8398950;OREF=TCGCTGTCGCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:8:30:8:28:20:3:5:12:8:55:20:3:5:12:8 chr19 8398975 . C T 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00206108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.855;QD=26.3387;RBI=0.0141019;REFB=-0.0164954;REVB=-0.0139505;RO=15;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195955;STB=0.608601;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0130441;OID=.;OPOS=8398975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:9:14:5:10:9:14:5:10 chr19 8468337 . C T 1170.75 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0841002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8929;QD=57.1096;RBI=0.0981268;REFB=-0.131518;REVB=0.0505572;RO=3;SAF=45;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305156;STB=0.516125;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00291148;OID=.;OPOS=8468337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:82:3:3:79:79:0.963415:34:45:3:0:34:45:3:0 chr19 8551094 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.889;QD=35.5759;RBI=0.0470286;REFB=0;REVB=0.0324598;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472427;OID=.;OPOS=8551094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 8553630 . C T 1791.4 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018194;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.752;QD=60.2152;RBI=0.0357597;REFB=0.0382474;REVB=0.0307853;RO=1;SAF=49;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959426;STB=0.50505;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-1.65827e-05;OID=.;OPOS=8553630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:119:1:1:118:118:0.991597:69:49:1:0:69:49:1:0 chr19 8578035 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.06;QD=58.6004;RBI=0.0387441;REFB=0;REVB=0.0320082;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137704;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:29:35:0:0 chr19 8612914 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=-0.0303529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.403;QD=12.0206;RBI=0.035004;REFB=-0.0124816;REVB=0.0174351;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255018;STB=0.646294;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0254345;OID=.;OPOS=8612914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:3:22:10:4:3:22 chr19 8645785 . CA C,CC 784.29 PASS AF=0.06,0.94;AO=15,34;DP=50;FAO=3,47;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=3,31;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272809,0.0396271;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.456,171.185;QD=62.7428;RBI=0.0375667,0.052555;REFB=0,0;REVB=0.0258264,0.0345213;RO=0;SAF=10,23;SAR=5,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00822414,0.00412979;OID=.,.;OPOS=8645786,8645786;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.06,0.94:15,34:50:3,47:50:0:3,31:0,16:0:0:7:0:10,23:5,11:0:0 chr19 8645827 . T C 338.89 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00651147;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.951;QD=14.8963;RBI=0.00786401;REFB=-0.0100894;REVB=0.00440948;RO=54;SAF=24;SAR=13;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424282;STB=0.524072;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0135187;OID=.;OPOS=8645827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:54:54:37:37:0.406593:13:24:33:21:13:24:33:21 chr19 8651562 . A G 300.24 PASS AF=0.574468;AO=25;DP=46;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0116362;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.412;QD=25.5523;RBI=0.0166428;REFB=-0.0266297;REVB=0.0118988;RO=20;SAF=6;SAR=19;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15786;STB=0.572462;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.022255;OID=.;OPOS=8651562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:20:25:27:0.574468:19:6:8:12:20:7:8:12 chr19 8669931 . G C 1146.9 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.698;QD=59.5793;RBI=0.0755733;REFB=0;REVB=0.017889;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174569;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:1:0:76:77:1:39:37:0:1:40:37:0:0 chr19 8808373 . G T 436.63 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0266868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.942;QD=18.7797;RBI=0.0371818;REFB=-0.0178137;REVB=0.0258902;RO=49;SAF=20;SAR=24;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123972;STB=0.568832;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0196769;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:24:20:16:33:24:20:16:33 chr19 8808900 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.49;QD=47.8218;RBI=0.0425132;REFB=0;REVB=0.0250009;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542182;OID=.;OPOS=8808900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr19 8808942 . A G 239.21 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0681301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8951;QD=50.3592;RBI=0.136604;REFB=0;REVB=-0.118402;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00578736;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:3:16:0:0:3:16:0:0 chr19 8953801 . T C 885.4 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.265;QD=58.0592;RBI=0.0084259;REFB=0;REVB=0.000187458;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33559e-05;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:30:29:0:0:31:30:0:0 chr19 8953922 . C T 771.58 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203859;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.837;QD=57.1538;RBI=0.0334499;REFB=0;REVB=0.0265199;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012821;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:53:54:1:37:16:0:0:38:16:0:0 chr19 8961981 . C G 2472.02 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000538415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7537;QD=61.4167;RBI=0.0337814;REFB=0;REVB=0.0337771;RO=0;SAF=80;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121969;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:81:80:0:0:81:80:0:0 chr19 8982271 . G A 229.23 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.031344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9522;QD=15.0315;RBI=0.0416964;REFB=-0.0369097;REVB=0.0274981;RO=33;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142477;STB=0.569239;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0338419;OID=.;OPOS=8982271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:34:27:27:0.442623:15:12:10:23:15:12:11:23 chr19 8987218 . G T 580.64 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0110933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.271;QD=18.8826;RBI=0.0373021;REFB=-0.0358794;REVB=0.0356144;RO=63;SAF=25;SAR=35;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560464;STB=0.531024;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0369731;OID=.;OPOS=8987218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:63:60:60:0.487805:35:25:30:33:35:25:30:33 chr19 8996019 . A T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0795392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.889;QD=10.6343;RBI=0.0797744;REFB=-0.0221519;REVB=0.00612133;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313669;STB=0.6918;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.024719;OID=.;OPOS=8996019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:7:6:6:2:7:6 chr19 8999438 . A T 47.82 PASS AF=0.0970149;AO=13;DP=134;FAO=13;FDP=134;FR=.;FRO=121;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=71;FWDB=-0.0121157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7952;QD=1.42755;RBI=0.0126827;REFB=-0.000581808;REVB=-0.00374982;RO=121;SAF=4;SAR=9;SRF=50;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132662;STB=0.602813;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00410422;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:134:134:121:121:13:13:0.0970149:9:4:50:71:9:4:50:71 chr19 8999449 . G T 54.16 PASS AF=0.104478;AO=14;DP=133;FAO=14;FDP=134;FR=.;FRO=120;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=70;FWDB=-0.0276218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6068;QD=1.61664;RBI=0.0737384;REFB=-0.0037004;REVB=-0.0683695;RO=119;SAF=4;SAR=10;SRF=50;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172823;STB=0.627715;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0255403;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:133:134:119:120:14:14:0.104478:10:4:50:69:10:4:50:70 chr19 8999453 . C T 566.45 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=134;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0185608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.706;QD=16.9088;RBI=0.0188558;REFB=-0.0142531;REVB=0.00332206;RO=74;SAF=22;SAR=38;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685881;STB=0.538287;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0109514;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:74:74:60:60:0.447761:38:22:32:42:38:22:32:42 chr19 8999474 . T C 32.09 PASS AF=0.078125;AO=10;DP=128;FAO=10;FDP=128;FR=.;FRO=118;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=71;FWDB=-0.0413962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.487;QD=1.00284;RBI=0.0456058;REFB=-0.00281095;REVB=0.0191375;RO=117;SAF=3;SAR=7;SRF=46;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111968;STB=0.599108;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0398528;OID=.;OPOS=8999474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:128:128:117:118:10:10:0.078125:7:3:46:71:7:3:47:71 chr19 9001822 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00106949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.454;QD=10.2403;RBI=0.0137495;REFB=-0.0163536;REVB=-0.0137078;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2471;STB=0.64836;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.027689;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:7:12:4:6:7:12 chr19 9001833 . A G 98.22 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0144411;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.437;QD=12.6733;RBI=0.028506;REFB=-0.00921667;REVB=0.0245774;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306435;STB=0.680553;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00920378;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:7:12:4:8:7:12 chr19 9001835 . G A 96.8 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0108335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.123;QD=12.1;RBI=0.0420315;REFB=-0.00983931;REVB=-0.0406113;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306435;STB=0.693562;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0175909;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:19:20:12:12:0.375:4:8:7:12:4:8:7:13 chr19 9002504 . T C 100.37 PASS AF=0.155039;AO=20;DP=130;FAO=20;FDP=129;FR=.;FRO=109;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=-0.0455741;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8858;QD=3.11218;RBI=0.0510915;REFB=0.00237134;REVB=-0.0230943;RO=109;SAF=11;SAR=9;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123533;STB=0.508227;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.0132088;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:109:109:20:20:0.155039:9:11:61:48:9:11:61:48 chr19 9002519 . G C 94.76 PASS AF=0.141844;AO=19;DP=140;FAO=20;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=121;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=69;FSRR=52;FWDB=-0.0374453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.234;QD=2.68809;RBI=0.0836018;REFB=-0.0144739;REVB=0.0747469;RO=103;SAF=10;SAR=9;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148912;STB=0.517596;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0977926;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:140:141:103:121:19:20:0.141844:9:10:53:50:9:11:69:52 chr19 9002576 . T C 39.32 PASS AF=0.0869565;AO=12;DP=138;FAO=12;FDP=138;FR=.;FRO=126;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=-0.0774267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6573;QD=1.13972;RBI=0.107793;REFB=-0.00685029;REVB=-0.074997;RO=124;SAF=5;SAR=7;SRF=62;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961449;STB=0.569059;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0803124;OID=.;OPOS=9002576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:138:138:124:126:12:12:0.0869565:7:5:62:62:7:5:62:64 chr19 9002587 . CG TG,TT 30.19 PASS AF=0.0451128,0.037594;AO=6,5;DP=134;FAO=6,5;FDP=133;FR=.;FRO=122;FSAF=2,3;FSAR=4,2;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=-0.0331372,-0.0262475;FXX=0.00746213;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=75.7087,174.658;QD=0.908014;RBI=0.0517071,0.05037;REFB=-0.00652782,-0.00313494;REVB=-0.0396933,-0.0429908;RO=121;SAF=2,3;SAR=4,2;SRF=60;SRR=61;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.148227,0.0866403;STB=0.659153,0.59583;STBP=0.481,0.741;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0528606,0.0712092;OID=.,.;OPOS=9002587,9002587;OREF=C,CG;OALT=T,TT;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:134:133:121:122:6,5:6,5:0.0451128,0.037594:4,2:2,3:60:61:4,2:2,3:61:61 chr19 9003618 . C T 779.13 PASS AF=0.516556;AO=78;DP=151;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.000922938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.826;QD=20.6392;RBI=0.0256915;REFB=-0.00628742;REVB=-0.0256749;RO=72;SAF=31;SAR=47;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593875;STB=0.535147;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00498709;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:72:73:78:78:0.516556:47:31:24:48:47:31:24:49 chr19 9003645 . G A 735.76 PASS AF=0.507042;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=50;FWDB=-0.0179956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1504;QD=20.7255;RBI=0.0193705;REFB=-0.0119787;REVB=-0.00716756;RO=70;SAF=28;SAR=44;SRF=20;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099884;STB=0.554791;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.023013;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:70:70:72:72:0.507042:44:28:20:50:44:28:20:50 chr19 9005719 . A G 325.64 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0377791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.787;QD=24.5764;RBI=0.0406293;REFB=-0.0149074;REVB=0.0149492;RO=21;SAF=6;SAR=26;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342053;STB=0.690132;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00422077;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:26:6:12:9:26:6:12:9 chr19 9006370 . A G 136.62 PASS AF=0.214286;AO=21;DP=98;FAO=21;FDP=98;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0290507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.869;QD=5.57628;RBI=0.0322076;REFB=-0.0174635;REVB=-0.0139064;RO=75;SAF=2;SAR=19;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563403;STB=0.857087;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0399526;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:75:77:21:21:0.214286:19:2:36:39:19:2:36:41 chr19 9006415 . TT CA 136.38 PASS AF=0.225;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00965307;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=192.384;QD=6.81903;RBI=0.00968569;REFB=-0.00407128;REVB=-0.000794303;RO=56;SAF=2;SAR=16;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47479;STB=0.811619;STBP=0.01;TYPE=mnp;VARB=0.0254603;OID=.;OPOS=9006415;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:59:18:18:0.225:16:2:23:33:16:2:25:34 chr19 9006418 . G A 146.38 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00131759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.095;QD=7.41143;RBI=0.00738434;REFB=-0.00481718;REVB=-0.00726584;RO=58;SAF=2;SAR=19;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528867;STB=0.831061;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0156483;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:58:21:21:0.265823:19:2:25:33:19:2:25:33 chr19 9012840 . G A 34.89 PASS AF=0.0615385;AO=16;DP=260;FAO=16;FDP=260;FR=.;FRO=244;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=96;FSRR=148;FWDB=-0.017071;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.699;QD=0.5368;RBI=0.019915;REFB=-0.00436244;REVB=0.0102562;RO=243;SAF=4;SAR=12;SRF=95;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162689;STB=0.65197;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0508563;OID=.;OPOS=9012840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:260:260:243:244:16:16:0.0615385:12:4:95:148:12:4:96:148 chr19 9014551 . T C 216.28 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0768229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9311;QD=11.0915;RBI=0.0915232;REFB=-0.00249879;REVB=0.0497467;RO=51;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215311;STB=0.623715;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00456574;OID=.;OPOS=9014551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:14:13:15:36:14:13:15:36 chr19 9014569 . A G 201.91 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.00142786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.585;QD=9.97106;RBI=0.00871173;REFB=-0.00380422;REVB=-0.00859392;RO=48;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308042;STB=0.629537;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00847772;OID=.;OPOS=9014569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:55:26:26:0.320988:13:13:11:37:13:13:17:38 chr19 9019605 . C G 819.93 PASS AF=0.488372;AO=84;DP=172;FAO=84;FDP=172;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=0.00721634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.575;QD=19.0682;RBI=0.0254113;REFB=-0.0208338;REVB=-0.0243651;RO=88;SAF=36;SAR=48;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512046;STB=0.528198;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0211734;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:88:88:84:84:0.488372:48:36:33:55:48:36:33:55 chr19 9020154 . A G 266.56 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00408259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.262;QD=15.9138;RBI=0.00435654;REFB=-0.0145064;REVB=0.00152051;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00369881;STB=0.507458;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0165079;OID=.;OPOS=9020154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:37:29:30:0.447761:14:15:19:18:15:15:19:18 chr19 9021075 . T C 43.82 PASS AF=0.0789474;AO=15;DP=190;FAO=15;FDP=190;FR=.;FRO=175;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=88;FSRR=87;FWDB=-0.0104243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.661;QD=0.922625;RBI=0.0228403;REFB=-0.00187536;REVB=-0.0203228;RO=175;SAF=3;SAR=12;SRF=88;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347825;STB=0.785787;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0369068;OID=.;OPOS=9021075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:190:190:175:175:15:15:0.0789474:12:3:88:87:12:3:88:87 chr19 9021107 . C G 35.96 PASS AF=0.0666667;AO=15;DP=225;FAO=15;FDP=225;FR=.;FRO=210;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=100;FSRR=110;FWDB=-0.0237642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.547;QD=0.639331;RBI=0.0306105;REFB=-0.00142522;REVB=0.0192942;RO=210;SAF=3;SAR=12;SRF=100;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306777;STB=0.771158;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0177993;OID=.;OPOS=9021107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:225:225:210:210:15:15:0.0666667:12:3:100:110:12:3:100:110 chr19 9021118 . C T 36.4 PASS AF=0.0672646;AO=15;DP=223;FAO=15;FDP=223;FR=.;FRO=208;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=95;FSRR=113;FWDB=0.000446198;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.804;QD=0.652829;RBI=0.0153756;REFB=-0.00122912;REVB=0.0153691;RO=208;SAF=3;SAR=12;SRF=95;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290776;STB=0.757855;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0174099;OID=.;OPOS=9021118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:223:223:208:208:15:15:0.0672646:12:3:95:113:12:3:95:113 chr19 9024994 . C T 210.79 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00798055;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.026;QD=14.7922;RBI=0.00903954;REFB=-0.0148149;REVB=0.00424547;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160874;STB=0.557097;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0233472;OID=.;OPOS=9024994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:32:24:25:0.438596:15:9:18:16:15:10:16:16 chr19 9028373 . G A 523.82 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00308106;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0842;QD=23.8101;RBI=0.0120398;REFB=-0.0107814;REVB=-0.0116389;RO=38;SAF=23;SAR=26;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599416;STB=0.526379;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00916925;OID=.;OPOS=9028373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:38:39:49:49:0.556818:26:23:15:23:26:23:16:23 chr19 9033314 . G A 117.45 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.146778;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5437;QD=13.4232;RBI=0.166908;REFB=-0.0424086;REVB=-0.079463;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344161;STB=0.710315;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0312691;OID=.;OPOS=9033314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:20:13:13:0.371429:10:3:9:7:10:3:11:9 chr19 9048342 . C T 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00123314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.295;QD=8.62756;RBI=0.0515444;REFB=-0.00758458;REVB=-0.0515297;RO=27;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318991;STB=0.700188;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0272151;OID=.;OPOS=9048342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:9:2:11:16:9:2:11:16 chr19 9048895 . A C 301.83 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00475898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0463;QD=17.2472;RBI=0.0105009;REFB=-0.0178215;REVB=-0.0093606;RO=37;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194559;STB=0.599768;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0177525;OID=.;OPOS=9048895;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:37:32:33:0.471429:16:16:11:26:17:16:11:26 chr19 9057408 . A G 609.37 PASS AF=0.516949;AO=60;DP=121;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0178727;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.9;QD=20.6566;RBI=0.0199531;REFB=-0.0154082;REVB=0.00887072;RO=60;SAF=18;SAR=42;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118714;STB=0.576721;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0123331;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:118:60:57:60:61:0.516949:42:18:25:35:42:19:26:31 chr19 9057687 . A G 420.38 PASS AF=0.5;AO=43;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.025035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.812;QD=20.0181;RBI=0.0263478;REFB=0.00264818;REVB=-0.0082132;RO=41;SAF=16;SAR=27;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076723;STB=0.5517;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00230558;OID=.;OPOS=9057687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:42:43:42:0.5:27:16:12:29:26:16:12:30 chr19 9058907 . G C 138.94 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00240568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.335;QD=12.082;RBI=0.0108851;REFB=-0.0333497;REVB=0.0106159;RO=30;SAF=11;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144552;STB=0.585688;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0380088;OID=.;OPOS=9058907;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:5:11:17:13:5:11:17:13 chr19 9059159 . T G 441.1 PASS AF=0.483516;AO=37;DP=93;FAO=44;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0186947;FXX=0.0215031;HRUN=7;LEN=1;MLLD=281.1;QD=19.389;RBI=0.0243155;REFB=-0.0270556;REVB=-0.0155483;RO=33;SAF=12;SAR=25;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14649;STB=0.635319;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0201393;OID=.;OPOS=9059159;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:33:46:37:44:0.483516:25:12:16:17:31:13:25:21 chr19 9059307 . C T 385.49 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0072258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.111;QD=13.8917;RBI=0.0141611;REFB=-0.0147359;REVB=-0.0121789;RO=63;SAF=15;SAR=30;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156045;STB=0.585948;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0225759;OID=.;OPOS=9059307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:63:66:45:45:0.405405:30:15:30:33:30:15:31:35 chr19 9059808 . A G 752.29 PASS AF=0.503268;AO=77;DP=153;FAO=77;FDP=153;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.0147603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.88;QD=19.6678;RBI=0.0176673;REFB=-0.00386098;REVB=-0.00970923;RO=75;SAF=40;SAR=37;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000466613;STB=0.503144;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00390053;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:75:76:77:77:0.503268:37:40:39:36:37:40:39:37 chr19 9060541 . C T 384.13 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0246147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.329;QD=17.6612;RBI=0.0253595;REFB=-0.024673;REVB=-0.006101;RO=47;SAF=12;SAR=28;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244839;STB=0.501369;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0332212;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:28:12:14:33:28:12:14:33 chr19 9060605 . G A 480.77 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0129496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.944;QD=23.1696;RBI=0.0341837;REFB=-0.0121204;REVB=0.0316359;RO=37;SAF=21;SAR=25;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019722;STB=0.510836;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0113335;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:25:21:16:21:25:21:16:21 chr19 9060812 . T C 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0137591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.121;QD=14.7405;RBI=0.0205649;REFB=-0.0087307;REVB=0.0152841;RO=40;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336858;STB=0.512233;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00866611;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:14:16:20:20:14:16:21:20 chr19 9061559 . C G 351.66 PASS AF=0.417582;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00245986;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.818;QD=15.4574;RBI=0.0269638;REFB=-0.0120893;REVB=-0.0268514;RO=54;SAF=16;SAR=21;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323801;STB=0.529949;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0193408;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:53:37:38:0.417582:21:16:25:29:22:16:25:28 chr19 9062415 . T G 247.39 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0100146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.666;QD=14.3415;RBI=0.0188249;REFB=-0.0231302;REVB=-0.0159401;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411877;STB=0.523349;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0238741;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:17:12:15:25:17:12:15:25 chr19 9062544 . T G 282.17 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0762265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4418;QD=22.5735;RBI=0.0762669;REFB=0.00631288;REVB=0.00248122;RO=24;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108409;STB=0.560837;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00776914;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:19:7:9:15:19:7:9:15 chr19 9065203 . T C 151.7 PASS AF=0.395349;AO=14;DP=40;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00278656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.022;QD=14.1113;RBI=0.0406617;REFB=-0.0284274;REVB=0.0405661;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20909;STB=0.53069;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0351309;OID=.;OPOS=9065203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:26:26:14:17:0.395349:4:10:14:12:7:10:14:12 chr19 9065510 . G A 250.69 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0379392;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5819;QD=14.325;RBI=0.0586559;REFB=-0.00882793;REVB=0.044734;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199635;STB=0.511345;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0123174;OID=.;OPOS=9065510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:41:29:29:0.414286:15:14:19:22:15:14:19:22 chr19 9065619 . G C 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00867155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.529;QD=18.9486;RBI=0.0780928;REFB=-0.017994;REVB=0.0776099;RO=27;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207243;STB=0.6157;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0217796;OID=.;OPOS=9065619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:17:11:17:10:17:11:17:10 chr19 9066259 . T C 684.68 PASS AF=0.492754;AO=67;DP=137;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.00507922;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.771;QD=19.8459;RBI=0.134517;REFB=-0.00714598;REVB=0.134421;RO=69;SAF=37;SAR=30;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148412;STB=0.507934;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00678181;OID=.;OPOS=9066259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:69:70:67:68:0.492754:30:37:37:32:31:37:37:33 chr19 9068530 . C T 572.32 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0108508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.94;QD=20.8117;RBI=0.0171125;REFB=-0.0045546;REVB=-0.0132325;RO=52;SAF=29;SAR=29;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330551;STB=0.518176;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00382578;OID=.;OPOS=9068530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:52:58:58:0.527273:29:29:24:28:29:29:24:28 chr19 9070079 . C G 226.41 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0190491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.512;QD=17.0877;RBI=0.030909;REFB=-0.00892921;REVB=-0.0243413;RO=28;SAF=5;SAR=20;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446987;STB=0.753881;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0229178;OID=.;OPOS=9070079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:20:5:18:10:20:5:18:10 chr19 9070194 . A G 242.48 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00857534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.76;QD=14.9217;RBI=0.03915;REFB=-0.0116816;REVB=-0.0381992;RO=37;SAF=7;SAR=21;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1554;STB=0.588718;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0205438;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:21:7:14:23:21:7:14:23 chr19 9070225 . G C 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0172895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0368;QD=16.8123;RBI=0.0362116;REFB=-0.00225315;REVB=0.0318175;RO=47;SAF=15;SAR=23;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741676;STB=0.541671;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0028679;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:23:15:22:25:23:15:22:25 chr19 9070837 . G A 442.23 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0153452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.251;QD=19.8755;RBI=0.0291704;REFB=-0.0217443;REVB=-0.0248081;RO=37;SAF=17;SAR=27;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628245;STB=0.504585;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0216476;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:37:45:44:44:0.494382:27:17:17:20:27:17:17:28 chr19 9071763 . T A 345.41 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.0181362;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.223;QD=14.0982;RBI=0.0306145;REFB=-0.00743079;REVB=-0.0246643;RO=60;SAF=14;SAR=24;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610602;STB=0.534647;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0106887;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:60:60:38:38:0.387755:24:14:19:41:24:14:19:41 chr19 9075565 . C T 639.21 PASS AF=0.459459;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.00947459;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5938;QD=17.2759;RBI=0.0108161;REFB=-0.00806736;REVB=-0.00521724;RO=81;SAF=29;SAR=39;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693185;STB=0.542768;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00626461;OID=.;OPOS=9075565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:81:80:68:68:0.459459:39:29:29:52:39:29:28:52 chr19 9075737 . T C 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0454859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6479;QD=21.4066;RBI=0.0466238;REFB=0.00112535;REVB=0.0102377;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015863;STB=0.517231;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00148719;OID=.;OPOS=9075737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:32:32:0.551724:16:16:13:12:16:16:14:12 chr19 9077196 . C T 328.19 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0558786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.932;QD=17.9831;RBI=0.0641028;REFB=-0.0225004;REVB=-0.0314125;RO=37;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677124;STB=0.537528;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0255883;OID=.;OPOS=9077196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:37:38:34:35:0.479452:15:19:18:19:15:20:19:19 chr19 9080462 . C G 2474.87 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.323;QD=61.4875;RBI=0.0267586;REFB=0;REVB=0.0267155;RO=0;SAF=42;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.595e-05;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:119:42:0:0:119:42:0:0 chr19 9082514 . C A 548.57 PASS AF=0.409091;AO=61;DP=152;FAO=63;FDP=154;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=51;FSRF=26;FSRR=65;FWDB=-0.00221089;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.046;QD=14.2486;RBI=0.00376226;REFB=-0.0253321;REVB=0.00304411;RO=90;SAF=12;SAR=49;SRF=25;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123266;STB=0.581954;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0393784;OID=.;OPOS=9082514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:90:91:61:63:0.409091:49:12:25:65:51:12:26:65 chr19 9083124 . G A 178.74 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0657418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0405;QD=12.5429;RBI=0.0803735;REFB=-0.030804;REVB=-0.0462375;RO=31;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422819;STB=0.517226;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0235256;OID=.;OPOS=9083124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:35:22:22:0.385965:15:7:11:20:15:7:12:23 chr19 9083162 . TCCCCCA TCCCC,TCCCCA 98.89 PASS AF=0,0.65625;AO=7,11;DP=33;FAO=0,21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=0,8;FSAR=0,13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0275987,-0.0482013;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=14.3465,10.034;QD=12.3618;RBI=0.117001,0.105207;REFB=0.058061,-0.0459658;REVB=-0.113699,0.0935159;RO=11;SAF=0,7;SAR=7,4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.74148,0.235046;STB=0.5,0.526454;STBP=1,0.703;TYPE=del,del;VARB=0.0303418,0.0489467;OID=.,.;OPOS=9083167,9083163;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCCCC,TCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.65625:7,11:33:0,21:32:11:0,8:0,13:5:6:33:11:0,7:7,4:4:7 chr19 9087615 . T A 1455.61 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0440321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4947;QD=61.9408;RBI=0.0480474;REFB=0.0055999;REVB=0.0192282;RO=2;SAF=40;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267436;STB=0.504761;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000383075;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:2:1:92:93:0.989362:52:40:1:1:52:41:0:1 chr19 9088017 . T G 498.13 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0474722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4677;QD=24.0062;RBI=0.0907704;REFB=-0.0229729;REVB=0.077367;RO=36;SAF=19;SAR=28;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589982;STB=0.532314;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.018542;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:28:19:12:24:28:19:12:24 chr19 9088722 . G A 475.54 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00595675;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.2;QD=17.6125;RBI=0.0204838;REFB=-0.0112736;REVB=0.0195985;RO=57;SAF=14;SAR=37;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123917;STB=0.569202;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0133802;OID=.;OPOS=9088722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:37:14:22:35:37:14:22:35 chr19 9204307 . A G 572.15 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.863;QD=58.6824;RBI=0.0374097;REFB=0;REVB=-0.0280578;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135906;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:1:0:38:39:1:25:13:1:0:25:14:0:0 chr19 9213026 . T C 582.4 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00903237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.5666;QD=58.2396;RBI=0.0773584;REFB=-0.0895412;REVB=-0.0768292;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00144093;OID=.;OPOS=9213026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:1:0:23:16:1:0 chr19 9213079 . A C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1627;QD=59.8378;RBI=0.0263602;REFB=0;REVB=-0.00177948;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000499433;OID=.;OPOS=9213079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr19 9213132 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2613;QD=56.7056;RBI=0.124734;REFB=0;REVB=0.0632471;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00360825;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr19 9225685 . T C 85.09 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0370859;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.273;QD=9.72444;RBI=0.0465811;REFB=-0.00681372;REVB=-0.0281858;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237362;STB=0.642612;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0190649;OID=.;OPOS=9225685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:36:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:16:8:6:5:16:8 chr19 9226017 . C G 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0191182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.657;QD=4.46121;RBI=0.025402;REFB=-0.00466249;REVB=-0.0167259;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132167;STB=0.590598;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0181691;OID=.;OPOS=9226017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:4:2:11:14:4:2:11:14 chr19 9236697 . AG AGATGGT,GT 224.35 PASS AF=0.311475,0.131148;AO=19,8;DP=61;FAO=19,8;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=9,1;FSAR=10,7;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.000447591,0.00227203;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=5,2;MLLD=253.298,167.768;QD=14.7112;RBI=0.00428643,0.0138925;REFB=-0.0295742,-0.0305768;REVB=-0.00426299,-0.0137055;RO=34;SAF=9,1;SAR=10,7;SRF=13;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.10145,-0.396771;STB=0.559057,0.776956;STBP=0.54,0.141;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0470629,0.0239799;OID=.,.;OPOS=9236699,9236697;OREF=-,AG;OALT=ATGGT,GT;OMAPALT=AGATGGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:19,8:19,8:0.311475,0.131148:10,7:9,1:13:21:10,7:9,1:13:21 chr19 9236886 . A G 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0154489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.038;QD=11.2611;RBI=0.0155685;REFB=-0.00969226;REVB=-0.00192545;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076315;STB=0.545393;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0233214;OID=.;OPOS=9236886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:6:9:16:14:6:9:16:14 chr19 9237435 . A G 83.91 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00217885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.359;QD=10.1704;RBI=0.0152063;REFB=-0.0181782;REVB=-0.0150494;RO=22;SAF=9;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207689;STB=0.627647;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0278697;OID=.;OPOS=9237435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:2:9:15:7:2:9:15:7 chr19 9237542 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00077388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3508;QD=15.2588;RBI=0.00715916;REFB=-0.0119506;REVB=-0.00711721;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258094;STB=0.680376;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0039876;OID=.;OPOS=9237542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:4:3:4:1:4:3:5:1 chr19 9267319 . G T 789.62 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327794;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.394;QD=64.459;RBI=0.0331006;REFB=0;REVB=0.00460014;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208016;OID=.;OPOS=9267319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr19 9273800 . A G 1601.21 PASS AF=1;AO=105;DP=109;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213452;FXX=0.0363603;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.458;QD=60.4231;RBI=0.0255692;REFB=0;REVB=0.0140772;RO=0;SAF=73;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48461e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82236e-05;OID=.;OPOS=9273800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:106:0:0:105:106:1:32:73:0:0:33:73:0:0 chr19 9296664 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.982;QD=57.2025;RBI=0.0342348;REFB=0;REVB=0.0268071;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54865e-05;OID=.;OPOS=9296664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr19 9297286 . A T 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0230284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.462;QD=21.4066;RBI=0.0231864;REFB=-0.00226254;REVB=0.00270286;RO=26;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151179;OID=.;OPOS=9297286;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:16:16:13:13:16:16:13:13 chr19 9297381 . A C 178.02 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00317657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.159;QD=10.6283;RBI=0.021896;REFB=-0.0137386;REVB=0.0216643;RO=42;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129626;STB=0.57358;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0170214;OID=.;OPOS=9297381;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:42:44:23:23:0.343284:11:12:17:25:11:12:18:26 chr19 9297874 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0301562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.88;QD=56.0118;RBI=0.0549882;REFB=0.0571731;REVB=0.0459815;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000668536;OID=.;OPOS=9297874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:17:17:0:1:17:17:0:1 chr19 9298174 . T A 109.73 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255358;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=123.821;QD=33.7641;RBI=0.0668474;REFB=-0.0817288;REVB=-0.0617778;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127515;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00111029;OID=.;OPOS=9298174;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:13:13:1:1:11:12:0.923077:8:3:1:0:8:4:1:0 chr19 9298364 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0764055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5367;QD=44.6893;RBI=0.0809552;REFB=0;REVB=0.0267571;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00227037;OID=.;OPOS=9298364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr19 9325116 . G A 955.1 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.307;QD=58.7754;RBI=0.0154639;REFB=0;REVB=-0.00992411;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10503e-06;OID=.;OPOS=9325116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr19 9325252 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.213;QD=64.4153;RBI=0.0164169;REFB=0;REVB=0.0058773;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42967e-05;OID=.;OPOS=9325252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr19 9346403 . T A 990.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3938;QD=59.1391;RBI=0.057954;REFB=0;REVB=-0.00429195;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499461;OID=.;OPOS=9346403;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr19 9346427 . T C 750.5 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.498;QD=62.5417;RBI=0.0762557;REFB=0;REVB=0.0485919;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245772;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:25:21:0:0:25:23:0:0 chr19 9346599 . C G 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4812;QD=60.0295;RBI=0.0272641;REFB=0;REVB=0.0113456;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293286;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr19 9362343 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0254873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.196;QD=19.1801;RBI=0.0255506;REFB=-0.00624829;REVB=0.00179664;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126109;STB=0.571326;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00559108;OID=.;OPOS=9362343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:2:9:9:4:2:9 chr19 9362443 . C T 192.43 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00467286;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.161;QD=14.5233;RBI=0.00475025;REFB=-0.00127495;REVB=0.000853931;RO=30;SAF=17;SAR=6;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432866;STB=0.746129;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00179063;OID=.;OPOS=9362443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:6:17:9:21:6:17:9:21 chr19 9362799 . T G 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0273769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.128;QD=16.9415;RBI=0.0287587;REFB=-0.000157112;REVB=0.00880746;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647991;STB=0.53715;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.000399331;OID=.;OPOS=9362799;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:15:9:6:13:15:9 chr19 9452026 . ACT A 103.41 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0146252;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.181;QD=7.25675;RBI=0.0154411;REFB=-0.00547114;REVB=-0.004953;RO=39;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160784;STB=0.633319;STBP=0.249;TYPE=del;VARB=0.0169724;OID=.;OPOS=9452027;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:15:60:15:57:42:4:11:18:24:99:39:4:11:15:24 chr19 9490814 . C T 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.000343108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.923;QD=12.1432;RBI=0.00196042;REFB=-0.00559668;REVB=0.00193017;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194363;STB=0.613376;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00993384;OID=.;OPOS=9490814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:12:7:18:15:12:7:18:15 chr19 9492141 . C T 228.82 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=0.00657205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0358;QD=16.0575;RBI=0.0487373;REFB=-0.0103694;REVB=-0.0482921;RO=31;SAF=18;SAR=8;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180407;STB=0.600614;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0108374;OID=.;OPOS=9492141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:8:18:26:5:8:18:26:5 chr19 9492370 . A T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00972468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.652;QD=17.8403;RBI=0.0300559;REFB=-0.00584998;REVB=0.0284392;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623504;STB=0.535663;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00604778;OID=.;OPOS=9492370;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:8:6:7:7:8:6 chr19 9524185 . A G 646.81 PASS AF=0.414773;AO=72;DP=177;FAO=73;FDP=176;FR=.;FRO=103;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=0.0474383;FXX=0.0056494;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6281;QD=14.7002;RBI=0.0574189;REFB=-0.0222727;REVB=0.0323502;RO=99;SAF=35;SAR=37;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509075;STB=0.520542;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0183349;OID=.;OPOS=9524185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:99:103:72:73:0.414773:37:35:53:46:38:35:53:50 chr19 9964946 . G A 239.85 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0156671;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.5;QD=20.4124;RBI=0.129454;REFB=0.00295035;REVB=0.128503;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401138;STB=0.513502;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00293552;OID=.;OPOS=9964946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:14:9:10:13:14:9:10:14 chr19 9968434 . C T 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0375199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.138;QD=15.9781;RBI=0.0474988;REFB=-0.020976;REVB=0.0291272;RO=39;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154371;STB=0.593691;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.026362;OID=.;OPOS=9968434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:19:13:22:17:19:13:23:17 chr19 10070500 . G A 107.27 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0111799;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.951;QD=22.5837;RBI=0.0129611;REFB=-0.0218002;REVB=0.00655737;RO=7;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124658;STB=0.571299;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0113823;OID=.;OPOS=10070500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:2:10:5:2:2:10:5:2 chr19 10071063 . T C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0317907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.991;QD=22.6327;RBI=0.032831;REFB=-0.00689839;REVB=0.00819892;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118466;STB=0.592449;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00760986;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:7:8:13:13:0.619048:8:5:4:3:8:5:5:3 chr19 10071347 . C T 84.26 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00467171;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.225;QD=9.62983;RBI=0.0151825;REFB=0.000544252;REVB=-0.0144459;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430506;STB=0.502613;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126636;OID=.;OPOS=10071347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:11:13:6:5:11:13 chr19 10077419 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.929;QD=43.486;RBI=0.0673954;REFB=0;REVB=0.0156833;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265985;OID=.;OPOS=10077419;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr19 10078589 . T C 183.81 PASS AF=0.329114;AO=24;DP=76;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0303181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.2167;QD=9.30703;RBI=0.0421692;REFB=0.00355492;REVB=0.0293097;RO=52;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622047;STB=0.531698;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00472249;OID=.;OPOS=10078589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:52:53:24:26:0.329114:14:10:19:33:15:11:20:33 chr19 10079093 . C T 300.25 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00657839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.6;QD=16.4521;RBI=0.0168792;REFB=-0.0141591;REVB=-0.0155445;RO=40;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255589;STB=0.514374;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0113339;OID=.;OPOS=10079093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:14:19:22:18:14:19:22:18 chr19 10079139 . G C 53.72 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.103853;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.842;QD=2.79063;RBI=0.125789;REFB=-0.0256634;REVB=0.0709736;RO=45;SAF=10;SAR=1;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613908;STB=0.892093;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.120382;OID=.;OPOS=10079139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:74:77:45:66:11:11:0.142857:1:10:19:26:1:10:32:34 chr19 10080619 . A AG,AGG 151.98 PASS AF=0.884615,0.115385;AO=16,6;DP=27;FAO=23,3;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=17,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155586,0.0894943;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.5753,9.647;QD=23.3815;RBI=0.156003,0.0901149;REFB=-0.0125752,-0.0122089;REVB=-0.0113957,-0.0105583;RO=5;SAF=5,0;SAR=11,6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0578027,-0.731761;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0280307,0.0351545;OID=.,.;OPOS=10080620,10080620;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.884615,0.115385:16,6:27:23,3:26:0:6,0:17,3:0:0:7:5:5,0:11,6:1:4 chr19 10081276 . C G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00667047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.572;QD=21.5099;RBI=0.0306885;REFB=-0.00583614;REVB=-0.0299547;RO=15;SAF=15;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265945;STB=0.651981;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0057119;OID=.;OPOS=10081276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:3:15:9:6:3:15:9:6 chr19 10084292 . C G 501.52 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.281;QD=59.002;RBI=0.0629726;REFB=0;REVB=0.0019574;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163254;OID=.;OPOS=10084292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr19 10084422 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00523998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.351;QD=19.5232;RBI=0.034883;REFB=-0.0298429;REVB=0.0344872;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00986172;STB=0.50561;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0338417;OID=.;OPOS=10084422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:7:5:6:8:7:5 chr19 10085054 . G A 38.93 PASS AF=0.352941;AO=2;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0132554;FXX=0.0555247;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.622;QD=9.16051;RBI=0.0208018;REFB=-0.0110652;REVB=0.0160315;RO=9;SAF=1;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568293;STB=0.815233;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0217018;OID=.;OPOS=10085054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:9:11:2:6:0.352941:1:1:5:4:5:1:7:4 chr19 10088271 . C G 673.71 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2881;QD=61.2462;RBI=0.0615952;REFB=0;REVB=-0.0470774;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08263e-06;OID=.;OPOS=10088271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:11:32:0:0:11:33:0:0 chr19 10089262 . G A 788.55 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00409799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0764;QD=54.3827;RBI=0.0200796;REFB=-0.129951;REVB=-0.019657;RO=1;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125721;STB=0.506664;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00185367;OID=.;OPOS=10089262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:58:1:1:55:57:0.982759:37:18:0:1:37:20:0:1 chr19 10100061 . C A 346.8 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00576413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1294;QD=22.3739;RBI=0.0113366;REFB=0.00360367;REVB=0.00976186;RO=27;SAF=20;SAR=15;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214663;STB=0.618116;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00185458;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:15:20:8:19:15:20:8:19 chr19 10104272 . G C 80.58 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.000616882;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.268;QD=16.9649;RBI=0.00793192;REFB=-0.0150786;REVB=-0.0079079;RO=9;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34303;STB=0.705371;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00953418;OID=.;OPOS=10104272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:19:19:9:9:10:10:0.526316:1:9:6:3:1:9:6:3 chr19 10106936 . G C 226.96 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.016859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8895;QD=15.6526;RBI=0.0568332;REFB=-0.043468;REVB=0.0542751;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845618;STB=0.547908;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0256951;OID=.;OPOS=10106936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:16:10:15:17:16:10:15:17 chr19 10108714 . G A 367.25 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0352018;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0588;QD=18.8332;RBI=0.0352405;REFB=-0.00877081;REVB=-0.00164952;RO=41;SAF=27;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22409;STB=0.630585;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0237069;OID=.;OPOS=10108714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:41:40:38:38:0.487179:11:27:20:21:11:27:19:21 chr19 10108850 . A G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00626409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.487;QD=20.838;RBI=0.0139008;REFB=-0.0190192;REVB=-0.0124094;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157607;STB=0.589973;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0103546;OID=.;OPOS=10108850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:1:4:5:4:1:4 chr19 10112346 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.921;QD=58.4197;RBI=0.018565;REFB=0;REVB=0.0169989;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30857e-05;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr19 10198029 . AG GA 38.43 PASS AF=0.214286;AO=8;DP=43;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0209375;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=29.4469;QD=3.65992;RBI=0.125789;REFB=-0.123316;REVB=0.124034;RO=30;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472117;STB=0.815497;STBP=0.069;TYPE=mnp;VARB=0.0952889;OID=.;OPOS=10198029;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:43:42:30:33:8:9:0.214286:7:1:14:16:8:1:14:19 chr19 10218524 . C G 386.51 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0227639;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.275;QD=34.3562;RBI=0.0228635;REFB=-0.0422432;REVB=0.0021313;RO=14;SAF=16;SAR=15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072549;STB=0.539543;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0146262;OID=.;OPOS=10218524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:14:14:31:31:0.688889:15:16:9:5:15:16:9:5 chr19 10225777 . A G 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00255951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.894;QD=14.2587;RBI=0.013522;REFB=-0.0108057;REVB=-0.0132775;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430975;STB=0.531474;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0200438;OID=.;OPOS=10225777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:14:15:19:21:14:15:19:22 chr19 10229297 . C A 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00229174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.583;QD=6.90635;RBI=0.00744453;REFB=-0.00679696;REVB=0.00708301;RO=34;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546862;STB=0.523766;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0204243;OID=.;OPOS=10229297;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:34:35:11:11:0.23913:5:6:17:17:5:6:18:17 chr19 10265312 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.191;QD=61.3347;RBI=0.0322878;REFB=0;REVB=0.0207283;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31608e-05;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:23:17:0:0 chr19 10267077 . T C 235.66 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0126161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.837;QD=11.0899;RBI=0.0284679;REFB=0.00134477;REVB=0.0255197;RO=56;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236329;STB=0.636562;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00258833;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:12:17:21:35:12:17:21:35 chr19 10334799 . G A 201.97 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0252979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1362;QD=21.2599;RBI=0.128004;REFB=-0.00793201;REVB=0.125479;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110265;STB=0.561738;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0124883;OID=.;OPOS=10334799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:5:13:12:8:5:13 chr19 10400810 . C T 574.33 PASS AF=0.513043;AO=58;DP=115;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=11;FWDB=-0.00658462;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.581;QD=19.9768;RBI=0.017339;REFB=-0.0184208;REVB=0.0160401;RO=56;SAF=38;SAR=20;SRF=45;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155052;STB=0.581491;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0164392;OID=.;OPOS=10400810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:56:56:58:59:0.513043:20:38:45:11:20:39:45:11 chr19 10402938 . G A 235.26 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0541414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.727;QD=25.4336;RBI=0.0631999;REFB=-0.041971;REVB=-0.0326026;RO=14;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048372;STB=0.515775;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0310024;OID=.;OPOS=10402938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:8:14:8:6:8:14:9:6 chr19 10403368 . G A 303.11 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00695136;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.013;QD=19.245;RBI=0.0143887;REFB=-0.0195687;REVB=0.0125982;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181853;STB=0.601117;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0190915;OID=.;OPOS=10403368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:31:32:32:0.507937:14:18:11:20:14:18:11:20 chr19 10415781 . T C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.00467642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.569;QD=15.6194;RBI=0.0113413;REFB=0.00552153;REVB=-0.0103323;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279934;STB=0.674248;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00782004;OID=.;OPOS=10415781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:18:18:0.418605:9:9:5:18:9:9:5:20 chr19 10449392 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.032;QD=60.9786;RBI=0.0339492;REFB=0;REVB=0.00376757;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33632e-05;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr19 10475652 . C A 1425.45 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.104585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.265;QD=60.6576;RBI=0.107289;REFB=-0.163506;REVB=0.023932;RO=2;SAF=39;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236849;STB=0.512192;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0015009;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:94:2:2:91:92:0.978723:52:39:2:0:52:40:2:0 chr19 10579474 . T G 598.05 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374838;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4213;QD=61.3388;RBI=0.13602;REFB=0;REVB=0.130753;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246465;OID=.;OPOS=10579474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:14:24:0:0:15:24:0:0 chr19 10579834 . T C,TC 127.51 PASS AF=0.846154,0.0769231;AO=10,2;DP=15;FAO=11,1;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6,1;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00250029,-0.00585038;FXX=0.0713776;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=112.488,142.084;QD=39.2337;RBI=0.0341083,0.00822116;REFB=-0.120645,-0.0355309;REVB=0.0340165,0.00577586;RO=3;SAF=5,2;SAR=5,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0680236,0.599865;STB=0.545372,0.989913;STBP=0.563,0.496;TYPE=snp,ins;VARB=0.00323568,-0.0490573;OID=.,.;OPOS=10579834,10579835;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:15:13:3:1:10,2:11,1:0.846154,0.0769231:5,0:5,2:2:1:5,0:6,1:0:1 chr19 10599965 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.398;QD=62.67;RBI=0.0040486;REFB=0;REVB=0.00187226;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13801e-05;OID=.;OPOS=10599965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr19 10600442 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.474;QD=54.5165;RBI=0.0450769;REFB=0;REVB=0.0337238;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220377;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr19 10668452 . A G 207.89 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0461488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.822;QD=41.5781;RBI=0.0815558;REFB=0.0451095;REVB=-0.0672431;RO=2;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151898;STB=0.583236;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0101284;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:13:5:2:0:13:5:2:0 chr19 10668673 . A G 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0321074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.293;QD=15.5754;RBI=0.0322967;REFB=-0.0152169;REVB=0.00349188;RO=31;SAF=18;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187105;STB=0.606652;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0254481;OID=.;OPOS=10668673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:7:18:17:14:7:18:17:14 chr19 10670184 . C G 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.449;QD=63.5781;RBI=0.0313982;REFB=0;REVB=0.0235977;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215928;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr19 10676423 . G A 125.51 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00982078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.088;QD=10.9135;RBI=0.0359491;REFB=-0.0137978;REVB=-0.0345816;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268019;STB=0.535666;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.03121;OID=.;OPOS=10676423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:31:14:15:0.326087:6:8:17:14:6:9:17:14 chr19 10676681 . T C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00838826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.872;QD=7.76194;RBI=0.0575688;REFB=-0.0123134;REVB=-0.0569544;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224315;STB=0.642374;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0422252;OID=.;OPOS=10676681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:6:7:2:4:6:7 chr19 10683477 . A G 861.56 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.216;QD=57.4372;RBI=0.0341148;REFB=0;REVB=0.0320265;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04385e-05;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:31:25:0:0:34:26:0:0 chr19 10692000 . T C 208.27 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.011436;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.296;QD=15.1467;RBI=0.0163126;REFB=-0.00228803;REVB=-0.0116327;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564334;STB=0.531994;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00386161;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:15:9:10:21:15:9:10:21 chr19 10692051 . G A 326.15 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0271321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.404;QD=20.0707;RBI=0.0564687;REFB=-0.000766588;REVB=0.0495234;RO=31;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443082;STB=0.524576;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00234411;OID=.;OPOS=10692051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:18:16:13:18:18:16:13:18 chr19 10738639 . C T 680.21 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0062848;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7671;QD=60.4628;RBI=0.00841443;REFB=-0.0283251;REVB=0.00559499;RO=1;SAF=2;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18592;STB=0.599946;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00393074;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:42:2:1:0:42:2:1:0 chr19 10742170 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4509;QD=56.7059;RBI=0.0271808;REFB=0;REVB=-0.0261802;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190106;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr19 10794630 . G T 2267.78 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.729;QD=63.4345;RBI=0.0416155;REFB=0;REVB=0.0225697;RO=1;SAF=65;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68035e-05;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:1:0:142:143:1:77:65:0:1:78:65:0:0 chr19 10800445 . G T 45.66 PASS AF=0.125;AO=6;DP=40;FAO=5;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0350751;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=21.9933;QD=4.56628;RBI=0.116854;REFB=-0.0801513;REVB=-0.111465;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422677;STB=0.721252;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.1777;OID=.;OPOS=10800445;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:40:40:22:28:6:5:0.125:5:1:11:11:4:1:12:16 chr19 10939792 . T C 2038.74 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.208;QD=62.2515;RBI=0.0227608;REFB=0;REVB=0.0210138;RO=0;SAF=36;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17504e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99945e-05;OID=.;OPOS=10939792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:131:0:0:128:131:1:92:36:0:0:93:38:0:0 chr19 10941991 . A T 272.44 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.35;QD=51.8938;RBI=0.0404064;REFB=0;REVB=-0.035204;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100048;OID=.;OPOS=10941991;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:9:12:0:0 chr19 10943338 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.247;QD=58.1419;RBI=0.0349907;REFB=0;REVB=0.0324974;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71852e-05;OID=.;OPOS=10943338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr19 11034846 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1263;QD=50.4132;RBI=0.0841322;REFB=0;REVB=0.0296669;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208367;OID=.;OPOS=11034846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr19 11122452 . C G 237.4 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0128793;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5776;QD=19.3794;RBI=0.0906534;REFB=-0.0501089;REVB=-0.0897339;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482631;STB=0.527249;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0564872;OID=.;OPOS=11122452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:16:10:10:13:16:10 chr19 11170839 . T C 66.3 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0083381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.092;QD=12.0546;RBI=0.020102;REFB=-0.0314161;REVB=-0.0182912;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501662;STB=0.742365;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0375254;OID=.;OPOS=11170839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:13:13:8:9:0.409091:2:6:3:10:3:6:3:10 chr19 11223959 . A AC,C 31.91 PASS AF=0.0825688,0;AO=20,4;DP=111;FAO=9,0;FDP=109;FR=.;FRO=100;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.0155209,-0.0312188;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=65.9585,171.149;QD=1.17109;RBI=0.0508922,0.0384209;REFB=-0.010646,-0.0080948;REVB=-0.0484677,-0.0223954;RO=87;SAF=1,0;SAR=19,4;SRF=48;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.676465,-0.461103;STB=0.857574,0.5;STBP=0.044,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.130904,0;OID=.,.;OPOS=11223960,11223959;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:111:109:87:100:20,4:9,0:0.0825688,0:19,4:1,0:48:39:8,0:1,0:46:54 chr19 11224265 . A G 184.32 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.01366;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.53;QD=13.6534;RBI=0.0275491;REFB=-0.00855271;REVB=0.023924;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468065;STB=0.528984;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.016274;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:32:21:22:0.407407:9:12:19:14:10:12:19:13 chr19 11226800 . C T 157.82 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00771122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.461;QD=16.6121;RBI=0.00771331;REFB=-0.0118934;REVB=-0.000179571;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187863;STB=0.60724;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0158014;OID=.;OPOS=11226800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:7:14:8:9:7:14 chr19 11233858 . G A 80.4 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.118657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.186;QD=16.9263;RBI=0.134437;REFB=-0.0842884;REVB=-0.0631964;RO=7;SAF=9;SAR=0;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.803263;STB=0.839197;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0228313;OID=.;OPOS=11233858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:19:19:7:9:9:10:0.526316:0:9:3:4:1:9:3:6 chr19 11233941 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.352;QD=57.6807;RBI=0.0277189;REFB=0;REVB=-0.0161876;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86233e-05;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr19 11242044 . G A 438.38 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0535742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.768;QD=19.06;RBI=0.0537968;REFB=-0.0144049;REVB=0.00488851;RO=46;SAF=13;SAR=31;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786971;STB=0.559791;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0142048;OID=.;OPOS=11242044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:46:48:44:44:0.478261:31:13:17:29:31:13:19:29 chr19 11242765 . A G 251.24 PASS AF=0.533333;AO=21;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0453266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2161;QD=22.3327;RBI=0.0627453;REFB=-0.0094959;REVB=-0.0433874;RO=14;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529065;STB=0.552636;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0232294;OID=.;OPOS=11242765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:21:21:24:0.533333:12:9:5:9:13:11:12:9 chr19 11277232 . G A 568.88 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00559496;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6937;QD=27.0894;RBI=0.0613383;REFB=-0.0362869;REVB=0.0610826;RO=33;SAF=28;SAR=23;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00259226;STB=0.501413;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0190547;OID=.;OPOS=11277232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:33:33:51:51:0.607143:23:28:18:15:23:28:18:15 chr19 11303469 . C G 207.79 PASS AF=0.612903;AO=5;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.291302;FXX=0.0312402;HRUN=12;LEN=1;MLLD=168.5;QD=26.811;RBI=0.291353;REFB=-0.0206095;REVB=0.00542263;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.677259;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0227657;OID=.;OPOS=11303469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:30:31:2:11:5:19:0.612903:5:0:0:2:10:9:0:11 chr19 11303943 . A G 206.07 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0464679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4541;QD=16.8223;RBI=0.0559156;REFB=-0.000309819;REVB=-0.0311013;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111726;STB=0.563578;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0022362;OID=.;OPOS=11303943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:9:19:12:9:9:19 chr19 11319491 . G A 72.89 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0226409;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.028;QD=18.2223;RBI=0.0282703;REFB=-0.00427873;REVB=0.0169292;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102872;STB=0.538372;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00779766;OID=.;OPOS=11319491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:6:7:9:9:0.5625:7:2:2:4:7:2:2:5 chr19 11326119 . A G 385.09 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00769334;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.158;QD=22.9907;RBI=0.00777965;REFB=-0.0215788;REVB=0.00115562;RO=29;SAF=15;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630365;STB=0.539187;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0145042;OID=.;OPOS=11326119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:37:38:0.567164:22:15:14:15:23:15:14:15 chr19 11326125 . C T 329.76 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0285197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.617;QD=20.9368;RBI=0.0347437;REFB=-0.0117962;REVB=0.0198432;RO=29;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101416;STB=0.505615;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.011177;OID=.;OPOS=11326125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:18:16:14:15:18:16:14:15 chr19 11327608 . T C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0127416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.548;QD=16.6157;RBI=0.0351635;REFB=-0.0393808;REVB=-0.0327738;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134362;STB=0.576715;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0446327;OID=.;OPOS=11327608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:14:7:8:9:14:7 chr19 11327626 . A G 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0238338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.482;QD=19.967;RBI=0.0374782;REFB=6.2981e-05;REVB=-0.0289234;RO=26;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059952;STB=0.533311;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.000567341;OID=.;OPOS=11327626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:12:17:17:9:12:17:17:9 chr19 11358799 . G A 318.55 PASS AF=1;AO=16;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3987;QD=43.9377;RBI=0.147354;REFB=0;REVB=0.0114525;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0182929;OID=.;OPOS=11358799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:29:0:0:16:29:1:8:8:0:0:9:20:0:0 chr19 11363146 . A T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8261;QD=61.681;RBI=0.0754388;REFB=0;REVB=-0.0574127;RO=0;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.50708e-05;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:34:7:0:0:34:7:0:0 chr19 11459665 . G GA 119.36 PASS AF=0.59375;AO=16;DP=35;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0665516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.8156;QD=14.9195;RBI=0.0960338;REFB=-0.0283283;REVB=0.0692343;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396309;STB=0.656397;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.027445;OID=.;OPOS=11459666;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59375:16:35:19:32:13:6:13:9:4:77:17:5:11:13:4 chr19 11476225 . TGGGGGGC TGGGGGC,TGGGGGCG 428.62 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=40,12;DP=154;FAO=144,8;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=74,0;FSAR=70,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.599487,0.0311179;FXX=0.0440224;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=4.70435,145.213;QD=11.2795;RBI=0.729148,0.0908468;REFB=0.210147,-0.0173404;REVB=-0.415057,-0.0853511;RO=46;SAF=32,0;SAR=8,12;SRF=36;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.490196,0;SSSB=0.025512,-0.821472;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.105257,0.197195;OID=.,.;OPOS=11476226,11476231;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.947368,0.0526316:40,12:154:144,8:152:0:74,0:70,8:0:0:27:46:32,0:8,12:36:10 chr19 11508177 . G A 1759.78 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0227112;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.836;QD=59.1523;RBI=0.0394001;REFB=-0.0807795;REVB=0.0321958;RO=2;SAF=52;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179484;STB=0.500945;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00110351;OID=.;OPOS=11508177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:65:52:1:1:65:52:1:1 chr19 11510624 . C CG 52.02 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0184867;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.0251;QD=4.33493;RBI=0.0771451;REFB=-0.0169863;REVB=-0.0748973;RO=33;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308783;STB=0.678749;STBP=0.13;TYPE=ins;VARB=0.148896;OID=.;OPOS=11510625;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:14:48:14:48:34:10:4:16:18:52:33:10:4:15:18 chr19 11526759 . G A 1334.16 PASS AF=0.915888;AO=97;DP=107;FAO=98;FDP=107;FR=.;FRO=9;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0128609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.5262;QD=49.8752;RBI=0.0584519;REFB=-0.195634;REVB=0.0570195;RO=8;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641529;STB=0.537183;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00439378;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:107:107:8:9:97:98:0.915888:55:42:0:8:56:42:0:9 chr19 11526765 . G T 410.08 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0107792;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.77;QD=15.622;RBI=0.0159969;REFB=-0.00788734;REVB=0.0118199;RO=57;SAF=11;SAR=35;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283051;STB=0.670794;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00995154;OID=.;OPOS=11526765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:59:46:46:0.438095:35:11:28:29:35:11:30:29 chr19 11529357 . CCG C,CGG 55.69 PASS AF=0.380952,0;AO=7,2;DP=26;FAO=8,0;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6,0;FSAR=2,0;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0786871,0.0381999;FXX=0.0869187;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=24.5646,18.1754;QD=10.6082;RBI=0.122045,0.055504;REFB=-0.103266,-0.0103413;REVB=-0.0932915,0.0402675;RO=16;SAF=6,2;SAR=1,0;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.192998,0.450392;STB=0.666347,0.5;STBP=0.394,1;TYPE=del,snp;VARB=0.165739,0;OID=.,.;OPOS=11529358,11529358;OREF=CG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952,0:7,2:26:8,0:21:13:6,0:2,0:12:1:56:16:6,2:1,0:12:4 chr19 11664068 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.92;QD=53.2772;RBI=0.0793045;REFB=0;REVB=0.0738654;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337072;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr19 11833654 . TA AT,T 43.98 PASS AF=0.0135135,0.243243;AO=7,17;DP=76;FAO=1,18;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=0,1;FSAR=1,17;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=-0.0183946,0.0568812;FXX=0.0263123;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=76.3564,11.9688;QD=2.37716;RBI=0.0955335,0.0767716;REFB=-0.00235933,-0.0832469;REVB=-0.0937459,-0.0515598;RO=48;SAF=0,1;SAR=7,16;SRF=15;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.593217,-0.523166;STB=0.985751,0.826251;STBP=0.514,0.025;TYPE=mnp,del;VARB=0.115652,0.0819132;OID=.,.;OPOS=11833654,11833655;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:76:74:48:55:7,17:1,18:0.0135135,0.243243:7,16:0,1:15:33:1,17:0,1:15:40 chr19 11891003 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.191;QD=57.2375;RBI=0.0231871;REFB=0;REVB=0.0179191;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31161e-05;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:29:27:0:0 chr19 11892935 . G C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0124547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.064;QD=21.0075;RBI=0.0204208;REFB=-0.0128376;REVB=-0.016183;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102254;STB=0.557463;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0274425;OID=.;OPOS=11892935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:11:6:9:10:11:6 chr19 11892968 . A G 214.56 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0107784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.157;QD=20.9326;RBI=0.0161543;REFB=-0.0116603;REVB=0.0120328;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199125;STB=0.607374;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00832548;OID=.;OPOS=11892968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:20:20:21:0.512195:12:8:12:7:13:8:12:8 chr19 11918754 . G C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0409385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.597;QD=11.9192;RBI=0.0423077;REFB=-0.0136893;REVB=0.0106763;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52739;STB=0.82253;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0104061;OID=.;OPOS=11918754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:6:3:6:1:6:3 chr19 11942362 . A G 446.18 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0201477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.949;QD=23.483;RBI=0.0213398;REFB=-0.00238641;REVB=0.00703259;RO=33;SAF=24;SAR=19;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582471;STB=0.532005;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00220706;OID=.;OPOS=11942362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:19:24:16:17:19:24:16:17 chr19 11942615 . A C 84.64 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000557112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.711;QD=11.2852;RBI=0.00472707;REFB=-0.0113182;REVB=0.00469413;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229905;STB=0.604745;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0105723;OID=.;OPOS=11942615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:29:30:17:19:11:11:0.366667:7:4:10:7:7:4:10:9 chr19 11943697 . G A 241.95 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.616;QD=48.3893;RBI=0.00582892;REFB=0;REVB=-0.00514297;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829013;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:5:13:0:0:5:15:0:0 chr19 12222381 . C G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.85;QD=59.6795;RBI=0.0224049;REFB=0;REVB=0.021047;RO=0;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3891e-05;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:47:23:0:0:47:23:0:0 chr19 12222861 . T C 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00504561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.069;QD=14.2307;RBI=0.0208282;REFB=-0.0179368;REVB=-0.0202078;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104207;STB=0.559149;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0256454;OID=.;OPOS=12222861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:14:12:13:23:14:12:13:23 chr19 12253327 . C T 524.21 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.104775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0258;QD=15.7656;RBI=0.145462;REFB=-0.0446328;REVB=-0.100903;RO=73;SAF=21;SAR=36;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101715;STB=0.562478;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0602337;OID=.;OPOS=12253327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:73:76:57:57:0.428571:36:21:34:39:36:21:36:40 chr19 12256358 . T G 151.17 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00778989;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.607;QD=27.4853;RBI=0.0182946;REFB=-0.0469072;REVB=-0.0165533;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993172;STB=0.555481;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.025892;OID=.;OPOS=12256358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:22:7:7:15:15:0.681818:9:6:4:3:9:6:4:3 chr19 12256912 . C T 196.44 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.107831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.111;QD=18.2732;RBI=0.108256;REFB=0.0131361;REVB=-0.00958352;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297829;STB=0.669683;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0194396;OID=.;OPOS=12256912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:14:6:14:9:14:6:14:9 chr19 12383540 . G C 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.00681612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.128;QD=15.8864;RBI=0.0172395;REFB=-0.0114102;REVB=-0.0158348;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197306;STB=0.610195;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0103583;OID=.;OPOS=12383540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:19:14:10:32:19:14:10:32 chr19 12384580 . T C 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00824863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.382;QD=9.58988;RBI=0.00997129;REFB=0.00345206;REVB=0.00560239;RO=30;SAF=11;SAR=2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510669;STB=0.812713;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0210316;OID=.;OPOS=12384580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:2:11:13:17:2:11:13:17 chr19 12405552 . T C 1107.78 PASS AF=0.447761;AO=112;DP=258;FAO=120;FDP=268;FR=.;FRO=148;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=70;FSRR=78;FWDB=-0.0906974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7137;QD=16.534;RBI=0.0908606;REFB=-0.0162025;REVB=-0.00544325;RO=146;SAF=55;SAR=57;SRF=68;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257925;STB=0.503496;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0224386;OID=.;OPOS=12405552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:268:146:148:112:120:0.447761:57:55:68:78:64:56:70:78 chr19 12491498 . C T 464.26 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0124094;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.773;QD=19.1449;RBI=0.0133331;REFB=-0.0168868;REVB=-0.00487635;RO=50;SAF=16;SAR=30;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725099;STB=0.547004;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0203471;OID=.;OPOS=12491498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:51:46:46:0.474227:30:16:21:29:30:16:22:29 chr19 12502457 . A G 277.88 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0317074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.614;QD=13.7222;RBI=0.032038;REFB=-0.00526657;REVB=0.00459021;RO=48;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880531;STB=0.556379;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00834504;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:49:32:32:0.395062:14:18:23:25:14:18:23:26 chr19 12707978 . G A 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.0448306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.452;QD=20.1937;RBI=0.0504049;REFB=-0.00416729;REVB=0.0230406;RO=37;SAF=13;SAR=26;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363272;STB=0.700755;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00344425;OID=.;OPOS=12707978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:26:13:28:9:26:13:28:9 chr19 12740103 . A T 184.84 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0210237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.578;QD=12.1205;RBI=0.0214111;REFB=-0.0133286;REVB=0.00405446;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037694;STB=0.51354;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0206729;OID=.;OPOS=12740103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:38:23:23:0.377049:11:12:18:19:11:12:19:19 chr19 12878699 . C T 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00452415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6702;QD=16.1143;RBI=0.0330563;REFB=-0.0110512;REVB=0.0327453;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443193;STB=0.50251;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0140948;OID=.;OPOS=12878699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:11:18:15:9:11:18 chr19 12911709 . C T 154.0 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0554678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3794;QD=14.3257;RBI=0.0729553;REFB=-0.00348235;REVB=0.0473899;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091655;STB=0.563958;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00332691;OID=.;OPOS=12911709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:9:8:14:11:9:8:15:11 chr19 12958697 . T C 187.92 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0299118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.4336;QD=20.3155;RBI=0.0877688;REFB=0.0344764;REVB=-0.0825145;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117232;STB=0.566301;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0173899;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:9:9:7:12:9:9 chr19 12963143 . T C 221.54 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.037178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9105;QD=18.4619;RBI=0.0573458;REFB=-0.0478909;REVB=0.0436616;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356971;STB=0.686196;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0347643;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:10:12:4:21:10:12:5:21 chr19 12985576 . A G 163.43 PASS AF=0.362069;AO=19;DP=56;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.018544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.203;QD=11.2711;RBI=0.0208783;REFB=-0.0182674;REVB=-0.0095929;RO=36;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132948;STB=0.506487;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0420939;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:36:37:19:21:0.362069:13:6:11:25:14:7:12:25 chr19 12989560 . G A 444.84 PASS AF=0.558442;AO=42;DP=76;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0154146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.871;QD=23.1085;RBI=0.0309638;REFB=-0.0240191;REVB=0.0268542;RO=33;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122495;STB=0.577234;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0141675;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:33:34:42:43:0.558442:23:19:20:13:24:19:21:13 chr19 12996719 . G A 118.97 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0190383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.899;QD=22.6617;RBI=0.0193575;REFB=0.0213035;REVB=0.00350085;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00715968;OID=.;OPOS=12996719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:21:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:4:4:5:8:4:4 chr19 12996740 . A G 38.13 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0235841;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.309;QD=8.02785;RBI=0.0248415;REFB=-0.0113103;REVB=-0.00780336;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784305;STB=0.526228;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0250774;OID=.;OPOS=12996740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:19:14:13:6:6:0.315789:3:3:8:6:3:3:7:6 chr19 13010520 . A G 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00936526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.665;QD=13.0148;RBI=0.0279381;REFB=-0.016859;REVB=-0.0263216;RO=32;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156846;STB=0.509082;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0285939;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:14:6:10:22:14:6:10:22 chr19 13031210 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1886;QD=33.4239;RBI=0.0493906;REFB=0;REVB=0.00179826;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00532554;OID=.;OPOS=13031210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 13255323 . T A 196.17 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.084467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8031;QD=17.8334;RBI=0.0888332;REFB=-0.046136;REVB=0.0275074;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205404;STB=0.616479;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.015289;OID=.;OPOS=13255323;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:16:8:11:9:16:8 chr19 13255326 . C A 180.49 PASS AF=0.422222;AO=20;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0126523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.545;QD=16.0435;RBI=0.0308143;REFB=-0.0184924;REVB=0.028097;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129545;STB=0.581311;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0190728;OID=.;OPOS=13255326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:26:20:19:0.422222:11:9:13:9:10:9:16:10 chr19 13255678 . T G 149.11 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0540595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.687;QD=18.6385;RBI=0.059803;REFB=-0.0413989;REVB=0.0255726;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112984;STB=0.564434;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.037852;OID=.;OPOS=13255678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:8:8:6:10:8:8 chr19 13414594 . C T 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00637115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.066;QD=12.7901;RBI=0.00641254;REFB=-0.00997463;REVB=-0.0007274;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948902;STB=0.540483;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0213954;OID=.;OPOS=13414594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:7:7:9:13:7:7:10:13 chr19 13445208 . C T 250.87 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00185532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.284;QD=19.6761;RBI=0.0328384;REFB=-0.0100233;REVB=0.0327859;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207536;STB=0.530465;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0133778;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:25:25:26:0.509804:14:11:10:14:14:12:10:15 chr19 13868669 . G A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.972;QD=58.5855;RBI=0.0590626;REFB=0;REVB=0.0566584;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027367;OID=.;OPOS=13868669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr19 13885309 . C T 164.73 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00868716;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.069;QD=16.0709;RBI=0.0092727;REFB=-0.0126153;REVB=0.00324288;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277499;STB=0.667368;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0224385;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:17:18:0.439024:10:7:16:7:11:7:16:7 chr19 13885484 . A G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0230739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3472;QD=14.6981;RBI=0.0232361;REFB=0.0208704;REVB=0.00274092;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179275;STB=0.602296;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0277911;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:4:19:11:5:4:19 chr19 13900059 . A G 397.1 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0144491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.389;QD=23.3591;RBI=0.0236349;REFB=0.00281777;REVB=-0.0187038;RO=29;SAF=24;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786902;STB=0.543303;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00205721;OID=.;OPOS=13900059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:15:24:15:14:15:24:15:14 chr19 13900981 . G A 525.46 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0276309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6178;QD=21.6684;RBI=0.0312696;REFB=0.00545788;REVB=0.0146397;RO=47;SAF=24;SAR=26;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101346;STB=0.555899;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00866771;OID=.;OPOS=13900981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:26:24:28:19:26:24:28:19 chr19 13942221 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0564445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4146;QD=8.69776;RBI=0.0568214;REFB=-0.0199639;REVB=0.00653424;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453064;STB=0.768638;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0212696;OID=.;OPOS=13942221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:2:12:3:4:2:12 chr19 13947292 . T C 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0316468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.69;QD=18.9387;RBI=0.0329183;REFB=0.0126536;REVB=0.00906067;RO=29;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151862;STB=0.508469;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.011294;OID=.;OPOS=13947292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:15:15:14:15:15:15:14:15 chr19 14000503 . G A 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00128944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.394;QD=21.8935;RBI=0.0226932;REFB=-0.0129774;REVB=-0.0226566;RO=36;SAF=18;SAR=24;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197286;STB=0.608645;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0146902;OID=.;OPOS=14000503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:24:18:24:12:24:18:24:12 chr19 14071890 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0225129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.968;QD=19.646;RBI=0.024744;REFB=0.0138953;REVB=-0.0102682;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154763;STB=0.588082;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00509645;OID=.;OPOS=14071890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:2:6:6:5:2:6 chr19 14141116 . T TCATG 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0061445;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=323.17;QD=19.7385;RBI=0.0130602;REFB=-0.0199378;REVB=0.0115245;RO=44;SAF=17;SAR=26;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130436;STB=0.507243;STBP=0.898;TYPE=ins;VARB=0.0190827;OID=.;OPOS=14141117;OREF=-;OALT=CATG;OMAPALT=TCATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494253:43:87:43:87:44:17:26:18:26:99:44:17:26:18:26 chr19 14153293 . T C 190.75 PASS AF=0.4;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00976945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.591;QD=15.26;RBI=0.00977321;REFB=0.000443268;REVB=0.000271127;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116894;STB=0.533599;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00066358;OID=.;OPOS=14153293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:30:20:20:0.4:13:7:7:21:13:7:9:21 chr19 14185226 . T C 189.27 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00591546;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.038;QD=28.04;RBI=0.0109545;REFB=-0.00520486;REVB=0.00921994;RO=9;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347362;STB=0.519292;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.000909678;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:27:9:9:18:18:0.666667:11:7:4:5:11:7:4:5 chr19 14194584 . G T 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.000182941;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=292.494;QD=19.0768;RBI=0.0120603;REFB=-0.00908911;REVB=-0.012059;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13333;STB=0.573851;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.009356;OID=.;OPOS=14194584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:16:22:28:11:16:22:28:11 chr19 14512489 . G A 285.71 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.015395;FXX=0.0416493;HRUN=6;LEN=1;MLLD=109.348;QD=49.6887;RBI=0.0312704;REFB=-0.0324361;REVB=0.0272182;RO=1;SAF=6;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708105;STB=0.538425;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00134525;OID=.;OPOS=14512489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:15:6:1:0:16:6:1:0 chr19 14561722 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.006;QD=51.9159;RBI=0.0857185;REFB=0;REVB=-0.0174386;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508836;OID=.;OPOS=14561722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr19 14582468 . G A 145.39 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.231;QD=44.7349;RBI=0.0217228;REFB=0;REVB=0.0157882;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319296;OID=.;OPOS=14582468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:7:6:0:0 chr19 14590236 . C T 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.265;QD=58.9617;RBI=0.054857;REFB=0;REVB=0.050712;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263061;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr19 14682804 . G C 237.9 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=-0.000622099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.095;QD=11.6047;RBI=0.0137366;REFB=-0.0105365;REVB=-0.0137226;RO=53;SAF=15;SAR=14;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250136;STB=0.642767;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0236385;OID=.;OPOS=14682804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:14:15:39:14:14:15:39:14 chr19 14748936 . G A 203.88 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00882963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4284;QD=12.5465;RBI=0.067289;REFB=0.0106734;REVB=0.0667072;RO=40;SAF=9;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205652;STB=0.618358;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0171055;OID=.;OPOS=14748936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:16:9:22:18:16:9:22:18 chr19 14752325 . C T 1682.0 PASS AF=1;AO=107;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.362;QD=60.0713;RBI=0.0219035;REFB=0;REVB=0.0155685;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122809;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:107:112:1:59:48:0:0:59:53:0:0 chr19 14758168 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.554;QD=59.4354;RBI=0.014821;REFB=0;REVB=0.0013093;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115215;OID=.;OPOS=14758168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr19 14769339 . C G 3083.44 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5315;QD=62.9274;RBI=0.0835551;REFB=0;REVB=0.065113;RO=0;SAF=128;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453438;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:196:0:0:192:196:1:64:128:0:0:67:129:0:0 chr19 14772878 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2;QD=57.0006;RBI=0.021862;REFB=0;REVB=-0.0066952;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125668;OID=.;OPOS=14772878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr19 14817548 . T A 725.8 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019013;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7822;QD=54.7769;RBI=0.0265605;REFB=-0.143862;REVB=0.0185463;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00302067;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:0:1:52:52:0.981132:31:21:0:0:31:21:1:0 chr19 14827830 . C A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.025;QD=60.2302;RBI=0.0343619;REFB=0;REVB=-0.00244336;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.85087e-05;OID=.;OPOS=14827830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr19 14847013 . G C 181.22 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00487556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2952;QD=16.4746;RBI=0.0051624;REFB=-0.00366307;REVB=-0.00169685;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458849;STB=0.526288;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00481597;OID=.;OPOS=14847013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:10:9:13:12:10:9:13:12 chr19 14862430 . C G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.748;QD=57.1769;RBI=0.0280555;REFB=0;REVB=0.0108591;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160677;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr19 14875388 . G A 86.31 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0525641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.589;QD=12.3303;RBI=0.0525789;REFB=-0.0134297;REVB=-0.00124703;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195548;STB=0.615182;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0324212;OID=.;OPOS=14875388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:6:11:5:6:6:11 chr19 14910438 . C T 467.39 PASS AF=0.918919;AO=31;DP=34;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0915731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.044;QD=50.5287;RBI=0.0945174;REFB=-0.11021;REVB=0.0234076;RO=3;SAF=6;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184803;STB=0.571384;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00199783;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:37:3:3:31:34:0.918919:25:6:3:0:25:9:3:0 chr19 14910573 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.905;QD=60.6103;RBI=0.0576349;REFB=0;REVB=0.0366224;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167417;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr19 14938616 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.608;QD=60.9786;RBI=0.00570096;REFB=0;REVB=-0.00266258;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11669e-05;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr19 14974930 . G A 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.872;QD=57.711;RBI=0.0322682;REFB=0;REVB=0.0246068;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28151e-05;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr19 14975368 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.102;QD=35.5748;RBI=0.0405246;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104925;OID=.;OPOS=14975368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr19 14991963 . C A 87.24 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00179947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.01;QD=13.9577;RBI=0.0217195;REFB=-0.0110758;REVB=-0.0216448;RO=14;SAF=9;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40571;STB=0.758894;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0132492;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:25:14:14:10:11:0.44:1:9:9:5:1:10:9:5 chr19 14992031 . A G 86.28 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00613325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.98;QD=12.3261;RBI=0.01959;REFB=-0.0199618;REVB=-0.0186051;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272488;STB=0.666349;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0304536;OID=.;OPOS=14992031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:15:17:11:11:0.392857:3:8:7:8:3:8:8:9 chr19 14992042 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0171332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.109;QD=12.9748;RBI=0.0909965;REFB=-0.00712287;REVB=-0.089369;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230768;STB=0.636132;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0509678;OID=.;OPOS=14992042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:4:8:8:10:4:8:8:10 chr19 14992045 . C T 97.27 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0309711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8535;QD=12.9687;RBI=0.0854302;REFB=-0.0223855;REVB=0.0796186;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230768;STB=0.636132;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0406209;OID=.;OPOS=14992045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:4:8:8:10:4:8:8:10 chr19 14992226 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0742773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.279;QD=14.0437;RBI=0.0779245;REFB=-0.0297226;REVB=0.0235607;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0184753;OID=.;OPOS=14992226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr19 15052457 . TC T 33.74 PASS AF=0.315789;AO=7;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.026663;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.7471;QD=7.10326;RBI=0.0535623;REFB=-0.0207292;REVB=0.0464543;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.453333;SSSB=0.651775;STB=0.871919;STBP=0.066;TYPE=del;VARB=0.0433502;OID=.;OPOS=15052458;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:7:20:6:19:13:5:1:3:10:33:12:6:1:2:10 chr19 15052983 . T C,TATC 630.95 PASS AF=0.037037,0.888889;AO=2,46;DP=54;FAO=2,48;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=2,18;FSAR=0,30;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0183887,0.0382872;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=97.7265,249.091;QD=46.7373;RBI=0.0282792,0.0396694;REFB=-0.0541307,-0.0229589;REVB=-0.0214841,-0.0103802;RO=5;SAF=2,17;SAR=0,29;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.589598,-0.0448102;STB=0.993343,0.5102;STBP=0.282,0.659;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0197371,0.00218547;OID=.,.;OPOS=15052983,15052984;OREF=T,-;OALT=C,ATC;OMAPALT=C,TATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:54:54:5:4:2,46:2,48:0.037037,0.888889:0,29:2,17:3:2:0,30:2,18:2:2 chr19 15063757 . A G 201.78 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0682263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8014;QD=21.2405;RBI=0.103422;REFB=-0.0161317;REVB=-0.0777255;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155024;STB=0.508712;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0131373;OID=.;OPOS=15063757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:13:7:6:12:13:7:6:12 chr19 15083693 . C A 134.82 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00407753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.137;QD=13.4817;RBI=0.0103952;REFB=-0.019744;REVB=0.00956212;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233732;STB=0.654873;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0389249;OID=.;OPOS=15083693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:40:40:23:24:10:10:0.25:4:6:9:14:4:6:9:15 chr19 15122045 . C A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.74;QD=23.2183;RBI=0.0441943;REFB=-0.032703;REVB=0.0390041;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00724249;OID=.;OPOS=15122045;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr19 15131330 . G A 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0129198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3312;QD=16.6185;RBI=0.0300354;REFB=0.00689737;REVB=0.0271147;RO=28;SAF=3;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405071;STB=0.73505;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0101039;OID=.;OPOS=15131330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:20:3:12:16:20:3:12:16 chr19 15133762 . G C 1098.49 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8622;QD=60.1915;RBI=0.0341365;REFB=0;REVB=-0.0256595;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026487;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr19 15133787 . C A 339.28 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0138918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.324;QD=20.5622;RBI=0.0139863;REFB=-0.0143121;REVB=0.00162263;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107602;STB=0.559552;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0141905;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:17:18:12:19:17:18:12:19 chr19 15198263 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0088;QD=56.1901;RBI=0.0430285;REFB=0;REVB=0.00347293;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633197;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:20:8:0:0 chr19 15198292 . C G 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00277922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.476;QD=22.1441;RBI=0.00407337;REFB=-0.0311984;REVB=0.00297797;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264293;STB=0.514876;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0153406;OID=.;OPOS=15198292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:5:8:11:6:5:8 chr19 15198507 . T C 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00535391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8957;QD=20.7546;RBI=0.041919;REFB=-0.0349696;REVB=-0.0415757;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156055;STB=0.58812;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0175832;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:4:8:7:8:4:8 chr19 15198631 . A C 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00590284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.757;QD=16.5722;RBI=0.0133123;REFB=-0.000243096;REVB=-0.011932;RO=35;SAF=20;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258806;STB=0.645735;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000247058;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:10:20:14:21:10:20:14:21 chr19 15198764 . T C 417.19 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00894422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.534;QD=17.2038;RBI=0.00896913;REFB=0.00308118;REVB=0.000667911;RO=53;SAF=29;SAR=14;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134783;STB=0.571542;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00560106;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:54:43:43:0.443299:14:29:29:24:14:29:30:24 chr19 15225348 . T C 149.8 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0249259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6028;QD=11.7488;RBI=0.0582626;REFB=0.00976659;REVB=-0.0526615;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117326;STB=0.568553;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.019282;OID=.;OPOS=15225348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:9:9:13:20:9:9:13:20 chr19 15225358 . T A 655.16 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00485154;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.633;QD=62.3959;RBI=0.00809828;REFB=0;REVB=0.00648419;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95225e-05;OID=.;OPOS=15225358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr19 15226970 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0829951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1434;QD=18.4834;RBI=0.0848397;REFB=0.00620023;REVB=-0.0175951;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223024;STB=0.625546;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00469176;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:5:16:10:9:5:16 chr19 15227030 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0354702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.239;QD=25.4669;RBI=0.0356696;REFB=-0.0104594;REVB=0.00376652;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974346;STB=0.555432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00170546;OID=.;OPOS=15227030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:2:1:5:4:2:1 chr19 15229993 . A G 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0026126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.464;QD=14.7942;RBI=0.0363692;REFB=-0.0111713;REVB=-0.0362752;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769453;STB=0.544505;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0160967;OID=.;OPOS=15229993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:13:14:8:10:13:14 chr19 15233581 . C A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00187856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.403;QD=17.3255;RBI=0.00469167;REFB=-0.0173998;REVB=-0.00429916;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123394;STB=0.569767;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.019367;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:6:14:20:5:6:14:20:5 chr19 15233732 . G A 154.45 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0567048;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.178;QD=21.304;RBI=0.0635074;REFB=-0.00729835;REVB=0.0285965;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192046;STB=0.608559;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00884919;OID=.;OPOS=15233732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:8:5:10:6:8:5 chr19 15278057 . A G 366.1 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.134759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4873;QD=21.5355;RBI=0.139973;REFB=-0.0518069;REVB=-0.037849;RO=20;SAF=20;SAR=17;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248267;STB=0.540519;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.038524;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:68:20:31:37:37:0.544118:17:20:3:17:17:20:14:17 chr19 15285052 . T C 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0267573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.205;QD=16.2692;RBI=0.0298622;REFB=-0.0195835;REVB=0.0132588;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109898;STB=0.506321;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0208993;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:11:7:6:9:11:7 chr19 15292437 . T C 391.9 PASS AF=0.493827;AO=37;DP=79;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0312677;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.753;QD=19.3533;RBI=0.0312684;REFB=-0.0281257;REVB=-0.000205953;RO=40;SAF=13;SAR=24;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233861;STB=0.605859;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0209919;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:40:41:37:40:0.493827:24:13:24:16:24:16:25:16 chr19 15295134 . G A 253.05 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00111636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5324;QD=15.1074;RBI=0.00556869;REFB=-0.0177137;REVB=-0.00545565;RO=38;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610224;STB=0.534567;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0153432;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:17:12:18:20:17:12:18:20 chr19 15302844 . T C 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00260458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.704;QD=24.2035;RBI=0.0576361;REFB=-0.0254794;REVB=-0.0575772;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201631;STB=0.511266;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0156049;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:10:8:5:7:10:8:5:7 chr19 15303225 . G A 398.96 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0121757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.536;QD=20.9981;RBI=0.0186299;REFB=-0.0160711;REVB=0.0141005;RO=36;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11389;STB=0.562961;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.014115;OID=.;OPOS=15303225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:22:18:21:15:22:18:21:15 chr19 15465960 . G A 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0453299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.844;QD=16.9793;RBI=0.0459023;REFB=0.00729587;REVB=0.00722631;RO=29;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755286;STB=0.542342;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.011105;OID=.;OPOS=15465960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:18:8:7:22:18:8:7:22 chr19 15508362 . G C 2220.16 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000694223;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.752;QD=63.4331;RBI=0.00249728;REFB=0;REVB=0.00239884;RO=0;SAF=69;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39586e-06;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:140:140:1:71:69:0:0:71:69:0:0 chr19 15533821 . A G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00987793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.212;QD=57.8246;RBI=0.0385091;REFB=0.0346554;REVB=0.0372206;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283818;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00173622;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:22:16:1:0:22:16:1:0 chr19 15540461 . GC CG,GCG 119.29 PASS AF=0,0.319328;AO=6,35;DP=123;FAO=0,38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=0,12;FSAR=0,26;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.0201837,-0.0901783;FXX=0.0165276;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=45.6121,41.2497;QD=4.0098;RBI=0.0293205,0.0911441;REFB=-0.0130023,-0.0136773;REVB=-0.0212676,-0.013233;RO=78;SAF=0,12;SAR=6,23;SRF=50;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.615651,-0.343319;STB=0.5,0.708984;STBP=1,0.005;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0186308,0.182742;OID=.,.;OPOS=15540461,15540463;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:123:119:78:81:6,35:0,38:0,0.319328:6,23:0,12:50:28:0,26:0,12:51:30 chr19 15549939 . C T 602.0 PASS AF=0.931818;AO=42;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0775127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8623;QD=54.7272;RBI=0.106159;REFB=-0.18044;REVB=0.072536;RO=2;SAF=23;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00409436;STB=0.515687;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0498055;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:2:3:42:41:0.931818:19:23:1:1:18:23:1:2 chr19 15565046 . G A 492.42 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0119631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.577;QD=20.0987;RBI=0.0193322;REFB=-0.0125053;REVB=-0.0151862;RO=50;SAF=27;SAR=21;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073249;STB=0.540559;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00967695;OID=.;OPOS=15565046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:21:27:32:18:21:27:32:18 chr19 15586982 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0137951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.1;QD=16.1066;RBI=0.018451;REFB=-0.0117326;REVB=-0.012253;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288764;STB=0.516597;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0120196;OID=.;OPOS=15586982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:11:11:8:9:11:11 chr19 15726487 . G T 786.11 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.703;QD=57.1718;RBI=0.08846;REFB=0;REVB=0.0726504;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029855;OID=.;OPOS=15726487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:24:29:0:0:26:29:0:0 chr19 15730498 . G GC 2145.98 PASS AF=1;AO=135;DP=149;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432214;FXX=0.0142847;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.7341;QD=62.2022;RBI=0.0730605;REFB=0;REVB=-0.0589045;RO=12;SAF=65;SAR=70;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000289712;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:135:149:138:138:0:66:72:0:0:12:12:65:70:10:2 chr19 15739597 . A C 702.82 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.884;QD=59.814;RBI=0.0159466;REFB=0.00298322;REVB=-0.00169103;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025382;STB=0.513508;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-1.78449e-05;OID=.;OPOS=15739597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:47:1:1:44:46:0.978723:18:26:0:1:18:28:0:1 chr19 15752254 . G A 230.49 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0197258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.048;QD=17.7303;RBI=0.0266784;REFB=-0.0273227;REVB=0.0179618;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102274;STB=0.557333;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0244581;OID=.;OPOS=15752254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:19:8:10:15:19:8 chr19 15784061 . C A 806.05 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3902;QD=56.5652;RBI=0.0959217;REFB=0;REVB=0.00882264;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118712;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:54:57:1:29:25:0:0:29:28:0:0 chr19 15784386 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.089;QD=57.1062;RBI=0.0384318;REFB=0;REVB=0.0258756;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.61576e-06;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr19 15789098 . A G 760.2 PASS AF=0.965517;AO=54;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0877734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2688;QD=52.4279;RBI=0.087809;REFB=-0.156483;REVB=-0.00250196;RO=2;SAF=24;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376599;STB=0.518512;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00859512;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:58:2:2:54:56:0.965517:30:24:2:0:30:26:2:0 chr19 15789140 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.531;QD=59.5015;RBI=0.0130947;REFB=0;REVB=0.0119416;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06162e-05;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr19 15791132 . T A 1584.77 PASS AF=0.932773;AO=111;DP=119;FAO=111;FDP=119;FR=.;FRO=8;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.010786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.997;QD=53.2695;RBI=0.0196215;REFB=-0.0292943;REVB=0.016391;RO=8;SAF=66;SAR=45;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037319;STB=0.519693;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00106167;OID=.;OPOS=15791132;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:119:119:8:8:111:111:0.932773:45:66:7:1:45:66:7:1 chr19 15791180 . C T 1784.13 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.958;QD=60.996;RBI=0.0426494;REFB=0;REVB=0.0392668;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18821e-05;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:51:64:0:0:52:65:0:0 chr19 15793235 . T C 1899.01 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0175394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.796;QD=60.7683;RBI=0.0372251;REFB=0.0459021;REVB=0.0328341;RO=1;SAF=44;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106749;STB=0.505617;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-7.2124e-05;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:80:44:1:0:80:44:1:0 chr19 15807884 . A G 771.99 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.051768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7628;QD=50.6225;RBI=0.0770165;REFB=-0.06651;REVB=-0.0570229;RO=4;SAF=24;SAR=33;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072356;STB=0.538448;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0172962;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:61:4:4:57:57:0.934426:33:24:4:0:33:24:4:0 chr19 15838967 . G A 1263.64 PASS AF=0.88;AO=88;DP=100;FAO=88;FDP=100;FR=.;FRO=12;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0582708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.662;QD=50.5455;RBI=0.0763069;REFB=-0.0591955;REVB=0.0492673;RO=12;SAF=37;SAR=51;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595437;STB=0.531552;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00578573;OID=.;OPOS=15838967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:100:100:12:12:88:88:0.88:51:37:2:10:51:37:2:10 chr19 15839168 . C T 301.62 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=60;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.156431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.366;QD=19.7783;RBI=0.156439;REFB=0.00536724;REVB=-0.00158719;RO=29;SAF=5;SAR=26;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20007;STB=0.585527;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000862623;OID=.;OPOS=15839168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:29:31:32:0.52459:26:5:9:20:26:6:9:20 chr19 15839174 . C T 305.85 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0709952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.133;QD=20.3897;RBI=0.0717074;REFB=-0.0174239;REVB=-0.0100814;RO=28;SAF=8;SAR=23;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302555;STB=0.521725;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0163107;OID=.;OPOS=15839174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:28:31:32:0.533333:23:8:8:20:24:8:8:20 chr19 15839459 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00835881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.756;QD=56.9569;RBI=0.0522371;REFB=0;REVB=0.051564;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148511;OID=.;OPOS=15839459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr19 15852223 . A C 610.44 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0273377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1511;QD=56.7847;RBI=0.0632669;REFB=-0.0350548;REVB=-0.0570557;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539219;STB=0.502875;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0110175;OID=.;OPOS=15852223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:23:18:1:1:23:18:1:1 chr19 15853080 . G A 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.485;QD=60.2038;RBI=0.0240763;REFB=0;REVB=-0.0028706;RO=0;SAF=21;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16071e-05;OID=.;OPOS=15853080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:52:21:0:0:52:21:0:0 chr19 15881909 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.249;QD=58.2396;RBI=0.0115182;REFB=0;REVB=-0.00928336;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.86881e-06;OID=.;OPOS=15881909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr19 15881953 . A G 958.41 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909428;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.088;QD=58.9793;RBI=0.0126983;REFB=0;REVB=0.00886228;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06499e-05;OID=.;OPOS=15881953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr19 15882884 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.933;QD=57.1774;RBI=0.0189068;REFB=0;REVB=0.00156648;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99993e-05;OID=.;OPOS=15882884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:25:26:0:0 chr19 15905002 . T C 1208.71 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.881;QD=61.2006;RBI=0.0510252;REFB=0;REVB=0.0209111;RO=0;SAF=22;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134865;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:56:22:0:0:57:22:0:0 chr19 15905206 . T C 823.08 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.315;QD=56.7641;RBI=0.0366689;REFB=0;REVB=0.00869781;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102637;OID=.;OPOS=15905206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr19 15905431 . T C 1396.12 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.16;QD=62.747;RBI=0.0659343;REFB=0;REVB=0.0358201;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170064;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr19 15905639 . C T 837.13 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9201;QD=55.8087;RBI=0.0236257;REFB=-0.14451;REVB=0.00233272;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00187047;OID=.;OPOS=15905639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:26:33:0:0:26:33:1:0 chr19 15918802 . C G 1228.73 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283337;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7385;QD=61.4363;RBI=0.101113;REFB=0;REVB=-0.0970617;RO=1;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000986347;OID=.;OPOS=15918802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:1:0:80:80:1:51:29:0:1:51:29:0:0 chr19 15996820 . G A 1025.23 PASS AF=0.935065;AO=72;DP=77;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00937803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.674;QD=53.2585;RBI=0.00985616;REFB=0.0426017;REVB=-0.00303256;RO=4;SAF=23;SAR=49;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482529;STB=0.520632;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0051575;OID=.;OPOS=15996820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:77:77:4:5:72:72:0.935065:49:23:3:1:49:23:3:2 chr19 16006402 . TG TA,T 48.89 PASS AF=0.0410959,0.205479;AO=4,17;DP=67;FAO=3,15;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=3,12;FSAR=0,3;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0473168,-0.105775;FXX=0.0135117;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=53.5165,10.1415;QD=2.67867;RBI=0.0480449,0.106346;REFB=-0.0332172,-0.137584;REVB=0.00833267,0.0110002;RO=39;SAF=4,14;SAR=0,3;SRF=10;SRR=29;SSEN=0,0.362069;SSEP=0,0;SSSB=0.690957,0.614606;STB=0.997367,0.825677;STBP=0.016,0.01;TYPE=snp,del;VARB=0.189928,0.12748;OID=.,.;OPOS=16006403,16006403;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0410959,0.205479:4,17:67:3,15:73:55:3,12:0,3:20:35:40:39:4,14:0,3:10:29 chr19 16024662 . G C 1345.78 PASS AF=0.978022;AO=87;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0236662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.552;QD=59.1553;RBI=0.0237203;REFB=-0.104221;REVB=0.00160117;RO=1;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957246;STB=0.501639;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000699348;OID=.;OPOS=16024662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:1:2:87:89:0.978022:49:38:0:1:51:38:1:1 chr19 16025176 . C T 741.08 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4145;QD=57.006;RBI=0.191525;REFB=0;REVB=0.0288571;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262692;OID=.;OPOS=16025176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:29:21:0:0:29:23:0:0 chr19 16034714 . A G 1159.79 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5584;QD=60.2487;RBI=0.0276005;REFB=0;REVB=-0.0101923;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84915e-05;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:37:39:0:0:37:40:0:0 chr19 16040292 . A G 1007.59 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8555;QD=59.2698;RBI=0.0254279;REFB=0;REVB=0.00948802;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.75779e-05;OID=.;OPOS=16040292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:65:68:1:30:35:0:0:32:36:0:0 chr19 16045141 . T C 1271.07 PASS AF=1;AO=67;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.12;QD=62.0033;RBI=0.0822539;REFB=0;REVB=0.0345719;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205623;OID=.;OPOS=16045141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:67:82:1:43:24:0:0:52:30:0:0 chr19 16136923 . T C 554.55 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112601;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.942;QD=58.3732;RBI=0.0213695;REFB=0.0477361;REVB=-0.0181623;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346573;STB=0.518508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000565899;OID=.;OPOS=16136923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:0:1:13:24:0:1 chr19 16145533 . A G,T 1013.43 PASS AF=0.885714,0.114286;AO=59,11;DP=70;FAO=62,8;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=25,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141125,-0.0829141;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=86.6671,53.3971;QD=57.9101;RBI=0.0257547,0.0833576;REFB=0,0;REVB=0.0215439,-0.00858779;RO=0;SAF=34,3;SAR=25,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.03209e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00266072,0.0498348;OID=.,.;OPOS=16145533,16145533;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:70:70:0:0:59,11:62,8:0.885714,0.114286:25,8:34,3:0:0:25,8:37,0:0:0 chr19 16145539 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.092;QD=60.8834;RBI=0.00462659;REFB=0;REVB=0.00450085;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.569e-06;OID=.;OPOS=16145539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr19 16145653 . G A 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00530506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.82;QD=64.153;RBI=0.0296045;REFB=0;REVB=-0.0291253;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.32728e-05;OID=.;OPOS=16145653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:60:39:0:0:60:39:0:0 chr19 16145731 . C A 738.45 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.1398;QD=56.8038;RBI=0.0895292;REFB=0;REVB=-0.0706154;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.43903e-05;OID=.;OPOS=16145731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr19 16146400 . A G 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.976;QD=63.6149;RBI=0.020108;REFB=0;REVB=-0.0181103;RO=0;SAF=58;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.10639e-06;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:37:58:0:0:37:58:0:0 chr19 16238279 . C T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00701433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.856;QD=23.3814;RBI=0.0216678;REFB=0.00965864;REVB=-0.0205011;RO=13;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32288;STB=0.672721;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00315098;OID=.;OPOS=16238279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:18:19:0.575758:6:12:3:10:7:12:3:11 chr19 16268207 . TA T 280.53 PASS AF=0.96875;AO=27;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211015;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.8804;QD=35.0659;RBI=0.082355;REFB=-0.0112976;REVB=-0.0796057;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=del;VARB=0.0013165;OID=.;OPOS=16268208;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.96875:27:32:31:32:1:15:16:1:0:4:1:14:13:1:0 chr19 16275654 . C CT 1228.51 PASS AF=1;AO=12;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776657;FXX=0.0119033;HRUN=0;LEN=1;MLLD=116.533;QD=59.2052;RBI=0.170191;REFB=0;REVB=-0.151436;RO=71;SAF=3;SAR=9;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265335;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00136041;OID=.;OPOS=16275655;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:83:83:83:0:37:46:0:0:7:71:3:9:32:39 chr19 16275655 . C T 914.12 PASS AF=0.788889;AO=70;DP=90;FAO=71;FDP=90;FR=.;FRO=19;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0105859;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=158.497;QD=40.6275;RBI=0.0226702;REFB=-0.00696995;REVB=0.0200469;RO=20;SAF=31;SAR=39;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392843;STB=0.514683;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000574849;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:20:19:70:71:0.788889:39:31:7:13:40:31:7:12 chr19 16275656 . C T 31.11 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.00346564;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=78.51;QD=1.3983;RBI=0.0119643;REFB=-0.000845037;REVB=0.0114513;RO=81;SAF=4;SAR=4;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916373;STB=0.572855;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00135859;OID=.;OPOS=16275656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:81:81:8:8:0.0898876:4:4:34:47:4:4:34:47 chr19 16301312 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.503;QD=58.1419;RBI=0.0401104;REFB=0;REVB=0.0398787;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025586;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr19 16339715 . C T 529.93 PASS AF=0.524272;AO=53;DP=102;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0313658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4199;QD=20.5797;RBI=0.0317935;REFB=-0.0172408;REVB=0.00519766;RO=49;SAF=23;SAR=30;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478365;STB=0.507656;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0144627;OID=.;OPOS=16339715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:49:49:53:54:0.524272:30:23:21:28:30:24:21:28 chr19 16591464 . G A 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0470847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.821;QD=19.7629;RBI=0.0479111;REFB=-0.0126287;REVB=0.00886007;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489109;STB=0.50276;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0148951;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:11:14:13:10:11:14 chr19 16601194 . C T 266.59 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00662685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5396;QD=13.4981;RBI=0.0103209;REFB=-0.00936425;REVB=-0.00791233;RO=48;SAF=14;SAR=17;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516684;STB=0.529489;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0139206;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:17:14:24:24:17:14:24:24 chr19 16633950 . T C 108.84 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0348603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.041;QD=24.1866;RBI=0.040071;REFB=-0.0377599;REVB=-0.0197598;RO=6;SAF=10;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154316;STB=0.588073;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0143335;OID=.;OPOS=16633950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:2:10:4:2:2:10:4:2 chr19 16666101 . G C 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00746717;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=144.487;QD=14.6582;RBI=0.0183452;REFB=-0.0364831;REVB=-0.0167568;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884949;STB=0.505147;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0295137;OID=.;OPOS=16666101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:9:8:6:7:9:8 chr19 16790859 . C T 380.61 PASS AF=0.391304;AO=43;DP=113;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0171718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.511;QD=13.2387;RBI=0.120009;REFB=-0.00520039;REVB=0.118774;RO=70;SAF=29;SAR=14;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167964;STB=0.588916;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00902368;OID=.;OPOS=16790859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:70:70:43:45:0.391304:14:29:37:33:15:30:37:33 chr19 16860105 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.679;QD=63.5829;RBI=0.0380279;REFB=0;REVB=0.0279907;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124653;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr19 16899838 . A T 2214.75 PASS AF=0.986755;AO=148;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0245877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.292;QD=58.6689;RBI=0.0564183;REFB=-0.169125;REVB=-0.0507786;RO=0;SAF=69;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86736e-08;STB=0.500401;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000827384;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:0:2:148:149:0.986755:79:69:0:0:79:70:1:1 chr19 16976286 . A G 988.77 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.905;QD=58.1629;RBI=0.0213238;REFB=0;REVB=-0.00411078;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00476641;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:36:29:0:0:37:31:0:0 chr19 16976289 . T C 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0179533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.087;QD=15.7907;RBI=0.0237404;REFB=-0.0105387;REVB=-0.0155333;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353008;STB=0.519913;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0123875;OID=.;OPOS=16976289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:17:14:19:20:17:14:19:20 chr19 17025292 . G A 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00291995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.369;QD=20.7548;RBI=0.0169308;REFB=0.00617151;REVB=0.0166772;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28546;STB=0.659998;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00270104;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:10:2:8:7:10:2 chr19 17081790 . G A 1319.93 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.238;QD=62.1145;RBI=0.0510798;REFB=0;REVB=0.0243826;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91895e-05;OID=.;OPOS=17081790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:38:46:0:0:38:47:0:0 chr19 17088299 . T C 547.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.45;QD=59.1874;RBI=0.061881;REFB=0;REVB=0.0487679;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815962;OID=.;OPOS=17088299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:23:14:0:0 chr19 17091368 . T G 785.86 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.599;QD=64.1516;RBI=0.0306873;REFB=0;REVB=0.0303602;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54772e-05;OID=.;OPOS=17091368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:36:12:0:0:36:13:0:0 chr19 17100552 . A G 729.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.74;QD=57.1918;RBI=0.0228532;REFB=0;REVB=0.0224323;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00135e-05;OID=.;OPOS=17100552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:26:25:0:0 chr19 17108135 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=349.435;QD=49.5992;RBI=0.0200093;REFB=0;REVB=0.0194866;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47614e-05;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr19 17111297 . A G 923.16 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.835;QD=56.8097;RBI=0.0302821;REFB=-0.0691271;REVB=-0.00952777;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178116;STB=0.508769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000651655;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:1:1:62:64:0.984615:36:26:1:0:36:28:1:0 chr19 17273893 . G T 670.64 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.752;QD=62.3852;RBI=0.039456;REFB=0;REVB=0.037815;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105875;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:20:23:0:0 chr19 17303774 . T G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.373;QD=61.6953;RBI=0.0222681;REFB=0;REVB=-0.00772209;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78495e-05;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr19 17305440 . T C 937.33 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9752;QD=58.583;RBI=0.0735904;REFB=0;REVB=0.0682814;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265259;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:22:42:0:0:22:42:0:0 chr19 17306031 . T C 176.02 PASS AF=1;AO=11;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.549;QD=46.9397;RBI=0.0727536;REFB=0;REVB=0.0717663;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0228426;OID=.;OPOS=17306031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:11:15:1:3:8:0:0:6:9:0:0 chr19 17309082 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.02411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.596;QD=12.7817;RBI=0.0286654;REFB=-0.0184648;REVB=0.0155053;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209438;STB=0.624739;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0513378;OID=.;OPOS=17309082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:7:7:3:7:7:7 chr19 17312992 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.186;QD=62.6709;RBI=0.0465811;REFB=0;REVB=0.0255852;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.39529e-05;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr19 17316782 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.68;QD=64.1539;RBI=0.0335419;REFB=0;REVB=0.0313924;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106765;OID=.;OPOS=17316782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr19 17317955 . A G 1712.95 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496804;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.299;QD=60.6355;RBI=0.0635309;REFB=0;REVB=0.0395983;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450312;OID=.;OPOS=17317955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:113:113:1:54:59:0:0:54:59:0:0 chr19 17330060 . T C 1489.58 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257422;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.224;QD=63.3865;RBI=0.0565737;REFB=0;REVB=-0.0503778;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000941533;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:93:94:1:56:37:0:0:56:38:0:0 chr19 17337555 . C A 57.09 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0336417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.88;QD=28.5438;RBI=0.0680612;REFB=-0.0683729;REVB=0.0591656;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00200716;OID=.;OPOS=17337555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr19 17366278 . T C 599.16 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216541;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.071;QD=61.4523;RBI=0.0248834;REFB=0;REVB=0.0122589;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238817;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr19 17451981 . G A 1227.45 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.227;QD=61.3724;RBI=0.0665019;REFB=0;REVB=0.0633927;RO=0;SAF=53;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247092;OID=.;OPOS=17451981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:27:53:0:0:27:53:0:0 chr19 17463214 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0361205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3128;QD=11.1977;RBI=0.0745094;REFB=-0.0143371;REVB=0.0651687;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160135;STB=0.612053;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0243214;OID=.;OPOS=17463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:8:4:10:11:8:4:11:11 chr19 17476251 . G C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0088422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.088;QD=16.884;RBI=0.0142435;REFB=-0.0182496;REVB=-0.0111665;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226093;STB=0.62946;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0139123;OID=.;OPOS=17476251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:11:6:9:6:11:6 chr19 17544244 . C T 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0116315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.89;QD=19.7385;RBI=0.0133693;REFB=-0.0105412;REVB=0.00659143;RO=43;SAF=12;SAR=31;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289047;STB=0.656478;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00999646;OID=.;OPOS=17544244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:44:43:43:0.494253:31:12:25:18:31:12:25:19 chr19 17547292 . A G 787.77 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409025;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.719;QD=57.2926;RBI=0.0469476;REFB=0;REVB=0.0230446;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67022e-05;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr19 17556054 . A G 473.25 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0501635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.391;QD=54.0857;RBI=0.0608575;REFB=-0.035119;REVB=0.0344567;RO=1;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190743;STB=0.510198;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0013244;OID=.;OPOS=17556054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:24:9:0:1:24:10:0:1 chr19 17611490 . T G 245.34 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0301161;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.871;QD=17.524;RBI=0.0319601;REFB=-0.00657868;REVB=0.010699;RO=28;SAF=9;SAR=18;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496195;STB=0.534222;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00716684;OID=.;OPOS=17611490;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:18:9:8:20:18:9:8:21 chr19 17616170 . CG CA,GC 527.22 PASS AF=0.495495,0;AO=41,6;DP=111;FAO=55,0;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=22,0;FSAR=33,0;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0324693,-0.135431;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=52.7666,151.345;QD=18.999;RBI=0.0836301,0.139823;REFB=-0.0324652,0.00597939;REVB=0.0770697,-0.0347701;RO=40;SAF=12,6;SAR=29,0;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.15621,0.66582;STB=0.595633,0.5;STBP=0.059,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0500794,0.115101;OID=.,.;OPOS=17616171,17616170;OREF=G,CG;OALT=A,GC;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:40:56:41,6:55,0:0.495495,0:29,0:12,6:18:22:33,0:22,0:33:23 chr19 17628587 . A G 1062.22 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7257;QD=59.8433;RBI=0.0208324;REFB=0;REVB=-0.0161865;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43712e-05;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr19 17648350 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.382;QD=47.8222;RBI=0.0631349;REFB=0;REVB=0.0347032;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286013;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr19 17651370 . A G 87.88 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.100183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.855;QD=15.283;RBI=0.100281;REFB=-0.0356772;REVB=0.00443734;RO=12;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370239;STB=0.613407;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0251908;OID=.;OPOS=17651370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:23:12:12:10:11:0.478261:9:1:4:8:9:2:4:8 chr19 17670201 . C T 529.99 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=0.0192649;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.782;QD=16.4337;RBI=0.0198215;REFB=-0.015189;REVB=-0.00466441;RO=71;SAF=33;SAR=24;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08611;STB=0.551003;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0167982;OID=.;OPOS=17670201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:71:72:57:57:0.44186:24:33:47:24:24:33:48:24 chr19 17692324 . T G 128.56 PASS AF=0.375;AO=12;DP=37;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0332815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.351;QD=12.8564;RBI=0.0342243;REFB=-0.00895605;REVB=0.00797758;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359446;STB=0.646868;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0410927;OID=.;OPOS=17692324;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:24:25:12:15:0.375:4:8:8:16:6:9:9:16 chr19 17716226 . GC G,GG 149.38 PASS AF=0.545455,0.227273;AO=9,4;DP=21;FAO=12,5;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=5,0;FSAR=7,5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.233365,0.118153;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=16.5857,21.0098;QD=27.1608;RBI=0.235138,0.175482;REFB=-0.114737,-0.0343863;REVB=0.0288215,0.129745;RO=6;SAF=4,0;SAR=5,4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0.323529,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.038662,-0.712294;STB=0.505042,0.996784;STBP=0.998,0.086;TYPE=del,snp;VARB=0.0454473,0.0584864;OID=.,.;OPOS=17716227,17716227;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.545455,0.227273:9,4:21:12,5:22:5:5,0:7,5:2:3:24:6:4,0:5,4:3:3 chr19 17746947 . A G 1574.12 PASS AF=1;AO=44;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463056;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.007;QD=65.5882;RBI=0.0624297;REFB=0;REVB=0.041872;RO=0;SAF=7;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446661;OID=.;OPOS=17746947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:44:96:1:37:7:0:0:44:52:0:0 chr19 17885270 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.819;QD=61.3356;RBI=0.0538805;REFB=0;REVB=0.0437254;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143285;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr19 17886940 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.033;QD=52.6132;RBI=0.0402159;REFB=0;REVB=0.0289465;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021672;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr19 17887024 . T C 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0267984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.461;QD=54.8229;RBI=0.0597302;REFB=-0.0515095;REVB=0.0533811;RO=1;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136468;STB=0.507243;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00149641;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:34:16:0:1:34:16:0:1 chr19 17892591 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.43;QD=51.9167;RBI=0.0580962;REFB=0;REVB=0.0559374;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404127;OID=.;OPOS=17892591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr19 17922795 . G A 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00865902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.402;QD=16.0648;RBI=0.00865969;REFB=-0.0206457;REVB=-0.000107689;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966124;STB=0.555494;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0326965;OID=.;OPOS=17922795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:11:13:8:10:11:13 chr19 18171942 . C T 251.8 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0791092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5394;QD=27.2218;RBI=0.107565;REFB=-0.00777937;REVB=0.0728838;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20116;STB=0.615289;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00890293;OID=.;OPOS=18171942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:11:11:11:3:12:11:11:3 chr19 18234441 . C T 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0334736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.221;QD=21.9721;RBI=0.0490759;REFB=-0.020789;REVB=0.0358882;RO=21;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159835;STB=0.58994;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0139696;OID=.;OPOS=18234441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:16:7:10:11:16:7:10:11 chr19 18248146 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.967;QD=59.4356;RBI=0.037402;REFB=0;REVB=-0.00311867;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191794;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:28:7:0:0:28:7:0:0 chr19 18255359 . G A 402.14 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.034145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.232;QD=21.7373;RBI=0.0351512;REFB=-0.0148962;REVB=0.00835028;RO=34;SAF=14;SAR=26;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803207;STB=0.544186;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00927673;OID=.;OPOS=18255359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:26:14:9:25:26:14:9:25 chr19 18257750 . C T 678.71 PASS AF=0.617647;AO=61;DP=100;FAO=63;FDP=102;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0764559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.55;QD=26.6162;RBI=0.0765158;REFB=-0.0148944;REVB=0.0030267;RO=39;SAF=28;SAR=33;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184211;STB=0.591808;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00807263;OID=.;OPOS=18257750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:39:39:61:63:0.617647:33:28:28:11:33:30:28:11 chr19 18273047 . T C 272.66 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.781;QD=51.9344;RBI=0.0610313;REFB=0;REVB=0.031046;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244506;OID=.;OPOS=18273047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:9:12:0:0 chr19 18279638 . T C 1337.0 PASS AF=0.988764;AO=85;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5723;QD=60.0898;RBI=0.0241439;REFB=-0.106703;REVB=-0.00675003;RO=1;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106453;STB=0.505262;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00204679;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:85:88:0.988764:44:41:0:1:47:41:0:1 chr19 18329240 . T C 200.59 PASS AF=0.390625;AO=23;DP=60;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0397935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.1249;QD=12.5369;RBI=0.0559984;REFB=-0.0396476;REVB=0.0393992;RO=37;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00414734;STB=0.509265;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0642108;OID=.;OPOS=18329240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:37:39:23:25:0.390625:15:8:13:24:17:8:13:26 chr19 18368810 . G T 627.15 PASS AF=0.588235;AO=60;DP=103;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00357071;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.884;QD=24.5941;RBI=0.0260323;REFB=-0.0189121;REVB=0.0257862;RO=42;SAF=35;SAR=25;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639231;STB=0.534872;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0127519;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:42:42:60:60:0.588235:25:35:21:21:25:35:21:21 chr19 18369120 . G A 803.78 PASS AF=0.714286;AO=65;DP=91;FAO=65;FDP=91;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00573173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.559;QD=35.3309;RBI=0.0136536;REFB=-0.00603766;REVB=0.0123922;RO=26;SAF=20;SAR=45;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177156;STB=0.595558;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00348172;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:26:26:65:65:0.714286:45:20:16:10:45:20:16:10 chr19 18369644 . G A 214.91 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.000196095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.592;QD=20.9665;RBI=0.0920805;REFB=0.00132244;REVB=-0.0920803;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213544;STB=0.606796;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00176964;OID=.;OPOS=18369644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:20:21:21:0.512195:12:9:13:6:12:9:13:7 chr19 18370063 . A AG 309.53 PASS AF=1;AO=25;DP=36;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.7749;QD=41.2701;RBI=0.137709;REFB=0;REVB=-0.120877;RO=8;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245178;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00171663;OID=.;OPOS=18370064;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:36:30:30:0:14:16:0:0:6:8:11:14:8:0 chr19 18370160 . A AG 173.04 PASS AF=1;AO=19;DP=27;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203943;FXX=0.079968;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.21;QD=30.0931;RBI=0.022198;REFB=-0.0304512;REVB=-0.00876484;RO=5;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000972614;OID=.;OPOS=18370161;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:27:23:23:0:12:11:0:0:3:5:10:9:1:4 chr19 18375608 . G A 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00518599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.373;QD=17.7915;RBI=0.0245096;REFB=-0.00227027;REVB=0.0239546;RO=32;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426537;STB=0.512187;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0025668;OID=.;OPOS=18375608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:33:31:31:0.484375:11:20:22:10:11:20:22:11 chr19 18375815 . G A 573.1 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.00999119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.2;QD=23.3919;RBI=0.0426981;REFB=-0.0184316;REVB=0.0415127;RO=44;SAF=23;SAR=30;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118778;STB=0.558275;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00508395;OID=.;OPOS=18375815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:45:53:53:0.540816:30:23:13:31:30:23:14:31 chr19 18375846 . G A 413.02 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0326979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.969;QD=24.2955;RBI=0.0331861;REFB=-0.0204915;REVB=0.0056709;RO=28;SAF=20;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536192;STB=0.529397;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0158307;OID=.;OPOS=18375846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:20:20:12:16:20:20:12:16 chr19 18375882 . G C 235.99 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0761522;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9034;QD=21.9521;RBI=0.077245;REFB=-0.0479186;REVB=0.0129471;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161987;STB=0.574883;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.041644;OID=.;OPOS=18375882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:20:22:23:0.534884:8:14:9:11:9:14:9:11 chr19 18376407 . T A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0105268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.156;QD=15.9167;RBI=0.029834;REFB=-0.0134219;REVB=0.0279151;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313219;STB=0.682926;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0138871;OID=.;OPOS=18376407;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:10:3:8:7:10:3:8:7 chr19 18376516 . TCT CTC,TTT 187.24 PASS AF=0,0.475;AO=3,17;DP=40;FAO=0,19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=0,3;FSAR=0,16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0212607,-0.000327175;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=3,1;MLLD=92.1291,294.815;QD=18.7241;RBI=0.0235342,0.014508;REFB=-0.0123941,-0.00169848;REVB=0.0100916,-0.0145043;RO=18;SAF=3,3;SAR=0,14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.696566,-0.13943;STB=0.5,0.668996;STBP=1,0.087;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00141776;OID=.,.;OPOS=18376516,18376517;OREF=TCT,C;OALT=CTC,T;OMAPALT=CTC,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:40:40:18:21:3,17:0,19:0,0.475:0,14:3,3:5:13:0,16:0,3:8:13 chr19 18376522 . T G 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00794887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.279;QD=18.4834;RBI=0.0111633;REFB=-0.00598164;REVB=-0.007838;RO=20;SAF=3;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256043;STB=0.668996;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00305822;OID=.;OPOS=18376522;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:16:3:7:13:16:3:8:13 chr19 18377496 . C G 255.62 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00704274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5102;QD=17.9382;RBI=0.0301313;REFB=-0.017016;REVB=-0.0292967;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172182;STB=0.596206;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0133837;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:10:19:13:15:10:19 chr19 18377647 . G C 48.94 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0032935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.833;QD=13.9823;RBI=0.201519;REFB=0.00110894;REVB=0.201492;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361846;STB=0.705463;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.000241858;OID=.;OPOS=18377647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:7:0:2:5:7:0 chr19 18377761 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0525997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.317;QD=16.7284;RBI=0.0548262;REFB=-0.0112168;REVB=-0.0154654;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581634;STB=0.519831;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.010715;OID=.;OPOS=18377761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:9:7:9:9:9:7:9:10 chr19 18378219 . A G 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0314727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.957;QD=18.9419;RBI=0.0372141;REFB=-0.00802928;REVB=-0.0198586;RO=38;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108398;STB=0.560312;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00889829;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:20:17:22:16:20:17:22:16 chr19 18444360 . T G 295.59 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.607;QD=51.4061;RBI=0.0164334;REFB=0;REVB=-0.00106268;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209316;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr19 18497024 . G C 192.3 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0260217;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.709;QD=21.9769;RBI=0.0263028;REFB=-0.0209229;REVB=0.00383488;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266919;STB=0.650994;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0344167;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:16:19:19:0.542857:14:5:9:7:14:5:9:7 chr19 18497141 . T A 211.4 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0121156;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0044;QD=18.7908;RBI=0.0142435;REFB=-0.000440431;REVB=-0.00748931;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180095;STB=0.602734;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.000547019;OID=.;OPOS=18497141;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:24:21:21:0.466667:15:6:11:13:15:6:11:13 chr19 18499238 . G T 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0850686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5981;QD=31.6312;RBI=0.0865279;REFB=0.0285409;REVB=0.0158244;RO=13;SAF=11;SAR=16;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111215;STB=0.560741;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0117455;OID=.;OPOS=18499238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:16:11:3:10:16:11:3:10 chr19 18502835 . G A 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.010005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.858;QD=19.3866;RBI=0.0116419;REFB=-0.0207636;REVB=-0.00595256;RO=34;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898386;STB=0.549971;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0182786;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:20:15:18:16:20:15:18:16 chr19 18542480 . AGGGGGC AGGGC,AGGGG,AGGGGG 248.84 PASS AF=0,0.972973,0;AO=8,4,5;DP=37;FAO=0,36,0;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=0,14,0;FSAR=0,22,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.222961,0.129756,-0.181234;FXX=0.0512689;HRUN=5,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=9.28295,11.3841,6.80465;QD=26.9018;RBI=0.490086,0.129911,0.856071;REFB=-0.154273,-0.103831,0.0303986;REVB=-0.436432,0.00634515,0.836667;RO=3;SAF=0,4,5;SAR=8,0,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.30137,0.30137,0;SSEP=0,0,0.375;SSSB=-0.819744,0,0;STB=0.5,0.517232,0.5;STBP=1,0.286,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.0293406,0.0277299,0.0146421;OID=.,.,.;OPOS=18542481,18542485,18542486;OREF=GG,GC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGGGC,AGGGG,AGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.972973,0:8,4,5:37:0,36,0:37:1:0,14,0:0,22,0:1:0:3:3:0,4,5:8,0,0:3:0 chr19 18679379 . C G 501.3 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0967266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.852;QD=58.9771;RBI=0.116073;REFB=0;REVB=0.0641633;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299935;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr19 18684563 . C T 179.87 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134408;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.755;QD=47.9646;RBI=0.0361247;REFB=0;REVB=0.0360996;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5268e-05;OID=.;OPOS=18684563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr19 18700047 . A G 742.81 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0261;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.934;QD=53.0578;RBI=0.0345434;REFB=-0.0284739;REVB=-0.0226283;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.518512;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000816573;OID=.;OPOS=18700047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:28:26:1:0:28:26:2:0 chr19 18710535 . G A 962.94 PASS AF=0.986111;AO=65;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1734;QD=53.4965;RBI=0.10024;REFB=-0.119636;REVB=0.0958474;RO=4;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554684;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0092501;OID=.;OPOS=18710535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:72:4:1:65:71:0.986111:32:33:0:4:38:33:0:1 chr19 18726856 . T C 1733.49 PASS AF=0.991379;AO=112;DP=114;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.945;QD=59.7754;RBI=0.0134197;REFB=0.00995962;REVB=0.00344682;RO=1;SAF=56;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840321;STB=0.504347;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=1.7696e-05;OID=.;OPOS=18726856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:116:1:1:112:115:0.991379:56:56:1:0:58:57:1:0 chr19 18775077 . C T 3403.28 PASS AF=0.977974;AO=221;DP=226;FAO=222;FDP=227;FR=.;FRO=5;FSAF=111;FSAR=111;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0443173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.301;QD=59.9698;RBI=0.0528266;REFB=-0.0941146;REVB=0.028751;RO=5;SAF=110;SAR=111;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127348;STB=0.506607;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00626118;OID=.;OPOS=18775077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:226:227:5:5:221:222:0.977974:111:110:4:1:111:111:4:1 chr19 18977937 . G C 1065.96 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583945;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4757;QD=60.0541;RBI=0.0545887;REFB=0;REVB=0.0542754;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161319;OID=.;OPOS=18977937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr19 19017862 . G A 377.99 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0145331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.99;QD=26.9989;RBI=0.0197632;REFB=-0.0192541;REVB=0.0133931;RO=20;SAF=18;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103484;OID=.;OPOS=19017862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:18:18:10:10:18:18:10:10 chr19 19040312 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.171972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.486;QD=42.1819;RBI=0.172105;REFB=0;REVB=-0.00675693;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0096785;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr19 19136541 . C T 769.4 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.735;QD=56.9924;RBI=0.0208215;REFB=0;REVB=0.0181707;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113093;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:30:24:0:0 chr19 19162559 . C G 30.71 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.044868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4332;QD=2.27462;RBI=0.0448919;REFB=-0.000369624;REVB=-0.00146178;RO=44;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496529;STB=0.851828;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.000855128;OID=.;OPOS=19162559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:44:48:6:6:0.111111:1:5:17:27:1:5:20:28 chr19 19230868 . A G 2323.86 PASS AF=1;AO=130;DP=136;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.704;QD=62.8069;RBI=0.051491;REFB=0;REVB=0.0474517;RO=5;SAF=77;SAR=53;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01798e-05;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:148:5:0:130:148:1:53:77:0:5:68:80:0:0 chr19 19243175 . C T 270.97 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0321974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.545;QD=24.6339;RBI=0.0412718;REFB=-0.0355336;REVB=0.0258203;RO=19;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758717;STB=0.528132;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0234609;OID=.;OPOS=19243175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:8:16:11:8:9:16:11:8 chr19 19267910 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0197946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8201;QD=12.0514;RBI=0.0359528;REFB=-0.0247143;REVB=0.030013;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604717;STB=0.536003;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0301326;OID=.;OPOS=19267910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:5:8:5:4:5:8 chr19 19338942 . G A 330.58 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=55;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0301315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6585;QD=23.6126;RBI=0.0301895;REFB=0.00308675;REVB=-0.00187079;RO=22;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123511;STB=0.580597;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00162934;OID=.;OPOS=19338942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:22:23:32:33:0.589286:17:15:14:8:18:15:15:8 chr19 19339285 . G A 354.56 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0196757;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.921;QD=15.0877;RBI=0.0230452;REFB=-0.00634061;REVB=0.0119978;RO=54;SAF=18;SAR=21;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147355;STB=0.504117;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0160764;OID=.;OPOS=19339285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:54:55:39:39:0.414894:21:18:25:29:21:18:25:30 chr19 19345802 . C T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0105972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0382;QD=16.9412;RBI=0.0118313;REFB=-0.0373265;REVB=-0.0052611;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256938;STB=0.51469;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.045846;OID=.;OPOS=19345802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:12:12:10:9:12:12 chr19 19380996 . G T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0151362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1132;QD=18.8284;RBI=0.0179306;REFB=-0.0189189;REVB=0.00961256;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803399;STB=0.54541;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0235339;OID=.;OPOS=19380996;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:15:7:8:12:15:7 chr19 19391045 . G A 400.99 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.00252353;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9007;QD=16.2018;RBI=0.0576099;REFB=-0.00203772;REVB=0.0575547;RO=55;SAF=22;SAR=20;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19036;STB=0.593343;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00341094;OID=.;OPOS=19391045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:55:57:42:42:0.424242:20:22:39:16:20:22:39:18 chr19 19446936 . G A 348.76 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0839501;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4133;QD=17.2226;RBI=0.0840909;REFB=-0.00169214;REVB=0.00486508;RO=44;SAF=17;SAR=20;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126841;STB=0.571011;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000803208;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:20:17:26:18:20:17:26:18 chr19 19449686 . G T 518.71 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0181487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.42;QD=19.3911;RBI=0.0201777;REFB=-0.00814381;REVB=-0.00881846;RO=53;SAF=26;SAR=28;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597771;STB=0.532997;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00812376;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:28:26:22:31:28:26:22:31 chr19 19466857 . C T 491.84 PASS AF=0.432;AO=52;DP=124;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00894553;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.387;QD=15.7388;RBI=0.00925145;REFB=-0.0186455;REVB=0.00235941;RO=70;SAF=21;SAR=31;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110551;STB=0.511624;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0267278;OID=.;OPOS=19466857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:70:71:52:54:0.432:31:21:29:41:33:21:29:42 chr19 19467085 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.464;QD=52.6133;RBI=0.0190633;REFB=0;REVB=-0.0113215;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43805e-05;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr19 19467545 . C T 228.75 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.00842973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.188;QD=16.0529;RBI=0.00964033;REFB=-0.011406;REVB=0.00467712;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217182;STB=0.613654;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0151952;OID=.;OPOS=19467545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:31:26:26:0.45614:15:11:6:23:15:11:7:24 chr19 19467937 . T C 125.5 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0142253;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.438;QD=15.6871;RBI=0.0449456;REFB=-0.0412284;REVB=-0.042635;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163226;STB=0.509078;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0807981;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:17:18:14:14:0.4375:8:6:7:10:8:6:8:10 chr19 19467996 . T A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00341905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.042;QD=14.0965;RBI=0.0142676;REFB=-0.0144017;REVB=-0.0138519;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250796;STB=0.514679;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00962643;OID=.;OPOS=19467996;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:8:6:5:6:8:6 chr19 19468710 . C G 187.29 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0223024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.614;QD=20.2475;RBI=0.0252213;REFB=-0.0365346;REVB=0.0117779;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148563;STB=0.592924;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0342256;OID=.;OPOS=19468710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:18:18:19:0.513514:7:11:8:10:7:12:8:10 chr19 19468734 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00241186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.451;QD=20.1601;RBI=0.00495479;REFB=-0.0201864;REVB=-0.00432816;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166101;STB=0.594472;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0143598;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:5:11:7:7:5:11:7:7 chr19 19606634 . G A 300.29 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0212074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1222;QD=16.4543;RBI=0.0428543;REFB=-0.0110259;REVB=0.0372389;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159218;STB=0.57916;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0159189;OID=.;OPOS=19606634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:40:32:33:0.452055:14:18:16:24:15:18:16:24 chr19 19619542 . A G 96.73 PASS AF=0.217949;AO=16;DP=80;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.00463845;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.756;QD=4.96071;RBI=0.0056493;REFB=-0.00509157;REVB=0.00322481;RO=62;SAF=15;SAR=1;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.719352;STB=0.896997;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.029531;OID=.;OPOS=19619542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:80:78:62:61:16:17:0.217949:1:15:20:42:2:15:21:40 chr19 19625547 . A G 398.29 PASS AF=0.5;AO=33;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0354919;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.763;QD=21.529;RBI=0.0466744;REFB=-0.0346539;REVB=-0.0303121;RO=31;SAF=26;SAR=7;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476968;STB=0.71819;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0248779;OID=.;OPOS=19625547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:31:33:33:37:0.5:7:26:8:23:10:27:9:24 chr19 19735257 . G T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.66;QD=57.1062;RBI=0.0288337;REFB=0;REVB=0.0065405;RO=0;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85011e-05;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:42:13:0:0:42:13:0:0 chr19 19746447 . C T 135.01 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00119436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.468;QD=16.8766;RBI=0.011968;REFB=-0.0347657;REVB=0.0119083;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512395;STB=0.529373;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0392111;OID=.;OPOS=19746447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:7:10:8:7:7:10 chr19 19756073 . AGCC A 103.39 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0202428;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=245.238;QD=22.9758;RBI=0.0279;REFB=-0.0489763;REVB=0.0191999;RO=5;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306644;STB=0.666388;STBP=0.066;TYPE=del;VARB=0.0147406;OID=.;OPOS=19756074;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:11:17:12:18:6:4:8:5:1:37:5:3:8:4:1 chr19 19789528 . A G 685.21 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625452;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.7;QD=62.2918;RBI=0.00655729;REFB=0;REVB=-0.00196954;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249253;OID=.;OPOS=19789528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:38:44:1:20:18:0:0:25:19:0:0 chr19 19789529 . T G 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0517618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.4292;QD=2.84312;RBI=0.0520464;REFB=-0.00486029;REVB=0.00543527;RO=40;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364866;STB=0.777672;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00939278;OID=.;OPOS=19789529;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:5:1:18:22:5:1:18:22 chr19 19855654 . C T 156.91 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00771119;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.02;QD=15.3078;RBI=0.00899542;REFB=-0.0150897;REVB=-0.00463197;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122016;STB=0.526995;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0235223;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:24:17:17:0.414634:5:12:16:7:5:12:16:8 chr19 19910250 . T C 249.11 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0209946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.1553;QD=11.8625;RBI=0.0323505;REFB=-0.0046712;REVB=0.0246126;RO=52;SAF=16;SAR=14;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700007;STB=0.538436;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00925857;OID=.;OPOS=19910250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:54:30:30:0.357143:14:16:31:21:14:16:32:22 chr19 20150125 . T C 51.34 PASS AF=0.228571;AO=7;DP=34;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0180024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.45;QD=5.86708;RBI=0.029053;REFB=-0.00805621;REVB=-0.0228034;RO=27;SAF=0;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.698931;STB=0.804428;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0239072;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:35:27:27:7:8:0.228571:7:0:12:15:7:1:12:15 chr19 20150175 . G C 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00437844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.804;QD=7.79867;RBI=0.021516;REFB=-0.0104404;REVB=-0.0210658;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279278;STB=0.67699;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.016433;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:7:2:10:13:7:2:10:13 chr19 20229486 . G A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0104582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.536;QD=6.92904;RBI=0.0198964;REFB=-0.00580659;REVB=-0.0169261;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187917;STB=0.599657;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0100828;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:2:4:7:7:2:4:8:7 chr19 20369503 . C G 613.01 PASS AF=0.435374;AO=63;DP=148;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.000816145;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.068;QD=16.6807;RBI=0.0323768;REFB=-0.0115652;REVB=-0.0323665;RO=83;SAF=33;SAR=30;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00643347;STB=0.50064;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0171244;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:83:83:63:64:0.435374:30:33:44:39:30:34:44:39 chr19 20808143 . T G 371.79 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0168156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.461;QD=20.0968;RBI=0.0179982;REFB=-0.00106986;REVB=0.00641654;RO=34;SAF=20;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725247;STB=0.539752;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000825453;OID=.;OPOS=20808143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:34:36:38:38:0.513514:18:20:15:19:18:20:16:20 chr19 20808149 . A G 1165.86 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.354;QD=60.5642;RBI=0.0559123;REFB=0;REVB=0.0511572;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185978;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:36:40:0:0:36:41:0:0 chr19 20828522 . A G 369.98 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.014705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4454;QD=19.7325;RBI=0.0301163;REFB=0.00639366;REVB=-0.0262822;RO=37;SAF=14;SAR=24;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426635;STB=0.523652;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00878809;OID=.;OPOS=20828522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:24:14:12:25:24:14:12:25 chr19 21299774 . T TATA 250.99 PASS AF=0.875;AO=20;DP=25;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0246323;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.999;QD=41.8317;RBI=0.0249956;REFB=0.0629903;REVB=0.00424605;RO=4;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762905;STB=0.565156;STBP=0.126;TYPE=ins;VARB=-0.000373664;OID=.;OPOS=21299775;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:20:25:21:24:3:10:11:3:0:14:4:10:10:3:1 chr19 21300462 . A G 453.86 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00717024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.285;QD=55.0133;RBI=0.0173344;REFB=-0.0818291;REVB=0.0157819;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000343462;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:19:13:0:0:19:13:0:1 chr19 21477431 . T C 305.16 PASS AF=0.471429;AO=31;DP=71;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0380849;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.767;QD=17.4376;RBI=0.0401071;REFB=-0.0208244;REVB=0.0125745;RO=28;SAF=10;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161562;STB=0.64069;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.023247;OID=.;OPOS=21477431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:28:37:31:33:0.471429:21:10:14:14:22:11:22:15 chr19 21492062 . G A 286.59 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00634277;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.27;QD=22.0453;RBI=0.017769;REFB=-0.0218152;REVB=0.0165984;RO=22;SAF=19;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29632;STB=0.672229;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0148906;OID=.;OPOS=21492062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:23:29:29:0.557692:10:19:6:16:10:19:6:17 chr19 21544571 . G A 314.31 PASS AF=0.397727;AO=34;DP=87;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00643259;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.209;QD=14.2869;RBI=0.0245247;REFB=-0.00830029;REVB=0.023666;RO=53;SAF=12;SAR=22;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708254;STB=0.527743;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0123292;OID=.;OPOS=21544571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:53:53:34:35:0.397727:22:12:22:31:22:13:22:31 chr19 21606429 . G T 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0072758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.518;QD=20.7383;RBI=0.0158387;REFB=-0.0096654;REVB=0.0140687;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247442;STB=0.639842;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00493622;OID=.;OPOS=21606429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:10:6:12:6:10:6 chr19 21607878 . ATAAT A 390.95 PASS AF=0.549296;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0475559;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=243.645;QD=22.0252;RBI=0.0476975;REFB=-0.014607;REVB=0.00367349;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144784;STB=0.575916;STBP=0.166;TYPE=del;VARB=0.0124688;OID=.;OPOS=21607879;OREF=TAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.549296:38:71:39:71:32:20:19:11:21:99:31:19:19:10:21 chr19 21608158 . A G 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0119204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.997;QD=16.6612;RBI=0.0119205;REFB=-0.0150246;REVB=-5.06484e-05;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146609;STB=0.582034;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0198086;OID=.;OPOS=21608158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:16:12:9:23:16:12:9:23 chr19 21608264 . T C 197.37 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0372718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.2266;QD=20.7761;RBI=0.0398806;REFB=-0.0288142;REVB=0.0141872;RO=17;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386857;STB=0.725542;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0806015;OID=.;OPOS=21608264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:14:14:0.368421:3:11:7:10:3:11:7:10 chr19 21608269 . AC GT 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00144429;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=235.765;QD=21.0076;RBI=0.00463542;REFB=-0.00775231;REVB=-0.00440467;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522087;STB=0.529381;STBP=0.728;TYPE=mnp;VARB=0.0136509;OID=.;OPOS=21608269;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:7:10:10:9:7:10 chr19 21608272 . A T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00956238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=357.668;QD=20.3167;RBI=0.00973131;REFB=-0.0107417;REVB=-0.00180536;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736315;STB=0.541504;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0133263;OID=.;OPOS=21608272;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:7:11:10:9:7:11 chr19 21608275 . C T 187.92 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0115819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3522;QD=20.3159;RBI=0.0198661;REFB=-0.0222925;REVB=0.0161407;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736315;STB=0.541504;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0206543;OID=.;OPOS=21608275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:7:11:10:9:7:11 chr19 21608280 . T A 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0170566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.322;QD=18.1177;RBI=0.017138;REFB=-0.00438624;REVB=-0.00166787;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461927;STB=0.526287;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0131378;OID=.;OPOS=21608280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:9:11:9:9:9:11 chr19 21608283 . A C 171.65 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.000553124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.247;QD=17.6051;RBI=0.0016027;REFB=-0.0132904;REVB=0.00150423;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05124;STB=0.512806;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0289528;OID=.;OPOS=21608283;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:8:9:10:11:9:9:10:11 chr19 21608287 . G C 213.88 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0234278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.615;QD=20.866;RBI=0.0360638;REFB=-0.00255034;REVB=-0.0274178;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227679;STB=0.512808;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00555676;OID=.;OPOS=21608287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:9:11:11:10:9:11 chr19 21608311 . G A 246.96 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0255272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5483;QD=24.6961;RBI=0.0389374;REFB=0.00603906;REVB=-0.0294021;RO=16;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824495;STB=0.534801;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00622007;OID=.;OPOS=21608311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:14:9:8:8:14:9:8:9 chr19 21608319 . A C 232.94 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0514165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.363;QD=24.5194;RBI=0.0771763;REFB=0.0241925;REVB=0.0575546;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918485;STB=0.538989;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.018764;OID=.;OPOS=21608319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:22:22:0.578947:13:9:8:7:13:9:8:8 chr19 21609743 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0328156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.94;QD=9.18859;RBI=0.0583447;REFB=-0.0256268;REVB=-0.0482415;RO=25;SAF=9;SAR=2;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214688;STB=0.63353;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0436159;OID=.;OPOS=21609743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:2:9:17:8:2:9:17:8 chr19 21688602 . C G 465.53 PASS AF=0.584416;AO=44;DP=76;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0300062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.597;QD=24.1832;RBI=0.0303383;REFB=-0.0401004;REVB=-0.00447624;RO=31;SAF=19;SAR=25;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345736;STB=0.529399;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0320298;OID=.;OPOS=21688602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:31:32:44:45:0.584416:25:19:12:19:25:20:12:20 chr19 21719401 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0208601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.675;QD=16.4266;RBI=0.027432;REFB=0.0107664;REVB=0.017815;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481452;STB=0.788808;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00834235;OID=.;OPOS=21719401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:10:1:5:6:10:1:5:6 chr19 21719704 . G GA 35.97 PASS AF=0.163265;AO=10;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0147921;FXX=0.039208;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.288;QD=2.93617;RBI=0.0261254;REFB=-0.0204171;REVB=0.0215344;RO=38;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127205;STB=0.654758;STBP=0.405;TYPE=ins;VARB=0.18597;OID=.;OPOS=21719705;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.163265:10:49:8:49:41:2:6:17:24:35:38:3:7:15:23 chr19 21909948 . G A 642.53 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024313;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8988;QD=59.7705;RBI=0.0243361;REFB=-0.149491;REVB=0.00105951;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019159;STB=0.510199;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00297153;OID=.;OPOS=21909948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:0:1:24:18:0:1 chr19 22115982 . A G 91.82 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0492618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3976;QD=30.6059;RBI=0.0661372;REFB=-0.0479691;REVB=-0.0441293;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.599799;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0282463;OID=.;OPOS=22115982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:1:2:10:10:0.833333:4:6:0:1:4:6:0:2 chr19 22115990 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8842;QD=42.1825;RBI=0.045779;REFB=0;REVB=-0.0416585;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000894985;OID=.;OPOS=22115990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr19 22153495 . A T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.821;QD=62.3507;RBI=0.0371094;REFB=0;REVB=-0.0261642;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000448319;OID=.;OPOS=22153495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr19 22154732 . T C 619.93 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0178403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.475;QD=59.0406;RBI=0.018073;REFB=0.000858086;REVB=0.00289122;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267986;STB=0.514279;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-4.7649e-05;OID=.;OPOS=22154732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:24:17:1:0:24:17:1:0 chr19 22154954 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.242;QD=62.0218;RBI=0.0108033;REFB=0;REVB=-0.00952143;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01291e-05;OID=.;OPOS=22154954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr19 22155918 . T C 94.58 PASS AF=0.916667;AO=8;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6984;QD=31.5277;RBI=0.287024;REFB=-0.0675124;REVB=0.285168;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218484;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0358765;OID=.;OPOS=22155918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:2:1:8:11:0.916667:3:5:0:2:6:5:0:1 chr19 22156482 . G T 352.19 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.5788;QD=52.1757;RBI=0.0475255;REFB=-0.100396;REVB=0.00608983;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265471;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314084;OID=.;OPOS=22156482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:1:0:26:27:1:9:17:1:0:9:18:0:0 chr19 22156585 . G T 50.11 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7704;QD=33.4046;RBI=0.0798441;REFB=0;REVB=-0.000912922;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00581365;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 22156992 . C T 206.53 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0629187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.547;QD=43.4801;RBI=0.065544;REFB=-0.0742362;REVB=0.0183647;RO=1;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339667;STB=0.517223;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00443305;OID=.;OPOS=22156992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:19:1:1:17:18:0.947368:13:4:0:1:14:4:0:1 chr19 22157302 . G A 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.476;QD=64.2852;RBI=0.0191952;REFB=0;REVB=-0.0156715;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26885e-05;OID=.;OPOS=22157302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:58:42:0:0:58:42:0:0 chr19 22363448 . A T 33.78 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.124422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5367;QD=3.9747;RBI=0.145945;REFB=-0.027455;REVB=-0.0762821;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.105503;OID=.;OPOS=22363448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:33:34:27:28:6:6:0.176471:3:3:13:14:3:3:14:14 chr19 22363493 . G A 82.17 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0269578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0287;QD=8.8836;RBI=0.0387205;REFB=-0.0137593;REVB=-0.0277948;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291083;STB=0.531961;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0595071;OID=.;OPOS=22363493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:6:5:12:13:6:5:13:13 chr19 22363508 . G A 82.71 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.027346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.351;QD=9.19023;RBI=0.0274519;REFB=-0.00435609;REVB=0.00240983;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744983;STB=0.545372;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0170572;OID=.;OPOS=22363508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:13:12:6:5:13:12 chr19 22363589 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.010722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.005;QD=11.9195;RBI=0.0161078;REFB=0.00393831;REVB=0.0120208;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00579853;OID=.;OPOS=22363589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:3:6:5:2:3:6 chr19 22575488 . C T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.489;QD=58.1387;RBI=0.034986;REFB=0;REVB=-0.025787;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267442;OID=.;OPOS=22575488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:7:25:0:0:7:25:0:0 chr19 22575596 . T C 34.68 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.00272759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.032;QD=1.40116;RBI=0.00279571;REFB=-0.00283321;REVB=-0.000613387;RO=90;SAF=6;SAR=3;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274361;STB=0.713833;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0489942;OID=.;OPOS=22575596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:90:90:9:9:0.0909091:3:6:38:52:3:6:38:52 chr19 22575784 . C A 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0237317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.467;QD=5.69663;RBI=0.0245126;REFB=-0.00584618;REVB=-0.00613788;RO=33;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313392;STB=0.713703;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0570935;OID=.;OPOS=22575784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:8:1:9:24:8:1:9:24 chr19 22586192 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.282;QD=45.8068;RBI=0.0460434;REFB=0;REVB=-0.0438801;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137716;OID=.;OPOS=22586192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr19 22817278 . T G 269.81 PASS AF=1;AO=15;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.434;QD=51.3914;RBI=0.213147;REFB=0;REVB=0.124986;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967037;OID=.;OPOS=22817278;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:15:21:1:11:4:0:0:15:6:0:0 chr19 22846601 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.715;QD=46.8475;RBI=0.00514625;REFB=0;REVB=0.0014982;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34966e-05;OID=.;OPOS=22846601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr19 22846623 . G A 59.18 PASS AF=0.875;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.308;QD=29.5906;RBI=0.0281358;REFB=-0.116099;REVB=-0.0196339;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281147;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00255246;OID=.;OPOS=22846623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:7:8:1:1:6:7:0.875:5:1:1:0:4:3:0:1 chr19 22846680 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.705;QD=35.5758;RBI=0.0337644;REFB=0;REVB=-0.0187832;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328655;OID=.;OPOS=22846680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr19 22846697 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.045;QD=37.4885;RBI=0.136685;REFB=0;REVB=0.135833;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261461;OID=.;OPOS=22846697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr19 22846867 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4982;QD=62.3506;RBI=0.0405816;REFB=0;REVB=-0.0365717;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180499;OID=.;OPOS=22846867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr19 22847072 . G C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0313222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5915;QD=21.838;RBI=0.0351225;REFB=-0.0859646;REVB=0.0158905;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0111178;OID=.;OPOS=22847072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:4:2:1:0:4:2:2:0 chr19 22848028 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.134;QD=45.8068;RBI=0.00294706;REFB=0;REVB=-0.0012346;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29734e-05;OID=.;OPOS=22848028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 22868096 . A G 1453.47 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000221397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.863;QD=63.1945;RBI=0.0139599;REFB=0;REVB=0.0139582;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30609e-05;OID=.;OPOS=22868096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr19 22868205 . T A,C 687.33 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=2,42;DP=44;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277254,0.0926347;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.727,80.6114;QD=62.4841;RBI=0.0141509,0.102984;REFB=0,0;REVB=0.0138766,0.0449954;RO=0;SAF=1,22;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0190964,0.00263323;OID=.,.;OPOS=22868205,22868205;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:44:44:0:0:2,42:1,43:0.0227273,0.977273:1,20:1,22:0:0:1,20:0,23:0:0 chr19 22868445 . C T 619.48 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2803;QD=58.998;RBI=0.0389194;REFB=-0.00449343;REVB=0.0277126;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267986;STB=0.514279;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000758528;OID=.;OPOS=22868445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:24:17:1:0:24:17:1:0 chr19 22868470 . G T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.49;QD=56.1894;RBI=0.0269138;REFB=0;REVB=0.00485502;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124765;OID=.;OPOS=22868470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr19 22868479 . C T 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.53;QD=55.0929;RBI=0.0401878;REFB=0;REVB=-0.0155373;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.533e-05;OID=.;OPOS=22868479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr19 22868484 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.502;QD=52.6132;RBI=0.0459303;REFB=0;REVB=-0.0153113;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02263e-05;OID=.;OPOS=22868484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr19 22868541 . G A 116.14 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9841;QD=42.2314;RBI=0.128394;REFB=0;REVB=0.109029;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109942;OID=.;OPOS=22868541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:2:8:0:0:3:8:0:0 chr19 22869372 . C T 160.19 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1921;QD=45.7692;RBI=0.0314508;REFB=0;REVB=0.0199361;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258927;OID=.;OPOS=22869372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:6:6:0:0:8:6:0:0 chr19 22937167 . TCA T,TA,TAA,TTA 412.21 PASS AF=0.934783,0,0,0;AO=25,9,18,3;DP=61;FAO=43,0,0,0;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=13,0,0,0;FSAR=30,0,0,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00359999,0.0962717,0.172973,0.0974821;FXX=0.17854;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=61.8241,61.7977,61.8479,57.9788;QD=35.8447;RBI=0.117205,0.106535,0.17592,0.105955;REFB=-0.878004,-0.874122,-0.867339,-0.873;REVB=0.11715,0.0456225,-0.0320658,0.0415167;RO=0;SAF=16,3,13,1;SAR=9,6,5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.551699,0.5,0.5,0.5;STBP=0.033,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=-0.0742197,0,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=22937168,22937168,22937168,22937168;OREF=CA,C,C,C;OALT=-,-,A,T;OMAPALT=T,TA,TAA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.934783,0,0,0:25,9,18,3:61:43,0,0,0:46:3:13,0,0,0:30,0,0,0:3:0:15:0:16,3,13,1:9,6,5,2:0:0 chr19 22939931 . C T 711.45 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0136569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.832;QD=52.6999;RBI=0.0141183;REFB=0.0148474;REVB=-0.00357953;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.503691;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000689178;OID=.;OPOS=22939931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:0:2:52:52:0.962963:31:21:0:0:31:21:1:1 chr19 22940046 . C A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.308;QD=47.8201;RBI=0.0531209;REFB=0;REVB=0.0329049;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.0512e-05;OID=.;OPOS=22940046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr19 22940659 . C T 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9546;QD=59.4268;RBI=0.0837942;REFB=0;REVB=-0.0432183;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00203095;OID=.;OPOS=22940659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr19 22941617 . T C 56.78 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.219931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0035;QD=28.3914;RBI=0.221643;REFB=-0.0564616;REVB=-0.0274908;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0282173;OID=.;OPOS=22941617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:1:0:6:1:1:0 chr19 22941938 . T G 571.9 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.123;QD=58.6563;RBI=0.0398474;REFB=0;REVB=0.0308461;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283818;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197758;OID=.;OPOS=22941938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:1:0:38:39:1:16:22:0:1:17:22:0:0 chr19 22942325 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.036;QD=52.6132;RBI=0.0177379;REFB=0;REVB=-0.00486941;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3211e-05;OID=.;OPOS=22942325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr19 22952111 . A G 427.59 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00143793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.765;QD=51.8292;RBI=0.0427052;REFB=-0.0719284;REVB=0.042681;RO=2;SAF=11;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775224;STB=0.541639;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00296463;OID=.;OPOS=22952111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:20:11:2:0:20:11:2:0 chr19 22966839 . C T 564.9 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00802115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6268;QD=53.8003;RBI=0.00886873;REFB=-0.0153068;REVB=-0.00378358;RO=2;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111001;STB=0.521062;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0122058;OID=.;OPOS=22966839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:42:2:3:39:39:0.928571:24:15:1:1:24:15:2:1 chr19 23328940 . G A 499.61 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0248838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.871;QD=54.0119;RBI=0.0285261;REFB=-0.0895198;REVB=0.0139476;RO=2;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389367;STB=0.519989;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00596611;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:34:35:0.945946:23:11:0:2:24:11:0:2 chr19 23406165 . T C 289.75 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.007;QD=52.6818;RBI=0.110999;REFB=0;REVB=0.110569;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569578;OID=.;OPOS=23406165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:15:7:0:0 chr19 23406801 . G C 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00548768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.333;QD=22.3411;RBI=0.015968;REFB=-0.0158277;REVB=-0.0149954;RO=13;SAF=3;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080562;STB=0.535673;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0103141;OID=.;OPOS=23406801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:15:3:3:10:15:3:3:11 chr19 23542290 . AG GC 276.31 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00556546;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.405;QD=15.7894;RBI=0.0098081;REFB=-0.0177805;REVB=0.00807617;RO=38;SAF=6;SAR=25;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332196;STB=0.684798;STBP=0.012;TYPE=mnp;VARB=0.0203356;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:39:31:31:0.442857:25:6:18:20:25:6:18:21 chr19 23542697 . G C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0115439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.868;QD=14.6539;RBI=0.0284631;REFB=-0.00628309;REVB=0.026017;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427785;STB=0.760088;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00724407;OID=.;OPOS=23542697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:4:4:1:7:4:4 chr19 23543095 . T C 189.07 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00180177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.756;QD=12.8183;RBI=0.00673737;REFB=-0.0199631;REVB=0.00649198;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976283;STB=0.563822;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.038746;OID=.;OPOS=23543095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:36:23:23:0.389831:11:12:15:20:11:12:15:21 chr19 23545004 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0228716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.747;QD=14.7986;RBI=0.022891;REFB=-0.0113145;REVB=0.000941594;RO=13;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386609;STB=0.729264;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0115299;OID=.;OPOS=23545004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:2:9:6:7:2:9:6:7 chr19 23545447 . A G 205.69 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0812593;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.688;QD=15.8222;RBI=0.0813392;REFB=-0.012224;REVB=-0.00360502;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449428;STB=0.527003;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0195582;OID=.;OPOS=23545447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:29:23:23:0.442308:13:10:13:14:13:10:14:15 chr19 23837145 . A G 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0323813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5893;QD=10.6293;RBI=0.0450929;REFB=-0.00953253;REVB=0.0313819;RO=42;SAF=13;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464345;STB=0.543043;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0276327;OID=.;OPOS=23837145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:44:23:23:0.343284:10:13:22:20:10:13:22:22 chr19 23837365 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1237;QD=50.4121;RBI=0.0783821;REFB=0;REVB=-0.0663854;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000791214;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr19 23869823 . T G 165.12 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0174007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9637;QD=14.0527;RBI=0.0254527;REFB=-0.00648039;REVB=-0.0185757;RO=27;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23005;STB=0.658044;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0122505;OID=.;OPOS=23869823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:29:18:18:0.382979:13:5:13:14:13:5:15:14 chr19 23927468 . A G 586.0 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107509;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.353;QD=58.5997;RBI=0.0219898;REFB=-0.112884;REVB=0.0191825;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00513745;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:0:1:39:39:0.975:19:20:0:0:19:20:0:1 chr19 23927741 . CCA C 188.78 PASS AF=0.466667;AO=24;DP=58;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0113475;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=2;MLLD=303.186;QD=12.5853;RBI=0.0137403;REFB=-0.0241824;REVB=-0.00774789;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125083;STB=0.564312;STBP=0.408;TYPE=del;VARB=0.0329777;OID=.;OPOS=23927742;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:24:58:28:60:32:12:16:10:22:99:30:11:13:10:20 chr19 24184114 . A G 63.4 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0106775;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.966;QD=4.69639;RBI=0.0225682;REFB=-0.0103778;REVB=0.0198825;RO=41;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378246;STB=0.761351;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0669297;OID=.;OPOS=24184114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:55:54:41:44:10:10:0.185185:8:2:20:21:8:2:22:22 chr19 24184630 . A G 405.69 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.018537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.306;QD=17.2633;RBI=0.0249769;REFB=-0.00927988;REVB=-0.01674;RO=52;SAF=21;SAR=21;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759771;STB=0.542533;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.011816;OID=.;OPOS=24184630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:21:21:22:30:21:21:22:30 chr19 29724086 . A C 153.92 PASS AF=0.358491;AO=20;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0146735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4472;QD=11.6168;RBI=0.0324571;REFB=-0.0174726;REVB=-0.0289509;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124427;STB=0.628555;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0207331;OID=.;OPOS=29724086;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:34:20:19:0.358491:10:10:11:18:9:10:11:23 chr19 29724111 . T G 207.84 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.092363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9426;QD=13.4093;RBI=0.101052;REFB=-0.000662997;REVB=-0.0409959;RO=38;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238412;STB=0.6531;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00220027;OID=.;OPOS=29724111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:37:24:25:0.403226:11:13:12:26:11:14:11:26 chr19 29724209 . A G 322.95 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00632261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8464;QD=21.8947;RBI=0.00707864;REFB=-0.0385135;REVB=0.00318305;RO=26;SAF=12;SAR=21;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173785;STB=0.596155;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0310268;OID=.;OPOS=29724209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:21:12:15:11:21:12:15:11 chr19 30193721 . G A 797.83 PASS AF=0.468927;AO=83;DP=177;FAO=83;FDP=177;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=0.0133138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.421;QD=18.0301;RBI=0.0134229;REFB=-0.0252543;REVB=0.00170818;RO=94;SAF=33;SAR=50;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797191;STB=0.54415;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.030584;OID=.;OPOS=30193721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:94:94:83:83:0.468927:50:33:45:49:50:33:45:49 chr19 30500118 . GTGATGATGATGATGATGATGATGAT GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC 1864.05 PASS AF=0.872,0.128;AO=96,18;DP=127;FAO=109,16;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=49,5;FSAR=60,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000280676,-0.00785732;FXX=0.0310053;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=133.041,107.501;QD=59.6497;RBI=0.0676766,0.0170539;REFB=0,0;REVB=0.067676,0.015136;RO=0;SAF=42,9;SAR=54,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0102955,0.0114201;OID=.,.;OPOS=30500119,30500143;OREF=TGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.872,0.128:96,18:127:109,16:125:0:49,5:60,11:0:0:70:0:42,9:54,9:0:0 chr19 31038995 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.057;QD=64.1538;RBI=0.0398622;REFB=0;REVB=0.0337812;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62325e-05;OID=.;OPOS=31038995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr19 31769763 . G A 782.38 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0110281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.572;QD=53.0424;RBI=0.0958882;REFB=-0.146725;REVB=0.0952519;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00161542;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:58:59:0:2:56:57:0.966102:27:29:0:0:28:29:0:2 chr19 32083696 . T C 1877.67 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.835;QD=61.563;RBI=0.0178571;REFB=0;REVB=0.0105729;RO=0;SAF=53;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34086e-05;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:68:53:0:0:69:53:0:0 chr19 32873697 . CA C,CG 594.82 PASS AF=0.125,0.875;AO=5,34;DP=39;FAO=5,35;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=5,20;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147663,0.014405;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.834,223.021;QD=59.4817;RBI=0.0383933,0.0392073;REFB=0,0;REVB=0.0354401,0.0364652;RO=0;SAF=5,19;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.40663e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0424522,0.00183263;OID=.,.;OPOS=32873698,32873698;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:5,34:39:5,35:40:0:5,20:0,15:0:0:20:0:5,19:0,15:0:0 chr19 32930069 . G A 523.72 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256746;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5575;QD=59.8542;RBI=0.029062;REFB=0;REVB=0.0136167;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021058;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr19 33088126 . TAG T 583.76 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134859;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.531;QD=58.3761;RBI=0.0387235;REFB=0;REVB=0.0362993;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000299153;OID=.;OPOS=33088127;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:40:40:40:0:19:21:0:0:4:0:19:18:0:0 chr19 33117666 . T C 345.23 PASS AF=0.493333;AO=35;DP=73;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0215857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.697;QD=18.4123;RBI=0.0223606;REFB=-0.0191664;REVB=0.00583537;RO=38;SAF=20;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671454;STB=0.534527;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0179322;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:38:38:35:37:0.493333:15:20:19:19:16:21:19:19 chr19 33146154 . G C 56.76 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0357116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.978;QD=11.9499;RBI=0.112517;REFB=-0.02961;REVB=0.1067;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249111;STB=0.648983;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0415646;OID=.;OPOS=33146154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:7:4:5:3:7:4 chr19 33167879 . G A 358.08 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0129382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.1;QD=31.1375;RBI=0.0322752;REFB=-0.0282764;REVB=0.0295685;RO=16;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586707;STB=0.532089;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0192629;OID=.;OPOS=33167879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:12:18:11:5:12:18:11:5 chr19 33168036 . G GT 262.6 PASS AF=0.567901;AO=41;DP=85;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0726771;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.9511;QD=12.968;RBI=0.209893;REFB=0.0272652;REVB=0.196909;RO=40;SAF=23;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990314;STB=0.503224;STBP=0.959;TYPE=ins;VARB=-0.0055309;OID=.;OPOS=33168037;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567901:41:85:46:81:35:24:22:18:17:99:40:23:18:22:18 chr19 33168059 . G A 468.61 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.027122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0973;QD=20.3742;RBI=0.0664939;REFB=-0.0097147;REVB=0.0607111;RO=46;SAF=19;SAR=27;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991095;STB=0.554947;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0151706;OID=.;OPOS=33168059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:27:19:24:22:27:19:24:22 chr19 33168412 . C T 401.1 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0119309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.529;QD=24.3088;RBI=0.0119791;REFB=-0.0183907;REVB=-0.00107321;RO=27;SAF=14;SAR=25;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676746;STB=0.537171;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0112399;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:25:14:12:15:25:14:12:15 chr19 33169003 . A C 279.33 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00271961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.544;QD=18.9377;RBI=0.0133414;REFB=-0.0143349;REVB=0.0130613;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359131;STB=0.527213;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0104002;OID=.;OPOS=33169003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:17:13:11:17:17:13:11:18 chr19 33239450 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.723;QD=63.2862;RBI=0.0202226;REFB=0;REVB=0.00163424;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84515e-05;OID=.;OPOS=33239450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr19 33281924 . A G 1742.81 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0535068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1557;QD=58.0936;RBI=0.0540571;REFB=-0.122545;REVB=0.00769325;RO=3;SAF=72;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193754;STB=0.510202;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00295134;OID=.;OPOS=33281924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:3:3:117:117:0.975:45:72:3:0:45:72:3:0 chr19 33293948 . G A 187.92 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00887584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.015;QD=20.3157;RBI=0.0186409;REFB=-0.0112131;REVB=-0.0163922;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116263;STB=0.565645;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0374633;OID=.;OPOS=33293948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:11:8:10:8:11:8:10:8 chr19 33353464 . G A 437.57 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00989421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5966;QD=22.1552;RBI=0.0207415;REFB=-0.0314377;REVB=0.0182295;RO=36;SAF=19;SAR=24;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216509;STB=0.501193;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0196683;OID=.;OPOS=33353464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:24:19:16:20:24:19:16:20 chr19 33353854 . T C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.025943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.847;QD=22.9085;RBI=0.0295738;REFB=0.00670099;REVB=0.0141977;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276481;STB=0.653331;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00571968;OID=.;OPOS=33353854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:10:11:3:14:10:11:3:14 chr19 33355055 . A G 267.85 PASS AF=0.519231;AO=22;DP=53;FAO=27;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000279699;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.538;QD=20.6038;RBI=0.0133267;REFB=-0.0450357;REVB=0.0133237;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281609;STB=0.548984;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0374948;OID=.;OPOS=33355055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:14:22:22:27:0.519231:10:12:13:1:14:13:13:9 chr19 33355081 . G A 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0136103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.156;QD=23.8999;RBI=0.0373483;REFB=-0.0403336;REVB=0.0347801;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997665;STB=0.555514;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0406786;OID=.;OPOS=33355081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:15:12:13:10:15:12:13:10 chr19 33390796 . G A 1169.35 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015304;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1597;QD=59.2077;RBI=0.00755235;REFB=0;REVB=-0.00739566;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00544455;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:73:79:1:42:31:0:0:43:36:0:0 chr19 33414420 . A G 365.99 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0852866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.565;QD=21.5289;RBI=0.0852876;REFB=-0.000794615;REVB=0.000402289;RO=31;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110084;STB=0.506079;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00102227;OID=.;OPOS=33414420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:16:21:18:13:16:21:18:13 chr19 33430816 . T G 2227.16 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=144;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0848398;FXX=0.0408136;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0952;QD=63.1818;RBI=0.0857829;REFB=-0.118424;REVB=0.0126849;RO=0;SAF=55;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00245497;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:141:0:1:140:140:0.992908:85:55:0:0:85:55:1:0 chr19 33439187 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0130749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4326;QD=11.8302;RBI=0.0200267;REFB=-0.0100381;REVB=0.0151696;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105067;STB=0.562387;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0258353;OID=.;OPOS=33439187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:8:10:5:6:8:10 chr19 33444556 . T C 627.8 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=48;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.0123921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5897;QD=20.5837;RBI=0.0240959;REFB=0.000789462;REVB=-0.0206651;RO=58;SAF=48;SAR=15;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399285;STB=0.724205;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00172201;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:59:63:63:0.516393:15:48:19:39:15:48:19:40 chr19 33444576 . C T 498.2 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0177117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.668;QD=16.7462;RBI=0.0181902;REFB=-0.0269119;REVB=-0.00414467;RO=63;SAF=42;SAR=12;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410731;STB=0.737482;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0150734;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:65:54:54:0.453782:12:42:24:39:12:42:24:41 chr19 33444588 . T G 422.18 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.00148284;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.131;QD=14.8134;RBI=0.0344187;REFB=-0.00134569;REVB=0.0343868;RO=61;SAF=41;SAR=7;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.569716;STB=0.820512;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00429273;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:66:48:48:0.421053:7:41:20:41:7:41:23:43 chr19 33444590 . C T 54.92 PASS AF=0.113043;AO=13;DP=115;FAO=13;FDP=115;FR=.;FRO=102;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.00601617;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.06;QD=1.91039;RBI=0.021914;REFB=-0.00310191;REVB=-0.021072;RO=102;SAF=11;SAR=2;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41961;STB=0.813706;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.017098;OID=.;OPOS=33444590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:115:115:102:102:13:13:0.113043:2:11:53:49:2:11:53:49 chr19 33444619 . G A 204.76 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=37;FWDB=0.00978178;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.631;QD=12.6006;RBI=0.0264968;REFB=-0.0051501;REVB=-0.0246252;RO=40;SAF=18;SAR=7;SRF=3;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.616719;STB=0.843242;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00471456;OID=.;OPOS=33444619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:40:40:25:25:0.384615:7:18:3:37:7:18:3:37 chr19 33444707 . C T 163.69 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00670756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.879;QD=20.4614;RBI=0.00678969;REFB=-0.043776;REVB=-0.00105287;RO=14;SAF=3;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330943;STB=0.679372;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00967622;OID=.;OPOS=33444707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:15:17:17:0.53125:14:3:7:7:14:3:7:8 chr19 33467357 . G A 315.17 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00281754;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.389;QD=17.2694;RBI=0.00992515;REFB=-0.0141938;REVB=-0.00951683;RO=37;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557516;STB=0.522567;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0170773;OID=.;OPOS=33467357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:39:33:34:0.465753:18:15:19:18:18:16:20:19 chr19 33467515 . T C 362.63 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00401215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.727;QD=20.7217;RBI=0.0146237;REFB=0.00322043;REVB=-0.0140626;RO=33;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790909;STB=0.543741;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00366517;OID=.;OPOS=33467515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:19:18:13:20:19:18:13:20 chr19 33470874 . A G 990.75 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.432;QD=59.1492;RBI=0.0156417;REFB=0;REVB=0.00643566;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14014e-05;OID=.;OPOS=33470874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:31:35:0:0:31:36:0:0 chr19 33487071 . G C 750.12 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.291;QD=61.2343;RBI=0.0565952;REFB=-0.0986676;REVB=0.0552501;RO=1;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144774;STB=0.507689;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00447857;OID=.;OPOS=33487071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:32:16:0:1:32:16:0:1 chr19 33490566 . T C 177.07 PASS AF=0.204225;AO=29;DP=143;FAO=29;FDP=142;FR=.;FRO=113;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=-0.00263803;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.142;QD=4.98782;RBI=0.0303236;REFB=-0.00382945;REVB=-0.0302087;RO=109;SAF=12;SAR=17;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11574;STB=0.572424;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00947929;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:109:113:29:29:0.204225:17:12:55:54:17:12:57:56 chr19 33490585 . G A 312.57 PASS AF=0.30597;AO=41;DP=134;FAO=41;FDP=134;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.00275746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.883;QD=9.33039;RBI=0.0156505;REFB=0.00362197;REVB=0.0154056;RO=93;SAF=18;SAR=23;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116966;STB=0.568281;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0121798;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:93:93:41:41:0.30597:23:18:50:43:23:18:50:43 chr19 33517515 . C T 287.61 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0154883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.809;QD=13.5345;RBI=0.0171688;REFB=-0.0133285;REVB=-0.00740806;RO=50;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037177;STB=0.521014;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0147694;OID=.;OPOS=33517515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:52:33:33:0.388235:16:17:24:26:16:17:25:27 chr19 33579128 . T C 251.26 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00565483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3721;QD=17.632;RBI=0.0343695;REFB=-0.0133523;REVB=0.0339011;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122239;STB=0.506844;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.029921;OID=.;OPOS=33579128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:18:10:10:19:18:10:10:19 chr19 33586739 . G C 271.35 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0384452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6793;QD=23.5954;RBI=0.0384515;REFB=-0.0186444;REVB=0.000694363;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161076;STB=0.589405;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0152798;OID=.;OPOS=33586739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:6:15:13:12:6:15 chr19 33600764 . T C 196.95 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.010536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.594;QD=15.7559;RBI=0.0109599;REFB=-0.028801;REVB=0.00301871;RO=29;SAF=15;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785662;STB=0.554401;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0433949;OID=.;OPOS=33600764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:29:20:21:0.42:5:15:20:9:5:16:20:9 chr19 33605300 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.681;QD=53.9111;RBI=0.0634052;REFB=0;REVB=-0.00477579;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723144;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr19 33605312 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.795;QD=53.2771;RBI=0.0327289;REFB=0;REVB=-0.0318455;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192057;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr19 33617583 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0196692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.074;QD=12.73;RBI=0.0243261;REFB=-0.0175339;REVB=-0.0143136;RO=12;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424699;STB=0.761191;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.044317;OID=.;OPOS=33617583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:1:8:7:5:1:8:7:5 chr19 33635761 . C T 283.66 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00473203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.654;QD=19.9058;RBI=0.00479484;REFB=-0.0132538;REVB=-0.000773546;RO=26;SAF=22;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250773;STB=0.633413;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0174432;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:8:22:12:14:8:22:13:14 chr19 33647379 . T C 295.96 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0183832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.081;QD=23.2127;RBI=0.025629;REFB=-0.0199361;REVB=0.0178578;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134144;STB=0.580587;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0152292;OID=.;OPOS=33647379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:26:27:0.529412:13:13:7:14:13:14:7:14 chr19 33668046 . G A 144.87 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0203295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.204;QD=10.1664;RBI=0.0218617;REFB=-0.00696286;REVB=0.0080401;RO=38;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158617;STB=0.592501;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0163646;OID=.;OPOS=33668046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:11:8:11:27:11:8:11:27 chr19 33693785 . G A 414.92 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0073327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.863;QD=36.0797;RBI=0.0471966;REFB=-0.0240117;REVB=-0.0466235;RO=13;SAF=11;SAR=22;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232913;STB=0.626787;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0222936;OID=.;OPOS=33693785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:13:33:33:0.717391:22:11:10:3:22:11:10:3 chr19 33696354 . C T 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00295772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.613;QD=7.83877;RBI=0.0055852;REFB=-0.0168132;REVB=-0.00473775;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499583;STB=0.531163;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0375534;OID=.;OPOS=33696354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:4:12:5:2:4:12 chr19 33696621 . C T 699.64 PASS AF=0.6;AO=66;DP=110;FAO=66;FDP=110;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0205919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.932;QD=25.4414;RBI=0.021789;REFB=0.00767634;REVB=-0.00712268;RO=44;SAF=38;SAR=28;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10638;STB=0.557877;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00710159;OID=.;OPOS=33696621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:44:44:66:66:0.6:28:38:19:25:28:38:19:25 chr19 33697546 . C T 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0418252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.443;QD=13.9486;RBI=0.0423744;REFB=-0.00982266;REVB=0.0068001;RO=27;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349195;STB=0.706795;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0114937;OID=.;OPOS=33697546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:14:3:12:15:14:3:12:15 chr19 33698291 . T C 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0346985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.406;QD=12.8972;RBI=0.0348948;REFB=0.000831891;REVB=0.00369646;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138011;STB=0.567012;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00196193;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:9:8:10:19:9:8:11:19 chr19 33698448 . G A 159.88 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0286403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9266;QD=10.8391;RBI=0.078139;REFB=0.00395739;REVB=0.072701;RO=37;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982936;STB=0.543168;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00224419;OID=.;OPOS=33698448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:38:20:21:0.355932:14:6:14:23:14:7:15:23 chr19 33700281 . C A 357.64 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.023552;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.601;QD=20.4368;RBI=0.0236845;REFB=-0.0176008;REVB=0.00250202;RO=31;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992047;STB=0.543741;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0143647;OID=.;OPOS=33700281;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:33:36:37:0.528571:17:19:20:11:18:19:20:13 chr19 34418486 . G GT 71.66 PASS AF=0.224138;AO=12;DP=61;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00160255;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=101.983;QD=4.94219;RBI=0.00799404;REFB=-0.00779206;REVB=-0.00783176;RO=49;SAF=12;SAR=0;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.773362;STB=0.931706;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.145104;OID=.;OPOS=34418487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.224138:12:61:13:58:45:12:1:15:30:71:49:12:0:18:31 chr19 34842488 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.953;QD=58.061;RBI=0.0333987;REFB=0;REVB=0.0041196;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.8103e-05;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr19 34959979 . A G 747.23 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.216;QD=63.5937;RBI=0.0664287;REFB=0;REVB=0.0307535;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187484;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:31:15:0:0:31:16:0:0 chr19 34972146 . G C 723.86 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.040695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6735;QD=54.6309;RBI=0.0687096;REFB=0.0612571;REVB=0.0553617;RO=1;SAF=8;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552805;STB=0.5294;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000386162;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:44:8:1:0:44:8:1:0 chr19 35084435 . T C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.000302757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.314;QD=19.1804;RBI=0.00262801;REFB=0.000898545;REVB=0.00261051;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796854;STB=0.545386;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.000919988;OID=.;OPOS=35084435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:4:7:7:6:4:7 chr19 35250894 . G A 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0215586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.27;QD=11.0822;RBI=0.029926;REFB=-0.0151827;REVB=0.0207555;RO=42;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123599;STB=0.572215;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0278487;OID=.;OPOS=35250894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:16:7:17:25:16:7:17:25 chr19 35434238 . A G 296.73 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00417188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.915;QD=15.6175;RBI=0.0106394;REFB=-0.0114259;REVB=-0.00978732;RO=43;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901898;STB=0.55081;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0104603;OID=.;OPOS=35434238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:17:16:17:26:17:16:17:26 chr19 35434512 . T C 156.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0119948;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.366;QD=12.7956;RBI=0.0127962;REFB=-0.00688521;REVB=-0.00445712;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200646;STB=0.624866;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0144105;OID=.;OPOS=35434512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:30:31:18:18:0.367347:8:10:11:19:8:10:11:20 chr19 35435006 . G A 65.93 PASS AF=0.277778;AO=9;DP=35;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00178817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.491;QD=7.32594;RBI=0.00363195;REFB=-0.00818762;REVB=-0.00316125;RO=26;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349948;STB=0.740221;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0214495;OID=.;OPOS=35435006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:35:36:26:26:9:10:0.277778:2:7:13:13:2:8:13:13 chr19 35435069 . A G 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00650787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.17;QD=13.0887;RBI=0.00923047;REFB=-0.0179611;REVB=-0.00654594;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475257;STB=0.527824;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0334392;OID=.;OPOS=35435069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:7:9:14:13:7:9:14:13 chr19 35435589 . C T 62.8 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0120667;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8269;QD=7.38797;RBI=0.0739942;REFB=-0.0155518;REVB=-0.0730036;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646411;STB=0.555432;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0360469;OID=.;OPOS=35435589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:34:34:24:25:9:9:0.264706:5:4:12:12:5:4:13:12 chr19 35449082 . G A 732.47 PASS AF=0.478261;AO=77;DP=162;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.00584424;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4025;QD=18.1981;RBI=0.00843988;REFB=-0.0183023;REVB=0.00608904;RO=82;SAF=35;SAR=42;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493464;STB=0.519995;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0185638;OID=.;OPOS=35449082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:82:84:77:77:0.478261:42:35:33:49:42:35:35:49 chr19 35450229 . C T 224.85 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00838942;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.746;QD=15.7791;RBI=0.0188071;REFB=-0.00571783;REVB=-0.0168322;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331864;STB=0.537786;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00717625;OID=.;OPOS=35450229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:31:25:26:0.45614:10:15:17:13:10:16:17:14 chr19 35487125 . G A 165.68 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.013655;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1324;QD=15.7794;RBI=0.0463217;REFB=-0.00263123;REVB=0.0442633;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262598;STB=0.622811;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00396747;OID=.;OPOS=35487125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:17:18:0.428571:12:5:13:11:12:6:13:11 chr19 35506729 . G A 541.94 PASS AF=0.407895;AO=62;DP=153;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.00342903;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.068;QD=14.2616;RBI=0.0133411;REFB=-0.0237919;REVB=0.0128929;RO=90;SAF=40;SAR=22;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146408;STB=0.582497;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0337012;OID=.;OPOS=35506729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:90:90:62:62:0.407895:22:40:46:44:22:40:46:44 chr19 35510102 . G C 254.31 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0105071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.696;QD=21.6433;RBI=0.0157921;REFB=-0.0258709;REVB=0.0117895;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270417;STB=0.657011;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0313532;OID=.;OPOS=35510102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:23:23:24:0.510638:15:8:15:8:16:8:15:8 chr19 35524824 . T C 169.43 PASS AF=0.375;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00148706;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.505;QD=12.1018;RBI=0.0110519;REFB=-0.013378;REVB=-0.0109514;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935407;STB=0.571361;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.020753;OID=.;OPOS=35524824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:37:35:21:21:0.375:9:12:18:19:9:12:16:19 chr19 35524939 . C A 151.24 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0183367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.196;QD=20.1648;RBI=0.034803;REFB=-0.0125052;REVB=-0.0295806;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153115;OID=.;OPOS=35524939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:14:16:16:0.533333:8:8:6:7:8:8:7:7 chr19 35524944 . G C 136.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0553613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.7765;QD=18.2498;RBI=0.056328;REFB=0.0276791;REVB=0.0103908;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946828;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0069859;OID=.;OPOS=35524944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:8:6:8:7:8:7:8:7 chr19 35551225 . G GC 150.63 PASS AF=0.596491;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0551321;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.271;QD=10.5706;RBI=0.0580999;REFB=-0.0164037;REVB=0.0183317;RO=23;SAF=14;SAR=19;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00803396;STB=0.520493;STBP=0.748;TYPE=ins;VARB=0.0246779;OID=.;OPOS=35551226;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.596491:33:59:34:57:23:15:19:9:14:75:23:14:19:10:13 chr19 35577870 . G A 298.75 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.00978784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.596;QD=11.8318;RBI=0.0115015;REFB=-0.0154919;REVB=0.00604011;RO=64;SAF=8;SAR=28;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152442;STB=0.584964;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0205497;OID=.;OPOS=35577870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:65:36:36:0.356436:28:8:21:43:28:8:21:44 chr19 35590180 . T A 247.3 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0141023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.349;QD=13.7388;RBI=0.0141565;REFB=-0.0145166;REVB=0.00123751;RO=42;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459775;STB=0.532142;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.026277;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:43:29:29:0.402778:16:13:17:25:16:13:17:26 chr19 35597352 . T C 529.72 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.35514e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.295;QD=58.8575;RBI=0.0373278;REFB=0;REVB=0.0373277;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42933e-05;OID=.;OPOS=35597352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:19:15:0:0:20:16:0:0 chr19 35597462 . A G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00776762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.102;QD=22.6;RBI=0.0273568;REFB=-0.0254669;REVB=-0.0262309;RO=20;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224854;STB=0.626611;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0144211;OID=.;OPOS=35597462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:6:17:10:10:6:17:10:10 chr19 35597620 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0156299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.217;QD=17.1565;RBI=0.0195547;REFB=-0.00649681;REVB=-0.0117513;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748639;STB=0.542807;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0064616;OID=.;OPOS=35597620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:9:11:8:9:9:11 chr19 35597729 . C T 109.97 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0406321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.7415;QD=14.6621;RBI=0.0409571;REFB=-0.010071;REVB=0.0051492;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660375;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0100615;OID=.;OPOS=35597729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:9:8:7:6:9:8 chr19 35597790 . G T 251.35 PASS AF=0.575;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00300842;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6422;QD=25.1346;RBI=0.004895;REFB=0.0153836;REVB=0.00386141;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309972;STB=0.517227;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00680635;OID=.;OPOS=35597790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:17:23:23:0.575:14:9:6:11:14:9:6:11 chr19 35610245 . A G 242.15 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0218132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.684;QD=23.0616;RBI=0.0356143;REFB=0.00496604;REVB=0.0281525;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263574;STB=0.652042;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00172694;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:14:8:13:6:15:8:13:6 chr19 35622695 . A G 727.56 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2098;QD=63.2657;RBI=0.0429336;REFB=0;REVB=-0.0226116;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106868;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:22:24:0:0 chr19 35648365 . T G 397.76 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0187405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.146;QD=18.0798;RBI=0.0278967;REFB=-0.0275224;REVB=-0.0206645;RO=47;SAF=28;SAR=13;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134793;STB=0.575536;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0274876;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:13:28:26:21:13:28:26:21 chr19 35649324 . C G 474.9 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000692638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.213;QD=57.5638;RBI=0.030051;REFB=0;REVB=0.030043;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010824;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:10:20:0:0:13:20:0:0 chr19 35655151 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0904776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.574;QD=50.4133;RBI=0.0923931;REFB=0;REVB=0.018716;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376905;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr19 35660450 . T C 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00498366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.331;QD=20.0308;RBI=0.0288058;REFB=-0.0106363;REVB=-0.0283714;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144062;STB=0.581059;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00945592;OID=.;OPOS=35660450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:10:16:11:13:10:16 chr19 35660508 . G A 757.55 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0745676;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9925;QD=61.8411;RBI=0.0745676;REFB=-0.0355072;REVB=-9.66348e-06;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229327;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00222116;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:27:20:1:0:27:21:1:0 chr19 35719020 . C T 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0272782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.518;QD=15.8863;RBI=0.0325584;REFB=0.00433238;REVB=-0.017775;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03868;STB=0.521796;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00507117;OID=.;OPOS=35719020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:17:16:22:20:17:16:22:20 chr19 35719106 . A G 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.029098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.274;QD=12.4025;RBI=0.0291305;REFB=-0.0181236;REVB=0.0013738;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832618;STB=0.549071;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0418298;OID=.;OPOS=35719106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:6:10:16:13:6:10:16:13 chr19 35757427 . G A 279.84 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.011241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.536;QD=18.9724;RBI=0.0531492;REFB=-0.0246584;REVB=0.0519468;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122937;STB=0.55852;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0174566;OID=.;OPOS=35757427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:29:29:30:0.508475:13:16:12:17:14:16:12:17 chr19 35758275 . G GGGA 376.58 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=84;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00137337;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=3;MLLD=202.709;QD=18.3697;RBI=0.00287357;REFB=-0.0241536;REVB=0.00252413;RO=46;SAF=20;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381899;STB=0.522716;STBP=0.738;TYPE=ins;VARB=0.0257755;OID=.;OPOS=35758276;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47561:38:84:39:82:43:21:18:25:18:99:46:20:18:26:20 chr19 35786868 . C T 1659.43 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.458;QD=60.3429;RBI=0.0386457;REFB=0;REVB=0.00826255;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.79524e-05;OID=.;OPOS=35786868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:66:44:0:0:66:44:0:0 chr19 35828903 . G A 344.11 PASS AF=0.45122;AO=33;DP=78;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0106186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.549;QD=16.7857;RBI=0.0106637;REFB=-0.01474;REVB=0.000979679;RO=45;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254183;STB=0.547594;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0156785;OID=.;OPOS=35828903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:45:45:33:37:0.45122:19:14:18:27:19:18:18:27 chr19 35836600 . C A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00791153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.2;QD=15.2296;RBI=0.020072;REFB=-0.0202173;REVB=-0.0184471;RO=28;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269508;STB=0.655796;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0380312;OID=.;OPOS=35836600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:6:13:12:16:6:13:12:16 chr19 35843086 . G A 379.6 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372942;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8035;QD=56.2366;RBI=0.0692938;REFB=0;REVB=0.0584018;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000876712;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr19 35849883 . C G 408.31 PASS AF=0.512821;AO=36;DP=79;FAO=40;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0307917;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.838;QD=20.9387;RBI=0.0313395;REFB=-0.0266149;REVB=-0.00583362;RO=24;SAF=16;SAR=20;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407673;STB=0.580605;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0133086;OID=.;OPOS=35849883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:24:35:36:40:0.512821:20:16:12:12:24:16:20:15 chr19 35850893 . G A 204.7 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.429;QD=43.0943;RBI=0.0542439;REFB=0.0227425;REVB=0.0506;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482085;STB=0.523783;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00248371;OID=.;OPOS=35850893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:19:1:1:17:18:0.947368:8:9:1:0:8:10:1:0 chr19 35851090 . T C 102.91 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0331056;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.198;QD=8.94857;RBI=0.0332182;REFB=-0.0180766;REVB=-0.002733;RO=33;SAF=1;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.646042;STB=0.901572;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0250809;OID=.;OPOS=35851090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:33:33:13:13:0.282609:12:1:19:14:12:1:19:14 chr19 35863383 . C T 34.71 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0515092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7731;QD=4.62761;RBI=0.0689486;REFB=-0.0135307;REVB=0.0458335;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523806;STB=0.84995;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0541534;OID=.;OPOS=35863383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:5:1:15:9:5:1:15:9 chr19 35863707 . G A 219.83 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00170302;FXX=0.0416493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.206;QD=38.2312;RBI=0.0365372;REFB=-0.0720617;REVB=0.0364975;RO=4;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219672;STB=0.621162;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00619545;OID=.;OPOS=35863707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:15:4:3:1:15:4:3:1 chr19 35991373 . C T 1109.65 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294602;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.813;QD=58.4027;RBI=0.0379871;REFB=-0.0980845;REVB=0.0239815;RO=1;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113997;STB=0.505881;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00038878;OID=.;OPOS=35991373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:41:33:0:1:42:33:0:1 chr19 35991442 . T G 1181.9 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0657522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.266;QD=58.3656;RBI=0.0658616;REFB=0.00292106;REVB=-0.00379465;RO=1;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937498;STB=0.503524;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=6.63184e-05;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:1:2:79:79:0.975309:50:29:0:1:50:29:1:1 chr19 35997457 . G T 431.94 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0182345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7548;QD=20.3265;RBI=0.0698607;REFB=-0.00662376;REVB=0.067439;RO=42;SAF=18;SAR=25;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148047;STB=0.581614;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00791907;OID=.;OPOS=35997457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:25:18:11:31:25:18:11:31 chr19 35998362 . T G 83.11 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00995749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1417;QD=9.77719;RBI=0.0259279;REFB=-0.0110468;REVB=-0.0239396;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266107;STB=0.5161;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.028415;OID=.;OPOS=35998362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:12:11:5:6:12:11 chr19 36002393 . C T 199.36 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.047227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.31;QD=44.3027;RBI=0.0503013;REFB=-0.184134;REVB=0.0173158;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518497;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00521804;OID=.;OPOS=36002393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:18:18:0:1:17:17:0.944444:13:4:0:0:13:4:0:1 chr19 36002418 . GCCA G,GCTG 57.75 PASS AF=0.352941,0.117647;AO=5,2;DP=15;FAO=6,2;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1,1;FSAR=5,1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0143005,0.0372631;FXX=0.0555247;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=165.044,153.688;QD=13.5886;RBI=0.0143543,0.0429325;REFB=-0.0423296,-0.0432829;REVB=-0.00124154,-0.0213227;RO=5;SAF=1,1;SAR=4,1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.306614;STB=0.644611,0.635105;STBP=0.484,0.738;TYPE=del,mnp;VARB=0.0448671,0.0147052;OID=.,.;OPOS=36002419,36002420;OREF=CCA,CA;OALT=-,TG;OMAPALT=G,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941,0.117647:5,2:15:6,2:17:9:1,1:5,1:3:6:42:5:1,1:4,1:1:4 chr19 36002710 . C A 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00337843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.448;QD=16.0769;RBI=0.00630833;REFB=-0.0222272;REVB=0.0053274;RO=40;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120612;STB=0.584367;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0188151;OID=.;OPOS=36002710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:43:34:34:0.441558:17:17:25:15:17:17:28:15 chr19 36004106 . A G 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3363;QD=55.6509;RBI=0.0359669;REFB=0;REVB=-0.0154412;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000657732;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr19 36004171 . C A 109.04 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.021792;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.464;QD=22.9547;RBI=0.0227251;REFB=-0.0431745;REVB=-0.00644484;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148255;STB=0.583205;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0288126;OID=.;OPOS=36004171;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:20:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:1:6:8:4:1:6 chr19 36017927 . CG C 40.87 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0748191;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.113;QD=12.5741;RBI=0.0757069;REFB=-0.0149097;REVB=0.0115601;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303121;STB=0.688929;STBP=0.357;TYPE=del;VARB=0.0198966;OID=.;OPOS=36017928;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:6:15:6:13:7:5:1:4:3:40:7:5:1:4:3 chr19 36033460 . C T 327.19 PASS AF=0.356522;AO=40;DP=114;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0217055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.289;QD=11.3804;RBI=0.0233649;REFB=-0.000211424;REVB=0.00864824;RO=73;SAF=26;SAR=14;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166288;STB=0.580013;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000421583;OID=.;OPOS=36033460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:73:74:40:41:0.356522:14:26:37:36:15:26:38:36 chr19 36050969 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00190875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.267;QD=17.8274;RBI=0.0714144;REFB=-0.0172489;REVB=0.0713889;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240072;STB=0.651943;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0231843;OID=.;OPOS=36050969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:6:6:8:2:6:6:9:2 chr19 36066570 . A G 5769.71 PASS AF=0.914352;AO=394;DP=432;FAO=395;FDP=432;FR=.;FRO=37;FSAF=159;FSAR=236;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00737922;FXX=0.00689639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.927;QD=53.4232;RBI=0.0116889;REFB=-0.0214327;REVB=0.00906523;RO=37;SAF=158;SAR=236;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281237;STB=0.514609;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00196692;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:432:37:37:394:395:0.914352:236:158:21:16:236:159:21:16 chr19 36066577 . A G 5554.58 PASS AF=0.908019;AO=384;DP=425;FAO=385;FDP=424;FR=.;FRO=39;FSAF=158;FSAR=227;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.000500742;FXX=0.00235289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.513;QD=52.4017;RBI=0.0247658;REFB=0.0169333;REVB=0.0247607;RO=39;SAF=158;SAR=226;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274692;STB=0.514531;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00116457;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:424:39:39:384:385:0.908019:226:158:22:17:227:158:22:17 chr19 36066634 . A G 4548.37 PASS AF=0.896648;AO=321;DP=358;FAO=321;FDP=358;FR=.;FRO=37;FSAF=142;FSAR=179;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0216238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6898;QD=50.8198;RBI=0.0231543;REFB=-0.0102877;REVB=0.00827856;RO=37;SAF=142;SAR=179;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019478;STB=0.510258;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00246632;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:358:37:37:321:321:0.896648:179:142:20:17:179:142:20:17 chr19 36066642 . A G 4042.35 PASS AF=0.880368;AO=287;DP=326;FAO=287;FDP=326;FR=.;FRO=39;FSAF=133;FSAR=154;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.047148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.447;QD=49.5993;RBI=0.0471633;REFB=0.0219339;REVB=0.00119853;RO=38;SAF=133;SAR=154;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198628;STB=0.509014;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00255317;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:38:39:287:287:0.880368:154:133:21:17:154:133:21:18 chr19 36066645 . A G 3853.37 PASS AF=0.890323;AO=270;DP=305;FAO=276;FDP=310;FR=.;FRO=34;FSAF=134;FSAR=142;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0154257;FXX=0.00321533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.152;QD=49.7209;RBI=0.0170335;REFB=-0.0512042;REVB=0.00722409;RO=33;SAF=133;SAR=137;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00786527;STB=0.501638;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00610826;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:310:33:34:270:276:0.890323:137:133:15:18:142:134:16:18 chr19 36066661 . A G 2898.39 PASS AF=0.839357;AO=208;DP=248;FAO=209;FDP=249;FR=.;FRO=40;FSAF=116;FSAR=93;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.030699;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.477;QD=46.5605;RBI=0.0313547;REFB=0.000335784;REVB=0.00637883;RO=39;SAF=115;SAR=93;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351718;STB=0.517013;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-8.23565e-05;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:249:39:40:208:209:0.839357:93:115:17:22:93:116:18:22 chr19 36066667 . A G 2282.85 PASS AF=0.799087;AO=175;DP=220;FAO=175;FDP=219;FR=.;FRO=44;FSAF=110;FSAR=65;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00641731;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.795;QD=41.6959;RBI=0.00649973;REFB=-0.018316;REVB=0.00103185;RO=45;SAF=110;SAR=65;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831217;STB=0.541423;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00426979;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:45:44:175:175:0.799087:65:110:19:26:65:110:19:25 chr19 36214632 . A AG 1471.26 PASS AF=1;AO=115;DP=132;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197837;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.7351;QD=47.0804;RBI=0.20123;REFB=0;REVB=-0.0368004;RO=8;SAF=42;SAR=73;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129933;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00166207;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:115:132:125:125:0:44:81:0:0:27:8:42:73:3:5 chr19 36243089 . T C 767.99 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1999;QD=56.8885;RBI=0.0344551;REFB=0;REVB=-0.0328977;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261451;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:18:35:0:0:18:36:0:0 chr19 36243813 . G A 1515.85 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=108;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00169372;FXX=0.0272702;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.918;QD=56.6671;RBI=0.0356785;REFB=0.0960129;REVB=0.0356382;RO=3;SAF=51;SAR=52;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868611;STB=0.504672;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.000472299;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:107:3:3:103:104:0.971963:52:51:1:2:52:52:1:2 chr19 36255965 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.37;QD=51.9153;RBI=0.0599938;REFB=0;REVB=0.0338816;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447826;OID=.;OPOS=36255965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr19 36258937 . AGGG AGG,AGGC 832.6 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=56,3;DP=59;FAO=58,2;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.22048,-0.152909;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=24.838,6.15555;QD=55.5068;RBI=0.250275,0.153061;REFB=0,0;REVB=-0.118432,0.00683985;RO=0;SAF=37,1;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.65905e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0076121,-0.00398434;OID=.,.;OPOS=36258938,36258940;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGG,AGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.966667,0.0333333:56,3:59:58,2:60:0:39,0:19,2:0:0:7:0:37,1:19,2:0:0 chr19 36259415 . G A 1449.12 PASS AF=0.961905;AO=102;DP=105;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.000847654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7282;QD=55.2045;RBI=0.0669189;REFB=-0.0157592;REVB=0.0669135;RO=3;SAF=31;SAR=71;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437209;STB=0.519533;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000793155;OID=.;OPOS=36259415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:105:3:4:102:101:0.961905:71:31:3:0:70:31:3:1 chr19 36268771 . C T 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.974;QD=56.212;RBI=0.0251806;REFB=-0.0234114;REVB=0.0227587;RO=1;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116565;STB=0.506171;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000257162;OID=.;OPOS=36268771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:40:21:0:1:40:21:0:1 chr19 36270052 . A G 425.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.501;QD=56.6794;RBI=0.0197608;REFB=0;REVB=-0.000208373;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32889e-05;OID=.;OPOS=36270052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:19:11:0:0 chr19 36271139 . C T 754.82 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1854;QD=56.9673;RBI=0.061448;REFB=0;REVB=0.0542948;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010507;OID=.;OPOS=36271139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:30:23:0:0 chr19 36278470 . C G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.191;QD=62.6711;RBI=0.0474379;REFB=0;REVB=0.0217676;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189933;OID=.;OPOS=36278470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr19 36342212 . C T 606.0 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3825;QD=60.5997;RBI=0.0875445;REFB=0;REVB=-0.0188352;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140628;OID=.;OPOS=36342212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:21:19:0:0 chr19 36355595 . A G 731.92 PASS AF=0.96;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0615762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3697;QD=58.5539;RBI=0.0697099;REFB=0.0333968;REVB=-0.0326777;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.519992;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00712989;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:1:2:48:48:0.96:24:24:0:1:24:24:0:2 chr19 36486445 . G C 576.34 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.125;QD=60.6671;RBI=0.0828318;REFB=0;REVB=0.0564399;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240745;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:9:27:0:0:10:28:0:0 chr19 36497358 . C G 1197.24 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693217;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.348;QD=61.3968;RBI=0.0695295;REFB=0;REVB=0.00537141;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18672e-05;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:42:34:0:0:43:35:0:0 chr19 36549684 . G A 135.88 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0313917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1477;QD=8.49252;RBI=0.0856042;REFB=-0.0132949;REVB=0.0796407;RO=45;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179139;STB=0.510697;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0375232;OID=.;OPOS=36549684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:10:9:22:23:10:9:22:23 chr19 36549690 . C T 506.81 PASS AF=0.692308;AO=45;DP=66;FAO=45;FDP=65;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0503985;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0485;QD=31.1882;RBI=0.0937734;REFB=-0.0117008;REVB=-0.0790787;RO=21;SAF=22;SAR=23;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354459;STB=0.527385;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00308319;OID=.;OPOS=36549690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:21:20:45:45:0.692308:23:22:9:12:23:22:8:12 chr19 36575645 . G A 93.83 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0119343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.252;QD=10.4258;RBI=0.0485201;REFB=-0.00431847;REVB=-0.0470295;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792193;STB=0.558158;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0190408;OID=.;OPOS=36575645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:35:36:23:24:12:12:0.333333:7:5:8:15:7:5:8:16 chr19 36590357 . GC G 39.64 PASS AF=0.32;AO=9;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0687135;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.8738;QD=6.34173;RBI=0.120093;REFB=-0.0709105;REVB=-0.0984923;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.52381;SSSB=0.618555;STB=0.841413;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.0949913;OID=.;OPOS=36590358;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:9:26:8:25:17:6:2:3:14:39:16:7:2:2:14 chr19 36593915 . T G 116.19 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0339507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.079;QD=20.2063;RBI=0.0380312;REFB=-0.0262494;REVB=-0.0171383;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223167;STB=0.638912;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0104958;OID=.;OPOS=36593915;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:9:10:13:13:0.565217:8:5:1:8:8:5:1:9 chr19 36594369 . C T 382.7 PASS AF=0.408163;AO=38;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0101833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3099;QD=15.6204;RBI=0.0106639;REFB=-0.00912989;REVB=0.00316536;RO=54;SAF=21;SAR=17;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163273;STB=0.512732;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0243348;OID=.;OPOS=36594369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:56:38:40:0.408163:17:21:29:25:17:23:31:25 chr19 36594659 . A T 271.8 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00494103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.427;QD=19.4146;RBI=0.0111357;REFB=-0.0155155;REVB=0.0099795;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569673;STB=0.503174;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00663087;OID=.;OPOS=36594659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:17:12:11:16:17:12:11:16 chr19 36595436 . A C 273.37 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00696773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.164;QD=14.9792;RBI=0.0393351;REFB=-0.0214857;REVB=-0.0387131;RO=38;SAF=11;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172269;STB=0.572965;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0370368;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:38:42:31:31:0.424658:20:11:20:18:20:11:20:22 chr19 36602448 . TCG CTC,TCA 195.62 PASS AF=0,0.477273;AO=2,19;DP=45;FAO=0,21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=0,6;FSAR=0,15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0358401,-0.022332;FXX=0.0222173;HRUN=1,3;LEN=3,1;MLLD=35.3568,142.192;QD=17.7833;RBI=0.0429742,0.0399671;REFB=0.0110894,-0.0203147;REVB=-0.0237123,0.0331458;RO=20;SAF=0,6;SAR=2,13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.531429,-0.221313;STB=0.5,0.655018;STBP=1,0.073;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0426628;OID=.,.;OPOS=36602448,36602450;OREF=TCG,G;OALT=CTC,A;OMAPALT=CTC,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:44:20:23:2,19:0,21:0,0.477273:2,13:0,6:11:9:0,15:0,6:13:10 chr19 36642884 . T C 760.36 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103932;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.484;QD=57.3853;RBI=0.0129131;REFB=0;REVB=0.00766343;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021579;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:39:14:0:0:39:14:0:0 chr19 36727365 . G A 902.82 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.524;QD=58.2463;RBI=0.0157022;REFB=0;REVB=0.0144794;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24218e-05;OID=.;OPOS=36727365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:34:28:0:0 chr19 36939607 . C T 430.05 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0131741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.667;QD=22.6345;RBI=0.016904;REFB=-0.00913371;REVB=0.0105919;RO=34;SAF=20;SAR=22;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432323;STB=0.523798;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00892541;OID=.;OPOS=36939607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:22:20:18:16:22:20:18:16 chr19 36940698 . A G 261.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00140923;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4119;QD=24.2927;RBI=0.00571044;REFB=-0.00312789;REVB=-0.00553383;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123375;STB=0.568804;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00228099;OID=.;OPOS=36940698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:19:24:24:0.55814:15:9:10:9:15:9:10:9 chr19 36940760 . G T 269.79 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0572379;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6891;QD=28.3987;RBI=0.0642781;REFB=-0.0291308;REVB=-0.0292488;RO=14;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694906;STB=0.538429;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0113742;OID=.;OPOS=36940760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:14:14:24:24:0.631579:16:8:6:8:16:8:6:8 chr19 37004938 . T C 219.77 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.000357178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4862;QD=17.5819;RBI=0.0664983;REFB=-0.0317464;REVB=0.0664973;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10549;STB=0.559946;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0358748;OID=.;OPOS=37004938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:17:11:11:11:17:11 chr19 37038416 . T C 151.55 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0228593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6787;QD=10.1032;RBI=0.0286824;REFB=0.00107758;REVB=-0.0173245;RO=40;SAF=13;SAR=7;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901378;STB=0.553137;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.000801653;OID=.;OPOS=37038416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:7:13:23:17:7:13:23:17 chr19 37039069 . A C 319.74 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00468836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1958;QD=18.5356;RBI=0.0237056;REFB=-0.0186853;REVB=-0.0232374;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911528;STB=0.550745;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0173623;OID=.;OPOS=37039069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:16:18:22:13:16:18:22:13 chr19 37065732 . A C 211.04 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0134116;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.297;QD=18.3513;RBI=0.0202937;REFB=0.00554152;REVB=-0.0152304;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284033;STB=0.528275;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0064338;OID=.;OPOS=37065732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:25:21:21:0.456522:9:12:13:11:9:12:13:12 chr19 37068081 . G C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0109942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.865;QD=17.8005;RBI=0.0169008;REFB=-0.00893276;REVB=-0.012836;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136729;STB=0.577903;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0100771;OID=.;OPOS=37068081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:8:12:11:13:8:12:11:13 chr19 37117302 . A G 886.6 PASS AF=1;AO=51;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.714;QD=58.1374;RBI=0.0541583;REFB=0;REVB=-0.0107132;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124701;OID=.;OPOS=37117302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:51:61:1:33:18:0:0:33:28:0:0 chr19 37134737 . T C 862.95 PASS AF=0.475676;AO=88;DP=185;FAO=88;FDP=185;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.045781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8256;QD=18.6583;RBI=0.0458337;REFB=-0.0110453;REVB=-0.00219795;RO=97;SAF=43;SAR=45;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052937;STB=0.529224;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.014255;OID=.;OPOS=37134737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:97:97:88:88:0.475676:45:43:42:55:45:43:42:55 chr19 37210529 . A G 156.57 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.132941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7005;QD=16.9263;RBI=0.139446;REFB=0.00391141;REVB=0.0420941;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161375;STB=0.621227;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00333981;OID=.;OPOS=37210529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:20:20:15:17:0.459459:9:6:5:15:9:8:5:15 chr19 37210805 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.751;QD=57.1764;RBI=0.0208859;REFB=0;REVB=-0.00605829;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80238e-05;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr19 37240622 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0399957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.906;QD=11.0898;RBI=0.0405223;REFB=-0.0172059;REVB=-0.00651199;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0248703;OID=.;OPOS=37240622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:2:4:2:3:2:4 chr19 37241141 . A G 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00562032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.151;QD=17.0888;RBI=0.0135941;REFB=-0.0193885;REVB=-0.0123778;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05214;STB=0.529388;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.022728;OID=.;OPOS=37241141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:12:13:13:15:12:13:13:15 chr19 37465298 . CGTTTTT CGTTTTC,TCGTTTT 40.05 PASS AF=0.0941176,0;AO=9,6;DP=85;FAO=8,0;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=2,0;FSAR=6,0;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.0825533,0.0134213;FXX=0.0116266;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=33.9085,102.635;QD=1.88487;RBI=0.129213,0.137863;REFB=-0.0555132,-0.0104751;REVB=-0.0994028,-0.137208;RO=54;SAF=2,0;SAR=7,6;SRF=28;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.368055,-0.614456;STB=0.637928,0.5;STBP=0.428,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0863301,0;OID=.,.;OPOS=37465304,37465298;OREF=T,CGT;OALT=C,TCG;OMAPALT=CGTTTTC,TCGTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:85:85:54:73:9,6:8,0:0.0941176,0:7,6:2,0:28:26:6,0:2,0:28:45 chr19 37690420 . C T 494.56 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.663;QD=54.9513;RBI=0.0476871;REFB=-0.18286;REVB=0.0352162;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00081886;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:34:35:0.972222:17:17:0:0:17:18:1:0 chr19 37758904 . T C 32.26 PASS AF=0.0833333;AO=9;DP=106;FAO=9;FDP=108;FR=.;FRO=99;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=65;FWDB=-0.0315241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1921;QD=1.19481;RBI=0.0670275;REFB=-0.000615729;REVB=-0.0591516;RO=97;SAF=3;SAR=6;SRF=34;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214215;STB=0.510322;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00197605;OID=.;OPOS=37758904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:106:108:97:99:9:9:0.0833333:6:3:34:63:6:3:34:65 chr19 37854172 . CGGGGGA CGGGGAG 32.36 PASS AF=0.571429;AO=2;DP=8;FAO=4;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=4;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.123323;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=24.196;QD=18.4899;RBI=0.123323;REFB=-0.096563;REVB=0;RO=3;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599865;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.107885;OID=.;OPOS=37854177;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=CGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:2:8:4:7:2:4:0:2:0:11:3:2:0:2:1 chr19 38030265 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.63112e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.886;QD=61.5363;RBI=0.0193801;REFB=0;REVB=0.0193799;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76025e-05;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr19 38033251 . C T 415.07 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289481;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.488;QD=57.2508;RBI=0.0699519;REFB=0;REVB=-0.063681;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116966;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr19 38034012 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA,ATTTTT 508.68 PASS AF=0.484848,0.5,0,0;AO=21,9,9,8;DP=69;FAO=32,33,0,0;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=8,12,0,0;FSAR=24,21,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.064881,0.243818,0.196478,-0.124974;FXX=0.0149231;HRUN=5,5,5,7;LEN=2,1,1,1;MLLD=12.5809,10.3442,4.33488,7.96082;QD=30.8289;RBI=0.17298,0.522866,0.363821,0.191634;REFB=0.0648777,-0.0381881,-0.121584,0.132652;REVB=0.160352,0.462539,0.306206,-0.145275;RO=14;SAF=6,6,9,0;SAR=15,3,0,8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.373608,0.814649,-0.734908;STB=0.510198,0.511621,0.5,0.5;STBP=0.635,0.529,1,1;TYPE=del,del,snp,del;VARB=0.0252474,0.118758,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=38034017,38034013,38034017,38034018;OREF=TA,T,T,A;OALT=-,-,A,-;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA,ATTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.484848,0.5,0,0:21,9,9,8:69:32,33,0,0:66:1:8,12,0,0:24,21,0,0:0:1:95:14:6,6,9,0:15,3,0,8:4:10 chr19 38046967 . G A 1212.4 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753582;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.421;QD=61.3876;RBI=0.0268431;REFB=0;REVB=0.0257636;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85771e-05;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr19 38055612 . A T 1316.15 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0213794;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.144;QD=59.8249;RBI=0.0221623;REFB=-0.203865;REVB=0.00583838;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119932;STB=0.501066;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00192343;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:88:1:2:86:86:0.977273:47:39:1:0:47:39:1:1 chr19 38056574 . T A 1356.94 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.03105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6108;QD=58.9973;RBI=0.0427257;REFB=-0.13201;REVB=-0.0293493;RO=3;SAF=34;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018524;STB=0.509782;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0207619;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:3:3:89:89:0.967391:55:34:2:1:55:34:2:1 chr19 38091932 . A T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.859;QD=62.67;RBI=0.0134985;REFB=0;REVB=0.00307367;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95022e-05;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr19 38091970 . G A 178.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0083178;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.715;QD=13.7581;RBI=0.0268662;REFB=-0.011212;REVB=0.0255462;RO=31;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319637;STB=0.683372;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00976443;OID=.;OPOS=38091970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:31:31:21:21:0.403846:7:14:11:20:7:14:11:20 chr19 38202516 . A C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000689538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.779;QD=59.8319;RBI=0.157835;REFB=0;REVB=0.157834;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608515;OID=.;OPOS=38202516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr19 38314767 . A G 859.74 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00149644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=336.373;QD=54.5869;RBI=0.0132589;REFB=0.00486067;REVB=0.0131742;RO=2;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336837;STB=0.517851;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-3.74338e-05;OID=.;OPOS=38314767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:27:34:0:2:27:34:0:2 chr19 38376485 . T A 894.29 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00200868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.992;QD=55.0329;RBI=0.0203703;REFB=-0.0762049;REVB=0.020271;RO=2;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00190992;STB=0.500734;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000489819;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:62:63:0.969231:33:29:1:1:33:30:1:1 chr19 38377564 . T C 298.3 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0877134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.206;QD=45.8917;RBI=0.0877139;REFB=-0.0878943;REVB=-0.000275973;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710841;STB=0.53843;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0121424;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:26:2:2:23:24:0.923077:12:11:0:2:12:12:0:2 chr19 38377773 . G A 183.53 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.845;QD=45.8831;RBI=0.105628;REFB=0;REVB=0.0725823;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303433;OID=.;OPOS=38377773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:4:10:0:0:4:12:0:0 chr19 38378107 . G A 1018.05 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5344;QD=59.0171;RBI=0.0276016;REFB=0;REVB=-0.0269346;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052141;OID=.;OPOS=38378107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:35:33:0:0:35:34:0:0 chr19 38378539 . G C 773.28 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194716;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.393;QD=64.4401;RBI=0.0128425;REFB=0;REVB=-0.012694;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54828e-05;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr19 38379446 . C T 627.56 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.86;QD=59.7671;RBI=0.0285847;REFB=0;REVB=0.00909339;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97179e-05;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:38:42:1:22:16:0:0:26:16:0:0 chr19 38382328 . C T 1922.07 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0229148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4246;QD=60.0648;RBI=0.0399702;REFB=0.0317859;REVB=-0.0327495;RO=0;SAF=54;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501139;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00446779;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:0:2:126:126:0.984375:72:54:0:0:72:54:1:1 chr19 38384421 . C G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0545;QD=49.5982;RBI=0.0591151;REFB=0;REVB=-0.0511136;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000776534;OID=.;OPOS=38384421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr19 38696826 . C T 152.28 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0408002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.834;QD=21.0035;RBI=0.078364;REFB=-0.0378161;REVB=0.0669049;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193001;STB=0.510903;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0342559;OID=.;OPOS=38696826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:6:7:9:7:6:7 chr19 38698997 . G T 198.47 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00305968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.279;QD=44.1047;RBI=0.0397787;REFB=-0.20013;REVB=0.0396609;RO=1;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1013;STB=0.555487;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00617871;OID=.;OPOS=38698997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:13:4:1:0:13:4:1:0 chr19 38702777 . CG GC,TG 157.73 PASS AF=0,0.367347;AO=2,16;DP=49;FAO=0,18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=0,2;FSAR=0,16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.142627,0.0123223;FXX=0.039208;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=35.5171,149.219;QD=12.8756;RBI=0.179672,0.0162462;REFB=-0.011892,-0.0298029;REVB=-0.109268,0.0105876;RO=25;SAF=2,1;SAR=0,15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.490704,-0.618191;STB=0.5,0.809115;STBP=1,0.004;TYPE=mnp,snp;VARB=0.160549,0.0324177;OID=.,.;OPOS=38702777,38702777;OREF=CG,C;OALT=GC,T;OMAPALT=GC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:49:49:25:31:2,16:0,18:0,0.367347:0,15:2,1:12:13:0,16:0,2:15:16 chr19 38706989 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.241;QD=59.0186;RBI=0.015044;REFB=0;REVB=0.00869083;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14274e-05;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr19 38709568 . C T 453.87 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5005;QD=55.0151;RBI=0.0125746;REFB=-0.121806;REVB=0.000497587;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00275325;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:19:13:0:1:19:13:0:1 chr19 38861333 . G A 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0338634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.22;QD=14.391;RBI=0.0342636;REFB=-0.0258914;REVB=0.00522174;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065003;STB=0.508016;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0415067;OID=.;OPOS=38861333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:43:48:33:33:0.407407:14:19:22:21:14:19:27:21 chr19 38877754 . A G 293.98 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00766457;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.33;QD=19.5983;RBI=0.0113856;REFB=-0.0439562;REVB=-0.00841939;RO=29;SAF=19;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173995;STB=0.596903;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0376433;OID=.;OPOS=38877754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:29:31:31:0.516667:12:19:12:17:12:19:12:17 chr19 38905485 . C CG,G 83.42 PASS AF=0.21875,0;AO=18,5;DP=94;FAO=21,0;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=18,0;FSAR=3,0;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.0694548,-0.10434;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=19.5359,36.1213;QD=3.47575;RBI=0.138989,0.127052;REFB=-0.0490503,-0.0076101;REVB=-0.12039,-0.0724934;RO=69;SAF=16,0;SAR=2,5;SRF=27;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.619729,-0.485559;STB=0.871457,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.137342,0;OID=.,.;OPOS=38905486,38905485;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:94:96:69:75:18,5:21,0:0.21875,0:2,5:16,0:27:42:3,0:18,0:27:48 chr19 38905683 . A G 411.52 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0156568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.7859;QD=18.4951;RBI=0.0453803;REFB=0.0121108;REVB=-0.0425939;RO=45;SAF=21;SAR=21;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113741;STB=0.550538;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0243998;OID=.;OPOS=38905683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:47:42:42:0.47191:21:21:17:28:21:21:19:28 chr19 38935280 . A G 1377.47 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8535;QD=62.6124;RBI=0.0302024;REFB=0;REVB=0.00629752;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173332;OID=.;OPOS=38935280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr19 38939408 . T C 746.97 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00914837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.633;QD=63.5717;RBI=0.0363639;REFB=0;REVB=0.0351944;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131544;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr19 38946182 . G A 947.65 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.014428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.31;QD=55.7443;RBI=0.0899942;REFB=-0.199942;REVB=0.0888301;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154888;STB=0.516124;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00309077;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:1:2:66:66:0.970588:30:36:0:1:30:36:0:2 chr19 38948769 . C T 120.26 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0168301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.687;QD=15.517;RBI=0.0168449;REFB=-0.0132214;REVB=-0.000707165;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960359;STB=0.555476;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0150624;OID=.;OPOS=38948769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:9:8:8:6:9:8 chr19 38949904 . C T 556.96 PASS AF=1;AO=30;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.023;QD=60.2114;RBI=0.0264921;REFB=0;REVB=-0.0154823;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87887e-05;OID=.;OPOS=38949904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:30:37:1:17:13:0:0:19:18:0:0 chr19 38956803 . G A 1048.28 PASS AF=0.514706;AO=104;DP=203;FAO=105;FDP=204;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=0.0126766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.114;QD=20.5545;RBI=0.0366198;REFB=-0.0267087;REVB=0.0343557;RO=99;SAF=42;SAR=62;SRF=39;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00916929;STB=0.50784;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0155971;OID=.;OPOS=38956803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:99:99:104:105:0.514706:62:42:39:60:62:43:39:60 chr19 38956839 . C T 682.35 PASS AF=0.46;AO=69;DP=150;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=54;FWDB=0.00365279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0209;QD=18.196;RBI=0.0036826;REFB=-0.0101314;REVB=0.000467584;RO=80;SAF=31;SAR=38;SRF=26;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123555;STB=0.564064;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0183503;OID=.;OPOS=38956839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:80:81:69:69:0.46:38:31:26:54:38:31:27:54 chr19 38959643 . GC G 255.94 PASS AF=0.75;AO=31;DP=48;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0725365;FXX=0.083316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.5812;QD=23.2674;RBI=0.116858;REFB=-0.0791835;REVB=-0.0916198;RO=10;SAF=2;SAR=29;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.288889;SSSB=-0.581411;STB=0.769023;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.055168;OID=.;OPOS=38959644;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:31:48:33:44:11:3:30:8:3:28:10:2:29:8:2 chr19 38959680 . C T 304.02 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0179615;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.798;QD=22.1103;RBI=0.0179824;REFB=-0.00708498;REVB=0.000865944;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222948;STB=0.628565;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00312487;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:31:31:0.563636:17:14:4:19:17:14:4:20 chr19 38976612 . C T 242.6 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0020064;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.185;QD=17.3288;RBI=0.00935213;REFB=-0.0170369;REVB=0.00913437;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155485;STB=0.592524;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0205759;OID=.;OPOS=38976612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:56:25:29:26:27:0.482143:16:10:14:11:16:11:17:12 chr19 38981375 . A G 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0194996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.987;QD=12.7852;RBI=0.0341173;REFB=-0.0060982;REVB=-0.0279956;RO=43;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221479;STB=0.627355;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00720223;OID=.;OPOS=38981375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:9:18:20:23:9:18:20:23 chr19 38991516 . G A 224.89 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00590835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.157;QD=19.9898;RBI=0.0416288;REFB=-0.0227611;REVB=0.0412074;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12584;STB=0.57136;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0309534;OID=.;OPOS=38991516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:16:6:9:14:16:6:9:14 chr19 38991543 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.022104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.736;QD=17.9402;RBI=0.0299648;REFB=-0.00174295;REVB=-0.0202313;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847374;STB=0.548335;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00295142;OID=.;OPOS=38991543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:10:12:12:7:10:12 chr19 38993547 . C T 361.6 PASS AF=0.335821;AO=45;DP=134;FAO=45;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.0157338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.833;QD=10.794;RBI=0.0186078;REFB=-0.00923824;REVB=0.00993472;RO=89;SAF=26;SAR=19;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344285;STB=0.519827;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0253178;OID=.;OPOS=38993547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:89:89:45:45:0.335821:19:26:54:35:19:26:54:35 chr19 38994910 . G A 279.97 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0044672;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.78;QD=16.2301;RBI=0.0168561;REFB=-0.0207513;REVB=-0.0162533;RO=36;SAF=10;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985292;STB=0.544012;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0293606;OID=.;OPOS=38994910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:38:31:31:0.449275:21:10:15:21:21:10:15:23 chr19 38995438 . T C 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0445675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.342;QD=13.774;RBI=0.0479744;REFB=-0.018335;REVB=-0.0177561;RO=31;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111113;STB=0.563698;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0301717;OID=.;OPOS=38995438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:13:7:8:23:13:7:8:23 chr19 38995510 . T C 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0249706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.986;QD=13.5746;RBI=0.0276047;REFB=-0.00233292;REVB=-0.011768;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231534;STB=0.636147;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00413788;OID=.;OPOS=38995510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:9:10:4:9:9:10 chr19 38995975 . G A 331.25 PASS AF=0.461538;AO=34;DP=76;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00757348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.261;QD=16.9871;RBI=0.0125729;REFB=-0.0281434;REVB=-0.0100359;RO=41;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214178;STB=0.593169;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0340037;OID=.;OPOS=38995975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:41:42:34:36:0.461538:14:20:15:26:16:20:16:26 chr19 38996990 . T C 160.49 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0682575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.674;QD=18.3418;RBI=0.068519;REFB=0.000413344;REVB=-0.00598119;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230665;STB=0.629996;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000165786;OID=.;OPOS=38996990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:4:14:9:8:4:14 chr19 39002725 . A G 346.05 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0165978;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.38;QD=18.9615;RBI=0.0176608;REFB=-0.00522638;REVB=0.00603471;RO=39;SAF=10;SAR=26;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116231;STB=0.575177;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00464697;OID=.;OPOS=39002725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:39:37:36:36:0.493151:26:10:15:24:26:10:15:22 chr19 39010053 . C T 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0205329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.165;QD=13.7473;RBI=0.0323667;REFB=-0.0118979;REVB=0.0250201;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147628;STB=0.508467;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0210634;OID=.;OPOS=39010053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:12:10:15:17:12:10:15:17 chr19 39086604 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.119521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6054;QD=7.83676;RBI=0.137194;REFB=-0.0252787;REVB=-0.0673579;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281972;STB=0.674237;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0413089;OID=.;OPOS=39086604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:11:5:4:3:11:5 chr19 39100594 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0419773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.683;QD=56.0119;RBI=0.0461881;REFB=0.0789063;REVB=0.0192678;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000182955;OID=.;OPOS=39100594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:0:1:21:13:0:1 chr19 39101870 . T C 740.37 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2038;QD=56.9516;RBI=0.0676795;REFB=0;REVB=0.0297708;RO=0;SAF=12;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803899;OID=.;OPOS=39101870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:39:12:0:0:39:13:0:0 chr19 39101879 . G A 787.62 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.73;QD=55.2715;RBI=0.0357803;REFB=-0.168879;REVB=0.0276248;RO=1;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116443;STB=0.506171;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00123766;OID=.;OPOS=39101879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:40:16:0:1:40:16:0:1 chr19 39212400 . C T 807.94 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.685;QD=56.6975;RBI=0.173661;REFB=0;REVB=0.0402934;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020948;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857661;OID=.;OPOS=39212400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:56:57:1:34:22:1:0:34:23:0:0 chr19 39224413 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.792;QD=58.5877;RBI=0.0568896;REFB=0;REVB=-0.0567738;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176623;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr19 39226109 . G A 150.99 PASS AF=0.409091;AO=15;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00713486;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5255;QD=13.7266;RBI=0.0226965;REFB=-0.0246387;REVB=0.0215459;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718389;STB=0.536043;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0139982;OID=.;OPOS=39226109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:15:18:0.409091:7:8:15:10:8:10:16:10 chr19 39233146 . A G 1587.71 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0795;QD=64.15;RBI=0.0685698;REFB=0;REVB=0.0660838;RO=0;SAF=26;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032747;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:73:26:0:0:73:26:0:0 chr19 39279824 . C A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.022742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.354;QD=22.9154;RBI=0.022742;REFB=-0.0285486;REVB=0;RO=4;SAF=9;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105616;OID=.;OPOS=39279824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:0:9:4:0:0:9:4:0 chr19 39294466 . C A 213.81 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.037754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.8682;QD=13.7944;RBI=0.0430495;REFB=-0.0408298;REVB=-0.0206855;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186276;STB=0.612821;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0399538;OID=.;OPOS=39294466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:33:36:25:26:0.419355:12:13:11:22:13:13:11:25 chr19 39322087 . T G 458.78 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0058905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.302;QD=23.5269;RBI=0.0122454;REFB=-0.0148104;REVB=-0.0107355;RO=34;SAF=21;SAR=23;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878621;STB=0.548234;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0108381;OID=.;OPOS=39322087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:23:21:20:14:23:21:20:14 chr19 39367111 . T C 201.53 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0438924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1806;QD=13.8989;RBI=0.0707379;REFB=0.00175665;REVB=-0.0554735;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160874;STB=0.592028;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00281528;OID=.;OPOS=39367111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:15:9:18:16:15:9:18:16 chr19 39385531 . CT C,CC 434.57 PASS AF=1,0;AO=13,17;DP=30;FAO=30,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462324,0.0263102;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.701,161.368;QD=57.9424;RBI=0.139939,0.136279;REFB=0,0;REVB=-0.132082,-0.133715;RO=0;SAF=12,1;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.00075e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000723033,0;OID=.,.;OPOS=39385532,39385532;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,17:30:30,0:30:0:13,0:17,0:0:0:4:0:12,1:1,16:0:0 chr19 39402455 . C G 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0971518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.171;QD=63.5797;RBI=0.100067;REFB=0;REVB=0.023976;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446313;OID=.;OPOS=39402455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr19 39416887 . C T 2550.19 PASS AF=0.976744;AO=167;DP=173;FAO=168;FDP=172;FR=.;FRO=4;FSAF=95;FSAR=73;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0803015;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1476;QD=59.3067;RBI=0.0826256;REFB=-0.0433738;REVB=0.019459;RO=4;SAF=94;SAR=73;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198171;STB=0.510308;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00510879;OID=.;OPOS=39416887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:173:172:4:4:167:168:0.976744:73:94:4:0:73:95:4:0 chr19 39432783 . T C 1302.08 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.055;QD=62.0036;RBI=0.0137952;REFB=0;REVB=0.0127913;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0396e-05;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr19 39433299 . A G 772.27 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.725;QD=63.0424;RBI=0.0285583;REFB=0;REVB=0.0181818;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159205;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr19 39521878 . AGGGGC AGGG,AGGGC,AGGGCC 580.0 PASS AF=0.0153846,0.969231,0.0153846;AO=15,33,3;DP=66;FAO=1,63,1;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28,0;FSAR=0,35,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.301909,-0.0387619,0.267867;FXX=0.0298463;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=8.54749,12.641,6.7339;QD=35.692;RBI=0.332015,0.226275,0.28154;REFB=0.0113554,-0.0785309,-0.125409;REVB=0.138148,0.22293,0.0866713;RO=12;SAF=15,11,0;SAR=0,22,3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0.466357,0.466357,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.848951,0.0468898,-0.569201;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.103217,0.0182671,0.00673958;OID=.,.,.;OPOS=39521882,39521879,39521882;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGC,AGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0153846,0.969231,0.0153846:15,33,3:66:1,63,1:65:0:1,28,0:0,35,1:0:0:4:12:15,11,0:0,22,3:3:9 chr19 39688901 . G T 768.61 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123117;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.197;QD=64.0505;RBI=0.150915;REFB=0;REVB=0.0872781;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116926;OID=.;OPOS=39688901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr19 39734325 . G A 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0133491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.833;QD=18.9652;RBI=0.0146129;REFB=-0.0205599;REVB=0.00594459;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171306;STB=0.596192;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0235748;OID=.;OPOS=39734325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:9:13:19:6:9:13:19:6 chr19 39789115 . A G 140.15 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0713223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0471;QD=13.0376;RBI=0.172811;REFB=-0.011944;REVB=-0.157406;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163822;STB=0.581296;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0120839;OID=.;OPOS=39789115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:27:16:16:0.372093:8:8:17:9:8:8:17:10 chr19 39826597 . A G 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0180818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1842;QD=27.3833;RBI=0.0641003;REFB=-0.017805;REVB=-0.0614971;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178335;STB=0.599815;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00112704;OID=.;OPOS=39826597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:6:4:0:3:6:4:0:3 chr19 39876735 . G A 112.9 PASS AF=0.75;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0597543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.178;QD=28.2258;RBI=0.0754621;REFB=-0.0250372;REVB=0.0460865;RO=4;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24643;STB=0.608509;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0104735;OID=.;OPOS=39876735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:11:12:0.75:8:3:3:1:8:4:3:1 chr19 39879663 . A G 426.21 PASS AF=0.444444;AO=47;DP=105;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0450665;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.724;QD=15.7857;RBI=0.0473567;REFB=-0.0217347;REVB=-0.0145487;RO=58;SAF=21;SAR=26;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697426;STB=0.553342;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0286147;OID=.;OPOS=39879663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:58:60:47:48:0.444444:26:21:30:28:27:21:32:28 chr19 39891161 . T C 418.61 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00736778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.169;QD=14.4349;RBI=0.0323358;REFB=-0.00867344;REVB=0.0314852;RO=68;SAF=25;SAR=23;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894555;STB=0.505037;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0130751;OID=.;OPOS=39891161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:68:68:48:48:0.413793:23:25:36:32:23:25:36:32 chr19 39898667 . C T 662.9 PASS AF=0.566372;AO=63;DP=112;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0293197;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.939;QD=23.4655;RBI=0.0297781;REFB=-0.0247813;REVB=0.00520491;RO=48;SAF=40;SAR=23;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127704;STB=0.569454;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0213936;OID=.;OPOS=39898667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:48:49:63:64:0.566372:23:40:23:25:24:40:23:26 chr19 39905903 . A G 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0146516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.9;QD=16.2365;RBI=0.0563786;REFB=-0.0295257;REVB=-0.0544415;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323326;STB=0.518206;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0320972;OID=.;OPOS=39905903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:14:16:18:18:14:16:18:18 chr19 39906985 . T C 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0283153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.014;QD=16.8732;RBI=0.0352635;REFB=-0.00705874;REVB=0.021018;RO=26;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458227;STB=0.526289;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00554582;OID=.;OPOS=39906985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:16:4:6:20:16:4:6:20 chr19 39907036 . C T 121.61 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00964617;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.859;QD=14.307;RBI=0.0157552;REFB=-0.023424;REVB=-0.0124571;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885381;STB=0.51264;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0415104;OID=.;OPOS=39907036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:20:14:14:0.411765:11:3:3:16:11:3:4:16 chr19 39908574 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0211424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.925;QD=16.1191;RBI=0.0294823;REFB=-0.0173394;REVB=-0.0205475;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10868;STB=0.562401;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0335478;OID=.;OPOS=39908574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:3:10:8:4:3:10 chr19 39914748 . G A 87.83 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0150726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.885;QD=15.2743;RBI=0.0153815;REFB=-0.035447;REVB=0.00306681;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773769;STB=0.566808;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.036375;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:23:12:12:10:11:0.478261:5:5:5:7:5:6:5:7 chr19 39915637 . G A 32.64 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0328362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.726;QD=18.6531;RBI=0.0390916;REFB=-0.0655372;REVB=-0.0212117;RO=2;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0225747;OID=.;OPOS=39915637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:7:2:2:4:5:0.714286:2:2:1:1:3:2:1:1 chr19 39915758 . C G 112.3 PASS AF=0.433333;AO=14;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0322384;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.772;QD=14.9733;RBI=0.0375254;REFB=-0.0196999;REVB=0.0192052;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220441;STB=0.583204;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0176436;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:17:14:13:0.433333:9:5:9:6:8:5:9:8 chr19 39916110 . GGGA G 243.96 PASS AF=0.457831;AO=36;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.031704;FXX=0.0348797;HRUN=3;LEN=3;MLLD=185.145;QD=11.7571;RBI=0.032051;REFB=-0.00194533;REVB=-0.00470363;RO=41;SAF=9;SAR=27;SRF=19;SRR=22;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=-0.233247;STB=0.593986;STBP=0.136;TYPE=del;VARB=0.00200769;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457831:36:82:38:83:45:11:27:20:25:99:41:9:27:19:22 chr19 39926509 . A C 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0293936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.205;QD=19.0005;RBI=0.0406496;REFB=-0.0313997;REVB=-0.0280786;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521373;STB=0.529582;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0370792;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:7:10:9:8:7:10 chr19 39926521 . G A 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00309644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.0988;QD=20.1591;RBI=0.00310087;REFB=-0.0148825;REVB=0.000165753;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588234;STB=0.533292;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0150033;OID=.;OPOS=39926521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:6:8:8:8:6:8 chr19 39932066 . T C 565.87 PASS AF=0.555556;AO=53;DP=97;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0141248;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.884;QD=22.8633;RBI=0.0220688;REFB=-0.0208284;REVB=0.0169565;RO=44;SAF=16;SAR=37;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158443;STB=0.504601;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0134645;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:44:44:53:55:0.555556:37:16:14:30:37:18:14:30 chr19 39944082 . C T 180.72 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00773194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3755;QD=12.6822;RBI=0.063815;REFB=-0.0200123;REVB=-0.0633448;RO=31;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189134;STB=0.594246;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0356664;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:31:35:21:22:0.385965:17:4:10:21:18:4:10:25 chr19 39955533 . G A 199.98 PASS AF=0.512195;AO=19;DP=38;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0169576;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.6703;QD=19.51;RBI=0.0477118;REFB=-0.172751;REVB=0.0445966;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193596;STB=0.560128;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0713987;OID=.;OPOS=39955533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:17:20:19:21:0.512195:9:10:5:12:10:11:8:12 chr19 39991237 . C G 274.41 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0355857;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.1924;QD=15.4596;RBI=0.0401567;REFB=-0.0602371;REVB=0.018607;RO=36;SAF=23;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257507;STB=0.677679;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0232955;OID=.;OPOS=39991237;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:40:31:31:0.43662:8:23:18:18:8:23:18:22 chr19 39994711 . T C 555.77 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0132797;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.71;QD=24.4295;RBI=0.0151172;REFB=-0.0120397;REVB=0.0072237;RO=38;SAF=23;SAR=28;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065522;STB=0.545198;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00563271;OID=.;OPOS=39994711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:38:40:51:51:0.56044:28:23:14:24:28:23:14:26 chr19 39996027 . C T 756.42 PASS AF=0.614035;AO=70;DP=114;FAO=70;FDP=114;FR=.;FRO=44;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0277672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.406;QD=26.5411;RBI=0.0281917;REFB=-0.00363904;REVB=0.00487381;RO=43;SAF=37;SAR=33;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607948;STB=0.528563;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00235924;OID=.;OPOS=39996027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:43:44:70:70:0.614035:33:37:19:24:33:37:20:24 chr19 40009396 . AG GA,GG 115.22 PASS AF=0,0.333333;AO=7,13;DP=42;FAO=0,14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=0,8;FSAR=0,6;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0139787,0.0462956;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=38.1177,43.8661;QD=10.9736;RBI=0.0888918,0.110082;REFB=0.0135779,0.0150942;REVB=0.0877858,0.0998742;RO=19;SAF=7,7;SAR=0,6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.699533,-0.151548;STB=0.5,0.651985;STBP=1,0.199;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0239231;OID=.,.;OPOS=40009396,40009396;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:42:42:19:28:7,13:0,14:0,0.333333:0,6:7,7:13:6:0,6:0,8:22:6 chr19 40023308 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00603051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.526;QD=9.44486;RBI=0.0142135;REFB=-0.00662937;REVB=-0.0128708;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0150528;OID=.;OPOS=40023308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:7:3:2:4:7:3 chr19 40149297 . T A 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3776;QD=60.0289;RBI=0.0432753;REFB=0;REVB=0.0354853;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66759e-05;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr19 40316080 . AG AC,A 32.88 PASS AF=0,0.265306;AO=2,15;DP=51;FAO=0,13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=0,5;FSAR=0,8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0024588,-0.0711038;FXX=0.039208;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=115.118,8.54726;QD=2.68433;RBI=0.081288,0.0922221;REFB=-0.0020175,-0.0889697;REVB=-0.0812508,-0.0587296;RO=25;SAF=0,7;SAR=2,8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.550817,-0.183615;STB=0.5,0.585854;STBP=1,0.466;TYPE=snp,del;VARB=0.0101571,0.0186584;OID=.,.;OPOS=40316081,40316081;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.265306:2,15:51:0,13:49:36:0,5:0,8:18:18:33:25:0,7:2,8:16:9 chr19 40360928 . G A 359.82 PASS AF=0.469136;AO=36;DP=79;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0222348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.455;QD=17.7691;RBI=0.025357;REFB=-0.0093066;REVB=-0.0121896;RO=43;SAF=25;SAR=11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190638;STB=0.615759;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0123974;OID=.;OPOS=40360928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:43:43:36:38:0.469136:11:25:22:21:11:27:22:21 chr19 40363020 . G A 540.61 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00376503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.005;QD=27.3724;RBI=0.0549318;REFB=-0.0582831;REVB=0.0548026;RO=28;SAF=27;SAR=22;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380914;STB=0.506009;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0198201;OID=.;OPOS=40363020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:28:30:49:49:0.620253:22:27:17:11:22:27:17:13 chr19 40363926 . C G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00616893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.921;QD=12.4555;RBI=0.027043;REFB=-3.65539e-05;REVB=-0.02633;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182002;STB=0.604715;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.000340421;OID=.;OPOS=40363926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:11:10:22:12:11:10:22:12 chr19 40366362 . G C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.635;QD=60.0309;RBI=0.0513198;REFB=0;REVB=0.0245616;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.105e-05;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:45:27:0:0:45:27:0:0 chr19 40366374 . G C 1072.15 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303264;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.1036;QD=58.7482;RBI=0.0656031;REFB=0;REVB=-0.0581728;RO=1;SAF=28;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182834;OID=.;OPOS=40366374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:73:1:0:72:73:1:44:28:1:0:44:29:0:0 chr19 40368395 . C T 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0113584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.706;QD=15.6991;RBI=0.0134284;REFB=7.15448e-05;REVB=-0.00716303;RO=19;SAF=12;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154322;STB=0.590033;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.000188294;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:3:12:13:6:3:12:13:6 chr19 40370213 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0323832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.712;QD=15.8391;RBI=0.0339755;REFB=-0.0278022;REVB=-0.010279;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0148962;OID=.;OPOS=40370213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:4:3:3:5:4:3 chr19 40392482 . A G 501.31 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2355;QD=58.9777;RBI=0.0370355;REFB=0;REVB=-0.0330635;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000822018;OID=.;OPOS=40392482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr19 40392588 . C T 735.13 PASS AF=0.916667;AO=54;DP=59;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0167621;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.602;QD=49.0088;RBI=0.0385016;REFB=-0.0599837;REVB=0.0346613;RO=5;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506856;STB=0.527263;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00671486;OID=.;OPOS=40392588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:59:60:5:5:54:55:0.916667:26:28:1:4:26:29:1:4 chr19 40408532 . G A 413.08 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.000838677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.79;QD=16.5234;RBI=0.0177333;REFB=-0.0219705;REVB=-0.0177135;RO=56;SAF=26;SAR=17;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16024;STB=0.595005;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0186931;OID=.;OPOS=40408532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:57:43:43:0.43:17:26:25:31:17:26:25:32 chr19 40411889 . C T 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.010957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.913;QD=20.2733;RBI=0.0155908;REFB=-0.0227601;REVB=-0.0110913;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595413;STB=0.533553;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0305187;OID=.;OPOS=40411889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:12:12:13:10:12:12 chr19 40420087 . G A 314.57 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0124216;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.301;QD=16.1316;RBI=0.0200362;REFB=-0.0445957;REVB=0.0157211;RO=42;SAF=12;SAR=22;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261358;STB=0.640386;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0446696;OID=.;OPOS=40420087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:43:34:35:0.448718:22:12:26:16:22:13:27:16 chr19 40421612 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0162783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.957;QD=12.8606;RBI=0.0322879;REFB=-0.0455965;REVB=-0.0278842;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296554;STB=0.673053;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0212443;OID=.;OPOS=40421612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:7:1:3:4:7:1 chr19 40440482 . G T 409.08 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00859983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3226;QD=17.9815;RBI=0.0442111;REFB=-0.0148598;REVB=0.0433666;RO=48;SAF=21;SAR=21;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796661;STB=0.549427;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.017062;OID=.;OPOS=40440482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:49:42:42:0.461538:21:21:28:20:21:21:29:20 chr19 40580581 . AC A,AT 46.5 PASS AF=0.18,0;AO=14,2;DP=50;FAO=9,0;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0378791,-0.0332658;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.8278,104.998;QD=3.72008;RBI=0.0463417,0.062077;REFB=-0.0254273,-0.0206098;REVB=-0.0266969,-0.0524112;RO=34;SAF=6,0;SAR=8,2;SRF=16;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0496304,-0.426225;STB=0.71749,0.5;STBP=0.166,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0314907,0;OID=.,.;OPOS=40580582,40580582;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.18,0:14,2:50:9,0:50:41:6,0:3,0:16:25:46:34:6,0:8,2:16:18 chr19 40719076 . T C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0101911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.807;QD=22.9576;RBI=0.0143917;REFB=-0.0593002;REVB=-0.0101618;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190883;STB=0.607341;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0137312;OID=.;OPOS=40719076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:6:10:4:7:6:10:4:7 chr19 40739513 . A G 286.48 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0200382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.553;QD=24.3809;RBI=0.0219195;REFB=-0.0329802;REVB=0.00888451;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573847;STB=0.53189;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.026557;OID=.;OPOS=40739513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:13:13:12:9:13:13:12:9 chr19 40886993 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00278257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.169;QD=12.3947;RBI=0.023245;REFB=-0.0112289;REVB=-0.0230779;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402825;STB=0.733741;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0216813;OID=.;OPOS=40886993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:5:9:6:18:5:9:6:18 chr19 40900865 . C T 1722.68 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=118;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0305362;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.715;QD=58.8951;RBI=0.0534734;REFB=0.0423814;REVB=0.043897;RO=2;SAF=59;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158235;STB=0.508332;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.000123987;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:117:2:2:115:115:0.982906:56:59:2:0:56:59:2:0 chr19 40928758 . C T 362.09 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0201984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.584;QD=15.4081;RBI=0.021205;REFB=-0.0301888;REVB=0.00645571;RO=55;SAF=13;SAR=26;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171085;STB=0.596964;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0370519;OID=.;OPOS=40928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:26:13:27:28:26:13:27:28 chr19 41060599 . GA G 118.39 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.133463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.7765;QD=24.9237;RBI=0.134904;REFB=-0.0340751;REVB=-0.0196681;RO=6;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.652727;STB=0.874308;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0293938;OID=.;OPOS=41060600;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211:13:19:13:19:6:12:1:0:6:36:6:12:1:0:6 chr19 41082868 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.101421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0522;QD=14.6524;RBI=0.122811;REFB=-0.0515812;REVB=-0.0692566;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0283806;OID=.;OPOS=41082868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:4:1:3:3:4:1 chr19 41123093 . A AG,G 708.22 PASS AF=1,0;AO=44,2;DP=55;FAO=53,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.147871,-0.117522;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=24.0136,138.656;QD=53.4508;RBI=0.242765,0.119012;REFB=0,0;REVB=-0.192533,-0.018772;RO=4;SAF=17,2;SAR=27,0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0186155,0.623114;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00808202,0;OID=.,.;OPOS=41123094,41123093;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:53:4:0:44,2:53,0:1,0:27,0:17,2:2:2:33,0:20,0:0:0 chr19 41173880 . C T 75.41 PASS AF=0.538462;AO=8;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0324719;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0771;QD=23.2016;RBI=0.0910041;REFB=-0.111824;REVB=0.0850137;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52624;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0636413;OID=.;OPOS=41173880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:14:13:4:4:8:7:0.538462:4:4:2:2:3:4:2:2 chr19 41173892 . CTGCTGT CTGCTGC,C 48.07 PASS AF=0.230769,0.307692;AO=3,4;DP=13;FAO=3,4;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2,3;FSAR=1,1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0785428,-0.0629009;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,6;MLLD=100.577,146.031;QD=14.7916;RBI=0.0933036,0.0764498;REFB=-0.0694643,-0.0425567;REVB=-0.0503647,-0.0434517;RO=3;SAF=2,3;SAR=1,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.255936,0.305979;STB=0.614596,0.665777;STBP=0.674,0.491;TYPE=snp,del;VARB=0.0872047,0.0927544;OID=.,.;OPOS=41173898,41173893;OREF=T,TGCTGT;OALT=C,-;OMAPALT=CTGCTGC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.230769,0.307692:3,4:13:3,4:13:6:2,3:1,1:3:3:26:3:2,3:1,1:1:2 chr19 41186879 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0420197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3199;QD=15.6262;RBI=0.0437933;REFB=-0.00475357;REVB=-0.012337;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246335;STB=0.648492;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00760949;OID=.;OPOS=41186879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:17:17:0.425:9:8:5:17:9:8:5:18 chr19 41209477 . C T 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0160031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.456;QD=27.3089;RBI=0.025176;REFB=-0.0043549;REVB=0.0194353;RO=20;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496776;STB=0.527407;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00374492;OID=.;OPOS=41209477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:15:14:11:9:15:14:11:9 chr19 41235120 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0141236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.807;QD=14.2623;RBI=0.0181864;REFB=-0.0169754;REVB=0.0114573;RO=22;SAF=2;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513009;STB=0.789896;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0183096;OID=.;OPOS=41235120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:24:16:16:0.4:14:2:12:10:14:2:12:12 chr19 41255500 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.432;QD=42.1807;RBI=0.0531046;REFB=0;REVB=0.0525609;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602285;OID=.;OPOS=41255500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr19 41257396 . C T 171.08 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00850795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1882;QD=17.5465;RBI=0.0146358;REFB=-0.000816127;REVB=0.0119089;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203361;STB=0.615263;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00138401;OID=.;OPOS=41257396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:6:15:9:9:6:15 chr19 41281700 . C T 292.71 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0149569;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.652;QD=19.5139;RBI=0.0184676;REFB=0.00302635;REVB=0.0108325;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290379;STB=0.500538;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00274505;OID=.;OPOS=41281700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:29:31:31:0.516667:16:15:14:13:16:15:14:15 chr19 41307170 . G A 280.31 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0263872;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.511;QD=16.489;RBI=0.0333637;REFB=-0.0192613;REVB=0.020417;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918367;STB=0.551691;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0311809;OID=.;OPOS=41307170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:18:13:19:18:18:13:19:18 chr19 41312564 . GA G 66.41 PASS AF=0.5;AO=8;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0834002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.6424;QD=12.0742;RBI=0.149813;REFB=-0.0237899;REVB=0.124452;RO=12;SAF=8;SAR=0;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.813551;STB=0.873014;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0394721;OID=.;OPOS=41312565;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:22:11:22:11:10:1:3:8:63:12:8:0:3:9 chr19 41349774 . A G 86.36 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.00365942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.42;QD=12.3369;RBI=0.0920094;REFB=0.000929722;REVB=-0.0919366;RO=17;SAF=10;SAR=1;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757846;STB=0.545365;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00214484;OID=.;OPOS=41349774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:1:10:15:2:1:10:15:2 chr19 41350664 . A T 344.21 PASS AF=0.436782;AO=35;DP=82;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0519309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.995;QD=15.8256;RBI=0.0543971;REFB=-0.00696538;REVB=-0.0161936;RO=47;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972992;STB=0.562011;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0119069;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:47:49:35:38:0.436782:16:19:21:26:16:22:23:26 chr19 41355849 . A G 35.6 PASS AF=0.0862069;AO=9;DP=115;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=-0.0352536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4002;QD=1.22761;RBI=0.0495991;REFB=-0.0167379;REVB=-0.0348892;RO=105;SAF=5;SAR=4;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457579;STB=0.517207;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0592479;OID=.;OPOS=41355849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:115:116:105:106:9:10:0.0862069:4:5:54:51:5:5:55:51 chr19 41356281 . T C 1770.37 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232969;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9893;QD=61.0473;RBI=0.0653192;REFB=0;REVB=-0.0610234;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385902;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:59:57:0:0:59:57:0:0 chr19 41356310 . G A 381.61 PASS AF=0.394737;AO=44;DP=113;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0206809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.553;QD=13.39;RBI=0.0233613;REFB=-0.0154666;REVB=0.0108653;RO=69;SAF=19;SAR=25;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815962;STB=0.551864;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.022917;OID=.;OPOS=41356310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:69:69:44:45:0.394737:25:19:35:34:26:19:35:34 chr19 41381647 . A C 616.59 PASS AF=0.453782;AO=44;DP=118;FAO=54;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00430862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.491;QD=20.7256;RBI=0.0195247;REFB=-0.0146847;REVB=0.0190433;RO=52;SAF=41;SAR=3;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.59412;STB=0.649062;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0390613;OID=.;OPOS=41381647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:52:53:44:54:0.453782:3:41:28:24:12:42:28:25 chr19 41381671 . A G 43.17 PASS AF=0.0982143;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=112;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=58;FSRR=43;FWDB=0.0181917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.109;QD=1.54181;RBI=0.0247994;REFB=0.00103527;REVB=-0.0168544;RO=101;SAF=7;SAR=4;SRF=58;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757332;STB=0.558465;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00768792;OID=.;OPOS=41381671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:112:112:101:101:11:11:0.0982143:4:7:58:43:4:7:58:43 chr19 41383153 . A G 352.29 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0114225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.31;QD=18.3008;RBI=0.0126772;REFB=0.0132265;REVB=-0.00549899;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04009;STB=0.522376;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.011456;OID=.;OPOS=41383153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:21:16:19:21:21:16:19:21 chr19 41383799 . G A 574.39 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0117666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2988;QD=21.0786;RBI=0.0496883;REFB=-0.0452639;REVB=0.048275;RO=50;SAF=26;SAR=32;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759557;STB=0.545498;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0152646;OID=.;OPOS=41383799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:51:58:58:0.53211:32:26:18:32:32:26:18:33 chr19 41384675 . T C 1027.8 PASS AF=0.563953;AO=97;DP=173;FAO=97;FDP=172;FR=.;FRO=75;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=0.0264948;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3325;QD=23.9024;RBI=0.0339379;REFB=-0.0322401;REVB=0.0212087;RO=75;SAF=53;SAR=44;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148439;STB=0.580736;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0244039;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:75:75:97:97:0.563953:44:53:27:48:44:53:27:48 chr19 41386136 . A C 262.91 PASS AF=0.373494;AO=23;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0228161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.777;QD=12.6705;RBI=0.0228365;REFB=-0.015;REVB=-0.000965143;RO=48;SAF=14;SAR=9;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549132;STB=0.526094;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0416672;OID=.;OPOS=41386136;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:52:23:31:0.373494:9:14:27:21:15:16:29:23 chr19 41386420 . A C 451.49 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=-0.0691002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3729;QD=17.1995;RBI=0.0850475;REFB=-0.018569;REVB=-0.0495807;RO=56;SAF=17;SAR=32;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663306;STB=0.536827;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0183166;OID=.;OPOS=41386420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:32:17:16:40:32:17:16:40 chr19 41386486 . CA AG 430.78 PASS AF=0.462366;AO=37;DP=91;FAO=43;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0029896;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.416;QD=18.5281;RBI=0.0326603;REFB=-0.025399;REVB=-0.0325232;RO=37;SAF=11;SAR=26;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836429;STB=0.501483;STBP=0.976;TYPE=mnp;VARB=0.0293975;OID=.;OPOS=41386486;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:37:50:37:43:0.462366:26:11:14:23:30:13:15:35 chr19 41386494 . A C 470.42 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0414721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.324;QD=20.6778;RBI=0.0415371;REFB=-0.0147371;REVB=-0.00232201;RO=44;SAF=13;SAR=33;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614881;STB=0.530107;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0198272;OID=.;OPOS=41386494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:46:46:0.505495:33:13:15:29:33:13:15:30 chr19 41386527 . G A 295.65 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0193674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.104;QD=17.9183;RBI=0.0204822;REFB=-0.0249701;REVB=-0.00666508;RO=34;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388097;STB=0.521725;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0307503;OID=.;OPOS=41386527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:21:11:13:21:21:11:13:21 chr19 41387620 . A G 115.68 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0280836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8815;QD=7.23011;RBI=0.149464;REFB=-0.015714;REVB=-0.146801;RO=47;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268185;STB=0.661715;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.03538;OID=.;OPOS=41387620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:7:10:17:30:7:10:17:30 chr19 41387647 . A G 212.08 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.00148182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1833;QD=11.0173;RBI=0.0314476;REFB=0.00770608;REVB=-0.0314126;RO=50;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376336;STB=0.716514;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0117665;OID=.;OPOS=41387647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:9:18:16:34:9:18:16:34 chr19 41387656 . A T 204.97 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.00467994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.195;QD=10.6478;RBI=0.0293711;REFB=-0.00523354;REVB=-0.0289959;RO=51;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353999;STB=0.704768;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.014833;OID=.;OPOS=41387656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:9:17:17:34:9:17:17:34 chr19 41404076 . G C 492.3 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0206492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.274;QD=22.6344;RBI=0.0213248;REFB=-0.022966;REVB=0.00532494;RO=40;SAF=25;SAR=21;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00554745;STB=0.508354;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0137097;OID=.;OPOS=41404076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:46:47:0.54023:21:25:22:18:22:25:22:18 chr19 41404196 . A G 409.66 PASS AF=0.445545;AO=43;DP=99;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0249521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.504;QD=16.2241;RBI=0.0252362;REFB=-0.00937231;REVB=0.00377612;RO=55;SAF=21;SAR=22;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156607;STB=0.525934;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0116196;OID=.;OPOS=41404196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:55:56:43:45:0.445545:22:21:26:29:22:23:26:30 chr19 41405962 . T G 271.11 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0221141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.588;QD=23.5747;RBI=0.0359719;REFB=-0.0589289;REVB=-0.0283716;RO=21;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285414;STB=0.640818;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0641938;OID=.;OPOS=41405962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:24:25:0.543478:17:7:13:8:17:8:13:8 chr19 41414481 . G A 651.1 PASS AF=0.449367;AO=71;DP=158;FAO=71;FDP=158;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.0176513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.271;QD=16.4836;RBI=0.0183066;REFB=-0.0184996;REVB=0.00485425;RO=85;SAF=32;SAR=39;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772645;STB=0.536719;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0226763;OID=.;OPOS=41414481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:85:87:71:71:0.449367:39:32:45:40:39:32:45:42 chr19 41416750 . T C 50.06 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2687;QD=33.3712;RBI=0.0383814;REFB=0;REVB=0.0329868;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00531596;OID=.;OPOS=41416750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr19 41445234 . TG T 122.47 PASS AF=1;AO=9;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.232366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.84065;QD=28.8153;RBI=0.29668;REFB=0;REVB=0.18446;RO=4;SAF=0;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.787382;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0323027;OID=.;OPOS=41445235;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:17:17:17:0:2:15:0:0:3:4:0:9:1:3 chr19 41532005 . G A 1374.51 PASS AF=1;AO=87;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362473;FXX=0.0219756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.609;QD=61.7759;RBI=0.0552549;REFB=0;REVB=0.0417041;RO=1;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312446;OID=.;OPOS=41532005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:1:0:87:89:1:49:38:0:1:50:39:0:0 chr19 41700493 . G C 233.84 PASS AF=0.414286;AO=20;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0380729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.16;QD=13.362;RBI=0.0417912;REFB=-0.0126002;REVB=0.0172324;RO=40;SAF=14;SAR=6;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183585;STB=0.671402;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0404818;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:20:29:0.414286:6:14:22:18:6:23:22:18 chr19 41743861 . A G 464.95 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.508;QD=58.1181;RBI=0.0219768;REFB=0;REVB=0.0212866;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8244e-05;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr19 41748153 . A G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00450681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.519;QD=17.9561;RBI=0.0106368;REFB=-0.0207765;REVB=-0.00963484;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236638;STB=0.513497;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0205985;OID=.;OPOS=41748153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:10:7:7:9:10:7 chr19 41808432 . A T 117.76 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0264677;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.696;QD=12.731;RBI=0.0387504;REFB=-0.0278564;REVB=-0.0283029;RO=24;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27994;STB=0.607872;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0457079;OID=.;OPOS=41808432;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:23:13:14:0.378378:11:2:8:16:11:3:8:15 chr19 41809995 . A G 295.24 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00804143;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.341;QD=16.6332;RBI=0.0164634;REFB=-0.0397098;REVB=-0.0143659;RO=38;SAF=22;SAR=11;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330598;STB=0.685075;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.039079;OID=.;OPOS=41809995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:11:22:12:26:11:22:12:26 chr19 41848139 . GCCCT GCCT,GCCTC 211.66 PASS AF=1,0;AO=18,2;DP=26;FAO=27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107777,-0.0506632;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=11.2606,5.1324;QD=31.3571;RBI=0.160504,0.072229;REFB=0,0;REVB=0.118935,0.0514808;RO=4;SAF=8,1;SAR=10,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0.397173,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.182451,-0.532453;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0156657,0;OID=.,.;OPOS=41848140,41848142;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCT,GCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:18,2:26:27,0:27:0:15,0:12,0:0:0:3:4:8,1:10,1:4:0 chr19 41869392 . T C 234.37 PASS AF=0.474576;AO=25;DP=57;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=-0.00323353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.501;QD=15.8892;RBI=0.0112456;REFB=-0.0262203;REVB=0.0107707;RO=31;SAF=23;SAR=2;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210008;STB=0.519217;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0352482;OID=.;OPOS=41869392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:31:31:25:28:0.474576:2:23:26:5:4:24:26:5 chr19 41889748 . T C 498.25 PASS AF=0.426357;AO=54;DP=130;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.0213465;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0928;QD=15.4496;RBI=0.0213885;REFB=-0.032136;REVB=0.00133879;RO=76;SAF=30;SAR=24;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668364;STB=0.526094;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0318275;OID=.;OPOS=41889748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:76:74:54:55:0.426357:24:30:47:29:24:31:45:29 chr19 41903220 . G A 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00493572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.021;QD=22.4371;RBI=0.00616817;REFB=-0.0120487;REVB=0.00369933;RO=25;SAF=12;SAR=21;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307031;STB=0.501694;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0100153;OID=.;OPOS=41903220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:21:12:9:16:21:12:9:16 chr19 41930396 . A G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0292513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.848;QD=23.0878;RBI=0.0298384;REFB=-0.00839957;REVB=0.00588987;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610537;STB=0.529927;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00966561;OID=.;OPOS=41930396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:18:22:22:0.55:12:10:6:10:12:10:7:11 chr19 41932084 . G T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0108499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.2;QD=18.2488;RBI=0.0258171;REFB=-0.00505944;REVB=0.0234265;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101714;STB=0.558193;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00635075;OID=.;OPOS=41932084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:7:5:7:6:7:5 chr19 41932120 . C T 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0310289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.383;QD=8.81044;RBI=0.034829;REFB=-0.0182292;REVB=-0.01582;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132203;STB=0.583047;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0276747;OID=.;OPOS=41932120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:6:5:2:4:6:5 chr19 41932275 . T C 102.31 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00431955;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3314;QD=15.7396;RBI=0.0169775;REFB=-0.0595852;REVB=0.0164188;RO=13;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457869;STB=0.785196;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0745655;OID=.;OPOS=41932275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:10:2:8:5:10:2:9:5 chr19 41937095 . G A 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0213274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.119;QD=18.6057;RBI=0.023615;REFB=-0.0211038;REVB=-0.0101395;RO=42;SAF=15;SAR=24;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511201;STB=0.528441;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0165393;OID=.;OPOS=41937095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:24:15:14:28:24:15:14:28 chr19 41939297 . C G 246.11 PASS AF=0.392405;AO=24;DP=74;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=39;FWDB=0.0160594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.642;QD=12.4614;RBI=0.0180569;REFB=-0.0396993;REVB=0.0082551;RO=48;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29008;STB=0.65163;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0673656;OID=.;OPOS=41939297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:48:48:24:31:0.392405:14:10:9:39:18:13:9:39 chr19 41944237 . T C 217.71 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0022883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.337;QD=16.7467;RBI=0.0266676;REFB=-0.0301356;REVB=-0.0265692;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315299;STB=0.677428;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0212959;OID=.;OPOS=41944237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:9:15:8:20:9:15:8:20 chr19 41945837 . T A 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0196638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.366;QD=10.1676;RBI=0.0202016;REFB=-0.00636528;REVB=-0.00463033;RO=38;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595016;STB=0.535019;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00568716;OID=.;OPOS=41945837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:9:10:18:20:9:10:18:20 chr19 41949870 . T C 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0101543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.183;QD=11.6231;RBI=0.0102617;REFB=-0.00792005;REVB=-0.00148092;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859467;STB=0.526875;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0158099;OID=.;OPOS=41949870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:38:22:22:0.366667:9:13:24:12:9:13:24:14 chr19 42070360 . C T 311.52 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.057079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.053;QD=16.6144;RBI=0.0571161;REFB=-0.00629829;REVB=0.0020577;RO=40;SAF=21;SAR=13;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595119;STB=0.538439;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00634731;OID=.;OPOS=42070360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:34:34:0.453333:13:21:27:13:13:21:28:13 chr19 42070528 . G C 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0234364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.534;QD=13.2644;RBI=0.0257418;REFB=-0.00548434;REVB=0.0106478;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628846;STB=0.500505;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00707429;OID=.;OPOS=42070528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:43:28:28:0.394366:13:15:18:20:13:15:23:20 chr19 42071167 . T G 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00217654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.094;QD=23.598;RBI=0.00837721;REFB=-0.00580745;REVB=-0.00808952;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107581;STB=0.559952;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00470193;OID=.;OPOS=42071167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:14:11:12:9:14:11:12:9 chr19 42071289 . T C 2303.29 PASS AF=0.987179;AO=152;DP=157;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00821026;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.812;QD=59.0588;RBI=0.0207766;REFB=-0.0646063;REVB=0.0190856;RO=2;SAF=88;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146306;STB=0.507691;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000755519;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:156:2:2:152:154:0.987179:64:88:0:2:64:90:0:2 chr19 42083673 . T C 605.26 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.002161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.421;QD=20.6926;RBI=0.00453025;REFB=-0.0170606;REVB=0.00398161;RO=56;SAF=32;SAR=29;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833743;STB=0.545846;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.016487;OID=.;OPOS=42083673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:56:61:61:0.521368:29:32:24:32:29:32:24:32 chr19 42083739 . A AGAC 257.38 PASS AF=0.323529;AO=33;DP=102;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0182436;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=307.848;QD=10.0933;RBI=0.0228257;REFB=-0.00950698;REVB=-0.013718;RO=69;SAF=24;SAR=9;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273169;STB=0.660167;STBP=0.034;TYPE=ins;VARB=0.0189179;OID=.;OPOS=42083740;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=AGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:33:102:33:102:69:24:9:35:34:99:69:24:9:35:34 chr19 42083820 . C G 280.17 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00530096;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.858;QD=13.6669;RBI=0.00956313;REFB=-0.020443;REVB=0.00795948;RO=50;SAF=19;SAR=13;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693056;STB=0.516119;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0301841;OID=.;OPOS=42083820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:13:19:30:20:12:20:30:20 chr19 42083849 . C A 441.83 PASS AF=0.586667;AO=43;DP=72;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.017415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1648;QD=23.5641;RBI=0.0284748;REFB=-0.0514508;REVB=0.0225285;RO=29;SAF=23;SAR=20;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038072;STB=0.528243;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0411894;OID=.;OPOS=42083849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:29:31:43:44:0.586667:20:23:17:12:20:24:19:12 chr19 42092257 . TGGGGC TGGG,TGGGC 92.89 PASS AF=0.4,0;AO=15,6;DP=53;FAO=20,0;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=14,0;FSAR=6,0;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.138246,-0.0127636;FXX=0.019604;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=21.3858,10.8133;QD=7.43081;RBI=0.139444,0.17993;REFB=-0.0900066,-0.102246;REVB=-0.0182392,-0.179477;RO=24;SAF=13,0;SAR=2,6;SRF=6;SRR=18;SSEN=0.536585,0.536585;SSEP=0,0;SSSB=0.638052,-0.636354;STB=0.762917,0.5;STBP=0.006,1;TYPE=del,del;VARB=0.168092,0;OID=.,.;OPOS=42092261,42092258;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0:15,6:53:20,0:50:30:14,0:6,0:7:23:90:24:13,0:2,6:6:18 chr19 42132273 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00328204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.726;QD=14.0792;RBI=0.00345727;REFB=-0.0182147;REVB=0.00108669;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0261206;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:9:3:4:11:9:3:4:12 chr19 42132314 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.378;QD=46.848;RBI=0.0492941;REFB=0;REVB=0.0491956;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299796;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr19 42190859 . A T 390.68 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0295031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9843;QD=16.6247;RBI=0.0322604;REFB=-0.0322813;REVB=-0.0130499;RO=52;SAF=20;SAR=21;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261978;STB=0.509086;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0513748;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:53:41:41:0.43617:21:20:24:28:21:20:25:28 chr19 42221607 . A G 1410.44 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.068704;FXX=0.0297;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.425;QD=57.569;RBI=0.0687357;REFB=-0.169013;REVB=-0.00208592;RO=2;SAF=50;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185894;STB=0.509802;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00126936;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:46:50:2:0:46:50:2:0 chr19 42260569 . G A 347.11 PASS AF=0.352459;AO=42;DP=121;FAO=43;FDP=122;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=58;FWDB=-0.0557967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6922;QD=11.3805;RBI=0.0661624;REFB=0.00272124;REVB=0.0355554;RO=78;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2321;STB=0.632016;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00625136;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:78:79:42:43:0.352459:23:19:20:58:23:20:21:58 chr19 42265889 . G T 135.93 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0771126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7337;QD=8.49566;RBI=0.0837033;REFB=-0.0225968;REVB=0.032556;RO=34;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241995;STB=0.627448;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.047233;OID=.;OPOS=42265889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:34:45:19:19:0.296875:6:13:16:18:6:13:23:22 chr19 42312933 . G A 652.02 PASS AF=0.425287;AO=73;DP=174;FAO=74;FDP=174;FR=.;FRO=100;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=66;FSRR=34;FWDB=-0.00974249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.641;QD=14.989;RBI=0.0969585;REFB=-0.0188357;REVB=0.0964678;RO=100;SAF=38;SAR=35;SRF=66;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145799;STB=0.584612;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.031442;OID=.;OPOS=42312933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:100:100:73:74:0.425287:35:38:66:34:36:38:66:34 chr19 42315281 . G T 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0192889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.074;QD=9.41878;RBI=0.0193225;REFB=-0.00329315;REVB=0.00113851;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923099;STB=0.555483;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0053956;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:7:8:22:14:7:8:22:14 chr19 42342319 . A G 167.38 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00581166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.538;QD=23.0872;RBI=0.0109413;REFB=-0.00694055;REVB=0.00927025;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103108;STB=0.558069;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00693625;OID=.;OPOS=42342319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:12:5:5:7:12:5:5:7 chr19 42354629 . T C 225.21 PASS AF=0.428571;AO=25;DP=61;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0588493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.433;QD=14.2989;RBI=0.0614582;REFB=-0.0260715;REVB=-0.0177165;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.031707;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:34:36:25:27:0.428571:11:14:19:15:12:15:20:16 chr19 42463447 . C T 202.95 PASS AF=0.436364;AO=20;DP=52;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0369646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.625;QD=14.7597;RBI=0.0446328;REFB=-0.0316619;REVB=0.0250141;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509175;STB=0.503814;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.037068;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:31:31:20:24:0.436364:10:10:14:17:13:11:14:17 chr19 42489516 . A C 1400.41 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.99;QD=61.5566;RBI=0.036457;REFB=-0.124721;REVB=0.0263419;RO=1;SAF=41;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114199;STB=0.506023;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000592785;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:49:41:1:0:49:41:1:0 chr19 42572987 . C T 189.92 PASS AF=0.396552;AO=21;DP=56;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00275881;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7948;QD=13.098;RBI=0.0242149;REFB=-0.00995703;REVB=-0.0240572;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576337;STB=0.556005;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0366908;OID=.;OPOS=42572987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:32:35:21:23:0.396552:10:11:15:17:11:12:15:20 chr19 42595791 . G A 140.77 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.035202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.9573;QD=21.6564;RBI=0.149027;REFB=-0.0470361;REVB=0.14481;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533289;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0394123;OID=.;OPOS=42595791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:26:26:12:11:14:15:0.576923:7:7:6:6:8:7:6:5 chr19 42702802 . T TA 33.14 PASS AF=0.175;AO=15;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0147181;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=42.6671;QD=1.65688;RBI=0.0407772;REFB=-0.0135471;REVB=-0.0380284;RO=63;SAF=14;SAR=1;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60128;STB=0.890935;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.160694;OID=.;OPOS=42702803;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175:15:80:14:80:66:13:1:36:30:33:63:14:1:33:30 chr19 42736267 . A G 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0268997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.944;QD=55.8047;RBI=0.0363862;REFB=-0.0738541;REVB=0.0245022;RO=1;SAF=10;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00953447;STB=0.505049;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000244115;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:49:10:0:1:49:10:0:1 chr19 42838209 . C T 450.9 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0190963;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.246;QD=21.4716;RBI=0.026457;REFB=-0.0116452;REVB=0.0183113;RO=34;SAF=24;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362218;STB=0.533607;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00646432;OID=.;OPOS=42838209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:40:44:44:0.52381:20:24:17:17:20:24:19:21 chr19 42907064 . A G 257.91 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.095417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0886;QD=25.1616;RBI=0.0974295;REFB=-0.0525116;REVB=-0.0197003;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194014;STB=0.618377;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.023852;OID=.;OPOS=42907064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:17:24:24:0.585366:14:10:11:5:14:10:12:5 chr19 43013363 . A G 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.027909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7487;QD=17.7907;RBI=0.0405779;REFB=-0.0425417;REVB=0.0294559;RO=33;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270675;STB=0.515142;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0276323;OID=.;OPOS=43013363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:16:15:15:18:16:15:15:18 chr19 43243217 . AA GG 988.94 PASS AF=0.435685;AO=105;DP=241;FAO=105;FDP=241;FR=.;FRO=136;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=59;FSRR=77;FWDB=0.0117041;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=130.672;QD=16.4139;RBI=0.0119293;REFB=-0.0053018;REVB=0.00230692;RO=135;SAF=55;SAR=50;SRF=59;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876443;STB=0.550641;STBP=0.175;TYPE=mnp;VARB=0.00665273;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:135:136:105:105:0.435685:50:55:59:76:50:55:59:77 chr19 43243238 . A G 779.87 PASS AF=0.42439;AO=87;DP=205;FAO=87;FDP=205;FR=.;FRO=118;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=70;FWDB=-0.00940629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.79;QD=15.2169;RBI=0.0100458;REFB=-0.00137692;REVB=-0.00352689;RO=118;SAF=46;SAR=41;SRF=48;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125301;STB=0.56985;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00249165;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:118:118:87:87:0.42439:41:46:48:70:41:46:48:70 chr19 43371292 . A T 74.23 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0201024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.029;QD=10.2391;RBI=0.0202332;REFB=-0.0215476;REVB=-0.00229632;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200623;STB=0.621967;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0208442;OID=.;OPOS=43371292;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:9:10:7:3:9:10 chr19 43372386 . T C 1621.35 PASS AF=0.55036;AO=153;DP=278;FAO=153;FDP=278;FR=.;FRO=125;FSAF=62;FSAR=91;FSRF=51;FSRR=74;FWDB=0.0134823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.924;QD=23.3288;RBI=0.0143235;REFB=0.00276813;REVB=-0.00483636;RO=124;SAF=62;SAR=91;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00171082;STB=0.501292;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00216728;OID=.;OPOS=43372386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:124:125:153:153:0.55036:91:62:50:74:91:62:51:74 chr19 43372941 . T C 430.95 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=7;FWDB=0.00813189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.74;QD=14.7334;RBI=0.0805281;REFB=-0.00756687;REVB=-0.0801164;RO=67;SAF=38;SAR=11;SRF=60;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202351;STB=0.614174;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0101649;OID=.;OPOS=43372941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:68:49:49:0.418803:11:38:60:7:11:38:61:7 chr19 43382368 . T G 1194.25 PASS AF=0.477099;AO=124;DP=261;FAO=125;FDP=262;FR=.;FRO=137;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=53;FSRR=84;FWDB=-0.0110824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3006;QD=18.2328;RBI=0.0147628;REFB=0.00332452;REVB=-0.00975296;RO=137;SAF=55;SAR=69;SRF=53;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551132;STB=0.52838;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00531083;OID=.;OPOS=43382368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:137:137:124:125:0.477099:69:55:53:84:70:55:53:84 chr19 43382374 . C G 1309.03 PASS AF=0.5;AO=132;DP=264;FAO=132;FDP=264;FR=.;FRO=132;FSAF=55;FSAR=77;FSRF=54;FSRR=78;FWDB=-0.00572239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.226;QD=19.8337;RBI=0.011796;REFB=-0.012653;REVB=-0.010315;RO=130;SAF=55;SAR=77;SRF=54;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00119379;STB=0.503901;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0101242;OID=.;OPOS=43382374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:130:132:132:132:0.5:77:55:54:76:77:55:54:78 chr19 43383680 . G T 646.78 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00480911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.239;QD=19.9008;RBI=0.029359;REFB=-0.0140547;REVB=-0.0289625;RO=65;SAF=35;SAR=30;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0306652;OID=.;OPOS=43383680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:65:65:65:0.5:30:35:35:30:30:35:35:30 chr19 43420451 . G C 968.04 PASS AF=0.476415;AO=101;DP=212;FAO=101;FDP=212;FR=.;FRO=111;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=57;FSRR=54;FWDB=-0.00814398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.118;QD=18.2649;RBI=0.00957792;REFB=-0.0248085;REVB=0.00504104;RO=111;SAF=51;SAR=50;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812737;STB=0.504483;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.033276;OID=.;OPOS=43420451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:111:111:101:101:0.476415:50:51:57:54:50:51:57:54 chr19 43433805 . A G 708.76 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=135;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=18;FSRR=47;FWDB=-0.0134011;FXX=0.0218962;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.66;QD=21.157;RBI=0.0138183;REFB=-0.00614568;REVB=0.0033696;RO=63;SAF=21;SAR=48;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192879;STB=0.515899;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00565505;OID=.;OPOS=43433805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:63:65:69:69:0.514925:48:21:18:45:48:21:18:47 chr19 43439793 . G A 3022.2 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170324;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.382;QD=63.6253;RBI=0.0185395;REFB=0;REVB=0.00732188;RO=0;SAF=144;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04171e-05;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:189:190:1:45:144:0:0:46:144:0:0 chr19 43519362 . C T 3150.3 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=356.551;QD=63.9656;RBI=0.0168692;REFB=0;REVB=0.0132073;RO=0;SAF=89;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.44382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42494e-07;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:197:0:0:196:197:1:107:89:0:0:108:89:0:0 chr19 43519442 . T C 2320.09 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0426041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.849;QD=62.2843;RBI=0.0563917;REFB=-0.0445797;REVB=0.0369447;RO=2;SAF=64;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00167738;STB=0.500882;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000486543;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:2:147:147:0.986577:83:64:1:1:83:64:1:1 chr19 43529026 . CA TG 2121.69 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810724;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.864;QD=62.8649;RBI=0.0100923;REFB=0;REVB=0.00601061;RO=0;SAF=67;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.9626e-06;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:68:67:0:0:68:67:0:0 chr19 43530473 . G C 1570.12 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000787186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.549;QD=62.8046;RBI=0.00608795;REFB=-0.0719362;REVB=0.00603684;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24696e-05;OID=.;OPOS=43530473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:97:100:0:0:97:100:1:57:40:0:0:59:41:0:0 chr19 43679410 . A G 3417.19 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00623055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.964;QD=62.4145;RBI=0.0620771;REFB=0;REVB=0.0617637;RO=0;SAF=131;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58768e-05;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:209:219:0:0:209:219:1:78:131:0:0:86:133:0:0 chr19 43680051 . C T 2661.92 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417152;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.885;QD=62.2671;RBI=0.0466697;REFB=0;REVB=0.0209262;RO=0;SAF=112;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26845e-05;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:171:0:0:171:171:1:59:112:0:0:59:112:0:0 chr19 43680147 . C T 2837.72 PASS AF=1;AO=178;DP=181;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.417;QD=62.3676;RBI=0.0649542;REFB=0;REVB=0.0608016;RO=0;SAF=112;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102827;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:182:0:0:178:182:1:66:112:0:0:70:112:0:0 chr19 43689004 . G A 1607.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1165;QD=60.0752;RBI=0.0571394;REFB=0;REVB=0.052443;RO=0;SAF=35;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149307;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:72:35:0:0:72:35:0:0 chr19 43690506 . G C 1606.38 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.989;QD=59.4955;RBI=0.0531322;REFB=0;REVB=0.0459752;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32692e-05;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:108:0:0:101:108:1:54:47:0:0:55:53:0:0 chr19 43699278 . A G 997.49 PASS AF=0.497537;AO=101;DP=205;FAO=101;FDP=203;FR=.;FRO=102;FSAF=26;FSAR=75;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=0.00333813;FXX=0.0379129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.767;QD=19.655;RBI=0.00463192;REFB=-0.00234491;REVB=-0.00321117;RO=98;SAF=26;SAR=75;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180421;STB=0.597624;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00354534;OID=.;OPOS=43699278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:203:98:102:101:101:0.497537:75:26:42:56:75:26:43:59 chr19 43699336 . T C 2428.07 PASS AF=0.981707;AO=161;DP=164;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0266212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.588;QD=59.2213;RBI=0.0592184;REFB=-0.113054;REVB=0.0528973;RO=3;SAF=40;SAR=121;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116501;STB=0.506122;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00453806;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:164:164:3:3:161:161:0.981707:121:40:0:3:121:40:0:3 chr19 43699417 . A G 2405.55 PASS AF=1;AO=143;DP=147;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240853;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.261;QD=60.9;RBI=0.0731117;REFB=0;REVB=0.0690305;RO=0;SAF=44;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354401;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:158:0:0:143:158:1:99:44:0:0:114:44:0:0 chr19 43702342 . C T 4584.43 PASS AF=1;AO=294;DP=301;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034098;FXX=0.0198669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.236;QD=61.9518;RBI=0.0376013;REFB=-0.0181925;REVB=0.0158489;RO=2;SAF=113;SAR=181;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00524036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117102;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:301:296:2:0:294:296:1:181:113:0:2:182:114:0:0 chr19 43708100 . T A 649.86 PASS AF=0.431138;AO=71;DP=167;FAO=72;FDP=167;FR=.;FRO=95;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=26;FSRR=69;FWDB=0.00185821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0163;QD=15.5655;RBI=0.0529397;REFB=-0.00130764;REVB=0.0529071;RO=95;SAF=20;SAR=51;SRF=26;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101845;STB=0.502909;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00182796;OID=.;OPOS=43708100;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:95:95:71:72:0.431138:51:20:26:69:52:20:26:69 chr19 43708926 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.129;QD=51.9166;RBI=0.0233401;REFB=0;REVB=-0.0179738;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177382;OID=.;OPOS=43708926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr19 43708968 . T C 429.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.083;QD=57.2161;RBI=0.0232044;REFB=0;REVB=0.0231095;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79468e-05;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:8:21:0:0:8:22:0:0 chr19 43708977 . TTC T,TT,TTT 399.04 PASS AF=0,1,0;AO=4,17,7;DP=30;FAO=0,29,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,0;FSAR=0,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135774,0.0113506,0.00921387;FXX=0;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=328.796,337.116,332.816;QD=55.0395;RBI=0.0626406,0.0555534,0.048782;REFB=0,0,0;REVB=0.0611515,0.0543815,0.0479039;RO=0;SAF=3,13,6;SAR=1,4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.014452,-0.000466414,0.0253857;OID=.,.,.;OPOS=43708978,43708979,43708979;OREF=TC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:4,17,7:30:0,29,0:29:0:0,22,0:0,7,0:0:0:4:0:3,13,6:1,4,1:0:0 chr19 43709619 . C T 1343.38 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5531;QD=61.0626;RBI=0.0341652;REFB=-0.0376813;REVB=0.024293;RO=1;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114167;STB=0.506023;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00358894;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:41:46:0:1:41:46:0:1 chr19 43709647 . G A 1437.65 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0067076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2865;QD=61.8346;RBI=0.0904131;REFB=0.0619619;REVB=0.0901639;RO=1;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114199;STB=0.505746;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00018002;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:93:1:1:90:92:0.989247:41:49:0:1:43:49:0:1 chr19 43709654 . C A 1418.38 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123926;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.561;QD=63.0389;RBI=0.0681299;REFB=0;REVB=0.0669934;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114317;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr19 43709656 . C G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.307;QD=62.6146;RBI=0.0307105;REFB=0;REVB=0.00774962;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88248e-05;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr19 43762340 . T A 557.48 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=145;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.00365062;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4185;QD=15.4855;RBI=0.0555416;REFB=-0.0137856;REVB=0.0554215;RO=83;SAF=35;SAR=25;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180974;STB=0.507124;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0154095;OID=.;OPOS=43762340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:83:84:60:60:0.416667:25:35:47:36:25:35:48:36 chr19 43766113 . T C 720.79 PASS AF=0.526316;AO=70;DP=133;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0233812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.763;QD=21.6778;RBI=0.0459321;REFB=-0.00636333;REVB=0.0395357;RO=60;SAF=31;SAR=39;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764487;STB=0.5385;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0066594;OID=.;OPOS=43766113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:60:63:70:70:0.526316:39:31:32:28:39:31:33:30 chr19 43773599 . T C 1572.39 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.774;QD=59.9007;RBI=0.0190692;REFB=0;REVB=0.0141062;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70315e-06;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:58:47:0:0:58:47:0:0 chr19 43857873 . G C 1422.43 PASS AF=1;AO=71;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.235;QD=63.2193;RBI=0.0798082;REFB=0;REVB=0.00826927;RO=0;SAF=19;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138078;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:71:90:1:52:19:0:0:53:37:0:0 chr19 43864548 . C A 312.88 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00410642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.007;QD=14.3853;RBI=0.0239833;REFB=-0.0158894;REVB=-0.0236292;RO=51;SAF=22;SAR=13;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147892;STB=0.578902;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0345918;OID=.;OPOS=43864548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:52:35:35:0.402299:13:22:25:26:13:22:26:26 chr19 43865692 . G A 148.33 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00454486;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.851;QD=17.9788;RBI=0.0147281;REFB=-0.022238;REVB=0.0140094;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574449;STB=0.519975;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0502329;OID=.;OPOS=43865692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:17:16:16:0.484848:10:6:7:9:10:6:7:10 chr19 43965029 . G A 205.31 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0435289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6826;QD=16.4247;RBI=0.0547803;REFB=-0.0189609;REVB=-0.0332583;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665967;STB=0.503813;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0210451;OID=.;OPOS=43965029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:10:11:15:14:10:11:15:14 chr19 43979589 . G T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.458;QD=62.0213;RBI=0.0513263;REFB=0;REVB=0.0381293;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202855;OID=.;OPOS=43979589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr19 44039823 . A G 94.99 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0702264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5769;QD=11.1752;RBI=0.0704004;REFB=0.00230758;REVB=-0.0049466;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519967;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0103391;OID=.;OPOS=44039823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:20:22:12:12:0.352941:9:3:5:15:9:3:5:17 chr19 44047550 . T C 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3383;QD=45.8009;RBI=0.0647453;REFB=0;REVB=-0.0169105;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187656;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr19 44047826 . T A 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.457;QD=57.0004;RBI=0.0385613;REFB=0;REVB=0.00224614;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34852e-05;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:26:28:0:0 chr19 44055726 . T C 379.11 PASS AF=0.493827;AO=37;DP=79;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00563826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.615;QD=18.7216;RBI=0.00664382;REFB=-0.0421234;REVB=0.0035143;RO=40;SAF=8;SAR=29;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215478;STB=0.599947;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0484551;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:40:41:37:40:0.493827:29:8:16:24:30:10:17:24 chr19 44057163 . C CG 38.01 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=16;FWDB=-0.0574979;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=61.2103;QD=2.20323;RBI=0.0592749;REFB=-0.0102778;REVB=-0.0144049;RO=57;SAF=1;SAR=9;SRF=42;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.685415;STB=0.93995;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.18628;OID=.;OPOS=44057164;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.144928:10:69:10:69:59:1:9:43:16:38:57:1:9:42:15 chr19 44057574 . G A 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00270156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.848;QD=18.087;RBI=0.00348737;REFB=-0.0280226;REVB=0.0022053;RO=26;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513503;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0210585;OID=.;OPOS=44057574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:17:9:9:17:17:9:10:17 chr19 44081288 . A G 835.61 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664817;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7779;QD=57.6284;RBI=0.0304023;REFB=0;REVB=-0.0296665;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103854;OID=.;OPOS=44081288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:27:31:0:0 chr19 44082791 . T C 204.43 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00606393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.723;QD=22.7142;RBI=0.0485363;REFB=-0.0127373;REVB=0.048156;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021607;STB=0.512109;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0112925;OID=.;OPOS=44082791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:7:13:10:6:7:13:10:6 chr19 44082945 . T C 306.29 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.439;QD=53.2671;RBI=0.0152882;REFB=0;REVB=-0.001696;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13373e-05;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr19 44098963 . C G 1231.41 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.616;QD=60.0687;RBI=0.0497839;REFB=-0.00751419;REVB=0.0400578;RO=1;SAF=42;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111412;STB=0.505881;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000147709;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:39:42:1:0:39:42:1:0 chr19 44102989 . TGG T,TG 350.68 PASS AF=0.0144928,0.985507;AO=8,41;DP=68;FAO=1,68;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=1,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105668,0.207183;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=9.03697,8.00852;QD=20.3293;RBI=0.11648,0.22768;REFB=-0.0185004,-0.017264;REVB=-0.0490088,-0.0944098;RO=5;SAF=2,14;SAR=6,27;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.376043,-0.0998682;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0255258,0.00888399;OID=.,.;OPOS=44102990,44102990;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.0144928,0.985507:8,41:68:1,68:69:0:0,30:1,38:0:0:3:5:2,14:6,27:4:1 chr19 44126738 . G A 817.36 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.012;QD=57.3588;RBI=0.0084315;REFB=0;REVB=0.0066495;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00717e-05;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr19 44306482 . C T 684.17 PASS AF=0.531746;AO=67;DP=126;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.010474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.475;QD=21.7197;RBI=0.0115203;REFB=-0.00499382;REVB=0.00479719;RO=59;SAF=27;SAR=40;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479177;STB=0.526308;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0041335;OID=.;OPOS=44306482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:59:59:67:67:0.531746:40:27:27:32:40:27:27:32 chr19 44351107 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.356;QD=47.8218;RBI=0.0876577;REFB=0;REVB=-0.0864711;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000927938;OID=.;OPOS=44351107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr19 44351166 . GGGAGAT G 117.85 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0100299;FXX=0.0465008;HRUN=3;LEN=6;MLLD=279.898;QD=11.4974;RBI=0.0100302;REFB=-0.0204458;REVB=7.83156e-05;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0.621918;SSEP=0;SSSB=-0.0844149;STB=0.551474;STBP=0.63;TYPE=del;VARB=0.0223912;OID=.;OPOS=44351167;OREF=GGAGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.439024:17:39:18:41:23:7:11:11:12:99:20:7:10:10:10 chr19 44351694 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.022;QD=57.2023;RBI=0.0171953;REFB=0;REVB=-0.00413603;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56312e-05;OID=.;OPOS=44351694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr19 44351836 . G A 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.000663433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.045;QD=17.49;RBI=0.00283824;REFB=-0.0223665;REVB=-0.00275961;RO=29;SAF=6;SAR=22;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376058;STB=0.721141;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0304084;OID=.;OPOS=44351836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:22:6:17:12:22:6:18:12 chr19 44352665 . TG CA 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0309311;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=328.998;QD=12.8689;RBI=0.0310136;REFB=-0.00315383;REVB=-0.00226134;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119984;STB=0.571292;STBP=0.589;TYPE=mnp;VARB=0.00386578;OID=.;OPOS=44352665;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:6:10:8:3:6:10 chr19 44352688 . G A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00750193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.306;QD=8.2462;RBI=0.0171076;REFB=0.00227113;REVB=-0.015375;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319978;STB=0.519943;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00612193;OID=.;OPOS=44352688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:6:9:4:3:6:9 chr19 44377357 . C T 505.55 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342327;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.269;QD=59.476;RBI=0.0274034;REFB=0;REVB=0.0271887;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276246;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr19 44377669 . G A 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0180693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6661;QD=10.4361;RBI=0.0321918;REFB=0.00246545;REVB=0.0266423;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124717;STB=0.574487;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00976513;OID=.;OPOS=44377669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:7:8:14:19:7:8:14:19 chr19 44417575 . A G 767.08 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0722;QD=54.7912;RBI=0.0677942;REFB=-0.0520791;REVB=-0.0623879;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152815;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:56:1:0:54:56:1:28:26:0:1:30:26:0:0 chr19 44418077 . C T 940.86 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3656;QD=57.0217;RBI=0.0442544;REFB=-0.0782132;REVB=0.038892;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0113335;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:28:37:1:0:28:37:1:0 chr19 44418343 . C T 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.866;QD=56.2121;RBI=0.0231419;REFB=-0.0975149;REVB=0.0177855;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000524928;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:1:0:30:31:1:0 chr19 44418544 . A G 827.42 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0987958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7398;QD=56.0963;RBI=0.101222;REFB=0;REVB=-0.0220293;RO=2;SAF=25;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793313;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:2:0:57:59:1:32:25:2:0:32:27:0:0 chr19 44418680 . G C 73.44 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0618218;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3259;QD=8.1604;RBI=0.0618542;REFB=-0.00654528;REVB=0.0020002;RO=26;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262625;STB=0.666296;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0239911;OID=.;OPOS=44418680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:36:36:26:26:10:10:0.277778:2:8:16:10:2:8:16:10 chr19 44418693 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.645;QD=61.3349;RBI=0.0391256;REFB=0;REVB=-0.0150033;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84449e-05;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr19 44418776 . G A 499.41 PASS AF=0.721311;AO=44;DP=61;FAO=44;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0195776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.608;QD=32.748;RBI=0.0214534;REFB=-0.0168512;REVB=0.008773;RO=17;SAF=23;SAR=21;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00345357;STB=0.501866;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00658502;OID=.;OPOS=44418776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:17:17:44:44:0.721311:21:23:9:8:21:23:9:8 chr19 44418824 . C T 181.98 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0539402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3939;QD=9.57786;RBI=0.0789907;REFB=-0.00761647;REVB=-0.0577061;RO=52;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187943;STB=0.511053;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0190927;OID=.;OPOS=44418824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:52:24:24:0.315789:13:11:23:29:13:11:23:29 chr19 44419030 . A G 769.14 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244281;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.503;QD=56.9736;RBI=0.0275925;REFB=0;REVB=-0.0128302;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27574e-05;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr19 44470189 . T A 770.59 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00204167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.562;QD=55.0424;RBI=0.0110545;REFB=0.00607506;REVB=-0.0108643;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219159;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000390766;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:34:21:1:0:34:21:1:0 chr19 44470420 . T C 757.85 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141897;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.962;QD=57.196;RBI=0.0224408;REFB=0;REVB=0.0173851;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21667e-05;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr19 44470548 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7775;QD=63.8707;RBI=0.0500485;REFB=0;REVB=0.0398505;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000978556;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr19 44470663 . G C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.2;QD=57.3858;RBI=0.0170988;REFB=0;REVB=-0.00165255;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.218e-05;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr19 44471209 . T A 181.07 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0440828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4689;QD=11.3166;RBI=0.0765652;REFB=-0.0382262;REVB=-0.0626014;RO=41;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787379;STB=0.545811;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0590398;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:15:8:17:24:15:8:17:24 chr19 44471252 . T C 570.12 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00846998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.858;QD=25.3386;RBI=0.0183697;REFB=-0.0287742;REVB=-0.0163004;RO=38;SAF=21;SAR=31;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137453;STB=0.507519;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0185875;OID=.;OPOS=44471252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:38:38:52:52:0.577778:31:21:16:22:31:21:16:22 chr19 44471323 . G A 339.85 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0294882;FXX=0.0309246;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.332;QD=14.4615;RBI=0.0315643;REFB=-0.00927664;REVB=0.0112583;RO=53;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221357;STB=0.51787;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0163561;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:53:57:37:37:0.393617:23:14:19:34:23:14:20:37 chr19 44500478 . A T 785.99 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.722;QD=64.1625;RBI=0.0751364;REFB=0;REVB=0.0653363;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254951;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:25:24:0:0 chr19 44500761 . G A 1244.47 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0157136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.672;QD=59.9746;RBI=0.0159189;REFB=-0.0960725;REVB=0.00254839;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122993;STB=0.506492;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000282742;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:44:38:1:0:44:38:1:0 chr19 44501116 . A G 785.57 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372575;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.56;QD=64.1283;RBI=0.037304;REFB=0;REVB=0.00186211;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71789e-05;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr19 44501227 . A G 1025.06 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1622;QD=59.4235;RBI=0.02775;REFB=0;REVB=-0.0255882;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347435;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr19 44501627 . T C 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.762;QD=61.0489;RBI=0.0208005;REFB=0;REVB=0.0172156;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16819e-05;OID=.;OPOS=44501627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr19 44511202 . A T 330.03 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0198139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.839;QD=18.3352;RBI=0.022356;REFB=-0.0173299;REVB=-0.0103537;RO=37;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255893;STB=0.514278;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0139911;OID=.;OPOS=44511202;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:18:17:19:18:18:17:19:18 chr19 44511223 . T G 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9431;QD=58.961;RBI=0.0233309;REFB=0;REVB=0.0150081;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25127e-05;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr19 44535999 . G T 140.8 PASS AF=0.410256;AO=13;DP=36;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0270254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.427;QD=14.4406;RBI=0.0270592;REFB=-0.0279997;REVB=0.00135242;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204005;STB=0.660182;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0322992;OID=.;OPOS=44535999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:23:23:13:16:0.410256:6:7:8:15:6:10:8:15 chr19 44564981 . G A 624.5 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00607161;FXX=0.0530926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.638;QD=23.3458;RBI=0.0283757;REFB=-0.0317041;REVB=-0.0277185;RO=30;SAF=24;SAR=27;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222653;STB=0.568394;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0282803;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:30:38:51:51:0.476636:27:24:24:6:27:24:24:14 chr19 44570393 . C A 459.56 PASS AF=0.5;AO=45;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00316264;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.588;QD=19.981;RBI=0.0268119;REFB=-0.0222432;REVB=-0.0266247;RO=46;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299159;STB=0.52173;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0260156;OID=.;OPOS=44570393;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:45:46:0.5:22:23:22:24:22:24:22:24 chr19 44570551 . G A 318.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.000171156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.513;QD=26.5705;RBI=0.00190064;REFB=-0.0435143;REVB=-0.00189292;RO=19;SAF=10;SAR=18;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333391;STB=0.503244;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0184089;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:20:28:28:0.583333:18:10:6:13:18:10:7:13 chr19 44571154 . T C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0462494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1482;QD=14.6576;RBI=0.0477367;REFB=-0.00996604;REVB=0.011823;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235954;STB=0.636165;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0163726;OID=.;OPOS=44571154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:12:5:7:6:12:5 chr19 44589999 . TCTC T 244.88 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0084697;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=3;MLLD=304.525;QD=22.7799;RBI=0.0119323;REFB=-0.0128584;REVB=0.00840497;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116278;STB=0.564799;STBP=0.377;TYPE=del;VARB=0.00957097;OID=.;OPOS=44590000;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534884:23:44:23:43:20:10:13:6:14:99:20:10:13:6:14 chr19 44590558 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0174943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2122;QD=14.0791;RBI=0.0343593;REFB=-0.00136373;REVB=-0.0295722;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317828;STB=0.683625;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=6.32905e-05;OID=.;OPOS=44590558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:4:12:5:7:4:12 chr19 44591360 . G A 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.525;QD=58.5984;RBI=0.0299307;REFB=0;REVB=0.0296562;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27817e-05;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr19 44610665 . A G 1098.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.526;QD=60.1939;RBI=0.0190082;REFB=0;REVB=0.00198911;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56039e-05;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:30:42:0:0:30:43:0:0 chr19 44610798 . A T 1034.54 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145547;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3162;QD=59.9732;RBI=0.0935605;REFB=0;REVB=0.0924214;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441804;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr19 44611066 . T C 804.01 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267356;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0305;QD=57.4292;RBI=0.0470625;REFB=0;REVB=0.038731;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507564;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr19 44611420 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.537;QD=59.0187;RBI=0.0283269;REFB=0;REVB=0.012579;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94072e-05;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr19 44612004 . GA G,GG 1157.16 PASS AF=0.102564,0.897436;AO=8,69;DP=77;FAO=8,70;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=5,23;FSAR=3,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907727,0.00898554;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=279.927,293.42;QD=59.3417;RBI=0.0321745,0.0203855;REFB=0,0;REVB=0.0308675,0.0182983;RO=0;SAF=5,22;SAR=3,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0217902,0.00200685;OID=.,.;OPOS=44612005,44612005;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.102564,0.897436:8,69:77:8,70:78:0:5,23:3,47:0:0:26:0:5,22:3,47:0:0 chr19 44612014 . A T 1262.54 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.247;QD=61.5876;RBI=0.0200561;REFB=0;REVB=0.00174768;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.829e-06;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:51:31:0:0:51:31:0:0 chr19 44612231 . A G 585.58 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0070662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.0108;QD=57.1293;RBI=0.0644443;REFB=-0.145091;REVB=0.0640557;RO=2;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550491;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00409429;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:2:1:39:40:0.97561:16:23:0:2:17:23:0:1 chr19 44652954 . G A 1563.85 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.018518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.932;QD=56.8673;RBI=0.074407;REFB=-0.142171;REVB=0.0720658;RO=3;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02933;STB=0.515461;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00326279;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:110:3:3:107:107:0.972727:47:60:0:3:47:60:0:3 chr19 44660967 . A G 497.46 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0550644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.414;QD=58.5241;RBI=0.0646105;REFB=0;REVB=0.0337999;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184184;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:23:11:0:0 chr19 44871287 . T C 1135.14 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.066436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.917;QD=60.541;RBI=0.0696755;REFB=0;REVB=0.0209983;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158746;OID=.;OPOS=44871287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr19 44871293 . T C 1062.28 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0545;QD=59.8466;RBI=0.0232557;REFB=0;REVB=-0.0153775;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74097e-05;OID=.;OPOS=44871293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr19 44890697 . A G 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0279614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.074;QD=17.089;RBI=0.0468391;REFB=0.00125377;REVB=0.0375774;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658101;STB=0.544856;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.000807043;OID=.;OPOS=44890697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:14:11:10:17:14:11:10:18 chr19 44891784 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.343;QD=62.9826;RBI=0.022247;REFB=0;REVB=0.0181363;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41568e-05;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr19 44930880 . G A 3229.86 PASS AF=1;AO=207;DP=211;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109369;FXX=0.0187785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7996;QD=61.8155;RBI=0.0167136;REFB=0.019037;REVB=-0.0126384;RO=1;SAF=109;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483605;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337151;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:211:209:1:0:207:209:1:98:109:0:1:99:110:0:0 chr19 44934489 . G A 1583.42 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1189;QD=63.3368;RBI=0.0974536;REFB=0;REVB=0.0938564;RO=1;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958248;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853008;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:1:0:99:100:1:49:50:0:1:50:50:0:0 chr19 44981516 . C T 379.5 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279251;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1203;QD=56.222;RBI=0.0599253;REFB=0;REVB=0.0530211;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140978;OID=.;OPOS=44981516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr19 44981883 . C G 1209.41 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.275;QD=61.2361;RBI=0.0286646;REFB=0;REVB=0.0199542;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77232e-05;OID=.;OPOS=44981883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:28:49:0:0:30:49:0:0 chr19 44983567 . C G 2307.83 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.349;QD=61.1344;RBI=0.00625057;REFB=0;REVB=0.00471085;RO=0;SAF=73;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78769e-07;OID=.;OPOS=44983567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:78:73:0:0:78:73:0:0 chr19 45001360 . TGGGGGC TGGGGCT 57.75 PASS AF=0.130952;AO=10;DP=83;FAO=11;FDP=84;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=68;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0168637;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=24.5276;QD=2.74989;RBI=0.0388099;REFB=-0.0657116;REVB=-0.0349547;RO=46;SAF=9;SAR=1;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.626913;STB=0.82863;STBP=0.019;TYPE=mnp;VARB=0.189307;OID=.;OPOS=45001365;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=TGGGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.130952:10:83:11:84:68:9:2:29:39:38:46:9:1:17:29 chr19 45001368 . T G 55.92 PASS AF=0.11236;AO=11;DP=90;FAO=10;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.135192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3804;QD=2.51331;RBI=0.140183;REFB=-0.00922764;REVB=-0.0370746;RO=68;SAF=9;SAR=2;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536171;STB=0.91681;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.093943;OID=.;OPOS=45001368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:90:89:68:75:11:10:0.11236:2:9:24:44:1:9:29:46 chr19 45016990 . CT C 1690.54 PASS AF=1;AO=140;DP=149;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000478925;FXX=0.0335548;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.4668;QD=46.9595;RBI=0.083389;REFB=0;REVB=0.0833876;RO=1;SAF=70;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674413;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000864251;OID=.;OPOS=45016991;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:140:149:144:144:0:72:72:0:0:31:1:70:70:0:1 chr19 45017249 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8664;QD=56.7061;RBI=0.0294899;REFB=0;REVB=0.0193725;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52639e-05;OID=.;OPOS=45017249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr19 45021252 . G A 673.86 PASS AF=0.977778;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.206;QD=59.8984;RBI=0.0240939;REFB=-0.134223;REVB=0.0191514;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.507689;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00112747;OID=.;OPOS=45021252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:45:0:1:41:44:0.977778:31:10:0:0:32:12:0:1 chr19 45033485 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=337.106;QD=61.3364;RBI=0.0197233;REFB=0;REVB=0.000709209;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95227e-05;OID=.;OPOS=45033485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr19 45050747 . C G,T 810.26 PASS AF=0.0175439,0.982456;AO=2,55;DP=57;FAO=1,56;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=1,30;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354441,-0.0184469;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.503,73.7986;QD=56.8601;RBI=0.00786891,0.0542129;REFB=0,0;REVB=-0.00702545,0.050978;RO=0;SAF=1,30;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.138575,-0.000395669;OID=.,.;OPOS=45050747,45050747;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:57:57:0:0:2,55:1,56:0.0175439,0.982456:1,25:1,30:0:0:0,26:1,30:0:0 chr19 45162038 . A G 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2403;QD=62.1592;RBI=0.0322503;REFB=0;REVB=0.0295333;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235806;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr19 45162189 . C A 469.18 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0108791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.262;QD=17.0609;RBI=0.0228457;REFB=0.00530396;REVB=-0.0200891;RO=59;SAF=20;SAR=31;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04839;STB=0.526966;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00640998;OID=.;OPOS=45162189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:59:51:51:0.463636:31:20:26:33:31:20:26:33 chr19 45206893 . C A 430.1 PASS AF=0.453608;AO=43;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.0538885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.812;QD=17.736;RBI=0.0539049;REFB=-0.0340919;REVB=0.001331;RO=53;SAF=32;SAR=11;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101895;STB=0.561261;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0425979;OID=.;OPOS=45206893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:53:53:43:44:0.453608:11:32:35:18:11:33:35:18 chr19 45211407 . C T 306.83 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0113485;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.74;QD=15.1522;RBI=0.0304738;REFB=-0.0146672;REVB=-0.0282818;RO=44;SAF=20;SAR=14;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00276186;STB=0.508216;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0228683;OID=.;OPOS=45211407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:44:47:34:34:0.419753:14:20:26:18:14:20:27:20 chr19 45261705 . C T 91.55 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0251015;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.719;QD=15.2578;RBI=0.048004;REFB=-0.00389568;REVB=0.0409182;RO=13;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496073;STB=0.791443;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00472121;OID=.;OPOS=45261705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:25:24:13:13:11:11:0.458333:2:9:4:9:2:9:4:9 chr19 45284266 . A C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.000222749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.533;QD=12.9747;RBI=0.0188445;REFB=-0.0176127;REVB=-0.0188431;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264459;STB=0.66242;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.018337;OID=.;OPOS=45284266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:7:5:3:14:7:5:3:15 chr19 45316804 . C T 277.41 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.133561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.128;QD=18.4938;RBI=0.133568;REFB=-0.023116;REVB=-0.00140352;RO=30;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243553;STB=0.636271;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0298141;OID=.;OPOS=45316804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:10:20:12:18:10:20:12:18 chr19 45316807 . C T 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0110181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.059;QD=18.9483;RBI=0.0827756;REFB=-0.0328751;REVB=0.082039;RO=26;SAF=19;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228845;STB=0.620319;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0241351;OID=.;OPOS=45316807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:9:19:11:15:9:19:12:15 chr19 45389224 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.704;QD=60.61;RBI=0.0371846;REFB=0;REVB=-0.00658402;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24661e-05;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr19 45395714 . T C 834.26 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0600464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2138;QD=57.5351;RBI=0.0611647;REFB=0;REVB=-0.0116426;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000862158;OID=.;OPOS=45395714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:28:30:0:0 chr19 45396144 . C T 718.41 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.092;QD=55.262;RBI=0.0242931;REFB=0;REVB=0.0236277;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181368;OID=.;OPOS=45396144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:20:30:0:0:20:32:0:0 chr19 45409167 . C G 319.86 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0547257;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.2;QD=45.6945;RBI=0.0695295;REFB=-0.201569;REVB=0.0428888;RO=2;SAF=24;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371362;STB=0.529389;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00203334;OID=.;OPOS=45409167;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:28:28:2:3:25:25:0.892857:1:24:2:0:1:24:3:0 chr19 45411941 . T C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.587;QD=36.3483;RBI=0.0611034;REFB=-0.0203754;REVB=0.0559859;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00371312;OID=.;OPOS=45411941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:0:1:6:5:0:1 chr19 45476422 . T C 1797.79 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.407;QD=60.9419;RBI=0.0408512;REFB=0;REVB=0.00131659;RO=0;SAF=43;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63972e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21775e-05;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:118:0:0:110:118:1:67:43:0:0:68:50:0:0 chr19 45488567 . T C 98.81 PASS AF=1;AO=5;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.738;QD=39.5254;RBI=0.0287443;REFB=0;REVB=0.00980642;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137674;OID=.;OPOS=45488567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:5:10:1:2:3:0:0:6:4:0:0 chr19 45488568 . G C 31.2 PASS AF=0.5;AO=4;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0749888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.079;QD=12.4814;RBI=0.0909328;REFB=-0.0990134;REVB=0.0514341;RO=5;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320004;STB=0.726279;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.112151;OID=.;OPOS=45488568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:9:10:5:5:4:5:0.5:3:1:3:2:4:1:3:2 chr19 45490570 . A G 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.040133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.597;QD=18.7952;RBI=0.0480028;REFB=-0.0122898;REVB=-0.0263365;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108685;STB=0.561472;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.024239;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:16:11:12:11:16:11 chr19 45490636 . T C 249.53 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0329476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7489;QD=24.3446;RBI=0.0332274;REFB=-0.0479062;REVB=0.00430321;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171299;STB=0.512185;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0275815;OID=.;OPOS=45490636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:17:23:24:0.585366:12:11:9:9:12:12:8:9 chr19 45561063 . A G 1248.11 PASS AF=1;AO=69;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140943;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.929;QD=61.6351;RBI=0.0236764;REFB=0;REVB=-0.0190243;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138359;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:69:81:1:33:36:0:0:44:37:0:0 chr19 45728135 . TGGGGGCC TGGGCC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC,TGGGGGC 277.86 PASS AF=0,0,1,0,0;AO=3,3,4,4,5;DP=30;FAO=0,0,30,0,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,20,0,0;FSAR=0,0,10,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.271949,-0.0600847,0.0638832,0.516832,-0.420823;FXX=0;HRUN=5,5,5,5,4;LEN=2,3,2,1,1;MLLD=8.6345,11.1868,16.3716,8.51676,8.57576;QD=37.048;RBI=0.401331,0.30425,0.23694,0.754732,1.02225;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.295145,0.298258,0.228166,-0.550004,0.931615;RO=0;SAF=0,3,4,0,5;SAR=3,0,0,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.305263,0.305263,0.305263,0.305263,0;SSEP=0,0,0,0,0.594203;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del,del;VARB=0,-0.00546237,0.0132173,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=45728136,45728140,45728140,45728136,45728141;OREF=GG,GCC,GC,G,C;OALT=-,-,-,-,-;OMAPALT=TGGGCC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC,TGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0,0:3,3,4,4,5:30:0,0,30,0,0:30:0:0,0,20,0,0:0,0,10,0,0:0:0:5:0:0,3,4,0,5:3,0,0,4,0:0:0 chr19 45766571 . G A 289.88 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0011533;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9439;QD=25.2067;RBI=0.0374459;REFB=-0.00951699;REVB=0.0374281;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214971;STB=0.511936;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0178661;OID=.;OPOS=45766571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:15:11:9:11:15:11:9:11 chr19 45790001 . T A 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.000652443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1151;QD=12.9734;RBI=0.0367169;REFB=-0.0459124;REVB=0.0367111;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210525;STB=0.621445;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0224468;OID=.;OPOS=45790001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:4:8:15:3:4:8:15:3 chr19 45806609 . A G 187.6 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0484598;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9941;QD=19.241;RBI=0.0511384;REFB=0.027194;REVB=-0.0163337;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844457;STB=0.538422;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0258565;OID=.;OPOS=45806609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:20:19:19:0.487179:12:7:6:15:12:7:6:14 chr19 45810035 . A G 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0133259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.969;QD=26.3149;RBI=0.0161519;REFB=-0.0121363;REVB=-0.00912712;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121082;STB=0.566951;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00867656;OID=.;OPOS=45810035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:10:4:10:12:10:4 chr19 45818835 . A G 450.04 PASS AF=0.764706;AO=37;DP=49;FAO=39;FDP=51;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0167434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.356;QD=35.2972;RBI=0.017641;REFB=0.00392956;REVB=0.00555529;RO=12;SAF=21;SAR=16;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143429;STB=0.573683;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00125909;OID=.;OPOS=45818835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:49:51:12:12:37:39:0.764706:16:21:3:9:17:22:3:9 chr19 45865002 . C A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0352603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.396;QD=7.76194;RBI=0.0547095;REFB=-0.00575808;REVB=0.041831;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414775;STB=0.526228;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0146896;OID=.;OPOS=45865002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:6:7:3:3:6:7 chr19 45868309 . T G 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0150075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.964;QD=17.3255;RBI=0.0175435;REFB=-0.0213234;REVB=0.0090856;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573397;STB=0.522913;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0310109;OID=.;OPOS=45868309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:12:8:11:13:12:8:11:14 chr19 45882962 . T A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00356118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.57;QD=16.0339;RBI=0.0119473;REFB=-0.0162034;REVB=-0.0114042;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343262;STB=0.717166;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0238112;OID=.;OPOS=45882962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:28:20:20:0.416667:15:5:15:11:15:5:17:11 chr19 45909934 . G A 152.37 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0282699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.194;QD=21.0162;RBI=0.0370005;REFB=-0.01862;REVB=0.0238716;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367903;STB=0.708818;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00799782;OID=.;OPOS=45909934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:12:4:9:4:12:4:9:4 chr19 45910003 . G T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0839953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4075;QD=22.1441;RBI=0.0990923;REFB=0.0198624;REVB=0.0525743;RO=13;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324502;STB=0.683978;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00570759;OID=.;OPOS=45910003;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:13:4:8:5:13:4:8:5 chr19 45912002 . A C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0128541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=419.442;QD=18.4438;RBI=0.0138792;REFB=-0.0207464;REVB=-0.00523481;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796806;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0201413;OID=.;OPOS=45912002;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:4:5:6:5:4:5 chr19 45912343 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0296332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0546;QD=14.2617;RBI=0.0331048;REFB=-0.00769137;REVB=-0.014758;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724028;STB=0.542199;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00997946;OID=.;OPOS=45912343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:11:5:9:15:11:5:9:15 chr19 45912406 . G A 64.96 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0165899;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.067;QD=9.62404;RBI=0.0169573;REFB=-0.014798;REVB=0.00351077;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375982;STB=0.764106;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0225081;OID=.;OPOS=45912406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:19:18:8:9:0.333333:6:2:11:8:7:2:11:7 chr19 45912736 . C A 47.31 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=17;FAO=6;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0300679;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.805;QD=13.5181;RBI=0.0309209;REFB=-0.0321075;REVB=-0.00721277;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168179;STB=0.688929;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0354086;OID=.;OPOS=45912736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:17:14:7:7:8:6:0.428571:6:2:3:4:5:1:3:4 chr19 45923653 . A G 792.29 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0577678;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.684;QD=55.5991;RBI=0.078236;REFB=-0.0827579;REVB=0.0527613;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000945613;OID=.;OPOS=45923653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:31:25:1:0:31:25:1:0 chr19 45978375 . A G 222.74 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00883953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7722;QD=12.5485;RBI=0.0585042;REFB=-0.00254932;REVB=-0.0578325;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536493;STB=0.536714;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0030687;OID=.;OPOS=45978375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:43:44:27:27:0.380282:15:12:17:26:15:12:17:27 chr19 45998247 . A G 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.036964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.924;QD=22.9113;RBI=0.0370235;REFB=-0.00319571;REVB=0.0020977;RO=29;SAF=19;SAR=20;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839858;STB=0.552546;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00245089;OID=.;OPOS=45998247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:30:39:39:0.565217:20:19:11:18:20:19:11:19 chr19 46003068 . A G 210.12 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0185283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5504;QD=19.1019;RBI=0.0705192;REFB=-0.0244555;REVB=-0.0680416;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132566;STB=0.575149;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0599093;OID=.;OPOS=46003068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:13:8:12:11:13:8:12:11 chr19 46029981 . T C 2558.59 PASS AF=0.994048;AO=164;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0154558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6563;QD=60.9188;RBI=0.0459016;REFB=-0.067746;REVB=0.0432213;RO=1;SAF=90;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638728;STB=0.503225;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000292038;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:168:1:1:164:167:0.994048:74:90:0:1:77:90:0:1 chr19 46057081 . A G 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0316316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.907;QD=14.0468;RBI=0.0592252;REFB=-0.0263155;REVB=-0.0500706;RO=29;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33568;STB=0.695641;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0366714;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:5:13:12:17:5:13:12:17 chr19 46154806 . T C 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0697527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.089;QD=28.1411;RBI=0.0934139;REFB=0.0684671;REVB=0.0621347;RO=7;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117373;STB=0.565137;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00803254;OID=.;OPOS=46154806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:8:8:5:2:8:8:5:2 chr19 46154820 . G A 170.46 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0510849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3573;QD=25.2536;RBI=0.0684085;REFB=-0.0640713;REVB=-0.0454978;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121332;STB=0.54777;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.025009;OID=.;OPOS=46154820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:9:10:17:17:0.62963:9:8:6:3:9:8:6:4 chr19 46154902 . G GC 166.39 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0174253;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=190.293;QD=17.9876;RBI=0.0186653;REFB=0.000572206;REVB=-0.00668983;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517698;STB=0.544;STBP=0.541;TYPE=ins;VARB=-6.22304e-05;OID=.;OPOS=46154903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567568:21:38:21:37:16:10:11:6:10:99:17:10:11:7:10 chr19 46154906 . C CT 166.35 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00423193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=350.442;QD=17.9839;RBI=0.00563919;REFB=0.00368378;REVB=0.0037271;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789132;STB=0.544;STBP=0.541;TYPE=ins;VARB=-0.00303181;OID=.;OPOS=46154907;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567568:21:37:21:37:16:10:11:6:10:99:16:10:11:6:10 chr19 46155049 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0925639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9093;QD=12.8607;RBI=0.093004;REFB=0.0106519;REVB=-0.00903668;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168179;STB=0.599733;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0147584;OID=.;OPOS=46155049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:2:6:4:3:2:6 chr19 46181392 . G C 57.31 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0165947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.012;QD=12.7347;RBI=0.0229724;REFB=-0.0210791;REVB=0.0158855;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0252263;OID=.;OPOS=46181392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:5:5:4:4:5:5 chr19 46214244 . A G 77.1 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00114065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.387;QD=6.04677;RBI=0.048488;REFB=-0.00233795;REVB=-0.0484746;RO=40;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176812;STB=0.612478;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0129033;OID=.;OPOS=46214244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:6:5:24:16:6:5:24:16 chr19 46216642 . G T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.000849339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.039;QD=21.3532;RBI=0.0214678;REFB=-0.0188961;REVB=0.021451;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124041;STB=0.507031;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0141089;OID=.;OPOS=46216642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:5:4:6:7:5:4 chr19 46264966 . T TC 42.64 PASS AF=0.391304;AO=7;DP=25;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0695309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.7647;QD=7.41606;RBI=0.0699694;REFB=-0.0892014;REVB=-0.00782146;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110839;STB=0.693526;STBP=0.231;TYPE=ins;VARB=0.148798;OID=.;OPOS=46264967;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:7:25:9:23:14:4:5:2:12:42:18:2:5:5:13 chr19 46269076 . G A 357.39 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0304796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.275;QD=31.0777;RBI=0.0305285;REFB=-0.0381551;REVB=-0.00172705;RO=16;SAF=9;SAR=21;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141341;STB=0.576876;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0305327;OID=.;OPOS=46269076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:21:9:2:14:21:9:2:14 chr19 46269313 . G C 88.99 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0417509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.78;QD=27.3818;RBI=0.0496361;REFB=-0.0550412;REVB=-0.026844;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241598;STB=0.636096;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0415737;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:0:3:4:6:0:3 chr19 46275976 . G C 111.45 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0406278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.536;QD=15.9208;RBI=0.042173;REFB=-0.0337824;REVB=0.0113116;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477241;STB=0.502758;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0370516;OID=.;OPOS=46275976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:8:7:6:7:8:7 chr19 46282503 . A C 179.68 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0105234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.107;QD=17.1125;RBI=0.0372966;REFB=-0.0188523;REVB=-0.0357812;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271173;STB=0.663091;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0158602;OID=.;OPOS=46282503;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:23:18:19:0.452381:6:12:9:14:6:13:9:14 chr19 46287200 . C G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0108906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8408;QD=18.4438;RBI=0.0437669;REFB=-0.00422996;REVB=0.0423903;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280231;STB=0.681098;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00443224;OID=.;OPOS=46287200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:8:9:11:11:0.55:7:4:6:2:7:4:7:2 chr19 46289392 . G C 233.89 PASS AF=0.490196;AO=26;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00977323;FXX=0.0192271;HRUN=8;LEN=1;MLLD=225.63;QD=18.3439;RBI=0.0296227;REFB=-0.0209771;REVB=-0.027964;RO=25;SAF=22;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308106;STB=0.714792;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0148188;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:26:26:25:0.490196:4:22:15:10:3:22:16:10 chr19 46319415 . G C 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00103655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.865;QD=37.893;RBI=0.0266997;REFB=-0.0153191;REVB=0.0266796;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0011529;OID=.;OPOS=46319415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:1:0:5:7:1:0 chr19 46326012 . AC A 101.53 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0233469;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.0069;QD=12.6907;RBI=0.03852;REFB=-0.0367841;REVB=-0.0306385;RO=17;SAF=14;SAR=0;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.832067;STB=0.892989;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0171655;OID=.;OPOS=46326013;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:14:33:15:32:17:14:1:6:11:94:17:14:0:6:11 chr19 46327053 . C T 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0122389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.823;QD=24.1069;RBI=0.0164831;REFB=-0.014793;REVB=0.0110409;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00357459;STB=0.50199;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0106012;OID=.;OPOS=46327053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:10:14:11:8:10:14:11:8 chr19 46330809 . G A 315.54 PASS AF=0.596154;AO=30;DP=51;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00565819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7548;QD=24.2723;RBI=0.0652534;REFB=-0.0155065;REVB=0.0650077;RO=21;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137388;STB=0.568485;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0119122;OID=.;OPOS=46330809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:21:21:30:31:0.596154:14:16:15:6:14:17:15:6 chr19 46341824 . C T 478.37 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0241489;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.874;QD=21.7441;RBI=0.0248916;REFB=-0.0139858;REVB=-0.00603509;RO=38;SAF=22;SAR=24;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909792;STB=0.569692;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00987552;OID=.;OPOS=46341824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:38:42:46:46:0.522727:24:22:14:24:24:22:14:28 chr19 46352122 . A G 206.73 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0367284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2327;QD=13.1257;RBI=0.0418007;REFB=0.00929283;REVB=-0.019958;RO=37;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368098;STB=0.511619;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.0124801;OID=.;OPOS=46352122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:38:25:25:0.396825:14:11:15:22:14:11:16:22 chr19 46404579 . A G 782.38 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.902;QD=63.8674;RBI=0.0442565;REFB=0;REVB=0.0226386;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509099;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:41:49:1:29:12:0:0:34:15:0:0 chr19 46443886 . C A 256.59 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.337;QD=51.3184;RBI=0.0940462;REFB=0;REVB=0.0678917;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809052;OID=.;OPOS=46443886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:2:15:0:0:3:17:0:0 chr19 46498353 . C G 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0107109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.364;QD=10.0236;RBI=0.0110552;REFB=-0.0173859;REVB=-0.00273742;RO=37;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107067;STB=0.506322;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0341145;OID=.;OPOS=46498353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:13:5:10:27:13:5:10:27 chr19 46511548 . T C 227.3 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00770479;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.489;QD=50.5108;RBI=0.0225914;REFB=0;REVB=-0.0212369;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151362;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr19 46520025 . CA C,CC,CG 1181.14 PASS AF=0.195122,0.0609756,0.743902;AO=13,5,61;DP=79;FAO=16,5,61;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,30;FSAR=11,5,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063482,0.0108467,0.00659713;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=202.422,187.558,214.075;QD=57.6167;RBI=0.0101048,0.0119971,0.0121043;REFB=0,0,0;REVB=0.00786181,0.00512636,0.0101485;RO=0;SAF=2,0,30;SAR=11,5,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0149646,0.0270501,-0.00463501;OID=.,.,.;OPOS=46520026,46520026,46520026;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.195122,0.0609756,0.743902:13,5,61:79:16,5,61:82:0:5,0,30:11,5,31:0:0:82:0:2,0,30:11,5,31:0:0 chr19 46520028 . C G 125.67 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0447308;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.234;QD=6.36307;RBI=0.048755;REFB=-0.0604858;REVB=0.0193962;RO=58;SAF=5;SAR=16;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357332;STB=0.717731;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.174627;OID=.;OPOS=46520028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:58:21:21:0.265823:16:5:30:28:16:5:30:28 chr19 46811984 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.000725419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.546;QD=12.1822;RBI=0.00181593;REFB=-0.0218069;REVB=-0.00166474;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409094;STB=0.524224;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0225641;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:11:4:3:7:11:4 chr19 46815499 . T C 60.37 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0462219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9952;QD=17.2477;RBI=0.0897319;REFB=-0.0019937;REVB=-0.0769113;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861157;STB=0.549882;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00338439;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:1:5:6:2:1:5 chr19 46815705 . A C 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.026913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1864;QD=26.8489;RBI=0.0313706;REFB=-0.00115753;REVB=0.0161185;RO=6;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295756;STB=0.695363;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000151896;OID=.;OPOS=46815705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:6:7:15:15:0.681818:12:3:4:2:12:3:5:2 chr19 46825157 . TG GT,T 52.35 PASS AF=0,0.292683;AO=3,26;DP=82;FAO=0,24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=0,2;FSAR=0,22;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0324655,-0.00962357;FXX=0.0120467;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=127.71,11.5374;QD=2.55356;RBI=0.0977883,0.0647353;REFB=-0.012095,-0.131156;REVB=-0.0922418,-0.064016;RO=46;SAF=0,2;SAR=3,24;SRF=25;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.503147,-0.637233;STB=0.5,0.869534;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.197458;OID=.,.;OPOS=46825157,46825158;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:82:82:46:58:3,26:0,24:0,0.292683:3,24:0,2:25:21:0,22:0,2:29:29 chr19 46857015 . C T 374.63 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0217843;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.28;QD=20.8126;RBI=0.0223986;REFB=-0.017973;REVB=-0.00520967;RO=33;SAF=17;SAR=21;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197028;STB=0.517053;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0142739;OID=.;OPOS=46857015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:34:38:38:0.527778:21:17:14:19:21:17:14:20 chr19 46893810 . G A 245.61 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0313196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.268;QD=23.962;RBI=0.0421627;REFB=0.00537419;REVB=0.0282272;RO=18;SAF=19;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287865;STB=0.66263;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.004121;OID=.;OPOS=46893810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:4:19:10:8:4:19:10:8 chr19 46914547 . C G 132.99 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0132235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3654;QD=15.6457;RBI=0.0770441;REFB=-0.00726285;REVB=-0.0759008;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281502;STB=0.658364;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.013198;OID=.;OPOS=46914547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:2:17:10:5:2:17 chr19 46914833 . A T 117.42 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0130589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.789;QD=21.3487;RBI=0.0288423;REFB=-0.0191696;REVB=-0.0257165;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938929;STB=0.553111;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0180411;OID=.;OPOS=46914833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:3:6:7:6:3:6 chr19 46914921 . G A 100.76 PASS AF=0.75;AO=10;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0774132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.769;QD=25.1907;RBI=0.0777775;REFB=-0.0762328;REVB=0.00751907;RO=5;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327428;STB=0.535652;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0289643;OID=.;OPOS=46914921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:16:16:5:4:10:12:0.75:9:1:2:3:10:2:1:3 chr19 46971773 . T G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0509903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8226;QD=11.1971;RBI=0.0618838;REFB=-0.0057805;REVB=0.0350655;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00922378;OID=.;OPOS=46971773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:11:11:6:6:11:11 chr19 46973981 . G A 214.73 PASS AF=0.4;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0352861;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.431;QD=13.2144;RBI=0.0359358;REFB=-0.00515015;REVB=-0.00680251;RO=38;SAF=6;SAR=19;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303593;STB=0.689498;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0119403;OID=.;OPOS=46973981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:38:39:25:26:0.4:19:6:19:19:20:6:20:19 chr19 46974233 . G A 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00640496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.054;QD=28.0217;RBI=0.0174219;REFB=-0.0444399;REVB=0.0162019;RO=19;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0083217;STB=0.504584;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0308387;OID=.;OPOS=46974233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:11:18:12:7:11:18:12:7 chr19 46997522 . C T 425.32 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.000939028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.475;QD=21.535;RBI=0.0184409;REFB=-0.0422165;REVB=0.018417;RO=37;SAF=18;SAR=24;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497131;STB=0.527459;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0401241;OID=.;OPOS=46997522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:24:18:18:19:24:18:18:19 chr19 46999691 . C G 154.93 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0139865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.944;QD=32.6176;RBI=0.0201052;REFB=-0.0299593;REVB=-0.0144429;RO=4;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392188;STB=0.52171;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.016148;OID=.;OPOS=46999691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:9:6:2:2:9:6:2:2 chr19 47109092 . G A 453.72 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.032707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.934;QD=22.4059;RBI=0.0330742;REFB=-0.0219792;REVB=-0.00491502;RO=34;SAF=22;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700352;STB=0.555531;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0183362;OID=.;OPOS=47109092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:37:44:44:0.54321:22:22:14:20:22:22:14:23 chr19 47177913 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.929;QD=58.0602;RBI=0.0668479;REFB=0;REVB=0.0129224;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326308;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr19 47212593 . A G 156.04 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0858137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.446;QD=15.6044;RBI=0.0957067;REFB=-0.00251121;REVB=-0.0423766;RO=23;SAF=1;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56736;STB=0.841565;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00105446;OID=.;OPOS=47212593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:16:1:9:14:16:1:9:14 chr19 47223543 . T C 415.19 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=15;FWDB=-0.00931737;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.867;QD=15.2362;RBI=0.116292;REFB=-0.012826;REVB=-0.115918;RO=59;SAF=29;SAR=18;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160855;STB=0.588352;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0162151;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:62:47:47:0.431193:18:29:45:14:18:29:47:15 chr19 47282162 . G A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.014154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.824;QD=17.732;RBI=0.0182007;REFB=-0.0123965;REVB=0.0114424;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051485;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00654636;OID=.;OPOS=47282162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:10:9:9:8:10:9 chr19 47543774 . G A 446.26 PASS AF=0.432203;AO=48;DP=116;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0827264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3718;QD=15.1273;RBI=0.0977214;REFB=-0.00562165;REVB=0.0520174;RO=67;SAF=15;SAR=33;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706477;STB=0.512454;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0107309;OID=.;OPOS=47543774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:67:67:48:51:0.432203:33:15:25:42:33:18:25:42 chr19 47544238 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0166693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.164;QD=14.0966;RBI=0.0233265;REFB=-0.0164948;REVB=-0.0163175;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299689;STB=0.676588;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0590547;OID=.;OPOS=47544238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:8:6:8:3:8:6 chr19 47548678 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.972;QD=23.2183;RBI=0.0666352;REFB=-0.0651941;REVB=0.065156;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00705435;OID=.;OPOS=47548678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr19 47761646 . G C 425.59 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.582;QD=56.7459;RBI=0.0448906;REFB=0;REVB=0.0434248;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151785;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:12:17:0:0:13:17:0:0 chr19 47768128 . G C 105.97 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0310546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2025;QD=12.1108;RBI=0.0374578;REFB=-0.00512772;REVB=-0.0209451;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00846107;STB=0.533283;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00509803;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:22:22:12:13:0.371429:5:7:13:9:6:7:13:9 chr19 47770015 . A C 230.72 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0497326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8888;QD=17.7476;RBI=0.051311;REFB=-0.0604292;REVB=-0.0126292;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150678;STB=0.584986;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0351973;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:9:16:13:14:9:16:13:14 chr19 47774447 . G A 94.2 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0684436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.437;QD=20.9327;RBI=0.0688111;REFB=-0.026482;REVB=0.00710254;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585073;STB=0.533274;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.014623;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:2:5:7:4:2:5 chr19 47774572 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0272252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.565;QD=21.1725;RBI=0.0294107;REFB=-0.0512187;REVB=0.0111254;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879115;STB=0.549917;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0109173;OID=.;OPOS=47774572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:3:5:6:6:3:5 chr19 47774772 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0108016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.742;QD=15.3789;RBI=0.012033;REFB=-0.0337004;REVB=-0.00530272;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574537;STB=0.533279;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0398161;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:5:9:7:5:5:9 chr19 47778851 . C T 100.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0649372;FXX=0.0624805;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.7426;QD=13.3746;RBI=0.0925335;REFB=-0.130333;REVB=-0.0659211;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109071;STB=0.536523;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.058226;OID=.;OPOS=47778851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:16:18:12:12:0.4:8:4:7:9:8:4:7:11 chr19 47778857 . C G 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0187339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.269;QD=10.9409;RBI=0.0194109;REFB=-0.0320682;REVB=0.00508182;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642199;STB=0.558174;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0568412;OID=.;OPOS=47778857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:7:4:8:11:7:4:9:11 chr19 47813165 . G A 200.82 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0241912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.812;QD=20.5972;RBI=0.040973;REFB=-0.00281634;REVB=0.0330692;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253371;STB=0.514271;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00305884;OID=.;OPOS=47813165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:8:11:11:9:8:11 chr19 47823038 . G A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.556;QD=46.0571;RBI=0.020083;REFB=-0.0727584;REVB=-0.0156763;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533298;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00580449;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:7:12:0:0:7:12:0:1 chr19 47823484 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.376;QD=58.5876;RBI=0.030473;REFB=0;REVB=0.00921565;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135595;OID=.;OPOS=47823484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr19 47823871 . G T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7385;QD=57.7109;RBI=0.0173876;REFB=0;REVB=-0.0172074;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151566;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr19 47858424 . G A 475.55 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00663261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.633;QD=19.2143;RBI=0.0385481;REFB=-0.00430161;REVB=0.0379732;RO=52;SAF=23;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262929;STB=0.514624;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00400804;OID=.;OPOS=47858424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:24:23:24:28:24:23:24:28 chr19 47865911 . A G 373.28 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00835884;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.691;QD=20.1774;RBI=0.0168392;REFB=-0.0210104;REVB=0.0146181;RO=35;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854047;STB=0.512189;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0180791;OID=.;OPOS=47865911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:35:36:38:38:0.513514:21:17:16:19:21:17:17:19 chr19 47879279 . G A 954.44 PASS AF=0.572327;AO=90;DP=158;FAO=91;FDP=159;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=0.0385634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.74;QD=24.011;RBI=0.0396708;REFB=-0.00635187;REVB=0.00930793;RO=68;SAF=37;SAR=53;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602592;STB=0.535281;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00450531;OID=.;OPOS=47879279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:68:68:90:91:0.572327:53:37:23:45:53:38:23:45 chr19 47933257 . G A 631.42 PASS AF=0.977273;AO=39;DP=41;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104475;FXX=0.0222173;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.403;QD=57.4017;RBI=0.0502661;REFB=-0.0975919;REVB=0.0491684;RO=2;SAF=28;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242832;STB=0.508768;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000251754;OID=.;OPOS=47933257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:44:2:1:39:43:0.977273:11:28:1:1:15:28:1:0 chr19 47935352 . T C 204.27 PASS AF=0.857143;AO=16;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0110637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.973;QD=38.9081;RBI=0.017113;REFB=-0.185138;REVB=-0.0130556;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.509793;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00921475;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:21:21:0:3:16:18:0.857143:5:11:0:0:5:13:2:1 chr19 47978671 . G A 273.46 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00985232;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.03;QD=17.3627;RBI=0.0098561;REFB=-0.00377162;REVB=-0.00027273;RO=33;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200941;STB=0.511271;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00520195;OID=.;OPOS=47978671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:17:13:15:18:17:13:15:18 chr19 47980153 . G A 306.05 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00136888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.293;QD=20.4031;RBI=0.0165361;REFB=-0.0135763;REVB=0.0164793;RO=28;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110118;STB=0.561143;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0154001;OID=.;OPOS=47980153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:19:13:15:13:19:13:15:13 chr19 47996010 . C T 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0265084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.006;QD=14.1699;RBI=0.0267473;REFB=-0.0085032;REVB=-0.00356715;RO=51;SAF=8;SAR=26;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177854;STB=0.601994;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0112767;OID=.;OPOS=47996010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:26:8:19:32:26:8:19:32 chr19 48000071 . CCTT C 413.94 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.00409028;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=260.866;QD=13.798;RBI=0.00418997;REFB=-0.0109157;REVB=0.000908518;RO=62;SAF=25;SAR=34;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349486;STB=0.524467;STBP=0.62;TYPE=del;VARB=0.0117607;OID=.;OPOS=48000072;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491667:59:125:59:120:61:25:34:23:38:99:62:25:34:24:38 chr19 48042976 . C T 146.32 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0265299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1463;QD=16.7226;RBI=0.0265306;REFB=-0.0108222;REVB=0.000187125;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13331;STB=0.576417;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0128112;OID=.;OPOS=48042976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:11:8:9:7:11:8 chr19 48047821 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0120501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.764;QD=19.1095;RBI=0.015707;REFB=-0.0181063;REVB=0.0100749;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00807553;STB=0.5272;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0180625;OID=.;OPOS=48047821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:26:27:27:0.509434:11:16:14:10:11:16:14:12 chr19 48182787 . C T 199.2 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00663787;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5013;QD=25.7031;RBI=0.0578164;REFB=0.0107304;REVB=0.057434;RO=12;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541569;STB=0.530089;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.000800121;OID=.;OPOS=48182787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:32:31:12:12:19:19:0.612903:6:13:9:3:6:13:9:3 chr19 48182946 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.407;QD=33.4285;RBI=0.0710966;REFB=0;REVB=0.0710966;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160162;OID=.;OPOS=48182946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr19 48183771 . C T 284.02 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0439616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.26;QD=21.8478;RBI=0.0454503;REFB=-0.0318935;REVB=0.0115373;RO=22;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244603;STB=0.505614;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0287503;OID=.;OPOS=48183771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:29:29:0.557692:11:18:13:9:11:18:14:9 chr19 48198675 . A G 203.57 PASS AF=0.325;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0201223;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6576;QD=10.1784;RBI=0.102967;REFB=-0.0124657;REVB=-0.100981;RO=42;SAF=20;SAR=6;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298732;STB=0.629263;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0155797;OID=.;OPOS=48198675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:42:54:26:26:0.325:6:20:22:20:6:20:33:21 chr19 48244194 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.082;QD=59.8375;RBI=0.0095063;REFB=0;REVB=-0.00942499;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82136e-05;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr19 48244569 . G A 257.94 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.124913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.9455;QD=44.8597;RBI=0.142582;REFB=-0.148518;REVB=0.0687491;RO=2;SAF=8;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102025;STB=0.555502;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0178023;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:22:23:2:2:20:21:0.913043:12:8:2:0:13:8:2:0 chr19 48255804 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4828;QD=53.9079;RBI=0.0224609;REFB=0;REVB=-0.0046918;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224971;OID=.;OPOS=48255804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:11:13:0:0 chr19 48282078 . C G 220.48 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0458757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.19;QD=24.4982;RBI=0.0520786;REFB=-0.0301722;REVB=-0.0246495;RO=15;SAF=14;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29885;STB=0.666508;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00320608;OID=.;OPOS=48282078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:7:14:4:11:7:14:4:11 chr19 48305357 . G A 98.88 PASS AF=1;AO=5;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8651;QD=26.3671;RBI=0.188838;REFB=0;REVB=0.0932552;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0273676;OID=.;OPOS=48305357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:15:0:0:5:15:1:3:2:0:0:3:12:0:0 chr19 48351527 . T C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00744734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.961;QD=24.0275;RBI=0.0605503;REFB=-0.0416882;REVB=0.0600906;RO=7;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659702;STB=0.550952;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0101735;OID=.;OPOS=48351527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:7:8:14:14:0.636364:11:3:1:6:11:3:1:7 chr19 48352054 . G C 120.09 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0475608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8608;QD=14.1281;RBI=0.0725428;REFB=-0.0332304;REVB=-0.0547762;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195583;STB=0.58683;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0624649;OID=.;OPOS=48352054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:20:14:14:0.411765:5:9:8:10:5:9:10:10 chr19 48389425 . A G 2086.65 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.573;QD=61.8267;RBI=0.0234543;REFB=0.0497817;REVB=0.00967917;RO=1;SAF=63;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664825;STB=0.503496;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-5.97207e-05;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:71:63:0:1:71:63:0:1 chr19 48525507 . G A 1277.33 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.808;QD=61.5582;RBI=0.0418499;REFB=0;REVB=0.0381083;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67016e-05;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:46:36:0:0:47:36:0:0 chr19 48543862 . G A 146.83 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0194038;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.476;QD=16.3145;RBI=0.0196379;REFB=-0.028069;REVB=-0.00302295;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144044;STB=0.583225;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.031119;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:11:9:5:11:11:9 chr19 48598823 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.486;QD=59.4356;RBI=0.00778602;REFB=0;REVB=0.00626385;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.144e-05;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr19 48601454 . T C 1105.23 PASS AF=0.95;AO=76;DP=82;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00135686;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.466;QD=55.2614;RBI=0.0263519;REFB=-0.0366184;REVB=0.026317;RO=3;SAF=34;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828689;STB=0.502659;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00139337;OID=.;OPOS=48601454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:82:80:3:4:76:76:0.95:42:34:1:2:42:34:2:2 chr19 48602948 . T C 98.24 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0137129;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.684;QD=12.6756;RBI=0.0680602;REFB=-0.000413173;REVB=0.0666645;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819582;STB=0.548307;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00103758;OID=.;OPOS=48602948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:8:11:6:6:8:11 chr19 48621036 . C G 614.07 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.822;QD=61.407;RBI=0.0798765;REFB=0;REVB=0.0319731;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341286;OID=.;OPOS=48621036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:22:18:0:0 chr19 48622427 . A G 3840.32 PASS AF=1;AO=238;DP=238;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6799;QD=63.7398;RBI=0.06917;REFB=0;REVB=-0.021286;RO=0;SAF=105;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28143e-05;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:238:241:0:0:238:241:1:133:105:0:0:133:108:0:0 chr19 48654553 . G T 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4496;QD=58.2369;RBI=0.015742;REFB=0;REVB=-0.00622378;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190062;OID=.;OPOS=48654553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr19 48668795 . G A 816.6 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9586;QD=54.4403;RBI=0.109428;REFB=-0.0631121;REVB=0.10693;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140815;STB=0.509801;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0142584;OID=.;OPOS=48668795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:33:25:0:1:34:25:1:0 chr19 48697961 . C T 437.44 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0403584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9792;QD=16.6642;RBI=0.058124;REFB=-0.00506371;REVB=0.0418282;RO=57;SAF=22;SAR=26;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714407;STB=0.539807;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00813538;OID=.;OPOS=48697961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:26:22:22:35:26:22:22:35 chr19 48737706 . A T 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00440444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.59;QD=14.0442;RBI=0.00469288;REFB=-0.0111999;REVB=0.0016199;RO=40;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11397;STB=0.564808;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0196197;OID=.;OPOS=48737706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:13:15:17:23:13:15:17:23 chr19 48800677 . G T 158.72 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0314533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.527;QD=17.1583;RBI=0.0373768;REFB=-0.0337884;REVB=0.0201919;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176965;STB=0.601147;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0381015;OID=.;OPOS=48800677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:12:8:10:7:12:8 chr19 48863386 . C T 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.013027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.79;QD=14.1188;RBI=0.0221444;REFB=-0.0121475;REVB=-0.0179073;RO=38;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144531;STB=0.508229;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0131342;OID=.;OPOS=48863386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:16:11:16:22:16:11:16:22 chr19 48949286 . G T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.003;QD=61.3346;RBI=0.082394;REFB=0;REVB=0.051869;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119703;OID=.;OPOS=48949286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr19 49079224 . G A 40.44 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00172142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.835;QD=7.03268;RBI=0.0301397;REFB=-0.00169333;REVB=-0.0300905;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257618;STB=0.59233;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00545997;OID=.;OPOS=49079224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:22:23:16:16:6:7:0.304348:4:2:9:7:4:3:9:7 chr19 49102399 . C T 3075.78 PASS AF=1;AO=200;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014722;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.668;QD=61.2096;RBI=0.0166012;REFB=0;REVB=-0.0076721;RO=0;SAF=97;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46503e-06;OID=.;OPOS=49102399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:201:0:0:200:201:1:103:97:0:0:104:97:0:0 chr19 49116555 . A G 949.59 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0858794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8833;QD=56.6922;RBI=0.123903;REFB=0.0156638;REVB=-0.0893125;RO=1;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113841;STB=0.506022;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00015828;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:41:24:0:1:41:25:0:1 chr19 49141406 . AAGAC A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613073;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=372.888;QD=46.848;RBI=0.0684336;REFB=0;REVB=0.0304067;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000563865;OID=.;OPOS=49141407;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:15:15:15:0:4:11:0:0:4:0:4:11:0:0 chr19 49183284 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.258;QD=53.2761;RBI=0.101879;REFB=0;REVB=0.0169952;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713763;OID=.;OPOS=49183284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr19 49206603 . C T 728.92 PASS AF=1;AO=45;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7278;QD=57.1698;RBI=0.057295;REFB=0;REVB=0.00841225;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630931;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:45:51:1:21:24:0:0:27:24:0:0 chr19 49206631 . A T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00845461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.012;QD=24.5166;RBI=0.00979484;REFB=-0.0170288;REVB=0.00494555;RO=21;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930916;STB=0.562644;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0105646;OID=.;OPOS=49206631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:16:11:11:10:16:11:12:10 chr19 49217261 . A G 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.962;QD=62.3456;RBI=0.0936849;REFB=0;REVB=-0.0895606;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373929;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr19 49217305 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.16;QD=64.4142;RBI=0.01758;REFB=0;REVB=0.0154539;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12211e-05;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr19 49244219 . CG AA 787.47 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019547;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=2;MLLD=256.051;QD=57.2706;RBI=0.0372027;REFB=0;REVB=0.0316537;RO=0;SAF=46;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.18788e-05;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:9:46:0:0:9:46:0:0 chr19 49247786 . G A 1090.55 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.437;QD=59.756;RBI=0.0570181;REFB=0;REVB=0.0535634;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110681;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:42:29:0:0:44:29:0:0 chr19 49259529 . A G 1338.21 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271878;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.515;QD=62.2422;RBI=0.0360657;REFB=0;REVB=0.0236972;RO=0;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11175e-05;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:31:52:0:0:33:53:0:0 chr19 49261368 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.204;QD=48.7373;RBI=0.0332407;REFB=0;REVB=-0.00490897;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28749e-05;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr19 49299533 . A G 457.56 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00458143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.278;QD=20.5645;RBI=0.00942458;REFB=-0.024339;REVB=-0.00823609;RO=42;SAF=18;SAR=27;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615609;STB=0.530792;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0238975;OID=.;OPOS=49299533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:42:44:45:45:0.505618:27:18:14:28:27:18:15:29 chr19 49339098 . T C 333.01 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0876621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7831;QD=16.4451;RBI=0.0899319;REFB=-0.00487603;REVB=-0.0200772;RO=45;SAF=24;SAR=12;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204596;STB=0.615319;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00513894;OID=.;OPOS=49339098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:12:24:21:24:12:24:21:24 chr19 49360716 . G A 171.55 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0369377;FXX=0.0232504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=122.032;QD=16.3381;RBI=0.040018;REFB=-0.0161578;REVB=-0.0153964;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115392;STB=0.644998;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0276777;OID=.;OPOS=49360716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:15:24:18:18:0.428571:6:12:8:7:6:12:10:14 chr19 49400634 . C T 339.96 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0191371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0689;QD=29.5621;RBI=0.0192484;REFB=-0.0633402;REVB=-0.00206698;RO=14;SAF=19;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183536;STB=0.635164;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0505313;OID=.;OPOS=49400634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:17:29:29:0.630435:10:19:5:9:10:19:5:12 chr19 49416456 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00319918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.742;QD=12.7387;RBI=0.027263;REFB=-0.00544593;REVB=-0.0270747;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763832;STB=0.545344;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00634044;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:7:3:3:5:7:3 chr19 49421966 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.365;QD=59.6795;RBI=0.0089879;REFB=0;REVB=0.00860559;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08606e-05;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr19 49438363 . G A 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00134485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.347;QD=17.9428;RBI=0.0167174;REFB=-0.0198636;REVB=0.0166632;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142756;STB=0.579943;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0219116;OID=.;OPOS=49438363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:16:12:17:12:16:12:17:12 chr19 49442933 . T C 371.8 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0152179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.983;QD=17.4965;RBI=0.0168944;REFB=0.00389362;REVB=0.00733724;RO=46;SAF=12;SAR=27;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135193;STB=0.57596;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00569812;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:27:12:20:26:27:12:20:26 chr19 49445817 . T C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0345959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.063;QD=19.3861;RBI=0.0433921;REFB=-0.0129149;REVB=0.0261916;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204334;STB=0.615842;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0134726;OID=.;OPOS=49445817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:13:7:12:9:13:7:12:9 chr19 49469087 . T C 137.82 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.023423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7002;QD=10.0231;RBI=0.0246429;REFB=-0.0174371;REVB=0.00765726;RO=37;SAF=3;SAR=15;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572905;STB=0.837952;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0323564;OID=.;OPOS=49469087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:15:3:25:12:15:3:25:12 chr19 49485548 . G A 801.08 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5329;QD=57.2198;RBI=0.0482369;REFB=0;REVB=0.0444599;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299448;OID=.;OPOS=49485548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr19 49513273 . C T 664.51 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.924;QD=61.8152;RBI=0.0444651;REFB=0;REVB=0.0373307;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283448;OID=.;OPOS=49513273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:25:18:0:0 chr19 49513349 . C G 142.53 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0232775;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.9743;QD=13.5742;RBI=0.0406103;REFB=-0.00371323;REVB=-0.0332769;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128923;STB=0.562422;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0099882;OID=.;OPOS=49513349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:25:26:15:16:0.380952:9:6:13:12:9:7:14:12 chr19 49519058 . T C 2670.2 PASS AF=0.983146;AO=171;DP=176;FAO=175;FDP=178;FR=.;FRO=3;FSAF=97;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0248865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0398;QD=60.0045;RBI=0.0441011;REFB=0.0599232;REVB=-0.0364084;RO=3;SAF=95;SAR=76;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184134;STB=0.509433;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00922155;OID=.;OPOS=49519058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:176:178:3:3:171:175:0.983146:76:95:0:3:78:97:0:3 chr19 49519466 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.763;QD=59.4343;RBI=0.0420323;REFB=0;REVB=-0.0384345;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.03951e-05;OID=.;OPOS=49519466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr19 49520315 . T C 1530.31 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.079;QD=58.858;RBI=0.0195701;REFB=0;REVB=0.0010035;RO=1;SAF=62;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36776e-05;OID=.;OPOS=49520315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:104:1:0:102:104:1:40:62:0:1:41:63:0:0 chr19 49520372 . A T 1732.2 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.722;QD=60.779;RBI=0.0622778;REFB=0;REVB=0.0595207;RO=0;SAF=70;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96831e-05;OID=.;OPOS=49520372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:43:70:0:0:44:70:0:0 chr19 49526191 . G A 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00945862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.879;QD=33.9783;RBI=0.0138333;REFB=-0.0245688;REVB=0.0100943;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128042;STB=0.624776;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00100477;OID=.;OPOS=49526191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:1:2:12:12:0.857143:9:3:1:0:9:3:2:0 chr19 49536390 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.919;QD=39.2067;RBI=0.152644;REFB=0;REVB=0.150391;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286604;OID=.;OPOS=49536390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 49547446 . G C 278.03 PASS AF=0.310924;AO=37;DP=120;FAO=37;FDP=119;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0103102;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.289;QD=9.34563;RBI=0.0109487;REFB=-0.00428023;REVB=-0.00368401;RO=83;SAF=20;SAR=17;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125842;STB=0.577837;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00667795;OID=.;OPOS=49547446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:83:82:37:37:0.310924:17:20:36:47:17:20:35:47 chr19 49557572 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00899533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.418;QD=8.62781;RBI=0.00973647;REFB=-0.00384413;REVB=-0.00372596;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34012;STB=0.706071;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0159191;OID=.;OPOS=49557572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:7:4:18:9:7:4:18:9 chr19 49560461 . G A 153.9 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.079247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.4489;QD=15.3896;RBI=0.135281;REFB=-0.0134851;REVB=0.10964;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340071;STB=0.639327;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.024421;OID=.;OPOS=49560461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:23:17:17:0.425:12:5:11:5:12:5:12:11 chr19 49611319 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0269928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.469;QD=22.9158;RBI=0.0320433;REFB=-0.00624518;REVB=0.0172673;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514675;STB=0.529348;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0036705;OID=.;OPOS=49611319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:1:3:6:3:1:3 chr19 49621592 . G C 203.18 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00456016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.707;QD=21.9651;RBI=0.00553199;REFB=-0.0122199;REVB=-0.00313176;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120525;STB=0.567501;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0075115;OID=.;OPOS=49621592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:6:11:10:10:6:11 chr19 49621964 . T C 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00895697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.264;QD=22.3222;RBI=0.0298707;REFB=-0.00956826;REVB=0.0284962;RO=23;SAF=19;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914963;STB=0.55069;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00613829;OID=.;OPOS=49621964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:11:19:12:11:11:19:12:11 chr19 49640002 . G T 294.1 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=2.05572e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.011;QD=12.6495;RBI=0.0152475;REFB=-0.0121097;REVB=-0.0152475;RO=57;SAF=25;SAR=9;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134183;STB=0.581345;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0273621;OID=.;OPOS=49640002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:57:59:34:34:0.365591:9:25:36:21:9:25:37:22 chr19 49646066 . GGTG GGT,TGGT 1105.87 PASS AF=0.920792,0.0792079;AO=18,8;DP=102;FAO=93,8;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57,0;FSAR=36,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.750067,0.065776;FXX=0.0194156;HRUN=3,3;LEN=1,4;MLLD=15.2703,170.008;QD=43.7968;RBI=0.790816,0.0937602;REFB=0,0;REVB=0.25058,-0.0668169;RO=62;SAF=6,0;SAR=12,8;SRF=50;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.253927,0;SSSB=-0.546961,-0.778324;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0365839,0.195945;OID=.,.;OPOS=49646069,49646066;OREF=G,GGTG;OALT=-,TGGT;OMAPALT=GGT,TGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:102:101:62:0:18,8:93,8:0.920792,0.0792079:12,8:6,0:50:12:36,8:57,0:0:0 chr19 49658209 . A C 366.8 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00349921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.768;QD=24.4531;RBI=0.0134242;REFB=-0.00535975;REVB=-0.0129601;RO=23;SAF=15;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044646;STB=0.517036;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00391688;OID=.;OPOS=49658209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:24:36:36:0.6:21:15:11:12:21:15:11:13 chr19 49658367 . C T 264.02 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00624448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.721;QD=15.3052;RBI=0.00821381;REFB=-0.0157997;REVB=-0.00533602;RO=39;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189104;STB=0.606865;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0143892;OID=.;OPOS=49658367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:12:18:16:23:12:18:16:23 chr19 49658390 . T C 203.98 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0226324;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.322;QD=14.3141;RBI=0.0237601;REFB=-0.0236191;REVB=0.00723315;RO=34;SAF=17;SAR=6;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379386;STB=0.700862;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0189936;OID=.;OPOS=49658390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:33:23:24:0.421053:6:17:13:21:7:17:12:21 chr19 49661112 . G A 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0874362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4694;QD=12.8596;RBI=0.131948;REFB=-0.0505517;REVB=0.0988195;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397415;STB=0.523743;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0883504;OID=.;OPOS=49661112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:6:2:2:5:6:2 chr19 49839015 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.361;QD=53.2768;RBI=0.0291044;REFB=0;REVB=0.0231852;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230505;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr19 49930721 . T C 355.66 PASS AF=0.39;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00766174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9105;QD=14.2265;RBI=0.0139426;REFB=-0.00644807;REVB=0.0116488;RO=60;SAF=14;SAR=25;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653408;STB=0.543456;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.010566;OID=.;OPOS=49930721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:60:61:39:39:0.39:25:14:25:35:25:14:26:35 chr19 49930786 . C A 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0071399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.496;QD=10.6296;RBI=0.0167571;REFB=-0.0140891;REVB=-0.0151599;RO=43;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878485;STB=0.538767;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0281105;OID=.;OPOS=49930786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:44:23:23:0.343284:15:8:12:31:15:8:13:31 chr19 49932762 . G T 300.01 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0447798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9068;QD=16.6671;RBI=0.0460955;REFB=-0.0261655;REVB=0.0109344;RO=37;SAF=24;SAR=9;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593092;STB=0.539852;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0121598;OID=.;OPOS=49932762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:39:33:33:0.458333:9:24:25:12:9:24:26:13 chr19 49936785 . C G 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0243598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.907;QD=24.3831;RBI=0.0280119;REFB=-0.0402081;REVB=0.0138298;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440506;STB=0.524457;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0251222;OID=.;OPOS=49936785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:16:10:7:14:16:10:7:14 chr19 49967929 . G A 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0350603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8321;QD=12.8727;RBI=0.0351003;REFB=-0.0110296;REVB=-0.00167382;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331317;STB=0.692422;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0417499;OID=.;OPOS=49967929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:13:6:20:12:13:6:20:12 chr19 50038017 . C T 52.04 PASS AF=0.421053;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0214243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.44;QD=10.9561;RBI=0.0285224;REFB=-0.0201398;REVB=-0.0188289;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465896;STB=0.695742;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0264364;OID=.;OPOS=50038017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:19:19:7:11:6:8:0.421053:3:3:0:7:3:5:3:8 chr19 50086931 . C G 561.1 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0137574;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.835;QD=21.7904;RBI=0.0277508;REFB=-0.0196358;REVB=-0.0241007;RO=47;SAF=22;SAR=34;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282587;STB=0.515518;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0197158;OID=.;OPOS=50086931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:34:22:20:27:34:22:20:27 chr19 50140092 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.851;QD=53.2772;RBI=0.00589689;REFB=0;REVB=-0.002192;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70048e-05;OID=.;OPOS=50140092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr19 50156896 . T C 724.05 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0186867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.869;QD=59.1064;RBI=0.0252131;REFB=0.0102274;REVB=-0.0169266;RO=2;SAF=23;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391497;STB=0.520824;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.000981072;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:24:23:2:0:24:23:2:0 chr19 50162909 . C G 408.39 PASS AF=0.461538;AO=41;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00110672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.692;QD=17.9513;RBI=0.0424087;REFB=-0.0216276;REVB=-0.0423942;RO=49;SAF=25;SAR=16;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118848;STB=0.546644;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0196746;OID=.;OPOS=50162909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:41:42:0.461538:16:25:24:25:17:25:25:24 chr19 50177171 . G A 346.8 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0243561;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.744;QD=22.0192;RBI=0.0247649;REFB=-0.0137381;REVB=0.0044812;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531616;STB=0.534948;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00682679;OID=.;OPOS=50177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:34:35:0.555556:18:16:15:13:19:16:15:13 chr19 50193129 . T C 301.56 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00425742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.195;QD=21.9314;RBI=0.0290771;REFB=-0.0183197;REVB=-0.0287637;RO=24;SAF=11;SAR=19;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772067;STB=0.547914;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0130589;OID=.;OPOS=50193129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:24:24:30:31:0.563636:19:11:11:13:20:11:11:13 chr19 50214065 . C T 331.17 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00625821;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.986;QD=15.7699;RBI=0.019775;REFB=-0.015139;REVB=-0.0187586;RO=46;SAF=24;SAR=12;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296034;STB=0.677068;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0312973;OID=.;OPOS=50214065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:48:36:36:0.428571:12:24:17:29:12:24:17:31 chr19 50310466 . G A 402.7 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00917231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.88;QD=19.1764;RBI=0.0121249;REFB=-0.0105354;REVB=0.00792987;RO=41;SAF=27;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13894;STB=0.591195;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0129968;OID=.;OPOS=50310466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:43:41:41:0.488095:14:27:21:20:14:27:21:22 chr19 50322482 . C G 513.85 PASS AF=0.466102;AO=56;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.095419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1038;QD=17.4187;RBI=0.0954652;REFB=0.00619992;REVB=-0.00296754;RO=61;SAF=24;SAR=32;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754416;STB=0.538447;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00639185;OID=.;OPOS=50322482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:63:56:55:0.466102:32:24:31:30:31:24:32:31 chr19 50333772 . CCGG C,CG 81.62 PASS AF=0,0.666667;AO=2,6;DP=18;FAO=0,10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=0,9;FSAR=0,1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00467261,-0.0280573;FXX=0.166574;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=24.8351,31.8562;QD=21.7656;RBI=0.00480119,0.0411001;REFB=-0.0872813,-0.135137;REVB=0.0011037,0.0300334;RO=6;SAF=2,6;SAR=0,0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.606693,0.759974;STB=0.5,0.691832;STBP=1,0.15;TYPE=del,del;VARB=0,0.0689044;OID=.,.;OPOS=50333773,50333773;OREF=CGG,CG;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.666667:2,6:18:0,10:15:5:0,9:0,1:3:2:32:6:2,6:0,0:3:3 chr19 50354211 . C T 166.98 PASS AF=0.38;AO=17;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.170426;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.549;QD=13.3585;RBI=0.170454;REFB=-0.00755442;REVB=-0.00306994;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122911;STB=0.624875;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0188053;OID=.;OPOS=50354211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:31:17:19:0.38:9:8:10:18:9:10:10:21 chr19 50368461 . G A 181.46 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-4.99001e-05;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7189;QD=12.9613;RBI=0.00548095;REFB=-0.0172649;REVB=0.00548072;RO=31;SAF=15;SAR=7;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332943;STB=0.523875;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0273776;OID=.;OPOS=50368461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:31:34:22:22:0.392857:7:15:22:9:7:15:22:12 chr19 50383591 . A G 1415.42 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.352;QD=62.9077;RBI=0.0158663;REFB=0;REVB=0.000200246;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77638e-05;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:53:36:0:0:54:36:0:0 chr19 50383636 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.711;QD=59.1432;RBI=0.0220509;REFB=0;REVB=0.0177445;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41486e-05;OID=.;OPOS=50383636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr19 50387750 . G C 412.34 PASS AF=0.538462;AO=36;DP=73;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0021319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.121;QD=21.1457;RBI=0.0139441;REFB=-0.0350707;REVB=-0.0137802;RO=35;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142768;STB=0.505686;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.032129;OID=.;OPOS=50387750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:78:35:36:36:42:0.538462:16:20:20:15:17:25:21:15 chr19 50393269 . A G 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00208145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.691;QD=12.7904;RBI=0.0380086;REFB=-0.00595862;REVB=-0.0379515;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18878;STB=0.609611;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00860875;OID=.;OPOS=50393269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:6:17:8:6:6:17 chr19 50399384 . G GC 831.22 PASS AF=1;AO=44;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823826;FXX=0.0210504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.1851;QD=35.7512;RBI=0.129923;REFB=0;REVB=0.100465;RO=49;SAF=17;SAR=27;SRF=43;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00416679;OID=.;OPOS=50399385;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:95:93:93:0:60:33:0:0:16:49:17:27:43:6 chr19 50399389 . TC CT 249.75 PASS AF=0.390476;AO=32;DP=106;FAO=41;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=37;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0264771;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=2;MLLD=26.1605;QD=9.51425;RBI=0.0892223;REFB=-0.0664247;REVB=0.0852032;RO=56;SAF=30;SAR=2;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.686387;STB=0.839707;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.13248;OID=.;OPOS=50399389;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:56:64:32:41:0.390476:2:30:24:32:4:37:30:34 chr19 50411742 . A G 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.194;QD=62.0077;RBI=0.0201206;REFB=0;REVB=0.00841241;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92411e-05;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr19 50412417 . G A 538.73 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7149;QD=56.7086;RBI=0.048293;REFB=-0.106917;REVB=0.0335339;RO=1;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176666;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221182;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:38:1:0:36:38:1:26:10:0:1:28:10:0:0 chr19 50435747 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.164727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9597;QD=33.4274;RBI=0.166785;REFB=0;REVB=0.0261242;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0113665;OID=.;OPOS=50435747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr19 50464023 . C G 194.02 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.031471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5048;QD=16.8715;RBI=0.0319273;REFB=0.0156649;REVB=0.00537826;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046774;STB=0.526673;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0206767;OID=.;OPOS=50464023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:13:7:8:18:13:7:8:18 chr19 50475114 . G C 887.43 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177693;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1138;QD=58.1919;RBI=0.0596431;REFB=0;REVB=0.0569346;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257366;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:32:29:0:0 chr19 50484234 . G A 723.14 PASS AF=0.358333;AO=86;DP=240;FAO=86;FDP=240;FR=.;FRO=154;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=68;FSRR=86;FWDB=0.0413315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1059;QD=12.0522;RBI=0.0489063;REFB=-0.0303648;REVB=0.0261445;RO=154;SAF=42;SAR=44;SRF=68;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530017;STB=0.53009;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0546191;OID=.;OPOS=50484234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:154:154:86:86:0.358333:44:42:68:86:44:42:68:86 chr19 50485454 . A G 213.35 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0259151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0209;QD=20.8142;RBI=0.0259841;REFB=-0.0236777;REVB=-0.00189145;RO=20;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19502;STB=0.610062;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0299198;OID=.;OPOS=50485454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:7:14:9:11:7:14:9:11 chr19 50510989 . ACAG ACCC 86.22 PASS AF=0.146341;AO=10;DP=83;FAO=12;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0230905;FXX=0.154623;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.621;QD=4.20576;RBI=0.0231254;REFB=-0.0130591;REVB=-0.00126906;RO=53;SAF=5;SAR=5;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152729;STB=0.589599;STBP=0.522;TYPE=mnp;VARB=0.0647586;OID=.;OPOS=50510991;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=ACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.146341:10:83:12:82:66:6:6:40:26:62:53:5:5:33:20 chr19 50562372 . T C 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.469;QD=56.9483;RBI=0.0383686;REFB=-0.078118;REVB=0.0283681;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021769;STB=0.511621;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000376094;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:21:15:0:1:21:15:0:1 chr19 50562459 . T G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0849;QD=60.0306;RBI=0.033441;REFB=0;REVB=0.0161921;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390545;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr19 50666392 . GC G 127.52 PASS AF=0.842105;AO=14;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0305393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.8849;QD=26.8462;RBI=0.109834;REFB=-0.0849577;REVB=-0.105503;RO=3;SAF=14;SAR=0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.830331;STB=0.638085;STBP=0.16;TYPE=del;VARB=0.0242188;OID=.;OPOS=50666393;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.842105:14:19:16:19:3:15:1:2:1:11:3:14:0:2:1 chr19 50726570 . G A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00564147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.987;QD=19.3861;RBI=0.0190873;REFB=-0.0109572;REVB=0.0182346;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162722;STB=0.592311;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00911545;OID=.;OPOS=50726570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:13:7:11:10:13:7:11:10 chr19 50727391 . G A 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0206121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.015;QD=19.9054;RBI=0.0392948;REFB=-0.0203498;REVB=0.0334548;RO=27;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390347;STB=0.521725;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0238131;OID=.;OPOS=50727391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:18:12:12:15:18:12:12:15 chr19 50760716 . C G 211.72 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0286075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.608;QD=16.6055;RBI=0.0380788;REFB=-0.0184854;REVB=-0.0251318;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21292;STB=0.606809;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0378734;OID=.;OPOS=50760716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:28:23:23:0.45098:11:12:20:7:11:12:20:8 chr19 50762418 . A G 593.85 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7687;QD=60.9078;RBI=0.124746;REFB=0;REVB=-0.120946;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00188112;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr19 50763889 . C T 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.000921654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.995;QD=9.85818;RBI=0.00180789;REFB=-0.0147677;REVB=0.00155532;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265503;STB=0.65926;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0387867;OID=.;OPOS=50763889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:5:8:11:18:5:8:11:18 chr19 50771609 . G A 211.2 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.044209;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.339;QD=25.6006;RBI=0.0560551;REFB=-0.0230581;REVB=0.0344635;RO=13;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960851;STB=0.553141;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0168829;OID=.;OPOS=50771609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:13:13:20:20:0.606061:15:5:2:11:15:5:2:11 chr19 50796905 . G A 734.26 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.552;QD=61.1883;RBI=0.0302798;REFB=-0.0943224;REVB=0.0238449;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000863081;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:22:25:0:0:22:25:1:0 chr19 50818228 . G A 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7107;QD=33.4222;RBI=0.222503;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00884857;OID=.;OPOS=50818228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr19 50881819 . GA AC,GAAAC 155.25 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=2,10;DP=14;FAO=2,12;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416011,0.0872697;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=2,3;MLLD=176.258,228.325;QD=44.3563;RBI=0.0476959,0.0927297;REFB=0,0;REVB=0.0233291,0.0313497;RO=0;SAF=2,7;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0226886,0.00575318;OID=.,.;OPOS=50881819,50881821;OREF=GA,-;OALT=AC,AAC;OMAPALT=AC,GAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:14:14:0:0:2,10:2,12:0.142857,0.857143:0,3:2,7:0:0:0,3:2,9:0:0 chr19 51128661 . T C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0259826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.517;QD=10.885;RBI=0.0431657;REFB=-0.0238192;REVB=-0.03447;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19924;STB=0.59612;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0339564;OID=.;OPOS=51128661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:14:15:9:9:0.375:4:5:5:9:4:5:6:9 chr19 51133356 . C G 116.42 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0390944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3204;QD=19.4026;RBI=0.0390962;REFB=0.00441509;REVB=0.000375893;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323399;STB=0.653857;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0024321;OID=.;OPOS=51133356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:23:24:11:11:12:13:0.541667:8:4:8:3:8:5:8:3 chr19 51159571 . T G 490.1 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0395359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.084;QD=56.0119;RBI=0.0404246;REFB=-0.130255;REVB=-0.00842979;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.521726;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0036871;OID=.;OPOS=51159571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:22:11:1:0:23:11:1:0 chr19 51192608 . TC T 107.59 PASS AF=1;AO=9;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100825;FXX=0.105208;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.72109;QD=25.3146;RBI=0.268099;REFB=-0.00844843;REVB=0.248418;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0.34;SSEP=0;SSSB=0.240503;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0343699;OID=.;OPOS=51192609;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:9:17:17:17:0:6:11:0:0:4:3:5:4:0:3 chr19 51207775 . C T 92.9 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0413828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.094;QD=20.6454;RBI=0.0419829;REFB=-0.00308141;REVB=0.00707359;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27786;STB=0.636115;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00101055;OID=.;OPOS=51207775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:6:7:10:11:0.611111:6:4:5:1:7:4:5:2 chr19 51293955 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.923;QD=44.6881;RBI=0.0544826;REFB=0;REVB=-0.0213719;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056372;OID=.;OPOS=51293955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:4:8:0:0:5:8:0:0 chr19 51298088 . GCCCCT GCCCT,GCCCTC,GGCCCT 42.7 PASS AF=0.285714,0.0238095,0;AO=12,2,2;DP=44;FAO=12,1,0;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=3,1,0;FSAR=9,0,0;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0225963,-0.0578974,-0.0751616;FXX=0.0232504;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=12.4738,56.1315,22.8898;QD=4.06681;RBI=0.171806,0.0973159,0.197064;REFB=-0.146032,-0.0177827,-0.0583232;REVB=-0.170314,-0.0782194,-0.182168;RO=27;SAF=3,1,0;SAR=9,1,2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0.352651,0,0;SSSB=-0.324451,-0.0168478,-0.479823;STB=0.657254,0.99082,0.5;STBP=0.236,0.266,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.135547,0.15237,0;OID=.,.,.;OPOS=51298089,51298092,51298089;OREF=C,CT,C;OALT=-,TC,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTC,GGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0.0238095,0:12,2,2:44:12,1,0:42:29:3,1,0:9,0,0:13:16:35:27:3,1,0:9,1,2:14:13 chr19 51321813 . A G 1178.88 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384495;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.756;QD=61.2407;RBI=0.0398162;REFB=0;REVB=0.0103423;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212882;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr19 51323473 . C G 438.43 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0435654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.784;QD=50.106;RBI=0.0439344;REFB=-0.0559118;REVB=0.00568211;RO=3;SAF=12;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103316;STB=0.55552;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000702997;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:3:3:32:32:0.914286:20:12:3:0:20:12:3:0 chr19 51323501 . A G 708.41 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7012;QD=62.9693;RBI=0.0532753;REFB=0;REVB=0.0258412;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674829;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr19 51411636 . G T 920.49 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317273;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.096;QD=58.4442;RBI=0.0348216;REFB=0;REVB=0.0143501;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204128;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr19 51452250 . T C 1047.88 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791607;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.769;QD=59.8786;RBI=0.022572;REFB=0;REVB=0.0211383;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76302e-05;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:27:43:0:0:27:43:0:0 chr19 51485622 . A G 3874.55 PASS AF=1;AO=243;DP=243;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0314;QD=63.7786;RBI=0.0426069;REFB=0;REVB=-0.042317;RO=0;SAF=103;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.88249e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.75214e-05;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:243:243:0:0:243:243:1:140:103:0:0:140:103:0:0 chr19 51487175 . T G 331.82 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.83;QD=53.0904;RBI=0.0500528;REFB=0;REVB=-0.0183238;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980981;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:17:8:0:0 chr19 51507020 . T G 257.17 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0313201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1474;QD=11.4296;RBI=0.0335058;REFB=-0.0461539;REVB=-0.0119035;RO=59;SAF=15;SAR=16;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181247;STB=0.604354;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0242727;OID=.;OPOS=51507020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:59:31:31:0.344444:16:15:38:21:16:15:38:21 chr19 51517731 . A G 347.18 PASS AF=0.537313;AO=33;DP=64;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00874737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.486;QD=20.7268;RBI=0.0177372;REFB=-0.0298623;REVB=-0.0154302;RO=30;SAF=17;SAR=16;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184099;STB=0.594188;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0173471;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:30:31:33:36:0.537313:16:17:9:21:17:19:10:21 chr19 51519236 . A G 129.77 PASS AF=0.636364;AO=2;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0134247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.235;QD=23.5937;RBI=0.0453036;REFB=-0.0484483;REVB=0.0432689;RO=2;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.727176;STB=0.630942;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.014232;OID=.;OPOS=51519236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:22:2:8:2:14:0.636364:0:2:0:2:11:3:4:4 chr19 51519259 . C T 290.05 PASS AF=0.590909;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0307421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.245;QD=26.3685;RBI=0.0484602;REFB=-0.0204015;REVB=0.0374609;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116251;STB=0.576864;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00780934;OID=.;OPOS=51519259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:16:18:25:26:0.590909:15:10:9:7:15:11:11:7 chr19 51519346 . G C 240.34 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.045389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.459;QD=21.3636;RBI=0.0475367;REFB=-0.016825;REVB=0.0141273;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137196;STB=0.576857;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0140406;OID=.;OPOS=51519346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:12:11:14:8:12:11:14:8 chr19 51519364 . T G 152.24 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0561017;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2475;QD=15.6142;RBI=0.0689903;REFB=-0.0406843;REVB=-0.040153;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177126;STB=0.600483;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0324872;OID=.;OPOS=51519364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:22:16:17:0.435897:9:7:13:8:10:7:13:9 chr19 51520487 . A C 352.9 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0574217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.805;QD=15.8605;RBI=0.0584412;REFB=0.00273281;REVB=0.0108687;RO=51;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710978;STB=0.540098;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00658965;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:22:16:25:26:22:16:25:26 chr19 51530693 . G A 1622.62 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.529;QD=60.0969;RBI=0.0797081;REFB=0;REVB=0.0603519;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169577;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:105:108:1:54:51:0:0:55:53:0:0 chr19 51535130 . A G 149.07 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0525325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.3;QD=19.8762;RBI=0.069707;REFB=-0.0379691;REVB=-0.0458192;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058655;STB=0.529375;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0278196;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:14:15:16:0.533333:8:7:7:6:9:7:7:7 chr19 51537682 . C A 300.34 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4989;QD=50.0564;RBI=0.0250959;REFB=-0.117971;REVB=0.0190227;RO=1;SAF=17;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00562382;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:24:24:1:0:23:24:1:6:17:1:0:6:18:0:0 chr19 51560013 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC 127.43 PASS AF=0.818182,0;AO=5,4;DP=22;FAO=18,0;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=4,0;FSAR=14,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00342855,0.471904;FXX=0.0434594;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.411,8.88091;QD=23.169;RBI=0.250778,0.484361;REFB=-0.0830872,-0.056855;REVB=0.250754,0.109145;RO=4;SAF=0,0;SAR=5,4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0.30137,0.30137;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.507238,0.5;STBP=0.986,1;TYPE=del,del;VARB=0.0372353,0;OID=.,.;OPOS=51560018,51560014;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182,0:5,4:22:18,0:22:4:4,0:14,0:1:3:16:4:0,0:5,4:0:4 chr19 51581265 . C T 129.55 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0140978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9499;QD=9.59642;RBI=0.0628055;REFB=0.00143907;REVB=0.0612028;RO=37;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243933;STB=0.514524;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00232873;OID=.;OPOS=51581265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:7:10:21:16:7:10:21:16 chr19 51656454 . A T 959.02 PASS AF=1;AO=55;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252188;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.379;QD=59.0167;RBI=0.0259976;REFB=0;REVB=-0.00631564;RO=0;SAF=11;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164306;OID=.;OPOS=51656454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:55:65:1:44:11:0:0:44:21:0:0 chr19 51729577 . ACCCAACAACTGGTATCTTT A 119.56 PASS AF=0.4;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00595621;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=19;MLLD=589.721;QD=9.56491;RBI=0.0108081;REFB=-0.00806564;REVB=-0.00901884;RO=27;SAF=3;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408636;STB=0.692095;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.0098866;OID=.;OPOS=51729578;OREF=CCCAACAACTGGTATCTTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:19:51:20:50:30:4:16:14:16:99:27:3:16:13:14 chr19 51835892 . T TG 362.53 PASS AF=1;AO=17;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.0176;QD=39.1929;RBI=0.122053;REFB=0;REVB=0.00156883;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00410355;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:39:37:37:0:12:25:0:0:7:19:10:7:2:17 chr19 51837171 . A G 521.02 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00109301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3696;QD=16.9437;RBI=0.053194;REFB=-0.0341324;REVB=-0.0531828;RO=65;SAF=28;SAR=28;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00742705;STB=0.504064;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0403026;OID=.;OPOS=51837171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:67:56:56:0.455285:28:28:32:33:28:28:33:34 chr19 51841417 . C T 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0119456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.627;QD=17.1557;RBI=0.0123543;REFB=-0.00128232;REVB=0.00315146;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582958;STB=0.521148;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00133294;OID=.;OPOS=51841417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:10:7:9:10:10:7:9:11 chr19 51843808 . C T 338.07 PASS AF=0.617021;AO=28;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0278514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5161;QD=28.7715;RBI=0.0557299;REFB=0.000130553;REVB=0.0482713;RO=18;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447855;STB=0.532088;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000747724;OID=.;OPOS=51843808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:28:29:0.617021:17:11:6:12:17:12:6:12 chr19 51844978 . G T 261.8 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0167468;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.489;QD=20.5335;RBI=0.0342694;REFB=-0.0405689;REVB=-0.0298987;RO=18;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873892;STB=0.521722;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.027011;OID=.;OPOS=51844978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:24:25:26:0.509804:14:11:10:8:14:12:10:14 chr19 51845070 . A T 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0042182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.041;QD=20.5629;RBI=0.0475757;REFB=-0.0224076;REVB=0.0473884;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104408;STB=0.557825;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0178574;OID=.;OPOS=51845070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:19:16:18:13:19:16:18:13 chr19 51845371 . T G 478.66 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0241421;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6685;QD=22.2631;RBI=0.061782;REFB=-0.00499285;REVB=-0.0568698;RO=40;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844371;STB=0.546492;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00259669;OID=.;OPOS=51845371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:23:23:16:24:23:23:16:24 chr19 51850299 . G A 173.93 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0238617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7229;QD=19.3256;RBI=0.0251445;REFB=0.0113332;REVB=0.00792871;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252415;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0105283;OID=.;OPOS=51850299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:9:9:9:8:9:9:9:9 chr19 51850304 . G A 128.63 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.000231009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.172;QD=15.1324;RBI=0.0456296;REFB=-0.0116488;REVB=0.045629;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260571;STB=0.503932;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.013749;OID=.;OPOS=51850304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:7:7:9:10:8:7:9:10 chr19 51857738 . G A 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00340445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.077;QD=21.2648;RBI=0.0229558;REFB=-0.0218589;REVB=0.022702;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226531;STB=0.626821;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0202728;OID=.;OPOS=51857738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:9:11:5:13:9:11:5:13 chr19 51892683 . T C 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0453019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.586;QD=19.849;RBI=0.0456225;REFB=0.00438773;REVB=-0.00539928;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197984;STB=0.611511;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00278969;OID=.;OPOS=51892683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:3:10:8:7:3:10 chr19 51917735 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.000502679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.026;QD=14.698;RBI=0.0121675;REFB=-0.000945314;REVB=-0.0121571;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138257;STB=0.571334;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00159005;OID=.;OPOS=51917735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:23:16:16:0.410256:4:12:14:8:4:12:15:8 chr19 51918112 . A G 246.6 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0123742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.355;QD=17.9342;RBI=0.0126135;REFB=-0.00716776;REVB=-0.00244493;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808904;STB=0.545298;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.021162;OID=.;OPOS=51918112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:14:13:11:17:14:13:11:17 chr19 51918135 . G T 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00685876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.743;QD=20.8993;RBI=0.00704547;REFB=-0.0140021;REVB=-0.00161124;RO=24;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103816;STB=0.557652;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0132746;OID=.;OPOS=51918135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:14:14:9:15:14:14:9:15 chr19 51918360 . A G 134.79 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.010407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.155;QD=16.3379;RBI=0.0250089;REFB=-0.0299017;REVB=0.0227407;RO=16;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251797;STB=0.641056;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0464874;OID=.;OPOS=51918360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:18:14:15:0.454545:3:11:9:7:4:11:9:9 chr19 51919321 . T C 380.61 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0337775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.889;QD=19.5183;RBI=0.0564127;REFB=-0.0185392;REVB=-0.0451827;RO=39;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161465;STB=0.589698;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0211193;OID=.;OPOS=51919321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:16:23:16:23:16:23:16:23 chr19 51920613 . C T 482.56 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.114104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9976;QD=53.6176;RBI=0.144491;REFB=-0.149736;REVB=0.0886446;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529394;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0129306;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:36:36:0:2:34:34:0.944444:18:16:0:0:18:16:2:0 chr19 51984725 . T A 2408.98 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.694;QD=64.2395;RBI=0.0279506;REFB=0;REVB=0.0272826;RO=0;SAF=67;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03515e-05;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:83:67:0:0:83:67:0:0 chr19 51984727 . A G 682.89 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=0.0194061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.284;QD=17.9708;RBI=0.0264265;REFB=-0.00486235;REVB=-0.0179377;RO=80;SAF=38;SAR=34;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144626;STB=0.57992;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00444056;OID=.;OPOS=51984727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:80:80:72:72:0.473684:34:38:30:50:34:38:30:50 chr19 52000624 . T G 469.1 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.019829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.064;QD=18.5784;RBI=0.0363897;REFB=-0.012167;REVB=-0.0305126;RO=49;SAF=24;SAR=25;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554025;STB=0.524474;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.013772;OID=.;OPOS=52000624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:49:52:49:49:0.485149:25:24:21:28:25:24:23:29 chr19 52000672 . G A 457.78 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0140078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.336;QD=17.778;RBI=0.0151498;REFB=-0.0226364;REVB=0.00577059;RO=53;SAF=19;SAR=30;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133643;STB=0.569898;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.025697;OID=.;OPOS=52000672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:54:49:49:0.475728:30:19:28:25:30:19:28:26 chr19 52002488 . C A 227.08 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0249726;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.282;QD=13.3574;RBI=0.037569;REFB=0.0051941;REVB=-0.0280678;RO=40;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129042;STB=0.563713;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00786709;OID=.;OPOS=52002488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:15:12:13:27:15:12:14:27 chr19 52002729 . G A 297.58 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0142802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.999;QD=16.0855;RBI=0.0570856;REFB=-0.00190716;REVB=0.0552707;RO=39;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516574;STB=0.542084;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00230759;OID=.;OPOS=52002729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:41:33:33:0.445946:16:17:18:21:16:17:18:23 chr19 52003331 . G C 937.38 PASS AF=0.412766;AO=74;DP=235;FAO=97;FDP=235;FR=.,HEALED;FRO=129;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=66;FSRR=63;FWDB=0.0354475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.858;QD=15.9554;RBI=0.0365516;REFB=-0.0179529;REVB=0.00891589;RO=127;SAF=26;SAR=48;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174972;STB=0.509577;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0385667;OID=.;OPOS=52003331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:127:129:74:97:0.412766:48:26:64:63:49:48:66:63 chr19 52004743 . G A 364.41 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0297582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.799;QD=18.6879;RBI=0.0340562;REFB=-0.0323125;REVB=0.0165611;RO=40;SAF=25;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578716;STB=0.532288;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0304023;OID=.;OPOS=52004743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:13:25:24:16:13:25:24:16 chr19 52004795 . G T 225.45 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0268823;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.215;QD=15.2845;RBI=0.0289038;REFB=-0.00162401;REVB=0.0106192;RO=33;SAF=18;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272503;STB=0.654864;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00171275;OID=.;OPOS=52004795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:33:26:26:0.440678:8:18:14:19:8:18:14:19 chr19 52032964 . C G 376.74 PASS AF=0.525424;AO=25;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0208811;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=231.029;QD=25.5417;RBI=0.0214248;REFB=-0.044737;REVB=-0.00479606;RO=15;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09231;STB=0.526732;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0283773;OID=.;OPOS=52032964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:59:59:15:16:25:31:0.525424:15:10:8:7:16:15:9:7 chr19 52033742 . G A 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0122391;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.104;QD=17.2653;RBI=0.0151388;REFB=-0.00281835;REVB=0.00890986;RO=42;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581401;STB=0.53259;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0030152;OID=.;OPOS=52033742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:15:21:22:20:15:21:22:20 chr19 52076960 . T C 37.04 PASS AF=0.122807;AO=6;DP=59;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00998312;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.34;QD=2.59944;RBI=0.0200097;REFB=-0.00836128;REVB=-0.0173414;RO=53;SAF=3;SAR=3;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141933;STB=0.580931;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0627724;OID=.;OPOS=52076960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:59:57:53:50:6:7:0.122807:3:3:33:20:3:4:33:17 chr19 52077030 . TGGGGTTTG T 49.08 PASS AF=0.186047;AO=15;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0173501;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=8;MLLD=339.589;QD=2.28257;RBI=0.0181718;REFB=-0.00310543;REVB=0.0054024;RO=70;SAF=7;SAR=8;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095476;STB=0.53484;STBP=0.798;TYPE=del;VARB=0.0188335;OID=.;OPOS=52077031;OREF=GGGGTTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186047:15:86:16:86:70:8:8:38:32:49:70:7:8:38:32 chr19 52077069 . G A 140.83 PASS AF=0.235955;AO=21;DP=89;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00221375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.749;QD=6.32931;RBI=0.00727638;REFB=0.000782429;REVB=-0.00693145;RO=68;SAF=8;SAR=13;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167131;STB=0.602922;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00313053;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:68:68:21:21:0.235955:13:8:35:33:13:8:35:33 chr19 52084664 . C T 262.02 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00802114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.234;QD=12.4773;RBI=0.01367;REFB=-0.0276398;REVB=-0.0110694;RO=53;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550123;STB=0.531567;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0293455;OID=.;OPOS=52084664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:16:15:23:30:16:15:23:30 chr19 52089982 . C G 121.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00510695;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.52;QD=14.2563;RBI=0.00518294;REFB=-0.0174072;REVB=-0.000884297;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171752;STB=0.599859;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0214916;OID=.;OPOS=52089982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:8:12:6:8:8:12 chr19 52096033 . GATAAA G 89.86 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00242346;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=284.728;QD=15.6279;RBI=0.0126371;REFB=-0.00740449;REVB=-0.0124026;RO=10;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413788;STB=0.613407;STBP=0.395;TYPE=del;VARB=0.00666699;OID=.;OPOS=52096034;OREF=ATAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:10:22:11:23:12:9:2:8:4:89:10:9:1:6:4 chr19 52096053 . T A 162.46 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0260422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.0795;QD=17.5632;RBI=0.0742236;REFB=-0.00638344;REVB=-0.069505;RO=17;SAF=15;SAR=2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201152;STB=0.579613;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00159561;OID=.;OPOS=52096053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:19:17:18:0.486486:2:15:13:4:3:15:14:5 chr19 52097461 . A C 468.12 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=36;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0122148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.608;QD=25.6504;RBI=0.021221;REFB=-0.00459727;REVB=-0.0173531;RO=29;SAF=36;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140462;STB=0.57732;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00340709;OID=.;OPOS=52097461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:44:44:0.60274:8:36:20:9:8:36:20:9 chr19 52115645 . G C 266.59 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.043257;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.299;QD=15.9159;RBI=0.0436169;REFB=-0.030118;REVB=-0.00559118;RO=35;SAF=9;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136806;STB=0.596654;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0279023;OID=.;OPOS=52115645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:37:30:30:0.447761:21:9:15:20:21:9:17:20 chr19 52130488 . G A 619.95 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.046995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3244;QD=59.0427;RBI=0.0598206;REFB=-0.0475765;REVB=-0.0370132;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208425;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000397389;OID=.;OPOS=52130488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:40:41:0.97619:22:18:0:1:23:18:0:1 chr19 52131119 . A G 302.76 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0561695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6067;QD=17.057;RBI=0.0561782;REFB=-0.0345239;REVB=0.000987666;RO=37;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594432;STB=0.526847;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0465469;OID=.;OPOS=52131119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:14:19:19:18:14:19:20:18 chr19 52132325 . A T 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0296037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3673;QD=13.2645;RBI=0.0522416;REFB=-0.019652;REVB=-0.0430442;RO=43;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639168;STB=0.536559;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0218522;OID=.;OPOS=52132325;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:16:12:21:22:16:12:21:22 chr19 52148804 . A C 145.34 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.358;QD=44.7196;RBI=0.0894137;REFB=0;REVB=0.0820391;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102001;OID=.;OPOS=52148804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:9:4:0:0 chr19 52220351 . G A 303.74 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0122124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.512;QD=16.1994;RBI=0.0170167;REFB=-0.0159348;REVB=0.01185;RO=38;SAF=12;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317082;STB=0.522021;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.020088;OID=.;OPOS=52220351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:41:33:34:0.453333:21:12:15:23:22:12:16:25 chr19 52222552 . G A 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0676529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.979;QD=16.0922;RBI=0.0682185;REFB=-0.00608359;REVB=0.00876672;RO=38;SAF=9;SAR=22;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221295;STB=0.625296;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00659167;OID=.;OPOS=52222552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:22:9:19:19:22:9:19:19 chr19 52223121 . A G 850.08 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.217;QD=57.6323;RBI=0.0256847;REFB=0;REVB=0.01628;RO=0;SAF=42;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32689e-05;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:17:42:0:0:17:42:0:0 chr19 52223180 . A G 322.81 PASS AF=0.387097;AO=37;DP=91;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0556222;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2443;QD=13.8843;RBI=0.06483;REFB=-0.0244163;REVB=-0.0333032;RO=50;SAF=17;SAR=20;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617008;STB=0.511663;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0402194;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:50:57:37:36:0.387097:20:17:26:24:19:17:28:29 chr19 52249211 . T G 376.76 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00673589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.504;QD=18.6056;RBI=0.0217921;REFB=-0.0060828;REVB=-0.020725;RO=42;SAF=25;SAR=14;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00185163;STB=0.501032;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00575381;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:14:25:27:15:14:25:27:15 chr19 52249947 . C G 308.16 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00708733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3039;QD=18.9634;RBI=0.0131684;REFB=-0.00506346;REVB=-0.0110985;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702548;STB=0.538152;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00513079;OID=.;OPOS=52249947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:31:32:32:33:0.507692:15:17:14:17:16:17:14:18 chr19 52249959 . G T 393.96 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00217142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.428;QD=22.512;RBI=0.0052061;REFB=-0.0192003;REVB=0.00473165;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656862;STB=0.530087;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0147692;OID=.;OPOS=52249959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:31:38:39:0.557143:19:19:13:18:20:19:13:18 chr19 52250216 . A G 2045.63 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3288;QD=62.4621;RBI=0.0152583;REFB=0;REVB=0.0125134;RO=0;SAF=71;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51837e-05;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:60:71:0:0:60:71:0:0 chr19 52376507 . T C 179.0 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0179819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.322;QD=10.8484;RBI=0.0237094;REFB=-0.00634402;REVB=-0.0154528;RO=43;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603589;STB=0.535162;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0110328;OID=.;OPOS=52376507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:13:10:21:22:13:10:21:22 chr19 52376952 . T A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0560521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5923;QD=16.119;RBI=0.0593611;REFB=0.00822485;REVB=-0.0195422;RO=13;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341381;STB=0.701369;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00718673;OID=.;OPOS=52376952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:10:2:6:7:10:2:6:7 chr19 52383556 . C A 321.38 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.0158988;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.855;QD=16.0691;RBI=0.0164385;REFB=-0.0162286;REVB=0.00417762;RO=46;SAF=20;SAR=15;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13096;STB=0.582045;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0333063;OID=.;OPOS=52383556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:46:45:35:35:0.4375:15:20:32:14:15:20:32:13 chr19 52383569 . A C 345.14 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0133907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.68;QD=16.6331;RBI=0.0146568;REFB=-0.0117228;REVB=0.00595911;RO=46;SAF=22;SAR=15;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106115;STB=0.559361;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0148907;OID=.;OPOS=52383569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:15:22:32:14:15:22:32:14 chr19 52468203 . T A 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0173974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.937;QD=12.0843;RBI=0.0303194;REFB=0.00120948;REVB=0.0248313;RO=30;SAF=13;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362299;STB=0.71723;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00103902;OID=.;OPOS=52468203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:3:13:16:14:3:13:16:14 chr19 52468587 . G T 243.28 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00330528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.102;QD=14.3108;RBI=0.0427624;REFB=0.000128355;REVB=-0.0426344;RO=39;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562829;STB=0.531893;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.000329951;OID=.;OPOS=52468587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:15:14:21:18:15:14:21:18 chr19 52468998 . A G 152.66 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0199658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.261;QD=8.72346;RBI=0.0200376;REFB=-0.0193668;REVB=-0.00169485;RO=49;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243978;STB=0.514509;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0514485;OID=.;OPOS=52468998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:12:9:22:27:12:9:22:27 chr19 52471872 . A G 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00564908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.506;QD=19.3145;RBI=0.00650768;REFB=-0.00688043;REVB=-0.00323077;RO=46;SAF=22;SAR=22;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019996;STB=0.505492;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00637368;OID=.;OPOS=52471872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:47:44:44:0.483516:22:22:24:22:22:22:24:23 chr19 52472295 . A G 618.94 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0131468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.024;QD=19.3418;RBI=0.0145341;REFB=-0.00947496;REVB=-0.00619687;RO=65;SAF=31;SAR=32;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042619;STB=0.523542;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0103907;OID=.;OPOS=52472295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:65:63:63:0.492188:32:31:35:30:32:31:35:30 chr19 52496149 . C T 271.71 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00681463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.539;QD=12.3503;RBI=0.0467819;REFB=-0.012711;REVB=-0.0462829;RO=56;SAF=16;SAR=16;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158747;STB=0.590854;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0145736;OID=.;OPOS=52496149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:16:16:36:20:16:16:36:20 chr19 52497250 . G A 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00513223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1299;QD=23.4329;RBI=0.0603569;REFB=0.0202017;REVB=0.0601383;RO=20;SAF=21;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498645;STB=0.783303;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0116316;OID=.;OPOS=52497250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:3:21:8:12:3:21:8:12 chr19 52497802 . T G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00493468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.656;QD=14.6525;RBI=0.01277;REFB=-0.0224002;REVB=-0.011778;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344857;STB=0.70522;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0192656;OID=.;OPOS=52497802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:1:4:2:4:1:4 chr19 52497943 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0371625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.043;QD=16.1064;RBI=0.0372354;REFB=-0.0237572;REVB=-0.00232851;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608231;STB=0.534914;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0325716;OID=.;OPOS=52497943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:13:9:8:9:13:9 chr19 52503658 . T A,C 56.03 PASS AF=0.25,0.625;AO=2,5;DP=8;FAO=2,5;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2,3;FSAR=0,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00395037,0.0100505;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.926,156.1;QD=28.0156;RBI=0.0194896,0.0349089;REFB=0.00596446,-0.0211147;REVB=0.019085,0.0334307;RO=1;SAF=2,3;SAR=0,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.121807;STB=0.5,0.571154;STBP=1,0.62;TYPE=snp,snp;VARB=0.198468,0.00116532;OID=.,.;OPOS=52503658,52503658;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:8:8:1:1:2,5:2,5:0.25,0.625:0,2:2,3:1:0:0,2:2,3:1:0 chr19 52506985 . T C 170.62 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0015195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4838;QD=15.1665;RBI=0.00970585;REFB=-0.00280699;REVB=0.00958617;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14173;STB=0.551833;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00718798;OID=.;OPOS=52506985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:18:19:0.422222:9:9:9:16:10:9:10:16 chr19 52519608 . C T 259.22 PASS AF=0.405405;AO=28;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0427493;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.657;QD=14.0121;RBI=0.0445892;REFB=-0.0326036;REVB=0.0126764;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23438;STB=0.626254;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0455594;OID=.;OPOS=52519608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:44:28:30:0.405405:14:14:11:29:14:16:14:30 chr19 52520607 . C T 118.88 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0264665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.016;QD=22.6439;RBI=0.0285219;REFB=-0.0311876;REVB=-0.0106313;RO=8;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125311;STB=0.571312;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0117745;OID=.;OPOS=52520607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:10:3:3:5:10:3:3:5 chr19 52521296 . G A 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00467291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.196;QD=16.8123;RBI=0.0139107;REFB=-0.0166283;REVB=0.0131024;RO=47;SAF=14;SAR=24;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123058;STB=0.569194;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0203801;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:24:14:23:24:24:14:23:24 chr19 52537402 . C T 114.63 PASS AF=0.368421;AO=11;DP=35;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0152453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.615;QD=12.0666;RBI=0.033664;REFB=-0.0358525;REVB=0.0300141;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0601257;OID=.;OPOS=52537402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:24:24:11:14:0.368421:6:5:12:12:7:7:12:12 chr19 52537576 . T G 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.000783692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.438;QD=25.0391;RBI=0.0133685;REFB=-0.0208993;REVB=-0.0133455;RO=19;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052929;STB=0.521219;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.016369;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:20:26:26:0.565217:18:8:7:12:18:8:7:13 chr19 52658510 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0195;QD=58.587;RBI=0.0447786;REFB=0;REVB=0.0404309;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803816;OID=.;OPOS=52658510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr19 52659991 . A G 754.18 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3323;QD=56.9193;RBI=0.0847166;REFB=0;REVB=0.0239283;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628204;OID=.;OPOS=52659991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr19 52660279 . C T 1153.37 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00719575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.051;QD=60.7036;RBI=0.0171046;REFB=0;REVB=-0.0155174;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.31863e-05;OID=.;OPOS=52660279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:28:48:0:0:28:48:0:0 chr19 52762384 . C A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0713471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7655;QD=12.2124;RBI=0.11326;REFB=0.00722239;REVB=-0.0879632;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147588;STB=0.573876;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0202537;OID=.;OPOS=52762384;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:8:5:11:10:8:5:11:11 chr19 52803669 . CTG C 1462.43 PASS AF=1;AO=85;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129438;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.617;QD=62.9;RBI=0.0570345;REFB=0;REVB=0.0555463;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.64981e-05;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:94:93:93:0:54:39:0:0:8:0:51:34:0:0 chr19 52825032 . C T 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0118603;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.337;QD=54.8831;RBI=0.0186987;REFB=0.0777473;REVB=-0.0144559;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184775;STB=0.5098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000150387;OID=.;OPOS=52825032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:25:29:0:1:25:29:0:1 chr19 52825235 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8925;QD=48.7372;RBI=0.0136383;REFB=0;REVB=0.00210898;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407251;OID=.;OPOS=52825235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr19 52856955 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.563;QD=57.1766;RBI=0.0223503;REFB=0;REVB=-0.0223231;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71401e-05;OID=.;OPOS=52856955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr19 52869022 . G T 154.33 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0383212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1804;QD=10.6437;RBI=0.0531365;REFB=-0.0149065;REVB=-0.0368099;RO=38;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148895;STB=0.587695;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0346472;OID=.;OPOS=52869022;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:14:6:16:22:14:6:16:22 chr19 52869278 . G C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.016292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.965;QD=13.753;RBI=0.0162954;REFB=-0.00345044;REVB=-0.000330177;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307074;STB=0.666444;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0104565;OID=.;OPOS=52869278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:5:10:8:14:5:10:9:14 chr19 52869534 . G A 50.14 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0195675;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.183;QD=13.3694;RBI=0.0220607;REFB=-0.00266446;REVB=-0.0101876;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404365;STB=0.749165;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00287929;OID=.;OPOS=52869534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:4:4:6:1:4:4 chr19 52937339 . G A 651.71 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9336;QD=62.0676;RBI=0.0713382;REFB=0;REVB=0.0596749;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103316;OID=.;OPOS=52937339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:27:14:0:0:28:14:0:0 chr19 52938361 . C A 1805.56 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0262374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6476;QD=60.1854;RBI=0.0854285;REFB=-0.113776;REVB=-0.0812996;RO=0;SAF=46;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000563748;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:73:46:0:0:73:46:1:0 chr19 52938417 . A G 2003.66 PASS AF=1;AO=129;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3253;QD=60.2603;RBI=0.0803447;REFB=-0.0585977;REVB=0.0291614;RO=0;SAF=49;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3659e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220826;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:132:133:0:0:129:133:1:80:49:0:0:81:52:0:0 chr19 52938459 . A G 1694.66 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5007;QD=59.988;RBI=0.054497;REFB=0;REVB=0.031286;RO=0;SAF=39;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065314;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:72:39:0:0:74:39:0:0 chr19 52941171 . T C 804.31 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184521;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.1864;QD=64.3445;RBI=0.0205527;REFB=0;REVB=-0.00905167;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116993;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr19 52941540 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.227;QD=45.8068;RBI=0.0276188;REFB=0;REVB=-0.00375696;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169014;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr19 52941618 . A C 130.67 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.222;QD=43.5573;RBI=0.107065;REFB=0;REVB=0.0087033;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025156;OID=.;OPOS=52941618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:8:4:0:0 chr19 52941847 . A T 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.393;QD=63.8653;RBI=0.0452812;REFB=0;REVB=0.0297794;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384194;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr19 52942159 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.15;QD=42.1821;RBI=0.0633021;REFB=0;REVB=0.027049;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131604;OID=.;OPOS=52942159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr19 52942445 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.089;QD=35.5759;RBI=0.0414777;REFB=0;REVB=0.0269527;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96518e-05;OID=.;OPOS=52942445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr19 52942495 . G A 138.02 PASS AF=0.9375;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.181153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2098;QD=34.5039;RBI=0.189929;REFB=-0.213899;REVB=0.0570666;RO=3;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243419;STB=0.53841;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0234355;OID=.;OPOS=52942495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:16:3:1:12:15:0.9375:8:4:3:0:9:6:1:0 chr19 52954507 . T C 3103.26 PASS AF=1;AO=193;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123293;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.958;QD=63.9847;RBI=0.0125954;REFB=0;REVB=-0.0025752;RO=0;SAF=95;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54468e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197145;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:194:0:0:193:194:1:98:95:0:0:99:95:0:0 chr19 53014346 . G A 682.0 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.437;QD=62.0004;RBI=0.0520488;REFB=0;REVB=-0.0499765;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811887;OID=.;OPOS=53014346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:21:23:0:0 chr19 53015384 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.512;QD=55.0987;RBI=0.0295435;REFB=0;REVB=0.0109094;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249757;OID=.;OPOS=53015384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr19 53015864 . T G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6866;QD=43.4834;RBI=0.0705286;REFB=0;REVB=-0.0503773;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0050858;OID=.;OPOS=53015864;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr19 53016129 . G A 70.01 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5433;QD=35.0068;RBI=0.0665005;REFB=0;REVB=0.0400659;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0244973;OID=.;OPOS=53016129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:4:4:0:0 chr19 53059235 . T G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0174684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.412;QD=40.6386;RBI=0.0183711;REFB=-0.0283871;REVB=-0.00568807;RO=1;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824047;STB=0.545388;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00168509;OID=.;OPOS=53059235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:9:5:1:0:9:5:1:0 chr19 53085658 . A AT 48.81 PASS AF=0.461538;AO=3;DP=20;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00372117;FXX=0.349825;HRUN=0;LEN=1;MLLD=141.343;QD=15.0198;RBI=0.0465106;REFB=-0.00865078;REVB=-0.0463616;RO=17;SAF=2;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273679;STB=0.631131;STBP=0.442;TYPE=ins;VARB=0.0469474;OID=.;OPOS=53085659;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:3:20:6:13:7:4:2:3:4:47:17:2:1:7:10 chr19 53085659 . C T 69.7 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00613874;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.083;QD=14.6745;RBI=0.0334724;REFB=-0.0157353;REVB=-0.0329047;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498364;STB=0.529346;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0210475;OID=.;OPOS=53085659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:5:5:5:4:5:5 chr19 53085813 . T C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0111965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.569;QD=20.2096;RBI=0.0116975;REFB=-0.0133899;REVB=-0.00338683;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00905171;OID=.;OPOS=53085813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:5:5:6:7:5:5 chr19 53086124 . C A 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0112769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4219;QD=17.8002;RBI=0.0129767;REFB=9.65044e-05;REVB=0.00642082;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127152;STB=0.572326;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.000248756;OID=.;OPOS=53086124;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:10:14:9:11:10:14 chr19 53117531 . C T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0385579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.574;QD=13.0911;RBI=0.0604075;REFB=-0.0101465;REVB=-0.046501;RO=20;SAF=12;SAR=1;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.615391;STB=0.872037;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0215031;OID=.;OPOS=53117531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:1:12:9:11:1:12:9:11 chr19 53117809 . C A 233.48 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0181482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.3777;QD=15.0633;RBI=0.0525544;REFB=-0.0174861;REVB=0.0493215;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983468;STB=0.555516;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0220068;OID=.;OPOS=53117809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:11:16:24:11:11:16:24:11 chr19 53209553 . GG AT 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.020436;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=145.916;QD=16.728;RBI=0.0289976;REFB=0.012539;REVB=0.0205726;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16392;STB=0.594472;STBP=0.389;TYPE=mnp;VARB=-0.0100652;OID=.;OPOS=53209553;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:5:11:10:9:5:11:10:9 chr19 53269614 . G A 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0114935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.131;QD=17.2245;RBI=0.0139027;REFB=-0.0137597;REVB=0.00782211;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781175;STB=0.543833;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0239033;OID=.;OPOS=53269614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:21:13:18:21:21:13:18:21 chr19 53270373 . G A 38.3 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0265559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.765;QD=2.25287;RBI=0.0358403;REFB=-0.00708557;REVB=-0.0240689;RO=60;SAF=7;SAR=1;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428178;STB=0.829587;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0511162;OID=.;OPOS=53270373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:60:60:8:8:0.117647:1:7:33:27:1:7:33:27 chr19 53270384 . A G 923.29 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503139;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.215;QD=58.6216;RBI=0.0536246;REFB=0;REVB=-0.0185502;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16607e-05;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr19 53270543 . A G 385.0 PASS AF=0.567164;AO=36;DP=66;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0196829;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3364;QD=22.9851;RBI=0.0265076;REFB=-0.0120599;REVB=-0.0177549;RO=29;SAF=15;SAR=21;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191407;STB=0.612314;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0187284;OID=.;OPOS=53270543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:29:29:36:38:0.567164:21:15:19:10:23:15:19:10 chr19 53270623 . G C 471.53 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0180165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.62;QD=20.9567;RBI=0.035947;REFB=-0.0363966;REVB=0.0311061;RO=44;SAF=19;SAR=27;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375231;STB=0.520762;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0204823;OID=.;OPOS=53270623;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:27:19:20:24:27:19:20:24 chr19 53270729 . G A 288.46 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=0.0430224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.345;QD=13.7362;RBI=0.0441386;REFB=-0.012085;REVB=0.00986342;RO=51;SAF=11;SAR=22;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123914;STB=0.570054;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0256389;OID=.;OPOS=53270729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:22:11:12:39:22:11:12:39 chr19 53270971 . G C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0691628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9647;QD=20.5463;RBI=0.0697161;REFB=-0.01308;REVB=0.0087663;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327543;STB=0.681675;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0110187;OID=.;OPOS=53270971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:19:3:11:11:19:3 chr19 53302942 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.065;QD=39.2068;RBI=0.0106608;REFB=0;REVB=-0.00519215;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01355e-05;OID=.;OPOS=53302942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 53303527 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.232;QD=49.5992;RBI=0.0839713;REFB=0;REVB=0.0819661;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091678;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr19 53303705 . T G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00695148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.096;QD=12.4824;RBI=0.0238171;REFB=-0.00105469;REVB=-0.0227801;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600117;STB=0.535459;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00176423;OID=.;OPOS=53303705;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:10:9:5:7:10:9 chr19 53303890 . C G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0231817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.069;QD=14.6578;RBI=0.0325825;REFB=-0.00507671;REVB=0.0228961;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226252;STB=0.632221;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00329983;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:9:8:9:4:9:8 chr19 53304563 . T C 452.14 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0283507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.034;QD=19.4467;RBI=0.0780448;REFB=0.005922;REVB=0.0727133;RO=48;SAF=33;SAR=12;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347075;STB=0.693604;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00505687;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:12:33:18:30:12:33:18:30 chr19 53321171 . G A 397.9 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0156065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.346;QD=20.67;RBI=0.0208047;REFB=-0.0221001;REVB=-0.0137576;RO=37;SAF=22;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148093;STB=0.581895;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0175143;OID=.;OPOS=53321171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:18:22:14:23:18:22:14:23 chr19 53344118 . C G 230.11 PASS AF=0.95;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1076;QD=46.0221;RBI=0.04811;REFB=-0.103955;REVB=-0.0238188;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00658298;OID=.;OPOS=53344118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:0:1:19:19:0.95:11:8:0:0:11:8:0:1 chr19 53345321 . T G 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.089;QD=59.6785;RBI=0.0914118;REFB=0;REVB=0.0768516;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437877;OID=.;OPOS=53345321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr19 53391402 . A G 336.68 PASS AF=0.271186;AO=48;DP=177;FAO=48;FDP=177;FR=.;FRO=129;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=76;FSRR=53;FWDB=0.0262756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4904;QD=7.60855;RBI=0.0274551;REFB=-0.0096349;REVB=0.00796079;RO=127;SAF=32;SAR=16;SRF=76;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904847;STB=0.56095;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0263487;OID=.;OPOS=53391402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:127:129:48:48:0.271186:16:32:76:51:16:32:76:53 chr19 53453777 . C T 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0137238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.671;QD=12.0244;RBI=0.0297313;REFB=-0.0180437;REVB=0.0263744;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26677;STB=0.661457;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0304197;OID=.;OPOS=53453777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:10:2:7:13:10:2:7:13 chr19 53454387 . G C 133.86 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00145799;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.629;QD=10.2965;RBI=0.0190916;REFB=-0.0167937;REVB=-0.0190358;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132116;STB=0.586417;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0564852;OID=.;OPOS=53454387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:35:17:17:0.326923:8:9:14:20:8:9:14:21 chr19 53454475 . C CACT,T 209.03 PASS AF=0.365079,0.047619;AO=22,3;DP=64;FAO=23,3;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=11,1;FSAR=12,2;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00626685,-0.00472263;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=3,1;MLLD=229.282,111.007;QD=13.2719;RBI=0.0189761,0.039658;REFB=-0.0173269,-0.006867;REVB=-0.0179114,-0.0393758;RO=38;SAF=11,1;SAR=11,2;SRF=17;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0574853,-0.115434;STB=0.52836,0.595833;STBP=0.77,0.698;TYPE=ins,snp;VARB=0.0309351,0.0425314;OID=.,.;OPOS=53454476,53454475;OREF=-,C;OALT=ACT,T;OMAPALT=CACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:37:22,3:23,3:0.365079,0.047619:11,2:11,1:17:21:12,2:11,1:16:21 chr19 53454789 . A T 677.38 PASS AF=0.603774;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0315921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.583;QD=25.5617;RBI=0.0764852;REFB=-0.0145565;REVB=-0.0696558;RO=42;SAF=26;SAR=38;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00112365;STB=0.500611;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00862618;OID=.;OPOS=53454789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:42:64:64:0.603774:38:26:17:25:38:26:17:25 chr19 53553125 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.969;QD=44.6898;RBI=0.0179901;REFB=0;REVB=0.000619553;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88138e-05;OID=.;OPOS=53553125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr19 53553686 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.551;QD=56.9569;RBI=0.0368806;REFB=0;REVB=0.0368073;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64847e-05;OID=.;OPOS=53553686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr19 53576589 . C G 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8792;QD=59.4995;RBI=0.0545386;REFB=0;REVB=0.000780052;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284863;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr19 53577419 . G C 1024.43 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0799461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9804;QD=56.9127;RBI=0.0942732;REFB=0.0492668;REVB=-0.0499605;RO=1;SAF=30;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154986;STB=0.507934;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0110665;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:40:30:1:0:40:31:1:0 chr19 53612311 . T C 634.85 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00622044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.135;QD=48.8344;RBI=0.0685468;REFB=-0.170067;REVB=0.068264;RO=4;SAF=34;SAR=14;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771682;STB=0.541181;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00205806;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:52:52:4:4:48:48:0.923077:14:34:1:3:14:34:1:3 chr19 53612720 . T C 885.3 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000108344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.917;QD=58.0523;RBI=0.130877;REFB=0;REVB=0.130877;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459201;OID=.;OPOS=53612720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:18:43:0:0:18:43:0:0 chr19 53612745 . T C 741.14 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258414;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.808;QD=57.0106;RBI=0.0511217;REFB=0;REVB=0.0510563;RO=0;SAF=41;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91254e-05;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:11:41:0:0:11:41:0:0 chr19 53612757 . T G 772.46 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0587495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8272;QD=55.1759;RBI=0.0614506;REFB=-0.123143;REVB=0.0180187;RO=1;SAF=42;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110913;STB=0.505745;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00246346;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:56:1:1:54:55:0.982143:12:42:1:0:12:43:1:0 chr19 53612989 . A G 1044.3 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00676983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.659;QD=59.6741;RBI=0.00691707;REFB=0;REVB=0.00141963;RO=0;SAF=19;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54309e-05;OID=.;OPOS=53612989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:51:19:0:0:51:19:0:0 chr19 53613011 . A C 445.64 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00389066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.754;QD=26.2143;RBI=0.0202538;REFB=-0.0295645;REVB=0.0198766;RO=26;SAF=16;SAR=26;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552105;STB=0.530106;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0116492;OID=.;OPOS=53613011;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:26:16:8:18:26:16:8:18 chr19 53645291 . T C 222.77 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.014363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.514;QD=18.9587;RBI=0.020383;REFB=-0.0428682;REVB=0.0144628;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510629;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0515137;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:11:11:12:12:11:11:13:12 chr19 53667804 . C T 447.01 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0255112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2327;QD=21.0357;RBI=0.0503676;REFB=-0.0153517;REVB=-0.043429;RO=41;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843638;STB=0.551259;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0149837;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:41:41:43:44:0.517647:23:20:23:18:24:20:23:18 chr19 53667913 . A G 293.54 PASS AF=0.417722;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0203179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.387;QD=14.8629;RBI=0.0218254;REFB=-0.0204134;REVB=-0.00797072;RO=33;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434243;STB=0.588988;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.032511;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:33:46:32:33:0.417722:14:18:17:16:15:18:18:28 chr19 53667940 . A G 322.77 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00754842;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.709;QD=18.9866;RBI=0.00796945;REFB=0.00866505;REVB=0.00255607;RO=34;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219598;STB=0.622669;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00408671;OID=.;OPOS=53667940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:34:34:34:0.5:23:11:19:15:23:11:19:15 chr19 53669273 . T C 244.25 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00202612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.167;QD=23.2622;RBI=0.00414604;REFB=-0.0190025;REVB=0.00361724;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687588;STB=0.538428;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0138362;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:14:9:9:10:14:9:9:10 chr19 53669492 . A G 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0135392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.388;QD=21.2933;RBI=0.0136499;REFB=-0.010489;REVB=-0.0017352;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114697;STB=0.564053;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00912287;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:15:10:7:18:15:10:7:18 chr19 53727097 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.43;QD=51.9167;RBI=0.030483;REFB=0;REVB=0.0280102;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010286;OID=.;OPOS=53727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr19 53727145 . G GGTTTT 40.81 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00555782;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=5;MLLD=251.77;QD=12.5557;RBI=0.0224196;REFB=-0.0212935;REVB=0.0217198;RO=8;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255761;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=ins;VARB=0.0205956;OID=.;OPOS=53727146;OREF=-;OALT=GTTTT;OMAPALT=GGTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:5:14:6:13:7:3:3:4:3:40:8:3:2:5:3 chr19 53740822 . T C 82.07 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00223013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.443;QD=32.8267;RBI=0.0134236;REFB=-0.0608181;REVB=0.0132371;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126211;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00116364;OID=.;OPOS=53740822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:6:3:1:0:6:3:1:0 chr19 53741068 . C T 739.64 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.706;QD=56.8956;RBI=0.0691792;REFB=0;REVB=0.0690278;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409279;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:24:28:0:0 chr19 53741188 . C T 1208.86 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.963;QD=61.2079;RBI=0.0516749;REFB=0;REVB=-0.00943791;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017489;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr19 53761740 . T C 282.16 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0373948;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8119;QD=13.764;RBI=0.0401189;REFB=-0.0334265;REVB=-0.0145313;RO=48;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112308;STB=0.557487;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0524694;OID=.;OPOS=53761740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:48:49:33:33:0.402439:15:18:21:27:15:18:22:27 chr19 53762537 . C T 203.98 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0129875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.586;QD=18.9745;RBI=0.0177231;REFB=-0.00930748;REVB=-0.0120596;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155711;STB=0.559943;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00859953;OID=.;OPOS=53762537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:22:20:21:0.488372:8:12:9:12:9:12:10:12 chr19 53770261 . T C 92.13 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0274813;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1464;QD=8.3758;RBI=0.0305864;REFB=-0.0034396;REVB=0.0134277;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116902;STB=0.538397;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00770793;OID=.;OPOS=53770261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:45:44:29:32:12:12:0.272727:5:7:14:15:5:7:17:15 chr19 53784899 . C T 549.64 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.000898478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.396;QD=19.2855;RBI=0.00335897;REFB=-0.00927469;REVB=0.00323658;RO=57;SAF=21;SAR=36;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668033;STB=0.536952;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0139792;OID=.;OPOS=53784899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:57:57:0.5:36:21:25:32:36:21:25:32 chr19 53787375 . C T 88.5 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0254755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7339;QD=18.6308;RBI=0.047118;REFB=-0.0155211;REVB=0.0396371;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662608;STB=0.505145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0126161;OID=.;OPOS=53787375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:19:8:8:10:11:0.578947:7:3:3:5:7:4:3:5 chr19 53793042 . G A 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0954206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.616;QD=60.6054;RBI=0.0956299;REFB=0;REVB=0.00632256;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429573;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr19 53793574 . A G 1387.5 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0068024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.044;QD=60.3261;RBI=0.00689625;REFB=0.0237903;REVB=-0.00113386;RO=2;SAF=45;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000233955;STB=0.500242;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-9.76958e-05;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:89:90:0.978261:44:45:1:1:44:46:1:1 chr19 53793995 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.502;QD=51.9167;RBI=0.0216242;REFB=0;REVB=0.0206861;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106475;OID=.;OPOS=53793995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr19 53794579 . T A 866.61 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3626;QD=57.7736;RBI=0.0387676;REFB=0;REVB=0.0384622;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211942;OID=.;OPOS=53794579;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr19 53794858 . G A 840.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133136;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.425;QD=56.0046;RBI=0.0445738;REFB=-0.156421;REVB=0.042539;RO=1;SAF=23;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200708;STB=0.510635;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00105426;OID=.;OPOS=53794858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:36:23:1:0:36:23:1:0 chr19 53854397 . G C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00852205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.061;QD=13.6608;RBI=0.00936201;REFB=-0.0121917;REVB=0.0038758;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024428;STB=0.514265;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0192655;OID=.;OPOS=53854397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:10:11:7:7:10:11 chr19 53879561 . GACA G 252.95 PASS AF=0.348315;AO=29;DP=90;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0109065;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=3;MLLD=286.518;QD=11.3684;RBI=0.0291779;REFB=-0.00514717;REVB=-0.0270629;RO=57;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072593;STB=0.557138;STBP=0.454;TYPE=del;VARB=0.00989153;OID=.;OPOS=53879562;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348315:29:90:31:89:58:15:16:23:35:99:57:13:16:22:35 chr19 53884412 . G A 689.25 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.6452;QD=62.659;RBI=0.12134;REFB=0;REVB=-0.0248222;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00223488;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr19 53911973 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.335;QD=39.2066;RBI=0.00486437;REFB=0;REVB=-0.000389764;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.87716e-05;OID=.;OPOS=53911973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr19 53912242 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.142;QD=53.2765;RBI=0.0470203;REFB=0;REVB=-0.00568673;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622851;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr19 53926318 . T A 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00445381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.942;QD=11.4908;RBI=0.0163614;REFB=-0.00609599;REVB=-0.0157436;RO=32;SAF=5;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346807;STB=0.704876;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0180411;OID=.;OPOS=53926318;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:11:5:20:12:11:5:20:12 chr19 53926320 . T G 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00391888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.246;QD=11.7808;RBI=0.00428574;REFB=-0.0278095;REVB=0.00173493;RO=31;SAF=5;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332684;STB=0.696326;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0192911;OID=.;OPOS=53926320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:11:5:19:12:11:5:19:12 chr19 53952885 . TC T 331.85 PASS AF=0.972222;AO=32;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0164746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.3575;QD=36.8724;RBI=0.0561197;REFB=-0.0470067;REVB=-0.0536471;RO=3;SAF=25;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.423503;SSSB=0.0262947;STB=0.509086;STBP=0.627;TYPE=del;VARB=0.00979248;OID=.;OPOS=53952886;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.972222:32:36:35:36:1:27:8:1:0:3:3:25:7:2:1 chr19 53958126 . T G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3755;QD=64.1537;RBI=0.0498918;REFB=0;REVB=0.0290911;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000763386;OID=.;OPOS=53958126;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr19 53958263 . G A 728.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.894;QD=57.1697;RBI=0.0676342;REFB=0;REVB=0.0142462;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272955;OID=.;OPOS=53958263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr19 53959343 . G A 696.69 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0252168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.482;QD=60.5819;RBI=0.0632281;REFB=-0.12888;REVB=0.0579819;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00203117;OID=.;OPOS=53959343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:25:19:0:1:26:19:0:1 chr19 53959568 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.715;QD=51.1845;RBI=0.0261987;REFB=0;REVB=0.00497761;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333436;OID=.;OPOS=53959568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 53990002 . G A 539.49 PASS AF=0.322581;AO=70;DP=217;FAO=70;FDP=217;FR=.;FRO=147;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=85;FWDB=0.00151035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.089;QD=9.94447;RBI=0.0041157;REFB=-0.0059164;REVB=0.00382855;RO=147;SAF=21;SAR=49;SRF=62;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157094;STB=0.591021;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0109266;OID=.;OPOS=53990002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:147:147:70:70:0.322581:49:21:62:85:49:21:62:85 chr19 53993764 . A T 157.85 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0135393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.354;QD=12.1426;RBI=0.0143107;REFB=-0.00233114;REVB=-0.00463511;RO=33;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225582;STB=0.631992;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00809746;OID=.;OPOS=53993764;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:13:6:17:16:13:6:17:16 chr19 53995004 . G A 45.98 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.104948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1322;QD=9.19636;RBI=0.114508;REFB=0.00353791;REVB=0.0458046;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224998;STB=0.636016;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0123257;OID=.;OPOS=53995004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:3:10:4:3:3:10 chr19 54080144 . A G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00619424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.28;QD=12.0207;RBI=0.0104408;REFB=0.00297175;REVB=0.00840492;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309742;STB=0.680614;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00517143;OID=.;OPOS=54080144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:6:8:7:18:6:8:7:18 chr19 54132976 . A G 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00309743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.645;QD=26.6377;RBI=0.0285588;REFB=-0.00215477;REVB=0.0283903;RO=7;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153563;STB=0.610967;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000843704;OID=.;OPOS=54132976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:7:8:16:16:0.666667:5:11:3:4:5:11:3:5 chr19 54183186 . C T 228.24 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00627698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6419;QD=13.8329;RBI=0.0568106;REFB=-0.0300532;REVB=-0.0564627;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110875;STB=0.570418;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0507599;OID=.;OPOS=54183186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:12:15:17:21:12:15:17:22 chr19 54185492 . G A 165.5 PASS AF=0.473684;AO=14;DP=34;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.000514074;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.025;QD=17.4212;RBI=0.0532486;REFB=-0.0123154;REVB=0.0532461;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299292;STB=0.605951;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0103239;OID=.;OPOS=54185492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:38:19:20:14:18:0.473684:6:8:5:14:10:8:5:15 chr19 54307322 . G A 632.05 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.987;QD=61.6631;RBI=0.0579887;REFB=0;REVB=0.0458128;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429844;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr19 54308553 . AC A,AT 204.67 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=3,14;DP=17;FAO=1,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360592,0.0529051;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.3338,109.058;QD=48.1564;RBI=0.0811183,0.089672;REFB=0,0;REVB=0.072663,0.0724025;RO=0;SAF=3,8;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.03111,0.000374988;OID=.,.;OPOS=54308554,54308554;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:3,14:17:1,16:17:0:1,10:0,6:0:0:5:0:3,8:0,6:0:0 chr19 54378099 . GA AG 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0103954;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=67.1282;QD=16.4543;RBI=0.0190488;REFB=-0.013754;REVB=-0.0159621;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=mnp;VARB=0.00704698;OID=.;OPOS=54378099;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:3:1:2:4:3:1 chr19 54378470 . GTGTGTGTGTGTGT G,GTG 77.51 PASS AF=0.5,0.25;AO=6,2;DP=19;FAO=6,3;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5,3;FSAR=1,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0413837,0.0281471;FXX=0.333148;HRUN=1,1;LEN=13,11;MLLD=170.784,122.261;QD=25.838;RBI=0.044892,0.0287113;REFB=-0.0240081,-0.0118514;REVB=0.0173977,0.00566352;RO=3;SAF=5,2;SAR=1,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.502096,0.74993;STB=0.79893,0.996656;STBP=0.032,0.041;TYPE=del,del;VARB=0.0125419,-0.00980173;OID=.,.;OPOS=54378471,54378473;OREF=TGTGTGTGTGTGT,TGTGTGTGTGT;OALT=-,-;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.25:6,2:19:6,3:12:3:5,3:1,0:0:3:25:3:5,2:1,0:0:3 chr19 54378570 . TA T 32.53 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.100788;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.4861;QD=7.2296;RBI=0.124965;REFB=-0.0604069;REVB=-0.073879;RO=7;SAF=7;SAR=0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0.425;SSEP=0;SSSB=0.749044;STB=0.583101;STBP=0.695;TYPE=del;VARB=0.0352214;OID=.;OPOS=54378571;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:7:17:8:18:10:7:1:8:2:32:7:7:0:5:2 chr19 54378627 . T A 2218.46 PASS AF=0.97931;AO=141;DP=150;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00554891;FXX=0.0333311;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.83;QD=61.199;RBI=0.00772291;REFB=-0.139174;REVB=0.00537149;RO=2;SAF=79;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118843;STB=0.502173;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00045;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:150:145:2:3:141:142:0.97931:62:79:2:0:62:80:2:1 chr19 54378789 . C G 2550.08 PASS AF=1;AO=160;DP=163;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545124;FXX=0.0571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3666;QD=61.8201;RBI=0.0569737;REFB=0;REVB=0.0165652;RO=0;SAF=60;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51748e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00429188;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:165:0:0:160:165:1:100:60:0:0:103:62:0:0 chr19 54379573 . C T 550.08 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0655354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6627;QD=56.4189;RBI=0.0686203;REFB=-0.0358437;REVB=0.0203432;RO=1;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164365;STB=0.508767;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00155683;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:28:9:0:1:28:10:0:1 chr19 54385820 . C T 3528.37 PASS AF=0.991266;AO=226;DP=229;FAO=227;FDP=229;FR=.;FRO=2;FSAF=106;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00661369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=342.936;QD=61.6309;RBI=0.0201766;REFB=-0.0334867;REVB=0.0190618;RO=1;SAF=106;SAR=120;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395458;STB=0.504098;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=1.73283e-05;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:229:229:1:2:226:227:0.991266:120:106:0:1:121:106:0:2 chr19 54409996 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0124775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.414;QD=18.0866;RBI=0.0446408;REFB=-0.0212281;REVB=0.0428616;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129075;STB=0.507241;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0188181;OID=.;OPOS=54409996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:9:17:18:9:9:17:18:9 chr19 54501527 . G A 97.49 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00724535;FXX=0.0540395;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.071;QD=11.1414;RBI=0.0104666;REFB=-0.0123898;REVB=-0.00755346;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00846107;STB=0.517213;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0232053;OID=.;OPOS=54501527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:35:22:23:12:12:0.342857:5:7:13:9:5:7:14:9 chr19 54545531 . T C 473.01 PASS AF=0.407692;AO=52;DP=129;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.00157038;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.372;QD=14.554;RBI=0.017481;REFB=-0.0193261;REVB=-0.0174104;RO=77;SAF=28;SAR=24;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183665;STB=0.607421;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0274748;OID=.;OPOS=54545531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:77:77:52:53:0.407692:24:28:28:49:24:29:28:49 chr19 54649670 . CT C,CC 101.3 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,7;DP=9;FAO=1,9;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147194,0.147851;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=319.008,324.871;QD=40.5183;RBI=0.147703,0.148241;REFB=0,0;REVB=0.0122536,0.0107373;RO=0;SAF=1,1;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0284896,0.000405642;OID=.,.;OPOS=54649671,54649671;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:2,7:9:1,9:10:0:0,3:1,6:0:0:5:0:1,1:1,6:0:0 chr19 54677759 . T C 669.38 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125137;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.911;QD=62.2675;RBI=0.0140674;REFB=0;REVB=-0.00642651;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43699e-05;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:11:32:0:0:11:32:0:0 chr19 54697079 . C T 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0182394;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.535;QD=19.8661;RBI=0.0185964;REFB=-0.00863207;REVB=-0.00362647;RO=32;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115403;STB=0.54543;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00646572;OID=.;OPOS=54697079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:34:36:36:0.514286:16:20:22:10:16:20:22:12 chr19 54722275 . G A 353.55 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.010088;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.79;QD=21.1072;RBI=0.0139603;REFB=-0.0403497;REVB=0.00964995;RO=31;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121562;STB=0.567128;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0320627;OID=.;OPOS=54722275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:18:18:20:11:18:18:20:11 chr19 54723355 . A G 324.41 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0794821;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4034;QD=28.2099;RBI=0.0834225;REFB=-0.0124958;REVB=-0.0253359;RO=19;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212366;STB=0.607066;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00511977;OID=.;OPOS=54723355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:19:18:28:28:0.608696:17:11:13:6:17:11:12:6 chr19 54723738 . G C 721.35 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.894;QD=62.7263;RBI=0.0306398;REFB=0;REVB=0.0180809;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261844;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:26:18:0:0:27:19:0:0 chr19 54723898 . T C 175.42 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7467;QD=46.7799;RBI=0.0393163;REFB=0;REVB=0.0131741;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203901;OID=.;OPOS=54723898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr19 54724006 . C A 66.51 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0742033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.604;QD=26.6043;RBI=0.0742276;REFB=-0.020195;REVB=-0.00190004;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12621;STB=0.571264;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00458762;OID=.;OPOS=54724006;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:6:2:0:2:6:2:0:2 chr19 54725835 . G C 46.6 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3843;QD=31.0668;RBI=0.254915;REFB=0;REVB=0.254844;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169062;OID=.;OPOS=54725835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:1:0:5:6:1:1:4:0:1:2:4:0:0 chr19 54725930 . C T 365.02 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0265064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0439;QD=52.1451;RBI=0.0268915;REFB=0.206963;REVB=0.00453443;RO=1;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06184;STB=0.533308;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0119436;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:7:20:0:1:7:20:0:1 chr19 54725995 . G A 427.22 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0326313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.778;QD=51.7842;RBI=0.0613049;REFB=0.0193247;REVB=0.0518988;RO=2;SAF=21;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227043;STB=0.512187;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.000579794;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:10:21:1:1:10:21:1:1 chr19 54726226 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.565;QD=49.5991;RBI=0.0068104;REFB=0;REVB=0.00376096;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70359e-05;OID=.;OPOS=54726226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr19 54726241 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0167358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2591;QD=19.6459;RBI=0.0603291;REFB=-0.0155679;REVB=0.0579613;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898424;STB=0.505145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0238182;OID=.;OPOS=54726241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:3:5:7:4:3:5 chr19 54726816 . A T 117.11 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0253123;FXX=0.0644953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.088;QD=16.1535;RBI=0.0477511;REFB=-0.0136365;REVB=-0.0404901;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378846;STB=0.760828;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0372694;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:13:16:12:13:0.448276:4:8:3:10:4:9:3:13 chr19 54726833 . T C 147.14 PASS AF=0.444444;AO=17;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.102778;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0962;QD=16.3486;RBI=0.114413;REFB=-0.0324425;REVB=-0.0502684;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293238;STB=0.694414;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0342484;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:20:17:16:0.444444:8:9:4:15:7:9:4:16 chr19 54726839 . C T 134.21 PASS AF=0.421053;AO=14;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0195504;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4273;QD=14.1275;RBI=0.0567236;REFB=-0.00929146;REVB=-0.053248;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349252;STB=0.711796;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0365687;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:22:14:16:0.421053:6:8:4:15:7:9:4:18 chr19 54726843 . C G 140.21 PASS AF=0.390244;AO=14;DP=39;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.022537;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.63;QD=13.6791;RBI=0.0384475;REFB=-0.0174995;REVB=-0.0311496;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286691;STB=0.690052;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0249928;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:25:25:14:16:0.390244:7:7:6:19:7:9:6:19 chr19 54726861 . C T 124.01 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.0438536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.099;QD=9.92088;RBI=0.0522049;REFB=-0.00379188;REVB=-0.0283233;RO=35;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328719;STB=0.692095;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0463113;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:8:7:7:28:8:7:7:28 chr19 54726872 . C G 113.92 PASS AF=0.304348;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0050003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.262;QD=9.90641;RBI=0.0138122;REFB=-0.0200242;REVB=-0.0128753;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477497;STB=0.752651;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0772804;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:32:32:13:14:0.304348:5:8:6:26:6:8:6:26 chr19 54743747 . C G 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0371396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7295;QD=4.55545;RBI=0.0785976;REFB=0.00126421;REVB=-0.0692692;RO=30;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224835;STB=0.65801;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00856;OID=.;OPOS=54743747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:6:1:8:22:6:1:8:22 chr19 54743758 . C A 96.18 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.12771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.141;QD=11.6581;RBI=0.127743;REFB=-0.00551226;REVB=-0.00289635;RO=21;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376685;STB=0.615169;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0077591;OID=.;OPOS=54743758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:33:21:21:11:12:0.363636:10:1:6:15:10:2:6:15 chr19 54744104 . T G 93.38 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.00373558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.497;QD=6.44008;RBI=0.006249;REFB=-0.00304334;REVB=-0.00500954;RO=43;SAF=13;SAR=1;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389214;STB=0.771764;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00718654;OID=.;OPOS=54744104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:43:44:14:14:0.241379:1:13:33:10:1:13:33:11 chr19 54744209 . TA CG 328.43 PASS AF=0.318182;AO=41;DP=135;FAO=42;FDP=132;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=32;FWDB=-0.0238103;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=2;MLLD=125.521;QD=9.95253;RBI=0.0276552;REFB=-0.00442045;REVB=-0.0140671;RO=90;SAF=24;SAR=17;SRF=58;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730251;STB=0.551546;STBP=0.44;TYPE=mnp;VARB=0.00830707;OID=.;OPOS=54744209;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:132:90:90:41:42:0.318182:17:24:58:32:18:24:58:32 chr19 54744361 . A C 432.51 PASS AF=0.331395;AO=60;DP=171;FAO=57;FDP=172;FR=.;FRO=115;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=64;FWDB=0.010175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2413;QD=10.0584;RBI=0.0392012;REFB=-0.0128293;REVB=-0.0378577;RO=107;SAF=27;SAR=33;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228805;STB=0.50331;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0353361;OID=.;OPOS=54744361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:107:115:60:57:0.331395:33:27:46:61:32:25:51:64 chr19 54744387 . C T 337.8 PASS AF=0.355932;AO=42;DP=118;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0329108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1613;QD=11.4509;RBI=0.0350798;REFB=-0.0158657;REVB=-0.0121438;RO=76;SAF=20;SAR=22;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325105;STB=0.51863;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0243679;OID=.;OPOS=54744387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:76:76:42:42:0.355932:22:20:34:42:22:20:34:42 chr19 54744794 . G A 30.06 PASS AF=0.0851064;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=94;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0180492;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.302;QD=1.2793;RBI=0.0301994;REFB=-0.00183523;REVB=-0.0242121;RO=82;SAF=6;SAR=2;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26297;STB=0.716106;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0447529;OID=.;OPOS=54744794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:94:82:86:8:8:0.0851064:2:6:43:39:2:6:45:41 chr19 54744799 . G C 346.04 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0124861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.915;QD=14.4182;RBI=0.0171583;REFB=-0.00755304;REVB=-0.0117688;RO=58;SAF=22;SAR=16;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664496;STB=0.537758;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0119337;OID=.;OPOS=54744799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:16:22:30:28:16:22:30:28 chr19 54746051 . A C 1094.02 PASS AF=0.457031;AO=113;DP=253;FAO=117;FDP=256;FR=.;FRO=139;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=67;FSRR=72;FWDB=-0.0267222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4696;QD=17.094;RBI=0.0370033;REFB=-0.0185073;REVB=-0.0255963;RO=135;SAF=47;SAR=66;SRF=66;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727891;STB=0.534846;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.015598;OID=.;OPOS=54746051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:256:135:139:113:117:0.457031:66:47:66:69:68:49:67:72 chr19 54746081 . T C 1209.5 PASS AF=0.541667;AO=117;DP=215;FAO=117;FDP=216;FR=.;FRO=99;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=-0.019483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.274;QD=22.3981;RBI=0.0228224;REFB=-0.00928466;REVB=0.0118859;RO=96;SAF=55;SAR=62;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357923;STB=0.521137;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00821913;OID=.;OPOS=54746081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:96:99:117:117:0.541667:62:55:41:55:62:55:42:57 chr19 54754752 . T C 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0462105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.899;QD=21.0494;RBI=0.0603848;REFB=-0.0229298;REVB=0.0388704;RO=31;SAF=13;SAR=23;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134353;STB=0.574462;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0112999;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:23:13:16:15:23:13:16:15 chr19 54767879 . T C 431.79 PASS AF=0.350993;AO=52;DP=150;FAO=53;FDP=151;FR=.;FRO=98;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=0.00176283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.554;QD=11.4382;RBI=0.0183203;REFB=-0.00217134;REVB=0.0182353;RO=97;SAF=17;SAR=35;SRF=37;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682791;STB=0.534047;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00376237;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:97:98:52:53:0.350993:35:17:37:60:35:18:38:60 chr19 54781466 . C G 144.35 PASS AF=0.378378;AO=10;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0163977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.744;QD=15.6049;RBI=0.0278896;REFB=-0.0171432;REVB=0.0225598;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361526;STB=0.647927;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0573033;OID=.;OPOS=54781466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:10:14:0.378378:8:2:9:9:10:4:10:9 chr19 54782407 . C T 251.88 PASS AF=0.426471;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0195912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.235;QD=14.8163;RBI=0.0317612;REFB=-0.016179;REVB=-0.0249992;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910743;STB=0.54832;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0229379;OID=.;OPOS=54782407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:39:28:29:0.426471:16:12:13:25:17:12:13:26 chr19 54782704 . G C 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0166912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.885;QD=16.755;RBI=0.018691;REFB=-0.00890055;REVB=0.00841178;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308012;STB=0.672283;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00359426;OID=.;OPOS=54782704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:22:6:13:11:22:6 chr19 54782710 . A G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00773371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.505;QD=14.6687;RBI=0.0127568;REFB=-0.0167682;REVB=-0.0101452;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258604;STB=0.646085;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0159092;OID=.;OPOS=54782710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:13:11:23:9:13:11:23:9 chr19 54782724 . G A 212.41 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0340503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3273;QD=14.4009;RBI=0.0343017;REFB=0.00418151;REVB=0.00414571;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264887;STB=0.649754;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00318762;OID=.;OPOS=54782724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:14:11:24:10:14:11:24:10 chr19 54782919 . C T 348.94 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0458542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.611;QD=17.4471;RBI=0.0498752;REFB=-0.0317533;REVB=0.0196197;RO=43;SAF=14;SAR=23;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174461;STB=0.597758;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0191676;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:23:14:24:19:23:14:24:19 chr19 54783375 . T A 2364.05 PASS AF=1;AO=146;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043622;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.387;QD=63.4645;RBI=0.0444383;REFB=0;REVB=0.0084782;RO=1;SAF=82;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737294;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6771e-05;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:150:149:1:0:146:149:1:64:82:0:1:67:82:0:0 chr19 54783923 . A G 579.95 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9461;QD=59.482;RBI=0.068029;REFB=0;REVB=0.049905;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100107;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr19 54784130 . T C 255.93 PASS AF=0.385542;AO=15;DP=82;FAO=32;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0980845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0848;QD=12.3339;RBI=0.0981735;REFB=-0.028287;REVB=0.0041801;RO=49;SAF=12;SAR=3;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2278;STB=0.64617;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.047124;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:49:49:15:32:0.385542:3:12:32:17:19:13:32:17 chr19 54786022 . G C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00687765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.118;QD=14.0786;RBI=0.0161636;REFB=-0.00213526;REVB=-0.0146274;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170124;STB=0.599828;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00317942;OID=.;OPOS=54786022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:8:8:4:8:8:8 chr19 54849463 . C T 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.34;QD=57.5433;RBI=0.038915;REFB=0;REVB=0.0346271;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116561;OID=.;OPOS=54849463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:43:15:0:0:43:15:0:0 chr19 54849481 . T G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.751;QD=64.1539;RBI=0.026136;REFB=0;REVB=0.000863653;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84721e-05;OID=.;OPOS=54849481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:38:11:0:0:38:11:0:0 chr19 54881850 . G T 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0352823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.096;QD=30.15;RBI=0.0393588;REFB=-0.000668448;REVB=0.0174435;RO=7;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33406;STB=0.667805;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0001017;OID=.;OPOS=54881850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:7:8:19:19:0.703704:13:6:7:0:13:6:7:1 chr19 54962579 . C T 263.39 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0242239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3856;QD=19.5104;RBI=0.0261129;REFB=-0.0306151;REVB=0.00975123;RO=25;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041376;STB=0.534128;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0232031;OID=.;OPOS=54962579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:26:28:28:0.518519:11:17:14:11:11:17:14:12 chr19 54965860 . G A 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0113056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.473;QD=19.4668;RBI=0.0165299;REFB=-0.0142828;REVB=0.012059;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803666;STB=0.545413;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0158162;OID=.;OPOS=54965860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:11:13:10:12:11:13 chr19 54966579 . C G 389.77 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0643911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2335;QD=21.6541;RBI=0.0880126;REFB=-0.0258871;REVB=-0.06;RO=33;SAF=12;SAR=27;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18538;STB=0.602717;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0196162;OID=.;OPOS=54966579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:27:12:17:16:27:12:17:16 chr19 54973280 . C G 322.51 PASS AF=0.378947;AO=35;DP=97;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00819852;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.024;QD=13.5795;RBI=0.0191768;REFB=-0.00117543;REVB=0.0173359;RO=62;SAF=11;SAR=24;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108955;STB=0.569992;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00203683;OID=.;OPOS=54973280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:62:59:35:36:0.378947:24:11:25:37:25:11:24:35 chr19 54973988 . GCCT G,GCT 134.34 PASS AF=0.407407,0;AO=22,9;DP=49;FAO=22,0;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13,0;FSAR=9,0;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0377259,0.0349762;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=262.3,24.0423;QD=9.95112;RBI=0.0651613,0.288745;REFB=-0.0332115,-0.103913;REVB=-0.0531295,-0.286619;RO=17;SAF=13,0;SAR=9,9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0.319864,0.319864;SSEP=0,0;SSSB=0.229021,-0.740312;STB=0.694013,0.5;STBP=0.032,1;TYPE=del,del;VARB=0.0590815,0;OID=.,.;OPOS=54973989,54973989;OREF=CCT,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407,0:22,9:49:22,0:54:32:13,0:9,0:8:24:99:17:13,0:9,9:5:12 chr19 55009497 . A C 138.35 PASS AF=0.722222;AO=10;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0392274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.178;QD=30.7432;RBI=0.0407894;REFB=-0.0290951;REVB=0.0111796;RO=4;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303873;STB=0.533929;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0160128;OID=.;OPOS=55009497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:18:18:4:4:10:13:0.722222:7:3:1:3:8:5:1:3 chr19 55045042 . G A 1462.07 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0376275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.638;QD=56.2336;RBI=0.0377797;REFB=-0.0327834;REVB=-0.00338782;RO=3;SAF=47;SAR=54;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725903;STB=0.503828;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.000192664;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:3:3:101:101:0.971154:54:47:1:2:54:47:1:2 chr19 55048270 . C T 350.48 PASS AF=0.5;AO=32;DP=70;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.041623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3086;QD=18.4463;RBI=0.0435947;REFB=-0.0217853;REVB=0.0129625;RO=36;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052459;STB=0.513206;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0336713;OID=.;OPOS=55048270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:76:36:38:32:38:0.5:16:16:16:20:20:18:17:21 chr19 55086775 . C T 343.77 PASS AF=0.40625;AO=31;DP=98;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.00881112;FXX=0.0495;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.879;QD=14.3235;RBI=0.0120708;REFB=-0.00740156;REVB=-0.00825031;RO=42;SAF=9;SAR=22;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666706;STB=0.559159;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0106271;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:42:57:31:39:0.40625:22:9:10:32:23:16:18:39 chr19 55142101 . G A 188.63 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0253322;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5253;QD=19.3465;RBI=0.0253789;REFB=-0.0161161;REVB=-0.00153905;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232385;STB=0.619439;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0214105;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:20:19:19:0.487179:7:12:7:12:7:12:8:12 chr19 55142739 . A C 349.59 PASS AF=0.521127;AO=31;DP=66;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0112591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.603;QD=19.6953;RBI=0.0204982;REFB=-0.0187849;REVB=0.0171291;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178344;STB=0.520537;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.019725;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:34:34:31:37:0.521127:14:17:18:16:19:18:18:16 chr19 55143083 . T C 1250.93 PASS AF=0.570707;AO=112;DP=198;FAO=113;FDP=198;FR=.;FRO=85;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.0097845;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.679;QD=25.2713;RBI=0.00980928;REFB=-0.0167254;REVB=0.000696781;RO=84;SAF=51;SAR=61;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541247;STB=0.519681;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0114896;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:84:85:112:113:0.570707:61:51:44:40:61:52:43:42 chr19 55143156 . TG CA 1304.04 PASS AF=0.601036;AO=115;DP=193;FAO=116;FDP=193;FR=.;FRO=77;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0135438;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.792;QD=27.0266;RBI=0.0148204;REFB=-0.0158412;REVB=0.00601746;RO=75;SAF=50;SAR=65;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043174;STB=0.530426;STBP=0.308;TYPE=mnp;VARB=0.0117067;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:75:77:115:116:0.601036:65:50:37:38:66:50:39:38 chr19 55143452 . T C 680.08 PASS AF=0.614583;AO=58;DP=95;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0151412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.865;QD=28.3368;RBI=0.0152176;REFB=-0.00522595;REVB=-0.00152333;RO=37;SAF=21;SAR=37;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332101;STB=0.520541;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00325814;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:37:37:58:59:0.614583:37:21:15:22:38:21:15:22 chr19 55143491 . G T 1054.29 PASS AF=0.623288;AO=91;DP=146;FAO=91;FDP=146;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0160815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.784;QD=28.8846;RBI=0.0269398;REFB=-0.0215559;REVB=0.0216133;RO=55;SAF=33;SAR=58;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067756;STB=0.536686;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0112491;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:55:55:91:91:0.623288:58:33:25:30:58:33:25:30 chr19 55174498 . T C 515.89 PASS AF=0.569767;AO=48;DP=84;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0754964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4438;QD=23.995;RBI=0.0813327;REFB=-0.059226;REVB=-0.0302539;RO=36;SAF=20;SAR=28;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878578;STB=0.557669;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0402379;OID=.;OPOS=55174498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:36:37:48:49:0.569767:28:20:19:17:29:20:20:17 chr19 55175740 . C T 1173.89 PASS AF=0.952941;AO=76;DP=80;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0188096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5525;QD=55.2421;RBI=0.0534278;REFB=-0.0841457;REVB=0.0500072;RO=4;SAF=47;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118158;STB=0.504503;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0246853;OID=.;OPOS=55175740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:80:85:4:4:76:81:0.952941:29:47:2:2:33:48:2:2 chr19 55176262 . A G 358.53 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.916;QD=55.1587;RBI=0.0411081;REFB=0;REVB=0.0285762;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122859;OID=.;OPOS=55176262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr19 55176535 . C T 213.57 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=48;FAO=24;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00383551;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.456;QD=16.7504;RBI=0.0612145;REFB=0.000314358;REVB=-0.0610942;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938147;STB=0.52725;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00114478;OID=.;OPOS=55176535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:17:27:16:24:0.470588:4:12:14:3:11:13:16:11 chr19 55178162 . A G 435.55 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0251254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6045;QD=26.8033;RBI=0.0935144;REFB=-0.0196361;REVB=-0.0900758;RO=24;SAF=18;SAR=23;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698048;STB=0.538095;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0100811;OID=.;OPOS=55178162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:23:18:13:11:23:18:13:11 chr19 55179364 . A G 173.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0131956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.572;QD=18.7099;RBI=0.0164972;REFB=-0.00946393;REVB=0.00990108;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965588;STB=0.555096;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0130978;OID=.;OPOS=55179364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:13:5:7:12:13:5:7:12 chr19 55237616 . C T 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=5.45232e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.829;QD=19.577;RBI=0.0065866;REFB=-0.00114783;REVB=0.00658638;RO=30;SAF=12;SAR=21;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00280344;STB=0.512188;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000745445;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:21:12:11:19:21:12:12:19 chr19 55237677 . C T 165.19 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.013999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.645;QD=12.4675;RBI=0.0164137;REFB=-0.0129861;REVB=0.00856962;RO=33;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184868;STB=0.6235;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0206417;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:33:19:20:0.377358:13:6:6:27:13:7:6:27 chr19 55239223 . G A 1676.92 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.544;QD=60.4297;RBI=0.0484383;REFB=0;REVB=0.0447124;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40868e-05;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:58:53:0:0:58:53:0:0 chr19 55246739 . C T 612.58 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00294357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2447;QD=21.6842;RBI=0.00310852;REFB=0.0107473;REVB=0.000999137;RO=51;SAF=29;SAR=32;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00401427;STB=0.502471;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0105022;OID=.;OPOS=55246739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:52:61:61:0.539823:32:29:24:27:32:29:25:27 chr19 55255436 . C G 750.99 PASS AF=0.536765;AO=69;DP=133;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0902283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7902;QD=22.0878;RBI=0.103279;REFB=-0.0103349;REVB=-0.0502536;RO=64;SAF=33;SAR=36;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910738;STB=0.565549;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0122371;OID=.;OPOS=55255436;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:64:63:69:73:0.536765:36:33:24:40:36:37:23:40 chr19 55316329 . A G 563.46 PASS AF=0.42;AO=63;DP=152;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=31;FWDB=0.000502241;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.099;QD=15.0255;RBI=0.0368483;REFB=-0.028396;REVB=-0.0368449;RO=83;SAF=35;SAR=28;SRF=56;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125001;STB=0.552336;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0302665;OID=.;OPOS=55316329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:83:87:63:63:0.42:28:35:56:27:28:35:56:31 chr19 55320279 . G A 654.73 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0300629;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5792;QD=18.9778;RBI=0.0381249;REFB=0.0071163;REVB=-0.0234462;RO=72;SAF=39;SAR=27;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112948;STB=0.562564;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00799493;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:72:72:66:66:0.478261:27:39:34:38:27:39:34:38 chr19 55328959 . G T 1328.91 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136213;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.599;QD=61.0992;RBI=0.0146416;REFB=-0.147363;REVB=0.00536983;RO=1;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869391;STB=0.504586;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000526537;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:54:32:0:1:54:32:0:1 chr19 55331419 . C T 193.48 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=-0.00119642;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.224;QD=8.23322;RBI=0.00289667;REFB=-0.00648889;REVB=0.00263804;RO=68;SAF=11;SAR=15;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107863;STB=0.564055;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0167896;OID=.;OPOS=55331419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:68:68:26:26:0.276596:15:11:23:45:15:11:23:45 chr19 55333246 . C T 163.82 PASS AF=0.323529;AO=21;DP=67;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0272083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.349;QD=9.63655;RBI=0.0302814;REFB=-0.00544503;REVB=0.0132919;RO=46;SAF=9;SAR=12;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182304;STB=0.58878;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0130889;OID=.;OPOS=55333246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:46:46:21:22:0.323529:12:9:27:19:12:10:27:19 chr19 55333275 . G T 125.78 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0195826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9745;QD=7.8614;RBI=0.0196656;REFB=-0.0119485;REVB=0.00180494;RO=46;SAF=9;SAR=9;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103903;STB=0.562432;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.028635;OID=.;OPOS=55333275;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:46:18:18:0.28125:9:9:27:19:9:9:27:19 chr19 55349031 . G A 371.94 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0420723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3745;QD=25.6508;RBI=0.0426811;REFB=-0.0212158;REVB=0.00718334;RO=22;SAF=14;SAR=22;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11085;STB=0.56075;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0116945;OID=.;OPOS=55349031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:22:14:12:10:22:14:12:10 chr19 55349273 . C A 592.32 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.0151979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.702;QD=17.2941;RBI=0.0153918;REFB=-0.0135495;REVB=0.00243511;RO=74;SAF=23;SAR=39;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206865;STB=0.506452;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0187803;OID=.;OPOS=55349273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:74:75:62:62:0.452555:39:23:26:48:39:23:27:48 chr19 55359272 . C G 645.31 PASS AF=0.461538;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0926793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4367;QD=18.0506;RBI=0.0927397;REFB=-0.0112062;REVB=-0.00334746;RO=77;SAF=41;SAR=25;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763197;STB=0.542435;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.011416;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:77:77:66:66:0.461538:25:41:42:35:25:41:42:35 chr19 55361942 . G T 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0117214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.556;QD=12.6192;RBI=0.0362726;REFB=-0.0140715;REVB=0.0343265;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140625;STB=0.58058;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.022045;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:12:12:24:14:12:12:24:14 chr19 55362719 . G T 743.2 PASS AF=0.459302;AO=78;DP=170;FAO=79;FDP=172;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=56;FSRR=37;FWDB=-0.0275219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.801;QD=17.2838;RBI=0.0293927;REFB=-0.0269079;REVB=0.0103188;RO=92;SAF=42;SAR=36;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694087;STB=0.538452;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0252952;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:92:93:78:79:0.459302:36:42:56:36:37:42:56:37 chr19 55365320 . G T 503.25 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00542007;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.169;QD=21.8805;RBI=0.00558557;REFB=-0.000622304;REVB=-0.00134959;RO=44;SAF=26;SAR=22;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431582;STB=0.5238;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.000950456;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:22:26:26:18:22:26:26:18 chr19 55385734 . C T 100.04 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.038162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.709;QD=5.55777;RBI=0.0399684;REFB=-0.00328313;REVB=0.0118803;RO=54;SAF=5;SAR=11;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795969;STB=0.568876;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00906197;OID=.;OPOS=55385734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:56:16:16:0.222222:11:5:20:34:11:5:22:34 chr19 55396900 . A G 224.89 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00623702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.36;QD=17.6383;RBI=0.0117577;REFB=-0.00965681;REVB=0.00996715;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165817;STB=0.567514;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0100692;OID=.;OPOS=55396900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:27:23:24:0.470588:14:9:6:20:15:9:7:20 chr19 55418054 . A C 430.54 PASS AF=0.422414;AO=50;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0362301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8783;QD=14.8464;RBI=0.0487603;REFB=-0.0101755;REVB=-0.0326335;RO=66;SAF=18;SAR=32;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235264;STB=0.624551;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0131821;OID=.;OPOS=55418054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:67:50:49:0.422414:32:18:39:27:31:18:39:28 chr19 55420801 . C A 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0296287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.9;QD=15.166;RBI=0.0303565;REFB=-0.0282396;REVB=0.00660743;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904417;STB=0.551618;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0236494;OID=.;OPOS=55420801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:8:15:17:13:8:15:17:13 chr19 55423530 . C T 264.79 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00652518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.45;QD=20.7676;RBI=0.0241071;REFB=-0.0168173;REVB=0.0232072;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776579;STB=0.543346;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0167287;OID=.;OPOS=55423530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:10:17:13:11:10:17:13:11 chr19 55441902 . T C 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00865758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.1;QD=6.01596;RBI=0.0302515;REFB=-0.00510818;REVB=0.0289862;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103929;STB=0.567979;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.019621;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:5:2:8:14:5:2:8:14 chr19 55441995 . A G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00949491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.752;QD=12.3946;RBI=0.0139888;REFB=-0.00435456;REVB=0.010273;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106491;STB=0.562414;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00734885;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:8:6:8:16:8:6:8:16 chr19 55481398 . G A 204.39 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00988331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.152;QD=22.7095;RBI=0.0242483;REFB=-0.00572654;REVB=0.0221428;RO=16;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122317;STB=0.568893;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00491352;OID=.;OPOS=55481398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:5:15:10:6:5:15:10:6 chr19 55493651 . C T 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0307653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.833;QD=18.1181;RBI=0.0331492;REFB=-0.00609278;REVB=-0.0123438;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886335;STB=0.55026;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00906829;OID=.;OPOS=55493651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:6:14:11:7:6:14 chr19 55494157 . G A 194.75 PASS AF=0.444444;AO=21;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.125017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7374;QD=17.3107;RBI=0.138782;REFB=0.000517633;REVB=0.0602601;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202661;STB=0.597601;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00473377;OID=.;OPOS=55494157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:21:20:0.444444:14:7:13:11:13:7:13:12 chr19 55494632 . A G 109.52 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00752931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4728;QD=8.11263;RBI=0.0298074;REFB=-0.00344904;REVB=-0.0288408;RO=39;SAF=1;SAR=14;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535201;STB=0.842776;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0115964;OID=.;OPOS=55494632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:14:1:14:25:14:1:14:25 chr19 55494740 . T C 137.25 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0333039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.659;QD=11.2043;RBI=0.0447622;REFB=-0.0092109;REVB=0.0299083;RO=33;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205149;STB=0.622483;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0115548;OID=.;OPOS=55494740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:11:5:16:17:11:5:16:17 chr19 55525894 . G A 219.71 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00279837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.636;QD=17.5764;RBI=0.0143477;REFB=-0.00450168;REVB=0.0140722;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306992;STB=0.517494;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00500617;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:8:14:17:11:8:14:17:11 chr19 55526345 . T G 219.28 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0229749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.452;QD=39.8686;RBI=0.0362405;REFB=-0.0790338;REVB=-0.0280273;RO=3;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210047;STB=0.615255;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000873437;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:5:14:0:3:5:14:0:3 chr19 55526359 . A T 91.21 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00192882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.369;QD=17.3733;RBI=0.0179561;REFB=-0.00260499;REVB=0.0178522;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13078;STB=0.575089;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00474784;OID=.;OPOS=55526359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:7:3:5:6:7:3 chr19 55527081 . C T 290.05 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0328541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.243;QD=18.7128;RBI=0.0334057;REFB=-0.0102752;REVB=0.0060455;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115327;STB=0.564274;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00996208;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:16:15:19:12:16:15:19:12 chr19 55530035 . C T 345.73 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0408843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0903;QD=23.4394;RBI=0.0411819;REFB=0.00245368;REVB=0.004942;RO=23;SAF=12;SAR=22;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161289;STB=0.60155;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00175935;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:24:34:35:0.59322:22:12:13:10:23:12:14:10 chr19 55536595 . G A 1362.57 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00534208;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.941;QD=61.2392;RBI=0.00617049;REFB=-0.0164638;REVB=-0.00308823;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108921;STB=0.505617;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00010097;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:43:44:0:1:44:44:0:1 chr19 55538980 . T C 1249.51 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294084;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.108;QD=61.7044;RBI=0.00964111;REFB=0;REVB=0.00918164;RO=0;SAF=56;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72796e-05;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:25:56:0:0:25:56:0:0 chr19 55539061 . A G 557.19 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=89;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.119218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.0558;QD=23.4605;RBI=0.121934;REFB=-0.0350838;REVB=0.0255936;RO=38;SAF=40;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204664;STB=0.594223;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0245635;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:95:38:43:51:52:0.547368:11:40:22:16:12:40:26:17 chr19 55539072 . T G 1377.31 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.498;QD=62.6049;RBI=0.0167829;REFB=0;REVB=-0.0137664;RO=0;SAF=62;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08297e-05;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:26:62:0:0:26:62:0:0 chr19 55559715 . G A 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00379001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.318;QD=17.7534;RBI=0.0130965;REFB=-0.00841286;REVB=0.0125361;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10189;STB=0.557231;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00789867;OID=.;OPOS=55559715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:12:13:17:10:12:13:17:10 chr19 55568084 . CG TT 232.06 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0121876;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.932;QD=14.7341;RBI=0.0124053;REFB=-0.000629027;REVB=0.00231391;RO=36;SAF=6;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282932;STB=0.637342;STBP=0.093;TYPE=mnp;VARB=0.000883297;OID=.;OPOS=55568084;OREF=CG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:36:26:27:0.428571:20:6:17:19:20:7:17:19 chr19 55570574 . A G 1085.43 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133174;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.51;QD=60.3017;RBI=0.0202145;REFB=0;REVB=0.0152077;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434471;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr19 55587822 . G A 467.32 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=59;FWDB=-0.0113699;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.408;QD=13.8466;RBI=0.0160726;REFB=-0.0318811;REVB=0.0113601;RO=82;SAF=20;SAR=33;SRF=23;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114826;STB=0.564567;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0373756;OID=.;OPOS=55587822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:82:82:53:53:0.392593:33:20:23:59:33:20:23:59 chr19 55593417 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0941716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.227;QD=16.1192;RBI=0.0956188;REFB=-0.0320088;REVB=0.016573;RO=13;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336248;STB=0.685506;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.028126;OID=.;OPOS=55593417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:11:1:0:13:11:1:0:13 chr19 55598724 . A G 87.16 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0771232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5018;QD=13.4086;RBI=0.0998226;REFB=-0.0297786;REVB=-0.0633763;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324673;STB=0.51905;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0494335;OID=.;OPOS=55598724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:10:5:4:7:10:5 chr19 55614923 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0596015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8076;QD=15.8813;RBI=0.127355;REFB=-0.0440695;REVB=-0.112547;RO=10;SAF=9;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0326892;OID=.;OPOS=55614923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:1:9:9:1:1:9:9:1 chr19 55644325 . A C 303.22 PASS AF=0.574468;AO=26;DP=46;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0497649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9998;QD=25.8059;RBI=0.0498846;REFB=-0.00596965;REVB=-0.00345402;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142805;STB=0.585306;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0106307;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:20:26:27:0.574468:15:11:5:15:15:12:5:15 chr19 55660537 . T C 428.6 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6289;QD=57.1466;RBI=0.0537078;REFB=0;REVB=0.0442203;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264727;OID=.;OPOS=55660537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr19 55671337 . C T 212.51 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.2206;QD=47.2254;RBI=0.119261;REFB=0;REVB=0.0995857;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00826961;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:7:11:0:0 chr19 55699454 . T C 890.59 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0329778;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5156;QD=56.5453;RBI=0.0754204;REFB=-0.000180363;REVB=-0.0678284;RO=1;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209743;STB=0.511108;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000333979;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:22:40:0:1:22:40:0:1 chr19 55699525 . TCCCCT TCCCGT,TCCCT,TCCCTG 176.2 PASS AF=0.037037,0.481481,0;AO=5,18,2;DP=55;FAO=2,26,0;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=0,21,0;FSAR=2,5,0;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.148184,-0.176984,-0.164008;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=35.4628,13.1508,14.4536;QD=13.052;RBI=0.156353,0.209396,0.169122;REFB=-0.0215541,-0.111504,-0.0892599;REVB=-0.0498767,-0.111907,-0.041272;RO=26;SAF=0,16,2;SAR=5,2,0;SRF=7;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.595897,0.654134,0.602933;STB=0.992586,0.782382,0.5;STBP=0.346,0,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.160762,0.083415,0.0447034;OID=.,.,.;OPOS=55699529,55699526,55699529;OREF=C,C,CT;OALT=G,-,TG;OMAPALT=TCCCGT,TCCCT,TCCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.037037,0.481481,0:5,18,2:55:2,26,0:54:26:0,21,0:2,5,0:7:19:99:26:0,16,2:5,2,0:7:19 chr19 55738634 . T C 865.96 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2572;QD=57.7309;RBI=0.10727;REFB=0;REVB=0.104457;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801728;OID=.;OPOS=55738634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr19 55739689 . G A 407.5 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0149582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.656;QD=12.9366;RBI=0.0573663;REFB=-0.0242597;REVB=-0.0553818;RO=73;SAF=23;SAR=25;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295283;STB=0.502981;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0416984;OID=.;OPOS=55739689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:126:73:78:48:48:0.380952:25:23:37:36:25:23:37:41 chr19 55748271 . C G 184.78 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0308343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.981;QD=18.478;RBI=0.0317144;REFB=0.00437032;REVB=0.00741943;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105735;STB=0.548847;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00511442;OID=.;OPOS=55748271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:12:6:5:16:13:6:5:16 chr19 55756980 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0375902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.382;QD=11.2569;RBI=0.051674;REFB=-0.00772267;REVB=-0.0354567;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192301;OID=.;OPOS=55756980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:6:6:4:4:6:6 chr19 55791091 . C G,T 713.57 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=3,47;DP=50;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=2,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351918,0.0203317;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=19.3725,160.956;QD=55.9664;RBI=0.0781495,0.0354946;REFB=0,0;REVB=-0.0697774,0.0290945;RO=0;SAF=0,21;SAR=3,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.170024,0.000139951;OID=.,.;OPOS=55791091,55791091;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:50:51:0:0:3,47:2,49:0.0392157,0.960784:3,26:0,21:0:0:2,28:0,21:0:0 chr19 55856083 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.53;QD=63.2856;RBI=0.026077;REFB=0;REVB=-0.007568;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42529e-05;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr19 55856211 . C T 1320.42 PASS AF=0.927083;AO=89;DP=96;FAO=89;FDP=96;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00684811;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.228;QD=55.0173;RBI=0.0256143;REFB=-0.0204554;REVB=0.0246819;RO=7;SAF=32;SAR=57;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522169;STB=0.527639;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000979955;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:96:96:7:7:89:89:0.927083:57:32:5:2:57:32:5:2 chr19 55859439 . C A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.484;QD=64.4153;RBI=0.0285583;REFB=0;REVB=0.000641485;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87843e-05;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr19 55869879 . GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT G,GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCC 104.11 PASS AF=0.3,0.7;AO=3,6;DP=11;FAO=3,7;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=3,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142684,0.00613382;FXX=0.0908265;HRUN=2,1;LEN=24,1;MLLD=629.318,85.1037;QD=41.6435;RBI=0.0174244,0.0418979;REFB=0,0;REVB=-0.0100011,0.0414464;RO=0;SAF=0,4;SAR=3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.227758,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00374019,0.0168684;OID=.,.;OPOS=55869880,55869903;OREF=GCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3,0.7:3,6:11:3,7:10:0:0,4:3,3:0:0:18:0:0,4:3,2:0:0 chr19 55870104 . G C 1246.02 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.364;QD=61.5318;RBI=0.0188441;REFB=0;REVB=0.0149114;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01315e-05;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr19 55870289 . C T 517.19 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2984;QD=59.1072;RBI=0.0741715;REFB=0;REVB=0.0650005;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187161;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:16:17:0:0:18:17:0:0 chr19 55870351 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.341;QD=53.2771;RBI=0.0435067;REFB=0;REVB=0.0110946;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157753;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr19 55870599 . TC T,TG 748.86 PASS AF=0.229167,0.770833;AO=13,33;DP=46;FAO=11,37;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=11,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251479,-0.0705145;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.557,160.512;QD=62.4051;RBI=0.0489305,0.0954701;REFB=0,0;REVB=0.0419735,0.0643603;RO=0;SAF=0,25;SAR=13,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0165996,-0.00665173;OID=.,.;OPOS=55870600,55870600;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.229167,0.770833:13,33:46:11,37:48:0:0,25:11,12:0:0:55:0:0,25:13,8:0:0 chr19 55871019 . A G 288.97 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0400143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7707;QD=46.2356;RBI=0.0447413;REFB=-0.0723178;REVB=0.0200161;RO=2;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245642;STB=0.513296;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0260762;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:8:15:1:1:8:15:1:1 chr19 55872397 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.986;QD=55.0987;RBI=0.016427;REFB=0;REVB=0.000831674;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121615;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr19 55872531 . C G 377.26 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0178387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2282;QD=48.679;RBI=0.0449683;REFB=-0.200047;REVB=0.0412787;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265944;STB=0.526298;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0197298;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:28:29:0.935484:17:11:0:1:18:11:0:2 chr19 55872566 . A G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.5;QD=57.1981;RBI=0.0318974;REFB=0;REVB=0.000533484;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345401;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr19 55873642 . C G,T 1048.91 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=4,65;DP=69;FAO=4,68;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=1,41;FSAR=3,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458606,0.0243289;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.6671,111.424;QD=58.273;RBI=0.0515893,0.0382441;REFB=0,0;REVB=-0.051385,0.0295079;RO=0;SAF=1,38;SAR=3,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,-5.04073e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.161192,-0.00027936;OID=.,.;OPOS=55873642,55873642;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:69:72:0:0:4,65:4,68:0.0555556,0.944444:3,27:1,38:0:0:3,27:1,41:0:0 chr19 55876988 . ACA AC,CAC 82.87 PASS AF=0.722222,0;AO=6,3;DP=18;FAO=13,0;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=1,0;FSAR=12,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.112163,0.059547;FXX=0.0526039;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=11.8427,19.6468;QD=18.4155;RBI=0.208897,0.264823;REFB=-0.120041,0.0203501;REVB=-0.176231,-0.258041;RO=5;SAF=0,0;SAR=6,3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.751961,-0.658479;STB=0.59982,0.5;STBP=0.4,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0801136,0;OID=.,.;OPOS=55876990,55876988;OREF=A,ACA;OALT=-,CAC;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:18:18:5:5:6,3:13,0:0.722222,0:6,3:0,0:2:3:12,0:1,0:1:4 chr19 55879872 . C T 776.07 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0362935;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.142;QD=53.5222;RBI=0.0469571;REFB=-0.169723;REVB=0.0297952;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015982;STB=0.500616;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000549496;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:58:1:2:56:56:0.965517:27:29:1:0:27:29:1:1 chr19 55913038 . C T 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.48;QD=56.9329;RBI=0.0427581;REFB=0;REVB=0.0323024;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227351;OID=.;OPOS=55913038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr19 55964720 . G A 239.9 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00190544;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.5;QD=20.4171;RBI=0.00753252;REFB=-0.0183377;REVB=0.00728753;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139813;STB=0.578249;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0163637;OID=.;OPOS=55964720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:6:18:14:9:6:18 chr19 55998863 . C T 220.57 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0237448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.074;QD=14.2304;RBI=0.0535391;REFB=-0.0315089;REVB=-0.0479856;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091482;STB=0.564467;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0234802;OID=.;OPOS=55998863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:36:26:26:0.419355:13:13:19:13:13:13:22:14 chr19 55999993 . A G 291.67 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0142226;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1516;QD=13.8892;RBI=0.0471871;REFB=-0.0205986;REVB=-0.0449927;RO=44;SAF=22;SAR=11;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0274575;OID=.;OPOS=55999993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:44:51:33:33:0.392857:11:22:33:11:11:22:34:17 chr19 56011915 . G A 417.77 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0367144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.685;QD=22.5819;RBI=0.0383762;REFB=-0.0241865;REVB=0.0111709;RO=33;SAF=19;SAR=22;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107005;STB=0.558795;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0313252;OID=.;OPOS=56011915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:22:19:11:22:22:19:11:22 chr19 56024519 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.875;QD=57.2025;RBI=0.0206997;REFB=0;REVB=0.0123214;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.395e-05;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr19 56041168 . GCCCC GCCC,GCCCG 90.99 PASS AF=0.647059,0.0588235;AO=10,2;DP=17;FAO=11,1;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=1,1;FSAR=10,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00705967,-0.0648811;FXX=0.0555247;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=20.2279,41.434;QD=21.4103;RBI=0.0244761,0.0666556;REFB=0.0415343,0.00511339;REVB=0.0234358,0.0152776;RO=5;SAF=0,2;SAR=10,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.814959,0.589598;STB=0.768607,0.986861;STBP=0.03,0.509;TYPE=del,snp;VARB=-0.010029,0.102218;OID=.,.;OPOS=56041169,56041172;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059,0.0588235:10,2:17:11,1:17:5:1,1:10,0:3:2:31:5:0,2:10,0:3:2 chr19 56041255 . C G 236.49 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.136;QD=49.7868;RBI=0.0434641;REFB=0;REVB=0.0221422;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414091;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:19:0:0:25:19:1:8:17:0:0:6:13:0:0 chr19 56042540 . G A 328.61 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00883723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3283;QD=18.0062;RBI=0.0126321;REFB=-0.0179741;REVB=0.00902621;RO=38;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00917972;STB=0.505127;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0183844;OID=.;OPOS=56042540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:19:16:17:21:19:16:17:21 chr19 56047448 . A G 2208.33 PASS AF=0.980132;AO=148;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0323013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.872;QD=58.4987;RBI=0.0403436;REFB=-0.101883;REVB=-0.0241708;RO=3;SAF=53;SAR=95;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126266;STB=0.506641;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00335066;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:151:3:3:148:148:0.980132:95:53:2:1:95:53:2:1 chr19 56052337 . A AC,C 163.15 PASS AF=0.882353,0.117647;AO=10,5;DP=17;FAO=15,2;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000640075,-0.10539;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=1,1;MLLD=16.3713,9.62693;QD=38.3882;RBI=0.0223515,0.11976;REFB=-0.0267639,-0.0196458;REVB=0.0223423,-0.0568801;RO=2;SAF=7,5;SAR=3,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0680994,0.749526;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0177327,0.00170681;OID=.,.;OPOS=56052338,56052337;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:17:17:2:0:10,5:15,2:0.882353,0.117647:3,0:7,5:1:1:4,0:11,2:0:0 chr19 56052770 . C T 720.33 PASS AF=0.959184;AO=45;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0206221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.192;QD=58.8024;RBI=0.0550924;REFB=-0.089003;REVB=0.0510872;RO=2;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000888191;STB=0.500434;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00491767;OID=.;OPOS=56052770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:45:47:0.959184:22:23:1:1:24:23:1:1 chr19 56056184 . A G 1584.42 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7252;QD=64.0169;RBI=0.117722;REFB=0;REVB=-0.117541;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000681127;OID=.;OPOS=56056184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr19 56089353 . C T 248.77 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0486321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.516;QD=16.585;RBI=0.128663;REFB=-0.0173018;REVB=0.119118;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880695;STB=0.512186;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0254573;OID=.;OPOS=56089353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:16:12:13:18:16:12:13:19 chr19 56104136 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.499;QD=26.0262;RBI=0.0303297;REFB=-0.0595842;REVB=0.0303297;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0337433;OID=.;OPOS=56104136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr19 56114237 . G A 420.01 PASS AF=0.439252;AO=45;DP=105;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0754357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1747;QD=15.7012;RBI=0.14289;REFB=-0.0320788;REVB=0.121354;RO=60;SAF=20;SAR=25;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398192;STB=0.532809;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.041942;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:60:60:45:47:0.439252:25:20:29:31:27:20:29:31 chr19 56125944 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.779;QD=43.486;RBI=0.115075;REFB=0;REVB=0.0942694;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161919;OID=.;OPOS=56125944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 56127597 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.456;QD=57.1062;RBI=0.0546628;REFB=0;REVB=0.0364425;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208715;OID=.;OPOS=56127597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:29:26:0:0 chr19 56132661 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1976;QD=52.6127;RBI=0.0510407;REFB=0;REVB=0.0509448;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131856;OID=.;OPOS=56132661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr19 56154518 . GTTT G 177.21 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00568647;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=99.734;QD=17.2886;RBI=0.0131337;REFB=-0.00733635;REVB=-0.0118388;RO=17;SAF=4;SAR=18;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294619;STB=0.687836;STBP=0.023;TYPE=del;VARB=0.0063716;OID=.;OPOS=56154519;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.560976:22:41:23:41:18:4:19:9:9:99:17:4:18:8:9 chr19 56154718 . G A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0274016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.122;QD=18.712;RBI=0.0274214;REFB=-0.00511964;REVB=0.0010429;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417766;STB=0.523783;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00480339;OID=.;OPOS=56154718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:13:5:6:13:13:5:6:13 chr19 56160399 . T C 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000321571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9595;QD=56.9362;RBI=0.01341;REFB=0;REVB=0.0134062;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110029;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr19 56162776 . C T 364.53 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.111746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.523;QD=18.4573;RBI=0.112643;REFB=-0.0400532;REVB=-0.0141901;RO=41;SAF=9;SAR=29;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290906;STB=0.663523;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0222897;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:29:9:21:20:29:9:21:20 chr19 56180968 . C T 307.45 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0165839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.795;QD=13.2238;RBI=0.0185014;REFB=-0.0180476;REVB=0.00820202;RO=58;SAF=16;SAR=19;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864127;STB=0.549286;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0307586;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:19:16:22:36:19:16:22:36 chr19 56241265 . A G 1163.48 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650108;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.287;QD=61.2356;RBI=0.0142003;REFB=0;REVB=0.0126248;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.36802e-05;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr19 56274086 . G A 39.06 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00511627;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.567;QD=2.94812;RBI=0.0434139;REFB=-0.00443418;REVB=0.0431113;RO=45;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49202;STB=0.860685;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0375808;OID=.;OPOS=56274086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:53:53:45:46:7:7:0.132075:1:6:20:25:1:6:20:26 chr19 56274424 . C A 177.04 PASS AF=0.187135;AO=32;DP=171;FAO=32;FDP=171;FR=.;FRO=139;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=71;FSRR=68;FWDB=-0.0305293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.497;QD=4.14122;RBI=0.0307095;REFB=-0.0101933;REVB=-0.00332199;RO=139;SAF=10;SAR=22;SRF=71;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258314;STB=0.664325;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0223068;OID=.;OPOS=56274424;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:139:139:32:32:0.187135:22:10:71:68:22:10:71:68 chr19 56274453 . G A 114.44 PASS AF=0.149351;AO=23;DP=154;FAO=23;FDP=154;FR=.;FRO=131;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=67;FSRR=64;FWDB=-0.0313561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8464;QD=2.9725;RBI=0.0451081;REFB=0.00187837;REVB=0.0324275;RO=131;SAF=7;SAR=16;SRF=67;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2661;STB=0.678742;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0100136;OID=.;OPOS=56274453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:131:131:23:23:0.149351:16:7:67:64:16:7:67:64 chr19 56283289 . A G 70.96 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0336746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.176;QD=8.10921;RBI=0.0389784;REFB=-0.0102396;REVB=-0.01963;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253448;STB=0.666349;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0242093;OID=.;OPOS=56283289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:35:35:24:25:10:10:0.285714:6:4:15:9:6:4:16:9 chr19 56283297 . G A 41.85 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0371256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.75;QD=6.2003;RBI=0.0393956;REFB=-0.0108258;REVB=0.0131798;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125021;STB=0.576673;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0348075;OID=.;OPOS=56283297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:27:27:13:20:6:6:0.222222:3:3:5:8:3:3:12:8 chr19 56284090 . G A 1084.55 PASS AF=0.822917;AO=79;DP=96;FAO=79;FDP=96;FR=.;FRO=17;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0139798;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.378;QD=45.1897;RBI=0.0644701;REFB=-0.0378833;REVB=0.0629361;RO=16;SAF=45;SAR=34;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223784;STB=0.51779;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00543867;OID=.;OPOS=56284090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:96:96:16:17:79:79:0.822917:34:45:8:8:34:45:8:9 chr19 56284428 . C A 34.51 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00294856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.012;QD=4.60117;RBI=0.0402526;REFB=-0.00231166;REVB=-0.0401445;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248483;STB=0.635901;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0530117;OID=.;OPOS=56284428;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:22:24:6:6:0.2:4:2:12:10:4:2:12:12 chr19 56284457 . G A 39.28 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0333806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1487;QD=3.02122;RBI=0.0349807;REFB=-0.00737866;REVB=0.0104589;RO=45;SAF=2;SAR=5;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224301;STB=0.664252;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0185815;OID=.;OPOS=56284457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:45:45:7:7:0.134615:5:2:21:24:5:2:21:24 chr19 56284507 . T G 65.55 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0107525;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.389;QD=3.64139;RBI=0.0111725;REFB=-0.00347814;REVB=-0.00303429;RO=59;SAF=7;SAR=5;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155616;STB=0.596614;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0321187;OID=.;OPOS=56284507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:73:72:59:60:12:12:0.166667:5:7:27:32:5:7:28:32 chr19 56284511 . C G 64.85 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0123493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.39;QD=3.55317;RBI=0.0124388;REFB=-0.00480557;REVB=-0.00148972;RO=61;SAF=7;SAR=5;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1539;STB=0.603004;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0244079;OID=.;OPOS=56284511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:61:61:12:12:0.164384:5:7:28:33:5:7:28:33 chr19 56284529 . C A 52.24 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0419589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4519;QD=3.07281;RBI=0.0629275;REFB=-0.000682424;REVB=-0.046897;RO=58;SAF=6;SAR=4;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143928;STB=0.5998;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00500784;OID=.;OPOS=56284529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:4:6:28:30:4:6:28:30 chr19 56284535 . A G 53.49 PASS AF=0.151515;AO=9;DP=65;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00565647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.683;QD=3.24179;RBI=0.0107867;REFB=-0.00420443;REVB=0.00918462;RO=56;SAF=5;SAR=4;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676127;STB=0.585194;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0218063;OID=.;OPOS=56284535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:66:56:56:9:10:0.151515:4:5:28:28:4:6:28:28 chr19 56307583 . A G 382.28 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0339699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.684;QD=19.8589;RBI=0.0341822;REFB=-0.0185651;REVB=0.00380363;RO=38;SAF=19;SAR=20;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15361;STB=0.584965;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0202387;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:20:19:12:26:20:19:12:26 chr19 56320200 . C T 537.72 PASS AF=0.426471;AO=57;DP=137;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.0413365;FXX=0.0144917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1658;QD=15.8151;RBI=0.0605933;REFB=-0.00454284;REVB=-0.0443039;RO=78;SAF=26;SAR=31;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559943;STB=0.507674;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00643441;OID=.;OPOS=56320200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:78:78:57:58:0.426471:31:26:36:42:32:26:36:42 chr19 56320663 . G A 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00466962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.003;QD=21.3759;RBI=0.0203901;REFB=0.00194705;REVB=0.0198482;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135537;STB=0.576042;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00201504;OID=.;OPOS=56320663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:13:9:13:10:13:9 chr19 56321295 . G A 113.07 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1987;QD=17.3959;RBI=0.0411073;REFB=-0.0353166;REVB=-0.00858875;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27476;STB=0.658287;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0347932;OID=.;OPOS=56321295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:8:5:9:4:8:5 chr19 56321414 . C A 741.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7027;QD=57.0734;RBI=0.136102;REFB=0;REVB=0.134443;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900607;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:47:52:1:24:23:0:0:29:23:0:0 chr19 56369189 . G A 242.35 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00962837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.457;QD=16.714;RBI=0.0158023;REFB=-0.0035781;REVB=-0.0125303;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682148;STB=0.538433;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00769388;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:12:15:15:16:12:15:15:16 chr19 56369215 . C T 194.7 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0371267;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1295;QD=16.57;RBI=0.0376719;REFB=-0.0110258;REVB=-0.00638572;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156462;STB=0.589653;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0268087;OID=.;OPOS=56369215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:27:20:20:0.425532:8:12:12:15:8:12:12:15 chr19 56369593 . T C 213.43 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0137813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.099;QD=16.1078;RBI=0.0141062;REFB=-0.0251679;REVB=-0.00300996;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775123;STB=0.543824;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0291812;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:11:18:13:11:11:18 chr19 56370166 . C T 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.000396819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.372;QD=15.4997;RBI=0.0085547;REFB=-0.00905987;REVB=-0.00854549;RO=40;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198943;STB=0.511229;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0128195;OID=.;OPOS=56370166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:18:13:16:24:18:13:16:24 chr19 56390237 . A T 583.29 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0147013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.895;QD=20.8319;RBI=0.0364728;REFB=-0.0447914;REVB=-0.0333787;RO=51;SAF=28;SAR=31;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128597;STB=0.560896;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0335575;OID=.;OPOS=56390237;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:53:59:59:0.526786:31:28:32:19:31:28:32:21 chr19 56392875 . T G 360.89 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.00742252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.38;QD=14.2925;RBI=0.00742253;REFB=-0.0214175;REVB=1.48432e-05;RO=60;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145858;STB=0.582203;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0257683;OID=.;OPOS=56392875;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:21:20:21:39:21:20:21:39 chr19 56410222 . C T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.577;QD=60.2275;RBI=0.0106853;REFB=0;REVB=0.00693286;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99779e-05;OID=.;OPOS=56410222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr19 56423074 . C G,T 553.18 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=34,4;DP=38;FAO=34,4;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=13,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327526,-0.000945128;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=82.3976,135.26;QD=58.2296;RBI=0.00332102,0.0593332;REFB=0,0;REVB=-0.000549411,-0.0593257;RO=0;SAF=21,0;SAR=13,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0101473,0.076936;OID=.,.;OPOS=56423074,56423074;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:38:38:0:0:34,4:34,4:0.894737,0.105263:13,4:21,0:0:0:13,4:21,0:0:0 chr19 56423254 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3305;QD=58.5998;RBI=0.0365245;REFB=0;REVB=-0.0364905;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288794;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr19 56423668 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.433;QD=58.1419;RBI=0.0126064;REFB=0;REVB=-0.0123297;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.67201e-05;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr19 56423692 . C T 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.106;QD=56.179;RBI=0.0359167;REFB=0;REVB=-0.000500612;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132933;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr19 56423728 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.149;QD=57.6802;RBI=0.0259367;REFB=0;REVB=-0.011995;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012643;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr19 56423893 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.409;QD=60.3767;RBI=0.0210454;REFB=0;REVB=-0.00580962;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54652e-05;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr19 56424443 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.361;QD=58.1419;RBI=0.0177503;REFB=0;REVB=0.00550011;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42704e-05;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr19 56443519 . C T 339.09 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.000296177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4006;QD=20.5508;RBI=0.0110036;REFB=-0.0115795;REVB=-0.0109997;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156318;STB=0.500866;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00663389;OID=.;OPOS=56443519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:17:18:16:15:17:18:16:15 chr19 56459342 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.207;QD=60.2303;RBI=0.120319;REFB=0;REVB=0.10985;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494801;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr19 56459614 . G C 544.36 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5302;QD=58.8501;RBI=0.0695391;REFB=0;REVB=0.0584535;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146618;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:36:37:1:15:21:0:1:16:21:0:0 chr19 56477687 . A G 922.84 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0308618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.01;QD=54.285;RBI=0.0318681;REFB=-0.125214;REVB=0.00794531;RO=1;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185194;STB=0.50378;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00512461;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:65:66:0.970588:25:40:0:1:25:41:1:1 chr19 56477710 . T C 863.61 PASS AF=0.983871;AO=46;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0548761;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.979;QD=55.7165;RBI=0.0687052;REFB=0.0121829;REVB=0.0413403;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000306206;OID=.;OPOS=56477710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:0:1:46:61:0.983871:13:33:0:0:26:35:1:0 chr19 56487603 . A G 1847.82 PASS AF=1;AO=88;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134138;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.1644;QD=59.607;RBI=0.213912;REFB=0;REVB=0.213491;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116561;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:88:124:1:38:50:0:0:72:52:0:0 chr19 56499279 . G C 201.88 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.133856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.89;QD=21.2506;RBI=0.133866;REFB=-0.00675657;REVB=0.00167747;RO=16;SAF=3;SAR=17;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137146;STB=0.637342;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00369205;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:18:20:20:0.526316:17:3:4:12:17:3:6:12 chr19 56511082 . C G 738.14 PASS AF=1;AO=46;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.303;QD=56.7799;RBI=0.0495324;REFB=0;REVB=0.0344837;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655695;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:46:52:1:13:33:0:0:16:36:0:0 chr19 56511090 . T C 267.05 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00368317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.363;QD=20.1546;RBI=0.0062597;REFB=-0.0190142;REVB=-0.00506143;RO=25;SAF=18;SAR=10;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729641;STB=0.540512;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0101086;OID=.;OPOS=56511090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:10:18:18:7:10:18:18:7 chr19 56515334 . C T 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.0140805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.664;QD=13.7268;RBI=0.0374651;REFB=-0.0146167;REVB=-0.0347185;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238575;STB=0.634519;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0195256;OID=.;OPOS=56515334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:14:11:8:28:14:11:8:28 chr19 56549510 . T C 329.75 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00693955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.671;QD=20.9365;RBI=0.0125739;REFB=-0.0105546;REVB=-0.0104855;RO=29;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645453;STB=0.535658;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0127904;OID=.;OPOS=56549510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:13:21:20:9:13:21:20:9 chr19 56549532 . A G 296.81 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00988162;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.811;QD=23.7445;RBI=0.0314459;REFB=-0.0135078;REVB=0.0298529;RO=21;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141929;STB=0.556484;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0086887;OID=.;OPOS=56549532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:12:17:16:5:12:17:15:6 chr19 56552456 . G T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00577614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2184;QD=17.7317;RBI=0.0111036;REFB=0.0153665;REVB=0.0094829;RO=19;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301802;STB=0.673853;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0110342;OID=.;OPOS=56552456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:13:4:10:9:13:4:10:9 chr19 56565164 . G A 94.65 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0186432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5975;QD=10.8169;RBI=0.0189804;REFB=-0.00829381;REVB=-0.0035619;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355427;STB=0.653587;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0289475;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:11:12:0.342857:3:8:9:13:4:8:10:13 chr19 56569629 . C G 573.1 PASS AF=0.423841;AO=64;DP=152;FAO=64;FDP=151;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=0.00836207;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.271;QD=15.1816;RBI=0.0384032;REFB=-0.00722138;REVB=-0.0374818;RO=87;SAF=30;SAR=34;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132142;STB=0.573876;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0115208;OID=.;OPOS=56569629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:87:87:64:64:0.423841:34:30:52:35:34:30:52:35 chr19 56572832 . G A 421.29 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00952266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.382;QD=15.8979;RBI=0.0108846;REFB=-0.00975141;REVB=-0.00527185;RO=58;SAF=31;SAR=16;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214042;STB=0.615844;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0206737;OID=.;OPOS=56572832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:59:47:47:0.443396:16:31:26:32:16:31:27:32 chr19 56572875 . G A 373.42 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0207126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.998;QD=15.3988;RBI=0.0208103;REFB=-0.0137581;REVB=-0.00201381;RO=56;SAF=25;SAR=15;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221363;STB=0.620095;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0221142;OID=.;OPOS=56572875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:57:40:40:0.412371:15:25:23:33:15:25:24:33 chr19 56663213 . GAAA GAA,GAAG 100.18 PASS AF=0.310345,0.206897;AO=8,7;DP=32;FAO=9,6;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3,0;FSAR=6,6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0432028,-0.0344312;FXX=0.0937207;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.7651,92.1458;QD=13.8174;RBI=0.0563472,0.0599763;REFB=-0.121245,-0.0252193;REVB=-0.0361735,-0.0491086;RO=13;SAF=4,0;SAR=4,7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118061,-0.736829;STB=0.562357,0.997668;STBP=0.677,0.017;TYPE=del,snp;VARB=0.175673,0.103245;OID=.,.;OPOS=56663214,56663216;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345,0.206897:8,7:32:9,6:29:14:3,0:6,6:6:8:45:13:4,0:4,7:5:8 chr19 56693620 . C G 347.04 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00177927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8733;QD=21.3561;RBI=0.0136018;REFB=-0.0137841;REVB=-0.0134849;RO=29;SAF=13;SAR=22;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367483;STB=0.5251;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0189253;OID=.;OPOS=56693620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:35:36:0.553846:22:13:12:17:23:13:12:17 chr19 56694505 . C T 504.87 PASS AF=0.504854;AO=42;DP=100;FAO=52;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00470611;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.702;QD=19.6067;RBI=0.0151509;REFB=-0.0291562;REVB=0.0144015;RO=34;SAF=26;SAR=16;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157957;STB=0.533968;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0245116;OID=.;OPOS=56694505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:34:51:42:52:0.504854:16:26:27:7:26:26:29:22 chr19 56701774 . A T 1987.49 PASS AF=1;AO=126;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516297;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.933;QD=61.1537;RBI=0.00648529;REFB=0;REVB=-0.00392464;RO=0;SAF=50;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176797;OID=.;OPOS=56701774;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:126:130:1:76:50:0:0:79:51:0:0 chr19 56701778 . A G 1910.23 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461172;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.153;QD=61.6203;RBI=0.0523675;REFB=0;REVB=0.0248104;RO=0;SAF=49;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37242e-05;OID=.;OPOS=56701778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:123:124:1:74:49:0:0:75:49:0:0 chr19 56702323 . C T 700.76 PASS AF=0.539683;AO=67;DP=125;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.0123618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.51;QD=22.2464;RBI=0.0140565;REFB=-0.000481624;REVB=-0.00669117;RO=58;SAF=21;SAR=46;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138247;STB=0.502129;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.000434423;OID=.;OPOS=56702323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:58:58:67:68:0.539683:46:21:19:39:46:22:19:39 chr19 56704260 . C T 344.63 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0275778;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9188;QD=18.8838;RBI=0.0283776;REFB=-0.00933627;REVB=-0.00668946;RO=37;SAF=12;SAR=24;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12279;STB=0.582477;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0104335;OID=.;OPOS=56704260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:37:37:36:36:0.493151:24:12:17:20:24:12:18:19 chr19 56704399 . G A 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.0206311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.964;QD=13.5518;RBI=0.0209318;REFB=-0.00166901;REVB=-0.00353537;RO=35;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129175;STB=0.573276;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0021862;OID=.;OPOS=56704399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:16:8:8:27:16:8:8:27 chr19 56717325 . T G 239.96 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00368392;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.57;QD=20.4223;RBI=0.00644635;REFB=-0.0115827;REVB=-0.00529;RO=24;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573131;STB=0.532197;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0121772;OID=.;OPOS=56717325;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:24:23:23:0.489362:8:15:17:7:8:15:17:7 chr19 56717353 . A G 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.014323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.213;QD=18.9487;RBI=0.020485;REFB=-0.0113535;REVB=0.0146453;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556242;STB=0.531013;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0180804;OID=.;OPOS=56717353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:11:17:18:9:11:17:18:9 chr19 56718585 . A G 502.11 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0221777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.177;QD=22.0707;RBI=0.0264538;REFB=-0.0307141;REVB=-0.0144205;RO=43;SAF=18;SAR=30;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100581;STB=0.555532;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0348339;OID=.;OPOS=56718585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:30:18:21:22:30:18:21:22 chr19 56719405 . A C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.00547487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.14;QD=16.4179;RBI=0.0987696;REFB=-0.0179299;REVB=-0.0986177;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203882;STB=0.615242;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0256236;OID=.;OPOS=56719405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:14:2:4:10:14:2 chr19 56719822 . G T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00155395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.946;QD=10.4294;RBI=0.0342505;REFB=-0.0103136;REVB=-0.0342152;RO=30;SAF=10;SAR=4;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763634;STB=0.545393;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.021531;OID=.;OPOS=56719822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:4:10:23:7:4:10:23:7 chr19 56719853 . C A 99.74 PASS AF=0.288462;AO=8;DP=53;FAO=15;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.101526;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.3582;QD=7.67206;RBI=0.108252;REFB=-0.0376547;REVB=-0.037564;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289681;STB=0.529373;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.12022;OID=.;OPOS=56719853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:53:52:30:37:8:15:0.288462:4:4:22:8:5:10:26:11 chr19 56827938 . C A 923.29 PASS AF=0.984615;AO=65;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0791412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0753;QD=56.8177;RBI=0.0828524;REFB=-0.137494;REVB=-0.0245189;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00192265;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:65:64:0.984615:33:32:0:0:33:31:1:0 chr19 56888450 . A G 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00921311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.745;QD=20.4368;RBI=0.0141331;REFB=0.000437719;REVB=0.0107174;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562036;STB=0.531229;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.000188884;OID=.;OPOS=56888450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:13:17:13:13:13:17:13:13 chr19 56888454 . A C 220.37 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00978994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6273;QD=16.0268;RBI=0.0651253;REFB=0.0208599;REVB=0.0643853;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451612;STB=0.525527;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0228544;OID=.;OPOS=56888454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:17:13:12:13:17:13 chr19 56888526 . A T 97.27 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0198733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.088;QD=12.969;RBI=0.0219626;REFB=-0.0198158;REVB=0.00934932;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289056;STB=0.517017;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0299887;OID=.;OPOS=56888526;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:10:8:5:7:10:8 chr19 56895496 . C T 202.65 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0179703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.0481;QD=23.8413;RBI=0.048311;REFB=-0.0401613;REVB=-0.0448444;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151439;STB=0.586075;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.000737618;OID=.;OPOS=56895496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:34:34:11:11:12:12:0.352941:4:8:9:2:4:8:9:2 chr19 56935527 . A G,T 471.9 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=29,4;DP=33;FAO=30,3;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404464,0.0143475;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.7867,142.228;QD=57.1996;RBI=0.0404739,0.0332876;REFB=0,0;REVB=-0.00149269,-0.0300369;RO=0;SAF=11,2;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00754834,0.0650212;OID=.,.;OPOS=56935527,56935527;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:33:33:0:0:29,4:30,3:0.909091,0.0909091:18,2:11,2:0:0:18,2:12,1:0:0 chr19 56953585 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.492;QD=59.4356;RBI=0.0244557;REFB=0;REVB=0.00767701;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39691e-05;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr19 56953863 . T C 1542.85 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100534;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3773;QD=59.9164;RBI=0.0108088;REFB=0;REVB=0.00396979;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7504e-05;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:53:50:0:0:53:50:0:0 chr19 57036653 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00916369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.946;QD=8.81202;RBI=0.016163;REFB=-0.00280771;REVB=0.0133142;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741239;STB=0.545364;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00314459;OID=.;OPOS=57036653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:5:5:10:13:5:5:10:13 chr19 57036678 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00244703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.498;QD=10.3792;RBI=0.0324471;REFB=-0.00841222;REVB=-0.0323547;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189101;STB=0.613789;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.014562;OID=.;OPOS=57036678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:6:10:4:5:6:10 chr19 57050515 . C G 204.58 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.101205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.4302;QD=18.1851;RBI=0.13826;REFB=-0.0593108;REVB=0.0941991;RO=22;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299078;STB=0.66003;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0705434;OID=.;OPOS=57050515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:22:24:20:21:0.466667:5:15:10:12:5:16:12:12 chr19 57058998 . C G 510.19 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0366261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.487;QD=23.7296;RBI=0.0379757;REFB=-0.0137904;REVB=-0.0100341;RO=38;SAF=12;SAR=36;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165763;STB=0.591509;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00824783;OID=.;OPOS=57058998;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:36:12:16:22:36:12:16:22 chr19 57062073 . T C 458.92 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00156047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.456;QD=20.8602;RBI=0.018941;REFB=0.000808916;REVB=-0.0188766;RO=43;SAF=25;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120645;STB=0.566721;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00118762;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:20:25:18:25:20:25:18:25 chr19 57088850 . T C 840.77 PASS AF=0.953125;AO=60;DP=65;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00157903;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.934;QD=52.5479;RBI=0.0116898;REFB=-0.203888;REVB=0.0115827;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520541;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00140202;OID=.;OPOS=57088850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:64:0:3:60:61:0.953125:34:26:0:0:35:26:0:3 chr19 57089050 . C T 883.32 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3701;QD=57.9224;RBI=0.0412729;REFB=0;REVB=0.0259894;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377125;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:28:33:0:0 chr19 57132968 . G A 271.94 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00243507;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.372;QD=23.1435;RBI=0.00648989;REFB=-0.00601127;REVB=0.00601573;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206569;STB=0.614777;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00684149;OID=.;OPOS=57132968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:6:16:12:13:6:16 chr19 57135023 . T C 223.27 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.000366376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.735;QD=16.5382;RBI=0.00892642;REFB=-0.0118918;REVB=-0.00891889;RO=29;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16507;STB=0.593573;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00918515;OID=.;OPOS=57135023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:8:17:15:14:8:17:15:14 chr19 57135195 . G A 681.91 PASS AF=0.464968;AO=73;DP=157;FAO=73;FDP=157;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.00413365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.243;QD=17.3734;RBI=0.0107414;REFB=0.00198322;REVB=0.00991411;RO=84;SAF=44;SAR=29;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194571;STB=0.51079;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00239708;OID=.;OPOS=57135195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:84:84:73:73:0.464968:29:44:49:35:29:44:49:35 chr19 57175484 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0354;QD=51.1823;RBI=0.103616;REFB=0;REVB=-0.0925197;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00458435;OID=.;OPOS=57175484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:1:0:19:20:1:13:6:1:0:13:7:0:0 chr19 57176198 . T G 1586.92 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.994;QD=64.118;RBI=0.0441739;REFB=0;REVB=0.0337054;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104827;OID=.;OPOS=57176198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:44:54:0:0:45:54:0:0 chr19 57176304 . T G 1054.99 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125776;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.568;QD=58.6108;RBI=0.0451425;REFB=0.0068072;REVB=0.0433549;RO=1;SAF=19;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024233;STB=0.512817;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-7.06523e-05;OID=.;OPOS=57176304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:52:19:1:0:52:19:1:0 chr19 57176482 . C T 1540.9 PASS AF=1;AO=89;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6689;QD=59.2652;RBI=0.111868;REFB=0;REVB=0.0356944;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365918;OID=.;OPOS=57176482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:89:104:1:47:42:0:0:53:51:0:0 chr19 57176820 . C A 871.24 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667928;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.053;QD=58.0824;RBI=0.0669245;REFB=0;REVB=0.0041979;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135536;OID=.;OPOS=57176820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr19 57176838 . C G 620.36 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0312554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.702;QD=48.6557;RBI=0.0312714;REFB=-0.108268;REVB=0.000997437;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.552609;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000561668;OID=.;OPOS=57176838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:51:51:0:4:47:47:0.921569:30:17:0:0:30:17:4:0 chr19 57293394 . A G 502.21 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.0280591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.539;QD=22.0753;RBI=0.0335445;REFB=-0.00670386;REVB=0.0183827;RO=42;SAF=25;SAR=23;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186751;STB=0.595431;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00524775;OID=.;OPOS=57293394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:43:48:48:0.527473:23:25:31:11:23:25:31:12 chr19 57293831 . G A 307.99 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0248162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7933;QD=20.8804;RBI=0.0346064;REFB=-0.0241334;REVB=-0.0241198;RO=27;SAF=11;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173084;STB=0.584362;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0196318;OID=.;OPOS=57293831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:31:32:0.542373:20:11:15:12:20:12:15:12 chr19 57325083 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0323676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.942;QD=7.3229;RBI=0.048281;REFB=-0.00947533;REVB=-0.0358245;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239465;STB=0.649545;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0314857;OID=.;OPOS=57325083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:10:4:3:3:10:4 chr19 57433619 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.295;QD=57.5445;RBI=0.00694927;REFB=0;REVB=0.00648985;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53003e-05;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr19 57641146 . A G 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00682571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.071;QD=7.2736;RBI=0.0175163;REFB=-0.000609899;REVB=-0.0161316;RO=33;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217491;STB=0.636116;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00178195;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:4:7:15:18:4:7:15:18 chr19 57642098 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0308908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.502;QD=17.8273;RBI=0.0361904;REFB=0.00665477;REVB=-0.0188548;RO=11;SAF=10;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449774;STB=0.762223;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00762851;OID=.;OPOS=57642098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:2:10:4:7:2:10:4:7 chr19 57642782 . C A 770.99 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100694;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.14;QD=64.2491;RBI=0.0165614;REFB=0;REVB=-0.0131487;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018596;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:29:19:0:0 chr19 57643051 . G A 411.3 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0449933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.554;QD=21.0921;RBI=0.0464008;REFB=0.00227406;REVB=-0.0113417;RO=37;SAF=18;SAR=23;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178374;STB=0.598466;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00267709;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:23:18:24:13:23:18:24:13 chr19 57643099 . G A 283.72 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0363864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0874;QD=23.1607;RBI=0.0423354;REFB=-0.0150682;REVB=-0.0216405;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211855;STB=0.617279;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00947975;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:12:14:18:5:12:14:18:5 chr19 57646570 . T C 192.96 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00605838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.409;QD=13.7828;RBI=0.0221636;REFB=-0.00904852;REVB=0.0213195;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117241;STB=0.557226;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0113888;OID=.;OPOS=57646570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:11:12:13:19:11:12:14:19 chr19 57647015 . A G 329.61 PASS AF=0.545455;AO=33;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0178961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2992;QD=19.9761;RBI=0.0188055;REFB=-0.0204422;REVB=-0.00577722;RO=28;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205538;STB=0.610383;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0334669;OID=.;OPOS=57647015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:30:33:36:0.545455:13:20:10:18:13:23:12:18 chr19 57647236 . T C 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0296891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.107;QD=16.5778;RBI=0.0298771;REFB=-0.0150671;REVB=0.00334666;RO=37;SAF=11;SAR=21;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168529;STB=0.588728;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0140014;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:21:11:19:18:21:11:19:19 chr19 57648277 . A T 326.06 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0162925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.356;QD=17.3898;RBI=0.0250239;REFB=-0.0186349;REVB=0.0189934;RO=38;SAF=12;SAR=23;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292288;STB=0.674845;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0171395;OID=.;OPOS=57648277;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:40:35:35:0.466667:23:12:25:13:23:12:27:13 chr19 57649900 . C T 548.32 PASS AF=0.609756;AO=46;DP=78;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0302314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9889;QD=26.7472;RBI=0.0748088;REFB=-0.0187722;REVB=0.0684282;RO=32;SAF=34;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229711;STB=0.621449;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0105949;OID=.;OPOS=57649900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:32:32:46:50:0.609756:12:34:15:17:13:37:15:17 chr19 57723007 . G C 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0181349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.843;QD=19.6554;RBI=0.0181459;REFB=-0.0196296;REVB=0.000632924;RO=40;SAF=18;SAR=22;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920245;STB=0.550995;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0243861;OID=.;OPOS=57723007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:22:18:14:26:22:18:14:26 chr19 57723013 . G A 380.42 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0143406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.487;QD=19.7622;RBI=0.014572;REFB=-0.0166502;REVB=-0.00258648;RO=38;SAF=17;SAR=22;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615937;STB=0.534136;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0140227;OID=.;OPOS=57723013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:22:17:14:24:22:17:14:24 chr19 57742472 . G C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.991;QD=63.8712;RBI=0.0915365;REFB=0;REVB=0.089748;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528352;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr19 57742489 . C T 731.31 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369865;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.35;QD=63.5921;RBI=0.0522828;REFB=0;REVB=0.0369525;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280714;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr19 57742493 . AGGACGAGCAGGATT A 212.72 PASS AF=1;AO=17;DP=28;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103939;FXX=0.399867;HRUN=2;LEN=14;MLLD=292.284;QD=47.2708;RBI=0.0157909;REFB=0;REVB=0.0118878;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.28068e-05;OID=.;OPOS=57742494;OREF=GGACGAGCAGGATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:28:18:18:0:8:10:0:0:4:0:8:9:0:0 chr19 57760018 . G A 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00467877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.907;QD=18.7914;RBI=0.047696;REFB=-0.0310564;REVB=-0.0474659;RO=49;SAF=15;SAR=29;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00632763;STB=0.503525;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0309717;OID=.;OPOS=57760018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:29:15:17:32:29:15:17:32 chr19 57760057 . G A 296.11 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0143945;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4152;QD=12.8744;RBI=0.0219323;REFB=-0.035347;REVB=-0.0165476;RO=55;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267602;STB=0.515164;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0599592;OID=.;OPOS=57760057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:55:58:34:34:0.369565:23:11:19:36:23:11:20:38 chr19 57764770 . G A 98.52 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0147476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.353;QD=14.0737;RBI=0.0370957;REFB=-0.00584846;REVB=-0.0340382;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109071;STB=0.563993;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0124895;OID=.;OPOS=57764770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:9:7:4:8:9:7 chr19 57765432 . A G 651.7 PASS AF=0.596154;AO=62;DP=104;FAO=62;FDP=104;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0114083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.565;QD=25.0653;RBI=0.0141896;REFB=-0.0175563;REVB=-0.00843781;RO=41;SAF=28;SAR=34;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266386;STB=0.509997;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.011096;OID=.;OPOS=57765432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:41:42:62:62:0.596154:34:28:20:21:34:28:20:22 chr19 57767004 . A T 453.98 PASS AF=0.564103;AO=41;DP=75;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0140479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.118;QD=23.2808;RBI=0.0193859;REFB=-0.0155887;REVB=0.0133593;RO=34;SAF=26;SAR=15;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254545;STB=0.615422;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0141603;OID=.;OPOS=57767004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:34:34:41:44:0.564103:15:26:11:23:18:26:11:23 chr19 57768066 . A G 84.65 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0509545;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9458;QD=9.95865;RBI=0.0552836;REFB=-0.017808;REVB=0.0214455;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750187;STB=0.545372;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0391855;OID=.;OPOS=57768066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:11:12:5:6:11:12 chr19 57768897 . CTT C 416.94 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00845476;FXX=0.0260847;HRUN=2;LEN=2;MLLD=214.798;QD=14.8906;RBI=0.0177104;REFB=-0.006752;REVB=-0.015562;RO=53;SAF=30;SAR=28;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104759;STB=0.561673;STBP=0.197;TYPE=del;VARB=0.00565864;OID=.;OPOS=57768898;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517857:58:114:58:112:54:30:28:21:33:99:53:30:28:21:32 chr19 57769896 . A AT 45.52 PASS AF=0.288889;AO=12;DP=48;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0515887;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.2704;QD=4.04594;RBI=0.169231;REFB=-0.011445;REVB=-0.161176;RO=33;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330077;STB=0.621624;STBP=0.309;TYPE=ins;VARB=-0.0216371;OID=.;OPOS=57769897;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288889:12:48:13:45:32:4:9:15:17:45:33:3:9:17:16 chr19 57769994 . C CTTCCA 167.62 PASS AF=0.34375;AO=20;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0107128;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=303.424;QD=10.4765;RBI=0.0108912;REFB=-0.00446962;REVB=0.00196348;RO=42;SAF=5;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28441;STB=0.685302;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=0.010638;OID=.;OPOS=57769995;OREF=-;OALT=TTCCA;OMAPALT=CTTCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:20:64:22:64:42:5:17:20:22:99:42:5:15:20:22 chr19 57771883 . A G 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0128359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.954;QD=13.7475;RBI=0.0169664;REFB=-0.0157428;REVB=-0.011095;RO=32;SAF=2;SAR=20;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438166;STB=0.759933;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0317361;OID=.;OPOS=57771883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:20:2:11:21:20:2:11:21 chr19 57773447 . T G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00256523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.96;QD=13.631;RBI=0.00760977;REFB=-0.0231157;REVB=-0.00716437;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0290546;OID=.;OPOS=57773447;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:5:4:4:4:5:4 chr19 57802806 . C T 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0108193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7057;QD=25.4134;RBI=0.022628;REFB=-0.00406524;REVB=0.0198739;RO=23;SAF=19;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.516121;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00377334;OID=.;OPOS=57802806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:24:38:38:0.612903:19:19:11:12:19:19:11:13 chr19 57802824 . G A 406.64 PASS AF=0.597015;AO=34;DP=61;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00903848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=367.813;QD=24.2773;RBI=0.00980972;REFB=-0.0114476;REVB=-0.00381268;RO=26;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465361;STB=0.517542;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00776274;OID=.;OPOS=57802824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:67:26:27:34:40:0.597015:19:15:13:13:19:21:13:14 chr19 57832257 . T C 170.34 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0164246;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.448;QD=17.0337;RBI=0.0167454;REFB=-0.0182918;REVB=0.00326245;RO=22;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264764;STB=0.653147;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0106544;OID=.;OPOS=57832257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:14:4:10:12:14:4:10:12 chr19 57838018 . C G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=6;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00244604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.34;QD=9.13235;RBI=0.00902611;REFB=-0.0116027;REVB=-0.00868836;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129158;STB=0.594419;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.024749;OID=.;OPOS=57838018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:21:22:6:10:0.3125:5:1:5:16:6:4:6:16 chr19 57839150 . A G 230.36 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.877;QD=46.0728;RBI=0.0347615;REFB=-0.148837;REVB=0.0190132;RO=1;SAF=15;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297028;STB=0.516112;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00223457;OID=.;OPOS=57839150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:4:15:1:0:4:15:1:0 chr19 57839567 . T A 771.41 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181279;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.911;QD=57.1412;RBI=0.0283032;REFB=0;REVB=0.0217359;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357534;OID=.;OPOS=57839567;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr19 57839690 . A T 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00473985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.665;QD=19.9055;RBI=0.00618724;REFB=-0.0198533;REVB=-0.0039769;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231475;STB=0.628094;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0265722;OID=.;OPOS=57839690;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:14:16:7:20:14:16:7:20 chr19 57865149 . C T 435.48 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0160366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9577;QD=23.862;RBI=0.0341157;REFB=-0.02026;REVB=-0.0301116;RO=31;SAF=8;SAR=34;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179238;STB=0.599206;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0135197;OID=.;OPOS=57865149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:34:8:11:20:34:8:11:20 chr19 57868336 . A G 479.37 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.531;QD=54.7855;RBI=0.0189961;REFB=-0.224037;REVB=-0.00318945;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00106482;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:33:34:0.971429:19:14:1:0:20:14:1:0 chr19 57868879 . T C 137.28 PASS AF=0.416667;AO=12;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00305146;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.848;QD=15.253;RBI=0.0427217;REFB=-0.0393498;REVB=-0.0426126;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170437;STB=0.572936;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0381013;OID=.;OPOS=57868879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:21:12:15:0.416667:7:5:10:7:9:6:11:10 chr19 57909872 . G A 1494.94 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043274;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7992;QD=63.6146;RBI=0.045008;REFB=0;REVB=-0.0123725;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162221;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:56:38:0:0:56:38:0:0 chr19 57931303 . C A 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00495261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.971;QD=19.9672;RBI=0.0170292;REFB=-0.00266116;REVB=-0.0162931;RO=26;SAF=9;SAR=20;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263323;STB=0.501465;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226214;OID=.;OPOS=57931303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:20:9:8:18:20:9:8:18 chr19 57932027 . C T 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.000616286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.961;QD=13.8496;RBI=0.0665597;REFB=-0.0281192;REVB=-0.0665569;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172932;STB=0.585262;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0261171;OID=.;OPOS=57932027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:8:8:8:16:8:8:9:16 chr19 57956828 . T G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9402;QD=59.8374;RBI=0.063469;REFB=0;REVB=0.0572296;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119192;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr19 57967049 . G T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3701;QD=59.1425;RBI=0.0190884;REFB=0;REVB=0.0179704;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144697;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr19 57967133 . G A 727.6 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7011;QD=63.2699;RBI=0.0452607;REFB=0;REVB=0.0251677;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854142;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr19 57984426 . C A 1094.85 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.076;QD=59.9917;RBI=0.0274513;REFB=0;REVB=-0.00129859;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221664;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:41:30:0:0:41:32:0:0 chr19 57984918 . A G 1066.29 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.79;QD=58.4267;RBI=0.0352249;REFB=-0.0249844;REVB=0.0334365;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.508769;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=8.90552e-05;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:28:44:0:0:28:44:0:1 chr19 57985460 . T A 913.18 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4656;QD=57.9795;RBI=0.042095;REFB=0;REVB=-0.0253052;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000664948;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:36:26:0:0:37:26:0:0 chr19 57985566 . G C 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.164;QD=62.7621;RBI=0.0209789;REFB=0;REVB=0.0170716;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06911e-05;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr19 57987905 . G A 1702.14 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0188537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.035;QD=58.6946;RBI=0.0288385;REFB=-0.139207;REVB=0.0218219;RO=0;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508927;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000386527;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:0:2:114:114:0.982759:55:59:0:0:55:59:0:2 chr19 57988666 . A AGCC 285.67 PASS AF=0.92;AO=20;DP=32;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.10549;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.444;QD=45.7068;RBI=0.113558;REFB=-0.148085;REVB=0.0420382;RO=11;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283453;STB=0.555506;STBP=0.126;TYPE=ins;VARB=0.0153225;OID=.;OPOS=57988667;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.92:20:32:23:25:2:8:15:2:0:9:11:6:14:8:3 chr19 58001512 . T A 1249.68 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.931;QD=60.2255;RBI=0.0419556;REFB=0;REVB=0.0418145;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291623;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:83:0:0:76:83:1:36:40:0:0:43:40:0:0 chr19 58003141 . A G 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00256325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.882;QD=48.6244;RBI=0.0329252;REFB=-0.0584666;REVB=-0.0328253;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00788034;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:0:1:12:10:0:1 chr19 58003488 . A G 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3979;QD=63.052;RBI=0.0434903;REFB=0;REVB=0.0276558;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292782;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr19 58003580 . A G 2590.78 PASS AF=1;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204294;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.675;QD=62.0547;RBI=0.00420397;REFB=0;REVB=0.0036742;RO=0;SAF=82;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02973e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43824e-06;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:167:0:0:167:167:1:85:82:0:0:85:82:0:0 chr19 58003613 . C T 2511.04 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9312;QD=60.8737;RBI=0.0467069;REFB=0;REVB=0.0159641;RO=0;SAF=66;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109971;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:165:0:0:158:165:1:92:66:0:0:93:72:0:0 chr19 58004346 . G C 895.85 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024907;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3952;QD=57.7965;RBI=0.0257297;REFB=0;REVB=-0.0064543;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471435;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr19 58011421 . G T 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0278969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.794;QD=16.9293;RBI=0.0311533;REFB=-0.039742;REVB=0.013867;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232387;OID=.;OPOS=58011421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:5:7:7:5:5:7 chr19 58016048 . C T 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0024434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.339;QD=20.4488;RBI=0.0106582;REFB=-0.00287787;REVB=0.0103743;RO=43;SAF=19;SAR=25;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923299;STB=0.551158;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00354748;OID=.;OPOS=58016048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:25:19:23:20:25:19:23:20 chr19 58038964 . T A 2108.87 PASS AF=0.992701;AO=127;DP=129;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00684985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.542;QD=61.5728;RBI=0.107114;REFB=-0.00670217;REVB=0.106894;RO=1;SAF=65;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725477;STB=0.503759;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000596926;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:137:1:1:127:136:0.992701:62:65:1:0:70:66:1:0 chr19 58049912 . G C 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00741417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.704;QD=16.6616;RBI=0.00951406;REFB=-0.0158103;REVB=-0.00596217;RO=31;SAF=7;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248432;STB=0.634512;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0180933;OID=.;OPOS=58049912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:21:7:15:16:21:7:15:17 chr19 58058536 . A G 1549.08 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0194;QD=63.8794;RBI=0.032557;REFB=0;REVB=-0.0295505;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259772;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:54:43:0:0:54:43:0:0 chr19 58058739 . T C 223.85 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0260545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8499;QD=19.4655;RBI=0.0338373;REFB=-0.0109581;REVB=-0.02159;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100027;STB=0.556715;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0230793;OID=.;OPOS=58058739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:15:7:10:14:15:7:10:14 chr19 58117223 . T A 224.23 PASS AF=0.6;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0133041;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.807;QD=25.6258;RBI=0.0133895;REFB=-0.0386545;REVB=0.00151051;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426929;STB=0.538007;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0215142;OID=.;OPOS=58117223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:14:21:21:0.6:10:11:7:8:10:11:6:8 chr19 58151338 . TG T 285.1 PASS AF=0.350515;AO=31;DP=99;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0324324;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.654;QD=11.7566;RBI=0.0357615;REFB=-0.0102743;REVB=-0.0150673;RO=62;SAF=12;SAR=19;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762756;STB=0.50215;STBP=0.977;TYPE=del;VARB=0.0170252;OID=.;OPOS=58151339;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350515:31:99:34:97:63:15:19:28:35:99:62:12:19:28:34 chr19 58200099 . T C 191.86 PASS AF=0.442308;AO=21;DP=50;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0178991;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.0982;QD=14.7581;RBI=0.0531261;REFB=-0.0317357;REVB=0.0500201;RO=29;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135565;STB=0.526089;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0220362;OID=.;OPOS=58200099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:29:21:23:0.442308:16:5:10:19:16:7:10:19 chr19 58200628 . G T 216.39 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00186322;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2581;QD=13.1144;RBI=0.0422332;REFB=-0.0234437;REVB=-0.042192;RO=40;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201313;STB=0.615296;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0449201;OID=.;OPOS=58200628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:40:40:26:26:0.393939:10:16:17:23:10:16:17:23 chr19 58201360 . C T 255.66 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00425175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8048;QD=17.941;RBI=0.0363828;REFB=-0.00942955;REVB=0.0361335;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206097;STB=0.615399;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00565461;OID=.;OPOS=58201360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:11:17:11:18:11:17:11:18 chr19 58201465 . A AT,T 117.85 PASS AF=0.296296,0.222222;AO=5,7;DP=29;FAO=8,6;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5,3;FSAR=3,3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0131583,0.00555659;FXX=0.0357015;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=137.682,143.701;QD=17.4594;RBI=0.0131716,0.00613224;REFB=-0.00422841,-0.00505207;REVB=-0.000592081,-0.00259398;RO=14;SAF=4,3;SAR=1,4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.423947,3.65795e-08;STB=0.646696,0.578691;STBP=0.282,0.714;TYPE=ins,snp;VARB=0.0301281,0.00224809;OID=.,.;OPOS=58201466,58201465;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:29:27:14:13:5,7:8,6:0.296296,0.222222:1,4:4,3:6:8:3,3:5,3:5:8 chr19 58202016 . ATTCAT A 90.51 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.007211;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=320.563;QD=11.3135;RBI=0.024406;REFB=-0.00932526;REVB=0.0233164;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114896;STB=0.566911;STBP=0.542;TYPE=del;VARB=0.013033;OID=.;OPOS=58202017;OREF=TTCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:14:32:14:32:18:4:10:7:11:90:18:4:10:7:11 chr19 58213952 . C A 433.43 PASS AF=0.422414;AO=48;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0656204;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8938;QD=14.9459;RBI=0.0677306;REFB=0.0256521;REVB=0.0167747;RO=67;SAF=21;SAR=27;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573732;STB=0.537298;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0338449;OID=.;OPOS=58213952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:67:48:49:0.422414:27:21:33:34:28:21:33:34 chr19 58258466 . G T 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0163258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.875;QD=12.0148;RBI=0.0298905;REFB=-0.00787271;REVB=-0.0250382;RO=34;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00349563;STB=0.50203;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0122788;OID=.;OPOS=58258466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:13:7:12:22:13:7:12:22 chr19 58352522 . G A 364.06 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=0.00902714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.635;QD=15.8285;RBI=0.0261376;REFB=-0.0243287;REVB=0.0245293;RO=52;SAF=10;SAR=29;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00856936;STB=0.505811;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0289125;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:53:39:39:0.423913:29:10:13:39:29:10:14:39 chr19 58352806 . T C 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0183294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.391;QD=28.0163;RBI=0.0209966;REFB=-0.00624765;REVB=-0.0102416;RO=20;SAF=21;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299153;STB=0.665176;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00418616;OID=.;OPOS=58352806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:9:21:6:14:9:21:6:14 chr19 58378690 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0114906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.697;QD=9.7602;RBI=0.0124152;REFB=0.00213;REVB=-0.00470136;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16606;STB=0.599747;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00349687;OID=.;OPOS=58378690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:2:10:5:2:2:10 chr19 58385748 . G A 33.42 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0257048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.153;QD=7.42732;RBI=0.115848;REFB=-0.0331198;REVB=-0.112961;RO=11;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463715;STB=0.798934;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0817057;OID=.;OPOS=58385748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:17:18:11:12:5:6:0.333333:1:4:4:7:1:5:5:7 chr19 58385954 . T C 150.96 PASS AF=0.441176;AO=13;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=16;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0053414;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=127.175;QD=17.7599;RBI=0.153291;REFB=-0.00873322;REVB=0.153198;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136262;STB=0.601846;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00816074;OID=.;OPOS=58385954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:11:16:13:15:0.441176:3:10:7:4:4:11:9:7 chr19 58420152 . C A 322.38 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00972924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.771;QD=16.5322;RBI=0.0320455;REFB=-0.000473824;REVB=0.0305329;RO=43;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954798;STB=0.553744;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00053219;OID=.;OPOS=58420152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:13:22:23:20:13:22:23:20 chr19 58420162 . T C 284.22 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0106221;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.49;QD=14.9587;RBI=0.0465193;REFB=-0.0276157;REVB=0.0452904;RO=44;SAF=20;SAR=12;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107854;STB=0.561186;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0356669;OID=.;OPOS=58420162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:12:20:23:21:12:20:23:21 chr19 58420167 . T C 321.24 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00345828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.108;QD=16.2651;RBI=0.0150373;REFB=0.00245223;REVB=0.0146343;RO=44;SAF=22;SAR=12;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129911;STB=0.561105;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00115506;OID=.;OPOS=58420167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:34:35:0.443038:12:22:23:21:13:22:23:21 chr19 58420699 . C A 55.11 PASS AF=0.144737;AO=8;DP=73;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00342054;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.581;QD=2.90053;RBI=0.00760474;REFB=-0.00920644;REVB=-0.00679205;RO=65;SAF=5;SAR=3;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103648;STB=0.67143;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0420342;OID=.;OPOS=58420699;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:73:76:65:65:8:11:0.144737:3:5:35:30:3:8:35:30 chr19 58439306 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0188783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.647;QD=17.1565;RBI=0.0218046;REFB=-0.0172506;REVB=-0.010911;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019532;STB=0.511169;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0179159;OID=.;OPOS=58439306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:11:9:8:9:11:9 chr19 58453342 . T C 361.87 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.000217004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.371;QD=25.8479;RBI=0.0010049;REFB=-0.0267013;REVB=-0.000981193;RO=21;SAF=23;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130944;STB=0.57185;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0141242;OID=.;OPOS=58453342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:12:23:10:11:12:23:10:11 chr19 58455381 . C T 1103.22 PASS AF=1;AO=61;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.643;QD=59.6335;RBI=0.105127;REFB=0;REVB=0.00547946;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384096;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:61:74:1:41:20:0:0:41:33:0:0 chr19 58572979 . G A 706.88 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=26;FWDB=0.0117216;FXX=0.0309246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.0382;QD=30.0799;RBI=0.0137933;REFB=-0.0461903;REVB=0.0072704;RO=23;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278231;STB=0.652435;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0183795;OID=.;OPOS=58572979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:23:27:49:49:0.521277:27:22:0:23:27:22:1:26 chr19 58578578 . C T 105.68 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0142348;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.106;QD=19.2149;RBI=0.0143649;REFB=-0.00788942;REVB=-0.00192872;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140099;STB=0.580507;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00345461;OID=.;OPOS=58578578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:5:5:8:4:5:5 chr19 58581572 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00860737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.047;QD=15.9167;RBI=0.010347;REFB=-0.00630687;REVB=0.00574231;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149726;STB=0.508657;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00969746;OID=.;OPOS=58581572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:9:6:5:8:9:6 chr19 58581904 . A G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00122002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.197;QD=17.3782;RBI=0.00772239;REFB=-0.0346529;REVB=-0.00762541;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208353;STB=0.621126;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0352162;OID=.;OPOS=58581904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:3:8:5:5:3:8:5:5 chr19 58600044 . TGGGC TGGC,TGGGT 155.3 PASS AF=0.208333,0.583333;AO=5,2;DP=25;FAO=5,14;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=1,2;FSAR=4,12;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.218425,-0.0154097;FXX=0.039984;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=4.06474,213.441;QD=25.8827;RBI=0.298848,0.094177;REFB=-0.160506,-0.0415041;REVB=-0.203961,0.0929078;RO=5;SAF=1,2;SAR=4,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.596316,0;STB=0.855915,0.777322;STBP=0.082,0.004;TYPE=del,snp;VARB=0.226886,0.0485729;OID=.,.;OPOS=58600045,58600048;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=TGGC,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.208333,0.583333:5,2:25:5,14:24:5:1,2:4,12:5:0:27:5:1,2:4,0:5:0 chr19 58601570 . G A 181.99 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00553563;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1024;QD=16.1769;RBI=0.0348569;REFB=-0.0155575;REVB=0.0344146;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106659;STB=0.581311;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00917927;OID=.;OPOS=58601570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:26:19:19:0.422222:10:9:14:10:10:9:16:10 chr19 58718360 . A AG 444.14 PASS AF=1;AO=37;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.7324;QD=43.331;RBI=0.127933;REFB=0;REVB=-0.111784;RO=3;SAF=20;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00130455;OID=.;OPOS=58718361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:42:41:41:0:23:18:0:0:9:3:20:17:3:0 chr19 58790675 . T C 337.5 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00546036;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.062;QD=22.1313;RBI=0.0179163;REFB=-0.00949437;REVB=-0.017064;RO=27;SAF=11;SAR=22;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188571;STB=0.592759;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00691;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:27:33:34:0.557377:22:11:15:12:22:12:15:12 chr19 58790713 . G C 119.61 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0333464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3215;QD=17.7203;RBI=0.0477781;REFB=-0.00857988;REVB=-0.0342164;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290625;STB=0.658287;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0113685;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:10:13:12:13:0.481481:8:4:7:3:9:4:8:5 chr19 58806083 . T C 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00585425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.295;QD=20.7694;RBI=0.0312778;REFB=-0.0190055;REVB=-0.030725;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858047;STB=0.547791;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0116994;OID=.;OPOS=58806083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:13:14:10:14:13:14:10:14 chr19 58864479 . T C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0582833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.171;QD=55.045;RBI=0.0583975;REFB=-0.0808518;REVB=0.00365071;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145046;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000745873;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:23:32:1:0:23:32:1:0 chr19 58867899 . C G 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0378707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.476;QD=30.8206;RBI=0.0401914;REFB=-0.00485017;REVB=0.0134595;RO=3;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986653;STB=0.555456;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00101321;OID=.;OPOS=58867899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:10:2:1:2:10:2:1:2 chr19 58870087 . TG T 812.01 PASS AF=1;AO=66;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.8956;QD=45.7467;RBI=0.0685312;REFB=0;REVB=-0.0649244;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.445813;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000760238;OID=.;OPOS=58870088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:71:71:71:0:40:31:0:0:15:0:37:29:0:0 chr19 58879965 . A G 158.79 PASS AF=1;AO=10;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1989;QD=45.3697;RBI=0.0674993;REFB=0;REVB=0.0358374;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105335;OID=.;OPOS=58879965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:10:14:1:3:7:0:0:5:9:0:0 chr19 58879976 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.048;QD=45.8057;RBI=0.0823934;REFB=0;REVB=0.0263937;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145541;OID=.;OPOS=58879976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr19 58898193 . C T 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.753;QD=56.1884;RBI=0.0324398;REFB=0;REVB=0.0323989;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280106;OID=.;OPOS=58898193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr19 58928302 . T C 1054.68 PASS AF=0.986111;AO=53;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0178;QD=58.5932;RBI=0.162955;REFB=-0.100471;REVB=0.162506;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00271205;OID=.;OPOS=58928302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:53:71:0.986111:21:32:1:0:38:33:1:0 chr19 58928786 . A G 803.99 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295747;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.342;QD=57.428;RBI=0.0345379;REFB=0;REVB=0.0178383;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69549e-05;OID=.;OPOS=58928786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr19 58929052 . G A 507.6 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647604;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9919;QD=59.7173;RBI=0.0647702;REFB=0;REVB=0.00113115;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158768;OID=.;OPOS=58929052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:35:34:1:16:19:0:0:15:19:0:0 chr19 58929136 . G A 109.22 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.119467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9759;QD=36.4064;RBI=0.131192;REFB=-0.126415;REVB=0.0542137;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0244732;OID=.;OPOS=58929136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:1:0:4:7:1:0 chr19 58945961 . AC A,AT 758.38 PASS AF=0.145455,0.854545;AO=16,36;DP=55;FAO=8,47;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=8,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640182,0.00386862;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.439,116.791;QD=55.1549;RBI=0.0299084,0.0498336;REFB=0,0;REVB=0.0292152,0.0496832;RO=0;SAF=0,22;SAR=16,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0295743,0.01336;OID=.,.;OPOS=58945962,58945962;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.145455,0.854545:16,36:55:8,47:55:0:0,22:8,25:0:0:16:0:0,22:16,14:0:0 chr19 58946056 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.446;QD=48.7373;RBI=0.0223126;REFB=0;REVB=0.00802289;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131147;OID=.;OPOS=58946056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 58951123 . T C 1614.31 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287806;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.22;QD=60.3482;RBI=0.0335587;REFB=0;REVB=0.0334351;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.189e-06;OID=.;OPOS=58951123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:106:107:1:48:58:0:0:48:59:0:0 chr19 58966644 . A T 1081.24 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.539;QD=60.0687;RBI=0.0426929;REFB=0;REVB=0.013595;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101977;OID=.;OPOS=58966644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:48:23:0:0:48:24:0:0 chr19 58968875 . A C 211.19 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204877;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.206;QD=49.6913;RBI=0.0216708;REFB=0;REVB=-0.00706267;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000330654;OID=.;OPOS=58968875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr19 58969179 . C A 691.9 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.042;QD=61.5023;RBI=0.0306219;REFB=0;REVB=0.0299181;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305805;OID=.;OPOS=58969179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:41:45:1:27:14:0:0:30:15:0:0 chr19 58982384 . A G 1121.67 PASS AF=1;AO=62;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.087;QD=59.0354;RBI=0.0668162;REFB=0;REVB=0.0251356;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394039;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:62:76:1:39:23:0:0:39:37:0:0 chr19 58989495 . A C 362.88 PASS AF=1;AO=21;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.957;QD=51.8395;RBI=0.0513666;REFB=0;REVB=0.0359684;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120461;OID=.;OPOS=58989495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:0:0:21:28:1:11:10:0:0:16:12:0:0 chr19 58991900 . G A 2320.84 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236895;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.16;QD=61.0748;RBI=0.0238672;REFB=0;REVB=-0.00290681;RO=0;SAF=88;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118269;OID=.;OPOS=58991900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:152:0:0:153:152:1:65:88:0:0:64:88:0:0 chr19 59082605 . C T 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0220288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.889;QD=21.5104;RBI=0.0224072;REFB=0.00470924;REVB=-0.00410052;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811402;STB=0.545635;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0032744;OID=.;OPOS=59082605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:10:9:8:13:10:9 chr19 59082639 . G A 174.79 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00715465;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.907;QD=11.6528;RBI=0.00760483;REFB=-0.0073782;REVB=0.00257768;RO=38;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235023;STB=0.63624;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0117559;OID=.;OPOS=59082639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:38:38:22:22:0.366667:8:14:16:22:8:14:16:22 chr20 138178 . GCCT GCT,GCTG 464.66 PASS AF=0.545455,0.0519481;AO=36,4;DP=71;FAO=42,4;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=25,4;FSAR=17,0;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.130541,-0.0455744;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=29.2976,28.8424;QD=24.1383;RBI=0.130605,0.0479787;REFB=0.0149618,0.0100727;REVB=-0.00407949,-0.0149977;RO=30;SAF=20,4;SAR=16,0;SRF=15;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0459741,0.605682;STB=0.534386,0.997154;STBP=0.526,0.039;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00748716,0.0252013;OID=.,.;OPOS=138179,138180;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455,0.0519481:36,4:71:42,4:77:31:25,4:17,0:16:15:99:30:20,4:16,0:15:15 chr20 139456 . G A 267.06 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0322515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.981;QD=20.1555;RBI=0.0806437;REFB=0.0157835;REVB=0.0739138;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206999;STB=0.511525;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.012897;OID=.;OPOS=139456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:15:13:11:14:15:13:11:14 chr20 139576 . C A 440.74 PASS AF=0.517241;AO=39;DP=79;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0160589;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.189;QD=20.2638;RBI=0.0172416;REFB=-0.0250444;REVB=0.00627572;RO=36;SAF=14;SAR=25;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278893;STB=0.515457;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.017889;OID=.;OPOS=139576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:87:36:42:39:45:0.517241:25:14:14:22:25:20:20:22 chr20 168728 . T A 462.6 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00204714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.998;QD=19.0763;RBI=0.00207241;REFB=-0.00770155;REVB=-0.000322656;RO=50;SAF=29;SAR=17;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234491;STB=0.625563;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00890324;OID=.;OPOS=168728;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:50:51:46:46:0.474227:17:29:19:31:17:29:20:31 chr20 238435 . CTGGTCT C,CTGCTCC 648.47 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=39,3;DP=44;FAO=39,3;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277116,-0.0128449;FXX=0.0454442;HRUN=1,2;LEN=6,4;MLLD=271.922,175.324;QD=61.7586;RBI=0.0390552,0.0293332;REFB=0,0;REVB=0.0275205,0.0263713;RO=0;SAF=15,2;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000159592,0.00626978;OID=.,.;OPOS=238436,238438;OREF=TGGTCT,GTCT;OALT=-,CTCC;OMAPALT=C,CTGCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.928571,0.0714286:39,3:44:39,3:42:0:15,2:24,1:0:0:21:0:15,2:24,1:0:0 chr20 256727 . T A 945.75 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.933;QD=57.3179;RBI=0.0597239;REFB=0;REVB=0.0588262;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255283;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:62:66:1:22:40:0:0:26:40:0:0 chr20 257733 . A G 728.82 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.011;QD=57.1624;RBI=0.0158524;REFB=0;REVB=0.00675082;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69524e-05;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:23:28:0:0 chr20 259969 . G C 3275.14 PASS AF=0.981818;AO=215;DP=220;FAO=216;FDP=220;FR=.;FRO=4;FSAF=89;FSAR=127;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0115647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.671;QD=59.548;RBI=0.0124375;REFB=-0.0679166;REVB=0.00457697;RO=4;SAF=88;SAR=127;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211582;STB=0.510988;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00109478;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:220:220:4:4:215:216:0.981818:127:88:4:0:127:89:4:0 chr20 278806 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.142;QD=57.3857;RBI=0.0433959;REFB=0;REVB=0.0315691;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146881;OID=.;OPOS=278806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:17:39:0:0:17:40:0:0 chr20 279483 . T C 363.58 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00177894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.934;QD=51.9393;RBI=0.00851654;REFB=0.0155302;REVB=0.00832867;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488217;STB=0.526296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=8.73686e-05;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:17:9:1:0:18:9:1:0 chr20 308189 . G C 921.66 PASS AF=0.570513;AO=85;DP=153;FAO=89;FDP=156;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0050456;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.511;QD=23.6324;RBI=0.0224415;REFB=-0.0197871;REVB=0.0218669;RO=68;SAF=32;SAR=53;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163217;STB=0.587226;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0275831;OID=.;OPOS=308189;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:68:67:85:89:0.570513:53:32:39:29:55:34:39:28 chr20 308193 . A G 913.99 PASS AF=0.564103;AO=88;DP=155;FAO=88;FDP=156;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0105471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.775;QD=23.4356;RBI=0.0105475;REFB=-0.0272641;REVB=-8.72729e-05;RO=66;SAF=33;SAR=55;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14933;STB=0.581948;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0155885;OID=.;OPOS=308193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:66:68:88:88:0.564103:55:33:37:29:55:33:38:30 chr20 308402 . TC AA 504.96 PASS AF=0.411765;AO=45;DP=125;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0182623;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.062;QD=14.8517;RBI=0.0184083;REFB=-0.0128726;REVB=0.0023137;RO=79;SAF=18;SAR=27;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493465;STB=0.502123;STBP=0.981;TYPE=mnp;VARB=0.015161;OID=.;OPOS=308402;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:136:79:80:45:56:0.411765:27:18:35:44:31:25:36:44 chr20 308923 . C A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00295629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.977;QD=28.5377;RBI=0.0180699;REFB=-0.0298491;REVB=0.0178265;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000531617;OID=.;OPOS=308923;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:0:1:6:1:0:1 chr20 309163 . T C 146.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00274285;FXX=0.0289813;HRUN=20;LEN=1;MLLD=143.793;QD=8.732;RBI=0.0183182;REFB=-0.00187247;REVB=-0.0181117;RO=39;SAF=4;SAR=16;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480356;STB=0.794883;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00714528;OID=.;OPOS=309163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:67:39:47:20:20:0.298507:16:4:24:15:16:4:29:18 chr20 309165 . T C 30.77 PASS AF=0.112903;AO=6;DP=55;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00803048;FXX=0;HRUN=20;LEN=1;MLLD=144.36;QD=1.9849;RBI=0.0265044;REFB=-0.00063047;REVB=-0.0252586;RO=48;SAF=4;SAR=2;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21612;STB=0.713675;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0352707;OID=.;OPOS=309165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:62:48:55:6:7:0.112903:2:4:23:25:2:5:26:29 chr20 309166 . T C 34.54 PASS AF=0.112903;AO=6;DP=61;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00519068;FXX=0.0158705;HRUN=20;LEN=1;MLLD=126.756;QD=2.22865;RBI=0.0384518;REFB=-0.000603476;REVB=-0.0380999;RO=50;SAF=4;SAR=2;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192629;STB=0.571225;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00839513;OID=.;OPOS=309166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:62:50:55:6:7:0.112903:2:4:25:25:3:4:27:28 chr20 309167 . T C 65.19 PASS AF=0.189655;AO=9;DP=62;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0115082;FXX=0.0937354;HRUN=20;LEN=1;MLLD=130.457;QD=4.49564;RBI=0.0270238;REFB=-0.00207939;REVB=-0.0244509;RO=45;SAF=1;SAR=8;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556001;STB=0.896249;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0209833;OID=.;OPOS=309167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:62:58:45:47:9:11:0.189655:8:1:25:20:10:1:26:21 chr20 309168 . T A 37.88 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00618355;FXX=0.12498;HRUN=20;LEN=1;MLLD=166.147;QD=2.70577;RBI=0.0350573;REFB=-0.0015058;REVB=-0.0345077;RO=49;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061743;STB=0.605763;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00701744;OID=.;OPOS=309168;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:64:56:49:49:8:7:0.125:4:4:27:22:4:3:27:22 chr20 309169 . T A 56.08 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00425623;FXX=0.0312451;HRUN=20;LEN=1;MLLD=162.27;QD=3.6182;RBI=0.046082;REFB=-0.00232577;REVB=-0.045885;RO=51;SAF=1;SAR=9;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.59567;STB=0.899201;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0286479;OID=.;OPOS=309169;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:64:62:51:52:10:10:0.16129:9:1:30:21:9:1:30:22 chr20 309692 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00744803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.629;QD=16.1192;RBI=0.0164007;REFB=0.00209052;REVB=-0.0146119;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410576;STB=0.52377;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00189262;OID=.;OPOS=309692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:7:6:5:7:7:6 chr20 309734 . A AAAGCT 180.45 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0119536;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=5;MLLD=222.696;QD=15.3571;RBI=0.0248762;REFB=-0.0108758;REVB=-0.021816;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468637;STB=0.526999;STBP=0.767;TYPE=ins;VARB=0.0154153;OID=.;OPOS=309735;OREF=-;OALT=AAGCT;OMAPALT=AAAGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404255:19:48:19:47:28:9:10:12:16:99:28:9:10:12:16 chr20 310269 . C G 412.87 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00492397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.474;QD=21.4479;RBI=0.0399697;REFB=-0.0190907;REVB=-0.0396653;RO=36;SAF=20;SAR=21;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104211;STB=0.557494;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0180104;OID=.;OPOS=310269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:21:20:22:14:21:20:22:14 chr20 310474 . T C 179.0 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00429133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.066;QD=12.5615;RBI=0.0316086;REFB=-0.00164475;REVB=-0.031316;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07608;STB=0.54382;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00308256;OID=.;OPOS=310474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:11:11:20:15:11:11:20:15 chr20 310493 . G C 174.64 PASS AF=0.359375;AO=20;DP=60;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0160798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.141;QD=10.9147;RBI=0.0304161;REFB=-0.0212101;REVB=0.0258182;RO=40;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567044;STB=0.580445;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0217349;OID=.;OPOS=310493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:40:41:20:23:0.359375:10:10:22:18:13:10:23:18 chr20 371972 . T C 1995.4 PASS AF=0.992308;AO=128;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0087789;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0834;QD=61.397;RBI=0.0282239;REFB=-0.00388811;REVB=-0.0268238;RO=1;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748343;STB=0.503936;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-6.0014e-06;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:131:130:1:1:128:129:0.992308:63:65:0:1:63:66:0:1 chr20 376857 . G A 463.07 PASS AF=0.529412;AO=44;DP=84;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00625232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.448;QD=21.7913;RBI=0.0782313;REFB=-0.0105596;REVB=0.077981;RO=40;SAF=27;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164202;STB=0.582901;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0063242;OID=.;OPOS=376857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:40:40:44:45:0.529412:17:27:17:23:18:27:17:23 chr20 377226 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.409;QD=54.5177;RBI=0.0491525;REFB=0;REVB=0.047351;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144918;OID=.;OPOS=377226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr20 377296 . G A 192.14 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0901372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4983;QD=13.7243;RBI=0.0929;REFB=-0.0314267;REVB=0.0224876;RO=31;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266625;STB=0.635674;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0473258;OID=.;OPOS=377296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:33:23:23:0.410714:8:15:12:19:8:15:14:19 chr20 397928 . C T 354.15 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0138537;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0498;QD=28.91;RBI=0.0181571;REFB=0.00315088;REVB=-0.0117369;RO=17;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544216;STB=0.546954;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00151448;OID=.;OPOS=397928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:17:19:30:30:0.612245:13:17:11:6:13:17:13:6 chr20 590542 . CG GC 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131268;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.09;QD=39.2068;RBI=0.0140015;REFB=0;REVB=-0.0048713;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00032053;OID=.;OPOS=590542;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr20 628890 . T C 320.83 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.078628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0484;QD=21.3888;RBI=0.0817635;REFB=0.000800091;REVB=-0.0224258;RO=27;SAF=25;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16431;STB=0.591473;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00223085;OID=.;OPOS=628890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:8:25:16:11:8:25:16:11 chr20 642319 . G T 112.76 PASS AF=0.2;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.124025;FXX=0.017854;HRUN=5;LEN=1;MLLD=24.4357;QD=8.20067;RBI=0.130438;REFB=-0.0430135;REVB=0.0403962;RO=31;SAF=1;SAR=10;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.740491;STB=0.936844;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0129763;OID=.;OPOS=642319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:53:55:31:34:11:11:0.2:10:1:25:6:10:1:26:8 chr20 642650 . G C 151.1 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00176033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4977;QD=20.1461;RBI=0.0651399;REFB=0.0179967;REVB=0.0651161;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330708;STB=0.687265;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0135639;OID=.;OPOS=642650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:5:11:4:10:5:11:4:10 chr20 741847 . A G 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00731348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.834;QD=15.8864;RBI=0.0347337;REFB=-0.0143523;REVB=-0.033955;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693685;STB=0.531586;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0185627;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:16:17:24:17:16:17:24:18 chr20 744570 . G A 2580.23 PASS AF=0.966102;AO=171;DP=177;FAO=171;FDP=177;FR=.;FRO=6;FSAF=109;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.02296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.567;QD=58.3102;RBI=0.0530926;REFB=-0.188656;REVB=0.0478713;RO=2;SAF=109;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151031;STB=0.517098;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000596514;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:177:177:2:6:171:171:0.966102:62:109:0:2:62:109:1:5 chr20 825678 . T C 784.9 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.594;QD=57.0838;RBI=0.0575314;REFB=0;REVB=0.00924383;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266003;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr20 826492 . G C 329.84 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00999181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.315;QD=15.7066;RBI=0.0233579;REFB=0.00212962;REVB=0.0211129;RO=48;SAF=10;SAR=26;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321838;STB=0.682216;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0100401;OID=.;OPOS=826492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:26:10:28:20:26:10:28:20 chr20 826666 . G T 153.24 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0415999;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.834;QD=20.4323;RBI=0.0431605;REFB=-0.0163575;REVB=-0.0115011;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235435;STB=0.634435;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0120119;OID=.;OPOS=826666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:14:16:16:0.533333:12:4:7:7:12:4:7:7 chr20 826710 . C T 89.65 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.079638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4848;QD=15.5914;RBI=0.114843;REFB=-0.028979;REVB=0.0827448;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343697;STB=0.519964;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.053602;OID=.;OPOS=826710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:5:7:6:5:5:7 chr20 853433 . GTTG GT,GTG,GTGG 778.96 PASS AF=0,1,0;AO=9,14,31;DP=59;FAO=0,58,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37,0;FSAR=0,21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.415378,-0.0445,-0.458821;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=14.3424,22.2599,16.5063;QD=53.7214;RBI=0.457253,0.0588933,0.484788;REFB=0,0,0;REVB=-0.191159,-0.0385768,0.156535;RO=0;SAF=0,5,29;SAR=9,9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00242121,-0.0188972;OID=.,.,.;OPOS=853435,853434,853435;OREF=TG,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=GT,GTG,GTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:9,14,31:59:0,58,0:58:0:0,37,0:0,21,0:0:0:4:0:0,5,29:9,9,2:0:0 chr20 854940 . T C 262.76 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0718493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.451;QD=47.7752;RBI=0.0906706;REFB=-0.1032;REVB=0.0553068;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00660514;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:9:12:0:1:9:12:0:1 chr20 939130 . T A 239.85 PASS AF=0.421875;AO=28;DP=68;FAO=27;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00948525;FXX=0.0302984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.3651;QD=14.9908;RBI=0.0332113;REFB=-0.0662221;REVB=0.031828;RO=29;SAF=22;SAR=6;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118726;STB=0.588714;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000807301;OID=.;OPOS=939130;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:64:29:35:28:27:0.421875:6:22:20:9:6:21:23:12 chr20 939161 . A G 269.14 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0310213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1465;QD=16.5623;RBI=0.0714713;REFB=0.000274095;REVB=0.0643881;RO=35;SAF=21;SAR=9;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161449;STB=0.509085;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00146282;OID=.;OPOS=939161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:9:21:24:11:9:21:24:11 chr20 1115919 . A G 346.84 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083799;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9023;QD=55.495;RBI=0.0852954;REFB=0;REVB=0.0159068;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382574;OID=.;OPOS=1115919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr20 1285933 . G A 1124.94 PASS AF=0.950617;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0224202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.984;QD=55.5525;RBI=0.0330244;REFB=-0.177528;REVB=0.0242476;RO=1;SAF=53;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884626;STB=0.524746;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00314073;OID=.;OPOS=1285933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:80:81:1:4:76:77:0.950617:23:53:1:0:24:53:1:3 chr20 1291076 . G C 284.27 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0284976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.123;QD=12.9213;RBI=0.0297768;REFB=-0.0172249;REVB=0.00863401;RO=51;SAF=8;SAR=25;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145297;STB=0.617716;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00820509;OID=.;OPOS=1291076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:55:33:33:0.375:25:8:18:33:25:8:22:33 chr20 1293008 . C T 467.85 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.00163705;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.828;QD=17.9944;RBI=0.00643457;REFB=-0.00908507;REVB=0.00622284;RO=52;SAF=28;SAR=22;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229;STB=0.625235;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0133539;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:52:54:50:50:0.480769:22:28:16:36:22:28:17:37 chr20 1293247 . C T 444.26 PASS AF=0.551282;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0262219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2778;QD=22.7827;RBI=0.0313802;REFB=-0.0448198;REVB=-0.0172374;RO=33;SAF=29;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152929;STB=0.577268;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0408129;OID=.;OPOS=1293247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:35:42:43:0.551282:13:29:17:16:13:30:19:16 chr20 1298794 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000159703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.691;QD=62.9825;RBI=0.02745;REFB=0;REVB=0.0274496;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167902;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr20 1350709 . T C 226.3 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0077747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.073;QD=15.6067;RBI=0.00790838;REFB=-0.0117701;REVB=-0.00144791;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144906;STB=0.589406;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.017858;OID=.;OPOS=1350709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:14:12:19:12:14:12:20:12 chr20 1424303 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.433;QD=63.2851;RBI=0.0464944;REFB=0;REVB=-0.00483413;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016634;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr20 1426393 . C T 3217.46 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.266;QD=61.8742;RBI=0.0562244;REFB=0;REVB=-0.0089114;RO=0;SAF=92;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26984e-05;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:208:208:1:116:92:0:0:116:92:0:0 chr20 1459060 . T G 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4682;QD=58.0585;RBI=0.0230236;REFB=0;REVB=0.0184827;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91405e-05;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr20 1532595 . T C 556.41 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0166923;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.217;QD=18.547;RBI=0.0177069;REFB=-0.012635;REVB=-0.00590766;RO=60;SAF=30;SAR=28;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922801;STB=0.558719;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0219973;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:60:62:58:58:0.483333:28:30:25:35:28:30:25:37 chr20 1546911 . C G 166.17 PASS AF=0.461538;AO=16;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0145936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.385;QD=17.0426;RBI=0.0446192;REFB=-0.0198524;REVB=-0.0421651;RO=18;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964265;STB=0.555492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0142125;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:21:16:18:0.461538:4:12:12:6:6:12:12:9 chr20 1551485 . C T 117.99 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0131214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3138;QD=12.756;RBI=0.0265385;REFB=-0.0255436;REVB=-0.0230677;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068991;STB=0.540483;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0478154;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:10:13:7:7:10:13 chr20 1552430 . T C 1582.57 PASS AF=0.551471;AO=149;DP=272;FAO=150;FDP=272;FR=.;FRO=122;FSAF=68;FSAR=82;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=-0.0171947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.183;QD=23.2731;RBI=0.0172618;REFB=-0.0238079;REVB=0.00152143;RO=123;SAF=67;SAR=82;SRF=56;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00471488;STB=0.501137;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0178904;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:123:122:149:150:0.551471:82:67:56:67:82:68:55:67 chr20 1592152 . AGG GAC 43.59 PASS AF=0.0747664;AO=16;DP=215;FAO=16;FDP=214;FR=.;FRO=198;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=79;FSRR=119;FWDB=-0.0307898;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=3;MLLD=187.796;QD=0.814708;RBI=0.032528;REFB=-0.00346527;REVB=-0.0104908;RO=196;SAF=5;SAR=11;SRF=77;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967929;STB=0.586927;STBP=0.506;TYPE=mnp;VARB=0.07768;OID=.;OPOS=1592152;OREF=AGG;OALT=GAC;OMAPALT=GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:215:214:196:198:16:16:0.0747664:11:5:77:119:11:5:79:119 chr20 1592175 . T G 79.88 PASS AF=0.105505;AO=17;DP=216;FAO=23;FDP=218;FR=.;FRO=195;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=74;FSRR=121;FWDB=0.00971017;FXX=0.0224205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.73;QD=1.4657;RBI=0.00994303;REFB=-0.00308442;REVB=0.00213925;RO=198;SAF=5;SAR=12;SRF=77;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117125;STB=0.62146;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0282593;OID=.;OPOS=1592175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:216:218:198:195:17:23:0.105505:12:5:77:121:17:6:74:121 chr20 1592193 . C T 104.17 PASS AF=0.125628;AO=22;DP=196;FAO=25;FDP=199;FR=.;FRO=174;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=112;FWDB=0.0080764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.22;QD=2.0939;RBI=0.00816974;REFB=-0.00298509;REVB=-0.00123147;RO=174;SAF=7;SAR=15;SRF=62;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522575;STB=0.577073;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0207885;OID=.;OPOS=1592193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:199:174:174:22:25:0.125628:15:7:62:112:18:7:62:112 chr20 1592215 . C G 109.24 PASS AF=0.139665;AO=23;DP=177;FAO=25;FDP=179;FR=.;FRO=154;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=100;FWDB=-0.0188258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7151;QD=2.44114;RBI=0.0352256;REFB=-0.0125732;REVB=0.029773;RO=154;SAF=7;SAR=16;SRF=54;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656873;STB=0.570627;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0848393;OID=.;OPOS=1592215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:154:154:23:25:0.139665:16:7:54:100:18:7:54:100 chr20 1592265 . A G 148.93 PASS AF=0.188406;AO=26;DP=138;FAO=26;FDP=138;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=71;FWDB=-0.0424582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4516;QD=4.31691;RBI=0.052462;REFB=-0.00180134;REVB=-0.030815;RO=112;SAF=7;SAR=19;SRF=41;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142008;STB=0.591366;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0121607;OID=.;OPOS=1592265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:112:112:26:26:0.188406:19:7:41:71:19:7:41:71 chr20 1592284 . G A 162.72 PASS AF=0.238095;AO=25;DP=105;FAO=25;FDP=105;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.0520808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.48;QD=6.1987;RBI=0.052273;REFB=-0.0148961;REVB=-0.00447802;RO=80;SAF=7;SAR=18;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150999;STB=0.593157;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0535612;OID=.;OPOS=1592284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:80:80:25:25:0.238095:18:7:31:49:18:7:31:49 chr20 1592312 . T C 145.15 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.01869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.946;QD=8.79688;RBI=0.0188214;REFB=-0.00382222;REVB=0.00222017;RO=42;SAF=4;SAR=16;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259332;STB=0.695436;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00837684;OID=.;OPOS=1592312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:46:20:20:0.30303:16:4:16:26:16:4:20:26 chr20 1592343 . T C 44.79 PASS AF=0.25;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0609025;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0624;QD=6.39814;RBI=0.070261;REFB=-0.00430102;REVB=-0.0350357;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210547;STB=0.617624;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00405035;OID=.;OPOS=1592343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:29:28:22:21:7:7:0.25:5:2:10:12:5:2:9:12 chr20 1600524 . T C 245.98 PASS AF=0.432836;AO=27;DP=65;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0042355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.785;QD=14.6852;RBI=0.0169666;REFB=-0.0128492;REVB=-0.0164295;RO=37;SAF=9;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190486;STB=0.606308;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0206186;OID=.;OPOS=1600524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:37:38:27:29:0.432836:18:9:19:18:19:10:20:18 chr20 1895889 . G C 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6304;QD=44.6845;RBI=0.0674753;REFB=0;REVB=0.0653898;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366094;OID=.;OPOS=1895889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr20 1895950 . CCT GTC 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039655;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=228.594;QD=50.4135;RBI=0.0409062;REFB=0;REVB=0.0100398;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000240011;OID=.;OPOS=1895950;OREF=CCT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr20 1895963 . A G 508.08 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.399;QD=56.4531;RBI=0.0150829;REFB=0.10391;REVB=-0.000120406;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022817;STB=0.512188;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00162488;OID=.;OPOS=1895963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:0:1:20:15:0:1 chr20 1895965 . C A 527.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.447;QD=57.0716;RBI=0.144427;REFB=0;REVB=0.0989567;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00871868;OID=.;OPOS=1895965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:19:16:0:0:21:16:0:0 chr20 1895984 . C A 1138.56 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015479;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.889;QD=60.723;RBI=0.025172;REFB=0;REVB=0.0198502;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129357;OID=.;OPOS=1895984;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr20 1895990 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.421;QD=61.5363;RBI=0.0222079;REFB=0;REVB=0.0100426;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43462e-05;OID=.;OPOS=1895990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr20 1896050 . CCCGA C,CC 972.27 PASS AF=0,1;AO=10,69;DP=80;FAO=0,77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630256,-0.00159363;FXX=0.0374953;HRUN=4,4;LEN=4,3;MLLD=269.533,292.674;QD=50.5075;RBI=0.0224343,0.0250395;REFB=0,0;REVB=0.0215308,0.0249887;RO=0;SAF=1,33;SAR=9,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.576471,0.576471;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,-4.36169e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0289818,0.000838685;OID=.,.;OPOS=1896051,1896052;OREF=CCGA,CGA;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:10,69:80:0,77:77:0:0,33:0,44:0:0:17:0:1,33:9,36:0:0 chr20 1896059 . GT AC 1212.31 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774663;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.548;QD=61.3829;RBI=0.0173419;REFB=0;REVB=0.0155155;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.51731e-05;OID=.;OPOS=1896059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr20 1896100 . C T 1312.81 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161349;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.554;QD=61.7791;RBI=0.0345252;REFB=0;REVB=0.030523;RO=1;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997231;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289384;OID=.;OPOS=1896100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:1:0:84:85:1:47:37:0:1:48:37:0:0 chr20 1918415 . C A 239.99 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0744684;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.1168;QD=21.3322;RBI=0.098742;REFB=-0.0094755;REVB=0.0648418;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044545;STB=0.508467;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0125722;OID=.;OPOS=1918415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:22:23:23:0.511111:15:8:6:14:15:8:8:14 chr20 1918427 . T C 229.47 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0235604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1245;QD=22.3874;RBI=0.0261865;REFB=-0.0259872;REVB=0.0114298;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426887;STB=0.50239;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0243001;OID=.;OPOS=1918427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:14:8:7:12:14:8:7:12 chr20 1959939 . G A 1971.74 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.925;QD=62.1021;RBI=0.0207976;REFB=0;REVB=0.00782474;RO=0;SAF=54;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19923e-05;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:72:54:0:0:72:55:0:0 chr20 2082767 . G A 229.8 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8126;QD=45.9591;RBI=0.080188;REFB=-0.0211271;REVB=-0.0732789;RO=1;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101694;STB=0.555494;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00569356;OID=.;OPOS=2082767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:4:15:0:1:4:15:0:1 chr20 2097688 . T C 1182.08 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.586;QD=60.6197;RBI=0.0428535;REFB=0;REVB=0.0364558;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81119e-05;OID=.;OPOS=2097688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:32:44:0:0:32:46:0:0 chr20 2127684 . C T 2908.22 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5412;QD=62.8803;RBI=0.0155121;REFB=0;REVB=0.0152293;RO=0;SAF=80;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30048e-05;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:185:185:1:105:80:0:0:105:80:0:0 chr20 2127930 . C T 696.23 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0806608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5795;QD=52.5457;RBI=0.108805;REFB=-0.178888;REVB=0.0730238;RO=3;SAF=21;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947822;STB=0.51666;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0112724;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:53:3:2:50:51:0.962264:29:21:1:2:29:22:0:2 chr20 2290333 . C A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.405;QD=58.1405;RBI=0.0329074;REFB=0;REVB=0.0218135;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388243;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr20 2321105 . G C 1611.71 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00893185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.413;QD=58.0797;RBI=0.0210951;REFB=0.034512;REVB=-0.0191109;RO=2;SAF=38;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131834;STB=0.506943;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000211034;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:71:38:0:2:71:38:0:2 chr20 2378575 . C T 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0169567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9754;QD=19.8479;RBI=0.0543829;REFB=-0.0209826;REVB=0.0516718;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00420983;STB=0.502389;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0200142;OID=.;OPOS=2378575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:7:8:7:6:7:8:7:6 chr20 2398017 . G A 3043.98 PASS AF=1;AO=175;DP=178;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495231;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.181;QD=62.4407;RBI=0.0755822;REFB=0;REVB=0.0570975;RO=0;SAF=108;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402098;OID=.;OPOS=2398017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:178:195:0:0:175:195:1:67:108:0:0:81:114:0:0 chr20 2539387 . G A 250.58 PASS AF=0.521739;AO=13;DP=43;FAO=24;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0328783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4647;QD=21.7895;RBI=0.144755;REFB=-0.10924;REVB=0.140972;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.609466;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0962551;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:20:22:13:24:0.521739:6:7:11:9:17:7:11:11 chr20 2591232 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.853;QD=57.545;RBI=0.0319084;REFB=0;REVB=0.0246686;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123779;OID=.;OPOS=2591232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr20 2593863 . T C 1589.78 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.494;QD=59.9918;RBI=0.0181343;REFB=0;REVB=0.0138238;RO=0;SAF=67;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69917e-05;OID=.;OPOS=2593863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:39:67:0:0:39:67:0:0 chr20 2618140 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.934;QD=59.8556;RBI=0.00965065;REFB=0;REVB=0.00796526;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72083e-05;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr20 2633936 . T C 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.727;QD=60.7131;RBI=0.0470467;REFB=0;REVB=-0.0375512;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30852e-05;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr20 2637071 . T C 227.11 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.000572966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.193;QD=18.5397;RBI=0.00429574;REFB=-0.0066037;REVB=-0.00425736;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102583;STB=0.547488;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0082293;OID=.;OPOS=2637071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:26:22:23:0.469388:9:13:18:8:9:14:18:8 chr20 2644407 . C G 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8331;QD=57.1038;RBI=0.0722881;REFB=0;REVB=-0.0680881;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235698;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr20 2739583 . T C 141.76 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0370067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.037;QD=9.61064;RBI=0.045549;REFB=-0.00655418;REVB=-0.0265559;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163039;STB=0.584752;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0141684;OID=.;OPOS=2739583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:10:9:13:26:10:9:14:26 chr20 2797015 . G A 223.66 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0195368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.432;QD=19.4483;RBI=0.0307362;REFB=-0.0413195;REVB=0.0237282;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404908;STB=0.523788;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0362362;OID=.;OPOS=2797015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:24:22:22:0.478261:10:12:11:11:10:12:12:12 chr20 2816821 . C T 39.49 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0118831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5869;QD=17.5519;RBI=0.0789885;REFB=-0.0500569;REVB=0.0780896;RO=3;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.73361;STB=0.58791;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0607364;OID=.;OPOS=2816821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:9:3:3:5:6:0.666667:0:5:2:1:1:5:2:1 chr20 2840773 . C T 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00340057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.949;QD=15.9152;RBI=0.00412377;REFB=-0.0129871;REVB=-0.00233271;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775368;STB=0.543807;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0187337;OID=.;OPOS=2840773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:17:11:16:18:17:11:16:18 chr20 2945759 . C T 387.76 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00934594;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.183;QD=23.8618;RBI=0.00996515;REFB=-0.00620079;REVB=0.00345798;RO=27;SAF=20;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590889;STB=0.503245;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00401069;OID=.;OPOS=2945759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:18:20:14:13:18:20:14:13 chr20 2996497 . C T 729.38 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.173;QD=57.2059;RBI=0.0231216;REFB=0;REVB=0.0188564;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09831e-06;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:26:25:0:0 chr20 3025107 . C T 190.75 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0590818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7304;QD=15.8957;RBI=0.115483;REFB=-0.0438688;REVB=-0.0992251;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114232;STB=0.541625;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0303697;OID=.;OPOS=3025107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:26:28:20:20:0.416667:10:10:16:10:10:10:16:12 chr20 3193978 . G A 1190.65 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00361021;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.8983;QD=58.0804;RBI=0.107805;REFB=-0.034542;REVB=0.107744;RO=1;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937498;STB=0.503246;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00772767;OID=.;OPOS=3193978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:82:1:2:79:80:0.97561:50:29:0:1:50:30:1:1 chr20 3204084 . G A 2241.04 PASS AF=0.986842;AO=146;DP=148;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0455681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.2;QD=58.9746;RBI=0.0682468;REFB=-0.11173;REVB=0.0508053;RO=2;SAF=90;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166788;STB=0.508771;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00280429;OID=.;OPOS=3204084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:148:152:2:2:146:150:0.986842:56:90:0:2:56:94:0:2 chr20 3214581 . C T 110.66 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0343271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.374;QD=14.279;RBI=0.0343845;REFB=-0.00580092;REVB=0.00198541;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566036;STB=0.554372;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00470004;OID=.;OPOS=3214581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:12:13:0.419355:6:6:10:8:7:6:10:8 chr20 3214819 . T G 536.43 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.018417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.034;QD=26.4904;RBI=0.0197023;REFB=-0.0257273;REVB=0.00699951;RO=32;SAF=19;SAR=30;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375431;STB=0.520496;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0118282;OID=.;OPOS=3214819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:32:49:49:0.604938:30:19:14:18:30:19:14:18 chr20 3218634 . G C 1428.1 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0896772;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9661;QD=61.4236;RBI=0.112325;REFB=-0.0865789;REVB=-0.0676381;RO=1;SAF=38;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123103;STB=0.506328;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=2.36983e-05;OID=.;OPOS=3218634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:91:92:0.989247:53:38:1:0:53:39:1:0 chr20 3232031 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0458214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.974;QD=19.0581;RBI=0.0468526;REFB=0.00107699;REVB=-0.00977548;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238133;STB=0.513499;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00178729;OID=.;OPOS=3232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:10:10:10:9:10:10 chr20 3235916 . T C 445.71 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.0527519;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4836;QD=15.1089;RBI=0.0674192;REFB=-0.011369;REVB=-0.0419831;RO=65;SAF=16;SAR=34;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328039;STB=0.687257;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.016019;OID=.;OPOS=3235916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:65:68:50:50:0.423729:34:16:42:23:34:16:44:24 chr20 3275239 . G A 448.42 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0170012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4749;QD=15.734;RBI=0.0204494;REFB=-0.0259467;REVB=-0.0113639;RO=64;SAF=20;SAR=30;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227183;STB=0.512722;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0341365;OID=.;OPOS=3275239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:30:20:27:37:30:20:27:37 chr20 3285140 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7228;QD=57.6793;RBI=0.0600769;REFB=0;REVB=0.0263799;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277615;OID=.;OPOS=3285140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr20 3362033 . T C 141.61 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.000993424;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.246;QD=17.165;RBI=0.0781328;REFB=-0.00760739;REVB=0.0781265;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406112;STB=0.738159;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0165119;OID=.;OPOS=3362033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:17:15:16:0.484848:11:4:12:5:12:4:12:5 chr20 3564672 . C T 1364.03 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.48;QD=61.3047;RBI=0.0196318;REFB=-0.131017;REVB=0.00988336;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000378152;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:49:39:0:0:49:39:1:0 chr20 3628918 . T C 820.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228201;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.773;QD=57.5962;RBI=0.0269747;REFB=0;REVB=0.0143833;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78582e-05;OID=.;OPOS=3628918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr20 3640823 . C T 122.34 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00455356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.05;QD=15.7853;RBI=0.00519096;REFB=-0.00644115;REVB=0.00249224;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930297;STB=0.555476;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00911627;OID=.;OPOS=3640823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:17:14:14:0.451613:6:8:6:7:6:8:8:9 chr20 3649632 . ATCTGGACT A 66.6 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00343214;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=8;MLLD=288.61;QD=9.86643;RBI=0.00355496;REFB=-0.000573199;REVB=0.000926344;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30146;STB=0.705928;STBP=0.163;TYPE=del;VARB=0.00121261;OID=.;OPOS=3649633;OREF=TCTGGACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:9:28:9:27:18:7:2:9:9:66:17:7:2:9:8 chr20 3651742 . C G 474.76 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0133446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.93;QD=21.5798;RBI=0.0397334;REFB=-0.0190125;REVB=-0.0374254;RO=42;SAF=30;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218002;STB=0.620532;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0124685;OID=.;OPOS=3651742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:16:30:17:25:16:30:17:25 chr20 3655504 . G A 318.26 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0681543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.722;QD=16.1142;RBI=0.0753945;REFB=-0.015053;REVB=0.0322386;RO=44;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693793;STB=0.532265;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0111865;OID=.;OPOS=3655504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:44:44:34:35:0.443038:21:13:14:30:22:13:14:30 chr20 3672836 . G A 325.97 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0043452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5092;QD=29.6333;RBI=0.0199769;REFB=-0.0266567;REVB=0.0194986;RO=16;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649484;STB=0.535689;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00945711;OID=.;OPOS=3672836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:15:13:9:7:15:13:9:7 chr20 3675333 . G A 356.94 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0222701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0929;QD=17.4119;RBI=0.026898;REFB=-0.0218428;REVB=-0.0150847;RO=44;SAF=25;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200685;STB=0.612522;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0625855;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:13:25:20:24:13:25:20:24 chr20 3675498 . T G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.754;QD=51.9167;RBI=0.0436596;REFB=0;REVB=0.0358676;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140624;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr20 3677357 . T C 849.11 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0940674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0044;QD=57.5667;RBI=0.103674;REFB=0;REVB=-0.0435846;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535066;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr20 3677736 . T G 235.89 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00316939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.73;QD=22.4661;RBI=0.0213256;REFB=-0.0329552;REVB=-0.0210888;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280213;STB=0.506324;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0414114;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:12:10:8:11:13:10:8:11 chr20 3682011 . G A 536.72 PASS AF=0.518868;AO=54;DP=105;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00779053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.269;QD=20.2536;RBI=0.0133604;REFB=-0.00977445;REVB=0.010854;RO=51;SAF=32;SAR=22;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159452;STB=0.590876;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00647361;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:51:51:54:55:0.518868:22:32:21:30:22:33:21:30 chr20 3682242 . C T 203.82 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0138771;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.591;QD=21.4547;RBI=0.0191229;REFB=-0.0169449;REVB=0.0131572;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132178;STB=0.574393;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0143646;OID=.;OPOS=3682242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:18:20:20:0.526316:8:12:8:10:8:12:8:10 chr20 3682275 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0392989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.45;QD=12.9748;RBI=0.0427324;REFB=-0.0258763;REVB=0.0167825;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292886;STB=0.517213;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0371067;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:11:7:5:7:11:7 chr20 3684022 . A G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.00389339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.407;QD=13.7531;RBI=0.0191457;REFB=-0.0144141;REVB=-0.0187457;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189652;STB=0.583231;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0118905;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:10:5:4:18:10:5:5:18 chr20 3684729 . T C 182.89 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0317605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6893;QD=17.4182;RBI=0.0335479;REFB=0.00584687;REVB=0.0108043;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668713;STB=0.538218;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.033816;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:13:10:7:12:13:10 chr20 3686436 . C T 528.7 PASS AF=0.401316;AO=61;DP=154;FAO=61;FDP=152;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.00488197;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.755;QD=13.9132;RBI=0.00974775;REFB=-0.0114639;REVB=-0.00843712;RO=91;SAF=29;SAR=32;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03829;STB=0.521553;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0151748;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:91:91:61:61:0.401316:32:29:40:51:32:29:40:51 chr20 3842975 . CT CTC,TC 47.38 PASS AF=0.241935,0;AO=16,4;DP=62;FAO=15,0;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=3,0;FSAR=12,0;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0801974,-0.0399488;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=12.6042,29.2386;QD=3.05659;RBI=0.17549,0.108283;REFB=-0.0924319,-0.0173455;REVB=-0.156093,-0.100644;RO=42;SAF=4,0;SAR=12,4;SRF=32;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.560365,-0.694845;STB=0.846648,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.119997,0.0987231;OID=.,.;OPOS=3842977,3842975;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:62:62:42:47:16,4:15,0:0.241935,0:12,4:4,0:32:10:12,0:3,0:33:14 chr20 3842984 . C T 211.81 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0138805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.859;QD=12.4596;RBI=0.015702;REFB=-0.0153092;REVB=-0.00734055;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933606;STB=0.567516;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0238954;OID=.;OPOS=3842984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:42:26:26:0.382353:14:12:22:18:14:12:24:18 chr20 3870557 . CGGGGGCC CGGGGCC,CGGGGC,CGGGGG 576.87 PASS AF=0,1,0;AO=11,10,14;DP=68;FAO=0,68,0;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27,0;FSAR=0,41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.738632,-0.0872164,-0.513891;FXX=0;HRUN=5,5,7;LEN=1,2,2;MLLD=7.52561,13.123,7.84432;QD=33.9335;RBI=0.739396,0.280871,0.572627;REFB=0,0,0;REVB=0.0336162,0.266986,0.252621;RO=5;SAF=0,0,14;SAR=11,10,0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0.305556,0.305556,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.854469;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.0314838,0.00695042,0;OID=.,.,.;OPOS=3870558,3870562,3870563;OREF=G,GC,CC;OALT=-,-,-;OMAPALT=CGGGGCC,CGGGGC,CGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:11,10,14:68:0,68,0:68:0:0,27,0:0,41,0:0:0:12:5:0,0,14:11,10,0:0:5 chr20 4053254 . A G 2552.53 PASS AF=0.988166;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.012201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.693;QD=60.4148;RBI=0.016247;REFB=-0.0509934;REVB=0.0107284;RO=1;SAF=73;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503622;STB=0.500756;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000881649;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:169:1:2:167:167:0.988166:94:73:0:1:94:73:1:1 chr20 4124037 . TACACACACACACACAC T,TACACACACACAC,TACACACACACACAC 123.9 PASS AF=0.5,0.166667,0.333333;AO=6,2,2;DP=12;FAO=6,2,4;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2,1;FSAR=0,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715676,-0.0185115,-0.0311778;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=16,4,2;MLLD=716.81,79.5525,69.9301;QD=41.2991;RBI=0.0076644,0.0298212,0.0852617;REFB=0,0,0;REVB=0.00274294,-0.0233801,0.0793568;RO=0;SAF=6,2,0;SAR=0,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0136263,0.0299616,-0.0130306;OID=.,.,.;OPOS=4124038,4124038,4124038;OREF=ACACACACACACACAC,ACAC,AC;OALT=-,-,-;OMAPALT=T,TACACACACACAC,TACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.5,0.166667,0.333333:6,2,2:12:6,2,4:12:0:6,2,1:0,0,3:0:0:24:0:6,2,0:0,0,2:0:0 chr20 4163302 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.964;QD=61.3363;RBI=0.0665802;REFB=0;REVB=0.0211817;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020085;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr20 4164283 . A G 851.54 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.255;QD=57.7312;RBI=0.0442232;REFB=0;REVB=0.0281716;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162135;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:34:25:0:0 chr20 4705718 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00467524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.207;QD=14.9787;RBI=0.00718585;REFB=-0.044053;REVB=-0.00545697;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216798;STB=0.624776;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0203785;OID=.;OPOS=4705718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:9:2:4:6:9:2 chr20 4705756 . T C 68.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0331521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.144;QD=15.2893;RBI=0.0408883;REFB=-0.0522895;REVB=-0.023933;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0816709;OID=.;OPOS=4705756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:5:4:4:5:5:4 chr20 4705865 . T C 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00539345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.387;QD=12.5921;RBI=0.0285701;REFB=-0.0145942;REVB=-0.0280563;RO=48;SAF=15;SAR=14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413156;STB=0.523708;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0243962;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:14:15:23:25:14:15:23:25 chr20 4705924 . G A 478.96 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.00261845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.172;QD=15.5758;RBI=0.0281416;REFB=-0.0106128;REVB=0.0280195;RO=70;SAF=26;SAR=27;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492923;STB=0.502761;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0112506;OID=.;OPOS=4705924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:70:53:53:0.430894:27:26:34:36:27:26:34:36 chr20 4706310 . T C 354.92 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0509515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7312;QD=16.3183;RBI=0.0693859;REFB=-0.00925567;REVB=0.0470994;RO=49;SAF=9;SAR=29;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902986;STB=0.551041;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.014155;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:29:9:15:34:29:9:15:34 chr20 4707066 . G C 304.98 PASS AF=0.52381;AO=31;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.000693522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.084;QD=19.3636;RBI=0.00385008;REFB=-0.0091385;REVB=-0.00378711;RO=29;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115448;STB=0.553282;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0114477;OID=.;OPOS=4707066;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:31:33:0.52381:13:18:13:16:15:18:13:17 chr20 4707388 . G T 193.37 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0154486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.212;QD=13.8124;RBI=0.0167018;REFB=-0.023962;REVB=-0.00634765;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126892;STB=0.574067;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0256372;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:33:22:23:0.410714:13:9:17:15:14:9:17:16 chr20 4707861 . G A 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0119311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4707;QD=15.2676;RBI=0.0210931;REFB=0.0082999;REVB=0.0173945;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188416;STB=0.596826;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0154165;OID=.;OPOS=4707861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:14:12:21:11:14:12:21:12 chr20 4708130 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0615023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.709;QD=13.6308;RBI=0.0684611;REFB=0.0274159;REVB=0.030073;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337293;STB=0.519951;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0242886;OID=.;OPOS=4708130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:7:2:2:6:7:2 chr20 4708318 . C T 182.33 PASS AF=0.365079;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0156703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.258;QD=11.5762;RBI=0.0183066;REFB=-0.0112797;REVB=-0.00946439;RO=39;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221359;STB=0.61613;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0203462;OID=.;OPOS=4708318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:22:23:0.365079:8:14:17:22:9:14:17:23 chr20 4708713 . T C 65.72 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0207103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.195;QD=11.4295;RBI=0.0223379;REFB=-0.00492225;REVB=-0.00837061;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163296;STB=0.509782;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0127654;OID=.;OPOS=4708713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:6:8:5:4:6:8 chr20 4708778 . T C 78.88 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.218158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.111;QD=15.0247;RBI=0.219612;REFB=-0.00859491;REVB=-0.0252241;RO=10;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.6894;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0179033;OID=.;OPOS=4708778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:11:9:10:0.47619:9:0:0:10:9:1:0:11 chr20 4713176 . A G 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0630045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.142;QD=18.9382;RBI=0.0656119;REFB=-0.0280477;REVB=0.0183126;RO=29;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106456;STB=0.559283;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0249221;OID=.;OPOS=4713176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:15:15:18:11:15:15:18:11 chr20 4762577 . C G 497.86 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00487856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.344;QD=18.1039;RBI=0.0150733;REFB=-0.0101234;REVB=0.014262;RO=57;SAF=25;SAR=28;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346576;STB=0.519224;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0106989;OID=.;OPOS=4762577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:28:25:29:28:28:25:29:28 chr20 4762869 . G A 572.42 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0064276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.161;QD=22.016;RBI=0.00664758;REFB=-0.0133996;REVB=0.00169593;RO=47;SAF=26;SAR=31;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973303;STB=0.553366;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0107531;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:47:57:57:0.548077:31:26:27:20:31:26:27:20 chr20 4764629 . G A 430.15 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0194571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.513;QD=22.6394;RBI=0.0239574;REFB=-0.0329282;REVB=-0.0139777;RO=34;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00456233;STB=0.502511;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0276567;OID=.;OPOS=4764629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:20:22:18:16:20:22:18:16 chr20 4764682 . T C 184.68 PASS AF=0.396552;AO=20;DP=54;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0149249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.315;QD=12.7362;RBI=0.015294;REFB=-0.0185065;REVB=-0.00333954;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543356;STB=0.52172;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0296883;OID=.;OPOS=4764682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:34:35:20:23:0.396552:11:9:17:17:12:11:18:17 chr20 4834338 . C T 431.35 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0241454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.152;QD=25.752;RBI=0.024241;REFB=-0.0187052;REVB=-0.00215131;RO=26;SAF=10;SAR=31;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24292;STB=0.633661;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0105862;OID=.;OPOS=4834338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:31:10:14:12:31:10:14:12 chr20 4836440 . C T 433.3 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00476579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.891;QD=18.0542;RBI=0.00476604;REFB=-0.0131471;REVB=-4.87492e-05;RO=52;SAF=21;SAR=23;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716569;STB=0.539982;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0164098;OID=.;OPOS=4836440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:23:21:21:31:23:21:21:31 chr20 4854682 . A G 346.29 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0297545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.049;QD=16.8921;RBI=0.0300697;REFB=-0.00664351;REVB=-0.004342;RO=45;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549554;STB=0.530789;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00781119;OID=.;OPOS=4854682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:21:16:17:28:21:16:17:28 chr20 4880308 . G A 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00532336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.803;QD=15.4996;RBI=0.0261652;REFB=-0.0159208;REVB=0.025618;RO=40;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812701;STB=0.545926;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0210414;OID=.;OPOS=4880308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:13:18:20:20:13:18:20:20 chr20 5283256 . C G 769.25 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8596;QD=56.9813;RBI=0.0988138;REFB=0;REVB=-0.0898495;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000567526;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr20 5283316 . G C 179.72 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.010344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.986;QD=15.6276;RBI=0.0104032;REFB=-0.00865205;REVB=0.00110788;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134389;STB=0.576846;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00929739;OID=.;OPOS=5283316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:8:19:11:8:8:19 chr20 5283376 . G A 146.15 PASS AF=0.516129;AO=14;DP=29;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0216218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.356;QD=18.858;RBI=0.0239956;REFB=-0.00124052;REVB=-0.0104062;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117957;STB=0.588118;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00129313;OID=.;OPOS=5283376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:15:15:14:16:0.516129:10:4:6:9:12:4:6:9 chr20 5527176 . T A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00861483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.516;QD=19.3688;RBI=0.0119044;REFB=-0.00469458;REVB=0.00821586;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302492;STB=0.674342;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00436952;OID=.;OPOS=5527176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:2:5:3:7:2:5 chr20 5527291 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000389097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.956;QD=54.5177;RBI=0.00969558;REFB=0;REVB=0.00968777;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19132e-05;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr20 5753579 . C T 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0391354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9358;QD=26.314;RBI=0.0588713;REFB=-0.0516084;REVB=-0.0439802;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20116;STB=0.611015;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0419319;OID=.;OPOS=5753579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:11:11:11:3:11:11:11:3 chr20 5843812 . T C 301.95 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.051379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6112;QD=19.1712;RBI=0.0576941;REFB=-0.0326847;REVB=0.026245;RO=29;SAF=11;SAR=21;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100878;STB=0.529657;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0410136;OID=.;OPOS=5843812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:31:32:32:0.507937:21:11:7:22:21:11:9:22 chr20 5897040 . A G 270.67 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00775521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.227;QD=16.9169;RBI=0.00793629;REFB=-0.0125996;REVB=0.00168562;RO=34;SAF=20;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165707;STB=0.593342;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0128107;OID=.;OPOS=5897040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:10:20:17:17:10:20:17:17 chr20 5903223 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0288618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.138;QD=15.882;RBI=0.0381827;REFB=0.0257547;REVB=-0.0249984;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108107;STB=0.562382;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0154811;OID=.;OPOS=5903223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:2:8:7:3:2:8 chr20 5903517 . A G 750.76 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.166;QD=56.6612;RBI=0.0334162;REFB=0;REVB=0.0286064;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36273e-05;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:37:15:0:0:37:16:0:0 chr20 5988095 . A G 366.16 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0112121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.24;QD=16.2739;RBI=0.0170941;REFB=-0.0144858;REVB=-0.0129034;RO=51;SAF=23;SAR=16;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817144;STB=0.54601;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0151091;OID=.;OPOS=5988095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:16:23:26:25:16:23:26:25 chr20 6064710 . A G 643.08 PASS AF=0.507353;AO=62;DP=129;FAO=69;FDP=136;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=49;FWDB=0.0341331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1587;QD=18.914;RBI=0.0434279;REFB=-0.0198193;REVB=0.0268498;RO=67;SAF=33;SAR=29;SRF=18;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245246;STB=0.604367;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.01686;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:136:67:67:62:69:0.507353:29:33:18:49:36:33:18:49 chr20 6064731 . C T 832.93 PASS AF=0.515337;AO=84;DP=163;FAO=84;FDP=163;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=17;FSRR=62;FWDB=0.00616591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7275;QD=20.4399;RBI=0.0382916;REFB=-0.00907782;REVB=-0.0377919;RO=78;SAF=37;SAR=47;SRF=17;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204688;STB=0.613732;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00625813;OID=.;OPOS=6064731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:78:79:84:84:0.515337:47:37:17:61:47:37:17:62 chr20 6065729 . C T 200.66 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0281901;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.583;QD=16.0528;RBI=0.0599857;REFB=-0.0389725;REVB=0.052949;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936398;STB=0.544447;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0803222;OID=.;OPOS=6065729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:22:25:26:25:0.5:18:8:9:13:17:8:10:15 chr20 6065731 . T C 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0160579;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.994;QD=17.0892;RBI=0.018012;REFB=-0.0111235;REVB=0.0081595;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392589;STB=0.522166;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00862122;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:17:8:10:18:17:8:10:18 chr20 6088265 . G A 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=39;FWDB=-0.0763041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.275;QD=8.6872;RBI=0.0764054;REFB=0.00369834;REVB=-0.00393223;RO=40;SAF=1;SAR=16;SRF=1;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229788;STB=0.632065;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00890411;OID=.;OPOS=6088265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:16:1:1:39:16:1:1:39 chr20 6093177 . A G 481.99 PASS AF=0.5;AO=46;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00115723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.936;QD=20.5104;RBI=0.0198893;REFB=-0.0215128;REVB=0.0198557;RO=47;SAF=29;SAR=17;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537901;STB=0.522265;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.020035;OID=.;OPOS=6093177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:46:47:0.5:17:29:27:20:18:29:27:20 chr20 6096632 . G A 253.74 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0107409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.207;QD=28.1931;RBI=0.0210092;REFB=-0.0142764;REVB=0.018056;RO=13;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196671;STB=0.608601;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00754095;OID=.;OPOS=6096632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:14:9:9:4:14:9:9:4 chr20 6100088 . A G 1350.47 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196693;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.203;QD=62.8126;RBI=0.0337318;REFB=0;REVB=0.0274036;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36771e-05;OID=.;OPOS=6100088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:84:86:1:41:43:0:0:42:44:0:0 chr20 6751034 . A G 1176.05 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.462;QD=60.3101;RBI=0.056911;REFB=0;REVB=0.0553848;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182693;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:34:41:0:0:37:41:0:0 chr20 6759115 . A T 1453.4 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3274;QD=63.1915;RBI=0.0384151;REFB=0;REVB=0.0379291;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307468;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr20 7614374 . G A 521.77 PASS AF=0.6;AO=46;DP=78;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.102803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4864;QD=26.0886;RBI=0.110592;REFB=-0.0232103;REVB=0.0407677;RO=31;SAF=32;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193813;STB=0.584035;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0205851;OID=.;OPOS=7614374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:31:32:46:48:0.6:14:32:14:17:16:32:15:17 chr20 7863999 . C A 1802.21 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056926;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5596;QD=60.0735;RBI=0.0570397;REFB=0;REVB=-0.00359906;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221433;OID=.;OPOS=7863999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:115:120:1:54:61:0:0:56:64:0:0 chr20 7962707 . C A 386.72 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-9.38093e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.997;QD=20.904;RBI=0.0120051;REFB=-0.0190552;REVB=0.0120047;RO=35;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207436;STB=0.511476;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0175805;OID=.;OPOS=7962707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:21:18:17:18:21:18:17:18 chr20 7963041 . C T 487.76 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=49;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.082983;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0887;QD=38.2559;RBI=0.0891426;REFB=-0.0271859;REVB=-0.0325611;RO=7;SAF=30;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142932;STB=0.597956;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0327108;OID=.;OPOS=7963041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:49:51:7:10:41:41:0.803922:11:30:2:5:11:30:3:7 chr20 7999642 . G A 562.14 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0173218;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.473;QD=16.1766;RBI=0.0174412;REFB=-0.00540764;REVB=-0.0020373;RO=79;SAF=33;SAR=27;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146459;STB=0.581817;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00726759;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:79:79:60:60:0.431655:27:33:32:47:27:33:32:47 chr20 8632156 . C T 250.8 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=-0.0115935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.762;QD=12.2339;RBI=0.0156999;REFB=-0.00901658;REVB=-0.0105867;RO=52;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19129;STB=0.608962;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0137061;OID=.;OPOS=8632156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:17:13:14:38:17:13:14:38 chr20 8696907 . T G 2494.35 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00881754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.43;QD=60.8379;RBI=0.00945295;REFB=0.0289201;REVB=-0.00340724;RO=1;SAF=73;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647397;STB=0.503401;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=4.35111e-06;OID=.;OPOS=8696907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:90:73:1:0:90:73:1:0 chr20 8717713 . G A 206.9 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00923998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5407;QD=17.2415;RBI=0.0140766;REFB=-0.00618587;REVB=-0.0106195;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142763;STB=0.581088;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00457215;OID=.;OPOS=8717713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:18:9:10:11:18:9 chr20 8755243 . T C 216.37 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00953074;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.831;QD=15.736;RBI=0.0182866;REFB=-0.0274242;REVB=0.0156066;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799999;STB=0.565166;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0387351;OID=.;OPOS=8755243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:30:24:25:0.454545:12:12:18:13:13:12:18:12 chr20 8769180 . C T 394.01 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3112;QD=56.2866;RBI=0.158019;REFB=0;REVB=-0.0555523;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221002;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:19:6:0:0:19:9:0:0 chr20 8865006 . C T 615.53 PASS AF=0.43871;AO=68;DP=155;FAO=68;FDP=155;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.00702103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.102;QD=15.8847;RBI=0.0237547;REFB=-0.00913218;REVB=-0.0226934;RO=86;SAF=38;SAR=30;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105517;STB=0.561984;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0123074;OID=.;OPOS=8865006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:86:87:68:68:0.43871:30:38:39:47:30:38:39:48 chr20 9460659 . A C 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6691;QD=62.6661;RBI=0.0849731;REFB=0;REVB=0.0543207;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177335;OID=.;OPOS=9460659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr20 9543622 . C T 154.0 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.000341574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2998;QD=14.3253;RBI=0.0185767;REFB=0.00371916;REVB=-0.0185736;RO=26;SAF=4;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408974;STB=0.738346;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00605215;OID=.;OPOS=9543622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:13:4:16:10:13:4:16:10 chr20 9546554 . G A 327.38 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0181834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8854;QD=17.696;RBI=0.031286;REFB=-0.0112041;REVB=0.0254593;RO=39;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941819;STB=0.552561;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00952709;OID=.;OPOS=9546554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:19:16:14:25:19:16:14:25 chr20 10006682 . T A 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000873197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8089;QD=58.4172;RBI=0.00124129;REFB=0;REVB=-0.000882225;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.77077e-08;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr20 10019092 . GA G,GG 213.98 PASS AF=0.186047,0.174419;AO=15,15;DP=85;FAO=16,15;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=2,15;FSAR=14,0;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0266853,0.0429856;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.1227,64.4548;QD=9.95254;RBI=0.0734185,0.0534583;REFB=-0.025745,-0.0297762;REVB=-0.0683971,-0.0317809;RO=54;SAF=2,15;SAR=13,0;SRF=30;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.546962,0.74474;STB=0.858265,0.999124;STBP=0.002,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0769731,0.0779404;OID=.,.;OPOS=10019093,10019093;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186047,0.174419:15,15:85:16,15:86:55:2,15:14,0:31:24:83:54:2,15:13,0:30:24 chr20 10277621 . C T 387.81 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0035573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.707;QD=18.4672;RBI=0.0037236;REFB=0.000500505;REVB=0.00110038;RO=44;SAF=12;SAR=28;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922486;STB=0.551604;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.000451183;OID=.;OPOS=10277621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:28:12:17:27:28:12:17:27 chr20 10653469 . C T 355.05 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.00341683;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.007;QD=16.3242;RBI=0.0173894;REFB=-0.00521946;REVB=0.0170504;RO=49;SAF=29;SAR=9;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064805;STB=0.536585;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00735161;OID=.;OPOS=10653469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:9:29:35:14:9:29:35:14 chr20 11791008 . C T 1427.61 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.997;QD=62.7522;RBI=0.0299454;REFB=0;REVB=0.00837586;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220931;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:53:37:0:0:53:38:0:0 chr20 11903654 . G A 97.62 PASS AF=0.375;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0586933;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.103;QD=12.2027;RBI=0.0631317;REFB=0.00213275;REVB=-0.0232531;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333332;STB=0.693562;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0122511;OID=.;OPOS=11903654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:32:18:20:12:12:0.375:4:8:6:12:4:8:7:13 chr20 11907058 . C T 509.97 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00202904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.809;QD=23.7196;RBI=0.0199311;REFB=5.54988e-05;REVB=-0.0198276;RO=38;SAF=15;SAR=33;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972929;STB=0.553548;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000139934;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:33:15:16:22:33:15:16:22 chr20 13029764 . A C 1099.93 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0115358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.784;QD=56.4065;RBI=0.0159879;REFB=-0.213038;REVB=0.0110697;RO=0;SAF=12;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55554;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00204857;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:78:78:0:3:75:75:0.961538:63:12:0:0:63:12:3:0 chr20 13029790 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.469;QD=64.4138;RBI=0.0318575;REFB=0;REVB=-0.00668801;RO=0;SAF=12;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90088e-05;OID=.;OPOS=13029790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:38:12:0:0:38:12:0:0 chr20 13029862 . C T 791.58 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.069636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4912;QD=53.6663;RBI=0.0855522;REFB=-0.0196136;REVB=0.0496992;RO=2;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235682;STB=0.512191;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00206314;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:59:2:2:56:57:0.966102:39:17:0:2:40:17:0:2 chr20 13029920 . C G 1110.99 PASS AF=0.962963;AO=75;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00401059;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.228;QD=54.8637;RBI=0.0396436;REFB=-0.0665164;REVB=0.0394402;RO=3;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333662;STB=0.516479;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00116282;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:75:78:0.962963:41:34:0:3:44:34:0:3 chr20 13134768 . T C 905.53 PASS AF=0.553333;AO=82;DP=150;FAO=83;FDP=150;FR=.;FRO=67;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0664361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6875;QD=24.1473;RBI=0.0751015;REFB=-0.0288852;REVB=0.035021;RO=67;SAF=45;SAR=37;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143851;STB=0.575062;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0227823;OID=.;OPOS=13134768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:67:67:82:83:0.553333:37:45:25:42:38:45:25:42 chr20 13597717 . G A 178.7 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0300148;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5039;QD=14.5879;RBI=0.032823;REFB=0.0195008;REVB=0.0132838;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290416;STB=0.659455;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0308689;OID=.;OPOS=13597717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:31:30:19:19:0.387755:7:12:11:20:7:12:11:19 chr20 13605903 . A T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00465134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.512;QD=19.7627;RBI=0.00469703;REFB=-0.0179026;REVB=0.000653549;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19247;STB=0.608601;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0194572;OID=.;OPOS=13605903;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:14:9:15:10:14:9:15:10 chr20 13695607 . T G 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0147382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.126;QD=19.1095;RBI=0.0179126;REFB=0.0045115;REVB=0.0101808;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251901;STB=0.639793;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00284313;OID=.;OPOS=13695607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:6:20:13:14:6:20 chr20 13747441 . A G 1066.33 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492837;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.169;QD=60.0752;RBI=0.0632267;REFB=0;REVB=0.0396072;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280362;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:21:49:0:0:21:50:0:0 chr20 13779113 . T C 189.18 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0106647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.66;QD=13.0465;RBI=0.0108682;REFB=-0.00335606;REVB=-0.00209351;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222449;STB=0.512771;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00584722;OID=.;OPOS=13779113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:16:19:12:11:16:19 chr20 13847420 . A G 724.11 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00666812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113;QD=54.6498;RBI=0.0497502;REFB=-0.0324149;REVB=0.0493013;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0044092;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:51:52:0.981132:25:26:1:0:26:26:1:0 chr20 13847467 . GT G 47.56 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=40;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.025328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.1553;QD=4.52951;RBI=0.120713;REFB=0.0258075;REVB=0.118026;RO=28;SAF=0;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.762496;STB=0.881346;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=-0.0227107;OID=.;OPOS=13847468;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:9:40:12:42:30:1:11:16:14:47:28:0:9:16:12 chr20 14066276 . C T 1108.5 PASS AF=0.440741;AO=118;DP=270;FAO=119;FDP=270;FR=.;FRO=151;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=56;FSRR=95;FWDB=-0.00248653;FXX=0.00735267;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.708;QD=16.4222;RBI=0.00578216;REFB=-0.0200264;REVB=-0.00522021;RO=150;SAF=55;SAR=63;SRF=54;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108594;STB=0.556329;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0181398;OID=.;OPOS=14066276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:150:151:118:119:0.440741:63:55:54:96:63:56:56:95 chr20 14203735 . T C 1514.21 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00234043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.475;QD=62.4415;RBI=0.109072;REFB=-0.00775263;REVB=0.109047;RO=1;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012004;STB=0.506328;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000453715;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:39:57:0:1:39:57:0:1 chr20 14306896 . G A 1029.28 PASS AF=0.631206;AO=89;DP=141;FAO=89;FDP=141;FR=.;FRO=52;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0209391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2135;QD=29.1995;RBI=0.0211804;REFB=-0.00659245;REVB=-0.00318808;RO=52;SAF=47;SAR=42;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323193;STB=0.517469;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00339268;OID=.;OPOS=14306896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:52:52:89:89:0.631206:42:47:25:27:42:47:25:27 chr20 15874325 . A G 292.65 PASS AF=0.428571;AO=32;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.000850575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.973;QD=15.2027;RBI=0.0189108;REFB=-0.00852549;REVB=0.0188917;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101339;STB=0.564667;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.01279;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:32:33:0.428571:17:15:25:19:18:15:25:19 chr20 15874488 . G A 356.16 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.033927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1822;QD=21.9176;RBI=0.0342573;REFB=-0.0284019;REVB=0.00474558;RO=28;SAF=11;SAR=25;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196173;STB=0.617498;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0216358;OID=.;OPOS=15874488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:29:36:36:0.553846:25:11:15:13:25:11:16:13 chr20 15967719 . T C 311.64 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=46;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00902172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.585;QD=26.5226;RBI=0.015;REFB=-0.0196919;REVB=0.0119837;RO=19;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167303;STB=0.58176;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.01485;OID=.;OPOS=15967719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:19:19:27:28:0.595745:16:11:12:7:16:12:12:7 chr20 16033818 . ATTTG A 549.21 PASS AF=1;AO=40;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604032;FXX=0.041658;HRUN=3;LEN=4;MLLD=240.598;QD=47.7577;RBI=0.0113036;REFB=0;REVB=0.00955433;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.46157e-06;OID=.;OPOS=16033819;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:47:46:46:0:28:18:0:0:10:0:23:17:0:0 chr20 16359567 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.266;QD=58.1411;RBI=0.020853;REFB=0;REVB=-0.000346709;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92786e-05;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr20 16729138 . T C 446.29 PASS AF=0.473684;AO=42;DP=92;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0209413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.117;QD=18.7911;RBI=0.0216628;REFB=-0.0207413;REVB=0.00554436;RO=49;SAF=13;SAR=29;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413544;STB=0.508975;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0264432;OID=.;OPOS=16729138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:49:50:42:45:0.473684:29:13:17:32:29:16:17:33 chr20 16729654 . A AAGATG 50.0 PASS AO=37;DP=54;LEN=5;RO=17;SAF=16;SAR=30;SRF=6;SRR=2;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=16729655;OREF=-;OALT=AGATG;OMAPALT=AAGATG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:54:17:37:30:16:6:2 chr20 16963522 . G C 742.07 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318782;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2433;QD=57.0821;RBI=0.0691356;REFB=0;REVB=-0.0613475;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000569253;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr20 16963542 . A G 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00884757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.832;QD=15.5688;RBI=0.0146822;REFB=-0.0191886;REVB=0.0117169;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121479;STB=0.568422;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0255824;OID=.;OPOS=16963542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:13:15:23:12:13:15:23:12 chr20 17470035 . C G 243.65 PASS AF=0.547619;AO=21;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0121833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.818;QD=23.2045;RBI=0.0186705;REFB=-0.0297025;REVB=0.0141476;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523917;STB=0.530759;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0239738;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:21:23:0.547619:12:9:7:12:13:10:7:12 chr20 17474968 . T C 469.86 PASS AF=0.448276;AO=51;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0113628;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.789;QD=16.2022;RBI=0.0136863;REFB=-0.0146125;REVB=-0.00762906;RO=63;SAF=32;SAR=19;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581958;STB=0.52149;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.019716;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:64:51:52:0.448276:19:32:36:27:20:32:37:27 chr20 17475217 . C T 524.79 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.00176697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.808;QD=24.1281;RBI=0.00179301;REFB=-0.0236286;REVB=-0.000304461;RO=37;SAF=25;SAR=24;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195289;STB=0.599396;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.021712;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:38:49:49:0.563218:24:25:28:9:24:25:28:10 chr20 17477592 . C T 173.72 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0134752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.05;QD=12.8683;RBI=0.0395018;REFB=0.00476405;REVB=-0.0371323;RO=33;SAF=17;SAR=4;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167564;STB=0.597888;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00945404;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:4:17:23:10:4:17:23:10 chr20 17594729 . G A 1815.36 PASS AF=0.96063;AO=122;DP=128;FAO=122;FDP=127;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=93;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00695872;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.864;QD=57.1768;RBI=0.00698741;REFB=-0.0477141;REVB=0.000632542;RO=4;SAF=29;SAR=93;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021535;STB=0.519278;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000139424;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:128:127:4:5:122:122:0.96063:93:29:2:2:93:29:3:2 chr20 17596155 . C A 1246.03 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.897;QD=61.5325;RBI=0.0312201;REFB=0;REVB=0.0286646;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93605e-05;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr20 17605240 . A T 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.868;QD=60.0275;RBI=0.029695;REFB=0;REVB=0.0285627;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69347e-05;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr20 17705677 . A G 1767.45 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661046;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.074;QD=60.9465;RBI=0.0209281;REFB=0;REVB=-0.0198566;RO=0;SAF=62;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.53809e-05;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:54:62:0:0:54:62:0:0 chr20 17716416 . C G 955.1 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6407;QD=58.7752;RBI=0.0389328;REFB=0;REVB=0.00217386;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401153;OID=.;OPOS=17716416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr20 18122912 . C G 463.14 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0646366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.547;QD=17.4768;RBI=0.0651665;REFB=-0.0106295;REVB=-0.00829385;RO=54;SAF=16;SAR=34;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717015;STB=0.54284;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00829755;OID=.;OPOS=18122912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:54:56:50:50:0.471698:34:16:21:33:34:16:22:34 chr20 18143117 . T G 615.58 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9491;QD=60.0566;RBI=0.0535494;REFB=0;REVB=-0.0380457;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167001;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:25:16:0:0 chr20 18143355 . C T 1862.77 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827291;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.706;QD=61.5792;RBI=0.0251113;REFB=0;REVB=0.0237094;RO=0;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55533e-05;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:56:65:0:0:56:65:0:0 chr20 18167977 . T C 1699.71 PASS AF=0.991453;AO=109;DP=112;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0970395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.062;QD=58.1097;RBI=0.0972498;REFB=-0.109391;REVB=-0.00639345;RO=1;SAF=44;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010666;STB=0.50505;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000464571;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:117:1:1:109:116:0.991453:65:44:1:0:67:49:1:0 chr20 18296072 . T A 598.21 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230642;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.607;QD=61.3545;RBI=0.0422961;REFB=0;REVB=0.0354542;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273273;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr20 18309650 . GT G 765.2 PASS AF=1;AO=63;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312718;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.5937;QD=46.3757;RBI=0.0596544;REFB=0;REVB=0.0508008;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00163698;OID=.;OPOS=18309651;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:67:66:66:0:33:33:0:0:14:0:31:32:0:0 chr20 18414356 . A G 754.59 PASS AF=1;AO=53;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2726;QD=52.9537;RBI=0.167338;REFB=0;REVB=0.0147282;RO=3;SAF=24;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148466;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:3:0:53:57:1:29:24:3:0:29:28:0:0 chr20 18433335 . T C 1513.55 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03728;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5639;QD=63.7285;RBI=0.0909188;REFB=0;REVB=0.0829242;RO=0;SAF=31;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656084;OID=.;OPOS=18433335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:64:31:0:0:64:31:0:0 chr20 18445963 . A G 688.72 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=54;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0422658;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3461;QD=52.9784;RBI=0.0674948;REFB=-0.19319;REVB=0.0526227;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165122;STB=0.51666;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00650456;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:52:1:2:49:50:0.961538:21:28:1:0:21:29:2:0 chr20 18462421 . A G 745.74 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.098;QD=55.2398;RBI=0.0275209;REFB=0;REVB=0.0050133;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207929;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:31:20:0:0:31:23:0:0 chr20 18541699 . T TA 577.58 PASS AF=1;AO=59;DP=77;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.070529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.1489;QD=32.5397;RBI=0.0752846;REFB=0;REVB=0.0263331;RO=14;SAF=22;SAR=37;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.20018e-05;OID=.;OPOS=18541700;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:77:71:71:0:29:42:0:0:12:14:22:37:9:5 chr20 18810705 . C T 618.74 PASS AF=0.554545;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00217708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.805;QD=22.4995;RBI=0.0039739;REFB=-0.0223016;REVB=-0.00332449;RO=48;SAF=30;SAR=31;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568577;STB=0.535426;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0211761;OID=.;OPOS=18810705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:48:49:61:61:0.554545:31:30:27:21:31:30:28:21 chr20 19261623 . G A 689.13 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.00595891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0391;QD=20.7257;RBI=0.0242812;REFB=0.00308511;REVB=0.0235387;RO=65;SAF=33;SAR=35;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760473;STB=0.541812;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00243139;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:65:68:68:0.511278:35:33:26:39:35:33:26:39 chr20 19560664 . G A 574.56 PASS AF=0.418919;AO=61;DP=148;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0236247;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.086;QD=15.5287;RBI=0.0357739;REFB=-0.00939795;REVB=0.0268635;RO=86;SAF=26;SAR=35;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101567;STB=0.551165;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0165753;OID=.;OPOS=19560664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:86:86:61:62:0.418919:35:26:45:41:35:27:45:41 chr20 19634732 . G A 1873.67 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234597;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.794;QD=61.4318;RBI=0.0344656;REFB=0;REVB=0.0252491;RO=0;SAF=43;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13215e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444206;OID=.;OPOS=19634732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:121:122:1:78:43:0:0:78:44:0:0 chr20 19634747 . T C 1625.59 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.589;QD=59.1125;RBI=0.0104861;REFB=-0.0255496;REVB=0.00196997;RO=1;SAF=42;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703302;STB=0.503703;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=7.00803e-05;OID=.;OPOS=19634747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:67:42:0:1:67:42:0:1 chr20 19702049 . G A 262.54 PASS AF=0.460317;AO=25;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0498413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.299;QD=16.6692;RBI=0.0510441;REFB=-0.0131436;REVB=-0.0110158;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108497;STB=0.505717;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00863509;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:33:25:29:0.460317:15:10:13:12:17:12:14:19 chr20 19951534 . T A 482.89 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0299851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8668;QD=18.5725;RBI=0.042684;REFB=0.0197291;REVB=-0.0303779;RO=53;SAF=27;SAR=24;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514012;STB=0.528463;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0188278;OID=.;OPOS=19951534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:24:27:31:22:24:27:31:22 chr20 19970705 . C T 1914.91 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0468;QD=61.7714;RBI=0.0536263;REFB=0;REVB=-0.0136464;RO=0;SAF=51;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62819e-05;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:73:51:0:0:73:51:0:0 chr20 20030079 . G T 284.67 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0803884;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.613;QD=21.8974;RBI=0.0809539;REFB=-0.00526717;REVB=0.00955153;RO=23;SAF=7;SAR=22;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770743;STB=0.542505;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00182637;OID=.;OPOS=20030079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:23:23:29:29:0.557692:22:7:4:19:22:7:4:19 chr20 20032998 . T C 149.75 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0710433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2321;QD=14.2619;RBI=0.0713358;REFB=-0.0274457;REVB=0.00645365;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505611;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0324183;OID=.;OPOS=20032998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:24:25:16:17:0.404762:8:8:12:12:8:9:13:12 chr20 20033137 . T A 1511.46 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182769;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.252;QD=59.8599;RBI=0.0256438;REFB=0;REVB=0.0179877;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30368e-05;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:44:57:0:0:44:57:0:0 chr20 20033223 . A T 270.55 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00465943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.943;QD=14.4292;RBI=0.0102882;REFB=-0.0190219;REVB=-0.00917265;RO=44;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187537;STB=0.606488;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0419726;OID=.;OPOS=20033223;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:19:12:25:19:19:12:25:19 chr20 20033242 . A T 320.51 PASS AF=0.532258;AO=34;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0424016;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8773;QD=20.678;RBI=0.0446938;REFB=0.00758027;REVB=0.0141294;RO=28;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111131;STB=0.547289;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00480542;OID=.;OPOS=20033242;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:34:33:0.532258:16:18:11:17:16:17:12:17 chr20 20033319 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0126026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.044;QD=18.25;RBI=0.0336096;REFB=-0.0128411;REVB=-0.0311574;RO=15;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359999;STB=0.706139;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0274646;OID=.;OPOS=20033319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:4:11:5:10:4:11:5:10 chr20 20050397 . G A 1085.12 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402572;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.128;QD=60.2843;RBI=0.0453216;REFB=0;REVB=0.0208185;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121929;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr20 20144772 . G A 356.64 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.00791704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.06;QD=12.6243;RBI=0.0112287;REFB=-0.00593764;REVB=0.00796271;RO=70;SAF=28;SAR=15;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258414;STB=0.647063;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0159786;OID=.;OPOS=20144772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:43:43:0.380531:15:28:29:41:15:28:29:41 chr20 20152462 . A C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00179638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7727;QD=15.1008;RBI=0.00596621;REFB=0.00962236;REVB=0.00568935;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716874;STB=0.540673;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0126186;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:13:11:12:19:13:11:12:19 chr20 20341333 . G C 1942.81 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00846976;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.1;QD=61.1909;RBI=0.0232595;REFB=-0.0833165;REVB=0.0216626;RO=1;SAF=59;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798567;STB=0.504201;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=1.40661e-05;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:127:1:1:126:126:0.992126:67:59:1:0:67:59:1:0 chr20 20350516 . T G 534.72 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.395;QD=57.8077;RBI=0.0432703;REFB=0;REVB=0.0418909;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744134;OID=.;OPOS=20350516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:33:37:1:21:12:0:0:23:14:0:0 chr20 20377351 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.000460355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=352.865;QD=17.8275;RBI=0.00607626;REFB=0.00805727;REVB=0.00605879;RO=11;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222292;STB=0.512799;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.00771354;OID=.;OPOS=20377351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:2:10:9:2:2:10:9:2 chr20 20377421 . A AC 133.58 PASS AF=0.76;AO=16;DP=26;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0261427;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.0742;QD=21.3726;RBI=0.0275668;REFB=-0.0886247;REVB=0.0087457;RO=9;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221963;STB=0.553434;STBP=0.394;TYPE=ins;VARB=0.0422783;OID=.;OPOS=20377422;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.76:16:26:19:25:6:12:7:5:1:17:9:9:7:8:1 chr20 21142523 . C G 395.19 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0157748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.386;QD=22.9094;RBI=0.0187532;REFB=-0.00785825;REVB=-0.0101409;RO=29;SAF=27;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148746;STB=0.591192;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00327927;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:29:30:39:39:0.565217:12:27:15:14:12:27:15:15 chr20 21142813 . T C 168.67 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00769398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.535;QD=16.0641;RBI=0.014237;REFB=-0.00885536;REVB=-0.0119789;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113876;STB=0.565147;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0143886;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:16:8:8:10:16:8 chr20 21319691 . A C 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0317011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3884;QD=15.2556;RBI=0.0604506;REFB=-0.0205851;REVB=0.0514715;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174197;STB=0.589198;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0231635;OID=.;OPOS=21319691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:11:9:18:11:11:9:18:12 chr20 21362703 . TA T 1841.75 PASS AF=1;AO=159;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627271;FXX=0.00609719;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.8401;QD=45.1963;RBI=0.0884612;REFB=-0.0166259;REVB=-0.0623755;RO=2;SAF=63;SAR=96;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.0148622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000495476;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:159:163:163:163:0:67:96:0:0:31:2:63:96:2:0 chr20 22562674 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.957;QD=62.9829;RBI=0.0334372;REFB=0;REVB=0.0287812;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83312e-05;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:32:13:0:0:32:13:0:0 chr20 23016970 . T G 490.93 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.035474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.236;QD=14.2298;RBI=0.0385051;REFB=-0.0119598;REVB=-0.0149746;RO=83;SAF=27;SAR=28;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417668;STB=0.523563;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0178448;OID=.;OPOS=23016970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:83:83:55:55:0.398551:28:27:44:39:28:27:44:39 chr20 23017017 . T C 2317.79 PASS AF=0.987179;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0233106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.25;QD=59.4306;RBI=0.0233156;REFB=0.0347568;REVB=0.000486463;RO=0;SAF=76;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00036563;OID=.;OPOS=23017017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:156:0:2:154:154:0.987179:78:76:0:0:78:76:0:2 chr20 23017044 . C T 588.14 PASS AF=0.433566;AO=62;DP=144;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.0214076;FXX=0.0137922;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.296;QD=16.4515;RBI=0.0214355;REFB=-0.00976344;REVB=-0.0010942;RO=80;SAF=26;SAR=36;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696258;STB=0.5427;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0108546;OID=.;OPOS=23017044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:80:81:62:62:0.433566:36:26:39:41:36:26:40:41 chr20 23017082 . T C 2023.85 PASS AF=0.944056;AO=135;DP=143;FAO=135;FDP=143;FR=.;FRO=8;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0238829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9851;QD=56.6111;RBI=0.0287986;REFB=0.0317771;REVB=-0.0160925;RO=8;SAF=59;SAR=76;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469292;STB=0.524737;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.010202;OID=.;OPOS=23017082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:143:143:8:8:135:135:0.944056:76:59:7:1:76:59:7:1 chr20 23065209 . G A 2835.71 PASS AF=0.897321;AO=200;DP=226;FAO=201;FDP=224;FR=.;FRO=23;FSAF=97;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=0.023451;FXX=0.00884917;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.471;QD=50.6377;RBI=0.0437554;REFB=-0.110241;REVB=0.0369404;RO=17;SAF=96;SAR=104;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629337;STB=0.54528;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00143443;OID=.;OPOS=23065209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:226:224:17:23:200:201:0.897321:104:96:1:16:104:97:1:22 chr20 23065342 . A G 1472.48 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.101;QD=63.3324;RBI=0.0837044;REFB=0;REVB=-0.0787449;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5651e-05;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:53:40:0:0:53:40:0:0 chr20 23335120 . CTT C 38.12 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0209605;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=45.2275;QD=10.1654;RBI=0.0413568;REFB=0.0415855;REVB=0.0356517;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=del;VARB=-0.0664788;OID=.;OPOS=23335121;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:6:15:6:15:9:3:3:4:5:38:9:3:3:4:5 chr20 23345844 . A C 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.891;QD=62.3473;RBI=0.0321486;REFB=0;REVB=0.0270278;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139643;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr20 23352480 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6044;QD=57.2367;RBI=0.0426788;REFB=0;REVB=0.0173289;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247834;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr20 23352685 . C A 479.33 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0133279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4988;QD=22.5566;RBI=0.0166847;REFB=0.00251372;REVB=0.0100372;RO=39;SAF=25;SAR=21;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131767;STB=0.572488;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00290868;OID=.;OPOS=23352685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:21:25:15:24:21:25:15:24 chr20 23355454 . ATAC A 52.23 PASS AF=0.421053;AO=5;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0173486;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=321.398;QD=10.9951;RBI=0.0210747;REFB=-0.00134533;REVB=-0.0119653;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205781;STB=0.648983;STBP=0.277;TYPE=del;VARB=-0.000719348;OID=.;OPOS=23355455;OREF=TAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:5:19:8:19:11:3:5:7:4:52:10:2:3:6:4 chr20 23361613 . C T 584.43 PASS AF=0.714286;AO=50;DP=69;FAO=50;FDP=70;FR=.;FRO=20;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.0247572;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.764;QD=33.3961;RBI=0.0254812;REFB=-0.00867672;REVB=0.00603068;RO=18;SAF=32;SAR=18;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25976;STB=0.653;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00137595;OID=.;OPOS=23361613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:18:20:50:50:0.714286:18:32:2:16:18:32:2:18 chr20 23421101 . G A 593.2 PASS AF=0.6;AO=53;DP=88;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0671016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2266;QD=26.3644;RBI=0.0674439;REFB=-0.0307409;REVB=0.00678635;RO=35;SAF=25;SAR=28;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737599;STB=0.529914;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0161973;OID=.;OPOS=23421101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:35:36:53:54:0.6:28:25:13:22:29:25:14:22 chr20 23424613 . T C 1225.03 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.815;QD=60.4955;RBI=0.040435;REFB=0;REVB=0.0403962;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168751;OID=.;OPOS=23424613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:34:47:0:0 chr20 23424638 . C T 325.73 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0255489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.041;QD=14.8058;RBI=0.025592;REFB=-0.0128442;REVB=0.00148455;RO=52;SAF=20;SAR=16;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017999;STB=0.510198;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0207418;OID=.;OPOS=23424638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:16:20:28:24:16:20:28:24 chr20 23432528 . A G 178.98 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00421369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.935;QD=12.5602;RBI=0.0173169;REFB=-0.00814054;REVB=-0.0167964;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456179;STB=0.526292;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0136209;OID=.;OPOS=23432528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:11:11:19:16:11:11:19:16 chr20 23472391 . A G 3051.92 PASS AF=0.995169;AO=197;DP=199;FAO=206;FDP=207;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.558;QD=58.9743;RBI=0.0182366;REFB=-0.10832;REVB=0.0089272;RO=1;SAF=100;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473893;STB=0.502369;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00029183;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:199:207:1:1:197:206:0.995169:97:100:1:0:101:105:1:0 chr20 23531276 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.672;QD=52.6132;RBI=0.0279726;REFB=0;REVB=0.0172767;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9974e-05;OID=.;OPOS=23531276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr20 23546639 . T G 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.484;QD=60.2546;RBI=0.0182776;REFB=0;REVB=0.00775932;RO=0;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16942e-05;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:63:46:0:0:63:46:0:0 chr20 23586360 . G A 1462.56 PASS AF=0.979167;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0446291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9863;QD=60.94;RBI=0.0641297;REFB=-0.0160146;REVB=0.0460527;RO=2;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206008;STB=0.510414;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00163133;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:96:2:2:92:94:0.979167:45:47:0:2:47:47:0:2 chr20 23618395 . T C 1861.96 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.311;QD=60.5515;RBI=0.0209161;REFB=-0.067348;REVB=0.00569839;RO=1;SAF=44;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106733;STB=0.505617;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000344489;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:121:122:0.99187:77:44:1:0:78:44:1:0 chr20 23729722 . G T 4298.67 PASS AF=1;AO=273;DP=275;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161293;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1037;QD=62.7543;RBI=0.017899;REFB=-0.0640463;REVB=-0.00775998;RO=1;SAF=162;SAR=111;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120831;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:275:274:1:0:273:274:1:111:162:1:0:112:162:0:0 chr20 23804663 . T A 448.38 PASS AF=0.471154;AO=47;DP=102;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00568349;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.73;QD=17.2455;RBI=0.00639315;REFB=-0.0250222;REVB=-0.00292751;RO=54;SAF=22;SAR=25;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128877;STB=0.511404;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0286514;OID=.;OPOS=23804663;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:54:55:47:49:0.471154:25:22:26:28:26:23:27:28 chr20 23805953 . C T 1271.48 PASS AF=0.56338;AO=120;DP=215;FAO=120;FDP=213;FR=.;FRO=93;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0180055;FXX=0.044841;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4788;QD=23.8775;RBI=0.025464;REFB=-0.0499472;REVB=-0.018006;RO=85;SAF=72;SAR=48;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917699;STB=0.537566;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0414435;OID=.;OPOS=23805953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:85:93:120:120:0.56338:48:72:41:44:48:72:48:45 chr20 23860178 . A G 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.345;QD=56.9328;RBI=0.0113276;REFB=0;REVB=-0.00756354;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.41013e-05;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr20 24939590 . G C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000355418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.635;QD=60.7156;RBI=0.0075761;REFB=0;REVB=0.00756776;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03385e-05;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:30:46:0:0:30:46:0:0 chr20 24954887 . A T 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.925;QD=55.094;RBI=0.074279;REFB=0;REVB=0.0711209;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423535;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr20 25027526 . G A 907.96 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.875;QD=57.648;RBI=0.0335558;REFB=0;REVB=0.0176244;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122507;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:36:26:0:0:37:26:0:0 chr20 25059442 . C T 619.09 PASS AF=0.356808;AO=76;DP=213;FAO=76;FDP=213;FR=.;FRO=137;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=59;FSRR=78;FWDB=-0.0113368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.16;QD=11.6261;RBI=0.0238561;REFB=-0.00754203;REVB=-0.0209903;RO=136;SAF=40;SAR=36;SRF=59;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104055;STB=0.561284;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0158645;OID=.;OPOS=25059442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:136:137:76:76:0.356808:36:40:59:77:36:40:59:78 chr20 25187213 . G A 210.52 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0408565;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.645;QD=13.8048;RBI=0.0417471;REFB=-0.0153347;REVB=-0.00857705;RO=36;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249908;STB=0.643126;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0153006;OID=.;OPOS=25187213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:36:25:25:0.409836:17:8:20:16:17:8:20:16 chr20 25193949 . G A 496.17 PASS AF=0.605263;AO=45;DP=75;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0189032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.247;QD=26.1141;RBI=0.0299114;REFB=0.000974189;REVB=0.023181;RO=29;SAF=35;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117498;STB=0.548485;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.000848348;OID=.;OPOS=25193949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:29:30:45:46:0.605263:10:35:19:10:11:35:20:10 chr20 25195387 . A AT 417.9 PASS AF=1;AO=11;DP=79;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0956827;FXX=0.226636;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.9547;QD=28.8209;RBI=0.143229;REFB=-0.0243492;REVB=-0.106581;RO=67;SAF=5;SAR=6;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285079;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00247043;OID=.;OPOS=25195388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:79:58:58:0:36:22:0:0:5:67:5:6:32:35 chr20 25195394 . C T 1203.64 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4787;QD=60.1821;RBI=0.0499203;REFB=0;REVB=0.0134058;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166009;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:80:0:0:76:80:1:40:36:0:0:42:38:0:0 chr20 25195509 . A G 1160.82 PASS AF=0.987179;AO=78;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0127591;FXX=0.0126566;HRUN=6;LEN=1;MLLD=283.696;QD=59.5293;RBI=0.0170424;REFB=-0.0896457;REVB=0.0112982;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-5.57918e-06;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:0:1:78:77:0.987179:43:35:0:0:42:35:0:1 chr20 25207074 . T C 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.459;QD=63.4761;RBI=0.0177225;REFB=0;REVB=0.0149814;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49435e-05;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chr20 25259006 . G T 420.85 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00132903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.569;QD=20.5294;RBI=0.0313865;REFB=-0.0151475;REVB=0.0313584;RO=40;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868416;STB=0.548065;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0152168;OID=.;OPOS=25259006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:22:20:23:17:22:20:23:17 chr20 25260931 . A G 1573.42 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.761;QD=58.8193;RBI=0.0292785;REFB=0.0265004;REVB=-0.00605457;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-7.29374e-05;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:106:106:0.990654:53:53:0:0:53:53:0:1 chr20 25262769 . G A 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00391277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.189;QD=20.0719;RBI=0.00702197;REFB=0.00748343;REVB=-0.0058308;RO=31;SAF=22;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145786;STB=0.581083;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00447856;OID=.;OPOS=25262769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:12:22:15:16:12:22:15:16 chr20 25264814 . T C 837.15 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7002;QD=55.8097;RBI=0.0478153;REFB=-0.135577;REVB=0.0450482;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.509801;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00215308;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:34:25:0:0:34:25:1:0 chr20 25268920 . T C 885.91 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4467;QD=58.0923;RBI=0.0581008;REFB=0;REVB=0.0580336;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036447;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:26:34:0:0:27:34:0:0 chr20 25269022 . C T 324.03 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=72;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0349044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.101;QD=16.6167;RBI=0.0451206;REFB=-0.0497163;REVB=-0.028593;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981684;STB=0.527762;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0551893;OID=.;OPOS=25269022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:78:42:42:30:36:0.461538:16:14:20:22:17:19:20:22 chr20 25276297 . G A 785.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.474;QD=57.101;RBI=0.027997;REFB=0;REVB=0.0221732;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59754e-05;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr20 25282944 . A G 791.95 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00941932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.618;QD=53.6916;RBI=0.0131524;REFB=-0.171753;REVB=-0.00917942;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515146;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000701577;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:0:2:57:57:0.966102:32:25:0:0:32:25:0:2 chr20 25456888 . A G 1779.82 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0406574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6351;QD=58.3548;RBI=0.0655827;REFB=-0.060168;REVB=-0.0514594;RO=1;SAF=25;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186163;STB=0.516586;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00214116;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:122:1:3:119:119:0.97541:94:25:1:0:94:25:2:1 chr20 25457049 . GCTCCCA G,GCATCCG 715.3 PASS AF=1,0;AO=43,2;DP=50;FAO=45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242239,-0.00488917;FXX=0.062487;HRUN=1,1;LEN=6,5;MLLD=251.769,84.5469;QD=63.5821;RBI=0.028261,0.00701586;REFB=0,0;REVB=0.0145565,0.00503173;RO=0;SAF=23,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=4.85288e-05,0;OID=.,.;OPOS=25457050,25457051;OREF=CTCCCA,TCCCA;OALT=-,ATCCG;OMAPALT=G,GCATCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:43,2:50:45,0:45:0:25,0:20,0:0:0:4:0:23,0:20,2:0:0 chr20 25591864 . A T 309.41 PASS AF=0.764706;AO=20;DP=29;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0186011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.62;QD=36.401;RBI=0.0702813;REFB=-0.080608;REVB=0.067775;RO=9;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571198;STB=0.564813;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0162293;OID=.;OPOS=25591864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:29:34:9:8:20:26:0.764706:13:7:4:5:19:7:4:4 chr20 25595829 . C T 292.78 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0176948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.391;QD=17.2223;RBI=0.0327661;REFB=-0.00133577;REVB=-0.0275774;RO=35;SAF=11;SAR=21;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216973;STB=0.615238;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00128633;OID=.;OPOS=25595829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:36:32:32:0.470588:21:11:20:15:21:11:20:16 chr20 25595868 . G A 277.64 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00704993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0968;QD=16.0953;RBI=0.0138829;REFB=-0.018604;REVB=-0.0119596;RO=38;SAF=10;SAR=20;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24735;STB=0.644818;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00896467;OID=.;OPOS=25595868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:38:30:31:0.449275:20:10:22:16:21:10:22:16 chr20 25755672 . G T 318.23 PASS AF=0.284768;AO=43;DP=151;FAO=43;FDP=151;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=-0.00255096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.594;QD=8.42993;RBI=0.00255251;REFB=-0.0082951;REVB=-8.88279e-05;RO=107;SAF=22;SAR=21;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711059;STB=0.538111;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0216359;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:107:108:43:43:0.284768:21:22:61:46:21:22:61:47 chr20 26061803 . C A 32.27 PASS AF=0.5;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.034605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.288;QD=12.9074;RBI=0.0351673;REFB=-0.0146487;REVB=0.00626387;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293575;OID=.;OPOS=26061803;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:9:10:3:5:5:5:0.5:1:4:2:1:1:4:4:1 chr20 26061859 . G T 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0803552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0924;QD=28.5373;RBI=0.0868856;REFB=-0.0396911;REVB=0.0330479;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0119735;OID=.;OPOS=26061859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:0:1:1:6:0:1 chr20 26094564 . T G 2559.63 PASS AF=0.5;AO=256;DP=514;FAO=256;FDP=512;FR=.;FRO=256;FSAF=142;FSAR=114;FSRF=115;FSRR=141;FWDB=-0.025616;FXX=0.00389097;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.113;QD=19.9971;RBI=0.0338337;REFB=-0.0001921;REVB=-0.022103;RO=250;SAF=142;SAR=114;SRF=112;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964853;STB=0.552753;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000254932;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:514:512:250:256:256:256:0.5:114:142:112:138:114:142:115:141 chr20 26094567 . T C 3097.84 PASS AF=0.563353;AO=286;DP=511;FAO=289;FDP=513;FR=.;FRO=224;FSAF=151;FSAR=138;FSRF=105;FSRR=119;FWDB=0.00928839;FXX=0.00194549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.438;QD=24.1547;RBI=0.0215601;REFB=-0.00868553;REVB=0.0194567;RO=219;SAF=151;SAR=135;SRF=100;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571171;STB=0.523462;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00762885;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:511:513:219:224:286:289:0.563353:135:151:100:119:138:151:105:119 chr20 26094605 . G A 2161.11 PASS AF=0.503529;AO=214;DP=425;FAO=214;FDP=425;FR=.;FRO=211;FSAF=120;FSAR=94;FSRF=91;FSRR=120;FWDB=-0.0100813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.387;QD=20.3399;RBI=0.02689;REFB=-0.0271144;REVB=-0.0249287;RO=208;SAF=120;SAR=94;SRF=89;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119652;STB=0.564216;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0276268;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:425:208:211:214:214:0.503529:94:120:89:119:94:120:91:120 chr20 26094609 . C A 2101.65 PASS AF=0.506053;AO=209;DP=414;FAO=209;FDP=413;FR=.;FRO=204;FSAF=118;FSAR=91;FSRF=91;FSRR=113;FWDB=-0.00501831;FXX=0.0024154;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9727;QD=20.3549;RBI=0.0340586;REFB=0.0118161;REVB=-0.0336869;RO=204;SAF=118;SAR=91;SRF=91;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107198;STB=0.558626;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0113294;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:413:204:204:209:209:0.506053:91:118:91:113:91:118:91:113 chr20 26188880 . C A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0447722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.175;QD=10.0746;RBI=0.0463023;REFB=-0.00254854;REVB=0.011805;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.628968;STB=0.864713;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00549772;OID=.;OPOS=26188880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:1:13:2:6:1:13 chr20 26188901 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0501771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.132;QD=10.173;RBI=0.0528012;REFB=0.00318601;REVB=-0.0164384;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.698104;STB=0.908097;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00343935;OID=.;OPOS=26188901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:0:9:1:5:0:9 chr20 26188912 . A C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00404308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.574;QD=36.3484;RBI=0.00510314;REFB=-0.077425;REVB=-0.00311378;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00149242;OID=.;OPOS=26188912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:0:1:6:5:0:1 chr20 29623210 . C T 76.47 PASS AF=0.1;AO=22;DP=220;FAO=22;FDP=220;FR=.;FRO=198;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=79;FSRR=119;FWDB=-0.00537863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.835;QD=1.39044;RBI=0.0144911;REFB=-0.00212054;REVB=-0.013456;RO=196;SAF=12;SAR=10;SRF=79;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171915;STB=0.629668;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0179915;OID=.;OPOS=29623210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:220:220:196:198:22:22:0.1:10:12:79:117:10:12:79:119 chr20 29623223 . T C 566.35 PASS AF=0.334884;AO=71;DP=215;FAO=72;FDP=215;FR=.;FRO=143;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=82;FWDB=-0.0060145;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.213;QD=10.5367;RBI=0.0063667;REFB=-2.06635e-05;REVB=-0.0020882;RO=141;SAF=28;SAR=43;SRF=61;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458638;STB=0.51634;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-9.1987e-05;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:141:143:71:72:0.334884:43:28:61:80:43:29:61:82 chr20 29623224 . C A 69.92 PASS AF=0.0981308;AO=20;DP=215;FAO=21;FDP=214;FR=.;FRO=193;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=77;FSRR=116;FWDB=-0.0177461;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.558;QD=1.307;RBI=0.0232054;REFB=-0.00159898;REVB=-0.0149521;RO=175;SAF=12;SAR=8;SRF=70;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23873;STB=0.651753;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0214021;OID=.;OPOS=29623224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:215:214:175:193:20:21:0.0981308:8:12:70:105:9:12:77:116 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG 771.65 PASS AF=0.112245,0.341837;AO=22,63;DP=209;FAO=22,67;FDP=196;FR=.;FRO=107;FSAF=15,26;FSAR=7,41;FSRF=42;FSRR=65;FWDB=-0.0176396,-0.00194196;FXX=0.062198;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=36.9005,248.684;QD=15.748;RBI=0.0596452,0.0341556;REFB=0.0525028,0.00011131;REVB=0.0569772,0.0341003;RO=98;SAF=15,25;SAR=7,38;SRF=42;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.317593,-0.0354272;STB=0.730025,0.502885;STBP=0.016,0.953;TYPE=snp,del;VARB=-0.0924579,0.0074561;OID=.,.;OPOS=29623254,29623249;OREF=G,AAG;OALT=A,-;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.112245,0.341837:22,63:209:22,67:196:107:15,26:7,41:42:65:99:98:15,25:7,38:42:56 chr20 29623263 . C T 81.18 PASS AF=0.105263;AO=22;DP=210;FAO=22;FDP=209;FR=.;FRO=187;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=75;FSRR=112;FWDB=-0.0034853;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.462;QD=1.55363;RBI=0.0157283;REFB=-0.00171098;REVB=-0.0153372;RO=187;SAF=15;SAR=7;SRF=75;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332603;STB=0.738928;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0213622;OID=.;OPOS=29623263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:210:209:187:187:22:22:0.105263:7:15:75:112:7:15:75:112 chr20 29624068 . T C 88.17 PASS AF=0.155963;AO=15;DP=107;FAO=17;FDP=109;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.00314806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.169;QD=3.23545;RBI=0.0214098;REFB=0.00171321;REVB=0.0211771;RO=92;SAF=6;SAR=9;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852794;STB=0.547589;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.0064501;OID=.;OPOS=29624068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:107:109:92:92:15:17:0.155963:9:6:43:49:10:7:43:49 chr20 29624070 . G A 248.04 PASS AF=0.300885;AO=34;DP=113;FAO=34;FDP=113;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00614993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.952;QD=8.7803;RBI=0.00824612;REFB=0.00148168;REVB=0.00549336;RO=78;SAF=14;SAR=20;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753861;STB=0.54023;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00245079;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:78:79:34:34:0.300885:20:14:37:41:20:14:37:42 chr20 29625873 . A C 46.78 PASS AF=0.0875;AO=14;DP=158;FAO=14;FDP=160;FR=.;FRO=146;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=84;FSRR=62;FWDB=-0.00863095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.406;QD=1.16947;RBI=0.00933324;REFB=-0.00173956;REVB=0.00355189;RO=144;SAF=6;SAR=8;SRF=82;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162498;STB=0.631397;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.022262;OID=.;OPOS=29625873;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:158:160:144:146:14:14:0.0875:8:6:82:62:8:6:84:62 chr20 29625876 . C T 148.16 PASS AF=0.17284;AO=28;DP=162;FAO=28;FDP=162;FR=.;FRO=134;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=60;FWDB=-0.0300979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.157;QD=3.65821;RBI=0.0366482;REFB=-0.00509975;REVB=-0.0209094;RO=132;SAF=17;SAR=11;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080708;STB=0.546615;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0341838;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:132:134:28:28:0.17284:11:17:72:60:11:17:74:60 chr20 29625877 . G A 175.41 PASS AF=0.192547;AO=31;DP=161;FAO=31;FDP=161;FR=.;FRO=130;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=72;FSRR=58;FWDB=-0.000493205;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.417;QD=4.35792;RBI=0.0460269;REFB=-0.00495149;REVB=-0.0460243;RO=128;SAF=18;SAR=13;SRF=70;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438738;STB=0.522045;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.014437;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:128:130:31:31:0.192547:13:18:70:58:13:18:72:58 chr20 29625935 . A G 175.59 PASS AF=0.201389;AO=28;DP=143;FAO=29;FDP=144;FR=.;FRO=115;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=0.0288679;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.37;QD=4.87736;RBI=0.0329651;REFB=-0.00697474;REVB=-0.0159166;RO=114;SAF=13;SAR=15;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789537;STB=0.537994;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0299279;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:114:115:28:29:0.201389:15:13:60:54:15:14:61:54 chr20 29625946 . A G 31.34 PASS AF=0.0709677;AO=11;DP=155;FAO=11;FDP=155;FR=.;FRO=144;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=0.00101583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.363;QD=0.808891;RBI=0.0102667;REFB=-0.00480769;REVB=-0.0102163;RO=143;SAF=9;SAR=2;SRF=69;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366211;STB=0.815678;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0557463;OID=.;OPOS=29625946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:155:155:143:144:11:11:0.0709677:2:9:69:74:2:9:69:75 chr20 29625950 . G A 41.69 PASS AF=0.0828025;AO=13;DP=161;FAO=13;FDP=157;FR=.;FRO=144;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=68;FSRR=76;FWDB=-0.0308784;FXX=0.0248432;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6431;QD=1.06217;RBI=0.0545507;REFB=-0.00582814;REVB=-0.0449701;RO=148;SAF=10;SAR=3;SRF=68;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346861;STB=0.771069;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0577542;OID=.;OPOS=29625950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:161:157:148:144:13:13:0.0828025:3:10:68:80:3:10:68:76 chr20 29625965 . G A 66.1 PASS AF=0.103448;AO=18;DP=174;FAO=18;FDP=174;FR=.;FRO=156;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=67;FSRR=89;FWDB=-0.0108406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.435;QD=1.51955;RBI=0.0408028;REFB=-0.00146932;REVB=-0.0393364;RO=156;SAF=13;SAR=5;SRF=67;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345911;STB=0.753121;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0104652;OID=.;OPOS=29625965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:174:174:156:156:18:18:0.103448:5:13:67:89:5:13:67:89 chr20 29625979 . C A 86.12 PASS AF=0.117021;AO=22;DP=186;FAO=22;FDP=188;FR=.;FRO=166;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=73;FSRR=93;FWDB=-0.000352764;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.431;QD=1.83239;RBI=0.0237267;REFB=-0.00259918;REVB=-0.0237241;RO=159;SAF=8;SAR=14;SRF=69;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907614;STB=0.569785;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0185265;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:186:188:159:166:22:22:0.117021:14:8:69:90:14:8:73:93 chr20 29625984 . TG CC,TA 136.03 PASS AF=0.048913,0.11413;AO=9,23;DP=186;FAO=9,21;FDP=184;FR=.;FRO=154;FSAF=6,15;FSAR=3,6;FSRF=60;FSRR=94;FWDB=-0.000350122,-0.0543905;FXX=0.0107521;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=246.515,58.7115;QD=2.95705;RBI=0.00469078,0.0669066;REFB=-0.00120119,-0.00288374;REVB=0.00467769,-0.0389636;RO=150;SAF=6,16;SAR=3,7;SRF=57;SRR=93;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.28105,0.382957;STB=0.745659,0.768994;STBP=0.179,0.016;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00318009,0.0247788;OID=.,.;OPOS=29625984,29625985;OREF=TG,G;OALT=CC,A;OMAPALT=CC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:86:186:184:150:154:9,23:9,21:0.048913,0.11413:3,7:6,16:57:93:3,6:6,15:60:94 chr20 29628237 . C A 80.42 PASS AF=0.093985;AO=25;DP=267;FAO=25;FDP=266;FR=.;FRO=241;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=99;FSRR=142;FWDB=-0.035621;FXX=0.00746241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.322;QD=1.20937;RBI=0.0367694;REFB=-0.000471441;REVB=-0.0091177;RO=233;SAF=13;SAR=12;SRF=95;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135634;STB=0.59825;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00481032;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:267:266:233:241:25:25:0.093985:12:13:95:138:12:13:99:142 chr20 29628251 . A G 31.82 PASS AF=0.0588235;AO=16;DP=272;FAO=16;FDP=272;FR=.;FRO=256;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=106;FSRR=150;FWDB=0.0134176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.319;QD=0.467946;RBI=0.0241713;REFB=-0.000570797;REVB=-0.0201052;RO=255;SAF=8;SAR=8;SRF=106;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881254;STB=0.580784;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0098661;OID=.;OPOS=29628251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:272:272:255:256:16:16:0.0588235:8:8:106:149:8:8:106:150 chr20 29628263 . A G 61.4 PASS AF=0.0811808;AO=22;DP=272;FAO=22;FDP=271;FR=.;FRO=249;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=107;FSRR=142;FWDB=0.0176183;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.684;QD=0.906203;RBI=0.0186708;REFB=0.000945801;REVB=-0.00618022;RO=246;SAF=8;SAR=14;SRF=105;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756374;STB=0.563272;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00978488;OID=.;OPOS=29628263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:272:271:246:249:22:22:0.0811808:14:8:105:141:14:8:107:142 chr20 29628271 . C T 1394.17 PASS AF=0.516854;AO=136;DP=266;FAO=138;FDP=267;FR=.;FRO=129;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=51;FSRR=78;FWDB=-0.00512299;FXX=0.0111107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.245;QD=20.8865;RBI=0.0193668;REFB=-0.032643;REVB=-0.0186769;RO=129;SAF=59;SAR=77;SRF=51;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350274;STB=0.519478;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0271851;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:129:129:136:138:0.516854:77:59:51:78:78:60:51:78 chr20 29628328 . C G 80.39 PASS AF=0.116279;AO=20;DP=173;FAO=20;FDP=172;FR=.;FRO=152;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=102;FWDB=-0.0540735;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.994;QD=1.86944;RBI=0.0672;REFB=-0.00298708;REVB=-0.0398986;RO=151;SAF=9;SAR=11;SRF=50;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154679;STB=0.610342;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0151674;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:173:172:151:152:20:20:0.116279:11:9:50:101:11:9:50:102 chr20 29628361 . A C 466.59 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00567217;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.993;QD=19.6458;RBI=0.00672087;REFB=-0.0208773;REVB=0.00360507;RO=48;SAF=13;SAR=33;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993554;STB=0.563171;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0192614;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:49:46:46:0.484211:33:13:18:30:33:13:19:30 chr20 29628415 . T A 48.53 PASS AF=0.145161;AO=8;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0224944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.104;QD=3.13077;RBI=0.033199;REFB=-0.00633244;REVB=-0.0244168;RO=53;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24818;STB=0.61812;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.033458;OID=.;OPOS=29628415;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:8:9:0.145161:3:5:22:31:4:5:22:31 chr20 29628431 . C T 344.97 PASS AF=0.659091;AO=27;DP=42;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0089566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.363;QD=31.3613;RBI=0.0117015;REFB=-0.0469806;REVB=0.00753022;RO=14;SAF=14;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100142;STB=0.551146;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0151504;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:14:15:27:29:0.659091:13:14:5:9:15:14:5:10 chr20 29628439 . A G 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0223042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.027;QD=6.85053;RBI=0.0223811;REFB=-0.00622734;REVB=-0.00185365;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239195;STB=0.515121;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0155905;OID=.;OPOS=29628439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:6:4:13:18:6:4:13:18 chr20 29628446 . T A 80.76 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0108054;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.1908;QD=8.07648;RBI=0.0150623;REFB=-0.00783712;REVB=0.0104936;RO=29;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103053;STB=0.563863;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0200732;OID=.;OPOS=29628446;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:40:40:29:29:11:11:0.275:7:4:13:16:7:4:13:16 chr20 29630666 . T C 236.92 PASS AF=0.211957;AO=39;DP=182;FAO=39;FDP=184;FR=.;FRO=145;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=80;FSRR=65;FWDB=-0.00661511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.171;QD=5.15049;RBI=0.033911;REFB=-0.00663259;REVB=0.0332595;RO=143;SAF=19;SAR=20;SRF=79;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831357;STB=0.550739;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0147378;OID=.;OPOS=29630666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:143:145:39:39:0.211957:20:19:79:64:20:19:80:65 chr20 29630674 . A T 286.37 PASS AF=0.235294;AO=44;DP=187;FAO=44;FDP=187;FR=.;FRO=143;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=83;FSRR=60;FWDB=0.00785745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.679;QD=6.12549;RBI=0.0346551;REFB=-0.00475788;REVB=0.0337526;RO=143;SAF=20;SAR=24;SRF=83;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157949;STB=0.595333;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.013091;OID=.;OPOS=29630674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:143:143:44:44:0.235294:24:20:83:60:24:20:83:60 chr20 29630681 . G A 143.3 PASS AF=0.158192;AO=28;DP=195;FAO=28;FDP=177;FR=.;FRO=149;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=82;FSRR=67;FWDB=0.0047177;FXX=0.092303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.775;QD=3.23846;RBI=0.00779528;REFB=-0.00432699;REVB=0.00620562;RO=139;SAF=16;SAR=12;SRF=81;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014826;STB=0.51802;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0122323;OID=.;OPOS=29630681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:177:139:149:28:28:0.158192:12:16:81:58:12:16:82:67 chr20 29630695 . C A 706.73 PASS AF=0.376682;AO=82;DP=221;FAO=84;FDP=223;FR=.;FRO=139;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=64;FSRR=75;FWDB=0.000502506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.649;QD=12.6768;RBI=0.0138055;REFB=-0.0201103;REVB=-0.0137964;RO=138;SAF=49;SAR=33;SRF=64;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148997;STB=0.576761;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0332231;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:223:138:139:82:84:0.376682:33:49:64:74:35:49:64:75 chr20 29630697 . A G 339.94 PASS AF=0.235556;AO=53;DP=226;FAO=53;FDP=225;FR=.;FRO=172;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=90;FSRR=82;FWDB=-0.000760366;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5235;QD=6.04342;RBI=0.0355491;REFB=-0.0071035;REVB=0.0355409;RO=170;SAF=23;SAR=30;SRF=89;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113111;STB=0.568194;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0245188;OID=.;OPOS=29630697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:170:172:53:53:0.235556:30:23:89:81:30:23:90:82 chr20 29630725 . T C 386.48 PASS AF=0.237903;AO=58;DP=247;FAO=59;FDP=248;FR=.;FRO=189;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=93;FSRR=96;FWDB=-0.0348384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.274;QD=6.23362;RBI=0.0412615;REFB=-0.0049968;REVB=-0.0221087;RO=189;SAF=25;SAR=33;SRF=93;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777551;STB=0.552447;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0163791;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:189:189:58:59:0.237903:33:25:93:96:34:25:93:96 chr20 29632635 . C G 37.09 PASS AF=0.0846154;AO=10;DP=129;FAO=11;FDP=130;FR=.;FRO=119;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=68;FWDB=-0.000827413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.635;QD=1.14138;RBI=0.013259;REFB=-0.00111608;REVB=-0.0132332;RO=119;SAF=3;SAR=7;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149655;STB=0.561929;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0159262;OID=.;OPOS=29632635;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:129:130:119:119:10:11:0.0846154:7:3:51:68:7:4:51:68 chr20 29632638 . C A 191.07 PASS AF=0.225564;AO=29;DP=133;FAO=30;FDP=133;FR=.;FRO=103;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.00546391;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.451;QD=5.74635;RBI=0.0120014;REFB=-0.00460464;REVB=-0.0106855;RO=100;SAF=9;SAR=20;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173987;STB=0.592529;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0150974;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:100:103:29:30:0.225564:20:9:44:56:20:10:46:57 chr20 29632662 . G C 350.71 PASS AF=0.303226;AO=47;DP=169;FAO=47;FDP=155;FR=.;FRO=108;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=65;FWDB=0.0175612;FXX=0.0828353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.767;QD=9.05053;RBI=0.0198122;REFB=-0.0105649;REVB=-0.00917221;RO=104;SAF=24;SAR=23;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115026;STB=0.578122;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0209065;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:155:104:108:47:47:0.303226:23:24:43:61:23:24:43:65 chr20 29632674 . T TA 72.92 PASS AF=0.224044;AO=36;DP=184;FAO=41;FDP=183;FR=.;FRO=142;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=86;FWDB=-0.0502849;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2068;QD=1.5939;RBI=0.0531338;REFB=-0.0424573;REVB=0.017165;RO=136;SAF=13;SAR=23;SRF=56;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068138;STB=0.523528;STBP=0.758;TYPE=ins;VARB=0.0296473;OID=.;OPOS=29632675;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.224044:36:184:41:183:142:15:26:56:86:72:136:13:23:56:80 chr20 29632702 . C T 37.3 PASS AF=0.0703518;AO=15;DP=199;FAO=14;FDP=199;FR=.;FRO=185;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=70;FSRR=115;FWDB=-0.0114036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.998;QD=0.749795;RBI=0.0413447;REFB=-0.00320003;REVB=-0.0397409;RO=184;SAF=7;SAR=8;SRF=70;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991122;STB=0.612912;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0600955;OID=.;OPOS=29632702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:199:199:184:185:15:14:0.0703518:8:7:70:114:7:7:70:115 chr20 29632707 . G A 144.2 PASS AF=0.153846;AO=29;DP=197;FAO=30;FDP=195;FR=.;FRO=165;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=106;FWDB=0.000781124;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.868;QD=2.95801;RBI=0.0171724;REFB=-0.00386276;REVB=-0.0171546;RO=166;SAF=15;SAR=14;SRF=61;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192414;STB=0.620437;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0236151;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:195:166:165:29:30:0.153846:14:15:61:105:15:15:59:106 chr20 29632709 . C T 242.75 PASS AF=0.206186;AO=40;DP=194;FAO=40;FDP=194;FR=.;FRO=154;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=102;FWDB=-0.0133812;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.894;QD=5.0051;RBI=0.0253868;REFB=-0.016091;REVB=-0.0215739;RO=153;SAF=22;SAR=18;SRF=52;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266514;STB=0.664577;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0307374;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:153:154:40:40:0.206186:18:22:52:101:18:22:52:102 chr20 29632714 . CT AG 233.17 PASS AF=0.203125;AO=39;DP=192;FAO=39;FDP=192;FR=.;FRO=153;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=101;FWDB=-0.00302975;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=288.99;QD=4.85775;RBI=0.0141261;REFB=-0.00580804;REVB=-0.0137973;RO=153;SAF=21;SAR=18;SRF=52;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253378;STB=0.655316;STBP=0.045;TYPE=mnp;VARB=0.0271762;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:153:153:39:39:0.203125:18:21:52:101:18:21:52:101 chr20 29633854 . G A 46.96 PASS AF=0.0948905;AO=11;DP=137;FAO=13;FDP=137;FR=.;FRO=124;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=-0.0288238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.839;QD=1.37105;RBI=0.0663251;REFB=-0.00959288;REVB=-0.0597344;RO=109;SAF=8;SAR=3;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280306;STB=0.639079;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0528961;OID=.;OPOS=29633854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:137:137:109:124:11:13:0.0948905:3:8:53:56:5:8:57:67 chr20 29633887 . G A 133.82 PASS AF=0.157895;AO=27;DP=171;FAO=27;FDP=171;FR=.;FRO=144;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=82;FWDB=-0.060746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.39;QD=3.13025;RBI=0.0666137;REFB=-0.00616161;REVB=-0.0273369;RO=140;SAF=9;SAR=18;SRF=62;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146374;STB=0.586711;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0379891;OID=.;OPOS=29633887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:140:144:27:27:0.157895:18:9:62:78:18:9:62:82 chr20 29633900 . A G 85.11 PASS AF=0.117318;AO=16;DP=178;FAO=21;FDP=179;FR=.;FRO=158;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=99;FWDB=0.0548073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.467;QD=1.90186;RBI=0.0803663;REFB=-0.00512547;REVB=0.0587784;RO=158;SAF=6;SAR=10;SRF=59;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00198547;STB=0.507067;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0169547;OID=.;OPOS=29633900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:178:179:158:158:16:21:0.117318:10:6:59:99:13:8:59:99 chr20 29633915 . C T 41.08 PASS AF=0.0782123;AO=14;DP=179;FAO=14;FDP=179;FR=.;FRO=165;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=105;FWDB=-0.0412382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.396;QD=0.917917;RBI=0.0534925;REFB=-0.00259526;REVB=-0.0340714;RO=156;SAF=7;SAR=7;SRF=52;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196931;STB=0.62553;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0370004;OID=.;OPOS=29633915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:179:179:156:165:14:14:0.0782123:7:7:52:104:7:7:60:105 chr20 29633916 . G A,T 1297.7 PASS AF=0.314607,0.348315;AO=57,62;DP=178;FAO=56,62;FDP=178;FR=.;FRO=60;FSAF=24,18;FSAR=32,44;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0134157,-0.0155943;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.1811,123.626;QD=29.1618;RBI=0.0138825,0.0254425;REFB=-0.0114342,0.00196186;REVB=0.00356962,-0.0201032;RO=56;SAF=25,18;SAR=32,44;SRF=20;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.075096,-0.0676326;STB=0.515146,0.562023;STBP=0.78,0.2;TYPE=snp,snp;VARB=0.0300555,0.0183151;OID=.,.;OPOS=29633916,29633916;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:178:178:56:60:57,62:56,62:0.314607,0.348315:32,44:25,18:20:36:32,44:24,18:24:36 chr20 29633929 . A G 608.61 PASS AF=0.388889;AO=70;DP=180;FAO=70;FDP=180;FR=.;FRO=110;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=67;FWDB=0.000742941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.995;QD=13.5246;RBI=0.0170232;REFB=-0.00694838;REVB=0.017007;RO=110;SAF=24;SAR=46;SRF=43;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564791;STB=0.53192;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0054846;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:110:110:70:70:0.388889:46:24:43:67:46:24:43:67 chr20 29633938 . A G 231.02 PASS AF=0.215909;AO=38;DP=175;FAO=38;FDP=176;FR=.;FRO=138;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=89;FWDB=-0.0342338;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8347;QD=5.25034;RBI=0.0343945;REFB=0.00099303;REVB=0.00332018;RO=136;SAF=18;SAR=20;SRF=48;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156823;STB=0.594138;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00582892;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:136:138:38:38:0.215909:20:18:48:88:20:18:49:89 chr20 29633952 . C T 495.93 PASS AF=0.37037;AO=58;DP=160;FAO=60;FDP=162;FR=.;FRO=102;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=63;FWDB=-0.0120758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.085;QD=12.2452;RBI=0.012503;REFB=-0.0186562;REVB=-0.00324058;RO=100;SAF=20;SAR=38;SRF=38;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425775;STB=0.533925;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0231445;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:100:102:58:60:0.37037:38:20:38:62:40:20:39:63 chr20 29652138 . C G 59.18 PASS AF=0.0810811;AO=21;DP=271;FAO=21;FDP=259;FR=.;FRO=238;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=87;FSRR=151;FWDB=0.0290257;FXX=0.0477924;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6025;QD=0.913906;RBI=0.0313649;REFB=-0.000584155;REVB=0.0118854;RO=237;SAF=12;SAR=9;SRF=86;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239878;STB=0.682872;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0073929;OID=.;OPOS=29652138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:271:259:237:238:21:21:0.0810811:9:12:86:151:9:12:87:151 chr20 29652147 . A G 40.12 PASS AF=0.0674603;AO=17;DP=252;FAO=17;FDP=252;FR=.;FRO=235;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=75;FSRR=160;FWDB=-0.0159807;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8661;QD=0.636754;RBI=0.0339849;REFB=-0.000610723;REVB=-0.0299931;RO=232;SAF=8;SAR=9;SRF=73;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180895;STB=0.643964;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0146466;OID=.;OPOS=29652147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:252:252:232:235:17:17:0.0674603:9:8:73:159:9:8:75:160 chr20 29652157 . G A 43.23 PASS AF=0.0699588;AO=17;DP=243;FAO=17;FDP=243;FR=.;FRO=226;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=68;FSRR=158;FWDB=-0.0340862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.657;QD=0.711546;RBI=0.0343881;REFB=-0.000421926;REVB=0.00454676;RO=225;SAF=3;SAR=14;SRF=68;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178609;STB=0.658068;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00691515;OID=.;OPOS=29652157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:243:243:225:226:17:17:0.0699588:14:3:68:157:14:3:68:158 chr20 29652164 . GC GT,TT 144.02 PASS AF=0.0728155,0.0873786;AO=16,16;DP=221;FAO=15,18;FDP=206;FR=.;FRO=173;FSAF=4,2;FSAR=11,16;FSRF=47;FSRR=126;FWDB=-0.0245192,-0.00987062;FXX=0.0678702;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=58.8352,87.941;QD=2.79641;RBI=0.0797091,0.0392121;REFB=-0.0122699,-0.00894255;REVB=-0.0758443,-0.0379495;RO=169;SAF=4,2;SAR=12,14;SRF=47;SRR=122;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.041536,-0.255118;STB=0.505853,0.733764;STBP=0.974,0.092;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0763123,0.0534598;OID=.,.;OPOS=29652165,29652164;OREF=C,GC;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:58:221:206:169:173:16,16:15,18:0.0728155,0.0873786:12,14:4,2:47:122:11,16:4,2:47:126 chr20 29652166 . G A 64.9 PASS AF=0.0917431;AO=19;DP=216;FAO=20;FDP=218;FR=.;FRO=198;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=150;FWDB=-0.0291672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.557;QD=1.19082;RBI=0.0291931;REFB=-0.000681208;REVB=0.00122852;RO=196;SAF=5;SAR=14;SRF=46;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449509;STB=0.50925;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00852866;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:216:218:196:198:19:20:0.0917431:14:5:46:150:15:5:48:150 chr20 29652172 . TG CA,CG 2243.09 PASS AF=0.346535,0.514851;AO=69,104;DP=204;FAO=70,104;FDP=202;FR=.;FRO=28;FSAF=8,27;FSAR=62,77;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0420815,-0.0300303;FXX=0.0146334;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=148.832,104.335;QD=44.4176;RBI=0.0434169,0.0329495;REFB=-0.00583998,0.0290058;REVB=0.0106853,-0.013559;RO=25;SAF=8,27;SAR=61,77;SRF=5;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.093254,0.0286803;STB=0.563617,0.512656;STBP=0.153,0.624;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0133632,-0.00494792;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:204:202:25:28:69,104:70,104:0.346535,0.514851:61,77:8,27:5:20:62,77:8,27:6:22 chr20 29652182 . C T 80.31 PASS AF=0.109375;AO=21;DP=192;FAO=21;FDP=192;FR=.;FRO=171;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=142;FWDB=-0.0269187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2418;QD=1.67315;RBI=0.0294663;REFB=0.00448898;REVB=0.0119854;RO=171;SAF=2;SAR=19;SRF=29;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189726;STB=0.646375;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0407345;OID=.;OPOS=29652182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:192:192:171:171:21:21:0.109375:19:2:29:142:19:2:29:142 chr20 29652183 . G A 194.66 PASS AF=0.182292;AO=35;DP=192;FAO=35;FDP=192;FR=.;FRO=157;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=129;FWDB=-0.0273403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.369;QD=4.05545;RBI=0.0299723;REFB=-0.007343;REVB=0.0122821;RO=157;SAF=3;SAR=32;SRF=28;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258206;STB=0.672421;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0282665;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:157:157:35:35:0.182292:32:3:28:129:32:3:28:129 chr20 29652191 . C T 1902.58 PASS AF=0.780749;AO=146;DP=188;FAO=146;FDP=187;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=122;FSRF=5;FSRR=36;FWDB=0.0699696;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9036;QD=40.6968;RBI=0.0702453;REFB=-0.0131547;REVB=-0.00621686;RO=41;SAF=24;SAR=122;SRF=5;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326199;STB=0.517324;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00621558;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:41:41:146:146:0.780749:122:24:5:36:122:24:5:36 chr20 29652194 . C T 196.14 PASS AF=0.188172;AO=34;DP=185;FAO=35;FDP=186;FR=.;FRO=151;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=128;FWDB=0.0102284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.304;QD=4.21813;RBI=0.0165373;REFB=-0.0019747;REVB=0.0129947;RO=151;SAF=6;SAR=28;SRF=23;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563815;STB=0.528307;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0177741;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:151:151:34:35:0.188172:28:6:23:128:29:6:23:128 chr20 29652196 . T C 160.06 PASS AF=0.164894;AO=31;DP=187;FAO=31;FDP=188;FR=.;FRO=157;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=134;FWDB=-0.0244695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2527;QD=3.40557;RBI=0.0244714;REFB=-0.005416;REVB=0.000301888;RO=156;SAF=6;SAR=25;SRF=23;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104712;STB=0.568156;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.030859;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:156:157:31:31:0.164894:25:6:23:133:25:6:23:134 chr20 29652235 . CG CC,GC 1576.87 PASS AF=0.766423,0.0875912;AO=105,12;DP=146;FAO=105,12;FDP=137;FR=.;FRO=20;FSAF=10,1;FSAR=95,11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0395945,-0.0257849;FXX=0.0680226;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=107.722,186.404;QD=46.0401;RBI=0.0409095,0.0305532;REFB=0.0145928,-0.00596185;REVB=0.0102889,0.0163902;RO=19;SAF=10,1;SAR=95,11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.124762,-0.365445;STB=0.582358,0.754355;STBP=0.01,0.092;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000233334,0.020187;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:137:19:20:105,12:105,12:0.766423,0.0875912:95,11:10,1:5:14:95,11:10,1:6:14 chr20 29652254 . G A 197.81 PASS AF=0.247934;AO=30;DP=121;FAO=30;FDP=121;FR=.;FRO=91;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=71;FWDB=-0.0263057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.181;QD=6.53929;RBI=0.0317272;REFB=-0.00207864;REVB=0.0177376;RO=90;SAF=1;SAR=29;SRF=19;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539959;STB=0.858605;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00507068;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:90:91:30:30:0.247934:29:1:19:71:29:1:20:71 chr20 29652260 . C T 38.7 PASS AF=0.0934579;AO=10;DP=107;FAO=10;FDP=107;FR=.;FRO=97;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=78;FWDB=-0.0091394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4259;QD=1.44689;RBI=0.0250067;REFB=-0.00664044;REVB=-0.0232768;RO=96;SAF=1;SAR=9;SRF=19;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209479;STB=0.673734;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0605403;OID=.;OPOS=29652260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:107:107:96:97:10:10:0.0934579:9:1:19:77:9:1:19:78 chr20 29965014 . T C 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.322;QD=59.1406;RBI=0.0619391;REFB=0;REVB=0.0418538;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66459e-05;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr20 29978216 . T C 1421.95 PASS AF=0.952381;AO=100;DP=105;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.018398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.267;QD=54.1696;RBI=0.0225437;REFB=-0.0460703;REVB=0.0130281;RO=5;SAF=47;SAR=53;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244828;STB=0.512921;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=4.46252e-07;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:105:105:5:5:100:100:0.952381:53:47:1:4:53:47:1:4 chr20 30072093 . A G 100.13 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0396456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5946;QD=16.688;RBI=0.0633577;REFB=-0.0134614;REVB=-0.0494208;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398606;STB=0.55254;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0355597;OID=.;OPOS=30072093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:24:24:13:12:11:12:0.5:3:8:9:4:3:9:8:4 chr20 30619079 . AGGGGC AGGG,AGGGC 52.78 PASS AF=0,0.571429;AO=2,7;DP=20;FAO=0,12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=0,6;FSAR=0,6;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0251985,0.0247903;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=170.829,12.9351;QD=10.0525;RBI=0.0257483,0.0577836;REFB=-0.00655211,-0.056245;REVB=0.0052923,0.0521957;RO=9;SAF=1,3;SAR=1,4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.467969,0.328854;STB=0.5,0.666419;STBP=1,0.118;TYPE=del,del;VARB=0,0.0915021;OID=.,.;OPOS=30619083,30619080;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.571429:2,7:20:0,12:21:9:0,6:0,6:1:8:50:9:1,3:1,4:1:8 chr20 30676401 . AG A 472.97 PASS AF=1;AO=42;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.8315;QD=38.6098;RBI=0.245613;REFB=0;REVB=0.222215;RO=5;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.618056;SSSB=0.0954768;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00420492;OID=.;OPOS=30676402;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:49:49:49:0:21:28:0:0:8:5:20:22:0:5 chr20 30746248 . T C 1320.9 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5051;QD=62.1599;RBI=0.0691856;REFB=0;REVB=0.0561352;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555069;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:40:45:0:0:40:45:0:0 chr20 30777800 . T C 1134.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.948;QD=60.4933;RBI=0.0264698;REFB=0;REVB=0.01988;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61011e-05;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr20 30777860 . A G 757.2 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7579;QD=56.0887;RBI=0.0154709;REFB=0;REVB=-0.00172854;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101688;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:27:27:0:0 chr20 30795819 . T C 1257.35 PASS AF=1;AO=59;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786774;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.75;QD=61.3342;RBI=0.111982;REFB=0;REVB=0.0796862;RO=0;SAF=47;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56963e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767525;OID=.;OPOS=30795819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:59:82:1:12:47:0:0:12:70:0:0 chr20 30922398 . C T 757.49 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020653;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.376;QD=57.1688;RBI=0.0239573;REFB=0;REVB=0.0121411;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35959e-05;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr20 31022959 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.724;QD=60.0307;RBI=0.0699788;REFB=0;REVB=0.0696817;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113431;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:24:48:0:0:24:48:0:0 chr20 31024274 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.14;QD=59.8383;RBI=0.0479207;REFB=0;REVB=0.0451173;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179104;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr20 31025163 . A G 446.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.617;QD=57.6493;RBI=0.0623127;REFB=0;REVB=0.0118052;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467474;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr20 31025535 . A C,G 1298.5 PASS AF=0.0652174,0.923913;AO=6,78;DP=85;FAO=6,85;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=6,43;FSAR=0,42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00274723,0.0083866;FXX=0.0107515;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.6314,179.895;QD=56.4566;RBI=0.0173749,0.0336712;REFB=-0.0278656,0.0324321;REVB=0.0171564,0.0326101;RO=0;SAF=6,43;SAR=0,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.91087e-08;STB=0.5,0.505746;STBP=1,0.524;TYPE=snp,snp;VARB=0.197237,-0.000137684;OID=.,.;OPOS=31025535,31025535;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:85:92:0:1:6,78:6,85:0.0652174,0.923913:0,35:6,43:0:0:0,42:6,43:1:0 chr20 31196471 . A G 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00272028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4366;QD=21.509;RBI=0.00275153;REFB=-0.00631864;REVB=0.000413518;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149277;STB=0.593999;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00473152;OID=.;OPOS=31196471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:11:7:3:11:11:7:3:12 chr20 31367967 . TG GT 31.43 PASS AF=0.217391;AO=4;DP=22;FAO=5;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0944357;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=52.4248;QD=5.46693;RBI=0.188979;REFB=-0.0110871;REVB=-0.163692;RO=13;SAF=1;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464525;STB=0.783147;STBP=0.164;TYPE=mnp;VARB=0.0349544;OID=.;OPOS=31367967;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:22:23:13:16:4:5:0.217391:3:1:9:4:4:1:9:7 chr20 31386347 . T C 632.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.272;QD=61.6724;RBI=0.0377822;REFB=0;REVB=0.0177806;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119816;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr20 31386449 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.993;QD=44.6883;RBI=0.0178596;REFB=0;REVB=-0.0109802;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12139e-05;OID=.;OPOS=31386449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr20 31388636 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.015;QD=62.9829;RBI=0.0470614;REFB=0;REVB=0.0226689;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198726;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr20 31427602 . G A 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00382402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.115;QD=19.0497;RBI=0.00619493;REFB=-0.0155977;REVB=0.00487381;RO=48;SAF=16;SAR=28;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189474;STB=0.605585;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0154623;OID=.;OPOS=31427602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:28:16:27:21:28:16:27:21 chr20 31436747 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.601;QD=62.67;RBI=0.0257836;REFB=0;REVB=-0.0196137;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03493e-05;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr20 31494382 . G A,T 788.8 PASS AF=0.931034,0.0517241;AO=53,3;DP=56;FAO=54,3;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=18,2;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162899,0.0334673;FXX=0.0169463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.243,57.3619;QD=54.4002;RBI=0.0174893,0.0359339;REFB=-0.0742842,0.0600944;REVB=0.00636494,-0.0130836;RO=0;SAF=18,2;SAR=35,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.506847,0.665547;STBP=0.63,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=0.000443573,0.00443589;OID=.,.;OPOS=31494382,31494382;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:56:58:0:1:53,3:54,3:0.931034,0.0517241:35,1:18,2:0:0:36,1:18,2:0:1 chr20 31584178 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.988;QD=63.8707;RBI=0.0153092;REFB=0;REVB=-0.00207036;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37534e-05;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:25:23:0:0 chr20 31587752 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.438;QD=51.1846;RBI=0.0426713;REFB=0;REVB=0.0122714;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296308;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:14:6:0:0 chr20 31587793 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1244;QD=56.7064;RBI=0.0767476;REFB=0;REVB=0.0602191;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145517;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr20 31621113 . C T 375.32 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0118626;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9554;QD=23.4574;RBI=0.0343353;REFB=-0.00136597;REVB=-0.032221;RO=27;SAF=9;SAR=28;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534434;STB=0.529461;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.000676061;OID=.;OPOS=31621113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:27:27:37:37:0.578125:28:9:8:19:28:9:8:19 chr20 31622083 . G A 1097.87 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0115462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0111;QD=56.3011;RBI=0.0139582;REFB=-0.117199;REVB=0.00784337;RO=2;SAF=29;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315118;STB=0.511291;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00250981;OID=.;OPOS=31622083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:2:3:75:75:0.961538:46:29:2:0:46:29:2:1 chr20 31627291 . A G 1042.7 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.755;QD=59.5831;RBI=0.0459606;REFB=0;REVB=0.00592606;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58777e-05;OID=.;OPOS=31627291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:31:37:0:0:31:39:0:0 chr20 31652292 . G A 1254.52 PASS AF=0.987952;AO=79;DP=81;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343865;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.957;QD=60.459;RBI=0.0437282;REFB=-0.0645088;REVB=0.0270133;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000824676;OID=.;OPOS=31652292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:83:0:1:79:82:0.987952:46:33:0:0:46:36:1:0 chr20 31656632 . C G 2106.24 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.169;QD=61.9481;RBI=0.0372768;REFB=-0.136619;REVB=0.0280681;RO=1;SAF=74;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638093;STB=0.503355;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000213579;OID=.;OPOS=31656632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:61:74:1:0:61:74:1:0 chr20 31673846 . A G 1246.02 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0753;QD=61.5318;RBI=0.0601479;REFB=0;REVB=-0.0489754;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08978e-05;OID=.;OPOS=31673846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr20 31676804 . A C 1031.98 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0488988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4333;QD=56.547;RBI=0.0515109;REFB=0.00965061;REVB=-0.0161951;RO=2;SAF=38;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242365;STB=0.512817;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00260582;OID=.;OPOS=31676804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:33:38:2:0:33:38:2:0 chr20 31757102 . C G 346.13 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00260269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.062;QD=19.5;RBI=0.00953433;REFB=-0.0124314;REVB=0.00917221;RO=35;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368985;STB=0.520525;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.011573;OID=.;OPOS=31757102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:23:13:14:21:23:13:14:21 chr20 31761885 . G A 350.18 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.0197843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.189;QD=13.5991;RBI=0.0197877;REFB=-0.0134307;REVB=-0.000371053;RO=62;SAF=25;SAR=16;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077154;STB=0.54359;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0186245;OID=.;OPOS=31761885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:41:41:0.398058:16:25:42:20:16:25:42:20 chr20 31767470 . G C 218.05 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0813221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7466;QD=15.8581;RBI=0.0869962;REFB=-0.0311095;REVB=0.030904;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515236;STB=0.518782;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0512264;OID=.;OPOS=31767470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:26:30:25:25:0.454545:15:10:9:17:15:10:13:17 chr20 31812206 . A G 325.75 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0458063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0169;QD=14.8067;RBI=0.0671577;REFB=-0.000617898;REVB=0.0491115;RO=52;SAF=20;SAR=16;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381455;STB=0.521616;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00239577;OID=.;OPOS=31812206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:16:20:27:25:16:20:27:25 chr20 31812923 . G A 1623.54 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.519;QD=60.1311;RBI=0.0264457;REFB=0;REVB=-0.0169422;RO=0;SAF=66;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38614e-05;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:42:66:0:0:42:66:0:0 chr20 31814277 . C T 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00528032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.678;QD=13.3342;RBI=0.00585319;REFB=-0.00132387;REVB=0.00252549;RO=53;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722334;STB=0.541285;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00216343;OID=.;OPOS=31814277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:19:14:26:27:19:14:26:27 chr20 31830955 . T C 323.55 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0758187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4384;QD=17.256;RBI=0.0777773;REFB=0.00271891;REVB=-0.0173445;RO=39;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685968;STB=0.547142;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00455903;OID=.;OPOS=31830955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:40:35:35:0.466667:23:12:16:23:23:12:17:23 chr20 31897554 . G C 344.04 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00022279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.47;QD=31.2764;RBI=0.0104827;REFB=-0.0265589;REVB=-0.0104803;RO=15;SAF=16;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531354;STB=0.529114;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00887759;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:13:16:7:8:13:16:7:8 chr20 31981849 . T C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00645049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.358;QD=21.9445;RBI=0.0189847;REFB=-0.0403025;REVB=0.0178553;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047897;STB=0.526993;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0256426;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:7:9:6:6:7:9:6:6 chr20 32212690 . C T 369.36 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00582066;FXX=0.0365809;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.1;QD=18.702;RBI=0.00591833;REFB=-0.00898896;REVB=0.00107077;RO=33;SAF=24;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496178;STB=0.576882;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00768257;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:79:33:41:38:38:0.481013:14:24:19:14:14:24:20:21 chr20 32248163 . C T 287.58 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0484742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.722;QD=13.5333;RBI=0.0539061;REFB=-0.0205685;REVB=-0.0235822;RO=51;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141827;STB=0.585316;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0332549;OID=.;OPOS=32248163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:52:33:33:0.388235:17:16:18:33:17:16:18:34 chr20 32256195 . AC A,GA 514.53 PASS AF=1,0;AO=32,3;DP=44;FAO=46,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923942,0.00566593;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=16.753,12.3092;QD=44.7421;RBI=0.233641,0.0553898;REFB=-0.0716622,-0.0661238;REVB=0.214596,0.0550993;RO=6;SAF=19,2;SAR=13,1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.392857,0;SSSB=-0.0222333,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0284462,0;OID=.,.;OPOS=32256196,32256195;OREF=C,AC;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:46:6:0:32,3:46,0:1,0:13,1:19,2:4:2:20,0:26,0:0:0 chr20 32295541 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0177598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.197;QD=12.396;RBI=0.0254912;REFB=-0.00803209;REVB=-0.0182864;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00883822;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:1:4:3:2:1:4 chr20 32379263 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.649;QD=63.2862;RBI=0.0160613;REFB=0;REVB=0.00922123;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36316e-05;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr20 32664864 . C CCAG 224.26 PASS AF=1;AO=13;DP=49;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675562;FXX=0.428418;HRUN=2;LEN=3;MLLD=156.091;QD=56.0653;RBI=0.0714704;REFB=0;REVB=0.0233275;RO=35;SAF=2;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00838279;OID=.;OPOS=32664865;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:13:49:16:16:0:5:11:0:0:3:35:2:11:20:15 chr20 32664866 . G A 258.69 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0317939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.436;QD=23.5172;RBI=0.0385462;REFB=-0.0481385;REVB=0.0217934;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992179;STB=0.512038;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.022036;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:20:24:24:0.545455:15:9:4:12:15:9:8:12 chr20 32664880 . T C 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0184688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2079;QD=7.03144;RBI=0.0188304;REFB=-0.0225466;REVB=0.00367239;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417813;STB=0.512792;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0521821;OID=.;OPOS=32664880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:9:9:0.257143:4:5:13:12:4:5:14:12 chr20 32972053 . TGCA T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0197385;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=368.929;QD=24.4133;RBI=0.0280035;REFB=-0.0247642;REVB=-0.0198641;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680141;STB=0.512173;STBP=0.904;TYPE=del;VARB=0.00865254;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:11:15:11:16:5:7:4:3:2:28:4:7:4:2:2 chr20 33097718 . A AT 71.05 PASS AF=0.450704;AO=28;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.277965;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.05448;QD=4.00295;RBI=0.284383;REFB=-0.069793;REVB=0.0600764;RO=34;SAF=20;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225651;STB=0.602958;STBP=0.145;TYPE=ins;VARB=0.032028;OID=.;OPOS=33097719;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.450704:28:71:32:71:39:22:10:20:19:71:34:20:8:17:17 chr20 33104592 . G C 1254.5 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000179902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3047;QD=59.0354;RBI=0.0516331;REFB=-0.101817;REVB=0.0516328;RO=2;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270423;STB=0.514282;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0251805;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:34:49:0:2:34:49:0:2 chr20 33337751 . T C 326.04 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.00742794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.354;QD=17.3889;RBI=0.0142665;REFB=-0.00182066;REVB=0.0121803;RO=38;SAF=19;SAR=16;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233578;STB=0.627558;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00239605;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:40:35:35:0.466667:16:19:11:27:16:19:12:28 chr20 33449198 . GC G 469.28 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00363619;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.036;QD=22.6156;RBI=0.00535302;REFB=-0.0208469;REVB=-0.00392849;RO=38;SAF=27;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848679;STB=0.546777;STBP=0.372;TYPE=del;VARB=0.0175548;OID=.;OPOS=33449199;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542169:45:84:45:83:38:27:18:19:19:99:38:27:18:19:19 chr20 33451148 . G A 851.03 PASS AF=0.552448;AO=79;DP=143;FAO=79;FDP=143;FR=.;FRO=64;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0227367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7092;QD=23.8051;RBI=0.069271;REFB=-0.00163535;REVB=0.0654333;RO=64;SAF=54;SAR=25;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174782;STB=0.595752;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000672552;OID=.;OPOS=33451148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:64:64:79:79:0.552448:25:54:31:33:25:54:31:33 chr20 33462951 . G T 175.12 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0307541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3282;QD=20.0132;RBI=0.0684855;REFB=-0.0549973;REVB=-0.0611919;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226446;STB=0.512806;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0447855;OID=.;OPOS=33462951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:8:9:10:8:8:9 chr20 33470694 . C T 1487.03 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.184;QD=63.278;RBI=0.00933737;REFB=0;REVB=0.00733569;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55187e-06;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:56:37:0:0:56:38:0:0 chr20 33565755 . G A 632.09 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=114;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00555758;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.762;QD=22.3749;RBI=0.0562644;REFB=-0.0427461;REVB=0.0559892;RO=51;SAF=33;SAR=29;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464724;STB=0.525445;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0317779;OID=.;OPOS=33565755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:51:51:62:62:0.548673:29:33:30:21:29:33:30:21 chr20 33572941 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0157643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.387;QD=15.3789;RBI=0.0556366;REFB=-0.00755611;REVB=-0.0533565;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345229;STB=0.538398;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00949275;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:6:6:7:6:6:6:8:6 chr20 33578899 . T C 370.88 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0281369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.641;QD=13.2457;RBI=0.0281416;REFB=-0.000180728;REVB=0.000515404;RO=68;SAF=17;SAR=27;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926652;STB=0.552607;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.000287159;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:68:44:44:0.392857:27:17:32:36:27:17:32:36 chr20 33583331 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9377;QD=53.2768;RBI=0.0599941;REFB=0;REVB=-0.0213948;RO=0;SAF=20;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00207676;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:3:20:0:0:3:20:0:0 chr20 33585437 . C T 457.12 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0179556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.83;QD=16.7751;RBI=0.0244732;REFB=-0.0152299;REVB=-0.0166293;RO=58;SAF=24;SAR=26;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151767;STB=0.579224;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0123336;OID=.;OPOS=33585437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:59:50:50:0.458716:26:24:37:21:26:24:37:22 chr20 33587596 . G A 66.84 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00612565;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.458;QD=12.7305;RBI=0.00791952;REFB=-0.00822454;REVB=-0.00501948;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652168;STB=0.555438;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00900815;OID=.;OPOS=33587596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:6:3:3:8:6:3:3:9 chr20 33657126 . G A 167.43 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0611725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.07;QD=10.1471;RBI=0.0651869;REFB=-0.0106855;REVB=0.0225226;RO=44;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517996;STB=0.530359;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0136597;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:10:12:22:22:10:12:22:22 chr20 33764554 . A G 2270.24 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109164;FXX=0.0389585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.246;QD=61.3579;RBI=0.014662;REFB=0;REVB=0.00978797;RO=0;SAF=67;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172988;OID=.;OPOS=33764554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:148:148:1:81:67:0:0:81:67:0:0 chr20 33834708 . G A 889.61 PASS AF=0.557823;AO=81;DP=146;FAO=82;FDP=147;FR=.;FRO=65;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00654373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.342;QD=24.2071;RBI=0.0139762;REFB=-0.0211019;REVB=0.0123497;RO=64;SAF=42;SAR=39;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115803;STB=0.561566;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00971686;OID=.;OPOS=33834708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:64:65:81:82:0.557823:39:42:24:40:39:43:25:40 chr20 33867924 . G A 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0116738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.408;QD=11.6171;RBI=0.0190428;REFB=-0.00409802;REVB=-0.015045;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119253;STB=0.569647;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00735639;OID=.;OPOS=33867924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:11:8:18:16:11:8:18:16 chr20 33874720 . C T 325.23 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0532571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.513;QD=22.4296;RBI=0.0535806;REFB=-0.0245261;REVB=0.0058786;RO=24;SAF=15;SAR=18;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12739;STB=0.55907;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0196953;OID=.;OPOS=33874720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:25:33:33:0.568966:18:15:7:17:18:15:8:17 chr20 33969530 . C T 159.56 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0131258;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.532;QD=16.7959;RBI=0.0149389;REFB=-0.00532009;REVB=-0.00713339;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134362;STB=0.576715;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00294634;OID=.;OPOS=33969530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:14:7:8:9:14:7 chr20 33971914 . C T 284.92 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00976311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1441;QD=12.9511;RBI=0.0524949;REFB=0.020567;REVB=-0.051579;RO=55;SAF=16;SAR=17;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00661644;STB=0.503788;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.0374572;OID=.;OPOS=33971914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:17:16:27:28:17:16:27:28 chr20 33974163 . T A 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0166242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.421;QD=24.8031;RBI=0.0267687;REFB=-0.001243;REVB=-0.020981;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381322;STB=0.521694;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.000255408;OID=.;OPOS=33974163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:8:2:1:3:8:2:1:3 chr20 34062642 . C T 282.48 PASS AF=0.392857;AO=31;DP=83;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0036959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.432;QD=13.4512;RBI=0.0732435;REFB=-0.00799145;REVB=-0.0731502;RO=48;SAF=19;SAR=12;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976921;STB=0.511271;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0099366;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:51:31:33:0.392857:12:19:29:19:13:20:30:21 chr20 34090519 . G A 368.94 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.017153;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.492;QD=27.3291;RBI=0.0202074;REFB=-0.0252665;REVB=-0.0106823;RO=19;SAF=21;SAR=14;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24752;STB=0.634961;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0131907;OID=.;OPOS=34090519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:14:21:4:15:14:21:4:15 chr20 34116282 . T C 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0184367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.801;QD=12.9419;RBI=0.0198669;REFB=-0.0127602;REVB=-0.0074014;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449217;STB=0.526281;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0186681;OID=.;OPOS=34116282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:9:16:9:6:9:16 chr20 34131396 . C T 239.66 PASS AF=0.309278;AO=30;DP=97;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00456622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.21;QD=9.88289;RBI=0.0111251;REFB=-0.00210514;REVB=-0.0101448;RO=67;SAF=12;SAR=18;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576701;STB=0.533876;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00466502;OID=.;OPOS=34131396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:67:67:30:30:0.309278:18:12:30:37:18:12:30:37 chr20 34144107 . T C 856.24 PASS AF=0.953846;AO=61;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0181509;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.954;QD=52.6917;RBI=0.0187174;REFB=-0.0929802;REVB=-0.00457041;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.509206;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000747276;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:65:1:3:61:62:0.953846:33:28:1:0:33:29:2:1 chr20 34147998 . A G 790.9 PASS AF=0.593496;AO=73;DP=124;FAO=73;FDP=123;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.012466;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.489;QD=25.7204;RBI=0.0174092;REFB=-0.0238563;REVB=-0.0121523;RO=50;SAF=26;SAR=47;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201177;STB=0.609526;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0110363;OID=.;OPOS=34147998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:50:50:73:73:0.593496:47:26:31:19:47:26:31:19 chr20 34152782 . C T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0215811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.526;QD=22.8309;RBI=0.0382045;REFB=-0.0269692;REVB=-0.0315252;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228246;STB=0.648448;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0187505;OID=.;OPOS=34152782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:9:10:15:15:0.6:10:5:6:3:10:5:7:3 chr20 34164422 . T C 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4793;QD=61.0484;RBI=0.0253169;REFB=0;REVB=0.00913445;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118021;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr20 34170035 . C G 289.45 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0808592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.989;QD=46.3115;RBI=0.0861614;REFB=-0.103039;REVB=0.0297586;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321753;STB=0.501741;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0027215;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:12:11:1:1:12:11:1:1 chr20 34170316 . C A 288.95 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.979;QD=52.5371;RBI=0.0435378;REFB=0;REVB=0.0330176;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217956;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr20 34173046 . C T 620.14 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0746819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.527;QD=55.1235;RBI=0.0760815;REFB=-0.17626;REVB=0.0145262;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525412;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00404454;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:45:45:0:3:42:42:0.933333:14:28:0:0:14:28:3:0 chr20 34173178 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.883;QD=55.6528;RBI=0.0432258;REFB=0;REVB=0.0389;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91823e-05;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr20 34179907 . C T 1539.44 PASS AF=0.990476;AO=105;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6172;QD=58.6455;RBI=0.0305367;REFB=-0.00834182;REVB=-0.0282429;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=1.46858e-06;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:105:104:0.990476:47:58:0:0:46:58:0:1 chr20 35710453 . T C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.137957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.583;QD=9.1996;RBI=0.139122;REFB=-0.0306611;REVB=0.0179661;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115383;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0241636;OID=.;OPOS=35710453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:7:6:4:3:7:6 chr20 35740794 . T C 611.16 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.014324;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4132;QD=22.8471;RBI=0.0267937;REFB=0.00203479;REVB=0.0226435;RO=44;SAF=23;SAR=37;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145656;STB=0.585229;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00345873;OID=.;OPOS=35740794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:44:47:60:60:0.560748:37:23:25:19:37:23:27:20 chr20 35769592 . T C 313.24 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.0574282;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.13;QD=17.8997;RBI=0.059674;REFB=-0.0489776;REVB=0.016217;RO=31;SAF=11;SAR=23;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660872;STB=0.56209;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0292178;OID=.;OPOS=35769592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:36:34:34:0.485714:23:11:8:23:23:11:8:28 chr20 35769647 . G T 393.05 PASS AF=0.554054;AO=31;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0920531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.4574;QD=21.2457;RBI=0.105507;REFB=-0.0562373;REVB=0.0515548;RO=30;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115688;STB=0.534815;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0505648;OID=.;OPOS=35769647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:33:31:41:0.554054:19:12:8:22:27:14:9:24 chr20 35783494 . T C 329.95 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00323419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4197;QD=18.3307;RBI=0.0166619;REFB=0.00232293;REVB=0.016345;RO=37;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813347;STB=0.545428;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00203374;OID=.;OPOS=35783494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:14:21:19:18:14:21:19:18 chr20 35807790 . G GCCGGCACT,GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT 92.63 PASS AF=0.125,0.145833;AO=6,7;DP=52;FAO=6,7;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=6,2;FSAR=0,5;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00274736,0.00394429;FXX=0.0943218;HRUN=1,1;LEN=8,29;MLLD=912.392,679.451;QD=7.71926;RBI=0.0198026,0.00508419;REFB=-0.00233121,-0.00379015;REVB=-0.0196111,-0.00320803;RO=35;SAF=6,2;SAR=0,5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.631787,-0.368047;STB=0.997811,0.75095;STBP=0.029,0.184;TYPE=ins,ins;VARB=0.00381724,0.0179323;OID=.,.;OPOS=35807791,35807791;OREF=-,-;OALT=CCGGCACT,CTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT;OMAPALT=GCCGGCACT,GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.125,0.145833:6,7:52:6,7:48:35:6,2:0,5:21:14:46:35:6,2:0,5:21:14 chr20 35865054 . C T 379.26 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0337618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.736;QD=16.856;RBI=0.0352876;REFB=-0.00452867;REVB=0.0102641;RO=50;SAF=15;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107328;STB=0.560314;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0122604;OID=.;OPOS=35865054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:25:15:24:26:25:15:24:26 chr20 35945238 . C G 379.65 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0105042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.518;QD=22.0084;RBI=0.0365231;REFB=0.00699632;REVB=0.03498;RO=31;SAF=18;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710468;STB=0.53915;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0033739;OID=.;OPOS=35945238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:20:18:12:19:20:18:12:19 chr20 36030939 . G C 1343.03 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035814;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9597;QD=62.4665;RBI=0.100177;REFB=0;REVB=0.0935561;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043649;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:53:33:0:0:53:33:0:0 chr20 36146148 . T C 1992.61 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385668;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.312;QD=62.2692;RBI=0.0199955;REFB=0;REVB=0.0196201;RO=0;SAF=62;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03871e-06;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:127:128:1:65:62:0:0:66:62:0:0 chr20 36488405 . C G 205.41 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0210758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.17;QD=12.8379;RBI=0.021433;REFB=0.000903784;REVB=-0.00389641;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14333;STB=0.582025;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00110438;OID=.;OPOS=36488405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:13:12:24:15:13:12:24:15 chr20 36603807 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.009;QD=64.4154;RBI=0.0462012;REFB=0;REVB=0.0194148;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67109e-05;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:36:14:0:0:36:14:0:0 chr20 36761014 . G A 618.92 PASS AF=0.580952;AO=60;DP=100;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00132009;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.88;QD=23.5781;RBI=0.00452959;REFB=-0.0145371;REVB=0.00433296;RO=39;SAF=34;SAR=26;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00188897;STB=0.514659;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00945992;OID=.;OPOS=36761014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:105:39:44:60:61:0.580952:26:34:22:17:27:34:23:21 chr20 36761202 . G A 269.53 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0152581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.77;QD=14.1858;RBI=0.0223936;REFB=0.00507401;REVB=0.016391;RO=45;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514606;STB=0.529243;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0071123;OID=.;OPOS=36761202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:15:16:21:24:15:16:21:24 chr20 36770588 . C T 411.54 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0105021;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.758;QD=18.0895;RBI=0.0219359;REFB=-0.0281198;REVB=0.0192585;RO=48;SAF=27;SAR=15;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141549;STB=0.574432;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0375947;OID=.;OPOS=36770588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:48:49:42:42:0.461538:15:27:24:24:15:27:25:24 chr20 36850940 . G C 251.75 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00497391;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5367;QD=12.1327;RBI=0.0587997;REFB=0.0139222;REVB=-0.058589;RO=53;SAF=9;SAR=21;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183375;STB=0.606225;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0250412;OID=.;OPOS=36850940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:21:9:24:29:21:9:24:29 chr20 36851071 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0166179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.785;QD=24.9289;RBI=0.0166431;REFB=-0.00686781;REVB=-0.000915258;RO=19;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129597;STB=0.572217;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00376295;OID=.;OPOS=36851071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:17:8:9:10:17:8:9:10 chr20 36854106 . G T 128.36 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00939646;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.596;QD=13.8765;RBI=0.0212406;REFB=-0.0134333;REVB=-0.0190492;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347727;STB=0.522697;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0162474;OID=.;OPOS=36854106;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:15:22:14:15:0.405405:8:6:7:8:9:6:8:14 chr20 36856616 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0563816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2766;QD=9.56963;RBI=0.0662682;REFB=0.00735965;REVB=0.0348223;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10912;STB=0.56739;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0155946;OID=.;OPOS=36856616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:5:10:6:2:5:10 chr20 36859627 . C G 314.97 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0375555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5543;QD=19.9983;RBI=0.0852164;REFB=-0.00052221;REVB=-0.0764945;RO=30;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700542;STB=0.538881;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00143291;OID=.;OPOS=36859627;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:16:17:13:17:16:17:13:17 chr20 36919758 . A G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0139716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.76;QD=19.3694;RBI=0.0165048;REFB=-0.0148291;REVB=-0.00878657;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818777;STB=0.5465;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.011877;OID=.;OPOS=36919758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:8:7:9:7:8:7 chr20 36932660 . C T 619.74 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0599765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7721;QD=17.8343;RBI=0.0631669;REFB=-0.00539545;REVB=-0.0198211;RO=75;SAF=26;SAR=38;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730192;STB=0.540602;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0190517;OID=.;OPOS=36932660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:75:75:64:64:0.460432:38:26:36:39:38:26:36:39 chr20 36932676 . G C 640.95 PASS AF=0.471429;AO=65;DP=139;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0100753;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.544;QD=18.3129;RBI=0.0112425;REFB=-0.0182452;REVB=-0.00498823;RO=74;SAF=27;SAR=38;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951281;STB=0.547584;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0203167;OID=.;OPOS=36932676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:74:74:65:66:0.471429:38:27:38:36:38:28:38:36 chr20 36940314 . C T 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0490125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.833;QD=18.7117;RBI=0.0491038;REFB=-0.0028997;REVB=0.00299338;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119094;STB=0.567494;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00476621;OID=.;OPOS=36940314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:7:12:9:9:7:12 chr20 36952342 . C T 444.51 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.0338817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.218;QD=16.4634;RBI=0.0511521;REFB=-0.0250609;REVB=0.0383219;RO=59;SAF=23;SAR=26;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186394;STB=0.603704;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0562696;OID=.;OPOS=36952342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:26:23:39:20:26:23:39:20 chr20 36954724 . C T 272.75 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0484797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.086;QD=14.9452;RBI=0.0485625;REFB=-0.0122367;REVB=0.00283512;RO=42;SAF=22;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2054;STB=0.616942;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0276494;OID=.;OPOS=36954724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:9:22:22:20:9:22:22:20 chr20 36956026 . A G 397.68 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00369113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.94;QD=20.9305;RBI=0.155136;REFB=-0.00963029;REVB=-0.155092;RO=36;SAF=23;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410591;STB=0.522716;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00718353;OID=.;OPOS=36956026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:17:23:19:17:17:23:19:17 chr20 36977970 . G A 327.76 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0086687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.44;QD=15.2446;RBI=0.00969267;REFB=-0.0095156;REVB=-0.00433607;RO=47;SAF=7;SAR=29;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425006;STB=0.757615;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00985186;OID=.;OPOS=36977970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:50:36:36:0.418605:29:7:27:20:29:7:30:20 chr20 36989381 . G A 876.93 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00175336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.023;QD=54.8082;RBI=0.0817608;REFB=-0.0231776;REVB=-0.081742;RO=2;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00190992;STB=0.501012;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=4.68816e-06;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:33:29:1:1:33:29:1:1 chr20 37005536 . T C 1520.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.268;QD=63.3548;RBI=0.0614736;REFB=0;REVB=-0.00302663;RO=0;SAF=26;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83162e-05;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:96:0:0:88:96:1:62:26:0:0:62:34:0:0 chr20 37062583 . T C 442.74 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00876566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.733;QD=22.7046;RBI=0.0128518;REFB=-0.0207235;REVB=-0.00939857;RO=35;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398065;STB=0.52189;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0174636;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:18:25:22:13:18:25:22:13 chr20 37203813 . C T 1141.89 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8569;QD=60.0992;RBI=0.0246707;REFB=0;REVB=0.0218488;RO=0;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148968;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:25:50:0:0:26:50:0:0 chr20 37257590 . C G 521.4 PASS AF=0.5;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0037662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.979;QD=20.8562;RBI=0.00825861;REFB=0.00818033;REVB=0.00734985;RO=49;SAF=18;SAR=32;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192736;STB=0.60225;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00752818;OID=.;OPOS=37257590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:49:50:50:50:0.5:32:18:28:21:32:18:28:22 chr20 37277271 . C T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00801767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.759;QD=9.91681;RBI=0.0177599;REFB=0.00285009;REVB=-0.0158471;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510522;STB=0.802636;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00860053;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:15:17:9:9:0.346154:2:7:4:11:2:7:5:12 chr20 37377139 . C T 70.55 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.066912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5074;QD=17.6384;RBI=0.08297;REFB=0.0367482;REVB=0.0490591;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0217627;OID=.;OPOS=37377139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:4:3:3:6:4:3 chr20 37383640 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00562767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.407;QD=18.2512;RBI=0.00969591;REFB=-0.00291596;REVB=0.00789556;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219274;OID=.;OPOS=37383640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:5:10:10:5:5:10:10:5 chr20 37390255 . G GTC 392.64 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00894942;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=2;MLLD=318.516;QD=16.3601;RBI=0.0122759;REFB=-0.0203366;REVB=-0.00840275;RO=55;SAF=23;SAR=18;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180788;STB=0.601561;STBP=0.103;TYPE=ins;VARB=0.0249537;OID=.;OPOS=37390256;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.427083:41:98:41:96:55:23:18:21:34:99:55:23:18:21:34 chr20 37396120 . A G 291.54 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0151668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.126;QD=17.1493;RBI=0.019692;REFB=-0.013848;REVB=-0.0125596;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172516;STB=0.60288;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0129784;OID=.;OPOS=37396120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:31:32:0.470588:16:15:11:25:16:16:11:25 chr20 37501507 . T C 1047.75 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325988;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.645;QD=59.8713;RBI=0.0101976;REFB=0;REVB=0.00966252;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50025e-05;OID=.;OPOS=37501507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr20 37534665 . C T 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00512714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.945;QD=13.9501;RBI=0.0354828;REFB=-0.00900903;REVB=-0.0351105;RO=46;SAF=18;SAR=13;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680729;STB=0.503873;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0127164;OID=.;OPOS=37534665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:13:18:27:19:13:18:27:19 chr20 37547374 . G A 210.7 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00429006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.168;QD=19.1542;RBI=0.0265417;REFB=-0.0210852;REVB=0.0261927;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989847;STB=0.517225;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0211373;OID=.;OPOS=37547374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:23:21:21:0.477273:14:7:5:16:14:7:7:16 chr20 37555116 . G C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0460579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.067;QD=15.8391;RBI=0.0460579;REFB=-0.0149214;REVB=3.71464e-05;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170899;STB=0.59976;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00227876;OID=.;OPOS=37555116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:5:2:4:4:5:2 chr20 37570725 . C T 310.25 PASS AF=0.397727;AO=33;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0210809;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.828;QD=14.1021;RBI=0.0211802;REFB=-0.0065051;REVB=-0.00204828;RO=54;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919738;STB=0.520197;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00861102;OID=.;OPOS=37570725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:53:33:35:0.397727:18:15:25:29:19:16:26:27 chr20 37620141 . G A 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0155248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.121;QD=11.0158;RBI=0.015729;REFB=-0.00791387;REVB=-0.0025267;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410956;STB=0.524441;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0172141;OID=.;OPOS=37620141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:8:6:11:17:8:6:11:17 chr20 37667182 . C T 247.53 PASS AF=0.575;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0567999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.927;QD=24.7529;RBI=0.0588058;REFB=-0.0649213;REVB=0.0152282;RO=16;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486154;STB=0.515405;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0175329;OID=.;OPOS=37667182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:16:17:23:23:0.575:10:13:8:8:10:13:9:8 chr20 37977945 . T C 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00234526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.319;QD=19.9056;RBI=0.0103503;REFB=-0.00019217;REVB=0.0100811;RO=27;SAF=22;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353741;STB=0.697425;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00030754;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:8:22:9:18:8:22:9:18 chr20 37981578 . A T 864.98 PASS AF=0.609375;AO=78;DP=129;FAO=78;FDP=128;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0212457;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5576;QD=27.0308;RBI=0.0276235;REFB=-0.00853538;REVB=0.0176543;RO=48;SAF=34;SAR=44;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028759;STB=0.514305;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00559228;OID=.;OPOS=37981578;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:48:50:78:78:0.609375:44:34:19:29:44:34:20:30 chr20 39609426 . C T 434.84 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0255457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.097;QD=15.1249;RBI=0.032695;REFB=0.00193769;REVB=0.0204053;RO=66;SAF=29;SAR=20;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064154;STB=0.536049;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00202573;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:66:49:49:0.426087:20:29:35:31:20:29:35:31 chr20 39634616 . C T 1282.63 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6645;QD=61.8135;RBI=0.0410452;REFB=0;REVB=0.018224;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130069;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:40:41:0:0:42:41:0:0 chr20 39797465 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.499;QD=57.2021;RBI=0.0195924;REFB=0;REVB=0.00985826;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77782e-05;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr20 39803078 . C T 267.7 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.00552057;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.771;QD=15.9821;RBI=0.00889353;REFB=-0.011626;REVB=-0.00697267;RO=37;SAF=22;SAR=8;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298271;STB=0.516785;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0115322;OID=.;OPOS=39803078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:30:30:0.447761:8:22:28:9:8:22:28:9 chr20 39807769 . G A 643.49 PASS AF=0.492424;AO=64;DP=131;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00632211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5677;QD=19.4997;RBI=0.0582846;REFB=0.014356;REVB=-0.0579407;RO=66;SAF=33;SAR=31;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421834;STB=0.522826;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0115413;OID=.;OPOS=39807769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:66:67:64:65:0.492424:31:33:31:35:32:33:31:36 chr20 39986085 . A C 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.000693767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3794;QD=20.8912;RBI=0.0345956;REFB=0.0277107;REVB=0.0345886;RO=27;SAF=11;SAR=21;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210572;STB=0.6169;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0154284;OID=.;OPOS=39986085;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:21:11:16:11:21:11:16:11 chr20 39986540 . G A 778.69 PASS AF=0.512987;AO=79;DP=154;FAO=79;FDP=154;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=54;FWDB=0.0163676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.768;QD=20.2256;RBI=0.0252291;REFB=-0.0306189;REVB=0.0191992;RO=74;SAF=34;SAR=45;SRF=20;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147656;STB=0.576253;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0338549;OID=.;OPOS=39986540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:74:75:79:79:0.512987:45:34:20:54:45:34:21:54 chr20 39990614 . C T 171.92 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00120466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.95;QD=11.0914;RBI=0.0242504;REFB=-0.00549708;REVB=-0.0242205;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111057;STB=0.564458;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00964902;OID=.;OPOS=39990614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:11:11:24:16:11:11:24:16 chr20 40034097 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.315;QD=39.2068;RBI=0.0175019;REFB=0;REVB=0.00350257;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109363;OID=.;OPOS=40034097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr20 40043913 . C T 1043.89 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7497;QD=59.6509;RBI=0.048089;REFB=0;REVB=0.0199767;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420909;OID=.;OPOS=40043913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr20 40044063 . TG GT 37.18 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.0181658;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=70.1298;QD=2.28789;RBI=0.0815437;REFB=-0.00977335;REVB=-0.0794945;RO=56;SAF=4;SAR=4;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220261;STB=0.64582;STBP=0.446;TYPE=mnp;VARB=0.143844;OID=.;OPOS=40044063;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:65:65:56:57:8:8:0.123077:4:4:38:18:4:4:38:19 chr20 40179920 . C T 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.338;QD=48.731;RBI=0.0409152;REFB=0;REVB=-0.0280165;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287288;OID=.;OPOS=40179920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr20 40701456 . G A 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0025727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.351;QD=55.4106;RBI=0.00923362;REFB=-0.0337299;REVB=0.00886797;RO=1;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129222;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000155591;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:36:21:0:1:36:21:0:1 chr20 41692175 . C T 298.69 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0126095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.723;QD=18.668;RBI=0.0262458;REFB=-0.0216878;REVB=-0.0230183;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043943;STB=0.515707;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0285063;OID=.;OPOS=41692175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:15:17:18:13:15:17:18:14 chr20 42089511 . T C 955.6 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.231;QD=58.806;RBI=0.0309886;REFB=0;REVB=0.00375304;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33584e-05;OID=.;OPOS=42089511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:61:65:1:24:37:0:0:26:39:0:0 chr20 42164722 . T C 683.7 PASS AF=0.590909;AO=65;DP=110;FAO=65;FDP=110;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0197421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8852;QD=24.8618;RBI=0.0314741;REFB=-0.0108053;REVB=0.0245125;RO=43;SAF=34;SAR=31;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111804;STB=0.55917;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0039887;OID=.;OPOS=42164722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:43:45:65:65:0.590909:31:34:29:14:31:34:30:15 chr20 42196550 . T G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.113;QD=58.2393;RBI=0.0513106;REFB=0;REVB=-0.0121582;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117465;OID=.;OPOS=42196550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr20 42225114 . G A 817.24 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.637;QD=56.3614;RBI=0.00988536;REFB=0;REVB=0.00785548;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235322;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:58:0:0:53:58:1:23:30:0:0:26:32:0:0 chr20 42249489 . T A,TA 222.14 PASS AF=0.135135,0.337838;AO=12,16;DP=74;FAO=10,25;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=4,10;FSAR=6,15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0508394,0.0112396;FXX=0;HRUN=10,2;LEN=1,1;MLLD=18.1099,14.7538;QD=12.0074;RBI=0.160015,0.119999;REFB=-0.0198375,-0.0162861;REVB=0.151724,0.119471;RO=41;SAF=5,6;SAR=7,10;SRF=22;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.146045,-0.192504;STB=0.589983,0.569564;STBP=0.554,0.384;TYPE=snp,ins;VARB=0.135179,-0.00169087;OID=.,.;OPOS=42249489,42249490;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:73:74:74:41:39:12,16:10,25:0.135135,0.337838:7,10:5,6:22:19:6,15:4,10:20:19 chr20 42310509 . T C 521.78 PASS AF=1;AO=29;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.557;QD=59.6316;RBI=0.097266;REFB=0;REVB=0.0534005;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966832;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:35:0:0:29:35:1:23:6:0:0:23:12:0:0 chr20 42328639 . T C 1193.08 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4529;QD=60.4089;RBI=0.0537466;REFB=0;REVB=0.0494039;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266238;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:75:79:1:40:35:0:0:41:38:0:0 chr20 42425127 . G A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0039929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.627;QD=21.0081;RBI=0.0138194;REFB=-0.00747397;REVB=0.01323;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163806;STB=0.509085;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00603827;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:15:15:12:13:15:15:12:13 chr20 42425178 . A G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0302317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.031;QD=15.1599;RBI=0.0335817;REFB=-0.0297776;REVB=0.0146211;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0450406;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:11:11:8:8:11:11 chr20 42747247 . C T 537.88 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0321927;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.841;QD=26.5619;RBI=0.0390114;REFB=-0.015992;REVB=0.0220346;RO=32;SAF=25;SAR=24;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165578;STB=0.59012;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0126775;OID=.;OPOS=42747247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:32:32:49:49:0.604938:24:25:9:23:24:25:9:23 chr20 42815190 . G A 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.473;QD=59.8307;RBI=0.0477176;REFB=0;REVB=0.0345692;RO=0;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76984e-06;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:30:6:0:0:30:6:0:0 chr20 42825929 . C T 190.22 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00970603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.668;QD=21.7392;RBI=0.0370553;REFB=-0.00857704;REVB=-0.0357616;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00309739;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00978267;OID=.;OPOS=42825929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:6:13:11:5:6:13:11:5 chr20 42826350 . A C 275.56 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.010503;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.123;QD=21.6126;RBI=0.0113574;REFB=-0.00872683;REVB=-0.00432175;RO=23;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047444;STB=0.526297;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00688575;OID=.;OPOS=42826350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:18:10:7:16:18:10:7:16 chr20 42826379 . C T 121.61 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0100455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.539;QD=15.2007;RBI=0.0102186;REFB=-0.0369358;REVB=-0.00187307;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510947;STB=0.555478;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0157747;OID=.;OPOS=42826379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:16:18:14:14:0.4375:8:6:6:10:8:6:6:12 chr20 42908965 . G C 454.93 PASS AF=0.464646;AO=38;DP=92;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.000155711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.723;QD=18.381;RBI=0.00862748;REFB=-0.03388;REVB=0.00862608;RO=53;SAF=24;SAR=14;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223699;STB=0.580018;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0434512;OID=.;OPOS=42908965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:99:53:53:38:46:0.464646:14:24:22:31:20:26:22:31 chr20 42939750 . T C 208.08 PASS AF=1;AO=12;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126465;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0766;QD=48.9602;RBI=0.0126588;REFB=0;REVB=0.000557575;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133504;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:12:17:1:9:3:0:0:12:5:0:0 chr20 42965863 . C T 499.74 PASS AF=0.509804;AO=51;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00522483;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.871;QD=19.5975;RBI=0.0244063;REFB=-0.0313635;REVB=-0.0238405;RO=50;SAF=26;SAR=25;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445677;STB=0.5196;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0252747;OID=.;OPOS=42965863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:51:52:0.509804:25:26:23:27:26:26:23:27 chr20 42966025 . T C 161.95 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00558132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.796;QD=16.1945;RBI=0.019441;REFB=0.0104952;REVB=0.0186226;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00541022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0126205;OID=.;OPOS=42966025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:22:17:18:0.45:9:8:10:11:9:9:11:11 chr20 42984462 . GC G 45.84 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0908735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.1455;QD=7.33434;RBI=0.12165;REFB=-0.0413728;REVB=-0.080875;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350904;STB=0.841241;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.0439082;OID=.;OPOS=42984463;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:9:25:9:25:16:8:1:7:9:45:15:7:2:7:8 chr20 43059211 . A C 169.55 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0148029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.223;QD=16.9546;RBI=0.0386291;REFB=-0.0134535;REVB=0.0356802;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167939;STB=0.596381;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0127933;OID=.;OPOS=43059211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:11:11:6:12:11:11 chr20 43089819 . G A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9131;QD=58.585;RBI=0.0753222;REFB=0;REVB=0.0752964;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147455;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr20 43122929 . G A 403.28 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00657765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0314;QD=16.8031;RBI=0.0523836;REFB=-0.0148721;REVB=0.051969;RO=54;SAF=20;SAR=22;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881919;STB=0.549427;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0181581;OID=.;OPOS=43122929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:22:20:21:33:22:20:21:33 chr20 43264927 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.668;QD=61.3363;RBI=0.0241297;REFB=0;REVB=0.0187873;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05626e-05;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr20 43348734 . G GA 69.59 PASS AF=0.588235;AO=3;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.040574;FXX=0.0555247;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.9075;QD=16.3743;RBI=0.061235;REFB=-0.035324;REVB=0.0458637;RO=15;SAF=3;SAR=0;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551412;STB=0.538388;STBP=0.805;TYPE=ins;VARB=0.0325373;OID=.;OPOS=43348735;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:3:18:10:17:7:8:2:6:1:47:15:3:0:11:4 chr20 43348735 . C A 48.81 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0211841;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1576;QD=11.4847;RBI=0.0740379;REFB=-0.00245592;REVB=0.0709425;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257384;STB=0.650814;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0519828;OID=.;OPOS=43348735;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:9:1:2:5:9:1 chr20 43378770 . A G 459.07 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00744809;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.753;QD=19.329;RBI=0.0074949;REFB=-0.0194148;REVB=0.000836388;RO=50;SAF=23;SAR=22;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482708;STB=0.515783;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0223417;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:49:45:46:0.484211:22:23:23:27:23:23:23:26 chr20 43379454 . T C 108.27 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0114122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.168;QD=14.4359;RBI=0.0189167;REFB=-0.0153483;REVB=-0.0150865;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344161;STB=0.717877;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0407659;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:3:10:7:9:3:10:7:10 chr20 43708297 . T G 516.47 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00253747;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.975;QD=19.1284;RBI=0.00268582;REFB=0.00399642;REVB=0.000880278;RO=54;SAF=20;SAR=34;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137704;STB=0.576242;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00380585;OID=.;OPOS=43708297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:34:20:28:26:34:20:28:26 chr20 43933021 . G T 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.224;QD=64.412;RBI=0.0658558;REFB=0;REVB=0.0405291;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283979;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr20 43933163 . T C 1472.19 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.802;QD=63.3198;RBI=0.022636;REFB=0;REVB=0.0222711;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20121e-05;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr20 43942676 . T C 143.52 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00387718;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.965;QD=9.89766;RBI=0.0382612;REFB=-0.020788;REVB=-0.0380642;RO=39;SAF=13;SAR=6;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107268;STB=0.513499;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0383484;OID=.;OPOS=43942676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:39:39:19:19:0.327586:6:13:27:12:6:13:26:13 chr20 43951000 . G A 423.59 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.0081957;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.202;QD=14.9942;RBI=0.0175958;REFB=-0.0108564;REVB=-0.0155705;RO=65;SAF=17;SAR=31;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167507;STB=0.509415;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0162234;OID=.;OPOS=43951000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:65:65:48:48:0.424779:31:17:24:41:31:17:24:41 chr20 43951012 . G A 423.98 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.00509025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8017;QD=13.788;RBI=0.0150176;REFB=-0.00526265;REVB=-0.0141286;RO=74;SAF=17;SAR=32;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517476;STB=0.529294;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00531052;OID=.;OPOS=43951012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:74:49:49:0.398374:32:17:29:45:32:17:29:45 chr20 43951032 . C T 456.29 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=131;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0365391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6988;QD=13.9324;RBI=0.0469732;REFB=-0.00359992;REVB=0.0295191;RO=79;SAF=21;SAR=31;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134836;STB=0.500762;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00629011;OID=.;OPOS=43951032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:79:79:52:52:0.396947:31:21:32:47:31:21:32:47 chr20 43976991 . A G 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=33;FWDB=0.112247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.657;QD=14.4;RBI=0.114938;REFB=-0.0209728;REVB=-0.0247252;RO=33;SAF=1;SAR=24;SRF=1;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682143;STB=0.542825;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.036729;OID=.;OPOS=43976991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:24:1:1:32:24:1:1:33 chr20 43995880 . T G 319.0 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0144178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.703;QD=15.7531;RBI=0.0243929;REFB=-0.0219019;REVB=-0.0196759;RO=45;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385604;STB=0.51612;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0274423;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:46:35:35:0.432099:20:15:21:24:20:15:21:25 chr20 43996012 . G T 306.62 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0258582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6007;QD=22.7125;RBI=0.029088;REFB=-0.0162359;REVB=0.0133216;RO=22;SAF=20;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148821;STB=0.592532;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0114229;OID=.;OPOS=43996012;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:31:31:0.574074:11:20:10:12:11:20:10:13 chr20 43996132 . C T 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00361775;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=290.027;QD=18.6756;RBI=0.0157222;REFB=-0.0127449;REVB=0.0153003;RO=32;SAF=20;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170463;STB=0.595178;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0127829;OID=.;OPOS=43996132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:12:20:14:18:12:20:14:18 chr20 43996466 . C T 330.02 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0114542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.607;QD=18.3343;RBI=0.0147568;REFB=-0.00371475;REVB=0.00930395;RO=37;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400253;STB=0.529021;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0067433;OID=.;OPOS=43996466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:34:35:0.486111:16:18:18:19:16:19:18:19 chr20 44004155 . CATT C 87.79 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0450679;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=3;MLLD=260.297;QD=23.4107;RBI=0.0458569;REFB=-0.0210251;REVB=0.00846965;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160541;STB=0.540904;STBP=0.749;TYPE=del;VARB=0.0126768;OID=.;OPOS=44004156;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:10:14:10:15:5:3:7:1:4:30:3:3:7:1:2 chr20 44038574 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0229319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.537;QD=10.3903;RBI=0.0301679;REFB=0.00441804;REVB=-0.0196017;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205271;STB=0.624653;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00591561;OID=.;OPOS=44038574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:7:4:4:3:7:4 chr20 44054349 . T C 494.33 PASS AF=0.348571;AO=61;DP=175;FAO=61;FDP=175;FR=.;FRO=114;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=76;FSRR=38;FWDB=0.00428477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.989;QD=11.2989;RBI=0.00432077;REFB=-0.00489229;REVB=-0.000556621;RO=111;SAF=28;SAR=33;SRF=74;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232666;STB=0.633169;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0100383;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:111:114:61:61:0.348571:33:28:74:37:33:28:76:38 chr20 44174423 . G A 486.52 PASS AF=0.381944;AO=55;DP=145;FAO=55;FDP=144;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.00176456;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.774;QD=13.5145;RBI=0.00864607;REFB=-0.0056211;REVB=-0.00846409;RO=89;SAF=26;SAR=29;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255127;STB=0.514454;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00893506;OID=.;OPOS=44174423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:89:89:55:55:0.381944:29:26:40:49:29:26:40:49 chr20 44184498 . A G 379.62 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0330938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1099;QD=22.0071;RBI=0.0371426;REFB=-0.02115;REVB=0.0168633;RO=31;SAF=22;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782521;STB=0.543187;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0194692;OID=.;OPOS=44184498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:16:22:15:16:16:22:15:16 chr20 44238741 . T G 416.51 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0199051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8845;QD=19.6004;RBI=0.0360717;REFB=-0.00793356;REVB=-0.0300824;RO=43;SAF=16;SAR=26;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100765;STB=0.556042;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00738778;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:26:16:21:22:26:16:21:22 chr20 44259549 . G A 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0834927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.791;QD=17.3197;RBI=0.0835708;REFB=-0.023646;REVB=-0.00361096;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194683;STB=0.521712;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0287441;OID=.;OPOS=44259549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:11:5:5:12:11:5:5:13 chr20 44314609 . A G 940.9 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8928;QD=57.0242;RBI=0.0148191;REFB=-0.10236;REVB=-0.0031412;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165719;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=8.39123e-05;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:1:0:37:28:1:0 chr20 44352519 . A T 169.14 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00936828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.247;QD=12.0814;RBI=0.021737;REFB=-0.00928;REVB=0.0196146;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216255;STB=0.512533;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0174874;OID=.;OPOS=44352519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:8:13:21:14:8:13:21:14 chr20 44352620 . G A 379.89 PASS AF=0.411215;AO=43;DP=105;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00110674;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.361;QD=14.2016;RBI=0.02508;REFB=0.000549982;REVB=-0.0250556;RO=62;SAF=18;SAR=25;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119292;STB=0.554346;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.000313758;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:62:63:43:44:0.411215:25:18:33:29:25:19:33:30 chr20 44378577 . T C 150.94 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00664912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.111;QD=12.5782;RBI=0.0124853;REFB=-0.012942;REVB=0.0105675;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853542;STB=0.550063;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0341211;OID=.;OPOS=44378577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:9:8:17:14:9:8:17:14 chr20 44417643 . A G 159.5 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0318562;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7901;QD=16.7892;RBI=0.054633;REFB=0.00532778;REVB=0.0443841;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254495;STB=0.635595;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0033235;OID=.;OPOS=44417643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:5:12:9:11:5:12:10:11 chr20 44417675 . G C 186.59 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0702429;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.12;QD=18.6587;RBI=0.0706283;REFB=-0.0268741;REVB=0.00736755;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14704;STB=0.583694;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0243898;OID=.;OPOS=44417675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:10:11:7:12:10:11 chr20 44418564 . A G 164.8 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.00179594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.607;QD=14.3308;RBI=0.0116915;REFB=-0.0180101;REVB=0.0115528;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470897;STB=0.773073;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0270179;OID=.;OPOS=44418564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:28:17:18:0.391304:11:6:23:5:12:6:23:5 chr20 44420682 . T C 45.06 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00419262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.024;QD=25.7513;RBI=0.0525021;REFB=-0.0548362;REVB=0.0523345;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00159929;OID=.;OPOS=44420682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:1:1:5:6:0.857143:2:3:0:1:3:3:0:1 chr20 44452697 . C A 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0255764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.864;QD=14.948;RBI=0.0258185;REFB=-0.0177693;REVB=-0.00352779;RO=42;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251209;STB=0.514226;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0219025;OID=.;OPOS=44452697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:17:14:20:22:17:14:20:22 chr20 44469290 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0214043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.986;QD=11.0198;RBI=0.0221078;REFB=-0.0143909;REVB=-0.00553286;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427406;STB=0.526227;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0206523;OID=.;OPOS=44469290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:5:3:2:4:5:3 chr20 44470676 . T C 366.5 PASS AF=0.714286;AO=29;DP=41;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0148257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.277;QD=34.905;RBI=0.0166904;REFB=-0.0373251;REVB=-0.00766591;RO=11;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492811;STB=0.51928;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.01669;OID=.;OPOS=44470676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:42:11:12:29:30:0.714286:16:13:6:5:17:13:6:6 chr20 44477103 . A C 323.75 PASS AF=0.418605;AO=34;DP=84;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0196309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0804;QD=15.0582;RBI=0.0520502;REFB=-0.00754709;REVB=0.0482063;RO=50;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111431;STB=0.509133;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0121265;OID=.;OPOS=44477103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:50:50:34:36:0.418605:18:16:23:27:20:16:23:27 chr20 44501458 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0191975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.675;QD=12.329;RBI=0.0211617;REFB=-0.00899076;REVB=-0.00890358;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498174;STB=0.52936;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0150737;OID=.;OPOS=44501458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:3:8:13:4:3:8:13:4 chr20 44505973 . T C 122.96 PASS AF=0.65;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0492032;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.429;QD=24.5924;RBI=0.0580058;REFB=-0.0344041;REVB=-0.0307201;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204544;STB=0.615207;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0133665;OID=.;OPOS=44505973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:7:7:13:13:0.65:8:5:5:2:8:5:5:2 chr20 44506208 . G A 158.68 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000616898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4722;QD=17.1549;RBI=0.0224151;REFB=0.00298373;REVB=0.0224066;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967593;STB=0.555489;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00102402;OID=.;OPOS=44506208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:11:6:9:11:11:6:9:11 chr20 44506418 . G A 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00561248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.095;QD=10.8511;RBI=0.00630047;REFB=-0.00192646;REVB=0.00286286;RO=43;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21348;STB=0.623761;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0036464;OID=.;OPOS=44506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:10:13:16:27:10:13:16:27 chr20 44511257 . G A 445.59 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0015375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.489;QD=23.1474;RBI=0.018881;REFB=-0.00756509;REVB=0.0188183;RO=32;SAF=18;SAR=25;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604823;STB=0.530061;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00594128;OID=.;OPOS=44511257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:32:34:43:43:0.558442:25:18:11:21:25:18:12:22 chr20 44512082 . G A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.017589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.773;QD=13.3416;RBI=0.017793;REFB=0.00340238;REVB=-0.00268662;RO=32;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389747;STB=0.722692;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00982972;OID=.;OPOS=44512082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:7:14:9:23:7:14:9:23 chr20 44512792 . CTG C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0236995;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=257.848;QD=12.6376;RBI=0.0257797;REFB=-0.00843106;REVB=-0.0101452;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235942;STB=0.639588;STBP=0.226;TYPE=del;VARB=0.0109679;OID=.;OPOS=44512793;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:13:34:13:34:21:4:9:11:10:99:21:4:9:11:10 chr20 44513289 . T C 884.9 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2649;QD=58.0265;RBI=0.0167851;REFB=0;REVB=0.0100183;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73363e-05;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr20 44513356 . AG A,AA 1128.15 PASS AF=0.0133333,0.986667;AO=15,60;DP=75;FAO=1,74;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192166,0.0328958;FXX=0.0131562;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=301.434,310.012;QD=60.1682;RBI=0.0234644,0.0356445;REFB=0,0;REVB=0.0134648,0.0137259;RO=0;SAF=8,29;SAR=7,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.73709e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0601851,0.00141594;OID=.,.;OPOS=44513357,44513357;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0133333,0.986667:15,60:75:1,74:75:0:0,38:1,36:0:0:3:0:8,29:7,31:0:0 chr20 44515559 . G A 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.000869484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.101;QD=23.1636;RBI=0.00262853;REFB=-0.00613742;REVB=-0.00248056;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100635;STB=0.505614;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00347774;OID=.;OPOS=44515559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:15:11:10:13:15:11:10:13 chr20 44523547 . G A 613.1 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.353;QD=61.3104;RBI=0.0348109;REFB=0;REVB=0.0174636;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173266;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:19:19:0:0:20:20:0:0 chr20 44578674 . T A 289.04 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0135691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8076;QD=14.2737;RBI=0.0225024;REFB=-0.0162728;REVB=-0.017951;RO=48;SAF=22;SAR=11;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181506;STB=0.603384;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.036875;OID=.;OPOS=44578674;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:11:22:24:24:11:22:24:24 chr20 44578961 . A G 320.99 PASS AF=0.376238;AO=36;DP=99;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00484166;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.115;QD=12.7125;RBI=0.00492602;REFB=-0.00645774;REVB=-0.000907718;RO=63;SAF=20;SAR=16;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122886;STB=0.550909;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00863505;OID=.;OPOS=44578961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:63:63:36:38:0.376238:16:20:28:35:18:20:28:35 chr20 44596207 . C G 844.74 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.222;QD=57.2703;RBI=0.0411213;REFB=0;REVB=0.0299917;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004023;OID=.;OPOS=44596207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:26:30:0:0:28:31:0:0 chr20 44640225 . A G 1029.94 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00747779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.748;QD=58.0246;RBI=0.00935047;REFB=-0.0437964;REVB=0.00561373;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.505881;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000976479;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:28:42:0:0:28:42:1:0 chr20 44642406 . G C 1030.13 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000805132;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3718;QD=59.7178;RBI=0.0322973;REFB=0;REVB=0.0322872;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314709;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:66:69:1:37:29:0:0:40:29:0:0 chr20 44642833 . A C 247.28 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0115596;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.773;QD=23.0031;RBI=0.0213863;REFB=-0.0574934;REVB=0.017993;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123796;STB=0.579409;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0265649;OID=.;OPOS=44642833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:20:23:23:0.534884:12:11:12:7:12:11:13:7 chr20 44678348 . G A 933.14 PASS AF=0.894737;AO=68;DP=76;FAO=68;FDP=76;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.000321598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.449;QD=49.1124;RBI=0.0232302;REFB=-0.181241;REVB=0.023228;RO=8;SAF=37;SAR=31;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583977;STB=0.531023;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00329957;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:76:76:8:8:68:68:0.894737:31:37:2:6:31:37:2:6 chr20 44688302 . G A 450.13 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0202201;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.862;QD=18.7553;RBI=0.0203194;REFB=-0.00392948;REVB=0.00200688;RO=47;SAF=11;SAR=33;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104887;STB=0.572224;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00428675;OID=.;OPOS=44688302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:51:44:45:0.46875:33:11:16:31:34:11:18:33 chr20 44688730 . G A 2370.09 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000524812;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2428;QD=64.0565;RBI=0.0199479;REFB=0;REVB=0.0199409;RO=0;SAF=60;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39269e-05;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:148:148:1:88:60:0:0:88:60:0:0 chr20 44691350 . T G 213.89 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0163959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.919;QD=20.8669;RBI=0.0196678;REFB=-0.00797311;REVB=-0.0108627;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163059;STB=0.591159;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0104691;OID=.;OPOS=44691350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:15:5:9:12:15:5 chr20 44693828 . C T 451.74 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0113075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.771;QD=24.7528;RBI=0.0156844;REFB=-0.0136822;REVB=0.0108693;RO=30;SAF=17;SAR=26;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492505;STB=0.526942;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0115048;OID=.;OPOS=44693828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:26:17:10:20:26:17:10:20 chr20 44746982 . T C 756.3 PASS AF=1;AO=47;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.586;QD=57.0793;RBI=0.085002;REFB=0;REVB=0.0847576;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318994;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:47:53:1:17:30:0:0:22:31:0:0 chr20 44757407 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00537432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.842;QD=16.4265;RBI=0.0193928;REFB=-0.0225712;REVB=0.0186332;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177484;STB=0.603574;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0135093;OID=.;OPOS=44757407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:6:5:3:8:6:5 chr20 44869878 . C T 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0625739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.778;QD=19.697;RBI=0.0630801;REFB=-0.0215176;REVB=-0.00797538;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238103;STB=0.63479;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0411588;OID=.;OPOS=44869878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:7:14:9:13:7:14:9:13 chr20 44995010 . GTGC G 330.16 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00887076;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=3;MLLD=212.733;QD=22.7698;RBI=0.0110223;REFB=-0.0581256;REVB=-0.00654228;RO=22;SAF=9;SAR=24;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426422;STB=0.518062;STBP=0.796;TYPE=del;VARB=0.0394671;OID=.;OPOS=44995011;OREF=TGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568966:33:59:33:58:25:9:24:6:19:99:22:9:24:5:17 chr20 44996182 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.937;QD=56.1882;RBI=0.147757;REFB=0;REVB=0.0161414;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057545;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr20 45085437 . C CTTT,T 275.94 PASS AF=0.307018,0.0263158;AO=29,6;DP=118;FAO=35,3;FDP=114;FR=.;FRO=76;FSAF=16,2;FSAR=19,1;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00805701,-0.017202;FXX=0.0086949;HRUN=0,1;LEN=3,1;MLLD=223.438,104.914;QD=9.68197;RBI=0.0179671,0.0644604;REFB=-2.33395e-05,0.00536228;REVB=-0.0160593,-0.0621227;RO=77;SAF=14,3;SAR=15,3;SRF=44;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.107739,-0.0757242;STB=0.565091,0.61326;STBP=0.37,0.714;TYPE=ins,snp;VARB=0.00011017,0.0267637;OID=.,.;OPOS=45085438,45085437;OREF=-,C;OALT=TTT,T;OMAPALT=CTTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:114:77:76:29,6:35,3:0.307018,0.0263158:15,3:14,3:44:33:19,1:16,2:42:34 chr20 45085441 . A G 320.69 PASS AF=0.333333;AO=41;DP=123;FAO=41;FDP=123;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.0107906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.898;QD=10.4288;RBI=0.0183039;REFB=-0.00494257;REVB=0.0147851;RO=82;SAF=19;SAR=22;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13999;STB=0.580733;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0156052;OID=.;OPOS=45085441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:82:82:41:41:0.333333:22:19:48:34:22:19:48:34 chr20 45194904 . C G 681.53 PASS AF=0.39604;AO=79;DP=201;FAO=80;FDP=202;FR=.;FRO=122;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=78;FWDB=-0.0263265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.184;QD=13.4956;RBI=0.0287258;REFB=-0.00711641;REVB=-0.011493;RO=122;SAF=26;SAR=53;SRF=44;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378846;STB=0.52412;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0121639;OID=.;OPOS=45194904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:122:122:79:80:0.39604:53:26:44:78:54:26:44:78 chr20 45242269 . G C 444.73 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=-0.012549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.881;QD=18.5304;RBI=0.0137933;REFB=-0.0170597;REVB=0.0057253;RO=50;SAF=23;SAR=22;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218985;STB=0.614477;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.016539;OID=.;OPOS=45242269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:51:45:45:0.46875:22:23:37:13:22:23:37:14 chr20 45355615 . C T 323.42 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0184884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.046;QD=16.8008;RBI=0.0264574;REFB=-0.0237878;REVB=0.0189255;RO=42;SAF=8;SAR=26;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354657;STB=0.503386;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0250563;OID=.;OPOS=45355615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:42:34:35:0.454545:26:8:11:31:26:9:11:31 chr20 45853037 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.013;QD=60.2305;RBI=0.0327168;REFB=0;REVB=-0.00416446;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200398;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr20 46294864 . A G 36.21 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.046534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7094;QD=2.04019;RBI=0.0587686;REFB=-0.00494876;REVB=-0.0358935;RO=63;SAF=4;SAR=4;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468971;STB=0.535124;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0483092;OID=.;OPOS=46294864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:63:63:8:8:0.112676:4:4:34:29:4:4:34:29 chr20 46365571 . A G 1914.95 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.923;QD=61.7727;RBI=0.0259995;REFB=0;REVB=0.0259626;RO=0;SAF=39;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96658e-05;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:85:39:0:0:85:39:0:0 chr20 47253150 . T C 1230.9 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497433;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8997;QD=61.5451;RBI=0.0501788;REFB=0;REVB=0.00659695;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038069;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr20 47630449 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.753;QD=63.871;RBI=0.0366333;REFB=0;REVB=0.024925;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.8765e-06;OID=.;OPOS=47630449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr20 47827009 . CT C 84.07 PASS AF=0.695652;AO=13;DP=24;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00479314;FXX=0.0416493;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.9735;QD=14.621;RBI=0.0182413;REFB=-0.0948843;REVB=0.0176004;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128523;STB=0.529376;STBP=0.714;TYPE=del;VARB=0.0728341;OID=.;OPOS=47827010;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.695652:13:24:16:23:7:6:10:2:5:28:9:5:8:2:7 chr20 48129706 . G T 370.53 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0102048;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.248;QD=22.1211;RBI=0.0391816;REFB=-0.0129702;REVB=0.0378294;RO=29;SAF=19;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519509;STB=0.535839;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00854789;OID=.;OPOS=48129706;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:29:30:37:37:0.552239:18:19:13:16:18:19:13:17 chr20 48140635 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0130228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.913;QD=13.4853;RBI=0.0631035;REFB=-0.0140826;REVB=-0.0617451;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119999;STB=0.571265;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0156171;OID=.;OPOS=48140635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:6:5:3:6:6:5 chr20 48257149 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0589699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0313;QD=60.9776;RBI=0.0609634;REFB=0;REVB=-0.0154625;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120162;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr20 48259034 . A G 122.22 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0333951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4081;QD=15.7709;RBI=0.0338406;REFB=-0.00552556;REVB=0.00547307;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414199;STB=0.534835;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00876617;OID=.;OPOS=48259034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:4:10:12:4:4:10:13:4 chr20 48491258 . T G 233.5 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00594047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.127;QD=15.0642;RBI=0.00606852;REFB=-0.0176629;REVB=0.00124007;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506801;STB=0.528742;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0205734;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:16:11:16:19:16:11:16:19 chr20 48520610 . A G 346.84 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0272966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.804;QD=13.3399;RBI=0.0292379;REFB=-0.0105551;REVB=-0.0104764;RO=63;SAF=21;SAR=20;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722514;STB=0.540964;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0196672;OID=.;OPOS=48520610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:41:41:0.394231:20:21:28:35:20:21:28:35 chr20 48522330 . G A 307.68 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00657509;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.975;QD=22.7911;RBI=0.0174981;REFB=-0.0513728;REVB=0.0162158;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173861;STB=0.595609;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0249544;OID=.;OPOS=48522330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:23:23:31:31:0.574074:16:15:6:17:16:15:6:17 chr20 48522585 . G A 222.54 PASS AF=0.383562;AO=26;DP=71;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0220207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.451;QD=12.1938;RBI=0.0232811;REFB=-0.0166696;REVB=-0.00755621;RO=44;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024775;STB=0.5152;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0394104;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:44:45:26:28:0.383562:13:13:23:21:13:15:23:22 chr20 48524827 . A G 275.51 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0399381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.451;QD=18.066;RBI=0.0424822;REFB=0.0115378;REVB=0.0144807;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13599;STB=0.576108;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00923793;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:12:18:14:17:12:18:14:17 chr20 48569240 . TGG TG,TGA 497.32 PASS AF=0.388489,0.0431655;AO=53,6;DP=139;FAO=54,6;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=20,2;FSAR=34,4;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0617032,0.032072;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.6715,34.4777;QD=14.3114;RBI=0.0678668,0.0685504;REFB=-0.0079649,-0.00265878;REVB=0.0282597,0.060585;RO=76;SAF=19,2;SAR=34,4;SRF=35;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.111674,-0.137376;STB=0.560417,0.628594;STBP=0.267,0.574;TYPE=del,snp;VARB=0.00918541,-0.110836;OID=.,.;OPOS=48569241,48569242;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TG,TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388489,0.0431655:53,6:139:54,6:139:79:20,2:34,4:37:42:99:76:19,2:34,4:35:41 chr20 48569278 . T C 572.66 PASS AF=0.465116;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.00840217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.543;QD=17.7568;RBI=0.0521826;REFB=-0.0119836;REVB=0.0515017;RO=68;SAF=27;SAR=33;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760847;STB=0.546144;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0115628;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:68:69:60:60:0.465116:33:27:36:32:33:27:37:32 chr20 48600557 . T C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.0228406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.521;QD=12.8691;RBI=0.0309558;REFB=-0.0223761;REVB=-0.0208943;RO=33;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100942;STB=0.557771;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0337358;OID=.;OPOS=48600557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:15:6:7:26:15:6:7:26 chr20 48600631 . T C 129.58 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=0.0159551;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.183;QD=12.3407;RBI=0.0159614;REFB=-0.00820044;REVB=-0.000448675;RO=27;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253505;STB=0.645005;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0154577;OID=.;OPOS=48600631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:27:27:15:15:0.357143:11:4:3:24:11:4:3:24 chr20 48600809 . G A 473.41 PASS AF=0.375;AO=57;DP=156;FAO=57;FDP=152;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.0199804;FXX=0.0256394;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2294;QD=12.4583;RBI=0.020068;REFB=-0.00680853;REVB=0.00187341;RO=86;SAF=35;SAR=22;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363269;STB=0.543074;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0119495;OID=.;OPOS=48600809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:152:86:95:57:57:0.375:22:35:50:36:22:35:52:43 chr20 48713049 . G A 561.5 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738399;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.098;QD=60.7032;RBI=0.00744518;REFB=0;REVB=0.000952533;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82006e-05;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr20 48729677 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.438;QD=40.7621;RBI=0.00839869;REFB=0;REVB=-0.00630514;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146136;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr20 49196284 . C T 44.52 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.142662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.207;QD=7.41996;RBI=0.145014;REFB=-0.00712103;REVB=0.0260085;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482514;STB=0.788964;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0369291;OID=.;OPOS=49196284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:4:3:1:15:4:3:1:16 chr20 49367076 . T G 363.22 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0331448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.0542;QD=14.1055;RBI=0.0801226;REFB=-0.0112732;REVB=0.0729455;RO=60;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976209;STB=0.559152;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0120009;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:60:61:42:42:0.407767:22:20:23:37:22:20:23:38 chr20 49369006 . A G 476.38 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=0.022794;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.156;QD=16.5697;RBI=0.0251172;REFB=-0.00314611;REVB=0.0105503;RO=63;SAF=22;SAR=30;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125285;STB=0.569603;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00441497;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:63:63:52:52:0.452174:30:22:19:44:30:22:19:44 chr20 49369584 . TAAAAAT ATAAAAT,TAAAAT,TAAAATA,TAAAATT 119.3 PASS AF=0.0357143,0.446429,0,0;AO=4,20,4,6;DP=58;FAO=2,25,0,0;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=0,15,0,0;FSAR=2,10,0,0;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0605372,-0.287528,-0.300392,-0.129542;FXX=0.0344768;HRUN=1,5,5,5;LEN=2,1,2,1;MLLD=142.934,10.8993,15.0524,19.0474;QD=8.52147;RBI=0.0766398,0.290934,0.303405,0.210627;REFB=-0.0111698,-0.155673,-0.0965328,-0.0618712;REVB=-0.0469989,0.0443888,0.04265,-0.16608;RO=19;SAF=0,19,4,0;SAR=4,1,0,6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.613472,0.696249,0.697755,-0.686037;STB=0.995198,0.526696,0.5,0.5;STBP=0.094,0.726,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=-0.00137456,0.158392,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=49369584,49369585,49369589,49369589;OREF=TA,A,AT,A;OALT=AT,-,TA,T;OMAPALT=ATAAAAT,TAAAAT,TAAAATA,TAAAATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:58:56:19:29:4,20,4,6:2,25,0,0:0.0357143,0.446429,0,0:4,1,0,6:0,19,4,0:7:12:2,10,0,0:0,15,0,0:16:13 chr20 49369591 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTAT,TATTTTA 248.39 PASS AF=0.5,0.155172,0.0344828;AO=16,9,5;DP=59;FAO=29,9,2;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=14,9,0;FSAR=15,0,2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.213899,-0.109676,-0.0259778;FXX=0.0169463;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=11.4235,123.065,24.6844;QD=17.13;RBI=0.215611,0.110199,0.0276204;REFB=-0.115055,-0.00369693,-0.0403739;REVB=0.0271151,-0.0107225,-0.00938307;RO=20;SAF=6,9,0;SAR=10,0,5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.123809,0.766192,-0.686038;STB=0.514696,0.998601,0.994052;STBP=0.829,0,0.193;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.11153,0.0522441,0.171428;OID=.,.,.;OPOS=49369592,49369596,49369591;OREF=T,TA,AT;OALT=-,AT,TA;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTAT,TATTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:59:58:20:18:16,9,5:29,9,2:0.5,0.155172,0.0344828:10,0,5:6,9,0:10:10:15,0,2:14,9,0:8:10 chr20 49369612 . CTTTTTTTTTTT CTCTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA 247.47 PASS AF=0.264151,0.0188679,0.716981,0;AO=9,8,16,4;DP=65;FAO=14,1,38,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1,10,0;FSAR=12,0,28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252784,-0.0300735,-0.054144,-0.0216193;FXX=0.171848;HRUN=0,11,11,11;LEN=1,2,1,1;MLLD=151.914,7.82414,4.04436,12.6568;QD=18.6773;RBI=0.0254808,0.0794053,0.178232,0.129036;REFB=-0.0853659,0.00253937,0.00244532,-0.0513261;REVB=-0.0253551,0.0734901,0.169809,0.127212;RO=10;SAF=2,5,5,3;SAR=7,3,11,1;SRF=0;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.371808,0.547459,0.284438,0.706729;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=ins,del,del,snp;VARB=0.0657681,0.0178153,0.014498,0.100462;OID=.,.,.,.;OPOS=49369614,49369613,49369613,49369623;OREF=-,TT,T,T;OALT=C,-,-,A;OMAPALT=CTCTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.264151,0.0188679,0.716981,0:9,8,16,4:65:14,1,38,0:53:0:2,1,10,0:12,0,28,0:0:0:99:10:2,5,5,3:7,3,11,1:0:10 chr20 49620783 . G T 506.26 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0378296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.92;QD=25.6334;RBI=0.0386614;REFB=-0.0155051;REVB=-0.00797648;RO=32;SAF=21;SAR=26;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305094;STB=0.516669;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0135954;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:32:47:47:0.594937:26:21:13:19:26:21:13:19 chr20 49621149 . T C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0177786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.043;QD=19.1299;RBI=0.0469709;REFB=-0.0353145;REVB=-0.0434763;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0139146;OID=.;OPOS=49621149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr20 50217620 . A G 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9917;QD=59.3207;RBI=0.0487228;REFB=0;REVB=0.0427143;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445979;OID=.;OPOS=50217620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr20 50287736 . C T 1444.24 PASS AF=0.981308;AO=94;DP=102;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0189983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.423;QD=53.9903;RBI=0.110102;REFB=-0.0919881;REVB=0.10845;RO=7;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682506;STB=0.508927;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00312411;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:107:7:2:94:105:0.981308:45:49:0:7:55:50:0:2 chr20 50287790 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4771;QD=59.1426;RBI=0.0201038;REFB=0;REVB=0.0200636;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140669;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr20 50407162 . T C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0165655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.353;QD=21.7453;RBI=0.0165656;REFB=0.00728961;REVB=2.60463e-05;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108875;STB=0.561395;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0048436;OID=.;OPOS=50407162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:6:13:9:7:6:13:9:7 chr20 50407502 . A C 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0251389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.314;QD=11.7808;RBI=0.042591;REFB=-0.00853107;REVB=-0.0343807;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206245;STB=0.51218;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0156495;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:9:7:13:18:9:7:13:18 chr20 50408482 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.176;QD=56.9997;RBI=0.00828931;REFB=0;REVB=0.000456076;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8644e-05;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr20 50701323 . C T 535.07 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=41;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00114287;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.376;QD=23.2639;RBI=0.00559579;REFB=-0.010967;REVB=0.00547784;RO=40;SAF=9;SAR=41;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172935;STB=0.61649;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00759239;OID=.;OPOS=50701323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:42:50:50:0.543478:41:9:13:27:41:9:15:27 chr20 50803444 . C T 434.9 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.00648519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.246;QD=20.9588;RBI=0.00822157;REFB=-0.0140232;REVB=-0.00505337;RO=40;SAF=19;SAR=24;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150852;STB=0.583055;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0119991;OID=.;OPOS=50803444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:24:19:11:29:24:19:11:29 chr20 50803573 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0226616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.588;QD=19.0184;RBI=0.0226999;REFB=-0.0220057;REVB=0.00131747;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208276;STB=0.618885;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.013283;OID=.;OPOS=50803573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:8:6:10:5:8:6 chr20 51870849 . T C 622.93 PASS AF=0.419162;AO=70;DP=167;FAO=70;FDP=167;FR=.;FRO=97;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=0.0263295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.817;QD=14.9204;RBI=0.0430489;REFB=-0.0170172;REVB=0.0340583;RO=97;SAF=37;SAR=33;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669935;STB=0.537504;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0217318;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:97:97:70:70:0.419162:33:37:45:52:33:37:45:52 chr20 51871099 . T G 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0162889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3281;QD=15.7817;RBI=0.0201871;REFB=-0.0240715;REVB=0.0119243;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558764;STB=0.531705;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0327947;OID=.;OPOS=51871099;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:10:13:18:11:10:13:18:11 chr20 52105972 . C T 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0425171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.513;QD=17.2652;RBI=0.0425291;REFB=-0.0014963;REVB=-0.00100864;RO=42;SAF=15;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103758;STB=0.558157;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.000749557;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:21:15:22:20:21:15:22:20 chr20 52192637 . T C 545.59 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0184188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.105;QD=21.188;RBI=0.0226469;REFB=-0.0239315;REVB=0.0131768;RO=48;SAF=24;SAR=31;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141728;STB=0.577882;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0145349;OID=.;OPOS=52192637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:48:55:55:0.533981:31:24:29:19:31:24:29:19 chr20 52193088 . C T 262.09 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00407576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.352;QD=25.5695;RBI=0.0158239;REFB=-0.00566453;REVB=-0.01529;RO=17;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16197;STB=0.589986;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00327014;OID=.;OPOS=52193088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:15:9:10:7:15:9:10:7 chr20 52583505 . C T 1039.24 PASS AF=0.538043;AO=94;DP=182;FAO=99;FDP=184;FR=.;FRO=85;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.0143275;FXX=0.0160419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.715;QD=22.5921;RBI=0.0173716;REFB=-0.0279825;REVB=0.00982325;RO=87;SAF=50;SAR=44;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123285;STB=0.568417;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0206715;OID=.;OPOS=52583505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:87:85:94:99:0.538043:44:50:34:53:47:52:32:53 chr20 52611540 . C A 37.12 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0291499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8705;QD=8.24842;RBI=0.0338745;REFB=-0.031056;REVB=-0.0172559;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264239;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0621259;OID=.;OPOS=52611540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:5:7:2:4:5:7 chr20 52645166 . A G 824.68 PASS AF=0.480447;AO=79;DP=174;FAO=86;FDP=179;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.00284968;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3197;QD=18.4286;RBI=0.0444707;REFB=-0.0272926;REVB=-0.0443793;RO=91;SAF=31;SAR=48;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132366;STB=0.556006;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0345067;OID=.;OPOS=52645166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:179:91:93:79:86:0.480447:48:31:48:43:49:37:50:43 chr20 52674615 . A G 771.39 PASS AF=1;AO=45;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.643;QD=57.1403;RBI=0.0600132;REFB=0;REVB=0.0370277;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574244;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:45:54:1:18:27:0:0:27:27:0:0 chr20 52675188 . G T 193.97 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0929914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7045;QD=16.8667;RBI=0.095835;REFB=0.00597078;REVB=-0.023172;RO=26;SAF=15;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274702;STB=0.658367;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0114261;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:5:15:13:13:5:15:13:13 chr20 52675259 . G T 140.71 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00242983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.11;QD=13.0895;RBI=0.00288972;REFB=-0.0314452;REVB=-0.00156409;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337406;STB=0.697162;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0539019;OID=.;OPOS=52675259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:5:11:10:17:5:11:10:17 chr20 53476232 . CAAAAAC CAAAAC,CAAAACA 31.26 PASS AF=0.107143,0.047619;AO=26,4;DP=90;FAO=9,4;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=2,4;FSAR=7,0;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.15896,-0.0754186;FXX=0.0666593;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.3988,172.469;QD=1.48856;RBI=0.220329,0.0784206;REFB=-0.1491,-0.0112999;REVB=-0.152566,-0.0214899;RO=47;SAF=3,4;SAR=23,0;SRF=22;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.504328,0.557311;STB=0.652962,0.998006;STBP=0.373,0.011;TYPE=del,mnp;VARB=0.0853383,-0.025276;OID=.,.;OPOS=53476233,53476237;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=CAAAAC,CAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.107143,0.047619:26,4:90:9,4:84:71:2,4:7,0:26:45:19:47:3,4:23,0:22:25 chr20 54824029 . G A 259.48 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00801734;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.421;QD=14.4154;RBI=0.0103106;REFB=-0.0209857;REVB=-0.00648315;RO=32;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567525;STB=0.530467;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0157603;OID=.;OPOS=54824029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:32:42:29:29:0.402778:11:18:18:14:11:18:24:18 chr20 54944791 . C G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.224;QD=57.3847;RBI=0.0401585;REFB=0;REVB=-0.0038243;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14536e-05;OID=.;OPOS=54944791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr20 54961463 . T C 1397.93 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242751;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.185;QD=62.8281;RBI=0.0351267;REFB=0;REVB=0.0253891;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96359e-05;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:52:37:0:0:52:37:0:0 chr20 54961541 . A T 809.42 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0108594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1656;QD=53.9612;RBI=0.0701596;REFB=-0.200941;REVB=0.069314;RO=2;SAF=34;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557745;STB=0.502958;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00825063;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:60:2:2:58:58:0.966667:24:34:1:1:24:34:1:1 chr20 55020999 . C T 719.35 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0122335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.285;QD=19.0557;RBI=0.0123516;REFB=-0.0130281;REVB=-0.00170393;RO=77;SAF=44;SAR=30;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948685;STB=0.552387;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0164387;OID=.;OPOS=55020999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:77:74:74:0.490066:30:44:38:39:30:44:38:39 chr20 55028167 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00909833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.414;QD=18.7441;RBI=0.0136387;REFB=-0.0261245;REVB=0.0101604;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115856;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00970436;OID=.;OPOS=55028167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:3:1:3:4:3:1 chr20 55033420 . C T 268.49 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0317791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.242;QD=11.6735;RBI=0.032337;REFB=-0.0154689;REVB=-0.00598069;RO=60;SAF=20;SAR=12;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029799;STB=0.517231;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0349472;OID=.;OPOS=55033420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:12:20:36:24:12:20:36:24 chr20 55033476 . C G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4103;QD=60.3762;RBI=0.0239616;REFB=0;REVB=0.0173986;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238051;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:25:49:0:0:25:49:0:0 chr20 55033635 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0131341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.466;QD=16.8984;RBI=0.0303253;REFB=-0.0180581;REVB=0.0273334;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130908;STB=0.576311;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0184369;OID=.;OPOS=55033635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:5:4:3:7:5:4 chr20 55033647 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.624;QD=48.7373;RBI=0.0458624;REFB=0;REVB=0.0374499;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688068;OID=.;OPOS=55033647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr20 55033713 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.86;QD=45.8068;RBI=0.0572537;REFB=0;REVB=0.0269213;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306854;OID=.;OPOS=55033713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr20 55066633 . T G 362.35 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0371003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6357;QD=20.7058;RBI=0.0473867;REFB=0.0122895;REVB=0.0294799;RO=33;SAF=20;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030266;STB=0.516749;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0103459;OID=.;OPOS=55066633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:17:20:19:14:17:20:19:14 chr20 55072472 . A G 251.77 PASS AF=1;AO=14;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.712;QD=47.9565;RBI=0.0922723;REFB=0;REVB=0.0744749;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275904;OID=.;OPOS=55072472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:21:0:0:14:21:1:13:1:0:0:15:6:0:0 chr20 55088404 . A G 868.25 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.321;QD=57.8832;RBI=0.0176507;REFB=0;REVB=0.0129229;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23331e-05;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:19:40:0:0:19:41:0:0 chr20 55108617 . C A 443.63 PASS AF=0.45;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.024256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.722;QD=17.7454;RBI=0.0243013;REFB=-0.0243226;REVB=-0.00148359;RO=54;SAF=24;SAR=20;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630725;STB=0.533319;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0283679;OID=.;OPOS=55108617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:55:44:45:0.45:20:24:26:28:21:24:26:29 chr20 55111273 . C T 117.79 PASS AF=0.325;AO=10;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00527137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.058;QD=11.7787;RBI=0.00864864;REFB=-0.00248379;REVB=-0.00685651;RO=24;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238733;STB=0.707624;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000427142;OID=.;OPOS=55111273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:10:13:0.325:3:7:12:12:3:10:12:13 chr20 55111364 . A C 132.41 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=42;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0139078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.081;QD=8.68264;RBI=0.0163844;REFB=-0.0164678;REVB=-0.00866156;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299921;STB=0.562422;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0362657;OID=.;OPOS=55111364;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:42:16:16:0.262295:7:9:20:14:7:9:20:22 chr20 55263544 . AGT A 322.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021591;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=308.471;QD=53.7237;RBI=0.0214819;REFB=0;REVB=0.0213732;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000123496;OID=.;OPOS=55263545;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:22:24:24:0:7:17:0:0:4:0:6:16:0:0 chr20 55263662 . T G 323.04 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8515;QD=53.8405;RBI=0.0617563;REFB=0;REVB=0.00368946;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157665;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr20 55748206 . G A 461.57 PASS AF=0.5;AO=45;DP=91;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0198054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6008;QD=20.0682;RBI=0.0763363;REFB=-0.0195068;REVB=0.0737223;RO=45;SAF=15;SAR=30;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148685;STB=0.568832;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0150785;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:45:46:45:46:0.5:30:15:22:23:30:16:22:24 chr20 55974984 . A G 570.73 PASS AF=0.472441;AO=55;DP=122;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00177745;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.282;QD=17.9756;RBI=0.00204922;REFB=-0.0180142;REVB=0.00101979;RO=66;SAF=27;SAR=28;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237197;STB=0.538267;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0203587;OID=.;OPOS=55974984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:127:66:67:55:60:0.472441:28:27:34:32:33:27:35:32 chr20 56071399 . C T 172.68 PASS AF=0.842105;AO=15;DP=18;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.125955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0199;QD=36.3531;RBI=0.126223;REFB=-0.0493574;REVB=0.00821499;RO=3;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160058;STB=0.578851;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0156152;OID=.;OPOS=56071399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:19:3:3:15:16:0.842105:8:7:3:0:8:8:3:0 chr20 56137895 . G C 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0209402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0458;QD=8.51121;RBI=0.0287789;REFB=-0.0107341;REVB=0.0197417;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208064;STB=0.627655;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0274125;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:6:4:14:10:6:4:14:10 chr20 56139403 . T C 662.22 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=112;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0157318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5893;QD=23.6509;RBI=0.0207144;REFB=0.00518862;REVB=0.0134759;RO=48;SAF=32;SAR=32;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490587;STB=0.526777;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00501316;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:48:64:64:0.571429:32:32:21:27:32:32:21:27 chr20 56179422 . C A 203.82 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.605;QD=47.9569;RBI=0.0598068;REFB=0;REVB=0.0579842;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433113;OID=.;OPOS=56179422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:7:10:0:0 chr20 56182296 . A C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.755;QD=62.0079;RBI=0.0596731;REFB=0;REVB=0.0207764;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128904;OID=.;OPOS=56182296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:54:30:0:0:54:30:0:0 chr20 56186884 . T C 1556.67 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771374;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9225;QD=59.8718;RBI=0.123922;REFB=0;REVB=0.0969874;RO=0;SAF=33;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556159;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:104:0:0:99:104:1:66:33:0:0:67:37:0:0 chr20 56190634 . C T 483.26 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.567;QD=58.577;RBI=0.0165944;REFB=0;REVB=0.0143072;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66261e-05;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:21:10:0:0:22:11:0:0 chr20 56224602 . G A 381.76 PASS AF=0.59375;AO=34;DP=58;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0430425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0283;QD=23.8602;RBI=0.0440811;REFB=-0.0470912;REVB=0.00951251;RO=24;SAF=27;SAR=7;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00281123;STB=0.538442;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0321914;OID=.;OPOS=56224602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:64:24:26:34:38:0.59375:7:27:19:5:10:28:21:5 chr20 56227532 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.000554391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.347;QD=8.30725;RBI=0.0275661;REFB=-0.00694079;REVB=-0.0275605;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251967;STB=0.653498;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0280392;OID=.;OPOS=56227532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:5:13:4:4:5:13 chr20 56285540 . T C 1576.13 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075889;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.433;QD=60.0431;RBI=0.0212427;REFB=0;REVB=0.0198409;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06481e-05;OID=.;OPOS=56285540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:48:57:0:0:48:57:0:0 chr20 56470459 . G A 154.85 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00951569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.991;QD=9.10888;RBI=0.0155481;REFB=-0.00270503;REVB=0.0122961;RO=45;SAF=10;SAR=11;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271326;STB=0.654084;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00651365;OID=.;OPOS=56470459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:45:47:21:21:0.308824:11:10:32:13:11:10:33:14 chr20 56807969 . A G 435.37 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.00614729;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.967;QD=18.1402;RBI=0.0134586;REFB=-0.0118062;REVB=0.0119727;RO=51;SAF=16;SAR=28;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318213;STB=0.521729;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0127148;OID=.;OPOS=56807969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:51:52:44:44:0.458333:28:16:17:34:28:16:17:35 chr20 56814892 . G T 369.47 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0185311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6194;QD=16.9869;RBI=0.0239296;REFB=0.0137991;REVB=0.0151403;RO=48;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192863;STB=0.510812;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0153251;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:22:17:20:28:22:17:20:28 chr20 56820880 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00884116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.366;QD=13.0887;RBI=0.00897972;REFB=0.0056088;REVB=0.00157138;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994351;STB=0.558068;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00812463;OID=.;OPOS=56820880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:16:11:8:8:16:11 chr20 56821127 . A G 536.0 PASS AF=0.463415;AO=56;DP=122;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00333994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4733;QD=17.431;RBI=0.00730508;REFB=-0.0155842;REVB=-0.00649685;RO=65;SAF=26;SAR=30;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122512;STB=0.502145;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.016835;OID=.;OPOS=56821127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:65:66:56:57:0.463415:30:26:31:34:30:27:31:35 chr20 56822536 . G A 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.024038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.65;QD=15.5708;RBI=0.0260457;REFB=-0.0238372;REVB=-0.0100276;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347389;STB=0.705461;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0141187;OID=.;OPOS=56822536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:9:2:6:6:9:2:6:6 chr20 56942082 . A T 600.31 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=143;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.0134042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.155;QD=16.792;RBI=0.0134625;REFB=-0.0039238;REVB=-0.00125206;RO=80;SAF=29;SAR=34;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484825;STB=0.527028;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00492839;OID=.;OPOS=56942082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:80:80:63:63:0.440559:34:29:33:47:34:29:33:47 chr20 56942312 . C T 622.33 PASS AF=0.433962;AO=69;DP=158;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=60;FWDB=0.00277339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.108;QD=15.6562;RBI=0.0246218;REFB=-0.0250115;REVB=-0.0244651;RO=89;SAF=28;SAR=41;SRF=29;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854224;STB=0.543207;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0277595;OID=.;OPOS=56942312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:89:90:69:69:0.433962:41:28:29:60:41:28:30:60 chr20 56942520 . G A 283.6 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0246219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8169;QD=23.1512;RBI=0.0414934;REFB=-0.0123469;REVB=-0.0333986;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317299;STB=0.52828;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00952142;OID=.;OPOS=56942520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:23:26:26:0.530612:12:14:11:11:12:14:11:12 chr20 56942557 . A G 202.24 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00298514;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.954;QD=16.1793;RBI=0.0179872;REFB=-0.00829037;REVB=-0.0177377;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107117;STB=0.571363;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0105889;OID=.;OPOS=56942557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:22:22:0.44:13:9:14:13:13:9:15:13 chr20 57019366 . G A 236.14 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00267857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.123;QD=19.2763;RBI=0.00732052;REFB=-0.00696706;REVB=0.00681288;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452756;STB=0.525645;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00634154;OID=.;OPOS=57019366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:16:7:9:17:16:7:9:17 chr20 57020573 . A G 513.37 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0672703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6311;QD=18.8393;RBI=0.0698145;REFB=-0.0130348;REVB=0.0186754;RO=55;SAF=20;SAR=34;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802626;STB=0.544467;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.014232;OID=.;OPOS=57020573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:55:54:54:0.495413:34:20:25:30:34:20:25:30 chr20 57045667 . T C 827.93 PASS AF=0.477778;AO=85;DP=177;FAO=86;FDP=180;FR=.;FRO=94;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.013692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.574;QD=18.3985;RBI=0.0226441;REFB=-0.0307636;REVB=-0.0180356;RO=91;SAF=45;SAR=40;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635525;STB=0.534323;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0260027;OID=.;OPOS=57045667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:180:91:94:85:86:0.477778:40:45:42:49:41:45:43:51 chr20 57045765 . A G 423.01 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.0276252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.074;QD=18.3915;RBI=0.0335334;REFB=-0.0129717;REVB=-0.0190089;RO=49;SAF=24;SAR=19;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274973;STB=0.65243;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0193767;OID=.;OPOS=57045765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:19:24:13:36:19:24:13:36 chr20 57234687 . C T 284.99 PASS AF=0.330357;AO=37;DP=111;FAO=37;FDP=112;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0054012;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.5;QD=10.1781;RBI=0.0191079;REFB=-0.0151041;REVB=-0.0183286;RO=73;SAF=18;SAR=19;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102994;STB=0.558109;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0290728;OID=.;OPOS=57234687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:73:75:37:37:0.330357:19:18:29:44:19:18:30:45 chr20 57244493 . G A 344.96 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00470345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.511;QD=16.6244;RBI=0.0349385;REFB=-0.0322274;REVB=-0.0346205;RO=46;SAF=13;SAR=24;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152245;STB=0.585715;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0308934;OID=.;OPOS=57244493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:24:13:23:23:24:13:23:23 chr20 57268867 . C A 448.38 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=49;FWDB=0.0573268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.793;QD=18.6826;RBI=0.0594813;REFB=-0.0240812;REVB=-0.0158638;RO=51;SAF=7;SAR=38;SRF=2;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257868;STB=0.64033;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0291343;OID=.;OPOS=57268867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:38:7:2:49:38:7:2:49 chr20 57280575 . T C 333.88 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0215258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2289;QD=12.0316;RBI=0.025289;REFB=0.00550215;REVB=0.013273;RO=67;SAF=16;SAR=25;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177018;STB=0.588061;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.010409;OID=.;OPOS=57280575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:70:41:41:0.369369:25:16:37:30:25:16:37:33 chr20 57282245 . G A 631.86 PASS AF=0.580952;AO=61;DP=105;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00838771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.192;QD=24.0707;RBI=0.029711;REFB=-0.0188317;REVB=0.0285025;RO=44;SAF=21;SAR=40;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907099;STB=0.549581;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0132559;OID=.;OPOS=57282245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:44:44:61:61:0.580952:40:21:20:24:40:21:20:24 chr20 57290347 . C G 1809.32 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0195192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3679;QD=59.322;RBI=0.0255368;REFB=-0.00274936;REVB=-0.0164659;RO=1;SAF=38;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00575831;STB=0.506023;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=3.97316e-05;OID=.;OPOS=57290347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:1:2:120:120:0.983607:82:38:0:1:82:38:0:2 chr20 57478807 . C T 572.5 PASS AF=0.5;AO=58;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0337263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6764;QD=19.4066;RBI=0.0370207;REFB=0.0114719;REVB=0.0152664;RO=60;SAF=25;SAR=33;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332021;STB=0.508575;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0127263;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:59:58:59:0.5:33:25:28:32:33:26:27:32 chr20 57571763 . A G 1362.36 PASS AF=0.989247;AO=78;DP=78;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0718875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.301;QD=58.596;RBI=0.072148;REFB=-0.0777748;REVB=0.00612493;RO=0;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00349665;OID=.;OPOS=57571763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:93:0:1:78:92:0.989247:51:27:0:0:51:41:1:0 chr20 57572675 . A G 1286.98 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176685;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.306;QD=62.0233;RBI=0.00393847;REFB=0;REVB=0.00351992;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28811e-07;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr20 57599016 . T G 347.76 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0507158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7657;QD=49.6793;RBI=0.050988;REFB=-0.0726409;REVB=0.00526155;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0044549;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:0:1:14:13:0:1 chr20 57612390 . C G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6865;QD=57.3856;RBI=0.0269719;REFB=0;REVB=0.0266411;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250493;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr20 57767043 . G C 206.94 PASS AF=0.36;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00164887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5958;QD=16.5553;RBI=0.0217598;REFB=-0.0213693;REVB=0.0216972;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089381;STB=0.566429;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0700832;OID=.;OPOS=57767043;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:17:18:0.36:9:8:15:12:10:8:15:12 chr20 57768399 . T C 542.53 PASS AF=0.573034;AO=46;DP=83;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00577761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.794;QD=24.3834;RBI=0.0059691;REFB=-0.0245453;REVB=0.00149977;RO=36;SAF=16;SAR=30;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128013;STB=0.58637;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0196056;OID=.;OPOS=57768399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:89:36:38:46:51:0.573034:30:16:18:18:35:16:19:19 chr20 57768657 . T C 95.15 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00316962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.397;QD=14.0966;RBI=0.0151122;REFB=-0.010745;REVB=-0.0147761;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542807;STB=0.555464;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0267827;OID=.;OPOS=57768657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:26:27:15:15:11:12:0.444444:5:6:9:6:6:6:9:6 chr20 57768743 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0171128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.242;QD=14.1389;RBI=0.0248623;REFB=0.000433886;REVB=0.0180356;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372459;STB=0.719288;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.000187368;OID=.;OPOS=57768743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:11:3:11:9:11:3:11:9 chr20 57769140 . G C 230.84 PASS AF=0.65;AO=13;DP=36;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00245866;FXX=0.0243843;HRUN=8;LEN=1;MLLD=72.8901;QD=23.0842;RBI=0.0168272;REFB=-0.0923149;REVB=0.0166466;RO=5;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995427;STB=0.536937;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0320599;OID=.;OPOS=57769140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:36:40:5:14:13:26:0.65:5:8:4:1:14:12:5:9 chr20 57829301 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.848;QD=57.1059;RBI=0.00499717;REFB=0;REVB=0.000465216;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36263e-05;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr20 57833518 . G A 747.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.451;QD=63.6214;RBI=0.0247582;REFB=0;REVB=0.00632263;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43808e-05;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:19:26:0:0:20:27:0:0 chr20 57833740 . T C 1335.57 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0778569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8693;QD=58.7064;RBI=0.080217;REFB=-0.0376112;REVB=-0.0193151;RO=3;SAF=31;SAR=57;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242869;STB=0.512818;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000373751;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:91:3:3:88:88:0.967033:57:31:0:3:57:31:0:3 chr20 57834150 . A T 920.81 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0370358;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.7983;QD=54.9735;RBI=0.0405143;REFB=0.081563;REVB=0.0164243;RO=2;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255165;STB=0.513154;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00120909;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:2:2:64:65:0.970149:36:28:0:2:37:28:0:2 chr20 58342349 . C T 420.74 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.104909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8221;QD=17.904;RBI=0.112738;REFB=-0.0119796;REVB=0.0412806;RO=50;SAF=26;SAR=17;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159458;STB=0.584084;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.01408;OID=.;OPOS=58342349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:17:26:22:28:17:26:23:28 chr20 60293919 . C A 1730.9 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.997;QD=60.7334;RBI=0.0557645;REFB=0;REVB=0.00575732;RO=0;SAF=70;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40696e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294304;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:44:70:0:0:44:70:0:0 chr20 60294279 . A G 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8377;QD=46.8366;RBI=0.041807;REFB=0;REVB=-0.0142503;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758896;OID=.;OPOS=60294279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr20 60294296 . G A 146.47 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3799;QD=41.8478;RBI=0.142809;REFB=0;REVB=0.0742645;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127003;OID=.;OPOS=60294296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:7:7:0:0 chr20 60485627 . C T 1490.49 PASS AF=0.938596;AO=105;DP=113;FAO=107;FDP=114;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0282751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.412;QD=52.298;RBI=0.059215;REFB=-0.197968;REVB=0.0520283;RO=7;SAF=37;SAR=68;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274096;STB=0.514803;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00245578;OID=.;OPOS=60485627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:113:114:7:7:105:107:0.938596:68:37:1:6:68:39:1:6 chr20 60503350 . A G 1176.62 PASS AF=0.568421;AO=108;DP=190;FAO=108;FDP=190;FR=.;FRO=82;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.018234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4761;QD=24.7709;RBI=0.0313638;REFB=-0.0166973;REVB=-0.0255188;RO=81;SAF=55;SAR=53;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316274;STB=0.514517;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0159066;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:81:82:108:108:0.568421:53:55:38:43:53:55:39:43 chr20 60509209 . C T 545.4 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0309903;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1168;QD=20.0147;RBI=0.0384322;REFB=-0.0119982;REVB=-0.0227296;RO=52;SAF=37;SAR=19;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967204;STB=0.549681;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0174278;OID=.;OPOS=60509209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:52:53:56:56:0.513761:19:37:29:23:19:37:30:23 chr20 60572663 . C A 359.45 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0311477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1083;QD=17.3231;RBI=0.0360848;REFB=-0.021238;REVB=0.018219;RO=44;SAF=11;SAR=27;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300322;STB=0.663698;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0381231;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:27:11:26:18:27:11:26:19 chr20 60712511 . A G 775.26 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0151369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.171;QD=53.4661;RBI=0.0184479;REFB=-0.0573443;REVB=0.0105451;RO=2;SAF=27;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033641;STB=0.517851;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=5.56874e-05;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:58:2:2:55:56:0.965517:28:27:2:0:29:27:2:0 chr20 60713311 . G A 472.59 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113066;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3408;QD=59.0733;RBI=0.0181907;REFB=0;REVB=0.01425;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50745e-05;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr20 60713332 . A G 389.73 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6682;QD=55.6758;RBI=0.106701;REFB=0;REVB=0.106203;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086302;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:7:20:0:0:8:20:0:0 chr20 60768497 . C T 791.71 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.058;QD=56.5505;RBI=0.0441201;REFB=0;REVB=0.0341035;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320654;OID=.;OPOS=60768497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:51:56:1:22:29:0:0:24:32:0:0 chr20 60831300 . G A 785.63 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.774;QD=64.1333;RBI=0.00823385;REFB=0;REVB=0.00457916;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.99535e-06;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr20 60881330 . G A 1568.38 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.463;QD=64.0154;RBI=0.0768908;REFB=0;REVB=0.0768376;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51009e-05;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:50:47:0:0:51:47:0:0 chr20 60881780 . T C 996.89 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1929;QD=58.6408;RBI=0.0340997;REFB=0;REVB=0.0212359;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167732;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:39:29:0:0 chr20 60887468 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.006;QD=62.3499;RBI=0.078164;REFB=0;REVB=0.0708504;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452911;OID=.;OPOS=60887468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:12:31:0:0:12:31:0:0 chr20 60892526 . A G 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.709;QD=59.8292;RBI=0.0214007;REFB=0;REVB=0.00762638;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50404e-05;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:41:62:0:0:41:62:0:0 chr20 60897487 . C T 989.78 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2091;QD=59.0916;RBI=0.0824478;REFB=0;REVB=0.0282359;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863673;OID=.;OPOS=60897487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:35:32:0:0 chr20 60899206 . C T 787.83 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653185;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.978;QD=57.2967;RBI=0.0653273;REFB=0;REVB=0.00107417;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740971;OID=.;OPOS=60899206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr20 60900481 . A G 2190.77 PASS AF=0.980263;AO=142;DP=145;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0338219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8435;QD=57.6518;RBI=0.0382617;REFB=-0.0262231;REVB=-0.0178895;RO=3;SAF=50;SAR=92;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000809574;STB=0.500894;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00329199;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:145:152:3:3:142:149:0.980263:92:50:1:2:93:56:1:2 chr20 60900579 . C A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.647;QD=60.2045;RBI=0.0782703;REFB=0;REVB=0.00776047;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047492;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:46:27:0:0:46:27:0:0 chr20 60904853 . T C 682.35 PASS AF=0.756757;AO=55;DP=73;FAO=56;FDP=74;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=-0.021895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.28;QD=36.8838;RBI=0.0338176;REFB=-0.00263369;REVB=0.0257728;RO=18;SAF=23;SAR=32;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262264;STB=0.636317;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00124891;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:18:18:55:56:0.756757:32:23:18:0:32:24:18:0 chr20 60905878 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.088;QD=49.5988;RBI=0.0517107;REFB=0;REVB=-0.0492002;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102106;OID=.;OPOS=60905878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr20 60907446 . T C 1438.23 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0408946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.518;QD=61.8594;RBI=0.0633231;REFB=-0.0725173;REVB=0.0483472;RO=0;SAF=58;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45581e-08;STB=0.507461;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000280399;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:93:0:1:91:92:0.989247:33:58:0:0:33:59:0:1 chr20 60907675 . G A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0245944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.696;QD=55.5195;RBI=0.0316448;REFB=0.022004;REVB=0.0199126;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000459894;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr20 60908964 . G A 134.89 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399522;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.576;QD=44.964;RBI=0.138784;REFB=0;REVB=0.132909;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222251;OID=.;OPOS=60908964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr20 60908969 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.665;QD=45.8067;RBI=0.0731603;REFB=0;REVB=0.0614359;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366678;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr20 60909060 . A G 752.04 PASS AF=1;AO=41;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.622;QD=62.67;RBI=0.030782;REFB=0;REVB=-0.0300098;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217802;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:41:48:1:15:26:0:0:18:30:0:0 chr20 60911958 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.531;QD=57.2026;RBI=0.022245;REFB=0;REVB=0.00970569;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209078;OID=.;OPOS=60911958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr20 60912683 . T C 593.94 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.703;QD=60.9166;RBI=0.0297803;REFB=0;REVB=-0.000517826;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208025;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr20 60917294 . G A 191.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8933;QD=47.8064;RBI=0.0552757;REFB=0;REVB=-0.0302512;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00314576;OID=.;OPOS=60917294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr20 60920624 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8024;QD=51.1836;RBI=0.0911574;REFB=0;REVB=0.0635449;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384446;OID=.;OPOS=60920624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr20 60920887 . G A 506.86 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2709;QD=57.9267;RBI=0.0329455;REFB=0;REVB=-0.0121117;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206625;OID=.;OPOS=60920887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:18:17:0:0 chr20 60921643 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8175;QD=46.8465;RBI=0.10504;REFB=0;REVB=0.0954856;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000852498;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr20 60927349 . C T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.899;QD=61.8525;RBI=0.0156562;REFB=0;REVB=0.0103623;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77173e-05;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr20 60927412 . G A 1162.9 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0766344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7602;QD=58.1451;RBI=0.0822615;REFB=-0.123103;REVB=0.029902;RO=2;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00245095;STB=0.501295;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00116093;OID=.;OPOS=60927412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:43:35:1:1:43:35:1:1 chr20 60937597 . A G 770.8 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322344;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1802;QD=64.2336;RBI=0.032244;REFB=0;REVB=0.000788152;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103006;OID=.;OPOS=60937597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr20 60963494 . C T 1282.96 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0583923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2791;QD=61.8294;RBI=0.123328;REFB=0;REVB=-0.108629;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130855;OID=.;OPOS=60963494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr20 60966318 . G T 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.523;QD=61.6776;RBI=0.0927323;REFB=0;REVB=0.0902371;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831171;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr20 60989365 . C T 150.07 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0484256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9021;QD=19.3637;RBI=0.0762318;REFB=0.0100902;REVB=0.0588749;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818777;STB=0.5465;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00462199;OID=.;OPOS=60989365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:7:8:7:9:7:8 chr20 61039958 . T C 508.43 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0226603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.73;QD=16.6699;RBI=0.0234837;REFB=-0.0114931;REVB=-0.00616393;RO=61;SAF=22;SAR=33;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11952;STB=0.568081;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0319201;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:61:67:55:55:0.45082:33:22:32:29:33:22:35:32 chr20 61143487 . T C 461.26 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00893936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.225;QD=16.0437;RBI=0.0161988;REFB=-0.0105535;REVB=0.0135088;RO=64;SAF=16;SAR=35;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134478;STB=0.575455;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0108051;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:51:51:0.443478:35:16:28:36:35:16:28:36 chr20 61162267 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.10687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.771;QD=15.8389;RBI=0.107029;REFB=-0.0242192;REVB=-0.00583157;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771948;STB=0.521684;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.011998;OID=.;OPOS=61162267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:6:2:2:4:6:2:2:5 chr20 61167883 . G A 104.61 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00876672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.419;QD=19.9258;RBI=0.0127099;REFB=-0.0279033;REVB=0.00920245;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213307;STB=0.512175;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0495746;OID=.;OPOS=61167883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:5:4:5:7:5:4 chr20 61273578 . C T 231.76 PASS AF=0.677419;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.103588;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9851;QD=29.905;RBI=0.103991;REFB=-0.0561502;REVB=0.009154;RO=11;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947799;STB=0.572257;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0293539;OID=.;OPOS=61273578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:31:31:11:10:20:21:0.677419:8:12:5:6:8:13:4:6 chr20 61273640 . G C 91.76 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0149612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.822;QD=30.5875;RBI=0.0237147;REFB=-0.0506293;REVB=-0.0183998;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148436;STB=0.583171;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0127663;OID=.;OPOS=61273640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:0:2:5:5:0:2 chr20 61288038 . G A 350.64 PASS AF=0.57377;AO=34;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0162595;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.579;QD=22.993;RBI=0.0175412;REFB=-0.017906;REVB=0.00658206;RO=25;SAF=26;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256292;STB=0.636087;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00631512;OID=.;OPOS=61288038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:25:26:34:35:0.57377:8:26:12:13:9:26:12:14 chr20 61288355 . G T 161.94 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0586033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.6478;QD=19.6295;RBI=0.0629604;REFB=-0.0542511;REVB=0.0230143;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128419;STB=0.602717;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0537353;OID=.;OPOS=61288355;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:16:17:17:0.515152:10:7:8:6:10:7:10:6 chr20 61326380 . C T 839.3 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00361226;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.021;QD=55.9533;RBI=0.0423755;REFB=-0.132626;REVB=0.0422213;RO=1;SAF=38;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122567;STB=0.506491;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00065589;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:60:1:1:59:59:0.983333:21:38:1:0:21:38:1:0 chr20 61443687 . G A 310.1 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00657516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7931;QD=16.321;RBI=0.0385699;REFB=-0.0257403;REVB=0.0380053;RO=42;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201979;STB=0.613431;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0388823;OID=.;OPOS=61443687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:14:20:16:26:14:20:16:26 chr20 61444939 . G C 939.92 PASS AF=0.971014;AO=64;DP=67;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0182247;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.757;QD=54.488;RBI=0.0288208;REFB=0.0061168;REVB=0.0223271;RO=2;SAF=20;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124163;STB=0.523802;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=2.57543e-05;OID=.;OPOS=61444939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:67:69:2:2:64:67:0.971014:44:20:1:1:47:20:2:0 chr20 61448969 . C T 986.87 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0761836;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.972;QD=57.2099;RBI=0.0792419;REFB=-0.0885627;REVB=0.0218021;RO=2;SAF=21;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428929;STB=0.511108;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00038978;OID=.;OPOS=61448969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:69:2:1:67:68:0.985507:46:21:2:0:46:22:1:0 chr20 61460107 . T C 105.31 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0214916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.315;QD=11.0856;RBI=0.060416;REFB=-0.00385393;REVB=-0.0564642;RO=25;SAF=3;SAR=10;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515774;STB=0.804159;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0185808;OID=.;OPOS=61460107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:10:3:18:7:10:3:18:7 chr20 61467800 . A G 181.2 PASS AF=0.315789;AO=22;DP=75;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.000718982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.504;QD=9.53703;RBI=0.030423;REFB=-0.00418188;REVB=-0.0304145;RO=43;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268524;STB=0.67008;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0224342;OID=.;OPOS=61467800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:52:22:24:0.315789:9:13:15:28:10:14:17:35 chr20 61468571 . T C 4767.64 PASS AF=1;AO=285;DP=291;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=192;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875672;FXX=0.00641005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.893;QD=61.518;RBI=0.013346;REFB=-0.01549;REVB=0.0100716;RO=2;SAF=178;SAR=107;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00532775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77165e-05;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:291:310:2:0:285:310:1:107:178:2:0:118:192:0:0 chr20 61512606 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0696878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.01;QD=56.7063;RBI=0.0698327;REFB=0;REVB=0.00449562;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000609716;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chr20 61528074 . T C 1816.84 PASS AF=0.975806;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0350848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.924;QD=58.6077;RBI=0.0600237;REFB=-0.130614;REVB=0.0487021;RO=0;SAF=45;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0717e-08;STB=0.509676;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000777454;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:124:0:3:121:121:0.975806:76:45:0:0:76:45:0:3 chr20 61536938 . G A 93.8 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00964109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0854;QD=10.1409;RBI=0.0403396;REFB=0.0114161;REVB=0.0391705;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695111;STB=0.5416;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.01666;OID=.;OPOS=61536938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:7:18:8:4:7:18 chr20 61576777 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0173978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.213;QD=11.0198;RBI=0.0504175;REFB=-0.0400045;REVB=-0.0473207;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116777;STB=0.571195;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0272979;OID=.;OPOS=61576777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:3:5:3:3:3:5 chr20 61577275 . T C 262.15 PASS AF=0.517857;AO=26;DP=53;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0109355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.842;QD=18.7248;RBI=0.0109359;REFB=-0.0353197;REVB=8.88507e-05;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133217;STB=0.503174;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0409325;OID=.;OPOS=61577275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:25:27:26:29:0.517857:17:9:9:16:17:12:11:16 chr20 61588159 . A G 1159.8 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.673;QD=60.2493;RBI=0.0434386;REFB=0;REVB=0.0225781;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109693;OID=.;OPOS=61588159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:49:27:0:0:50:27:0:0 chr20 61594679 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.123;QD=62.1623;RBI=0.0325761;REFB=0;REVB=0.0323478;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49935e-05;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:51:33:0:0:51:34:0:0 chr20 61597946 . CTTA CCTA,CTA,CTAC 1077.88 PASS AF=0,1,0;AO=4,63,5;DP=72;FAO=0,75,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32,0;FSAR=0,43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475856,-0.0477514,-0.0890621;FXX=0.0131562;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=4.99385,25.4498,9.69934;QD=57.4869;RBI=0.0845441,0.0490615,0.0974433;REFB=0,0,0;REVB=0.0698808,0.011262,-0.0395365;RO=0;SAF=4,23,3;SAR=0,40,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.00100882,0.000420793,0;OID=.,.,.;OPOS=61597947,61597947,61597948;OREF=T,T,TA;OALT=C,-,AC;OMAPALT=CCTA,CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:4,63,5:72:0,75,0:75:0:0,32,0:0,43,0:0:0:6:0:4,23,3:0,40,2:0:0 chr20 61834695 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0170143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.065;QD=23.2631;RBI=0.0182587;REFB=-0.00307127;REVB=0.00662505;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465365;STB=0.525965;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00522907;OID=.;OPOS=61834695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:11:12:11:8:11:12:11:8 chr20 61869826 . C T 411.46 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0163416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0664;QD=18.4928;RBI=0.0383552;REFB=0.00953882;REVB=0.0346998;RO=45;SAF=31;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295515;STB=0.667164;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0114665;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:47:42:42:0.47191:11:31:20:25:11:31:21:26 chr20 61870605 . T TG 190.79 PASS AF=1;AO=14;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.0066;QD=42.3986;RBI=0.0591143;REFB=0;REVB=0.0541518;RO=4;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474116;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00283191;OID=.;OPOS=61870606;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:19:18:18:0:8:10:0:0:4:4:5:9:1:3 chr20 61870727 . G C 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00969981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.645;QD=19.8485;RBI=0.014821;REFB=-0.0170595;REVB=-0.011206;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244954;STB=0.640013;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0182801;OID=.;OPOS=61870727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:4:11:6:7:4:11:6:7 chr20 61873080 . T A 153.59 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00454831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.394;QD=21.9415;RBI=0.00493701;REFB=-0.0394941;REVB=-0.00192014;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21755;STB=0.621356;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0376515;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:2:10:9:7:2:10 chr20 61878950 . A C 56.17 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0294325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5023;QD=10.7;RBI=0.154518;REFB=0.0311048;REVB=0.151689;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461524;STB=0.740393;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0415864;OID=.;OPOS=61878950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:21:21:13:13:7:8:0.380952:6:1:0:13:7:1:0:13 chr20 61880169 . T G 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0084977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.346;QD=6.25133;RBI=0.0200486;REFB=-0.00630007;REVB=-0.0181587;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225245;STB=0.646563;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0100074;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:9:8:4:2:9:8 chr20 61881296 . A G 1594.83 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162541;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.597;QD=59.0676;RBI=0.0250364;REFB=-0.0193262;REVB=-0.0190428;RO=1;SAF=55;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855182;STB=0.504504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000381139;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:1:1:107:107:0.990741:52:55:1:0:52:55:1:0 chr20 61912715 . T C 163.82 PASS AF=0.439024;AO=15;DP=38;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0365795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.676;QD=15.9824;RBI=0.046377;REFB=-0.00801757;REVB=-0.0285091;RO=22;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465436;STB=0.779476;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0180566;OID=.;OPOS=61912715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:22:23:15:18:0.439024:3:12:8:14:3:15:9:14 chr20 61918164 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.892;QD=49.5992;RBI=0.0597905;REFB=0;REVB=0.0593674;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564336;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr20 61941747 . A G 513.89 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.209;QD=58.7301;RBI=0.0602204;REFB=0;REVB=0.060191;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180373;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:32:35:1:18:14:0:0:18:17:0:0 chr20 61951489 . G C 152.38 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0260842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.963;QD=40.6358;RBI=0.0688151;REFB=-0.0265117;REVB=-0.0636799;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433252;STB=0.523776;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000683618;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:10:4:0:1:10:4:0:1 chr20 61956782 . T C 1184.25 PASS AF=1;AO=63;DP=82;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.187516;FXX=0.0365809;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.879;QD=59.9618;RBI=0.196186;REFB=0;REVB=0.0576785;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191215;OID=.;OPOS=61956782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:79:0:0:63:79:1:36:27:0:0:45:34:0:0 chr20 61981104 . C T 291.52 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0500899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.553;QD=33.3164;RBI=0.0516421;REFB=-0.00459313;REVB=0.0125662;RO=10;SAF=16;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772752;STB=0.542338;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00153482;OID=.;OPOS=61981104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:9:16:5:5:9:16:5:5 chr20 61981536 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4869;QD=60.6091;RBI=0.0226852;REFB=0;REVB=-0.0191603;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.03543e-05;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr20 61981554 . C A 738.0 PASS AF=1;AO=37;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.217;QD=55.6984;RBI=0.0851994;REFB=0;REVB=0.0718557;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287384;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:37:53:1:9:28:0:0:24:29:0:0 chr20 61982085 . A G 1510.71 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.508;QD=63.6088;RBI=0.0355131;REFB=0;REVB=-0.0208187;RO=0;SAF=35;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94922e-05;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:60:35:0:0:60:35:0:0 chr20 61982124 . A G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.278;QD=59.9958;RBI=0.0199394;REFB=0;REVB=0.012004;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51522e-05;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr20 62038378 . A T 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2506;QD=19.1077;RBI=0.0181757;REFB=-0.0342961;REVB=-0.0181757;RO=6;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0549024;OID=.;OPOS=62038378;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:9:0:0:6:9:0:0:6 chr20 62038381 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.159;QD=10.1734;RBI=0.00288611;REFB=-0.0217618;REVB=-0.00288611;RO=9;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0288436;OID=.;OPOS=62038381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:6:0:0:9:6:0:0:9 chr20 62070966 . G A 1078.07 PASS AF=1;AO=60;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.055;QD=59.8929;RBI=0.0672771;REFB=0;REVB=0.0672567;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286268;OID=.;OPOS=62070966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:60:72:1:26:34:0:0:36:36:0:0 chr20 62126185 . A G 1004.66 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713137;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2379;QD=59.0975;RBI=0.101721;REFB=0;REVB=-0.101471;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129695;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:32:35:0:0:33:35:0:0 chr20 62126299 . C T 2162.77 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00267301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.646;QD=62.2381;RBI=0.0148904;REFB=-0.110974;REVB=-0.0146486;RO=0;SAF=58;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53836e-08;STB=0.503105;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000187599;OID=.;OPOS=62126299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:0:1:138:138:0.992806:80:58:0:0:80:58:0:1 chr20 62152878 . C T 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00563715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.241;QD=26.4607;RBI=0.028137;REFB=-0.00762494;REVB=0.0275665;RO=18;SAF=21;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246256;STB=0.637732;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00618193;OID=.;OPOS=62152878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:5:21:10:8:5:21:10:8 chr20 62172219 . G A 1511.58 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.339;QD=62.9826;RBI=0.141192;REFB=0;REVB=0.140592;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220891;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:96:0:0:87:96:1:46:41:0:0:54:42:0:0 chr20 62173562 . G T 937.61 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.518;QD=58.6006;RBI=0.0140133;REFB=0;REVB=0.0133225;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84666e-05;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:39:24:0:0:39:25:0:0 chr20 62174724 . G A 779.36 PASS AF=1;AO=45;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1104;QD=56.6804;RBI=0.202256;REFB=0;REVB=0.199027;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248681;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:45:55:1:18:27:0:0:28:27:0:0 chr20 62178651 . A G 265.23 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0296524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7249;QD=15.6017;RBI=0.0635809;REFB=-0.0123211;REVB=-0.0562429;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590043;STB=0.533311;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0144682;OID=.;OPOS=62178651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:14:16:18:20:14:16:18:20 chr20 62187187 . T C 594.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.546;QD=60.995;RBI=0.0685159;REFB=0;REVB=0.056179;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353123;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:14:24:0:0:14:25:0:0 chr20 62187439 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.746;QD=47.8223;RBI=0.0186851;REFB=0;REVB=0.00956768;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338403;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr20 62191321 . A G 239.26 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.895;QD=50.3708;RBI=0.0159977;REFB=0;REVB=-0.00882555;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300945;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr20 62191558 . G A 251.9 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0393857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7785;QD=26.5158;RBI=0.0485047;REFB=-0.0572145;REVB=0.0283103;RO=13;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393343;STB=0.504583;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0201513;OID=.;OPOS=62191558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:13:15:23:23:0.605263:11:12:6:7:11:12:8:7 chr20 62193019 . C T 480.04 PASS AF=1;AO=24;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.585;QD=56.4751;RBI=0.0614887;REFB=0;REVB=0.0595808;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335352;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:24:34:1:11:13:0:1:21:13:0:0 chr20 62193445 . G A 972.41 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.249;QD=58.9339;RBI=0.0183496;REFB=0;REVB=0.00706318;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37238e-05;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:35:29:0:0:35:31:0:0 chr20 62194030 . G C 1877.8 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.943;QD=61.5672;RBI=0.0277947;REFB=0;REVB=0.0104697;RO=0;SAF=55;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37175e-05;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:67:55:0:0:67:55:0:0 chr20 62194103 . A G 792.5 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.164;QD=56.6069;RBI=0.0399614;REFB=0;REVB=0.0198409;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367307;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:53:56:1:32:21:0:0:34:22:0:0 chr20 62194713 . A C 66.68 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132259;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.279;QD=38.1027;RBI=0.0132763;REFB=0;REVB=-0.00115549;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104216;OID=.;OPOS=62194713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr20 62195220 . C T 277.49 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535501;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.237;QD=52.8552;RBI=0.0337938;REFB=0;REVB=0.0333668;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593771;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr20 62195672 . C T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4775;QD=63.8701;RBI=0.0515658;REFB=0;REVB=0.00817071;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591682;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr20 62196033 . C T 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0296994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1507;QD=13.3131;RBI=0.0301688;REFB=-0.00196991;REVB=-0.00530162;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301997;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361414;OID=.;OPOS=62196033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:31:33:22:22:0.4:10:12:17:14:10:12:18:15 chr20 62196182 . G C 196.66 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0438414;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9779;QD=12.896;RBI=0.0622566;REFB=-0.0355035;REVB=0.0442019;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714019;STB=0.515849;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0575305;OID=.;OPOS=62196182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:37:24:24:0.393443:12:12:21:16:11:13:21:16 chr20 62196253 . C A 101.62 PASS AF=0.371429;AO=11;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0495586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3272;QD=11.6131;RBI=0.0500564;REFB=-0.0400327;REVB=0.00704188;RO=22;SAF=10;SAR=1;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41454;STB=0.655353;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0193674;OID=.;OPOS=62196253;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:22:22:11:13:0.371429:1:10:15:7:2:11:15:7 chr20 62196807 . T C 1019.35 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.5;QD=59.093;RBI=0.0342537;REFB=0;REVB=0.0147108;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53335e-05;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:36:33:0:0 chr20 62196884 . A G 1525.67 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.558;QD=59.8303;RBI=0.0483169;REFB=0;REVB=-0.0477811;RO=0;SAF=65;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31354e-05;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:37:65:0:0:37:65:0:0 chr20 62198236 . G A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0170335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.998;QD=15.1656;RBI=0.018582;REFB=-0.049365;REVB=-0.00742637;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219383;STB=0.627277;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0587704;OID=.;OPOS=62198236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:5:10:9:11:5:10:9:11 chr20 62198348 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.884;QD=60.7162;RBI=0.0554688;REFB=0;REVB=0.0275618;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97995e-05;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr20 62198662 . A G 442.04 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000543662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.242;QD=57.0369;RBI=0.0146231;REFB=0;REVB=-0.014613;RO=0;SAF=26;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207657;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:4:26:0:0:4:27:0:0 chr20 62200575 . TG CA,CG 622.49 PASS AF=0.52381,0.47619;AO=22,20;DP=42;FAO=22,20;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12,11;FSAR=10,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259131,-0.0393962;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=64.2343,54.9167;QD=59.2843;RBI=0.107383,0.118242;REFB=0,0;REVB=0.107352,0.111486;RO=0;SAF=12,11;SAR=10,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.0487e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0241664,0.0175879;OID=.,.;OPOS=62200575,62200575;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:42:42:0:0:22,20:22,20:0.52381,0.47619:10,9:12,11:0:0:10,9:12,11:0:0 chr20 62200860 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.416;QD=60.0307;RBI=0.0664397;REFB=0;REVB=0.0481627;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189442;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr20 62221364 . G A 418.44 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0445301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.247;QD=53.9916;RBI=0.061784;REFB=-0.0557705;REVB=0.0428291;RO=1;SAF=5;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843371;STB=0.545422;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000861902;OID=.;OPOS=62221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:24:5:1:0:25:5:1:0 chr20 62221610 . T C 1395.44 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.084;QD=62.7163;RBI=0.0123259;REFB=0;REVB=-0.00209853;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99339e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:51:37:0:0:52:37:0:0 chr20 62221766 . C G,T 427.0 PASS AF=0.0625,0.90625;AO=3,28;DP=32;FAO=2,29;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=1,20;FSAR=1,9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.053016,-0.0193624;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.8733,158.206;QD=53.3743;RBI=0.0544519,0.0441334;REFB=0.0240121,-0.00314148;REVB=0.012422,0.0396592;RO=1;SAF=2,19;SAR=1,9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163246,-0.0238715;STB=0.665164,0.512187;STBP=0.662,0.613;TYPE=snp,snp;VARB=0.0625941,0.000465187;OID=.,.;OPOS=62221766,62221766;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:1:1:3,28:2,29:0.0625,0.90625:1,9:2,19:1:0:1,9:1,20:1:0 chr20 62227081 . A G 820.91 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468103;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.526;QD=57.6079;RBI=0.0208661;REFB=0;REVB=0.0203343;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609336;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr20 62236148 . T C 767.3 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.456;QD=63.9417;RBI=0.104188;REFB=0;REVB=0.100051;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310262;OID=.;OPOS=62236148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:17:30:0:0:18:30:0:0 chr20 62316944 . C T 364.57 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=20;FWDB=0.0356201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8273;QD=12.4638;RBI=0.0619643;REFB=-0.0248717;REVB=-0.0507029;RO=71;SAF=23;SAR=22;SRF=52;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242482;STB=0.63068;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0785738;OID=.;OPOS=62316944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:71:72:45:45:0.384615:22:23:52:19:22:23:52:20 chr20 62324289 . C T 739.18 PASS AF=0.57377;AO=69;DP=121;FAO=70;FDP=122;FR=.;FRO=52;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00302267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7418;QD=24.2355;RBI=0.00866789;REFB=-0.00371594;REVB=0.00812378;RO=51;SAF=43;SAR=26;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761128;STB=0.540263;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00338678;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:51:52:69:70:0.57377:26:43:27:24:26:44:28:24 chr20 62326110 . A C 1458.0 PASS AF=0.913043;AO=106;DP=115;FAO=105;FDP=115;FR=.;FRO=10;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0328985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7709;QD=50.7131;RBI=0.0602929;REFB=-0.018445;REVB=-0.0505264;RO=9;SAF=48;SAR=58;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810896;STB=0.548068;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0270011;OID=.;OPOS=62326110;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:115:115:9:10:106:105:0.913043:58:48:9:0:58:47:10:0 chr20 62328375 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.169;QD=57.1054;RBI=0.0143642;REFB=0;REVB=-0.00988382;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06542e-06;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr20 62332638 . A AC 814.95 PASS AF=1;AO=98;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0927552;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=8.84646;QD=27.1651;RBI=0.15024;REFB=-0.0238611;REVB=-0.118188;RO=14;SAF=24;SAR=74;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777304;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00542499;OID=.;OPOS=62332639;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:98:121:120:120:0:32:88:0:0:14:14:24:74:7:7 chr20 62340115 . C G 643.53 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.339;QD=61.2886;RBI=0.0357379;REFB=0;REVB=0.0309748;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307009;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr20 62372813 . G A 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.181;QD=59.142;RBI=0.0278009;REFB=0;REVB=0.0174824;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78437e-05;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr20 62373707 . G T 759.75 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0475679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.658;QD=53.316;RBI=0.0528124;REFB=-0.148273;REVB=0.0229443;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020053;STB=0.520826;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00123572;OID=.;OPOS=62373707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:57:1:2:55:55:0.964912:23:32:0:1:23:32:0:2 chr20 62375332 . CTTTTTT CTTTTTG,CTTTTT 61.03 PASS AF=0.105263,0.289474;AO=4,8;DP=35;FAO=4,11;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=2,4;FSAR=2,7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00718893,0.193378;FXX=0.0256345;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=235.536,9.08386;QD=6.4239;RBI=0.0418022,0.235688;REFB=-0.00829942,-0.0710855;REVB=-0.0411794,-0.134735;RO=19;SAF=2,2;SAR=2,6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.151867,-0.423404;STB=0.518426,0.608495;STBP=0.912,0.427;TYPE=snp,del;VARB=0.0335066,0.0126399;OID=.,.;OPOS=62375338,62375333;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CTTTTTG,CTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.105263,0.289474:4,8:35:4,11:38:23:2,4:2,7:12:11:35:19:2,2:2,6:12:7 chr20 62378349 . C T 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6885;QD=64.1494;RBI=0.0981136;REFB=0;REVB=0.0881224;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142519;OID=.;OPOS=62378349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr20 62378364 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.462;QD=56.9383;RBI=0.0227621;REFB=0;REVB=-0.00922179;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58099e-05;OID=.;OPOS=62378364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr20 62492922 . T A 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0226188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2209;QD=28.126;RBI=0.0488081;REFB=0.0133113;REVB=0.0432506;RO=14;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134344;STB=0.574261;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00646844;OID=.;OPOS=62492922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:15:9:8:6:15:9:8:6 chr20 62493978 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0201573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.451;QD=20.3162;RBI=0.0416352;REFB=-0.0339033;REVB=0.0364303;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209274;STB=0.617856;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0269557;OID=.;OPOS=62493978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:6:12:8:11:6:12 chr20 62494027 . G C 124.06 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0127739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.342;QD=17.1112;RBI=0.017018;REFB=-0.0167605;REVB=-0.0112446;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139734;STB=0.554377;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0165007;OID=.;OPOS=62494027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:5:8:7:8:6:8:7:8 chr20 62522466 . A G 594.5 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.271;QD=60.9743;RBI=0.0213143;REFB=0;REVB=0.0207448;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94611e-05;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr20 62540460 . A G 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0240085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.418;QD=20.5454;RBI=0.0285269;REFB=-0.00436833;REVB=-0.015407;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314606;STB=0.67585;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0131382;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:9:13:5:17:9:13:5:17 chr20 62560701 . C T 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0360983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.538;QD=15.5689;RBI=0.0455815;REFB=-0.00973772;REVB=0.0278313;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33094;STB=0.692176;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00688512;OID=.;OPOS=62560701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:10:18:10:24:10:18:10:25 chr20 62574006 . A G 820.0 PASS AF=0.478261;AO=82;DP=181;FAO=88;FDP=184;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=26;FSRR=70;FWDB=0.00593451;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.067;QD=17.8262;RBI=0.0213947;REFB=-0.0410231;REVB=-0.0205552;RO=90;SAF=26;SAR=56;SRF=20;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108797;STB=0.541752;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0517164;OID=.;OPOS=62574006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:184:90:96:82:88:0.478261:56:26:20:70:58:30:26:70 chr20 62576030 . GC G 660.61 PASS AF=1;AO=85;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.183992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=8.72436;QD=24.2426;RBI=0.250543;REFB=-0.032531;REVB=0.170056;RO=19;SAF=37;SAR=48;SRF=6;SRR=13;SSEN=0.451456;SSEP=0;SSSB=0.0419527;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0203641;OID=.;OPOS=62576031;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:108:109:109:0:46:63:0:0:10:19:37:48:6:13 chr20 62679647 . GCCC GCC,GCCG 961.33 PASS AF=0.886364,0.113636;AO=45,15;DP=90;FAO=78,10;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45,5;FSAR=33,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.380281,0.243618;FXX=0.0222198;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.9875,8.11955;QD=43.6968;RBI=0.482145,0.247079;REFB=0,0;REVB=0.296396,0.0412092;RO=20;SAF=22,7;SAR=23,8;SRF=16;SRR=4;SSEN=0.320755,0;SSEP=0.309544,0;SSSB=-0.176472,-0.327351;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0217246,-0.100978;OID=.,.;OPOS=62679648,62679650;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCC,GCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.886364,0.113636:45,15:90:78,10:88:0:45,5:33,5:0:0:24:20:22,7:23,8:16:4 chr20 62714783 . C G 926.4 PASS AF=0.47343;AO=96;DP=205;FAO=98;FDP=207;FR=.;FRO=109;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=0.0238331;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.084;QD=17.9014;RBI=0.0245857;REFB=-0.0370387;REVB=0.00603659;RO=109;SAF=44;SAR=52;SRF=49;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00852315;STB=0.505115;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0362978;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:207:109:109:96:98:0.47343:52:44:49:60:53:45:49:60 chr20 62737318 . G A 272.26 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00596107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.352;QD=17.2863;RBI=0.00851701;REFB=-0.0272684;REVB=-0.00608318;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590211;STB=0.503309;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0267831;OID=.;OPOS=62737318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:18:12:13:20:18:12:13:20 chr21 9907271 . A G 1719.93 PASS AF=0.604;AO=151;DP=249;FAO=151;FDP=250;FR=.;FRO=99;FSAF=69;FSAR=82;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.051917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2924;QD=27.5188;RBI=0.109596;REFB=-0.0328274;REVB=-0.096519;RO=98;SAF=69;SAR=82;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00911862;STB=0.503067;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0201726;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:250:98:99:151:151:0.604:82:69:46:52:82:69:46:53 chr21 9907302 . C T 265.31 PASS AF=0.183521;AO=48;DP=266;FAO=49;FDP=267;FR=.;FRO=218;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=101;FSRR=117;FWDB=0.00706034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.834;QD=3.97465;RBI=0.00810082;REFB=-0.00239841;REVB=-0.00397176;RO=217;SAF=18;SAR=30;SRF=101;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119466;STB=0.56309;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0124054;OID=.;OPOS=9907302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:217:218:48:49:0.183521:30:18:101:116:30:19:101:117 chr21 9907322 . G T 231.11 PASS AF=0.170455;AO=44;DP=264;FAO=45;FDP=264;FR=.;FRO=219;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=101;FSRR=118;FWDB=0.0176058;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2641;QD=3.50167;RBI=0.0186308;REFB=0.00560844;REVB=0.00609421;RO=219;SAF=19;SAR=25;SRF=101;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383255;STB=0.532772;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0275875;OID=.;OPOS=9907322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:219:219:44:45:0.170455:25:19:101:118:26:19:101:118 chr21 9907324 . G C 238.48 PASS AF=0.172932;AO=45;DP=267;FAO=46;FDP=266;FR=.;FRO=220;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=96;FSRR=124;FWDB=-0.0167202;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.821;QD=3.58614;RBI=0.0181755;REFB=-0.0108308;REVB=-0.00712636;RO=218;SAF=25;SAR=20;SRF=96;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14792;STB=0.605388;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0419163;OID=.;OPOS=9907324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:218:220:45:46:0.172932:20:25:96:122:20:26:96:124 chr21 9907340 . A G 811.63 PASS AF=0.375;AO=93;DP=248;FAO=93;FDP=248;FR=.;FRO=155;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=92;FWDB=-0.023075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.742;QD=13.0907;RBI=0.0244382;REFB=-0.006516;REVB=-0.00804815;RO=155;SAF=46;SAR=47;SRF=63;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978098;STB=0.555168;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00957609;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:155:155:93:93:0.375:47:46:63:92:47:46:63:92 chr21 9907345 . C T 782.16 PASS AF=0.382979;AO=90;DP=234;FAO=90;FDP=235;FR=.;FRO=145;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=61;FSRR=84;FWDB=0.0160449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.492;QD=13.3133;RBI=0.0304357;REFB=-0.0103923;REVB=-0.025863;RO=143;SAF=41;SAR=49;SRF=61;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031941;STB=0.521763;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0134326;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:143:145:90:90:0.382979:49:41:61:82:49:41:61:84 chr21 9907375 . T C 1215.23 PASS AF=0.582011;AO=110;DP=190;FAO=110;FDP=189;FR=.;FRO=79;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=0.00585897;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8394;QD=25.7192;RBI=0.00623898;REFB=-0.0037992;REVB=-0.00214413;RO=78;SAF=55;SAR=55;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107957;STB=0.560836;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00411784;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:78:79:110:110:0.582011:55:55:28:50:55:55:28:51 chr21 9907384 . G A 1270.5 PASS AF=0.607527;AO=108;DP=186;FAO=113;FDP=186;FR=.;FRO=73;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.00859849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.21;QD=27.3226;RBI=0.0164407;REFB=-0.0268958;REVB=0.0140129;RO=73;SAF=52;SAR=56;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629647;STB=0.538609;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00873621;OID=.;OPOS=9907384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:73:73:108:113:0.607527:56:52:29:44:57:56:29:44 chr21 9907397 . C T 1156.87 PASS AF=0.603448;AO=105;DP=174;FAO=105;FDP=174;FR=.;FRO=69;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0273804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9631;QD=26.5946;RBI=0.0347334;REFB=-0.0145635;REVB=-0.021371;RO=68;SAF=50;SAR=55;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079384;STB=0.545446;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0176151;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:68:69:105:105:0.603448:55:50:25:43:55:50:25:44 chr21 9907416 . C T 444.09 PASS AF=0.352564;AO=56;DP=156;FAO=55;FDP=156;FR=.;FRO=101;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=-0.033185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.227;QD=11.3869;RBI=0.0348787;REFB=-0.0274809;REVB=-0.0107369;RO=100;SAF=22;SAR=34;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271174;STB=0.503832;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0435597;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:100:101:56:55:0.352564:34:22:37:63:34:21:38:63 chr21 9907419 . A G 197.24 PASS AF=0.210526;AO=33;DP=153;FAO=32;FDP=152;FR=.;FRO=120;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=77;FWDB=-0.0166939;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.162;QD=5.19049;RBI=0.0282517;REFB=-0.0161021;REVB=-0.0227919;RO=120;SAF=12;SAR=21;SRF=43;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00729539;STB=0.514125;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0499598;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:120:120:33:32:0.210526:21:12:43:77:20:12:43:77 chr21 9907422 . G A 213.96 PASS AF=0.221477;AO=33;DP=149;FAO=33;FDP=149;FR=.;FRO=116;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=76;FWDB=-0.00030359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0811;QD=5.74401;RBI=0.0327109;REFB=-0.00366508;REVB=0.0327094;RO=116;SAF=12;SAR=21;SRF=40;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259945;STB=0.515948;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00857576;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:116:116:33:33:0.221477:21:12:40:76:21:12:40:76 chr21 9907431 . G A 88.04 PASS AF=0.135714;AO=19;DP=140;FAO=19;FDP=140;FR=.;FRO=121;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=75;FWDB=0.0096939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7114;QD=2.51536;RBI=0.056157;REFB=0.00622935;REVB=0.055314;RO=121;SAF=2;SAR=17;SRF=46;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434985;STB=0.815602;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0352694;OID=.;OPOS=9907431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:140:140:121:121:19:19:0.135714:17:2:46:75:17:2:46:75 chr21 9907434 . T A 55.01 PASS AF=0.109375;AO=14;DP=126;FAO=14;FDP=128;FR=.;FRO=114;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=79;FWDB=-0.0596113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.938;QD=1.71908;RBI=0.0601457;REFB=0.00102196;REVB=-0.00800012;RO=112;SAF=6;SAR=8;SRF=34;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164262;STB=0.613968;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.0136248;OID=.;OPOS=9907434;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:126:128:112:114:14:14:0.109375:8:6:34:78:8:6:35:79 chr21 9907438 . A T 59.24 PASS AF=0.112903;AO=14;DP=123;FAO=14;FDP=124;FR=.;FRO=110;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=79;FWDB=-0.00934101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.51;QD=1.91098;RBI=0.0177694;REFB=-0.00398302;REVB=-0.0151161;RO=108;SAF=6;SAR=8;SRF=30;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202346;STB=0.637967;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0501162;OID=.;OPOS=9907438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:123:124:108:110:14:14:0.112903:8:6:30:78:8:6:31:79 chr21 9907503 . C A 76.05 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0230749;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.555;QD=10.8647;RBI=0.0231506;REFB=-0.00806351;REVB=0.00187026;RO=17;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178962;STB=0.661373;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00879594;OID=.;OPOS=9907503;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:28:17:18:10:10:0.357143:9:1:3:14:9:1:4:14 chr21 9907527 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.134325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.745;QD=10.034;RBI=0.136182;REFB=-0.000360018;REVB=0.0224103;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090044;STB=0.555348;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.000746932;OID=.;OPOS=9907527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:1:6:4:1:1:6 chr21 9908330 . AC GC,GG 2584.37 PASS AF=0.277457,0.722543;AO=46,125;DP=173;FAO=48,125;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=21,49;FSAR=27,76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0099452,-0.0062959;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=153.726,116.551;QD=59.7543;RBI=0.0238176,0.0380674;REFB=0,0;REVB=-0.0216419,-0.0375432;RO=0;SAF=21,49;SAR=25,76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.85991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0396329,-0.00111177;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:173:173:0:0:46,125:48,125:0.277457,0.722543:25,76:21,49:0:0:27,76:21,49:0:0 chr21 9909078 . G A 797.51 PASS AF=0.390558;AO=91;DP=233;FAO=91;FDP=233;FR=.;FRO=142;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=73;FSRR=69;FWDB=-0.0111473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.521;QD=13.6912;RBI=0.0359829;REFB=-0.0211469;REVB=0.0342126;RO=142;SAF=41;SAR=50;SRF=73;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689466;STB=0.538795;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0314545;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:142:142:91:91:0.390558:50:41:73:69:50:41:73:69 chr21 9909079 . C T 154.68 PASS AF=0.141079;AO=34;DP=241;FAO=34;FDP=241;FR=.;FRO=207;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=101;FSRR=106;FWDB=0.00862412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.681;QD=2.56726;RBI=0.037241;REFB=-0.0118804;REVB=-0.0362287;RO=206;SAF=17;SAR=17;SRF=101;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123926;STB=0.510367;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0577902;OID=.;OPOS=9909079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:206:207:34:34:0.141079:17:17:101:105:17:17:101:106 chr21 9909080 . G A 251.18 PASS AF=0.185185;AO=45;DP=244;FAO=45;FDP=243;FR=.;FRO=198;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=94;FSRR=104;FWDB=-0.00599286;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.897;QD=4.13463;RBI=0.011278;REFB=-0.01085;REVB=0.00955398;RO=197;SAF=25;SAR=20;SRF=93;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107412;STB=0.565664;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0344875;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:197:198:45:45:0.185185:20:25:93:104:20:25:94:104 chr21 9909089 . T C 174.92 PASS AF=0.141818;AO=39;DP=275;FAO=39;FDP=275;FR=.;FRO=236;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=120;FSRR=116;FWDB=-0.0145996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.638;QD=2.54423;RBI=0.0412771;REFB=-0.00472751;REVB=-0.038609;RO=236;SAF=20;SAR=19;SRF=120;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556243;STB=0.503729;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0300149;OID=.;OPOS=9909089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:236:236:39:39:0.141818:19:20:120:116:19:20:120:116 chr21 9909121 . C T 1111.52 PASS AF=0.383234;AO=128;DP=334;FAO=128;FDP=334;FR=.;FRO=206;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=102;FSRR=104;FWDB=0.011102;FXX=0.00890181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.861;QD=13.3116;RBI=0.0357914;REFB=-0.0195752;REVB=0.034026;RO=201;SAF=65;SAR=63;SRF=100;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011205;STB=0.507811;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0330642;OID=.;OPOS=9909121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:334:201:206:128:128:0.383234:63:65:100:101:63:65:102:104 chr21 9909122 . G A 42.31 PASS AF=0.0625;AO=21;DP=339;FAO=21;FDP=336;FR=.;FRO=315;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=159;FSRR=156;FWDB=-0.0124175;FXX=0.0088493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.202;QD=0.503701;RBI=0.0294273;REFB=-0.00215871;REVB=-0.0266791;RO=315;SAF=8;SAR=13;SRF=159;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131528;STB=0.616125;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0401106;OID=.;OPOS=9909122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:339:336:315:315:21:21:0.0625:13:8:159:156:13:8:159:156 chr21 9909159 . C A 36.32 PASS AF=0.05919;AO=19;DP=321;FAO=19;FDP=321;FR=.;FRO=302;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=154;FSRR=148;FWDB=-0.00991504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.347;QD=0.452535;RBI=0.0166302;REFB=3.02974e-06;REVB=0.0133513;RO=300;SAF=10;SAR=9;SRF=153;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170029;STB=0.515414;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0412611;OID=.;OPOS=9909159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:321:321:300:302:19:19:0.05919:9:10:153:147:9:10:154:148 chr21 9909163 . G A 152.62 PASS AF=0.121118;AO=39;DP=324;FAO=39;FDP=322;FR=.;FRO=283;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=148;FSRR=135;FWDB=0.0213997;FXX=0.00617265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7899;QD=1.89593;RBI=0.087707;REFB=-0.00497439;REVB=0.0850563;RO=285;SAF=18;SAR=21;SRF=150;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813421;STB=0.553833;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0381407;OID=.;OPOS=9909163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:322:285:283:39:39:0.121118:21:18:150:135:21:18:148:135 chr21 9909176 . C A 2268.15 PASS AF=0.644951;AO=198;DP=308;FAO=198;FDP=307;FR=.;FRO=109;FSAF=94;FSAR=104;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=0.0531931;FXX=0.00324665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6632;QD=29.5525;RBI=0.0532174;REFB=-0.0109782;REVB=0.00160861;RO=107;SAF=94;SAR=104;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500625;STB=0.530121;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00596607;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:307:107:109:198:198:0.644951:104:94:59:48:104:94:61:48 chr21 9909179 . C A 435.34 PASS AF=0.228669;AO=67;DP=292;FAO=67;FDP=293;FR=.;FRO=226;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=115;FSRR=111;FWDB=0.00789806;FXX=0.0265772;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.295;QD=5.94323;RBI=0.00939593;REFB=-0.0115348;REVB=-0.00508961;RO=225;SAF=28;SAR=39;SRF=113;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107873;STB=0.570399;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.054615;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:293:225:226:67:67:0.228669:39:28:113:112:39:28:115:111 chr21 9909204 . C T 96.22 PASS AF=0.104247;AO=27;DP=259;FAO=27;FDP=259;FR=.;FRO=232;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=114;FSRR=118;FWDB=0.0425304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.262;QD=1.48601;RBI=0.0442902;REFB=-0.00672271;REVB=-0.0123606;RO=232;SAF=10;SAR=17;SRF=114;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149039;STB=0.609519;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0392413;OID=.;OPOS=9909204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:259:259:232:232:27:27:0.104247:17:10:114:118:17:10:114:118 chr21 9909208 . C T 430.36 PASS AF=0.257937;AO=58;DP=246;FAO=65;FDP=252;FR=.;FRO=187;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=86;FSRR=101;FWDB=0.054964;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.644;QD=6.83117;RBI=0.0610943;REFB=-0.0134507;REVB=-0.0266735;RO=185;SAF=25;SAR=33;SRF=87;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500959;STB=0.52407;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0571377;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:252:185:187:58:65:0.257937:33:25:87:98:33:32:86:101 chr21 9909217 . C A 71.73 PASS AF=0.0972222;AO=21;DP=216;FAO=21;FDP=216;FR=.;FRO=195;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=89;FSRR=106;FWDB=0.0102192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.615;QD=1.32834;RBI=0.010349;REFB=-0.00319908;REVB=-0.00163386;RO=192;SAF=6;SAR=15;SRF=87;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209926;STB=0.662322;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0344693;OID=.;OPOS=9909217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:216:216:192:195:21:21:0.0972222:15:6:87:105:15:6:89:106 chr21 9909218 . GT AC,GC 491.21 PASS AF=0.234146,0.097561;AO=49,20;DP=205;FAO=48,20;FDP=205;FR=.;FRO=137;FSAF=20,7;FSAR=28,13;FSRF=62;FSRR=75;FWDB=-0.0315952,-0.0953059;FXX=0.00485413;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=169.541,96.4755;QD=9.58458;RBI=0.0348434,0.0959856;REFB=-0.0126922,-0.0169563;REVB=0.0146902,0.0114026;RO=129;SAF=20,7;SAR=29,13;SRF=55;SRR=74;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0229619,-0.100281;STB=0.527078,0.592767;STBP=0.665,0.369;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0307071,0.0322822;OID=.,.;OPOS=9909218,9909219;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:129:137:49,20:48,20:0.234146,0.097561:29,13:20,7:55:74:28,13:20,7:62:75 chr21 10181174 . G A 125.63 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0118461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.57;QD=15.7036;RBI=0.0165561;REFB=-0.0170331;REVB=0.0115662;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107964;STB=0.563643;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0183263;OID=.;OPOS=10181174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:32:32:16:16:11:11:0.34375:6:5:9:7:6:5:9:7 chr21 10181184 . T C 175.76 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0156718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.142;QD=17.5763;RBI=0.0158064;REFB=-0.0169954;REVB=-0.00205842;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157753;STB=0.60042;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0202111;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:9:9:7:14:9:10:7:14 chr21 10862599 . C T 1798.79 PASS AF=0.625;AO=155;DP=248;FAO=155;FDP=248;FR=.;FRO=93;FSAF=70;FSAR=85;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.00448288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.139;QD=29.0128;RBI=0.00628957;REFB=-0.0125558;REVB=-0.00441163;RO=93;SAF=70;SAR=85;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00754519;STB=0.504067;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00771072;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:93:93:155:155:0.625:85:70:43:50:85:70:43:50 chr21 10862618 . T C 2095.52 PASS AF=0.647482;AO=180;DP=280;FAO=180;FDP=278;FR=.;FRO=98;FSAF=75;FSAR=105;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.0176893;FXX=0.0071426;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.673;QD=30.1513;RBI=0.0176919;REFB=-0.00929549;REVB=0.000305696;RO=97;SAF=75;SAR=105;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314892;STB=0.515336;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00954185;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:278:97:98:180:180:0.647482:105:75:45:52:105:75:45:53 chr21 10862846 . A T 2697.48 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.236;QD=62.3694;RBI=0.0587755;REFB=0;REVB=-0.00762337;RO=0;SAF=61;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132165;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:164:173:0:0:164:173:1:103:61:0:0:103:70:0:0 chr21 10862853 . G A 430.33 PASS AF=0.314607;AO=56;DP=178;FAO=56;FDP=178;FR=.;FRO=122;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=-0.0031009;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0426;QD=9.67024;RBI=0.00515752;REFB=0.0018953;REVB=-0.00412122;RO=122;SAF=19;SAR=37;SRF=56;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148585;STB=0.586401;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00358156;OID=.;OPOS=10862853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:122:122:56:56:0.314607:37:19:56:66:37:19:56:66 chr21 10862874 . A G 1281.94 PASS AF=0.602094;AO=112;DP=191;FAO=115;FDP=191;FR=.;FRO=76;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.002422;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3062;QD=26.8468;RBI=0.0262249;REFB=-0.019978;REVB=-0.0261128;RO=74;SAF=52;SAR=60;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105405;STB=0.555586;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0182683;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:74:76:112:115:0.602094:60:52:45:29:63:52:45:31 chr21 10862947 . G A 1203.96 PASS AF=0.561224;AO=109;DP=197;FAO=110;FDP=196;FR=.;FRO=86;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=58;FSRR=28;FWDB=0.000488863;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.046;QD=24.5706;RBI=0.0144641;REFB=-0.00285716;REVB=-0.0144559;RO=88;SAF=55;SAR=54;SRF=59;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136451;STB=0.576517;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00271628;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:88:86:109:110:0.561224:54:55:59:29:55:55:58:28 chr21 10909652 . G A 51.52 PASS AF=0.0879121;AO=16;DP=183;FAO=16;FDP=182;FR=.;FRO=166;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=89;FWDB=-0.00407558;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.787;QD=1.13232;RBI=0.0409227;REFB=-0.0038026;REVB=-0.0407193;RO=165;SAF=3;SAR=13;SRF=77;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342695;STB=0.772297;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0490903;OID=.;OPOS=10909652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:183:182:165:166:16:16:0.0879121:13:3:77:88:13:3:77:89 chr21 10910311 . T G 701.96 PASS AF=0.57265;AO=65;DP=118;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00133816;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.075;QD=23.9988;RBI=0.0167554;REFB=-0.00241768;REVB=0.0167019;RO=48;SAF=28;SAR=37;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868147;STB=0.552677;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00287618;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:48:50:65:67:0.57265:37:28:26:22:39:28:27:23 chr21 10910340 . C G 121.66 PASS AF=0.183333;AO=22;DP=120;FAO=22;FDP=120;FR=.;FRO=98;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=-0.0106747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.064;QD=4.05527;RBI=0.03096;REFB=-0.00866717;REVB=-0.0290615;RO=98;SAF=10;SAR=12;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189748;STB=0.512184;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.035043;OID=.;OPOS=10910340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:98:98:22:22:0.183333:12:10:46:52:12:10:46:52 chr21 10910347 . A G 1746.35 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.398;QD=59.7042;RBI=0.035168;REFB=0.0128245;REVB=0.0293364;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=3.07761e-06;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:116:116:0.991453:60:56:0:0:60:56:0:1 chr21 10920098 . T C 1981.23 PASS AF=0.910828;AO=142;DP=157;FAO=143;FDP=157;FR=.;FRO=14;FSAF=89;FSAR=54;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00834289;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.64;QD=50.4772;RBI=0.0349568;REFB=-0.0849257;REVB=0.0339466;RO=15;SAF=89;SAR=53;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00516733;STB=0.501944;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00209052;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:157:157:15:14:142:143:0.910828:53:89:9:6:54:89:9:5 chr21 10935004 . A T 653.87 PASS AF=0.291262;AO=91;DP=310;FAO=90;FDP=309;FR=.;FRO=219;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=101;FSRR=118;FWDB=0.0100386;FXX=0.0032257;HRUN=6;LEN=1;MLLD=301.651;QD=8.46437;RBI=0.012101;REFB=-0.00586696;REVB=0.00675719;RO=217;SAF=29;SAR=62;SRF=99;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176668;STB=0.604351;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.011855;OID=.;OPOS=10935004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:309:217:219:91:90:0.291262:62:29:99:118:61:29:101:118 chr21 10942756 . G A 513.59 PASS AF=0.229226;AO=80;DP=349;FAO=80;FDP=349;FR=.;FRO=269;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=141;FSRR=128;FWDB=-0.0110565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1802;QD=5.88646;RBI=0.0286571;REFB=-0.00144582;REVB=-0.0264383;RO=265;SAF=40;SAR=40;SRF=137;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216281;STB=0.51862;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00654915;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:349:265:269:80:80:0.229226:40:40:137:128:40:40:141:128 chr21 10942924 . CCTT C 137.55 PASS AF=0.201754;AO=43;DP=226;FAO=46;FDP=228;FR=.;FRO=182;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=71;FSRR=111;FWDB=-0.00855284;FXX=0.0129865;HRUN=2;LEN=3;MLLD=238.999;QD=2.41309;RBI=0.00861694;REFB=0.00208755;REVB=0.00104904;RO=168;SAF=13;SAR=30;SRF=67;SRR=101;SSEN=0.256819;SSEP=0;SSSB=-0.135679;STB=0.555855;STBP=0.429;TYPE=del;VARB=-0.0062085;OID=.;OPOS=10942925;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.201754:43:226:46:228:182:15:31:71:111:99:168:13:30:67:101 chr21 10943003 . C T 281.98 PASS AF=0.242938;AO=43;DP=176;FAO=43;FDP=177;FR=.;FRO=134;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=79;FWDB=-0.0241416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4664;QD=6.37234;RBI=0.0285452;REFB=-0.00334316;REVB=-0.0152319;RO=133;SAF=15;SAR=28;SRF=55;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861764;STB=0.549766;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00995361;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:133:134:43:43:0.242938:28:15:55:78:28:15:55:79 chr21 10951311 . G C 37.13 PASS AF=0.0618557;AO=18;DP=293;FAO=18;FDP=291;FR=.;FRO=273;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=151;FSRR=122;FWDB=0.0154872;FXX=0.00682571;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9524;QD=0.510365;RBI=0.0351048;REFB=0.000101842;REVB=0.0315039;RO=272;SAF=6;SAR=12;SRF=149;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223843;STB=0.700677;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000248499;OID=.;OPOS=10951311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:293:291:272:273:18:18:0.0618557:12:6:149:123:12:6:151:122 chr21 10951387 . T G 574.84 PASS AF=0.199203;AO=100;DP=502;FAO=100;FDP=502;FR=.;FRO=402;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=218;FSRR=184;FWDB=-0.00120224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.508;QD=4.58039;RBI=0.00815502;REFB=-0.0100414;REVB=-0.00806592;RO=400;SAF=37;SAR=63;SRF=217;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222651;STB=0.637371;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0318112;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:502:400:402:100:100:0.199203:63:37:217:183:63:37:218:184 chr21 10951426 . G T 614.87 PASS AF=0.225513;AO=100;DP=439;FAO=99;FDP=439;FR=.;FRO=340;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=186;FSRR=154;FWDB=-0.0190993;FXX=0.00453504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9985;QD=5.60244;RBI=0.0250817;REFB=-0.00723263;REVB=-0.0162575;RO=339;SAF=37;SAR=63;SRF=185;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224157;STB=0.64159;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0348826;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:439:439:339:340:100:99:0.225513:63:37:185:154:63:36:186:154 chr21 11029616 . G T 796.29 PASS AF=0.390558;AO=91;DP=229;FAO=91;FDP=233;FR=.;FRO=142;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=80;FSRR=62;FWDB=-0.0402171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4556;QD=13.6702;RBI=0.0422769;REFB=0.00850677;REVB=0.0130356;RO=138;SAF=45;SAR=46;SRF=76;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603028;STB=0.541932;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0144605;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:233:138:142:91:91:0.390558:46:45:76:62:46:45:80:62 chr21 11029624 . C T 780.12 PASS AF=0.376569;AO=89;DP=239;FAO=90;FDP=239;FR=.;FRO=149;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=87;FSRR=62;FWDB=-0.00785307;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.411;QD=13.0564;RBI=0.0577113;REFB=-0.00482496;REVB=-0.0571745;RO=147;SAF=45;SAR=44;SRF=87;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953394;STB=0.545478;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0080053;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:147:149:89:90:0.376569:44:45:87:60:44:46:87:62 chr21 11029630 . GC G 757.89 PASS AF=0.372881;AO=88;DP=236;FAO=88;FDP=236;FR=.;FRO=148;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=87;FSRR=61;FWDB=-0.0059556;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.139;QD=12.8456;RBI=0.0177513;REFB=0.000185008;REVB=0.0167225;RO=143;SAF=45;SAR=43;SRF=86;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992387;STB=0.54106;STBP=0.346;TYPE=del;VARB=-0.000621651;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372881:88:236:88:236:148:46:42:87:61:99:143:45:43:86:57 chr21 11029679 . C G 635.8 PASS AF=0.324111;AO=82;DP=253;FAO=82;FDP=253;FR=.;FRO=171;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=90;FSRR=81;FWDB=-0.00294742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.667;QD=10.0522;RBI=0.0567598;REFB=-0.00823136;REVB=-0.0566832;RO=171;SAF=35;SAR=47;SRF=90;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117096;STB=0.567342;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0202802;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:171:171:82:82:0.324111:47:35:90:81:47:35:90:81 chr21 11038796 . T C 312.38 PASS AF=0.170391;AO=61;DP=358;FAO=61;FDP=358;FR=.;FRO=297;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=138;FSRR=159;FWDB=-0.0167156;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=293.379;QD=3.4903;RBI=0.0294741;REFB=-0.00417681;REVB=-0.0242758;RO=296;SAF=28;SAR=33;SRF=138;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938329;STB=0.504697;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0204308;OID=.;OPOS=11038796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:358:296:297:61:61:0.170391:33:28:138:158:33:28:138:159 chr21 11038802 . G A 503.0 PASS AF=0.227528;AO=80;DP=356;FAO=81;FDP=356;FR=.;FRO=275;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=124;FSRR=151;FWDB=-0.00479353;FXX=0.00280104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.114;QD=5.65164;RBI=0.0148219;REFB=-0.00545708;REVB=-0.0140253;RO=270;SAF=39;SAR=41;SRF=119;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598826;STB=0.533177;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0329862;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:356:270:275:80:81:0.227528:41:39:119:151:41:40:124:151 chr21 11038843 . G C 1717.48 PASS AF=0.56338;AO=157;DP=281;FAO=160;FDP=284;FR=.;FRO=124;FSAF=67;FSAR=93;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=0.0544448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3178;QD=24.1899;RBI=0.0604572;REFB=-0.0274101;REVB=0.0262837;RO=124;SAF=66;SAR=91;SRF=61;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589921;STB=0.53247;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0229892;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:284:124:124:157:160:0.56338:91:66:61:63:93:67:61:63 chr21 11049584 . C T 170.11 PASS AF=0.161137;AO=34;DP=209;FAO=34;FDP=211;FR=.;FRO=177;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=93;FSRR=84;FWDB=-0.00768234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.164;QD=3.22486;RBI=0.0100188;REFB=-0.00456439;REVB=-0.00643096;RO=171;SAF=12;SAR=22;SRF=91;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23007;STB=0.644806;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0221337;OID=.;OPOS=11049584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:171:177:34:34:0.161137:22:12:91:80:22:12:93:84 chr21 11049592 . C T 167.37 PASS AF=0.152174;AO=35;DP=230;FAO=35;FDP=230;FR=.;FRO=195;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=99;FSRR=96;FWDB=0.0508067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.242;QD=2.91084;RBI=0.0508067;REFB=-0.00539557;REVB=7.6897e-06;RO=195;SAF=13;SAR=22;SRF=99;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175681;STB=0.616241;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0318821;OID=.;OPOS=11049592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:195:195:35:35:0.152174:22:13:99:96:22:13:99:96 chr21 11049617 . C G 47.01 PASS AF=0.0740741;AO=18;DP=243;FAO=18;FDP=243;FR=.;FRO=225;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=110;FSRR=115;FWDB=0.00242565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9304;QD=0.773893;RBI=0.00987847;REFB=0.00108895;REVB=-0.00957603;RO=218;SAF=7;SAR=11;SRF=105;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105231;STB=0.593257;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0232548;OID=.;OPOS=11049617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:243:243:218:225:18:18:0.0740741:11:7:105:113:11:7:110:115 chr21 11057855 . A T 695.6 PASS AF=0.662921;AO=59;DP=89;FAO=59;FDP=89;FR=.;FRO=30;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.017627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.976;QD=31.2628;RBI=0.0181547;REFB=-0.0219091;REVB=0.00434549;RO=30;SAF=32;SAR=27;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109168;STB=0.559038;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0141489;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:30:30:59:59:0.662921:27:32:11:19:27:32:11:19 chr21 11057866 . C T 202.3 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=99;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0379509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.265;QD=8.17371;RBI=0.0407733;REFB=-0.00531662;REVB=-0.0149059;RO=72;SAF=15;SAR=12;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151062;STB=0.590134;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0290367;OID=.;OPOS=11057866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:72:72:27:27:0.272727:12:15:31:41:12:15:31:41 chr21 11057888 . T A 337.38 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0155007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.12;QD=13.102;RBI=0.0158256;REFB=-0.00650723;REVB=-0.0031902;RO=60;SAF=20;SAR=20;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882932;STB=0.543668;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00911742;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:60:63:40:40:0.38835:20:20:25:35:20:20:27:36 chr21 11057905 . A T 37.25 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.0393737;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.499;QD=1.40554;RBI=0.0412435;REFB=-0.00328764;REVB=0.0122775;RO=96;SAF=5;SAR=5;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036255;STB=0.528246;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0369192;OID=.;OPOS=11057905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:106:106:96:96:10:10:0.0943396:5:5:45:51:5:5:45:51 chr21 11057931 . C A 149.88 PASS AF=0.228571;AO=23;DP=104;FAO=24;FDP=105;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.00434557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.488;QD=5.70954;RBI=0.00695765;REFB=-0.00612531;REVB=-0.00543368;RO=78;SAF=9;SAR=14;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152811;STB=0.56932;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0203365;OID=.;OPOS=11057931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:78:81:23:24:0.228571:14:9:40:38:14:10:41:40 chr21 11058226 . G C 226.56 PASS AF=0.158076;AO=46;DP=292;FAO=46;FDP=291;FR=.;FRO=245;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=106;FSRR=139;FWDB=-0.0104575;FXX=0.00342454;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.51;QD=3.11428;RBI=0.0112629;REFB=-0.00185878;REVB=-0.0041825;RO=244;SAF=28;SAR=18;SRF=106;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222304;STB=0.645649;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0139436;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:291:244:245:46:46:0.158076:18:28:106:138:18:28:106:139 chr21 11097557 . A G 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00163293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8155;QD=4.11586;RBI=0.00328871;REFB=-0.0109799;REVB=0.00285468;RO=50;SAF=5;SAR=6;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179102;STB=0.608504;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0641369;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:50:51:11:11:0.177419:6:5:30:20:6:5:30:21 chr21 11097574 . T A 91.51 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0327522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.502;QD=5.15541;RBI=0.0334363;REFB=-0.00741436;REVB=0.00672937;RO=56;SAF=9;SAR=6;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365999;STB=0.523225;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0234107;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:56:56:15:15:0.211268:6:9:32:24:6:9:32:24 chr21 11097608 . C T 32.62 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0342112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1763;QD=1.57226;RBI=0.0369399;REFB=-0.0139437;REVB=-0.0139339;RO=73;SAF=2;SAR=6;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392757;STB=0.803782;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0770967;OID=.;OPOS=11097608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:81:83:73:75:8:8:0.0963855:6:2:44:29:6:2:46:29 chr21 11098674 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.662;QD=58.4197;RBI=0.0635763;REFB=0;REVB=0.0314044;RO=0;SAF=46;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138794;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:16:46:0:0:16:47:0:0 chr21 11098704 . A G 72.46 PASS AF=0.175676;AO=12;DP=73;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=14;FWDB=-0.0223573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.934;QD=3.91658;RBI=0.0335278;REFB=-0.00889495;REVB=-0.0249853;RO=60;SAF=9;SAR=3;SRF=46;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283061;STB=0.501464;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0331843;OID=.;OPOS=11098704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:74:60:61:12:13:0.175676:3:9:46:14:3:10:47:14 chr21 11098723 . T C 252.57 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=-0.0392486;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.473;QD=12.0273;RBI=0.0406845;REFB=-0.0157039;REVB=-0.0107133;RO=53;SAF=7;SAR=23;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545469;STB=0.806527;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0438273;OID=.;OPOS=11098723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:54:30:30:0.357143:23:7:40:13:23:7:40:14 chr21 11098728 . C T 45.35 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=84;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00588447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.807;QD=2.13411;RBI=0.00757456;REFB=-0.00926228;REVB=-0.00476938;RO=71;SAF=7;SAR=3;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237782;STB=0.663897;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0257496;OID=.;OPOS=11098728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:84:85:71:75:10:10:0.117647:3:7:36:35:3:7:39:36 chr21 11098763 . C T 302.04 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=11;FWDB=-0.0375553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.153;QD=14.3829;RBI=0.0471232;REFB=-0.00607002;REVB=0.028464;RO=50;SAF=2;SAR=32;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.769989;STB=0.93822;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0263274;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:32:2:39:11:32:2:39:11 chr21 14419915 . A G 1178.15 PASS AF=0.404908;AO=132;DP=327;FAO=132;FDP=326;FR=.;FRO=194;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=104;FSRR=90;FWDB=-0.0129795;FXX=0.00609737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.384;QD=14.4558;RBI=0.0323751;REFB=-0.00715511;REVB=0.0296593;RO=194;SAF=72;SAR=60;SRF=103;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01556;STB=0.505617;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0113943;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:326:194:194:132:132:0.404908:60:72:103:91:60:72:104:90 chr21 14420005 . A G 3615.23 PASS AF=0.705742;AO=294;DP=421;FAO=295;FDP=418;FR=.;FRO=123;FSAF=145;FSAR=150;FSRF=67;FSRR=56;FWDB=0.0107824;FXX=0.0141506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.78;QD=34.5955;RBI=0.0107824;REFB=-0.0246478;REVB=2.36905e-05;RO=119;SAF=144;SAR=150;SRF=65;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304762;STB=0.515647;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0117647;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:418:119:123:294:295:0.705742:150:144:65:54:150:145:67:56 chr21 14778721 . A T 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2372;QD=51.1796;RBI=0.0306067;REFB=0;REVB=0.00327509;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874548;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr21 14982886 . G A 62.18 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0207526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2873;QD=7.77231;RBI=0.0207741;REFB=-0.0123973;REVB=0.000944807;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336475;STB=0.704301;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0231093;OID=.;OPOS=14982886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:4:5:6:17:4:5:6:17 chr21 15013735 . A G 430.94 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.011228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.297;QD=14.7331;RBI=0.0299634;REFB=-0.00458756;REVB=0.0277802;RO=68;SAF=21;SAR=28;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13442;STB=0.575579;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00678715;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:68:49:49:0.418803:28:21:38:30:28:21:38:30 chr21 15457293 . T G 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00929973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3331;QD=5.54335;RBI=0.0456181;REFB=0.00618332;REVB=-0.0446601;RO=34;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234204;STB=0.648357;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0124198;OID=.;OPOS=15457293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:5:4:9:25:5:4:9:25 chr21 15457297 . C G 126.72 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0300567;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3157;QD=9.93902;RBI=0.0552659;REFB=-0.00353364;REVB=-0.046378;RO=35;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345044;STB=0.701905;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00609228;OID=.;OPOS=15457297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:35:35:16:16:0.313725:7:9:9:26:7:9:9:26 chr21 15457318 . T G 229.9 PASS AF=0.415385;AO=25;DP=63;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0491929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7996;QD=14.1478;RBI=0.0494581;REFB=-0.00533656;REVB=0.00511475;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175486;STB=0.617564;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0084987;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:38:38:25:27:0.415385:13:12:12:26:13:14:12:26 chr21 15457339 . T G 331.75 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0370341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8188;QD=15.7976;RBI=0.0470146;REFB=-0.0248992;REVB=0.0289628;RO=47;SAF=22;SAR=14;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287561;STB=0.650645;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0907288;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:36:37:0.440476:14:22:15:32:15:22:15:32 chr21 15457350 . TA CG 354.99 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00256088;FXX=0.0777691;HRUN=3;LEN=2;MLLD=302.552;QD=17.1079;RBI=0.0273888;REFB=0.00282474;REVB=-0.0272688;RO=46;SAF=21;SAR=16;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214217;STB=0.619962;STBP=0.053;TYPE=mnp;VARB=-0.00255681;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:83:46:46:37:37:0.445783:16:21:16:30:16:21:16:30 chr21 15457374 . G C 443.38 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0172918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.555;QD=20.1534;RBI=0.0242283;REFB=-0.00988972;REVB=0.0169706;RO=44;SAF=26;SAR=18;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261797;STB=0.644673;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0105805;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:18:26:13:31:18:26:13:31 chr21 15457399 . G C 417.98 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00304763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.989;QD=19.9038;RBI=0.0108228;REFB=-0.00694832;REVB=-0.0103848;RO=42;SAF=24;SAR=18;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232677;STB=0.628703;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00666528;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:18:24:13:29:18:24:13:29 chr21 15457410 . C G 327.62 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0171982;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6273;QD=17.4729;RBI=0.0229728;REFB=-0.0210032;REVB=0.0152306;RO=40;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257745;STB=0.643899;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0269255;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:40:35:35:0.466667:14:21:13:27:14:21:13:27 chr21 15457434 . G A 125.05 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.036183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.947;QD=10.421;RBI=0.0362331;REFB=0.00253204;REVB=0.00190406;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846084;STB=0.550496;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0163247;OID=.;OPOS=15457434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:8:7:13:20:8:7:13:20 chr21 15457439 . G A 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.04;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9151;QD=9.09212;RBI=0.0425506;REFB=-0.0177527;REVB=-0.0145103;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189758;STB=0.614694;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0212047;OID=.;OPOS=15457439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:6:7:12:20:6:7:12:20 chr21 15457463 . CACACACAGT C 344.89 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553113;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=9;MLLD=292.71;QD=55.1829;RBI=0.00957584;REFB=0;REVB=-0.00781685;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.97918e-05;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:25:25:25:0:8:17:0:0:4:0:8:17:0:0 chr21 15481365 . G T 1486.73 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338668;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.674;QD=63.2652;RBI=0.0355563;REFB=0;REVB=0.0108301;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74202e-05;OID=.;OPOS=15481365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:0:0:90:94:1:49:41:0:0:49:45:0:0 chr21 15516976 . T A 1181.76 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5254;QD=60.6029;RBI=0.0549698;REFB=0;REVB=0.0531088;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585272;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:44:33:0:0:45:33:0:0 chr21 15524921 . C T 190.38 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0337632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8141;QD=14.102;RBI=0.049749;REFB=-0.00324707;REVB=-0.0365378;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00301997;STB=0.509795;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0143205;OID=.;OPOS=15524921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:31:22:23:0.425926:12:10:14:17:13:10:14:17 chr21 15558346 . G A 498.74 PASS AF=0.461538;AO=53;DP=116;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0125668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.811;QD=17.0511;RBI=0.0127416;REFB=-0.0139834;REVB=-0.00210326;RO=63;SAF=30;SAR=23;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879097;STB=0.553023;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0203084;OID=.;OPOS=15558346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:63:63:53:54:0.461538:23:30:30:33:23:31:30:33 chr21 15593495 . T G 732.36 PASS AF=0.916667;AO=54;DP=59;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0687165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.76;QD=48.8243;RBI=0.0690394;REFB=0.0167328;REVB=-0.0066695;RO=5;SAF=21;SAR=33;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350512;STB=0.517235;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.000615138;OID=.;OPOS=15593495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:59:60:5:5:54:55:0.916667:33:21:3:2:33:22:3:2 chr21 15596772 . T G 990.41 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.725;QD=59.1291;RBI=0.0712945;REFB=0;REVB=-0.0579197;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144669;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr21 15646397 . A G 3052.73 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.202;QD=63.5985;RBI=0.0608267;REFB=0;REVB=0.0495112;RO=0;SAF=97;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.12811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51823e-05;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:192:0:0:182:192:1:85:97:0:0:89:103:0:0 chr21 15646405 . C A 1447.42 PASS AF=0.632653;AO=93;DP=198;FAO=124;FDP=196;FR=.;FRO=72;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.0214887;FXX=0.0101005;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.356;QD=29.5392;RBI=0.0234396;REFB=-0.020467;REVB=-0.00936206;RO=33;SAF=31;SAR=62;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861918;STB=0.525506;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0139434;OID=.;OPOS=15646405;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:196:33:72:93:124:0.632653:62:31:6:27:62:62:41:31 chr21 15926544 . G A 1698.18 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086032;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.902;QD=60.6491;RBI=0.00977513;REFB=0;REVB=0.00464092;RO=0;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01874e-05;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:111:112:1:64:47:0:0:64:48:0:0 chr21 15954593 . G A 505.96 PASS AF=0.455285;AO=47;DP=114;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.0346452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3332;QD=16.4541;RBI=0.0346732;REFB=-0.04617;REVB=-0.00139335;RO=67;SAF=24;SAR=23;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137657;STB=0.567899;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0593204;OID=.;OPOS=15954593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:123:67:67:47:56:0.455285:23:24:43:24:27:29:43:24 chr21 15954601 . G T 644.76 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00470521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6541;QD=21.3145;RBI=0.0232573;REFB=-0.00618676;REVB=-0.0227764;RO=56;SAF=40;SAR=24;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944961;STB=0.548372;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00862506;OID=.;OPOS=15954601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:57:64:64:0.528926:24:40:29:27:24:40:30:27 chr21 15954660 . T C 1762.0 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=121;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00272614;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.037;QD=59.2267;RBI=0.0479039;REFB=0.013586;REVB=-0.0478263;RO=2;SAF=58;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00013639;STB=0.500072;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000409843;OID=.;OPOS=15954660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:119:2:2:117:117:0.983193:59:58:1:1:59:58:1:1 chr21 15964920 . C G 191.48 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0147318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.828;QD=9.6951;RBI=0.0437413;REFB=-0.00985431;REVB=-0.0411859;RO=54;SAF=10;SAR=15;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11759;STB=0.569175;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0296918;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:54:25:25:0.316456:15:10:27:27:15:10:27:27 chr21 15974409 . T C 884.57 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0327909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.491;QD=53.61;RBI=0.0365774;REFB=-0.102274;REVB=0.0162068;RO=2;SAF=27;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423162;STB=0.51101;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00121813;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:66:2:3:63:63:0.954545:36:27:1:1:36:27:2:1 chr21 15984982 . C A 228.23 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00308899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9614;QD=14.0451;RBI=0.0127614;REFB=-0.0115917;REVB=-0.0123819;RO=38;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773426;STB=0.556586;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0179149;OID=.;OPOS=15984982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:26:27:0.415385:16:10:12:26:16:11:12:26 chr21 16335260 . C T 334.15 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00793877;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.126;QD=19.0941;RBI=0.0377723;REFB=-0.0058405;REVB=-0.0369286;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00567743;OID=.;OPOS=16335260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:35:35:35:35:0.5:18:17:16:19:18:17:17:18 chr21 16335515 . C T 865.59 PASS AF=0.486188;AO=88;DP=177;FAO=88;FDP=181;FR=.;FRO=93;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0459318;FXX=0.0054942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1281;QD=19.1291;RBI=0.0816135;REFB=-0.0260647;REVB=-0.0674614;RO=88;SAF=48;SAR=40;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620915;STB=0.542704;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0334443;OID=.;OPOS=16335515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:181:88:93:88:88:0.486188:40:48:42:46:40:48:43:50 chr21 16339570 . T A 630.2 PASS AF=0.563636;AO=60;DP=108;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0199242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.757;QD=22.9164;RBI=0.0220082;REFB=-0.0261072;REVB=0.00934813;RO=48;SAF=23;SAR=37;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252085;STB=0.515241;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0195366;OID=.;OPOS=16339570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:48:48:60:62:0.563636:37:23:17:31:38:24:17:31 chr21 16340289 . C T 1010.54 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328699;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.4024;QD=59.4432;RBI=0.033084;REFB=0;REVB=-0.00375776;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75067e-05;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr21 16423596 . T C,TGTGTGTGTGCGC 108.91 PASS AF=0.0746269,0.179104;AO=5,12;DP=68;FAO=5,12;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=5,6;FSAR=0,6;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0308321,-0.013162;FXX=0.0147037;HRUN=1,1;LEN=1,12;MLLD=214.085,424.479;QD=6.50188;RBI=0.0323455,0.0139751;REFB=-0.00825301,-0.0038771;REVB=-0.00977816,-0.00469734;RO=50;SAF=5,6;SAR=0,6;SRF=21;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.615761,0.0995055;STB=0.998114,0.56441;STBP=0.007,0.627;TYPE=snp,ins;VARB=0.0516387,0.0163752;OID=.,.;OPOS=16423596,16423597;OREF=T,-;OALT=C,GTGTGTGTGCGC;OMAPALT=C,TGTGTGTGTGCGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:75:68:67:50:50:5,12:5,12:0.0746269,0.179104:0,6:5,6:21:29:0,6:5,6:21:29 chr21 16424421 . A G 332.86 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.000616465;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6969;QD=18.4924;RBI=0.056647;REFB=-0.0182886;REVB=0.0566436;RO=36;SAF=10;SAR=25;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33025;STB=0.678907;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0409537;OID=.;OPOS=16424421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:25:10:23:13:25:10:23:14 chr21 16424607 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00558088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.488;QD=21.5459;RBI=0.0084534;REFB=-0.0118997;REVB=0.00634931;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736238;STB=0.541607;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00862918;OID=.;OPOS=16424607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:4:6:7:7:4:6 chr21 16986637 . G A 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0578081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.551;QD=19.4077;RBI=0.0582737;REFB=-0.019872;REVB=0.00735178;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025621;STB=0.514276;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0236113;OID=.;OPOS=16986637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:18:12:12:16:18:12:12:16 chr21 17197357 . G A 205.37 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.100581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.842;QD=12.8355;RBI=0.100918;REFB=-0.0218874;REVB=-0.00823653;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185968;STB=0.60598;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0361721;OID=.;OPOS=17197357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:13:12:12:27:13:12:12:27 chr21 19163707 . C T 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.658;QD=59.7164;RBI=0.0309739;REFB=0.0188962;REVB=-0.0229859;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.506171;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-5.79023e-05;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:40:39:0:0:40:39:0:1 chr21 19165259 . ACT A 1485.39 PASS AF=1;AO=98;DP=103;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876401;FXX=0.0388312;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.794;QD=60.0156;RBI=0.0162145;REFB=0;REVB=0.013642;RO=0;SAF=34;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.14519e-05;OID=.;OPOS=19165260;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:98:103:99:99:0:35:64:0:0:8:0:34:64:0:0 chr21 19169218 . G C 346.28 PASS AF=0.45122;AO=24;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00300864;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.85;QD=16.8917;RBI=0.00559141;REFB=-0.00574024;REVB=-0.00471295;RO=36;SAF=20;SAR=4;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39265;STB=0.54344;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00730568;OID=.;OPOS=19169218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:45:24:37:0.45122:4:20:19:17:16:21:22:23 chr21 19666910 . A G 596.38 PASS AF=1;AO=33;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.529;QD=59.6384;RBI=0.0983745;REFB=0;REVB=0.0926298;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682754;OID=.;OPOS=19666910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:33:40:1:9:24:0:0:15:25:0:0 chr21 19670118 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.357;QD=58.6003;RBI=0.016902;REFB=0;REVB=-0.00395582;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68942e-05;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:26:37:0:0:27:37:0:0 chr21 21728991 . C A 269.43 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00553689;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0735;QD=16.5806;RBI=0.0323211;REFB=-0.00652116;REVB=-0.0318433;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523686;STB=0.531624;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00885522;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:35:30:30:0.461538:12:18:18:15:12:18:19:16 chr21 24804558 . T C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.201;QD=59.3217;RBI=0.0499951;REFB=0;REVB=0.00836475;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79564e-05;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:46:22:0:0:46:22:0:0 chr21 26965148 . G A 1392.39 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.735;QD=61.2038;RBI=0.0647205;REFB=-0.0666691;REVB=-0.0620448;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=1.59622e-05;OID=.;OPOS=26965148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:0:1:89:90:0.989011:45:44:0:0:46:44:0:1 chr21 26965205 . T C 1362.86 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.847;QD=61.2521;RBI=0.0595653;REFB=-0.112882;REVB=0.0584628;RO=1;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997626;STB=0.505262;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000445879;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:47:41:0:1:47:41:0:1 chr21 26969703 . T C 919.27 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.3747;QD=58.3663;RBI=0.0623223;REFB=0;REVB=0.0284056;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294746;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr21 26976250 . A G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0118491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.109;QD=16.8839;RBI=0.0162883;REFB=-0.00711077;REVB=-0.0111762;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961734;STB=0.555478;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0141026;OID=.;OPOS=26976250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:6:11:11:4:6:11 chr21 26978950 . A G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.623;QD=53.9068;RBI=0.139352;REFB=0;REVB=-0.00655262;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156181;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr21 27056250 . A G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.000642281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4485;QD=16.6157;RBI=0.0094074;REFB=-0.0021637;REVB=0.00938545;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2562;STB=0.646886;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00308248;OID=.;OPOS=27056250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:13:8:11:6:13:8 chr21 27563105 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.008;QD=58.4197;RBI=0.0221123;REFB=0;REVB=-0.0177978;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142224;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr21 27852724 . A G 199.92 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0149593;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.955;QD=13.554;RBI=0.0194242;REFB=-0.00633564;REVB=0.0123902;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107715;STB=0.524475;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00765203;OID=.;OPOS=27852724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:35:24:24:0.40678:14:10:13:19:14:10:16:19 chr21 28212760 . G A 347.88 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=124;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=0.00258784;FXX=0.112894;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.543;QD=12.6503;RBI=0.00853895;REFB=-0.0144033;REVB=-0.00813737;RO=60;SAF=25;SAR=16;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102507;STB=0.528288;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0250429;OID=.;OPOS=28212760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:110:60:69:41:41:0.372727:16:25:42:18:16:25:45:24 chr21 28215826 . C CACA 257.78 PASS AF=0.340659;AO=32;DP=99;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0226674;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.207;QD=11.3309;RBI=0.0346354;REFB=-0.032034;REVB=-0.0261877;RO=67;SAF=12;SAR=20;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052236;STB=0.520262;STBP=0.803;TYPE=ins;VARB=0.0635103;OID=.;OPOS=28215827;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340659:32:99:31:91:60:11:20:23:37:99:67:12:20:28:39 chr21 28215836 . GC G 139.96 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0334743;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.122;QD=6.085;RBI=0.168692;REFB=-0.00906807;REVB=-0.165337;RO=60;SAF=12;SAR=19;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045159;STB=0.507038;STBP=0.915;TYPE=del;VARB=0.00587886;OID=.;OPOS=28215837;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.336957:31:93:31:92:61:12:19:23:38:99:60:12:19:23:37 chr21 28216038 . C A 427.99 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00670411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.054;QD=19.4543;RBI=0.0284023;REFB=-0.00344607;REVB=-0.0275997;RO=45;SAF=17;SAR=26;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188246;STB=0.604602;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00297225;OID=.;OPOS=28216038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:26:17:27:18:26:17:27:18 chr21 28216066 . C T 622.04 PASS AF=0.472527;AO=40;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0366855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.209;QD=27.3422;RBI=0.0457404;REFB=-0.0295421;REVB=0.0273197;RO=23;SAF=17;SAR=23;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177737;STB=0.592027;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0342974;OID=.;OPOS=28216066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:23:25:40:43:0.472527:23:17:4:19:24:19:5:20 chr21 28216595 . C G 736.55 PASS AF=0.441989;AO=78;DP=174;FAO=80;FDP=181;FR=.;FRO=101;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=0.0521287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2836;QD=16.2774;RBI=0.064105;REFB=-0.0298421;REVB=-0.0373102;RO=95;SAF=24;SAR=54;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124038;STB=0.567039;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0367113;OID=.;OPOS=28216595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:181:95:101:78:80:0.441989:54:24:40:55:54:26:44:57 chr21 28216692 . G T 220.83 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0188674;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.863;QD=17.32;RBI=0.0265767;REFB=-0.0333907;REVB=0.0187174;RO=27;SAF=6;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246589;STB=0.640324;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0277288;OID=.;OPOS=28216692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:18:6:13:14:18:6:13:14 chr21 28295181 . A G 462.55 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0524733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.899;QD=19.0744;RBI=0.052646;REFB=-0.00904041;REVB=0.00426102;RO=51;SAF=22;SAR=24;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011286;STB=0.506281;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0173166;OID=.;OPOS=28295181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:24:22:25:26:24:22:25:26 chr21 28296289 . C T 274.41 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0319357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7089;QD=19.9573;RBI=0.0508389;REFB=0.00344321;REVB=-0.0395564;RO=26;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202126;STB=0.612346;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00431631;OID=.;OPOS=28296289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:17:12:17:9:17:12:17:9 chr21 28296324 . A G 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.011785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.805;QD=15.6535;RBI=0.0142419;REFB=0.00945418;REVB=0.0079965;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20382;STB=0.615296;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0143354;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:16:10:19:13:16:10:19:13 chr21 28296389 . A G 185.15 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0379969;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1689;QD=13.7151;RBI=0.0400628;REFB=0.0214767;REVB=0.012699;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142709;STB=0.590826;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0126213;OID=.;OPOS=28296389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:32:22:22:0.407407:13:9:18:15:13:9:18:14 chr21 28302355 . A G 379.41 PASS AF=0.356589;AO=45;DP=128;FAO=46;FDP=129;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.00292482;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.663;QD=11.7646;RBI=0.00448844;REFB=-0.0193791;REVB=-0.00340463;RO=83;SAF=17;SAR=28;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378498;STB=0.51231;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0308212;OID=.;OPOS=28302355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:83:83:45:46:0.356589:28:17:34:49:28:18:34:49 chr21 28326276 . G A 2091.15 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.018597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.68;QD=61.0554;RBI=0.0195614;REFB=-0.044013;REVB=0.00606648;RO=2;SAF=78;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163846;STB=0.508619;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000635748;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:2:2:135:135:0.985401:57:78:0:2:57:78:0:2 chr21 30250555 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=333.611;QD=61.0493;RBI=0.0163713;REFB=0;REVB=0.0135598;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51314e-05;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr21 30250615 . T C 1119.83 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0190587;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.46;QD=56.7001;RBI=0.0207984;REFB=-0.217725;REVB=0.00832684;RO=3;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410908;STB=0.514282;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000804682;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:3:2:76:77:0.974684:33:43:0:3:34:43:0:2 chr21 30257560 . C G 1069.27 PASS AF=0.47807;AO=109;DP=230;FAO=109;FDP=228;FR=.;FRO=119;FSAF=34;FSAR=75;FSRF=37;FSRR=82;FWDB=-0.00801822;FXX=0.00869527;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8037;QD=18.7591;RBI=0.0585198;REFB=-0.0221135;REVB=0.0579679;RO=115;SAF=34;SAR=75;SRF=36;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00121264;STB=0.500609;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.020666;OID=.;OPOS=30257560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:228:115:119:109:109:0.47807:75:34:36:79:75:34:37:82 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 3466.36 PASS AF=0.117391,0.882609;AO=26,192;DP=232;FAO=27,203;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=5,67;FSAR=22,136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.18317,-0.098586;FXX=0.00862032;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.6077,47.9059;QD=60.2845;RBI=0.206938,0.116505;REFB=0,0;REVB=-0.096291,-0.0620826;RO=0;SAF=5,60;SAR=21,132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.34197e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0110722,-0.00728307;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.117391,0.882609:26,192:232:27,203:230:0:5,67:22,136:0:0:92:0:5,60:21,132:0:0 chr21 30257570 . A C 73.04 PASS AF=0.116667;AO=30;DP=240;FAO=28;FDP=240;FR=.;FRO=212;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=70;FSRR=142;FWDB=-0.0319367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.0245;QD=1.2174;RBI=0.0663945;REFB=-0.0277141;REVB=-0.0582089;RO=210;SAF=6;SAR=24;SRF=70;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208629;STB=0.629417;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.210348;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:240:240:210:212:30:28:0.116667:24:6:70:140:22:6:70:142 chr21 30257641 . C A 759.81 PASS AF=0.416667;AO=76;DP=206;FAO=90;FDP=216;FR=.;FRO=126;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=51;FSRR=75;FWDB=0.116808;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.8525;QD=14.0705;RBI=0.1521;REFB=-0.0263972;REVB=0.0974186;RO=116;SAF=21;SAR=55;SRF=50;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186843;STB=0.516601;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0369662;OID=.;OPOS=30257641;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:216:116:126:76:90:0.416667:55:21:50:66:56:34:51:75 chr21 30318207 . T C 221.05 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00959101;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.742;QD=23.8975;RBI=0.0352963;REFB=-0.00833882;REVB=0.0339682;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184479;STB=0.510299;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00661655;OID=.;OPOS=30318207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:8:8:10:11:8:8 chr21 30331935 . G A 236.01 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0233168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.772;QD=19.2661;RBI=0.02334;REFB=-0.0234327;REVB=-0.00104186;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139724;STB=0.579067;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0261999;OID=.;OPOS=30331935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:9:14:12:14:9:14:12:14 chr21 30339120 . C A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0101634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.937;QD=16.199;RBI=0.0145221;REFB=-0.0167156;REVB=0.0103728;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0184824;OID=.;OPOS=30339120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:0:3:3:2:0:3 chr21 30339234 . T C 206.31 PASS AF=0.588235;AO=18;DP=32;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0331651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.687;QD=24.2718;RBI=0.0434397;REFB=-0.0262865;REVB=-0.028055;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125302;STB=0.512183;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0161182;OID=.;OPOS=30339234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:14:14:18:20:0.588235:8:10:8:6:8:12:8:6 chr21 30341891 . A G 888.04 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.769;QD=57.293;RBI=0.0223903;REFB=0;REVB=0.017713;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5478e-05;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:60:62:1:36:24:0:0:38:24:0:0 chr21 30357163 . G T 339.8 PASS AF=0.383838;AO=37;DP=98;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0180774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.292;QD=13.7293;RBI=0.0183883;REFB=-0.00602604;REVB=-0.00336681;RO=60;SAF=17;SAR=20;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259865;STB=0.527511;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00741876;OID=.;OPOS=30357163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:60:61:37:38:0.383838:20:17:29:31:21:17:30:31 chr21 30552839 . A G 312.01 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0139832;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.639;QD=16.2082;RBI=0.0170604;REFB=-0.00512474;REVB=-0.00977385;RO=46;SAF=11;SAR=22;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200632;STB=0.604333;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00696553;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:46:43:33:34:0.441558:22:11:24:22:22:12:23:20 chr21 30552877 . T C 331.29 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0116909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.77;QD=13.6614;RBI=0.0122944;REFB=5.77596e-05;REVB=0.0038046;RO=60;SAF=15;SAR=22;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139424;STB=0.579553;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=4.4827e-06;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:22:15:32:28:22:15:32:28 chr21 30714776 . T C 347.44 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.023211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1951;QD=17.1575;RBI=0.0387752;REFB=-0.00939639;REVB=0.0310606;RO=44;SAF=24;SAR=13;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600315;STB=0.533697;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0162273;OID=.;OPOS=30714776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:13:24:26:18:13:24:26:18 chr21 30717151 . C T 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.000204661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.344;QD=13.0463;RBI=0.0456018;REFB=0.013202;REVB=-0.0456014;RO=48;SAF=16;SAR=14;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00900383;STB=0.505151;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0196655;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:14:16:26:22:14:16:26:22 chr21 30718201 . G A 292.74 PASS AF=0.568627;AO=27;DP=49;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0159265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.267;QD=22.9602;RBI=0.0203473;REFB=-0.0213178;REVB=0.0126632;RO=22;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180736;STB=0.576609;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0144625;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:22:22:27:29:0.568627:10:17:9:13:12:17:9:13 chr21 30969901 . T C 745.29 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141846;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9011;QD=56.248;RBI=0.0375001;REFB=-0.0429117;REVB=-0.0347138;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239653;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr21 30970005 . C G 320.86 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0102862;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.024;QD=18.0763;RBI=0.0157618;REFB=-0.023827;REVB=-0.0119427;RO=34;SAF=10;SAR=24;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20087;STB=0.609733;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0179564;OID=.;OPOS=30970005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:34:37:34:34:0.478873:24:10:17:17:24:10:18:19 chr21 31062070 . T G 679.82 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0247852;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.005;QD=22.4733;RBI=0.0251402;REFB=-0.00182581;REVB=0.0042101;RO=57;SAF=27;SAR=39;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1003;STB=0.562623;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00161695;OID=.;OPOS=31062070;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:57:55:66:66:0.545455:39:27:30:27:39:27:30:25 chr21 31587793 . A G 233.53 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0119934;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.687;QD=18.3163;RBI=0.0142372;REFB=-0.0140802;REVB=0.00767186;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652142;STB=0.551624;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0138473;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:26:25:25:0.490196:9:16:19:8:9:16:19:7 chr21 31655212 . A C 1963.7 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00096515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.211;QD=61.8488;RBI=0.0172506;REFB=0;REVB=0.0172235;RO=0;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39369e-05;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:127:0:0:124:127:1:60:64:0:0:63:64:0:0 chr21 31661691 . A G 936.59 PASS AF=1;AO=58;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320168;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.933;QD=58.5366;RBI=0.193371;REFB=0;REVB=0.190702;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651839;OID=.;OPOS=31661691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:58:64:1:29:29:0:0:36:28:0:0 chr21 31768539 . G C 404.47 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.00552816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.388;QD=12.8403;RBI=0.0248901;REFB=-0.0208084;REVB=-0.0242685;RO=75;SAF=18;SAR=30;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582314;STB=0.547501;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0386739;OID=.;OPOS=31768539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:75:78:48:48:0.380952:30:18:32:43:30:18:35:43 chr21 31802768 . G A 359.57 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0179763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7155;QD=17.3287;RBI=0.0252897;REFB=-0.00498832;REVB=0.0177882;RO=45;SAF=14;SAR=24;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162932;STB=0.591391;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00669443;OID=.;OPOS=31802768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:24:14:24:21:24:14:24:21 chr21 31812772 . C A 393.85 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0337525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.187;QD=25.4095;RBI=0.0366932;REFB=-0.0411528;REVB=-0.0143929;RO=23;SAF=21;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111022;STB=0.552604;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.033567;OID=.;OPOS=31812772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:24:38:38:0.612903:17:21:9:14:17:21:10:14 chr21 31859677 . G A 457.86 PASS AF=0.47619;AO=45;DP=100;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00620692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.325;QD=17.4422;RBI=0.00776413;REFB=-0.00996284;REVB=-0.00466433;RO=54;SAF=28;SAR=17;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175449;STB=0.564662;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0153605;OID=.;OPOS=31859677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:105:54:55:45:50:0.47619:17:28:24:30:22:28:24:31 chr21 31869286 . T C 536.48 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.00873288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.315;QD=18.9903;RBI=0.00876414;REFB=-0.0284671;REVB=-0.000739623;RO=56;SAF=24;SAR=32;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837116;STB=0.540456;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0226334;OID=.;OPOS=31869286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:56:57:56:56:0.495575:32:24:19:37:32:24:20:37 chr21 31913981 . AG A 1417.57 PASS AF=1;AO=88;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.703;QD=62.3107;RBI=0.0245772;REFB=0;REVB=0.000404113;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.08082e-05;OID=.;OPOS=31913982;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:91:91:91:0:44:47:0:0:8:0:44:44:0:0 chr21 31914000 . T A 1593.79 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.456;QD=63.7517;RBI=0.00748855;REFB=0;REVB=0.00585755;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142149;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:49:49:0:0:50:50:0:0 chr21 31964916 . A C 195.82 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0380075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4642;QD=17.8015;RBI=0.0498745;REFB=-0.0278683;REVB=-0.032294;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037267;STB=0.521255;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0434447;OID=.;OPOS=31964916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:14:6:8:16:14:6:8:16 chr21 31973516 . T A 540.37 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.00972992;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.705;QD=17.8634;RBI=0.010722;REFB=-0.0244918;REVB=-0.00450447;RO=64;SAF=33;SAR=24;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134867;STB=0.574887;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0261479;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:64:64:57:57:0.471074:24:33:28:36:24:33:28:36 chr21 32090908 . C T 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00204845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.652;QD=11.5636;RBI=0.0329727;REFB=-0.00763103;REVB=-0.032909;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943073;STB=0.555817;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00849829;OID=.;OPOS=32090908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:16:13:8:7:16:13 chr21 32119495 . C G 501.91 PASS AF=0.505155;AO=47;DP=96;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0136258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.729;QD=20.6973;RBI=0.0139772;REFB=-0.014451;REVB=-0.00311435;RO=48;SAF=18;SAR=29;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027996;STB=0.517635;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0164958;OID=.;OPOS=32119495;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:48:48:47:49:0.505155:29:18:17:31:30:19:17:31 chr21 32201969 . GA G 1709.7 PASS AF=1;AO=136;DP=145;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0674567;FXX=0.027209;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.269;QD=47.8237;RBI=0.0692413;REFB=0;REVB=-0.0156187;RO=0;SAF=47;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000882078;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:136:145:143:143:0:50:93:0:0:31:0:47:89:0:0 chr21 32493031 . A G 2818.24 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7543;QD=62.6276;RBI=0.0563346;REFB=0;REVB=-0.0483118;RO=0;SAF=84;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.5876e-05;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:180:0:0:178:180:1:94:84:0:0:95:85:0:0 chr21 32499473 . A G 238.01 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0487796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.975;QD=20.2559;RBI=0.0490257;REFB=-0.00821001;REVB=-0.00490643;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216262;STB=0.512185;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00828712;OID=.;OPOS=32499473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:11:13:13:10:11:13 chr21 32638549 . CC AT 112.96 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.00267212;FXX=0.0344709;HRUN=6;LEN=2;MLLD=303.166;QD=16.1375;RBI=0.0198237;REFB=-0.0193572;REVB=-0.0196428;RO=15;SAF=12;SAR=1;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347158;STB=0.51997;STBP=0.876;TYPE=mnp;VARB=0.0220755;OID=.;OPOS=32638549;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:15:13:13:0.464286:1:12:14:1:1:12:14:1 chr21 33368188 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.047;QD=59.3229;RBI=0.0280826;REFB=0;REVB=-0.00479374;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120204;OID=.;OPOS=33368188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:32:36:0:0 chr21 33370900 . T C 884.32 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8247;QD=57.9883;RBI=0.0576658;REFB=0;REVB=0.0492539;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823411;OID=.;OPOS=33370900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:23:37:0:0:23:38:0:0 chr21 33371123 . C T 326.08 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0145419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.45;QD=20.0667;RBI=0.0188482;REFB=-0.0279561;REVB=-0.0119912;RO=31;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369935;STB=0.520536;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.022683;OID=.;OPOS=33371123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:19:15:15:16:19:15:15:16 chr21 33372749 . T C 2949.88 PASS AF=1;AO=182;DP=210;FAO=197;FDP=197;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=113;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0920431;FXX=0.0247512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.978;QD=59.8961;RBI=0.0925104;REFB=0;REVB=0.0092865;RO=0;SAF=95;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604641;OID=.;OPOS=33372749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:210:197:0:0:182:197:1:87:95:0:0:84:113:0:0 chr21 33373966 . T G,TG,TTG 85.32 PASS AF=0,0,0.44;AO=3,4,6;DP=34;FAO=0,0,11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=0,0,6;FSAR=0,0,5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0460513,0.0737238,0.096218;FXX=0.107105;HRUN=3,1,3;LEN=1,1,2;MLLD=110.993,115.128,119.189;QD=13.6505;RBI=0.0717383,0.0907893,0.105335;REFB=-0.0727512,-0.0904624,-0.0911753;REVB=-0.055006,-0.0529859,-0.0428655;RO=21;SAF=1,2,5;SAR=2,2,1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.205794,-0.0271012,0.401666;STB=0.5,0.5,0.565099;STBP=1,1,0.577;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,0.115573,0.170535;OID=.,.,.;OPOS=33373966,33373967,33373967;OREF=T,-,-;OALT=G,G,TG;OMAPALT=G,TG,TTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:76:34:25:21:14:3,4,6:0,0,11:0,0,0.44:2,2,1:1,2,5:11:10:0,0,5:0,0,6:6:8 chr21 33374318 . C T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.682;QD=59.8549;RBI=0.00764623;REFB=0;REVB=0.00730688;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26794e-05;OID=.;OPOS=33374318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr21 33694224 . C G 115.55 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.163667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2022;QD=8.88815;RBI=0.163737;REFB=-0.00432724;REVB=-0.00478815;RO=35;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450072;STB=0.773813;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0384605;OID=.;OPOS=33694224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:37:15:15:0.288462:3:12:15:20:3:12:16:21 chr21 33714966 . AG GA 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=313.834;QD=35.5759;RBI=0.00681187;REFB=0;REVB=0.00681187;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000123104;OID=.;OPOS=33714966;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr21 33719695 . C T 184.43 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0482286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1925;QD=11.8984;RBI=0.0902091;REFB=-0.000383662;REVB=0.0762344;RO=38;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167315;STB=0.590687;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00438636;OID=.;OPOS=33719695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:23:23:0.370968:7:16:21:17:7:16:22:17 chr21 33726326 . G A 292.42 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00776916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4208;QD=14.6212;RBI=0.0168268;REFB=-0.0117002;REVB=0.0149258;RO=47;SAF=9;SAR=24;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156709;STB=0.589417;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0168713;OID=.;OPOS=33726326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:24:9:19:28:24:9:19:28 chr21 33749533 . A C 424.18 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0111769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.746;QD=18.6452;RBI=0.0111813;REFB=-0.0180258;REVB=0.000316911;RO=48;SAF=24;SAR=19;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157635;STB=0.508786;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0203883;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:19:24:26:22:19:24:26:22 chr21 33755763 . G A 371.18 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0280982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7088;QD=18.5592;RBI=0.0555118;REFB=-0.0318002;REVB=-0.0478753;RO=40;SAF=24;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17029;STB=0.591392;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0308432;OID=.;OPOS=33755763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:40:41:38:39:0.4875:14:24:18:22:15:24:18:23 chr21 33840208 . A G 330.83 PASS AF=0.333333;AO=42;DP=126;FAO=42;FDP=126;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=56;FWDB=-0.0197789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.908;QD=10.5024;RBI=0.0206871;REFB=-0.0119614;REVB=-0.0060624;RO=84;SAF=15;SAR=27;SRF=28;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302527;STB=0.517448;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.023129;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:84:84:42:42:0.333333:27:15:28:56:27:15:28:56 chr21 33887131 . G A 314.79 PASS AF=0.5;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0207562;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.634;QD=19.0784;RBI=0.0208342;REFB=-0.036916;REVB=0.00180202;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280041;STB=0.51517;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0363134;OID=.;OPOS=33887131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:33:32:33:0.5:16:16:15:17:17:16:15:18 chr21 33951068 . T C 773.33 PASS AF=0.50641;AO=79;DP=157;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.00666285;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.402;QD=19.8289;RBI=0.0130454;REFB=-0.00782609;REVB=0.0112156;RO=76;SAF=36;SAR=43;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749219;STB=0.507041;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00716674;OID=.;OPOS=33951068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:76:77:79:79:0.50641:43:36:34:42:43:36:34:43 chr21 33956579 . T C 191.12 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.000105634;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3935;QD=11.7609;RBI=0.0111135;REFB=-0.00482276;REVB=-0.011113;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207919;STB=0.59992;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0142036;OID=.;OPOS=33956579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:38:41:23:24:0.369231:12:11:11:27:12:12:14:27 chr21 34003928 . A AAGTATT 101.97 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000501995;FXX=0;HRUN=4;LEN=6;MLLD=322.651;QD=10.4587;RBI=0.00267354;REFB=-0.00295195;REVB=-0.00262599;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116635;STB=0.525652;STBP=0.828;TYPE=ins;VARB=0.0048371;OID=.;OPOS=34003929;OREF=-;OALT=AGTATT;OMAPALT=AAGTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:12:40:13:39:26:7:6:13:13:99:27:7:5:13:14 chr21 34014192 . G A 203.76 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00016142;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.571;QD=14.2992;RBI=0.00877458;REFB=0.000244282;REVB=-0.00877309;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349646;STB=0.519924;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.000158852;OID=.;OPOS=34014192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:33:24:24:0.421053:13:11:14:19:13:11:14:19 chr21 34014283 . C A 210.09 PASS AF=0.376812;AO=22;DP=67;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.012785;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.943;QD=12.1792;RBI=0.014491;REFB=-0.0142758;REVB=-0.00682147;RO=44;SAF=7;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165125;STB=0.511936;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0246694;OID=.;OPOS=34014283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:44:43:22:26:0.376812:15:7:20:24:15:11:19:24 chr21 34059352 . T C 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0164836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.245;QD=18.4268;RBI=0.0166925;REFB=-0.0214881;REVB=0.00263229;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127608;STB=0.571378;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0183706;OID=.;OPOS=34059352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:16:12:16:12:16:12:16:12 chr21 34163742 . A G 2034.99 PASS AF=0.970803;AO=133;DP=139;FAO=133;FDP=137;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=85;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.040778;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.906;QD=59.4157;RBI=0.0453431;REFB=-0.131108;REVB=0.0198281;RO=4;SAF=48;SAR=85;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379699;STB=0.519997;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00104752;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:139:137:4:4:133:133:0.970803:85:48:4:0:85:48:4:0 chr21 34166190 . A T 1327.47 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.029;QD=61.0329;RBI=0.0298312;REFB=-0.0737936;REVB=0.00572417;RO=1;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439837;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:87:1:0:84:87:1:35:49:0:1:37:50:0:0 chr21 34166343 . C T 1400.04 PASS AF=1;AO=78;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8725;QD=62.923;RBI=0.140651;REFB=0;REVB=0.127094;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140822;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:78:89:1:34:44:0:0:45:44:0:0 chr21 34169315 . TGC GCT,TGCT 837.63 PASS AF=0,1;AO=4,51;DP=60;FAO=0,59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139904,0.0269976;FXX=0.0166639;HRUN=3,0;LEN=3,1;MLLD=151.312,175.184;QD=56.7886;RBI=0.028675,0.0401004;REFB=0,0;REVB=-0.0250305,0.0296509;RO=3;SAF=2,27;SAR=2,24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.357477,0.0552954;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.000259201;OID=.,.;OPOS=34169315,34169318;OREF=TGC,-;OALT=GCT,T;OMAPALT=GCT,TGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:60:59:3:0:4,51:0,59:0,1:2,24:2,27:0:3:0,29:0,30:0:0 chr21 34614250 . T C 161.35 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0325846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0591;QD=18.9818;RBI=0.0325912;REFB=0.0226728;REVB=0.000657067;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521373;STB=0.529582;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0224234;OID=.;OPOS=34614250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:10:7:8:9:10:7 chr21 34614255 . T G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.973;QD=58.1395;RBI=0.0647108;REFB=0;REVB=0.0145096;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477199;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr21 34634878 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.504;QD=37.4885;RBI=0.0901564;REFB=0;REVB=-0.0872518;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137155;OID=.;OPOS=34634878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr21 34640788 . A G 841.63 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0217764;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.239;QD=54.2988;RBI=0.0242589;REFB=0.0569301;REVB=-0.0106905;RO=2;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304238;STB=0.516124;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.000188265;OID=.;OPOS=34640788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:30:30:0:2:30:30:0:2 chr21 34666376 . A G 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3506;QD=56.9511;RBI=0.0496249;REFB=0;REVB=-0.0376423;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000678213;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr21 34668747 . A G 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.74;QD=53.9316;RBI=0.109443;REFB=-0.0314534;REVB=0.108272;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227444;STB=0.512187;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00902396;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:10:20:1:0:10:20:1:0 chr21 34715699 . G C 1465.69 PASS AF=0.99;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171626;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9449;QD=58.6275;RBI=0.0238958;REFB=-0.0569912;REVB=0.0166269;RO=1;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810884;STB=0.504273;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000853626;OID=.;OPOS=34715699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:1:1:99:99:0.99:58:41:0:1:58:41:0:1 chr21 34787312 . A G 1135.21 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000896106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.908;QD=60.5443;RBI=0.0238843;REFB=0;REVB=0.0238675;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03846e-05;OID=.;OPOS=34787312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:40:34:0:0:41:34:0:0 chr21 34821570 . G A 527.67 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.581;QD=58.6299;RBI=0.0385483;REFB=0;REVB=0.00674691;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107871;OID=.;OPOS=34821570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:22:14:0:0 chr21 34822150 . T A 894.21 PASS AF=0.969231;AO=64;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0756997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0428;QD=55.0282;RBI=0.0781066;REFB=0.0101494;REVB=-0.0192404;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140981;STB=0.500734;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000213111;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:64:63:0.969231:33:31:0:1:33:30:1:1 chr21 34822452 . T C 599.25 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.043561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.807;QD=58.4635;RBI=0.054628;REFB=-0.114679;REVB=0.0329645;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00214597;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:0:1:17:23:0:1 chr21 34897113 . C T 1343.91 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.079;QD=61.0868;RBI=0.0193498;REFB=-0.148099;REVB=0.00480094;RO=1;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137314;STB=0.507245;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-3.80175e-05;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:34:53:0:1:34:53:0:1 chr21 34922725 . GC G,GG 49.18 PASS AF=0.237288,0.0338983;AO=13,3;DP=56;FAO=14,2;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=13,1;FSAR=1,1;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0937967,0.0221461;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.5617,18.8771;QD=3.33421;RBI=0.11583,0.0254679;REFB=-0.0633806,-0.0568554;REVB=-0.0679619,-0.0125765;RO=36;SAF=12,2;SAR=1,1;SRF=24;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.30137,0;SSSB=0.480445,0;STB=0.84611,0.621082;STBP=0.019,0.773;TYPE=del,snp;VARB=0.110191,0.0558018;OID=.,.;OPOS=34922726,34922726;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.237288,0.0338983:13,3:56:14,2:59:43:13,1:1,1:27:16:42:36:12,2:1,1:24:12 chr21 34925142 . C T 840.51 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.905;QD=56.9834;RBI=0.0527134;REFB=0;REVB=-0.0216465;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140588;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:32:27:0:0 chr21 34926260 . C T 2218.6 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00646702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.537;QD=62.4959;RBI=0.00852206;REFB=-0.162723;REVB=-0.00555005;RO=1;SAF=58;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812699;STB=0.504273;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000651359;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:142:1:1:140:141:0.992958:82:58:1:0:83:58:1:0 chr21 34948684 . G GA 925.56 PASS AF=1;AO=75;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160379;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.0926;QD=45.7067;RBI=0.161524;REFB=0;REVB=0.0192005;RO=5;SAF=34;SAR=41;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00635326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00292395;OID=.;OPOS=34948685;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:83:81:81:0:38:43:0:0:17:5:34:41:2:3 chr21 34948696 . GAC G,GC,GCC 1191.99 PASS AF=0,1,0;AO=17,59,4;DP=80;FAO=0,79,0;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36,0;FSAR=0,43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631659,0.0705173,0.0701869;FXX=0.0124984;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=77.438,92.8448,74.165;QD=60.3541;RBI=0.0718392,0.0718489,0.0718121;REFB=0,0,0;REVB=-0.034219,-0.0137685,0.0151912;RO=0;SAF=17,17,2;SAR=0,42,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,1.38221e-05,0.0278768;OID=.,.,.;OPOS=34948697,34948697,34948697;OREF=AC,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=G,GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:17,59,4:80:0,79,0:79:0:0,36,0:0,43,0:0:0:6:0:17,17,2:0,42,2:0:0 chr21 34951753 . T C 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00406654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.967;QD=13.2585;RBI=0.011708;REFB=-0.00838393;REVB=-0.0109791;RO=45;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646747;STB=0.536925;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0134643;OID=.;OPOS=34951753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:14:15:26:19:14:15:26:19 chr21 35230987 . T C 237.07 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0264222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8253;QD=19.7555;RBI=0.11474;REFB=-0.0313445;REVB=0.111656;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175897;STB=0.605975;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0422176;OID=.;OPOS=35230987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:13:10:6:18:13:10:6:19 chr21 35237608 . T C 412.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0858791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.739;QD=55.064;RBI=0.0862128;REFB=0;REVB=0.00757837;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000517047;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:18:12:0:0 chr21 35239562 . A G 496.45 PASS AF=0.505263;AO=47;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00927037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.682;QD=20.9033;RBI=0.00927347;REFB=-0.0107572;REVB=0.000239663;RO=47;SAF=23;SAR=24;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057563;STB=0.526305;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0110362;OID=.;OPOS=35239562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:47:48:0.505263:24:23:26:21:24:24:26:21 chr21 35260481 . T C 157.39 PASS AF=0.275;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00967389;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5249;QD=7.86961;RBI=0.0103428;REFB=-0.00463836;REVB=0.00365916;RO=58;SAF=9;SAR=13;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15126;STB=0.590826;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0141797;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:58:58:22:22:0.275:13:9:31:27:13:9:31:27 chr21 35275955 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.53;QD=61.334;RBI=0.0325989;REFB=0;REVB=0.0317658;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224318;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr21 35281393 . A G 1399.75 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945193;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.919;QD=62.9099;RBI=0.0109965;REFB=0;REVB=0.00561991;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39873e-05;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr21 35286740 . A G 76.12 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0709311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.798;QD=13.8392;RBI=0.0753684;REFB=-0.0170033;REVB=-0.0254788;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160312;STB=0.509415;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.019085;OID=.;OPOS=35286740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:5:7:6:4:5:7 chr21 35291543 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0327247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.943;QD=17.3254;RBI=0.0338976;REFB=-0.00129646;REVB=-0.00883973;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12584;STB=0.57136;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00130141;OID=.;OPOS=35291543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:18:7:8:12:18:7 chr21 35467645 . A G 2565.66 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.033654;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.344;QD=61.0872;RBI=0.0368673;REFB=0.0955421;REVB=-0.0150534;RO=1;SAF=85;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0057686;STB=0.50303;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.000890374;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:168:1:1:167:167:0.994048:82:85:0:1:82:85:0:1 chr21 35469193 . C A 358.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.34202e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0348;QD=55.0818;RBI=0.00523963;REFB=0;REVB=0.00523953;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08256e-05;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr21 35469708 . G A,GA,GAA 682.99 PASS AF=0,1,0;AO=4,65,10;DP=92;FAO=0,90,0;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=0,44,0;FSAR=0,46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393288,0.0215535,0.0105074;FXX=0;HRUN=4,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=11.142,9.62538,8.42938;QD=30.3552;RBI=0.0769163,0.113286,0.0589055;REFB=0.0142075,-0.00202918,-0.00345506;REVB=-0.0661012,-0.111217,-0.0579607;RO=11;SAF=1,35,3;SAR=3,30,7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.408699,-0.0268183,-0.305863;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,-0.00118038,0;OID=.,.,.;OPOS=35469708,35469709,35469709;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:92:90:11:0:4,65,10:0,90,0:0,1,0:3,30,7:1,35,3:7:4:0,46,0:0,44,0:0:0 chr21 35469726 . G GT 1032.06 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399301;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.3319;QD=48.0027;RBI=0.0438853;REFB=0;REVB=-0.0182075;RO=3;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326374;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000818181;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:88:86:86:0:43:43:0:0:19:3:43:42:0:3 chr21 35469852 . C A 1267.69 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0321;QD=60.3662;RBI=0.0217594;REFB=-0.0284851;REVB=0.012933;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114108;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00210502;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:82:83:0.988095:41:41:0:1:42:41:0:1 chr21 35470042 . G T 658.53 PASS AF=1;AO=25;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.275;QD=61.2586;RBI=0.0318139;REFB=0;REVB=0.030492;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050006;OID=.;OPOS=35470042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:25:43:1:14:11:0:0:28:15:0:0 chr21 35470210 . T G 685.92 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00770989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.369;QD=58.3764;RBI=0.0104491;REFB=-0.105307;REVB=0.00705269;RO=2;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408209;STB=0.521729;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000576105;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:22:23:0:2:22:23:0:2 chr21 35470213 . C A 666.52 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0253106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8757;QD=57.9582;RBI=0.0867069;REFB=0.0178361;REVB=-0.0829304;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.522717;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00091979;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:1:2:44:44:0.956522:21:23:0:1:21:23:0:2 chr21 35471815 . T C 696.71 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0108163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.87;QD=52.5815;RBI=0.0413167;REFB=0.00992804;REVB=0.0398757;RO=2;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261509;STB=0.513883;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.000126295;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:35:16:0:2:35:16:0:2 chr21 35474410 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.401;QD=57.1059;RBI=0.0332889;REFB=0;REVB=0.00530179;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50001e-05;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:35:19:0:0:36:19:0:0 chr21 35773137 . C T 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.237;QD=59.8547;RBI=0.0386514;REFB=0;REVB=0.0371022;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245352;OID=.;OPOS=35773137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr21 35821821 . T C,G 707.12 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=42,4;DP=46;FAO=42,4;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=11,4;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119636,0.0117202;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.135,82.5329;QD=61.4891;RBI=0.0470976,0.0172148;REFB=0,0;REVB=0.0455528,-0.012609;RO=0;SAF=11,4;SAR=31,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.72514e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0037888,-0.00900762;OID=.,.;OPOS=35821821,35821821;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:46:46:0:0:42,4:42,4:0.913043,0.0869565:31,0:11,4:0:0:31,0:11,4:0:0 chr21 35893737 . T C 314.42 PASS AF=0.443038;AO=33;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0284474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5722;QD=15.92;RBI=0.0419099;REFB=-0.0163269;REVB=0.0307764;RO=43;SAF=14;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15695;STB=0.577573;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0314058;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:43:44:33:35:0.443038:19:14:25:18:20:15:25:19 chr21 36042203 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00117642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5983;QD=47.8222;RBI=0.0134232;REFB=0;REVB=0.0133715;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470522;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr21 37429679 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.521;QD=49.5992;RBI=0.0382639;REFB=0;REVB=-0.0101786;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545493;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr21 37443480 . T G 179.71 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0410473;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.318;QD=15.6265;RBI=0.042249;REFB=-0.0134375;REVB=0.010005;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617053;STB=0.522365;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0192616;OID=.;OPOS=37443480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:18:19:0.413043:11:7:9:18:12:7:9:18 chr21 37507745 . C T 425.41 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.00288131;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.424;QD=15.193;RBI=0.0325799;REFB=0.00912984;REVB=0.0324522;RO=64;SAF=22;SAR=26;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121465;STB=0.56812;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.0137859;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:64:64:48:48:0.428571:26:22:37:27:26:22:37:27 chr21 37518706 . G A 277.35 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0204998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.98;QD=18.4898;RBI=0.0321341;REFB=-0.0182165;REVB=0.0247459;RO=29;SAF=8;SAR=22;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301396;STB=0.677601;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.018723;OID=.;OPOS=37518706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:22:8:17:12:22:8:18:12 chr21 37617630 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.292;QD=55.6559;RBI=0.00653276;REFB=0;REVB=0.00110662;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66207e-05;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr21 37617724 . C A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0269765;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.14;QD=20.3168;RBI=0.0335794;REFB=-0.00898886;REVB=0.0199961;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210311;STB=0.618785;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00778476;OID=.;OPOS=37617724;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:11:7:12:7:11:7 chr21 37661405 . G A 418.34 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0077921;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.461;QD=28.3618;RBI=0.0115512;REFB=-0.00458528;REVB=-0.00852728;RO=20;SAF=19;SAR=20;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11714;STB=0.563668;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00189225;OID=.;OPOS=37661405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:20:39:39:0.661017:20:19:6:14:20:19:6:14 chr21 38081562 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00392027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.488;QD=44.6894;RBI=0.0167463;REFB=0;REVB=0.016281;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204479;OID=.;OPOS=38081562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr21 38081577 . C G 258.81 PASS AF=1;AO=12;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.443;QD=51.7621;RBI=0.14023;REFB=0;REVB=0.100128;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669174;OID=.;OPOS=38081577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:12:20:1:9:3:0:0:16:4:0:0 chr21 38117308 . C A 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00651504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.193;QD=11.7419;RBI=0.00992666;REFB=-0.00648976;REVB=-0.00748951;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158788;STB=0.592502;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00815272;OID=.;OPOS=38117308;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:14:7:17:19:14:7:17:19 chr21 38118089 . G C 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0154299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.555;QD=15.9138;RBI=0.0166277;REFB=-0.0154772;REVB=-0.0061966;RO=37;SAF=9;SAR=21;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296394;STB=0.667578;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0175475;OID=.;OPOS=38118089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:21:9:22:15:21:9:22:15 chr21 38311188 . GCCA GCA,GCAC 636.91 PASS AF=0.484472,0;AO=61,7;DP=162;FAO=78,0;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=45,0;FSAR=33,0;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=0.0550841,-0.0784935;FXX=0.00617246;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=23.4093,22.4968;QD=15.8239;RBI=0.0595078,0.0863567;REFB=0.0067166,-0.0331172;REVB=-0.022515,-0.0360034;RO=69;SAF=35,3;SAR=26,4;SRF=36;SRR=33;SSEN=0.218415,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0504103,-0.104936;STB=0.50711,0.5;STBP=0.862,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00362988,0.0587316;OID=.,.;OPOS=38311189,38311190;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCA,GCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484472,0:61,7:162:78,0:161:83:45,0:33,0:49:34:99:69:35,3:26,4:36:33 chr21 38444863 . C T 1194.66 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0412564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.387;QD=59.7331;RBI=0.0452083;REFB=-0.156029;REVB=0.0184852;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00105145;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:42:37:0:0:42:37:1:0 chr21 38444881 . G A 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.019004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.513;QD=16.0925;RBI=0.0233492;REFB=-0.00687289;REVB=-0.0135659;RO=38;SAF=23;SAR=8;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459385;STB=0.758079;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00541313;OID=.;OPOS=38444881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:8:23:10:28:8:23:10:28 chr21 38495270 . A AT 632.93 PASS AF=1;AO=61;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13605;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.5186;QD=35.163;RBI=0.146241;REFB=0;REVB=0.0536369;RO=4;SAF=33;SAR=28;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538511;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000605828;OID=.;OPOS=38495271;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:73:72:72:0:44:28:0:0:12:4:33:28:4:0 chr21 38512956 . A G 1052.46 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.295;QD=59.2933;RBI=0.0147108;REFB=0;REVB=-0.0077176;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301792;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:42:28:0:0:42:29:0:0 chr21 38525356 . T A,C 2078.45 PASS AF=0.0503597,0.935252;AO=7,130;DP=140;FAO=7,130;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=3,50;FSAR=4,80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0266866,0.0339366;FXX=0.00714235;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.426,101.475;QD=59.8116;RBI=0.0268388,0.0350916;REFB=-0.131331,-0.144499;REVB=-0.00285441,0.00892913;RO=2;SAF=3,50;SAR=4,80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0278747,-0.00350606;STB=0.516083,0.501845;STBP=0.902,0.77;TYPE=snp,snp;VARB=0.182915,0.00127845;OID=.,.;OPOS=38525356,38525356;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:140:139:2:2:7,130:7,130:0.0503597,0.935252:4,80:3,50:1:1:4,80:3,50:1:1 chr21 38532058 . TGG TG,TGA 1348.78 PASS AF=1,0;AO=89,4;DP=96;FAO=94,0;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=54,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546727,0.0344964;FXX=0.0208312;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.0182,5.06489;QD=57.3949;RBI=0.0547862,0.0426283;REFB=0,0;REVB=0.00352493,-0.0250432;RO=0;SAF=39,0;SAR=50,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0008347,0;OID=.,.;OPOS=38532059,38532060;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TG,TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:89,4:96:94,0:94:0:40,0:54,0:0:0:8:0:39,0:50,4:0:0 chr21 38532068 . G GA 854.9 PASS AF=1;AO=78;DP=94;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.203311;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.833;QD=40.2305;RBI=0.222819;REFB=0;REVB=0.0911762;RO=13;SAF=32;SAR=46;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00458045;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:94:85:85:0:36:49:0:0:17:13:32:46:8:5 chr21 38539844 . G A 197.15 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0219127;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.188;QD=22.5314;RBI=0.022912;REFB=-0.00826855;REVB=-0.00669256;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223916;STB=0.652671;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00788707;OID=.;OPOS=38539844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:14:16:18:19:0.542857:9:9:3:11:9:10:3:13 chr21 38563725 . G A 468.58 PASS AF=0.489583;AO=46;DP=95;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0313388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8957;QD=19.5243;RBI=0.0385288;REFB=0.0185747;REVB=-0.022413;RO=49;SAF=18;SAR=28;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234848;STB=0.519695;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0176695;OID=.;OPOS=38563725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:49:46:47:0.489583:28:18:18:31:28:19:18:31 chr21 38568009 . G C 1513.36 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.106;QD=59.9351;RBI=0.0213069;REFB=0;REVB=0.018362;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105372;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:57:44:0:0:57:44:0:0 chr21 38568308 . C T 262.85 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0354;QD=47.79;RBI=0.012644;REFB=0.0510957;REVB=-0.00378595;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.515137;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00289564;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:16:5:0:0:16:5:0:1 chr21 38587916 . A G 199.26 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00178663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8811;QD=13.5094;RBI=0.00902058;REFB=-0.000914022;REVB=0.00884188;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427501;STB=0.524475;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00205366;OID=.;OPOS=38587916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:10:14:19:16:10:14:19:16 chr21 38885442 . A G 304.05 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0321779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.187;QD=14.8319;RBI=0.0512948;REFB=-0.0145989;REVB=-0.0399468;RO=48;SAF=15;SAR=19;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250851;STB=0.641271;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0216281;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:19:15:33:15:19:15:33:15 chr21 38887206 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00609875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.328;QD=17.3782;RBI=0.0163702;REFB=-0.0134459;REVB=-0.0151917;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0125158;OID=.;OPOS=38887206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:4:6:6:5:4:6 chr21 38997701 . G A 683.24 PASS AF=0.49635;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0191014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.087;QD=19.9487;RBI=0.0218107;REFB=0.00141856;REVB=-0.0105283;RO=68;SAF=31;SAR=37;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667489;STB=0.540482;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00137203;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:69:68:68:0.49635:37:31:36:32:37:31:37:32 chr21 39086965 . T C 204.15 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00231439;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.392;QD=21.4896;RBI=0.0211392;REFB=-0.018295;REVB=-0.0210122;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122433;STB=0.57887;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0185301;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:19:20:0.526316:10:9:6:12:10:10:6:12 chr21 39213020 . G A 171.23 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00914499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7863;QD=12.4531;RBI=0.0108221;REFB=-0.0176181;REVB=0.00578677;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454545;STB=0.526291;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0294275;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:12:9:16:18:12:9:16:18 chr21 39325234 . C T 284.63 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00484778;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.884;QD=10.9474;RBI=0.0167935;REFB=0.000959563;REVB=-0.0160786;RO=68;SAF=19;SAR=17;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315114;STB=0.518172;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.0019237;OID=.;OPOS=39325234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:68:36:36:0.346154:17:19:34:34:17:19:34:34 chr21 39528455 . A T 198.33 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0187293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.633;QD=13.222;RBI=0.0195521;REFB=-0.0100762;REVB=0.00561235;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290639;STB=0.516653;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0154939;OID=.;OPOS=39528455;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:12:12:17:19:12:12:17:19 chr21 39671447 . C T 433.4 PASS AF=0.387597;AO=50;DP=131;FAO=50;FDP=129;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0208609;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.648;QD=13.4389;RBI=0.0238938;REFB=-0.0089127;REVB=-0.0116507;RO=81;SAF=25;SAR=25;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470792;STB=0.53487;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0111748;OID=.;OPOS=39671447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:81:79:50:50:0.387597:25:25:37:44:25:25:35:44 chr21 39671476 . G A 653.09 PASS AF=0.577982;AO=63;DP=109;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.000943091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.377;QD=23.9664;RBI=0.016793;REFB=-0.024907;REVB=0.0167665;RO=46;SAF=33;SAR=30;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152568;STB=0.508323;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0148139;OID=.;OPOS=39671476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:46:46:63:63:0.577982:30:33:25:21:30:33:25:21 chr21 39672624 . C G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.653;QD=59.1428;RBI=0.0168197;REFB=0;REVB=0.0131484;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20724e-05;OID=.;OPOS=39672624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr21 39673219 . G A 622.36 PASS AF=0.534483;AO=60;DP=113;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0229053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.314;QD=21.4607;RBI=0.0292199;REFB=-0.00574491;REVB=0.0181425;RO=53;SAF=22;SAR=38;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15791;STB=0.587855;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00710461;OID=.;OPOS=39673219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:53:54:60:62:0.534483:38:22:29:24:39:23:30:24 chr21 39673299 . C T 340.48 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0134805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.701;QD=18.1591;RBI=0.0352949;REFB=-0.0235603;REVB=-0.0326191;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308901;STB=0.517232;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0255219;OID=.;OPOS=39673299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:21:15:15:24:21:15:15:24 chr21 39870310 . G A 519.94 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.09;QD=59.4215;RBI=0.016372;REFB=0;REVB=-0.0119618;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23339e-06;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr21 40195277 . T A 3931.17 PASS AF=1;AO=254;DP=255;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.15;QD=61.6653;RBI=0.0452888;REFB=-0.0778062;REVB=0.0179479;RO=0;SAF=81;SAR=173;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010048;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:255:255:0:0:254:255:1:173:81:0:0:173:82:0:0 chr21 40552307 . A G 564.61 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.00369657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.951;QD=19.811;RBI=0.0129067;REFB=-0.0211304;REVB=0.012366;RO=55;SAF=19;SAR=39;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305567;STB=0.672354;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0142054;OID=.;OPOS=40552307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:55:56:58:58:0.508772:39:19:37:18:39:19:38:18 chr21 40571246 . A G 555.11 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0049788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.751;QD=18.5038;RBI=0.022677;REFB=-0.00983149;REVB=0.0221237;RO=62;SAF=18;SAR=40;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128476;STB=0.571403;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0100585;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:62:58:58:0.483333:40:18:27:35:40:18:27:35 chr21 40574305 . A G 411.64 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0200725;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.594;QD=18.2953;RBI=0.0296309;REFB=-0.0246556;REVB=0.0217965;RO=47;SAF=24;SAR=18;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175716;STB=0.504852;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0382963;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:47:48:42:42:0.466667:18:24:26:21:18:24:27:21 chr21 40584598 . C T 234.38 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00744575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7444;QD=13.0213;RBI=0.0134238;REFB=-0.017976;REVB=-0.0111696;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000883841;STB=0.507962;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0283084;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:43:44:28:28:0.388889:13:15:23:20:13:15:23:21 chr21 40670460 . G C 592.64 PASS AF=0.488;AO=60;DP=124;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00232097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.619;QD=18.9644;RBI=0.0121274;REFB=0.00196728;REVB=-0.0119033;RO=64;SAF=30;SAR=30;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582766;STB=0.536152;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00246742;OID=.;OPOS=40670460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:64:64:60:61:0.488:30:30:28:36:30:31:28:36 chr21 40686020 . C T 383.28 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0132724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.644;QD=14.601;RBI=0.0176171;REFB=-0.0133643;REVB=0.0115847;RO=60;SAF=27;SAR=17;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050052;STB=0.524142;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0184259;OID=.;OPOS=40686020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:61:44:44:0.419048:17:27:34:26:17:27:35:26 chr21 40686078 . G C 518.4 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0279929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.968;QD=18.0312;RBI=0.0279944;REFB=-0.0194454;REVB=0.000287202;RO=60;SAF=31;SAR=24;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288336;STB=0.515999;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0178185;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:60:55:55:0.478261:24:31:32:28:24:31:32:28 chr21 40686212 . C G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.000623156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.742;QD=14.6974;RBI=0.0154281;REFB=-0.0122544;REVB=-0.0154156;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300506;STB=0.517225;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0196463;OID=.;OPOS=40686212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:12:9:12:18:12:9:12:18 chr21 40686327 . T C 327.41 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0272929;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.201;QD=19.8432;RBI=0.0300339;REFB=-0.0265736;REVB=0.0125352;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333149;STB=0.502761;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0255558;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:33:34:0.515152:19:14:12:19:20:14:13:19 chr21 40823981 . G A 1659.75 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.377;QD=60.3545;RBI=0.0445307;REFB=0;REVB=0.0439374;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47865e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:58:50:0:0:60:50:0:0 chr21 40871810 . T C 380.34 PASS AF=0.47619;AO=33;DP=86;FAO=40;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0126823;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3687;QD=18.1112;RBI=0.0551853;REFB=-0.0443338;REVB=0.0537082;RO=44;SAF=19;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12275;STB=0.510747;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0462248;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:44:44:33:40:0.47619:14:19:20:24:21:19:20:24 chr21 40883671 . G GAGA 281.85 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0123991;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=3;MLLD=236.54;QD=16.8268;RBI=0.0293865;REFB=-0.0441976;REVB=-0.0266426;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00696865;STB=0.506264;STBP=0.953;TYPE=ins;VARB=0.0497624;OID=.;OPOS=40883672;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462687:30:68:31:67:36:16:15:19:17:99:38:16:14:20:18 chr21 40969826 . G C 1492.2 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.106;QD=63.4977;RBI=0.0379192;REFB=0;REVB=0.0208034;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6301e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:54:39:0:0:55:39:0:0 chr21 41032740 . T C 130.03 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0107801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.012;QD=8.66863;RBI=0.011627;REFB=-0.0164831;REVB=-0.0043561;RO=42;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092896;STB=0.555494;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0226463;OID=.;OPOS=41032740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:8:10:20:22:8:10:20:22 chr21 41032804 . G A 479.25 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0105808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2666;QD=19.9687;RBI=0.0493308;REFB=-0.0164857;REVB=0.0481828;RO=46;SAF=21;SAR=26;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671637;STB=0.542852;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0100131;OID=.;OPOS=41032804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:46:49:47:47:0.489583:26:21:24:22:26:21:26:23 chr21 41034215 . G A 330.85 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00572973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.122;QD=25.45;RBI=0.00581649;REFB=-0.0189596;REVB=-0.00100092;RO=20;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187736;STB=0.510303;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0119348;OID=.;OPOS=41034215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:12:20:13:7:12:20:13:7 chr21 41137499 . A G 254.42 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0130165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.24;QD=13.0474;RBI=0.0130368;REFB=-0.00741891;REVB=-0.000728088;RO=48;SAF=18;SAR=12;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046706;STB=0.502672;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.011068;OID=.;OPOS=41137499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:12:18:29:19:12:18:29:19 chr21 41137507 . G C 1138.94 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0208717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2263;QD=59.1655;RBI=0.0375457;REFB=-0.00691642;REVB=-0.0312097;RO=1;SAF=48;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975781;STB=0.505153;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000222069;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:28:48:1:0:28:48:1:0 chr21 41165462 . C A 362.57 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00175865;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.906;QD=20.4265;RBI=0.0225337;REFB=-0.0225332;REVB=-0.0224649;RO=35;SAF=20;SAR=17;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245602;STB=0.63009;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0186466;OID=.;OPOS=41165462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:34:37:37:0.521127:17:20:9:26:17:20:9:25 chr21 41297992 . C T 495.3 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0896264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.322;QD=16.3736;RBI=0.0908016;REFB=0.00127012;REVB=0.0145617;RO=65;SAF=28;SAR=26;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557719;STB=0.539105;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00103982;OID=.;OPOS=41297992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:67:54:54:0.446281:26:28:30:35:26:28:30:37 chr21 41416066 . C T 1357.11 PASS AF=0.967391;AO=88;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00526324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.185;QD=59.005;RBI=0.0144502;REFB=-0.0971447;REVB=-0.0134576;RO=3;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334137;STB=0.517237;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000444487;OID=.;OPOS=41416066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:3:3:88:89:0.967391:41:47:0:3:42:47:0:3 chr21 41434841 . T C 1387.38 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00662682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9761;QD=60.321;RBI=0.0216926;REFB=-0.123606;REVB=0.0206556;RO=2;SAF=32;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286959;STB=0.514703;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.010249;OID=.;OPOS=41434841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:92:2:2:89:90:0.978261:57:32:2:0:57:33:2:0 chr21 41447058 . G C 2010.87 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0487447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2648;QD=61.4007;RBI=0.0496381;REFB=-0.00506926;REVB=0.00937522;RO=1;SAF=58;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812329;STB=0.504273;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-7.48072e-06;OID=.;OPOS=41447058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:129:130:0.992366:71:58:1:0:72:58:1:0 chr21 41725630 . G C 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00796871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.929;QD=19.0005;RBI=0.00887509;REFB=-0.0183755;REVB=0.00390729;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160346;STB=0.591288;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.018824;OID=.;OPOS=41725630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:9:8:11:6:9:8 chr21 41885146 . C A 146.16 PASS AF=0.842105;AO=9;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=3;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.189583;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.6369;QD=30.7714;RBI=0.202952;REFB=0.0327432;REVB=0.0724421;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162954;STB=0.636181;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.010838;OID=.;OPOS=41885146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:19:19:4:3:9:16:0.842105:4:5:1:3:4:12:0:3 chr21 42556885 . A G 315.58 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0465271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.8;QD=17.5323;RBI=0.0481222;REFB=1.31713e-05;REVB=0.0122871;RO=38;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178026;STB=0.599457;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000604308;OID=.;OPOS=42556885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:15:19:14:24:15:19:14:24 chr21 42622786 . C T 373.3 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0226946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.307;QD=19.6472;RBI=0.0242317;REFB=-0.0187568;REVB=-0.00849275;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828552;STB=0.551091;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0161218;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:38:39:0.513158:17:21:17:20:17:22:17:20 chr21 42717662 . T C 873.47 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276788;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.965;QD=58.2316;RBI=0.0432181;REFB=0;REVB=0.0331917;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190194;OID=.;OPOS=42717662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr21 42775555 . A G 197.77 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00278151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4271;QD=43.9492;RBI=0.0100323;REFB=-0.0252717;REVB=0.00963902;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.526285;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0180129;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:18:1:1:16:17:0.944444:8:8:0:1:9:8:0:1 chr21 42817930 . G A 261.68 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00305777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.503;QD=17.1596;RBI=0.0112176;REFB=-0.0121507;REVB=-0.0107928;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100094;STB=0.556032;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0089591;OID=.;OPOS=42817930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:13:16:21:11:13:16:21:11 chr21 42824661 . A G 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0577267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4278;QD=16.279;RBI=0.0726695;REFB=-0.0054378;REVB=0.0441416;RO=32;SAF=18;SAR=10;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412268;STB=0.734948;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00571576;OID=.;OPOS=42824661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:10:18:6:26:10:18:6:27 chr21 42848560 . CAG C 122.14 PASS AF=0.608696;AO=12;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.000641953;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=312.326;QD=21.2422;RBI=0.00974021;REFB=-0.0168464;REVB=-0.00971903;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469487;STB=0.770304;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.00456281;OID=.;OPOS=42848561;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.608696:12:23:14:23:9:11:3:1:8:66:9:9:3:1:8 chr21 42911231 . C T 290.1 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0166755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2808;QD=16.5774;RBI=0.0198198;REFB=-0.0071116;REVB=0.0107123;RO=36;SAF=10;SAR=22;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287625;STB=0.67498;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00793571;OID=.;OPOS=42911231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:38:32:32:0.457143:22:10:22:14:22:10:24:14 chr21 43161022 . C T 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.338;QD=57.7104;RBI=0.0845193;REFB=0;REVB=0.0463181;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427106;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr21 43161357 . T C 655.34 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354416;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9641;QD=62.4128;RBI=0.0367118;REFB=0;REVB=0.00957355;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030543;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:29:13:0:0 chr21 43161805 . G A 1031.42 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948125;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.503;QD=58.9382;RBI=0.0411494;REFB=0;REVB=0.0400422;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124364;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:68:70:1:35:33:0:0:37:33:0:0 chr21 43161877 . C T 1120.76 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0899111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.54;QD=58.9871;RBI=0.0900918;REFB=-0.166788;REVB=0.00570309;RO=1;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010633;STB=0.505616;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00101276;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:44:31:0:1:44:31:0:1 chr21 43162150 . G A 2205.4 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=143;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000980151;FXX=0.0342442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.08;QD=62.5644;RBI=0.0287293;REFB=-0.0839707;REVB=0.0287125;RO=1;SAF=77;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613501;STB=0.503184;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000236701;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:141:1:1:139:140:0.992908:62:77:1:0:62:78:1:0 chr21 43164232 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.16;QD=53.2758;RBI=0.0960921;REFB=0;REVB=0.0721067;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011377;OID=.;OPOS=43164232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr21 43218520 . G A 484.29 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00420667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.193;QD=23.6241;RBI=0.0113201;REFB=-0.00646861;REVB=0.0105094;RO=36;SAF=22;SAR=24;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173925;STB=0.50955;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00492472;OID=.;OPOS=43218520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:24:22:18:18:24:22:18:18 chr21 43218807 . C T 247.01 PASS AF=0.454545;AO=27;DP=63;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0260635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9434;QD=14.9703;RBI=0.0382109;REFB=0.000796275;REVB=0.0279423;RO=32;SAF=16;SAR=11;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129591;STB=0.558244;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00266674;OID=.;OPOS=43218807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:32:36:27:30:0.454545:11:16:23:9:14:16:23:13 chr21 43219728 . A T 449.06 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.000668926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.373;QD=21.3837;RBI=0.0169658;REFB=0.00496453;REVB=-0.0169526;RO=40;SAF=13;SAR=31;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27493;STB=0.652374;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00267104;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:31:13:24:16:31:13:24:16 chr21 43220380 . C A 154.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00357603;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.861;QD=8.95676;RBI=0.00868319;REFB=0.00268692;REVB=-0.00791264;RO=44;SAF=17;SAR=4;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378222;STB=0.743497;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00473488;OID=.;OPOS=43220380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:44:48:21:21:0.304348:4:17:23:21:4:17:24:24 chr21 43221483 . A G 520.48 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000149175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.144;QD=59.4832;RBI=0.00836598;REFB=0;REVB=0.00836465;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81491e-05;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:22:13:0:0 chr21 43221826 . T C 271.35 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0745859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8843;QD=23.5955;RBI=0.0836328;REFB=-0.0155629;REVB=-0.0378338;RO=20;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232795;STB=0.639888;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0143534;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:16:9:13:7:16:9:14:7 chr21 43239972 . A G 548.75 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543529;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.556;QD=59.3238;RBI=0.0577625;REFB=0;REVB=0.0195518;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008926;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:13:24:0:0 chr21 43243585 . A G 1007.58 PASS AF=0.45815;AO=104;DP=236;FAO=104;FDP=227;FR=.;FRO=123;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=70;FWDB=0.0132996;FXX=0.0462165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9346;QD=17.7547;RBI=0.0463393;REFB=-0.00490397;REVB=-0.0443898;RO=115;SAF=52;SAR=52;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786694;STB=0.537438;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00474889;OID=.;OPOS=43243585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:227:115:123:104:104:0.45815:52:52:48:67:52:52:53:70 chr21 43256252 . C T 413.71 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=-0.00224046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.473;QD=15.0438;RBI=0.0136174;REFB=-0.0154234;REVB=-0.0134318;RO=63;SAF=24;SAR=23;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229667;STB=0.628124;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0187888;OID=.;OPOS=43256252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:63:47:47:0.427273:23:24:18:45:23:24:18:45 chr21 43267260 . C T 304.46 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0167487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.154;QD=17.3974;RBI=0.0233692;REFB=-0.00907152;REVB=0.0162972;RO=37;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116347;STB=0.556488;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00876014;OID=.;OPOS=43267260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:37:32:33:0.471429:16:16:23:14:16:17:23:14 chr21 43315057 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.858;QD=40.7629;RBI=0.0918422;REFB=0;REVB=0.0266308;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219658;OID=.;OPOS=43315057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr21 43327117 . C T 257.15 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0127997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.886;QD=14.0902;RBI=0.014837;REFB=-0.0128338;REVB=-0.00750375;RO=43;SAF=9;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277001;STB=0.658011;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0166398;OID=.;OPOS=43327117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:21:9:24:19:21:9:24:19 chr21 43327793 . C T 437.1 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0126451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.848;QD=18.8;RBI=0.0127023;REFB=-0.0341628;REVB=0.00120497;RO=47;SAF=20;SAR=24;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473485;STB=0.513828;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0349178;OID=.;OPOS=43327793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:49:44:44:0.473118:24:20:19:28:24:20:21:28 chr21 43327856 . A G 400.0 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00231546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.1696;QD=18.6048;RBI=0.0236282;REFB=0.00859296;REVB=-0.0235145;RO=44;SAF=15;SAR=26;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128911;STB=0.566849;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00594416;OID=.;OPOS=43327856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:45:41:41:0.476744:26:15:22:22:26:15:22:23 chr21 43408317 . T TAAAGA 372.24 PASS AF=1;AO=22;DP=36;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139761;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=5;MLLD=240.105;QD=55.146;RBI=0.0195731;REFB=0;REVB=-0.0137031;RO=9;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24959;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000215098;OID=.;OPOS=43408318;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:36:27:27:0:11:16:0:0:4:9:9:13:8:1 chr21 43410485 . A G 504.06 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0461421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1647;QD=25.2029;RBI=0.0467935;REFB=-0.0241052;REVB=0.00778075;RO=32;SAF=18;SAR=29;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895044;STB=0.543531;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.023677;OID=.;OPOS=43410485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:33:47:47:0.5875:29:18:16:16:29:18:16:17 chr21 43413731 . C T 1566.15 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.156;QD=63.9244;RBI=0.0164051;REFB=0;REVB=0.0094389;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2997e-05;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:59:39:0:0:59:39:0:0 chr21 43504228 . T C 1193.79 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158386;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.412;QD=61.2202;RBI=0.0279621;REFB=0;REVB=0.0230438;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74169e-05;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:34:43:0:0:35:43:0:0 chr21 43505436 . G A 1952.07 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.402;QD=61.9706;RBI=0.0151025;REFB=0;REVB=0.00955793;RO=0;SAF=61;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34949e-05;OID=.;OPOS=43505436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:124:126:1:63:61:0:0:63:63:0:0 chr21 43531008 . T C 1470.96 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347228;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.961;QD=63.2673;RBI=0.0426827;REFB=0;REVB=0.0248221;RO=0;SAF=59;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733594;OID=.;OPOS=43531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:91:93:1:32:59:0:0:33:60:0:0 chr21 43531553 . A C 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.000290445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.371;QD=15.7383;RBI=0.00291139;REFB=-0.0257742;REVB=0.00289687;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148111;STB=0.583278;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.020725;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:15:14:12:24:15:14:12:24 chr21 43531632 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.508;QD=57.2368;RBI=0.0287097;REFB=0;REVB=-0.0231018;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126157;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr21 43531808 . A C 135.98 PASS AF=0.7;AO=13;DP=19;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0212981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2798;QD=27.1961;RBI=0.0298427;REFB=-0.00323952;REVB=-0.020904;RO=5;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030782;STB=0.521708;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00231686;OID=.;OPOS=43531808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:5:6:13:14:0.7:7:6:2:3:8:6:3:3 chr21 43547165 . G A 326.57 PASS AF=0.418605;AO=34;DP=84;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00639349;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.17;QD=15.1892;RBI=0.00882564;REFB=-0.00542064;REVB=0.00608401;RO=50;SAF=24;SAR=10;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250265;STB=0.594774;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00413968;OID=.;OPOS=43547165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:50:50:34:36:0.418605:10:24:24:26:13:23:24:26 chr21 43547788 . T C 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0165018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.604;QD=16.0286;RBI=0.0241792;REFB=-0.0250465;REVB=0.0176727;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980391;STB=0.555511;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0170434;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:10:15:15:15:10:15:15:15 chr21 43547873 . G A 655.81 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.00835536;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.557;QD=19.2885;RBI=0.0119122;REFB=0.00406534;REVB=0.00849043;RO=72;SAF=43;SAR=23;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261597;STB=0.637997;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0052556;OID=.;OPOS=43547873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:72:70:66:66:0.485294:23:43:27:45:23:43:27:43 chr21 43557559 . T A 316.56 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.0215203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.772;QD=12.4141;RBI=0.0451507;REFB=-0.00449902;REVB=0.0396921;RO=63;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635466;STB=0.540172;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00815217;OID=.;OPOS=43557559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:64:38:38:0.372549:22:16:23:40:22:16:23:41 chr21 43641347 . G A 474.6 PASS AF=0.372549;AO=57;DP=153;FAO=57;FDP=153;FR=.;FRO=96;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=-0.0315195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.43;QD=12.4079;RBI=0.0319901;REFB=0.00169608;REVB=0.00546674;RO=96;SAF=25;SAR=32;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721678;STB=0.540908;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00317548;OID=.;OPOS=43641347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:96:96:57:57:0.372549:32:25:36:60:32:25:36:60 chr21 43708280 . G A 330.83 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00743478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.422;QD=15.9436;RBI=0.0108574;REFB=-0.00807121;REVB=0.00791254;RO=47;SAF=22;SAR=14;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028968;STB=0.516303;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.010962;OID=.;OPOS=43708280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:14:22:30:17:14:22:30:17 chr21 43786606 . G A 406.96 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0170971;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.851;QD=22.6088;RBI=0.0172102;REFB=-0.00620483;REVB=0.00197014;RO=29;SAF=25;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587764;STB=0.557525;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00483531;OID=.;OPOS=43786606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:32:40:40:0.555556:15:25:16:13:15:25:16:16 chr21 43824106 . A G 977.52 PASS AF=0.446809;AO=100;DP=232;FAO=105;FDP=235;FR=.;FRO=130;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=56;FSRR=74;FWDB=0.0267254;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.036;QD=16.6386;RBI=0.0278864;REFB=-0.0275382;REVB=0.00796268;RO=129;SAF=36;SAR=64;SRF=57;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873565;STB=0.523171;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0346335;OID=.;OPOS=43824106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:235:129:130:100:105:0.446809:64:36:57:72:64:41:56:74 chr21 43824123 . G C 875.65 PASS AF=0.460396;AO=94;DP=202;FAO=93;FDP=202;FR=.;FRO=109;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=-0.00316292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.251;QD=17.3397;RBI=0.00792448;REFB=-0.0214984;REVB=-0.0072659;RO=106;SAF=33;SAR=61;SRF=44;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06581;STB=0.545257;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0233637;OID=.;OPOS=43824123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:106:109:94:93:0.460396:61:33:44:62:61:32:46:63 chr21 43824136 . C T 766.89 PASS AF=0.433862;AO=82;DP=189;FAO=82;FDP=189;FR=.;FRO=107;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=0.0479159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7067;QD=16.2305;RBI=0.0855105;REFB=-0.0238391;REVB=0.0708245;RO=103;SAF=26;SAR=56;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110439;STB=0.569957;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.027173;OID=.;OPOS=43824136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:103:107:82:82:0.433862:56:26:43:60:56:26:46:61 chr21 43855067 . A C 359.16 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.062054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.871;QD=14.8106;RBI=0.0636649;REFB=-0.0127448;REVB=-0.0142312;RO=57;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099297;STB=0.560356;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0225931;OID=.;OPOS=43855067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:58:39:39:0.402062:21:18:21:36:21:18:21:37 chr21 43863521 . A G 293.57 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0772688;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6344;QD=19.9033;RBI=0.0783711;REFB=-0.0383919;REVB=-0.0130982;RO=29;SAF=9;SAR=21;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112855;STB=0.537125;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.057756;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:28:30:31:0.525424:21:9:12:17:21:10:11:17 chr21 43985955 . G A 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00180016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.76;QD=64.4111;RBI=0.00196244;REFB=0;REVB=-0.000781391;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64099e-06;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr21 44000435 . TC AG 245.02 PASS AF=0.5;AO=24;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0100997;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=2;MLLD=133.402;QD=18.1495;RBI=0.0267627;REFB=-0.0251721;REVB=0.0247839;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155862;STB=0.519636;STBP=0.763;TYPE=mnp;VARB=0.0187555;OID=.;OPOS=44000435;OREF=TC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:27:24:27:0.5:14:10:10:15:17:10:11:16 chr21 44180443 . C T 545.65 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0328068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.5;QD=21.1901;RBI=0.0330422;REFB=-0.0099099;REVB=0.00393719;RO=48;SAF=25;SAR=30;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209906;STB=0.511541;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0118211;OID=.;OPOS=44180443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:48:55:55:0.533981:30:25:23:25:30:25:23:25 chr21 44293744 . C G 234.66 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0108224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6444;QD=19.971;RBI=0.0385986;REFB=0.00469778;REVB=-0.0370504;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094985;STB=0.553459;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00618834;OID=.;OPOS=44293744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:14:10:12:11:14:10 chr21 44323461 . G A 317.43 PASS AF=0.492958;AO=31;DP=67;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00135779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.739;QD=17.8835;RBI=0.00760953;REFB=0.00225376;REVB=-0.00748742;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077972;STB=0.507242;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00192885;OID=.;OPOS=44323461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:36:36:31:35:0.492958:13:18:18:18:17:18:18:18 chr21 44323590 . T G 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0125327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1438;QD=16.0424;RBI=0.0357514;REFB=0.00325095;REVB=-0.0334827;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208611;STB=0.501198;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00849792;OID=.;OPOS=44323590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:11:15:11:8:11:15 chr21 44324365 . G A 450.35 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.062286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.1509;QD=21.7035;RBI=0.0660607;REFB=-0.0245965;REVB=0.0220104;RO=39;SAF=27;SAR=17;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482367;STB=0.526581;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0189349;OID=.;OPOS=44324365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:17:27:26:13:17:27:26:13 chr21 44327015 . G A 283.96 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.090054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.084;QD=21.8429;RBI=0.0901163;REFB=-0.00353131;REVB=0.00334933;RO=23;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310483;STB=0.525589;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00310806;OID=.;OPOS=44327015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:23:28:29:0.557692:16:12:9:14:16:13:9:14 chr21 44371114 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.43;QD=45.8068;RBI=0.0404155;REFB=0;REVB=-0.00625271;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080455;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr21 44424478 . A G 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00124576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.926;QD=10.7151;RBI=0.0166147;REFB=-0.00143361;REVB=-0.016568;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256878;STB=0.653248;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00329704;OID=.;OPOS=44424478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:9:5:17:12:9:5:17:12 chr21 44430325 . T C 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0305742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.862;QD=45.1054;RBI=0.0313576;REFB=-0.0631955;REVB=0.00696552;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519978;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000580842;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:12:6:0:0:12:6:0:1 chr21 44437142 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0041;QD=61.3359;RBI=0.0429897;REFB=0;REVB=0.0392633;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657372;OID=.;OPOS=44437142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr21 44450404 . C T 116.33 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.00696506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.548;QD=11.9317;RBI=0.00924725;REFB=-0.0793533;REVB=0.00608273;RO=25;SAF=11;SAR=2;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.654996;STB=0.840104;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0189521;OID=.;OPOS=44450404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:25:13:14:0.358974:2:11:5:20:3:11:5:20 chr21 44480616 . G A 560.24 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.439;QD=58.9731;RBI=0.0800903;REFB=0;REVB=0.0327912;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136615;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:34:38:1:22:12:0:0:23:15:0:0 chr21 44589215 . C T 266.3 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00490313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.838;QD=11.2124;RBI=0.00707927;REFB=-0.0138831;REVB=0.00510641;RO=63;SAF=13;SAR=19;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631018;STB=0.536628;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0306044;OID=.;OPOS=44589215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:63:32:32:0.336842:19:13:29:34:19:13:29:34 chr21 44592483 . T G 260.17 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.00556742;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.581;QD=16.7848;RBI=0.0141269;REFB=-0.00546082;REVB=-0.0129836;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157469;STB=0.579453;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00533588;OID=.;OPOS=44592483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:28:29:0.467742:16:12:9:24:17:12:9:24 chr21 44748660 . G A 643.23 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.00312796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6425;QD=21.0895;RBI=0.00758819;REFB=-0.0392699;REVB=-0.00691351;RO=58;SAF=36;SAR=28;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980884;STB=0.553781;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0186818;OID=.;OPOS=44748660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:58:64:64:0.52459:28:36:39:19:28:36:39:19 chr21 44834453 . C T 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0114507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.985;QD=9.56905;RBI=0.0392192;REFB=-0.00699713;REVB=-0.0375104;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10912;STB=0.56739;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0150179;OID=.;OPOS=44834453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:5:10:6:2:5:10 chr21 44835508 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.322;QD=47.8218;RBI=0.0190092;REFB=0;REVB=-0.0113723;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44119e-05;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr21 44837551 . G A 331.45 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0524853;FXX=0.0588062;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.81;QD=41.4308;RBI=0.0772407;REFB=-0.149019;REVB=0.0566694;RO=6;SAF=21;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742082;STB=0.540409;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00486523;OID=.;OPOS=44837551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:32:32:6:6:26:26:0.8125:5:21:4:2:5:21:4:2 chr21 44837555 . G A 479.38 PASS AF=0.944444;AO=31;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0677512;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.228;QD=53.2645;RBI=0.0840104;REFB=0.035601;REVB=0.0496743;RO=2;SAF=23;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388654;STB=0.518508;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000331079;OID=.;OPOS=44837555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:31:34:0.944444:8:23:2:0:8:26:2:0 chr21 44838330 . C A 180.06 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0513188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.399;QD=23.2336;RBI=0.0517288;REFB=-0.030663;REVB=0.00649964;RO=8;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203492;STB=0.580558;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0227362;OID=.;OPOS=44838330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:8:13:17:18:0.580645:9:8:1:7:9:9:4:9 chr21 45092257 . T A 378.78 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0274646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.514;QD=16.4689;RBI=0.0293529;REFB=-0.024406;REVB=0.010358;RO=51;SAF=21;SAR=19;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240581;STB=0.50763;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0167006;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:52:40:40:0.434783:19:21:28:23:19:21:28:24 chr21 45096206 . G A 181.31 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00172168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.103;QD=16.8663;RBI=0.0495778;REFB=-0.00956409;REVB=0.0495479;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647991;STB=0.53715;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.012341;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:9:15:13:6:9:15 chr21 45107518 . A G 306.16 PASS AF=0.342105;AO=39;DP=115;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.0119025;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.792;QD=10.7424;RBI=0.0119051;REFB=-0.0115485;REVB=0.0002506;RO=75;SAF=20;SAR=19;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146399;STB=0.584045;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0185825;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:75:75:39:39:0.342105:19:20:48:27:19:20:48:27 chr21 45107562 . T C 262.91 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0147325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.017;QD=12.6702;RBI=0.0187759;REFB=-0.018504;REVB=-0.01164;RO=52;SAF=13;SAR=18;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291792;STB=0.666062;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.040422;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:18:13:36:16:18:13:36:16 chr21 45168884 . G A 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0108485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.477;QD=15.6454;RBI=0.010988;REFB=-0.0293058;REVB=0.00174517;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156875;STB=0.589661;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0349457;OID=.;OPOS=45168884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:8:14:14:15:8:14:14:15 chr21 45181189 . C G 561.34 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00979232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.26;QD=23.6355;RBI=0.0102051;REFB=0.00213715;REVB=0.00287299;RO=43;SAF=20;SAR=32;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088177;STB=0.548476;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00172162;OID=.;OPOS=45181189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:43:52:52:0.547368:32:20:21:22:32:20:21:22 chr21 45209559 . C T 737.42 PASS AF=0.569106;AO=70;DP=123;FAO=70;FDP=123;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0100887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.855;QD=23.9811;RBI=0.0458328;REFB=-0.00133823;REVB=-0.0447087;RO=52;SAF=31;SAR=39;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156956;STB=0.503886;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.000756957;OID=.;OPOS=45209559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:52:53:70:70:0.569106:39:31:22:30:39:31:23:30 chr21 45212626 . T C 303.97 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.000644991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0724;QD=14.8278;RBI=0.0870409;REFB=0.0128926;REVB=0.0870385;RO=48;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257734;STB=0.51459;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0123993;OID=.;OPOS=45212626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:19:15:20:28:19:15:20:28 chr21 45215051 . A G 493.87 PASS AF=0.419847;AO=54;DP=131;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0208437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.482;QD=15.0799;RBI=0.0283904;REFB=-0.0151169;REVB=-0.0192758;RO=74;SAF=30;SAR=24;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296263;STB=0.514192;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0176977;OID=.;OPOS=45215051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:74:76:54:55:0.419847:24:30:39:35:24:31:41:35 chr21 45217559 . T C 277.95 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0177379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.487;QD=13.7261;RBI=0.027032;REFB=-0.0287592;REVB=-0.0203985;RO=45;SAF=9;SAR=23;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232406;STB=0.612995;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0308118;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:49:32:32:0.395062:23:9:22:23:23:9:22:27 chr21 45217929 . T C 420.23 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0153585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.611;QD=16.4798;RBI=0.0176869;REFB=-0.0256983;REVB=0.00877171;RO=56;SAF=10;SAR=36;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252907;STB=0.642789;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0217279;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:36:10:24:32:36:10:24:32 chr21 45217979 . C T 460.06 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0575227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.117;QD=26.6703;RBI=0.0606864;REFB=-0.0173109;REVB=0.0193382;RO=25;SAF=19;SAR=24;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198611;STB=0.597442;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0147151;OID=.;OPOS=45217979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:26:43:43:0.623188:24:19:4:21:24:19:5:21 chr21 45219524 . T C 182.06 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00117429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5952;QD=16.9354;RBI=0.0572122;REFB=-0.0011217;REVB=0.0572001;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560016;STB=0.531986;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00179013;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:10:14:10:9:10:14 chr21 45220787 . A G 798.67 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142883;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1617;QD=56.0469;RBI=0.0143003;REFB=-0.0548606;REVB=0.000586445;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147679;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:55:57:1:27:28:0:0:29:28:0:0 chr21 45402820 . G A 614.6 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=163;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=-0.0092846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.088;QD=15.0823;RBI=0.03402;REFB=-0.0220406;REVB=0.0327285;RO=91;SAF=33;SAR=36;SRF=34;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107509;STB=0.5491;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0371886;OID=.;OPOS=45402820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:91:94:69:69:0.423313:36:33:34:57:36:33:37:57 chr21 45482950 . C T 539.25 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0116183;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.227;QD=16.0969;RBI=0.0116495;REFB=-0.0106228;REVB=0.000851287;RO=76;SAF=26;SAR=32;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416042;STB=0.523254;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0130145;OID=.;OPOS=45482950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:76:76:58:58:0.432836:32:26:31:45:32:26:31:45 chr21 45503121 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00411165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.741;QD=19.0173;RBI=0.0102984;REFB=-0.0121308;REVB=0.00944204;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282995;STB=0.516107;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0185638;OID=.;OPOS=45503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:7:7:8:7:7:7 chr21 45506819 . T C 639.24 PASS AF=0.592233;AO=61;DP=104;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00819407;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.263;QD=24.8248;RBI=0.0158256;REFB=-0.026442;REVB=-0.0135391;RO=43;SAF=26;SAR=35;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120878;STB=0.500976;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0190057;OID=.;OPOS=45506819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:43:42:61:61:0.592233:35:26:19:24:35:26:18:24 chr21 45523416 . C T 325.98 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0144256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.425;QD=29.6342;RBI=0.0150237;REFB=-0.0175136;REVB=-0.00419703;RO=16;SAF=21;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533574;STB=0.52939;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0137044;OID=.;OPOS=45523416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:7:21:11:5:7:21:11:5 chr21 45527291 . G A 154.19 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0117205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.997;QD=14.685;RBI=0.0222025;REFB=-0.0202142;REVB=0.0188569;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273807;STB=0.646886;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.030009;OID=.;OPOS=45527291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:11:6:15:9:11:6:15:10 chr21 45528919 . G A 720.48 PASS AF=0.496503;AO=71;DP=143;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.00998848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.06;QD=20.1533;RBI=0.0114641;REFB=-0.0144605;REVB=0.00562643;RO=71;SAF=38;SAR=33;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063881;STB=0.538678;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0071131;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:71:72:71:71:0.496503:33:38:33:38:33:38:33:39 chr21 45538647 . T C 243.8 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0197854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.317;QD=15.2375;RBI=0.0226412;REFB=0.00476019;REVB=0.0110073;RO=36;SAF=7;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21249;STB=0.599925;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00932954;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:27:28:0.4375:20:7:16:20:20:8:16:20 chr21 45538725 . C A 252.84 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0326069;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.197;QD=15.0946;RBI=0.0336102;REFB=-0.0163756;REVB=-0.0081509;RO=38;SAF=6;SAR=23;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209404;STB=0.619855;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0165317;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:23:6:14:24:23:6:14:24 chr21 45540919 . A G 411.77 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0106919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.846;QD=18.5067;RBI=0.0143569;REFB=-0.00968141;REVB=-0.00958154;RO=47;SAF=21;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503747;STB=0.528077;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0100792;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:21:21:26:21:21:21:26:21 chr21 45544594 . T C 1866.33 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=8.9419e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.436;QD=59.7225;RBI=0.00984426;REFB=-0.0641766;REVB=0.00984385;RO=2;SAF=76;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379031;STB=0.501995;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000953909;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:47:76:1:1:47:76:1:1 chr21 45547913 . C A 257.56 PASS AF=0.246667;AO=37;DP=150;FAO=37;FDP=150;FR=.;FRO=113;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=86;FWDB=0.0172404;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.808;QD=6.86831;RBI=0.0178074;REFB=-0.00421084;REVB=-0.00445789;RO=63;SAF=26;SAR=11;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33908;STB=0.812101;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0179508;OID=.;OPOS=45547913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:63:113:37:37:0.246667:11:26:25:38:11:26:27:86 chr21 45553596 . T C 120.96 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0243738;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7875;QD=12.4061;RBI=0.0669792;REFB=-0.029858;REVB=0.0623869;RO=26;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136213;STB=0.590105;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0589016;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:26:25:14:14:0.358974:11:3:8:18:11:3:8:17 chr21 45564766 . C G 603.86 PASS AF=0.446809;AO=62;DP=141;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.00368488;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.65;QD=17.1309;RBI=0.00975995;REFB=-0.012395;REVB=-0.00903761;RO=77;SAF=30;SAR=32;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042165;STB=0.522381;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0113064;OID=.;OPOS=45564766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:78:62:63:0.446809:32:30:34:43:33:30:34:44 chr21 45565473 . C T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.256;QD=51.5088;RBI=0.0373607;REFB=0.0152491;REVB=0.0108954;RO=1;SAF=4;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102655;STB=0.55551;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=9.05889e-05;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:22:4:1:0:22:4:1:0 chr21 45648880 . C T 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.0125762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.815;QD=15.5754;RBI=0.0358837;REFB=0.00249349;REVB=0.0336078;RO=31;SAF=8;SAR=17;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425237;STB=0.738952;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00226464;OID=.;OPOS=45648880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:17:8:24:7:17:8:24:7 chr21 45649494 . A G 637.45 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847181;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.924;QD=62.1901;RBI=0.0372553;REFB=0;REVB=0.0362792;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437947;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr21 45649640 . C T 196.53 PASS AF=0.4375;AO=17;DP=44;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0263814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5161;QD=16.3775;RBI=0.0861376;REFB=-0.0334432;REVB=0.0819983;RO=27;SAF=14;SAR=3;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183887;STB=0.586118;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0201444;OID=.;OPOS=45649640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:27:27:17:21:0.4375:3:14:19:8:4:17:19:8 chr21 45656774 . C T 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00890985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.246;QD=22.404;RBI=0.00968779;REFB=-0.0112057;REVB=-0.00380367;RO=29;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117861;STB=0.565002;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00749146;OID=.;OPOS=45656774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:22:15:16:13:22:15:16:13 chr21 45712977 . T C 447.35 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.033063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.808;QD=15.5598;RBI=0.0331179;REFB=-0.0178308;REVB=0.00190571;RO=65;SAF=20;SAR=30;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490956;STB=0.527462;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0243246;OID=.;OPOS=45712977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:65:50:50:0.434783:30:20:23:42:30:20:23:42 chr21 45717550 . T C 664.7 PASS AF=0.443114;AO=71;DP=165;FAO=74;FDP=167;FR=.;FRO=93;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.0118136;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.038;QD=15.921;RBI=0.0238679;REFB=-0.0298935;REVB=0.0207392;RO=89;SAF=43;SAR=28;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124167;STB=0.578403;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0327307;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:89:93:71:74:0.443114:28:43:43:46:28:46:45:48 chr21 45725715 . A G 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0186693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.713;QD=18.998;RBI=0.0276107;REFB=-0.00521782;REVB=-0.0203423;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130338;STB=0.572585;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00314317;OID=.;OPOS=45725715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:17:14:18:12:17:14:18:12 chr21 45732116 . C T 459.11 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=87;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0112246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.71;QD=20.8688;RBI=0.012188;REFB=-0.00358021;REVB=0.00474921;RO=43;SAF=22;SAR=22;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156023;STB=0.580087;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00463084;OID=.;OPOS=45732116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:43:43:44:45:0.511364:22:22:14:29:23:22:14:29 chr21 45750168 . A G 199.53 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0198135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.066;QD=15.6493;RBI=0.0198136;REFB=-0.0429108;REVB=-4.97756e-05;RO=28;SAF=5;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305269;STB=0.66857;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0387384;OID=.;OPOS=45750168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:17:5:14:14:17:5:14:15 chr21 45750346 . C A 422.16 PASS AF=0.424779;AO=47;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0190612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8556;QD=14.9436;RBI=0.0272182;REFB=-0.0152713;REVB=0.0194294;RO=65;SAF=26;SAR=21;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471717;STB=0.531759;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0134491;OID=.;OPOS=45750346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:47:48:0.424779:21:26:33:32:21:27:33:32 chr21 45754107 . C T 958.46 PASS AF=0.399267;AO=109;DP=271;FAO=109;FDP=273;FR=.;FRO=164;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=76;FSRR=88;FWDB=0.0586005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.1625;QD=14.0433;RBI=0.0687913;REFB=0.00325006;REVB=0.0360309;RO=161;SAF=63;SAR=46;SRF=75;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119775;STB=0.569009;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00434364;OID=.;OPOS=45754107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:273:161:164:109:109:0.399267:46:63:75:86:46:63:76:88 chr21 45798939 . C T 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.00634471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.966;QD=15.3562;RBI=0.00968787;REFB=-0.0181761;REVB=-0.00732117;RO=44;SAF=17;SAR=16;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194108;STB=0.608978;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0201289;OID=.;OPOS=45798939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:16:17:31:13:16:17:31:13 chr21 45844751 . A G 3170.19 PASS AF=0.990431;AO=207;DP=210;FAO=207;FDP=209;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=125;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0342183;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.249;QD=60.6735;RBI=0.0437362;REFB=-0.0303125;REVB=-0.0272389;RO=1;SAF=82;SAR=125;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379583;STB=0.501038;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.000117341;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:210:209:1:2:207:207:0.990431:125:82:0:1:125:82:1:1 chr21 45877988 . A T 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0126584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.512;QD=12.4136;RBI=0.0386047;REFB=-0.00455874;REVB=-0.0364703;RO=37;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481986;STB=0.775707;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00504769;OID=.;OPOS=45877988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:6:17:10:27:6:17:10:27 chr21 45878637 . A G 270.08 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.886;QD=51.4431;RBI=0.0727096;REFB=0;REVB=0.0606319;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00427222;OID=.;OPOS=45878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:18:21:1:11:7:0:0:14:7:0:0 chr21 45959195 . G A 103.52 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0185153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.432;QD=18.8209;RBI=0.0187908;REFB=-0.0594315;REVB=0.00320597;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301131;STB=0.517213;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.045598;OID=.;OPOS=45959195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:3:7:8:4:3:7 chr21 45959312 . C T 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.011264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.279;QD=11.0932;RBI=0.0241392;REFB=-0.0353866;REVB=0.0213501;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308675;STB=0.694785;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0189874;OID=.;OPOS=45959312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:3:3:4:1:3:3 chr21 45959386 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0750285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4825;QD=14.0436;RBI=0.0770747;REFB=-0.0180348;REVB=0.0176419;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0418203;OID=.;OPOS=45959386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr21 45994488 . G T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000228136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.201;QD=12.3963;RBI=0.00197595;REFB=0.00378763;REVB=-0.00196274;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00394043;OID=.;OPOS=45994488;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:2:3:3:2:2:3 chr21 45999653 . C G 136.72 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.000372048;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.944;QD=16.0844;RBI=0.0160346;REFB=-0.0195847;REVB=0.0160303;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152974;STB=0.56798;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0261674;OID=.;OPOS=45999653;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:20:19:15:15:0.441176:11:4:8:12:11:4:7:12 chr21 45999716 . T C 45.65 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0455787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0536;QD=8.69558;RBI=0.0679467;REFB=-0.0285776;REVB=-0.0503919;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152225;STB=0.594327;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0632178;OID=.;OPOS=45999716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:6:8:3:4:6:8 chr21 46011745 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0224299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.286;QD=21.1683;RBI=0.0736247;REFB=-0.0106346;REVB=0.0701248;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367917;STB=0.713672;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0322876;OID=.;OPOS=46011745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:3:0:5:2:3:0 chr21 46011751 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.018083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.139;QD=18.767;RBI=0.0196248;REFB=-0.00170102;REVB=0.00762465;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502096;STB=0.79893;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000407325;OID=.;OPOS=46011751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:3:0:5:1:3:0 chr21 46012285 . A G 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.111239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7448;QD=25.2542;RBI=0.116515;REFB=-0.00832496;REVB=-0.0346648;RO=10;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810739;STB=0.545399;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.000557474;OID=.;OPOS=46012285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:5:12:6:4:5:12:6:4 chr21 46020527 . C T 93.37 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-2.63289e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.265;QD=9.82825;RBI=0.0534607;REFB=-0.0276717;REVB=-0.0534607;RO=26;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820682;STB=0.549913;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0953911;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:3:9:18:8:3:9:18:8 chr21 46021370 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0239044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.159;QD=11.0925;RBI=0.0262799;REFB=-0.0168941;REVB=-0.0109185;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0120227;OID=.;OPOS=46021370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:1:5:3:2:1:5 chr21 46021607 . A G 161.01 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0421591;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1354;QD=17.4068;RBI=0.0479848;REFB=-0.0315898;REVB=-0.022916;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297664;STB=0.670846;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0711499;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:20:17:17:0.459459:5:12:8:12:5:12:8:12 chr21 46021722 . G A 439.63 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.017886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.204;QD=19.3244;RBI=0.0193386;REFB=-0.035792;REVB=-0.00735338;RO=46;SAF=19;SAR=25;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161836;STB=0.5949;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0470533;OID=.;OPOS=46021722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:46:47:44:44:0.483516:25:19:28:18:25:19:29:18 chr21 46021759 . A G 352.37 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0277617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.171;QD=15.8366;RBI=0.0322044;REFB=-0.00548259;REVB=-0.0163221;RO=49;SAF=25;SAR=13;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308308;STB=0.662849;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0115348;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:51:38:38:0.426966:13:25:17:32:13:25:19:32 chr21 46021934 . C T 265.25 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00101394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.661;QD=15.6031;RBI=0.0176953;REFB=-0.00926552;REVB=-0.0176662;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330335;STB=0.518652;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0168671;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:14:16:19:19:14:16:19:19 chr21 46021946 . C G 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0426922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1377;QD=17.2889;RBI=0.0713469;REFB=-0.0116593;REVB=-0.0571643;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399209;STB=0.522373;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0167753;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:14:16:19:14:14:16:19:14 chr21 46021954 . CTG C 264.29 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00679635;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.572;QD=17.9177;RBI=0.0179454;REFB=-0.0154036;REVB=-0.0166086;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971437;STB=0.559302;STBP=0.41;TYPE=del;VARB=0.0154689;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491525:28:59:29:59:30:15:14:19:11:99:28:15:13:18:10 chr21 46032094 . A G 186.05 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0175263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.931;QD=19.5837;RBI=0.0301755;REFB=-0.0196601;REVB=0.024564;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142684;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:19:18:19:0.5:10:8:9:10:10:9:9:10 chr21 46047633 . A G 171.86 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000492445;FXX=0.176367;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.199;QD=49.1034;RBI=0.049532;REFB=0;REVB=-0.0495296;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157129;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr21 46047710 . T C 344.63 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177844;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.765;QD=55.1411;RBI=0.0265108;REFB=0;REVB=0.0196606;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70288e-05;OID=.;OPOS=46047710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr21 46047857 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.427;QD=44.6895;RBI=0.0696651;REFB=0;REVB=0.0121529;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289938;OID=.;OPOS=46047857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr21 46047924 . C CT 167.06 PASS AF=1;AO=2;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110548;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.113;QD=41.764;RBI=0.120318;REFB=0;REVB=0.0474908;RO=15;SAF=2;SAR=0;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.691135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000749549;OID=.;OPOS=46047925;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:17:16:16:0:4:12:0:0:4:15:2:0:3:12 chr21 46047925 . G T 156.21 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0372039;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.909;QD=41.656;RBI=0.0575638;REFB=-0.0708224;REVB=0.0439256;RO=1;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179609;STB=0.599839;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00659912;OID=.;OPOS=46047925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:15:1:1:14:14:0.933333:12:2:1:0:12:2:1:0 chr21 46047971 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.97;QD=42.1826;RBI=0.0345514;REFB=0;REVB=-0.0194826;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183182;OID=.;OPOS=46047971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr21 46048053 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.971;QD=39.2067;RBI=0.1086;REFB=0;REVB=0.0943528;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204607;OID=.;OPOS=46048053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:6:3:0:0 chr21 46048060 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.126;QD=40.7628;RBI=0.0631004;REFB=0;REVB=-0.0539746;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488172;OID=.;OPOS=46048060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr21 46048265 . C T 230.32 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.203;QD=46.0638;RBI=0.041937;REFB=-0.144973;REVB=0.0373474;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00153232;OID=.;OPOS=46048265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:0:1:10:9:0:1 chr21 46057391 . A G 347.22 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00985514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.652;QD=51.4392;RBI=0.0242586;REFB=-0.082264;REVB=0.0221665;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00136284;OID=.;OPOS=46057391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:27:0:1:25:26:0.962963:9:16:0:0:9:17:1:0 chr21 46057393 . T A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00054136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2666;QD=55.6541;RBI=0.0733578;REFB=0;REVB=0.0733558;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148525;OID=.;OPOS=46057393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr21 46057417 . AG CC 271.0 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335362;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.896;QD=51.6189;RBI=0.0337687;REFB=0;REVB=0.0039562;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000166002;OID=.;OPOS=46057417;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:9:12:0:0 chr21 46057422 . T A 259.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623811;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.169;QD=51.9846;RBI=0.0645726;REFB=0;REVB=0.0166799;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317177;OID=.;OPOS=46057422;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr21 46057548 . A C 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.927;QD=60.6031;RBI=0.0363899;REFB=0;REVB=0.0326495;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186302;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr21 46057590 . A T 425.42 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.148;QD=56.7228;RBI=0.0421512;REFB=0;REVB=-0.0328681;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0294e-05;OID=.;OPOS=46057590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:13:17:0:0 chr21 46057806 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.503;QD=42.1826;RBI=0.0457104;REFB=0;REVB=0.0411848;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590987;OID=.;OPOS=46057806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr21 46058229 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5736;QD=33.4285;RBI=0.0822154;REFB=0;REVB=-0.0113875;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00641765;OID=.;OPOS=46058229;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr21 46066763 . TC T,TT 158.96 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=3,11;DP=14;FAO=1,13;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.203567,0.193154;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.129,242.534;QD=45.4166;RBI=0.219269,0.205036;REFB=0,0;REVB=0.0814815,0.0687835;RO=0;SAF=2,2;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0772748,0.00625191;OID=.,.;OPOS=46066764,46066764;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0714286,0.928571:3,11:14:1,13:14:0:0,4:1,9:0:0:4:0:2,2:1,9:0:0 chr21 46067180 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9043;QD=49.5951;RBI=0.137189;REFB=0;REVB=0.0887211;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040095;OID=.;OPOS=46067180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr21 46074202 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.256;QD=42.1826;RBI=0.00700176;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17166e-05;OID=.;OPOS=46074202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr21 46077946 . A G 726.82 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184136;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6206;QD=57.0052;RBI=0.0270689;REFB=0;REVB=-0.019841;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000455534;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr21 46086377 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.086484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.747;QD=43.4862;RBI=0.134865;REFB=0;REVB=0.103484;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220901;OID=.;OPOS=46086377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr21 46086718 . GA CG,GG 348.64 PASS AF=0.846154,0.153846;AO=22,4;DP=26;FAO=22,4;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=15,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399724,-0.0240293;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=215.979,128.662;QD=53.6363;RBI=0.0424297,0.0240479;REFB=0,0;REVB=0.0142298,-0.000947665;RO=0;SAF=7,1;SAR=15,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.79751e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00964858,0.126401;OID=.,.;OPOS=46086718,46086719;OREF=GA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:26:26:0:0:22,4:22,4:0.846154,0.153846:15,3:7,1:0:0:15,3:7,1:0:0 chr21 46086757 . GCG ATG,ATT,GTG 271.31 PASS AF=0.904762,0.0952381,0;AO=17,2,2;DP=22;FAO=19,2,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0,0;FSAR=11,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457666,0.037395,0.0148594;FXX=0.0454339;HRUN=1,1,1;LEN=2,3,1;MLLD=159.781,78.014,84.9785;QD=51.6771;RBI=0.0643195,0.0470668,0.0685906;REFB=0,0,0;REVB=0.0451932,0.0285814,0.0669617;RO=0;SAF=8,0,0;SAR=9,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.126e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.00303296,0.131719,0;OID=.,.,.;OPOS=46086757,46086757,46086758;OREF=GC,GCG,C;OALT=AT,ATT,T;OMAPALT=ATG,ATT,GTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:22:21:0:0:17,2,2:19,2,0:0.904762,0.0952381,0:9,2,2:8,0,0:0:0:11,2,0:8,0,0:0:0 chr21 46233836 . C A 236.71 PASS AF=0.457627;AO=25;DP=57;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0553435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.115;QD=16.0479;RBI=0.0560865;REFB=-0.0246112;REVB=0.00909874;RO=32;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187926;STB=0.595165;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0385273;OID=.;OPOS=46233836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:32:32:25:27:0.457627:8:17:16:16:9:18:16:16 chr21 46271452 . C T 527.74 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.0152773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.085;QD=22.2204;RBI=0.0160613;REFB=-0.0216241;REVB=0.00495668;RO=44;SAF=19;SAR=31;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996102;STB=0.558544;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0165157;OID=.;OPOS=46271452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:45:50:50:0.526316:31:19:12:32:31:19:12:33 chr21 46271460 . T C 548.3 PASS AF=0.548387;AO=50;DP=92;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0113263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.823;QD=23.5829;RBI=0.0163301;REFB=-0.0388058;REVB=-0.0117638;RO=42;SAF=18;SAR=32;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911391;STB=0.554917;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0311517;OID=.;OPOS=46271460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:42:42:50:51:0.548387:32:18:11:31:32:19:11:31 chr21 46311813 . A G 1102.41 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0850677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9744;QD=58.7952;RBI=0.0965506;REFB=-0.034013;REVB=-0.0456674;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113966;STB=0.506023;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000995809;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:1:1:72:74:0.986667:41:31:0:1:41:33:0:1 chr21 46313442 . G T 693.62 PASS AF=0.523077;AO=68;DP=130;FAO=68;FDP=130;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00459018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.624;QD=21.3423;RBI=0.031055;REFB=-0.0155956;REVB=0.0307139;RO=61;SAF=35;SAR=33;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901802;STB=0.54538;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0105979;OID=.;OPOS=46313442;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:62:68:68:0.523077:33:35:25:36:33:35:26:36 chr21 46314907 . T A 820.28 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.010793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.495;QD=55.612;RBI=0.0127607;REFB=-0.0863638;REVB=0.00680797;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-9.94833e-05;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:33:25:1:0:33:25:1:0 chr21 46328026 . G A 1194.91 PASS AF=0.476923;AO=124;DP=260;FAO=124;FDP=260;FR=.;FRO=136;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=61;FSRR=75;FWDB=-0.014359;FXX=0.00383127;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.53;QD=18.3833;RBI=0.025917;REFB=-0.00872459;REVB=0.0215757;RO=135;SAF=54;SAR=70;SRF=60;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00861204;STB=0.506926;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00648648;OID=.;OPOS=46328026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:135:136:124:124:0.476923:70:54:60:75:70:54:61:75 chr21 46328099 . T C 2367.45 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.5;QD=63.1321;RBI=0.0365732;REFB=0;REVB=0.0158004;RO=0;SAF=64;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81246e-06;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:144:150:0:0:142:150:1:78:64:0:0:80:70:0:0 chr21 46353637 . T C 761.23 PASS AF=0.40367;AO=86;DP=215;FAO=88;FDP=218;FR=.;FRO=130;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=-0.00484927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.275;QD=13.9675;RBI=0.0150542;REFB=-0.000182939;REVB=0.0142517;RO=120;SAF=28;SAR=58;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190787;STB=0.593107;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=7.13983e-05;OID=.;OPOS=46353637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:218:120:130:86:88:0.40367:58:28:60:60:59:29:62:68 chr21 46353985 . A G 201.41 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.029108;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2841;QD=12.0244;RBI=0.0313256;REFB=-0.00641117;REVB=-0.0115768;RO=41;SAF=15;SAR=10;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956115;STB=0.544269;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0140815;OID=.;OPOS=46353985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:10:15:28:13:10:15:28:14 chr21 46354055 . A G 1194.58 PASS AF=0.9875;AO=67;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7992;QD=59.7291;RBI=0.140781;REFB=0;REVB=-0.139062;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467453;OID=.;OPOS=46354055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:0:67:79:0.9875:24:43:0:0:34:45:0:0 chr21 46354056 . C G 45.94 PASS AF=0.119048;AO=9;DP=83;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=0.0044629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8857;QD=2.1878;RBI=0.0190115;REFB=-0.0562091;REVB=0.0184802;RO=74;SAF=2;SAR=7;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449729;STB=0.841488;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0652077;OID=.;OPOS=46354056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:84:74:74:9:10:0.119048:7:2:46:28:8:2:46:28 chr21 46355710 . A G 385.39 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00512989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.47;QD=13.888;RBI=0.00858165;REFB=-0.0253192;REVB=-0.00687961;RO=66;SAF=17;SAR=28;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208723;STB=0.617925;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0264698;OID=.;OPOS=46355710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:66:45:45:0.405405:28:17:38:28:28:17:38:28 chr21 46387078 . G T 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0115606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.757;QD=18.4269;RBI=0.0141015;REFB=-0.0400179;REVB=0.00807496;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0307575;OID=.;OPOS=46387078;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:14:14:14:14:14:14:14:14 chr21 46396659 . G C 1495.49 PASS AF=0.457227;AO=154;DP=339;FAO=155;FDP=339;FR=.;FRO=184;FSAF=74;FSAR=81;FSRF=64;FSRR=120;FWDB=-0.0202303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.466;QD=17.6459;RBI=0.0207961;REFB=-0.0286641;REVB=0.0048179;RO=181;SAF=73;SAR=81;SRF=63;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124786;STB=0.570926;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0286014;OID=.;OPOS=46396659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:339:181:184:154:155:0.457227:81:73:63:118:81:74:64:120 chr21 46572572 . A G 1123.35 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583601;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9834;QD=60.7214;RBI=0.0654534;REFB=0;REVB=-0.0296353;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119537;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr21 46705345 . G A 803.47 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248923;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=322.337;QD=55.412;RBI=0.024956;REFB=-0.0734081;REVB=-0.00178173;RO=1;SAF=31;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149715;STB=0.507934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000199177;OID=.;OPOS=46705345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:26:31:1:0:26:31:1:0 chr21 46875564 . T C 1234.83 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.906;QD=60.9794;RBI=0.112856;REFB=0;REVB=0.00582366;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160117;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr21 46950863 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=21;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00129407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.435;QD=24.9293;RBI=0.0144567;REFB=-0.0346514;REVB=0.0143987;RO=16;SAF=4;SAR=17;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252143;STB=0.572217;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0254696;OID=.;OPOS=46950863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:16:19:21:25:0.568182:17:4:7:9:17:8:9:10 chr21 46951556 . A G 346.09 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0375241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.243;QD=24.7205;RBI=0.0377278;REFB=-0.0170449;REVB=0.00391573;RO=21;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116179;STB=0.55354;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00645791;OID=.;OPOS=46951556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:22:34:34:0.607143:17:17:14:7:17:17:14:8 chr21 46957794 . T C 715.1 PASS AF=0.47651;AO=71;DP=150;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0290446;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.553;QD=19.1973;RBI=0.0330346;REFB=-0.0320231;REVB=0.0157384;RO=78;SAF=34;SAR=37;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286188;STB=0.515831;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0348176;OID=.;OPOS=46957794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:78:78:71:71:0.47651:37:34:35:43:37:34:35:43 chr21 47329352 . T C 1875.21 PASS AF=0.984496;AO=115;DP=119;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0154044;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.532;QD=58.1461;RBI=0.041837;REFB=-0.0727581;REVB=0.0388978;RO=2;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179115;STB=0.507691;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00128662;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:129:2:2:115:127:0.984496:52:63:0:2:64:63:0:2 chr21 47329353 . G C 48.86 PASS AF=0.0992366;AO=12;DP=130;FAO=13;FDP=131;FR=.;FRO=118;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=0.0121337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.9888;QD=1.49178;RBI=0.0122757;REFB=-0.039584;REVB=-0.00186176;RO=118;SAF=0;SAR=12;SRF=64;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.637362;STB=0.921334;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0493962;OID=.;OPOS=47329353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:130:131:118:118:12:13:0.0992366:12:0:64:54:12:1:64:54 chr21 47409503 . A G 920.0 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.002;QD=58.4125;RBI=0.0188657;REFB=0;REVB=-0.0118187;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15039e-06;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr21 47417415 . C A 536.07 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0178678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2037;QD=54.9819;RBI=0.0763208;REFB=-0.0496717;REVB=0.0741998;RO=2;SAF=3;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119508;STB=0.564277;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00477065;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:34:3:1:1:34:3:1:1 chr21 47420725 . TC GG,T,TG 742.29 PASS AF=0,0.981132,0.0188679;AO=2,10,35;DP=52;FAO=0,52,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43,0;FSAR=0,9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561022,-0.108841,-0.583081;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=185.366,32.1976,23.9006;QD=56.0222;RBI=0.0562848,0.126973,0.587416;REFB=0,0,0;REVB=0.00452974,0.0653888,0.0712303;RO=0;SAF=2,1,34;SAR=0,9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.00116486,-0.083503;OID=.,.,.;OPOS=47420725,47420726,47420726;OREF=TC,C,C;OALT=GG,-,G;OMAPALT=GG,T,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:5:52:53:0:0:2,10,35:0,52,1:0,0.981132,0.0188679:0,9,1:2,1,34:0:0:0,9,1:0,43,0:0:0 chr21 47532440 . C T 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00629623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.706;QD=21.0077;RBI=0.0116962;REFB=-0.0222762;REVB=0.00985691;RO=25;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12207;STB=0.567524;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0230223;OID=.;OPOS=47532440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:16:14:8:17:16:14:8:17 chr21 47538960 . G A 56.32 PASS AF=0.4;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0230171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.918;QD=11.2632;RBI=0.0454989;REFB=-0.01159;REVB=0.0392475;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233803;STB=0.666222;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0265811;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:12:12:7:8:0.4:2:5:6:6:2:6:6:6 chr21 47542861 . A G 201.44 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0428294;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7049;QD=15.2028;RBI=0.0536325;REFB=-0.0402917;REVB=-0.0322813;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105614;STB=0.549875;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0483807;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:11:12:12:17:11:12:13:17 chr21 47545155 . A G 216.02 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0116129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0696;QD=11.0777;RBI=0.048945;REFB=-0.00725943;REVB=-0.0475474;RO=49;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734281;STB=0.542825;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0122604;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:49:51:27:27:0.346154:12:15:24:25:12:15:25:26 chr21 47552209 . G A 293.56 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=51;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0170725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.264;QD=21.3499;RBI=0.021241;REFB=-0.0452864;REVB=-0.0126376;RO=20;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037463;STB=0.517354;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0192896;OID=.;OPOS=47552209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:20:24:30:31:0.563636:12:18:11:9:13:18:13:11 chr21 47556793 . C T 540.39 PASS AF=0.926829;AO=36;DP=39;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0299343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.036;QD=52.7206;RBI=0.02997;REFB=-0.182226;REVB=-0.00146314;RO=3;SAF=26;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00989323;STB=0.506575;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00193139;OID=.;OPOS=47556793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:39:41:3:3:36:38:0.926829:10:26:2:1:10:28:2:1 chr21 47558473 . G C 56.79 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.988;QD=28.3955;RBI=0.0373771;REFB=0.00366191;REVB=0.0124262;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000293692;OID=.;OPOS=47558473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr21 47571845 . C T 754.71 PASS AF=0.454545;AO=80;DP=176;FAO=80;FDP=176;FR=.;FRO=96;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0111153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.687;QD=17.1524;RBI=0.012903;REFB=-0.0103254;REVB=0.00655272;RO=95;SAF=42;SAR=38;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296339;STB=0.513648;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0125281;OID=.;OPOS=47571845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:95:96:80:80:0.454545:38:42:47:48:38:42:48:48 chr21 47608580 . G A 1000.45 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0464873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.06;QD=56.3633;RBI=0.0577568;REFB=-0.1841;REVB=-0.0342751;RO=2;SAF=47;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196915;STB=0.510414;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00125694;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:22:47:2:0:22:47:2:0 chr21 47609677 . A G 657.33 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.732;QD=59.7573;RBI=0.0786338;REFB=0.00340639;REVB=-0.0725118;RO=1;SAF=37;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719998;STB=0.538443;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000357247;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:6:37:0:1:6:37:0:1 chr21 47610066 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.369;QD=61.6834;RBI=0.0502465;REFB=0;REVB=0.00680461;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106845;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr21 47612466 . A G 774.56 PASS AF=0.857143;AO=57;DP=70;FAO=60;FDP=70;FR=.;FRO=10;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0944148;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.417;QD=44.2605;RBI=0.105444;REFB=-0.0746659;REVB=0.0469487;RO=11;SAF=32;SAR=25;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603113;STB=0.541049;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0157871;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:70:70:11:10:57:60:0.857143:25:32:4:7:25:35:3:7 chr21 47612471 . T C 735.94 PASS AF=0.890625;AO=55;DP=64;FAO=57;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0779257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2006;QD=45.9961;RBI=0.0861287;REFB=-0.0558618;REVB=0.0366845;RO=9;SAF=29;SAR=26;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510962;STB=0.543844;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00860715;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:64:64:9:7:55:57:0.890625:26:29:3:6:26:31:1:6 chr21 47612512 . C CTG 495.45 PASS AF=0.860465;AO=35;DP=47;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0289271;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.593;QD=46.0883;RBI=0.0502234;REFB=0.0106238;REVB=0.0410561;RO=12;SAF=14;SAR=21;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127183;STB=0.560477;STBP=0.069;TYPE=ins;VARB=-0.000618353;OID=.;OPOS=47612513;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.860465:35:47:37:43:6:15:22:5:1:33:12:14:21:8:4 chr21 47612762 . G C 39.76 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0225521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.653;QD=1.96359;RBI=0.033867;REFB=-0.011119;REVB=-0.0252661;RO=65;SAF=6;SAR=3;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227785;STB=0.62683;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0811761;OID=.;OPOS=47612762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:65:72:9:9:0.111111:3:6:31:34:3:6:38:34 chr21 47613004 . T C 323.05 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7959;QD=51.6877;RBI=0.122774;REFB=0;REVB=0.0592103;RO=2;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00435252;OID=.;OPOS=47613004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:2:0:23:25:1:11:12:2:0:11:14:0:0 chr21 47613161 . C T 235.43 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.232599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.25;QD=49.5646;RBI=0.232699;REFB=0;REVB=-0.00682037;RO=1;SAF=1;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00444031;OID=.;OPOS=47613161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:1:0:18:19:1:17:1:1:0:17:2:0:0 chr21 47613623 . C T 79.86 PASS AF=0.160377;AO=23;DP=106;FAO=17;FDP=106;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=71;FWDB=-0.0145676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.8442;QD=3.0136;RBI=0.0683505;REFB=-0.052693;REVB=-0.0667801;RO=75;SAF=5;SAR=18;SRF=15;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326922;STB=0.600474;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.240054;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:106:106:75:89:23:17:0.160377:18:5:15:60:12:5:18:71 chr21 47613639 . C T 90.47 PASS AF=0.202532;AO=23;DP=79;FAO=16;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=49;FWDB=-0.0378112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1323;QD=4.58091;RBI=0.0842506;REFB=-0.0580227;REVB=-0.0752892;RO=53;SAF=3;SAR=20;SRF=12;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199789;STB=0.639796;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.170344;OID=.;OPOS=47613639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:79:79:53:63:23:16:0.202532:20:3:12:41:14:2:14:49 chr21 47614443 . A G 1044.22 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125811;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.962;QD=59.6699;RBI=0.0137042;REFB=0;REVB=0.00543336;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463205;OID=.;OPOS=47614443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:32:38:0:0 chr21 47614469 . A C 927.29 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0189969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.07;QD=52.988;RBI=0.0212608;REFB=-0.0771398;REVB=0.00954677;RO=4;SAF=35;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032772;STB=0.501737;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00285781;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:70:4:4:66:66:0.942857:31:35:2:2:31:35:2:2 chr21 47773103 . C A 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.020063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.147;QD=56.9482;RBI=0.0463791;REFB=0.114824;REVB=0.041815;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000610307;OID=.;OPOS=47773103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:14:22:0:0:14:22:0:1 chr21 47777063 . G A 902.59 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.95;QD=58.2315;RBI=0.0330186;REFB=0;REVB=0.0327207;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88353e-05;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr21 47783796 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.544;QD=57.8849;RBI=0.00648328;REFB=0;REVB=-0.00356897;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44695e-06;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr21 47786817 . C G 1452.48 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192855;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.55;QD=63.1513;RBI=0.0626066;REFB=0;REVB=0.0595622;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409261;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:53:38:0:0:54:38:0:0 chr21 47787002 . T C 790.47 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00745733;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.047;QD=55.4718;RBI=0.00786592;REFB=-0.0151541;REVB=0.0025022;RO=1;SAF=32;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145081;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000745776;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:1:1:56:56:0.982456:24:32:1:0:24:32:1:0 chr21 47811272 . C T 164.46 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110383;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.494;QD=46.9896;RBI=0.126445;REFB=0;REVB=0.0616771;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132042;OID=.;OPOS=47811272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr21 47836653 . C T 788.27 PASS AF=0.794872;AO=62;DP=78;FAO=62;FDP=78;FR=.;FRO=16;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=-0.00329451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1015;QD=40.4243;RBI=0.00600443;REFB=-0.00280196;REVB=0.0050199;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.61425;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000272163;OID=.;OPOS=47836653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:0:16:62:62:0.794872:27:35:0:0:27:35:0:16 chr21 47850484 . G C 1310.13 PASS AF=0.970874;AO=78;DP=100;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0307965;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.528;QD=50.8787;RBI=0.0854929;REFB=-0.17716;REVB=0.0797534;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.504853;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0011279;OID=.;OPOS=47850484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:100:103:0:3:78:100:0.970874:29:49:0:0:50:50:2:1 chr21 47851753 . A G 888.73 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781671;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.654;QD=58.2775;RBI=0.00800645;REFB=0;REVB=-0.00173273;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570073;OID=.;OPOS=47851753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr21 47863757 . A C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.859;QD=62.1623;RBI=0.0233314;REFB=0;REVB=0.0208889;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00917e-05;OID=.;OPOS=47863757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr21 47910523 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.923;QD=60.2304;RBI=0.0331307;REFB=0;REVB=0.0314556;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171664;OID=.;OPOS=47910523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr21 47945533 . GCTC G 789.66 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194099;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=3;MLLD=312.77;QD=64.4623;RBI=0.0152975;REFB=0;REVB=0.0151738;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.26623e-05;OID=.;OPOS=47945534;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:50:49:49:0:24:25:0:0:4:0:24:25:0:0 chr21 47959692 . G A 810.39 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0106079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0213;QD=53.1401;RBI=0.0110512;REFB=-0.0200097;REVB=0.0030987;RO=1;SAF=34;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136737;STB=0.513884;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000501514;OID=.;OPOS=47959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:61:1:2:58:59:0.967213:24:34:1:0:24:35:2:0 chr21 47959698 . C T 982.79 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.542;QD=56.9731;RBI=0.0298606;REFB=0.0039842;REVB=0.0233432;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000525028;OID=.;OPOS=47959698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:67:68:0.985507:26:41:0:0:26:42:1:0 chr21 47961711 . G A 2178.64 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.197;QD=63.149;RBI=0.0209177;REFB=0;REVB=0.0149369;RO=0;SAF=67;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38822e-07;OID=.;OPOS=47961711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:71:67:0:0:71:67:0:0 chr21 47974582 . A G 394.43 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0650189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8898;QD=19.971;RBI=0.0701387;REFB=-0.0252831;REVB=0.0263056;RO=37;SAF=14;SAR=26;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247017;STB=0.509086;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0227903;OID=.;OPOS=47974582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:39:40:40:0.506329:26:14:12:25:26:14:13:26 chr21 47978321 . G C,GC 1524.99 PASS AF=0,1;AO=8,90;DP=108;FAO=0,106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=0,56;FSAR=0,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049349,-0.00340862;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=8.78883,26.1518;QD=57.5467;RBI=0.158428,0.115452;REFB=0,0;REVB=0.150547,0.115402;RO=6;SAF=2,50;SAR=6,40;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.51888,-0.0535536;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000661594;OID=.,.;OPOS=47978321,47978322;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:9:108:106:6:0:8,90:0,106:0,1:6,40:2,50:6:0:0,50:0,56:0:0 chr21 47985655 . C T 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00938733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.622;QD=13.3342;RBI=0.0138869;REFB=-0.0175935;REVB=-0.0102335;RO=36;SAF=20;SAR=6;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197302;STB=0.645945;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0204428;OID=.;OPOS=47985655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:39:26:26:0.4:6:20:22:14:6:20:22:17 chr21 48022230 . C G 275.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0196344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.256;QD=15.9764;RBI=0.0205013;REFB=-0.00971907;REVB=-0.0058985;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516547;STB=0.529051;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0133063;OID=.;OPOS=48022230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:18:13:14:24:18:13:14:24 chr21 48063476 . C G 1218.32 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00593552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6735;QD=58.7141;RBI=0.0565589;REFB=-0.0633583;REVB=-0.0562466;RO=2;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215104;STB=0.511361;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00621753;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:83:2:2:80:81:0.975904:43:37:0:2:43:38:0:2 chr21 48084820 . C G 688.96 PASS AF=0.62766;AO=59;DP=96;FAO=59;FDP=94;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00794045;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.026;QD=29.3173;RBI=0.00803941;REFB=-0.00937171;REVB=0.00125748;RO=35;SAF=20;SAR=39;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167036;STB=0.590877;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00446651;OID=.;OPOS=48084820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:35:35:59:59:0.62766:39:20:20:15:39:20:20:15 chr22 17264565 . G T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.518;QD=60.2044;RBI=0.022692;REFB=0;REVB=0.0166332;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90507e-05;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr22 17265124 . A C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141072;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.713;QD=62.9829;RBI=0.0156723;REFB=0;REVB=0.0156087;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83581e-05;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr22 17446991 . C T 1106.75 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0154315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6229;QD=57.4935;RBI=0.053358;REFB=-0.150986;REVB=-0.0510779;RO=2;SAF=51;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181934;STB=0.509613;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00220934;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:77:2:2:75:75:0.974026:24:51:2:0:24:51:2:0 chr22 17469026 . G A 303.42 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0338853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.3;QD=22.067;RBI=0.0342915;REFB=-0.0216367;REVB=0.0052621;RO=24;SAF=8;SAR=23;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112618;STB=0.562548;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0160623;OID=.;OPOS=17469026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:23:8:9:15:23:8:9:15 chr22 17469049 . C A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0249507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.284;QD=21.0649;RBI=0.0250387;REFB=-0.0145085;REVB=0.00209774;RO=24;SAF=4;SAR=20;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172041;STB=0.597736;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0171124;OID=.;OPOS=17469049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:20:4:7:17:20:4:7:17 chr22 17586471 . C T 488.42 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=129;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.018517;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.318;QD=15.263;RBI=0.0185302;REFB=-0.0107126;REVB=-0.000698601;RO=75;SAF=26;SAR=28;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260687;STB=0.518512;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0142498;OID=.;OPOS=17586471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:75:74:54:54:0.421875:28:26:38:37:28:26:38:36 chr22 17589297 . G A 801.76 PASS AF=0.589147;AO=65;DP=118;FAO=76;FDP=129;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0507818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.585;QD=24.8609;RBI=0.0509641;REFB=-0.0125372;REVB=-0.00430687;RO=51;SAF=29;SAR=36;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280767;STB=0.529536;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00668338;OID=.;OPOS=17589297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:129:51:53:65:76:0.589147:36:29:21:30:39:37:22:31 chr22 17589794 . C A 112.37 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0043145;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.369;QD=15.4991;RBI=0.00716201;REFB=-0.0261401;REVB=-0.0057166;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954316;STB=0.58366;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0315163;OID=.;OPOS=17589794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:16:13:13:0.448276:6:7:9:5:6:7:11:5 chr22 17600293 . G A 152.09 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0607681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0578;QD=30.4184;RBI=0.0807389;REFB=0.00355875;REVB=0.0531602;RO=5;SAF=13;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211266;STB=0.618865;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00166588;OID=.;OPOS=17600293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:2:13:3:2:2:13:3:2 chr22 17600497 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0403259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.266;QD=16.4544;RBI=0.0420196;REFB=-0.0330011;REVB=0.0118097;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.020324;OID=.;OPOS=17600497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr22 17602839 . G A 757.57 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175397;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.087;QD=57.1748;RBI=0.035962;REFB=0;REVB=-0.0313946;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1128e-05;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr22 17603477 . A G 313.06 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00109432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.799;QD=16.9222;RBI=0.0178004;REFB=-0.0379693;REVB=-0.0177667;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111998;STB=0.554023;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0375307;OID=.;OPOS=17603477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:33:34:0.459459:17:16:24:16:17:17:24:16 chr22 17603503 . G A 371.34 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0325146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2901;QD=20.0724;RBI=0.0426279;REFB=-0.0271126;REVB=0.0275671;RO=36;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166742;STB=0.592336;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0273697;OID=.;OPOS=17603503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:17:21:13:23:17:21:13:23 chr22 17622267 . C T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=14;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00521509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.143;QD=43.0164;RBI=0.00747138;REFB=-0.111901;REVB=-0.00535018;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599858;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00161139;OID=.;OPOS=17622267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:14:16:0.941176:12:2:0:0:14:2:1:0 chr22 17630486 . C A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00143333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.167;QD=15.7005;RBI=0.0032161;REFB=-0.0107871;REVB=-0.00287904;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917711;STB=0.553119;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0128316;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:5:10:11:8:5:10:11:8 chr22 17640399 . G GGGC 405.69 PASS AF=0.456522;AO=38;DP=97;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.00140912;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=204.528;QD=17.6387;RBI=0.00372345;REFB=-0.0200471;REVB=-0.00344652;RO=56;SAF=15;SAR=23;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824644;STB=0.559792;STBP=0.319;TYPE=ins;VARB=0.0230788;OID=.;OPOS=17640400;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522:38:97:42:92:50:16:26:14:36:99:56:15:23:18:38 chr22 17690430 . C G 284.99 PASS AF=0.581395;AO=19;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.026183;FXX=0.0227221;HRUN=7;LEN=1;MLLD=107.726;QD=26.5103;RBI=0.0366571;REFB=-0.00902828;REVB=0.0256552;RO=8;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361417;STB=0.510196;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00854688;OID=.;OPOS=17690430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:44:43:8:16:19:25:0.581395:13:6:3:5:15:10:6:10 chr22 18029102 . AG A 31.99 PASS AF=0.4;AO=7;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0697799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.9644;QD=8.5303;RBI=0.112366;REFB=-0.11466;REVB=-0.0880737;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.355556;SSSB=0.414385;STB=0.635901;STBP=0.403;TYPE=del;VARB=0.118057;OID=.;OPOS=18029103;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:7:14:6:15:9:4:2:4:5:31:6:5:2:1:5 chr22 18111431 . T C 160.49 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.061914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0156;QD=18.3414;RBI=0.0640506;REFB=0.00540233;REVB=0.0164053;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154517;STB=0.599886;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00636258;OID=.;OPOS=18111431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:8:9:6:11:8:9:6:12 chr22 18209613 . A G 82.96 PASS AF=0.352941;AO=7;DP=31;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0291408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.154;QD=9.7605;RBI=0.0456423;REFB=-0.0206245;REVB=-0.0351289;RO=22;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426211;STB=0.529363;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.065186;OID=.;OPOS=18209613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:31:34:22:22:7:12:0.352941:6:1:10:12:6:6:10:12 chr22 18211983 . T C 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00105455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=364.653;QD=14.1699;RBI=0.00505141;REFB=-0.00593743;REVB=0.00494011;RO=50;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960734;STB=0.547458;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00893363;OID=.;OPOS=18211983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:51:34:34:0.4:18:16:19:31:18:16:20:31 chr22 18300240 . T C 1024.04 PASS AF=0.614379;AO=94;DP=154;FAO=94;FDP=153;FR=.;FRO=59;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0057774;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.394;QD=26.7724;RBI=0.011238;REFB=-0.0153733;REVB=-0.00963919;RO=58;SAF=55;SAR=39;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169096;STB=0.594575;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00880309;OID=.;OPOS=18300240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:58:59:94:94:0.614379:39:55:20:38:39:55:20:39 chr22 18300641 . G A 535.65 PASS AF=0.491379;AO=56;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0111638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8048;QD=18.4707;RBI=0.0113318;REFB=-0.022684;REVB=-0.00194426;RO=60;SAF=36;SAR=20;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243242;STB=0.641178;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0258134;OID=.;OPOS=18300641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:59:56:57:0.491379:20:36:23:37:20:37:22:37 chr22 18300931 . CG C 35.74 PASS AF=0.470588;AO=6;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0606164;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.8364;QD=8.40865;RBI=0.139821;REFB=-0.0667513;REVB=0.125998;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.589955;STBP=0.597;TYPE=del;VARB=0.0846063;OID=.;OPOS=18300932;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:6:17:8:17:9:3:5:2:7:30:8:2:4:2:6 chr22 18324564 . C T 426.17 PASS AF=0.462264;AO=44;DP=109;FAO=49;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0699421;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.476;QD=16.0818;RBI=0.0714221;REFB=-0.0571981;REVB=0.0144641;RO=45;SAF=27;SAR=17;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155931;STB=0.52643;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0723425;OID=.;OPOS=18324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:45:57:44:49:0.462264:17:27:20:25:20:29:31:26 chr22 18571828 . T C 348.42 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.655;QD=53.6028;RBI=0.0276819;REFB=0;REVB=0.0151598;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241752;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:20:5:0:0:21:5:0:0 chr22 18609642 . C T 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00626989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9997;QD=13.7275;RBI=0.00664724;REFB=-0.00820405;REVB=0.00220779;RO=35;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161905;STB=0.60126;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0113632;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:16:9:18:17:16:9:19:17 chr22 18628436 . T C 285.96 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00578902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.123;QD=21.9968;RBI=0.0228726;REFB=-0.013732;REVB=-0.0221279;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758472;STB=0.551688;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.01402;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:29:29:0.557692:13:16:10:12:13:16:10:13 chr22 18628499 . G T 1415.43 PASS AF=1;AO=81;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.17309e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.99;QD=62.9081;RBI=0.00418254;REFB=0;REVB=-0.00418209;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06853e-06;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:81:90:1:38:43:0:0:39:51:0:0 chr22 18628632 . C T 311.91 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0144099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7436;QD=14.1777;RBI=0.04244;REFB=0.0058006;REVB=0.0399188;RO=52;SAF=21;SAR=14;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663537;STB=0.544161;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00860223;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:53:35:35:0.397727:14:21:28:24:14:21:28:25 chr22 18628715 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.242;QD=62.3509;RBI=0.0130503;REFB=0;REVB=0.00127538;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30388e-05;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr22 18650682 . C T 437.88 PASS AF=0.4375;AO=48;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.000715129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.225;QD=15.6386;RBI=0.0344494;REFB=-0.00304416;REVB=-0.034442;RO=63;SAF=21;SAR=27;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233664;STB=0.506434;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00347201;OID=.;OPOS=18650682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:48:49:0.4375:27:21:29:34:27:22:29:34 chr22 18870955 . CG GA 51.61 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00117321;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=198.361;QD=18.7668;RBI=0.00117321;REFB=-0.000803948;REVB=0;RO=3;SAF=7;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000513121;OID=.;OPOS=18870955;OREF=CG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:11:3:4:7:7:0.636364:0:7:3:0:0:7:4:0 chr22 18870974 . T G 47.64 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0470858;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.6503;QD=17.3232;RBI=0.0470858;REFB=-0.093522;REVB=0;RO=5;SAF=6;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.063572;OID=.;OPOS=18870974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:11:11:5:4:6:7:0.636364:0:6:5:0:0:7:4:0 chr22 18900750 . G A 544.14 PASS AF=1;AO=32;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779666;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.008;QD=60.4604;RBI=0.0788373;REFB=0;REVB=0.0116846;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565706;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:32:36:1:17:15:0:0:19:17:0:0 chr22 18901004 . C T 448.35 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.096;QD=56.0439;RBI=0.0624967;REFB=0;REVB=0.0587089;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439774;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:1:0:31:32:1:18:13:0:1:19:13:0:0 chr22 18904414 . A G 551.99 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.4399;QD=59.6749;RBI=0.0416422;REFB=0;REVB=0.0168347;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491642;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:14:23:0:0 chr22 18905977 . C T 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0224109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.489;QD=21.2646;RBI=0.0225564;REFB=-0.00692514;REVB=0.00255854;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182887;STB=0.60334;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00797761;OID=.;OPOS=18905977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:14:6:9:9:14:6:9:9 chr22 18907124 . G A 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00272831;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.93;QD=18.6206;RBI=0.0140557;REFB=-0.0288741;REVB=-0.0137884;RO=38;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619944;STB=0.528381;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0232778;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:16:21:19:19:16:21:20:19 chr22 18908875 . A G 327.69 PASS AF=0.578947;AO=34;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0770747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5795;QD=22.9957;RBI=0.0831554;REFB=-0.0223816;REVB=-0.0312139;RO=22;SAF=22;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267767;STB=0.628127;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0174082;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:24:34:33:0.578947:12:22:6:16:12:21:8:16 chr22 18910355 . G T 141.15 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0359072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.215;QD=13.4431;RBI=0.0360203;REFB=-0.0249024;REVB=-0.00285258;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344917;STB=0.698056;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0651395;OID=.;OPOS=18910355;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:20:6:9:7:20:6 chr22 18912678 . A G 1339.61 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7814;QD=62.3076;RBI=0.0274838;REFB=0;REVB=-0.0248745;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100881;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr22 19026613 . A G 466.18 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0860446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9119;QD=22.4666;RBI=0.0970908;REFB=-0.0340729;REVB=-0.0449773;RO=38;SAF=15;SAR=30;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190182;STB=0.604994;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0288763;OID=.;OPOS=19026613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:30:15:21:17:30:15:21:17 chr22 19034240 . A G 486.37 PASS AF=0.477064;AO=48;DP=106;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0122069;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.674;QD=17.8486;RBI=0.0250663;REFB=-0.0307774;REVB=0.0218931;RO=56;SAF=28;SAR=20;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098583;STB=0.533885;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0341542;OID=.;OPOS=19034240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:56:57:48:52:0.477064:20:28:27:29:24:28:27:30 chr22 19048413 . A G 453.38 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0380685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.026;QD=16.3379;RBI=0.0380704;REFB=-0.0241489;REVB=0.00038312;RO=61;SAF=23;SAR=27;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335539;STB=0.518727;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0246639;OID=.;OPOS=19048413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:27:23:26:35:27:23:26:35 chr22 19121872 . G A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0151149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.158;QD=26.6377;RBI=0.0206611;REFB=-0.0363287;REVB=0.0140861;RO=8;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817028;STB=0.545399;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0173833;OID=.;OPOS=19121872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:10:6:2:6:10:6:2:6 chr22 19163577 . C CAT 1302.95 PASS AF=1;AO=83;DP=90;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271283;FXX=0.0674082;HRUN=0;LEN=2;MLLD=294.351;QD=62.7926;RBI=0.028885;REFB=0;REVB=0.00991968;RO=6;SAF=44;SAR=39;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00384969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.13098e-05;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:90:83:83:0:44:39:0:0:7:6:44:39:3:3 chr22 19167409 . T C 1253.3 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158825;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6458;QD=60.4;RBI=0.0191418;REFB=-0.0465568;REVB=-0.0106844;RO=1;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902111;STB=0.504761;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00281925;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:82:82:0.987952:52:30:0:1:52:30:0:1 chr22 19172006 . T C 1741.9 PASS AF=1;AO=112;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093841;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.261;QD=61.1194;RBI=0.00988305;REFB=0;REVB=-0.00310052;RO=0;SAF=67;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17822e-05;OID=.;OPOS=19172006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:114:0:0:112:114:1:45:67:0:0:47:67:0:0 chr22 19189003 . A AC,C 477.76 PASS AF=1,0;AO=20,14;DP=40;FAO=36,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127277,-0.169469;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=22.0505,15.6432;QD=53.0847;RBI=0.149215,0.170335;REFB=0,0;REVB=0.0778829,0.0171565;RO=6;SAF=3,14;SAR=17,0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.387436,0.815493;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0077421,0;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:36:6:0:20,14:36,0:1,0:17,0:3,14:5:1:17,0:19,0:0:0 chr22 19196502 . G A 363.24 PASS AF=0.475;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0287606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.607;QD=18.1618;RBI=0.0288907;REFB=-0.0142876;REVB=-0.00273876;RO=39;SAF=28;SAR=10;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131825;STB=0.559967;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0154067;OID=.;OPOS=19196502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:39:42:38:38:0.475:10:28:24:15:10:28:27:15 chr22 19197896 . T C 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.17;QD=63.2833;RBI=0.0483027;REFB=0;REVB=0.0229915;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.26948e-05;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr22 19467717 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00378201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.369;QD=16.6272;RBI=0.0282044;REFB=-0.0187477;REVB=0.0279497;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412168;STB=0.523773;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0268294;OID=.;OPOS=19467717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:6:8:8:5:6:8 chr22 19486600 . C T 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.02316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.72;QD=9.88286;RBI=0.0352758;REFB=-0.0141487;REVB=-0.0266082;RO=43;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113174;STB=0.566944;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0261499;OID=.;OPOS=19486600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:15:6:16:27:15:6:16:27 chr22 19511925 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0475373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.84;QD=19.1084;RBI=0.0653153;REFB=-0.0120362;REVB=0.0447917;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235001;STB=0.636055;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00831555;OID=.;OPOS=19511925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:6:3:4:2:6:3:4:2 chr22 19766782 . C T 195.12 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0495312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1434;QD=14.1907;RBI=0.0502259;REFB=-0.0243659;REVB=-0.00832465;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212378;STB=0.62059;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0334683;OID=.;OPOS=19766782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:12:11:22:10:12:11:22:10 chr22 19776159 . T TG 314.65 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0281144;FXX=0.0153822;HRUN=0;LEN=1;MLLD=298.12;QD=19.6659;RBI=0.0284227;REFB=-0.0222714;REVB=0.00417467;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500474;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0194945;OID=.;OPOS=19776160;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515625:33:66:33:64:31:17:16:16:15:99:33:17:16:17:16 chr22 19789541 . A C 274.05 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.000390531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.343;QD=17.6805;RBI=0.0155464;REFB=-0.0363839;REVB=0.0155415;RO=32;SAF=20;SAR=10;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896345;STB=0.549968;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0361367;OID=.;OPOS=19789541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:10:20:24:8:10:20:24:8 chr22 19808769 . C T 384.2 PASS AF=0.5;AO=28;DP=93;FAO=46;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.014528;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1136;QD=16.7043;RBI=0.079344;REFB=-0.0657054;REVB=0.0780026;RO=43;SAF=22;SAR=6;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375349;STB=0.532595;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0825249;OID=.;OPOS=19808769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:43:46:28:46:0.5:6:22:20:23:23:23:20:26 chr22 19868218 . A G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0102075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7189;QD=20.5466;RBI=0.031077;REFB=-0.0120489;REVB=0.0293528;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121921;STB=0.568687;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00588064;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:13:9:12:10:13:9:12:10 chr22 19907099 . C A 1438.21 PASS AF=0.95283;AO=101;DP=106;FAO=101;FDP=106;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=68;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0392573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.858;QD=54.272;RBI=0.0567023;REFB=-0.0520327;REVB=0.0409147;RO=5;SAF=33;SAR=68;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471937;STB=0.524927;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00539929;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:106:106:5:5:101:101:0.95283:68:33:4:1:68:33:4:1 chr22 19907118 . G A,C 1458.06 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=89,4;DP=94;FAO=90,4;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=31,4;FSAR=59,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497838,0.0284188;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=204.336,108.466;QD=62.0451;RBI=0.0551296,0.0322004;REFB=0,0;REVB=0.0236822,0.0151406;RO=0;SAF=30,4;SAR=59,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000448959,0.0958494;OID=.,.;OPOS=19907118,19907118;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:94:94:0:0:89,4:90,4:0.957447,0.0425532:59,0:30,4:0:0:59,0:31,4:0:0 chr22 19920949 . G A 370.95 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0107376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.078;QD=20.0515;RBI=0.0117003;REFB=-0.0255522;REVB=-0.00464776;RO=35;SAF=26;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107577;STB=0.554473;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0224961;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:36:38:38:0.513514:12:26:20:15:12:26:21:15 chr22 19921003 . T C 724.11 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0623356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2241;QD=54.65;RBI=0.0627871;REFB=-0.0541736;REVB=-0.00751605;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000191443;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:24:28:0:0:24:28:1:0 chr22 19951207 . C G 466.66 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=0.0059392;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0028;QD=16.6663;RBI=0.0207086;REFB=-0.034603;REVB=0.0198387;RO=61;SAF=30;SAR=21;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103461;STB=0.5575;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0385634;OID=.;OPOS=19951207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:61:61:51:51:0.455357:21:30:42:19:21:30:42:19 chr22 19960722 . G A 701.79 PASS AF=0.449704;AO=73;DP=168;FAO=76;FDP=169;FR=.;FRO=93;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=0.0175056;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9294;QD=16.6104;RBI=0.0601925;REFB=-0.0137205;REVB=0.0575907;RO=92;SAF=36;SAR=37;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721189;STB=0.538451;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0217263;OID=.;OPOS=19960722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:92:93:73:76:0.449704:37:36:52:40:38:38:53:40 chr22 20113082 . G T 368.55 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0213845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.781;QD=19.3975;RBI=0.0438193;REFB=-0.0352698;REVB=0.038247;RO=38;SAF=22;SAR=16;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187945;STB=0.604341;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0119471;OID=.;OPOS=20113082;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:16:22:14:24:16:22:14:24 chr22 20130514 . AGGGGGGGC AGGGGG,AGGGGGC,AGGGGGG 166.29 PASS AF=0.882353,0.0588235,0.0588235;AO=2,2,7;DP=17;FAO=15,1,1;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,0;FSAR=10,1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829595,0.398044,-0.193701;FXX=0.190386;HRUN=7,7,7;LEN=3,2,2;MLLD=18.3431,15.2289,12.9574;QD=39.1258;RBI=0.0956123,0.398303,0.220187;REFB=0,0,0;REVB=0.0475335,0.0143354,0.104702;RO=1;SAF=0,0,4;SAR=2,2,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.124421;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.00708593,-0.0704043,-0.0583157;OID=.,.,.;OPOS=20130520,20130515,20130521;OREF=GGC,GG,GC;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGGGGG,AGGGGGC,AGGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.882353,0.0588235,0.0588235:2,2,7:17:15,1,1:17:0:5,0,0:10,1,1:0:0:9:1:0,0,4:2,2,3:0:1 chr22 20136379 . C A 1198.3 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261708;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1743;QD=59.9148;RBI=0.0759211;REFB=-0.0855853;REVB=0.0712678;RO=1;SAF=55;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853079;STB=0.504503;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00224525;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:24:55:1:0:24:55:1:0 chr22 20137723 . C T 362.91 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0203365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.43;QD=45.3637;RBI=0.0444376;REFB=-0.107818;REVB=0.0395111;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251595;STB=0.514695;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00180381;OID=.;OPOS=20137723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:1:4:28:28:0.875:10:18:1:0:10:18:3:1 chr22 20138105 . T C 851.23 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.593;QD=57.7102;RBI=0.0250471;REFB=0;REVB=0.0221461;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03134e-05;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:22:36:0:0:22:37:0:0 chr22 20302276 . A T 644.3 PASS AF=0.567568;AO=59;DP=110;FAO=63;FDP=111;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0134444;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.236;QD=23.2182;RBI=0.0254965;REFB=-0.00688137;REVB=0.0216638;RO=49;SAF=34;SAR=25;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384037;STB=0.520204;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00877812;OID=.;OPOS=20302276;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:49:48:59:63:0.567568:25:34:26:23:26:37:26:22 chr22 20302797 . ACC AAC,A,AC 195.39 PASS AF=0,0.105263,0.605263;AO=3,5,13;DP=38;FAO=0,4,23;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=0,4,19;FSAR=0,0,4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0631419,-0.0510423,-0.0985303;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=12.5932,17.2393,13.6934;QD=20.567;RBI=0.0721818,0.0533075,0.102043;REFB=-0.078541,-0.0477365,-0.0851203;REVB=-0.0349759,0.0153741,0.0265438;RO=10;SAF=0,5,13;SAR=3,0,0;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0.353952,0.353952;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.747687,0.670252,0.797149;STB=0.5,0.995654,0.504421;STBP=1,0.277,0.985;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0384617,0.00725342;OID=.,.,.;OPOS=20302798,20302798,20302798;OREF=C,CC,C;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAC,A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.105263,0.605263:3,5,13:38:0,4,23:38:11:0,4,19:0,0,4:9:2:53:10:0,5,13:3,0,0:8:2 chr22 20303664 . G A 429.11 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0132964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.027;QD=19.7293;RBI=0.0697109;REFB=-0.0146355;REVB=0.0684311;RO=44;SAF=18;SAR=25;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956519;STB=0.553132;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0152982;OID=.;OPOS=20303664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:25:18:23:21:25:18:23:21 chr22 20718525 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0101595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8491;QD=12.396;RBI=0.0977658;REFB=-0.0272448;REVB=-0.0972365;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317065;STB=0.691596;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0292775;OID=.;OPOS=20718525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:1:4:2:3:1:4 chr22 20729885 . C T 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00672446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.735;QD=27.3146;RBI=0.0105288;REFB=0.00902543;REVB=-0.00810171;RO=12;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341073;STB=0.687853;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000751985;OID=.;OPOS=20729885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:13:8:11:1:13:8:11:1 chr22 20759672 . G A 185.55 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00915667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3782;QD=13.7442;RBI=0.0316389;REFB=-0.0213337;REVB=0.0302849;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582431;STB=0.533304;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0319409;OID=.;OPOS=20759672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:8:14:22:10:8:14:22:10 chr22 20771144 . A T 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.279;QD=56.9963;RBI=0.0332983;REFB=0;REVB=0.00942064;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152585;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr22 20784050 . T A 199.7 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00270776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.689;QD=13.5391;RBI=0.0155448;REFB=-0.00985566;REVB=0.0153071;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364856;STB=0.527836;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00995794;OID=.;OPOS=20784050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:14:10:13:21:14:10:13:22 chr22 20800835 . A G 235.05 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.039938;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.606;QD=12.8793;RBI=0.0408905;REFB=-0.0257686;REVB=0.008774;RO=45;SAF=10;SAR=18;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260089;STB=0.649017;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0257446;OID=.;OPOS=20800835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:45:45:28:28:0.383562:18:10:27:18:18:10:27:18 chr22 20819327 . C T 528.94 PASS AF=0.44186;AO=56;DP=128;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00786416;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.518;QD=16.4011;RBI=0.0155561;REFB=-0.0263781;REVB=-0.0134219;RO=70;SAF=31;SAR=25;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109984;STB=0.563003;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0319558;OID=.;OPOS=20819327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:70:72:56:57:0.44186:25:31:31:39:26:31:31:41 chr22 20847472 . A T 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0105262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.019;QD=25.4134;RBI=0.0115901;REFB=0.0057274;REVB=-0.00485068;RO=24;SAF=19;SAR=19;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147592;STB=0.580604;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00188307;OID=.;OPOS=20847472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:19:19:7:17:19:19:7:17 chr22 20862646 . T G 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.00659257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.254;QD=16.5778;RBI=0.00798427;REFB=-0.0122725;REVB=0.00450407;RO=38;SAF=6;SAR=26;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109729;STB=0.562121;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0117836;OID=.;OPOS=20862646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:26:6:10:28:26:6:10:28 chr22 20891497 . GC GCCCTA,G 334.48 PASS AF=0.470588,0.254902;AO=23,13;DP=53;FAO=24,13;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=7,1;FSAR=17,12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00536951,-0.0535069;FXX=0.0377287;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=230.834,17.6111;QD=26.2338;RBI=0.0265148,0.0589612;REFB=-0.00859053,-0.160746;REVB=0.0259654,0.0247678;RO=11;SAF=7,1;SAR=16,12;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25967,-0.646209;STB=0.612882,0.856462;STBP=0.071,0.009;TYPE=ins,del;VARB=0.00870973,0.169086;OID=.,.;OPOS=20891499,20891498;OREF=-,C;OALT=CCTA,-;OMAPALT=GCCCTA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588,0.254902:23,13:53:24,13:51:14:7,1:17,12:8:6:99:11:7,1:16,12:8:3 chr22 20905622 . G C 370.68 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0402571;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.217;QD=25.131;RBI=0.0459018;REFB=-0.0144322;REVB=-0.0220532;RO=23;SAF=26;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129727;STB=0.571387;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0239172;OID=.;OPOS=20905622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:10:26:13:10:10:26:13:10 chr22 20940085 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=12;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.000898575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.211;QD=15.1968;RBI=0.0643721;REFB=-0.0171804;REVB=0.0643658;RO=15;SAF=0;SAR=12;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.771275;STB=0.666389;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0348594;OID=.;OPOS=20940085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:18:12:14:0.4375:12:0:3:12:12:2:6:12 chr22 21044815 . C T 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00807311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.548;QD=8.402;RBI=0.0290267;REFB=0.00068352;REVB=-0.0278814;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24873;STB=0.651856;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00221625;OID=.;OPOS=21044815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:5:4:14:7:5:4:14:7 chr22 21044848 . A T 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.81;QD=56.4877;RBI=0.03702;REFB=-0.0749727;REVB=-0.000361678;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521726;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000825132;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:11:24:0:0:11:24:0:1 chr22 21044998 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00274751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.951;QD=10.6343;RBI=0.0106583;REFB=-0.00818505;REVB=0.010298;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31536;STB=0.689206;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0175851;OID=.;OPOS=21044998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:9:4:5:3:9:4 chr22 21045012 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00552481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.068;QD=10.6346;RBI=0.0125173;REFB=-0.0129106;REVB=0.0112321;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240999;STB=0.689206;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0195422;OID=.;OPOS=21045012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:7:8:0.380952:4:3:8:4:5:3:9:4 chr22 21045397 . C T 152.5 PASS AF=0.533333;AO=14;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0366679;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.836;QD=20.3331;RBI=0.0833294;REFB=-0.0242839;REVB=0.0748282;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21949;STB=0.655547;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.011008;OID=.;OPOS=21045397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:14:16:0.533333:8:6:9:4:10:6:10:4 chr22 21045651 . C T 170.44 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00949898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.328;QD=10.8214;RBI=0.0255434;REFB=-0.0226456;REVB=-0.0237115;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202281;STB=0.599911;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0363379;OID=.;OPOS=21045651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:41:21:22:0.349206:12:9:25:16:12:10:25:16 chr22 21141300 . T C 403.48 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00301116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.892;QD=16.8115;RBI=0.00786991;REFB=-0.00222697;REVB=0.00727107;RO=54;SAF=20;SAR=22;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693794;STB=0.538904;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00262105;OID=.;OPOS=21141300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:22:20:22:32:22:20:22:32 chr22 21167787 . G A 395.5 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0233367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.797;QD=20.2819;RBI=0.0304179;REFB=-0.0190261;REVB=0.0195102;RO=38;SAF=13;SAR=27;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924865;STB=0.551382;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0145006;OID=.;OPOS=21167787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:27:13:16:22:27:13:16:22 chr22 21213416 . A G 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00513598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=343.353;QD=12.0714;RBI=0.00530202;REFB=-0.00742117;REVB=0.00131646;RO=40;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099022;STB=0.557095;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0112411;OID=.;OPOS=21213416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:13:11:22:18:13:11:22:18 chr22 21301004 . CT C,CC 338.61 PASS AF=0.92,0.08;AO=10,11;DP=21;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294712,0.0356015;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=290.523,285.709;QD=54.1772;RBI=0.0409041,0.0470105;REFB=0,0;REVB=-0.0283654,-0.0307005;RO=0;SAF=1,1;SAR=9,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00622475,0.0181779;OID=.,.;OPOS=21301005,21301005;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.92,0.08:10,11:21:23,2:25:0:6,1:17,1:0:0:7:0:1,1:9,10:0:0 chr22 21304408 . A G,T 384.31 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=26,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016288,0.0379105;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.8539,96.2544;QD=54.901;RBI=0.0409911,0.0397828;REFB=0,0;REVB=0.0376161,-0.012061;RO=0;SAF=15,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00135208,0.119945;OID=.,.;OPOS=21304408,21304408;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:28:28:0:0:26,2:26,2:0.928571,0.0714286:11,2:15,0:0:0:11,2:15,0:0:0 chr22 21306743 . A G 247.75 PASS AF=0.408451;AO=27;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00972869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7099;QD=13.9577;RBI=0.0508315;REFB=-0.0348653;REVB=0.0498918;RO=42;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562994;STB=0.516623;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.065836;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:27:29:0.408451:14:13:20:22:16:13:20:22 chr22 21307711 . AAAAC AA,AAAACAAC,A 544.84 PASS AF=0.585366,0.390244,0;AO=11,9,6;DP=39;FAO=24,16,0;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13,12,0;FSAR=11,4,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298309,0.0207398,0.0292528;FXX=0.0238039;HRUN=4,2,4;LEN=3,3,4;MLLD=169.017,87.6056,165.937;QD=53.1546;RBI=0.0592245,0.0319631,0.0547963;REFB=-0.0957173,-0.0840563,-0.108515;REVB=0.0511631,0.0243208,0.0463347;RO=1;SAF=9,8,0;SAR=2,1,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.325513,0,0.325513;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0473806,-0.0524171,-0.782178;STB=0.518503,0.519975,0.5;STBP=0.509,0.63,1;TYPE=del,ins,del;VARB=0.00660244,0.0510716,0;OID=.,.,.;OPOS=21307713,21307713,21307712;OREF=AAC,-,AAAC;OALT=-,AAC,-;OMAPALT=AA,AAAACAAC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.585366,0.390244,0:11,9,6:39:24,16,0:41:1:13,12,0:11,4,0:1:0:99:1:9,8,0:2,1,6:1:0 chr22 21327589 . C T 770.25 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206474;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.481;QD=64.1871;RBI=0.0217595;REFB=0;REVB=0.0068673;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114081;OID=.;OPOS=21327589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr22 21328899 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0030469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.002;QD=13.9481;RBI=0.00460311;REFB=-0.0142721;REVB=-0.00345037;RO=27;SAF=14;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349195;STB=0.706795;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0275337;OID=.;OPOS=21328899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:3:14:15:12:3:14:15:12 chr22 21330787 . C T 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00259037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.865;QD=23.598;RBI=0.00731583;REFB=-0.0359589;REVB=-0.00684189;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236738;STB=0.620594;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.040342;OID=.;OPOS=21330787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:10:15:6:14:10:15:7:14 chr22 21331043 . A T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.053;QD=53.9111;RBI=0.037203;REFB=0;REVB=0.0361125;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536137;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr22 21335259 . C A 859.79 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0401233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.32;QD=54.5898;RBI=0.0516594;REFB=-0.113191;REVB=0.0325395;RO=2;SAF=30;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304238;STB=0.516124;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00186067;OID=.;OPOS=21335259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:63:2:2:60:61:0.968254:30:30:2:0:31:30:2:0 chr22 21335606 . C T 631.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.975;QD=61.5849;RBI=0.0492717;REFB=0;REVB=-0.0124721;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034862;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr22 21335611 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.77;QD=61.3364;RBI=0.019257;REFB=0;REVB=0.0177636;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81061e-05;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr22 21348914 . C T 252.2 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0146573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.112;QD=34.7858;RBI=0.0168742;REFB=-0.0661688;REVB=-0.0083608;RO=7;SAF=13;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728723;STB=0.539899;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0266006;OID=.;OPOS=21348914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:9:13:3:4:9:13:3:4 chr22 21354970 . C G 1334.01 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.298;QD=62.0471;RBI=0.0458167;REFB=0;REVB=0.0452518;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01831e-05;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:52:32:0:0:52:34:0:0 chr22 21356824 . G A 418.92 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=127;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=-0.0148403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.446;QD=13.0914;RBI=0.0196773;REFB=-0.0121853;REVB=0.0129213;RO=77;SAF=15;SAR=34;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550035;STB=0.525376;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.024125;OID=.;OPOS=21356824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:77:79:49:49:0.382812:34:15:27:50:34:15:27:52 chr22 21356892 . AAGAC A 175.12 PASS AF=0.327103;AO=35;DP=109;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.0146733;FXX=0.0183469;HRUN=3;LEN=4;MLLD=295.324;QD=6.5464;RBI=0.0257837;REFB=-0.0106676;REVB=-0.0212012;RO=71;SAF=8;SAR=27;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140736;STB=0.57919;STBP=0.316;TYPE=del;VARB=0.0209754;OID=.;OPOS=21356893;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327103:35:109:35:107:72:8:27:23:49:99:71:8:27:23:48 chr22 21356925 . T A 171.58 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.10114;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=52.5473;QD=11.0698;RBI=0.103812;REFB=-0.0044548;REVB=-0.0233992;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10828;STB=0.557225;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0109975;OID=.;OPOS=21356925;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:38:40:22:22:0.354839:13:9:12:26:13:9:13:27 chr22 21377301 . C A 2258.47 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875162;FXX=0.00699252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.809;QD=63.6189;RBI=0.00896332;REFB=0;REVB=0.00193655;RO=0;SAF=57;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42145e-05;OID=.;OPOS=21377301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:85:57:0:0:85:57:0:0 chr22 21384578 . C T 88.58 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0554435;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4712;QD=11.8106;RBI=0.0638259;REFB=-0.0605012;REVB=-0.0316189;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852384;STB=0.620445;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0337784;OID=.;OPOS=21384578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:30:30:17:19:11:11:0.366667:9:2:4:13:9:2:6:13 chr22 21385277 . C T 352.42 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0241877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5385;QD=18.3076;RBI=0.0245699;REFB=-0.0135638;REVB=-0.00431647;RO=40;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084181;STB=0.546959;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0139353;OID=.;OPOS=21385277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:17:20:18:22:17:20:18:22 chr22 21385843 . G A 178.87 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0517931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4061;QD=15.2232;RBI=0.054431;REFB=0.00281727;REVB=-0.0167396;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118707;STB=0.568467;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00650583;OID=.;OPOS=21385843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:11:8:15:13:11:8:15:13 chr22 21403360 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0302561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.042;QD=8.25459;RBI=0.0435647;REFB=-0.0105192;REVB=-0.0313441;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104655;STB=0.565012;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0433774;OID=.;OPOS=21403360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:3:9:4:2:3:9 chr22 21403375 . CC AT 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00219625;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=214.67;QD=8.25462;RBI=0.0180719;REFB=-0.00117767;REVB=0.0179379;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104655;STB=0.565012;STBP=0.783;TYPE=mnp;VARB=0.00492196;OID=.;OPOS=21403375;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:3:9:4:2:3:9 chr22 21570296 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.675;QD=46.848;RBI=0.00129374;REFB=0;REVB=0.00129374;RO=0;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98433e-05;OID=.;OPOS=21570296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:15:0:0:0:15:0:0:0 chr22 21570340 . G A 165.06 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0274641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1285;QD=15.7204;RBI=0.0367829;REFB=0.00369699;REVB=-0.0244685;RO=24;SAF=1;SAR=16;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441115;STB=0.652859;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00659124;OID=.;OPOS=21570340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:24:17:18:0.428571:16:1:6:18:16:2:6:18 chr22 21797093 . GC G 36.34 PASS AF=0.565217;AO=11;DP=29;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0912546;FXX=0.206825;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.67159;QD=6.31952;RBI=0.116347;REFB=-0.103192;REVB=0.0721751;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188266;STB=0.588109;STBP=0.4;TYPE=del;VARB=0.151523;OID=.;OPOS=21797094;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:11:29:13:23:10:8:5:8:2:32:9:6:5:7:2 chr22 21800444 . T C 477.09 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.000868408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.126;QD=18.7093;RBI=0.00829123;REFB=-0.0291946;REVB=0.00824563;RO=52;SAF=20;SAR=30;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147878;STB=0.508193;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0243877;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:30:20:20:32:30:20:20:32 chr22 21801588 . T A 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00769438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.84;QD=19.0784;RBI=0.00928724;REFB=-0.00336897;REVB=0.00520091;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712517;STB=0.539658;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00366606;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:16:16:18:13:16:16:18:13 chr22 21822641 . A AC 70.49 PASS AF=0.186047;AO=42;DP=172;FAO=32;FDP=172;FR=.;FRO=140;FSAF=2;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=125;FWDB=-0.0797987;FXX=0.00578001;HRUN=0;LEN=1;MLLD=115.376;QD=1.63941;RBI=0.0803513;REFB=-0.00280282;REVB=0.00940762;RO=123;SAF=5;SAR=37;SRF=10;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127298;STB=0.62186;STBP=0.372;TYPE=ins;VARB=0.132548;OID=.;OPOS=21822642;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186047:42:172:32:172:140:2:30:15:125:70:123:5:37:10:113 chr22 21822725 . T C 202.49 PASS AF=0.26087;AO=30;DP=115;FAO=30;FDP=115;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=68;FWDB=-0.0341996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6481;QD=7.0431;RBI=0.0345565;REFB=0.00284915;REVB=0.00495375;RO=85;SAF=4;SAR=26;SRF=17;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150524;STB=0.592122;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00829041;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:85:85:30:30:0.26087:26:4:17:68:26:4:17:68 chr22 21982892 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.035607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.136;QD=16.4544;RBI=0.0362038;REFB=-0.0368281;REVB=-0.00654665;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297985;STB=0.681121;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.018186;OID=.;OPOS=21982892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:2:2:5:1:2:2 chr22 21984205 . A G 1540.57 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0623;QD=59.8278;RBI=0.025426;REFB=0;REVB=-0.0181277;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08881e-06;OID=.;OPOS=21984205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:53:50:0:0:53:50:0:0 chr22 21989142 . G A 684.72 PASS AF=0.466216;AO=69;DP=148;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0200621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5827;QD=18.5059;RBI=0.0201226;REFB=-0.013246;REVB=0.00155982;RO=77;SAF=42;SAR=27;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747117;STB=0.54236;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0155087;OID=.;OPOS=21989142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:77:79:69:69:0.466216:27:42:41:36:27:42:42:37 chr22 21989621 . C T 536.73 PASS AF=0.396226;AO=61;DP=157;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.0492698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8374;QD=13.5027;RBI=0.0719385;REFB=-0.0104154;REVB=0.0524179;RO=96;SAF=32;SAR=29;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015357;STB=0.508096;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0166515;OID=.;OPOS=21989621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:96:96:61:63:0.396226:29:32:49:47:30:33:49:47 chr22 21990823 . G A 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0303617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0272;QD=17.2886;RBI=0.0361674;REFB=-0.00782056;REVB=0.0196533;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142569;STB=0.580098;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00968288;OID=.;OPOS=21990823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:19:11:17:16:19:11:17:16 chr22 21991072 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0586471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.28;QD=13.6312;RBI=0.0691875;REFB=-0.0395882;REVB=-0.0367074;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149044;STB=0.588021;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0326757;OID=.;OPOS=21991072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:6:3:4:4:6:3 chr22 22049783 . C T 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0156383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.868;QD=19.3866;RBI=0.0159045;REFB=-0.0219568;REVB=-0.00289797;RO=34;SAF=14;SAR=21;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108262;STB=0.506021;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0180309;OID=.;OPOS=22049783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:21:14:14:20:21:14:14:20 chr22 22077224 . C T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0114432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9345;QD=24.5994;RBI=0.0217377;REFB=0.0147684;REVB=-0.0184819;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815793;STB=0.545413;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.0109264;OID=.;OPOS=22077224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:9:7:12:10:9:7 chr22 22288405 . G A 269.88 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0222565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8388;QD=22.9681;RBI=0.0812424;REFB=-0.0134898;REVB=0.0781343;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50618e-08;STB=0.504421;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00834535;OID=.;OPOS=22288405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:22:25:25:0.531915:15:10:8:12:15:10:9:13 chr22 22312315 . C T 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0284911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.488;QD=14.3991;RBI=0.0290505;REFB=-0.00667223;REVB=-0.00567331;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139576;STB=0.616137;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0150042;OID=.;OPOS=22312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:34:25:25:0.423729:9:16:15:15:9:16:15:19 chr22 22312350 . GG CC,CG 147.69 PASS AF=0.350877,0;AO=17,2;DP=51;FAO=20,0;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=11,0;FSAR=9,0;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00508612,0.0107;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=67.612,36.5915;QD=10.3643;RBI=0.0167639,0.0286037;REFB=-0.0331848,-0.0443391;REVB=-0.0159737,-0.026527;RO=32;SAF=10,0;SAR=7,2;SRF=16;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0988031,-0.447722;STB=0.575841,0.5;STBP=0.394,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0708314,-0.136697;OID=.,.;OPOS=22312350,22312350;OREF=GG,G;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:57:32:37:17,2:20,0:0.350877,0:7,2:10,0:16:16:9,0:11,0:16:21 chr22 22453513 . C T 276.08 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0170715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.603;QD=13.3048;RBI=0.0227303;REFB=-0.0144164;REVB=-0.0150076;RO=50;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938982;STB=0.51097;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0197104;OID=.;OPOS=22453513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:51:32:32:0.385542:17:15:23:27:17:15:23:28 chr22 22516998 . C T 448.54 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00692902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.296;QD=18.689;RBI=0.00748089;REFB=-0.0153655;REVB=-0.00282001;RO=51;SAF=20;SAR=25;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136479;STB=0.576003;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0186139;OID=.;OPOS=22516998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:25:20:30:21:25:20:30:21 chr22 22517026 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.052;QD=60.7162;RBI=0.0169808;REFB=0;REVB=0.0116894;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42261e-05;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr22 22550401 . C G 409.97 PASS AF=0.5125;AO=32;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0879944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.181;QD=20.4985;RBI=0.0879972;REFB=-0.034495;REVB=0.000700137;RO=24;SAF=9;SAR=23;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304765;STB=0.561067;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0323574;OID=.;OPOS=22550401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:24:39:32:41:0.5125:23:9:6:18:25:16:20:19 chr22 22550450 . C G 433.29 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0429109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7919;QD=15.2032;RBI=0.0433103;REFB=0.0129177;REVB=-0.0058687;RO=65;SAF=23;SAR=26;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237399;STB=0.513314;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.01748;OID=.;OPOS=22550450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:65:49:49:0.429825:26:23:29:36:26:23:29:36 chr22 22550510 . T C,G 1677.58 PASS AF=0.048,0.896;AO=5,113;DP=124;FAO=6,112;FDP=125;FR=.;FRO=7;FSAF=2,42;FSAR=4,70;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0183401,0.0180683;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.6434,206.903;QD=53.6826;RBI=0.0367108,0.0191379;REFB=-0.0242951,-0.00534572;REVB=-0.0318013,0.00630841;RO=5;SAF=2,43;SAR=3,70;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.471002,-0.0520693;STB=0.817378,0.538455;STBP=0.109,0.003;TYPE=snp,snp;VARB=0.16386,0.000630874;OID=.,.;OPOS=22550510,22550510;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:124:125:5:7:5,113:6,112:0.048,0.896:3,70:2,43:5:0:4,70:2,42:7:0 chr22 22556270 . T C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0125562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.173;QD=18.8207;RBI=0.0168792;REFB=-0.029952;REVB=0.0112805;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217336;STB=0.624787;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0196789;OID=.;OPOS=22556270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:6:4:8:4:6:4 chr22 22556368 . C T 246.93 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0207327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.366;QD=24.6925;RBI=0.0220129;REFB=-0.00397218;REVB=-0.0073975;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390491;STB=0.52172;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00294877;OID=.;OPOS=22556368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:11:12:8:9:11:12:8:9 chr22 22556479 . C T 301.5 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00515749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.621;QD=16.7498;RBI=0.0217785;REFB=0.00462179;REVB=-0.021159;RO=39;SAF=21;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172174;STB=0.59684;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00371032;OID=.;OPOS=22556479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:12:21:18:21:12:21:18:21 chr22 22569448 . T A 817.46 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5454;QD=57.3654;RBI=0.0370815;REFB=0;REVB=-0.0211836;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103645;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr22 22569554 . C A 772.5 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.76;QD=61.7998;RBI=0.039945;REFB=-0.0676036;REVB=0.0137506;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015953;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00119515;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:20:29:1:0:20:29:1:0 chr22 22569640 . T G 374.57 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0461338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7198;QD=49.9429;RBI=0.0529124;REFB=0.0301154;REVB=0.0259111;RO=1;SAF=23;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198141;STB=0.534858;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.000808361;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:28:28:0.933333:5:23:1:0:5:23:1:1 chr22 22599380 . G A 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0382883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.971;QD=15.8864;RBI=0.0486602;REFB=-0.0297717;REVB=0.0300304;RO=42;SAF=11;SAR=22;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368529;STB=0.706776;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0238618;OID=.;OPOS=22599380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:22:11:30:12:22:11:30:12 chr22 22698027 . A G 905.86 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0638203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4233;QD=56.6161;RBI=0.0638241;REFB=-0.0744075;REVB=0.000694351;RO=1;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136847;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00323992;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:34:28:0:1:35:28:0:1 chr22 22712467 . T G 1402.53 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351047;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.057;QD=63.035;RBI=0.0525248;REFB=0;REVB=0.0390706;RO=0;SAF=59;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265378;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:86:89:1:27:59:0:0:29:60:0:0 chr22 22724341 . A C 251.7 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00253703;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.111;QD=14.3826;RBI=0.010712;REFB=-0.00541871;REVB=-0.0104072;RO=43;SAF=15;SAR=14;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185125;STB=0.511345;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00773958;OID=.;OPOS=22724341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:43:41:29:29:0.414286:14:15:23:20:14:15:22:19 chr22 22724394 . T C 1528.9 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979374;FXX=0.0204061;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.674;QD=63.7042;RBI=0.0118327;REFB=0;REVB=0.00664043;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23088e-06;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:0:0:96:96:1:48:48:0:0:48:48:0:0 chr22 22730634 . G A 350.85 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00694228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4306;QD=20.6384;RBI=0.00725881;REFB=-0.0144733;REVB=0.00212018;RO=32;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982142;STB=0.554425;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0128592;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:21:15:17:15:21:15:17:15 chr22 22842206 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.966;QD=57.0002;RBI=0.043762;REFB=0;REVB=0.0242655;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302495;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr22 22842957 . T G 1837.42 PASS AF=0.960938;AO=123;DP=130;FAO=123;FDP=128;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0149465;FXX=0.0153834;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.249;QD=57.4195;RBI=0.0149489;REFB=-0.0600981;REVB=-0.000270927;RO=2;SAF=48;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124997;STB=0.508575;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000252031;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:130:128:2:5:123:123:0.960938:75:48:0:2:75:48:3:2 chr22 22843118 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.876;QD=57.2374;RBI=0.006661;REFB=0;REVB=-0.00230908;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83643e-06;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr22 22868493 . G T 853.68 PASS AF=0.502924;AO=86;DP=172;FAO=86;FDP=171;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0170174;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.975;QD=19.969;RBI=0.0188357;REFB=0.010249;REVB=-0.00807414;RO=85;SAF=36;SAR=50;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370771;STB=0.520395;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.0244946;OID=.;OPOS=22868493;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:85:85:86:86:0.502924:50:36:39:46:50:36:39:46 chr22 22868497 . G C 849.07 PASS AF=0.49711;AO=86;DP=173;FAO=86;FDP=173;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.000813362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.674;QD=19.6316;RBI=0.00530871;REFB=-0.0106458;REVB=-0.00524603;RO=87;SAF=36;SAR=50;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383472;STB=0.521114;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0109096;OID=.;OPOS=22868497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:87:87:86:86:0.49711:50:36:40:47:50:36:40:47 chr22 22868773 . G A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0172307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.18;QD=14.2415;RBI=0.0241739;REFB=-0.0165409;REVB=-0.0169552;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300867;STB=0.517226;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0207302;OID=.;OPOS=22868773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:16:15:10:12:16:15 chr22 22868776 . G A 188.64 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0421635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9197;QD=14.2372;RBI=0.0528064;REFB=-0.0192406;REVB=0.0317925;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300867;STB=0.517226;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0270311;OID=.;OPOS=22868776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:16:15:10:12:16:15 chr22 22869123 . T C 700.43 PASS AF=0.39;AO=78;DP=200;FAO=78;FDP=200;FR=.;FRO=122;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=51;FSRR=71;FWDB=0.0221977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2929;QD=14.0086;RBI=0.0264704;REFB=-0.00686713;REVB=0.0144203;RO=120;SAF=31;SAR=47;SRF=50;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214952;STB=0.513042;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0061946;OID=.;OPOS=22869123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:120:122:78:78:0.39:47:31:50:70:47:31:51:71 chr22 22869209 . C G 529.89 PASS AF=0.405063;AO=60;DP=158;FAO=64;FDP=158;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.0616266;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9562;QD=13.415;RBI=0.0914859;REFB=-0.0238049;REVB=-0.0676153;RO=94;SAF=26;SAR=34;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321522;STB=0.50123;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0389098;OID=.;OPOS=22869209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:94:94:60:64:0.405063:34:26:38:56:38:26:38:56 chr22 22869218 . T C 551.46 PASS AF=0.405405;AO=60;DP=148;FAO=60;FDP=148;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.0522422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6582;QD=14.9043;RBI=0.0622989;REFB=-0.0253619;REVB=0.0339398;RO=88;SAF=24;SAR=36;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223834;STB=0.512601;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0344362;OID=.;OPOS=22869218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:88:88:60:60:0.405405:36:24:37:51:36:24:37:51 chr22 22869538 . A G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00893214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.059;QD=15.1599;RBI=0.0159025;REFB=-0.00212391;REVB=0.0131569;RO=20;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213991;STB=0.607328;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0102637;OID=.;OPOS=22869538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:22:16:16:0.421053:13:3:7:13:13:3:7:15 chr22 22869545 . T G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0303382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.401;QD=12.7914;RBI=0.0321536;REFB=-0.0177518;REVB=-0.0106511;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230725;STB=0.637465;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0336589;OID=.;OPOS=22869545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:11:3:9:14:11:3:9:14 chr22 22869548 . T C 118.28 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0155994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6527;QD=12.7871;RBI=0.0458914;REFB=0.0194607;REVB=0.0431588;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230725;STB=0.637465;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0214996;OID=.;OPOS=22869548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:11:3:9:14:11:3:9:14 chr22 22869649 . G C 177.43 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0205013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8922;QD=14.4839;RBI=0.0350542;REFB=0.00157567;REVB=0.028434;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629558;STB=0.536442;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0021925;OID=.;OPOS=22869649;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:10:9:16:14:10:9:16:14 chr22 22869742 . C A 253.0 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0278707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.537;QD=15.1042;RBI=0.0280259;REFB=-0.00840651;REVB=-0.00294548;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381012;STB=0.514513;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0104829;OID=.;OPOS=22869742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:13:16:19:18:13:16:20:18 chr22 22985303 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.896;QD=33.4285;RBI=0.0103362;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172571;OID=.;OPOS=22985303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr22 22989256 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.061;QD=46.848;RBI=0.0518287;REFB=0;REVB=-0.051422;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270039;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr22 22989520 . G T 188.76 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0427704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3413;QD=12.3776;RBI=0.0549812;REFB=-0.00803025;REVB=0.0345489;RO=37;SAF=20;SAR=3;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251648;STB=0.5982;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0149612;OID=.;OPOS=22989520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:37:23:24:0.393443:3:20:27:10:4:20:27:10 chr22 22989622 . T C 122.46 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0579089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4915;QD=7.42159;RBI=0.066944;REFB=-0.0206516;REVB=0.0335867;RO=47;SAF=11;SAR=8;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10053;STB=0.559939;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0336364;OID=.;OPOS=22989622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:8:11:31:16:8:11:31:16 chr22 23029263 . T C 1202.64 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0572663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3997;QD=59.3894;RBI=0.089918;REFB=-0.0565732;REVB=-0.069324;RO=2;SAF=35;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262805;STB=0.506848;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00349693;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:2:1:79:80:0.987654:44:35:2:0:44:36:1:0 chr22 23029698 . T C 1029.72 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497834;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.032;QD=59.6941;RBI=0.0583537;REFB=0;REVB=0.0304427;RO=0;SAF=20;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.87716e-05;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:49:20:0:0:49:20:0:0 chr22 23040462 . T C 926.17 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000489222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.72;QD=57.8858;RBI=0.0491669;REFB=0;REVB=0.0491645;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157592;OID=.;OPOS=23040462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:28:34:0:0:29:35:0:0 chr22 23040767 . G T 2584.62 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.192;QD=61.9072;RBI=0.0230142;REFB=0;REVB=0.02044;RO=0;SAF=93;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26006e-05;OID=.;OPOS=23040767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:74:93:0:0:74:93:0:0 chr22 23055421 . G A 340.99 PASS AF=0.48;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0116305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.135;QD=18.1863;RBI=0.0116513;REFB=-0.0173059;REVB=-0.000694655;RO=38;SAF=11;SAR=25;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215985;STB=0.628363;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0236526;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:39:36:36:0.48:25:11:20:18:25:11:21:18 chr22 23055440 . C A 1146.16 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.85;QD=60.324;RBI=0.0611558;REFB=0;REVB=0.0223635;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169346;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:71:76:1:44:27:0:0:45:31:0:0 chr22 23055533 . G A 719.31 PASS AF=0.522388;AO=70;DP=134;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0105011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.229;QD=21.4719;RBI=0.0132878;REFB=-0.0235488;REVB=0.00814198;RO=64;SAF=31;SAR=39;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903433;STB=0.504962;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0217495;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:64:64:70:70:0.522388:39:31:29:35:39:31:29:35 chr22 23055539 . G T 775.38 PASS AF=0.528571;AO=74;DP=138;FAO=74;FDP=140;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0242115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9204;QD=22.1537;RBI=0.0299623;REFB=-0.0138833;REVB=-0.0176507;RO=64;SAF=35;SAR=39;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168684;STB=0.508719;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0136173;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:64:66:74:74:0.528571:39:35:29:35:39:35:30:36 chr22 23077555 . T C 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.402;QD=60.204;RBI=0.0412655;REFB=0;REVB=0.0394;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47447e-05;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr22 23089941 . ACT A 1059.74 PASS AF=1;AO=68;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660457;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.376;QD=59.7037;RBI=0.0668651;REFB=0;REVB=0.0104357;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.26452e-05;OID=.;OPOS=23089942;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:72:71:71:0:26:45:0:0:6:0:25:43:0:0 chr22 23101216 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.387;QD=55.6561;RBI=0.0468682;REFB=0;REVB=0.0435222;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274106;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr22 23101221 . A G 403.9 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151929;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.195;QD=55.7102;RBI=0.0365436;REFB=-0.0940971;REVB=0.0332357;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508727;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr22 23101247 . GC AT 626.13 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395057;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.995;QD=61.0863;RBI=0.0714185;REFB=0;REVB=0.0594971;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000456005;OID=.;OPOS=23101247;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:39:41:1:19:20:0:0:20:21:0:0 chr22 23101280 . C T 740.78 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213953;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.312;QD=56.9831;RBI=0.0326719;REFB=0;REVB=0.0246919;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94223e-05;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr22 23101301 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.34;QD=57.2377;RBI=0.0255048;REFB=0;REVB=0.0215382;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9039e-05;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr22 23101523 . G A 1152.9 PASS AF=0.551546;AO=106;DP=195;FAO=107;FDP=194;FR=.;FRO=87;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.00709722;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.311;QD=23.7712;RBI=0.00895517;REFB=-0.0183583;REVB=0.00546118;RO=86;SAF=62;SAR=44;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118343;STB=0.568656;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0119534;OID=.;OPOS=23101523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:86:87:106:107:0.551546:44:62:38:48:44:63:38:49 chr22 23101559 . G T 2701.34 PASS AF=0.98324;AO=174;DP=177;FAO=176;FDP=179;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00915112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.715;QD=60.3651;RBI=0.00934339;REFB=0.126024;REVB=0.0018857;RO=3;SAF=84;SAR=90;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00482636;STB=0.502511;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=7.00728e-06;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:177:179:3:3:174:176:0.98324:90:84:1:2:91:85:1:2 chr22 23114327 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.071;QD=60.9781;RBI=0.0711097;REFB=0;REVB=-0.00746487;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318273;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr22 23114350 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.274;QD=59.8388;RBI=0.0914788;REFB=0;REVB=-0.0287927;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490079;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr22 23114938 . C A 627.35 PASS AF=0.457746;AO=64;DP=141;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.00685637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.968;QD=17.6717;RBI=0.0303847;REFB=-0.0121124;REVB=0.029601;RO=74;SAF=25;SAR=39;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120812;STB=0.572627;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0168751;OID=.;OPOS=23114938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:74:77:64:65:0.457746:39:25:38:36:39:26:41:36 chr22 23114993 . G A 682.02 PASS AF=0.469388;AO=68;DP=149;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.00799059;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.687;QD=18.5583;RBI=0.00799144;REFB=-0.00289499;REVB=0.000116585;RO=76;SAF=32;SAR=36;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602034;STB=0.536256;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00364868;OID=.;OPOS=23114993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:76:78:68:69:0.469388:36:32:31:45:36:33:32:46 chr22 23115001 . A G 797.88 PASS AF=0.517007;AO=76;DP=146;FAO=76;FDP=147;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00272703;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.226;QD=21.711;RBI=0.00282795;REFB=-0.0115405;REVB=-0.000748766;RO=70;SAF=30;SAR=46;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106443;STB=0.562187;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0112742;OID=.;OPOS=23115001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:70:71:76:76:0.517007:46:30:36:34:46:30:37:34 chr22 23135466 . T A 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0211493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.284;QD=12.4027;RBI=0.0215747;REFB=-0.0108273;REVB=-0.00426349;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264837;STB=0.515561;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.01857;OID=.;OPOS=23135466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:9:7:12:17:9:7:12:17 chr22 23237697 . C T 518.58 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00882818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.358;QD=19.3861;RBI=0.0120705;REFB=-0.0115695;REVB=0.00823172;RO=53;SAF=21;SAR=33;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690641;STB=0.503815;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00885851;OID=.;OPOS=23237697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:33:21:21:32:33:21:21:32 chr22 23241705 . G A 488.23 PASS AF=1;AO=23;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.483;QD=55.7982;RBI=0.100565;REFB=0;REVB=0.0624332;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217784;OID=.;OPOS=23241705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:23:35:1:19:4:0:0:20:15:0:0 chr22 23241751 . GCT CTA,GCTA,GTA 562.33 PASS AF=0,1,0;AO=2,16,7;DP=41;FAO=0,43,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,0;FSAR=0,29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105581,0.00762174,0.00243784;FXX=0;HRUN=4,0,1;LEN=3,1,2;MLLD=76.5598,85.6099,59.4689;QD=52.3097;RBI=0.0314544,0.061744,0.107126;REFB=-0.0412296,-0.0367544,-0.043989;REVB=0.0296295,0.0612718,-0.107099;RO=6;SAF=0,10,0;SAR=2,6,7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.524163,0.225182,-0.74229;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=-0.0455025,0.000784002,0;OID=.,.,.;OPOS=23241751,23241754,23241752;OREF=GCT,-,CT;OALT=CTA,A,TA;OMAPALT=CTA,GCTA,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:41:43:6:0:2,16,7:0,43,0:0,1,0:2,6,7:0,10,0:1:5:0,29,0:0,14,0:0:0 chr22 23241754 . G A 67.29 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0216861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5154;QD=5.72643;RBI=0.0683241;REFB=-0.0219021;REVB=0.0647912;RO=37;SAF=1;SAR=9;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429277;STB=0.79173;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0428486;OID=.;OPOS=23241754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:47:47:37:37:10:10:0.212766:9:1:13:24:9:1:13:24 chr22 23247082 . C G 802.84 PASS AF=0.456522;AO=83;DP=183;FAO=84;FDP=184;FR=.;FRO=100;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.00979985;FXX=0.0107521;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4991;QD=17.4531;RBI=0.0352316;REFB=-0.0136808;REVB=-0.0338412;RO=97;SAF=46;SAR=37;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00769149;STB=0.504174;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0192891;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:97:100:83:84:0.456522:37:46:53:44:38:46:54:46 chr22 23248758 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00538653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.467;QD=9.76019;RBI=0.0102797;REFB=-0.0219059;REVB=0.00875544;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073775;STB=0.545324;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0323845;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:6:6:4:3:6:6 chr22 23256464 . G C 1829.49 PASS AF=0.98374;AO=120;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0100686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4029;QD=59.4955;RBI=0.0101281;REFB=-0.131589;REVB=0.00109668;RO=3;SAF=55;SAR=65;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252014;STB=0.50877;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00189577;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:3:2:120:121:0.98374:65:55:3:0:65:56:2:0 chr22 23263602 . C T 1331.63 PASS AF=0.981308;AO=53;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0221066;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.636;QD=49.7804;RBI=0.0950782;REFB=-0.160907;REVB=0.0924725;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.513155;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00460609;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:107:0:2:53:105:0.981308:19:34:0:0:68:37:2:0 chr22 23438191 . C T 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0177463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.048;QD=10.5942;RBI=0.0188206;REFB=-0.0216031;REVB=0.00626762;RO=42;SAF=15;SAR=7;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134013;STB=0.57863;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0502627;OID=.;OPOS=23438191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:7:15:24:18:7:15:24:18 chr22 23466387 . TG GT,TT 245.95 PASS AF=0.333333,0.357143;AO=6,13;DP=38;FAO=14,15;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=9,2;FSAR=5,13;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0235752,-0.00311517;FXX=0;HRUN=10,1;LEN=2,1;MLLD=53.6903,172.903;QD=23.4236;RBI=0.0318516,0.0185593;REFB=-0.0278611,-0.0147679;REVB=0.0214181,0.018296;RO=13;SAF=2,6;SAR=4,7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.373394,-0.199178;STB=0.568769,0.829306;STBP=0.549,0.002;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0088951,0.0242971;OID=.,.;OPOS=23466387,23466388;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:38:42:13:13:6,13:14,15:0.333333,0.357143:4,7:2,6:9:4:5,13:9,2:10:3 chr22 23474972 . A G 159.96 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0323879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.809;QD=8.53112;RBI=0.0397886;REFB=-0.0110596;REVB=-0.0231118;RO=52;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146062;STB=0.514693;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0350368;OID=.;OPOS=23474972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:53:22:22:0.293333:12:10:23:29:12:10:23:30 chr22 23482460 . A G 411.26 PASS AF=0.40678;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0656895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6082;QD=13.9409;RBI=0.0708002;REFB=-0.0165042;REVB=-0.0264113;RO=70;SAF=19;SAR=29;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813752;STB=0.545962;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0324174;OID=.;OPOS=23482460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:70:70:48:48:0.40678:29:19:33:37:29:19:33:37 chr22 23498329 . CA TG 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0303822;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=211.854;QD=4.01764;RBI=0.0348461;REFB=0.000242531;REVB=-0.0170637;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420857;STB=0.796812;STBP=0.147;TYPE=mnp;VARB=-0.00326367;OID=.;OPOS=23498329;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:1:5:14:14:1:5:14:14 chr22 23503121 . G A 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00372767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.908;QD=25.3158;RBI=0.0119978;REFB=0.00626857;REVB=-0.0114041;RO=13;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28703;STB=0.660212;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00382248;OID=.;OPOS=23503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:6:14:4:9:6:14:4:9 chr22 23513523 . A C 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0278568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.011;QD=50.1338;RBI=0.0281468;REFB=-0.120624;REVB=0.00402992;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517227;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00168875;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:10:14:0:0:10:14:1:0 chr22 23523630 . C A 293.2 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00575807;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.201;QD=26.6543;RBI=0.0657907;REFB=-0.036915;REVB=-0.0655382;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161208;STB=0.508922;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0260246;OID=.;OPOS=23523630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:18:18:26:26:0.590909:11:15:10:8:11:15:10:8 chr22 23541488 . C T 958.41 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016377;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.288;QD=58.9789;RBI=0.0348552;REFB=0;REVB=0.0307681;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68407e-05;OID=.;OPOS=23541488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr22 23585132 . A G 222.71 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0373704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.713;QD=12.5472;RBI=0.038935;REFB=-0.0214181;REVB=0.0109264;RO=44;SAF=8;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185627;STB=0.607223;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0317231;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:19:8:20:24:19:8:20:24 chr22 23627369 . A G 513.79 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0325932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.386;QD=21.8632;RBI=0.0347177;REFB=-0.01837;REVB=0.0119584;RO=45;SAF=20;SAR=29;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274465;STB=0.515132;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0188848;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:29:20:17:28:29:20:17:28 chr22 23915652 . G A 318.6 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00310152;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.877;QD=18.2054;RBI=0.0314202;REFB=-0.000141703;REVB=0.0312667;RO=35;SAF=10;SAR=24;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519651;STB=0.540093;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=8.29637e-05;OID=.;OPOS=23915652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:35:36:34:34:0.485714:24:10:12:23:24:10:13:23 chr22 24038847 . T C 204.98 PASS AF=0.446809;AO=12;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0471755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.8356;QD=17.4446;RBI=0.1185;REFB=-0.0890136;REVB=0.108704;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.637447;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.140075;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:12:21:0.446809:6:6:12:12:15:6:13:12 chr22 24086107 . A G 977.32 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.601;QD=58.3477;RBI=0.0344669;REFB=0;REVB=-0.0314112;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19386e-05;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:32:34:0:0:33:34:0:0 chr22 24108412 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0656872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.947;QD=19.18;RBI=0.0657028;REFB=-0.0159708;REVB=-0.00142861;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017866;STB=0.510188;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.020152;OID=.;OPOS=24108412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:4:7:8:5:4:7 chr22 24143502 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.796;QD=59.0186;RBI=0.0586988;REFB=0;REVB=0.0207239;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164837;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr22 24158899 . C A 144.75 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0205602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.598;QD=15.6491;RBI=0.0354101;REFB=-0.0146967;REVB=-0.0288297;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194256;STB=0.594481;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00964835;OID=.;OPOS=24158899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:8:8:14:6:8:8:14:7 chr22 24224655 . G A 289.91 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=80;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00192315;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.065;QD=13.8054;RBI=0.0225539;REFB=-0.0336933;REVB=0.0224718;RO=47;SAF=14;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989048;STB=0.521726;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0235679;OID=.;OPOS=24224655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:47:51:32:33:0.392857:18:14:25:22:18:15:25:26 chr22 24224659 . C A 261.2 PASS AF=0.364706;AO=30;DP=84;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00773563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.813;QD=12.2916;RBI=0.00784915;REFB=-0.0109342;REVB=0.00133008;RO=52;SAF=14;SAR=16;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367788;STB=0.519072;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.013771;OID=.;OPOS=24224659;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:52:54:30:31:0.364706:16:14:26:26:17:14:26:28 chr22 24237463 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00826403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.367;QD=16.6185;RBI=0.0167193;REFB=-0.0059794;REVB=-0.0145342;RO=27;SAF=17;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426443;STB=0.517376;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00938423;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:6:17:19:8:6:17:20:8 chr22 24323227 . G A 1329.04 PASS AF=0.453674;AO=142;DP=313;FAO=142;FDP=313;FR=.;FRO=171;FSAF=90;FSAR=52;FSRF=106;FSRR=65;FWDB=-0.0115499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.496;QD=16.9845;RBI=0.0116457;REFB=-0.0142923;REVB=-0.00149094;RO=170;SAF=90;SAR=52;SRF=105;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170572;STB=0.508154;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0132475;OID=.;OPOS=24323227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:170:171:142:142:0.453674:52:90:105:65:52:90:106:65 chr22 24325062 . G A 647.91 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00824513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.658;QD=57.5921;RBI=0.00950867;REFB=-0.0537584;REVB=0.00473631;RO=2;SAF=12;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226323;STB=0.512065;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00390307;OID=.;OPOS=24325062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:31:12:1:1:31:12:1:1 chr22 24451378 . T C,TC 34.98 PASS AF=0,0.150943;AO=2,8;DP=53;FAO=0,8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0596655,0.0652887;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.885,22.9051;QD=2.64004;RBI=0.0679348,0.0906944;REFB=-4.35402e-05,-0.0166599;REVB=-0.0324833,-0.0629514;RO=43;SAF=1,0;SAR=1,8;SRF=28;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.125526,-0.740007;STB=0.5,0.893362;STBP=1,0.036;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0886046;OID=.,.;OPOS=24451378,24451379;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:53:53:43:45:2,8:0,8:0,0.150943:1,8:1,0:28:15:0,7:0,1:28:17 chr22 24459438 . T C 1758.28 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.625;QD=60.6303;RBI=0.0696422;REFB=0;REVB=0.027082;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586945;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:116:0:0:110:116:1:61:49:0:0:63:53:0:0 chr22 24468386 . G A 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0507914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.03;QD=24.9293;RBI=0.0507938;REFB=-0.0100652;REVB=-0.000497512;RO=19;SAF=15;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998414;STB=0.555511;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00784613;OID=.;OPOS=24468386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:10:15:9:10:10:15:9:10 chr22 24535559 . T C 508.15 PASS AF=0.404255;AO=56;DP=140;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.0102088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.797;QD=14.4156;RBI=0.0152168;REFB=0.0127756;REVB=0.0112842;RO=81;SAF=30;SAR=26;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134184;STB=0.565033;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0205676;OID=.;OPOS=24535559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:81:84:56:57:0.404255:26:30:33:48:27:30:35:49 chr22 24546298 . G A 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0284323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.835;QD=15.1959;RBI=0.0311271;REFB=-0.00145213;REVB=-0.0126689;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06213;STB=0.535676;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00213891;OID=.;OPOS=24546298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:13:5:6:20:13:5:6:20 chr22 24562965 . GC G,GG 39.22 PASS AF=0.184211,0.105263;AO=7,4;DP=35;FAO=7,4;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=1,4;FSAR=6,0;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0506606,0.0606728;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.2369,20.6571;QD=4.12849;RBI=0.0629656,0.112204;REFB=-0.166626,-0.106083;REVB=-0.0373921,0.094385;RO=24;SAF=1,4;SAR=6,0;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0.351852,0;SSSB=-0.39289,0.661284;STB=0.740766,0.997748;STBP=0.21,0.02;TYPE=del,snp;VARB=0.196963,0.115822;OID=.,.;OPOS=24562966,24562966;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184211,0.105263:7,4:35:7,4:38:27:1,4:6,0:10:17:17:24:1,4:6,0:10:14 chr22 24564477 . C T 683.55 PASS AF=0.463087;AO=69;DP=149;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.00676455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.241;QD=18.3503;RBI=0.00715585;REFB=-0.016808;REVB=0.00233387;RO=80;SAF=31;SAR=38;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109339;STB=0.56065;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0192619;OID=.;OPOS=24564477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:80:80:69:69:0.463087:38:31:45:35:38:31:45:35 chr22 24579049 . G A 58.62 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0294755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.518;QD=3.34976;RBI=0.0296029;REFB=-0.00206152;REVB=0.00274331;RO=59;SAF=1;SAR=10;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521958;STB=0.868795;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00749007;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:59:59:11:11:0.157143:10:1:27:32:10:1:27:32 chr22 24579157 . GA TC 51.19 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0169946;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=244.205;QD=2.92491;RBI=0.026816;REFB=-0.00507646;REVB=-0.0207432;RO=59;SAF=1;SAR=9;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458605;STB=0.832541;STBP=0.057;TYPE=mnp;VARB=0.0429332;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:59:60:10:10:0.142857:9:1:24:35:9:1:24:36 chr22 24717850 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.83;QD=56.1916;RBI=0.0459864;REFB=0;REVB=0.0026042;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296447;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr22 24761467 . G A 635.52 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139366;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.118;QD=62.002;RBI=0.0567551;REFB=0;REVB=0.0550173;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190977;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr22 24964128 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0931404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.814;QD=62.0206;RBI=0.0947873;REFB=0;REVB=-0.0175929;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000524842;OID=.;OPOS=24964128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr22 25003922 . G A 351.55 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0415147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.9922;QD=15.4527;RBI=0.051743;REFB=-0.0240357;REVB=0.0308847;RO=48;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779816;STB=0.523244;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.022012;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:91:48:53:38:38:0.417582:18:20:29:19:18:20:30:23 chr22 25003934 . G A 163.31 PASS AF=0.257732;AO=20;DP=92;FAO=25;FDP=97;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0124803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.644;QD=6.73429;RBI=0.0132009;REFB=-0.0153941;REVB=-0.00430176;RO=71;SAF=10;SAR=10;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617425;STB=0.545643;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0393744;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:97:71:72:20:25:0.257732:10:10:39:32:13:12:39:33 chr22 25145453 . C A,T 718.09 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,49;DP=51;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108706,-0.0110782;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.62,118.011;QD=56.3206;RBI=0.0150054,0.0416389;REFB=0,0;REVB=-0.0103438,0.0401381;RO=0;SAF=2,17;SAR=0,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.70321e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000457829,0.00167809;OID=.,.;OPOS=25145453,25145453;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:2,49:2,49:0.0392157,0.960784:0,32:2,17:0:0:0,32:2,17:0:0 chr22 25145471 . A G 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.283;QD=62.3462;RBI=0.0471686;REFB=0;REVB=0.0126266;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121432;OID=.;OPOS=25145471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr22 25147423 . C T 526.36 PASS AF=0.51;AO=46;DP=95;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0186585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.932;QD=21.0546;RBI=0.0402556;REFB=-0.0276852;REVB=-0.0356703;RO=48;SAF=30;SAR=16;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146238;STB=0.580336;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0267822;OID=.;OPOS=25147423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:48:49:46:51:0.51:16:30:24:24:18:33:24:25 chr22 25291180 . CTTTTC CTT,CTTTC 188.21 PASS AF=0.560976,0.0731707;AO=19,5;DP=42;FAO=23,3;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=13,1;FSAR=10,2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0407929,-0.316255;FXX=0.0238039;HRUN=4,4;LEN=3,1;MLLD=195.219,14.9294;QD=18.3621;RBI=0.0408153,0.320361;REFB=-0.0358716,-0.121861;REVB=-0.00135222,-0.051125;RO=11;SAF=10,2;SAR=9,3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.225806,0.267754;STB=0.616154,0.564808;STBP=0.079,0.87;TYPE=del,del;VARB=0.0261475,0.180949;OID=.,.;OPOS=25291183,25291181;OREF=TTC,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.560976,0.0731707:19,5:42:23,3:41:15:13,1:10,2:4:11:84:11:10,2:9,3:2:9 chr22 25424579 . C A 157.42 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0320674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0993;QD=17.0179;RBI=0.0348009;REFB=-0.0333642;REVB=0.01352;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409917;STB=0.546162;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0358935;OID=.;OPOS=25424579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:20:20:15:17:0.459459:11:4:6:14:13:4:6:14 chr22 25425282 . A G 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0507991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7774;QD=9.09913;RBI=0.0625658;REFB=-0.0135936;REVB=-0.036523;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103902;STB=0.563956;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0229488;OID=.;OPOS=25425282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:8:11:6:3:8:11 chr22 25425340 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0180327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.893;QD=11.3693;RBI=0.0196014;REFB=0.00230339;REVB=-0.00768357;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760866;STB=0.545372;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0043156;OID=.;OPOS=25425340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:10:9:6:5:10:9 chr22 25425403 . T C 72.22 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0441652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.689;QD=8.49631;RBI=0.0916301;REFB=-0.00955258;REVB=-0.0802839;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0143436;OID=.;OPOS=25425403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:12:12:5:5:12:12 chr22 25435140 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.004631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.272;QD=21.353;RBI=0.0143377;REFB=0.00752672;REVB=0.0135692;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449419;STB=0.525508;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00364211;OID=.;OPOS=25435140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:4:5:8:5:4:5 chr22 25436904 . T C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0156389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.452;QD=19.8495;RBI=0.0241404;REFB=-0.02255;REVB=0.0183898;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197984;STB=0.611511;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0205878;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:3:10:8:7:3:10 chr22 25577688 . G A 357.13 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0136449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4955;QD=26.953;RBI=0.0425488;REFB=-0.0712876;REVB=0.0403015;RO=19;SAF=20;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110571;STB=0.560502;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0410045;OID=.;OPOS=25577688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:14:20:8:11:14:20:8:11 chr22 25577733 . T C 266.95 PASS AF=0.581395;AO=23;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0192249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.613;QD=24.8325;RBI=0.019465;REFB=-0.013544;REVB=-0.00304767;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267106;STB=0.514913;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.011044;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:18:23:25:0.581395:12:11:8:10:13:12:8:10 chr22 25601196 . C G 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00388119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5467;QD=11.9167;RBI=0.0491442;REFB=0.0110708;REVB=0.0489907;RO=37;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00413111;STB=0.50239;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.02048;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:13:9:15:22:13:9:15:22 chr22 25617436 . T A 455.2 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0449831;FXX=0.0624922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2883;QD=24.2772;RBI=0.0465517;REFB=-0.0166158;REVB=-0.0119827;RO=32;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160084;STB=0.587831;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0109389;OID=.;OPOS=25617436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:75:32:32:43:43:0.573333:25:18:20:12:25:18:20:12 chr22 25627604 . G A 723.97 PASS AF=0.530303;AO=70;DP=133;FAO=70;FDP=132;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0072098;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.657;QD=21.9384;RBI=0.0162984;REFB=-0.00269946;REVB=0.014617;RO=62;SAF=29;SAR=41;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142753;STB=0.57832;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0017471;OID=.;OPOS=25627604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:62:62:70:70:0.530303:41:29:36:26:41:29:36:26 chr22 25714153 . C T 35.34 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.00432137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.175;QD=1.88456;RBI=0.00450221;REFB=-0.00403823;REVB=-0.0012632;RO=67;SAF=5;SAR=3;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698672;STB=0.553497;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.027133;OID=.;OPOS=25714153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:67:67:8:8:0.106667:3:5:38:29:3:5:38:29 chr22 25714180 . A G 51.27 PASS AF=0.125;AO=11;DP=88;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0130377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.596;QD=2.33025;RBI=0.0324862;REFB=-0.012317;REVB=-0.0297551;RO=76;SAF=9;SAR=2;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403094;STB=0.78892;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0465696;OID=.;OPOS=25714180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:88:88:76:77:11:11:0.125:2:9:38:38:2:9:39:38 chr22 25714182 . A G 51.22 PASS AF=0.125;AO=11;DP=88;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=5.51031e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.822;QD=2.32837;RBI=0.0299573;REFB=-0.00461607;REVB=-0.0299573;RO=77;SAF=9;SAR=2;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396468;STB=0.78892;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.030053;OID=.;OPOS=25714182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:88:88:77:77:11:11:0.125:2:9:39:38:2:9:39:38 chr22 25714218 . A T 195.38 PASS AF=0.258929;AO=29;DP=114;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=-0.0114996;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.667;QD=6.9779;RBI=0.0259775;REFB=-0.00587083;REVB=-0.0232935;RO=82;SAF=10;SAR=19;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332667;STB=0.694298;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0385576;OID=.;OPOS=25714218;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:82:83:29:29:0.258929:19:10:51:31:19:10:51:32 chr22 25714220 . C G 162.91 PASS AF=0.22807;AO=26;DP=114;FAO=26;FDP=114;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.0119775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.85;QD=5.71611;RBI=0.0120082;REFB=-0.0105066;REVB=0.000857034;RO=87;SAF=15;SAR=11;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466299;STB=0.524672;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0326158;OID=.;OPOS=25714220;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:87:88:26:26:0.22807:11:15:47:40:11:15:48:40 chr22 25715774 . G A 222.11 PASS AF=0.341463;AO=27;DP=81;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=-0.00214732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.832;QD=10.8346;RBI=0.0085596;REFB=-0.015625;REVB=-0.00828588;RO=53;SAF=23;SAR=4;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238337;STB=0.597326;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0291781;OID=.;OPOS=25715774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:53:54:27:28:0.341463:4:23:38:15:5:23:39:15 chr22 25753231 . G A 489.44 PASS AF=0.381579;AO=58;DP=153;FAO=58;FDP=152;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.00349397;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5701;QD=12.88;RBI=0.00501016;REFB=-0.000317274;REVB=0.0035908;RO=94;SAF=24;SAR=34;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118044;STB=0.566902;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000371951;OID=.;OPOS=25753231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:94:94:58:58:0.381579:34:24:49:45:34:24:49:45 chr22 26159289 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0153865;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=347.306;QD=19.0582;RBI=0.0162702;REFB=-0.00521991;REVB=0.00528899;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115002;STB=0.564906;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00742573;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:6:14:11:8:6:14 chr22 26164079 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00866323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.245;QD=10.4387;RBI=0.0350463;REFB=-0.0262769;REVB=0.0339587;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1922;STB=0.615207;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0297207;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:5:8:12:15:5:8:12:15 chr22 26166900 . G C 708.64 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.388;QD=62.9903;RBI=0.0219156;REFB=0;REVB=0.0172501;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79772e-05;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:19:26:0:0 chr22 26173661 . T C 362.05 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00111161;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.419;QD=55.6992;RBI=0.0387895;REFB=0;REVB=0.0387736;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58307e-05;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr22 26193982 . C G 1272.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0343;QD=61.3113;RBI=0.0898905;REFB=0;REVB=0.0893499;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053309;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:83:0:0:75:83:1:47:28:0:0:55:28:0:0 chr22 26194045 . T C 859.49 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381269;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.493;QD=58.2707;RBI=0.0105854;REFB=0;REVB=0.00987494;RO=0;SAF=14;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011239;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:44:14:0:0:45:14:0:0 chr22 26239850 . C A 698.04 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.347;QD=62.048;RBI=0.0374359;REFB=0;REVB=-0.0151622;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000862359;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:26:19:0:0 chr22 26422454 . T C 215.96 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00445439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.025;QD=15.155;RBI=0.00596883;REFB=-0.0140688;REVB=0.00397308;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161163;STB=0.591476;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0140396;OID=.;OPOS=26422454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:15:10:18:14:15:10:18:14 chr22 26422980 . A G 359.54 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0182967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.016;QD=17.3274;RBI=0.0226534;REFB=-0.00801512;REVB=-0.0133569;RO=44;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687341;STB=0.532302;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0105742;OID=.;OPOS=26422980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:45:38:38:0.457831:18:20:20:24:18:20:21:24 chr22 26853905 . C A 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0272412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.234;QD=17.5877;RBI=0.0363426;REFB=-0.0152152;REVB=0.0240563;RO=27;SAF=4;SAR=18;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162366;STB=0.612452;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0261413;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:18:4:8:19:18:4:9:19 chr22 26854441 . G A 350.17 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0218827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.659;QD=28.0137;RBI=0.0323444;REFB=-0.0401604;REVB=0.0238182;RO=20;SAF=10;SAR=20;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275176;STB=0.515142;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0148205;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:20:10:6:14:20:10:6:14 chr22 26859942 . C T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0038305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.108;QD=11.5972;RBI=0.0183232;REFB=-0.0121825;REVB=0.0179184;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254625;STB=0.515126;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0216253;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:10:11:6:6:10:11 chr22 26862212 . T C 395.43 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00477781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.741;QD=20.5416;RBI=0.0135069;REFB=-0.0286935;REVB=-0.0126336;RO=37;SAF=22;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685646;STB=0.530623;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0277708;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:37:37:39:40:0.519481:17:22:18:19:18:22:18:19 chr22 26884039 . G A 118.97 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0017091;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.179;QD=7.80136;RBI=0.0113046;REFB=-0.00265439;REVB=-0.0111747;RO=43;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365448;STB=0.531459;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0116185;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:44:17:17:0.278689:10:7:19:24:10:7:20:24 chr22 26895337 . G A 299.11 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.014934;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.145;QD=15.9523;RBI=0.0265328;REFB=-0.00737537;REVB=0.0219309;RO=42;SAF=12;SAR=21;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116184;STB=0.565616;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0120815;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:33:33:0.44:21:12:20:22:21:12:20:22 chr22 26895517 . A T 602.79 PASS AF=0.560748;AO=45;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0050051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.814;QD=22.5343;RBI=0.0103132;REFB=-0.0224222;REVB=0.00901723;RO=42;SAF=11;SAR=34;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987216;STB=0.501945;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0216645;OID=.;OPOS=26895517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:42:47:45:60:0.560748:34:11:14:28:36:24:19:28 chr22 26932150 . G A 310.96 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0199319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1436;QD=13.9756;RBI=0.0464479;REFB=-0.00951342;REVB=-0.0419539;RO=54;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00624387;STB=0.503553;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0142858;OID=.;OPOS=26932150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:19:16:25:29:19:16:25:29 chr22 26937327 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.42;QD=62.3509;RBI=0.0686211;REFB=0;REVB=0.0388499;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104872;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr22 26951185 . C G 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0655349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.423;QD=15.5701;RBI=0.066008;REFB=-0.0133639;REVB=-0.00788851;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657668;STB=0.538389;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.029709;OID=.;OPOS=26951185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:8:4:3:8:8:4 chr22 27021457 . T C,G 681.35 PASS AF=0.921569,0.0588235;AO=47,3;DP=51;FAO=47,3;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23,1;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00120233,-0.0454358;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=216.733,14.2124;QD=53.4395;RBI=0.0103327,0.0789851;REFB=-0.107263,-0.034083;REVB=0.0102625,-0.0646084;RO=0;SAF=23,1;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5102,0.59939;STBP=0.522,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00046407,0.262734;OID=.,.;OPOS=27021457,27021457;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:51:51:0:1:47,3:47,3:0.921569,0.0588235:24,2:23,1:0:0:24,2:23,1:0:1 chr22 28316590 . CT CTG,CTGG,TG 970.6 PASS AF=1,0,0;AO=64,9,3;DP=78;FAO=78,0,0;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,0;FSAR=60,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474685,-0.0251362,-0.0445765;FXX=0;HRUN=2,2,3;LEN=1,2,2;MLLD=18.6001,8.13216,4.32957;QD=49.7744;RBI=0.19395,0.0997635,0.143602;REFB=-0.0234532,-0.0362715,-0.000991077;REVB=-0.188052,-0.0965449,-0.136508;RO=1;SAF=17,0,1;SAR=47,9,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.00994514,0,0.163246;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=-0.00351255,0,0;OID=.,.,.;OPOS=28316592,28316592,28316590;OREF=-,-,CT;OALT=G,GG,TG;OMAPALT=CTG,CTGG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:78:1:0:64,9,3:78,0,0:1,0,0:47,9,2:17,0,1:0:1:60,0,0:18,0,0:0:0 chr22 28378472 . A G 381.43 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0101485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8886;QD=22.4373;RBI=0.0115769;REFB=-0.0121159;REVB=-0.00557068;RO=29;SAF=13;SAR=25;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123773;STB=0.572806;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0114432;OID=.;OPOS=28378472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:30:38:38:0.558824:25:13:6:23:25:13:6:24 chr22 28379103 . G A 133.56 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00131801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3482;QD=7.97352;RBI=0.0510833;REFB=-0.0025407;REVB=0.0510663;RO=47;SAF=8;SAR=11;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106748;STB=0.571578;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0090175;OID=.;OPOS=28379103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:48:19:19:0.283582:11:8:24:23:11:8:25:23 chr22 28559120 . G C 346.08 PASS AF=0.607143;AO=26;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0581205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5356;QD=24.7202;RBI=0.0589977;REFB=-0.0245674;REVB=-0.0101359;RO=22;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950376;STB=0.517847;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0141307;OID=.;OPOS=28559120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:26:34:0.607143:17:9:10:12:17:17:10:12 chr22 29001619 . T C 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0387738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1525;QD=11.1266;RBI=0.0427536;REFB=0.00419014;REVB=-0.0180129;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114096;STB=0.566855;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00683217;OID=.;OPOS=29001619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:11:6:9:25:11:6:9:25 chr22 29130458 . T C 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00463581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.788;QD=17.4543;RBI=0.0136735;REFB=-0.0184008;REVB=-0.0128637;RO=29;SAF=20;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263232;STB=0.64885;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0164391;OID=.;OPOS=29130458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:7:20:14:15:7:20:14:15 chr22 29182500 . C A 1713.17 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.26;QD=60.6432;RBI=0.0187794;REFB=0;REVB=-0.0113338;RO=0;SAF=48;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42821e-06;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:65:48:0:0:65:48:0:0 chr22 29449686 . CAAAAAAT CAAAAA,CAAAAAT 174.81 PASS AF=1,0;AO=9,4;DP=22;FAO=18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0663529,0.244876;FXX=0.142789;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=18.8506,10.4613;QD=38.8455;RBI=0.138178,0.245377;REFB=0,0;REVB=0.121204,-0.0156736;RO=2;SAF=2,3;SAR=7,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.11124,0.407562;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00652676,0.000912347;OID=.,.;OPOS=29449692,29449687;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:9,4:22:18,0:18:0:5,0:13,0:0:0:3:2:2,3:7,1:0:2 chr22 29450107 . A G 366.58 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0332415;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.6197;QD=16.1133;RBI=0.0363859;REFB=0.0064305;REVB=0.0147967;RO=49;SAF=15;SAR=24;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619366;STB=0.511664;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0166341;OID=.;OPOS=29450107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:49:52:39:39:0.428571:24:15:16:33:24:15:19:33 chr22 29453027 . A G 257.77 PASS AF=0.5;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0157567;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.827;QD=18.4124;RBI=0.0157622;REFB=-0.0112998;REVB=0.000414559;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131749;STB=0.571378;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0109789;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:27:28:0.5:12:15:11:16:12:16:12:16 chr22 29542748 . C A 2345.96 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6699;QD=60.934;RBI=0.0167878;REFB=0;REVB=-0.00787474;RO=0;SAF=57;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85442e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69748e-05;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:96:57:0:0:97:57:0:0 chr22 29621128 . C G 323.19 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.077;QD=53.8657;RBI=0.0743626;REFB=0;REVB=0.0258709;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981414;OID=.;OPOS=29621128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr22 29630337 . G A 455.22 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00997194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.775;QD=28.4512;RBI=0.044215;REFB=-0.0246122;REVB=0.0430758;RO=22;SAF=18;SAR=24;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457139;STB=0.524875;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0153719;OID=.;OPOS=29630337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:22:42:42:0.65625:24:18:11:11:24:18:11:11 chr22 29726624 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0165385;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.796;QD=16.9323;RBI=0.0259959;REFB=-0.0210626;REVB=0.0200566;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171635;STB=0.599822;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0187434;OID=.;OPOS=29726624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:7:5:3:9:7:5 chr22 29727866 . C T 465.09 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3785;QD=58.1365;RBI=0.0575787;REFB=0;REVB=0.0212596;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875689;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:20:12:0:0 chr22 29727886 . T C 149.31 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224298;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2967;QD=45.9402;RBI=0.0247793;REFB=0;REVB=0.0105319;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248716;OID=.;OPOS=29727886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr22 29755888 . T C 1190.45 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.637;QD=61.0486;RBI=0.0115914;REFB=0;REVB=-0.00982381;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.93499e-06;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:43:34:0:0:44:34:0:0 chr22 29885861 . T C 159.54 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.465;QD=45.5837;RBI=0.0650234;REFB=0;REVB=0.062959;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239033;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:10:4:0:0 chr22 29886413 . A G 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8556;QD=54.5119;RBI=0.0600232;REFB=0;REVB=0.051423;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000912328;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr22 29886893 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.237;QD=56.1914;RBI=0.0201656;REFB=0;REVB=0.00499935;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68795e-05;OID=.;OPOS=29886893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:19:9:0:0 chr22 29904519 . T C 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00807021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.305;QD=8.71557;RBI=0.0100549;REFB=-0.00986021;REVB=-0.0059977;RO=44;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110369;STB=0.565655;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0317602;OID=.;OPOS=29904519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:9:10:19:25:9:10:19:25 chr22 29913272 . C T 1394.94 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.414;QD=62.694;RBI=0.0245325;REFB=0;REVB=0.0211027;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04163e-05;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:48:40:0:0:48:41:0:0 chr22 29957570 . G A 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.99;QD=61.0487;RBI=0.0153808;REFB=0;REVB=0.00239855;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37896e-05;OID=.;OPOS=29957570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr22 30221201 . G A 531.1 PASS AF=0.595238;AO=49;DP=85;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0277925;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1268;QD=25.2906;RBI=0.100923;REFB=-0.0418962;REVB=0.0970207;RO=35;SAF=17;SAR=32;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177045;STB=0.604413;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0379589;OID=.;OPOS=30221201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:35:34:49:50:0.595238:32:17:20:15:33:17:20:14 chr22 30234192 . TGCC T 50.13 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777002;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=203.663;QD=33.422;RBI=0.10121;REFB=0;REVB=0.064854;RO=0;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00324879;OID=.;OPOS=30234193;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:6:6:6:0:4:2:0:0:4:0:3:1:0:0 chr22 30638584 . C T 286.71 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0142373;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9888;QD=17.6439;RBI=0.0260962;REFB=-0.00958187;REVB=0.0218703;RO=36;SAF=9;SAR=22;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217044;STB=0.588569;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00760313;OID=.;OPOS=30638584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:36:34:31:31:0.476923:22:9:18:18:22:9:15:19 chr22 30638721 . G A 335.0 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.024285;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.441;QD=26.2741;RBI=0.0244788;REFB=-0.022324;REVB=0.00307416;RO=18;SAF=12;SAR=20;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695742;STB=0.545427;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00992098;OID=.;OPOS=30638721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:18:19:32:32:0.627451:20:12:5:13:20:12:5:14 chr22 30662763 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0337386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.488;QD=6.5736;RBI=0.034012;REFB=-0.000589354;REVB=-0.00430367;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444666;STB=0.776992;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0026341;OID=.;OPOS=30662763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:12:4:4:2:12:4 chr22 30681256 . GC G,GG 423.98 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=9,21;DP=30;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295923,0.0265548;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=299.743,309.904;QD=56.5303;RBI=0.0636078,0.0619384;REFB=0,0;REVB=0.056305,0.0559572;RO=0;SAF=5,15;SAR=4,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0549683,-0.000444393;OID=.,.;OPOS=30681257,30681257;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0666667,0.933333:9,21:30:2,28:30:0:2,18:0,10:0:0:6:0:5,15:4,6:0:0 chr22 30682767 . T C 489.28 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00411479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.344;QD=27.5654;RBI=0.00883313;REFB=-0.0143903;REVB=-0.00781619;RO=24;SAF=18;SAR=27;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924144;STB=0.565685;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0166066;OID=.;OPOS=30682767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:24:26:45:45:0.633803:27:18:13:11:27:18:15:11 chr22 30689998 . G A 464.92 PASS AF=0.594595;AO=42;DP=72;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00877918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.023;QD=25.131;RBI=0.0210302;REFB=-0.0160952;REVB=0.0191101;RO=29;SAF=23;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227908;STB=0.504948;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0104684;OID=.;OPOS=30689998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:29:30:42:44:0.594595:19:23:15:14:20:24:16:14 chr22 30714683 . CA C,CC 724.28 PASS AF=1,0;AO=23,26;DP=50;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0827899,-0.137535;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.188,159.859;QD=57.9425;RBI=0.0897586,0.137633;REFB=0,0;REVB=0.0346762,0.00520301;RO=0;SAF=0,24;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.21284e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000118857,0;OID=.,.;OPOS=30714684,30714684;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:23,26:50:50,0:50:0:25,0:25,0:0:0:4:0:0,24:23,2:0:0 chr22 30737748 . T C 279.91 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00848103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.961;QD=14.1729;RBI=0.0119226;REFB=-0.034143;REVB=-0.0083797;RO=46;SAF=22;SAR=10;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161262;STB=0.599595;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0493574;OID=.;OPOS=30737748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:10:22:25:21:10:22:25:22 chr22 30762178 . G A 386.74 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00865741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=342.062;QD=20.9046;RBI=0.0126617;REFB=-0.000371427;REVB=-0.00923944;RO=34;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152407;STB=0.590456;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000266186;OID=.;OPOS=30762178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:34:35:39:39:0.527027:17:22:13:21:17:22:13:22 chr22 30770603 . T A 1266.86 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103984;FXX=0.03529;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.56;QD=61.798;RBI=0.0108914;REFB=0;REVB=0.00323963;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365951;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:38:44:0:0 chr22 30771554 . T G 1188.91 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.271;QD=60.9697;RBI=0.0827368;REFB=0;REVB=-0.0702831;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27077e-05;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:41:34:0:0:42:36:0:0 chr22 30782731 . G A 211.83 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00708817;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.734;QD=14.3613;RBI=0.0190101;REFB=-0.00728204;REVB=0.0176392;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099595;STB=0.556572;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00640484;OID=.;OPOS=30782731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:13:21:13:12:13:21 chr22 30794719 . C T 629.1 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0277187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0693;QD=20.97;RBI=0.0644173;REFB=-0.0274539;REVB=0.0581486;RO=57;SAF=16;SAR=47;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121316;STB=0.566981;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0259066;OID=.;OPOS=30794719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:57:63:63:0.525:47:16:21:36:47:16:21:36 chr22 30820707 . A G 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00145154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.582;QD=16.0661;RBI=0.0218552;REFB=-0.0166715;REVB=0.0218069;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141979;STB=0.565147;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0279077;OID=.;OPOS=30820707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:8:10:16:7:8:10:16:8 chr22 30823113 . T G 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0394978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.206;QD=23.0939;RBI=0.0460108;REFB=-0.0202171;REVB=-0.0235992;RO=12;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737045;STB=0.54113;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.011337;OID=.;OPOS=30823113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:4:13:10:2:4:13:10:2 chr22 30823196 . T C 268.75 PASS AF=0.54;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0124893;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.551;QD=21.4996;RBI=0.0126757;REFB=-0.0354652;REVB=0.00216572;RO=23;SAF=20;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348293;STB=0.524981;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0315314;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:26:27:0.54:6:20:17:6:6:21:17:6 chr22 30857373 . A C 943.06 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.532;QD=58.0346;RBI=0.0305733;REFB=0;REVB=0.0112092;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121312;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:61:65:1:30:31:0:0:34:31:0:0 chr22 30857448 . A G 854.04 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553374;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.065;QD=57.901;RBI=0.0554315;REFB=0;REVB=0.00322739;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176837;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr22 30862400 . T A 977.24 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359205;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.863;QD=58.3428;RBI=0.012211;REFB=0;REVB=0.0116708;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00545548;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:30:35:0:0:32:35:0:0 chr22 30864817 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.37;QD=48.7372;RBI=0.0164257;REFB=0;REVB=0.0125871;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73398e-05;OID=.;OPOS=30864817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr22 30891412 . G A 249.56 PASS AF=0.365854;AO=27;DP=79;FAO=30;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00954807;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.309;QD=12.1736;RBI=0.0229748;REFB=-0.0143771;REVB=-0.0208968;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129567;STB=0.533311;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0214895;OID=.;OPOS=30891412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:35:52:27:30:0.365854:16:11:10:25:16:14:27:25 chr22 30927975 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.246;QD=49.5949;RBI=0.0742954;REFB=0;REVB=0.00186787;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244765;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr22 30934885 . C T 364.02 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0118101;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.866;QD=23.485;RBI=0.0125796;REFB=-0.0130395;REVB=0.00433211;RO=26;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212048;STB=0.511663;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0048269;OID=.;OPOS=30934885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:26:26:36:36:0.580645:19:17:13:13:19:17:13:13 chr22 31090229 . GC G 378.08 PASS AF=1;AO=35;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.0325;QD=35.17;RBI=0.0912438;REFB=-0.0525263;REVB=0.0557497;RO=5;SAF=22;SAR=13;SRF=2;SRR=3;SSEN=0.228763;SSEP=0;SSSB=0.0560155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0189761;OID=.;OPOS=31090230;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:43:43:43:0:25:18:0:0:5:5:22:13:2:3 chr22 31266546 . T C 955.76 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.608;QD=58.8163;RBI=0.0242334;REFB=0;REVB=0.0177669;RO=0;SAF=51;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010579;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:13:51:0:0:13:52:0:0 chr22 31302125 . C G 255.82 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2002;QD=51.163;RBI=0.0282495;REFB=0;REVB=-0.0279119;RO=0;SAF=19;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000698614;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:1:19:0:0:1:19:0:0 chr22 31302233 . T C 750.61 PASS AF=1;AO=42;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.462;QD=63.8815;RBI=0.0804912;REFB=0;REVB=0.0713776;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413309;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:42:47:1:18:24:0:0:18:29:0:0 chr22 31333631 . T C,G 1612.43 PASS AF=0.954128,0.0458716;AO=102,4;DP=106;FAO=104,5;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59,4;FSAR=45,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616389,-0.00414208;FXX=0.0603396;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.44,155.09;QD=59.1718;RBI=0.0177402,0.00622711;REFB=0,0;REVB=0.0166349,-0.00464975;RO=0;SAF=59,4;SAR=43,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0011949,0.0263468;OID=.,.;OPOS=31333631,31333631;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:106:109:0:0:102,4:104,5:0.954128,0.0458716:43,0:59,4:0:0:45,1:59,4:0:0 chr22 31342376 . G C 616.16 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=130;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.00582138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.648;QD=18.9589;RBI=0.0304659;REFB=-0.0118569;REVB=0.0299046;RO=67;SAF=22;SAR=41;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392422;STB=0.521732;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0134533;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:67:63:63:0.484615:41:22:26:41:41:22:26:41 chr22 31354653 . G A 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=347.865;QD=57.4358;RBI=0.0131896;REFB=-0.000859478;REVB=-0.000295805;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=9.90108e-06;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:0:1:35:32:0:1 chr22 31521404 . G A 877.72 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2072;QD=55.7279;RBI=0.0491158;REFB=-0.104859;REVB=0.0462789;RO=1;SAF=6;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00850769;STB=0.504503;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00399946;OID=.;OPOS=31521404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:61:62:0.984127:55:6:0:1:55:7:0:1 chr22 31521850 . A C 175.97 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.592;QD=46.9251;RBI=0.0687125;REFB=0;REVB=0.0251446;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044542;OID=.;OPOS=31521850;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:8:7:0:0 chr22 31533796 . G C 512.71 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0193751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.015;QD=20.3052;RBI=0.019711;REFB=-0.00451514;REVB=0.00362355;RO=49;SAF=41;SAR=11;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137252;STB=0.576231;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00374496;OID=.;OPOS=31533796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:11:41:33:16:11:41:33:16 chr22 31533967 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00397809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.949;QD=12.7297;RBI=0.00400278;REFB=-0.00780632;REVB=-0.000443862;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110103;STB=0.565077;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.01284;OID=.;OPOS=31533967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:4:8:5:4:4:8 chr22 31535872 . G C 181.39 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0472326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4357;QD=24.1848;RBI=0.0484573;REFB=-0.0137264;REVB=0.0108257;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243242;STB=0.636209;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0132235;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:12:6:8:4:12:6:8:4 chr22 31535995 . C G 216.93 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00171185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.306;QD=18.8631;RBI=0.0189001;REFB=-0.0301705;REVB=-0.0188224;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164593;STB=0.60117;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0480058;OID=.;OPOS=31535995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:7:14:12:12:7:15:12:12 chr22 31536133 . A C 1129.97 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5432;QD=59.472;RBI=0.0218299;REFB=0;REVB=0.00892228;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012289;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195024;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:1:0:75:76:1:37:38:1:0:37:39:0:0 chr22 31556103 . A G 790.91 PASS AF=0.373016;AO=93;DP=250;FAO=94;FDP=252;FR=.;FRO=158;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=90;FSRR=68;FWDB=-0.00509469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.446;QD=12.5541;RBI=0.00581129;REFB=-0.00458222;REVB=0.00279556;RO=156;SAF=47;SAR=46;SRF=90;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079467;STB=0.537048;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00541457;OID=.;OPOS=31556103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:252:156:158:93:94:0.373016:46:47:90:66:46:48:90:68 chr22 31663842 . C G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.482;QD=57.0002;RBI=0.0085892;REFB=0;REVB=-0.000944535;RO=0;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08088e-05;OID=.;OPOS=31663842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:43:11:0:0:43:11:0:0 chr22 31673111 . A G 327.0 PASS AF=0.5;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0170987;FXX=0.0555478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.321;QD=19.2352;RBI=0.0181765;REFB=0.00559009;REVB=-0.0061659;RO=32;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243012;STB=0.529599;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00682906;OID=.;OPOS=31673111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:68:32:34:34:34:0.5:19:15:15:17:19:15:17:17 chr22 31673116 . A G 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00972087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.561;QD=19.8666;RBI=0.0130402;REFB=-0.0216868;REVB=0.00869207;RO=34;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500158;STB=0.527762;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0199354;OID=.;OPOS=31673116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:19:17:18:16:19:17:18:16 chr22 31679110 . G C,GC 750.4 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=38,10;DP=50;FAO=45,3;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22,3;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249224,0.0204221;FXX=0.020404;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=156.425,141.217;QD=62.5337;RBI=0.184532,0.0366003;REFB=0,0;REVB=0.182841,-0.030373;RO=1;SAF=20,5;SAR=18,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0228522,-0.0811734;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.000957338,0.0211471;OID=.,.;OPOS=31679110,31679111;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:50:48:1:0:38,10:45,3:0.9375,0.0625:18,5:20,5:1:0:23,0:22,3:0:0 chr22 31685256 . C G 316.29 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00166802;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.572;QD=22.5923;RBI=0.0247434;REFB=0.00103489;REVB=0.0246871;RO=24;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222862;STB=0.623209;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.000487376;OID=.;OPOS=31685256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:24:24:32:32:0.571429:21:11:15:9:21:11:15:9 chr22 31722886 . T G 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0398045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.312;QD=18.7118;RBI=0.0472465;REFB=0.00546583;REVB=0.0254525;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195539;STB=0.511099;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00518882;OID=.;OPOS=31722886;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:12:7:7:11:12:7 chr22 31744072 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0129311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.603;QD=16.728;RBI=0.0129661;REFB=0.0025761;REVB=-0.000952121;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664805;STB=0.503812;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.00246757;OID=.;OPOS=31744072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:6:10:12:7:6:10:12:7 chr22 31843489 . A C 390.5 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0329169;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.346;QD=18.8195;RBI=0.0334509;REFB=-0.0153693;REVB=0.00595327;RO=43;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295924;STB=0.516475;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0269438;OID=.;OPOS=31843489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:43:43:40:40:0.481928:22:18:18:25:22:18:18:25 chr22 31859859 . A G 404.83 PASS AF=0.66;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00651716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.435;QD=32.3861;RBI=0.0459747;REFB=-0.0409815;REVB=-0.0455104;RO=16;SAF=21;SAR=12;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267174;STB=0.654584;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00869549;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:16:17:33:33:0.66:12:21:3:13:12:21:3:14 chr22 31971258 . T C 544.64 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9596;QD=55.8604;RBI=0.0911661;REFB=-0.123591;REVB=0.0832517;RO=2;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049227;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00575325;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:2:1:37:38:0.974359:18:19:0:2:19:19:0:1 chr22 32011225 . T C 145.47 PASS AF=0.933333;AO=11;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.139432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.1077;QD=38.7916;RBI=0.159973;REFB=-0.147208;REVB=-0.0784214;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52937;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0319087;OID=.;OPOS=32011225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:15:15:0:1:11:14:0.933333:6:5:0:0:6:8:1:0 chr22 32015450 . T G 669.77 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.868;QD=62.3043;RBI=0.0239634;REFB=0;REVB=0.0236462;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124207;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:16:26:0:0:16:27:0:0 chr22 32021731 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0261193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.279;QD=20.3163;RBI=0.0324429;REFB=-0.0619766;REVB=-0.0192439;RO=15;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740321;STB=0.509794;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0292982;OID=.;OPOS=32021731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:18:19:19:0.513514:6:13:9:6:6:13:12:6 chr22 32110163 . G A 304.61 PASS AF=0.642857;AO=26;DP=41;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0243061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.854;QD=29.0102;RBI=0.0244372;REFB=-0.0290999;REVB=0.00252847;RO=15;SAF=12;SAR=14;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178163;STB=0.601352;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0143618;OID=.;OPOS=32110163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:15:15:26:27:0.642857:14:12:3:12:14:13:3:12 chr22 32112461 . T C 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00219958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.479;QD=19.3697;RBI=0.0041614;REFB=0.00836036;REVB=0.00353257;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326017;STB=0.518496;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00705058;OID=.;OPOS=32112461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:6:9:9:7:6:9 chr22 32222476 . C G 576.25 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0173464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2422;QD=22.3786;RBI=0.03421;REFB=0.0015737;REVB=0.029486;RO=43;SAF=30;SAR=27;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13897;STB=0.588802;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00110527;OID=.;OPOS=32222476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:43:46:57:57:0.553398:27:30:15:28:27:30:15:31 chr22 32334021 . T A 306.98 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0199829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.199;QD=11.6943;RBI=0.0241309;REFB=-0.00622256;REVB=-0.0135271;RO=67;SAF=19;SAR=19;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141634;STB=0.580911;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00965827;OID=.;OPOS=32334021;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:67:38:38:0.361905:19:19:25:42:19:19:25:42 chr22 32334203 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0203481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.359;QD=9.56963;RBI=0.0203481;REFB=-0.0113676;REVB=-1.35822e-05;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129171;STB=0.578129;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0229002;OID=.;OPOS=32334203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:4:11:5:3:4:11 chr22 32334229 . A C 30.41 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8684;QD=11.0578;RBI=0.012197;REFB=-0.0271462;REVB=-0.012197;RO=5;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.032957;OID=.;OPOS=32334229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:6:5:5:0.454545:5:0:0:5:5:0:0:6 chr22 32377135 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.173;QD=57.2011;RBI=0.0755971;REFB=0;REVB=0.0670316;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941426;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr22 32546946 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.89;QD=53.2772;RBI=0.0222937;REFB=0;REVB=-0.0222567;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68006e-05;OID=.;OPOS=32546946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr22 32547012 . G A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.779;QD=51.1774;RBI=0.00528819;REFB=0;REVB=-0.00396089;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93243e-06;OID=.;OPOS=32547012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr22 32554985 . A G 805.3 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018819;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.369;QD=57.5216;RBI=0.0245438;REFB=0;REVB=-0.0157557;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109431;OID=.;OPOS=32554985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:55:56:1:24:31:0:0:24:32:0:0 chr22 32554994 . G A 308.14 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00718952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.916;QD=20.8909;RBI=0.108496;REFB=-0.0186414;REVB=-0.108257;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144832;STB=0.579973;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0194365;OID=.;OPOS=32554994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:15:17:19:8:15:17:19:8 chr22 32586854 . C T 31.5 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0294298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.159;QD=2.4228;RBI=0.0344222;REFB=-0.00508543;REVB=-0.0178543;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31113;STB=0.730991;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0200458;OID=.;OPOS=32586854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:4:2:28:18:4:2:28:18 chr22 32586875 . G A 33.26 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.00759359;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9052;QD=1.62229;RBI=0.0325458;REFB=-0.00133993;REVB=0.0316475;RO=73;SAF=3;SAR=5;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243429;STB=0.680043;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00253782;OID=.;OPOS=32586875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:86:82:73:74:8:8:0.097561:5:3:43:30:5:3:43:31 chr22 32586878 . A G 31.63 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0205731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.767;QD=1.45432;RBI=0.0237207;REFB=-0.00195428;REVB=-0.0118077;RO=79;SAF=3;SAR=5;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205029;STB=0.661578;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0124423;OID=.;OPOS=32586878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:79:79:8:8:0.091954:5:3:44:35:5:3:44:35 chr22 32587023 . C G 717.35 PASS AF=0.364807;AO=85;DP=234;FAO=85;FDP=233;FR=.;FRO=148;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=84;FSRR=64;FWDB=0.0157957;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7424;QD=12.315;RBI=0.0448215;REFB=-0.011776;REVB=-0.041946;RO=148;SAF=37;SAR=48;SRF=83;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140117;STB=0.583582;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.018695;OID=.;OPOS=32587023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:148:148:85:85:0.364807:48:37:83:65:48:37:84:64 chr22 32587027 . G C 713.85 PASS AF=0.360169;AO=85;DP=236;FAO=85;FDP=236;FR=.;FRO=151;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=83;FSRR=68;FWDB=-0.00633377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.529;QD=12.0992;RBI=0.00641623;REFB=-0.00957566;REVB=0.00102536;RO=150;SAF=38;SAR=47;SRF=83;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119181;STB=0.565461;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0233832;OID=.;OPOS=32587027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:150:151:85:85:0.360169:47:38:83:67:47:38:83:68 chr22 32589023 . C T 568.89 PASS AF=0.421053;AO=64;DP=153;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=0.0118917;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6756;QD=14.9707;RBI=0.0237563;REFB=-0.0126888;REVB=0.0205657;RO=86;SAF=24;SAR=40;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095019;STB=0.513933;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0129234;OID=.;OPOS=32589023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:86:88:64:64:0.421053:40:24:33:53:40:24:35:53 chr22 32589034 . T C 587.0 PASS AF=0.430464;AO=65;DP=152;FAO=65;FDP=151;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=-0.0173939;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.273;QD=15.5496;RBI=0.0212882;REFB=-0.0182573;REVB=-0.0122735;RO=84;SAF=25;SAR=40;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00391068;STB=0.507557;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0263247;OID=.;OPOS=32589034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:84:86:65:65:0.430464:40:25:32:52:40:25:32:54 chr22 32590449 . G A 347.05 PASS AF=0.4;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0359295;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9117;QD=13.8822;RBI=0.0381733;REFB=-0.0127742;REVB=0.0128946;RO=57;SAF=15;SAR=25;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875892;STB=0.546851;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.014971;OID=.;OPOS=32590449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:57:60:40:40:0.4:25:15:26:31:25:15:27:33 chr22 32754103 . A C 443.78 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00295264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.567;QD=17.7513;RBI=0.0576416;REFB=-0.00332323;REVB=0.0575659;RO=54;SAF=19;SAR=26;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183069;STB=0.59713;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00516316;OID=.;OPOS=32754103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:26:19:33:21:26:19:33:22 chr22 32754230 . A G 321.43 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0336934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4254;QD=11.583;RBI=0.0368709;REFB=-0.011673;REVB=-0.0149738;RO=68;SAF=22;SAR=18;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874855;STB=0.536567;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0105103;OID=.;OPOS=32754230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:71:40:40:0.36036:18:22:32:36:18:22:35:36 chr22 32754232 . C T 347.82 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=121;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0217347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.602;QD=11.4982;RBI=0.021938;REFB=-0.0192211;REVB=0.00298005;RO=77;SAF=25;SAR=18;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142078;STB=0.577331;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.025812;OID=.;OPOS=32754232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:77:78:43:43:0.355372:18:25:35:42:18:25:36:42 chr22 32754306 . T C 374.49 PASS AF=0.343284;AO=46;DP=134;FAO=46;FDP=134;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.0225436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.102;QD=11.1788;RBI=0.025729;REFB=-0.0197391;REVB=-0.0124004;RO=87;SAF=21;SAR=25;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300001;STB=0.513693;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0406607;OID=.;OPOS=32754306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:87:88:46:46:0.343284:25:21:42:45:25:21:42:46 chr22 32756407 . A G 740.8 PASS AF=0.510638;AO=72;DP=140;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0069136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.64;QD=21.0156;RBI=0.0651755;REFB=-0.0156629;REVB=-0.0648077;RO=68;SAF=43;SAR=29;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100461;STB=0.559095;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0164194;OID=.;OPOS=32756407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:68:69:72:72:0.510638:29:43:33:35:29:43:33:36 chr22 32756555 . G C 992.51 PASS AF=0.502488;AO=99;DP=199;FAO=101;FDP=201;FR=.;FRO=100;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=-0.0130808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4516;QD=19.7515;RBI=0.038284;REFB=0.0245442;REVB=0.0359799;RO=100;SAF=51;SAR=48;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412503;STB=0.5223;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0236545;OID=.;OPOS=32756555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:201:100:100:99:101:0.502488:48:51:47:53:49:52:47:53 chr22 32756744 . A G 266.03 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0257859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5945;QD=13.8197;RBI=0.0348551;REFB=-0.0041292;REVB=0.0234514;RO=45;SAF=13;SAR=17;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174095;STB=0.599437;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00870581;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:45:46:30:31:0.402597:17:13:27:18:18:13:27:19 chr22 32759025 . G C 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0203401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.207;QD=18.7851;RBI=0.021445;REFB=-0.0379569;REVB=0.0067947;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545227;STB=0.530368;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0321214;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:16:17:19:14:16:17:19:14 chr22 32784051 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.010203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.591;QD=11.1041;RBI=0.02259;REFB=0.00942392;REVB=-0.0201546;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558176;STB=0.841088;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0255603;OID=.;OPOS=32784051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:7:3:6:1:7:3 chr22 32795641 . C T 469.32 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00858891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1982;QD=20.6294;RBI=0.0141202;REFB=-0.0365297;REVB=0.0112076;RO=44;SAF=22;SAR=24;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793336;STB=0.549073;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0368627;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:46:46:0.505495:24:22:25:19:24:22:26:19 chr22 32811952 . A G 476.29 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0639083;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.124;QD=21.6495;RBI=0.0641481;REFB=-0.0129566;REVB=0.0055411;RO=41;SAF=23;SAR=23;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104157;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011128;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:41:42:46:46:0.522727:23:23:21:20:23:23:21:21 chr22 32871383 . T G 670.61 PASS AF=0.462585;AO=68;DP=147;FAO=68;FDP=147;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.00272486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5386;QD=18.2478;RBI=0.0226566;REFB=-0.025144;REVB=-0.0224922;RO=79;SAF=39;SAR=29;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534691;STB=0.529689;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0276616;OID=.;OPOS=32871383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:79:79:68:68:0.462585:29:39:41:38:29:39:41:38 chr22 32875190 . G A 1055.92 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.969;QD=59.4887;RBI=0.00408261;REFB=0;REVB=0.00158336;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13784e-05;OID=.;OPOS=32875190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:41:29:0:0:41:30:0:0 chr22 32887150 . C T 835.41 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.658;QD=56.638;RBI=0.0175996;REFB=0;REVB=0.009016;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000808602;OID=.;OPOS=32887150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:35:21:0:0:38:21:0:0 chr22 33253280 . T C 1193.66 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238097;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3446;QD=61.2135;RBI=0.0343031;REFB=0;REVB=-0.0246941;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314474;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr22 33253292 . C T 1171.01 PASS AF=0.963415;AO=78;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0285502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.81;QD=57.1224;RBI=0.0475854;REFB=0.0961371;REVB=0.0380691;RO=2;SAF=35;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262774;STB=0.519995;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.000960695;OID=.;OPOS=33253292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:2:3:78:79:0.963415:43:35:2:0:43:36:3:0 chr22 35463162 . A G 1538.19 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000758075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.933;QD=59.7353;RBI=0.016229;REFB=0;REVB=0.0162113;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15155e-05;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:41:61:0:0:41:62:0:0 chr22 35463179 . T C 1572.97 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.338;QD=59.9227;RBI=0.0148599;REFB=0;REVB=0.00543175;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28989e-05;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:43:62:0:0:43:62:0:0 chr22 35463249 . C T 1561.12 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00936344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.817;QD=62.445;RBI=0.0307967;REFB=-0.0162833;REVB=0.0293387;RO=0;SAF=58;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=6.63877e-05;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:98:99:0.99:40:58:0:0:40:59:1:0 chr22 35660875 . G T 165.65 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0310753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7932;QD=11.4241;RBI=0.0312548;REFB=-0.0154045;REVB=0.00334569;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176243;STB=0.602551;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0261332;OID=.;OPOS=35660875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:8:13:17:20:8:13:17:20 chr22 35679951 . T C 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0116235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.867;QD=14.2308;RBI=0.0157691;REFB=-0.00945699;REVB=-0.0106564;RO=36;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00670139;STB=0.503814;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00953094;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:11:15:21:15:11:15:21:15 chr22 35817553 . C T 187.22 PASS AF=0.338028;AO=23;DP=72;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0225059;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.313;QD=10.5475;RBI=0.0551397;REFB=-0.0283579;REVB=0.0503376;RO=47;SAF=13;SAR=10;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035774;STB=0.536236;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0449688;OID=.;OPOS=35817553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:47:47:23:24:0.338028:10:13:28:19:11:13:28:19 chr22 36007045 . G A 1283.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.482;QD=61.8512;RBI=0.0792468;REFB=0;REVB=0.0748522;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184941;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr22 36007075 . C T 1080.46 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000937004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0715;QD=60.0258;RBI=0.00172884;REFB=0;REVB=-0.00145289;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39442e-06;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr22 36122930 . C T 344.35 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00451684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.55;QD=13.1181;RBI=0.0152501;REFB=-0.00841353;REVB=-0.0145658;RO=62;SAF=20;SAR=21;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557003;STB=0.530711;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0124577;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:64:41:41:0.390476:21:20:27:35:21:20:28:36 chr22 36124860 . C G 306.93 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0161438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.991;QD=18.0549;RBI=0.0164937;REFB=-0.0089177;REVB=-0.00337937;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0040763;STB=0.502278;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0104638;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:19:14:15:20:19:14:15:20 chr22 36537893 . A G 191.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0783468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.388;QD=47.8071;RBI=0.0784057;REFB=0;REVB=0.00304041;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000560528;OID=.;OPOS=36537893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr22 36545137 . A T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.058;QD=60.547;RBI=0.0225372;REFB=0;REVB=0.00999182;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8643e-05;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr22 36556823 . G T 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5356;QD=57.5435;RBI=0.0180054;REFB=0;REVB=0.000593373;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126425;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr22 36573945 . A G 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0148146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.9007;QD=11.5707;RBI=0.0370843;REFB=0.00783272;REVB=0.0339967;RO=42;SAF=13;SAR=11;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140914;STB=0.581121;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0146301;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:11:13:28:14:11:13:28:14 chr22 36575664 . G A 516.79 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=129;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.025311;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.092;QD=16.1498;RBI=0.0254602;REFB=-0.0142998;REVB=-0.00275231;RO=72;SAF=26;SAR=30;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105484;STB=0.558933;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0152075;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:72:72:56:56:0.4375:30:26:41:31:30:26:41:31 chr22 36587202 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00706127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.339;QD=10.6344;RBI=0.0351892;REFB=-0.0162761;REVB=-0.0344734;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380118;STB=0.731115;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0134365;OID=.;OPOS=36587202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:5:8:2:6:5:8 chr22 36587223 . G T 46.89 PASS AF=0.307692;AO=6;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0247557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.274;QD=7.21428;RBI=0.0255749;REFB=-0.00521145;REVB=-0.00642151;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320963;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0178201;OID=.;OPOS=36587223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:26:26:16:18:6:8:0.307692:2:4:6:10:3:5:8:10 chr22 36587279 . A G 247.17 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0457521;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1924;QD=19.3858;RBI=0.0465263;REFB=-0.0406056;REVB=-0.0084524;RO=21;SAF=17;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110699;STB=0.528619;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0290216;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:21:25:26:26:0.509804:9:17:11:10:9:17:15:10 chr22 36587404 . G A 382.98 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0570579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2803;QD=17.4082;RBI=0.0571976;REFB=-0.00163448;REVB=0.00399657;RO=48;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777218;STB=0.543457;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00312385;OID=.;OPOS=36587404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:19:21:29:19:19:21:29:19 chr22 36587486 . A G 320.97 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0216372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1134;QD=16.4601;RBI=0.0402921;REFB=-0.01173;REVB=0.0339895;RO=44;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142478;STB=0.565339;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.016663;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:43:34:35:0.448718:16:18:17:27:17:18:17:26 chr22 36587511 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0222;QD=59.1429;RBI=0.0443793;REFB=0;REVB=-0.0295258;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421729;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr22 36587845 . A ACT 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00143892;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.799;QD=17.8403;RBI=0.0121638;REFB=-0.0179739;REVB=-0.0120784;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890391;STB=0.53679;STBP=0.752;TYPE=ins;VARB=0.0233579;OID=.;OPOS=36587846;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:14:29:14:28:14:6:8:5:9:99:15:6:8:5:10 chr22 36587952 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0693874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4632;QD=19.3688;RBI=0.0770768;REFB=-0.00086284;REVB=-0.0335591;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103689;STB=0.559875;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00585846;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:3:4:7:3:3:4 chr22 36591380 . A G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00254586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.52;QD=13.5805;RBI=0.0545983;REFB=-0.017687;REVB=0.0545389;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451358;STB=0.526285;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0316093;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:8:9:16:12:8:9:16:12 chr22 36598049 . C G 769.3 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8892;QD=56.9853;RBI=0.0662593;REFB=0;REVB=0.0586653;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799272;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:30:24:0:0 chr22 36598058 . T C 766.81 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548634;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.767;QD=55.7682;RBI=0.0585853;REFB=0;REVB=-0.0205486;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48945e-05;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:29:24:0:0:30:25:0:0 chr22 36623731 . T C 1571.87 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145282;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.962;QD=59.8808;RBI=0.0181995;REFB=0;REVB=0.0109614;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16519e-05;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:104:105:1:49:55:0:0:49:56:0:0 chr22 36650956 . G A 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0207467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1444;QD=18.6204;RBI=0.0478743;REFB=-0.00371469;REVB=-0.0431453;RO=39;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000638249;STB=0.500356;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00295839;OID=.;OPOS=36650956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:19:18:19:20:19:18:19:20 chr22 36661330 . G A 1265.07 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.02;QD=61.7107;RBI=0.03446;REFB=0;REVB=-0.00430069;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77678e-05;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:49:32:0:0:49:33:0:0 chr22 36661536 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7948;QD=53.9111;RBI=0.0345673;REFB=0;REVB=-0.0344682;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445285;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr22 36661566 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.403;QD=57.6807;RBI=0.028211;REFB=0;REVB=-0.0058059;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46718e-05;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr22 36661646 . G A 670.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0492;QD=62.3415;RBI=0.059185;REFB=0;REVB=0.0510235;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118577;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr22 36661842 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.67;QD=56.7066;RBI=0.0686503;REFB=0;REVB=0.0634917;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221976;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr22 36677400 . G A 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.00809165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.786;QD=16.064;RBI=0.0142192;REFB=-0.00925412;REVB=0.0116924;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238424;STB=0.633002;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.016615;OID=.;OPOS=36677400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:25:6:11:15:25:6 chr22 36678453 . C G 223.83 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0381205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.282;QD=19.4638;RBI=0.0455149;REFB=-0.0135225;REVB=-0.0248683;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118415;STB=0.566869;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0143683;OID=.;OPOS=36678453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:10:14:10:12:10:14 chr22 36678476 . C A 172.85 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0147253;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.464;QD=17.728;RBI=0.0267798;REFB=-0.0344231;REVB=-0.0223679;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157753;STB=0.589647;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0445638;OID=.;OPOS=36678476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:7:14:9:9:7:14 chr22 36684354 . T C 258.61 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0132054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.231;QD=16.4199;RBI=0.0310045;REFB=-0.0164033;REVB=-0.0280517;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609162;STB=0.534223;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0273528;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:17:12:12:22:17:12:12:22 chr22 36684358 . C A 244.26 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0109325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.464;QD=15.5083;RBI=0.0175411;REFB=-0.0226603;REVB=0.0137176;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874126;STB=0.549261;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0452124;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:16:12:12:23:16:12:12:23 chr22 36691607 . A C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.647;QD=57.7123;RBI=0.0134954;REFB=0;REVB=0.0132193;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30503e-05;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr22 36723941 . T C 236.25 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00833288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.884;QD=17.5;RBI=0.00879769;REFB=0.0029899;REVB=0.00282178;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988874;STB=0.555513;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00452826;OID=.;OPOS=36723941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:11:17:13:13:11:17 chr22 36900271 . T C 640.47 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00638247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.051;QD=20.8284;RBI=0.0432057;REFB=-0.0310694;REVB=-0.0427317;RO=58;SAF=46;SAR=18;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280789;STB=0.659223;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0203519;OID=.;OPOS=36900271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:58:59:64:64:0.520325:18:46:24:34:18:46:24:35 chr22 36900806 . A G 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.000546074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3704;QD=16.4256;RBI=0.0102957;REFB=0.0129132;REVB=-0.0102812;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377341;STB=0.716172;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0141906;OID=.;OPOS=36900806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:2:9:4:7:2:9 chr22 37163329 . C T 750.8 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0298284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.0967;QD=61.2901;RBI=0.0783365;REFB=-0.101792;REVB=0.0724354;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.511106;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00270668;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:0:1:48:48:0.979592:22:26:0:0:22:26:0:1 chr22 37196971 . C A 571.65 PASS AF=1;AO=27;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.816;QD=60.1738;RBI=0.117219;REFB=0;REVB=0.117166;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338326;OID=.;OPOS=37196971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:27:38:1:9:18:0:0:18:20:0:0 chr22 37267767 . A G 727.21 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017344;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.771;QD=57.0364;RBI=0.0216625;REFB=0;REVB=0.0129789;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81946e-05;OID=.;OPOS=37267767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr22 37268257 . C T 1018.22 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0453637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.854;QD=56.5677;RBI=0.045795;REFB=-0.111982;REVB=-0.0062703;RO=2;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0030384;STB=0.501607;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00179371;OID=.;OPOS=37268257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:39:31:1:1:39:31:1:1 chr22 37271882 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.513;QD=64.1532;RBI=0.0308537;REFB=0;REVB=-0.0205212;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05392e-06;OID=.;OPOS=37271882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr22 37318309 . C A 743.18 PASS AF=0.414508;AO=80;DP=193;FAO=80;FDP=193;FR=.;FRO=113;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=0.0354907;FXX=0.0102559;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.087;QD=15.4026;RBI=0.0393785;REFB=-0.0270074;REVB=0.0170611;RO=108;SAF=41;SAR=39;SRF=61;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539519;STB=0.521209;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0400102;OID=.;OPOS=37318309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:108:113:80:80:0.414508:39:41:61:47:39:41:62:51 chr22 37333794 . A G 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.434;QD=56.7011;RBI=0.0526456;REFB=0;REVB=0.00923267;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142625;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr22 37420890 . C T 167.12 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0486509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.329;QD=15.1926;RBI=0.0498271;REFB=-0.0073356;REVB=-0.0107621;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393585;STB=0.522702;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00841346;OID=.;OPOS=37420890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:12:14:9:9:12:14 chr22 37453452 . C T 744.56 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0775797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.818;QD=53.1827;RBI=0.0818899;REFB=-0.209935;REVB=0.0262171;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.521731;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00257591;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:56:56:0:2:54:54:0.964286:22:32:0:0:22:32:0:2 chr22 37465114 . G A 46.62 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0297828;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1826;QD=20.7192;RBI=0.0313818;REFB=-0.0723629;REVB=0.00988936;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284202;STB=0.713603;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0181254;OID=.;OPOS=37465114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:9:9:2:3:6:6:0.666667:2:4:0:2:2:4:0:3 chr22 37469591 . G A 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00339115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.793;QD=21.8387;RBI=0.00355278;REFB=-0.00856529;REVB=-0.00105943;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196157;STB=0.609592;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00648973;OID=.;OPOS=37469591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:8:16:11:14:8:16 chr22 37485724 . T C 721.26 PASS AF=0.401015;AO=79;DP=199;FAO=79;FDP=197;FR=.;FRO=118;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=63;FSRR=55;FWDB=0.00977531;FXX=0.0149993;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.259;QD=14.6448;RBI=0.00999589;REFB=-0.00906714;REVB=-0.00208832;RO=110;SAF=39;SAR=40;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538459;STB=0.524079;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0131239;OID=.;OPOS=37485724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:197:110:118:79:79:0.401015:40:39:60:50:40:39:63:55 chr22 37524619 . G T 457.33 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0168078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9452;QD=20.5541;RBI=0.0621397;REFB=-0.04023;REVB=-0.0598234;RO=43;SAF=19;SAR=26;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110905;STB=0.565507;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0391605;OID=.;OPOS=37524619;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:44:45:45:0.505618:26:19:13:30:26:19:13:31 chr22 37531436 . G A 164.32 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0324794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.112;QD=13.6933;RBI=0.0346101;REFB=-0.0144985;REVB=0.011956;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152668;STB=0.596225;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0230437;OID=.;OPOS=37531436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:30:18:18:0.375:8:10:11:16:8:10:12:18 chr22 37578579 . C T 1403.98 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1439;QD=61.7133;RBI=0.0800455;REFB=-0.016667;REVB=0.0160607;RO=1;SAF=47;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099782;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207971;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:91:91:1:0:90:91:1:43:47:1:0:43:48:0:0 chr22 37578807 . G A 1322.31 PASS AF=0.927083;AO=83;DP=90;FAO=89;FDP=96;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=59;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0205662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.246;QD=55.0962;RBI=0.0330409;REFB=-0.0460578;REVB=0.0258599;RO=7;SAF=29;SAR=54;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578072;STB=0.53016;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00287204;OID=.;OPOS=37578807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:90:96:7:7:83:89:0.927083:54:29:5:2:59:30:5:2 chr22 37581485 . C A 699.22 PASS AF=0.913793;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00115052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.919;QD=48.2222;RBI=0.00695701;REFB=-0.0694327;REVB=-0.00686121;RO=4;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626877;STB=0.540968;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00289725;OID=.;OPOS=37581485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:58:58:4:5:53:53:0.913793:28:25:0:4:28:25:0:5 chr22 37602583 . G C,GC 359.57 PASS AF=0.0322581,0.935484;AO=5,24;DP=32;FAO=1,29;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=1,14;FSAR=0,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0936086,0.0411675;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=10.6196,20.8831;QD=46.3959;RBI=0.108652,0.0413632;REFB=-0.0913097,-0.0486532;REVB=0.0551597,-0.00401944;RO=3;SAF=4,10;SAR=1,14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.116878,-0.052221;STB=0.5,0.517229;STBP=1,0.548;TYPE=snp,ins;VARB=0.0817795,0.0076628;OID=.,.;OPOS=37602583,37602584;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:32:31:3:1:5,24:1,29:0.0322581,0.935484:1,14:4,10:2:1:0,15:1,14:1:0 chr22 37603021 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.606;QD=48.7373;RBI=0.07693;REFB=0;REVB=0.00769422;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460528;OID=.;OPOS=37603021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr22 37603051 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.843;QD=46.8473;RBI=0.161426;REFB=0;REVB=0.0125898;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293253;OID=.;OPOS=37603051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr22 37603390 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.557;QD=47.8223;RBI=0.0677624;REFB=0;REVB=0.0459638;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160382;OID=.;OPOS=37603390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr22 37603744 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.542;QD=55.6552;RBI=0.104352;REFB=0;REVB=0.0197262;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762729;OID=.;OPOS=37603744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr22 37622815 . A G 418.06 PASS AF=0.446602;AO=35;DP=104;FAO=46;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0293532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.619;QD=16.2354;RBI=0.0372884;REFB=-0.0213102;REVB=0.0229959;RO=53;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351982;STB=0.557545;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0325724;OID=.;OPOS=37622815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:53:56:35:46:0.446602:20:15:21:32:30:16:25:31 chr22 37678551 . A G 475.04 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00216298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.599;QD=24.3608;RBI=0.0068466;REFB=-0.0390107;REVB=0.00649596;RO=33;SAF=23;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202622;STB=0.511106;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0225048;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:22:23:16:17:22:23:16:17 chr22 37678565 . G A 441.02 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0057094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.826;QD=19.6007;RBI=0.00777246;REFB=-0.0276547;REVB=0.00527389;RO=46;SAF=20;SAR=24;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00183252;STB=0.501018;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.025857;OID=.;OPOS=37678565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:24:20:21:25:24:20:21:25 chr22 37699377 . T C 490.72 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0258541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.175;QD=22.3056;RBI=0.0284551;REFB=-0.0216846;REVB=0.0118851;RO=40;SAF=25;SAR=22;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14277;STB=0.571259;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0151512;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:41:47:47:0.534091:22:25:28:12:22:25:28:13 chr22 37770066 . G T 546.25 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00850835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.622;QD=20.2316;RBI=0.0195194;REFB=-0.0105979;REVB=-0.0175675;RO=52;SAF=28;SAR=28;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100926;STB=0.555536;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00831395;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:52:56:56:0.518519:28:28:32:20:28:28:32:20 chr22 37770357 . A G 431.29 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00158169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.9535;QD=17.6038;RBI=0.0276655;REFB=0.00821379;REVB=-0.0276202;RO=53;SAF=21;SAR=23;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682024;STB=0.532886;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0144831;OID=.;OPOS=37770357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:53:54:44:44:0.44898:23:21:29:24:23:21:29:25 chr22 37771158 . G A 287.91 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0226151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5063;QD=25.0352;RBI=0.0226184;REFB=0.00230302;REVB=0.000388268;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214971;STB=0.511936;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00136311;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:11:15:11:9:11:15:11:9 chr22 37771985 . A G 495.83 PASS AF=0.551724;AO=37;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.00388225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8614;QD=22.7969;RBI=0.0170822;REFB=-0.0443339;REVB=0.0166352;RO=34;SAF=11;SAR=26;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133299;STB=0.501015;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.04917;OID=.;OPOS=37771985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:39:37:48:0.551724:26:11:6:28:37:11:9:30 chr22 37891786 . TGC CTG,TG 42.29 PASS AF=0,0.355556;AO=2,20;DP=46;FAO=0,16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=0,3;FSAR=0,13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0562709,-0.244631;FXX=0.0217344;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=167.944,10.1546;QD=3.75939;RBI=0.0866605,0.244797;REFB=-0.0165745,-0.249742;REVB=-0.0659062,-0.00901499;RO=21;SAF=0,9;SAR=2,11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0.328571;SSEP=0,0;SSSB=-0.494107,-0.0238541;STB=0.5,0.759649;STBP=1,0.021;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.187701;OID=.,.;OPOS=37891786,37891788;OREF=TGC,C;OALT=CTG,-;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:46:45:21:29:2,20:0,16:0,0.355556:2,11:0,9:10:11:0,13:0,3:16:13 chr22 37900276 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0878689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.577;QD=13.6305;RBI=0.0904002;REFB=-0.000420401;REVB=-0.0212426;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47841;STB=0.791595;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00585229;OID=.;OPOS=37900276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:7:1:5:4:7:1:5:4 chr22 37900762 . G A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00768596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.557;QD=16.5274;RBI=0.0186547;REFB=-0.0220733;REVB=-0.0169978;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409847;STB=0.52315;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0312375;OID=.;OPOS=37900762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:15:14:11:14:15:14 chr22 37906308 . GCTCCTT G 432.86 PASS AF=0.299492;AO=58;DP=173;FAO=59;FDP=197;FR=.;FRO=138;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=-0.0844921;FXX=0.0295552;HRUN=1;LEN=6;MLLD=179.788;QD=8.789;RBI=0.0851776;REFB=-0.0175033;REVB=-0.0107852;RO=78;SAF=21;SAR=37;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132631;STB=0.580851;STBP=0.12;TYPE=del;VARB=0.042564;OID=.;OPOS=37906309;OREF=CTCCTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.299492:58:173:59:197:138:22:37:67:71:99:78:21:37:38:40 chr22 37962638 . GC G 139.41 PASS AF=0.96;AO=18;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.181508;FXX=0.0384468;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.13262;QD=22.3051;RBI=0.25643;REFB=-0.0708588;REVB=0.181138;RO=6;SAF=1;SAR=17;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366921;STB=0.512185;STBP=0.638;TYPE=del;VARB=0.0565283;OID=.;OPOS=37962639;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96:18:26:24:25:1:4:20:0:1:5:6:1:17:2:4 chr22 38005143 . A AC 74.74 PASS AF=0.586207;AO=6;DP=38;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0212626;FXX=0.23678;HRUN=0;LEN=1;MLLD=35.1574;QD=10.3092;RBI=0.031686;REFB=-0.0407769;REVB=-0.0234927;RO=31;SAF=0;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.737474;STB=0.628663;STBP=0.118;TYPE=ins;VARB=0.0730635;OID=.;OPOS=38005144;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586207:6:38:17:29:12:12:5:5:7:61:31:0:6:21:10 chr22 38005144 . T C 209.39 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0511434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9419;QD=22.0408;RBI=0.0600912;REFB=0.0079686;REVB=-0.0315484;RO=17;SAF=16;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446923;STB=0.721264;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0067395;OID=.;OPOS=38005144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:17:20:21:0.552632:4:16:5:12:5:16:5:12 chr22 38035851 . A G 223.05 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0198657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2608;QD=16.5219;RBI=0.0568167;REFB=-0.0225722;REVB=-0.0532306;RO=29;SAF=18;SAR=7;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350722;STB=0.519839;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0252926;OID=.;OPOS=38035851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:7:18:20:9:7:18:20:9 chr22 38043444 . C A 66.55 PASS AF=0.275862;AO=5;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0685725;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=312.235;QD=9.17909;RBI=0.0685728;REFB=-0.0361838;REVB=-0.000199708;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105052;STB=0.559852;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0326889;OID=.;OPOS=38043444;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:29:29:10:17:5:8:0.275862:3:2:5:5:4:4:7:10 chr22 38051999 . C T 1556.38 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0147243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.917;QD=58.7314;RBI=0.0177503;REFB=-0.00202261;REVB=0.00991297;RO=1;SAF=67;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703115;STB=0.503703;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-1.15454e-05;OID=.;OPOS=38051999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:38:67:1:0:38:67:1:0 chr22 38062112 . C G 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00345958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.502;QD=21.227;RBI=0.0077292;REFB=-0.0117054;REVB=-0.00691172;RO=24;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105041;STB=0.558101;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00982568;OID=.;OPOS=38062112;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:17:12:7:17:17:12:7:17 chr22 38065655 . A G 512.02 PASS AF=0.972222;AO=36;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=4.55001e-05;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3396;QD=56.8908;RBI=0.00208691;REFB=0.0222855;REVB=0.00208641;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208029;STB=0.511621;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=2.16702e-05;OID=.;OPOS=38065655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:36:35:0.972222:22:14:0:1:21:14:0:1 chr22 38074343 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0164775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.1;QD=19.1095;RBI=0.0234247;REFB=-0.00403801;REVB=0.0166496;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490108;STB=0.527406;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00374756;OID=.;OPOS=38074343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:15:12:13:13:15:12:13:13 chr22 38074434 . G A 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0380152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.175;QD=61.5103;RBI=0.068731;REFB=-0.00918194;REVB=0.0572607;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209034;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000722141;OID=.;OPOS=38074434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:1:0:26:22:1:0 chr22 38122462 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.785;QD=51.1845;RBI=0.0322278;REFB=0;REVB=-0.0201933;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37513e-05;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:11:9:0:0 chr22 38130459 . G C,T 689.76 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=2,42;DP=44;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131799,0.0138409;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.9771,229.403;QD=61.3117;RBI=0.031638,0.0261831;REFB=0,0;REVB=0.028762,0.0222257;RO=0;SAF=1,17;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,2.98888e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0472524,-0.000253221;OID=.,.;OPOS=38130459,38130459;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:44:45:0:0:2,42:1,44:0.0222222,0.977778:1,25:1,17:0:0:1,25:0,19:0:0 chr22 38130472 . T C 740.78 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476969;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1577;QD=56.9835;RBI=0.0597851;REFB=0;REVB=-0.0360453;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000837819;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr22 38164106 . C T 885.93 PASS AF=0.902778;AO=64;DP=71;FAO=65;FDP=72;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0269135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.478;QD=49.2184;RBI=0.0408077;REFB=-0.0672858;REVB=0.0306746;RO=7;SAF=30;SAR=34;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341697;STB=0.517236;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0014336;OID=.;OPOS=38164106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:72:7:7:64:65:0.902778:34:30:2:5:35:30:2:5 chr22 38202398 . A AC 55.4 PASS AF=0.526316;AO=4;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0409137;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=16.3876;QD=11.663;RBI=0.0409137;REFB=-0.0699632;REVB=0;RO=16;SAF=4;SAR=0;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0899436;OID=.;OPOS=38202399;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:4:20:10:19:9:10:0:9:0:53:16:4:0:16:0 chr22 38202399 . T C 38.78 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.00780219;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.2803;QD=8.61712;RBI=0.00780219;REFB=-0.0734608;REVB=0;RO=10;SAF=6;SAR=0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.057379;OID=.;OPOS=38202399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:18:10:12:6:6:0.333333:0:6:10:0:0:6:12:0 chr22 38202552 . T C 884.72 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1795;QD=58.0142;RBI=0.013265;REFB=0;REVB=0.0131641;RO=0;SAF=8;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125922;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:53:8:0:0:53:8:0:0 chr22 38202642 . G T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175303;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.191;QD=59.8394;RBI=0.00893713;REFB=0;REVB=-0.00876351;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0288e-05;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:28:8:0:0:28:8:0:0 chr22 38202734 . G C 392.37 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.045;QD=56.0534;RBI=0.0489375;REFB=0;REVB=-0.00108036;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111983;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:19:9:0:0 chr22 38204089 . C T 354.35 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0212941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.865;QD=21.4756;RBI=0.0221583;REFB=-0.0218706;REVB=-0.00612783;RO=30;SAF=18;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822854;STB=0.545429;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0158011;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:18:18:12:18:18:18:12:18 chr22 38205989 . T C 348.63 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0198469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.578;QD=17.4316;RBI=0.0273807;REFB=-0.0239697;REVB=0.0188628;RO=42;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837038;STB=0.552905;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0292318;OID=.;OPOS=38205989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:20:17:23:19:20:17:24:19 chr22 38341134 . T C 461.86 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.015528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.802;QD=21.4818;RBI=0.0155935;REFB=-0.0146442;REVB=-0.00142747;RO=40;SAF=18;SAR=27;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170894;STB=0.599956;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0126915;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:27:18:24:16:27:18:25:16 chr22 38369976 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.053;QD=51.1842;RBI=0.0406311;REFB=0;REVB=0.0367871;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233855;OID=.;OPOS=38369976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr22 38474696 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.176;QD=64.4152;RBI=0.0274612;REFB=0;REVB=0.0137567;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129985;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr22 38477930 . G A 575.62 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.024407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3264;QD=48.9888;RBI=0.0245816;REFB=-0.0749872;REVB=0.00292459;RO=4;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062462;STB=0.502391;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0724491;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:47:47:4:6:41:41:0.87234:28:13:0:4:28:13:2:4 chr22 38503847 . C T 145.19 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0354714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.373;QD=17.0806;RBI=0.0391439;REFB=-0.013356;REVB=-0.0165537;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169121;STB=0.596892;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0318908;OID=.;OPOS=38503847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:6:10:8:10:6:10:8:10 chr22 38506509 . A G 213.09 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00528597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.071;QD=44.8604;RBI=0.00647929;REFB=-0.103462;REVB=0.00374696;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704612;STB=0.538418;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00183019;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:0:1:6:12:0:1 chr22 38512402 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.024955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.494;QD=14.6494;RBI=0.0255312;REFB=-0.00277901;REVB=0.00539346;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203269;STB=0.618869;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00453142;OID=.;OPOS=38512402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:9:10:10:4:9:10 chr22 38611080 . C G 702.63 PASS AF=0.408377;AO=77;DP=191;FAO=78;FDP=191;FR=.;FRO=113;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=-0.033811;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.245;QD=14.7148;RBI=0.0677721;REFB=-0.0341569;REVB=-0.0587356;RO=105;SAF=34;SAR=43;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133581;STB=0.582021;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0425316;OID=.;OPOS=38611080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:105:113:77:78:0.408377:43:34:60:45:44:34:65:48 chr22 38612372 . A C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0181224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.221;QD=13.486;RBI=0.0235431;REFB=-0.00926722;REVB=0.0150284;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133598;STB=0.597497;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0119164;OID=.;OPOS=38612372;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:5:4:3:7:5:4:3:8 chr22 38643800 . C T 385.32 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.027347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.272;QD=26.1232;RBI=0.0313599;REFB=-0.0503333;REVB=-0.0153488;RO=21;SAF=20;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136647;STB=0.582304;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0296141;OID=.;OPOS=38643800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:22:37:37:0.627119:17:20:7:14:17:20:7:15 chr22 38823136 . T C 410.76 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1669;QD=56.6561;RBI=0.041824;REFB=0;REVB=0.0244833;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623974;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr22 38881701 . T A 58.33 PASS AF=0.32;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0079809;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=70.4929;QD=9.33287;RBI=0.0364791;REFB=-0.0225969;REVB=-0.0355953;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221468;STB=0.559852;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0197345;OID=.;OPOS=38881701;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:25:11:17:8:8:0.32:4:4:8:3:4:4:10:7 chr22 38881704 . T A 45.54 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0100542;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=80.6795;QD=8.67352;RBI=0.0111326;REFB=-0.012076;REVB=-0.00477997;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.600034;STB=0.863255;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0195318;OID=.;OPOS=38881704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:21:11:13:8:8:0.380952:7:1:8:3:7:1:9:4 chr22 38915068 . GT AG 111.67 PASS AF=1;AO=3;DP=38;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150662;FXX=0.217297;HRUN=1;LEN=2;MLLD=8.34988;QD=24.8165;RBI=0.223824;REFB=0;REVB=-0.165523;RO=24;SAF=3;SAR=0;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00620542;OID=.;OPOS=38915068;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:18:24:0:3:18:1:0:3:14:10:0:18:0:0 chr22 39178701 . A G 902.18 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7885;QD=58.2049;RBI=0.0472558;REFB=0;REVB=-0.0105137;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249485;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr22 39222652 . G A 1606.64 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.138;QD=64.2654;RBI=0.0241958;REFB=0;REVB=0.0115645;RO=0;SAF=63;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121704;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:37:63:0:0:37:63:0:0 chr22 39357581 . C T 72.97 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0156737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.352;QD=3.99853;RBI=0.0329253;REFB=-0.00331675;REVB=0.0289553;RO=60;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143719;STB=0.593412;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0158157;OID=.;OPOS=39357581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:60:60:13:13:0.178082:7:6:21:39:7:6:21:39 chr22 39381826 . A G 556.63 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00187557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.507;QD=22.7197;RBI=0.00240389;REFB=-0.00979112;REVB=0.00150363;RO=46;SAF=26;SAR=26;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185322;STB=0.5102;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00781424;OID=.;OPOS=39381826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:26:26:22:24:26:26:22:24 chr22 39381999 . T C 379.05 PASS AF=0.305389;AO=51;DP=167;FAO=51;FDP=167;FR=.;FRO=116;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=-0.0544341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.646;QD=9.07897;RBI=0.0627925;REFB=-0.0175673;REVB=-0.0313021;RO=115;SAF=12;SAR=39;SRF=64;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39804;STB=0.735393;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0250994;OID=.;OPOS=39381999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:115:116:51:51:0.305389:39:12:64:51:39:12:65:51 chr22 39382079 . C A 1171.86 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.665;QD=60.8758;RBI=0.0669923;REFB=0;REVB=0.0218529;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133511;OID=.;OPOS=39382079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:47:28:0:0:48:29:0:0 chr22 39387558 . C T 978.57 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00867739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.376;QD=55.9184;RBI=0.0107429;REFB=0.00719687;REVB=-0.0063334;RO=2;SAF=31;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295161;STB=0.51562;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.000978094;OID=.;OPOS=39387558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:37:31:2:0:37:31:2:0 chr22 39418965 . AGGGGTC AGGGTC,AGGGTCG 64.47 PASS AF=0.23913,0.0326087;AO=28,8;DP=93;FAO=22,3;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=12,3;FSAR=10,0;FSRF=18;FSRR=49;FWDB=-0.0914645,-0.134361;FXX=0.0107515;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=12.4935,86.4445;QD=2.80303;RBI=0.147551,0.135846;REFB=-0.139544,-0.0126947;REVB=-0.115782,-0.020028;RO=51;SAF=15,6;SAR=13,2;SRF=9;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.399533,0.629137;STB=0.702221,0.998005;STBP=0.05,0.017;TYPE=del,mnp;VARB=0.172642,0.117396;OID=.,.;OPOS=39418966,39418969;OREF=G,GTC;OALT=-,TCG;OMAPALT=AGGGTC,AGGGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23913,0.0326087:28,8:93:22,3:92:67:12,3:10,0:18:49:49:51:15,6:13,2:9:42 chr22 39440149 . C T 325.75 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0128;QD=52.1193;RBI=0.13062;REFB=0;REVB=-0.0339095;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342108;OID=.;OPOS=39440149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:1:0:22:25:1:11:11:1:0:12:13:0:0 chr22 39441096 . G T 1485.65 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0243584;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.249;QD=61.264;RBI=0.0333783;REFB=-0.0463528;REVB=0.0228207;RO=1;SAF=39;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120031;STB=0.512497;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000549475;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:97:1:2:95:95:0.979381:56:39:1:0:56:39:2:0 chr22 39441203 . C T 1048.01 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0391176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.102;QD=58.223;RBI=0.0391191;REFB=-0.0349068;REVB=0.000339734;RO=1;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955431;STB=0.505049;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=3.40657e-05;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:49:22:0:1:49:22:0:1 chr22 39445436 . G A 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0152578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.529;QD=19.0576;RBI=0.0154073;REFB=-0.0286604;REVB=0.00214067;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671228;STB=0.538004;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0341756;OID=.;OPOS=39445436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:12:8:9:10:12:8 chr22 39445554 . G A 820.5 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00193722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8696;QD=55.6273;RBI=0.00769048;REFB=-0.187322;REVB=0.00744249;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00310767;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:58:58:0.983051:29:29:0:0:29:29:1:0 chr22 39497509 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6879;QD=60.9784;RBI=0.0314944;REFB=0;REVB=0.000604731;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187471;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr22 39636899 . G GTCTC 155.7 PASS AF=0.516129;AO=13;DP=84;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0323366;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=4;MLLD=145.342;QD=20.0902;RBI=0.0590152;REFB=-0.0901862;REVB=-0.0493674;RO=67;SAF=2;SAR=11;SRF=56;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.721067;STB=0.558205;STBP=0.6;TYPE=ins;VARB=0.0655173;OID=.;OPOS=39636900;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516129:13:84:16:31:15:3:13:4:11:99:67:2:11:56:11 chr22 39709009 . G A 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0468464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.087;QD=23.1237;RBI=0.0468473;REFB=-0.0302915;REVB=0.000288653;RO=22;SAF=9;SAR=21;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685026;STB=0.537712;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0179414;OID=.;OPOS=39709009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:21:9:5:17:21:9:5:17 chr22 39712981 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.154;QD=58.0611;RBI=0.0362854;REFB=0;REVB=0.00288701;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53564e-05;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr22 39714490 . C T 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0842622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.189;QD=22.7192;RBI=0.0842835;REFB=0.000492479;REVB=-0.00189559;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011206;STB=0.50632;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00101098;OID=.;OPOS=39714490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:8:6:4:5:8:6:4:5 chr22 39770597 . A G 145.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.016;QD=44.6758;RBI=0.0295034;REFB=0;REVB=0.00128543;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706912;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 729.49 PASS AF=1;AO=51;DP=58;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264404;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=291.585;QD=57.2146;RBI=0.0272103;REFB=0;REVB=0.00642681;RO=6;SAF=25;SAR=26;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.53884e-05;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:58:51:51:0:24:27:0:0:4:6:25:26:6:0 chr22 39781585 . C T 1589.52 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000436251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7523;QD=59.9819;RBI=0.0141931;REFB=0;REVB=0.0141864;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83276e-05;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:58:48:0:0:58:48:0:0 chr22 39813741 . C T 191.48 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.000490393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1557;QD=11.7833;RBI=0.00509906;REFB=-0.0166257;REVB=0.00507543;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126174;STB=0.573061;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0426566;OID=.;OPOS=39813741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:15:9:20:21:15:9:20:21 chr22 39966856 . C T 573.45 PASS AF=0.931818;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0522738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3537;QD=52.1321;RBI=0.0565099;REFB=-0.0673106;REVB=0.0214668;RO=4;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069345;STB=0.52726;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0934685;OID=.;OPOS=39966856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:44:44:4:3:40:41:0.931818:25:15:0:4:26:15:0:3 chr22 40054948 . T C,G 510.84 PASS AF=0.971429,0.0285714;AO=33,2;DP=35;FAO=34,1;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103629,0.00262087;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=129.642,14.1035;QD=58.3814;RBI=0.0511628,0.101469;REFB=0,0;REVB=0.0501024,-0.101435;RO=0;SAF=14,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.71297e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00158146,0.0210164;OID=.,.;OPOS=40054948,40054948;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:35:35:0:0:33,2:34,1:0.971429,0.0285714:19,1:14,1:0:0:20,0:14,1:0:0 chr22 40057273 . T C 1859.24 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.212;QD=61.4625;RBI=0.0583037;REFB=0;REVB=0.0519651;RO=0;SAF=73;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120749;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:48:73:0:0:48:73:0:0 chr22 40574170 . T A 140.68 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0160059;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=39.6525;QD=12.233;RBI=0.031726;REFB=-0.0207533;REVB=-0.0273926;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615386;STB=0.534198;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0511317;OID=.;OPOS=40574170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:29:14:14:0.304348:8:6:11:15:8:6:11:18 chr22 40673999 . C T 1170.99 PASS AF=1;AO=66;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00680445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1448;QD=60.0507;RBI=0.0166273;REFB=0;REVB=0.0151712;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:66:78:1:34:32:0:0:42:36:0:0 chr22 40720704 . A G 622.25 PASS AF=0.394444;AO=71;DP=180;FAO=71;FDP=180;FR=.;FRO=109;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=69;FWDB=-0.036838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5051;QD=13.8279;RBI=0.0403259;REFB=0.00311935;REVB=-0.0164054;RO=107;SAF=33;SAR=38;SRF=40;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986259;STB=0.560015;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00593376;OID=.;OPOS=40720704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:107:109:71:71:0.394444:38:33:40:67:38:33:40:69 chr22 40722745 . A G 182.78 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0166642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.103;QD=9.74828;RBI=0.0200939;REFB=-0.0156999;REVB=-0.011228;RO=51;SAF=7;SAR=17;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177206;STB=0.604816;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0361619;OID=.;OPOS=40722745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:17:7:22:29:17:7:22:29 chr22 40726749 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.014;QD=57.8847;RBI=0.0364521;REFB=0;REVB=-0.0129219;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30321e-05;OID=.;OPOS=40726749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr22 40726762 . A G 671.79 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0709063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3932;QD=52.6897;RBI=0.070907;REFB=-0.069752;REVB=0.000307424;RO=3;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117099;STB=0.502856;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0201951;OID=.;OPOS=40726762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:3:2:48:49:0.960784:27:21:1:2:28:21:1:1 chr22 40803112 . C T 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.033311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3761;QD=13.6197;RBI=0.0340145;REFB=0.00437974;REVB=-0.00688214;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263348;STB=0.660264;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00632895;OID=.;OPOS=40803112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:38:26:26:0.40625:14:12:26:10:14:12:28:10 chr22 40803186 . G T 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8217;QD=57.8801;RBI=0.0763659;REFB=0;REVB=0.026978;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101522;OID=.;OPOS=40803186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr22 40814500 . T C 255.28 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0213508;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.144;QD=27.5973;RBI=0.0237221;REFB=-0.00644401;REVB=0.0103384;RO=13;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177353;STB=0.524919;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0132167;OID=.;OPOS=40814500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:14:23:23:0.621622:13:10:6:7:13:10:7:7 chr22 40814594 . C T 53.35 PASS AF=0.7;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.076754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.666;QD=21.3414;RBI=0.137073;REFB=0.000204578;REVB=-0.113569;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.599677;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00746671;OID=.;OPOS=40814594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:9:10:1:3:7:7:0.7:1:6:1:0:1:6:2:1 chr22 41075543 . A G 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5162;QD=48.7242;RBI=0.0798129;REFB=0;REVB=-0.074031;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00375504;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr22 41075695 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.085;QD=50.4135;RBI=0.0494714;REFB=0;REVB=-0.00359057;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146454;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr22 41173256 . C T 380.32 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0281924;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7553;QD=19.7568;RBI=0.103172;REFB=-0.024813;REVB=-0.0992453;RO=37;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161806;STB=0.583402;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0257401;OID=.;OPOS=41173256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:37:38:39:39:0.506494:23:16:22:15:23:16:22:16 chr22 41215183 . A G 478.92 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0170016;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.253;QD=22.0191;RBI=0.0291297;REFB=-0.0103311;REVB=-0.0236534;RO=41;SAF=19;SAR=27;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439627;STB=0.524261;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0154365;OID=.;OPOS=41215183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:27:19:19:22:27:19:19:22 chr22 41225613 . C T 718.2 PASS AF=0.412371;AO=75;DP=185;FAO=80;FDP=194;FR=.;FRO=114;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=0.00984691;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.579;QD=14.8083;RBI=0.030582;REFB=-0.00333345;REVB=-0.0289534;RO=104;SAF=47;SAR=28;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14472;STB=0.572592;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00458219;OID=.;OPOS=41225613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:194:104:114:75:80:0.412371:28:47:51:53:31:49:56:58 chr22 41240835 . G A 108.1 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0184955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3848;QD=13.5127;RBI=0.0277329;REFB=-0.0651673;REVB=-0.0206647;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289056;STB=0.524235;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0507886;OID=.;OPOS=41240835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:18:19:12:13:0.40625:7:5:8:10:7:6:8:11 chr22 41551039 . T A 1216.03 PASS AF=0.883495;AO=91;DP=103;FAO=91;FDP=103;FR=.;FRO=12;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.00191013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.481;QD=47.2243;RBI=0.0227522;REFB=-0.173821;REVB=-0.0226719;RO=10;SAF=42;SAR=49;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100439;STB=0.562486;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0031546;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:103:103:10:12:91:91:0.883495:49:42:10:0:49:42:12:0 chr22 41553259 . G A 349.25 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00992612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7747;QD=25.3997;RBI=0.0228691;REFB=-0.039918;REVB=0.0206026;RO=21;SAF=15;SAR=19;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427724;STB=0.523432;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0282511;OID=.;OPOS=41553259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:19:15:8:13:19:15:8:13 chr22 41604399 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9041;QD=40.7629;RBI=0.0354683;REFB=0;REVB=-0.00715157;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00206395;OID=.;OPOS=41604399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr22 41617318 . G C 608.02 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0097202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.479;QD=27.6374;RBI=0.0303281;REFB=-0.0245299;REVB=-0.0287283;RO=34;SAF=18;SAR=36;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833192;STB=0.545437;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0154878;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:34:54:54:0.613636:36:18:15:19:36:18:15:19 chr22 41645757 . C G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.558;QD=56.705;RBI=0.0277675;REFB=0;REVB=0.0010924;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151503;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr22 41676972 . TTGAAACT TAACT,TTGAACT,TTGAACTA 83.59 PASS AF=0,0.315789,0.184211;AO=5,5,3;DP=40;FAO=0,12,7;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=0,11,7;FSAR=0,1,0;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.323636,-0.0420139,-0.0570595;FXX=0.0499875;HRUN=3,3,3;LEN=3,1,3;MLLD=56.0931,12.249,72.5454;QD=8.79893;RBI=0.324804,0.0537037,0.0577459;REFB=0.00416288,-0.134392,-0.0383042;REVB=-0.0275228,-0.0334503,-0.00887645;RO=16;SAF=5,3,3;SAR=0,2,0;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.718364,0.183179,0.63787;STB=0.5,0.857435,0.998244;STBP=1,0.011,0.004;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.119188,0.203996;OID=.,.,.;OPOS=41676973,41676975,41676977;OREF=TGA,A,ACT;OALT=-,-,CTA;OMAPALT=TAACT,TTGAACT,TTGAACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.315789,0.184211:5,5,3:40:0,12,7:38:19:0,11,7:0,1,0:9:10:41:16:5,3,3:0,2,0:7:9 chr22 41829794 . C G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.752;QD=60.6103;RBI=0.00849247;REFB=0;REVB=-0.00461312;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52033e-05;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr22 41833116 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.438;QD=55.0984;RBI=0.0753145;REFB=0;REVB=-0.00384903;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545003;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr22 41903813 . A C 1226.16 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.618;QD=61.3081;RBI=0.0338147;REFB=0;REVB=0.0323407;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08792e-05;OID=.;OPOS=41903813;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:31:48:0:0:32:48:0:0 chr22 41967982 . T C,TC 31.05 PASS AF=0.0181818,0.127273;AO=2,12;DP=53;FAO=1,7;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=1,1;FSAR=0,6;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0343176,-0.0377563;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.3586,17.1202;QD=2.2584;RBI=0.153704,0.175333;REFB=-0.0142176,-0.0534297;REVB=-0.149824,-0.17122;RO=39;SAF=1,2;SAR=1,10;SRF=22;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0528437,-0.498408;STB=0.989383,0.846809;STBP=0.482,0.078;TYPE=snp,ins;VARB=0.116647,0.149165;OID=.,.;OPOS=41967982,41967983;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:53:55:39:47:2,12:1,7:0.0181818,0.127273:1,10:1,2:22:17:0,6:1,1:25:22 chr22 42089623 . T C 898.58 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.313;QD=57.973;RBI=0.032154;REFB=0;REVB=-0.0140424;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14779e-05;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:29:33:0:0 chr22 42159229 . G T 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5055;QD=62.9805;RBI=0.00785883;REFB=0;REVB=0.00716239;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114462;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr22 42336172 . G A 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0490718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.096;QD=56.4171;RBI=0.0516265;REFB=-0.0158232;REVB=0.0160389;RO=1;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132996;STB=0.50704;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000366464;OID=.;OPOS=42336172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:35:27:0:1:35:27:0:1 chr22 42416056 . A G 319.1 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0321344;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.139;QD=26.0487;RBI=0.0323975;REFB=-0.0038257;REVB=0.00412034;RO=22;SAF=10;SAR=18;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.581341;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00394491;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:21:28:28:0.571429:18:10:5:17:18:10:4:17 chr22 42423061 . C T 317.24 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00655893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.826;QD=25.8968;RBI=0.00658233;REFB=-0.00856377;REVB=0.000554543;RO=20;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150343;STB=0.574414;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0062779;OID=.;OPOS=42423061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:18:10:11:9:18:10:11:10 chr22 42423110 . G C 173.72 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00213269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.269;QD=12.8684;RBI=0.0233864;REFB=-0.0190031;REVB=-0.023289;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468065;STB=0.5027;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0281015;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:12:9:14:19:12:9:14:19 chr22 42428727 . A T 294.88 PASS AF=0.352381;AO=36;DP=104;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.0189391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5295;QD=11.2335;RBI=0.0214595;REFB=0.0103511;REVB=0.0100906;RO=68;SAF=20;SAR=16;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089389;STB=0.560408;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0134723;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:68:68:36:37:0.352381:16:20:43:25:17:20:43:25 chr22 42463814 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0166782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.169;QD=21.5106;RBI=0.0436776;REFB=0.00225684;REVB=0.0403679;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31754;STB=0.688348;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00173734;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:14:7:13:5:14:7:14:5 chr22 42473860 . C G 505.43 PASS AF=0.781818;AO=42;DP=54;FAO=43;FDP=55;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.000476702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.702;QD=36.7588;RBI=0.000476707;REFB=-0.01618;REVB=1.9884e-06;RO=12;SAF=25;SAR=17;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508973;STB=0.504852;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00474487;OID=.;OPOS=42473860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:54:55:12:12:42:43:0.781818:17:25:7:5:17:26:7:5 chr22 42474138 . C G 462.05 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00588382;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.759;QD=26.7854;RBI=0.00693634;REFB=-0.0127239;REVB=-0.00367335;RO=25;SAF=14;SAR=29;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558269;STB=0.524875;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00724746;OID=.;OPOS=42474138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:25:26:43:43:0.623188:29:14:10:15:29:14:10:16 chr22 42474675 . TA GC,TATTCTGC 423.12 PASS AF=0.0707071,0.40404;AO=7,37;DP=103;FAO=7,40;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=7,12;FSAR=0,28;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0054769,-0.0225343;FXX=0.0294089;HRUN=3,2;LEN=2,6;MLLD=165.858,244.052;QD=17.0955;RBI=0.0054828,0.024557;REFB=-0.0135842,-0.00433489;REVB=-0.000254328,-0.00975971;RO=52;SAF=7,12;SAR=0,25;SRF=23;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.663971,-0.131273;STB=0.99855,0.588896;STBP=0.003,0.153;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0241456,0.00318453;OID=.,.;OPOS=42474675,42474677;OREF=TA,-;OALT=GC,TTCTGC;OMAPALT=GC,TATTCTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:103:99:52:52:7,37:7,40:0.0707071,0.40404:0,25:7,12:23:29:0,28:7,12:23:29 chr22 42474676 . A ATTCTGC 50.0 PASS AO=32;DP=112;LEN=6;RO=80;SAF=14;SAR=27;SRF=37;SRR=34;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=42474677;OREF=-;OALT=TTCTGC;OMAPALT=ATTCTGC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:112:80:32:27:14:37:34 chr22 42486723 . G A 301.38 PASS AF=0.37234;AO=34;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.0255632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.117;QD=12.8248;RBI=0.0260234;REFB=-0.0219794;REVB=-0.00487231;RO=59;SAF=21;SAR=13;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515551;STB=0.522041;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0447133;OID=.;OPOS=42486723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:34:35:0.37234:13:21:39:20:13:22:39:20 chr22 42523636 . C A 76.65 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=85;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00474131;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.373;QD=3.64981;RBI=0.0149096;REFB=0.0034734;REVB=-0.0141357;RO=70;SAF=8;SAR=6;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142512;STB=0.594461;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0194366;OID=.;OPOS=42523636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:85:84:70:70:14:14:0.166667:6:8:32:38:6:8:32:38 chr22 42523943 . A G 858.02 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.029818;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.339;QD=56.2637;RBI=0.0300562;REFB=-0.164614;REVB=-0.00377707;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.510635;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0012078;OID=.;OPOS=42523943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:0:1:60:60:0.983607:37:23:0:0:37:23:1:0 chr22 42524795 . A G 116.33 PASS AF=0.27027;AO=16;DP=69;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0118481;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0765;QD=6.28833;RBI=0.0153119;REFB=-0.0246228;REVB=0.00969944;RO=53;SAF=8;SAR=8;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582012;STB=0.5999;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0452251;OID=.;OPOS=42524795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:74:53:54:16:20:0.27027:8:8:29:24:12:8:29:25 chr22 42524924 . A G 33.93 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0633574;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.54;QD=3.47952;RBI=0.0736317;REFB=-0.00534282;REVB=-0.0375162;RO=33;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348584;STB=0.756617;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0142311;OID=.;OPOS=42524924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:5:1:14:19:5:1:14:19 chr22 42525756 . G A 1134.66 PASS AF=0.987013;AO=72;DP=73;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0257771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.253;QD=58.9432;RBI=0.0706328;REFB=-0.157522;REVB=0.0657612;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000315587;OID=.;OPOS=42525756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:77:0:1:72:76:0.987013:34:38:0:0:36:40:1:0 chr22 42526694 . G A 1376.14 PASS AF=0.95098;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=71;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0707775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.209;QD=53.9664;RBI=0.0722338;REFB=-0.115384;REVB=0.0144315;RO=0;SAF=26;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.66521e-08;STB=0.54385;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000401197;OID=.;OPOS=42526694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:102:102:0:5:97:97:0.95098:71:26:0:0:71:26:5:0 chr22 42536313 . G A 358.48 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00458878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.39;QD=19.6426;RBI=0.0269368;REFB=-0.0132156;REVB=0.026543;RO=36;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175643;STB=0.602039;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0143242;OID=.;OPOS=42536313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:36:36:37:0.506849:22:14:21:15:23:14:21:15 chr22 42537196 . T C 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.238;QD=57.6713;RBI=0.0313654;REFB=0;REVB=0.0247743;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09751e-05;OID=.;OPOS=42537196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr22 42537252 . G A 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0411967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1941;QD=4.77039;RBI=0.0422216;REFB=-0.00500567;REVB=0.0092461;RO=49;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911969;STB=0.558645;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0184491;OID=.;OPOS=42537252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:7:5:17:32:7:5:17:32 chr22 42537271 . T C 619.71 PASS AF=0.732394;AO=52;DP=73;FAO=52;FDP=71;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0370747;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.967;QD=34.9134;RBI=0.0404638;REFB=0.000133835;REVB=0.0162108;RO=19;SAF=21;SAR=31;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885708;STB=0.504771;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.000116859;OID=.;OPOS=42537271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:19:19:52:52:0.732394:31:21:8:11:31:21:8:11 chr22 42537404 . G C 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.769;QD=57.3827;RBI=0.0143747;REFB=0;REVB=0.0070065;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64351e-05;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr22 42537597 . A G 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0112439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.284;QD=12.4026;RBI=0.0178721;REFB=-0.00539487;REVB=-0.0138919;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235239;STB=0.637437;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0052053;OID=.;OPOS=42537597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:7:9:10:19:7:9:10:19 chr22 42538029 . A G 850.13 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.879;QD=57.6361;RBI=0.0328922;REFB=0;REVB=0.0176253;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77967e-05;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:39:19:0:0:39:20:0:0 chr22 42538508 . AG GA 246.69 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0385797;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=109.736;QD=39.4699;RBI=0.0455067;REFB=-0.0513193;REVB=-0.0241343;RO=4;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801959;STB=0.543685;STBP=0.384;TYPE=mnp;VARB=0.0030208;OID=.;OPOS=42538508;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:4:4:21:21:0.84:11:10:3:1:11:10:3:1 chr22 42538514 . T TC 175.68 PASS AF=0.869565;AO=18;DP=24;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0854862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.6597;QD=30.5522;RBI=0.0911226;REFB=-0.00301291;REVB=0.0315504;RO=5;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163868;STB=0.528356;STBP=0.476;TYPE=ins;VARB=0.0275787;OID=.;OPOS=42538515;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.869565:18:24:20:23:3:9:11:2:1:8:5:7:11:4:1 chr22 42538669 . C T 75.66 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.019019;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.375;QD=10.8081;RBI=0.0201038;REFB=-0.0260426;REVB=-0.00651459;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251805;STB=0.654202;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0387002;OID=.;OPOS=42538669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:29:28:18:18:10:10:0.357143:8:2:7:11:8:2:7:11 chr22 42538670 . G T 150.09 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.000763504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2692;QD=19.3669;RBI=0.00640813;REFB=-0.0340365;REVB=0.00636248;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127109;STB=0.557453;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0349602;OID=.;OPOS=42538670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:15:16:16:0.516129:10:6:3:10:10:6:4:11 chr22 42538876 . A T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.572;QD=39.2051;RBI=0.0445237;REFB=0;REVB=-0.0375191;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131988;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr22 42606257 . C T 654.82 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010532;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.163;QD=62.3637;RBI=0.0316963;REFB=0;REVB=0.0298953;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101439;OID=.;OPOS=42606257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr22 42610947 . TGGGGGGGT TGGGGGGTC 49.08 PASS AF=0.155172;AO=8;DP=60;FAO=9;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00808868;FXX=0.0491723;HRUN=7;LEN=2;MLLD=23.5275;QD=3.38464;RBI=0.238467;REFB=-0.0291076;REVB=-0.23833;RO=30;SAF=7;SAR=1;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348846;STB=0.841242;STBP=0.037;TYPE=mnp;VARB=0.118366;OID=.;OPOS=42610954;OREF=GT;OALT=TC;OMAPALT=TGGGGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.155172:8:60:9:58:46:8:1:25:21:41:30:7:1:20:10 chr22 42912106 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.155;QD=54.5176;RBI=0.0408177;REFB=0;REVB=0.00437513;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209336;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr22 42961277 . T C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.016;QD=54.5136;RBI=0.0236247;REFB=0;REVB=-0.0159553;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17811e-06;OID=.;OPOS=42961277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr22 42965167 . C CA 603.59 PASS AF=1;AO=49;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.4836;QD=40.2391;RBI=0.0417437;REFB=0;REVB=-0.0374966;RO=10;SAF=24;SAR=25;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0010336;OID=.;OPOS=42965168;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:62:60:60:0:29:31:0:0:12:10:24:25:5:5 chr22 42970032 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.796;QD=53.2768;RBI=0.0273989;REFB=0;REVB=0.02229;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73061e-05;OID=.;OPOS=42970032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr22 42993781 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0126953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4885;QD=15.6995;RBI=0.0130099;REFB=0.00355647;REVB=-0.00284378;RO=19;SAF=12;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154322;STB=0.590033;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00329829;OID=.;OPOS=42993781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:3:12:13:6:3:12:13:6 chr22 43088971 . C T 345.59 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0230525;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.899;QD=24.252;RBI=0.0293403;REFB=-0.0173397;REVB=0.0181502;RO=23;SAF=15;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373114;STB=0.520493;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0112567;OID=.;OPOS=43088971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:23:23:34:34:0.596491:19:15:9:14:19:15:9:14 chr22 43089055 . G C 133.76 PASS AF=0.535714;AO=12;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0195083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2422;QD=19.1079;RBI=0.0805652;REFB=-0.12189;REVB=0.0781676;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.56513;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.054551;OID=.;OPOS=43089055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:28:28:12:13:12:15:0.535714:6:6:6:6:9:6:7:6 chr22 43089849 . T C 76.56 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00173443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2905;QD=12.7598;RBI=0.017769;REFB=-0.0177619;REVB=-0.0176841;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0314596;OID=.;OPOS=43089849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:7:7:5:5:7:7 chr22 43193641 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.604;QD=60.9786;RBI=0.0212891;REFB=0;REVB=0.0197861;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76059e-05;OID=.;OPOS=43193641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr22 43206950 . A C 819.87 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.051;QD=55.5844;RBI=0.0825145;REFB=-0.0928665;REVB=0.0776214;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0031837;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:28:30:0:0:28:30:1:0 chr22 43435812 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.046497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.851;QD=15.9167;RBI=0.0565221;REFB=-0.025211;REVB=0.0321368;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159492;STB=0.592666;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0164699;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:7:8:9:4:7:8 chr22 43455432 . G A 456.17 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00136918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.517;QD=20.2743;RBI=0.0526719;REFB=-0.00323354;REVB=-0.0526541;RO=44;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00876197;STB=0.511341;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00361126;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:45:45:45:0.5:26:19:19:25:26:19:20:25 chr22 43466217 . A G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00553246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.383;QD=21.0155;RBI=0.00553475;REFB=-0.0125619;REVB=0.000159041;RO=13;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340383;STB=0.694913;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00668;OID=.;OPOS=43466217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:13:3:7:6:13:3:7:6 chr22 43466247 . G C 148.88 PASS AF=0.571429;AO=14;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0114606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.422;QD=21.2689;RBI=0.040211;REFB=0.00243479;REVB=0.0385432;RO=12;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390503;STB=0.736485;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00145926;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:14:16:0.571429:12:2:6:6:14:2:6:6 chr22 43529314 . G C 1724.91 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.498;QD=60.523;RBI=0.0375776;REFB=0;REVB=0.0273926;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196301;OID=.;OPOS=43529314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:63:49:0:0:64:50:0:0 chr22 43558926 . A G 1326.61 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1648;QD=61.7026;RBI=0.014253;REFB=0;REVB=-0.0135945;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019362;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:43:42:0:0:43:43:0:0 chr22 43558972 . G A 1558.21 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575777;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.921;QD=59.9312;RBI=0.0671033;REFB=0;REVB=0.0668558;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21364e-05;OID=.;OPOS=43558972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:45:59:0:0:45:59:0:0 chr22 43565703 . C T 1071.24 PASS AF=0.925926;AO=75;DP=81;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0216789;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.355;QD=52.9007;RBI=0.0224906;REFB=-0.101588;REVB=-0.00598747;RO=3;SAF=30;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449887;STB=0.532986;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000933854;OID=.;OPOS=43565703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:81:81:3:6:75:75:0.925926:45:30:3:0:45:30:5:1 chr22 43568512 . C T 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0124715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.064;QD=11.3455;RBI=0.022599;REFB=-0.01179;REVB=0.0188461;RO=39;SAF=16;SAR=6;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142335;STB=0.583254;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0153493;OID=.;OPOS=43568512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:6:16:24:15:6:16:24:15 chr22 43576904 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.326;QD=44.6895;RBI=0.070964;REFB=0;REVB=0.0608297;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150824;OID=.;OPOS=43576904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr22 43606143 . C G,T 1184.87 PASS AF=0.0379747,0.962025;AO=3,76;DP=79;FAO=3,76;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=3,31;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194582,0.0136116;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=207.795,64.3594;QD=59.9934;RBI=0.0268168,0.0137618;REFB=0,0;REVB=-0.0184531,0.00202794;RO=0;SAF=3,31;SAR=0,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.14919,0.000859739;OID=.,.;OPOS=43606143,43606143;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:79:79:0:0:3,76:3,76:0.0379747,0.962025:0,45:3,31:0:0:0,45:3,31:0:0 chr22 43610147 . T C 361.19 PASS AF=0.354331;AO=44;DP=126;FAO=45;FDP=127;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0160807;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.956;QD=11.3762;RBI=0.0160822;REFB=-0.00805079;REVB=0.000215968;RO=75;SAF=21;SAR=23;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618514;STB=0.513678;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0152849;OID=.;OPOS=43610147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:75:82:44:45:0.354331:23:21:40:35:24:21:40:42 chr22 43610201 . T C 550.77 PASS AF=0.4;AO=64;DP=160;FAO=64;FDP=160;FR=.;FRO=96;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=-0.0045405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6678;QD=13.7693;RBI=0.0226892;REFB=-0.012248;REVB=-0.0222303;RO=93;SAF=27;SAR=37;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887296;STB=0.547322;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0134461;OID=.;OPOS=43610201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:93:96:64:64:0.4:37:27:47:46:37:27:48:48 chr22 43614316 . C G 278.49 PASS AF=0.4;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.00598763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.012;QD=13.9244;RBI=0.00624687;REFB=-0.0254784;REVB=-0.00178092;RO=48;SAF=7;SAR=24;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455373;STB=0.740354;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0261086;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:48:48:31:32:0.4:24:7:31:17:24:8:31:17 chr22 43623395 . C CGG,G 203.14 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015659,0.00262693;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=11.9978,56.5372;QD=47.7979;RBI=0.0160897,0.00835267;REFB=0,0;REVB=-0.00369759,0.00792883;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0168853,0.0118888;OID=.,.;OPOS=43623396,43623395;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:17:17:0:0:2,15:2,15:0.117647,0.882353:2,3:0,12:0:0:2,3:0,12:0:0 chr22 43894121 . C T 279.01 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0109887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3456;QD=27.2209;RBI=0.0109893;REFB=0.00744688;REVB=0.000113279;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113431;STB=0.562452;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00438183;OID=.;OPOS=43894121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:15:10:4:12:15:10:4:12 chr22 43976396 . G A 418.27 PASS AF=0.439252;AO=46;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00469641;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.679;QD=15.6364;RBI=0.0104639;REFB=-0.0120135;REVB=-0.00935078;RO=60;SAF=30;SAR=16;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1595;STB=0.593631;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0144764;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:60:46:47:0.439252:16:30:30:30:16:31:30:30 chr22 44083442 . T C 281.38 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0533697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6303;QD=19.4057;RBI=0.0630788;REFB=-0.00552491;REVB=0.0336245;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207205;STB=0.501154;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00747226;OID=.;OPOS=44083442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:16:14:13:15:16:14:13:15 chr22 44112845 . C T 1587.72 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.093998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.996;QD=64.1502;RBI=0.0940823;REFB=0;REVB=-0.00398143;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331179;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:56:43:0:0:56:43:0:0 chr22 44178103 . T C 760.89 PASS AF=0.467836;AO=80;DP=171;FAO=80;FDP=171;FR=.;FRO=91;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0306446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.415;QD=17.7986;RBI=0.0498182;REFB=-0.0239531;REVB=0.0392781;RO=91;SAF=42;SAR=38;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129811;STB=0.507185;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0290467;OID=.;OPOS=44178103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:91:91:80:80:0.467836:38:42:49:42:38:42:49:42 chr22 44221565 . C CAATA 576.95 PASS AF=0.884615;AO=42;DP=53;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00143479;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=4;MLLD=252.433;QD=44.3804;RBI=0.00996962;REFB=-0.00361655;REVB=0.00986584;RO=7;SAF=24;SAR=18;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.02777e-08;STB=0.502511;STBP=0.932;TYPE=ins;VARB=0.000662062;OID=.;OPOS=44221566;OREF=-;OALT=AATA;OMAPALT=CAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.884615:42:53:46:52:6:24:22:3:3:31:7:24:18:4:3 chr22 44282276 . A G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.002;QD=56.9541;RBI=0.0396475;REFB=0;REVB=-0.0300244;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50604e-06;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr22 44282307 . G A 696.47 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249022;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.63;QD=63.3151;RBI=0.0251897;REFB=0;REVB=0.00379504;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.6748e-05;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr22 44285765 . A G 703.99 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.127;QD=54.1527;RBI=0.0260387;REFB=-0.0199213;REVB=0.0151293;RO=1;SAF=34;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136468;STB=0.507244;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000785951;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:16:34:1:0:17:34:1:0 chr22 44286950 . G A 99.72 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00622961;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.169;QD=13.7541;RBI=0.00822495;REFB=-0.0223926;REVB=-0.00537046;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201473;STB=0.599834;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0202374;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:17:12:12:0.413793:7:5:10:6:7:5:10:7 chr22 44287062 . A G 371.33 PASS AF=0.513514;AO=36;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0320589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4067;QD=20.0718;RBI=0.0476725;REFB=-0.0336278;REVB=-0.0352831;RO=36;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508107;STB=0.525312;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0201407;OID=.;OPOS=44287062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:36:38:0.513514:15:21:19:17:16:22:19:17 chr22 44287629 . G A 664.46 PASS AF=0.6;AO=63;DP=105;FAO=63;FDP=105;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0115323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.154;QD=25.3128;RBI=0.0525325;REFB=-0.0210128;REVB=0.051251;RO=42;SAF=33;SAR=30;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07115e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122783;OID=.;OPOS=44287629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:42:42:63:63:0.6:30:33:22:20:30:33:22:20 chr22 44322922 . T G 371.25 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.000698772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.786;QD=20.0674;RBI=0.00777094;REFB=-0.0206632;REVB=-0.00773946;RO=36;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142501;STB=0.579095;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0208362;OID=.;OPOS=44322922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:23:15:20:16:23:15:20:16 chr22 44322970 . G T 341.84 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.00730141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.253;QD=15.8994;RBI=0.00761177;REFB=-0.00206898;REVB=0.0021514;RO=49;SAF=16;SAR=21;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259937;STB=0.645681;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0019;OID=.;OPOS=44322970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:21:16:34:15:21:16:34:15 chr22 44342116 . A G 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00402159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.513;QD=17.7996;RBI=0.00438715;REFB=-0.0196349;REVB=0.00175326;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398935;STB=0.522705;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0244825;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:10:10:11:13:10:10:11:13 chr22 44368204 . A G 365.03 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.122429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1348;QD=16.0452;RBI=0.133957;REFB=0.000636122;REVB=-0.0543644;RO=51;SAF=22;SAR=17;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248353;STB=0.643418;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00374094;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:51:52:39:39:0.428571:17:22:16:35:17:22:16:36 chr22 44379822 . T C 340.63 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00446641;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.039;QD=17.928;RBI=0.0397549;REFB=-0.00148109;REVB=0.0395032;RO=37;SAF=22;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187605;STB=0.611049;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00119134;OID=.;OPOS=44379822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:37:40:36:36:0.473684:14:22:15:22:14:22:16:24 chr22 44379838 . A G 337.75 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00610213;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.812;QD=17.3206;RBI=0.00861666;REFB=-0.0074975;REVB=-0.00608366;RO=41;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142557;STB=0.578569;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00464798;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:42:35:36:0.461538:17:18:15:26:17:19:16:26 chr22 44386281 . C T 368.37 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0140968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.309;QD=16.7439;RBI=0.0142694;REFB=-0.00656219;REVB=-0.0022127;RO=49;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329861;STB=0.518509;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.010193;OID=.;OPOS=44386281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:21:18:21:28:21:18:21:28 chr22 44489868 . T C 770.61 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0455393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9683;QD=55.0436;RBI=0.0722408;REFB=-0.00185305;REVB=-0.0560794;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000787458;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:32:23:0:0:32:23:1:0 chr22 44489896 . T C 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.2;QD=62.3431;RBI=0.0378305;REFB=0;REVB=0.0131014;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31973e-05;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr22 44546582 . A G 256.44 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0388782;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.326;QD=17.6856;RBI=0.0410089;REFB=-0.00368108;REVB=-0.0130466;RO=30;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159867;STB=0.508976;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0047025;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:20:8:9:21:20:8:9:21 chr22 44582498 . CT C,CC,CG 744.23 PASS AF=0.0377358,0.924528,0.0377358;AO=7,41,5;DP=53;FAO=2,49,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29,2;FSAR=0,20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093,0.0287159,-0.00182025;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=157.348,178.465,136.385;QD=56.1684;RBI=0.0199705,0.031607,0.00776527;REFB=0,0,0;REVB=-0.0176729,-0.0132061,-0.00754891;RO=0;SAF=7,21,5;SAR=0,20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.02085e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00217544,0.00102174,0.0121582;OID=.,.,.;OPOS=44582499,44582499,44582499;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0377358,0.924528,0.0377358:7,41,5:53:2,49,2:53:0:2,29,2:0,20,0:0:0:9:0:7,21,5:0,20,0:0:0 chr22 44602229 . A C 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=4;FWDB=-0.0033142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.993;QD=12.2436;RBI=0.0120552;REFB=-0.00595558;REVB=0.0115907;RO=58;SAF=25;SAR=8;SRF=54;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320753;STB=0.680771;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0125736;OID=.;OPOS=44602229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:59:33:33:0.358696:8:25:54:4:8:25:55:4 chr22 44681612 . A G 274.19 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0161581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7425;QD=24.9263;RBI=0.0166929;REFB=0.00684286;REVB=0.00419152;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107938;STB=0.559952;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0118542;OID=.;OPOS=44681612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:11:14:8:11:11:14:8:11 chr22 44891370 . T C 138.21 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00614285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.255;QD=12.0182;RBI=0.00682441;REFB=-0.00360655;REVB=0.00297286;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796678;STB=0.57014;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00657476;OID=.;OPOS=44891370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:30:15:16:0.347826:9:6:10:20:9:7:10:20 chr22 44893563 . A G 179.46 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0282543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7776;QD=15.6051;RBI=0.104207;REFB=-0.014687;REVB=-0.100303;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228457;STB=0.63144;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0283678;OID=.;OPOS=44893563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:16:11:12:7:16:11 chr22 44965320 . G A 208.33 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.00610818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5628;QD=11.4154;RBI=0.0423301;REFB=-0.00904943;REVB=0.0418871;RO=46;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280307;STB=0.665173;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0190347;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:12:14:13:33:12:14:13:34 chr22 45075738 . T C 271.87 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0295599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.71;QD=19.4194;RBI=0.0296873;REFB=-0.000312121;REVB=-0.00274777;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130618;STB=0.552789;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.000523847;OID=.;OPOS=45075738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:27:29:29:0.517857:14:15:9:16:14:15:11:16 chr22 45126775 . T C 1377.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.307;QD=62.6116;RBI=0.0408049;REFB=0;REVB=0.0379625;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014481;OID=.;OPOS=45126775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr22 45198009 . A C,G 715.05 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,49;DP=51;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425913,0.0266397;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.26,58.6129;QD=56.0823;RBI=0.0101136,0.0403634;REFB=0,0;REVB=0.00917301,-0.0303237;RO=0;SAF=2,29;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0920804,0.000671339;OID=.,.;OPOS=45198009,45198009;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:2,49:2,49:0.0392157,0.960784:0,20:2,29:0:0:0,20:2,29:0:0 chr22 45244930 . C T 311.57 PASS AF=0.581818;AO=30;DP=57;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0863476;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.53;QD=22.66;RBI=0.0866936;REFB=0.000185552;REVB=-0.00773806;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852991;STB=0.527256;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.000548164;OID=.;OPOS=45244930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:23:23:30:32:0.581818:15:15:9:14:16:16:10:13 chr22 45255580 . G C 146.92 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0320991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.036;QD=9.18239;RBI=0.0339587;REFB=-0.0155064;REVB=-0.0110833;RO=41;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132506;STB=0.594507;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0450511;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:44:20:20:0.3125:12:8:12:29:12:8:12:32 chr22 45255637 . G C 434.45 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=-0.000325901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9361;QD=18.2925;RBI=0.0380089;REFB=0.00585804;REVB=-0.0380075;RO=51;SAF=19;SAR=25;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199979;STB=0.610702;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00605121;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:25:19:12:39:25:19:12:39 chr22 45258324 . C T 405.17 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0425167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.962;QD=19.7646;RBI=0.0427043;REFB=-0.00195239;REVB=0.00399868;RO=40;SAF=29;SAR=12;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34515;STB=0.68661;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00396428;OID=.;OPOS=45258324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:41:41:41:0.5:12:29:13:27:12:29:14:27 chr22 45277909 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.501;QD=62.669;RBI=0.0449192;REFB=0;REVB=0.0387;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149191;OID=.;OPOS=45277909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr22 45278065 . A T 469.86 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0763785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8501;QD=15.7937;RBI=0.0791947;REFB=-0.021942;REVB=0.0209314;RO=66;SAF=26;SAR=26;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454607;STB=0.5294;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0227569;OID=.;OPOS=45278065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:67:52:52:0.436975:26:26:30:36:26:26:30:37 chr22 45278187 . A T 769.66 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.73;QD=57.0122;RBI=0.0156273;REFB=0;REVB=0.00731101;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77729e-05;OID=.;OPOS=45278187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:30:24:0:0 chr22 45404497 . G A 227.96 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=42;FWDB=0.0726298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.337;QD=11.5424;RBI=0.0919675;REFB=-0.00423063;REVB=0.0564174;RO=48;SAF=5;SAR=23;SRF=8;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226676;STB=0.502317;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0111893;OID=.;OPOS=45404497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:48:51:28:28:0.35443:23:5:8:40:23:5:9:42 chr22 45579422 . A G 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0063465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.641;QD=17.0591;RBI=0.00657768;REFB=-0.00406023;REVB=-0.00172853;RO=38;SAF=11;SAR=22;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018975;STB=0.510632;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00584983;OID=.;OPOS=45579422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:22:11:12:26:22:11:12:26 chr22 45580572 . GC TT 44.17 PASS AF=0.375;AO=10;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0182457;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.38;QD=7.36221;RBI=0.0580398;REFB=-0.0554817;REVB=0.0550973;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.636074;STBP=0.364;TYPE=mnp;VARB=0.0921415;OID=.;OPOS=45580572;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:24:15:15:10:9:0.375:5:5:10:5:5:4:10:5 chr22 45580789 . C A 351.73 PASS AF=0.474359;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0264939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6002;QD=18.0373;RBI=0.0388295;REFB=-0.0485398;REVB=-0.0283867;RO=40;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706374;STB=0.524987;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0538995;OID=.;OPOS=45580789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:41:36:37:0.474359:18:18:17:23:19:18:18:23 chr22 45580836 . G C 518.42 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00327078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.497;QD=22.7875;RBI=0.0171264;REFB=0.00577625;REVB=-0.0168112;RO=42;SAF=25;SAR=24;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484562;STB=0.526659;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00423939;OID=.;OPOS=45580836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:24:25:19:23:24:25:19:23 chr22 45583740 . G C 197.12 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0104141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9703;QD=10.9511;RBI=0.0126751;REFB=-0.00161599;REVB=0.00722516;RO=47;SAF=12;SAR=13;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582214;STB=0.533824;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00190368;OID=.;OPOS=45583740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:13:12:25:22:13:12:25:22 chr22 45583803 . A G 244.27 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.025093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.037;QD=13.0279;RBI=0.0306199;REFB=-0.0344914;REVB=-0.0175476;RO=45;SAF=11;SAR=18;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165725;STB=0.588723;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.045138;OID=.;OPOS=45583803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:18:11:24:21:18:11:24:22 chr22 45583898 . A G 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0375146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.208;QD=59.796;RBI=0.0399748;REFB=-0.00682298;REVB=0.0138073;RO=1;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159212;STB=0.508471;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000646088;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:29:14:0:1:29:14:0:1 chr22 45608192 . G A 76.15 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.018501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0318;QD=12.1844;RBI=0.018579;REFB=-0.0247516;REVB=0.0017;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687321;STB=0.540901;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0472534;OID=.;OPOS=45608192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:7:8:6:4:7:8 chr22 45683246 . C T 218.68 PASS AF=0.480769;AO=19;DP=46;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0189898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7222;QD=16.8214;RBI=0.0389882;REFB=-0.02928;REVB=0.034051;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578976;STB=0.503997;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0250016;OID=.;OPOS=45683246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:52:26:27:19:25:0.480769:12:7:11:15:15:10:11:16 chr22 45683304 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.922;QD=56.1916;RBI=0.0271525;REFB=0;REVB=0.0152992;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50716e-05;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:22:6:0:0:22:6:0:0 chr22 45685002 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00541118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.071;QD=18.8287;RBI=0.00784523;REFB=-0.0023452;REVB=-0.00568039;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041964;STB=0.523786;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00250342;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:10:12:10:10:10:12 chr22 45691594 . A G 156.98 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=-0.00875957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4369;QD=9.66028;RBI=0.0463035;REFB=-0.0182951;REVB=-0.0454674;RO=42;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183995;STB=0.571366;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0470792;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:44:21:21:0.323077:15:6:7:35:15:6:9:35 chr22 45718041 . A G 545.64 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.019234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.197;QD=15.5898;RBI=0.0204283;REFB=0.000440522;REVB=0.00688226;RO=81;SAF=22;SAR=37;SRF=28;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302921;STB=0.516966;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.000552713;OID=.;OPOS=45718041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:81:81:59:59:0.421429:37:22:28:53:37:22:28:53 chr22 45723807 . G C 249.35 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0212489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2764;QD=14.455;RBI=0.0258981;REFB=0.00800597;REVB=-0.0148053;RO=40;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164185;STB=0.593156;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00921846;OID=.;OPOS=45723807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:12:17:17:23:12:17:17:23 chr22 45723842 . G A 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.011786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.833;QD=16.2791;RBI=0.0120689;REFB=-0.00636315;REVB=0.00259784;RO=33;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147832;STB=0.583372;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00681031;OID=.;OPOS=45723842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:11:17:15:18:11:17:15:18 chr22 45723854 . C G 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0128549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.052;QD=24.1571;RBI=0.0196807;REFB=-0.0139104;REVB=-0.0149024;RO=21;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160335;STB=0.588178;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.013377;OID=.;OPOS=45723854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:15:15:15:6:15:15:15:6 chr22 45723920 . C T 59.62 PASS AF=0.2;AO=6;DP=36;FAO=7;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.021101;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.541;QD=6.81393;RBI=0.0252342;REFB=-0.0220521;REVB=-0.0138387;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169742;STB=0.682738;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0858667;OID=.;OPOS=45723920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:36:35:23:24:6:7:0.2:2:4:18:5:3:4:19:5 chr22 45723947 . A G 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0342615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7506;QD=24.0302;RBI=0.0356805;REFB=-0.0280711;REVB=0.00996203;RO=9;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550669;STB=0.530992;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00778839;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:4:11:6:3:4:11:6:3 chr22 45728370 . G A 374.17 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0305609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.388;QD=18.0325;RBI=0.0315161;REFB=-0.0145932;REVB=0.00770033;RO=44;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337184;STB=0.518829;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.016892;OID=.;OPOS=45728370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:19:20:21:23:19:20:21:23 chr22 45736485 . C T 634.21 PASS AF=0.4375;AO=70;DP=161;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.0193633;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.893;QD=15.8552;RBI=0.0458207;REFB=-0.0112806;REVB=-0.0415283;RO=86;SAF=31;SAR=39;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569236;STB=0.532318;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0141943;OID=.;OPOS=45736485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:86:90:70:70:0.4375:39:31:43:43:39:31:45:45 chr22 45748339 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0160091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.995;QD=18.345;RBI=0.031177;REFB=-0.0276161;REVB=-0.0267528;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350497;STB=0.519976;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0382085;OID=.;OPOS=45748339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:7:11:11:6:7:11 chr22 45749983 . G T 269.71 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0731323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.12;QD=18.9269;RBI=0.0783937;REFB=-0.0139233;REVB=-0.0282356;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114114;STB=0.549967;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0171367;OID=.;OPOS=45749983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:28:29:29:0.508772:18:11:7:20:18:11:8:20 chr22 45767369 . A G 345.6 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00698657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8424;QD=24.6857;RBI=0.0312329;REFB=0.00246862;REVB=-0.0304415;RO=22;SAF=22;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175437;STB=0.596471;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00319549;OID=.;OPOS=45767369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:12:22:9:13:12:22:9:13 chr22 45767455 . A G 119.6 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.013568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.789;QD=14.0704;RBI=0.0218163;REFB=-0.0130391;REVB=-0.017084;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116789;STB=0.547759;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0163703;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:6:8:13:6:6:8:13:7 chr22 45789642 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7147;QD=51.1832;RBI=0.0398534;REFB=0;REVB=0.0252796;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168335;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr22 45798329 . A G 316.97 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0244043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.979;QD=17.8573;RBI=0.0272063;REFB=0.0110411;REVB=0.0120256;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14014;STB=0.578208;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00791924;OID=.;OPOS=45798329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:18:16:23:14:18:16:23:14 chr22 45810275 . GAAAC GAA,GAAACC,GAAC,GAACC 507.2 PASS AF=0,0.645161,0.354839,0;AO=7,30,13,6;DP=63;FAO=0,40,22,0;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,22,0;FSAR=0,34,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177411,-0.093048,0.0140028,-0.0404389;FXX=0.0158705;HRUN=3,1,3,3;LEN=2,1,1,1;MLLD=60.6288,18.6338,18.3958,5.49749;QD=32.7227;RBI=0.0533694,0.103263,0.0700789,0.0421797;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0503343,0.0447817,-0.0686656,-0.0119927;RO=5;SAF=7,0,13,5;SAR=0,30,0,1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.786958,-0.870021,0.832535,0.392076;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,ins,del,snp;VARB=0,0.0611039,0.18617,0;OID=.,.,.,.;OPOS=45810278,45810279,45810276,45810278;OREF=AC,-,A,A;OALT=-,C,-,C;OMAPALT=GAA,GAAACC,GAAC,GAACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.645161,0.354839,0:7,30,13,6:63:0,40,22,0:62:0:0,6,22,0:0,34,0,0:0:0:98:5:7,0,13,5:0,30,0,1:2:3 chr22 45821887 . G A 218.01 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0354598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.313;QD=15.5722;RBI=0.0378518;REFB=-0.00652595;REVB=0.0132424;RO=31;SAF=16;SAR=9;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388762;STB=0.718206;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00622076;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:9:16:7:24:9:16:7:24 chr22 45821956 . C G 137.77 PASS AF=0.225;AO=7;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.110738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.999;QD=13.7773;RBI=0.11208;REFB=-0.0254878;REVB=0.0172947;RO=24;SAF=7;SAR=0;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.779693;STB=0.910572;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.101077;OID=.;OPOS=45821956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:40:40:24:23:7:9:0.225:0:7:7:17:1:8:6:17 chr22 45826880 . G A 404.97 PASS AF=0.56338;AO=39;DP=70;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.0246878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.173;QD=22.8153;RBI=0.0254288;REFB=-0.0385552;REVB=0.00609391;RO=31;SAF=16;SAR=23;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310544;STB=0.662021;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0175947;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:31:31:39:40:0.56338:23:16:25:6:23:17:25:6 chr22 45898117 . T C 868.04 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3572;QD=57.8692;RBI=0.0460531;REFB=0;REVB=0.0120275;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315208;OID=.;OPOS=45898117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr22 45898130 . A T 902.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5464;QD=58.2347;RBI=0.010985;REFB=0;REVB=0.010822;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46633e-05;OID=.;OPOS=45898130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr22 45923827 . A G 2442.15 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.624;QD=61.0538;RBI=0.0230941;REFB=0;REVB=0.0138153;RO=0;SAF=89;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59131e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76814e-05;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:160:0:0:155:160:1:66:89:0:0:69:91:0:0 chr22 46318285 . A G 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0299125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.455;QD=16.4805;RBI=0.0300969;REFB=-0.010119;REVB=-0.00332578;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592025;STB=0.533945;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00684863;OID=.;OPOS=46318285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:12:13:11:8:12:13 chr22 46654664 . G T 164.46 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0237726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.503;QD=16.0448;RBI=0.0258923;REFB=-0.00614376;REVB=-0.0102602;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330109;STB=0.677224;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00537985;OID=.;OPOS=46654664;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:6:12:7:15:6:12:8:15 chr22 46677607 . T C 722.32 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5554;QD=54.5147;RBI=0.0417833;REFB=-0.00052232;REVB=0.0333049;RO=1;SAF=31;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149495;STB=0.507689;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000769532;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:20:31:1:0:20:32:1:0 chr22 46722400 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.457;QD=56.9375;RBI=0.0219378;REFB=0;REVB=0.0116792;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014623;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr22 46929692 . A G 1190.65 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.196;QD=61.0591;RBI=0.0264883;REFB=0;REVB=-0.0262911;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73688e-05;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:47:30:0:0:47:31:0:0 chr22 46930107 . C T 279.07 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.014497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0616;QD=21.8878;RBI=0.0206704;REFB=0.00671574;REVB=0.0147345;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690909;STB=0.545422;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00496196;OID=.;OPOS=46930107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:14:13:13:10:15:13:13:10 chr22 46931077 . G C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00047929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.153;QD=55.0939;RBI=0.0143368;REFB=0;REVB=-0.0143288;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16875e-05;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr22 46931793 . G C 330.48 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.845;QD=52.8768;RBI=0.0289171;REFB=0;REVB=0.0219463;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352999;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr22 46931838 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.25;QD=55.0987;RBI=0.0211795;REFB=0;REVB=0.0109607;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269183;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr22 47058992 . T C 3180.45 PASS AF=0.985849;AO=201;DP=212;FAO=209;FDP=212;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=122;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0224139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.2409;QD=60.0085;RBI=0.0306207;REFB=0.0689254;REVB=-0.0208626;RO=1;SAF=118;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570395;STB=0.501208;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.000643507;OID=.;OPOS=47058992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:212:212:1:3:201:209:0.985849:83:118:0:1:87:122:2:1 chr22 47075462 . C T 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0131867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.419;QD=14.9479;RBI=0.0394312;REFB=-0.0202955;REVB=-0.0371609;RO=41;SAF=13;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16644;STB=0.600462;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0191961;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:42:31:31:0.424658:18:13:24:17:18:13:25:17 chr22 47085924 . G A 354.25 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0152998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.122;QD=16.1022;RBI=0.0156464;REFB=-0.0106128;REVB=0.00327538;RO=49;SAF=23;SAR=15;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728576;STB=0.532978;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0102319;OID=.;OPOS=47085924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:50:38:38:0.431818:15:23:33:16:15:23:33:17 chr22 47185265 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0319;QD=53.9108;RBI=0.0456799;REFB=0;REVB=0.032824;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48576e-05;OID=.;OPOS=47185265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr22 47311404 . A T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.654;QD=62.4653;RBI=0.039044;REFB=0;REVB=0.0387286;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66914e-05;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:52:35:0:0:52:35:0:0 chr22 47569571 . G C 327.39 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353647;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.637;QD=54.5657;RBI=0.0405879;REFB=0;REVB=0.0199177;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463509;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr22 47569605 . G C 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0294718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3106;QD=19.3675;RBI=0.0830254;REFB=-0.0131382;REVB=0.0776185;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202873;STB=0.615175;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0266578;OID=.;OPOS=47569605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:1:6:6:4:1:6 chr22 47857551 . T G 957.15 PASS AF=0.443478;AO=102;DP=230;FAO=102;FDP=230;FR=.;FRO=128;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=73;FWDB=0.0221202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0915;QD=16.6462;RBI=0.0262099;REFB=-0.0238938;REVB=0.014059;RO=128;SAF=60;SAR=42;SRF=55;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158906;STB=0.588218;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0318056;OID=.;OPOS=47857551;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:128:128:102:102:0.443478:42:60:55:73:42:60:55:73 chr22 48023241 . G T 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.853;QD=62.1613;RBI=0.0300691;REFB=0;REVB=0.000361512;RO=0;SAF=29;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93084e-05;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:56:29:0:0:56:29:0:0 chr22 48940553 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.522;QD=61.3753;RBI=0.0233517;REFB=0;REVB=0.0152984;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89375e-05;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr22 48940714 . T TC 210.23 PASS AF=0.44;AO=32;DP=83;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0722893;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=145.45;QD=11.2122;RBI=0.0725855;REFB=-0.00346519;REVB=-0.00655089;RO=51;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738407;STB=0.561607;STBP=0.389;TYPE=ins;VARB=0.00644171;OID=.;OPOS=48940715;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:32:83:33:75:42:17:16:17:25:99:51:16:16:22:29 chr22 48942315 . T G 327.83 PASS AF=0.432099;AO=28;DP=82;FAO=35;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0450878;FXX=0.0121936;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.0279;QD=16.1889;RBI=0.253624;REFB=-0.0461839;REVB=-0.249584;RO=33;SAF=26;SAR=2;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330906;STB=0.5614;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0533074;OID=.;OPOS=48942315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:33:45:28:35:0.432099:2:26:26:7:8:27:31:14 chr22 49246723 . A C 2694.52 PASS AF=0.983333;AO=175;DP=180;FAO=177;FDP=180;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0895981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5242;QD=59.8783;RBI=0.0903457;REFB=-0.088893;REVB=-0.0115986;RO=3;SAF=58;SAR=117;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120476;STB=0.506275;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000634003;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:180:180:3:3:175:177:0.983333:117:58:0:3:118:59:0:3 chr22 49834747 . C T 562.89 PASS AF=0.368132;AO=63;DP=178;FAO=67;FDP=182;FR=.;FRO=115;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=75;FWDB=0.0204176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.732;QD=12.3713;RBI=0.0209425;REFB=-0.0295219;REVB=0.00465959;RO=115;SAF=32;SAR=31;SRF=40;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181591;STB=0.582758;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0445392;OID=.;OPOS=49834747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:182:115:115:63:67:0.368132:31:32:40:75:35:32:40:75 chr22 50017234 . A G 261.77 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0349676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.997;QD=26.8476;RBI=0.0459373;REFB=-0.0496396;REVB=0.0297909;RO=15;SAF=9;SAR=15;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247157;STB=0.634939;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0131936;OID=.;OPOS=50017234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:15:9:1:14:15:9:1:14 chr22 50018069 . A G 104.74 PASS AF=0.571429;AO=10;DP=19;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0374284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.741;QD=19.9511;RBI=0.0392019;REFB=-0.0358618;REVB=0.0116577;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167675;STB=0.512175;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0194228;OID=.;OPOS=50018069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:19:21:8:9:10:12:0.571429:7:3:4:4:7:5:4:5 chr22 50018497 . G A 774.77 PASS AF=0.509677;AO=77;DP=152;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0381207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.416;QD=19.9942;RBI=0.0382601;REFB=-0.0198265;REVB=0.00326343;RO=74;SAF=37;SAR=40;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188153;STB=0.503599;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0206749;OID=.;OPOS=50018497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:155:74:76:77:79:0.509677:40:37:34:40:41:38:36:40 chr22 50277835 . T C 375.3 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.242;QD=55.5996;RBI=0.0320066;REFB=0;REVB=-0.00742165;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322358;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr22 50277883 . A G 483.23 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0813244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0629;QD=58.5735;RBI=0.0860981;REFB=0;REVB=-0.0282708;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050996;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr22 50278438 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.435;QD=63.5829;RBI=0.0249413;REFB=0;REVB=-0.0099763;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85349e-05;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr22 50278568 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.073;QD=53.9106;RBI=0.0325966;REFB=0;REVB=0.00417882;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194452;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr22 50278642 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6977;QD=49.5985;RBI=0.141165;REFB=0;REVB=0.0105507;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00561038;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr22 50280136 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.963;QD=63.2867;RBI=0.0422362;REFB=0;REVB=0.0266864;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133515;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr22 50281917 . A G 1324.89 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.614;QD=60.9143;RBI=0.0174817;REFB=-0.0404506;REVB=0.00355534;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000247172;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:49:37:0:0:49:37:1:0 chr22 50354819 . C A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0346946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.85;QD=18.8866;RBI=0.0347343;REFB=-0.0434346;REVB=0.00165978;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0239259;OID=.;OPOS=50354819;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:2:3:4:4:2:3 chr22 50356692 . GT G,GC 1022.5 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=12,58;DP=70;FAO=2,68;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=2,27;FSAR=0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196598,0.0183974;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.3454,91.4474;QD=58.4287;RBI=0.0197073,0.0279064;REFB=0,0;REVB=0.00136656,0.0209834;RO=0;SAF=9,20;SAR=3,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.38905e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00279151,0.0126526;OID=.,.;OPOS=50356693,50356693;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0285714,0.971429:12,58:70:2,68:70:0:2,27:0,41:0:0:5:0:9,20:3,38:0:0 chr22 50435480 . A G 317.47 PASS AF=0.376238;AO=39;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0608596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.28;QD=12.5732;RBI=0.106216;REFB=0.0047285;REVB=-0.0870517;RO=60;SAF=22;SAR=17;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760887;STB=0.525849;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0109725;OID=.;OPOS=50435480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:63:39:38:0.376238:17:22:38:22:16:22:39:24 chr22 50439188 . GCCCCCCCTG GCCCCCCTG,GCCCCCCTGC,GCCCCCTCTG 304.24 PASS AF=0.4,0.0222222,0.444444;AO=7,5,13;DP=45;FAO=18,1,20;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=13,0,10;FSAR=5,1,10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.218759,-0.0688874,0.0774105;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,3,1;MLLD=7.4879,13.7357,172.969;QD=27.0431;RBI=0.281937,0.0812073,0.0901624;REFB=-0.245484,-0.224834,-0.0665421;REVB=0.177857,0.0430017,0.0462263;RO=6;SAF=4,4,9;SAR=3,1,4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0767769,0.158244,0.0167666;STB=0.517026,0.9915,0.538423;STBP=0.84,0.256,0.496;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.190001,0.192947,0.0226266;OID=.,.,.;OPOS=50439189,50439195,50439194;OREF=C,CTG,C;OALT=-,TGC,T;OMAPALT=GCCCCCCTG,GCCCCCCTGC,GCCCCCTCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.4,0.0222222,0.444444:7,5,13:45:18,1,20:45:6:13,0,10:5,1,10:4:2:99:6:4,4,9:3,1,4:4:2 chr22 50454859 . A T 228.85 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00680817;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.277;QD=16.0597;RBI=0.00746619;REFB=-0.0113306;REVB=-0.00306476;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138428;STB=0.581707;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0126218;OID=.;OPOS=50454859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:31:25:26:0.45614:14:11:17:12:14:12:19:12 chr22 50454914 . CCCACGTGGTGCCCGTGGTCTGGCAGGCGG C,CCCACGTGGTGCCCGTGGTGTGGCAGGCGG 116.34 PASS AF=0.241379,0.241379;AO=5,4;DP=31;FAO=7,7;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=2,3;FSAR=5,4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00909251,0.0122057;FXX=0.0937207;HRUN=3,1;LEN=29,1;MLLD=643.297,170.426;QD=16.0467;RBI=0.0100363,0.0160314;REFB=-0.0175985,-0.0191595;REVB=-0.004249,-0.0103935;RO=8;SAF=0,0;SAR=5,4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.658537,0;SSSB=-0.711762,-0.67854;STB=0.749318,0.657802;STBP=0.135,0.388;TYPE=del,snp;VARB=0.0271948,0.075345;OID=.,.;OPOS=50454915,50454933;OREF=CCACGTGGTGCCCGTGGTCTGGCAGGCGG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CCCACGTGGTGCCCGTGGTGTGGCAGGCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379,0.241379:5,4:31:7,7:29:15:2,3:5,4:10:5:49:8:0,0:5,4:3:5 chr22 50468907 . C G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00460861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.433;QD=17.1565;RBI=0.00692654;REFB=-0.0233197;REVB=-0.00517084;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610493;STB=0.534843;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.026585;OID=.;OPOS=50468907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:13:7:7:10:13:7 chr22 50480108 . C T 379.64 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.107255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1864;QD=22.0078;RBI=0.13699;REFB=0.0336524;REVB=0.0852216;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013131;STB=0.507243;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.0235971;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:19:19:16:15:19:19:16:15 chr22 50528916 . C T 215.0 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0137637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2215;QD=21.5004;RBI=0.0481927;REFB=-0.00555715;REVB=0.0461854;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00212294;STB=0.501192;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0056154;OID=.;OPOS=50528916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:9:10:11:10:9:10 chr22 50529134 . T C 177.88 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0268753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3597;QD=14.8235;RBI=0.0268768;REFB=0.0224932;REVB=-0.000288568;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121904;STB=0.570044;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0344741;OID=.;OPOS=50529134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:9:20:11:8:9:20 chr22 50529146 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0378932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.9689;QD=12.0203;RBI=0.0524381;REFB=-0.00745062;REVB=-0.0362472;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761982;STB=0.504498;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0113143;OID=.;OPOS=50529146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:7:18:10:4:7:18 chr22 50529148 . C G 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0436466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.851;QD=12.0199;RBI=0.0452736;REFB=-0.0069578;REVB=-0.012028;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761982;STB=0.504498;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0126424;OID=.;OPOS=50529148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:7:18:10:4:7:18 chr22 50529462 . A G 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00966472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.411;QD=22.3747;RBI=0.0246072;REFB=-0.0306981;REVB=-0.0226298;RO=27;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695308;STB=0.538296;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0194442;OID=.;OPOS=50529462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:16:19:17:10:16:19:17:10 chr22 50530501 . A T 595.63 PASS AF=0.526316;AO=59;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00235684;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.055;QD=20.8994;RBI=0.0089554;REFB=-0.0197238;REVB=0.0086397;RO=55;SAF=40;SAR=19;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280159;STB=0.642809;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0161162;OID=.;OPOS=50530501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:54:59:60:0.526316:19:40:20:35:20:40:20:34 chr22 50546666 . C T 618.88 PASS AF=0.576923;AO=60;DP=104;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0229339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.636;QD=23.8029;RBI=0.0239877;REFB=-0.0162149;REVB=-0.00703188;RO=44;SAF=18;SAR=42;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115076;STB=0.563022;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00864084;OID=.;OPOS=50546666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:44:44:60:60:0.576923:42:18:19:25:42:18:19:25 chr22 50547247 . A G 1713.21 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.079;QD=60.6445;RBI=0.0275603;REFB=0;REVB=0.0252721;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54208e-05;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:48:65:0:0:48:65:0:0 chr22 50555619 . C T 2003.17 PASS AF=0.977612;AO=128;DP=131;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0179748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.085;QD=59.7962;RBI=0.0296986;REFB=-0.0479366;REVB=0.0236414;RO=3;SAF=42;SAR=86;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000256882;STB=0.500064;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.001007;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:134:3:3:128:131:0.977612:86:42:1:2:87:44:1:2 chr22 50555635 . C T 634.38 PASS AF=0.467626;AO=65;DP=139;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=54;FWDB=-0.00936813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1933;QD=18.2555;RBI=0.0282803;REFB=-0.00141811;REVB=-0.0266836;RO=73;SAF=28;SAR=37;SRF=19;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171167;STB=0.589243;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00169519;OID=.;OPOS=50555635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:73:74:65:65:0.467626:37:28:19:54:37:28:20:54 chr22 50555686 . A C 727.37 PASS AF=0.510791;AO=71;DP=138;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0372679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.777;QD=20.9315;RBI=0.037292;REFB=-0.0187469;REVB=0.00134042;RO=58;SAF=24;SAR=47;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373681;STB=0.569184;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0176725;OID=.;OPOS=50555686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:58:68:71:71:0.510791:47:24:22:36:47:24:32:36 chr22 50564618 . A AT,T 95.16 PASS AF=0.69697,0.030303;AO=17,2;DP=33;FAO=23,1;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=8,0;FSAR=15,1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.127303,-0.014253;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=7.83591,319.413;QD=11.5344;RBI=0.134097,0.0161624;REFB=-0.094538,-0.00872042;REVB=-0.0421398,0.00762084;RO=12;SAF=5,0;SAR=12,2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.167584,-0.561268;STB=0.529386,0.988208;STBP=0.619,0.512;TYPE=ins,snp;VARB=0.0644099,0.102816;OID=.,.;OPOS=50564619,50564618;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:33:33:12:9:17,2:23,1:0.69697,0.030303:12,2:5,0:6:6:15,1:8,0:4:5 chr22 50572473 . G A 260.69 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0188354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.475;QD=14.4829;RBI=0.0267647;REFB=-0.0147695;REVB=-0.0190151;RO=42;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176062;STB=0.599933;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0131484;OID=.;OPOS=50572473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:12:18:18:24:12:18:18:24 chr22 50581707 . T C 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0205216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.462;QD=19.7024;RBI=0.0395219;REFB=-0.0331824;REVB=0.0337764;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131511;STB=0.574382;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.034545;OID=.;OPOS=50581707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:10:6:9:8:10:6 chr22 50582550 . C A 554.24 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00601591;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8055;QD=21.114;RBI=0.0482213;REFB=-0.00765827;REVB=0.0478446;RO=49;SAF=34;SAR=22;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153003;STB=0.584162;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00394563;OID=.;OPOS=50582550;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:49:49:56:56:0.533333:22:34:21:28:22:34:21:28 chr22 50582626 . A G 1701.37 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.652;QD=60.2256;RBI=0.0585097;REFB=0;REVB=-0.005715;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417378;OID=.;OPOS=50582626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:113:0:0:109:113:1:52:57:0:0:53:60:0:0 chr22 50584201 . A C 292.4 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0173718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.115;QD=12.3117;RBI=0.0358309;REFB=-0.00836115;REVB=-0.0313381;RO=61;SAF=21;SAR=13;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106549;STB=0.561389;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0133537;OID=.;OPOS=50584201;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:61:34:34:0.357895:13:21:32:29:13:21:32:29 chr22 50585595 . G A 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0244695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.304;QD=22.7182;RBI=0.0404789;REFB=-0.00711722;REVB=0.0322457;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385055;STB=0.521708;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0110052;OID=.;OPOS=50585595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:7:7:4:5:7:7:4:5 chr22 50589196 . C A 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0246853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.318;QD=15.1566;RBI=0.0246879;REFB=-0.00647132;REVB=0.00035847;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120892;STB=0.568573;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00538863;OID=.;OPOS=50589196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:11:14:14:18:11:14:14:18 chr22 50599466 . C A 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0161653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.54;QD=23.8982;RBI=0.0169077;REFB=-0.0146421;REVB=-0.00495536;RO=25;SAF=10;SAR=26;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00206252;STB=0.501133;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0116353;OID=.;OPOS=50599466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:26:10:7:18:26:10:7:18 chr22 50618738 . G A 71.07 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00696641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.859;QD=13.5369;RBI=0.0174849;REFB=-0.0129556;REVB=0.0160371;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255081;STB=0.589287;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0200804;OID=.;OPOS=50618738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:20:21:11:11:9:10:0.47619:7:2:5:6:7:3:5:6 chr22 50637597 . G C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.228;QD=57.3849;RBI=0.00883624;REFB=0;REVB=-0.00591066;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03147e-05;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr22 50646936 . G C 150.82 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0441916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1051;QD=13.7112;RBI=0.0442114;REFB=-0.0132747;REVB=-0.00132332;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347817;STB=0.693879;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.023438;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:27:17:17:0.386364:10:7:19:6:10:7:20:7 chr22 50648616 . C G 433.18 PASS AF=0.518987;AO=33;DP=81;FAO=41;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0117243;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.371;QD=21.933;RBI=0.0308592;REFB=-0.0403444;REVB=0.0285452;RO=36;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122646;STB=0.53163;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.057486;OID=.;OPOS=50648616;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:36:36:33:41:0.518987:14:19:16:20:20:21:16:20 chr22 50657010 . C G 1201.25 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0930322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6822;QD=58.5978;RBI=0.0938283;REFB=-0.170467;REVB=0.012197;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511902;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00279673;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:0:2:80:80:0.97561:39:41:0:0:39:41:2:0 chr22 50658698 . T A 152.12 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0443877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7834;QD=13.2275;RBI=0.0443878;REFB=0.0020605;REVB=6.97869e-05;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293432;STB=0.507683;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00290369;OID=.;OPOS=50658698;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:16:17:0.369565:9:7:13:15:9:8:14:15 chr22 50664612 . A G 530.59 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00448835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9911;QD=20.6053;RBI=0.0255483;REFB=0.00137353;REVB=0.0251509;RO=49;SAF=27;SAR=27;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617117;STB=0.533968;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00112384;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:27:27:28:21:27:27:28:21 chr22 50688348 . A G 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0149295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9394;QD=13.0286;RBI=0.0411745;REFB=-0.0118171;REVB=-0.0383726;RO=45;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137081;STB=0.57138;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0160122;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:13:16:19:26:13:16:20:26 chr22 50693534 . A G 77.95 PASS AF=0.6;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0141568;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.526;QD=20.7861;RBI=0.0764646;REFB=-0.0183495;REVB=0.0751426;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331835;STB=0.687155;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0221126;OID=.;OPOS=50693534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:16:15:6:6:9:9:0.6:4:5:6:0:4:5:6:0 chr22 50693538 . G A 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00456263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.204;QD=24.0729;RBI=0.00478586;REFB=-0.0148701;REVB=0.00144461;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166666;STB=0.593087;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00961807;OID=.;OPOS=50693538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:5:8:6:1:5:8:6:1 chr22 50693554 . A G 210.25 PASS AF=0.645161;AO=18;DP=30;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0109592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.118;QD=27.1289;RBI=0.0171615;REFB=-0.0209186;REVB=0.0132065;RO=11;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120303;STB=0.564294;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0094401;OID=.;OPOS=50693554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:11:11:18:20:0.645161:8:10:8:3:9:11:8:3 chr22 50694297 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0122339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.195;QD=19.646;RBI=0.0423659;REFB=-0.0468199;REVB=-0.0405611;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188135;STB=0.608486;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0377251;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:3:8:4:4:3:8:4:4 chr22 50696662 . C T 48.37 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.146054;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7573;QD=8.41244;RBI=0.146106;REFB=-0.019011;REVB=-0.0039061;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255737;STB=0.674237;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0199816;OID=.;OPOS=50696662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:23:23:15:16:7:7:0.304348:4:3:10:5:4:3:11:5 chr22 50705466 . A G 466.69 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00762779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.166;QD=54.9046;RBI=0.0256066;REFB=0.0550209;REVB=0.0244441;RO=1;SAF=10;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444006;STB=0.523795;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.000194015;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:22:10:1:0:23:10:1:0 chr22 50713866 . G C 453.81 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0322034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.887;QD=55.0077;RBI=0.0338353;REFB=0.0479337;REVB=-0.0103813;RO=1;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443701;STB=0.523794;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00051639;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:10:21:0:1:10:22:0:1 chr22 50716167 . G A 990.23 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.326;QD=59.1181;RBI=0.05564;REFB=0;REVB=0.0454615;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130329;OID=.;OPOS=50716167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr22 50719251 . A G 995.1 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.493;QD=58.5351;RBI=0.0198137;REFB=0;REVB=-0.0114821;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74728e-05;OID=.;OPOS=50719251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:39:27:0:0:41:27:0:0 chr22 50720622 . C T 888.06 PASS AF=0.444444;AO=96;DP=216;FAO=96;FDP=216;FR=.;FRO=120;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=75;FSRR=45;FWDB=0.0146428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.715;QD=16.4455;RBI=0.0598558;REFB=-0.0206892;REVB=0.0580371;RO=119;SAF=53;SAR=43;SRF=74;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709947;STB=0.541298;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0271001;OID=.;OPOS=50720622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:119:120:96:96:0.444444:43:53:74:45:43:53:75:45 chr22 50722134 . T C 1000.15 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.823;QD=57.9796;RBI=0.0736097;REFB=0;REVB=0.025061;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025002;OID=.;OPOS=50722134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:69:0:0:65:69:1:32:33:0:0:34:35:0:0 chr22 50725553 . T C 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.018565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.368;QD=17.3197;RBI=0.0263456;REFB=-0.055106;REVB=0.018693;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459956;STB=0.526283;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0163444;OID=.;OPOS=50725553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:11:7:7:9:11:7 chr22 50728062 . T C 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0130245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.578;QD=8.37078;RBI=0.0170609;REFB=-0.0060929;REVB=-0.0110199;RO=28;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240466;STB=0.649459;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0139169;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:8:3:13:15:8:3:13:15 chr22 50751529 . G C 506.8 PASS AF=0.54878;AO=37;DP=84;FAO=45;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00426352;FXX=0.03529;HRUN=7;LEN=1;MLLD=176.904;QD=24.7217;RBI=0.0260298;REFB=-0.0100651;REVB=-0.0256782;RO=21;SAF=14;SAR=23;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995773;STB=0.508978;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00306465;OID=.;OPOS=50751529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:21:30:37:45:0.54878:23:14:11:10:25:20:14:16 chr22 50752150 . C T 311.9 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00564844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.237;QD=14.1774;RBI=0.0133266;REFB=-0.0265758;REVB=0.0120704;RO=53;SAF=20;SAR=15;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662578;STB=0.537683;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0395267;OID=.;OPOS=50752150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:15:20:27:26:15:20:27:26 chr22 50754466 . C T 291.52 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0111326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5349;QD=19.4349;RBI=0.0213453;REFB=-0.0181894;REVB=0.0182123;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071869;STB=0.531802;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0124788;OID=.;OPOS=50754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:29:31:31:0.516667:14:17:13:15:14:17:14:15 chr22 50754648 . T C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0287541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.583;QD=10.2394;RBI=0.0320978;REFB=-0.0138067;REVB=-0.0142643;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407794;STB=0.739851;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0382859;OID=.;OPOS=50754648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:4:15:4:6:4:15 chr22 50757470 . T C 253.79 PASS AF=0.416667;AO=28;DP=68;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0152632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.82;QD=14.0996;RBI=0.0166915;REFB=-0.0294282;REVB=0.00675572;RO=39;SAF=8;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248621;STB=0.628484;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0227256;OID=.;OPOS=50757470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:39:42:28:30:0.416667:20:8:20:19:20:10:23:19 chr22 50877164 . GCG CGC,GC,GCC 441.38 PASS AF=0.0322581,0,0.967742;AO=2,6,22;DP=32;FAO=1,0,30;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,22;FSAR=0,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455059,0.0453949,0.0402525;FXX=0.0312402;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=142.778,170.819,179.446;QD=56.9523;RBI=0.0555505,0.0696654,0.0736924;REFB=0,0,0;REVB=0.0318601,0.0528447,0.0617276;RO=0;SAF=2,2,19;SAR=0,4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0155141,0,0.00118598;OID=.,.,.;OPOS=50877164,50877166,50877166;OREF=GCG,G,G;OALT=CGC,-,C;OMAPALT=CGC,GC,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:5:32:31:0:0:2,6,22:1,0,30:0.0322581,0,0.967742:0,4,3:2,2,19:0:0:0,0,8:1,0,22:0:0 chr22 50878275 . A G 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.625;QD=62.7621;RBI=0.0229686;REFB=0;REVB=0.00625164;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00631e-05;OID=.;OPOS=50878275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr22 50879447 . T G 289.28 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0289;QD=52.5963;RBI=0.0397844;REFB=0;REVB=-0.0394215;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515866;OID=.;OPOS=50879447;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr22 50885775 . A G 287.24 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.38;QD=52.226;RBI=0.0687304;REFB=0;REVB=0.0611085;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727506;OID=.;OPOS=50885775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:16:5:0:0:17:5:0:0 chr22 50895020 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.712;QD=33.4285;RBI=0.0514162;REFB=0;REVB=0.0295694;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123768;OID=.;OPOS=50895020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr22 50923217 . T C 668.65 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.408;QD=62.1999;RBI=0.0272298;REFB=0;REVB=0.00594488;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107458;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:22:21:0:0 chr22 50923282 . C A,CCCACCCCCACCTTCCCCAGCAA 55.18 PASS AF=0.111111,0.333333;AO=3,5;DP=18;FAO=2,6;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2,0;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.0148632,-0.0221846;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,22;MLLD=64.5001,488.626;QD=12.2626;RBI=0.023489,0.0255807;REFB=-0.0166727,-0.00835771;REVB=-0.0181885,-0.0127363;RO=10;SAF=2,0;SAR=1,5;SRF=0;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.702869,0;STB=0.99832,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00344269,0.0154958;OID=.,.;OPOS=50923282,50923283;OREF=C,-;OALT=A,CCACCCCCACCTTCCCCAGCAA;OMAPALT=A,CCCACCCCCACCTTCCCCAGCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:18:18:10:10:3,5:2,6:0.111111,0.333333:1,5:2,0:0:10:0,6:2,0:0:10 chr22 50928026 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0330941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.373;QD=11.9202;RBI=0.0346491;REFB=0.01908;REVB=0.0102635;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52739;STB=0.82253;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0189157;OID=.;OPOS=50928026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:6:3:6:1:6:3 chr22 50941924 . G T 218.75 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00484858;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.95;QD=13.672;RBI=0.019582;REFB=-0.0193269;REVB=0.0189722;RO=37;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256857;STB=0.639455;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0193239;OID=.;OPOS=50941924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:38:26:26:0.40625:9:17:15:22:9:17:16:22 chr22 50941985 . T C 222.25 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0813441;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6872;QD=18.143;RBI=0.106639;REFB=-0.0215491;REVB=-0.0689562;RO=27;SAF=6;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258136;STB=0.647632;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.021111;OID=.;OPOS=50941985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:27:22:22:0.44898:16:6:14:13:16:6:14:13 chr22 50944128 . G A 178.38 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=3.12371e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.889;QD=22.2972;RBI=0.0233408;REFB=-0.0293667;REVB=0.0233408;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988308;STB=0.555494;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0155879;OID=.;OPOS=50944128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:6:8:8:10:6:8 chr22 50944163 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00615804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.838;QD=16.1065;RBI=0.0115949;REFB=-0.0168933;REVB=0.00982442;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608231;STB=0.534914;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0242309;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:9:13:9:8:9:13 chr22 50960682 . C T 312.83 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0195665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5821;QD=14.3829;RBI=0.0224251;REFB=-0.0162031;REVB=-0.010956;RO=51;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179908;STB=0.515143;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0217547;OID=.;OPOS=50960682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:52:35:35:0.402299:20:15:21:30:20:15:21:31 chr22 50961169 . A G 159.09 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.941;QD=45.4542;RBI=0.044849;REFB=0;REVB=0.0364795;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139521;OID=.;OPOS=50961169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:1:11:0:0:2:12:0:0 chr22 50962208 . T G 740.61 PASS AF=0.490446;AO=77;DP=157;FAO=77;FDP=157;FR=.;FRO=80;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=27;FWDB=0.0258236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.914;QD=18.869;RBI=0.0259906;REFB=-0.00718185;REVB=-0.00294183;RO=78;SAF=53;SAR=24;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935088;STB=0.515148;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0070686;OID=.;OPOS=50962208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:78:80:77:77:0.490446:24:53:53:25:24:53:53:27 chr22 50962782 . C G 262.39 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0144943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9679;QD=17.4927;RBI=0.0204522;REFB=-0.0388073;REVB=-0.0144294;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136958;STB=0.566429;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0305636;OID=.;OPOS=50962782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:14:15:20:10:14:15:20:11 chr22 50964236 . G A 307.17 PASS AF=0.596154;AO=29;DP=48;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0145367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.868;QD=23.6288;RBI=0.0386232;REFB=-0.0258721;REVB=0.0357831;RO=19;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114263;STB=0.53606;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0195131;OID=.;OPOS=50964236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:19:21:29:31:0.596154:12:17:14:5:13:18:14:7 chr22 50988062 . G T 421.69 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0330787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.354;QD=13.7134;RBI=0.0363881;REFB=-0.0133268;REVB=0.0151624;RO=74;SAF=15;SAR=34;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272443;STB=0.654456;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0229915;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:74:49:49:0.398374:34:15:41:33:34:15:41:33 chr22 50988695 . T C 123.28 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=17;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0240388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.79;QD=27.3951;RBI=0.0274729;REFB=-0.0433976;REVB=0.0133001;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896755;STB=0.504498;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0174968;OID=.;OPOS=50988695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:18:5:5:12:13:0.722222:5:7:3:2:5:8:3:2 chr22 51009953 . C T 261.28 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773984;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6964;QD=52.2567;RBI=0.0169055;REFB=0;REVB=0.0150297;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167679;OID=.;OPOS=51009953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr22 51043278 . G A 772.4 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030918;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.389;QD=64.3665;RBI=0.042303;REFB=0;REVB=0.0288725;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372702;OID=.;OPOS=51043278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr22 51045190 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.43;QD=39.2068;RBI=0.0410342;REFB=0;REVB=0.0343441;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005136;OID=.;OPOS=51045190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr22 51045433 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.849;QD=43.4858;RBI=0.0311011;REFB=0;REVB=0.0301711;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670224;OID=.;OPOS=51045433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr22 51117766 . T C 45.88 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0176961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.227;QD=3.33643;RBI=0.0246919;REFB=-0.00347455;REVB=-0.0172204;RO=47;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645159;STB=0.545342;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0117144;OID=.;OPOS=51117766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:4:4:21:26:4:4:21:26 chr22 51117787 . T C 56.01 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00616323;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.172;QD=3.61361;RBI=0.0305339;REFB=3.02823e-05;REVB=-0.0299054;RO=50;SAF=7;SAR=3;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22911;STB=0.671834;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000491204;OID=.;OPOS=51117787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:63:62:50:52:10:10:0.16129:3:7:26:24:3:7:26:26 chr22 51117800 . G A 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00122164;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.674;QD=2.58573;RBI=0.00554799;REFB=-0.00358868;REVB=-0.00541182;RO=60;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222493;STB=0.659837;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0261436;OID=.;OPOS=51117800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:3:6:29:31:3:6:29:31 chr22 51117802 . G T 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0048388;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.272;QD=2.58569;RBI=0.00603332;REFB=-0.00262636;REVB=0.00360375;RO=60;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222493;STB=0.659837;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0236819;OID=.;OPOS=51117802;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:3:6:29:31:3:6:29:31 chr22 51117811 . C T 43.11 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00373882;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.763;QD=2.39476;RBI=0.00527363;REFB=-1.59013e-05;REVB=-0.00371919;RO=61;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175465;STB=0.64119;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.000198488;OID=.;OPOS=51117811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:61:63:9:9:0.125:3:6:32:29:3:6:32:31 chr22 51117826 . A G 42.36 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.000134069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.202;QD=2.28974;RBI=0.00808913;REFB=0.000465194;REVB=-0.00808802;RO=65;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210662;STB=0.6542;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00461486;OID=.;OPOS=51117826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:3:6:32:33:3:6:32:33 chr22 51117830 . C T 41.56 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0298489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1737;QD=2.18758;RBI=0.0355035;REFB=-0.000443596;REVB=-0.0192235;RO=65;SAF=6;SAR=3;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227785;STB=0.654521;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00386538;OID=.;OPOS=51117830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:65:67:9:9:0.118421:3:6:31:34:3:6:33:34 chr22 51117841 . T C 42.78 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0424086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.041;QD=2.34421;RBI=0.0496398;REFB=-0.00843683;REVB=-0.0257996;RO=64;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254504;STB=0.684281;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0305127;OID=.;OPOS=51117841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:73:64:64:9:9:0.123288:3:6:29:35:3:6:29:35 chr22 51137191 . C T 405.64 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0398071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.271;QD=17.2615;RBI=0.0440732;REFB=-0.0371608;REVB=-0.0189169;RO=52;SAF=17;SAR=25;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05738;STB=0.532176;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0466105;OID=.;OPOS=51137191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:25:17:24:28:25:17:24:28 chr22 51183255 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.555;QD=39.2068;RBI=0.0184853;REFB=0;REVB=0.0174481;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452447;OID=.;OPOS=51183255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chrX 200860 . T C 932.83 PASS AF=1;AO=49;DP=58;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.695;QD=58.302;RBI=0.0836891;REFB=0;REVB=0.0716159;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178068;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:64:0:0:49:64:1:26:23:0:0:41:23:0:0 chrX 207362 . C T 685.71 PASS AF=0.536;AO=66;DP=125;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0121804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.762;QD=21.9426;RBI=0.0148532;REFB=-0.0140007;REVB=0.00850024;RO=58;SAF=32;SAR=34;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071603;STB=0.535423;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0118735;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:58:66:67:0.536:34:32:33:25:34:33:33:25 chrX 228902 . G GA 96.07 PASS AF=1;AO=2;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268467;FXX=0.0832639;HRUN=0;LEN=1;MLLD=178.359;QD=34.9335;RBI=0.0363573;REFB=0;REVB=-0.0245176;RO=10;SAF=0;SAR=2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00241194;OID=.;OPOS=228903;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:12:11:11:0:1:10:0:0:3:10:0:2:2:8 chrX 228903 . G A 91.87 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.057896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.617;QD=30.6231;RBI=0.064394;REFB=-0.190754;REVB=0.0281894;RO=2;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994744;STB=0.555452;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00615727;OID=.;OPOS=228903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:8:2:0:2:8:2:0:2 chrX 228934 . A G 62.21 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.818;QD=35.551;RBI=0.0631559;REFB=0;REVB=-0.0398924;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0046757;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chrX 228940 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.158584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2005;QD=33.4283;RBI=0.162437;REFB=0;REVB=-0.0351675;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0172346;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chrX 229137 . A G 624.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.726;QD=60.9063;RBI=0.0995959;REFB=0;REVB=0.0989299;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247056;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:9:31:0:0:10:31:0:0 chrX 229542 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7397;QD=56.1914;RBI=0.0161016;REFB=0;REVB=-0.0144478;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270108;OID=.;OPOS=229542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chrX 295231 . A G 52.02 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00529526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.821;QD=5.77998;RBI=0.026788;REFB=-0.00956324;REVB=-0.0262594;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980232;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0465244;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:24:28:8:8:0.222222:4:4:10:14:4:4:14:14 chrX 299362 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.777;QD=60.6092;RBI=0.0338783;REFB=0;REVB=-0.0212499;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52437e-05;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chrX 299591 . A G 2216.85 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.198;QD=63.3384;RBI=0.0177978;REFB=0;REVB=-0.0138239;RO=0;SAF=84;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3907e-06;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:56:84:0:0:56:84:0:0 chrX 305984 . G A 218.95 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00815464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5828;QD=23.6706;RBI=0.00837627;REFB=-0.00788702;REVB=0.00191411;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875034;STB=0.548972;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00766337;OID=.;OPOS=305984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:14:7:7:9:14:7:7:9 chrX 306056 . G A 148.61 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00579869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.694;QD=17.4832;RBI=0.0294261;REFB=0.00787413;REVB=-0.0288491;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021362;STB=0.507803;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00736811;OID=.;OPOS=306056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:18:16:16:0.470588:6:10:11:6:6:10:11:7 chrX 306152 . T G 253.66 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.682;QD=50.7327;RBI=0.112051;REFB=0;REVB=0.0896222;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170871;OID=.;OPOS=306152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:16:20:1:11:5:0:0:13:7:0:0 chrX 322161 . A G 2737.62 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116895;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.362;QD=62.5742;RBI=0.0511232;REFB=0;REVB=-0.0497688;RO=0;SAF=103;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147244;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:72:103:0:0:72:103:0:0 chrX 322193 . C T 3849.67 PASS AF=0.99187;AO=243;DP=248;FAO=244;FDP=246;FR=.;FRO=2;FSAF=130;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0276852;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.214;QD=62.5962;RBI=0.0296717;REFB=-0.0439217;REVB=0.010674;RO=3;SAF=129;SAR=114;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460717;STB=0.504347;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.000406819;OID=.;OPOS=322193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:248:246:3:2:243:244:0.99187:114:129:1:2:114:130:0:2 chrX 610715 . C G 973.53 PASS AF=0.355422;AO=117;DP=334;FAO=118;FDP=332;FR=.;FRO=214;FSAF=29;FSAR=89;FSRF=73;FSRR=141;FWDB=-0.0216846;FXX=0.00598784;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.237;QD=11.7292;RBI=0.021685;REFB=-0.00937186;REVB=-0.000128736;RO=213;SAF=28;SAR=89;SRF=72;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140207;STB=0.57644;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0167368;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:332:213:214:117:118:0.355422:89:28:72:141:89:29:73:141 chrX 1428421 . G T 458.96 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00371686;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.665;QD=15.6911;RBI=0.0302732;REFB=-0.0068497;REVB=-0.0300442;RO=65;SAF=29;SAR=22;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163605;STB=0.504102;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00813761;OID=.;OPOS=1428421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:65:66:51:51:0.435897:22:29:38:27:22:29:38:28 chrX 1460740 . A G 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0114016;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=279.107;QD=15.6937;RBI=0.0138832;REFB=-0.00735707;REVB=0.00792119;RO=41;SAF=14;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170201;STB=0.595866;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00841708;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:18:14:25:16:18:14:25:16 chrX 1522163 . CA C,CG 404.19 PASS AF=0.424242,0.010101;AO=39,4;DP=99;FAO=42,1;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=17,1;FSAR=25,0;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0123097,-0.00903912;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.012,188.101;QD=16.3309;RBI=0.0205251,0.0171604;REFB=-0.01662,-0.0122245;REVB=0.0164241,0.0145868;RO=55;SAF=17,1;SAR=22,3;SRF=27;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0573943,-0.243678;STB=0.545072,0.990354;STBP=0.449,0.285;TYPE=del,snp;VARB=0.0212331,0.00787707;OID=.,.;OPOS=1522164,1522164;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242,0.010101:39,4:99:42,1:99:56:17,1:25,0:27:29:99:55:17,1:22,3:27:28 chrX 1531648 . C T 644.15 PASS AF=0.438272;AO=71;DP=162;FAO=71;FDP=162;FR=.;FRO=91;FSAF=52;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=0.0155328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53;QD=15.9049;RBI=0.0155948;REFB=-0.00485938;REVB=0.00139018;RO=91;SAF=52;SAR=19;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361718;STB=0.702264;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0055422;OID=.;OPOS=1531648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:91:91:71:71:0.438272:19:52:35:56:19:52:35:56 chrX 1537002 . C G 620.85 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0100298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3186;QD=19.7096;RBI=0.0451387;REFB=-0.00951165;REVB=-0.0440103;RO=62;SAF=26;SAR=37;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880261;STB=0.508207;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00907351;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:63:63:63:0.5:37:26:25:37:37:26:25:38 chrX 1546792 . G A 192.19 PASS AF=0.387755;AO=15;DP=46;FAO=19;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00509327;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.871;QD=15.6887;RBI=0.026525;REFB=-0.0181452;REVB=0.0260314;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570906;STB=0.526999;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.015579;OID=.;OPOS=1546792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:23:28:15:19:0.387755:8:7:12:11:10:9:12:16 chrX 1546876 . A G 350.85 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00735988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5728;QD=20.6384;RBI=0.0387169;REFB=-0.00350646;REVB=-0.0380109;RO=32;SAF=26;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673106;STB=0.53738;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00829982;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:10:26:21:11:10:26:21:11 chrX 1553907 . G A 874.05 PASS AF=0.421053;AO=96;DP=229;FAO=96;FDP=228;FR=.;FRO=132;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=-0.010331;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.536;QD=15.3342;RBI=0.0121452;REFB=-0.00848592;REVB=0.00638565;RO=131;SAF=42;SAR=54;SRF=57;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250719;STB=0.501113;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0132659;OID=.;OPOS=1553907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:131:132:96:96:0.421053:54:42:57:74:54:42:58:74 chrX 1554649 . T C 1061.24 PASS AF=0.524752;AO=103;DP=199;FAO=106;FDP=202;FR=.;FRO=96;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.0101694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.288;QD=21.0146;RBI=0.0121385;REFB=-0.0106293;REVB=-0.0066276;RO=93;SAF=50;SAR=53;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387426;STB=0.520288;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0126238;OID=.;OPOS=1554649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:202:93:96:103:106:0.524752:53:50:41:52:54:52:43:53 chrX 1554655 . T C 997.95 PASS AF=0.513228;AO=97;DP=189;FAO=97;FDP=189;FR=.;FRO=92;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.00330716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5271;QD=21.1207;RBI=0.0368127;REFB=-0.0104329;REVB=-0.0366638;RO=89;SAF=49;SAR=48;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682798;STB=0.534228;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00847399;OID=.;OPOS=1554655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:89:92:97:97:0.513228:48:49:38:51:48:49:40:52 chrX 1713021 . C T 726.7 PASS AF=0.445714;AO=78;DP=175;FAO=78;FDP=175;FR=.;FRO=97;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=-0.0245852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0306;QD=16.6104;RBI=0.0358031;REFB=-0.0109807;REVB=-0.0260275;RO=96;SAF=42;SAR=36;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345141;STB=0.521734;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0139725;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:96:97:78:78:0.445714:36:42:55:41:36:42:56:41 chrX 1718400 . G A 154.99 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0372956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0274;QD=22.9615;RBI=0.0746112;REFB=-0.0347169;REVB=0.064621;RO=10;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12655;STB=0.558063;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0174998;OID=.;OPOS=1718400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:10:11:16:16:0.592593:4:12:6:4:4:12:7:4 chrX 1720027 . C T 281.63 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00194815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.088;QD=17.0685;RBI=0.00665022;REFB=-0.0271151;REVB=0.00635847;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657862;STB=0.543256;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0356356;OID=.;OPOS=1720027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:17:14:13:21:17:14:13:22 chrX 1755404 . C T 718.18 PASS AF=0.486301;AO=71;DP=146;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0109695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2359;QD=19.6761;RBI=0.0154471;REFB=0.00443504;REVB=-0.0108758;RO=75;SAF=26;SAR=45;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122493;STB=0.567775;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00735787;OID=.;OPOS=1755404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:75:75:71:71:0.486301:45:26:37:38:45:26:37:38 chrX 2139186 . C T 984.64 PASS AF=0.533708;AO=95;DP=179;FAO=95;FDP=178;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0366455;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.486;QD=22.1268;RBI=0.038458;REFB=0.00113562;REVB=-0.0116672;RO=82;SAF=42;SAR=53;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390514;STB=0.518736;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00101779;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:82:83:95:95:0.533708:53:42:40:42:53:42:40:43 chrX 2139200 . T C 2871.11 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125915;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.007;QD=63.1013;RBI=0.0127383;REFB=0;REVB=-0.00192792;RO=0;SAF=80;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00282e-05;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:102:80:0:0:102:80:0:0 chrX 2161129 . C G 560.98 PASS AF=0.412903;AO=63;DP=153;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=62;FSRR=29;FWDB=-0.00254455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5257;QD=14.477;RBI=0.0307804;REFB=-0.0155314;REVB=0.030675;RO=89;SAF=23;SAR=40;SRF=61;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326269;STB=0.683949;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.028388;OID=.;OPOS=2161129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:89:91:63:64:0.412903:40:23:61:28:41:23:62:29 chrX 2326782 . G C 746.24 PASS AF=0.437158;AO=80;DP=183;FAO=80;FDP=183;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=65;FWDB=-0.0121142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.05;QD=16.3112;RBI=0.0166602;REFB=-0.00772713;REVB=0.0114371;RO=103;SAF=33;SAR=47;SRF=38;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458667;STB=0.525516;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00783776;OID=.;OPOS=2326782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:103:103:80:80:0.437158:47:33:38:65:47:33:38:65 chrX 2408437 . G A 173.74 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00264419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.059;QD=12.8698;RBI=0.0193234;REFB=-0.0289349;REVB=0.0191417;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375975;STB=0.534726;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0753132;OID=.;OPOS=2408437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:20:21:0.388889:11:9:16:17:12:9:16:17 chrX 2609983 . T C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.69;QD=54.5135;RBI=0.0466714;REFB=0;REVB=0.00537828;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141529;OID=.;OPOS=2609983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chrX 2638499 . G A 370.59 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=38;FWDB=-0.0540487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3696;QD=17.2368;RBI=0.0662398;REFB=0.00261864;REVB=-0.0382943;RO=46;SAF=8;SAR=31;SRF=9;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141891;STB=0.511579;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.0042177;OID=.;OPOS=2638499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:47:39:39:0.453488:31:8:9:37:31:8:9:38 chrX 2644302 . C T 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0250645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.441;QD=18.4778;RBI=0.032757;REFB=-0.00971991;REVB=-0.0210901;RO=36;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175643;STB=0.598132;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0140564;OID=.;OPOS=2644302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:38:36:36:0.486486:22:14:21:15:22:14:22:16 chrX 2645366 . G C 5539.5 PASS AF=0.983562;AO=358;DP=365;FAO=359;FDP=365;FR=.;FRO=6;FSAF=141;FSAR=218;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0192438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.561;QD=60.7068;RBI=0.0207593;REFB=-0.112444;REVB=-0.00778601;RO=6;SAF=141;SAR=217;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896379;STB=0.50471;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000476555;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:365:365:6:6:358:359:0.983562:217:141:4:2:218:141:4:2 chrX 2715425 . A G 220.54 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0181026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.494;QD=16.0393;RBI=0.0808818;REFB=-0.0159078;REVB=0.0788299;RO=29;SAF=22;SAR=2;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480239;STB=0.733107;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0111113;OID=.;OPOS=2715425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:24:25:0.454545:2:22:18:11:3:22:18:12 chrX 2724760 . T C 1596.12 PASS AF=1;AO=84;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.291;QD=64.4899;RBI=0.0775129;REFB=0;REVB=0.0751135;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378113;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:84:99:1:48:36:0:0:61:38:0:0 chrX 2748253 . G C 2115.6 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.022;QD=61.7695;RBI=0.0649073;REFB=0;REVB=0.0338474;RO=0;SAF=52;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514048;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:137:0:0:131:137:1:79:52:0:0:79:58:0:0 chrX 2773054 . G A 632.39 PASS AF=0.395604;AO=70;DP=180;FAO=72;FDP=182;FR=.;FRO=110;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=-0.00671611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.767;QD=13.8986;RBI=0.0169019;REFB=-0.0212627;REVB=0.0155102;RO=108;SAF=36;SAR=34;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153829;STB=0.508395;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.02855;OID=.;OPOS=2773054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:108:110:70:72:0.395604:34:36:54:54:35:37:55:55 chrX 2777985 . C T 3863.08 PASS AF=1;AO=243;DP=245;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299674;FXX=0.00816293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1855;QD=63.5898;RBI=0.0301319;REFB=-0.0348344;REVB=0.00314454;RO=1;SAF=98;SAR=145;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003276;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107772;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:245:243:1:0:243:243:1:145:98:0:1:145:98:0:0 chrX 2779570 . A G 2549.56 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5532;QD=61.0674;RBI=0.0197677;REFB=-0.111746;REVB=-0.0133527;RO=1;SAF=77;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531737;STB=0.502793;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-5.30521e-05;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:166:166:0.994012:89:77:0:1:89:77:0:1 chrX 2825403 . A G 2759.11 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375477;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.648;QD=62.7071;RBI=0.0437337;REFB=0;REVB=-0.0435722;RO=0;SAF=84;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1883e-05;OID=.;OPOS=2825403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:176:0:0:176:176:1:92:84:0:0:92:84:0:0 chrX 2832739 . C T 1473.55 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189603;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.229;QD=58.3583;RBI=0.0190832;REFB=-0.0089474;REVB=-0.00216195;RO=1;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784156;STB=0.504131;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000297751;OID=.;OPOS=2832739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:101:1:1:100:100:0.990099:60:40:0:1:60:40:0:1 chrX 2832742 . G C 1541.69 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00379765;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.873;QD=58.7311;RBI=0.0448733;REFB=-0.146927;REVB=0.0447124;RO=0;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00184011;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:105:0:1:104:104:0.990476:60:44:0:0:60:44:1:0 chrX 2852951 . G A 920.8 PASS AF=0.514124;AO=91;DP=177;FAO=91;FDP=177;FR=.;FRO=86;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=0.050197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.409;QD=20.8091;RBI=0.050655;REFB=0.00878976;REVB=0.00679631;RO=85;SAF=51;SAR=40;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461819;STB=0.521911;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0072859;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:85:86:91:91:0.514124:40:51:52:33:40:51:52:34 chrX 2854808 . G A 1352.83 PASS AF=0.604878;AO=124;DP=205;FAO=124;FDP=205;FR=.;FRO=81;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0021923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.718;QD=26.3967;RBI=0.0363052;REFB=-0.0265147;REVB=-0.036239;RO=81;SAF=64;SAR=60;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00727877;STB=0.503936;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0167418;OID=.;OPOS=2854808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:81:81:124:124:0.604878:60:64:41:40:60:64:41:40 chrX 2856155 . C T 341.9 PASS AF=0.362069;AO=42;DP=118;FAO=42;FDP=116;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.000703157;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.678;QD=11.7897;RBI=0.0289128;REFB=-0.0123122;REVB=-0.0289042;RO=72;SAF=25;SAR=17;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344305;STB=0.508543;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0221849;OID=.;OPOS=2856155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:72:74:42:42:0.362069:17:25:45:27:17:25:45:29 chrX 2942109 . T C 2254.11 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9453;QD=63.4961;RBI=0.0420881;REFB=0;REVB=-0.0194045;RO=0;SAF=71;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248534;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:71:71:0:0:71:71:0:0 chrX 3002687 . A G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=-0.0136993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3821;QD=19.0582;RBI=0.0191784;REFB=-0.00239454;REVB=-0.0134216;RO=19;SAF=5;SAR=14;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282082;STB=0.662518;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00255601;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:14:5:1:18:14:5:1:19 chrX 3195109 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.896;QD=50.412;RBI=0.0408505;REFB=0;REVB=0.0156863;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000344621;OID=.;OPOS=3195109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chrX 3228144 . C G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1302;QD=61.6831;RBI=0.0466842;REFB=0;REVB=-0.0134926;RO=0;SAF=8;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311878;OID=.;OPOS=3228144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:33:8:0:0:33:8:0:0 chrX 3228411 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.388;QD=61.2132;RBI=0.00330565;REFB=0;REVB=0.00199444;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31247e-06;OID=.;OPOS=3228411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:50:29:0:0:50:29:0:0 chrX 3228891 . A G 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.388;QD=59.829;RBI=0.0180903;REFB=0;REVB=0.000981996;RO=0;SAF=38;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92827e-05;OID=.;OPOS=3228891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:65:38:0:0:65:38:0:0 chrX 3235724 . C T 4732.59 PASS AF=1;AO=303;DP=308;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000709887;FXX=0.00973994;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.282;QD=62.0667;RBI=0.0394723;REFB=-0.181878;REVB=0.0394659;RO=2;SAF=162;SAR=141;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00671653;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197936;OID=.;OPOS=3235724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:308:305:2:0:303:305:1:141:162:0:2:143:162:0:0 chrX 3236028 . C T 2978.81 PASS AF=1;AO=186;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000410883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2652;QD=63.0435;RBI=0.00320001;REFB=0;REVB=-0.00317352;RO=0;SAF=65;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77547e-06;OID=.;OPOS=3236028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:186:189:1:121:65:0:0:122:67:0:0 chrX 3239545 . C T 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.032;QD=61.8519;RBI=0.043559;REFB=0;REVB=-0.0371525;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.38436e-05;OID=.;OPOS=3239545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chrX 3239979 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.256;QD=57.1062;RBI=0.0185628;REFB=0;REVB=0.00803002;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45417e-05;OID=.;OPOS=3239979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chrX 3241256 . T C 1249.25 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440888;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5459;QD=61.6916;RBI=0.0509497;REFB=0;REVB=0.0255352;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325923;OID=.;OPOS=3241256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chrX 3241317 . T C,G 1616.53 PASS AF=0.963303,0.0366972;AO=104,4;DP=108;FAO=105,4;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57,2;FSAR=48,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114018,-0.00891268;FXX=0.00909008;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.322,88.8825;QD=59.3224;RBI=0.0243334,0.00894223;REFB=0,0;REVB=0.0214968,0.000726367;RO=0;SAF=57,2;SAR=47,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000653321,-0.0061736;OID=.,.;OPOS=3241317,3241317;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:108:109:0:0:104,4:105,4:0.963303,0.0366972:47,2:57,2:0:0:48,2:57,2:0:0 chrX 3261847 . G C 78.22 PASS AF=0.151515;AO=14;DP=98;FAO=15;FDP=99;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0125372;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.2195;QD=3.16039;RBI=0.0233663;REFB=0.00027949;REVB=-0.0197181;RO=84;SAF=3;SAR=11;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403879;STB=0.78973;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00730894;OID=.;OPOS=3261847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:98:99:84:84:14:15:0.151515:11:3:45:39:12:3:45:39 chrX 3592725 . G A 986.33 PASS AF=0.516129;AO=95;DP=185;FAO=96;FDP=186;FR=.;FRO=90;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.00981757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.628;QD=21.2113;RBI=0.0184797;REFB=-0.0171771;REVB=0.0156561;RO=90;SAF=47;SAR=48;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347708;STB=0.521501;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0148205;OID=.;OPOS=3592725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:90:90:95:96:0.516129:48:47:41:49:48:48:41:49 chrX 3736489 . C T 150.08 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0192892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9127;QD=19.3654;RBI=0.0780212;REFB=-0.0227649;REVB=-0.0755991;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08522;STB=0.548327;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0191306;OID=.;OPOS=3736489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:9:6:8:8:9:6 chrX 3747372 . C T 443.76 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00611834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.128;QD=17.2333;RBI=0.0106129;REFB=0.00210243;REVB=-0.00867177;RO=54;SAF=14;SAR=34;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214696;STB=0.625712;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00196423;OID=.;OPOS=3747372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:54:55:48:48:0.466019:34:14:27:27:34:14:28:27 chrX 3977734 . G A 299.54 PASS AF=0.325;AO=39;DP=120;FAO=39;FDP=120;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.00947014;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.409;QD=9.9847;RBI=0.0172022;REFB=-0.00880832;REVB=-0.0143608;RO=80;SAF=16;SAR=23;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906984;STB=0.548782;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0164953;OID=.;OPOS=3977734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:80:81:39:39:0.325:23:16:39:41:23:16:39:42 chrX 5810090 . A G 1152.17 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0949746;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.233;QD=59.8528;RBI=0.131659;REFB=-0.17342;REVB=0.0911806;RO=1;SAF=22;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210202;STB=0.511108;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00280472;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:54:22:1:0:54:22:1:0 chrX 6451856 . A G 628.54 PASS AF=0.575472;AO=60;DP=104;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0264448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.536;QD=23.7186;RBI=0.0268663;REFB=-0.0611745;REVB=0.00474012;RO=43;SAF=19;SAR=41;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213308;STB=0.61111;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.035041;OID=.;OPOS=6451856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:43:45:60:61:0.575472:41:19:25:18:41:20:26:19 chrX 6451864 . C T 54.69 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0316127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5952;QD=3.70767;RBI=0.0323315;REFB=-0.00744296;REVB=0.00677976;RO=48;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236785;STB=0.643804;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0361171;OID=.;OPOS=6451864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:59:59:48:49:10:10:0.169492:5:5:15:33:5:5:16:33 chrX 6451894 . C T 95.24 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0715287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3533;QD=34.6324;RBI=0.0735228;REFB=0.0840803;REVB=-0.0170074;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596689;STB=0.533268;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00998897;OID=.;OPOS=6451894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:7:3:0:1:7:3:0:1 chrX 6975752 . G T 163.7 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0709655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.623;QD=13.3635;RBI=0.0848196;REFB=-0.0143813;REVB=0.0464571;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122668;STB=0.571351;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0281244;OID=.;OPOS=6975752;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:9:9:12:19:9:9:12:19 chrX 6975782 . C G 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00408125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.858;QD=12.8969;RBI=0.0286962;REFB=-0.0170913;REVB=-0.0284045;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924721;STB=0.554311;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0307638;OID=.;OPOS=6975782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:11:6:13:17:11:6:13:17 chrX 6995315 . C T 732.74 PASS AF=0.486486;AO=72;DP=149;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.0105247;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.093;QD=19.8038;RBI=0.0163652;REFB=-0.00770501;REVB=0.0125319;RO=75;SAF=33;SAR=39;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130367;STB=0.575007;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00884159;OID=.;OPOS=6995315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:75:76:72:72:0.486486:39:33:45:30:39:33:46:30 chrX 7066051 . A C 209.7 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0118116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.428;QD=15.8267;RBI=0.0295686;REFB=-0.0258998;REVB=0.027107;RO=27;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310598;STB=0.569582;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0271853;OID=.;OPOS=7066051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:27:29:24:24:0.45283:16:8:18:9:13:11:17:12 chrX 7812017 . C T 31.43 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0204848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.827;QD=1.82177;RBI=0.0720839;REFB=-0.00716822;REVB=-0.0691119;RO=60;SAF=5;SAR=2;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267993;STB=0.695633;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0560361;OID=.;OPOS=7812017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:60:62:7:7:0.101449:2:5:29:31:2:5:31:31 chrX 8138080 . G C 1043.58 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00547219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.716;QD=55.6577;RBI=0.0252596;REFB=-0.0766655;REVB=0.0246597;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.526308;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00150793;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:0:3:72:72:0.96:27:45:0:0:27:45:0:3 chrX 8138160 . T C 940.99 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0220632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8086;QD=57.0297;RBI=0.022379;REFB=-0.0220899;REVB=0.00374643;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000302332;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:28:37:1:0:28:37:1:0 chrX 8138165 . C G 888.54 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.797;QD=56.4152;RBI=0.0182801;REFB=-0.0430719;REVB=0.0144767;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132996;STB=0.50704;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000349359;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:27:35:1:0:27:35:1:0 chrX 8138170 . CT GC 667.62 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0865145;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.064;QD=46.8505;RBI=0.172954;REFB=-0.0439498;REVB=0.149761;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015982;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=mnp;VARB=0.0120279;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:1:1:56:56:0.982456:27:29:1:0:26:30:1:0 chrX 8138182 . A G 710.85 PASS AF=1;AO=33;DP=49;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207495;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.827;QD=63.1865;RBI=0.0221763;REFB=0;REVB=0.00782606;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00509455;OID=.;OPOS=8138182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:45:1:0:33:45:1:12:21:1:0:17:28:0:0 chrX 8497510 . C T 2145.77 PASS AF=0.474359;AO=216;DP=461;FAO=222;FDP=468;FR=.;FRO=246;FSAF=107;FSAR=115;FSRF=128;FSRR=118;FWDB=-0.00804073;FXX=0.0188675;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.87;QD=18.3399;RBI=0.0170034;REFB=-0.0246973;REVB=-0.0149821;RO=242;SAF=107;SAR=109;SRF=126;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242897;STB=0.52015;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0211026;OID=.;OPOS=8497510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:461:468:242:246:216:222:0.474359:109:107:126:116:115:107:128:118 chrX 9001164 . G A 528.58 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00672029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.239;QD=17.9181;RBI=0.00865152;REFB=-0.00485205;REVB=0.00544853;RO=62;SAF=27;SAR=29;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00163755;STB=0.500909;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0050556;OID=.;OPOS=9001164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:29:27:30:32:29:27:30:32 chrX 9370299 . AAT AATATAG,TAG 475.5 PASS AF=0.80597,0.00746269;AO=29,5;DP=134;FAO=108,1;FDP=134;FR=.;FRO=25;FSAF=67,0;FSAR=41,1;FSRF=0;FSRR=25;FWDB=-2.38998e-06,-0.0162789;FXX=0.0821862;HRUN=1,4;LEN=4,3;MLLD=86.6089,182.436;QD=14.194;RBI=0.035807,0.0206374;REFB=-0.114676,-0.0665433;REVB=0.035807,0.0126847;RO=30;SAF=14,0;SAR=15,5;SRF=24;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.28803,-0.769957;STB=0.616801,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0786953,0.0282359;OID=.,.;OPOS=9370302,9370299;OREF=-,AAT;OALT=ATAG,TAG;OMAPALT=AATATAG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:30:25:29,5:108,1:0.80597,0.00746269:15,5:14,0:24:6:41,1:67,0:0:25 chrX 9684778 . G A 776.02 PASS AF=0.516556;AO=78;DP=151;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0175412;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.389;QD=20.5567;RBI=0.0268333;REFB=0.0034233;REVB=-0.020306;RO=73;SAF=37;SAR=41;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767185;STB=0.542115;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00509485;OID=.;OPOS=9684778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:73:73:78:78:0.516556:41:37:41:32:41:37:41:32 chrX 9685291 . A G 44.33 PASS AF=0.0940171;AO=10;DP=119;FAO=11;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=106;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.0467779;FXX=0.0249979;HRUN=9;LEN=1;MLLD=30.64;QD=1.51544;RBI=0.0797049;REFB=-0.0173874;REVB=0.0645345;RO=69;SAF=1;SAR=9;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423173;STB=0.865521;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0846293;OID=.;OPOS=9685291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:119:117:69:106:10:11:0.0940171:9:1:26:43:10:1:45:61 chrX 9859098 . A G 6223.38 PASS AF=1;AO=388;DP=393;FAO=391;FDP=391;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=221;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339796;FXX=0.00761402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5673;QD=63.6663;RBI=0.0196061;REFB=-0.0684253;REVB=-0.0193094;RO=1;SAF=168;SAR=220;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00283222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055903;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:393:391:1:0:388:391:1:220:168:1:0:221:170:0:0 chrX 9859110 . C T 5891.44 PASS AF=0.971939;AO=381;DP=392;FAO=381;FDP=392;FR=.;FRO=11;FSAF=167;FSAR=214;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0346985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.297;QD=60.1167;RBI=0.0443232;REFB=-0.0975045;REVB=0.0275783;RO=6;SAF=167;SAR=214;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00185207;STB=0.500462;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.000937392;OID=.;OPOS=9859110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:392:392:6:11:381:381:0.971939:214:167:3:3:214:167:5:6 chrX 9914947 . G C 581.65 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0431661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9672;QD=20.5895;RBI=0.0502834;REFB=-0.00931024;REVB=0.0257896;RO=53;SAF=16;SAR=43;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228121;STB=0.631462;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00603167;OID=.;OPOS=9914947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:53:54:59:59:0.522124:43:16:27:26:43:16:28:26 chrX 9915165 . C T 86.42 PASS AF=0.366667;AO=12;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0652342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.473;QD=11.5223;RBI=0.0947284;REFB=0.014245;REVB=-0.0686874;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449392;STB=0.533271;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0272076;OID=.;OPOS=9915165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:30:30:17:19:12:11:0.366667:8:4:5:12:8:3:6:13 chrX 10029359 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTA 79.32 PASS AF=0.487179,0.025641;AO=6,3;DP=42;FAO=19,1;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10,1;FSAR=9,0;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.222388,-0.0762714;FXX=0.152141;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.06688,8.83328;QD=8.13511;RBI=0.243342,0.229602;REFB=-0.0357369,-0.0810954;REVB=0.0987876,0.216564;RO=14;SAF=3,3;SAR=3,0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0784305,0.650928;STB=0.578431,0.992101;STBP=0.358,0.258;TYPE=del,snp;VARB=-0.0420712,-0.0371277;OID=.,.;OPOS=10029360,10029365;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179,0.025641:6,3:42:19,1:39:19:10,1:9,0:7:12:70:14:3,3:3,0:6:8 chrX 10085674 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.381;QD=51.1846;RBI=0.0379893;REFB=0;REVB=0.0374121;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31742e-05;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chrX 10109896 . CT C,TC 95.42 PASS AF=0.236559,0.139785;AO=23,8;DP=90;FAO=22,13;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=6,0;FSAR=16,13;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=0.0719163,-0.00354265;FXX=0.0210504;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=7.93481,111.454;QD=4.10426;RBI=0.138309,0.044881;REFB=-0.130546,-0.0104172;REVB=-0.118142,-0.044741;RO=50;SAF=4,0;SAR=19,8;SRF=16;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.236027,-0.616391;STB=0.533302,0.998853;STBP=0.776,0.004;TYPE=del,mnp;VARB=0.104598,0.0113441;OID=.,.;OPOS=10109897,10109896;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:90:93:50:58:23,8:22,13:0.236559,0.139785:19,8:4,0:16:34:16,13:6,0:18:40 chrX 10202343 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.332;QD=63.8713;RBI=0.0231396;REFB=0;REVB=-0.00435982;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41392e-05;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chrX 10204812 . A G 269.17 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0386749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6373;QD=18.8889;RBI=0.0453672;REFB=0.0240279;REVB=0.0237157;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162796;STB=0.509085;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0221011;OID=.;OPOS=10204812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:15:14:13:15:15:14:13:15 chrX 12725701 . C G 4353.9 PASS AF=1;AO=275;DP=276;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206064;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.164;QD=63.0999;RBI=0.034538;REFB=0;REVB=0.0277173;RO=0;SAF=111;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3839e-05;OID=.;OPOS=12725701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:276:276:0:0:275:276:1:164:111:0:0:164:112:0:0 chrX 12809661 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.06;QD=54.5176;RBI=0.0293763;REFB=0;REVB=0.0293033;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199905;OID=.;OPOS=12809661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chrX 12924826 . A G 504.31 PASS AF=0.465517;AO=53;DP=115;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00809671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.827;QD=17.3898;RBI=0.00831124;REFB=0.000542546;REVB=0.00187616;RO=59;SAF=28;SAR=25;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133945;STB=0.507355;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.000671968;OID=.;OPOS=12924826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:59:62:53:54:0.465517:25:28:32:27:26:28:33:29 chrX 12937513 . C T 371.53 PASS AF=0.704545;AO=30;DP=43;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00635042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.424;QD=33.7757;RBI=0.00831965;REFB=0.00863776;REVB=-0.00537482;RO=12;SAF=22;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953231;STB=0.558337;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00242505;OID=.;OPOS=12937513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:12:13:30:31:0.704545:8:22:7:5:9:22:7:6 chrX 12937804 . C T 884.59 PASS AF=0.46875;AO=90;DP=192;FAO=90;FDP=192;FR=.;FRO=102;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=0.00391981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.2;QD=18.4289;RBI=0.00427627;REFB=-0.0200446;REVB=0.00170926;RO=101;SAF=41;SAR=49;SRF=58;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113232;STB=0.55989;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0159973;OID=.;OPOS=12937804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:101:102:90:90:0.46875:49:41:58:43:49:41:58:44 chrX 12939112 . G C 688.4 PASS AF=0.395;AO=79;DP=200;FAO=79;FDP=200;FR=.;FRO=121;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=0.00119986;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8058;QD=13.7681;RBI=0.0192508;REFB=-0.01575;REVB=0.0192133;RO=121;SAF=43;SAR=36;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255499;STB=0.514377;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0177283;OID=.;OPOS=12939112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:121:121:79:79:0.395:36:43:63:58:36:43:63:58 chrX 12939412 . C A 364.8 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00295937;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.449;QD=20.8456;RBI=0.00684729;REFB=0.00205888;REVB=-0.00617475;RO=32;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602428;STB=0.526302;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00162583;OID=.;OPOS=12939412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:20:17:17:15:20:17:17:16 chrX 12939928 . T C 501.05 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.051;QD=58.9471;RBI=0.0452008;REFB=0;REVB=0.0451827;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71476e-05;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:9:24:0:0:10:24:0:0 chrX 13337059 . C T 2385.96 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.843;QD=61.1786;RBI=0.00973123;REFB=0;REVB=0.00941827;RO=0;SAF=76;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38939e-06;OID=.;OPOS=13337059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:80:76:0:0:80:76:0:0 chrX 13624615 . G A 504.04 PASS AF=0.388158;AO=59;DP=151;FAO=59;FDP=152;FR=.;FRO=93;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.00566596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4069;QD=13.2641;RBI=0.0532131;REFB=-0.0229177;REVB=-0.0529106;RO=91;SAF=30;SAR=29;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150071;STB=0.508472;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0350487;OID=.;OPOS=13624615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:91:93:59:59:0.388158:29:30:45:46:29:30:46:47 chrX 13681115 . C T 902.27 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782559;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.455;QD=58.2109;RBI=0.00982717;REFB=0;REVB=0.00594419;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434863;OID=.;OPOS=13681115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chrX 13681638 . C T 1718.16 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0267151;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.568;QD=59.7621;RBI=0.0267161;REFB=-0.0397711;REVB=0.000234039;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.503936;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000123191;OID=.;OPOS=13681638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:115:0:1:114:114:0.991304:63:51:0:0:63:51:0:1 chrX 13681679 . G T 1456.81 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00554015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9491;QD=61.992;RBI=0.0171542;REFB=0.0126738;REVB=0.0162349;RO=1;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903078;STB=0.504761;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.000868907;OID=.;OPOS=13681679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:52:41:0:1:52:41:0:1 chrX 13682066 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.004;QD=59.6793;RBI=0.0702834;REFB=0;REVB=0.0358772;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105279;OID=.;OPOS=13682066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chrX 13682577 . G A 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.065303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.179;QD=57.8348;RBI=0.0653199;REFB=-0.1128;REVB=0.00148615;RO=0;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511625;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00169188;OID=.;OPOS=13682577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:21:48:0:0:21:48:0:1 chrX 13682715 . G A 471.9 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0433963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0023;QD=55.5179;RBI=0.0446497;REFB=0.0545071;REVB=-0.0105053;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519988;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0259269;OID=.;OPOS=13682715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:12:21:0:0:12:21:0:1 chrX 13683170 . G A 6349.98 PASS AF=1;AO=405;DP=406;FAO=405;FDP=405;FR=.;FRO=0;FSAF=212;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144677;FXX=0.00246299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.751;QD=62.7159;RBI=0.0158864;REFB=-0.0223219;REVB=0.0158204;RO=0;SAF=212;SAR=193;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91495e-05;OID=.;OPOS=13683170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:406:405:0:0:405:405:1:193:212:0:0:193:212:0:0 chrX 13684432 . T A 6400.73 PASS AF=0.98801;AO=411;DP=418;FAO=412;FDP=417;FR=.;FRO=5;FSAF=218;FSAR=194;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00545656;FXX=0.0141841;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.566;QD=61.3979;RBI=0.00623011;REFB=-0.0361408;REVB=0.0030067;RO=2;SAF=217;SAR=194;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000259444;STB=0.50326;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00018111;OID=.;OPOS=13684432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:418:417:2:5:411:412:0.98801:194:217:1:1:194:218:4:1 chrX 13758375 . G A 289.47 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00973753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.043;QD=13.9502;RBI=0.01266;REFB=-0.0188303;REVB=0.00809051;RO=49;SAF=15;SAR=18;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122368;STB=0.575118;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0277137;OID=.;OPOS=13758375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:50:33:33:0.39759:18:15:28:21:18:15:29:21 chrX 13771576 . A G 424.69 PASS AF=0.359281;AO=56;DP=160;FAO=60;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=100;FSAF=49;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=-0.136563;FXX=0.0233904;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.4722;QD=10.1723;RBI=0.160684;REFB=-0.0747185;REVB=0.0846762;RO=64;SAF=45;SAR=11;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471801;STB=0.766939;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0547971;OID=.;OPOS=13771576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:167:64:100:56:60:0.359281:11:45:22:42:11:49:43:57 chrX 13789349 . T G 268.44 PASS AF=0.54;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0166449;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.874;QD=21.4753;RBI=0.0279125;REFB=0.00776418;REVB=-0.0224066;RO=21;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173798;STB=0.594645;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0112352;OID=.;OPOS=13789349;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:21:23:27:27:0.54:15:12:14:7:15:12:15:8 chrX 15364274 . TGGGGC TGGGC,TGGG,TGGGG,TGTGGG 960.27 PASS AF=0,0,0.939394,0.0606061;AO=17,22,18,4;DP=101;FAO=0,0,93,6;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,40,0;FSAR=0,0,53,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0893256,0.199995,0.316011,0.00349423;FXX=0.0198;HRUN=4,4,4,4;LEN=1,2,1,4;MLLD=14.1525,8.98872,13.4623,233.156;QD=38.7989;RBI=0.880697,0.273564,0.561027,0.0734561;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.876155,-0.186652,0.46356,-0.0733729;RO=21;SAF=0,1,16,0;SAR=17,21,2,4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0.509542,0.509542,0,0;SSEP=0,0,0.475325,0;SSSB=-0.848061,-0.738871,0.296511,-0.723919;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0,0.0279213,0.0184783,0.103451;OID=.,.,.,.;OPOS=15364275,15364278,15364279,15364276;OREF=G,GC,C,GGGC;OALT=-,-,-,TGGG;OMAPALT=TGGGC,TGGG,TGGGG,TGTGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.939394,0.0606061:17,22,18,4:101:0,0,93,6:99:0:0,0,40,0:0,0,53,6:0:0:21:21:0,1,16,0:17,21,2,4:15:6 chrX 15415583 . C T 3324.82 PASS AF=0.9819;AO=217;DP=221;FAO=217;FDP=221;FR=.;FRO=4;FSAF=122;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0209039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2823;QD=60.1778;RBI=0.0518276;REFB=-0.0162743;REVB=0.047425;RO=3;SAF=122;SAR=95;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00275718;STB=0.501143;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.000993218;OID=.;OPOS=15415583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:221:221:3:4:217:217:0.9819:95:122:2:1:95:122:2:2 chrX 15800751 . G A 1215.41 PASS AF=0.492126;AO=122;DP=251;FAO=125;FDP=254;FR=.;FRO=129;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=0.00202473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.476;QD=19.1402;RBI=0.0467125;REFB=-0.0142962;REVB=0.0466686;RO=127;SAF=62;SAR=60;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258636;STB=0.507811;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0145619;OID=.;OPOS=15800751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:254:127:129:122:125:0.492126:60:62:61:66:63:62:62:67 chrX 15838366 . C T 775.79 PASS AF=0.423469;AO=83;DP=196;FAO=83;FDP=196;FR=.;FRO=113;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=-0.0139593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.676;QD=15.8325;RBI=0.0195868;REFB=0.00217142;REVB=-0.0137397;RO=112;SAF=34;SAR=49;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029438;STB=0.51943;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00282754;OID=.;OPOS=15838366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:112:113:83:83:0.423469:49:34:49:63:49:34:50:63 chrX 16778527 . A C 463.78 PASS AF=0.49505;AO=42;DP=97;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0089844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2693;QD=18.3675;RBI=0.0842023;REFB=-0.0207791;REVB=0.0837216;RO=51;SAF=22;SAR=20;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147609;STB=0.534832;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0167876;OID=.;OPOS=16778527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:51:51:42:50:0.49505:20:22:19:32:28:22:19:32 chrX 16859628 . G A 2733.65 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.223;QD=62.4834;RBI=0.0315224;REFB=0;REVB=0.0309709;RO=0;SAF=82;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55684e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:173:175:1:91:82:0:0:92:83:0:0 chrX 16860134 . T C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.024;QD=57.6757;RBI=0.027291;REFB=0;REVB=0.0165973;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444756;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chrX 17166219 . C T 2350.46 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.021;QD=61.0508;RBI=0.0346346;REFB=0;REVB=-0.00159992;RO=0;SAF=75;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92106e-05;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:78:75:0:0:78:76:0:0 chrX 17705850 . C CT,T 3653.83 PASS AF=1,0;AO=220,13;DP=248;FAO=245,0;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=125,0;FSAR=120,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293018,0.0203595;FXX=0.0160636;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=24.6352,243.76;QD=59.6544;RBI=0.0369647,0.0207943;REFB=0,0;REVB=-0.0225343,-0.00423021;RO=9;SAF=117,2;SAR=103,11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0232102,-0.0873908;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00119542,-0.0120911;OID=.,.;OPOS=17705851,17705850;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:248:245:9:0:220,13:245,0:1,0:103,11:117,2:2:7:120,0:125,0:0:0 chrX 17819377 . T C 202.81 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.972;QD=47.7197;RBI=0.0838605;REFB=0;REVB=0.056176;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139823;OID=.;OPOS=17819377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chrX 17819958 . A AG 34.52 PASS AF=0.115044;AO=12;DP=115;FAO=13;FDP=113;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=68;FSRR=32;FWDB=-0.018425;FXX=0.0258598;HRUN=0;LEN=1;MLLD=114.994;QD=1.2219;RBI=0.0261631;REFB=-0.000969875;REVB=-0.0185749;RO=96;SAF=9;SAR=3;SRF=66;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918071;STB=0.831282;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.0503252;OID=.;OPOS=17819959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.115044:12:115:13:113:100:12:1:68:32:34:96:9:3:66:30 chrX 18230715 . A C 589.78 PASS AF=0.504202;AO=59;DP=117;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0135854;FXX=0.0165276;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.599;QD=19.8247;RBI=0.0158198;REFB=-0.0207356;REVB=-0.00810584;RO=57;SAF=21;SAR=38;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125916;STB=0.582062;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0118578;OID=.;OPOS=18230715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:57:59:59:60:0.504202:38:21:28:29:39:21:30:29 chrX 18342034 . G A 956.05 PASS AF=0.487562;AO=98;DP=201;FAO=98;FDP=201;FR=.;FRO=103;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=-0.0289977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6573;QD=19.0259;RBI=0.0336611;REFB=-0.00455428;REVB=-0.0170938;RO=101;SAF=51;SAR=47;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131684;STB=0.506969;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00482816;OID=.;OPOS=18342034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:101:103:98:98:0.487562:47:51:54:47:47:51:55:48 chrX 19041592 . C T 1202.62 PASS AF=0.442509;AO=127;DP=287;FAO=127;FDP=287;FR=.;FRO=160;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=92;FSRR=68;FWDB=-0.00442498;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.222;QD=16.7612;RBI=0.00606285;REFB=-0.017617;REVB=-0.0041446;RO=159;SAF=55;SAR=72;SRF=92;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145467;STB=0.578854;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0185076;OID=.;OPOS=19041592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:159:160:127:127:0.442509:72:55:92:67:72:55:92:68 chrX 19375782 . A C 652.61 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.00221422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.692;QD=19.0542;RBI=0.00712365;REFB=-0.0194877;REVB=0.0067708;RO=71;SAF=33;SAR=33;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125547;STB=0.569322;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0233021;OID=.;OPOS=19375782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:71:66:66:0.481752:33:33:26:45:33:33:26:45 chrX 19482476 . C T 911.57 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122617;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4041;QD=56.9732;RBI=0.122662;REFB=-0.103248;REVB=-0.00333608;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154807;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278751;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:64:1:0:63:64:1:33:30:1:0:33:31:0:0 chrX 20029139 . G C 345.14 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0266646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.491;QD=16.6331;RBI=0.0275709;REFB=-0.00620024;REVB=-0.00701102;RO=46;SAF=5;SAR=32;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271124;STB=0.655074;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00586005;OID=.;OPOS=20029139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:32:5:14:32:32:5:14:32 chrX 20082898 . A G 339.04 PASS AF=0.41573;AO=36;DP=88;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0038347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.796;QD=15.2377;RBI=0.0107453;REFB=-0.0154376;REVB=0.0100378;RO=52;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490079;STB=0.519115;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0216638;OID=.;OPOS=20082898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:52:52:36:37:0.41573:19:17:27:25:19:18:27:25 chrX 21861434 . A G 1439.23 PASS AF=0.486755;AO=147;DP=302;FAO=147;FDP=302;FR=.;FRO=155;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=78;FSRR=77;FWDB=0.0088915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.397;QD=19.0626;RBI=0.00965149;REFB=-0.00129541;REVB=0.00375399;RO=155;SAF=64;SAR=83;SRF=78;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638446;STB=0.53509;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00146302;OID=.;OPOS=21861434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:155:155:147:147:0.486755:83:64:78:77:83:64:78:77 chrX 21876112 . A G 198.93 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0411924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5486;QD=11.2074;RBI=0.0498712;REFB=-0.0024328;REVB=0.0281126;RO=45;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206698;STB=0.624487;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00694201;OID=.;OPOS=21876112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:45:46:25:25:0.352113:12:13:15:30:12:13:15:31 chrX 21876221 . A G 107.4 PASS AF=0.272727;AO=14;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0327395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2364;QD=7.81052;RBI=0.0329361;REFB=0.000577154;REVB=0.00359288;RO=39;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131295;STB=0.542316;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00180121;OID=.;OPOS=21876221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:40:14:15:0.272727:6:8:18:21:7:8:19:21 chrX 22291606 . C A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00979427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.771;QD=18.7119;RBI=0.0139587;REFB=-0.000248206;REVB=0.00994566;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417766;STB=0.523783;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.000579904;OID=.;OPOS=22291606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:13:5:6:13:13:5:6:13 chrX 22291732 . C T 657.07 PASS AF=0.5;AO=65;DP=131;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0569822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4189;QD=19.9111;RBI=0.0717122;REFB=0.00278682;REVB=0.0435393;RO=66;SAF=31;SAR=34;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00661103;STB=0.507584;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00173273;OID=.;OPOS=22291732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:66:66:65:66:0.5:34:31:31:35:34:32:31:35 chrX 23018814 . C T 242.38 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0725298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.09;QD=29.3799;RBI=0.0748991;REFB=-0.0298033;REVB=-0.0186896;RO=11;SAF=7;SAR=15;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032086;STB=0.517669;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0156806;OID=.;OPOS=23018814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:15:7:3:8:15:7:3:8 chrX 23019419 . T C 559.19 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.013878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.137;QD=20.5207;RBI=0.0139161;REFB=0.00541339;REVB=-0.00102823;RO=52;SAF=28;SAR=29;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742033;STB=0.540822;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00447616;OID=.;OPOS=23019419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:52:57:57:0.522936:29:28:30:22:29:28:30:22 chrX 23858452 . G A 565.97 PASS AF=0.390533;AO=66;DP=169;FAO=66;FDP=169;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=0.0192748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7763;QD=13.3958;RBI=0.0296144;REFB=-0.0059738;REVB=-0.0224832;RO=103;SAF=33;SAR=33;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576908;STB=0.532535;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00925716;OID=.;OPOS=23858452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:103:103:66:66:0.390533:33:33:57:46:33:33:57:46 chrX 23925834 . A T 849.31 PASS AF=0.546053;AO=83;DP=152;FAO=83;FDP=152;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00122828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1362;QD=22.3503;RBI=0.00269628;REFB=-0.0269661;REVB=-0.00240026;RO=67;SAF=40;SAR=43;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452908;STB=0.518068;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0237026;OID=.;OPOS=23925834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:67:69:83:83:0.546053:43:40:36:31:43:40:36:33 chrX 23928489 . C T 343.85 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0138326;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8355;QD=15.9928;RBI=0.0183755;REFB=-0.00709332;REVB=-0.0120962;RO=51;SAF=15;SAR=22;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479457;STB=0.513611;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00657723;OID=.;OPOS=23928489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:51:49:37:37:0.430233:22:15:23:28:22:15:21:28 chrX 24073761 . C T 458.51 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0061186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.396;QD=15.6757;RBI=0.013873;REFB=-0.0139766;REVB=0.0124508;RO=65;SAF=19;SAR=32;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183732;STB=0.607209;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0166099;OID=.;OPOS=24073761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:66:51:51:0.435897:32:19:36:29:32:19:37:29 chrX 24095041 . CTCTTT C,CTC,CTTTTT 118.0 PASS AF=0.333333,0.666667,0;AO=8,11,9;DP=38;FAO=6,12,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6,11,0;FSAR=0,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308477,-0.473037,-0.0210618;FXX=0.249896;HRUN=1,21,1;LEN=5,3,1;MLLD=157.744,5.12007,151.437;QD=26.222;RBI=0.150618,0.586851,0.228574;REFB=0,0,0;REVB=0.147425,0.347319,-0.227602;RO=7;SAF=5,10,5;SAR=3,1,4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0775671,0.28385,-0.123424;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0489592,-0.144447,0;OID=.,.,.;OPOS=24095042,24095044,24095043;OREF=TCTTT,TTT,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=C,CTC,CTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.666667,0:8,11,9:38:6,12,0:18:0:6,11,0:0,1,0:0:0:39:7:5,10,5:3,1,4:5:2 chrX 24228407 . GA AG,G 341.26 PASS AF=0,0.717949;AO=3,42;DP=76;FAO=0,56;FDP=78;FR=.;FRO=22;FSAF=0,11;FSAR=0,45;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.025929,0.206013;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=111.241,9.88047;QD=17.5004;RBI=0.0737786,0.23715;REFB=-0.0159841,-0.118343;REVB=-0.0690721,-0.117469;RO=28;SAF=0,2;SAR=3,40;SRF=26;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.80941,-0.774304;STB=0.5,0.707618;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0265267,0.191455;OID=.,.;OPOS=24228407,24228408;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:76:78:28:22:3,42:0,56:0,0.717949:3,40:0,2:26:2:0,45:0,11:18:4 chrX 24232095 . C T 1077.51 PASS AF=0.454545;AO=115;DP=254;FAO=115;FDP=253;FR=.;FRO=138;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=61;FSRR=77;FWDB=0.00467926;FXX=0.00393685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.044;QD=17.0357;RBI=0.00467996;REFB=-0.0181457;REVB=8.07477e-05;RO=136;SAF=65;SAR=50;SRF=61;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11435;STB=0.567147;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0207345;OID=.;OPOS=24232095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:136:138:115:115:0.454545:50:65:61:75:50:65:61:77 chrX 24381387 . G C 326.93 PASS AF=0.578947;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00480586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.169;QD=22.9423;RBI=0.031184;REFB=-0.0221585;REVB=0.0308114;RO=24;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163832;STB=0.501607;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0163739;OID=.;OPOS=24381387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:24:32:33:0.578947:18:14:11:13:18:15:11:13 chrX 24381409 . G A 344.77 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0812927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3293;QD=21.8903;RBI=0.0836258;REFB=-0.0105844;REVB=-0.0196157;RO=28;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581019;STB=0.532092;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00665474;OID=.;OPOS=24381409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:20:15:14:14:20:15:14:14 chrX 24381735 . A G 68.23 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0155968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.002;QD=4.07339;RBI=0.0156978;REFB=-0.00611343;REVB=0.00177833;RO=55;SAF=1;SAR=11;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592434;STB=0.898462;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0246149;OID=.;OPOS=24381735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:55:55:12:12:0.179104:11:1:29:26:11:1:29:26 chrX 24578803 . C T 1484.37 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.049821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4875;QD=61.8486;RBI=0.0498912;REFB=-0.00498408;REVB=0.00264571;RO=1;SAF=41;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011423;STB=0.505746;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000518412;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:96:1:1:93:95:0.989583:52:41:1:0:52:43:1:0 chrX 24751958 . T C 2350.22 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00279016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.088;QD=61.0448;RBI=0.0410236;REFB=0;REVB=0.0409286;RO=0;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21907e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:154:0:0:150:154:1:78:72:0:0:82:72:0:0 chrX 26157220 . C T 3188.79 PASS AF=0.985849;AO=209;DP=212;FAO=209;FDP=212;FR=.;FRO=3;FSAF=134;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0153799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.714;QD=60.1659;RBI=0.0160697;REFB=-0.045834;REVB=0.00465766;RO=3;SAF=134;SAR=75;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018669;STB=0.509803;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000571435;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:212:212:3:3:209:209:0.985849:75:134:0:3:75:134:0:3 chrX 26157792 . C T 1543.51 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0310939;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.897;QD=58.8003;RBI=0.0353894;REFB=-0.00538202;REVB=0.0168992;RO=1;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903847;STB=0.504761;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000362943;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:105:1:1:104:104:0.990476:52:52:0:1:52:52:0:1 chrX 26212251 . C T 105.88 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0144996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0586;QD=14.1178;RBI=0.0334876;REFB=-0.031064;REVB=-0.0301858;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48571;STB=0.791647;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.03923;OID=.;OPOS=26212251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:10:3:12:4:10:3:13:4 chrX 26212256 . G A 109.96 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0257785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.874;QD=14.661;RBI=0.0317716;REFB=-0.037578;REVB=0.0185716;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330187;STB=0.692012;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0289136;OID=.;OPOS=26212256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:11:6:9:4:11:6 chrX 26212262 . C T 86.16 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0276006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3023;QD=12.7649;RBI=0.0283819;REFB=-0.0344691;REVB=0.00661355;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426492;STB=0.755216;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0414588;OID=.;OPOS=26212262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:9:2:9:7:9:2:9:7 chrX 26213219 . T C 387.87 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0868032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3064;QD=15.9945;RBI=0.0893342;REFB=-0.0121924;REVB=0.0211141;RO=56;SAF=11;SAR=30;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187223;STB=0.606181;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0200689;OID=.;OPOS=26213219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:30:11:24:32:30:11:24:32 chrX 26213364 . T C,TTTGTC 778.17 PASS AF=0,0.907692;AO=6,51;DP=76;FAO=0,59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=0,26;FSAR=0,33;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0255849,0.0131596;FXX=0.109574;HRUN=4,4;LEN=1,5;MLLD=150.585,250.561;QD=47.8876;RBI=0.0359769,0.0207742;REFB=-0.0640761,-0.0757076;REVB=0.0252933,0.0160746;RO=12;SAF=6,23;SAR=0,28;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.75781,0.0123306;STB=0.5,0.525803;STBP=1,0.213;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00943206;OID=.,.;OPOS=26213364,26213365;OREF=T,-;OALT=C,TTGTC;OMAPALT=C,TTTGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:76:65:12:6:6,51:0,59:0,0.907692:0,28:6,23:5:7:0,33:0,26:1:5 chrX 26808285 . T G 1297.96 PASS AF=0.462069;AO=132;DP=290;FAO=134;FDP=290;FR=.;FRO=156;FSAF=83;FSAR=51;FSRF=74;FSRR=82;FWDB=-0.0089156;FXX=0.00343631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.921;QD=17.903;RBI=0.0280502;REFB=-0.0177901;REVB=0.0265956;RO=156;SAF=83;SAR=49;SRF=74;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154722;STB=0.579585;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.014719;OID=.;OPOS=26808285;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:156:156:132:134:0.462069:49:83:74:82:51:83:74:82 chrX 27479219 . TGGG TGGT,TTGG 47.02 PASS AF=0.0821918,0.0821918;AO=6,6;DP=73;FAO=6,6;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=4,1;FSAR=2,5;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0988546,-0.076237;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=32.3288,34.4263;QD=2.5764;RBI=0.253877,0.235922;REFB=-0.0339933,-0.0284066;REVB=-0.23384,-0.223265;RO=42;SAF=4,1;SAR=2,5;SRF=24;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.116794,-0.465008;STB=0.679408,0.795646;STBP=0.398,0.16;TYPE=snp,snp;VARB=0.134213,0.210716;OID=.,.;OPOS=27479222,27479220;OREF=G,G;OALT=T,T;OMAPALT=TGGT,TTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0821918,0.0821918:6,6:73:6,6:73:60:4,1:2,5:28:32:20:42:4,1:2,5:24:18 chrX 27766045 . A G 786.14 PASS AF=0.62069;AO=72;DP=116;FAO=72;FDP=116;FR=.;FRO=44;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00202314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.365;QD=27.1084;RBI=0.00439084;REFB=-0.0303536;REVB=-0.00389697;RO=43;SAF=37;SAR=35;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336429;STB=0.522493;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0193145;OID=.;OPOS=27766045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:43:44:72:72:0.62069:35:37:20:23:35:37:20:24 chrX 27766776 . G A 468.88 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.016448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.893;QD=26.0487;RBI=0.0576341;REFB=-0.0542945;REVB=-0.0552373;RO=28;SAF=30;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166121;STB=0.59099;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.020294;OID=.;OPOS=27766776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:44:44:0.611111:14:30:13:15:14:30:13:15 chrX 27839572 . T C 1179.11 PASS AF=0.537383;AO=115;DP=214;FAO=115;FDP=214;FR=.;FRO=99;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=60;FSRR=39;FWDB=0.0250725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6484;QD=22.0395;RBI=0.0435127;REFB=-0.0192675;REVB=-0.035563;RO=99;SAF=54;SAR=61;SRF=60;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115302;STB=0.562884;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0121714;OID=.;OPOS=27839572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:99:99:115:115:0.537383:61:54:60:39:61:54:60:39 chrX 27839617 . G A 1054.41 PASS AF=0.537234;AO=100;DP=189;FAO=101;FDP=188;FR=.;FRO=87;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.000441735;FXX=0.00529073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.189;QD=22.4342;RBI=0.00952691;REFB=-0.0238041;REVB=-0.00951666;RO=88;SAF=48;SAR=52;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046285;STB=0.53005;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.019577;OID=.;OPOS=27839617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:88:87:100:101:0.537234:52:48:47:41:53:48:47:40 chrX 30236878 . G A 1493.49 PASS AF=0.468085;AO=154;DP=329;FAO=154;FDP=329;FR=.;FRO=175;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=75;FSRR=100;FWDB=-0.0214522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3248;QD=18.1579;RBI=0.0244692;REFB=-0.0015891;REVB=-0.0117705;RO=174;SAF=74;SAR=80;SRF=74;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534001;STB=0.52773;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00213762;OID=.;OPOS=30236878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:329:174:175:154:154:0.468085:80:74:74:100:80:74:75:100 chrX 30254361 . G A 466.48 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0401282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8436;QD=22.4811;RBI=0.0465278;REFB=-0.0264631;REVB=-0.0235491;RO=38;SAF=15;SAR=30;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102353;STB=0.556496;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0196099;OID=.;OPOS=30254361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:30:15:17:21:30:15:17:21 chrX 30254376 . T C 280.33 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0122885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.511;QD=16.736;RBI=0.0140653;REFB=-0.0136234;REVB=0.00684289;RO=36;SAF=7;SAR=24;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276214;STB=0.656674;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0116761;OID=.;OPOS=30254376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:24:7:17:19:24:7:17:19 chrX 30254530 . A G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0182382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8973;QD=14.8339;RBI=0.0357956;REFB=-0.0127056;REVB=-0.0308009;RO=30;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549419;STB=0.531467;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0174205;OID=.;OPOS=30254530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:15:7:11:19:15:7:11:19 chrX 30255520 . C T 842.35 PASS AF=0.426667;AO=83;DP=212;FAO=96;FDP=225;FR=.;FRO=129;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=-8.35464e-05;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.986;QD=14.9752;RBI=0.00278308;REFB=-0.0186468;REVB=-0.00278183;RO=128;SAF=48;SAR=35;SRF=56;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151508;STB=0.585474;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0180422;OID=.;OPOS=30255520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:225:128:129:83:96:0.426667:35:48:56:72:40:56:56:73 chrX 30261002 . A G 508.21 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0182853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.115;QD=20.7433;RBI=0.030467;REFB=-0.0168724;REVB=0.0243698;RO=49;SAF=18;SAR=31;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20474;STB=0.613427;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0176049;OID=.;OPOS=30261002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:31:18:29:20:31:18:29:20 chrX 30261158 . G C 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0023939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.87;QD=20.8719;RBI=0.0115054;REFB=-0.0241452;REVB=0.0112536;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018883;STB=0.510628;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0390894;OID=.;OPOS=30261158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:12:9:9:11:12:9:9:11 chrX 30269887 . T A 2679.15 PASS AF=0.994253;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.584;QD=61.5898;RBI=0.0246099;REFB=-0.0939469;REVB=0.0190587;RO=1;SAF=85;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556709;STB=0.502924;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000130822;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:174:1:1:173:173:0.994253:88:85:1:0:88:85:1:0 chrX 30323916 . T G 307.96 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.034212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3112;QD=24.1539;RBI=0.0342982;REFB=0.0208195;REVB=-0.00243073;RO=21;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148462;STB=0.581764;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0147985;OID=.;OPOS=30323916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:14:16:7:14:14:16:7:14 chrX 30323948 . T G 206.8 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0887105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.9;QD=17.2335;RBI=0.0888897;REFB=-0.0240252;REVB=0.00564135;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139197;STB=0.523055;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0289884;OID=.;OPOS=30323948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:14:7:9:17:14:7:10:17 chrX 30577846 . A C 1301.62 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.019;QD=61.982;RBI=0.0288532;REFB=0;REVB=0.0167203;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133861;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:41:42:0:0:42:42:0:0 chrX 30715827 . C T 2590.95 PASS AF=0.988304;AO=168;DP=168;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0215497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.352;QD=60.607;RBI=0.0360425;REFB=-0.044043;REVB=0.0288907;RO=0;SAF=89;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500312;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000230874;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:168:171:0:2:168:169:0.988304:79:89:0:0:80:89:1:1 chrX 30849176 . G A 840.03 PASS AF=0.518519;AO=83;DP=163;FAO=84;FDP=162;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=62;FSRF=24;FSRR=54;FWDB=-0.0269693;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.809;QD=20.7416;RBI=0.0273524;REFB=-0.0127731;REVB=-0.00456185;RO=77;SAF=22;SAR=61;SRF=23;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370798;STB=0.52775;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0133441;OID=.;OPOS=30849176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:77:78:83:84:0.518519:61:22:23:54:62:22:24:54 chrX 30872602 . A G 1572.97 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.81;QD=59.9228;RBI=0.0306177;REFB=0;REVB=0.0302705;RO=0;SAF=38;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32374e-05;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:67:38:0:0:67:38:0:0 chrX 31089628 . TC AA 1056.01 PASS AF=0.476;AO=71;DP=251;FAO=119;FDP=250;FR=.;FRO=131;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=54;FSRR=77;FWDB=-0.00962446;FXX=0.0234366;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.083;QD=16.8961;RBI=0.0555822;REFB=-0.0415707;REVB=0.0547426;RO=128;SAF=54;SAR=17;SRF=54;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39848;STB=0.526436;STBP=0.43;TYPE=mnp;VARB=0.0463098;OID=.;OPOS=31089628;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:250:128:131:71:119:0.476:17:54:54:74:64:55:54:77 chrX 31089930 . C T 920.56 PASS AF=0.420168;AO=100;DP=239;FAO=100;FDP=238;FR=.;FRO=138;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=52;FSRR=86;FWDB=-0.00801876;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.654;QD=15.4716;RBI=0.00928489;REFB=-0.0134664;REVB=0.00468068;RO=138;SAF=40;SAR=60;SRF=52;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252492;STB=0.514082;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0152424;OID=.;OPOS=31089930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:138:138:100:100:0.420168:60:40:52:86:60:40:52:86 chrX 31138253 . T C 506.06 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0130043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.422;QD=16.3246;RBI=0.0150527;REFB=0.000935365;REVB=0.00758103;RO=69;SAF=17;SAR=38;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23712;STB=0.632893;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0007675;OID=.;OPOS=31138253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:69:55:55:0.443548:38:17:37:32:38:17:37:32 chrX 31144833 . GA G,GG 108.88 PASS AF=0.418605,0.162791;AO=14,4;DP=41;FAO=18,7;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11,6;FSAR=7,1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0852636,0.0110568;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=8.16439,18.666;QD=10.128;RBI=0.0891253,0.0129671;REFB=0.0865238,0.0624954;REVB=-0.0259506,0.00677434;RO=17;SAF=7,4;SAR=7,0;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0837908,0.636236;STB=0.5,0.737664;STBP=1,0.219;TYPE=del,snp;VARB=-0.0358418,-0.113666;OID=.,.;OPOS=31144834,31144834;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605,0.162791:14,4:41:18,7:43:18:11,6:7,1:11:7:59:17:7,4:7,0:10:7 chrX 31496350 . C T 1978.66 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0409564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.039;QD=59.5086;RBI=0.0417307;REFB=-0.109988;REVB=0.00800144;RO=3;SAF=44;SAR=86;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156157;STB=0.508221;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000228397;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:133:3:3:130:130:0.977444:86:44:2:1:86:44:2:1 chrX 32380996 . C T 1196.35 PASS AF=0.485714;AO=118;DP=244;FAO=119;FDP=245;FR=.;FRO=126;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=46;FSRR=80;FWDB=-0.0358167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.29;QD=19.5322;RBI=0.0377449;REFB=-0.0180979;REVB=-0.0119098;RO=126;SAF=53;SAR=65;SRF=46;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805333;STB=0.546398;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.019209;OID=.;OPOS=32380996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:126:126:118:119:0.485714:65:53:46:80:65:54:46:80 chrX 34149267 . C A 634.01 PASS AF=0.4375;AO=70;DP=161;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=55;FSRF=20;FSRR=70;FWDB=0.0175328;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.378;QD=15.8503;RBI=0.0231551;REFB=-0.0178715;REVB=-0.0151248;RO=88;SAF=15;SAR=55;SRF=20;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190209;STB=0.506577;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0230686;OID=.;OPOS=34149267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:88:90:70:70:0.4375:55:15:20:68:55:15:20:70 chrX 34648280 . G A 1266.55 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2884;QD=61.0385;RBI=0.0219494;REFB=0;REVB=-0.00803008;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40019e-05;OID=.;OPOS=34648280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:39:42:0:0:40:43:0:0 chrX 34674970 . C G 3105.36 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.227;QD=61.7983;RBI=0.00948336;REFB=0;REVB=-4.4671e-05;RO=0;SAF=95;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94644e-06;OID=.;OPOS=34674970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:201:0:0:201:201:1:106:95:0:0:106:95:0:0 chrX 34962909 . A C 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6163;QD=61.6941;RBI=0.0663064;REFB=0;REVB=-0.00478575;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030568;OID=.;OPOS=34962909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:55:27:0:0:55:27:0:0 chrX 35820265 . C T 2178.39 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.611;QD=62.2396;RBI=0.0429671;REFB=-0.116421;REVB=0.0242633;RO=1;SAF=47;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519636;STB=0.502732;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000270727;OID=.;OPOS=35820265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:139:140:1:1:138:139:0.992857:91:47:0:1:91:48:0:1 chrX 35820425 . C T 1219.97 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.103113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7144;QD=58.7936;RBI=0.115964;REFB=-0.141124;REVB=0.0530593;RO=1;SAF=23;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201389;STB=0.520828;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00431503;OID=.;OPOS=35820425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:83:83:1:2:81:81:0.975904:58:23:1:0:58:23:2:0 chrX 35820695 . T TA 260.39 PASS AF=1;AO=12;DP=63;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287793;FXX=0.460244;HRUN=0;LEN=1;MLLD=106.81;QD=30.6336;RBI=0.0416485;REFB=0;REVB=0.0301057;RO=51;SAF=0;SAR=12;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.751976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00508116;OID=.;OPOS=35820696;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:12:63:34:34:0:6:28:0:0:3:51:0:12:29:22 chrX 35820696 . G A 972.71 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.269;QD=58.9519;RBI=0.0339189;REFB=0;REVB=0.0332059;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100925;OID=.;OPOS=35820696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chrX 35820795 . A G 3154.62 PASS AF=1;AO=162;DP=209;FAO=208;FDP=208;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=81;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290155;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.279;QD=60.6657;RBI=0.0739807;REFB=0;REVB=0.0739238;RO=0;SAF=77;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22555e-05;OID=.;OPOS=35820795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:208:0:0:162:208:1:85:77:0:0:127:81:0:0 chrX 35821055 . AT GA 726.87 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298707;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=2;MLLD=187.129;QD=57.0096;RBI=0.0425924;REFB=0;REVB=0.0424876;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.53791e-05;OID=.;OPOS=35821055;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chrX 35821127 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.51;QD=62.3508;RBI=0.0217122;REFB=0;REVB=0.00981002;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94067e-05;OID=.;OPOS=35821127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chrX 35821302 . C G 941.01 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.13;QD=57.0306;RBI=0.0334861;REFB=-0.0753684;REVB=0.0292672;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00196356;OID=.;OPOS=35821302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:0:1:37:28:0:1 chrX 35821308 . C T 993.48 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4729;QD=58.4401;RBI=0.0910094;REFB=0;REVB=0.0890766;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738908;OID=.;OPOS=35821308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:39:27:0:0:40:28:0:0 chrX 35821464 . A G,T 805.47 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=54,2;DP=56;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=35,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352746,-0.0147805;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.4628,151.27;QD=56.5245;RBI=0.0495539,0.027817;REFB=0,0;REVB=0.0494282,-0.0235653;RO=0;SAF=20,0;SAR=34,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.77753e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0012497,0.12921;OID=.,.;OPOS=35821464,35821464;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:57:0:0:54,2:55,2:0.964912,0.0350877:34,2:20,0:0:0:35,2:20,0:0:0 chrX 35821558 . G A 976.51 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.146;QD=57.4418;RBI=0.0265458;REFB=-0.0587299;REVB=0.0140569;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000141978;OID=.;OPOS=35821558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:40:27:0:0:40:27:0:1 chrX 35821562 . T A 304.01 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.000199742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.761;QD=17.3717;RBI=0.00213145;REFB=-0.0315329;REVB=0.00212207;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044658;STB=0.524985;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.027218;OID=.;OPOS=35821562;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:19:14:14:23:19:14:14:23 chrX 35821759 . C CA 370.88 PASS AF=1;AO=7;DP=56;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0836473;FXX=0.0377287;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.6631;QD=29.0885;RBI=0.103775;REFB=0;REVB=-0.0614202;RO=47;SAF=5;SAR=2;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000930722;OID=.;OPOS=35821760;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:56:51:51:0:30:21:0:0:8:47:5:2:26:21 chrX 35821763 . G A 576.87 PASS AF=0.867925;AO=43;DP=50;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0167407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5371;QD=43.537;RBI=0.0304863;REFB=-0.0104563;REVB=-0.0254787;RO=7;SAF=24;SAR=19;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416007;STB=0.522812;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00834448;OID=.;OPOS=35821763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:50:53:7:7:43:46:0.867925:19:24:5:2:21:25:5:2 chrX 35821764 . G T 31.36 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0443375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.877;QD=2.50878;RBI=0.0445446;REFB=-0.00403115;REVB=-0.00428991;RO=44;SAF=5;SAR=1;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343668;STB=0.768239;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.194462;OID=.;OPOS=35821764;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:50:44:44:6:6:0.12:1:5:25:19:1:5:25:19 chrX 35821789 . T G 673.87 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298808;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.644;QD=62.6857;RBI=0.0577543;REFB=0;REVB=0.0494237;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146087;OID=.;OPOS=35821789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chrX 37665739 . G A 553.25 PASS AF=0.483333;AO=57;DP=121;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0485132;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2161;QD=18.4416;RBI=0.050834;REFB=-0.00364716;REVB=-0.0151846;RO=62;SAF=30;SAR=27;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130327;STB=0.566988;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0045265;OID=.;OPOS=37665739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:62:62:57:58:0.483333:27:30:24:38:28:30:24:38 chrX 38144822 . C T 640.71 PASS AF=0.485075;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0165481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0755;QD=19.1258;RBI=0.0539696;REFB=-0.0313401;REVB=-0.05137;RO=69;SAF=37;SAR=28;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03116;STB=0.517236;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0321955;OID=.;OPOS=38144822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:69:69:65:65:0.485075:28:37:37:32:28:37:37:32 chrX 38144856 . G A 537.85 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=134;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0137113;FXX=0.0638253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.903;QD=16.2986;RBI=0.0200246;REFB=-0.00861548;REVB=-0.014594;RO=65;SAF=34;SAR=23;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101383;STB=0.559461;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0165576;OID=.;OPOS=38144856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:65:75:57:57:0.431818:23:34:32:33:23:34:37:38 chrX 38144988 . C T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.0245821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.886;QD=15.1713;RBI=0.0303953;REFB=-0.0150595;REVB=-0.0178772;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367115;STB=0.707658;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0232922;OID=.;OPOS=38144988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:20:4:9:8:20:4 chrX 38145033 . G A 74.64 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.0625293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6189;QD=10.6622;RBI=0.0756367;REFB=-0.00888301;REVB=-0.0425558;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502141;STB=0.785329;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00878298;OID=.;OPOS=38145033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:17:1:5:5:17:1 chrX 38146029 . C T 44.92 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.0184054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.515;QD=7.81151;RBI=0.0184054;REFB=-0.0537968;REVB=0;RO=16;SAF=7;SAR=0;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.120668;OID=.;OPOS=38146029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:16:16:7:7:0.304348:0:7:16:0:0:7:16:0 chrX 38147170 . C T 661.29 PASS AF=0.463576;AO=70;DP=151;FAO=70;FDP=151;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=53;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0347309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.932;QD=17.5177;RBI=0.0349971;REFB=-0.00561493;REVB=0.00430821;RO=81;SAF=17;SAR=53;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228446;STB=0.62767;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00548345;OID=.;OPOS=38147170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:81:81:70:70:0.463576:53:17:36:45:53:17:36:45 chrX 38150201 . T C 1687.12 PASS AF=0.443627;AO=180;DP=408;FAO=181;FDP=408;FR=.;FRO=227;FSAF=74;FSAR=107;FSRF=85;FSRR=142;FWDB=-0.0226063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1508;QD=16.5404;RBI=0.0275049;REFB=0.00011236;REVB=-0.0156675;RO=226;SAF=74;SAR=106;SRF=83;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460027;STB=0.519933;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.000295524;OID=.;OPOS=38150201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:408:226:227:180:181:0.443627:106:74:83:143:107:74:85:142 chrX 38156660 . T C 1763.32 PASS AF=0.450602;AO=187;DP=415;FAO=187;FDP=415;FR=.;FRO=228;FSAF=90;FSAR=97;FSRF=97;FSRR=131;FWDB=0.0154837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4052;QD=16.9959;RBI=0.0157989;REFB=-0.0101117;REVB=0.00313987;RO=228;SAF=90;SAR=97;SRF=97;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557558;STB=0.530792;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0116851;OID=.;OPOS=38156660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:415:228:228:187:187:0.450602:97:90:97:131:97:90:97:131 chrX 38156677 . C T 1611.99 PASS AF=0.46049;AO=169;DP=367;FAO=169;FDP=367;FR=.;FRO=198;FSAF=79;FSAR=90;FSRF=85;FSRR=113;FWDB=0.0189211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3095;QD=17.5694;RBI=0.0376008;REFB=-0.0211275;REVB=0.0324933;RO=197;SAF=79;SAR=90;SRF=85;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353617;STB=0.52073;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0303935;OID=.;OPOS=38156677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:367:197:198:169:169:0.46049:90:79:85:112:90:79:85:113 chrX 38157623 . C A 851.67 PASS AF=0.521472;AO=85;DP=164;FAO=85;FDP=163;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.00653622;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.123;QD=20.8999;RBI=0.0105973;REFB=-0.0282345;REVB=0.00834155;RO=77;SAF=31;SAR=54;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933962;STB=0.548669;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0241224;OID=.;OPOS=38157623;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:77:78:85:85:0.521472:54:31:36:41:54:31:36:42 chrX 38422214 . T A 1029.72 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124777;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.4094;QD=57.2068;RBI=0.0244761;REFB=-0.0819081;REVB=-0.0210567;RO=1;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995334;STB=0.505262;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00197404;OID=.;OPOS=38422214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:72:1:1:69:71:0.986111:47:22:0:1:47:24:0:1 chrX 38425551 . C T 1380.87 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00135744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8147;QD=61.3718;RBI=0.056383;REFB=-0.034522;REVB=-0.0563666;RO=1;SAF=59;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796593;STB=0.504201;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00283566;OID=.;OPOS=38425551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:30:59:1:0:30:59:1:0 chrX 38505492 . T C 583.59 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.000422451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.69;QD=20.8427;RBI=0.00530533;REFB=-0.0236208;REVB=0.00528849;RO=53;SAF=20;SAR=39;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121598;STB=0.56702;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0172496;OID=.;OPOS=38505492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:39:20:25:28:39:20:25:28 chrX 38547862 . G A 771.12 PASS AF=0.401826;AO=88;DP=219;FAO=88;FDP=219;FR=.;FRO=131;FSAF=20;FSAR=68;FSRF=59;FSRR=72;FWDB=-0.00217748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.755;QD=14.0844;RBI=0.0237049;REFB=-0.0131065;REVB=-0.0236047;RO=131;SAF=20;SAR=68;SRF=59;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277747;STB=0.657328;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0355803;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:131:131:88:88:0.401826:68:20:59:72:68:20:59:72 chrX 39932907 . T C 219.5 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.56;QD=48.7784;RBI=0.0865178;REFB=0;REVB=0.0405094;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159927;OID=.;OPOS=39932907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:11:7:0:0 chrX 39933339 . A G 993.89 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000385391;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.258;QD=59.337;RBI=0.00968665;REFB=0;REVB=0.00967898;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13025e-05;OID=.;OPOS=39933339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:36:30:0:0:36:31:0:0 chrX 40460040 . T C 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00840906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.461;QD=18.4899;RBI=0.0128468;REFB=-0.00153953;REVB=0.00971233;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435255;STB=0.524692;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00184251;OID=.;OPOS=40460040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:13:13:12:10:13:13 chrX 40465273 . A T 479.73 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=-0.0169025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0238;QD=20.4141;RBI=0.020904;REFB=-0.0235768;REVB=-0.0122997;RO=45;SAF=21;SAR=26;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207222;STB=0.610078;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0230582;OID=.;OPOS=40465273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:47:47:47:0.5:26:21:10:35:26:21:11:36 chrX 40465365 . A G 380.71 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0352615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2084;QD=19.5235;RBI=0.0403295;REFB=-0.0525525;REVB=0.0195728;RO=39;SAF=14;SAR=24;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346889;STB=0.514032;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0499791;OID=.;OPOS=40465365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:39:38:39:0.5:24:14:13:26:25:14:13:26 chrX 40465816 . T C 748.99 PASS AF=0.413265;AO=81;DP=197;FAO=81;FDP=196;FR=.;FRO=115;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=63;FSRR=52;FWDB=0.0142736;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9803;QD=15.2855;RBI=0.014358;REFB=0.00805143;REVB=0.00155477;RO=114;SAF=36;SAR=45;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103776;STB=0.560574;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0130448;OID=.;OPOS=40465816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:114:115:81:81:0.413265:45:36:62:52:45:36:63:52 chrX 41030903 . T A 541.49 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00416548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.895;QD=24.896;RBI=0.0387071;REFB=-0.0277474;REVB=0.0384823;RO=36;SAF=13;SAR=37;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273496;STB=0.65696;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0356432;OID=.;OPOS=41030903;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:37:50:50:0.574713:37:13:21:15:37:13:22:15 chrX 41333904 . G A 469.35 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0148703;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7731;QD=15.6451;RBI=0.0167139;REFB=-0.0152447;REVB=0.00763066;RO=68;SAF=17;SAR=35;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212779;STB=0.619525;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0298674;OID=.;OPOS=41333904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:68:68:52:52:0.433333:35:17:36:32:35:17:36:32 chrX 41556195 . A T 871.9 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.122;QD=56.2513;RBI=0.0368965;REFB=-0.148707;REVB=0.0322698;RO=1;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178082;STB=0.509431;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000295063;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:26:35:0:1:26:35:0:1 chrX 41587218 . T C 2963.33 PASS AF=1;AO=190;DP=197;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200177;FXX=0.0447739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.673;QD=61.736;RBI=0.0321678;REFB=0;REVB=0.0251805;RO=0;SAF=101;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72982e-06;OID=.;OPOS=41587218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:197:192:0:0:190:192:1:89:101:0:0:90:102:0:0 chrX 41587569 . C G 1438.06 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00964105;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8054;QD=63.2114;RBI=0.0250353;REFB=0;REVB=0.0231045;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132854;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chrX 41588169 . T C 2986.4 PASS AF=0.989583;AO=189;DP=191;FAO=190;FDP=192;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00240037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.444;QD=62.2167;RBI=0.0248376;REFB=-0.030282;REVB=0.0247214;RO=2;SAF=89;SAR=100;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000582238;STB=0.50033;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000344316;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:191:192:2:2:189:190:0.989583:100:89:1:1:101:89:1:1 chrX 42033560 . A G 399.0 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0109171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9904;QD=18.3446;RBI=0.0395568;REFB=-0.00578089;REVB=0.0380204;RO=46;SAF=25;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106262;STB=0.559351;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0119446;OID=.;OPOS=42033560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:16:25:23:23:16:25:23:23 chrX 44091737 . T C 339.28 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0117392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.155;QD=20.5623;RBI=0.0750157;REFB=-0.0414644;REVB=0.0740914;RO=31;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943172;STB=0.557825;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0326345;OID=.;OPOS=44091737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:31:34:35:0.530303:16:18:13:18:16:19:13:18 chrX 44094685 . G T 776.02 PASS AF=0.565891;AO=73;DP=129;FAO=73;FDP=129;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0116477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.735;QD=24.0628;RBI=0.0138535;REFB=-0.0274883;REVB=-0.00750008;RO=56;SAF=35;SAR=38;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836224;STB=0.545578;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0190903;OID=.;OPOS=44094685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:56:56:73:73:0.565891:38:35:21:35:38:35:21:35 chrX 44202890 . G GC 1769.61 PASS AF=1;AO=135;DP=178;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164739;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.3838;QD=43.6941;RBI=0.090283;REFB=0;REVB=0.0887673;RO=37;SAF=57;SAR=78;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000391792;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:135:178:162:162:0:60:102:0:0:34:37:57:78:8:29 chrX 44929077 . C A 1333.14 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.756;QD=62.0067;RBI=0.0118419;REFB=0;REVB=0.0113732;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013736;OID=.;OPOS=44929077;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:32:53:0:0:33:53:0:0 chrX 45051111 . C T 783.22 PASS AF=0.493976;AO=74;DP=161;FAO=82;FDP=166;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.00631735;FXX=0.0177504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.559;QD=18.8728;RBI=0.0122012;REFB=-0.0259647;REVB=0.0104385;RO=87;SAF=30;SAR=44;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767855;STB=0.550848;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0252092;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:166:87:84:74:82:0.493976:44:30:42:45:50:32:41:43 chrX 46472826 . G A 347.58 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0216524;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.322;QD=19.5821;RBI=0.0246827;REFB=-0.0255546;REVB=-0.0118495;RO=35;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625814;STB=0.534774;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0226476;OID=.;OPOS=46472826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:35:36:36:0.507042:17:19:16:19:17:19:16:19 chrX 46618321 . C G 475.38 PASS AF=0.420635;AO=54;DP=126;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0530372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8686;QD=15.0914;RBI=0.0534769;REFB=-0.00220571;REVB=0.00684403;RO=72;SAF=35;SAR=19;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170406;STB=0.58871;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00379877;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:73:54:53:0.420635:19:35:35:37:19:34:36:37 chrX 46740032 . G A 1914.78 PASS AF=0.969466;AO=127;DP=131;FAO=127;FDP=131;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00208277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.479;QD=58.4665;RBI=0.00573293;REFB=0.109343;REVB=-0.00534121;RO=4;SAF=59;SAR=68;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00206438;STB=0.501087;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00425078;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:131:131:4:4:127:127:0.969466:68:59:2:2:68:59:2:2 chrX 47057647 . A G 1457.59 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296139;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.472;QD=63.3736;RBI=0.0247944;REFB=0;REVB=0.0246169;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07191e-05;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:40:51:0:0:41:51:0:0 chrX 47062534 . G A 677.36 PASS AF=0.443114;AO=74;DP=167;FAO=74;FDP=167;FR=.;FRO=93;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.0134782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2958;QD=16.2241;RBI=0.0889518;REFB=-0.0124879;REVB=0.0879248;RO=93;SAF=45;SAR=29;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115611;STB=0.564432;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0224418;OID=.;OPOS=47062534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:93:93:74:74:0.443114:29:45:46:47:29:45:46:47 chrX 47445940 . C T 533.96 PASS AF=0.491228;AO=55;DP=110;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0265997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5242;QD=18.7353;RBI=0.0708975;REFB=-0.0315787;REVB=0.0657184;RO=55;SAF=22;SAR=33;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148993;STB=0.58172;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0324389;OID=.;OPOS=47445940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:114:55:58:55:56:0.491228:33:22:31:24:34:22:32:26 chrX 47487912 . T TG 1031.74 PASS AF=1;AO=86;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525724;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.7667;QD=45.8553;RBI=0.0723959;REFB=0;REVB=-0.0497726;RO=4;SAF=34;SAR=52;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00085206;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:86:91:90:90:0:37:53:0:0:17:4:34:52:2:2 chrX 47695547 . T C 5535.09 PASS AF=1;AO=352;DP=355;FAO=355;FDP=355;FR=.;FRO=0;FSAF=206;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397938;FXX=0.00280891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.065;QD=62.3672;RBI=0.0689065;REFB=-0.0383039;REVB=0.0562544;RO=1;SAF=206;SAR=146;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325682;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47442e-05;OID=.;OPOS=47695547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:355:355:1:0:352:355:1:146:206:0:1:149:206:0:0 chrX 47695742 . CT CC,C 1421.26 PASS AF=0.0594059,0.930693;AO=10,85;DP=97;FAO=6,94;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=6,63;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000707734,-0.0328526;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.3869,29.1899;QD=56.2875;RBI=0.00118334,0.0505987;REFB=-0.0784835,-0.0998149;REVB=-0.000948367,-0.0384829;RO=1;SAF=9,55;SAR=1,30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.290714,0.0155275;STB=0.997093,0.507935;STBP=0.066,0.272;TYPE=snp,del;VARB=0.00285069,-0.0115007;OID=.,.;OPOS=47695743,47695743;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0594059,0.930693:10,85:97:6,94:101:1:6,63:0,31:0:1:20:1:9,55:1,30:0:1 chrX 47918205 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9558;QD=45.8054;RBI=0.0564971;REFB=0;REVB=-0.0267696;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00350837;OID=.;OPOS=47918205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chrX 48049666 . C T 1287.92 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225041;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8386;QD=62.0684;RBI=0.0225835;REFB=0;REVB=0.00189148;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278064;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:51:31:0:0:52:31:0:0 chrX 48054740 . C G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.304;QD=58.6005;RBI=0.016449;REFB=0;REVB=0.00183095;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30647e-05;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chrX 48125798 . T C 2102.59 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8994;QD=62.764;RBI=0.0402696;REFB=0;REVB=0.0363932;RO=0;SAF=66;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134917;OID=.;OPOS=48125798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:68:66:0:0:68:66:0:0 chrX 48159107 . C T 1093.25 PASS AF=0.640523;AO=92;DP=146;FAO=98;FDP=153;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=11;FSRR=44;FWDB=0.00936113;FXX=0.0192295;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.074;QD=28.5817;RBI=0.0121331;REFB=-0.0338912;REVB=0.00771893;RO=0;SAF=30;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61567e-08;STB=0.563739;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00132828;OID=.;OPOS=48159107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:153:0:55:92:98:0.640523:62:30:0:0:63:35:11:44 chrX 48163733 . TC T,TT 2249.9 PASS AF=0.933735,0.0662651;AO=138,12;DP=158;FAO=155,11;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=80,2;FSAR=75,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457261,0.0356921;FXX=0.023528;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.7406,7.45126;QD=54.2144;RBI=0.047399,0.0745544;REFB=0,0;REVB=-0.0124816,0.0654556;RO=2;SAF=73,2;SAR=65,10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0128459,-0.294912;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00188527,-0.0331912;OID=.,.;OPOS=48163734,48163734;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.933735,0.0662651:138,12:158:155,11:166:0:80,2:75,9:0:0:17:2:73,2:65,10:2:0 chrX 48372997 . T G 197.08 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.01493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3602;QD=10.949;RBI=0.0857248;REFB=-0.018439;REVB=-0.0844147;RO=47;SAF=17;SAR=8;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175978;STB=0.602752;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0321157;OID=.;OPOS=48372997;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:8:17:25:22:8:17:25:22 chrX 48382174 . G T 321.32 PASS AF=0.5;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.03818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.761;QD=18.9009;RBI=0.0414426;REFB=-0.0138893;REVB=-0.0161176;RO=33;SAF=23;SAR=11;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850615;STB=0.552225;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0273728;OID=.;OPOS=48382174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:33:34:34:34:0.5:11:23:25:8:11:23:26:8 chrX 48418126 . A G 941.32 PASS AF=0.431624;AO=101;DP=237;FAO=101;FDP=234;FR=.;FRO=133;FSAF=35;FSAR=66;FSRF=40;FSRR=93;FWDB=-0.00518342;FXX=0.0126577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.604;QD=16.091;RBI=0.0153119;REFB=-0.0234725;REVB=-0.0144079;RO=127;SAF=35;SAR=66;SRF=38;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534659;STB=0.529238;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0318391;OID=.;OPOS=48418126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:234:127:133:101:101:0.431624:66:35:38:89:66:35:40:93 chrX 48418659 . G A 302.06 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0545106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.69;QD=14.384;RBI=0.0546309;REFB=-0.0162153;REVB=0.00362408;RO=50;SAF=14;SAR=20;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114293;STB=0.564933;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0142471;OID=.;OPOS=48418659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:20:14:26:24:20:14:26:24 chrX 48435928 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.76;QD=57.5449;RBI=0.0264152;REFB=0;REVB=0.0263239;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16547e-05;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:28:30:0:0 chrX 48459102 . C G 396.44 PASS AF=0.436893;AO=43;DP=101;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0297868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3517;QD=15.3957;RBI=0.0300769;REFB=-0.026195;REVB=-0.00416768;RO=57;SAF=31;SAR=12;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363112;STB=0.698906;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0423733;OID=.;OPOS=48459102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:57:58:43:45:0.436893:12:31:21:36:13:32:21:37 chrX 48460314 . A G 2626.75 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=172;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00762615;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.932;QD=61.4443;RBI=0.0342643;REFB=-0.0681644;REVB=-0.0334048;RO=1;SAF=75;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630374;STB=0.503311;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000136615;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:171:1:1:170:170:0.994152:95:75:1:0:95:75:1:0 chrX 48751471 . A G 1076.44 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.712;QD=59.8024;RBI=0.090007;REFB=0;REVB=0.0783043;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112867;OID=.;OPOS=48751471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:32:38:0:0:34:38:0:0 chrX 48759204 . C T 738.86 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6297;QD=56.8352;RBI=0.0350231;REFB=0;REVB=0.0328395;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237074;OID=.;OPOS=48759204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chrX 48769103 . A C 509.49 PASS AF=0.394558;AO=57;DP=149;FAO=58;FDP=147;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.0401972;FXX=0.0264883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.843;QD=13.8637;RBI=0.0407999;REFB=-0.00889099;REVB=-0.00698679;RO=82;SAF=34;SAR=23;SRF=57;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110462;STB=0.523625;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0118201;OID=.;OPOS=48769103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:82:89:57:58:0.394558:23:34:57:25:23:35:57:32 chrX 48847452 . TGGGGGA TGGGGA,TGGGGAG 401.29 PASS AF=1,0;AO=7,2;DP=57;FAO=49,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153294,-0.0501713;FXX=0.140326;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=13.2516,102.002;QD=32.7582;RBI=0.171125,0.14185;REFB=0,0;REVB=-0.0760577,-0.132681;RO=6;SAF=4,0;SAR=3,2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.218735,-0.719959;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00685709,0;OID=.,.;OPOS=48847453,48847457;OREF=G,GA;OALT=-,AG;OMAPALT=TGGGGA,TGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:7,2:57:49,0:49:0:38,0:11,0:0:0:3:6:4,0:3,2:5:1 chrX 48921472 . A AC 38.28 PASS AF=0.163265;AO=22;DP=102;FAO=16;FDP=98;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=57;FWDB=-0.0907579;FXX=0.0666603;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.8001;QD=1.56246;RBI=0.0911508;REFB=-0.0026146;REVB=0.00845358;RO=77;SAF=7;SAR=15;SRF=22;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481263;STB=0.507453;STBP=0.96;TYPE=ins;VARB=0.126882;OID=.;OPOS=48921473;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.163265:22:102:16:98:82:5:11:25:57:38:77:7:15:22:55 chrX 49021256 . A G 2559.26 PASS AF=0.994048;AO=166;DP=167;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.137;QD=60.9347;RBI=0.0293161;REFB=-0.102723;REVB=0.00962425;RO=1;SAF=80;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550177;STB=0.50289;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=7.20038e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:168:1:1:166:167:0.994048:86:80:0:1:86:81:0:1 chrX 49021537 . G C 1767.24 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2341;QD=60.9392;RBI=0.0339526;REFB=0;REVB=-0.0205796;RO=0;SAF=24;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23456e-05;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:92:24:0:0:92:24:0:0 chrX 49022700 . T C 1135.21 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.25;QD=60.5446;RBI=0.021206;REFB=0;REVB=0.00523798;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37352e-05;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:73:75:1:40:33:0:0:42:33:0:0 chrX 49050620 . C T 607.52 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=103;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0100173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.405;QD=23.593;RBI=0.0489999;REFB=-0.00861339;REVB=-0.0479651;RO=44;SAF=23;SAR=36;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210042;STB=0.614739;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.011851;OID=.;OPOS=49050620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:44:44:59:59:0.572816:36:23:29:15:36:23:29:15 chrX 49061742 . C T 1444.94 PASS AF=0.538168;AO=139;DP=261;FAO=141;FDP=262;FR=.;FRO=121;FSAF=83;FSAR=58;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=0.0572924;FXX=0.015037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9361;QD=22.0602;RBI=0.0590406;REFB=-0.0422379;REVB=0.0142607;RO=122;SAF=81;SAR=58;SRF=66;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365158;STB=0.524323;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0429203;OID=.;OPOS=49061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:122:121:139:141:0.538168:58:81:66:56:58:83:65:56 chrX 49071964 . A G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0037611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.356;QD=19.3432;RBI=0.0325469;REFB=-0.0259889;REVB=0.0323289;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105429;STB=0.559932;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0244898;OID=.;OPOS=49071964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:10:8:6:12:10:8 chrX 49081291 . G A 542.0 PASS AF=0.491379;AO=56;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.0402991;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5833;QD=18.6896;RBI=0.0717432;REFB=-0.0212483;REVB=0.0593554;RO=58;SAF=34;SAR=22;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253628;STB=0.646168;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0137564;OID=.;OPOS=49081291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:59:56:57:0.491379:22:34:19:39:22:35:19:40 chrX 49082487 . C T 791.08 PASS AF=0.516129;AO=80;DP=155;FAO=80;FDP=155;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0163586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.79;QD=20.4149;RBI=0.0164835;REFB=-0.023001;REVB=-0.00202593;RO=74;SAF=27;SAR=53;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773521;STB=0.546762;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0141648;OID=.;OPOS=49082487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:74:75:80:80:0.516129:53:27:31:43:53:27:32:43 chrX 49088333 . GCCCC G 50.0 PASS AO=29;DP=134;LEN=4;RO=105;SAF=12;SAR=68;SRF=32;SRR=22;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=49088334;OREF=CCCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:134:105:29:68:12:32:22 chrX 49103224 . G A 265.9 PASS AF=0.402597;AO=29;DP=75;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0129511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.988;QD=13.8132;RBI=0.0493536;REFB=-0.0126425;REVB=-0.047624;RO=45;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104368;STB=0.581579;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0164443;OID=.;OPOS=49103224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:45:46:29:31:0.402597:12:17:22:23:12:19:22:24 chrX 49127123 . G T 1351.72 PASS AF=0.507519;AO=133;DP=264;FAO=135;FDP=266;FR=.;FRO=131;FSAF=90;FSAR=45;FSRF=98;FSRR=33;FWDB=0.0153627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.433;QD=20.3267;RBI=0.0319277;REFB=-0.0111741;REVB=-0.0279886;RO=131;SAF=88;SAR=45;SRF=98;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904878;STB=0.546505;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0115434;OID=.;OPOS=49127123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:266:131:131:133:135:0.507519:45:88:98:33:45:90:98:33 chrX 49179698 . A G 51.39 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00236439;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4149;QD=3.95316;RBI=0.0494133;REFB=-0.00856769;REVB=0.0493567;RO=43;SAF=8;SAR=1;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435759;STB=0.808173;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0930675;OID=.;OPOS=49179698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:53:52:43:43:9:9:0.173077:1:8:26:17:1:8:26:17 chrX 49179711 . A T 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00339997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.74;QD=2.58568;RBI=0.0389999;REFB=-0.000672831;REVB=-0.0388514;RO=60;SAF=7;SAR=2;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260831;STB=0.691845;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00541716;OID=.;OPOS=49179711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:2:7:35:25:2:7:35:25 chrX 49179719 . C G 35.8 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0240132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.333;QD=1.93529;RBI=0.0309921;REFB=-0.00476965;REVB=0.0195927;RO=65;SAF=7;SAR=1;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406452;STB=0.817644;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0443969;OID=.;OPOS=49179719;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:65:66:8:8:0.108108:1:7:37:28:1:7:38:28 chrX 49710052 . G GC 237.27 PASS AF=1;AO=20;DP=38;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.929;QD=29.659;RBI=0.158252;REFB=0;REVB=0.157436;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105524;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0097529;OID=.;OPOS=49710053;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:38:32:32:0:11:21:0:0:5:14:10:10:5:9 chrX 49767832 . A G 1176.62 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177228;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.424;QD=59.5755;RBI=0.0179863;REFB=0.0744975;REVB=0.00306739;RO=1;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129652;STB=0.506665;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=2.32417e-05;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:77:78:0.987342:36:41:0:1:37:41:0:1 chrX 49767835 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345299;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=217.938;QD=61.2132;RBI=0.0348015;REFB=0;REVB=0.00433945;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52233e-05;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chrX 50053887 . A G 246.59 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0236498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.451;QD=15.909;RBI=0.0236834;REFB=-0.0292008;REVB=0.00126055;RO=32;SAF=18;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169413;STB=0.612594;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0352992;OID=.;OPOS=50053887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:34:28:28:0.451613:10:18:15:17:10:18:15:19 chrX 50121146 . A AG 973.99 PASS AF=1;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153356;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.5122;QD=49.9482;RBI=0.162599;REFB=0;REVB=0.0540394;RO=5;SAF=30;SAR=48;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00370349;OID=.;OPOS=50121147;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:83:78:78:0:30:48:0:0:17:5:30:48:3:2 chrX 50146570 . C T 190.6 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0068541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9131;QD=16.9424;RBI=0.0258124;REFB=-0.0387296;REVB=0.0248858;RO=25;SAF=4;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313043;STB=0.645414;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0233543;OID=.;OPOS=50146570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:25:19:20:0.444444:15:4:12:13:15:5:12:13 chrX 50167265 . T C 517.05 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0439759;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.025;QD=22.2388;RBI=0.0459386;REFB=-0.00788121;REVB=-0.0132843;RO=44;SAF=27;SAR=22;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948896;STB=0.552198;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0068971;OID=.;OPOS=50167265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:44:44:49:49:0.526882:22:27:29:15:22:27:29:15 chrX 50376490 . A C 33.74 PASS AF=0.173913;AO=4;DP=23;FAO=4;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0783478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.7223;QD=5.86844;RBI=0.0790551;REFB=-0.0278372;REVB=0.0105511;RO=17;SAF=2;SAR=2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169523;STB=0.618487;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0364712;OID=.;OPOS=50376490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:23:23:17:17:4:4:0.173913:2:2:6:11:2:2:6:11 chrX 50659210 . C CTCT 232.55 PASS AF=0.4;AO=26;DP=73;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0381348;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=3;MLLD=222;QD=13.2884;RBI=0.0447757;REFB=-0.0298489;REVB=-0.0234648;RO=45;SAF=11;SAR=15;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168856;STB=0.578038;STBP=0.324;TYPE=ins;VARB=0.0379006;OID=.;OPOS=50659211;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=CTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:26:73:28:70:42:13:15:25:17:99:45:11:15:26:19 chrX 50659280 . C T 225.98 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00720961;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.371;QD=12.5544;RBI=0.00735402;REFB=-0.0101852;REVB=0.00145023;RO=44;SAF=14;SAR=13;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128396;STB=0.579218;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0178164;OID=.;OPOS=50659280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:45:27:27:0.375:13:14:28:16:13:14:29:16 chrX 51075841 . A G 197.08 PASS AF=0.208861;AO=33;DP=158;FAO=33;FDP=158;FR=.;FRO=125;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=82;FSRR=43;FWDB=-0.013522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.331;QD=4.98928;RBI=0.0150003;REFB=-0.00512307;REVB=0.00649355;RO=121;SAF=23;SAR=10;SRF=82;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285259;STB=0.537218;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0148775;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:121:125:33:33:0.208861:10:23:82:39:10:23:82:43 chrX 51075901 . G A 160.83 PASS AF=0.166667;AO=31;DP=186;FAO=31;FDP=186;FR=.;FRO=155;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=83;FSRR=72;FWDB=0.0113086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.722;QD=3.45862;RBI=0.0223997;REFB=-0.00760382;REVB=-0.0193355;RO=155;SAF=21;SAR=10;SRF=83;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188798;STB=0.623379;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0487447;OID=.;OPOS=51075901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:155:155:31:31:0.166667:10:21:83:72:10:21:83:72 chrX 51234246 . T G 416.78 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0109668;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.908;QD=19.3849;RBI=0.0218034;REFB=-0.0125924;REVB=0.0188446;RO=43;SAF=17;SAR=25;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11972;STB=0.572591;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.011842;OID=.;OPOS=51234246;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:43:44:42:42:0.488372:25:17:23:20:25:17:24:20 chrX 51239295 . ATCCTCGAGGCAGCC A 57.25 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00673533;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=14;MLLD=310.487;QD=22.8989;RBI=0.0344184;REFB=0.0150597;REVB=0.033753;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796435;STB=0.624624;STBP=0.278;TYPE=del;VARB=-0.00395161;OID=.;OPOS=51239296;OREF=TCCTCGAGGCAGCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:7:10:7:10:3:2:5:2:1:14:1:2:5:0:1 chrX 52825546 . C G 1396.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0383;QD=62.7603;RBI=0.0234324;REFB=0;REVB=0.000264843;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48314e-05;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chrX 52891619 . GT G 316.04 PASS AF=0.446667;AO=66;DP=151;FAO=67;FDP=150;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0835405;FXX=0.00662208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.0946;QD=8.42763;RBI=0.114026;REFB=-0.0146705;REVB=0.0776078;RO=75;SAF=25;SAR=41;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175706;STB=0.592743;STBP=0.051;TYPE=del;VARB=0.0183196;OID=.;OPOS=52891620;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446667:66:151:67:150:83:26:41:46:37:99:75:25:41:42:33 chrX 52891645 . A G 588.11 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.00635875;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5064;QD=16.3365;RBI=0.0268374;REFB=-0.00586659;REVB=-0.0260732;RO=78;SAF=26;SAR=36;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144552;STB=0.567035;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00437788;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:78:82:62:62:0.430556:36:26:44:34:36:26:44:38 chrX 52891653 . C T 616.14 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0393263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1927;QD=17.356;RBI=0.061917;REFB=0.00379395;REVB=-0.0478242;RO=75;SAF=26;SAR=38;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111708;STB=0.57318;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00472101;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:75:78:64:64:0.450704:38:26:39:36:38:26:42:36 chrX 53108953 . T TAC 206.68 PASS AF=0.28125;AO=26;DP=105;FAO=27;FDP=96;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.0332324;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.945;QD=8.61179;RBI=0.0586485;REFB=-0.0683135;REVB=-0.0483246;RO=74;SAF=14;SAR=12;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178865;STB=0.611415;STBP=0.178;TYPE=ins;VARB=0.151656;OID=.;OPOS=53108954;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:26:105:27:96:69:14:13:25:44:99:74:14:12:29:45 chrX 53221955 . GC G 31.36 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0247238;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.7512;QD=5.70179;RBI=0.0721211;REFB=-0.0536843;REVB=-0.0677509;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0.371429;SSEP=0;SSSB=-0.205271;STB=0.666263;STBP=0.277;TYPE=del;VARB=0.0735114;OID=.;OPOS=53221956;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:7:20:8:22:14:3:5:9:5:31:11:3:4:7:4 chrX 53457622 . T C 530.08 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00520683;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.361;QD=27.5367;RBI=0.00551899;REFB=-0.0217474;REVB=0.00182981;RO=29;SAF=15;SAR=33;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153825;STB=0.584034;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0106725;OID=.;OPOS=53457622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:29:48:48:0.623377:33:15:15:14:33:15:15:14 chrX 53563589 . A G 1134.96 PASS AF=0.987179;AO=54;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0590812;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1018;QD=58.2029;RBI=0.0604588;REFB=-0.20577;REVB=-0.0128326;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.505881;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00313487;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:79:78:0:1:54:77:0.987179:33:21:0:0:35:42:1:0 chrX 53652838 . G A 294.14 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00617471;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.192;QD=26.1455;RBI=0.0273316;REFB=-0.0188347;REVB=0.0266249;RO=19;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601284;STB=0.533308;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0070442;OID=.;OPOS=53652838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:13:13:8:11:13:13:8:11 chrX 53652846 . G T 954.5 PASS AF=0.931507;AO=68;DP=73;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00652628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.409;QD=52.3013;RBI=0.0519452;REFB=-0.13629;REVB=0.0515336;RO=5;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612497;STB=0.532458;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000739744;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:73:73:5:5:68:68:0.931507:36:32:0:5:36:32:0:5 chrX 53652852 . T G 1320.63 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.175;QD=62.1471;RBI=0.0315783;REFB=0;REVB=0.0305985;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18636e-05;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:45:38:0:0:46:39:0:0 chrX 54209387 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.096984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.455;QD=39.2068;RBI=0.103556;REFB=0;REVB=0.0363023;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000788197;OID=.;OPOS=54209387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chrX 54476149 . A G 234.76 PASS AF=0.594595;AO=18;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0536903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4622;QD=25.3793;RBI=0.0699707;REFB=-0.0514477;REVB=-0.0448693;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220407;STB=0.524474;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0201854;OID=.;OPOS=54476149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:15:18:22:0.594595:12:6:1:11:15:7:4:11 chrX 54496474 . AGGGGC AGGGC,AGGGCG 235.88 PASS AF=0.430556,0.0416667;AO=66,11;DP=148;FAO=62,6;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=54,0;FSAR=8,6;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=-0.08184,-0.0253832;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=10.2823,169.253;QD=6.5522;RBI=0.10455,0.0275747;REFB=-0.1971,-0.0148686;REVB=-0.0650609,-0.0107729;RO=67;SAF=59,0;SAR=7,11;SRF=21;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0.665025,0;SSSB=0.622388,-0.633559;STB=0.82597,0.997772;STBP=0,0.032;TYPE=del,mnp;VARB=0.18113,0.113722;OID=.,.;OPOS=54496475,54496478;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=AGGGC,AGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430556,0.0416667:66,11:148:62,6:144:76:54,0:8,6:27:49:99:67:59,0:7,11:21:46 chrX 54836361 . A G 2256.88 PASS AF=1;AO=141;DP=144;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000196478;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.69;QD=63.5742;RBI=0.019984;REFB=0;REVB=0.019983;RO=0;SAF=72;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426164;OID=.;OPOS=54836361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:142:0:0:141:142:1:69:72:0:0:69:73:0:0 chrX 54836505 . A G 1206.12 PASS AF=0.942529;AO=82;DP=87;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.018091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.757;QD=55.454;RBI=0.0401447;REFB=-0.132071;REVB=0.0358373;RO=5;SAF=57;SAR=25;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857845;STB=0.545443;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.001097;OID=.;OPOS=54836505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:87:87:5:5:82:82:0.942529:25:57:0:5:25:57:0:5 chrX 54837340 . C T 2351.14 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.674;QD=63.9766;RBI=0.0251337;REFB=0;REVB=-0.0142422;RO=0;SAF=72;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11886e-06;OID=.;OPOS=54837340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:75:72:0:0:75:72:0:0 chrX 54838077 . C T 796.43 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0290851;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3389;QD=52.2251;RBI=0.0325035;REFB=-0.0200612;REVB=-0.0145097;RO=3;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656511;STB=0.534871;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00541659;OID=.;OPOS=54838077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:3:3:58:58:0.95082:20:38:0:3:20:38:0:3 chrX 55033307 . T C 469.04 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0367413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.158;QD=20.3929;RBI=0.0388278;REFB=-0.0030981;REVB=0.012557;RO=46;SAF=11;SAR=35;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211093;STB=0.617826;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00293944;OID=.;OPOS=55033307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:35:11:20:26:35:11:20:26 chrX 55116466 . C G 1711.67 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8882;QD=60.5899;RBI=0.0483298;REFB=0;REVB=0.0253561;RO=0;SAF=36;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.66798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337398;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:76:36:0:0:76:37:0:0 chrX 55117850 . T G 87.62 PASS AF=0.160377;AO=13;DP=102;FAO=17;FDP=106;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=63;FWDB=0.00850527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.705;QD=3.30655;RBI=0.0801036;REFB=0.000630114;REVB=0.0796507;RO=88;SAF=6;SAR=7;SRF=25;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233559;STB=0.652901;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00109424;OID=.;OPOS=55117850;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:102:106:88:89:13:17:0.160377:7:6:25:63:9:8:26:63 chrX 55172516 . A C 323.5 PASS AF=0.289474;AO=44;DP=151;FAO=44;FDP=152;FR=.;FRO=108;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=0.0156956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.25;QD=8.51317;RBI=0.0157911;REFB=-0.00797051;REVB=-0.00173355;RO=107;SAF=32;SAR=12;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305007;STB=0.677539;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0223018;OID=.;OPOS=55172516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:107:108:44:44:0.289474:12:32:52:55:12:32:53:55 chrX 55172537 . G A 1782.06 PASS AF=0.717172;AO=142;DP=198;FAO=142;FDP=198;FR=.;FRO=56;FSAF=75;FSAR=67;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0113123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9708;QD=36.0011;RBI=0.0124025;REFB=-0.0275843;REVB=0.00508469;RO=56;SAF=75;SAR=67;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134944;STB=0.507212;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0111074;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:56:56:142:142:0.717172:67:75:31:25:67:75:31:25 chrX 55172572 . G A 94.31 PASS AF=0.102662;AO=27;DP=263;FAO=27;FDP=263;FR=.;FRO=236;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=130;FSRR=106;FWDB=-0.0229056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.921;QD=1.43439;RBI=0.0229691;REFB=-0.00320089;REVB=0.00170701;RO=235;SAF=12;SAR=15;SRF=129;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126893;STB=0.594571;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0274237;OID=.;OPOS=55172572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:263:263:235:236:27:27:0.102662:15:12:129:106:15:12:130:106 chrX 55172606 . G A 95.61 PASS AF=0.0973154;AO=29;DP=298;FAO=29;FDP=298;FR=.;FRO=269;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=143;FSRR=126;FWDB=-0.0350075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4447;QD=1.28342;RBI=0.0466683;REFB=-0.00563079;REVB=-0.030861;RO=269;SAF=13;SAR=16;SRF=143;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10034;STB=0.574799;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0526447;OID=.;OPOS=55172606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:298:298:269:269:29:29:0.0973154:16:13:143:126:16:13:143:126 chrX 55172630 . G A 97.08 PASS AF=0.0942249;AO=31;DP=327;FAO=31;FDP=329;FR=.;FRO=298;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=163;FSRR=135;FWDB=-0.00717272;FXX=0.00303021;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.3978;QD=1.18034;RBI=0.0480709;REFB=0.00184323;REVB=0.0475327;RO=295;SAF=18;SAR=13;SRF=162;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384533;STB=0.530975;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0169932;OID=.;OPOS=55172630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:327:329:295:298:31:31:0.0942249:13:18:162:133:13:18:163:135 chrX 55172645 . C T 2165.68 PASS AF=0.602446;AO=190;DP=321;FAO=197;FDP=327;FR=.;FRO=130;FSAF=115;FSAR=82;FSRF=71;FSRR=59;FWDB=-0.0168621;FXX=0.00909063;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.122;QD=26.4914;RBI=0.0232086;REFB=-0.0210768;REVB=-0.0159471;RO=125;SAF=114;SAR=76;SRF=71;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243654;STB=0.5153;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0197846;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:327:125:130:190:197:0.602446:76:114:71:54:82:115:71:59 chrX 55172659 . A G 162.99 PASS AF=0.123123;AO=41;DP=334;FAO=41;FDP=333;FR=.;FRO=292;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=166;FSRR=126;FWDB=-0.0458371;FXX=0.00299392;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2011;QD=1.95781;RBI=0.046712;REFB=-0.00390677;REVB=0.00899831;RO=290;SAF=23;SAR=18;SRF=165;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102697;STB=0.506699;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.021654;OID=.;OPOS=55172659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:333:290:292:41:41:0.123123:18:23:165:125:18:23:166:126 chrX 55172680 . G C 136.52 PASS AF=0.11745;AO=35;DP=297;FAO=35;FDP=298;FR=.;FRO=263;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=152;FSRR=111;FWDB=-0.0588768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4629;QD=1.8325;RBI=0.0590023;REFB=-0.00296807;REVB=-0.00384692;RO=262;SAF=23;SAR=12;SRF=151;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106145;STB=0.573907;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0156024;OID=.;OPOS=55172680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:298:262:263:35:35:0.11745:12:23:151:111:12:23:152:111 chrX 55172686 . CT CC,TC 1768.98 PASS AF=0.467354,0.116838;AO=136,34;DP=291;FAO=136,34;FDP=291;FR=.;FRO=121;FSAF=87,23;FSAR=49,11;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=0.0310334,-0.0229307;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=50.4819,201.485;QD=24.3159;RBI=0.0348209,0.0240071;REFB=0.00857824,-0.0136748;REVB=-0.0157932,-0.00710796;RO=120;SAF=87,23;SAR=49,11;SRF=60;SRR=60;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.124963,0.22899;STB=0.566647,0.638556;STBP=0.031,0.075;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0127296,0.052072;OID=.,.;OPOS=55172687,55172686;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:120:121:136,34:136,34:0.467354,0.116838:49,11:87,23:60:60:49,11:87,23:61:60 chrX 55172708 . T G 1562.21 PASS AF=0.577075;AO=145;DP=252;FAO=146;FDP=253;FR=.;FRO=107;FSAF=99;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=0.0231577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.1;QD=24.699;RBI=0.0234233;REFB=-0.007151;REVB=-0.00351759;RO=106;SAF=98;SAR=47;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117015;STB=0.567041;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00427619;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:253:106:107:145:146:0.577075:47:98:57:49:47:99:57:50 chrX 55172716 . C T 196.33 PASS AF=0.168103;AO=38;DP=231;FAO=39;FDP=232;FR=.;FRO=193;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=120;FSRR=73;FWDB=-0.0145181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.739;QD=3.38505;RBI=0.0146011;REFB=-0.00457154;REVB=0.00155478;RO=192;SAF=27;SAR=11;SRF=120;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123462;STB=0.565376;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0185787;OID=.;OPOS=55172716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:192:193:38:39:0.168103:11:27:120:72:12:27:120:73 chrX 55185568 . A G 345.29 PASS AF=0.270718;AO=49;DP=181;FAO=49;FDP=181;FR=.;FRO=132;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=66;FSRR=66;FWDB=0.00411364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.54;QD=7.63061;RBI=0.00412336;REFB=0.00182266;REVB=0.000283033;RO=132;SAF=19;SAR=30;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139895;STB=0.582956;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00272684;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:132:132:49:49:0.270718:30:19:66:66:30:19:66:66 chrX 55208792 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0338068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.47;QD=12.8681;RBI=0.0348538;REFB=-0.0121608;REVB=-0.00847855;RO=16;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391243;STB=0.740185;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0339383;OID=.;OPOS=55208792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:10:1:5:11:10:1:5:11 chrX 55247030 . C G 4241.53 PASS AF=1;AO=268;DP=268;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.394;QD=62.8375;RBI=0.0192311;REFB=0;REVB=-0.000943058;RO=0;SAF=87;SAR=181;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06179e-05;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:268:270:0:0:268:270:1:181:87:0:0:181:89:0:0 chrX 55289774 . T C 1603.27 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.225;QD=64.1309;RBI=0.0292905;REFB=0;REVB=0.0291788;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11473e-05;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:56:44:0:0:56:44:0:0 chrX 55479294 . TGGGGG TGGG,TGGGGA 1809.4 PASS AF=0.215686,0.602941;AO=27,97;DP=211;FAO=44,123;FDP=204;FR=.;FRO=37;FSAF=2,54;FSAR=42,69;FSRF=32;FSRR=5;FWDB=-0.0236505,0.00669158;FXX=0.0331738;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=12.2721,54.868;QD=35.4785;RBI=0.0236541,0.00902186;REFB=-0.0979497,-0.0746746;REVB=0.000412802,-0.00605118;RO=25;SAF=0,33;SAR=27,64;SRF=23;SRR=2;SSEN=0.305556,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.884461,-0.228717;STB=0.938012,0.597567;STBP=0,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0368516,0.022022;OID=.,.;OPOS=55479295,55479299;OREF=GG,G;OALT=-,A;OMAPALT=TGGG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.215686,0.602941:27,97:211:44,123:204:37:2,54:42,69:32:5:99:25:0,33:27,64:23:2 chrX 55651001 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.161;QD=60.547;RBI=0.0210141;REFB=0;REVB=0.0197197;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14888e-05;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chrX 57163183 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=6;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0468235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.529;QD=19.646;RBI=0.0474775;REFB=-0.0300157;REVB=-0.00785308;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392853;STB=0.540461;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0257506;OID=.;OPOS=57163183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:6:11:0.578947:5:1:1:6:10:1:1:7 chrX 57313357 . T C 720.68 PASS AF=0.438202;AO=76;DP=176;FAO=78;FDP=178;FR=.;FRO=100;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=68;FWDB=0.0623822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1838;QD=16.1951;RBI=0.0653021;REFB=-0.00631807;REVB=-0.0193088;RO=99;SAF=37;SAR=39;SRF=32;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167568;STB=0.601099;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0126868;OID=.;OPOS=57313357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:99:100:76:78:0.438202:39:37:32:67:39:39:32:68 chrX 57405163 . T C 2166.88 PASS AF=0.985816;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0252957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.932;QD=61.4718;RBI=0.0253624;REFB=-0.127142;REVB=0.00183814;RO=1;SAF=74;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638196;STB=0.500461;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-2.71406e-06;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:141:1:2:139:139:0.985816:65:74:1:0:65:74:1:1 chrX 57475132 . T C 534.25 PASS AF=0.514019;AO=54;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00570799;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9006;QD=19.9718;RBI=0.0414982;REFB=-0.0243238;REVB=0.0411038;RO=53;SAF=19;SAR=35;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11316;STB=0.569553;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0231073;OID=.;OPOS=57475132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:52:54:55:0.514019:35:19:25:28:36:19:25:27 chrX 57619648 . G T 1624.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.342;QD=60.1636;RBI=0.0383274;REFB=0;REVB=0.0148812;RO=0;SAF=42;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58536e-05;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:66:42:0:0:66:42:0:0 chrX 57622607 . G A 394.46 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0144279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.632;QD=13.8408;RBI=0.0240493;REFB=-0.00553929;REVB=0.0192407;RO=68;SAF=28;SAR=18;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221901;STB=0.62523;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00847111;OID=.;OPOS=57622607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:68:46:46:0.403509:18:28:27:41:18:28:27:41 chrX 57623101 . G A 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0109596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1175;QD=15.3795;RBI=0.020348;REFB=-0.0357811;REVB=0.0171443;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173529;STB=0.615202;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0310633;OID=.;OPOS=57623101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:6:6:9:4:6:6:10:4 chrX 64137178 . T A 724.41 PASS AF=0.418605;AO=78;DP=202;FAO=90;FDP=215;FR=.;FRO=125;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=77;FSRR=48;FWDB=0.00487931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3996;QD=13.4773;RBI=0.0822152;REFB=-0.0460302;REVB=0.0820703;RO=123;SAF=37;SAR=41;SRF=76;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155172;STB=0.57368;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0588914;OID=.;OPOS=64137178;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:215:123:125:78:90:0.418605:41:37:76:47:46:44:77:48 chrX 65382685 . T A,C 1442.4 PASS AF=0.106383,0.893617;AO=8,83;DP=92;FAO=10,84;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=10,21;FSAR=0,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283347,-0.00499294;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.2445,52.352;QD=61.3789;RBI=0.0341687,0.0267036;REFB=0,0;REVB=0.0190957,0.0262327;RO=0;SAF=8,20;SAR=0,63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.104981,0.00306971;OID=.,.;OPOS=65382685,65382685;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:92:94:0:0:8,83:10,84:0.106383,0.893617:0,63:8,20:0:0:0,63:10,21:0:0 chrX 65393487 . CCG CCC,CC,C 46.97 PASS AF=0,0.00544959,0.0762943;AO=15,86,50;DP=384;FAO=0,2,28;FDP=367;FR=.;FRO=337;FSAF=0,2,6;FSAR=0,0,22;FSRF=186;FSRR=151;FWDB=-0.140853,-0.316021,-0.177245;FXX=0.0239355;HRUN=6,6,5;LEN=1,1,2;MLLD=17.789,10.4905,22.2379;QD=0.511952;RBI=0.14166,0.353568,0.222777;REFB=-0.00970748,-0.0373002,-0.0259609;REVB=-0.0150928,-0.15856,-0.134959;RO=202;SAF=3,56,16;SAR=12,30,34;SRF=111;SRR=91;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.54717,0;SSSB=-0.373789,0.128546,-0.29474;STB=0.5,0.994507,0.802527;STBP=1,0.23,0.001;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.058716,0.135764;OID=.,.,.;OPOS=65393489,65393489,65393488;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.00544959,0.0762943:15,86,50:384:0,2,28:367:337:0,2,6:0,0,22:186:151:36:202:3,56,16:12,30,34:111:91 chrX 65822607 . T C 5043.03 PASS AF=1;AO=320;DP=322;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029327;FXX=0.00619176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.563;QD=62.8415;RBI=0.0239249;REFB=0;REVB=-0.0237445;RO=0;SAF=149;SAR=171;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33671e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.47485e-05;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:322:321:0:0:320:321:1:171:149:0:0:172:149:0:0 chrX 65824986 . C T 2923.81 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191889;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.539;QD=62.8776;RBI=0.0212548;REFB=-0.038133;REVB=0.0091407;RO=1;SAF=81;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584182;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44119e-06;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:186:1:0:184:186:1:103:81:1:0:104:82:0:0 chrX 67321920 . C T 624.48 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0091787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.42;QD=21.7211;RBI=0.0179285;REFB=-0.00580072;REVB=-0.0154008;RO=53;SAF=38;SAR=24;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105321;STB=0.557839;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00604159;OID=.;OPOS=67321920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:53:53:62:62:0.53913:24:38:26:27:24:38:26:27 chrX 67674210 . AATTTTT AAAATTT,AAATTTT,AATTTT,ATTTT,TTTTAAA 257.39 PASS AF=0,0,0,0.875,0.125;AO=3,14,11,7,3;DP=61;FAO=0,0,0,42,6;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,3,6;FSAR=0,0,0,39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0691846,-0.12969,-0.386301,-0.296649,-0.057541;FXX=0.12725;HRUN=7,7,7,7,7;LEN=2,1,1,2,7;MLLD=12.0688,3.32663,5.41025,9.72361,171.716;QD=21.4491;RBI=0.133423,0.260686,0.570527,0.35176,0.076765;REFB=-0.033339,-0.0244061,-0.00465565,0.016256,0.0217392;REVB=-0.114085,-0.226136,-0.419848,-0.189035,-0.0508124;RO=1;SAF=0,0,0,0,3;SAR=3,14,11,7,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0.727144;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,del,del,mnp;VARB=0,0,0.161469,-0.0416897,0.0878075;OID=.,.,.,.,.;OPOS=67674212,67674212,67674212,67674211,67674210;OREF=TT,T,T,AT,AATTTTT;OALT=AA,A,-,-,TTTTAAA;OMAPALT=AAAATTT,AAATTTT,AATTTT,ATTTT,TTTTAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 4/5:31:61:48:1:0:3,14,11,7,3:0,0,0,42,6:0,0,0,0.875,0.125:3,14,11,7,0:0,0,0,0,3:0:1:0,0,0,39,0:0,0,0,3,6:0:0 chrX 68725640 . T C 66.57 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0756995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.395;QD=12.6798;RBI=0.115821;REFB=0.0127456;REVB=-0.0876585;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865477;STB=0.551606;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.0251854;OID=.;OPOS=68725640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:7:5:3:6:7:5 chrX 69258515 . T G 703.56 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=145;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0730432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.993;QD=19.4086;RBI=0.0740098;REFB=-0.00666587;REVB=0.0119222;RO=74;SAF=38;SAR=32;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232073;STB=0.515919;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00650235;OID=.;OPOS=69258515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:74:75:70:70:0.482759:32:38:42:32:32:38:43:32 chrX 69283323 . CTTTTC CTTTC,CTTTTCT 30.69 PASS AF=0.294118,0.117647;AO=5,3;DP=17;FAO=5,2;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3,0;FSAR=2,2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.206289,0.0897397;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=17.0517,20.5778;QD=7.22028;RBI=0.216804,0.127991;REFB=-0.0469967,-0.0574259;REVB=0.0666994,-0.0912599;RO=9;SAF=3,0;SAR=2,3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.371228,-0.587581;STB=0.749165,0.99171;STBP=0.232,0.396;TYPE=del,ins;VARB=0.0910263,0.1677;OID=.,.;OPOS=69283324,69283329;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=CTTTC,CTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118,0.117647:5,3:17:5,2:17:10:3,0:2,2:2:8:24:9:3,0:2,3:2:7 chrX 69478749 . G T 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.06993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.788;QD=19.4209;RBI=0.0699317;REFB=-0.0203239;REVB=0.000488815;RO=27;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123256;STB=0.568726;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0209562;OID=.;OPOS=69478749;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:12:17:12:15:12:17:12:15 chrX 69478775 . A C 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0439552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.085;QD=19.9747;RBI=0.0464809;REFB=-0.00756493;REVB=-0.0151135;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444401;STB=0.5251;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00844564;OID=.;OPOS=69478775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:10:10:9:11:10:10 chrX 69478942 . T G 777.66 PASS AF=0.476471;AO=81;DP=170;FAO=81;FDP=170;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.0119203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9123;QD=18.2979;RBI=0.0277463;REFB=0.0023093;REVB=0.0250552;RO=89;SAF=41;SAR=40;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527513;STB=0.52914;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00238582;OID=.;OPOS=69478942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:89:89:81:81:0.476471:40:41:50:39:40:41:50:39 chrX 69489530 . C T 235.7 PASS AF=0.457627;AO=24;DP=55;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0144047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.56;QD=15.9794;RBI=0.076253;REFB=-0.038745;REVB=-0.07488;RO=31;SAF=19;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189935;STB=0.605684;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0297493;OID=.;OPOS=69489530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:31:32:24:27:0.457627:5:19:20:11:6:21:20:12 chrX 69510335 . C T 2277.1 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228548;FXX=0.0205465;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.657;QD=63.6951;RBI=0.037802;REFB=0;REVB=0.0301106;RO=0;SAF=63;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110878;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:143:0:0:143:143:1:80:63:0:0:80:63:0:0 chrX 69550098 . T C 444.67 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0207317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.964;QD=15.2025;RBI=0.0215176;REFB=-0.0166692;REVB=0.00576228;RO=67;SAF=31;SAR=19;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177371;STB=0.599614;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0208667;OID=.;OPOS=69550098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:19:31:30:37:19:31:30:37 chrX 69652762 . A G 1859.97 PASS AF=0.99187;AO=120;DP=121;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0188902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1722;QD=60.4867;RBI=0.0576472;REFB=-0.0863383;REVB=-0.0544643;RO=1;SAF=65;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725225;STB=0.503759;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000598064;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:123:1:1:120:122:0.99187:55:65:1:0:56:66:1:0 chrX 69722289 . AG GT,TG 32.62 PASS AF=0.046875,0.078125;AO=3,5;DP=66;FAO=3,5;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=1,3;FSAR=2,2;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0343297,-0.0126412;FXX=0.0302984;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=31.8706,127.069;QD=2.03851;RBI=0.0362993,0.0131749;REFB=-0.0180791,-0.000406148;REVB=-0.0117945,0.00371193;RO=52;SAF=1,3;SAR=2,2;SRF=20;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0494801,0.2323;STB=0.524832,0.711741;STBP=0.947,0.366;TYPE=mnp,snp;VARB=0.139871,0.0764713;OID=.,.;OPOS=69722289,69722289;OREF=AG,A;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:66:64:52:56:3,5:3,5:0.046875,0.078125:2,2:1,3:20:32:2,2:1,3:20:36 chrX 69774517 . A T 1466.95 PASS AF=0.980769;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00411309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.615;QD=56.4211;RBI=0.00612621;REFB=-0.108359;REVB=-0.00454015;RO=0;SAF=66;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53132e-08;STB=0.513511;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000650864;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:0:2:101:102:0.980769:35:66:0:0:36:66:0:2 chrX 70146398 . A G 3868.6 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240074;FXX=0.00398391;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.199;QD=61.8976;RBI=0.0263445;REFB=-0.11187;REVB=0.0108479;RO=1;SAF=124;SAR=126;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30844e-05;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:251:250:1:0:250:250:1:126:124:1:0:126:124:0:0 chrX 70836827 . CGGGGGC CGGG,CGGGG,CGGGGC 597.09 PASS AF=0.22449,0,0.77551;AO=17,28,20;DP=96;FAO=22,0,76;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0,29;FSAR=6,0,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299018,-0.0564799,0.248109;FXX=0.019998;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=17.6377,10.3392,9.41967;QD=24.3711;RBI=0.153147,0.305849,0.29018;REFB=0.049173,0.12145,-0.0403308;REVB=-0.150199,-0.300589,-0.150487;RO=14;SAF=5,9,7;SAR=12,19,13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0.375,0.375,0.375;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.289578,-0.205356,-0.219561;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.019666,0,0.0498849;OID=.,.,.;OPOS=70836831,70836832,70836828;OREF=GGC,GC,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.22449,0,0.77551:17,28,20:96:22,0,76:98:0:16,0,29:6,0,47:0:0:59:14:5,9,7:12,19,13:9:5 chrX 71351519 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6841;QD=48.7365;RBI=0.0574214;REFB=0;REVB=0.0209556;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118185;OID=.;OPOS=71351519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chrX 71354380 . G A 549.88 PASS AF=0.533333;AO=54;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.000992396;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.61;QD=20.9476;RBI=0.00511824;REFB=-0.0255239;REVB=-0.00502111;RO=51;SAF=42;SAR=12;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108184;STB=0.521731;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0219492;OID=.;OPOS=71354380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:49:54:56:0.533333:12:42:35:16:14:42:35:14 chrX 71363415 . C T 935.1 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.026202;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.252;QD=55.8268;RBI=0.0262312;REFB=-0.112799;REVB=0.00123775;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517236;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000558005;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:0:2:64:65:0.970149:36:28:0:0:37:28:2:0 chrX 71379881 . G A 1651.97 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.793;QD=60.0715;RBI=0.027969;REFB=0;REVB=0.0269511;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36808e-05;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:110:0:0:104:110:1:51:53:0:0:56:54:0:0 chrX 71401607 . G A 706.89 PASS AF=0.471698;AO=75;DP=159;FAO=75;FDP=159;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.00457903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.619;QD=17.7833;RBI=0.0109866;REFB=-0.00759482;REVB=0.00998688;RO=84;SAF=37;SAR=38;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074495;STB=0.541209;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00849217;OID=.;OPOS=71401607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:84:84:75:75:0.471698:38:37:48:36:38:37:48:36 chrX 71401614 . C A 668.67 PASS AF=0.467105;AO=71;DP=152;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0063907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.518;QD=17.5965;RBI=0.0192751;REFB=-0.0122763;REVB=-0.0181849;RO=81;SAF=34;SAR=37;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736074;STB=0.540784;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0146158;OID=.;OPOS=71401614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:81:81:71:71:0.467105:37:34:45:36:37:34:45:36 chrX 71406301 . T C 2325.39 PASS AF=0.987261;AO=151;DP=155;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0359992;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5751;QD=59.2456;RBI=0.0900788;REFB=-0.0816453;REVB=0.0825726;RO=2;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121933;STB=0.506172;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00526502;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:155:157:2:2:151:155:0.987261:77:74:0:2:80:75:0:2 chrX 71416721 . C T 883.12 PASS AF=0.395349;AO=102;DP=258;FAO=102;FDP=258;FR=.;FRO=156;FSAF=28;FSAR=74;FSRF=76;FSRR=80;FWDB=-0.00139835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.663;QD=13.6918;RBI=0.0161354;REFB=-0.0138045;REVB=-0.0160747;RO=155;SAF=28;SAR=74;SRF=75;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245598;STB=0.640877;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0222149;OID=.;OPOS=71416721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:155:156:102:102:0.395349:74:28:75:80:74:28:76:80 chrX 71418669 . C A 177.53 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0102773;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.774;QD=39.4516;RBI=0.0638781;REFB=-0.0497277;REVB=0.063046;RO=2;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113838;STB=0.562422;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000827024;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:18:18:2:2:16:16:0.888889:9:7:2:0:9:7:2:0 chrX 71791912 . C T 1511.18 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520139;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.202;QD=59.8486;RBI=0.0217541;REFB=0;REVB=0.0211231;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230204;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:50:50:0:0:51:50:0:0 chrX 71819691 . A G 723.57 PASS AF=0.5;AO=71;DP=142;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00834085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.539;QD=20.3822;RBI=0.0105189;REFB=-0.0153609;REVB=0.00640917;RO=70;SAF=37;SAR=34;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576177;STB=0.528144;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0164172;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:70:71:71:71:0.5:34:37:32:38:34:37:33:38 chrX 71843095 . CAAAAAC CAAAACA 45.93 PASS AF=0.0983607;AO=7;DP=130;FAO=12;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=109;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=72;FWDB=-0.0825637;FXX=0.0542594;HRUN=5;LEN=2;MLLD=91.1964;QD=1.50588;RBI=0.0829636;REFB=-0.00391832;REVB=-0.0081361;RO=87;SAF=6;SAR=1;SRF=24;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.569437;STB=0.942992;STBP=0.008;TYPE=mnp;VARB=-0.121823;OID=.;OPOS=71843100;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0983607:7:130:12:122:109:11:1:37:72:43:87:6:1:24:63 chrX 73041621 . A AT,T 44.64 PASS AF=0.243902,0.0243902;AO=7,4;DP=43;FAO=10,1;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7,0;FSAR=3,1;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.0194927,-0.00285805;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=12.9553,40.3838;QD=4.35558;RBI=0.0452507,0.0214091;REFB=-0.0983186,-0.029111;REVB=-0.040837,0.0212175;RO=32;SAF=5,2;SAR=2,2;SRF=4;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.648713,0.498797;STB=0.859682,0.983072;STBP=0.052,0.568;TYPE=ins,snp;VARB=0.196392,0.144402;OID=.,.;OPOS=73041622,73041621;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:43:41:32:30:7,4:10,1:0.243902,0.0243902:2,2:5,2:4:28:3,1:7,0:4:26 chrX 73043144 . CTTTTT CTTTCT,C,TCTTTT,TTCTTT 985.5 PASS AF=0.0672269,0.915966,0,0.0168067;AO=5,18,8,5;DP=136;FAO=8,109,0,2;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=4,66,0,1;FSAR=4,43,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130654,0.641741,1.63064,0.799006;FXX=0.16782;HRUN=17,17,1,1;LEN=1,5,2,3;MLLD=101.121,10.4205,12.1265,18.5362;QD=33.1262;RBI=0.131865,0.641876,1.63073,0.799348;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0178317,-0.0131433,-0.0169944,-0.0234007;RO=14;SAF=0,5,8,5;SAR=5,13,0,0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.854469,-0.52521,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=-0.0290917,0.0289107,0,-0.657291;OID=.,.,.,.;OPOS=73043148,73043145,73043144,73043144;OREF=T,TTTTT,CT,CTT;OALT=C,-,TC,TTC;OMAPALT=CTTTCT,C,TCTTTT,TTCTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:136:119:14:0:5,18,8,5:8,109,0,2:0.0672269,0.915966,0,0.0168067:5,13,0,0:0,5,8,5:14:0:4,43,0,1:4,66,0,1:0:0 chrX 73043817 . T C 389.1 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00217175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.33;QD=18.752;RBI=0.0152836;REFB=0.00190881;REVB=0.0151285;RO=43;SAF=26;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907965;STB=0.55068;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00213907;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:14:26:24:19:14:26:24:19 chrX 73062009 . AATT AAAT,AAT,A,AT 551.43 PASS AF=0,0.616,0.2,0.016;AO=8,45,21,15;DP=141;FAO=0,77,25,2;FDP=125;FR=.;FRO=21;FSAF=0,5,3,0;FSAR=0,72,22,2;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.00216397,-0.304663,-0.206617,-0.333684;FXX=0.0875849;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,1,3,2;MLLD=5.17931,8.68565,18.463,12.1784;QD=17.6457;RBI=0.0409748,0.304873,0.208049,0.338103;REFB=-0.161423,-0.0945712,0.00280441,0.0562289;REVB=0.0409177,-0.0113161,-0.0243694,-0.0544858;RO=29;SAF=1,0,3,0;SAR=7,45,18,15;SRF=3;SRR=26;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0635958,-0.849013,0.0880986,-0.74233;STB=0.5,0.561386,0.52379,0.991387;STBP=1,0.221,0.842,0.445;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0,0.0651375,0.043567,-0.153339;OID=.,.,.,.;OPOS=73062011,73062011,73062010,73062010;OREF=T,T,ATT,AT;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=AAAT,AAT,A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.616,0.2,0.016:8,45,21,15:141:0,77,25,2:125:21:0,5,3,0:0,72,22,2:3:18:71:29:1,0,3,0:7,45,18,15:3:26 chrX 73066439 . T C 400.26 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=0.0247001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.726;QD=18.6166;RBI=0.0294085;REFB=-0.00708563;REVB=0.0159614;RO=44;SAF=27;SAR=14;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982188;STB=0.558508;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00629375;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:45:41:41:0.476744:14:27:33:11:14:27:34:11 chrX 73072428 . GAT GA,GTA,TGA 34.57 PASS AF=0.129921,0.015748,0;AO=60,15,10;DP=266;FAO=33,4,0;FDP=254;FR=.;FRO=217;FSAF=14,3,0;FSAR=19,1,0;FSRF=132;FSRR=85;FWDB=0.00562927,0.000104919,-0.0173095;FXX=0.0486873;HRUN=7,1,1;LEN=1,2,3;MLLD=8.03676,78.5821,25.4992;QD=0.544424;RBI=0.193222,0.0486001,0.130109;REFB=-0.173617,-0.0124589,-0.0597051;REVB=-0.19314,-0.0486,-0.128952;RO=132;SAF=28,14,0;SAR=32,1,10;SRF=91;SRR=41;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.262664,0.422613,-0.656922;STB=0.655703,0.655657,0.5;STBP=0.064,0.602,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.198339,0.060902,0;OID=.,.,.;OPOS=73072430,73072429,73072428;OREF=T,AT,GAT;OALT=-,TA,TGA;OMAPALT=GA,GTA,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:266:254:132:217:60,15,10:33,4,0:0.129921,0.015748,0:32,1,10:28,14,0:91:41:19,1,0:14,3,0:132:85 chrX 73462520 . T C 1610.09 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.495;QD=59.086;RBI=0.0969807;REFB=-0.102493;REVB=0.0962031;RO=0;SAF=63;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69741e-08;STB=0.505494;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000292838;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:109:0:1:108:108:0.990826:45:63:0:0:45:63:0:1 chrX 73641569 . T C 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=0.0176153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.922;QD=18.4386;RBI=0.0236573;REFB=-0.00948763;REVB=-0.0157914;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223357;STB=0.623155;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.010207;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:19:10:4:25:19:10:4:25 chrX 73811648 . G A 157.1 PASS AF=0.227273;AO=25;DP=110;FAO=25;FDP=110;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.0367341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.57;QD=5.71267;RBI=0.0416561;REFB=-0.0112237;REVB=0.0196427;RO=84;SAF=11;SAR=14;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145598;STB=0.512943;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.041073;OID=.;OPOS=73811648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:84:85:25:25:0.227273:14:11:36:48:14:11:36:49 chrX 73811695 . A G 252.67 PASS AF=0.262774;AO=36;DP=137;FAO=36;FDP=137;FR=.;FRO=101;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=0.00132395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6486;QD=7.3771;RBI=0.053035;REFB=-0.00174962;REVB=0.0530185;RO=101;SAF=17;SAR=19;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826446;STB=0.549257;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00519338;OID=.;OPOS=73811695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:101:101:36:36:0.262774:19:17:41:60:19:17:41:60 chrX 73811737 . T A 223.61 PASS AF=0.225;AO=36;DP=160;FAO=36;FDP=160;FR=.;FRO=124;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=-0.00583307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.189;QD=5.59012;RBI=0.021286;REFB=-0.0102914;REVB=-0.0204711;RO=122;SAF=18;SAR=18;SRF=57;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414472;STB=0.531233;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0343707;OID=.;OPOS=73811737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:122:124:36:36:0.225:18:18:57:65:18:18:57:67 chrX 73811739 . A G 233.43 PASS AF=0.23125;AO=37;DP=160;FAO=37;FDP=160;FR=.;FRO=123;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=67;FWDB=-0.022907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7869;QD=5.83563;RBI=0.0313083;REFB=-0.0221916;REVB=-0.021342;RO=123;SAF=18;SAR=19;SRF=56;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394713;STB=0.524022;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.072902;OID=.;OPOS=73811739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:123:123:37:37:0.23125:19:18:56:67:19:18:56:67 chrX 73811755 . C G 239.94 PASS AF=0.23871;AO=37;DP=156;FAO=37;FDP=155;FR=.;FRO=118;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=-0.00437436;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.031;QD=6.19193;RBI=0.0725594;REFB=-0.026567;REVB=-0.0724274;RO=119;SAF=18;SAR=19;SRF=52;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624942;STB=0.534946;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0838868;OID=.;OPOS=73811755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:119:118:37:37:0.23871:19:18:52:67:19:18:52:66 chrX 73811761 . G T 238.85 PASS AF=0.237179;AO=37;DP=156;FAO=37;FDP=156;FR=.;FRO=119;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=67;FWDB=0.0147347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3959;QD=6.12444;RBI=0.0369017;REFB=-0.0139321;REVB=0.0338323;RO=119;SAF=18;SAR=19;SRF=52;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624942;STB=0.537853;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0440451;OID=.;OPOS=73811761;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:119:119:37:37:0.237179:19:18:52:67:19:18:52:67 chrX 73811792 . C T 154.8 PASS AF=0.183673;AO=27;DP=147;FAO=27;FDP=147;FR=.;FRO=120;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=67;FWDB=0.0193661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.2;QD=4.2123;RBI=0.0196639;REFB=-0.00422201;REVB=-0.00340896;RO=118;SAF=15;SAR=12;SRF=51;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156592;STB=0.592137;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.032202;OID=.;OPOS=73811792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:118:120:27:27:0.183673:12:15:51:67:12:15:53:67 chrX 73811809 . T C 143.55 PASS AF=0.19403;AO=22;DP=133;FAO=26;FDP=134;FR=.;FRO=108;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=0.0022434;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.982;QD=4.28512;RBI=0.00231426;REFB=-0.0119259;REVB=0.000568287;RO=109;SAF=13;SAR=9;SRF=43;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246199;STB=0.61896;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.047674;OID=.;OPOS=73811809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:109:108:22:26:0.19403:9:13:43:66:12:14:42:66 chrX 73960672 . G A 149.73 PASS AF=0.247191;AO=22;DP=88;FAO=22;FDP=89;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0210317;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4351;QD=6.72939;RBI=0.0244512;REFB=-0.0040792;REVB=0.0124712;RO=64;SAF=6;SAR=16;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342061;STB=0.704212;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0101644;OID=.;OPOS=73960672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:64:67:22:22:0.247191:16:6:35:29:16:6:36:31 chrX 74494470 . T G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.934;QD=63.0525;RBI=0.0353908;REFB=0;REVB=0.0047857;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33554e-05;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chrX 74511202 . G C 2477.17 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125055;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8182;QD=61.5446;RBI=0.0405837;REFB=0;REVB=0.038609;RO=0;SAF=62;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190899;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:99:62:0:0:99:62:0:0 chrX 75004529 . C A 505.44 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0482595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7048;QD=17.7347;RBI=0.0962443;REFB=-0.0240378;REVB=-0.0832705;RO=60;SAF=24;SAR=30;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267459;STB=0.514846;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0260222;OID=.;OPOS=75004529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:30:24:25:35:30:24:25:35 chrX 76937963 . G C 516.48 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00333188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.858;QD=19.1289;RBI=0.0177987;REFB=-0.014328;REVB=-0.0174841;RO=54;SAF=25;SAR=29;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168118;STB=0.509294;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0115073;OID=.;OPOS=76937963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:29:25:26:28:29:25:26:28 chrX 77298857 . G A 1319.97 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.806;QD=62.1164;RBI=0.0510092;REFB=0;REVB=0.0497457;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08571e-05;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:82:85:1:41:41:0:0:44:41:0:0 chrX 77528317 . G A 580.86 PASS AF=0.48;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0155936;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.548;QD=18.5874;RBI=0.016714;REFB=-0.0185756;REVB=-0.00601637;RO=65;SAF=28;SAR=32;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00966008;STB=0.505352;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0189731;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:65:60:60:0.48:32:28:31:34:32:28:31:34 chrX 78011737 . T C,G 1289.04 PASS AF=0.952941,0.0470588;AO=80,4;DP=84;FAO=81,4;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0;FSAR=42,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665677,0.00804852;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.574,146.046;QD=60.6606;RBI=0.0525924,0.0486797;REFB=0,0;REVB=0.0521695,0.0480097;RO=0;SAF=39,0;SAR=41,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00475906,0.115542;OID=.,.;OPOS=78011737,78011737;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:84:85:0:0:80,4:81,4:0.952941,0.0470588:41,4:39,0:0:0:42,4:39,0:0:0 chrX 78216024 . A C 1773.71 PASS AF=0.983333;AO=117;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00292961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.162;QD=59.1236;RBI=0.107355;REFB=0.00201298;REVB=0.107315;RO=2;SAF=63;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00123475;STB=0.500567;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-8.45702e-05;OID=.;OPOS=78216024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:117:118:0.983333:54:63:1:1:55:63:1:1 chrX 79698593 . C G 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0117644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2796;QD=11.1264;RBI=0.0117667;REFB=-0.0205911;REVB=0.000234401;RO=34;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165231;STB=0.597587;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0318278;OID=.;OPOS=79698593;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:7:10:15:19:7:10:15:19 chrX 79931831 . CGTGTGTGTGTGTC CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG 277.11 PASS AF=0.345455,0.2;AO=18,12;DP=57;FAO=19,11;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=4,1;FSAR=15,10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0423857,-0.0129388;FXX=0.0350816;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=157.264,131.427;QD=20.1533;RBI=0.0450328,0.0462741;REFB=-0.0495034,-0.0347573;REVB=-0.015212,-0.0444283;RO=20;SAF=3,2;SAR=15,10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.383341,-0.413331;STB=0.636206,0.814102;STBP=0.167,0.042;TYPE=del,mnp;VARB=0.0460017,0.080405;OID=.,.;OPOS=79931832,79931840;OREF=GTGT,GTGTC;OALT=-,CTGTG;OMAPALT=CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455,0.2:18,12:57:19,11:55:25:4,1:15,10:10:15:99:20:3,2:15,10:10:10 chrX 79932417 . A G 66.5 PASS AF=0.8;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0838195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6924;QD=26.602;RBI=0.0838761;REFB=-0.0979266;REVB=-0.00308015;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125389;STB=0.562356;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0127297;OID=.;OPOS=79932417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:7:8:0.8:6:1:0:2:7:1:0:2 chrX 79943569 . T C 3665.18 PASS AF=1;AO=230;DP=232;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0663392;FXX=0.00425514;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4903;QD=62.6526;RBI=0.079319;REFB=-0.0518803;REVB=0.0434812;RO=1;SAF=98;SAR=132;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00359669;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270716;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:232:234:1:0:230:234:1:132:98:0:1:134:100:0:0 chrX 79989018 . C G 446.1 PASS AF=0.459184;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0132712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.608;QD=18.2083;RBI=0.0132712;REFB=-0.00223409;REVB=-1.29216e-05;RO=53;SAF=22;SAR=22;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921595;STB=0.500907;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00268804;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:44:45:0.459184:22:22:27:26:22:23:27:26 chrX 84350010 . A G 270.79 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0497594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1941;QD=16.9245;RBI=0.0512621;REFB=0.0149981;REVB=0.012321;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911889;STB=0.551221;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.015371;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:13:17:16:18:13:17:16:18 chrX 84358864 . C T 456.01 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.000268781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.256;QD=16.5821;RBI=0.0128731;REFB=-0.00421528;REVB=-0.0128703;RO=59;SAF=23;SAR=27;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690534;STB=0.542356;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00668296;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:60:50:50:0.454545:27:23:23:36:27:23:23:37 chrX 84363140 . A G 1397.27 PASS AF=0.543568;AO=131;DP=242;FAO=131;FDP=241;FR=.;FRO=110;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=-0.0259851;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.004;QD=23.1912;RBI=0.0300506;REFB=-0.00205632;REVB=0.0150936;RO=110;SAF=66;SAR=65;SRF=46;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07172;STB=0.53906;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00160488;OID=.;OPOS=84363140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:110:110:131:131:0.543568:65:66:46:64:65:66:46:64 chrX 84534383 . A C 2014.02 PASS AF=1;AO=75;DP=138;FAO=134;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=79;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331853;FXX=0.0289834;HRUN=10;LEN=1;MLLD=138.367;QD=60.1201;RBI=0.124941;REFB=-0.279719;REVB=0.120454;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13245e-05;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:138:134:0:0:75:134:1:38:37:0:0:55:79:0:0 chrX 84563135 . T A 5434.81 PASS AF=1;AO=334;DP=334;FAO=341;FDP=341;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.22;QD=63.7514;RBI=0.0271113;REFB=0;REVB=0.0147508;RO=0;SAF=162;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12857e-06;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:334:341:0:0:334:341:1:172:162:0:0:175:166:0:0 chrX 85219021 . T C 472.01 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00385205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.283;QD=18.3303;RBI=0.016924;REFB=0.000365634;REVB=0.0164798;RO=52;SAF=21;SAR=29;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126961;STB=0.565717;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.000205844;OID=.;OPOS=85219021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:53:50:50:0.485437:29:21:29:23:29:21:29:24 chrX 86877348 . G T 637.39 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.0138364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5198;QD=17.9546;RBI=0.0223132;REFB=-0.0108328;REVB=-0.0175052;RO=73;SAF=32;SAR=34;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338331;STB=0.515147;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0102961;OID=.;OPOS=86877348;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:73:76:66:66:0.464789:34:32:38:35:34:32:39:37 chrX 86887244 . C T 1697.33 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0154406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.16;QD=59.5556;RBI=0.0210005;REFB=-0.0753882;REVB=0.014234;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.504424;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000116528;OID=.;OPOS=86887244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:0:1:113:113:0.991228:56:57:0:0:56:57:0:1 chrX 88008423 . A C 1998.53 PASS AF=1;AO=127;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7697;QD=61.4931;RBI=0.0883189;REFB=0;REVB=0.0803186;RO=1;SAF=79;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597757;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747153;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:130:130:1:0:127:130:1:48:79:1:0:49:81:0:0 chrX 88009322 . A G 3114.43 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.469;QD=63.8857;RBI=0.0199915;REFB=0;REVB=0.0159994;RO=0;SAF=84;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38329e-06;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:195:195:1:111:84:0:0:111:84:0:0 chrX 88009687 . CCAGA C 965.48 PASS AF=1;AO=77;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602509;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=351.085;QD=47.6779;RBI=0.0060382;REFB=0;REVB=0.000397601;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.73453e-06;OID=.;OPOS=88009688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:80:81:81:0:51:30:0:0:17:0:48:29:0:0 chrX 88009700 . T C 1413.24 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.639;QD=62.8107;RBI=0.016313;REFB=0;REVB=0.00433674;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06648e-05;OID=.;OPOS=88009700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:35:54:0:0:35:55:0:0 chrX 89177673 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.203;QD=60.0306;RBI=0.0315557;REFB=0;REVB=0.0155563;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58897e-05;OID=.;OPOS=89177673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:48:23:0:0:49:23:0:0 chrX 91585410 . A G 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0019795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.298;QD=11.5973;RBI=0.00393693;REFB=-0.0156232;REVB=-0.00340309;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064554;STB=0.538397;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0293649;OID=.;OPOS=91585410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:10:11:7:5:10:11 chrX 91874217 . C G 186.13 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0230627;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.605;QD=10.3408;RBI=0.023803;REFB=0.00109737;REVB=-0.00589011;RO=48;SAF=9;SAR=15;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145188;STB=0.585034;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00223754;OID=.;OPOS=91874217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:48:48:24:24:0.333333:15:9:24:24:15:9:24:24 chrX 92927634 . G C 466.71 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0126746;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.283;QD=22.2242;RBI=0.0186744;REFB=-0.0201554;REVB=0.0137145;RO=39;SAF=28;SAR=17;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016923;STB=0.509323;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.015296;OID=.;OPOS=92927634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:39:39:45:45:0.535714:17:28:25:14:17:28:25:14 chrX 96139406 . G A 884.64 PASS AF=0.46875;AO=89;DP=192;FAO=90;FDP=192;FR=.;FRO=102;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=-0.0247709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.567;QD=18.43;RBI=0.03534;REFB=-0.00719762;REVB=-0.0252056;RO=102;SAF=49;SAR=40;SRF=41;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142702;STB=0.57526;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00916282;OID=.;OPOS=96139406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:102:102:89:90:0.46875:40:49:41:61:41:49:41:61 chrX 96139459 . T C 960.67 PASS AF=0.492228;AO=95;DP=193;FAO=95;FDP=193;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=-0.0049161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.378;QD=19.9103;RBI=0.00618038;REFB=-0.0185372;REVB=-0.00374554;RO=98;SAF=47;SAR=48;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233933;STB=0.512874;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0210899;OID=.;OPOS=96139459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:98:98:95:95:0.492228:48:47:46:52:48:47:46:52 chrX 99355146 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.538;QD=60.2045;RBI=0.0222866;REFB=0;REVB=0.000246431;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44999e-05;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chrX 99849017 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0642578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.665;QD=63.2868;RBI=0.06434;REFB=0;REVB=0.00325123;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269004;OID=.;OPOS=99849017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chrX 99941705 . T C 820.39 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528218;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7473;QD=57.571;RBI=0.0868569;REFB=0;REVB=0.0689491;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105404;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chrX 100098355 . TAAG T,TAAT 1300.45 PASS AF=0.48249,0.0466926;AO=116,12;DP=252;FAO=124,12;FDP=257;FR=.;FRO=121;FSAF=56,5;FSAR=68,7;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=0.00472452,-0.0293574;FXX=0.0374518;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=206.994,135.729;QD=20.2404;RBI=0.0112761,0.0314739;REFB=0.00623659,0.0030858;REVB=-0.0102386,-0.0113466;RO=117;SAF=55,5;SAR=61,7;SRF=59;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0275834,-0.102181;STB=0.53419,0.594101;STBP=0.297,0.511;TYPE=del,snp;VARB=-0.00505529,-0.00511491;OID=.,.;OPOS=100098356,100098358;OREF=AAG,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48249,0.0466926:116,12:252:124,12:257:121:56,5:68,7:63:58:99:117:55,5:61,7:59:58 chrX 100243459 . G T 2122.65 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0490913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.623;QD=61.9751;RBI=0.0498262;REFB=0.0564403;REVB=0.00852585;RO=0;SAF=61;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60175e-08;STB=0.503311;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000195544;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:0:1:136:136:0.992701:75:61:0:0:75:61:0:1 chrX 100245606 . A G 1098.38 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00459394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.279;QD=60.1855;RBI=0.00539869;REFB=0;REVB=-0.00283578;RO=0;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37609e-05;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:24:49:0:0:24:49:0:0 chrX 100375370 . TA T,TT 159.29 PASS AF=0.38,0;AO=14,6;DP=51;FAO=19,0;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11,0;FSAR=8,0;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00370488,-0.00387671;FXX=0.0384541;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=330.262,329.079;QD=12.7429;RBI=0.0109643,0.0136821;REFB=-0.00659465,-0.00551144;REVB=0.0103194,0.0131214;RO=26;SAF=9,2;SAR=5,4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0131804,-0.366226;STB=0.542626,0.5;STBP=0.675,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0107973,0.0306333;OID=.,.;OPOS=100375371,100375371;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38,0:14,6:51:19,0:50:31:11,0:8,0:20:11:99:26:9,2:5,4:17:9 chrX 100395663 . G T 216.23 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00375412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.605;QD=13.1049;RBI=0.0202055;REFB=-0.0275521;REVB=0.0198537;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105939;STB=0.56056;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0424991;OID=.;OPOS=100395663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:13:13:16:24:13:13:16:24 chrX 100492726 . G A 845.73 PASS AF=0.446602;AO=93;DP=206;FAO=92;FDP=206;FR=.;FRO=114;FSAF=25;FSAR=67;FSRF=32;FSRR=82;FWDB=0.0367896;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.9243;QD=16.422;RBI=0.0690512;REFB=-0.0129344;REVB=0.0584345;RO=112;SAF=26;SAR=67;SRF=31;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341123;STB=0.506229;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0174521;OID=.;OPOS=100492726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:112:114:93:92:0.446602:67:26:31:81:67:25:32:82 chrX 100517135 . T C 667.99 PASS AF=0.442424;AO=73;DP=165;FAO=73;FDP=165;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=0.00217887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.799;QD=16.1936;RBI=0.0118191;REFB=-0.0102797;REVB=-0.0116166;RO=92;SAF=33;SAR=40;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507158;STB=0.528215;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0136207;OID=.;OPOS=100517135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:92:92:73:73:0.442424:40:33:37:55:40:33:37:55 chrX 100518129 . G A 604.9 PASS AF=0.446809;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.00493864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.03;QD=17.1603;RBI=0.029218;REFB=-0.0221556;REVB=0.0287976;RO=76;SAF=36;SAR=27;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578633;STB=0.532776;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0238238;OID=.;OPOS=100518129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:76:78:63:63:0.446809:27:36:39:37:27:36:40:38 chrX 100518165 . T C 687.41 PASS AF=0.469388;AO=68;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0125122;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.092;QD=18.705;RBI=0.0382368;REFB=-0.0052963;REVB=0.0361317;RO=77;SAF=39;SAR=29;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524297;STB=0.521239;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00716239;OID=.;OPOS=100518165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:77:78:68:69:0.469388:29:39:40:37:30:39:41:37 chrX 100532621 . T C 676.17 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=121;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00911901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.967;QD=22.3529;RBI=0.044603;REFB=-0.0365609;REVB=0.0436609;RO=54;SAF=35;SAR=31;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208647;STB=0.506916;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0355613;OID=.;OPOS=100532621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:54:55:66:66:0.545455:31:35:30:24:31:35:30:25 chrX 100547933 . A G 1992.42 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000740816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.376;QD=61.3052;RBI=0.0103621;REFB=-0.0281409;REVB=-0.0103356;RO=1;SAF=40;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531041;STB=0.502793;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00118616;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:89:40:0:1:89:40:0:1 chrX 100608191 . G A 726.45 PASS AF=0.472393;AO=76;DP=162;FAO=77;FDP=163;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.000322357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.722;QD=17.8269;RBI=0.00542298;REFB=0.00613815;REVB=-0.00541339;RO=86;SAF=27;SAR=49;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110617;STB=0.55606;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00547226;OID=.;OPOS=100608191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:86:86:76:77:0.472393:49:27:40:46:49:28:40:46 chrX 100645467 . T C 311.94 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00498761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.028;QD=14.179;RBI=0.00721368;REFB=-0.00835308;REVB=-0.00521161;RO=53;SAF=20;SAR=15;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086148;STB=0.548991;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0119167;OID=.;OPOS=100645467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:15:20:26:27:15:20:26:27 chrX 100668489 . T G 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00182259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.122;QD=15.0178;RBI=0.0128116;REFB=-0.00484722;REVB=0.0126813;RO=40;SAF=11;SAR=19;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211605;STB=0.619881;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00946102;OID=.;OPOS=100668489;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:19:11:23:17:19:11:23:17 chrX 100743037 . C T 412.42 PASS AF=0.431193;AO=43;DP=107;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.0171315;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.985;QD=15.1347;RBI=0.018033;REFB=-0.0155854;REVB=-0.00563031;RO=62;SAF=21;SAR=22;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18074;STB=0.620189;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0214532;OID=.;OPOS=100743037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:62:62:43:47:0.431193:22:21:41:21:26:21:41:21 chrX 100743546 . C T 811.49 PASS AF=0.554745;AO=76;DP=136;FAO=76;FDP=137;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00554193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.335;QD=23.6931;RBI=0.0244208;REFB=-0.0229607;REVB=0.0237837;RO=60;SAF=38;SAR=38;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134663;STB=0.510946;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0126576;OID=.;OPOS=100743546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:60:61:76:76:0.554745:38:38:31:29:38:38:32:29 chrX 100743826 . A G 476.32 PASS AF=0.637681;AO=42;DP=67;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0187361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.525;QD=27.6128;RBI=0.0293755;REFB=-0.0415424;REVB=0.0226247;RO=25;SAF=20;SAR=22;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523708;STB=0.519991;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0352536;OID=.;OPOS=100743826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:25:25:42:44:0.637681:22:20:10:15:24:20:10:15 chrX 100745825 . T C 143.36 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0278419;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.112;QD=13.3355;RBI=0.0290999;REFB=-0.008869;REVB=-0.00846393;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249406;STB=0.635084;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0155416;OID=.;OPOS=100745825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:28:27:16:16:0.372093:5:11:13:15:5:11:13:14 chrX 100746860 . A G 353.7 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00898386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.507;QD=29.4753;RBI=0.0270988;REFB=-0.029704;REVB=-0.0255663;RO=18;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983171;STB=0.553981;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.018114;OID=.;OPOS=100746860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:14:16:7:11:14:16:7:11 chrX 100748078 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.301;QD=61.3355;RBI=0.014558;REFB=0;REVB=-0.00467416;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42217e-05;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chrX 100749127 . A G 100.74 PASS AF=0.48;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00286136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.6;QD=16.119;RBI=0.00782353;REFB=-0.0178979;REVB=-0.0072815;RO=11;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189204;STB=0.599807;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0223501;OID=.;OPOS=100749127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:13:11:12:0.48:1:10:9:2:1:11:11:2 chrX 100749585 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0256432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.882;QD=10.3902;RBI=0.0284432;REFB=-0.00868325;REVB=-0.0123061;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090156;STB=0.555391;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0206469;OID=.;OPOS=100749585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:4:7:5:2:4:7 chrX 100871148 . T C 88.42 PASS AF=0.625;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0207639;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.067;QD=22.1061;RBI=0.0927902;REFB=-0.0379926;REVB=0.0904371;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721239;STB=0.562382;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.024889;OID=.;OPOS=100871148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:17:16:5:6:10:10:0.625:3:7:4:1:3:7:5:1 chrX 100880857 . G A 531.61 PASS AF=0.459677;AO=54;DP=122;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0708673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8894;QD=17.1488;RBI=0.0859969;REFB=-0.00922284;REVB=0.0487164;RO=67;SAF=18;SAR=36;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180595;STB=0.598834;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0116515;OID=.;OPOS=100880857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:67:67:54:57:0.459677:36:18:34:33:38:19:34:33 chrX 100911066 . C T 1098.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00837905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.196;QD=60.1994;RBI=0.029783;REFB=0;REVB=-0.02858;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166477;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chrX 100946613 . T C 1831.88 PASS AF=0.449772;AO=170;DP=411;FAO=197;FDP=438;FR=.;FRO=241;FSAF=115;FSAR=82;FSRF=103;FSRR=138;FWDB=0.0235545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.682;QD=16.7295;RBI=0.0242945;REFB=-0.0214675;REVB=-0.00595054;RO=241;SAF=89;SAR=81;SRF=103;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100912;STB=0.585965;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0277822;OID=.;OPOS=100946613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:411:438:241:241:170:197:0.449772:81:89:103:138:82:115:103:138 chrX 101138792 . T C 905.78 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175312;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.194;QD=58.4374;RBI=0.0919776;REFB=0;REVB=0.0919609;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232071;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chrX 101396263 . T C 191.68 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=2;FWDB=0.00319892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.569;QD=15.6475;RBI=0.0110448;REFB=-0.0131195;REVB=0.0105714;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=26;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420214;STB=0.738485;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0274501;OID=.;OPOS=101396263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:29:20:20:0.408163:9:11:26:2:9:11:27:2 chrX 101912118 . C T 442.02 PASS AF=0.551282;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0114199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.411;QD=22.6675;RBI=0.0115726;REFB=-0.0360288;REVB=0.00187362;RO=35;SAF=30;SAR=12;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338488;STB=0.67551;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0251806;OID=.;OPOS=101912118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:42:43:0.551282:12:30:11:24:13:30:11:24 chrX 101913843 . G T 410.22 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0285251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4827;QD=18.2319;RBI=0.0614489;REFB=-0.0371433;REVB=0.0544268;RO=48;SAF=26;SAR=16;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967446;STB=0.554072;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0517827;OID=.;OPOS=101913843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:16:26:25:23:16:26:25:23 chrX 101933644 . G T 182.98 PASS AF=0.411765;AO=19;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0140319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1801;QD=14.3516;RBI=0.0299506;REFB=-0.0235037;REVB=-0.0264603;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260866;STB=0.655598;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0402237;OID=.;OPOS=101933644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:19:21:0.411765:10:9:21:8:12:9:21:9 chrX 101972439 . A G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00534012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.23;QD=14.7423;RBI=0.0178066;REFB=-0.0177133;REVB=0.016987;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507581;STB=0.529377;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0245489;OID=.;OPOS=101972439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:13:12:9:8:13:12 chrX 101973001 . G A 641.11 PASS AF=0.448718;AO=70;DP=156;FAO=70;FDP=156;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.015056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.59;QD=16.4387;RBI=0.0161254;REFB=-0.0197639;REVB=-0.0057747;RO=85;SAF=33;SAR=37;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455879;STB=0.522171;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0229936;OID=.;OPOS=101973001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:85:86:70:70:0.448718:37:33:44:41:37:33:44:42 chrX 102006226 . G A 144.78 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0183732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4975;QD=10.1597;RBI=0.0185836;REFB=0.0147747;REVB=0.00278874;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13975;STB=0.570823;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0381183;OID=.;OPOS=102006226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:38:19:19:0.333333:10:9:13:24:10:9:14:24 chrX 102192301 . C T 1265.48 PASS AF=0.645349;AO=110;DP=171;FAO=111;FDP=172;FR=.;FRO=61;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.02058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.547;QD=29.4299;RBI=0.0326516;REFB=-0.0224644;REVB=0.0253494;RO=61;SAF=60;SAR=50;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465196;STB=0.52316;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00838647;OID=.;OPOS=102192301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:61:61:110:111:0.645349:50:60:29:32:51:60:29:32 chrX 102192315 . G C 1359.02 PASS AF=0.610256;AO=119;DP=195;FAO=119;FDP=195;FR=.;FRO=76;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0046187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.086;QD=27.8773;RBI=0.00555304;REFB=-0.0235373;REVB=0.00308283;RO=74;SAF=68;SAR=51;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319977;STB=0.523027;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00985565;OID=.;OPOS=102192315;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:74:76:119:119:0.610256:51:68:39:35:51:68:39:37 chrX 102192321 . A G 1400.9 PASS AF=0.613065;AO=116;DP=193;FAO=122;FDP=199;FR=.;FRO=77;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.00265869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.834;QD=28.1588;RBI=0.0331497;REFB=-0.0214797;REVB=0.0330429;RO=75;SAF=67;SAR=49;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130499;STB=0.504669;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0108761;OID=.;OPOS=102192321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:199:75:77:116:122:0.613065:49:67:42:33:54:68:42:35 chrX 102192328 . A G 1356.83 PASS AF=0.61194;AO=123;DP=201;FAO=123;FDP=201;FR=.;FRO=78;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.00211461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.18;QD=27.0016;RBI=0.0267509;REFB=-0.0332756;REVB=0.0266672;RO=78;SAF=68;SAR=55;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00113507;STB=0.500613;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0210831;OID=.;OPOS=102192328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:78:78:123:123:0.61194:55:68:43:35:55:68:43:35 chrX 102192330 . T C 1283.98 PASS AF=0.59596;AO=118;DP=202;FAO=118;FDP=198;FR=.;FRO=80;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.0377838;FXX=0.019801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.49;QD=25.9391;RBI=0.052446;REFB=-0.0478818;REVB=0.0363727;RO=79;SAF=68;SAR=50;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503909;STB=0.505686;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0165935;OID=.;OPOS=102192330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:198:79:80:118:118:0.59596:50:68:45:34:50:68:45:35 chrX 102471531 . G T 2319.43 PASS AF=0.96319;AO=157;DP=163;FAO=157;FDP=163;FR=.;FRO=6;FSAF=103;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00819866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.295;QD=56.9185;RBI=0.00834137;REFB=-0.0471756;REVB=0.0015364;RO=6;SAF=103;SAR=54;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000823019;STB=0.500433;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=1.9973e-06;OID=.;OPOS=102471531;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:163:163:6:6:157:157:0.96319:54:103:4:2:54:103:4:2 chrX 102564583 . A G 1400.42 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.715;QD=61.5567;RBI=0.0167054;REFB=-0.107766;REVB=0.000747475;RO=1;SAF=59;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150423;STB=0.507935;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00139103;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:31:59:0:1:31:59:0:1 chrX 102755250 . G A 65.89 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0166891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.182;QD=3.71191;RBI=0.0168734;REFB=-0.00564237;REVB=-0.00248686;RO=59;SAF=11;SAR=1;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565847;STB=0.888761;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0281205;OID=.;OPOS=102755250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:59:59:12:12:0.169014:1:11:30:29:1:11:30:29 chrX 102930960 . A G 82.83 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.068135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5003;QD=11.0441;RBI=0.106645;REFB=-0.0208341;REVB=0.0820408;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129996;STB=0.589906;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0458681;OID=.;OPOS=102930960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:29:30:18:19:11:11:0.366667:6:5:6:12:6:5:6:13 chrX 102979486 . T C 1572.83 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.204;QD=59.9175;RBI=0.0332837;REFB=0;REVB=0.0294885;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109641;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:46:59:0:0:46:59:0:0 chrX 103042882 . T C 792.69 PASS AF=0.482353;AO=82;DP=170;FAO=82;FDP=170;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.00159372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.555;QD=18.6516;RBI=0.0119898;REFB=-0.0263753;REVB=0.0118834;RO=87;SAF=38;SAR=44;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288525;STB=0.518983;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0277224;OID=.;OPOS=103042882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:87:88:82:82:0.482353:44:38:43:44:44:38:44:44 chrX 103046526 . TG T 912.73 PASS AF=1;AO=86;DP=95;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445356;FXX=0.0421008;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.0943;QD=40.1199;RBI=0.0445401;REFB=0;REVB=-0.000630628;RO=1;SAF=32;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145743;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00161621;OID=.;OPOS=103046527;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:86:95:91:91:0:36:55:0:0:17:1:32:54:1:0 chrX 103267865 . C T 501.16 PASS AF=0.410448;AO=55;DP=140;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.0311811;FXX=0.0428541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1326;QD=14.96;RBI=0.0312178;REFB=-0.0110349;REVB=-0.00151364;RO=77;SAF=31;SAR=24;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999337;STB=0.548879;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0175272;OID=.;OPOS=103267865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:134:77:79:55:55:0.410448:24:31:36:41:24:31:38:41 chrX 103268333 . G A 244.21 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.024906;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.856;QD=14.8004;RBI=0.0257506;REFB=-0.00215858;REVB=0.00654099;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135642;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331065;OID=.;OPOS=103268333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:38:28:28:0.424242:14:14:18:19:14:14:19:19 chrX 103498995 . TCTGGGGCGGCTCCTCCTG T 458.33 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00268839;FXX=0.0594001;HRUN=1;LEN=18;MLLD=354.895;QD=19.298;RBI=0.00365742;REFB=-0.0338643;REVB=-0.00247978;RO=35;SAF=20;SAR=27;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00241896;STB=0.51541;STBP=0.767;TYPE=del;VARB=0.0315835;OID=.;OPOS=103498996;OREF=CTGGGGCGGCTCCTCCTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494737:47:101:47:95:48:20:27:19:29:99:35:20:27:15:20 chrX 104464276 . CA C 231.87 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.4939;QD=46.3732;RBI=0.0620018;REFB=0;REVB=-0.0522418;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00491925;OID=.;OPOS=104464277;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:20:20:20:0:3:17:0:0:4:0:2:16:0:0 chrX 104464281 . TC T 255.27 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.1547;QD=40.8429;RBI=0.0359098;REFB=0;REVB=0.03569;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.30137;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00206879;OID=.;OPOS=104464282;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:25:25:25:0:9:16:0:0:5:0:7:15:0:0 chrX 104992963 . T C 436.08 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=127;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00820544;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.882;QD=13.8439;RBI=0.0891034;REFB=0.00111455;REVB=0.0887248;RO=70;SAF=23;SAR=27;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415714;STB=0.500319;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138062;OID=.;OPOS=104992963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:70:76:50:50:0.396825:27:23:35:35:27:23:35:41 chrX 105153001 . A G 1246.37 PASS AF=0.965116;AO=82;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0171139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8345;QD=57.9706;RBI=0.0497806;REFB=-0.132722;REVB=0.0467464;RO=3;SAF=32;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00399696;STB=0.501923;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0044105;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:86:86:3:3:82:83:0.965116:50:32:1:2:51:32:1:2 chrX 105278361 . C A 410.01 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0118379;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.783;QD=14.5138;RBI=0.0118382;REFB=-0.00235119;REVB=-8.11476e-05;RO=67;SAF=14;SAR=33;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106473;STB=0.554001;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00304692;OID=.;OPOS=105278361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:67:66:47:47:0.415929:33:14:26:41:33:14:25:41 chrX 106200202 . G A 1259.39 PASS AF=0.484962;AO=128;DP=266;FAO=129;FDP=266;FR=.;FRO=137;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=69;FSRR=68;FWDB=-0.00885109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.504;QD=18.9383;RBI=0.0211116;REFB=-0.0077314;REVB=-0.0191666;RO=135;SAF=62;SAR=66;SRF=69;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249595;STB=0.511866;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00953958;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:135:137:128:129:0.484962:66:62:69:66:67:62:69:68 chrX 106313508 . G A 992.29 PASS AF=0.502591;AO=97;DP=193;FAO=97;FDP=193;FR=.;FRO=96;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.0448544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0899;QD=20.5656;RBI=0.0879771;REFB=-0.0109794;REVB=-0.0756839;RO=96;SAF=48;SAR=49;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708834;STB=0.538914;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0092022;OID=.;OPOS=106313508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:96:96:97:97:0.502591:49:48:40:56:49:48:40:56 chrX 106396402 . A G 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00351955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.646;QD=16.0712;RBI=0.0210544;REFB=-0.0108838;REVB=0.0207582;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355327;STB=0.51091;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0114295;OID=.;OPOS=106396402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:16:13:14:20:16:13:15:20 chrX 106396455 . A G 385.17 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0145812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.384;QD=20.5425;RBI=0.0158401;REFB=-0.0181708;REVB=0.00618858;RO=36;SAF=16;SAR=23;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192089;STB=0.510633;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0158344;OID=.;OPOS=106396455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:23:16:14:22:23:16:14:22 chrX 106845421 . A T 1725.51 PASS AF=0.462338;AO=177;DP=385;FAO=178;FDP=385;FR=.;FRO=207;FSAF=67;FSAR=111;FSRF=75;FSRR=132;FWDB=-0.0184362;FXX=0.00259061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8537;QD=17.9274;RBI=0.0203814;REFB=-0.0229387;REVB=0.00868951;RO=206;SAF=67;SAR=110;SRF=74;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201301;STB=0.508098;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0240574;OID=.;OPOS=106845421;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:206:207:177:178:0.462338:110:67:74:132:111:67:75:132 chrX 106885637 . G A 762.73 PASS AF=0.470588;AO=80;DP=169;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.0222369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.206;QD=17.9467;RBI=0.0254303;REFB=-0.00785077;REVB=0.0123378;RO=89;SAF=41;SAR=39;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148595;STB=0.51104;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00980674;OID=.;OPOS=106885637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:89:90:80:80:0.470588:39:41:47:42:39:41:48:42 chrX 107417730 . G A 1062.63 PASS AF=0.451883;AO=105;DP=247;FAO=108;FDP=239;FR=.;FRO=131;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=62;FSRR=69;FWDB=0.0142074;FXX=0.040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.627;QD=17.7847;RBI=0.0178658;REFB=-0.00482483;REVB=0.0108322;RO=123;SAF=54;SAR=51;SRF=59;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337414;STB=0.514642;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00541246;OID=.;OPOS=107417730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:239:123:131:105:108:0.451883:51:54:59:64:54:54:62:69 chrX 107418906 . A G 2413.84 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126074;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.069;QD=61.1098;RBI=0.0397011;REFB=0;REVB=0.0376461;RO=0;SAF=68;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264235;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:158:0:0:158:158:1:90:68:0:0:90:68:0:0 chrX 107433688 . A G 1306.66 PASS AF=0.487179;AO=131;DP=272;FAO=133;FDP=273;FR=.;FRO=140;FSAF=56;FSAR=77;FSRF=63;FSRR=77;FWDB=0.0143649;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.933;QD=19.1451;RBI=0.016728;REFB=-0.00895221;REVB=0.00857184;RO=139;SAF=54;SAR=77;SRF=62;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324541;STB=0.515149;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00879316;OID=.;OPOS=107433688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:139:140:131:133:0.487179:77:54:62:77:77:56:63:77 chrX 107437848 . G C 503.65 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00673465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.465;QD=15.9888;RBI=0.00821881;REFB=-0.0181255;REVB=-0.00471099;RO=69;SAF=30;SAR=25;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670197;STB=0.545438;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0211807;OID=.;OPOS=107437848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:71:55:55:0.436508:25:30:33:36:25:30:33:38 chrX 107918007 . CT TC 37.53 PASS AF=0.642857;AO=4;DP=13;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0137581;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=37.2354;QD=10.7227;RBI=0.148806;REFB=-0.219959;REVB=0.148168;RO=8;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37999;STB=0.666296;STBP=0.143;TYPE=mnp;VARB=0.00306387;OID=.;OPOS=107918007;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:13:14:8:5:4:9:0.642857:1:3:3:5:3:6:1:4 chrX 107976103 . C T 298.54 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0482775;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1179;QD=18.3716;RBI=0.0504234;REFB=-0.0163967;REVB=-0.0145534;RO=33;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153422;STB=0.585315;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0172416;OID=.;OPOS=107976103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:33:32:32:0.492308:17:15:10:23:17:15:10:23 chrX 107976940 . G C 1381.04 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244609;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3176;QD=62.7745;RBI=0.0506834;REFB=0;REVB=0.04439;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143039;OID=.;OPOS=107976940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chrX 107979512 . C T 3076.62 PASS AF=1;AO=194;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496899;FXX=0.0101005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.796;QD=62.7883;RBI=0.0763754;REFB=-0.139375;REVB=0.0580011;RO=2;SAF=94;SAR=100;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000300811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081438;OID=.;OPOS=107979512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:196:196:2:0:194:196:1:100:94:1:1:101:95:0:0 chrX 107979515 . C T 636.43 PASS AF=0.372449;AO=73;DP=198;FAO=73;FDP=196;FR=.;FRO=123;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=57;FSRR=66;FWDB=-0.0144049;FXX=0.0101005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.321;QD=12.9884;RBI=0.0160182;REFB=-0.0234809;REVB=-0.00700573;RO=123;SAF=37;SAR=36;SRF=57;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480903;STB=0.527235;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0351751;OID=.;OPOS=107979515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:196:123:123:73:73:0.372449:36:37:57:66:36:37:57:66 chrX 108297336 . TG AA 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0109851;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=316.862;QD=26.0488;RBI=0.0109851;REFB=-0.006942;REVB=0;RO=5;SAF=12;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00049182;OID=.;OPOS=108297336;OREF=TG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:0:12:5:0:0:12:5:0 chrX 108297342 . G C 274.87 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00964945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.902;QD=39.2673;RBI=0.00964945;REFB=0.0117984;REVB=0;RO=5;SAF=23;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00985374;OID=.;OPOS=108297342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:5:5:23:23:0.821429:0:23:5:0:0:23:5:0 chrX 108297345 . TTTT AGCA 274.83 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00048555;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=366.419;QD=39.2613;RBI=0.00048555;REFB=0.00472524;REVB=0;RO=4;SAF=23;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00101309;OID=.;OPOS=108297345;OREF=TTTT;OALT=AGCA;OMAPALT=AGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:28:4:5:23:23:0.821429:0:23:4:0:0:23:5:0 chrX 108297375 . T C 10471.9 PASS AF=1;AO=664;DP=672;FAO=665;FDP=665;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=526;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016243;FXX=0.0118869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.522;QD=62.9889;RBI=0.0197191;REFB=0.0101792;REVB=-0.0111806;RO=5;SAF=139;SAR=525;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98217e-05;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:672:665:5:0:664:665:1:525:139:5:0:526:139:0:0 chrX 108297445 . A G 13536.2 PASS AF=0.988545;AO=857;DP=867;FAO=863;FDP=873;FR=.;FRO=10;FSAF=249;FSAR=614;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0020033;FXX=0.00114415;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.111;QD=62.0215;RBI=0.00999156;REFB=-0.0177499;REVB=-0.00978867;RO=10;SAF=247;SAR=610;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00567172;STB=0.502943;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=9.8704e-05;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:867:873:10:10:857:863:0.988545:610:247:5:5:614:249:5:5 chrX 108297500 . G C 10620.3 PASS AF=0.978663;AO=686;DP=703;FAO=688;FDP=703;FR=.;FRO=15;FSAF=214;FSAR=474;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.017297;FXX=0.00283684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.751;QD=60.4284;RBI=0.0226185;REFB=-0.0462425;REVB=0.0145743;RO=14;SAF=214;SAR=472;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114853;STB=0.50551;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.000555002;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:703:703:14:15:686:688:0.978663:472:214:8:6:474:214:8:7 chrX 108297573 . A G 2345.78 PASS AF=0.952381;AO=156;DP=167;FAO=160;FDP=168;FR=.;FRO=8;FSAF=53;FSAR=107;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0273549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.258;QD=55.8518;RBI=0.0273777;REFB=-0.0582345;REVB=-0.00111648;RO=7;SAF=52;SAR=104;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871345;STB=0.502347;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00537096;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:167:168:7:8:156:160:0.952381:104:52:3:4:107:53:3:5 chrX 108297602 . T C 1930.92 PASS AF=0.955556;AO=124;DP=132;FAO=129;FDP=135;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=97;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00157818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.272;QD=57.2124;RBI=0.00485999;REFB=-0.00237785;REVB=0.00459662;RO=7;SAF=31;SAR=93;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00481275;STB=0.505053;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.000108005;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:132:135:7:6:124:129:0.955556:93:31:2:5:97:32:2:4 chrX 108297641 . G A 2028.2 PASS AF=0.970803;AO=133;DP=137;FAO=133;FDP=137;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0504508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3512;QD=59.2175;RBI=0.0641069;REFB=-0.126911;REVB=0.0395528;RO=4;SAF=31;SAR=102;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204527;STB=0.510772;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00369052;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:137:137:4:4:133:133:0.970803:102:31:2:2:102:31:2:2 chrX 108297699 . T C 1374.58 PASS AF=0.978947;AO=86;DP=88;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00610912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.707;QD=57.8772;RBI=0.0212657;REFB=-0.0303543;REVB=0.0203693;RO=0;SAF=17;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.44495e-08;STB=0.506492;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00107261;OID=.;OPOS=108297699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:95:0:2:86:93:0.978947:69:17:0:0:76:17:0:2 chrX 108297702 . A C,G 1318.89 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=5,82;DP=87;FAO=6,81;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=6,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375928,0.0310734;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.973,229.481;QD=60.6385;RBI=0.0400514,0.0341001;REFB=0,0;REVB=0.0138164,0.014045;RO=0;SAF=0,18;SAR=5,64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.5204e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000569303,0.000424975;OID=.,.;OPOS=108297702,108297702;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:87:87:0:0:5,82:6,81:0.0689655,0.931034:5,64:0,18:0:0:6,63:0,18:0:0 chrX 108297713 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.687;QD=53.9106;RBI=0.021116;REFB=0;REVB=0.00728772;RO=0;SAF=2;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73707e-05;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:22:2:0:0:22:2:0:0 chrX 108647653 . C G 529.15 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0225055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0209;QD=16.1572;RBI=0.0425748;REFB=0.00661966;REVB=0.0361402;RO=70;SAF=25;SAR=32;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427194;STB=0.503537;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00734637;OID=.;OPOS=108647653;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:70:74:57:57:0.435115:32:25:31:39:32:25:32:42 chrX 108696981 . C A 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0189918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.691;QD=21.892;RBI=0.0246622;REFB=-0.00418958;REVB=0.0157332;RO=28;SAF=13;SAR=22;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10722;STB=0.559288;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00246533;OID=.;OPOS=108696981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:22:13:14:14:22:13:14:14 chrX 108708516 . C T 2340.66 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.506;QD=60.7964;RBI=0.0155692;REFB=0;REVB=-0.0103334;RO=0;SAF=72;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69512e-06;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:153:154:1:81:72:0:0:82:72:0:0 chrX 108885841 . TAA TA,T,TAT 962.44 PASS AF=0.911392,0,0.0886076;AO=19,24,11;DP=159;FAO=144,0,14;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=97,0,0;FSAR=47,0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.918457,0.460961,0.0966108;FXX=0.0124992;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=8.24224,9.30735,150.254;QD=24.3656;RBI=1.09328,0.550955,0.226448;REFB=0.102641,0.0912103,0.0399423;REVB=-0.593036,-0.301772,-0.204805;RO=80;SAF=13,0,0;SAR=6,24,11;SRF=74;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0.378906,0.378906,0;SSSB=-0.463276,-0.882486,-0.856151;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0476567,0.00231714,0.258921;OID=.,.,.;OPOS=108885842,108885842,108885843;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TA,T,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.911392,0,0.0886076:19,24,11:159:144,0,14:158:0:97,0,0:47,0,14:0:0:47:80:13,0,0:6,24,11:74:6 chrX 111698036 . T C 730.58 PASS AF=0.490323;AO=76;DP=155;FAO=76;FDP=155;FR=.;FRO=79;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.0170257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4077;QD=18.8537;RBI=0.019101;REFB=-0.00604561;REVB=0.00865881;RO=79;SAF=48;SAR=28;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221978;STB=0.622493;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0064342;OID=.;OPOS=111698036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:79:79:76:76:0.490323:28:48:31:48:28:48:31:48 chrX 111698613 . T C 360.78 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0181666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.501;QD=17.5989;RBI=0.0183654;REFB=-0.0244565;REVB=0.00269512;RO=44;SAF=21;SAR=17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372964;STB=0.52085;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.022295;OID=.;OPOS=111698613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:17:21:26:18:17:21:26:18 chrX 111699028 . T C 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00252346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.957;QD=15.9138;RBI=0.00322358;REFB=-0.00585571;REVB=0.00200589;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00709063;STB=0.503997;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00680437;OID=.;OPOS=111699028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:17:20:16:14:17:20 chrX 111699344 . ACC AC,ACT 145.9 PASS AF=0.424242,0.0909091;AO=13,3;DP=33;FAO=14,3;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5,2;FSAR=9,1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0912818,0.0176844;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.795,29.5226;QD=17.6842;RBI=0.112817,0.0704359;REFB=-0.0387299,-0.0188362;REVB=-0.0662967,-0.0681797;RO=16;SAF=4,2;SAR=9,1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.194659,0.184637;STB=0.579092,0.641894;STBP=0.436,0.639;TYPE=del,snp;VARB=0.026432,0.0464256;OID=.,.;OPOS=111699345,111699346;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=AC,ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242,0.0909091:13,3:33:14,3:33:16:5,2:9,1:8:8:99:16:4,2:9,1:8:8 chrX 111700104 . GC TT 304.63 PASS AF=0.411111;AO=33;DP=89;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00947796;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.731;QD=13.5392;RBI=0.034112;REFB=-0.0372589;REVB=0.0327689;RO=46;SAF=20;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110928;STB=0.500917;STBP=0.996;TYPE=mnp;VARB=0.0680065;OID=.;OPOS=111700104;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:53:33:37:0.411111:13:20:23:23:16:21:30:23 chrX 113193211 . A T 608.08 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0205707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.061;QD=27.64;RBI=0.0465948;REFB=-0.0196944;REVB=-0.0418082;RO=33;SAF=36;SAR=18;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048443;STB=0.530424;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0170418;OID=.;OPOS=113193211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:33:34:54:54:0.613636:18:36:24:9:18:36:25:9 chrX 113219823 . C T 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00601502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.439;QD=20.5426;RBI=0.00996674;REFB=0.0097299;REVB=-0.00794704;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127161;STB=0.57137;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.010419;OID=.;OPOS=113219823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:12:12:9:16:12:12:9:16 chrX 114346355 . GT G 271.72 PASS AF=0.512821;AO=51;DP=116;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0409463;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.2628;QD=9.28956;RBI=0.077521;REFB=-0.0249264;REVB=-0.0658248;RO=54;SAF=24;SAR=27;SRF=33;SRR=21;SSEN=0.44;SSEP=0;SSSB=-0.129776;STB=0.555537;STBP=0.254;TYPE=del;VARB=0.0232064;OID=.;OPOS=114346356;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512821:51:116:60:117:57:30:30:35:22:99:54:24:27:33:21 chrX 114425196 . G A 159.73 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0883345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1725;QD=26.6216;RBI=0.08861;REFB=-0.101945;REVB=0.00698179;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257245;STB=0.642687;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0408088;OID=.;OPOS=114425196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:9:7:7:1:9:7:7:1 chrX 114425400 . G A 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0526014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.935;QD=9.56941;RBI=0.0549121;REFB=-0.00217703;REVB=0.0157619;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368003;STB=0.721148;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00758323;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:11:4:5:3:11:4 chrX 114426171 . C T 126.51 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.079941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.064;QD=29.7661;RBI=0.0885989;REFB=-0.105218;REVB=0.0381994;RO=4;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121094;STB=0.567464;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.036049;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:6:7:1:3:6:7:1:3 chrX 114426765 . C T 454.39 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0301629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.066;QD=25.5997;RBI=0.0302831;REFB=-0.0266216;REVB=0.00269524;RO=28;SAF=24;SAR=19;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093573;STB=0.551157;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0130469;OID=.;OPOS=114426765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:28:43:43:0.605634:19:24:12:16:19:24:12:16 chrX 114426917 . C T 587.0 PASS AF=0.735294;AO=50;DP=68;FAO=50;FDP=68;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0508052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.653;QD=34.5294;RBI=0.0516888;REFB=-0.0544847;REVB=-0.00951628;RO=18;SAF=27;SAR=23;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197368;STB=0.510634;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0306764;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:18:18:50:50:0.735294:23:27:9:9:23:27:9:9 chrX 114427149 . A G 433.19 PASS AF=0.434783;AO=47;DP=108;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.000423528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.85;QD=15.0676;RBI=0.0081999;REFB=-0.0241976;REVB=-0.00818896;RO=58;SAF=16;SAR=31;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078229;STB=0.594897;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0254522;OID=.;OPOS=114427149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:115:58:65:47:50:0.434783:31:16:24:34:34:16:31:34 chrX 114541027 . A G 385.17 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0300993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.382;QD=15.7213;RBI=0.0358002;REFB=-0.0319696;REVB=0.0193825;RO=57;SAF=17;SAR=24;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115866;STB=0.565381;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0393326;OID=.;OPOS=114541027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:24:17:30:27:24:17:30:27 chrX 115304824 . G T 464.54 PASS AF=0.427419;AO=50;DP=122;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0189874;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.417;QD=14.9852;RBI=0.0191301;REFB=-0.00879019;REVB=0.00233221;RO=68;SAF=29;SAR=21;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527169;STB=0.509728;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0119851;OID=.;OPOS=115304824;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:68:71:50:53:0.427419:21:29:36:32:23:30:39:32 chrX 115304830 . A G 1933.53 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.555;QD=61.8731;RBI=0.0276382;REFB=0;REVB=0.0128418;RO=0;SAF=68;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92792e-05;OID=.;OPOS=115304830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:57:68:0:0:57:68:0:0 chrX 115305126 . A C 765.39 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0173523;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=238.96;QD=51.8906;RBI=0.0174918;REFB=-0.199907;REVB=-0.00220447;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.501786;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.000528441;OID=.;OPOS=115305126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:0:3:56:56:0.949153:39:17:0:0:39:17:1:2 chrX 115590299 . C G 625.16 PASS AF=0.496124;AO=63;DP=126;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0340461;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1953;QD=19.3848;RBI=0.0376447;REFB=-0.0102644;REVB=-0.0160619;RO=62;SAF=33;SAR=30;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359281;STB=0.51949;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0102348;OID=.;OPOS=115590299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:62:65:63:64:0.496124:30:33:30:32:31:33:31:34 chrX 117700141 . A G 249.34 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0920485;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5082;QD=11.8731;RBI=0.0933133;REFB=-0.0190113;REVB=0.015312;RO=53;SAF=19;SAR=11;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161476;STB=0.599447;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0403863;OID=.;OPOS=117700141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:53:54:30:30:0.357143:11:19:26:27:11:19:26:28 chrX 117904229 . T C 338.61 PASS AF=0.57377;AO=34;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00217632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.171;QD=22.2039;RBI=0.0398088;REFB=0.000153028;REVB=-0.0397492;RO=26;SAF=27;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186761;STB=0.607076;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000225989;OID=.;OPOS=117904229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:26:34:35:0.57377:7:27:16:10:7:28:16:10 chrX 117904433 . T C 401.26 PASS AF=0.47191;AO=41;DP=90;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0281413;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.897;QD=18.0343;RBI=0.0347352;REFB=-0.0270825;REVB=-0.0203619;RO=49;SAF=25;SAR=16;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387602;STB=0.536214;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0345655;OID=.;OPOS=117904433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:49:47:41:42:0.47191:16:25:28:21:16:26:26:21 chrX 117925898 . A G 398.97 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00248437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.253;QD=20.9984;RBI=0.00249904;REFB=-0.0164861;REVB=-0.000270383;RO=35;SAF=18;SAR=22;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117576;STB=0.570047;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0164162;OID=.;OPOS=117925898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:22:18:11:24:22:18:11:25 chrX 117938928 . G A 440.94 PASS AF=0.398438;AO=50;DP=125;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=59;FWDB=0.00804396;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.16;QD=13.7795;RBI=0.0376342;REFB=-0.00826063;REVB=-0.0367644;RO=74;SAF=23;SAR=27;SRF=17;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253451;STB=0.645352;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0102317;OID=.;OPOS=117938928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:74:77:50:51:0.398438:27:23:17:57:27:24:18:59 chrX 118108785 . T C 640.28 PASS AF=0.409091;AO=72;DP=176;FAO=72;FDP=176;FR=.;FRO=104;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=42;FWDB=-0.0170499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.244;QD=14.5517;RBI=0.0240996;REFB=-0.0204283;REVB=-0.0170322;RO=104;SAF=36;SAR=36;SRF=62;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10138;STB=0.556803;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0252256;OID=.;OPOS=118108785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:104:104:72:72:0.409091:36:36:62:42:36:36:62:42 chrX 118146810 . C T 560.87 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=55;FWDB=-0.0109502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.373;QD=16.1401;RBI=0.0121231;REFB=-0.00856322;REVB=0.00520216;RO=78;SAF=38;SAR=22;SRF=23;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333437;STB=0.681993;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0122797;OID=.;OPOS=118146810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:79:60:60:0.431655:22:38:23:55:22:38:24:55 chrX 118281538 . C A 1540.21 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7398;QD=58.6748;RBI=0.0504724;REFB=0.00121409;REVB=0.0421277;RO=1;SAF=43;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109066;STB=0.505746;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000187309;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:1:1:103:104:0.990476:60:43:1:0:61:43:1:0 chrX 118284520 . C A 2376.31 PASS AF=0.509761;AO=235;DP=461;FAO=235;FDP=461;FR=.;FRO=226;FSAF=107;FSAR=128;FSRF=94;FSRR=132;FWDB=0.00262349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9596;QD=20.6188;RBI=0.00723804;REFB=-0.0326805;REVB=-0.00674585;RO=225;SAF=107;SAR=128;SRF=93;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380571;STB=0.519532;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0286142;OID=.;OPOS=118284520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:461:461:225:226:235:235:0.509761:128:107:93:132:128:107:94:132 chrX 118587003 . C T 1088.91 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126858;FXX=0.0399947;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.6;QD=60.4948;RBI=0.0168747;REFB=0;REVB=0.0111278;RO=0;SAF=18;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269401;OID=.;OPOS=118587003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:72:0:0:72:72:1:54:18:0:0:54:18:0:0 chrX 118587321 . A G 732.92 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0492398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6577;QD=61.0763;RBI=0.0539464;REFB=-0.1448;REVB=0.0220377;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02089;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0033836;OID=.;OPOS=118587321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:24:22:1:0:24:23:1:0 chrX 118603650 . T C 32.6 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.063998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.15;QD=2.77409;RBI=0.065755;REFB=-0.0051418;REVB=-0.0150987;RO=41;SAF=2;SAR=4;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368444;STB=0.76239;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0447004;OID=.;OPOS=118603650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:4:2:27:14:4:2:27:14 chrX 118603668 . A G 62.63 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0226963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.562;QD=4.55491;RBI=0.0238858;REFB=-0.00255089;REVB=-0.00744374;RO=45;SAF=5;SAR=5;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238041;STB=0.654266;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0110737;OID=.;OPOS=118603668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:5:5:31:14:5:5:31:14 chrX 118603713 . T C 59.74 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0110168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5262;QD=3.51399;RBI=0.0125834;REFB=0.00522969;REVB=-0.00608044;RO=57;SAF=5;SAR=6;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886972;STB=0.559891;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0273287;OID=.;OPOS=118603713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:6:5:30:27:6:5:30:27 chrX 118603729 . G A 60.9 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0146215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.061;QD=2.97056;RBI=0.0147067;REFB=-0.00189992;REVB=-0.0015804;RO=70;SAF=6;SAR=6;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177028;STB=0.512175;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.011842;OID=.;OPOS=118603729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:82:70:70:12:12:0.146341:6:6:34:36:6:6:34:36 chrX 118603742 . A C 67.67 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0151493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.216;QD=3.18435;RBI=0.0251802;REFB=-0.00119004;REVB=-0.0201132;RO=72;SAF=7;SAR=6;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479638;STB=0.532559;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0180615;OID=.;OPOS=118603742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:72:72:13:13:0.152941:6:7:36:36:6:7:36:36 chrX 118603747 . A T 49.3 PASS AF=0.127907;AO=9;DP=85;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0362344;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.461;QD=2.29285;RBI=0.0439774;REFB=-0.000127553;REVB=0.0249215;RO=75;SAF=3;SAR=6;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205541;STB=0.545372;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00740064;OID=.;OPOS=118603747;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:85:86:75:75:9:11:0.127907:6:3:38:37:6:5:38:37 chrX 118603773 . T C 72.66 PASS AF=0.148936;AO=14;DP=94;FAO=14;FDP=94;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.040121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.836;QD=3.0921;RBI=0.0409585;REFB=-0.00964221;REVB=-0.00824013;RO=79;SAF=8;SAR=6;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143887;STB=0.592014;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.058125;OID=.;OPOS=118603773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:94:94:79:80:14:14:0.148936:6:8:36:43:6:8:37:43 chrX 118603818 . T G 37.76 PASS AF=0.0859375;AO=11;DP=132;FAO=11;FDP=128;FR=.;FRO=117;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=72;FWDB=0.00500219;FXX=0.0303007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.387;QD=1.1801;RBI=0.00647796;REFB=-0.00045808;REVB=-0.00411608;RO=120;SAF=6;SAR=5;SRF=46;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184709;STB=0.644105;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00533002;OID=.;OPOS=118603818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:132:128:120:117:11:11:0.0859375:5:6:46:74:5:6:45:72 chrX 118603844 . T G 1809.02 PASS AF=0.939394;AO=123;DP=131;FAO=124;FDP=132;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=87;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00969138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.626;QD=54.8187;RBI=0.0240555;REFB=-0.035566;REVB=-0.0220169;RO=8;SAF=37;SAR=86;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601762;STB=0.53184;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00252884;OID=.;OPOS=118603844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:131:132:8:8:123:124:0.939394:86:37:6:2:87:37:6:2 chrX 118604436 . T C 1218.97 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863149;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.935;QD=60.1959;RBI=0.0142002;REFB=-0.111634;REVB=0.0112758;RO=1;SAF=42;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049914;OID=.;OPOS=118604436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:81:1:0:80:81:1:38:42:1:0:38:43:0:0 chrX 118678364 . G A 1638.06 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988244;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.202;QD=60.1122;RBI=0.0132869;REFB=0;REVB=0.00888138;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75678e-06;OID=.;OPOS=118678364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:106:109:1:57:49:0:0:59:50:0:0 chrX 118699320 . A G 2712.5 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205799;FXX=0.0335177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.884;QD=62.7169;RBI=0.0209154;REFB=0;REVB=0.00373122;RO=0;SAF=76;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251242;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:173:0:0:171:173:1:95:76:0:0:97:76:0:0 chrX 118829479 . G A 1488.59 PASS AF=0.432796;AO=161;DP=373;FAO=161;FDP=372;FR=.;FRO=211;FSAF=83;FSAR=78;FSRF=86;FSRR=125;FWDB=-0.00210309;FXX=0.00534745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.435;QD=16.0063;RBI=0.00823425;REFB=-0.0141647;REVB=0.00796115;RO=210;SAF=83;SAR=78;SRF=86;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107943;STB=0.561046;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0127317;OID=.;OPOS=118829479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:372:210:211:161:161:0.432796:78:83:86:124:78:83:86:125 chrX 118893054 . C A 97.75 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750743;FXX=0.181653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7253;QD=43.4462;RBI=0.132726;REFB=0;REVB=0.109453;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145813;OID=.;OPOS=118893054;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chrX 118893137 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0950331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.2172;QD=33.4285;RBI=0.0985789;REFB=0;REVB=-0.0262014;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0120484;OID=.;OPOS=118893137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chrX 118893413 . T C 1733.98 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105429;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.265;QD=60.8416;RBI=0.105502;REFB=0;REVB=0.00394779;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217813;OID=.;OPOS=118893413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:64:50:0:0:64:50:0:0 chrX 119005705 . C G 941.73 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.247;QD=57.0744;RBI=0.0310159;REFB=-0.0598194;REVB=0.0215849;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000249343;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:30:35:0:0:30:35:1:0 chrX 119387833 . C CTGA 511.76 PASS AF=0.77193;AO=40;DP=66;FAO=44;FDP=57;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0149498;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.525;QD=35.9128;RBI=0.020528;REFB=-0.0245133;REVB=0.0140678;RO=26;SAF=19;SAR=21;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00971494;STB=0.508768;STBP=0.837;TYPE=ins;VARB=0.00381328;OID=.;OPOS=119387834;OREF=-;OALT=TGA;OMAPALT=CTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.77193:40:66:44:57:13:22:22:7:6:84:26:19:21:12:14 chrX 119389966 . C T 482.99 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.505;QD=58.5443;RBI=0.0681901;REFB=0;REVB=0.0313004;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255612;OID=.;OPOS=119389966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:14:19:0:0 chrX 119390465 . A G 781.87 PASS AF=1;AO=45;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.522;QD=55.848;RBI=0.0295082;REFB=0;REVB=0.0211372;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53435e-05;OID=.;OPOS=119390465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:45:56:1:27:18:0:0:34:22:0:0 chrX 119390466 . T G 41.81 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00343067;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.9835;QD=2.98669;RBI=0.0194689;REFB=-0.0204166;REVB=0.0191643;RO=47;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077523;STB=0.51882;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0378096;OID=.;OPOS=119390466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:56:56:47:48:9:8:0.142857:5:4:18:29:5:3:19:29 chrX 119391880 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.907;QD=57.0006;RBI=0.0306994;REFB=0;REVB=0.0291513;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151886;OID=.;OPOS=119391880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chrX 119513629 . A C 783.81 PASS AF=0.404545;AO=87;DP=218;FAO=89;FDP=220;FR=.;FRO=131;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=65;FSRR=66;FWDB=0.00810308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5767;QD=14.2511;RBI=0.025578;REFB=-0.0263894;REVB=0.0242606;RO=131;SAF=45;SAR=42;SRF=65;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225366;STB=0.512309;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0334479;OID=.;OPOS=119513629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:220:131:131:87:89:0.404545:42:45:65:66:43:46:65:66 chrX 119562432 . T C 460.63 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0521404;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.035;QD=20.9377;RBI=0.0522073;REFB=-0.01773;REVB=-0.002642;RO=42;SAF=7;SAR=37;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305666;STB=0.682868;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0192513;OID=.;OPOS=119562432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:43:44:45:0.511364:37:7:17:25:38:7:18:25 chrX 119676806 . C T 785.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4644;QD=64.1399;RBI=0.0647262;REFB=0;REVB=-0.0490719;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.58467e-05;OID=.;OPOS=119676806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chrX 120008979 . T C 284.32 PASS AF=0.509091;AO=23;DP=50;FAO=28;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00548456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.904;QD=20.678;RBI=0.0169093;REFB=-0.0472781;REVB=-0.0159951;RO=14;SAF=19;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120413;STB=0.539296;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0381514;OID=.;OPOS=120008979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:55:14:21:23:28:0.509091:4:19:10:4:4:24:17:4 chrX 122318386 . A AG 3292.94 PASS AF=1;AO=208;DP=218;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209403;FXX=0.0275217;HRUN=0;LEN=1;MLLD=285.376;QD=62.131;RBI=0.0213948;REFB=0;REVB=0.00438611;RO=2;SAF=103;SAR=105;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0089863;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.98035e-05;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:208:218:212:212:0:104:108:0:0:18:2:103:105:0:2 chrX 122336600 . T TG 1463.32 PASS AF=1;AO=131;DP=150;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549462;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.8942;QD=41.2202;RBI=0.0764429;REFB=0;REVB=0.0531453;RO=14;SAF=55;SAR=76;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000245692;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:131:150:142:142:0:61:81:0:0:26:14:55:76:7:7 chrX 122338337 . A G 1082.05 PASS AF=0.567416;AO=97;DP=174;FAO=101;FDP=178;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00436772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.484;QD=24.3158;RBI=0.0196482;REFB=-0.0161424;REVB=-0.0191566;RO=77;SAF=38;SAR=59;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419832;STB=0.511403;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0119701;OID=.;OPOS=122338337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:178:77:77:97:101:0.567416:59:38:34:43:59:42:34:43 chrX 123034511 . A C 489.35 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.0623925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9613;QD=18.2935;RBI=0.0693211;REFB=0.0164218;REVB=0.030209;RO=54;SAF=21;SAR=31;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867898;STB=0.551561;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0151941;OID=.;OPOS=123034511;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:54:55:52:52:0.485981:31:21:17:37:31:21:17:38 chrX 124455773 . TG AT,GT,T 34.41 PASS AF=0,0,0.4;AO=2,3,5;DP=25;FAO=0,0,10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=0,0,2;FSAR=0,0,8;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0298895,0.00281852,-0.0400069;FXX=0;HRUN=1,1,5;LEN=2,2,1;MLLD=42.9137,42.0589,13.1687;QD=5.50485;RBI=0.030302,0.00738831,0.0527687;REFB=-0.00205503,0.00770155,-0.0500049;REVB=0.00498282,-0.00682957,0.0344091;RO=15;SAF=2,0,0;SAR=0,3,5;SRF=13;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.303571;SSSB=0.427206,-0.774868,-0.810802;STB=0.5,0.5,0.85653;STBP=1,1,0.01;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0.0525378,0.0731711,0.0548161;OID=.,.,.;OPOS=124455773,124455773,124455774;OREF=TG,TG,G;OALT=AT,GT,-;OMAPALT=AT,GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:29:25:25:15:15:2,3,5:0,0,10:0,0,0.4:0,3,5:2,0,0:13:2:0,0,8:0,0,2:13:2 chrX 124456208 . TG T 44.67 PASS AF=0.5;AO=2;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0138601;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.8531;QD=11.1663;RBI=0.0506194;REFB=-0.114948;REVB=-0.048685;RO=8;SAF=1;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.303571;SSSB=0;STB=0.642474;STBP=0.297;TYPE=del;VARB=0.0992542;OID=.;OPOS=124456209;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:2:16:8:16:8:2:6:4:4:40:8:1:1:4:4 chrX 125298690 . G A 995.56 PASS AF=0.460177;AO=103;DP=229;FAO=104;FDP=226;FR=.;FRO=122;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=60;FWDB=-0.0129182;FXX=0.0130999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.243;QD=17.6206;RBI=0.0426716;REFB=-0.0456673;REVB=0.0406692;RO=120;SAF=59;SAR=44;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552779;STB=0.53221;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.047581;OID=.;OPOS=125298690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:226:120:122:103:104:0.460177:44:59:62:58:45:59:62:60 chrX 125299188 . T G 757.42 PASS AF=0.670213;AO=61;DP=93;FAO=63;FDP=94;FR=.;FRO=31;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00539819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.863;QD=32.2305;RBI=0.0481572;REFB=0.0114114;REVB=-0.0478537;RO=30;SAF=30;SAR=31;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106565;STB=0.561006;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00615444;OID=.;OPOS=125299188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:30:31:61:63:0.670213:31:30:20:10:32:31:21:10 chrX 125299467 . G T 864.09 PASS AF=0.50289;AO=86;DP=173;FAO=87;FDP=173;FR=.;FRO=86;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0414046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.353;QD=19.9788;RBI=0.0745866;REFB=-0.0203353;REVB=0.0620389;RO=86;SAF=52;SAR=34;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118135;STB=0.567098;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0180655;OID=.;OPOS=125299467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:86:86:86:87:0.50289:34:52:41:45:34:53:41:45 chrX 125954900 . C T 716.86 PASS AF=0.514706;AO=69;DP=136;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.0150858;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.143;QD=21.0842;RBI=0.0165609;REFB=-0.00277436;REVB=0.00683253;RO=65;SAF=17;SAR=52;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385055;STB=0.7014;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0021917;OID=.;OPOS=125954900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:65:66:69:70:0.514706:52:17:43:22:52:18:43:23 chrX 125955199 . T C 598.47 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.000381541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.57;QD=18.1353;RBI=0.00945039;REFB=-0.0204259;REVB=-0.00944269;RO=69;SAF=22;SAR=40;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226083;STB=0.509551;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0194545;OID=.;OPOS=125955199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:70:62:62:0.469697:40:22:26:43:40:22:26:44 chrX 125955428 . G A 1825.8 PASS AF=0.54375;AO=174;DP=321;FAO=174;FDP=320;FR=.;FRO=146;FSAF=108;FSAR=66;FSRF=98;FSRR=48;FWDB=-0.00688746;FXX=0.00621099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.074;QD=22.8225;RBI=0.0472996;REFB=-0.0199176;REVB=0.0467954;RO=147;SAF=108;SAR=66;SRF=98;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415681;STB=0.524777;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0191376;OID=.;OPOS=125955428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:320:147:146:174:174:0.54375:66:108:98:49:66:108:98:48 chrX 128780172 . CTTTA CTTA,CTTTAAGC 129.38 PASS AF=0.264706,0.294118;AO=7,8;DP=33;FAO=9,10;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=0,7;FSAR=9,3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0927365,0.0254943;FXX=0.0285633;HRUN=3,2;LEN=1,3;MLLD=13.7044,194.721;QD=15.2211;RBI=0.173261,0.0257522;REFB=-0.161049,-0.0542164;REVB=0.146354,0.00363499;RO=13;SAF=0,6;SAR=7,2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.736829,0.380118;STB=0.998426,0.646754;STBP=0.001,0.263;TYPE=del,ins;VARB=0.140737,0.089289;OID=.,.;OPOS=128780173,128780177;OREF=T,-;OALT=-,AGC;OMAPALT=CTTA,CTTTAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.264706,0.294118:7,8:33:9,10:34:15:0,7:9,3:7:8:84:13:0,6:7,2:5:8 chrX 128781864 . C A 170.19 PASS AF=0.375;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.0143957;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3225;QD=12.1567;RBI=0.0255741;REFB=-0.00663204;REVB=-0.0211376;RO=32;SAF=14;SAR=7;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499122;STB=0.769009;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0108061;OID=.;OPOS=128781864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:32:35:21:21:0.375:7:14:5:27:7:14:7:28 chrX 128880614 . T C 564.87 PASS AF=0.36413;AO=67;DP=184;FAO=67;FDP=184;FR=.;FRO=117;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=65;FWDB=0.00166854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.698;QD=12.2797;RBI=0.0119406;REFB=-0.00712861;REVB=-0.0118234;RO=116;SAF=25;SAR=42;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871772;STB=0.547286;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0122569;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:116:117:67:67:0.36413:42:25:52:64:42:25:52:65 chrX 129147079 . T C 1432.36 PASS AF=0.978947;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000686437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3989;QD=60.3101;RBI=0.0449254;REFB=-0.0668496;REVB=0.0449202;RO=2;SAF=47;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197417;STB=0.509998;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0182592;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:95:2:2:91:93:0.978947:44:47:2:0:44:49:2:0 chrX 129200301 . C G 242.59 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0207881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5941;QD=14.9287;RBI=0.0218911;REFB=-0.0352385;REVB=0.00686137;RO=36;SAF=16;SAR=12;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127913;STB=0.561601;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0295577;OID=.;OPOS=129200301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:12:16:25:11:12:16:25:12 chrX 129283520 . A G 650.22 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=-0.0155918;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.532;QD=19.8541;RBI=0.0158462;REFB=-0.0101134;REVB=-0.00282807;RO=65;SAF=30;SAR=35;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207371;STB=0.617135;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00844886;OID=.;OPOS=129283520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:65:66:65:65:0.496183:35:30:45:20:35:30:46:20 chrX 129338766 . G A 544.48 PASS AF=0.542553;AO=50;DP=93;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0128822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.82;QD=23.1695;RBI=0.063405;REFB=-0.0448197;REVB=-0.0620825;RO=42;SAF=23;SAR=27;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131461;STB=0.571579;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0323487;OID=.;OPOS=129338766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:42:43:50:51:0.542553:27:23:26:16:27:24:27:16 chrX 129349295 . T G 521.4 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0129614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.55;QD=20.856;RBI=0.0176404;REFB=-0.00588905;REVB=-0.011966;RO=48;SAF=13;SAR=37;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584243;STB=0.525345;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00626656;OID=.;OPOS=129349295;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:50:50:50:0.5:37:13:15:33:37:13:15:35 chrX 129394432 . A G 1670.77 PASS AF=0.421296;AO=182;DP=432;FAO=182;FDP=432;FR=.;FRO=250;FSAF=98;FSAR=84;FSRF=111;FSRR=139;FWDB=0.0158981;FXX=0.00230942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.437;QD=15.4701;RBI=0.0185897;REFB=-0.0175758;REVB=0.00963465;RO=249;SAF=98;SAR=84;SRF=111;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096094;STB=0.554523;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0195838;OID=.;OPOS=129394432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:432:249:250:182:182:0.421296:84:98:111:138:84:98:111:139 chrX 129519462 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.010143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.652;QD=15.1962;RBI=0.0329917;REFB=-0.00461449;REVB=0.0313938;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118338;STB=0.568107;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00874761;OID=.;OPOS=129519462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:10:16:9:9:10:16 chrX 129546351 . GA G 58.73 PASS AF=0.722222;AO=3;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0611543;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=9.41131;QD=13.0507;RBI=0.120664;REFB=-0.0953483;REVB=0.104019;RO=2;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39997;STB=0.555473;STBP=0.527;TYPE=del;VARB=0.0960913;OID=.;OPOS=129546352;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:3:18:13:18:5:5:8:1:4:22:2:2:1:0:2 chrX 130223137 . G A 430.9 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.004756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.251;QD=15.9593;RBI=0.00633168;REFB=-0.0091361;REVB=0.00417979;RO=60;SAF=30;SAR=18;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435388;STB=0.52438;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0122504;OID=.;OPOS=130223137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:18:30:35:25:18:30:35:25 chrX 130408745 . G A 682.79 PASS AF=0.441176;AO=75;DP=170;FAO=75;FDP=170;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.0112543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7411;QD=16.0656;RBI=0.0125321;REFB=-0.0185683;REVB=-0.00551305;RO=95;SAF=32;SAR=43;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689733;STB=0.538427;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0307215;OID=.;OPOS=130408745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:95:95:75:75:0.441176:43:32:47:48:43:32:47:48 chrX 130412018 . C G 1032.01 PASS AF=0.573964;AO=97;DP=169;FAO=97;FDP=169;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=65;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00518503;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=332.459;QD=24.4262;RBI=0.00701119;REFB=0.00186177;REVB=0.00471934;RO=72;SAF=32;SAR=65;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861656;STB=0.546938;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00126091;OID=.;OPOS=130412018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:72:72:97:97:0.573964:65:32:31:41:65:32:31:41 chrX 130415818 . T C 521.45 PASS AF=0.556818;AO=48;DP=84;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00101891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.301;QD=23.7024;RBI=0.0249192;REFB=-0.0163252;REVB=0.0248984;RO=36;SAF=21;SAR=27;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156623;STB=0.59555;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00469338;OID=.;OPOS=130415818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:36:39:48:49:0.556818:27:21:23:13:27:22:26:13 chrX 130416958 . C T 2553.21 PASS AF=0.935135;AO=168;DP=181;FAO=173;FDP=185;FR=.;FRO=12;FSAF=102;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0495421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4713;QD=55.2044;RBI=0.0533137;REFB=-0.0822093;REVB=0.0196958;RO=11;SAF=97;SAR=71;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682365;STB=0.538957;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00281951;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:181:185:11:12:168:173:0.935135:71:97:0:11:71:102:0:12 chrX 130420006 . T C 2015.74 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0130268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.354;QD=60.6236;RBI=0.0148236;REFB=-0.0590365;REVB=0.00707385;RO=0;SAF=72;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95289e-08;STB=0.508332;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=5.90887e-06;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:133:0:2:131:131:0.984962:59:72:0:0:59:72:0:2 chrX 130420415 . T C 1017.88 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0277961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.778;QD=56.549;RBI=0.0355881;REFB=-0.0837729;REVB=0.0222237;RO=1;SAF=37;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126076;STB=0.500796;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00198285;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:33:37:1:0:33:37:1:1 chrX 131337755 . TTA T,TTT 2605.99 PASS AF=0.962366,0.0376344;AO=27,40;DP=190;FAO=179,7;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=103,1;FSAR=76,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.972931,0.115778;FXX=0.0106377;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=24.8729,11.0529;QD=56.0427;RBI=0.975268,0.124354;REFB=0,0;REVB=0.0674789,0.0453823;RO=112;SAF=0,0;SAR=27,40;SRF=106;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.451128,0;SSSB=-0.888527,-0.895333;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0132787,0.0542355;OID=.,.;OPOS=131337756,131337757;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.962366,0.0376344:27,40:190:179,7:186:0:103,1:76,6:0:0:9:112:0,0:27,40:106:6 chrX 132161673 . C T 1062.09 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3448;QD=59.836;RBI=0.0411819;REFB=0;REVB=-0.00318385;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369448;OID=.;OPOS=132161673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chrX 132437337 . G A 452.31 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.0137947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.692;QD=14.8299;RBI=0.0149661;REFB=-0.0061721;REVB=-0.00580427;RO=71;SAF=24;SAR=27;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168076;STB=0.594222;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0093899;OID=.;OPOS=132437337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:71:51:51:0.418033:27:24:45:26:27:24:45:26 chrX 132438872 . C A 340.66 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0163752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9721;QD=23.4939;RBI=0.0175326;REFB=-0.0376506;REVB=-0.00626468;RO=23;SAF=11;SAR=23;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123138;STB=0.578727;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0260964;OID=.;OPOS=132438872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:24:34:34:0.586207:23:11:11:12:23:11:12:12 chrX 133379551 . C T 2340.11 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394149;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.138;QD=63.6764;RBI=0.0138787;REFB=0;REVB=0.0133073;RO=0;SAF=63;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34052e-05;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:147:0:0:142:147:1:79:63:0:0:80:67:0:0 chrX 133380034 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC 420.33 PASS AF=0.415094,0.0471698;AO=25,10;DP=111;FAO=44,5;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=37,0;FSAR=7,5;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0768679,-0.0831265;FXX=0.0701693;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=86.1295,101.864;QD=15.8616;RBI=0.134918,0.104951;REFB=-0.163884,-0.126041;REVB=-0.11088,-0.0640679;RO=40;SAF=21,5;SAR=4,5;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.476036,0.0613001;STB=0.710148,0.99807;STBP=0.001,0.009;TYPE=del,mnp;VARB=0.185434,0.140248;OID=.,.;OPOS=133380035,133380063;OREF=GT,GT;OALT=-,AC;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094,0.0471698:25,10:111:44,5:106:57:37,0:7,5:32:25:99:40:21,5:4,5:18:22 chrX 133904207 . C G 844.58 PASS AF=0.488636;AO=86;DP=176;FAO=86;FDP=176;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0100525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.8;QD=19.1949;RBI=0.0198956;REFB=-0.00850814;REVB=0.0171692;RO=88;SAF=40;SAR=46;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112076;STB=0.506499;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0085684;OID=.;OPOS=133904207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:88:90:86:86:0.488636:46:40:42:46:46:40:43:47 chrX 134807790 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.752;QD=54.5175;RBI=0.0693881;REFB=0;REVB=0.0568507;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148786;OID=.;OPOS=134807790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chrX 134807815 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.099;QD=56.1916;RBI=0.0256785;REFB=0;REVB=0.00774957;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83003e-05;OID=.;OPOS=134807815;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chrX 134948034 . A G 1102.73 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213078;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.322;QD=60.4235;RBI=0.0235242;REFB=0;REVB=-0.00996817;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27931e-05;OID=.;OPOS=134948034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:72:73:1:28:44:0:0:28:45:0:0 chrX 135307049 . G A 723.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7721;QD=62.9335;RBI=0.0503295;REFB=0;REVB=-0.00304866;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000552909;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chrX 135310785 . T C 3094.2 PASS AF=1;AO=202;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.647;QD=60.6705;RBI=0.0243619;REFB=-0.051385;REVB=0.0201858;RO=2;SAF=118;SAR=84;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00161696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140416;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:204:204:2:0:202:204:1:84:118:1:1:85:119:0:0 chrX 135313034 . T G 1941.07 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00261526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.599;QD=60.1882;RBI=0.00643781;REFB=-0.108244;REVB=0.00588267;RO=1;SAF=67;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785408;STB=0.508195;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-3.37597e-05;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:1:2:127:127:0.984496:60:67:0:1:60:67:0:2 chrX 135474420 . C A 547.3 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0305309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.217;QD=17.3745;RBI=0.0330788;REFB=-0.0389392;REVB=0.0127306;RO=68;SAF=26;SAR=32;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00745082;STB=0.504144;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0152869;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:58:58:0.460317:32:26:31:37:32:26:31:37 chrX 135474444 . AGAT A 594.92 PASS AF=0.455882;AO=61;DP=137;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=-0.0141965;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=3;MLLD=239.301;QD=17.4975;RBI=0.0191433;REFB=-0.017086;REVB=-0.0128423;RO=71;SAF=29;SAR=32;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12068;STB=0.572496;STBP=0.159;TYPE=del;VARB=0.0208059;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455882:61:137:62:136:74:30:32:26:48:99:71:29:32:25:46 chrX 135480126 . T C 296.29 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0559533;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.4854;QD=15.5943;RBI=0.0561752;REFB=0.0203956;REVB=0.00498748;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075955;STB=0.536701;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0264472;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:43:33:33:0.434211:19:14:21:21:19:14:21:22 chrX 135496398 . G A 863.03 PASS AF=0.470588;AO=88;DP=189;FAO=88;FDP=187;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=-0.0271442;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.994;QD=18.4606;RBI=0.0630807;REFB=-0.00397542;REVB=-0.0569418;RO=96;SAF=31;SAR=57;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233339;STB=0.518109;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00355892;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:187:96:99:88:88:0.470588:57:31:36:60:57:31:38:61 chrX 135961585 . ATGT A,AT,ATT,ATTT 564.28 PASS AF=0.309524,0.452381,0.238095,0;AO=13,7,14,16;DP=52;FAO=13,19,10,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=6,16,9,0;FSAR=7,3,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180311,-0.0187248,-0.0192119,-0.0195261;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=216.889,218.02,217.269,215.142;QD=53.7406;RBI=0.269766,0.340347,0.792786,0.795954;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.269163,0.339832,0.792553,0.795715;RO=0;SAF=5,6,13,11;SAR=8,1,1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-3.60098e-08,0,0,5.36667e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0206292,-0.0100082,0.00411154,-0.00396882;OID=.,.,.,.;OPOS=135961586,135961586,135961587,135961587;OREF=TGT,TG,G,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=A,AT,ATT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.309524,0.452381,0.238095,0:13,7,14,16:52:13,19,10,0:42:0:6,16,9,0:7,3,1,0:0:0:14:0:5,6,13,11:8,1,1,5:0:0 chrX 136113464 . C A 1652.69 PASS AF=0.539792;AO=154;DP=287;FAO=156;FDP=289;FR=.;FRO=133;FSAF=83;FSAR=73;FSRF=42;FSRR=91;FWDB=0.0127461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.482;QD=22.8746;RBI=0.0147616;REFB=-0.00704704;REVB=0.00744594;RO=133;SAF=83;SAR=71;SRF=42;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188279;STB=0.598659;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00657937;OID=.;OPOS=136113464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:289:133:133:154:156:0.539792:71:83:42:91:73:83:42:91 chrX 138067202 . A G 2300.5 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0155501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0607;QD=59.3677;RBI=0.0219105;REFB=-0.0111196;REVB=-0.0154358;RO=1;SAF=82;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665294;STB=0.500466;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00123721;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:154:155:1:2:153:153:0.987097:71:82:0:1:71:82:1:1 chrX 138678744 . G A 939.09 PASS AF=0.5;AO=93;DP=186;FAO=93;FDP=186;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.0336476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.89;QD=20.1955;RBI=0.0352057;REFB=-0.0109251;REVB=-0.0103576;RO=93;SAF=43;SAR=50;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107257;STB=0.558936;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00906649;OID=.;OPOS=138678744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:93:93:93:93:0.5:50:43:54:39:50:43:54:39 chrX 138774209 . C T 4011.17 PASS AF=1;AO=248;DP=249;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.907;QD=64.1788;RBI=0.0263903;REFB=0;REVB=0.0251351;RO=0;SAF=155;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95508e-06;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:249:250:0:0:248:250:1:93:155:0:0:94:156:0:0 chrX 138811003 . G A 1935.8 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0749938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3504;QD=61.9456;RBI=0.084715;REFB=0;REVB=0.0394026;RO=0;SAF=49;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016835;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:125:0:0:122:125:1:73:49:0:0:76:49:0:0 chrX 138869368 . T C 976.11 PASS AF=0.582278;AO=91;DP=158;FAO=92;FDP=158;FR=.;FRO=66;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0167519;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.108;QD=24.7115;RBI=0.0645127;REFB=-0.0393788;REVB=0.0622998;RO=66;SAF=46;SAR=45;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276737;STB=0.51719;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0323111;OID=.;OPOS=138869368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:66:66:91:92:0.582278:45:46:31:35:45:47:31:35 chrX 138897130 . A C 2320.16 PASS AF=1;AO=128;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=83;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.396;QD=61.0569;RBI=0.109505;REFB=0;REVB=0.0384008;RO=0;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049715;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:128:152:1:68:60:0:0:69:83:0:0 chrX 138967742 . T G 652.08 PASS AF=0.446667;AO=67;DP=150;FAO=67;FDP=150;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.00293975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.706;QD=17.3888;RBI=0.00512527;REFB=-0.0109859;REVB=-0.00419837;RO=81;SAF=27;SAR=40;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295573;STB=0.517555;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0124498;OID=.;OPOS=138967742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:81:83:67:67:0.446667:40:27:35:46:40:27:36:47 chrX 139038443 . G A 1591.02 PASS AF=0.990741;AO=102;DP=103;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.039;QD=58.9267;RBI=0.0521828;REFB=-0.0874303;REVB=0.0457902;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.505375;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00145053;OID=.;OPOS=139038443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:108:0:1:102:107:0.990741:41:61:0:0:46:61:0:1 chrX 139099828 . T A 670.57 PASS AF=0.767123;AO=47;DP=71;FAO=56;FDP=73;FR=.;FRO=17;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0031131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.654;QD=36.7433;RBI=0.0178125;REFB=0.000280067;REVB=-0.0175384;RO=17;SAF=28;SAR=19;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120922;STB=0.565347;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.000154897;OID=.;OPOS=139099828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:17:17:47:56:0.767123:19:28:6:11:21:35:6:11 chrX 139099848 . T A 46.7 PASS AF=0.145161;AO=8;DP=59;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0753988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8129;QD=3.01279;RBI=0.0850308;REFB=-0.0151453;REVB=-0.0393098;RO=51;SAF=5;SAR=3;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140089;STB=0.523413;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0838447;OID=.;OPOS=139099848;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:59:62:51:53:8:9:0.145161:3:5:26:25:4:5:28:25 chrX 139866238 . G A 50.08 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0748578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0055;QD=6.67764;RBI=0.0777692;REFB=-0.0720335;REVB=-0.0210798;RO=22;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530191;STB=0.841658;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.237668;OID=.;OPOS=139866238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:30:30:22:22:8:8:0.266667:1:7:10:12:1:7:10:12 chrX 139866477 . T C 52.89 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0173679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.919;QD=7.05171;RBI=0.0173688;REFB=-0.0551533;REVB=0.000169657;RO=22;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496771;STB=0.822617;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0676944;OID=.;OPOS=139866477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:1:7:11:11:1:7:11:11 chrX 140008385 . G T 3932.75 PASS AF=1;AO=253;DP=256;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484995;FXX=0.00781219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.761;QD=61.933;RBI=0.0489548;REFB=0.00965013;REVB=0.00666104;RO=1;SAF=100;SAR=153;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80484e-05;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:256:254:1:0:253:254:1:153:100:1:0:153:101:0:0 chrX 140271268 . G C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0220014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4374;QD=11.091;RBI=0.108936;REFB=-0.00911673;REVB=0.106691;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158244;STB=0.599562;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0196276;OID=.;OPOS=140271268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:2:4:4:1:2:4 chrX 140714231 . A G 417.99 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0105942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.211;QD=19.9042;RBI=0.0181112;REFB=-0.0136903;REVB=0.0146894;RO=41;SAF=21;SAR=21;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108634;STB=0.511899;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0221316;OID=.;OPOS=140714231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:42:42:42:0.5:21:21:21:20:21:21:22:20 chrX 140714251 . A G 382.11 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00195783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9377;QD=20.1113;RBI=0.00333116;REFB=-0.00476495;REVB=0.00269509;RO=37;SAF=17;SAR=22;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00309378;STB=0.501715;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0203483;OID=.;OPOS=140714251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:22:17:16:21:22:17:16:21 chrX 140967121 . A T 915.47 PASS AF=0.475248;AO=96;DP=202;FAO=96;FDP=202;FR=.;FRO=106;FSAF=31;FSAR=65;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=0.0688127;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6974;QD=18.1282;RBI=0.0690064;REFB=-0.017867;REVB=0.00516713;RO=104;SAF=31;SAR=65;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194856;STB=0.608511;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.019435;OID=.;OPOS=140967121;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:104:106:96:96:0.475248:65:31:54:50:65:31:55:51 chrX 140967165 . T C 851.53 PASS AF=0.549669;AO=82;DP=151;FAO=83;FDP=151;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=60;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0251363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5201;QD=22.5572;RBI=0.0372582;REFB=0.00451436;REVB=-0.0275016;RO=67;SAF=22;SAR=60;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233515;STB=0.625852;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0030996;OID=.;OPOS=140967165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:67:68:82:83:0.549669:60:22:35:32:60:23:36:32 chrX 140967195 . T A 684.48 PASS AF=0.666667;AO=58;DP=87;FAO=58;FDP=87;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0147711;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.78;QD=31.4703;RBI=0.0147792;REFB=-0.0213957;REVB=-0.000492117;RO=29;SAF=11;SAR=47;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352024;STB=0.69212;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00699146;OID=.;OPOS=140967195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:29:29:58:58:0.666667:47:11:19:10:47:11:19:10 chrX 140983064 . G A 4827.25 PASS AF=1;AO=308;DP=315;FAO=312;FDP=312;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106949;FXX=0.0126578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6143;QD=61.8878;RBI=0.137825;REFB=-0.0425943;REVB=0.0869353;RO=3;SAF=139;SAR=169;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101813;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108411;OID=.;OPOS=140983064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:315:312:3:0:308:312:1:169:139:3:0:169:143:0:0 chrX 140983127 . G A 7015.53 PASS AF=1;AO=435;DP=442;FAO=450;FDP=450;FR=.;FRO=0;FSAF=187;FSAR=263;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204197;FXX=0.00662237;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.162;QD=62.3602;RBI=0.0216589;REFB=-0.0112368;REVB=0.00722112;RO=0;SAF=172;SAR=263;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11383e-06;OID=.;OPOS=140983127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:442:450:0:0:435:450:1:263:172:0:0:263:187:0:0 chrX 140993770 . C G 60.39 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.00250063;FXX=0.041658;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.965;QD=5.25172;RBI=0.00645807;REFB=-0.00892077;REVB=0.00595429;RO=35;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25628;STB=0.642591;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0618928;OID=.;OPOS=140993770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:45:46:35:37:9:9:0.195652:6:3:6:29:6:3:7:30 chrX 140993780 . CA CT,GT 104.61 PASS AF=0.25,0.0909091;AO=8,2;DP=45;FAO=11,4;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=4,1;FSAR=7,3;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.043686,-0.0223627;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=51.9471,71.7816;QD=9.50999;RBI=0.111548,0.10786;REFB=-0.0775366,-0.0527307;REVB=-0.102637,-0.105516;RO=20;SAF=3,0;SAR=5,2;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0944694,-0.438113;STB=0.631371,0.552942;STBP=0.372,0.913;TYPE=snp,mnp;VARB=0.113275,0.185888;OID=.,.;OPOS=140993781,140993780;OREF=A,CA;OALT=T,GT;OMAPALT=CT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:45:44:20:29:8,2:11,4:0.25,0.0909091:5,2:3,0:6:14:7,3:4,1:6:23 chrX 140993850 . A T 59.18 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0165031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.878;QD=4.93193;RBI=0.0442288;REFB=-0.00348499;REVB=-0.0410345;RO=35;SAF=7;SAR=2;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397115;STB=0.791223;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00622825;OID=.;OPOS=140993850;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:48:35:39:9:9:0.1875:2:7:16:19:2:7:16:23 chrX 140993856 . G A 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0028392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.88;QD=6.71703;RBI=0.0595201;REFB=-0.00990389;REVB=-0.0594523;RO=37;SAF=10;SAR=3;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272982;STB=0.711728;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0170533;OID=.;OPOS=140993856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:37:41:13:13:0.240741:3:10:21:16:3:10:21:20 chrX 140993860 . A C 104.12 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.000409501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.409;QD=7.43704;RBI=0.0680833;REFB=-0.018399;REVB=-0.068082;RO=41;SAF=10;SAR=5;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1043;STB=0.564015;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0270868;OID=.;OPOS=140993860;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:5:10:24:17:5:10:24:17 chrX 141290865 . C T 765.77 PASS AF=0.516779;AO=77;DP=152;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0243967;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0357;QD=20.5576;RBI=0.0248134;REFB=0.00185516;REVB=-0.00452824;RO=75;SAF=35;SAR=42;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025283;STB=0.525333;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0011641;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:149:75:72:77:77:0.516779:42:35:32:43:42:35:29:43 chrX 142285253 . C T 1050.33 PASS AF=0.627451;AO=94;DP=152;FAO=96;FDP=153;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00466554;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.61;QD=27.4597;RBI=0.014632;REFB=-0.0316479;REVB=0.0138683;RO=58;SAF=41;SAR=53;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454575;STB=0.537353;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0174467;OID=.;OPOS=142285253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:58:57:94:96:0.627451:53:41:29:29:55:41:30:27 chrX 142517782 . C T 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0178529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.293;QD=22.7217;RBI=0.0311238;REFB=0.00242896;REVB=0.0254944;RO=23;SAF=9;SAR=22;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279439;STB=0.515409;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.0016805;OID=.;OPOS=142517782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:22:9:6:17:22:9:6:17 chrX 142716114 . G A 882.85 PASS AF=0.481081;AO=89;DP=187;FAO=89;FDP=185;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.00166638;FXX=0.0106946;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.413;QD=19.0886;RBI=0.00181896;REFB=0.00154335;REVB=0.000729236;RO=96;SAF=37;SAR=52;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000906025;STB=0.5005;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.0016348;OID=.;OPOS=142716114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:96:96:89:89:0.481081:52:37:40:56:52:37:40:56 chrX 142795225 . G A 313.42 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0430969;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.526;QD=29.1557;RBI=0.0433968;REFB=-0.0599007;REVB=0.00509317;RO=14;SAF=6;SAR=21;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717188;STB=0.51907;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0298522;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:14:16:27:27:0.627907:21:6:3:11:21:6:3:13 chrX 142967468 . T G 334.26 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00676957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.8151;QD=16.7129;RBI=0.0173127;REFB=-0.0246168;REVB=-0.0159344;RO=43;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105621;STB=0.564971;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0313723;OID=.;OPOS=142967468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:36:36:0.45:19:17:25:18:19:17:26:18 chrX 142968016 . AT AG,A 49.61 PASS AF=0,0.571429;AO=2,9;DP=25;FAO=0,16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=0,10;FSAR=0,6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00517078,-0.0135409;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=25.2834,7.55516;QD=7.08698;RBI=0.0898853,0.0822788;REFB=-0.0403848,-0.115612;REVB=-0.0897364,0.0811569;RO=11;SAF=0,8;SAR=2,1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.552517,0.510886;STB=0.5,0.590794;STBP=1,0.28;TYPE=snp,del;VARB=0,0.118317;OID=.,.;OPOS=142968017,142968017;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=AG,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.571429:2,9:25:0,16:28:12:0,10:0,6:5:7:40:11:0,8:2,1:5:6 chrX 142968082 . A C 284.93 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0158956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.823;QD=12.9513;RBI=0.0196035;REFB=-0.00492701;REVB=0.0114728;RO=55;SAF=7;SAR=26;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328153;STB=0.690139;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00754392;OID=.;OPOS=142968082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:26:7:26:29:26:7:26:29 chrX 144904882 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.515;QD=55.6561;RBI=0.0338286;REFB=0;REVB=-0.0337275;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.47088e-05;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chrX 144905438 . C T 382.98 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.00915594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.298;QD=17.4083;RBI=0.0139524;REFB=-0.014408;REVB=0.010528;RO=48;SAF=17;SAR=23;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232128;STB=0.629546;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0109354;OID=.;OPOS=144905438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:23:17:32:16:23:17:32:16 chrX 144905744 . T C 207.52 PASS AF=0.346667;AO=27;DP=76;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0144948;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.271;QD=11.0675;RBI=0.0218646;REFB=0.00107367;REVB=0.0163695;RO=49;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444536;STB=0.557332;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00178379;OID=.;OPOS=144905744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:49:49:27:26:0.346667:17:10:20:29:17:9:21:28 chrX 144910142 . G A 932.39 PASS AF=0.464789;AO=98;DP=214;FAO=99;FDP=213;FR=.;FRO=114;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=40;FSRR=74;FWDB=-0.0139617;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.53;QD=17.5096;RBI=0.0147565;REFB=-0.0132704;REVB=-0.00477747;RO=115;SAF=36;SAR=62;SRF=42;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00223584;STB=0.513153;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.016234;OID=.;OPOS=144910142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:115:114:98:99:0.464789:62:36:42:73:62:37:40:74 chrX 144910936 . C T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.374;QD=60.8835;RBI=0.0252453;REFB=0;REVB=0.00134735;RO=0;SAF=18;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.89506e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27565e-05;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:59:18:0:0:59:18:0:0 chrX 147014960 . C T 4608.0 PASS AF=0.962264;AO=306;DP=318;FAO=306;FDP=318;FR=.;FRO=12;FSAF=152;FSAR=154;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.000721011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5741;QD=57.9623;RBI=0.0491338;REFB=-0.060393;REVB=-0.0491285;RO=12;SAF=152;SAR=154;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177392;STB=0.509312;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00179453;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:318:318:12:12:306:306:0.962264:154:152:3:9:154:152:3:9 chrX 147088249 . C T 811.37 PASS AF=0.491124;AO=82;DP=169;FAO=83;FDP=169;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.00125756;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.627;QD=19.2041;RBI=0.00788016;REFB=-0.000634892;REVB=-0.00777917;RO=85;SAF=33;SAR=49;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644504;STB=0.541321;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000636757;OID=.;OPOS=147088249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:85:86:82:83:0.491124:49:33:40:45:50:33:41:45 chrX 147903704 . C T 3001.56 PASS AF=0.994764;AO=190;DP=191;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0261044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4147;QD=62.8599;RBI=0.0313969;REFB=0.0351248;REVB=-0.0174449;RO=0;SAF=102;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71292e-08;STB=0.502439;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000247306;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:191:0:1:190:190:0.994764:88:102:0:0:88:102:1:0 chrX 147903927 . C T 1128.41 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0515066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.207;QD=57.867;RBI=0.0515489;REFB=-0.138032;REVB=0.002087;RO=2;SAF=30;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030501;STB=0.516125;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000924871;OID=.;OPOS=147903927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:78:2:2:76:76:0.974359:46:30:2:0:46:30:2:0 chrX 148622903 . G GT 297.74 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=68;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0103153;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.556;QD=18.0447;RBI=0.102063;REFB=-0.0303187;REVB=-0.101541;RO=61;SAF=7;SAR=0;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592591;STB=0.523245;STBP=0.594;TYPE=ins;VARB=0.0173096;OID=.;OPOS=148622904;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:7:68:42:66:24:27:15:14:10:99:61:7:0:35:26 chrX 148622904 . G T 336.27 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0181749;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.041;QD=19.7807;RBI=0.023578;REFB=-0.0268664;REVB=-0.0150198;RO=31;SAF=20;SAR=15;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122329;STB=0.547799;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0189083;OID=.;OPOS=148622904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:33:35:35:0.514706:15:20:22:9:15:20:22:11 chrX 148627383 . GA G,GC 37.22 PASS AF=0.857143,0;AO=3,2;DP=7;FAO=6,0;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5,0;FSAR=1,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0390042,-0.166874;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=40.6225,33.5361;QD=21.2693;RBI=0.0591996,0.172225;REFB=-0.0984947,-0.0593873;REVB=-0.0445339,-0.0425973;RO=1;SAF=3,2;SAR=0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.54531,0.5;STBP=0.659,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00495555,0;OID=.,.;OPOS=148627384,148627384;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143,0:3,2:7:6,0:7:1:5,0:1,0:1:0:5:1:3,2:0,0:1:0 chrX 148628490 . A T 673.86 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.438;QD=61.2604;RBI=0.111195;REFB=0;REVB=0.107694;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389737;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:21:21:0:0:22:22:0:0 chrX 149013727 . A G 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.018879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.785;QD=17.7522;RBI=0.0231685;REFB=-0.00283215;REVB=-0.0134299;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768025;STB=0.543272;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0044068;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:14:13:10:15:14:13 chrX 149680554 . C T 654.42 PASS AF=0.460526;AO=69;DP=149;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=0.0119064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9363;QD=17.2217;RBI=0.0639668;REFB=-0.0129045;REVB=0.0628489;RO=80;SAF=31;SAR=38;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857965;STB=0.550024;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0124983;OID=.;OPOS=149680554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:80:82:69:70:0.460526:38:31:29:51:38:32:30:52 chrX 149826503 . G A 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00734171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.246;QD=16.4204;RBI=0.00744575;REFB=-0.020606;REVB=0.00124038;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00688244;STB=0.503873;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0269504;OID=.;OPOS=149826503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:13:16:19:15:13:16:19:15 chrX 149931106 . C T 1647.31 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0199466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.228;QD=58.312;RBI=0.0266614;REFB=-0.0677786;REVB=0.0176908;RO=2;SAF=47;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263341;STB=0.501387;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00146121;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:2:2:111:111:0.982301:64:47:1:1:64:47:1:1 chrX 149933317 . TTA T,TTT 37.08 PASS AF=0.103704,0;AO=23,6;DP=146;FAO=14,0;FDP=135;FR=.;FRO=121;FSAF=4,0;FSAR=10,0;FSRF=44;FSRR=77;FWDB=-0.139022,0.0371248;FXX=0.0492923;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.26,23.3296;QD=1.0986;RBI=0.245953,0.0417708;REFB=-0.0487781,0.00276187;REVB=-0.202893,-0.0191456;RO=102;SAF=4,3;SAR=19,3;SRF=46;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.396393,0.047594;STB=0.579591,0.5;STBP=0.552,1;TYPE=del,snp;VARB=0.127277,0;OID=.,.;OPOS=149933318,149933319;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.103704,0:23,6:146:14,0:135:121:4,0:10,0:44:77:37:102:4,3:19,3:46:56 chrX 149933341 . T C 727.1 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0117592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.824;QD=19.1342;RBI=0.0120723;REFB=-0.0284145;REVB=-0.00273165;RO=77;SAF=30;SAR=45;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350922;STB=0.519332;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0298447;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:77:77:75:75:0.493421:45:30:28:49:45:30:28:49 chrX 150349569 . A C 35.1 PASS AF=0.25;AO=3;DP=15;FAO=4;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0038771;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.181;QD=8.77611;RBI=0.0095525;REFB=-0.0268773;REVB=0.00873031;RO=10;SAF=1;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766313;STB=0.624331;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.110316;OID=.;OPOS=150349569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:15:16:10:10:3:4:0.25:2:1:4:6:3:1:4:6 chrX 150349649 . A G 386.11 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0387592;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.025;QD=20.0575;RBI=0.0588909;REFB=-0.0405541;REVB=-0.0443381;RO=32;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823989;STB=0.544887;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0372425;OID=.;OPOS=150349649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:32:38:39:39:0.506494:21:18:18:14:21:18:21:17 chrX 150840185 . T C 773.95 PASS AF=0.490798;AO=80;DP=161;FAO=80;FDP=163;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0118953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.134;QD=18.9928;RBI=0.0135807;REFB=-0.0230449;REVB=0.00655255;RO=78;SAF=35;SAR=45;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102279;STB=0.553407;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0253907;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:78:83:80:80:0.490798:45:35:43:35:45:35:45:38 chrX 150840684 . GAAGGAGCAGCAGCGGCAGCTGCG GAA,GAGGAGCAGCAGCGGCAGCTGCG 77.76 PASS AF=0.3,0.075;AO=12,5;DP=43;FAO=12,3;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4,0;FSAR=8,3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0251615,-0.0499649;FXX=0.0697512;HRUN=2,2;LEN=21,1;MLLD=358.562,21.2398;QD=7.77586;RBI=0.0403024,0.100458;REFB=-0.0183094,-0.0897728;REVB=0.031483,-0.0871516;RO=21;SAF=4,0;SAR=8,5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.302979,-0.718978;STB=0.654286,0.996682;STBP=0.187,0.068;TYPE=del,del;VARB=0.0344096,0.0572324;OID=.,.;OPOS=150840687,150840685;OREF=GGAGCAGCAGCGGCAGCTGCG,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAA,GAGGAGCAGCAGCGGCAGCTGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3,0.075:12,5:43:12,3:40:25:4,0:8,3:14:11:67:21:4,0:8,5:13:8 chrX 150840916 . C T 497.97 PASS AF=0.50495;AO=49;DP=99;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00648766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.25;QD=19.7215;RBI=0.0301895;REFB=-0.0247571;REVB=0.0294841;RO=50;SAF=17;SAR=32;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523317;STB=0.536217;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0218831;OID=.;OPOS=150840916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:50:50:49:51:0.50495:32:17:20:30:34:17:20:30 chrX 150867321 . C T 424.88 PASS AF=0.367647;AO=50;DP=136;FAO=50;FDP=136;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.00743371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.467;QD=12.4964;RBI=0.0121647;REFB=-0.031554;REVB=-0.00962906;RO=86;SAF=21;SAR=29;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378426;STB=0.521574;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0564967;OID=.;OPOS=150867321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:86:86:50:50:0.367647:29:21:39:47:29:21:39:47 chrX 150869267 . A C,G 2430.04 PASS AF=0.0679012,0.932099;AO=10,151;DP=161;FAO=11,151;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=0,92;FSAR=11,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717067,0.00955111;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.6809,121.325;QD=60.001;RBI=0.0848927,0.0329659;REFB=0,0;REVB=-0.0454413,0.0315519;RO=0;SAF=0,92;SAR=10,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.143289,0.00149521;OID=.,.;OPOS=150869267,150869267;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:161:162:0:0:10,151:11,151:0.0679012,0.932099:10,59:0,92:0:0:11,59:0,92:0:0 chrX 150912353 . G A 214.74 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00476847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.516;QD=21.4742;RBI=0.0755585;REFB=-0.014565;REVB=0.0754078;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127072;STB=0.571361;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0296216;OID=.;OPOS=150912353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:11:8:12:9:11:8 chrX 151092220 . A G 667.97 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.022321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3186;QD=19.5028;RBI=0.0559858;REFB=-0.0109208;REVB=-0.0513437;RO=70;SAF=40;SAR=27;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913087;STB=0.550484;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00720263;OID=.;OPOS=151092220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:70:67:67:0.489051:27:40:35:35:27:40:35:35 chrX 151092653 . G A 537.58 PASS AF=0.525773;AO=50;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0105431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.036;QD=22.1683;RBI=0.0108315;REFB=-0.0163998;REVB=-0.00248301;RO=46;SAF=25;SAR=25;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188802;STB=0.505661;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0106752;OID=.;OPOS=151092653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:50:51:0.525773:25:25:22:24:26:25:22:24 chrX 151123180 . T C 617.41 PASS AF=0.453901;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.00987246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.79;QD=17.5152;RBI=0.0247387;REFB=-0.0127208;REVB=-0.0226834;RO=77;SAF=37;SAR=27;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121651;STB=0.567691;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0199171;OID=.;OPOS=151123180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:77:64:64:0.453901:27:37:35:42:27:37:35:42 chrX 151125971 . A G 2885.33 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126331;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.374;QD=63.0673;RBI=0.0334678;REFB=0;REVB=0.0309919;RO=0;SAF=67;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17225e-05;OID=.;OPOS=151125971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:183:0:0:183:183:1:116:67:0:0:116:67:0:0 chrX 151129822 . G A 794.03 PASS AF=0.461111;AO=83;DP=180;FAO=83;FDP=180;FR=.;FRO=97;FSAF=22;FSAR=61;FSRF=24;FSRR=73;FWDB=-0.0287903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.824;QD=17.6452;RBI=0.0305247;REFB=-0.00900985;REVB=-0.010143;RO=97;SAF=22;SAR=61;SRF=24;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222906;STB=0.512336;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00947199;OID=.;OPOS=151129822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:97:97:83:83:0.461111:61:22:24:73:61:22:24:73 chrX 151138179 . A C 1043.19 PASS AF=0.52356;AO=100;DP=191;FAO=100;FDP=191;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.00580491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9168;QD=21.847;RBI=0.0116021;REFB=0.00535549;REVB=0.0100455;RO=91;SAF=38;SAR=62;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140736;STB=0.57713;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00457555;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:91:91:100:100:0.52356:62:38:49:42:62:38:49:42 chrX 151303393 . C T 1062.33 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.652;QD=59.8493;RBI=0.0253589;REFB=0;REVB=0.0110207;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52413e-05;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chrX 151303596 . C T 756.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.573;QD=63.0179;RBI=0.0211452;REFB=0;REVB=0.00352146;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78649e-05;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:27:17:0:0:30:18:0:0 chrX 151899913 . T C 2188.6 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.005;QD=62.9814;RBI=0.0210852;REFB=0;REVB=0.0210389;RO=0;SAF=74;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186702;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:139:0:0:134:139:1:60:74:0:0:65:74:0:0 chrX 151904488 . C A 2118.61 PASS AF=0.945946;AO=140;DP=148;FAO=140;FDP=148;FR=.;FRO=8;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0014757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.977;QD=57.2598;RBI=0.0056052;REFB=0.00155162;REVB=-0.00540745;RO=8;SAF=75;SAR=65;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368135;STB=0.50194;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-9.22889e-05;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:148:148:8:8:140:140:0.945946:65:75:4:4:65:75:4:4 chrX 151935540 . G A 458.98 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.00971587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.137;QD=18.359;RBI=0.0181462;REFB=0.00192695;REVB=-0.015326;RO=54;SAF=16;SAR=30;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076883;STB=0.542755;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00163823;OID=.;OPOS=151935540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:30:16:15:39:30:16:15:39 chrX 151935732 . A G 597.18 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00499612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.826;QD=21.328;RBI=0.0150065;REFB=-0.0150282;REVB=-0.0141504;RO=52;SAF=32;SAR=28;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109139;STB=0.559885;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0234495;OID=.;OPOS=151935732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:60:60:0.535714:28:32:21:31:28:32:21:31 chrX 152083006 . G C 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7803;QD=58.961;RBI=0.0274708;REFB=0;REVB=0.0266718;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209355;OID=.;OPOS=152083006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chrX 152083012 . G A 1062.32 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2815;QD=59.8493;RBI=0.0644859;REFB=0;REVB=0.0383792;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816737;OID=.;OPOS=152083012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chrX 152083059 . G A 1135.11 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0797773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4707;QD=60.5391;RBI=0.156667;REFB=0;REVB=0.134833;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116043;OID=.;OPOS=152083059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:72:75:1:27:45:0:0:30:45:0:0 chrX 152083089 . T G 1012.19 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00395076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.4;QD=57.8392;RBI=0.0148455;REFB=-0.0779947;REVB=0.0143102;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141097;STB=0.507461;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000140078;OID=.;OPOS=152083089;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:36:33:1:0:36:33:1:0 chrX 152226542 . T C 1589.08 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.946;QD=59.9653;RBI=0.0274706;REFB=0;REVB=0.0149128;RO=0;SAF=74;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115336;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:32:74:0:0:32:74:0:0 chrX 152227338 . C T 705.49 PASS AF=0.449704;AO=76;DP=169;FAO=76;FDP=169;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.0325509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.7;QD=16.6981;RBI=0.0325791;REFB=-0.00380966;REVB=0.00135538;RO=92;SAF=28;SAR=48;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144223;STB=0.577643;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00534407;OID=.;OPOS=152227338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:92:93:76:76:0.449704:48:28:47:45:48:28:47:46 chrX 152228332 . A G 1392.72 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4783;QD=61.8987;RBI=0.0121707;REFB=0;REVB=0.0116922;RO=1;SAF=33;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141437;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217167;OID=.;OPOS=152228332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:89:90:1:56:33:1:0:56:34:0:0 chrX 152228523 . T C 445.0 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.5161;QD=57.419;RBI=0.151791;REFB=0;REVB=0.15058;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00378873;OID=.;OPOS=152228523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:26:31:1:20:6:0:0:23:8:0:0 chrX 152228652 . G A 312.33 PASS AF=0.515625;AO=31;DP=62;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0459045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.208;QD=19.5208;RBI=0.0584067;REFB=-0.0236812;REVB=0.0361126;RO=31;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120936;STB=0.560793;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0231388;OID=.;OPOS=152228652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:31:31:31:33:0.515625:11:20:16:15:12:21:16:15 chrX 152228776 . C T 746.26 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297117;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.766;QD=63.5117;RBI=0.0321033;REFB=0;REVB=0.0121588;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24524e-05;OID=.;OPOS=152228776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:26:19:0:0:26:21:0:0 chrX 152228778 . T G 533.09 PASS AF=0.883721;AO=41;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0121577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.15;QD=49.5895;RBI=0.03797;REFB=-0.0202156;REVB=-0.0359709;RO=2;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0010638;STB=0.541083;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0185019;OID=.;OPOS=152228778;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:43:2:5:41:38:0.883721:21:20:1:1:21:17:4:1 chrX 152609668 . T C 778.91 PASS AF=0.42;AO=74;DP=200;FAO=84;FDP=200;FR=.,HEALED;FRO=116;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=60;FSRR=56;FWDB=0.0266011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7904;QD=15.5783;RBI=0.0320564;REFB=-0.0489849;REVB=0.0178884;RO=82;SAF=37;SAR=37;SRF=59;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209567;STB=0.537682;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0417182;OID=.;OPOS=152609668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:82:116:74:84:0.42:37:37:59:23:46:38:60:56 chrX 152610224 . CGTGACCTCT C 266.63 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00612033;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=9;MLLD=361.804;QD=15.4565;RBI=0.00773859;REFB=-0.0133703;REVB=-0.00473576;RO=38;SAF=10;SAR=20;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00972198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0158595;OID=.;OPOS=152610225;OREF=GTGACCTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:30:71:30:69:39:10:20:13:26:99:38:10:20:13:25 chrX 152613112 . C T 449.57 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0717598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.987;QD=18.9294;RBI=0.0722662;REFB=-0.0157823;REVB=-0.00854005;RO=49;SAF=14;SAR=31;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141143;STB=0.574631;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0197538;OID=.;OPOS=152613112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:50:45:45:0.473684:31:14:22:27:31:14:22:28 chrX 152613702 . A G 1157.79 PASS AF=0.483333;AO=116;DP=241;FAO=116;FDP=240;FR=.;FRO=124;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=73;FSRR=51;FWDB=0.00336651;FXX=0.00414921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.828;QD=19.2966;RBI=0.0117864;REFB=-0.013432;REVB=-0.0112954;RO=122;SAF=52;SAR=64;SRF=71;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124184;STB=0.572234;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0147645;OID=.;OPOS=152613702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:122:124:116:116:0.483333:64:52:71:51:64:52:73:51 chrX 152613826 . G A 605.66 PASS AF=0.38674;AO=68;DP=182;FAO=70;FDP=181;FR=.;FRO=111;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=0.00124789;FXX=0.0163035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.445;QD=13.3848;RBI=0.0162562;REFB=-0.00547284;REVB=-0.0162082;RO=113;SAF=31;SAR=37;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149133;STB=0.515302;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00838262;OID=.;OPOS=152613826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:113:111:68:70:0.38674:37:31:50:63:38:32:48:63 chrX 152616741 . A T 283.11 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0136378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7973;QD=17.422;RBI=0.0137878;REFB=-0.0136608;REVB=0.00202819;RO=34;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139417;STB=0.584927;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0113592;OID=.;OPOS=152616741;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:34:30:31:0.476923:15:15:12:22:15:16:12:22 chrX 152616952 . A G 520.39 PASS AF=0.448;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.00659701;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.984;QD=16.6524;RBI=0.00672003;REFB=-0.0124746;REVB=0.00127998;RO=69;SAF=28;SAR=28;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932942;STB=0.551982;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0140496;OID=.;OPOS=152616952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:69:69:56:56:0.448:28:28:28:41:28:28:28:41 chrX 152616983 . G C 409.17 PASS AF=0.415929;AO=46;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0356948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.951;QD=14.4838;RBI=0.0390263;REFB=-0.00711119;REVB=-0.0157774;RO=66;SAF=24;SAR=22;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148861;STB=0.576761;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0114306;OID=.;OPOS=152616983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:66:46:47:0.415929:22:24:25:41:23:24:25:41 chrX 152770230 . G A 4580.07 PASS AF=0.986441;AO=290;DP=294;FAO=291;FDP=295;FR=.;FRO=4;FSAF=157;FSAR=134;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0221671;FXX=0.00337826;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.345;QD=62.1026;RBI=0.029909;REFB=-0.168041;REVB=0.0200791;RO=2;SAF=157;SAR=133;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000544301;STB=0.502873;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.000262921;OID=.;OPOS=152770230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:294:295:2:4:290:291:0.986441:133:157:1:1:134:157:3:1 chrX 152815089 . A G 1183.39 PASS AF=1;AO=48;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.048;QD=61.475;RBI=0.113169;REFB=0;REVB=0.0061218;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458907;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:48:77:1:30:18:0:0:30:47:0:0 chrX 152823728 . G C 1805.55 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8493;QD=61.2049;RBI=0.0530753;REFB=0;REVB=0.0397241;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385565;OID=.;OPOS=152823728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:118:0:0:115:118:1:52:63:0:0:55:63:0:0 chrX 152846544 . TT TG,TGT 184.66 PASS AF=0.764706,0.235294;AO=5,2;DP=20;FAO=13,4;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908714,0.00808355;FXX=0.149925;HRUN=15,0;LEN=1,1;MLLD=177.848,176.23;QD=43.45;RBI=0.0396692,0.018002;REFB=0,0;REVB=-0.0386144,-0.0160851;RO=0;SAF=2,1;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00523376,0.00697504;OID=.,.;OPOS=152846545,152846545;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.764706,0.235294:5,2:20:13,4:17:0:2,2:11,2:0:0:11:0:2,1:3,1:0:0 chrX 152958290 . C T 470.15 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0604235;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.186;QD=22.934;RBI=0.0607354;REFB=-0.0117026;REVB=0.00614744;RO=36;SAF=27;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954907;STB=0.550848;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.012476;OID=.;OPOS=152958290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:37:44:45:0.54878:17:27:18:18:17:28:19:18 chrX 152994687 . G GC 32.53 PASS AF=0.0921659;AO=42;DP=219;FAO=20;FDP=217;FR=.;FRO=197;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=97;FSRR=100;FWDB=-0.0422646;FXX=0.009132;HRUN=0;LEN=1;MLLD=54.944;QD=0.59955;RBI=0.0809073;REFB=-0.00782611;REVB=-0.0689905;RO=175;SAF=6;SAR=36;SRF=93;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526719;STB=0.882644;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.130382;OID=.;OPOS=152994688;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0921659:42:219:20:217:197:2:18:97:100:32:175:6:36:93:82 chrX 153010066 . C T 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0104271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.971;QD=22.0648;RBI=0.0224622;REFB=-0.000624246;REVB=0.0198953;RO=32;SAF=21;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315184;STB=0.517382;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000425402;OID=.;OPOS=153010066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:18:21:16:16:18:21:16:16 chrX 153010083 . G A 324.48 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0241564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8688;QD=19.6651;RBI=0.0267722;REFB=-0.0188739;REVB=0.0115419;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800367;STB=0.544458;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0225955;OID=.;OPOS=153010083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:18:16:18:14:18:16:18:14 chrX 153039502 . G C 371.55 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.184636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.5496;QD=18.3483;RBI=0.184774;REFB=-0.0266536;REVB=0.00712714;RO=34;SAF=18;SAR=21;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14412;STB=0.529735;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0356065;OID=.;OPOS=153039502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:81:34:42:39:39:0.481481:21:18:10:24:21:18:17:25 chrX 153041544 . T C 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0331195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.234;QD=13.0228;RBI=0.0396836;REFB=-0.0251488;REVB=-0.0218605;RO=44;SAF=9;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12739;STB=0.573222;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0530284;OID=.;OPOS=153041544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:19:9:19:25:19:9:19:25 chrX 153045812 . C T 723.34 PASS AF=0.487179;AO=74;DP=154;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.00719669;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.889;QD=18.5472;RBI=0.0072641;REFB=-0.030695;REVB=0.000987324;RO=78;SAF=42;SAR=32;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051403;STB=0.534556;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0251176;OID=.;OPOS=153045812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:78:80:74:76:0.487179:32:42:40:38:32:44:41:39 chrX 153048648 . TCCCCCCCCA TCCCCCCCA,TCCCCCCCC,TCCCCCCCCC 275.25 PASS AF=0.0285714,0.442857,0;AO=8,16,8;DP=72;FAO=2,31,0;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=0,0,0;FSAR=2,31,0;FSRF=0;FSRR=37;FWDB=0,0,0;FXX=0.0140825;HRUN=8,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=5.51974,297.231,296.406;QD=15.7283;RBI=0.0398884,0.00305439,0.00316805;REFB=-0.082239,-0.005202,-0.00426376;REVB=0.0398884,-0.00305439,-0.00316805;RO=27;SAF=0,0,0;SAR=8,16,8;SRF=0;SRR=27;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.157252,-0.00156917,-0.00868435;OID=.,.,.;OPOS=153048649,153048657,153048657;OREF=C,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=TCCCCCCCA,TCCCCCCCC,TCCCCCCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0285714,0.442857,0:8,16,8:72:2,31,0:70:37:0,0,0:2,31,0:0:37:99:27:0,0,0:8,16,8:0:27 chrX 153049534 . CA C,CG 1067.98 PASS AF=0.605263,0.394737;AO=15,57;DP=74;FAO=46,30;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28,18;FSAR=18,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594431,-0.0711073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.816,94.9594;QD=56.2092;RBI=0.0646744,0.0711378;REFB=0,0;REVB=0.0254813,-0.00208226;RO=0;SAF=14,29;SAR=1,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00179603,0.033732;OID=.,.;OPOS=153049535,153049535;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.605263,0.394737:15,57:74:46,30:76:0:28,18:18,12:0:0:99:0:14,29:1,28:0:0 chrX 153050984 . G A 941.2 PASS AF=0.42449;AO=104;DP=253;FAO=104;FDP=245;FR=.;FRO=141;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=75;FSRR=66;FWDB=0.00448346;FXX=0.0316193;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7422;QD=15.3665;RBI=0.0261379;REFB=-0.0259911;REVB=-0.0257505;RO=136;SAF=50;SAR=54;SRF=70;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345634;STB=0.529406;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0259016;OID=.;OPOS=153050984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:245:136:141:104:104:0.42449:54:50:70:66:54:50:75:66 chrX 153051626 . A AG 56.35 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0177388;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=113.111;QD=11.269;RBI=0.0506268;REFB=-0.010409;REVB=0.0474174;RO=10;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.685709;STB=0.899199;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.195582;OID=.;OPOS=153051627;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:20:10:20:10:1:9:9:1:56:10:1:9:9:1 chrX 153051907 . G A 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0133408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.682;QD=21.8715;RBI=0.014942;REFB=-0.0122212;REVB=-0.00672941;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466917;STB=0.525928;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00895178;OID=.;OPOS=153051907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:13:15:11:12:13:15:11:12 chrX 153056311 . C CAG 885.68 PASS AF=0.601504;AO=78;DP=138;FAO=80;FDP=133;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0387954;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.427;QD=26.637;RBI=0.0423156;REFB=-0.0149397;REVB=0.0168974;RO=59;SAF=36;SAR=42;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00310915;STB=0.511226;STBP=0.745;TYPE=ins;VARB=0.0110953;OID=.;OPOS=153056312;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.601504:78:138:80:133:53:37:43:26:27:99:59:36:42:27:32 chrX 153059982 . CT GC 581.67 PASS AF=0.376033;AO=81;DP=242;FAO=91;FDP=242;FR=.;FRO=151;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=73;FSRR=78;FWDB=0.00517906;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.869;QD=9.6144;RBI=0.0466221;REFB=-0.0540265;REVB=0.0463336;RO=151;SAF=50;SAR=31;SRF=73;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154776;STB=0.590872;STBP=0.029;TYPE=mnp;VARB=0.0749953;OID=.;OPOS=153059982;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:151:151:81:91:0.376033:31:50:73:78:34:57:73:78 chrX 153067740 . C G 206.86 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0372105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.486;QD=17.2385;RBI=0.037646;REFB=-0.0111385;REVB=0.00571022;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246397;STB=0.646929;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0122829;OID=.;OPOS=153067740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:10:11:7:19:10:11:7:20 chrX 153070999 . G A 1201.29 PASS AF=0.440972;AO=127;DP=289;FAO=127;FDP=288;FR=.;FRO=161;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=56;FSRR=105;FWDB=0.022889;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.686;QD=16.6845;RBI=0.024479;REFB=0.00750529;REVB=0.00867849;RO=160;SAF=51;SAR=76;SRF=55;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613866;STB=0.531643;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00957298;OID=.;OPOS=153070999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:288:160:161:127:127:0.440972:76:51:55:105:76:51:56:105 chrX 153073319 . G A 1478.82 PASS AF=0.488294;AO=146;DP=298;FAO=146;FDP=299;FR=.;FRO=153;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=72;FSRR=81;FWDB=-0.0359151;FXX=0.00333322;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.531;QD=19.7835;RBI=0.0359343;REFB=-0.0150592;REVB=0.00117485;RO=152;SAF=66;SAR=80;SRF=71;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140852;STB=0.509553;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0165684;OID=.;OPOS=153073319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:299:152:153:146:146:0.488294:80:66:71:81:80:66:72:81 chrX 153149708 . G GC 1499.69 PASS AF=1;AO=103;DP=132;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216467;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=235.96;QD=47.99;RBI=0.027411;REFB=0;REVB=0.0168161;RO=13;SAF=55;SAR=48;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.82661e-06;OID=.;OPOS=153149709;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:103:132:125:125:0:64:61:0:0:27:13:55:48:5:8 chrX 153149715 . C G 1749.37 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.865;QD=60.8477;RBI=0.0328099;REFB=0;REVB=-0.0325003;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.87344e-05;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:51:64:0:0:51:64:0:0 chrX 153171993 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0644262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.842;QD=10.3791;RBI=0.0764414;REFB=0.00152388;REVB=-0.0411406;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250529;STB=0.515118;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00480752;OID=.;OPOS=153171993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:5:11:6:3:5:11 chrX 153176254 . A G 447.77 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=126;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=63;FWDB=-0.0230245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.085;QD=14.2148;RBI=0.0262764;REFB=-0.0222673;REVB=0.0126617;RO=75;SAF=18;SAR=33;SRF=12;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244609;STB=0.635716;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0288005;OID=.;OPOS=153176254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:75:51:51:0.404762:33:18:12:63:33:18:12:63 chrX 153178459 . G GC 1186.52 PASS AF=1;AO=102;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.8432;QD=42.7576;RBI=0.170125;REFB=0;REVB=0.166074;RO=7;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00269626;OID=.;OPOS=153178460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:102:110:111:111:0:59:52:0:0:21:7:57:45:0:7 chrX 153200828 . T A 326.78 PASS AF=0.75;AO=26;DP=35;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.022285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.947;QD=36.3087;RBI=0.0242331;REFB=-0.0689325;REVB=-0.00951962;RO=9;SAF=21;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223201;STB=0.515039;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0120033;OID=.;OPOS=153200828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:36:9:9:26:27:0.75:5:21:7:2:5:22:7:2 chrX 153218365 . C A 546.03 PASS AF=0.554348;AO=50;DP=91;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0491209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9407;QD=23.7404;RBI=0.0606167;REFB=-0.0102615;REVB=0.035518;RO=41;SAF=20;SAR=30;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00834986;STB=0.500894;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00847103;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:41:41:50:51:0.554348:30:20:16:25:31:20:16:25 chrX 153219665 . C T 232.14 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00440974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5534;QD=17.8571;RBI=0.0124452;REFB=-0.0177692;REVB=-0.0116377;RO=25;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152979;STB=0.590008;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00997815;OID=.;OPOS=153219665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:27:25:25:0.480769:17:8:12:13:17:8:13:14 chrX 153221657 . T C 210.49 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0118425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.844;QD=26.3117;RBI=0.0840865;REFB=-0.0211592;REVB=-0.0832484;RO=12;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259414;STB=0.644587;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0182918;OID=.;OPOS=153221657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:6:14:4:8:6:14:4:8 chrX 153222835 . G C 330.48 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.00627466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.212;QD=15.7369;RBI=0.0102907;REFB=-0.0339953;REVB=-0.00815641;RO=47;SAF=13;SAR=23;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120209;STB=0.571498;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0539368;OID=.;OPOS=153222835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:48:36:36:0.428571:23:13:12:35:23:13:12:36 chrX 153247722 . C T 216.02 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0519666;FXX=0.086192;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6369;QD=16.3033;RBI=0.0539318;REFB=-0.0357073;REVB=0.0144261;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589451;STB=0.575692;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0952282;OID=.;OPOS=153247722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:53:26:29:24:24:0.45283:17:7:9:17:17:7:12:17 chrX 153247745 . A G 331.47 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00373614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.073;QD=21.736;RBI=0.0215207;REFB=-0.0231213;REVB=-0.0211939;RO=27;SAF=12;SAR=21;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590345;STB=0.508398;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0195389;OID=.;OPOS=153247745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:33:34:0.557377:21:12:10:17:22:12:10:17 chrX 153247954 . C T 679.22 PASS AF=0.485714;AO=68;DP=140;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.0852132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.79;QD=19.4064;RBI=0.0853158;REFB=-0.0278775;REVB=0.00418223;RO=72;SAF=30;SAR=38;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169811;STB=0.593723;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0219975;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:72:72:68:68:0.485714:38:30:45:27:38:30:45:27 chrX 153248248 . G A 2086.11 PASS AF=0.457983;AO=218;DP=476;FAO=218;FDP=476;FR=.;FRO=258;FSAF=125;FSAR=93;FSRF=139;FSRR=119;FWDB=-0.0141638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.582;QD=17.5304;RBI=0.014164;REFB=-0.0230282;REVB=-6.91083e-05;RO=257;SAF=125;SAR=93;SRF=138;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363032;STB=0.519077;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0247662;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:476:476:257:258:218:218:0.457983:93:125:138:119:93:125:139:119 chrX 153283753 . C T 849.09 PASS AF=0.49711;AO=86;DP=173;FAO=86;FDP=173;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=58;FSRR=29;FWDB=0.0112138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.564;QD=19.6321;RBI=0.0140318;REFB=-0.0159889;REVB=-0.0084347;RO=86;SAF=36;SAR=50;SRF=58;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229493;STB=0.622984;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0168526;OID=.;OPOS=153283753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:86:87:86:86:0.49711:50:36:58:28:50:36:58:29 chrX 153284192 . A G 1088.79 PASS AF=0.457143;AO=112;DP=245;FAO=112;FDP=245;FR=.;FRO=133;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=66;FSRR=67;FWDB=-0.00476658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.115;QD=17.7762;RBI=0.00503674;REFB=-0.0112628;REVB=-0.00162742;RO=130;SAF=61;SAR=51;SRF=66;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036062;STB=0.526357;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0133687;OID=.;OPOS=153284192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:130:133:112:112:0.457143:51:61:66:64:51:61:66:67 chrX 153284483 . G A 415.99 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0691105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9625;QD=22.186;RBI=0.114563;REFB=-0.00504548;REVB=0.0913691;RO=33;SAF=8;SAR=33;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319541;STB=0.686299;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00589019;OID=.;OPOS=153284483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:34:41:41:0.546667:33:8:17:16:33:8:18:16 chrX 153292180 . T C 453.82 PASS AF=0.529412;AO=44;DP=84;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0155942;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.41;QD=21.3561;RBI=0.0261093;REFB=-0.0103836;REVB=0.0209408;RO=40;SAF=26;SAR=18;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164517;STB=0.594298;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00821623;OID=.;OPOS=153292180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:40:40:44:45:0.529412:18:26:16:24:18:27:16:24 chrX 153418514 . G A 1185.54 PASS AF=0.920455;AO=81;DP=92;FAO=81;FDP=88;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0263933;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.598;QD=53.8882;RBI=0.0321568;REFB=-0.0814411;REVB=0.0183699;RO=5;SAF=31;SAR=50;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704719;STB=0.550712;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000997103;OID=.;OPOS=153418514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:92:88:5:7:81:81:0.920455:50:31:5:0:50:31:7:0 chrX 153418516 . G T 1256.97 PASS AF=0.965909;AO=81;DP=84;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0526634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0178;QD=57.1348;RBI=0.0728762;REFB=-0.0491093;REVB=-0.0503737;RO=3;SAF=30;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045021;STB=0.521122;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00420889;OID=.;OPOS=153418516;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:88:3:3:81:85:0.965909:51:30:3:0:51:34:3:0 chrX 153629155 . A G 1098.65 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.666;QD=60.1998;RBI=0.0236069;REFB=0;REVB=-0.0178971;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30573e-06;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chrX 153633359 . G C 1881.94 PASS AF=0.948148;AO=127;DP=135;FAO=128;FDP=135;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.038365;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.207;QD=55.7612;RBI=0.0447359;REFB=-0.127328;REVB=0.0230094;RO=6;SAF=52;SAR=75;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0080013;STB=0.508383;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00163952;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:135:135:6:7:127:128:0.948148:75:52:3:3:75:53:4:3 chrX 153649813 . G C 3547.44 PASS AF=0.995633;AO=179;DP=234;FAO=228;FDP=229;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.294819;FXX=0.0171666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.02;QD=61.9639;RBI=0.294858;REFB=0;REVB=0.00484093;RO=0;SAF=28;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146974;OID=.;OPOS=153649813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:234:229:0:0:179:228:0.995633:151:28:0:0:164:64:0:0 chrX 153657083 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.463;QD=45.8068;RBI=0.0550044;REFB=0;REVB=0.00587074;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000984564;OID=.;OPOS=153657083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chrX 153693811 . C T 765.59 PASS AF=0.49375;AO=75;DP=158;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.012176;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.548;QD=19.1398;RBI=0.0122108;REFB=-0.0128098;REVB=0.000920872;RO=82;SAF=43;SAR=32;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138247;STB=0.562829;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.012102;OID=.;OPOS=153693811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:82:81:75:79:0.49375:32:43:35:47:36:43:34:47 chrX 153694334 . C G 481.55 PASS AF=0.51087;AO=46;DP=90;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0329873;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.106;QD=20.9371;RBI=0.0357639;REFB=-0.0373609;REVB=-0.0138164;RO=44;SAF=26;SAR=20;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781349;STB=0.542252;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0238922;OID=.;OPOS=153694334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:44:45:46:47:0.51087:20:26:21:23:20:27:22:23 chrX 153695908 . G T 1087.71 PASS AF=0.530928;AO=103;DP=190;FAO=103;FDP=194;FR=.;FRO=91;FSAF=69;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.0130681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.333;QD=22.4271;RBI=0.0141489;REFB=-0.0204856;REVB=-0.00542372;RO=87;SAF=69;SAR=34;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213101;STB=0.622629;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0198548;OID=.;OPOS=153695908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:194:87:91:103:103:0.530928:34:69:37:50:34:69:38:53 chrX 153696247 . G C 731.21 PASS AF=0.537879;AO=68;DP=129;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0140195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8922;QD=22.1577;RBI=0.060825;REFB=-0.0606795;REVB=0.0591872;RO=61;SAF=35;SAR=33;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146489;STB=0.568843;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0320343;OID=.;OPOS=153696247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:61:61:68:71:0.537879:33:35:21:40:36:35:21:40 chrX 153713787 . C T 952.2 PASS AF=0.590278;AO=85;DP=144;FAO=85;FDP=144;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00804879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4929;QD=26.45;RBI=0.0126756;REFB=-0.0342893;REVB=0.00979228;RO=59;SAF=37;SAR=48;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412672;STB=0.502242;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0220015;OID=.;OPOS=153713787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:59:59:85:85:0.590278:48:37:26:33:48:37:26:33 chrX 153724351 . G A 237.12 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0415421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6429;QD=19.76;RBI=0.04806;REFB=-0.0100813;REVB=0.0241665;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423433;STB=0.738922;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0140004;OID=.;OPOS=153724351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:17:6:18:7:17:6:18:7 chrX 153724598 . GC G 156.81 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0723094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.3162;QD=12.5448;RBI=0.0814229;REFB=0.0169023;REVB=-0.0374304;RO=24;SAF=4;SAR=20;SRF=16;SRR=8;SSEN=0.292629;SSEP=0;SSSB=-0.495279;STB=0.783324;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.00451084;OID=.;OPOS=153724599;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:24:50:24:50:26:4:20:17:9:99:24:4:20:16:8 chrX 153760484 . C A 112.18 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0151142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.904;QD=16.6187;RBI=0.0209916;REFB=0.00141533;REVB=0.0145674;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146024;STB=0.569509;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00210559;OID=.;OPOS=153760484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:4:9:7:6:4:9:8:6 chrX 153908497 . C G 579.47 PASS AF=0.611765;AO=52;DP=85;FAO=52;FDP=85;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00438203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.427;QD=27.2692;RBI=0.00548554;REFB=-0.000786828;REVB=-0.00329983;RO=33;SAF=22;SAR=30;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664075;STB=0.536191;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.000559508;OID=.;OPOS=153908497;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:33:33:52:52:0.611765:30:22:17:16:30:22:17:16 chrX 153994596 . G T 2033.05 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00509787;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.345;QD=61.6075;RBI=0.0313626;REFB=-0.0725525;REVB=0.0309455;RO=0;SAF=59;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95289e-08;STB=0.503448;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000149403;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:132:0:1:131:131:0.992424:72:59:0:0:72:59:0:1 chrX 154020114 . C A 383.29 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0279612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.245;QD=22.8829;RBI=0.030438;REFB=-0.0123789;REVB=-0.0120268;RO=29;SAF=9;SAR=29;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14131;STB=0.578221;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0114787;OID=.;OPOS=154020114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:29:9:11:18:29:9:11:18 chrX 154158201 . T G 354.88 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0315271;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=44.0581;QD=15.2635;RBI=0.0341361;REFB=0.00570197;REVB=0.0130889;RO=46;SAF=14;SAR=25;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300068;STB=0.625978;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00331876;OID=.;OPOS=154158201;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:54:39:39:0.419355:25:14:31:15:25:14:31:23 chrX 154456747 . A G 957.9 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.25;QD=57.1882;RBI=0.025179;REFB=0.0124171;REVB=0.00768201;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=4.36405e-06;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:34:32:0:0:34:32:1:0 chrX 155004437 . G T 164.2 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0160811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0946;QD=12.8787;RBI=0.0186489;REFB=-0.00964859;REVB=0.00944356;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186918;STB=0.592501;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0286512;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:32:18:19:0.372549:10:8:9:23:11:8:9:23 chrX 155005254 . C T 1590.35 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.916;QD=60.0131;RBI=0.045584;REFB=0;REVB=0.0196519;RO=0;SAF=67;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242063;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:37:67:0:0:38:68:0:0 chrX 155006050 . C T 613.18 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0782;QD=61.318;RBI=0.0578934;REFB=0;REVB=0.0374179;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.24036e-05;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chrX 155006982 . A T 1008.31 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4381;QD=59.3126;RBI=0.066641;REFB=0;REVB=-0.0231699;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262711;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chrX 155007278 . G A 220.55 PASS AF=0.468085;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0935792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.597;QD=18.7705;RBI=0.0935831;REFB=-0.0346825;REVB=-0.000850836;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205379;STB=0.585578;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.031487;OID=.;OPOS=155007278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:24:25:20:22:0.468085:14:6:12:12:14:8:13:12 chrX 155008583 . G A 538.26 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.008;QD=59.807;RBI=0.0395989;REFB=0;REVB=0.0122582;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172777;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chrX 155008671 . G A 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00424245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.406;QD=57.0313;RBI=0.0178068;REFB=-0.0331348;REVB=0.0172941;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165719;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=3.02467e-05;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:1:0:37:28:1:0 chrX 155009102 . G A 1567.59 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.76;QD=63.9834;RBI=0.0748663;REFB=0;REVB=0.0149332;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56245e-05;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:94:98:1:54:40:0:0:54:44:0:0 chrX 155009225 . C T 400.46 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0207528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.901;QD=53.3944;RBI=0.0215075;REFB=-0.10212;REVB=0.00564766;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000613152;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:16:13:0:0:16:13:0:1 chrX 155009661 . A C 208.12 PASS AF=0.45283;AO=22;DP=51;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0221889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.182;QD=15.7071;RBI=0.02325;REFB=-0.00480986;REVB=0.00694381;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1088;STB=0.579643;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00751157;OID=.;OPOS=155009661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:29:29:22:24:0.45283:9:13:14:15:9:15:14:15 chrX 155009829 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.885;QD=63.583;RBI=0.0215559;REFB=0;REVB=-0.0153095;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37726e-05;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chrX 155009856 . T C 152.34 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0148088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.707;QD=11.7181;RBI=0.0221997;REFB=-0.0110637;REVB=0.0165387;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781493;STB=0.526288;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0203415;OID=.;OPOS=155009856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:33:33:18:19:0.365385:10:8:17:16:10:9:17:16 chrX 155009935 . C A 386.73 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.000415927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.211;QD=20.904;RBI=0.0489364;REFB=-0.0185059;REVB=0.0489346;RO=35;SAF=14;SAR=25;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185507;STB=0.602783;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0163899;OID=.;OPOS=155009935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:25:14:20:15:25:14:20:15 chrX 155010062 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.762;QD=57.712;RBI=0.0509921;REFB=0;REVB=0.0139813;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011188;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chrX 155010077 . G A 847.7 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.341;QD=57.471;RBI=0.0362189;REFB=0;REVB=0.0244849;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95793e-05;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:30:29:0:0 chrX 155010230 . A C 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00480075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1501;QD=11.6201;RBI=0.0169774;REFB=-0.0109783;REVB=0.0162845;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153652;STB=0.5897;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.052998;OID=.;OPOS=155010230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:13:7:17:18:13:7:17:18 chrX 155010308 . G A 1066.14 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00712291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7992;QD=58.4187;RBI=0.0578301;REFB=0.0118583;REVB=-0.0573897;RO=1;SAF=28;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165901;STB=0.508769;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000529198;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:44:28:1:0:44:28:1:0 chrX 155011012 . T C 609.7 PASS AF=0.535088;AO=59;DP=112;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0120056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.088;QD=21.393;RBI=0.0250437;REFB=-0.00768319;REVB=0.0219784;RO=53;SAF=31;SAR=28;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678959;STB=0.544497;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00959051;OID=.;OPOS=155011012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:53:53:59:61:0.535088:28:31:32:21:30:31:32:21 chrX 155011216 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.813;QD=50.4135;RBI=0.00293343;REFB=0;REVB=0.00178807;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56125e-06;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chrX 155011276 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032463;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.127;QD=49.5992;RBI=0.0449534;REFB=0;REVB=0.044836;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123179;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chrX 155011472 . T A 711.57 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00325799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.163;QD=52.7088;RBI=0.0244322;REFB=-0.0578837;REVB=0.024214;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177719;STB=0.518511;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000261688;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:1:2:52:52:0.962963:26:26:0:1:26:26:0:2 chrX 155011926 . T C 592.86 PASS AF=0.42;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.00928207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.184;QD=15.8096;RBI=0.00978089;REFB=-0.00506685;REVB=0.00308368;RO=86;SAF=23;SAR=40;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830202;STB=0.543779;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00785128;OID=.;OPOS=155011926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:86:87:63:63:0.42:40:23:38:48:40:23:38:49 chrX 155012083 . CTTAT C 199.43 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00129663;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=4;MLLD=262.395;QD=21.56;RBI=0.0224952;REFB=0.0119013;REVB=-0.0224578;RO=16;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217594;STB=0.595661;STBP=0.124;TYPE=del;VARB=-0.00979833;OID=.;OPOS=155012084;OREF=TTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.621622:23:40:23:37:14:9:14:9:5:86:16:9:14:11:5 chrX 155227464 . C T 1004.13 PASS AF=0.471111;AO=100;DP=219;FAO=106;FDP=225;FR=.;FRO=119;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=39;FSRR=80;FWDB=0.0130689;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.709;QD=17.8512;RBI=0.0384809;REFB=-0.0210536;REVB=0.0361936;RO=114;SAF=38;SAR=62;SRF=37;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576665;STB=0.54343;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0222868;OID=.;OPOS=155227464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:225:114:119:100:106:0.471111:62:38:37:77:63:43:39:80 chrX 155235014 . C T 794.7 PASS AF=0.451613;AO=81;DP=183;FAO=84;FDP=186;FR=.;FRO=102;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.00273041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.874;QD=17.0904;RBI=0.0195895;REFB=0.00244054;REVB=0.0193983;RO=100;SAF=44;SAR=37;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629116;STB=0.535706;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00144645;OID=.;OPOS=155235014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:186:100:102:81:84:0.451613:37:44:48:52:39:45:48:54 chrX 155252868 . T A 33.43 PASS AF=0.0813008;AO=10;DP=123;FAO=10;FDP=123;FR=.;FRO=113;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=-0.0464575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.58;QD=1.08705;RBI=0.059841;REFB=-0.00470529;REVB=-0.037718;RO=113;SAF=4;SAR=6;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126745;STB=0.603689;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0613286;OID=.;OPOS=155252868;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:123:123:113:113:10:10:0.0813008:6:4:58:55:6:4:58:55 chrY 9930510 . C T 30.48 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0844608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9296;QD=11.0836;RBI=0.0934227;REFB=-0.023416;REVB=0.039927;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370384;STB=0.713717;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0239075;OID=.;OPOS=9930510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:0:6:4:1:0:6 chrY 9930537 . C A 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0375607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2409;QD=34.6646;RBI=0.0612968;REFB=-0.0427441;REVB=-0.0484406;RO=1;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471711;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00169403;OID=.;OPOS=9930537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:9:1:0:1:9:1:0:1 chrY 9930540 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0880515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.928;QD=14.0438;RBI=0.0894665;REFB=-0.0195543;REVB=-0.0158487;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00831718;OID=.;OPOS=9930540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:0:4:4:1:0:4 chrY 9930543 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=385.252;QD=39.2068;RBI=0.125474;REFB=0;REVB=0.00823199;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917937;OID=.;OPOS=9930543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chrY 9930558 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0738751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3833;QD=16.199;RBI=0.0738764;REFB=-0.0290468;REVB=0.000439416;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23409;STB=0.635921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0283119;OID=.;OPOS=9930558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:0:3:4:1:0:3 chrY 10034887 . CC CG,TG 68.12 PASS AF=0.666667,0.222222;AO=6,2;DP=9;FAO=6,2;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2,1;FSAR=4,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00125496,-0.00715819;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=88.267,218.481;QD=30.2772;RBI=0.0304177,0.00928736;REFB=-0.0053341,-0.0135374;REVB=-0.0303918,0.00591738;RO=1;SAF=2,1;SAR=4,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.171372,-0.25849;STB=0.599655,0.665164;STBP=0.252,0.662;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.003128,0.00851724;OID=.,.;OPOS=10034888,10034887;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:9:9:1:1:6,2:6,2:0.666667,0.222222:4,1:2,1:1:0:4,1:2,1:1:0 chrY 10034941 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.783;QD=35.5759;RBI=0.0533082;REFB=0;REVB=0.0530923;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103927;OID=.;OPOS=10034941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chrY 10034954 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.5542;QD=33.4285;RBI=0.0301408;REFB=0;REVB=0.0247353;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676749;OID=.;OPOS=10034954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chrY 10035006 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.684;QD=39.2067;RBI=0.116456;REFB=0;REVB=-0.00354044;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260901;OID=.;OPOS=10035006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chrY 10035029 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.911;QD=40.7629;RBI=0.0365872;REFB=0;REVB=0.0351715;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337976;OID=.;OPOS=10035029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chrY 10035031 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.229;QD=40.7629;RBI=0.0384879;REFB=0;REVB=0.0143553;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000961356;OID=.;OPOS=10035031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chrY 10035086 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.582;QD=35.5759;RBI=0.05003;REFB=0;REVB=0.0485556;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103187;OID=.;OPOS=10035086;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chrY 10035449 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.481;QD=33.4285;RBI=0.102148;REFB=0;REVB=0.0977333;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281766;OID=.;OPOS=10035449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chrY 10036057 . GT AC,GA 688.59 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=46,2;DP=51;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054753,-0.0179797;FXX=0.039208;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=137.008,90.4201;QD=56.2115;RBI=0.0337216,0.0950416;REFB=0,0;REVB=-0.0332741,-0.0933254;RO=0;SAF=26,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0022414,0.070393;OID=.,.;OPOS=10036057,10036058;OREF=GT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:51:49:0:0:46,2:47,2:0.959184,0.0408163:20,2:26,0:0:0:21,2:26,0:0:0 chrY 10036088 . A G 7008.39 PASS AF=1;AO=439;DP=439;FAO=439;FDP=439;FR=.;FRO=0;FSAF=268;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.698;QD=63.8578;RBI=0.0113253;REFB=0;REVB=-0.00919669;RO=0;SAF=268;SAR=171;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44567e-06;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:439:439:0:0:439:439:1:171:268:0:0:171:268:0:0 chrY 10036105 . T C 8828.69 PASS AF=1;AO=557;DP=562;FAO=560;FDP=560;FR=.;FRO=0;FSAF=389;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244326;FXX=0.00355866;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.243;QD=63.0621;RBI=0.0620379;REFB=-0.0410334;REVB=0.0570241;RO=2;SAF=388;SAR=169;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00158802;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56996e-05;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:562:560:2:0:557:560:1:169:388:1:1:171:389:0:0 chrY 10036107 . T C 9069.64 PASS AF=1;AO=571;DP=572;FAO=572;FDP=572;FR=.;FRO=0;FSAF=401;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183619;FXX=0.00174517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.589;QD=63.4241;RBI=0.0189006;REFB=-0.0503879;REVB=0.0044801;RO=1;SAF=401;SAR=170;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00280087;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65225e-07;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:572:572:1:0:571:572:1:170:401:0:1:171:401:0:0 chrY 10036132 . T C 9935.38 PASS AF=1;AO=626;DP=631;FAO=628;FDP=628;FR=.;FRO=0;FSAF=446;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118271;FXX=0.00789877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.609;QD=63.2827;RBI=0.0275374;REFB=-0.0119631;REVB=0.0248682;RO=3;SAF=444;SAR=182;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00047044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00059e-05;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:631:628:3:0:626:628:1:182:444:2:1:182:446:0:0 chrY 10036156 . G C 9878.31 PASS AF=1;AO=622;DP=625;FAO=622;FDP=622;FR=.;FRO=0;FSAF=442;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680508;FXX=0.00479992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.474;QD=63.5261;RBI=0.0231763;REFB=-0.0240931;REVB=0.0221547;RO=1;SAF=442;SAR=180;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264597;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4996e-06;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:625:622:1:0:622:622:1:180:442:0:1:180:442:0:0 chrY 10036164 . T C 9797.16 PASS AF=1;AO=620;DP=623;FAO=620;FDP=620;FR=.;FRO=0;FSAF=440;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827681;FXX=0.00481533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.46;QD=63.2075;RBI=0.0329218;REFB=-0.053888;REVB=0.0318644;RO=1;SAF=440;SAR=180;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264594;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021389;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:623:620:1:0:620:620:1:180:440:0:1:180:440:0:0 chrY 10036171 . A G 9895.58 PASS AF=1;AO=622;DP=622;FAO=622;FDP=622;FR=.;FRO=0;FSAF=441;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353576;FXX=0.00160511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.872;QD=63.6372;RBI=0.0355974;REFB=0;REVB=0.00412527;RO=0;SAF=441;SAR=181;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73822e-06;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:54:622:622:0:0:622:622:1:181:441:0:0:181:441:0:0 chrY 10036189 . C CCGTT 9659.77 PASS AF=1;AO=602;DP=622;FAO=614;FDP=614;FR=.;FRO=0;FSAF=435;FSAR=179;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198574;FXX=0.0128615;HRUN=2;LEN=4;MLLD=215.07;QD=62.9301;RBI=0.0202741;REFB=-0.0237528;REVB=0.00408941;RO=8;SAF=424;SAR=178;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00137409;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.89617e-07;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:602:622:614:614:0:435:179:0:0:36:8:424:178:6:2 chrY 10036204 . T C 9594.25 PASS AF=1;AO=606;DP=607;FAO=606;FDP=606;FR=.;FRO=0;FSAF=441;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102918;FXX=0.00164742;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2589;QD=63.3284;RBI=0.0707133;REFB=0;REVB=0.0699604;RO=0;SAF=441;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7641e-06;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:52:607:606:0:0:606:606:1:165:441:0:0:165:441:0:0 chrY 10036229 . T C 7849.43 PASS AF=1;AO=492;DP=493;FAO=492;FDP=492;FR=.;FRO=0;FSAF=385;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125238;FXX=0.00202836;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.956;QD=63.8165;RBI=0.0269582;REFB=-0.0653958;REVB=0.0238726;RO=0;SAF=385;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3291e-05;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:493:492:0:0:492:492:1:107:385:0:0:107:385:0:0 chrY 10036233 . G C 7429.46 PASS AF=1;AO=472;DP=475;FAO=472;FDP=472;FR=.;FRO=0;FSAF=373;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241677;FXX=0.00631566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.468;QD=62.9615;RBI=0.0252957;REFB=-0.0398436;REVB=-0.00746953;RO=3;SAF=373;SAR=99;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382414;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82376e-05;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:475:472:3:0:472:472:1:99:373:3:0:99:373:0:0 chrY 10036269 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.147;QD=62.908;RBI=0.0270388;REFB=0;REVB=0.00314137;RO=0;SAF=75;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8102e-05;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:15:75:0:0:15:75:0:0 chrY 10036277 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.757;QD=57.2026;RBI=0.0115527;REFB=0;REVB=0.0108927;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34273e-05;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chrY 10036280 . A G 399.16 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344961;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.686;QD=57.0228;RBI=0.0442283;REFB=0;REVB=0.0440935;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282314;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chrY 10036383 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.77;QD=33.4285;RBI=0.0614479;REFB=0;REVB=0.0538613;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860221;OID=.;OPOS=10036383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chrY 10036408 . C A 51.53 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0783866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.103;QD=18.7393;RBI=0.0835054;REFB=-0.0222311;REVB=-0.0287869;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298189;STB=0.675156;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0321965;OID=.;OPOS=10036408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:1:3:2:5:1:3 chrY 10036422 . C T 59.57 PASS AF=0.642857;AO=7;DP=12;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0250096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6721;QD=17.0193;RBI=0.0466915;REFB=-0.0297203;REVB=-0.0394286;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477379;STB=0.726799;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0563903;OID=.;OPOS=10036422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:14:5:5:7:9:0.642857:2:5:0:5:3:6:0:5 chrY 10036438 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0052282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.179;QD=12.8607;RBI=0.0550007;REFB=-0.0107469;REVB=-0.0547516;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456174;STB=0.788741;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0115812;OID=.;OPOS=10036438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:2:5:1:6:2:5:1:7 chrY 10036483 . T C 214.26 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00637419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.645;QD=45.1079;RBI=0.0445565;REFB=-0.0484378;REVB=0.0440982;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533296;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000483633;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:7:11:0:0:7:11:0:1 chrY 10036486 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.968;QD=50.4127;RBI=0.065193;REFB=0;REVB=0.0642482;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000763636;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chrY 10036503 . T C 90.91 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0137647;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0556;QD=20.2017;RBI=0.0162215;REFB=-0.0557137;REVB=-0.008583;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144176;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0431456;OID=.;OPOS=10036503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:19:18:7:7:10:11:0.611111:3:7:6:1:3:8:5:2 chrY 10036512 . G A 45.9 PASS AF=0.35;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0128373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0255;QD=9.17971;RBI=0.0252432;REFB=-0.0271305;REVB=-0.0217353;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375164;STB=0.762764;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.05098;OID=.;OPOS=10036512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:13:13:6:7:0.35:1:5:7:6:1:6:7:6 chrY 10036518 . C T 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00331498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.411;QD=9.19755;RBI=0.00662286;REFB=0.000920072;REVB=-0.00573352;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133873;STB=0.581866;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00133988;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:9:4:3:4:9:4 chrY 10036519 . G A,GTTGA 105.16 PASS AF=0.2,0.4;AO=4,8;DP=21;FAO=4,8;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=2,6;FSAR=2,2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00472139,-0.0139093;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=98.7839,219.42;QD=21.0324;RBI=0.00475208,0.0140954;REFB=-0.013503,0.00232252;REVB=-0.000539237,0.00228259;RO=8;SAF=2,6;SAR=2,2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.23873;STB=0.5,0.642474;STBP=1,0.29;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0136797,-0.000435902;OID=.,.;OPOS=10036519,10036520;OREF=G,-;OALT=A,TTGA;OMAPALT=A,GTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:21:20:8:8:4,8:4,8:0.2,0.4:2,2:2,6:4:4:2,2:2,6:4:4 chrY 10036530 . ACCC GCCA,GCCC 220.97 PASS AF=0.08,0.64;AO=2,16;DP=26;FAO=2,16;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=1,7;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.027211,-0.0187599;FXX=0.0740466;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=217.854,119.758;QD=35.3545;RBI=0.0272478,0.0196142;REFB=-0.0290126,0.013363;REVB=0.00141563,0.00572566;RO=4;SAF=1,7;SAR=1,9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.532453,0.165516;STB=0.831449,0.590801;STBP=0.746,0.156;TYPE=mnp,snp;VARB=0.031097,0.00685347;OID=.,.;OPOS=10036530,10036530;OREF=ACCC,A;OALT=GCCA,G;OMAPALT=GCCA,GCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:26:25:4:4:2,16:2,16:0.08,0.64:1,9:1,7:0:4:1,9:1,7:0:4 chrY 10036544 . CT CC,TC 336.26 PASS AF=0.774194,0.0967742;AO=24,3;DP=31;FAO=24,3;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=9,2;FSAR=15,1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00420995,-0.0852128;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=210.411,99.9469;QD=43.3877;RBI=0.0132344,0.0856082;REFB=0.016701,0.0666842;REVB=0.0125469,0.00821897;RO=3;SAF=9,2;SAR=15,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0626687,0;STB=0.518852,0.599313;STBP=0.663,0.678;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00327635,0.0543157;OID=.,.;OPOS=10036545,10036544;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:3:4:24,3:24,3:0.774194,0.0967742:15,1:9,2:2:1:15,1:9,2:2:2 chrY 10036549 . A C 227.09 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00129374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.823;QD=28.3858;RBI=0.0209873;REFB=-0.0506188;REVB=-0.0209474;RO=11;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164281;STB=0.509082;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0278597;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:12:9:5:6:12:9:5:6 chrY 10036552 . C T 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0127594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.757;QD=6.1052;RBI=0.01643;REFB=-0.0143236;REVB=-0.0103509;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105225;STB=0.568009;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0267921;OID=.;OPOS=10036552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:5:3:12:14:5:3:12:14 chrY 10036561 . T C 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0141888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.836;QD=23.5284;RBI=0.015061;REFB=0.00436819;REVB=0.00505093;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525291;STB=0.529382;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00255218;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:12:8:7:8:12:8:7:8 chrY 10036586 . T C 280.72 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0254468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6664;QD=38.7193;RBI=0.0301751;REFB=0.00679963;REVB=-0.0162172;RO=5;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128251;STB=0.507035;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.0353564;OID=.;OPOS=10036586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:29:29:5:5:19:19:0.655172:12:7:2:3:12:7:2:3 chrY 10036600 . C CG 108.64 PASS AF=0.736842;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.119762;FXX=0.208247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.4881;QD=22.8717;RBI=0.122592;REFB=0.0203918;REVB=0.0261874;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268587;STB=0.586099;STBP=0.526;TYPE=ins;VARB=-0.00315595;OID=.;OPOS=10036601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.736842:13:27:14:19:5:2:12:0:5:27:14:2:11:5:9 chrY 10036606 . A G 107.3 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0204468;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.22;QD=19.5094;RBI=0.0333194;REFB=-0.0102595;REVB=0.026308;RO=10;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456919;STB=0.52627;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00506683;OID=.;OPOS=10036606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:22:22:10:10:12:12:0.545455:10:2:2:8:10:2:2:8 chrY 10036613 . T G 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00401186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.6;QD=17.3779;RBI=0.0197547;REFB=-0.00102025;REVB=-0.019343;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246583;STB=0.514259;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00114173;OID=.;OPOS=10036613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:9:2:2:8:9:2:2:8 chrY 10036621 . TG CA,CC,CG 234.26 PASS AF=0.263158,0.105263,0.631579;AO=5,2,12;DP=19;FAO=5,2,12;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,2;FSAR=3,2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162961,-0.0174953,-0.0256756;FXX=0.049975;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=166.472,28.0232,54.8591;QD=49.3185;RBI=0.0183192,0.0184131,0.0298422;REFB=0,0,0;REVB=0.00836838,-0.00574081,-0.0152092;RO=0;SAF=2,0,2;SAR=3,2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0121741,0.0579237,0.00632066;OID=.,.,.;OPOS=10036621,10036621,10036621;OREF=TG,TG,T;OALT=CA,CC,C;OMAPALT=CA,CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:31:19:19:0:0:5,2,12:5,2,12:0.263158,0.105263,0.631579:3,2,10:2,0,2:0:0:3,2,10:2,0,2:0:0 chrY 10036627 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0155727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.224;QD=18.4438;RBI=0.0158894;REFB=-0.0348758;REVB=0.00315637;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508469;STB=0.529356;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0252012;OID=.;OPOS=10036627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:9:2:2:7:9:2:2:7 chrY 10036638 . A G 50.49 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00898985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.609;QD=16.8297;RBI=0.015586;REFB=-0.053119;REVB=0.0127321;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0120303;OID=.;OPOS=10036638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:2:3:5:2:2:3 chrY 10037768 . T C 3469.18 PASS AF=0.882143;AO=246;DP=280;FAO=247;FDP=280;FR=.;FRO=33;FSAF=97;FSAR=150;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00112339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.327;QD=49.5598;RBI=0.00929526;REFB=-0.0272308;REVB=0.00922712;RO=32;SAF=96;SAR=150;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00366734;STB=0.500152;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00281176;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:32:33:246:247:0.882143:150:96:13:19:150:97:13:20 chrY 10037786 . G A 67.9 PASS AF=0.0785498;AO=26;DP=318;FAO=26;FDP=331;FR=.;FRO=305;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=134;FSRR=171;FWDB=-0.015462;FXX=0.00301196;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.842;QD=0.820517;RBI=0.0486791;REFB=-0.0042014;REVB=-0.0461583;RO=290;SAF=11;SAR=15;SRF=134;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456589;STB=0.515269;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0346976;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:318:331:290:305:26:26:0.0785498:15:11:134:156:15:11:134:171 chrY 10037791 . C G 4481.57 PASS AF=0.908555;AO=306;DP=338;FAO=308;FDP=339;FR=.;FRO=31;FSAF=141;FSAR=167;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00728385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.132;QD=52.8799;RBI=0.0203122;REFB=-0.0371125;REVB=0.0189613;RO=30;SAF=140;SAR=166;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00983762;STB=0.506518;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00351627;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:338:339:30:31:306:308:0.908555:166:140:12:18:167:141:12:19 chrY 10037797 . T C 4660.06 PASS AF=0.896458;AO=326;DP=367;FAO=329;FDP=367;FR=.;FRO=38;FSAF=160;FSAR=169;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00347188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.493;QD=50.7909;RBI=0.0298892;REFB=-0.0271082;REVB=0.0296869;RO=36;SAF=160;SAR=166;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192635;STB=0.509494;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00410967;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:367:36:38:326:329:0.896458:166:160:14:22:169:160:15:23 chrY 10037807 . T C 5167.11 PASS AF=0.928571;AO=349;DP=376;FAO=351;FDP=378;FR=.;FRO=27;FSAF=172;FSAR=179;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0404283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.093;QD=54.6784;RBI=0.0483325;REFB=-0.0349718;REVB=0.0264874;RO=27;SAF=171;SAR=178;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112861;STB=0.505905;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00384451;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:376:378:27:27:349:351:0.928571:178:171:11:16:179:172:11:16 chrY 10037819 . T C 5351.97 PASS AF=0.928389;AO=361;DP=393;FAO=363;FDP=391;FR=.;FRO=28;FSAF=181;FSAR=182;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0157462;FXX=0.0101263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.814;QD=54.7516;RBI=0.10541;REFB=-0.12766;REVB=0.104228;RO=29;SAF=181;SAR=180;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123896;STB=0.502459;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00993046;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:393:391:29:28:361:363:0.928389:180:181:12:17:182:181:13:15 chrY 10037877 . G GC 2690.04 PASS AF=1;AO=254;DP=340;FAO=301;FDP=301;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0929368;FXX=0.0098681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.4082;QD=35.7481;RBI=0.2138;REFB=0.00325738;REVB=0.192544;RO=69;SAF=136;SAR=118;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00406421;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:254:340:301:301:0:164:137:0:0:34:69:136:118:35:34 chrY 10037892 . A G 3553.0 PASS AF=0.978355;AO=124;DP=244;FAO=226;FDP=231;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=5;FSAF=134;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0893308;FXX=0.0170206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.167;QD=61.5238;RBI=0.0901217;REFB=0.0172015;REVB=-0.0119138;RO=7;SAF=28;SAR=96;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288695;STB=0.508779;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.000232926;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:244:231:7:5:124:226:0.978355:96:28:3:4:92:134:1:4 chrY 10037899 . T C 2883.76 PASS AF=0.964103;AO=187;DP=194;FAO=188;FDP=195;FR=.;FRO=7;FSAF=122;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0100971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2923;QD=59.1541;RBI=0.0299435;REFB=-0.0142237;REVB=0.0281898;RO=7;SAF=122;SAR=65;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168392;STB=0.508635;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0016133;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:194:195:7:7:187:188:0.964103:65:122:3:4:66:122:3:4 chrY 10037912 . T G 1507.22 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.894;QD=58.5329;RBI=0.017219;REFB=0.0464275;REVB=0.00346432;RO=1;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978215;STB=0.505154;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000458454;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:48:54:0:1:48:54:0:1 chrY 10037914 . T C 1589.36 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269608;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.073;QD=64.2164;RBI=0.0346801;REFB=0;REVB=0.0218135;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145932;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:45:54:0:0:45:54:0:0 chrY 13262837 . A G 50.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2663;QD=33.4158;RBI=0.0667797;REFB=0;REVB=0.045396;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319939;OID=.;OPOS=13262837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chrY 13262908 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.295;QD=59.8385;RBI=0.0124256;REFB=0;REVB=-0.0123102;RO=0;SAF=32;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22762e-05;OID=.;OPOS=13262908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:4:32:0:0:4:32:0:0 chrY 13262943 . AC AA,A 828.53 PASS AF=0.016129,0.983871;AO=4,53;DP=61;FAO=1,61;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=1,49;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277702,-0.0202534;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=5.00208,22.8311;QD=53.4535;RBI=0.0283488,0.190547;REFB=0,0;REVB=0.00569806,0.189468;RO=1;SAF=2,46;SAR=2,7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.204545;SSSB=0.166656,0.0626402;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.051582,0.0010335;OID=.,.;OPOS=13262944,13262944;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.016129,0.983871:4,53:61:1,61:62:0:1,49:0,12:0:0:3:1:2,46:2,7:0:1 chrY 13262950 . G A 329.96 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.0146127;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.738;QD=20.6222;RBI=0.0180615;REFB=-0.0501807;REVB=0.0106153;RO=30;SAF=26;SAR=8;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850626;STB=0.546891;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0296478;OID=.;OPOS=13262950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:30:34:34:0.53125:8:26:25:5:8:26:25:5 chrY 13263067 . A C 1271.19 PASS AF=1;AO=4;DP=96;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.258;QD=48.8919;RBI=0.103029;REFB=0;REVB=0.0706999;RO=1;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.749895;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157249;OID=.;OPOS=13263067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:104:1:0:4:104:1:0:4:0:1:66:38:0:0 chrY 13263091 . G A 1476.42 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0154114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.993;QD=62.1651;RBI=0.0315456;REFB=-0.0376046;REVB=0.0275247;RO=1;SAF=29;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723976;STB=0.503816;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000263175;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:65:29:0:1:65:29:0:1 chrY 13263170 . A C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0800339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.571;QD=53.9111;RBI=0.0828134;REFB=0;REVB=0.021275;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448794;OID=.;OPOS=13263170;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chrY 13263175 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3499;QD=51.9162;RBI=0.0670742;REFB=0;REVB=0.00785853;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115675;OID=.;OPOS=13263175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:18:3:0:0:18:3:0:0 chrY 13263194 . T A 195.89 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461536;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.818;QD=48.9736;RBI=0.0476647;REFB=0;REVB=0.0119069;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000734739;OID=.;OPOS=13263194;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:13:2:0:0:13:3:0:0 chrY 21152662 . CAA C 130.7 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0380311;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=2;MLLD=41.1537;QD=9.01352;RBI=0.0428771;REFB=0.0107917;REVB=0.019801;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281058;STB=0.63624;STBP=0.102;TYPE=del;VARB=-0.0143333;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:22:59:22:58:36:14:8:15:21:99:33:14:8:12:21 chrY 21152701 . G T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.341;QD=56.9383;RBI=0.017334;REFB=0;REVB=-0.0138992;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85261e-05;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chrY 21152719 . T C 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0473131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.525;QD=60.1583;RBI=0.0487077;REFB=-0.0671082;REVB=0.0115719;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240823;STB=0.512815;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00141523;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:1:0:25:19:1:0 chrY 21153581 . T A 418.23 PASS AF=0.447917;AO=41;DP=94;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=0.00360975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.488;QD=17.4264;RBI=0.0439811;REFB=-0.00712445;REVB=0.0438328;RO=53;SAF=25;SAR=16;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116837;STB=0.578832;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0103527;OID=.;OPOS=21153581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:53:53:41:43:0.447917:16:25:38:15:18:25:38:15 chrY 21153609 . T C 1429.68 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524506;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9719;QD=62.8433;RBI=0.056933;REFB=0;REVB=0.0221428;RO=0;SAF=60;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000969792;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:90:91:1:30:60:0:0:31:60:0:0 chrY 21154426 . G A 237.55 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00257854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.568;QD=18.6312;RBI=0.0194632;REFB=-0.00510187;REVB=0.0192916;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051356;STB=0.528823;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00347429;OID=.;OPOS=21154426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:14:11:10:16:14:11:10:16 chrY 21154466 . T A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.301;QD=63.5821;RBI=0.0151718;REFB=0;REVB=0.014595;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11666e-05;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chrY 21154529 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.589;QD=40.7629;RBI=0.00671392;REFB=0;REVB=-0.00671392;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16311e-05;OID=.;OPOS=21154529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:7:10:1:7:0:0:0:10:0:0:0 chrY 21154531 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.71;QD=39.2067;RBI=0.00564935;REFB=0;REVB=0.00564935;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14055e-05;OID=.;OPOS=21154531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:9:0:0:6:9:1:6:0:0:0:9:0:0:0